cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.5281/zenodo.8270367
title: zol: prepTG Databases for Genera of 7 ESKAPEE Pathogens

description: Each of the tar.gz compressed directories corresponds to prepTG databases (for the zol suite) featuring distinct, representative genomes for one of the six genera containing ESKAPE pathogens + Escherichia (ESKAPEE). Representative genomes for each genus/taxon were selected using skDER (https://zenodo.org/deposit/8273156). The compressed folders also contain an extra file, corresponding to a species tree of the representative genomes constructed using GToTree. Note, GToTree was modified to always use -super5 mode for SCG alignments for computational efficiency, but otherwise run with default parameters. Also, note, because genomes can be dropped by GToTree prior to phylogeny inference (e.g. if they lack enough SCGs), not all genomes in the database might be represented in the phylogenies.
DOI: 10.5281/zenodo.8273155
title: zol: prepTG Databases for Other Bacterial Taxa

description: Each of the tar.gz compressed directories corresponds to prepTG databases (for the zol suite) featuring distinct, representative genomes for some well studied taxa/genera. Representative genomes for each genus/taxon were selected using skDER v1.0.7 in greedy mode with 99% ANI and 90% AF cutoffs.
The compressed folders also contain an extra file, corresponding to a species tree of the representative genomes constructed using GToTree with Universal markers (ribosomal proteins) from Hug et al. 2016 and in best-hits mode. Note, GToTree was modified to always use -super5 mode for SCG alignments for computational efficiency. Also, note, because genomes can be dropped by GToTree prior to phylogeny inference (e.g. if they lack enough SCGs), not all genomes in the database might be represented in the phylogenies.
DOI: 10.5281/zenodo.8273156
title: zol: prepTG Databases for Other Bacterial Taxa

description: Each of the tar.gz compressed directories corresponds to prepTG databases (for the zol suite) featuring distinct, representative genomes for one of the ten well studied taxa/genera. Representative genomes for each genus/taxon were selected using skDER (https://zenodo.org/deposit/8273156). The compressed folders also contain an extra file, corresponding to a species tree of the representative genomes constructed using GToTree. Note, GToTree was modified to always use -super5 mode for SCG alignments for computational efficiency, but otherwise run with default parameters. Also, note, because genomes can be dropped by GToTree prior to phylogeny inference (e.g. if they lack enough SCGs), not all genomes in the database might be represented in the phylogenies. The phylum level SCGs from GToTree corresponding to each taxon were used (e.g. Actinobacteria SCGs were used for Cutibacterium).
DOI: 10.14473/csda/69pwys
title: Život během pandemie 24. vlna

description: Cílem projektu Život během pandemie bylo shromažďovat data o vývoji epidemiologicky významného chování českých dospělých během pandemie nemoci covid-19 (zejména počty kontaktů, styk s nakaženým, testování, dodržování preventivních opatření, sociální aktivity, docházka na pracoviště, symptomy onemocnění). Sledovány byly také změny v pracovní aktivitě dotazovaných, ekonomická situace domácností a míry duševního zdraví s cílem vyhodnocovat dopady epidemie na uvedené oblasti života. Dále byly zjišťovány postoje veřejnosti k vládním opatřením, testování a očkování. K základní sadě sociodemografických proměnných dotázaných v první vlně šetření byly v jednotlivých vlnách postupně doplňovány socioekonomické charakteristiky respondentů a domácností, včetně retrospektivního zjišťování stavu před začátkem epidemie. Součástí šetření byly také ad hoc moduly týkající se distanční výuky nebo práce z domova. Veřejně přístupný datový soubor zahrnuje především kontinuální epidemiologický a ekonomický modul.
DOI: 10.14473/csda/zncgtd
title: Život během pandemie 26. vlna

