cyanic-selkie/wikianc huggingface dataset:
Francis Bacon (filósofo)
Filosofía
A reforma do coñecemento é xustificada nunha crítica á filosofía anterior (especialmente a Escolástica), considerada estéril por non presentar resultado práctico ningún para a vida do home. O coñecemento científico, para Bacon, tan por finalidade servir o home e darlle poder sobre a natureza. A ciencia antiga, de orixe aristotélica, tamén é criticada. Demócrito, con todo, era tido en alta conta por Bacon, que o consideraba máis importante que Platón e Aristóteles.
Xenoma humano
Xenes
Un xene é a unidade básica da herdanza, e leva a información xenética necesaria para a síntese dunha proteína (xenes codificantes) ou dun ARN non codificante (xenes de ARN). Está formado por unha secuencia promotora, que regula a súa expresión, e unha secuencia que se transcribe, composta á súa vez por: secuencias UTR (rexións flanqueantes non traducidas), necesarias para a tradución de proteínas e a estabilidade do ARNm, exóns (codificantes) e intróns, que son secuencias de ADN non traducidas situadas entre dous exóns que serán eliminadas durante o procesamento do ARNm (splicing). miniatura|270px|Este diagrama esquemático mostra un xene, a súa estrutura física (dobre hélice de ADN) e un cromosoma (dereita). Os intróns son rexións que se encontran frecuentemente nos xenes de eucariotas, que se transcriben, pero son eliminadas durante o procesamento do ARN ([[splicing) para producir un ARNm formado só por exóns, encargados de traducir unha proteína. Este diagrama está moi simplificado, xa que mostra un xene composto por uns 40 pares de bases cando en realidade o seu tamaño medio é de 20.000-30.000 pares de bases.]] Actualmente, estímase que o xenoma humano contén entre 20.000 e 25.000 xenes codificantes de proteínas, estimación moi inferior ás predicións iniciais que falaban duns 100.000 xenes ou máis. Isto implica que o xenoma humano ten menos do dobre de xenes que organismos eucariotas moito máis simples, como a mosca da froita ou o nematodo Caenorhabditis elegans. Porén, as células humanas recorren en gran medida ao splicing alternativo para produciren varias proteínas distintas a partir dun mesmo xene, e como consecuencia o proteoma humano é máis amplo que o doutros organismos moito máis simples. Na práctica, o xenoma tan só leva a información necesaria para unha expresión perfectamente coordinada e regulada do conxunto de proteínas que forman o proteoma, e é este o encargado de executar a maior parte das funcións celulares.
Francis Bacon (filósofo)
Filosofía
A ciencia debe restablecer o imperium hominis (imperio do home) sobre as cousas. A filosofía verdadeira non é só a ciencia das cousas divinas e humanas. É tamén algo práctico: saber é poder. A mentalidade científica soamente será alcanzada a través do expurgo dunha serie de preconceptos por Bacon chamados ídolos. O coñecemento, o saber, é apenas un medio vigoroso e seguro de conquistar poder sobre a natureza.
Xenoma humano
Xenes
Baseándose nos resultados iniciais obtidos polo proxecto ENCODE (acrónimo de ENCyclopedia Of DNA Elements), algúns autores propuxeron redefinir o concepto actual de xene. As observacións máis recentes fan dificilmente sostible a visión tradicional dun xene, como unha secuencia formada polas rexións UTRs, os exóns e os intróns. Estudos detallados acharon un número de secuencias de inicio de transcrición por xene moi superior ás estimacións iniciais, e algunhas destas secuencias sitúanse en rexións moi afastadas da traducida, polo que os UTR 5' poden abranguer secuencias longas dificultando a delimitación do xene. Por outro lado, un mesmo transcrito pode dar lugar a ARN maduros totalmente diferentes (ausencia total de solapamento), debido a unha grande utilización do splicing alternativo. Deste modo, un mesmo transcrito primario pode dar lugar a proteínas de secuencia e funcionalidade moi diversa. En consecuencia, algúns autores propuxeron unha nova definición de xene: unión de secuencias xenómicas que codifican un conxunto coherente de produtos funcionais, potencialmente solapantes. Deste modo, identifícanse como xenes os xenes de ARN e os conxuntos de secuencias traducidas parcialmente solapantes (exclúense, así, as secuencias UTR e os intróns, que pasan a ser considerados como "rexións asociadas a xenes", xunto cos promotores). De acordo con esta definición, un mesmo transcrito primario que dá lugar a dous transcritos secundarios (e dúas proteínas) non solapantes debe considerarse en realidade dous xenes diferentes, independentemente de que estes presenten un solapamento total ou parcial dos seus transcritos primarios.
As novas evidencias achegadas por ENCODE, segundo as cales as rexións UTR non son doadamente delimitables e esténdense por longas distancias, obrigarían a reidentificar novamente os xenes que en realidade compoñen o xenoma humano. De acordo coa definición tradicional (actualmente vixente), sería necesario identificar como un mesmo xene a todos aqueles que mostren un solapamento parcial (incluíndo as rexións UTR e os intróns), co que á luz das novas observacións, os xenes incluirían múltiples proteínas de secuencia e funcionalidade moi diversa. Colateralmente reduciríase o número de xenes que compoñen o xenoma humano. A definición proposta, polo contrario, fundaméntase no produto funcional do xene, polo que se mantén unha relación máis coherente entre un xene e unha función biolóxica. Como consecuencia, coa adopción desta nova definición, o número de xenes do xenoma humano aumentará significativamente.
Xenes de ARN
Ademais dos xenes codificantes de proteínas, o xenoma humano contén varios miles de xenes de ARN, cuxa transcrición produce ARN transferente (ARNt), ARN ribosómico (ARNr), microARN (miARN), ou outros xenes de ARN non codificantes. Os ARN ribosómicos e de transferencia son esenciais na constitución dos ribosomas e na tradución de proteínas. Os microARN teñen grande importancia na regulación da expresión xénica, e estímase que ata un 20-30% dos xenes do xenoma humano pode estar regulado polo mecanismo de interferencia por miARN. Ata o momento identificáronse máis de 300 xenes de miARN e estímase que poden existir uns 500.
