Mikrobiom
Definicije
Mikrobne zajednice se obično definiraju kao skup mikroorganizama koji žive zajedno. Preciznije, mikrobne zajednice su definirane kao skupovi više vrsta, u kojima (mikro) organizmi međusobno komuniciraju u susjednom okruženju. U 1988., Whipps i kolege koji rade na ekologiji mikroorganizama rizosfera dali su prvu definiciju pojma mikrobiom. Opisali su mikrobiom kao kombinaciju riječi mikro i biom ', nazivajući "karakterističnu mikrobnu zajednicu" u "razumno dobro definiranom staništu koje ima različita fizikalno-hemijska svojstva" kao njihovo "pozorište aktivnosti". Ova definicija predstavlja značajan napredak u definiciji mikrobne zajednice, jer definiše mikrobnu zajednicu sa različitim svojstvima i funkcijama i njenim interakcijama sa okolinom, što rezultira formiranjem specifičnih ekoloških niša. Međutim, mnoge druge definicije mikrobioma objavljene su posljednjih desetljeća. Do 2020. godine najcitiranija definicija bila je od Lederbergova, i opisala je mikrobiome unutar ekološkog konteksta kao zajednicu komensalnih, simbiotskih i patogenih mikroorganizama unutar tjelesnog prostora ili drugog okruženja. Marchesi i Ravel su se u svojoj definiciji fokusirali na genome i mikrobne (i virusne) obrasce ekspresija gena i proteome u datom okruženju i njegovih prevladavajućih biotskih i abiotskih uslova. Sve ove definicije impliciraju da se opći koncepti makroekologije mogu lahko primijeniti na odnose mikrob-mikrob, kao i na interakcije mikrob-domaćin. Međutim, u kojoj mjeri se ovi koncepti, razvijeni za makroeukariote, mogu primijeniti na prokariotima sa njihovim različitim životnim stilovima u pogledu mirovanja, varijacije fenotipa i horizontalnopg transfera gena kao i na mikroeukariotima što nije sasvim jasno. Ovo postavlja izazov razmatranja potpuno novog korpusa koncepcijskih ekoloških modela i teorije za ekologiju mikrobioma, posebno u odnosu na različite hijerarhije interakcija mikroba jedni s drugima i sa biotskim i abiotskim okruženjima domaćina. Mnoge sadašnje definicije ne uspijevaju obuhvatiti ovu složenost i opisuju pojam mikrobiom kao koji obuhvata samo genome mikroorganizama. U 2020., panel međunarodnih stručnjaka, u organizaciji projekta MicrobiomeSupport koji finansira EU, published the results of their deliberations on the definition of the microbiome. Panel se sastojao od oko 40 lidera iz različitih područja mikrobioma, a oko stotinu stručnjaka iz cijelog svijeta dalo je svoj doprinos putem online ankete. Predložili su definiciju mikrobioma zasnovanu na oživljavanju onoga što su okarakterisali kao "kompaktan, jasan i sveobuhvatan opis pojma" kako su ga izvorno dali Whipps et al. 1988., dopunjen nizom preporuka s obzirom na kasniji tehnološki razvoj i nalaze istraživanja. Oni jasno razdvajaju pojmove mikrobiom i mikrobiota i pružaju sveobuhvatnu raspravu s obzirom na sastav mikrobiote, heterogenost i dinamiku mikrobioma u vremenu i prostoru, stabilnost i otpornost mikrobnih mreža, definiciju jezgra mikrobioma i funkcionalno relevantne ključne vrste kao i koevolucijske principe interakcije mikrob-domaćin i među vrstama unutar mikrobioma. Panel je proširio definiciju po Whipps et al., koja sadrži sve bitne tačke koje važe i 30  godina nakon objavljivanja 1988. godine, u dva paragrafa objašnjenja u kojima se razlikuju pojmovi mikrobiom i mikrobiota i ističu njen dinamički karakter, i to: <span class="anchor" id="Prvi paragraf s objašnjenjem"> <span class="anchor" id=Drugi paragraf sa objašnjenjem>