cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.14457/msu.res.2018.36
title: Oleic acid and palmitic acid induced non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) in HepG2 model

description: Oleic acid (OA) is a monounsaturated fatty acid which is the major constituent of plant oils including olive oil and almond oil while palmitic acid (PA) is a saturated fatty acid which is commonly found in nature such as palm oil and lard oil, and also in human body. These fatty acids have shown the effects on both health benefits and diseases. In recent years, an interest in metabolic impact has been renewed and suggested that OA and PA can induce steatosis which is defined as 5.5% intrahepatic fat disposition of total liver weight. Hence, this study aimed to establish optimal models of fatty acid-induced non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) in HepG2 cells. HepG2 cells (5?105 cells/well) were cultured in DMEM containing 10% fetal bovine serum for 24 h before treated with 1 and 5 mM of OA and PA for 24 h. The control group was simply subjected to 0.5% isopropanol. After 24-h of the treatments, histology was observed with Oil Red O (ORO) staining. Alanine aminotransferase (ALT), aspartate aminotransferase (AST), and expression of peroxisome proliferator-activated receptors-alpha/gamma (PPAR-?/?) mRNA were determined. A large number of lipid droplets were detected in HepG2 cells exposed OA and PA in a dose-dependent pattern in which the histomorphological features of both OA- and PA-exposure at the dose of 5 mM exhibited cell shrinkage especially that of PA. Levels of AST and ALT were unchanged while the expression of PPAR-?/? mRNA were elevated by both OA and PA in a dose-dependent manner. OA and PA note as potential compounds to induce steatosis in HepG2 cells with the optimal concentration of 1 mM for stimulation of simple steatosis
description: nevertheless OA is more potent steatogenic than PA with less apoptotic effect.
DOI: 10.14457/msu.res.2018.37
title: Optimization of process variables for pulsed vacuum osmotic dehydration of model food cubes

description: Pulsed vacuum osmotic dehydration (PVOD) is an application of vacuum pressure at the beginning of osmotic dehydration (OD). It can introduce mass transfer during impregnation process of foods. The aim of this study was to investigate the optimum conditions to achieve high water removal and solid gain in a model food cube. The process variables were agar-gel cube bulk density (0.65-0.85 g/ml), sucrose concentration (30-60 % w/w) and vacuum impregnation time (10-30 min). The pulse vacuum treatment was applied at 150 mbar for 10-30 min followed by an atmospheric pressure operation up to 180 min. The process was optimized using response surface methodology (RSM). The results showed that water loss (WL), solids gain (SG), weight reduction (WR) and WL/SG were contributed to process variables. Moreover, sucrose concentration was the most effective among all response variables as compared with vacuum time and bulk density. The WR, WL, SG and WL/SG values were fitted to a quadratic model (R2 0.9920-0.9989). The optimal process conditions for a model food were 0.72 g/ml of bulk density, 58.41 % w/w of sucrose concentration and 11.47 min of vacuum time. The predicted values of WL and SG were 25.57 % and 27.78 %, respectively. This study has revealed that, under the experimental conditions, an appropriate WL/SG ratio will be useful for food formula modification in new product development.
DOI: 10.14457/sut.res.2017.28
title: การเพาะเลี้ยงอับเรณูทานตะวันเพื่อผลิตสายพันธุ์แท้
DOI: 10.14458/stiu.the.2017.74
title: Viet Bread Company in Vietnam
DOI: 10.14458/stiu.the.2017.75
title: Waridi training center
DOI: 10.14458/stiu.the.2017.77
title: ความคาดหวังของข้าราชการชั้นสัญญาบัตร หน่วยงานสำนักงานตรวจสอบภายใน กลาโหมต่อการเลือกศึกษาสาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์
DOI: 10.5285/f156350cfc3245dfa9f6c7252da5cd08
title: Climate Communication Project: Representing the Majority questionnaire asking participants about their attitudes towards climate change

