cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.15468/g8ckss
title: Aves de la Reserva Forestal Protectora de los Ríos Blanco y Negro, La Calera, Cundinamarca

description: Esta lista se genera en el marco del convenio 023 de 2009, suscrito entre la Secretaria de Ambiente de la Gobernación de Cundinamarca y la Asociación Bogotana de Ornitología el cual tiene como objeto: "Diagnostico, inventario, estudio e investigación de la fauna, con énfasis en aves, en cinco reservas forestales del departamento de Cundinamarca. Convenio en el cual se desarrollaron salidas de campo con las cuales se obtuvo la información base de riqueza de especies. En el municipio de La Calera se encuentra la Reserva Forestal Protectora de los Ríos Blanco y Negro, una de las áreas objeto del convenio.

Por medio de la caracterización realizada con redes de niebla y recorridos de observación en la zona de estudio se lograron identificar 105 especies de aves de 36 familias taxonómicas, a lo largo de un gradiente altitudinal entre los 2400 m y los 2900 m, predominado por bosque altoandino de niebla y áreas destinadas a la producción agropecuaria de subsistencia.
DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2f5cvv
title: CCDC 2239497: Experimental Crystal Structure Determination

description: Related Article: Yosuke Nakazono, Ryota Inoue, Ryo Sumitani, Tomoyuki Mochida|2024|New J.Chem.|48|2219|doi:10.1039/D3NJ05633C
description: An entry from the Cambridge Structural Database, the world’s repository for small molecule crystal structures. The entry contains experimental data from a crystal diffraction study. The deposited dataset for this entry is freely available from the CCDC and typically includes 3D coordinates, cell parameters, space group, experimental conditions and quality measures.
DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2fgfr3
title: CCDC 2248205: Experimental Crystal Structure Determination

description: Related Article: Lucas H. G. Kalinke, Mariany S. Silva, Renato Rabelo, Ana K. Valdo, Felipe T. Martins, Nicolás Moliner, Miguel Julve, Francesc Lloret, Joan Cano, Danielle Cangussu|2024|New J.Chem.|48|1971|doi:10.1039/D3NJ04701F
description: An entry from the Cambridge Structural Database, the world’s repository for small molecule crystal structures. The entry contains experimental data from a crystal diffraction study. The deposited dataset for this entry is freely available from the CCDC and typically includes 3D coordinates, cell parameters, space group, experimental conditions and quality measures.
DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2fj3dh
title: CCDC 2249806: Experimental Crystal Structure Determination

description: Related Article: Arijit De, Tanaya Manna, Subhas Chandra Debnath, Syed Masood Husain|2023|New J.Chem.|48|1902|doi:10.1039/D3NJ05659G
description: An entry from the Cambridge Structural Database, the world’s repository for small molecule crystal structures. The entry contains experimental data from a crystal diffraction study. The deposited dataset for this entry is freely available from the CCDC and typically includes 3D coordinates, cell parameters, space group, experimental conditions and quality measures.
DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2fr42f
title: CCDC 2256554: Experimental Crystal Structure Determination

description: Related Article: Yosuke Nakazono, Ryota Inoue, Ryo Sumitani, Tomoyuki Mochida|2024|New J.Chem.|48|2219|doi:10.1039/D3NJ05633C
description: An entry from the Cambridge Structural Database, the world’s repository for small molecule crystal structures. The entry contains experimental data from a crystal diffraction study. The deposited dataset for this entry is freely available from the CCDC and typically includes 3D coordinates, cell parameters, space group, experimental conditions and quality measures.
DOI: 10.15468/yqavwo
title: Aves de la vereda Roble Hueco - Bojacá, Cundinamarca

description: Esta lista se genera en el marco del convenio 023 de 2009, suscrito entre la Secretaria de Ambiente de la Gobernación de Cundinamarca y la Asociación Bogotana de Ornitología el cual tiene como objeto: "Diagnostico, inventario, estudio e investigación de la fauna, con énfasis en aves, en cinco reservas forestales del departamento de Cundinamarca. Convenio en el cual se desarrollaron salidas de campo con las cuales se obtuvo la información base de riqueza de especies. En la vereda Roble Hueco, del municipio de Bojacá, esta ubicada una de las reservas objeto del convenio.

