cyanic-selkie/wikianc huggingface dataset:
Gran Premio de Dallas de 1984
Resumo
O finlandés Keke Rosberg gañou a súa única carreira da tempada no Gran Premio de Dallas. A carreira foi unha das dúas carreiras de 1984 onde non puntuaron ningún dos dous McLaren pilotados por Niki Lauda e Alain Prost (Bélxica foi o outro), e deu a Honda a súa primeira vitoria nun Gran Premio cun motor turbo e o primeiro Gran Premio gañado polo xigante xaponés desde o Gran Premio de Italia de 1967. René Arnoux no Ferrari foi o único coche na volta do líder ao final, logo de saír desde o pit lane debido a un fallo eléctrico na volta de quecemento, mentres que Elio de Angelis chegou terceiro a meta co Lotus. Foi a única carreira da tempada que os coches que usaban pneumáticos Goodyear encheron as tres prazas do podio.
O evento foi concibido como un xeito de demostrar o status de Dallas como unha "cidade de clase mundial" e vencer os 38 °C de calor, unha superficie de pista desintegrada e unha longa fin de semana chea de rumores sobre a súa cancelación. O estreito e revirado circuíto presentouse nas Texas State Fair Grounds coa axuda do fundador do Gran Premio do oeste dos Estados Unidos Chris Pook, contaba con dúas curvas moi pechadas e aínda que o trazado era visto como interesante e foi ben recibido polos pilotos (aínda que algúns pensaban que unha ou dous das chicanas era máis estreita do que tiñan que ser), todos tiveron problemas coa falta de zonas de escape e coa superficie que se desfixo durante a carreira e converteu a pista máis nunha pista de Rallycross que nun circuíto do Gran Premio. O asfalto burbullou antes da cualificación, e logo dunhas cantas voltas, comezou a crebarse.
Logo da primeira práctica do venres, os pilotos de Lotus, Nigel Mansell e De Angelis, partiron da primeira fila. Mansell que logrou a primeira pole position da súa carreira, dixo que a pista provisional fora o circuíto máis duro no que pilotara nunca. Nelson Piquet preguntábase se a intensa calor da pista remataría primeiro cos pilotos ou cos coches. a cualificación da tarde viu como as temperaturas seguían aumentando pasando dos 38 °C. Goodyear rexistrou a maior temperatura da pista nos seus 20 anos nas carreiras, 66 °C.
A carreira estaba programada para comezar ás 11 da mañá do domingo, tres horas antes do habitual, a causa da calor, cos 30 minutos de quecemento previstos para as 7:45. Aparentemente demasiado cedo para o piloto de Williams Jacques Laffite, que chegou ao circuíto en pixama. O warm-up foi atrasado e logo cancelado, debido a que unha carreira de 50 voltas de Can-Am o sábado danara o circuíto de tal xeito que as reparacións de urxencia duraran toda a noite, e continuaron ata 30 minutos antes do comezo da carreira (as reparacións incluíron unha retroescavadora sacando o asfalto roto e substituíndoo por cemento de secado rápido). Niki Lauda e Alain Prost trataron de organizar un boicot entre os pilotos, pero Rosberg insistiu en que debían competir.
Mansell liderou case a metade da carreira desde a súa primeira pole position. Derek Warwick adiantou a de Angelis, cuxo motor sufriu un fallo no acendido, acercouse a Mansell varias veces, pero non puido adiantalo. Retirouse logo dun intento de pasalo na volta 11 que deu lugar a un trompo. Lauda foi o seguinte en desafiar a Mansell, pero foi pasado por de Angelis.
Os cinco primeiros coches (Mansell, de Angelis, Lauda, Rosberg, Prost) marchaban en grupo, e na volta 14, Rosberg pasou Lauda polo terceiro e acercouse aos dous Lotus. Pasou a de Angelis na volta 18, e pronto comezou a buscar a forma de adiantar a Mansell. Arnoux, cuarto cualificado, fora incapaz de arrincar o seu coche na grella, e comezou a carreira desde a parte traseira do paquete. Ao final da primeira volta, xa pasara sete coches e xunto a Piquet pechaban o grupo de líderes.
Rosberg, logo de intercambiarse varias veces lugares con Prost, conseguiu pasar a Lauda e De Angelis, finalmente obrigou a Mansell a cometer un erro o suficientemente grande para tomar o liderado. En tres voltas, Mansell, cuxos pneumáticos dianteiros desaparecían rapidamente, perdeu tres lugares máis antes de entrar en boxes na volta 38. Piquet converteuse no noveno coche en retirarse logo de bater co muro, e Arnoux quedou entre os cinco primeiros.
Prost tomou o liderado de Rosberg na volta 49, e rapidamente abriu unha vantaxe de 7´5 segundos, pero oito voltas máis tarde tocou un muro e danou unha lamia. Rosberg herdou unha vantaxe de 10 segundos sobre Arnoux, e, en parte grazas a un sistema de refrixeración especial no casco do piloto, logrou a súa única vitoria do ano para Williams, alcanzouse o límite de dúas horas unha volta antes das 68 programadas.
De Angelis chegou a meta terceiro, comodamente por diante de Laffite no segundo Williams. Mansell golpeou contra o muro. Mansell derrapou na última curva, o seu coche desacelerou na recta final, coa viseira levantada e os cintós de seguridade colgando sobre o lado do coche, saltou do seu Lotus negro e tratou de empuxalo ata a meta, pero derrubouse esgotado polo calor opresivo antes de chegar á liña de meta. Clasificouse sexto, con tres voltas perdidas.
A calor abafante foi un factor para que o Gran Premio de Dallas se convertese nun feito illado. O ano seguinte substituíuno lo Gran Premio de Australia. A Fórmula Un non volveu ao estado de Texas ata o Gran Premio dos Estados Unidos de 2012 no recentemente construído Circuíto das Américas, situado na capital do estado en Austin.
