cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.12770/8dea4c5c-f2c2-4771-9372-9ce60c878c49
title: Données lagrangiennes numériques issues de sources fluviales en Indonésie
title: Numerical lagrangian data issued from river sources in Indonesia

description: Données de trajectoires lagrangiennes de particules fictives issues des principaux rejets fluviaux en Indonésie dans un champ de courant issu d’un modèle numérique de circulation océanique. Des fichiers complémentaires donnent également accès au statut des particules (échouées / non échouées), à la concentration des particules pour chaque maille de la grille. Les débris plastiques marins sont devenus un problème majeur de pollution d'origine humaine, dont une part importante partie de cette production finit dans les océans. Cette pollution marine ne constitue pas seulement un impact majeur sur la biodiversité marine mais aussi un impact sociétal. Par le biais d'un soutien à la surveillance et la modélisation des débris marins, le projet vise à sensibiliser et renforcer les connaissances des institutions indonésiennes sur la pollution marine par les plastiques, afin de mettre en œuvre des interventions appropriées de prévention et de recommandation. Notre intention est de proposer une vision statistique des sites possibles d'accumulation en mer des plastiques pour différentes saisons et différentes années impactées par les épisodes El Niño / La Niña. Les statistiques sont calculées en changeant les différents paramètres des modèles numériques et des schémas lagrangiens et en effectuant une simulation réaliste sur la période 2016-2020. Le projet comprendra également une série de validations in-situ, à la fois pour la trajectoire lagrangienne dans un site spécifique au large de la côte de Java et la collecte de données in situ pour la validation du modèle océanique (cf. Dobler et al. 2022)
description: The data allows to describe the Lagrangian trajectories of fictive particles in ocean model from major river discharges in Indenosia. The project aims at strengthening Indonesian institutions awareness and knowledge about marine pollution by plastics, in order to implement appropriate interventions. prevention and recommendation, through support to the monitoring and modelling of marine debris. Our intention is to propose a statistical view of possible sites for accumulation of plastics for different seasons and different nino/nina years. The statistical will be obtained by changing different parameters of numerical models and Lagrangian schemes and running realistic long simulation. Validate the models and hypothesis against in-situ data, including dedicated launch of drifters and microplastics cruise on a test case region, north of Java Island. The project will also include a series of in situ validation, both for Lagrangian trajectory in a specific site off the Java Coast and collect in-situ data for validation of the ocean model.
DOI: 10.5281/zenodo.8211810
title: Seed imbibition and metabolism differentially contribute to initial assembly of the soybean holobiont

description: Negative 16S rRNA controls for data linked to the NCBI Bioproject https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/PRJNA915932
DOI: 10.12770/1126742b-a5da-4fe2-b687-e64d585e138c
title: SASSA Global Along-Track 1 Hz Denoised Sea Level Anomalies from Altimeter

description: For almost 30 years, satellite altimeters supply sea surface height (SSH) measurements which are key observations for advanced studies in ocean dynamics. However, below a wavelength of about 100 km, along-track altimeter measurements are characterized by a dramatic drop in the signal-to-noise ratio, making it very challenging to fully exploit altimeter observations for analysis of small mesoscale variations in SSH. Although various approaches have been proposed and used to filter noise from measurements, no distinctive methodology emerged to be routinely applied in operational products. Because of this unresolved issue, the Copernicus Marine Environment Monitoring Service (CMEMS) provides simple band-pass filtered data to mitigate noise contamination in the along-track SSH signals. More innovative noise filtering methods are left to users seeking to unveil small-scale altimeter signals. Here, a fully data-driven approach is applied and demonstrated to provide robust estimates of noise-free Sea Level Anomaly (SLA) signals. The method combines Empirical Mode Decomposition (EMD), known to help analyze non-stationary and non-linear processes, and an adaptive noise filtering technique inspired by Discrete Wavelet Transform (DWT) techniques. Applied, it is found to best resolve the distribution of the sea surface height variability in the 30-120 km wavelength band. A practical uncertainty variable is then attached to the denoised SLA estimates that takes into account errors in the altimeter observations as well as uncertainties in the denoising process. Here, measurements from the Jason-3, Sentinel-3 and Saral/AltiKa altimeters have been processed and analyzed, and their energy spectral and seasonal distributions characterized in the small mesoscale domain. Anticipating data from the upcoming Surface Water and Ocean Topography (SWOT) mission, these denoised SLA measurements for three reference altimeter missions provided in this dataset already yield valuable opportunities to assess global small mesoscale kinetic energy distributions.This dataset was developed within the Ocean Surface Topography Science Team (OSTST) activities. A grant was awarded to the SASSA (Satellite Altimeter Short-scale Signals Analysis) project by the TOSCA board in the framework of the CNES/EUMETSAT call CNES-DSP/OT 12-2118. Altimeter data were provided by the Copernicus Marine Environment Monitoring Service (CMEMS) and by the Sea State Climate Change Initiative (CCI) project.
DOI: 10.12770/21dd441d-dfe3-4385-bd70-85f891d8dff8
title: Données de metabarcoding 16S et 18S sur des échantillons d'eau de l'étang de Thau

