cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.6084/m9.figshare.30635996
title: Supplementary Material for: Clinical feasibility of ctDNA in patients with advanced hepatocellular carcinoma treated with atezolizumab plus bevacizumab

description: Introduction: The development of targeted therapies and immune checkpoint inhibitors for advanced hepatocellular carcinoma (HCC) reinforces the need for individualized treatment. However, precision medicine is hindered by the lack of mandatory tissue biopsy for genomic profiling in HCC. Liquid biopsy enables genomic profiling of circulating tumor DNA (ctDNA), which could compensate for the lack of tissue-based analysis. This study evaluated the concordance between ctDNA and tumor tissue genomic profiling and its feasibility in advanced HCC treated with atezolizumab plus bevacizumab (atezo/bev).
Methods: This cohort study prospectively collected pretreatment plasma samples from 130 patients with advanced HCC who underwent tissue-based sequencing before systemic therapy from June 2020 to October 2022. Tumor tissue sequencing was performed using the Oncomine Comprehensive Assay, and ctDNA sequencing was conducted using Guardant360. 
Results: ctDNA variants revealed 72.6% (69/95; 95% CI, 62.9%-80.6%) sensitivity and 75.0% (69/92; 95% CI, 65.3%-82.7%) positive predictive value compared to tumor tissue. With an interval of ≤30 days between ctDNA and tumor tissue sampling, the sensitivity increased to 96.3% (26/27; 95% CI, 81.7%-99.3%). In patients treated with first-line atezo/bev, maximum variant allele frequency (maxVAF) of ctDNA was strongly correlated with survival outcomes even after adjustment for clinicogenomic variables.
Conclusion: In advanced HCC, ctDNA-based genotyping demonstrated clinically acceptable concordance with tissue-based profiling, providing a reliable alternative when tissue samples are limited. Additionally, ctDNA maxVAF demonstrated independent prognostic value in patients treated with first-line atezo/bev. Liquid biopsy using ctDNA can help address challenges associated with limited tissue-based genomic profiling in advanced HCC.
DOI: 10.6084/m9.figshare.30635996.v1
title: Supplementary Material for: Clinical feasibility of ctDNA in patients with advanced hepatocellular carcinoma treated with atezolizumab plus bevacizumab

description: Introduction: The development of targeted therapies and immune checkpoint inhibitors for advanced hepatocellular carcinoma (HCC) reinforces the need for individualized treatment. However, precision medicine is hindered by the lack of mandatory tissue biopsy for genomic profiling in HCC. Liquid biopsy enables genomic profiling of circulating tumor DNA (ctDNA), which could compensate for the lack of tissue-based analysis. This study evaluated the concordance between ctDNA and tumor tissue genomic profiling and its feasibility in advanced HCC treated with atezolizumab plus bevacizumab (atezo/bev).
Methods: This cohort study prospectively collected pretreatment plasma samples from 130 patients with advanced HCC who underwent tissue-based sequencing before systemic therapy from June 2020 to October 2022. Tumor tissue sequencing was performed using the Oncomine Comprehensive Assay, and ctDNA sequencing was conducted using Guardant360. 
Results: ctDNA variants revealed 72.6% (69/95; 95% CI, 62.9%-80.6%) sensitivity and 75.0% (69/92; 95% CI, 65.3%-82.7%) positive predictive value compared to tumor tissue. With an interval of ≤30 days between ctDNA and tumor tissue sampling, the sensitivity increased to 96.3% (26/27; 95% CI, 81.7%-99.3%). In patients treated with first-line atezo/bev, maximum variant allele frequency (maxVAF) of ctDNA was strongly correlated with survival outcomes even after adjustment for clinicogenomic variables.
Conclusion: In advanced HCC, ctDNA-based genotyping demonstrated clinically acceptable concordance with tissue-based profiling, providing a reliable alternative when tissue samples are limited. Additionally, ctDNA maxVAF demonstrated independent prognostic value in patients treated with first-line atezo/bev. Liquid biopsy using ctDNA can help address challenges associated with limited tissue-based genomic profiling in advanced HCC.
DOI: 10.6084/m9.figshare.30635999
title: Supplementary Material for: T1Drink: Education gaps and safety issues concerning alcohol consumption in young adults with type 1 diabetes mellitus – A JENIOUS-driven international Initiative report

