cyanic-selkie/wikianc huggingface dataset:
Bergondo, Bergondo
Topónimo
Bergondo podería ser, para algúns autores, un topónimo cunha raíz celta "berg" ou "ver" e que se referirían a un alto (no caso de berg) ou a unha pena (no caso de ver). Para outros autores sería un antropónimo latino e ligado á cristiandade que xorde de "Verecundus". O topónimo data de entre o século VII e X.
Patrimonio
A igrexa parroquial de Bergondo formaba parte do Mosteiro de San Salvador de Bergondo.
Na parroquia sitúase o Pazo de Mariñán.
Virus da rabia
O virus da rabia é un virus neurotrópico do xénero Lyssavirus que causa a enfermidade fatal da rabia en animais e humanos. A transmisión do virus da rabia adoita ocorrer a través da saliva de animais.
Todos os eventos de transcrición e replicación teñen lugar no citoplasma dentro dunha "fábrica de virus" especializada chamada corpo de Negri (chamada así en honor de Adelchi Negri ). Estes corpos teñen de 2 a 10 µm de diámetro e son característicos (patognomónicos) da infección da rabia e considéranse unha proba histolóxica definitiva desta infección.
Estrutura
O virus da rabia ten unha simetría helicoidal, o cal non é moi común entre os virus que afectan aos mamíferos. Un dos extremos do virus é arredondado ou cónico e o outro é plano ou cóncavo, o que lle dá unha característica forma de bala. Ten unha lonxitude duns 180 nm e un diámetro en sección duns 75 nm. A envolta lipoproteica ten espículas con forma de protuberancia compostas pola glicoproteína G. As espículas non cobren o extremo plano do virión (partícula vírica). Debaixo da envoltura está a membrana ou capa da proteína da matriz (M), que pode estar invaxinada no extremo plano. O centro do virión está formado pola ribonucleoproteína disposta helicoidalmente.
Ciclo de replicación
Despois da unión do virus ao seu receptor da superficie da célula hóspede, o virus entra na célula por medio da vía de transporte endosómica. Os valores baixos do pH inducen o proceso de fusión de membranas, que permite que o xenoma viral chegue ao citosol. Ambos os procesos, unión ao receptor e fusión de membranas, están catalizados pola glicoproteína G, que xoga un papel crítico na patoxénese (un virus mutante sen as proteínas G non pode propagarse).
O seguinte paso despois da entrada é a transcrición xenética do xenoma viral pola P-L polimerase (P é un cofactor esencial para a L polimerase) para fabricar as novas proteínas virais. A polimerase viral só pode recoñecer a ribonucleoproteína e non pode utilizarse cun molde de ARN puro. A transcrición está regulada por un elemento cis regulador do xenoma vírico e pola proteína M, que non só é esencial para a evaxinación do virus da célula senón que tamén regula a fracción da lonxitude do ARNm para a replicación. Posteriormente, cando está máis avanzada a infección, a actividade da polimerase cambia á replicación para producir copias de ARN de sentido positivo e de lonxitude completa. Estes ARN complementarios utilízanse como moldes para facer novos xenomas do ARN vírico de sentido negativo. Estes son empaquetados xunto coa proteína N para formar ribonucleoproteínas, que despois poden formar novos virus.
Infección
En 1903 Adelchi Negri, o médico italiano describiu por primeira vez os corpos de Negri, que cría eran orixinados por protozoos. En setembro de 1931, o Dr. Poupe Charles Jones da illa caribeña de Trinidad, daquela nas Indias Occidentais, que era un bacteriólogo do goberno, encontrou os corpos de Negri no cerebro dun morcego con comportamento infrecuente, e afirmou que un virus da rabia era esencial para explicar a lisofobia. En 1932, o Dr. Russ Pfister foi o primeiro que descubriu que os morcegos vampiros infectados podían transmitir a rabia aos humanos e outros animais.
Desde a ferida de entrada, o virus da rabia viaxa rapidamente ao longo das vías nerviosas do sistema nervioso periférico.O transporte axonal retrógrado do virus da rabia ata o sistema nervioso central é un paso esencial para a patoxénese durante a infección natural. O mecanismo molecular exacto deste transporte non se coñece aínda que se sabe que se produce a unión da proteína P do virus da rabia á proteína DYNL1 da cadea lixeira da dineína. A proteína P tamén actúa como antagonista do interferón, polo que fai diminuír a resposta inmunitaria do hóspede.
Desde o sistema nervioso central, o virus espállase a outros órganos. As glándulas salivares localizadas na boca reciben grandes concentracións do virus, que deste xeito pode transmitirse por proxección da saliva sobre feridas e mucosas ou mordedelas do animal. Segundo os casos, pode producirse a morte desde dous días a cinco anos despois da infección inicial. Porén, isto depende en grande medida da especie de animal que actúa como reservorio. A maioría dos mamíferos infectados morren en semanas, mentres que certas razas de especies como a mangosta africana Cynictis penicillata poden sobrevivir asintomaticamente a unha infección durante anos.
Antixenicidade
Despois da entrrada do virus no corpo e tamén despois da vacinación contra este virus, o corpo produce anticorpos neutralizadores do virus, que se unen e inactivan ao virus. Rexións específicas da proteína G son as máis antixénicas para orixinar a produción de anticorpos neutralizantes do virus. Estes sitios antixénicos ou epitopos están categorizados nas rexións I-IV e o sitio menor a. Traballos previos demostraran que os sitios antixénicos II e III son os máis comunmente usados para a unión dos anticorpos neutralizantes naturais. Ademais, demostrouse que un anticorpo monoclonal con funcionalidade neutralizante se une ao sitio I. Outras proteínas, como a nucleoproteína, non poden orixinar a produción de anticorpos neutralizantes do virus. Os epitopos aos que se unen os anticorpos neutralizantes son ambos os dous lineares e conformacionais.
