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Taxonomía
De la taxonomía linneana al orixe de los Códigos
L'ésitu del llibru de Linneo debíase non yá a la claridá de les sos descripciones y clasificación sinón tamién a que se convirtiera na revisión más refecha de la lliteratura taxonómica hasta'l momentu, con una notación cuidadosa de sinónimos. D'esta forma considerar un "pasaxe en llimpiu" y nuevu puntu de partida de la lliteratura taxonómica, arreglando asina los problemes de comunicación producíos pola variedá de nomes y sistemes de clasificación locales. A partir d'esi momentu les actualizaciones de la clasificación feches pol mesmu Linneo o por autores posteriores, intentaron nun abandonar la nomenclatura binomial nin el sistema de clasificación impuestos por Species Plantarum.
En 1758 llegaría-y el vez a los animales cuando Linneo publica la décima edición de la so Systema Naturae, nel que per primer vegada clasificar como fixera en 1753 coles plantes, adoptando la nomenclatura binominal. Linneo nomó unes 4.400 especies d'animales, incluyendo Homo sapiens, lo que demuestra que la dómina yá nun tenía reticencies en clasificar al home colos animales. El so conceutu taxonómicu d'especie, les sos "tipos", yeren los que güei llamamos ecotipos, polo que toa una comunidá reproductiva (lo que darréu se llamaría "la especie biolóxica") yera estremada por él n'especies del xéneru colos sos respeutivos nomes binomiales.
Les esceiciones fueron siendo amestaes al sistema de clasificación, delles especies yeren clasificaes nun orde distintu que'l restu del xéneru. Dende l'apaición de los llibros de Linneo a dellos autores, como a Michel Adanson (1763-1764 ), fíxose-yos evidente que tolos calteres podíen variar y que nun hai calteres "esenciales" pa definir a un "grupu natural", que teníen de ser definíos namái por aciu un conxuntu de calteres tomaos de too l'organismu, de los cualos la mayoría, pero non necesariamente toos, taríen en cada organismu de la especie, en cada especie del xéneru, en cada xéneru de la familia. Asina s'abandonaba'l conceutu de taxón monotético de la que s'empezar a entrar nuna era de taxonomía cuantitativa, o politética, con numberosos calteres combinaos nun diagnósticu.
En 1778 Lamarck suxurió que los calteres utilizaos polos científicos pa estremar los taxones non necesariamente teníen que ser los mesmos que la xente utilizara pa identificar dalgún organismu atopáu. Lamarck promovió dixebrar la clasificación de les claves d'identificación, clasificaciones artificiales unitéticas nes que los usuarios non espertos podíen llegar al taxón natural d'un organismu dau por aciu calteres que tuvieren al so algame y con regles de decisión esplícites. D'esta forma apangóse'l conflictu ente'l creadores de los sistemes de clasificación, qu'a midida que aumentaba la información disponible creaben clasificaciones cada vez más críptiques, y los usuarios d'esos sistemes, que taben más comenenciudos na utilidá del sistema que na "naturalidá" de los sos grupos. En 1789 l'esitosu tratamientu taxonómicu d'Antoine-Laurent de Jussieu, Xenera plantarum, allugaba per primer vegada por un autor reconocíu tolos taxones penriba de xéneru en conceutos taxonómicos "naturales", empecipiando la nomenclatura de les families de plantes.
El términu "Taxonomía" foi propuestu por Augustin Pyrame de Candolle en 1813 a partir del griegu ταξις (taxis, arreglu o clasificación) y νόμος (nomos, llei), pa referir a la ciencia de la clasificación de los organismos. El términu "Sistemática" yá s'utilizara notablemente por Linneo (p.ej. en Systema Naturae 1735) y provién del términu griegu llatinizáu systema. Nun sería hasta 1940 en que'l términu "la Nueva Sistemática" ("the New Systematics", Huxley 1940 citáu en Mayr et al. 1953 ) estremaría'l focu d'atención d'estos taxónomos de los que siguíen realizando una taxonomía atribuyida a la escuela de Linneo d'estremar "tipos" y aldericar la nomenclatura, a los que siguíen llamando "taxónomos" o "la Vieya Sistemática" (the Old Systematics).
Linneo definiera metodológicamente el conceutu taxonómicu de variedá, al que-y dio nome trinomial (con un epítetu subespecífico siguiendo al de la especie), como'l conxuntu de plantes tomaes del ambiente orixinal de la especie que yera criáu en condiciones distintes, llogrando dempués d'una o poques xeneraciones distintes fenotipos a partir del xenotipu orixinal:
Nes especies lineanas, el xenotipu ye invariable, y atópase en caúna de les sos variedaes.
Un ciertu númberu de sistemáticos, especialmente en Francia y Alemaña, adoptó'l conceutu de "espécime tipu". Estos "especímenes tipu" yeren plantes depositaes nun yerbariu que representaben la forma más común del taxón, o dacuando la forma que l'autor consideraba la más "perfecta", de la que'l restu del taxón seríen plantes degradaes (hibridaes con otros tipos o mutantes).
La falta d'estabilidá nomenclatural nes publicaciones taxonómiques nes décades siguientes a les obres de Linneo fixo apeligrar el so llogru. Eso llevó al alderique y la formación de distintos Códigos de Nomenclatura, que nun yeren adoptaos por un númberu significativu de taxónomos. Dos d'ellos en particular fueron, en 1813, Théorie Elémentaire de la Botanique ("Teoría Elemental de la Botánica") onde se reglamentaba la eleición del nome válidu pa cada taxón de plantes; y en 1842, sol auspicio de la British Association for the Advancement of Science ("Asociación Británica pa la Meyora de la Ciencia"), el Strickland Code (el "Códigu de Strickland", Strickland et al. 1842 ). Éstos seríen los que, daqué modificaos, unes décades más tarde consensuaríense como Internacionales. (Falten los cambeos en rellación a Philosophia Botanica de Lineo)
D'esta forma, dende Linneo hasta los Códigos, nacieron les regles de nomenclatura zoolóxica y botánica.