Distribución de xenes
A continuación indícanse algúns valores medios do xenoma humano. Téñase en conta que a enorme heteroxeneidade que presentan estas variables fai pouco representativos os valores medios, pero teñen valor orientativo.
A densidade media de xenes é de 1 xene cada 100 kb, cun tamaño medio de 20–30 kb, e un número de exóns medio de 7-8 por cada xene, cun tamaño medio de 150 nucleótidos. O tamaño medio dun ARNm é de 1,8-2,2 kb, incluíndo as rexións UTR (rexións non traducidas flanqueantes), e a lonxitude media da rexión codificante é de 1,4 kb. miniatura|400px|Isocoros. Frecuencia e riqueza en G+C e xenes, no xenoma humano.
O xenoma humano caracterízase por presentar unha grande heteroxeneidade na súa secuencia. En particular, a riqueza nas bases guanina (G) e citosina (C) fronte a adenina (A) e timina (T) distribúese heteroxeneamente, con rexións moi ricas en G+C flanqueadas por rexións moi pobres. O contido medio de G+C é do 41%, o que é un valor menor ao teoricamente agardado (50%). Dita heteroxeneidade está correlacionada coa riqueza en xenes, de maneira que os xenes tenden a se concentrar nas rexións máis ricas en G+C. Este feito era coñecido xa desde hai anos grazas á separación mediante centrifugación en gradiente de densidade de rexións ricas en G+C (que recibiron o nome de isocoros H; do inglés High) e rexións ricas en A+T (isocoros L; do inglés Low).
Secuencias reguladoras
O xenoma ten diversos sistemas de regulación da expresión xénica, baseados na regulación da unión de factores de transcrición ás secuencias promotoras, en mecanismos de modificación epixenética (metilación do ADN ou metilación-acetilación de histonas) ou no control da accesibilidade aos promotores determinada polo grao de condensación da cromatina; todos eles moi interrelacionados. Ademais hai outros sistemas de regulación a nivel do procesamento, estabilidade e tradución do ARNm, entre outros. Polo tanto, a expresión xénica está intensamente regulada, o cal permite desenvolver os múltiples fenotipos que caracterizan os distintos tipos celulares dun organismo eucariota multicelular, ao mesmo tempo que se dá á célula a plasticidade necesaria para adaptarse a un medio cambiante. Porén, toda a información necesaria para a regulación da expresión xénica, en función do ambiente celular, está codificada na secuencia de ADN igual que o están os xenes.
As secuencias reguladoras son tipicamente secuencias curtas que se encontran nas proximidades ou no interior (frecuentemente en intróns) dos xenes. Na actualidade, o coñecemento sistemático destas secuencias e de como actúan en complexas redes de regulación xénica, sensibles a sinais exóxenos, é moi escaso e está comezando a desenvolverse por medio de estudos de xenómica comparada, bioinformática e bioloxía de sistemas. A identificación de secuencias reguladoras baséase en parte na procura de rexións non codificantes evolutivamente conservadas. Por exemplo, a diverxencia evolutiva entre o rato e o ser humano ocorreu hai 70-90 millóns de anos. Facendo estudos de xenómica comparada, aliñando secuencias de ambos os xenomas poden identificarse rexións con alto grao de coincidencia, moitas correspondentes a xenes e outras a secuencias non codificantes de proteínas pero de grande importancia funcional, porque estiveron sometidas a presión selectiva.
Elementos ultraconservados
Reciben o nome de elementos ultraconservados as rexións que mostran unha constancia evolutiva case total, maior mesmo que as secuencias codificantes de proteínas, nos estudos de xenómica comparada. Estas secuencias xeralmente están solapadas cos intróns de xenes implicados na regulación da transcrición ou no desenvolvemento embrionario e cos exóns de xenes relacionados co procesamento do ARN. A súa función é xeralmente pouco coñecida, mais probablemente de estrema importancia dado o seu grao de conservación evolutiva.
Na actualidade lévanse encontrado uns 500 segmentos dun tamaño maior de 200 pares de bases totalmente conservados (100% de coincidencia) entre os xenomas de humano, rato e rata, e case totalmente conservados en can (99%) e polo (95%).
Pseudoxenes
No xenoma humano atopáronse uns 19.000 pseudoxenes, que son versións completas ou parciais de xenes que acumularon diversas mutacións e que xeralmente non se transcriben. Clasifícanse en pseudoxenes non procesados (~30%) e pseudoxenes procesados (~70%)
ADN interxénico
As rexións interxénicas ou extraxénicas comprenden a maior parte da secuencia do xenoma humano, e a súa función é xeralmente descoñecida. Boa parte destas rexións está composta por elementos repetitivos, clasificables como repeticións en tándem ou repeticións dispersas, aínda que o resto da secuencia non responde a un patrón definido e clasificable. Gran parte do ADN interxénico pode ser un artefacto evolutivo sen unha función determinada no xenoma actual, polo que tradicionalmente estas rexións foron denominadas ADN "lixo" (junk DNA), denominación na que se inclúen tamén as secuencias intrónicas e pseudoxenes. Porén, esta denominación talvez non é a máis axeitada dado o papel regulador coñecido de moitas destas secuencias. Ademais, o notable grao de conservación evolutiva dalgunhas destas secuencias parece indicar que posúen outras funcións esenciais aínda descoñecidas ou pouco coñecidas. Polo tanto, cada vez é máis frecuente o uso da denominación "ADN non codificante" (aínda que o chamado "ADN lixo" inclúe tamén transposóns codificantes) ou "ADN repetitivo", algunhas destas rexións constitúen en realidade xenes precursores para a síntese de microARN (reguladores da expresión xénica e do silenciamiento xénico).
miniatura|300px|Frecuencia das rexións interxénicas e intraxénicas do [[cromosoma 22. Adaptado de: Dunham, I., et al., 1999. The DNA sequence of human chromosome 22, Nature 402(6761):489–495.]]