Xenotipos
Hai sete xenotipos de lisavirus da rabia. Os casos en Eurasia débense a tres deles (o xenotipo 1 ou rabia clásica, e en menor medida os xenotipos 5 e 6 ou lisavirus do morcego europeo tipos 1 e 2). O xenotipo 1 evolucionou en Europa no século XVII e espallouse por Asia, África e as Américas como resultado da exploración e colonización europea. O xenotipo 1, ou virus da rabia clásica, é prevalente na maior parte do mundo, pode ser transportado por calquera mamífero, e é a especie tipo do xénero.
Aplicación
O virus da rabia utilízase en investigación para o rastreo neuronal viral para establecer as conexións sinápticas e a direccionalidade da transmisión sináptica.
-1749
Véxase tamén
Historia ano a ano
Canto rolado
miniatura|Croios.
Un canto rolado, canto (ás veces non son rolados), croio, seixo ou callao, é un fragmento de rocha solto, susceptíbel de ser transportado por medios naturais, como as correntes de auga, os corrementos de terra etc.
Aínda que non se fai distinción de forma, en xeral un canto rolado adquire unha morfoloxía máis ou menos arredondada, subarredondada ou oblonga, sen arestas e coa superficie lisa, debido ao desgaste sufrido nos procesos erosivos e, sobre todo, durante o transporte, xeralmente causados pola corrosión ou as correntes de auga (erosión hídrica).
Tamén recibe os nomes galegos de bocha, cañó, coio, croio, pelouro, riarengo, xeixo, xógara ou xoga.
Usos
miniatura|Solo de [[callaos na Igrexa de Santiago en Bárcena de Campos (Palencia, Castela e León).]] Os cantos rolados utilízanse xeralmente na construción. Os cantos planos son de grande utilidade para o apilamento de material e a súa adherencia au formigón ou cemento fainos moi útiles.
Granulometría
Dentro da clasificación granulométrica das partículas do solo, os cantos rolados ocupan o seguinte lugar na escala:
Polifemo
miniatura|300px|Odiseo na cova de Polifemo, [[Jacob Jordaens, primeira metade do século XVII.]]
Na mitoloxía grega, Polifemo (en grego antigo Πολύφημος Polyphêmos, ‘de moitas palabras’) é o máis famoso dos ciclopes, fillo de Poseidón e da ninfa Toosa. Acostúmase representar como un xigante barbudo cun só ollo na fronte e as orellas puntiagudas dun sátiro.
Polifemo na Odisea de Homero
No canto IX da Odisea de Homero, unha partida de recoñecemento encabezada por Odiseo, o heroe da Guerra de Troia, chegou á illa dos Ciclopes e aventurouse nunha gran cova. Nela entraron e empezaron a comer a comida que alí había. Non sabían que dita cova era o fogar de Polifemo, quen pronto atopou aos intrusos e pechounos nela. Logo empezou a devorar a varios deles, pero Odiseo urdiu un astuto plan para fuxir.
Para facer que Polifemo se confiase, Odiseo deulle un barril cheo de viño moi forte sen augar. Cando Polifemo preguntoulle o seu nome, Odiseo díxolle que se chamaba ουτις outis, un nome que pode traducirse como «Ningún home» ou «Ninguén». Cando o xigante, bébedo, caeu durmido, Odiseo e os seus homes tomaron unha lanza fraguada e craváronlla no único ollo de Polifemo. Este empezou a berrarlle aos demais ciclopes que «Ninguén» o ferira, polo que entenderon que Polifemo toleara, chegando á conclusión de que o maldicira un deus, e polo tanto non interviron. Pola mañá, Odiseo atou aos seus homes e a si mesmo ao ventre das ovellas de Polifemo. Cando o ciclope sacou as ovellas a pastar, palpou os seus lombos para asegurarse de que os homes non as montaban, pois ao estar cego non podía velos. Pero non palpou os seus ventres, e así fuxiron.
miniatura|Odiseo escapa da cova de Polifemo. Cerámica de figuras negras [[circa|c. 500 a. C.]]
Cando as ovellas (e os homes) xa estaban fóra, Polifemo decatouse de que os homes xa non estaban na súa cova. Cando se afastaban navegando, Odiseo gritoulle a Polifemo xactándose de que «Non te feriu ninguén, senón Odiseo!» Desafortunadamente, non sabía que Polifemo era fillo de Poseidón, deus de quen xa se gañara a súa inimizade por profanar o seu templo en Troia e idear o saqueo da cidade, cuxos habitantes tiñan a Poseidón en grande estima (aínda que Poseidón loitara bastante tempo do lado dos gregos segundo a Ilíada). Polifemo lanzou entón unha maldición sobre Odiseo, xunto cunha pesada rocha que caeu tras o barco; debido a isto, Poseidón causoulle gran cantidade de problemas a Odiseo durante todo o resto da súa viaxe.
Polifemo en O Ciclope de Eurípides
Esta historia da Odisea cóntase máis humoristicamente no único drama satírico conservado de Eurípides, titulado O Ciclope, no que se lle atribúe ao monstro unha tendencia homosexual.
Polifemo na Eneida de Virxilio
No libro III da Eneida, Eneas e os seus compañeiros, tras ser despedidos por Héleno e navegar desde Epiro até Sicilia, encontráronse con Aqueménides, un desventurado compañeiro de Odiseo, abandonado na illa dos Ciclopes. Logo de escoitar as súas súplicas de socorro e ceder ante estas, foron descubertos por Polifemo que, cun pavoroso clamor —que conmoveu o océano— advertiu da presenza dos intrusos ao resto dos ciclopes. Aterrorizados, Eneas, Aqueménides e o resto da tripulación, lograron por fin escapar coa axuda dos ventos.
Acis e Galatea
No seu ditirambo Ciclope ou Galatea, o poeta dos séculos V - IV a.C. Filóxeno de Citera tratou por primeira vez o amor desgraciado de Polifemo por Galatea, unha nereida. Seguiuno o poeta grego de Sicilia Teócrito, quen escribiu dous poemas polo ano 275 a. C. sobre dito amor. Posteriormente, Ovidio retomou a trama nas súas Metamorfoses, introducindo o personaxe de Acis, amado de Galatea.
