cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.57745/xyikfk
title: Supplementary tables for chapter 1 of manuscript: "Benchmarking of virome metagenomic analysis approaches using a large, 60+ members, viral synthetic community"

description: Supplementary Table S1 of Chapter 1 of manuscript titled "Benchmarking of virome metagenomic analysis approaches using a large, 60+ members, viral synthetic community". Table title: pooling strategy to generate the viral communities pools of variable complexity (from 5 to 60 viruses in a pool)
DOI: 10.57745/ycranv
title: Semi-supervised learning with pseudo-labeling for regulatory sequence prediction

description: Data used for the article "Semi-supervised learning with pseudo-labeling for regulatory sequence prediction".
DOI: 10.57745/yd3iex
title: Correlation with the software Halla between the immune response and microbiota composition in chicken

description: Correlations between gut microbial species, assessed by 16S metabarcoding, and significantly differentially expressed immune gene were investigated using HAllA (Rahnavard et al. 2017). HAllA is a tool allowing to search for significant relationships among high-dimemsionality, heterogeneous datasets using a hierarchical false discovery correction procedure. A false discovery rate of 0.01 using Benjamini–Hochberg–Yekutieli (BHY) correction was used to screen for candidate correlations.
DOI: 10.57745/vtrrql
title: Hydrological reconstruction (1960-2021) of the Albarine DRN (France)

description: Hydrological model outputs at daily time step for the reconstruction period (1960-2021) in the Albarine DRN (France). Simulated discharge, baseflow an state of flow (flowing/dry) is spatially distributed at the reach scale. Other hydroclimatic variables (temperature, precipitation, rainfall, snowfall, potential evapotranspiration, actual evapotranspiration, vegetation interception, snow water equivalent, saturation of the soil layer, saturation of the grounwater layer) are spatially aggregated at the catchment scale.
DOI: 10.57745/wi25jf
title: Création de 50 inventaires pour AGRIBALYSE® 3.1

description: Ce jeu de données comporte : - le rapport méthodologique principal - un rapport portant sur la création de 7 nouveaux ICV agricoles - un rapport portant sur la création des 50 nouveaux ICV créés
DOI: 10.57745/wwfxrx
title: PGD de l'unité expérimentale PAO-INRAE

description: Plan de gestion des données générées par l'unité expérimentale PAO-INRAE
DOI: 10.57745/xu7skk
title: Données de réplication pour : Article Nova'e Fabre et al. 2024

description: Ce dépôt regroupe l'ensemble des données et scripts nécessaires à la reproduction de la figure 8 de l'article Nova'e de B. Fabre et collaborateurs qui s'intitule : "Mise au point d’un automate et d’une méthode d’analyse d’image pour le suivi de cinétiques d’infection par un champignon phytopathogène foliaire" Ce dépôt est composé de 3 répertoires contenant : A- le script de tri des images B- les images et la méthode d'analyse d'image (script ImageJ et fichiers associés) C- L'analyse du développement d'une lésion sporulante (script R et document Rmarkdown)
DOI: 10.57745/zwjshi
title: Prices of foods consumed in Martinique : a dataset to explore the cost of diet in the French West Indies

description: This dataset contains price estimates (in €/kg) of 1357 foods consumed in Martinique, allowing to explore the cost of diet in the French West Indies. The prices of 10820 food products were collected in June 2019 from the website of a supermarket located in Martinique and matched with 1357 food items declared to be consumed by adults of the Kannari survey ("Health, Nutrition and Exposition to Chlordecone in French West Indies” conducted in Martinique and Guadeloupe in 2013-2014) in order to estimate a mean, median, minimum and maximum price for the 1357 food items. This dataset was created in 2019 as part of the NuTWInd research project (Nutrition Transition in the French West Indies, https://www6.inrae.fr/nutwind) funded by the French Research Agency. A form must be sent to marlene.perignon@inrae.fr to access the data. Download the form The authors reserve the right to grant or deny access to the dataset after reviewing the form. The use of the dataset is subject to a confidentiality agreement. ******************* Ce dataset fournit des estimations de prix (en €/kg) de 1357 aliments consommés en Martinique et permet d'étudier le coût de l'alimentation dans les Antilles Françaises. Les prix de 10820 produits alimentaires ont été collectés en juin 2019 à partir du site internet d'un supermarché basé en Martinique, et appariés avec une liste de 1357 aliments déclarés comme consommés par les adultes participant à l'enquête Kannari ("Santé, nutrition et exposition au chlordécone aux Antilles » réalisée en Martinique et Guadeloupe en 2013-2014) afin de pouvoir estimer un prix moyen, médian, minimal et maximal pour ces 1357 aliments. Cette base de données a été créée en 2019 dans le cadre du projet de recherche NuTWInd (Transition Nutritionnelle aux Antilles françaises : Interactions entre offre et comportements alimentaires, https://www6.inrae.fr/nutwind) financé par l’Agence Nationale de la Recherche. L'envoi d'un formulaire à marlene.perignon@inrae.fr est nécessaire pour accéder aux données. Télécharger le formulaire Les auteurs se réservent le droit d’autoriser ou refuser l’accès aux données après examen du formulaire. L’utilisation des données est soumise à un accord de confidentialité.
DOI: 10.57745/wyi8mb
title: Données Stations de contrôle / Pêches Nivelle 2024

