cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.12770/3aa56a3a-2c2b-4ecc-bb37-52a2c88d9ac7
title: Orthophoto - Pointe aux Oies (Wimereux-nord) - Décembre 2022 - DYNALIT

description: Orthophotographie issue du traitement photogrammétrique (avec Agisoft Photoscan) de photographies aériennes prises par drone (DJI Phantom IV RTK hauteur de vol 65 m par rapport au point de décollage ; altitude 80 m). Le mode RTK du drone permet d'obtenir une précision de positionnement +/- 3 cm en XYZ.
DOI: 10.12770/5e0f5b3b-d6c6-4de8-b69e-963bd174c5bb
title: Ré-analyse des données biogéochimiques en Mer Méditerranée (modèle 3DVAR-OGSTM-BFM)

description: The Mediterranean Sea biogeochemical reanalysis at 1/24° of horizontal resolution (ca. 4 km) covers the period from Jan 1999 to 1 month to the present and is produced by means of the MedBFM3 model system. MedBFM3, which is run by OGS (IT), includes the transport model OGSTM v4.0 coupled with the biogeochemical flux model BFM v5 and the variational data assimilation module 3DVAR-BIO v2.1 for surface chlorophyll. MedBFM3 is forced by the physical reanalysis (MEDSEA_MULTIYEAR_PHY_006_004 product run by CMCC) that provides daily forcing fields (i.e., currents, temperature, salinity, diffusivities, wind and solar radiation). The ESA-CCI database of surface chlorophyll concentration (CMEMS-OCTAC REP product) is assimilated with a weekly frequency. Cossarini, G., Feudale, L., Teruzzi, A., Bolzon, G., Coidessa, G., Solidoro C., Amadio, C., Lazzari, P., Brosich, A., Di Biagio, V., and Salon, S., 2021. High-resolution reanalysis of the Mediterranean Sea biogeochemistry (1999-2019). Frontiers in Marine Science. Front. Mar. Sci. 8:741486.doi: 10.3389/fmars.2021.741486 ''Product Citation'': Please refer to our Technical FAQ for citing products. http://marine.copernicus.eu/faq/cite-cmems-products-cmems-credit/?idpage=169 ''DOI (Product)'': https://doi.org/10.25423/cmcc/medsea_multiyear_bgc_006_008_medbfm3 ''DOI (Interim dataset)'': https://doi.org/10.25423/CMCC/MEDSEA_MULTIYEAR_BGC_006_008_MEDBFM3I
DOI: 10.12770/82a8bf83-37b7-43c6-b81d-fdd227b80f61
title: Gambusia holbrooki genome raw data

description: Raw reads for the assembly of Gambusia holbrooki genome.
DOI: 10.12770/83a7d65c-816c-4c7b-9f56-c80bde39d879
title: RNA sequencing of 62 strains of Alexandrium minutum for Alex_genetic_linkage project, 2022

description: Dinoflagellates of the genus Alexandrium are responsible for harmful algal blooms and produce paralytic shellfish toxins (PSTs). Their very large and complex genomes make it challenging to identify the genes responsible for toxin synthesis. A family-based genomic association study was developed to determine the inheritance of toxin production in Alexandrium minutum and identify genomic regions linked to this production. We show that the ability to produce toxins is inheritable in a Mendelian way, while the heritability of the toxin profile is more complex. We developed the first dinoflagellate genetic linkage map. Using this map, several major results were obtained: 1. A genomic region related to the ability to produce toxins was identified. 2. This region does not contain any of the sxt genes, known to be involved in toxin production in cyanobacteria. 3. The sxt genes, known to be present in a single cluster in cyanobacteria, are scattered on different linkage groups in A. minutum. 4. The expression of two sxt genes, sxtI and sxtG, is correlated to the genomic region related to the ability to produce toxins. Our results provide new insights into the organization of toxicity-related genes in A. minutum, suggesting a dissociated genetic mechanism for the production of the different analogues and the ability to produce toxins. However, most of the newly identified genes remain unannotated. This study therefore proposes new candidate genes to be further explored to understand how dinoflagellates synthesize their toxins.
DOI: 10.12770/a562ed02-fd5c-4919-9cab-8851eed9ec53
title: Déchets collectés dans les bacs à marée du programme "Trait-Bleu" (2018 à 2021)

