cyanic-selkie/wikianc huggingface dataset:
علی
در خلافت عثمان
مردم در برخی از شهرها و مناطق علیه عثمان شورش کردند و به سوی مدینه رو آوردند. عثمان در ابتدا حکم مجازات شورشیان را صادر کرد اما وقتی توسط پیک سریعی که عبدالله بن سعد فرستاده بود، از قصد شورشیان آگاه شد، چون نمی‌خواست که راه برای خشونت دیگر قشرها باز شود، تمایلی به پذیرش شورشیان نشان نداد. پس به دیدار علی رفت و از او خواست که با شورشیان دیدار کرده و آن‌ها را به بازگشت به شهر و دیارشان وادارد. عثمان ضمن اینکه خود را از این پس ملزم به پیروی از توصیه‌های علی می‌کرد، به وی اختیار تام داد تا هر گونه که می‌خواهد با شورشیان مذاکره کند. علی به وی یادآوری کرد که قبلاً هم با وی در این باره صحبت کرده بود، ولی عثمان ترجیح داده که از مروان بن حکم و بنی‌امیه حرف‌شنوی کند. عثمان قول داد که از این پس، از آنان روی گردانده و از علی حرف‌شنوی کرده و دستور داد که دیگر انصار و مهاجران به علی بپیوندند. او همچنین از عمار خواست که به این گروه بپیوندد ولی وی این پیشنهاد را رد کرد. علی در این زمان بدون آنکه مستقیماً با عثمان مخالفت کند، تأثیری بازدارنده بر وی داشت. او انتقادات دیگر صحابه را به گوش عثمان می‌رساند و از جانب عثمان با مخالفانی که از دیگر استان‌ها به مدینه آمده بودند، مذاکره کرد که به نظر می‌رسد این امر سبب بروز بدگمانی بین علی و اقوام عثمان گشت. بعداً که شورشیان منزل عثمان را محاصره کردند، علی با اصرار بر اینکه عثمان نباید از آب منع شود، تلاش کرد تا از شدت حصر بکاهد. وقتی عثمان در معرض خطر حمله قرار گرفت، علی پسرانش را به منظور محافظت از خانهٔ وی روانه کرد. وقتی عثمان را شورشیان کشتند، علی پسرانش را به دلیل محافظت نامناسب از خانهٔ عثمان مؤاخذه کرد.
برگزیدگی به خلافت
به نوشته مادلونگ پس از کشته‌شدن عثمان به دست شورشیانی از مصر و کوفه و بصره، نظرها بر علی و طلحه بود. در میان اهالی مصر، حامیانی برای طلحه وجود داشت. در حالی که بصریان و کوفیان که به مخالفت‌های علی با ظلم و بیداد توجه داشتند و اکثر انصار، آشکارا تمایل بر خلافت علی داشتند و بالاخره حرف آنان به کرسی نشست. در این میان مالک اشتر که رهبر کوفیان بود، به نظر می‌رسد که نقش اصلی را در تأمین امنیت برای خلیفه‌شدن علی داشته‌است. به نوشته پوناوالا پیش از قتل عثمان شورشیان بصری طرفدار طلحه و شورشیان کوفی طرفدار زبیر بودند، اما با قتل عثمان هر دو گروه به علی گرویدند. با قتل عثمان، بنی امیه از مدینه گریختند و کنترل شهر در دست مصریان، مهاجرین برجسته و انصار قرار گرفت. آن‌ها از علی برای خلافت دعوت کردند و وی پس از چند روز این منصب را پذیرفت.
علی و پسرش، محمد حنفیه، در مسجد بودند که خبر کشته‌شدن عثمان به گوششان رسید. آن‌ها سریعاً مسجد را به قصد خانه ترک کردند. بر طبق روایت محمد حنفیه، اصحاب بسیاری با علی ملاقات کرده و خواستند با وی بیعت کنند. در ابتدا علی مخالفت کرد، ولی بعداً گفت که هر گونه بیعت باید در ملأ عام و در مسجد باشد. صبح روز بعد، شنبه، علی به مسجد رفت. وی با هوادارانش به سمت بازار رفت و آن‌ها به وی اصرار کردند که خلافت را بپذیرد. روایات کوفی حاکی از این است که مالک اشتر اولین کسی بود که با وی بیعت نمود. به نظر می‌رسد که علی شخصاً از اعمال فشار بر روی دیگران برای بیعت با خودش، خودداری می‌کرد. به این ترتیب افرادی نظیر سعد بن ابی‌وقاص، عبدالله بن عمر و اسامه بن زید از بیعت با علی خودداری کردند. در مقابل دیدگاه برخی دیگر از تاریخ پژوهان آن است، انتخاب علی به‌عنوان خلیفهٔ جدید، در جوی انجام گرفت که پر از التهاب و ترس و وحشت بود. کائتانی معتقد است، این انتخاب بدون موافقت قبلی صحابیون نامدار محمد که قطعاً وقایع قتل عثمان را پیش‌بینی می‌کردند، صورت گرفت. دلاویدا معتقد است که انتخاب علی به‌عنوان خلیفه، به این دلیل نبود که وی و خانواده‌اش جایگاهی بالا داشتند یا به این دلیل که وی وفادار به محمد بوده‌است، بلکه بیشتر به این خاطر بوده که انصار که نفوذ دوبارهٔ خود در شهرشان، مدینه، را بازیافته بودند، وی را حمایت کردند و از طرف دیگر بنی‌امیه نیز دچار پریشانی و اغتشاش شده بودند. اما دولت نوپای علی از همان بدو تأسیس مورد حملهٔ صحابی‌هایی قرار گرفت که به آرزوهایشان نرسیده بودند و نیز مورد حملهٔ معاویه که تنها والی از بنی‌امیه بود که توانسته بود کنترل مقر امارتش، شام، را حفظ کند.
آغاز خلافت
علی پس از برگزیده‌شدن به خلافت از قاتلان عثمان و همچنین از فرقه‌ای که برای او جایگاه فوق بشری قائل بودند دوری جست. خلافت علی از همان روزهای نخست با آشوب همراه شد. هنگامی که علی به خلافت رسید، مرزهای اسلامی از غرب تا مصر و از شرق تا ارتفاعات شرقی ایران پیش رفته بود. اما اوضاع حجاز در این ایام، ناآرام بود. از اقدامات مهم علی پس از رسیدن به خلافت، عزل والیانی بود که قبلاً عثمان آن‌ها را منصوب کرده بود. او کسانی را که از نظرش قابل اعتماد بودند، به جای برکنارشدگان گماشت. در هنگام عزل و نصب والیان، ابن‌عباس و مغیرة بن شعبه وی را به احتیاط و عملکرد مصلحت‌آمیز دعوت کردند و از او خواستند تا زمان تثبیت حکومتش، آنها را برکنار نکند. علی ضمن اقرار به اینکه سازش با فرمانداران فاسد، برای منافع دنیوی و کوتاه مدت خوب است، گفت که او موظف است آنچه درست است را انجام دهد. ویلفرد مادلونگ معتقد است که علی عمیقاً از وظیفهٔ اسلامی خود آگاه بود و در راه حفظ شریعت اسلام، حاضر نبود که مصلحتی را بر حقی مقدم بشمارد؛ به‌طوری‌که حتی حاضر بود در این راه با مخالفانش پیکار کند. یکی از مهم‌ترین مخالفان علی، معاویه بود. معاویه فرماندار شام و از خویشان عثمان بود که بدین سبب خونخواهی قاتلان عثمان را حق خود می‌دانست. او با علی بیعت نکرد.
شیوه زمامداری
وی مخالف تمرکز کنترل خلیفه بر روی درآمدهای استانی بود. او امتیازات مبتنی بر جایگاه قبیله‌ای و سابقه در اسلام را ملغی کرد و غنائم و بیت‌المال را به‌طور مساوی بین تمامی مسلمانان تقسیم کرد. او همچنین در توزیع بیت‌المال از تعصبات قومی و قبیله‌ای خودداری می‌کرد؛ به‌طوری‌که حاضر نشد به برادرش، عقیل بن ابی‌طالب، بیشتر از سهمش از بیت‌المال بدهد. در حکومت وی، تمامی مسلمانان، چه آن‌هایی که سابقه‌ای طولانی در اسلام داشتند و چه آن‌هایی که به‌تازگی مسلمان شده بودند از دیدگاه توزیع بیت‌المال، یکسان نگریسته می‌شدند. ایرا لاپیدوس معتقد است علی که بر مبنای از خودگذشتگی‌اش در خدمت به محمد و اسلام ادعای خلافت کرده بود، حال به خاطر اینکه قاتلان عثمان وی را در رسیدن به مسند خلافت حمایت کرده بودند، خود را به خطر انداخته بود. همچنین علی بر خلاف عمر، پیشنهاد داد که تمام درآمدهای دیوانی توزیع گردد و چیزی از آن اندوخته نشود. پس از خلافت، بسیاری از قبیلهٔ قریش از او روی گرداندند، چون او از حقوق عشیرهٔ بنی‌هاشم که عشیرهٔ پیامبر بود دفاع می‌نمود. همچنین او به این متهم شد که از مجازات قاتلان عثمان خودداری و سمت‌های اداری را از طرفداران عثمان پاک‌سازی کرده‌است.
نبرد جمل
عایشه که در جریان شورش علیه عثمان از مخالفان وی حمایت می‌کرد، پس از طواف خانه کعبه، در راه بازگشت به مدینه خبر قتل عثمان و به خلافت رسیدن علی را شنید. سپس به مکه بازگشت و فعالانه به تبلیغ علیه علی پرداخت و چهار ماه بعد طلحه و زبیر به وی پیوستند. علاوه بر عایشه، افرادی از بنی‌امیه که از مدینه فرار کرده‌بودند و بر طبق نظر روبرت گلیو خلافت را در انحصار بنی امیه می‌دیدند و اهدافشان با طلحه و زبیر متفاوت بود، در مکه جمع شده و به والیان عزل شده بصره و یمن پیوستند که از بیت المال برای خود پول آورده‌بودند.
