cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.17632/xstjxn82z2.2
title: Data for: 3574111

description: Simulated datasets in Excel used to illustrate issues in the regression analysis of experiments, from Van Ryzin, Gregg G. (2020), "The trouble with regression analysis of (factorial) experiments" SSRN. These datasets are being made available so readers can reproduce the analyses themselves using their own software. Moreover, the spreadsheet is easily modifiable so that additional datasets, representing alternative patterns of main and interaction effects, can be generated and tested using regression and ANOVA.
DOI: 10.21227/6cnp-7114
title: DATASET OF PHOTOGRAPHIC FOOD RECORDS

description: Objective: No data currently exist on the reproducibility of photographic food records compared to diet diaries, two commonly used methods to measure habitual dietary intake. Our aim was to examine the reproducibility of diet diaries, photographic food records, and a novel electronic sensor, consisting of counts of chews and swallows using wearable sensors and video analysis, for estimating energy intake. Method: This was a retrospective analysis of data from a previous study, in which 30 participants (15 female), aged 29 ± 12 y and having a BMI of 27.9 ± 5.5, consumed three identical meals on different days. Four different methods were used to estimate total mass and energy intake on each day: 1) weighed food record; 2) photographic food record; 3) diet diary; and 4) novel mathematical model based on counts of chews and swallows (CCS models) obtained via the use of electronic sensors and video monitoring system. The Study staff conducted weighed food records for all meals, took pre- and post-meal photographs, and ensured that diet diaries were completed by participants at the end of each meal. All methods were compared against the weighed food record, which was used as the reference method.Results: Reproducibility was significantly different between the diet diary and photographic food record for total energy intake (p = 0.004). The photographic record had greater reproducibility versus the diet diary for all parameters measured. For total energy intake, the novel sensor method exhibited good reproducibility (repeatability coefficient (RC) of 59.9 (45.9, 70.4),which was better than that for the diet diary (RC=79.6 (55.5, 103.3)) but not as repeatable as the photographic method (RC = 43.4 (32.1, 53.9)). Conclusion: Photographic food records offer superior precision to the diet diary and, therefore, would be valuable for longitudinal studies with repeated measures of dietary intake. A novel electronic sensor also shows promise for the collection of longitudinal dietary intake data.
DOI: 10.5287/bodleian:8gq7zbb8w
title: Code lists for indicators of consultation complexity in primary care
DOI: 10.5281/zenodo.3823889
title: Agri-environment schemes enhance pollinator richness and abundance but bumblebee reproduction depends on field size

description: Insect-pollinated plant<strong> </strong>and pollinator data supporting the results reported in the article Geppert et al. (2020).
DOI: 10.5281/zenodo.3823890
title: Agri-environment schemes enhance pollinator richness and abundance but bumblebee reproduction depends on field size

description: Insect-pollinated plant<strong> </strong>and pollinator data supporting the results reported in the article Geppert et al. (2020).
DOI: 10.14457/cu.res.2015.60
title: เทศน์มหาชาติล้านนา : ลักษณะเฉพาะทางดุริยางคศิลป์ที่พบในประเพณีศาสนา
DOI: 10.14457/cu.res.2016.46
title: ผลของการใช้รูปแบบวงจรการเรียนรู้ 5 ขั้นตอนที่มีต่อความสามารถในการคิดอย่างมีเหตุผลทางวิทยาศาสตร์และความสามารถในการคิดสร้างสรรค์ทางวิทยาศาสตร์ของนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นในโรงเรียนสาธิตจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ฝ่ายมัธยม
DOI: 10.5281/zenodo.3826912
title: chr2 of mutant genomes used in Rodriguez-Carballo et al. 2020

description: chr2 of mutant genomes used in Rodriguez-Carballo et al. 2020. Built from chr2 of mm10 (UCSC) and modified with information from sanger sequencing.
DOI: 10.5281/zenodo.3826913
title: chr2 of mutant genomes used in Rodriguez-Carballo et al. 2020