Aliñamento múltiple de secuencias
dereita|miniatura|350px|As primeiras 90 posicións dun aliñamento múltiple de secuencias de exemplos da proteína ribosómica ácida P0 (L10E) de varios organismos. Xerado con [[ClustalX.]] miniatura|350px|Aliñamento múltiple de 27 secuencias da proteína [[hemaglutinina do virus da gripe aviaria, coloreado segundo a conservación de residuos (máis escuro canta maior conservación; arriba) e as súas propiedades químicas (abaixo).]] Un aliñamento múltiple de secuencias ou aliñamento de secuencias múltiples (MSA, nas súas siglas en inglés, de Multiple Sequence Alignment) é un aliñamento das secuencias de tres ou máis secuencias biolóxicas, xeralmente proteínas, ADN ou ARN (secuencias de aminoácidos ou de nucleótidos). En xeral, asúmese que as diversas secuencias a examinar que se introducen como entrada (conxunto problema) teñen unha relación evolutiva, comparten unha liñaxe e descenden dun antepasado común. Do MSA resultante, pode inferirse a homoloxía entre esas moléculas, e pode realizarse unha análise filoxenética para avaliar as orixes evolutivas compartidas polas secuencias. As representacións visuais do aliñamento poñen de manifesto mutacións tales como mutacións puntuais (un só cambio de aminoácidos ou nucleótidos) que aparecen como diferentes caracteres nunha soa columna do aliñamento, e a inserción ou supresión de mutacións (ou indeis) que aparecen como ocos nunha ou varias das secuencias da aliñación. O aliñamento múltiple de secuencias utilízase a miúdo para avaliar a conservación dos dominios proteicos, as estruturas terciarias e secundarias das moléculas, e mesmo aminoácidos ou nucleótidos individuais.
Co termo aliñamento múltiple de secuencias tamén se fai referencia ao proceso de aliñalas como un conxunto de secuencias. Como pode ser difícil aliñar a man tres ou máis secuencias de lonxitude bioloxicamente relevante, e case sempre leva moito tempo, utilízanse algoritmos computacionais para producir e analizar os aliñamentos. Os MSA requiren metodoloxías máis sofisticadas que os aliñamento de pares porque son computacionalmente máis complexos de producir. A maior parte dos programas de aliñamento múltiple de secuencias usan métodos heurísticos en lugar de optimización global, porque identificar o aliñamento óptimo entre máis dunhas poucas secuencias de lonxitude moderada é moi custoso computacionalmente.
Programación dinámica e complexidade computacional
O método máis directo para producir aliñamentos múltiples de secuencias utiliza a técnica de programación dinámica para identificar a solución de aliñamento globalmente óptima. Para as proteínas, este método supón normalmente dous conxuntos de parámetros: unha penalización por oco (gap) e unha matriz de substitución que asigna puntuacións ou probabilidades ao aliñamento de cada posible par de aminoácidos baseadas na semellanza das propiedades químicas destes ou na probabilidade evolutiva da mutación. Para secuencias de nucleótidos pode usarse unha matriz de substitución, mais dado que só hai catro caracteres estándar posibles (A, T, G, C) por secuencia, e que os nucleótidos individuais non difiren moito na súa probabilidade de substitución, os parámetros para secuencias de ADN e ARN consisten, normalmente, nunha penalización por gap, unha puntuación positiva para coincidencias de caracteres, e unha puntuación negativa para as faltas de coincidencia. Os valores na matriz de substitución poden ser todos positivos ou unha mestura de positivos e negativos no caso dun aliñamento global, pero deben ser tanto positivos coma negativos no caso dun aliñamento local.
Para n secuencias individuais, o método require construír o equivalente n-dimensional da matriz formada no aliñamento estándar de pares de secuencias da programación dinámica. Desta forma, o espazo de busca increméntase exponencialmente conforme se incrementa n, dependendo tamén fortemente da lonxitude da secuencia. Atopar desta forma o óptimo global para n secuencias é un problema dos denominados NP-completos. Os métodos para reducir o espazo de busca efectuando inicialmente aliñamentos de pares mediante programación dinámica sobre cada par de secuencias no conxunto problema, e buscando só o espazo solución preto destes resultados (encontrando de forma efectiva a intersección entre traxectorias locais nos arredores inmediatos de cada solución óptima de aliñamento por pares) representan a técnica de programación dinámica máis eficiente. O método denominado "suma de pares" utilízase co software MSA, pero non é aínda práctico para a maioría de aplicacións de aliñamento múltiple de secuencias que requiren o aliñamento simultáneo de ducias (e mesmo de varios centos) de secuencias. Os métodos de programación dinámica só se usan agora cando cómpre facer un aliñamento de moi alta calidade entre un pequeno número de secuencias, e como benchmark estándar (estándar de comparación) na avaliación de técnicas heurísticas novas ou melloradas.
Construción progresiva do aliñamento
Un método para realizar unha busca heurística do aliñamento é a técnica progresiva (tamén coñecida como método xerárquico ou de árbore) que constrúe un aliñamento múltiple final realizando primeiro unha serie de aliñamentos de pares sobre secuencias sucesivamente menos emparentadas. Tales métodos comezan aliñando en primeiro lugar as dúas secuencias máis cercanamente relacionadas, para seguir aliñando sucesivamente a seguinte secuencia do conxunto problema máis emparentada co aliñamento producido no paso previo. O par inicial "máis relacionado", ou emparentado, determínase mediante un método eficiente de categorización (ou clustering) tal como UPGMA ou neighbour-joining, baseado nunha simple busca heurística do conxunto problema cunha ferramenta como FASTA. As técnicas progresivas, por tanto, constrúen automaticamente tanto unha árbore filoxenética coma un aliñamento.
