cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.18126/k0pm-4alm
title: DECIMER - Hand-drawn molecule images dataset

description: 
The translation of images of chemical structures into machine-readable representations of the depicted molecules is known as optical chemical structure recognition (OCSR). There has been a lot of progress over the last three decades in this field, but the development of systems for the recognition of complex hand-drawn structure depictions is still at the beginning. Currently, there is no data for the systematic evaluation of OCSR methods on hand-drawn structures available.

Here we present DECIMER - Hand-drawn molecule images, a standardised, openly available benchmark dataset of 5088 hand-drawn depictions of diversely picked chemical structures. Every structure depiction in the dataset is mapped to a machine-readable representation of the underlying molecule. The dataset is openly available and published under the CC-BY 4.0 licence which applies very few limitations. We hope that it will contribute to the further development of the field.
DOI: 10.6084/m9.figshare.19313392
title: Additional file 3 of Quantitative redox proteomics revealed molecular mechanisms of salt tolerance in the roots of sugar beet monomeric addition line M14

description: Additional file 3: Table S2. List of the identified 2663 proteins in BvM14 roots under control and 400 mM NaCl treatment using LC–MS/MS.
DOI: 10.15468/hc69sf
title: Projet de centrale photovoltaïque Coulée Blanche - Avifaune

description: Liste des oiseaux observés dans le cadre des prospections de terrain réalisées au niveau de l'aire d'étude du projet du parc photovoltaïque de la coulée blanche
DOI: 10.6084/m9.figshare.19313392.v1
title: Additional file 3 of Quantitative redox proteomics revealed molecular mechanisms of salt tolerance in the roots of sugar beet monomeric addition line M14

description: Additional file 3: Table S2. List of the identified 2663 proteins in BvM14 roots under control and 400 mM NaCl treatment using LC–MS/MS.
DOI: 10.15468/dwasdz
title: Moreton Bay 2011 post flood - bio-optical and phytoplankton data

description: Following the extreme flood event of 2011, samples were collected from various sites in Moreton Bay 1 week, 2 weeks, 6 weeks, 19 weeks and 48 weeks post flood. The samples were analysed for TSM, pigment concentration and composition, absorption co-efficients of particulate ( phtyoplankton and non-algal) and dissolved (CDOM) components and phytoplankton species identification and abundance. Data retrieved from https://doi.org/10.25919/gf5w-9711 December 2020
DOI: 10.15468/ufuk2q
title: Mise à jour Zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF) - Données CEN M-P ZNIEFF

description: Données issues des suivis réalisés par le CEN M-P dans le cadre de la mise à jour des ZNIEFF
DOI: 10.18126/5pq3-zbho
title: ChemTastesDB: A Curated Database of Molecular Tastants

description: 
ChemTastesDB is a database that includes curated information of 2944 molecular tastants. ChemTastesDB constitutes a useful tool for the scientific community to expand the information of molecular tastants, which could assist in the analysis of the relationships between molecular structure and taste, as well as in silico (QSAR) studies for taste prediction by means of diverse machine learning approaches.

Molecules are labelled in one of the five basic tastes (sweet, bitter, umami sour and salty), as well as to other classes related to non-basic tastes (tasteless, non-sweet, multitaste and miscellaneous). ChemTastesDB provides the following information for each molecule: name, PubChem CID, CAS registry number, canonical SMILES string, class taste and the reference to the scientific sources from where data were retrieved. Moreover, the molecular structure in the HyperChem (.hin) format of each chemical is provided.

This is version 1.2 of the ChemTastesDB.

What's new in version 1.2:

Chemical information (for instance, name, PubChem CID or CAS number) for some tastants has been included.

