cyanic-selkie/wikianc huggingface dataset:
דוד בן-גוריון
בזמן מלחמת העולם השנייה 1939–1945
ב־22 ביוני 1941 יצא שוב ללונדון, במסע שארך חודש ימים דרך ארצות אפריקה, לפגישת היכרות עם שר המושבות החדש, האנטי־ציוני, הלורד מוין, שהציע להקים מדינה יהודית בפרוסיה המזרחית במקום בארץ ישראל. בנובמבר הפליג בן־גוריון לניו יורק. לדעת הביוגרף שלו, מיכאל בר־זוהר, זהו המועד שבו נפתח "העידן הבן־גוריוני" בתולדות הציונות. הפעם שהה בארצות הברית יותר מעשרה חודשים. עם התפתחות תמונת המלחמה, ובמקביל למדיניותה השלילית של בריטניה כלפי הציונות, התחזקה אצלו האוריינטציה לארצות הברית. בינואר ופברואר 1942 הוא הצליח להשיג את תמיכתם של הארגונים הציוניים הגדולים באמריקה. במאי 1942 כונסה בניו יורק ועידת בילטמור של ציוני אמריקה, שבשל מלחמת העולם, הפכה למעין קונגרס ציוני. בן־גוריון היה הנואם המרכזי והציג בוועידה תוכנית מדינית. למחרת הוגשה הצעת החלטה שנוסחה על פי תוכניתו ואושרה על ידיו, ונתקבלה פה אחד על ידי צירי הוועידה. תוכנית בילטמור פתחה את המאבק להקמת המדינה היהודית, על אף ההתנגדות הרבה בתנועה הציונית ואף במפלגתו של בן־גוריון, בשל המשמעויות הטריטוריאליות שלה. לאחר ועידת בילטמור חל קרע בינו לבין חיים ויצמן, נשיא ההסתדרות הציונית. לקראת פגישתו של ויצמן עם נשיא ארצות הברית, פרנקלין רוזוולט, חיבר בן־גוריון לבקשת אחד ממקורבי הנשיא תזכיר לגבי יכולת הקליטה של ארץ ישראל לאחר המלחמה וזו הועברה לנשיא. ב־19 בספטמבר 1942 עזב את ארצות הברית בטיסה, ודרך דרום אמריקה, סודאן ומצרים, הגיע ב־2 באוקטובר לארץ ישראל לאחר 14 חודשי היעדרות. כעבור מספר ימים אמצה ההנהלה הציונית את החלטות בילטמור, וב־10 בנובמבר אישר גם הוועד הפועל הציוני את התוכנית, ובכך היא הפכה למדיניותה המוצהרת של התנועה הציונית. בתקופה זו קיבל בן־גוריון את הכינוי "הזקן".
באוגוסט 1944 נפטר ברל כצנלסון. בן־גוריון נסע לירושלים והתעלף כשראה את פניו של חברו המת. בצאתו מהחדר, אמר לבנו עמוס: "הוא היה הידיד האמיתי היחיד שהיה לי". למחרת ליווה את ארונו לתל אביב ולבית הקברות כנרת. בהספדו כינה אותו "מורה הדור". לידידתו, מרים כהן, כתב בן־גוריון: "דבר מכל מה שאירע לי אישית לא השפיע עלי השפעה כה עמוקה", והוסיף: "אני מרגיש כאילו חצי ממני מת". תמונתו של כצנלסון הייתה התמונה היחידה על שולחן עבודתו של בן־גוריון עד יום מותו.
בסתיו 1944 ניסה בן־גוריון להגיע לרומניה, לקהילה היהודית הגדולה ביותר שנותרה באירופה, אולם הבריטים והסובייטים טרפדו ביקור זה. במקום רומניה נסע לבקר בבולגריה, ששוחררה ונשלטה על ידי הקומוניסטים, וזכה לקבלת פנים נלהבת מהיהודים.
לאחר רצח הלורד מוין, קבלה הנהלת הסוכנות ב־7 בנובמבר 1944 החלטה בהשראת בן־גוריון, נגד חברי האצ"ל: "היישוב נתבע להקיא מתוכו את כל אנשי הכנופיה המהרסת והמחריבה הזאת. לשלול מהם כל מחסה ומקלט...ולהושיט את כל העזרה הדרושה לשלטונות למניעת מעשי־הטרור". ב־20 בנובמבר הציג בן־גוריון בוועידת ההסתדרות ארבע הנחיות לפעולה נגד "הפורשים": יש להרחיק את תומכיהם ממקומות העבודה; אין לתת להם מקלט; אין להיכנע לאיומיהם שפעולה נגדם תביא למלחמת אחים, מאחר שהם עצמם "כבר הכניסו מלחמת־אזרחים בישוב"; יש לשתף פעולה עם השלטונות בביעור הטרור. בן־גוריון הצליח לגייס את תמיכת הרוב בוועידה. הוא היה זקוק להחלטה מחייבת של ההסתדרות, כדי שיוכל להשתמש בפלמ"ח (שהשתייך לסיעה ב' שהתפלגה ממפא"י) לביצוע ה"סזון". הציבור הרחב התנגד אמנם למעשי הטרור, אולם לא נענה לקריאתו הפומבית של בן־גוריון לא להעניק לחברי אצ"ל ולח"י מקלט ולמסור אותם לשלטונות.
במרץ 1945 נסע בן־גוריון ללונדון כשבאמתחתו תוכנית שתאמה לתוכנית בילטמור, אלא שבשל השואה, דרישתו הצטמצמה לעלייה מיידית של מיליון יהודים בלבד, ובהם כלולים הפעם גם יהודי ארצות המזרח. בלונדון נפגע בתאונת דרכים, יצא בזעזוע מוח ונאלץ לנוח במלון מספר שבועות. מחלונו צפה בחגיגות סיום המלחמה באירופה. במאי הציג את תוכניתו בפני שר המושבות, אוליבר סטנלי. ביוני נסע לארצות הברית. המטרה העיקרית של נסיעתו הייתה להשיג כסף לקניית נשק ומכונות לתעשייה צבאית. ב־1 ביולי כינס ישיבה בביתו של רודולף סונבורן בניו יורק, בה השתתפו 17 יהודים עשירים מרחבי ארצות הברית שהתבקשו להקים קרן מיוחדת שתרכוש ציוד מעודפי הצבא האמריקני לצורך הקמת תעשייה צבאית בארץ ישראל. שם הקוד של הקרן היה "מכון סונבורן", ולימים מנה בן־גוריון את הקמתו בין שלושת המעשים הגדולים בחייו, לצד עלייתו לארץ ישראל והקמת מדינת ישראל. בסוף יולי חזר לאנגליה על סיפונה של אניית הפאר "קווין אליזבת". ב־29 בספטמבר 1945 טס בן־גוריון לפריז, משם שלח ב־1 באוקטובר מברק מוצפן למשה סנה, עליו חתם בשמו המחתרתי "אבי־עמוס", ופקד בו על ה"הגנה" לפתוח בהתקוממות אלימה נגד הבריטים. בביקוריו בפריז במאי ובאוקטובר, השקיע מאמץ רב בהקמת מרכז מבצעי ל"הגנה" בעיר. ב־30 באוקטובר חנך את תחנת השידור החשאית של ה"הגנה" בצרפת.
לאחר מלחמת העולם השנייה 1945–1947
באוקטובר 1945 ערך בן־גוריון את הביקור הראשון של מנהיג יהודי במחנות העקורים בגרמניה. למחנה הראשון, זלצהיים, הגיע במכוניתו של הרב הראשי של הצבא האמריקני והתקבל בו בהתלהבות רבה. כשהחל את נאומו ביידיש בפני הניצולים, נחנק קולו ודמעות עלו בעיניו. קבלת הפנים הנלהבת חזרה על עצמה גם במחנות האחרים בהם ביקר. בין היתר ביקר גם בדכאו וברגן־בלזן, שאחד מיושביו היה בן־דודו מלודז'. בנובמבר נפגש עם שר החוץ הצרפתי, ז'ורז' בידו, שאמר לו כי ממשלת צרפת "מתייחסת באהדה לציונות". ב־21 בנובמבר שב לארץ ישראל. בתקופה זו נאלץ בן־גוריון לשהות זמן ניכר מחוץ לארץ ישראל. בשנים 1945–1946 נעדר ממנה ברוב ימות השנה.
