cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.5281/zenodo.18493374
title: BacTaxID: reproducible analysis pipeline and genomic datasets for publication

description: BacTaxID Supplementary Analysis Workflow

Description

This repository contains the complete reproducible analytical workflow for validating and benchmarking the BacTaxID bacterial typing system. The analysis encompasses comprehensive performance evaluation across multiple clinically relevant bacterial genera, including comparative studies with established typing methodologies and outbreak detection case studies.

Overview

BacTaxID is a hierarchical k-mer-based bacterial classification system that assigns genomic signatures to six similarity levels (L_0 through L_5) k-mer profiling algorithms and pseudo-clique clustering approach. This supplementary material provides detailed computational analysis for BacTaxID classifications and comparissons with:



cgMLST



Multi-locus sequence typing (MLST)




In silico serotyping (HiCap, SISTR, ClermonTyping)




Phylogenetic grouping systems




Species-level profiling tools (Sylph, miniphy)




Alternative ANI estimation methods (Mash, Sourmash, BinDash)



Analysis Scope

1. Database Completeness Assessment





Quantification of classification completeness across hierarchical levels




Correlation analysis between database size and classification success




Distribution of reference genomes across bacterial genera




Identification of sampling biases and coverage gaps



2. Genus Validation



Acinetobacter

Campylobacter

Clostridioides

Enterobacter

Enterococcus

Haemophilus

Klebsiella

Listeria

Mycobacterium

Neisseria

Pseudomonas

Staphylococcus

Streptococcus

Vibrio
DOI: 10.57745/jgfzem
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF2012B de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF2012B de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.5281/zenodo.17899192
title: BacTaxID: reproducible analysis pipeline and genomic datasets for publication

description: BacTaxID Supplementary Analysis Workflow

Description

This repository contains the complete reproducible analytical workflow for validating and benchmarking the BacTaxID bacterial typing system. The analysis encompasses comprehensive performance evaluation across multiple clinically relevant bacterial genera, including comparative studies with established typing methodologies and outbreak detection case studies.

Overview

BacTaxID is a hierarchical k-mer-based bacterial classification system that assigns genomic signatures to six similarity levels (L_0 through L_5) k-mer profiling algorithms and pseudo-clique clustering approach. This supplementary material provides detailed computational analysis for BacTaxID classifications and comparissons with:



cgMLST



Multi-locus sequence typing (MLST)




In silico serotyping (HiCap, SISTR, ClermonTyping)




Phylogenetic grouping systems




Species-level profiling tools (Sylph, miniphy)




Alternative ANI estimation methods (Mash, Sourmash, BinDash)



Analysis Scope

1. Database Completeness Assessment





Quantification of classification completeness across hierarchical levels




Correlation analysis between database size and classification success




Distribution of reference genomes across bacterial genera




Identification of sampling biases and coverage gaps



2. Genus Validation



Acinetobacter

Campylobacter

Clostridioides

Enterobacter

Enterococcus

Haemophilus

Klebsiella

Listeria

Mycobacterium

Neisseria

Pseudomonas

Staphylococcus

Streptococcus

Vibrio
DOI: 10.15468/dl.d7kukm
title: Occurrence Download

description: A dataset listing the 10 species recorded in GBIF matching the query:
{
 "DatasetKey" : [
 "is Inventaires Aéro Biodiversité - LFQO - Lille Marcq en Baroeul-Inventaires Aéro Biodiversité - LFQO - Point d'EPOC 7"
 ]
}

 The dataset's 10 records were derived from 1 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0014322-260129131611470/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.57745/dns4wp
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF2158 de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF2158 de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.6084/m9.figshare.28463446
title: New and fast closed-form efficient estimators for the negative multinomial distribution

description: The negative multinomial (NM) distribution is of interest in various application studies. Based on closed-form n-consistent estimators, new and fast closed-form efficient estimators are proposed for the NM distribution. The theorem applied to derive the new estimators guarantees two important properties of the new closed-form efficient estimators: asymptotic efficiency and normality. The new closed-form efficient estimators are denoted as MLE-CEs, because the asymptotic distribution is the same as that of the maximum likelihood estimators (MLEs). Simulation studies suggest that the MLE-CE performs similarly to its MLE. The estimated accuracies of the MLE and MLE-CE are generally better than the method of moments estimator (MME) for relatively large <i>𝒑</i> values. The MLE-CE is 10–30 times faster than the MLE, especially for large sample sizes, which is good for the big data era. Considering the estimated accuracy and computing time, the MLE-CE is recommended for large <i>𝒑</i> values, whereas the MME is recommended for other conditions.
DOI: 10.6084/m9.figshare.28463446.v1
title: New and fast closed-form efficient estimators for the negative multinomial distribution