Taxonomía y evolución
El sistema lineanu de clasificación ta formáu por grupos añeraos y non asolapaos, y un árbol filoxenéticu tamién puede reconstruyise con métodos qu'arreyen téuniques d'agrupamientu xerárquiques, non asolapaes; polo qu'un sistema de clasificación lineanu "natural" en principiu sería, tal como afirmaba'l mesmu Darwin, congruente cola filoxenia de les especies: les rellaciones ente taxones nes taxonomíes naturales fueron reinterpretaes como la resultancia de la evolución, y les categoríes taxonómiques como indicadores de la estabilidá evolutiva de los calteres que los definen. Ensin afayar inda la estructura del ADN, portador del códigu xenéticu, qu'asocedería recién nos '1960 con Watson y Crick, atropábense les pruebes del heriedu de los calteres probablemente agospiaos nos cromosomes, pa les que los redescubiertos radios de Mendel fueron pioneros, que derivaríen na "Nueva Síntesis" a principios del sieglu XX. En plena puxanza de la Nueva Síntesis, Ernst Mayr propunxo afitar unu de los conceutos d'especie qu'hasta esi momentu fueren llamaos la especie biolóxica —la propuesta por Mayr, pa otru autores más neutralmente llamaríase la especie reproductiva— como'l grupu de poblaciones capaz d'hibridar ente sigo y dar descendencia fértil, que'l so pool o mancomún xenéticu caltiénse aislláu de los d'otres en simpatría. E. Mayr suel ser citáu como un taxónomu que definió'l conceutu d'especie que más fácilmente les lllendaba en vertebraos de tamañu grande —a los que pertenecíen los taxones nos que trabayaba—, con una precisión que nesos taxones correspuéndese meyor colos demás conceutos qu'en plantes y microbios. George Gaylord Simpson (1961 ), descontentu cola atemporalidá del conceutu d'especie biolóxica de E. Mayr, redefinió a la especie como un llinaxe, una secuencia d'ancestros y descendientes col potencial d'afitar un cambéu evolutivu nun calter (lo que Hennig llamaría una apomorfía), quiciabes el mesmu modelu que Linneo deducía nos sos postreros escritos pa les especies dientro de los sos xéneros y families "naturales". Si les especies defínense como poblaciones, o como llinaxes, non siempres dos organismos de dos especies distintos van estremar en términos de los sos calteres —por casu, dos poblaciones inda bien asemeyaes en distintos continentes, que'l so índiz de dispersión nun-yos dexó atopar se por un tiempu enllargáu, inda van tener siquier potencialmente organismos que nun puedan estremase ente sigo taxonómicamente más que pola llocalidá de la que provienen—. Hennig (1950 n'alemán, 1966 n'inglés) atopase col mesmu problema. Asumió que los llinaxes, que para él tamién se correspondíen con especies, podíen estremase taxonómicamente en términos de los sos apomorfías adquiríes, polo que nun habría conflictu ente la taxonomía y l'árbol de llinaxes. Linneo (1751 ) incluyera la llocalidá de la que proveníen los organismos nos sos conceutos d'especie, y tamién el fenotipu col que s'atopaben n'estáu montés (son los güei llamaos ecotipos), siendo la variedá un fenotipu distintu criáu en distintes condiciones. La llocalidá y el fenotipu nun volveríen ser incorporaos a les clasificaciones.
La incorporación del conceutu d'evolución a los taxones supraespecíficos foi de primeres modelada de forma errática. Por casu, delles clasificaciones componer de taxones basaos en filoxenies qu'inda conteníen miembros vivientes, como los árboles de Charles Edwin Bessey (1845-1915) y los d'Arthur Cronquist (1919-1992). Nestos árboles nun había ancestros estinguíos ( :43 ). Na clasificación de Rolf Dahlgren, los ancestros yeren namái miembros estinguíos, l'árbol filoxenéticu yera un árbol tridimensional, y los miembros vivientes podíen representase por un corte d'un planu d'esi árbol, nuna diagrama llamáu "Dahlgrenograma" con rellaciones asemeyaes a les de los paises nun mapa. Un pasu críticu foi l'alquisición de los métodos de reconstrucción filoxenética atribuyíos a la escuela que güei llamamos cladismo, pa la cual el biólogu Willi Hennig foi'l que fixo'l más valoratible apurrimientu na década de 1960. Hennig modeló que les especies coneutar ente elles al traviés d'especies ancestrales –nel so modelu orixinal siempres estinguíes–, y que podía rastrexase'l tresformamientu d'especies ancestrales a especies derivaes al traviés de les apomorfíes xeneraes mientres una cladoxénesis: los cambeos de calter en cada llinia depués de la diverxencia d'un llinaxe en dos. Estos árboles, güei llamaos cladogrames, fueron propuestos por Hennig como material pa construyir los taxones, que siempres teníen de ser, al so criteriu, monofiléticos. Estos cladogrames teníen el non trivial supuestu de que la historia evolutiva d'un grupu siempres asocede por procesos de cladoxénesis (diverxencia en dos y alquisición de apomorfíes). Na mesma década la escuela fenética, pa la que'l llibru de RR Sokal y PHA Sneath (1963 ) foi fundacional, creaba métodos numbéricos d'analises de datos intentando que fueren "ciegos", ensin hipótesis d'evolución previes (ensin hipótesis previes de cuáles seríen les apomorfíes y les plesiomorfíes). Pola dómina en que Hennig popularizábase y en respuesta al cladismu la escuela tradicional, qu'incorporó los métodos de construcción de dendrogramas Hennigianos y los métodos numbéricos na busca del árbol filoxenéticu, pero difería en cuál ye'l dendrograma que tien de treslladase a una clasificación, foi llamada evolucionismu, la escuela evolucionista propón, como d'antiguo, que puede haber grupos parafiléticos "naturales" que tienen de formar parte d'una clasificación formal. El primeru n'utilizar el términu "cladismu" en reemplazu del confusu términu Hennigiano "sistemática filoxenética" foi E. Mayr (1965 ), pero yá s'utilizaba "clado" nun sentíu más ampliu, como hipótesis de ser tolos derivaos d'una secuencia d'ancestros y descendientes con un ancestru común, ye dicir una hipótesis de grupu monofiléticu. Hennig tamién redefinió monofiléticu, qu'hasta esi momentu asumíase incluyendo los grupos monofiléticos y parafiléticos sensu Hennig.
