cometadata/datacite-titles-descriptions-related-identifiers huggingface dataset:
DOI: 10.57892/100-293
title: Diagramme zu Euklids Optik aus Vat. gr. 204 (Vatikan, Biblioteca Apostolica Vaticana) [Hs-39]

description: Im Rahmen einer neuen kritischen Ausgabe von Text und Diagrammen zu Euklids Optik wurden Zeichnungen der Diagramme aus allen berücksichtigten Handschriften und Druckausgaben erstellt. Dieser Datensatz enthält die Diagramme aus Vat. gr. 204 (Vatikan, Biblioteca Apostolica Vaticana) [Hs-39] als Bilder sowie alle Dateien für die Weiterarbeit mit den digitalen Zeichnungen. In preparation of a new critical edition of text and diagrams to Euclid's Optics digital drawings of diagrams in all used manuscript copies and printed editions were created. This data set contains the diagrams from Vat. gr. 204 (Vatican, Biblioteca Apostolica Vaticana) [Hs-39] as image files as well as all files for further work on the digital drawings.
DOI: 10.57892/100-294
title: Diagramme zu Euklids Optik aus gr. Z. 304 (coll. 731) (Venedig, Biblioteca Nationale Marciana) [Hs-42]

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DOI: 10.57892/100-295
title: Diagramme zu Euklids Optik aus phil. gr. 120 (Wien, Österreichische Nationalbibliothek) [Hs-44]

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DOI: 10.57892/100-296
title: Diagramme zu Euklids Optik aus Vat. gr. 191 (Vatikan, Biblioteca Apostolica Vaticana) [Hs-49]

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DOI: 10.57892/100-297
title: Diagramme zu Euklids Optik aus Ottob. gr. 102 (Vatikan, Biblioteca Apostolica Vaticana) [Hs-50]

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DOI: 10.57892/100-298
title: Diagramme zu Euklids Optik aus Y 115 sup. (Mailand, Biblioteca Ambrosiana) [Hs-51]

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DOI: 10.57892/100-299
title: Diagramme zu Euklids Optik aus MS 424 (New Haven (CT), Beinecke Rare Book and Manuscript Library) [Hs-52]

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DOI: 10.57892/100-300
title: Diagramme zu Euklids Optik aus Suppl. gr. 9 (Wien, Österreichische Nationalbibliothek) [Hs-54]

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DOI: 10.57892/100-301
title: Diagramme zu Euklids Optik aus Suppl. gr. 46 (Wien, Österreichische Nationalbibliothek) [Hs-55]

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DOI: 10.57892/100-302
title: Diagramme zu Euklids Optik aus Gud. gr. 37 (Wolfenbüttel, Herzog August Bibliothek) [Hs-56]

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DOI: 10.57892/100-303
title: Diagramme zu Euklids Optik aus grec 2366 (Paris, Bibliothèque nationale de France) [Hs-57]

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DOI: 10.5061/dryad.59zw3r29t
title: Anna's hummingbird (Calypte anna) physiological response to novel thermal and hypoxic conditions at high elevations

description: Many species have not tracked their thermal niches upslope as predicted by
 climate change, potentially because higher elevations are associated with
 abiotic challenges beyond temperature. To better predict if organisms can
 continue to move upslope with rising temperatures, we need to understand
 their physiological performance when subjected to novel high elevation
 conditions. Here, we captured Anna’s hummingbirds – a species
 expanding their elevational distribution in concordance with rising
 temperatures – from across their current elevational distribution
 and tested their physiological response to novel abiotic conditions.
 First, at a central aviary within their current elevational range, we
 measured hovering metabolic rate to assess their response to oxygen
 conditions and torpor use to assess their response to thermal conditions.
 Second, we transported the hummingbirds to a location 1200 meters above
 their current elevational range limit to test an acute response to novel
 oxygen and thermal conditions. Hummingbirds exhibited lower hovering
 metabolic rates above their current elevational range limit, suggesting
 lower oxygen availability may reduce performance after an acute exposure.
 Alternatively, hummingbirds showed a facultative response to thermal
 conditions by using torpor more frequently and longer. Finally,
 post-experimental dissection found that hummingbirds originating from
 higher elevations within their range had larger hearts, a potential
 plastic response to hypoxic environments. Overall, our results suggest
 lower oxygen availability and low air pressure may be difficult challenges
 to overcome for hummingbirds shifting upslope due to rising temperatures,
 especially if there is little to no long-term acclimatization. Future
 studies should investigate how chronic exposure and acclimatization to
 novel conditions, as opposed to acute experiments, may result in
 alternative outcomes that help organisms better respond to abiotic
 challenges associated climate-induced range shifts.
description: This manuscript contains two types of data: metabolic data and
 organ mass data. The metabolic data was collected using a Field Metabolic
 System from the company Sable Systems. Hummingbird torpor and hovering
 metabolic rate was collected at two different elevations. Additionally,
 hummingbird organs were collected through dissection to look at dry mass
 of different organ systems. These were dried to remove any water content
 and weighed on precise scales.
description: Please see the ReadMe files.
DOI: 10.57892/100-304
title: Diagramme zu Euklids Optik aus Penas Ausgabe von 1557 (Pena 1557) [Pena]

