cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569882.v1
title: Efeitos da inibição da NOS II sensível a aminoguanidina nas respostas comportamentais tipo ansiedade em zebrafishes adultos (Danio rerio)

description: Efeitos da inibição da NOS II sensível a aminoguanidina nas respostas comportamentais tipo ansiedade em zebrafishes adultos (Danio rerio). 1 Suellen de Nazaré da Silva, 2 Laís do Socorro Rodrigues, 3 Rhayra Xavier do Carmo, 4 Caio Maximino, 5 Monica Gomes Lima, 6 Anderson Manoel Herculano 1,2,3,4 Laboratório de Neurociências e Comportamento, Universidade do Estado do Pará, Marabá/PA 5 Instituto de Estudos em Saúde e Biológicas, Universidade Federal do Sul e Sudeste do Pará, Marabá/PA 6 Laboratório de Neurofarmacologia Experimental, Universidade Federal do Pará, Belém/PA Objetivo: Estudar o papel da NOS-2 na sensibilização das respostas comportamentais a substância de alarme (SA) em zebrafish. Metodologia e resultados: 40 paulistinhas adultos (longfin) foram expostos à SA, e tratados com aminoguanidina (AG, 5mg/kg) e L-NAME (5mg/kg) 30 min após estresse. Após 24 horas, foram testados no teste de preferência claro/escuro. Os procedimentos foram autorizados pela CEUA da UFPA (Parecer 213-14) A AG bloqueou o efeito da SA no tempo no branco (F(1,26)=5,783, p = 0,0236), avaliação de risco (F(1, 26) = 6,992, p = 0,0137), e na tigmotaxia (F(1, 26) = 4,914, p = 0,0356), mas não no nado errático (F(1, 26) = 19,14, p = 0,0002). O L-NAME bloqueou os efeitos da SA no tempo no branco (F(3, 39) = 3.377, p = 0.0278), duração das entradas (F(3, 39) = 2,777, p = 0,00539) e avaliação de risco (H3 = 8.362, p = 0.0391), mas não no nado errático (H3 = 11.15, p = 0.0109) ou na tigmotaxia (F[3, 39] = 12.76, p &lt; 0.0001). Conclusão: A SA produz sensibilização às respostas de nado errático, avaliação de risco, tigmotaxia e tempo branco no teste claro/escuro. A NOS-2 participa da sensibilização da tigmotaxia, e outras isoformas também podem participar da sensibilização da escototaxia e avaliação de risco.
DOI: 10.6084/m9.figshare.1570358.v1
title: Tumor bed variation during multi-lumen balloon-based accelerated partial breast irradiation: implication of surgical clips

description: Tumor bed variation during multi-lumen balloon-based accelerated partial breast irradiation: implication of surgical clips
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569875
title: Historical and current (2014) locations of Oregon branded skipper, Hesperia colorado oregonia, in British Columbia, Canada.

description: Historical and Current (2014) Locations of Oregon branded skipper, Hesperia colorado oregonia in British Columbia, Canada (RBCM collection = Royal British Columbia Museum; CDC (2014) = record housed within the BC Conservation Data Centre (http://www.env.gov.bc.ca/atrisk/toolintro.html); * = the UTM coordinate of the historical record has been estimated for mapping purposes.)
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569877
title: Exposição experimental ao metanol diminui comportamento agressivo em zebrafish de forma dependente de linhagem