درخصوص انگیزه شورش علیه علی توضیحات متعددی ارائه شده‌است. پوناوالا می‌نویسد طلحه و زبیر که پیشتر از آرزوهای سیاسی خود ناامید شده‌بودند، وقتی با مخالفت علی در خصوص سپردن حکومت بصره و کوفه مواجه شدند، ناامیدیشان افزون‌تر گردید. این دو وقتی شنیدند که هوادارانشان در مکه جمع شده‌اند، از علی درخواست کردند که اجازه دهد که برای عمره مدینه را ترک گویند. پس از آن، این دو بیعت خود با علی را شکستند و مسئولیت قتل عثمان را به گردن وی انداختند و از وی خواستند که قاتلان را محاکمه کند. واله یری می‌نویسد طلحه و زبیر و عایشه درخواست داشتند که حدود شرعی باید برای همه به‌طور مساوی برپا داشته شود و یک سری اصلاحات باید انجام گیرد. از آنجایی که این سه تن در سرنوشت عثمان به نوبه خود مسئول بودند، علت شورششان در راستای درخواست خونخواهی عثمان و مقصودی که از اصلاحات مد نظر داشتند، مبهم به نظر می‌رسد. به نظر می‌رسد که انگیزه‌های اجتماعی و اقتصادی که به خاطر ترس از تأثیرگذاری تندرویان بر علی برانگیخته شده بود، توضیح قانع‌کننده تری باشد تا احساسات شخصی. هرچند در میان مخالفان عثمان، افراد میانه‌رو بدون شک خواستار تغییر سیاست‌های وی بودند؛ ولی هیچ‌کس فکر نمی‌کرد که کار به تغییرات اساسی سیاست‌ها بکشد. برخی مورخان نظیر مادلونگ بر این باورند که این چند تن کشته شدن عثمان را بهانه‌ای برای مخالفت با علی و جاه طلبی خود قرار دادند، زیرا آنها، خلافت علی را با منافع خود، سازگار نمی‌دیدند. از سوی دیگر، شورشیان مدعی بودند که خون عثمان نیازی به قصاص ندارد، زیرا وی به خاطر عمل نکردن به قرآن و سنت محمد کشته شده‌است. واله یری معتقد است علت واقعی این شورش‌ها علیه علی، رویکرد بخشایشگر علی نسبت به مقصران در این قضیه (که این تفکر را القا می‌کرد که آنان مجازات نخواهند شد)، عدم برخورد قاطعی از سوی علی با شورشیان و سیاست محبوب «ضد اشرافی گری قریش» توسط علی بوده‌است.
شورشیان بصره را تصرف کرده و بسیاری از مردم را کشتند. در بصره سپاه عایشه به بیت‌المال حمله برده، و نیز عثمان بن حنیف، والی منصوب علی، را مجبور کردند که قصر حکومتی را ترک کند و موی سر و ریشش را کندند. علی ترجیح داد به جای اینکه به بصره لشکر کشد، حمایت کوفه را جلب کند. ابوموسی اشعری، والی کوفه، پیش از نبرد جمل با علی بیعت نمود. اما وقتی که جنگ بین طلحه و زبیر و عایشه با علی بالا گرفت، ابوموسی موضعی بی‌طرف اتخاذ کرد و با وجود تحت فشار گذاشتنش، از تصمیمش منصرف نشد. وی مردم کوفه را به بی‌طرفی در جنگ داخلی بین مسلمانان فرا خواند. سرانجام حامیان علی وی را از کوفه بیرون راندند و علی نامه‌ای شدیدالحن به او نوشت و عزلش کرد. نمایندگان علی (مالک اشتر، ابن‌عباس، فرزندش حسن، و عمار بن یاسر) تلاش بسیاری برای جلب حامی برای سپاه علی کردند تا بالاخره ۶ یا ۷ یا ۱۲ هزار نفر را به سپاه علی ملحق کردند. مادلونگ می‌نویسد حسن توانست لشکر شش یا هفت هزار نفره فراهم آورد و آنان را به ذی قار آورد و به علی ملحق شد.
علی به بصره نزدیک شد و باب مذاکرات با طلحه و زبیر و عایشه را باز کرد. همه در آن زمان فکر می‌کردند توافق بین طرفین حاصل شده‌است، اما جنگ بین دو سپاه ناگهان آغاز شد. در منابع دربارهٔ آغازگر جنگ روایات گوناگونی آمده‌است. طبق برخی روایات، علی به لشکریانش دستور داد که جنگی را آغاز نکنند، اما پس از آنکه برخی از حامیان علی کشته شدند، وی خود را مستحق دانست که جنگ را علیه برخی مخالفانش از اهل قبله آغاز کند. وجه تسمیهٔ این جنگ این است که عایشه در مرکز میدان جنگ و بر روی شتری سوار بود. عایشه در این جنگ آسیبی ندید اما جنگ حول شترش بسیار شدید بود. سپاه علی پیروز شد و یاران علی زانوی شتر را قطع کردند و شتر به همراه عایشه به زمین نشست. اما عملاً پیش از این هم جنگ به پایان رسیده بود، چرا که طلحه توسط تیری که بسیاری از منابع آن را کار مروان بن حکم می‌دانند، زخمی شده و پس از آنکه او را به خانه‌ای بردند، درگذشت. زبیر نیز پس از اینکه با علی دیدار کرد و علی وی را به یاد سخنی از محمد در مورد خودش انداخت، در مشروعیت جنبشی که به راه انداخته بود، دچار تردید شد و میدان جنگ را ترک کرد. کسانی از قبیله بنی‌تمیم او را تعقیب کردند و به طرز توطئه‌آمیزی کشتندش. روبرت گلیو معتقد است که گرچه در مورد فرار و خیانت و حقارت در این جنگ در منابع اغراق شده، اما این دلایل به خوبی نشان‌دهندهٔ بی‌ثباتی مخالفان علی و حاکی از علت پیروزی آسان علی در این جنگ است. محاسبهٔ آمار دقیق رزمندگان در این جنگ و کشته‌شدگان غیرممکن است. چرا که منابع در مورد تلفات جنگ، اعدادی بین ۶٬۰۰۰ تا ۳۰٬۰۰۰ تن گزارش می‌دهند؛ ولیری می‌نویسد عدد ۳۰٬۰۰۰ اغراق است، زیرا شمار افرادی که از مدینه به همراه علی آمدند و افرادی که بعداً به وی پیوستند سر جمع به‌سختی به ۱۵٬۰۰۰ تن می‌رسد.
عایشه بازداشت گردید اما با احترام با وی رفتار شد و علی وی را تحت مراقبت به مدینه فرستاد و در این تصمیم سر سخت بود. او به سپاه عایشه امان داد و آن‌ها را پس از اخذ بیعت آزاد نمود. در خصوص بیعت برخی از سپاه جمل همچون مروان گزارش‌ها مختلف است و برخی مورخان گفته‌اند علی آن‌ها را بدون اخذ بیعت بخشید. همچنین مانع تصاحب اموالشان توسط سپاهیانش به‌عنوان غنیمت جنگی شد. این عمل علی، باعث بروز ناآرامی‌هایی در سپاهش گردید. مطلبی مهم‌تر که باعث شد تندرویان سپاه علی وی را متهم به خروج از دین بکنند، این بود که علی مانع از به کنیزی گرفتن زنان و فرزندان و گرفتن اموال کشته شدگان جنگ در سپاه عایشه گردید و تنها اموالی که در میدان جنگ به دست می‌آمد را مجاز به گرفتن دانست. آنان از علی پرسیدند که چطور ریختن خون این افراد حلال بوده اما اموالشان حرام است و بعدها حروریان (خوارج) از این پس این مسئله را یکی از اتهامات وارده بر علی مبنی بر خروج از دین به حساب می‌آوردند.
از جنگ جمل تا جنگ صفین
علی وارد بصره شد و پول‌هایی را که در بیت‌المال یافت، به‌طور مساوی میان حامیانش تقسیم کرد. این امر احتمالاً نشانهٔ این است که وی به کهنه‌مسلمانانی که از روزهای اول به اسلام خدمت کرده بودند و تازه‌مسلمانانی که در فتوحات نقش داشتند، یکسان مواجب می‌داد و سپس برای جلب حمایت کوفیان علیه معاویه، به آن شهر رفت. مردم بصره با علی بیعت کردند. علی، ابن‌عباس را والی بصره نمود و زیاد بن ابیه را به دستیاری ابن‌عباس گماشت. به نوشتهٔ ولیری، مالک اشتر به خاطر این موضوع خشمگین شد چرا که پسران عباس، یکی والی بصره، یکی والی مکه، و دیگری والی یمن شده بودند. علی موفق به تشکیل ائتلافی گسترده شد که دو گروه جدید را به حامیانش افزود. اولی قرا که آخرین امیدشان در بازیابی نفوذ خود را در علی می‌دیدند و دومی رهبران قبائل سنتی که مجذوب مساوات وی در تقسیم غنائم شده بودند. شکل‌گیری موفقیت‌آمیز این ائتلاف را که افراد گوناگونی چون عمار بن یاسر (مهاجر)، قیس بن سعد عباده (انصار)، مالک اشتر (قرا)، و اشعث بن قیس (رهبر سابق جنگ‌های رده و از رؤسای قبائل کوفی) را در بر می‌گرفت، می‌توان به پای شخصیت فرهمند علی گذاشت.