description: Les données présentent le type et le volume de déchets collectés dans les bacs à marée mis en place en Nouvelle-Aquitaine par la SCIC T.É.O (TAHO’E Éco-Organisation) dans le cadre du programme "Trait-Bleu" entre 2018 et 2021.
DOI: 10.12770/023b9fe2-7e79-41a3-b87b-51b031a23507
title: Atlas of Multi-Source Earth Observations over Arctic Polar Lows (2010-2018) for ESA MAXSS Project

description: The primary objective of the ESA Marine Atmosphere eXtreme Satellite Synergy (MAXSS) project is to provide guidance and innovative methodologies to maximize the synergetic use of available Earth Observation data (satellite, in situ) to improve understanding about the multi-scale dynamical characteristics of extreme air-sea interaction. This dataset, produced in the frame of MAXSS project, provides multi-variate observations for Arctic polar lows (PL), for a selection of storm tracks extracted from Rojo et al (2019) during the period 2010-2018. The observations are taken from more than 35 satellite, numerical model and in situ sources, providing the inner and surface ocean conditions for a comprehensive range of parameters (sea surface height, surface winds, waves, precipitation, temperature, salinity, ocean colour, ...) before, during and after the storm passage. Different colocation radii and time windows are used depending on the parameter and observation dataset. The assembled data are stored in a standardized NetCDF4 file format and organised per basin, year, and storm name to ease data manipulation for users that are not used to work with this wealth of data.
DOI: 10.12770/251c23ba-beb1-4b79-9b8c-c4c5b5b168af
title: Etat et tendance de l'Imposex chez la nucelle Nucella lapilus sur l'ensemble de la façade Atlantique sur la période 2002-2020

description: Les effets des contaminants sur la santé des espèces et l’état des habitats constituent l’un des critères de définition du descripteur sur les contaminants dans le milieu de la DCSMM (D8C2). Un des indicateurs retenus pour évaluer l’atteinte du bon état écologique pour ce critère est le suivi de l’Imposex chez la nucelle (Nucella lapillus), qui est un indicateur d’exposition au TBT. Cet indicateur est évalué à l’échelle de la station pour l’unité marine de rapportage « eaux côtières », sur la façade Atlantique (ce qui exclue la sous-région marine Méditerranée Occidentale), pour la période 2002 -2020. Dans la sous-région marine Manche – Mer du Nord, 59% des stations sont en bonne état écologique, 35% dans la sous-région marine Mer Celtique et 25% dans la sous-région marine Golfe de Gascogne.
DOI: 10.12770/30f69934-4842-452e-89d4-2cbdb40e9fcc
title: MNT - Plage/mangrove de Dapani (Mayotte) - 12 octobre 2022 - DYNALIT

description: Étude de l'évolution du système plage/mangrove de Dapani, située sur la commune de Bandrélé (Mayotte). Modèle Numérique de Surface (MNS) issu du traitement photogrammétrique (avec Agisoft Metashape) de photographies aériennes prises par drone (Mavic pro 2 à la fin de la saison sèche (octobre) et à la fin de la saison humide (avril). Objectifs : étudier l'évolution saisonnière et pluri-annuelle du système plage/mangrove de Dapani en fonction des variations des conditions météo-marines et des évènements de fortes énergies.
DOI: 10.12770/409fe8a1-81c5-4cd3-9735-13eac55f6913
title: Modèle de dérive MOTHY

