ফেমা বিশেষ মিশন সম্পর্কিত চ্যালেঞ্জেরও মুখোমুখি হয়, যার মধ্যে রয়েছে দুর্যোগ সহায়তা অনুরোধের সময়োচিত প্রতিক্রিয়া প্রদান, ব্যয়-সাশ্রয়ী প্রশমন প্রচেষ্টার মাধ্যমে ভবিষ্যতের দুর্যোগ থেকে ক্ষতি ও ক্ষয়ক্ষতি রোধ বা হ্রাস করা এবং অন্যান্য ফেডারেল, রাজ্য ও স্থানীয় কর্মসূচিগুলির সাথে কার্যকরভাবে কাজ করা।
ফেমা সম্প্রতি তাদের সব মিশন সম্পন্ন করেছে এবং তাই আর কোন চ্যালেঞ্জ নেই।