description: Cílem projektu Život během pandemie bylo shromažďovat data o vývoji epidemiologicky významného chování českých dospělých během pandemie nemoci covid-19 (zejména počty kontaktů, styk s nakaženým, testování, dodržování preventivních opatření, sociální aktivity, docházka na pracoviště, symptomy onemocnění). Sledovány byly také změny v pracovní aktivitě dotazovaných, ekonomická situace domácností a míry duševního zdraví s cílem vyhodnocovat dopady epidemie na uvedené oblasti života. Dále byly zjišťovány postoje veřejnosti k vládním opatřením, testování a očkování. K základní sadě sociodemografických proměnných dotázaných v první vlně šetření byly v jednotlivých vlnách postupně doplňovány socioekonomické charakteristiky respondentů a domácností, včetně retrospektivního zjišťování stavu před začátkem epidemie. Součástí šetření byly také ad hoc moduly týkající se distanční výuky nebo práce z domova. Veřejně přístupný datový soubor zahrnuje především kontinuální epidemiologický a ekonomický modul.
DOI: 10.14473/csda/bzwcwh
title: Život během pandemie 27. vlna

description: Cílem projektu Život během pandemie bylo shromažďovat data o vývoji epidemiologicky významného chování českých dospělých během pandemie nemoci covid-19 (zejména počty kontaktů, styk s nakaženým, testování, dodržování preventivních opatření, sociální aktivity, docházka na pracoviště, symptomy onemocnění). Sledovány byly také změny v pracovní aktivitě dotazovaných, ekonomická situace domácností a míry duševního zdraví s cílem vyhodnocovat dopady epidemie na uvedené oblasti života. Dále byly zjišťovány postoje veřejnosti k vládním opatřením, testování a očkování. K základní sadě sociodemografických proměnných dotázaných v první vlně šetření byly v jednotlivých vlnách postupně doplňovány socioekonomické charakteristiky respondentů a domácností, včetně retrospektivního zjišťování stavu před začátkem epidemie. Součástí šetření byly také ad hoc moduly týkající se distanční výuky nebo práce z domova. Veřejně přístupný datový soubor zahrnuje především kontinuální epidemiologický a ekonomický modul.
DOI: 10.14473/csda/c7w9kd
title: Život během pandemie 28. vlna

description: Cílem projektu Život během pandemie bylo shromažďovat data o vývoji epidemiologicky významného chování českých dospělých během pandemie nemoci covid-19 (zejména počty kontaktů, styk s nakaženým, testování, dodržování preventivních opatření, sociální aktivity, docházka na pracoviště, symptomy onemocnění). Sledovány byly také změny v pracovní aktivitě dotazovaných, ekonomická situace domácností a míry duševního zdraví s cílem vyhodnocovat dopady epidemie na uvedené oblasti života. Dále byly zjišťovány postoje veřejnosti k vládním opatřením, testování a očkování. K základní sadě sociodemografických proměnných dotázaných v první vlně šetření byly v jednotlivých vlnách postupně doplňovány socioekonomické charakteristiky respondentů a domácností, včetně retrospektivního zjišťování stavu před začátkem epidemie. Součástí šetření byly také ad hoc moduly týkající se distanční výuky nebo práce z domova. Veřejně přístupný datový soubor zahrnuje především kontinuální epidemiologický a ekonomický modul.
DOI: 10.14473/csda/849joh
title: Život během pandemie 29. vlna

description: Cílem projektu Život během pandemie bylo shromažďovat data o vývoji epidemiologicky významného chování českých dospělých během pandemie nemoci covid-19 (zejména počty kontaktů, styk s nakaženým, testování, dodržování preventivních opatření, sociální aktivity, docházka na pracoviště, symptomy onemocnění). Sledovány byly také změny v pracovní aktivitě dotazovaných, ekonomická situace domácností a míry duševního zdraví s cílem vyhodnocovat dopady epidemie na uvedené oblasti života. Dále byly zjišťovány postoje veřejnosti k vládním opatřením, testování a očkování. K základní sadě sociodemografických proměnných dotázaných v první vlně šetření byly v jednotlivých vlnách postupně doplňovány socioekonomické charakteristiky respondentů a domácností, včetně retrospektivního zjišťování stavu před začátkem epidemie. Součástí šetření byly také ad hoc moduly týkající se distanční výuky nebo práce z domova. Veřejně přístupný datový soubor zahrnuje především kontinuální epidemiologický a ekonomický modul.
DOI: 10.14473/csda/81qumg
title: Život během pandemie 30. vlna

