cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.14457/tu.the.2010.709
title: การเปิดรับข่าวสารสุขภาพ ทัศนคติ และพฤติกรรมในเรื่องการดูแลสุขภาพ ของผู้อ่านนิตยสารสุขภาพในเขตกรุงเทพมหานคร /
DOI: 10.14457/tu.the.2010.710
title: การรับรู้และความคิดเห็นเกี่ยวกับบทความเชิงโฆษณา เรื่อง "ไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009" /
DOI: 10.14457/tu.the.2010.711
title: การใช้คอมพิวเตอร์ช่วยจำลองการรักษามะเร็งตับ โดยใช้คลื่นไมโครเวฟผ่านท่อนำคลื่น /
DOI: 10.14457/tu.the.2010.712
title: หนังสือพิมพ์ไทยรายวัน กับการสร้างภาพลักษณ์นายสมัคร สุนทรเวช [29 มกราคม - 9 กันยายน 2551] /
DOI: 10.14457/tu.the.2010.713
title: การวิเคราะห์ Response Surface สำหรับการผลิตไบโอดีเซลจากน้ำมันที่ใช้แล้ว ซึ่งประกอบด้วยกรดไขมันอิสระสูง /
DOI: 10.14457/tu.the.2010.714
title: การศึกษาผลกระทบของการใช้ยางรถยนต์ที่ใช้แล้วเป็นเชื้อเพลิงร่วมในการผลิตปูนซีเมนต์ /
DOI: 10.14457/oer.img.2015.720
title: ภาพถ่ายริมแม่น้ำปิง จังหวัดกำแพงเพชร
DOI: 10.14457/oer.img.2015.721
title: ขนมเทียน
DOI: 10.14457/oer.img.2015.722
title: ของเล่น
DOI: 10.14457/oer.img.2015.723
title: เทคโนโลยี
DOI: 10.14457/oer.obj.2015.91
title: ศิลปวัฒนธรรม
DOI: 10.14457/oer.img.2015.724
title: รถ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.725
title: ฮูลาฮูป
DOI: 10.14457/oer.img.2015.726
title: ขนม
DOI: 10.14457/oer.img.2015.727
title: ปลาทู
DOI: 10.14457/oer.img.2015.728
title: ขนมปังกรอบ
DOI: 10.14457/oer.obj.2015.92
title: อาหารเช้า
DOI: 10.14457/oer.obj.2015.93
title: London Eye
DOI: 10.14457/oer.obj.2015.94
title: ดอกกุหลาบ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.729
title: ตัวอย่างใบงานการเก็บข้อมูลการประกอบอาชีพในท้องถิ่น
DOI: 10.14457/oer.img.2015.730
title: ตู้บัตรรายการ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.731
title: ส้มตำไข่เค็ม
DOI: 10.14457/oer.img.2015.732
title: อาหารญี่ปุ่น
DOI: 10.14457/oer.img.2015.733
title: คู่มือการพัฒนาห้องสมุดดิจิทัลด้วย Greenstone
DOI: 10.14457/oer.img.2015.734
title: ดอกกุหลาบ
DOI: 10.5281/zenodo.1134869
title: Molecular Dynamics Simulation Trajectory Of An Anionic Lipid Bilayer: 100 Mol% Pops With Na+ Counterions Using Ff99 Ions

description: <strong>System: </strong>Symmetric bilayer of anionic POPS (palmitoyl-oleoyl-phosphatidylserine 100 mol-%) lipids with sodium (Na<sup>+</sup>) counter ions.

<strong>Number of POPS:</strong> 128.<br>
<strong>Number of Na<sup>+</sup>-ions:</strong> 128.<br>
<strong>Number of waters:</strong> 4480.

<strong>Lipid model:</strong> Amber Lipid 17 [IR Gould, AA Skjevik, CJ Dickson, BD Madej, RC Walker: "Lipid17: A Comprehensive AMBER Force Field for the Simulation of Zwitterionic and Anionic Lipids" in prep. (2018)].