از جمله تغییراتی که علی در زمان خلافتش انجام داد این بود که جنگجویان مسلمان را از غارت و اخذ غنیمت و تقسیم آن میان خود پس از فتوحات منع کرد. به جای آن مالیات اخذشده از شهرها را به‌عنوان حقوق و نه غنیمت جنگی و به میزان ثابتی میان جنگجویان توزیع می‌کرد. گزارش شده‌است که این اولین مورد اختلافی بود که میان علی و گروهی که بعداً خوارج را تشکیل دادند، پیش‌آمد.
جنگ صفین
علی بی‌درنگ پس از کامیابی در ساکت کردن شورش طلحه و زبیر، به شام در شمال سرزمین‌های اسلامی روی آورد. معاویه حاکم سرزمین شام بود. او در زمان عمر به فرمانداری این منطقه گماشته و در زمان عثمان در آنجا تثبیت شده بود. میان شورش‌های طلحه و زبیر با شورش معاویه یک تفاوت اصلی بود که در مورد نخست، طلحه و زبیر به دنبال شورا و برگزیدن یک خلیفهٔ دیگر بودند ولی معاویه ادعا می‌کرد که به خونخواهی عثمان برخاسته‌است و درخواست مجازات قاتلان وی را دارد. دانشنامهٔ ایرانیکا می‌نویسد علی معتقد بود که عثمان به این دلیل کشته شد که مردم به خاطر اعمال مستبدانهٔ وی تحت ظلم بودند؛ بنابراین آن‌ها مشمول مجازات نمی‌شوند. "من نمی‌گویم که [عثمان] به ناحق کشته شد (مظلوم بود). و من نمی‌گویم که او به عنوان ظالم کشته شد.» علی نامه‌ای برای معاویه نوشت و آن را به دست جریر بن عبدالله بجلّی، فرماندار پیشین همدان که از سوی عثمان برگزیده شده بود، داد تا به دست معاویه برساند و از او بیعت بگیرد ولی معاویه به بهانه‌های گوناگون جریر را در آن سرزمین نگه داشت و در این مدت دمشق را آمادهٔ نبرد با علی کرد. علی در این نامه اشاره می‌کند که:
همچنین او در این نامه به معاویه هشدار داد که در صورت زیر پا گذاشتن خواستهٔ عموم مردم و بدعت گذاشتن، با او پیکار خواهد کرد. معاویه به خودمختار بودن شام به رهبری خودش اصرار می‌ورزید ولی علی مدعی بود که تمامی استان‌های حکومت اسلامی، باید به‌طور مساوی با مشکلات جامعهٔ مسلمانان روبرو شوند. معاویه به بهانهٔ مشارکت نداشتن در انتخاب علی، حامیان شامی خود را بسیج کرده و از بیعت با علی سرباز زد. میان علی و معاویه چندین بار نامه‌نگاری شد و علی از حق قانونی‌اش به‌عنوان حاکم دفاع کرد. معاویه نامهٔ علی را با دیرکرد پاسخ داد و در این میان خود را آمادهٔ نبرد با او کرد. سپس نامه‌ای به علی فرستاد و به او پیشنهاد کرد که حکومتش را به شرطی می‌پذیرد که در جایگاه خود باقی بماند و فرمانداری مصر را هم در دست بگیرد. چون علی این درخواست را نپذیرفت، معاویه نامهٔ اعلام جنگ و درخواست قصاص قاتلان عثمان را به جریر داد تا به دست علی رساند.
علی با وجود سختی‌های بسیار که در داخل برایش پیش آمده بود توانست در ذیحجهٔ ۳۶ هجری سپاهی در عراق فراهم آورد و آن را روانهٔ صفین کند. چند زد و خورد میان دو سپاه صورت گرفت تا آغاز ماه محرم که جنگ متوقف شد. یک ماه میان دو سپاه گفتگو صورت گرفت ولی هنگامی که کاملاً روشن شد که گفتگو بی‌نتیجه است، در صفر ۶۵۷ میلادی، جنگ دوباره از سر گرفته شد. در مجموع این جنگ سه ماه طول کشید که بیشتر آن به گفتگو میان دو سپاه سپری می‌شد. جنگ برای هر دو گروه بسیار آسیب داشت و نتیجهٔ آن نامشخص بود تا آنجا که پس از یک هفته کارزار سخت، هنگامی که به نظر می‌رسید سحرگاه فردا علی پیروز خواهد شد در شب آخر به نام لیله الهریر (شب ناله)، عمرو عاص به معاویه پیشنهاد کرد که تا سربازانش قرآن‌ها را بر سر نیزه بلند کنند تا در سپاه علی اختلاف و چنددستگی افتد. معاویه که از اختلاف نظرها در سپاه علی آگاه بود از این وضعیت بهره برد و این پیشنهاد را پذیرفت.
قرآن سر نیزه کردن و متارکه جنگ
سپاهیان معاویه قرآن به سرنیزه‌ها آویختند و درخواست کردند تا جنگ ادامه پیدا نکند و در مقابل کار به داوری بر اساس قرآن گذاشته شود. این کار سپاه علی را دچار سردرگمی و تردید کرد. در حالی که علی بر ادامه جنگ اصرار داشت و به آن‌ها هشدار می‌داد که معاویه مرد دین نیست و این فریب و نیرنگ است، قرا نمی‌توانستند به دعوت به قرآن را اجابت نکنند و حتی برخی از آن‌ها وی را تهدید کردند که اگر به جنگ ادامه دهد وی تحویل سپاه دشمن دهند یا با وی همچون عثمان عمل کنند. علی در مواجهه با تهدید سپاهیانش متارکه جنگی را پذیرفت و به علت اصرار سربازانش، به ناچار به حکمیت قرآن تن داد.
پوناوالا در این باره می‌نویسد که کاملاً روشن بود که درخواست صلح، نه برای علی که برای اهل عراق که بیشتر سپاه علی را تشکیل می‌دادند، بود تا از این رهگذر، با دستاویز قرار دادن تعصب مردم در اعتقادات مذهبی، علی را از هوادارانش جدا کند. فریب جنگی این کار برای علی روشن بود، اما شمار اندکی از سربازان او می‌خواستند جنگ را ادامه دهند. اشعث بن قیس که قدرتمندترین رهبر قبیله‌ای کوفه بود، اصرار به قبول دعوت معاویه داشت. علی جنگ را متوقف کرد و اشعث را فرستاد تا از هدف معاویه آگاه شود. معاویه پیشنهاد کرد که هر دو طرف، داوری را برگزینند تا با هم به تصمیمی بر پایهٔ قرآن برسند و این تصمیم برای هر دو بی‌درنگ اجرا شود. بسیاری از تاریخ پژوهان معتقدند که این، ترفندی حساب شده از سوی معاویه بود.
پوناوالا می‌نویسد که در این زمان به نظر می‌رسد که معاویه هیچ گونه تلاشی برای مسائلی از قبیل خون خواهی عثمان و بازگشت به شورای انتخاب خلیفه که قبلاً بر روی آن پافشاری می‌کرد، انجام نمی‌داد. اکثر سربازان علی در این شرایط به حکمیت راضی بودند و حال به دنبال تعیین داور از سپاه علی بودند که باید با عمروعاص نماینده شامیان روبرو گردد. این مهم که داور، نماینده علی باشد یا نماینده عراقی‌ها که عمدتاً کوفی بودند، شکاف بیشتری در سپاه علی به وجود آورد. انتخاب علی ابن‌عباس یا مالک اشتر بود اما اشعث بن قیس و قرا آن را رد کرده و بر روی ابوموسی اشعری پافشاری کردند. ابوموسی مخالف علی بود و پیش‌تر، مردم کوفه را از یاری علی بازمی‌داشت. علی سرانجام به انتخاب ابوموسی رضایت داد.
توافق حکمیت در ۱۵ صفر سال ۳۷ (حدوداً ۲ اوت ۶۵۷) منعقد شد. در هنگام طرح توافق برای حکمیت علی مجبور به زدودن عنوان امیرالمؤمنین از مقابل نامش شد، تا توافق پیش رفت. معاویه اعتراض کرد که اگر از دید وی علی به واقع خلیفه بود، معاویه هرگز با وی نمی‌جنگید. بندهای اصلی توافق‌نامه مطابق با خواست جناح صلح طلب تنظیم شد. طبق توافقنامه بنا شد، وظیفه داوران نامبرده آن باشد که بر اساس احکام قرآن به توافق برسند و در هر موردی که نتوانند حکم آن را در قرآن بیابند از راهنمایی‌های سنت عادل و مورد اتفاق که در موردش بین دو طرف اختلافی نیست، استفاده کنند. موضوع حکمیت به‌طور مشخص تصریح نشد اما قرار شد که بر اساس مصلحت امت تصمیم بگیرند و امت را دچار شقاق و جنگ نکنند. زمان اولیه برای توافق هفت ماه بعد، ماه رمضان، مقرر شد و شرایطی برای مکان، شهود و دیگر شرایط تشکیل جلسه تعیین شد. به نوشته مادلونگ روشن بوده‌است که هر رأیی بر خلاف قرآن نامعتبر خواهد بود.
