cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.6084/m9.figshare.21947502
title: Stress granule homeostasis is modulated by TRIM21-mediated ubiquitination of G3BP1 and autophagy-dependent elimination of stress granules

description: Eukaryotic stress granules (SGs) are highly dynamic assemblies of untranslated mRNAs and proteins that form through liquid-liquid phase separation (LLPS) under cellular stress. SG formation and elimination process is a conserved cellular strategy to promote cell survival, although the precise regulation of this process is poorly understood. Here, we screened six E3 ubiquitin ligases present in SGs and identified TRIM21 (tripartite motif containing 21) as a central regulator of SG homeostasis that is highly enriched in SGs of cells under arsenite-induced oxidative stress. Knockdown of <i>TRIM21</i> promotes SG formation whereas overexpression of <i>TRIM21</i> inhibits the formation of physiological and pathological SGs associated with neurodegenerative diseases. TRIM21 catalyzes K63-linked ubiquitination of the SG core protein, G3BP1 (G3BP stress granule assembly factor 1), and G3BP1 ubiquitination can effectively inhibit LLPS, <i>in vitro</i>. Recent reports suggested the involvement of macroautophagy/autophagy, as a stress response pathway, in the regulation of SG homeostasis. We systematically investigated well-defined autophagy receptors and identified SQSTM1/p62 (sequestosome 1) and CALCOCO2/NDP52 (calcium binding and coiled-coil domain 2) as the primary receptors that directly interact with G3BP1 during arsenite-induced stress. Endogenous SQSTM1 and CALCOCO2 localize to the periphery of SGs under oxidative stress and mediate SG elimination, as single knockout of each receptor causes accumulation of physiological and pathological SGs. Collectively, our study broadens the understanding in the regulation of SG homeostasis by showing that TRIM21 and autophagy receptors modulate SG formation and elimination respectively, suggesting the possibility of clinical targeting of these molecules in therapeutic strategies for neurodegenerative diseases. <b>Abbreviations:</b> ACTB: actin beta; ALS: amyotrophic lateral sclerosis; BafA1: bafilomycin A<sub>1</sub>; BECN1: beclin 1; C9orf72: C9orf72-SMCR8 complex subunit; CALCOCO2/NDP52: calcium binding and coiled-coil domain 2; Co-IP: co-immunoprecipitation; DAPI: 4’,6-diamidino-2-phenylindole; FTD: frontotemporal dementia; FUS: FUS RNA binding protein; G3BP1: G3BP stress granule assembly factor 1; GFP: green fluorescent protein; LLPS: liquid-liquid phase separation; MAP1LC3/LC3: microtubule associated protein 1 light chain 3; NBR1: NBR1 autophagy cargo receptor; NES: nuclear export signal; OPTN: optineurin; RFP: red fluorescent protein; SQSTM1/p62: sequestosome 1; SG: stress granule; TAX1BP1: Tax1 binding protein 1; TOLLIP: toll interacting protein; TRIM21: tripartite motif containing 21; TRIM56: tripartite motif containing 56; UB: ubiquitin; ULK1: unc-51 like autophagy activating kinase 1; WT: wild-type.
DOI: 10.6084/m9.figshare.21947502.v1
title: Stress granule homeostasis is modulated by TRIM21-mediated ubiquitination of G3BP1 and autophagy-dependent elimination of stress granules

