DOI: 10.5281/zenodo.16807783
title: Data used for Benchmarking Cenote-Taker 3

description: data
├── annotation
│   ├── gut_dtrs
│   │   ├── contigs
│   │   │   ├── gut_dtr_head_tail_contigs.txt
│   │   │   └── gut_dtr_head_tail_contigs1.fna
│   │   ├── ct3
│   │   │   ├── ct3_g_dtr_ht_1b_virus_summary.tsv
│   │   │   └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv
│   │   ├── genomad
│   │   │   ├── gut_dtr_head_tail_contigs1_genes.tsv
│   │   │   └── gut_dtr_head_tail_contigs1_taxonomy.tsv
│   │   ├── gut_ct3_vs_genomad
│   │   │   ├── ct3_genomad_annotation_compare.tsv
│   │   │   ├── ct3_genomad_virion_disagree1.tsv
│   │   │   ├── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv
│   │   │   ├── gut_ct3_vs_genomad.Rmd
│   │   │   ├── gut_ct3_vs_genomad.nb.html
│   │   │   └── gut_dtr_ct3_virion_contigs_genes.tsv
│   │   ├── metc
│   │   │   └── final_annotation_summary.tsv
│   │   ├── pharokka
│   │   │   └── pharokka_cds_final_merged_output.tsv
│   │   └── phold
│   │       └── phold_per_cds_predictions.tsv
│   ├── seawater_dtrs
│   │   ├── contigs
│   │   │   ├── seawater_dtr_headtail_contigs.fna
│   │   │   └── seawater_dtr_headtail_contigs.txt
│   │   ├── ct3
│   │   │   ├── ct3_s_dtr_ht_1a_virus_summary.tsv
│   │   │   └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv
│   │   ├── genomad
│   │   │   ├── seawater_dtr_headtail_contigs_genes.tsv
│   │   │   └── seawater_dtr_headtail_contigs_taxonomy.tsv
│   │   ├── metc
│   │   │   └── final_annotation_summary.tsv
│   │   ├── pharokka
│   │   │   └── pharokka_cds_final_merged_output.tsv
│   │   ├── phold
│   │   │   └── phold_per_cds_predictions.tsv
│   │   └── sea_ct3_vs_genomad
│   │       ├── ct3_genomad_annotation_compare.tsv
│   │       ├── ct3_genomad_virion_disagree1.tsv
│   │       ├── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv
│   │       ├── sea_ct3_vs_genomad1.Rmd
│   │       ├── sea_ct3_vs_genomad1.nb.html
│   │       ├── seawater_dtr_ct3_virion_contigs.fasta
│   │       └── seawater_dtr_ct3_virion_contigs_genes.tsv
│   ├── seawater_rna_virome
│   │   ├── contigs
│   │   │   └── hq_complete_genomes.PRJNA605028.fna
│   │   ├── ct3
│   │   │   ├── ct3_PRJNA605028_a_virus_summary.tsv
│   │   │   └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv
│   │   ├── genomad
│   │   │   └── hq_complete_genomes.PRJNA605028_genes.tsv
│   │   ├── metc
│   │   │   └── final_annotation_summary.tsv
│   │   ├── pharokka
│   │   │   └── pharokka_cds_final_merged_output.tsv
│   │   └── phold
│   │       └── phold_per_cds_predictions.tsv
│   └── uhgv
│       ├── contigs
│       │   ├── first_1000_uhgv_votus.fna
│       │   └── first_100_uhgv_votus.fna
│       ├── ct3
│       │   ├── ct3_uhgv100_1a_virus_summary.tsv
│       │   └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv
│       ├── genomad
│       │   ├── first_100_uhgv_votus_genes.tsv
│       │   └── first_100_uhgv_votus_taxonomy.tsv
│       ├── metc
│       │   └── final_annotation_summary.tsv
│       ├── pharokka
│       │   └── pharokka_cds_final_merged_output.tsv
│       ├── phold
│       │   └── phold_per_cds_predictions.tsv
│       └── pipeline_time_data1.xlsx
└── discovery
    ├── DRR290133
    │   ├── contigs
    │   │   ├── DRR290133_myloasm_1a.circ.fna
    │   │   ├── DRR290133_unique_calls.ct3.fna
    │   │   ├── DRR290133_unique_calls.genomad.fna
    │   │   ├── ct3_only_contigs.txt
    │   │   └── genomad_only_contigs.txt
    │   ├── ct3
    │   │   ├── ct3_DRR290133_1b_prune_summary.tsv
    │   │   ├── ct3_DRR290133_1b_virus_summary.tsv
    │   │   ├── ct3_only_contigs.txt
    │   │   └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv
    │   ├── genomad
    │   │   ├── DRR290133_myloasm_1a.circ_with_dtr_virus_genes.tsv
    │   │   ├── DRR290133_myloasm_1a.circ_with_dtr_virus_summary.tsv
    │   │   └── genomad_only_contigs.txt
    │   └── phold_annotations
    │       ├── ct3_DRR290133_1b_294_phold1
    │       │   ├── phold_all_cds_functions.tsv
    │       │   └── phold_per_cds_predictions.tsv
    │       ├── phold_DRR290133_ct3_1
    │       │   ├── phold_all_cds_functions.tsv
    │       │   └── phold_per_cds_predictions.tsv
    │       ├── phold_DRR290133_genomad1
    │       │   ├── phold_all_cds_functions.tsv
    │       │   └── phold_per_cds_predictions.tsv
    │       └── unique_calls_genomad
    │           ├── phold_aa.fasta
    │           └── phold_run_1751497002.788138.log
    └── ERR10905741
        ├── ERR10905741_myloasm_1a.circ.fna
        ├── contigs
        │   ├── ERR10905741_unique_calls.ct3.fna
        │   └── ERR10905741_unique_calls.genomad.fna
        ├── ct3
        │   ├── ct3_ERR10905741_1b_prune_summary.tsv
        │   ├── ct3_ERR10905741_1b_virus_summary.tsv
        │   ├── ct3_only_contigs.txt
        │   └── final_genes_to_contigs_annotation_summary.tsv
        ├── genomad
        │   ├── ERR10905741_myloasm_1a.circ_with_dtr_virus_genes.tsv
        │   ├── ERR10905741_myloasm_1a.circ_with_dtr_virus_summary.tsv
        │   └── genomad_only_contigs.txt
        └── phold_annotations
            ├── phold_ERR10905741_ct3
            │   ├── fails.tsv
            │   ├── phold_all_cds_functions.tsv
            │   └── phold_per_cds_predictions.tsv
            └── phold_ERR10905741_gnmd
                ├── phold_all_cds_functions.tsv
                └── phold_per_cds_predictions.tsv