cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.5517/cc92vbj
title: CCDC 270857: Experimental Crystal Structure Determination

description: Related Article: K.Takrouri, E.Shalom, I.Goldberg, J.Katzhendler, M.Srebnik|2005|J.Organomet.Chem.|690|4150|doi:10.1016/j.jorganchem.2005.06.019
description: An entry from the Cambridge Structural Database, the world’s repository for small molecule crystal structures. The entry contains experimental data from a crystal diffraction study. The deposited dataset for this entry is freely available from the CCDC and typically includes 3D coordinates, cell parameters, space group, experimental conditions and quality measures.
DOI: 10.15468/dl.rkutdq
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 32 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "DatasetKey" : [
 "is (Table 1) Proportion of Toxoplasma gondii seropositive arctic foxes (Alopex lagopus) by age group and geographic area"
 ]
}

 The dataset includes 32 records from 1 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0032017-180508205500799/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.v3de6b
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 8 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "DatasetKey" : [
 "is (Table 1) Proportion of Toxoplasma gondii seropositive arctic foxes (Alopex lagopus) by age group and geographic area"
 ]
}

 The dataset includes 8 records from 1 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0022910-160910150852091/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.7qdbe7
title: Occurrence Download

description: A dataset listing the 252 species recorded in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "BasisOfRecord is one of (Occurrence evidence, Human Observation, Observation, Machine Observation)",
 "Geometry POLYGON((-40 20,50 20,50 75,-40 75,-40 20))",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Elasmobranchii"
 ]
}

 The dataset's 252 records were derived from 264 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0021715-231002084531237/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.fg9dfa
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 324577489 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "Year" : [
 "2018-2020"
 ]
}

 The dataset includes 324577489 records from 3716 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0142888-200613084148143/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.5281/zenodo.18719008
title: HS-AFM movies of RuvC–DNA interactions under +Mg²⁺ and −Mg²⁺ conditions

description: This dataset contains high-speed atomic force microscopy (HS-AFM) movies of Escherichia coli RuvC interacting with plasmid DNA under two experimental conditions, in the presence (+Mg²⁺) and absence (−Mg²⁺) of magnesium ions. The repository includes 35 individual cruciform-binding event movies extracted from full-length HS-AFM recordings (15 events under +Mg²⁺ conditions and 20 events under −Mg²⁺ conditions). In addition, full-length HS-AFM movies containing non-cruciform binding events used for the statistical analyses in Figures 3C and 5C are provided; these recordings include 127 non-cruciform binding events under +Mg²⁺ conditions and 126 under −Mg²⁺ conditions, with multiple binding events potentially occurring within a single movie. The repository further includes the complete raw dwell-time datasets (in seconds) used for the statistical analyses in Figures 3C and 5C, the raw cruciform structural classification counts (rabbit-ear, cross-shaped, and no-cruciform) for Figure 1D, and the raw particle height measurements for Figure S4.
DOI: 10.5281/zenodo.18719007
title: HS-AFM movies of RuvC–DNA interactions under +Mg²⁺ and −Mg²⁺ conditions

description: This dataset contains high-speed atomic force microscopy (HS-AFM) movies of Escherichia coli RuvC interacting with plasmid DNA under two experimental conditions, in the presence (+Mg²⁺) and absence (−Mg²⁺) of magnesium ions. The repository includes 35 individual cruciform-binding event movies extracted from full-length HS-AFM recordings (15 events under +Mg²⁺ conditions and 20 events under −Mg²⁺ conditions). In addition, full-length HS-AFM movies containing non-cruciform binding events used for the statistical analyses in Figures 3C and 5C are provided; these recordings include 127 non-cruciform binding events under +Mg²⁺ conditions and 126 under −Mg²⁺ conditions, with multiple binding events potentially occurring within a single movie. The repository further includes the complete raw dwell-time datasets (in seconds) used for the statistical analyses in Figures 3C and 5C, the raw cruciform structural classification counts (rabbit-ear, cross-shaped, and no-cruciform) for Figure 1D, and the raw particle height measurements for Figure S4.
DOI: 10.6084/m9.figshare.31389253
title: Pecourt et al. 2026

