DOI: 10.5281/zenodo.10565403
title: TaxoDros - The Database on Taxonomy of Drosophilidae hash://md5/d68c923002c43271cee07ba172c67b0b hash://sha256/3e41eec4c91598b8a2de96e1d1ed47d271a7560eb6ef350a17bc67cc61255302

description: This repository contains the TaxoDros source data for Taxodros: The database on Taxonomy of Drosophilidae as provided by Gerhard Bächli, the database maintainer, in January 2024.

## Index Files 




filename
description (click for details)
signature




ALLORTE.TEXT
location information
hash://md5/77e26a0a38a282bb551a90e49c09693c


ASHBURN.TEXT
journal names
hash://md5/dfb792282c3df43a4a4d3075b126087f


DROS3.TEXT
reference descriptors
hash://md5/b7c2dc6accc3f41fa7eb4b37784d0dab


DROS5.TEXT
reference details
hash://md5/42be783197504a12172920a7edc7cbfd


KEYWORDS.TEXT
descriptors and country names
hash://md5/21884e43a0cc0728badd1b259e2f0191


README.md
this file
 


SPECIES-LIST_GE_SG
all Drosophilid-epithets (species, infra-specific names, such as “melanogaster”), including the respective genus and subgenus name
hash://md5/21884e43a0cc0728badd1b259e2f0191


SPECIES-LIST_GR_SR
(species-)groups and subgroups
hash://md5/0a9ebec3f9e7232de32984968323b0c2


SPECIES-LIST_GR_SR_SC
(species-)group, subgroup and species-complex
hash://md5/f0f08d3680b7c2aedede94af3ae17b52


SYST.QE.TEXT
copy of the SYST.TEXT as a mere text-file without header
hash://md5/f0f08d3680b7c2aedede94af3ae17b52


SYST.TEXT
all systematic relationships, including synonymy
hash://md5/0ce19aa18040c8ea36b1a4e9ff29e376


TAXA_LIST
all taxa (as abbreviation), for species with the currently accepted genus name, and the actual bibliographic reference




## PDF Files

TaxoDros keeps a library of associated pdfs. See [pdf](pdf/) for more information.

## Index File Details

Details based on German description provided by Bächli in Juni 2017 with English translations provided by Donat Agosti. 

Der Ordner enthält 10 Files. Mit Ausnahme von SYST.TEXT sind alles Text-Files mit der max. Länge 72; der Font ist fix-length, damit der Inhalt tabellarisch aussehen kann. Zu den einzelnen Files sind folgende Informationen wichtig:

This folder includes 10 files. With the exception of SYST.TEXT all the Text-files are size limited (72 Chars); the font is fix-length so that the content looks (pseudo)tabllaric [he uses something like Courier which makes it easier for him to look at the data in a text editor]. The following information is important to understand the individual files. ### History Version 20240112: Added DOI to .K in DROS5.TEXT and SYST.QE.TEXT

### ALLORTE.TEXTDieses Text-File enthält alle Fundorte, alphabetisch, mit geographischen Koordinaten (- am Ende bedeutet ziemlich genau) und die Schweizer Koordînaten. Anschliessend folgt der (abgekürzte) Ländername. die Abkürzungen sind in KEYWORDS.TEXT (erweitert) erläutert (und online erweitert gebraucht).

This file includes all location in alphabetical order, with geographic coordinates („-„ at the end means rather exact) und die Swiss coordinates [This is used for Swiss Topo maps]. Followed by the abbreviated name of the country. The abbreviations are explained and expanded in KEWWORDS.TEXT, and then in Taxodros online used. ### ASHBURN.TEXTDieses Text-File enthält die Namen der Zeitschriften:

*s = benützte Abkürzung in DROS5.TEXT
*u = formaler Name

This text-file includes the names of the journals:

*s = used abbreviation in DROS5.TEXT
*u = formal (full?) names


### DROS3.TEXTDiese Text-File enthält die beschreibenden Fakten je Quelle. Jedes Segment hat die zwei tags .TEXT; und .DESC;. Der tag .TEXT; enthält zuerst die Quelle-Identifikation und kann gefolgt werden von allfälligen Fundorten (=e=...). Der tag .DESC; wird gefolgt von der "short form" des Taxons (immer an erster Stelle) und den Deskriptoren; die Deskriptoren werden in KEYWORDS.TEXT erläutert. Ausser den tags ist allen in Kleinschrift. This text-file incldues the descriptors (keywords) for each source. Each segment has two tags: .TEXT: and .DESC;. The tag .TEXT; includes first the source-identification and may be followed by collecting localities (=e=…). The tag .DESC; is followed by “short form” of the taxon (always in first place) and the descriptors (key workds); the keywords are explaind in KEYWORDS.TEXT. With the exception of the tags, all the reminder are in lower case.