description: EXPOSIÇÃO EXPERIMENTAL AO METANOL AUMENTA COMPORTAMENTO AGRESSIVO EM ZEBRAFISH (DANIO RERIO HAMILTON 1822) DE FORMA DEPENDENTE DE LINHAGEM. Barbosa, H.1; Lima, M.G.2; Maximino, C.3 1, 2 DMCF/CCBS, UEPA, Marabá, Pará 3 FACISB/IESB, Unifesspa, Marabá, Pará. Objetivos: Investigar o efeito do metanol sobre o comportamento agressivo de duas linhagens de zebrafish, leopard e longfin. Métodos e Resultados: 15 animais da linhagem longfin e 16 animais da linhagem leopard, foram expostos a água pura ou metanol (0,25% v/v) por 24 h antes do início do teste comportamental. Posteriormente, foram transferidos individualmente para um aquário (15 x 10 x 30 cm) com água pura. Após um período de aclimatação de 5 min, um espelho foi posicionado fora do aquário em ângulo de 22,5º. O comportamento dos animais foram gravados e analisados quanto às seguintes variáveis: tempo no quadrante mais próximo ao espelho; frequência, duração de display agressivo e número total de quadrantes cruzados. Animais da linhagem longfin apresentaram maior tempo em display do que animais da linhagem leopard (F1, 27 = 11,63, p = 0,0019), sem efeito da intoxicação (F1, 27 = 0.05, NS). As frequências basais de display não diferiram entre as linhagens (F1, 23 = 1,36, NS), mas os animais da linhagem longfin apresentaram diminuição da frequência de display após intoxicação (F1, 23 = 6,57, p = 0,0174 para o termo de interação). Animais da linhagem longfin passaram mais tempo próximos ao espelho do que animais da linhagem leopard (F1, 27 = 10,16, p = 0,0036), sem efeito da intoxicação (F1, 27 = 0,37, NS). Finalmente, não foram observados efeitos da linhagem (F1, 25 = 0,0037, NS) ou da intoxicação (F1, 25 = 0,46, NS) sobre o número total de quadrantes cruzados. Conclusão: Resultados sugerem diferenças de linhagem nos efeitos comportamentais da intoxicação aguda por metanol em zebrafish. CEUA: 213-14-UFPA
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569878
title: SENSIBILIZAÇÃO DEPENDENTE DE TEMPO EM UM MODELO DE ESTRESSE PÓS-TRAUMÁTICO EM PAULISTINHAS ADULTOS (DANIO RERIO HAMILTON 1822)

description: “SENSIBILIZAÇÃO DEPENDENTE DE TEMPO EM UM MODELO DE ESTRESSE PÓS-TRAUMÁTICO EM PAULISTINHAS ADULTOS (DANIO RERIO HAMILTON 1822)”. 1 Laís do Socorro Rodrigues, 2 Suellen de Nazaré da Silva 3 Rhayra Xavier do Carmo, 4 Caio Maximino, 5 Monica Gomes Lima, 6 Anderson Manoel Herculano 1,2,3,4 Laboratório de Neurociências e Comportamento, Universidade do Estado do Pará, Marabá/PA 5 Instituto de Estudos em Saúde e Biológicas, Universidade Federal do Sul e Sudeste do Pará, Marabá/PA 6 Laboratório de Neurofarmacologia Experimental, Universidade Federal do Pará, Belém/PA Objetivos: Avaliar a elevação da ansiedade causada pela exposição à substância de alarme (SA) e a aplicabilidade dessas respostas como modelo comportamental de transtorno de estresse pós-traumático. Métodos e Resultados: A exposição à SA foi feita por 6 min. (Behav Brain Res 124:425-433, 2014) em béqueres de 2L e então transferidos para o alojamento. Após 24h, foram testados em três modelos comportamentais: resposta de sobressalto, distribuição vertical eliciada pela novidade, e preferência claro-escuro. Na distribuição vertical, a SA aumentou a geotaxia (tgl = 22 = 5,34, p &lt; 0,0001), o nado errático (Ugl = 22 = 0, p &lt; 0,0001) e thrashing (Ugl = 22 = 19, p = 0,0014), e diminuiu habituação (tratamento: F1, 132 = 58,68, p &lt; 0,0001; tempo: F5, 132 = 10,3, p &lt; 0,0001; interação: F5, 132 = 6.397, p &lt; 0,0001). No sobressalto, a SA aumentou a distância percorrida na primeira tentativa (F9, 180 = 2,012, p = 0,0403 para o fator de interação), e inclinação da habituação (tgl = 20 = 2,3536, p = 0,0289). No claro/escuro, diminuiu o tempo no branco (tgl = 13 = 3.407, p = 0,0047), aumentou o nado errático (Ugl = 13 = 8,5, p = 0,0268), avaliação de risco (Ugl = 13 = 9,5, p = 0,0362) e tigmotaxia (tgl = 13 = 2,574, p = 0,0231). Conclusão: A SA produziu sensibilização dependente de tempo da ansiedade e hiperexcitabilidade no paulistinha. CEUA: 213-14/UFPA Apoio Financeiro: Nenhum.
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569878.v1
title: SENSIBILIZAÇÃO DEPENDENTE DE TEMPO EM UM MODELO DE ESTRESSE PÓS-TRAUMÁTICO EM PAULISTINHAS ADULTOS (DANIO RERIO HAMILTON 1822)

