cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.6084/m9.figshare.16696408.v1
title: Additional file 12 of Exploration of the lactation function of protein phosphorylation sites in goat mammary tissues by phosphoproteome analysis

description: Additional file 12: Table S2. Detailed information of all differentially phosphorylated proteins and modified modification sites.
DOI: 10.6084/m9.figshare.16696405.v1
title: Additional file 11 of Exploration of the lactation function of protein phosphorylation sites in goat mammary tissues by phosphoproteome analysis

description: Additional file 11: Table S1.  Annotation information of all differentially phosphorylated proteins and modified modification sites.
DOI: 10.15468/78tegb
title: Projet d'aménagement de parc naturel paysager du Sempin, à Chelles (77) et Montfermeil (93) - Amphibiens - Inventaire non protocolé - BIOTOPE

description: Liste des amphibiens observés par BIOTOPE dans le cadre des prospections de terrain réalisées au niveau de l'aire d'étude du projet sur les communes de Chelles (77) et de Montfermeil (93) en 2015.
DOI: 10.15468/ms6dd9
title: Réseau Loup - Lynx ONCFS - Réseau Loup-Lynx : Répartition communale Régulière du Loup en 2010

description: Cartographie de synthèse de la présence détectée du Loup en France métropolitaine par un réseau de correspondants départementaux multipartenaire, formé et piloté par l'OFB sur le plan scientifique et technique et géré administrativement au niveau local par les DDT. Ce jeu de donnée ventile la présence de l'espèce sur les mailles 10km x 10km européenne selon la régularité des observations (présence dite occasionnelle vs régulière de l'espèce), sur la base de la récurrence spatiale et la quantité d'indices ou constats d'attaques validés au cours de la dernière triennale biologique (ex: données recueillies entre le 01/04/2017 et le 31/03/2020 pour l'exercice 2020). Ce jeu de donnée correspond à la présence Régulière de l'espèce.
DOI: 10.15468/wchd9a
title: Swedish Malaise Trap Project (SMTP) - Piophilidae

description: Occurrences in this dataset on Swedish Insects have been identified from specimens collected from for the Swedish Malaise Project (SMTP), an inventory funded by the Swedish Species Information Centre (ArtDatabanken). These records comprise the foundation for recent estimates on the size and composition of the Swedish insect fauna, published herein as sample-based datasets.
DOI: 10.15468/uv5qbr
title: Coleoptera of the National Park «Smolny» (Russia): study using fermental traps

description: here will be description
DOI: 10.15468/dar3s5
title: Sponges of the Recherche Archipelago , Western Australia (2003-2004)

description: The Recherche Archipelago is a chain of approximately 105 islands and 1500 islets extending over 470 km of coastline (230 km linear distance) in temperate southern Western Australia with a wide variety of benthic habitats (Seagrass, Reef, Rhodoliths and Sand). Prior to this study knowledge of the sponge fauna of the southwest was from a limited number of papers, most of which were published more than half a century ago. A total of 644 individual Demosponges, from 11 out of 15 orders, were collected from 250 quadrats at 10 sites along the Recherche Archipelago. Across all sites Middle Island had the greatest number of sponges, however species richness was higher at Black, Frederick and Long Islands and diversity was higher at Thomas and Mondrain. Data and report sourced from https://data.pawsey.org.au/public/?path=/WA%20Node%20Ocean%20Data%20Network/AODN/FRDC_Recherche and https://www.frdc.com.au/project/2001-060 respectively.
DOI: 10.15468/8peh25
title: Projet d'une zone d'aménagement économique à Malamani (Chirongui) EPFAM - OISEAU_INV

description: Données d'observation oiseau inventaire
DOI: 10.15472/armawa
title: Microorganismos promotores de crecimiento vegetal identificados a partir de la pulpa de café variedad C. arábica de predios caficultores del Resguardo Indígena Yewra, municipio de Pueblo Bello, Cesar

