cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.15454/zkpxks
title: InterATOME protein-protein interactions from Vert, Gregory (Lysine-63 Polyubiquitin Networks)

description: This dataset provides the results of two systematic large-scale yeast two-hybrid screenings of the Arabidopsis thaliana InterATOME library with the Arabidopsis Ubiquitin-conjugating enzymes-E2s (UBC35/36-UEV1A/B/C/D) and their –interacting Ub-ligases E3s.
DOI: 10.15454/zmxa41
title: RPG complété 2019 département 34

description: RPG complété 2019. Complète le RPG campagne 2019 pour le département 34. (contient les parcelles agricoles hors RPG) Données géographiques (vectorielles, shapefile), parcellaires. Sources : IGN, OSO/Cesbio. Traitements : INRAE US ODR, 2021.
DOI: 10.15468/dl.maycq5
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 1394221 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "DatasetKey is EOD – eBird Observation Dataset",
 "PublishingCountry is Ireland"
 ]
}

 The dataset includes 1394221 records from 1 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0026440-250525065834625/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15454/ysqq4i
title: RPG complété 2019 département 62

description: RPG complété 2019. Complète le RPG campagne 2019 pour le département 62. (contient les parcelles agricoles hors RPG) Données géographiques (vectorielles, shapefile), parcellaires. Sources : IGN, OSO/Cesbio. Traitements : INRAE US ODR, 2021.
DOI: 10.15454/zlu6y5
title: RPG complété 2018 département 86

description: RPG complété 2018. Complète le RPG campagne 2018 pour le département 86. (contient les parcelles agricoles hors RPG) Données géographiques (vectorielles, shapefile), parcellaires. Sources : IGN, OSO/Cesbio. Traitements : INRAE US ODR, 2020.
DOI: 10.15454/zsreja
title: A combined test for feature selection on sparse metaproteomics data - Scripts and data

description: These scripts implement the combined test for feature selection in a multi-class comparison from data with missing values, presented in Plancade, Berland et al (2022). The test combines a GLMM model for the association between classes missingness, and a LMM on non-missing values. This metaproteomics data set extracted from the ProteoCardis cohort includes the XIC intensities at protein and peptide for 99 patients belonging to two classes, as well as 7 technical replicates for 8 biological samples. All details can be found in the readme file. Protein and peptide are not annotated as biological analysis is in progress.
DOI: 10.57745/00totf
title: Viewing food cues

description: This dataset allows to explore how spatial resolution influences activations elicited when appetizing food pictures are viewed. Twenty subjects were imaged at 3 T with two different voxel volumes, 3.4 μl (highres) and 27 μl (lowres). For each voxel volume, the stimulation paradigm consisted of alternating 18 blocks presenting, in a randomized order, either ready-to-eat edible objects, or pictures of items that were clearly unrelated to food. 54 different pictures were selected for each of the food-related and nonfood-related blocks. The food images depicted savory and sweet meals commonly served at breakfast, lunch and dinner. Images were presented to each of the subjects in randomized order. After the fMRI session, all the participants were asked to rate each picture showing food for motivational salience on a 7-point scale (0: extremely repulsive; 1: very repulsive; 2: quite repul- sive; 3: neutral; 4: quite appetizing; 5: very appetizing; 6: extremely appetizing). The mean ± SD of these post-scanning ratings was 4.5 ± 1.2, significantly higher than 4 (paired Student’s t-test: t (54) = 12.2, p &lt; 0.001), thus indicating that our subjects rated the pictures showing food as significantly appetizing. The acquisition methodology is more deeply described in the following articles: Iranpour J, Morrot G, Claise B, Jean B, Bonny J-M (2015) Using High Spatial Resolution to Improve BOLD fMRI Detection at 3T. PLoS ONE 10(11): e0141358. doi:10.1371/journal.pone.0141358
DOI: 10.57745/109nnp
title: METABARFOOD - Results on mock communities, choice of the bioinformatics solution

description: Results obtained from mock communities
DOI: 10.15454/yrd4jc
title: Composition nutritionnelle et impacts environnementaux de plats servis en restauration scolaire en France

