cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.6084/m9.figshare.14531790.v1
title: Spatial shrinkage via the product independent Gaussian process prior

description: We study the problem of sparse signal detection on a spatial domain. We propose a novel approach to model continuous signals that are sparse and piecewise-smooth as the product of independent Gaussian processes (PING) with a smooth covariance kernel. The smoothness of the PING process is ensured by the smoothness of the covariance kernels of the Gaussian components in the product, and sparsity is controlled by the number of components. The bivariate kurtosis of the PING process implies that more components in the product results in the thicker tail and sharper peak at zero. We develop an efficient computation algorithm based on spectral methods. The simulation results demonstrate superior estimation using the PING prior over Gaussian process (GP) prior for different image regressions. We apply our method to a longitudinal MRI dataset to detect the regions that are affected by multiple sclerosis (MS). computation in this domain.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14531790
title: Spatial shrinkage via the product independent Gaussian process prior

description: We study the problem of sparse signal detection on a spatial domain. We propose a novel approach to model continuous signals that are sparse and piecewise-smooth as the product of independent Gaussian processes (PING) with a smooth covariance kernel. The smoothness of the PING process is ensured by the smoothness of the covariance kernels of the Gaussian components in the product, and sparsity is controlled by the number of components. The bivariate kurtosis of the PING process implies that more components in the product results in the thicker tail and sharper peak at zero. We develop an efficient computation algorithm based on spectral methods. The simulation results demonstrate superior estimation using the PING prior over Gaussian process (GP) prior for different image regressions. We apply our method to a longitudinal MRI dataset to detect the regions that are affected by multiple sclerosis (MS). computation in this domain.
DOI: 10.5281/zenodo.4734619
title: Input electronic wave functions for EXCEED-DM

description: Data files storing the wave function coefficient files.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14531787
title: Trait-by-species data by dataset

description: The sheets following present the trait data used for each dataset (labelled as the first author of the dataset's published source, separated by taxonomic group for the study that sampled multiple groups). Here, a row is a species and a column is a trait. The names of each trait are preceded by a four-letter code that represents the trait class within which the trait is classified (and where it was weighted accordingly in analyses). These classes (and their abbreviations) are: body dimensions (body), dispersal (disp), diet and feeding (diet), habitat and environmental preferences (habt), phenology (phen) and reproduction (repr). For macroinvertebrate datasets (the next 10 sheets), 'taxa' refers to the organism as identified in the original published study, 'database_entry' refers to the trait data entry to which the organism was matched. In all studies, 'estimation_level' is the taxonomic level from which trait data were sourced (and estimated, in cases where data were sourced at a taxonomic resolution higher than that reported in the original study). Common names are included for some studies. More detailed descriptions of traits are listed in Appendix S4 in Supporting Information, and details of trait data collection are explained in 'Data collection for traits' in the Methods section of the full text.
DOI: 10.15472/ojsen5
title: Biodiversidad de la Reserva Natural de la Sociedad Civil Sierra Morena

description: Las Reservas Naturales de la Sociedad Civil (RNSC) contribuyen a la conservación de la diversidad biológica y gestión ambiental en los municipios donde están constituidas. La reserva Sierra Morena con un área de 120.910 Ha, enmarca una zona valiosa para la conservación de la biodiversidad del Eje Cafetero; posee bosques andinos y páramos a través de diferentes figuras de protección de carácter regional y nacional. La RNSC Sierra Morena está ubicada en el flanco occidental de la cordillera Central de los Andes colombianos, en el suroriente del departamento de Risaralda, cuenca alta del río Otún, al oriente del municipio de Pereira, en el corregimiento la Florida, vereda la Suiza, entre 1800 y 2100 metros de altitud. La información sobre Flora y Fauna consignada en este recurso proviene de los muestreos realizados para el establecimiento del plan de manejo de la RNSC Sierra Morena para el año 2017, resultante del convenio entre la Corporación Autónoma Regional de Risaralda (CARDER) y la Asociación Red Colombiana de Reservas Naturales de la Sociedad Civil (Resnatur), con apoyo de Parques Nacionales Naturales a través del Santuario de Fauna y Flora Otún Quimbaya (SFFOQ) y Planeación Municipal de Pereira (CARDER, 2017).
DOI: 10.15472/xnwkpi
title: Biodiversidad de la Reserva Natural de la Sociedad Civil Cataluña

