Σχεδιασμός, σύνθεση και φαρμακοχημική μελέτη νέων υβριδικών παραγώγων με πιθανή βιολογική δράση
Creators: name: Κατσαμάκας, Σωτήριος Ν.
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2015
Subjects: Αντιφλεγμονώδη
Αντιβακτηριακά
Υβριδικά μόρια
Υπολογιστικά υποβοηθούμενος σχεδιασμός φαρμάκων
Antiinflammatory
Antibacterials
Hybrid molecules
Computer Aided Drug Design

description: Τα τελευταία χρόνια η φιλοσοφία και η έρευνα πλειοτρόπων υβριδικών μορίων βρίσκεται σε άνθιση. Τα υβριδικά μόρια αποτελούν προϊόντα ορθολογικού σχεδιασμού και προκύπτουν από τον συνδυασμό δύο ή περισσοτέρων φαρμακοφόρων ομάδων σε ένα μόριο και παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον στην θεραπεία ασθενειών με πολύπλοκη αιτιολογία, στις οποίες η θεραπευτική προσέγγιση περιλαμβάνει συνήθως συνδυασμό φαρμάκων. Στην παρούσα διατριβή ασχοληθήκαμε με δύο κατηγορίες υβριδικών πολυδραστικών μορίων, ο σχεδιασμός των οποίων βασίστηκε: στα πιο πρόσφατα βιβλιογραφικά δεδομένα, καθώς επίσης και στα κρυσταλλογραφικά δεδομένα των ενζύμων LOX, COX-2, θρυψίνης, ATX, PDE-2, DNA GyrB, topoIV ParE που ανακτήθηκαν από την τράπεζα δεδομένων πρωτεϊνών. Την πρώτη ομάδα αποτελούν τα υβριδικά παράγωγα του βαρβιτουρικού/θειοβαρβιτουρικού οξέος. Οι πυριμιδινο-2,4,6(1H,3H,5H)-τριόνες και οι 2-θειοξο-διυδροπυριμιδινο-4,6(1H,5H)-διόνες συνδυάστηκαν, ως συμπυκνωμένα Knoevenagel παράγωγα, με διάφορες γνωστές δραστικές αντιοξειδωτικές/αντιφλεγμονώδεις ομάδες και δημιουργήθηκε μια πρωτότυπη βιβλιοθήκη που δοκιμάσθηκε για την πρόσδεση των μορίων με τα κρυσταλλογραφικά δεδομένα των πρωτεϊνών (LOX, COX-2, θρυψίνη, ATX και PDE-2). Πολυδραστικά μόρια επιλέχθηκαν για να συντεθούν και μελετήθηκαν βιολογικά στους επιλεγμένους βιολογικούς στόχους. Την δεύτερη ομάδα υβριδικών μορίων αποτελούν ανάλογα της οροϊδίνης ενός αλκαλοειδούς με αντιβακτηριδιακή δράση κατά των Gram (+) βακτηρίων. Εφαρμόσθηκαν CADD τεχνικές με συνδυασμό των LBDD και SBDD με την βοήθεια των οποίων επιλέχθηκαν οι κατάλληλες ενώσεις που συνδυάζουν διάφορες φαρμακοφόρες ομάδες συνδεδεμένες μεταξύ τους μέσω μιας αμιδικής ακόρεστης αλυσίδας, εισάγοντας δύσκαμπτους ετεροκυκλικούς δακτυλίους που διατηρούν την αμινομάδα ελεύθερη προς αντικατάσταση του μητρικού ευλύγιστου αμινοϊμιδαζολικού άκρου του μορίου της οροϊδίνης, δημιουργώντας μια βιβλιοθήκη μορίων που δοκιμάσθηκε για την πρόσδεση με τα κρυσταλλογραφικά δεδομένα της πρωτεΐνης E. coli DNA GyrB. Επιλέχθηκαν να συντεθούν και να μελετηθούν βιολογικά τα μόρια με την χαμηλότερη βαθμονόμηση. Για την σύνθεση των νέων ενώσεων, εφαρμόσθηκαν γνωστές αλλά και τροποποιημένες αντιδράσεις και τεχνικές. Καταβλήθηκε προσπάθεια να βρεθούν μέθοδοι απλές στην εφαρμογή και αποτελεσματικές στην απόδοση. Περιγράφηκαν οι μηχανισμοί των αντιδράσεων. Οι ενώσεις καθαρίστηκαν με διάφορες τεχνικές και ταυτοποιήθηκαν με μεθόδους ενόργανης ανάλυσης. Βρέθηκαν οι φυσικοχημικές ιδιότητες που πρέπει να διαθέτουν τα νέα μόρια (μοριακός όγκος, στερεοχημεία). Οι ενώσεις μελετήθηκαν σε όλους τους πρωτεϊνικούς στόχους που είχαν επιλεχθεί και προσδιορίσθηκε πειραματικά in vitro το αντιοξειδωτικό τους προφίλ. Τα βιολογικά αποτελέσματά επιβεβαιώνουν ότι οι ενώσεις TH35, TH19, TH31, TH36 και LJ39 αποτελούν πλειοτρόπα υβριδικά παράγωγα. Ειδικότερα, η ένωση TH35 αποτελεί δραστικό αναστολέα των ενζύμων LOX, COX-2 και PDE-2. Οι ενώσεις TH19 και TH31 αποτελούν ισχυρούς αναστολείς της θρυψίνης, της COX-2, της ATX, ενώ η ένωση TH36 είναι δραστικός αναστολέας της COX-2 με ικανοποιητική νευροπροστασία των κυττάρων HT22. Οι αντιοξειδωτικές ιδιότητες δικαιολογούν εν μέρει την ανασταλτική δράση των ενώσεων επί της LOX και COX-2. Οι ενώσεις με τον κωδικό LJ μελετήθηκαν για την αναστολή της DNA gyrase του S. aureus και της τοποϊσομεράσης IV από E. coli και S. aureus. Η ένωση LJ39 παρουσιάζει ιδιαίτερο ενδιαφέρον ως πλειοτρόπο μόριο (ισχυρός αναστολέας COX-2), ενώ η LJ24 προκαλεί ισχυρή αναστολή της θρυψίνης. Το υβρίδιο TH18 έδωσε επί 24 ώρες ανοχή στον πόνο που προκαλείται από θερμικό ερέθισμα επηρεάζοντας τον ουδό του πόνου. Οι ενώσεις TH18, TH19 και TH16, παρουσιάζουν τη μεγαλύτερη προσέγγιση "στο ιδανικό φάρμακο".
