cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.6084/m9.figshare.21780785
title: ПИТАТЕЛЬНАЯ ЦЕННОСТЬ ИСХОДНОГО СЫРЬЯ КАК ОСНОВА ДОБРОКАЧЕСТВЕННОГО КОРМА

description: В статье рассматриваются вопросы заготовки объемистых кормов (сена), без которых невозможно обеспечить полноценное сбалансированное кормление коров с высокой и рекордной продуктивностью. Показана зависимость питательности зеленой массы кормовых культур и травосмесей от вида растений. Дана оценка объемистых кормов с учетом последних ГОСТов. Целью исследований является проведение сравнительной оценки качественных показателей зеленой массы и изучение потерь питательности в процессе заготовки кормов. Новизна исследования заключается в анализе заготовленного корма с учетом используемых травостоев, погодных условий. Работа выполнена в СЗНИИМЛПХ, располагающемся в зоне неустойчивого увлажнения Вологодской области (2019–2020 гг.). Содержание основных питательных веществ определяли в лаборатории химического анализа кормов по общепринятым методикам: количество сырого протеина – методом Кьельдаля; сырого жира – по количеству обезжиренного остатка методом Сокслета; сырой клетчатки – по Генненберге и Штомману. Получены такие показатели, как содержание влаги, протеина, обменной энергии, сахара, кормовых единиц. Установлено, что содержание воды в исследуемых кормах находилось в пределах нормы. По данным анализов, в сене в среднем содержание сырого протеина, обменной энергии, кормовых единиц оказалось меньше оптимальных величин. Сено, заготавливаемое на территории Вологодской области, бедно по содержанию сахаров. Наибольшее количество сахара содержалось в сене злаково-бобовых трав. В исследуемых образцах самое высокое сахаропротеиновое отношение зафиксировано в злаковом сене – 0,98 : 1,0. Объектом и предметом исследования являлись образцы зеленой массы, сена, составляющие основу кормового рациона животных в хозяйствах Вологодской области. Исследования были проведены в 2019–2020 гг. в лабораторных условиях в соответствии с методическими рекомендациями. Зооанализ осуществлялся согласно ГОСТ 23637-95, 23638-95, 1349.0-95, 4808-97, 13496.4-99, 55986-2014, 55452-2013.
DOI: 10.6084/m9.figshare.21780785.v1
title: ПИТАТЕЛЬНАЯ ЦЕННОСТЬ ИСХОДНОГО СЫРЬЯ КАК ОСНОВА ДОБРОКАЧЕСТВЕННОГО КОРМА

description: В статье рассматриваются вопросы заготовки объемистых кормов (сена), без которых невозможно обеспечить полноценное сбалансированное кормление коров с высокой и рекордной продуктивностью. Показана зависимость питательности зеленой массы кормовых культур и травосмесей от вида растений. Дана оценка объемистых кормов с учетом последних ГОСТов. Целью исследований является проведение сравнительной оценки качественных показателей зеленой массы и изучение потерь питательности в процессе заготовки кормов. Новизна исследования заключается в анализе заготовленного корма с учетом используемых травостоев, погодных условий. Работа выполнена в СЗНИИМЛПХ, располагающемся в зоне неустойчивого увлажнения Вологодской области (2019–2020 гг.). Содержание основных питательных веществ определяли в лаборатории химического анализа кормов по общепринятым методикам: количество сырого протеина – методом Кьельдаля; сырого жира – по количеству обезжиренного остатка методом Сокслета; сырой клетчатки – по Генненберге и Штомману. Получены такие показатели, как содержание влаги, протеина, обменной энергии, сахара, кормовых единиц. Установлено, что содержание воды в исследуемых кормах находилось в пределах нормы. По данным анализов, в сене в среднем содержание сырого протеина, обменной энергии, кормовых единиц оказалось меньше оптимальных величин. Сено, заготавливаемое на территории Вологодской области, бедно по содержанию сахаров. Наибольшее количество сахара содержалось в сене злаково-бобовых трав. В исследуемых образцах самое высокое сахаропротеиновое отношение зафиксировано в злаковом сене – 0,98 : 1,0. Объектом и предметом исследования являлись образцы зеленой массы, сена, составляющие основу кормового рациона животных в хозяйствах Вологодской области. Исследования были проведены в 2019–2020 гг. в лабораторных условиях в соответствии с методическими рекомендациями. Зооанализ осуществлялся согласно ГОСТ 23637-95, 23638-95, 1349.0-95, 4808-97, 13496.4-99, 55986-2014, 55452-2013.
DOI: 10.6084/m9.figshare.21780788
title: ХИМИЧЕСКИЙ СОСТАВ РАПСА ЯРОВОГО, ВЫРАЩЕННОГО В УСЛОВИЯХ ВОЛОГОДСКОЙ ОБЛАСТИ, И ПРОДУКТОВ ЕГО ПЕРЕРАБОТКИ

