DOI: 10.5281/zenodo.15132671
title: antiSMASH v7.1.0 Database (UNOFFICIAL MIRROR)

description: Unofficial mirror for antiSMASH v7.1.0: https://academic.oup.com/nar/article/51/W1/W46/7151336

Kai Blin, Simon Shaw, Hannah E Augustijn, Zachary L Reitz, Friederike Biermann, Mohammad Alanjary, Artem Fetter, Barbara R Terlouw, William W Metcalf, Eric J N Helfrich, Gilles P van Wezel, Marnix H Medema, Tilmann Weber, antiSMASH 7.0: new and improved predictions for detection, regulation, chemical structures and visualisation, Nucleic Acids Research, Volume 51, Issue W1, 5 July 2023, Pages W46–W50, https://doi.org/10.1093/nar/gkad344

 

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$ tree antiSMASH/ antiSMASH/├── VERSION├── as-js│   └── 0.13│       └── antismash.js├── clusterblast│   ├── clusters.txt│   ├── proteins.dmnd│   └── proteins.fasta├── clustercompare│   └── mibig│       └── 3.1│           ├── data.json│           ├── proteins.dmnd│           └── proteins.fasta├── comparippson│   ├── asdb│   │   └── 4.0│   │       ├── cores.fa│   │       ├── cores.fa.phr│   │       ├── cores.fa.pin│   │       ├── cores.fa.psq│   │       └── metadata.json│   └── mibig│       └── 3.1│           ├── cores.fa│           ├── cores.fa.phr│           ├── cores.fa.pin│           ├── cores.fa.psq│           └── metadata.json├── download.log├── knownclusterblast│   └── 3.1│       ├── clusters.txt│       ├── proteins.dmnd│       └── proteins.fasta├── nrps_pks│   ├── stachelhaus│   │   └── 1.1│   │       └── signatures.tsv│   ├── svm│   │   └── 2.0│   │       ├── NRPS1_LARGE_CLUSTER│   │       │   ├── [asp,asn,glu,gln,aad].mdl│   │       │   ├── [cys].mdl│   │       │   ├── [dhb,sal].mdl│   │       │   ├── [gly,ala,val,leu,ile,abu,iva].mdl│   │       │   ├── [orn,lys,arg].mdl│   │       │   ├── [phe,trp,phg,tyr,bht].mdl│   │       │   ├── [pro,pip].mdl│   │       │   └── [ser,thr,dhpg,hpg].mdl│   │       ├── NRPS1_SMALL_CLUSTER│   │       │   ├── [aad].mdl│   │       │   ├── [arg].mdl│   │       │   ├── [asp,asn].mdl│   │       │   ├── [cys].mdl│   │       │   ├── [dhb,sal].mdl│   │       │   ├── [dhpg,hpg].mdl│   │       │   ├── [glu,gln].mdl│   │       │   ├── [gly,ala].mdl│   │       │   ├── [orn,horn].mdl│   │       │   ├── [phe,trp].mdl│   │       │   ├── [pro].mdl│   │       │   ├── [ser].mdl│   │       │   ├── [thr].mdl│   │       │   ├── [tyr,bht].mdl│   │       │   └── [val,leu,ile,abu,iva].mdl│   │       ├── NRPS2_LARGE_CLUSTER│   │       │   ├── [asp,asn,glu,gln,aad].mdl│   │       │   ├── [cys].mdl│   │       │   ├── [dhb,sal].mdl│   │       │   ├── [gly,ala,val,leu,ile,abu,iva].mdl│   │       │   ├── [orn,lys,arg].mdl│   │       │   ├── [phe,trp,phg,tyr,bht].mdl│   │       │   ├── [pro,pip].mdl│   │       │   └── [ser,thr,dhpg,hpg].mdl│   │       ├── NRPS2_SINGLE_CLUSTER│   │       │   ├── [aad].mdl│   │       │   ├── [ala].mdl│   │       │   ├── [arg].mdl│   │       │   ├── [asn].mdl│   │       │   ├── [asp].mdl│   │       │   ├── [bht].mdl│   │       │   ├── [cys].mdl│   │       │   ├── [dhb].mdl│   │       │   ├── [dhpg].mdl│   │       │   ├── [gln].mdl│   │       │   ├── [glu].mdl│   │       │   ├── [gly].mdl│   │       │   ├── [hpg].mdl│   │       │   ├── [ile].mdl│   │       │   ├── [iva].mdl│   │       │   ├── [leu].mdl│   │       │   ├── [lys].mdl│   │       │   ├── [orn].mdl│   │       │   ├── [phe].mdl│   │       │   ├── [pip].mdl│   │       │   ├── [pro].mdl│   │       │   ├── [ser].mdl│   │       │   ├── [thr].mdl│   │       │   ├── [trp].mdl│   │       │   ├── [tyr].mdl│   │       │   └── [val].mdl│   │       ├── NRPS2_SMALL_CLUSTER│   │       │   ├── [aad].mdl│   │       │   ├── [arg].mdl│   │       │   ├── [asp,asn].mdl│   │       │   ├── [cys].mdl│   │       │   ├── [dhb,sal].mdl│   │       │   ├── [dhpg,hpg].mdl│   │       │   ├── [glu,gln].mdl│   │       │   ├── [gly,ala].mdl│   │       │   ├── [orn,horn].mdl│   │       │   ├── [phe,trp].mdl│   │       │   ├── [pro].mdl│   │       │   ├── [ser].mdl│   │       │   ├── [thr].mdl│   │       │   ├── [tyr,bht].mdl│   │       │   └── [val,leu,ile,abu,iva].mdl│   │       ├── NRPS2_THREE_CLUSTER│   │       │   ├── [hydrophilic].mdl│   │       │   ├── [hydrophobic-aliphatic].mdl│   │       │   └── [hydrophobic-aromatic].mdl│   │       ├── NRPS2_THREE_CLUSTER_FUNGAL│   │       │   ├── [hydrophilic].mdl│   │       │   ├── [hydrophobic-aliphatic].mdl│   │       │   └── [hydrophobic-aromatic].mdl│   │       ├── bacterial_1class.mdl│   │       └── checksums.json│   └── transATor│       └── 2023.02.23│           ├── README│           ├── transATor.hmm│           ├── transATor.hmm.h3f│           ├── transATor.hmm.h3i│           ├── transATor.hmm.h3m│           └── transATor.hmm.h3p├── pfam│   └── 35.0│       ├── Pfam-A.hmm│       ├── Pfam-A.hmm.h3f│       ├── Pfam-A.hmm.h3i│       ├── Pfam-A.hmm.h3m│       └── Pfam-A.hmm.h3p├── resfam│   ├── Resfams.hmm│   ├── Resfams.hmm.h3f│   ├── Resfams.hmm.h3i│   ├── Resfams.hmm.h3m│   └── Resfams.hmm.h3p└── tigrfam    ├── TIGRFam.hmm    ├── TIGRFam.hmm.h3f    ├── TIGRFam.hmm.h3i    ├── TIGRFam.hmm.h3m    └── TIGRFam.hmm.h3p

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