cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.12770/7144ef7d-0e83-486d-a88f-527de615f951
title: DCSMM2018 - OM - D1C4 - Répartition spatiale des oiseaux en mer ("Petits puffins - Puffinus yelkouan & Puffinus mauretanicus", 2011 - 2012)

description: La répartition spatiale constitue l’un des critères de définition du bon état écologique pour la composante "oiseaux marins" du descripteur 1 relatif à la biodiversité dans le cadre de la DCSMM (D1C4). Le bon état écologique des oiseaux marins est atteint lorsque la diversité biologique de cette composante écosystémique est conservée. Pour cela, l’aire de répartition des espèces doit être conforme aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques dominantes. Les cartes de répartition spatiale des oiseaux en mer ont été obtenues à partir des données des campagnes aériennes SAMM et constituent l’état des lieux actuel qui servira de base de référence pour les comparaison avec les prochaines campagnes aériennes. Les unités géographiques d’évaluation sont les sous-régions marines de la DCSMM. Les groupes d’espèces utilisés pour l’évaluation sont ceux énumérés au tableau 2 « Groupes d’espèces d’oiseaux marins » (décision 2017/848/UE). Les données sont présentées sous forme de fichiers géoréférencés de type tiff.
DOI: 10.12770/728a1bef-9cb0-4e88-82e8-ef5bf4f21a58
title: DCSMM2018 - D10C2 - Densité de microplastiques flottants entre 2012 et 2016

description: Le descripteur 10 de la DCSMM correspond aux propriétés et quantités de déchets marins pouvant avoir des effets sur l’environnement marin et côtier. Un des critères de définition du bon état écologique pour ce descripteur sont la composition, la quantité et la distribution spatiale des micro-déchets sur les côtes, à la surface, dans la colonne d’eau et sur les fonds marins (D10C2). Un des indicateurs pour ce critère sont les micro-déchets flottants. Le bon état écologique est défini comme une baisse significative des quantités de déchets. L'unité marine de reportage de ce descripteur est la sous-région marine. L'unité de mesure pour la densité de microplastiques est le nombre d'unités de micro-déchets flottants par hectare.Pour l'évaluation 2018, le bon état écologique de cet indicateur est atteint pour la sous-région marine Méditerranée Occidentale et n'est pas atteint pour la sous-région marine Golfe de Gascogne. Pour les sous-régions marines Manche - mer du Nord et mer Celtique, le bon état écologique n'a pu être évalué par manque de données.
DOI: 10.12770/786ae295-0922-4616-b5e0-db799f387fcc
title: Predicted present-day suitable habitat and future climatic refugia habitat for deep-sea species on the North Atlantic

description: Distribution of predicted suitable habitat for six cold-water-coral, six deep-water fish and one sponge species, on the North Atlantic (18°N to 76°N and 36°E to 98°W). For each species, predicted habitat distribution was obtained for present-day conditions (1951-2000) and for the future climate refugias, i.e. the areas that were predicted as suitable both for present-day and forecasted future (2081-2010) conditions. The dataset gathers 26 raster layers created on the same grid of 25km * 25km resolution. Source layers (3km *3km resolution) originated from the work package 3 of EU ATLAS project. The presence (value=1) of climate refugia and the relative cover (value ranging from 0 to 1) of present-day suitable habitat was extracted in gridsquares.This dataset was built to feed a basin-wide spatial conservation planning exercise, targeting the deep sea of the North Atlantic. The goal of this approach was to identify conservation priority areas for Vulnerable Marine Ecosystems (VMEs) and deep fish species, based on the distribution of species and habitats, human activities and current spatial management.
DOI: 10.12770/881326c2-6c50-4be9-b477-a6e5c935e3c5
title: DCSMM2018 - OM - D1C4 - Répartition spatiale des oiseaux en mer ("Mouettes - Rissa tridactyla", 2011 - 2012)