Escontra fines de la década de 1970, cladistes como G Nelson, NI Platnick y C Patterson evolucionaron el pensamientu cladista escontra un "cladismu de patrones" o pattern-cladism o transformed cladistics, que dixebraba teóricamente los árboles filoxenéticos, ye dicir los árboles de secuencies d'organismos ancestros y descendientes, de los árboles de apomorfíes, que pueden correspondese o non llinaxe per llinaxe col árbol d'organismos.
Anguaño la sistemática nos sos analises amiesta una cantidá de calteres en delles llinies d'evidencia distintes, llinies que pueden considerase abondo independientes ente sigo: desenvolviéronse métodos d'analís del ADN, métodos bioquímicos (isozimas, flavonoides...), amestáronse los calteres de ultraestructura y micromorfoloxía tomaos colos microscopios electrónicos de tresmisión y de barríu, y fixéronse meyores en paleontoloxía. Estes matrices con una cantidá enorme de datos pueden analizase colos métodos d'analís filoxenéticu pa los que la escuela fenética foi pionera, y aprovechando l'usu d'ordenadores, que producieron na década del 90 y la del 2000 taxones nunca antes tan consensuaos y munchos d'ellos hasta inesperaos, lo cual obligó a modificar les clasificaciones al usu, desfaciendo grupos de llarga tradición pa definir otros nuevos.
Na actualidá los sistemes de clasificación publquense'n collaboración d'una llarga llista d'autores: pa les angiospermes el grupu que se llamó APG (1998, 2003, 2009 ), pa los taxones cimeros Adl et al. (2005 ), etc. L'alderique qu'inda perdura ente taxónomos ye si tienen d'aceptase grupos parafiléticos o non nes clasificaciones. Los grupos parafiléticos y monofiléticos tán compartiendo'l mesmu "tipu" nos Códigos, lo cual lleva anguaño a una gran inestabilidá na nomenclatura.
Formalización de les normes: los Códigos
El que orixinalmente fuera Théorie Elémentaire de la Botanique en 1813 foi reemplazáu en 1930 pol altamente consensuáu, "internacional", International Code of Botanical Nomenclature (Códigu Internacional de Nomenclatura Botánica, ICBN), que trata sobre la nomenclatura de plantes y fungos. El que orixinalmente fuera'l Strickland Code (1842), que reglaba los nomes de los animales, foi revisáu y renombráu como International Code of Zoological Nomenclature (Códigu Internacional de Nomenclatura Zoolóxica, ICZN) en 1901. El principiu básicu de los dos Códigos yera'l principiu de prioridá, que promovería'l so oxetivu básicu, el so principiu más básicu: la estabilidá na nomenclatura. El de Botánica estableció l'añu de la publicación de Species Plantarum, 1753, como l'añu en que s'empecipia la nomenclatura botánica moderna, dexando ensin efeutu los nomes publicaos pa llantar antes d'esa fecha. De la mesma forma, el Códigu de Zooloxía estableció l'añu 1758, l'añu en que Linneo publicó la décima edición del Systema Naturae y el primeru en qu'utilizó la so nomenclatura binomial pa los animales, como'l d'entamu de la nomenclatura zoolóxica, dexando ensin efeutu los nomes publicaos p'animales antes d'esa fecha. Los dos Códigos compartieron los mesmos "principios de Nomenclatura", y dende la so apaición realizáronse dacuando Congresos Internacionales pa la so revisión.
Los bacteriólogos, que s'atuvieren al Códigu Botánicu, col tiempu desenvolvieron el so propiu Códigu (Códigu Internacional de Nomenclatura de Bacteries, publicáu en 1958). El Códigu Internacional de Plantes Cultivaes de la mesma biforcó los cultivares de les variedaes botániques en 1952, cola so última publicación en 2009.
(tipo - definición d'estabilidá)
Rellación coles taxonomíes populares
Sabemos bien pocu alrodiu de la rellación ente los naturalistes profesionales y los aficionaos y el públicu polo xeneral, magar estes rellaciones formen parte de la fonderada histórica qu'ayudó a modelar la bioloxía sistemática (Judd et al. 2007, pero ver por casu Allen 1976 ).
Como la sistemática tuvo'l so orixe n'Europa, los primeros grupos que se formaron fueron aquellos que yeren obvios na flora europea. Amás, la disciplina tuvo apoderada por europeos mientres centuries. Fora d'Europa, especialmente naquellos llugares que fueren colonies europees, la dominación europea foi especialmente evidente en que les flores de los países fueron escrites por botánicos europeos y basaes en materiales guardaos n'instituciones europees (Judd et al. 2007 :41 ). Fora d'Europa, los científicos munches vegaes desvalorizaron les conocencies que teníen sobre les especies los nativos que teníen una fonda conocencia de la Naturaleza nel llugar del que yeren orixinarios. Por casu, cuando los europeos afayaron América y rellacionáronse colos sos pueblos orixinarios, desoyeron esa pervalible fonte de conocencia.
Perspectives actuales de la ciencia de la Taxonomía
Nes décades de 1990 y 2000 volvió ponese de moda la ciencia taxonómica nel ambiente científico,  debíu en parte al revolucionariu enfoque facer# posible pola cantidá de datos derivaos del analís d'ADN a los problemes taxonómicos, y en parte a la conciencia de la so utilidá, dada la crisis de biodiversidá que tamos viviendo. Nueves teunoloxíes rellacionaes cola digitalización de los datos y l'usu d'internet ufierten un potencial ensin precedentes pa la diseminación de los productos de la investigación, pero coles mesmes qu'éstes remanecen reparar "brengosos intentos" escontra'l encapsulamiento y l'establecimientu de nueves barreres pa la comunicación. Les nueves ferramientes disponibles xeneren un alderique alrodiu de la utilidá de les regles de la nomenclatura nel so estáu actual, y plantegen la necesidá de reformar los Códigos, reformes qu'entá se tán aldericando y dalgunes d'elles yá s'incorporaron.