Segundo a versión ovidiana, cando Galatea rexeitou ao ciclope en favor de Acis, un pastor siciliano, Polifemo, celoso, matouno cun croio. Galatea transformou o sangue de Acis nun río de Sicilia que leva este nome. Así Acis transformouse nun deus río.
Segundo algunhas versións, Polifemo acabou sendo pai con Galatea de Gálata, Celto e Ilirio, deuses epónimos dos gálatas, os celtas e os irilios, respectivamente.
A historia da traxedia romántica de Acis e Galatea foi continuada na literatura e música occidentais. Así, por exemplo, na literatura española o poeta barroco Luis Carrillo y Sotomayor é autor da Fábula de Acis y Galatea. Pero, sen dúbida, a versión máis coñecida é a que escribiu Góngora, Fábula de Polifemo y Galatea, que tivo diversas continuacións. Por último, Georg Friedrich Händel estreou en 1718 a ópera Acis e Galatea, cun libreto de John Gay, Alexander Pope e John Hughes.
Outros personaxes mitolóxicos
Adicionalmente, un dos argonautas chamábase Polifemo. Axudou a Heracles na súa procura de Hilas, e ambos foron abandonados polo Argo.
Keiko Fujimori
Keiko Sofía Fujimori Higuchi, nada en Lima o 25 de maio de 1975, é unha política peruana, filla primoxénita do expresidente da República, Alberto Fujimori; e da ex-congresista e ex-primeira Dama, Susana Higuchi. Foi a candidata presidencial de Fuerza 2011 nas eleccións xerais do Perú de 2011, que gañou o partido de Humala.
Investigación e desenvolvemento
A expresión investigación e desenvolvemento, tamén coñecida polas siglas I+D, refírese segundo o Manual de Frascati da Organización para a Cooperación e Desenvolvemento Económico ó "conxunto de traballos creativos levados a cabo de modo sistemático co fin de incrementa-lo volume de coñecementos, incluíndo coñecementos do home, a cultura e a sociedade, así como o uso desta suma de coñecementos para idear novas aplicacións."
Introdución
O deseño e desenvolvemento de novos produtos constitúe un factor clave na supervivencia dunha empresa. Nunha industria en constante cambio tanto a nivel tecnolóxico como de competencia, as empresas vénse na obriga de revisar o deseño e rango dos seus produtos para seguiren a ser competitivas.
Un sistema levado pola mercadotecnia é aquel que pon as necesidades do consumidor por diante e só produce bens que poidan ser competitivos no mercado. Para isto, realízanse estudos de mercado que definirán cales son as necesidades e cales os produtos que poden satisfacelas. Pola contra, se o desenvolvemento está impulsado pola tecnoloxía, entón os produtos que chegarán ó mercado son aqueles que as empresas sexan capaces de realizar. Neste último caso, os produtos son desenvoltos pola propia empresa polo que o proceso de produción deséñase da forma máis eficiente posible e os produtos resultantes son tecnicamente superiores, polo que posúen unha vantaxe propia no mercado final. Este é o obxectivo da investigación e desenvolvemento no seo da industria.
A I+D ten un significado económico especial, amais do propio significado a nivel de desenvolvemento científico e tecnolóxico, xa que o investimento neste mecanismo reflicte de forma xeral o desexo dunha administración pública ou organización de deixar a un lado os produtos unicamente comerciais para mellorar os resultados e retornos futuros.
Tipos de actividades
Segundo o Manual de Frascati, considérase que a I+D engloba tres tipos de actividades: investigación básica, investigación aplicada e desenvolvemento tecnolóxico.
Investigación básica
Tamén coñecida como investigación fundamental. Consiste en traballos orixinais, experimentais ou teóricos, que se emprenden principalmente para obter novos coñecementos sobre os fundamentos dos fenómenos e dos feitos observables, sen estar dirixida a unha aplicación ou utilización determinada.
Por norma xeral, os resultados da investigación básica non se poñen á venda, senón que se publican en revistas científicas os difúndense directamente entre os organismos ou persoas interesadas.
Investigación aplicada
Tamén coñecida como investigación industrial. Ó igual ca no caso da investigación fundamental, consiste en traballos orixinais emprendidos coa finalidade de adquirir novos coñecementos, aínda que neste caso está dirixida cara a un obxectivo práctico específico.
Podemos considerar que a investigación aplicada empréndese para determinar os usos posibles dos resultados da investigación básica, ou para determinar novos métodos ou formas de acadar obxectivos específicos predeterminados.
Por norma xeral, os resultados desta investigación acaban sendo recoñecidos a través dunha patente.
Desenvolvemento tecnolóxico
Consiste en traballos sistemáticos que aproveitan os coñecementos existentes obtidos mediante investigación e/ou experiencia práctica, e están dirixidos á produción de novos materiais, produtos ou dispositivos; á posta en marcha de novos procesos, sistemas e servizos, ou á mellora substancial dos xa existentes.
A Casa Grande, San Fiz de Asma, Chantada
A Casa Grande é un lugar na parroquia de San Fiz de Asma, do concello de Chantada, na comarca de Chantada, pertencente a provincia de Lugo.
-1712
Véxase tamén
Historia ano a ano
Illa Foley
A illa Foley é unha illa ártica canadense de baixa altitude localizada en Nunavut, Canadá. Está na costa sur da Illa de Baffin na Bacía Foxe e ten unha superficie de 637 km².
O primeiro rexistro escrito da existencia da illa foi en 1948, do mesmo xeito que as veciñas Illa do Príncipe Carlos e Illa Air Force, por un membro da tripulación Royal Canadian Air Force, Albert-Ernest Tomkinson, navegando un Avro Lancaster.
Mikhail Ivanov
Mikhail Ivanov, nado o 20 de novembro de 1977, é un esquiador de fondo nórdico ruso que compite profesionalmente desde o 1996.
Nos Xogos Olímpicos de Inverno do 2002 en Salt Lake City rematou segundo na proba de 50 km clásicos despois de Johann Mühlegg, pero levou o ouro tras a descualificación Mühlegg por dopaxe.
Ivanov levou a medalla de bronce nos 30 km nos Campionatos Mundiais de 2001 e gañou dúas copas do mundo, no 2000 en 30 km e no 2001 en 15 km.
