cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.6084/m9.figshare.14608330
title: Additional file 1 of ddRAD sequencing: an emerging technology added to the biosecurity toolbox for tracing the origin of brown marmorated stink bug, Halyomorpha halys (Hemiptera: Pentatomidae)

description: Additional file 1. Sequence result of selection of restriction enzymes.
DOI: 10.6084/m9.figshare.8841173
title: Additional file 8: of Microarray analysis of infectious bronchitis virus infection of chicken primary dendritic cells

description: microRNA and TF invloved in TF-microRNA loops. (TXT 21 kb)
DOI: 10.5281/zenodo.10491361
title: A year in LES: Standardized daily high-resolution Large Eddy Simulations of the Arctic boundary layer and clouds during the MOSAiC drift [Model Configuration and results]

description: This dataset contains the model configuration files and selected output data of the large-eddy simulation experiments as described in the publication "A year in LES: Standardized daily high-resolution Large Eddy Simulations of the Arctic boundary layer and clouds during the MOSAiC drift" being submitted to Journal of Advances in Modeling Earth Systems (JAMES).

We gratefully acknowledge the funding by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation) -- Projektnummer 268020496 -- TRR 172,  within the Transregional Collaborative Research Center ''ArctiC Amplification: Climate Relevant Atmospheric and SurfaCe Processes, and Feedback Mechanisms (AC3) ''.Matthew D. Shupe was supported by the NOAA Global Ocean Monitoring and Observing Program (FundRef https://doi.org/10.13039/100018302), the Physical Sciences Laboratory (NA22OAR4320151), and a Mercator Fellowship with AC3.ERA5 data was downloaded from the Copernicus Climate Change Service (C3S) (2023). The results contain modified Copernicus Climate Change Service information 2020. Neither the European Commission nor ECMWF is responsible for any use that may be made of the Copernicus information or data it contains.We gratefully acknowledge the  Gauss Centre for Supercomputing e.V. (www.gauss-centre.eu) for providing computing time on the GCS Supercomputer JUWELS at the Jülich Supercomputing Centre (JSC) under projects VIRTUALLAB and RCONGM. We furthermore thank the Regional Computing Center of the University of Cologne (RRZK) for providing computing time on the DFG-funded (Funding number: INST 216/512/1FUGG) High-Performance Computing (HPC) system CHEOPS as well as support.

This work used resources of the Deutsches Klimarechenzentrum (DKRZ) granted by its Scientific Steering Committee (WLA) under project ID 1339.

Data used in this manuscript were produced as part of the international Multidisciplinary drifting Observatory for the Study of Arctic Climate (MOSAiC) with the tag MOSAiC20192020. We thank all persons involved in the expedition of the Research Vessel Polarstern during MOSAiC (AWI_PS122_00}).

Radiation data was obtained from the Atmospheric Radiation Measurement (ARM) User Facility, a U.S. Department of Energy Office of Science User Facility managed by the Biological and Environmental Research Program.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14608330.v1
title: Additional file 1 of ddRAD sequencing: an emerging technology added to the biosecurity toolbox for tracing the origin of brown marmorated stink bug, Halyomorpha halys (Hemiptera: Pentatomidae)

description: Additional file 1. Sequence result of selection of restriction enzymes.
DOI: 10.6084/m9.figshare.8841173.v1
title: Additional file 8: of Microarray analysis of infectious bronchitis virus infection of chicken primary dendritic cells

description: microRNA and TF invloved in TF-microRNA loops. (TXT 21 kb)
DOI: 10.15472/lw7b65
title: Macrofauna edáfica del Alto Río Igará - Paraná, Amazonas - Proyecto Colombia BIO

