Čagatajski_kanat
Nastavak vladavine u Istočnom Turkestanu
Sredinom 14. stoljeća, područje oko rijeke Ili postalo je novi kanat, koja je bio vrsta nomadskog plemenskog saveza, kojim su vladali članovi Čagatajeve obitelji. Novi kanat se smatrao sljednikom Čagatajskega kanata, iako ga neki povezuju s mogulskim kanatom, jer su se pripadnici plemena smatrali čistim "Mogulima" (Mongolima), za razliku od pretežito turkijskih i poturčenih mongolskih naroda Transoksanije. Istočne dijelove Čagatajskoga kanata je u ranom 14. stoljeća naseljavao broj mongolskih nomadskih plemena. Ta plemena su odbijala prelaz Kana Tamaširina na islam i nastanjenje u Transoksaniji. Oni su izazvali pobunu koja je dovela do Tarmaširinove smrti. Jedan od njegovih nasljednika, Čangša kan bioje antiislamist i skloniji istoku. 1340-tih godina u Transoksaniji se nekoliko kanova borilo za vlast, zbog čega se na istočna područja malo obraćala pozornost, tako da su ona uglavnom bila neovisna. Najjači pleme Duglati, dominiralo je na golemom području u Mogulistanu , na zapadnom dijelu Tarimske zavale. Godine 1347. odlučili su imenovati vlastitog kana i postavili su na prijestolje Čagatajida Tugluka Timurja. Tugluk Timur (1347-1363) je postao vođa plemenske federacije koja je vladala Tarimskom zavalom i stepskim područjima Mogulistana. Njegova vladavina se podudarala s vladavinom marionetskih kanova u Transoksaniji, što je značilo da su u isto vrijeme postojala dva klana kojim su vladali Čagatajidi: zapadni, okupljen u Transoksaniji i istočni smješten u Mogulistanu. Tugluk Timur je, za razliku od zapadnih kanova Khan, bio moćan vladar. Godine 1354 je prešao na islam i pokušao smanjiti moć Duglata. [14] Godine 1360 iskoristio je prednost od nemira u Transoksaniji i svoju podobnost za nmasljedstvo. Napao je Transoksaniju, preuzeo vlast i privremeno ujedinio kanat Godine 1361 je ponovno napao Transoksaniju i imenovao svoga sina Iljas hodžu za guvernera, ali nije uspio zadržati teritorij. Moguli su naposljetku izbačeni iz Transoksanije. Čagatajska vlast u Mogulistanu bila je privremeno prekinuta državnim udarom duglatskoga Emira Qamarja ud-Dina, koji je vjerojatno bio ubio Iljaš hodžu i nekoliko drugih Čagatajida. Moguli koji su mu ostali pokorni su bili u stalnom ratu s Timurom. Timur je pokušava ponovno doći na vlast, te je više puta napao Mogulistan, ali stanovništvo nije uspio pokoriti. [14] Čagatajidi ponovno došao na vlast godine 1380. ali su Duglati,u unatoč promjeni vlasti, zadržali značajnu poziciju u kanatu u sljedećih četrdeset godina, uspjevši nekoliko kanova postaviti po vlastitom izboru. [18] Čagatajidsku vlast je prekinuo Uvais kan (1418.-1428.), pobožni musliman koji je bio u čestim ratovima s Oiratima (zapadnim Mongolima) u predjelima istočno od Balkaškoga jezera. Oirad Esen Tajiši je ga je porazio, čak i zarobio dva puta, ali još uvijekje osigurao njegovo puštanje na slobodu. Uvais kana je naslijedila Esen Buqa (1428-1462), koji je često napadao Timuridovo carstvo. Naslijedio ga je brat Junus Kan (1462-1487), koji je porazio Uzbeke i održavati dobre odnose sa Kazasima i Timuridima. No, zbog otpora Duglatovaca izgubljena je Tarimska zavala. Godine 1484 on je oteo Taškent koji su držali Timuridovci. U 15. st., mogulski kanovi sve su više bivali poturčeni. Junus kan je jednom bio spomenut čak da izgleda više kao Tadžik nego Mongol. Ova turkifikacija stanovništva nije bila tako vidljiva, u odnosu na na vladajuću kastu. Kanovi su napustili stari mongolski kod Jasa i usvojili islamski šerijatski zakon. Nakon smrti Janus kana čini njegov teritorij je podijeljen među njegovim sinovima. Ahmed kan (1487-1503) osvojio je istočni Mogulistan i Ujgurstan, uspješno ratovao protiv Ojrata, pljačkao po kineskim teritorijima i pokušao preuzeti zapadni dio Tarimske zavale, kojom su vladali Duglati. Godine 1503. je putovao na zapad pomoći svom bratu Mahmud kanu (1487-1508), glavaru Taškenta i zapadnog Mogulistana u ratu protiv Uzbeka po vodstvom Mohammeda Šajbanija. Uzbeci su braću potukli i zarobili. Kasnije su ih pustili, ali Taškent je ostao u njihovim rukama. Ahmed kan je umro ubrzo nakon toga. Naslijedio ga je njegov sin Mensur kan (1503-1545), koji je godine 1513. osvojio je kinesku vazalnu državu Hami. Mahmud-kan je proveo nekoliko godina pokušavajući ponovno uspostaviti svoju vlast u Mogulistanu. Na kraju je odustao i predao se Muhammadu Šajbaniju, koji ga je dao pogubiti. Mensur-kanov brat sultana Said kan (1514.-1533.) bio je godine 1514. osvojio zapadni dio Tarimske zavale i odabrao Kašgar za glavni grad. Od tada, mogulski kanat je bio trajno podijeljen, iako je Sultan Said kan službeno bio vazala Mensur Kana u Turpanu. Nakon smrti Said Kana je došao na prijestolje Abdurrašid Kan (1533-1565), čija je vladavina počela s ubojstvom člana Duglatove obitelji. Nećak mrtvog emira, Mirza Muhammad Haidar Duglat, pobjegao je u mogulsko carstvo u Indiji i naposlijetku osvojio Kašmir, gdje je napisao povijest Mogula. Abdurrašid kan se borio s Kirgizima i Kazasima za kontrolu u Mogulistanu, ali je izgubio u ratu s njima. Mogulistan je bio zauvijek izgubljen i otkad je moć Mogula bilao graničena na Tarimsku zavalu. [