ফিলিপ দ্বিতীয়-এর সবচেয়ে দীর্ঘস্থায়ী উত্তরাধিকার হলো মাদ্রিদের উত্তর-পশ্চিমে সিয়েরা দে গুয়াদারামার পাদদেশে অবস্থিত একটি বিশাল প্রাসাদ ও মঠ এল এসকোরিয়াল।
ফেলিপে দ্বিতীয়-এর সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ উত্তরাধিকার ছিল তার সন্তানরা।