גם לאחר מלחמת העולם השנייה, המשיך השלטון הבריטי להתנגד להתיישבות היהודית ולעלייה לארץ ישראל והתעלם ממצוקת היהודים באירופה ומהשואה. הנהגת היישוב החריפה לאחר המלחמה את מאבקה בבריטים ובסוף אוקטובר 1945 הוקמה תנועת המרי העברי, שאגדה את שלוש המחתרות. במקביל נמשכה הפעילות המדינית להקמת מדינה יהודית. ב־13 בנובמבר 1945 השמיע שר החוץ של בריטניה, ארנסט בווין, הודעה בבית הנבחרים על הקמת ועדת חקירה אנגלית־אמריקנית, שתקבע אם ניתן לאפשר הגירת יהודים עקורים לארץ ישראל. ב־28 בנובמבר נשא בן־גוריון בפני אספת הנבחרים נאום "תשובה לבווין", בו אמר: "עוד ששת המיליונים של מתינו באירופה מוטלים לפנינו, וכבר ניגר דמנו מחדש כאן על אדמת־המולדת...הנשפך בידי עושי דברו של בווין וחבריו". את נאומו סיים באזהרה לממשלת בריטניה: "גם לנו היהודים, כמו לאנגלים ולאחרים, יש זכות לחיות כיחידים וכעם, אולם גם לנו כמו לאנגלים יש משהו, שהוא יקר לנו גם מהחיים... אנו מוכנים ליהרג ולא נוותר על שלושה דברים: על חירות העלייה היהודית, על זכותנו לבנות שממות מולדתנו, על עצמאותו המדינית של עמנו בארצו". בינואר 1946, כשנודע שהוועדה האנגלו־אמריקאית תסייר במחנות העקורים בגרמניה, נסע לשם בן־גוריון שוב, כדי לוודא שהעקורים יתודרכו כראוי על ידי הנהגתם. בביקורי הוועדה במחנות התברר לה שרובם המוחלט של העקורים אכן מבקשים לעלות לארץ ישראל וכתוצאה מכך באחד הסעיפים במסקנותיה היא תבעה 100 אלף סרטיפיקטים (אשרות עלייה) מיד. ב־11 במרץ מסר בן־גוריון את עדותו לוועדה בירושלים. בין היתר אמר: "גם לנו יש דברים, היקרים לנו מחיינו. בארץ זו ובארצות אחרות יש מאות אלפי יהודים אשר ימסרו נפשם...למען המדינה היהודית". מתוך חשש שהשלטונות הבריטיים מתכוונים לפרק את הסוכנות היהודית, ומשום שהודאה בקשר בינה לבין "ההגנה" הייתה עלולה לשמש עילה לחיסולה, טען בן־גוריון לפני הוועדה כי אינו מכיר ארגון בשם זה. ב־1 במאי פורסם דו"ח ממצאי הוועדה, שדחה את התביעה להקמת מדינה יהודית והמליץ על משטר נאמנות, אולם המליץ גם על ביטול חוק הקרקעות ועל מתן מידי של 100 אלף היתרי עלייה לפליטים היהודים. אלא שבווין ואטלי נסוגו מהבטחתם לבצע את מסקנות הוועדה ובן־גוריון הורה מפריז על חידוש פעולותיה של תנועת המרי העברי. במהלך "השבת השחורה" (29 ביוני 1946) נעצרו חברי ההנהלה הציונית שהיו בארץ. בן־גוריון חמק ממעצר, מכיוון שבאותו הזמן שהה בפריז. במלונו בפריז פגש את הו צ'י מין, שהציע לו להקים ממשלה גולה בצפון וייטנאם, אולם בן־גוריון העדיף ממשלה שתקבל הכרה בינלאומית. ב־22 ביולי 1946 אירע פיצוץ מלון המלך דוד. בן־גוריון גינה בחריפות את הפעולה ואת האצ"ל, אולם דוברים בשני בתי הפרלמנט בלונדון גינו בעקבות הפעולה את בן־גוריון עצמו. בעקבות הפעולה, פורקה תנועת המרי העברי והאצ"ל והלח"י חזרו לפעול באופן עצמאי.
ב־2 באוגוסט 1946 נפתחה ישיבת ההנהלה הציונית בפריז במקום בלונדון, משום שמאז "השבת השחורה" עמדה נגד בן־גוריון וסנה פקודת מעצר בכל רחבי האימפריה הבריטית. בן־גוריון לא היה מוכן לקבל שום פתרון אחר חוץ ממדינה, ולכן דחה בתוקף כל הצעה להידברות עם ממשלת בריטניה על תוכנית מוריסון גריידי. לעומת זאת, הודיע שהוא מקבל את עקרון החלוקה, ובכך נסוג מההגדרה הטריטוריאלית שבתוכנית בילטמור, משום שהניח שלתוכנית חלוקה יש סיכוי להשיג את תמיכתו הפומבית של הנשיא טרומן. ההנהלה קיבלה גם היא את עקרון החלוקה, אך בן־גוריון נמנע בהצבעה על הסעיף הזה, כדי להבטיח לעצמו את תמיכתם של האקטיביסטים בארץ ישראל ובארצות הברית. באותה ישיבה, דרש בן־גוריון וגם קיבל הקצאת שלושה מיליון דולר לרכישת נשק כבד. לקראת הקונגרס הציוני בבזל, נחלקה ההנהלה הציונית בין תומכי הקו המתון של ויצמן – הפסקת הפעולות האלימות נגד הבריטים, ובין האקטיביסטים שדגלו בהמשך הפעולות, בהנהגת בן־גוריון. הצדדים הסכימו להימנע מחידוש הפעולות עד הקונגרס. באוקטובר 1946 נסע בן־גוריון למחנות העקורים בגרמניה בפעם השלישית. נאום הפתיחה שלו בקונגרס (דצמבר 1946) הוקדש לגינוי תוכנית מוריסון גריידי והוא התייחס בו גם למאבק המזוין: "תנועתנו מוכרחה לקבוע רק עקרון אחד – התנגדות!". לאחר הקונגרס, הכריז בן־גוריון בישיבת הוועד הפועל הציוני כי הוא מקבל לידיו את תיק הביטחון בהנהלת הסוכנות היהודית. הוא החל במאמצים נמרצים לרכישת נשק ובהכנות לוגיסטיות כדי להפוך את ארגון ההגנה לצבא שיוכל לעמוד לא רק נגד הכוחות הבלתי סדירים של ערביי ארץ ישראל, אלא גם נגד מתקפת הצבאות של מדינות ערב. הוא הסביר לפעילי ההגנה שרצו לחדש את המאבק האלים, כי יש להימנע מפעולות שתספקנה לבריטים עילה להרוס את כוח המגן של היישוב העברי, לפני העימות עם צבאות ערב. בסוף ינואר 1947 נסע בן־גוריון דרך קהיר ללונדון, שם השתתף עם משלחת גדולה בוועידה אנגלית־ערבית־יהודית (בה סירבו הערבים להיפגש עם הציונים), במהלכה נפגש עם שר החוץ בווין בפעם הראשונה מאז עליית מפלגת הלייבור לשלטון. עד אז סירב בווין לפגוש אותו ותיאר אותו כקיצוני קנאי. השיחות בין חברי ההנהלה הציונית והפקידות הבכירה של משרד החוץ הבריטי הסתיימו ללא תוצאות ובתחילת פברואר הודיעה ממשלת בריטניה על העברת בעיית ארץ ישראל לטיפול האו"ם.
ב־26 במרץ 1947 פתח בן גוריון בתהליך למידה שכונה לאחר מכן "הסמינר של בן גוריון". במשך מספר חודשים התמסר ללימוד הבעיות הצבאיות העומדות בפני היישוב היהודי. הוא הזמין אליו את אנשי המנגנון של ה"הגנה" מכל הדרגים ושאב מהם מידע פרטני בנוגע לתחומים עליהם הם אחראים. הוא גם קרא את ספריהם של גדולי התאורטיקנים של תורת המלחמה וספרי הדרכה צבאיים. במהלך החודשים הללו התברר לו כי יש הכרח לערוך ב"הגנה" ארגון מחדש – להתאים את הארגון למשימתו החדשה: עמידה בפני התקפה של הצבאות הערביים הסדירים. בהתאם לכך קבע את מטרתו: הקמת צבא עברי סדיר. במהלך חודש אפריל, הגיע למסקנה כי ה"הגנה" אינה מסוגלת להפוך לצבא סדיר בכוחות עצמה. בסוף מאי סיכם את השלב הראשון ל"סמינר" במסקנה שיש להחליף את השלד הפיקודי שלה, והחליט לפנות אל הקצינים יוצאי הבריגדה והצבא הבריטי. את ה"סמינר" סיים ב־7 בנובמבר, היום שבו פורסמה פקודת "המבנה הארצי" של ה"הגנה", שהניחה את היסוד להקמת צה"ל.
החלטת החלוקה ומלחמת העצמאות 1947–1948
ב־4 ביולי 1947 הופיע בן־גוריון בפני ועדת אונסקו"פ ששוגרה לארץ ישראל על ידי האו"ם, וטען בפני חבריה שכדי להבטיח שלא תתרחש שואה נוספת, "ישנה אך ערובת־ביטחון אחת: מולדת ומדינה". בסוף אוגוסט פרסמה הוועדה את מסקנותיה: רוב חבריה תמכו בחלוקת ארץ ישראל ובהקמת מדינה יהודית. חרף ההתנגדות בתנועה הציונית לחלוקת הארץ מצד גורמים רבים בסיעות השמאל, הימין והדתיים, העביר בן־גוריון בישיבת הוועד הפועל הציוני בציריך החלטה בזכות תוכנית החלוקה. בכ"ט בנובמבר 1947 התקבלה בעצרת הכללית של האומות המאוחדות ההחלטה על חלוקת ארץ ישראל לשתי מדינות – יהודית וערבית.
לאחר החלטת האו"ם החל בן־גוריון לשלוח שליחים לרכוש נשק באירופה לקראת המלחמה שעמדה לפרוץ. עם פרוץ הקרבות, סבר בן־גוריון שמוטב שיהיה קרוב למטה ה"הגנה" ב"בית האדום", וב־9 בדצמבר עזב את ירושלים ועבר לגור בביתו בתל אביב, ואת משרדו קבע במטה. ה"הגנה" הפקידה עליו משמר של אנשי פלמ"ח. בראשם עמד נחמיה ארגוב, שמונה כעבור מספר חודשים לשלישו. בדצמבר דרש בן־גוריון מהמטה הכללי של ה"הגנה" לשנות את האסטרטגיה ולעבור ל"התגוננות תוקפנית".
ב־19 במרץ 1948, הציע ראש משלחת ארצות הברית באו"ם הקמת "משטר נאמנות זמני" בחסות האו"ם ודרש להפסיק את פעולות הוועדה שמינה האו"ם לענייני ארץ ישראל. משמעות ההצעה הייתה ביטול החלטת החלוקה וביטול הקמתה של המדינה היהודית. בן־גוריון פרסם הודעה חריפה לעיתונות, בה כינה את שינוי עמדת ארצות הברית "כניעה בפני הטרור של הכנופיות הערביות" והצהיר: "לא נקבל על עצמנו עוד שום שלטון זר". ב־30 במרץ, יום לפני המועד שקבע האו"ם להקמת הממשלות הזמניות של שתי המדינות בארץ ישראל, הודיע בן־גוריון על הקמת "מנהלת העם" – ממשלה בת 13 חברים, הנשענת על "מועצת העם".