description: Eukaryotic stress granules (SGs) are highly dynamic assemblies of untranslated mRNAs and proteins that form through liquid-liquid phase separation (LLPS) under cellular stress. SG formation and elimination process is a conserved cellular strategy to promote cell survival, although the precise regulation of this process is poorly understood. Here, we screened six E3 ubiquitin ligases present in SGs and identified TRIM21 (tripartite motif containing 21) as a central regulator of SG homeostasis that is highly enriched in SGs of cells under arsenite-induced oxidative stress. Knockdown of <i>TRIM21</i> promotes SG formation whereas overexpression of <i>TRIM21</i> inhibits the formation of physiological and pathological SGs associated with neurodegenerative diseases. TRIM21 catalyzes K63-linked ubiquitination of the SG core protein, G3BP1 (G3BP stress granule assembly factor 1), and G3BP1 ubiquitination can effectively inhibit LLPS, <i>in vitro</i>. Recent reports suggested the involvement of macroautophagy/autophagy, as a stress response pathway, in the regulation of SG homeostasis. We systematically investigated well-defined autophagy receptors and identified SQSTM1/p62 (sequestosome 1) and CALCOCO2/NDP52 (calcium binding and coiled-coil domain 2) as the primary receptors that directly interact with G3BP1 during arsenite-induced stress. Endogenous SQSTM1 and CALCOCO2 localize to the periphery of SGs under oxidative stress and mediate SG elimination, as single knockout of each receptor causes accumulation of physiological and pathological SGs. Collectively, our study broadens the understanding in the regulation of SG homeostasis by showing that TRIM21 and autophagy receptors modulate SG formation and elimination respectively, suggesting the possibility of clinical targeting of these molecules in therapeutic strategies for neurodegenerative diseases. <b>Abbreviations:</b> ACTB: actin beta; ALS: amyotrophic lateral sclerosis; BafA1: bafilomycin A<sub>1</sub>; BECN1: beclin 1; C9orf72: C9orf72-SMCR8 complex subunit; CALCOCO2/NDP52: calcium binding and coiled-coil domain 2; Co-IP: co-immunoprecipitation; DAPI: 4’,6-diamidino-2-phenylindole; FTD: frontotemporal dementia; FUS: FUS RNA binding protein; G3BP1: G3BP stress granule assembly factor 1; GFP: green fluorescent protein; LLPS: liquid-liquid phase separation; MAP1LC3/LC3: microtubule associated protein 1 light chain 3; NBR1: NBR1 autophagy cargo receptor; NES: nuclear export signal; OPTN: optineurin; RFP: red fluorescent protein; SQSTM1/p62: sequestosome 1; SG: stress granule; TAX1BP1: Tax1 binding protein 1; TOLLIP: toll interacting protein; TRIM21: tripartite motif containing 21; TRIM56: tripartite motif containing 56; UB: ubiquitin; ULK1: unc-51 like autophagy activating kinase 1; WT: wild-type.
DOI: 10.6084/m9.figshare.8840315
title: Additional file 6: of Nuclear factor of activated T-cells, NFATC1, governs FLT3ITD-driven hematopoietic stem cell transformation and a poor prognosis in AML

description: Table S1. PCR primer. (XLSX 36 kb)
DOI: 10.6084/m9.figshare.8840315.v1
title: Additional file 6: of Nuclear factor of activated T-cells, NFATC1, governs FLT3ITD-driven hematopoietic stem cell transformation and a poor prognosis in AML

description: Table S1. PCR primer. (XLSX 36 kb)
DOI: 10.15468/wpbhgb
title: Parc éolien de Pays d'Othe-Pays d'Othe Mortalité Chiroptères 2019

description: Suivi environnemental - Mai à octobre 2019 - Données brutes de mortalité des chiroptères
DOI: 10.15468/tmmbqx
title: Projet de centrale photovoltaïque de Saints-Geosmes-Inventaires_faune_SGS_2019-2021

description: Espèces faunistiques recensées au cours des inventaires pour le développement de la centrale PV de Saints-Geosmes
DOI: 10.34808/cebn-s045
title: Photographic documentation of St. Andrew’s Church in Osiek (Oświęcim County, Lesser Poland) at the turn of the 19th and 20th centuries

description: This dataset presents photographic documentation of the St. Andrew’s Church settled in Osiek (Oświęcim County, Małopolskie Voivodeship – Lesser Poland), built in 1538-1549. This wooden church is a late-gothic Silesian-style building. Inside the church are the baroque main altar and the rococo pulpit, shaped like a boat from the second half of the 18th century. The church is located on the Wooden Architecture Route in Małopolska.
The dataset contains images retrieved from digital repositories/libraries and archives in February 2024. It shows the condition of the building from the turn of the 20th century. The dataset also contains one photo of the pulpit.
DOI: 10.15468/k2nb5m
title: demande de dérogation aux interdictions porté aux espèces protégées présentes sur le site de projets 1 et 2 portée par la SNC FP DONZERE, Parc des Eoliennes sur la commune de Donzère ( 26) - Reptiles - Inventaire non standardisé.