Por medio de la caracterización realizada con redes de niebla y recorridos de observación en la zona de estudio se lograron identificar 96 especies de aves de 27 familias taxonómicas, a lo largo de un gradiente altitudinal entre los 1700 m y los 1900 m, predominado por bosque altoandino de niebla y áreas destinadas a la producción agropecuaria de subsistencia.
DOI: 10.15468/sndocw
title: Aves del Pantano de Martos, Guatavita, Cundinamarca

description: Esta lista se genera en el marco del convenio 023 de 2009, suscrito entre la Secretaria de Ambiente de la Gobernación de Cundinamarca y la Asociación Bogotana de Ornitología el cual tiene como objeto: "Diagnostico, inventario, estudio e investigación de la fauna, con énfasis en aves, en cinco reservas forestales del departamento de Cundinamarca. Convenio en el cual se desarrollaron salidas de campo con las cuales se obtuvo la información base de riqueza de especies. Al nororiente del municipio de Guatavita se encuentra la reserva del Pantano de Martos, una de las áreas objeto del convenio.

Por medio de la caracterización realizada con redes de niebla y recorridos de observación en la zona de estudio se lograron identificar 94 especies de aves de 34 familias taxonómicas, a lo largo de un gradiente altitudinal entre los 2600 m y los 3200 m, predominado por bosque altoandino de niebla, subpáramo y áreas destinadas a la producción agropecuaria de subsistencia.
DOI: 10.15468/rkvbku
title: Composición florística y estructura de una parcela permanente en bosques secos tropicales del Parque Natural Regional El Vinculo

description: Los ecosistemas del Valle del Cauca han sido transformados a un paisaje con pocos y pequeños fragmentos de bosque. Este estudio muestra los cambios en estructura y composición de la vegetación en una parcela permanente de 1 ha en el Parque Natural Regional El Vínculo, Valle del Cauca, incluye los resultados obtenidos en el primer y segundo censo realizados en los años 2009 y 2011 por la Universidad del Valle. Se obtuvo un total de 3795 registros con DAP ≥ 5 cm correspondientes a 1817 en el año 2009 que aumentaron a 1978 en el 2011, representados por 52 especies, 45 géneros y 25 familias. Las familias botánicas con mayor número de especies en ambos períodos fueron: Fabaceae y Rutaceae. El tercer monitoreo de la parcela permanente instalada en el PNR El Vínculo se hará bajo el convenio establecido entre la Universidad del Valle y el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, una vez termine el monitoreo se actualizará el recurso.
DOI: 10.15468/glnure
title: Composición florística y estructura de una parcela permanente en bosques secos tropicales del Parque Nacional Natural Macuira

description: En el marco del convenio de cooperación No. 14-14-0025-141CE entre el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y la Fundación Ecosistemas Secos de Colombia, durante los días 16-27 de septiembre de 2014 se llevó a cabo el diseño y establecimiento de una parcela permanente de 1 ha, cuya ubicación corresponde al bosque seco tropical del Parque Nacional Natural Macuira, municipio de Uribia en el departamento de La Guajira. En este proceso se realizó el marcaje de todos los individuos con DAP mayor a 2.5 cm (medido a 1.30 m), la identificación taxonómica de cada uno y el registro de variables estructurales como el diámetro del tallo, la altura total y el diámetro de copa. Se obtuvo un total de 1015 registros que incluyen 712 individuos y 303 ramets. Del total de individuos, uno sólo pudo identificarse hasta la categoría de clase, puesto que correspondió a un individuo muerto. Los individuos restantes estuvieron distribuidos en 47 especies, 36 géneros y 22 familias. Las familias botánicas con mayor número de especies fueron: Fabaceae (9), Capparaceae (4), Bignoniaceae (3), Cactaceae (3), Polygonaceae (3) y Rubiaceae (3)
DOI: 10.34740/kaggle/dsv/7508528
title: Trending Youtube Video Statistics (113 Countries)
DOI: 10.15468/2za0ip
title: Análisis ecológico de la mastofauna en la parte alta del Rio Güangui

description: A través de la historia las comunidades indígenas se han caracterizado por sus hábitos amigables con el medio ambiente, aprovechando de manera sostenible los recursos naturales que se encuentran en su entorno, siendo administradores responsables de sus territorios y el patrimonio cultural que en ellos albergan, ceñidos a sus conocimientos tradicionales y prácticas sostenibles de ordenación de los recursos, pero también es muy cierto que ni sus costumbres y su percepción frente a la vida silvestre son inmunes a una economía globalizada, cuyos efectos secundarios permean sus culturas, como es el caso particular en las comunidades indígenas del Cauca asentadas sobre el río Guangüí y sus afluentes, donde el abandono estatal y la falta de políticas administrativas y ambientales ha repercutido sobre el patrimonio natural; las selvas y sus productos han sido aprovechadas sin bases biológicas, socioeconómicas, sin seguimiento y control; lo que hace que los patrones de utilización creen inestabilidad en los ecosistemas y que por su fragilidad, las consecuencias han sido notables, evidenciado en la desaparición de muchas especies de mamíferos principalmente aquellas que han representado su principal fuente abastecedora de proteína animal.
DOI: 10.15468/y23uqn
title: Caracterización de la Íctiofauna presente en la laguna Concepción, Bocana del río Saija (Cauca), sitio sagrado de las comunidades Indígenas de OZBESCAC

