cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.6084/m9.figshare.22004786
title: Supplementary Material for: Repositioning of In-the-Bag Dislocated Intraocular Lenses. A Randomized Clinical Trial Comparing Two Surgical Methods

description: Introduction: To evaluate IOL tilt, IOL-induced astigmatism (IIA), refractive change and impact of capsular fibrosis on IOL position after scleral fixation of dislocated IOL using two methods: Ab Externo Scleral Suture Loop Fixation (Group A) and a modification, Embracing the Continuous Curvilinear Capsulorhexis (Group B). Methods: In this prospective randomized clinical trial conducted at St. Erik Eye Hospital, 117 patients with dislocated IOL were randomized to Group A (n = 61) or B (n = 56). Patients with ordinary pseudophakia (n = 60) served as controls. IOL tilt was measured three-dimensionally with anterior segment optical coherence tomography (AS-OCT). Results: The median IOL tilt was similar with both methods (A: 7.8°; B: 8.3°; p=0.51), but higher than in ordinary pseudophakia (5.4°; p&lt;0.001). Both groups showed a myopic shift, p&lt;0.001. In cases without capsular fibrosis, the median IOL tilt was 15.5° in Group A (n = 7) and 7.0° in Group B (n = 5), p=0.19. For each degree of IOL tilt, IIA increased by 0.075D (p&lt;0.001). IOL position could be measured with AS-OCT in all patients given that the IOL was visible in the pupil. Discussion/Conclusion: After IOL fixation surgery, IOL tilt is higher than in normal pseudophakia. A study involving more patients without capsular fibrosis could clarify whether IOL position is better with method B in this subgroup. IOL-induced astigmatism is low, but myopic shift is common. AS-OCT is useful for IOL tilt assessment after IOL fixation surgery. Trial registration number: NCT04150263
DOI: 10.6084/m9.figshare.22004786.v1
title: Supplementary Material for: Repositioning of In-the-Bag Dislocated Intraocular Lenses. A Randomized Clinical Trial Comparing Two Surgical Methods

description: Introduction: To evaluate IOL tilt, IOL-induced astigmatism (IIA), refractive change and impact of capsular fibrosis on IOL position after scleral fixation of dislocated IOL using two methods: Ab Externo Scleral Suture Loop Fixation (Group A) and a modification, Embracing the Continuous Curvilinear Capsulorhexis (Group B). Methods: In this prospective randomized clinical trial conducted at St. Erik Eye Hospital, 117 patients with dislocated IOL were randomized to Group A (n = 61) or B (n = 56). Patients with ordinary pseudophakia (n = 60) served as controls. IOL tilt was measured three-dimensionally with anterior segment optical coherence tomography (AS-OCT). Results: The median IOL tilt was similar with both methods (A: 7.8°; B: 8.3°; p=0.51), but higher than in ordinary pseudophakia (5.4°; p&lt;0.001). Both groups showed a myopic shift, p&lt;0.001. In cases without capsular fibrosis, the median IOL tilt was 15.5° in Group A (n = 7) and 7.0° in Group B (n = 5), p=0.19. For each degree of IOL tilt, IIA increased by 0.075D (p&lt;0.001). IOL position could be measured with AS-OCT in all patients given that the IOL was visible in the pupil. Discussion/Conclusion: After IOL fixation surgery, IOL tilt is higher than in normal pseudophakia. A study involving more patients without capsular fibrosis could clarify whether IOL position is better with method B in this subgroup. IOL-induced astigmatism is low, but myopic shift is common. AS-OCT is useful for IOL tilt assessment after IOL fixation surgery. Trial registration number: NCT04150263
DOI: 10.5281/zenodo.7506459
title: Replication package for: How the Other Half Died: Immigration and Mortality in US Cities

description: The code in this replication package replicates *How the Other Half Died: Immigration and Mortality in US Cities*, RESTUD forthcoming. All code is in R. It first builds the analysis data from several raw data sources. It then produces all the figures and tables in the paper. One master file (`master.R`) runs all of the code to generate the input data and then the figures and tables in the paper (and then the figures and tables in the appendix).
DOI: 10.5281/zenodo.6842196
title: Replication package for: How the Other Half Died: Immigration and Mortality in US Cities

