cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.5281/zenodo.10417226
title: Pilot-Scale Continuous Foam Fractionation for the Removal of Per- and Polyfluoroalkyl Substances (PFAS) from Landfill Leachate

description: This is the supplementary data for the publication 'Pilot-Scale Continuous Foam Fractionation for the Removal of Per- and Polyfluoroalkyl Substances (PFAS) from Landfill Leachate' (https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acsestwater.2c00032)
DOI: 10.5281/zenodo.10409138
title: Outputs from new LBA simulations. Part I: Baseline case

description: MIMICA model outputs for new LBA simulations. The case, model configuration and output files are all described in the attached TRANSITION_setup.pdf file. This is the first of a three part dataset containing only results from the baseline simulations (see below for a very quick overview of all data).

Three sets of data outputs are available: One corresponding to the original, idealized LBA case, one in which cold pools have been suppressed by nudging temperature and moisture tendencies below cloud base(_nocp extension), and one in which the fixed surface fluxes have been replaced by interactive fluxes (_sst extension). For each set of simulations, five horizontal grid spacings were employed to test the sensitivity of the results to resolution (specified as file name extensions): 1.6 km (64 grid points), 800 m (128 grid points), 400 m (256 grid points), 200 m (512 grid points) and 100 m (1024 grid points). Finally, for each case, a series of various output files are available, including time series of domain averaged quantities (T_S), time series of horizontally averaged quantities (profiles_tot.nc), and two-dimensional horizontal slices extracted at various altitudes (slice_z_XXXX.nc). Note that all files present except T_S follow the NetCDF standard.
DOI: 10.5281/zenodo.10417207
title: Data paperhood intentions in adolescents
DOI: 10.34740/kaggle/dsv/7253209
title: Egypt Gold Prices | Daily Updated
DOI: 10.6084/m9.figshare.24884568
title: Supplementary Material for: Analysis of Immune-Related Adverse Events of Atezolizumab and Bevacizumab in Patients with Hepatocellular Carcinoma: A Multicenter Cohort Study

description: Background: Despite the emergence of atezolizumab and bevacizumab (A+B) as standard first-line systemic therapy for unresectable hepatocellular carcinoma (HCC), a comprehensive understanding of the clinical significance of immune-related adverse events (irAEs) remains limited. We aimed to assess the impact of irAEs on patients with HCC undergoing A+B treatment.
Methods: This multicentre retrospective study included consecutive patients with HCC who were treated with the A+B regimen from September 2020 to December 2022. Patients were categorised into three groups based on the severity of irAEs, ranging from those without any experience of irAEs to those with severe irAEs, classified as grade 3 or higher.
Results: This study included 150 patients with HCC, with a mean age of 63.3 years. Among them, 93.3% of patients were classified as Barcelona Clinic Liver Cancer stage C, 52.0% had portal vein tumour thrombosis (PVTT), and 60.7% extrahepatic spread. Patients were classified as follows: Group 1 (n = 84) had no irAEs, Group 2 (n = 37) had mild irAEs (grade 1–2), and Group 3 (n = 29) had severe irAEs (grade ≥ 3). The median overall survival (OS), progression-free survival (PFS), and time-to-treatment discontinuation (TTD) were 13.6, 5.7, and 3.6 months, respectively. Group 2 demonstrated significantly superior OS compared to Group 1 (9.5 months) and Group 3 (5.6 months), with a median OS of 23.0 months (p &lt; 0.001). Furthermore, Group 2 demonstrated significantly better outcomes in terms of PFS and TTD compared to both Group 1 and Group 3 (p &lt; 0.001 for both). Multivariate analysis identified mild irAEs (hazard ratio [HR], 0.353; p = 0.010), ALBI grade 1 (HR, 0.389; p = 0.006), Child-Pugh class A (HR, 0.338; p = 0.002), and the absence of PVTT (HR, 0.556; p = 0.043) as independent predictors of better OS.
Conclusions: Our study highlights the significant impact of irAE severity on the outcomes of patients with HCC receiving A+B. Notably, the occurrence of mild irAEs was independently associated with favourable survival, suggesting their potential role as surrogate indicators of HCC prognosis.
DOI: 10.14457/tu.the.2023.10
title: Total and paired domination numbers and γ-total and γ-paired dominating graphs of some graphs