ב־18 באפריל הודיע בן־גוריון בישיבה הראשונה של מנהלת העם, כי הועברה אליה הסמכות הבלעדית לגבי עניינים שונים ובראשם נושא הביטחון. הדבר העניק לו את הבסיס החוקתי לביצוע שינוי מקיף בפיקוד ה"הגנה", ובאותה הזדמנות הודיע על ביטול תפקיד ראש המפקדה הארצית (רמ"א), שעמד בין שר הביטחון והמטה הכללי. ב־26 באפריל נתכנסה מנהלת העם ולבן־גוריון הוצע תפקיד ראש הממשלה ושר הביטחון. ב־3 במאי הודיע רשמית על ביטול משרת הרמ"א לנושא בתפקיד, ישראל גלילי, ולמטה הכללי. ב־6 במאי הציבו ראשי ה"הגנה" אולטימטום לבן־גוריון, במה שכונה "מרד האלופים": עליו להחזיר את גלילי לתפקידו, אחרת יחדל המטה הכללי לפעול. בן־גוריון סירב להחזירו לתפקיד הרמ"א, אולם הבטיח להחזירו למטה, ללא הגדרת סמכויות.
ב־12 במאי 1948 התכנסה מנהלת העם כדי להחליט באופן סופי האם להכריז על הקמתה של מדינה יהודית בתום המנדט הבריטי ב־14 במאי. בישיבה נידונה ההצעה האמריקנית לשביתת נשק, שפירושה דחיית ההכרזה על הקמת המדינה. בן־גוריון התנגד להצעה. הוא הסביר כי שביתת נשק בין היהודים והערבים בארץ ישראל אינה כוללת בתוכה גם את מדינות ערב, ואלו ישיגו בינתיים נשק ויתחמשו ויתחזקו, בזמן שידי היהודים תהיינה כבולות. בהצבעה התקבל רוב כנגד שביתת הנשק ובעד הכרזה מיידית על הקמת המדינה. באותו הדיון התנגד בן־גוריון לכלול בהכרזת העצמאות את גבולות המדינה ודעתו נתקבלה בהצבעה.
בדיון שנערך במטה הכללי בבוקר 14 במאי התווה בן־גוריון את האסטרטגיה החדשה שלו במלחמה, לנוכח הופעת הצבאות הסדירים של המדינות השכנות העוינות: במקום הגנה על כל יישוב יהודי מפני הכנופיות הפלסטיניות, הוצאת כוחות ונשק מיישובים רבים וצירופם לכוחות צבא סדירים וניידים, שיוכלו להתמודד עם כוחותיהם של הצבאות הפולשים.
"חמש ההחלטות"
החוקר יוסי גולדשטיין מונה חמש החלטות שהחליט בן-גוריון ב-1948 ובהן עיצב למעשה את פניה של מדינת ישראל. כולן הוחלטו תוך סיכון ובניגוד לדעתם של רבים מעמיתיו:
הקמת מדינת ישראל ומלחמת העצמאות 1948–1949
ב־14 במאי 1948 (ה' באייר תש"ח) קרא דוד בן־גוריון את "מגילת העצמאות", שאותה עיצב בנוסחה הסופי, בטקס ההכרזה על הקמת מדינת ישראל שנערך בתל אביב, והיה ראשון החותמים עליה.
למחרת, יזם יחד עם פנחס רוזן את החלטת מועצת המדינה הזמנית לבחור בחיים ויצמן לנשיאה. בן־גוריון התמנה לראש הממשלה ולשר הביטחון בממשלה הזמנית של המדינה החדשה. הוא קיבל את כתבי ההאמנה מהנציגים הדיפלומטיים הראשונים ששוגרו לישראל (וביניהם הצירים של ארצות הברית וברית המועצות), מכיוון שהנשיא ויצמן הגיע לישראל רק כמה חודשים לאחר הקמת המדינה.
לאחר הקמת מדינת ישראל פלשו חמישה צבאות ערב לישראל, ב־24 במאי ניסח בן־גוריון בפני המטה הכללי את מטרותיו האסטרטגיות: להכות בצבאות ערב בזה אחר זה, ולא במקביל: קודם חזית ירושלים, ובזמן זה על החזיתות האחרות להחזיק מעמד. לאחר מכן החזית הסורית ובסוף הנגב. הוא ייחס לירושלים משמעות מדינית עליונה. לדעתו, האויב המסוכן ביותר היה הלגיון הערבי, בחזית המזרחית, ומשום כך יש לרכז נגדו את מרב הכוחות. אולם אנשי המטה הכללי התנגדו לריכוז המאמץ במרחב סביב כביש תל אביב–ירושלים. ב־22 במאי דרש בן־גוריון התקפה מידית על הדרך לירושלים, שפירושה היה התקפה על מצודת לטרון, שחלשה על הדרך. שוב ושוב הוא דרש לכבוש את המצודה, אולם כל הניסיונות נסתיימו בכישלון ובמספר גבוה של הרוגים. לטענת יגאל ידין, ההחלטה לכבוש את לטרון בתנאים שהיו קיימים אז, "היא אחד מכשלונותיו הגדולים של בן־גוריון". עם זאת, הלחץ של צה"ל על לטרון חייב את הלגיון הערבי לדלל כוחות באזור ירושלים הנצורה, שאלמלא כן, ייתכן שהייתה נופלת בידיו.
ב־26 במאי 1948 אשרה הממשלה הזמנית את "פקודת צבא הגנה לישראל" וכעבור חמישה ימים פרסם בן־גוריון (כשר הביטחון) "פקודת יום להקמת צבא הגנה לישראל". הרמטכ"ל יעקב דורי היה חולה בתקופה זו ובן־גוריון התערב בעניינים רבים בצבא, קטנים כגדולים. הוא סירב לדרישת מפ"ם לייפות את כוחו של ישראל גלילי לתת הוראות לצבא. במהלך המלחמה, החליט כי יש לבצע ארגון מחדש במבנה הצבא ולחלק את הקרבות לשלוש "חזיתות". ב־20 ביוני 1948 הגיעה ה"אלטלנה" – ספינת הנשק של האצ"ל, לכפר ויתקין. בדיון בממשלה באותו ערב, אמר בן־גוריון כי "לא יהיו שתי מדינות ולא יהיו שני צבאות", וכי על מנחם בגין "להפסיק את פעולותיו הבדלניות. אם הוא לא ייכנע – נפתח באש". בתום הדיון החליטה הממשלה לייפות את כוחו של שר הביטחון (בן־גוריון) "לפעול בעניין בהתאם לחוקי הארץ". ב־21 ביוני דיווח ישראל גלילי לבן־גוריון על סירובו של בגין להישמע לאולטימטום. בן־גוריון כתב לו בתשובה כי "יש להשתמש בכוח בלי היסוסים". בבוקר 22 ביוני הורה לידין: "עליך לעשות כל הצעדים: ריכוז צבא, כוח אש (תותחים, מכונות־יריה)... למען הבא האניה לידי כניעה בלי תנאי. כל הכוחות האלה יופעלו אם תינתן הוראה מאת הממשלה". בישיבה מיוחדת של הממשלה, אמר: "זהו ניסיון לרצוח את המדינה". בשעה 16:00 הורה לידין להפגיז את האניה בחוף תל אביב. בישיבה של מועצת העם שנתכנסה למחרת, השיב למבקריו ואמר, בין היתר: "מבורך הוא התותח שהפציץ את האניה הזאת!".
ב־27 ביוני השביע בן־גוריון אמונים למדינת ישראל את המפקדים הבכירים הראשונים של צה"ל. כאשר הודיע לקציני המטכ"ל על החלטתו למנות לחלק מראשי האגפים את יוצאי הצבא הבריטי, במקום אנשי פלמ"ח וחברי מפ"ם, הוגשו לו ב־1 ביולי ארבעה מכתבי התפטרות (מאת ידין, גלילי, סגן הרמטכ"ל צבי איילון ואליהו כהן), אותם הגדיר כ"מרידה פוליטית". בעקבות זאת, הקימה הממשלה ועדת בדיקה של חמישה שרים, שדו"ח המסקנות שלה צמצם את סמכויותיו של שר הביטחון והקים מחדש את תפקיד הרמ"א, בשם "המנהל הכללי לענייני הצבא". בתגובה לדו"ח, הגיש בן־גוריון לוועדה מכתב התפטרות. ב־7 ביולי החליטה הממשלה לגנוז את מסקנות הוועדה לטובת שובו של בן־גוריון, שקיבל עתה יד חופשית לנהל את ענייני הביטחון. הוא שימש כמצביא העליון וניהל את מלחמת העצמאות עד סופה.
לאחר רצח המתווך פולקה ברנדוט ב־17 בספטמבר 1948, הורה בן־גוריון לאיסר הראל ולראש המשטרה הצבאית לאסור את כל אנשי לח"י בשטח מדינת ישראל. בן־גוריון הטיל על היועץ המשפטי לממשלה להכין הצעת חוק נגד טרור ונגד קיום ארגונים טרוריסטיים. אולם בניגוד לדעת היועץ, העדיף בן־גוריון שלא להעמיד לדין את מרבית חברי אצ"ל ולח"י שנעצרו ומרביתם שוחררו.
