Investigation of beta thalassemia on prehistoric and historic period genomes from Greece
Creators: name: Κορελίδου, Μαρία Γεωργίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2023
Subjects: β-θαλασσαιμία
Αρχαίο DNA (aDNA)
Ελλάδα
b-thalassemia
Ancient DNA (aDNA)
Greece

description: The present thesis aims to better understand the evolutionary history of beta thalassemia in Greece, through the investigation of ancient genomes. In Greece the average frequency of β-thalassemia carriers is 7.4% with a very heterogeneous molecular basis, with up to 30 different β-thalassemia mutations. Despite being thought as a very ancient disease, to date there is no evidence of when the first causative allele occurred in the Greek area. Similarly, despite having ancient human remains with skeletal lesions indicating the presence of anemia, no related allele has been detected, so that a correlation can be made. Ancient DNA samples of a total of 111 individuals were included in this study, from prehistoric and historical period in Greece. Their ancient genomes were examined for the presence of the most frequent SNP polymorphisms related to β-thalassemia and sickle cell anemia in the β-globin gene cluster, a total of 125 SNPs, by using the method of allele calling. In this current study it was also examined whether natural selection must be invoked to explain the frequencies in today's population, by using a custom simulation approach and the frequencies in the modern Greek population. Fourteen different β-thalassemic polymorphisms were detected in ten individuals. In addition to that, the simulation results were interesting regarding the IVS1-110 G&gt;A mutation, showing that today’s frequency in the modern Greek population cannot be explained solely by invoking genetic drift, but the invocation of natural selection is also needed. The results of the present work contribute to a better understanding of the spread of beta thalassemia in the modern Greek population.
description: Η παρούσα εργασία αποσκοπεί στην καλύτερη κατανόηση της εξελικτικής ιστορίας της β-θαλασσαιμίας στην Ελλάδα, μέσω της διερεύνησης αρχαίων γονιδιωμάτων. Στην Ελλάδα η μέση συχνότητα των φορέων β-θαλασσαιμίας είναι 7,4% με πολύ ετερογενή μοριακή βάση, με έως και 30 διαφορετικές μεταλλάξεις β-θαλασσαιμίας. Παρά το γεγονός ότι θεωρείται πολύ αρχαία νόσος, δεν υπάρχουν στοιχεία για το πότε εμφανίστηκε το πρώτο αιτιολογικό αλληλόμορφο στον ελληνικό χώρο. Ομοίως, παρά το γεγονός ότι υπάρχουν αρχαίοι ανθρώπινοι σκελετοί με αλλοιώσεις που υποδεικνύουν την παρουσία αναιμίας, δεν έχει εντοπιστεί σε αυτούς κάποιο σχετικό αλληλόμορφο. Στη μελέτη αυτή συμπεριλήφθηκαν δείγματα αρχαίου DNA από συνολικά 111 άτομα, προϊστορικής και ιστορικής περιόδου από την Ελλάδα. Τα αρχαία γονιδιώματα εξετάστηκαν ως προς την παρουσία των συχνότερων πολυμορφισμών SNP που σχετίζονται με τη β-θαλασσαιμία και τη δρεπανοκυτταρική αναιμία στο γονιδιακό σύμπλεγμα της β-σφαιρίνης, συνολικά 125 SNPs, με τη μέθοδο του allele calling. Στην παρούσα μελέτη εξετάστηκε επίσης αν πρέπει να γίνει επίκληση της φυσικής επιλογής για την εξήγηση των συχνοτήτων στον σημερινό πληθυσμό, με τη χρήση μιας προσομοίωσης και των συχνοτήτων στον σύγχρονο ελληνικό πληθυσμό. Δεκατέσσερις διαφορετικοί β-θαλασσαιμικοί πολυμορφισμοί ανιχνεύθηκαν σε δέκα άτομα. Επιπλέον, τα αποτελέσματα της προσομοίωσης ήταν ενδιαφέροντα όσον αφορά τη μετάλλαξη IVS1-110 G&gt;A, δείχνοντας ότι η σημερινή συχνότητα στον σύγχρονο ελληνικό πληθυσμό δεν μπορεί να εξηγηθεί μόνο με την επίκληση της γενετικής παρέκκλισης, αλλά απαιτείται και η επίκληση της φυσικής επιλογής. Τα αποτελέσματα συμβάλλουν στην καλύτερη κατανόηση της εξάπλωσης της β-θαλασσαιμίας στον σύγχρονο ελληνικό πληθυσμό.
description: Σε συνεργασία με: Ιστορίας και Εθνολογίας (Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης)