cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.57745/opnz6k
title: MassiveFold data for target T1226

description: MassiveFold data generated for CASP16, in collaboration with CAPRI . 8040 predictions were generated for the target = 1005 x 8 sets of parameters. - a description of the setup can be found in `MassiveFold_CASP16_Abstract.pdf` - `README.txt` describes the contents of the main `MassiveFold.tar.gz` file - the main `MassiveFold.tar.gz file contains all the predictions, divided into 8 folders named after the conditions. It contains predictions as well as pickle files, sequence alignments, rankings and plots. The README.txt file describes the contents of this tar.gz. - the `only_pdbs_MassiveFold.tar.gz` is the result of the `gather_runs.py` script, without the pickle files. It contains a list of all the pdb files and ranking files with scores. - `gather_runs.py` allows to gather the runs, to use preferentially to the one included in the main `MassiveFold.tar.gz` at the time of the prediction phase, because it has been updated - `combined_scores.csv` file contains the CASP assessment for the target (from https://predictioncenter.org/)
DOI: 10.57745/nu9mzi
title: Notice de presentation des projections et incertitudes

description: Ce document a pour objectif d’exposer les concepts des analyses d’incertitudes faites avec l’ensemble de projections hydroclimatiques d’Explore2 et d’illustrer les représentations graphiques qui seront produites pour caractériser l’évolution future de différents indicateurs hydroclimatiques telle que projetée dans cet ensemble. La méthode d’analyse fait appel à des méthodes statistiques avancées, qui permettent de produire différents types de résultats et de représentations graphiques.
DOI: 10.57745/nz0irx
title: Unifying Antimicrobial Peptide Datasets for Robust Deep Learning-Based Classification

description: Leguminous crops are vital to sustainable agriculture due to their ability to fix atmospheric nitrogen, improving soil fertility and reducing the need for synthetic fertilizers. Additionally, they are an excellent source of protein for both human consumption and animal feed. AntiMicrobial Peptides (AMPs), found in various leguminous seeds, exhibit broad-spectrum antimicrobial activity through diverse mechanisms, including interaction with microbial cell membranes and interference with cellular processes, making them valuable for enhancing crop resilience and food safety. In the field of plant sciences, computational biology methods have been instrumental in the discovery and optimization of AMPs. These methods enable rapid exploration of sequence space and the prediction of AMPs using deep learning technologies. Optimizing AMP annotations through computational design offers a strategic approach to enhance efficacy and minimize potential side effects, providing a viable alternative to conventional antimicrobial agents. However, the presence of overlapping sequences across multiple databases poses a challenge for creating a reliable dataset for AMP prediction. To address this, we conducted a comprehensive analysis of sequence redundancy across various AMP databases. These databases encompass a wide range of AMPs from different sources and with specific functions, including both naturally occurring and artificially synthesized AMPs. Our analysis revealed significant overlap, underscoring the need for a non-redundant AMP sequence database. We present the development of a new database that consolidates unique AMP sequences derived from leguminous seeds, aiming to create a more refined dataset for the binary classification and prediction of plant-derived AMPs. This database will support the advancement of sustainable agricultural practices by enhancing the use of plant-based AMPs in agroecology, contributing to improved crop protection and food security.
DOI: 10.57745/oyuo2x
title: Leptosphaeria maculans semi-quantitative disease scale (LeMaSQ)

