Landshut
Uspon Landshuta kao glavnog grada provincije
Smrću Georga bogatog 1. decembra 1503. godine završava period procvata Landshuta. Iz braka sa Hedwigom nije bilo muških nasljednika, te Bayern-Landshut po Wittelsbacherovim nasljednim dogovorima potpuno pripada pod vlast vojvodstva Bayern-Münchena. Kratko prije svoje smrti, Georg je neuspješno pokušao svoga zeta, kneza Ruprechta von der Pfalza imenovati za svog nasljednika. Minhenska nasljedna loza nije pristala na kršenje dinastijskog dogovora, što je dovelo do sukoba nazvanih Landshuterski nasljedni rat. Tokom slijedećih dviju godina mnoga su naselja Landshuta spaljena, a sukobi su prestali tek nakon smrti Ruprechta i njegove žene Elisabethe 1505. godine. Kao posljedica carske odluke Bayern-Landshut se ujedinjuje sa Bayern-Münchenom i grad gubi na političkom značaju. Nako što je 1514. godine Ludwig X. zahtijevao vojvodstvo od svog brata Wilhelma IV., pojavila se opasnost od rasplamsavanja novih sukoba. Prisilom cara, Wilhelm IV je pristao na podjelu vlasti i Ludwig X. je dobio upravu nad crkvenom financijskom upravom Landshuta i Straubinga. Od 1537-43. dao je izgraditi Landshutsku gradsku rezidenciju, prvu renesansnu palaču sjeverno od Alpa. Kako Ludwig X. nije imao djece, njegovom smrću 1545. godine, Landshut gubi status rezidencijalnog grada. Do dolaska na vlast 1579. godine, nasljednik princ Wilhelm V je prebivao u svom rodnom gradu. Pod njegovom vladavinom Friedrich Sustris je dvorac Trausnitz dogradio u renesansnom stilu. U narednim desetljećima historija grada odvija se relativno mirno. Idejom jačanja katoličke vjere u Landshutu, vojvoda i izborni knez Maximilian premjestio je kanonički samostan St. Kastulus iz Moosburga u Landshut i proglasio je Crkvu svetog Martina samostanskom crkvom. mini|desno|[[Johann Graf von Aldringen, carski general]] Tokom Tridesetogodišnjega rata Landshut je bio tri puta napadnut od strane Šveđana: 1632, 1634 i 1648. godine. Napad 22. jula 1634. godine bio je za grad prilično razoran. Dok su gradonačelnik i članovi gradskog savjeta uspjeli 1632. godine razaranje grada spasiti kapitulacijom i plačanjem 100.000 Reichstalera, u drugom napadu 1634. grad se oprdeijelio za odbranu. Odbrana je bila neuspješna, a grad i dvorac zu zauzeli švedski vojnici. U pokoljim nakon bitke stradali su mnogi građani a ubijen je i zapovjednik odbrane i carski general Johann von Aldringen. Nakon zauzimanja grada švedski zapovjednici Bernhard von Sachsen-Weimar i Gustaf Graf Horn dozvolili su vojsci pljačkanje grada trinaest dana. Nakon toga u gradu je zavladala kuga i masovna glad unutar gradskih zidina od čijih su posljedica umrli trećina tadađnjeg stanovništva grada. U slijedećem napadu 1648. godine grad je ponovo zauzet i to ovaj put od francuske vojske pod zapovjedništvom maršala Henrija Turenna, potpomognutih švedskom vojskom pod zapovjedništvom feldmaršala Carla Gustava Wrangel, koji je tražio plaćanje danka pet mjeseci, tako da je grad izbjegao velika stradanja i rušenja kao u napadu prije četrnaest godine. Ovaj period se smatra najnižom tačkom u historiji grada. Oko sto godina gasnije, 1740-ih grad je ponovo napadnut i razrušen u toku Rata za austrijsko naslijeđe, kada su ga napale austrijske trupe. Tako je 1771. godine rušenjem gradske kapije Spitaltor započeo proces sistematičnog rušenja osam historijskih gradskih kapija. Fasada Gradske rezidencije je dorađena u klasicističkom stilu za vrijeme boravka grofa Wilhelma von Birkenfeld-Gelnhausena 1780–99. godine.