به نوشته مادلونگ نه تنها شرایط حکمیت علیه علی بود، بلکه نفس پذیرش حکمیت یک شکست سیاسی برایش محسوب می‌شد. از یک سو حکمیت باور پیروان علی به حقانیت موضعشان را سست کرد و باعث شکاف در سپاه علی شد و از سوی دیگر به شامیان اطمینان داد که ادعاهای فریبکارانه معاویه اساسی استوار در قرآن دارد. این امر پیروزی اخلاقی برای معاویه محسوب می‌شد. بدین ترتیب در شرایطی که هم علی و هم معاویه می‌دانستند که حکمیت در پایان شکست خواهد خورد، معاویه که در حال شکست در جنگ بود فرصتی یافت تا موضعش در شام را مستحکم کند و علیه علی تبلیغات نماید.
پیدایش گروه خوارج
به نوشته پوناوالا در خلال شکل‌گیری توافق بر سر حکمیت، ائتلاف حامیان علی شروع به از هم پاشیدگی نمود. مسئله توسل به سنت، باید مهم‌ترین دلیل واکنش قرا بوده باشد. آن‌ها با توافق مواقفت کردند، چرا که آن دعوت به صلح و به کار بردن قرآن بود. در آن زمان‌بندهای توافق‌نامه هنوز تعیین نشده بود و در آن موردی که علی دیگر امیرالمؤمنین تلقی نخواهد شد، وجود نداشت. از آن جدی تر، گسترش اختیارات داوران از قرآن به سنتی که ابهام‌آمیز است، اعتبار قرآن را به خطر می‌انداخت؛ بنابراین معادل حکم کردن افراد در امر دین (تحکیم الرجال فی الدین) به حساب می‌آمد. از این رو، آنان شعار «حکم کردن جز سزاوار خدا نیست.» (لا حکم الا الله) را برافراشتند. در این زمان، شامیان ادعا کردند که این توافق‌نامه، تأییدی است بر اینکه قرآن در موردن عادلانه بودن یا نبودن کشته شدن عثمان، حکم کند؛ ولی قرا شکی نداشتند که او عادلانه کشته شده‌است. وی بر این باور است که پیش کشیدن مسئله قتل عثمان توسط معاویه در این مقطع حساس، باید به طفره رفتن قبلی وی از این موضوع مرتبط باشد. کل ماجرا یک تلاش سازمان یافته برای تخریب ائتلاف علی به نظر می‌رسد. قرا به علی گفتند که اگر همانند آنان به خاطر پذیرش حکمیت، توبه نکند، آنان از وی اعلان برائت خواهند نمود. در هنگام بازگشت لشکر علی به کوفه، بعضی از قرا در حرورا توقف نمودند.
علی که گرفتار نافرمانی جمعی از سپاهش شده بود که بعداً خوارج نامیده شدند، ابتدا پسرعمویش، عبدالله بن عباس، را به‌عنوان نمایندهٔ خود برای مذاکره به حرورا فرستاد و سپس خود شخصاً برای بحث به آنجا رفت. علی توانست آنان را قانع کند که از نافرمانی دست بردارند که چگونگی این امر چندان روشن نیست. پس از اینکه علی به کوفه بازگشت به‌صراحت اعلام کرد که به شرایط منعقدشده در عهدنامهٔ صفین وفادار خواهد ماند. حروریان که همراه علی به کوفه بازگشته بودند، با شنیدن این سخن خشمگین شدند. در نتیجهٔ این سخن علی، خوارج با یکدیگر پنهانی ملاقات کرده و از خود پرسیدند که آیا ماندن در سرزمینی که بی‌عدالتی بر آن حکمفرماست، با تکالیفی که بر ذمهٔ بندگان خداست، سازگار می‌باشد. کسانی که ترک آن سرزمین را بایسته دانستند، پنهانی گریختند و از هم‌فکران خود در بصره خواستند که آنان نیز چنین کنند و در نهروان گرد هم آمدند. به باور فرد دونر ممکن است علت مخالفت برخی از خوارج ترس از آن بوده باشد که علی با معاویه سازش کرده و در پی آن، آنان برای حساب پس دادن در مورد شورش خود علیه عثمان فرا خوانده شوند.
حکمیت
اولین دیدار داوران در ماه رمضان یا شوال ۳۷ هجری مصادف با فوریه یا مارس ۶۵۸ میلادی، در منطقه بی‌طرف دومةالجندل برگزار شد. نتیجه دیدار این شد که اعمالی که عثمان به آن‌ها متهم شده بود، مستبدانه نبود و وی ناعادلانه کشته شده و معاویه حق خون خواهی از وی را دارد. مادلونگ می‌گوید، این تصمیم، یک مصالحه سیاسی بود که بر اساس تحقیق قضایی صورت نگرفته بود. با این حال، رأی به بیگناهی عثمان تبدیل به یکی از عقاید دینی اهل سنت گردید. این حکم مطلوب عمروعاص بود، زیرا مانع از پیوستن افراد بی‌طرف به علی می‌شد.
موضوع اصلی، اما، رفع اختلاف مسلمانان در خصوص خلیفه بود. به نوشته مادلونگ ابوموسی شخصی بی‌طرف و صلح‌جو بود، اما در این زمان حاضر به متهم کردن علی یا خلع وی و پذیرش خلافت معاویه نبود. وضعیت ایدئال برای ابوموسی تشکیل شورای خلافت متشکل از افراد بی‌طرف بود. عمرو عاص بر آن بود که جلوی هر تصمیمی در خصوص خلافت علی یا تشکیل شورای خلافت را بگیرد. البته به زعم مادلونگ، در این زمان هنوز بحث خلافت معاویه مطرح نبود. بدین ترتیب مادلونگ تصریح می‌کند که برخلاف برداشت واله یری، حکمیت در دستیابی به هدف اصلیش که رفع اختلاف و پایان فتنه بود شکست خورد، هرچند برای معاویه دستاورد سیاسی بزرگی داشت و شامیان تا ذی‌الحجه (آوریل-مه) سال ۳۷ با معاویه به‌عنوان خلیفه بیعت کردند.
کوفیان به ابوموسی معترض شدند و وی به مکه گریخت. علی رأی صادر شده را تقبیح کرد و اعلام نمود دو حکم قرآن را پشت سر انداخته و نهایتاً به وفاق هم نرسیدند. سپس از مردم خواست مجدداً برای جنگ با معاویه گرد آیند.
حکمیت دوم احتمالاً در محرم سال ۳۸ هجری مصادف با ژوئن یا ژوئیه ۶۵۸ میلادی یا شعبان آن سال مصادف با ژانویه ۶۵۹ میلادی در اذرح رخ داد. مادلونگ می‌نویسد با توجه به اینکه علی دیگر ابوموسی را نماینده خود نمی‌دانست و کسی را نیز به نمایندگی تعیین نکرده بود، در این واقعه مشارکتی نداشت. از سوی دیگر بزرگان دینی مدینه که در حکمیت اول شرکتی نداشتند کوشیدند تا از این طریق بحران خلافت را حل کنند. پوناوالا می‌گوید پس از حکمیت اول علی و معاویه هیچ‌کدام دیگر خلیفه به حساب نمی‌آمدند و حاکمانی شورشی تلقی می‌گردیدند. اما به‌عنوان دو رقیب برای خلافت به حساب می‌آمدند. به نظر می‌آید که داوران و دیگر افراد نامدار، به استثنای نمایندگان علی، با یکدیگر ملاقات کردند تا در مورد انتخاب خلیفه جدید به بحث بپردازند.
معاویه کوشید تا ادعای خلافت خود را که در شام تثبیت کرده بود، از طریق اقناع بزرگان دینی که بی‌طرف مانده بودند به کل امت اسلامی گسترش دهد؛ لذا، بزرگانی از تابعین را نیز دعوت کرد. عمروعاص از خلافت معاویه حمایت می‌کرد، اما ابوموسی اشعری در پی تشکیل شورای خلافت یا گزینش دامادش عبدالله بن عمر بود. عمروعاص ابوموسی را فریفت و وی به شکل ابلهانه‌ای به آلت تحقق امیال معاویه تبدیل شد. پوناوالا می‌نویسد عبدالله بن عمر به خاطر فقدان اجماعی بر روی خلیفه شدنش، این پیشنهاد را رد نمود. پس از آن، ابوموسی اشعری به عمروعاص پیشنهاد کرد که هر دو علی و معاویه از خلافت عزل شده و کار تعیین خلیفه به شورا موکل شود و عمروعاص پیشنهادش را پذیرفت. ابوموسی در ملأ عام مورد توافقش با عمرو عاص را اعلام کرد ولی عمروعاص برخلاف توافق پیشین بیان داشت که علی را عزل و خلافت معاویه را تأیید کرد. این امر سبب شد ابوموسی برآشوبد و حکمیت را ترک کند.
نبرد نهروان
در حالی که علی در راه شام بود، خوارج دست به کشتن افرادی زدند، که با آن‌ها اختلاف دیگاه داشتند؛ لذا سپاه علی و به‌خصوص اشعث بن قیس از وی خواستند که نخست با خوارج برخورد کند، چون از جانب آن‌ها برای خویشان و اموال خود احساس ناامنی می‌کردند؛ لذا علی در ابتدا به نهروان رفت تا با مخالفان تعامل کند. هرچند نظر اکثریت سپاه بر این بود، اما برخی سپاه را ترک کردند. علی از خوارج خواست که قاتلان را تسلیم کنند، اما آن‌ها در پاسخ گفتند جملگی این قتل‌ها را مرتکب شده و ریختن خود شیعیان علی را حلال می‌دانند.
