Ταυτοποίηση ειδών του γένους Pseudo-nitzschia Peragallo (Βacillariophyceae) από Ελληνικά παράκτια ύδατα
Creators: name: Μοσχανδρέου, Κίμων Κ.
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2011
Subjects: Διάτομα
Συστηματική
Φυλογενετικές σχέσεις
Παραγωγή τοξινών
Diatoms
Systematics
Phylogenetic relationships
Toxin production

description: Δείγματα νερού συλλέχθηκαν από τις κυριότερες περιοχές καλλιέργειας και αλιείας διθύρων μαλακίων της Ελλάδας κατά την περίοδο Μάρτιος 2007 - Απρίλιος 2010. Από αυτά, απομονώθηκαν κύτταρα Pseudo-nitzschia και δημιουργήθηκαν 98 μονοκλωνικές καλλιέργειες, με σκοπό την ανίχνευση και ταυτοποίηση των ειδών Pseudo-nitzschia που απαντώνται στα ελληνικά παράκτια ύδατα (με χρήση μορφολογικών και μοριακών χαρακτήρων), τη διερεύνηση της ικανότητας παραγωγής τοξινών (δομοϊκό οξύ, DA) από στελέχη Pseudo-nitzschia σε συνθήκες καλλιέργειας, τη μελέτη του βαθμού μορφολογικής και γενετικής διαφοροποίησης των ειδών Pseudo-nitzschia και την εύρεση των μεταξύ τους φυλογενετικών σχέσεων. Η μορφολογική ανάλυση έγινε σε οπτικό (LM) και ηλεκτρονικό μικροσκόπιο διέλευσης (TEM), και για τη γενετική ανάλυση χρησιμοποιήθηκε ο πυρηνικός μοριακός δείκτης ITS2 (μεταγραφόμενος εσωτερικός διαχωριστής). Συνολικά, αναλύθηκαν 161 ακολουθίες (οι 34 από την παρούσα μελέτη). Η πλειοψηφία των καλλιεργούμενων στελεχών (88) εξετάστηκαν ως προς την ικανότητά τους να παράγουν DA, με Υγρή Χρωματογραφία Υψηλής Απόδοσης (υπεριώδους ανίχνευσης) με ανιχνευτή συστοιχίας φωτοδιόδων (HPLC-UV-DAD). Επιπρόσθετα, τρία στελέχη του είδους P. pseudodelicatissima, εξετάστηκαν σε συνθήκες μονοκαλλιέργειας στατικού τύπου με σκοπό τη διερεύνηση της φάσης ανάπτυξης στην οποία παράγουν DA. Συνολικά, αναγνωρίστηκαν και περιγράφηκαν 15 τάξα: τα P. brasiliana, P. delicatissima, P. galaxiae, P. mannii και P. subfraudulenta, τα οποία αναφέρονται για πρώτη φορά από τα ελληνικά νερά, το P. subpacifica, το οποίο αναφέρεται για πρώτη φορά στη λεκάνη της Μεσογείου, και τα P. calliantha, P. fraudulenta, P. multiseries, P. multistriata, P. pseudodelicatissima και P. pungens var. pungens. Επίσης, ανιχνεύτηκαν τρεις μορφότυποι: P. cf. dolorosa, P. cf. delicatissima και P. cf. pseudodelicatissima. Η ταυτοποίηση των παραπάνω ειδών επιβεβαιώθηκε και με τις φυλογενετικές αναλύσεις. Επιπρόσθετα, η φυλογενετική ανάλυση ανέδειξε υψηλότερα, από τα ήδη γνωστά, επίπεδα γενετικής ποικιλότητας στο γένος. Συγκεκριμένα, ο μορφότυπος P. cf. pseudodelicatissima πιθανότατα συνθέτει με τα είδη P. calliantha και P. mannii ένα σύμπλεγμα ειδών ‘εν τω γεννάσθαι’. Ο μορφότυπος P. cf. delicatissima πιθανότατα αποτελεί μία περίπτωση ημικρυπτικής διαφοροποίησης στο P. delicatissima σύμπλεγμα ειδών. Επιπρόσθετα, στα είδη P. brasiliana, P. delicatissima, P. fraudulenta, P. galaxiae, P. arenysensis και P. cuspidata παρατηρήθηκε ενδοειδική γεωγραφική διαφοροποίηση (γεωγραφικά απομακρυσμένες παραλλαγές του ITS2 του ίδιου είδους). Δομοϊκό οξύ ανιχνεύθηκε σε καλλιέργειες τριών τάξα (P. pseudodelicatissima, P. pungens var. pungens και P. galaxiae), και μάλιστα για το είδος P. pseudodelicatissima και την ποικιλία P. pungens var. pungens αναφέρθηκε για πρώτη φορά. Και στα τρία στελέχη P. pseudodelicatissima που εξετάστηκαν, ανιχνεύθηκε DA από τα μέσα περίπου της εκθετικής φάσης, σε χαμηλές συγκεντρώσεις, και έφτασε τα μέγιστα επίπεδα κατά το τέλος της εκθετικής φάσης και κατά τη διάρκεια της στάσιμης φάσης ανάπτυξης. Αντίστοιχα αποτελέσματα έχουν παρατηρηθεί και σε προγενέστερες μελέτες παραγωγής DA από άλλα είδη του γένους Pseudo-nitzschia.