description: “SENSIBILIZAÇÃO DEPENDENTE DE TEMPO EM UM MODELO DE ESTRESSE PÓS-TRAUMÁTICO EM PAULISTINHAS ADULTOS (DANIO RERIO HAMILTON 1822)”. 1 Laís do Socorro Rodrigues, 2 Suellen de Nazaré da Silva 3 Rhayra Xavier do Carmo, 4 Caio Maximino, 5 Monica Gomes Lima, 6 Anderson Manoel Herculano 1,2,3,4 Laboratório de Neurociências e Comportamento, Universidade do Estado do Pará, Marabá/PA 5 Instituto de Estudos em Saúde e Biológicas, Universidade Federal do Sul e Sudeste do Pará, Marabá/PA 6 Laboratório de Neurofarmacologia Experimental, Universidade Federal do Pará, Belém/PA Objetivos: Avaliar a elevação da ansiedade causada pela exposição à substância de alarme (SA) e a aplicabilidade dessas respostas como modelo comportamental de transtorno de estresse pós-traumático. Métodos e Resultados: A exposição à SA foi feita por 6 min. (Behav Brain Res 124:425-433, 2014) em béqueres de 2L e então transferidos para o alojamento. Após 24h, foram testados em três modelos comportamentais: resposta de sobressalto, distribuição vertical eliciada pela novidade, e preferência claro-escuro. Na distribuição vertical, a SA aumentou a geotaxia (tgl = 22 = 5,34, p &lt; 0,0001), o nado errático (Ugl = 22 = 0, p &lt; 0,0001) e thrashing (Ugl = 22 = 19, p = 0,0014), e diminuiu habituação (tratamento: F1, 132 = 58,68, p &lt; 0,0001; tempo: F5, 132 = 10,3, p &lt; 0,0001; interação: F5, 132 = 6.397, p &lt; 0,0001). No sobressalto, a SA aumentou a distância percorrida na primeira tentativa (F9, 180 = 2,012, p = 0,0403 para o fator de interação), e inclinação da habituação (tgl = 20 = 2,3536, p = 0,0289). No claro/escuro, diminuiu o tempo no branco (tgl = 13 = 3.407, p = 0,0047), aumentou o nado errático (Ugl = 13 = 8,5, p = 0,0268), avaliação de risco (Ugl = 13 = 9,5, p = 0,0362) e tigmotaxia (tgl = 13 = 2,574, p = 0,0231). Conclusão: A SA produziu sensibilização dependente de tempo da ansiedade e hiperexcitabilidade no paulistinha. CEUA: 213-14/UFPA Apoio Financeiro: Nenhum.
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569868
title: Identification of <i>Plasmodium falciparum</i> apicoplast-targeted tRNA-guanine transglycosylase and its potential inhibitors using comparative genomics, molecular modelling, docking and simulation studies