Estudos recentes enmarcados no proxecto ENCODE obtiveron resultados sorprendentes, que esixen a reformulación da nosa visión da organización e a dinámica do xenoma humano. Segundo estes estudos, o 15% da secuencia do xenoma humano transcríbese a ARN maduros, e ata o 90% transcríbese polo menos a transcritos inmaturos nalgún tecido: Así, unha gran parte do xenoma humano codifica xenes de ARN funcionais. Isto é coherente coa tendencia da literatura científica recente a asignar unha importancia crecente ao ARN na regulación xénica. Ademais, estudos detallados identificaron un número moito maior de secuencias de inicio de transcrición por xene, algunhas moi afastadas da rexión próxima á traducida. Como consecuencia, actualmente é máis complicado definir unha rexión do xenoma como xénica ou interxénica, dado que os xenes e as secuencias relacionadas cos xenes se estenden nas rexións habitualmente consideradas interxénicas.
ADN repetido en tándem
As repeticións en tándem son repeticións que se ordenan unha detrás da outra, consecutivamente, de modo que secuencias idénticas, ou case, presentan varias copias seguidas. Constitúe os satélites, minisatélites e microsatélites.
Satélites
O conxunto de repeticións en tándem de tipo satélite comprende un total de 250 Mb do xenoma humano. Son secuencias de entre 5 e varios centos de nucleótidos que se repiten en tándem miles de veces xerando rexións repetidas con tamaños que oscilan entre 100 kb (100.000 nucleótidos) ata varias megabases.
Hai principalmente 6 tipos de repeticións de ADN satélite
Minisatélites
Están compostas por unha unidade básica de secuencia de 6-25 nucleótidos que se repite en tándem xerando secuencias de entre 100 e 20.000 pares de bases. Estímase que o xenoma humano contén uns 30.000 minisatélites.
No xenoma humano, aproximadamente o 90% dos minisatélites sitúanse nos telómeros dos cromosomas. Neles a secuencia básica de seis nucleótidos TTAGGG repítese miles de veces en tándem, xerando as rexións de 5–20 kb que forman os telómeros.
Microsatélites
Están compostos por secuencias básicas de 2-4 nucleótidos que se repiten en tándem, orixinando frecuentemente secuencias de menos de 150 nucleótidos. Algúns exemplos importantes son o dinucleótido CA e o trinucleótido CAG.
Os microsatélites son tamén polimorfismos multialélicos, denominados STR (siglas de Short Tandem Repeats) e poden identificarse utilizando a PCR, de modo rápido e sinxelo, polo que tamén se poden utilizar para identificar individuos. Estímase que o xenoma humano contén uns 200.000 microsatélites, que se distribúen máis ou menos homoxeneamente, ao contrario que os minisatélites, o que os fai máis informativos como marcadores.
ADN repetido disperso
Son secuencias de ADN que se repiten de modo disperso (ou intercalado) por todo o xenoma, constituíndo o 45% do xenoma humano. Os elementos cuantitativamente máis importantes son os LINEs e SINEs, que se distinguen polo tamaño da unidade repetida.
Estas secuencias teñen a potencialidade de autopropagarse ao transcribirse a un ARNm intermediario, retrotranscribirse e inserirse noutro punto do xenoma. Este fenómeno prodúcese cunha baixa frecuencia, estimándose que 1 de cada 100-200 neonatos levan unha inserción nova dun Alu ou un L1, que poden ser patóxenos por mutaxénese insercional, por desregulación da expresión de xenes próximos (polos propios promotores dos SINE e LINE) ou por recombinación ilexítima entre dúas copias idénticas de distinta localización cromosómica (recombinación intra ou intercromosómica), especialmente entre elementos Alu.
Francis Bacon (filósofo)
Clasificación das ciencias
Preliminarmente, Bacon propón a clasificación das ciencias en tres grupos:
Xenoma humano
SINE
As SINE (Short Interspersed Nuclear Elements, Elementos Nucleares Intercalados Curtos) son secuencias curtas, xeralmente duns poucos centos de bases, que aparecen repetidas miles de veces no xenoma humano. Supoñen o 13% do xenoma humano, un 10% debido exclusivamente á familia de elementos Alu (característica de primates).
Francis Bacon (filósofo)
Clasificación das ciencias
A historia é subdividida en natural e civil e a filosofía é subdividida en filosofía da natureza e en antropoloxía.
Ídolos
No que se refire ao Novun Organum, Bacon preocupouse inicialmente coa análise de falsas nocións (ídolos) que se revelan responsábeis polos erros cometidos pola ciencia ou polos homes que din facer ciencia. É un dos aspectos máis fascinantes e de interese permanente na filosofía de Bacon. Eses ídolos foron clasificados en catro grupos:
Xenoma humano
SINE
Os elementos Alu son secuencias de 250-280 nucleótidos presentes en 1.500.000 copias dispersas por todo o xenoma. Estruturalmente son dímeros case idénticos, agás que a segunda unidade contén un inserto de 32 nucleótidos, e é maior que a primeira. En canto á súa secuencia, teñen unha considerable riqueza en G+C (56%), polo que predominan nas bandas R, e ambos monómeros presentan unha cola poli(A) (secuencia de bases adeninas) vestixio evidente da súa orixe a partir dun ARNm. Ademais posúen un promotor da ARN polimerase III para transcribirse. Considéranse retrotransposóns non autónomos, xa que dependen para propagarse da retrotranscrición do seu ARNm por unha retrotranscriptase presente no medio.
Francis Bacon (filósofo)
Ídolos
1) Idola tribus (ídolos da tribo). Ocorren por conta das deficiencias do propio espírito humano e revélanse pola facilidade con que xeneralizamos con base nos casos favorábeis, omitindo os desfavorábeis. Son así chamados porque son inherentes á natureza humana, á propia tribo ou raza humana. Astroloxía, alquimia e cábala son exemplos desas xeneralizacións;
Xenoma humano
LINE
300px|miniatura|Esquema simplificado do mecanismo de retrotransposición dun elemento LINE e un SINE. Un elemento LINE é [[Transcrición (xenética)|transcrito producindo un ARNm que sae do núcleo celular. No citoplasma tradúcese nos seus dous marcos de lectura abertos xerando ambas as proteínas que codifica, que para simplificar se representaron como ORF1p e ORF2p. Ambas as dúas permiten retrotranscribir o ARNm do LINE e doutros retrotransposóns non autónomos, como SINEs e pseudoxenes procesados. Durante a retrotranscrición a nova secuencia de ADN intégrase noutro punto do xenoma.]] As LINE (Long Interspersed Nuclear Elements, Elementos Nucleares Intercalados Longos) constitúen o 20% do xenoma humano. A familia de maior importancia cuantitativa é LINE-1 ou L1 que é unha secuencia de 6 kb repetida unhas 800.000 veces de modo disperso por todo o xenoma, aínda que a gran maioría das copias é incompleta porque presentan o extremo 5' truncado por unha retrotranscrición incompleta. Estímase que hai unhas 5.000 copias completas de L1, pero só 90 delas son activas, e o resto están inhibidas pola metilación do seu promotor.