description: La Nivelle est un petit fleuve côtier de la côte basque. Depuis plus de quarante ans, des données (essentiellement tissus et écailles) sont régulièrement collectées sur la rivière via des pêches à l'électricité, des captures aux stations de contrôle (passes à poissons). Les données de cette collection, forte de plusieurs dizaines de milliers de données et d'échantillons, ont intégré récemment la banque de données BD Poisson gérée à l'U3E de L'INRAE de Rennes. Cette base de données dédiée au stockage des données collectées sur le terrain regroupe toutes les informations relatives aux captures effectuées sur les sites de l'ORE Diapfc, observatoire de recherche en environnement « Poissons diadromes dans les Fleuves Côtiers » au sein duquel la Nivelle est associée à d’autres cours d’eau observatoire comme l’Oir et la Bresle en Normandie et le Scorff en Bretagne. Le présent Dataset a pour fonction de proposer toutes les données numériques collectées sur la Nivelle en 2024 sur toutes les espèces échantillonnées aux cours des différentes campagnes d'échantillonnage à savoir : - Les pêches à l'électricité sur saumon, truite et anguille. - Les captures de toutes les espèces de poissons aux stations de contrôle d'Uxondoa et Olha. French (2025-03-21)
DOI: 10.57745/za4cfo
title: Un outil d'auto-évaluation environnementale en maraîchage: PépiScore (Pépinière-MESCLUN)

description: L'archive comprend le tableur (avec explications dans le fichier) pour l'utilisation de l'outil PépiScore qui est un outil d'auto-évaluation environnementale en maraîchage diversifié, particulièrement adapté à une phase de pré-installation. Cet outil peut s'utiliser seul mais il est pensé en complément du logiciel Pépinière-Mesclun de planification des cultures (https://pepiniere.outils-mesclun.fr/) . En effet, il est possible de copier-coller l'onglet "assolement" du fichier d'export de la Pépinière dans PépiScore pour gagner du temps. A partir de données de planification et de questions complémentaires, la méthode est basée sur l’évaluation qualitative de 22 indicateurs, agrégés en 7 critères. Les 7 critères rendent compte de 3 principales dimensions environnementales : la consommation de ressources, la qualité du milieu, et la biodiversité. Un focus spécifique est réalisé sur l'estimation des besoins en eau des cultures en abri et en plein champ. Le résultat d’évaluation est sous la forme d’un arbre hiérarchique colorée. L'outil a pour objectif principal de favoriser la réflexivité des porteurs de projet et de susciter des discussions avec les personnes les accompagnant concernant les impacts environnementaux de leur projet. Le développement de l'outil est détaillé dans le mémoire disponible au lien suivant: https://hal.inrae.fr/hal-04231506v1 Contact: claire.lesur-dumoulin@inrae.fr
DOI: 10.57745/zut1mj
title: Semis de points LiDAR aéroporté - Parc naturel régional du Massif des Bauges, partie Haute-Savoie - 2018

description: Semis de points LiDAR - Parc naturel régional du Massif des Bauges, partie Haute-Savoie. Le levé LiDAR a été réalisé par l'entreprise Opsia pour le PNR du Massif des Bauges dans le cadre du projet PROTEST (subvention ADEME 1703C0069). Les conditions générales de l'acquisition sont les suivantes : Date de l'acquisition : 10-11/09/2018 Laser : Riegl LMS Q780 Les paramètres du vol LiDAR sont les suivants : Hauteur de vol : 1050m / sol Vitesse de vol : 160 km/h Angle de scan : 60° Densité moyenne d'impulsions : 13,5 impulsions / m² Densité de points sol après classification : 6.4 point / m² Les points sont fournis dans le système RGF93-Lambert 93 / IGN69 et triés en 5 classes : sol (2), sursol (4), eau (9), pylônes et câbles (10) et autres (1 : voitures, panneaux, etc.). Les données sont constituées des fichiers suivants : Plan de situation (pdf) Rapport d'acquisition (pdf) Tableau d'assemblage (geopackage) Trajectographie (1 archive zip de 400 Mo contenant 3 fichiers texte) Semis de points classés (2 archives zip totalisant 52 Go, contenant des fichiers au format LAZ, cf https://laszip.org/)
DOI: 10.57745/vlyy4r
title: Xenorhabdus nematophila F1 epigenetic data