description: Fastq of the sequencing of the 16S rRNA samples for the paper Pecourt et al. "Reduced nitrogen fertilization combined with microbial bio-inputs restores soil bacterial functional profiles and sustains wheat performance"
DOI: 10.6084/m9.figshare.31389253.v1
title: Pecourt et al. 2026

description: Fastq of the sequencing of the 16S rRNA samples for the paper Pecourt et al. "Reduced nitrogen fertilization combined with microbial bio-inputs restores soil bacterial functional profiles and sustains wheat performance"
DOI: 10.34810/data1499
title: Replication data for: "KDEL-mediated lysosomal bypass of cell-targeted protein drugs"

description: Raw data of a set of experiments aimed to investigate the role of KDEL tetrapetide as a tool to bypass lysosomal degradation of cell-targeted protein drugs.
description: Data was collected from different types of equipments, transferred to a Microsoft Excel sheet and analyzed by GraphPad software. Another grant information: Asociación Española Contra el Cáncer (AECC) - POSTD2007ALBA; CIBER-BBN - VENOM4CANCER; CIBER-BBN - NANOSCAPE
description: Microsoft Excel, null
description: GraphPad Prism, 8
description: Image Lab Software, 6.0.1
description: AlphaFold, 2
description: DataExplorer Software, null
DOI: 10.15468/dl.xv2t9m
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 94837 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "BasisOfRecord is Human Observation",
 "Continent is Africa",
 "Country is one of (Botswana, South Africa, Namibia, Zimbabwe)",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Gyps africanus"
 ]
}

 The dataset includes 94837 records from 11 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0003252-260221153910048/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.17026/ar/ojuqgk
title: Archol Rapport 450 Rijnlandroute Leiden-West, Leiden
title: Een verkennend booronderzoek in het kader van de aanleg van de fietstunnel Plesmanlaan/A44

description: In opdracht van de Provincie Zuid-Holland heeft Archol BV een inventariserend archeologisch veldonderzoek (verkennende fase door middel van boringen) uitgevoerd in het plangebied Plesmanlaan/A44 te Leiden. Aanleiding voor het onderzoek is de voorgenomen aanleg van een verdiept fietspad/fietstunnel langs de Plesmanlaan, ter hoogte van/onder de kruising met de rijksweg A44. De ingrepen kunnen leiden tot aantasting van eventueel in de bodem aanwezige archeologische resten. Doel van onderhavig het onderzoek is vast te stellen of 1) de werkzaamheden kunnen leiden tot aantasting van eventueel aanwezige archeologische waarden, en 2) of in de ondergrond archeologische resten aanwezig zijn. Op basis hiervan volgt een advies over de noodzaak van vervolgonderzoek. In het kader van de lopende ontwikkelingen in de directe omgeving van het plangebied (Rijnlandroute, 150 kV-leiding, herinrichting Plesmanlaan, ontwikkeling Kop van Leeuwenhoek) zijn verscheidene archeologische onderzoeken uitgevoerd. Een bureauonderzoek maakte dan ook geen deel uit van onderhavig onderzoek. Op basis van omliggende onderzoeken werd vermoed dat in het plangebied sprake is van een geroerd of opgebracht pakket waaronder mogelijk een grotendeels intact vroeg-middeleeuws (sporen)niveau aanwezig is. Dit sporenniveau werd verwacht tussen 0 en 0,5 m -NAP. Het booronderzoek bevestigde dat dat de bodem in het plangebied (relatief) sterk verstoord is. Vanaf een diepte van gemiddeld 1,4 m -NAP (1,7 m - mv) komen geulafzettingen van het Oude Rijnsysteem voor. Hoogstwaarschijnlijk zijn deze afgezet in een estuariene omgeving. In vier boringen worden de estuariene afzettingen afgedekt door een kleiige pakket kwelderafzettingen. Zowel de kwelderafzettingen als de estuariene afzettingen (in de overige boringen) gaan naar boven toe scherp over in een verstoorde laag. De verstoringsdiepte varieert van 1,0 tot 2,2 m -mv (0,75 tot 1,9 m -NAP), waarbij bedacht dient te worden dat de boringen het relatief ongestoorde deel van het plangebied representeren. Tijdens het onderzoek zijn geen archeologische lagen aangetroffen in de kwelderafzettingen of de onderliggende geulafzettingen. Op grond van de geconstateerde verstoringsdieptes is het aannemelijk dat het archeologisch niveau zo goed als zeker is verstoord: het vroeg-middeleeuwse sporenniveau wordt verwacht rond 0 à 0,5 m -NAP, terwijl de bodem in het plangebied tot minimaal 0,75 m -NAP is verstoord. Op basis van de onderzoeksresultaten en de voorgenomen ontwikkelingen, is geconcludeerd dat bij de uitvoering van de werkzaamheden hoogstwaarschijnlijk geen archeologische waarden zullen worden verstoord. Op basis van de resultaten van dit onderzoek wordt voor het plangebied in het kader van de voorgenomen bodemingrepen geen vervolgstap uit het proces van de Archeologische Monumentenzorg (AMZ) noodzakelijk geacht.
DOI: 10.15468/dl.8mjawr
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 101 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "GadmGid is CHN.29_1",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Zosterops palpebrosus"
 ]
}

