কিন্তু তার দ্বিতীয় মেয়াদে আঞ্চলিক অস্থিরতার সমস্যাগুলি ছিল, বিশেষত দেশের উত্তর-পূর্ব অঞ্চলের আসামে, যেখানে স্থানীয় গণহত্যা ৩,০০০ জনকে হত্যা করেছিল এবং পাঞ্জাবে, যেখানে শিখ জঙ্গিরা বৃহত্তর স্বায়ত্তশাসন এবং এমনকি স্বাধীনতার জন্য সহিংস বিক্ষোভ মঞ্চস্থ করেছিল।
তার দ্বিতীয় মেয়াদ ছিল এ অঞ্চলের সবচেয়ে শান্তিপূর্ণ সময়।