cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.15468/dl.3yywtb
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 0 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "TaxonKey is one of (Enteromius nigroluteus, Enteromius niokoloensis, Enteromius nounensis, Enteromius nyanzae, Enteromius okae, Enteromius oligogrammus, Enteromius olivaceus, Enteromius owenae, Enteromius pallidus, Enteromius paludinosus, Enteromius papilio, Enteromius parablabes, Enteromius parajae, Enteromius pellegrini, Enteromius perince, Enteromius petchkovskyi, Enteromius pleurogramma, Enteromius pobeguini, Enteromius poechii, Enteromius prionacanthus, Enteromius profundus, Enteromius pseudotoppini, Enteromius pumilus, Enteromius punctitaeniatus, Enteromius pygmaeus, Enteromius quadralineatus, Enteromius quadrilineatus, Enteromius quadripunctatus, Enteromius raimbaulti, Enteromius rapax, Enteromius roussellei, Enteromius rouxi, Enteromius rubrostigma, Enteromius salessei, Enteromius serengetiensis, Enteromius sexradiatus, Enteromius seymouri, Enteromius stanleyi, Enteromius stauchi, Enteromius stigmatopygus, Enteromius subinensis, Enteromius sublineatus, Enteromius sylvaticus, Enteromius syntrechalepis, Enteromius taeniopleura, Enteromius taeniurus, Enteromius tanapelagius, Enteromius tegulifer, Barbus tetraspilus, Enteromius tetraspilus, Enteromius tetrastigma, Enteromius teugelsi, Enteromius thamalakanensis, Enteromius thysi, Enteromius tiekoroi, Enteromius tomiensis, Enteromius tongaensis, Enteromius toppini, Enteromius traorei, Enteromius treurensis, Enteromius trimaculatus, Enteromius trinotatus, Enteromius trispiloides, Enteromius trispilomimus, Enteromius trispilopleura, Enteromius trispilos, Enteromius turkanae, Enteromius unitaeniatus, Enteromius urostigma, Enteromius usambarae, Enteromius vanderysti, Labeobarbus vanderysti, Enteromius vandewallei, Enteromius venustus, Enteromius viktorianus, Enteromius viviparus, Enteromius walkeri, Enteromius wellmani, Enteromius yeiensis, Enteromius yongei, Enteromius zalbiensis, Enteromius zanzibaricus, Garra aethiopica, Garra allostoma, Garra andruzzii, Garra blanfordii, Garra congoensis, Garra dembecha, Garra dembeensis, Garra duobarbis, Garra ethelwynnae, Garra geba, Garra hindii, Garra ignestii, Garra lancrenonensis, Garra makiensis)",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "BasisOfRecord is one of (Specimen, Observation, Human Observation, Machine Observation, Material sample, Literature Occurrence, Material citation, Occurrence evidence)",
 "Geometry POLYGON ((7.4788 0.8754,7.8749 1.2759,7.9249 1.8712,7.744 2.0599,7.0894 2.0599,6.9519 1.9585,6.7829 1.3956,6.9945 0.9362,7.4788 0.8754))"
 ]
}

 The dataset includes 0 records from 0 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0033975-250827131500795/datasets/export for details.
DOI: 10.17026/dans-xe3-p8y9
title: Bennekom - Kruising Commandeursweg-Molenstraat Archeologisch verkennend booronderzoek voor de herinrichting van de kruising Commandeursweg-Molenstraat te Bennekom, gemeente Ede