description: Introduction
Alcohol consumption is common among people with type 1 diabetes mellitus (PwT1D), with prevalence rates similar to the general population. However, it is associated with unique risks – increased risk of (delayed) hypoglycemia, diabetic ketoacidosis, and impaired ability to self-manage diabetes. In this study, we aimed to explore the knowledge and experiences of young (&gt;16 years old) PwT1D concerning safe alcohol use.

Methods
We designed an anonymous survey informed by the clinical expertise of healthcare professionals, the lived experience of people with type 1 diabetes represented within our team, and the perspective of a patient organization, , which was made available in 12 languages on a dedicated website and promoted via social media. We collected data on responders' background, self-perceived safety of alcohol use, experience about the impact of specific alcoholic drinks on one's glycemia, and safety management strategies. Data collection was open from October 2022 to November 2023. 

Results
We analyzed complete responses from 216 PwT1D (63.4% females, 54.2% aged 16-21 years old, 29.3% with diabetes duration &gt;15 years), who represented 23 countries (most often Italy, Poland and US). Only 53.2% of PwT1Ds reported feeling safe while consuming alcohol, and 37% assessed their alcohol-related knowledge as average or lower. Only 45.8% reported that the issue of safe alcohol consumption was discussed as part of diabetes education. A total of 48.2% of participants experienced unpredictable effects of alcoholic drinks on blood glucose levels. Alcohol-related severe hypoglycemia episodes were significantly more frequent in those reporting frequent excessive drinking (≥6 drinks ≥1/month, OR 4.19, 95%CI 1.37-12.75) and routinely consuming ≥2 alcoholic drinks per occasion (OR 4.20, 95%CI 1.52-11.61).

Conclusions 
The topic of safe alcohol consumption requires more attention in diabetes education. Developing precise, evidence-based, and easy-to-apply strategies tailored to alcohol type, amount, and technology use is essential for reducing the risk of acute diabetes-related complications.
DOI: 10.6084/m9.figshare.30635999.v1
title: Supplementary Material for: T1Drink: Education gaps and safety issues concerning alcohol consumption in young adults with type 1 diabetes mellitus – A JENIOUS-driven international Initiative report

description: Introduction
Alcohol consumption is common among people with type 1 diabetes mellitus (PwT1D), with prevalence rates similar to the general population. However, it is associated with unique risks – increased risk of (delayed) hypoglycemia, diabetic ketoacidosis, and impaired ability to self-manage diabetes. In this study, we aimed to explore the knowledge and experiences of young (&gt;16 years old) PwT1D concerning safe alcohol use.

Methods
We designed an anonymous survey informed by the clinical expertise of healthcare professionals, the lived experience of people with type 1 diabetes represented within our team, and the perspective of a patient organization, , which was made available in 12 languages on a dedicated website and promoted via social media. We collected data on responders' background, self-perceived safety of alcohol use, experience about the impact of specific alcoholic drinks on one's glycemia, and safety management strategies. Data collection was open from October 2022 to November 2023. 

Results
We analyzed complete responses from 216 PwT1D (63.4% females, 54.2% aged 16-21 years old, 29.3% with diabetes duration &gt;15 years), who represented 23 countries (most often Italy, Poland and US). Only 53.2% of PwT1Ds reported feeling safe while consuming alcohol, and 37% assessed their alcohol-related knowledge as average or lower. Only 45.8% reported that the issue of safe alcohol consumption was discussed as part of diabetes education. A total of 48.2% of participants experienced unpredictable effects of alcoholic drinks on blood glucose levels. Alcohol-related severe hypoglycemia episodes were significantly more frequent in those reporting frequent excessive drinking (≥6 drinks ≥1/month, OR 4.19, 95%CI 1.37-12.75) and routinely consuming ≥2 alcoholic drinks per occasion (OR 4.20, 95%CI 1.52-11.61).

