DOI: 10.5281/zenodo.5668265
title: Sodium binding stabilizes the outward-open state of SERT by limiting bundle domain motions

description: Measured distances, angles, RMSD, RMSF, vestibule diameters and principal components along with the structural representations in pymol pse files and the manuscript images. The measurements have a 1ns time resolution. DATA_sodium_stabilize_SERT.zip<br> ├── fig1<br> │ ├── fig1_v3.png<br> │ ├── occ_3ions_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg<br> │ ├── occ_Cl_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg<br> │ ├── occ_ionless_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg<br> │ ├── out_3ions_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg<br> │ ├── out_Cl_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg<br> │ └── out_ionles_rmsf_TMH_fitted_250_500.xvg<br> ├── fig2<br> │ ├── distances_n_angles_fig2.pse<br> │ ├── fig2_v2.png<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1b-TM8down.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1b-TM9up.dat<br> │ ├── 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occ_apo_nosalt_3ions.rep1.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep3.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep4.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep5.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep1.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep2.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep3.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep4.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── occ_apo_nosalt_ionless.rep5.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep1.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep2.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep3.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep4.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep4.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep5.TM1a-TM1b.dat<br> │ ├── out_apo_nosalt_3ions.rep5.TM6a-TM6b.dat<br> │ ├── 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├── concat_0_500_dt_RMSF_bundle_fit_bundle_measure_colored.pse<br> │ ├── fig5_v3.png<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.concatenated_trajectories.rmsf_bundle_fitted_0_500_concat_protein.xvg<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep1.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep2.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep3.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep4.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg<br> │ ├── occ_apo_nosalt_3ions.rep5.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.concatenated_trajectories.rmsf_bundle_fitted_0_500_concat_protein.xvg<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep1.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg<br> │ ├── occ_apo_nosalt_Cl.rep2.RMSD_fit-boundle_CA_measure-boundle_CA_preEQreference.xvg<br> │ ├── 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