description: La répartition spatiale constitue l’un des critères de définition du bon état écologique pour la composante "oiseaux marins" du descripteur 1 relatif à la biodiversité dans le cadre de la DCSMM (D1C4). Le bon état écologique des oiseaux marins est atteint lorsque la diversité biologique de cette composante écosystémique est conservée. Pour cela, l’aire de répartition des espèces doit être conforme aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques dominantes. Les cartes de répartition spatiale des oiseaux en mer ont été obtenues à partir des données des campagnes aériennes SAMM et constituent l’état des lieux actuel qui servira de base de référence pour les comparaison avec les prochaines campagnes aériennes. Les unités géographiques d’évaluation sont les sous-régions marines de la DCSMM. Les groupes d’espèces utilisés pour l’évaluation sont ceux énumérés au tableau 2 « Groupes d’espèces d’oiseaux marins » (décision 2017/848/UE). Les données sont présentées sous forme de fichiers géoréférencés de type tiff.
DOI: 10.12770/96f09df0-d065-11df-a9b6-005056987263
title: MNT de Bathymétrie de la zone Levant - Campagne ESSAIS EM1000 (campagne de 1991, réalisé en 2001, résolution 50m)

description: Modèle bathymétrique (MNT) dans la Mer Ligure, sur la zone Levant. Les données ont été acquises avec le sondeur EM300 lors de la campagne ESSAIS EM1000 de 1991.Le pas de la grille est de 50m.
DOI: 10.12770/9720d2e5-4e9b-4a9b-a25f-2aa444b4fe27
title: DCSMM2018 - D7C2 - Risque de modification de l'habitat "Roches et récifs biogènes infralittoraux"

description: Le risque que l’étendue spatiale d’un habitat benthique soit modifié par une condition hydrographique constitue l’un des critères de définition de l’impact d’une modification permanente des conditions hydrographiques sur les écosystèmes marins dans le cadre de la DCSMM (D7C2). Le bon état écologique de ce descripteur est atteint lorsqu'une modification permanente des conditions hydrographiques ne nuit pas aux écosystèmes marins.L’évaluation du critère s’appuie sur 22 grands types d’habitats benthiques. Elle a été réalisée sur 15 unités marines de rapportage issues du découpage des 4 sous-régions marines Manche-Mer du Nord, Mers Celtiques, Golfe de Gascogne et Méditerranée Occidentale, suivant le zonage DCE et la profondeur bathymétrique à la limite des 200m. L’unité de mesure est l’étendue de chaque type d’habitat subissant des effets néfastes, en kilomètres carrés ou en proportion de l’étendue naturelle totale de l’habitat dans la zone d’évaluation. Les données sont présentées sous la forme de fichiers de type tif. Conformément à l'avis donné dans la guidance 14, aucun jugement sur le statut "Bon état écologique" n'est requis.
DOI: 10.12770/b0ef4470-9d0d-456b-bb4c-0e3e00230694
title: DCSMM2018 - D7C2 - Risque de modification de l'habitat "Sables circalittoraux côtiers"

description: Le risque que l’étendue spatiale d’un habitat benthique soit modifié par une condition hydrographique constitue l’un des critères de définition de l’impact d’une modification permanente des conditions hydrographiques sur les écosystèmes marins dans le cadre de la DCSMM (D7C2). Le bon état écologique de ce descripteur est atteint lorsqu'une modification permanente des conditions hydrographiques ne nuit pas aux écosystèmes marins.L’évaluation du critère s’appuie sur 22 grands types d’habitats benthiques. Elle a été réalisée sur 15 unités marines de rapportage issues du découpage des 4 sous-régions marines Manche-Mer du Nord, Mers Celtiques, Golfe de Gascogne et Méditerranée Occidentale, suivant le zonage DCE et la profondeur bathymétrique à la limite des 200m. L’unité de mesure est l’étendue de chaque type d’habitat subissant des effets néfastes, en kilomètres carrés ou en proportion de l’étendue naturelle totale de l’habitat dans la zone d’évaluation. Les données sont présentées sous la forme de fichiers de type tif. Conformément à l'avis donné dans la guidance 14, aucun jugement sur le statut "Bon état écologique" n'est requis.
DOI: 10.12770/bc9ffb23-9940-44da-b350-af213c851842
title: Manche-Gascogne - 500m - Salinité au fond de l'océan