description: Liste des reptiles observés dans le cadre des prospections de terrain réalisées au niveau du site des projets 1 et 2 portée par la SNC FP DONZERE, Parc des Eoliennes sur la commune de Donzère (26).
DOI: 10.15468/nnu9d9
title: Ferme éolienne de Massay 2 SAS - Suivi mortalité chiroptères

description: Suivi mortalité chiroptères des trois premières années de mise en service du parc
DOI: 10.15468/xjkfz4
title: projet centrale photovoltaïque de Poiseul - Insectes - Inventaire non protocolé

description: Listes des insectes observés dans le cadre des prospections de terrain réalisées au niveau de l'aire d'étude du projet photovoltaïque de Poiseul-la-Ville-et-Laperrière (21)
DOI: 10.15468/pq4daf
title: Données chiroptères - Parc éolien de Saulnois

description: Études chiroptérologiques menées dans le cadre du développement du parc éolien de Saulnois, en 2016 et 2018
DOI: 10.15468/fqj4xd
title: Parc éolien d'Orvilliers Saint Julien - Suivi nichoirs chiroptères 2019 parc éolien Orvilliers

description: Suivi de la fréquentation des nichoirs à chiroptères en 2019 sur le parc éolien d'Orvilliers Saint Julien
DOI: 10.15468/hvwzg9
title: Suivi de mesures compensatoires RD45 - Chiroptères 2019

description: Prospections chiroptérologiques de 2019
DOI: 10.25398/rd.northumbria.25298449
title: Fieldnotes and focus group transcripts on VAWG in the Night-Time economy, including with police officers, support agencies, activists and campaigners

description: The dataset comprises of a series of fieldnotes from observation of policing VAWG in the Night-Time Economy and focus groups with police and other partners.
DOI: 10.25398/rd.northumbria.25298449.v1
title: Fieldnotes and focus group transcripts on VAWG in the Night-Time economy, including with police officers, support agencies, activists and campaigners

description: The dataset comprises of a series of fieldnotes from observation of policing VAWG in the Night-Time Economy and focus groups with police and other partners.
DOI: 10.15468/r6dvmh
title: Centrale hydroélectrique l'Embruneraie-peches

description: peches / Le projet est de construire une centrale hydroélectrique d'une puissance de 997 kW net qui turbinera les eaux du Pleynet. Il vise la production d'énergie renouvelable. Il produira chaque année l'équivalent de la consommation de 899 foyers Français, soit environ deux fois les besoins du Haut Breda. La prise d'eau située à l'Embruneraie dérivera une partie de l'eau. Un débit réservé sera maintenu en permanence dans le lit naturel. La prise d'eau Coanda permettra la dévalaison des poissons. L'eau sera ensuite dirigée dans une conduite forcée enterrée sous la route forestière existante. L'eau est intégralement restituée dans le Pleynet à l'usine à Fond de France. Le projet est réalisé en partenariat avec la communauté de communes du Grésivaudan pour la mise au normes de la station d'eaux usées de la STEP du Pleynet.
DOI: 10.15468/39m6dd
title: projet centrale photovoltaïque de Trouhaut - Chauves-souris - Points d'écoute au sol

description: Listes des chauves-souris contactées grâce à des points d'écoute au sol au niveau de l'aire d'étude du projet photovoltaïque de Trouhaut (21)
DOI: 10.15468/kfngmw
title: Suivi de mesures compensatoires RD45 - Insectes 2019

description: Prospections odonates, lépidoptères rhopalocères, orthoptères
DOI: 10.15468/vdsc8y
title: Suivis environnementaux 2019-PARC EOLIEN DE LA BRUYERE - Suivis 2019 - Mortalité

