Απομόνωση και καθορισμός του γενότυπου ανθεκτικών στη βανκομυκίνη στελεχών Enterococcus spp. από υγιή ζώα και ανθρώπους:
Creators: name: Τζαβάρας, Ιωάννης Γ.
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2012
Subjects: Εντερόκοκκοι
Βανκομυκίνη
Ζώα
Άνθρωποι
Enterococci
Vancomycin
Animals
Humans

description: Σκοπός της παρούσας διατριβής ήταν η διερεύνηση του επιπολασμού των VRE στα παραγωγικά ζώα (πτηνά, χοίρους, βοοειδή) στον Ελλαδικό χώρο καθώς και σε άτομα που σχετίζονταν με αυτά (πτηνοσφαγείς και εκδοροσφαγείς), ο προσδιορισμός του van γενότυπου αυτών, και η αξιολόγηση της πιθανής επιδημιολογικής τους συσχέτισης με κλινικά VRE απομονωμένα από νοσηλευμένους ασθενείς από τις ίδιες γεωγραφικές περιοχές της Ελλάδας, και κατά την ίδια χρονική περίοδο. Συνολικά πεντακόσια (500) δείγματα τυφλού εντέρου κρεοπαραγωγών ορνιθίων συλλέχθηκαν σε δύο πτηνοσφαγεία, από οκτώ (8) πτηνοτροφεία της Βόρειας Ελλάδας. Κατά την ίδια χρονική περίοδο, σε δύο σφαγεία ζώων, συλλέχθηκαν δείγματα περιεχομένου παχέος (τυφλού) εντέρου από εξήντα (60) μόσχους από επτά (7) εκτροφές και διακόσια πενήντα (250) παχυνόμενους χοίρους από έξι (6) εκτροφές της Βόρειας και Κεντρικής Ελλάδας. Επιπλέον, κατά την ίδια χρονική περίοδο, δείγματα κοπράνων συλλέχθηκαν από 50 πτηνοσφαγείς και 50 εκδοροσφαγείς, στα αντίστοιχα σφαγεία. Όλα τα δείγματα εξετάζονταν για τον καθορισμό του είδους και του van γενότυπου των VRE στελεχών. Τέλος, εξετάστηκαν 63 ανθρώπινα κλινικά στελέχη VREF, της ίδιας χρονικής περιόδου, από το Ιπποκράτειο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Θεσσαλονίκης και από το Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Λάρισας. Συνολικά, 120 στελέχη VRE απομονώθηκαν από 112 (22,4%) δείγματα κρεοπαραγωγών ορνιθίων. Στελέχη VREF με το γονίδιο vanA επικρατούσαν και ανακτήθηκαν από 74 (14,8%) δείγματα από 5 από τα 8 (62,5%) πτηνοτροφεία, ενώ στελέχη E. gallinarum με το γονίδιο vanC ανακτήθηκαν από 39 (7,8%) δείγματα επίσης από 5 πτηνοτροφεία. VRE απομονώθηκαν από 14 (28%) δείγματα πτηνοσφαγέων εκ των οποίων 10 (20%) ήταν θετικά σε VREF και 4 (8%) σε E. gallinarum. Επιπρόσθετα, ένα στέλεχος VREF απομονώθηκε από 1 (1,7%) δείγμα μόσχων με το γονίδιο vanA. Δεν απομονώθηκαν VRE από τα δείγματα κοπράνων των χοίρων και των εκδοροσφαγέων. Ο επιπολασμός των VREF των ορνιθίων, δείχνει μια αξιοσημείωτη εμμονή στο περιβάλλον κρεοπαραγωγής των κρεοπαραγωγών ορνιθίων ακόμα και πάνω από μια δεκαετία από την κατάργηση της αβοπαρκίνης και χωρίς καμία εμφανή πίεση από τη χρήση άλλων γλυκοπεπτιδίων.Τα αποτελέσματα της αντιβιοαντοχής έδειξαν ότι τα VREF στελέχη των ορνιθίων παρουσίαζαν σταθερά αντοχή στην τετρακυκλίνη (100%) και χαμηλά ποσοστά αντοχής στην αμπικιλλίνη (16,5%), ενώ τα κλινικά VREF παρουσίαζαν υψηλά ποσοστά αντοχής στην αμπικιλλίνη (93,7%) και χαμηλά στην τετρακυκλίνη (9,5%). Επιπρόσθετα, το 54,4% των VREF των ορνιθίων και το 92,1% των κλινικών, ήταν πολυάντοχα. Η Διαχωριστική Ανάλυση, που χρησιμοποιήθηκε για τον καθορισμό των συσχετισμών των προφίλ της αντιμικροβιακής αντοχής των VREF και της πηγής προέλευσής τους, διαχώρισε τα VREF των ορνιθίων και τα κλινικά με υψηλά ποσοστά «ορθής» ταξινόμησης (100% και 85,7%, αντίστοιχα), ενώ το ποσοστό της ταξινόμησης των VREF των πτηνοσφαγέων στην πηγή τους ήταν μόλις 50%, με το 40% αυτών να ταξινομείται κοντά στην πηγή των ορνιθίων. Ωστόσο, η PFGE ανάλυση αποκάλυψε ηλεκτροφορητικά DNA πρότυπα, τα οποία συσχετίζονταν σαφώς με την πηγή τους, χωρίς την παρουσία κοινών κλώνων ακόμα και μεταξύ ορνιθίων και πτηνοσφαγέων. Οι παραπάνω πληροφορίες μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως βάση για να διευκρινιστεί περαιτέρω εάν «ειδικά» vanA γενετικοί καθοριστές κυκλοφορούν στο περιβάλλον των ορνιθίων ή στο περιβάλλον των ανθρώπων, όπως επίσης να διευκρινιστεί ο μηχανισμός της μακρόχρονης παρουσίας των VREF στην Ελλάδα.