description: &lt;p&gt;Voor de herinrichting van de kruising van de Commandeursweg en de Molenstraat te Bennekom heeft VUhbs archeologie een verkennend booronderzoek uitgevoerd. Binnen het plangebied zal een rotonde worden aangelegd waarbij de mogelijk aanwezige archeologische sporen en/of resten worden bedreigd.&lt;br&gt;Daarom heeft de opdrachtgever VUhbs archeologie verzocht voor het plangebied een inventariserend veldonderzoek door middel van verkennende boringen uit te voeren, zodat meer inzicht wordt verkregen in de archeologische verwachting van het plangebied en of er aanvullend onderzoek noodzakelijk zal zijn.&lt;br&gt;Voor het plangbied is voorafgaand een archeologische verwachting opgesteld. Hierin is gesteld dat het plangebied ligt in een zone met een hoge verwachte dichtheid aan archeologische resten. Deze hoge verwachting gleldt vooral voor resten uit het Neolithicum tot de Late Middeleeuwen die aanwezig kunnen zijn onder het plaggendek. Bij de bouw van de omliggende woonwijk en de inrichting van de kruising van de Commandeursweg met de Molenstraat in de jaren 70 van de vorige eeuw kan de bodem echter verstoord zijn. Ook lopen door het plangebied verschillende kabels en leidingen als ook een riool onder huidige weg. Ter plaatse hiervan zullen de mogelijk aanwezige archeologische al in belangrijke mate zijn verstoord.&lt;br&gt;Uit het verkennend booronderzoek is gebleken dat de bodem ter plaatse van de boringen tot een diepte van 35 tot 95 cm -mv bestaat uit een recent geroerd pakket. Hieronder is mogelijk nog een restant van het verwachte plaggendek aanwezig. De natuurlijke afzettingen hieronder bestaan uit eolisch dekzand. Doordat de top van het natuurlijke bodemprofiel in de top van het dekzand nergens binnen het plangebied meer intact is, worden geen resten in situ uit het Laat-Paleolithicum – Mesolithicum meer verwacht. Onder het plaggendek kunnen mogelijk nog sporen uit de periode Neolithicum – Late Middeleeuwen aanwezig zijn. Doordat de bodem bij de aanleg van de ondergrondse infrastructuur binnen grote delen van het plagebied waarschijnlijk verstoord is tot onder de basis van het plaggendek, wordt de kans dat binnen het plangebied nog intacte archeologische sporen aanwezig zijn kleim geacht. Hierdoor wordt vervolgonderzoek niet noodzakelijk/zinvol geacht en wordt geadviseerd het plangebied vrij te geven voor het uitvoeren van de voorgenomen werkzaamheden.&lt;/p&gt;
DOI: 10.17026/dans-2cc-umr3
title: Almelo - Grotestraat Archeologisch bureau- en booronderzoek voor het plangebied Almelo - Grotestraat, gemeente Almelo

description: &lt;p&gt;De opdrachtgever, Rho Adviseurs b.v., is voornemens om binnen het plangebied Almelo-Grotestraat appartementen met binnentuin te realiseren. De werkzaamheden die met deze ontwikkeling gepaard gaan, kunnen de bodem en eventueel aanwezige archeologische resten verstoren. Daarom heeft de opdrachtgever VUhbs archeologie verzocht voor het plangebied een bureauonderzoek en inventariserend veldonderzoek door middel van verkennende boringen uit te voeren, zodat meer inzicht wordt verkregen in de archeologische verwachting van het plangebied en of er aanvullend onderzoek noodzakelijk zal zijn.&lt;br&gt;Het bureauonderzoek heeft uitgewezen dat het plangebied is gelegen op de eolische dekzanden van het Laagpakket van Wierden (Formatie van Boxtel), waarschijnlijk op de flank van een dekzandrug ten zuidoosten van het beekdal van de Almelose Aa. Van oorsprong zal er in het dekzand waarschijnlijk een humuspodzolbodem zijn ontstaan waarop later een plaggendek is gevormd. Door de ligging binnen de bebouwing van Almelo is het natuurlijke bodemprofiel echter waarschijnlijk in belangrijke mate verstoord. Op het dekzand, onder een plaggendek, geldt een hoge verwachting op sporen daterend voor de Late Middeleeuwen. De diepteligging is onbekend, maar in onderzoek in de omgeving is het dekzand aangetroffen rond 90 cm onder maaiveld. Sporen uit de Late Middeleeuwen en Nieuwe Tijd worden verwacht op het plaggendek tot het maaiveld, maar kunnen zijn verstoord door recentere bouwactiviteiten.&lt;br&gt;Het inventariserend veldonderzoek heeft aangetoond dat de bodem binnen het plangebied tot een diepte van 100 tot 150 cm –mv recent is verstoord. De natuurlijke, onverstoorde afzettingen onder de verstoring bestaan uit de eolische dekzanden van het Laagpakket van Wierden. Hierin zijn binnen het plangebied geen sporen van bodemvorming waargenomen, waaruit is al te leiden dat de top van het natuurlijke bodemprofiel door de verstoringen geheel is verdwenen. Hierdoor kan de hoge archeologische verwachting voor het gehele plangebied kan worden bijgesteld naar laag.&lt;br&gt;Er is gebleken dat binnen het plangebied waarschijnlijk geen archeologische resten (meer) aanwezig zijn die bedreigd worden door de voorgenomen werkzaamheden. Vervolgonderzoek wordt dan ook niet noodzakelijk geacht. Op basis van de resultaten van dit booronderzoek wordt geadviseerd om het gehele plangebied vrij te geven voor de geplande werkzaamheden.&lt;/p&gt;
DOI: 10.15468/dl.ujnrx6
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 0 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "TaxonKey is one of (Garo khajuriai)",
 "BasisOfRecord is one of (Specimen, Literature Occurrence, Human Observation, Observation)",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "Year is greater than or equal to 1991",
 "Year is less than or equal to 2025"
 ]
}