description: El proyecto de fortalecimiento del manejo ambiental y sanitario por los caficultores indígenas de la etnia Arhuaca con asentamiento en Pueblo Bello, como alternativa de mitigación del impacto ambiental y su efecto en salud pública, incluye actividades de recolección de información no probabilística, por medio de encuestas realizadas a la etnia Kankuama con predios caficultores del municipio de Pueblo Bello – César.
description: Adicionalmente se identifica el manejo y disposición final de los productos derivados del beneficio del café, para el diseño y construcción artesanal de fosa techada para producir el biocompost de forma estandarizada con identificación de microorganismos nativos con propiedades de uso en biocompost. Lo que permite un intercambio de saberes en beneficio el manejo ambiental y socioeconómico de la producción de café en la etnia bajo estudio.
description: Se realizó una visita a la comunidad Arhuaca donde se utilizó una encuesta en la que se evaluó a la comunidad en ítems demográficos como lo son el lenguaje, natalidad y las condiciones actuales que presenta la población de acuerdo al género y su rol en la comunidad. De igual forma se desarrolló una capacitación preliminar de manejo adecuado de los residuos generados en el proceso de obtención del café. En la segunda visita se complementó por medio de una ilustración plegable acerca del manejo de residuos, se hizo inspección y/o evaluación de la fosa techada para biocompost presente en la finca, tomándose registro fotográfico de ella. Se realizó la toma de muestra de la pulpa generada en el proceso de obtención del grano del café. Se dio inicio a la maduración de las lombrices rojas para su posterior recolección en 25 días y con ello hacer el traslado para la elaboración del lombricompost.
description: En el presente recurso se presentan 7 registros de cepas bacterianas de Bacillus cereus, Bacillus mycoides, Bacillus thuringiensis, Brevibacillus choshinensis, Enterobacter cloacae, Pseudomonas aeruginosa y Serratia marcescens identificadas a partir de muestras de la pulpa de café variedad C. arábica cultivada en predios caficultores del Resguardo Indígena Yewra, municipio de Pueblo Bello, Cesar.
DOI: 10.15468/chabfq
title: Projet PRD d'Entrepôt Logistique sur les communes d'Illies et de Salomé - Liste des chiroptères recensés en 2016

description: Liste des chiroptères recensés en 2016
DOI: 10.15468/s6tzp9
title: Données brute suivi en nacelle de 2021 pour le parc éolien de Barly (80)

description: Données brute suivi en nacelle de 2021 pour le parc éolien de Barly (80)
DOI: 10.15468/3jwu28
title: Myriapoda

description: Myriapoda specimens deposited at Ryukyu University Museum (Fujukan)
DOI: 10.6084/m9.figshare.8832113
title: Table S2 Specifications of all instruments and manufacturer data..docx

description: All instruments were calibrated by the
manufacturers prior to the experimental sessions, and instrument accuracy and
specification are listed in the supplementary materials section.
DOI: 10.15468/2rzj3f
title: Observations de cétacés à partir de campagne aérienne - Observations de cétacés de la campagne aérienne ATLANCET - Observatoire PELAGIS

description: Observations de cétacés à partir de campagne aérienne financée dans le carde du Programme National Environnement Côtier (PNEC)
DOI: 10.15468/ro9keo
title: Collembola of Vermont

description: These data are primarily from a paper published by P. Bellinger, (1982) which provided a georeferenced list of the species of Collembola (springtails) found in Vermont. The majority of the specimens examined during the creation of this list were collected by Dr. Ross Bell and his students and are held at the University of Vermont collection. A second paper by Soto-Adames FN & Giordano R (2011), documents several new species of springtail found in Vermont and named after Ross and his wife Joyce Bell for their contributions to springtail research. Combined, these resources provide a georeferenced list of the species of springtail that are documented in the State of Vermont, US.
DOI: 10.15468/yhts5s
title: projet photovoltaique l'epine - Inventaire des amphibiens pour le projet de parc photovoltaïque de l'Epine

description: Inventaire des amphibiens pour le projet de parc photovoltaïque de l'Epine
DOI: 10.15468/adgdgc
title: Abundance, biovolume and biomass of heterotrophic dinoflagellates at station TT007_4-CTD45
DOI: 10.15468/h2e7wm
title: Microzooplankton abundance and biomass at station TT050_26-17
DOI: 10.15468/2yzajk
title: Araneae Specimens of Kawasaki Municipal Science Museum

