Caractérisation d'éléments conjugatifs intégratifs (ICE) chez Mycoplasma hominis

Les mycoplasmes sont des bacteries a petit genome derivees d’ancetres a Gram positif par une succession de pertes de materiel genetique. Il a longtemps ete considere que la reduction genetique etait la seule force regissant l’evolution de ces bacteries, cependant, des transferts horizontaux de grandes regions chromosomiques au sein et entre les especes de mycoplasmes ont ete recemment mis en evidence. Des elements conjugatifs et integratifs (ICE) decouverts chez certaines especes de mycoplasme pourraient etre a l’origine de ces transferts. Ces ICEs codent les systemes necessaires pour leur excision, leur transfert conjugatif et leur integration dans la cellule receveuse.Mycoplasma hominis est un mycoplasme commensal des voies genitales qui peut etre responsable d’infections gynecologiques, d’infections neonatales et d’infections extragenitales. L’analyse preliminaire de genomes de M. hominis avait montre la presence de regions codantes caracteristiques des ICEs. Les objectifs de cette these etaient de rechercher et caracteriser les ICEs chez 12 isolats cliniques de M. hominis entierement sequences et de determiner la prevalence de ces ICEs au sein de l’espece M. hominis. Pour cela, une etude retrospective sur une periode de 6 ans a ete menee sur des isolats cliniques obtenus au CHU de Bordeaux. Les concentrations minimales inhibitrices des tetracyclines et des fluoroquinolones ainsi que les mecanismes de resistance ont ete determines, permettant de disposer d’une collection d’isolats cliniques caracterises pour l’etude des ICEs.Des ICEs de pres de 30 kpb ont ete trouves en une ou plusieurs copies dans sept des 12 souches de M. hominis sequencees. Seulement cinq de ces ICEs semblaient fonctionnels puisqu’une forme circulaire a pu etre detectee. Tous les ICEs de M. hominis presentaient une structure similaire avec un module specifique de M. hominis d’environ 4-kpb, codant des proteines ayant des caracteristiques structurelles similaires a des effecteurs TAL (transcription activator-like), impliques dans la reconnaissance de nucleotides et dans la transduction de signaux chez les bacteries symbiotiques. La caracterisation des mecanismes de resistance aux antibiotiques des isolats cliniques de M. hominis collectes au CHU de Bordeaux nous a permis de disposer d’une collection de 183 isolats isoles entre 2010 et 2015, parmi lesquels 14,8% etaient porteur du gene tet(M) responsable de la resistance aux tetracyclines, 2,7% etaient resistant a la levofloxacine et 1,6% etaient resistants a la moxifloxacine par mutation des genes de la topoisomerase IV et de l’ADN gyrase. Le screening de 120 de ces isolats cliniques a revele une prevalence elevee des ICEs dans l’espece M. hominis, mesuree a 45%. Il n’y avait pas de predominance des ICEs dans les isolats portant le gene tet(M), suggerant que les ICEs n’etaient pas responsables de la dissemination de la resistance a la tetracycline.Des experiences complementaires de conjugaison seront necessaires pour confirmer la fonctionnalite des ICEs retrouves dans l’espece M. hominis. Cependant, la forte prevalence et le caractere tres conserve des ICEs chez M. hominis suggerent que ces ICEs pourraient conferer un avantage selectif pour la physiologie ou la physiopathologie de la bacterie. Ce travail ouvre ainsi la voie a de futures etudes qui permettront une meilleure comprehension des transferts horizontaux de genes et des facteurs de virulence chez M. hominis.