description: Рапс (кольза) – традиционная масличная культура, выращиванием которой занимаются не только в Америке, Азии и Австралии, но и на территории России. Рапс обладает полезными свойствами и применяется в кулинарии, медицине, косметологии и даже в металлургии. Как кормовая культура рапс является источником обеспечения сельскохозяйственных животных протеином. В качестве пополнения белка в животноводстве используют рапсовые жмыхи, полученные от отжима семян рапса. Однако в Вологодской области, эту культуру стали выращивать сравнительно недавно. В связи с этим встает вопрос о сохранении ее полезных признаков и химического состава при выращивании в условиях Европейского Севера России. Целью исследований является оценка качественных показателей семян рапса ярового, выращенного в условиях Вологодской области, и продуктов его переработки. Новизна исследования заключается в оценке сохранности химического состава рапса, выращенного в условиях Вологодской области и продуктов его переработки, а также в сравнении результатов с принятыми нормативными значениями. Объектом исследования являются корма, поступившие на анализ в лабораторию химического анализа Северо-Западного научно-исследовательского института молочного и лугопастбищного хозяйства имени А.С. Емельянова – обособленного подразделения ФГБУН ВолНЦ РАН. Содержание сырого протеина в семенах рапса за 2021 год превосходило показатели 2020 года на 5,47%, по концентрации обменной энергии – на 19,56%, по уровню сырого жира наблюдается уменьшение на 7,19%. Содержание сырого протеина в жмыхе выросло на 0,38%, в шроте – на 0,72%, сырой клетчатки – снизилось на 0,87 и 0,50% соответственно. Исследования были проведены в 2020–2021 гг. в лабораторных условиях в соответствии с методическими рекомендациями. Зооанализ осуществлялся согласно ГОСТ 13496.4-2019. Сырая клетчатка метод Ганнеберга – Штомана; ГОСТ 13496.15-2016; ГОСТ 31640-2012; ГОСТ 32933-2014 (ISO 5984:2002). Расчет питательности проводился согласно ГОСТ 11048-95. Межгосударственный стандарт. Жмых рапсовый; ГОСТ 30257-95. Межгосударственный стандарт. Шрот рапсовый тостированный.
DOI: 10.6084/m9.figshare.21780788.v1
title: ХИМИЧЕСКИЙ СОСТАВ РАПСА ЯРОВОГО, ВЫРАЩЕННОГО В УСЛОВИЯХ ВОЛОГОДСКОЙ ОБЛАСТИ, И ПРОДУКТОВ ЕГО ПЕРЕРАБОТКИ