description: This dataset contains a spreadsheet of responses to a questionnaire asking participants about their attitudes towards climate change. This data has been fully anonymised by the author. This data was collected as part of the Climate Communication Project which was a collaboration between academics and practitioners working on public engagement with climate change. NERC Grant NE/R011974/1.
DOI: 10.14455/trf.res.2017.1
title: โครงการ การจัดทำแผนที่มรดกวัฒนธรรม เมืองหน้าด่าน : เมืองกาญจนบุรี(เก่า) อำเภอเมือง จังหวัดกาญจนบุรี
DOI: 10.14457/cu.res.2012.99
title: การพัฒนาเพื่อการติดตามและประเมินผลต้นแบบสภาพแวดล้อมที่เหมาะสมกับการใช้ชีวิตของผู้สูงอายุอย่างมีคุณภาพ
DOI: 10.14457/mju.res.2017.1
title: โครงการวิจัย "การจัดการโซ่อุปทานและโลจิสติกส์เพื่อเสริมสร้างขีดความสามารถในการแข่งขันของผลิตภัณฑ์ทุเรียนในภาคใต้"
DOI: 10.14457/msu.res.2018.39
title: Plant growth promoting activity of two plant extracts combined with chitosan on chilli seedlings

description: Plant extracts can enhance and promote plant growth by a wide variety of mechanisms. Some of these aqueous plant extracts were screened in vitro for their plant growth promoting trait such as the production of amylase, ammonia, acetoin and indole acetic acid (IAA). All the aqueous tests produced amylase, ammonia and IAA, whereas the production of acetoin was only possible with 10% papaya pericarp plus effective microorganisms (EM), and with 10% papaya pericarp in EM with chitosan: 200, 400 and 600 ppm. Many treatments showed two times efficiency, much better than the control treatment at 192 h for chilli seedlings. Treatments with EM 1% extract and 1% papaya leaf + pineapple leaf in EM with chitosan 600 ppm presented the highest chilli seed germination index vigor for seedlings at 137% and 1056, respectively.
DOI: 10.14457/msu.res.2018.41
title: Preliminary Groundwater Quality Assessment under Groundwater Banking Project for Agricultural Uses in Tung Kula Rong Hai

description: Tung Kula Rong Hai, Roi Et is one of the key player in the global food supply chain and a major jasmine rice production area in Thailand. However, dough, flood and water management are the big problems in this area, resulting in low rice yield compared with other regions. Groundwater banking projects were established to enhance water supply reliability and resolve flood problem, but groundwater quality from banking is unclear. So, this paper aims to examine the groundwater quality assessment for agricultural uses in terms of physical and chemical properties and map it using Geographic Information System. Based upon the groundwater flow direction, groundwater samples were collected from the shallow monitoring wells and deep ponds, covering the area of 4.8 km2. The results showed that groundwater from deep pond is weakly acidic with mean acidity being from 5 to 5.8 and high level of turbidity (67% of samples), whereas, other measured parameters were lower than the standard, which showed suitability for agriculture uses. Also, 30% of samples from shallow wells showed, good or permissible water quality for agricultural and irrigation uses according to pH, total dissolve solid (TDS), conductivity, salinity, sodium adsorption rate (SAR) and hardness. However, more than 30% of samples of shallow wells were observed with very low quality of water due to high level of salinity (&gt;1.5 g/L), conductivity (&gt;2250 us/cm), SAR (&gt;26 SAR), TDS (&gt;2000 mg/L), which showed shallow groundwater as less suitable for agricultural uses and irrigation and plot it on Geographic Information System.
DOI: 10.14457/msu.res.2018.43
title: The antioxidant capacities of ethanolic extract from traditional herbs in Sahatsakhan district, Kalasin province

