cyanic-selkie/wikianc huggingface dataset:
Lendorf
Ajalugu
Spittal an der Draust läänes Drava orus asuv Lendorf on antiiklinna nimega Teurnia (hiljem Tiburnia) asukoht, mis tekkis u. 50. aastal ja sai 5. sajandil Rooma Noricum mediterraneumi provintsi pealinnaks. Linna jäänuseid, sealhulgas foorumit, basiilikat, kapitooliumit, terme ja keldi jumalale Grannusele pühitsetud templit võib näha künkal Sankt Peter in Holzi küla lähedal. Kuni oma languseni slaavi kolonisatsiooni ajal u 600. aastal oli Teurnia varakristluse keskus, olles piiskopi asukoht, nagu on maininud Eugippius oma "Noricumi apostli" Püha Severinuse eluloos. Tiburnia on endiselt Rooma-Katoliku Kiriku titulaarpiiskopitool.
Soosaare
Soosaare on või oli mitme Eesti asula nimi:
Proteoom
pisi|Killuke proteoomist: valk-valk vastastikmõjud, mida arendavad vaid ühes signaalirajas osalevad inimese valgud. Hedgehog-nimeliste valkude (SHH, IHH, DHH) [[Hedgehogi signaalirada|algatatav signaalirada on oluline embrüo arengu tagamiseks, aga seda on seostatud ka vähkkasvajate tekkega]] Proteoom on teatud liigis, teatud isendis või muus teatud füsioloogilises tervikus konkreetsel ajahetkel esindatud valkude kogum. Näiteks võib rääkida inimese (Homo sapiens) proteoomist, aga ka inimese maksa proteoomist või patsiendi kopsuvähi metastaasi proteoomist. Proteoom on olemuslikult muutlik: näiteks võib teatud koes leiduvate valkude koosseis ja/või nende pöörduvate biokeemiliste modifikatsioonide valim muutuda, olenevalt organismi vanusest või tervislikust seisundist.
Proteoomi uuringud on äärmiselt olulised nii rakendusliku teaduse (näiteks haiguste diagnoosimine või ravi) kui baasteaduse seisukohalt (näiteks evolutsionaarsete või arengubioloogiliste mehhanismide kindlakstegemine). Proteoomi alaosaks võivad olla ka muud "oomid": näiteks räägitakse retseptoomist (retseptori rolliga molekulide kooslus, millest põhiosa moodustavad valgud), sekretoomist (rakkude sekreteeritavate ja sekretsiooni eest vastutavate molekulide kooslus, millest valgud moodustavad samuti suure osa) või kinoomist (valkude fosforüülimist katalüüsivate ensüümide proteiinkinaaside kooslus).
Mõiste autoriks peetakse Marc Wilkinsit, kes tutvustas seda esimest korda avalikult 1994. aastal. Trükis ilmus see esimest korda 1995. aastal osana Wilkinsi doktoritööst.
Valkude arv
Lähtudes põhimõttest, et ühe geeni põhjal valmistatakse rakus üht tüüpi valku (keemilise struktuuri poolest), võiks inimorganismi proteoomis sisalduda maksimaalselt veidi üle 20 000 erineva valgu. Tegelikult on inimorganismi proteoomi keerukus oluliselt suurem tänu järgmistele protsessidele:
Selline struktuurne mitmekesisus viib olukorrani, kus ühes geenis sisalduva info põhjal tehtud valk võib esineda hinnanguliselt üle 10 keemilise struktuuri poolest erineva molekulina, kuigi teaduskirjanduses on pakutud ka oluliselt suuremaid numbreid. Teatud lähenduses peegeldab aga vaadeldava bioloogilise objekti proteoom siiski objektis sisalduvat mRNA kogumit ehk transkriptoomi.
Katusekattematerjal
Katusematerjaliks nimetatakse materjali, millega kaetakse katuse välimine ilmastikuoludele avatud kiht. Vastavad materjalid varieeruvad suuresti omadustelt, välimuselt, hinnalt ja vastupidavuselt.
Proteoom
Valkude üldised struktuursed aspektid
Arvestades valkude suurt mitmekesisust ja nende ebaühtlast paigutust organismis ning isegi rakus, on üsna raske sõnastada valkude levinumaid parameetreid keemilise struktuuri ja muude omaduste poolest. Siiski on seda üritatud teha eri organismide jaoks ning inimese proteoomi puhul on tulemus järgmine:
vasakul|pisi|PRKACA kristallstruktuur (PDB 1STC). Oranžiga on näidatud alfaheeliksid, helesinisega beetalehed ning lillaga paindlikud aasad. Keskel on näha proteiinkinaaside tuntud inhibiitori staurosporiini struktuur (aatomid näidatud pallidena, süsinikud rohelised) Sellise hüpoteetilise keskmistatud valgu jaoks on veelgi raskem leida reaalset vastet, kuid suhteliselt hästi sobib mudeliks näiteks proteiinkinaasi A ehk cAMP-sõltuva proteiinkinaasi ehk PRKACA) katalüütiline alaühik, tüüp α (geeni tähis PRKACA). PRKACA omab kaks isovormi (alternatiivse splaissingu tõttu tekkinud valgu vormid) molekulmassidega ligi 40,6 kDa ja 39,8 kDa ning globulaarset "munakujulist" struktuuri (kristallstruktuuride alusel on pikim mõõde ligi 60 Å ning lühim mõõde ligi 40 Å). Organismis on PRKACA üsna levinud ning eri kudedes varieerub selle kontsentratsioon palju (nt vereliistakutes või see ulatuda lausa 3 μM-ni). pisi|Titiini roll lihaste kokkutõmbumisel. a) Sarkomeeri ehitus: titiini molekul on näidatud keskel. b) Suurendus titiini korduvatest Ig-domeenidest. c) Ühe domeeni skemaatiline ehitus Kui rääkida äärmustest inimese valkude molekulmassi skaalal, siis kõige suurem valk on suhteliselt hästi teada. See on titiin, geeni TTN kodeeritav valk, mis on oluline lihaste töö tagamiseks ja kuulub vöötlihaste ehitusüksuste ehk sarkomeeride koostisse. Titiini molekul on suhteliselt elastne, kuid selle keskmine pikkus on ligi 1 μm ning inimese titiini levinumad isovormid sisaldavad 27 000 – 36 000 aminohappejääki. Väiksemate valkude puhul tuleb kõigepealt defineerida, millist molekuli tuleks nimetada veel peptiidiks ja millist – juba valguks. Kui kokkuleppeline piir jookseb nt 100 aminohappejäägi juures, siis on inimorganismi funktsioneerimise seisukohalt tuntuimaks väiksemate valkude rühmaks ilmselt histoonid (näiteks inimese histoon H3.1 koosneb 136 aminohappejäägist ning omab molekulmassi veidi üle 15 kDa). Histoonid on üliolulised DNA pakendamiseks rakutuumas, kuid need reguleerivad ka geenide avaldumist. Lühim füsioloogiliselt oluline peptiid on aga glutatioon, mis sisaldab kõigest 3 aminohappejääki (Glu, Cys ja Gly) ning omab väga suurt tähtsust redokstasakaalu hoidmisel rakkudes.