description: Araneae specimens deposited at the Kawasaki Municipal Science Museum (KMM).
DOI: 10.15468/x2s69f
title: Projet d'extention et de modification des modalités d'exploitation d'une carrière de matériaux alluvionnaires et d'une installation de stockage de déchets inertes au lieu-dit "Chemin Charrette" de la commune de Saint-Pierre - Inventaire opportuniste des amphibiens

description: Liste d'espèce(s) d'amphibien hors patrimoniale et protégée
DOI: 10.6073/pasta/33e7d2be0831fb4c09c45d780e16e596
title: Land cover for the barrier islands of the Delmarva Peninsula in Virginia, 1984-2016

description: We quantified state change from sand, grassland, and woody vegetation in seven undeveloped barrier islands over three time intervals because the ecological and economic value of upland barrier systems is significant, yet often overlooked. We focused on seven islands with woody land cover: Cedar, Parramore, Hog, Cobb, Wreck, Smith, and Fishermans. Landsat TM5 satellite images were obtained from the USGS Global Visualization Viewer for the following dates: September 21, 1984, September 12, 1998, August 15, 2011 and September 12, 2016. Images were chosen from available dates within the growing season and were cloud-free in order to minimize uncertainties due to heterogeneous atmospheric conditions. 
 Barrier islands provide the first line of defense against storms for millions of people living in coastal areas. Upland vegetation (that is, grassland, shrubland, and maritime forest) has received little attention, even though this land surface is most strongly affected by development pressures. We use remote sensing analysis to assess state change on seven undeveloped Virginia barrier islands over 32 years (1984-2016) that are free from direct human influence. Our analysis highlights the spatial-temporally dynamic nature of barrier island upland land area and vegetation, with rapidly changing ecosystem states. Between 1984 and 2011, upland vegetation was dramatically reduced by 29% whereas woody vegetation cover increased 40% across all islands. Although conversions between sand, grassland, and woody vegetation were variable within each island, three major patterns of vegetative land cover change were apparent: overall loss of vegetative cover,frequent transitions between grass and woody cover, and gain in woody cover. These patterns are valuable for understanding natural evolution of barrier islands in response to sea-level rise. Evaluation of temporal dynamics in barrier upland is needed to characterize underlying processes including island resilience or chronic stress, and is a prerequisite to sustainable coastal management- and resilience-based planning, especially when implementing ecosystem-based solutions.
DOI: 10.15468/iqceed
title: Observations fortuites de chauves-souris dans Faune-Réunion - Faune-Réunion - export Chiroptères 10/07/2018

description: Export des données Chiroptères saisies dans Faune-Réunion jusqu’au 10/07/2018
DOI: 10.15468/zjvtva
title: Parc photovoltaïque au sol du Beucher - Relevés Amphibiens - auddicé - Projet solaire du Beucher à St Mars la Brière

description: Suivis diurnes et nocturnes des Amphibiens réalisés par auddicé sur la ZIP - projet solaire du Beucher à St Mars la Brière
DOI: 10.15468/p9rc6u
title: Abundance, biovolume and biomass of heterotrophic dinoflagellates at station TT008_5-CTD18
DOI: 10.15472/dkg3hw
title: Marcaje y recaptura de peces en el área de influencia del Proyecto Hidroeléctrico Ituango