Beispiel (Example):

```

.TEXT;
acurio et al., 2013        Quelle-Identifikation
=e=san jose beach       = Fundort collection location
.DESC;
machalilla        = "short form" siehe File TAXA_LIST abbreviated form, see file TAXA_LIST
descr    = Deskriptor Key words
fig
malex
malin
femex
femin
typemat
typeloc
loc
distr$
ecuador
comp
affil
taxon
phyl
egg
pup
biol
.TEXT;
acurio et al., 2013
.DESC;
atalaia-gr
descr
taxaincl
affil
taxon
phyl

In jedem Segment können weitere Taxa ("short forms") vorkommen, für die dieselben Deskriptoren gelten.Der Deskriptor descr wird auch für Figs und Larvenformen etc. gebraucht, welche als solche separat suchbar sind.

Additional tags („short forms“) can appear in each segment, whereby they have the same keywords. The keyword “descr” is also used for Figs and larval description, etc., which are searchable independently. ### DROS5.TEXTDieses Text-File enthält die Referenz-Fakten je Quelle. Jedes Segment enthält zuerst die Quelle-Identifikation und folgende tags: .TEXT;, .A , .J, .S, .Z, .K  und .P  in genau dieser Reihenfolge. Die tags .A und .S können Fortsetzungszeilen haben, ohne neue tags. Folgendes ist zu beachten: * Es gibt nur ein Segment pro Quelle. * Ausser der Quelle-Identifikation und dem pdf-Link werden normale Gross- und Kleinbuchstaben verwendet. * Die Quelle-Identifikation in DROS3.TEXT und DROS5.TEXT sind ein-eindeutig.

This text-file includes the bibliographic reference (details) for each source. Each element includes first the source identifier (pdf files name) followed by the tags “.TEXT;, .A , .J, .S, .Z, .K  und .P “ in the exact order. The tags .A and .S may have consecutive lines without new tags. The following has to be considered: * There is only one record per reference. * With the exceptions of the bibliographic reference identification and PDF file name, the usual capitalization (lowe/upper case) is used. * The bibliographic source identification [PDF file name] in DROS3.TEXT and DROS5.TEXT are an exact match.

.A author
.J publication year
.S title
.Z journal name [unfortunately not parsed into journal, volume, issue, last page, first page]
.Z. book
.K private comments, such as digital copy available, library numbers, and new also DOIs
.P identifier for the record
 

 Beispiel (Example):

.TEXT;
acurio et al., 2013
.A Acurio, A., Rafael, V., Cespedes, D., and Ruiz, A.,
.J 2013
.S Description of a New Spotted Wing Drosophila
(Diptera: Drosophilidae) Species and Its Evolutionary
Relationships Inferred by a Cladistic Analysis of
Morphological Traits.
.Z Ann. ent. Soc. Am., 106:1-11.
.K pdf
.P Acurio et al., 2013


 ### KEYWORDS.TEXTDieses Text-File enthält die Deskriptoren ("keywords") und die Ländernamen.This text-file includes the descriptors („keywords“) and the country names. ### SPECIES-LIST_GE_SGDieses Text-File enthält alle Drosophiliden-Epithete zur raschen Ûbersicht, mit den Gattungs-und Untergattungs-Zuweisung.This text-file includes all Drosophilid-epithets [species, infra-specific names, such as „melanogaster“] for a quick overview, including the respective genus and  subgenus name. ### SPECIES-LIST_GR_SRDieses Text-File gibt die Zuweisungen je Gruppe und UntergruppeThis text-file provides the link to [species-]groups and subgroups ### SPECIES-LIST_GR_SR_SCDieses Text-File gibt die Zuweisungen je Gruppe, Untergruppe und Art-KonplexThis text-file provides the link [species-]group, subgroup and species-complex. ### SYST.TEXTDies ist ein EXCEL-File in Text-Format. Es enthält alle systematischen Beziehungen, auch der Synonyme etc., mit tags zur Sortierung. Auch "verwandte" Familien sind berücksichtigt.In der ersten Kolonne ist die "short form" (tag .KF=) enhalten; sog. "Homonyme" sind durch Nummern unterschieden und ein-eindeutig identifiziert. Diese "short form" wird in DROS3.TEXT verwendet.

Der tag .VN= enthält die aktuell gültige Nomenklatur.