Katusekattematerjal
Katusekattematerjale võib panna vetthülgava aluskihi peale, mida kutsutakse aluskatteks seda viilkatuse puitkonstruktsioonide puhul, lamekatusel paigaldatakse pealiskihi kate aluskihi peale. Viilkatuse puitkonstruktsioon annab õhuvahe katusekattematerjali ja aluskatte vahel, mis püüab vähe tekkivat kondensvett sügisel ja kevadel ning vahel ka talvel. Lamekatustel on tuulutus lahendatud konstruktsioonidega (puit, betoon) või soojussüsteemis villaplaatidega ja tuulutuskorstendega, et alarõhk välja pääseks. Lamekatuse kattematerjali värvus üldjuhul hallikas/must.
Proteoom
Proteoom kui ravimite sihtmärkide allikas
pisi|Proteiinkinaasid on tuntud ravimisihtmärgid. Klikkides kinaasi nimetusel, peaks pääsema UniProt vastavale leheküljele Allpool vaadeldakse illustratiivseid näiteid, kuidas häired proteoomi eri tasemetel võivad põhjustada haigusi või aidata kaasa haiguste arengule. Tähelepanuväärne on just asjaolu, et protsessi on sageli kaasatud korraga mitmed tegurid – seetõttu tuleb haiguse mehhanismide seletamiseks lähtuda mitte niivõrd üksikust valgust, kuivõrd põhjuslikest seostest proteoomi funktsioneerimisel. Igas alaosas esitatakse näiteid ka võimalikest raviviisidest, mis on juba kliinilises kasutuses või mida intensiivselt arutatakse tänapäeva teaduskirjanduses.
Polümorfismid üksiku aminohappe tasemel
Püsivad muutused valgu aminohappelises järjestuses on tingitud kodeeriva DNA nukleotiidijärjestuse muutustest ning seega on pigem geeniuuringute pärusmaaks. Samas on näidatud, et patoloogiliseks kujunevad sellised aminohapete polümorfismid, kus algne aminohappejääk asendub keemilise struktuuri poolest väga erineva aminohappejäägiga. See on loogiline, sest muundunud aminohappelise järjestusega valk ei saa siis sageli omandada korralikku 3D-struktuuri (kuna selleks on vajalik kindel valgumolekuli-sisene vastastikmõjude muster) ning seega ei saa luua ka tüüpilisi vastastikmõjusid teiste valkudega. Näiteks võib välja tuua järgmised patoloogilises proteoomis levinud polümorfismid (st ei vaadelda konkreetseid valke, vaid muutusi aminohappelises koostises üle proteoomi tervikuna):
Anomaalne proteolüüs
Osalise proteolüüsi häired, kus valgujärjestus katkestatakse vales kohas, on seotud ka neurodegeneratiivsete haigustega: tekkinud anomaalse struktuuriga valgud võivad valesti voltuda ja hakata kokku kleepuma (vt detailsemalt järgmises alapealkirjas).
Valkude anomaalne voltumine
vasakul|pisi|püsti|Bakteriaalse ribonukleaasi voltumine. Voltunud valgus (PDB ID: 1BRS) on α-heeliksid näidatud punasega, β-lehed kollasega ja paindlikud aasad rohelisega Kuigi valgu struktuuri saab kirjeldada aminohappelise järjestuse abil (nn primaarne struktuur), on valgu ülesannete teostamiseks organismis äärmiselt oluline valgu 3D-struktuur. Selles esinevad piirkonnad, kus aminohappelised järjestused moodustavad teatud korrapäraga ruumilisi mustreid (sekundaarseid struktuure), aga ka paindlikuma iseloomuga silmused. Kuigi tänapäeval on eksperimentaalseid tehnikaid, mis võimaldavad valgu 3D-struktuuri kindlaks teha, ja ka arvutuslikke algoritme, mis võimaldavad prognoosida valgu 3D-struktuuri primaarse struktuuri alusel, jäävad paljude valkude ruumilised struktuurid seni tundmatuks. See on üks suuremaid takistusi valkudega seostuvate ravimite arenduse seisukohalt.
Voltumise põhimõtted
Ajalooliselt on pakutud, et füsioloogilises keskkonnas peaks vähemalt väiksemate veeslahustuvate globulaarsete (kerakujuliste) valkude jaoks kehtima reegel, et valgu kolmemõõtmeline struktuur on otseselt määratud valgu primaarstruktuuriga. See reegel (nn Anfinseni dogma) eeldab, et ribosoomidel värskelt sünteesitud valguahel peaks tsütoplasmas ajapikku iseeneslikult omandama õiget ruumilist struktuuri (voltuma), sest see struktuur on ühtlasi antud süsteemi (komponendid: valk, vesi, ioontugevus, pH) energeetiliseks miinimumiks. pisi|Šaperoni "tünnikujuline" struktuur (GroEL-GroES-(ADP)7, PDB 1AON). Üks alaühik on näidatud heledama värviga, illustreerides struktuuri komplekssust Reaalsuses ei ole iseenesliku voltumise "äraootamine" kuigi mõistlik, eriti pikemate valgumolekulide puhul, mis sageli sisaldavad ka hüdrofoobseid alasid. Kui ahela süntees ribosoomil on alles pooleli, võivad valgumolekuli valmis sünteesitud hüdrofoobsed lõigud hakata omavahel kokku kleepuma (agregeeruma) tänu hüdrofoobsetele vastastikmõjudele. Seepärast on rakus olemas spetsiaalsed abistavad valgud šaperonid, mis seostuvad valmiva valguahelaga ja kaitsevad seda agregeerumise eest. Lisaks loob šaperoni enda hüdrofoobne sisemus soodsa keskkonna hüdrofoobsete aminojärjestuste iseeneslikuks voltumiseks (nt alfaheeliksi moodustumiseks). Sellist šaperonide tüüpi nimetatakse inglise keeles holdase (verbist hold 'hoidma') ning kuigi need loovad need ei riku Anfinseni dogmat, sest valgusünteesi lõpus šaperonid dissotsieeruvad valmis ahelalt ning jääb kehtima põhimõte, et voltunud valk on energeetiliselt stabiilsem kui mittevoltunud aminohappeline järjestus. Šaperonide teist tüüpi nimetatakse inglise keeles foldase (verbist fold 'voltima') ja need kasutavad ATP energiat selleks, et "painutada" tekkiva valgu ahelat sobilikuks ruumiliseks kujuks. Sellised šaperonid rikuvad Anfinseni dogmat, sest voltunud valk on sel juhul energeetiliselt vähem stabiilne kui mittevoltunud aminohappeline järjestus (ehk valgu voltumiseks peab süsteemile energiat juurde andma).
