R package for semi-automated statistical analysis
Creators: name: Αβραμόπουλος, Ασημάκης Βασιλείου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2017
Subjects: R studio
Ανάλυση ιατρικών δεδομένων
Αναπαραγώγιμα έγγραφα
R package
Medical data analysis
Reproducible documents

description: Η στατιστική ανάλυση, η απεικόνιση δεδομένων και η ακριβής αναφορά αποτελεσμάτων είναι σημαντικά χαρακτηριστικά της κλινικής ιατρικής έρευνας. Διάφοροι τύποι στατιστικού λογισμικού βοηθούν τη διαδικασία της ανάλυσης δεδομένων. Η R έχει κερδίσει έδαφος ανάμεσά τους λόγω της ευελιξίας που προσφέρει. Παρά την ομαλή καμπύλη εκμάθησης της R, η στατιστική ανάλυση απαιτεί χρόνο και μπορεί να αποξενώνει τον χρήστη που δεν είναι εξοικειωμένος με διεπαφές βασισμένες στην πληκτρολόγηση εντολών. Στη συγκεκριμένη διπλωματική παρουσιάζεται ένα script σε R στο οποίο εισάγονται ιατρικές βάσεις δεδομένων, αναλύονται με ημιαυτόματο τρόπο και τελικά εξάγεται μια αναφορά της μονο-παραγοντικής στατιστικής ανάλυσης μαζί με ποιοτικά γραφήματα. H έκδοση 3.3.1 της R χρησιμοποιήθηκε για την ανάπτυξη του κώδικα. Η ανάλυση και η απεικόνιση δεδομένων πραγματοποιείται χρησιμοποιώντας λίγα μόνο πακέτα κώδικα. Η ενσωμάτωση του Markdown (γλώσσα μορφοποίησης κειμένου) για την R χρησιμοποιήθηκε για την τελική έκθεση. Καταβλήθηκε προσπάθεια να ελαχιστοποιηθεί η εισαγωγή δεδομένων από τον χρήστη για λόγους αυτοματοποίησης. Ο χρήστης λοιπόν, εμπλέκεται μόνο στα στάδια λήψης αποφάσεων της κύριας στατιστικής ανάλυσης. Στον κώδικα μπορεί να γίνει εισαγωγή των τριών πιο συνηθισμένων μορφών βάσεων δεδομένων (.csv, .xlsx, .txt) , ζητούνται από τον χρήστη πληροφορίες σχετικά με τα γνωρίσματα των μεταβλητών που είναι απαραίτητα για την ανάλυση, αξιολογείται η κανονικότητα των συνεχών μεταβλητών με διαδραστικό τρόπο και εκτελείται η ανάλυση χρησιμοποιώντας την πιο κατάλληλη στατιστική δοκιμή. Η τελική αναφορά περιλαμβάνει έναν πίνακα με τα χαρακτηριστικά του δείγματος, τα αποτελέσματα των στατιστικών δοκιμασιών που εκτελούνται στις μεταβλητές έκβασης και τα κατάλληλα γραφήματα
description: Statistical analysis, data visualization and accurate result reporting are important features of clinical medical research. Various types of statistical software aid the process of data analysis. R has gained popularity among them due to the versatility it offers. Despite R’s smooth learning curve, the statistical analysis takes time and might alienate the command-naive user from using it. An R script that takes medical databases as input and produces a report of the univariate statistical analysis along with quality plots in a semi-automated manner is presented. R version 3.3.1 was used for development the R script. Data analysis and visualization was performed based on a few additional packages. The Markdown integration for R was facilitated for the final report. Effort was made to minimize user input for the sake of automation; engaging the user only in decision-making steps of the primary statistical analysis. The script takes as input the three most common formats of databases (.csv, .xlsx, .txt) in wide format, prompts the user for information regarding those variable characteristics that are indispensable for the analysis, assesses normality of the continuous variables in an interactive way and performs the actual analysis employing the most suitable test. The final report is produced entailing a table of sample characteristics, the results of statistical tests run on outcome variables and the appropriate plots