Ανάλυση ποικιλότητας τριών πληθυσμών μαύρης πεύκης (pinus nigra) με τη χρήση μοριακών δεικτών τυχαία πολλαπλασιασμένου πολυμορφικού DNA (RAPD)
Creators: name: Τραγουδάρα, Ελένη Δημητρίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2008
Subjects: Μαύρη Πεύκη
Γενετική ποικιλότητα
Μοριακοί δείκτες
Pinus nigra
Genetic diversity
Molecular markers
RAPD
PCR

description: Σκοπός της παρούσας εργασίας ήταν η ανάλυση γενετικής ποικιλότητας σε τρειςπληθυσμούς Μαύρης πεύκης (pinus nigra) με τη χρήση μοριακών δεικτών τύπουRAPD με τη μέθοδο της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης. Από τουςπληθυσμούς αυτούς, ένας προέρχονταν από τον Ελλαδικό χώρο και συγκεκριμένααπό το Μέτσοβο, και δύο από το εξωτερικό, από τις χώρες της Γαλλίας (περιοχήGagneres) και Αυστρίας (περιοχή Alpes Seches). To φυτικό υλικό πουχρησιμοποιήθηκε ήταν το ενδοσπέρμιο των σπόρων, πενήντα ενδοσπέρμια ανάπληθυσμό. Η εκχύλιση του DNA από το ενδοσπέρμιο πραγματοποιήθηκε με τηνχρήση ενός τροποποιημένου πρωτοκόλλου της μεθόδου CTAB, αφού προηγουμένωςείχε δοκιμαστεί και η απομόνωση DNA με τη χρήση του σετ DneasyTM Plant MiniKit του οίκου QIAGEN. Στη συνέχεια εφαρμόστηκε η αλυσιδωτή αντίδρασηπολυμεράσης. Μετά από δοκιμή ενός ικανού αριθμού δεκαμερών εκκινητών RAPDεπιλέχθηκαν εκείνοι οι οποίοι έδιναν ευδιάκριτο και επαναλήψιμο προφίλ ζωνών.Ακολούθησε η καταγραφή των προϊόντων RAPD και στη συνέχεια η στατιστικήεπεξεργασία των στοιχείων με τη χρησιμοποίηση του προγράμματος στατιστικήςεπεξεργασίας POPGENE. Τα αποτελέσματα που εξήχθησαν από την στατιστικήανάλυση φανερώνουν την ύπαρξη μεγάλης γενετικής ποικιλότητας η οποίαεντοπίζεται κυρίως μέσα στους πληθυσμούς, με τιμή Hs= 0.3133, και λιγότερομεταξύ αυτών (Dst= 0.043) , παρόλο που όπως προέκυψε η διαφοροποίηση καιμεταξύ των πληθυσμών που μελετήθηκαν είναι σχετικά υψηλή. Η αναμενομένηετεροζυγωτία He κυµαίνονταν από 0.2734- 0.3473, ενώ η συνολική αναμενόµενηετεροζυγωτία ήταν 0.3570. Ο συντελεστής διαφοροποίησης βρέθηκε υψηλός Gst =12.25%. Οι γενετική απόσταση μεταξύ των πληθυσμών της Αυστρίας (Alpes Seches)και της Γαλλίας (Gagneres) ήταν 0.1065, μεταξύ των πληθυσμών της Γαλλίας(Gagneres) και της Ελλάδας (Μέτσοβο) ήταν 0.0597, ενώ μεταξύ των πληθυσμών τηςΑυστρίας (Alpes Seches) και της Ελλάδας (Μέτσοβο) ήταν 0.1045. Το δενδρόγραμματων σχέσεων των πληθυσμών δείχνει ότι οι πληθυσμοί της Γαλλίας και της Ελλάδαςσχηματίζουν μία ομάδα, ενώ ο πληθυσμός της Αυστρίας διαφοροποιείται από αυτήντην ομάδα.
description: The variation of three black pine populations was studied using molecular markers (RAPD). These populations were from Greece (Metsovo), France (Gagners) and Austria (Alpes Seches). DNAextraction from endosperms was curned out with the use of a modified CTAB method protocol. There was also tested another protocol (Dneasy Plant Mini Kit, Riagen). PCR-RAPD variation was studied by employing six RAPD primers. Gene diversity was found to be high (He+-0,3570). Genetic diversity was also high and is found to be mostly in populations (Hs=0,3133) and less between them (Dst=0,043). The results of the present study shows that there is a close relation between the populations of Greece and France and the population of Austria is isolated from the other two.