Στοχευμένη μεταγενομική ανάλυση, ως κλινικό εργαλείο, για την διερεύνηση της επίδρασης δέσμης παρεμβάσεων στο φορτίο γονιδιακής αντοχής σε ανοσοκατασταλμένους και βαρέως πάσχοντες παιδιατρικούς ασθενείς
Creators: name: Γιαμπάνη, Αθηνά Χρήστου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2021
Subjects: Γονιδίωμα αντοχής
Επιδημιολογική επιτήρηση
Μέτρα πρόληψης και ελέγχου των λοιμώξεων
Resistome
Epidemiological surveillance
Infection control measures

description: Η μικροβιακή αντοχή έχει αναγνωριστεί ως μια από τις πιο σημαντικές απειλές για τη δημόσια υγεία σε παγκόσμιο επίπεδο. Λοιμώξεις που προκαλούνται από πολυανθεκτικά βακτήρια σε παιδιατρικούς ασθενείς αυξάνουν σημαντικά τη νοσηρότητα, τη διάρκεια νοσηλείας, τη θνησιμότητα και το κόστος της ιατροφαρμακευτικής περίθαλψης. Στόχος της εργασίας αυτής είναι η διερεύνηση της αποτελεσματικότητας της PCR μεθόδου, ως ένα εργαλείο ενεργής επιτήρησης της μικροβιακής αντοχής, στην παιδιατρική ογκολογική μονάδα (Π/ΟΓΚ) και στην παιδιατρική μονάδα εντατικής θεραπείας (ΜΕΘ/Π) στο Γενικό Νοσοκομείο Θεσσαλονίκης «Ιπποκράτειο». Η ανίχνευση γονιδίων αντοχής απευθείας σε κλινικά δείγματα κοπράνων αξιολογήθηκε συγκριτικά με την καλλιέργεια αυτών σε καλλιεργητικό υλικό. Η μελέτη χωρίστηκε σε 3 περιόδους: την περίοδο αναφοράς, όπου γίνεται η πρώτη συλλογή δειγμάτων πριν την παρέμβαση, την περίοδο εφαρμογής εντατικοποιημένης δέσμης μέτρων παρέμβασης και την περίοδο αποτίμησης όπου γίνεται η δεύτερη συλλογή δειγμάτων μετά την παρέμβαση. Η παρουσία γονιδίων αντοχής εκτιμήθηκε μέσω της τεχνικής PCR μετά την απευθείας από κόπρανα απομόνωση DNA. Στο Π/ΟΓΚ ελέγχθηκε η παρουσία μίας καρβαπενεμάσης, blaKPC, και μίας ευρέος φάσματος β-λακταμάσης, blaCTXM-15-like καθώς και οι αποικισμοί από Candida albicans για την ευαισθησία τους ως προς τη βορικοναζόλη (VOR). Στη ΜΕΘ/Π ελέγχθηκε η παρουσία 4 καρβαπενεμασών: blaKPC, blaOXA-48-like, blaVIM and blaNDM και των β-λακταμασών blaTEM και blaSHV. Στο Π/ΟΓΚ, παρά την επιτυχημένη εφαρμογή της παρέμβασης, δεν επιτεύχθηκε μείωση του γονιδιακού φορτίου αντοχής, ενώ τα στελέχη C. albicans ήταν ευαίσθητα στην VOR. Στην ΜΕΘ/Π, η εφαρμογή των μέτρων οδήγησε σε μείωση αποικισμού από blaKPC, blaVIM και blaTEM. Μόνο για blaSHV παρατηρήθηκε αύξηση, ενώ σημειώθηκε μια περίπτωση αποικισμού από blaNDM και απουσία αποικισμού από blaOXA-48-like. Η εφαρμογή εντατικοποιημένων μέτρων πρόληψης και ελέγχου της μετάδοσης της βακτηριακής αντοχής φαίνεται ότι μπορεί να περιορίσει την εξάπλωση πολυανθεκτικών βακτηρίων. Η εφαρμογή στοχευμένων και προσαρμοσμένων μοριακών τεχνικών απευθείας σε κλινικά δείγματα ασθενών αποτελεί σημαντικό εργαλείο στην ενεργή επιτήρηση της μικροβιακής αντοχής.
description: Antimicrobial drug resistance is recognized as one of the most important global public health threats. Infections caused by multi-drug resistant bacteria (MDR-B) in pediatric patients significantly increase morbidity, mortality rates and costs allocated to healthcare systems. There is an urgent need to reduce the spread of these bacteria particularly in clinically extremely vulnerable patients. The aim of this project was to investigate whether targeted gene amplification directly on clinical samples can be used as a rapid and effective tool for active surveillance of antimicrobial resistance for the endemic MDR-B in Pediatric Oncology (PONCO) and Pediatric Intensive Care Unit (PICU) of Hippokration Hospital of Thessaloniki. The detection of targeted antimicrobial resistance genes directly in stools was compared to culture-based phenotypic analysis. The study had three phases: 1) The Baseline phase performed prior to intervention, when first screening and sample collection was performed, 2) the Intervention phase, when a bundle of enhanced infection control measures (EICM) was applied, and 3) the Evaluation phase following the intervention, when the second screening and sample collection was performed. MDR-B burden was assessed by PCR after DNA isolation directly from stool samples. At PONCO, the presence of one carbapenemase, blaKPC, and one extended-spectrum beta-lactamase, blaCTXM-15-like, was assessed by PCR. In addition, C. albicans isolates were tested for their sensitivity to voriconazole (VOR). At PICU, the presence of four carbapenemases: blaKPC, blaOXA-48-like, blaVIM, and blaNDM as well as of blaTEM and blaSHV were evaluated by PCR. At PONCO, despite the successful implementation of the intervention, reduction of MDR-B burden was not accomplished and all C. albicans isolates detected were sensitive to VOR. At PICU, the applied EICM led to decreased colonization of blaKPC, blaVIM and blaTEM. Increase was observed only for blaSHV, there was only one case of blaNDM colonization and no blaOXA-48-like colonizations were detected. Implementation of EICM has been shown that it may reduce the resistance burden in this clinical setting endemic to MDR-B. Direct implementation of a targeted and customized rapid molecular detection assay to clinical samples seems to be an effective clinical tool for the evaluation of antimicrobial stewardship measures.