Διερεύνηση διασποράς στελεχών Salmonella spp. σε ζώα, τρόφιμα ζωικής προέλευσης και στον άνθρωπο και ο ρόλος τους στη Δημόσια Υγεία
Creators: name: Παπαδόπουλος, Θεόφιλος Θ.
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2015
Subjects: Δημόσια Υγεία
Ηλεκτροφόρηση Παλλόμενου Πεδίου
Αντιμικροβιακή Αντοχή
Λυσιτυπία
Πολυτοπική Ανάλυση Νουκλεοτιδικής Αλληλουχίας
Public Health
Pulsed Field gel Electrophoresis
Antimicrobial Susceptibility
Phagetyping
MLST

description: Ο σκοπός της παρούσας διατριβής ήταν η ανίχνευση πιθανών επιδημιολογικών διασυνδέσεων μεταξύ των σημαντικών για τη Δημόσια Υγεία οροτύπων σαλμονελών που απομονώθηκαν. Συνολικά 532 στελέχη μελετήθηκαν, 280 από νοσηλευόμενους ασθενείς σε 51 νοσοκομεία στην Ελλάδα, 83 από υγιή ζώα και 69 από τρόφιμα ζωικής προέλευσης. Όλα τα στελέχη ελέγχθηκαν για την αντοχή τους σε 20 αντιμικροβιακές ουσίες με χρήση της μεθόδου διάχυσης του αντιβιοτικού σε άγαρ (Agar Dilution Method). Η Ηλεκτροφόρηση Εναλλασσόμενου Ηλεκτρικού Πεδίου (Pulsed Field Gel Electrophoresis-PFGE) χρησιμοποιήθηκε με βάση το διεθνώς αποδεκτό πρωτόκολλο του Pulse-net. Τα ηλεκτροφορητικά πρότυπα (παλσότυποι) που προέκυψαν συγκρότησαν μια βάση δεδομένων Ελληνικών στελεχών και υποβλήθηκαν για πρώτη φορά στη βάση δεδομένων Pulse-net με σκοπό τη σύγκριση τους με τα αντίστοιχα Ευρωπαϊκά. Παράλληλα χρησιμοποιήθηκαν και οι τεχνικές τις λυσιτυπίας καθώς και της Πολυτοπικής Αλληλούχισης μεταβλητών περιοχών γονιδιώματος (Multilocus Sequence Typing-MLST). Για τη Salmonella ser. Enteritidis η μελέτη αντοχής στις αντιμικροβιακές ουσίες έδειξε αντοχή κυρίως στο ναλιδιξικό οξύ. Σαράντα πέντε παλσότυποι αναδείχθηκαν με βάση την περιοριστική ενδονουκλεάση XbaI, 48 με βάση την BlnI και 83 με βάση το συνδυασμό τους. Η υποβολή στη βάση δεδομένων Pulse-net Europe έδειξε πως 9 παλσότυποι είχαν παρόμοια προφίλ με αντίστοιχα στελέχη της βάσης με το SENTXB.0001 να είναι κυρίαρχο στην Ελλάδα (31.4%) όπως και στην Ευρώπη (56.4%). Η MLST έδειξε πως όλα τα στελέχη που μελετήθηκαν, κατατάχθηκαν στον ST11. Για τη Salmonella ser. Typhimurium η μελέτη αντοχής στις αντιμικροβιακές ουσίες έδειξε εξαιρετικά υψηλά ποσοστά αντοχής (&gt;80%) στην αμπικιλλίνη, στρεπτομυκίνη, σουλφοναμίδες, τετρακυκλίνη και τριμεθοπρίμη. Η αντοχή στις κεφαλοσπορίνες τρίτης γενιάς ανήλθε περίπου στο 7%. Η PFGE έδειξε υψηλή ετερογένεια μεταξύ των στελεχών στην Ελλάδα, όπως συμβαίνει και στην Ευρώπη, ενώ συνολικά 139 παλσότυποι αναδείχθηκαν μεταξύ των 189 στελεχών. Η υποβολή στη βάση Pulse-net Europe έδειξε πως μόνο 10 στελέχη κατατάχτηκαν μεταξύ των 30 συχνότερων παλσότυπων της βάσης. Η MLST έδειξε και εδώ πως αν και μελετήθηκαν στελέχη με διαφορετικούς παλσότυπους και φαινότυπους αντοχής, όλα κατατάχθηκαν στους ST19 και ST34. Για τη Salmonella ser. Hadar εξαιρετικά υψηλά ποσοστά αντοχής (&gt;75%) παρατηρήθηκαν στην αμπικιλλίνη, στρεπτομυκίνη και τετρακυκλίνη όπως και στο ναλιδιξικό οξύ (91.7%) και τη σιπροφλοξασίνη (88.3%). Σημαντικό επίσης εύρημα αποτέλεσε η κυριαρχία του παλσότυπου SHADXB.0001 στην Ελλάδα (58%), όπως και στην Ευρώπη, ενώ πολύ ενδιαφέρον στοιχείο αποτελεί πως ο κυρίαρχος λυσίτυπος ήταν ο PT1 (56%), ένας σπάνιος σχετικά λυσίτυπος για την υπόλοιπη Ευρώπη. Ο «κλώνος» SHADXB.0001 - PT1 (38%) βρέθηκε μεταξύ στελεχών απομονωμένων από ανθρώπους, τρόφιμα και πουλερικά με τον φαινότυπο αντοχής ApSpTNxpCp να είναι ο κυρίαρχος (~25%). Φαίνεται λοιπόν πως ο κλώνος αυτός κυκλοφορούσε στην Ελλάδα τη συγκεκριμένη χρονική περίοδο μέσω της αλυσίδας διατροφής και είναι πιθανόν ένας ενδημικός κλώνος του οποίου δεξαμενή ήταν πιθανόν οι πληθυσμοί των πουλερικών. Για τη Salmonella ser. Infantis παρατηρήθηκε αντοχή μόνο στη στρεπτομυκίνη, μόνο μεταξύ των στελεχών ανθρώπινης προέλευσης σε ένα ποσοστό 43,5%. Τριάντα ένα διαφορετικά ηλεκτροφορητικά πρότυπα αναδείχθηκαν μεταξύ των 40 στελεχών δείχνοντας υψηλού βαθμού ετερογένεια. Για τη Salmonella ser. Virchow μόνο 8 στελέχη μελετήθηκαν δύο από τα οποία ήταν πολυανθεκτικά. Η PFGE έδειξε σημαντική ετερογένεια αναδεικνύοντας 8 διαφορετικούς παλσότυπους μεταξύ των 8 στελεχών. Τα αποτελέσματα της παρούσας διδακτορικής διατριβής μπορούν να αποτελέσουν μια βάση για τη διερεύνηση της επιδημιολογίας των σαλμονελώσεων στην Ελλάδα μέσω της χρήσης μοριακών τεχνικών. Η βάση δεδομένων η οποία δημιουργήθηκε, ακολουθώντας το διεθνώς αναγνωρισμένο πρότυπο του Pulse-net μπορεί να χρησιμοποιηθεί σαν αρχή για τη δημιουργία ενός συστήματος επιδημιολογικής επιτήρησης και ανίχνευσης σε πραγματικό χρόνο ενδεχόμενων τροφιμογενών επιδημιών.