description: This scale includes nine categories of symptoms referred to as disease scores of L. maculans on B. napus or B. carinata. Category 1 includes isolates displaying non-adapted phenotypes, unable to infect the plant efficiently, Category 2 includes isolates displaying intermediate phenotypes, that are able to cause symptoms but with a late resistance response from the plant; and Category 3 represents isolates displaying adapted phenotypes, able to infect the plant efficiently. The first category, “non-adapted”, covers the phenotypic lesions caused by non-adapted isolates on the infected plant cotyledons (the plant is resistant) and encloses scores 1, 2, and 3. Score 1 corresponds to a hypersensitive response (HR), i.e. the isolate was not able to colonize the plant and the infection was stopped at the inoculation site; Score 2 corresponds to a small necrotic lesion (slightly larger than a HR), very dark in colour and limited just around the infection site; Score 3 corresponds to a medium-size necrosis, very dark with a bit of grey which shows a tissue collapse. The second category, “intermediate”, covers the phenotypic lesions caused by intermediately-adapted isolates on the infected plant cotyledons (the plant displays an intermediate resistance phenotype) and encloses scores 4, 5 and 6. Score 4 corresponds to medium-size necrosis, very dark with a bit of grey showing collapsing tissues but with the appearance of a few pycnidia (this could highlight a situation of stress in which the fungus is attempting to survive by producing pycnidia despite the induction of plant defences); Score 5 represents a medium-size macule (necrosis) with a light grey centre and a dark edge, showing a black margin corresponding to a late defence reaction of the plant; Score 6 represents a medium-size macule with a light grey centre and a dark edge, showing a black margin corresponding to a late defence reaction of the plant with the appearance of a few pycnidia (suggesting that the fungus is attempting to survive on the plant). Finally, the third category, “adapted”, covers phenotypic lesions caused by adapted isolates on the infected plant cotyledons (the plant is susceptible), and encloses scores 7, 8 and 9. Score 7 corresponds to a weak light grey symptom, meaning the fungus is aggressive on the plant; Score 8 represents a medium to large macule of light grey colour, and Score 9 represents a large macule of light grey colour carrying numerous pycnidia.
DOI: 10.57745/pxjbh4
title: Fiches des stations agrométéorologiques du réseau AgroClim INRAE

description: Chaque fiche station est un rapport de données climatiques produit par l'unité INRAE AgroClim pour chaque station de mesure. Elle présente une synthèse des conditions météorologiques et climatiques locales à travers une série de graphiques et de tableaux. Les informations portent sur plusieurs variables clés comme la température (moyenne, maximale, minimale), les précipitations, le rayonnement global et la vitesse du vent. Ce rapport inclut différentes perspectives d'analyse : des comparaisons des valeurs annuelles par rapport à la moyenne interannuelle, des distributions mensuelles des mesures, des indicateurs agroclimatiques spécifiques, tels que les jours de fortes chaleurs ou les épisodes de gel. Ce document est conçu pour donner un aperçu détaillé du climat d'une station sur plusieurs années. Chacune des 54 fiches représente une station de mesure, permettant ainsi un suivi et une analyse climatiques sur le réseau.
DOI: 10.57745/kxuseb
title: Conductivité électrique de l’électrolyte GDC10 en fonction de la pression partielle d'oxygène

description: Dataset production context : Conductivité électrique de l’électrolyte GDC10 en fonction de la pression partielle d'oxygène pour "cercle vert" 400°C, "cercle bleu" 500°C, "cercle orange" 600°C, "cercle mauve clair" 700°C, "cercle rouge" 800°C, "cercle vert" 900°C et "cercle mauve foncé" 1000°C. Les données sont représentées par "rond noir" pour celles mesurées en EIS, par "rond blanc" pour celles mesurées en courant continu, par x pour celles mesurées par Dalslet et al. [27], par I pour celles mesurées par Jo et al. [24], par + pour celles mesurées par Navarro et al. [26], par * pour celles mesurées par Wang et al. [92] et par – pour celles mesurées par Steele [86].
DOI: 10.57745/nttsbr
title: Un outil de gestion de la fertilité des sols en maraîchage: Ferti-Pépi

description: L'archive comprend un tableur excel et un tutoriel pour l'utilisation de l'outil Ferti-Pépi qui est un outil d'aide à la réflexion de la fertilité en maraîchage diversifié. Cet outil est le prototype d'un module complémentaire pensé en complément du logiciel Pépinière-Mesclun de planification des cultures ( https://pepiniere.outils-mesclun.fr/) mais il peut s'utiliser seul. Une notice explique comment convertir les données d'assolement exportées de la Pépinière-Mesclun en format tableur compatible. A partir des quantités de légumes à produire pour répondre aux différents débouchés, l’outil estime les quantités d’azote, phosphore, potasse et carbone qui sortent de la ferme (exportations). Une base de données intègre les caractéristiques de produits résiduaires organiques disponibles sur le territoire et autres sources de nutriments (engrais, couverts végétaux). L’utilisateur peut aussi saisir les paramètres de son sol. Un tableau de bord avec des curseurs permet à l’utilisateur de faire varier la part des différentes sources de fertilité et de voir si ces apports compensent les exportations sous tunnel et en plein champ. L’outil présente de nombreux encadrés pédagogiques visant à expliciter les calculs en toute transparence et montre une synthèse des quantités à prévoir à l’échelle de la ferme et le coût associé. La construction de l'outil est détaillé dans le mémoire consultable au lien suivant: https://hal.inrae.fr/hal-04231441 Dans cette dernière version, vous trouverez un tableur permettant de transformer un export du logiciel QROP vers le bon format pour utiliser Ferti-Pépi et un tableur permettant de transformer des données issues du logiciel "Ouvre ta ferme" (ces convertisseurs ont été développés par Guillaume Boitel, CFPPA de Courcelles-Chaussy ).
DOI: 10.57745/ovcwqn
title: Data supporting "Deformation mechanisms, microstructures, and seismic anisotropy of wadsleyite in the Earth's transition zone" by Ledoux et al.