description: This study was aim to evaluate the antioxidant activities by DPPH and ABTS+ assay and also to determine total phenolic (Folin-Ciocalteau) and flavonoid contents reaction with AlCl3 of crude extract from traditional herbs Yanangdang (Bauhinia strychnifolia Craib), Kha-min-creau (Arcangelisia flava (L.) Merr), Khum-peng-ged-chan (Salacia chinensis L.), Plao-yai (Croton oblongifolius Roxb.) and Ya-sam-khom (Scleria levis Retz.). The ethanolic extract of Yanangdang revealed that the highest antioxidant capacity in DPPH radical scavenging activity, total polyphenol and flavonoid contents as IC50 6.86 mg/L., 528.42 mgGAE/g DW and 168.39 mgQE/g DW, respectively. Kha-min-creau showed the highest scavenging activities in ABTS+ assay as 4.91 mg/L. The results indicated that the traditional herbs are a good natural source of antioxidant compounds for use as supplementary food.
DOI: 10.14457/msu.res.2018.44
title: Utilization of sugarcane syrup and non-lysed dried spent brewer's yeast for cost effective succinate production by Actinobacillus succinogenes

description: In this study, non-lysed dried spent brewer's yeast (DSB) was evaluated as a low-cost nitrogen source for succinate production by Actinobacillus succinogenes 130ZT using sugarcane syrup as an inexpensive source of carbon. The results indicated that the DSB could promote the succinate production efficiency. Succinate concentration at 8.32 g/L with a yield of 0.82 (g/g glucose) from 15 g/L initial glucose that were supplemented with 30 g/L of DSB were achieved. This result was comparable to that obtained using commercial yeast extract at 5 g/L in which succinate concentration at 8.37 g/L was obtained. The highest yield and productivity of succinate at 0.74 g/g glucose and 0.53 g/L/h in glucose-based medium were obtained, respectively by controlling pH at 6.8 and continuously supplying external CO2. The optimized concentration of sugarcane syrup was observed at 10% (w/v) in which the succinate concentration at 35.75 g/L with a yield of 0.76 (g/g glucose) were attained. The present study suggested that DSB and sugarcane syrup could be used as nitrogen and carbon sources for industrial succinate production.
DOI: 10.14457/mu.res.2016.7
title: โครงการ "การวิจัยเพื่อพัฒนาระบบโลจิสติกส์ โรงพยาบาลชุมชน"
DOI: 10.14457/swu.res.2017.1
title: โครงการ การตระหนักรู้ และความคาดหวังต่อตราสัญลักษณ์ฮาลาลในอาเซียนของผู้บริโภคชาวมุสลิมในอาเซียน และผู้บริโภคชาวมุสลิมที่มีศักยภาพ
DOI: 10.14455/trf.res.2016.1
title: โครงการวิจัย การศึกษาแนวทางการผลิตและการตลาดกระเทียมคุณภาพเพื่อรองรับการเปิด AEC บ้านห้วยโป่ง ตำบลห้วยโป่ง อำเภอเมือง จังหวัดแม่ฮ่องสอน
DOI: 10.14455/trf.res.2017.2
title: พื้นที่ทางวัฒนธรรม ในกลุ่มชาติพันธุ์ปลัง จากการศึกษาเปรียบเทียบ ตำราการทำนายด้วยกระดูกไก่ จากสามหมู่บ้านใน พื้นที่เชียงรายและรัฐฉาน ประเทศสหภาพเมียนมา