<strong>Ion model:</strong> Amber ff99 [J Åqvist <em>J. Phys. Chem.</em> <strong>94</strong> 8021 (1990)].

<strong>Water model:</strong> TIP3P [WL Jorgensen, J Chandrasekhar, JD Madura, RW Impey, ML Klein <em>J. Chem. Phys.</em> <strong>79</strong> 926 (1983)].

<strong>Simulation engine:</strong> Amber16 [DA Case et al. <em>AMBER 2017</em> UCSF (2017)].

<strong>Number of independent repeats per setup: </strong>2.<br>
<strong>Trajectory lengths per repeat:</strong> 400 ns + 100 ns.<br>
<strong>Previously equilibrated for:</strong> 100 ns.<br>
<strong>Sampling rate:</strong> every 10 ps.

<strong>Time integration step:</strong> 2 fs.

<strong>Thermodynamic ensemble:</strong> NpT. <br>
<strong>Temperature coupling:</strong> 'Langevin' at T = 298 K.<br>
<strong>Pressure coupling: '</strong>Berendsen' [<em>J. Chem. Phys.</em> <strong>81</strong> 3684 (1984); <em>J. Chem. Phys.</em> <strong>103</strong> 10252 (1995)] with xy and z coupled separately at p = 1.0 bar with no surface tension.

<strong>Electrostatics: </strong>PME [<em>J. Chem. Phys.</em> <strong>98</strong> 10089 (1993);<em> J. Chem. Theory Comput.</em> <strong>9</strong> 3878 (2013)].<br>
<strong>Van der Waals:</strong> Turned off between 1.0 nm and 1.5 nm.

<strong>Constraints: </strong>Lengths of covalent bonds involving Hydrogens in lipids using SHAKE [<em>J. Comput. Phys.</em> <strong>23</strong> 327 (1977)], in water using SETTLE [<em>J. Comput. Chem. </em><strong>13</strong> 952 (1992)].

<strong>Used in publications: </strong>OHS Ollila et al. "NMRlipids IV: Headgroup & glycerol backbone structures, and cation binding in bilayers with PS lipids" in prep (2018).
description: B.K. acknowledges financial support from International Max Planck Research School on Multiscale Bio-Systems
DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc1z0257
title: CCDC 1817318: Experimental Crystal Structure Determination

description: Related Article: Jian-Quan Liu|2018|CSD Communication|||
description: An entry from the Cambridge Structural Database, the world’s repository for small molecule crystal structures. The entry contains experimental data from a crystal diffraction study. The deposited dataset for this entry is freely available from the CCDC and typically includes 3D coordinates, cell parameters, space group, experimental conditions and quality measures.
DOI: 10.14457/oer.img.2015.735
title: ปลาหมึกเผา
DOI: 10.14457/oer.img.2015.736
title: ปิระมิด
DOI: 10.14457/oer.img.2015.737
title: การจัดแต่งนิทรรศการ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.738
title: การจัดแต่งร้านอาหาร
DOI: 10.14457/oer.img.2015.739
title: บ้านริมน้ำ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.740
title: แฟ้มวารสาร
DOI: 10.14457/oer.img.2015.741
title: การจัดแสดงวารสาร
DOI: 10.14457/oer.obj.2015.95
title: เครื่องเล่นเด็ก
DOI: 10.14457/oer.obj.2015.96
title: อาคารรัฐสภาอังกฤษ
DOI: 10.5281/zenodo.1134868
title: Molecular Dynamics Simulation Trajectory Of An Anionic Lipid Bilayer: 100 Mol% Pops With Na+ Counterions Using Ff99 Ions

description: <strong>System: </strong>Symmetric bilayer of anionic POPS (palmitoyl-oleoyl-phosphatidylserine 100 mol-%) lipids with sodium (Na<sup>+</sup>) counter ions.

