DOI: 10.25666/dataubfc-2021-04-28
title: Lipid model membranes intended for all-atom molecular dynamics
title: Modèles de membranes lipidiques pour la dynamique moléculaire tout-atome

description: The data are a series of lipid model membranes designed for the use in all-atoms Molecular dynamics simulations. They are lipid membranes modelling the composition of the lipid matrix of the plasma membrane of eukaryotes with a 5-component model involving phosphatidylcholine (PC), phosphatidylserine (PS), phosphatidylethanolamine (PE), sphingomyelin (SM), and cholesterol (CHOL). For keeping the system small enough, only one type of fatty acid was considered: the oleyl. The models either preserve the asymmetric composition of the membrane of normal eukaryotes or they induce a scrambling mimicking the lipid composition of plasma membrane of both cancer or apoptotic cells by inducing an overexposure of PS and PE in the extracellular leaflet. Each of these two models was equilibrated for 9 curvature ranging from -0.2 to +0.2 nm^(-1) resulting in 18 models equilibrated for 500 ns each. The use of the so-called Slipids force fields - which is known to reproduce accurately the membrane properties - was made. The simulations were carried out with a 1 fs time step, in the NpT ensemble, using the Berendsen pressure coupling and the velocity rescale thermostat, and running on the Gromacs package v 2016.1.
description: Les données sont une série de modèles de membranes lipidiques dédiées à une utilisation en dynamique moléculaire tout-atome. Ce sont des membranes lipidiques modélisant la composition de la matrice lipidique de cellules eucaryotes par le biais d'un modèle à 5 composants impliquant des phosphatidylcholines (PC), des phosphatidylsérines (PS), des phosphatidyléthanolamines (PE), des sphingomyélines (SM), et du cholesterol (CHOL). De sorte à conserver des systèmes suffisamment petits, seul un type de chaîne d'acide gras a été considéré : l'oléyl. Soient les modèles préservent la composition asymétrique de la membrane des eucaryotes en conditions normales, soient ils introduisent un scrambling imitant la composition des membranes plasmiques des cellules cancéreuses ou apoptotiques. Chacun de ces deux modèles a été équilibré pour 9 courbures variant entre -0.2 et +0.2 nm^(-1), résultant en 18 systèmes équilibrés sur 500 ns chacun. Le champ de force nommé Slipids - connu pour une reproduction précises des propriétés des membranes - a été utilisé. Les simulations ont été réalisées avec un pas de 1 fs, dans l'ensemble NpT, en utilisant un couplage en pression utilisant l'algorithme de Berendsen et un thermostat utilisant celui de velocity rescale. Le package Gromacs v 2016.1 a été utilisé pour réaliser ces simulations.
description: Audience: University: master, Research
description: Project: The influence of the cell membrane asymmetry and curvature on the functioning of membrane proteins and the transport of therapeutic compounds, H2020-MSCA-RISE-2015 Project №690853 assymcurv (European project)
description: Project: Thèse de doctorat de Timothée Rivel, Contrat doctoral Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation (MESRI) (Ministry)
description: Label: Mésocentre(s) UBFC (Mésocentre(s) UBFC)
description: Simulation or computational data: The data were obtained by means of all-atom Molecular Dynamics simulations using Gromacs package v. 2016.1. Their design is based on the existing experimental and numerical literature. For further details, please, contact the authors.
description: Données computationnelles ou de simulation: Les données ont été obtenues par le biais de simulations de dynamique moléculaire tout-atome en utilisant la suite Gromacs v. 2016.1. Le design des modèles est basé sur une analyse de la littérature expérimentale et numérique. Pour plus d'informations, veuillez contacter les auteurs.