description: Let G be a graph without isolated vertices. A total dominating set of G is a set D ⊆ V(G) such that every vertex of G is adjacent to at least one vertex in D. A paired dominating set of G is a total dominating set whose induced subgraph contains a perfect matching. The total (paired) domination number of G is the minimum cardinality of a total (paired) dominating set of G. The γ-total (γ-paired) dominating graph of G is the graph whose vertex set contains all minimum total (paired) dominating sets of G, and two vertices of this graph are adjacent if they differ by exactly one vertex. In this dissertation, we determine the total domination numbers and the paired domination numbers of some cylinders, some wheel related graphs, windmill graphs, lollipop graphs, umbrella graphs, and coconut graphs. We also determine the γ-total dominating graphs and the γ-paired dominating graphs of some families of graphs including some graphs mentioned above.
DOI: 10.14457/tu.the.2023.12
title: การพัฒนาการเพาะเลี้ยงยีสต์ Rhodotorula paludigena CM33 ให้ได้ความหนาแน่นเซลล์สูงเพื่อผลิตเบต้าแคโรทีน

description: ยีสต์ Rhodotorula เป็นกลุ่มของยีสต์ที่สร้างรงควัตถุแคโรทีนอยด์ภายในเซลล์จำพวก ได้แก่ เบต้า-แคโรทีน โทรูลีน และโทรูลาโฮดิน ซึ่งเป็นแคโรทีนอยด์ที่มีศักยภาพในการประยุกต์ใช้ในอาหารสัตว์ ตลอดจนในผลิตภัณฑ์เพื่อสุขภาพและเครื่องสำอาง สามารถสร้างมูลค่าทางการตลาดที่คาดว่าจะสูงถึง 2.7 พันล้านดอลลาร์ภายในปี 2570 จาก 2.0 พันล้านดอลลาร์ในปี 2565 โดยคาดการณ์อัตราการเติบโตต่อปีที่ 5.7 เปอร์เซ็นต์ ในช่วงปี 2565 ถึง 2570 เนื่องจากผู้บริโภคมีความกังวลเกี่ยวกับความปลอดภัยของอาหารที่เพิ่มขึ้น ส่งผลให้ความต้องการแคโรทีนอยด์จากธรรมชาติเพิ่มขึ้น ในการศึกษานี้ ยีสต์ Rhodotorula paludigena CM33 ถูกนำมาใช้ในการพัฒนากระบวนการเพาะเลี้ยงแบบแบทซ์ ในถังปฏิกรณ์ชีวภาพขนาด 5 ลิตร ด้วยการออกแบบการทดลองแบบบ็อกซ์-เบห์นเคน ให้ได้ความหนาแน่นเซลล์สูงเพื่อใช้เป็นแหล่งโปรตีนเซลล์เดียวที่มีสารแคโรทีนสูง โดยศึกษาอุณหภูมิในการเพาะเลี้ยงที่ 22 26 และ 30 องศาเซลเซียส ความเข้มข้นของแอมโมเนียมซัลเฟตที่ 3 5 และ 7 กรัมต่อลิตร และความเข้มข้นของเฟอร์ริกคลอไรด์ที่ 0 42 และ 84 มิลลิกรัมต่อลิตร พบว่าสภาวะที่เหมาะสมที่สุดสำหรับการเจริญเติบโตและการผลิตแคโรทีนอยด์ของ R. paludigena CM33 คือ อุณหภูมิ 30 องศาเซลเซียส ความเข้มข้นของแอมโมเนียมซัลเฟต 6.2 กรัมต่อลิตร และความเข้มข้นของเฟอริกคลอไรด์ 75 มิลลิกรัมต่อลิตร ส่งผลให้มีน้ำหนักเซลล์แห้งเท่ากับ 17.71±0.31 กรัมต่อลิตร อัตราการเจริญเติบโตจำเพาะเท่ากับ 0.22±0.04 ต่อชั่วโมง และความเข้มข้นของแคโรทีนอยด์เท่ากับ 40.29±0.52 มิลลิกรัมต่อลิตร ด้วยระยะเวลา 32 ชั่วโมง ดำเนินการขยายขนาดการผลิตในถังปฏิกรณ์ชีวภาพขนาด 22 ลิตร และพัฒนาสูตรอาหารเหลวที่เติมในระยะการเพาะเลี้ยงแบบเฟด-แบทซ์ เพื่อเพิ่มความหนาแน่นของเซลล์ ด้วยสูตรอาหารเหลวกลูโคสความเข้มข้นสูงที่มีองค์ประกอบอื่นๆ ที่ความเข้มข้นแตกต่างกัน พบว่าอาหารเหลวกลูโคสที่เติม สูตรที่ 3 ที่มีความเข้มข้นขององค์ประกอบของอาหาร 3 เท่า มีค่าน้ำหนักเซลล์แห้งสูงที่สุดเท่ากับ 89.84 กรัมต่อลิตร และความเข้มข้นของแคโรทีนอยด์ 251.64 มิลลิกรัมต่อลิตร ด้วยระยะเวลาการเพาะเลี้ยง 96 ชั่วโมง เพื่อลดต้นทุนและเพิ่มศักยภาพกระบวนการผลิต น้ำตาลซูโครสจึงถูกนำมาใช้เป็นแหล่งคาร์บอนทดแทนกลูโคสในระยะการเพาะเลี้ยงแบบเฟด-แบทซ์ พบว่าอาหารเหลวซูโครสความเข้มข้นสูงให้ค่าน้ำหนักเซลล์แห้งสุดท้ายเท่ากับ 87.8 กรัมต่อลิตร และความเข้มข้นของแคโรทีนอยด์สูงสุดเท่ากับ 285.4 มิลลิกรัมต่อลิตร อีกทั้งพารามิเตอร์อื่นๆที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตและการผลิตแคโรทีนอยด์มีค่าสูงกว่าการใช้กลูโคสเป็นแหล่งคาร์บอน หลังการเพาะเลี้ยงที่ 96 ชั่วโมง ทำให้น้ำตาลซูโครสเป็นแหล่งคาร์บอนราคาถูกและหาซื้อได้ง่ายเหมาะต่อการเพาะเลี้ยงยีสต์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ สามารถยืนยันได้ว่า R. paludigena CM33 เป็นยีสต์ที่มีการผลิตเบต้า-แคโรทีนที่โดดเด่น และมีองค์ประกอบทางโภชนาการที่สำคัญ ได้แก่ โปรตีน 43.84 เปอร์เซ็นต์ ไขมัน 5.93 เปอร์เซ็นต์ คาร์โบไฮเดรตทั้งหมด 39.84 เปอร์เซ็นต์ ความชื้น 3.85 เปอร์เซ็นต์ เถ้า 6.54 เปอร์เซ็นต์ พลังงานจากไขมัน 53.37 กิโลแคลอรี่ต่อ100 กรัม และพลังงานทั้งหมด 388.09 กิโลแคลอรี่ต่อ100กรัม ดังนั้น R. paludigena CM33 จึงเป็นแหล่งโปรตีนเซลล์เดียวที่มีแคโรทีนสูงและมีศักยภาพที่จะพัฒนากระบวนการผลิตไปสู่ระดับอุตสาหกรรมต่อไป
DOI: 10.6084/m9.figshare.24524317
title: Single-cell tracking data of SOX2-mKate2 and UbC-GFP expression in GBM1 cells in proliferative and quiescent conditions. Data from 3 clonal lines (C7, E4 and F6)

