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This repository accompanies the paper:



Structural basis for synergistic antibody protection against the essential malaria invasion complex protein RIPR

Barnabas G. Williams; Jordan R. Barrett; Josefin Bartholdson Scott; Cassandra A. Rigby; Matteo Cagiada; Doris Quinkert; Kirsty McHuhh; Anna Huhn; Sean A. Burnap; Camille Gourjault; Francesca Byrne; Sai Sundar Rajan Raghavan; Ana Rodrigues; Laura Bergamaschi; Beatrice Balzarotti; Simon Watson; Noah Miller; Lloyd D.W. King; Francesca R. Donnellan; Camilla Gladstone; Jemima Paterson; Stefania Scalabrino; Sarah E. Silk; Jo Salkeld; Angela M. Minassian; Katherine Skinner; Weston B. Strewe; Charlotte M. Deane; Stephen T. Reece; Andrew B. Ward; Simon J. Draper 


This repository includes jall the molecular dynamics (MD) simulations of RIPR referenced in the main manuscript.

To reproduce the results and figures in the manuscriptusing the simulation in this repository please follow the instruction in the GitHub repository: https://github.com/matteo-cagiada/_2025_Williams_RIPR.

 



🧩 Simulation System Naming


The molecular dynamics simulations stored in this repository are labeled according to chain identifiers in the crystal structure.Below is a mapping between the simulation names used in the notebook and the corresponding system compositions:




MD Label
System Description




ripr_all_domain
RIPR + RP.035 + RP.047 + RP.057 + RP.063 + RP.073 + RP.093


ripr_LM_HI_JK_domain
RIPR + RP.035 + RP.047 + RP.057


ripr_HI_JK_DE_domain
RIPR + RP.052 + RP.047 + RP.057


ripr_BO_CD_EF_domain
RIPR + RP.063 + RP.073 + RP.093


ripr_LM_JK_domain
RIPR + RP.035 + RP.057


ripr_HI_JK_domain
RIPR + RP.047 + RP.057


ripr_LM_BO_domain
RIPR + RP.035 + RP.093


ripr_LM_domain
RIPR + RP.035


ripr_HI_domain
RIPR + RP.047


ripr_JK_domain
RIPR + RP.057


ripr_BO_domain
RIPR + RP.093


ripr_DE_domain
RIPR + RP.052


ripr_only
RIPR alone
DOI: 10.5281/zenodo.17315520
title: MD Simulations for Williams B.G., et. al. (2025)

description: Supplementary Information for MD simulations in: Williams B.G., et.al. (2025)

This repository accompanies the paper:



Structural basis for synergistic antibody protection against the essential malaria invasion complex protein RIPR

Barnabas G. Williams; Jordan R. Barrett; Josefin Bartholdson Scott; Cassandra A. Rigby; Matteo Cagiada; Doris Quinkert; Kirsty McHuhh; Anna Huhn; Sean A. Burnap; Camille Gourjault; Francesca Byrne; Sai Sundar Rajan Raghavan; Ana Rodrigues; Laura Bergamaschi; Beatrice Balzarotti; Simon Watson; Noah Miller; Lloyd D.W. King; Francesca R. Donnellan; Camilla Gladstone; Jemima Paterson; Stefania Scalabrino; Sarah E. Silk; Jo Salkeld; Angela M. Minassian; Katherine Skinner; Weston B. Strewe; Charlotte M. Deane; Stephen T. Reece; Andrew B. Ward; Simon J. Draper 


This repository includes jall the molecular dynamics (MD) simulations of RIPR referenced in the main manuscript.

To reproduce the results and figures in the manuscriptusing the simulation in this repository please follow the instruction in the GitHub repository: https://github.com/matteo-cagiada/_2025_Williams_RIPR.