description: Cílem projektu Život během pandemie bylo shromažďovat data o vývoji epidemiologicky významného chování českých dospělých během pandemie nemoci covid-19 (zejména počty kontaktů, styk s nakaženým, testování, dodržování preventivních opatření, sociální aktivity, docházka na pracoviště, symptomy onemocnění). Sledovány byly také změny v pracovní aktivitě dotazovaných, ekonomická situace domácností a míry duševního zdraví s cílem vyhodnocovat dopady epidemie na uvedené oblasti života. Dále byly zjišťovány postoje veřejnosti k vládním opatřením, testování a očkování. K základní sadě sociodemografických proměnných dotázaných v první vlně šetření byly v jednotlivých vlnách postupně doplňovány socioekonomické charakteristiky respondentů a domácností, včetně retrospektivního zjišťování stavu před začátkem epidemie. Součástí šetření byly také ad hoc moduly týkající se distanční výuky nebo práce z domova. Veřejně přístupný datový soubor zahrnuje především kontinuální epidemiologický a ekonomický modul.
DOI: 10.5281/zenodo.3522840
title: Synthetic geophysical survey using geological modelling from the Yerrida Basin (Western Australia)

description: This is a companion dataset to the manuscript:
"Towards geologically reasonable lithological classification from integrated geophysical inverse modelling", by J. Giraud, M. Lindsay, M. Jessell, and V. Ogarko.
This dataset contains the true model, the geological uncertainty volume constraining inversion, the starting model for inversion, and the inverted model. It also contains the inverted geophysical data. The inverted data were generated using geological modelling from the area and prior petrophysical information (more information in the above-mentioned document). For standalone usage of this dataset, the inversion parameters can be found in the following publication: 
Giraud, J., M. Lindsay, V. Ogarko, M. Jessell, R. Martin, and E. Pakyuz-Charrier, 2019a, Integration of geoscientific uncertainty into geophysical inversion by means of local gradient regularization: Solid Earth, 10, 193–210.
DOI: 10.14473/csda/lfsbmt
title: Život během pandemie 31. vlna

description: Cílem projektu Život během pandemie bylo shromažďovat data o vývoji epidemiologicky významného chování českých dospělých během pandemie nemoci covid-19 (zejména počty kontaktů, styk s nakaženým, testování, dodržování preventivních opatření, sociální aktivity, docházka na pracoviště, symptomy onemocnění). Sledovány byly také změny v pracovní aktivitě dotazovaných, ekonomická situace domácností a míry duševního zdraví s cílem vyhodnocovat dopady epidemie na uvedené oblasti života. Dále byly zjišťovány postoje veřejnosti k vládním opatřením, testování a očkování. K základní sadě sociodemografických proměnných dotázaných v první vlně šetření byly v jednotlivých vlnách postupně doplňovány socioekonomické charakteristiky respondentů a domácností, včetně retrospektivního zjišťování stavu před začátkem epidemie. Součástí šetření byly také ad hoc moduly týkající se distanční výuky nebo práce z domova. Veřejně přístupný datový soubor zahrnuje především kontinuální epidemiologický a ekonomický modul.
DOI: 10.14473/csda/ym9zla
title: Život během pandemie 32. vlna