description: Рапс (кольза) – традиционная масличная культура, выращиванием которой занимаются не только в Америке, Азии и Австралии, но и на территории России. Рапс обладает полезными свойствами и применяется в кулинарии, медицине, косметологии и даже в металлургии. Как кормовая культура рапс является источником обеспечения сельскохозяйственных животных протеином. В качестве пополнения белка в животноводстве используют рапсовые жмыхи, полученные от отжима семян рапса. Однако в Вологодской области, эту культуру стали выращивать сравнительно недавно. В связи с этим встает вопрос о сохранении ее полезных признаков и химического состава при выращивании в условиях Европейского Севера России. Целью исследований является оценка качественных показателей семян рапса ярового, выращенного в условиях Вологодской области, и продуктов его переработки. Новизна исследования заключается в оценке сохранности химического состава рапса, выращенного в условиях Вологодской области и продуктов его переработки, а также в сравнении результатов с принятыми нормативными значениями. Объектом исследования являются корма, поступившие на анализ в лабораторию химического анализа Северо-Западного научно-исследовательского института молочного и лугопастбищного хозяйства имени А.С. Емельянова – обособленного подразделения ФГБУН ВолНЦ РАН. Содержание сырого протеина в семенах рапса за 2021 год превосходило показатели 2020 года на 5,47%, по концентрации обменной энергии – на 19,56%, по уровню сырого жира наблюдается уменьшение на 7,19%. Содержание сырого протеина в жмыхе выросло на 0,38%, в шроте – на 0,72%, сырой клетчатки – снизилось на 0,87 и 0,50% соответственно. Исследования были проведены в 2020–2021 гг. в лабораторных условиях в соответствии с методическими рекомендациями. Зооанализ осуществлялся согласно ГОСТ 13496.4-2019. Сырая клетчатка метод Ганнеберга – Штомана; ГОСТ 13496.15-2016; ГОСТ 31640-2012; ГОСТ 32933-2014 (ISO 5984:2002). Расчет питательности проводился согласно ГОСТ 11048-95. Межгосударственный стандарт. Жмых рапсовый; ГОСТ 30257-95. Межгосударственный стандарт. Шрот рапсовый тостированный.
DOI: 10.6084/m9.figshare.14914985
title: <i>In silico</i> identification of antidiabetic target for phytochemicals of <i>A. marmelos</i> and mechanistic insights by molecular dynamics simulations

description: The leaves and fruits of <i>Aegle marmelos</i> (L.) have antidiabetic activity. However, the mode of action and molecules having antidiabetic activity are not known. Hence, we conducted molecular docking of phytochemicals with various molecular antidiabetic targets to find the same. Docking prioritized Dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4) as the main target for phytochemicals of <i>Aegle marmelos</i>. DPP-4 inactivates intestinal peptides, glucagon-like peptide-1 (GLP-1), and Gastric inhibitory polypeptide (GIP). GLP-1 and GIP stimulate a decline in blood glucose levels, but DPP-4 inhibits their functions resulting high level of glucose. Hence inhibiting the activity of DPP-4 is a well-known strategy to treat Type 2 diabetes. Therefore, to find a mechanism that may be involved to act as a natural inhibitor of DPP-4, we screened five phytochemicals out of seventy-three based on Virtual Screening, ADMET Drug-likeness analysis, and PAINS filtering. Further, all five phytochemicals, i.e. Aegeline, Citral, Marmesinin, Auraptene, β-Bisabolene, and reference compound subjected MDS for analyzing the stability of docked complexes to assess the fluctuation and conformational changes during protein-ligand interaction. The values of RMSD, RG, RMSF, SASA, and Gibbs energy revealed the good stability of these phytochemicals in the active site pocket of DPP-4 in comparison to reference. Additionally, we have done the pharmacophore analysis, which revealed many common pharmacophore features between screened phytochemicals of <i>A. marmelos</i> and reference molecule. Our results show that these phytochemicals are potential antidiabetic candidates and can be further modified and evaluated to develop more effective antidiabetic drugs against DPP-4 to treat Type 2 Diabetes. Communicated by Ramaswamy H. Sarma
DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2bcfrx
title: CCDC 2155949: Experimental Crystal Structure Determination