DOI: 10.14455/trf.res.2017.3
title: โครงการ “การรับรู้ผลกระทบและการปรับตัวของเกษตรกรชาวสวนยางพารา และอุตสาหกรรมยางพาราจากการเข้าร่วมประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน – กรณีศึกษาจังหวัดสงขลา”
DOI: 10.14455/trf.res.2017.4
title: โครงการ การบริหารจัดการวัสดุเหลือใช้ในท้องถิ่นเพื่อผลิตปุ๋ยอินทรีย์จากวัสดุเหลือใช้ในท้องถิ่นมาใช้ในการลดต้นทุนการเกษตรในพื้นที่ลุ่มน้ำปิง จังหวัดลำพูน - เชียงใหม่
DOI: 10.14457/kmitl.res.2016.35
title: การเตรียมความพร้อมด้านกาลังคนเพื่อสร้างโซ่คุณค่า อุตสาหกรรมสิ่งทอและเครื่องนุ่งห่มไทยในการเข้าสู่ประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน
DOI: 10.14457/psu.res.2016.4
title: เศรษฐกิจการเลี้ยงเป็ดไล่ทุ่งในภาคใต้ของประเทศไทย ภายใต้กระแสการเปลี่ยนแปลง
DOI: 10.14458/utcc.res.2017.1
title: โครงการ: การศึกษากฎหมายเพื่อพัฒนาความร่วมมือด้านการขนส่งสินค้าผ่านแดน ของประเทศไทยกับประเทศเพื่อนบ้าน เพื่อรองรับการเข้าสู่ประชาคมอาเซียน
DOI: 10.14457/cmu.the.2008.1031
title: การต่อรองและปรับตัวของคนพลัดถิ่น : กรณีศึกษาชาวไทใหญ่พลัดถิ่นในเมืองเชียงใหม่
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.723
title: ผลการเสริมใบฝรั่งและใบคูณ ต่อการยับยั้งเชื้อ E.coli ในระบบทางเดินอาหารของสุกรหย่านม
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.724
title: การซ่อมสร้างประวัติศาสตร์และความทรงจำหลอน : การศึกษากิจกรรมจากความทรงจำกรณี "ถังแดง" ในชุมชนลำสินธุ์ อำเภอศรีนครินทร์ จังหวัดพัทลุง
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.725
title: การสร้างแบบวัดทักษะชีวิต ของนักเรียนในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.726
title: การพัฒนาระบบควบคุมการน็อกของเครื่องยนต์ดีเซลอเนกประสงค์ทางการเกษตร ที่ใช้เชื้อเพลิงก๊าซชีวภาพแบบผสม
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.727
title: การพัฒนาระบบเฝ้าระวังการติดเชื้อในโรงพยาบาลด้วยวิธีการพัฒนาคุณภาพ โดยความร่วมมือของโรงพยาบาลชุมชน จังหวัดเชียงราย
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.728
title: สมรรถนะของกระบวนการโคแอกกูเลชันและการดูดติดด้วยถ่านกัมมันต์ ในการกำจัดสารอินทรีย์ธรรมชาติที่อยู่ในแหล่งน้ำ
DOI: 10.14457/nrru.res.2015.1
title: โครงการวิจัยและพัฒนาพื้นที่เพื่อส่งเสริมศักยภาพการผลิตข้าวที่มีคุณลักษณะ เฉพาะและสร้างความมั่นคงทางอาหารในจังหวัดนครราชสีมา ตามยุทธศาสตร์ครัวโคราชสู่ครัวโลก
DOI: 10.14457/rmuti.res.2016.1
title: โครงการการกำจัดไฮโดรเจนซันไฟด์จากแก๊สชีวภาพ ด้วยตัวดูดซับลีโอนาร์ไดต์และดินแดง
DOI: 10.14457/sru.res.2016.3
title: โครงการการศึกษาภูมิปัญญาวัฒนธรรมอาหารท้องถิ่น จังหวัดสุราษฎร์ธานี
DOI: 10.14457/cmu.res.2010.650
title: การวิเคราะห์ปริมาณสารฟลูออไรด์ในน้ำดื่มในตำบลป่าซาง จังหวัดลำพูน
DOI: 10.14457/cmu.res.2010.651
title: คุณภาพชีวิตการทำงานของพนักงานบริษัท นิธิฟู้ดส์ จำกัด
DOI: 10.14457/cmu.res.2010.653
title: การพัฒนาความสามารถในการเขียนประโยคภาษาไทยของนักเรียนสองภาษา ที่มีความบกพร่องทางสติปัญญา โดยใช้แบบฝึกทักษะการเขียนประโยค
