cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.14457/tu.the.2015.326
title: การศึกษาเชิงประจักษ์ของความสัมพันธ์ระหว่างการควบคุมภายในและคุณภาพกำไร: กรณีศึกษาบริษัทจดทะเบียนเพื่อเสนอขายหุ้นแก่ประชาชนทั่วไปเป็นครั้งแรก (IPO)

description: งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างการควบคุมภายในและคุณภาพกำไรของบริษัทจดทะเบียนเพื่อเสนอขายหลักทรัพย์แก่ประชาชนทั่วไปเป็นครั้งแรก (IPO) ในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย (SET) และตลาดหลักทรัพย์ เอ็ม เอ ไอ (mai) ระหว่างปี 2553 – 2557 รวมทั้งสิ้น 75 บริษัท ผลการศึกษาพบว่า การควบคุมภายในมีความสัมพันธ์กับคุณภาพกำไร กล่าวคือ บริษัทที่มีข้อบกพร่องในการควบคุมภายในระดับองค์กรจะมีรายการคงค้างเกินปกติที่มากกว่า แต่ไม่พบความสัมพันธ์ระหว่างข้อบกพร่องของการควบคุมภายในระดับกระบวนการกับรายการคงค้างเกินปกติ นอกจากนี้ผู้วิจัยไม่พบความสัมพันธ์ระหว่างการควบคุมภายในกับความมีเสถียรภาพของกำไร โดยงานวิจัยนี้ศึกษาความสัมพันธ์ของการควบคุมภายในกับคุณภาพของกำไรในเชิงประจักษ์เป็นครั้งแรกของประเทศไทยซึ่งจะทำให้เห็นประโยชน์ของการควบคุมภายในที่จะช่วยเพิ่มคุณภาพกำไรของกิจการ
DOI: 10.23721/109/1363876
title: internet_address_census_it75n-20170427 (04/27/2017 to 05/29/2017)

description: To collect this data, an Internet-wide IP address sweep was conducted. Every IP address in the ranges allocated by IANA was pinged once by sending ICMP ECHO_REQUEST (PING) packet. If the response (ICMP_ECHO_REPLY) came, its IP address was recorded in this data-set. In all, over 2.5 billion distinct IP addresses were probed during this experiment.
DOI: 10.23721/109/1363877
title: internet_address_census_it75w-20170427 (04/27/2017 to 05/29/2017)

description: To collect this data, an Internet-wide IP address sweep was conducted. Every IP address in the ranges allocated by IANA was pinged once by sending ICMP ECHO_REQUEST (PING) packet. If the response (ICMP_ECHO_REPLY) came, its IP address was recorded in this data-set. In all, over 2.5 billion distinct IP addresses were probed during this experiment.
DOI: 10.23721/109/1363878
title: internet_address_history_it75w-20170427 (06/19/2014 to 05/29/2017)

description: This dataset, generated on 2017-06-06, contains all IPv4 addresses who ever responded to our ISI-west (w) censuses, starting from census it11w (internet_address_survey_it11w-20060307), e.g. it11w, it12w, ... Each IP address is given a history of replies (as a bit-string with 's representing ICMP_ECHO_REPLY received from this IP, and 's corresponding to no-replies. We also include numerical scores that are intended to reflect the likelihood that the given IP address will repond in the future. The scores are based on census data from it60w to it75w.
DOI: 10.23721/109/1363879
title: internet_address_hitlist_it75w-20170427 (06/19/2014 to 05/29/2017)

description: This IP hitlist was generated on 2017-06-06, based on census data from it60w to it75w. Hitlist contains one representative IP address for each /24 block which has appeared to have responsive addresses during it60w - it75w.
DOI: 10.23721/109/1363880
title: internet_address_survey_reprobing_it75c-20170524 (05/24/2017 to 06/07/2017)

description: To collect this data, a subset of Internet IP addresses was pinged by sending ICMP ECHO_REQUEST (PING) packet. The response (if it ever came within 11 minutes time interval) was recorded in this data set. Probe was repeated every 11 minutes. In all, 40493 netblocks (/24 subnets) were periodically reprobed.
DOI: 10.23721/109/1363881
title: internet_address_survey_reprobing_it75w-20170427 (04/27/2017 to 05/11/2017)