 The dataset includes 101 records from 2 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0003320-260221153910048/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.5281/zenodo.18711901
title: Data for "Leveraging image processing techniques to visualize sub-cellular domains in optical photothermal infrared imaging"

description: This dataset consists of optical photothermal infrared (O-PTIR) images of two lung cancer cells (H1299). The cells were fixed before imaging.

 

Enclosed files: 



image_Fixed_LungCancer_cell1.cdf: hyperspectral image of cell 1

image_Fixed_LungCancer_cell2.cdf: hyperspectral image of cell 2

spectra.cdf: spectra of cell 2


All files are in netCDF format.

 

Hyperspectral images

The images have four dimensions 



wavenumber: spectral axis

x: fast axis

y: slow axis

trace_retrace: direction of movement during recording the image


The associated coordinates are: 



xpix: pixel position in x

ypix: pixel position in y

trace: boolean trace/retrace

pixel_size_X: size of pixel in x in nanometers

pixel_size_Y: size of pixel in y in nanometers

x_len: size along x in nanometers

y_len: size along y in nanometers

duty_cycle: duty cycle of laser during recording

wavenumber: wavenumber of this image


Each image contains six channels which are 4D ( wavenumber, trace_retrace,y,x) 64 bit float arrays:



X: lock-in amplifier X component

Y: lock-in amplifier Y component

auxin1: voltage corresponding to probe laser brightness

power_x: lock-in X component of MCT detector signal

power_y: lock-in Y component of MCT detector signal


The amplitude signal calculate from X and Y is the raw O-PTIR signal. It is normalized to the IR laser power by dividing by the amplitude of power_x and power_y and normalized to the sample transmission by dividing by auxin1. 

Spectra

The spectra have two dimensions 



wn: spectral axis

spec_index: spectral_index


The associated coordinates are: 



wn: spectral axis in wavenumbers (cm⁻¹)

pos_x: x position [nm]

pos_y: y position [nm]


Each image contains six channels which are 4D ( wavenumber, trace_retrace,y,x) 64 bit float arrays:



x: lock-in x channel

y: lock-in y channel

frequency: laser repetition rate in hertz

phase: lock-in phase

dio: ?

trigger: ?

auxin0: DC signal of ?

amplitude: lock-in amplifier amplitude

power: laser power
DOI: 10.5281/zenodo.18711900
title: Data for "Leveraging image processing techniques to visualize sub-cellular domains in optical photothermal infrared imaging"

description: This dataset consists of optical photothermal infrared (O-PTIR) images of two lung cancer cells (H1299). The cells were fixed before imaging.

 

Enclosed files: 



image_Fixed_LungCancer_cell1.cdf: hyperspectral image of cell 1

image_Fixed_LungCancer_cell2.cdf: hyperspectral image of cell 2

spectra.cdf: spectra of cell 2


All files are in netCDF format.