description: chr2 of mutant genomes used in Rodriguez-Carballo et al. 2020. Built from chr2 of mm10 (UCSC) and modified with information from sanger sequencing.
DOI: 10.14457/cu.res.2015.61
title: การวิเคราะห์ธรณีวิทยาโครงสร้างบริเวณเขตการเลื่อนตามแนวระดับภาคตะวันตกของประเทศไทย
DOI: 10.14457/cu.res.2015.62
title: การผลิตเอทานอลจากฟางข้าวด้วยเซลลูโลสิกยีสต์ในถังหมัก 5 ลิตร
DOI: 10.14457/cu.res.2016.47
title: ผลของการใช้กระบวนการสอนอ่านแบบ SQ4R ร่วมกับเทคนิคอุปมา/เปรียบเทียบ เพื่อส่งเสริมทักษะการอ่านจับใจความของนักเรียนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 6
DOI: 10.14457/cu.res.2016.48
title: ผลของการสอนงานเกษตรแบบใช้วิจัยเป็นฐานที่มีต่อผลสัมฤทธิ์ทางการเรียนคุณภาพของโครงงานความสามารถในการสื่อสารและการใช้เทคโนโลยีสารสนเทศของนักเรียนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 6
DOI: 10.14457/cu.res.2016.49
title: ตัวจับของโปรเจสเตอโรนหยุดยั้งการเติบโตของเซลล์มะเร็งปอดโดยการรบกวนการส่งสัญญาณของ Epidermal growth factor receptor (EGFR)
DOI: 10.14457/cu.res.2016.50
title: การวิเคราะห์ปัจจัยที่ส่งผลต่อความใฝ่รู้และแนวทางในการพัฒนาความใฝ่รู้ของนักเรียนระดับมัธยมศึกษา
DOI: 10.21942/uva.12301106.v1
title: AHEAD template

description: Group template created from the subjects of the AHEAD database, for quantitative R1, quantitative R2* and QSM.<br>
DOI: 10.14457/cu.res.2015.63
title: คู่มือการผลิตเมล็ดแมงลัก(แบบฝัดแห้ง)
DOI: 10.14457/cu.res.2015.64
title: โครงการวิจัยพัฒนาแบบประเมิน CERAD เพื่อการวินิจฉัยและลงทะเบียนผู้ป่วยอัลไซเมอร์ไทย
DOI: 10.14457/cu.res.2015.65
title: สารที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็งด้วยกลไกการยับยั้งเอนไซม์โทโพไอซอเมอเรส I จากต้นเข็มพระราม
DOI: 10.14457/cu.res.2016.51
title: โครงการอนุรักษ์สถาปัตยกรรมวัดเซนต์ปอลและการจัดการท่องเที่ยวชุมชน
DOI: 10.14457/cu.res.2016.52
title: การวิจัยและพัฒนารูปแบบเพื่อการพัฒนาความรับผิดชอบ การควบคุมและความมีวินัยในตนเองของนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 และ 6 โรงเรียนสาธิตจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ฝ่ายประถม
DOI: 10.14457/cu.res.2017.24
title: การศึกษาภาพ 3 มิติ ในผู้ป่วยไทยกลุ่มหนึ่ง : ส่วนที่ 1 การเปรียบเทียบค่าเฉลี่ยปริมาตรทางเดินหายใจระหว่างเพศชายและเพศหญิง ช่วงอายุ 11-20 ปี และการหาค่าสหพันธ์ของโครงสร้างกะโหลกศรีษะและใบหน้า : ส่วนที่ 2 การเปรียบเทียบค่าเฉลี่ยปริมาตรทางเดินหายใจระหว่างเพศชายและหญิง 3 กลุ่มในช่วงอายุ 21-50 ปี
DOI: 10.14457/cu.res.2017.25
title: คำกล่าวเกี่ยวกับพ่อแม่ลูกในบทละครโน
DOI: 10.5281/zenodo.3827320
title: Data and code for Observation of fluctuation-mediated picosecond nucleation of a topological phase