Fogón de gas
miniaturadeimagen|Fogón de gas Un fogón ye un preséu instaláu nes cocines nun vacíu fechu nuna mesa d'obra, con un furacu llateral pa dar accesu al aire y sacar la ceniza y con un furacu enriba, onde se pon aquello qu'hai que calecer.
Taxonomía
La torga taxonómica
upright=1.25|thumb|derecha|Nel periodu nos '1990 en que foi "tecnológicamente correutu" realizar [[analises moleculares d'ADN presupuestar a la Bioloxía Sistemática, pero la descripción de la biodiversidá -de la que'l mayor apurra sigui proviniendo del númberu de puestos de trabayu estables esvalixaos balanceadamente en toles rexones n'universidaes, museos y xardinos botánicos-, quedó apostrada. ( , citáu en )]] Quiciabes sosprienda que la descripción de les especies güei calcúlase realizada namái nun 1% o hasta un 15%, porque les plantes y los animales grandes de rexones bien poblaes como les rexones templaes tán relativamente bien descriptos, pero fora d'elles, como nos estratos arbóreos más altos de les selves tropicales o nel mundu microbianu colos sos tiempos xeneracionales tan pequeños que lo vuelven vastu y facer evolucionar a una velocidá enforma mayor que les plantes y animales de los qu'acostumamos a venos arrodiaos, les descripciones tienen anguaño un resolución bien baxu. Como munchu autores recuérdennos, les descripciones d'especies "nunca tán completes",  una y bones los descubrimientos de nuevos calteres y nueves poblaciones que trai cada nueva llinia d'evidencia y cada nueva coleuta obliguen a retestear les hipótesis y chequear cómo evolucionaron los llinaxes y cómo s'esvalixaron dende la última coleuta. Les demás ciencies de la vida (life sciences) vense llindaes cuando les hipótesis taxonómiques de les que faen usu son pocu resueltes o confiables, , lo que vuelve los oxetivos d'esta ciencia anguaño bien alloñaos de la demanda , a lo que se refier dende la Convention on Biological Diversity de 1995 como "la torga taxonómica". Les causes de la torga fueron llamaes polos científicos "la crisis taxonómica", o tamién "la torga a la taxonomía" , en referencia a la relativa falta de recursos treslladaos a alfa-taxonomía y a les torgues sociales  pal so desenvolvimientu, una ciencia que tien de competir polos recursos llindaos n'universidaes y subsidios coles mesmes ciencies que la tienen de torga.
Los taxónomos descriptivos tienen pocos gastos amás del salariu, los que precisen pa publicar, pa realizar dalgún viaxe y quiciabes dalgún equipamientu adicional, de lo que lo más oneroso ye'l "molecular lab" del que basta con unu cada 10 llaboratorios. A lo que los taxónomos referir por recursos n'alfa-taxonomía ye presupuestar más cantidá de taxónomos con subsidios, plazos y evaluaciones curriculares más realistes, y el caltenimientu al llargu plazu de les coleiciones: L'entrenamientu y salariu de nuevos taxónomos quien, sobre la base de los datos crudos tomaos de les sos coleutes y otres primeramente depositaes en coleiciones, publicar trabayos de lliteratura taxonómica primaria (namái preparar, la finalidá del impresionante programa PEET, nun funcionar porque depués nun consiguieron trabayu ).
Fogón de gas
Polo xeneral, nel sieglu XXI, los fogones xeneren el fueu per mediu de la combustión de gas butanu, gas natural (metanu) o gas ciudad (propanu), o bien se calecer por aciu una resistencia llétrica (opción que n'España emite más cantidá de contaminantes atmosféricos y que, a nivel mundial, ye menos rentable energéticamente).
Usualmente los fogones tán integraos sobre una placa de cocción o placa de fueos, metálico y de poca grosez, que s'empotra dientro d'una apertura practicada nun mármol o un mueble, de forma que constitúi con él una superficie cuasi continua.
Taxonomía
La torga taxonómica
Como la mayor parte del trabayu científicu, el trabayu de l'alfa-taxónomo ye conducíu en proyeutos relativamente pequeños, con un investigador principal con un llaboratoriu asignáu na universidá y dedicación part-time al proyeutu, y quiciabes dos o trés estudiantes de doctoráu que yá se ganaron esa primer beca utilizando'l llaboratoriu d'otru o investigadores part-time del staff. En taxonomía descriptiva los proyeutos son particularmente pequeños, de normal faise referencia a un solu investigador, "el taxónomo especializáu en tal taxón", que trabaya en solitariu nun taxón particular col so salariu cobráu na universidá o'l muséu. La mayor parte de los subsidios (grants) daos por axencies gubernamentales o internacionales dedicaes a la mantención de la ciencia son daos a la "pequeña ciencia" (small science), con una duración permediu de 3 años, los investigadores caltienen la so estabilidá llaboral consiguiendo emplegu nuna universidá -o museos d'historia natural, xardinos botánicos-, a los que dediquen la otra parte del so tiempu de trabayu. En ciencia, pocos proyeutos son ambiciosos y arreyen docenes de científicos, de normal enfocaos en tomar de datos relativamente homoxéneos y en cantidá xigantesca entamaos alredor de dalguna instrumentación caro y dedicao, la llamada "big science" qu'apurre "big data", de la que los exemplos que suelen mentase son l'astronomía y la física de les partícules d'alta enerxía. Les universidaes perciben un porcentaxe de los subsidios adquiríos polos sos investigadores y del prestíu qu'éstos acarreten polo que tienen preferencia por ocupar investigadores que los llogren. Les axencies de subsidios obliguen a l'alfa-taxonomía a competir con otros proyeutos pa ganar los grants, pero ésta termina apostrada por razones n'apariencia emocionales -munchos usuarios y hasta científicos ven a l'alfa-taxonomía o taxonomía descriptiva como una "ciencia polvorienta" , y nun paeciera que los tremaos taxones de los que s'ocupa'l so pisu pudiera afectar el trabayu del restu de la facultá.
Namái les publicaciones de De Carvalho y collaboradores brasilanos denuncien que los "pirates de la biodiversidá" pueden boicotiar el trabayu del taxónomo.
