DOI: 10.5281/zenodo.17194742
title: Dataset and code for: "Dry root preservation: a field-friendly method for assessing tree arbuscular mycorrhizal colonization"
title: Conjunto de datos y código: Conservación de raíces secas: un método fácil de aplicar en campo para evaluar la colonización micorrízica arbuscular de los árboles.

description: Documentation of the data and code supporting the Short Communications article “Dry root preservation: a field-friendly method for assessing tree arbuscular mycorrhizal colonization” submitted to the journal Rhizosphere (Giraldo-Kalil et al. 2025)

The folder “Micorrizas” is the root directory and contains the data, R script, and directories to replicate all the statistical analyses, tables, figures, and supplementary material reported in the article.

The R script was created by Laura J. Giraldo Kalil and edited using ChatGPT to visualize and perform statistical analysis for comparing mycorrhizal colonization in fine roots of 23 woody species abundant in the Chamela Biosphere Reserve (Jalisco, Mexico) in oven-dried and ethanol-preserved samples. The statistical analyses include logistic regressions, Wilcoxon tests, standardized major axis regressions, Spearman correlations, and normality tests.

All data analyses were conducted within an R Project for reproducibility and consistent file paths. The project file “Micorrizas.Rproj” is contained in the root directory. First, open this file in RStudio to set the project’s root directory, ensuring that all script paths work. Next, open the script "AMF_colonization.R" (path: Micorrizas/scripts_micorrizas). Run the script to reproduce the article’s statistical analysis. The script will install and load required packages automatically and create folders for organizing the output files. Check the file “session_info_micorrizas.txt” for detailed information on package versions.

See a detailed description of files and directories in the README_info .docx file
description: Descripción en español

Documentación del conjunto de datos y código del artículo corto (Short Communications) 

“Dry root preservation: a field-friendly method for assessing tree arbuscular mycorrhizal colonization” sometido a la revista  Rhizosphere (Giraldo-Kalil et al. 2025)

Título en español: Conservación de raíces secas: un método fácil de aplicar en campo para evaluar la colonización micorrízica arbuscular de los árboles

La carpeta (“Micorrizas”) es el directorio raíz y contiene los datos, el script R y los directorios necesarios para replicar todos los análisis estadísticos, tablas, figuras y material complementario que se incluyen en el artículo.

El script R fue creado por Laura J. Giraldo Kalil y editado con ChatGPT para visualizar y realizar análisis estadísticos con el fin de comparar la colonización micorrízica en las raíces finas de 23 especies leñosas abundantes en la Reserva de la Biosfera Chamela (Jalisco, México) en muestras secadas al horno y conservadas en etanol. Los análisis estadísticos incluyen regresiones logísticas, pruebas de Wilcoxon, regresiones del eje mayor estandarizadas, correlaciones de Spearman y pruebas de normalidad.

Todos los análisis de datos se realizaron dentro de un proyecto R para garantizar la reproducibilidad y la coherencia de las rutas de los archivos. El archivo del proyecto «Micorrizas.Rproj» se encuentra en el directorio raíz. En primer lugar, abra este archivo en RStudio para establecer el directorio raíz del proyecto, asegurándose de que todas las rutas de los scripts funcionan. A continuación, abra el script «AMF_colonization.R» (ruta: Micorrizas/scripts_micorrizas). Ejecute el script para reproducir el análisis estadístico del artículo. El script instalará y cargará automáticamente los paquetes necesarios y creará carpetas para organizar los archivos de salida. Consulte el archivo «session_info_micorrizas.txt» para obtener información detallada sobre las versiones de los paquetes.

La descripción detallada de los archivos y directorios esta en el archivo README_info.docx