description: L'envoi d'un formulaire à contact@ms-nutrition.com est nécessaire pour accéder aux données. Télécharger le formulaire MS-Nutrition se réserve le droit d’autoriser ou refuser l’accès aux données après examen du formulaire. L’utilisation des données est soumise à un accord de confidentialité. Le dataset fournit les compositions nutritionnelles et impacts environnementaux finaux ainsi que les recettes de plats scolaires (entrées, plats protidiques, plats complets, accompagnements, produits laitiers, desserts) servis en 2015 (Vieux et al., Nutrients, 2018) et de plats végétariens supplémentaires (plats protidiques et plats complets) récoltés en 2019 en France par le collectif Enscol (Poinsot et al., Nutrients, 2020). La composition nutritionnelle des plats est basée sur les tables de composition des aliments CALNUT 2016, Nutrinet-Santé ou CIQUAL 2013. Fin 2020, les impacts environnementaux des plats ont été estimés en faisant correspondre les données à la base de données AGRIBALYSE v3.0 qui fournit 14 indicateurs environnementaux différents (obtenus avec la méthode d'analyse du cycle de vie) pour les aliments couramment consommés en France. Le collectif EnScol a été créé en 2019 grâce au dispositif de soutien à la recherche participative CO3 (CO-COnstruction des Connaissances pour la transition écologique et solidaire) de l’ADEME, la Fondation de France, Agropolis Fondation, la Fondation Daniel Nina Carasso et la fondation Charles Léopold Mayer – FPH. Pour aller vers plus de durabilité dans les cantines scolaires, ce collectif de chercheurs et de professionnels a l’ambition d’apporter des réponses concrètes et pragmatiques basées sur les résultats d’analyses factuelles d’observations et de données issues du terrain
DOI: 10.15454/zcjtzm
title: Fermented drinks

description: This dataset consists in an excel file of data regarding fermented drinks based on internet research in 4 countries: France, UK, Germany, Poland. For each fermented drink identified, the following characteristics were noted: country, type, organic/ not organic, pack, re-usable or compostable pack, fairtrade, format, price (euros), price/ litre (euros), distribution channel, taste, sparkling/ not sparkling. The data have been used to provide information in the deliverable D4.1.
DOI: 10.15454/zcnrvt
title: RPG complété 2019 département 08

description: RPG complété 2019. Complète le RPG campagne 2019 pour le département 08. (contient les parcelles agricoles hors RPG) Données géographiques (vectorielles, shapefile), parcellaires. Sources : IGN, OSO/Cesbio. Traitements : INRAE US ODR, 2021.
DOI: 10.15454/zsmzs2
title: RPG complété 2019 département 04

description: RPG complété 2019. Complète le RPG campagne 2019 pour le département 04. (contient les parcelles agricoles hors RPG) Données géographiques (vectorielles, shapefile), parcellaires. Sources : IGN, OSO/Cesbio. Traitements : INRAE US ODR, 2021.
DOI: 10.57745/0ynwp6
title: Designing Poly(3-Hydroxybutyrate-co-3-Hydroxyvalerate) P(3HB-co-3HV) films with tailored mechanical properties

description: This dataset gathers the data published as figures in the scientific article "Designing Poly(3-Hydroxybutyrate-co-3-Hydroxyvalerate) P(3HB-co-3HV) films with tailored mechanical properties". 1. WAXS analysis of polymers (Figure 1, Table 2) - 2. SAXS analysis of polymers and films (Figure 1, Table 2, Figure 7, Table 5) - 3. DSC analysis of polymers (Figure 2, Table 3) - 4. Summary of tensile tests (Figure 5, Figure 6, Table 4) - 5. WAXS analysis of films (Figure 7, Table 5).
DOI: 10.57745/19ivnv
title: Halogen-driven adjustment of the colloidal stability of gold nanoparticles produced by laser ablation in liquids

description: In this study, we explore the influence of bromide anions concentration on the surface chemistry of colloidal gold nanoparticles synthesized via Pulsed Laser Ablation in Liquids (PLAL). Using X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) in a controlled environment, by probing a beam of free-standing gold nanoparticles, we quantitatively characterize the surface composition of the nanoparticles, revealing that bromide adsorption significantly contributes to surface oxidation independently of counterion type and pH for alkaline solution. Additionally, our findings demonstrate the adjustability of halogen coverage post-synthesis, offering a versatile method for controlling nanoparticle properties.
DOI: 10.15454/zy83be
title: Medicago truncatula flowering time data from: Evolution of flowering time in a selfing annual plant - Roles of adaptation and genetic drift

description: Phenotypic and genetic dataset for a population of Medicago truncatula located in Cape Corsica (CO3), analysed in "Evolution of flowering time in a selfing annual plant: Roles of adaptation and genetic drift". The readme file summarizes the different datasets available.
DOI: 10.57745/0k41wt
title: Data- Genetic manipulation of Bacteriophage T4 utilizing the CRISPR-Cas13b system