Patoloogilised seisundid
pisi|vasakul|püsti|Opsiiniga sarnase valgu rodopsiini struktuur (opsiin paikneb kolvikestes, rodopsiin – kepikestes). Valk koosneb põhiliselt alfaheeliksitest. Keskel on mustade pulkadena näidatud retinaal Valkude voltumise häireid esineb mitmetes haigustes. Valesti või osaliselt voltunud valk ei ole sageli funktsionaalne, ehk see ei ole suuteline moodustama vastastikmõjusid teiste valkude ja väikeste biomolekulidega ning seetõttu ka panustama organismi normaalsesse toimimisse. Näiteks viib teatud mutatsioon (Cys203Arg) silma võrkkesta kolvikestes asuvas retseptoris (opsiinis OPN1MW) selleni, et retseptoris ei teki sisemolekulaarset disulfiidsilda Cys126-Cys203. Tulemuseks ei omanda OPN1MW normaalset ruumilist struktuuri ega moodusta kompleksit retinaaliga (pigment, mille keemiline struktuur muundub footoni pealelangemisel). See muudab kolvikesed kokkuvõttes tundetuks rohelise valguse suhtes ning on värvipimeduse levinud tüübi põhjuseks. pisi|Ka seente organismides leidub priionilaadseid valke. Sellel pildil on kujutatud Podospora anserina valgust HET-s(218–289) moodustunud fibrillid (PDB 2RNM) Teiselt poolt võib valesti voltunud valk hakata kleepuma teiste valesti voltunud või osaliselt voltunud valkude külge, tekitades mittelahustuvaid klompe (agregaate). Sellised agregaadid ei võimalda rakkudel normaalselt funktsioneerida, häirides rakusiseseid dünaamilisi protsesse (näiteks ainete transport või tsütoskeleti ümberkorraldumine) ja ka suhtlust rakkude vahel, ning tekitavad sageli põletikulist vastust organismis, mille käigus võivad saada kannatada ka suhteliselt terved põletiku naabruses asuvad rakud. Ajusiseste agregaatide teke on seotud näiteks järgmiste patoloogiatega:
Rodney King
pisi|King 2012. aastal
Proteoom
Patoloogilised seisundid
pisi|170px|Amüloid β fibrillide teke (PDB 1BEG) Seni puuduvad mainitud haiguste raviks kahjuks võimalused, kuid teaduskirjanduses on arutletud selliste tehnoloogiate üle, mis võimaldaksid sisestada patsiendi organismi rakkudesse lisašaperone. Selline raviviis võimaldaks täiustada kontrolli valkude voltumise üle ning hoida ära agregaatide edasist kasvamist. Paraku ei ole kindel, kas selline tehnoloogia võimaldaks võidelda juba moodustunud agregaatidega – see on oluline, kuna neurodegeneratiivsete haiguste varajane diagnostika pole ka seni arendatud.
Rodney King
Rodney Glen King III (2. aprill 1965 Sacramento – 17. juuni 2012 Rialto) oli mustanahaline USA taksojuht, kelle peksmine Los Angelese politseinike poolt põhjustas 1992. aastal ulatuslikud rassirahutused.
Proteoom
Patoloogilised seisundid
Vähkkasvajatele on aga omane pigem šaperonide "ületootmine". Põhjuseks on ilmselt asjaolu, et pidevalt jagunevates kiirekasvulistes rakkudes toimub elutegevuse tagamiseks vajalike valkude süntees anomaalselt suure tempoga – ning vastusena sellisele survele areneb rakkudes kaitsemehhanism, mis tagab kõrgendatud kontrolli valkude voltumise üle. Selle nähtuse kohta öeldakse ka, et vähirakkudel on arenenud šaperonsõltuvus (inglise keeles chaperon additiction) ning onkoteraapiate arendamisel on muuhulgas pakutud võimaliku lähenemisena šaperonide (nt HSP90) aktiivsust blokeerivate ühendite ehk inhibiitorite kasutamist.
Rodney King
3. märtsil 1991 toimunud intsidenti oma kodu rõdult filminud pealtnägija saatis video kohalikku telejaama. Videosse jäänud kaadrites on näha, kuidas Kingi auto peatanud politseinikud teda pärast tema kallal elektrišokirelva tarvitamist kumminuiadega peksid. Viiest politseinikust osad lõid Kingi korduvalt, samas kui teised vaatasid pealt.
Bukčiai
pisi|Bukčiai Bukčiai (poola keeles Buchta) on Vilniuse linnaosa, mis asub linna lääneosas Lazdynai valla territooriumil. Bukčiai piirneb põhjas Lazdynaiga, loodes Lazdynėliaiga, kirdes Miškiniaiga, edelas ja kagus aga üle Nerise jõe asuvate Žemieji Paneriai ja Jankiškėsega.
Rodney King
Juhtumile järgnesid mitmed kohtukaasused.
Bukčiai
Linnaosa on saanud nime valgevenekeelsest sõnast бухты, mis tähendab abajat.
Proteoom
Valgustruktuuri loomuliku dünaamilisuse (konformatsioonilise muutlikkuse) kadu
Selleks, et valgud saaksid täita oma funktsioone organismis, on oluline mitte ainult valgumolekulide korrektne voltumine, vaid ka 3D-struktuuri teatud lokaalne paindlikkus. Näiteks on selline konformatsiooniline muutlikkus oluline lihaste töös (lihasvalkude kompleksi ruumiline kuju peab võimaldama lihase nii kokkutõmbunud kui lõdvestunud olekut), aga ka retseptorite vahendatud signaaliülekandes (retseptori kuju peab muutuma, vastusena väliskeskkonnast saabunud keemilisele või füüsikalisele impulsile) või ensüümide vahendatud katalüüsis (efektiivseks toimimiseks peab valk olema suuteline siduma katalüüsitava reaktsiooni lähteaineid ning ka vabastama reaktsiooni produkte). Valkude konformatsioonilise muutlikkuse kadumisega on otseselt või kaudselt seotud mitmed haigused, millest vaid mõni näide on toodud allpool.
Bukčiai
Praeguse linnaosa kohal asus varem väikeaadlikele kuulunud samanimeline kindlustatud asula. Arheoloogiliste uuringute põhjal on piirkond olnud pidevalt asustatud üle tuhande aasta. 1905. aastal oli Bukčiai külas 59 elanikku, 1931. aastal 152 elanikku.
Proteoom
Sirprakne aneemia
pisi|Hemoglobiini ümberlülitumine hapnikuvabast vormist (deoxy) hapnikuga seotud vormi (oxy). Valgu alaühikud on näidatud sinise või oranžina ning heemid punasena Sirprakse aneemia puhul on punaverelibledel tavalise kettakujulise vormi asemel sirbikujuline profiil. See haigus on tingitud punaverelible toimevalgu hemoglobiini β-alaühikus esinevast aminohappelisest polümorfismist Glu6Val. Normaalse hemoglobiini struktuur koosneb kahest α- ja kahest β-alaühikust ning hapniku seostumine ühe alaühiku heemi külge põhjustab struktuurset muutust, mille tõttu iga järgmine alaühik seob hapnikku kiiremini kui eelmine. Sama loogika kehtib ka hapniku vabastamise kohta, mis võimaldab hemoglobiinil efektiivselt teostada gaasivahetust, liikudes kopsudest kudedesse ja tagasi. Muteerunud hemoglobiini puhul ei kaasne hapniku seostumisega aga β-alaühiku ruumilise struktuuri muutust ning jäigad valgumolekulid agregeerivad, muutes ka terve punaverelible kuju. Kui inimesel on muteerunud mõlemalt vanemalt päritud kromosoom 11 hemoglobiini β-alaühikut kodeeriv järjestus, kujuneb sirprakne aneemia eriti raskekujuliseks, kuna organismis ei toimi normaalne gaasivahetus ning sirprakse kujuga punaverelibled võivad kergesti moodustada trombe. Kui aga tegemist on vaid ühelt vanemalt päritud mutatsiooniga, on sümptomid pehmemad ning sirpraksete punavereliblede olemasolu võib olla hoopis eeliseks piirkondades, kus on levinud malaarianakkus. Nimelt ei suuda malaaria parasiit Plasmodium sirpraksetes punaverelibledes edukalt paljuneda.