description: The negative multinomial (NM) distribution is of interest in various application studies. Based on closed-form n-consistent estimators, new and fast closed-form efficient estimators are proposed for the NM distribution. The theorem applied to derive the new estimators guarantees two important properties of the new closed-form efficient estimators: asymptotic efficiency and normality. The new closed-form efficient estimators are denoted as MLE-CEs, because the asymptotic distribution is the same as that of the maximum likelihood estimators (MLEs). Simulation studies suggest that the MLE-CE performs similarly to its MLE. The estimated accuracies of the MLE and MLE-CE are generally better than the method of moments estimator (MME) for relatively large <i>𝒑</i> values. The MLE-CE is 10–30 times faster than the MLE, especially for large sample sizes, which is good for the big data era. Considering the estimated accuracy and computing time, the MLE-CE is recommended for large <i>𝒑</i> values, whereas the MME is recommended for other conditions.
DOI: 10.15468/dl.gtqmxj
title: Occurrence Download

description: A dataset containing 16 species occurrences available in GBIF matching the query:
{
 "and" : [
 "TaxonKey is Dasymaschalon ellipticum",
 "HasCoordinate is true",
 "BasisOfRecord is one of (Specimen)"
 ]
}

 The dataset includes 16 records from 2 constituent datasets; see https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/0014332-260129131611470/datasets/export for details.
 
Data from some individual datasets included in this download may be licensed under less restrictive terms.
DOI: 10.57745/bwe8wx
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF231 de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF231 de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.6084/m9.figshare.28652337
title: Advancing the practice of Decision Conferencing in the digital age: insights from a qualitative study with OR practitioners

description: Complex multi-actor decision contexts often benefit from facilitated modelling (FM) approaches, wherein the operational researcher (OR) acts as both analyst and facilitator, guiding the client through the entire OR intervention. Conducting an FM intervention is complex, involving managing participants’ interactions and group dynamics, structuring process tasks, and mastering the use of several artefacts (e.g. notes, model, technology), either in-person or in virtual environments. Literature on facilitation in OR is quite limited, focusing mainly on specific contexts and case studies, and lacking generalisable insights for FM practice. This paper aims to advance the understanding of Decision Conferencing (DCing)—an FM approach that makes use of decision analysis concepts, methods, and tools—through an analysis of reflexive accounts from OR practitioners to identify practices, trends, challenges, and opportunities in both traditional (in-person) and virtual settings. We conducted semi-structured interviews with nineteen OR practitioners (from academia and industry) with experience in DCing facilitation, which were consented, recorded, transcribed, coded, and analysed using reflective thematic analysis. Our findings contribute to the existing FM literature by providing first-hand accounts of OR practitioner experiences and offer insights for advancing DCing and FM research, practice, and training.
DOI: 10.6084/m9.figshare.28652337.v1
title: Advancing the practice of Decision Conferencing in the digital age: insights from a qualitative study with OR practitioners

description: Complex multi-actor decision contexts often benefit from facilitated modelling (FM) approaches, wherein the operational researcher (OR) acts as both analyst and facilitator, guiding the client through the entire OR intervention. Conducting an FM intervention is complex, involving managing participants’ interactions and group dynamics, structuring process tasks, and mastering the use of several artefacts (e.g. notes, model, technology), either in-person or in virtual environments. Literature on facilitation in OR is quite limited, focusing mainly on specific contexts and case studies, and lacking generalisable insights for FM practice. This paper aims to advance the understanding of Decision Conferencing (DCing)—an FM approach that makes use of decision analysis concepts, methods, and tools—through an analysis of reflexive accounts from OR practitioners to identify practices, trends, challenges, and opportunities in both traditional (in-person) and virtual settings. We conducted semi-structured interviews with nineteen OR practitioners (from academia and industry) with experience in DCing facilitation, which were consented, recorded, transcribed, coded, and analysed using reflective thematic analysis. Our findings contribute to the existing FM literature by providing first-hand accounts of OR practitioner experiences and offer insights for advancing DCing and FM research, practice, and training.
DOI: 10.57745/2g3efq
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF385A de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF385A de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.5067/h1nbw96msegy
title: Near-Real-Time AMSR2 EASE-Grid Daily Global Ice Concentration and Snow Extent, Version 1
DOI: 10.5067/deyp05j7gmsh
title: AMSR2 Daily Polar Gridded Brightness Temperatures, Version 2
DOI: 10.57745/vtc37m
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF390 de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF390 de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.5067/w13ao54ss7cw
title: AMSR2 Daily Polar Gridded Sea Ice Concentrations, Version 2
DOI: 10.57745/hoaoik
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF853 de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_NF853 de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.57745/knnixg
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_SSN29 de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_SSN29 de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.57745/edu1fc
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_SSN502 de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_SSN502 de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.57745/3lx8ca
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_3583NORD de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_3583NORD de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.57745/d0ct7a
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_4037A de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_4037A de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.5878/000870
title: The Community SOM Survey 1997: Alingsås
title: SOM-undersökningen Kommun-SOM 1997: Alingsås
title: Kom-SOM 1997