Der tag .FU= enthält das originale Zitat des Taxons.
Der tag .OR= enthält die originale Gattung.
Der tag .AU= enthält die originale Quelle zur Identifikation mit DROS5.TEXT (und DROS3.TEXT).


This is a XLS-file in text format. It includes all systematic relationships, including synonymy, etc., with tags for sorting. It includes also “related” families [other families beyond Drosophilidae]The first colum includes the abbreviated form (tag “.KF=”). So called homonyms are separated by nummers and uniquely identified. These abbreviated forms are used in DROS3.TEXT.

The tag .VN=  includes the currently accepted name (nomenclature)
The tag .FU= the original combination of the name
The tag .OR= the original generic name
The tag .AU=  includes the original bibliographic reference to link with DROS5-TEXT (and DROS3.TEXT)


### SYST.QE.TEXTDies ist eine Kopie von SYST.TEXT als reines Text-File, also ohne XLS-Meta-Daten, dies auf Verlangen des Rechenzentrums. Alle Tabs - entsprechend den tags in SYST.TEXT  - sind erhalten.

This is a copy of the SYST.TEXT as a mere text-file without the XLS-Meta-Data (header) on request of the informatics department [hosting the taxodors DB at UNIZurich]. All tabs are retained, according to the tax in SYST.TEXT.

### TAXA_LISTDieses Text-File enthält alle Taxa (als "short form"), für Arten mit der aktuellen Gattung, und dem aktuellen Zitat.

This text-file includs all taxa (as abbreviation), for species with the currently accepted genus name, and the actual bibliographic reference. ### TAXODROSTAXODROS (online) kann gebraucht werden zur Suche mit Deskriptoren oder zur taxonomischen Übersicht oder zur Verbreitung oder zur verwendeten Literatur.

TAXODROS (online) can be used to search with key words  or the taxonomic overview or the distribution or the respective references.
description: ## Provenance 

This section details the provenance of the TaxoDros index files and associated pdf files. 

### for humans

The TaxoDros index files and associated pdfs where provided by Gerhard Bächlin January 2024. Following, the index files and associated pdf files were packaged, signed, and versioned using Preston ([Elliott et al. 2020](#elliott2020), [Elliott et al. 2023](#elliott2023)).

## for machines

The information below is intended for machines to increase the machine readability of this publication. 

preston head produced the provenance anchor of this version:

hash://sha256/3e41eec4c91598b8a2de96e1d1ed47d271a7560eb6ef350a17bc67cc61255302

with associated history

preston\ history\ --anchor hash://sha256/3e41eec4c91598b8a2de96e1d1ed47d271a7560eb6ef350a17bc67cc61255302\ --remote https://linker.bio,https://softwareheritage.org

being

<hash://sha256/3e41eec4c91598b8a2de96e1d1ed47d271a7560eb6ef350a17bc67cc61255302> <http://www.w3.org/ns/prov#wasDerivedFrom> <hash://sha256/ee72b70df451082289193cdd8ff420495b3a24d230880613f9adddc71380fee6> .<urn:uuid:0659a54f-b713-4f86-a917-5be166a14110> <http://purl.org/pav/hasVersion> <hash://sha256/ee72b70df451082289193cdd8ff420495b3a24d230880613f9adddc71380fee6> .

Similarly, in md5 hash space:

preston head --algo md5 yielded:

```hash://md5/d68c923002c43271cee07ba172c67b0b

with

preston\
 history\
 --anchor hash://md5/d68c923002c43271cee07ba172c67b0b\
 --remote https://linker.bio,https://zenodo.org\
 --algo md5


producing

<hash://md5/d68c923002c43271cee07ba172c67b0b> <http://www.w3.org/ns/prov#wasDerivedFrom> <hash://md5/1037a9c831005710dc9bf14ee9a2e053> .<urn:uuid:0659a54f-b713-4f86-a917-5be166a14110> <http://purl.org/pav/hasVersion> <hash://md5/1037a9c831005710dc9bf14ee9a2e053> .