The database is freeware and may be used if proper reference is given to the authors. Preferably refer to the following paper:
Rojas, C., Ballabio, D., Pacheco Sarmiento, K., Pacheco Jaramillo, E., Mendoza, M., & García, F. (2022). ChemTastesDB: A curated database of molecular tastants. Food Chemistry: Molecular Sciences, 4, 100090. https://doi.org/10.1016/j.fochms.2022.100090.
DOI: 10.15468/a6hxgz
title: Réseau Loup - Lynx ONCFS - Réseau Loup-Lynx : Répartition communale Occasionnelle du Loup en 2019

description: Cartographie de synthèse de la présence détectée du Loup en France métropolitaine par un réseau de correspondants départementaux multipartenaire, formé et piloté par l'OFB sur le plan scientifique et technique et géré administrativement au niveau local par les DDT. Ce jeu de donnée ventile la présence de l'espèce sur les mailles 10km x 10km européenne selon la régularité des observations (présence dite occasionnelle vs régulière de l'espèce), sur la base de la récurrence spatiale et la quantité d'indices ou constats d'attaques validés au cours de la dernière triennale biologique (ex: données recueillies entre le 01/04/2017 et le 31/03/2020 pour l'exercice 2020). Ce jeu de donnée correspond à la présence Occasionnelle de l'espèce.
DOI: 10.15468/nd75fu
title: Projet éolien de la Vallée du Larhon - Insectes - Données opportunistes

description: Liste des insectes observés dans le cadre d'observations opportunistes au niveau de l'aire d'étude
DOI: 10.15468/bdzv7j
title: Swedish Malaise Trap Project (SMTP) - Sciomyzidae

description: Occurrences in this dataset on Swedish Insects have been identified from specimens collected from for the Swedish Malaise Project (SMTP), an inventory funded by the Swedish Species Information Centre (ArtDatabanken). These records comprise the foundation for recent estimates on the size and composition of the Swedish insect fauna, published herein as sample-based datasets.
DOI: 10.15468/xhzpx6
title: Parc Eolien de Inter deux bos MET - Suivi mortalité MET - Cadavre 9 éolienne MET09

description: Données du suivi de mortalité du parc éolien Inter Deux-Bos MET - Cadavre 9 éolienne MET09
DOI: 10.15468/nct94u
title: Projet pilote d'ombrière agrivoltaïque de Brouchy - Brouchy - Chiroptères

description: Listes des chauves-souris contactées grâce à des points d'écoute au sol au niveau de l'aire d'étude du projet agrivoltaïque de Brouchy (70)
DOI: 10.18126/grx6-uzq5
title: Data Repository for: Machine-learning the spectral function of a hole in a quantum antiferromagnet

description: 
 The machine-learning dataset of 51^3 ~1.3 × 10^5 density of states (DOS) of a mobile hole in the t-t'-t''-J model theoretically generated by using the self-consistent Born approximation in the three-dimensional parameter space of t′ ∈ [−0.5, 0.5], t′′ ∈ [−0.5, 0.5] and J ∈ [0.2, 1.0], with each parameter sampled on a 51-point uniform grid. The dataset is randomly partitioned into an 80/10/10 training (T), validation (V), and testing T split. Note that each DOS A(ω) was calculated on a 1201-point uniform grid of ω ∈ [−6t, 6t], then it was resampled on a 301-point uniform grid for the forward problem and on a 354-point uniform grid for the inverse problem. The dataset used in the inverse problem is limited to the parameter space of  t′ ∈ [−0.5, 0], t′′ ∈ [0, 0.5] and J ∈ [0.2, 1.0].  To open the enclosed .npz files, use numpy.load() in python3.
 
 This work was supported by U.S. Department of Energy (DOE) the Office of Science, Office of Basic Energy Sciences, Materials Sciences and Engineering Division under Contract No. DE-SC0012704. This project was supported in part by the U.S. Department of Energy, Office of Science, Office of Workforce Development for Teachers and Scientists (WDTS) under the Science Undergraduate Laboratory Internships Program (SULI). This project was supported in part by the Brookhaven National Laboratory (BNL), Condensed Matter Physics and Materials Science Division under the BNL Supplemental Undergraduate Research Program (SURP).
DOI: 10.15468/h2g7v3
title: Abundance, biovolume and biomass of heterotrophic dinoflagellates at station TT007_8-CTD102
DOI: 10.18126/u2v9-69bl
title: Characterization of descriptors in machine learning for data-based sputtering yield prediction

description: 
descriptor and target variables
DOI: 10.18126/cy58-tndq
title: IUPAC Dissociation-Constants: v1.0

description: 
This release includes the labeled data, digitization report, method keys, and partial reference keys as part of the IUPAC Digitized pKa Dataset.

