Διερεύνηση της μικροβιακής ποικιλότητας του εδάφους σε θέσεις εξόρυξης λιγνίτη στην περιοχή της Πτολεμαΐδας:
Creators: name: Πασχαλίδου, Αναστασία Κοσμά
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2013
Subjects: Βακτηριακή ποικιλότητα
Μεταγονιδιωματική
Πτολεμαΐδα
Bacterial diversity
Metagenomics
Ptolemaida

description: Οι μικροοργανισμοί του εδάφους αποτελούν σημαντικούς βιοδείκτες της γονιμότητάς του, αλλά και της οικολογικής διαταραχής που υφίσταται από ανθρωπογενείς δραστηριότητες. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η διερεύνηση της μικροβιακής δραστηριότητας και ποικιλότητας του εδάφους σε περιοχές εξόρυξης πετρωμάτων και μεταλλευμάτων, καθώς βρίσκει εφαρμογή στο σχεδιασμό αποκατάστασης των περιοχών αυτών. Οι σύγχρονες μεταγονιδιωματικές προσεγγίσεις ξεπερνούν το πρόβλημα της αδυναμίας καλλιέργειας της συντριπτικής πλειοψηφίας των μικροοργανισμών των περιβαλλοντικών δειγμάτων και μπορούν να προσφέρουν σημαντικές πληροφορίες για τις εδαφικές μικροβιακές κοινότητες. Στην παρούσα εργασία διερευνήθηκε η μικροβιακή ποικιλότητα του εδάφους σε θέσεις εξόρυξης λιγνίτη στην περιοχή της Πτολεμαΐδας. Πραγματοποιήθηκε δειγματοληψία επιφανειακού εδάφους (βάθος 10 cm) σε δύο θέσεις, οι οποίες καλύφθηκαν με χώμα και αδρανή υλικά από την εξόρυξη και παραχωρήθηκαν για καλλιέργεια σιτηρών. Η δειγματοληψία πραγματοποιήθηκε σε εδάφη που καλλιεργήθηκαν για πρώτη (δείγμα 0) και για πέμπτη χρονιά (δείγμα 5). Από τα δείγματα απομονώθηκε ολικό DNA, ενισχύθηκαν τμήματα των βακτηριακών 16S rRNA γονιδίων με τη χρήση παγκόσμιων εκκινητών (27F, 1391R) και κατασκευάστηκαν βιβλιοθήκες. Αναλύθηκαν 49 κλώνοι από τη βιβλιοθήκη του δείγματος 0 και 48 από αυτή του δείγματος 5 και αναγνωρίστηκαν 39 ταξινομικές μονάδες (OTUs) σε κάθε μία. Τα δεδομένα δείχνουν, ότι παρά τη διατάραξη του εδάφους που συνοδεύει την εξόρυξη, το χώμα του δείγματος 0 δεν είναι νεκρό από μικροοργανισμούς. Ωστόσο, φαίνεται πως η ποικιλότητα των βακτηρίων είναι μεγαλύτερη στο δείγμα των 5 ετών, καθώς σε αυτό αντιπροσωπεύονται περισσότερα βακτηριακά φύλα.
description: Soil microorganisms are considered to be important biomarkers of soil fertility, as well as of the ecological disturbance caused by human activities. Research on the microbial activity and diversity at post mining sites attracts particular interest and is expected to contribute to successful reclamation management. Metagenomic approaches allow researchers to study microbial communities from environmental samples without the need for cultivation providing important information. The present study focuses on the soil microbial diversity at post mining sites in the lignite mining region of Ptolemaida. Soil samples (10 cm deep) were collected from two sites covered by mining material (soil and mine spoil) and cultivated for the first year (sample 0) and for five years (sample 5). Total DNA was extracted from the samples, fragments of the bacterial 16S rRNA genes were amplified using universal primers (27F, 1391R) and two 16S rRNA libraries were constructed. Through the analysis of 49 and 48 clones, from the library of sample 0 and sample 5 respectively, 39 operational taxonomic units were identified in each one. Analysis showed that, despite the disturbance of the soil, both samples contain a variety of bacterial species from different phyla. However, more phyla are represented in the soil that has been cultivated for 5 years suggesting a higher bacterial diversity.