DOI: 10.5878/m63y-jt08
title: Limited decadal growth of mountain birch saplings has minor impact on surrounding tundra vegetation
title: Begränsad tillväxt av fjällbjörkplantor över årtionden har liten inverkan på den omgivande tundran

description: The study addresses two important issues in arctic treeline dynamics:

• How do birch saplings, being the dominant treeline species, that have been established above treeline perform?
• How do these birch saplings affect the surrounding tundra vegetation?

For this, we collected species abundance measurements in 50 x 50 cm plots around birch saplings above the treeline near the Latnjajaure Field Station in northern Sweden. We compared these measurements with control measurements, and reference measurements taken below the treeline. We also looked at the growth (Diameter + Length) of birch saplings over 15 years (2001-2016). The data deposited includes the raw data, code, and statistical models used to analyze the data, and all output (figures and tables) used in the study. Further metadata can be found in the README file included with the data.

GENERAL INFORMATION

1. Title of Dataset:
Limited decadal growth of mountain birch saplings has minor impact on surrounding tundra vegetation

2. Author Information
 A. Principal Investigator Contact Information
 Name: Ruud Scharn
 Institution: University of Gothenburg
 Email: ruud.scharn@gu.se

 B. Associate or Co-investigator Contact Information
 Name: Robert Björk
 Institution: University of Gothenburg
 Email: robert.bjork@gu.se


3. Date of data collection: 2016-07-(4-31) 

4. Geographic location of data collection
Latnjajaure field station close to Abisko northern Sweden (68.35°N, 18.49°E).


DATA & FILE OVERVIEW

The file birch_coordinates.csv contains the coordinates of each birch (WGS84 and SWEREF99) together with height, number of stems, base diameter and number of branches.

For each analysis in the paper, we created a folder containing three subfolders

The main folders:
1 alpha diversity altitude slope
2 alpha diversity intercept only
3 Beta diversity
4 Diameter and length

Subfolders are structured the same for all main folders containing:

1 input: containing raw input data.
2 script: R Script containing all data processing as well as the JAGS script containing the code used in the statistical modelling. R Scripts should run provided the path to the input data is set correctly (see setwd in the start of the script) and the required libraries are installed locally
3 output: containing output tables and figures

Raw data for main folders 1-3 are the same containing:
Latnja2006-16.txt: a tab-separated matrix containing species cover estimates (columns) for plots (rows). rownames contain community type (Bpt_Ref, Bpt and C for Reference, Birch and Control plots) and the height of the plot in meters above sea level.
norway_latnjatree.dated.tre: dated phylogeny by scharn et al 2021 (doi: https://doi.org/10.1088/1748-9326/abfe8a) used for phylogenetic diversity estimates in Newick format. 

main folder 3 (Beta_diversity) sub-folder input contains netMPD_sweden.rds, a serialized R object file containing the mean pairwise distances of the species.

main folder 4 contains:
Birch_heigh_Diameter.csv: a tab-separated matrix containing the birch number, sampling year, height, and diameter 
Birch_heigh_Diameter_dif.csv: a tab-separated matrix containing the birch number, as well as the between year difference in height and diameter 

METHODOLOGICAL INFORMATION

1. Description of methods used for collection/generation of data: 
Methods can be found in "Limited decadal growth of mountain birch saplings has a minor impact on surrounding tundra vegetation" (See associated publication)
description: Studien tar upp två viktiga frågor om fjällbjörkens, som är den dominerande arten i trädgränsen, förflyttning upp på kalfjället:

• Hur klarar sig björkplantorna som har etablerats ovanför trädgränsen?
• Hur påverkar dessa björkplantor den omgivande vegetationen på kalfjället?

Vi samlade in data om artförekomsten av växter i 50 x 50 cm stora provytor runt björkplantor ovanför trädgränsen nära Latnjajaure Fältstation i norra Sverige. Dessa mätningar jämfördes med kontrollmätningar och referensmätningar gjorda under trädgränsen. Vi tittade också på björkplantornas tillväxt (diameter + längd) under de senaste 15 åren, från 2001 till 2016. De data som deponerats i datasetet omfattar rådata, kod och statistiska modeller som används för att analysera data samt alla utdata (figurer och tabeller) som används i studien. Ytterligare metadata finns i README-filen som ingår.

ALLMÄN INFORMATION

1. Datasetets titel:
Begränsad tillväxt av fjällbjörkplantor över årtionden har liten inverkan på den omgivande tundran

2. Information om författarna
 A. Kontaktuppgifter till huvudförfattaren
 Namn: Ruud Scharn
 Lärosäte: Göteborgs universitet
 E-post: ruud.scharn@gu.se

 B. Kontaktuppgifter för medförfattaren
 Namn: Robert Björk
 Lärosäte: Göteborgs universitet
 E-post: robert.bjork@gu.se


3. Datum för datainsamling: 2016-07-(4-31) 

4. Geografisk plats för datainsamling
Latnjajaure fältstation nära Abisko i norra Sverige (68,35°N, 18,49°E).


ÖVERSIKT ÖVER DATA OCH FILER

Filen birch_coordinates.csv innehåller koordinaterna för varje björk (WGS84 och SWEREF99) tillsammans med höjd, antal stammar, stamdiameter och antal grenar.

För varje analys i artikeln har vi skapat en mapp som innehåller tre undermappar.

Huvudmapparna:
1 alpha diversity altitude slope
2 alpha diversity intercept only
3 Beta diversity
4 Diameter and length

Undermapparna är strukturerade på samma sätt för alla huvudmappar som innehåller:

1 input: innehåller råa indata.
2 script: R-skript som innehåller all databehandling samt JAGS-skriptet som innehåller den kod som används i den statistiska modelleringen. R-skripten bör kunna köras under förutsättning att sökvägen till indata är korrekt inställd (se setwd i början av skriptet) och att de nödvändiga biblioteken är lokalt installerade.
3 output: innehåller tabeller och figurer.

Rådata för huvudmapparna 1-3 är samma och innehåller:
Latnja2006-16.txt: en tabbseparerad matris som innehåller uppskattningar av täckningsgraden för arterna (kolumner) för provytorna (rader). rownames innehåller vilken växtsamhälle det är (Bpt_Ref, Bpt och C för referens-, björk- och kontrollytor) och provytornas höjd i meter över havet.
norway_latnjatree.dated.tre: daterad fylogeni i Newick format av scharn et al 2021 (doi: https://doi.org/10.1088/1748-9326/abfe8a) som används för uppskattning av fylogenetisk mångfald. 

Undermapp input i huvudmapp 3 (Beta_diversity) innehåller netMPD_sweden.rds, en serialiserad R-objektfil som innehåller medelparvisa avstånd för arten.

Huvudmapp 4 innehåller:
Birch_heigh_Diameter.csv: en kommaseparerad matris som innehåller björknummer, provtagningsår, björkplantornas höjd och diameter. 
Birch_heigh_Diameter_dif.csv: en kommaseparerad matris som innehåller björknumret samt skillnaden i höjd och diameter mellan åren. 

METODOLOGISK INFORMATION

1. Beskrivning av de metoder som använts för insamling/generering av data: 
Metoderna finns i "Limited decadal growth of mountain birch saplings has a minor impact on surrounding tundra vegetation" (se tillhörande publikation).