עוד ביוני 1948 האשים בן־גוריון את מפלגת מפ"ם בניסיון "להקים כוח פרטי, סיעתי... מין חטיבה צבאית של המפלגה" וטען כי הדבר מהווה "פגיעה קשה במאמץ המלחמה". בן־גוריון נמנע במשך זמן רב מעימות עם הפלמ"ח, אולם לאחר חיסול "הפורשים", התעצמות הצבא הסדיר ככוח בלתי תלוי בפלמ"ח ופרישתו הסופית של ישראל גלילי, מולאו התנאים לפעולה נגד קיומו הנפרד של מטה הפלמ"ח. באוגוסט 1948 הורה בן־גוריון על הקמת הנח"ל – מהלך שמטרתו הייתה להעביר את נושא ההתיישבות מהפלמ"ח למסגרת ממלכתית. ב־14 בספטמבר אמר בפגישה עם 64 מפקדי פלמ"ח (שישים מהם חברי מפ"ם): "אוי ואבוי לנו אם צבאנו, או חלק מצבאנו, לא יהיה כפוף לפקודת מוסדות מוסמכים... צבאנו כפוף לממשלה". ב־29 בספטמבר מסר למטה הכללי על החלטתו לפרק את מטה הפלמ"ח וב־7 באוקטובר מסר הרמטכ"ל יעקב דורי למטה הפלמ"ח איגרת בנושא שנוסחה על פי הוראות בן־גוריון. ראשי מפ"ם ערערו על ההחלטה לפני הוועד הפועל של ההסתדרות, ובדיון שנערך בהסתדרות ב־14 באוקטובר הגדיר בן־גוריון את המעשה של מפ"ם: "הסכנה הכי גדולה שהתעוררה מאז הוקמה המדינה". הערעור של מפ"ם נדחה בהצבעה וב־28 באוקטובר הורה בן־גוריון ליעקב דורי להוציא לפועל את הוראתו לגבי מטה הפלמ"ח.
במהלך מלחמת השחרור התרחשה בריחה המונית של ערבים מהשטחים שכבש צה"ל, ובן־גוריון יישם מדיניות של הריסת הכפרים שננטשו, כדי שתושביהם לא יחזרו אליהם. ליוסף ויץ הציע ליישב אותם מיד ביהודים. בישיבות הממשלה ביוני 1948 כבר קבע בגלוי כי יש למנוע החזרת פליטים ערבים, מאחר שהבין כי ניתן יהיה לקיים מדינה יהודית רק אם יישאר בתחומה מספר קטן ככל האפשר של ערבים. זמן קצר לאחר הקמת המדינה, הקים "ועדת טרנספר", שטיפלה בנושאים הקשורים בבעיית הפליטים הפלסטינים והקרקעות הערביות שנתפנו. עוד בעיצומם של הקרבות, דחף להקמת גרעיני התיישבות חדשים בגליל, בנגב ובפרוזדור ירושלים, כדי למלא את השטחים הנרחבים שנתרוקנו בגושי התיישבות יהודית. מאוחר יותר הורה להדפיס ולהפיץ בצה"ל את שירו של נתן אלתרמן, "על זאת", בו התקומם המשורר נגד מעשי הרג באזרחים ערבים על ידי חיילים ישראלים באזורים הכבושים. ב־26 בספטמבר 1948 הציע לכבוש את הר חברון ואת מרחב ירושלים–רמאללה, עד הירדן וים המלח, מתוך הנחה שרוב ערביי ירושלים, בית לחם וחברון יברחו כפי שעשו בערים אחרות. אולם הצעתו נדחתה על ידי הכרעת הרוב בממשלה. ב־22 באוקטובר, לעומת זאת, סירב לדרישת הפיקוד הבכיר של חזית הדרום וחזית ירושלים לכבוש את הר חברון. ב־4 באפריל 1949 הסביר זאת בכנסת: "נניח כרגע שהיינו יכולים לכבוש את כל [הר] חברון ... ואז מה יהיה? נעשה מדינה אחת, אלא שהמדינה הזאת תרצה להיות דמוקרטית. יהיו בחירות ואנו נהיה במיעוט. ובכן, כשעמדה שאלת שלמות הארץ בלי מדינה יהודית, או מדינה יהודית בלי שלמות הארץ, בחרנו במדינה יהודית בלי שלמות הארץ". אף על פי כן ב־1962 כינה בכנסת את אי־כיבוש חבלי הארץ הללו "בכייה לדורות".
לאחר שהכשילה הממשלה את תוכניתו לתקיפה בחזית המזרחית, פנה בן־גוריון לתכנון התקפה בחזית הדרומית. הנגב היה נצור ובן־גוריון רצה לשחרר אותו מידי המצרים לפני שתחליט העצרת הכללית של האו"ם לנתקו משטח המדינה היהודית (לפי תוכנית ברנדוט). הייתה זו תקופת ההפוגה השנייה ומצרים הפרה את ההסכם בכך שמנעה את מעברן של שיירות אספקה לנגב. תוכניתו של בן־גוריון הייתה להוציא שיירה כזו, כדי שעצירתה על ידי המצרים תספק תואנה למתקפה ישראלית. ב־15 באוקטובר החל "מבצע עשר המכות" וצה"ל כבש את אזור השפלה הדרומית. ב־19 באוקטובר תבעה מועצת הביטחון של האו"ם הפסקת אש וראלף באנץ' דרש מישראל ליישם זאת מיד. בן־גוריון נקט בטקטיקת השהיית התשובות, במטרה להרוויח זמן להשלמת המשימות הצבאיות, ובשני הלילות העוקבים הספיק צה"ל לשחרר את הדרך הראשית לנגב ולכבוש את באר שבע. שיטת ההשהיה נעשתה למרכיב מובנה במלחמותיה הבאות של מדינת ישראל. לאחר כיבוש הגליל המרכזי עד לנהר הליטני, נתחזקה בבן־גוריון השאיפה לכבוש את הארץ כולה, עם זאת, נתחזקו בו החששות מפני אובדן ההישגים שכבר הושגו. על ישראל הופעלו לחצים לסגת מהשטחים שכבשה, אך בן־גוריון סירב לסגת משטחי הנגב שנכבשו ובסוף דצמבר הורה על מבצע חורב לסילוק המצרים מהנגב הישראלי. במהלך המבצע, חצו כוחות צה"ל את הגבול וחדרו לסיני, אולם לאחר שנתקבלה ידיעה על התערבות בריטית, החליט בן־גוריון להסיג את הכוחות אל הגבול הבינלאומי. לקראת השיחות עם מצרים על שביתת נשק בינואר 1949, הסכים להסיר את החסימה מכביש רפיח ולהחזיר את צה"ל אל גבול ישראל. לאחר שנחתם ההסכם עם מצרים בפברואר 1949, הורה בן־גוריון על מבצע עובדה לכיבוש אילת.
כראש הממשלה ושר הביטחון, היה בן־גוריון המצביא העליון של מדינת ישראל במלחמת העצמאות. בשל מצבו הבריאותי של הרמטכ"ל יעקב דורי, פוצל התפקיד למעשה בין בן־גוריון וראש אג"ם יגאל ידין. בן־גוריון שימש מעין רמטכ"ל־על וניהל אישית את המלחמה. רוב הכרעותיו האסטרטגיות נתקבלו על דעת מפקדי הצבא, למעט שאלת העדפת ירושלים או הנגב ושאלת ההתקפות על לטרון. במהלך המלחמה נקט בן־גוריון צעדים מוגבלים שהיו למעשה בסיס לסיפוח ירושלים העברית למדינת ישראל. באוגוסט 1948 מינה את דב יוסף למושל העיר ובסוף אותה שנה הועברו אליה מספר מוסדות ממשלה. מלחמת העצמאות הסתימה בניצחון ובשנת 1949 נחתמו הסכמי שביתת הנשק.
לאחר מלחמת העצמאות 1949–1952
לאחר הבחירות לכנסת הראשונה ב־25 בינואר 1949, המשיך בן־גוריון לכהן בתפקיד ראש הממשלה ושר הביטחון.
בפברואר 1949 הקים בן גוריון את חוליית הנטיעות בפיקודו של נח וולפובסקי, יחידה של לוחמים שעסקה בנטיעות ברחבי הארץ. בן-גוריון ביקש מוולפובסקי לרדת לבאר אורה לבנות את בסיס הגדנ"ע הראשון, שקם בדצמבר 1950, מתוך טיפוחו את הגדנ"ע כמייצג תנועת הנוער הממלכתית ולמטרות ביטחוניות בתפיסת שטחים על ידי הייעור, לצורכי הסוואה, ובהכנת מכשולים טבעיים נגד מתקפת אויב.
בכל תקופת כהונתו הראשונה, עד 1953, ניסה למשוך את מפ"ם אל הממשלה, אולם זו סירבה. במהלך תקופה זו פרסם בן־גוריון סדרת מאמרים בעיתון דבר, בהם התפלמס עם מפ"ם תחת שם העט "ס' ש' יריב" (ראשי תיבות של "סבא של יריב"). הוא עשה שימוש בשם בדוי כדי שלא יואשם בהסתה נגד ברית המועצות. בהקמת ממשלותיו שמר בן־גוריון על העיקרון "בלי חרות ומק"י". למנחם בגין הקפיד שלא לקרוא בשמו, אלא כינה אותו: "חבר הכנסת היושב לימינו של חבר הכנסת בדר".
לקראת ההצבעה בעצרת האו"ם על בינאום ירושלים, הודיע בן־גוריון בכנסת ב־5 בדצמבר 1949, כי "ירושלם היהודית היא חלק אורגני ובלתי־נפרד ממדינת ישראל... ירושלם היא לב־לבה של מדינת ישראל [...] ישראלים ימסרו נפשם על ירושלם לא פחות מאנגלים על לונדון, רוסים על מוסקבה ואמריקנים על וושינגטון". אולם ב־9 בדצמבר נתקבלה באו"ם הצעת ההחלטה 303 על בינאום העיר. בתגובה להחלטה העבירה הממשלה את הבירה לירושלים. החלטת ממשלת ישראל עוררה זעם רב בעולם. כעבור מספר ימים החלה העברת משרדי הממשלה לירושלים, ועוד בדצמבר התכנסה בה מליאת הכנסת והתקיימה בה ישיבת הממשלה.