<strong>Number of POPS:</strong> 128.<br>
<strong>Number of Na<sup>+</sup>-ions:</strong> 128.<br>
<strong>Number of waters:</strong> 4480.

<strong>Lipid model:</strong> Amber Lipid 17 [IR Gould, AA Skjevik, CJ Dickson, BD Madej, RC Walker: "Lipid17: A Comprehensive AMBER Force Field for the Simulation of Zwitterionic and Anionic Lipids" in prep. (2018)].

<strong>Ion model:</strong> Amber ff99 [J Åqvist <em>J. Phys. Chem.</em> <strong>94</strong> 8021 (1990)].

<strong>Water model:</strong> TIP3P [WL Jorgensen, J Chandrasekhar, JD Madura, RW Impey, ML Klein <em>J. Chem. Phys.</em> <strong>79</strong> 926 (1983)].

<strong>Simulation engine:</strong> Amber16 [DA Case et al. <em>AMBER 2017</em> UCSF (2017)].

<strong>Number of independent repeats per setup: </strong>2.<br>
<strong>Trajectory lengths per repeat:</strong> 400 ns + 100 ns.<br>
<strong>Previously equilibrated for:</strong> 100 ns.<br>
<strong>Sampling rate:</strong> every 10 ps.

<strong>Time integration step:</strong> 2 fs.

<strong>Thermodynamic ensemble:</strong> NpT. <br>
<strong>Temperature coupling:</strong> 'Langevin' at T = 298 K.<br>
<strong>Pressure coupling: '</strong>Berendsen' [<em>J. Chem. Phys.</em> <strong>81</strong> 3684 (1984); <em>J. Chem. Phys.</em> <strong>103</strong> 10252 (1995)] with xy and z coupled separately at p = 1.0 bar with no surface tension.

<strong>Electrostatics: </strong>PME [<em>J. Chem. Phys.</em> <strong>98</strong> 10089 (1993);<em> J. Chem. Theory Comput.</em> <strong>9</strong> 3878 (2013)].<br>
<strong>Van der Waals:</strong> Turned off between 1.0 nm and 1.5 nm.

<strong>Constraints: </strong>Lengths of covalent bonds involving Hydrogens in lipids using SHAKE [<em>J. Comput. Phys.</em> <strong>23</strong> 327 (1977)], in water using SETTLE [<em>J. Comput. Chem. </em><strong>13</strong> 952 (1992)].

<strong>Used in publications: </strong>OHS Ollila et al. "NMRlipids IV: Headgroup & glycerol backbone structures, and cation binding in bilayers with PS lipids" in prep (2018).
description: B.K. acknowledges financial support from International Max Planck Research School on Multiscale Bio-Systems
DOI: 10.5281/zenodo.1147727
title: Raw Data Nature 533:47 Fig.5A

description: Raw data of nature paper Vol. 533:47-51 (2016) Fig.5a is provided. Fig. 5a consists of two curves (Th229 and U233). Each curve consists of 16 data points and each data point was evaluated from 300 individual image frames of 4 s exposure time. The Matlab files used for image evaluation are also contained: Run "process_images_6" on an image folder to add up all image frames. Then run "process_counts_2_clean" to obtain the background corrected number of counts in the region of interest. You will find the number in the dataset of Matlab file "nature_figure_5a" which produces the figure as presented in the paper.

Data files Fig. 5a:

Th229: -100V:1105_image22(2014), -90V:1105_image20(2014), -80V:1105_image18(2014), -70V:1105_image16(2014), -60V:1105_image14(2014), -50V:1105_image12(2014), -40V:1105_image10(2014), -30V:1105_image8(2014), -20V:1105_image6(2014), -10V:1105_image4(2014), -5V:1106_image9(2014), -2.5V:1106_image11(2014), -1V:1106_image13(2014), -0.5V: 1106_image15(2014), 0V:1106_image3(2014), +5V:1106_image7(2014).