نبرد نهروان به روایت بلاذری در ۹ صفر سال ۳۸ هجری (حدوداً ۱۷ ژوئیه سال ۶۵۸ میلادی) و به روایت ابومخنف در ذی الحجه سال ۳۷ هجری مقارن با نیمه ماه مه سال ۶۵۸ میلادی رخ داد. علی و برخی از اصحابش از خوارج خواستند که دست از دشمنی و جنگ بردارند، اما آن‌ها نپذیرفتند. سپس علی پرچم عفو را دست ابوایوب انصاری داد و اعلام کرد هر کس نزد آن پرچم برود و همچنین اگر کسی از خوارج نهروان را ترک کند و مرتکب قتلی نشده باشد، در امان است. بدین ترتیب صدها تن از خوارج از سپاهشان جدا شدند و از حدود ۴۰۰۰ نفر تنها ۱۵۰۰ یا ۱۸۰۰ تن باقی ماندند. نهایتاً علی منتظر ماند تا خوارج نبرد را آغاز کنند و سپس با سپاهی حدوداً چهارده هزار نفری به باقی‌مانده لشکر خوارج یورش برد. از سپاه علی بین ۷ تا ۱۳ نفر کشته شدند، حال آنکه تقریباً همه خوارجی که دست به شمشیر بردند کشته و زخمی شدند. علی دستور داد زخمیان خوارج به قبایلشان تحویل گردند تا مداوا شوند.
مادلونگ می‌نویسد نبرد با خوارج چالش‌برانگیزترین رخداد دوران خلافت علی بود. هرچند از دید یک دولتمرد عادی جنگ با شورشیان بیعت شکن خون‌ریزی که آشکارا تهدید به قتل دیگران می‌کردند معقول و بلکه ضروری بود، اما اینان پیش از این از همراهان علی و همچون خود وی از مخلص‌ترین باورمندان به قرآن بودند. آن‌ها می‌توانستند از پرشورترین متحدان علی در مقابله با انحراف از قرآن باشند. اما علی نمی‌توانست به درخواست آنان اقرار به کفر خود کند یا دیگر مسلمانان را کافر بداند. یا آنکه از قتل‌هایی که مرتکب شده بودند چشم پوشی کند. به هر حال بعد از این رخداد، اولویت نخست علی آن که مجدداً در میان قرا وفاق ایجاد کند. هرچند علی درصدد بود که مستقیماً از نهروان به سوی شام لشکرکشی کند، اما سپاهش به رهبری اشعث بن قیس با شکوه از فقدان توشه جنگی او را مجبور به حرکت به سمت کوفه کردند و در آنجا لشکرگاه را ترک کردند. پوناوالا می‌نویسد کشتار منتجه از سوی بسیاری از افراد، تقبیح شد و فرار کردن سربازان از سپاه علی، وی را مجبور کرد تا به کوفه بازگردد و نتواند به سمت معاویه لشکر کشی کند.
شورش‌ها
در دوران خلافت علی جنگ‌های داخلی بین مسلمانان و شورش ایرانیان به راه افتاد. شورش ایرانیان در آخرین سال خلافت علی اتفاق افتاد که توسط سپاهیان ارسالی خلیفه سرکوب شد. مثلاً شورشیان در شرق ایران، مالیات خود را به قبائل کوفی و بصری پرداخت نکردند.
در حالی که در سال‌های ۴۱–۳۵ هجری، مسلمانان مشغول جنگ‌های داخلی بودند، اکثر مناطق ایران از کنترل خلافت اسلامی خارج شد. حتی بازماندگان سلسلهٔ ساسانی به تلاش‌هایی برای بازیابی حکومتشان در شهرهای طخارستان و نیشابور دست زدند. مسلمانان با تکیه بر خراج و مالیات موفق شدند دوباره کنترل مناطق آشوب‌زده را در دست گرفته و شورش‌ها علیه والیان و افراد تحت حمایتشان را بخوابانند. هپتالیان شهرهای بادغیس، هرات، و فوشنج همانند اهالی نیشابور از دادن مالیات به حاکمان عرب سر باز زدند. مردم شهر زرنگ هم مقر حکومتی حاکم خود را سرنگون کردند. از طرفی دیگر بدویان عرب نیز به شهرهای سیستان حمله برده، آنجا را تصرف کردند. در سال ۳۶ هجری، فرمان‌های علی به اشخاص برجستهٔ محلی مبنی بر دادن خراج به ماهویه، مرزبان مرو، باعث بروز شورش‌هایی در شرق خراسان علیه حکومت علی گردید که تا درگذشت علی ادامه داشت.
بعد از جنگ صفین، هنگامی که علی مشغول سرکوب شورش‌های خوارج در عراق و فارس بود، مردمان مناطق جبال، فارس، و کرمان در سال ۳۹ هجری از دادن مالیات سر باز زده و شروع به شورش کردند که روز به روز شدت می‌یافت و مردم این مناطق مأموران جمع‌آوری مالیات را از شهرهای خود بیرون راندند.
ادامه فتوحات
حکَم بن عمر تغلبی، در روزگار خلافت عمر بن خطاب، در ۲۳ق/ ۶۴۴م مکران را که منطقه‌ای در همسایگی توران بود، فتح کرد. عمر دستور داد تا وی از آن سرزمین پیش‌تر نرود؛ تا آنکه به هنگام خلافت علی در اواخر سال ۳۸ و اوایل ۳۹ق/ ۶۵۸م، حارث بن مرهٔ عبدی داوطلبانه و با اجازهٔ از خلیفه وقت، علی بن ابی‌طالب، برای دستیابی به غنایم، در آن سوی مکران (توران) به نبرد برخاست.
سال آخر خلافت
پس از قضیهٔ حکمیت، هر چند علی حکم برکناری را نپذیرفت و خود را کماکان خلیفهٔ مسلمانان می‌نامید اما هر روز از وفاداران به او کاسته می‌شد. وقتی علی مشغول رفع شورش خوارج بود، معاویه کنترل مصر را در دست گرفت. در این زمان معاویه نیز طرفدارانی داشت که او را خلیفه می‌دانستند. دانشنامهٔ ایرانیکا می‌نویسد وی در اواخر سال ۳۹ هجری، سپاهیان علی را در مصر شکست داد و عمرو عاص را حاکم آنجا نمود. در همین زمان، علی کنترل حجاز را نیز از دست داد. در سال ۴۰ هجری علی حتی کنترلی بر شهرهای مکه و مدینه نیز نداشت. علی عملاً به شهر کوفه محدود شده بود و در موضعی تدافعی قرار داشت تا آنجایی که اقدامی در برابر لشکرکشی‌های معاویه به قلب عراق، یمن و عربستان نکرد. افکار عمومی عرب به جانشینی معاویه تمایل داشت، چرا که وی توسط نیروهای منظمی پشتیبانی می‌شد و می‌توانست قدرت را در میان نخبگان عرب حفظ و خلافت اسلامی را کنترل کند.
در سال آخر خلافت علی، مردم کوفه و بصره پس از حملات لشکریان معاویه به شهرهای عراق، ماهیت واقعی معاویه را شناختند و دوباره با علی ضد معاویه متحد شدند. با این حال نگرش مردم نسبت به علی در این مقطع زمانی، به شدت متفاوت بود. فقط اقلیت کوچکی از آن‌ها معتقد بودند که علی بهترین شخص پس از محمد برای خلافت است؛ در حالی که اکثریت مردم او را به علت دشمنی با معاویه مورد حمایت قرار دادند.
به نوشتهٔ ویلفرد مادلونگ خودداری او از مشارکت در بازی جدید فریبکاری سیاسی و فرصت‌طلبی هوشمندانه که در زمان خلافت وی در دولت اسلامی ریشه دوانده بود، هرچند وی را از کامیابی در زندگی محروم ساخت، اما سبب شد در نظر ستایشگرانش به‌عنوان نمونه‌ای از تقوای اسلام نخستین و فاسدنشده و همچنین فتوت عربی پیش از اسلام جلوه‌گر شود.
کشته شدن
تعدادی از خوارج تصمیم به قتل علی، معاویه، و عمرو عاص به صورت هم‌زمان گرفتند تا به عقیدهٔ خود اسلام را از دست این سه تن که مسئول جنگ‌های داخلی بودند، خلاص کنند که تنها موفق به کشتن علی شدند و معاویه و عمرو عاص جان سالم به در بردند. در منابع روز ضربت خوردن علی ۱۷، ۱۹، و ۲۱ رمضان گزارش شده‌است. اما شیخ مفید روز ۱۹ را صحیح‌تر می‌داند و ابن ابی الحدید نیز می‌نویسد چون این سه تن کارشان را عبادت می‌دانستند بنابراین آن را در شب قدر ۱۹ رمضان قرار دادند تا ثواب بیشتری برده باشند. روز درگذشت علی هم در منابع از ۱۱ تا ۲۱ رمضان گزارش شده‌است و مدت تحمل ضربت را دو یا سه روز دانسته‌اند. علی هنگامی که مشغول خواندن نماز صبح در مسجد کوفه بود و به روایتی دیگر در کنار در مسجد توسط عبدالرحمن بن ملجم و با یک شمشیر زهرآگین از ناحیهٔ سر ضربت خورد. عبدالرحمن این عمل را به قصد انتقام‌گیری از وی در قبال کشتار نهروان انجام داد. دو روز بعد در ۱۹ یا ۲۱ رمضان ۴۰ هجری، علی در سن ۶۲ یا ۶۳ سالگی درگذشت.