description: tRNA modifications play an important role in the proper folding of tRNA and thereby determine its functionality as an adaptor molecule. Notwithstanding the centrality of this basic process in translation, a major gap in the genomics of <i>Plasmodium falciparum</i> is unambiguous identification of enzymes catalysing the various tRNA modifications. In this study, tRNA-modifying enzymes of <i>P. falciparum</i> were annotated using homology-based approach. Based on the presence of these identified enzymes, the modifications were compared with those of prokaryotic and eukaryotic organisms. Through sequence comparison and phylogenetic analysis, we have identified <i>P. falciparum</i> apicoplast tRNA-guanine 34 transglycosylase (TGT, EC: 2.4.2.29), which shows evidence of its prokaryotic origin. The docking analysis of the modelled TGT structures revealed that binding of quinazolinone derivatives is more favourable with <i>P. falciparum</i> apicoplast TGT as compared to human TGT. Molecular dynamic simulation and molecular mechanics/generalized Born surface area analysis of the complex confirmed the greater binding affinity of the ligand in the binding pocket of <i>P. falciparum</i> TGT protein. Further, evolutionary patterning analysis identified the amino acids of <i>P. falciparum</i> apicoplast TGT that are under purifying selection pressure and hence can be good inhibitor-targeting sites. Based on these computational studies, we suggest that <i>P. falciparum</i> apicoplast tRNA-guanine 34 transglycosylase can be a promising drug target.
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569875.v1
title: Historical and current (2014) locations of Oregon branded skipper, Hesperia colorado oregonia, in British Columbia, Canada.

description: Historical and Current (2014) Locations of Oregon branded skipper, Hesperia colorado oregonia in British Columbia, Canada (RBCM collection = Royal British Columbia Museum; CDC (2014) = record housed within the BC Conservation Data Centre (http://www.env.gov.bc.ca/atrisk/toolintro.html); * = the UTM coordinate of the historical record has been estimated for mapping purposes.)
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569877.v1
title: Exposição experimental ao metanol diminui comportamento agressivo em zebrafish de forma dependente de linhagem

description: EXPOSIÇÃO EXPERIMENTAL AO METANOL AUMENTA COMPORTAMENTO AGRESSIVO EM ZEBRAFISH (DANIO RERIO HAMILTON 1822) DE FORMA DEPENDENTE DE LINHAGEM. Barbosa, H.1; Lima, M.G.2; Maximino, C.3 1, 2 DMCF/CCBS, UEPA, Marabá, Pará 3 FACISB/IESB, Unifesspa, Marabá, Pará. Objetivos: Investigar o efeito do metanol sobre o comportamento agressivo de duas linhagens de zebrafish, leopard e longfin. Métodos e Resultados: 15 animais da linhagem longfin e 16 animais da linhagem leopard, foram expostos a água pura ou metanol (0,25% v/v) por 24 h antes do início do teste comportamental. Posteriormente, foram transferidos individualmente para um aquário (15 x 10 x 30 cm) com água pura. Após um período de aclimatação de 5 min, um espelho foi posicionado fora do aquário em ângulo de 22,5º. O comportamento dos animais foram gravados e analisados quanto às seguintes variáveis: tempo no quadrante mais próximo ao espelho; frequência, duração de display agressivo e número total de quadrantes cruzados. Animais da linhagem longfin apresentaram maior tempo em display do que animais da linhagem leopard (F1, 27 = 11,63, p = 0,0019), sem efeito da intoxicação (F1, 27 = 0.05, NS). As frequências basais de display não diferiram entre as linhagens (F1, 23 = 1,36, NS), mas os animais da linhagem longfin apresentaram diminuição da frequência de display após intoxicação (F1, 23 = 6,57, p = 0,0174 para o termo de interação). Animais da linhagem longfin passaram mais tempo próximos ao espelho do que animais da linhagem leopard (F1, 27 = 10,16, p = 0,0036), sem efeito da intoxicação (F1, 27 = 0,37, NS). Finalmente, não foram observados efeitos da linhagem (F1, 25 = 0,0037, NS) ou da intoxicação (F1, 25 = 0,46, NS) sobre o número total de quadrantes cruzados. Conclusão: Resultados sugerem diferenças de linhagem nos efeitos comportamentais da intoxicação aguda por metanol em zebrafish. CEUA: 213-14-UFPA
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569868.v1
title: Identification of <i>Plasmodium falciparum</i> apicoplast-targeted tRNA-guanine transglycosylase and its potential inhibitors using comparative genomics, molecular modelling, docking and simulation studies

