Εφαρμογές οντολογιών στη Βιοπληροφορική:
Creators: name: Βουλγαρίδης, Αντώνιος Μιχαήλ
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2014
Subjects: subject: Οντολογίες
subject: Σημασιολογικός Ιστός
subject: Βιοπληροφορική
subject: Ontologies
subject: Semantic Web
subject: Bioinformatics
subject: FOS: Computer and information sciences

description: Η παρούσα διπλωματική εργασία πραγματεύεται θέματα από το επιστημονικό πεδίο του Σημασιολογικού Ιστού, ενώ παράλληλα αντλεί γνώση από τον κλάδο της Βιοπληροφορικής. Κεντρικό αντικείμενο της εργασίας αυτής είναι οι εφαρμογές οντολογιών στη Βιοπληροφορική.Απώτερος σκοπός αυτής της ερευνητικής προσπάθειας είναι η εύρεση μεθοδολογίας αντιστοίχισης δεδομένων, που ανήκουν σε βιο-οντολογίες, με σχετικά RDFδεδομένα σημασιολογικών δομών δεδομένων.Πιο συγκεκριμένα, γίνεται έρευνα στη σημασιολογική αποτύπωση της Wikipedia – που ονομάζεται DBpedia – για εγγραφές που μπορούν να συσχετιστούν με βιολογικά δεδομένα. Τα δεδομένα αυτά αντλούνται από μία από τις μεγαλύτερες και πιο ευρέως χρησιμοποιούμενες βιο-οντολογίες, την GeneOntology. Το σύνολο των δεδομένων της έρευνας, ανακτώνται με χρήση τεχνολογιών του Σημασιολογικού Ιστού και στη συνέχεια επεξεργάζεται με χρήση κατάλληλων συναρτήσεων και αλγοριθμικών λειτουργιών. Σύμφωνα με τις διαδικασίες που εξετάζονται γίνεται συσχέτιση των όρων της βιο-οντολογίας σε RDF-εγγραφές της DBpedia. Η αντιστοίχιση αυτή βασίζεται στη λεξικολογική και εννοιολογική συσχέτιση που παρουσιάζεται μεταξύ ιδιοτήτων (όνομα, περιγραφή, συνώνυμα, συσχετίσεις) όρων της GeneOntologyκαι ιδιοτήτων (όνομα, περίληψη) εγγραφών της DBpedia. Το πεδίο ενδιαφέροντος των δεδομένων της έρευνας επικεντρώνεται στην Βιοπληροφορική και εκτείνεται στα πεδία της γενωμικής, της πρωτεομικής και της γενετικής, που αποτελούν τους τομείς του κλάδου που ερευνώνται στα πλαίσια του Σημασιολογικού Διαδικτύου και των δομών του.Η μελέτη εκπονήθηκε κατά το ακαδημαϊκό έτος 2013-2014 στο εργαστήριο Λογικού Προγραμματισμού και Τεχνητής Νοημοσύνης (LogicProgramming&amp;IntelligentSystems-LPiSlaboratory) του τμήματος πληροφορικής του Α.Π.Θ..
description: This Thesis addresses issues from the scientific field of Semantic Web, while drafting knowledge from the scientific field of Bioinformatics. More specifically the subject of this project is applying ontologies in Bioinformatics.The main goal of this research is finding a methodology that can matchand correlate data from bio-ontologies with relevant RDF-based data from Semantic Web data structures.In particular, the research is centered on DBpedia – the semantic database of Wikipedia – in order to find entries that could be related to biological data. These data are drawn from one of the largest and most widely used bio-ontologies, called Gene Ontology.The developed methodology uses common Semantic Web technologies to retrieve the data from their sources and then processes them, using appropriate algorithmic operations. According to this methodology, the goal is to find correlations between terms of the bio-ontology and RDF-based entries from DBpedia. This matching is based on lexical and conceptual correlation found between attributes (name, definition, exact synonyms and relationships) of Gene Ontology terms and attributes (name, abstract) of DBpedia entries.The field of interest providing the data knowledge that was used for this research is based on Bioinformatics and especially the fields of genomics, proteomics and genetics, which are the main fields of focus when combining Bioinformatics into the Semantic Web.The study was conducted during the academic year 2013-2014 in the laboratory of Logic Programming and Artificial Intelligence (Logic Programming &amp; Intelligent Systems-LPiS laboratory), Department of Informatics, Aristotle University of Thessaloniki.