 The dataset includes 0 records from 0 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0033976-250827131500795/datasets/export for details.
DOI: 10.17026/dans-znc-7n2a
title: Someren - Bedrijventerrein Sluis 11 Archeologisch onderzoek op Bedrijventerrein Sluis 11 te Someren. Bewoningssporen uit de IJzertijd, Romeinse tijd en Nieuwe Tijd

description: &lt;p&gt;Van 10 tot 13 september 2018 heeft VUhbs Archeologie een proefsleuvenonderzoek met doorstart uitgevoerd in het plangebied Sluis 11 te Someren. Hierbij zijn sporen uit de late prehistorie, de Romeinse Tijd en de Nieuwe tijd gevonden.&lt;/p&gt;&lt;p&gt;IJzertijd Tijdens het archeologisch onderzoek zijn veel paalkuilen aangetroffen die onderdeel zijn geweest van kleine bijgebouwtjes voor graanopslag, zgn. spiekers, en een aantal kuilen. Voor waterkuil 100 is een 14C-datering gedaan die uitkomt op 760-400 voor Chr. Het vondstmateriaal uit de zelfde kuil sluit daar goed bij aan. Aardewerk gevonden in enkele paalkuilen van structuur 105 dateert ook in de tweede helft van de vroege IJzertijd en de eerste helft van de Midden IJzertijd.&lt;/p&gt;&lt;p&gt;Romeinse Tijd Op het terrein zijn archeologische waardevolle sporen uit de Romeinse Tijd gevonden. Van een continuering van de Inheems Romeinse nederzetting die in 1993 is opgegraven blijkt echter geen sprake. Slechts enkele paalkuilen zijn waarschijnlijk het restant van een incomplete gebouwstructuur die als de meest oostelijke gezien kan worden van de genoemde nederzetting.&lt;br&gt;Daarnaast is een waterput uit de Romeinse Tijd aangetroffen die wat datering betreft niet aansluit bij de nederzetting. De dendrodatering van waterput 200 wijst op een kapdatum in de herfst/winter van het jaar 3/4 na Chr. In de vulling van de waterput was daterend aardewerk afwezig waardoor de datering van het gebruik van de waterput helaas niet genuanceerd kan worden.&lt;/p&gt;&lt;p&gt;Nieuwe Tijd In het noordoosten van het plangebied zijn de uitbraaksleuven gevonden van een boerderij die op historisch kaartmateriaal staat aangegeven. Daarnaast is nog een foto uit 1965 van een boerderij op deze locatie beschikbaar waarmee de structuur ten minste tussen 1832 en 1965 dateert. Omdat de structuur niet uitvoerig is onderzocht is kan helaas niets gezegd worden over de constructie, indeling en datering van de boerderij.&lt;/p&gt;
DOI: 10.15468/dl.z8vvsq
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 31455240 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Continent is Europe",
 "HasCoordinate is true",
 "Year is greater than or equal to 2009",
 "Year is less than or equal to 2009"
 ]
}

 The dataset includes 31455240 records from 4168 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0033935-250827131500795/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.25549/pcra-c14-233880
title: Annual COGIC scholarship dinner (34th: 2003), program

description: [description english/roman)] Program for the 34th Annual Church of God in Christ (COGIC) scholarship dinner, Peabody Hotel, Memphis, Tennessee, 2003 November 8.
DOI: 10.15468/dl.h3yhpa
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 30 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "TaxonKey" : [
 "is Haplochromis nigroides (Pellegrin, 1928)"
 ]
}

 The dataset includes 30 records from 5 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0332460-210914110416597/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.pzmfpu
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 27 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "TaxonKey is Pituophis ruthveni Stull, 1929",
 "HasCoordinate is true"
 ]
}