Unha limitación importante dos métodos progresivos é a súa forte dependencia da asignación inicial do parentesco entre as secuencias, e da calidade do aliñeamento inicial. Deste modo, os métodos son sensibles tamén á distribución das secuencias no conxunto problema: o rendemento mellora cando a cuantificación da estrutura do parentesco entre as secuencias problema compón un gradiente relativamente suave en lugar de encontrarse en categorías afastadas. Tamén se degrada significativamente o rendemento cando todas as secuencias do conxunto teñen unha relación bastante distante, xa que entón son máis probables as imprecisións no aliñamento inicial. Os métodos progresivos máis modernos modifican a súa función de puntuación cunha función de ponderación secundaria que asigna individualmente factores de escala a membros do conxunto problema de forma non liñal, baseada na súa distancia filoxenética aos seus veciños máis próximos. Unha elección asisada dos pesos pode axudar na avaliación das relacións e mitigar os efectos de aliñamentos iniciais relativamente pobres en instantes temperáns da progresión. Os métodos de aliñamento progresivo son dabondo eficientes como para aplicalos a grande escala para moitas secuencias, e execútanse a miúdo en servidores web acesibles publicamente, polo que os usuarios non necesitan instalar localmente as aplicacións de interese. Uns métodos de aliñamento progresivo moi utilizados son os da familia Clustal, especialmente a variante ponderada ClustalW, cuxo acceso se proporciona nun bo número de portais web, entre os que están GenomeNet, EBI e EMBNet. Hai diferentes portais ou aplicacións que poden variar a interface co usuario e facer accesibles a este diferentes parámetros. O uso de Clustal está moi estendido para a construción de árbores filoxenéticas e como input para a predición da estrutura de proteínas por medio da modelaxe por homoloxía.
Outro método común de aliñamento progresivo denominado T-Coffee é máis lento que Clustal e os seus derivados, mais xeralmente produce aliñamentos máis precisos para conxuntos de secuencias distantemente emparentadas. T-Coffee calcula aliñamentos de pares combinando o aliñamento directo do par con aliñamentos indirectos que aliñan cada secuencia do par cunha terceira. Usa a saída de Clustal así como outro programa de aliñamento local, LALIGN, que encontra rexións múltiples de aliñamento local entre dúas secuencias. Os aliñamentos e a árbore filoxenética resultante úsanse como guía para producir factores de ponderación novos e máis precisos.
Como os métodos progresivos son heurísticos e, por tanto, non garanten a converxencia a un óptimo global, a calidade do aliñamento pode ser difícil de avaliar, e a súa verdadeira significación biolóxica pode ser escura. Un método semiprogresivo moi recente que mellora a calidade do aliñamento e que non utiliza unha heurística "con perdas" á vez que se executa en tempo polinómico aplicouse no programa PSAlign.
Métodos iterativos
Un conxunto de métodos para producir aliñamentos múltiples de secuencias que reducen os erros inherentes aos métodos progresivos son os clasificados como “iterativos”, xa que traballan de forma similar aos métodos progresivos, pero realiñan repetidamente as secuencias iniciais ademais de engadiren novas secuencias ao MSA en crecemento. Unha razón pola que os métodos progresivos son tan fortemente dependentes da alta calidade do aliñamento inicial é que estes aliñamentos se incorporan sempre ao resultado final; é dicir, unha vez que unha secuencia foi aliñada dentro do MSA, o seu aliñamento non volve a ser considerado. Este enfoque mellora a eficiencia a costa da precisión. En contraste, os métodos iterativos poden volver a aliñamentos de pares previamente calculados (ou sub-MSAs) incorporando subconxuntos da secuencia problema como un medio de optimización dunha función obxectivo xeral, tal como encontrar unha puntuación de aliñamento de alta calidade.
Aplicáronse unha variedade de métodos de iteración sutilmente diferentes, que se poden encontrar en diferentes paquetes de software. Existen revisións e comparacións útiles, pero evitan, xeralmente, elixir algunha das técnicas como a "mellor".
O paquete PRRN/PRRP utiliza un algoritmo hill climbing (ascenso da colina) para optimizar a súa puntuación de aliñamento do MSA e corrixir iterativamente tanto as ponderacións do aliñamento como as rexións localmente diverxentes (con ocos) do aliñamento múltiple de secuencias en crecemento. O PRRP actúa mellor cando refina un aliñamento previamente construído por un método máis rápido. Outro programa iterativo chamado DIALIGN, segue unha estratexia infrecuente ao concentrarse estreitamente en aliñamentos locais entre subsegmentos ou secuencias motivo sen introducir unha penalización por oco. Consegue o aliñamento de motivos individuais cunha representación matricial similar a unha gráfica de matriz de puntos nun aliñamento de pares. Un método alternativo que utiliza aliñamentos locais rápidos como puntos de referencia ou "sementes" para un procedemento máis lento de aliñamento global aplícase na suite CHAOS/DIALIGN. Un terceiro método de uso común baseado na iteración, chamado MUSCLE (de multiple sequence alignment by log-expectation, ou aliñamento múltiple de secuencias por log-esperanza; este último termo corresponde a unha función de puntuación non común baseada na esperanza matemática, e resultado de modificar a función log-average ou log-media), mellora os resultados en relación aos métodos progresivos ao obter unha medida máis precisa da distancia para valorar o parentesco de dúas secuencias. A medición da distancia actualízase entre as etapas da iteración (porén, na súa forma orixinal, MUSCLE contiña só dúas ou tres iteracións, dependendo de se se activaba ou non o refinamento).
