cyanic-selkie/wikianc huggingface dataset:
האינתיפאדה השנייה
נקודת המפנה באינתיפאדה השנייה הייתה מבצע חומת מגן באביב 2002 בו צה"ל השתלט מחדש על מרכזי הערים הפלסטיניות ומחנות הפליטים ביהודה ושומרון, תוך מעצרם וחיסולם של מאות מחבלים, והחל בפעילות יומיומית לסיכול הטרור הפלסטיני, בסיוע השב"כ והימ"מ. הפעילות הביטחונית, בשילוב בניית גדר ההפרדה ומותו של יאסר ערפאת בסוף 2004, הביאו לדעיכת גל הטרור ביהודה ושומרון.
רקע והסיבות לפרוץ האינתיפאדה
בעקבות יישום הסכמי אוסלו, נסוג צה"ל מאזורי יישוב פלסטיניים ביהודה, שומרון וחבל עזה, שעברו לשליטת הרשות הפלסטינית. במסגרת הרשות הפלסטינית הוקמו מנגנוני ביטחון שהיו אחראים על הביטחון ושמירת הסדר בשטחים שבשליטת הרשות הפלסטינית. בספטמבר 1996 פרצו מהומות מנהרת הכותל, שהיו סדרת קרבות קשים בין חיילי צה"ל לשוטרים פלסטינים בנקודות שונות, ובהם נהרגו 17 חיילי צה"ל וכ־100 פלסטינים. המהומות הראו כי צה"ל לא היה ערוך לאפשרות של עימות רחב היקף עם פלסטינים חמושים. בעקבות האירועים החליט הרמטכ"ל שאול מופז על הכנות מקיפות לקראת עימות עתידי דומה עם הפלסטינים, כאשר על ההכנות הופקד גל הירש כקצין אג"ם באוגדת איו"ש. גל מהומות קצר התרחש ב-15 במאי 2000, שבו היו אירועי ירי פלסטינים בחסות הפרות סדר, וניסיון לפגוע בגל הירש, שהיה אז מח"ט בנימין. האירועים שבישרו את האינתיפדה שככו לאחר יום קרב והבאת מסוקי קרב וכוחות שריון. בעימותים נהרגו 8 פלסטינים, ונפצעו מספר חיילי צה"ל.
בין 11 ל-25 ביולי 2000, כחודשיים לפני פרוץ האינתיפאדה, נערכו שיחות קמפ דייוויד בתיווכו של נשיא ארצות הברית ביל קלינטון; בין משלחת ישראלית בראשות ראש הממשלה אהוד ברק לבין משלחת פלסטינית בראשות יו"ר הרשות הפלסטינית יאסר ערפאת, בניסיון להגיע להסדר קבע בין ישראל לפלסטינים. הצד הישראלי, בעידוד אמריקאי, הציע הסכם שבמסגרתו תוקם מדינה פלסטינית על 90% משטחם של יהודה, שומרון ורצועת עזה. הצד הפלסטיני בראשותו של ערפאת דחה הצעה זו, וגרס כי הצעותיו של ברק לא היו רציניות ולא פתרו בעיות מהותיות בסכסוך, כגון בעיית הפליטים ומחלוקות טריטוריאליות. העמדה הישראלית גרסה כי הפלסטינים לא רצו להגיע לוויתורים בנושאים מרכזיים, כדוגמת מעמדה של ירושלים והר הבית, זכות השיבה והכרזה על סיום הסכסוך הישראלי-פלסטיני. הנשיא ביל קלינטון, שהיה השותף המרכזי לשיחות, צידד בעמדה הישראלית והאשים את ערפאת בכישלון השיחות.
אף על פי שרצח סמל גבעתי (נפצע אנושות ב-27 בספטמבר ומת מפצעיו למחרת, 28 בספטמבר 2000) נחשב לאירוע פתיחת האינתיפאדה, העילה הרשמית שהציגו הפלסטינים להתפרצות האירועים האלימים הייתה ביקורו של ראש האופוזיציה, אריאל שרון, בהר הבית, אירוע שקרה רק למחרת, ב-28 בספטמבר 2000. ישנן גם ראיות לכך שלאינתיפאדה היה תכנון פלסטיני מקדים. לדוגמה, עימאד אל-פאלוג'י, שהיה שר בממשלה הפלסטינית, צוטט באומרו כי האינתיפאדה תוכננה מיד לאחר כישלון שיחות קמפ-דייוויד ביולי באותה שנה. מאוחר יותר, הכחיש פאלוג'י את דבריו אלו. מחמוד א-זהאר, מבכירי חמאס, סיפר בריאיון לעיתון א-שרק אל-אווסט כי ערפאת נתן אור ירוק לחמאס לביצוע מספר פעולות טרור לאחר כישלון השיחות, והעביר נשק מהרשות הפלסטינית לחמאס לצורך כך. בראיון טלוויזיוני שנערך עמה בסוף שנת 2012, טענה סוהא ערפאת שבעלה, יאסר ערפאת תכנן את האינתיפאדה השנייה. לדבריה, מחשש שיאונה לה רע, הוא אף ביקש ממנה להישאר בפריז לאור זה שהאינתיפאדה עתידה לפרוץ. מסעב חסן יוסף טען בספרו בן החמאס שהרשות הפלסטינית ראתה בביקורו של שרון הזדמנות להתקוממות שתוכננה יחד עם הסירוב להסכם בועידת קמפ דייויד כדי שיהיה אפשר להאשים את החמאס והפופולריות של הפת"ח תעלה.
על פי תחקירים מאוחרים שנעשו בקהילת המודיעין, העימותים הראשונים פרצו כמחאה עממית, בעקבות כישלון השיחות המדיניות, שחיתות וליקויי תפקוד פנימיים של הרשות הפלסטינית, וכן אירוע ביקור שרון בהר הבית, כאשר ערפאת אשר יזם את גל המחאה העממי גם ניצל אותו לצרכים מדיניים. צה"ל לא היה ערוך לטיפול בהפגנות הפלסטיניות עקב חוסר באמצעים לפיזור הפגנות, דבר שהוביל להרוגים פלסטינים רבים בעקבות שימוש באש חיה, ולהתרחבות העימות. בעקבות ההתדרדרות, איבדה הרשות הפלסטינית את השליטה על השטח, ובציבור הפלסטיני נוצרה אנרכיה, כאשר קבוצות חמושות שונות פועלות ביוזמות עצמאיות.
מנגד, דו"ח מיטשל, של הסנטור האמריקאי ג'ורג' מיטשל, שחקר את הנסיבות לתחילת האינתיפאדה, קבע: "אין לנו דרך להגיע למסקנות כי היה תכנון מכוון מראש של הרשות הפלסטינית לפתוח באלימות, או שהיה תכנון של ישראל להגיב בצורה שתביא לשפיכות דמים". יש שטענו שהנסיגה מדרום לבנון במאי 2000, שנתפסה ככישלון ישראלי בעקבות הלחץ הצבאי שהפעיל החזבאללה, הייתה מהגורמים שסייעו לפרוץ האינתיפאדה, שמועד התפרצותה נחזה על ידי צה"ל בדיוק של רבעון.
אחרים טענו כי פעולות צה"ל קודם העימות הובילו במידה רבה להתפרצות. לטענה זו, שיחות קמפ דייוויד היו מוצלחות, שכן לאחריהן המשיך ברק במשא ומתן עם הפלסטינים ואף הציע להם הצעות נדיבות מאלה שהציע בוועידת הפסגה. אלא שההכנות שצה"ל ערך לקראת לחימה, בהתבסס על הערכת מודיעין שצפתה עימות עתידי מול הפלסטינים, העבירה לפלסטינים מסר לפיו ישראל מתכוננת לעימות צבאי, וכך הפכה הערכת המודיעין לנבואה המגשימה את עצמה. בקרב ציבור הימין יש הטוענים כי הסכמי אוסלו היוו זרז וגורם משמעותי לפרוץ האינתיפאדה.
תחילת האינתיפאדה
בעקבות כישלון שיחות השלום בוועידת קמפ-דיוייד שנערכה ביולי 2000 גבר המתח בשטחי יהודה ושומרון, ולאחר ביקורו של ראש האופוזיציה, אריאל שרון, בהר הבית בסוף חודש ספטמבר הסלים המצב. כוחות הביטחון העריכו כי הביקור יעבור בשלום והחליטו לאשר את קיומו. ב־28 בספטמבר קיים אריאל שרון, מלווה בשמירה כבדה, את ביקורו המתוכנן בהר הבית בליווי שישה חברי כנסת מהליכוד. מאות פלסטינים שהיו במקום התעמתו עם שוטרים שהופקדו על אבטחת הביקור, ובעימותים נפצעו כ־20 שוטרים וכעשרה פלסטינים.
למחרת ביום שישי ה־29 בספטמבר, ערב ראש השנה תשס"א, החריפו המהומות וחלה הסלמה ניכרת בעימותים בהם נהרגו ישראלי ושבעה פלסטינים: בבוקרו של היום נרצח בקלקיליה קצין משמר הגבול יוסף טבג'ה, בעת אחד הסיורים המשותפים של צה"ל והמשטרה הפלסטינית, על ידי שוטר פלסטיני שהשתתף בסיור. לאחר תפילת הצהרים בהר הבית, פרצו מהומות שהחלו כמחאה על ביקורו של שרון בהר ביום הקודם. המתפרעים יידו אבנים לעבר רחבת הכותל המערבי, שפונתה. בתגובה פרצה המשטרה להר דרך שער המוגרבים והשתלטה על רחבת ההר תוך שימוש באש חיה ממנה נהרגו ארבעה פלסטינים וכ-200 נפצעו. עוד שלושה פלסטינים נהרגו במהומות שפרצו במקומות אחרים במזרח ירושלים. החדשות מהר הבית על ההרוגים הביאו לפרוץ גל הפגנות ומהומות ברחבי יהודה ושומרון עוד באותו יום, והגל התפרץ במלוא עוזו למחרת ונמשך פרק זמן ארוך יחסית.