U233: -100V:1105_image21(2014), -90V:1105_image19(2014), -80V:1105_image17(2014), -70V:1105_image15(2014), -60V:1105_image13(2014), -50V:1105_image11(2014), -40V:1105_image9(2014), -30V:1105_image7(2014), -20V:1105_image5(2014), -10V:1105_image3(2014), -5V:1106_image10(2014), -2.5V:1106_image12(2014), -1V:1106_image14(2014), -0.5V:1106_image16(2014), 0V:1106_image4(2014), +5V:1106_image8(2014).
DOI: 10.5281/zenodo.1147728
title: Raw Data Nature 533:47 Fig.5A

description: Raw data of nature paper Vol. 533:47-51 (2016) Fig.5a is provided. Fig. 5a consists of two curves (Th229 and U233). Each curve consists of 16 data points and each data point was evaluated from 300 individual image frames of 4 s exposure time. The Matlab files used for image evaluation are also contained: Run "process_images_6" on an image folder to add up all image frames. Then run "process_counts_2_clean" to obtain the background corrected number of counts in the region of interest. You will find the number in the dataset of Matlab file "nature_figure_5a" which produces the figure as presented in the paper.

Data files Fig. 5a:

Th229: -100V:1105_image22(2014), -90V:1105_image20(2014), -80V:1105_image18(2014), -70V:1105_image16(2014), -60V:1105_image14(2014), -50V:1105_image12(2014), -40V:1105_image10(2014), -30V:1105_image8(2014), -20V:1105_image6(2014), -10V:1105_image4(2014), -5V:1106_image9(2014), -2.5V:1106_image11(2014), -1V:1106_image13(2014), -0.5V: 1106_image15(2014), 0V:1106_image3(2014), +5V:1106_image7(2014).

U233: -100V:1105_image21(2014), -90V:1105_image19(2014), -80V:1105_image17(2014), -70V:1105_image15(2014), -60V:1105_image13(2014), -50V:1105_image11(2014), -40V:1105_image9(2014), -30V:1105_image7(2014), -20V:1105_image5(2014), -10V:1105_image3(2014), -5V:1106_image10(2014), -2.5V:1106_image12(2014), -1V:1106_image14(2014), -0.5V:1106_image16(2014), 0V:1106_image4(2014), +5V:1106_image8(2014).
DOI: 10.5281/zenodo.1147957
title: Invid Fake Video Corpus V2.0

description: The InVID TV Fake Video Corpus was developed in the context of the InVID project with the aim of gaining a perspective of the types of fake video that can be encountered in the real world. The dataset does not aspire to serve as an exhaustive list of all forgeries that have circulated the Web in the past, but we intend to maintain and extend it throughout the course of the project as new cases arise. 