El copyright ("derechu de copia") ye de concernimiento na preservación de la lliteratura taxonómica. La lliteratura taxonómica primaria nuna distribución ensin formatu nun se vería afeutada poles lleis qu'acuten la realización de copies y la so distribución (p.ej. el Conveniu de Berna), pero son pocos los investigadores que publiquen comentarios al respeutu (p.ej. Costello 2009) y paez que les editoriales nun se faen ecu de la tema.
El rol del ADN y los "marcadores d'ADN"
Los analises moleculares d'ADN utilícense güei davezu nos analises filoxenéticus y dende los '90 qu'unos pocos cientos de bases, cola so cantidá enorme de combinaciones potenciales, paecen bastar pa faer analises d'identificación y parentescu. Esto llevó a dellos autores, como Hebert et al. (2003 ) y Tautz et al. (2003 ), a proponer asignar un rol central al ADN na descripción ya identificación de les especies, de forma que una muestra d'ADN y la llectura d'una de les sos secuencies de bases tendría de ser una especie de marcador p'allugar el taxón al cual pertenez un espécime, d'una forma similar a como s'usa'l códigu de barres nos supermercaos. Tautz et al. inclusive proponen refomar los Códigos por que esti "identificador" sía un calter amestáu al "tipu". Esta "Taxonomía basada n'ADN" entá cadecería de munchos de los mesmos problemes que tienen les demás propuestes d'identificaciones o d'amestar atributos al "tipu"sobremanera, hai que decidir qué secuencia usar, una y bones delles secuencies nun dan información qu'estreme al taxón de los demás. Esto pue ser porque un mesmu xen puede caltenese inalteráu mientres millones de xeneraciones y munches especiaciones dempués de la so formación, o debíu al fenómenu d'introgresión, de forma que un xen que s'estremara vuelve al so estáu anterior. Poro, de la mesma forma en que nun ye conveniente confiar nun solu calter morfolóxicu pa identificar una especie, tampoco ye conveniente confiar nuna sola secuencia d'ADN. Amás, entá cuando la "Taxonomía basada n'ADN" fora financiada, habría que preguntar si ye necesariu amestar un requerimientu extra al yá lentu procesu de describir nuevos taxones, cuantimás teniendo en cuenta que se calcula que namái'l 10 % de les especies del planeta foi descritu. Por cuenta de eso, probablemente la mayoría de los biólogos va ver les secuencies d'ADN como un complementu de la información morfolóxica, más qu'intentar reemplazala buscando verdaderos barcodes. De toes formes, los Códigos nun especifiquen nengún calter en particular pa diagnosticar nuevos taxones, asina que la "Taxonomía d'ADN", col tipu nomenclatural de costume, yá ye válida, anque la identificación por aciu calteres visibles pue ser d'usu más inmediatu y la so realización más económica que la llectura d'un verdaderu barcode.
Al 2003 yá yera rutina que los microorganismos se delimitaran con métodos moleculares, y ta claro que pa resolver l'árbol de la vida completu, sería útil secuenciar los mesmos xenes en munchos taxones distintos. Pa llograr esto, sería necesariu un "proyeutu xenoma horizontal" y un sistema d'archivu de secuencies d'ADN como'l INSDC qu'inclúi al estauxunidense GenBank, más allá de si l'ADN vuélvese un requerimientu na descripción o identificación d'especies o si amestar al "tipu". Al 2005, dos proyeutos recibieren el millonariu presupuestu pa llevar a cabu la empresa global de secuenciación de barcodes -nome que quedó a les secuencies escoyíes polos proyeutu presupuestaos-, el Barcode of Life Data System (BOLD), y el Consortium for the Barcode of Life (CBOL, "Consorciu pal códigu de barres de la vida"). Los sos siguidores promocionen los casos de macroorganismos en que l'agregáu d'esa llinia d'evidencia molecular a les hipótesis taxonómiques llevó al esclarecimiento de problemes de sinonimies, como cuando la secuencia d'ADN "barcode" COI llogró estremar en 4 especies "críptiques" la sangrixuela melecinal europea. , . Como nesi mesmu exemplu, la secuencia estandarizada d'ADN que ye parte del xen COI tomada d'un especímen ye d'utilidá pa delimitar especies namái acompañada de la matriz de calteres del especímen tomaos d'otres llinies d'evidencia, moleculares y non moleculares, y de una preidentificación morfolóxica -QD Wheeler recuérdanos que munchos especímenes de referencia fuelguen nes coleiciones ensin una carauterización morfolóxica fayadiza, y nun porcentaxe significativu ta mal la determinación o nun s'intentó la so identificación -, namái d'esta forma puede utilizase esta secuencia nuna matriz d'analís filoxenéticos; y darréu quiciabes forme parte d'una clave d'identificación. A diferencia de lo qu'asocedió nos '90 en que los "barcodes" tomábense namái sobre especímenes morfolóxicamente carauterizaos hasta hipótesis d'especies, al 2013 los barcodes produciéronse a una velocidá mayor que la revisión taxonómica que tendría d'acompañalos, lo que fizo abondar nel estauxunidense GenBank los llamaos taxones "na escuridá" (dark taxa). Éstos podríen formar parte de taxones conocíos nos que l'organismu del que s'estrayxo l'ADN entá nun fuera allugáu, o de taxones nuevos, non carauterizaos. Munchos barcodes "ensin nome" (unnamed) fueren suprimíos por GenBank, pero aun así el so númberu siguió aumentando nos últimos años.
En respuesta a la intensa propaganda realizada a favor d'esta empresa -que pa munchu autores desbalanceaba les necesidaes presupuestaries de l'alfa-taxonomía -, el términu "taxonomía integrativa" foi acuñáu, independientemente y casi coles mesmes, por Dayrat (2005 ) y Will et al. (2005 ), el postreru depués d'una conferencia, el DNA barcoding alderica Will vs. Hebert, el "padre del barcode". La taxonomía o aproximamientu integrativa alude a la práutica tradicional, y l'esperable en taxonomía, d'integrar llinies d'evidencia mientres la xeneración d'hipótesis taxonómiques, y en particular a la integración de los variaos métodos moleculares colos morfolóxicos como la única primer aproximamientu válidu pa delimitar taxones na categoría especie. Dende esa fecha un considerable númberu d'estudios taxonómicos fíxose ecu del términu.
