Caratterizzazione molecolare di ceppi di Listeria monocytogenes isolati da matrici alimentari e da fonti umane
Creators: name: Costa, Antonella
name: Gattuso, Antonietta
name: Giammanco, Anna
name: Torresi, Marina
name: Alio, Vincenzina
name: Butera, Gaspare
name: Fasciana, Teresa
name: Castello, Annamaria
name: Cardamone, Cinzia
name: Pomilio, Francesco
Publisher: name: INFN Open Access Repository
Year: 2022
Subjects: Listeria monocytogenes
Whole Genome Sequencing
MLST
sierogruppo IVb

description: Scopo del lavoro è stato la caratterizzazione molecolare di ceppi di L. monocytogenes (L.m.) isolati da alimenti e<br> dall’uomo nel triennio 2019-2021. Un totale di 67 ceppi di L.m. sono stati isolati (norma UNI EN ISO 11290-1:2017)<br> presso i laboratori di Microbiologia degli alimenti dell’IZS Palermo da diverse matrici alimentari con prevalenza di<br> alimenti pronti quali prodotti lattiero-caseari, a base di carne, ittici, vegetali, prelevati nell’ambito dei campionamenti dei<br> Servizi Veterinari delle ASP. Gli isolati batterici sono stati conservati a –20 °C in Microbank ed in seguito inviati al LNR<br> di Teramo per la determinazione del sierogruppo (PCR-Multiplex) e successiva indagine molecolare (MLST e Whole<br> Genome Sequencing -WGS). Il sequenziamento è stato effettuato su piattaforma NextSeq 500 Illumina e l’analisi dei<br> dati eseguita su una piattaforma bioinformatica e di raccolta dati del LNR L.m., denominata GenPat.<br> Presso i laboratori ospedalieri di Palermo (Ospedale Civico, Ospedali Riuniti Villa Sofia-Cervello e Azienda Ospedaliera<br> Universitaria Policlinico, quest’ultimo anche Laboratorio di Riferimento Regionale per la listeriosi) sono stati isolati n.<br> 39 ceppi clinici di L.m. I ceppi, insieme alle schede per la raccolta dei dati epidemiologici, sono stati inviati all’Istituto<br> Superiore di Sanità (ISS-Operational Contact Point microbiologico per L.m.) per la caratterizzazione molecolare<br> mediante WGS. Il sequenziamento è stato effettuato su una piattaforma IonTorrent S5 e l’analisi è stata eseguita<br> automaticamente su una piattaforma bioinformatica e di raccolta dati, denominata IRIDA-ARIES.<br> I risultati sulla caratterizzazione molecolare dei ceppi isolati dagli alimenti hanno mostrato una prevalenza del<br> sierogruppo IVb (70%), seguito dal IIa (24%), dal IIb (4.5%) e dal IIc (1.5%). Il 46.3% dei ceppi, tutti appartenenti al<br> sierogruppo IVb, sono stati isolati da mozzarella e formaggio a pasta filata, prelevati presso una stessa azienda<br> produttrice, durante controlli ufficiali, nel periodo agosto-settembre 2020, a seguito di positività rilevata in autocontrollo.<br> I risultati del sequenziamento effettuato dal LNR hanno evidenziato l’esistenza di cluster di ceppi appartenenti al Clonal<br> Complex (CC) 2, CC199 e CC1. In particolare, tutti i ceppi isolati nello stesso caseificio, sia nel periodo considerato che<br> in un successivo campionamento a gennaio 2022, appartenevano al CC2 e Sequence Type 2 (ST2).<br> Riguardo i ceppi clinici, l’analisi filogenetica dei genomi dei 39 isolati di L.m. ha consentito l’identificazione di un<br> Cluster_90 composto da 25 ceppi dei quali 6 isolati nel 2019, 16 nel 2020 e 1 nel 2021. I 25 ceppi sono risultati<br> appartenere al sierogruppo IVb, ST2 e CC2 presentando tra loro una differenza allelica al core genome MLST compresa<br> tra 0 e 12. Da sottolineare la presenza di 8 ceppi, isolati tra ottobre 2019 e agosto 2021, associati a casi materno<br> neonatali.<br> Le sequenze genomiche dei 39 ceppi clinici di L.m. sono state confrontate con le sequenze depositate nel database<br> IRIDA-ARIES. Dall’analisi è emerso che al Cluster_90, ST2 appartenevano anche 3 ceppi isolati in Lombardia (2 nel<br> 2019, 1 nel 2020), 2 in Piemonte, 1 nel Lazio, 1 in Toscana nel 2020 e 2 ceppi isolati in Sicilia (1 nel 2019 da Siracusa e<br> 1 nel 2020 dalla provincia di Palermo).<br> Il presente studio ha permesso di avviare la costruzione di una rete integrata medico/veterinaria tra laboratori per<br> potenziare il sistema di sorveglianza della listeriosi nella regione Sicilia.