GEPRO: Gene Expression Profiler for DNA microarray data

Summary The DNA microarray technology has been widely employed in recent biological research. However, the unprecedented large amount of data produced by the technology has presented inevitable challenges to biological scientists, forcing individual researchers to take extensive training or rely on database specialists for the use of the data. Microsoft Excel® has a number of convenient functions and may be the most widely used spreadsheet package for data storage and manipulation. Therefore, we developed a userfriendly, Excel spreadsheet-based microarray data-managing program. The program, gene expression profiler (GEPRO), is designed to facilitate organizing miocroarray data, performing statistical analysis, and displaying the results. Using GEPRO's filtering and sorting capabilities, a user can easily identify differentially expressed genes, display the expression profiles of the genes of interest, and present and save the analyzed data in a user-defined way. The versatility and utility of GEPRO should enable bench work researchers to maximize the use of their microarray data. The GEPRO is freely available for noncommercial users at http://www.mc.uky.edu/cls/ko/gepro1.html. Key words: database, gene expression, microarray, Microsoft Excel. Resumen La tecnologia de microarreglos de DNA es actualmente empleada de manera amplia en investigacion biologica. Sin embargo, el manejo de la enorme cantidad de datos generados por la misma representa un desafio para los investigadores, forzandolos a invertir valioso tiempo en capacitacion sobre dicho manejo, o a confiar el uso de la misma a especialistas en bases de datos. El programa Excel® de Microsoft, la hoja de calculo mas ampliamente utilizada a nivel mundial, que cuenta con muchas funciones utiles para almacenamiento y manipulacion de datos, fue utilizado por nosotros para desarrollar una aplicacion amigable para el manejo de datos generados por microarreglos de DNA. Nuestro programa, llamado "Gene Expression Profiler" (GEPRO), esta disenado para facilitar la organizacion de datos de microarreglos, realizar su analisis estadistico, y presentar los resultados. Utilizando la posibilidad de filtrado y ordenamiento de datos que ofrece GEPRO, el usuario puede identificar facilmente diferentes genes, observar los perfiles de expresion de los genes de interes, asi como presentar y guardar los datos de diversas maneras. La versatilidad y utilidad de GEPRO ayuda a los investigadores a maximizar la utilizacion de sus datos de microarreglos. GEPRO es una aplicacion gratuita, disponible para uso no comercial en http://www.mc.uky.edu/cls/ko/gepro1.html. Palabras clave: bases de datos, Excel de Microsoft, expresion de genes, microarreglos. Resumo A Tecnologia dos Mircroarranjos de DNA e muito empregada em pesquisa biologica. Mas o manejo da grande quantidade de dados gerados e um desafio para os pesquisadores, os quais estao sendo forcados a realizar grandes investimentos economicos e de tempo para sua capacitacao ou em confiar em expertos da informatica para analisar seus dados. O programa Excel® da Microsoft, amplamente utilizada no mundo foi utilizado para desenvolver uma aplicacao amigavel para o manejo de dados gerados por Mircroarranjos de DNA. O nosso programa, chamado "Gene Expression Profiler" (GEPRO), esta desenhado para facilitar a organizacao de dados, permite realizar as respectivas analises estatisticas e apresentar os resultados. Utilizando a possibilidade de filtrar e organizar os dados que oferece GEPRO, o usuario pode identificar pares de genes, observarem os perfis da expressao dos genes de interesse, assim como a possibilidade de apresentar e salvar os dados de diferentes formas. A versatilidade e a utilidade do programa, ajuda aos pesquisadores a maximizar a utilizacao dos dados. GEPRO e uma aplicacao gratuita para uso nao comercial, disponivel em http://www.mc.uky.edu/cls/ko/gepro1.html. Palavras chave: bases de dados; Excel de Microsoft, expressao genica, microarranjos.