La presupuestación de los proyeutos promovíos por Hebert et al. (2003 ) dexó como mandáu lo que dellos autores llamen la primer rexón d'ADN "horizontal" estandarizada pal so usu como atributu nuna matriz d'analís filoxenéticos, pa lo qu'enantes s'utilizaron munches rexones d'ADN nucleares y organelares distintos enfocaes en taxones de tamañu más pequeñu (ver p.ej. en plantes). QD Wheeler dicía nel 2004 : "Tamos nel estragal del saltu más escitante de la 'Taxonomía basada en morfoloxía' [identificación d'especies por aciu claves morfolóxiques] dende Linneo (1758), lo que vuelve estos tiempos un momentu inoportunu pa dase por vencíu". ... "Los datos visuales morfolóxicos nunca pudieren ser eficientemente comunicaos nel pasáu. Agora tenemos la teunoloxía pa una edá dorada de la morfoloxía comparativa si podemos sobrollevar les presiones pa conformanos a lo 'tecnológicamente correutu'".
La crisis de biodiversidá
La crisis de biodiversidá causada por actividaes humanes, como les que lleven a la perda del hábitat y l'introducción d'especies exótiques, ye seique comparable en magnitú a les grandes estinciones rexistraes nos periodos xeolóxicos (PH Raven 2002 ). El términu "biodiversidá" foi acuñáu por EO Wilson como un reemplazu eufónicu de "diversidá biolóxica" nuna serie de populares ensayos onde dende mediaos de los '1980 ponía'l focu nésta y la so crisis; en 1992, el tratáu internacional llamáu Conveniu sobre la Diversidá Biolóxica (Convention on Biological Diversity), ratificáu por tolos países miembros de la ONX salvu Estaos Xuníos, reconoció como un derechu internacional la valoración de la biodiversidá nel contestu del so caltenimientu y usu sustentable. Sicasí, esiste una conciencia xeneral de que nun va ser posible caltener tola biodiversidá. Los especialistes tienen de calcular en qué hábitats y en qué especies focalizar los magros presupuestos asignaos al caltenimientu, priorizar los hotspots (rexones con una concentración d'especies reinales con peligru de perder l'hábitat ), y xenerar modelos predictivos avera del futuru de la biodiversidá. . A 1995, fixérase evidente pal CBD que los especialistes nun pueden midir una biodiversidá non descripta, lo que bautizaron como "la torga taxonómica", a raigañu del cual l'organismu impulsó'l desenvolvimientu de l'alfa-taxonomía. Les midíes concretes empuestes a cumplir estos oxetivos empezaron a ser visibles en dellos países ya instituciones internacionales a fines de 1990, momentu a partir del cual fíxose evidente una segunda torga: la eleición del conceutu taxonómicu a utilizar tien les sos consecuencies nes decisiones de caltenimientu. Por casu, Peterson y Navarro-Sigüenza (1999 ) analizaron la cantidá d'especies d'aves reinales de Méxicu utilizando dos clasificaciones distintes basaes en distintos conceutos d'especie. Según el conceutu biolóxicu d'especie o BSC (qu'arrexunta dientro de la mesma especie a los organismos con capacidá d'hibridar y dar descendencia fértil), llograron 101 especies, cola mayor concentración d'especies reinales nes rexones montascoses del sur y del oeste. Sicasí según el conceutu filoxenéticu d'especie o PSC (qu'asigna como miembros d'una especie a los que tienen evidencia de caltener calteres nun analís de filoxenia, más allá de si pueden hibridar con otres poblaciones o non), llograron 249 especies reinales, cola mayor concentración en zones tantu llanes como montascoses del oeste. La eleición d'una clasificación o otra, poro, afecta descomanadamente les prioridaes de caltenimientu de cada hábitat. La estabilidá que presentaron por siquier dos décades dende les influentes publicaciones d'E. Mayr onde proponía l'usu del conceutu d'especie biolóxica hasta 1985 ~dellos taxones bien conocíos, oldea fuertemente cola recién incertidume sobre'l conceutu d'especie a utilizar y la "inflación" nel so númberu, qu'especialmente nos grupos bien estudiaos, inclusive en primates, asocedió en parte significativa por un cambéu na preferencia de los taxónomos del conceutu d'especie biolóxica o BSC al conceutu d'especie filoxenética o PSC.
La preferencia de caltenimientu de la categoría especie traxo un problema extra a la clasificación. Esto animó la elevación al rangu d'especie a les poblaciones que precisaben proteición, más allá de si la decisión podía ser sofitada científicamente. El fenómenu foi descritu na tortúa negra Chelonia agassizi, pero ye probable qu'asocediera tamién n'otros taxones. Esta inflación d'especies taría sesgada escontra formes carismátiques, de gran tamañu, rares y en peligru d'estinción, qu'atraigan interés del públicu y científicu pal so caltenimientu. Un interés local puede llevar a una población a ser llistada aparte, pero'l so sobrevivencia pue ser más probable si xestionar como un componente d'una metapoblación vidable. (Isaac et al. 2004 )
Hubo otres propuestes de midíes de biodiversidá, coles sos consecuencies nes propuestes de caltenimientu, propúnxose como midida de biodiversidá la categoría de xéneru (inclusive en primates, como en Harcourt et al. 2002 ) o les poblaciones, otros estudios abandonaron la taxonomía biolóxica pa describir la biodiversidá con midíes de "diversidá filoxenética". Sicasí, eses midíes pueden quitar curiosu presupuestariu por cuenta de que la opinión pública favorez los taxones especie como unidá de midida. Una solución sería que los checklists o inventarios (llistes d'especies per rexón) amestar de forma globalizada especificando'l conceutu d'especie utilizáu y enllazárense a sinonimies so otros conceutos d'especie, de forma que se sincronicen toles clasificaciones qu'afecten una rexón pa presentar la so diversidá taxonómica ensin dexar de llau nenguna autoridá. La teunoloxía pa faelo ta disponible, pero precisa una inversión institucional fuerte y de llargu plazu.
