cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.15468/dl.u7qqw3
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 2 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "TaxonKey is one of (Laimosemion staecki)",
 "BasisOfRecord is one of (Specimen, Literature Occurrence, Human Observation, Observation)",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "Year is greater than or equal to 1991",
 "Year is less than or equal to 2025"
 ]
}

 The dataset includes 2 records from 1 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055989-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.mddw7k
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 9251461 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Country is one of (Australia)",
 "HasCoordinate is true",
 "Year is greater than or equal to 2014",
 "Year is less than or equal to 2014"
 ]
}

 The dataset includes 9251461 records from 341 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055931-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.jfu82j
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 637 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Country is Netherlands",
 "DatasetKey is one of (Observation.org, Nature data from around the World, iNaturalist Research-grade Observations, Natural History Museum Rotterdam - Observations, Observations Regelink Ecology and Landscape, NABU|naturgucker, Xeno-canto - Anura sounds from around the world, Global Roadkill Data: a dataset on terrestrial vertebrate mortality caused by collision with vehicles (Systematic Records), Natural History Museum Rotterdam - Specimens, Historic records Stichting Bargerveen 1983-2024, CardObs : Observations naturalistes issues de l'outil CardObs-Données naturalistes de Patrick HAFFNER)",
 "Geometry POLYGON((5.12654 53.32407,5.56905 53.32407,5.56905 53.48162,5.12654 53.48162,5.12654 53.32407))",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "PublishingOrg is one of (c8d737e0-2ff8-42e8-b8fc-6b805d26fc5f, 28eb1a3f-1c15-4a95-931a-4af90ecb574d, 3ead5cf3-2840-482e-bbd9-76380825be63, 815809f1-e6e6-44df-b3fd-b17a9d87eada)",
 "TaxonKey is Rana temporaria",
 "Year 2000-2025"
 ]
}

 The dataset includes 637 records from 2 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055990-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.17026/dans-xtu-f2rt
title: Doortrekking Rijksweg A15-A12 Van mesolithicum tot Tweede Wereldoorlog tussen Bemmel en Didam

