Павија
Рано модерно
Битката кај Павија (1525) означила пресвртница во судбината на градот, бидејќи дотогаш поранешниот раскол меѓу поддржувачите на папата и оние на светиот римски император се префрлил на раскол помеѓу француска партија (сојузник на папата). и партијата која го поддржувала императорот и крал на Шпанија Чарлс V. Така, за време на Валоа - Хабсбуршките италијански војни, Павија природно била на империјалната (и шпанската) страна. Поразот и заробувањето на кралот Франциско II од Франција за време на битката започнаl период на шпанска окупација. Во истите години, тој студирал на Универзитетот Џироламо Кардано во Павија, додека, веројатно во 1511 година, Леонардо да Винчи студирал анатомија заедно со Маркантонио дела Торе, професор по анатомија на универзитетот. Во 1597 година, по волја на Филип II од Шпанија, еврејската заедница на Павија морала да го напушти градот. За време на француско-шпанската војна, Павија била опколена од 24 јули до 14 септември 1655 година од голема француска, савојарска и естенска војска командувана од Томас Френсис, принцот од Карињано, но опсадниците не можеле да го освојат градот. Шпанскиот период завршил во 1706 година, кога Павија била окупирана, по кратка опсада, од Австријците предводени од Вирих Филип фон Даун за време на војната за шпанското наследство и градот останал австриски до 1796 година, кога бил окупиран од Француската војска под Наполеон. За време на овој австриски период, универзитетот бил многу поддржан од Марија Тереза од Австрија итаа го надгледувала културно богатиот период поради присуството на водечки научници и хуманисти како Уго Фосколо, Алесандро Волта, Лазаро Спаланзани и Камило Голџи, меѓу другите. Во 1796 година, откако Јакобинците го срушиле Режисоле (бронзен класичен коњанички споменик), жителите на Павија се побуниле против Французите и бунтот бил задушен од Наполеон во бесната градска борба. Во 1814 година, повторно потпаднал под австриска управа. Во 1818 година работите на Навиљо Павезе биле завршени: каналот, замислен како воден пат помеѓу Милано, Павија и Тичино и како канал за наводнување, придонел за развојот на градот, толку многу што неколку години по неговата изградба, во 1821 година, Борго Калвенцано бил изграден зад замокот Висконти, долга серија аркадни згради каде што имало магацини, таверни, бродски и царински канцеларии, хотели, штали, сето тоа било како поддршка на внатрешната пловидба. Во 1820 година, првите парабродови почнале да работат на пристаништето во Павија, а помеѓу 1854 и 1859 година, Австриски Лојд организирал редовна навигациска линија, повторно користејќи парабродови, помеѓу Павија, Венеција и Трст. Со Втората војна за италијанска независност (1859) и обединувањето на Италија една година подоцна, Павија, заедно со остатокот од Ломбардија, преминал во Кралството Италија. Во 1894 година, таткото на Алберт Ајнштајн се преселил во Павија за да започне бизнис со снабдување со електрични материјали, Ајнштајн. Семејството на Ајнштајн живеело во градот во истата зграда ( Палацо Корнацани ) каде што живееле Уго Фосколо и Ада Негри. Младиот Алберт дошол кај семејството неколку пати помеѓу 1895 и 1896 година. За време на престојот во Италија напишал краток есеј со наслов „За истражувањето на состојбата на етерот во магнетно поле“.