description: Cette climatologie à la résolution spatiale de 500 mètres a été établie à partir des archives de série temporelles issues du rejeu hydrodynamique réalisée avec le modèle MARS 3D et la librairie AGRIF le long de la façade atlantique française. La variable mise à disposition est la salinité. Les valeurs sont exprimées en psu. Le niveau vertical considéré est le fond de l'océan.
DOI: 10.12770/c4e371b1-e973-4d99-935c-9b410e3f3b18
title: DCSMM2018 - D9 - critère nationale 9.2 - Contamination par E.coli entre 2010 et 2015 pour le seuil de 230 E.coli/100g de CLI

description: La qualité des eaux de baignade et des produits de la mer destinés à la consommation humaine pour les contaminants microbiologiques est le critère national de définition du descripteur 9 de la DCSMM (9.2). Un des indicateurs retenus pour évaluer l’atteinte du bon état écologique pour ce critère (9.2.1) correspond aux niveaux de contamination microbiologique détectés et au nombre de dépassements des limites maximales pour E.coli dans les mollusques bivalves vivants, pour la période comprise dans le cycle DCSMM (2010-2015). Le bon état écologique est atteint pour un agent pathogène si sa concentration dans la matrice utilisée (espèces et tissus) respecte la limite maximale réglementaire. Les unités géographiques d’évaluation sont les zones de capture ou de production définies conformément à l’article 38 du règlement n°1379/2013 du Parlement et Conseil européen. Les données sont présentées sous la forme de fichiers de type shapefiles. L'unité de mesure de la concentration en E.coli dans les mollusques bivalves est le nombre le plus probable pour 100g de chair de liquide intra-valvaire.
DOI: 10.12770/cf00aa7b-67e7-49c4-8939-038c4a9d887f
title: ABYSS molecular comparisons

description: The abyssal seafloor covers more than 50% of planet Earth and is a large reservoir of still mostly undescribed biodiversity. It is increasingly under target of resource-extraction industries although being drastically understudied. In such remote and hard-to-access ecosystems, environmental DNA (eDNA) metabarcoding is a useful and efficient tool for studying biodiversity and implementing environmental impact assessments. Yet, eDNA analysis outcomes may be biased towards describing past rather than present communities as sediments contain both contemporary and ancient DNA. Using commercially available kits, we investigated the impacts of five molecular processing methods on DNA metabarcoding biodiversity inventories targeting prokaryotes (16S-V4V5), unicellular eukaryotes (18S-V4), and metazoans (18S-V1, COI). As the size distribution of ancient DNA is skewed towards small fragments, we evaluated the effect of removing short DNA fragments via size-selection and ethanol reconcentration using DNA extracted from 10 g of sediment at five deep-sea sites. We also compare communities revealed by DNA and RNA co-extracted from 2 g of sediment at the same sites. Results show that removing short DNA fragments does not affect alpha and beta diversity estimates in any of the biological compartments investigated. Results also confirm doubts regarding the possibility to better describe live communities using environmental RNA (eRNA). With ribosomal loci, RNA, while resolving similar spatial patterns than co-extracted DNA, resulted in significantly higher richness estimates, supporting hypotheses of increased persistence of ribosomal RNA (rRNA) in the environment and unmeasured bias due to over-abundance of rRNA and RNA release. With the mitochondrial locus, RNA detected lower metazoan richness and resolved less spatial patterns than co-extracted DNA, reflecting high messenger RNA lability. Results also highlight the importance of using large amounts of sediment (≥10 g) for accurately surveying eukaryotic diversity. We conclude that DNA should be favoured over RNA for logistically realistic, repeatable, and reliable surveys, and confirm that large sediment samples (≥10 g) deliver more complete and accurate assessments of benthic eukaryotic biodiversity and that increasing the number of biological rather than technical replicates is important to infer robust ecological patterns.The data associated to this work can be found following the link below, with raw sequencing data in the data/dna-sequence-raw folder, taxonomic assignment databases in the data/sequence-set-nucleic-acid folder, and all analyses outputs can be found in the /operation folder.The bioinformatic scripts can be downloaded from: https://gitlab.ifremer.fr/abyss-project
DOI: 10.12770/f9eff86b-6579-4e9f-bd48-01d4b17ece3a
title: DCSMM2018 - D9C1 - Cartographie de la contamination en yessotoxines chez les mollusques bivalves collectés entre 2010 et 2015