description: Data and code to generate the figures in the main text and supplementary information of our article.
DOI: 10.14457/cu.res.2013.82
title: การจัดการเรียนรู้โดยใช้รูปแบบ "ความรัก" หรือโมเดลเลิฟ (Love Model) เพื่อสร้างความเป็นมนุษย์ที่สมบูรณ์ สำหรับการสอนสุขศึกษา : การศึกษาเปรียบเทียบระหว่างวิชาเพศศึกษาและวิชาสวัสดิศึกษา
DOI: 10.14457/cu.res.2015.66
title: ความหลากหลายของผึ้งและชันโรง และความสัมพันธ์กับแหล่งที่อยู่อาศัยและพืชอาหาร ในพื้นที่อพ.สธ. บริเวณเขื่อนศรีนครินทร์ และเขาวังเขมร จังหวัดกาญจนบุรี และพื้นที่ของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย อำเภอแก่งคอย จังหวัดสระบุรี
DOI: 10.14457/cu.res.2015.67
title: การวิเคราะห์และสังเคราะห์ปรัชญา แนวคิด และหลักการของการศึกษาตลอดชีวิตเพื่อการเป็นชุมชนแห่งการเรียนรู้
DOI: 10.14457/cu.res.2016.53
title: การพัฒนาระบบสำรวจและจัดการข้อมูลปริมาณรังสีแกมมาแบบติดรถยนต์สำหรับการเตรียมพร้อมและตอบสนองต่ออุบัติการณ์ด้านความมั่นคงปลอดภัยทางนิวเคลียร์
DOI: 10.14457/cu.res.2017.26
title: นิเวศจุลชีพในดินและปุ๋ยจากการเกษตรแบบอินทรีย์
DOI: 10.14457/cu.res.2017.27
title: โรคไข้หวัดใหญ่และโรคอุบัติใหม่ในสัตว์
DOI: 10.14457/cu.res.2018.17
title: การพัฒนารูปแบบและยุทธศาสตร์การสร้างพันธะสัญญาสาธารณะ ระหว่างสถาบันอุดมศึกษากับสังคม
DOI: 10.14457/cu.res.2018.18
title: การศึกษาประสิทธิภาพพอลิแซคคาไรด์จากสาหร่ายทะเลขนาดใหญ่สำหรับการนำมาประยุกต์ใช้เป็นพรีไบโอติก
DOI: 10.15139/s3/1nzrb0
title: Understanding Changing Inequality within Families in United States, 1960-2019

description: A comparative U.S. States Dataset that provides annual data on social, economic, and political characteristics of states 1960-2019. A comparative U.S. Counties Dataset that provides data on income inequality, economic, and labor market characteristics of counties, decennially between 1960-2010.
DOI: 10.21227/2p1y-hy73
title: Corona Virus (COVID-19) Geolocation Enabled Tweets Dataset

description: This dataset contains the geolocation-based sentiment analysis data. The data is generated by an on-going project deployed at https://live.rlamsal.com.np. The geolocation data was extracted from the tweets which mentioned anything about "corona", "covid-19", "coronavirus" or the variants of "sars-cov-2". Complying with Twitter's data sharing policy, only the tweet IDs are shared. You can re-construct the dataset by hydrating these IDs. The tweet IDs in this dataset belong to the tweets tweeted with an exact location that contained any of the previously mentioned keywords.Note: I started sharing the IDs of the tweets that contained the exact location information, only since April 28, 2020, with some genuine requests coming in from academic researchers who did not want to hydrate the whole lists of IDs (above 80 million tweets) shared in the Corona Virus (COVID-19) Tweets Dataset.If you need the geolocation-based data starting March 20, 2020, then use the Corona Virus (COVID-19) Tweets Dataset and hydrate the IDs while adding the following condition:data = json.loads(data) if data["coordinates"]: longitude, latitude = data["coordinates"]["coordinates"]The data is available in two formats: CSV and JSON. I'll be sharing new files every day, and the files will be named period-wise. For example, april28-april29.* will contain tweet ID and sentiment data of the tweets that were tweeted between April 28, 2020, and April 29, 2020.
DOI: 10.14457/cu.res.2013.83
title: การวิเคราะห์ความน่าจะเป็นของการเกิดแผ่นดินไหวตามแนวกลุ่มรอยเลื่อน เหลื่อมข้าง ชายแดนไทย-พม่า
DOI: 10.14457/cu.the.2011.2208
title: การวิเคราะห์ต้นทุนและผลประโยชน์ของการปลูกสาหร่ายใบมะกรูด กรณีศึกษาอ่าวตังเข็น จังหวัดภูเก็ต
DOI: 10.14457/cu.the.2015.7
title: ผลกระทบจากการคงอยู่ของชุมชนต่อพื้นที่ป่าอนุรักษ์โดยรอบ: กรณีศึกษาอุทยานแห่งชาติภูเก้า-ภูพานคำ
DOI: 10.14457/cu.the.2016.8
title: คำยืมภาษาตระกูลมอญ-เขมรในภาษาไทยถิ่นเหนือ
DOI: 10.14457/cu.the.2016.9
title: การผลิตก๊าซชีวภาพจากเส้นใยปาล์มร่วมกับทะลายปาล์มเปล่าโดยใช้ตะกอนจุลินทรีย์จากระบบบำบัดน้ำเสียแบบไร้อากาศ
DOI: 10.14457/cu.the.2017.62
title: ผลของน้ำโอโซนและการบรรจุแบบสุญญากาศต่อการเจริญของแบคทีเรียก่อโรคและแบคทีเรียที่ทำให้เสื่อมเสียบางชนิดในปลานิล Oreochromis niloticus แล่
DOI: 10.14457/cu.the.2015.8
title: การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ระหว่างราคาน้ำมันปาล์มดิบและน้ำมันถั่วเหลืองกับราคาน้ำมันไบโอดีเซล
DOI: 10.5523/bris.1k9cigxbcdiye22kuay4wbt5yu
title: Data from field study of micro-hydropower plants in Nepal (05-2020)
title: Data from field study of micro-hydropower plants in Nepal (05-2020)