עוד בעיצומה של המלחמה ראה בן־גוריון כורח ביטחוני בהגדלה מהירה ורבה של מספר היהודים במדינת ישראל. חברים בצמרת מפא"י חששו שעלייה בלתי מבוקרת תביא להרס המדינה, אולם בן־גוריון כפה על המפלגה, על הממשלה ועל הסוכנות את פתיחת שערי הארץ לעלייה המונית. הודות לגל העלייה הגדול, כבר במהלך ארבע השנים הראשונות לקיומה של מדינת ישראל, הוכפל מספר תושביה היהודים. מול חברים בהנהגה שסברו שיש להגביל ולמתן את זרם העלייה, בגלל קשיי הקליטה, התבטא בן־גוריון בתקיפות כנגד הגבלת מספר העולים, אם כי צידד בבחירת טיב העולים. כדי להגדיל את האוכלוסייה של מדינת ישראל, הוא גם ביקש להגביר את הילודה וקבע פרס ילודה בסך מאה לירות לאמהות שילדו עשרה ילדים.
בן־גוריון ביסס את ריבונותה של המדינה החדשה על פי עקרון הממלכתיות. לשם כך העביר את מרכזי השליטה במדינה מגופים מפלגתיים וסקטוריאליים לגופים ממשלתיים. הוא שאף לאחד את העם סביב תרבות משותפת על פי תפיסת "כור ההיתוך". שתי החלטות משמעותיות שקיבל עם תחילת כהונתו כראש ממשלה היו ברוח זו: ההחלטה להפוך את צבא הגנה לישראל ל"צבא העם", שיהיה פתוח לכולם בלי יחידות נפרדות, וההחלטה על ביטול שיטת הזרמים בחינוך ואיחוד מערכת החינוך הכללית תחת חוק חינוך ממלכתי. בן גוריון ייעד לצה"ל תפקידים חברתיים ואף אזרחיים לימי מצוקה. הוא החשיב מאוד את היותו כור היתוך לדור הצעיר והטיל עליו משימות דוגמת תגבור מערכת החינוך ויישוב אזורי הספר ואזורים דלילים באוכלוסייה יהודית.
קליטת העלייה ההמונית יצרה צורך דחוף במטבע חוץ. בספטמבר 1950 הציע בן-גוריון בפני ראשי יהדות אמריקה, לארגן בקרב יהדות ארצות הברית ומדינות המערב מלווה בסך מיליארד דולר. הצעתו נתקבלה ובמאי 1951 טס לארצות הברית כדי לחנוך את מפעל "הבונדס". המלווה זכה להצלחה גדולה ובאותה שנה פנתה ישראל לארצות הברית בבקשת מענק, שמשמעותה הייתה הזדהות ברורה עם המערב. אולם הבונדס והמענק לא יכלו לייצב את מצבה הכלכלי של ישראל לאורך זמן וכדי לממן את קליטת העלייה, החליטה הממשלה ב-3 בינואר 1951 לתבוע שילומים מגרמניה על הסבל והנזק החומרי אשר נגרם ליהודים בתקופת השואה. לאחר שהסכים קנצלר גרמניה המערבית, קונראד אדנאואר, לקבל את תביעת ישראל כבסיס למשא ומתן, העלה בן-גוריון את הנושא בדצמבר 1951 בפני הממשלה והכנסת. המשא ומתן עם גרמניה עורר התנגדות עזה בכל מפלגות האופוזיציה, מימין ומשמאל, ואף בקרב מפלגות הקואליציה. ב-7 בינואר 1952 לפנות ערב נערכה בכנסת הישיבה הגורלית שדנה באישור המשא ומתן, בה אמר בן-גוריון: באותה שעה עמד מנהיג תנועת החרות, מנחם בגין, בראש הפגנת ענק בכיכר ציון שכוּונה נגד בן-גוריון. לאחר שסיים את נאומו ועזב לישיבת הכנסת, הלך לשם גם ההמון, שצר על בניין הכנסת ורגם אותו באבנים. בן-גוריון הזעיק את הצבא כדי להשיב את הסדר. בזמן נאומו של בגין, כינה בן-גוריון את המפגינים "חוליגנים" ובגין השיב "אתה חוליגן!". למחרת, ב-8 בינואר, שידר בן-גוריון נאום לאומה, בו התייחס להפגנה האלימה וטען כי "נעשתה התחלה להרוס את הדמוקרטיה בישראל" על ידי "אנשי האגרוף והרצח הפוליטי", "אספסוף פרוע" ו"כנופיות פורעים". הוא האשים את בגין בארגון "המרד" ובהסתת ההמונים בכיכר ציון. למחרת הצביעה הכנסת בעד עמדת הממשלה, בחודש מרץ נפתח המשא ומתן הישיר עם גרמניה וב-10 בספטמבר 1952 נחתם הסכם השילומים.
בן-גוריון הגיע למסקנה שגם צבא איכותי מאוד לא יוכל לעמוד לאורך עשרות שנים מול הכמות המספרית של הערבים, ולכן חיפש אחר ערובות נוספות לקיומו של עם ישראל: תמיכה חיצונית באמצעות ברית עם מעצמה מערבית, ופיתוח כושר הרתעה. בן גוריון היה אבי הפיתוח הגרעיני של ישראל. עוד במהלך מלחמת העצמאות נפגש עם מהנדס ישראלי, שהיגר לצרפת והיה ממייסדי התוכנית הגרעינית של צרפת, וקיבל ממנו נתונים על המשאבים הדרושים להקמת כור גרעיני ולהפעלתו. ב-13 ביוני 1952 החליט להוציא לפועל את תוכניתו והקים את הוועדה לאנרגיה אטומית בראשות פרופ' ארנסט דוד ברגמן.
לאחר מותו של חיים ויצמן ב-9 בנובמבר 1952, הציע בן-גוריון את נשיאות מדינת ישראל לאלברט איינשטיין, אולם הוא סירב להצעה, וב-26 בנובמבר העלה בישיבת מפא"י את מועמדותו של יצחק בן-צבי, שנבחר בעקבות זאת לנשיא השני של מדינת ישראל.
לקראת פרישה 1953
בשנת 1953 החליט בן-גוריון לסיים את כהונתו בממשלה, בשל עייפות שהצטברה בו. לקראת פרישתו, יצא ב-19 ביולי לחופשה שארכה שלושה חודשים, אולם הוא לא סיפר על כוונותיו להתפטר. בתקופת חופשתו נתמנו למלא את מקומו, לפי המלצתו, משה שרת כראש הממשלה ופנחס לבון כשר הביטחון. ב-5 באוקטובר 1953 הודיע לשרי מפא"י כי הוא מתכנן לפרוש לשנתיים. במהלך חופשתו עמל על תוכנית ביטחונית לתקופת היעדרו, ובעת שובו לממשלה, ב-18 באוקטובר, הייתה תוכניתו מוכנה. אחד החשובים ב-18 סעיפיה, היה סעיף "ייהוד הגליל ונצרת".
לקראת סיום חופשתו, ב-12 באוקטובר, בוצע הפיגוע ביהוד, ויחד עם לבון, מקלף ודיין היה שותף להחלטה (אף על פי שבחר לשתוק בעת שהתקבלה) על היציאה לפעולת התגמול בקיביה, ללא ידיעתו של שרת. הפעולה עוררה סערה בדעת הקהל העולמית. ב-18 באוקטובר 1953 חזר בן-גוריון מחופשתו וניהל את ישיבת הממשלה. למחרת שידר ברדיו הודעה, בה הביע צער על האירוע, אולם הסיר את האחריות מצה"ל וטען כי "בדיקה מדויקת" העלתה כי "אף יחידה צבאית אחת, אף הקטנה ביותר, לא נפקדה מהמחנה בליל ההתקפה על קיביה". את האחריות למעשה, הטיל על תושביהם של "כמה ישובי ספר" "שפקעה סבלנותם" לאחר הרצח ביהוד.
ב-2 בנובמבר הודיע בן-גוריון על פרישתו במכתב לנשיא המדינה. בכינוס הוועדה המדינית של מפא"י באותו יום, הציע כיורשיו את לוי אשכול כראש ממשלה ואת פנחס לבון כשר ביטחון. אולם אשכול סירב לקבל על עצמו את התפקיד. ב-23 בנובמבר כונסה הוועדה המדינית של המפלגה ובן-גוריון מסר לה כי הוא תומך במשה שרת. חברי הוועדה בחרו בשרת כראש ממשלה ולבון נבחר כשר ביטחון. ב-7 בדצמבר עזב בן-גוריון את ראשות הממשלה ושידר לעם דברי פרידה, בתוכם ציטוט מתהילים: "לֹא גָבַהּ לִבִּי וְלֹא רָמוּ עֵינַי וְלֹא הִלַּכְתִּי בִּגְדֹלוֹת וּבְנִפְלָאוֹת מִמֶּנִּי". לרגל עזיבתו, כתב עליו המשורר נתן אלתרמן שיר: "אזרח מדינת ישראל – דוד בן-גוריון, 1953". עם עזיבתו, העביר את ראשות הממשלה למשה שרת. הוא סירב לעמוד בראש ממשלת מעבר עד הרכבת ממשלתו החדשה של שרת. לדעת הביוגרף מיכאל בר-זוהר, סיום תפקידיו בממשלה בשנת 1953 מסמל גם את סיום "העידן הבן-גוריוני" בתולדות הציונות, שנמשך כעשר שנים (מאז החלטת בילטמור ב-1942), ואת סוף תקופת השיא של בן-גוריון עצמו. בעוד שבתקופה זו היה בן-גוריון היוזם של ההחלטות, בשנים שלאחר מכן היו אלה עוזריו וחבריו במשרדי הממשלה ובצה"ל שיזמו את המהלכים וההחלטות.