description: To collect this data, a subset of Internet IP addresses was pinged by sending ICMP ECHO_REQUEST (PING) packet. The response (if it ever came within 11 minutes time interval) was recorded in this data set. Probe was repeated every 11 minutes. In all, 40493 netblocks (/24 subnets) were periodically reprobed.
DOI: 10.14457/tu.the.2015.324
title: ผลกระทบของนวัตกรรมต่อผลการดำเนินงานของบริษัท: การศึกษาเปรียบเทียบระหว่างอุตสาหกรรม

description: งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์ในการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างการลงทุนในปัจจัยต่าง ๆ ที่ก่อให้เกิดการพัฒนานวัตกรรม ซึ่งประกอบไปด้วยทุนมนุษย์และการขายและการตลาด กับผลการดำเนินงานของบริษัท รวมทั้งศึกษาเพิ่มเติมถึงความแตกต่างในด้านรูปแบบอุตสาหกรรมที่ส่งผลกระทบต่อความสัมพันธ์ข้างต้น จากการศึกษาพบว่าการลงทุนในปัจจัยต่าง ๆ ที่ก่อให้เกิดการพัฒนานวัตกรรมมีความสัมพันธ์เชิงลบกับผลการดำเนินงานของบริษัทที่วัดมูลค่าด้วยตัวชี้วัดทางด้านบัญชี อย่างไรก็ตาม เมื่อพิจารณาตัวชี้วัดทางด้านตลาด กลับพบว่าการลงทุนในปัจจัยต่าง ๆ ที่ก่อให้เกิดการพัฒนานวัตกรรมมีความสัมพันธ์เชิงบวกกับผลการดำเนินงานของบริษัท ซึ่งจากหลักการคำนวณทางบัญชี การใช้ตัวชี้วัดทางด้านบัญชีในการวัดมูลค่าผลการดำเนินงานของบริษัทจึงอาจไม่สามารถสะท้อนให้เห็นถึงผลการดำเนินงานของบริษัทในระยะยาวได้อย่างเหมาะสม ในส่วนของความแตกต่างด้านรูปแบบอุตสาหกรรมที่ส่งผลกระทบต่อความสัมพันธ์ข้างต้น ก็พบว่ารูปแบบอุตสาหกรรมนั้นส่งผลกระทบต่อความสัมพันธ์ระหว่างการลงทุนในด้านการขายและการตลาดกับผลการดำเนินงานของบริษัท อย่างไรก็ตาม ผู้วิจัยกลับพบว่ารูปแบบอุตสาหกรรมนั้นอาจไม่ได้ส่งผลกระทบมากเท่าใดนักสำหรับความสัมพันธ์ระหว่างการลงทุนในด้านทุนมนุษย์กับผลการดำเนินงานของบริษัท
DOI: 10.14457/tu.the.2015.327
title: การกำกับดูแลกิจการส่งผลต่อความสัมพันธ์ระหว่างความระมัดระวังแบบไม่มีเงื่อนไขและการตกแต่งกำไรอย่างไร

description: งานวิจัยชิ้นนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาว่าการกำกับดูแลกิจการจะส่งผลต่อความสัมพันธ์ระหว่างความระมัดระวังแบบไม่มีเงื่อนไขและการตกแต่งกำไรโดยใช้ดุลพินิจเพื่อสร้างรายการอย่างไร โดยศึกษาจากกิจการที่จดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทยในช่วงปี พ.ศ. 2553-2557 ด้วยการเก็บรวบรวมข้อมูลแบบทุติยภูมิ (Secondary Data) จากฐานข้อมูลตลาดหลักทรัพย์ออนไลน์ โดยมีการแบ่งกลุ่มตัวอย่างออกเป็น 2 กลุ่ม คือ กลุ่มตัวอย่างที่มีการกำกับดูแลกิจการที่เข้มงวด และกลุ่มตัวอย่างที่มีการกำกับดูแลกิจการที่ไม่เข้มงวดงานวิจัยชิ้นนี้ใช้สถิติเชิงพรรณนา (Descriptive Statistics) และการวิเคราะห์สมการถดถอยแบบพหุคูณ (Multiple Regression Analysis) ในการวิเคราะห์หาความสัมพันธ์ระหว่างตัวแปร โดยผลที่ได้จากงานวิจัยพบว่าบริษัทที่มีการกำกับดูแลกิจการที่เข้มงวดส่งผลต่อความสัมพันธ์ระหว่างความระมัดระวังและการตกแต่งกำไรแตกต่างจากบริษัทที่มีการกำกับดูแลกิจการที่ไม่เข้มงวด โดยหากบริษัทมีการกำกับดูแลกิจการที่เข้มงวดจะช่วยลดปัญหาที่เกิดขึ้นจากการที่บริษัทตกแต่งกำไรโดยใช้ดุลยพินิจในการสร้างรายการเนื่องจากมีการเพิ่มความเข้มงวดในการควบคุมทางบัญชีได้
DOI: 10.14457/tu.the.2015.328
title: ผลกระทบของค่าบริการอื่นที่ไม่ใช่ค่าสอบบัญชีต่อคุณภาพของรายงานทางการเงิน

