DOI: 10.6084/m9.figshare.27835518.v3
title: intermediate_files

description: Intermediate files generated in:"Exon inclusion signatures enable accurate estimation of splicing factor activity" Miquel Anglada-Girotto, Carolina Segura-Morales, Daniel F. Moakley, Chaolin Zhang, Samuel Miravet-Verde, Andrea Califano, Luis Serrano bioRxiv; doi: https://doi.org/10.1101/2024.06.21.600051<br><b>intermediate_files/</b><b>├── </b><b>benchmark</b><b>│ ├── </b><b>genexpr_tpm_ena.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>genexpr_tpm_encorekd.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>genexpr_tpm_encoreko.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>labels_ena.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>labels_encorekd_hepg2.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>labels_encorekd_k562.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>labels_encoreko_hepg2.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>labels_encoreko_k562.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>metadata_ena.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>metadata_encorekd.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>metadata_encoreko.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_alta_ena.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_alta_encorekd.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_alta_encoreko.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_altd_ena.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_altd_encorekd.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_altd_encoreko.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_ex_ena.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_ex_encorekd.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_ex_encoreko.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_int_ena.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_int_encorekd.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>psi_int_encoreko.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>signatures_psi_ex_ena.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>signatures_psi_ex_encorekd_hepg2.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>signatures_psi_ex_encorekd_k562.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>signatures_psi_ex_encoreko_hepg2.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>signatures_psi_ex_encoreko_k562.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>signatures_tpm_ena.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>signatures_tpm_encorekd_hepg2.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>signatures_tpm_encorekd_k562.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>signatures_tpm_encoreko_hepg2.tsv.gz</b><b>│ └── </b><b>signatures_tpm_encoreko_k562.tsv.gz</b><b>├── </b><b>datasets</b><b>│ ├── </b><b>event_psi</b><b>│ │ ├── </b><b>CCLE-ALTA.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>CCLE-ALTD.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>CCLE-EX.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>CCLE-INT.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>CardosoMoreira2020-ALTA.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>CardosoMoreira2020-ALTD.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>CardosoMoreira2020-EX.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>CardosoMoreira2020-INT.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Lu2021-ALTA.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Lu2021-ALTD.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Lu2021-EX.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Lu2021-INT.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Nijhuis2020-ALTA.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Nijhuis2020-ALTD.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Nijhuis2020-EX.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Nijhuis2020-INT.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Riaz2017-ALTA.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Riaz2017-ALTD.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Riaz2017-EX.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Riaz2017-INT.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>tumorigenesis-ALTA.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>tumorigenesis-ALTD.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>tumorigenesis-EX.tsv.gz</b><b>│ │ └── </b><b>tumorigenesis-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>genexpr_tpm</b><b>│ │ ├── </b><b>CCLE.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>CardosoMoreira2020.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Lu2021.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Nijhuis2020.tsv.gz</b><b>│ │ ├── </b><b>Riaz2017.tsv.gz</b><b>│ │ └── </b><b>tumorigenesis.tsv.gz</b><b>│ └── </b><b>metadata</b><b>│ </b><b>├── </b><b>CCLE.tsv.gz</b><b>│ </b><b>├── </b><b>CardosoMoreira2020.tsv.gz</b><b>│ </b><b>├── </b><b>Lu2021.tsv.gz</b><b>│ </b><b>├── </b><b>Nijhuis2020.tsv.gz</b><b>│ </b><b>├── </b><b>Riaz2017.tsv.gz</b><b>│ </b><b>└── </b><b>tumorigenesis.tsv.gz</b><b>├── </b><b>inhouse</b><b>│ └── </b><b>carcinogenesis</b><b>│ </b><b>├── </b><b>phosphoproteomics.tsv.gz</b><b>│ </b><b>└── </b><b>proteomics.tsv.gz</b><b>└── </b><b>tcga</b><b>├── </b><b>event_psi</b><b>│ ├── </b><b>ACC-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>ACC-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>ACC-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>ACC-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BLCA-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BLCA-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BLCA-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BLCA-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BRCA-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BRCA-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BRCA-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BRCA-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CESC-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CESC-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CESC-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CESC-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CHOL-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CHOL-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CHOL-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CHOL-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>COAD-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>COAD-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>COAD-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>COAD-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>DLBC-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>DLBC-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>DLBC-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>DLBC-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>ESCA-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>ESCA-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>ESCA-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>ESCA-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>GBM-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>GBM-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>GBM-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>GBM-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>HNSC-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>HNSC-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>HNSC-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>HNSC-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KICH-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KICH-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KICH-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KICH-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRC-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRC-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRC-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRC-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRP-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRP-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRP-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRP-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LAML-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LAML-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LAML-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LAML-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LGG-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LGG-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LGG-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LGG-