בהתפרעויות בקבר יוסף בשכם שאירעו ב־1 באוקטובר, השתלטו כוחות חמושים של המשטרה הפלסטינית על אתר התפילה היהודי שבקרבתו נמצא מחנה צה"ל. במהלך קרב היריות שהתפתח במקום דימם למוות שוטר משמר הגבול, מדחת יוסף, והפלסטינים לא אפשרו לפנותו לבית חולים. צה"ל נמנע כל העת מלפרוץ למקום, תוך שהוא סומך על הבטחותיו של ג'יבריל רג'וב לדאוג לפינויו של השוטר. הפינוי התעכב, והשוטר דימם למוות במשך כמעט ארבע שעות. גופתו פונתה עם הגעת הסיוע הפלסטיני שעות אחרי מותו. בדיקה של ועדה פרלמנטרית בנושא העלתה כי היה זה מחדל חמור של צה"ל. ישראל פינתה את הקבר ב-7 באוקטובר. לאחר הפינוי הרסו הפלסטינים את הקבר ובנו במקום מסגד.
המהומות גלשו בימים הראשונים אל תוך ישראל, בעקבות הפגנות המוניות שערכו ערביי ישראל כמחאה על ההרוגים בהפגנות ובהתפרעויות הפלסטיניות.
במהלך ההפגנות נחסם כביש נחל עירון, כמו גם כבישים נוספים בסמוך ליישובים ערביים, הוצתו יערות ומבני ציבור ויודו אבנים ובקבוקי תבערה לעבר כוחות המשטרה. משטרת ישראל ומשמר הגבול הגיבו בירי אש חיה לעבר המפגינים. בתקופת המהומות אירעו גם תקיפות נגד אזרחים ערביים, מוסדותיהם ורכושם בידי ציבור יהודי. במהלך המהומות נהרגו מירי המשטרה 12 ערבים ישראלים ופלסטיני אחד. כמו כן נהרג נוסע יהודי ישראלי בכביש החוף, מאבן שנזרקה על מכוניתו. הנהגת ערביי ישראל דרשה מהממשלה בראשות אהוד ברק להקים ועדת חקירה ממלכתית לבדיקת האירועים, והממשלה נעתרה לכך.
בראש ועדת החקירה הממלכתית לבירור ההתנגשויות בין כוחות הביטחון לבין אזרחים ישראלים באוקטובר 2000, עמד השופט תיאודור אור (לכן כונתה "ועדת אור"). במסקנותיה מתחה הוועדה ביקורת קשה על שרים בממשלה, על קצינים במשטרת ישראל, ועל מנהיגים בציבור הערבי הישראלי. כיוון שהממשלה ממילא התחלפה, השרים שעליהם נמתחה הביקורת כבר לא כיהנו. גם הקצינים שספגו את מרב הביקורת פרשו מהמשטרה עוד בטרם פורסמו ההמלצות. עם זאת, הביקורת של הוועדה עוררה כעס רב הן בקרב שרים וחברי כנסת והן בהנהגת הציבור הערבי.
החל מהימים הראשונים של האינתיפאדה נורתה אש מנשק קל מהעיירה הפלסטינית בית ג'אלא על שכונת גילה בדרום ירושלים (השכונה נמצאת מדרום לקו הירוק בשטח שהוחלה עליו ריבונות ונוסף לשטח המוניציפלי של ירושלים ב־1967). על אף שלא היו הרוגים מאש זו, המצב שבו פלסטינים יורים על שכונה בירושלים היה בלתי נסבל מבחינת ישראל שבתגובה ביצעה פעולות קשות נגד בית-ג'אלא, אף שהיורים לא היו מבין תושביה. הירי על גילה נפסק לחלוטין רק לאחר מבצע חומת מגן.
מקום נוסף אשר ספג ירי לאורך שנות האינתיפאדה הוא היישוב פסגות בבנימין צפונית לירושלים. הירי בוצע מאל בירה הסמוכה ליישוב וגם כאן לא היו נפגעים בנפש אולם תושבי היישוב ספגו פגיעות רבות ברכוש וכן פגיעה בחיי היום יום מכיוון שהירי בוצע באופן יומיומי. הירי נפסק לחלוטין רק לאחר מבצע חומת מגן.
מאמצים מדיניים
במהלך האינתיפאדה השנייה התיאום הביטחוני נפסק לעיתים, והוא לא פעל ביעילות בשנים 2000 עד 2006. תחילתה של האינתיפאדה לוותה בפרץ של פעילות מדינית; ב־4 באוקטובר נערכה פסגה בפריז, בין ברק וערפאת בהשתתפות מדליין אולברייט, מזכירת המדינה האמריקנית. ב־17 באוקטובר נערכה פסגת שארם (2000) בהשתתפות קלינטון, מובארק, ברק וערפאת. ב־23 בדצמבר פורסם מתווה קלינטון להסדר הקבע. ב־21-27 בינואר 2001 נערכה ועידת טאבה. בין הוועידות התנהלו מגעים אינטנסיביים ביותר להשיג הסדר מדיני כלשהו או לפחות הפסקת אש.
מאמצים אלו סוכלו מסיבות שונות, בהן הערכתו הגוברת של ערפאת כי המשך האש יביא לתוצאות מדיניות חיוביות מבחינתו ואי רצונו להתעמת עם גורמי השטח שחתרו להסלמה. מהצד הישראלי ניתן למנות את חולשתו של ראש הממשלה, את חוסר האמון בפלסטינים שחלחל גם לגורמים שקודם לכן היו מאמינים אדוקים בתהליך השלום, ואת המעבר לפעילות צבאית בעלת אופי שנקבע ברמה המקומית (והתעלם לעיתים קרובות מהשלכות נרחבות יותר).
החל מהתפטרותו של ברק, ב־9 בדצמבר, החלו להיערך גם מגעים חשאיים בין ראש האופוזיציה שרון לבין ערפאת. מרבית מגעים אלו התנהלו בציר עמרי שרון-מוחמד ראשיד. לאחר בחירתו של שרון לראשות הממשלה, הפכו מגעים אלו לרשמיים והחלו לכלול גם מגעים עם ערפאת (שרון האב סירב לפוגשו). מגעים אלו היו פחות נמרצים אולם נמשכו למעשה עד לפרשת קארין איי בתחילת 2002. החל מבחירתו ועד לאמצע אוקטובר 2001 העמיד שרון דרישה מקדימה לשבעה ימי שקט מוחלט, ללא טרור, כתנאי לפתיחת משא ומתן מדיני עם הפלסטינים. עמדה זו אף אומצה על ידי ממשל בוש ב־28 ביוני 2001.
לצורך שיפור התמודדות עם התקשורת בשפה הערבית אופיר גנדלמן מונה לדובר משרד החוץ בערבית (תפקיד חדש שלא היה קיים קודם).
גל הטרור והתגובות אליו
המאפיין העיקרי של האינתיפאדה השנייה היה גל פיגועי ההתאבדות, שבוצעו בידי כל ארגוני הטרור הפלסטינים ואף בידי נשים וילדים. פיגועי ההתאבדות גרמו למאות הרוגים ואלפי פצועים בישראל. בסך הכל, נרצחו באינתיפאדה למעלה מ-1,100 ישראלים ונפצעו כ־8,000.
בתחילת שנת 2001, בעקבות הוראתו של ערפאת, שוחררו כל המחבלים - לרבות פעילי חמאס והג'יהאד האיסלאמי - מכלאי הרשות והחלו לפעול לביצוע פיגועים. גורמי מודיעין בישראל העריכו בדיעבד כי הוראה זו ניתנה בכינוס של נציגי הארגונים עם ערפאת שנערך ברמאללה ב־11 בפברואר. חלק גדול מהפיגועים ב־2001 היה מכוון אל אזור העמקים והשרון (חדרה, עפולה, כפר סבא ונתניה), שהיה פרוץ יחסית ושכן קרוב למרכזי הטרור של ג'נין ושכם. ברצועת עזה החל ירי מרגמות החל מסוף ינואר, ב־30 בינואר נורו לראשונה מרגמות לעבר נצרים ואילו הירי הראשון לכיוון שדרות בוצע ב־16 באפריל (והביא לכניסה של צה"ל לבית חנון).
ההתנקשות בשר רחבעם זאבי שבוצעה ב־17 באוקטובר 2001 גרמה להסלמה נוספת כאשר צה"ל נכנס לכמה מהערים הפלסטיניות בגדה. ב־1 בדצמבר וביום שלמחרת בוצעו שני פיגועי התאבדות. לעומת זאת באמצע דצמבר נראה שהמצב נרגע כאשר ערפאת נאם בערבית ב־16 בדצמבר נגד הפיגועים, ב־22 בדצמבר אמנם נאסר על ערפאת לצאת למיסה בבית לחם, אולם למחרת נחשף סיכום על הפסקת אש (שנחתם על ידי שמעון פרס ואבו עלא). בסוף דצמבר נראה היה כי משתרר שקט ואנתוני זיני שהגיע כשליחו של נשיא ארצות הברית בוש ב־3 בינואר 2002 היה אמור למצוא אזור שקט. ב־2 בינואר תפסה ישראל את אוניית הנשק קארין איי. חשיפת הקשרים של המבריחים עם הרשות הביאה להתדרדרות מדינית מהירה, לצד נתק ביחסים של ארצות הברית עם הרשות הפלסטינית, קריאתה להחלפת ההנהגה הפלסטינית, ומתן יד חופשית לישראל לפעול כנגד הטרור. ב-10 בינואר הותקף מוצב אפריקה, הממוקם ליד מעבר כרם שלום, בהתקפה נהרגו 4 חיילים ישראליים מגדוד הסיור המדברי והשקט התערער. ב־14 בינואר חוסל בכיר גדודי חללי אל-אקצא ראאד כרמי, מה שהביא לכניסת הפת"ח למעגל הפיגועים בתוך תחומי הקו הירוק.