description: การค้นคว้าอิสระนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างค่าบริการอื่นที่ไม่ใช่ค่าสอบบัญชีกับคุณภาพของรายงานทางการเงินของบริษัทที่จดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทยระหว่างปี พ.ศ.2555-2557 เก็บข้อมูลจากแบบแสดงรายการประจำปี (แบบ56-1) และรายงานประจำปีของบริษัท โดยกำหนดให้ค่าสัมบูรณ์ของรายการคงค้างที่ขึ้นอยู่กับดุลยพินิจของผู้บริหารเป็นตัวแทนของคุณภาพของรายงานทางการเงิน ผู้วิจัยเลือกเฉพาะบริษัทที่เปิดเผยและมีค่าบริการอื่นที่ไม่ใช่ค่าสอบบัญชี ซึ่งไม่รวมบริษัทที่อยู่ในอุตสาหกรรมการเงินและกองทุนต่างๆ รวมไปถึงบริษัทที่มีข้อมูลไม่ครบถ้วน รวมทั้งสิ้น 376 ตัวอย่างผลการศึกษาพบว่า สัดส่วนของค่าบริการอื่นที่ไม่ใช่ค่าสอบบัญชีของกลุ่มตัวอย่างต่ำสุดและสูงสุดเท่ากับร้อยละ 0.17 และร้อยละ 90 ตามลำดับ อุตสาหกรรมที่มีค่าเฉลี่ยของสัดส่วนค่าบริการอื่นที่ไม่ใช่ค่าสอบบัญชีสูงสุดคือ อุตสาหกรรมทรัพยากร จากการวิเคราะห์ถดถอยเชิงพหุพิจารณาถึงค่าบริการอื่นที่ไม่ใช่ค่าสอบบัญชีของแต่ละกลุ่มอุตสาหกรรมพบว่า ค่าบริการอื่นที่ไม่ใช่ค่าสอบบัญชีของกลุ่มอุตสาหกรรมอสังหาริมทรัพย์และก่อสร้าง อุตสาหกรรมสินค้าอุปโภคบริโภค และอุตสาหกรรมสินค้าอุตสาหกรรม มีความสัมพันธ์เป็นไปในทิศทางเดียวกับค่าสัมบูรณ์ของรายการคงค้างที่ขึ้นอยู่กับดุลยพินิจของผู้บริหารที่เป็นตัวแทนของคุณภาพของรายงานทางการเงินอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ
DOI: 10.14457/tu.the.2015.329
title: โครงสร้างการถือหุ้นกับความมีคุณค่าของข้อมูลทางการบัญชี

