DOI: 10.6084/m9.figshare.28255892.v1
title: intermediate_files

description: Intermediate files generated for the paper...Directory structure:intermediate_files/├── datasets│   ├── activity│   │   ├── CardosoMoreira2019-EX.tsv.gz│   │   ├── Danielsson2013-bulkgenexpr-adjusted_fclayer.tsv.gz│   │   ├── Danielsson2013-EX.tsv.gz│   │   ├── Hodis2022-invitro_eng_melanoc-bulkgenexpr-adjusted_fclayer.tsv.gz│   │   ├── ReplogleWeissman2022_rpe1-bulkgenexpr-adjusted_fclayer.tsv.gz│   │   └── Urbanski2022-EX.tsv.gz│   ├── event_psi│   │   ├── Rogalska2024-ALTA.tsv.gz│   │   ├── Rogalska2024-ALTD.tsv.gz│   │   ├── Rogalska2024-EX.tsv.gz│   │   ├── Rogalska2024-INT.tsv.gz│   │   ├── Urbanski2022-ALTA.tsv.gz│   │   ├── Urbanski2022-ALTD.tsv.gz│   │   ├── Urbanski2022-EX.tsv.gz│   │   └── Urbanski2022-INT.tsv.gz│   ├── genexpr_tpm│   │   ├── Rogalska2024.tsv.gz│   │   └── Urbanski2022.tsv.gz│   ├── metadata│   │   ├── Hodis2022-invitro_eng_melanoc.tsv.gz│   │   ├── ReplogleWeissman2022_rpe1.tsv.gz│   │   ├── Rogalska2024.tsv.gz│   │   └── Urbanski2022.tsv.gz│   └── signatures│   ├── CardosoMoreira2019-EX.tsv.gz│   ├── Danielsson2013-EX.tsv.gz│   ├── Danielsson2013-genexpr_tpm.tsv.gz│   ├── Hodis2022-invitro_eng_melanoc-genexpr_cpm.tsv.gz│   ├── ReplogleWeissman2022_rpe1-genexpr_cpm.tsv.gz│   ├── Rogalska2024-EX.tsv.gz│   ├── Urbanski2022-EX.tsv.gz│   └── Urbanski2022-genexpr_tpm.tsv.gz├── models│   ├── from_bulkgenexpr_to_EX│   │   ├── ewlayer│   │   │   ├── weights-0.pth│   │   │   ├── weights-1.pth│   │   │   ├── weights-2.pth│   │   │   ├── weights-3.pth│   │   │   └── weights-4.pth│   │   └── fclayer│   │   ├── weights-0.pth│   │   ├── weights-1.pth│   │   ├── weights-2.pth│   │   ├── weights-3.pth│   │   └── weights-4.pth│   ├── from_bulkscgenexpr_to_EX│   │   ├── ewlayer│   │   │   ├── weights-0.pth│   │   │   ├── weights-1.pth│   │   │   ├── weights-2.pth│   │   │   ├── weights-3.pth│   │   │   └── weights-4.pth│   │   └── fclayer│   │   ├── weights-0.pth│   │   ├── weights-1.pth│   │   ├── weights-2.pth│   │   ├── weights-3.pth│   │   └── weights-4.pth│   └── from_scgenexpr_to_EX│   ├── ewlayer│   │   ├── weights-0.pth│   │   ├── weights-1.pth│   │   ├── weights-2.pth│   │   ├── weights-3.pth│   │   └── weights-4.pth│   └── fclayer│   ├── weights-0.pth│   ├── weights-1.pth│   ├── weights-2.pth│   ├── weights-3.pth│   └── weights-4.pth└── networks ├── experimentally_derived_regulons_pruned-bulkgenexpr │   ├── ENASFS-metaexperiment0-delta_psi.tsv.gz │   ├── ENASFS-metaexperiment1-delta_psi.tsv.gz │   ├── ENASFS-metaexperiment2-delta_psi.tsv.gz │   ├── ENASFS-metaexperiment3-delta_psi.tsv.gz │   ├── ENCOREKD-benchmark-delta_psi.tsv.gz │   ├── ENCOREKO-benchmark-delta_psi.tsv.gz │   └── Rogalska2024-HELA_CERVIX-delta_psi.tsv.gz ├── experimentally_derived_regulons_pruned-bulkscgenexpr │   ├── ENASFS-metaexperiment0-delta_psi.tsv.gz │   ├── ENASFS-metaexperiment1-delta_psi.tsv.gz │   ├── ENASFS-metaexperiment2-delta_psi.tsv.gz │   ├── ENASFS-metaexperiment3-delta_psi.tsv.gz │   ├── ENCOREKD-benchmark-delta_psi.tsv.gz │   ├── ENCOREKO-benchmark-delta_psi.tsv.gz │   ├── ReplogleWeissman2022-K562_essential-log2fc_genexpr.tsv.gz │   ├── ReplogleWeissman2022-K562_gwps-log2fc_genexpr.tsv.gz │   ├── ReplogleWeissman2022-rpe1-log2fc_genexpr.tsv.gz │   └── Rogalska2024-HELA_CERVIX-delta_psi.tsv.gz ├── experimentally_derived_regulons_pruned-scgenexpr │   ├── ReplogleWeissman2022-K562_essential-log2fc_genexpr.tsv.gz │   ├── ReplogleWeissman2022-K562_gwps-log2fc_genexpr.tsv.gz │   └── ReplogleWeissman2022-rpe1-log2fc_genexpr.tsv.gz └── experimentally_derived_regulons_pruned_w_viper_networks-EX ├── ENASFS-metaexperiment0-delta_psi.tsv.gz ├── ENASFS-metaexperiment1-delta_psi.tsv.gz ├── ENASFS-metaexperiment2-delta_psi.tsv.gz ├── ENASFS-metaexperiment3-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKD-HepG2-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKD-K562-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKO-HepG2-delta_psi.tsv.gz ├── ENCOREKO-K562-delta_psi.tsv.gz └── Rogalska2024-HELA_CERVIX-delta_psi.tsv.gz<br>21 directories, 87 files<br>