Ameerah Haq
En 2015, Haq foi nomeada membro da xunta directiva do Center for Humanitarian Dialogue (HD), unha organización de diplomacia privada cuxa misión é axudar a mitigar a violencia armada a través do diálogo e a mediación.
Cargos ocupados anteriormente na ONU
Haq ten 37 anos de servizo de carreira nas Nacións Unidas (19 sobre o terreo e 18 na sede) e Estados Unidos considéraa unha negociadora experimentada e hábil, así como unha construtora de consenso.
Educación
Haq completou a licenciatura en Artes de Western College en Oxford, Ohio e logo formouse en organización e planificación comunitaria e en administración de empresas no Western College for Women, Universidade de Columbia e Universidade de Nova York.
Baells
miniatura|dereita|200px|Situación da comarca de La Litera en Aragón, na cal se localiza Baells Baells é un municipio español da comarca de La Litera, en Aragón, na provincia de Huesca.
Historia
No ano 1610, Baells mantiña aínda o nome de Bays. Tivo un importante pazo fortificado, que hoxe se conserva –parcialmente e modificado– no medio do centro da localidade.
Xeografia
Está situado ao pé dos Pireneos, sobre o barranco de Requé, cuxas augas aflúen no río Noguera Ribagorzana.
Localidades limítrofes
Limita cos concellos Benabarre ao norte, con Estopiñán ao norte e ao oeste, con Camporrells polo oeste, con Castillonroy polo oeste e sur, con Albelda polo sur, con Alcampell polo leste e con Peralta y Calasanz polo leste.
Véxase tamén
s
Cortiñán, Bergondo
Santa María de Cortiñán é unha parroquia que se localiza no sur do concello de Bergondo na comarca da Coruña. Segundo o IGE en 2020 tiña 505 habitantes (243 homes e 262 mulleres) distribuídos en 8 entidades de poboación, o que supón un aumento en relación ao ano 1999 cando tiña 415 habitantes.
Topónimo
Cortiñán é un topónimo latino que fai referencia ás cortiñas, ou aquelas pequenas leiras de cultivo. O topónimo xorde entre o século X e XIII.
.mg
.mg é o Dominio de Nivel Superior xeográfico (ccTLD) para Madagascar.
Membribe, Fanoi, Abadín
Membribe é un lugar da parroquia de Fanoi no concello lugués de Abadín na comarca da Terra Chá. Segundo o Instituto Galego de Estatística, en 2021 tiña 2 habitantes, dos cales 1 era home e 1 era muller. Iso supón unha diminución da poboación respecto a 2011 cando tiña 4 habitantes (2 homes e 2 mulleres).
Olímpico
Olímpico pódese referir a:
Eye for an Eye
Eye for an Eye é o primeiro álbum de estudio da banda estadounidense de heavy metal Corrosion of Conformity, publicado no ano 1984 a través dos selos No Core e Toxic Shock. No ano 2012 foi reeditado por Candlelight Records co EP Six Songs With Mike Singing como cancións extra.
Roy Makaay
Rudolphus "Roy" Antonius Makaay, nado en Wijchen o 9 de marzo de 1975, é un exfutbolista neerlandés. Xogaba de dianteiro e foi internacional coa selección neerlandesa.
Traxectoria
Tras ser rexeitado nas categorías inferiores do Ajax, recalou no Vitesse Arnhem, onde comezou a destacar. Cando se lle pregunta se é seguidor dalgún club á marxe de para o que xoga sempre amosa a súa predilección polo Vitesse.
O CD Tenerife fixouse nel e contratouno. Aínda que o equipo descendeu de categoría nesa mesma temporada, Makaay destacou e fichou polo Deportivo da Coruña. No ano 2000 o Deportivo é campión de Liga e Roy fai 22 goles. A súa mellor marca prodúcese na tempada 2002/03, onde acada os 29 tantos en liga e gaña a Bota de Ouro, premio concedido ó máximo goleador europeo.
O xogador decidiu a tempada que gañou a liga non renova-lo contrato co Deportivo cando este rematara, por diferenzas co presidente do club. E así, no 2003, no seu penúltimo ano de contrato, marcha cara o Bayern Munich e posteriormente ó Feyenoord Rotterdam, onde xogou ata a súa retirada.
-1711
Véxase tamén
Historia ano a ano
Beowulf
Beowulf pode referirse a:
A historia foi levada ao cinema en varias ocasións:
-1810
Véxase tamén
Historia ano a ano
Consoante
Unha consoante é un son da lingua oral orixinado pola pechadura ou estreitamento do tracto vocal por achegamento ou contacto dos órganos de articulación de tal xeito que cause unha turbulencia audíbel. O termo consoante provén do latín e orixinalmente referíase a "soar xunto con" ou "soar con", sendo a idea que as consoantes non tiñan son en si mesmas, xa que en latín só aparecían xunto a unha vogal. Esta, con todo, é unha concepción pouco afortunada das consoantes, xa que existen linguas onde hai palabras longas que carecen por completo de vogais. En lingüística moderna defínense as consoantes en termos de constrición do tracto vocal.
A diferenza das vogais, as consoantes poden ou non ter un son certo, mentres o das vogais é relativamente variábel.
No alfabeto latino as consoantes son:
B C D F G H J K L M N Ñ P Q R S T V W X Y Z
Aínda que cada idioma ten as súas propias consoantes, moitas destas coinciden debido á influencia do Imperio Romano, pois, en ruso temos:
Б В Г Д Ж З К Л М Н П Р С Т Ф Х Ц Ч Ш Щ
Moi parecidas ás latinas polo mesmo.
Posto que o número de sons consonánticos nas linguas do mundo é moito maior que o número de letras para consoantes dispoñíbeis en calquera alfabeto, os lingüistas suscitaron sistemas como o Alfabeto Fonético Internacional ou AFI (IPA) para asignar un único signo a cada consoante identificadas nas linguas do mundo.
Tipos de consoantes
Nos grupos de consoantes pódense distinguir principalmente tres grupos: as sonoras, as xordas e as palatais.