description: &lt;p&gt;Op niet minder dan 25 locaties zijn tijdens het proefsleuvenonderzoek aanwijzingen aangetroffen voor vindplaatsen. Sommige daarvan konden nog niet gewaardeerd worden omdat ze net te diep liggen (onder de grondwaterspiegel) en daarmee buiten bereik van deze opdracht lagen. Dit geldt voor enkele vroeg prehistorische vindplaatsen ten westen van het Pannerdensch Kanaal. Anderen zijn dusdanig laat in het gehele proces aangetroffen dat ze binnen de scope van dit rapport niet meer gewaardeerd konden worden. Het gaat dan om één of meerdere vindplaatsen ter hoogte van deellocatie 1246 en 1249, welke op een later tijdstip gepubliceerd zullen worden. Verder dient vermeld te worden dat niet van alle vindplaatsen de begrenzing duidelijk geworden is omdat een deel van het proefsleuvenonderzoek om uiteenlopende redenen niet uitgevoerd kon worden. Op deze locaties is het dus mogelijk dat er nieuwe vindplaatsen aan het licht komen. Het gaat daarbij met name om de uitbreidingsstrook ten noorden van de huidige A15 vanaf knooppunt Ressen. Hier staat een grote hoeveelheid populieren en dit deel van het onderzoeksgebied komt pas eind 2019 voor onderzoek in aanmerking. Ook enkele boomkwekerijen ten oosten van het Pannerdensch kanaal vallen onder het ‘niet onderzochte’ gebied.&lt;br&gt;De vindplaatsen die zijn aangetroffen beslaan de perioden mesolithicum tot en met de Tweede Wereldoorlog. Het gaat daarbij om duidelijk bewoonde nederzettingsterreinen zoals vindplaats 1234-1 (De Plak), 1240-1 (Waalbeeksche Hof) en 1248-1 (Kollenburg) die veelal gedurende meerdere perioden bewoond zijn geweest, maar ook om (bijbehorende) grafvelden zoals het reeds volledig onderzochte grafveld van Bemmel (1236-1) en een grafveldje ter hoogte van vindplaats Kollenburg (1248-1). Echter ook de meer perifere vindplaatsen zijn geduid en gewaardeerd. Het gaat dan om zones met akkersporen en enkele stakenrijen of diffuse brandkuilen ter hoogte van de vindplaatsen 1239-1 (Het Veld) en 1240-2 (Waalbeeksche Hof 2) tot bijvoorbeeld twee bermgreppels van een Romeinse weg ter hoogte van 1238-1 (Kraaienstraat).&lt;br&gt;Ten oosten van het Pannerdensch Kanaal zijn enkele historische erven onderzocht. Op geen enkele plek is daadwerkelijk de oude bewoning (boerderij) aangesneden maar bewijzen voor ambachtelijke activiteiten op de erven zijn er wel. Daar het tracé van de ViA15 aan die kant van het kanaal volop door bewoond gebied gaat bleek op veel locaties dat het proefsleuvenonderzoek niet geheel volgens opzet van de Programma’s van Eisen (PvE’s) uitgevoerd kon worden. Daarnaast leerde een snelle evaluatie van de eerste sleuven op deze historische erven dat ze hooguit het bestaan van een erf aantoonden maar nauwelijks bijdroegen aan het beeld van de inrichting of de gebruiksduur van een erf.&lt;/p&gt;
DOI: 10.15468/dl.k2sw69
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 0 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "HasGeospatialIssue is false",
 "HasCoordinate is true",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "BasisOfRecord is one of (Human Observation, Machine Observation, Occurrence evidence, Observation)",
 "TaxonKey is one of (Sistrurus miliarius)",
 "Country is one of (Anguilla, Antigua and Barbuda, Argentina, Aruba, Bahamas, Barbados, Belize, Bolivia (Plurinational State of), Bonaire, Sint Eustatius and Saba, Bouvet Island, Brazil, Cayman Islands, Chile, Colombia, Costa Rica, Cuba, Curaçao, Dominica, Dominican Republic, Ecuador, El Salvador, Falkland Islands (Malvinas), French Guiana, Grenada, Guadeloupe, Guatemala, Guyana, Haiti, Honduras, Jamaica, Martinique, Mexico, Montserrat, Nicaragua, Panama, Paraguay, Peru, Puerto Rico, Saint Barthélemy, Saint Kitts and Nevis, Saint Lucia, Saint Martin (French part), Saint Vincent and the Grenadines, Sint Maarten (Dutch part), South Georgia and the South Sandwich Islands, Suriname, Trinidad and Tobago, Turks and Caicos Islands, Uruguay, Venezuela (Bolivarian Republic of), Virgin Islands (British), Virgin Islands (U.S.))"
 ]
}

 The dataset includes 0 records from 0 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055997-250827131500795/datasets/export for details.
DOI: 10.15468/dl.7y5en6
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 3328 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "HasGeospatialIssue is false",
 "HasCoordinate is true",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "BasisOfRecord is one of (Human Observation, Machine Observation, Occurrence evidence, Observation)",
 "TaxonKey is one of (Sistrurus miliarius)",
 "Country is one of (Bermuda, Canada, Greenland, Saint Pierre and Miquelon, United States of America)"
 ]
}

 The dataset includes 3328 records from 7 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055996-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.5ezh8f
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 114 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "BasisOfRecord is Human Observation",
 "Country is Pakistan",
 "PublishingOrg is one of (e2e717bf-551a-4917-bdc9-4fa0f342c530, c8d737e0-2ff8-42e8-b8fc-6b805d26fc5f, 28eb1a3f-1c15-4a95-931a-4af90ecb574d)",
 "TaxonKey is Gyps himalayensis",
 "Year 2000-2025"
 ]
}

 The dataset includes 114 records from 3 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055994-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.k6th9e
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 63 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Country is Romania",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Dama dama"
 ]
}

 The dataset includes 63 records from 4 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055992-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.xb2wgg
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 10 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Country is Peru",
 "Geometry POLYGON((-83.37246 -23.72758,-44.25292 -23.72758,-44.25292 -8.08646,-83.37246 -8.08646,-83.37246 -23.72758))",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Cavia aperea"
 ]
}