description: El presente conjunto de datos hace referencia a las actividades realizadas con el fin de actualizar periódicamente las rutas de migración de las especies reófilas del río Cauca, con el objetivo de analizar los movimientos de los diferentes individuos a lo largo de la cuenca, determinándose el intervalo de tiempo transcurrido entre el marcaje y la recaptura o recuperación y la distancia entre el lugar de marcaje y el lugar de la recaptura, de tal modo que se pudieron establecer rutas, distancias de movimiento y en la medida de lo posible, patrones migratorios. 
Se cuenta con un total de 16,078 registros biológicos que fueron tomados desde el año 2012 hasta el año 2020, en el marco de la actualización de las rutas de migración de los individuos. El área geográfica abarcada comprende los departamentos de Antioquia, Bolívar y Sucre, y los registros poseen una cobertura taxonómica distribuida en 3 órdenes: Characiformes (12,028), Siluriformes (4,045) y Perciformes (5).
description: El río Cauca es un cuerpo de agua que presenta uno de los índices más altos de diversidad biológica del país, es el segundo río más importante después del Magdalena. En su recorrido entre las cordilleras Central y Occidental, el río pasa por más de 180 municipios y 7 departamentos, por tanto, es común observar como a la par que atraviesa diferentes regiones geográficas, se encuentren poblaciones que dependan ampliamente del recurso pesquero. Teniendo en cuenta que las obras principales del Proyecto Hidroélectrico Ituango están localizadas en ambas márgenes del río Cauca, se pretendió evaluar la posible afectación del proyecto, sobre el recurso íctico y pesquero, antes, durante y después de la entrada en operación del mismo.
DOI: 10.15468/bxrstj
title: Insectivorous bats of Langkawi, Malaysia

description: Bat diversity data from Langkawi, Kedah Malaysia
DOI: 10.15468/p4yvrw
title: Red list of flora and fauna of Rivne region of Ukraine

description: The checklist consists of species of animals and plants that are rare or endangered in the territory of the Zhytomyr region of Ukraine. The checklist was implemented by the decision of the twenty-third session of the Rivne Regional Council of the seventh convocation dated December 7, 2018 No. 1229 "On the approval of the List of regionally rare and endangered species of plants in the territory of the Rivne Region and the Regulations to it".
DOI: 10.15468/vcftcb
title: Parc éolien de Maché - Suivi mortalité ICPE 2017 - Maché

description: suivi de la mortalité de l'avifaune et des chiroptères sur le parc éolien
DOI: 10.15468/hmzcpd
title: Suivi Environnemental 2021-2022 Ferme éolienne des Tilleuls - Mortalité éolienne T10 25/08/2021 Tilleuls

description: Suivi de mortalité 2021 sur le parc des Tilleuls
DOI: 10.15468/wkp3ba
title: Demande d'autorisation environnementale pour un projet de carrière et d'une installation de traitementau Petit saint-Pierre sur la commune de Saint-Benoit - Reptiles

description: Reptiles - Relevé itinérant
DOI: 10.15468/nhpy5r
title: Projet éolien de Bertaignemont - Chiro au sol PA 2018 Bertaignemont

description: Inventaires chiroptèrologiques au sol en parturition 2018
DOI: 10.15468/bk2u4d
title: Par éolien de Cambouisset - Corbières Méditerannée - Suivi automatisé activité chauves-souris 2011 - CAMB

description: Le suivi réalisé en 2011, qui constituera un premier volet de l’étude, est centré sur la période automnale et vise en particulier à renseigner la fréquentation du parc par les espèces migratrices dont le Minioptère de Schreibers et la Pipistrelle de Nathusius. Le suivi a également pour objectif de comparer la fréquentation du site à proximité du sol et en altitude. Le suivi automatisé a reposé sur le fonctionnement continu d’un enregistreur automatique (SM2 bat) positionné sur le mât de mesure (de type tubulaire) à proximité immédiate des éoliennes du parc de Cambouisset (environ 150 m de la première éolienne).
DOI: 10.15468/jkgtuc
title: [CartoDyn] - Contact lors de journée amphibien

description: Contact lors de journée amphibien
DOI: 10.15468/dpy8ep
title: Projet de renouvellement et d'extension de carrière - Inventaire des chiroptères par point d'écoute

description: Inventaire des chiroptères par point d'écoute ultra-sons (Pettersson Elektronik DX240) sur la zone de renouvellement et d'extension de la carrière Plaisance
DOI: 10.15468/qx9qr2
title: Parc Eolien de Inter deux bos MET - Suivi mortalité MET - Cadavre 4 éolienne MET03

description: Données du suivi de mortalité du parc éolien Inter Deux-Bos MET - Cadavre 4 éolienne MET03
DOI: 10.6073/pasta/ab0e450f04daf68d83ed1041d0d741e4
title: Beach Morphology of the Virginia Barrier Islands 1998, 2005 and 2009

