DOI: 10.34810/data2474
title: Replication data for "Plasmodium spp. in free-living ring-tailed coatis (Nasua nasua) in the Peruvian Amazon"

description: La malaria es una enfermedad causada por parásitos del género Plasmodium, que generalmente se transmiten entre mosquitos y humanos o primates no humanos. Sin embargo, se sabe poco sobre el papel de otros mamíferos silvestres como portadores de estos parásitos, especialmente en bosques tropicales remotos. Esta base de datos proporciona información sobre los análisis moleculares de ADN (PCR anidada dirigida al gen mitocondrial cytb y cox3 de Plasmodium spp.) en muestras de sangre de coatíes (Nasua nasua) y armadillos (Dasypus novemcinctus) de vida libre en la Amazonía peruana.
description: Excel, Microsoft 365
description: Los datos hacen referencia a los resultados de pruebas diagnósticas (PCR anidada dirigida al gen mitocondrial cytb y cox3 de Plasmodium spp.) en muestras de sangre de coatíes (Nasua nasua) y armadillos (Dasypus novemcinctus) de vida libre en la Amazonía peruana. Las muestras sanguíneas fueron obtenidas por cazadores locales, quienes impregnaron sangre proveniente de las venas cava craneal o caudal en papel de filtro Whatman n.º 3 o tarjetas FTA® de coatí y armadillo cazados con fines de autoconsumo. Las muestras de sangre seca se sellaron en bolsas de plástico individuales con desecante y se almacenaron en la zona de recolección a temperatura ambiente durante un mínimo de dos semanas y un máximo de seis meses antes de ser transferidas a -70 °C para su conservación. El ADN se extrajo de las muestras de sangre en papel de filtro utilizando el kit AllPrep DNA/RNA Mini (Qiagen, Alemania), siguiendo las instrucciones del fabricante. Se utilizó un método de PCR anidada (nPCR) para detectar ADN de Plasmodium. La primera ronda se centró en la familia Plasmodiidae, mientras que la segunda ronda utilizó cebadores específicos de género para Plasmodium. La ausencia de amplificación en la segunda ronda se interpretó como la ausencia de linajes de Plasmodium spp. El protocolo se modificó para mejorar la sensibilidad en muestras con parasitemia potencialmente baja. Se incluyó un control positivo con ADN extraído de la cepa Plasmodium falciparum 3D7 y agua de grado molecular como control de contaminación. La segunda ronda de PCR se realizó en un laboratorio diferente al primero, con estrictas medidas de bioseguridad para evitar la contaminación cruzada entre muestras. Los productos amplificados fueron purificados y secuenciados por Macrogen (Corea) para confirmar la presencia de infección por Plasmodium.

Para confirmar la presencia de Plasmodium spp., se seleccionaron ocho muestras de sangre seca para análisis independientes en el Instituto Leibniz de Investigación de Zoológicos y Vida Silvestre (IZW, Alemania). Estas incluyeron cinco individuos que previamente habían dado positivo para Plasmodium spp. en la nPCR basada en cytb (dos coatíes, dos armadillos) y cuatro muestras negativas seleccionadas aleatoriamente. El ADN se extrajo y analizó mediante PCR anidada dirigida al gen mitocondrial cox3. En la primera ronda se utilizaron cebadores específicos de género; en la segunda ronda, cebadores específicos de especie para P. falciparum (Pf), P. vivax/P. simium (Pv/Ps) y P. malariae/P. brasilianum (Pm/Pb). Las PCR se realizaron con MyTaq Master Mix en condiciones de ciclado estándar, con temperaturas de hibridación de 54 °C (Pf, Pv/Ps) o 58 °C (Pm/Pb). Los amplicones purificados en gel se secuenciaron mediante Sanger y las secuencias se alinearon con las referencias de GenBank.

Los protocolos detallados están disponibles en protocols.io:
DNA extraction from dried blood spots (DBS): [DOI: 10.17504/protocols.io.dm6gpbbr5lzp/v1]
Nested PCR for cytb gene amplification: [DOI: 10.17504/protocols.io.bp2l619k5vqe/v1]
Nested PCR for cox3 gene amplification: [DOI: 10.17504/protocols.io.4r3l2ooxpv1y/v1]