description: tRNA modifications play an important role in the proper folding of tRNA and thereby determine its functionality as an adaptor molecule. Notwithstanding the centrality of this basic process in translation, a major gap in the genomics of <i>Plasmodium falciparum</i> is unambiguous identification of enzymes catalysing the various tRNA modifications. In this study, tRNA-modifying enzymes of <i>P. falciparum</i> were annotated using homology-based approach. Based on the presence of these identified enzymes, the modifications were compared with those of prokaryotic and eukaryotic organisms. Through sequence comparison and phylogenetic analysis, we have identified <i>P. falciparum</i> apicoplast tRNA-guanine 34 transglycosylase (TGT, EC: 2.4.2.29), which shows evidence of its prokaryotic origin. The docking analysis of the modelled TGT structures revealed that binding of quinazolinone derivatives is more favourable with <i>P. falciparum</i> apicoplast TGT as compared to human TGT. Molecular dynamic simulation and molecular mechanics/generalized Born surface area analysis of the complex confirmed the greater binding affinity of the ligand in the binding pocket of <i>P. falciparum</i> TGT protein. Further, evolutionary patterning analysis identified the amino acids of <i>P. falciparum</i> apicoplast TGT that are under purifying selection pressure and hence can be good inhibitor-targeting sites. Based on these computational studies, we suggest that <i>P. falciparum</i> apicoplast tRNA-guanine 34 transglycosylase can be a promising drug target.
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569856
title: Structural and dynamical correlations in PfHGXPRT oligomers: A molecular dynamics simulation study

description: PfHGXPRT is a key enzyme involved in purine nucleotide salvage pathway of the malarial parasite, <i>Plasmodium falciparum</i>. Atomistic molecular dynamics simulations have been performed on two types of PfHGXPRT dimers (D1 and D3) and its tetramer in their apo and ligand-bound states. A significant event in the catalytic cycle is the dynamics of a gate that provides access for the ligand molecules to the reaction center. The gate is formed by loops II and IV, the former being the most flexible. Large amplitude conformational changes have been observed in active site loop II. Upon complete occupancy of the active site, loop II gets stabilized due to specific interactions between its residues and the ligand molecules. Remote loop, X, is seen to be less fluxional in the D3 dimer than in D1 which is rationalized as due to the greater number of inter-subunit contacts in the former. The presence of ligand molecules in subunits of the tetramer further reduces the flexibility of loop X epitomizing a communication between this region and the active sites in the tetramer. These observations are in accordance with the outcomes of several experimental investigations. Participation of loop X in the oligomerization process has also been discerned. Between the two types of dimers in solution, D1 tetramerizes readily and thus would not be present as free dimers. We conjecture an equilibrium to exist between D3 and the tetramer in solution; upon binding of the ligand molecules to the D3 dimer, this equilibrium shifts toward the tetramer.
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569856.v2
title: Structural and dynamical correlations in PfHGXPRT oligomers: A molecular dynamics simulation study

description: PfHGXPRT is a key enzyme involved in purine nucleotide salvage pathway of the malarial parasite, <i>Plasmodium falciparum</i>. Atomistic molecular dynamics simulations have been performed on two types of PfHGXPRT dimers (D1 and D3) and its tetramer in their apo and ligand-bound states. A significant event in the catalytic cycle is the dynamics of a gate that provides access for the ligand molecules to the reaction center. The gate is formed by loops II and IV, the former being the most flexible. Large amplitude conformational changes have been observed in active site loop II. Upon complete occupancy of the active site, loop II gets stabilized due to specific interactions between its residues and the ligand molecules. Remote loop, X, is seen to be less fluxional in the D3 dimer than in D1 which is rationalized as due to the greater number of inter-subunit contacts in the former. The presence of ligand molecules in subunits of the tetramer further reduces the flexibility of loop X epitomizing a communication between this region and the active sites in the tetramer. These observations are in accordance with the outcomes of several experimental investigations. Participation of loop X in the oligomerization process has also been discerned. Between the two types of dimers in solution, D1 tetramerizes readily and thus would not be present as free dimers. We conjecture an equilibrium to exist between D3 and the tetramer in solution; upon binding of the ligand molecules to the D3 dimer, this equilibrium shifts toward the tetramer.
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569850
title: Mesophase behaviour of laterally di-fluoro-substituted four-ring compounds

