Évaluation du GeneXpert® MTB/RIF dans le diagnostic moléculaire de la tuberculose et de la résistance à la rifampicine en Algérie
Creators: name: YAMOUNI, Ferroudja
name: HENNICHE, Fatma Zohra
name: IFTICENE, Malika
name: CHABANI, Madjid
name: BENSERSA, Doria
name: OUADAH, Nour El Houda
name: NIHAD, Mansuer
name: ZEROUKI, Ali
Publisher: name: MTSI
Year: 2024

description: Evaluation of molecular diagnosis of tuberculosis and resistance to rifampicin with 


GeneXpert® MTB/RIF in Algeria


Objective. 1) To evaluate the contribution of the GeneXpert® MTB/RIF (GX) test in the diagnosis of pulmonary and extra-pulmonary tuberculosis compared to culture. 2) To compare the rifampicin results resistance obtained by GX with the phenotypic sensitivity test.


Materials and methods. Retrospective study carried out over a period of five years, from May 2017 to June 2022 at the microbiology laboratory of the Central army Hospital Mohamed Seghir Nekkache, Algiers (Algeria). The pulmonary and extrapulmonary clinical specimens were collected, cultivated, tested by GX PCR and direct examination by Ziehl-Neelsen staining. The study of sensitivity to antituberculosis drugs was performed according to the proportion method on liquid medium Bactec MGIT 960 (or on solid medium Lowenstein-Jensen at the Algerian Pasteur Institute).


Results. 310 samples were included in the final analysis of the study, of which 156 were of pulmonary origin and 154 of extrapulmonary origin. Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) was detected in 95 samples from 88 tuberculosis patients (sex ratio 2,03 and middle age 37 years) with 49 cases of pulmonary tuberculosis and 39 cases of extra-pulmonary tuberculosis. For 2 cases, the GX was positive while the culture was negative and for 11 cases, the GX was negative while the culture was positive. Thus, in our study and compared to culture, GX showed an overall sensitivity of 88.2%, a specificity of 98.6%, a positive predictive value (PPV) of 96.4% and a negative predictive value (NPV) of 95.2%. The analysis of the data according to the type of samples, the sensitivity, specificity, PPV and NPV of GX for the pulmonary and extrapulmonary samples were 96.3% vs. 77.0%, 98.0% vs. 99.1%, 96.2% vs. 96.5% and 98.0% vs. 92.7% respectively. The sensitivity of GX for disco-vertebral, lymph node, meningeal and pleural tuberculosis were 100%, 90.0%, 71.4% and 57.1% respectively. The sensitivity of GX for pulmonary tuberculosis compared to microscopy was 96% vs. 68%. The comparison of the results of detection of resistance to rifampicin by GX and by phenotypic methods showed perfect agreement.


Discussion and conclusion. A good sensitivity of GX compared to microscopy was revealed. The GX is a useful tool for the diagnosis of pulmonary tuberculosis, especially in smear-negative cases. The sensitivity of GX in extrapulmonary tuberculosis varied depending on the location of the infection. A negative result by GX does not exclude tuberculosis and cases of resistance to RIF detected by GX must be confirmed by phenotypic method.


Évaluation du GeneXpert® MTB/RIF dans le diagnostic moléculaire de la tuberculose et de la résistance à la rifampicine en Algérie


Objectif. Évaluer l’apport du test GeneXpert® MTB/RIF (GX) dans le diagnostic de la tuberculose pulmonaire et extra-pulmonaire par rapport à la culture bactérienne, et comparer les résultats de détection de la résistance à la rifampicine du GX par rapport au test de sensibilité phénotypique.


Matériel et méthodes. Étude rétrospective d’évaluation du test GX, réalisée sur une période de cinq ans allant de mai 2017 à juin 2022, par le laboratoire de microbiologie de l’Hôpital central de l’armée Mohamed Seghir Nekkache à Alger. Les échantillons cliniques pulmonaires et extra-pulmonaires ont été recueillis, mis en culture, et ont fait l’objet d’une PCR GX. L’examen direct a été effectué par coloration de Ziehl-Neelsen. L’étude de sensibilité aux antituberculeux a été réalisée selon la méthode des proportions sur milieu liquide « Bactec MGIT 960 » (ou sur milieu solide Lowenstein-Jensen à l’Institut Pasteur d’Algérie).


Résultats. 310 prélèvements ont été inclus dans l’analyse finale de l’étude. Au total, le complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC) a été détecté dans 95 prélèvements (dont 84 étaient positifs par le GX) provenant de 88 patients tuberculeux. La sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive positive et la valeur prédictive négative du GX par rapport à la culture pour les échantillons pulmonaires et extra-pulmonaires étaient respectivement de 96,3 % vs 77 %, 98 % vs 99,1 %, 96,2 % vs 96,5 % et 98 % vs 92,7 %. La sensibilité du GX pour la tuberculose disco-vertébrale, ganglionnaire, méningée et pleurale était respectivement de 100 %, 90 %, 71,4 % et 57,1 %. La sensibilité du GX pour la tuberculose pulmonaire comparée à la microscopie était de 96 % vs 68 %. La comparaison des résultats de détection de la résistance à la rifampicine par le GX et par méthodes phénotypiques a montré une concordance parfaite.


Conclusion. Dans la présente étude, une très bonne sensibilité de GX comparé à la microscopie a été révélée. Ce test a été d’un grand apport dans le diagnostic de la tuberculose pulmonaire particulièrement à frottis négatif. La sensibilité du GX dans le diagnostic de la tuberculose extra-pulmonaire est variable selon la localisation de la tuberculose. Un résultat négatif par le GX n’exclut pas la tuberculose. De plus, les cas de résistance à la rifampicine détectés par le GX doivent être confirmés par méthode phénotypique.
description: MTSI, Vol. 4 No 2 (2024): MTSI-Revue