The collection is a collaborative effort between AFP and CERTH-ITI. This is the second version of the dataset, containing 117 fake videos and 110 real videos, alongside annotations and descriptions. As we do not own the rights to the videos, the dataset only contains the video URLs and annotations.
description: {"references": ["Version v1.0 DOI: 10.5281/zenodo.242481"]}
DOI: 10.14457/oer.img.2015.742
title: ผ้าไทย
DOI: 10.14457/oer.img.2015.743
title: เครื่องวัดความดัน
DOI: 10.14457/oer.img.2015.744
title: สปาเก็ตตี้ขี้เมาทะเล
DOI: 10.14457/oer.img.2015.745
title: โคมไฟจากกะลามะพร้่าว
DOI: 10.14457/oer.img.2015.746
title: ตู้นอนของรถไฟ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.747
title: สลัดผัก
DOI: 10.14457/oer.img.2015.748
title: บริการอาหารเช้า
DOI: 10.14457/sdu.res.2014.69
title: แนวทางในการจัดการความรู้ภูมิปัญญาท้องถิ่นในการทำขันลงหิน ของชุมชนบทบ้านบุ เขตบางกอกน้อย
DOI: 10.14457/sdu.res.2014.71
title: รูปแบบภาวะผู้นำกับความสุขในการทำงานของพนักงานในองค์การที่ได้รับรางวัลองค์การรักษามาตรฐานความเป็นองค์การสุขภาวะ
DOI: 10.14457/sdu.res.2015.45
title: ความเข้มแข็งขององค์กรชุมชน : กรณีศึกษาความสามารถในการดำเนินงานขององค์กรชุมชนในจังหวัดสุพรรณบุรี
DOI: 10.14457/oer.img.2015.749
title: ดอกบัวสีม่วง
DOI: 10.14457/oer.img.2015.750
title: อาหารปิ้งย่าง
DOI: 10.14457/oer.img.2015.751
title: สลัด
DOI: 10.14457/oer.img.2015.752
title: อาหารเช้า
DOI: 10.14457/oer.img.2015.753
title: พระอาทิตย์ตก
DOI: 10.14457/psu.res.2012.31
title: การจัดสรรทรัพยากรคลื่นวิทยุสำหรับเครือข่ายเซนเซอร์และควบคุมไร้สายเฉพาะกิจ
DOI: 10.14457/su.res.2014.50
title: ลวดลายกระบวนจีนในกรุพระปรางค์วัดราชบูรณะ : มุมมองใหม่
DOI: 10.14457/kmitl.res.2014.157
title: กลยุทธ์ทางการตลาดผลิตภัณฑ์สมุนไพรของกลุ่มวิสาหกิจชุมชน
DOI: 10.14457/kmitl.res.2014.159
title: การออกแบบ/สร้างต้นแบบเครื่องสเปกโทรมิเตอร์อย่างง่าย
DOI: 10.14457/kmitl.res.2014.161
title: การศึกษาพฤติกรรมผู้บริโภคต่อผลิตภัณฑ์จากผ้าไหมไทย
DOI: 10.14457/mu.res.2013.35
title: การศึกษาองค์ประกอบทางเคมีที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพจากพืชพื้นเมืองภาคกลาง และภาคใต้ของประเทศไทย
DOI: 10.14457/mu.res.2017.8
title: การศึกษาการรับประทานส้มโอต่อระดับฟลาโวนอยด์ในซีรั่ม และผลต่อการทำงานของเกล็ดเลือดในอาสาสมัครสุขภาพดี
DOI: 10.14457/oer.img.2015.754
title: ดอนหอยหลอด
DOI: 10.14457/oer.img.2015.755
title: พระเจดีย์พุทธคยา วัดวังก์วิเวการาม
DOI: 10.14457/oer.img.2015.756
title: น้ำตกหมู
DOI: 10.14457/oer.img.2015.757
title: ตุ๊กตาหมี
DOI: 10.14457/oer.img.2015.758
title: ตำมั่ว
DOI: 10.14457/oer.img.2015.759
title: กิโมโน
DOI: 10.14457/oer.img.2015.760
title: เครื่องแต่งกายชาวจีนโบราณ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.761
title: การจัดพื้นที่ห้องสมุด
DOI: 10.14457/oer.img.2015.762
title: ร้านขายเครื่องดื่มเคลื่อนที่
DOI: 10.14457/oer.img.2015.763
title: เรือของชาวไวกิ้ง
DOI: 10.14457/oer.obj.2015.97
title: วัดเมตตาธรรมโพธิญาณ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.764
title: ดอกบัว
DOI: 10.14457/oer.img.2015.765
title: รถไฟ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.766
title: รถไฟใต้ดิน
DOI: 10.14457/oer.img.2015.767
title: สลัด
DOI: 10.14457/oer.img.2015.768
title: สลัด
DOI: 10.14457/oer.img.2015.769
title: ไส้กรอกอีสาน
DOI: 10.14457/oer.img.2015.770
title: เฉาก๊วย
DOI: 10.14457/oer.img.2015.771
title: ผัดไทย
DOI: 10.14457/oer.img.2015.772
title: สลัด
DOI: 10.14457/oer.img.2015.773
title: ข้าวแกงกะหรี่เนื้อ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.774
title: แสงยามเช้า
DOI: 10.14457/oer.img.2015.775
title: ท้องฟ้า ทะเลหมอก แสงสว่าง
DOI: 10.14457/oer.img.2015.776
title: ครอบป้องกันก๊อกน้ำ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.777
title: ผ้าทอ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.778
title: การจัดดอกไม้
DOI: 10.14457/oer.img.2015.779
title: ปลาไหลสวนลายจุด
DOI: 10.14457/oer.img.2015.780
title: ปลาซีกเดียว
DOI: 10.5281/zenodo.1149019
title: Embedding Potentials Of Aqueous Formamide