description: The data set contains raw sequencing reads (Illumina NovaSeq6000, PE150 mode) of the genomic DNA of mutant phages (T4mut_alpha-gt and T4mut_beta-gt) that were constructed in this study.
DOI: 10.57745/1oo0r7
title: RPG complété 2020 Région Languedoc-Roussillon

description: RPG complété 2020. Complète le RPG campagne 2020 pour les départements de la région Languedoc-Roussillon (11, 30, 34, 48, 66). (contient les parcelles agricoles hors RPG) Données géographiques (vectorielles, shapefile), parcellaires. Sources : IGN, OSO/Cesbio. Traitements : INRAE US ODR, 2022.
DOI: 10.57745/01kjz7
title: Etude des séries de végétations de la forêt de Chantilly comme pistes d’adaptation de la gestion forestière aux changements climatiques

description: La forêt de Chantilly est l’objet, depuis plusieurs années, de dépérissements forestiers de grande ampleur. Ceux-ci ont été aggravés par les épisodes de sécheresse des années 2018 et 2019 auxquelles s’ajoutent les impacts d’une forte population de Hanneton forestier. Lors des échanges avec des experts, il est apparu que l’analyse des végétations et des séries de végétations en lien avec le substrat, dans le contexte climatique local, pouvait aider à comprendre les phénomènes actuels de dépérissement et donner des pistes d’actions pour orienter la gestion forestière vers des essences plus durables. Le projet vise à caractériser les végétations et les séries de végétations sur le massif et, selon une approche comparative avec les autres régions métropolitaines, à esquisser les végétations et séries de végétations potentielles à l’horizon 2070 dans le cadre du contexte prédictif connu de l’évolution du climat.
DOI: 10.57745/0jatme
title: Hypothèses AMS SNBC3 INRAE Avril 2023

description: Propositions d’hypothèses pour le scénario AMS (run 2) de la SNBC 3 pour le secteur Agriculture (Avril 2023) Jean-François Soussana, Thierry Caquet, René Baumont, Nicolas Bernet, Philippe Debaeke, Xavier Fernandez, Christophe Gouel, Jean-Louis Peyraud, Edwige Quillet, Sylvie Recous, Louis-George Soler
DOI: 10.57745/116tqa
title: Deliverable D3.1 Assessment Indicators - Baseline - CS-Swi

description: This file is part of the deliverable D3.1 of the European H2020 FAIRCHAIN. It structures all the data relevant for the description of the initial value chain (baseline) of the case study in Switzerland (CS-Swi). The description of the baseline covers the dimensions of co-creation business models and sustainability including environmental, economic and social perspectives.
DOI: 10.57745/18wxg9
title: Cartographie des scolytes par la méthode fordead - Mars 2023

description: Ce dataset contient les résultats de la détection des anomalies dues aux scolytes par la méthode fordead sur les régions Grand-Est, Bourgogne-Franche-Comté et les trois départements Ain, Savoie et Haute-Savoie à partir des données Sentinel-2 disponibles en Mars 2023. Le dataset contient un fichier readme donne des détails sur les différentes données, ainsi qu'un fichier pdf "analyse_surface" avec quelques graphiques à partir des résultats.
DOI: 10.15454/ztcheg
title: Description of Soil Profiles

description: Evaluation of soil types at Massif de Belledonne, France
DOI: 10.57745/0bwbpd
title: R script to generate climate indicators to support adaptation of vegetable farms

description: Ce dossier contient un script R pour générer des tableaux synthétiques (saisonniers et annuels) d'indicateurs climatiques pertinents pour soutenir les producteurs de légumes dans leur réflexion sur l'adaptation au changement climatique à court terme (2021-2040) et plus long terme (2060). Ce script a pour données d'entrée des projections climatiques issues du portail DRIAS. Un exemple de données d'entrée et de tableau de sortie est donné pour la zone de Saclay (Essonne, France). Ce travail a été réalisé dans le cadre du projet CLIMALEG: adaptation des producteurs de légumes au changement climatique, de 2021 à 2022 en Ile-de-France. Les fichiers sont organisés en différents dossiers, donc pour les voir, penser à utiliser la visualisation par "Arborescence".
DOI: 10.57745/0yf4ai
title: Scripts for segmentation of 3D-SIM images of HeLa cell nuclei

description: These scripts contain pipelines for the BIP (Biological Image Processing) software. These pipelines were designed to segment 3D-SIM images of HeLa cell nuclei.
DOI: 10.57745/1bhioy
title: Utilisation et usages des identifiants numériques chercheurs en France. Données de l'enquête nationale 2023