description: Nowadays the research of pleiotropic hybrid molecules is flourishing. Hybrid molecules are products of rational design bearing two or more pharmacophore moieties in a single molecule, presenting a unique interest on the treatment of complex diseases replacing common therapeutic approaches which include the simultaneously usage of several drugs. In this dissertation we dealt with two distinct classes of hybrid multifunctional molecules. The design of these molecules whom was based on the most recent literature data and the crystallographic data of the enzymes LOX, COX-2, Trypsin, ATX, PDE-2, DNA GyrB, topoIV ParE taken from the PDB. The first group includes hybrid derivatives of babrituric/thiobarbituric acid. The pyrimidine-2,4,6(1H,3H,5H)-trione and 2-thioxo-dihydropyrimidine-4,6(1H,5H)-dione were combined with various biologically active moieties through a Knoevenagel condensation. The products compiled a novel library that was subjected to docking simulations over the protein X-ray data (LOX, COX-2, trypsin, ATX and PDE-2). Molecules that showed a multifunctional profile have been chosen to be chemically synthesized and biologically studied over the selected biological targets. The second group is consisted by hybrid molecules, analogues of the alkaloid Oroidin, which is known for its antibacterial activity against Gram (+) bacteria. Computer aided drug design techniques were applied which in combination with LBDD and SBDD pointed to the more suitable derivatives, bearing different pharmacophores linked via a peptide bond and an unsaturated chain, introducing the oroidin flexible aminoimidazole ending replacement by rigidified heterocyclic rings that maintained the free amine. The compiled library of molecules was screened for their binding over the E. coli DNA GyrB crystal data. The structures with the lowest scoring function were selected to be synthesized. The synthesis of the novel compounds was based on the implementation of known and modified procedures and techniques in an attempt to have efficient yields. All the compounds were purified through various techniques and identified by contemporary spectrometric analysis. Through this study, the physicochemical properties (molar volume, stereochemistry) that are significant and optimum for the biological activities of the novel hybrids, were found. The derivatives were studied in vitro over all the selected biological targets. Their antioxidant activities were determined as well. The biological results confirm that compounds TH35, TH19, TH31, TH36 and LJ39 are pleiotropic hybrid derivatives. Especially, compound TH35 constitutes a potent inhibitor for the enzymes LOX, COX-2 and PDE-2. Compounds TH19 and TH31 were found to be potent inhibitors of trypsin, COX-2, ATX, whereas compound TH36 exhibited a potent inhibitory activity of COX-2 with satisfactory neuroprotection over the HT22 cell line. Their antioxidant properties explain in part their inhibitory activity over LOX and COX-2. Analogues of oroidin of the series LJ, were studied for their bacterial inhibition on E. coli and S. aureus strains of DNA gyrase and Topo IV. LJ39 presents an exceptional interest as pleiotropic molecule (potent inhibitor of COX-2) while compound LJ24 strongly inhibits trypsin. Hybrid molecule TH18 resulted to a 24h tolerance of pain induced by a heat stimuli. Compounds TH18, TH19 and TH16 through their physicochemical properties are presenting the best "druglikeness profile".