description: DNA methylation was determined using the ds_modification_motif_analysis protocol within SMRT Link 5.1.0 which uses an in silico kinetic reference and a Welch’s t-test based kinetic score detection of modified base positions with parameters set as follow: subread/polymerase read length &gt;= 500, polymerase read quality &gt;= 80 and modification QV &gt;= 30. A score of 30 for the “Modification QV” is the default threshold for calling a position as modified, and corresponds to a p-value of 0.001.
DOI: 10.57745/vv3mlv
title: intestinal microbiota of healthy and overweight Tunisian adults using 16S rRNA gene sequencing

description: Sequences of the V3-V4 region of the 16S rRNA gene of DNA extracted from stool samples from 20 healthy and 20 overweight Tunisian adults
DOI: 10.57745/wwurp6
title: Bestiaire en sous-sol : tout un monde !

description: Video réalisée à l'occasion de la Fête de la Science en numérique (octobre 2020) de Sorbonne Université
DOI: 10.57745/xoaxc6
title: NF Dev

description: Data for the article "Subjective feeling of control during fNIRS-based neurofeedback targeting the DL-PFC is related to neural activation determined with short-channel correction" - Raw NIRS Data - Channel stats
DOI: 10.57745/xquttt
title: Plasmopara halstedii, SNP matrix of 17 french pathotypes

description: Matrice SNP pour 17 génotypes de Plasmopara halstedii produite a partir d'un reséquençage NGS et utilisant comme référence le génome de Plasmopara halstedii 710.
DOI: 10.57745/zyzaev
title: Flow intermittence indicators from the reconstruction simulations (1960-2021) in the Butiznica DRN (Croatia)

description: Statistical monthly and yearly flow intermittence indicators calculated from the simulated daily state of flow in the Butiznica DRN (Croatia). Indicators for the reconstruction period (1960-2021).
DOI: 10.57745/xsnd95
title: Behavioral Measures on Sheep Exposed to Olfactory Stimuli in a Positive Context

description: The dataset presented comes from an experimental study on the emotional responses of ewes exposed to olfactory stimuli in a positive context. The animals (30 adult Ile-de-France ewes) were divided into three groups based on randomization criteria such as birth weight, birth date, and last recorded weight (Animal_Data file). The animals were born at the UEPAO (Unité Expérimentale de Physiologie Animale de l'Orfrasière, INRAE, Nouzilly, doi:10.15454/1.5573896321728955E12). The study was an individual behavioral test conducted over a 5-minute period, during which each ewe was placed in a experimental setup containing a social resource (four companions) and a food resource (Achin et al. 2025 submitted). The aim of this experimental setup is to create a positive context. The ewes were first exposed to different olfactory stimuli to study their behavioral responses. These stimuli included water (control situation), wolf feces (negative emotional valence), and orange essential oil (positive emotional valence). This first experiment was conducted from January 23 to January 26, 2023. A second experiment aimed to explore the existence of a gradient of negative valences of olfactory stimuli. In this experiment, the animals were exposed to water (control situation), wolf feces, and cadaverine. The second experiment was conducted from February 13 to February 16, 2023. The data includes detailed behavioral measurements, such as the total time spent in the food zone (Food_Zone_TS), the number of eating occurrences (Eat_Total_Occ), the time spent in the social zone (Social_Zone_TS), vocalizations (Voc_Occ), .... recorded during exposure to the different olfactory stimuli. Additional variables, such as food intake, were also measured to assess the behavioral responses of the ewes (Behavioral_Data file). The behaviors were analyzed using video recordings processed with BORIS software.
DOI: 10.57745/y0xmrh
title: Logging using own harvesting team

description: Logging using own harvesting team
DOI: 10.57745/ymrzmj
title: Plan de Gestion des Données de l'Observatoire so-ii

description: Plan de Gestion des Données (PGD) du "système d'observation des impacts des inondations" (so-ii). Ce PGD est basé sur le modèle INRAE structure. L'Observatoire so-ii est pilotée par INRAE et rattachée à l’UMR Gestion de l’Eau, Acteurs et Usages (G-EAU).
DOI: 10.57745/yqr2k1
title: RPG complété 2021 Région Normandie