description: Données de l'enquête nationale « Utilisation et usages des identifiants numériques chercheurs en France » (2023) Le principal objectif de ce projet de recherche était de faire un état des lieux des usages des identifiants numériques chercheurs, et plus particulièrement d’ORCID, dans la communauté de recherche française, en étudiant leur contexte, leur connaissance et leurs pratiques associées, les moteurs et freins à leur adoption. Ces données sont le résultat d’un questionnaire national qui a recueilli 7 987 réponses. Le public visé était les chercheurs ou chercheuses, enseignant-chercheurs ou enseignantes-chercheuses, ingénieurs ou ingénieures, doctorants ou doctorantes et l’ensemble des personnels d’appui ou de la recherche académique en France. Le questionnaire utilisé a été développé sur la plateforme LimeSurvey de l’Université de Caen Normandie, et comportait 6 parties distinctes qui regroupaient au total 42 questions. L'enquête a été accessible en ligne du 9 novembre 2022 au 7 février 2023. Afin de permettre la mise à disposition des données récoltées en libre accès, toutes les données permettant l’identification des répondants ont été éliminées. Bien que ce questionnaire soit anonyme, un certain nombre de répondants ont indiqué dans les verbatims des données permettant leur identification (ex : nom, numéro ORCID). Cela concerne aussi les informations qui, croisées, permettraient une identification dans des cohortes trop petites (ex. : nom d’établissement, intitulé de la fonction). Ce projet de recherche a été soutenu par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la recherche et a bénéficié d’un soutien financier dans le cadre du deuxième Plan national pour la science ouverte. Il a été confié au réseau des URFIST (Unités régionales de formation à l’information scientifique et technique) qui la porte et la pilote (A. Bouchard et C. Boudry).
DOI: 10.57745/2fnjog
title: COYOTE - Dietary live yeast supplementation influence on cow’s milk, teat and bedding microbiota in a grass-diet dairy system

description: Amplicon sequence from 16s V3-V4 and ITS extracted from raw milk, teat skin, and bedding material of dairy cows. Two balanced groups of cows received either a concentrate supplemented with Saccharomyces cerevisiae CNCM I-1077 during four months (LY group) or no live yeast (C group).
DOI: 10.57745/0gu7lj
title: Evaluations de stocks - DEMERSTEM : WP1

description: Le projet DEMERSTEM est principalement orienté sur le développement de méthodes et de compétences pour l’évaluation des stocks dans un contexte dit « data-poor ». Dans ce cadre, différentes méthodes d’évaluations de stocks ont été étudiées puis appliquées avec les pays partenaires. Ces méthodes se distinguent par : - Les données d’entrées. - Les hypothèses sous-jacentes. - Les ajustements statistiques. En particulier, nous distinguons les modèles de production, se basant sur des données de captures, des approches basés sur des fréquences de tailles. Cette diversité de méthodes assure une complémentarité des évaluations permettant d’approfondir les conclusions, en combinant des approches apportant chacune des informations spécifiques. Par ailleurs, ce panorama des évaluations disponibles permet également de résumer quelles approches sont envisageables selon les données disponibles. Les présents documents décrivent les résultats obtenus pour chaque stock étudié au cours de ce projet.
DOI: 10.57745/0l8ox3
title: DMP of the clinical proteomics platform (PPC - CHU Montpellier)

description: This text document is the data management plan of the clinical proteomics platform (PPC - CHU Montpellier). This document include different "research product" depending of the way to generate the Raw data.
DOI: 10.57745/1wvq1q
title: Behavior x Heat Tolerance