description: Samples were collected from the main shellfish farming and harvesting areas along the Greek coasts during the period March 2007 - April 2010. From these samples, Pseudo-nitzschia cells were isolated and 98 clonal cultures were established, aiming to detect and identify the species Pseudo-nitzschia in Greek coastal waters (by using morphological and molecular characters), investigate the capability of toxin (domoic acid, DA) production by Pseudo-nitzschia strains in culture, estimate the degree of morphological and genetic divergence between Pseudo-nitzschia species and define their phylogenetic relationships. Morphological analysis was conducted in light (LM) and transmission electron microscopes (TEM), and the ITS2 region (internal transcribed spacer 2) was used for genetic analysis. Totally, 161 sequences were analyzed (34 derived from the present study). The majority of the cultures (88) were tested for DA production with the aid of a high-performance liquid chromatography coupled with UV-diode array detection (HPLC-UV-DAD). Furthermore, three P. pseudodelicatissima strains were studied over the course of a batch culture growth experiment in order to investigate the growth phase that DA is produced. Fifteen Pseudo-nitzschia taxa were identified and morphologically described: P. brasiliana, P. delicatissima, P. galaxiae, P. mannii and P. subfraudulenta, reported for the first time from Greek waters, P. subpacifica, recorded for the first time from the Mediterranean basin, and P. calliantha, P. fraudulenta, P. multiseries, P. multistriata, P. pseudodelicatissima and P. pungens var. pungens. Three morphotypes were also found: P. cf. dolorosa, P. cf. delicatissima and P. cf. pseudodelicatissima. Identification was confirmed by phylogenetic analysis. This, additionally, revealed higher than previously estimated levels of genetic diversity. In particular, P. cf. pseudodelicatissima morphotype, along with the P. calliantha and P. mannii species, probably constitutes a case of potential incipient speciation. The morphotype P. cf. delicatissima probably corresponds to a case of semi-cryptic speciation within the P. delicatissima species complex. In addition, intraspecific genetic variation consistent with geographical differentiation was revealed, for the species P. brasiliana, P. delicatissima, P. fraudulenta, P. galaxiae, P. arenysensis and P. cuspidata (geographically distant ITS2 variants of the same species). Domoic acid was detected in cultures of three taxa (P. pseudodelicatissima, P. pungens var. pungens and P. galaxiae), and for species P. pseudodelicatissima and the variety P. pungens var. pungens was referred for the first time. The three examined Pseudo-nitzschia pseudodelicatissima strains indicated low levels of DA production during the mid-exponential phase and highest DA concentrations in late exponential and stationary phase, which are in accordance with existing data for other Pseudo-nitzschia species.