روایات زیادی وجود دارد که در آن محمد یا علی خبر می‌دهند که ریش علی از خون فرق سرش رنگین می‌شود. عمدتاً در منابع شیعی بر روی این مطلب تأکید شده‌است که علی با وجود آگاه بودن از سرنوشتش، کس دیگری را به جای خود به امامت نماز جماعت نگذاشت و با وجود اینکه دیگران به وی در مورد احتمال کشته‌شدنش هشدار داده بودند، با خواندن ابیاتی هراس از مرگ را نفی کرده بود. علی حتی پیش‌بینی کرده بود که ابن ملجم قاتلش خواهد بود. رابطهٔ بین علی و ابن ملجم تنش‌برانگیز بود. با این همه، علی در مقام خلیفه هیچ اقدامی علیه ابن ملجم انجام نداد. به روایت ابن سعد، علی گفته بود «چگونه کسی را بکشم که هنوز مرا نکشته‌است»؟ حتی وقتی کسی از قبیلهٔ مراد یا کسی که از زبان خود ابن ملجم نقشهٔ قتل را شنیده بود، در این باره به علی هشدار داد، علی پاسخ داد که هر انسانی را دو فرشته که بر روی شانه‌هایش قرار دارند، تا لحظهٔ مرگ حافظ‌اند و آن لحظه را تقدیر معین می‌کند.
شب قبل از واقعه، ابن ملجم به همراه وَردان و شَبیب بن بَجَره شمشیرهایشان را به زهر آغشتند و کنار در مسجد منتظر ماندند تا علی به منظور اقامهٔ نماز صبح به مسجد وارد شود. به محض ظاهر شدن علی، شبیب به وی حمله برد اما شمشیرش به لغاز در اصابت کرد و خطا رفت. شبیب فرار کرد و در میان جمعیت گم شد. وردان نیز بی‌سروصدا گریخت، به خانه رفت و حریر از سینه باز کرد. چون پسرعمویش او را در این حالت دید، مشکوک شد و وی را کشت. تنها ابن ملجم باقی‌مانده بود. او در حالی که فریاد می‌کشید «ای علی، حکمیت خاص خداست، نه تو و یارانت» ضربتی به فرق سر علی وارد آورد و خواست بگریزد که ابو اَدماء همدانی وی را به زمین افکند. علی به خانه‌اش بازگشت و ابن ملجم را پیش وی آوردند. ابن مجلم به علی گفت که ۴۰ روز شمشیرش را تیز می‌کرده و از خدا خواسته‌است که با آن شرورترین مردان را بکشد. علی در پاسخ گفت خود ابن ملجم با همین شمشیر کشته خواهد شد و وی را شرورترین مردان نامید.
علی در اجرای شرع اسلامی سخت گیر بود و در مورد قصاص قاتلش نیز منابع تقریباً حاکی از آن هستند که وی گفت که دقیقاً یک ضربت به ابن ملجم وارد شود. اما برخی منابع این‌گونه بیان نشده‌اند. برخی منابع می‌نویسند که علی فرمان داد صبر شود تا اثر ضربت بر وی معلوم شود، اگر زنده ماند خود در مورد وی تصمیم می‌گیرد. شیخ مفید روایت می‌کند که علی گفت، این قاتل همانند قاتل محمد پیامبر اسلام است و باید کشته و جسدش سوزانده شود. برخی روایات حاکی از آنند که علی به حسن و هاشمیان توصیه کرد که به بهانه خون خواهی از وی، خون مسلمانان را نریزند و قاتلش باید دقیقاً به همان صورتی که علی کشته شد کشته شود. روایتی از ابوالعباس مبرد حاکی از آن است که علی وی را به کل بخشید. روایت دیگر می‌گویند علی فرمان داد که به ابن ملجم غذا و محل استراحت مناسب داده شود و اگر علی بمیرد، ابن ملجم را به وی ملحق کنند تا در آن دنیا خدا بین وی و علی قضاوت کند.
دفن و آرامگاه
علی بن ابی‌طالب را در نزدیکی کوفه دفن کردند اما مزارش از ترس نبش قبر و بی‌حرمتی به آن — خصوصاً از جانب خوارج — پنهان نگه داشته شد. تا آنکه در اواسط قرن دوم ه‍. ق، در زمان هارون‌الرشید، خلیفهٔ عباسی، و به سال ۷۹۱ میلادی در فاصلهٔ چند کیلومتری از کوفه محل مزارش مشخص و آرامگاهی در آنجا ساخته شد. پس از آن این منطقه تبدیل به شهر نجف شد.
همسران و فرزندان
فاطمهٔ زهرا، دختر محمد و خدیجه، همسر علی بن ابی‌طالب، مادر حسن و حسین، و یکی از پنج عضو آل عباست. نسل علی از فاطمهٔ زهرا به‌عنوان شریف یا سید شناخته می‌شوند. آن‌ها به‌عنوان تنها نسل بازمانده از محمد، مورد احترام شیعه و سنیاند. علی تا زمانی که فاطمه زنده بود همسر دیگری نداشت، اما پس از او با زنان متعددی ازدواج کرد. به‌جز ۴ فرزندی که از فاطمه داشت، بقیه فرزندانش از همسران دیگر او بودند.
حسن بزرگ‌ترین پسر علی و فاطمهٔ زهرا و دومین امام شیعه است که طبق روایات در ۶۲۵ میلادی در مدینه به دنیا آمد. بعد از درگذشت علی، برای مدت کوتاهی در کوفه بر بخشی از سرزمین‌های مسلمانان خلافت کرد و سپس طبق عهدنامهٔ صلح با معاویه از قدرت کناره گرفت. او در ۶۷۰ میلادی در مدینه مسموم شد و درگذشت. حسین دومین پسر علی و فاطمه زهرا و سومین امام شیعه است که طبق بیشتر روایات در ۶۲۶ میلادی در مدینه به دنیا آمد. وی در سال ۶۸۰ میلادی علیه یزید قیام کرد و در نبرد کربلا به همراه یارانش کشته شد. در این نبرد علاوه بر حسین، شش تن دیگر از فرزندان علی نیز کشته شدند که چهار نفر آن‌ها پسران فاطمهٔ کلابیه معروف به ام‌البنین بودند. همچنین سه پسر حسن و دو فرزند حسین در نبرد کشته شدند.
خاندان علی رهبری مسلمانان را منحصر به اهل البیت می‌دانستند و در دوران‌های مختلف قیام‌های متعددی ضد حاکمان وقت انجام دادند. از مهم‌ترین این قیام‌ها می‌توان نبرد کربلا، قیام مختار ثقفی از طرف محمد حنفیه، قیام زید بن علی و قیام یحیی بن زید ضد امویان را نام برد. بعدها خاندان علی ضد عباسیان نیز قیام کردند که از مهم‌ترین آنان می‌توان به قیام صاحب فخ و قیام محمد ابن عبدالله نفس زکیه اشاره کرد. در حالی که هیچ‌یک از این قیام‌ها موفق نبود، سرانجام ادریسیان، فاطمیان، و علویان طبرستان توانستند اولین حکومت‌ها از خاندان علی را تشکیل دهند.
آیات شیعی قرآن
در قرآن فعلی—موسوم به مصحف عثمان—هیچ اشاره مستقیمی به علی نشده‌است. روایت رسمی اهل سنت این است که قرآن بی کم و کاست تا زمان عثمان و بر اساس آنچه محمد به مؤمنان گفته بود، تدوین شده بود و مصحف‌های موازی از بین رفته بودند. با این وجود، تردید دربارهٔ کامل بودن قرآن حداقل تا آغاز قرن چهارم هجری—تسلط آل بویهٔ شیعه بر دستگاه خلافت—در بسیاری از جریان‌های اسلامی دیده می‌شود. این تردیدها منحصر به شیعیان نبوده—چنان‌که بعضی از صحابه، خوارج و حتی اندیشمندان معتزلی هم بدان باور داشتند—اما بیشترین تردیدها از جانب شیعیان بوده‌است؛ لذا حداقل تا قرن چهارم هجری، مصحف‌های دیگری—از جمله مصحف علی و مصحف عبدالله بن مسعود—که تفاوت‌های شگرفی با مصحف عثمان داشته‌اند، رایج بوده‌اند.
اعتقاد برخی شیعیان به تحریف قرآن از آنجا سرچشمه می‌گرفت که بنا به روایات، به خصوص روایات شیعه دوازده‌امامی، معتقد بودند آیات بسیاری در وحی محمد وجود داشته که در آن‌ها از علی (به خصوص «ولایة علی» که معانی متفاوتی داشته) و فاطمه و فرزندانشان به عنوان بهترین الگوهای امت نام برده شده اما آن‌ها را حذف کرده‌اند. همچنین گفته‌اند که قرآن حاوی آیاتی دربارهٔ خیانت سران قریش به محمد بوده اما این افراد که بعد از مرگ محمد به قدرت رسیدند، آیات مورد نظر را تحریف کردند. لیکن علی قرآن اصلی را مخفی کرد و از امامی به امامی دیگر منتقل می‌شد تا اینکه با امام دوازدهم به غیبت برده شد. اشارات شیعی به تحریف قرآن دو دستهٔ مستقیم و غیرمستقیم هستند. اشارات غیرمستقیم به تحریف قرآن از سوی امامان را در بخش‌هایی از کتب روایی قرار می‌دادند که اساساً ربطی به تحریف قرآن نداشتند. اشاره‌های مستقیم نیز نقل قول‌هایی از قرآن هستند که با آنچه در مصحف عثمان موجود است فرق دارد. تعداد چنین آیاتی در منابع شیعه، بیش از صدها مورد است و السیاری، نویسندهٔ قرن سوم، در کتاب التنزیل والتحریف حدود سیصد آیه را نقل کرده‌است. چند مورد در ادامه ذکر شده‌است (تفاوت با قرآن رسمی با فونت ایتالیک ضخیم نوشته شده):
در شأن نزول
بر اساس آنچه در تاریخ بغداد و صواعق المحرقه گزارش شده‌است، نزدیک به ۳۰۰ آیه در قرآن در شأن علی بن ابی‌طالب نازل شده‌است. قرشی این تعداد از آیات نازل شده را دلیلی بر فضل و ایمان علی دانسته‌است. قرشی همچنین این آیات را در چند دسته تقسیم‌بندی کرده‌است:
در احادیث
نبیل حسین می‌نویسد سنی‌های حامی علی بر این باورند که نوعی علی‌ستیزی را می‌توان در روایات تاریخی و احادیث اسلام مشاهده کرد و هم سو بودن سنی‌ها با سلسلهٔ بنی‌امیه باعث شده‌است که محدثان اولیه با گرایش شیعی، فاقد اعتبار و از سوی دیگر، راویان حدیث با گرایش ضد علی معتبر دانسته شوند.