description: Single-cell tracking data of SOX2-mKate2 and UbC-GFP expression in GBM1 cells in proliferative and quiescent conditions. Data are from 3 clonal lines (C7, E4 and F6)SOX2-mKate2 and UbC-GFP expression were recorded in the same cell. Data were acquired every 20 minutes.
DOI: 10.14457/tu.the.2023.13
title: ผลของเอนไซม์และน้ำหมักจาก Bacillus subtilis BTK07 และ Paenibacillus polymyxa BTK01 ต่อการเจริญของผักสลัดพันธุ์กรีนโอ๊ค

description: งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาคุณสมบัติของเอนไซม์และน้ำหมักจาก Bacillus subtilis BTK07 และ Paenibacillus polymyxa BTK01 ต่อการงอกของเมล็ดและการเจริญเติบโตของผักสลัดกรีนโอ๊ค (Lactuca sativa Var. Crispa L.) การศึกษาการผลิตเอนไซม์และฮอร์โมนพืชพบว่า BTK07 ผลิตแมนนาเนสและ indole-3-acetic acid (IAA) 0.444±0.126 หน่วยต่อมิลลิกรัม และ 0.37 มิลลิกรัมต่อลิตร และ BTK01 ผลิตไซลาเนสและ IAA 0.193±0.015 หน่วยต่อมิลลิกรัม และ 0.27 มิลลิกรัมต่อลิตร ตามลำดับ การศึกษาการงอกของเมล็ดผักสลัดกรีนโอ๊ค พบว่าการแช่เมล็ดในที่มืดและที่สว่างส่งผลให้ค่าเฉลี่ยเปอร์เซ็นต์การงอก ความเร็วในการงอก และความยาวรากสูงสุดคือ 99.40 ± 1.342 เปอร์เซ็นต์ 3.88 ± 0.072 ต้นต่อวัน และ 65.38 ± 8.862 มิลลิเมตร ตามลำดับ การศึกษาการเจริญเติบโตของผักสลัดกรีนโอ๊ควางแผนการทดลองแบบ completely randomized design (CRD) จำนวน 15 กระถาง 3 ซ้ำ แบ่งออกเป็น 5 ชุดทดลอง ตามชนิดของตัวอย่างที่ใช้รดผักสลัดกรีนโอ๊ค ดังนี้ 1) น้ำกลั่น 2) เอนไซม์ P. polymyxa BTK01 3) เอนไซม์ B. subtilis BTK07 4) น้ำหมัก P. polymyxa BTK01 และ 5) น้ำหมัก B. subtilis BTK07 ในสภาวะการเพาะเมล็ดในที่มืด ที่สว่างและสลับสภาวะ พบว่าการรดด้วยน้ำหมัก B. subtilis BTK07 มีความสูง ความกว้างทรงพุ่ม ความยาวราก และจำนวนใบสูงสุดคือ 9.22 ± 0.58, 16.93 ± 1.53, 11.00 ± 0.68 เซนติเมตร และ 15.00 ± 1.73 ใบ ตามลำดับ และการศึกษาการเจริญเติบโตของผักสลัดกรีนโอ๊ควางแผนการทดลองแบบ completely randomized design (CRD) จำนวน 18 กระถาง 3 ซ้ำ แบ่งออกเป็น 6 ชุดทดลอง ตามชนิดของตัวอย่างที่ใช้แช่เมล็ด ดังนี้ 1) ไม่แช่เมล็ด 2) น้ำกลั่น 3) เอนไซม์ P. polymyxa BTK01 4) เอนไซม์ B. subtilis BTK07 5) น้ำหมัก P. polymyxa BTK01 และ 6) น้ำหมัก B. subtilis BTK07 เพาะเมล็ดในที่มืดและที่สว่าง ทุกกระถางรดด้วยน้ำหมัก B. subtilis BTK07 พบว่าเมล็ดที่แช่ในน้ำหมัก P. polymyxa BTK01 น้ำหมัก B. subtilis BTK07 และเอนไซม์ P. polymyxa BTK01 มีความสูง ความกว้างทรงพุ่ม และจำนวนใบสูงสุดคือ 11.32 ± 1.708, 15.57 ± 3.498 เซนติเมตร และ 13.33 ± 2.082 ใบ ตามลำดับ
DOI: 10.25403/upresearchdata.24715833
title: Perception of talent management practices that transformational leaders possess