description: We provide here the data supporting our article entitled Deformation mechanisms, microstructures, and seismic anisotropy of wadsleyite in the Earths transition zone: raw diffraction images, multigrain indexing files, and VPSC and seismic anisotropy simulations.
DOI: 10.57745/oxact8
title: Nomenclature Hérelles

description: La nomenclature Hérelles est une nomenclature (hiérarchie de concepts) de référence au sein du projet permettant d’identifier les différents objets géographiques observables dans les données satellite. Elle a été construite à partir de deux nomenclatures existantes : Celle du projet FoDoMust (R. Brisson & al, Navigation et appariement d'objets géographiques dans une ontologie, EGC 2007, pp. 391-396) ; celle du projet Artisols (doi: 10.1109/IGARSS47720.2021.9554617). Ce jeu de données comprend trois fichiers : Le fichier Lisez_Moi donne les éléments déterminants pour l’élaboration de la nomenclature. Les définitions des termes associés y sont également présentés. Le tableur Synopsis_Nomenclature présente une comparaison synthétique de quelques nomenclatures existantes permettant la labellisation de l'occupation des sols ainsi que les liens d'accès. Le fichier Dictionnaire_Concepts représente le dictionnaire de la nomenclature Hérelles comprenant l’ensemble des termes ou concepts de la nomenclature avec une courte description. Le fichier Organigramme_Hierarchie_Concepts permet une visualisation schématique de la hiérarchie de concept Hérelles. Le tableur Caractéristiques_Classes_Concepts répertorie l'ensemble des caractéristiques principales de chaque concepts. Le fichier Sémantique_Hérelles associe à quelques concepts une liste de termes synonyme ou sémantiquement proche.
DOI: 10.57745/p3cdju
title: Projet OLCA-Pest : Pesticides en ACV

description: Le projet OLCA-Pest (« Operationalising Life Cycle Assessment for Pesticides », 2017-2020, cofinancé par l'ADEME et toutes les institutions partenaires impliquées) a été mis en œuvre avec neuf institutions partenaires, afin d'opérationnaliser ces recommandations issues de l'effort de recherche de consensus et de fournir des orientations claires aux chercheurs et aux praticiens.
DOI: 10.57745/qoxze0
title: Dataset of 16S, 23S sequences for Alterfi phase 2 - Fermentation

description: Dataset of 16S, 23S sequences for Alterfi phase 2 program. Ilumina raw reads of 212 Samples (R1 + R2) in fastq.gz format. There is 1 archive in .tar by dataset.
DOI: 10.57745/ldhey5
title: Fiches de résultats des modèles hydrologiques de surface du projet Explore2 : P Dordogne

description: Ensemble de fiche descriptives des résultats du projet Explore2 aux points de simulation pour la région hydrologique P Dordogne Notice de lecture des fiches de résultats des modèles hydrologiques de surface Le projet Explore2 a produit une quantité inédite de données hydrologiques. Ainsi, des ensembles de projections hydrologiques ont été élaborés sur près de 4000 points de simulation répartis en France hexagonale. Dans un esprit de faciliter la diffusion des résultats et suite à des recommandations faites post-Explore2070, des fiches de synthèse viennent décrire les évolutions de statistiques de débit (descripteurs du régime hydrologique). Ces fiches sont toutes construites sur un schéma identique et privilégient des représentations graphiques. Elles se focalisent sur les résultats concernant les débits obtenus avec le scénario d’émission le plus émetteur (RCP8.5) et aux points disposant de projections issus d’au moins quatre modèles hydrologiques de surface. L’objectif visé des fiches est de donner à voir l’évolution de quelques variables clefs descriptives du régime hydrologique. Les valeurs numériques ne doivent pas être lues sur ces fiches, mais dans les fichiers de données brutes ou d’indicateurs pré-calculés mis à disposition, comme les fiches de synthèse, sur le portail « DRIAS les futurs de l’eau ». Ce document a pour objectif d’expliciter le contenu de ces fiches de synthèse des résultats.
DOI: 10.57745/n9w7pm
title: MassiveFold data for target T1274

