לואי_בותה
המפנה במלחמה
לאחר שחרור קימברלי בתחילת 1900 על ידי הבריטים ההתנגדות הבורית התחילה להתמוטט, בותה שלח שדרים לפרטוריה מזהיר מפני עריקות בצבא הבורי ושאין הוא יכול לעצור עוד ניסיון בריטי להתקדם לליידיסמית'. התערבות מצד קרוגר אומנם עזרה לעצור את העריקות אבל בותה בקרב הגבעות של טוגלה נכשל לעצור את כוחותיו של בולר, אף על פי שגבו מחיר כבד מהם, שהצליחו ב-28 בפברואר 1900 לשבור את המצור על ליידיסמית'. עם שחרורה של ליידיסמית' בותה נסוג צפונה למודרספרויט, שם גילה שחיילים נסוגים בזזו את מחסני האספקה של הצבא הבורי והעלו אותם באש. בותה השליט סדר במקום ולפני שעלה על רכבת לכיוון טרנסוואל מנע נסיגה מבוהלת של הכוחות הבורים. ביחד עם יוברט בותה הקים במהירות קו הגנה שנמתח כ-160 קילומטר מהרי דראקנסברג לפריהייד שנועד להגן על גבולות טרנסוואל והמדינה החופשית מהכוח הבריטי בנאטל. ב-5 במרץ 1900 יוברט נפל למשכב ובאספה של הפיקוד העליון בנטאל הוא העביר את הסמכויות שלו לבותה, הופך אותו בפעל למפקד העליון של כוחות צבא טרנסוואל. מעט לאחר שהפך למפקד העליון, קיבל בותה מברק מקרוגר המבקש ממנו לשלוח 2,000 איש לחזית במדינה החופשית מכיוון שסדר הכוחות שלרשותו גדול מספיק. בותה סירב לבקשתו של קרוגר, טוען בפני הנשיא לרשותו עומדים רק כ-6,000 איש, שעמם הוא צריך להחזיק קו הגנה של 164 קילומטרים, ושהוא יכול לשלוח רק כ-1,200 איש. הוא הפציר בנשיא לגייס כל אזרח כשיר ולהחזיר את כל החיילים שחזרו לביתם לחזית עקב מחסור בכוח אדם. ב־18 במרץ שלח יוברט הגוסס מברק לבותה המודיע לו על כישלון השיחות עם הבריטים ועל החלטת הנשיא קרוגר והנשיא סטיין להמשיך את המלחמה בלוחמת גרילה. ב־27 במרץ נפטר יוברט וקורגר אישר את מינוי של בותה למפקד העליון, לפחות עד אשר יהיה ניתן לערוך בחירות לתפקיד, מעניק לו את הדרגה של קומנדט גנרל. ב־14 באפריל נכנס המינוי לתוקף ובותה הפך בגיל 37 לקומנדט גנרל הצעיר ביותר בתולדות הרפובליקות הבוריות. עם מינויו בותה הכניס רוח חדשה לצבא טרנסוואל, הוא אסר על החיילים להביא את משפחותיהם לשדה הקרב, הגביר את המשמעת, ארגן מחדש את קווי האספקה והחליף קצינים מבוגרים בצעירים. לאחר נפילת פרטוריה ועזיבת קרוגר לאירופה עיקר ההנהגה נפלה על בותה בתור מפקד הצבא. תחת התוכנית למעבר ללוחמת גרילה בותה חילק את הצבא ליחידות קטנות ושלח אותם להציק ולהטריד את האויב. כאשר הלורד קיצ׳נר הגיע לדרום אפריקה לשחרר את הגנרל בולר מתפקידו ולקחת על עצמו את הפיקוד על הכוחות הבריטים הוא שלח מכתב לבותה בבקשה ממנו להיכנע, בותה שלח לו מכתב מאופק בו הוא סירב להיכנע. כאשר הבריטים התחילו לשרוף חוות בוריות ברחבי המדינה החופשית כדי לפגוע באספקה ללוחמי הגרילה הבורים בותה הזועם שלח מכתבים לגנרלים הבריטים שבהם דרש להפסיק את הפגיעה בחוואים אשר לא היו מעורבים במלחמה. ב־28 בפברואר 1901 בותה נפגש עם הלורד קיצ׳נר לדון על דרכים לסיים את המלחמה, קיצ׳נר הבהיר לבותה שמבחינת הממשלה הבריטית עצמאות בורית אינה בא בחשבון ובריטניה מתכוונת לספח את כל שטחי הרפובליקות הבוריות. בתגובה בותה דרש שהבריטים יתנו חנינה לכל הלוחמים הבורים, ישלמו את החוב של טרנסוואל, יפצו חוואים שחוותם נהרסה ושלא יתנו זכות בחירה לשחורים. קיצ׳נר דרש הבטחות על כך שבמקרה והדרישות של בותה יענו אז כל יחידות הקומנדו ייכנעו, בותה אשר חש שאינו יכול לתת הבטחות כאלו בשם המדינה החופשית אמר לקיצ'נר שהוא יכול להתחייב רק בשם טרנסוואל ושיש להציע את הסכם זה למנהיגי המדינה החופשית. לאחר הפגישה בותה וקיצ׳נר שהרשימו אחד את השני ישבו ושיחקו ברידג', משחק שבו בותה הפסיד לקיצ׳נר 15 פאונד, בותה עצמו הפך לחובב ברידג' בזכות המפגש עם קיצ׳נר. קיצ׳נר אשר הביא בפני הממשלה הבריטית את הצעתו של בותה, תוך כדי הוא ממליץ לקבל אותה תחת הטענה שהצעה זאת זולה יותר לממשלה מאשר להמשיך את המלחמה. אבל הממשלה דחתה את ההצעה ודרשה מהבורים כניעה מוחלטת ללא תנאים. כאשר קיצ׳נר הציג את הדרישה לכניעה מוחלטת בפני בותה הוא דחה אותה במקום.