description: Cílem projektu Život během pandemie bylo shromažďovat data o vývoji epidemiologicky významného chování českých dospělých během pandemie nemoci covid-19 (zejména počty kontaktů, styk s nakaženým, testování, dodržování preventivních opatření, sociální aktivity, docházka na pracoviště, symptomy onemocnění). Sledovány byly také změny v pracovní aktivitě dotazovaných, ekonomická situace domácností a míry duševního zdraví s cílem vyhodnocovat dopady epidemie na uvedené oblasti života. Dále byly zjišťovány postoje veřejnosti k vládním opatřením, testování a očkování. K základní sadě sociodemografických proměnných dotázaných v první vlně šetření byly v jednotlivých vlnách postupně doplňovány socioekonomické charakteristiky respondentů a domácností, včetně retrospektivního zjišťování stavu před začátkem epidemie. Součástí šetření byly také ad hoc moduly týkající se distanční výuky nebo práce z domova. Veřejně přístupný datový soubor zahrnuje především kontinuální epidemiologický a ekonomický modul.
DOI: 10.25716/gude.142e-65p$
title: The global water resources and use model WaterGAP v2.2e - model output driven by 20crv3-era5 and neglecting direct human impacts

description: Assessing global freshwater resources and human water use is of value for a number of needs but challenging. The global water use and water availability model WaterGAP has been in development since 1996 and has served a range of applications such as assessments of global water resources and water stress, also under the impact of climate change, drought hazard quantification, Life Cycle Assessments, water (over)use and consequently depletion of water resources and a better understanding of terrestrial water storage variations (jointly with satellite observations). Here, the reader can download model output for the time period 1901-2019 that was computed by driving WaterGAP v2.2e by four alternative climate datasets (climate forcings) that were generated in the ISIMIP context (https://www.isimip.org) and are described in https://data.isimip.org/10.48364/ISIMIP.982724. For two climate datasets, model runs up to 2021 or 2022 are available. For comparison, output of a version of WaterGAP v2.2d that is calibrated to the same dataset of observed streamflow as WaterGAP v2.2e is provided. Each of the climate forcing-model version combinations is run in two socio-economic settings, histsoc and nosoc. In nosoc, human water use is set to zero and man-made reservoirs are assumed to be non-existant. In the paper connected to this dataset (to be submitted to Geoscientific Model Development), the newest model version, WaterGAP v2.2e is described by providing the modifications to the previous version v2.2d (Müller Schmied et al. 2021) and the corresponding changes in model output. The most important and requested model outputs (total water storage variations, streamflow and water use) are evaluated against observation data. Standard model output is described as well as the specifics of the WaterGAP contribution within the ISIMIP framework. Müller Schmied, H., Cáceres, D., Eisner, S., Flörke, M., Herbert, C., Niemann, C., Peiris, T. A., Popat, E., Portmann, F. T., Reinecke, R., Schumacher, M., Shadkam, S., Telteu, C.-E., Trautmann, T., Döll, P. (2021): The global water resources and use model WaterGAP v2.2d: Model description and evaluation. Geosci. Model Dev., 14, 1037–1079. https://doi.org/10.5194/gmd-14-1037-2021
description: The data is available in compressed netcdf data format. The spatial resolution is 0.5 deg x 0.5 deg, the temporal resolution varies (static, monthly or yearly). The name pattern is the following: [modelversion]_[climateforcing]_[variable]_[socioeconomic-setting]_[temporal-resolution]_[startyear]_[endyear].nc This dataset contains WaterGAP 2.2e model output with the climate forcing 20crv3-era5. The socioeconomic-setting is "nosoc" (no reservoirs, no water use). The start year is 1901 and end year is 2021. For further information please see the associated paper.
DOI: 10.14473/csda/c1xkar
title: Život během pandemie 33. vlna