description: Développé en 2002 pour prédire la dérive de nappes d'hydrocarbures en mer par MétéoFrance, MOTHY (Modèle Océanique de Transport d'HYdrocarbures, Daniel et al., 2002) est également disponible pour prédire la dérive d'objets pour des questions de sécurité en mer. Adapté à la dérive de petits cétacés (Peltier et al., 2012), MOTHY permet de prédire la dérive de dauphins et marsouins dans le sens direct (du point de mort en mer vers le lieu d'échouage) ou en sens inverse (du site d'échouage vers la zone probable de mort en mer). Dans les SRM MMdN, GdG et MC, le modèle prend en compte les conditions météorologiques et les courants de marées. La version utilisée est alors dite "déterministe": pour chaque individu, une seule trajectoire est produite.
DOI: 10.12770/436f5b95-5a83-406f-89f1-fae28c003406
title: PALMITO (PAleoecologie des MIcroalgues TOxiques)

description: Metabarcoding data (V4 rDNA) of sedimentary ancient DNA (sedaDNA) extracted from two sediment cores of the Bay of Brest
DOI: 10.12770/4773e24a-12a5-479c-b1be-424e676e8f3d
title: Cartographie des ouvrages et aménagements littoraux en Méditerranée - Version MEDPOL

description: Localisation et caractéristiques des ouvrages et aménagements littoraux. Cette donnée est principalement produite à partir de l’observation et de l’interprétation de photographies aériennes de 2014 et complétée dans les ports par les informations fournies par le BRGM. Ce fichier est formaté pour le rapportage à la convention des mers régionales MEDPOL.
DOI: 10.12770/4b23a932-d94f-48c7-861b-ac4bd00f4d81
title: Suivi des macro-déchets de fond (2015 à 2020) - Programme de surveillance DCSMM D10C1

description: Suivi de l'évolution de la quantité et de la nature des macro-déchets présents sur les fonds marins entre 2015 et 2020. Ces données concernent les quantités, poids et localisation des déchets collectés sur les fonds marins (chalutage) au cours des différentes campagnes océanographiques mises en œuvre par l’Ifremer (campagnes halieutiques, campagnes nourriceries et campagnes opportunistes).
DOI: 10.12770/5b94a252-13df-421e-ac39-1301912f90e2
title: LIVACID

description: RNA seq data resulting from livers of fish exposed to different acidified oceanic waters
DOI: 10.12770/79f9775e-54fa-4b65-b349-12717b394ea7
title: Données d’abrasion superficielle des fonds marins par les arts trainants depuis 2012 dans les eaux de France métropolitaine, données mensuelles par engin.

description: Les données d’abrasion sont exprimées par le SAR (Swept Area Ratio ou ratio d’aire abrasée). Le SAR est l’unité d’abrasion utilisée par le Conseil International pour l’Exploration de la Mer (CIEM ou ICES en anglais) pour évaluer la pression de pêche par les arts trainants sur les fonds marins (ICES, 2020). Pour cet indicateur, la surface abrasée est calculée en multipliant le linéaire d’une action de pêche par la largeur de l’engin de pêche. Le linéaire des actions de pêche est estimé à partir des informations fournies par les données du Vessel Monitoring System (VMS). La largeur des engins de pêches est estimée en fonction des caractéristiques des navires et des métiers (Eigaard et al., 2016). Pour chaque année, à compter de 2012, les données d’abrasion mensuelle sont fournies pour tous les engins et par type d’engin sous forme de fichiers netcdf : SIH-GEOLOC-abrasion-XXX-YYY-month.nc Où XXXX correspond à l’année YYY correspond à l’engin ALL = tous engins DRB = Drague remorquée OTB = Chalut de fond à panneaux OTT = Chaluts jumeaux à panneaux PTB = Chaluts bœufs de fond SDN = Senne danoise SSC = Senne écossaise TBB = Chalut à perche Chaque fichier netcdf fournit quatre valeurs : Sar_median = Médiane de la distribution des valeurs d’abrasion mensuelle Sar_prct25 = Premier quartile de la distribution des valeurs d’abrasion mensuelle Sar_prct75 = Troisième quartile de la distribution des valeurs d’abrasion mensuelle Sar_uncertainty = Incertitude sur la médiane des valeurs d’abrasion mensuelle Chaque valeur de SAR est fournie pour chacun des 12 mois de l’année. La méthodologie pour le calcul des valeurs d’abrasion est précisée dans le rapport « Développement d'un indicateur d'abrasion des fonds marins par les arts de pêche trainants pour l'évaluation du bon état écologique des habitats benthiques » (Georges et al., 2021).
DOI: 10.12770/c960676e-2515-46f0-a313-4a91ac91908a
title: 16S sequencing V3-V4 loop for metabarcoding analysis for MOSARDEF 2022 project