Modelos de Markov ocultos
Os modelos de Markov ocultos (ou HMM, do inglés Hidden Markov Models) son modelos probabilísticos que asignan probabilidades a todas as posibles combinacións de ocos, coincidencias e diferenzas para determinar o máis probable aliñamento múltiple de secuencias ou conxunto de posibles MSA. Os HMM poden producir unha saída única coa maior puntuación, pero tamén poden xerar unha familia de aliñamentos posibles que poidan avaliarse en canto á súa importancia biolóxica. Dado que os modelos ocultos de Markov son probabilísticos, non producen a mesma solución cada vez que se executan sobre o mesmo conxunto de datos; desta forma, non poden garantir converxer ao aliñamento óptimo. Os HMM poden producir aliñamentos tanto locais coma globais. Aínda que os métodos baseados nestes modelos foron desenvolvidos recentemente, ofrecen melloras significativas na velocidade computacional, especialmente para secuencias que conteñen rexións solapadas. Os métodos típicos baseados en HMM traballan representando un MSA baixo a forma de grafo dirixido acíclico, coñecido como un grafo de orde parcial, e que consiste nunha serie de nodos que representan posibles entradas nas columnas dun aliñamento múltiple de secuencias. Nesta representación, unha columna que estea absolutamente conservada (é dicir, que todas as secuencias no MSA compartan un carácter determinado nesa posición en particular) codifícase como un único nodo con tantas conexións saíntes coma posibles caracteres haxa na seguinte columna do aliñamento. Nos termos dun típico modelo oculto de Markov, os estados observados son as columnas individuais do aliñamento, e os estados "ocultos" representan a suposta secuencia ancestral desde a cal se presume que descenden as secuencias do conxunto problema. Unha variante de busca eficiente do método de programación dinámica, coñecida como algoritmo de Viterbi, úsase xeralmente para aliñar sucesivamente o MSA en crecemento coa seguinte secuencia do conxunto problema para xerar un novo MSA. Isto é diferente dos métodos de aliñamento progresivo porque o aliñamento das secuencias previas se actualiza en cada adición dunha nova secuencia. Porén, igual que nos métodos progresivos, esta técnica pode verse influenciada pola orde na cal as secuencias do conxunto problema son integradas no aliñamento, especialmente cando as secuencias están relacionadas distantemente.
Poden atoparse bastantes programas de software nos cales se aplican variantes dos métodos baseados en HMM, e que se caracterizan pola súa escalabilidade e eficiencia, aínda que o uso correcto dun método HMM é máis complexo que o dos métodos progresivos máis comúns. O máis sinxelo é POA (Partial-Order Alignment, Aliñamento de orde parcial). Un método similar, pero máis xeral, aplícase no paquete SAM (Sequence Alignment and Modeling System, sistema de aliñamento e modelado de secuencia). O SAM tense usado como unha fonte de aliñamentos para predición de estrutura de proteínas ao participar no experimento de predición de estrutura CASP (de Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction, Valoración crítica de técnicas para predición da estrutura de proteínas), e para desenvolver unha base de datos de proteínas preditas na especie de lévedos Saccharomyces cerevisiae. Os métodos HMM tamén poden usarse para buscas en bases de datos con HMMer.
Métodos conscientes da filoxenia
miniatura|450px|Aliñamentos de exóns non homólogos por un método iterativo (a), e por un método consciente da filoxenia (b). A maioría dos métodos de aliñamento múltiple de secuencias tratan de minimizar o número de insercións/delecións (ocos ou gaps) e, en consecuencia, producen aliñamentos compactos. Isto causa varios problemas se as secuencias que teñen que ser aliñadas conteñen rexións non homólogas, se os ocos teñen información valiosa para unha análise filoxenética. Estes problemas son comúns en secuencias recentemente producidas que están pouco anotadas e poden conter corrementos da pauta de lectura, dominios incorrectos ou exóns empalmados non homólogos.
O primeiro destes métodos foi desenvolvido en 2005 por Löytynoja e Goldman. Os mesmos autores prepararon un paquete de software chamado PRANK en 2008. PRANK mellora os aliñamentos cando están presentes insercións. Non obstante, é un programa máis lento comparado cos métodos progresivos ou iterativos, que foron desenvolvidos ao longo de varios anos.
En 2012, apareceron dúas novas ferramentas conscientes da filoxenia (phylogeny-aware). Unha chámase PAGAN, que foi desenvolvida polo mesmo equipo de PRANK, e a outra é ProGraphMSA desenvolvida por Szalkowski. Estes paquetes de software foron desenvolvidos independentemente pero comparten algunhas características, principalmente o uso de algoritmos gráficos para mellorar o recoñecemento de rexións non homólogas, e unha mellora na rapidez de producir o código con respecto a PRANK.
Algoritmos xenéticos e simulated annealing
No intento de producir MSA de calidade de forma máis eficiente tamén se usaron algunhas técnicas de optimización estándar en ciencias da computación inspiradas por procesos físicos (pero que non os reproducen directamente). Unha delas son os algoritmos xenéticos, que se utilizaron na produción de MSA intentando simular, en liñas xerais, o hipotético proceso evolutivo que dá lugar á diverxencia no conxunto problema. Este método traballa rompendo en fragmentos unha serie de posibles MSA e reordenando repetidamente estes fragmentos coa introdución de ocos en diferentes posicións. Unha función obxectivo xeral optimízase durante a simulación, normalmente unha función de maximización "suma de pares" introducida nos métodos de MSA de programación dinámica. Aplicouse unha técnica para secuencias de proteínas no programa de software SAGA (Sequence Alignment by Genetic Algorithm, Aliñamento de secuencias por algoritmo xenético), e denomínsse RAGA o seu equivalente para ARN.