Rodney King
Neljale politseinikule esitati kohtus süüdistus liigse jõukasutuse ja surmava relvaga ründamise eest. Kolm politseinikku mõisteti täielikult õigeks. Neljas mõisteti õigeks surmava relva kasutamise süüdistuses, kuid liigse jõukasutuse süüdistuse osas vandekohus üksmeelele ei jõudnud. Vandekohus jõudis seisul 8-4 ummikusse. Õigeksmõistmised vallandasid 1992. aasta Los Angelese rahutused, mille käigus hukkus 53 inimest ja milles sai vigastada üle 2000 inimese. Rahutuste lõpetamiseks tuli kohale kutsuda sõjavägi.
16. aprillil 1993 lõppenud föderaalkohtuistungil mõisteti kaks intsidendis osalenud politseinikku süüdi ja kaks õigeks.
Proteoom
Häired translatsioonijärgsete modifikatsioonide tasemel
Valkude translatsioonijärgsete modifikatsioonide (TJM) näol on tegemist teatud fragmentide lisamisega valmissünteesitud valgu funktsionaalrühmade külge. Valgu modifitseeritavateks rühmadeks on nukleofiilsed funktsionaalrühmad (hüdroksüül-, tiool-, amino- või karboksüülrühmad), mis paiknevad kas aminohappejääkide külgahelates või valgumolekuli otstes (sisuliselt asendatakse üks hapniku, väävli või lämmastikuaatomi küljes olev vesinik lisatava fragmendiga). TJM on pöörduvad, ehk siis neid saab valgumolekuli küljest ka eemaldada – kusjuures nii TJM lisamist kui eemaldamist katalüüsivad spetsiaalsed ensüümid.
Eespool sai alapealkirjades "Polümorfismid üksiku aminohappe tasemel" ja "Philadelphia kromosoom" käsitletud näiteid proteiinkinaaside anomaalse aktiivsuse kohta vähkkasvajates; allpool vaadeldakse veel mõningaid seoseid TJM ja patoloogiate vahel.
Tau hüperfosforüülimine Alzheimeri tõves
pisi|Antikehi agregaate moodustavate valkude vastu uuritakse nii Alzheimeri tõve diagnostika kui ravi võimaluste seisukohalt Alzheimeri tõve seos valkude anomaalse voltumisega on mainitud alapealkirjas eespool. Valk tau, mis on tervetes neuronites oluline mikrotuubulite stabiilsuse tagamiseks, moodustab Alzheimeri tõve diagnoosiga patsientide neuronites lahustumatuid agregaate. Need agregaadid põhjustavad omakorda muutusi neuronite struktuuris ja panustavad neuronite surma.
Teadusuuringud on näidanud, et tau agregeerumise põhjuseks on tingitud valku anomaalselt rohkest fosforüülitusest (st tau sisaldab 3–4 korda rohkem fosforüülrühmi kui tervetes neuronites). Hüperfosforüülitud tau ei seostu mikrotuubulitega. Seni pole selge, millis(t)e proteiinkinaasi(de) anomaalselt suur aktiivsus panustab tau hüperfosforüülimisse, kuid kandidaatidena on pakutud tsükliini-sõltuvat proteiinkinaasi Cdk5 ja glükogeeni süntaasi kinaasi GSK3-β. Samuti on näidatud, et Alzheimeri tõvega patsientide ajus on anomaalselt väike fosfataasi PP2A aktiivsus (ning fosfataasid katalüüsivad fosforüülrühma eemaldamist valkudelt).
Histoonide TJM seos vähiga
pisi|Vorinostati keemiline struktuur ja vastastikmõjud HDAC2 aminohappejääkidega Valgud histoonid on olulised DNA pakendamiseks rakutuumas (vt ka eespool alapealkiri "Valkude üldised struktuursed aspektid"). Seepärast võimaldavad histoonide TJM kas (A) muuta DNA ja histoonide kompleksi ehk kromatiini pakendamise tihedust või (B) moduleerida mRNA sünteesi käivitavate või pidurdavate valkude aktiivsust – ning sel viisil reguleerida geenide avaldumist. Näiteks histoonide Lys atsetüülimine eemaldab füsioloogilise pH juures positiivselt laetud lüsiinijäägilt positiivse laengu; tekkiv atsetüülitud Lys ei moodusta enam negatiivselt laetud DNA-ga kompleksi ning geenitranskriptsioon on soodustatud. Histoonide Arg ja Lys metüülimine mõjutab aga transkriptsiooni aktivaatorite ja repressorite juurdepääsetavust DNA-le.
Teadusuuringute põhjal selgus kaks histoonide TJM-vahendavat ensüümide rühma, millel on anomaalselt suur aktiivsus erinevates vähkkasvajates. Need ensüümid on valkude arginiini metüültransferaasid (PRMT), mis katalüüsivad histoonide Arg metüülimist, ning histoonide deatsetülaasid (HDAC), mis katalüüsivad histoonidelt atsetüülrühma eemaldamist. PRMT ja HDAC liigse aktiivsuse täpne toimemehhanism (nt avalduvate geenide tasemel) pole hetkeseisuga lõplikult selge ja võib oleneda konkreetse kasvaja molekulaarsest profiilist. Küll on aga Ameerika Ühendriikide Toidu- ja Ravimiamet kiitnud heaks HDAC inhibiitorite (nt vorinostati) kasutamist T-rakuliste lümfoomide ravis ning PRMT mitmed inhibiitorid (nt ühend GSK3326595) on läbimas kliinilisi katsetusi.
Häired valkude tegevuse ruumilis-ajalisel kooskõlastamisel
Selleks, et organism tervikuna ja rakk selle ehitusüksusena saaks normaalselt funktsioneerida, on oluline, et proteoomi vahendatud signaaliülekandes kehtiksid teatud põhimõtted:
Need põhimõtted võimaldavad koordineerida ajas ja ruumis väga keerulisi protsesse, alates embrüonaalsest arengust kuni une-ärkvelolekutsüklini. Üsna loogiline on ka see, et häired valkude aktiivsuse kooskõlastamisel ajas või ruumis põhjustavad tõsiseid haigusi. Lihtsuse mõttes vaadeldakse siinkohas ainult ühe raku tasemel käsitletavaid näiteid.
Rakutsükkel ja selle kontrollpunktide häired
Rakutsükkel on järjestikuste protsesside kogum, mis kindlustab enamiku keharakkude korduva jagunemise. Rakutsüklis eristatakse eri faase: jagunemise järel rakk kasvab (G1-faas, G tuleneb ingliskeelsest sõnast gap, kuigi mõnikord mõistetakse seda ka sõnana growth), kahekordistab DNA komplekti ja tsentrosoomi (S-faas, sõnast "süntees"), kasvab veelgi ja valmistub uueks jagunemiseks (G2-faas) ning lõpuks jaguneb (M-faas, sõnast "mitoos"). pisi|Eri tsükliinide suhtelised kontsentratsioonid rakutsükli eri staadiumites Rakutsükli sujuvat käiku kindlustab mitmete ensüümide kooskõlaline aktiivsus, milles keskset rolli mängivad tsükliinisõltuvad proteiinkinaasid (CDK) ja nende aktivaatorid – valgud tsükliinid. Ilma tsükliinita ei ole CDK-d katalüütiliselt aktiivsed ning igal CDK-l (millest enamikus rakkudes on ekspresseerunud CDK1, CDK2 ja CDK4 või 6) on oma eelistatud aktivaator (tsükliini tüüp: A, B, D või E). Rakk ei ekspresseeri tsükliine korraga, vaid rakutsükli eri faasidele on iseloomulik eri tsükliinide suurenenud aktiivsus, kusjuures iga tsükliini taseme (ja seega tsüklini-CDK kompleksi aktiivsuse) kasvamisel käivitub järjekorras järgmise tsükliini ekspressioon ning samas enamasti lõpeb järjekorras eelmise tsükliini tootmine. Selles ahelprotsessis on raske eristada algust ja lõppu, kuid üldiselt peetakse rakutsükli "algatajateks" tsükliini D, mis seostub kinaasiga CDK4 või CDK6. Tsükliin D koos oma sidumispartneritega käivitavad G1-S üleminekule omast tsükliini E tootmist (seostub eelistatult kinaasiga CDK2), mis omakorda käivitab S-G2 üleminekul tsükliini A tootmist (seostub samuti kinaasiga CDK2, aga ka CDK1). Lõpuks käivitatakse mitoosifaasis olulise tsükliini B tootmine, mis seostub eelistatult kinaasiga CDK1. pisi|Rakutsükkel ja selle kontrollipunktid (ingl. k. checkpoints) Rakutsüklis esineb mitu "sisseprogrammeeritud" kontrollpunkti, millest enamasti eristatakse kolme:
Schelking
Schelking (vene keeles Шелькинг) oli Austriast pärit aadlisuguvõsa.