description: Las Reservas Naturales de la Sociedad Civil (RNSC) contribuyen a la conservación de la diversidad biológica y gestión ambiental en los municipios donde están constituidas. La RNSC Cataluña está ubicada en el flanco occidental de la cordillera Central de los Andes colombianos, en el suroriente del departamento de Risaralda, cuenca alta del río Otún, al sur del municipio de Santa Rosa de Cabal, entre 1700 y 2100 metros de altitud. Presenta una topografía montañosa y plana; las viviendas, potreros y humedales están ubicados las planicies de la zona baja donde se encuentran también pantanos, quebradas y los ríos Otún y San Juan. La información sobre Flora y Fauna consignada en este recurso proviene de los muestreos realizados para el establecimiento del plan de manejo de la RNSC Cataluña para el año 2017, resultante del convenio entre la Corporación Autonoma Regional de Risaralda (CARDER) y la Asociación Red Colombiana de Reservas Naturales de la Sociedad Civil (Resnatur), con apoyo de Parques Nacionales Naturales a través del Santuario de Fauna y Flora Otún Quimbaya (SFFOQ) y Planeación Municipal de Pereira (CARDER, 2017).
DOI: 10.15472/ygtlyt
title: Biodiversidad Parque Regional Natural Ucumarí

description: La información de línea base sobre la composición de flora y fauna de un área protegida permite la implementación de prácticas de manejo y conservación efectivas. El Parque Regional Natural (PRN) Ucumarí está localizado en el departamento de Risaralda, entre los municipios de Pereira y Santa Rosa de Cabal, tiene una extensión total de 3985 hectáreas, y se encuentra ubicada en la vertiente occidental de la cordillera Central dentro de un rango altitudinal de 1800 - 2600 msnm, en la zona amortiguadora del PNN Los Nevados. La información sobre anfibios y reptiles consignada en este recurso procede de observaciones realizadas por los biólogos Jorge H. Restrepo y Michael Alberico de Universidad del Valle del Cauca para el “Primer aporte sobre la herpetofauna del PRN Ucumarí”, durante el año 1990 para la CARDER. La información sobre aves fue registrada por el biólogo Luis Germán Naranjo de la Universidad del Valle durante el año 1990 y la Bióloga Sandra Arango de la Universidad Javeriana durante el año 1995 para la CARDER. La información sobre mariposas proviene de las observaciones realizadas por el Biólogo M. Gonzalo Andrade del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia durante el año 1989 para la CARDER. La información sobre Himenópteros superiores fue colectada por la Bióloga Laura C. Schneider del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia durante el año 1989. La información sobre Murciélagos fue colectada por los  Biólogos Aleida Alfonso B y Alberto Cadena del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia durante el año 1989. La información sobre pequeños Mamíferos no voladores fue colectada por la Bióloga Marcela Gómez - Laverde del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia durante el año 1989. La información sobre Musgos y Hepáticas fue colectada por el Biólogo J. Enrique Castillo L. del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia durante el año 1989. La información sobre Plantas vasculares fue colectada por la Bióloga Martha Patricia Galeano del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia durante el año 1989. Las colectas de los diferentes grupos de fauna y flora fueron trabajos para la CARDER.
DOI: 10.15472/svfsww
title: Biodiversidad de la Reserva Natural de la Sociedad Civil Quebradanegra La Carmencita

description: Las Reservas Naturales de la Sociedad Civil (RNSC) contribuyen a la conservación de la diversidad biológica y gestión ambiental en los municipios donde están constituidas. La RNSC Quebradanegra la Carmencita, está ubicada en el flanco occidental de la cordillera Central de los Andes colombianos, en el suroriente del departamento de Risaralda, cuenca alta del río Otún oriente del municipio de Pereira, corregimiento la Florida, veredas la Florida y la Suiza, entre 1.750 y 2.000 metros de altitud. Esta reserva presenta topografía montañosa y plana. Las viviendas y los potreros están ubicados en un valle generado por depresión del terreno, cruzada por fuentes hídricas, siendo la principal el río Otún. La zona montañosa y de ladera ocupa la mayor área del predio. La información sobre Flora y Fauna consignada en este recurso proviene de los muestreos realizados para el establecimiento del plan de manejo de la RNSC Cataluña para el año 2017, resultante del convenio entre la Corporación Autónoma Regional de Risaralda (CARDER) y la Asociación Red Colombiana de Reservas Naturales de la Sociedad Civil (Resnatur), con apoyo de Parques Nacionales Naturales a través del Santuario de Fauna y Flora Otún Quimbaya (SFFOQ) y Planeación Municipal de Pereira (CARDER, 2017).
DOI: 10.15472/ctgz2u
title: Biodiversidad del Área de Manejo Especia Alto de Amurrupá