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DOI: 10.57892/100-305
title: Diagramme zu Euklids Optik aus Gregorys Ausgabe von 1703 (Gregory 1703) [Gregory]

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DOI: 10.57892/100-306
title: Diagramme zu Euklids Optik (Fassung A) aus Heibergs Ausgabe von 1882 (Heiberg 1882) [Heiberg-1882]

description: Im Rahmen einer neuen kritischen Ausgabe von Text und Diagrammen zu Euklids Optik (Fassung A) wurden Zeichnungen der Diagramme aus allen berücksichtigten Handschriften und Druckausgaben erstellt. Dieser Datensatz enthält die Diagramme aus Heibergs Ausgabe von 1882 (Heiberg 1882) [Heiberg-1882] als Bilder sowie alle Dateien für die Weiterarbeit mit den digitalen Zeichnungen. In preparation of a new critical edition of text and diagrams to Euclid's Optics (Version A) digital drawings of diagrams in all used manuscript copies and printed editions were created. This data set contains the diagrams from Heiberg's 1882 printed edition (Heiberg 1882) [Heiberg-1882] as image files as well as all files for further work on the digital drawings.
DOI: 10.57892/100-307
title: Diagramme zu Euklids Optik (Fassung A) aus Heibergs Ausgabe von 1895 (Heiberg 1895) [Heiberg-A]

description: Im Rahmen einer neuen kritischen Ausgabe von Text und Diagrammen zu Euklids Optik (Fassung A) wurden Zeichnungen der Diagramme aus allen berücksichtigten Handschriften und Druckausgaben erstellt. Dieser Datensatz enthält die Diagramme aus Heibergs Ausgabe von 1895 (Heiberg 1895) [Heiberg-A] als Bilder sowie alle Dateien für die Weiterarbeit mit den digitalen Zeichnungen. In preparation of a new critical edition of text and diagrams to Euclid's Optics (Version A) digital drawings of diagrams in all used manuscript copies and printed editions were created. This data set contains the diagrams from Heiberg's 1895 printed edition (Heiberg 1895) [Heiberg-A] as image files as well as all files for further work on the digital drawings.
DOI: 10.57892/100-308
title: Diagramme zu Euklids Optik (Fassung B) aus Heibergs Ausgabe von 1895 (Heiberg 1895) [Heiberg-B]

description: Im Rahmen einer neuen kritischen Ausgabe von Text und Diagrammen zu Euklids Optik (Fassung B) wurden Zeichnungen der Diagramme aus allen berücksichtigten Handschriften und Druckausgaben erstellt. Dieser Datensatz enthält die Diagramme aus Heibergs Ausgabe von 1895 (Heiberg 1895) [Heiberg-B] als Bilder sowie alle Dateien für die Weiterarbeit mit den digitalen Zeichnungen. In preparation of a new critical edition of text and diagrams to Euclid's Optics (Version B) digital drawings of diagrams in all used manuscript copies and printed editions were created. This data set contains the diagrams from Heiberg's 1895 printed edition (Heiberg 1895) [Heiberg-B] as image files as well as all files for further work on the digital drawings.
DOI: 10.5061/dryad.fn2z34tx3
title: Small giants: Tributaries rescue spatially structured populations from extirpation in a highly fragmented stream

description: Habitat fragmentation is a pervasive threat to biodiversity. Linearly
 arranged habitats such as stream networks are particularly vulnerable to
 fragmentation. As the landscape becomes increasingly human-dominated,
 conservation values of fragmented habitat patches cannot be overlooked. It
 is critical to understand the demographic mechanisms of population
 persistence or extirpation in fragmented patches. We studied the dynamics
 of spatially structured populations of two Japanese landlocked salmonids
 persisting for &gt; 30 years in a headwater stream network that is
 highly fragmented due to low-head dams in the mainstem. We parameterised
 and analysed spatial matrix population models using 9-year mark-recapture
 data. Tributaries supported higher survival rates in some life stages, and
 movement was asymmetrical from the tributaries to the mainstem.
 Accordingly, population growth rates were higher in the tributary patches
 than the mainstem in both species despite the tributaries occupying only
 12 or 18% of the study stream network by surface area. The tributaries
 harboured more physically and hydraulically complex instream habitats
 (i.e., higher wood density and flow refugia), indicating that habitat
 patch quality was more important than habitat patch size in determining
 the dynamics of these spatially structured populations. Tributary
 locations in the stream network were important in the trajectory of these
 populations. The upstream-dwelling charr persisted in the highly
 fragmented mainstem patch (i.e., six impassable infrastructures in a
 &lt; 500 m patch) due to immigration of fish from upstream including
 the tributary. However, the downstream-dwelling salmon have been gradually
 extirpated from the uppermost section of the fragmented mainstem patch
 because they could not maintain a positive population growth rate after
 the loss of emigrants was accounted for and immigration was prevented due
 to fragmentation. Synthesis and applications: We conclude that small
 tributaries have rescued the spatially structured populations from
 extirpation (charr) or at least slowed down extirpation (salmon). Legal
 protection of headwaters as aquatic habitats is weak globally. Our results
 suggest that stream management plans underestimating the demographic value
 of small tributaries will likely fail to conserve populations of headwater
 inhabitants and therefore endanger aquatic biodiversity. We discuss
 conservation implications of this study related to habitat connectivity
 and fisheries management.
DOI: 10.57892/100-310
title: Pathways towards truly brain-like computing primitives - Data