Mediante a técnica de simulated annealing, un aliñamento múltiple de secuencias existente, producido por outro método, refínase por unha serie de reordenamentos deseñados para encontrar rexións máis óptimas do espazo de aliñamento que a xa ocupada polo MSA previo. Igual que no método de algoritmos xenéticos, no simulated annealing maximízase unha función obxectivo como a suma de pares. Este método utiliza un "factor de temperatura" metafórico que determina o ritmo ao cal avanzan os reordenamentos, e a probabilidade de cada un deles. Un uso típico alterna períodos de altos ritmos de reorganización e relativamente baixa probabilidade (para explorar rexións máis distantes do espazo de aliñamento), con períodos de baixos ritmos e máis altas probabilidades para explorar a fondo mínimos locais preto das rexións recentemente “colonizadas”. Este enfoque foi aplicado no programa MSASA (Multiple Sequence Alignment by Simulated Annealing, aliñamento múltiple de secuencias por annealing simulado).
Descubrimento de motivos
miniatura|500px|Aliñamento das [[caspases de Drosophila coloreado por motivos identificados por MEME. Cando as posicións dos motivos e os aliñamentos das secuencias se xeran independentemente, a miúdo correlaciónanse, pero non perfectamente, como neste exemplo.]]
O descubrimento de motivos, tamén coñecido como análise de perfís, é un método de localización de motivos de secuencia en MSA globais, que supón un medio para producir mellores aliñamentos múltiples de secuencias e para producir unha matriz de puntuación para ser usada na busca de motivos similares noutras secuencias. Desenvolvéronse varios métodos para illar os motivos, pero todos están baseados na identificación de patróns curtos altamente conservados dentro dun aliñamento maior, e na construción dunha matriz, similar a unha de substitución, que reflicta a composición de aminoácidos ou nucleótidos de cada posición no suposto motivo. Os aliñamentos pódense refinar entón usando estas matrices. Na análise estándar de perfís, a matriz inclúe entradas para cada posible carácter, e entradas para ocos. Alternativamente, os algoritmos estatísticos de descubrimento de patróns poden identificar motivos como precursores de MSA, en lugar de como derivados. En moitos casos, cando o conxunto de secuencias problema contén só un pequeno número de secuencias, ou contén só secuencias altamente relacionadas, engádense pseudocontadores para normalizar a distribución reflectida na matriz de puntuación. Isto corrixe, en particular, entradas na matriz con probabilidade cero mediante valores pequenos, pero non nulos.
A análise de bloques é un método de descubrimento de motivos que os restrinxe a rexións sen ocos no aliñamento. Os bloques pódense xerar desde un MSA ou poden ser extraídos de secuencias sen aliñar usando un conxunto precalculado de motivos previamente xerado desde familias coñecidas de xenes. A puntuación dos bloques depende xeralmente do espazado dos caracteres con altas frecuencias, en lugar de recaer sobre o cálculo dunha matriz de substitución explícita. O servidor BLOCKS proporciona un método interactivo para localizar tales motivos en secuencias sen aliñar.
Aplicáronse comparadores de patróns utilizando tanto o algoritmo expectación-maximización coma a mostraxe de Gibbs. Unha das ferramentas máis comúns de descubrimento de motivos, denominada MEME, utiliza expectación-maximización e modelos ocultos de Markov para xerar motivos que logo se usan como ferramentas de busca polo seu programa compañeiro MAST na suite combinada MEME/MAST.
Aliñamento múltiple de secuencias non codificantes
As rexións do ADN non codificantes, especialmente TFBSs (transcriptor factor binding sites, sitios de unión de factores de transcrición), están bastante máis conservadas e non necesariamente están relacionadas evolutivamente, e puideron ter converxido a partir de antepasados non comúns. Así, as asuncións utilizadas para aliñar secuencias de proteínas e rexións de ADN codificantes son inherentemente diferentes daquelas que se teñen para as secuencias TFBS. Aínda que ten senso aliñar rexións de ADN codificantes para secuencias homólogas usando operadores mmutacionais, o aliñamento de secuencias de sitios de unión para o mesmo factor de transcrición non poden dependenr de operacións mutacionais relacionadas evolutivamente. De xeito similar, o operador evolutivo de mutacións puntuais pode usarse para definir unha distancia de edición para secuencias codificantes, pero isto ten pouco senso nas secuencias TFBS, porque calquera variación na secuencia ten que manter un certo nivel de especificidade para que funcione o sitio de unión. Isto faise especificamente importante cando se tratan de aliñar secuencias TFBS coñecidas para construír modelos supervisados para predicir localizacións descoñecidas dos mesmos TFBS. Por tanto, os métodos de aliñamento múltiple de secuencias necesitan axustar as hipóteses evolutivas subxacentes e os operadores utilizados como nos traballos publicados incorporando a información termodinámica de bases veciñas para aliñar os sitios de unión buscando o aliñamento termodinámico máis baixo que conserva a especificidade do sitio de unión, EDNA.
Visuaización do aliñamento e control de calidade
O uso necesario de heurística para facer aliñamentos múltiples significa que para un conxunto arbitrario de proteínas, hai sempre bastantes probabilidades de que o aliñamento conteña erros. Por exemplo, unha avaliación de varios programas de aliñamento usando BAliBase benchmark atopou que polo menos o 24% de todos os pares de aminoácidos aliñados estaban aliñados incorrectamente. Estes erros poden orixinarse a causa de insercións únicas nunha ou máis rexións das secuencias, ou a través dalgúns procesos evolutivos máis complexos que orixinan proteínas que non se aliñan facilmente só pola súa secuencia. A medida que o número de secuencias e a súa diverxencia se incrementa cometeranse moitos máis erros simplemente debido á natureza heurística dos algoritmos de aliñamentos múltiples de secuencias. Os chamados visores de aliñamento múltiple de secuencias permiten revisar visualmente os aliñamentos, a miúdo inspeccionando a calidade do aliñamento para sitios funcionais anotados en dúas ou máis secuencias. Moitos tamén permiten que o aliñamento sexa editado para corrixir estes erros (xeralmente menores), para obter un aliñamento óptimo "verificado" que sexa axeitado para o seu uso en análises filoxenéticas ou modelaxe comparativa.