מרץ השחור ומבצע חומת מגן
התדרדרות צבאית חלה גם בשטחי יהודה ושומרון כשב־19 בפברואר נהרגו 6 חיילים בפיגוע במחסום עין עריכ על ידי חוליה פלסטינית, ושלושה ימים לאחר מכן הרג צה"ל 50 שוטרים פלסטינים במבצע הגדול הראשון נגדם. ככלל, החל מאמצע ינואר 2002 שוב גבר הטרור, והגיע לשיאו בחודש "מרץ השחור", שבו נרצחו למעלה מ־135 ישראלים בפיגועי התאבדות בישראל שהתרחשו בתדירות יומיומית: ב־2 במרץ נרצחו 11 אזרחים בשכונת בית ישראל בירושלים, למחרת נרצחו 7 חיילים ו־3 אזרחים ליד עפרה, ב־7 במרץ נרצחו 5 מתלמידי הישיבה בעצמונה, ב־9 במרץ נרצחו 11 בפיגוע בקפה מומנט בירושלים, ב־20 במרץ נרצחו 7 בפיגוע באוטובוס בוואדי עארה, והשיא היה בפיגוע במלון פארק בנתניה בליל הסדר, ה־27 במרץ שבו נרצחו 30 איש. בסה"כ אירעו ב־27 הימים הראשונים של מרץ 23 פיגועים בשטחי יהודה ושומרון ובשאר שטחי מדינת ישראל. בתגובה לאירועים אלו תקפה ישראל את השוטרים הפלסטינים ואת ארגוני הטרור במתקפה חסרת תקדים וב־10 במרץ הודיע הרמטכ"ל מופז כי כ־200 פלסטינים נהרגו על ידי ישראל. ניסיון של שרון למנוע את התדרדרות המצב על ידי ויתור על הדרישה של "שבעת ימי השקט" ב־8 במרץ לא הצליח למנוע את ההתדרדרות המהירה במצב. גם הגעתו של זיני השליח האמריקאי לאזור ב־14 במרץ לא מנעה את התדרדרות המצב. בסופו של דבר לאחר הפיגוע בנתניה בערב ליל הסדר הורתה ממשלת ישראל על פתיחת מבצע חומת מגן, שבמהלכו נכבשו כמעט כל הערים הפלסטיניות בשטחי יהודה ושומרון.
גם במהלך המבצע ואחריו התרחשו פיגועי תופת נגד ישראל (ב־29 במרץ התאבדה איאת אל-אח'רס בירושלים והרגה שני אזרחים, ב־31 במרץ התרחשו פיגוע במסעדת מצה בחיפה שבו נרצחו 15 איש ופיגוע באפרת שבו נפצעו 6 אנשים), אך הם פחתו באופן ניכר ומוקד הפעילות הדרים לאזור חברון וההתקפות עברו אל תל אביב וירושלים מאחר שמרכזי הטרור בג'נין ושכם ספגו מכות קשות במבצע "חומת מגן".
אחרי מבצע חומת מגן
התחדשות הפיגועים הביאה לקראת סוף יוני את ישראל לפתוח במבצע דרך נחושה. מבצע זה היה למעשה רצף ארוך של פעילות נגד ארגוני הטרור הפלסטיניים בגדה המערבית, שמייצב תפישה מבצעית חדשה בכל הנוגע למלחמה בטרור ביהודה ושומרון. בניגוד למבצע חומת מגן שבו הופעלה מסה צבאית באופן מרוכז, במבצע הופעלו הכוחות באופן מבוזר, במאות פעולות נקודתיות שבוצעו באופן אינטנסיבי ומתחדש. למעשה, במהלך המבצע נפרשו כוחות צה"ל באופן קבוע בשטחי יהודה, שומרון ועזה והקימו מערך הגנה וסיכול שכלל גם שינויים בשטח (הקמת גדרות, חפירת תעלות, הצבת מחסומים ועוד). ארגוני שמאל וארגוני זכויות האדם מתחו ביקורת על השיטות בהן נקט צה"ל, בייחוד על השימוש בעוצר, על הריסת הבתים והשימוש ב"נוהל שכן" ומאוחר יותר בנוהל סיר לחץ. הביקורת התבטאה גם בסרבנות מאורגנת לשרת בשטחים מצד התארגנויות של חיילים ("אומץ לסרב") ותנועות "יש גבול" ו"פרופיל חדש".
באוגוסט 2002, לאחר סיום מבצע דרך נחושה, סיכמו ישראל והפלסטינים על תוכנית "עזה ובית לחם תחילה" שבו נסוגה ישראל משטחה של בית לחם ומחלק מהעמדות בעזה. תוכנית זו נחלה הצלחה בשלביה הראשונים, ובאמצע אוקטובר הורחבה גם לחברון. בעקבות סדרה של פיגועי ירי קטלניים, הפיגוע בחוות הדלק והגז פי גלילות ופיגוע התאבדות באוטובוס בתל אביב הטילה ישראל מצור נוסף על המוקטעה ברמאללה (מקום משכנו של ערפאת) בין 19 ל־29 בספטמבר אבל נאלצה לסגת בעקבות לחץ אמריקאי. תוכנית "בית לחם תחילה" שהורחבה ל"יהודה תחילה" התמוטטה בעקבות הפיגוע בציר המתפללים שאירע בחברון באמצע נובמבר וצה"ל חזר לשלוט ישירות בעיר ולאחר מכן גם בבית לחם.
ב־2002 וב־2003 מיקדו המחבלים את התקפותיהם על אוטובוסים עמוסים במרכזי הערים הישראליות, אך בעיקר בירושלים, שהייתה הקרובה ביותר למרכזי הטרור בחברון ורמאללה. הפיגועים היו קטלניים ביותר וגרמו למאות הרוגים. הפיגועים הקשים באותה תקופה היו באוטובוס מספר 830 ליד צומת מגידו (17 הרוגים), באוטובוס מספר 32א בצומת פת בירושלים (19 הרוגים), במועדון "שפילד קלאב" בראשון לציון (15 הרוגים), באוניברסיטה העברית בירושלים (9 הרוגים), באוטובוס מספר 37 בחיפה (17 הרוגים) ובאוטובוס מספר 14א בירושלים (17 הרוגים).
לחלק מהפיגועים סייעו אנשים מקרב ערביי ישראל וערביי מזרח ירושלים (שהם בעלי תעודת זהות כחולה). חוליית סילוואן ממזרח ירושלים, שהופעלה על ידי החמאס, הייתה אחראית לפיגועים בקפה מומנט, באוניברסיטה העברית, בשפילד קלאב בראשון לציון וכן בניסיונות לפיגועים והטמנת מטענים בתשתיות אסטרטגיות. החוליה נעצרה בידי השב"כ. בצפון ובמשולש נחשפו הן חוליות טרור של ערבים ישראלים והן סייענים שהסיעו מחבלים מתאבדים.
שנת 2002 הייתה שנת השיא של העימות, ומבחינת ישראל גם השנה הקשה ביותר. במהלכה על פי נתוני השב"כ הוצאו נגד ישראל 53 פיגועי התאבדות, נרצחו 452 ישראליים ונפצעו 2,284.
את המציאות הביטחונית הקשה בשנתיים הראשונות של האינתיפאדה תיאר השופט אהרן ברק בפסק דין שניתן בספטמבר 2002 בעניין העברת בני משפחות של מחבלים מתאבדים מיהודה ושומרון לרצועת עזה: "מאז סוף חודש ספטמבר 2000 מתנהלת באזורי יהודה והשומרון וחבל עזה לחימה קשה. אין זו פעילות משטרתית. זהו סכסוך מזוין. במסגרתו בוצעו כ-14,000 פיגועים נגד החיים, הגוף והרכוש של אזרחים ותושבים ישראלים חפים מפשע ובהם זקנים וילדים, גברים ונשים. למעלה מ-600 אזרחים ותושבים של מדינת ישראל נהרגו. למעלה מ-4,500 נפצעו, חלקם באורח קשה ביותר.... השכול והכאב שוטפים אותנו. לחימתה של ישראל סבוכה היא. הצד הפלסטיני משתמש, בין השאר, בפצצות-אדם מונחות. מתאבדים אלה מגיעים לכל מקום בו מצויים ישראלים. הם זורעים הרג ודם בערים ובישובים. אכן, הכוחות הנלחמים בישראל הם טרוריסטים; הם אינם נמנים עם צבא סדיר; הם אינם לובשים מדים; הם מסתתרים בתוך האוכלוסייה הפלסטינית האזרחית באזור, לרבות במקומות קדושים; הם זוכים לתמיכת חלק מהאוכלוסייה האזרחית בכלל וכן לתמיכתם של בני משפחה וקרובים בפרט".
ההודנה
במרץ 2003 מינה ערפאת את אבו מאזן לראש ממשלת הרשות הפלסטינית. מסוף אפריל עד יוני אירעו מספר פיגועים בולטים: ב-30 באפריל במייק'ס פלייס (3 הרוגים), ב-18 במאי בגבעה הצרפתית שבירושלים (7 הרוגים), ב-19 במאי בעפולה (3 הרוגים) וב-11 ביוני בקו 14 בירושלים (17 הרוגים). ב-26 ביוני נרצח עמוס מנטין, טכנאי בזק. מנגד בפעולה של צה"ל ב-1 במאי בשכונת סג'עיה בעזה נהרגו 13 פלסטינים וב־21 ביוני בפעולה של הימ"מ נהרג עבדאללה קוואסמה, בכיר חמאס בחברון. אבו מאזן פעל להשגת הודנה, שהוסכמה לבסוף ב־26 ביוני 2003 (לאחר ועידת עקבה). בתקופת ההודנה חלה ירידה גדולה בכמות הפיגועים, אך עדיין בוצעו מספר פיגועי התאבדות קטלניים. ישראל בתגובה המשיכה לפעול נגד מחבלים, שלטענתה היו בגדר "פצצות מתקתקות". למרות זאת, ההודנה הייתה תקופה של שקט יחסי ונרשם בה מספר נמוך של הרוגים. ההודנה התאפיינה במאמצים מדיניים סביב מפת הדרכים, כמו גם בניסיון חזרה לשיתוף פעולה ביטחוני בין ישראל והרשות הפלסטינית. ההודנה קרסה באופן מעשי ב־19 באוגוסט. שני הצדדים האשימו זה את זה בהפרת ההודנה - ישראל ציינה את הפיגוע בקו 2 בירושלים באותו יום (23 הרוגים, ביניהם 7 ילדים, ו-130 פצועים) ואילו הפלסטינים את חיסולם של מוחמד סידר ב־15 באוגוסט ושל אסמאעיל אבו שנב ב־20 בו.