Proteoom
Rakutsükkel ja selle kontrollpunktide häired
vasakul|pisi|Palbotsikliibi keemiline struktuur Kontrollpunkte teostavad samuti kooskõlaliselt mitmed erinevad valgud (näiteks DNA replikatsiooniga seotud ensüümid, tsentrosoomide või DNA-ga seonduvad kinaasid ja fosfataasid jm). Nende koostöö kindlustab, et rakutsükli läbimise järel tekib emarakust kaks identset tütarrakku. Kui rakk ei läbi kontrollpunkti, pidurdatakse edasiste sündmuste käik ning püütakse tuvastatud vigu parandada (näiteks käivitatakse DNA parandus või antakse rohkem aega lahknevate tütarkromatiidide korrektseks kinnitamiseks kääviniidistiku külge). Vigade paranduse ebaõnnestumisel suunatakse rakk programmeeritud rakusurma ehk apoptoosi. Kui aga mõni kontrollpunkt ei toimi normaalselt, ehk siis ignoreeritakse reaalselt esinevate vigade olemasolu, võib see kokkuvõttes viia raku geneetilise ebastabiilsuseni, mis on omane vähkkasvajatele. Näiteks on näidatud, et paljudes kasvajates esineb anomaalselt suur CDK4/6 aktiivsus ja ka nn Aurora-kinaaside aktiivsus, mis võimaldab rakul pääseda kontrollpunktide "normide" täitmisest. Seepärast on nii CDK4/6 kui Aurora-kinaasid ravimiarenduse jaoks olulised sihtmärgid ning CDK4/6 inhibiitoreid (nt palbotsikliib) on Ameerika Ühendriikide Toidu- ja Ravimiamet kiitnud heaks teatud tüüpi rinnavähi ravis.
Schelking
Ajalugu
Suguvõsa oli pärit Austriast, kust nad Kuramaale ümber asusid. Georg Schelking (suri pärast 1620) tõsteti 1619. aastal Poola aadliseisusse. 17. oktoobril (vkj) 1620 võeti ta Kuramaa rüütelkonna matriklisse.
Proteoom
Valkude rakusisese lokalisatsiooni olulisus
pisi|NLS-järjestused sisaldavad sageli rohkesti lüsiini- (K) ja arginiini- (R) jääke. Pildil on näidatud seni tundmatu funktsiooniga valgu FAM208b aminohappelised järjestused eri imetajaliikide puhul. On tõenäoline, et see valk lokaliseerub rakutuuma Raku normaalseks toimimiseks on oluline, et teatud valkude aktiivsus oleks piiritletud mitte ainult ajaliste, vaid ka ruumiliste teguritega. Nii saavad transkriptsioonifaktorid mõjutada geenide avaldumist ainult siis, kui valgud ise asuvad rakutuumas (mitte näiteks tsütoplasmas). Abistamaks valkude liikumist eri organellide vahel on evolutsiooni käigus kujunenud teatud aminohappelised järjestused (inglise keeles localization signals), mis annavad rakusisestele mehhanismidele märku sellest, kus peaks rakusiseselt asuma just antud järjestust sisaldav valk – või kus see asuda ei tohiks. Näiteks on olemas aminohappelised järjestused, mille "ettenäitamisel" transporditakse valk rakutuuma (nn nuclear localization signal ehk NLS), ning samas aminohappelised järjestused, mille "ettenäitamisel" transporditakse valk rakutuumast välja (nn nuclear export signal ehk NES). Valkude ruumilist kuju arvestades ei pruugi sellised aminohappelised järjestused alati olla vaikimisi valgu välispinnal ehk "nähtaval" rakus sisalduvate teiste molekulide jaoks, vaid need võivad ka "paljastuda" valgu ruumilise struktuuri muutmisel (vt ka alapealkiri "Valgustruktuuri loomuliku dünaamilisuse (konformatsioonilise muutlikkuse) kadu"). pisi|Inimese SRY valgu fragmendi kompleks DNA-ga (PDB 1J46). SRY näidatud oranžida ning DNA lillana Haruldased, kuid ilmekad näited valgu rakusisese lokalisatsiooni olulisusest on seotud valguga SRY. Seda valku kodeerib Y-kromosoomil paiknev geen ning selle valgu aktiivsus on seotud sooliste tunnuste arenguga. Nimelt kulgeb inimese sugunäärmete areng esialgu nii XX- kui XY-genotüübiga loodetel esialgu ühtemoodi, kuid mingil hetkel lülitub XY-lootel sisse Y-kromosoomi vahendatud signaalirada (ning selle puudumisel arenevad lootel vaikimisi pigem naissoole omased sootunnused). Just SRY on üks mitmetest transkriptsioonifaktoritest, mis on oluline meesloote varases arengustaadiumis munandite normaalseks moodustumiseks. Oma ülesannete teostamiseks peab SRY lokaliseeruma rakutuuma ning SRY valgus on ka kaks NLS-tüüpi järjestust.
Rodney King
Kihutamine
3. märtsil 1991 juhtis King Los Angeleses autot, milles viibisid ka kaasreisijad Bryant Allen ja Freddie Helms. Enne autosse istumist olid mehed korvpallimängu vaadates alkoholi tarvitanud. Kell 00.30 märkasid liikluspolitseinikud Tim ja Melanie Singer, et Kingi auto ületas kiirust. King ei allunud auto peatamise korraldusele ja politseinikud asusid autot taga ajama. King tunnistas hiljem, et üritas politsei eest ära kihutada, kuna kandis röövimises süüdimõistetuna kehtivat tingimisi karistust ja joobes juhtimise süüdistus tähendanuks antud karistuse tingimuste rikkumist.
King sõitis maanteelt elamurajooni ja tagaajamine jätkus. Selleks ajaks olid jälitajatega liitunud mitu politseiautot ja ka helikopter. Foothill Boulevardi ja Osborne Streeti nurgal õnnestus politseinikel Kingi auto nurka ajada. Esimesed kohale jõudnud LAPD politseinikud olid Stacey Koon, Laurence Powell, Timothy Wind, Theodore Briseño ja Rolando Solano.