description: This dataset include interview questions aimed at identifying the interviewee's perceptions of their transformational leaders' talent management practices. Questions were surrounded on staffing and attraction, organisational strategy, deploy, improve and grow, performance management, and talent retention. These questions ensured that all aspects of talent management were covered in order to obtain a holistic picture of the participants perceptions.
DOI: 10.25403/upresearchdata.24715833.v1
title: Perception of talent management practices that transformational leaders possess

description: This dataset include interview questions aimed at identifying the interviewee's perceptions of their transformational leaders' talent management practices. Questions were surrounded on staffing and attraction, organisational strategy, deploy, improve and grow, performance management, and talent retention. These questions ensured that all aspects of talent management were covered in order to obtain a holistic picture of the participants perceptions.
DOI: 10.5281/zenodo.10359929
title: Fracture Dielectric Elastomers

description: This dataset contains the experimental raw data from the mechanical and electro-mechanical testing of soft dielectric elastomers: unfilled PDMS and BaTiO3-filled PDMS. The data have not been filtered. 

Every specimen is tested under tensile loading until full rupture. All specimens had a thickness of 3mm. The initial length between grips was set to 40mm. 

The files are named according to:- the type of sample (Unfilled_PDMS/BaTiO3_Filled),- the width of the sample (w30mm/w50mm),- the length of the pre-cut (c0mm/c3mm/c5mm/c6mm/c9mm/c10mm/c12mm/c15mm/c20mm/c25mm),- the voltage applied in the thickness direction during tensile deformation (0kV/4kV/8kV),- and the number of the experiment up to the total number of repetitions under the same test conditions (R1/R2/R3 for filled samples and R1/R2 for unfilled samples).

If this dataset is used for research or industrial purposes, please cite:M.A. Moreno-Mateos, M. Mehnert, P. Steinmann. "Electro-mechanical actuation modulates fracture performance of soft dielectric elastomers", International Journal of Engineering Science, vol.195, 104008. (2024). https://doi.org/10.1016/j.ijengsci.2023.104008Further explanation regarding the specimen preparation and experimental setup can be found in the aforementioned work.
DOI: 10.5281/zenodo.10359930
title: Fracture Dielectric Elastomers

description: This dataset contains the experimental raw data from the mechanical and electro-mechanical testing of soft dielectric elastomers: unfilled PDMS and BaTiO3-filled PDMS. The data have not been filtered. 

Every specimen is tested under tensile loading until full rupture. All specimens had a thickness of 3mm. The initial length between grips was set to 40mm. 

The files are named according to:- the type of sample (Unfilled_PDMS/BaTiO3_Filled),- the width of the sample (w30mm/w50mm),- the length of the pre-cut (c0mm/c3mm/c5mm/c6mm/c9mm/c10mm/c12mm/c15mm/c20mm/c25mm),- the voltage applied in the thickness direction during tensile deformation (0kV/4kV/8kV),- and the number of the experiment up to the total number of repetitions under the same test conditions (R1/R2/R3 for filled samples and R1/R2 for unfilled samples).

If this dataset is used for research or industrial purposes, please cite:M.A. Moreno-Mateos, M. Mehnert, P. Steinmann. "Electro-mechanical actuation modulates fracture performance of soft dielectric elastomers", International Journal of Engineering Science, vol.195, 104008. (2024). https://doi.org/10.1016/j.ijengsci.2023.104008Further explanation regarding the specimen preparation and experimental setup can be found in the aforementioned work.
DOI: 10.34740/kaggle/dsv/7250534
title: Public Opinion on Climate Change (Updated Daily)
DOI: 10.5281/zenodo.10410619
title: Metadata KNO Zorgmonitor Gehoor en Tinnitus 2022-2023

description: Metadata Zorgmonitor Gehoor en Tinnitus 2022-2023

624 deelnemers (gebaseerd op CHPH35)