Francis Bacon (filósofo)
Ídolos
2) Idola specus (ídolos da caverna). Resultan da propia educación e da presión dos costumes. Hai, obviamente, unha alusión á alegoría da caverna platónica;
Xenoma humano
LINE
A súa riqueza en G+C é do 42%, próxima á media do xenoma (41%) e localízanse preferentemente nas bandas G dos cromosomas. Posúen ademais un promotor da ARN polimerase II.
Francis Bacon (filósofo)
Ídolos
3) Idola fori (ídolos da vida pública). Estes están vinculados á linguaxe e decorren do mal uso que dela facemos;
Xenoma humano
LINE
Os elementos LINE completos son codificantes. En concreto LINE-1 codifica dúas proteínas:
Francis Bacon (filósofo)
Ídolos
4) Idola theatri (ídolos da autoridade). Decorren da subordinación á autoridade (por exemplo, a de Aristóteles). Os sistemas filosóficos carecían de demostración, eran pura invención como as pezas de teatro.
Xenoma humano
LINE
Polo tanto, considéranse retrotransopsóns autónomos, xa que codifican as proteínas que necesitan para propagarse. A ARN polimerase II presente no medio transcribe o LINE, e este ARNm tradúcese en ambos os marcos de lectura producindo unha retrotranscriptase que actúa sobre o ARNm xerando unha copia de ADN do LINE, coa capacidade potencial de inserirse no xenoma. Ademais, estas proteínas poden ser utilizadas por pseudoxenes procesados ou elementos SINE para a súa propagación.
Francis Bacon (filósofo)
O método
O obxectivo do método baconiano é constituír unha nova maneira de estudar os fenómenos naturais. Para Bacon, a descuberta de feitos verdadeiros non depende do raciocinio siloxístico aristotélico mais si da observación e da experimentación regulada polo raciocinio indutivo. O coñecemento verdadeiro é resultado da concordancia e da variación dos fenómenos que, se debidamente observados, presentan a causa real dos fenómenos.
Xenoma humano
LINE
Diversos estudos mostraron que as secuencias LINE poden ter importancia na regulación da expresión xénica, e comprobouse que os xenes próximos a LINE presentan un nivel de expresión inferior. Isto é especialmente importante porque aproximadamente o 80% dos xenes do xenoma humano contén algún elemento L1 nos seus intróns.
Francis Bacon (filósofo)
O método
Para iso, no entanto, débense describir de modo pormenorizado os feitos observados para, deseguido, confrontalos con tres táboas que disciplinarán o método indutivo: a táboa da presenza (responsábel polo rexistro de presenzas das formas que se investigan), a táboa de ausencia (resposábel polo control de situacións nas cales as formas procuradas se revelan ausentes) e a táboa da comparación responsábel polo rexistro das variacións que as referidas formas manifestan). Con iso, sería posíbel eliminar causas que non se relacionan co efecto ou co fenómeno analizado e, polo rexistro da presenza e variacións sería posíbel chegar á verdadeira causa dun fenómeno. Estas táboas apenas dan suporte ao método indutivo mais fan unha distinción entre a experiencia vaga (nocións recollidas ao chou) e a experiencia escriturada (observación metódica e pasíbel de verificacións empíricas). Mesmo que a indución fose coñecida dos antigos, é con Bacon que ela gaña amplitude e eficacia.
O método, no entanto, posúe polo menos dúas fallas importantes: en primeiro lugar, Bacon non dá moito valor á hipótese. De acordo co seu método, a simple disposición ordenada dos datos nas tres táboas acabaría por levar á hipótese correcta. Iso, con todo, raramente ocorre. En segundo lugar, Bacon non imaxinou a importancia da dedución matemática para o avance das ciencias. A orixe para iso, talvez, foi o feito de ter estudado en Cambridge, reduto platónico que acostumaba ligar a matemática ao uso que dela fixera Platón.
Xenoma humano
HERV
Os HERV (Human endogenous retrovirus, retrovirus endóxenos humanos) son copias parciais do xenoma de retrovirus integrados no xenoma humano ao longo da evolución dos vertebrados, vestixios de antigas infeccións retrovirais que afectaron a células da liña xerminal. Os retrovirus son virus cun xenoma de ARN que poden retrotranscribirse e integrarse no xenoma da célula infectada. Algunhas estimacións establecen que hai unhas 98.000 secuencias HERV, pero outras afirman que son máis de 400.000. En calquera caso, acéptase que arredor do 5-8% do xenoma humano está constituído por xenomas antigamente virais. O tamaño dun xenoma retroviral completo é duns 6-11 kb, pero a maioría dos HERV son copias incompletas.
Francis Bacon (filósofo)
Obras
A produción intelectual de Bacon foi vasta e variada. Dun xeito xeral, pódese dividir en tres partes: xurídica, literaria e filosófica.
Xenoma humano
HERV
Ao longo da evolución estas secuencias sen interese para o xenoma hospedador foron acumulando mutacións sen sentido e delecións que os deixaron inactivadas. A maioría dos HERV teñen millóns de anos de antigüidade, e polo menos unha familia de retrovirus integrouse durante a diverxencia evolutiva de humanos e chimpancés, a familia HERV-K(HML2), que supón un 1% dos HERV.
Francis Bacon (filósofo)
Obras xurídicas
Figuran entre os seus principais traballos xurídicos os seguintes títulos: The Elements of the common laws of England (Elementos das leis comúns da Inglaterra), Cases of treason (Casos de traizón), The Learned reading of Sir Francis Bacon upon the statute os uses (Doutra lectura do código de costumes por Sir Francis Bacon).