description: Cílem projektu Život během pandemie bylo shromažďovat data o vývoji epidemiologicky významného chování českých dospělých během pandemie nemoci covid-19 (zejména počty kontaktů, styk s nakaženým, testování, dodržování preventivních opatření, sociální aktivity, docházka na pracoviště, symptomy onemocnění). Sledovány byly také změny v pracovní aktivitě dotazovaných, ekonomická situace domácností a míry duševního zdraví s cílem vyhodnocovat dopady epidemie na uvedené oblasti života. Dále byly zjišťovány postoje veřejnosti k vládním opatřením, testování a očkování. K základní sadě sociodemografických proměnných dotázaných v první vlně šetření byly v jednotlivých vlnách postupně doplňovány socioekonomické charakteristiky respondentů a domácností, včetně retrospektivního zjišťování stavu před začátkem epidemie. Součástí šetření byly také ad hoc moduly týkající se distanční výuky nebo práce z domova. Veřejně přístupný datový soubor zahrnuje především kontinuální epidemiologický a ekonomický modul.
DOI: 10.14473/csda/9vu3st
title: Život během pandemie 34. vlna

description: Cílem projektu Život během pandemie bylo shromažďovat data o vývoji epidemiologicky významného chování českých dospělých během pandemie nemoci covid-19 (zejména počty kontaktů, styk s nakaženým, testování, dodržování preventivních opatření, sociální aktivity, docházka na pracoviště, symptomy onemocnění). Sledovány byly také změny v pracovní aktivitě dotazovaných, ekonomická situace domácností a míry duševního zdraví s cílem vyhodnocovat dopady epidemie na uvedené oblasti života. Dále byly zjišťovány postoje veřejnosti k vládním opatřením, testování a očkování. K základní sadě sociodemografických proměnných dotázaných v první vlně šetření byly v jednotlivých vlnách postupně doplňovány socioekonomické charakteristiky respondentů a domácností, včetně retrospektivního zjišťování stavu před začátkem epidemie. Součástí šetření byly také ad hoc moduly týkající se distanční výuky nebo práce z domova. Veřejně přístupný datový soubor zahrnuje především kontinuální epidemiologický a ekonomický modul.
DOI: 10.26036/cnp0002439
title: Killer whale genome and re-sequencing

description: A high quality reference genome and 151 individual re-sequencing of killer whale
DOI: 10.5281/zenodo.10044812
title: ML 4 Refactoring: appendix
DOI: 10.5281/zenodo.10044811
title: ML 4 Refactoring: appendix
DOI: 10.6084/m9.figshare.24442744.v1
title: Metadata

description: The data includes 15-minute gap-free observations of air temperature at 60 cm, air temperature at 2 m, air temperature at 10 m, soil temperature, relative humidity, precipitation, wind speed, wind direction, solar radiation, and dew point temperature from 2005-2020 at 30 stations across Florida. These stations are a part of the Florida Automated Weather Network (FAWN).The data are provided in station-specific directories that contain files for every year. The metadata file contains descriptions of the stations, sensors, and meteorological variables. Detailed methodology used to generate this gap-free FAWN data is provided in the paper below:Peeling, J., Judge, J., Misra, V., Jayasankar, C. B. & Lusher, R. Gap-free 16-year (2005-2020)<br>sub-diurnal surface meteorological observations across Florida. arXiv e-prints arXiv:2310.16739<br>(2023). 2310.16739
DOI: 10.6084/m9.figshare.24442744
title: Metadata

description: The data includes 15-minute gap-free observations of air temperature at 60 cm, air temperature at 2 m, air temperature at 10 m, soil temperature, relative humidity, precipitation, wind speed, wind direction, solar radiation, and dew point temperature from 2005-2020 at 30 stations across Florida. These stations are a part of the Florida Automated Weather Network (FAWN).The data are provided in station-specific directories that contain files for every year. The metadata file contains descriptions of the stations, sensors, and meteorological variables. Detailed methodology used to generate this gap-free FAWN data is provided in the paper below:Peeling, J., Judge, J., Misra, V., Jayasankar, C. B. & Lusher, R. Gap-free 16-year (2005-2020)<br>sub-diurnal surface meteorological observations across Florida. arXiv e-prints arXiv:2310.16739<br>(2023). 2310.16739
DOI: 10.5063/f1z60kzs
title: PWSRCAC Long-Term Environmental Monitoring Program, 1993-2009