Geslacht: F: 314, M: 310

Leeftijd 20-92
DOI: 10.5281/zenodo.10410618
title: Metadata KNO Zorgmonitor Gehoor en Tinnitus 2022-2023

description: Metadata Zorgmonitor Gehoor en Tinnitus 2022-2023

624 deelnemers (gebaseerd op CHPH35)

Geslacht: F: 314, M: 310

Leeftijd 20-92
DOI: 10.25430/researchdata.cab.unipd.it.00001108
title: Data of The double surge wave system that develops when a supercritical flow enters upstream of a pre-existing current

description: Data used in the paper titled "The double surge wave system that develops when a supercritical flow enters upstream of a pre-existing current"
DOI: 10.17876/data/2020_1
title: Cores in Atlas3D galaxies

description: Krajnovic et al. (2020) presents HST/WFC3 and HST/ACS observations of 12 galaxies from the ATLAS3D sample. The HST/WFC3 images are centered on the nucleaus of the galaxy, while HST/ACS images are executed in parallel mode and point 360" away from the nuclei. Specific information about the data reduction can be found in Krajnovic et al.
DOI: 10.22008/fk2/ui6r01/3kffsg
title: T250_Flade_Isblink_81v1_400dpi.pdf

description: :unav
DOI: 10.22008/fk2/ui6r01
title: 81 Ø.1 Flade Isblink. Topographic map, 1:250 000

description: Topographic map of Greenland, 1:250 000, 81 Ø.1 Flade Isblink. 400 dpi. Coloured maps at 1:250 000 with contour interval 100 m. A set of 53 digital maps covers North and North-East Greenland from lnglefield Land in the west to Scoresby Sund in the east. One additional sheet provides an index map and a legend. The maps show the usual range of physiographic features, viz. coasts, rivers, lakes and ice. They are coloured with a 100 m contour interval over both land and ice, and with selected spot heights in metres. They have been drawn at the Survey from air photographs using Kort & Matrikelstyrelsen (KMS) ground control points and aerotriangulation. Map projection is Universal Transverse Mercator, zone 24. The maps are a sequel to a set of geological sheets at the same scale but with four extra sheets covering lnglefield Land and Humboldt Gletscher.
DOI: 10.22008/fk2/ui6r01/xsreeu
title: T250_Flade_Isblink_81v1_400dpi.tif

description: :unav
DOI: 10.22008/fk2/zobf9x/kzfhge
title: T250_Frederick_E_Hyde_Fjord_83v1a_400dpi.pdf

description: :unav
DOI: 10.22008/fk2/zobf9x/wstttk
title: T250_Frederick_E_Hyde_Fjord_83v1a_400dpi.tif

description: :unav
DOI: 10.22008/fk2/zobf9x
title: 83 Ø.1a Frederick E. Hyde Fjord. Topographic map, 1:250 000

description: Topographic map of Greenland, 1:250 000, 83 Ø.1a Frederick E. Hyde Fjord. 400 dpi. Coloured maps at 1:250 000 with contour interval 100 m. A set of 53 digital maps covers North and North-East Greenland from lnglefield Land in the west to Scoresby Sund in the east. One additional sheet provides an index map and a legend. The maps show the usual range of physiographic features, viz. coasts, rivers, lakes and ice. They are coloured with a 100 m contour interval over both land and ice, and with selected spot heights in metres. They have been drawn at the Survey from air photographs using Kort & Matrikelstyrelsen (KMS) ground control points and aerotriangulation. Map projection is Universal Transverse Mercator, zone 24. The maps are a sequel to a set of geological sheets at the same scale but with four extra sheets covering lnglefield Land and Humboldt Gletscher.
DOI: 10.22008/fk2/wrqdso/atvxfd
title: T250_Hall_Land_81v1_400dpi.pdf

description: :unav
DOI: 10.22008/fk2/wrqdso/zflbtv
title: T250_Hall_Land_81v1_400dpi.tif

description: :unav
DOI: 10.22008/fk2/wrqdso
title: 81 V.1 Hall Land. Topographic map, 1:250 000