בעקבות קריסת ההודנה חידשה ישראל את מדיניות הסיכולים הממוקדים והחלה בסדרת פעולות ממושכת (אוגוסט-נובמבר) בחברון (ממנה יצא הפיגוע) שבהן נעצרו או נהרגו רוב מפקדי החמאס והג'יהאד האיסלאמי בעיר, ביניהם: נסים זעתרי, אחמד באדר, עז-א-דין מיסק ובאסל קוואסמה.
בשלהי 2003 בוצעו פיגועי תופת נוספים נגד ישראל, חלקם בהכוונת החזבאללה וסוריה. ב־4 באוקטובר 2003 ביצע הג'יהאד האיסלאמי פיגוע התאבדות במסעדת מקסים בחיפה בו נרצחו 21 בני אדם. בעקבות הפיגועים תקף חיל האוויר ישראל מחנה אימונים של מחבלים בסוריה, בסמוך לעין-צאחב, במטרה לאותת לסוריה לרסן את מפקדות ארגוני הטרור בתחומה.
בלימת הטרור
כבר משנת 2003 החלה ירידה בכמות הפיגועים המוצלחים ובכמות הנפגעים מפעולות טרור, אך השינוי הגדול התרחש בשנת 2004, אז ירד מספר ההרוגים הישראלים בכ־45%. השינוי מיוחס לגדר ההפרדה שהוקמה סביב השומרון, למודיעין והכרת השטח של השב"כ, לשליטה המלאה של כוחות צה"ל במרחב ובערים הפלסטיניות ולסיכולים שביצעו הכוחות. מוקדי הטרור שנותרו ביו"ש היו הערים שכם, ג'נין וחברון - שכתוצאה מכך שהו תחת כתר ממושך והוקפו ברשת מחסומים. רוב מנהיגי הטרור ומהנדסי הנפץ בגדה - בייחוד אלה של החמאס, הג'יהאד האיסלאמי (גא"פ) וגדודי חללי אל-אקצא חוסלו או נעצרו בידי צה"ל בגל של פעולות מתמשכות ויומיומיות. את החלל מילאו כנופיות מקומיות וחוליות תנזים שלדברי מומחים צבאיים מומנו והודרכו על ידי חזבאללה. בג'נין, זכה זכרייה זביידי לתשומת לב תקשורתית, בעיקר הודות לנגישות שהייתה לו לעיתונות הישראלית, לדמותו הציורית וכן לעניין שגילתה בו פעילת השמאל הרדיקלי טלי פחימה. סגניו של זביידי, מחמוד אבו שרף, מחמוד אבו ח'ליפה וכאמל טאהר - שהיו מעורבים במספר רב של פיגועים - חוסלו בידי כוחות הביטחון של ישראל אך זביידי הצליח להתחמק מניסיונות חיסול ולבסוף הכריז על הפסקת מעורבותו במעשי טרור, הכרזה שהקנתה לו חנינה זמנית מול צה"ל. במאי - יולי 2004 נערך בשכם מבצע אישית לוחצת בפיקוד מפקד אוגדת איו"ש, תא"ל גדי איזנקוט, במהלכו נהרגו כ-20 מחבלים ובהם מספר מחבלים ששימשו בתפקידים בכירים בארגוני הטרור. בספטמבר 2004, במהלך העבודה העיתונאית מטעם CNN בעזה נחטף על ידי חמושים פלסטינים העיתונאי ריאד עלי אך כעבור יממה הוא שוחרר.
בנובמבר 2004 החל מצב בריאותו של ערפאת להתדרדר, והוא הובהל לאשפוז בפריז (בפעם הראשונה לאחר שנים שלא הורשה לצאת מהמוקטעה ברמאללה). כעבור שבוע מת ערפאת בבית החולים וראשי הפת"ח החליטו למנות את מחמוד עבאס (אבו מאזן) ליורשו. ב־9 בינואר 2005 נערכו בחירות לנשיאות רשות הפלסטינית ובהן זכה אבו מאזן.
הפיגועים הבולטים שבוצעו בשנים 2004 ו־2005 היו באוטובוסים בירושלים (פיגוע אחד בוצע בסמיכות לדיון בבית הדין הבינלאומי לצדק על גדר ההפרדה), פיגוע כפול בבאר שבע (16 נרצחו) וב־2005: פיגועי התאבדות של הג'יהאד האיסלאמי מטולכרם בתל אביב (ה־Stage, חמישה נרצחו) ונתניה (קניון השרון, 5 נרצחו) ופיגוע בשוק בחדרה (6 נרצחו). שנת 2004 התאפיינה בהרבה ניסיונות פיגוע אך גם בסיכולים מוצלחים רבים של כוחות הביטחון, אך רק בשנת 2005 חלה גם ירידה בניסיונות לבצע פיגועים. זאת עקב מותו של יאסר ערפאת, הסכם הפסקת האש שהשיג אבו מאזן עם ארגוני הטרור והתמקדות תשומת הלב העולמית ברצועת עזה עקב תוכנית ההתנתקות.
בסוף ספטמבר 2005 נחטף בגדה ששון נוריאל על ידי החמאס במטרה להתמקח על שחרור אסירים (נוריאל לבסוף נרצח). חטיפה זו גרמה למעצרים המוניים של אנשי ארגוני הטרור במטרה למצוא את החטוף באמצעות חקירתם בישראל. מעצרים אלו לא עברו בשקט ובמהלכם נהרגו פלסטינים, כמעט כולם פעילי טרור, מה שגרם להתדרדרות משמעותית במצב ולגלישת האירועים גם לרצועת עזה.
תשתית הג'יהאד האיסלאמי בטולכרם המשיכה לנסות להוציא פיגועי התאבדות נגד ישראל. רובם סוכלו, אך שניים מהם הצליחו, בחדרה ובקניון השרון בנתניה. בפיגועים אלה נרצחו 11 בני אדם. מחסום פתע של צה"ל מנע פיגוע תופת קטלני שכוון נגד מופעי הילדים בחופשת חנוכה, המחבל התפוצץ על המחסום ומהפיצוץ נהרגו קצין בצה"ל ו-3 פלסטינים.
מ-2006 ואילך
בינואר 2006 ניצח חמאס בבחירות לפרלמנט הפלסטיני ובמרץ החל במגעים להרכבת הממשלה. ב-4 בינואר 2006 לקה אריאל שרון בשבץ מוחי ואהוד אולמרט תפס את מקומו בראשות הממשלה כממלא מקום ראש הממשלה.
חודש ינואר 2006 התאפיין בפיגועי ירי וסכינאות מצד הפת"ח, בהם נהרגו מספר ישראלים. חמאס הכריז על כוונתו לשחרר את רוצחי רחבעם זאבי ומזכ"ל החזית העממית לשחרור פלסטין אחמד סעדאת שהוחזקו בכלא יריחו במסגרת "הסכם רמאללה" שנחתם ב-2002. ב-14 במרץ 2006 עזבו הפקחים הזרים את הכלא מחשש לחייהם וכעבור זמו קצר החל מבצע הבאת ביכורים: כוחות צה"ל כתרו את המתחם וכלי צמ"ה ממוגנים החלו להרוס את המבנה עד שהמבוקשים הבכירים נכנעו והסגירו את עצמם. בעקבות המבצע איימו הפלסטינים, לרבות החמאס בגל פיגועי נקמה. מנגד, מצבה הכלכלי של הרשות הפלסטינית המשיך להתדרדר. ב-31 במרץ הצליח הפת"ח לבצע פיגוע התאבדות בקדומים בו נרצחו 4 אנשים.
בשנים 2005–2007 עבר מרכז הטרור ביהודה ושומרון לשכם ומחנות הפליטים שמסביבה, ובמסגרת הפעילות הטרוריסטית גויסו אף נערים ותלמידי תיכון לבצע פיגועים (המפורסם שבהם הוא חוסאם עבדו בילאל שנתפס במחסום חווארה ב-24 במרץ 2004). צה"ל המשיך בפעילות סיכולית אינטנסיבית יומיומית שכללה פשיטות, מעצרים, הריגת מחבלים ופיצוץ מעבדות נפץ. הפעילות נשאה פרי וכמעט כל הפיגועים שעמדו לצאת בשנים אלה סוכלו בידי כוחות הביטחון (צה"ל, שב"כ, ימ"מ ומג"ב).
עקב דעיכת הטרור ביהודה ושומרון, ביצוע תוכנית ההתנתקות וניצחון חמאס בבחירות לפרלמנט הפלסטיני, עבר מוקד האלימות לרצועת עזה שם החלו ארגוני הטרור בירי רקטות קסאם לעבר יישובים ישראלים בעוטף עזה באופן קבוע.
הלחימה ברצועת עזה
במהלך כל שנות האינתיפאדה יצאו רק מעט פיגועי התאבדות מרצועת עזה לישראל, בזכות הגדר המקיפה את הרצועה ומונעת מעבר אדם. פיגועים רבים נעשו נגד ההתנחלויות ברצועת עזה ונגד חיילי צה"ל. בנוסף, הקימו הפלסטינים ברצועה "ארגון גג" לארגוני ההתנגדות והטרור, שנקרא ועדות ההתנגדות העממית ומנהיגיו הבולטים היו ג'מאל אבו סמהדאנה ועבד יוסף קוקה.