description: MassiveFold data generated for CASP16, in collaboration with CAPRI . 8040 predictions were generated for the target = 1005 x 8 sets of parameters. - a description of the setup can be found in `MassiveFold_CASP16_Abstract.pdf` - `README.txt` describes the contents of the main `MassiveFold.tar.gz` file - the main `MassiveFold.tar.gz file contains all the predictions, divided into 8 folders named after the conditions. It contains predictions as well as pickle files, sequence alignments, rankings and plots. The README.txt file describes the contents of this tar.gz. - the `only_pdbs_MassiveFold.tar.gz` is the result of the `gather_runs.py` script, without the pickle files. It contains a list of all the pdb files and ranking files with scores. - `gather_runs.py` allows to gather the runs, to use preferentially to the one included in the main `MassiveFold.tar.gz` at the time of the prediction phase, because it has been updated - `combined_scores.csv` file contains the CASP assessment for the target (from https://predictioncenter.org/)
DOI: 10.57745/nzo82k
title: DIA-NN result file for MCQR example

description: Data processed via DIA-NN software to be used a example in MCQR package
DOI: 10.57745/p7xuii
title: Environmental and Bio-climatic Data over French Mediterranean areas

description: The provided dataset is a shapefile data that gathers multiple data sources on a 500m x 500m grid resolution covering three administrative regions in South of France: Occitania, Provence-Alpes-Côte d’Azur and Corsica. It combines data of Soil Type from Corine Land Cover, Orientation of land from Copernicus, Altitude from the Shuttle Radar Topography Mission, Bio-climatic data from Safran and Chemical Elements in the soil from the RMQS National Program. The bio-climatic data span the period from 2015 to 2020. We aggregated the values for each month and then derived the variables described in the data dictionary : maximum and minimum temperature, temperature variation, rainfall, temperature or humidity during the driest/wettest/warmest/coldest quarter… These values offer insights into the environment without providing a direct temperature or rainfall record on the period. The cell IDs correspond to those in the Xylella fastidiosa data available at https://doi.org/10.15454/RWBIWD, facilitating easy merging of these two datasets based on the IDs. The dataset comprises four files, all of which must be downloaded to be opened in a software program. Additionally, the data dictionary is provided for reference.
DOI: 10.57745/pawbjq
title: Aurore boréale des 10-11 Mai 2024 visible dans les Alpes et observée par les caméras panoramiques et automatiques de haute montagne

description: L’archive ZIP contient des images de l’aurore boréale des 10-11 Mai 2024 prises par des caméras panoramiques et automatiques de haute montagne situées dans les Alpes françaises, suisses et italiennes, au cours du maximum d’activité solaire du cycle 25. L’activité géomagnétique (G5 ou Kp9) des 10-11 Mai 2024 est classée en 7ème position depuis 70 ans (époque du maximum du cycle 19), tandis que la surface tachée de la région solaire AR3664, dont les éruptions et éjections de masse coronale sont à l’origine de cette rare activité sous nos latitudes, était assez exceptionnelle.
DOI: 10.57745/pybco9
title: Raw bulk density and coarse fragment data of the second campaign of the French Soil Quality Monitoring Network