description: Beach features (dune crest, dune toe and shoreline) extracted from LiDAR datasets and used in Dana Oster's 2012 M.S. Thesis at the University of Virginia.
 Also included are overwash probablities associated with a hypothetical storm similar to Hurricane Bonnie.Ã‚Â
DOI: 10.15468/t3a2pw
title: Hemiptera Specimens of Yamaguchi prefectural Yamaguchi Museum

description: Hemiptera Specimens deposited at the Department of Animal,Yamaguchi prefectural Yamaguchi Museum
DOI: 10.15472/ssep5o
title: Caracterización de la artropofauna (Arachnida) asociada a la ciénega Caño Negro, Medio Baudó, Chocó. 2021

description: En el departamento del Chocó los artrópodos (clase arachnida) son pocos estudiados, por esta razón, existen considerables vacíos de información referente a estos grupos de estudio especialmente en los ecosistemas de ciénaga, desconociendo así los papeles ecológicos fundamentales de estos bichos en estas zonas estratégicas del departamento. Debido a esto el Instituto de investigaciones ambientales del pacifico realizo una caracterización de la Artropofauna (Clase arachnida) presente en la ciénaga caño negro en río sierpe en territorio colectivo de acaba en el municipio de medio Baudó, con el fin de conocer aspectos ecológicos de estas especies y generar herramientas que garanticen la conservación de estos ecosistemas. El presente documento presenta los resultados de la caracterización de los Aracnidos presentes en la ciénaga Caño negro, siguiendo métodos estandarizados y modificados según las condiciones topográficas del área de estudio.
DOI: 10.15468/7gge6s
title: Parc Eolien BASSE THIERACHE NORD - Suivi mortalité BTN 2021 - Cadavre 1 éolienne BTN 5

description: Données de suivi de mortalité pour le parc éolien de BTN - Cadavre 1 au niveau de l'éolienne BTN 5
DOI: 10.15468/4gawpv
title: Parc éolien du Chemin d'Ablis - Données chiroptères en nacelle, éolienne E21, parturition

description: Enregistrement de l'activité des chiroptères à l'aide d'un BATmode 2S+
DOI: 10.15468/rhb64z
title: Projet éolien de Saint-Barbant - Chiroptères

description: Espèces contactées sur la zone d'étude en fonction de la phase biologique
DOI: 10.15468/96rky2
title: Parc éolien de Vanault - Suivi des chiroptères en nacelle 2021 - VAN

description: Suivi de l'activité des chiroptères en nacelle pour le projet de repowering du parc éolien
DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2h3ls0
title: CCDC 2297372: Experimental Crystal Structure Determination

description: Related Article: Lambert Sicard, Clément Brouillac, Nicolas Leclerc, Sadiara Fall, Nicolas Zimmerman, Olivier Jeannin, Joëlle Rault-Berthelot, Cassandre Quinton, Cyril Poriel|2023|Mater. Chem. Front.|8|1349|doi:10.1039/D3QM01106B
description: An entry from the Cambridge Structural Database, the world’s repository for small molecule crystal structures. The entry contains experimental data from a crystal diffraction study. The deposited dataset for this entry is freely available from the CCDC and typically includes 3D coordinates, cell parameters, space group, experimental conditions and quality measures.
DOI: 10.15468/uueev6
title: Mineralogy of serpentine muds of ODP Leg 125 holes (Table 1)
DOI: 10.5281/zenodo.10676522
title: SIGNAL-seq: Multimodal Single-cell Inter- and Intra-cellular Signalling Analysis

description: This repository contains the processed SIGNAL-seq multimodal scRNA-seq data that was generated in the BioRxiv pre-print - SIGNAL-seq: Multimodal Single-cell Inter- and Intra-cellular Signalling Analysis, 2024.

 

The code used to generate the processed scRNA-seq RNA and ADT objects can be found along with further barcoding layout information can be found at the project github: https://github.com/TAPE-Lab/SIGNAL-seq.

