যদিও জেন দ্বাদশ শতাব্দী থেকে জাপানে উপস্থিত ছিলেন, তার প্রতিপত্তি কামাকুরা শাসনের অধীনে শুরু হয়েছিল, যা রহস্যময় চীনা দর্শনকে জাপানী সংবেদনশীলতা, ইমপ্রেশনিজম এবং ফর্ম এবং আচারের প্রেমের সাথে প্রশংসনীয়ভাবে মানানসই বলে মনে করেছিল।
যদিও জেন প্রথম দিকে জাপানে উপস্থিত ছিলেন, কিন্তু যারা এটি অভ্যাস করত তাদের ধ্বংস করার চেষ্টায় বৌদ্ধরা দ্রুত এটিকে নির্মূল করেছিল।