הלחימה בשנים 2000-2003
עיקר פעילות הטרור ברצועת עזה בשנים אלה כללה פיגועי ירי ומטענים אל עבר שיירות צבאיות ואזרחיות שנעו על הצירים ברצועה. זכור מכולם הוא הפיגוע באוטובוס הילדים ב-20 בנובמבר 2000, שבו נרצחו שניים מתושבי כפר דרום וילדים רבים נפצעו. בתגובה לפיגועים אלה נהג צה"ל לבתר זמנית את הרצועה ל-3 חלקים על ידי הקמת חסימות לאורך ציר טנצ'ר (המשתרע מצפון לדרום במרכז הרצועה) וחוף הים. בנוסף, דחפורים חישפו שטחים מסביב לצירי התנועה על מנת לתת מרחב התרעה לכוחות ולמנוע מהמחבלים מקומות מסתור שיאפשרו להם לבצע מארבי ירי או להטמין מטענים בסתר. פעולות החישוף הקטינו באופן ניכר את כמות הפיגועים על הצירים, למעט בציר קרני-נצרים (המחבר בין מעבר קרני לנצרים) וציר כיסופים (שהוביל לגוש קטיף) שנחלש על ידי חאן יוניס.
הפלסטינים הפעילו מטעני גחון כבדים שהשמידו 4 טנקים על צוותיהם, וביצעו שורה של פיגועי ירי ומטענים אל עבר ציר כיסופים המחבר את גוש קטיף עם יישובי עוטף עזה. בד בבד, גבר הירי של נשק תלול מסלול - בעיקר רקטות קסאם ופצצות מרגמה על ההתנחלויות ברצועת עזה והיישובים הסמוכים לה. החל מ-14 בספטמבר 2001 בוצעו התקפות על מעבר ארז שהתחזקו ככל שחלף הזמן, ושהגיעו לשיאן בשנים 2003–2004 בהן בוצעו עשרות התקפות על המעבר ואזור התעשייה המשותף, שגרמו לנפגעים רבים וכתוצאה מכך לסגירת רוב המפעלים הישראליים באזור ואובדן פרנסה לאלפי פלסטינים.
אחד ממוקדי העימות ברצועת עזה היה ציר פילדלפי: רצועה צרה שנותרה בידי ישראל לאחר הסכמי אוסלו על מנת למנוע הברחות נשק לתוך הרצועה. הפלסטינים, שניסו נואשות להשיג תחמושת ונשק כבד יותר, החלו לחפור מנהרות לעבר העיר רפיח המצרית ולהיעזר בשירותי המקומיים המצריים על מנת להבריח כמויות אדירות של נשק לרצועה. בתגובה על גילוי מנהרות ההברחה החלה ישראל להגביר נוכחות על הציר: חיל ההנדסה ופיקוד הדרום הקימו את פלוגת צמ"ה עזה ("אבירי הפלדה") וצוות מיוחד שהוקדש ללחימה במנהרות ההברחה, וכוחות צה"ל ביצעו פעולות חישוף על מנת לגלות מטעני צד וגחון ופתחים של מנהרות הברחה. כדי לסכל את פעילות צה"ל ירו המחבלים עשרות רקטות נ"ט אל עבר כוחות צה"ל שנעו בציר. בתגובה לירי הכבד, ביצע צה"ל פעולות חישוף גדולות ממדים ובהם הרסו דחפורים משוריינים מאות בתים שנשקו לגבול וצפו על מוצבי צה"ל. במקביל, החל חיל ההנדסה בבניית מערכת ביצורים לחיילי ששמרו בציר שכללה קיר שיגומים מברזל ומוצבים משודרגים. ההריסות ההמוניות ברפיח זכו לביקורת בינלאומית רבה, ומספר תקריות - כגון מותה בתאונה של פעילת השמאל האמריקנית, רייצ'ל קורי, ואסון הנגמ"שים - הביאו את הציר לתשומת לב הציבור הישראלי והקהילה הבינלאומית.
בספטמבר 2003 במבצע קטיף כלניות הוחמצה הזדמנות לחסל את צמרת החמאס אך לראשונה מנהיג החמאס אחמד יאסין היה יעד לחיסול למרות היותו "מנהיג פוליטי".
שנת 2004 : המבצעים הגדולים
מאבקה של ישראל בטרור הפלסטיני הסלים בחודש מרץ 2004, עם חיסולו של אחמד יאסין, מנהיג החמאס. בחיסולו הראתה ישראל, שגם "מנהיגים פוליטיים" בכירים, המעודדים טרור, אינם חסינים מפגיעה. חודש לאחר מכן, חוסל יורשו של יאסין, עבד אל-עזיז רנטיסי. אחרי צמד החיסולים, ישראל זכתה לארבעת החודשים השקטים ביותר מאז פרוץ המאורעות האלימים. בתקופה זו לא הצליחו ארגוני הטרור לבצע פיגועי התאבדות בתוך ערי ישראל, ונרצחו 25 ישראלים (מהם 13 חיילים). בחודש מאי 2004 חלה הסלמה בטרור ברצועה, כאשר מחבלים מוועדות ההתנגדות העממית רצחו את טלי חטואל וארבע בנותיה בציר כיסופים ושבועיים אחר כך פוצצו שני נגמ"שים של צה"ל (ראו: אסון הנגמ"שים).
מיד אחרי סיום פעולות החיפוש אחרי שרידי הגופות, פתח צה"ל במבצע קשת בענן כדי להרוס את תשתית הטרור ברפיח. במבצע נהרגו 40 מחבלים ו־12 אזרחים פלסטינים ונהרסו 56 מבנים. בפעולה לא נפגע אף חייל ישראלי.
ב־30 בספטמבר 2004, בעקבות התקפת רקטות קסאם שהרגה ילד ופעוטה בשדרות, פתח צה"ל במבצע ימי תשובה בצפון רצועת עזה במטרה למנוע שיגור רקטות ופגיעה במחבלים. במהלך המבצע פעל צה"ל בעיירות בית חאנון ובית לאהיא, אך בייחוד במחנה הפליטים ג'באליה. במסגרת הפעולה נהרגו כ־130 פלסטינים (בישראל טוענים שרובם היו מחבלים, לפי עיתון "הארץ" כ־87 היו חמושים/מחבלים וכ־42 היו אזרחים), וחוסלו 10 חוליות קאסם. כ־70 מבנים נהרסו ושטחים חושפו בצפון-מזרח ג'באליה. במהלך המבצע הועלו האשמות כנגד אונר"א, סוכנות הסיוע של האו"ם לפליטים הפלסטינים, שמתקניה, רכביה ועובדיה מסייעים לפעילות טרור, כאשר דובר צה"ל שלח לרשתות טלוויזיה זרות קלטת של אמבולנס שלתוכו הוכנסו טילי קסאם. הסרט בסופו של דבר לא הציג ראיות חד משמעיות ופגע באמינות דובר צה"ל, אך פליטת פה של פטר הנסן, הנציב הכללי של אונר"א, הביאה בסופו של דבר להדחתו. המבצע הסתיים ב־15 באוקטובר.
בחודש דצמבר 2004 - הופגזו יישובי גוש קטיף באופן מסיבי בפצצות מרגמה ורקטות קסאם. ב־12 בדצמבר מחבלי החמאס פוצצו את מוצב JVT באמצעות מנהרת תופת, וגרמו למותם של 5 חיילים מגדוד הסיור הבדואי. לקראת סוף החודש החלו להמחבלים לירות טילי קאסם גם על שדרות. צה"ל ביצע מספר פעולות נקודתיות בח'אן יונס וצפון הרצועה.
תהדיאה (הרגיעה)
בפברואר 2005 נערכה פסגת שארם א-שייח' בין אריאל שרון למחמוד עבאס בה ישראל הסכימה להקפיא את מדיניות החיסולים והריסת הבתים וזאת בתמורה להפסקת פעולות הטרור על ידי הפלסטינים. זה יחד עם התקדמות יישומה של תוכנית ההתנתקות הביאו את הרשות הפלסטינית וארגוני הטרור להגיע להסכם פנימי ביניהן על הפסקת אש ושינויים פנימיים ברשות הפלסטינית. על אף שבדיונים המוקדמים דובר על חזרה ל"הודנה", הוחלט בסוף על הכרזת "הרגעה" (בערבית: تهدئة; תהדיאה). אף שבפועל החלה הרגיעה עם התדרדרות מצבו של ערפאת בנובמבר 2004 הרי שרשמית היא החלה רק לאחר חתימת הסכם קהיר ב־17 במרץ 2005 (תקציר מופיע כנספח באתר ממר"י שבו מופיעה התחייבות ל"הרגעה" עד סוף 2005. ה"הרגעה" לא הביאה להפסקה מוחלטת של פעולות הטרור, אולם מספרן ירד באופן חד (בייחוד מספרם של פיגועי-ההתאבדות) ועודד דיבורים על סיום האינתיפאדה.
התחדשות בהפגזות על שדרות ויישובי גוש קטיף חלה בחודשים מאי ויוני 2005. רוב הפרשנים טענו שירי חמאס נגד ישראל נועד דווקא כדי לאותת לאבו מאזן מי בעל הבית ברצועת עזה, ושהחמאס לא יסבול את דחיית הבחירות. שיא הירי התרחש ב־7 ביוני ובו נורו יותר מ־9 רקטות קסאם, 5 פצצות מרגמה ו־5 טילי נ"ט. מהירי נהרגו בגני טל פועל זר, ושני עובדים פלסטינים. הירי הכבד התחדש שוב ב־14 ביולי וגרם להרוגה ישראלית ביישוב נתיב העשרה מצפון לרצועה. אחרי תגובה ממוקדת של ישראל וביקור באזור של קונדוליזה רייס נמנעה תגובה צבאית ישראלית מסיבית. במקביל להורדת האש הישראלית, החלו עימותים פנימיים בין הרשות הפלסטינית לחמאס אשר גרמו ל-2 הרוגים ולעשרות פצועים, ותנועת החמאס החליטה, בהדרגה, להפסיק את ההפגזה. במשך חודש יולי (ובעיקר בין 16 ו-21 לחודש) הירי חדל סופית, בעקבות הקרבה לתוכנית ההתנתקות ורקטת קסאם שהחטיאה את מטרתה, הרגה פעוט פלסטיני בבית חאנון.
