Μελέτη της γενετικής παραλλακτικότητας και ταυτοποίηση Ελληνικών ποικιλιών ροδιάς (Punica granatum L.) με τη χρήση μοριακών δεικτών:
Creators: name: Μελίδου, Χαρίκλεια Ιορδάνη
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2013
Subjects: μικροδορυφόροι
διάκριση ποικιλιών
συσχέτιση μορφολογικών μοριακών δεδομένων
SSR
genotyping
association analysis

description: Η ακριβής και αξιόπιστη ταυτοποίηση των ποικιλιών που είναι αναγκαία για την πιστοποίηση του πολλαπλασιαστικού υλικού είναι πολύ δύσκολη όταν βασίζεται αποκλειστικά σε μορφολογικά δεδομένα. Στα δενδρώδη, είναι σημαντικό η διάκριση να γίνεται αξιόπιστα σε νεαρό στάδιο. Σκοπός της παρούσης διατριβής είναι η μελέτη της χρησιμότητας των μοριακών δεικτών (SSR) στην αποτύπωση της γενετικής παραλλακτικότητας αλλά και στην ταυτοποίηση Ελληνικών ποικιλιών – γενοτύπων ροδιάς (Punica granatum L.). Για το σκοπό αυτό χρησιμοποιήθηκαν 11 δείκτες SSR και αναλύθηκαν για την ικανότητά τους να διακρίνουν 47 Ελληνικούς και ξενικούς γενότυπους ροδιάς. Όλοι οι δείκτες ήταν πολυμορφικοί και ο αριθμός των διαφορετικών αλληλομόρφων που ενισχύθηκαν κυμάνθηκε από 4 έως 21 με μέσο όρο 11, η αναμενόμενη ετεροζυγωτία (He) κυμάνθηκε από 0,440 έως 0,923 με μέσο όρο 0,740 και ο δείκτης περιεχόμενης πληροφορίας πολυμορφισμού (PIC) κυμάνθηκε από 0,788 έως 0,957 με μέσο όρο 0,830. Για 35 μορφολογικά γνωρίσματα (εξαρτημένες μεταβλητές) έγινε ανάλυση συσχέτισης με τα μοριακά δεδομένα (ανεξάρτητες μεταβλητές) για να εντοπιστούν πληροφοριακοί δείκτες που συνδέονται με κάθε γνώρισμα. Ένας δείκτης (Pom021) εμφανίζεται σε 9 συσχετίσεις, κυρίως σε γνωρίσματα του καρπού. Αναγνωρίστηκαν γνωρίσματα με στατιστικά σημαντικό βαθμό συσχέτισης με τα μοριακά δεδομένα. Για 15 από τους γενότυπους έγινε ανάλυση μοριακών και μορφολογικών δεδομένων και συγκρίθηκαν οι δύο ομαδοποιήσεις με τον έλεγχο Mantel όπου εμφάνισαν μικρή συσχέτιση (rAB=0.322). Συμπερασματικά, το σύστημα των 11 δεικτών SSR που χρησιμοποιήθηκαν ήταν αποτελεσματικό στην ανάλυση των 40 Ελληνικών και 7 ξενικών γενοτύπων ροδιάς. Οι Ελληνικές ποικιλίες ροδιάς φαίνεται να έχουν στενή γενετική βάση και οι ομοιότητές τους πιθανόν εξηγούνται από την καλλιέργεια μεμονωμένων δέντρων (κλώνους), όπου με την πάροδο των ετών, εμφανίζουν διαφορετικά ονόματα στις διάφορες περιοχές.
description: Plant variety identification is crucial for certification of plant propagation material and is very difficult when based exclusively on morphological data. For trees varieties the discrimination in young stage is essential. The aim of this study was to examine the use of molecular markers (SSR) in identification of Greek varieties – genotypes of pomegranate (Punica granatum L.). For this purpose, 11 primers SSR were used for discrimination of 47 pomegranate genotypes. All markers were polymorphic and number of alleles ranged from 4 to 21 with an average of 11; the expected heterozygosity ranged from 0.440 to 0.923 with an average of 0.740, and the polymorphic information content (PIC) ranged from 0.788 to 0.957 with an average of 0.830. Stepwise regression analysis between molecular data as independent variables and morphological data as dependent variables was performed to identify informative markers associated with 35 morphological traits. The results show that the marker Pom021 appears in 9 correlations, especially in traits of fruit. Hierarchical cluster analysis was performed for 15 genotypes where morphological data were available and distances of morphological and molecular data were compared with Mantel test. The result showed low correlation (rAB=0.322). In conclusion, the system of 11 SSR markers that was used was effective to discriminate the Greek varieties – genotypes of pomegranate. The Greek pomegranate varieties seem to have a close genetic base and their similarities probably can be explained by the clonal reproduction of single varieties that may be known with different names in different areas.