DOI: 10.5281/zenodo.7388979
title: Understanding Electron Transfer Reactions using Constrained Density Functional Theory: Complications due to Surface Interactions

description: For reproducing the results presented in "<strong>Hashemi, A., Peljo, P., & Laasonen, K. (2022). Understanding Electron Transfer Reactions using Constrained Density Functional Theory: Complications due to Surface Interactions</strong>", this database provides the input files and CDFT-AIMD trajectory information. Please refer to the publication if you wish to use these data. ---------------------------------------**************************************************************************------------------------------------------------- <em>This study was financed by the Horizon 2020 Framework Programme CompBat with project number 875565. We also thank CSC-IT Center for Science Ltd. and Aalto Science-IT project for generous grants of computer time.</em><br> ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- <strong>The content of a directory is shown in a tree-like format:</strong><br> ├── 1DMDQ<br> │ ├── 1_md<br> │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ ├── dmdq-md-pos-1.xyz<br> │ │ ├── md.inp<br> │ │ ├── pos.xyz<br> │ │ ├── submit.sh<br> │ │ └── subsys.inc<br> │ ├── 2_cdftaimd<br> │ │ ├── state_a<br> │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ ├── cdft_md.bash<br> │ │ │ ├── cdft_md.inp<br> │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz<br> │ │ │ ├── frame.xyz<br> │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ ├── state_b<br> │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ ├── cdft_md.bash<br> │ │ │ ├── cdft_md.inp<br> │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz<br> │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ └── state_c<br> │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ ├── cdft_md.bash<br> │ │ ├── cdft_md.inp<br> │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz<br> │ │ └── subsys.inc<br> │ └── 3_cdft_wH2O_sccs<br> │ ├── state_a<br> │ │ ├── framePrint.py<br> │ │ ├── input_files<br> │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash<br> │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash<br> │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash<br> │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ ├── energy_cdft.inp<br> │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp<br> │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ └── README<br> │ ├── state_b<br> │ │ ├── b_to_a.tar.gz<br> │ │ └── b_to_c.tar.gz<br> │ └── state_c<br> │ ├── framePrint.py<br> │ ├── input_files<br> │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash<br> │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash<br> │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash<br> │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ ├── energy_cdft.inp<br> │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp<br> │ │ └── subsys.inc<br> │ └── README<br> ├── 2MeVi<br> │ ├── 1_md<br> │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ ├── md.inp<br> │ │ ├── mevi-md-pos-1.xyz<br> │ │ ├── pos.xyz<br> │ │ ├── submit.sh<br> │ │ └── subsys.inc<br> │ ├── 2_cdftaimd<br> │ │ ├── state_a<br> │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ ├── cdft_md.bash<br> │ │ │ ├── cdft_md.inp<br> │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz<br> │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ ├── state_b<br> │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ ├── cdft_md.bash<br> │ │ │ ├── cdft_md.inp<br> │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz<br> │ │ │ ├── frame.xyz<br> │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ └── state_c<br> │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ ├── cdft_md.bash<br> │ │ ├── cdft_md.inp<br> │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz<br> │ │ ├── frame.xyz<br> │ │ └── subsys.inc<br> │ └── 3_cdft_wH2O_sccs<br> │ ├── state_a<br> │ │ ├── framePrint.py<br> │ │ ├── input_files<br> │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash<br> │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash<br> │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash<br> │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ ├── energy_cdft.inp<br> │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp<br> │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ └── README<br> │ ├── state_b<br> │ │ ├── b_to_a<br> │ │ │ ├── framePrint.py<br> │ │ │ ├── input_files<br> │ │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash<br> │ │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash<br> │ │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash<br> │ │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ │ ├── energy_cdft.inp<br> │ │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp<br> │ │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ │ └── README<br> │ │ └── b_to_c<br> │ │ ├── framePrint.py<br> │ │ ├── input_files<br> │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash<br> │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash<br> │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash<br> │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ ├── energy_cdft.inp<br> │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp<br> │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ └── README<br> │ └── state_c<br> │ ├── framePrint.py<br> │ ├── input_files<br> │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash<br> │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash<br> │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash<br> │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ ├── energy_cdft.inp<br> │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp<br> │ │ └── subsys.inc<br> │ └── README<br> ├── 3OHVi<br> │ ├── 1_md<br> │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ ├── md.inp<br> │ │ ├── ohvi-md-pos-1.xyz<br> │ │ ├── pos.xyz<br> │ │ ├── submit.sh<br> │ │ └── subsys.inc<br> │ ├── 2_cdftaimd<br> │ │ ├── state_a<br> │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ ├── cdft_md.bash<br> │ │ │ ├── cdft_md.inp<br> │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz<br> │ │ │ ├── frame.xyz<br> │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ ├── state_b<br> │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ ├── cdft_md.bash<br> │ │ │ ├── cdft_md.inp<br> │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz<br> │ │ │ ├── frame.xyz<br> │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ └── state_c<br> │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ ├── cdft_md.bash<br> │ │ ├── cdft_md.inp<br> │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ ├── frame-cdft-pos-total.xyz.tar.gz<br> │ │ ├── frame.xyz<br> │ │ └── subsys.inc<br> │ └── 3_cdft_wH2O_sccs<br> │ ├── state_a<br> │ │ ├── framePrint.py<br> │ │ ├── input_files<br> │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash<br> │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash<br> │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash<br> │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ ├── energy_cdft.inp<br> │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp<br> │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ └── README<br> │ ├── state_b<br> │ │ ├── b_to_a<br> │ │ │ ├── framePrint.py<br> │ │ │ ├── input_files<br> │ │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash<br> │ │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash<br> │ │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash<br> │ │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ │ ├── energy_cdft.inp<br> │ │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp<br> │ │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ │ └── README<br> │ │ ├── b_to_a.tar.gz<br> │ │ ├── b_to_c<br> │ │ │ ├── framePrint.py<br> │ │ │ ├── input_files<br> │ │ │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash<br> │ │ │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash<br> │ │ │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash<br> │ │ │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ │ │ ├── energy_cdft.inp<br> │ │ │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp<br> │ │ │ │ └── subsys.inc<br> │ │ │ └── README<br> │ │ └── b_to_c.tar.gz<br> │ └── state_c<br> │ ├── framePrint.py<br> │ ├── input_files<br> │ │ ├── 1_energy_cdft_STATE1.bash<br> │ │ ├── 2_energy_cdft_STATE2.bash<br> │ │ ├── 3_energy_cdft_mixed.bash<br> │ │ ├── becke_twoconstraints.inc<br> │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ ├── energy_cdft.inp<br> │ │ ├── energy_mixed_cdft.inp<br> │ │ └── subsys.inc<br> │ └── README<br> ├── 4dBR5<br> │ ├── 1_md<br> │ │ ├── dft-common-params.inc<br> │ │ ├── dmdq-md-pos-1.xyz<br> │ │ ├── md.inp<br> │ │ ├── pos.xyz<br> │