Soekarno
Dasar asing
Pertempuran tentera laut meletus pada Januari 1962 apabila empat kapal peluru berpandu Indonesia dipintas oleh kapal-kapal Belanda dan pesawat-pesawat dari pantai Vlakke Hoek. Satu kapal Indonesia tenggelam, membunuh Timbalan Ketua Staf Angkatan Laut, Commodore Jos Sudarso. Sementara itu, Pentadbiran Kennedy bimbang tentang perpindahan Indonesia yang berterusan ke arah komunisme sekiranya Belanda terus berpindah ke Irian Barat/Papua Barat. Pada Februari 1962, Peguam Negara AS Robert F. Kennedy mengembara ke Belanda dan memberitahu kerajaan bahawa Amerika Syarikat tidak akan menyokong Belanda dalam konflik bersenjata dengan Indonesia. Dengan senjata dan penasihat Soviet, Sukarno merancang pencerobohan besar-besaran dan sempadan laut ke ibu pejabat tentera Belanda Biak untuk bulan Ogos 1962, yang dikenali sebagai Operasi Djajawidjaja. Ia akan diketuai oleh Ketua Jeneral Suharto, Presiden Indonesia yang akan datang. Sebelum rancangan ini dapat direalisasikan, Indonesia dan Belanda menandatangani Perjanjian New York pada bulan Ogos 1962. Kedua negara sepakat untuk melaksanakan Rencana Bunker (dirumuskan oleh diplomat Amerika Ellsworth Bunker), dimana Belanda sepakat untuk menyerahkan Irian Barat / Papua Barat kepada UNTEA pada 1 Oktober 1962. UNTEA memindahkan wilayah tersebut kepada pihak berkuasa Indonesia pada bulan Mei 1963. thumb|Laporan [[Australian Broadcasting Corporation|ABC pada 1966 membincangkan konteks politik Sukarno untuk Konfrontasi]] Selepas mendapat kawalan ke atas Irian Barat/Papua Barat, Sukarno menentang penubuhan Persekutuan Malaysia pada 1963, yang menegaskan bahawa ia adalah plot neo-kolonial oleh British untuk melemahkan Indonesia. Meskipun terdapat pungutan politik Sukarno, yang mendapat sokongan apabila unsur politik kiri di wilayah British Borneo Sarawak dan Brunei menentang rancangan Persekutuan dan menjajarkan diri dengan Sukarno, Malaysia ditubuhkan pada September 1963. Ini diikuti oleh konfrontasi Indonesia-Malaysia (Konfrontasi), yang diumumkan oleh Sukarno dalam ucapannya Dwi Komando Rakjat (DWIKORA) di Jakarta pada 3 Mei 1964. Objektif yang diumumkan Sukarno bukan seperti yang dikatakan, untuk menguburkan Sabah dan Sarawak ke Indonesia, tetapi untuk menubuhkan "Negeri Kalimantan Utara" di bawah kawalan Partai Komunis Kalimantan Utara. Dari tahun 1964 hingga awal 1966, sejumlah tentera Indonesia, orang awam, dan gerila komunis Malaysia telah dihantar ke Borneo Utara dan Semenanjung Tanah Melayu. Pasukan ini berperang dengan askar-askar British dan Komanwel yang dikerahkan untuk melindungi negara Malaysia yang baru lahir. Ejen Indonesia juga meletupkan beberapa bom di Singapura. Secara domestik, Sukarno memupuk sentimen anti-British dan Kedutaan British dibakar. Pada tahun 1964, semua syarikat British yang beroperasi di negara ini, termasuk operasi Indonesia Chartered Bank dan Unilever, dinasionalisasi. Konfrontasi itu datang ke klimaks bulan Ogos 1964, ketika Sukarno memberi arahan pendaratan tentera Indonesia di Pontian dan Labis di tanah besar Malaysia, dan perang yang tidak dapat dielakkan sepertinya tidak dapat dielakkan apabila ketegangan meningkat. Bagaimanapun, keadaan itu menenangkan pada pertengahan bulan September di puncak Krisis Selat Sunda, dan selepas Pertempuran Plaman Mapu pada April 1965, serangan Indonesia ke Sarawak semakin kecil dan lemah.