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.729
title: วาทกรรมว่าด้วยปลาบึกในเชียงของ : การต่อรองการพัฒนาของชาวบ้านในลุ่มน้ำโขง
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.730
title: การปรับเปลี่ยนพฤติกรรมการดูแลสุขภาพของผู้พิการอัมพาตครึ่งซีก โดยการเรียนรู้แบบมีส่วนร่วม
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.731
title: การพัฒนาแนวปฏิบัติทางคลินิก สำหรับการจัดการภาวะกลั้นปัสสาวะไม่อยู่ของผู้สูงอายุ คลินิกผู้สูงอายุโรงพยาบาลเชียงรายประชานุเคราะห์
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.732
title: การพัฒนาแนวปฏิบัติทางคลินิก สำหรับการหย่าเครื่องช่วยหายใจ ในผู้ป่วยเด็กที่เข้ารับการรักษาในหอผู้ป่วยวิกฤตเด็ก โรงพยาบาลแม่สอด จังหวัดตาก
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.733
title: การพัฒนาบทเรียนอิเล็กทรอนิกส์บนเครือข่าย เรื่องความเสี่ยงและผลตอบแทนทางการเงิน
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.735
title: แนวทางการให้ความช่วยเหลือนักศึกษาที่สำเร็จการศึกษาช้ากว่าเกณฑ์กำหนด กรณีศึกษา นักศึกษาระดับปริญญาตรี ภาควิชาวิศวกรรมเครื่องกล คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.736
title: กระบวนการพัฒนาโปรแกรมการคืนเงินทดลองจ่ายพนักงาน ของบริษัท คอนโทรลดาต้า [ประเทศไทย] จำกัด
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.737
title: การวิเคราะห์ความได้เปรียบ โดยเปรียบเทียบการส่งออกสินค้าที่สำคัญของไทย ไปกลุ่มประเทศอาเซียนบวกสาม
DOI: 10.14457/kmutt.res.2012.21
title: การจัดการป่าชายเลน เพื่อรองรับสภาวะโลกร้อน: การใช้ประโยชน์และการมีส่วนร่วมของชุมชน
DOI: 10.14457/cmu.the.2009.786
title: ประสิทธิผลของการใช้โปรแกรมทักษะชีวิตเพื่อป้องกันการเสพบุหรี่ของเด็กในสถานสงเคราะห์เด็กชายบ้านเชียงใหม่
DOI: 10.14457/cmu.the.2010.870
title: จากนาข้าวสู่นากุ้ง : การเปลี่ยนแปลงวิถีการดำเนินชีวิตและสิ่งแวดล้อมในพื้นที่อู่ข้าวอู่น้ำของประเทศไทย
DOI: 10.14457/cmu.the.2010.871
title: ผลของการปรึกษาเชิงจิตวิทยาแบบกลุ่มตามแนวคิดมนุษยนิยม ที่มีต่อการรับรู้คุณความดีและความผาสุกทางจิตใจ ของนักศึกษาระดับอุดมศึกษา
DOI: 10.14457/cmu.the.2010.872
title: สภาวะที่เหมาะสมสำหรับการขึ้นรูปโพลาร์เพลตจากพอลิเมอร์ผสม
DOI: 10.14457/cmu.the.2010.873
title: การใช้วิธีสอนแบบเลือกสรรที่มีผลต่อการพัฒนาทักษะการเขียนเรียงความเชิงสร้างสรรค์ สำหรับนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3
DOI: 10.14457/cmu.the.2010.874
title: การพัฒนาเจลต้านเชื้อแบคทีเรีย ที่มีสารสกัดบัวบกและไคโตซาน
DOI: 10.14457/cmu.the.2010.875
title: ความสัมพันธ์ระหว่างรูปแบบการรับความรู้สึกและความเครียด ของผู้ติดสุราที่กลับมาเสพซ้ำ โรงพยาบาลสวนสราญรมย์ จังหวัดสุราษฎร์ธานี
DOI: 10.14457/cmu.the.2010.876
title: ผลของการใช้ N-acetylcysteine (NAC) ต่อการเปลี่ยนแปลงของภาวะการบาดเจ็บและการล้าของกล้ามเนื้อ จากการออกกำลังกายอย่างหนักระยะสั้นเฉียบพลัน ในอาสาสมัครเพศชายที่ออกกำลังกายไม่สม่ำเสมอ
DOI: 10.20350/digitalcsic/8572
title: Hippopotamus amphibius MNCN-M22307

