DOI: 10.5281/zenodo.15356456
title: FragHub

description: FragHub v1.3.0

Repository v9

 

INPUT DB:

MoNAMSnLib GNPS MassBankMetaboanalyst

 

 

OUTPUT_FILES available in .csv, .json or .msp

Integration results:

     ======================= FILES =======================    INPUT_FILES:        MSP:            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/MassBankNIST.msp            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/MassBankRIKEN.msp            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/MSMS-Public_all-neg-VS19.msp            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/MSMS-Public_all-pos-VS19.msp

        JSON:            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/ALL_GNPS (1).json            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/MoNA-export-All_Spectra.json

        CSV:            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/Metaboanalyst_NEG.csv            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/Metaboanalyst_NEG_predicted.csv            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/Metaboanalyst_POS.csv            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/Metaboanalyst_POS_predicted.csv

        MGF:            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_enamdisc_neg_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_enamdisc_neg_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_enamdisc_pos_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_enamdisc_pos_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_enammol_neg_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_enammol_neg_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_enammol_pos_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_enammol_pos_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcebio_neg_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcebio_neg_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcebio_pos_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcebio_pos_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcedrug_neg_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcedrug_neg_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcedrug_pos_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcedrug_pos_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcescaf_neg_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcescaf_neg_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcescaf_pos_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_mcescaf_pos_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_nihnp_neg_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_nihnp_neg_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_nihnp_pos_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_nihnp_pos_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_otavapep_neg_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_otavapep_neg_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_otavapep_pos_ms2.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/20241003_otavapep_pos_msn.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/isdb_neg_predicted.mgf            D:/Axel/DATAS/FragHub_DB/ALL/isdb_pos_predicted.mgf

    OUTPUT_DIRECTORY:        D:/Axel/PYTHON/FragHub/OUTPUT/ALL            OUTPUT_FORMAT:        CSV: YES        MSP: YES        jSON: YES

    ===================== PARAMETERS =====================    normalize_intensity: ON    remove_peak_above_precursormz: ON    check_minimum_peak_requiered: ON        n_peaks: 3.0    reduce_peak_list: ON        max_peaks: 500.0    remove_spectrum_under_entropy_score: OFF        entropy_score_value: 0.5    keep_mz_in_range: ON        from_mz: 50.0        to_mz: 2000.0    check_minimum_of_high_peaks_requiered: ON        intensity_percent: 5        no_peaks: 2        reset_updates: NO             ======================= FILTERED OUT =======================    No peaks list: 0    No smiles, no inchi, no inchikey: 134720    No precursor mz: 10023    No or bad adduct: 3831261    Low entropy score: 0    Minimum peaks not required: 318813    All peaks above precursor mz: 3502    No peaks in mz range: 2919    Minimum high peaks not required: 202280    Duplicatas removed: 8104969             ================== SPECTRUM NUMBER ==================    POS LC Exp: 2389040    NEG LC Exp: 757172    POS LC InSilico: 231693    NEG LC InSilico: 223443    POS GC Exp: 3054    NEG GC Exp: 24    POS GC InSilico: 0    NEG GC InSilico: 0

    Total: 3604426         ================= UNIQUE INCHIKEYS ==================    POS LC Exp: 140638    NEG LC Exp: 85031    POS LC InSilico: 107717    NEG LC InSilico: 102828    POS GC Exp: 1651    NEG GC Exp: 21    POS GC InSilico: 0    NEG GC InSilico: 0

    TOTAL Unique InChIKeys: 306882