description: Four new groups of the di-fluoro-substituted 4-(2′-(or 3′)-fluoro phenylazo)-2-(or 3-) fluoro phenyl-4″-alkoxyphenylazo benzoates (<b>I</b><i>n</i>–<b>IV</b><i>n</i>) were prepared and investigated for their mesophase behaviour. An alkoxy group of variable chain length (<i>n</i> = 6, 10 and 14 carbons) is attached to the terminal phenylazo benzoate moiety, and two lateral fluoro substituents are attached individually with different orientations to the other two adjacent rings. The molecular structures of the prepared compounds were confirmed by Fourier transform infrared spectroscopy and <sup>1</sup>H NMR spectroscopy. The study aims to investigate the steric effect of the spatial orientation and relative positions of the two lateral fluorine atoms on the mesomorphic properties in their pure states. The mesophase behaviour was investigated via differential scanning calorimetry and mesophases were identified by polarised light microscopy. The investigation shows that these compounds exhibit high enantiotropic mesophases (SmC and N) and broad mesophase temperature range. The type and stability of the mesophase depends on the length of the terminal alkoxy chain and the position the two fluoro substituents. A comparison between these investigated compounds with their corresponding three-ring analogues was discussed.
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569856.v1
title: Structural and Dynamical Correlations in PfHGXPRT Oligomers: A Molecular Dynamics Simulation Study

description: PfHGXPRT is a key enzyme involved in purine nucleotide salvage pathway of the malarial parasite, <i>Plasmodium falciparum</i>. Atomistic molecular dynamics simulations have been performed on two types of PfHGXPRT dimers (D1 and D3) and its tetramer in their apo and ligand-bound states. A significant event in the catalytic cycle is the dynamics of a gate that provides access for the ligand molecules to the reaction center. The gate is formed by loops II and IV, the former being the most flexible. Large amplitude conformational changes have been observed in active site loop II. Upon complete occupancy of the active site, loop II gets stabilized due to specific interactions between its residues and the ligand molecules. Remote loop, X, is seen to be less fluxional in the D3 dimer than in D1 which is rationalized as due to the greater number of inter-subunit contacts in the former. The presence of ligand molecules in subunits of the tetramer further reduces the flexibility of loop X epitomizing a communication between this region and the active sites in the tetramer. These observations are in accordance with the outcomes of several experimental investigations. Participation of loop X in the oligomerization process has also been discerned. Between the two types of dimers in solution, D1 tetramerizes readily and thus would not be present as free dimers. We conjecture an equilibrium to exist between D3 and the tetramer in solution; upon binding of the ligand molecules to the D3 dimer, this equilibrium shifts towards the tetramer.
DOI: 10.6084/m9.figshare.1569848.v2
title: Comparative modeling of exposure to airborne nanoparticles released by consumer spray products

description: Consumer exposure to sprays containing nano-objects is a continuing concern as a potential health hazard. One potential hazard has been formulated in the overload hypothesis. It describes a volume fraction of the macrophages that is occupied by deposited nanoparticles that leads to reduced macrophage mobility. Subsequent chronic inflammation may then lead to severe health consequences including cancer. To calculate lung deposition of spherical particles, the Multiple-Path Particle Dosimetry (MPPD) model (ARA, Albuquerque, NM) provides different kinds of lung models and age settings. Using the MPPD v 2.11 software, we modeled several consumer-related exposure scenarios. Different body orientations and age groups were investigated. Moreover, a number of materials representing different densities were used, and the exposure calculated using MPPD is compared to the hazard derived from the overload hypothesis. Conditions leading to macrophage overload were found for exposures to high particle doses for prolonged times and repeated exposure. Such conditions are unlikely in the context of regular consumer exposure. The overload hypothesis assumes the particles to be inert and biopersistent, a condition that currently lacks a clear regulatory definition and is valid only for a few selected materials. Furthermore, because of material-specific effects and the possibility of surface adsorption of hazardous chemicals, nano-objects in propellant sprays remain of concern for consumer health.