This is the first release of this dataset. The detailed process of digitization and curation of this dataset can be found in the IUPAC pKa Data Digitization Report attached in this repository. Our validation process is ongoing and will continue. Please be advised that a few errors and inconsistencies may still exist.

The digitized books in this collection include:

Serjeant: International Union of Pure and Applied Chemistry, E. P Serjeant and Boyd Dempsey. Ionisation Constants of Organic Acids in Aqueous Solution; Oxford/Pergamon, 1979 (Oxford IUPAC chemical data series)
Perrin: International Union of Pure and Applied Chemistry, DD Perrin. Dissociation Constants of Organic Bases in Aqueous Solution; Butterworths, 1965
DOI: 10.18126/tu66-3hpl
title: Dataset for 'Machine Learning Stability and Bandgaps of Lead-Free Perovskites for Photovoltaics'

description: 
Datasets used in the publication "Machine Learning Stability and Bandgaps of Lead-Free Perovskites for Photovoltaics"  [doi:10.1002/adts.201900178].

All structures were relaxed with the following parameters using Quantumwise QATK 2017:

- SG15-GGA norm-conserving (Vanderbilt) pseudopotentials employed in a LCAO-approach (200 Hartree cutoff)
- 2x1x2-cubic-perovskite-supercells, relaxed from cubic 11.4Åx5.7Åx11.4Å-structures (forces < 0.01eV/Å)
- 300K Fermi-Dirac-smearing
- a 6x12x6 k-point grid (Monkhorst-Pack)


Specifically, the included files are:

db_2.data: the actual database used for model building (json-format)
lead_set.data: the "external" test set used to test predictive power with out of sample compounds (json-format)
load_stanley_c.py: a python script to parse the .json-files to a python-dictionary including the structures (relaxed and unrelaxed) as ASE-atoms

The format of the datafiles is as follows (-1 generally denote values not parsed from the raw data):
{
    "<idstring>" : {
        "trajectory" : n/a,
        "energy" : total DFT energy in eV,
        "rstruc" : relaxed structure, 3-tuple: (cell-vectors, scaled_positions, elements),
        "gaps" : { "opt_gap", "ind_gap } - both direct and indirect gap,
        "effective_mass" : n/a,
        "iterations" : number of relaxation steps,
         "calc" : some calculation metadata,
        "ustruc" : unrelaxed input structure,
    
    }
}
Missing ids relate to structures filtered out, because the calculation didn't converge.

Some code which works with a different representation of this data can be found at  https://github.com/jstanai/Machine-Learning-Perovskite-Properties-for-Photovoltaics
DOI: 10.15468/qr042r
title: Service National d'Observation CORAIL - Agencement temporel des populations et des peuplements d'invertébrés benthiques

description: Afin d’étudier la variabilité interannuelle des peuplements de certains invertébrés marins, le programme de recherche Agencement Temporel des Populations et des Peuplements (ATPP) a été initié en 1990 sur le récif-barrière et en 1991 sur la pente externe de Tiahura sur la côte nord de Moorea. Ce récif a été choisi compte tenu de la connaissance des organismes et du site qui y est acquise depuis 1971 et qui en font un véritable site atelier.
DOI: 10.18126/6xyv-r29h
title: Polymeric Property Prediction Using Recurrent Neural Networks with Optimizations

description: 
 Database of the Dielectric Polymers used for training and testing of the developed Recurrent Neural Network models.
DOI: 10.18126/aub9-ty47
title: A Library of High-Entropy-Alloy Nanocrystals with Controlled Surface Atomic Arrangements for Catalysis