description: งานวิจัยชิ้นนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความมีคุณค่าของข้อมูลทางการบัญชีและผลกระทบของโครงสร้างการถือหุ้นต่อความมีคุณค่าของข้อมูลทางการบัญชี โดยใช้มูลค่าตามบัญชีต่อหุ้นและกำไรส่วนเกินต่อหุ้นเป็นตัวแทนของข้อมูลทางการบัญชีในการประเมินราคาหลักทรัพย์ สำหรับโครงสร้างการถือหุ้นที่ใช้ในการศึกษาถูกแบ่งออกเป็นโครงสร้างการถือหุ้นแบบกระจุกตัวและโครงสร้างการถือหุ้นแบบกระจายตัวตามระดับการถือหุ้นของผู้ถือหุ้นรายย่อย กลุ่มตัวอย่างที่ใช้ในการศึกษาคือ บริษัทจดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย ระหว่างปี พ.ศ. 2548 – 2557 จำนวนทั้งสิ้น 3,097 ตัวอย่าง     ผลการศึกษาพบว่า มูลค่าตามบัญชีต่อหุ้นและกำไรส่วนเกินต่อหุ้นมีความสัมพันธ์เชิงบวกกับราคาหลักทรัพย์ โดยที่มูลค่าตามบัญชีต่อหุ้นมีความสามารถในการอธิบายราคาหลักทรัพย์ดีกว่ากำไรส่วนเกินต่อหุ้น นอกจากนี้หากพิจารณาความมีคุณค่าหรือความเกี่ยวข้องกับการตัดสินใจของข้อมูลทางการบัญชีตามโครงสร้างการถือหุ้นพบว่า ไม่ว่าจะเป็นโครงสร้างการถือหุ้นแบบใดมูลค่าตามบัญชีต่อหุ้นและกำไรส่วนเกินต่อหุ้นล้วนมีความสัมพันธ์เชิงบวกกับราคาหลักทรัพย์ แต่โครงสร้างการถือหุ้นแบบกระจายตัว มูลค่าตามบัญชีต่อหุ้นและกำไรส่วนเกินต่อหุ้นมีความสามารถในการอธิบายราคาหลักทรัพย์ได้ดีกว่าโครงสร้างการถือหุ้นแบบกระจุกตัว
DOI: 10.14457/tu.the.2015.330
title: ปัจจัยที่ส่งผลต่อการพิจารณาใช้ผลงานของผู้ตรวจสอบภายในโดยผู้สอบบัญชีสำนักงานสอบบัญชี Big4

description: มาตรฐานการสอบบัญชีรหัส 610 เรื่อง การใช้ผลงานของผู้ตรวจสอบภายใน ได้กำหนดแนวทางให้ผู้สอบบัญชีควรมีการพิจารณาใช้ผลงานของผู้ตรวจสอบภายในที่มีความเกี่ยวข้องหรือมีประโยชน์ต่อการปฏิบัติงานของผู้สอบบัญชี เพื่อช่วยในการวางแผน ลดระยะเวลาในการตรวจสอบ รวมถึงช่วยลดค่าธรรมเนียมในการตรวจสอบแก่กิจการลูกค้า งานวิจัยเรื่องปัจจัยที่ส่งผลต่อการพิจารณาใช้ผลงานของผู้ตรวจสอบภายในโดยผู้สอบบัญชีสำนักงาน Big4  มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาลักษณะหรือปัจจัยที่มีผลต่อการพิจารณาใช้ผลงานของผู้ตรวจสอบภายในโดยผู้สอบบัญชีอิสระ โดยกลุ่มตัวอย่างที่ใช้ในการศึกษา คือ ผู้สอบบัญชีระดับ Senior in charge ขึ้นไปของสำนักงานสอบบัญชี Big4 จำนวน 384 คนผลของการวิเคราะห์ปัจจัย (Factor Analysis) พบว่า ตัววัดถูกจัดกลุ่มปัจจัยใหม่เป็น 6 ปัจจัย ได้แก่ 1) ปัจจัยด้านความเที่ยงธรรมในการปฏิบัติงานของผู้ตรวจสอบภายใน 2) ปัจจัยด้านความเป็นอิสระในการปฏิบัติงานของผู้ตรวจสอบภายใน 3) ปัจจัยด้านคุณภาพงานตรวจสอบภายใน 4) ปัจจัยด้านวิธีการที่เป็นระบบ ระเบียบ 5) ปัจจัยด้านความระมัดระวังในการจัดทำรายงาน 6) ปัจจัยด้านการสื่อสาร และเมื่อนำปัจจัยทั้ง 6 มาหาความสัมพันธ์กับตัวแปรระดับการพิจารณาใช้ผลงานของผู้ตรวจสอบภายในโดยผู้สอบบัญชี ด้วยวิธีการวิเคราะห์สมการถดถอย พบว่า ปัจจัยด้านความเป็นอิสระในการปฏิบัติงานนั้นมีความสัมพันธ์เชิงลบกับการพิจารณาใช้ผลงานของผู้ตรวจสอบภายในโดยผู้สอบบัญชีอิสระ ในขณะที่ปัจจัยด้านความเที่ยงธรรมในการปฏิบัติงานนั้นมีความสัมพันธ์เชิงบวกกับการพิจารณาใช้ผลงานของผู้ตรวจสอบภายใน สำหรับปัจจัยด้านคุณภาพงานตรวจสอบภายใน ปัจจัยด้านวิธีการที่เป็นระบบ ระเบียบแบบแผน ปัจจัยด้านความระมัดระวังในการจัดทำรายงานของผู้ตรวจสอบภายใน และปัจจัยด้านการติดต่อสื่อสารนั้นไม่ส่งผลต่อระดับการพิจารณาใช้ผลงานของผู้ตรวจสอบภายในโดยผู้สอบบัญชีอิสระ นอกจากนั้น เมื่อมีการพิจารณาความเสี่ยงสืบเนื่องร่วมด้วย พบว่า ระดับความเสี่ยงสืบเนื่องส่งผลต่อระดับความสัมพันธ์ระหว่างปัจจัยด้านคุณภาพงานตรวจสอบภายในกับระดับการพิจารณาใช้ผลงานของพิจารณาใช้ผลงานของผู้ตรวจสอบภายในโดยผู้สอบบัญชีอิสระ
DOI: 10.14457/tu.the.2015.331
title: การกำกับดูแลกิจการกับการพยากรณ์ภาวะความล้มเหลวทางการเงินของบริษัทจดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย

description: งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาว่าการกำกับดูแลกิจการที่ดีจะช่วยลดโอกาสที่จะเกิดความล้มเหลวทางการเงินได้หรือไม่ โดยใช้การเปรียบเทียบแบบจำลองที่ใช้พยากรณ์ความล้มเหลวทางการเงิน ระหว่างแบบจำลองที่ประกอบด้วยอัตราส่วนทางการเงินเพียงอย่างเดียว (Financial Ratio) กับแบบจำลองที่เพิ่มตัวแปรด้านการกำกับดูแลกิจการ (Corporate Governance) โดยใช้ข้อมูล 1 ปี และ 2 ปีก่อนที่บริษัทจะประสบภาวะล้มเหลวทางการเงิน ในการสร้างแบบจำลองด้วยวิธีการวิเคราะห์ความสัมพันธ์แบบโปรบิท (Probit Analysis)กลุ่มตัวอย่างที่ใช้ในงานวิจัยนี้ คือบริษัทที่จดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทยในปี พ.ศ. 2542 ถึง พ.ศ. 2558 ทุกกลุ่มอุตสาหกรรม ที่ไม่ใช่สถาบันการเงินจำพวกธนาคาร บริษัทเงินทุนหลักทรัพย์ และบริษัทประกันภัยและประกันชีวิต โดยมีบริษัทที่ประสบภาวะล้มเหลวทางการเงิน (Distressed firms) ทั้งสิ้น 43 บริษัท และใช้วิธีจับคู่ (Matched-pair) กับบริษัทดำเนินงานปกติ (Non-distressed firms) อีก 43 บริษัท รวมกลุ่มตัวอย่างทั้งสิ้น 86 บริษัทผลการศึกษาพบว่า แบบจำลองที่ประกอบด้วยอัตราส่วนทางการเงิน และตัวแปรการกำกับดูแลกิจการ มีความเหมาะสมมากกว่าและสามารถพยากรณ์ได้แม่นยำกว่า แบบจำลองที่ประกอบด้วยอัตราส่วนทางการเงินเพียงอย่างเดียว แสดงให้เห็นว่าการกำกับดูแลกิจการที่ดีช่วยลดโอกาสที่จะเกิดความล้มเหลวทางการเงินได้อย่างมีนัยสำคัญ นอกจากนี้สำหรับแบบจำลองที่ใช้ข้อมูล 1 ปีก่อนที่บริษัทจะประสบภาวะล้มเหลวทางการเงิน จะสามารถทำนายได้แม่นยำกว่าแบบจำลองที่ใช้ข้อมูล 2 ปีก่อนที่บริษัทจะประสบภาวะล้มเหลวทางการเงิน เนื่องจากข้อมูลที่สะท้อนออกมาในช่วงก่อนหน้านั้นยังไม่ชัดเจน ทำให้ข้อมูลก่อนหน้าสามารถสะท้อนปัญหาทางการเงินที่เกิดขึ้นได้น้อยกว่า ทั้งนี้ในการคาดการณ์บริษัทที่อาจประสบภาวะล้มเหลวทางการเงินล่วงหน้า 1 ปี ควรให้ความสำคัญในการพิจารณา อัตราผลตอบแทนจากสินทรัพย์รวม (ROA) และการควบตำแหน่งหน้าที่บริหารงาน (CD) เพราะมีความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญต่อการเกิดภาวะล้มเหลวทางการเงิน
DOI: 10.17632/rxbh442x2g.1
title: 2D and 3D solid state NMR spectra of FUS-LC fibrils

