Συχνότητα εμφάνισης, εποχική διακύμανση της συγκέντρωσης και γενετική παραλλακτικότητα ιών του γένους Ilarvirus των πυρηνόκαρπων
Creators: name: Γαρέφη, Ολυμπία Χρήστου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2019
Subjects: Πυρηνόκαρπα
Ιοί του γένους Ilarvirus
Γενετική παραλλακτικότητα ιών
Prunus
Ilarviruses
Genetic variability

description: Ο ιός της νεκρωτικής δακτυλιοειδούς κηλίδωσης των πυρηνοκάρπων (Prunus necrotic ringspot virus, PNRSV) και ο ιός του νανισμού της δαμασκηνιάς (Prune dwarf virus, PDV) ανήκουν στο γένος Ilarvirus της οικογένειας Bromoviridae και προσβάλλουν είδη του γένους Prunus. Μεταδίδονται κυρίως με αγενές πολλαπλασιαστικό υλικό, τη γύρη και το σπόρο. Αποτελούν ιδιαίτερα σημαντικά παθογόνα των πυρηνοκάρπων και για το λόγο αυτό θα πρέπει να απουσιάζουν από το πιστοποιημένο πολλαπλασιαστικό υλικό. Στόχος της παρούσας εργασίας ήταν η μελέτη της συχνότητας εμφάνισης των ιών αυτών, της εποχικής διακύμανσής του τίτλου τους καθώς και της γενετικής παραλλακτικότητας απομονώσεων από πυρηνόκαρπα-ξενιστές τους, από διάφορες περιοχές της Ελλάδας. Τα έτη 2017-2018 συλλέχθηκαν 523 δείγματα από 5 είδη πυρηνοκάρπων και ελέγχθηκαν με πραγματικού χρόνου (Real-Time) RT-PCR. Από τα αποτελέσματα προέκυψε ότι στο σύνολο των ξενιστών ο PNRSV ήταν κυρίαρχος (37,44%) έναντι του PDV (15,1%), ενώ παρατηρήθηκαν και μικτές μολύνσεις (9,94%). Ο PNRSV εμφάνισε ιδιαίτερα υψηλή συχνότητα (86,7%) στην αμυγδαλιά, ενώ ο PDV στην κερασιά (35,95%). Ταυτόχρονα έγιναν δειγματοληψίες σε καλλιέργειες αμυγδαλιάς και κερασιάς ανά δύο μήνες με στόχο τη μελέτη της εποχικής διακύμανσης του τίτλου των ιών σε φυτικό ιστό φύλλων και βλαστού. Ο έλεγχος πραγματοποιήθηκε με Real-Time RT-PCR και ακολούθησε η ποσοτικοποίηση των ιών, έτσι ώστε να προσδιοριστεί η πλέον κατάλληλη περίοδος και ο καταλληλότερος φυτικός ιστός δειγματοληψίας. Τα αποτελέσματα ανέδειξαν μία μεγάλη διακύμανση της συγκέντρωσης των ιών στον βλαστό στη διάρκεια του έτους σε αντίθεση με τα φύλλα όπου η διακύμανση ήταν πολύ μικρότερη. Επιπλέον, βρέθηκε ότι και οι δυο ιοί εμφανίζουν υψηλότερες συγκεντρώσεις την Άνοιξη στα φύλλα, ανεξαρτήτως ξενιστή, και ιδιαίτερα τον μήνα Απρίλιο. Τέλος, διερευνήθηκε η γενετική παραλλακτικότητα των πληθυσμών των δυο ιών στη χώρα μας, προκειμένου να κατανοήσουμε τους μηχανισμούς εξέλιξής τους. Η ανάλυση των αλληλουχιών και η κατασκευή φυλογενετικών δένδρων κατέταξαν τις ελληνικές απομονώσεις των PDV και PNRSV σε διαφορετικές ομάδες, επιβεβαιώνοντας την υπόθεση ότι η ανεξέλεγκτη διακίνηση μολυσμένου πολλαπλασιαστικού υλικού καθορίζει την εξέλιξη των πληθυσμών τους
description: Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) and Prune dwarf virus (PDV) belong to the genus Ilarvirus of the family Bromoviridae and are infecting various Prunus species. They are mainly transmitted through vegetative propagation of their hosts, as well as through seed and pollen. Both viruses represent important pathogens of Prunus sp, and therefore certified propagating material must be free of them. The aim of this study was to investigate the spread of these viruses in Greece, the seasonal fluctuation of their viral titres and the genetic variability of their isolates from different Prunus-hosts. In 2017-2018, 523 samples were collected from 5 Prunus species and they were tested with Real-Time RT-PCR assays. The results showed a higher incidence of PNRSV (37,44%) compared to PDV (15,1 %) while mixed infections (9,94%) were also encountered. PNRSV was prevalent in almond trees (86,7%) and PDV was frequent in sweet cherry (35,95%). In order to study the seasonal fluctuation of the viral titres, leaves and shoots from almonds and cherries were collected every two months for a year. The appropriate periods and plant tissue to sample were determined using Real-Time RT-PCR assays. The results showed a high virus fluctuation, for both viruses, within phloem tissue but not at leaves, where they seem to be more steadily expressed. Moreover, it was shown that both PDV and PNRSV exhibit high virus titers during spring and especially in April. Finally, the genetic variability of both viruses populations was studied in order to understand their mechanisms of evolution. Sequencing and phylogenetic analysis classified the Greek isolates of PDV and PNRSV in different phylogenetic groups, confirming the hypothesis that uncontrolled circulation of infected plant material is determining the evolution of their populations