Conclusions 
The topic of safe alcohol consumption requires more attention in diabetes education. Developing precise, evidence-based, and easy-to-apply strategies tailored to alcohol type, amount, and technology use is essential for reducing the risk of acute diabetes-related complications.
DOI: 10.17026/ar/qplhks
title: Archeologisch en cultuurhistorisch onderzoek Wijboschbroek te, Schijndel, gemeente Meierijstad
title: SWECO ARCHEOLOGISCHE RAPPORTEN 2609

description: In opdracht van Waterschap Aa en Maas heeft Sweco Nederland B.V. een archeologisch bureauonderzoek en cultuurhistorisch onderzoek uitgevoerd. Aanleiding voor het uitvoeren van het archeologisch bureauonderzoek is de realisatie van ca. 55 hectare nieuwe natuur binnen dit gebied waarbij de hydrologische en ecologische omstandigheden binnen de Natte Natuurparel (het plangebied) worden aangepast. Het exacte ontwerp wordt omschreven onder 2.1.3.

Het plangebied is in het Noord-Brabants dekzandgebied gelegen. Dekzanden die aan de oppervlakte liggen, zijn afzettingen uit de laatste IJstijd, het Weichselien (114.300 tot 9.700 BP). Het huidige zandlandschap is grotendeels in die laatste ijstijd gevormd. In deze periode heerste een toendraklimaat met een permanent bevroren bodem met weinig vegetatie. Door de wind werd in deze periode grote pakketten zand verplaatst. Tijdens natte zomers kwam ook veenvorming voor. Deze pakketten van zand en veen worden tot de Formatie van Boxtel gerekend. Aan het einde van het Pleistoceen (ca. 15.500 tot 11.800 BP) veranderde het klimaat en ging het landschap over in een arctische steppe zonder begroeiing. Er ontstonden zandverstuivingen, waardoor op de plaats waar zand wegstoof een dun grindlaagje overbleef (en uitblazingskommen). Het stuifzand werd afgezet in depressies van riviergeulen waardoor het landschap nivelleerde. Dit dekzand wordt gerekend tot het Laagpakket van Wierden.

Er zijn in het plangebied mogelijk archeologische waarden aanwezig uit de periode Laat- Paleolithicum – Nieuwe tijd. Voor het Laat-Paleolithicum en Mesolithicum is een middelhoge verwachting in de delen van het plangebied die niet zijn vergraven en gelegen op hoger gelegen delen zoals dekzandkopjes- en ruggen. Voor de periode Neolithicum tot en met de Romeinse tijd is een middelhoge verwachting op de hoger gelegen delen. Voor de periode Middeleeuwen tot en met de Nieuwe tijd is de verwachting laag. De geplande ingrepen binnen de zones met een middelhoge of hogere verwachting zijn echter zeer beperkt. De meeste ingrepen vinden plaats in een zone met een lage verwachting.

Op basis van de resultaten van het bureauonderzoek is gebleken dat er gezien de beperkte ingrepen, die voornamelijk in zones met een lage verwachting plaatsvinden, het plangebied voldoende is onderzocht. De grenzen van de geldende dubbelbestemmingen worden met de geplande ingrepen tevens niet overschreden.

