Varijacija_broja_kopija
Detekcija i identifikacija
Prvobitno se putem citogenetičkih opažanja smatralo da varijacije broja kopija zauzimaju izuzetno mali i zanemarljiv dio genoma. Varijacije u broju kopija općenito su bile povezane samo s malim tandemskim ponavljanjima ili specifičnim genetičkim poremećajima, stoga su varijacije broja kopija u početku ispitivane samo u smislu specifičnih lokusa. Međutim, tehnološki razvoj doveo je do sve većeg broja vrlo preciznih načina identifikacije i proučavanja varijacija broja kopija. Varijacije broja kopija su prvobitno proučavane citogenetičkim tehnikama, koje omogućavaju posmatranje fizičke strukture hromosoma. Jedna od ovih tehnika je fluorescentna in situ hibridizacija (FISH), koja uključuje ubacivanje fluorescentnih sondi koje zahtevaju visok stepen komplementarnosti u genom za vezivanje. Uporedna genomska hibridizacija se također obično koristi za otkrivanje varijacija broja kopija putem fluoroforne vizualizacija, a zatim poređenja dužine hromosoma. Jedan veliki nedostatak ovih ranih tehnika je da je genomska rezolucija relativno niska i da se mogu detektovati samo velika ponavljanja, kao što su ponavljanja čitavog gena. Nedavni napredak u genomičkim tehnologijama doveo je do mnogih važnih metoda koji su izuzetno visoke genomske rezolucije i kao rezultat toga, prijavljen je sve veći broj varijacija broja kopija u genomu. U početku su ovi napredak koji uključuje korištenje bakterijskih vještačkih hromosoma (BAC) niza sa oko 1 megabaznog intervala kroz cijeli gen, BAC-ovi također mogu detektovati varijacije broja kopija u žarišnim tačkama za preuređivanje, omogućavajući otkrivanje 119 novih varijacija broja kopija. Genomsko sekvenciranje visoke propusnosti je revolucioniralo polju ljudske genomike i in silico studije su sprovedene da bi se otkrile varijacije broja kopija u genomu. Referentne sekvence su upoređene sa drugim sekvencama od interesa pomoću fosmida s strogom kontrolom fosmidnih klonova da budu 40 kb. Sekvenciranje krajnjeg čitanja bi dalo adekvatne informacije za usklađivanje referentne sekvence sa sekvencom od interesa, a svaka neusklađenost je lahko uočljiva, pa se zaključuje da su varijacije broja kopija unutar tog klonskog regiona. Ovaj tip tehnike detekcije nudi visoku genomsku rezoluciju i preciznu lokaciju ponavljanja u genomu, a može otkriti i druge tipove strukturnih varijacija kao što su inverzije. Osim toga, drugi način otkrivanja varijacije broja kopija je korištenje jednonukleotidnih polimorfizama (SNP). Zbog obilja podataka o ljudskim SNP, smjer detekcije varijacije broja kopija se promijenio u koristiti ove SNP-ove. Oslanjajući se na činjenicu da su ljudske rekombinacije relativno rijetke i da se mnogi događaji rekombinacije dešavaju u specifičnim regijama genoma poznatim kao žarišta rekombinacije, za identifikaciju varijacija broja kopija može se koristiti neravnoteža veza. Učinjeni su napori u povezivanju varijacija broja kopija sa specifičnim haplotipnim SNP-ovima analizom neravnoteže veze; koristeći ove asocijacije, moguće je prepoznati varijacije broja kopija u genomu koristeći SNP-ove kao markere. sekvenciranja sljedeće generacije, uključujući sekvenciranje kratkog i dugog čitanja, danas se sve više koriste i počele su zamjenjivati tehnike zasnovane na nizu za otkrivanje varijacija broja kopija. Za razliku od tehnika zasnovanih na sekvenci, metodi detekcije zasnovani na sekvenciranju lahko identifikuju druge klase strukturnih varijacija, kao što su inverzije i translokacije.