description: Study of the composition of the microbiota of healthy C.gigas oysters after injection of Cg-BigDef1 at T0, T6 and T24 by 16S metabarcoding analysis.
DOI: 10.12770/cd6611f8-de69-4d7f-8abe-c28b9568c367
title: DCSMM2024_D10C2_Densité de micro-déchets flottants entre 2015 et 2020

description: Le descripteur 10 de la DCSMM correspond aux propriétés et quantités de déchets marins pouvant avoir des effets sur l’environnement marin et côtier. Un des critères de définition du bon état écologique pour ce descripteur sont la composition, la quantité et la distribution spatiale des déchets sur les côtes, à la surface, dans la colonne d’eau et sur les fonds marins, à un niveau qui n’affecte pas l’environnement côtier et marin (D10C1). Un des indicateurs pour ce critère sont les déchets flottants. Les deux couches cartographiques qui composent les résultats correspondent à une couche contenant la couverture spatiale de l'échantillonnage et une couche contenant les moyennes pondérées des densités de déchets par maille de trois milles nautiques de côté. En l’absence de seuil, l’état du paramètre (densité totale de déchets) est évalué par une tendance. Sur le principe de précaution, seule une tendance à l’augmentation significative classe l’indicateur en mauvais état, sinon l’état est renseigné en inconnu. L'unité marine de reportage de ce descripteur est la sous-région marine. L'unité de mesure pour l'évaluation est la quantité de déchets en nombre d'unités par kilomètre carré. Pour l'évaluation cycle 3, l’indicateur est en non atteint pour l’ensemble les SRM GdG et MO et renseigné en inconnu en SRM MMN et MC.
DOI: 10.12770/d9d82ebe-8e2a-43eb-aa9a-6cd1f25304cd
title: Graph'Agri 2020 : L'agriculture, la forêt, la pêche et les industries agroalimentaires

description: La collection GRAPH’AGRI constitue une source d’informations statistiques dans les domaines de l’agriculture, de la forêt, du territoire, de l’alimentation, de la pêche et des industries agroalimentaires. La publication présente, au travers d’une succession de thèmes, une synthèse des dernières informations disponibles. Proposée sous forme de tableaux, graphiques et cartes, elle est accompagnée de commentaires facilitant la lecture. Dans ce document figurent des données de comparaison entre régions ou encore sur la place que la France occupe au-delà, en Europe.
DOI: 10.12770/e7d16cc7-30b6-4db0-8ece-184747afb160
title: ATLANTIDE_II

description: A large number of viruses can be detected in sewage waters, this viral diversity reflecting what is circulating in the local population. Metagenomic sequencing by describing all nucleic acids present in a sample may be a useful approach to appreciate genomic diversity undetectable by medical doctors. Aims: To compare the viral diversity in samples collected over a 12 years period, by optimizing a method allowing to characterize complete viral genomes.
DOI: 10.12770/f3833f89-0d23-4652-bb27-3356815a34ee
title: Réseau national de surveillance des microplastiques dans le sédiment des plages (2018-2020)

description: Données issues du Réseau national de surveillance des microplastiques dans le sédiment des plages piloté par le Cedre et traduisant les quantités, la nature et la répartition spatiale des plastiques de taille comprise entre 1 mm et 5 mm (appelés microplastiques) dans les sédiments du littoral français. Ce réseau repose sur des collectes sur les plages, effectuées selon une démarche standardisée.
DOI: 10.12770/ff0adb60-8aa5-42f4-97af-1b0471d4ff72
title: MNT - Plage de Ngouja (Mayotte) - 11 octobre 2022