description: La información de línea base sobre la composición de fauna y flora de un área protegida permite la implementación de prácticas de manejo y conservación efectivas. EL Área de Manejo Especia (AME) Alto de Amurrupá se encuentran ubicados en la cuenca alta del río San Juan en el extremo noroccidental del departamento de Risaralda limitando por el occidente desde el Alto de Monos, nacimiento del río Lloraudó siguiendo aguas abajo a la margen derecha hasta su desembocadura en el río San Juan. Por el norte con la margen izquierda del río San Juan hasta la desembocadura del río Amurrupá. Por el oriente con la cuchilla entre el río Amurrupá y los ríos San Juan y Tatamá. Por el sur con la divisoria de aguas entre el río Amurrupá y el río Taibá, siguiendo por esta divisoria hasta donde se une esta cuchilla con el PNN Tatamá. Esta área cuenta con una extensión de 11,039.92  hectáreas, de la cual el 80% está cubierta por bosque primario, el 10% por bosque secundario y el 10% restante está dedicado a cultivos, potreros y rastrojos.  La información sobre aves consignada en este recurso procede de observaciones realizadas por el Biólogo Gary Stiles del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia durante el año 1992 en convenio con la CARDER y por el Biólogo Victor Ávila para la CARDER  en el año 1999. La información sobre anfibios y reptiles es resultado del convenio entre el Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia y la CARDER durante el año 1991. La información sobre mamíferos proviene de observaciones realizadas por la Bióloga Marcela Goméz Laverde del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia en convenio con la CARDER durante el año 1991. La información sobre mariposas proviene de la Tesis de grado realizada por el biólogo Jaime Alberto Álvarez del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia, en convenio con la CARDER durante el año 1991. La información sobre musgos y hepáticas fue colectada por el Biólogo Jaime Uribe M. del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia, en convenio con la CARDER durante al año1992; por su parte la colecta de información sobre plantas vasculares fue realizada por el Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia en Convenio con CARDER durante el año 1991.
DOI: 10.15472/ho8ydr
title: Biodiversidad del Área de Manejo Cuencas ríos Agüita y Mistrató

description: La información de línea base sobre la composición de flora y fauna de un área protegida permite la implementación de prácticas de manejo y conservación efectivas. El Área de Manejo Especial (AME) Cuencas ríos Agüita y Mistrató  está situado entre los municipios de Pueblo Rico y Mistrató, vertiente occidental de la cordillera occidental, extremo noroccidental del departamento de Risaralda, con una extensión aproximada de 28.000 hectáreas. La información  sobre aves consignada en este recurso procede de observaciones realizadas por el Biólogo Gary Stiles del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia durante el año 1992 en convenio con la CARDER; y por la Bióloga Sandra Arango para la CARDER  en el año 1995. La información sobre Anfibios y reptiles es resultado del convenio entre el Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia y la CARDER durante el año 1991. La información sobre mamíferos proviene de observaciones realizadas por la Bióloga Marcela Goméz Laverde del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia en convenio con la CARDER durante el año 1991. La información sobre Mariposas proviene de la Tesis de grado realizada por el biólogo Francisco Serrano Romero del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia, en convenio con la CARDER durante el año 1991; por su parte la colecta de información sobre plantas vasculares fue realizada por el Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia en Convenio con CARDER durante el año 1991.
DOI: 10.15472/jmkmq5
title: Biodiversidad del Suelo de Protección Cuchilla La Polonia-Chorritos

description: La información de línea base sobre la composición faunística de un área protegida permite la implementación de prácticas de manejo y conservación efectivas. El Suelo de Protección Cuchilla La Polonia-Chorritos se encuentra ubicado en área rural del municipio de La Celia en zona de amortiguación del Parque Nacional Natural Tatamá.  El suelo de protección tiene un área total de 437.2 hectáreas y  comprende las veredas Chorritos, El Tigre, Caimal y la Polonia. El área cuenta con una cobertura boscosa natural y puede constituir en el mediano y largo plazo un corredor biológico natural entre el Parque Nacional Natural Tatamá y el Parque Municipal Natural Verdum. La información consignada en este recurso proviene de observaciones realizadas por la ONG Guardianes Verdes de Chorritos, durante el monitoreo de la biodiversidad del año 2008.
DOI: 10.15472/3oneyi
title: Biodiversidad del Área de Recreación Cerro Gobia