 The dataset includes 27 records from 6 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0416861-210914110416597/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.25549/pcra-c14-233050
title: United National Auxiliary Convention, COGIC, syllabus, 1990

description: [description english/roman)] United National Auxiliary Convention, Church of God in Christ (COGIC), syllabus, "UNAC in training, vo. VI", San Francisco, California, 1990 July 2-7.
DOI: 10.15468/dl.gr4nxc
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 2570 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "TaxonKey" : [
 "is Biscutella sempervirens L."
 ]
}

 The dataset includes 2570 records from 74 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0096170-230224095556074/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.cb785z
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 448 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "BasisOfRecord is Human Observation",
 "Country is Russian Federation",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "TaxonKey is Quercus mongolica Fisch. ex Ledeb.",
 "Year 1970-2022"
 ]
}

 The dataset includes 448 records from 7 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0315905-210914110416597/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.25549/pcra-c14-233377
title: International Sunday school convention, COGIC, training manual, 1993

description: [description english/roman)] International Sunday school convention, Church of God in Christ (COGIC), training manual, Atlanta, Georgia, 1993 July 26-31.
DOI: 10.34816/ifao.archives.167181
title: SÉHEL_nb_1990_05265

description: Référence : nb_1990_05265<br />Site : Séhel<br />Secteur : Bibi Togog<br />Type : photographie<br />
DOI: 10.15468/dl.xkt8f1
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 10096 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 {
 "or" : [
 "BasisOfRecord is Observation",
 "BasisOfRecord is Machine Observation",
 "BasisOfRecord is Human Observation",
 "BasisOfRecord is Material sample",
 "BasisOfRecord is Literature Occurrence",
 "BasisOfRecord is Specimen",
 "BasisOfRecord is Living Specimen",
 "BasisOfRecord is Unknown evidence"
 ]
 },
 "HasCoordinate is true",
 "TaxonKey is Coregonus clupeaformis (Mitchill, 1818)",
 "HasGeospatialIssue is false"
 ]
}

 The dataset includes 10096 records from 35 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0001178-200127171203522/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.35bwud
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 44 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Country is Sweden",
 "TaxonKey is Ursus arctos Linnaeus, 1758",
 "Year 2013-2023"
 ]
}

 The dataset includes 44 records from 3 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0096149-230224095556074/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.34816/ifao.archives.167182
title: SÉHEL_nb_1990_05266

description: Référence : nb_1990_05266<br />Site : Séhel<br />Secteur : Bibi Togog<br />Type : photographie<br />
DOI: 10.25549/pcra-c14-233691
title: Youth congress, COGIC, training manual, 1993

description: [description english/roman)] Youth congress, Church of God in Christ (COGIC), training manual, Chicago, Illinois, 1993 July 6-10.
DOI: 10.34816/ifao.archives.167183
title: SÉHEL_nb_1990_05267

description: Référence : nb_1990_05267<br />Site : Séhel<br />Secteur : Bibi Togog<br />Type : photographie<br />
DOI: 10.15468/dl.3nxvue
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 1631 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "TaxonKey is one of (Kurtia argillacea (Bres.) Karasiński)",
 "Geometry POLYGON((-9.36035 44.71551,-10.59082 42.81152,-11.82129 36.80928,-7.69043 36.17336,-3.38379 35.88905,3.12012 38.13456,9.18457 38.20366,11.7334 37.16032,12.78809 34.74161,17.09473 33.79741, 23.15918 34.23451,30.10254 32.62087,33.2666 32.99024,35.72754 35.03,33.00293 35.53223,28.69629 35.17381,28.34473 36.31513,25.7959 37.50973,24.91699 39.90974,28.78418 40.6473,30.71777 41.17865,36.87012 45.213,38.18848 46.98025,38.71582 47.7541,39.94629 47.93107,40.20996 49.61071,37.0459 50.34546,35.72754 50.40152,33.79395 52.26816,31.68457 51.94426,31.4209 53.27835,32.56348 53.43572,30.98145 54.77535,30.89355 55.52863,28.43262 56.02295,27.20215 57.65716,27.37793 58.30949,27.90527 59.17593,29.66309 59.88894,27.6416 60.58697,31.50879 62.75473,28.78418 69.83962,30.89355 70.28912,29.22363 71.55274,21.75293 71.30079,14.28223 70.14036,11.38184 67.47492,4.87793 63.66576,-5.53711 71.52491,-10.63477 71.69129,-21.5332 67.74276,-28.56445 65.36684,-24.3457 61.35461,-9.36035 44.71551))",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "Year is greater than or equal to 1980",
 "Year is less than or equal to 2021"
 ]
}