description: Données de Metabarcoding de phytoplancton marin (18s), taxon bactérien et archés (16s) pour la caractérisation de la diversité marine à partir d'ADN extraits sur filtres (eau de mer ou d'étangs filtrés sur 0,22um ou 3um) selon conditions variables de lumière et de température
DOI: 10.12770/5b553fee-ef56-431f-b7db-19ac28a1d4b5
title: Bathymétrie - Méditerranée, d'Antibes à Nice (campagne ESSAIS EM1000, 1991)
title: ESSAIS_EM1000_AntibesNice_15m_BATHY

description: Bathymétrie entre Antibes et Nice, en mer Méditerranée (campagne ESSAIS EM1000, 1991), au pas de 15 mètres (WGS84, projection Mercator latitude 38°N). Les données ont été acquises avec le sondeur EM300 du N/O Le Suroît, lors de la campagne ESSAIS EM1000. Référence verticale : niveau moyen des mers
DOI: 10.12770/e12a5d05-cc95-407f-b0f7-c86e79cc5b3a
title: DNA sequencing of Crassostrea gigas Pacific oyster spat infected in the wild with OsHV-1 virus

description: DNA sequencing of Crassostrea gigas Pacific oyster spat infected in the wild with OsHV-1 virus in 4 French oyster basins (Marennes Oleron Bay, Arcachon bay, Rade de Brest and Thau lagoon).
DOI: 10.5281/zenodo.8211809
title: Seed imbibition and metabolism differentially contribute to initial assembly of the soybean holobiont

description: Negative 16S rRNA controls for data linked to the NCBI Bioproject https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/PRJNA915932
DOI: 10.12770/9cd525e6-a305-4089-ada3-da9ca090870d
title: PHYTOBS dataset - French National Service of Observation for Phytoplankton in coastal waters

description: The PHYTOBS dataset includes long-term time series on marine microphytoplankton, since 1987, along the whole French metropolitan coast. Microphytoplankton data cover microscopic taxonomic identifications and counts. The whole dataset is available, it includes 25 sampling locations. PHYTOBS network studies microphytoplankton diversity in the hydrological context along French coasts under gradients of anthropogenic pressures. PHYTOBS network allows to analyse the responses of phytoplankton communities to environmental changes, to assess the quality of the coastal environment through indicators, to define ecological niches, to detect variations in bloom phenology, and to support any scientific question by providing data. The PHYTOBS network provides the scientific community and stakeholders with validated and qualified data, in order to improve knowledge regarding biomass, abundance and composition of marine microphytoplankton in coastal and lagoon waters in their hydrological context.
DOI: 10.12770/aa42cbc1-c0cf-413e-b93d-8d0d1cbb0e06
title: CALHYCO - paramètres de vagues et hauteurs de mer sur le récif frangeant de La Réunion

description: Ce jeu de données a été produit dans le cadre du programme de recherche CALHYCO : Caractérisation de l’ALéa HYdrodynamique COtier (Characterization of hydrodynamics coastal hazards). Ce jeu de données contient : 1) des enregistrements des paramètres de niveaux d'eau et de hauteurs de vagues issus de l'analyse spectrale, sur un transect perpendiculaire au récif, au niveau de la pente récifale (RS) et le platier récifal (RF). 2) Une modélisation numérique des niveaux d'eau et de la hauteur des vagues dans le récif utilisant le modèle XBeach en mode "surf beat" Un fichier "readme", téléchargeable avec les fichiers de données, décrit la nomenclature des fichiers et les variables mesurées. Ces relevés in-situ ont eu lieu sur l'ouest de l'île de La Réunion dans une zone microtidale et fréquemment exposée à la houle australe ainsi qu'aux cyclones. L'objectif est de fournir une meilleure compréhension des caractéristiques de défense côtière du système récifal face à ces événements.
DOI: 10.12770/0b02e520-cc85-11df-a9b6-005056987263
title: Bathymétrie - golfe du Lion, canyon Lacaze-Duthiers (campagne BASAR 2, 1995)
title: BASAR2_Lacaze_20m_BATHY