 

Hyperspectral images

The images have four dimensions 



wavenumber: spectral axis

x: fast axis

y: slow axis

trace_retrace: direction of movement during recording the image


The associated coordinates are: 



xpix: pixel position in x

ypix: pixel position in y

trace: boolean trace/retrace

pixel_size_X: size of pixel in x in nanometers

pixel_size_Y: size of pixel in y in nanometers

x_len: size along x in nanometers

y_len: size along y in nanometers

duty_cycle: duty cycle of laser during recording

wavenumber: wavenumber of this image


Each image contains six channels which are 4D ( wavenumber, trace_retrace,y,x) 64 bit float arrays:



X: lock-in amplifier X component

Y: lock-in amplifier Y component

auxin1: voltage corresponding to probe laser brightness

power_x: lock-in X component of MCT detector signal

power_y: lock-in Y component of MCT detector signal


The amplitude signal calculate from X and Y is the raw O-PTIR signal. It is normalized to the IR laser power by dividing by the amplitude of power_x and power_y and normalized to the sample transmission by dividing by auxin1. 

Spectra

The spectra have two dimensions 



wn: spectral axis

spec_index: spectral_index


The associated coordinates are: 



wn: spectral axis in wavenumbers (cm⁻¹)

pos_x: x position [nm]

pos_y: y position [nm]


Each image contains six channels which are 4D ( wavenumber, trace_retrace,y,x) 64 bit float arrays:



x: lock-in x channel

y: lock-in y channel

frequency: laser repetition rate in hertz

phase: lock-in phase

dio: ?

trigger: ?

auxin0: DC signal of ?

amplitude: lock-in amplifier amplitude

power: laser power
DOI: 10.15468/dl.5a8x3t
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 597 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Geometry POLYGON((-0.36457 50.78278,0.04697 50.78278,0.04697 50.94733,-0.36457 50.94733,-0.36457 50.78278))",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Meles meles"
 ]
}

 The dataset includes 597 records from 8 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0003322-260221153910048/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.34740/kaggle/dsv/14930750
title: Peer-to-Peer Boliviano (BOB) Exchange Data
DOI: 10.15468/dl.kceccu
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 2440958 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "TaxonKey is one of (Cystophora cristata, Erignathus barbatus, Halichoerus grypus, Histriophoca fasciata, Hydrurga leptonyx, Leptonychotes weddellii, Lobodon carcinophaga, Mirounga angustirostris, Mirounga leonina, Monachus monachus, Neomonachus schauinslandi, Neomonachus tropicalis, Ommatophoca rossii, Pagophilus groenlandicus, Phoca largha, Phoca vitulina, Pusa caspica, Pusa hispida)",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 {
 "not" : {
 "BasisOfRecord" : [
 "is one of (Fossil, Living Specimen)"
 ]
 }
 },
 {
 "or" : [
 {
 "not" : {
 "EstablishmentMeans" : [
 "is one of (MANAGED, INTRODUCED)"
 ]
 }
 },
 "EstablishmentMeans is null"
 ]
 }
 ]
}

 The dataset includes 2440958 records from 935 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0003263-260221153910048/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.mgwba7
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 5346 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Continent is Asia",
 "Country is China",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Lactuca"
 ]
}

 The dataset includes 5346 records from 70 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0003323-260221153910048/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.17026/ar/w5tiqk
title: Archol Rapport 328 Zwemmen in historisch Leiden
title: Archeologische begeleiding Hooglandse Kerkgracht 25A in Leiden