As consoantes sonoras son as que teñen un son determinado que podemos manter emitindo durante un tempo, sendo este audíbel, como a D, F, L e demais; isto significa que teñen un son propio.
As palatais son un tipo de consoantes algo especiais: teñen de característica común que dependen ou se apoian do padal para produciren efecto. No alfabeto latino só temos o Ñ e a CH, pero esta última só é unha aproximación xa que o seu son non se considera como palatal, aínda que ten certa familiaridade.
As consoantes palatais poden abrir un bo tema debido a que neste alfabeto só contamos coa Ñ, pero hai outras linguas que as conteñen, como o polaco que posúe o Ć Ś que son un C palatal e un S palatal, ou a gramática do Ruso no que en certo tempo se semipalatalizan as consoantes.
Ao pronunciar cana e caña podemos ver a diferenza de posicionamento da nosa lingua: cana induce a que a punta da lingua se sitúe na parte traseira dos dentes superiores centrais, mentres que en caña a palatal Ñ leva á parte traseira da lingua a xuntarse co padal.
Hai outros tipos de consoantes non moi tomadas en conta, pois non resaltan moito e poden ou non pertencer ao terceiro tipo, dependendo do idioma con que se estea tratando: o H latino non se pronuncia, polo cal non se pode incluír dentro de ningún dos tres tipos anteriores, da mesma forma o ? e o ? rusos non adquiren pronunciación, senón que fixan distincións entre palabras.
Metaxenómica
miniatura|A metaxenómica permite o estudo de comunidades microbianas como as presentes neste regato no que se verteu a drenaxe dunha mina de carbón ao aire libre. A metaxenómica é o estudo do material xenético recollido directamente de mostras ambientais. Este amplo campo pode tamén denominarse xenómica ambiental, ecoxenómica ou xenómica da comunidade.
Mentres que a microbioloxía tradicional, a secuenciación de xenomas microbiana e a xenómica dependían de facer cultivos clonais, a secuenciación de xenes ambientais inicialmente clonaba xenes específicos (xeralmente os do ARNr 16S) para obter o perfil de diversidade dunha mostra natural. Ese traballo revelou que a gran maioría da biodiversidade microbiana non se detectaba utilizando os métodos baseados no cultivo.
Debido á súa capacidade de revelar a diversidade previamente oculta de vida microscópica, a metaxenómica ofrece unha potente lente para ollar o mundo microbiano que ten a potencialidade de revolucionar a comprensión de todo o mundo vivo. Como o prezo da secuenciación de ADN segue baixando, a metaxenómica agora permite que se investigue a ecoloxía microbiana a unha escala e detalle moito maiores que antes. Os estudos recentes usan a secuenciación directa "de escopeta" ou a PCR para obter mostras pouco nesgadas de todos os xenes de todos os membros das comunidaes mostreadas.
Termo
O termo "metaxenómica" foi utilizado primeiramente por Jo Handelsman, Jon Clardy, Robert M. Goodman, Sean F. Brady e outros e apareceu primeiro nunha publicación de 1998. O termo fai referencia á idea de que un conxunto de xenes secuenciados a partir da nube ambiental pode ser analizado dun xeito análogo ao do estudo dun só xenoma. En 2005, Kevin Chen e Lior Pachter (investigadores da Universidade de California, Berkeley) definiron a metaxenómica como "a aplicación das modernas técnicas xenómicas sen necesidade de illar e cultivar en laboratorio especies individuais".
Historia
A secuenciación convencional empeza co cultivo de células idénticas como fonte de ADN. Porén, os estudos metaxenómicos iniciais revelaron que propablemente hai un gran grupo de microorganismos en moitos ambientes que non se poden cultivar e, por tanto, non se poden secuenciar. Estes estudos iniciais estaban enfocados ás secuencias do ARN ribosómico de 16S, que son relativamente curtas, a miúdo conservadas nunha especie, e xeralmente diferentes entre as distintas especies. Moitas secuencias de ARNr 16S viuse que non pertencían a ningunha especie cultivada, o que indica que hai numerosos organismos que non foron nunca illados. Estes exames dos xenes do ARNr tomados directamente do ambiente revelaron que os métodos baseados no cultivo microbiolóxico atopan menos do 1% das especies bacterianas e arqueanas que realmente existen nunha mostra. Gran parte do interese da metaxenómica débese a que estes descubrimentos mostran que a gran maioría dos microorganismos pasaron ata agora inadvertidos.
Os primeiros traballos moleculares neste campo foron dirixidos por Norman R. Pace e colegas, que utilizaban a PCR para explorar a diversidade das secuencias de ARN ribosómico. Os coñecementos obtidos con estes avances levaron a Pace a propoñer a idea de clonar o ADN directamente de mostras ambientais xa en 1985. Isto orixinou o primeiro informe do illamento e clonación de ADN en masa procdedente dunha mostra ambiental, publicado por Pace e colegas en 1991 mentres Pace estaba no Departamento de Bioloxía da Universidade de Indiana. Fixéronse grandes esforzos para asegurarse de que estes non eran falsos positivos da PCR e apoiaban a existencia dunha comunidade complexa de especies inexploradas. Aínda que esta metodoloxía estaba limitada a explorar xenes non codificantes de proteínas altamente conservados, apoiaba as observacións microbiolóxicas iniciais baseadas na morfoloxía que indicaban que a diversidade era moito máis complexa do que se coñecía por métodos de cultivo. Pouco despois, Healy informou do illamento metaxenómico de xenes funcionais procedentes de "zoobibliotecas" construídas a partir dun cultivo complexo de organismos ambientais cultivados en laboratorio ou herbas secas en 1995. Despois de deixar o laboratorio de Pace, Edward DeLong continuou traballando neste campo e publicou traballos que puxeron os fundamentos preliminares da filoxenia ambiental baseadas nas sinaturas de secuencias do ARNr 16S, empezando coa construción de bibliotecas por este grupo a partir de mostras mariñas.