Proteoom
Valkude rakusisese lokalisatsiooni olulisus
Swyeri sündroom on haruldane hüpogonaidism, millele on omane mutatsioonide esinemine SRY geenis. Mõned nendest mutatsioonidest tingivad muidu funktsionaalse SRY tootmist, kuid üksiku aminohappe polümorfismi tõttu ei ole selle NLS järjestus õige – seetõttu ei pääse ribosoomidel toodetud SRY rakutuuma ega saa oma rolli transkriptsioonifaktorina täita. Tulemusena kujunevad XY-genotüübiga lootel erandlikult naissoo tunnused (munasarjad ei ole küll funktsionaalsed, sest östrogeenide kõrge taseme tootmiseks on vaja kaht X-kromosoomi). Teisalt on SRY-ga seoses võimalik ka hoopis teine stsenaarium, mis tingib XX-genotüübi puhul erandlikult meessoo tunnuste arengut (üks de la Chapelle sündroomi alatüüpidest). See sündroom on seotud isiku isa organismis toimunud spermatogeneesi iseärasusega, kus rekombinatsiooni käigus toimub juhuslik SRY-kodeeriva geeni ümberpaigutumine Y-kromosoomilt X-kromosoomile. Sellise X-kromosoomi pärandumisel järglasele asub SRY geeni kodeeritud valk loote arengu teatud staadiumis tööle ning vaatamata kahe X-kromosoomi olemasolule, arenevad lootel meessoo tunnused.
Rodney King
Vastasseis
Liikluspolitseinik Tim Singer andis Kingile ja tema kaasreisijatele käsu sõidukist väljuda ja kõhuli maha lamada. Autost väljunud Allenit löödi, mõnitati ja ähvardati. Helms sai maas lamades politseinikelt löögi pähe, hiljem vajas peahaav ravi. King püsis esialgu autos, kuid välja tulles käitus kahtlaselt – itsitas, patsutas maad ja lehvitas pea kohal olevale politseikopterile. Kui King oma tuharast haaras, tundus liikluspolitseinikule Melanie Singerile, et King võis relva otsida. Hiljem selgus, et King ei olnud relvastatud. Singer suunas oma püstoli Kingile ja käsutas ta maha lamama. Singer valmistus Kingi vahistama, kui LAPD seersant Stacey Koon, kes oli sündmuskohal viibinud politseinikest kõrgeima auastmega, võttis olukorra juhtimise üle. Ohutuse huvides väldivad LAPD politseinikud kahtlusalusele lähenedes relva kasutamist, kuna on võimalik, et kahtlusalune võtab relva oma kontrolli alla. Koon käskis kõigil politseinikel relvad tagasi kabuuri panna ja andis kohal olnud neljale LAPD politseinikule ülesande King ümber piirata, maha rahustada ja ta käed käeraudu panna. King osutas vastupanu. Politseinikud tunnistasid hiljem, et neile tundus, et King võis olla narkootilise aine fentsüklidiini (PCP) mõju all. Kingilt võetud narkoproov näitas siiski, et King ei olnud PCP mõju all.
Videomaterjal
Pealtnägija George Holliday alustas toimuva filmimist pärast seda, kui Koon Kingi kallal teist korda taserit tarvitas. Filmilindil on näha, et King tõusis maast üles ja sööstis Powelli suunas. Kohtus vaieldi, et kas eesmärgiks võis olla Powelli ründamine või põgenemine. Mehed põrkasid kokku. Videos on näha, et taseri traat on Kingi kehas. Powell virutas Kingile kumminuiaga ja King kukkus maha, misjärel Powell jätkas kumminuiaga löömist. Briseño üritas Powellit peatada, kuid nüpeldamine peatus vaid lühiajaliselt.
Proteoom
Valkude rakusisese lokalisatsiooni olulisus
Nii de la Chapelle kui Swyeri sündroomiga isikud on viljatud, kuid Swyeri sündroomi puhul on patsiendil olemas funktsionaalne emakas – seega võib patsient soovi korral rasestuda, kasutades doonori munarakku.
Proteoom kui biomarkerite allikas
pisi|Igal aastal avaldatavate teaduspublikatsioonide arv, mis kajastavad näidatud märksõnu. On näha, et proteoomi mõiste on võrreldes valgu ehk proteiini mõistega suhteliselt uus. Tuleb tähele panna, et y-telg on esitatud logaritmilises skaalas Kui artikli senine tekst suuresti keskendus proteoomile kui võimalike ravisihtmärkide kogumile, siis allpool keskendutakse proteoomi komponentide olulisusele biomarkeritena. Biomarkeri definitsioone on mitmeid, kuid üldiselt on tegemist loodusliku molekuliga, mis leidub/võib leiduda inimorganismi kudedes või kehavedelikes ning mille sisaldus või aktiivsus on organismi tervisliku seisundi indikaatoriks. Lähtudes kliinilisest rakendusest, võib biomarkereid kasutada mitmeti: tuvastamaks patsiendi eelsoodumust haiguseks, diagnoosimaks haiguse olemasolu, määramaks haiguse staadiumit, valimaks sobivaimat raviskeemi või jälgimaks ravi edukust.
Rodney King
Videomaterjal
George Holliday filmis intsidenti oma lähedalasuvast korterist. Kaks päeva hiljem võttis ta filmilindi asjus ühendust politseiga, kuid politsei ei pööranud sellele tähelepanu. Holliday pöördus järgmiseks KTLA telejaama poole, kes andis uduse filmilõigu eetrisse. Materjal tekitas silmapilkselt ulatuslikku meediakõmu. Los Angelese politseinike ja tõrksa kahtlusaluse kokkupõrge, mis muidu oleks peagi unustusse vajunud, sai tänu videokaadritele ohtra tähelepanu osaliseks. Los Angeles Timesis ilmus juhtumist 43 artiklit, The New York Timesis 17 artiklit ja Chicago Tribune'is 11 artiklit.
Proteoom
Proteoom kui biomarkerite allikas
Valkude kõrval võivad biomarkeriteks olla loomulikult teisedki väiksemad ja suuremad biomolekulid: näiteks keskenduvad tänapäeval mitmed uuringud rakuvaba DNA rollile vähi biomarkerina ja rakuvälise RNA rollidele eri tervislike seisundite (muuhulgas raseduse komplikatsioonide) biomarkerina. Biomarkereid võib uuritavas proovis tuvastada nii individuaalselt (st eesmärgiks on määrata ühe kindla molekuli sisaldus või aktiivsus) kui kogumina.
L'Agulhas
L'Agulhas on asula Lõuna-Aafrika Vabariigis Lääne-Kapimaa provintsis Overbergi ringkonnas.
Proteoom
Üksikud valgulised biomarkerid
Kõiki eespool mainitud, aga ka paljusid muid biomarkereid määratakse patsientide proovides igapäevaselt haiglate laborites ja meditsiinilaborites. Vabatahtlikel veredoonoritel määratakse verekeskustes enne vere võtmist hemoglobiini taset ning osa võetud verest kasutatakse HIV- ja hepatiit C vastaste antikehade ning hepatiit B antigeeni analüüsiks (lisaks sellele analüüsitakse nimetatud viiruste sisaldust ka vastavate PCR-testidega). Mõningaid valgulisi biomarkereid, nt hCG-d või SARS-CoV-2 viiruse nukleokapsiidivalku, on võimelised suure usaldusväärsusega tuvastama ka käsimüügis kättesaadavad kiirtestid.