description: Escaneo de superficie del Hippopotamus amphibius
DOI: 10.26036/cnphis0000003
title: The diploid genome sequence of an Asian individual

description: Here we present the first diploid genome sequence of an Asian individual. The genome was sequenced to 36-fold average coverage using massively parallel sequencing technology. We aligned the short reads onto the NCBI human reference genome to 99.97% coverage, and guided by the reference genome, we used uniquely mapped reads to assemble a high-quality consensus sequence for 92% of the Asian individual's genome. We identified approximately 3 million single-nucleotide polymorphisms (SNPs) inside this region, of which 13.6% were not in the dbSNP database. Genotyping analysis showed that SNP identification had high accuracy and consistency, indicating the high sequence quality of this assembly. We also carried out heterozygote phasing and haplotype prediction against HapMap CHB and JPT haplotypes (Chinese and Japanese, respectively), sequence comparison with the two available individual genomes (J. D. Watson and J. C. Venter), and structural variation identification. These variations were considered for their potential biological impact. Our sequence data and analyses demonstrate the potential usefulness of next-generation sequencing technologies for personal genomics.
DOI: 10.26036/cnphis0000005
title: A human gut microbial gene catalog established by deep metagenomic sequencing

description: 124 individuals from Denmark and Spain were studied, 577 Gb data were generated
DOI: 10.26036/cnphis0000011
title: Complete transcriptomic landscape of prostate cancer in the Chinese population using RNA-seq

description: Complete transcriptome sequencing and analysis of 28 prostate cancer samples(paired, Tumor and adjacent Normal) in the Chinese population
DOI: 10.26036/cnphis0000012
title: Exome sequencing of (CHS) Southern Han Chinese population HapMap population

description: -
DOI: 10.26036/cnphis0000013
title: Exome sequencing of (PUR) Puerto Rican in Puerto Rico HapMap population

description: -
DOI: 10.26036/cnphis0000014
title: Exome sequencing of (CHB) Han Chinese in Beijing, China HapMap population

description: -
DOI: 10.26036/cnphis0000015
title: Exome sequencing of (FIN) Finnish in Finland HapMap population

description: -
DOI: 10.26036/cnphis0000016
title: Exome sequencing of (GBR) British from England and Scotland HapMap population

description: -
DOI: 10.26036/cnphis0000017
title: Exome sequencing of (CLM) Colombia from Medellin, Colombia HapMap population

description: -
DOI: 10.26036/cnphis0000018
title: The genome of the leaf-cutting ant Acromyrmex echinatior

description: A high quality Illumina genome sequence of the leafcutting ant Acromyrmex echinatior. Also transcriptome sequencing was performed to improve the gene annotation
DOI: 10.26036/cnphis0000023
title: small RNA sequencing in developing pollen of Oryza sativa

description: -
DOI: 10.26036/cnphis0000030
title: De novo sequencing and analysis of the the antler tip of Chinese Sika deer transcriptome using the Illumina sequencing platform

description: To obtain an overview of the antler tip gene expression profile during rapid growth period, a cDNA sample was prepared from antler tip and sequenced using the Illumina sequencing platform.
DOI: 10.26036/cnphis0000035
title: Exome sequencing of (ACB) African Caribbean in Barbados HapMap population

description: The purpose of the project is to support the discovery and understanding of genetic variants that influence human disease. DNA for sequencing was extracted from lymphoblastoid cell line.
DOI: 10.26036/cnphis0000037
title: Sequencing and de novo analysis of the Chinese Sika deer antler-tip transcriptome during the ossification stage using Illumina RNA-Seq Technology

description: To obtain an overview of the antler tip gene expression profile during the ossification stage, a cDNA sample was prepared from antler tip and sequenced using the Illumina sequencing platform.
DOI: 10.26036/cnphis0000038
title: De Novo Transcriptome Sequencing in Oviductus Ranae of Rana chensinensis Using Illumina RNA-Seq Technology