En 2002, Mya Breitbart, Forest Rohwer e colegas usaron a secuenciación de escopeta ambiental (ver máis adiante) para mostrar que 200 litros de auga de mar conteñen uns 5000 virus distintos. Os estudos seguintes mostraron que hai máis de mil especies virais nas feces humanas e posiblemente un millón de virus diferentes por quilogramo de sedimentos mariños, includíndo moitos bacteriófagos. Esencialmente todos os virus destes estudos eran especies novas. En 2004, Gene Tyson, Jill Banfield, e colegas na Universidade de California, Berkeley e o Joint Genome Institute secuenciaron o ADN extraído dun sistema de drenaxe ácido de minas. Esta iniciativa tivo como resultado a obtención de xenomas completos ou case completos dunha manchea de bacterias e arqueas que anteriormente se resistiran aos intentos de cultivalas.
miniatura|200px|Diagrama de fluxo dun proxecto metaxenómico típico.
Craig Venter, comenzando en 2003, foi o líder da fundación privada que traballou en paralelo co Proxecto Xenoma Humano, e liderou a Expedición de mostras oceánicas global, que circunnavegou o planeta e recolleu mostras metaxenómicas durante a viaxe. Todas estas mostras son secuenciadas utilizando a secuenciación de escopeta, coa esperanza de que se identificasen novos xenomas (e, por tanto, novos organismos). O proxecto piloto, realizado no mar dos Sargasos, atopou ADN de case 2000 especies diferentes, incluíndo 148 tipos de bacterias nunca antes vistas. Venter circunnavegou o globo e explorou exhaustivamente a costa oeste dos Estados Unidos e completou unha expedición de dous anos de duración para explorar o mar Báltico, o Mediterráneo e o mar Negro. A análise de datos metaxenómicos recollidos durante esta viaxe revelou a existencia de dous grupos de organismos, un composto de taxons adaptados a condicións ambientais de 'fartura ou fame' e outro composto por relativamente poucas taxons pero máis abundantes e amplamente distribuídos principalmente composto por plancto.
En 2005 Stephan C. Schuster na Unversidade estatal de Penn e colegas publicaron as primeiras secuencias dunha mostra ambiental xerada con secuenciación de alto rendemento, neste caso a pirosecuenciación masivamente paralela desenvolvida por 454 Life Sciences. Outra publicación inicial nesta área apareceu en 2006 feita por Robert Edwards, Forest Rohwer e colegas da Universidade estatal de San Diego.
Secuenciación
A obtención de secuencias de ADN de lonxitude maior que uns poucos milleiros de pares de bases a partir de mostras ambientais foi moi difícil ata que os recentes avances nas técnicas de bioloxía molecular permitiron a construción de bibliotecas en cromosomas artificiais bacterianos (BACs), que proporcionan mellores vectores para a clonación molecular. miniatura|250px|A secuenciación de escopeta ambiental (ou, en inglés, ESS, Environmental Shotgun Sequencing). (A) Toma de mostras do hábitat; (B) partículas filtradoras, normalmente por tamaño; (C) lise e extracción do ADN; (D) clonación e construción da biblioteca; (E) secuenciación de clons; (F) ensamblaxe das secuencias en [[cóntigos e armazóns.]]
Metaxenómica de escopeta
Os avances en bioinformática, os refinamentos na amplificación do ADN e a proliferación do poder computacional axudaron enormemente a análise de secuencias de ADN obtidos de mostras ambientais, o que permitiu a adaptación da secuenciación de escopeta ou shotgun ás mostras metaxenómicas (coñecida tamén como escopeta de metaxenoma completo ou secuenciación WMGS, de whole metagenome sequencing). Esta estratexia, usada para secuenciar moitos microorganismos cultivados e o xenoma humano, corta o ADN aleatoriamente, secuencia moitas secuencias curtas e reconstrúeas nunha secuencias consenso. A secuenciación de escopeta revela os xenes presentes en mostras ambientais. Historicamente, as bibliotecas de clons eran utilizadas para facilitar esta secuenciación. Porén, cos avances nas tecnoloxías de secuenciación de alto rendemento, o paso da clonación xa non é necesario e poden obterse grandes rendementos de datos secuenciados sen este paso que require un intenso traballo e supón un colo de botella no proceso. A metaxenómica de escopeta proporciona información tanto sobre que microorganismos están presentes coma sobre que procesos metabólicos son posibles na comunidade. Como a obtención de ADN ambiental é en boa medida incontrolada, os organismos máis abundantes nunha mostra ambiental están moito máis representados nos datos de secuenciación resultantes. Para conseguir a alta cobertura necesaria para resolver por completo os xenomas dos membros da comunidade subrepresentados, cómpre extraer grandes mostras, a miúdo prohibitivamente custosas. Por outra parte, a natureza aleatoria da secuenciación de escopeta garante que moitos destes organismos, que doutro modo pasarían desapercibidos usando as técnicas de cultivo tradicionais, estarán representados por polo menos algúns pequenos segmentos de secuencia. Unha estratexia cada vez máis usada combina a secuenciación de escopeta e a captura da conformación do cromosoma (Hi-C), que mide a proximidade de calesquera dúas secuencias de ADN nunha mesma célula, para guiar a ensamblaxe xenómica.
Secuenciación de alto rendemento
Os primeiros estudos metaxenómicos realizados usando secuenciación de alto rendemento usaban a pirosecuenciación pyrosequencing 454 masivamente paralela. Outras tres tecnoloxías comunmente aplicadas ás mostraxes ambientais son a Ion Torrent Personal Genome Machine, a Illumina MiSeq ou HiSeq e o sistema Applied Biosystems SOLiD. Estas técnicas para a secuenciación do ADN xeran fragmentos máis curtos que a secuenciación de Sanger; O Ion Torrent PGM System e a 454 pyrosequencing normalmente produce lecturas de ~400 pares de bases, Illumina MiSeq produce lecturas de 400 a 700 pares de bases (dependendo de se se utilizaron opcións de extremos apareados) e SOLiD produce lecturas de 25 a 75 pares de bases. Historicamente, as lonxitudes destas lecturas eran significativamente máis curtas que a lonxitude de ~750 pares de bases da secuenciación de Sanger típica, porén a tecnoloxía de Illumina está aproximándose rapidamente a este punto de referencia. Porén, esta limitación compénsase polo número moito máis grande de lecturas de secuencias. En 2009, os metaxenomas pirosecuenciados xeran 200–500 megabases, e as plataformas de Illumina xeran unhas 20–50 xigabases, pero estes rendementos incrementáronse en varias ordes de magnitude nos últimos anos. Unha vantaxe adicional da secuenciación de alto rendemento é que esta técnica non require a clonación de ADN antes da secuenciación, eliminando un dos principais nesgos e colos de botella nas análise de mostraxes ambientais.