description: Prince William Sound Regional Citizens Advisory Council (PWSRCAC) Long Term (oil) Monitoring Program data from mussel tissues, intertidal and subtidal sediments from fixed monitoring sites in Prince William Sound, Outer Kenai Coast and Kodiak, Alaska. Since 1993, the council has monitored samples from mussels and sediments at 10 sites in Prince William Sound and the Gulf of Alaska. The samples are monitored for the presence of petroleum hydrocarbons. Samples are collected in summer and late winter and results are presented in an annual report. This information provides a benchmark for assessing the ongoing impacts of routine tanker and terminal operations. The program has sampled twice a year since 1994 for evidence of hydrocarbons in mussel tissue and sediment samples. In recent years, the program was cut back to just mussel tissue at all sites with subtidal sediments only in Port Valdez (site of Alyeska Marine Terminal's tanker operations). For more complete sampling in Port Valdez, mussels are also collected in October. All samples are analyzed for PAH and AHC; sediments are also analzyed for TOC and sediment grain size. Results from PWSRCAC's studies indicate a variety of sources of hydrocarbons in Prince William Sound including the Exxon Valdez spill in 1989, operations at the Alyeska terminal, combustion sources, boating and shipping activities, normal oil seepage or coal deposits, biological processes, and atmospheric fallout. Generally, the hydrocarbon levels detected under LTEMP have been relatively low. The stations farthest from the Alyeska terminal show low hydrocarbon levels, while those closest to the terminal show higher levels. Concern over the hydrocarbon levels at the terminal prompted PWSRCAC to add an additional sampling effort at the two Port Valdez stations in the fall of each year. DATA CAN BE ACCESSED ON THE PWSRCAC WEBSITE: http://www.pwsrcac.org/programs/environmental-monitoring/ltemp/ REFERENCES: ***Folk, Robert L. (1974). Petrology of sedimentary rocks. Austin, Texas : Hemphill Publishing Co. ***Kinnetic Laboratories, Inc. (KLI), 2002. 2000-2002 LTEMP Monitoring Report. Prepared for the Prince William Sound Regional Citizens' Advisory Council Long-Term Environmental Monitoring Program. 94 pp. and appendices. ***Larsen, M.L. and L.G. Holland 2004. Standard operating procedure for the determination of particle grain size in marine sediments analyzed at the Auke Bay Laboratory. Auke Bay Laboratory, Alaska Fisheries.
DOI: 10.5063/f1cf9nk7
title: (:unkn)
DOI: 10.5281/zenodo.10044823
title: Notícies d'actualitat
DOI: 10.5281/zenodo.10044822
title: Notícies d'actualitat
DOI: 10.5281/zenodo.10044775
title: In-vehicle Sensing Datasets (e.g., GPS, IMU, and OBD data) In Florida

description: This data collection and distribution is supported by NSF OAC-1948066. These datasets include a total of 497 trajectory datasets over 2404 km. Each dataset includes  6DOF IMU data (e.g., triaxial acceleration and gyroscope data), GPS data (e.g., latitude, longitude, altitude, speed over ground, the number of connected satellites, Course Over Ground), and OBD data (e.g., rpm, throttle positions, accelerator positions, RPM, air temperature, etc.).  The data collection mechanism adopts the asynchronous sampling technologies that make capturing sensor data independent of the recorded signal. Therefore, datasets collected from each sensor are logged in separate files (e.g., time_obd.jsonl, time_gps.jsonl, time_obd.jsonl). By matching the time when each sensor module initiated to log data, one can aggregate/fuse multi-type in-vehicle sensing data.