Obras literarias
A súa obra literaria fundamental son os Essays (Ensaios), publicados en 1597, 1612 e 1625 e cuxo tema é familiar e práctico. Algúns dos seus ditos tornaranse proverbiais e os Essays tornaranse tan famosos canto os de Montaigne. Outros opúsculos, no ámbito literario: Colours of good and evil (Estandartes do ben e do mal), De sapientia veterum (Da sabedoría dos antigos). No ámbito histórico destaca History of Henry VII (Historia de Henrique VII).
Xenoma humano
Transposóns de ADN
Dentro da denominación de transposóns ás veces inclúense os retrotransposóns, tales como os pseudoxenes procesados, os SINEs e os LINEs. En tal caso fálase de transposóns de clase I para facer referencia aos retrotransposóns, e de clase II para referirse a transposóns de ADN, aos que se dedica o presente apartado.
Francis Bacon (filósofo)
Obras filosóficas
As obras filosóficas máis importantes de Bacon son Instauratio magna (Grande restauración) e Novun organum. Nesta última, Bacon presenta e describe o seu método para as ciencias. Este novo método deberá substituír o Organon aristotélico.
Xenoma humano
Transposóns de ADN
Os transposóns de ADN completos posúen a potencialidade de autopropagarse sen utilizar un intermediario de ARNm que despois se retrotranscribe. Un transposón contén o xene dun encima transposase, flanqueado por repeticións invertidas. O seu mecanismo de transposición consiste en cortar e pegar, movendo a súa secuencia a outra localización distinta do xenoma. Os distintos tipos de transposases actúan de modo diferente, e hai algunhas que poden unirse a calquera parte do xenoma entanto que outras se unen a secuencias diana específicas. A transposase codificada polo propio transposón extráeo realizando dous cortes flanqueantes na fibra de ADN, xerando extremos cohesivos, e insíreo na secuencia diana noutro punto do xenoma. Unha ADN polimerase rechea os ocos xerados polos extremos cohesivos e unha ADN ligase restablece os enlaces fosfodiéster, recuperando a continuidade da secuencia de ADN. Isto comporta unha duplicación da secuencia diana arredor do transposón, na súa nova localización.
Calcúlase que o xenoma humano contén unhas 300.000 copias de elementos repetidos dispersos orixinados por transposóns de ADN, que constitúen un 3% do xenoma. Hai múltiples familias, das que se pode salientar pola súa importancia patoxénica debido á xeración de reordenacións cromosómicas, aos elementos mariner e ás familias MER1 e MER2.
Francis Bacon (filósofo)
Obras filosóficas
Os seus escritos no ámbito filosófico poden ser agrupados do seguinte modo:
Xenoma humano
Variabilidade
Aínda que dous seres humanos do mesmo sexo comparten unha porcentaxe elevadísima (dun 99,9%) da súa secuencia de ADN, o que nos permite traballar cunha única secuencia de referencia, pequenas variacións xenómicas fundamentan boa parte da variabilidade fenotípica interindividual. Unha variación no xenoma, por substitución, deleción ou inserción, denomínase polimorfismo xenético ou alelo xenético. Non todo polimorfismo xenético provoca unha alteración na secuencia dunha proteína ou do seu nivel de expresión, é dicir, moitos son silenciosos e carecen de expresión fenotípica.
SNPs
A principal fonte de variabilidade nos xenomas de dous seres humanos procede das variacións nun só nucleótido, coñecidas como polimorfismos dun só nucleótido (SNPs ou Single nucleotide polimorphisms), nos cales se centraron a maior parte dos estudos. Dada a súa importancia, na actualidade existe un proxecto internacional (International HapMap Project) para catalogar a grande escala os SNPs do xenoma humano. Neste contexto, a denominación de SNP frecuentemente se restrinxe a aqueles polimorfismos dun só nucleótido nos que o alelo menos frecuente aparece en polo menos o 1% da poboación.
Francis Bacon (filósofo)
Obras filosóficas
2) Escritos relacionados coa Instauratio magna, mais non incluídos no seu plano orixinal. O escrito máis importante é Nova Atlantis (Nova Atlantida), onde Bacon presenta unha concepción do Estado ideal regulado por ideas de carácter científico. Alén deste, destácanse Coxitationes de natura rerum (Reflexións sobre a natureza das cousas) e De fluxu et refluxu (Das mareas);
3) Instauratio magna, onde Bacon procura desenvolver o seu pensamento filosófico-científico e que consta de seis partes: (a) Partitiones scientiarum (Clasificación das ciencias), sistematización do conxunto do saber humano, de acordo coas facultades que o producem; (b) Novum organum sive Indicia de interpretatione naturae (Novo método ou Manifestacións sobre a interpretación da natureza), exposición do método indutivo, traballo ese que reformula e repite o Novum organum; (c) Phaenomena universi sive Historia naturalis et experimentalis ad condendan philosophiam (Fenómenos do universo ou Historia natural e experimental para a fundamentación da filosofía), versa sobre a colecta de datos empíricos; (d) Scala intellectus, sive Filum labyrinthi (Escala do entendemento ou O Fío do labirinto), contén exemplos de investigación conducida de acordo co novo método; (e) Prodromi sive Antecipationes philosophiae secundae (Introdución ou Anticipacións á filosofía segunda), onde fai consideracións á marxe do novo método, visando mostrar o avance por el permitido; (f) Philosophia secunda, sive Scientia activa (Filosofía segunda ou Ciencia activa), sería o resultado final, organizado nun sistema de axiomas.
Xenoma humano
Variación estrutural
Este tipo de variacións refírense a duplicacións, inversións, insercións ou variacións no número de copias de segmentos grandes do xenoma (polo xeral de 1000 nucléotidos ou máis). Estas variantes implican a unha gran proporción do xenoma, polo que se pensa que son, como mínimo, tan importantes coma os SNPs.
A pesar de que este campo de estudo é relativamente novo (os primeiros estudos a grande escala publicáronse nos anos 2004 e 2005), tiveron un gran pulo, ata o punto de que se creou un nuevo proxecto para estudar este tipo de variantes nos mesmos individuos nos que se baseou o Proxecto HapMap.
