Johor
Kesultanan Johor کسلطانن جوهر
thumb|Felda Sungai Sayong terletak berhampiran dengan Sungai Sayong, ibu kota kesultanan Johor sekitar 1535 - 1540 M Selepas kejatuhan Melaka pada tahun 1511 kepada Portugis, Kesultanan Johor, berdasarkan keturunan Kesultanan Melayu Melaka yang diasaskan oleh putera Sultan Mahmud, Ala'udin Ri'ayat Shah II, pada tahun 1528 ketika baginda memindahkan pusat pentadbiran ke Sungai Johor dan mendirikan kediaman dirajanya di Johor Lama (kini terletak di bawah daerah Kota Tinggi). Johor menjadi sebuah empayar yang merangkumi Semenanjung Tanah Melayu selatan, Kepulauan Riau (termasuk Singapura), Kepulauan Anambas, Kepulauan Tambelan, Kepulauan Natuna, sebuah wilayah di sekitar Sungai Sambas di barat daya Borneo (kini di Kalimatan Barat) dan Siak di Sumatera serta dengan sekutunya Pahang, Aru dan Champa. Mereka bercita-cita untuk mengambil semula Melaka dari Portugis. Kesultanan Aceh di Sumatera Utara memiliki cita-cita yang sama yang menyebabkan perang tiga segi di antara para pesaing. Semasa peperangan, pusat pentadbiran Johor berpindah beberapa kali berpandukan strategi ketenteraan dan mengekalkan kuasa perdagangan di rantau ini. Johor dan Portugis mula bekerjasama menentang Aceh yang dianggap oleh mereka sebagai musuh bersama. Pada tahun 1582 Portugis membantu Johor membalas serangan terhadap Aceh, tetapi kekuatannya berakhir ketika Johor menyerang Portugis pada tahun 1587. Aceh meneruskan serangannya terhadap Portugis, dan kemudian Johor Lama dimusnahkan ketika sebuah armada besar dari pelabuhan Portugis di Goa datang untuk mempertahankan Melaka dan menyerang kesultanan di situ. thumb|Johor LamaSelepas Aceh semakin lemah tambahan pula Aceh diperintah oleh ratu, Syarikat Hindia Timur Belanda (VOC) tiba dan Johor membentuk ikatan dengan mereka untuk mengalahkan Portugis dalam penaklukan kedua Melaka pada tahun 1641. Johor kembali berkuasa namun di Sumatera, seperti Siak (1662) dan Inderagiri (1669) telah jatuh ke tangan Aceh sementara Melaka diambil oleh Belanda. Melaka diletakkan di bawah kawalan secara langsung oleh Batavia di Jawa. Walaupun Melaka berada di bawah kuasa Belanda, Belanda tidak menubuhkan jawatankuasa perdagangan lagi di Semenanjung Tanah Melayu dan Sumatera, kerana mereka kurang minat daripada apa yang dimiliki oleh mereka di Jawa dan Kepulauan Maluku. Hanya apabila Bugis mula mengancam perdagangan maritim Belanda, mereka terlibat dalam konflik tempatan. thumb|Makam Sultan Mahmud Mangkat Dijulang, sultan terakhir dinasti keturunan Sultan Melaka thumb|Makam Bendahara Tun Habib Dinasti keturunan Melaka berlangsung hingga kematian Sultan Mahmud Shah II Mangkat Dijulang, berdirinya Dinasti Bendahara yang ditadbir oleh Sultan Abdul Jalil Riayat Shah anak kepada Bendahara Tun Habib Abdul Majid (jangan keliru dengan Tun Habab dan Tun Pikrama), yang mempunyai talian darah dengan ahli bait Nabi Muhammad S.A.W. Dinasti menteri paling kanan sebelumnya ini pernah berkhidmat di Kesultanan Melayu Melaka. Dikatakan berlaku ketegangan antara Bendahara Tun Habib dengan kerabatnya Laksamana Tun Abdul Jamil. Hal ini berpunca daripada Laksamana Tun Abdul Jamil mula menampakkan dominasi dalam pemerintahan mengatasi bendahara bahkan bermula sejak pemerintahan Sultan Ibrahim Shah lagi. Laksamana Tun Abdul Jamil telah meletakkan Tengku Mahmud (yang kemudian Sultan Mahmud Shah II Mangkat Dijulang) di Riau. Beliau juga isytiharkan dirinya sebagai pemerintah de facto pada zaman Sultan Mahmud Shah II. Beliau telah meminggirkan banyak bangsawan dan pembesar dalam membuat keputusan. Para penentang beliau akan dibunuh. Beliau telah melantik anak-anaknya mengisi jawatan-jawatan berpengaruh seperti Temenggung, Seri Perdana Menteri dan lain-lain manakala puterinya pula telah dikahwinkan dengan Sultan Ibrahim sehingga Sultan Johor berada di bawah pengaruhnya. Bendahara Tun Habib Abdul Majid yang dipinggirkan telah mengetuai pemberontakan untuk merampas semula kedudukan sebenar Bendahara sebagai pembesar utama raja. Tun Abdul Jamil berserta keluarganya terpaksa melarikan diri ke Terengganu tetapi dipintas oleh orang-orang Bendahara dan beliau telah dibunuh bersama putera-puteranya. Selepas kematian Laksamana Paduka Raja Tun Abdul Jamil, Bendahara Seri Maharaja Tun Habib Abdul Majid mendapat semula kedudukan asalnya sebagai ketua para pembesar dan pemangku kepada Sultan Mahmud Shah II yang masih kecil.