description: Bathymétrie de la tête du canyon Lacaze-Duthiers, dans le golfe du Lion (campagne BASAR 2, 1995), à une résolution spatiale de 20 mètres. Les données ont été acquises par e sondeur EM1000 du N/O L'Europe, lors de la campagne BASAR 2 en 1995. Référence verticale : niveau moyen des mers observé. Description de la campagne : BERNE Serge (1995) BASAR 2 cruise, RV L'Europe, https://doi.org/10.17600/95060080
DOI: 10.12770/32b0c391-81a5-4132-8dbe-cdd08cca98b3
title: Séquençage du transcriptome de larves d'huitre creuse (Crassostre gigas), effets d'une exposition embryonnaire à une mélange de pesticides

description: RNAseq de la manip PESTO 2021, huitres au stades gastrula larve D et pedivelygère exposé ou pas à des pesticides
DOI: 10.12770/86ff6c42-3771-45eb-9164-a18159d7c7fe
title: Transcriptome and composition of chimeric and non-chimeric coral holobiont of the species Stylophora pistillata in response to translocation

description: RNA-seq and metabrcoding sequence read data from tanslocated or not, chimeric or non-chimeric colonies of the coral Stylophora pistillata
DOI: 10.12770/0d529567-92fd-4dcd-9d9c-70e98ab6f772
title: 16S sanger sequencing data for caracterisation of bacteria strains for MOSARDEF 2022 project

description: Séquences partielles de l'ADNr 16s de souches bactériennes de référence ou collectées sur des huîtres. Acquises par séquençage Sanger.
DOI: 10.12770/50ac718a-87c2-4000-a4dc-ac81e4e75c94
title: WOC Predicted Oil Spill Transport for the Sanchi Event

description: This dataset provides Lagrangian drift data simulated for the Sanchi (Kuroshio region) oil spill event. The oil spill particles' locations (lon, lat) are produced hourly over the time period of the simulation. The data are available through HTTP and FTP; access to the data is free and open. In order to be informed about changes and to help us keep track of data usage, we encourage users to register at: https://forms.ifremer.fr/lops-siam/access-to-esa-world-ocean-circulation-project-data/ This dataset was generated by Utrecht University, Netherlands and is distributed by Ifremer / CERSAT in the frame of the World Ocean Circulation (WOC) project funded by the European Space Agency (ESA).
DOI: 10.12770/635f2a15-17aa-44f7-9068-94c8bae88401
title: Coût du programme "Pavillon bleu" de Teragir (2021)

description: Fichier présentant les données d'origine et la méthode de détermination des dépenses de l'association Teragir inhérentes à la thématique des déchets marins pour l'année de référence 2021.
DOI: 10.12770/6c776c43-425b-4d29-9934-0822696f15d8
title: WOC Fronts Derived from Remote Sensing SST Observations by SEVIRI over Agulhas Region

description: This dataset provides detections of fronts derived from high resolution remote sensing SST observations by SEVIRI L3C from OSISAF over Agulhas region. The data are available through HTTP and FTP; access to the data is free and open. In order to be informed about changes and to help us keep track of data usage, we encourage users to register at: https://forms.ifremer.fr/lops-siam/access-to-esa-world-ocean-circulation-project-data/ This dataset was generated by OceanDataLab and is distributed by Ifremer / CERSAT in the frame of the World Ocean Circulation (WOC) project funded by the European Space Agency (ESA).
DOI: 10.12770/81e40fe2-ed29-4dd5-b58a-fbade1ac174c
title: Metagenomic of microbial communities in methane marine sediments of the Mozambique Channel, PAMELA MOZ04 (core CSF-19, december 2015)

description: Ce projet porte sur une analyse de 4 métagénones à partir d'une même carotte sédimentaire (CSF19, campagne PAMELA MOZ04, 2015) afin de mettre en évidence les potentialités métaboliques de représentants méthanogènes incultivés et affiliés au phylum Bathyarchaeota.
DOI: 10.12770/b8f4f6fc-fbb0-4f11-a63c-ef9482188f10
title: RNA sequencing of 15 strains of Dinophysis, 2021

description: This dataset corresponds to the mRNA sequencing reads of 15 strains from 6 dinophysis strains cultivated with mesodinium preys. Dinoflagellates of the genus Dinophysis are responsible for harmful algal blooms and produce diarrhetic shellfish toxins (DSTs). Species of the genus are difficult to identify based on classical genetic markers. The goal of the study was to obtain a genus level reference transcriptome and identify SNP markers to differenciate species.
DOI: 10.12770/f3f3a478-7385-45a8-b0e3-50222035bc58
title: RNA sequencing of 19 strains of Alexandrium minutum, 2021