 The dataset includes 10 records from 6 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055991-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.9fm7cf
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 170 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "TaxonKey is Sasia ochracea",
 "BasisOfRecord is Specimen"
 ]
}

 The dataset includes 170 records from 16 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055995-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.21227/55h4-0b81
title: "PeFoMed RESULT"

description: "Multimodal large language models (MLLMs) represent an evolutionary expansion in the capabilities of traditional large language models, enabling them to tackle challenges that surpass the scope of purely text-based applications. It leverages the knowledge previously encoded within these language models, thereby enhancing their applicability and functionality in the reign of multimodal contexts. Recent works investigate the adaptation of MLLMs as a universal solution to address medical multi-modal problems as a generative task. In this paper, we propose a parameter efficient framework for fine-tuning MLLMs, specifically validated on medical visual question answering (Med-VQA) and medical report generation (MRG) tasks, using public benchmark datasets. We also introduce an evaluation metric using the 5-point Likert scale and its weighted average value to measure the quality of the generated reports for MRG tasks, where the scale ratings are labelled by both humans manually and the GPT-4 model. We further assess the consistency of performance metrics across traditional measures, GPT-4, and human ratings for both VQA and MRG tasks. The results indicate that semantic similarity assessments using GPT-4 align closely with human annotators and provide greater stability, yet they reveal a discrepancy when compared to conventional lexical similarity measurements. This questions the reliability of lexical similarity metrics for evaluating the performance of generative models in Med-VQA and report generation tasks. Besides, our fine-tuned model significantly outperforms GPT-4v. This indicates that without additional fine-tuning, multi-modal models like GPT-4v do not perform effectively on medical imaging tasks. "
DOI: 10.5281/zenodo.15681147
title: Bayesian inference and clustering of mutational signatures leveraging biological priors

description: In the preprint available at https://doi.org/10.1101/2024.09.16.613266 we present BASCULE, a new method to perform Bayesian signatures deconvolution and to cluster patients from the inferred exposures. The method can deconvolve any kind of mutational signature types (SBS, DBS, ID, etc.) including as input a reference catalogue of known signatures (i.e., COSMIC), and cluster the samples joinltly from the exposures of all signature types. BASCULE is available as an R package (https://github.com/caravagnalab/bascule.git). Here we release the data and code to reproduce the analysis on synthetic and real datasets presented in the preprint, in the "synthetic_data_validation.zip" and "real_data_validation.tar.gz", respectively.
DOI: 10.17026/dans-xtv-99bn
title: Fietspad Bataafseweg, gemeente Winterswijk, archeologisch vooronderzoek: proefsleuvenonderzoek - variant archeologische begeleiding Fietspad Bataafseweg, gemeente Winterswijk, archeologisch vooronderzoek: proefsleuvenonderzoek - variant archeologische begeleiding

