DOI: 10.5281/zenodo.14017333
title: Water migration through enzyme tunnels is sensitive to the choice of explicit water model (DhaA)

description: This repository contains data for the haloalkane dehalogenase DhaA. Data underpinning analyses of alditol oxidase (AldO) and cytochrome P450 2D6 (CYP2D6) are available from the related repository: https://doi.org/10.5281/zenodo.11545455

 

Content:

tt_conda.yml -> conda environment used for the calculations.         Usage :         conda env create -f tt_conda.yml         conda activate tt_conda.yml 

01_MD_simulations.tar.gz -> the files to run simulation, out and restart files from simulation and simulation analysis results, organized by models and Tunnel Conformational Groups (TCGs).

├── 01_inputs│   ├── opc│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   └── TCG_d3.0_o2.5│   ├── scripts│   ├── tip3p│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   └── TCG_d3.0_o2.5│   └── tip4pew│       ├── TCG_d1.0_o1.1│       ├── TCG_d1.4_o1.2│       ├── TCG_d1.8_o1.4│       ├── TCG_d2.5_o2.1│       └── TCG_d3.0_o2.5├── 02_outputs│   ├── opc│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   └── TCG_d3.0_o2.5│   ├── tip3p│   │   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   └── TCG_d3.0_o2.5│   └── tip4pew│       ├── TCG_d1.0_o1.1│       ├── TCG_d1.4_o1.2│       ├── TCG_d1.8_o1.4│       ├── TCG_d2.5_o2.1│       └── TCG_d3.0_o2.5└── 03_analysis             02_caver.tar.gz -> results of CAVER calculations, organized by models and TCGs.

├── config_files├── opc│   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── TCG_d3.0_o2.5│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5├── tip3p│   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── TCG_d3.0_o2.5│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5└── tip4pew    ├── TCG_d1.0_o1.1    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d1.4_o1.2    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d1.8_o1.4    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d2.5_o2.1    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    └── TCG_d3.0_o2.5        ├── 1        ├── 2        ├── 3        ├── 4        └── 5

03_aquaduct.tar.gz -> results of AQUA-DUCT calculations, organized by models and TCGs.   

├── opc│   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── TCG_d3.0_o2.5│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5├── tip3p│   ├── TCG_d1.0_o1.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.4_o1.2│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d1.8_o1.4│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── TCG_d2.5_o2.1│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── TCG_d3.0_o2.5│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5└── tip4pew    ├── TCG_d1.0_o1.1    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d1.4_o1.2    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d1.8_o1.4    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    ├── TCG_d2.5_o2.1    │   ├── 1    │   ├── 2    │   ├── 3    │   ├── 4    │   └── 5    └── TCG_d3.0_o2.5        ├── 1        ├── 2        ├── 3        ├── 4        └── 5

          

04_transport_tools.tar.gz -> the results of TransportTools and analysis done from TransportTools results.

├── bottleneck_analyses│   ├── data│   │   └── super_clusters│   ├── statistics│   │   └── comparative_analysis│   └── visualization│       ├── comparative_analysis│       └── sources├── overall_results│   ├── data│   │   ├── exact_matching_analysis│   │   └── super_clusters│   ├── statistics│   │   └── comparative_analysis│   └── visualization│       ├── comparative_analysis│       └── sources└── scripts    ├── bottleneck_residues    ├── presence_of_tunnels    └── water_transport_analysis        └── output

05_hbonds.tar.gz -> contains raw results of hydrogen bond analysis of transported waters for P1 tunnel of DhaA  

 

06_control_NVE_calculations.tar.gz -> data obtained from NVE simulations of DhaA TCG o1.4d1.8 and files necessary to reproduce

├── 01_MD_simulations│   ├── 01_inputs│   │   ├── configs│   │   │   ├── NVE_equil.in│   │   │   ├── NVE_prod.in│   │   │   ├── NVT_cool.in│   │   │   └── NVT_equil.in│   │   ├── opc│   │   ├── tip3p│   │   └── tip4pew│   └── 02_outputs│       ├── opc│       ├── tip3p│       └── tip4pew├── 02_caver│   ├── configs│   │   ├── calculate_tunnels.txt│   │   └── clustering.txt│   ├── opc│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── tip3p│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── tip4pew│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5├── 03_aquaduct│   ├── opc│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   ├── tip3p│   │   ├── 1│   │   ├── 2│   │   ├── 3│   │   ├── 4│   │   └── 5│   └── tip4pew│       ├── 1│       ├── 2│       ├── 3│       ├── 4│       └── 5└── 04_transport_tools    ├── data    ├── statistics    ├── transport_tools.log    ├── tt_config.in    └── visualization

 
description: This work was supported by the National Science Centre, Poland (grant no. 2017/26/E/NZ1/00548).  The simulations were performed at the Poznan supercomputing center.