בעקבות הכרזתו של אריאל שרון על תוכנית ההתנתקות, החלו פגישות תיאום בין ישראל לפלסטינים על מנת להסדיר את היציאה בעזה כך שתעבור בשקט. רוב הפגישות התקיימו בין שאול מופז למוחמד דחלאן, שהתחייב לפרוס 7,500 שוטרים פלסטינים שימנעו אלימות בעת פינוי ההתנחלויות. במהלך פינוי היישובים, הפלסטינים שמרו על שקט כמעט מוחלט, וגורמים באמ"ן טענו כי הארגונים הפלסטינים אינם רוצים להצטייר בתור אלו שמחבלים בנסיגה. גם לאחר שני פיגועי טרור יהודיים, שאחד מהם נעשה בתושבי שפרעם ואחד מהם בשטח הרשות, נשמר האיפוק. לאחר השלמת פינוי גוש קטיף, הודיע אבו מאזן שהעם הפלסטיני עובר מ"הג'יהאד הקטן" - נגד ישראל - ל"ג'יהאד הגדול" - בניית מדינה פלסטינית משגשגת. רבים בישראל התייחסו להודעתו בחוסר רצינות אך בתקווה.
לאחר ביצוע ההתנתקות
אחרי ביצוע תוכנית ההתנתקות גבר ירי רקטות הקסאם והגראד מרצועת עזה על ישראל ובפרט על יישובי עוטף עזה, כאשר חמאס משתלט על הרצועה והופך לשליטה בפועל, ואילו ישראל הגיבה בפעולות צבאיות שכללו סיכולים ממוקדים, תקיפות אוויריות ומספר מבצעים גדולים. אחרי ההתנתקות בנתה ישראל מערך ביצורים סביב הרצועה, המכונה ציר הוברס, על מנת למנוע התקפות טרור על יישוביה, בעיקר פיגועי חדירה ומיקוח. בתגובה לירי הרקטות וחטיפת גלעד שליט הכריזה ישראל על ממשלת חמאס ברצועה כ"יישות עוינת", סגרה ישראל את המעברים לרצועה והטילה עליה סגר (אך התירה מעבר סיוע הומניטרי לרצועה).
אירועים בולטים שהתרחשו מאז ההתנתקות באוגוסט-ספטמבר 2005 עד סוף אוגוסט 2014 כוללים את:
דעיכת האינתיפאדה ופיגועי טרור לאחריה
בעקבות השתלטות חמאס על רצועת עזה, פירוק ממשלת חמאס בידי אבו מאזן והקמת ממשלת פת"ח ברשות סלאם פיאד, הפסיקו ישראל וארצות הברית את החרם על הרשות, ופעלו לחיזוק אבו מאזן מול חמאס. שיאו של תהליך זה היה בועידת אנאפוליס (27 עד 28 בנובמבר 2007) שמטרתה הייתה להתניע מחדש את התהליך המדיני והמשא ומתן על הסכם קבע. הוועידה הסתיימה בהצהרה משותפת של ישראל והפלסטינים על פתיחת משא ומתן בין הצדדים ב-12 בדצמבר. ישראל, במחווה לאבו מאזן, שחררה כ-800 אסירים פלסטינים, בשתי קבוצות, שהאחרונה ביניהן שוחררה ב-3 בדצמבר 2007 וכללה 429 אסירים. הרשות תגברה את מאמציה לתיאום ביטחוני עם ישראל ולמאבק בארגונים חמושים וארגוני טרור, אך נערכו גם ניסיונות לביצוע פיגועים: בפיגוע ירי שביצעו שוטרים פלסטינים נרצח מתנחל ישראלי, וב-28 בדצמבר 2007 התרחש הפיגוע בנחל תלם. ב-10 בינואר 2008 ביקר נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש בישראל וברשות הפלסטינית על מנת לקדם את התהליך המדיני.
ב-6 במרץ 2008 התרחש הפיגוע בישיבת מרכז הרב; מחבל תושב מזרח ירושלים חדר לישיבת מרכז הרב בירושלים ורצח 8 מתלמידי הישיבה. בחודש יולי 2008 התרחשה סדרת פיגועים במרכז ירושלים. ב-2 ביולי 2008 ביצע תושב מזרח ירושלים פיגוע דריסה באמצעות יעה אופני. בפיגוע נרצחו 3 אנשים, נפצעו למעלה מ-30 ונגרם נזק לאוטובוסים וכלי רכב. ב-12 ביולי ירו מחבלים אל עבר שוטרים בשער האריות; שוטר מג"ב שנפצע מן הירי מת מפצעיו מאוחר יותר. ב-22 ביולי 2008 שוב ביצע תושב מזרח ירושלים פיגוע דריסה באמצעות יעה אופני בלב ירושלים. בפיגוע נפצעו 24 אנשים. המחבל חוסל על ידי אזרח ישראלי. בשני המקרים הראשונים נהרג המחבל על ידי חייל, אשר הגיע למקום הפיגוע.
סיום האינתיפאדה
על אף העובדה שיש הסכמה רחבה שהאינתיפאדה השנייה הסתיימה (עקב דעיכה דרסטית של מקרי האלימות), תאריך סיומה שנוי במחלוקת, שכן אין אירוע משמעותי מוגדר שהביא לסיומה. פרשנים כמו סבר פלוצקר סבורים שהאינתיפאדה הסתיימה בסוף 2004 עם מותו של יאסר ערפאת בנובמבר 2004, אז איבדו הפלסטינים את מנהיגם הוותיק והמאחד, דבר שהוביל לפגיעה במומנטום של גל הטרור ולהתדרדרות הפלסטינים למלחמות פנימיות (הידועה בהן היא עימות חמאס-פת"ח, אך היו גם עימותים בתוך הפת"ח). תוכנית ההתנתקות והנסיגה של ישראל מרצועת עזה בסוף אוגוסט 2005 נחשבת גם היא למאורע ותאריך שמסמן את סוף האינתיפאדה השנייה. מחמוד עבאס (אבו מאזן), שירש את ערפאת כראש הרשות הפלסטינית, הצהיר לפני פסגת שארם א-שייח שזה סימן לסוף האינתיפאדה. בפסגה עצמה הכריז עבאס שהאלימות תסתיים, ושאריאל שרון הסכים לשחרר 900 אסירים ולסגת מהערים הפלסטיניות ביהודה ושומרון. יש הרואים בכך סיום רשמי לאינתיפאדה. אף על פי כן, האלימות והטרור לא נפסקו לגמרי ונמשכו במינון לא זניח עד 2007. ביולי 2007 נחתם הסכם המבוקשים במסגרתו נכנעו למעשה פעילי הטרור המרכזיים באיו"ש והניחו את נשקם בתמורה להפסקת המצוד עליהם. בעקבות ההסכם למשך מספר שנים נפסקו כמעט לגמרי הפיגועים כנגד ישראל משטחי איו"ש, למעט אירועים של זריקות אבנים ובקת"בים בתוך שטח הגדה. לעומת זאת, ברצועת עזה, עליה השתלט החמאס, הלחימה נמשכת עד היום.
למרות השיחות המדיניות, לא הושגה התקדמות במשא ומתן בין ישראל לרשות הפלסטינית. ביטוי להתדרדרות היחסים היו ירי הרקטות המסיבי על ישראל מרצועת עזה ומבצע עופרת יצוקה שבא בתגובה לו. עם בחירתם של בנימין נתניהו לראש ממשלת ישראל ושל ברק אובמה לנשיא ארצות הברית ב-2009, נכנסו המגעים לקיפאון.
אבדות
על פי נתוני השב"כ, החל מ-29 ספטמבר 2000, ועד סוף שנת 2009 נהרגו 1,178 ישראלים ו-50 זרים בפיגועי טרור פלסטינים ונפצעו 8,022 בני אדם. כ-70% מההרוגים הם אזרחים וה-30% הנותרים הם אנשי כוחות הביטחון (לרבות חיילים שנהרגו מפיגועים בעורף). כנגד ישראל בוצעו למעלה מ-20 אלף פעולות טרור, ביניהן 144 פיגועי התאבדות (על ידי 161 מחבלים מתאבדים) בהם נרצחו 516 ישראלים ונפצעו 3,428 ישראלים.
על פי עיתון "הארץ", במהלך שנות העימות נהרגו 3,333 פלסטינים (מספר הכולל מחבלים מתאבדים ונפגעי תאונות בעת טיפול בחומר נפץ) ונפצעו כ-30 אלף בני אדם. לפי ארגון "בצלם", עומד מספר ההרוגים על 3,329 איש, אולם מספר זה אינו כולל מחבלים מתאבדים ומחבלים שנהרגו ב"תאונת עבודה". כ-1,200 פלסטינים נהרגו במבצע עופרת יצוקה ויש המונים גם אותם בהרוגי האינתיפאדה. ההערכה המקובלת היא שבערך שליש (ולפי טענת "בצלם": כמחצית) מן ההרוגים הפלסטינים היו אזרחים עוברי אורח, וכל השאר חמושים או פעילי טרור.
מלבד האבדות בלחימה, ובמיוחד לאחר עליית החמאס לשלטון, בידוד הרשות והתדרדרות המצב הכלכלי, במיוחד ברצועת עזה, גרמו התנאים הרפואיים והתזונתיים הירודים ואי-אספקת תרופות, לפגיעה קשה באוכלוסייה הפלסטינית ולמותם של רבים. על פי ארגון האו"ם, יוניצ"ף, 1 מכל 3 תינוקות פלסטינים שמתו בבית חולים, מתו ממחסור בתרופות ובתנאים בסיסים.