Daarnaast lijken er geen ingrepen te zijn die de cultuurhistorische waarden zullen aantasten. Het cultuurlandschap blijft nagenoeg intact.
DOI: 10.17026/ar/joyxtd
title: Archeologisch bureauonderzoek te Lage Mierde, gemeente Reusel- De Mierden
title: SWECO ARCHEOLOGISCHE RAPPORTEN 2653

description: In opdracht van de gemeente Reusel-De Mierden heeft Sweco Nederland B.V. een archeologisch bureauonderzoek uitgevoerd. Aanleiding voor het onderzoek is de vervanging van het rioolstelsel. Dit wordt aangelegd tot op ca. 3 m – mv. Op basis van de tijdens het bureauonderzoek verzamelde gegevens is een gespecificeerd verwachtingsmodel opgesteld. In het plangebied zijn archeologische resten mogelijk vanaf het Laat Paleolithicum tot en met de Nieuwe Tijd in de top van het dekzand, direct onder het maaiveld en onder of in het mogelijk aanwezige plaggendek. De archeologische verwachting voor deze perioden is middelhoog tot hoog, aangezien het plangebied gelegen is op een dekzandrug. Dit waren relatief hoge en aantrekkelijke plaatsen voor bewoning. Het is mogelijk dat archeologische resten uit het Paleolithicum en Mesolithicum zijn verploegd door het gebruik van het plangebied als bouwland tijdens de Middeleeuwen. Er kunnen vanaf het Paleolithicum jachtkampjes aangetroffen worden met kuil- en/of vlakhaarden en strooiingen van vuursteenvondsten met een omvang van ca. 50-100 m2. Vanaf het Neolithicum kunnen ook nederzettingen (huisplaatsen) aangetroffen worden van 200-2000 m2. Hier kan aardwerk, dierlijk bot, bewerkt natuursteen, en vanaf de Metaaltijden ook metaal worden aangetroffen en sporen zoals (verkavelings- en erf)greppels, paalgaten, waterputten en afvalkuilen; voor de Late Middeleeuwen/Nieuwe tijd aangevuld met periode specifiek keramiek (aardewerk/steengoed/porselein) en bouwmateriaal (baksteen/dakpan), glas, natuursteen. Organische materialen, zoals leer, bewerkt of constructiehout, en textiel zullen waarschijnlijk niet worden aangetroffen gezien de lage grondwaterstand en de zandbodem. Organische resten (vondsten en paleobotanische resten) zijn mogelijk alleen bewaard gebleven in diepere sporen zoals waterputten- of kuilen. Een deel van het plangebied zal reeds verstoord zijn vanwege de aanwezigheid van een riool en kabels en leidingen. Op basis van de resultaten van het bureauonderzoek adviseert Sweco Nederland indien de rioolsleuf in ongeroerde grond wordt aangelegd, of indien de bestaande rioolsleuf 50 cm of breder wordt dan de bestaande sleuf om een inventariserend veldonderzoek uit te voeren in de vorm van een verkennend booronderzoek. Dit veldonderzoek heeft tot doel informatie te verkrijgen over de bodemopbouw en de mate van verstoring. Hiermee kan de archeologische verwachting worden getoetst en waar nodig aangepast worden. Geadviseerd wordt om binnen het tracé elke 50 meter een boring te plaatsen. Wij wijzen u erop dat de bevoegde overheid op basis van dit rapport een besluit neemt. De mogelijkheid bestaat dat dit besluit afwijkt van het door ons opgestelde advies.
DOI: 10.17026/ar/c8iukk
title: Archeologisch onderzoek de Schrale te Linschoten en Papekop, gemeenten Oudewater en Montfoort.
title: Sweco Archeologische Rapporten 2651

description: In opdracht van Stichting Landgoed Linschoten heeft Sweco Nederland B.V. een archeologisch bureauonderzoek uitgevoerd naar projectgebied de Schrale te Papekop en Linschoten in de gemeenten Oudewater en Montfoort. 