description: Every year since 1986, the SOM Institute carries out a nationwide survey, National SOM (Riks-SOM), in which people are asked questions about politics, society, their use of media, public service, the environment, risks, new media technology and their leisure-time activities. Since 1992 a corresponding survey is carried out in Göteborg and its surrounding communities: Western SOM (Väst-SOM). Starting in 1996, a local study, Community SOM (Kom-SOM), is carried out in different municipalities surrounding Göteborg as well as town districts in the city of Göteborg. The results from these surveys shed light on three levels of society: the national, the regional and the municipal.
The 1997 municipal survey was carried out in collaboration with the Gothenburg Region Association of Local Authorities.
description: Varje år sedan 1986 genomför SOM-institutet en riksrepresentativ frågeundersökning på temat Samhälle, Opinion och Massmedia. Sedan 1992 genomförs en motsvarande frågeundersökning i Göteborg med kranskommuner: Väst-SOM. År 1998 utvidgades denna till att omfatta hela Västra Götalandsregionen samt Kungsbacka kommun. Utöver dessa undersökningar har SOM-institutet vissa år genomfört undersökningar i ett antal västsvenska kommuner samt stadsdelar i Göteborg, Kom-SOM. Kom-SOM utfördes för första gången under hösten 1996. Hösten därpå genomfördes motsvarande undersökningar i kommunerna Alingsås, Lerum och Stenungsund. Kommunundersökningen är i huvudsak utformad på samma sätt som Riks- och Väst-SOM. Frågeformuläret är dock inte lika omfattande och urvalet är mindre. Många frågor är dock gemensamma för såväl de olika delarna av kommunundersökningen som för Riks- och Väst-SOM, vilket ger stora möjligheter till jämförelser mellan tre olika nivåer i samhället: nationell, regional och lokal. Frågeformuläret för Kom-SOM 1997 består av fem sammanhållna delar: Massmedier; Politik och samhälle; Trafik, miljö och fritid; Levnadsförhållanden, fritid och boende; samt bakgrundsfrågor.
Kommunundersökningen 1997 genomfördes i samarbete med Göteborgsregionens kommunalförbund.
DOI: 10.57745/6pjjrj
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_4037B de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_4037B de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.5878/000363
title: The Community SOM Survey 1997: Alingsås
title: SOM-undersökningen Kommun-SOM 1997: Alingsås
title: Kom-SOM 1997

description: Every year since 1986, the SOM Institute carries out a nationwide survey, National SOM (Riks-SOM), in which people are asked questions about politics, society, their use of media, public service, the environment, risks, new media technology and their leisure-time activities. Since 1992 a corresponding survey is carried out in Göteborg and its surrounding communities: Western SOM (Väst-SOM). Starting in 1996, a local study, Community SOM (Kom-SOM), is carried out in different municipalities surrounding Göteborg as well as town districts in the city of Göteborg. The results from these surveys shed light on three levels of society: the national, the regional and the municipal.
The 1997 municipal survey was carried out in collaboration with the Gothenburg Region Association of Local Authorities.
description: Varje år sedan 1986 genomför SOM-institutet en riksrepresentativ frågeundersökning på temat Samhälle, Opinion och Massmedia. Sedan 1992 genomförs en motsvarande frågeundersökning i Göteborg med kranskommuner: Väst-SOM. År 1998 utvidgades denna till att omfatta hela Västra Götalandsregionen samt Kungsbacka kommun. Utöver dessa undersökningar har SOM-institutet vissa år genomfört undersökningar i ett antal västsvenska kommuner samt stadsdelar i Göteborg, Kom-SOM. Kom-SOM utfördes för första gången under hösten 1996. Hösten därpå genomfördes motsvarande undersökningar i kommunerna Alingsås, Lerum och Stenungsund. Kommunundersökningen är i huvudsak utformad på samma sätt som Riks- och Väst-SOM. Frågeformuläret är dock inte lika omfattande och urvalet är mindre. Många frågor är dock gemensamma för såväl de olika delarna av kommunundersökningen som för Riks- och Väst-SOM, vilket ger stora möjligheter till jämförelser mellan tre olika nivåer i samhället: nationell, regional och lokal. Frågeformuläret för Kom-SOM 1997 består av fem sammanhållna delar: Massmedier; Politik och samhälle; Trafik, miljö och fritid; Levnadsförhållanden, fritid och boende; samt bakgrundsfrågor.
Kommunundersökningen 1997 genomfördes i samarbete med Göteborgsregionens kommunalförbund.
DOI: 10.57745/usavpa
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_4037C de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_4037C de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.57745/1fbcij
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_4037D de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_4037D de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.57745/ijuago
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5110B de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5110B de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.57745/pzg4lq
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5110C de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5110C de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.57745/jqjdym
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5110D de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5110D de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.57745/mrtj3g
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5110E de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5110E de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.57745/swqib5
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5130 de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5130 de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.
DOI: 10.57745/jvl05n
title: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5501A de la cathédrale Notre-Dame de Paris

description: Numérisation 3D du vestige en bois NDP_5501A de la cathédrale Notre-Dame de Paris réalisée par photogrammétrie par le groupe de travail Données numériques du Chantier Scientifique, en collaboration avec le groupe de travail Bois et Charpente. Ce jeu de données comprend les données de collecte, les données de traitements et les résultats.