description: La “Expedición Científica-Bio a la Chorrera (Amazonas), Última Expresión del Escudo Guayanés en Suroccidente de la Amazonia Colombiana” busca documentar la biodiversidad de uno de los enclaves del Escudo Guayanés más suroccidentales del Amazonía colombiana, en los cabildos indígenas de Santa Rosa y San Antonio en el área no municipalizada de Chorrera departamento del Amazonas. La Expedición es la oportunidad de llenar vacíos de información en una de las localidades estratégicas de la Amazonía colombiana, aportar al inventario de la biodiversidad de Colombia a partir de colecciones biológicas; así como de generar puentes entre el conocimiento científico y los conocimientos ancestrales del pueblo Huitoto.
description: La macrofauna edáfica juega un papel fundamental en los suelos amazónicos, ya que desempeña una serie de funciones clave para el mantenimiento del ecosistema y la productividad de la región (Barros et al. 2002, Marichal et al. 2014, Lavelle et al. 2016). Estos organismos, como lombrices de tierra, termitas, hormigas y escarabajos, descomponen la materia orgánica en el suelo, facilitando la liberación de nutrientes esenciales para el crecimiento de las plantas (Brussaard et al. 1997, Bignell et al. 2012). Además, su actividad de excavación mejora la porosidad del suelo y promueve una mayor infiltración de agua, ayudando a reducir la erosión y aumentando la resistencia a inundaciones en la temporada de lluvias intensas. La presencia de la macrofauna edáfica también influye en la diversidad de especies vegetales, ya que favorece la regeneración natural de plantas y el establecimiento de nuevas especies, contribuyendo así a la riqueza biológica y la resiliencia del ecosistema amazónico (Mathieu et al. 2009, Lavelle et al. 2022).
description: El presente recurso cuenta con la información de 930 registros biológicos en donde se reportan 67 especies, 53 géneros, 60 familias, 33 ordenes y 10 clases. El muestreo se realizó a inicios de febrero del año 2023 en el área no municipalizada de La Chorrera, en las comunidades de San Antonio, Santa Rosa y Puerto Principe.
DOI: 10.15472/xernix
title: Hormigas y termitas del Alto Río Igará - Paraná, Amazonas - Proyecto Colombia BIO

description: La “Expedición Científica-Bio a la Chorrera (Amazonas), Última Expresión del Escudo Guayanés en Suroccidente de la Amazonia Colombiana” busca documentar la biodiversidad de uno de los enclaves del Escudo Guayanés más suroccidentales del Amazonía colombiana, en los cabildos indígenas de Santa Rosa y San Antonio en el área no municipalizada de Chorrera departamento del Amazonas. La Expedición es la oportunidad de llenar vacíos de información en una de las localidades estratégicas de la Amazonía colombiana, aportar al inventario de la biodiversidad de Colombia a partir de colecciones biológicas; así como de generar puentes entre el conocimiento científico y los conocimientos ancestrales del pueblo Huitoto.
description: Los insectos brindan servicios ecosistémicos vitales para el ser humano (Jankielsohn 2018, Noriega et al. 2018); en específico, tienen influencia directa en la fertilidad y calidad del suelo tanto en coberturas naturales, como en coberturas agrícolas (Menta et al. 2018, Onet et al. 2019). En todos los grupos de insectos de suelo presentes en ecosistemas tropicales, las hormigas y las termitas son claves para el ciclaje de nutrientes y la descomposición de materia orgánica (Lavelle 1997, Bottinelli et al. 2015). Por esto, su conocimiento base se hace indispensable para estudios ecológicos y biológicos, que permitan entender más su dinámica e influencia en los suelos.
description: El presente recurso cuenta con información de 782 registros de hormigas (406 registros) y termitas (376 registros). Se identificaron 78 especies de termitas y 79 de hormigas. El muestreo se realizó a finales del mes de enero e inicios de febrero del año 2023 en coberturas de bosque primario de tierra firme, rebalse y arenas blancas encontrados en la parte alta del río Igará-Paraná.
DOI: 10.15472/lhjlei
title: Onicóforos de la Sierra Nevada de Santa Marta

description: Se registran cuatro especies de Onicóforos habitando en los bosques montanos (1600 m de altitud) de la Vertiente Noroccidental de la Sierra Nevada de Santa Marta
DOI: 10.15472/75dikp
title: Registros de microcrustaceos (Cladocera y Copepoda) en charchas temporales someras de los departamentos de Magdalena y La Guajira

description: Este recurso contiene información de microcrustaceos colectados en charchas someras, en los departamentos de La Guajira (17) y Magdalena (50). El objetivo del proyecto fue realizar la identificación de Cladoceros y Copepodos en las charcas temporales de los dos departamentos, ademas de evaluar la riqueza y distribución de los mismos. Los datos fueron tomados en 2018 en La Guajira y en 2020 en Madgalena, abarcan 9 familias y 31 géneros.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14608339
title: Additional file 4 of ddRAD sequencing: an emerging technology added to the biosecurity toolbox for tracing the origin of brown marmorated stink bug, Halyomorpha halys (Hemiptera: Pentatomidae)

description: Additional file 4. 3D PCA plot.
DOI: 10.15472/1ngb3e
title: Caracterización de la población de bacteriófagos asociados a los principales phyla bacterianos, residentes en la superficie epidérmica de Bolitoglossa nicefori (Caudata: Plethodontidae) de la Cordillera Oriental de Colombia