Valguliste biomarkerite kogumid
pisi|Luminex xMAP tehnoloogia skemaatiline näide. Konkreetsemalt on kujutatud eri türosiinkinaaside määramine proovis, kuid printsiip on sarnane ka teiste analüütide puhul – tuleb vaid kasutada sobivaid antikehi, millest osa on kinnitatud roosade/oranžide kuulikeste külge (coded beads) ning osa kasutatakse detekteeriva reagendina lahuses (roheline täht tähistab fükoerütriiniga ühendatud streptavidiini) Biomarkerite tähtsuse kasv haiguste diagnoosimisel ja teraapiate edukuse jälgimisel on käinud käsikäes tehnilise arenguga: uued tehnoloogiad võimaldavad biomarkereid bioloogilistes proovides selektiivselt ja efektiivselt tuvastada. Tehnoloogiate arengu üheks sihtmärgiks on olnud ka korraga mitme biomarkeri tuvastus proovis (nn multipleksanalüüs, kus tüvi "pleks" on vihjab komplekssusele), mis võimaldaks kokku hoida analüüsi aega, abireagente ja ka bioloogilise proovi hulka. Kuigi see lähenemine nõuab sageli põhjalikku optimeerimist (nt kõigi analüütide sisaldus ei ole proovis samas suurusjärgus ning mõnede biomarkerite tuvastus on paratamatult tundlikum kui teiste oma), on viimase 20 aasta jooksul toimunud multipleksanalüüside jõuline edenemine. vasakul|pisi|Rakkude sekreteeritavate tsütokiinide kogumit saab analüüsida ka ELISpot-nimelise tehnika abil, mis töötab immunoanalüüsi põhimõttel. Eri ringides tuvastatakse erinevaid tsütokiine. Mida rohkem värvilisi täppe on ühes ringis, seda suurem on tuvastatava tsütokiini sekretsioon rakkudes Tuntuim tehniline lahendus valkude, aga ka muude biomolekulide analüüsis on 1995. aastal tutvustatud Luminex xMAP tehnoloogia, mis ühendab immunoensüümanalüüsi (ELISA) ja voolutsütomeetria (FC) eeliseid. Luminex xMAP protokolle on mitmeid, näiteks võimaldab see tuvastada proovis korraga mitmeid tsütokiine (immuunvastust vahendavad väikesed valgud) või mitmeid maatriksi metalloproteinaase (Ca2+/Zn2+-sõltuvad valgud, mis lagundavad rakuvaheainet ja osalevad ka rakkudevahelises signaaliülekandes). Teiste tehniliste lahendustena proteoomi multipleksanalüüsides on aga pakutud näiteks mikrovedelikunduse vormingusse üle viidud ELISA-t ja ka optilise mikroskoopia eritehnikaid. Kliinilistes rakendustes on multipleksanalüüsidest olnud palju abi näiteks elundite siirdamisel, kus on vaja korraga hinnata doonori ja retsipiendi markerite profiili sobivust ning reageerida kiiresti juhul, kui retsipiendi organismis siiski käivitub transplantaadi äratõukereaktsioon.
Uute valguliste biomarkerite avastamiseks on aga kasutatud sõrmejäljemeetodit (fingerprinting) ja mille tehniliseks teostuseks kasutatakse enamasti massispektromeetriat, kuigi on teateid ka näiteks Raman-spektroskoopial põhinevaid lähenemisi. Lähenemise tuum seisneb korraga paljudest markeritest tulenevate signaalide mõõtmises ühes proovis (nt massi-laengu suhtes või elektromagnetilise kiirguse neelduvused), kusjuures meetodi arendusjärgus on teada, kas proov pärineb tervelt doonorilt või teatud haigusega patsiendilt. Selle asemel, et keskenduda seejärel ühe või mõne valgu või selle fragmendi tuvastamisele, tehakse signaalide kompleksne analüüs, identifitseerimaks haigusele omast signaalide mustrit (sellest ka sarnasus sõrmejäljega: üks joon ei ole piisavalt informatiivne, kuid joonte muster aitab sõrmejälje omanikku kindlalt tuvastada). Mustrite äratundmiseks fingerprinting-analüüsides kasutatakse sageli ka tehisintellekti eeliseid.
Baasteaduslikes uuringutes on fingerprinting-analüüse kasutatud nt neurodegeneratiivsete haiguste, vähkkasvajate ja infektsioonhaiguste valguliste biomarkerite profiili avastamiseks, püüdluses aidata kaasa paremate diagnostiliste meetodite arengule. Hiljutistest arengutest paistab silma fingerprinting-analüüside kasutamine ka hindamaks haigustekitajate või vähirakkude tundlikkust erinevate ravimeetodite suhtes, mis võib tuua tulevikus fingerprinting-analüüse palju lähemale kliinilistele rakendustele personaalmeditsiinis.
Proteoomialased andmebaasid ja algoritmid
Infot proteoomi eri aspektide kohta (nt valkude ekspressioonitasemed eri kudedes, seos patoloogiliste seisunditega, aminohappeline järjestus, 3D-struktuur) leiab mitmetest andmebaasidest, millest üldisemad on käsitletud allpool. Need andmebaasid on rahvusvahelise teadlaskonna arendatud ja laialdaselt tunnustatud ning proteoomi uuringutega tegelevad teadlased kasutavad neid igapäevaselt. Kuna tegemist on aga vabalt juurdepääsetavate, kasutajasõbralike ning pidevalt täienevate ressurssidega, võiksid need pakkuda huvi ka laiemale sihtrühmale.
FASTA
FASTA on tegelikult tekstipõhine vorming, mille võtsid kasutusele David J. Lipman ja William R. Pearson. FASTA vorming on kasutusel mitmes biokeemia andmebaasides kas nukleotiidi- või aminohappejääkide järjestuse üleskirjutamiseks vastavalt nukleiinhapete või valgumolekulide puhul. Järjestuse ees paikneb enamasti märk ">" või ";" ning sellele järgneb molekuli nimetus või identifikaator (nt UniProt-kood ehk accession number, vt alapealkiri allpool). pisi|Pürrolüsiini struktuur. Erinevalt tavalisest lüsiinist ei ole pürrolüsiini külgahelas primaarset aminorühma pisi|100px|Selenotsüsteiini struktuur. See aminohape esineb nii prokarüootides kui eukarüootides, kuid mitte kõikides organismides Identifikaatori järel uuel real kirjutatakse aminohappejäägid, kasutades ühetähelisi kokkuleppelisi lühendeid (nt alaniin – A, trüptofaan – W) ning alustades valgu N-terminaalist. Harva kasutatakse ka lisatähistust:
FASTA-vormingu ühes reas on enamasti 80 tähemärki ning 80 aminohappejäägist pikemad ahelad jätkuvad järgmisel real (st see ei tähenda, et valgu koostises oleks mitu ahelat). FASTA alusel on mugav võrrelda näiteks erinevusi valgu kahe või enama isovormi aminohappelises koostises (vt ka järgmine alapealkiri).
L'Agulhas
L'Agulhas asub Nõelaneeme lähedal. Asula lõunaosas on Lõunaneeme tuletorn.
Rodney King
Pärast vahistamist
Haiglas tuvastati Kingil näoluu murd, parema pahkluu murd ja mitmed sinikad ja marrastused. Linna vastu esitatud kahjunõudes väitis King, et intsidendi käigus tekitati talle 11 koljuluumurdu, jääv ajukahjustus, luumurrud, neerukahjustus ja emotsionaalne ja füüsiline trauma. Välja olid löödud mitmed Kingi hambad. Vere- ja uriiniproovid näitasid, et King oli vahejuhtumi toimumise ajal alkoholijoobes. Leiti ka marihuaana ja LSD jälgi. Õdede sõnul tegid Kingiga kaasas olnud politseinikud nalja selle üle, mitu korda keegi Kingi löönud oli.
