cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.17882/45445
title: Evolutionary processes and cellular functions underlying divergence in Alexandrium minutum

description: Understanding divergence in the highly dispersive and seemingly homogeneous pelagic environment for organisms living as free drifters in the water column remains a challenge. Here, we analyzed the transcriptome wide mRNA sequences, as well as the morphology of 18 strains of Alexandrium minutum, a dinoflagellate responsible for Harmful Algal Blooms worldwide, to investigate the functional bases of a divergence event. Analysis of the joint site frequency spectrum (JSFS) pointed toward an ancestral divergence in complete isolations followed by a secondary contact resulting in gene flow between the two diverging groups, but heterogeneous across sites. The sites displaying fixed SNPs were associated with a highly restricted gene flow and a strong over-representation of non-synonymous polymorphism, suggesting the importance of selective pressures as drivers of the divergence. The most divergent transcripts were homologs to genes involved in calcium/potassium fluxes across the membrane, calcium transduction signal and saxitoxin production. The implication of these results in terms of ecological divergence and build-up of reproductive isolation are discussed. Dinoflagellates are especially difficult to study in the field at the ecological level due to their small size and the dynamic nature of their natural environment, but also at the genomic level due to their huge and complex genome and the absence of closely related model organism. This study illustrates the possibility to identify traits of primary importance in ecology and evolution starting from high throughput sequencing data, even for such organisms.
DOI: 10.17882/44528
title: P-wave velocity modeling on the Gulf of Lion's margin

description: During the SARDINIA experiment, three coincident MCS reflection and wide-angle seismic profiles, sub-bottom high resolution (CHIRP) profiles, and bathymetry data were collected on the Gulf of Lion margin. The seismic reflection data were acquired using a 4.5 km, 360 trace digital streamer and a tuned airgun array of 8260 in3, towed at a depth of 18-28 m. A total of 57 ocean bottom seismometer/ hydrophones (OBS/OBH) from Ifremer, University of Brest, and Geomar Kiel were deployed in the Gulf of Lion, spaced every 7 Nm (~13 km). The airgun array consists of 16 airguns ranging from 100 in3 G-guns to 16 L Bolt airguns, with main frequencies centered around 10-15 Hz. The airguns were tuned to the first bubble to enhance low frequencies and ensure a good penetration. The shot interval was 60 s at an average speed of 5 knots, which translates to a trace spacing of about 140-150 m. The sample rate was 8 ms for the micrOBS, 5 ms for the Geomar’s OBS and 4 ms for the OldOBS. A total of 6160 shots (profile AB: 3032, profile CD: 1730, profile EF: 1398) were fired by the air gun array. Profile AB crosses the Gulf of Lion’s margin, parallel to the ECORS profile, from the continental shelf to Domain III. Twenty-five ocean bottom seismometers (OBS) were deployed on this profile, of 467 km in length. Twenty-two instruments were used in the wide-angle modelling, since three instruments (OBS 45, 49 and 52) did not properly record. The shots on this profile were additionally recorded by 9 land seismic stations (OSIRIS stations from the University of Brest and Geosciences Azur) that have extended the marine profile ~120 km onshore. Profiles CD and EF are 250 and 210 km long transects parallel to the margin. Profile CD was acquired using 19 OBS of which 18 yielded usable data. Profile EF was acquired using 15 OBS of which 12 yielded usable data. These two profiles cross the profile AB, respectivelyat OBS 26 and OBS 8.
DOI: 10.17882/44527
title: P-wave velocity modelling on the West Sardinia margin