description: La información de línea base sobre la composición de flora y fauna de un área protegida permite la implementación de prácticas de manejo y conservación efectivas. El Área de Recreación (AR) Cerro Gobia está localizada en el departamento de Risaralda, municipio de Quinchía, tiene un área total de 240 hectáreas y se ubica en la vertiente occidental de la Cordillera Central en un rango altitudinal de 1900–2300 msnm. La información sobre aves consignada en este recurso procede de observaciones del ornitólogo Germain Villaneda durante el año 2013 para la elaboración de la “Guía de Aves AR Cerro Gobia”. La información sobre vegetación proviene de las observaciones realizadas por el  Biólogo William Vargas para la CARDER durante el año 1999.
DOI: 10.15472/krdjue
title: Biodiversidad del Distrito de Manejo Integrado La Nona

description: La información de línea base sobre la composición de fauna y flora de un área protegida permite la implementación de prácticas de manejo y conservación efectivas. El Distrito de Manejo Integrado (DMI) La Nona está localizado en el departamento de Risaralda, Municipio de Marsella. El Parque tiene un área total de 505 hectáreas y se ubica en la vertiente occidental de la cordillera Central dentro de un rango altitudinal de 1700 a 2100 msnm. La información sobre aves consignada en este recurso procede de observaciones realizadas durante el año 1999 por el Biólogo Víctor Ávila para la CARDER y durante el año 2004 por WCS para el SIRAP EC. La información sobre Plantas vasculares proviene de observaciones realizadas por el Biólogo William Vargas para la CARDER durante el año 1999.
DOI: 10.15472/fpf2lr
title: Biodiversidad del Distrito de Manejo Integrado Planes de San Rafael

description: La información de línea base sobre la composición de fauna y flora de un área protegida permite la implementación de prácticas de manejo y conservación efectivas. El Distrito de Manejo Integrado (DMI) Planes de San Rafael está localizado en el departamento de Risaralda, municipio de Santuario, tiene una extensión total de 510 hectáreas dentro de un rango altitudinal de 2000–2500 msnm, en la zona de amortiguación del Parque Nacional Natural Tatamá. La información sobre aves, anfibios y reptiles consignada en este recurso procede de observaciones realizadas por el Biólogo Victor Ávila del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia para la CARDER en el año 1991 y 1999. La información sobre mamíferos fue registrada por  Marcela Laverde del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia para la CARDER en el año 1991. La información sobre mariposas fue registrada por el biólogo Francisco Serrano Romero del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia para su Tesis de grado entre los año 1991 – 1992. La información sobre vegetación fue colectada por el  Biólogo William Vargas en 1999 para la CARDER.
DOI: 10.15472/r8t5xv
title: Biodiversidad Parque Nacional Natural Nevados

description: La información de línea base sobre la composición de flora y fauna de un área protegida permite la implementación de prácticas de manejo y conservación efectivas. El Parque Nacional Natural (PNN) de Los Nevados  se ubica en el nor-occidente Colombiano enmarcado en la Eco-región del Eje Cafetero, cuya extensión hace parte de la jurisdicción de Santa  Rosa de Cabal, Pereira (Risaralda) -Villamaría (Caldas) - Salento (Quindío) - Ibagué, Anzoategui, Santa Isabel, Murillo, Villahermosa, Casabianca y Herveo (Tolima). La información consignada en este recurso procede de la revisión bibliográfica existente sobre la avifauna del PNN de los Nevados, de los registros procedentes de las colecciones de la Universidad de Investigaciones Federico Medem-UNIFEM-INDERENA (Laboratorio de fauna),  así como de colectas realizadas durante 1985 para la generación del plan de manejo ambiental de ese año.
DOI: 10.15472/hdgqzd
title: Biodiversidad del Distrito de Manejo Integrado Guásimo

description: La información de línea base sobre la composición de fauna y flora de un área protegida permite la implementación de prácticas de manejo y conservación efectivas. El Distrito de Manejo Integrado (DMI) Guásimo está localizado en el departamento de Risaralda, municipio de La Virginia, tiene un área total de 1331 hectáreas y se ubica en la vertiente occidental de la cordillera Central dentro de un rango altitudinal de 900 – 1250 msnm, incluye área de las veredas La Palma y El Aguacate. La información consignada en este recurso procede de la Caracterización ambiental de la microcuenca El Guásimo realizadas por la Administradora del Medio Ambiente Margarita Nieto y el Biólogo Enrique Mendéz Vargas en el año 1997 para la CARDER.
DOI: 10.15472/aqnjlf
title: Biodiversidad del Distrito de Manejo Integrado Arrayanal