description: This dataset contains the predicted posture of 22 pigs under two contrasted conditions: Heat Stress (HS) corresponding to the tropical climate (between 20.3°C and 27.9°C) and Thermoneutral (TN) consisting of an indoor temperature-controlled room at 22°C. At the beginning of the monitoring, animals were 17 weeks of age and were placed in individual metal-slatted pens (1.60 × 0.84 m) equipped with a stainless steel feeder and a nipple water drinker. The energy and protein ration were distributed throughout the day in three meals : between 6:00 and 8:00 (half of the soybean meal ration), between 9:00 and 11:00 (the totality of the green bananas) and between 12:00 and 14:00 (the other half of the soybean meal). Water was available to all pigs ad libitum from a nipple drinker designed to limit waste. The daily feed intake (ADFI, in g/day) was calculated as the difference between the amount of feed provided on day n and the amount of feed left over the morning of day n+1. Average Daily Gain (ADG, in g/day) was calculated as the difference between pig BW at the end and at the beginning of the trial divided by the number of days of the trial. Feed Efficiency (FE) was calculated as ADG divided by ADFI. We used 8 Time-Lapse cameras (TLC2000 Pro, manufactured in 2018, by the brand Brinno) to monitor the animal at 20-second intervals, from 8:00 to 18:00. Each camera capturing a single animal at a time, cameras were switched every 2 days to allow monitoring of the 11 animals of each trial. On average each animal was monitored for 4.3 days (SD = 1.33 days, min=2, max=8). More details are available in the associated publication. The dataset is a table containing 157,279 rows and 8 columns. One row corresponds to one observation, i.e. the posture of the animal at a given time, with the associated meta-data. The first column, date, provides the date and time of the day at which the observation was made. The column anim provides the animal number. Note that this is a fake id and does not correspond to the national identification number. But this can be used to differentiate the observation from the different animals. The column posture provides the estimated posture of the animal. Five postures were considered. Standing: Body in upright position, with extended legs, and when only hooves are in contact with the floor. Sitting: Animal is partly rested on stretched front legs with caudal end of body contacting the floor. Sternal: The animal is lying on abdomen/sternum with the front legs folded under the body. The hind legs folded invisible or stretched out visible. Abdomen is totally/partially obscured. Lateral: The animal is lying on either side with all four legs visible and abdomen is totally visible. The posture was estimated using a neural network. The column muscle_temp provides the muscle temperature, while the column ambient-temp provides the ambiant temperature. The column condition provides the condition at which the animal was housed, either HS or TN. The column adg provides the ADG and the column feed_efficiency provides de FE.
DOI: 10.57745/3ei00b
title: Barcoding ADN diatomées : Complétion de la bibliothèque de référence Diat.barcode

description: La base Diat.barcode est une bibliothèque de barcodes de référence qui permet de réaliser des identifications de séquences ADN environnementales issues de métabarcoding ADN. Nous avons évalué sa complétude pour des échantillons provenant de différentes régions. Nous avons publié de nouvelles versions de la base pendant le projet (v7 -&gt; v10), faisant nettement augmenter la proportion de séquences identifiées : métropole 83% -&gt; 91%, Réunion 71% -&gt; 90%, Antilles 45% -&gt; 84%, Mayotte 45 -&gt; 58%. Pour la Guyane, en raison d’une taxonomie (morphologique) trop balbutiante, la complétion n’a pas été possible. En métropole, lorsque l’on compare les valeurs d’indices IBD obtenues en microscopie et en moléculaire, là aussi, on observe que les dernières versions (v9 et v10) permettent d’avoir des indices mieux corrélés. L’écart moyen de notes entre les deux méthodes est passé de 2.1 points (v7) à 1.6 points (v9 et v10). Mais la méthode moléculaire sous-estime assez souvent la qualité. La raison réside dans des biais liés aux deux méthodes, certains étant bien identifiés en microscopie (destruction de frustules fragiles, identifications influencées par le cortège et de la connaissance de la station). Enfin, une action de formation a été réalisée en février et à laquelle plusieurs agents du MTES ont participé. Cette formation a été très appréciée par les stagiaires. Les perspectives entrevues sont : - De continuer à réaliser des séquençages sur les régions non prospectées (Landes, Massif central, BV Seine, BV Saône, …etc…) pour améliorer la base de référence, - Identifier les biais de chaque méthode et établir des passerelles entre méthodes pour les rendre comparables, - Inclure des sites à forte pression anthropique, même très localisés, afin d'améliorer la couverture des gradients d'altération et mieux informer l'écologie de l'altération des taxons - Continuer à réaliser des actions de transfert de la méthode (formation, tutorat), - Exploiter les exercices d’intercomparaison de protocoles et de conservation d’ADN coordonnés par INRAE Carrtel pour en établir des recommandations.
DOI: 10.57745/037d7n
title: NutriKG

description: NutriKG - un Graphe de Connaissances pour des Recommandations Personnalisées et Explicables
DOI: 10.57745/0f1qan
title: Données pour AgroMetInfo

description: Les données comprennent les normales (période 1990 − 2020) des indicateurs agroclimatiques calculés dans l'application AgroMetInfo à l'échelle de la maille SAFRAN ainsi qu'un Shapefile contenant les petites régions agricoles (PRA) de France avec les mailles SAFRAN associées à chaque PRA.