description: El presente recurso corresponde a los registros biológicos derivados del proyecto de investigación UIS No. 5763 titulado: "Caracterización de la población de bacteriófagos asociados a los principales phyla bacterianos, residentes en la superficie epidérmica de Bolitoglossa nicefori (Caudata: Plethodontidae) de la Cordillera Oriental de Colombia." El material colectado está amparado bajo la licencia IDB0398 - Resolución N° 0047 del 22 de enero de 2015, Resolución N° 0260 del 11 de marzo de 2016 y Resolución N° 01362 del 21 de agosto de 2018.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14608339.v1
title: Additional file 4 of ddRAD sequencing: an emerging technology added to the biosecurity toolbox for tracing the origin of brown marmorated stink bug, Halyomorpha halys (Hemiptera: Pentatomidae)

description: Additional file 4. 3D PCA plot.
DOI: 10.15472/tsyaha
title: Colección de microbiomas cultivables de insumos y alimentos orgánicos

description: ORGAENIK trabaja permanentemente para mejorar la calidad de sus productos y servicios, a través de la producción de hortalizas y vegetales inocuos, con alto contenido nutricional y orgánicos, simultáneo a la realización de investigación de las relaciones de los microorganismos en el suelo con la productividad y valor nutricional de sus productos; y así aportar procesos biotecnológicos que mejoren las labores del campo colombiano. La colección OGK tiene como Misión para la empresa ORGAENIK ser un repositorio en condiciones óptimas, de la biodiversidad microbiana de suelos, insumos y productos frescos producidos bajo practicas orgánicas, con el fin de generar conocimiento, ser objeto de estudio con fines no comerciales de procesos de producción sostenible en el sector agrícola en Colombia, que pueden ser una fuente potencial de desarrollos biotecnológicos para fomentar las capacidades de los microorganismos que directa o indirectamente aportan nutrientes o factores que benefician el crecimiento y desarrollo de las plantas.
description: Esta colección buscará ser ampliada a lo largo del tiempo para enriquecer y aportar el conocimiento en el país sobre agricultura y prácticas orgánicas de producción de alimentos basadas en la biodiversidad microbiana (levaduras y otros hongos, bacterias y arqueas) de nuestros suelos. La colección OGK tiene como Visión y en concordancia con la de la empresa ORGAENIK, contribuir al progreso de la Nación en conocimiento práctico y científico sobre producción orgánica de alimentos y biodiversidad de los suelos, mediante la conservación de microorganismos asociados a dichas prácticas y el acceso de la colección. Se proyecta categorizar taxonómicamente toda la colección y ampliarla para permitir el desarrollo de investigaciones científicas que fortalezcan el conocimiento sobre la nutrición vegetal y el aporte a las relaciones ecosistémicas que crea esta agricultura orgánica o biológica en suelos colombianos.
description: Actualmente, la colección OGK RNC:246 de la empresa ORGAENIK es custodiada por la Colección Biológica Universidad EAFIT RNC:277 en el marco de un convenio de investigación entre ambas entidades que tiene como objetivo fortalecer aspectos técnicos, curatoriales, científicos y administrativos/legales orientados a la correcta preservación de las muestras microbiológicas registradas en la colección OGK. Adicionalmente, la Colección Biológica Universidad EAFIT, brinda las instalaciones y equipos para el mantenimiento anual y verificación de pureza y viabilidad de las muestras.
DOI: 10.15472/lalnra
title: Macroinvertebrados bentónicos de la cuenca hidrográfica del río Garagoa, macrocuenca del río Orinoco, Boyacá, Colombia

description: El recurso corresponde a un listado de macroinvertebrados bentónicos, colectados en diferentes ubicaciones dentro de la Cuenca hidrográfica del Río Garagoa en el marco del proyecto Importancia de las variables locales y de paisaje sobre las comunidades de peces y macroinvertebrados bentónicos de sistemas lóticos andinos. Los muestreos fueron realizado por medio de red surber y red de arrastre durante el primer semestre de 2021. Los individuos colectados se encuentran depositados en la Colección Limnológica UPTC.
description: Se presentan 268 registros de 48 familias de macroinvertebrados de las clases Bivalvia, Clitellata, Gastropoda, Insecta, Malacostraca y Trepaxonemata colectados en zonas aledañas al municipio de Santa María, Boyacá.
DOI: 10.5281/zenodo.10684297
title: 5GMETA Satory dataset

description: The Satory dataset contains traffic count indicators from 5 sensors in JSON format:



Timestamp

Throughput

Occupation rate


The raw data from the 5 traffic sensors deployed in Satory (France) were stored in a server where processing has been applied to assess two metrics (throughput and occupation rate) for each sensor.