פרישה לשדה בוקר 1953–1955
בן-גוריון החזיק בהשקפה כי עתיד היישוב היהודי בארץ הוא בנגב על מרחביו, העצומים ביחס לחלק הצפוני קטן-הממדים של המדינה. באביב 1953, הבחין בדרכו חזרה מאילת בקבוצת צעירים ליד מספר צריפים, שסיפרו לו כי החליטו להקים במקום קיבוץ חדש, שדה בוקר. כעבור זמן מה, החליט לעזוב את הממשלה ולהצטרף לקיבוץ. ב-14 בדצמבר 1953 יצאו פולה ודוד בן-גוריון לשדה בוקר, שם התגוררו בצריף שנבנה עבורם. אחד ממניעיו של בן-גוריון לצאת לנגב, היה לשמש דוגמה אישית ולמשוך את העם אחריו במפעל חלוצי של הפרחת השממה. החל מיומו השלישי בקיבוץ, החל לבצע עבודות שונות בשדה – זיבול וחרישה, במשך 4 שעות ביום. אולם בשל גילו, הוצב רוב הזמן בדיר העזים וחברי הקיבוץ הפקידו בידיו את הטיפול בתחנה המטאורולוגית. העבודה הפיזית גרמה לו התקפים קשים של מתנת. במשך ששת החודשים הראשונים היו בני הזוג בן-גוריון רק מועמדים לחברות. לאחר שנתקבלו כחברים, החל בן-גוריון להשתתף באספות. בהצבעה היחידה בה נטל חלק, הצביע נגד הצטרפות הקיבוץ ל"איחוד הקבוצות והקיבוצים", משום שתמך ב"איחוד כללי של כל הקיבוצים בארץ". בין חברי הקיבוץ, חבריו הקרובים היו חגי אבריאל ונחמה ויהושע כהן, זוג אנשי לח"י. פולה ודוד בן-גוריון היו החברים המבוגרים ביותר במשק הצעיר, ולדברי בן-גוריון, הוא הגיע לשדה-בוקר משום שאהב את המקום ורצה להשתתף בעצמו בהפרחת השממה.
ביוני 1954 יזם בן-גוריון את מפעל תנועת בני המושבים, שיצאו עם משפחותיהם לישובי עולים בנגב. לאחר מכן קרא ל"התיישבות אזורית", וביולי הציג את תוכניותיו להתיישבות בחבל לכיש בדרום וחבל תענך בצפון.
בן-גוריון סבר שיש להחליף את שיטת הבחירות היחסיות הקיימת, היוצרת ממשלות קואליציה, שיציבותן מלוות לחצים וסחטנות. עוד ב-6 באוקטובר 1948 הציע בישיבת ממשלה להנהיג שיטת בחירות אזוריות–רוביות, אולם הצעתו נפלה. במאי 1954 הציג בפני מנהיגי מפא"י תוכנית שכללה את שינוי שיטת הבחירות לשיטה אזורית שתביא להקמת שני גושים גדולים. לקראת הבחירות הבאות, רצה להקים "חזית עם" – תנועה על-מפלגתית שתורכב ממפא"י וסביבה נציגי מפלגות אחרות, שמצעה היחיד יהיה שינוי שיטת הבחירות. אם זו תשיג רוב מוחלט, תעביר מיד חוק שינהיג את שיטת הבחירות החדשה ולאחר מכן תפזר את הכנסת וייערכו שוב בחירות, הפעם בשיטה החדשה, שתביא להתגבשותן של שתי מפלגות גדולות. ביולי הסכימו ראשי מפא"י לרעיון שינוי שיטת הבחירות, אולם הסתייגו מרעיון "חזית העם" ובן-גוריון ויתר על התוכנית לרשימה על-מפלגתית. ב-16 בספטמבר קיבל מרכז מפא"י את הצעתו של בן-גוריון לשינוי שיטת הבחירות והנושא הפך לחלק ממצע המפלגה בבחירות הבאות. אלא שמפ"ם ו"לאחדות העבודה" התנגדו לשיטת הבחירות האזוריות, משום שסברו כי היא מהווה סכנה לקיומן.
בתקופה שישב בשדה בוקר, הגיעו אליו תדירות מבקרים רבים שבאו לבקש את עצתו: שרים, קצינים, פקידים בכירים ועסקני מפלגה. אחד המבקרים התדירים ביותר היה הרמטכ"ל משה דיין, ובמהלך אותה שנה חלה בין השניים התקרבות. תלונותיו של דיין על שר הביטחון פנחס לבון השפיעו על בן-גוריון לשנות את דעתו החיובית מאוד על לבון. ב-24 באוגוסט 1954 שמע לראשונה מדיין על דבר קיומו של "העסק הביש" במצרים ושלבון היה האיש שנתן את ההוראה לפעולה. עם התגברות המתיחות האישית בין שרת ולבון, החלו באותה שנה שתי קבוצות מתוך מפא"י לנסות ולהחזיר את בן-גוריון לשלטון. היו אלה קבוצת "הצעירים" ובהם יצחק נבון, שמעון פרס, טדי קולק ואהוד אבריאל, וקבוצת הוותיקים, אנשי צמרת מפא"י, ובהם שמואל דיין, קדיש לוז ומרדכי נמיר. המתח בגבולות וערעור האמון של הציבור במנהיגות המדינה הביאו בסוף 1954 לדרישות רבות להחזיר את בן-גוריון להנהגת המדינה. ב-1 בפברואר 1955, יום למחרת הוצאתם להורג של נידוני קהיר עזר ומרזוק, הגיעה משלחת ראשי מפא"י (שרת, מאיר, ארן, אשכול ואביגור) לשדה בוקר להתיעצות עם בן גוריון לגבי הדחתו של לבון ממשרד הביטחון. דבר הביקור פורסם וב-17 בפברואר התפטר לבון מהממשלה. בעקבות לחץ מצד ראשי מפא"י, הסכים בן-גוריון לשוב לממשלה כשר הביטחון.
שר הביטחון 1955
ב-21 בפברואר 1955 הושבע בן-גוריון בכנסת לתפקיד שר הביטחון בממשלתו של משה שרת. בפגישתו הראשונה עם הרמטכ"ל דיין, הורה לו להעביר את ראש אמ"ן, בנימין גיבלי, לתפקיד אחר, אולם נמנע מלטפל בפרשת לבון ולא ניסה לברר מי נתן את ההוראה לפעולה במצרים. ב-27 בפברואר, לאחר פעולה של חוליית מסתננים מרצועת עזה שפעלה בשליחות המודיעין המצרי, הציעו בן-גוריון ודיין לראש הממשלה פעולת תגמול: פגיעה במחנה צבאי מצרי ליד עזה. שרת אישר את המבצע וב-28 בפברואר יצא לפועל מבצע חץ שחור.
לאחר הפיגוע במושב פטיש, בן-גוריון זימן את משה דיין ושאל אותו שלוש שאלות: האם ישראל יכולה להשתלט במהירות על רצועת עזה, האם צה"ל ערוך למלחמה נגד מדינות ערב והאם צה"ל ערוך למלחמה עם מצרים, דיין השיב על כולן בחיוב. מספר ימים לאחר מכן הציע בן-גוריון בישיבת הממשלה ב־29 במרץ "לסלק את מצרים" ולכבוש את עזה, בן-גוריון חשב שרצועת עזה תתרוקן גם מפליטיה, אך מרבית שרי הממשלה נבהלו מכך. בתגובה לחששם של חלק מהמתנגדים לגבי צירוף מספר כה גדול של ערבים לאוכלוסיית ישראל, השיב כי ניתן לפתוח עבורם שני מעברים, למצרים ולעבר הירדן. בעת הוויכוח בישיבה, בתגובה לדברי שרת לגבי חשיבותו של האו"ם, טבע את הביטוי "או"ם שמום!". ב-3 באפריל נערכה הצבעה בממשלה והצעתו של בן-גוריון נדחתה על ידי הממשלה. ההצבעה הציתה מחדש את הריב בין בן-גוריון לשרת, שעמד בראש המתנגדים, ויחסיהם החריפו מאוד. בתקופה זו התגבשה בנושא מדיניות הביטחון חזית מתונה סביב שרת ובן-גוריון נותר במיעוט בממשלה. ב-27 באפריל, ביום העצמאות השביעי, נשא בן-גוריון נאום במפגן צה"ל באצטדיון רמת גן, בו תקף את שרת מבלי להזכיר את שמו וביטא את ה"אני מאמין" הביטחוני–מדיני שלו עצמו: "לרבים מתושבי הארץ נדמה, כאילו כבר באנו אל המנוחה ואל הנחלה, ורק דאגה אחת מקננת בלבם: מה אומרים הגויים [...] אין יסוד לבהלה מאמרות הגויים... ההיסטוריה אינה נעשית על ידי דיבורים, אלא על ידי מעשים [...] לא ניתפש לבהלה ולפחדנות הלובשת מחלצות של תבונה ומעשיות מדומה [...] עתידנו אינו תלוי במה יאמרו הגויים, אלא במה יעשו היהודים".
