title: Archaeal community profiling using T-RFLP along a latitudinal transect in the Atlantic Ocean
Creators: name: Sulzer, Claudia
Publisher: name: :none
Year: 2013

description: Marine Archaeen sind in der Wassersäule der Ozeane allgegenwärtig. Mittels T-RFLP (Terminaler-Restriktions-Längen-Polymorphismus) von amplifizierten 16S rRNA Genfragmenten wurde deren horizontale und vertikale Verbreitung entlang eines Transekts im Atlantischen Ozean analysiert. Die anschließende Analyse und Klassifizierung der T-RFLP Fragmente in OTUs (Operationale Taxonomische Einheiten), erfolgte in silico. Um eine höhere phylogenetische Auflösung zu erhalten, wurden ergänzend Klon-Bibliotheken angelegt. Die höchste Archaeen-Diversität fand sich im Epipelagial (0-100 m Tiefe, 57 OTUs). Sie nahm gegen die tiefer liegenden Zonen ab; am niedrigsten war die Diversität im Bathypelagial (1000-4000 m Tiefe, 20 OTUs). Hinsichtlich längengrad-bedingter Diversitätsunterschiede innerhalb der einzelnen pelagischen Zonen, zeigten sich folgende Tendenzen: Die Diversität in südlichen ozeanischen Provinzen des Epipelagials war höher als in den nördlichen Provinzen. Die nördlichen Provinzen der tieferen Zonen waren hingegen reicher an OTUs als die südlichen Provinzen. Einige OTUs zeigten eine eindeutige Tiefenpräferenz. Insgesamt wurden 67 OTUs detektiert, davon stellten 5 OTUs mehr als 54% der relativen OTU Fragment-Abundanz. 62 OTUs waren wenig abundant, charakterisieren aber spezifische Gemeinschaften. Die durch die Klon-Bibliothek zugewiesenen OTUs waren größtenteils den Euryarchaea (Marine Gruppe II Archaea) zuordenbar. Für epipelagische Gewässer zeigte sich, dass Archaeen Gemeinschaften auf bestimmte ozeanische Provinzen beschränkt sind. Dieser Trend setzte sich in tiefere, pelagische Zonen fort; die Tendenz nahm jedoch mit zunehmender Tiefe ab.
description: Marine pelagic Archaea are ubiquitously distributed throughout the water column of the world’s oceans. The horizontal and vertical distribution of archaeal OTUs (operational taxonomic units) throughout the water column of a latitudinal transect in the Atlantic Ocean was determined via T-RFLP (terminal restriction fragment length polymorphism) of amplified archaeal 16S rRNA gene fragments and supplemented with clone libraries. The highest archaeal diversity was found in epipelagic waters (0-100 m depth; 57 OTUs) and decreased towards deeper layers, being lowest in bathypelagic waters (1,000-4,000 m depth; 20 OTUs). In terms of latitude and depth, archaeal OTU richness lacked a clear trend, but showed a tendency of higher observed and estimated OTU richness in the epipelagic waters of the southern provinces than in the northern provinces. In contrast, higher OTU richness was found in northern provinces in mesopelagic to abyssopelagic waters than in southern provinces. A depth preference of certain OTUs was evident. Five phylotypes made up the majority of relative abundance of OTU fragments, whereas 62 relatively low abundant, rare OTUs accounted for the resulting archaeal diversity. Affiliated sequences to our OTU fragments were mainly assigned to the phylum of Euryarchaea (Marine Group II Archaea). Overall, there is evidence of specific archaeal clusters in distinct oceanic provinces. These clusters of archaeal communities are detected not only in epipelagic but even in meso- and upper bathypelagic waters albeit the number of distinct clusters decreases with depth.