description: Le niveau de contaminants dans les tissus comestibles de produits de la mer capturés ou ramassés dans le milieu naturel constitue le critère de définition du descripteur 9 de la DCSMM (D9C1). L’indicateur retenu pour évaluer l’atteinte du bon état écologique pour ce critère (9.1.1) correspond aux niveaux réels des contaminants chimiques qui ont été détectés et le nombre de ces contaminants pour lesquels les teneurs maximales réglementaires ont été dépassées, pour la période comprise dans le cycle DCSMM (2010-2015). Le bon état écologique est atteint pour un contaminant si sa concentration dans la matrice utilisée (espèces et tissus) respecte la limite maximale réglementaire. Les unités géographiques d’évaluation sont les zones de capture ou de production définies conformément à l’article 38 du règlement n°1379/2013 du Parlement et Conseil européen. Les données sont présentées sous la forme de fichiers de type shapefile. L’évaluation des phytotoxines a été effectuée sur des mollusques bivalves, en μg par kg de poids frais pour les yessotoxines.Pour l'évaluation 2018, le bon état écologique pour les yessotoxines et les autres toxines lipophiles suivies est considéré comme non atteint pour les quatre sous-régions marines évaluées.
DOI: 10.12770/1809bc77-7691-4dc2-94f5-d44a784a316f
title: DCSMM2018 - D7C2 - Risque de modification de l'habitat "Vases circalittorales"

description: Le risque que l’étendue spatiale d’un habitat benthique soit modifié par une condition hydrographique constitue l’un des critères de définition de l’impact d’une modification permanente des conditions hydrographiques sur les écosystèmes marins dans le cadre de la DCSMM (D7C2). Le bon état écologique de ce descripteur est atteint lorsqu'une modification permanente des conditions hydrographiques ne nuit pas aux écosystèmes marins.L’évaluation du critère s’appuie sur 22 grands types d’habitats benthiques. Elle a été réalisée sur 15 unités marines de rapportage issues du découpage des 4 sous-régions marines Manche-Mer du Nord, Mers Celtiques, Golfe de Gascogne et Méditerranée Occidentale, suivant le zonage DCE et la profondeur bathymétrique à la limite des 200m. L’unité de mesure est l’étendue de chaque type d’habitat subissant des effets néfastes, en kilomètres carrés ou en proportion de l’étendue naturelle totale de l’habitat dans la zone d’évaluation. Les données sont présentées sous la forme de fichiers de type tif. Pour l'Atlantique, les données sont présentées sous la forme de deux fichiers, un pour les vases circalittorales côtières, et un pour les vases circalittorales du large. Conformément à l'avis donné dans la guidance 14, aucun jugement sur le statut "Bon état écologique" n'est requis.
DOI: 10.12770/49f91f57-0016-4da5-ad4e-d320ad00348f
title: 2018 - ADCP de coque des navires océanographiques français

description: Données de courantométrie mesurées en continu par un ADCP de coque (Acoustic Doppler Current Profiler), validées et agrégées pour l'année 2018.
DOI: 10.12770/7134e787-416e-4876-b84b-1ac65ca21f0d
title: Deep-sea bathymetric variables (slope, depth, BPI) on the North Atlantic