description: This data provides the methodology and results of field study conducted at micro-hydropower plants in Nepal to examine the technical, social and economic factors affecting plant performance.
DOI: 10.5255/ukda-sn-852850
title: Seshat: Global History dataset
DOI: 10.5519/qd.y19rg46m
title: Query on the Natural History Museum Data Portal (data.nhm.ac.uk) (1 records)
DOI: 10.6084/m9.figshare.12300764.v2
title: Supplementary Material--Phenotypes, genotypes and treatment outcomes in CHH.xlsx

description: Supplementary datasets for the article:<b>Genetic profiles and three-year follow-up study of Chinese patients with congenital hypogonadotropic hypogonadism.</b><b></b>PCR primers, detailed clinical data, variant interpretation process, CT/MRI result, pedigreees, etc. were included.
DOI: 10.5255/ukda-sn-854335
title: Three-hundred-and-twenty-eight and 328: Cross-format number integration and its relationship to mathematics performance 2017-2020
DOI: 10.6084/m9.figshare.12301172.v1
title: Apart but Not Alone: survey 1 research data April 2020. Neighbour support and the covid-19 lockdown

description: This is the dataset for a survey of people engaged in supporting their neighbours during the covid-19 lockdown in 2020. The study was based in the Bristol conurbation
DOI: 10.5281/zenodo.3827510
title: DRAM Minimal Databases

description: The minimal set of DRAM databases. Used for set up of KBase DRAM installation.
DOI: 10.18112/openneuro.ds002791.v1.0.0
title: DataSet1
DOI: 10.3886/e119441v2
title: The Brief Resilience Scale (BRS)

description: We conducted three studies to validate the Polish version of the BRS. Our objectives are as follows: first, to explore the dimensional structure of the scale and to determine the internal consistency (study 1: n = 1022); second, to determine the congruent and divergent validity of the BRS (study 2: n = 242); and third, to examine sensitivity of the BRS scale to detect high-risk population (study 3: n = 602).
DOI: 10.6084/m9.figshare.15167709.v1
title: Data for IOBM/IOD experiments using WACCM4

description: For more detailed information, please see readme.txt
DOI: 10.5281/zenodo.1158301
title: Sci-Hub download log of 2017

description: The full 2017 download log of Sci-Hub. Originally published on the Sci-Hub Twitter account at https://twitter.com/Sci_Hub/status/954095639859814402 Republished here to provide a stable mirror of the data. The gunzipped file is ~14 GB in size. MD5 sum for gzipped file is 53c8a599e6467c8f4a62a32249c7e63c Columns in the data file: Timestamp (yyyy-MM-dd HH:mm:ss) DOI IP identifier User identifier Country according to GeoIP City according to GeoIP Latitude Longitude
DOI: 10.5281/zenodo.1158300
title: Sci-Hub download log of 2017

description: The full 2017 download log of Sci-Hub. Originally published on the Sci-Hub Twitter account at https://twitter.com/Sci_Hub/status/954095639859814402 Republished here to provide a stable mirror of the data. The gunzipped file is ~14 GB in size. MD5 sum for gzipped file is 53c8a599e6467c8f4a62a32249c7e63c Columns in the data file: Timestamp (yyyy-MM-dd HH:mm:ss) DOI IP identifier User identifier Country according to GeoIP City according to GeoIP Latitude Longitude
DOI: 10.5281/zenodo.5203821
title: Lattice kinetic Monte Carlo model to simulate RNA polymerase II clusters

description: This data set includes Python scripts (numerical simulation and analysis) and already generated simulation data for RNA polymerase II clusters. RNA polymerase II particles as single lattice sites and chromatin with regulatory region as connected polymer.
DOI: 10.5281/zenodo.5020857
title: Lattice kinetic Monte Carlo model to simulate RNA polymerase II clusters