Porén, a medida que o número de secuencias se incrementa e especialmente en estudos a escala xenómica que implican moitos aliñamentos múltiples de secuencias é imposible verificar manualmente todos os aliñamentos. Ademais, a verificación manual é subxectiva. E, finalmente, mesmo o mellor experto non pode aliñar con seguridade os casos máis ambiguos de secuencias moi diverxentes. En tales casos é unha práctica común utilizar procedementos automáticos para excluír rexións aliñadas inseguras a partir de aliñamentos múltiples de secuencias. Co propósito de facer reconstrucións filoxenéticas (ver máis abaixo) utilízase moito o programa Gblocks para eliminar bloques de aliñamentos sospeitosos de ser de baixa calidade, de acordo con varios límites no número de secuencias con ocos en columnas aliñadas. Con todo, estes criterios poden filtrar excesivamente rexións con eventos de inserción/deleción que aínda poden ser aliñados con confianza, e estas rexións poderían ser desexables para outros propósitos como a detección de seleccións positivas. Uns poucos algoritmos de aliñamento xeran puntuacións específicas de sitio que permiten a selección de rexións de elevada confianza. O programa SOAP foi o primeiro que ofreceu un servizo dese tipo, que comproba a robustez de cada columna ás perturbacións nos parámetros do programa de aliñamento moi usado CLUSTALW. O programa T-Coffee usa unha libraría de aliñamentos na construción do aliñamento múltiple de secuencias final, e o aliñamento que xera está coloreado de acordo coas puntuacións de confianza que reflicten a concordancia entre diferentes aliñamentos na libraría en relación con cada residuo aliñado. A súa extensión TCS (Transitive Consistency Score, Puntuación de Consistencia Transitiva) usa librarías T-Coffee de aliñamentos por pares para avaliar calquera aliñamento múltiple independente (third party). As proxeccións por pares poden producirse usando métidos rápidos ou lentos, o que permite chegar a un compromiso entre velocidade e precisión. Outro programa de aliñamento que pode xerar un aliñamento múltiple con puntuacións de confianza é FSA, o cal utiliza un modelo estatístico que permite o cálculo da incerteza do aliñamento. A puntuación HoT (Heads-Or-Tails) pode utilizarse tamén como unha medida da incerteza do aliñamento específico de sitio debido á existencia de múltiples solucións coóptimas. O programa GUIDANCE calcula unha medida de confianza específica de sitio similar baseada na robustez do aliñamento para a incerteza na árbore guía que se utiliza nos programas de aliñamento progresivo. Unha alternativa, cun enfoque xustificado máis estatisticamente para estimar a incerteza do aliñamento, é o uso de modelos evolutivos probabilísticos para a estimación conxunta (joint estimation) da filoxenia e o aliñamento. Un enfoque bayesiano permite o cálculo de probabilidades posteriores de aliñamento e filoxenia estimada, que é unha medida da confianza nestas estimacións. Nese caso, pode calcularse unha probabilidade posterior para cada sitio do aliñamento. Ese enfoque foi o aplicado no programa BAli-Phy.
Velaquí algúns programas libres dispoñibles para a visualización de aliñamentos múltiples de secuencias: JalView, UGENE.
Uso en filoxenia
Os aliñamentos múltiples de secuencias poden tamén utilizarse para identificar sitios importantes funcionalmente, como sitios de unión de moléculas, sitios activos, ou sitios que realizan outras funcións clave, ao localizar dominios conservados. Cando se buscan aliñamentos de múltiples de secuencias é útil considerar diferentes aspectos das secuencias cando se comparan secuencias. Estes aspectos inclúen identidade, semellanza, e homoloxía. A identidade significa que as secuencias teñen residuos idénticos nas súas respectivas posicións. Por outra parte, a semellanza ten que ver coa comparación das secuencias que teñen residuos similares cuantitativamente. Por exemplo, en canto a secuencias de nucleótidos, as pirimidinas considéranse similares entre si, e o mesmo ocorre coas purinas. A semellanza en último extremo leva a unha homoloxía, no sentido que canto máis similares son as secuencias, máis próximas son para ser homólogas. Esta semellanza nas secuencias pode despois axudar a encontrar un antepasaado común.
Ligamento acromiocoracoide
miniatura|250px|Ligamentos da articulación acromioclavicular. O ligamento acromiocoracoide é un ligamento do membro superior humano, pertencente á articulación acromioclavicular, localizada no ombreiro. É un ligamento de forma triangular, groso, que se estende entre o acromion e a apófise coracoide. Xunto co ligamento coracoide, mantén protexida a cabeza umeral. Por encima ten o músculo deltoide e a propia clavícula. Por debaixo ten o tendón do músculo supraespiñal e habitualmente unha bolsa deslizante.
O bordo lateral do ligamento constitúe unha lámina fibrosa, que se coloca por riba dos tendóns do músculo supraespiñal e do músculo infraespiñal.
Nalgunhas ocasións este ligamento vese coma un i grego, cunha porción común grosa que se insire no acromion. Cando se divide en dúas porcións, unha diríxese cara ao apex da apófise coracoide, e a outra cara á base da mesma apófise. Nos casos nos que o tendón do músculo pectoral menor se insire na cápsula da articulación glenoumeral, pasa entre as dúas porcións do ligamento.
Puerto Salgar
Puerto Salgar é un concello colombiano do departamento de Cundinamarca que se atopa na provincia de Bajo Magdalena, a 195 km de Bogotá e a 253 km de Medellín.
Neste concello atópase o Comando Aéreo de Combate Nº 1 (Base Aérea Germán Olano).
Historia
Dende comezos do século XX formouse un casarío chamado Palanquero, por mor da construción do Ferrocarril de Cundinamarca. Posteriormente, o casarío foi chamado Puerto Liévano, ata que en 1935 se trasladou ó lugar que ocupa o concello no presente, co nome de Puerto Salgar.