description: The code in this replication package replicates *How the Other Half Died: Immigration and Mortality in US Cities*, RESTUD forthcoming. All code is in R. It first builds the analysis data from several raw data sources. It then produces all the figures and tables in the paper. One master file (`master.R`) runs all of the code to generate the input data and then the figures and tables in the paper (and then the figures and tables in the appendix).
DOI: 10.5281/zenodo.6256318
title: Dataset of results for a copper switch for inducing CRISPR/Cas9-based transcriptional activation tightly regulates gene expression in Nicotiana benthamiana.

description: CRISPR-based programmable transcriptional activators (PTAs) are used in plants for rewiring gene networks. Better tuning of their activity in a time and dose-dependent manner should allow precise control of gene expression. Here, we report the optimization of a Copper Inducible system called CI-switch for conditional gene activation in Nicotiana benthamiana. In the presence of copper, the copper-responsive factor CUP2 undergoes a conformational change and binds a DNA motif named copper-binding site (CBS). In this study, we tested several activation domains fused to CUP2 and found that the non-viral Gal4 domain results in strong activation of a reporter gene equipped with a minimal promoter, offering advantages over previous designs. To connect copper regulation with downstream programmable elements, several copper-dependent configurations of the strong dCasEV2.1 PTA were assayed, aiming at maximizing activation range, while minimizing undesired background expression. The best configuration involved a dual copper regulation of the two protein components of the PTA, namely dCas9:EDLL and MS2:VPR, and a constitutive RNA pol III-driven expression of the third component, a guide RNA with anchoring sites for the MS2 RNA-binding domain. With these optimizations, the CI/dCasEV2.1 system resulted in copper-dependent activation rates of 2,600-fold and 245-fold for the endogenous N. benthamiana DFR and PAL2 genes, respectively, with negligible expression in the absence of the trigger. The tight regulation of copper over CI/dCasEV2.1 makes this system ideal for the conditional production of plant-derived metabolites and recombinant proteins in the field.
DOI: 10.5281/zenodo.6256317
title: Dataset of results for a copper switch for inducing CRISPR/Cas9-based transcriptional activation tightly regulates gene expression in Nicotiana benthamiana.

description: CRISPR-based programmable transcriptional activators (PTAs) are used in plants for rewiring gene networks. Better tuning of their activity in a time and dose-dependent manner should allow precise control of gene expression. Here, we report the optimization of a Copper Inducible system called CI-switch for conditional gene activation in Nicotiana benthamiana. In the presence of copper, the copper-responsive factor CUP2 undergoes a conformational change and binds a DNA motif named copper-binding site (CBS). In this study, we tested several activation domains fused to CUP2 and found that the non-viral Gal4 domain results in strong activation of a reporter gene equipped with a minimal promoter, offering advantages over previous designs. To connect copper regulation with downstream programmable elements, several copper-dependent configurations of the strong dCasEV2.1 PTA were assayed, aiming at maximizing activation range, while minimizing undesired background expression. The best configuration involved a dual copper regulation of the two protein components of the PTA, namely dCas9:EDLL and MS2:VPR, and a constitutive RNA pol III-driven expression of the third component, a guide RNA with anchoring sites for the MS2 RNA-binding domain. With these optimizations, the CI/dCasEV2.1 system resulted in copper-dependent activation rates of 2,600-fold and 245-fold for the endogenous N. benthamiana DFR and PAL2 genes, respectively, with negligible expression in the absence of the trigger. The tight regulation of copper over CI/dCasEV2.1 makes this system ideal for the conditional production of plant-derived metabolites and recombinant proteins in the field.
DOI: 10.25747/yn8f-ra30
title: Bibliography and analysis on studies of institutional DMP support services
DOI: 10.5281/zenodo.7560157
title: Effectieve bestrijding van knolcyperus; een praktijktest voor elektro-fysische bestrijding van onkruiden