Aínda que quedan dúbidas sobre as causas deste tipo de variantes, cada vez existen máis evidencias a favor de que é un fenómeno recorrente que aínda continua moldeando e creando novas variantes do xenoma.
Enfermidades xenéticas
A alteración da secuencia de ADN que constitúe o xenoma humano pode causar a expresión anormal dun ou máis xenes, orixinando un fenotipo patolóxico. As enfermidades xenéticas poden ser causadas por mutación da secuencia de ADN, afectando á secuencia codificante (o que producirá proteínas incorrectas) ou de secuencias reguladoras (alterando o nivel de expresión dun xene), ou por alteracións cromosómicas, numéricas ou estruturales. A alteración do xenoma das células xerminais dun individuo transmítese frecuentemente á súa descendencia. Actualmente o número de enfermidades xenéticas coñecidas é de aproximadamente de 4.000, e a máis común é a fibrose quística.
O estudo das enfermidades xenéticas frecuentemente se inclúe dentro da xenética de poboacións. Os resultados do Proxecto Xenoma Humano son de grande importancia para a identificación de novas doenzas xenéticas e para o desenvolvemento de novos e mellores sistemas de diagnóstico xenético, e para a investigación en novos tratamentos, incluída a terapia xénica.
Evolución
Os estudos de xenómica comparada baséanse en comparacións de secuencias xenómicas a grande escala, xeralmente por medio de ferramentas bioinformáticas. Ditos estudos permiten mellorar o coñecemento de aspectos evolutivos de escala temporal e espacial moi diversa, desde o estudo da evolución dos primeiros seres vivos hai miles de millóns de anos ou as radiacións filoxenéticas en mamíferos, ata o estudo das migracións de seres humanos nos últimos 100.000 anos, que explican a actual distribución das distintas razas humanas.
Xenómica comparada entre distintas especies
Os estudos de xenómica comparada con xenomas de mamíferos suxiren que aproximadamente o 5% do xenoma humano se conservou evolutivamente nos últimos 200 millóns de anos; o cal inclúe a gran maioría dos xenes e secuencias reguladoras. Porén, os xenes e as secuencias reguladoras actualmente coñecidas supoñen só o 2% do xenoma, o que suxire que a maior parte da secuencia xenómica con grande importancia funcional é descoñecida. Unha porcentaxe importante dos xenes humanos presenta un alto grao de conservación evolutiva. A semellanza entre o xenoma humano e o de chimpancé (Pan troglodytes) é do 98,77%. Como media, unha proteína humana diferénciase da súa ortóloga de chimpancé en tan só dous aminoácidos, e case un terzo dos xenes ten a mesma secuencia. Unha diferenza importante entre os dous xenomas é o cromosoma 2 humano, que é o produto dunha fusión entre os cromosomas 12 e 13 do chimpancé
Outra conclusión da comparación do xenoma de distintos primates é a notable perda de xenes de receptores olfactivos que se produciu paralelamente ao desenvolvemento da visión en cor (tricrómica) durante a evolución dos primates.
Tamén se fixeron estudos comparativos entre o ADN mitocondrial do Home de Neanderthal e os humanos modernos. O ADN extraeuse dos seus ósos en 1997 e 2000. Dito ADN tiña unha similitude moi elevada coa do home moderno, pero non mostraba signos de que o ser humano moderno descenda ou se hibridase significativamente co neanderthal.
Xenómica comparada entre xenomas humanos
400px|miniatura|Mapa das migracións humanas creado a partir de xenómica comparada cos xenomas mitocondriais de individuos actuais. Os números da lenda representan miles de anos antes do presente. A liña azul raiada delimita a área cuberta de xeo ou de [[tundra durante a última glaciación. As letras dentro de círculos indican os haplogrupos do ADN mitocondrial; os haplogrupos úsanse para definir subpoboacións xenéticas, que a miúdo teñen unha correlación xeográfica. Os principais haplogrupos de ADNmt son: Africa: L, L1, L2, L3. Oriente próximo: J, N. Europa meridional: J, K. Europa (xeral): H, V. Europa setentrional: T, U, X. Asia: A, B, C, D, E, F, G (no debuxo: M está composta por C, D, E, e G). Nativos Americanos: A, B, C, D e a miúdo X. Véxase o artigo: Haplogrupos do ADN mitocondrial humano.]] Durante décadas as únicas evidencias que permitían estudar a orixe e a expansión do Homo sapiens eran os escasos achados arqueolóxicos. Porén, máis tarde utilizáronse estudos moleculares e actualmente os estudos de xenómica comparada a partir de xenomas de individuos actuais de todo o mundo están achegando moita información. O seu fundamento básico consiste en identificar un polimorfismo, unha mutación, que se asume que se orixinou nun individuo dunha poboación ancestral, e que herdou toda a súa descendencia ata a actualidade. Ademais, dado que as mutacións parecen producirse a un ritmo constante, pode estimarse a antigüidade dunha determinada mutación en base ao tamaño do haplotipo no que se sitúa, é dicir, o tamaño da secuencia conservada que flanquea a mutación. Esta metodoloxía vese complicada polo fenómeno da recombinación entre cromosomas dun mesmo par dun individuo, procedentes dos seus dous proxenitores. Porén, hai dúas rexións nas que non existe dito inconveniente porque presentan unha herdanza uniparental: o xenoma mitocondrial (de herdanza matrilinear), e o cromosoma Y (de herdanza patrilinear).
Nas últimas décadas, os estudos de xenómica comparada baseada no xenoma mitocondrial, e en menor medida no cromosoma Y, obtiveron conclusións de moito interese. En diversos estudos trazouse a filoxenia destas secuencias, estimándose que todos os seres humanos actuais comparten un antepasado feminino común que viviu en África hai uns 150.000 anos. Pola súa parte, por razóns aínda pouco coñecidas, a maior converxencia do ADN do cromosoma Y establece que o antepasado masculino común máis recente data de hai uns 60.000 anos. Estes individuos foron bautizados como Eva mitocondrial e Adán cromosómico Y, por analoxía cos famosos personaxes das narracións bíblicas. (Ver antepasado común máis recente).