Informática de la Biodiversidá
upright=1|miniaturadeimagen|derecha|Les zones estandarizadas en Norteamérica como "rexones TDWG" (2ªed) del [[Biodiversity Information Standards (enantes TDWG, "Taxonomic Data Working Group"). "Magar munches vegaes non lo suficientemente reconocíos, los estándares TDWG son utilizaos en munchos softwares populares de biodiversidá informática, que'l so rangu toma dende pequeñes soluciones d'escritoriu hasta redes internacionales de datos de gran escala." ]] El campu d'aición de la informática de la biodiversidá (biodiversity informatics) son les ciencies biolóxiques qu'utilicen como unidá de trabayu los organismos, lo que la diferencia de la ecoinformática (ecoinformatics, la informática al nivel d'organización de los ecosistemes) y la bioinformática (bioinformatics, al nivel d'organización molecular y fisiolóxica).
El material tomao como dixital o a digitalizar en taxonomía consta de los "datos crudos" y los sos metadatos, y de la "lliteratura taxonómica primaria" y los sos respeutivos metadatos. La digitalización rique un id "únicu" pa cada unu d'ellos, idealmente "global", ye dicir únicu n'internet. Por casu la forma más direuta de crear un id global ye concatenar el id del datu col de la so tabla na base de datos col identificador d'esa base de datos n'internet. Hai delles propuestes de formación de id globales y dalguna d'elles puede volvese estandarizada nel futuru, cuando l'aceptación per parte de la comunidá d'usuarios decidir. N'internet amás búscase qu'esti GUI (identificador global únicu, global unique identifier) pueda "resolvese", enllazase al traviés d'internet a un archivu colos sos metadatos y quiciabes una llista d'enllaces a copies del datu taxonómicu, los dos agospiaos na so base de datos online, no que cuando son afechiscamente citaos llamóse'l mundu emerxente de los Linked Open Data de la Big New Biology, la "Nueva Bioloxía Xigante" más "data-céntrica". Los discutinios na comunidá de la informática de la biodiversidá enfocar en 3 tipos de GUIs "autorresolubles", ye dicir que sían una direición d'internet que al tipearla na barra de direiciones devuelva la páxina colos datos o los metadatos: los HTTP URIs (ye dicir URLs), los GUI encamentaos como estándar pol TDWG que son los LSID (que faen usu de les DNS d'internet, y resuelven a una páxina de metadatos), y los DOI, que faen usu d'una autoridá central pa resolvese y son por casu los asignaos por CrossRef pa publicaciones científiques que los resuelve al datu. Los GUIs nun ocupen espaciu nes publicaciones taxonómiques porque los metadatos y el material al que faen referencia pueden amestase en bases de datos esternes, les bases de datos tendríen de ser "copiables" pa amortiguar la posibilidá de que metadatos y datos piérdanse, y p'independizase de les autoridaes que caltienen les bases de datos por aciu buscadores -search engines- específicos o inespecíficos que indexen los GUI, los sos metadatos, los sos locaciones, los sos GUI sinónimos y usos posteriores de los mesmos. Como la unidá de trabayu na clasificación ye l'organismu, los datos crudos y la lliteratura primaria tendríen d'enllazase a los id de los organismos o cepes referenciaos nellos, polo qu'impliquen la necesidá d'un GUI por organismu/cepa. Los id de los organismos son el taxón terminal de les clasificaciones según cada autor. Cada nome de taxón sensu cada fonte tamién precisa un id, pa poder dixebrar sinónimos nomenclaturales del nome y sincronizar conceutos sinónimos con distintu nome.
Los datos primarios y la so lliteratura acomuñada pueden amestase en proyeutos "verticales" d'un taxón daqué cimeru o con llinies d'evidencia que riquen distintes especialistes, la digitalización de los metadatos primarios que tengan "actos nomenclaturales" (establecimientos de nomes, etc.) por taxón "vertical" en mires de crear les tan esperaes Llistes de Nomes Adoptaos (non suprimíos) necesaries pa los Códigos n'usu ye considerada una prioridá pal BioCode. Tamién hai proyeutos "horizontales" como los d'ADN barcodes, la Biodiversity Heritage Library que digitaliza lliteratura taxonómica, los proyeutos que digitalizan los especímenes y los sos metadatos (ficha de coleición, etc.) de les coleiciones de los museos. Dellos sitios web, como la Encyclopedia of Life (EoL) son "iniciatives globales", funcionen como portales que presenten la información "agregada" de "asociaos" (partners), les bases de datos indexadas nellos. El candidatu obviu pa ser el id que combinara bases de datos diverses fuera'l nome científicu, como foi utilizáu en iSpecies y EOL, pero llueu se vieron les sos llimitaciones como identificadores por cuenta de que nun son nin dafechu estables nin globalmente únicos: nos nomes científicos son dexaes, o inevitables, les sinonimies y les homonimies. Idealmente nel futuru los nomes científicos sían reemplazaos por id de conceutos taxonómicos, que puedan resolvese escontra la cita a la que correspuende la descripción del taxón utilizada con toles sos referencies.
Ente les iniciatives más populares dende'l 2003 quiciabes tean:
Pero hubo más de 50 proyeutos en tol mundu. Un problema común a munchos d'ellos fueron les mires irrealistas de los usuarios respectu al númberu de datos que teníen de ser curaos, polo que depués de la fundación inicial los recursos esmorecíense y los proyeutos quedaben deteníos. Un exemplu foi All Species Foundation, creáu nel 2001 por un ambiciosu grupu de "Silicon-Valley types" ente los que taben prominentes investigadores como EO Wilson de Harvard, y Peter Raven del Missouri Botanical Garden. El so oxetivu yera catalogar toles especies del planeta en 25 años, pero nel 2005 el proyeutu morriera. Terminárense les donaciones depués de rematada la "esplosión de la burbuya puntu com" (dot.com bubble burst), una visita del 2005 a la so páxina web namái dicía, "Fuimos" ("Gone"). Nin los assets fueron reutilizaos. EO Wilson yá retomara la idea nel so nuevu proyeutu, la Encyclopedia of Life (EOL), col oxetivu a plazos más modestos d'una páxina web pa cada especie del planeta, presentada pol mesmu EO Wilson nel 2003.