description: Knolcyperus is in Nederland een hardnekkig onkruid dat zorgt voor grote verliezen en economische schade aan gewassen en percelen. De razendsnelle vegetatieve vermeerdering en verspreiding van de knolcyperus via knolletjes maakt het onkruid moeilijk te bestrijden. Binnen dit project hebben partijen de gezamenlijke ambitie om de economische schade van knolcyperus aan gewassen en percelen terug te dringen door het onkruid effectief te bestrijden zonder gebruik van chemische middelen. Het onderzoek richt zich op de vraag of de elektro-fysische bestrijding van knolcyperus effectief is met de huidige commercieel beschikbare elektro-fysische apparatuur en wat voor invloed de behandelingen hebben op de bodem. Allereerst wordt in de praktijk gekeken naar hoe effectief de elektro-fysische technologie is in de bestrijding van knolcyperus, en wat de consequenties zijn voor de bodemconditie en het bodemleven. Hierbij wordt enerzijds gekeken naar de bovengrondse plantbestanddelen (het aantal planten en de bedekkingsgraad) en anderzijds naar de ondergrondse plantbestanddelen (de knolletjes en de wortels). In het eerste jaar van het veldonderzoek is data verzameld van de bovengrondse plantbestanddelen (het aantal planten en de bedekkingsgraad) en zijn bodemconditiescores uitgevoerd: Bestand foto’s bedekkingsgraad en aantal planten 2021.pdf weergeeft foto’s van de meetrasters die in de proefstroken zijn genomen om het aantal planten en bedekkingsgraden te bepalen. Bestand bedekkingsgraad en aantal planten.xlsx weergeeft de tellingen van het aantal planten en de bepaling van de bedekkingsgraad weer. Allereerst wordt een totaalbestand weergegeven, waaruit tabellen per perceel worden weergegeven. Bestand foto’s en beoordeling BCS 2021.pdf weergeeft foto’s van een schopuitsnede per perceel, waaruit de bodemconditie is beoordeeld. Bestand bodemconditiescore data samengevoegd.xlsx weergeeft de eindscores van de bodemconditiescore. In het tweede jaar van het veldonderzoek is data verzameld van de ondergrond plantbestanddelen (de knolletjes en de wortels) en van het bodemleven (wormen): Fotobestand veldproef-kiemproef 2022.pdf weergeeft foto’s van kiemproef waarin knolcyperus is ingebracht na 1 tot en met 4 behandelingen. Bestand data uit foto’s kiemproef 2022.pdf weergeeft de analyse van de foto’s van de kiemproef. Bestand bodemleven resultaten veldproef weergeeft de analyse van de wormen (bodemleven) per behandelingsmoment.
DOI: 10.5281/zenodo.7602376
title: anonymus

description: anonymus
DOI: 10.5281/zenodo.7602375
title: anonymus

description: anonymus
DOI: 10.26188/21988628
title: European tree-ring isotopes indicate unusual recent hydroclimate

description: <strong>Additional information and datasets</strong> used in Freund et al. 2022, European tree-ring isotopes indicate unusual recent hydroclimate <br> <strong>Spatial reconstruction</strong> Spatial SPEI02 Reconstruction of July/August as a netcdf file: Reconstruction_European_Summer_Drought_Freundetal2022_SPEI02.nc Instrumental Target SPEI July/August as a netcdf file: Instrumental_European_Summer_Drought_Freundetal2022_SPEI02.nc <strong>Statistics of the spatial reconstruction</strong> Calibrated R-square of the calibration period: Statistics_CRSQ Verified R-square of the verification period: Statistics_VRSQ Reduction of error of the calibration period: Statistics_CRE Reduction of error of the verification period: : Statistics_CVE <strong>European average time serie</strong> EuropeanAverage_Reconstruction_European_Summer_Drought_Freundetal2022_SPEI02.nc <strong>Please cite</strong> Freund, M. B., Helle, G., Balting, D., Ballis, N., Schleser, G., Cubasch, U. European tree-ring isotopes indicate unusual recent hydroclimate. Nature Communications Earth & Environment, 2022 <br>
DOI: 10.26188/21988628.v1
title: European tree-ring isotopes indicate unusual recent hydroclimate