description: 
Input file of PtIrRuRhPd on Pd model based on SQS theory and Data of DFT calculations
DOI: 10.15468/sk3edk
title: Parc éolien de Clanlieu - Suivi de l'activité des chiroptères ICPE 2019 - Clanlieu

description: Suivi de l'activité des chiroptères en nacelle
DOI: 10.15468/7tfvvp
title: Coleoptera (beetles) from sub-tropical forest (Ailao mountain), Yunnan, China

description: This dataset consists of beetle (Coleoptera) specimens collected from the QCAS Asian project to understand insect diversity along latitude and elevation in Yunnan Province, China. This data set includes beetles collected using four standardized sampling protocols using Pitfall traps, Malaise traps, Litter extraction (processed using Burlese-Tullgren funnels), and Bark spray from Ailao Mountains Reserve in the Qian Jia Zai area, China, during 1-20 July 2011. Sampling was conducted along an elevational transect divided into four elevational bands separated by approximately 200 m vertical intervals (ranging from 2000-2600 m a.s.l ). Five 20 m by 20 m plots were deployed in each elevational band, at least 150m away from each other. Plots were carefully located to avoid areas with any signs of disturbances (i.e., canopy gaps) and to maintain similar aspects and slopes where possible. The community data acquired through this project was aimed to go beyond reporting occurrence by understanding beetle responses for increasing elevation in tropical forests.
DOI: 10.18126/a3gy-rufd
title: Particle–hole symmetry protects spin-valley blockade in graphene quantum dots

description: 
 Experimental data and Python scripts used to evaluate the data and to perform simulations for the publication 'Particle-hole symmetry protects spin-valley blockade in graphene quantum dots' in Nature.
DOI: 10.18126/4gh1-vqqo
title: MOCVD of InGaN on ScAlMgO4 on Al2O3 Substrates with Improved Surface Morphology and Crystallinity

description: All the AFM, XRD and PL raw data files related to the published work
DOI: 10.18126/y4e2-byv0
title: Tensile Properties of a Hot Melt Adhesive using Material Extrusion Additive Manufacturing

description: ASTM D638-14 type-V tensile bars of Technomelt PA 6910 were printed with an Ultimaker 3 fused filament fabrication (FFF) printer. FFF is a thermally-driven form of material extrusion additive manufacturing. Print conditions are given in the "Sample Names and Print Conditions" PDF. Technomelt PA 6910 is a semicrystalline flexible thermoplastic polyamide-based hot melt adhesive from Henkel. Filament with a diameter of 2.85 ± 0.06 mm was extruded from strand-cut pellets of Technomelt PA 6910 using a Dr. Collin single screw extruder (COLLIN Lab & Pilot Solutions GmbH).
DOI: 10.15468/3vtd24
title: Parc éolien de la Crémière - Mortalité avifaune 2021

description: Liste des cadavres d'oiseaux retrouvés au cours du suivi de mortalité réalisé en 2021 sur le parc éolien de la Crémière, à Quéant (Pas-de-Calais), 26 passages sur 5 éoliennes.
DOI: 10.18126/rgew-xbw4
title: Direct electron detector(Celeritas XS) simulated readout images for electron counting model
DOI: 10.18126/raou-p0vg
title: AtomVison: Simulated Atomistic STEM images of 2D materials with unique chemical compositions and structure based on convolution approximation
DOI: 10.15468/j54mzr
title: Projet d'extension de carrière et de mise en place d'une unité de concassage de produits minéraux - Pierrefonds - Saint-Pierre (974) - Inventaires des Reptiles