description: Distribution of three bathymetric terrain variables (depth, slope and Bathymetric Position Index) on the North Atlantic (18°N to 76°N and 36°E to 98°W). The three source layers (3km * 3km resolution) were computed within the work package 3 of EU ATLAS project, and derivated from the EMODnet Digital Bathymetry portal and the General Bathymetric Chart of the Oceans (GEBCO). The mean depth (m), slope (degree) and BPI (no unit) were calculated for each 25km * 25km gridsquare.This dataset was built to feed a basin-wide spatial conservation planning exercise, targeting the deep sea of the North Atlantic. The goal of this approach was to identify conservation priority areas for Vulnerable Marine Ecosystems (VMEs) and deep fish species, based on the distribution of species and habitats, human activities and current spatial management.
DOI: 10.12770/7e989e90-2a26-11e0-baa5-005056987263
title: Mosaïque d'imagerie acoustique du Cap Fréhel à Saint-Malo, campagne Crepe1 (réalisée en 1995, résolution 2.6m)

description: Mosaïque d'imagerie acoustique du Cap Fréhel à Saint-Malo. La résolution de l'image est de 2.6 mètres. Les données ont été acquises lors de la campagne océanographique Crepe1 en 1995 par sonar à balayage latéral Dowty
DOI: 10.12770/b5ba4ebb-e5fc-45e5-9b3e-5b5171cc26c3
title: DCSMM2018 - OM - D1C4 - Répartition spatiale des oiseaux en mer ("Goélands gris - Larus argentatus & Larus michahellis", 2011 - 2012)

description: La répartition spatiale constitue l’un des critères de définition du bon état écologique pour la composante "oiseaux marins" du descripteur 1 relatif à la biodiversité dans le cadre de la DCSMM (D1C4). Le bon état écologique des oiseaux marins est atteint lorsque la diversité biologique de cette composante écosystémique est conservée. Pour cela, l’’aire de répartition des espèces doit être conforme aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques dominantes. Les cartes de répartition spatiale des oiseaux en mer ont été obtenues à partir des données des campagnes aériennes SAMM et constituent l’état des lieux actuel qui servira de base de référence pour les comparaison avec les prochaines campagnes aériennes. Les unités géographiques d’évaluation sont les sous-régions marines de la DCSMM. Les groupes d’espèces utilisés pour l’évaluation sont ceux énumérés au tableau 2 « Groupes d’espèces d’oiseaux marins » (décision 2017/848/UE). Les données sont présentées sous forme de fichiers géoréférencés de type tiff.
DOI: 10.12770/e808b1f5-8294-469f-85ba-a3423edb791f
title: DCSMM2018 - D7C2 - Risque de modification de l'habitat "Roches et récifs biogènes circalittoraux du large"

description: Le risque que l’étendue spatiale d’un habitat benthique soit modifié par une condition hydrographique constitue l’un des critères de définition de l’impact d’une modification permanente des conditions hydrographiques sur les écosystèmes marins dans le cadre de la DCSMM (D7C2). Le bon état écologique de ce descripteur est atteint lorsqu'une modification permanente des conditions hydrographiques ne nuit pas aux écosystèmes marins.L’évaluation du critère s’appuie sur 22 grands types d’habitats benthiques. Elle a été réalisée sur 15 unités marines de rapportage issues du découpage des 4 sous-régions marines Manche-Mer du Nord, Mers Celtiques, Golfe de Gascogne et Méditerranée Occidentale, suivant le zonage DCE et la profondeur bathymétrique à la limite des 200m. L’unité de mesure est l’étendue de chaque type d’habitat subissant des effets néfastes, en kilomètres carrés ou en proportion de l’étendue naturelle totale de l’habitat dans la zone d’évaluation. Les données sont présentées sous la forme de fichiers de type tif. Conformément à l'avis donné dans la guidance 14, aucun jugement sur le statut "Bon état écologique" n'est requis.
DOI: 10.12770/ede92f58-5d9c-4f21-998e-8f27bf02127b
title: DCSMM2018 - OM - D1C4 - Répartition spatiale des oiseaux en mer ("Grands puffins - Puffinus gravis & Puffinus griseus", 2012)