Proteoom
FASTA
Näide: histoon H3.1 järjestus FASTA-vormingus: >sp|P68431|H31_HUMAN Histone H3.1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=H3C12 PE=1 SV=2 MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTE LLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTI MPKDIQLARRIRGERA
BLAST
BLAST on algoritm, mille on välja töötanud Samuel Karlin ja Steven Altschul. BLAST võimaldab leida sarnasusi kahes nukleotiidi- või aminohappejääkide järjestuses ning ühtlasi võrdleb kumbagi võrreldavat järjestust andmebaasides oleva infoga, tuvastades geene või valke, millesse antud järjestus kuulub. Näiteks saab BLAST-algoritmi abil võrrelda sarnasust (homoloogiat) kahest eri organismist pärinev valgu vahel, mis võimaldab teha esimeses lähenduses järeldusi ka nende funktsioonide sarnasuse kohta.
BLAST algoritmi saab tasuta kasutada online-režiimis ning kõige mugavam on sisestada võrreldavaid järjestusi FASTA-vormingus (vt alapealkiri eespool). Ka analüüsi tulemus (Alignments) kuvatakse modifitseeritud FASTA-vormingus, kus kaks võrreldavat järjestust on paigutatud kohakuti ning järjestuste vahel paikneb võrdlusriba. Võrdlusribal on teatud viisil näidatud identsed aminohappejäägid kahes järjestuses (nt aminohapete ühetäheliste lühenditena või vertikaalsete joontena). Keemiliste omaduste poolest sarnaseid aminohappejääke (nt Lys ja Arg) tähistatakse võrdlusribal märgiga "+". Vasakul ja paremal pool järjestustest on näha aminohappe järjekorranumbrit kummaski järjestuses, millest alates algoritm tuvastas sarnasusi. Samuti kuvatakse statistika võrdluse tulemusena leitud identsete ja sarnaste aminohappejääkide arvu kohta.
Näide: inimese (Homo sapiens) ja veise (Bos taurus) insuliini järjestuste võrdlus algoritmiga BLAST – väljavõte analüüsi väljundist (võrdlusriba on näidatud allajoonituna ): Query: RecName: Full=Insulin; Flags: Precursor [Homo sapiens] Query ID: P01308.1 Length: 110 Sbjct: RecName: Full=Insulin; Flags: Precursor [Bos taurus] Sequence ID: P01317.2 Length: 105
Range 1: 1 to 105
Method:Compositional matrix adjust., Identities:84/110(76%), Positives:86/110(78%), Gaps:5/110(4%)
Query 1 MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED 60 MALW RL PLLALLALW P PA AFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPK RRE E Sbjct 1 MALWTRLRPLLALLALWPPPPARAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREVEG 60
Query 61 LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN 110 QVG +EL    AG      LEG  QKRGIVEQCC S+CSLYQLENYCN Sbjct 61 PQVGALEL-AGGPGAGGLEGPPQKRGIVEQCCASVCSLYQLENYCN 105
UniProt
[[Fail:Animal cells SwissBioPics DL20221120.svg|vasakul|pisi|Andmebaasides UniProt ja HPA kasutatav rakumudel, mille abil visualiseeritakse valgu lokalisatsiooni raku sees või väljas. Originaalses andmebaasis saab klikkides igal organellil teada selle nimetust]] UniProt on mitme asutuse (Euroopa Bioinformaatika Instituut, USA Protein Information Resource ja Šveitsi Bioinformaatika Instituut) koostööna valminud andmebaas, millest on kujunenud proteoomi uuringutega tegeleva teadlaskonna käsiraamat. 12. oktoobri 2022 seisuga sisaldas andmebaas infot kokku 288 533 erineva valgu kohta, mis pärinevad kokku 14 372 liigist. Liikidest on enim esindatud inimese (Homo sapiens), koduhiire (Mus musculus), hariliku müürlooga (Arabidopsis thaliana), rändroti (Rattus norvegicus) ja pagaripärmi (Saccharomyces cerevisiae tüvi ATCC 204508 / S288c) proteoomide liikmed.
Andmebaas võtab kokku info mitmetest allikatest. Kuigi sissekannete detailsus oleneb konkreetsest valgust, antakse ülevaade järgmiste üksikasjade kohta (vt nt sissekanne inimese insuliini kohta):
UniProt andmebaasi kasutatakse ka proteoomi massispektromeetriliste uuringute tulemuste interpreteerimiseks (st tuvastamaks, millise valgu järjestusest pärineb mõõdetud massi ja laengu suhtega aminohappeline järjestus).
Human Protein Atlas (HPA)
pisi|400px|Näiteid EGFR kohta andmebaasis Human Protein Atlas sisalduvatest andmetest Andmebaas HPA loodi mitme Rootsi teadusasutuse eestvedamisel: Kuninglik Tehnikainstituut (KTH), Uppsala Ülikool, Science for Life Laboratory (SciLifeLab) ja Karolinska Instituut. Kui eespool käsitletud UniProt sisaldab andmeid mitmesuguste organismide valkude kohta, siis HPA keskendub just inimese proteoomile ning sisaldab hulgaliselt mikroskoopiapilte valkude kohta kudede ja rakkude kontekstis (selektiivne immunovärving fikseeritud näidistes). Konkreetsemalt vaadeldakse järgmisi detaile (vt nt sissekanne inimese epidermaalse kasvufaktori retseptori kohta):
Samuti leiab andmebaasist infot konkreetse organi ja koe teadaoleva proteoomi kohta.
HPA andmebaas on ülimalt mugav ressurss teadustööks vajalike selektiivsete antikehade valikuks, aga näiteks ka huvipakkuvate valkude kohta kõrge lahutusega visuaalsete materjalide leidmiseks, mis on sobilikud referaatide ja loengute jaoks. 16. novembri 2022 seisuga sisaldas andmebaas infot kokku 17 268 inimese valgu kohta, mille tuvastamiseks kulus kokku 27 173 selektiivset antikeha (vt statistika andmebaasi kodulehekülje alumises osas).
Rodney King
Pärast vahistamist
King kaebas linna kohtusse ja talle mõisteti 3,8 miljoni dollari suurune valuraha ja 1,7 miljonit dollarit advokaadikulude katteks. Kingi vastu ei esitatud joobes juhtimise ja vahistamisest kõrvale hoidmise süüdistusi.
Proteoom
Muud andmebaasid
Rohkem infot proteoomika ja farmakoloogia seostest ning viiteid relevantsetele infoallikatele leiab näiteks Rahvusvaheline Põhi- ja Kliinilise Farmakoloogia Liidu ning Briti Farmakoloogiaseltsi koostatud andmebaasi juhendis. Eestikeelsetest materjalidest tutvustab andmebaase laiemalt (sh proteoomikaga seotud andmebaase) Tartu Ülikooli bioinformaatika professori Hedi Petersoni avalik inauguratsiooniloeng. Loengus antakse muuhulgas ülevaade ka genoomika ja proteoomika andmeanalüüsi aluspõhimõttetest (nt BLAST-algoritmi jaoks olulist PAM-maatriksist) ning bioinformaatika lühiajaloost.