description: La SCPR, Société de Concassage et de Préfabrication de la Réunion, exploite actuellement une carrière de matériaux alluvionnaires sur la Commune de St-Pierre, au niveau du secteur de Pierrefonds à l’extrémité Nord-Ouest de l’aéroport, en rive gauche de la rivière Saint-Etienne (arrêté d’autorisation de poursuite d’exploitation n°2013-1079/SG/DRCTCV du 26 Juin 2013) (Annexe 1 – Pièce 4). L’installation de traitement des matériaux se situe sur la commune de Saint Louis, en rive droite de la rivière Saint Etienne. La SCPR dispose ainsi d’un Arrêté d’Occupation Temporaire du domaine public fluvial, arrêté n°2017-53 DEAL/SEB (Annexe 3 – Pièce 1) qui l’autorise à traverser la rivière Saint Etienne par une piste pour alimenter les installations de traitement. Dans le cadre de la pérennisation et la réorganisation de ses activités, la SCPR souhaite étendre sa carrière de Pierrefonds sur des parcelles adjacentes à l’est et y implanter une installation de traitement des matériaux. Ce projet permettra de traiter les matériaux extraits sur le site et ainsi d’éviter et réduire les incidences du transport de matériaux vers l’installation actuelle de traitement située à « Bel Air » Saint Louis. Le transport des matériaux bruts n’empruntera pas non plus le réseau routier public. De plus il permettra une amélioration agronomique des terrains agricoles. Tout en préparant la zone au développement des activités d’ILEVA. Le projet concerne donc : • La mise en place d’un outil de traitement des roches alluvionnaires comprenant une installation de concassage • L’exploitation d’un forage pour alimenter en eau l’installation de lavage des matériaux • Une extension du périmètre carrière sur des parcelles adjacentes • Une extraction préalable et / ou simultanée du gisement du site • La mise en stock temporaire de matériaux
DOI: 10.15468/pmgra3
title: Observations fortuites de reptiles et batraciens dans Faune-Réunion - Faune-Réunion - export reptiles et batraciens 04/02/2019

description: Export des données reptiles et batraciens saisies dans Faune-Réunion jusqu’au 04/02/2019
DOI: 10.15468/am2g4f
title: Suivi post-implantation 2021 parc éolien IDS - [SUIVI] Suivi post-implantation 2021 pour le parc éolien d'Ids (nacelle)

description: Suivi post-implantation 2021 pour le parc éolien d'Ids (nacelle)
DOI: 10.15468/7bkwrw
title: Parc éolien d'Hannappes et Bossus-lès-Rumigny - inventaire spécifique 2018 des oiseaux nicheurs patrimoniaux

description: inventaire spécifique en 2018 des oiseaux nicheurs patrimoniaux (15 espèces sensibles à l'éolien en région Grand Est) dans le cadre de l'étude d'impact du projet éolien
DOI: 10.15468/82w96r
title: RN 164 - Mise à 2x2 voies dans le secteur de Rostrenen (section Loméven - Plouguernevel) - Projet de mise à 2x2 voies de la RN164 (Rostrenen)

description: Espèces animales et végétales observées sur le projet et dans la zone d'étude
DOI: 10.18126/r6dh-lser
title: AtomVison: Atomistic STM images of 2D materials with unique chemical compositions and structure
DOI: 10.18126/7s4s-6p2s
title: Fully printed and flexible multi-material electrochemical aptasensor platform enabled by selective graphene biofunctionalization

description: The demand for flexible biochemical sensors has increased with advances in computational functionality and wireless communication. Advances in materials science and biochemistry have enabled the development and fabrication of biosensors for selective detection of biological analytes leveraging ink-printed technologies, including in flexible form-factors. However, despite these advances, minimal effort has been devoted to translating the multi-material, three-electrode electrochemical cell, which is widely regarded as the standard for laboratory-scale studies, into a flexible form-factor for use in immunosensors, especially in a manner that is compatible with rapid and scalable additive manufacturing. Here, we report a fully printed and flexible electrochemical non-enzymatic immunosensor platform that integrates four chemically compatible inks and a non-covalent, two-step biofunctionalization scheme. The robustness of the platform is demonstrated using a model aptasensor that enables lysozyme detection using both electrochemical impedance spectroscopy and square wave voltammetry. The flexible, fully ink-printed aptasensor shows competitive performance to commercially available rod/disc electrodes in a bath cell. Overall, this work establishes a methodology for high-throughput fabrication of robust, flexible, multi-material, three-electrode immunosensors that can be generalized to a range of biosensor applications.
DOI: 10.5281/zenodo.10277920
title: Data and Scripts for "Optimization of Nonlinear Turbulence in Stellarators"
DOI: 10.5281/zenodo.10277921
title: Data and Scripts for "Optimization of Nonlinear Turbulence in Stellarators"
DOI: 10.15468/ynhppz
title: Recensement aérien des tortues marines a La Réunion (STMR_3_ULM) - Suivis ULM de tortues marines (Kélonia, export juillet 2020)