A readme file is included.

This dataset has been used to build a proof of concept of the 5GMETA platform and has been provided during the second 5GMETA hackathon.
DOI: 10.5281/zenodo.10684298
title: 5GMETA Satory dataset

description: The Satory dataset contains traffic count indicators from 5 sensors in JSON format:



Timestamp

Throughput

Occupation rate


The raw data from the 5 traffic sensors deployed in Satory (France) were stored in a server where processing has been applied to assess two metrics (throughput and occupation rate) for each sensor.

A readme file is included.

This dataset has been used to build a proof of concept of the 5GMETA platform and has been provided during the second 5GMETA hackathon.
DOI: 10.15472/gp7nq5
title: Registros del chinche de la chamusquina (Monalonion velezangeli) en el falso pimiento (Schinus areira) por influencia de contaminación y otros factores ambientales y del paisaje urbano en la ciudad de Bogotá

description: Monalonion velezangeli Carvalho & Costa, 1988 es un hemíptero asociado a más de 21 especies de plantas y en Colombia es considerado como plaga en cultivos de café, aguacate y cacao entre otros; ya que, se alimenta de brotes vegetativos, frutos y flores. En 2018 se reportó la presencia de Monalonion velezangeli en Bogotá causando graves afectaciones a los individuos de Schinus areira. Este recurso compila los efectos de las distintas variables ambientales y fenológicas de los árboles afectados sobre la presencia del insecto. Se realizó un diseño experimental aleatorizado de unidad muestral 4 árboles de S. areira. Estos árboles se ubicaron en parques, separadores, caños e intersecciones viales en las localidades de Suba, Usaquén, Chapinero, Teusaquillo, Engativá y Fontibón. Los árboles seleccionados fueron muestreados con 4 golpes de red entomológica en cada uno de los puntos cardinales. En estos árboles se contabilizaron todos los individuos de M. velezangeli observados y el porcentaje de afectación fitosanitaria asociada, el cual fue medido como el porcentaje del área foliar que presentaba las características típicas del daño producido por M. velezangeli. Estos datos hacen parte de una investigación vinculada al proyecto: 7679, financiado por el Jardín Botánico de Bogotá, subdirección científica. Este recurso comprende 520 registros, tomados en los meses de septiembre, octubre y diciembre del año 2020.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14608342
title: Additional file 5 of ddRAD sequencing: an emerging technology added to the biosecurity toolbox for tracing the origin of brown marmorated stink bug, Halyomorpha halys (Hemiptera: Pentatomidae)

description: Additional file 5. Sample collection information.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14608342.v1
title: Additional file 5 of ddRAD sequencing: an emerging technology added to the biosecurity toolbox for tracing the origin of brown marmorated stink bug, Halyomorpha halys (Hemiptera: Pentatomidae)

description: Additional file 5. Sample collection information.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14608345
title: Additional file 6 of ddRAD sequencing: an emerging technology added to the biosecurity toolbox for tracing the origin of brown marmorated stink bug, Halyomorpha halys (Hemiptera: Pentatomidae)

description: Additional file 6. RE digest simulation script.
DOI: 10.15472/jclald
title: Colección de mántidos (Insecta: Mantodea) del Centro de Colecciones Biológicas de la Universidad del Magdalena

description: El Centro de Colecciones Biológicas de la Universidad del Magdalena (CBUMAG) se constituyó formalmente en julio del año 2013 y obtuvo su registro ante el Instituto Humboldt en febrero de 2014 (Registro Nacional de Colecciones - RNC: 207). El CBUMAG se encuentra en una fase de consolidación, con un gran número de ejemplares catalogados y organizados en las diferentes colecciones, al que se suma el constante crecimiento con los depósitos de ejemplares hechos principalmente por los estudiantes de la Universidad del Magdalena a partir de sus trabajos de investigación, la misión es promover la preservación y curaduría de los ejemplares depositados en el mismo, desarrollar trabajos de investigación en taxonomía, sistemática, biogeografía y bioprospección con el fin de dar a conocer y promover el conocimiento sobre la biodiversidad de la región Caribe y sus usos potenciales.
description: Este set de datos contiene 96 registros de Mantodea recolectados durante las épocas 2010 al 2018 en el Caribe Colombiano, en los departamentos de La Guajira, Bolívar, Cesar y Magdalena, se encuentran depositados en la Colección Entomológica de la Universidad del Magdalena montados en seco o preservados en frascos con etanol. Los registros se encuentran distribuidos en 6 familias, 13 géneros y 12 especies. Un 57.3% esta clasificado a nivel de especie, 40.6% a género y 2% a categorías superiores.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14608345.v1
title: Additional file 6 of ddRAD sequencing: an emerging technology added to the biosecurity toolbox for tracing the origin of brown marmorated stink bug, Halyomorpha halys (Hemiptera: Pentatomidae)