Pero magar yá nel 2010 Padial et al. calcularon que tomaría 400 años de trabayu taxonómicu constante llegar a describir les cerca de 10 millones d'especies d'eucariotes, al 2012, la realidá ye que les coleiciones d'historia natural tán casi tan lloñe de la digitalización completa como 20 años tras, y entá nun hai una verdadera database central d'accesu a coleiciones, nin un rexistru completu de les mesmes pa ufiertar a los usuarios. Al traviés de GBIF, la fonte más grande d'información, Ariño (2010 ) envaloró que yeren accesibles non más del 3% de los datos de especímenes calteníos nes coleiciones de tol mundu. Blagoderov et al. (2012 ) calcularon que'l costo de la digitalización de los cerca de 30 millones de especímenes d'inseutos agospiaos na coleición d'entomoloxía del Muséu d'Historia Natural de Londres, por casu, tomaría 23 años de trabayu continuu de les 65 persones que componen el staff del departamentu, y nel mundu, dependiendo de la coleición los costos varien ente 0,50 a unos cuantos dólares por especímen pa prindar los sos datos dafechu, polo que la digitalización completa de toles coleiciones d'historia natural del planeta costaría unos 150 mil millones d'euros y tomaría unos 1500 años. La solución más común propuesta ye la prioridá de la digitalización sobre la base de la demanda, tamién se propón financiar los costos d'una digitalización "industrial" de les coleiciones.
Delles revistes tradicionales güei esixen que los datos crudos (raw data) sobre los que fueron tomaos los datos de publicaciones taxonómiques sían agospiaos en bases de datos públiques. Tamién son avezaos los artículos "suplementarios" publicaos en formatu puramente electrónicu.
Per otru llau, al 2014, les bases de datos esternes ufierten la posibilidá de publicar monografíes taxonómiques fuera del circuitu de les revistes científiques, coles facilidaes que podría dar una base de datos interactiva. Dellos softwares pa monografíes son les plataformes Scratchpads, KE-EMU, Diversity Workbench Platform, EDIT Platform for Cybertaxonomy (el postreru l'únicu de los llistaos con capacidá d'agospiar clasificaciones alternatives), softwares p'agospiar una base de datos descriptivos y crear claves son Llucíi2, Xper2.
L'harmonización de los Códigos y el BioCode
La IUBS ye un organismu que tien la so participación nos Códigos n'usu y en 1985 formó un Comité de Nomenclatura Biolóxica, que dende esi momentu entamó numberosos congresos y xuntes, a los que se sumaron el auspicio de la IUMS (International Union of Microbiological Societies) y del IAPT, y el sofitu d'organismos como CAB International, el Linnean Society of London, la Royal Society of London, ente otres. En 1994 formóse'l IUBS/IUMS International Committee on Bionomenclature (ICB). Foi'l ICB quien propunxo un primer borrador d'un Códigu unificáu de nomenclatura dempués de los sos esperables congresos y revisiones que foi presentáu como'l "Borrador del BioCódigo 1997" (Draft BioCode 1997) (DL Hawksworth, presidente de la IUBS ).
El Biocode propunxo que fuera utilizáu en reemplazu de los Códigos n'usu, pero'l so usu nun foi implementáu polos autores de publicaciones taxonómiques. La crítica principal consistía en qu'había baxa disposición de botánicos y zoólogos n'aprendese tou un conxuntu de regles nueves, argumentando que los problemes esistentes podíen superase reformando cada Códigu n'usu, lo que quiciabes ta rellacionáu cola crítica de ser "poco maduros"   al presentar una propuesta asemeyada.
La crítica foi escuchada y la nueva versión del BioCode, el Draft BioCode 2011, foi sustancialmente reescrita de forma non de reemplazar los Códigos actuales, sinón p'aprovir un marcu común que los englobe. Ta repensáu pa ser utilizáu xunto colos Códigos n'usu -a los que llama los Códigos Especiales-, como'l so complementu, y ta llistu pal so implementación inmediata. Ye un "terso testu de namái 35 artículos", que refier a los demás Códigos cuando lu considera apropiáu, pero pa la mayoría de los propósitos puede funcionar por sigo mesmu. Propón un númberu de meyores futures, que dependen de que se faigan reformes nos Códigos Especiales pa poder efeutuase "y que esperablemente disparen eses reformes". Una d'elles ye'l requerimientu de rexistrar nomes nuevos y actos nomenclaturales (por casu les designaciones de lectotipos), que na nueva versión foi modificada pa tomar ventaya de los recién progresos teunolóxicos. Otres innovaciones propuestes son el requerimientu de que les descripciones de nuevos taxones sían n'inglés o llatín (nel 2011 inda se debíen faer en llatín pa plantes, y en cualquier llingua n'animales), la opción de protexer nomes y los sos atributos per mediu de Llistes de Nomes Adoptaos, el prospeutu d'evitar los homónimos ente-Códigos pa los nomes futuros, y el permisu, pa los llamaos organismos "ambirregnos", d'usar sufixos de cualquier Códigu pa los nomes supragenéricos, independientemente del Códigu que se tea aplicando. Introduz rangos adicionales a los primarios (profamilia ente familia y subfamilia, progénero ente xéneru y subxéneru, proespecie ente especie y subespecie) de forma d'implementar les regles de forma retroactiva pa tolos tipos d'organismos ensin efeutos desestabilizadores nel sistema actual de nomes. (W Greuter, secretariu de la ICB ).
A empiezos d'esti sieglu, la rápida evolución de les bases de datos dexó n'evidencia que ye más práutica la producción de llistes de nomes adoptaos por taxón, y la nueva edición foi creada por que les sos provisiones puedan ser adoptaes en distintu momentu por distintos taxones dientro de cada Códigu, lo cual taría determináu pol cuerpu internacional mandatariu apropiáu pa cada taxón si fuera operacional. (DL Hawksworth ).