description: During the SARDINIA experiment, CHIRP profiles, bathymetry data, three coincident MCS reflection and wide-angle seismic profiles, and one single MCS reflection profile were collected on the West Sardinia margin. The MCS reflection data was acquired using a 4.5 km 360-trace digital streamer and a tuned airgun array of 8260 cubic inches, which was towed at a depth of 18-28 m. A total of 48 ocean bottom seismometers/hydrophones (OBS/OBH) from Ifremer, University of Brest, and Geomar Kiel were deployed on the West Sardinia margin, spaced every 7 nmi (~13 km). In five locations, three OBS were deployed at the same place to ensure the collection of data. The airgun array consists of 16 airguns ranging from 100 cubic inch G-guns to 16 L Bolt airguns, with main frequencies centered around 10-15 Hz. The airguns were tuned to the first bubble, to enhance low frequencies and ensure deep penetration. The shot interval was 60 s at an average speed of 5 knots, which translates to a trace spacing of about 140-150 m. The sample rate was 8 ms for the micrOBS, 5 ms for the Geomar, and 4 ms for the OldOBS. A total of 3573 shots (profile GH: 1130, profile G2H2: 1214) were fired by the air gun array. Profiles GH and G2H2, which are 160 and 200 km long transects, respectively cross the West Sardinia margin from the continental shelf to the “atypical” oceanic crust. Twenty-one ocean bottom seismometers (OBS) were deployed on the G2H2 profile, whereas sixteen were deployed on the GH profile. Additionally, the shots on this profile were recorded by eight land seismic stations (OSIRIS stations from the University of Brest and Geosciences Azur) that extended the marine profile ~150 km onshore. For the two profiles only 33 instruments were used in the wide-angle modeling, since four instruments (OBSS06, 18a, 30a, and 30c) did not record properly. We propose here the velocity models (v.in files) of the 2 main profiles located on the West sardinian margin, Profile K7L2, located on the shelf and parallel to the margin, is not presented since most of the deep arrivals are masked by the presence of sea-bottom multiples, preventing an accurate wide-angle model.
DOI: 10.17882/44428
title: Civil marine research effort in main French research organisations: data and estimates

description: Marine research covers several specialities, most often developed within international programmes, in keeping with the scale of the problems for ocean and environmental status. The activity involves a small number of public organisations, some of which work in several fields. - Ifremer, university and CNRS (National Centre for Scientific Research) oceanography laboratories, the SHOM French Navy hydrographic and oceanographic service, the IRD Research Institute for Development and the IPEV Paul-Emile-Victor Polar Research Institute are the main scientific organisations in public-sector ocean and marine research. - Earth-observation satellites provide an additional spatial component for oceanographic research. They are financed by CNES National Centre for Space Studies, generally in the framework of bilateral or multilateral co-operation. - The other principal research bodies involved in ocean studies are: Météo-France (French Meteorological office), INRA (National Agronomy Research Institute), CIRAD Agricultural Research Centre for Development, BRGM Office for Geological and Mining Research. - Genavir, economic interest group, operates a large part of the ocean research fleet on its own and other partners' behalf, including the research vessels of Ifremer and IRD and the submarine equipment of Ifremer. The assessment of marine research effort requires a detailed assessment of the staff working on marine science in research organisations. Most of these are not exclusively dedicated to marine science; estimates are thus necessary to value staff costs. Data source: marine research organisations
DOI: 10.17882/43120
title: Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): extraire la matrice des valeurs à partir d'une image binaire

description: Le logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Ifremer (initialement par le LASAA, laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques) depuis une trentaine années en partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group) pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel TNPC : Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): extraire la matrice des valeurs à partir d'une image binaire Elle aborde différents points : - préférences de l’image de sortie, - préférences de la sauvegarde, - comment ouvrir la matrice de pixels.
DOI: 10.17882/43118
title: Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): paramétrer les critères d'incrustation des calibrations

description: Le logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Ifremer (initialement par le LASAA, laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques) depuis une trentaine années en partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group) pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel TNPC : Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): paramétrer les critères d'incrustation des calibrations Elle aborde différents points : - paramétrer l’affichage des calibrations lors de l’incrustation dans une image, - incruster une calibration sur une image déjà acquise.
DOI: 10.17882/43117
title: Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): réaliser des acquisitions multiples pour reconstruire une image en utilisant une platine motorisée

description: Le logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Ifremer (initialement par le LASAA, laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques) depuis une trentaine années en partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group) pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel TNPC : Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): réaliser une acquisition mosaïque en utilisant une platine motorisée Elle aborde différents points : - création d’une base de données, - paramétrer la zone d’acquisition mosaïque, - sélection du projet et de la macro en langageVBA, - paramétrer la platine motorisée selon les axes x et y, - paramétrer le grossissement et zoom numérique motorisés selon l’axe z, - régler les paramètres d’acquisition et la réaliser.
DOI: 10.17882/43116
title: Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): réaliser et enregistrer une calibration

