Muslim_Mappila
Periode Eropa
Tidak lama kemudian, ketegangan muncul antara pedagang Mappila yang kaya di Cannanore dan negara Portugis. Kapal-kapal Cannanore Mappilas berulang kali menjadi mangsa para pelaut Portugis di lepas pantai Maladewa, titik penting antara Asia Tenggara dan Laut Merah. Kepentingan "casado moradores" Portugis di Cochin, sekarang berencana untuk menangkap perdagangan rempah-rempah melalui Teluk Mannar dan ke Sri Lanka, datang ke dalam konflik dengan Mappilas dan (Tamil) Maraikkayars. Jurang sempit memegang kunci perdagangan ke Bengal (terutama Chittagong). Pada tahun 1520-an, konfrontasi terbuka antara Portugis dan Mappilas, dari Ramanathapuram, dan Thoothukudi hingga Kerala utara, dan ke Sri Lanka barat, menjadi kejadian biasa. Para pedagang Mappila secara aktif bekerja bahkan di pulau Sri Lanka untuk menentang Portugis. Portugis mempertahankan skuadron patroli dari pelabuhan Kerala dan melanjutkan serangan mereka pada armada Muslim yang berangkat di Calicut dan Quilon. Setelah serangkaian pertempuran laut, kepala Mappila yang dulu kuat akhirnya terpaksa menuntut perdamaian dengan Portugis pada tahun 1540. Perdamaian segera pecah, dengan pembunuhan qazi Cannanore Abu Bakr Ali (1545), dan Portugis kembali menyerang Mappilas dengan keras. Sementara itu, Portugis juga menjalin persahabatan dengan beberapa saudagar terkemuka Timur Tengah yang tinggal di Pantai Malabar (1550). Mantel perlawanan Muslim sekarang diambil oleh Ali Rajas dari Cannanore, yang bahkan memaksa raja Calicut untuk berbalik melawan Portugis sekali lagi. By the Pada akhir abad ke-16, Ali Raja telah muncul sebagai tokoh dengan pengaruh yang sama besarnya di Kerala seperti dirinya sendiri Kolathiri (Chirakkal Raja). Sebelum abad ke-16, Muslim Timur Tengah mendominasi urusan ekonomi, sosial dan agama Muslim Kerala. Banyak dari pedagang ini melarikan diri dari Kerala pada abad ke-16. Kekosongan tersebut menciptakan peluang ekonomi bagi beberapa pedagang Mappila, yang juga mengambil peran lebih besar dalam kehidupan sosial dan keagamaan. Portugis mencoba memonopoli perdagangan rempah-rempah di India, menggunakan angkatan laut yang kejam. Setiap kali perang resmi pecah antara Portugis dan penguasa Kalikut, Portugis menyerang dan menjarah, jika ada kesempatan, pelabuhan-pelabuhan Muslim di Kerala. Kapal-kapal kecil, bersenjata ringan, dan sangat mobile dari Mappilas tetap menjadi ancaman utama bagi pelayaran Portugis di sepanjang pantai barat India. Pedagang Mappila, sekarang mengendalikan perdagangan lada di Kalikut menggantikan Muslim Asia Barat, menggambar corsair Mappila dan menggunakannya untuk mengangkut rempah-rempah melewati blokade Portugis. Beberapa pedagang Mappila bahkan mencoba mengecoh Portugis dengan mengarahkan kembali perdagangan mereka ke pelabuhan-pelabuhan India Barat. Beberapa memilih rute darat, melintasi Ghats Barat, untuk ekspor rempah-rempah. Pada akhir abad ke-16, Portugis akhirnya mampu menghadapi "tantangan Mappila". Kunjali Marakkar dikalahkan dan dibunuh, dengan bantuan penguasa Calicut, di c. 1600 M. Ali Rajas dari Cannanore diberi izin untuk mengirim kapal bahkan ke Laut Merah, sebagai cara untuk memastikan keamanan. Pertempuran tanpa henti menyebabkan penurunan komunitas Muslim di Kerala, karena mereka secara bertahap kehilangan kendali atas perdagangan rempah-rempah. Kaum Muslim – yang selama ini hanya bergantung pada perdagangan – mengalami kebingungan ekonomi yang parah. Beberapa pedagang beralih ke pedalaman (Malabar Selatan) untuk mencari pekerjaan alternatif selain berdagang. Kaum Muslim Kerala berangsur-angsur menjadi masyarakat pedagang kecil, buruh tak bertanah, dan nelayan miskin. Populasi Muslim yang dulu makmur, dan perkotaan, menjadi sebagian besar pedesaan di Kerala.