Λατινοκρατία
Η Ορθόδοξη Εκκλησία στην περίοδο της Λατινοκρατίας
Με τη δημιουργία Λατινικών κρατιδίων αποδιοργανώνεται ο ακμαίος εκκλησιαστικός βίος. Η εχθρική πολιτική των κατακτητών έναντι της τοπικής ορθόδοξης ιεραρχίας και του λαού εκφραζόταν με τη βίαιη εγκαθίδρυση λατινικής ιεραρχίας, η οποία με καταπιεστικά μέσα επεδίωκε την υποταγή στον Πάπα. Ορθόδοξοι αρχιερείς εγκαταλείπουν τις Μητροπόλεις και επισκοπές τους: ο Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης καταφεύγει στη Νίκαια και άλλοι σε άλλους τόπους, ναοί και μοναστήρια λεηλατούνται ή παραχωρούνται στη λατινική ιεραρχία, ενώ σημαντικές κτήσεις δίδονται σε Ιπποτικά τάγματα. Η Ρώμη υπάγει στο λατίνο Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως τις λατινικές Αρχιεπισκοπές Κορίνθου, Θεσσαλονίκης, Αθηνών, Πατρών, Λαρίσης, Θηβών και Νέων Πατρών (Υπάτης). Επιβλήθηκε η φορολογία της δεκάτης και η λατινική ομολογία πίστης της Ραβεννίκης. Η διασπορά των λατινικών κτήσεων και ο μεταξύ τους ανταγωνισμός υπονόμευαν την όποιας μορφής ενεργοποίηση της Ορθόδοξης Ιεραρχίας. Η απελευθέρωση της Θεσσαλονίκης (1223) ελάφρυνε γενικότερα τη σκληρότητα της πολιτικής των Λατίνων, όπως αποτυπώθηκε στην απόφαση της δεύτερης συνόδου της Ραβεννίκης (1223), η οποία αναγνώρισε ορισμένα προνόμια στον Ορθόδοξο κλήρο: μη φυλάκιση των Ελλήνων ιερέων αν δεν κατέβαλαν τους φόρους τους, καταδίκη κοσμικών λατίνων αρχόντων από λατινικές εκκλησιαστικές αρχές λόγω αυθαιρεσιών σε βάρος του ορθόδοξου κλήρου. Ο Αρχιεπίσκοπος Αχρίδας διεκδίκησε ανεξάρτητη από το Οικουμενικό Πατριαρχείο Εκκλησία, αλλά ναυάγησε λόγω της συρρίκνωσης των εδαφών του κρατιδίου από τους Βούλγαρους. Η παρουσία ελληνικών κρατιδίων στην ηπειρωτική Ελλάδα και η ανάκαμψή τους συνέβαλε στη σταδιακή αποκατάσταση της ορθόδοξης ιεραρχίας και των περιορισμό της δραστηριότητας των λατίνων Αρχιεπισκόπων. Όπου όμως διατηρήθηκε η λατινική κατοχή (Κρήτη, Μεθώνη, Κορώνη) η σκληρή πολιτική σε βάρος της ορθόδοξης ιεραρχίας συνεχίστηκε: χαρακτηριστικά σε ολόκληρη την Κρήτη δεν υπήρχε ορθόδοξος Επίσκοπος και οι ενετικές αρχές εμπόδιζαν την αποστολή τέτοιου από το Οικουμενικό Πατριαρχείο ή από τη Μητρόπολη Μονεμβασίας, καθώς μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης, ο ορθόδοξος κλήρος αποτελούσε όργανο των Οθωμανών. Η Φραγκοκρατία στην Κύπρο συνδέθηκε με την επιβολή της λατινικής ιεραρχίας, κάτι που ερχόταν ως αντάλλαγμα στην επιδίωξη, εκ μέρους του λατινικού βασιλείου της Κύπρου, της παπικής αναγνώρισης. Τα μέτρα που ελήφθησαν ήταν παραχωρήσεις εκτάσεων και επιβολή της δεκάτης, ο περιορισμός της ορθόδοξης ιεραρχίας και του μοναχισμού αριθμητικά (14 επίσκοποι σε 4) και γεωγραφικά-τοπικά. Στην Κύπρο κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας (1489-1571) το νομικό καθεστώς της Εκκλησίας δεν βελτιώθηκε και οι αντιδράσεις του Ορθόδοξου κλήρου και λαού συνεχίστηκαν αμείωτες, όπως φαίνεται από τα γεγονότα της άλωσης της Λεμεσού από τους Τούρκους. Η πολιτική της Βενετίας ήταν μετριοπαθέστερη και διευκόλυνε την Ορθόδοξη Εκκλησία στη δυναμική ανάκτηση πολλών από τις χαμένες ελευθερίες της προηγούμενης περιόδου. Στα Ενετοκρατούμενα Επτάνησα εγκαταστάθηκε Λατινικό ιερατείο, υφαρπάχθηκε η εκκλησιαστική περιουσία των Ορθοδόξων, ενώ επιβλήθηκε η δεκάτη για τη συντήρηση του λατινικού κλήρου. Ο προσηλυτισμός γινόταν με σεμινάρια, αναβαπτισμούς και εξαναγκασμό στην τέλεση άλλων λατινότροπων μυστηρίων και ιερών ακολουθιών.