DOI: 10.5281/zenodo.11545455
title: Water migration through enzyme tunnels is sensitive to the choice of explicit water model (AldO + CYP2D6)

description: This repository contains data for the alditol oxidase (AldO) and cytochrome P450 2D6 (CYP2D6). Data underpinning analyses of haloalkane dehalogenase DhaA are available from the related repository: 10.5281/zenodo.11489893.

Content:

AldO.tar.gz:

tt_conda.yml -> conda environment used for the calculations.         Usage :         conda env create -f tt_conda.yml         conda activate tt_conda.yml 

01_MD_simulations -> the files to run simulation, out and restart files from simulation and simulation analysis results, organized by models and Tunnel Conformational Groups (TCGs).

├── 01_MD_simulations│   ├── 01_inputs│   │   ├── opc│   │   │   ├── TCG_d1.0_o1.6│   │   │   └── TCG_d2.0_o1.9│   │   ├── scripts│   │   │   ├── 00_prepare_model.sh│   │   │   ├── 01_minimization.sh│   │   │   ├── 02_equilibration.sh│   │   │   └── 03_production.sh│   │   ├── tip3p│   │   │   ├── TCG_d1.0_o1.6│   │   │   └── TCG_d2.0_o1.9│   │   └── tip4pew│   │       ├── TCG_d1.0_o1.6│   │       └── TCG_d2.0_o1.9│   ├── 02_outputs│   │   ├── opc│   │   │   ├── TCG_d1.0_o1.6│   │   │   └── TCG_d2.0_o1.9│   │   ├── tip3p│   │   │   ├── TCG_d1.0_o1.6│   │   │   └── TCG_d2.0_o1.9│   │   └── tip4pew│   │       ├── TCG_d1.0_o1.6│   │       └── TCG_d2.0_o1.9│   ├── 03_analysis│   │   ├── rmsd_opc.csv│   │   ├── rmsd_tip3p.csv│   │   ├── rmsd_tip4pew.csv│   │   ├── rmsf_opc.csv│   │   ├── rmsf_tip3p.csv│   │   └── rmsf_tip4pew.csv│   └── readme.txt02_caver -> results of CAVER calculations, organized by models and TCGs.

├── 02_caver│   ├── config_files│   │   ├── calculate_tunnels.txt│   │   └── clustering.txt│   ├── opc│   │   ├── TCG_d1.0_o1.6│   │   │   ├── 1│   │   │   ├── 2│   │   │   ├── 3│   │   │   ├── 4│   │   │   └── 5│   │   └── TCG_d2.0_o1.9│   │       ├── 1│   │       ├── 2│   │       ├── 3│   │       ├── 4│   │       └── 5│   ├── readme.txt│   ├── tip3p│   │   ├── TCG_d1.0_o1.6│   │   │   ├── 1│   │   │   ├── 2│   │   │   ├── 3│   │   │   ├── 4│   │   │   └── 5│   │   └── TCG_d2.0_o1.9│   │       ├── 1│   │       ├── 2│   │       ├── 3│   │       ├── 4│   │       └── 5│   └── tip4pew│       ├── TCG_d1.0_o1.6│       │   ├── 1│       │   ├── 2│       │   ├── 3│       │   ├── 4│       │   └── 5│       └── TCG_d2.0_o1.9│           ├── 1│           ├── 2│           ├── 3│           ├── 4│           └── 5

03_aquaduct -> results of AQUA-DUCT calculations, organized by models and TCGs.   

├── 03_aquaduct│   ├── opc│   │   ├── TCG_d1.0_o1.6│   │   │   ├── 1│   │   │   ├── 2│   │   │   ├── 3│   │   │   ├── 4│   │   │   └── 5│   │   └── TCG_d2.0_o1.9│   │       ├── 1│   │       ├── 2│   │       ├── 3│   │       ├── 4│   │       └── 5│   ├── readme.txt│   ├── tip3p│   │   ├── TCG_d1.0_o1.6│   │   │   ├── 1│   │   │   ├── 2│   │   │   ├── 3│   │   │   ├── 4│   │   │   └── 5│   │   └── TCG_d2.0_o1.9│   │       ├── 1│   │       ├── 2│   │       ├── 3│   │       ├── 4│   │       └── 5│   └── tip4pew│       ├── TCG_d1.0_o1.6│       │   ├── 1│       │   ├── 2│       │   ├── 3│       │   ├── 4│       │   └── 5│       └── TCG_d2.0_o1.9│           ├── 1│           ├── 2│           ├── 3│           ├── 4│           └── 5 

04_transport_tools -> the results of TransportTools and analysis done from TransportTools results.