Illa Nootka
A illa de Nutka (tamén escrito como Nootka ou Nuca, en inglés Nootka Island) é unha pequena illa costeira do tramo central da costa suroccidental da illa de Vancouver, pertencente á provincia da Columbia Británica (Canadá). Ten unha superficie de 534 km² e está separada da illa de Vancouver polas augas do Estreito Nootka e a Enseada Esperanza.
O nome da illa provén dun grupo indíxena procedente da Illa de Vancouver, ao que se coñecía desde antigo como os Nutka. Na actualidade coñeceselles como os Nuu-chah-nulth.
Historia
miniatura|200px|left|[[John Meares arribando a Nutka en 1788.]] O estreito de Nutka ou Nutca (Nootka Sound) avistouse por primeira vez o 8 de agosto de 1774 polo explorador español Juan José Pérez Hernández a bordo da nave Santiago quen, sen desembarcar, denominouno Surgidero de San Lorenzo. A súa misión era chegar ata os 65ºN de latitude, pero regresou a San Blas por falta de víveres. Ao ano seguinte reorganizouse a expedición na que participaron, ademais, Bruno de Heceta e Juan Francisco de la Bodega y Quadra, a bordo do San Carlos, o Santiago e o Sonora. A intención era descubrir os asentamentos dos rusos e tomar posesión en nome da coroa española. En marzo de 1778 o capitán James Cook foi o primeiro europeo en tomar terra na illa Bligh, denominando ao estreito como King George's Sound. Estando en Friendly Cove os nativos coreaban «Itchme nutka, itchme nutka» querendo dicir que se volvesen a Yuquot (nome nativo que significa "Lugar Ventoso"), pero Cook lles malinterpretou pensando que dicían o nome do lugar.
O español Ignacio de Arteaga visitou a zona co Princesa en 1779, chegando a unha ampla baía que denominou Porto Bucarelli.
Neses tempos o comercio entre Asia e América do Norte era un monopolio español, con limitadas licenzas recoñecidas aos portugueses. O ministro español conde de Floridablanca, o 8 de xullo de 1787 deu instrucións para que forzas españolas de California dirixísense cara ao norte e «fixasen e asegurasen os puntos que se poidan, afeccionando os indios e arroxando cualesquiera hóspedes que se achen establecidos». En 1787 dirixiuse á zona unha nova expedición española cos barcos Princesa ao mando de Esteban Martínez e San Carlos ao mando de Gonzalo López de Haro. Tras rifar entre eles ambos comandantes, realizaron exploracións por separado. López de Haro chegou a Unalaska, onde os rusos informáronlle que dous fragatas dese país preparábanse alistando para dirixirse a ocupar Nutka. Nas Aleutianas, Martínez recibiu a mesma información, xunto con noticias da existencia dun asentamento inglés en Nutka. O comerciante británico John Meares, quen percorrera a zona en 1785 e 1786, usando barcos con bandeira portuguesa e tripulación británica, estableceu un posto comercial no estreito de Nutka en 1788, esperando obter grandes ganancias no comercio con China.
Asentamento español
miniatura|200px|left|Asentamentos en Nutka, ao redor de [[1790.]] O 5 de maio de 1789 o sevillano Esteban José Martínez comandando as naves Princesa e San Carlos, tomou posesión da Enseada de Nutka, cuxo territorio pasou a formar parte do Vicerreinado de Nova España. Ao chegar á illa de Nutka achou alí a dous barcos estadounidenses o Columbia e o Lady Washington, cuxos capitáns aduciron que recalaron alí polas malas condicións climáticas, polo que Martínez deixounos partir. Atopábase tamén na illa o paquebote de bandeira portuguesa Iphigenia Nubiana pertencente a capitais británicos ligados a John Meares. Pouco despois da chegada de Martínez, apareceu o paquebote británico Argonaut ao mando do capitán James Colnett, quen transportando mercaderías, pretendía fortificarse na illa. Martínez apresó ao Argonaut e ao Iphigenia Nubiana. Pouco despois chegaron á illa dous barcos británicos, a balandra Princesa Real, ao mando de Thomas Hudson e a goleta Northwest America. Martínez procedeu a detelas o 5 de xuño e o 2 de xullo, respectivamente, remitindo os barcos a San Blas, Nayarit no actual México, entón Nova España. No illote de San Miguel ou "Illa dos Cerdos", construíuse unha batería que constituiría o Forte de San Miguel, noutro illote construíuse o Baluarte de San Rafael, pero a fins de xullo de 1789 recibiuse a orde de abandonar o establecemento.
Ocupación británica
miniatura|left|200px|[[George Vancouver en Friendly Cove cara a 1791.]]
George Vancouver arribou a Friendly Cove en 1791. A Convención de Nutka resolveu as diferenzas de Gran Bretaña con España, devolvendo á primeira a posesión das súas instalacións no territorio, quedando liberado o seu acceso ao mesmo e sen definir a pertenza a ningún estado. En 1795 retiráronse os españois abandonando o forte.
Benito Sánchez López
Benito Sánchez López, finado en Viveiro en maio de 1966, foi un xornalista e político galego.
Traxectoria
Militante socialista, foi elixido concelleiro de Viveiro en maio de 1931 e foi alcalde accidental de Viveiro. Foi director de El Momento de Viveiro. Posteriormente foi cabo inspector de arbitrios. Co golpe de Estado do 18 de xullo de 1936 foi cesado o 3 de outubro. Despois foi nomeado alcalde de Viveiro. Cesou en 1937. Foi detido o 17 de marzo de 1937 e saíu en liberdade o 26 do mesmo mes. Finou en Viveiro en maio de 1966.