description: This data set includes Python scripts (numerical simulation and analysis) and already generated simulation data for RNA polymerase II clusters. RNA polymerase II particles as single lattice sites and chromatin with regulatory region as connected polymer.
DOI: 10.34740/kaggle/dsv/2528436
title: Toy Cars annotated on YOLO format
DOI: 10.6084/m9.figshare.15170475
title: 3D indoor navigation network model

description: Original CAD data: Floor plan of teaching building construction drawingThe essential features extracted: CADtoGISClassified spatial features: Teaching_buildingFurther generated road network model: Planar floor network model; 3D navigation network modelExample of a small-scale plane model: EX_Planar floor network modelExample of escalator path: EX_Escalator path
DOI: 10.6084/m9.figshare.15170475.v1
title: 3D indoor navigation network model

description: Original CAD data: Floor plan of teaching building construction drawingThe essential features extracted: CADtoGISClassified spatial features: Teaching_buildingFurther generated road network model: Planar floor network model; 3D navigation network modelExample of a small-scale plane model: EX_Planar floor network modelExample of escalator path: EX_Escalator path
DOI: 10.5281/zenodo.4448449
title: One and a half million yearlong aridity during the middle Eocene in north-west China linked to a global cooling episode

description: Here we present new paleoclimate data from the Eocene red clay sequence deposited between 40 and 50 Ma in Altun Shan at the northeastern edge of the Tibetan Plateau. After building an age model using a compilation of magnetostratigraphy and cyclostratigraphy, we demonstrate that our record of magnetic susceptibility in the Altun Shan red clay exhibits variations linked to eccentricity cycles. Our age model allows us to estimate the age of eight short geomagnetic events, cryprochrons, in Altun Shan. Further we show that the aridification interval in Altun Shan coincides with (i) a cooling event recorded in the global oxygen isotope record, (ii) a sea surface temperature record on the east Tasmanian plateau, and (iii) an aridity record in the surrounding sedimentary basins of Central Asia. The middle Eocene aridity and cooling reached its maximum 45.5-44 Ma.
description: {"references": ["Zhang, R., Kravchinsky, V.A., Qin, J., Goguitchaichvili, A. and Li, J., 2021. One and a half million yearlong aridity during the middle Eocene in north\u2010west China linked to a global cooling episode. Journal of Geophysical Research: Solid Earth, 126(3), p.e2020JB021037, https://doi.org/10.1029/2020JB021037"]}
DOI: 10.5281/zenodo.4448448
title: One and a half million yearlong aridity during the middle Eocene in north-west China linked to a global cooling episode

description: Here we present new paleoclimate data from the Eocene red clay sequence deposited between 40 and 50 Ma in Altun Shan at the northeastern edge of the Tibetan Plateau. After building an age model using a compilation of magnetostratigraphy and cyclostratigraphy, we demonstrate that our record of magnetic susceptibility in the Altun Shan red clay exhibits variations linked to eccentricity cycles. Our age model allows us to estimate the age of eight short geomagnetic events, cryprochrons, in Altun Shan. Further we show that the aridification interval in Altun Shan coincides with (i) a cooling event recorded in the global oxygen isotope record, (ii) a sea surface temperature record on the east Tasmanian plateau, and (iii) an aridity record in the surrounding sedimentary basins of Central Asia. The middle Eocene aridity and cooling reached its maximum 45.5-44 Ma.
description: {"references": ["Zhang, R., Kravchinsky, V.A., Qin, J., Goguitchaichvili, A. and Li, J., 2021. One and a half million yearlong aridity during the middle Eocene in north\u2010west China linked to a global cooling episode. Journal of Geophysical Research: Solid Earth, 126(3), p.e2020JB021037, https://doi.org/10.1029/2020JB021037"]}
DOI: 10.26300/sts4-3x10
title: Code for ShapeMOD: Macro Operation Discovery for 3D Shape Programs
DOI: 10.6084/m9.figshare.15115059
title: PedalMucus_pH

description: Pedal mucus pH of <i>Chiton granosus, Echinolittorina peruviana, Fissurella crassa, Scurria araucana</i> and <i>Siphonaria lessoni.</i>
DOI: 10.6084/m9.figshare.15115059.v2
title: PedalMucus_pH

description: Pedal mucus pH of <i>Chiton granosus, Echinolittorina peruviana, Fissurella crassa, Scurria araucana</i> and <i>Siphonaria lessoni.</i>
DOI: 10.6084/m9.figshare.15115059.v1
title: PedalMucus_pH_PeerJ