Bioinformatica
Os datos xerados polos experimentos metaxenómicos son dun enorme volume e intrinsecamente ruidosos, xa que conteñen datos fragmentados que poden representar ata 10000 especies. A secuenciación do metaxenoma do rume da vaca xerou 279 xigabases ou 279 miles de millóns de pares de bases de datos de secuencias nucleotídicas, mentres que o catálogo de xenes do microbioma intestinal identificou 3,3 millóns de xenes ensamblados a partir de 567,7 xigabases de datos de secuencias. A recollida, tratamento e extracción de información útil bioloxicamente a partir de conxuntos de datos deste tamaño supón retos computacionais significativos para os investigadores.
Prefiltrado da secuencia
O primeiro paso da análise de datos metaxenómicos require a execución de certos pasos de prefiltrado, como a eliminación de secuencias redundantes de baixa calidade e secuencias de probable orixe eucariota (especialmente en metaxenomas de orixe humana). Os métodos dispoñibles para a eliminación de secuencias de ADN xenómico eucariota contaminantes inclúen Eu-Detect e DeConseq.
Ensamblaxe
Os datos de secuencias de ADN de proxectos xenómicos e metaxenómicos son esencialmente os mesmos, pero os datos de secuencias xenómicos ofrecen unha maior cobertura, mentres que os datos metaxenómicos son xeralmente moi pouco redundantes. Ademais, o incremento do uso de tecnoloxías de secuenciación de segunda xeración con lecturas de lonxitudes curtas significa que moitos dos futuros datos metaxenomicos serán proclives ao erro. Tomados en combinación, estes factores fan que a ensamblaxe de lecturas de secuencias metaxenómicas nos xenomas sexa difícil e pouco fiable. As ensamblaxes incorrectas son causadas pola presenza de secuencias de ADN repetitivas que fan que a ensamblaxe sexa especialmente difícil debido á diferenza na abundancia relativa de especies presentes na mostra. As ensamblaxes incorrectas poden tamén implicar a combinación de secuencias de máis dunha especie en cóntigos quiméricos.
Existen varios programas de ensamblaxe, a maioría dos cales usan información de etiquetas de extremos apareados para mellorar a exactitude das ensamblaxes. Algúns programas, como Phrap ou Celera Assembler, foron deseñados para utilizalos na ensamblaxe dun só xenoma, pero de todos modos producen bos resultados cando se ensamblan conxuntos de datos metaxenómicos. Outros programas, como Velvet assembler, foron optimizados para as lecturas máis curtas producidas pola secuenciación de segunda xeración por medio do uso de gráficos de de Bruijn. O uso de xenomas de referencia permite aos investigadores mellorar a ensamblaxe das especies microbianas máis abundantes, pero esta estratexia está limitada polo pequeno subconxunto de filos microbianos para os cales están dispoñibles xenomas secuenciados. Unha vez que se crea unha ensamblaxe, un reto adicional é a chamada "desconvolución metaxenómica" ou determinar de que especie procede cada secuencia da mostra.
Predición de xenes
As tubaxes (pipelines) de análise metaxenómica usan dúas estratexias para a anotación de rexións codificantes nos cóntigos ensamblados. A primeira estratexia é identificar xenes baseándose na homoloxía con xenes que están xa dispoñibles ao público en bases de datos de secuencias, xeralmente por buscas coa ferramenta BLAST. Este tipo de estratexia aplícase no programa MEGAN4. A segunda estratexia, chamada ab initio, usa características intrínsecas da secuencia para predicir rexións codificantes baseadas en conxuntos de xenes de organismos relacionados. Esta é a estratexia adoptada en programas como GeneMark e GLIMMER. A principal vantaxe da predición ab initio é que facilita a detección de rexións codificantes que carecen de homólogos nas bases de datos de secuencias; porén, é máis precisa cando hai grandes rexións de ADN xenómico contiguo dispoñibles para a comparación.
Diversidade de especies
400px|miniatura|Unha representación de 2016 da [[árbore da vida ]]
As anotacións de xenes proporcionan a resposta ao "que", mentres que as medidas de diversidade de especies proporcionan a resposta ao "quen". Para conectar a composición da comunidade e a función en metaxenomas, as secuencias deben ser agrupadas. O agrupamento é o proceso de asociar unha secuencia particular a un organismo. No agrupamento baseado na semellanza, os métodos como BLAST son utilizados para buscar rapidamente en bases de datos públicas existentes marcadores filoxenéticos ou secuencias doutro modo similares. Esta estratexia aplícase en MEGAN. Outra ferramenta, PhymmBL, usa modelos de Markov interpolados para asignar lecturas. MetaPhlAn e AMPHORA son métodos baseados en marcadores específicos de clado únicos para estimar as abundancias relativas de organismos con desempeños computacionais melloradas. Outras ferramentas, como mOTUs e MetaPhyler, usan marcadores de xenes universais para facer os perfís de especies procariotas. Co perfilador mOTUs é posible perfilar especies sen un xenoma de referencia, mellorando a estimación de diversidade de comunidades microbianas. Métodos recentes, como SLIMM, usan unha paisaxe de cobertura de lecturas de xenomas de referencia individuais para minimizar falsos positivos e obter abundancias relativas fiables. No agrupamento baseado na composición, os métodos usan características intrínsecas da secuencia, como as frecuencias de oligonucleótidos ou o nesgo no uso de codóns. Unha vez que as secuencias están agrupadas, é posible levar a cabo análises comparativas de diversidade e riqueza.