description: Suivis environnementaux de parc éolien en exploitation: PARC EOLIEN DE LA BRUYERE. Réalisés dans le cadre du protocole national des suivis post installation publié par le Ministère en mars 2018
DOI: 10.15468/nmaqcq
title: Téléversement données de biodiversité du parc éolien de Chassepain - Chauves-souris - Inventaire non protocolé - 2019

description: Liste des cadavres de chauves-souris ramassés dans le cadre du suivi de mortalité réalisé au niveau du parc éolien de Chassepain, dans l'Indre (36)
DOI: 10.15468/upkp3h
title: projet centrale photovoltaïque de Selongey - Chauves-souris - Points d'écoute au sol

description: Listes des chauves-souris contactées grâce à des points d'écoute au sol au niveau de l'aire d'étude du projet photovoltaïque de Selongey (21)
DOI: 10.15468/chrhu3
title: 30 - Inventaires mycologiques - RENECOFOR

description: RENECOFOR / Acquisition de données d'inventaire de la fonge réalisé à la demande d'un commanditaire public
DOI: 10.15468/ejzdvr
title: Parc éolien de La Saronde - Suivi mortalité avifaune 2019 parc éolien La Saronde

description: Suivi de la mortalité de l'avifaune en 2019 sur le parc éolien de la Saronde
DOI: 10.15468/p7dxw6
title: Données herbier P.-A. Moreau - Export données France P-A. Moreau

description: Extrait de la base récoltes et herbiers P.-A. Moreau Savoie-Isère-Ile-de-France - Juillet 2020
DOI: 10.15468/qcgfd3
title: Implantation d'une plateforme logistique et de bureaux du siège social régional , Parc des Éoliennes sur la commune de Donzère(26) - Reptiles - Inventaire non standardisé.

description: Liste des reptiles observés dans le cadre des prospections de terrain réalisées au niveau de l'aire d'étude du projet d'implantation d'une plateforme logistique et de bureaux de siège social régional à Donzère (26), ITM LAI. Géolocalisation à l'échelle de l'aire d'étude et localisation précise des observations de chaque individu.
DOI: 10.6084/m9.figshare.8840333
title: Additional file 7: of Nuclear factor of activated T-cells, NFATC1, governs FLT3ITD-driven hematopoietic stem cell transformation and a poor prognosis in AML

description: Table S2. Antibodies. (XLSX 42 kb)
DOI: 10.6084/m9.figshare.8840333.v1
title: Additional file 7: of Nuclear factor of activated T-cells, NFATC1, governs FLT3ITD-driven hematopoietic stem cell transformation and a poor prognosis in AML

description: Table S2. Antibodies. (XLSX 42 kb)
DOI: 10.15468/5pwmpe
title: 2007-2022_nibr_simpl_fg

description: 2007-2022_nibr_simpl_fg DATA
DOI: 10.15468/4fzs6a
title: Atlas Mycologique des Hauts-de-France - Données diverses-Données mycologiques personnelles SMNF (Lille) 2021

description: Données mycologiques personnelles fournies par les membres de l'ABMARS (Senlis) dans le cadre du projet Atlas Mycologique des Hauts-de-France (hdf.adonif.fr) jusqu'au 31/12/2021
DOI: 10.15468/7u2shn
title: Parc éolien de Rougemont 1 Suivi environnementale du parc éolien année 2018 - ROU1_2018_compilation avifaune

description: Jeu de données regroupant l'ensemble des espèces avifaunes répertoriées lors du suivi 2018
DOI: 10.15468/5hpx77
title: Herbarium SZUB - Fungi Collections

description: The collection of non-lichenized fungi of Herbarium Stetinense (SZUB), Institute of Biology, University of Szczecin, Poland.
DOI: 10.15468/dq2fft
title: Ferme éolienne de Massay 2 SAS - Suivi environnemental sur 4 années pour la mortalité des chiroptères