description: M0P2 and M2P2 embedding potentials for polarizable density embedding and polarizable embedding calculations based on rigid body MD trajectories of aqueous formamide.. Only solvent molecules within the radius of 12 Å from the solute were considered.

The potentials were calculated with the B3LYP/aug-cc-pVDZ method in the Molcas 8.2 program using the LoProp approach. Before the local property calculations the basis set has been recontracted to atomic natural orbital form.

The MD simulation on formamide was reported in http://dx.doi.org/10.1021/ja990064d.
description: {"references": ["Aquilante et al. \"MOLCAS 7: The Next Generation\", J. Comput. Chem., 31, 224 (2010)", "Gagliardi, Lindh, Karlstr\u00f6m \"Local properties of quantum chemical systems: The LoProp approach\",  121, 4494 (2004)", "Sneskov, Matito, Kongsted, Christiansen \"Approximate Inclusion of Triple Excitations in Combined Coupled Cluster/Molecular Mechanics: Calculations of Electronic Excitation Energies in Solution for Acrolein, Water, Formamide, and N-Methylacetamide\" , J. Chem. Theory Comput., 6, 839 (2010)"]}
DOI: 10.14457/oer.img.2015.781
title: งานประดิษฐ์ นกฮูก
DOI: 10.14457/oer.img.2015.782
title: พวงกุญแจนกฮูก
DOI: 10.14457/oer.img.2015.783
title: เทียน
DOI: 10.14457/oer.img.2015.784
title: แก้ว
DOI: 10.14457/oer.img.2015.785
title: ใบบัว
DOI: 10.14457/oer.img.2015.786
title: เห็ด
DOI: 10.14457/oer.img.2015.787
title: ตุ๊กตาหมี
DOI: 10.14457/oer.img.2015.788
title: สลัด
DOI: 10.14457/oer.img.2015.789
title: กระบองเพชร
DOI: 10.14457/oer.img.2015.790
title: กุหลาบสีเหลือง
DOI: 10.5281/zenodo.1149018
title: Embedding Potentials Of Aqueous Formamide

description: M0P2 and M2P2 embedding potentials for polarizable density embedding and polarizable embedding calculations based on rigid body MD trajectories of aqueous formamide.. Only solvent molecules within the radius of 12 Å from the solute were considered.

The potentials were calculated with the B3LYP/aug-cc-pVDZ method in the Molcas 8.2 program using the LoProp approach. Before the local property calculations the basis set has been recontracted to atomic natural orbital form.