description: 2D and 3D solid state NMR spectra of uniformly 15N,13C-labeled and segmentally labeled FUS-LC fibrils in Sparky format (*.ucsf files). Data files are described in data-list.pdf .
DOI: 10.17632/sc9cpvfnbj.1
title: Seed Morpholgy and Microsatellite Genotypes of Date Palm accessions

description: Seed morphology and microsatellite genotypes used in Gros-Balthazard et al. (2017), Current Biology.
DOI: 10.17632/tbk3km9xfz.2
title: Cold/Cozy Mice - Finding the needles in the haystack of biomedical literature

description: Problem Statement: the task facing biomedical scientists hoping to find publications that corroborate or debunk a hypothesis is akin to finding a needle in a haystack that keeps growing. Strategies that mine or summarize the scientific literature exist but have been largely focused on recovery of named entities (e.g. proteins, cells) or more sophisticated methods that make use of ontologies to recover also related terms and even, more recently, machine learning methods when there is sufficient training data. Our Approach: we describe a use case faced by a biomedical scientist who needs to compare tumor volume/weight results in papers describing mice experiments where mice were exposed to the same or similar compounds but housed in different temperatures. In our approach, we have extracted annotations of units and measures (U&M) in scientific literature, which we then used in combination with contextual information (e.g. section of the paper) and regular expressions to identify the specific entity being measured (e.g. Housing Temperature). Results and Discussion: from a corpus of ~1.1M open access publications we found 299 relevant papers using the U&M approach combined with its surrounding contextual information. This large drop in the number of papers can be explained by our restrictive search criteria which included looking for keywords, patterns and temperature annotations in specific sections of the paper. We found a clear prevalence of papers mentioning housing conditions in the range of 20-25°C, which is the approximate temperature range suggested by NIH guidelines. We also found a small increase in the number of paper describing mouse thermo-neutral housing conditions in the period after the observation that this variable has an impact in mice tumor growth (2014-2016). This dataset contains those results.
DOI: 10.17632/zx2kcyvvwm.1
title: "Recommended versus Certified Repositories: Mind the Gap"

description: This data set supports the paper "Recommended versus Certified Repositories: Mind the Gap". In this paper, we examined which repositories are recommended and/or certified by a number of organisations. We analysed the selection criteria for recommendation and certification to create a shared set of possible best-practice criteria (umbrella categories) suggested to be used by all parties involved with data repositories. This data set includes our compiled list of recommended repositories by 12 organisations (see file), our compiled list of certified repositories (certified by the DSA, ICSU-WDS, NESTOR, TRAC, and ISO 16363/TDR), the criteria used to recommend repositories, the criteria used to certify repositories (both latter files include the steps taken in the analysis towards the distillation of the criteria into the umbrella categories), a list of the examined repositories against their focus-discipline, and a comparative list of the examined recommended and certified repositories to depict overlap between the two. All files include links to the relevant sources of information.
DOI: 10.17632/6j2cj29t3r.1
title: cellGPU: Massively parallel simulations of dynamic vertex models

description: Vertex models represent confluent tissue by polygonal or polyhedral tilings of space, with the individual cell interacting via force laws that depend on both the geometry of the cells and the topology of the tessellation. This dependence on the connectivity of the cellular network introduces several complications to performing molecular-dynamics-like simulations of vertex models, and in particular makes parallelizing the simulations difficult. cellGPU addresses this difficulty and lays the foundation for massively parallelized, GPU-based simulations of these models. This article discusses its implementation for a pair of two-dimensional models, and compares the typical performance that can be expected between running cellGPU entirely on the CPU versus its performance when running on a range of commercial and server-grade graphics cards. By implementing the calculation of topological changes and forces on cells in a highly parallelizable fashion, cellGPU enables researchers to simulate time- and length-scales previously inaccessible via existing single-threaded CPU implementations.
DOI: 10.17632/7ztzj63r68.1
title: Fast-NPS - A Markov Chain Monte Carlo-based analysis tool to obtain structural information from single-molecule FRET measurements