A maior diversidade de marcadores xenéticos e en consecuencia, os haplotipos de menor lonxitude, atopáronse en África. Todo o resto da poboación mundial presenta só unha pequena parte destes marcadores, de modo que a composición xenómica do resto da poboación humana actual é só un subconxunto da que pode apreciarse en África. Isto induce a afirmar que un pequeno grupo de seres humanos (quizais arredor dun milleiro) emigrou do continente africano cara ás costas de Asia occidental, hai uns 50.000-70.000 anos, segundo estudos baseados no xenoma mitocondrial. Hai uns 50.000 anos chegaron a Australia e hai uns 40.000-30.000 anos outras subpoboacións colonizaron Europa occidental e o centro de Asia. Estímase que hai 20.000-15.000 anos chegaron a América a través do estreito de Bering (o nivel do mar era menor durante a última glaciación, ou glaciación de Würm ou Wisconsin), poboando Suramérica hai uns 15.000-12.000 anos. Porén, estes datos só son estimacións, e a metodoloxía presenta certas limitacións. Na actualidade, a tendencia é combinar os estudos de xenómica comparada baseados no ADN mitocondrial con análises da secuencia do cromosoma Y.
Xenoma mitocondrial
O xenoma mitocondrial é o xenoma propio das mitocondrias das células eucariotas. A mitocondria é un orgánulo esencial no metabolismo aerobio ou oxidativo das células eucariotas. A súa orixe é endosimbionte, é dicir, considérase que antigamente foron organismos procariotas independentes, que foron captados por unha célula eucariota ancestral, coa que desenvolveron unha relación simbiótica. As características do seu xenoma, por tanto, son moi semellantes ás dun organismo procariota actual, e o seu código xenético é lixeiramente distinto ao considerado universal. Para adaptarse ao nicho intracelular e aumentar a súa taxa de replicación, o xenoma mitocondrial foise reducindo substancialmente ao longo da súa coevolución, presentando na actualidade un tamaño de 16.569 pares de bases. Así, a gran maioría das proteínas localizadas nas mitocondrias (~1500 en mamíferos) están codificadas polo xenoma nuclear (ao que fai referencia todo o resto deste artigo), de modo que moitos destes xenes foron transferidos da mitocondria ao núcleo celular no decurso da coevolución da célula eucariota. Na maioría dos mamíferos, só a femia transmite ao cigoto as súas mitocondrias, polo que presentan un patrón hereditario matrilinear. En xeral unha célula humana media contén 100-10.000 copias do xenoma mitocondrial por cada célula, a razón dunhas 2-10 moléculas de ADN por mitocondria. 350px|miniatura|Diagrama simplificado do xenoma mitocondrial. Poden apreciarse os 37 xenes e a secuencia orixe de replicación non codificante. Neste esquema non se sinala a cadea lixeira e a pesada. O xenoma mitocondrial posúe 37 xenes:
Xosé María Álvarez Blázquez
Xosé María Álvarez Blázquez, nado en Tui o 5 de febreiro de 1915 e finado en Vigo o 2 de marzo de 1985, foi un escritor galego de poesía, narrativa e ensaio, arqueólogo, investigador e editor galeguista. Foi cronista oficial da cidade de Vigo desde 1976. É unha das figuras máis laboriosas da cultura galega, cunha grande actividade que vai dende a literatura (novela, poesía, teatro) ata a investigación como arqueólogo e a súa tarefa como editor e galeguista. Pertence a unha saga de escritores que ten os seus antecedentes no seu avó Emilio Álvarez Giménez, seguiu co seu tío Xerardo Álvarez Limeses e compartiu co seu irmán Emilio. É un dos representantes da poesía neotrobadoresca, vangarda poética xurdida ao redor de 1930 debida á difusión en Galiza da lírica medieval galego-portuguesa. En 2008 dedicóuselle o Día das Letras Galegas.
Traxectoria
miniatura|300px|Familia Álvarez Blázquez. De esq. a der.: Celso, o pai [[Darío Álvarez Limeses, Darío, a nai María, Álvaro, Alfonso, Emilio e Xosé María de pé. ]] Fillo de Darío Álvarez Limeses e María Blázquez Ballester, terceiro de seis irmáns, todos homes (entre eles Darío e Emilio Álvarez Blázquez), naceu en Tui, onde estudou o bacharelato, se ben nos veráns ía coa familia a unha casa de campo en Baión (Vilanova de Arousa). En setembro de 1931 foi vivir a Pontevedra para estudar Maxisterio, hospedándose na casa do seu tío, e padriño, Xerardo Álvarez Limeses e permanecendo na cidade até xullo de 1934. Alí funda en 1932, canda Xoán Vidal Martínez, a revista Cristal. En agosto dese ano coñeceu a Federico García Lorca.
En Pontevedra amizou con Alexandre Bóveda, que casara cunha curmá súa. En 1933 comezou a militar na Federación de Mocedades Galeguistas, pasando en 1936 ao Partido Galeguista. O 26 de abril de 1934 leu o manifesto "Berro en lembranza dos heroes de Carral", publicado en texto polas Mocedades. O 26 de maio de 1934 publicou o seu primeiro artigo no voceiro A Nosa Terra, co título "Outro aldraxe".