description: To obtain an overview of the Oviductus Ranae gene expression profile during hibernation, a cDNA sample was prepared from Oviductus Ranae and sequenced using the Illumina sequencing platform.
DOI: 10.26036/cnphis0000039
title: Analysis of the panax ginseng C.A Meyer leaf-stem transcriptome and gene expression in the leaf-expansion period

description: In order to research the ginseng leaf-stem gene expression profiles of and dig out its function genes in the leaf-expansion period, the transcriptomic sequencing technology was set up the first time for five years the transcription of the Panax ginseng leaf-stem in the leaf-expansion period.
DOI: 10.26036/cnphis0000790
title: Mayetiola hordei genome sequencing project

description: None
DOI: 10.26036/cnphis0000791
title: Defining the transcriptome assembly and its use for genome dynamics and transcriptome profiling studies in pigeonpea (Cajanus cajan L.)

description: This study reports generation of large-scale genomic resources for pigeonpea, a so-called ‘orphan crop species’ of the semi-arid tropic regions. Roche FLX/454 sequencing was carried out on a normalized cDNA pool prepared from 31 tissues produced 494,353 short transcript reads (STRs). Cluster analysis of these STRs, together with 10,817 Sanger ESTs, resulted in 127,754 transcript assemblies (TAs). Functional analysis of these TAs highlights several active pathways and processes in the sampled tissues. Comparison of the TAs with the soybean genome showed similarity to between 10,857 and 16,367 soybean gene models (depending on alignment methods). Additionally, Illumina 1G sequencing was performed on Fusarium wilt (FW)- and sterility mosaic disease (SMD)-challenged root tissues of 10 resistant and susceptible genotypes. More than 160 million sequence tags were used to identify FW- and SMD-responsive genes. Sequence analysis of TAs and the Illumina tags identified a large new set of markers for use in genetics and breeding, including 8,137 simple sequence repeats (SSRs), 12,141 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 5,845 intron spanning regions (ISRs). Genomic resources developed in this study should be useful for basic and applied research, not only for pigeonpea improvement but also for other related, agronomically important legumes.
DOI: 10.26036/cnphis0000792
title: pseudopolydora vexillosa transcriptome analysis

description: This is the first study to report changes in phosphoprotein expression patterns during the metamorphosis of the marine polychaete P. vexillosa. The higher degree of phosphorylation during the process of attaining competence to settle and metamorphose may be due to fast morphological transitions regulated by various mechanisms. Our data are consistent with previous studies showing a high percentage of phosphorylation during competency in the barnacle Balanus amphitrite and the bryozoan Bugula neritina. The identified phosphoproteins may play an important role during metamorphosis, and further studies on the location and functions of important proteins during metamorphosis are warranted.
DOI: 10.26036/cnphis0000040
title: De novo sequencing and analysis of the Panax ginseng transcriptome in the leaf-expansion period

description: In order to analyze the transcriptome of ginseng root during leaf-expansion period and discover the genes during development, a cDNA sample was prepared from the leaf-expansion period of ginseng root and sequenced using the Illumina sequencing platform.The transcriptomic sequencing technology was set up the first time for five years the transcription of the ginseng root in the leaf-expansion period.
DOI: 10.26036/cnphis0000042
title: Metagenomic analysis of fecal microbiome as a tool towards targeted non-invasive biomarkers for colorectal cancer

description: We performed a metagenome-wide association study on fecal samples from 74 CRC patients and 54 controls from China and validated the results in 16 patients and 24 controls from Denmark. We further validated the biomarkers in two published cohorts from France and Austria. Finally, we employed targeted quantitative PCR (qPCR) assays to evaluate the diagnostic potential of selected biomarkers in an independent Chinese cohort of 47 patients and 109 controls.
DOI: 10.26036/cnphis0000043
title: High-coverage whole genome sequencing of Han Chinese populations (1000 Genomes Project)

description: The purpose of the project is to support the discovery and understanding of genetic variants that influence human disease, with particular emphasis on the Chinese population. Here we provide whole genome sequence data on 91 individuals of Chinese origin.