description: Related Article: Wen-Deng Liu, Woojin Lee, Hanyu Shu, Chuyu Xiao, Huiwei Xu, Xiangyang Chen, Kendall N. Houk, Jiannan Zhao|2022|J.Am.Chem.Soc.|144|22767|doi:10.1021/jacs.2c11209
description: An entry from the Cambridge Structural Database, the world’s repository for small molecule crystal structures. The entry contains experimental data from a crystal diffraction study. The deposited dataset for this entry is freely available from the CCDC and typically includes 3D coordinates, cell parameters, space group, experimental conditions and quality measures.
DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2bk3fg
title: CCDC 2161395: Experimental Crystal Structure Determination

description: Related Article: Wen-Deng Liu, Woojin Lee, Hanyu Shu, Chuyu Xiao, Huiwei Xu, Xiangyang Chen, Kendall N. Houk, Jiannan Zhao|2022|J.Am.Chem.Soc.|144|22767|doi:10.1021/jacs.2c11209
description: An entry from the Cambridge Structural Database, the world’s repository for small molecule crystal structures. The entry contains experimental data from a crystal diffraction study. The deposited dataset for this entry is freely available from the CCDC and typically includes 3D coordinates, cell parameters, space group, experimental conditions and quality measures.
DOI: 10.6084/m9.figshare.21707792
title: Gene expression profile associated with PLD2 in human colorectal cancer

description: <strong>Objectives</strong> PLD2 has been identified as playing a critical role in cancer cell motility and migration and other pathophysiological processes. We investigated the expression of PLD2 and its biological functions and clinical implications in human colorectal cancer. <strong>Materials and Methods</strong> In this study, the expressions of PLD2 were analyzed in CRC cell lines and CRC samples by RT-PCR, western blot and immunohistochemistry. The PLD enzyme activity was studied using an PLD detection kit. We also performed matrigel invasion assay to evaluate the invasive capabilities in CRC cells. The expressions of EMT-related markers were quantified at mRNA and protein level using RT-PCR and western blot. We performed high-throughput RNA sequencing on PLD2 knockdown and overexpression CRC cell lines to explore the changes in gene expression associated with PLD2. <strong>Result</strong> Herein, we showed that PLD2 expression was relatively low in CRC cell lines and CRC samples and PLD2 deficiency was significantly correlated with more advanced clinical phenotype regarding lymphatic and distant metastasis and poor patient survival. We also detected that PLD2 knockdown favored epithelial-mesenchymal transition (EMT) and thus promoted CRC invasion and metastasis. Further exploration uncovered that the expressions of several important genes closely related to metabolic pathways in CRC were noticeably altered due to PLD2 deficiency, including ID1, IFIT4, OASL, IFIT2 and CTAG2. <strong>Conclusion</strong> Our results revealed that PLD2 deficiency promotes cell invasion and metastasis in CRC via EMT indicating PLD2 might have an important implication in carcinogenesis and progression and would be a new therapeutic target for cancer treatment.
DOI: 10.6084/m9.figshare.21707792.v1
title: Gene expression profile associated with PLD2 in human colorectal cancer

