Γενική και εξειδικευμένη μοριακή ταυτοποίηση φυτοπλασμάτων σε διάφορους ξενιστές στην Ελλάδα
Creators: name: Σαΐνης, Παύλος Αλέξανδρου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2007
Subjects: Φυτοπλάσματα
Εστιασμένη PCR
Stolbur
Aster Yellows
ESFY
Μοριακή ταυτοποίηση
Nested PCR
Molecular identification

description: Στην εργασία αυτή αναπτύχθηκαν δοκιμές εστιασμένης PCR για την ανίχνευσηφυτοπλασμάτων. Με βάση δημοσιευμένες αλληλουχίες, σχεδιάστηκαν 7 νέοιεκκινητές για τον πολλαπλασιασμό τμήματος του γονιδίου 16S rRNA και της 16S-23S Δια-Γονιδιακής Διαχωριστικής Περιοχής. Η αποτελεσματικότητα των εκκινητώναξιολογήθηκε έναντι 12 απομονώσεων φυτοπλασμάτων από διαφορετικά είδη ταοποία ανήκαν σε 7 φυλογενετικές ομάδες: 16SrI (Aster yellows group), 16SrII(Peanut WB group), 16SrIII (X-disease group), 16SrV (Elm yellows group), 16SrVII(Ash yellows group), 16SrX (Apple proliferation group) και 16SrXII (Stolbur group).Επίσης, σχεδιάστηκαν και αξιολογήθηκαν 5 εστιασμένοι εκκινητές για τηνεξειδικευμένη ανίχνευση των AY, STOL, AP και ESFY. Για τη μελέτη τηςπαρουσίας φυτοπλασμάτων στην Ελλάδα, συλλέχθηκαν κατά τα έτη 2004-2006, 213δείγματα από καλλιέργειες κηπευτικών (ντομάτας, πιπεριάς), καπνού, καρποφόρωνδέντρων και αμπέλου, με συμπτώματα που σχετίζονται με προσβολές απόφυτοπλάσματα καθώς και 437 αυτοφυή φυτά (με/ή χωρίς συμπτώματα). Ορισμένεςαπομονώσεις προσδιορίστηκαν και με αλληλούχιση των προϊόντων της PCR ή/καιπέψη με περιοριστικά ένζυμα. Το STOL ανιχνεύθηκε στο σύνολο των δειγμάτωνντομάτας και κερασοντομάτας με συμπτώματα. Επίσης, ανιχνεύθηκε σε δείγματαπιπεριάς, καπνού, αμπέλου σε πολύ μικρή συχνότητα καθώς και στα ζιζάνια Cirsiumarvense, Xanthium strumarium, Convolvulus arvensis και Solanum nigrum. Σταζιζάνια Amaranthus sp., A. retroflexus, A. albus, C. arvense, Heliotropiumeuropaeum, S. elaeagnifolium, S. nigrum, Portulaca oleracea και Tribulus terrestrisανιχνεύθηκε το AY. Σημαντικό πρόβλημα της δαμασκηνιάς, αποτελεί η ασθένειαΕυρωπαϊκός ίκτερος των πυρηνοκάρπων (σε μερικούς οπωρώνες κυμαινόταν από 10έως 50%), ενώ ανιχνεύθηκε και σε φυτείες ροδακινιάς, βερικοκιάς και αμυγδαλιάς.
description: In this study nested PCR assays were developed for the detection ofphytoplasmas. Based on published sequences, 7 new primers for the partialamplification of the 16S rRNA gene and the 16S-23S intergenic spacer region. Theirefficiency was evaluated using 12 phytoplasma-strains from different host speciesbelonging in 7 phylogenetic groups: 16SrI (Aster yellows group), 16SrII (Peanut WBgroup), 16SrIII (X-disease group), 16SrV (Elm yellows group), 16SrVII (Ash yellowsgroup), 16SrX (Apple proliferation group) and 16SrXII (Stolbur group). Additionally,5 nested primers were designed and evaluated for the specific detection of AY, STOL,AP and ESFY phytoplasmas. For the study of the phytoplasma presence in Greece,213 samples were collected, during 2004-2006, from different vegetable (tomato,pepper), arable crops (tobacco), fruit trees and grapevine showing symptomsassociated with phytoplasma infections and 437 samples from weeds (with or withoutsymptoms). Some strains were identified by sequencing of PCR products or/and bydigestion using restricted enzymes. STOL was detected in all tomato samples showingsymptoms. Also, it was detected in pepper, tobacco and grapevine samples and inCirsium arvense, Xanthium strumarium, Convolvulus arvensis and Solanum nigrum.AY was detected in weeds Amaranthus sp., A. retroflexus, A. albus, C. arvense,Heliotropium europaeum, S. elaeagnifolium, S. nigrum, Portulaca oleracea καιTribulus terrestris. European stone fruit yellows disease is an important problem ofplums (in some orchards the percentage ranged from 10-50%), whereas was detectedin peach, apricot and almond orchards.