description: Étude de l'évolution de la plage récifale de Ngouja, située sur la commune de Kani Kéli (Mayotte). Les Modèles Numériques présentés ici correspondent au traitement des données acquises par levés photogrammétrique à la fin de la saison sèche (octobre) et à la fin de la saison humide (avril). Objectifs : étudier l'évolution saisonnière et pluri-annuelle du bilan sédimentaire de la plage de Ngouja en fonction des variations saisonnières des conditions météo-marines et des évènements de fortes énergies.
DOI: 10.12770/24e17f65-f568-441d-967b-20e22366b850
title: Données déchets ingérés par oiseaux (fulmar) – EcoQO Fulmar (OSPAR)

description: Evaluation de la quantité de déchets ingérés par le Fulmar Boréal (Fulmarus glacialis) sur la façade Manche-Mer du Nord – hiver 2013 à hiver 2016.L’acquisition des données pour cet indicateur s’appuie sur le protocole mis en place par OSPAR pour le calcul de l’EcoQO Fulmar-Litter (Ecological Quality Objectives) repris dans le cadre de la DCSMM et qui fixe le BEE (arrêté du BEE de décembre 2012) à moins de 10 % de fulmars boréaux ayant plus de 0,1 g de plastiques dans leurs estomacs.
DOI: 10.12770/429b5297-d21c-4b20-93d8-ec0d6907fd52
title: Evaluations du risque d'extinction des espèces de poissons (Union Internationale pour la Conservation de la Nature)

description: L'UICN (Union Internationale pour la Conservation de la Nature) évalue le risque d'extinction des espèces de poissons à différentes échelles spatiales (Monde, Europe, France, Mediterrannée, etc.). La méthodologie est basée sur différents critères (taille de population, nombre d'individus matures, surface de l'aire de distribution de l'espèce, etc.) renseignés principalement par des avis d'experts. En fonction de son risque de disparition dans une zone donnée, une espèce est classée dans l'une des 11 catégories UICN (de "ne" (non évaluée) à "CR" (en danger critique d'extinction)). Les évaluations de l'UICN sont utilisées dans le cadre de la DCSMM pour les espèces de poissons qui ne bénéficient pas d'indicateur quantitatif permettant de renseigner l'atteinte ou non du bon état écologique. Elles s'appliquent principalement aux espèces patrimoniales ou listées (e.g. migrateurs amphihalins, elasmobranches, etc.).
DOI: 10.12770/4ff9ab72-d99e-4fd0-b5dc-ebd7ffed1d62
title: Données des campagnes de nourriceries côtières : Poissons et invertébrés (1980 à 2020)

description: La surveillance est opérée dans les zones de nourriceries côtières des poissons bentho-démersaux, constituant des habitats essentiels pour de nombreuses espèces marines dont certaines font l’objet d’une exploitation commerciale. La caractérisation de l’état écologique des peuplements et l’étude de la fonctionnalité des habitats de nourriceries s’avèrent essentielles pour répondre à l’objectif de la DCSMM qui vise le maintien ou la restauration du BEE des eaux marines. Les campagnes "Nourriceries" consistent en la prospection des fonds meubles inférieurs à 40 mètres par chalutages à perche, avec un engin et un mode d’utilisation standardisé. Les baies, estuaires, mers intérieurs, pertuis ou courreaux constituent les sites d’étude privilégiés pour décrire les zones fonctionnelles de nourriceries. Ces fichiers présentent les données issues de six séries de campagnes : NOURSOM (Baie de Somme), NOURSEINE (Baie de Seine) et NOURCANCHE (Baie de la Canche) en Manche, NOURMONT (Baie du Mont Saint-Michel) en Mer Celtique et Manche, NURSE dans le Golfe de Gascogne (6 secteurs s’étendant de la pointe de Damgan (Morbihan) au secteur côtier de Soulac-sur-Mer (Gironde) et NOURMED dans le Golfe du Lion. Les données de chaque campagne sont présentées sur trois tables : "Trait" (code, année, coordonnées et surface balayée), "Captures" (trait, nombre et poids total de chaque espèce capturée par trait), "Taille" (nombre et longueur de chaque espèce capturée par trait).
DOI: 10.12770/52134702-4bbd-4c63-af34-9a2cde28e0cc
title: MoPSeq-DB: Mollusc Pathogen Sequence DataBase