├── 04_transport_tools│   ├── overall_results│   │   ├── config.in│   │   ├── data│   │   │   ├── exact_matching_analysis│   │   │   └── super_clusters│   │   ├── statistics│   │   │   ├── 1-initial_tunnels_statistics_bottleneck_residues.txt│   │   │   ├── 1-initial_tunnels_statistics.txt│   │   │   ├── 2-filtered_tunnels_statistics_bottleneck_residues.txt│   │   │   ├── 2-filtered_tunnels_statistics.txt│   │   │   ├── 3-initial_events_statistics_bottleneck_residues.txt│   │   │   ├── 3-initial_events_statistics.txt│   │   │   ├── 4-filtered_events_statistics_bottleneck_residues.txt│   │   │   ├── 4-filtered_events_statistics.txt│   │   │   └── comparative_analysis│   │   ├── transport_tools.log│   │   └── visualization│   │       ├── 1-visualize_initial_tunnels.py│   │       ├── 2-visualize_filtered_tunnels.py│   │       ├── 3-visualize_initial_events.py│   │       ├── 4-visualize_filtered_events.py│   │       ├── comparative_analysis│   │       └── sources│   └── scripts│       ├── bottleneck_residues│       │   ├── 5_bottleneck_residues.py│       │   └── T1.png│       ├── presence_of_tunnels│       │   ├── 6_tunnels_before_assignment.py│       │   ├── before.png│       │   └── number_frames.pkl│       └── water_transport_analysis│           ├── 8_main_figure.py│           ├── figure2.png│           ├── output│           ├── percent_frames_events_AldO.png│           ├── transit_time_median.png│           ├── tt_events.png│           └── water_per_frame_AldO.png

 

CYP2D6.tar.gz:

tt_conda.yml -> conda environment used for the calculations.         Usage :         conda env create -f tt_conda.yml         conda activate tt_conda.yml 

01_MD_simulations -> the files to run simulation, out and restart files from simulation and simulation analysis results, organized by models and Tunnel Conformational Groups (TCGs).

├── 01_MD_simulations│   ├── 01_inputs│   │   ├── opc│   │   │   ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│   │   │   └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│   │   ├── scripts│   │   │   ├── 01_minimization_heating_CPU_ARES_prep.sh│   │   │   ├── 02_equilibration_GPU_ARES_prep.sh│   │   │   ├── 03_production_ARES.sh│   │   │   └── prepare_model_3tbg.sh│   │   ├── tip3p│   │   │   ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│   │   │   └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│   │   └── tip4pew│   │       ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│   │       └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│   ├── 02_outputs│   │   ├── opc│   │   │   ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│   │   │   └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│   │   ├── tip3p│   │   │   ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│   │   │   └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│   │   └── tip4pew│   │       ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│   │       └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│   ├── 03_analysis│   │   ├── rmsd_opc.csv│   │   ├── rmsd_tip3p.csv│   │   ├── rmsd_tip4pew.csv│   │   ├── rmsf_opc.csv│   │   ├── rmsf_tip3p.csv│   │   └── rmsf_tip4pew.csv│   └── readme.txt

02_caver -> results of CAVER calculations, organized by models and TCGs.

