তোকুগাওয়া শোগুনরা খ্রিস্টান ধর্মকে নিষিদ্ধ ঘোষণা করে এবং নাগরিকদের বৌদ্ধ হিসেবে নিবন্ধন করার আদেশ দেয়। এর পর কোফুকুজি মন্দিরই ছিল চীনাদের নির্মিত জেন বৌদ্ধ মন্দিরগুলোর মধ্যে প্রথম।
১৫০০ সালের শেষের দিকে চীনারা কোফুকুজি মন্দির নির্মাণ করেছিল।