description: Pedal mucus pH of <i>Chiton granosus, Echinolittorina peruviana, Fissurella crassa, Scurria araucana</i> and <i>Siphonaria lessoni.</i>
DOI: 10.6084/m9.figshare.15113490
title: GrazerAssemblageBiomass.csv

description: Grazer assemblage biomass (g/m<sup>2</sup>) at the intertidal rocky shore of central Chile. a) High, b) Middle, and c) Low tidel zones (mean + SE).
DOI: 10.6084/m9.figshare.15113490.v1
title: GrazerAssemblageBiomass_PeerJ.csv

description: Grazer assemblage biomass (g/m<sup>2</sup>) at the intertidal rocky shore of central Chile. a) High, b) Middle, and c) Low tidel zones (mean + SE).
DOI: 10.6084/m9.figshare.15170520.v1
title: PedalMucus_ProteinsContent

description: Pedal mucus proteins content of <i>Chiton granosus, Echinolittorina peruviana, Fissurella crassa, Scurria araucana</i> and <i>Siphonaria lessoni.</i>
DOI: 10.6084/m9.figshare.15170520
title: PedalMucus_ProteinsContent

description: Pedal mucus proteins content of <i>Chiton granosus, Echinolittorina peruviana, Fissurella crassa, Scurria araucana</i> and <i>Siphonaria lessoni.</i>
DOI: 10.6084/m9.figshare.15170514
title: PedalMucus_CarbohydratesContent

description: Pedal mucus carbohydrates content of <i>Chiton granosus, Echinolittorina peruviana, Fissurella crassa, Scurria araucana</i> and <i>Siphonaria lessoni.</i>
DOI: 10.6084/m9.figshare.15170514.v1
title: PedalMucus_CarbohydratesContent

description: Pedal mucus carbohydrates content of <i>Chiton granosus, Echinolittorina peruviana, Fissurella crassa, Scurria araucana</i> and <i>Siphonaria lessoni.</i>
DOI: 10.6084/m9.figshare.15170523
title: PedalMucus_MANOVA_Carbohydrates/ProteinsContent

description: MANOVA between the carbohydrates and proteins content of pedal mucus of <i>Chiton granosus, Echinolittorina peruviana, Fissurella crassa, Scurria araucana</i> and <i>Siphonaria lessoni. </i><br>
DOI: 10.6084/m9.figshare.15170523.v1
title: PedalMucus_MANOVA_Carbohydrates/ProteinsContent

description: MANOVA between the carbohydrates and proteins content of pedal mucus of <i>Chiton granosus, Echinolittorina peruviana, Fissurella crassa, Scurria araucana</i> and <i>Siphonaria lessoni. </i><br>
DOI: 10.6084/m9.figshare.14130494.v4
title: Fast and accurate bootstrap confidence limits on genome-scale phylogenies using little bootstraps

description: Data Description<br>Simulated_Data: This directory contains a simulated DNA sequence alignment (Simulated_data.fasta) with 446 sequences and 134131 sites. This dataset was simulated under auto correlated evolutionary rates among lineages. A set of 100 genes were simulated using a wide range of realistic biological parameters. The Simulated_data is the concatenation of these simulated genes. The tree file (Sim_candiate_tree.nwk) is the candidate tree for this dataset. Fig 2(a) –(d) in the main text have been produced by analyzing this dataset. Small_datasets: This directory contains three single-gene DNA sequence datasets with 446 species and 4000 to 10000 sites. The tree file (Small_data_candidate_tree.nwk) is used as a candidate tree for the analysis. Fig 2(e)-(f) have been produced by analyzing these datasets. Empirical_Mammal_Dataset: The empirical DNA sequence dataset has been provided in this directory. The eutherian mammal dataset consists of 447 nuclear genes and 37 mammalian species sequences. The concatenated sequence alignment has 1,391,742 sites. The tree file (MAM2_candiate_tree.nwk) is the candidate tree for this empirical dataset. Large_Simulated_Datasets: There are five different simulated DNA sequence datasets, all with 446 species and a varying number of sites (pnas_test_50k: 50,000 sites, pnas_test_100k: 100,000 sites, pnas_test_200k: 200,000 sites, pnas_test_400k: 400,000 sites, pnas_test_all: 536,534 sites). The first four datasets were generated by a random sample of sites from the pnas_test_all dataset. The pnas_test_all.fasta sequence alignment was generated by concatenating four sets of randomly selected 100 genes which were simulated using different rate variation models. Fig 2(g) has been produced by analyzing these datasets. <br>