Het plangebied natuurontwikkeling is in 2003 omgevormd tot natuurgebied met de naam De Schrale. Hier werd bos, nat soortenrijk grasland en moeras aangelegd. In 2010 is het terrein door de provincie geïnventariseerd op flora en fauna. Hierbij bleek dat de botanische kwaliteit onvoldoende was, ook waren er weinig libellen en dagvlinders aanwezig. Daarnaast waren er elementen aanwezig op het terrein die in cultuurhistorisch opzicht niet op hun plaats waren. Aanbevolen werd om deze te verwijderen en de bovengrond af te graven voor de ontwikkeling van nat schraalland. Daarnaast werd geadviseerd om het bos te verwijderen, kades te verwijderen, te stoppen met beweiding en over te gaan op maaibeheer. Inmiddels is een deel van de kades verwijderd. Ook is natuurlijk peilbeheer ingesteld. De andere punten dienen nog uitgevoerd te worden. Op basis van de aanwezige fosfaatconcentraties zijn er goede mogelijkheden voor de ontwikkeling van vochtig hooiland bij plagdieptes van 20 á 35. Hiervoor wordt 30 tot 35 cm afgeplagd, op één perceel is 20 cm diepte voldoende. Het bos zal voor driekwart worden verwijderd, de stobben blijven staan. Het ene bos zal gedeeltelijk 50 cm worden afgegraven voor moerasontwikkeling, het andere zal 30 cm worden afgeplagd.

Op basis van het bureauonderzoek is een gespecificeerde archeologische verwachting opgesteld. 

Het plangebied is gelegen in een veengebied, en waarschijnlijk is het plangebied nauwelijks onder invloed geweest van de stroomgordel de Linschoten. Waarschijnlijk is dit gebied vanaf ca. 8000 jaar geleden altijd veengebied geweest, tot in de vroege Middeleeuwen, en dus niet geschikt voor bewoning. De depotlocatie zal enigszins onder invloed zijn geweest van de Linschoten, en hier bevindt zich dan ook waarschijnlijk komklei. Tevens is hier een kleine kans dat hier enige crevasses aanwezig zijn, uit booronderzoek ten noordoosten van het plangebied is gebleken dat alleen aan de uiterste oostzijde crevasses aanwezig waren. Ook hier is de archeologische verwachting laag. Het dekzand wordt door de geplande ingrepen niet bereikt, en deze verwachting is dan ook niet relevant.

Op basis van de resultaten van het bureauonderzoek wordt geen vervolgonderzoek geadviseerd. Op basis van de resultaten van het bureauonderzoek wordt geen vervolgonderzoek geadviseerd. Wel wordt geadviseerd geen bodemingrepen uit te voeren in de zone met de middelhoge verwachting op de gemeentelijke beleidskaart van de gemeente Oudewater. Indien hier wel bodemingrepen plaatsvinden dieper dan 30 cm – mv, dan is mogelijk wel vervolgonderzoek noodzakelijk.
DOI: 10.17026/ar/qaa6zv
title: Archeologisch bureauonderzoek Grote Steng Westzaan NW te Beverwijk, Assendelft en Westzaan, gemeente Beverwijk en Zaanstad
title: SWECO ARCHEOLOGISCHE RAPPORTEN 2678

