Διερεύνηση της γαστρεντερίτιδος από norovirus στην Ελλάδα:
Creators: name: Υφαντίδου, Αθηνά Μ.
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2010
Subjects: Ιογενής Γαστρεντερίτιδα
Νοροϊός
Αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης-ανάστροφης μεταγραφάσης
Επιδημιολογία
Φυλογενετική ανάλυση
Μοριακή επιδημιολογία
Viral gastroenteritis
Norovirus
Reverse transcriptase-polymerase chain reaction
Epidemiology
Phylogenetic analysis
Molecular epidemiology

description: Ο νοροϊός της οικογένειας των καλυκοϊών, αποτελεί το συχνότερο αίτιο ενδημικής και επιδημικής ιογενούς γαστρεντερίτιδας παγκοσμίως. Σκοπός της διατριβής ήταν, ο προσδιορισμός του ως αιτίου πρόκλησης γαστρεντερίτιδας στην Ελλάδα, ο προσδιορισμός της εποχιακής και της ηλικιακής κατανομής της νόσου, η μελέτη της μοριακής επιδημιολογίας του και ο έλεγχος της φορίας στον υγιή πληθυσμό. Κατά την περίοδο 2005-2006, εξετάστηκαν 460 δείγματα κοπράνων ασθενών (318 παιδιά/142 ενήλικες, 233 άρρενες/227 θήλεις) του Νοσοκομείου Ειδικών Παθήσεων Θεσσαλονίκης με σποραδικά κρούσματα οξείας μη βακτηριακής γαστρεντερίτιδας, 4 δείγματα ασθενών υδατογενούς επιδημίας γαστρεντερίτιδας, η οποία εκδηλώθηκε στην Ξάνθη και 50 δείγματα από υγιείς ενήλικες. Σε όλα τα δείγματα εφαρμόστηκαν μια εμπορική ΕΙΑ, η οποία ανιχνεύει αντιγόνα νοροϊού γενοομάδων GI και GII και δυο RT-PCR από την περιοχή του γονιδίου της πολυμεράσης. Στα θετικά δείγματα εφαρμόστηκε μια multiplex RT-PCR από την περιοχή D του καψιδίου με σκοπό τον προσδιορισμό της γενοομάδας των στελεχών. Έγινε φυλογενετική ανάλυση ορισμένων στελεχών αντιπροσωπευτικά. Συνολικά νοροϊός ανιχνεύθηκε σε 51/460 (11,09%) σποραδικά κρούσματα και στους ασθενείς της επιδημίας. Δεν ανιχνεύθηκε φορία του ιού. Νοροϊός εντοπίστηκε σε όλη τη διάρκεια της μελέτης με μια χειμερινή και μια θερινή έξαρση. Τα δυο φύλα και όλες οι ηλικίες προσβλήθηκαν κατά τον ίδιο τρόπο. Η κυρίαρχη γενοομάδα στα σποραδικά κρούσματα ήταν η GII (97,4%) και ακολουθούσε η GI (2,6%). Στη Β.Ελλάδα κυκλοφορούσαν ταυτόχρονα 4 τουλάχιστον γονότυποι (GI.I, GII.2, GII.4 και GII.7) με κυρίαρχο τον GII.4 (70%). Όλα τα στελέχη της επιδημίας ήταν γενετικά ταυτόσημα και ανήκαν στο γονότυπο GI.I. Ως εξετάσεις πρώτης επιλογής προτείνονται η EIA, στις περιπτώσεις που δεν ενδιαφέρει η μοριακή μελέτη και η multiplex RT-PCR.
description: Norovirus of the Caliciviridae family constitutes the most frequent cause of endemic and epidemic viral gastroenteritis worldwide. The purposes of the thesis were the determination of the incidence of the disease in Greece and of seasonal and age distribution, the study of the molecular epidemiology of the virus and the investigation of carriage in healthy adults. During 2005-2006, 460 faeces samples from patients (318 children/142 adults, 233 males/227 females) of the Thessaloniki Infectious Diseases Hospital with acute non bacterial gastroenteritis, 4 samples from patients of a waterborne norovirus outbreak which occurred in the city of Xanthi in 2005 and 50 samples from healthy adults, tested for norovirus. A commercially available EIA which detects antigens of both GI and GII strains and two RT-PCRs, which targeted the RNA-dependent RNA polymerase were performed. A multiplex RT-PCR targeted the capsid D region, which determines the strains genogroup, was applied on all positive samples. Phylogenetic analysis was performed in representative strains. Norovirus was detected in 51/460 (11.09%) sporadic cases and in the 4 cases related with the outbreak. No carriage of the virus was observed. Norovirus was detected during the whole study period presenting two peaks, one in the winter and one in the summer. The virus infected people of all age groups without a certain trend with regards to age. Both sexes were equally affected. The predominant genogroup in sporadic cases was GII (97.4%) followed by GI (2.6%). In N.Greece there were at least 4 genotypes circulating at the same time (GI.I, GII.2, GII.4 and GII.7) with GII.4 being the most frequent (70%). All strains from the outbreak were genetically identical and belonged to GI.1 genotype. As first choice tests are proposed EIA (in cases when molecular study is not of interest) and multiplex RT-PCR.