description: <strong>Additional information and datasets</strong> used in Freund et al. 2022, European tree-ring isotopes indicate unusual recent hydroclimate <br> <strong>Spatial reconstruction</strong> Spatial SPEI02 Reconstruction of July/August as a netcdf file: Reconstruction_European_Summer_Drought_Freundetal2022_SPEI02.nc Instrumental Target SPEI July/August as a netcdf file: Instrumental_European_Summer_Drought_Freundetal2022_SPEI02.nc <strong>Statistics of the spatial reconstruction</strong> Calibrated R-square of the calibration period: Statistics_CRSQ Verified R-square of the verification period: Statistics_VRSQ Reduction of error of the calibration period: Statistics_CRE Reduction of error of the verification period: : Statistics_CVE <strong>European average time serie</strong> EuropeanAverage_Reconstruction_European_Summer_Drought_Freundetal2022_SPEI02.nc <strong>Please cite</strong> Freund, M. B., Helle, G., Balting, D., Ballis, N., Schleser, G., Cubasch, U. European tree-ring isotopes indicate unusual recent hydroclimate. Nature Communications Earth & Environment, 2022 <br>
DOI: 10.6084/m9.figshare.22004789
title: Grohs et al 2023_diclofenac_P2X3R_data.xlsx

description: Dataset (as of 2023/02/03) of quantitative data shown in figures and tables in publication entitled "Diclofenac and other Non-Steroidal Anti-Inflammatory Drugs (NSAIDs) are Competitive Antagonists of the human P2X3 Receptor" by Laura Grohs, Linhan Cheng, Saskia Cönen, Bassam G. Haddad, Astrid Bülow, Idil Toklucu, Lisa Ernst, Jannis Körner, Günther Schmalzing, Angelika Lampert, Jan-Philipp Machtens, Ralf Hausmann
DOI: 10.6084/m9.figshare.22004789.v1
title: Grohs et al 2023_diclofenac_P2X3R_data.xlsx

description: Dataset (as of 2023/02/03) of quantitative data shown in figures and tables in publication entitled "Diclofenac and other Non-Steroidal Anti-Inflammatory Drugs (NSAIDs) are Competitive Antagonists of the human P2X3 Receptor" by Laura Grohs, Linhan Cheng, Saskia Cönen, Bassam G. Haddad, Astrid Bülow, Idil Toklucu, Lisa Ernst, Jannis Körner, Günther Schmalzing, Angelika Lampert, Jan-Philipp Machtens, Ralf Hausmann
DOI: 10.5281/zenodo.7602423
title: Effectieve bestrijding van knolcyperus; een praktijktest voor elektro-fysische bestrijding van onkruiden

