Soekarno
Pemimpin peperangan
Penandatanganan perjanjian Renville yang sangat merugikan menyebabkan ketidakstabilan yang lebih besar dalam struktur politik Republikan. Di Jawa Barat yang diduduki Belanda, gerila Darul Islam di bawah Sekarmadji Maridjan Kartosuwirjo mengekalkan perlawanan anti-Belanda dan memansuhkan kesetiaannya kepada Republik; mereka menyebabkan pemberontakan berdarah di Jawa Barat dan kawasan lain dalam dekad pertama kemerdekaan. Perdana Menteri Sjarifuddin, yang menandatangani perjanjian itu, terpaksa meletak jawatan pada Januari 1948, dan digantikan oleh Mohammad Hatta. Dasar kabinet Hatta untuk merasionalisasi angkatan bersenjata dengan menghancurkan sejumlah besar kelompok bersenjata yang meluas di kawasan-kawasan Republikan, juga menyebabkan rasa tidak puas hati. Unsur-unsur politik kiri yang diketuai oleh Partai Komunis Indonesia (PKI) yang semakin membesar di bawah Musso memanfaatkan kelemahan masyarakat dengan melancarkan pemberontakan di Madiun, Jawa Timur, pada 18 September 1948. Pertarungan berdarah terus pada akhir bulan September hingga akhir Oktober 1948, ketika terakhir band komunis dikalahkan dan Musso ditembak mati. Para komunis telah meninggikan potensi mereka untuk menentang daya tarikan Sukarno yang kuat di kalangan penduduk. kanan|thumb|Sukarno dan Menteri Luar Negeri [[Agus Salim dalam tahanan Belanda, Parapat 1949.]] Pada 19 Disember 1948, untuk mengambil kesempatan daripada kedudukan lemah Republik berikutan pemberontakan komunis, Belanda melancarkan Operasi Kraai, sebuah serangan ketenteraan yang kedua yang direka untuk menghancurkan Republik sekali dan untuk semua. Pencerobohan ini dimulakan dengan serangan udara di ibukota Republik Yogyakarta. Sukarno mengarahkan angkatan bersenjata di bawah Sudirman untuk melancarkan kempen gerila di kawasan desa, sementara beliau dan para pemimpin utama seperti Hatta dan Sjahrir membenarkan diri mereka ditawan oleh Belanda. Untuk memastikan kesinambungan pemerintahan, Sukarno menghantar telegram ke Sjafruddin Prawiranegara, memberikan kepadanya mandat untuk memimpin Pemerintah Darurat Republik Indonesia (PDRI), berdasarkan kawasan pedalaman Sumatera Barat yang tidak berpenghuni, kedudukannya hingga Sukarno dibebaskan pada Jun 1949. Belanda menghantar Sukarno dan pemimpin-pemimpin Republikan yang lain ditangkap di Prapat, di wilayah yang diduduki Belanda di Sumatera Utara dan kemudian ke pulau Bangka. thumb|Kepulangan Sukarno ke Yogyakarta pada Jun 1949 Pencerobohan Belanda yang kedua menyebabkan kemarahan antarabangsa yang lebih besar. Amerika Syarikat, terkesan dengan keupayaan Indonesia untuk mengalahkan cabaran komunis 1948 tanpa pertolongan luar, mengancam untuk memotong dana Marshall Aid ke Belanda jika operasi ketenteraan di Indonesia berterusan. TNI tidak hancur dan terus melawan gerila terhadap Belanda, terutamanya serangan terhadap Yogyakarta yang dipimpin Belanda yang dipimpin oleh Leftenan Kolonel Suharto pada 1 Mac 1949. Oleh itu, Belanda terpaksa menandatangani Perjanjian Roem-van Roijen pada 7 Mei 1949. Menurut perjanjian ini, Belanda melepaskan kepemimpinan Republik dan mengembalikan kawasan sekitar Yogyakarta ke kendali Republik pada bulan Jun 1949. Ini diikuti oleh Persidangan Meja Bulat Belanda-Indonesia yang diadakan di The Hague yang membawa kepada perpindahan kedaulatan lengkap oleh Ratu Juliana dari Belanda ke Indonesia, pada 27 Disember 1949. Pada hari itu, Sukarno terbang dari Yogyakarta ke Jakarta, membuat percakapan yang menang di tangga istana gabenor, segera menamakan Istana Merdeka.