ایگناز گلدزیهر ضمن مقایسهٔ دو نسخه از سخنان محمد دربارهٔ علی که در جنگ خیبر پس از دادن پرچم به او بر زبان آورده‌است، اذعان می‌دارد که در روایات، اضافاتی به نفع علی وجود دارد. اما از طرف دیگر برای اثبات دیدگاه خود دربارهٔ وجود علی‌ستیزی در روایات، دو نسخهٔ متفاوت از حدیث «مؤمن در حالی که نور ایمان در قلبش است، زنا نمی‌کند و مؤمن در حالی که نور ایمان در قلبش است، دزدی نمی‌کند» را بررسی کرده، نتیجه می‌گیرد که در برخی کتب، به حدیث مزبور جملهٔ «مؤمن غلو نمی‌کند» اضافه شده‌است تا شیعیان «کافر» قلمداد شوند و این جملات اضافی در لوای حدیث موجه و معتبر اصلی، به مرور زمان در اذهان مسلمانان جای بگیرد.
مایکل کوپرسن در کتاب تاریخ‌نگاری سنتی عربی می‌نویسد عباسیان پس از آنکه پایه‌های قدرت خود را مستحکم کردند، به ساخت احادیث جعلی برای بنی‌امیه و نیز علویان مبادرت ورزیدند. آنان در روایات خود خلافت بنی‌امیه را خلافت فرزندان دشمنان محمد دانستند و دربارهٔ خلافت فرزندان علی نیز سعی داشتند تأکید کنند که خلافت بیشتر از آنکه به فرزندان دختر محمد تعلق داشته باشد، به فرزندان عموی محمد تعلق داشته‌است و مدعی بودند که فرزندان علی خلافت را از شجرهٔ خود به شجرهٔ عباس انتقال داده‌اند. پل کوب می‌نویسد در شام، احادیث راجع به تقوای علی تا زمان اسماعیل بن عیاش حمصی (درگذشته به سال ۱۸۱ یا ۱۸۲ هجری) ناشناخته بودند و حتی تا قرن سوم هجری هر کسی در مسجد امویان، مخفیانه در بحث‌های مربوط به «فضائل علی» شرکت می‌جست، به احتمال زیاد مورد هجمه قرار می‌گرفت.
علی در آخرالزمان
نظر به حضور شدید هشدارهای آخرالزمانی در قرآن، مثلاً آیهٔ ۵۷ سورهٔ نجم، و احادیث اولیه مثل حدیث دو انگشت، بسیاری از دانشوران، از قرن نوزدهم میلادی تا امروز، محمد را یک «واعظ آخرالزمانی» محسوب کرده‌اند که اعتقاد داشته قیامت بسیار نزدیک است یا حتی آغاز شده‌است. منابع اسلامی حتی او را «رسول الملحمه» (پیامبر جنگ‌های آخرالزمان) هم نامیده‌اند. همچنین، منابع غیراسلامی معاصر محمد—که زمان نگارششان در مقایسه با منابع اسلامی به حیات او نزدیک تر است—به ماهیت آخرالزمانی جنبش محمد گواهی داده و گفته‌اند که محمد مژده آمدن مسیحا—منجی ادیان مسیحی-یهودی—را داده‌است. هرچند قرآن از عیسی به عنوان نشانهٔ قیامت یاد کرده، اما (برخلاف احادیث) سخنی از مژدهٔ مسیحا در آن یافت نمی‌شود.
با این وجود، برخی از پیروان محمد معتقد بودند که علی بن ابی طالب، «مسیحای دوم» است. در آیه ۷ سورهٔ رعد، از دو نفر سخن به میان آمده: «تو [محمد] فقط هشداردهنده‌ای، و هر قومی را راهنمایی هست.» به عبارت دیگر، نقش محمد در وقایع آخرالزمان جز هشدارِ پیوستن به آن راهنما [شخصیت مسیحایی] نبوده‌است. مفسران شیعه به‌طور متفق القولی این شخص را علی دانسته‌اند. در واقع، علی حایگاهی به مراتب بالاتر از محمد نزد برخی از یپروانش داشته‌است. کلینی، محدث شیعه، حدیثی به محمد منسوب کرده که در آن به شباهت علی و عیسی اشاره شده‌است: ذات مسیحایی علی—به عنوان منجی، زنده‌کنندهٔ مردگان و داوری‌کنندهٔ آخرالزمان—در خطبه‌ای منسوب به خود او که شبیه به باب‌های ۱۰:۳۰ و ۱۴:۱۱ انجیل یوحناست، دیده می‌شود. این خطبه که به طرق مختلف توسط منابع شیعه دوازده‌امامی و اسماعیلی، مثل سید جعفر کشفی دارابی بروجردی و حافظ البرسی نقل شده، چنین است: یگانگی عیسی و علی در منابع گروهی از شیعیان باطنی که مخالفانشان آن‌ها را «غالی» (افراطی) می‌نامیدند، به اوج می‌رسد. به گفتهٔ امیرمعزی، ریشهٔ این مطالب به زمان محمد باقر و جعفر صادق یا به اطرافیان علی و حتی شخص محمد بازمی‌گردد؛ مثلاً، در این منابع به علی منسوب است که:
در شیعهٔ نخستین، یکی بودن عیسی و علی به عقیدهٔ «انتقال وصیت» یا «انتقال نور ولایت» مربوط بوده‌است. در نظر امیرمعزی، این مطالب که به عهد الهی در کتاب مقدس شبیه است، می‌تواند روشن کند که منظور از «ولایة علی» در قرآن شیعی چه بوده‌است. (بنگرید به ).
قرآن و تفسیر
به روایت اسلامی، علی در دوران حیات محمد، آیات نازل شده بر محمد را می‌نوشت و مصحف گردآوری شده توسط او شامل تفاسیر باطنی و تاویل برخی آیات قرآن می‌باشد. علی همچنین وظیفه نگارش تعهدنامه‌ها و پیام‌های محمد را عهده‌دار بود. او همچنین اولین کسی بود که نقطه‌گذاری در قرآن را وضع کرد. علی از قاریان اصلی قرآن هم بود و قرائتی از او بر جای مانده که، به گفتهٔ برخی نویسندگان کتاب‌های قرائات قرآن، با قرائت حفص از عاصم یکی است. در باب تفسیر، علی در میان صحابه به عنوان بزرگتری مرجع تفسیر قرآن شناخته می‌شده‌است و بسیاری از روایات هرمنوتیکی او در تفاسیر شیعی و غیرشیعی استفاده شده‌است. در همین رابطه از علی نقل شده‌است که « «کتاب خدا آن است که به وسیله آن [حقایق] را ببینید، سخن بگویید و بشنوید. بخش‌هایی از آن از طریق بخش‌های دیگر سخن می‌گوید، و بخش‌هایی از آن بر بخش‌های دیگر گواهی می‌دهد». به نوشته ذهبی، ابن‌عباس، معروفترین مفسر قرآن در میان صحابه پیغمیر، در نزد علی تلمّذ می‌کرد.
بنا به تعلیمات علی، قرآن وجوه گوناگونی دارد که برای درک تفصیلی آن باید از یک سو از سنّت کمک گرفت و از سوی دیگر باید به تفسیر خلاق فکری و معنوی خود رجوع کرد، زیرا قرآن مکتوبی است بین دو جلد که به زبان حرف نمی‌زند و بدون مترجم نمی‌تواند کارایی داشته باشد. در خطبه ای از نهج البلاغه، علی تأکید دارد که وحی قرار نیست عقل را به حاشیه براند یا جای آن را بگیرد بلکه کارِ وحی «کشف گنجینه‌های مدفون عقول» است. از این رو وحی و عقل مکمل یکدیگر می‌باشند.
حدیث
احادیث فراوانی که از علی باقی مانده‌است گویای اهمیتی است که او به جمع‌آوری حدیث قائل می‌شده‌است. دسته ای از این احادیث که در منابع اولیه از جمله «کتاب علی» گردآوری شده‌است، به نقل احادیث پیغمیر اختصاص دارد. دسته دیگری سخنان و کردار خود علی را بازگو می‌کردند. توصیه علی به ثبت و نقل احادیث، راویانی چون عبیدالله بن ابی رافع، علی بن ابی‌رافع و ربیعة بن سمیع را گرد او پدیدآورد که از نخستین مؤلفان کتب روایی به حساب می‌آیند. علاوه بر اینها، اولین ارزیابی نظام مند احادیث را به علی نسبت می‌دهند. نمونه بارز کار او در این زمینه، گفتاری در مورد اختلاف بین احادیث است که به قلم آبان بن ابی عیاش بیان شده‌است و علل مختلف اختلاف در احادیث مربوط به پیامبر در آن مورد توجه قرار گرفته‌است: وجود احادیث مجعول؛ اقوالی که برخاسته از وهمِ صحابی است. احادیث ناسخ یا منسوخ؛ عام یا خاص؛ و آنهایی که روشن (محکم) یا مبهم (متشابه) هستند. به این دلایل و دلایل دیگر، علی را به عنوان یکی از عوامل اصلیِ ایجاد مبانی حدیث به عنوان یک رشته رسمی به حساب می‌آورند. تعداد زیادی از سخنان کوتاه علی، تبدیل به بخش‌هایی از فرهنگ عمومی اسلامی شده‌است و به‌عنوان ضرب‌المثل و کلمات قصار در زندگی روزمره نقل می‌شوند. همچنین، این سخنان اساس آثار ادبی گردیده و به صورت اشعار در زبان‌های گوناگون وارد شده‌اند. در قرن ۸ میلادی، نویسندگان ادبی همچون عبدالحمید یحیی امیری، به فصاحت بی‌نظیر خطبه‌ها و سخنان علی اشاره کرده‌اند. جاحظ، ادیب عرب در قرن سوم هجری، نیز بر همین عقیده‌است.