The MD simulation on formamide was reported in http://dx.doi.org/10.1021/ja990064d.
description: {"references": ["Aquilante et al. \"MOLCAS 7: The Next Generation\", J. Comput. Chem., 31, 224 (2010)", "Gagliardi, Lindh, Karlstr\u00f6m \"Local properties of quantum chemical systems: The LoProp approach\",  121, 4494 (2004)", "Sneskov, Matito, Kongsted, Christiansen \"Approximate Inclusion of Triple Excitations in Combined Coupled Cluster/Molecular Mechanics: Calculations of Electronic Excitation Energies in Solution for Acrolein, Water, Formamide, and N-Methylacetamide\" , J. Chem. Theory Comput., 6, 839 (2010)"]}
DOI: 10.14457/oer.img.2015.791
title: วิทยากร
DOI: 10.14457/oer.img.2015.792
title: Tablet PC
DOI: 10.14457/oer.img.2015.793
title: ช่อดอกกุหลาบ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.794
title: ต้นหอม
DOI: 10.14457/oer.img.2015.795
title: ลูกชุบ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.796
title: ขนมจีน
DOI: 10.14457/oer.img.2015.797
title: เครื่องดื่ม
DOI: 10.14457/oer.img.2016.166
title: ฟ้อนเจิงดาบ
DOI: 10.14457/oer.fas.2015.36
title: Flash Animation Clip รูปลิงเข้าใจ
DOI: 10.14457/oer.fas.2015.37
title: Flash Animation Clip รูปแกะพยักหน้า
DOI: 10.14457/oer.fas.2015.38
title: Flash Animation Clip รูปแกะโอเค
DOI: 10.14457/oer.img.2015.798
title: เย็นตาโฟ
DOI: 10.14457/oer.img.2015.799
title: ตัวอย่างการให้ Tag
DOI: 10.14457/oer.obj.2015.98
title: บทเรียน SCORM ภาพรวมการผลิตยางล้อ
DOI: 10.5281/zenodo.1148494
title: Molecular Dynamics Simulation Trajectory Of An Anionic Lipid Bilayer: 100 Mol% Pops With Na+ Counterions Using Joung-Cheatham Ions

description: <strong>System:</strong> Symmetric bilayer of anionic POPS (palmitoyl-oleoyl-phosphatidylserine 100 mol-%) lipids with sodium (Na<sup>+</sup>) counter ions.

<strong>Number of POPS:</strong> 128.<br>
<strong>Number of Na<sup>+</sup>-ions:</strong> 128.<br>
<strong>Number of waters:</strong> 4480.

<strong>Lipid model:</strong> Amber Lipid 17 [IR Gould, AA Skjevik, CJ Dickson, BD Madej, RC Walker: "Lipid17: A Comprehensive AMBER Force Field for the Simulation of Zwitterionic and Anionic Lipids" in prep. (2018)].

<strong>Ion model:</strong> Joung–Cheatham [IS Joung, TE Cheatham III <em>J. Phys. Chem. B</em> <strong>112</strong> 9020 (2008)].

<strong>Water model:</strong> TIP3P [WL Jorgensen, J Chandrasekhar, JD Madura, RW Impey, ML Klein <em>J. Chem. Phys.</em> <strong>79</strong> 926 (1983)].

<strong>Simulation engine:</strong> Amber16 [DA Case et al. <em>AMBER 2017</em> UCSF (2017)].

<strong>Number of independent repeats per setup:</strong> 2.<br>
<strong>Trajectory lengths per repeat:</strong> 400 ns + 100 ns.<br>
<strong>Previously equilibrated for:</strong> 100 ns.<br>
<strong>Sampling rate:</strong> every 10 ps.

<strong>Time integration step:</strong> 2 fs.

<strong>Thermodynamic ensemble:</strong> NpT. <br>
<strong>Temperature coupling:</strong> 'Langevin' at T = 298 K.<br>
<strong>Pressure coupling:</strong> 'Berendsen' [<em>J. Chem. Phys.</em> <strong>81</strong> 3684 (1984); <em>J. Chem. Phys</em>. <strong>103</strong> 10252 (1995)] with <em>xy</em> and <em>z</em> coupled separately at p = 1.0 bar with no surface tension.

<strong>Electrostatics:</strong> PME [<em>J. Chem. Phys.</em> <strong>98</strong> 10089 (1993); <em>J. Chem. Theory Comput. </em><strong>9</strong> 3878 (2013)].<br>
<strong>Van der Waals:</strong> Turned off between 1.0 nm and 1.5 nm.

<strong>Constraints:</strong> Lengths of covalent bonds involving Hydrogens in lipids using SHAKE [<em>J. Comput. Phys.</em> <strong>23</strong> 327 (1977)], in water using SETTLE [<em>J. Comput. Chem.</em> <strong>13</strong> 952 (1992)].