description: &lt;p&gt;&lt;p&gt;In opdracht van de gemeente Winterswijk heeft RAAP op verschillende momenten tussen 15 maart 2020 tot en met 5 juni 2020 een archeologisch proefsleuvenonderzoek - variant archeologische begeleiding uitgevoerd in het kader van het project ‘Fietspad Bataafseweg’ te Winterswijk in de gelijknamige gemeente.&lt;br&gt;&lt;p&gt;Het doel van het proefsleuvenonderzoek was het vaststellen van de archeologische waarde van het terrein. Uit het vooronderzoek was nog niet vastgesteld of er sprake was van een archeologische vindplaats.&lt;br&gt;&lt;p&gt;Omdat het onderzoeksgebied intensief gebruikt wordt, was regulier archeologische onderzoek voorafgaand aan de geplande ontwikkeling niet mogelijk. Het archeologisch onderzoek is daarom gecombineerd met de civieltechnische werkzaamheden en uitgevoerd als een proefsleuvenonderzoek - variant archeologische begeleiding.&lt;br&gt;&lt;p&gt;Indien tijdens het proefsleuvenonderzoek een behoudenswaardige vindplaats zou worden aangetroffen kon besloten worden tot een eventuele doorstart naar een archeologische opgraving.&lt;br&gt;&lt;p&gt;Tijdens het onderzoek zijn de ondergrondse civiele werkzaamheden archeologisch begeleid. In totaal is hierbij een oppervlakte van 1166 m² onderzocht.&lt;br&gt;&lt;p&gt;Aan de noordzijde het onderzoeksgebied zijn archeologische resten aangetroffen. Het gaat om 19eeeuwse ontginningssporen en afvalkuilen uit de 19e of 20e eeuw van de nabijgelegen voormalige molenaarswoning .&lt;br&gt;&lt;p&gt;Aard van de vindplaats : nederzetting en agrarische sporen &lt;p&gt;Diepteligging : direct onder de bouwvoor, 30 tot 40 cm - mv &lt;p&gt;Datering : 19e tot eerste helft 20e eeuw &lt;p&gt;In het veld is op basis van de resultaten besloten dat een doorstart naar een volledige opgraving van de vindplaats binnen het plangebied niet noodzakelijk was. Na het beëindigen van de archeologische begeleiding waren de civieltechnische graafwerkzaamheden ook afgerond. De informatie is middels dit onderzoek ex situ veiliggesteld. Het geven van een selectieadvies voor vervolgonderzoek is dan ook niet noodzakelijk.&lt;/p&gt;
DOI: 10.15468/dl.ezyvtg
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 0 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "HasGeospatialIssue is false",
 "HasCoordinate is true",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "BasisOfRecord is one of (Human Observation, Machine Observation, Occurrence evidence, Observation)",
 "TaxonKey is one of (Sistrurus miliarius)",
 "Country is one of (Afghanistan, Armenia, Azerbaijan, Bahrain, Bangladesh, Bhutan, Brunei Darussalam, Cambodia, China, Cyprus, Georgia, Hong Kong, India, Indonesia, Iran (Islamic Republic of), Iraq, Israel, Japan, Jordan, Kazakhstan, Korea (Democratic People’s Republic of), Korea, Republic of, Kuwait, Kyrgyzstan, Lao People’s Democratic Republic, Lebanon, Macao, Malaysia, Maldives, Mongolia, Myanmar, Nepal, Oman, Pakistan, Palestine, State of, Philippines, Qatar, Saudi Arabia, Singapore, Sri Lanka, Syrian Arab Republic, Tajikistan, Thailand, Timor-Leste, Türkiye, Turkmenistan, United Arab Emirates, Uzbekistan, Viet Nam, Yemen)"
 ]
}

 The dataset includes 0 records from 0 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055998-250827131500795/datasets/export for details.
DOI: 10.15468/dl.8hnuf9
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 1006932 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Country is Brazil",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Apodiformes",
 "Year 2000-2025"
 ]
}

 The dataset includes 1006932 records from 62 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055922-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.qnezty
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 63458 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "TaxonKey" : [
 "is Eriocheir sinensis"
 ]
}

 The dataset includes 63458 records from 196 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0055921-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.5281/zenodo.17107160
title: The dataset of "Single-cell differential abundance detection: A new angle on dissecting tumor heterogeneity"

description: More detailed descriptions of DA methods regarding their principles, algorithms, code availability, etc.
DOI: 10.17026/dans-xu3-cu3b
title: A-22.0450: Tilburg, Natuurpoorten Bosch en Duin en De Rustende Jager Tilburg - Udenhout. Natuurpoorten, deelgebied 1 Bosch en Duin