description: La información de línea base sobre la composición faunística de un área protegida permite la implementación de prácticas de manejo y conservación efectivas. El Distrito de Manejo Integrado (DMI) Arrayanal está localizado en el departamento de Risaralda, municipio de Mistrató, tiene un área total de 1256 hectáreas y se ubica en la vertiente oriental de la cordillera occidental dentro de un rango altitudinal de 1550 –2350 msnm. La información sobre aves consignada en este recurso procede de observaciones realizadas durante el año 2001 por el Biólogo Victor Ávila para la CARDER. La información sobre mariposas proviene de Tesis de grado del biólogo Francisco Serrano Romero de Instituto de Ciencias Naturales-Universidad Nacional de Colombia, realizada en el año 1992.
DOI: 10.5281/zenodo.4718569
title: What Do Developers Discuss About Design? Exploring Design Knowledge in Stack Overflow and GitHub

description: <strong>Note:</strong> Please refer to the README.md file for instructions. <strong>Abstract:</strong> StackOverflow is a rich source of questions and answers---discussions---about software development. One type of discussion concerns software design topics, such as the correct use of design patterns, or best practices in data access. Since design is one of the more abstract topics in software engineering, researchers have long sought to characterize and model design knowledge. However, these approaches typically require significant expert input in order to contextualize the abstract design information. In this study, we explore how the StackOverflow and Software Engineering Stack Exchange (SESE) datasets might serve as a low-cost, contextualized design knowledge repository. We first perform a qualitative analysis of design-tagged StackOverflow and SESE questions and answers to identify the design concepts developers discuss. We find that these codes can be divided into design-specific concepts, such as design patterns or dependency management. We also examine the expected response (such as the correct usage of the pattern) and the purpose for the question (e.g., to resolve an error). We then apply Latent Dirichlet Allocation (LDA) to create a list of design-related topics. Using this LDA model we show how links from existing open-source projects on GitHub can be characterized according to the design question they reference, which may provide a way to extract contextual design information with little or no human intervention.
DOI: 10.5281/zenodo.4735690
title: Ciconia nigra SPAdes preassembly

description: .
DOI: 10.5281/zenodo.4735689
title: Ciconia nigra SPAdes preassembly

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DOI: 10.6084/m9.figshare.14531610
title: 2020 02 04 Field Notes

description: Field notes including image and/or video records.<br>NOTE: The final segment of the GoPro video cannot be loaded into this folder due to figshare limitations.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14531610.v2
title: 2020 02 04 Field Notes

description: Field notes including image and/or video records.<br>NOTE: The final segment of the GoPro video cannot be loaded into this folder due to figshare limitations.
DOI: 10.5281/zenodo.4735694
title: Orientation Averaged Visible/Near-Infrared and Mid-Infrared Optical Constants of Hydrous Ca-Sulfates: Gypsum and Bassanite

description: These are the laboratory spectra and derived optical constants for hydrous Ca-sulfates: gypsum and bassanite
DOI: 10.5281/zenodo.4735693
title: Orientation Averaged Visible/Near-Infrared and Mid-Infrared Optical Constants of Hydrous Ca-Sulfates: Gypsum and Bassanite

description: These are the laboratory spectra and derived optical constants for hydrous Ca-sulfates: gypsum and bassanite
DOI: 10.5281/zenodo.4735698
title: Clathrina lutea SPAdes preassembly

description: .
DOI: 10.5281/zenodo.4735697
title: Clathrina lutea SPAdes preassembly

description: .
DOI: 10.5281/zenodo.4735700
title: Coproporus ventriculus SPAdes assembly

description: .
DOI: 10.5281/zenodo.4735699
title: Coproporus ventriculus SPAdes assembly

description: .
DOI: 10.5281/zenodo.4735706
title: Corythoichthys haematopterus SPAdes preassembly

description: .
DOI: 10.5281/zenodo.4735705
title: Corythoichthys haematopterus SPAdes preassembly

description: .
DOI: 10.5281/zenodo.4735710
title: Cyclargus thomasi SPAdes preassembly

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