description: El recurso pesquero es de gran importancia para las comunidades indígenas establecidas en el Municipio de Timbiqui y sus alrededores; a través de este, encuentran la forma más sencilla de satisfacer sus necesidades básicas, bien sea para el autoconsumo o para obtener ganancias económicas que les ayudan a balancear su dieta y a mejorar su calidad de vida. Otro aspecto importante de este recurso, es la diversidad, la cual modela en gran parte las poblaciones de otros grupos taxonómicos. El hecho que pobladores se enfoquen en la fauna íctica, hipotéticamente permite deducir que quizás otros grupos no sean tan explotados, permitiendo un mayor equilibrio en sus poblaciones. Sin embargo, es el respeto hacia la biodiversidad apoyada en aspectos socioculturales que a través de la historia han mantenido los pueblos indígenas del Pacifico Caucano hacia los recursos naturales, centrándose en la identificación y conservación de áreas que ellos consideran como sagradas, porque en ella se encuentran una fuente constante de proteína animal y que además se asocian a sus creencias, prácticas y rituales que dependen de esta bondad de la naturaleza.
DOI: 10.15468/mzxlzl
title: Freshwater Animal Diversity Assessment

description: The Freshwater Animal Diversity Assessment (FADA) database contains authoritative species lists for several taxonomic groups and distribution data at the level of faunistic regions. The groups currently published (26-06-2015) include Halacaridae, Cnidaria-Hydroida, Cladocera, Copepoda, Mysidaceae, Ephemeroptera, Plecoptera, Trichoptera, Macrophytes, Bivalvia, Nematomorpha, Rotifera, Turbellaria, Fish, Mammals, Diptera-Chironomidae-Tanytarsini, Diptera-Culicidae, Coleoptera-Psephenidae, Coleoptera-Dytiscidae, Coleoptera-Gyrinidae, Coleoptera-Haliplidae, Coleoptera-Donaciinae and Gastrotricha
DOI: 10.6084/m9.figshare.19445411.v1
title: Additional file 3 of Identifying mutations in sd1, Pi54 and Pi-ta, and positively selected genes of TN1, the first semidwarf rice in Green Revolution

description: Additional file 3. Results of finding Tetep NLRs in TN1.
DOI: 10.6084/m9.figshare.19445405
title: Additional file 2 of Identifying mutations in sd1, Pi54 and Pi-ta, and positively selected genes of TN1, the first semidwarf rice in Green Revolution

description: Additional file 2. Predicted R genes in TN1, their Pfam domains, NLR-Parser result and R gene classification.
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362871
title: Significant ANOVA hits

description: OVerall ANOVA results
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362808
title: GDSC010 matrix results

description: GDSC010 matrix results
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362808.v1
title: GDSC010 matrix results

description: GDSC010 matrix results
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362631
title: Plate QC Sandpiper 1

description: Plate QC for Sandpiper 1 screen
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362631.v1
title: Plate QC Sandpiper 1

description: Plate QC for Sandpiper 1 screen
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362712
title: Plate QC GDSC7 onwards

description: QC for GDSC7/8/9
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362712.v1
title: Plate QC GDSC7 onwards

description: QC for GDSC7/8/9
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362739
title: GDSC2 single agent responses

description: GDSC2 monotherapy data for comparison
DOI: 10.6084/m9.figshare.19445890.v1
title: Additional file 1 of Cerebrospinal fluid tau levels are associated with abnormal neuronal plasticity markers in Alzheimer’s disease