آثار
در قرن ۱۰ میلادی، یکی از محققان برجستهٔ شیعی به نام سید شریف رضی تعداد زیادی از خطبه‌ها، نامه‌ها، و سخنان کوتاه علی با موضوعات گوناگون را در کتابی به نام نهج‌البلاغه جمع‌آوری کرد که به یکی از پرطرفدارترین و تأثیرگذارترین کتب جهان اسلام مبدل گشت. کتاب جامعه که به «کتاب علی» نیز شهره است، از جمله آثار منسوب به علی است. این اثر یکی از مهم‌ترین پشتوانه‌های حدیثی نزد امامیه است که توسط پیامبر اسلام، انشاء و به خط علی به نگارش درآمده‌است. این اثر به جهت رویت افراد متعدد، در خصوص انتساب به علی، نسبت به سایر آثار منسوب، برتری دارد. در منابع اهل سنت، از کتابی با عنوان صحیفه علی یاد شده‌است که در زمینه‌های دیه، آزادی بنده و عدم جواز قتل مؤمن در برابر کافر، روایاتی را گزارش کرده‌است. کتاب الجفر یا کتاب جفر، کتابی دیگر منسوب به علی است که محتوای آن، اخبار غیبی از حوادث آینده است. مُصحَف علی به نسخه‌ای از قرآن گفته می‌شود که توسط علی گردآوری شده‌است. علی یکی از اولین گردآورندگان قرآن بود و سوره‌های قرآن را به ترتیب تاریخ نزول چیده بود. همچنین روایت شده‌است که این مصحف شامل مطالب تفسیری مانند نسخ آیات نیز بود. منابع شیعی می‌نویسند که پس از درگذشت محمد، علی مصحفش را به گروه حکومتی جمع‌آوری قرآن عرضه کرد ولی با مخالفت صحابه روبرو و مجبور شد قرآن را به خانه‌اش برگرداند. کتاب‌های دیگری با عنوان کتاب فی العلوم القرآن، کتاب الدیات و کتاب تعلیقة النحویه  از جمله آثار منسوب به علی است.
آثار دیگری نیز به علی نسبت داده شده‌است. از آن جمله می‌توان به موارد زیر اشاره کرد: دعای کمیل که علی آن را به شاگردش کمیل بن زیاد آموخت و در حقیقت دعایی طولانی است که هنوز هم توسط شیعیان خوانده می‌شود. عهدنامه مالک اشتر از جمله آثار علی است که خطاب به مالک اشتر نوشته و به زبان‌های مختلف و به صورت مجزا، چاپ و نشر شده‌است. مسند علی به مجموعه احادیثی از پیامبر اسلام گفته می‌شود که راوی اول آن‌ها علی است و در مسندهای روایی اهل سنت مانند مسند احمد حنبل آمده‌اند. بعدها افرادی احادیث علی را گردآوری کرده و آن را یک‌جا مسند علی نامیدند. در منابع قدیمی، گزارش‌های مختلفی دربارهٔ اینکه آیا علی شعر می‌سروده‌است یا نه وجود دارد. مؤلفان متعددی دیوان اشعاری را به علی نسبت داده‌اند ولی بسیاری از این اشعار سرودهٔ دیگران است. روش قضاوت علی نیز مورد توجه اصحابش بوده و توسط آنان گردآوری شده‌است. غرر الحکم و درر الکلم مجموعه‌ای از کلمات قصار علی بن ابی‌طالب است که توسط ابوالفتح عبدالواحد بن محمد بن عبدالواحد تمیمی آمدی، از علمای امامی قرن پنجم هجری، گردآوری شده‌است.
ویژگی‌های ظاهری و اخلاقی
زرین کوب می‌نویسد علی میانه‌بالا و فراخ‌شانه بود؛ و چهره‌ای خندان داشت. وی سخنوری توانا بود و در سخنانش ایمان و حق طلبی جلوه دارد. در معیشت زاهد بود و غالباً خود را گرسنه نگه می‌داشت و حتی وقتی تهیدست نبود به تجمل و تفنن نمی‌پرداخت. جنگجویی دلیر بود و در تقوا نمونهٔ کمال محسوب می‌شد. سرزنشگران وی را به جهت دقت و احتیاط در رعایت حق و دین طعنه می‌زدند و عامه مسلمانان مظهر پارسایی و درستی می‌شناختند. پایبندی به سیره محمد سبب می‌شد از مصلحت گرایی در سیاست بپرهیزد. منابع اسلامی گزارش‌هایی در خصوص زهد او در لباس و طعامش، نقل کرده‌اند. لئورا وچا ولیری در دانشنامهٔ اسلام می‌نویسد علی مردی با سر طاس و بدنی چاق و تنومند بود و پاهای کوتاه و کتفی فراخ داشت. چشم‌هایش دچار التهاب و بیماری بود. بدنی پرموی و ریشی بلند و سفید داشت که تا نزدیک سینه‌اش می‌رسید. وی می‌گوید که علی خشن و گوشه‌گیر بود. علی به خاطر دانش عمیقش از قرآن مشهور بود و بهترینِ قاریان قرآن به حساب می‌آمد. در مقابل گفته شده‌است که علی تنها در جنگ خیبر دچار چشم درد شد و بر طبق روایتی توسط محمد شفا یافت. همچنین گزارهٔ دانشنامهٔ اسلام در مورد خشن و گوشه‌گیر بودن علی مورد انتقاد قرار گرفته‌است. از جمله اینکه مدلانگ، شادمانیِ چهره علی را، در کنار شهرتش به عنوان یک عدالتخواه سازش‌ناپذیر و جنگجوی سرسخت، را شگفت‌انگیز می‌داند. این تضاد درونی ممکن است در توصیفاتی که علی در نهج البلاغه از خردمند واقعی داشته‌است قابل توضیح باشد، آنجا که قلب خردمند را ساکنِ بهشت می‌داند در حالی که جسمش در این دنیا مشغول کار است. در تعبیر دیگری، خردمند واقعی را شادترین فرد در میان ابنای بشر می‌داند. ابن ابی الحدید منش لطیف و چهره بشّاش علی را عاملی برای سوء استفاده مخالفانش می‌داند که آن را نوعی تقصیر به حساب می‌آوردند. عمر از این منش علی با عنوان دُعَابَة (شوخ‌طبعی یا بازیگوشی متمایل به سبکسری) یاد می‌کند که بعدها در دوران فتنه دوم توسط معاویه و مخصوصاً عمروعاص تکرار و تقویت شد و در کارزار تبلیغاتی علیه او به کار رفت تا اعتبار او به عنوان رهبر مسلمین زیر سؤال ببرد.
علی از لحاظ جسمانی بسیار نیرومند بود و در میان دشمنان خود به شجاعت و بی‌باکی شناخته می‌شد. او هیچ‌گاه در مقابل دشمنانش ضعف و سستی بروز نداد. علی علاوه بر تسلط به قرآن و سنت، در فن خطابه نیز مهارت داشت.
یکی از خصلتهای علی که تقریباً در تمامی منابع از آن اسم برده شده‌است عدالت‌خواهی او است که سختگیرانه اجرا می‌شد و زمینه خصومت مخالفانش را فراهم می‌کرد. در همین زمینه به پاسخ منفی علی به درخواست کمک مالی برادرش عقیل اشاره می‌شود که علی حاضر نشد به خاطر او در بیت المال تصرف کند. در عوض آهن گداخته‌ای را به او نزدیک کرد تا نشان دهد که با این درخواست، او (علی) را به آتش (جهنم)، فراخوانده است. علی به اسلام سخت پایبند و در مورد آن سخت‌گیر بود. اگر به حقانیت چیزی اعتقاد داشت، بدون اغماض و تسامح با آن برخورد می‌کرد، اگرچه بر خلاف مصالح وی یا سیاست بود. رفتار او با اشراف، اعیان، عامه مردم، عرب و ملت‌های مغلوب مسلمانان یکسان بود و ملاک برتری افراد را تقوا قرار می‌داد. در امور مالی تا حد وسواس سخت‌گیر بود و معتقد بود بیت‌المال باید به تساوی میان افراد تقسیم شود. چندین بار نزدیکانش بابت این مسئله از او رنجیدند. علی در زندگی شخصی خود ساده و بی‌پیرایه بود. تنها در کوچه و بازار می‌رفت و اگر در هنگام خرید فروشنده‌ای او را می‌شناخت، از او خرید نمی‌کرد. علی‌رغم تأثیر اختلاف‌های مذهبی در تاریخ‌نگاری مسلمانان، منابع توافق دارند که علی شخصیتی عمیقاً مذهبی و سرسپرده به اسلام و حکومت عادلانه مطابق با قرآن و سنت بود. وی سخت‌گیرانه وظایف مذهبی را مراعات می‌کرد و از متاع دنیوی دوری می‌جست. برخی نویسندگان وی را فاقد مهارت و انعطاف‌پذیری سیاسی می‌دانند.