מטרת הלחימה
הגדרת מטרות הלחימה של הפלסטינים השתנתה הן על פני הקשת הפוליטית הפלסטינית והן על פני רצף הזמן. ככלל, אנשי החמאס, הג'יהאד האסלאמי, ארגוני הסירוב וכן הפלגים הקיצוניים של גדודי חללי אל-אקצא, הציגו את מאבקם כמיועד לחיסולה של מדינת ישראל. הצגת מטרת הלחימה על ידי הפת"ח והרשות הייתה מעורפלת יותר ומשתנה, בעיקר כתלות בקהל המאזינים וברמת האלימות בשטח אולם לרוב הציגו גורמים אלו את מטרות הלחימה כרצון להחזיר את ישראל לקווי 1967 (כולל בירושלים) ולהביא לפתרון בעיית הפליטים או מימוש זכות השיבה. מטרה שנוספה בדיעבד ללחימה הפלסטינית היא שחרור אלפי אסירים הכלואים בישראל, חלקם ותיקים וחלקם חדשים שנעצרו במהלך האינתיפאדה.
מטרת ישראל במהלך הלחימה לא הוגדרה רשמית מעולם, לא על ידי הממשלה ולא על ידי צה"ל. משה יעלון, סגן הרמטכ"ל בעת תחילת הלחימה והרמטכ"ל בהמשכה, הגדיר את מטרת הלחימה כ"צריבה תודעתית". הוא הגדיר את יעד הלחימה כהנעת הפלסטינים להבין כי לא יוכלו להשיג את מטרותיהם על ידי פעולות טרור. יעד אחר שנעשה ניסיון לממשו בפועל הוא צמצום הנפגעים הישראלים. נדחו תביעות של השמאל להגדיר את מטרת הלחימה כמיועדת להגיע בסופו של דבר למצב של משא ומתן עם הפלסטינים.
הטקטיקה
העימות בין ישראל לפלסטינים הוגדר והתנהל ברובו כעימות נמוך עצימות (LIC) וכשכזה כלל בעיקר לוחמה זעירה מצד ישראל והפלסטינים. ישראל התמקדה בלוחמה בשטח בנוי ופעולות לוחמה בטרור ואילו הפלסטינים התמקדו בפעולות טרור וגרילה.
טקטיקות ותרגולות שישראל נקטה נגד הפלסטינים כוללות:
נקודת המפנה בשינוי בטקטיקות הישראליות היה מבצע חומת מגן בו כבש צה"ל מחדש את רוב יהודה ושומרון וחשף כמות אדירה של חומרי טרור ואמצעי לחימה. בהמשך הגביר צה"ל את שליטתו על השטח והודות למודיעין של השב"כ סיכל מאות פיגועים. כתוצאה מכך, חלה ירידה משמעותית בכמות הטרור היוצא מיהודה ושומרון. ברצועת עזה, מנגד, חלה הסלמה בלחימה, וזו המשיכה גם לאחר תוכנית ההתנתקות שבה פונו ההתנחלויות וכוחות הצבא ברצועה.
בלחימה נטלו חלק צה"ל, השב"כ, מג"ב ומשטרת ישראל, שהפעילה יחידות מיוחדות בהן הימ"מ, ימ"ס ומערך החבלה.
טקטיקות שהפעילו הפלסטינים כוללות:
פעילות הטרור הפלסטינית גרמה ללמעלה מ-1,115 הרוגים ישראלים, רובם הגדול אזרחים ורק מיעוטם חיילים קרביים שנהרגו בעת לחימה. בעימותים הצבאיים עם כוחות צה"ל הייתה ידם של הפלסטינים על התחתונה, וברוב המבצעים הגדולים ספגו הפלסטינים אבדות כבדות לעומת האבדות שהסבו לכוחות צה"ל.
שלבים מוקדמים
בשלבים המוקדמים של האינתיפאדה, כלי התקשורת בעולם גילו אהדה לצד הפלסטיני ועוינות לצד הישראלי.
המשרתים בכוחות הביטחון לא הוכשרו להתמודדות עם הפגנות, ואת המהומות האלימות שהתעוררו לאחר ביקורו של אריאל שרון בהר הבית פזרה המשטרה באמצעים שעמדו לרשותה, תוך גרימת פגיעות בנפש. כתבות שונות ששודרו ברחבי העולם בחודשים לאחר מכן, בהן נראו מעשי זוועה לכאורה שחיילי צה"ל ביצעו במהומות של אותם ימים (אחד האירועים הבולטים ביותר היה מותו של מוחמד א-דורה), זכו לתשומת לב רבה ועוררו זעם רב והפגנות מחאה (אם כי על חלק מהכתבות נטען שהן מבוימות; ראה מוחמד א-דורה), בעוד שדיווחים על פיגועים בשטחה של ישראל זכו לסיקור מועט.
בשלב זה, כניסה של כוח חמוש או טנקים לתוך מחנה פליטים הייתה מלווה בגינויים רבים מרוב המעצמות, כאשר המבקרת הפחות תוקפנית מביניהן הייתה ארצות הברית, הידועה ביחסיה החמים עם מדינת ישראל. טקטיקת הסיכול הממוקד זכתה לגינויים רבים גם כן, אך ישראל טענה שהיא מוצדקת בגלל מעשיו של המבוקש ההרוג. בשלב זה, מערכת הביטחון אולצה לא פעם להימנע מתגובה קשה לפיגועים נגד ישראל בשל החשש מהחרפת היחסים עם מדינות העולם. מלבד הכרזות שונות על חרם כלכלי, המתקפות על ישראל הגיעו לשיאן בועידת דרבן ב-2001 שבמהלכה הושוותה הציונות לגזענות ומעשיה של מדינת ישראל הושוו למעשיה של גרמניה הנאצית בשואה. בעקבות השוואה זאת, הוחזרו לארצם נציגיהן בוועידה של ישראל וארצות הברית.
הוכחות למעורבות פלסטינים בטרור (תפיסת אמצעי לחימה ומסמכים הקושרים אישים ברשות הפלסטינית לטרור) וכן התגברות הטרור העולמי (פיגועי 11 בספטמבר) האטו את מגמת ההשתלחות בישראל ואפשרו למערכת הביטחון לפעול ביד קשה יותר נגד הטרור הפלסטיני, אך עדיין לא באופן חופשי. פגיעות מקריות של חיילי צה"ל בעוברי אורח המשיכו לעורר גינויים קשים.
בעקבות התגברות פיגועי הטרור, יצא צה"ל למבצע חומת מגן. בקרב בג'נין הפלסטינים טענו כי מתבצע טבח בעיר (לפי טענות ישראל גופות פלסטיניים שמתו לפני המבצע הוצאו מקבריהן כדי להגדיל את מספר הגופות ובכך להעצים את הזעזוע) מה שעורר במשך זמן קצר הפגנות רבות בעולם. לטענת ישראל, מרבית הדיווחים בתקשורת היו מוטים לטובת הפלסטינים (חלקם מסולפים, כמו דיווח של ה-BBC בו פיצוץ של מעבדת חבלה הוצג כפיצוץ של בית תמים למראה). הסרט של מוחמד בכרי "ג'נין ג'נין" אמנם יישר קו עם הגרסה הפלסטינית, אך בסופו של דבר גם האו"ם הודה בטעותו וקבע שבג'נין לא אירע טבח. בשנים אלו הוצגו יצירות קולנועיות ומיצגים אמנותיים שונים שנגעו לאינתיפאדה וגרמו לזעזוע בישראל - חלקם זכו גם בפרסים בפסטיבלים שונים.
גדר ההפרדה
בשנת 2003 החלה ישראל בהקמתה של גדר הפרדה, שתחצוץ בין השטחים שבהם מתגוררים הפלסטינים ביהודה ושומרון ובין השטחים הישראלים, כדי לצמצם את האפשרות של מחבלים מתאבדים להיכנס לשטחי ישראל גופא. הקמת הגדר ספגה ביקורת כיוון שחלקים ממנה תוכננו להקמה ממזרח לקו הירוק, ובחלק מהמקרים היא אף תוכננה לחצות יישובים פלסטינים, תוך איבוד שטחים חקלאיים שלהם. הוויכוח על הגדר נסוב אף סביב המינוח - "גדר" או "חומה" (התנגדותה של ישראל למילה חומה נבעה מתדמיתה של חומת ברלין). ישראל טענה שהגדר מיועדת להגנה מפני טרור ואכן מצליחה למנוע פיגועים רבים, ומתנגדיה טענו שהיא כולאת את הפלסטינים, ושמטרתה אינה רק להגן מפני טרור אלא גם לספח שטחים לישראל ולקבוע עובדות בשטח להסכם עתידי, ולכן יש להסירה. הוויכוח על הגדר נגרר לדיונים בבית הדין הבינלאומי לצדק בהאג, אליהם הוטס במיוחד על ידי ישראל שלדו המפויח של אוטובוס בו אירע פיגוע, אך בסיכום הדיונים לא התקבלה החלטה שמחייבת את ישראל לפרק את הגדר.
שלבים מאוחרים
לאחר מותו של יאסר ערפאת וחיסולה של מרבית הנהגת החמאס, בעקבות המעטת השימוש בסיכולים ממוקדים ובפעילויות צבאיות בהיקף גדול וכן בשל מספר אירועים חשובים שהתרחשו בשנותיה האחרונות של האינתיפאדה כגון ביצוע תוכנית ההתנתקות, המלחמה בעיראק ומלחמת לבנון השנייה, הוסטה תשומת הלב העולמית מהסכסוך הישראלי-פלסטיני אל מוקדים אחרים. הסטת תשומת הלב תרמה לרגיעה היחסית ששררה בין ישראל לארגונים הפלסטיניים (במקביל לפעילות מוצלחת של סיכול פיגועים). השתלטות החמאס על רצועת עזה קבעה את תדמיתו השלילית בדעת הקהל ונתנה לצה"ל חופש יחסי בפעילותו נגד משגרי הקסאם.