description: In het kader van de aanleg van een inpandig zwembad heeft Archol een archeologische begeleiding uitgevoerd in het achterhuis van Hooglandse Kerkgracht 25A te Leiden. Het onderzoek heeft archeologische resten opgeleverd uit de periode 15e – 16e tot 20e eeuw. Oudere resten kunnen in de ondergrond worden verwacht, maar deze bevinden zich onder het niveau van het aan te leggen zwembad en zijn zodoende niet onderzocht. Uit de 15e – 16e eeuw zijn twee kuilen, enkele scherven aardewerk en enkele botten van varken en rund aangetroffen (fase 1). Recentere resten betreffen verschillende bouwkundige elementen zoals muurresten, een beerkelder, funderingen en poeren. De ruimte tussen deze elementen is opgevuld met ophogingslagen waarin aardewerk, dierlijk bot, glas, een bronzen munt en tegels zijn aangetroffen. De vondsten en baksteenformaten tonen twee of drie perioden van bebouwing of verbouwing aan: de tweede helft van de 16e eeuw (fase 2), mogelijk de eerste helft van de 17e eeuw (fase 3) en uit het einde van de 19e – begin 20e eeuw (fase 4).
DOI: 10.17026/ar/66llxz
title: Archol Rapport 508 Middeleeuwse bewoningsresten op het Snelliusterrein. Leiden Snellius Fase 2 (Westflank)
title: Inventariserend veldonderzoek door middel van proefsleuven.

description: In oktober 2019 heeft Archol in opdracht van het Vastgoedbedrijf Universiteit Leiden een archeologisch proefsleuvenonderzoek uitgevoerd in deelgebied Snellius in het Bio Science Park te Leiden. Het gaat om fase 2 van het onderzoek, namelijk aan de westflank van het Snelliusgebouw. Fase 1 is reeds in 2018 uitgevoerd ten zuiden van het Snelliusgebouw, waar in een eerder stadium een Datacenter was gepland.1 Bij het onderzoek van de westflank van deelgebied Snellius in 2019 is een vindplaats aangetroffen die bestaat uit paalkuilen, kuilen en greppels. De vindplaats dateert op basis van het aardewerk uit de vroege middeleeuwen en hoort waarschijnlijk bij de grote Merovingische nederzetting die in 2014 is opgegraven in het naburige plangebied Oegstgeest-Nieuw Rhijngeest, direct ten westen van rijksweg A44.2 De vindplaats op het Snelliusterrein is weliswaar deels verstoord door recente ontgravingen, maar tussen de verstoringen zijn nog duidelijke sporen van het vroegmiddeleeuwse erf bewaard. Het was tijdens het onderzoek niet mogelijk om de vindplaats exact te begrenzen: bomen rond de geplande werkputten verhinderden om extra sleuven daartoe te graven. Echter: op basis van de bevindingen in de proefsleuven wordt de oppervlakte van de vindplaats binnen het maximaal te onderzoeken gebied op ca. 5.810 m2 geschat. Ca. 4.690 m2 van dit oppervlak bevindt zich binnen de grenzen van het onderzoeksgebied Snellius. Naast de vindplaats zijn er ook enkele verkavelingsgreppels aangetroffen die dateren uit de Nieuwe tijd. Deze greppels zijn niet aangemerkt als (behoudenswaardige) vindplaats. Ondanks dat de fysieke kwaliteit van de vindplaats matig is, wordt de vindplaats toch belangrijk geacht vanwege de potentiele informatiewaarde. De vindplaats kan namelijk een belangrijke bijdrage leveren aan de beeldvorming en datering van de opschuivende bewoning in de vroege, volle en late middeleeuwen tussen plangebied Oegstgeest- Nieuw Rhijngeest in het westen enerzijds en de verschillende plangebieden in Bio Science Park in het oosten anderzijds. Archol waardeert de vindplaats dan ook als behoudenswaardig en adviseert om de vindplaats in situ (door aanpassing van de bouwplannen) dan wel ex situ (door vervolgonderzoek in de vorm van een opgraving) te behouden. 1
DOI: 10.5281/zenodo.18740499
title: Supplementary Files
DOI: 10.15468/dl.acgw37
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 1236 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Continent is Africa",
 "Country is South Africa",
 "DatasetKey is Southern African Bird Atlas Project 2",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "IucnRedListCategory is VU",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Gyps coprotheres",
 "Year 2025-2025"
 ]
}

 The dataset includes 1236 records from 1 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0003325-260221153910048/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.5281/zenodo.18740498
title: Supplementary Files
DOI: 10.15468/dl.gz3svs
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 1 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "GadmGid is CHN.29_1",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Erythrogenys gravivox"
 ]
}

 The dataset includes 1 records from 1 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0003326-260221153910048/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.