১৫৬১ সালে ১৮ বছর বয়সি মেরি সংস্কারসাধনের অধীনে স্কটল্যান্ডে ফিরে আসে, যখন প্রটেস্টান্ট নেতারা স্কটিশ সংসদের নিয়ন্ত্রণ গ্রহণ করেছিল এবং পোপের কর্তৃত্ব বিলুপ্ত করেছিল।
মেরি যখন স্কটল্যান্ডে ফিরে আসেন, তখন তিনি মাত্র একজন কিশোরী ছিলেন।