description: &lt;p&gt;BAAC heeft op 23 en 24 november 2022 in opdracht van de gemeente Tilburg een proefsleuvenonderzoek uitgevoerd in het plangebied Tilburg - Udenhout, Natuurpoorten. Het onderzoek is opgedeeld in twee deelgebieden. Het veldwerk in deelgebied 1, Bosch en Duin is uitgevoerd, het onderzoek in deelgebied 2 zal op een later moment plaatsvinden. Dit rapport heeft betrekking op deelgebied 1. Tijdens het onderzoek zijn in totaal acht proefsleuven met een totale oppervlakte van ruim 1200 m2 onderzocht.&lt;br&gt;Aanleiding voor het onderzoek is de aanleg van natuurpoorten en de daarbij aanwezige voorzieningen. Deze voorzieningen bestaan uit parkeerplaatsen, nieuwe bestrating en wandelpaden. De maximale verstoringsdiepte is 1,20 m op plekken waar bomen worden geplant en 70 cm op plekken waar verharding wordt aangelegd. Realisatie van de plannen kan leiden tot aantasting of vernietiging van mogelijk aanwezige archeologische waarden.&lt;br&gt;Aan de hand van de resultaten van het proefsleuvenonderzoek zijn in totaal vier vindplaatsen onderscheiden, namelijk: Vindplaats 1: Bewoningssporen uit de ijzertijd op een kleine dekzandkop, centraal in het onderzoeksgebied. Direct naast de sporen is in een spitspoor handgevormd aardewerk aangetroffen dat is gedateerd tussen 300 en 12 voor Chr. (midden- tot late ijzertijd); Vindplaats 2: Bewoningssporen, waarschijnlijk een erf uit de middeleeuwen of het begin van de nieuwe tijd in het oostelijke deel van het onderzoeksgebied. In de erf- of huisgreppel zijn fragmenten van een steengoed kan en een fragment baksteen aangetroffen die dateren in het begin van de nieuwe tijd (1550-1625 na Chr.); Vindplaats 3: Een weg bestaande uit een bundel karrensporen en naastgelegen greppels, direct ten westen van vindplaats 2. Deze weg of pad heeft een noordzuidelijke oriëntatie en is weergegeven op het minuutplan uit het begin van de 19e eeuw; Vindplaats 4: Sporen van landinrichting en -gebruik uit de late middeleeuwen – nieuwe tijd die in het hele onderzoeksgebied voorkomen en ook daarbuiten verder doorlopen. Het gebied maakte deel uit van een groter akkergebied. In de greppels en in de humeuze bovengrond is steengoed, grijsbakkend gedraaid aardewerk en een fragment dakpan aangetroffen die dateren tussen de late middeleeuwen en de nieuwe tijd vroeg (1350 – 1575 na Chr.) Op grond van de uitgevoerde waarderingen moeten de vindplaatsen 1, 2 en 3 als behoudenswaardig worden beschouwd. Het advies van BAAC is dan ook om deze vindplaatsen te beschermen middels behoud in situ of, indien dit niet mogelijk is, door behoud ex situ door middel van een opgraving.&lt;/p&gt;
DOI: 10.17026/dans-zq3-qnhx
title: Hardinxveld-Giessendam - De Bruin
title: Archeologie in de Betuweroute

description: &lt;p&gt;Opgraving in het kader van infrastructurele werken van de Betuweroute.&lt;/p&gt;&lt;p&gt;Een kampplaats uit het Laat-Mesolithicum en het begin van de Swifterbant-cultuur (5500-4450 v. Chr.).&lt;/p&gt;
description: Date: februari-augustus 1998 (opgravinsperiode)
description: Date Submitted: 2007-09-28
DOI: 10.17026/dans-xu6-bnmf
title: Landinrichtingsgebied Wintelre-Oerle RA872-WIOE- incl. figs

description: &lt;p&gt;In opdracht van de Dienst Landelijk Gebied, provincie Noord-Brabant (DLG-Tilburg), heeft RAAP Archeologisch Adviesbureau in 2002 een archeologische advieskaart vervaardigd voor het landinrichtingsgebied Wintelre-Oerle. In het kader van de landinrichting worden in het gebied verschillende voorzieningen voorgesteld. Deze zullen gepaard gaan met een scala aan bodemingrepen met betrekking tot ondermeer infrastructuur/ontsluiting, waterbeheersing en landschapsopbouw.&lt;/p&gt;&lt;p&gt;Aan de 25 reeds bekende archeologische vindplaatsen, waaronder drie monumenten, kunnen op basis van het veldwerk 61 nieuwe vindplaatsen (vooral uit de Steentijd) worden toegevoegd. Zowel wat betreft de datering als de aard van de vindplaatsen is er onderscheid gemaakt tussen jagers-verzamelaars (Steentijd) en landbouwers (Steentijd-Late Middeleeuwen).&lt;/p&gt;
DOI: 10.15468/dl.5mbt36
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 885 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "TaxonKey is Pteris cretica",
 "Country is France",
 "HasCoordinate is true"
 ]
}

 The dataset includes 885 records from 37 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0056002-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.