description: The aim of this study was to investigate the prevalence of vancomycin-resistant enterococci (VRE) isolated from farm animals (broilers, pigs and calves) and humans in close association to them (slaughterers), the determination of their van genotype as well as the evaluation of their possible epidemiological relationships with clinical VRE sharing the same geographical regions in Greece and at the same period of time. A total of 500 cecal samples of broilers were collected in two poultry slaughterhouses. The samples originated from 8 broiler farms in Northern Greece. During the same time period, cecal samples of sixty (60) fecal samples of healthy calves originated from seven (7) farms in northern Greece and 250 cecal samples of healthy fattening pigs from six (6) farms in northern and central Greece, were collected in two animal slaughterhouses. Moreover, during the same period, stool samples were collected from 50 poultry slaughterers and 50 slaughterers working at the slaughterhouses where broilers and pigs and calves were slaughtered, respectively. All samples were analyzed for species and vancomycin-resistance gene identification. In addition, 63 human clinical VREF, isolated at the same period of time, were included in this study originated from Hippokratio University hospital and Larissa University hospital. A total of 120 VRE were recovered from 112 (22,4%) broiler samples. VREF carrying the vanA gene were predominant recovered from 74 (14,8%) samples from 5 out of 8 (62,5%) broiler farms, while E. gallinarum harboring the vanC gene were recovered from 39 (7,8%) samples obtained also from 5 farms. VRE were recovered from 14 (28%) poultry slaughterer samples consisted of 10 (20%) and 4 (8%) positive samples for VREF and E. gallinarum, respectively. Furthermore, one VREF isolate, carrying the vanA gene, was recovered from 1 (1,7%) calve sample. No VRE were recovered from pig samples as well as their slaughterers. The prevalence of broiler VREF indicates their remarkable persistence inbroiler production environment even more than a decade after the avoparcin ban and without any apparent glycopeptide selection. Susceptibility testing revealed that broiler isolates exhibited high and low resistance rates to tetracycline and ampicillin (100% and 16,5%), respectively, while, in contrast, the majority of human clinical VREF exhibited high and low resistance rates to ampicillin and tetracycline (93,7% and 9,5%), respectively). Furthermore, 92.1% of human clinical VREF compared to 54,4% of broiler isolates were multiresistant. Discriminant analysis, used to establish the relationship between the antimicrobial resistance profiles of VREF isolates and their source, separated broiler and human clinical VREF isolates with high rates of correct classification (100% and 85.7% respectively) while the correct classification rate of poultry slaughterer VREF isolates was relatively low (50%), with 40% of them classified closely to broiler isolates. Pulsed-field gel electrophoresis analysis, however, revealed patterns clearly related to their source with no sharing of any clones even between broilers and poultry slaughterers. Analysis of “broiler-specific” vanA elements will clarify whether they circulate both in broiler production environment and among humans as well as the mechanisms of VREF long-term persistence in Greece.