Varijacija_broja_kopija
Tipovi i hromosomski rearanžmani
Jedan od najpoznatijih primjera varijacije kratkog broja kopija je trinukleotidno ponavljanje parova CAG baza u huntingtinskog gena odgovornog za neurološki poremećaj Huntingtonova bolest. U ovom konkretnom slučaju, kada se trinukleotid CAG ponovi više od 36 puta u ekspanziji nukleotidnog ponavljanja Huntingtonova bolest će se vjerovatno razviti kod pojedinca i vjerovatno će je naslijediti njegovo ili njeno potomstvo. Broj ponavljanja trinukleotida CAG je u korelaciji sa [[dob početka|dobi početka Huntingtonove bolesti. Često se smatra da su ovi tipovi kratkih ponavljanja uzrokovani greškama u aktivnosti polimeraza tokom replikacije, uključujući klizanje polimeraze, prebacivanje šablona i prebacivanje replikacijskih viljuški. Kratka veličina ponavljanja ovih varijacija broja kopija podložna je greškama u polimerazi jer su ove ponovljene regije sklone pogrešnom prepoznavanju za polimeraze i replicirane regije mogu se ponovo replicirati, što dovodi do dodatnih kopija ponavljanja. Osim toga, ako su ovi trinukleotidni ponavljači u istom okviru čitanja u kodirajućem dijelu gena, to može dovesti do dugog lanca iste aminokiseline, moguće stvarajući agregate proteina u ćeliji, i ako ova kratka ponavljanja padaju u nekodirajući dio gena, to može uticati na ekspresiju gena i regulaciju. S druge strane, promjenjivi broj ponavljanja cijelih gena rjeđe je identificiran u genomu. Jedan primjer ponavljanja cijelog gena je za alfa amilazu (AMY1), koji kodira enzim koji ima značajne varijacije u broju kopija između različitih populacija s različitim načinima ishrane. Iako je specifičan mehanizam koji omogućava genu AMY1 da poveća ili smanji broj kopija još uvijek tema rasprave, neke hipoteze sugeriraju da je nehomologno spajanje kraja ili mikrohomologno posredovano spajanje kraja vjerovatno odgovorno za ova kompletna genska ponavljanja. Ponavljanje čitavih gena ima trenutne efekte na ekspresiju tog određenog gena, a činjenica da je varijacija broja kopija gena AMY1 povezana s ishranom je izuzetna primjer nedavne ljudske evolucijske adaptacije. Iako su ovo opće grupe u koje su grupirane varijacije broja kopija, tačan broj parova baza koje varijacije u broju kopija utiču ovisi o specifičnim lokusima od interesa. Do sada, koristeći podatke iz svih prijavljenih varijacija broja kopija, srednja veličina varijante broja kopija je oko 118 kb, a medijana je oko 18 kb. U smislu strukturne arhitekture varijacija broja kopija, istraživanje je predložilo i definiralo žarišne regije u genomu gdje su varijacije broja kopija četiri puta više obogaćene. Ove žarišne regije su definirane kao regije koje  sadrže dugačka ponavljanja koja su 90-100% slična poznata kao segmentna duplikacija ili tandemska ili isprepletena i što je najvažnije, ove žarišne regije imaju povećanu stopu hromozomskog preuređivanja. Smatralo se da ova velika hromosomska preuređivanja dovode do normalne varijacije i genetske bolesti, uključujući varijacije broja kopija. Štaviše, ove žarišne tačke varijacije broja kopija su konzistentne u mnogim populacijama sa različitih kontinenata, što implicira da su ove žarišne tačke ili nezavisno stekle sve populacije i prenošene kroz generacije, ili su stečene u ranim fazama  ljudske evolucije, prije nego što se populacije podijele, ovo drugo izgleda vjerovatnije. Na kraju, čini se da se u genomu ne pojavljuju prostorne pristranosti lokacije na kojoj su varijacije broja kopija najgušće raspoređene.<ref. name="Mccaroll and altshuler"/> Iako je prvobitno otkriveno fluorescentnom in situ hibridizacijom i mikrosatelitskom analizom da su ponavljanja broja kopija lokalizirana na regije koje se vrlo ponavljaju, kao što su telomera, centromere i heterohromatin, nedavne studije asocijacije na cijelom genomu su zaključile drugačije. Naime, subtelomerne i pericentromerne regije su mjesta gdje se nalazi većina žarišta hromosomskog preuređivanja, i nema značajnog povećanja varijacija u broju kopija u toj regiji. Nadalje, ovi žarišni dijelovi hromosomskog preuređivanja nemaju smanjen broj gena, što, opet, implicira da postoji minimalna prostorna pristranost genomske lokacije varijacija broja kopija.