description: Additional file 6. RE digest simulation script.
DOI: 10.15472/eitckx
title: Herpetofauna asociada a los naidizales de la cuenca media del río Atrato. 2016

description: Con el propósito de seguir contribuyendo al conocimiento de la diversidad ecológica de los cerros en Colombia, y en particular de la zona del Chocó biogeográfico, El IIAP formulo un proyecto de investigación en el que se caracterizó el cerro El Cuchillo (Darién – elevaciones medias del Atrato), en el que se diagnosticó el estado de conservación de la herpetofauna. Fue posible identificar aquellas especies que se encuentran dentro de alguna categoría de amenaza según la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza-UICN (2001), y especies endémicas de la región, con lo que se llega a la conclusión de que esta zona, es uno de los ecosistemas estratégicos de conservación y restauración más importantes. El presente informe contiene los listados de clasificación taxonómica de las especies identificadas en los grupos animales antes mencionados, además se incluye los hábitats frecuentados, registros fotográficos, y tipo de ingreso al registro; asimismo se hace una discusión sobre las presiones y amenazas de estas y se recomiendan estrategias de conservación para el área.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14608348
title: Additional file 7 of ddRAD sequencing: an emerging technology added to the biosecurity toolbox for tracing the origin of brown marmorated stink bug, Halyomorpha halys (Hemiptera: Pentatomidae)

description: Additional file 7. Heterozygosity analysis.
DOI: 10.6084/m9.figshare.8841182
title: Additional file 9: of Microarray analysis of infectious bronchitis virus infection of chicken primary dendritic cells

description: TF and mRNA invloved in TF-mRNAs pairs. (XLS 902 kb)
DOI: 10.6084/m9.figshare.14608348.v1
title: Additional file 7 of ddRAD sequencing: an emerging technology added to the biosecurity toolbox for tracing the origin of brown marmorated stink bug, Halyomorpha halys (Hemiptera: Pentatomidae)

description: Additional file 7. Heterozygosity analysis.
DOI: 10.6084/m9.figshare.8841182.v1
title: Additional file 9: of Microarray analysis of infectious bronchitis virus infection of chicken primary dendritic cells

description: TF and mRNA invloved in TF-mRNAs pairs. (XLS 902 kb)
DOI: 10.15472/dg2pok
title: Biobanco de parasitología de Chagas (Sangre) del Instituto Nacional de Salud

description: La enfermedad de Chagas es una enfermedad parasitaria zoonótica causada por el protozoario Trypanosoma cruzi. Se considera un problema de salud pública en América Latina, donde actualmente hay aproximadamente 6 millones de personas infectadas. La fase aguda de la enfermedad se caracteriza por fiebre generalmente leve que en una pequeña proporción de casos puede acompañarse de miocarditis y otras complicaciones letales. La mayoría de los pacientes continúan a través de la fase crónica que se caracteriza inicialmente por un curso clínico asintomático durante dos o tres décadas, y alrededor del 30% de los pacientes infectados desarrollarán complicaciones cardíacas o digestivas posteriormente.
description: El presente proyecto tuvo el objetivo de realizar la caracterización de una cohorte de pacientes con enfermedad de Chagas, su tratamiento etiológico, eventos adversos y respuesta terapéutica y sus objetivos específicos fue caracterizar la respuesta al tratamiento etiológico medida por desenlaces clínicos (ecocardiograma), serológicos (IgG anti-T.cruzi) y parasitológicos por PCR, que hicieron necesario tanto las muestras de suero (exámenes serológicos como las muestras de sangre total para la identificación del parásito por pruebas moleculares como la PCR. Tanto en pacientes en fase aguda como crónica.
description: El presente recurso cuenta con 774 registros biológicos, de la especie Trypanosoma cruzi. Estos registros se obtuvieron de muestras de sangre de pacientes con enfermedad de Chagas entre el año 2013 al 2015.