description: The analysis tool and software package Fast-NPS can be used to analyse smFRET data to obtain quantitative structural information about macromolecules in their natural environment. In the algorithm a Bayesian model gives rise to a multivariate probability distribution describing the uncertainty of the structure determination. Since Fast-NPS aims to be an easy-to-use general-purpose analysis tool for a large variety of smFRET networks, we established an MCMC based sampling engine that approximates the target distribution and requires no parameter specification by the user at all. For an efficient local exploration we automatically adapt the multivariate proposal kernel according to the shape of the target distribution. In order to handle multimodality, the sampler is equipped with a parallel tempering scheme that is fully adaptive with respect to temperature spacing and number of chains. Since the molecular surrounding of a dye molecule affects its spatial mobility and thus the smFRET efficiency, we introduce dye models which can be selected for every dye molecule individually. These models allow the user to represent the smFRET network in great detail leading to an increased localisation precision. Finally, a tool to validate the chosen model combination is provided.
DOI: 10.17632/j59sy5n729.1
title: epsilon: A tool to find a canonical basis of master integrals

description: In 2013, Henn proposed a special basis for a certain class of master integrals, which are expressible in terms of iterated integrals. In this basis, the master integrals obey a differential equation, where the right hand side is proportional to ϵ in d=4−2ϵ space–time dimensions. An algorithmic approach to find such a basis was found by Lee. We present the tool epsilon, an efficient implementation of Lee’s algorithm based on the Fermat computer algebra system as computational back end.
DOI: 10.17632/mdkc8nnw8w.1
title: Massively parallel data processing for quantitative total flow imaging with optical coherence microscopy and tomography.

description: We present an application of massively parallel processing of quantitative flow measurements data acquired using spectral optical coherence microscopy (SOCM). The need for massive signal processing of these particular datasets has been a major hurdle for many applications based on SOCM. In view of this difficulty, we implemented and adapted quantitative total flow estimation algorithms on graphics processing units (GPU) and achieved a 150 fold reduction in processing time when compared to a former CPU implementation. As SOCM constitutes the microscopy counterpart to spectral optical coherence tomography (SOCT), the developed processing procedure can be applied to both imaging modalities. We present the developed DLL library integrated in MATLAB (with an example) and have included the source code for adaptations and future improvements.
DOI: 10.17632/s6wm5kst2r.1
title: CTG repeats at DMPK gen in Mexican population

description: Genotiping of CTG repeats at DMPK gen in unaffected people from Mexican Mestizo (Mexico City, Querétaro, Coahuila and Michoacán states) and Amerindian population (Mayas, Totonacas, Popolucas, Zapotecas, Mixe, Nahuas-Xochimilco, Nahuas-Morelos, Pames, Tarahumaras and Yaquis).
DOI: 10.17632/tbk3km9xfz.1
title: Cold/Cozy Mice Paper

description: Problem Statement: the task facing biomedical scientists hoping to find publications that corroborate or debunk a hypothesis is akin to finding a needle in a haystack that keeps growing. Strategies that mine or summarize the scientific literature exist but have been largely focused on recovery of named entities (e.g. proteins, cells) or more sophisticated methods that make use of ontologies to recover also related terms and even, more recently, machine learning methods when there is sufficient training data. Our Approach: we describe a use case faced by a biomedical scientist who needs to compare tumor volume/weight results in papers describing mice experiments where mice were exposed to the same or similar compounds but housed in different temperatures. In our approach, we have extracted annotations of units and measures (U&M) in scientific literature, which we then used in combination with contextual information (e.g. section of the paper, patterns in sentences) to identify the specific entity being measured (Housing Temperature, Compound Dose). Results and Discussion: from a corpus of 1M open access publications we found 299 relevant papers using the U&M approach combined with its surrounding contextual information. We found a clear prevalence of papers mentioning housing conditions in the range of 20-25C, which is the approximate temperature range suggested by NIH guidelines. We also found a small increase in the number of paper describing mouse thermos-neutral housing conditions in the period after the observation that this variable has an impact in mice responding to chemo-toxic drugs (2014-2016). With discuss how our approach of using U&M combined with contextual information can be used as a starting point toward the generation of large minimal-intervention datasets for machine learning purposes. This dataset contains our results.
DOI: 10.17632/b94gzsvy5c.1
title: Intra-household cooperation and inter-generational communication in the extended family A field experiment in a poor urban community

description: This dataset contains information for a voluntary contribution mechanism (VCM) game played by the inter-generational extended families in the field and employing communication as a treatment. Three generations are considered and the level of cooperation is measured by the amount of contribution to specific public accounts. Variables that represent inter-generational relations as well as socio-demographics for the subjects are also included.