בעקבות נאומו של נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש בפני מועצת זכויות האדם של האו"ם, נשיא המועצה הודה בספטמבר 2007 כי תשומת לב רבה מדי הוקדשה לסכסוך הישראלי-פלסטיני בעוד הביקורת של מוקדי עימות אחרים הוזנחה, ושעל המועצה "לבחון את מעשיהם של כל הצדדים ולא רק של מדינה אחת".
ישראל
המשך פיגועי ההתאבדות ותרומתה של הרשות הפלסטינית לטרור גרמו לעוינות וחשדנות גוברת בציבור הישראלי כלפי הציבור הפלסטיני, ולהטלת ספק בכך שיש פרטנר לשלום. אריאל שרון הצליח גם לשכנע מנהיגים בעולם - לרבות נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש - שיאסר ערפאת מעורב בטרור ולכן איננו פרטנר. תזת ה"אין פרטנר" פגעה קשות בשמאל הישראלי, בעיקר במפלגת מרצ, שהתמיכה בה קטנה מאוד. בבחירות 2003 קרסו מפלגות השמאל בכנסת וזכו למספר כולל של 36 מנדטים (8 מתוכם של המפלגות הערביות). הליכוד זכה ב־38 מנדטים (40 לאחר האיחוד עם ישראל בעליה), שינוי ב־15 ואילו האיחוד הלאומי, זכתה ב־7 מנדטים.
פיגועי 11 בספטמבר הביאו לחשש בישראל כי הממשל האמריקאי ינסה לקנות את תמיכתן של מדינות ערב באמצעות פגיעה בישראל, תוך יצירת הבחנה בין "טרור מקומי" (אליו ישויכו הארגונים הפלסטינים) לבין "טרור עולמי" (אליו ישויך אל-קאעידה). חששות אלו הביאו את שרון לנאום ב־4 באוקטובר 2001 את "נאום צ'כוסלובקיה" בו רמז על הפקרת צ'כוסלובקיה בידי בעלות בריתה בהסכם מינכן, והודיע כי ישראל לא תהיה מוכנה לפגיעה בה בניסיון לפייס את הערבים. על אף שהחששות התבדו לבסוף ואף התברר כי הפלסטינים היו הנפגעים העיקריים מהמלחמה כנגד הטרור, הרי שבינתיים נאלץ שרון להכריז ב־23 בספטמבר כי הוא מוכן להקמת מדינה פלסטינית ולהסכים לפגישת פרס עם ערפאת שנערכה בדהנייה ב־27 בספטמבר.
סקר שנערך במאי 2000 (שבע שנים אחרי חתימת הסכמי אוסלו ומספר חודשים לפני פרוץ האינתיפאדה) על ידי מרכז תמי שטינמץ למחקרי שלום הראה ש־39% מהציבור הישראלי תומך בהסכמי אוסלו וש־32% מאמינים שהוא יביא לשלום בשנים הקרובות. לעומת זאת, סקר שנערך במאי 2004 הראה שרק 26% מהישראלים תומכים בהסכמים ושרק 18% מאמינים שהם יביאו לשלום. כמו כן, הסקר מצא ש־80% מהישראלים מאמינים שצבא הגנה לישראל והשב"כ הצליחו להתמודד עם האינתפאדה באמצעים צבאיים.
מהבחינה המדינית ניכרו שני תהליכים סותרים במידה מסוימת. מצד אחד הפכה ישראל ליעד להתקפות תקשורתיות חוזרות ונשנות, במיוחד באירופה, בנושא הפרת זכויות האדם של הפלסטינים, לעיתים קרובות תוך התעלמות מאחריותם של הפלסטינים לאירועים. התפתחות זו הביאה לקריאות לחרם על ישראל מצד גופים שונים (לעיתים תוך סיוע של גורמים מהשמאל הקיצוני) ואף לניסיונות לממשו. בשנים אלה, חלה עלייה גדולה בתקריות אנטישמיות באירופה כנגד יהודים, שתורצו או הוצגו כהתנגדות לישראל ולציונות. גל חדש זה של אנטישמיות נקרא האנטישמיות החדשה ומערב אסלאמיסטים קיצוניים, פעילי שמאל רדיקלי, מכחישי שואה, נאו-נאצים ופעילי ימין קיצוני מסורתיים, שמאוחדים סביב שנאת ישראל ומתעלים את השנאה לפעולות של הסתה ואלימות נגד יהודים.
מצד שני, חוסר ההצלחה של האינתיפאדה להשיג את יעדיה וחשש ליציבות משטריהם הביאו את מדינות ערב ובמיוחד מצרים לניסיונות חוזרות ונשנים להשיג הסכם להפסקת אש או להשיג התקדמות מדינית. הניסיון המשמעותי ביותר נעשה בתחילת 2002 כאשר היוזמה הסעודית אושרה על ידי הליגה הערבית ב־28 במרץ. יוזמות אלו נכשלו ברובן בשל אי ההצלחה להביא לרגיעה בשטח. שתי הצלחות נרשמו לזכות מצרים כאשר הצליחה להביא להודנה בקיץ 2003 ולרגיעה לאחר מותו של ערפאת בסוף 2004. ניסיונות דומים של "הקוורטט" (גוף שיש בו נציגות לארצות הברית, אירופה, רוסיה ולאו"ם) הביאו לתוצאות מעורבות. הניסיונות האמריקאיים כמו דו"ח מיטשל (פורסם ב־30 באפריל 2001), נאום בוש (24 ביוני 2002) ומפת הדרכים (הוגשה רשמית ב־30 באפריל 2003, אושרה סופית בועידת עקבה ב־4 ביוני), אמנם התקבלו לכאורה על ידי ישראל והפלסטינים אולם לבסוף לא יושמו בפועל. הניסיונות של אירופה, רוסיה והאו"ם נדחו על הסף על ידי ישראל בשל טענות על הטיה לכיוון הפלסטינים.
ממשלת ישראל הכריזה על נקיטת שתי פעולות מדיניות חד צדדיות במטרה להקטין את הטרור, הראשונה הייתה בניית גדר ההפרדה שזכתה לקוצנזוס ציבורי, אך לביקורת קשה באירופה, והשנייה הייתה תוכנית ההתנתקות מרצועת עזה וצפון השומרון, שזכתה לשבחים בעולם אך עוררה מחלוקת קשה בישראל.
פלסטינים
עבור הפלסטינים, האינתיפאדה הייתה אסון כלכלי כבד. האבטלה זינקה באופן חסר תקדים ואלפי פלסטינים איבדו את מקומות עבודתם בישראל. תשתיות רבות נהרסו במהלך הקרבות עם כוחות צה"ל והפלסטינים איבדו כל מוניטין תיירותי או כלכלי (כיעד טוב להשקעה) שהיה להם לפני פרוץ האירועים. כתוצאה מכך, העוני בשטחים הפך לקשה ביותר, ומשפחות לא מועטות סבלו מרעב ונזקקו לסיוע ותרומות של ארגוני מתנדבים והאו"ם.
יאסר ערפאת הוחרם בהדרגה על ידי ארצות הברית החל מגילוי שקריו לבוש בפרשת קארין איי, החרמה שהפכה רשמית לאחר נאום בוש בסוף יוני 2002. טיעוני ה"אין פרטנר" שהציג שרון שכנעו את נשיא ארצות הברית, ג'ורג' בוש, לתת לישראל יד חופשית כמעט לחלוטין לפעולות צבאיות כנגד הטרור. גם באירופה, שנהגה לצדד בפלסטינים, הורגש ייאוש מהמצב וממנהיגותו של ערפאת, והם הפסיקו בהדרגה את הלחצים והמחאות על פעולותיה הצבאיות של ישראל והסתפקו בגינויים רפים בלבד.
החל מסוף 2002 חדל ערפאת להיות גורם אפשרי בפתרון הסכסוך בעיני מרבית הצדדים והוא זכה להתעלמות כמעט מוחלטת, בין אם רשמית (על ידי הישראלים והאמריקאים) ובין אם מעשית (על ידי האירופים ובמידה רבה גם הערבים למעט מצרים). במקומו ניסו ישראל וארצות הברית, בתמיכה שבשתיקה של האירופים, לקדם את מחמוד עבאס שהתבטא בדבר הצורך להפסיק את הטרור כנגד ישראל ולחפש פתרון של שלום ולכן נחשב למתון יותר. אולם הלחץ של ישראל וארצות הברית הצליח להביא רק למינויו של עבאס לראשות הממשלה, תפקיד שסמכויותיו ברשות הפלסטינית מעטות.
ב־11 בנובמבר 2004 מת ערפאת וב־9 בינואר 2005 נבחר עבאס לשמש כיושב ראש הרשות הפלסטינית במקומו. בחירתו של עבאס ליושב ראש התפרשה בידי רבים כסיומה של האינתיפאדה החמושה ופתיחת חלון הזדמנויות חדש באזור. אף על פי כן, פיגועי הטרור המשיכו גם בתקופה שלאחר עלייתו של עבאס לשלטון, לרבות על ידי ארגונו שלו - הפת"ח.
ב-25 בינואר 2006, לאחר שנדחו מספר פעמים, נערכו בחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית, בחירות שניות לגוף זה מאז הקמת הרשות הפלסטינית. הסוקרים הפלסטינים ושרות המודיעין הישראלי צפו ניצחון דחוק לפת"ח של אבו מאזן. העיתונות דיווחה כי ישראל מסייעת לפת"ח בבחירות, כדי לעצור את ארגון החמאס הנחשב ניצי יותר. אף על פי כן, ארגון החמאס הפתיע וזכה ברוב גדול (76 מושבים בפרלמנט לעומת 43 של הפת"ח) בבחירות דמוקרטיות שקטות שפוקחו על ידי נציגות בינלאומית. התוצאות הובילו להתפטרות מיידית של ראש הממשלה הפלסטיני אבו עלא ושריו.