description: La répartition spatiale constitue l’un des critères de définition du bon état écologique pour la composante "oiseaux marins" du descripteur 1 relatif à la biodiversité dans le cadre de la DCSMM (D1C4). Le bon état écologique des oiseaux marins est atteint lorsque la diversité biologique de cette composante écosystémique est conservée. Pour cela, l’aire de répartition des espèces doit être conforme aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques dominantes. Les cartes de répartition spatiale des oiseaux en mer ont été obtenues à partir des données des campagnes aériennes SAMM et constituent l’état des lieux actuel qui servira de base de référence pour les comparaison avec les prochaines campagnes aériennes. Les unités géographiques d’évaluation sont les sous-régions marines de la DCSMM. Les groupes d’espèces utilisés pour l’évaluation sont ceux énumérés au tableau 2 « Groupes d’espèces d’oiseaux marins » (décision 2017/848/UE). Les données sont présentées sous forme de fichiers géoréférencés de type tiff.
DOI: 10.12770/f21ee05d-1ad7-4200-b047-18170fed8411
title: DCSMM2018 - D9C1 - Cartographie de la contamination en 6-PCB-NDL chez les mollusques bivalves collectés entre 2010 et 2015

description: Le niveau de contaminants dans les tissus comestibles de produits de la mer capturés ou ramassés dans le milieu naturel constitue le critère de définition du descripteur 9 de la DCSMM (D9C1). L’indicateur retenu pour évaluer l’atteinte du bon état écologique pour ce critère (9.1.1) correspond aux niveaux réels des contaminants chimiques qui ont été détectés et le nombre de ces contaminants pour lesquels les teneurs maximales réglementaires ont été dépassées, pour la période comprise dans le cycle DCSMM (2010-2015). Le bon état écologique est atteint pour un contaminant si sa concentration dans la matrice utilisée (espèces et tissus) respecte la limite maximale réglementaire. Les unités géographiques d’évaluation sont les zones de capture ou de production définies conformément à l’article 38 du règlement n°1379/2013 du Parlement et Conseil européen. Les données sont présentées sous la forme d'un fichier de type shapefile.L’évaluation des contaminants a été effectuée sur des mollusques bivalves, en ng par kg de poids frais pour les 6 PCB-NDL. Ils sont constitués des PCB28, PCB52, PCB101, PCB138, PCB153 et PCB180.Pour l'évaluation 2018, le bon état écologique pour ces 6 PCB-NDL est considéré comme atteint pour la sous-région marine Méditerranée Occidentale, et non atteint pour les sous-régions marines Manche-Mer du Nord, Golfe de Gascogne et Mer Celtique.
DOI: 10.12770/f80abbff-e2c2-44bc-a2f5-e3c3fc9a3501
title: DCSMM2018 - OM - D1C4 - Répartition spatiale des oiseaux en mer ("Fulmars - Fulmarus glacialis", 2011 - 2012)

description: La répartition spatiale constitue l’un des critères de définition du bon état écologique pour la composante "oiseaux marins" du descripteur 1 relatif à la biodiversité dans le cadre de la DCSMM (D1C4). Le bon état écologique des oiseaux marins est atteint lorsque la diversité biologique de cette composante écosystémique est conservée. Pour cela, l’aire de répartition des espèces doit être conforme aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques dominantes. Les cartes de répartition spatiale des oiseaux en mer ont été obtenues à partir des données des campagnes aériennes SAMM et constituent l’état des lieux actuel qui servira de base de référence pour les comparaison avec les prochaines campagnes aériennes. Les unités géographiques d’évaluation sont les sous-régions marines de la DCSMM. Les groupes d’espèces utilisés pour l’évaluation sont ceux énumérés au tableau 2 « Groupes d’espèces d’oiseaux marins » (décision 2017/848/UE). Les données sont présentées sous forme de fichiers géoréférencés de type tiff.
DOI: 10.12770/04a6cd6d-7605-4210-96b9-406012896131
title: Effects of ocean acidification and temperature on mollusc larvae

description: Larvae from Pacific oyster, Manila clam, European abalone and great scallop were subjected to two temperatures and two pH over the course of early development. RNAseq data was collected in order to evaluate which genes are modulated in response to stress.