description: Additional file 1: Data S1. Participant characteristics. S1a: Characteristics of individuals with CSF Aβ1-42 and tau measurements available; S1b: Characteristics of individuals with CSF proteomic data. Data S2. Protein annotation and statistics of group comparisons of protein levels. Data S3a. Full list of GO biological processes associated with proteins that differ according to group and clinical stage. Data S3b. SynGO enriched synaptic cellular components and biological processes that differ according to group. Data S4a. Estimated marginal means of AD GWAS-based polygenic risk scores in controls, AD individuals with increased t-tau and AD individuals with normal t-tau. Data S4b. Top 1000 SNPS from GWAS on AD individuals with increased t-tau and normal t-tau in pooled ADNI and EMIF-AD MBD cohorts. Data S4c. Difference in MAGMA gene score between AD individuals with increased t-tau and normal t-tau based on t-tau GWAS in pooled ADNI and EMIF-AD MBD cohorts. Data S4d. Difference in GO biological process MAGMA geneset score between AD individuals with increased t-tau and normal t-tau based on t-tau GWAS in pooled ADNI and EMIF-AD MBD cohorts. Data S5a. Correlation between genetic risk score and CSF protein level in individuals with abnormal Aβ1-42. Data S5b. Association of the number of GMNC rs9877502-A risk alleles and number of APOE-e4 alleles with CSF protein concentrations in a linear model in individuals with AD. Data S5c. GO-BP processes enriched for proteins that have a positive or negative association with the number of rs9877502-A risk alleles in an additive model. Data S6. Annual change in imaging measures.
DOI: 10.6084/m9.figshare.19445890
title: Additional file 1 of Cerebrospinal fluid tau levels are associated with abnormal neuronal plasticity markers in Alzheimer’s disease

description: Additional file 1: Data S1. Participant characteristics. S1a: Characteristics of individuals with CSF Aβ1-42 and tau measurements available; S1b: Characteristics of individuals with CSF proteomic data. Data S2. Protein annotation and statistics of group comparisons of protein levels. Data S3a. Full list of GO biological processes associated with proteins that differ according to group and clinical stage. Data S3b. SynGO enriched synaptic cellular components and biological processes that differ according to group. Data S4a. Estimated marginal means of AD GWAS-based polygenic risk scores in controls, AD individuals with increased t-tau and AD individuals with normal t-tau. Data S4b. Top 1000 SNPS from GWAS on AD individuals with increased t-tau and normal t-tau in pooled ADNI and EMIF-AD MBD cohorts. Data S4c. Difference in MAGMA gene score between AD individuals with increased t-tau and normal t-tau based on t-tau GWAS in pooled ADNI and EMIF-AD MBD cohorts. Data S4d. Difference in GO biological process MAGMA geneset score between AD individuals with increased t-tau and normal t-tau based on t-tau GWAS in pooled ADNI and EMIF-AD MBD cohorts. Data S5a. Correlation between genetic risk score and CSF protein level in individuals with abnormal Aβ1-42. Data S5b. Association of the number of GMNC rs9877502-A risk alleles and number of APOE-e4 alleles with CSF protein concentrations in a linear model in individuals with AD. Data S5c. GO-BP processes enriched for proteins that have a positive or negative association with the number of rs9877502-A risk alleles in an additive model. Data S6. Annual change in imaging measures.
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362760
title: Sandpiper 1 matrix results

description: Sandpiper 1 screen
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362769
title: GDSC007 matrix results

description: GDSC007 matrix results
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362793
title: GDSC008 matrix results

description: GDSC008 matrix results
DOI: 10.6084/m9.figshare.22362802
title: GDSC009 matrix results

description: GDSC009 matrix results
DOI: 10.5281/zenodo.10625478
title: Supplementary data and code from: Dynamics of the Czech flora over the last 60 years: winners, losers and causes of changes

description: Supplementary code and data to the article:

Klinkovská K., Glaser M., Danihelka J., Kaplan Z., Knollová I., Novotný P., Pyšek P., Řezníčková M., Wild J. & Chytrý M. (2024) Dynamics of the Czech flora over the last 60 years: winners, losers and causes of changes. Biological Conservation.

 

This repository contains data on plant species occurrences and plant characteristics from the Pladias Database of the Czech Flora and Vegetation (https://pladias.cz/en) and code used to analyse temporal trends of species of Czech flora from 1961 to 2020 using occupancy models.