description: Knolcyperus is in Nederland een hardnekkig onkruid dat zorgt voor grote verliezen en economische schade aan gewassen en percelen. De razendsnelle vegetatieve vermeerdering en verspreiding van de knolcyperus via knolletjes maakt het onkruid moeilijk te bestrijden. Binnen dit project hebben partijen de gezamenlijke ambitie om de economische schade van knolcyperus aan gewassen en percelen terug te dringen door het onkruid effectief te bestrijden zonder gebruik van chemische middelen. Het onderzoek richt zich op de vraag of de elektro-fysische bestrijding van knolcyperus effectief is met de huidige commercieel beschikbare elektro-fysische apparatuur en wat voor invloed de behandelingen hebben op de bodem. Allereerst wordt in de praktijk gekeken naar hoe effectief de elektro-fysische technologie is in de bestrijding van knolcyperus, en wat de consequenties zijn voor de bodemconditie en het bodemleven. Hierbij wordt enerzijds gekeken naar de bovengrondse plantbestanddelen (het aantal planten en de bedekkingsgraad) en anderzijds naar de ondergrondse plantbestanddelen (de knolletjes en de wortels). In het eerste jaar van het veldonderzoek is data verzameld van de bovengrondse plantbestanddelen (het aantal planten en de bedekkingsgraad) en zijn bodemconditiescores uitgevoerd: Bestand foto’s bedekkingsgraad en aantal planten 2021.pdf weergeeft foto’s van de meetrasters die in de proefstroken zijn genomen om het aantal planten en bedekkingsgraden te bepalen. Bestand bedekkingsgraad en aantal planten.xlsx weergeeft de tellingen van het aantal planten en de bepaling van de bedekkingsgraad weer. Allereerst wordt een totaalbestand weergegeven, waaruit tabellen per perceel worden weergegeven. Bestand foto’s en beoordeling BCS 2021.pdf weergeeft foto’s van een schopuitsnede per perceel, waaruit de bodemconditie is beoordeeld. Bestand bodemconditiescore data samengevoegd.xlsx weergeeft de eindscores van de bodemconditiescore. In het tweede jaar van het veldonderzoek is data verzameld van de ondergrond plantbestanddelen (de knolletjes en de wortels) en van het bodemleven (wormen): Fotobestand veldproef-kiemproef 2022.pdf weergeeft foto’s van kiemproef waarin knolcyperus is ingebracht na 1 tot en met 4 behandelingen. Bestand data uit foto’s kiemproef 2022.pdf weergeeft de analyse van de foto’s van de kiemproef. Bestand bodemleven resultaten veldproef weergeeft de analyse van de wormen (bodemleven) per behandelingsmoment.
DOI: 10.5281/zenodo.7560156
title: Effectieve bestrijding van knolcyperus; een praktijktest voor elektro-fysische bestrijding van onkruiden

description: Knolcyperus is in Nederland een hardnekkig onkruid dat zorgt voor grote verliezen en economische schade aan gewassen en percelen. De razendsnelle vegetatieve vermeerdering en verspreiding van de knolcyperus via knolletjes maakt het onkruid moeilijk te bestrijden. Binnen dit project hebben partijen de gezamenlijke ambitie om de economische schade van knolcyperus aan gewassen en percelen terug te dringen door het onkruid effectief te bestrijden zonder gebruik van chemische middelen. Het onderzoek richt zich op de vraag of de elektro-fysische bestrijding van knolcyperus effectief is met de huidige commercieel beschikbare elektro-fysische apparatuur en wat voor invloed de behandelingen hebben op de bodem. Allereerst wordt in de praktijk gekeken naar hoe effectief de elektro-fysische technologie is in de bestrijding van knolcyperus, en wat de consequenties zijn voor de bodemconditie en het bodemleven. Hierbij wordt enerzijds gekeken naar de bovengrondse plantbestanddelen (het aantal planten en de bedekkingsgraad) en anderzijds naar de ondergrondse plantbestanddelen (de knolletjes en de wortels). In het eerste jaar van het veldonderzoek is data verzameld van de bovengrondse plantbestanddelen (het aantal planten en de bedekkingsgraad) en zijn bodemconditiescores uitgevoerd: Bestand foto’s bedekkingsgraad en aantal planten 2021.pdf weergeeft foto’s van de meetrasters die in de proefstroken zijn genomen om het aantal planten en bedekkingsgraden te bepalen. Bestand bedekkingsgraad en aantal planten.xlsx weergeeft de tellingen van het aantal planten en de bepaling van de bedekkingsgraad weer. Allereerst wordt een totaalbestand weergegeven, waaruit tabellen per perceel worden weergegeven. Bestand foto’s en beoordeling BCS 2021.pdf weergeeft foto’s van een schopuitsnede per perceel, waaruit de bodemconditie is beoordeeld. Bestand bodemconditiescore data samengevoegd.xlsx weergeeft de eindscores van de bodemconditiescore. In het tweede jaar van het veldonderzoek is data verzameld van de ondergrond plantbestanddelen (de knolletjes en de wortels) en van het bodemleven (wormen): Fotobestand veldproef-kiemproef 2022.pdf weergeeft foto’s van kiemproef waarin knolcyperus is ingebracht na 1 tot en met 4 behandelingen. Bestand data uit foto’s kiemproef 2022.pdf weergeeft de analyse van de foto’s van de kiemproef. Bestand bodemleven resultaten veldproef weergeeft de analyse van de wormen (bodemleven) per behandelingsmoment.
DOI: 10.5281/zenodo.7575348
title: Removed