<strong>Used in publications:</strong> OHS Ollila et al. "NMRlipids IV: Headgroup & glycerol backbone structures, and cation binding in bilayers with PS lipids" in prep (2018).
description: B.K. acknowledges financial support from International Max Planck Research School on Multiscale Bio-Systems.
DOI: 10.5281/zenodo.1148495
title: Molecular Dynamics Simulation Trajectory Of An Anionic Lipid Bilayer: 100 Mol% Pops With Na+ Counterions Using Joung-Cheatham Ions

description: <strong>System:</strong> Symmetric bilayer of anionic POPS (palmitoyl-oleoyl-phosphatidylserine 100 mol-%) lipids with sodium (Na<sup>+</sup>) counter ions.

<strong>Number of POPS:</strong> 128.<br>
<strong>Number of Na<sup>+</sup>-ions:</strong> 128.<br>
<strong>Number of waters:</strong> 4480.

<strong>Lipid model:</strong> Amber Lipid 17 [IR Gould, AA Skjevik, CJ Dickson, BD Madej, RC Walker: "Lipid17: A Comprehensive AMBER Force Field for the Simulation of Zwitterionic and Anionic Lipids" in prep. (2018)].

<strong>Ion model:</strong> Joung–Cheatham [IS Joung, TE Cheatham III <em>J. Phys. Chem. B</em> <strong>112</strong> 9020 (2008)].

<strong>Water model:</strong> TIP3P [WL Jorgensen, J Chandrasekhar, JD Madura, RW Impey, ML Klein <em>J. Chem. Phys.</em> <strong>79</strong> 926 (1983)].

<strong>Simulation engine:</strong> Amber16 [DA Case et al. <em>AMBER 2017</em> UCSF (2017)].

<strong>Number of independent repeats per setup:</strong> 2.<br>
<strong>Trajectory lengths per repeat:</strong> 400 ns + 100 ns.<br>
<strong>Previously equilibrated for:</strong> 100 ns.<br>
<strong>Sampling rate:</strong> every 10 ps.

<strong>Time integration step:</strong> 2 fs.

<strong>Thermodynamic ensemble:</strong> NpT. <br>
<strong>Temperature coupling:</strong> 'Langevin' at T = 298 K.<br>
<strong>Pressure coupling:</strong> 'Berendsen' [<em>J. Chem. Phys.</em> <strong>81</strong> 3684 (1984); <em>J. Chem. Phys</em>. <strong>103</strong> 10252 (1995)] with <em>xy</em> and <em>z</em> coupled separately at p = 1.0 bar with no surface tension.

<strong>Electrostatics:</strong> PME [<em>J. Chem. Phys.</em> <strong>98</strong> 10089 (1993); <em>J. Chem. Theory Comput. </em><strong>9</strong> 3878 (2013)].<br>
<strong>Van der Waals:</strong> Turned off between 1.0 nm and 1.5 nm.

<strong>Constraints:</strong> Lengths of covalent bonds involving Hydrogens in lipids using SHAKE [<em>J. Comput. Phys.</em> <strong>23</strong> 327 (1977)], in water using SETTLE [<em>J. Comput. Chem.</em> <strong>13</strong> 952 (1992)].

<strong>Used in publications:</strong> OHS Ollila et al. "NMRlipids IV: Headgroup & glycerol backbone structures, and cation binding in bilayers with PS lipids" in prep (2018).
description: B.K. acknowledges financial support from International Max Planck Research School on Multiscale Bio-Systems.
DOI: 10.14457/oer.img.2015.804
title: สำนักหอสมุดมหาวิทยาลัยบูรพา
DOI: 10.14457/oer.img.2015.807
title: สตรอว์เบอร์รี
DOI: 10.14457/oer.img.2015.808
title: คู่มือโปรแกรมโอเพนซอร์ส