 

Data

Data used to calculate temporal trends of change in species frequency

data_species_occurrences.zip

The data used to estimate the trends of change in species frequency using occupancy models include a CSV file for each species, for which we calculated the occupancy model. The species name is in the file name. Each file consists of six comma-delimited columns:



grid_year_auth = visit ID, a combination of a grid cell, year, author and record origin category (converted to a numeric variable)

Nr_of_spec = number of species recorded during the given visit

half_dec = half-decade (1 = 1960s, 2 = 1965s...)

grid_small = grid cell ID (converted to numeric variable)

hab.map = record origin category (1 = Natura 2000 mapping, 0 = other record)

value = presence (1) or absence (0) of the given species


 

Data used to compare differences in species characteristics for groups of species with different temporal trends



records_decades.csv: Numbers of occurrences of each species in each half-decade.

occ_results.csv: Results from the occupancy models summarized in one CSV file for further analysis of differences between groups of species with different temporal trends.

not_conv_all.csv: Appendix A.2: List of species for which the occupancy models did not converge.

species_characteristics.csv: Species characteristics used to analyse the differences between groups of species with different temporal trends.

clustering_results.csv: Assignment of species to a cluster according to the time series clustering algorithm.


 

Code

Occupancy model code for JAGS:



randomwalk_ht.txt: Original code from Outhwaite et al. (2018, https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.05.010) with the addition of record origin effect.


 

R scripts:



occupancy_model.R: Run occupancy model for the given species from R.

diag.R: Extract diagnostics for occupancy models.

occ_results.R: Get csv file with occupancy estimates from the RData object.

meta_results.R: Subsequent analysis of species trends linked with species characteristics - linear models, chi-square tests, time series clustering.
DOI: 10.5281/zenodo.10625495
title: Supplementary data and code from: Dynamics of the Czech flora over the last 60 years: winners, losers and causes of changes

description: Supplementary code and data to the article:

Klinkovská K., Glaser M., Danihelka J., Kaplan Z., Knollová I., Novotný P., Pyšek P., Řezníčková M., Wild J. & Chytrý M. (2024) Dynamics of the Czech flora over the last 60 years: winners, losers and causes of changes. Biological Conservation.

 

This repository contains data on plant species occurrences and plant characteristics from the Pladias Database of the Czech Flora and Vegetation (https://pladias.cz/en) and code used to analyse temporal trends of species of Czech flora from 1961 to 2020 using occupancy models.

 

Data

Data used to calculate temporal trends of change in species frequency

data_species_occurrences.zip

The data used to estimate the trends of change in species frequency using occupancy models include a CSV file for each species, for which we calculated the occupancy model. The species name is in the file name. Each file consists of six comma-delimited columns:



grid_year_auth = visit ID, a combination of a grid cell, year, author and record origin category (converted to a numeric variable)

Nr_of_spec = number of species recorded during the given visit

half_dec = half-decade (1 = 1960s, 2 = 1965s...)

grid_small = grid cell ID (converted to numeric variable)

hab.map = record origin category (1 = Natura 2000 mapping, 0 = other record)

value = presence (1) or absence (0) of the given species


 

Data used to compare differences in species characteristics for groups of species with different temporal trends



records_decades.csv: Numbers of occurrences of each species in each half-decade.

occ_results.csv: Results from the occupancy models summarized in one CSV file for further analysis of differences between groups of species with different temporal trends.

not_conv_all.csv: Appendix A.2: List of species for which the occupancy models did not converge.

species_characteristics.csv: Species characteristics used to analyse the differences between groups of species with different temporal trends.

clustering_results.csv: Assignment of species to a cluster according to the time series clustering algorithm.


 

Code

Occupancy model code for JAGS:



randomwalk_ht.txt: Original code from Outhwaite et al. (2018, https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2018.05.010) with the addition of record origin effect.


 

R scripts:



occupancy_model.R: Run occupancy model for the given species from R.

diag.R: Extract diagnostics for occupancy models.

occ_results.R: Get csv file with occupancy estimates from the RData object.

meta_results.R: Subsequent analysis of species trends linked with species characteristics - linear models, chi-square tests, time series clustering.
DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2f899b
title: CCDC 2242301: Experimental Crystal Structure Determination

description: Related Article: Cheng-Wei Ju|2023|CSD Communication|||
description: An entry from the Cambridge Structural Database, the world’s repository for small molecule crystal structures. The entry contains experimental data from a crystal diffraction study. The deposited dataset for this entry is freely available from the CCDC and typically includes 3D coordinates, cell parameters, space group, experimental conditions and quality measures.
DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2f89bc
title: CCDC 2242302: Experimental Crystal Structure Determination

description: Related Article: Cheng-Wei Ju|2023|CSD Communication|||
description: An entry from the Cambridge Structural Database, the world’s repository for small molecule crystal structures. The entry contains experimental data from a crystal diffraction study. The deposited dataset for this entry is freely available from the CCDC and typically includes 3D coordinates, cell parameters, space group, experimental conditions and quality measures.