description: This data set contains all raw data used for the publication of this article: https://doi.org/10.1016/j.mattod.2023.07.019.
DOI: 10.5281/zenodo.18400319
title: Structurally-controlled permeability evolution and mineralization in geothermal caprocks: the Fenice Capanne mining district (Southern Tuscany, Italy)
DOI: 10.57892/100-311
title: Sparse CNT networks with implanted AgAu nanoparticles - Data

description: This is the collection of measurement data for the publication: 10.1371/journal.pone.0264846 and its supplementary information.
DOI: 10.57892/100-312
title: Einzelknochen in eisenzeitlichen Fundplätzen West- und Mitteleuropas: Eine Musteranalyse mittels Korrespondenzanalyse und vorgeschalteter bayesscher Modellierung

description: Zusammenfassung Dieser Beitrag untersucht die Behandlung menschlicher Überreste in eisenzeitlichen Siedlungen, Heiligtümern und Oppida mittels Korrespondenzanalyse und einem vorgeschalteten bayesschen log-linearen Modell. Die Imputation fehlender Werte ermöglicht die gleichzeitige Analyse von Datensätzen, die ansonsten schwer miteinander vergleichbar gewesen wären. Das Modell und die anschließende Korrespondenzanalyse zeigt die selektive Deponierung von Schädelknochen in Siedlungen und postkranialen Knochen in Heiligtümern und Oppida. Die Korrespondenzanalyse trennt dabei auf der ersten Achse nach Robustizität der Knochen, jedoch in weiteren Dimensionen auch nach unterschiedlichen Selektionsmechanismen. Die Verwendung von Kredibilitätsellipsen ermöglicht eine differenzierte Darstellung und hilft, signifikante von weniger signifikanten Mustern zu trennen. Zukünftige Forschungen sollten sich vermehrt mit der Untersuchung der Knochen selbst befassen, wofür insbesondere naturwissenschaftliche Methoden in Betracht kommen. Abstract This paper analyses the treatment of human remains in Iron Age settlements, sanctuaries and oppida using correspondence analysis together with a Bayesian log-linear model. The imputation of missing values enables the simultaneous analysis of data sets that would otherwise have been difficult to compare. The model and the subsequent correspondence analysis show the selective deposition of cranial bones in settlements and post-cranial bones in sanctuaries and oppida. The correspondence analysis separates on the first axis according to the robustness of the bones, but in further dimensions also according to different selection mechanisms. The use of credibility ellipses enables a differentiated visualization and helps to separate significant from less significant patterns. Future research should focus more on the study of the bones themselves, using scientific methods in particular.
DOI: 10.5061/dryad.dbrv15f3f
title: Trafficking dataset for: A massively parallel assay accurately discriminates between functionally normal and abnormal variants in a hotspot domain of KCNH2

description: Many genes, including KCNH2, contain ‘hotspot’ domains
 associated with a high density of variants associated with disease. This
 has led to the suggestion that variant location can be used as evidence
 supporting classification of clinical variants. However, it is not known
 what proportion of all potential variants in hotspot domains cause loss of
 function.  Here, we have used a massively parallel
 trafficking assay to characterize all single-nucleotide variants in exon 2
 of KCNH2, a known hotspot for variants that cause long
 QT syndrome type 2 and an increased risk of sudden cardiac
 death.  Forty-two percent
 of KCNH2 exon 2 variants caused at least 50 % reduction
 in protein trafficking and 65% of these trafficking defective variants
 exerted a dominant-negative effect when co-expressed with a
 WT KCNH2 allele as assessed using a calibrated patch
 clamp electrophysiology assay. The massively parallel trafficking assay
 was more accurate (AUC of 0.94) than bioinformatic prediction tools (REVEL
 and CardioBoost, AUC of 0.81) in discriminating between functionally
 normal and abnormal variants. Interestingly, over half of variants in exon
 2 were found to be functionally normal, suggesting a nuanced
 interpretation of variants in this ‘hotspot’ domain is necessary. Our
 massively parallel trafficking assay can provide this information
 prospectively.
description: The parallel trafficking dataset was
 collected by sequencing flow-sorted cells that express a pool of
 different <em>KCNH2</em> homozygous variants. The dataset
 contains the sequencing files and its associated barcoded key for
 identifying
 different <em>KCNH2</em> variants.
description: An excel sheet ('Tile 1
 sequencing details.xlsx') describing all of the parallel trafficking
 experiments is available with the barcode-key and list of sorted cell big
 fastq files. In house Python and R scripts to associate barcodes and
 variants across the tile for the parallel trafficking are available at
 https://github.com/kroncke-lab/KCNH2_DMS.