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LIHC-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LIHC-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LIHC-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LIHC-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUAD-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUAD-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUAD-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUAD-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUSC-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUSC-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUSC-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUSC-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>MESO-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>MESO-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>MESO-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>MESO-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>OV-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>OV-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>OV-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>OV-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PAAD-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PAAD-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PAAD-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PAAD-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PCPG-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PCPG-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PCPG-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PCPG-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PRAD-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PRAD-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PRAD-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PRAD-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>READ-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>READ-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>READ-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>READ-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SARC-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SARC-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SARC-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SARC-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SKCM-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SKCM-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SKCM-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SKCM-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>STAD-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>STAD-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>STAD-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>STAD-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>TGCT-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>TGCT-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>TGCT-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>TGCT-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THCA-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THCA-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THCA-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THCA-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THYM-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THYM-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THYM-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THYM-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCEC-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCEC-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCEC-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCEC-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCS-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCS-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCS-EX.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCS-INT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UVM-ALTA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UVM-ALTD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UVM-EX.tsv.gz</b><b>│ └── </b><b>UVM-INT.tsv.gz</b><b>├── </b><b>genexpr_counts</b><b>│ ├── </b><b>ACC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BLCA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BRCA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CESC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CHOL.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>COAD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>DLBC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>ESCA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>GBM.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>HNSC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KICH.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRP.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LAML.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LGG.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LIHC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUAD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUSC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>MESO.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>OV.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PAAD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PCPG.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PRAD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>READ.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SARC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SKCM.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>STAD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>TGCT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THCA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THYM.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCEC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCS.tsv.gz</b><b>│ └── </b><b>UVM.tsv.gz</b><b>├── </b><b>genexpr_tpm</b><b>│ ├── </b><b>ACC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BLCA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>BRCA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CESC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>CHOL.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>COAD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>DLBC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>ESCA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>GBM.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>HNSC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KICH.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>KIRP.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LAML.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LGG.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LIHC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUAD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>LUSC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>MESO.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>OV.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PAAD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PCPG.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>PRAD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>READ.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SARC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>SKCM.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>STAD.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>TGCT.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THCA.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>THYM.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCEC.tsv.gz</b><b>│ ├── </b><b>UCS.tsv.gz</b><b>│ └── </b><b>UVM.tsv.gz</b><b>└── </b><b>metadata</b><b>├── </b><b>ACC.tsv.gz</b><b>├── </b><b>BLCA.tsv.gz</b><b>├── </b><b>BRCA.tsv.gz</b><b>├── </b><b>CESC.tsv.gz</b><b>├── </b><b>CHOL.tsv.gz</b><b>├── </b><b>COAD.tsv.gz</b><b>├── </b><b>DLBC.tsv.gz</b><b>├── </b><b>ESCA.tsv.gz</b><b>├── </b><b>GBM.tsv.gz</b><b>├── </b><b>HNSC.tsv.gz</b><b>├── </b><b>KICH.tsv.gz</b><b>├── </b><b>KIRC.tsv.gz</b><b>├── </b><b>KIRP.tsv.gz</b><b>├── </b><b>LAML.tsv.gz</b><b>├── </b><b>LGG.tsv.gz</b><b>├── </b><b>LIHC.tsv.gz</b><b>├── </b><b>LUAD.tsv.gz</b><b>├── </b><b>LUSC.tsv.gz</b><b>├── </b><b>MESO.tsv.gz</b><b>├── </b><b>OV.tsv.gz</b><b>├── </b><b>PAAD.tsv.gz</b><b>├── </b><b>PCPG.tsv.gz</b><b>├── </b><b>PRAD.tsv.gz</b><b>├── </b><b>READ.tsv.gz</b><b>├── </b><b>SARC.tsv.gz</b><b>├── </b><b>SKCM.tsv.gz</b><b>├── </b><b>STAD.tsv.gz</b><b>├── </b><b>TGCT.tsv.gz</b><b>├── </b><b>THCA.tsv.gz</b><b>├── </b><b>THYM.tsv.gz</b><b>├── </b><b>UCEC.tsv.gz</b><b>├── </b><b>UCS.tsv.gz</b><b>└── </b><b>UVM.tsv.gz</b><br><b>12 directories, 302 files</b>