description: The French Soil Quality Monitoring Network (RMQS) is a national program for the assessment and long-term monitoring of the quality of French soils. This network is based on the monitoring of 2240 sites representative of French soils and their land use. These sites are spread over the whole French territory (metropolitan and overseas) along a systematic square grid of 16 km x 16 km cells. The network covers a broad spectrum of climatic, soil and land-use conditions (croplands, permanent grasslands, woodlands, orchards and vineyards, natural or scarcely anthropogenic land and urban parkland). The physical, chemical and biological properties of the soil are measured on each site, during the first campaign and presently on the second campaign. The spatial and temporal variability of soil properties are explained by biophysical variables, sources of contamination, history of land-use and management practices on each plot. The first sampling campaign in metropolitan France took place from 2000 to 2009. This campaign focused on soil contamination assessment and made it possible to map key soil parameters (28 variables) as well as 12 trace metal elements and 70 persistent organic pollutants. The second on-going campaign started in 2016 and should last 12 years. The sampling plot includes a sampling area and a pit at a distance of 5 m. This dataset includes physical data from plots set from the beginning of the second RMQS campaign. Data come from measurements on dedicated samples from the pit. These measurements are made at Conservatoire Européen des Sols INRAE site d’Orléans. They are : mass of the sample at field, mass of the sample after 105°C drying, mass of coarse fragments after washing and sieving. Volumes are measured at field, according to different methods adapted to field constraints (cylinder method or excavation method). These measurements allow to calculate bulk density, soil moisture and coarse fragment content for each sample. Composite samples were collected with an auger at two sampling layers: 0-30 cm or cultivated layer named “upper layer” or “layer 1”, and 30-50 cm named “subsoil layer” or “layer 2”. Each composite sample was made up of 25 individual sample cores taken on the sampling area of 400 m², using an unaligned systematic sampling design. In some cases, a third layer was made up of holorganic layers in forests or meadows, corresponding to pedological horizons OF and OH, when these layers were sufficiently thick, (at least 1 cm) and continuous over the sampling area. This composite sample was used also as a volumetric sample. Samples were distributed along the soil profile to match each composite layer thickness and according to three pseudo-replicates by layer, in general case. The sampling method, measurements and observations on each site are described in the “RMQS guidelines” (reference below).
DOI: 10.57745/qcxhru
title: A database of flow and near pressure field signals obtained for subsonic and supersonic free jets using large-eddy simulations

description: The time signals obtained in the flow and near pressure fields of subsonic and supersonic free jets computed by highly-resolved compressible large-eddy simulations (LES) using cylindrical coordinates have been stored in a database. They can be shared with other researchers, upon request by email, to investigate, for instance, the development of turbulent structures and noise generation mechanisms in high-speed jets. The jet conditions (Mach and Reynolds numbers, temperature) and nozzle-exit boundary-layer characteristics (thickness, velocity profile, fluctuation level), the LES grid parameters and the recorded signals (nature and location of the variables stored, time duration and sampling frequency) are briefly described.
DOI: 10.57745/qffrd8
title: Experimental (n, 2n γ) cross sections for 184W

description: This package publishes a series of (n, 2n γ) cross sections for the isotope 184W. The data has been recorded at the Gelina neutron beam facility (JRC-Geel, Belgium), using an isotopically enriched (94.5%) target. The analysis was performed using a Monte Carlo method to produce uncertainties. English
DOI: 10.57745/qi6fuu
title: MassiveFold data for target T1237 - T282

description: MassiveFold data generated for CASP16, in collaboration with CAPRI . 8040 predictions were generated for the target = 1005 x 8 sets of parameters. - a description of the setup can be found in `MassiveFold_CASP16_Abstract.pdf` - `README.txt` describes the contents of the main `MassiveFold.tar.gz` file - the main `MassiveFold.tar.gz file contains all the predictions, divided into 8 folders named after the conditions. It contains predictions as well as pickle files, sequence alignments, rankings and plots. The README.txt file describes the contents of this tar.gz. - the `only_pdbs_MassiveFold.tar.gz` is the result of the `gather_runs.py` script, without the pickle files. It contains a list of all the pdb files and ranking files with scores. - `gather_runs.py` allows to gather the runs, to use preferentially to the one included in the main `MassiveFold.tar.gz` at the time of the prediction phase, because it has been updated - `combined_scores.csv` file contains the CASP assessment for the target (from https://predictioncenter.org/) - `CAPRI_assessment.csv` file contains the CAPRI assessment for the target (from https://www.capri-docking.org/assessment/) - `CAPRI_scoring.pdb.gz` is a multi-pdbs containing all the MassiveFold predictions for the target. It was used for the CAPRI scoring phase.
DOI: 10.57745/qkm4fu
title: Microplastiques : Terre inconnue ?

description: La pollution des sols par les plastiques est beaucoup moins bien documentée que celle des océans, alors que les quantités de plastiques dans les sols seraient de 4 à 23 fois plus élevées en masse que dans les océans. La « pollution plastique » est devenue une menace pour l’environnement et la santé humaine. Cet article fait le point sur les sources des microplastiques et leurs teneurs dans les sols, leurs impacts sur les fonctions et la biodiversité des sols, leur devenir et les pistes pour remédier à cette menace environnementale.