description: Suivi de mortalité pour les chiroptères sur 4 années
DOI: 10.15468/hr5eej
title: Données invertébrés saisies sous BioloVision Auvergne-Rhône-Alpes - Données saisies par Arthropologia

description: Données saisies par Arthropologia
DOI: 10.15468/9egsvq
title: 2020_Parc National de Port Cros_10

description: 2020_PNPC_puffins_2:Parc National de Port Cros
DOI: 10.15468/mx7pe8
title: Inventaire National - Sarthe - Export Société Mycologique de la Sarthe

description: Récoltes transmises à R. Courtecuise par la Société mycologique de la Sarthe et du Pays Bellêmois dans le cadre du programme "Inventaire et cartographie des Mycota français" - Juillet 2020
DOI: 10.15468/yasgyr
title: projet centrale photovoltaïque de Trouhaut - Insectes - Inventaire non protocolé

description: Listes des insectes observés dans le cadre des prospections de terrain réalisées au niveau de l'aire d'étude du projet photovoltaïque de Trouhaut (21)
DOI: 10.15468/hgauge
title: projet centrale photovoltaïque de Poiseul - Chauves-souris - Points d'écoute au sol

description: Listes des chauves-souris contactées grâce à des points d'écoute au sol au niveau de l'aire d'étude du projet photovoltaïque de Poiseul-la-Ville-et-Laperrière (21)
DOI: 10.6084/m9.figshare.8840342
title: Additional file 8: of Nuclear factor of activated T-cells, NFATC1, governs FLT3ITD-driven hematopoietic stem cell transformation and a poor prognosis in AML

description: Table S3. Counts. (XLSX 898 kb)
DOI: 10.15468/tdr2sr
title: 2020_LPO PACA_5

description: 2019_LPO-PACA_SIFRO_CAPL:LPO PACA
DOI: 10.6084/m9.figshare.8840342.v1
title: Additional file 8: of Nuclear factor of activated T-cells, NFATC1, governs FLT3ITD-driven hematopoietic stem cell transformation and a poor prognosis in AML

description: Table S3. Counts. (XLSX 898 kb)
DOI: 10.15468/szpj92
title: Projet de création de la ZAC BRON PARILLY - Reptiles - Inventaire non standardisé.

description: Liste des reptiles observés dans le cadre des prospections de terrain réalisées au niveau de l'aire d'étude du projet quartier de Parilly Centre et Sud (69) - Métropole du Grand Lyon. Géolocalisation précise des observations de chaque individu.
DOI: 10.15468/qxy2jd
title: 2020_Ecosphère_2

description: 2020_ECOSPHERE_Entraigues:Ecosphère
DOI: 10.15468/3qedjc
title: projet centrale photovoltaïque de Trouhaut - Mammifères - Inventaire non protocolé

description: Listes des mammifères observés dans le cadre des prospections de terrain réalisées au niveau de l'aire d'étude du projet photovoltaïque de Trouhaut (21)
DOI: 10.15468/c8a7z2
title: FERME DE LA BESSIERE_SUIVIS ENVIRONNEMENTAUX_2017-2018-2019 - FE DE LA BESSIERE_suivi mortalite 2019

description: Données issues du suivi mortalité 2019 du parc éolien de la Bessière
DOI: 10.15468/qqfu6g
title: Parc éolien de Rougemont 2 Suivi environnementale du parc éolien année 2018 - ROU2_2018_Compilation avifaune

description: Jeu de données regroupant l'ensemble des espèces avifaunes répertoriées lors du suivi 2019 Protocole de collecte restreint spatialement
DOI: 10.15468/mnqf5h
title: Projet de création de la ZAC BRON PARILLY - Chiroptères - Inventaire non standardisé.