description: Topographic map of Greenland, 1:250 000, 81 V.1 Hall Land. 400 dpi. Coloured maps at 1:250 000 with contour interval 100 m. A set of 53 digital maps covers North and North-East Greenland from lnglefield Land in the west to Scoresby Sund in the east. One additional sheet provides an index map and a legend. The maps show the usual range of physiographic features, viz. coasts, rivers, lakes and ice. They are coloured with a 100 m contour interval over both land and ice, and with selected spot heights in metres. They have been drawn at the Survey from air photographs using Kort & Matrikelstyrelsen (KMS) ground control points and aerotriangulation. Map projection is Universal Transverse Mercator, zone 24. The maps are a sequel to a set of geological sheets at the same scale but with four extra sheets covering lnglefield Land and Humboldt Gletscher.
DOI: 10.5281/zenodo.7014020
title: A massive proteogenomic screen identifies thousands of novel human protein coding sequences

description: Accurate annotation of genes in the human genome is fundamental for biomedical research and genomic data interpretation. The Ensembl, RefSeq, and GENCODE consortiums continuously update the human genome annotations based on new computational and experimental evidence, and new proteins were identified constantly. The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project has generated more than 15,000 RNA sequencing dataset from multiple-tissues of more than 800 donors which allows to model almost all transcripts and proteins in the human genome. Using proteins translated from the GTEx transcript model, more than 21 million in-silico trypsin-digested peptides were generated. To identify high-confidence novel proteins with proteomic support, we screened more than 2,000 proteomic projects in the PRIDE database and selected more than 50,000 mass spectrometry (MS) runs from 923 projects. These MS data were used to validate the predicted novel peptides. With a stringent standard, we identified almost 20,000 novel peptides. This dataset include files used in the the above analysis. More details can be found in the GitHub page (https://github.com/ATPs/human_novo_protein_2022).
DOI: 10.5281/zenodo.8296511
title: A massive proteogenomic screen identifies thousands of novel human protein coding sequences

description: Accurate annotation of genes in the human genome is fundamental for biomedical research and genomic data interpretation. The Ensembl, RefSeq, and GENCODE consortiums continuously update the human genome annotations based on new computational and experimental evidence, and new proteins were identified constantly. The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project has generated more than 15,000 RNA sequencing dataset from multiple-tissues of more than 800 donors which allows to model almost all transcripts and proteins in the human genome. Using proteins translated from the GTEx transcript model, more than 21 million in-silico trypsin-digested peptides were generated. To identify high-confidence novel proteins with proteomic support, we screened more than 2,000 proteomic projects in the PRIDE database and selected more than 50,000 mass spectrometry (MS) runs from 923 projects. These MS data were used to validate the predicted novel peptides. With a stringent standard, we identified almost 20,000 novel peptides. This dataset include files used in the the above analysis. More details can be found in the GitHub page (https://github.com/ATPs/human_novo_protein_2022).
DOI: 10.5281/zenodo.10417233
title: A massive proteogenomic screen identifies thousands of novel human protein coding sequences

description: Accurate annotation of genes in the human genome is fundamental for biomedical research and genomic data interpretation. The Ensembl, RefSeq, and GENCODE consortiums continuously update the human genome annotations based on new computational and experimental evidence, and new proteins were identified constantly. The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project has generated more than 15,000 RNA sequencing dataset from multiple-tissues of more than 800 donors which allows to model almost all transcripts and proteins in the human genome. Using proteins translated from the GTEx transcript model, more than 21 million in-silico trypsin-digested peptides were generated. To identify high-confidence novel proteins with proteomic support, we screened more than 2,000 proteomic projects in the PRIDE database and selected more than 50,000 mass spectrometry (MS) runs from 923 projects. These MS data were used to validate the predicted novel peptides. With a stringent standard, we identified almost 20,000 novel peptides. 


This dataset include files used in the the above analysis. More details can be found in the GitHub page (https://github.com/ATPs/human_novo_protein_2022).