description: RPG complété 2021. Complète le RPG campagne 2021 pour les départements de la région Normandie (14, 27, 50, 61, 76). (contient les parcelles agricoles hors RPG) Données géographiques (vectorielles, shapefile), parcellaires. Sources : IGN, OSO/Cesbio. Traitements : INRAE US ODR, 2023.
DOI: 10.57745/wauxut
title: Projet SWYM - Vielle-Saint-Girons (Landes, France) - Étude sur les risques de baignade dans le département des Landes

description: Français L'enquête | Elle portait sur le risque de baignade à la plage sur le littoral Atlantique. Elle a été administrée en face-à-face sur la plage de la Lette Blanche à Vielle-Saint-Girons (Landes), du 01 juillet au 31 août 2022, sur un échantillon de 722 individus âgés de 18 ans et plus. Le questionnaire | Il s'agit du questionnaire d'enquête en français administré sur site, au cours de l'été 2022. Composé d'une trentaine de questions, le questionnaire abordait les thèmes suivants : le rapport au risque des répondants, de manière générale ; la fréquentation des plages de l'océan et les risques liés, avec une partie spécifiquement dédiée aux plages du Sud-Ouest ; la visite sur la plage de la Lette Blanche, au moment de l'enquête ; les sources d'informations et de prévention permettant de limiter ces risques. Des questions supplémentaires sur les caractéristiques sociodémographiques du répondant complètent le questionnaire. De plus, les conditions météorologiques et de baignade au moment de la passation du questionnaire ont été renseignées par les enquêteurs. English The survey | The survey was about the risk of drowning on the Atlantic coast. It was administered face-to-face on the Lette Blanche beach in Vielle-Saint-Girons (Landes, SW, France), from 01 July to 31 August 2022, to a sample of 722 individuals aged 18 and over. The questionnaire | This is the english version of the survey questionnaire administered in french or english on site during the summer 2022. The questionnaire consisted of about 30 questions and covered the following topics: the relationship to risk in general, for various everyday accidents including swimming; exposure to risk: frequentation of beaches in general and the beaches of the South-West in particular, recreational activities practised, possible accidents; visits to the Lette Blanche beach at the time of the survey: attractiveness, bathing behavior and perception of risks; sources of information and prevention to limit these risks. Additional questions on the socio-demographic characteristics of the respondent complete the questionnaire. In addition, the weather and bathing conditions at the time of the questionnaire were filled in by the interviewers.
DOI: 10.57745/wsumav
title: IDA_Biological_data

description: This dataset contains floristic lists from the sites sampled in both Martinique and Guadeloupe. Those data were used to build the IDA methodology.
DOI: 10.57745/ylzt3n
title: Data for Investigation of NOx Scaling Laws in Swirled Partially-Premixed Hydrogen Flames on a Coaxial Injector

description: This dataset describes the experimental parameters and the associated flame nitrogen oxides (NOx) emissions and size measurements for 54 configurations of varying swirl number, equivalence ratio and injection diameter, in order to validate NOx scaling laws. The dataset contains the experimental conditions for each of the 54 data points, including mass flow rate, swirl numbers, injector diameters and equivalence ratio, logged and averaged over a 30 second window. It also contains measurement results of flame length and flame volume, estimated using Otsu thresholding on OH* chemiluminescence flame images. Finally, a NOx emission index, calculated using from gas analysis measurement is also included.
DOI: 10.57745/zeerri
title: Foliar fungal and bacterial communities of tree species in French Guiana.

description: This dataset gathers bacterial 16s and fungal ITS sequences describing the microbiota of several tree species in French Guiana . Leaf samples were collected in three sites (paracou laussat bafog) and three forest habitats ( white-sand ws, terra firme tf and seasonally flooded forest bf). Fungal ITS sequences were amplified with the its1 its2 primers pair while bacterial 16s sequences were amplified with 799f- 1115r primers pair.
DOI: 10.57745/weafzk
title: Results of Cyclo-Synchrotron and Synchrotron Models with Python Visualization Program

description: This dataset includes eight output images generated by cyclo-synchrotron and synchrotron programs, covering two dates during the March 2015 geomagnetic storm and two observation frequencies. A Python script has been added to facilitate the display of these images.
DOI: 10.57745/wsdh0l
title: PGD - plan de Gestion de Données

description: Plan de gestion de données de la structure sur lequel peuvent s'appuyer les plans de gestion de données de projets en lien avec l'unité expérimentale PEIMA
DOI: 10.57745/xrxqei
title: Confocal laser scanning microscopy (CLSM) images to study microbial competition in multi-strains biofilms