 



🧩 Simulation System Naming


The molecular dynamics simulations stored in this repository are labeled according to chain identifiers in the crystal structure.Below is a mapping between the simulation names used in the notebook and the corresponding system compositions:




MD Label
System Description




ripr_all_domain
RIPR + RP.035 + RP.047 + RP.057 + RP.063 + RP.073 + RP.093


ripr_LM_HI_JK_domain
RIPR + RP.035 + RP.047 + RP.057


ripr_HI_JK_DE_domain
RIPR + RP.052 + RP.047 + RP.057


ripr_BO_CD_EF_domain
RIPR + RP.063 + RP.073 + RP.093


ripr_LM_JK_domain
RIPR + RP.035 + RP.057


ripr_HI_JK_domain
RIPR + RP.047 + RP.057


ripr_LM_BO_domain
RIPR + RP.035 + RP.093


ripr_LM_domain
RIPR + RP.035


ripr_HI_domain
RIPR + RP.047


ripr_JK_domain
RIPR + RP.057


ripr_BO_domain
RIPR + RP.093


ripr_DE_domain
RIPR + RP.052


ripr_only
RIPR alone
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/rylzza
title: Ottobre_1886_Pagina_036.jpg

description: Bulletin of 1886/10/09
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/s3xrjr
title: Ottobre_1886_Pagina_037.jpg

description: Bulletin of 1886/10/10
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/dd5mbb
title: Ottobre_1887_Pagina_025.jpg

description: Bulletin of 1887/10/07
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/jfnksg
title: Ottobre_1887_Pagina_024.jpg

description: Bulletin of 1887/10/06
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/qwu4gk
title: Ottobre_1886_Pagina_038.jpg

description: Bulletin of 1886/10/10
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/s1uhgt
title: Ottobre_1887_Pagina_026.jpg

description: Bulletin of 1887/10/07
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/u8u0om
title: Ottobre_1886_Pagina_039.jpg

description: Bulletin of 1886/10/10
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/rgoxfj
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description: Bulletin of 1887/10/07
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description: Bulletin of 1886/10/10
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/lzytfp
title: Ottobre_1887_Pagina_028.jpg

description: Bulletin of 1887/10/07
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/7xmmbv
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description: Bulletin of 1886/10/11
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/sxoldw
title: Ottobre_1886_Pagina_041.jpg

description: Bulletin of 1886/10/11
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/sebzch
title: Ottobre_1887_Pagina_030.jpg

description: Bulletin of 1887/10/08
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/vvzjzg
title: Ottobre_1887_Pagina_029.jpg

description: Bulletin of 1887/10/08
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/ps9juo
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description: Bulletin of 1886/10/11
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/gbjnlz
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description: Bulletin of 1887/10/08
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description: Bulletin of 1886/10/11
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/jkyxlz
title: Ottobre_1887_Pagina_032.jpg

description: Bulletin of 1887/10/08
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description: Bulletin of 1886/10/12
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DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/nv6uo5
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description: Bulletin of 1886/10/12
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/uibze0
title: Ottobre_1886_Pagina_046.jpg

description: Bulletin of 1886/10/12
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/3dwbgn
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description: Bulletin of 1887/10/09
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description: Bulletin of 1887/10/09
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description: Bulletin of 1886/10/12
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/3whymt
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description: Bulletin of 1887/10/09
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description: Bulletin of 1886/10/13
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description: Bulletin of 1886/10/13
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description: Bulletin of 1886/10/13
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description: Bulletin of 1887/10/10
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/qapopy
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description: Bulletin of 1887/10/10
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/1qw5tu
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DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/khod8y
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description: Bulletin of 1887/10/10
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/g4vqtx
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description: Bulletin of 1886/10/14
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/xssbdy
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DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/hki2sz
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description: Bulletin of 1886/10/14
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/8v07kr
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description: Bulletin of 1887/10/11
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/hkgthc
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description: Bulletin of 1886/10/14
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/iwngfh
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description: Bulletin of 1887/10/11
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/x1f3l4
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description: Bulletin of 1887/10/11
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/uslqgz
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description: Bulletin of 1886/10/15
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/ylpgpu
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description: Bulletin of 1886/10/14
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/76iuxz
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description: Bulletin of 1887/10/12
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/gruaao
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DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/wdp329
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DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/xswefq
title: Ottobre_1886_Pagina_059.jpg

description: Bulletin of 1886/10/15
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/brzoe7
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description: Bulletin of 1887/10/12
DOI: 10.13130/rd_unimi/6coxbd/hbkrgl
title: Ottobre_1886_Pagina_060.jpg

description: Bulletin of 1886/10/15
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/0pfu10
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description: Bulletin of 1887/10/13
DOI: 10.13130/rd_unimi/emauol/yo7uqf
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description: Bulletin of 1887/10/12