ב-26 ביולי 1955 נערכו הבחירות לכנסת השלישית, בהן איבדה מפא"י חמישה מושבים. בן-גוריון תקף את מדיניותו הביטחונית הפשרנית של שרת והודיע כי לא ישתתף בממשלה שזו מדיניותה וכי בדעתו לפרוש ולשוב לשדה בוקר. לאחר שקיבל פניות רבות מחברי מפלגתו לחזור בו, הסכים ב-12 באוגוסט רשמית להרכיב את הממשלה הבאה. שרת לא רצה לכהן כשר החוץ בממשלתו של בן-גוריון, אולם הסכים לבסוף, לאחר שבן-גוריון איים שלא יקבל על עצמו אם כך את תפקיד ראש הממשלה. באוגוסט 1955 החריף המצב הביטחוני לאורך גבול רצועת עזה. לנוכח התנגדותו של שרת לפעולות תגמול, מסר דיין לבן-גוריון מכתב התפטרות. בעקבות זאת, תבע בן-גוריון בממשלה לקבוע קו ברור – של שרת או שלו – ולאחר מכן פרש לביתו. שרת נכנע ואישר באותו יום את פעולת ח'אן יונס, ודיין ובן-גוריון שבו לתפקידיהם. בספטמבר 1955 הרחיב נאצר את ההסגר על מצרי טיראן גם על התחום האווירי שמעליהם ונחתמה עסקת הנשק הצ'כוסלובקית-מצרית, ובאמצע אוקטובר הקימו סוריה ומצרים פיקוד צבאי משותף. בעקבות זאת, הורה בן-גוריון באותו חודש למשה דיין להכין תוכנית מבצעית לכיבוש המיצרים ולפריצת המצור המצרי.
לאחר שובו מ"שנת שדה בוקר", חלה שחיקה בכוחו של בן-גוריון והוא החל להסתמך יותר על יוזמותיהם של עוזריו הצעירים. באוקטובר 1955 סבל מ"מחלת מנייר", שפגעה בו במרכזי שיווי המשקל באזניים וגרמה לו לסחרחורות קשות ואיבוד שיווי משקל. הוא נפגש עם משה פלדנקרייז, ממציא שיטת פלדנקרייז, ובהדרכתו החל לצעוד מדי יום כחמישה קילומטרים ושב לאיתנו. הוא סבל מכאבי גב והיה מבצע אימון יומי שכלל צעידה מהירה וטבילה בים ולאחריהן עמידת ראש, אותה ביצע על פי הדרכתו של פלדנקרייז. את העמידה על הראש לימד אותו החל מיולי 1957.
1955–1956
ב-2 בנובמבר 1955 הציג בן-גוריון את ממשלתו החדשה בכנסת. בנאום ההשבעה שלו, אמר: "פנינו לשלום אך לא להתאבדות". בדצמבר 1955 הפגיזו הסורים ספינות דיג ומשטרה בכנרת, ובן-גוריון הורה בתגובה על "פעולת כנרת" נגד הצבא הסורי, שעוררה ביקורת חריפה בישראל ומחוצה לה. ב-18 באפריל 1956 הסכימו ישראל ומצרים לקיים את שביתת הנשק, תוך ויתורים מסוימים מצד ישראל, אולם שבוע לאחר שהודיע על כך בן-גוריון בכנסת, נרצח רועי רוטברג ופעולות הפידאיון התחדשו.
בעקבות מלחמת אלג'יריה והמשבר בין צרפת ומצרים בשנים 1954–1955, חלה התקרבות מצד צרפת לישראל. בין בן-גוריון לשרת היה ויכוח חריף לגבי יעדי מדיניות החוץ והביטחון של ישראל, לגבי דרכי הפעולה שלה במערכות החוץ ולגבי שינוי האוריינטציה הבינלאומית מארצות הברית ואנגליה לצרפת. בעקבות זאת, הפקיע בן-גוריון ב-10 באפריל את תחום הרכש הצבאי ממשרד החוץ ומסר אותו לידי משרד הביטחון. למחרת הגיעו לישראל מטוסי הקרב הראשונים שנרכשו מצרפת. הגורם העיקרי להחמרת היחסים בין בן-גוריון ושרת היה לגבי שאלת היציאה למלחמת מנע נגד מצרים, אותה שלל שרת בתוקף. ב-2 ביוני הסכים שרת לדרישת בן-גוריון שיתפטר, אחרת יעזוב הוא את הממשלה. ב-18 ביוני סיפר שרת בישיבת הממשלה על האולטימטום מצד בן-גוריון והודיע על התפטרותו. ב-20 ביוני אמר בן-גוריון בכנסת כי "הדבר מועיל למדינה".
במקום שרת, מונתה גולדה מאיר לשרת החוץ. בשונה משרת, היא הייתה שותפה להשקפותיו המדיניות של בן-גוריון. בתקופת כהונתה הוא התערב רבות בענייני משרדה.
מבצע קדש והנסיגה מסיני 1956–1957
באמצע שנות החמישים משה דיין רצה לפתוח במלחמה מתוכננת, התוכניות למלחמה הוכנו כבר שנה קודם לכן, באחת מהתכנונים נאמר כי הפצצה של מצרים תוביל לאלפי הרוגים. לעומת זאת, מספר ההרוגים הישראלים נאמד אז במאות, למרות זאת, התנגד בן-גוריון לרעיון זה. אך דיין לא ויתר, באחת משיחותיו עם בן-גוריון ביולי 1956 שאל אותו מה התוצאה שירצה להשיג, בן-גוריון ענה לו שירצה פגיעות מרובות אך קטנות, שאפשר להתמידן ובכך למרר את חייהם של המצרים, דיין התנגד לרעיון שהציע, בטענה שהמצרים לא יתרגשו מהרג של חמישה פלחים, דיין טען גם ש"הפגיעות הקטנות" שהציע בן-גוריון יתבררו בעתיד כטעות חמורה מצד ישראל.
התחמשותה של מצרים בנשק סובייטי רב וחדיש יצרה איום על ישראל. ב-10 ביוני 1956 נתן בן-גוריון את הסכמתו למשא ומתן עם הצרפתים על שיתוף פעולה נגד נאצר. בשבוע האחרון של יוני נחתמה עסקה חשאית שכללה רכישת נשק צרפתי, וב-24 ביולי הגיעה לישראל אניית הנשק הראשונה מצרפת. ב-26 ביולי הכריז נאצר על הלאמת תעלת סואץ. ב-21 באוקטובר יצא בן-גוריון לצרפת והשתתף בוועידת פסגה חשאית בפרוור סוור ליד פריז עם ראש הממשלה גי מולה, שר החוץ כריסטיאן פינו ושר ההגנה מוריס בורז'ס-מונורי, בה דנו בתכנון הפעולה הצבאית המשותפת נגד מצרים. ב-24 באוקטובר חתם בן-גוריון על הסכם משולש עם צרפת ובריטניה על מבצע צבאי נגד מצרים (מבצע מוסקטר). החלק הישראלי במבצע קיבל את השם "מבצע קדש". ב"ועידת סוור" נסוג בן-גוריון מדרישתו להתקפה בו-זמנית והסכים לתוכנית הבריטית, לפיה ישראל תיקח על עצמה את תפקיד התוקפן: היא תתקוף ראשונה ובכך תספק לבריטניה וצרפת את האמתלה לתקיפה לשם הגנה על תעלת סואץ. זו הייתה הפעם היחידה בחייו בה הכריע בעד יציאה למלחמה ביוזמת ישראל.
המבצע החל ב-29 באוקטובר, וב-5 בנובמבר השלים צה"ל את כיבוש חצי האי סיני כולו, כולל האיים טיראן וסנפיר. באותו יום שיגר ראש ממשלת ברית המועצות, ניקולאי בולגנין, אגרות חריפות לצרפת, בריטניה וישראל. באיגרת לבן-גוריון איים בולגנין על קיומה של ישראל: "ממשלת ישראל משחקת בצורה נפשעת וחסרת אחריות בגורל העולם, בגורל עמה היא. היא זורעת איבה כזאת לישראל בין עמי המזרח, שאינה יכולה לא להשאיר רישומה על עתיד ישראל ומעמידה בסימן שאלה את עצם קיומה של ישראל בתור מדינה". לשם "הבטחת השלום במזרח התיכון, נוקטת הממשלה הסובייטית ברגע זה אמצעים על מנת להפסיק המלחמה ולרסן התוקפים". לצד האיומים הללו, הפיצה ברית המועצות שמועה כי היא מגייסת "מתנדבים" שישרתו בצבא המצרי. ב-6 בנובמבר הקריא הרמטכ"ל דיין בפני אלפי חיילים בשארם א-שייח' איגרת מאת בן-גוריון למסדר סיום המלחמה, בה הכריז: "יטבת (טיראן) תהיה שוב לחלק ממלכות ישראל השלישית!". ב-7 בנובמבר נאם בן-גוריון בכנסת נאום ניצחון אודות "המערכה הגדולה ביותר בתולדות עמנו" ואחד המבצעים "הגדולים בתולדות העמים". הוא טען כי "מעמד הר סיני נתחדש בימינו אלה" וכי צה"ל "לא פגע בשטחה של מצרים" אלא "אך ורק בשטח חצי האי סיני". כמו כן, טען לזכותה של ישראל על האי "יטבת" (טיראן), בהסתמכו על אזכור ההתיישבות היהודית באי בכתבי פרוקופיוס. בהתייחסו ללחצי ארצות הברית וברית המועצות, טען כי אלו העדיפו "פיוסו של נאצר על שמירת החוק הבינלאומי" ועשו זאת "על חשבון ישראל", והכריז: "לא נתבטל מפני תקיפי עולם". הוא קבע בנאומו כי "הסכם שביתת הנשק עם מצרים מת" וכי "ישראל לא תסכים בשום תנאי שכוח זר" יוצב "בתחומיה או באחד השטחים המוחזקים על ידיה". סקירתו זכתה בתמיכה מלאה מצד כל הסיעות מלבד הקומוניסטים, אולם בשנת 1966 התוודה בפני חוקר שבא לראיינו, כי טעה בהשמעת נאומו בכנסת, והסביר: "הניצחון היה מהיר מדי. הייתי יותר מדי שיכור ניצחון". למחרת התקבלו תגובות נרגזות על הנאום מהעולם, ובאותו ערב הצביעה עצרת האו"ם ברוב מוחלט שעל ישראל לסגת ללא תנאים. ב-8 בנובמבר קיבל בן-גוריון שדר חריף מאוד מהנשיא אייזנהאואר, בו דרש מישראל "לחזור מטריטוריה מצרית". אל המכתב צורף שדר בעל פה בשם מזכיר המדינה דאלס, שאיים כי אם תסרב ישראל לסגת, יופסק לה כל סיוע כספי מארצות הברית, ממשלתי או פרטי, ויוטלו עליה סנקציות על ידי האו"ם. באותו יום הגיעו ידיעות רבות לגבי התערבות צבאית סובייטית. אלו הביאו לבהלה כללית בהנהגת המדינה וגם בן-גוריון חרד מפני התקפה רוסית. הוא החליט לסגת וכתב שני מכתבי תשובה לאגרות מנהיגי ארצות הברית וברית המועצות. לבולגנין כתב: "מדיניות החוץ שלנו מוכתבת על ידי צרכינו החיוניים ועל ידי שאיפתנו לשלום, ושום גורם זר אינו קובע אותה ולא יקבע אותה". לאייזנהאואר, לעומת זאת, כתב כי הוא מוכן להיענות לדרישתו לסגת. ב-9 בנובמבר קרא את אגרותיו בשידור רדיו לאומה.