 The dataset includes 1631 records from 74 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0242806-210914110416597/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.34816/ifao.archives.167184
title: SÉHEL_nb_1990_05268

description: Référence : nb_1990_05268<br />Site : Séhel<br />Secteur : Bibi Togog<br />Type : photographie<br />
DOI: 10.15468/dl.syz84m
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 26 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "TaxonKey is one of (Acer ×coriaceum Bosc ex Tausch.)",
 "HasCoordinate is true",
 "HasGeospatialIssue is false",
 "Year 1950-2020",
 "Geometry POLYGON((-15 34,34 34,34 75,-15 75,-15 34))"
 ]
}

 The dataset includes 26 records from 5 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0089872-210914110416597/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.15468/dl.tccpxe
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 68 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "TaxonKey" : [
 "is Biscutella mollis Loisel."
 ]
}

 The dataset includes 68 records from 4 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0096151-230224095556074/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.25549/pcra-c14-233660
title: Youth congress, COGIC, training manual, 1993

description: [description english/roman)] Youth congress, Church of God in Christ (COGIC), training manual, Chicago, Illinois, 1993 July 6-10.
DOI: 10.34816/ifao.archives.167185
title: SÉHEL_nb_1990_05269

description: Référence : nb_1990_05269<br />Site : Séhel<br />Secteur : Bibi Togog<br />Type : photographie<br />
DOI: 10.34816/ifao.archives.167186
title: SÉHEL_nb_1990_05270

description: Référence : nb_1990_05270<br />Site : Séhel<br />Secteur : Bibi Togog<br />Type : photographie<br />
DOI: 10.15468/dl.mrmehp
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 234 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "TaxonKey" : [
 "is Parasenegalia muricata (L.) Seigler & Ebinger"
 ]
}

 The dataset includes 234 records from 26 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0332422-210914110416597/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.25549/pcra-c14-233761
title: Men’s ministry manual, COGIC, [2005?]

description: [description english/roman)] Rodney Lamar Atkins, compiler. Men’s ministry manual. Tyler, Texas: Victory Temple Church of God in Christ (COGIC), [2005?].
DOI: 10.34816/ifao.archives.167187
title: SÉHEL_nb_1990_05271

description: Référence : nb_1990_05271<br />Site : Séhel<br />Secteur : Bibi Togog<br />Type : photographie<br />
DOI: 10.15468/dl.hbnpqc
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 867 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "Country is Denmark",
 "OccurrenceStatus is Present",
 "Year 2022-2022"
 ]
}

 The dataset includes 867 records from 1 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0097016-210914110416597/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.34816/ifao.archives.167188
title: SÉHEL_nb_1990_05272

description: Référence : nb_1990_05272<br />Site : Séhel<br />Secteur : Bibi Togog<br />Type : photographie<br />
DOI: 10.15468/dl.933rd6
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 476 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "TaxonKey" : [
 "is Biscutella raphanifolia Poir."
 ]
}

 The dataset includes 476 records from 43 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0096161-230224095556074/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.25549/pcra-c14-233317
title: Chairladies and youth handbook, COGIC, [1992?]

description: [description english/roman)] Chairladies and youth handbook, Church of God in Christ (COGIC), [1992?].
DOI: 10.5281/zenodo.10684336
title: CUPiD: A cfDNA methylation-based tissue-of-origin classifier for Cancers of Unknown Primary - figure generation data and code

description: This repository holds code behind the article "A cfDNA methylation-based tissue-of-origin classifier for Cancers of Unknown Primary" by Conway, Pearce, Clipson et al, published in Nature Communications. This contains the code and data required to regenerate all the figures in the paper.

The code is structured as follows:



figure_inputs: Inputs required to generate the figures. Some of these are generated as part of the classifier generation/application process, some are additional clinical data. 

figure_generation: RMarkdown reports to generate the figures in the paper, given all the inputs in figures_inputs. These are separate RMarkdown files, and should be self-contained, and are able to be ran directly based on the files within `figure_inputs`. They may be ran in any order, except that CUP_mutation_analysis should be ran after CUPiD_cfDNA_application.


The code will generate outputs in two folders, one called output and one called source_data; these are provided here for completeness. The source_data folder contains data for Nature Communications Source Data files, including data behind the ROC curves that are too large to be included there, while the output folder generates supplementary data tables and copies of the plots.

Data and code to generate the classifier is available upon request from https://zenodo.org/uploads/10678015.