description: <strong>Objectives</strong> PLD2 has been identified as playing a critical role in cancer cell motility and migration and other pathophysiological processes. We investigated the expression of PLD2 and its biological functions and clinical implications in human colorectal cancer. <strong>Materials and Methods</strong> In this study, the expressions of PLD2 were analyzed in CRC cell lines and CRC samples by RT-PCR, western blot and immunohistochemistry. The PLD enzyme activity was studied using an PLD detection kit. We also performed matrigel invasion assay to evaluate the invasive capabilities in CRC cells. The expressions of EMT-related markers were quantified at mRNA and protein level using RT-PCR and western blot. We performed high-throughput RNA sequencing on PLD2 knockdown and overexpression CRC cell lines to explore the changes in gene expression associated with PLD2. <strong>Result</strong> Herein, we showed that PLD2 expression was relatively low in CRC cell lines and CRC samples and PLD2 deficiency was significantly correlated with more advanced clinical phenotype regarding lymphatic and distant metastasis and poor patient survival. We also detected that PLD2 knockdown favored epithelial-mesenchymal transition (EMT) and thus promoted CRC invasion and metastasis. Further exploration uncovered that the expressions of several important genes closely related to metabolic pathways in CRC were noticeably altered due to PLD2 deficiency, including ID1, IFIT4, OASL, IFIT2 and CTAG2. <strong>Conclusion</strong> Our results revealed that PLD2 deficiency promotes cell invasion and metastasis in CRC via EMT indicating PLD2 might have an important implication in carcinogenesis and progression and would be a new therapeutic target for cancer treatment.
DOI: 10.34740/kaggle/dsv/4773568
title: Shipping orders-Updated
DOI: 10.6084/m9.figshare.14743495
title: <i>In vitro</i> and computational studies on the antiglycation activity of compounds isolated from antidiabetic <i>Tetracera alnifolia</i> stem bark

description: The continuous search for new compounds in natural-based plants is a promising strategy for the prevention of diseases. This work examined antiglycation activity compounds isolated from the antidiabetic extract of <i>T. alnifolia</i> stem bark <i>via in vitro</i> and computational [molecular dynamics (MD)] approach. Phytochemical investigation of ethyl acetate fraction and the application of spectroscopic methods led to the isolation and elucidation of 3 compounds: quercetin (<b>1</b>), kaempferol (<b>2</b>), and gallic acid (<b>3</b>). Compounds <b>1</b>, <b>2</b> and <b>3</b> were then screened for antioxidant and antiglycation activities. Results show that the ethanol extract of <i>T. alnifolia</i> demonstrated good antioxidant activity compared to the standard gallic acid. There was a significant reduction in fasting blood glucose level progressively in diabetic rats, for 21 days compared to diabetic control. Consequently, the antiglycation activity of ethyl acetate fraction had the highest antiglycation activities, followed by dichloromethane (DCM) fraction. Compounds isolated from ethyl acetate fraction, exhibited the highest antiglycation effect for kaempferol followed by quercetin, while gallic acid had the least antiglycation effect. The root mean square of deviation (RMSD) and MM/GBSA energies obtained from molecular dynamics agree with the <i>in vitro</i> antiglycation activity with the sequence of structural stability in the order; kaempferol &gt; quercetin &gt; gallic acid. Therefore, findings from these results suggest that compounds isolated from <i>T. alnifolia</i> possess antiglycation activity. Communicated by Ramaswamy H. Sarma
DOI: 10.6084/m9.figshare.14888475
title: New putative therapeutic targets against <i>Serratia marcescens</i> using reverse vaccinology and subtractive genomics

description: The Gram-negative bacillus <i>Serratia marcescens,</i> a member of <i>Enterobacteriaceae</i> family, is an opportunistic nosocomial pathogen commonly found in hospital outbreaks that can cause infections in the urinary tract, bloodstream, central nervous system and pneumonia. Because <i>S. marcescens</i> strains are resistant to several antibiotics, it is critical the need for effective treatments, including new drugs and vaccines. Here, we applied reverse vaccinology and subtractive genomic approaches for the <i>in silico</i> prediction of potential vaccine and drug targets against 59 strains of <i>S. marcescens</i>. We found 759 core non-host homologous proteins, of which 87 are putative surface-exposed proteins, 183 secreted proteins, and 80 membrane proteins. From these proteins, we predicted seven candidates vaccine targets: a sn-glycerol-3-phosphate-binding periplasmic protein UgpB, a vitamin B12 TonB-dependent receptor, a ferrichrome porin FhuA, a divisome-associated lipoprotein YraP, a membrane-bound lytic murein transglycosylase A, a peptidoglycan lytic exotransglycosylase, and a DUF481 domain-containing protein. We also predicted two drug targets: a N(4)-acetylcytidine amidohydrolase, and a DUF1428 family protein. Using the molecular docking approach for each drug target, we identified and selected ZINC04259491 and ZINC04235390 molecules as the most favorable interactions with the target active site residues. Our findings may contribute to the development of vaccines and new drug targets against <i>S. marcescens.</i> Communicated by Ramaswamy H. Sarma
DOI: 10.6084/m9.figshare.14888475.v1
title: New putative therapeutic targets against <i>Serratia marcescens</i> using reverse vaccinology and subtractive genomics