description: Complementary solutions to chemical inputs are being implemented in agricultural environments to reduce their application. The preventive use of synthetic microbial communities (SynComs) forming beneficial biofilms on the surfaces of livestock facility buildings is being developed to limit the establishment of undesirable bacteria by competitive exclusion (https://doi.org/10.1016/j.bioflm.2022.100075). In this study, we present a dataset integrating live-cell imaging of multi-strain biofilms across diverse scenarios (https://doi.org/10.1016/bs.mim.2023.03.002). Through this method, we were able to identify beneficial strains based on their superior ability to exclude undesirable bacteria and form mixed biofilms. Multi-strains biofilms were observed using a Leica SP8 AOBS inverted laser scanning microscope (CLSM, LEICA Microsystems, Wetzlar, Germany) at the INRAE MIMA2 platform (https://doi.org/10.15454/1.5572348210007727E12). All the experiments consisted in interacting a bacterium genetically labelled with GFP with another bacterium in spatially organized biofilms. The entire population was labelled with SYTO61 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA; a cell-permeant red dye that labels nucleic acid) dual labelling. In this system, cells labelled only in red correspond to the non-genetically labelled strains, and cells labelled both in red and green correspond to the genetically tagged ones. GFP excitation was performed at 488 nm with an argon laser, and the emitted fluorescence was recorded within the ranges 500-550 nm. SYTO 61 was excited with a helium-neon laser at 633 nm and the emitted fluorescence was collected with a hybrid detector in the range of 650-750 nm. The acquired images had a resolution of 512 × 512 pixels, corresponding to a physical area of 184.52 µm x 184.52 µm and a pixel size of 0.361 µm. The first dataset corresponding to 3168 stacks of images represents the interactions between Bacillus spp. or Pediococcus spp. with GFP-labelled pathogenic bacteria (Staphylococcus aureus, Enterococcus cecorum, Escherichia coli, Salmonella enterica serovar Enteritidis). The second dataset corresponding to 756 stacks of images represents interactions between GFP-labelled B. velezensis and other Bacillus spp. or Pediococcus spp. For every experiment, three biological replicates were carried out with 4 technical replicates each, representing 12 technical values per condition.
DOI: 10.57745/zar9w3
title: Hetre (beech, Fagus sylvatica)

description: Fichier d'impression 3D: bois de hetre File for 3D printer: beech wood
DOI: 10.57745/zc9r5s
title: PLASTIGE

description: WP2, WP3 Breedwheat
DOI: 10.57745/zn5e9s
title: Network map of European projects

description: This map presents various European projects and their links and keywords associated.
DOI: 10.57745/xiserd
title: Fiches incertitudes des modèles hydrologiques de surface du projet Explore2 : R Charente

description: Ensemble de fiche descriptives des incertitudes du projet Explore2 aux points de simulation pour la région hydrologique R Charente Accompagnement de lecture des fiches Incertitudes Le projet Explore2 a produit une quantité inédite de données hydrologiques. Ainsi, des ensembles de projections hydrologiques ont été élaborés sur près de 4000 points de simulation répartis en France hexagonale. Les fiches incertitudes visent à décrire les incertitudes de ces ensembles pour chacun des 3991 points de simulations hydrologiques (surface) obtenus avec la méthode de correction ADAMONT, pour trois indicateurs: QA, QJXA, et QMNA. Les valeurs numériques ne doivent pas être lues sur ces fiches, mais dans les fichiers de données brutes ou d’indicateurs pré-calculés mis à disposition, comme les fiches de synthèse, sur le portail « DRIAS les futurs de l’eau ». Ce document a pour objectif d’expliciter le contenu de ces fiches de synthèse des incertitudes.
DOI: 10.57745/zxr4ps
title: Projections hydrologiques souterraines sur le domaine de la plateforme aquifr – Nord Pas-De-Calais, Basse-Normandie, Bassin parisien, Loire, Poitou-Charentes, Alsace, Tarn-Et-Garonne

description: Dans un contexte de stress hydrique croissant face au changement climatique en cours, l’évaluation de l’évolution de la ressource en eaux souterraines est devenue de nos jours un enjeu majeur pour les gestionnaires de l’eau. Ce rapport vise à évaluer les impacts du changement climatique sur les eaux souterraines de la France métropolitaine au cours du XXIe siècle. Le domaine spatial traité avec la plateforme AquiFR se situe majoritairement dans le nord de la France le long de la ligne reliant la Vendée, la Bretagne et le Bassin parisien, jusqu'à la région Nord Pas-de-Calais (nouvellement Hauts-de-France). Deux applications sont situées couvrant deux zones d'environ 1000 km2 au nord de Mulhouse et en Tarn-et-Garonne.