DOI: 10.25666/dataosu-2020-11-10
title: Formation of interstellar complex polycyclic aromatic hydrocarbons: insights from molecular dynamics simulations of dehydrogenated benzene
title: Formation d'hydrocarbures aromatiques polycycliques complexes interstellaires : aperçus des simulations de dynamique moléculaire du benzène déshydrogéné

description: The data are supplemental materials for the article entitled "Formation of interstellar complex polycyclic aromatic hydrocarbons: insights from molecular dynamics simulations of dehydrogenated benzene" authored by M. Hanine et al. 

The data contains: 

- Atomistic configurations of the formed PAH molecules (in 4.0 ns) at all studied temperatures are available in .xyz format. These .xyz files contain the atomic coordinates of the formed molecules by giving the total number of atoms that will be read on the first line; the comment text on the second; and the atomic number and three atomic Cartesian coordinates in the following lines. The name of the .xyz file consists of four parts separated by "\_'' including the source molecule type, the temperature, the formation environment (with NP or in gas phase), and the molecular ID (among multiple molecules formed in a simulation). For instance, "C6H2\_300K\_gas\_2.xyz'' stands for the 2nd molecule formed from C6H at 300K in the gas phase. Please read the 'readme.txt' file before using the data.

- A data file that contains the DFT-calculated optimized structures and their atomic coordinates.

- An animation demonstrating the formation process of PAHs on a carbon NP.
description: Les données sont issues des informations supplémentaires pour l'article intitulé "Formation d'hydrocarbures aromatiques polycycliques complexes interstellaires : aperçus des simulations de dynamique moléculaire du benzène déshydrogéné" rédigé par M. Hanine et al.

Les données contiennent :

- Les configurations atomistiques des molécules de HAP formées (en 4,0 ns) à toutes les températures étudiées sont disponibles au format .xyz. Ces fichiers .xyz contiennent les coordonnées atomiques des molécules formées en donnant le nombre total d'atomes qui seront lus sur la première ligne ; le texte de commentaire sur le second ; et le numéro atomique et trois coordonnées cartésiennes atomiques dans les lignes suivantes. Le nom du fichier .xyz se compose de quatre parties séparées par "\ _ '', y compris le type de molécule source, la température, l'environnement de formation (avec adsorption sur nanoparticule carbonée ou en phase gazeuse) et l'ID moléculaire (parmi plusieurs molécules formées dans une simulation). Par exemple, "C6H2 \ _300K \ _gas \ _2.xyz'' représente la 2ème molécule formée à partir de C6H à 300K en phase gazeuse. Veuillez lire le fichier 'readme.txt' avant d'utiliser les données.

- Un fichier de données contenant les structures optimisées calculées par DFT et leurs coordonnées atomiques.

- Une animation démontrant le processus de formation des HAP sur une nanoparticule carbonée.
description: Audience: Research
description: UpdatePeriodicity: no update
description: Simulation or computational data: Molecular dynamics simulations with LAMMPS code.
description: Données computationnelles ou de simulation: Simulations par la méthode dynamique moléculaire avec le code LAMMPS.