description: Le logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Ifremer (initialement par le LASAA, laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques) depuis une trentaine années en partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group) pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel TNPC : Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées) : réaliser une calibration sur un binoculaire Elle aborde différents points : - paramétrer l’acquisition, - paramétrer et sauvegarder la nouvelle calibration, - utiliser l’outil mesure manuel, - fichier de sauvegarde des calibrations.
DOI: 10.17882/43115
title: Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): réaliser des acquisitions automatiques d’images d'otolithes en lumière transmise à l'aide d'un scanner

description: Le logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Ifremer (initialement par le LASAA, laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques) depuis une trentaine années en partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group) pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel TNPC : Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): réaliser des acquisitions automatiques d’images d'otolithes en lumière transmise à l'aide d'un Scanner Elle aborde différents points : - paramétrer l’acquisition (filtres…) dans TNPC , - paramétrer l’acquisition du scanner en lumière transmise à l’aide du logiciel propre au scanner (içi epson), - méthode de placement des otolithes sur le scanner - image complète du scanner puis découpage du nombre choisi d’images - incrémentation des images automatique en base de données.
DOI: 10.17882/43114
title: Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): réaliser des acquisitions automatiques d’images d'otolithes en lumière réfléchie à l'aide d'un Scanner

description: Le logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Ifremer (initialement par le LASAA, laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques) depuis une trentaine années en partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group) pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel TNPC : Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): réaliser des acquisitions automatiques d’images d'otolithes en lumière réfléchie à l'aide d'un Scanner Elle aborde différents points : - paramétrer l’acquisition (filtres…) dans TNPC , - paramétrer l’acquisition du scanner en lumière réfléchie à l’aide du logiciel propre au scanner (içi epson), - méthode de placement des otolithes sur le scanner, - image complète du scanner puis découpage du nombre choisi d’images, - incrémentation des images automatique en base de données.
DOI: 10.17882/43113
title: Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): appliquer un traitement sur un set d’images

description: Le logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Ifremer (initialement par le LASAA, laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques) depuis une trentaine années en partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group) pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel TNPC : Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): appliquer un traitement sur un set d’images Elle aborde différents points: - obtenir un fond d’images sans aucun artefact et uniformiser en base de données, - recadrer des images selon la méthode du barycentre, - sélection de la nouvelle calibration, - appliquer ces modifications à la base de données.
DOI: 10.17882/43112
title: Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): modifier la calibration d’un set d’images et l’intégrer dans une base de données

description: Le logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Ifremer (initialement par le LASAA, laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques) depuis une trentaine années en partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group) pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel TNPC : Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): modifier la calibration d’un set d’images et l’intégrer dans une base de données Elle aborde différents points: - créer un dossier d’exportation d’images re-calibrées, - sélection de la nouvelle calibration à appliquer, - exportation des images avec la nouvelle calibration, - créer une base de données, - intégrer un dossier d’images existantes dans une base de données.
DOI: 10.17882/43111
title: Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): formater un set d’images pour l’analyse de forme (Harmoniques de Fourier)

description: Le logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Ifremer (initialement par le LASAA, laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques) depuis une trentaine années en partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group) pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel TNPC : Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): formater un set d’images pour l’analyse de forme (Harmoniques de Fourier) Elle aborde différents points: - Creation d’une base de données - sélection de la méthode de détourage, - création d’un groupe de mesures, - réaliser une exportation d’images en format Tiff, - réaliser une rotation de l’ensemble des images, - paramétrer l’analyse en base de données (type Harmoniques de Fourier) - Format des données obtenues, - Exportation des réultats.
DOI: 10.17882/43110
title: Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées): réaliser des acquisitions multiples d'images d’otolithes en utilisant une platine motorisée

description: Le logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées, www.tnpc.fr) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Ifremer (initialement par le LASAA, laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques) depuis une trentaine années en partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group) pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel TNPC : Utilisation du logiciel TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées) : réalisé des acquisitions multiples d'images d’otolithes en utilisant une platine motorisée Elle aborde différents points: - paramétrer la zone du champ d’acquisition (image mosaïque), - sélection du projet et de la macro en langage VBA, - paramétrer la platine motorisée selon les axes x et y - paramétrer le grossissement et le zoom numérique motorisé selon l’axe z - régler les paramètres d’acquisition. - Réaliser l’acquisition d’un set d’images en base de données