description: This dataset contains RNAseq reads from 19 Alexandrium minutum strains cultivated in K medium Dinoflagellates of the genus Alexandrium are responsible for harmful algal blooms and produce paralytic shellfish toxins (PSTs). Marine microeukaryote population structures are difficult to study, and contrary to theoretical expectations of high genetic diversity and low genetic structure, they often display moderate diversity and strong genetic structure. These organisms display huge census population sizes, yet genotyping usually requires clonal strains originating from single cells, hindering proper population sampling. Estimating allelic frequency directly from population wide samples, without any isolation step, offers an interesting alternative. The goal of the study was to compare population genetic structure inferred from strains and from meta-transcriptomic samples in Western Europe.
DOI: 10.5258/soton/d1167
title: Dataset for the Southampton doctoral thesis: Developing Remote Sensing Tools for Quantifying Ship-Borne Marine Fouling Biofilms

description: Supporting data for thesis including spectra, pigment data, and images
DOI: 10.12770/06e2a394-e07d-452b-a992-110dfad7c31c
title: Suivi du maërl par le PNMI (2013-2021)

description: Données issues des suivis du maërl réalisés par le Parc naturel marin d'Iroise entre 2013 et 2021 sur 3 sites (Le banc des Pourceaux dans l'archipel de Molène, le banc de l’anse de Camaret et le banc de Telgruc dans la baie de Douarnenez) et présentant notamment les taux de vitalité.
DOI: 10.12770/324e055d-d018-4694-bfc8-b7f830840c9a
title: Quantités et destination des sédiments dragués dans les ports (2018-2019)

description: Les données présentent les quantités de sédiments dragués par ports et la destination de ces derniers (c’est-à-dire la filière de gestion).
DOI: 10.12770/44f3c5bd-1286-443d-8b82-40ac0504066d
title: Coastal micro-eukaryote community metatranscriptomic reads

description: This dataset consists of metatranscriptomic sequencing reads corresponding to coastal micro-eukaryote communities sampled in Western Europe in 2018 and 2019.
DOI: 10.12770/5cb1485f-385e-46e9-9cc1-4b4d77802183
title: RNA-Seq juvéniles de bar: Projet 3S (Seabass, Sex and Stress)

description: Données de séquençage de 122 échantillons (P2: 10, P3: 69 et P4 (gonades): 43). Séquencées par un HiSeq 2500 d'Illumina
DOI: 10.12770/9e7718f5-81a4-41c4-880d-29737dd90270
title: WOC Fronts Derived from Remote Sensing Microwave SST L4 over North Atlantic Region

description: This dataset provides detections of fronts derived from low resolution optimally interpolated remote sensing microwave SST L4 from REMSS over North Atlantic region. The data are available through HTTP and FTP; access to the data is free and open. In order to be informed about changes and to help us keep track of data usage, we encourage users to register at: https://forms.ifremer.fr/lops-siam/access-to-esa-world-ocean-circulation-project-data/ This dataset was generated by OceanDataLab and is distributed by Ifremer / CERSAT in the frame of the World Ocean Circulation (WOC) project funded by the European Space Agency (ESA).
DOI: 10.12770/225daa1b-55bd-4dd4-b767-aed2585fc648
title: Trafic de passagers dans les ports français (2009-2019)

description: Les données du trafic de passagers transitant par les ports français sont issues du chapitre 5 du Mémento de statistiques des transports 2019 (dédié au transport maritime) et des Tableaux de l'économie française 2020 (volet Transports de voyageurs).
DOI: 10.12770/38d0a6a6-eb1e-4492-a455-fc9f30bf5c55
title: Coût des certifications "Ports propres" (2019)

description: Fichier présentant les données d'origine et la méthode de détermination des coûts inhérents aux certifications ports propres pour l'année de référence 2019.
DOI: 10.12770/4691cb43-8da5-4542-ac8f-2beb6aeb2929
title: Lordosis recovery in juvenile zebrafish (Danio rerio): Histological and RNAseq approach

description: The aims of the present study were a) to address whether haemal lordosis can recover in juvenile zebrafish through histological approaches, and b) to explore possible changes at the transciptomic level of this fast musculoskeletal remodeling from lordotic to normal
DOI: 10.12770/69dea56f-5681-41e9-b7e8-808248e442f7
title: Cartographie des herbiers de Zostera noltei du Bassin d'Arcachon (MEC FRFC06 - Arcachon amont) par imagerie hyperspectrale : Inventaire 2019