├── 02_caver│   ├── config_files│   ├── opc│   │   ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│   │   │   ├── 1│   │   │   ├── 2│   │   │   ├── 3│   │   │   ├── 4│   │   │   └── 5│   │   └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│   │       ├── 1│   │       ├── 2│   │       ├── 3│   │       ├── 4│   │       └── 5│   ├── readme.txt│   ├── tip3p│   │   ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│   │   │   ├── 1│   │   │   ├── 2│   │   │   ├── 3│   │   │   ├── 4│   │   │   └── 5│   │   └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│   │       ├── 1│   │       ├── 2│   │       ├── 3│   │       ├── 4│   │       └── 5│   └── tip4pew│       ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│       │   ├── 1│       │   ├── 2│       │   ├── 3│       │   ├── 4│       │   └── 5│       └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│           ├── 1│           ├── 2│           ├── 3│           ├── 4│           └── 5

03_aquaduct -> results of AQUA-DUCT calculations, organized by models and TCGs.   

├── 03_aquaduct│   ├── opc│   │   ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│   │   │   ├── 1│   │   │   ├── 2│   │   │   ├── 3│   │   │   ├── 4│   │   │   └── 5│   │   └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│   │       ├── 1│   │       ├── 2│   │       ├── 3│   │       ├── 4│   │       └── 5│   ├── readme.txt│   ├── tip3p│   │   ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│   │   │   ├── 1│   │   │   ├── 2│   │   │   ├── 3│   │   │   ├── 4│   │   │   └── 5│   │   └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│   │       ├── 1│   │       ├── 2│   │       ├── 3│   │       ├── 4│   │       └── 5│   └── tip4pew│       ├── TCG_d1.7_o1.6_TCG_d1.1_o1.4_TCG_d1.1_o.1.1│       │   ├── 1│       │   ├── 2│       │   ├── 3│       │   ├── 4│       │   └── 5│       └── TCG_d2.0_o1.9_TCG_d1.6_o1.6_TCG_d1.6_o1.1│           ├── 1│           ├── 2│           ├── 3│           ├── 4│           └── 5

04_transport_tools -> the results of TransportTools and analysis done from TransportTools results.

├── 04_transport_tools│   ├── overall_results│   │   ├── config.in│   │   ├── data│   │   │   ├── exact_matching_analysis│   │   │   └── super_clusters│   │   ├── statistics│   │   │   ├── 1-initial_tunnels_statistics_bottleneck_residues.txt│   │   │   ├── 1-initial_tunnels_statistics.txt│   │   │   ├── 2-filtered_tunnels_statistics_bottleneck_residues.txt│   │   │   ├── 2-filtered_tunnels_statistics.txt│   │   │   ├── 3-initial_events_statistics_bottleneck_residues.txt│   │   │   ├── 3-initial_events_statistics.txt│   │   │   ├── 4-filtered_events_statistics_bottleneck_residues.txt│   │   │   ├── 4-filtered_events_statistics.txt│   │   │   └── comparative_analysis│   │   ├── transport_tools.log│   │   └── visualization│   │       ├── 1-visualize_initial_tunnels.py│   │       ├── 2-visualize_filtered_tunnels.py│   │       ├── 3-visualize_initial_events.py│   │       ├── 4.pse│   │       ├── 4-visualize_filtered_events.py│   │       ├── comparative_analysis│   │       └── sources│   └── scripts│       ├── bottleneck_analyses│       │   ├── 5_bottleneck_residues.py│       │   ├── Ch2B-F.png│       │   ├── Ch2C.png│       │   └── ChS.png│       ├── presence_of_tunnels│       │   ├── 6_tunnels_before_assignment.py│       │   ├── before.png│       │   └── number_frames.pkl│       └── water_transport_analysis│           ├── 8_main_figure.py│           ├── figure2_Ch2B-Ch2F.png│           ├── figure2_Ch2C.png│           ├── figure2_Ch2S.png│           ├── output│           ├── percent_frames_events_Ch2B-Ch2F.png│           ├── percent_frames_events_Ch2C.png│           ├── percent_frames_events_ChS.png│           ├── transit_time_median_Ch2B-Ch2F.png│           ├── transit_time_median_Ch2C.png│           ├── transit_time_median_ChS.png│           ├── tt_events_Ch2B-Ch2F.png│           ├── tt_events_Ch2C.png│           ├── tt_events_Ch2S.png│           ├── water_per_frame_Ch2B-Ch2F.png│           ├── water_per_frame_Ch2C.png│           └── water_per_frame_ChS.png