Integración de datos
A masiva cantidade de datos de secuencias que crece exponencialmente supón un reto desmoralizador que se complica pola complexidade dos metadatos asociados cos proxectos metaxenómicos. Os metadatos inclúen información detallada sobre a xeografía tridimensional (incluíndo a profundidade ou altura) e características ambientais da mostra, datos físicos sobre o sitio da mostra, e a metodoloxía da mostraxe. Cómpre esta información para garantir a replicabilidade e para permitir unha análise augas abaixo. Debido á súa importancia, os metadatos e a revisión dos datos colaborativos e o seu tratamento requiren formatos de datos estandarizados localizados en bases de datos especializadas, como a Genomes OnLine Database (GOLD).
Unha das primeiras ferramentas autónomas para analizar datos de escopeta metaxenómicos de alto rendemento foi MEGAN (MEta Genome ANalyzer). Unha primeira versión do programa foi utilizada en 2005 para analizar o contexto metaxenómico de secuencias de ADN obtidas de ósos de mamut. Baseándose nunha comparación entre BLAST e unha base de datos de referencia, esta ferramenta realiza agrupamentos tanto taxonómicos coma funcionais, ao situar estas lecturas sobre os nodos da taxonomía do NCBI usando un simple algoritmo de antepasado común máis baixo (Lower common ancestor, LCA) ou nos nodos das clasificacións de SEED ou KEGG, respectivamente.
Metaxenómica comparativa
As análises comparativas entre metaxenomas poden axudar a comprender as funcións de comunidades microbianas complexas e o seu papel na saúde dos hóspedes. As comparación por pares ou múltiples entre metaxenomas poden realizarse a nivel de composición da secuencia (comparando o contido GC ou o tamaño do xenoma), da diversidade taxonómica ou do complemento funcional. As comparacións da estrutura da poboación e a diversidade filoxenética poden realizarse baseándose no xene do ARNr 16S e outros xenes marcadores filoxenéticos ou, en caso de que se trate de comunidade con baixa diversidade, por reconstrución do xenoma a partir dos conxuntos de datos metaxenómicos. As comparacións funcionais entre metaxenomas poden realizarse comparando secuencias con bases de datos de referencia como COG ou KEGG e tabulando a abundancia por categoría e avaliando calquera diferenza pola súa significatividade estatística. Esta estratexia centrada nos xenes pon a énfase no complemento funcional da comunidade no seu conxunto en vez de nos grupos taxonómicos e mostra que os complementos funcionais son análogos baixo condicións ambientais similares. En consecuencia, os metadatos sobre o contexto ambiental das mostras metaxenómicas son especialmente importante en análises comparativas, xa que proporcionan aos investigadores a capacidade de estudaren o efecto do hábitat sobre a estrutura e función da comunidade.
Ademais, varios estudos utilizaron os padróns de uso de oligonucleótidos para identificar as diferenzas en diversas comunidades microbianas. Son exemplos desas tecnoloxías as enfocadas á abundacia relativa de dinucleótidos de Willner et al. e o método HabiSign de Ghosh et al. Este último estudo tamén indicou que as diferenzas nos padróns de uso de tetranucleótidos poden utilizarse para identificar xenes (ou lecturas metaxenómicas) orixinados en hábitats específicos. Ademais, algúns métodos como TriageTools ou Compareads detectan lecturas similares entre dous conxuntos de lecturas. A medida de similitude que aplican ás lecturas está baseada na cantidade de palabras idénticas de lonxitude k compartidas por pares de lecturas.
Metabolismo da comunidade
En moitas comunidades bacterianas, naturais ou preparadas por enxeñaría (como os biorreactores), hai unha división do traballo significativa no metabolismo (sintrofia), durante a cal os produtos residuais dalgúns organismos son metabolitos para outras. Nun sistema como ese, a estabilidade funcional do biorreactor metanóxeno require a presenza de varias especies sintróficas (Syntrophobacterales e Synergistia) que traballan xuntas para converter os recursos en bruto en residuos completamente metabolizados (metano). Utilizando estudos de xenes comparativos e experimentos de expresión con micromatrices ou proteómica, os investigadores poden encontrar o sentido a unha rede metabólica que vai alén das fronteiras da especie. Tales estudos requiren un coñecemento detallado sobre que versións de que proteínas están codificadas por cada especie e mesmo por cada cepa. Xa que logo, a información xenómica da comunidade é outra ferramenta fundamental (coa metabolómica e a proteómica) para investigar como os metabolitos son transferidos e transformados pola comunidade.
Metatranscritómica
A mataxenómica permite que os investigadores accedan á diversidade funcional e metabólica das comunidades microbianas, pero non pode mostrar cales destes procesos son activos. A extracción e análise de ARNm metaxenómico (o metatranscritoma) proporciona información sobre os perfís de regulación e expresión xénica de comunidades complexas. Debido ás dificultades técnicas (a curta vida media do ARNm, por exemplo) na recollida de ARN ambiental ata agora téñense feito relativamente poucos estudos metatranscritómicos in situ de comunidades microbianas. Aínda que os estudos metatranscritómicos orixinalmente estaban limitados á tecnoloxía das micromatrices, despois utilizaron tecnoloxías transcritómicas para medir a expresión de xenomas completos e a cuantificación dunha comunidade microbiana, empregada primeiro na análise da oxidación do amoníaco no solo.
Virus
A secuenciación metaxenómica é especialmente útil no estudo de comunidades virais. Dado que os virus carecen dun marcador filoxenético universal compartido (como o ARNr 16S en bacterias e arqueas e o ARNr 18S en eucariotas), o único xeito de acceder á diversidade xenética da comunidade viral a partir dunha mostra ambiental é por medio da metaxenómica. Os metaxenomas virais (tamén chamados viromas) deberían así proporcionar cada vez máis información sobre a diversidade e evolución viral. Por exemplo, unha tubaxe metaxenómica chamada Giant Virus Finder mostrou a primeira proba da existencia de virus xigantes nun deserto salino e en vales antárticos secos.