১৬০০ সালের প্রথম দিকে কিয়োতো থেকে এদো (বর্তমানে টোকিও) পর্যন্ত জাতীয় রাজধানী সরিয়ে নেওয়ার জন্য হিদেয়োশির পরবর্তী সিদ্ধান্ত থেকে শহরটি অনেক দিক থেকে পুনরুদ্ধার করতে পারেনি। ১৮৬৮ সালে তরুণ সম্রাট মেইজি কর্তৃক একটি আঘাত যা সম্রাট পরিবারকে টোকিওতে স্থানান্তরিত করে।
সম্রাট এডোকে কিয়োতোর দিকে বেশি পছন্দ করতেন।