description: In opdracht van Stam & Co heeft Sweco Nederland B.V. een archeologisch bureauonderzoek uitgevoerd. Aanleiding voor het onderzoek is de aanleg van een 20 kV kabel. Voor de aanleg van de kabel is een kabelsleuf voorzien van 40 cm breed en 80 cm diep. Een deel van het tracé zal door middel van gestuurde boringen worden aangelegd. Op basis van het bureauonderzoek blijkt dat er een archeologisch verwachting geldt voor archeologische resten vanaf de IJzertijd in het gebied van het Oer-IJ. In de top van de kleiige afzettingen van het Oer-IJ estuarium zijn archeologische bewoningsresten mogelijk vanaf de Late IJzertijd-Romeinse tijd. Het is onduidelijk op welke diepte deze afzettingen zich bevinden. Voor het veengebied geldt een archeologische verwachting voor resten vanaf de Vroege Middeleeuwen. In de oude polders buiten het voormalige IJ/Wijkermeer geldt een archeologische verwachting voor bewoningsresten en met name dijken uit de Late Middeleeuwen en Nieuwe tijd. In de periode van circa 1300 werden deze dijken aangelegd. De Sint Aagtendijk kan nog relatief ondiep in de bodem voorkomen, aangezien deze waarschijnlijk niet is geslecht. De Assendelver Zeedijk is vermoedelijk dieper ten opzichte van het maaiveld komen te liggen door de huidige Noordzeekanaaldijk die eroverheen is aangelegd. Op basis van vorige onderzoeken blijkt dat de Assendelver Zeedijk op circa 1,8 m -NAP wordt verwacht, waar de noordelijke dijk langs het Noordzeekanaal op circa 1,6 m +NAP ligt. Binnen de bedijkte gebieden is het land in ontginning gebracht en ontstonden nederzettingen in de vorm van lintdorpen, zoals Zuidereinde. Tot in de 19e eeuw is een groot deel van het plangebied buiten de ingepolderde gebieden gebleven.
DOI: 10.15468/dl.7savr5
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 354 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "TaxonKey" : [
 "is Lindera latifolia"
 ]
}

 The dataset includes 354 records from 28 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0038664-251025141854904/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.8ugy6w
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 0 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "TaxonKey is one of (Phoebe leiophylla, , , , , , )",
 "BasisOfRecord is one of (Specimen, Human Observation, Observation, Living Specimen, Machine Observation, Literature Occurrence)",
 "Geometry POLYGON((-180 -90,180 -90,180 90,-180 90,-180 -90))",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false"
 ]
}

 The dataset includes 0 records from 0 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0038666-251025141854904/datasets/export for details.
DOI: 10.15468/dl.eey4sf
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 75842 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Lynx rufus",
 "Year 2015-2025"
 ]
}

 The dataset includes 75842 records from 42 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0038647-251025141854904/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.945583
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 42418 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Country is France",
 "TaxonKey is Borago officinalis"
 ]
}

 The dataset includes 42418 records from 412 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0038667-251025141854904/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.6084/m9.figshare.30581981.v1
title: Yoga Exercises

description: Each participant has to perform a set of Yoga inspired exercises.
DOI: 10.15468/dl.2p49p4
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 305 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Geometry POLYGON((115.86410 21.70126,150.51406 21.70126,150.51406 35.56973,115.86410 35.56973,115.86410 21.70126))",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "TaxonKey is Porites lutea"
 ]
}

 The dataset includes 305 records from 6 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0038668-251025141854904/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.9gdvpz
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 101 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "TaxonKey" : [
 "is Athyrium nitidulum"
 ]
}

 The dataset includes 101 records from 17 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0038670-251025141854904/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15151/esrf-es-2241565675
title: Operando X-ray Raman Studies of Oxide Derived Copper to Uncover the Carbon Dioxide Reduction Mechanism

description: This study aims to elucidate the operational mechanism of highly active electrocatalysts for CO2 reduction (CO2R) through operando X-ray Raman Scattering (XRS) at high current densities. By utilising the O K-edge and transition metal (TM) L-edges as probes of TM-O hybridisation, we seek to uncover the mechanism of the CO2R reaction. The short attenuation length of soft X-rays limits the operando studies with soft X-ray Absorption Spectroscopy; thus, we developed a novel cell to enhance gas mass transport at the electrode surface. Our investigations focuses on copper-based electrodes to understand operational mechanisms at high potentials linked to C2+ product formation. This research is crucial for improving the selectivity and stability of CO2R catalysts, promoting the industrial use of electrochemical processes for energy-dense products. We aim to utilise XRS for operando measurements of TM and O redox processes in CO2R to advance knowledge of the reaction mechanism.