Εκτίμηση της μεθόδου Sepsityper, τεχνολογίας MALDI-TOF, στην ανίχνευση παθογόνων σε θετικές αιμοκαλλιέργειες στο ενδημικό περιβάλλον του νοσοκομείου
Creators: name: Κούτρα, Παρασκευούλα Γεωργίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2024
Subjects: Φασματομετρία μάζας
Σήψη
Μικροβιαιμία
MALDI-TOF (MS)
Sepsis
Blood stream infection

description: Στην παρούσα μελέτη αξιολογήθηκε η ταχεία μεθόδου Sepsityper που επιτρέπει την άμεση ταυτοποίηση μικροοργανισμών με φασματομετρία μάζας MALDI-TOF απ’ ευθείας από φιάλη θετικής αιμοκαλλιέργειας εντός μερικών λεπτών και το πλεονεκτήματος από την προσθήκη φορμικού οξέος πριν την ανάλυση του δείγματος. Η μελέτη εφαρμόστηκε σε 105 φιάλες θετικών αιμοκαλλιεργειών. Δείγμα από κάθε φιάλη επεξεργάστηκε με το Sepsityper kit (Bruker), το βακτηριακό ίζημα που προέκυψε αναλύθηκε στη συνέχεια με MALDI-TOF φασματομετρία μάζας δύο φορές, με και χωρίς την προσθήκη φορμικού οξέος. Μέθοδο αναφοράς αποτέλεσε η ταυτοποίηση με τη χρήση φασματομετρίας μάζας MALDI-TOF των μικροοργανισμών που απομονώθηκαν από τις θετικές φιάλες και καλλιεργήθηκαν σε στερεά θρεπτικά υλικά. Υπολογίστηκε ο συντελεστής συμφωνίας Cohen's kappa καθώς και η ευαισθησία της μεθόδου. Από τα αποτελέσματα προέκυψε πως υπάρχει σχεδόν τέλεια συμφωνία μεταξύ των δυο μεθόδων. Υψηλή είναι η ευαισθησία της ταχείας μεθόδου για τα Gram αρνητικά βακτήρια, ενώ η προσθήκη φορμικού οξέος στο προαναλυτικό στάδιο αυξάνει σημαντικά την ευαισθησία της ως προς την ανίχνευση των Gram θετικών βακτηρίων. Περιορισμοί της μεθόδου φαίνεται να υπάρχουν στην ταυτοποίηση πολυμικροβιακών δειγμάτων. Τα παραπάνω δεδομένα, σε συνδυασμό με τον σύντομο χρόνο ολοκλήρωσής της, καθιστούν την ταχεία μέθοδο Sepsityper χρήσιμο και αξιόπιστο εργαλείο στη διαχείριση απειλητικών για τη ζωή καταστάσεων όπως η μικροβιαιμία και η σήψη.
description: In the present study, we evaluated the performance of the Rapid Sepsityper protocol that allows direct identification of microorganisms by MALDI-TOF mass spectrometry directly from positive blood cultures. 105 positive blood cultures bottles were included in the study. Each sample was processed using the Rapid Sepsityper kit (Bruker); the resulting bacterial pellet was analyzed by MALDI-TOF twice, with and without the addition of formic acid. The reference method was the identification of the microorganisms isolated from the positive bottles and cultivated in solid nutrient materials using MALDI-TOF mass spectrometry. Cohen's kappa coefficient of agreement and sensitivity of the method were calculated. The results show that there is almost perfect agreement between the two methods. The sensitivity of the method for Gram-negative bacteria is high, while the addition of formic acid in the pre-analytical stage significantly increases its sensitivity regarding the detection of Gram-positive bacteria. Limitations of the method appear to exist in the identification of polymicrobial samples. Despite its limitations, Rapid Sepsityper is a useful and credible alternative for the rapid microbial identification of positive blood cultures. Reducing the turnaround time allows for immediate decision making regarding the treatment of probable life-threatening blood stream infections and sepsis.