Liga ACT 2004
A tempada 2004 da Liga ACT foi a 2ª edición do campionato de traiñeiras do Cantábrico, creado en 2003 pola Asociación de Clubs de Traiñeiras. Nesta tempada disputaronse 14 bandeiras, saldándose coa vitoria de Urdaibai, o descenso de Tiráne o ascenso de Arkote.
Paratebueno
Paratebueno é un concello colombiano do departamento de Cundinamarca, que se atopa na provincia de Medina, a 211 km de Bogotá. A cabeceira municipal atópase a unha altitude de 256 ms.n.m., e ten unha temperatura media anual de 27 °C.
Paratebueno é un dos dous concellos do departamento de Cundinamarca que se atopan no piedemonte llanero, xunto con Medina. Paratebueno forma parte da Ruta Turística Piedemonte Llanero e atópase sobre "La Marginal de la Selva", unha importante vía nacional que percorre a Orinoquia colombiana.
Límites
Paratebueno limita polo norte co concello de San Luis de Gaceno (Boyacá) e Santa María (Boyacá), polo sur co concello de Cumaral (Meta), polo leste cos concellos de Cabuyaro e Barranca de Upía (Meta) e polo oeste cos municipios de Medina (Cundinamarca) e Ubalá (Cundinamarca).
Ramón Taboada Fernández
Ramón Taboada Fernández foi un xornalista e político galego.
Traxectoria
Foi director de Faro Villalbés. Vocal de Izquierda Republicana de Vilalba, coa sublevación do 18 de xullo de 1936 foi detido o 20 de agosto, saíndo en liberdade o 19 de setembro.
Vasyl Velychkovskyi
Vasyl Velychkovskyi (en Василь Величковський), nado en Stanislau (Austria-Hungría) o 1 de xuño de 1903 e finado en Winnipeg o 30 de xuño de 1973, foi un eclesiástico católico ucraíno, bispo auxiliar de Lviv entre 1959 e 1973, beatificado en 2001 por Xoán Paulo II.
Traxectoria
O 29 de agosto de 1925 profesou na Congregación do Santísimo Redentor, e o 9 de outubro foi ordenado sacerdote da mesma polo auxiliar de Lviv Yosyf Botsian. En 1942 chegou a ser abade do mosteiro de Ternopil, mais o NKVD arrestouno en 1945. Foi condenado a morte, mais a súa sentenza foi trocada por 10 anos de traballos forzados.
O 4 de febreiro de 1963 o metropolita Yosyf Slipyi, antes de ser expulsado do país polos soviéticos, ordenouno nun hotel de Moscova bispo auxiliar e locum tenens de Lviv. En 1969 foi arrestado novamente, e permaneceu na cadea até a súa liberación e expulsión do país en 1972. Finou en Winnipeg o 30 de xuño de 1973.
Culto
Foi beatificado polo papa Xoán Paulo II o 27 de xuño de 2001 na súa viaxe a Ucraína. A súa festa celébrase o 27 de xuño, xunto a Mykolai Charnetskyi e 24 compañeiros.
Patricia McFadden
Patricia McFadden, nada en 1952 é unha feminista radical africana, socióloga, escritora, editora e educadora de Eswatini. É unha activista e académica que vén traballando no movemento anti-aparheid nos últimos vinte anos. McFadden tamén traballou dentro dos movementos de mulleres africanos e a nivel mundial. Como escritora sufriu persecución política. Foi editora da Southern African Feminist Review e de African Feminist Perspectives. Nos últimos tempos ensina e traballa internacionalmente en prol dos dereitos das mulleres. McFadden foi profesora na Universidade Cornell, no Spelman College, na Universidade de Syracuse e no Smith College dentro dos Estados Unidos. Tamén traballa como "asesora en feminismo", apoiando as mulleres na construción de espazos feministas institucionalmente sostibles dentro de Suráfrica.
Traxectoria
As principais áreas sobre as que escribe son: sexualidade, saúde sexual e reprodutiva por unha banda e tamén sobre identidade, violación e cidadanía en relación ás mulleres africanas. Vén presentando numerosos artigos nas universidades, conferencias e seminarios internacionais (en Noruega, Suecia, Dinamarca, Suráfrica, Ghana, Djibuti, Kenya, Uganda, Brasil, China, Alemaña, Etiopía e o Reino Unido entre outros.
Quebradanegra
Quebradanegra é un concello colombiano do departamento de Cundinamarca, que se atopa na provincia do Gualivá, a 113 km ó noroeste de Bogotá.
Historia
Na época precolombiana, o territorio do actual concello de Quebradanegra estivo habitado polos indíxenas panches. En 1694 fundouse a primeira vila, na zona baixa do alto no que se erixe a actual cabeceira municipal. En 1784 foi trasladado á localización actual, sobre o Alto de Morera, por xestión do cura párroco Fernando Ávila y Martínez, auspiciado por Manuel de Ávila, doante dos cartos para a construción da igrexa de San Roque, que na actualidade forma parte da Diocese de Facatativá.
Judo
O judo (en 柔道) é unha arte marcial, un deporte e unha filosofía con orixe no Xapón. O judo foi creado a partir dalgunhas escolas clásicas de jujutsu por Jigoro Kano (嘉納治五郎) en 1882. O termo xaponés pode ser traducido como "Camiño da flexibilidade", influíndo no desenvolvemento físico, mental e emocional a través da práctica.
A pesar de ser unha arte marcial completa, o judo tamén se practica como deporte oficial dos Xogos Olímpicos dende 1964 na competición masculina e dende 1992 na feminina. No Occidente, o aspecto deportivo do judo é probabelmente o máis difundido.
Na forma deportiva, homes e mulleres combaten separadamente (a pesar de moitas veces adestraren xuntos), e os atletas son divididos por clases de idade e categoría de peso, incluíndo unha clase libre na que poden participar todos os pesos.