Tras rematar Maxisterio comeza a estudar Filosofía e Letras na Universidade de Santiago de Compostela. En 1935 é destinado provisionalmente como mestre á Guarda, e en 1936 foi trasladado á escola das Olivas en Tui. Logo duns meses, acadou o posto definitivo por oposición na escola de Coia (Vigo), se ben non chegou a tomar posesión por mor do Alzamento nacional. miniatura|275px|esquerda|Xosé María Álvarez Blázquez cuns amigos en Compostela. Xuño de 1939. Depurado por "tener actividades político-sociales de carácter separatista, ya que fue un elemento destacado en la propaganda del Estatuto gallego y en la preparación del plebiscito celebrado", foi desterrado a Coreses (provincia de Zamora), pero tampouco chegou a tomar posesión nesa praza por ter que facer o servizo militar. Exento por mor da miopía, foi destinado ao Hospital Militar de Santiago de Compostela, en San Caetano, primeiro nas oficinas e despois como enfermeiro. Con todo, aos poucos días de ingresar librou no último momento de ir á fronte de Asturias nun camión que tivo un accidente no que morreron os 20 ocupantes. Rematada a guerra civil tomou posesión da súa praza en Coreses, mais en xaneiro de 1941 pediu unha excedencia para regresar coa súa familia, logo de que o seu pai, o médico Darío Álvarez Limeses fora encarcerado e fusilado o 30 de outubro de 1936. miniatura|Cheminea de 30 metros de altura da fábrica de ladrillos de Nigrán. Venderon a casa familiar en Tui e marcharon a Vigo de alugueiro, na rúa García Barbón. Montou cos seus irmáns unha fábrica de ladrillos e tellas en Nigrán, pero aos poucos meses tiveron que pechala logo dun accidente na fundición de caolín que rematou coa explosión dun forno. Logrou traballo como secretario da confraría de pescadores San Francisco, no barrio do Berbés. En 1945 comezou a saír con María Luísa Cáccamo Frieben, coa que casa o 10 de decembro de 1946 e marchan a vivir ao barrio das Travesas, onde permaneceron até a súa morte. Tiveron seis fillos: María Luísa (nada o 2 de maio de 1948 e finada o 12 de marzo de 1970), Xosé María (1950), Alfonso (1952), María Helena (1954), Celso (1958) e Berta (1963). Tiñan tamén unha casa en Coruxo, xunto á praia da Carrasqueira.
Nesa época frecuenta no café Derry a compañía dos seus irmáns, do pintor Carlos Maside, Valentín Paz-Andrade, Laxeiro, Pedro Díaz, Mario González, Avelino Abilheira ou Luís Viñas Cortegoso. Con este último fundou en 1948 a librería Monterrey, que deu pé en 1950 á Editorial Monterrey.
O 17 de abril de 1949 fora nomeado membro correspondente da Real Academia Galega, na que ingresou en 1964 como membro numerario, trala morte en 1961 de Aquilino Iglesia Alvariño, a proposta de Francisco Fernández del Riego, Ricardo Carballo Calero e Fermín Bouza-Brey, lendo o seu discurso de ingreso o 28 de novembro: "Cantares e romances vellos prosificados", respondido por Bouza-Brey.
Fora nomeado comisario de escavacións arqueolóxicas do concello de Vigo. En 1952 iniciáronse as escavacións do Castro de Vigo, no monte do Castro e en 1953 apareceron unhas estelas funerarias romanas na rúa de Pontevedra, que foron trasladadas ao Museo Municipal Quiñones de León, do que foi membro do padroado. Nese mesmo ano participou no III Congreso Arqueológico Nacional, que se celebrou na cidade olívica. En 1956 participou en Porto no I Congreso Internacional de Etnografía e Folclore. Dous anos despois asistiu na mesma cidade ao Coloquio de Estudos Etnográficos Dr. Leite de Vasconcelos. En 1959 participou en Braga no ''Congresso Histórico de Portugal. Medioevo''. Na súa labor como arqueólogo, participou no descubrimento das industrias paleolíticas do Baixo Miño e das Gándaras de Budiño, dunha fábrica romana para a elaboración de aceite de oliva en Teis e dunha cisterna con enxoval funerario da época do bronce en Atios (O Porriño). En 1980 foi nomeado polo ICONA vogal para a conservación dos restos arqueolóxicos das illas Cíes. En 1982 foi nomeado membro do Instituto de Estudos Galegos Padre Sarmiento. miniatura|esquerda|Son ventos da queima. Non os hai millores Nota manuscrita de Xosé M.ª Álvarez Blázquez nunha [[tarxeta de visita ]] En 1964 fundou, xunto aos seus irmáns Álvaro e Emilo Edicións Castrelos, da que foi director xerente, e na que destaca a súa colección O Moucho, de libros do pobo pra o pobo, uns libriños de baixo prezo e gran difusión que marcaron época nos anos 60 e 70 do pasado século e que contaron cunha grande aceptación por parte dos lectores, como destaca as numerosas reedicións do Catecismo do labrego (de Valentín Lamas Carvajal). O fondo editorial da empresa foi vendido en 1979 a Galaxia.
A comezos de 1966 empeza a traballar en Pescanova como delegado de vendas para Asturias, instalándose en Oviedo. Consegue traballo tamén na empresa de publicidade Gil Luis, polo que en setembro dese ano a familia toda múdase á capital asturiana. Porén, regresan a Vigo en 1967 por mor dunha doenza da súa filla máis vella, que morreu tres anos despois. En 1968 volve á ensinanza como mestre de formación humanística no Instituto Politécnico Marítimo Pesqueiro de Vigo. Acadou a praza por oposición en 1970, xubilándose en 1983.
No verán de 1969 viaxou a Arxentina, convidado polo Centro Gallego de Buenos Aires, participando en varios actos na capital, en Mendoza e en Mar del Plata. Aproveita para visitar Venezuela, onde estivo con Celso Emilio Ferreiro e co seu sobriño Darío Álvarez Gándara. Despois viaxou a Miami, Florida, onde estivo co seu curmán Xerardo Álvarez Gallego.
En 1981 foille concedido o Pedrón de Ouro. Nas eleccións municipais de 1983 presentouse no último posto das listas do Partido Galeguista en Vigo, do que era secretario o seu sobriño Alfonso Álvarez Gándara.
Na investigación literaria descubriu a égloga Belmiro e Benigno de Nicomedes Pastor Díaz, e realizou contribucións á época chamada da Decadencia (Escolma de Poesía Galega t. II), con investigacións que alcanzan diversos campos desa época, como o teatro, as panxoliñas, a poesía lírica, a prosa político-social, a poesía panfletaria ou o romanceiro etc.
Xosé María Álvarez Blázquez colaborou en diversos medios (Faro de Vigo, La Noche, Radio Vigo (cos programas Cada día tiene un suceso, 1960, Reloj de Sol, 1962, Reloj de arena, 1963-64, e Mar de Historias, de 1965 a 1968), La Voz de Vigo (cos programas Ventana al mar, 1958, e Buenas tardes, Galicia, 1959), BBC de Londres (charlas sobre temas galegos, entre 1953 e 1954), prensa de Portugal e América...) e pronunciou moitas conferencias en España e no mundo.