description: Listes des chiroptères contactées grâce à de l'écoute active au niveau de l'aire d'étude du projet quartier de Parilly Centre et Sud (69) - Métropole du Grand Lyon.
DOI: 10.34808/55jg-z389
title: Results of modeling of pharmaceuticals mixtures toxicity with deviation ratio and best-fit functions models using Aliivibrio fischeri bacterium as model organism

description: The research was concerned with verifying the impact of mixtures of nine pharmaceuticals against a selected organism, i.e., the bacterium Aliivibrio fischeri. A. fisheri is used as a model organism in the monitoring of acute toxicity in environmental and reference samples in Microtox® systems.  Tested pharmaceuticals, namely: diclofenac (sodium salt), oxytetracycline, hydrochloride, fluoxetine hydrochloride, chloramphenicol, ketoprofen, progesterone, estrone, androstenedione and gemfibrozil, are widely used in various therapeutic treatments. 
The major idea of the modeling of the results (effects) from the simultaneous action of two drugs in Microtox® test for ecotoxicity is as follows:
– to find a best-fit-function describing adequately the experimental points (in concentration relations 100/0; 100/33.3 and 100/66.7) for each couple of drugs (A and B) checking both the impact of B on A and, vice versa, A on B;
– to determine the specific parameters of the best-fit function;
– to compare the models from the best-fit function assuming that independent action (IA) for both members of the drug mixture is better if themodel was one and the same and if the specific coefficients of the model are statistically equal for A/B and B/A impact;
Studies were conducted between 2015.
These results are part of the manuscript published in Science of the Total Environment (https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2016.07.186)
DOI: 10.15468/dpcs32
title: Suivi post-implantation du parc éolien du Haut Cabardès en 2019

description: Suivi de la mortalité des oiseaux et des chauves-souris Suivi de l'activité des chiroptères en nacelle d'éolienne
DOI: 10.15468/sghywa
title: 2020_Parc National de Port Cros_14

description: 2020_PNPC_Geckos_PRL:Parc National de Port Cros
DOI: 10.6084/m9.figshare.8840357
title: Additional file 9: of Nuclear factor of activated T-cells, NFATC1, governs FLT3ITD-driven hematopoietic stem cell transformation and a poor prognosis in AML

description: Table S4. DE genes. (XLSX 4937 kb)
DOI: 10.6084/m9.figshare.8840357.v1
title: Additional file 9: of Nuclear factor of activated T-cells, NFATC1, governs FLT3ITD-driven hematopoietic stem cell transformation and a poor prognosis in AML

description: Table S4. DE genes. (XLSX 4937 kb)
DOI: 10.6084/m9.figshare.7791803
title: Geochronological and geochemical constraints on Late Cryogenian to Early Ediacaran magmatic rocks on the northern Tarim Craton: implications for tectonic setting and affinity with Gondwana

description: The Tarim Craton provides a geologic record of both the fragmentation of the Rodinian supercontinent and the subsequent assembly of Gondwana. However, the timing and interactions of these radically different tectonic processes remain contested. A critical part of this debate revolves around the Late Cryogenian-Ediacaran igneous rocks along the Craton’s northern margin, specifically, whether they record super-plume related Rodinian breakup or Gondwanan orogeny. To address this issue, we present zircon U-Pb-Hf isotopic data and whole rock geochemistry from Late Cryogenian to Early Ediacaran granitoids of the northern Tarim Craton. U-Pb zircon ages reveal three magmatic periods along the northern Tarim margin: ca. 660–640 Ma, 635–625 Ma and 620–600 Ma, associated with small scale felsic and mafic magmas. These granitoids have an A2-type affinity and are enriched in alkalines, but are depleted in Nb, Ta, Sr, P and Ti. Elemental data and generally negative εHf(t) values (−13.96 to 1.65) suggest that they were mainly derived from partial melting of enriched, subduction-modified lithospheric mantle triggered by upwelling of the asthenospheric mantle along the active continental margin of northern Tarim. We suggest that the Tarim Craton travelled as an isolated plate for much of the Late Neoproterozoic, near the outer part of Rodinia and subsequently Gondwana. During this time it was affected by localized and periodic subduction-related intrusion and eruption. However, within the samples of this study, there is no U-Pb-Hf isotopic and whole-rock geochemical evidence to support either super-plume-related rifting (i.e. Rodinian breakup) or Pan-African orogeny (i.e. Gondwanan assembly).