SIGNAL-seq protocols can be found at: http://tape-lab.com/resources

Questions about data or protocols can be sent to: signal.seq@gmail.com

 

File Descriptions:

ex0003_hela_rna_adata.h5ad - Figure 1 - HeLa spheroid data: An exported Scanpy anndata object of the RNA modality in .h5ad format. The X matrix is Log-normalised UMI count data.



sample_id .obs metadata slot encodes the treatment.


 

ex0003_hela_adt_adata.h5a - Figure 1 - HeLa spheroid data: An exported Scanpy anndata object of the ADT (protein/ptm) modality in .h5ad format. The X matrix is CLR UMI count data.



sample_id .obs metadata slot encodes the treatment.


 

ex0015_pdo_rna_adata.h5ad - Figure 2 - All PDO-CAF co-culture data: An exported Scanpy anndata object of the RNA modality in .h5ad format. The X matrix is Log-normalised UMI count data.



sample_id .obs metadata slot encodes the treatment culture.

cell_type .obs slot encodes cell type clustering annotation. 

cell_type_condition .obs slot encodes both cell type and treatment culture.


 

ex0015_pdo_adt_adata.h5ad - Figure 2 - All PDO-CAF co-culture data: An exported Scanpy anndata object of the ADT (protein/ptm) modality in .h5ad format. The X matrix is CLR UMI count data. 



sample_id .obs metadata slot encodes the treatment culture.

cell_type .obs slot encodes cell type clustering annotation.

cell_type_condition .obs slot encodes both cell type and treatment culture.


 

ex0015_epithelial_pdo_rna.h5ad - Figure 2 - Subset of PDO epithelial cells of RNA modality data.

ex0015_epithelial_pdo_adt.h5ad - Figure 2 - Subset of PDO epithelial cells of ADT modality data.
DOI: 10.5281/zenodo.10676523
title: SIGNAL-seq: Multimodal Single-cell Inter- and Intra-cellular Signalling Analysis

description: This repository contains the processed SIGNAL-seq multimodal scRNA-seq data that was generated in the BioRxiv pre-print - SIGNAL-seq: Multimodal Single-cell Inter- and Intra-cellular Signalling Analysis, 2024.

 

The code used to generate the processed scRNA-seq RNA and ADT objects can be found along with further barcoding layout information can be found at the project github: https://github.com/TAPE-Lab/SIGNAL-seq.

SIGNAL-seq protocols can be found at: http://tape-lab.com/resources

Questions about data or protocols can be sent to: signal.seq@gmail.com

 

File Descriptions:

ex0003_hela_rna_adata.h5ad - Figure 1 - HeLa spheroid data: An exported Scanpy anndata object of the RNA modality in .h5ad format. The X matrix is Log-normalised UMI count data.



sample_id .obs metadata slot encodes the treatment.


 

ex0003_hela_adt_adata.h5a - Figure 1 - HeLa spheroid data: An exported Scanpy anndata object of the ADT (protein/ptm) modality in .h5ad format. The X matrix is CLR UMI count data.



sample_id .obs metadata slot encodes the treatment.


 

ex0015_pdo_rna_adata.h5ad - Figure 2 - All PDO-CAF co-culture data: An exported Scanpy anndata object of the RNA modality in .h5ad format. The X matrix is Log-normalised UMI count data.



sample_id .obs metadata slot encodes the treatment culture.

cell_type .obs slot encodes cell type clustering annotation. 

cell_type_condition .obs slot encodes both cell type and treatment culture.


 

ex0015_pdo_adt_adata.h5ad - Figure 2 - All PDO-CAF co-culture data: An exported Scanpy anndata object of the ADT (protein/ptm) modality in .h5ad format. The X matrix is CLR UMI count data. 



sample_id .obs metadata slot encodes the treatment culture.

cell_type .obs slot encodes cell type clustering annotation.

cell_type_condition .obs slot encodes both cell type and treatment culture.


 

ex0015_epithelial_pdo_rna.h5ad - Figure 2 - Subset of PDO epithelial cells of RNA modality data.

ex0015_epithelial_pdo_adt.h5ad - Figure 2 - Subset of PDO epithelial cells of ADT modality data.