description: Removed
DOI: 10.5281/zenodo.7575347
title: Removed

description: Removed
DOI: 10.6084/m9.figshare.22004852
title: fse2023_replication_package2.tar.gz

description: This is the replication package for our ESEC/FSE 2023 Submission <em>*Characterizing Deep Learning Package Supply Chains in PyPI: Domains, Clusters, and Deprecations*</em>. It can be used to replicate all three research questions in the paper using our preprocessed and manually labeled data.
DOI: 10.6084/m9.figshare.22004852.v1
title: fse2023_replication_package2.tar.gz

description: This is the replication package for our ESEC/FSE 2023 Submission <em>*Characterizing Deep Learning Package Supply Chains in PyPI: Domains, Clusters, and Deprecations*</em>. It can be used to replicate all three research questions in the paper using our preprocessed and manually labeled data.
DOI: 10.12751/g-node.4s9mm4
title: A neuron model with unbalanced synaptic weights explains asymmetric effects of anesthesia on the auditory cortex

description: The data uploaded here correspond to processed data obtained from in vivo neural recording in the auditory cortex of awake and anesthetized bats. In addition, data obtained from computational modelling of the recorded neurons is also uploaded.
description: IsSupplementTo: López-Jury, L., García-Rosales, F., González-Palomares, E., Kössl, M., & Hechavarria, J. C. (2021). Acoustic context modulates natural sound discrimination in auditory cortex through frequency-specific adaptation. Journal of Neuroscience, 41(50), 10261-10277. (https://doi.org/10.1523/JNEUROSCI.0873-21.2021)
DOI: 10.6084/m9.figshare.22004942
title: Supplementary Material for: Myo-Inositol Potentiates the Inhibitory Effect of Metformin on Prolactin Levels

description: <b><i>Introduction:</i></b> Metformin was found to reduce elevated levels of anterior pituitary hormones. Its thyrotropin-lowering effect was more pronounced in individuals receiving myo-inositol. The aim of the present study was to investigate whether the concomitant supplementation of myo-inositol determines the impact of metformin on prolactin levels. <b><i>Methods:</i></b> The study population consisted of two groups of women with mild-to-moderate hyperprolactinemia. Group 1 included 24 individuals receiving myo-inositol preparations (2 g daily for at least 6 months), while 24 inositol-naïve women belonged to group 2. Both groups were matched for age, insulin sensitivity, and prolactin concentration. For the following 6 months, all women were treated with metformin (1.7 daily). Plasma glucose levels, the homeostatic model assessment of insulin resistance ratio (HOMA-IR), glycated hemoglobin, as well as plasma levels of total prolactin, monomeric prolactin, thyrotropin, free thyroid hormones, adrenocorticotropic hormone, and insulin-like growth factor-1 were measured at baseline and after 6 months of metformin treatment. <b><i>Results:</i></b> Metformin reduced plasma glucose, HOMA-IR, and glycated hemoglobin in both study groups, but this effect was more pronounced in group 1 than group 2. Treatment-induced changes in total and monomeric prolactin levels were significant only in group 1. There were no differences between follow-up and baseline values of thyrotropin, free thyroxine, free tri-iodothyronine, adrenocorticotropic hormone, and insulin-like growth factor-1. Treatment-induced changes in prolactin concentration correlated with baseline prolactin levels, baseline values of HOMA-IR, and the impact of treatment on HOMA-IR. <b><i>Discussion:</i></b> The obtained results suggest that myo-inositol supplementation potentiates the inhibitory effect of metformin on prolactin levels in women with hyperprolactinemia.