সা.কা.পূ. ১৫০০ সাল পর্যন্ত সান্টোরিনি সাইক্লেডের অন্যান্য দ্বীপগুলোর মতোই ছিল, যখন এর আগ্নেয়গিরির এক ব্যাপক অগ্ন্যুৎপাত দ্বীপটির সম্পূর্ণ অভ্যন্তরকে বায়ুমণ্ডলের মধ্যে নিয়ে গিয়েছিল, এর কয়েক বছর পর পৃথিবীর জলবায়ু পরিবর্তন করেছিল।
সান্তোরিনিকে সব সময় অন্য সব দ্বীপের মত দেখায়, এই পাহাড় একটা আগ্নেয়গিরি কিন্তু এটা সক্রিয় না।