description: The Gram-negative bacillus <i>Serratia marcescens,</i> a member of <i>Enterobacteriaceae</i> family, is an opportunistic nosocomial pathogen commonly found in hospital outbreaks that can cause infections in the urinary tract, bloodstream, central nervous system and pneumonia. Because <i>S. marcescens</i> strains are resistant to several antibiotics, it is critical the need for effective treatments, including new drugs and vaccines. Here, we applied reverse vaccinology and subtractive genomic approaches for the <i>in silico</i> prediction of potential vaccine and drug targets against 59 strains of <i>S. marcescens</i>. We found 759 core non-host homologous proteins, of which 87 are putative surface-exposed proteins, 183 secreted proteins, and 80 membrane proteins. From these proteins, we predicted seven candidates vaccine targets: a sn-glycerol-3-phosphate-binding periplasmic protein UgpB, a vitamin B12 TonB-dependent receptor, a ferrichrome porin FhuA, a divisome-associated lipoprotein YraP, a membrane-bound lytic murein transglycosylase A, a peptidoglycan lytic exotransglycosylase, and a DUF481 domain-containing protein. We also predicted two drug targets: a N(4)-acetylcytidine amidohydrolase, and a DUF1428 family protein. Using the molecular docking approach for each drug target, we identified and selected ZINC04259491 and ZINC04235390 molecules as the most favorable interactions with the target active site residues. Our findings may contribute to the development of vaccines and new drug targets against <i>S. marcescens.</i> Communicated by Ramaswamy H. Sarma
DOI: 10.6084/m9.figshare.14743495.v1
title: <i>In vitro</i> and computational studies on the antiglycation activity of compounds isolated from antidiabetic <i>Tetracera alnifolia</i> stem bark

description: The continuous search for new compounds in natural-based plants is a promising strategy for the prevention of diseases. This work examined antiglycation activity compounds isolated from the antidiabetic extract of <i>T. alnifolia</i> stem bark <i>via in vitro</i> and computational [molecular dynamics (MD)] approach. Phytochemical investigation of ethyl acetate fraction and the application of spectroscopic methods led to the isolation and elucidation of 3 compounds: quercetin (<b>1</b>), kaempferol (<b>2</b>), and gallic acid (<b>3</b>). Compounds <b>1</b>, <b>2</b> and <b>3</b> were then screened for antioxidant and antiglycation activities. Results show that the ethanol extract of <i>T. alnifolia</i> demonstrated good antioxidant activity compared to the standard gallic acid. There was a significant reduction in fasting blood glucose level progressively in diabetic rats, for 21 days compared to diabetic control. Consequently, the antiglycation activity of ethyl acetate fraction had the highest antiglycation activities, followed by dichloromethane (DCM) fraction. Compounds isolated from ethyl acetate fraction, exhibited the highest antiglycation effect for kaempferol followed by quercetin, while gallic acid had the least antiglycation effect. The root mean square of deviation (RMSD) and MM/GBSA energies obtained from molecular dynamics agree with the <i>in vitro</i> antiglycation activity with the sequence of structural stability in the order; kaempferol &gt; quercetin &gt; gallic acid. Therefore, findings from these results suggest that compounds isolated from <i>T. alnifolia</i> possess antiglycation activity. Communicated by Ramaswamy H. Sarma