DOI: 10.5878/s9dw-3f90
title: Data and code for "The potential of semiochemical blends to monitor saproxylic beetle communities"
title: Data och kod för "The potential of semiochemical blends to monitor saproxylic beetle communities"

description: This folder contains all data and code used in the article "The potential of semiochemical blends to monitor saproxylic beetle communities" by Viktor Gårdman, Bo Aulin, Mikael A. Molander, & Mats Jonsell. 

The data stems from sampling of saproxylic beetles using crosstraps baited with one of three different pheromone blends between 2017-2023 (excluding 2022) at three different harbors in southern Sweden: Gothenburg (57.7017° N, 11.9479° E), Mönsterås (57.0416° N, 16.4431° E) and Norrköping (58.5877° N, 16.1924° E). Individual counts of all recorded species of saproxylic weevils (Curculionidae) (including barkbeetles (Scolytinae)), long-horned beetles (Cerambycidae), and jewel beetles (Buprestidae) are provided per month, year, harbor, blend and number of traps used. The data collection has been conducted by the Swedish Board of Agriculture with the aim to survey the potential entry of woodboring pests through timber import to Swedish harbors. Identification of beetles has been done by experts at the Swedish University of Agricultural Sciences. All data files are .csv files. Note that more types of pheromone blends or other attractants have been used in other traps at the same sites, and that more sites have been monitored throughout years. The data here is only from consistently used sites and blends between 2017-2023. For the complete dataset on catches of beetles across all sampling sites and baits, please refer to the Swedish Board of Agriculture (https://jordbruksverket.se/). 

The SpeciesMatrix contains raw counts of individuals sampled per species and month, year, harbor, and blend. The number of traps used at each occasion is also given. 

Data on tree host preferences (file 'TreeHost') for the sampled species was extracted from the Swedish Species Information Center (SLU ArtDatabanken, https://artfakta.se/).

The GLMM_Species_Modified folder contains individual .csv files of counts for each species deemed suitable for individual analysis per harbor, year, month, and blend. The number of traps used for every occasion is also given. These files have further has modified to remove excess zeros. To avoid zero-inflation, any years, harbors, or baits with zero findings for each species have been removed. These are the files used to run the GLMM models.

The SSOS file contains all records of saproxylic weevils, bark beetles, long-horned beetles, and jewel beetles found in the publicly available records in the Swedish Species Observations System (SSOS = "Artportalen", https://www.artportalen.se/) in a 10x10km square around each harbor between 2017-2023.

All analyses were conducted using R version 4.4.0 and the code is presented through Rmarkdown.
description: Den här mappen innehåller data och kod till artikeln ”The potential of semiochemical blends to monitor saproxylic beetle communities” av Viktor Gårdman, Bo Aulin, Mikael A. Molander & Mats Jonsell. 

Rådatan härstammar från jordbruksverkets övervakning av vedlevande skalbaggar vid Sveriges hamnar. Skalbaggarna samlas in med crosstraps betade med en av tre feromonblandningar. Detta har gjorts mellan 2017-2023 (exklusive 2022) vid tre olika hamnar i södra Sverige: Göteborg (57,7017° N, 11,9479° E), Mönsterås (57,0416° N, 16,4431° E) och Norrköping (58,5877° N, 16,1924° E). Alla registrerade arter av vedlevande vivlar (Curculionidae) (inklusive barkborrar (Scolytinae)), långhorningar (Cerambycidae) och praktbaggar (Buprestidae) har räknats till individantal. Datan anger individantal av varje art per månad, år, hamn, feromonblandning och antal fällor som använts. Datainsamlingen har utförts av Jordbruksverket i syfte att kartlägga den potentiella införseln av vedlevande skadegörare genom timmerimport till svenska hamnar. Identifieringen av skalbaggarna har gjorts av experter vid Sveriges lantbruksuniversitet. Alla datafiler är .csv-filer. Observera att fler typer av feromonblandningar eller andra lockmedel har använts i andra fällor på samma platser, och att fler platser har övervakats under åren. Uppgifterna här är endast från konsekvent använda platser och blandningar mellan 2017-2023. För fullständiga uppgifter om fångster av skalbaggar från alla provtagningslokaler och beten, kontakta Jordbruksverket (https://jordbruksverket.se/). 

SpeciesMatrix innehåller rådata av individer som provtagits per art och månad, år, hamn och feromonblandning. Antalet fällor som användes vid varje tillfälle anges också. 

Data kring vilka trädslag arterna lever av (filen ”TreeHost”) hämtades från ArtDatabanken (SLU ArtDatabanken, https://artfakta.se/).

Mappen GLMM_Species_Modified innehåller individuella .csv filer för varje art som valts ut för individuella analyser med individalantal för varje kombination av år, månad, hamn och bete. Även information om antalet fällor per fångstillfälle anges. Hamnar, år eller beten med noll fynd för varje art har tagits bort. Syftet med detta är att undvika zero-inflation i modellerna. GLMM_Species_Modified innehåller alltså filerna som används för att köra GLMM-modellerna.

SSOS filen innehåller alla vedlevande vivlar, barkborrar, långhorningar och praktbaggar som rapporterats från Artportalen i en 10x10km ruta kring varje hamn mellan 2017-2023 (https://www.artportalen.se/). 

Alla analyser är utförda i R version 4.4.0 och presenteras via Rmarkdown.