description: Dataset contained in MoPSeq-DB (Mollusc Pathogen Sequence Database), a web platform dedicated to the sharing, visualization, and analysis of genomic data of marine mollusk pathogens. Sequencing technologies continue to evolve, providing novel opportunities for disease control and mitigation strategies. Indeed, these advancements play a pivotal role in diagnosing diseases and identifying genetically distinct pathogenic variants that may exhibit diverse host reservoir species and geographical distributions. In recent years, reference laboratories and research groups studying marine mollusc diseases have made significant progress in sequencing-based analyses. However, the community still faces challenges in data management due to the lack of dedicated databases and tools. To address this gap, we present MoPSeq-DB, a user-friendly web application designed to manage curated genomic data related to mollusc pathogens. The platform offers interactive data visualisation and integrated analysis tools, making it accessible even to non-bioinformaticians. Developed using the Python web-framework Django, MoPSeq-DB automates common bioinformatics workflows, enabling convenient and rapid exploration of sequencing data. The application is open-source, has minimal hardware requirements, and is easy to install, host, and update. MoPSeq-DB ensures systematic yet flexible storage of genomic data of mollusc pathogens, along with their associated metadata, facilitating efficient data organisation. It represents a valuable resource for researchers and practitioners working in the field of mollusc diseases. Moreover, the platform can be easily adapted to manage genomic data of other pathogens.
DOI: 10.12770/56b28a28-913e-451b-9c78-5bea49808b97
title: Compilation des résultats DCE à l'échelle stationnelle entre 2006 et 2021

description: Ce jeu de donnée regroupe l'ensemble des calculs d'indicateurs (AMBI/M-AMBI) réalisés au titre de la Directive Cadre sur l'Eau à une échelle stationnelle (c’est-à-dire non-aggrégés à l'échelle des Masses d'Eau mais fournit par lieu de surveillance) et par année entre 2006 et 2021. Ces données ont été combinées avec le calcul du GPBI dans l'objectif de renseigner le critère D6C5 au cycle 3 DCSMM.
DOI: 10.12770/72a6c164-1783-462c-a382-234c6b1d2433
title: DCSMM2024_D10C1_Répartition des densités de déchets sur le fond entre 2015 et 2020

description: Le descripteur 10 de la DCSMM correspond aux propriétés et quantités de déchets marins pouvant avoir des effets sur l’environnement marin et côtier. Un des critères de définition du bon état écologique pour ce descripteur sont la composition, la quantité et la distribution spatiale des déchets sur les côtes, à la surface, dans la colonne d’eau et sur les fonds marins, à un niveau qui n’affecte pas l’environnement côtier et marin (D10C1). Un des indicateurs pour ce critère sont les déchets sur le fond. Les deux couches cartographiques qui composent les résultats correspondent à une couche contenant la couverture spatiale de l'échantillonnage et une couche contenant les moyennes pondérées des densités de déchets par maille de trois milles nautiques de côté. En l’absence de seuil, l’état du paramètre (densité totale de déchets) est évalué par une tendance. Sur le principe de précaution, seule une tendance à l’augmentation significative classe l’indicateur en mauvais état, sinon l’état est renseigné en inconnu. L'unité marine de reportage de ce descripteur est la sous-région marine. L'unité de mesure pour la densité de déchets sur le fond est la quantité de déchets en nombre d'unités par kilomètre carré. Pour l'évaluation cycle 3, l’indicateur est en non atteint pour l’ensemble la SRM GdG et renseigné en inconnu en SRM MMN, MC et MO.
DOI: 10.12770/8a139f19-c5be-4a85-8e64-6593fcca8292
title: Orthophoto - Pointe aux Oies (Wimereux-nord) - Avril 2023 - DYNALIT

description: Orthophotographie issue du traitement photogrammétrique (avec Agisoft Photoscan) de photographies aériennes prises par drone (DJI Phantom IV RTK hauteur de vol 65 m par rapport au point de décollage ; altitude 80 m). Le mode RTK du drone permet d'obtenir une précision de positionnement +/- 3 cm en XYZ.