description: En 2019, les herbiers de Zostera noltei de la masse d’eau côtière "MEC FRFC06 - Arcachon amont" ont été cartographiés à partir d’une image hyperspectrale acquise à cet effet avec 1m de résolution spatiale et 160 bandes spectrales. La délimitation des herbiers a été réalisée par une classification automatique basée sur une méthode de démélange spectral utilisant des spectres acquis in situ. La cartographie produite a été validée par des observations de terrain. En tenant compte des erreurs de positionnement des points d’observation, les résultats issus de la classification ont montré que 95 % des points de présence ont été correctement classés. Des post-traitements associés à des dires d’expert ont permis (i) de déterminer l’emprise de cette espèce dans le bassin d’Arcachon avec un bon niveau de fiabilité et de (ii) limiter au maximum des corrections a posteriori. 96 % des herbiers ont été cartographiés automatiquement.
DOI: 10.12770/adfd090b-7ba5-46fb-830b-3db00d922c1c
title: Microbiome du saumon fumé - données de métagénomique et métabarcoding 16S - Projet SALMONICS, 2022-2022

description: NGS data from DNA samples isolated from cold-smoked salmons microbiome (métagenomes and 16 amplicon metagenomics). Samples from 3 different plants were analysed after 8 days, 15 days, 22 days and 29 days of refrigerated storage.
DOI: 10.12770/c5dd009c-2130-4694-9bc4-cdde07a0c70d
title: Metagenomes of vent-peripheral sponges (Batch 1)

description: These metagenomes were sequenced as part of the postdoctoral fellowship of Magdalena GEORGIEVA, part of the Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes during 2021-2022. This work was supervised by Marie-Anne CAMBON-BONAVITA.
DOI: 10.12770/16078b94-0b96-46e5-bb48-5407f549f929
title: ODYSSEA Mediterranean Sea Surface Temperature Gridded Level 3S Daily Multi-Sensor Observations, version 3

description: This dataset provide a times series of daily multi-sensor composite fields of Sea Surface Temperature (SST) foundation at ultra high resolution (UHR) on a 0.02 x 0.02 degree grid (approximately 2 x 2 km) over Mediterranean Sea, every 24 hours. Whereas along swath observation data essentially represent the skin or sub-skin SST, the L3S SST product is defined to represent the SST foundation (SSTfnd). SSTfnd is defined within GHRSST as the temperature at the base of the diurnal thermocline. It is so named because it represents the foundation temperature on which the diurnal thermocline develops during the day. SSTfnd changes only gradually along with the upper layer of the ocean, and by definition it is independent of skin SST fluctuations due to wind- and radiation-dependent diurnal stratification or skin layer response. It is therefore updated at intervals of 24 hrs. SSTfnd corresponds to the temperature of the upper mixed layer which is the part of the ocean represented by the top-most layer of grid cells in most numerical ocean models. It is never observed directly by satellites, but it comes closest to being detected by infrared and microwave radiometers during the night, when the previous day's diurnal stratification can be assumed to have decayed. The processing combines the observations of multiple polar orbiting and geostationary satellites, embedding infrared of microwave radiometers. All these sources are intercalibrated with each other before merging. A ranking procedure is used to select the best sensor observation for each grid point. The processing is the same (minus the optimal interpolation step) as for the Atlantic Near Real Time (NRT) L3S dataset available on Copernicus Marine Service [SST_ATL_PHY_L3S_NRT_010_037 dataset] and users can refer to the user manual and quality documents available there for more details. This dataset is generated daily within a 24 delay and is therefore suitable for assimilation into operational models.
DOI: 10.12770/3545b8c0-7d83-41e2-8315-ef69a725d728
title: Plan de pose des instruments : mesure de pression, courant et température - Takapoto

description: Cette campagne d'observations hydrodynamiques dans l'atoll de Takapoto (Archipel des Tuamotu, Polynésie Française) s'inscrit dans le cadre du projet MANA. Son objectif a été de caractériser la circulation, les échanges entre le lagon et l'océan via les hoa, les houles incidentes et les variations de température intra-lagonnaire. Le jeu de données intégral représente 4 mois d'observation (entre Novembre 2021 et Mars 2022). Des instruments fixes pour des mesures en continu ont été placés à l’intérieur et à l’extérieur du lagon (capteurs pression/température (RBRduet T.D), température (SBE56), courant (Aquadopp) Ces données pourrait notamment servir à calibrer une futur maquette hydrodynamique (MARS3D) de l'atoll.