description: The aim of this study was to investigate the possible epidemiological relationships of ‘Salmonella Serovars of Public Health Significance’ in Greece during 2007 to 2010 using molecular and phenotypic methods. A total of 532 strains were collected from State Reference Laboratories in Greece, 280 from patients from 51 hospitals in Greece, 183 from food animals and 69 from foods. All the strains were tested for antimicrobial susceptibilities to a panel of 20 antimicrobials. Pulsed Field Gel Electrophoresis analysis was performed using Pulse-net standardized protocol. A database has been established and PFGE data was submitted to Pulse-net database in order to compare the strains with the European strains. Additionally Multilocus Sequence Typing (MLST) and phage-typing was also carried out. Salmonella ser. Enteritidis susceptibility testing has shown strains to be resistant to nalidix acid in a rate of 25%, 26% and 5.9% among those isolated from human, animal and food origin. Forty-five different XbaI-pulsotypes and 48 BlnI-pulsotypes have been revealed respectively as well as 83 XbaI-BlnI composite pulsotypes among 175 isolates. Submission to Pulse-net Europe showed that 9 pulsotypes were indistinguishable with Pulse-net – PFGE-profiles, with profile SENTXB.0001 predominating in Greece (31.4%). MLST analysis showed that although the strains were of different PFGE profiles and different R-types they belonged to ST11, the most common sequence type in Europe. Salmonella ser. Typhimurium showed extremely high rates of resistance. Resistance to ampicillin, streptomycin, sulphonamides, tetracycline and trimethoprim was &gt;80%. Resistance to 3rd generation cephalosporin was around 7%. PFGE showed diversity of the strains in Greece, as in Europe, with 139 different profiles among 189 isolates based on XbaI digestion. Submission to Pulse-net Europe showed only 10 strains from Greece sharing the same profile with the 30 predominant Pulsenet-PFGE-profiles in Europe. MLST showed that although the strains were of different PFGE profiles they belonged to ST19 and ST34, which are the two most common sequence types in Europe. Salmonella ser. Hadar showed extremely high rates of resistance (&gt;75%) to ampicillin, streptomycin and tetracycline among the 120 strains studied. High rates of resistance to nalidixic acid (91.7%) and ciprofloxacin (88.3%) were also observed. The results indicated that Pulsenet-PFGE-profile SHADXB.0001 was predominant in Greece (58%). Interestingly PT1, a rare phage type in Europe, was frequent in Greece (56%). The SHADXB.0001 and PT1 clone (38%) was found in humans, animals and food of animal origin and has acquired multiple drug resistance during its evolution, with R-type ApSpTNxpCp being predominant (25%). The data indicates that this clone was circulating through the food chain in Greece during the study period. It is possibly an endemic clone and poultry may be a reservoir in Greece. Salmonella ser. Infantis showed resistance to streptomycin only among human isolates (43.5%). Thirty-one indistinguishable PFGE-profiles among total 40 isolates were revealed showing diversity. Eight Salmonella ser. Virchow isolates were included in this study period, two human isolates were multiresistant. PFGE showed extreme diversity, 8 PFGE profiles were revealed among the 8 isolates. The information above may serve as a basis for further epidemiological investigation of Salmonella spp. in Greece using molecular methods. The database that has been set, following Pulse-net standardized protocols, can be used and be a basis for establishing a real-time surveillance system for tracking foodborne outbreaks.