Γενετική Ανάλυση Πληθυσμών του Είδους Dicentrarchus labrax
Creators: name: Σιαμέτης, Αθανάσιος Παύλου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2016
Subjects: Dicentrarchus labrax
Λαβράκι
Γενετική πληθυσμών
Sea bass
Population genetics

description: Σκοπός της παρούσας μεταπτυχιακής εργασίας, είναι η εκτίμηση της γενετικής κατάστασης των ελληνικών άγριων και καλλιεργούμενων πληθυσμών του είδους Dicentrarchus labrax. Για το σκοπό αυτό, χρησιμοποιήθηκε ένας μεγάλος αριθμός δειγμάτων για ανάλυση τόσο με μικροδορυφορικούς δείκτες (SSRs), όσο και με απλούς νουκλεοτιδικούς πολυμορφισμούς (SNPs). Από τα αποτελέσματα φάνηκε ότι οι 11 μικροδορυφορικοί δείκτες που χρησιμοποιήθηκαν κρίνονται κατάλληλοι για μελέτες γενετικής πληθυσμών του είδους. Σε επίπεδο πληθυσμού, τόσο με τη χρήση μικροδορυφορικών δεικτών, όσο με τη χρήση SNPs, φαίνεται ότι οι πληθυσμοί δεν έχουν επηρεαστεί με την πάροδο των χρόνων και κρατούν σταθερή τη γενετική τους σύσταση. Γενικά, από τις τιμές των γενετικών παραμέτρων προκύπτει ότι οι μελετώμενοι πληθυσμοί λαβρακιού χαρακτηρίζονται από υψηλά επίπεδα πολυμορφισμού και ποικιλότητας. Επίσης, σημαντικός είναι ο διαχωρισμός των πληθυσμών του Αιγαίου και του Ιονίου πελάγους. Όσον αφορά τους καλλιεργούμενους πληθυσμούς που μελετώνται, αυτοί διαφέρουν σημαντικά τόσο μεταξύ τους, όσο και με όλους τους άγριους πληθυσμούς, υποδεικνύοντας ότι η αλληλεπίδρασή τους είναι μειωμένη. Τέλος, παρουσιάζεται μία νέα μέθοδος η οποία μπορεί να κατατάξει και να αξιολογήσει SNP δείκτες ανάλογα με το πόσο πληροφοριακοί είναι. Από τις αναλύσεις με κατάλληλα προγράμματα, φάνηκε ότι με τη χρήση ενός μικρού αριθμού από αυτά τα πληροφοριακά SNPs και την ύπαρξη πληθυσμών αναφοράς μπορούμε να εκτιμήσουμε με σχετικά μεγάλη ακρίβεια είτε από ποιο πληθυσμό επ’ ακριβώς προέρχεται ένα άτομο, είτε από ποιο σύνολο πληθυσμών. Αυτό θα μπορούσε να αποτελέσει τη βάση ανάπτυξης ενός πολύ σημαντικού και φθηνού εργαλείου ιχνηλασιμότητας, με εφαρμογή τόσο σε μελέτες γενετικής πληθυσμών, όσο και σε εμπορικά προϊόντα.
description: The purpose of this thesis, is to assess the genetic status of Greek wild and farmed populations of Dicentrarchus labrax species. For this purpose, a large number of samples was analyzed both using microsatellite markers (SSRs) and Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). The results showed that the 11 microsatellite markers used, fit for population genetics studies of seabass. At population level, so using microsatellite markers as using SNPs, seems that populations have not been affected over the years and keep constant their genetic composition. Generally, the values of genetic parameters being studied, shows that bass populations are characterized by high levels of polymorphism and diversity. Also, there is an important separation of Aegean and Ionian seas populations. Concerning farmed populations studied, they differ considerably both among themselves and with all wild populations, indicating that there is little interaction among them. Finally, a new method which can rank and evaluate SNP markers depending on how informative they are, is presented. By analyzing with the appropriate software, it was shown that by using a small number of these informative SNPs and reference populations, one can estimate with relatively high accuracy or to what population one person belongs, or in which set of populations. This could form the basis for developing a very important and cost-effective traceability tool, applying both in population genetics studies, and in commercial products.