ב-12 בנובמבר יצא בן-גוריון בטיסה לסיור בן יומיים בסיני. הוא נחת בשארם א-שייח' וביום השני סייר באזור עזה. הוא ניסה להאט את הנסיגה, במטרה לנסות לספח את מצרי טיראן ולהחליף את צה"ל בכוח בינלאומי במקום צבא מצרי. הוא בחר בטקטיקה של השהייה, בתקוה שככל שהזמן יעבור, יפחת הפחד מהאיום הרוסי והעולם ינקוט בגישה מאוזנת יותר כלפי ישראל. בתקופה זו תוכל ישראל להסביר את עמדתה בארצות הברית ולרכוש את דעת הקהל. ההשהיה נועדה גם להפוך את הנסיגה לקלף מיקוח תמורת הישגים מדיניים. בן-גוריון קיווה גם שלאחר פינוי חלק מסיני, יפחת הלחץ הבינלאומי והעולם ישלים עם הישארות ישראל ברצועת עזה ובמצרי טיראן. אולם הלחץ על ישראל לא פחת. ב-15 בנובמבר קיבל בן-גוריון איגרת-איום נוספת מבולגנין. עצרת האו"ם תבעה שישראל תיסוג, תוך איום בסנקציות כלכליות. הנסיגה מסיני התבצעה בשלבים, אך במקביל אישר בן-גוריון את הצעת דיין להקים היאחזויות נח"ל בשארם א-שייח' וברפיח והחיל את החוק הישראלי על תושבי רצועת עזה. הוא סירב להתפנות מהמקומות הללו ללא תנאי ובינואר 1957 הורה ללוי אשכול ולדיין להיערך לקראת סנקציות. ב-3 בפברואר קיבל מאייזנהאואר איגרת חריפה שכללה איום בסנקציות, אך סירב לדרישתו לסגת. המאבק המדיני של ישראל הפך לעימות אישי עם נשיא ארצות הברית. בסופו של דבר נאלצה ישראל לסגת מהמיצרים ומרצועת עזה. הניצחון הצבאי הגדול הסתיים אמנם בתבוסה מדינית, אולם בעקבותיו הובטח חופש המעבר לספינות והגבולות שקטו במשך עשר שנים. "מבצע סיני" הביא לפריחה ביחסי החוץ של ישראל ולגל של גאווה בקרב יהודי התפוצות. הוא חיזק את מעמדו של בן-גוריון ואת כוחה של מפלגתו.
ענייני חוץ והכור בדימונה 1957–1961
ב-18 בינואר 1957 נאם בן-גוריון בכנס בקיבוץ גבעת חיים ובדבריו השתמעה ביקורת חריפה נגד אופי עבודתו של משה שרת במשרד החוץ. שרת תבע את עלבונו בבירור בוועדה המדינית של מפא"י, אולם בן-גוריון סירב להתנצל. בעקבות זאת, סיים שרת את חברותו עם בן-גוריון וסירב לכל ניסיונות הפיוס שלו.
ב-29 באוקטובר 1957 הושלך רימון בכנסת. הרימון התפוצץ ובן-גוריון נפצע קל מרסיסים בזרועו וברגלו. הוא אושפז בבית החולים ובמשך מספר ימים ישב ליד מיטתו מזכירו הצבאי ומקורבו נחמיה ארגוב. ב-2 בנובמבר התאבד ארגוב, לאחר שבדרכו לבית החולים בירושלים פגע ברוכב אופניים. דבר התאבדותו הוסתר מבן גוריון בעזרתם של מספר עיתונים שהדפיסו גיליון אחד של מהדורה מיוחדת, בה לא הוזכר דבר מותו של ארגוב, וגיליונות אלה הם שנמסרו לבן-גוריון. ב-5 בנובמבר בישר לו משה דיין את הבשורה הקשה וכעבור שבועיים עמד בן-גוריון דום לזכרו של ארגוב על דוכן הנואמים של הכנסת.
שנת 1958 הייתה שנה מוצלחת מאוד במדיניות החוץ של בן-גוריון. בשנה זו הוא החל לגבש "ברית פריפרית" פרו-מערבית עם אתיופיה, איראן וטורקיה. המשותף לגוש המדינות הללו היה התנגדות להתפשטות של נאצר ולהשפעה הסובייטית. בינואר 1958 החליף בן-גוריון מכתבים עם השאה הפרסי. ב-29 באוגוסט אותה שנה, נפגש באנקרה עם ראש ממשלת טורקיה, אדנאן מנדרס, ושר החוץ פטין רישטי זורלו. בפגישה סוכם על העלאת הנציגויות הדיפלומטיות לדרגת שגרירויות. במהלך שנת 1958 טיפח בן-גוריון בהדרגה גם את הקשרים המדיניים עם גרמניה המערבית, חרף ההתנגדות הציבורית. בתקופה שלאחר מבצע סיני, פרחה ידידות גדולה בין צרפת וישראל. התקיים שיתוף פעולה הדוק בין שתי המדינות ששיאו אספקת נשק רב לצה"ל, ובפרט לחיל האוויר, והקמת הקריה למחקר גרעיני בדימונה. בן-גוריון ראה בכור האטומי אמצעי להבטחת קיומה של ישראל והוא הוקם בניגוד לדעתם של רוב מנהיגי מפא"י ושריה הבכירים. ב-31 במאי 1958 נתמנה שארל דה גול, כלפיו רכש בן-גוריון הערצה עמוקה, לראש ממשלת צרפת.
ב-31 בדצמבר 1957 התפטר בן-גוריון על רקע הדלפות מישיבות הממשלה והפרות של המשמעת הקואליציונית. הממשלה השמינית, שכוננה שבעה ימים מאוחר יותר, התבססה על הרכב קואליציוני זהה. במחצית שנת 1958 יזם בן-גוריון את פריצתם של צעירי מפא"י (ובראשם דיין ופרס) לצמרת המפלגה, כדי להתחיל בה תהליך הדרגתי של חילופי דורות. ב-5 ביולי 1959 בן-גוריון התפטר שוב, עקב הצבעתם של חברי סיעות מפ"ם ואחדות העבודה - פועלי ציון נגד מכירת תת-מקלעי עוזי לגרמניה המערבית. ממשלתו המשיכה לכהן כממשלת מעבר עד כינונה של הכנסת הרביעית.
ב-3 בנובמבר 1959 נערכו הבחירות לכנסת הרביעית. למערכת הבחירות שקדמה להן נבחרה למפא"י הסיסמה "הגידו כן לזקן". בן-גוריון התלהב מאוד מדרך ההסברה החדשה של חוגי בית והשתתף בעצמו באחדים מהם. הנושא העיקרי בנאומיו היה שינוי שיטת הבחירות. בזמן מערכת הבחירות הרבה להשתמש כלפי בגין בכינוי "המוקיון". ערב הבחירות ביקר בין היתר בכפר בקה אל-גרבייה – ככל הנראה ביקורו היחיד בכפר ערבי בכל שנות שלטונו. בבחירות זכתה מפא"י ב-47 מושבים – הניצחון הגדול ביותר בתולדותיה עד אז. ב-16 בדצמבר הציג בן-גוריון בכנסת את ממשלתו החדשה, בה היו חברים גם השרים החדשים משה דיין ואבא אבן.
במרץ 1960 ביקר בן-גוריון בארצות הברית, לראשונה זה תשע שנים, שם נועד עם מנהיגים יהודים, עם אלינור רוזוולט ונלסון רוקפלר, עם מספר סנטורים ועם הנשיא אייזנהאואר. ב-14 במרץ נפגש לראשונה עם קנצלר גרמניה קונראד אדנאואר במלון וולדורף אסטוריה בניו יורק, בו שהו שניהם, בדירת השרד בה התגורר הקנצלר. השיחה נמשכה קרוב לשעתיים. אדנאואר דיבר גרמנית. בן-גוריון הבין אותו אך דיבר באנגלית ודבריו תורגמו לגרמנית. בן-גוריון ביקש סיוע כלכלי: מלווה בסך חצי מיליארד דולר, שיינתן במשך עשר שנים ויוקדש לפיתוח התעשייה והחקלאות. הוא ביקש מאדנאואר "להשתתף בבניית הארץ אחרי שקודמיך גרמו לכך שאבדו לנו שישה מיליונים אחים". הוא הסביר את בקשתו בנימוק מוסרי: "שהנוער בגרמניה...ימצא סיפוק מוסרי כלשהו כשידע שעמו...עזר להתפתחותה ולעצמאותה של ישראל". אדנאואר הסכים מיד. הוא הסכים גם לבקשת בן-גוריון לספק חינם נשק לישראל. מניו יורק טס בן-גוריון ללונדון ונפגש עם ראש ממשלת בריטניה, הרולד מקמילן.