১৫৮৮ সালে মরগান মারা যান তার কাজ শেষ হওয়ার আগে, কিন্তু প্রকৃতি তার জামাইকাকে যা দিয়েছিল তা শেষ করে ১৬৯২ সালে শক্তিশালী ভূমিকম্প হয়েছিল, এবং পোর্ট রয়্যাল সমুদ্রে ডুবে গিয়েছিল, স্প্যানিশ থেকে চুরি করা অনেক সম্পদ নিয়ে।
তিনি বেঁচে থাকতে পারতেন কিন্তু পোর্ট রয়্যালের পতন ঘটে।