description: Observations de tortues marines en surface sur la côte ouest de La Réunion. Données saisies dans la base de données de Kélonia/CEDTM entre avril 2018 et juillet 2020. Ce jeu de données a été acquis dans le cadre du programme de recensement aérien des tortues marines sur la côte ouest de La Réunion initié depuis le 27/07/1998 par Kelonia et le CEDTM. Il représente des données d’observation localisée de tortues en surface pointées depuis un ULM à l’aide d’un GPS. Pour chaque point, une classe de taille est attribuée à chaque individu observé (petite &lt;50cm ; moyenne entre 50cm et 1m ; grosse &gt;1m). U même point peut regrouper plusieurs individus de la même taille. Description détaillée du protocole : Les prospections sont conduites selon le protocole mis en œuvre depuis 1998 sur le littoral Ouest de La Réunion (de la Pointe au sel à la Baie de St Paul) par CEDTM et Kelonia (Sauvignet et al., 2000 ; Michalowski, 2007 ; Jean et al., 2010). Ce protocole consiste à suivre un transect sinusoïdal en ULM (Ultra Léger Motorisé) le long des tombants récifaux ou des côtes rocheuses à une altitude moyenne de 200m et une vitesse moyenne de 90km/h. Le trajet aller se fait au-dessus des terres afin d’accéder rapidement à la zone de comptage. Le recensement se fait donc au cours du trajet retour, dans le sens Saint Leu - Saint Paul. La bande côtière survolée est d’environ 1,5 km de large, et comprend la majeure partie de la Réserve Naturelle Marine de La Réunion. Le long de ce transect, les tortues présentes en surface sont dénombrées et localisées à l’aide d’un GPS (Global Positioning System). Une classe de taille leur est attribuée afin d’identifier les différents stades de croissance observés à La Réunion (petite {juvénile} &lt; 50cm ; moyenne {sub-adulte} 50cm &lt; x &lt; 1m ; grosse {adulte} &gt; 1m). Les vols sont réalisés à raison d’un vol par mois. La date du vol est déterminée par les conditions météorologiques qui impliquent une houle inférieure à 2 m, des vents inférieurs à 9 nœuds (ou orientés Est), et un ciel découvert (la présence de nuages assombrit la surface de l’eau et induit des reflets qui gênent la visibilité des tortues marines en surface). Les horaires des survols sont compris entre 08h00 et 10h00 afin de réduire l’impact des activités nautiques sur la présence des tortues marines et le temps passé en surface. Le transect initial couvrait la zone comprise entre la Pointe au Sel, à Saint Leu, et la base ULM de Cambaie, à Saint Paul. En 2012 il a été élargi pour couvrir toute la côte ouest du Port de Saint Pierre à la Pointe des Galets, au Port.
DOI: 10.15468/cv258n
title: Cyanobacteria, phototrophic and heterotrophic pico-nanoplankton at station TT007_10-CTD124
DOI: 10.15468/57935p
title: CREATION D’UN INTERNAT ET DES OPERATIONS DIVERSIFIEES AU LYCEE AGRICOLE DE COCONI - Inventaires opportunistes des mollusques

description: Collecte opportuniste d'observation de mollusques en dehors des transects dédiés