DOI: 10.5878/znc2-9b12
title: Data on how honeybee host brood traits influence Varroa destructor reproduction
title: Data om hur egenskaper hos honungsbiyngel påverkar reproduktionen hos Varroa destructor

description: The data set was collected in Uppsala Sweden between 2019 and 2021. Hives were established using varroa resistant queens from Oslo, Norway (n = 3), Gotland Sweden, (n = 5), and Avignon, France (n = 4), with a varroa susceptible population from Uppsala, Sweden (n = 5) as control. All hives were located at the SLU Lövsta research station (GPS Coordinates: 59° 50’ 2.544”N, 17° 48’ 47.447”E). Varroa destructor mite reproductive success was measured on frames with adult honeybee workers exposed to, and excluded from access to honeybee larvae. Excluders were added directly after brood capping, and frames were dissected nine days later. Cell caps were removed using a scalpel with the pupae and mite families carefully removed from the cell using forceps and a fine paint brush. Mite reproductive success calculated by counting successful reproduction attempts, which was defined as a mite that successfully produced one male, and at least one female offspring. If a mite did not meet this requirement, it was considered a failed reproduction attempt and the reason for failure was documented. All data was analyzed in R version 4.0.1 using R Studio 1.3.959. A linear mixed-effect model was used with mite reproductive success as the response variable, population origin and excluder treatment as independent variables, with colony and year as random effect variables to compare treatments within each population as well as fecundity. Least-square means of the model were used to compare treatments between individual populations.

Scaramella_et_al_2023_Data.tsv - Data set consists of 34 rows and 21 columns. Colony demographics, and designated treatment are listed. All data collected are count data and are explained in more detail in read me file. 
R script used in analysis is attached. It is split into two sections, with the first being used for statistical analysis, and the second used for plot creations used in the paper. Sections defined by title SECTION 1 - ANALYSIS and SECTION 2 - PLOTs

The output Scaramella_et_al_2023_Analysis_Code_log.txt and plot file Rplots.pdf can, provided that the script is in the same directory as the data files and needed R packages are installed (see sessionInfo.txt), be reproduced by running:
Rscript Scaramella_et_al_2023_Analysis_Code.R &gt; \
Scaramella_et_al_2023_Analysis_Code_log.txt

Scaramella_et_al_2023_Bar_Graph_Data.tsv - Data set consisting of 8 rows & 5 columns. Colony demographics, and designated treatment are listed. All data generated from the count data in Scaramella_et_al_2023_Data.tsv and are explained in more detail in read me file.

Scaramella_et_al_2023_Stacked_Bar_Graph_Data.tsv - Data set consisting of 102 rows & 8 columns. Colony demographics, and designated treatment are listed. All data is Scaramella_et_al_2023_Data.tsv restructured to include reason failed as a column. The data is explained in more detail in read me file.
description: Data samlades in i Uppsala, Sverige, mellan 2019 och 2021. Bikupor med varroaresistenta bidrottningar från Oslo, Norge (n=3), Gotland, Sverige (n=5), och Avignon, Frankrike (n=4), samt icke-resistenta kontrollpopulationer från Uppsala, Sverige (n=5) etablerades och placerades vid SLU Lövsta fältforskningsstation (GPS-koordinater: 59° 50’ 2.544”N, 17° 48’ 47.447”E). Reproduktionsframgången för varroakvalster mättes i yngelramar som antingen varit tillgängliga eller otillgängliga för arbetsbina. Avskiljare till ramarna installerades direkt efter täckning och nio dagar senare dissekerades yngelramarna. Cellernas lock avlägsnades med skalpell, och därefter avlägsnades försiktigt bipuppan och kvalstren från varje cell med pincett och pensel. Antalet framgångsrika reproduktionsförsök, definierat som att ett moderkvalster gett upphov till en hane och minst ett nytt honkvalster, räknades. Om detta kriterium inte uppfylldes bedömdes detta som ett misslyckat reproduktionsförsök, och orsaken till detta noterades. Data analyserades i R version 4.0.1, i R Studio 1.3.959. En linjär blandad modell användes för att jämföra kvalstrets fekunditet och effekten av behandlingarna mellan de olika bipopulationerna, där varroakvalstrets reproduktionsframgång användes som responsvariabel, populationens ursprung och om bina haft eller inte haft tillgång till yngelramarna användes som oberoende variabel, och koloni och år som slumpvariabel. Minstakvadratmetoden användes för att jämföra behandlingar mellan individuella populationer.

Scaramella_et_al_2023_Data.tsv - Datauppsättning består av 34 rader och 21 kolumner. Bisamhällets demografi och behandling är listade. All insamlad data är räknedata och förklaras mer detaljerat i README-filen.
Det R-skript som använts i analysen bifogas. Det är uppdelat i två sektioner där den första använts för den statistiska analysen och den andra för att göra de grafer som ingår i artikeln. Se SECTION 1 - ANALYSIS och SECTION 2 – PLOTs

Scaramella_et_al_2023_Analysis_Code_log.txt och Rplots.pdf kan, givet att skriptet finns i samma katalog som datafilerna och nödvändiga paket installerats (se sessionInfo.txt), återskapas genom att köra:
Rscript Scaramella_et_al_2023_Analysis_Code.R &gt; \
Scaramella_et_al_2023_Analysis_Code_log.txt

Scaramella_et_al_2023_Bar_Graph_Data.tsv - Datauppsättning bestående av 8 rader och 5 kolumner. Kolonidemografi och utsedd behandling listas. All data är genererad från räkningsdata i Scaramella_et_al_2023_Data.tsv och förklaras mer i detalj i read me-filen.

Scaramella_et_al_2023_Stacked_Bar_Graph_Data.tsv - Datauppsättning bestående av 102 rader & 8 kolumner. Kolonidemografi och utsedd behandling listas. All data är Scaramella_et_al_2023_Data.tsv omstrukturerad för att inkludera "reason failed" som en kolumn. Uppgifterna förklaras mer i detalj i read me-filen.