খ্রিস্টধর্মে তার কেন্দ্রীয় কর্তৃপক্ষের প্রতি হুমকি দেখে, হিদেয়োশি পদ্ধতিগতভাবে খ্রিস্টীয় কার্যকলাপ দমন করেন; ১৫৯৭ সালে ছয় জন মিশনারি এবং ২০ জন জাপানি ধর্মান্তরিতকে নাগাসাকিতে ক্রুশবিদ্ধ করা হয়।
১৫৯৭ সালের পরে আরও অনেক খ্রিস্টানকে হত্যা করা হয়েছিল।