Files for Physical Prior Mean-Driven Bayesian Committee Molecular Dynamics (BCMD): From Born-Oppenheimer Dynamics to Curvature-Guided Non-Adiabatic Dynamics
Creators: name: Teng, Chong
name: Bao, Junwei Lucas
Publisher: name: Zenodo
Year: 2025

description: Files for Physical Prior Mean-Driven Bayesian Committee Molecular Dynamics (BCMD): From Born-Oppenheimer Dynamics to Curvature-Guided Non-Adiabatic Dynamics

 

 

This folder contains (1) Initial structures for MD for all four systems(2) SHARC input files for all four systems(3) OpenMolcas file for C2H4(4) All data processing scripts (data analysis and for generating all figures in the manuscript)(5) Input template for BCMD for all four systems

Most files and folder names are self-explanatory:

.├── BOMD_input│   ├── run_gp.py                                    #script for BCMD ground state for o4│   └── run_ground_truth.py                            #script for ground-truth ground state for o4├── C2H4_MOLCAS_exmaple                                #OpenMolcas file for C2H4│   ├── MOLCAS.Rasscf.Input│   ├── MOLCAS.guessorb.molden│   ├── MOLCAS.input│   └── MOLCAS.xyz├── README.txt├── data_and_analysis.tar.gz                        #All data processing scripts and data(data analysis and for generating all figures in the manuscript)├── initial_geometries                               #Initial structures for MD for all four systems│   ├── CH2OH_init.xyz│   ├── NH3_init.xyz│   ├── c2h4_init.xyz│   └── o4_init.xyz├── rungp_multiprocess.py                            # script to run BCMD for CH2OH,C2H4, NH3, [training-server]├── rungp_sharc_inference.py                        # script to run sharc with BCMD [inference-client]└── sharc_input                                        # SHARC input files for all four systems, one traj example provided    ├── CH2OH_gp    │   ├── 1    │   │   ├── QM    │   │   │   ├── runQM.sh    │   │   │   └── runQM_sharc.sh    │   │   ├── geom    │   │   ├── input    │   │   └── run.sh    │   └── run.bash    ├── CH2OH_ground_truth    │   ├── 1    │   │   ├── QM    │   │   │   ├── MOLCAS.1.JobIph.init    │   │   │   ├── MOLCAS.resources    │   │   │   ├── MOLCAS.template    │   │   │   ├── runQM.sh    │   │   │   └── runQM_sharc.sh    │   │   ├── geom    │   │   ├── input    │   │   └── run.sh    │   └── run.bash    ├── NH3_gp    │   ├── 1    │   │   ├── QM    │   │   │   ├── runQM.sh    │   │   │   └── runQM_sharc.sh    │   │   ├── geom    │   │   ├── input    │   │   └── run.sh    │   └── run.bash    ├── NH3_ground_truth    │   ├── 1    │   │   ├── QM    │   │   │   ├── MOLCAS.1.JobIph.init    │   │   │   ├── MOLCAS.resources    │   │   │   ├── MOLCAS.template    │   │   │   ├── runQM.sh    │   │   │   └── runQM_sharc.sh    │   │   ├── geom    │   │   ├── input    │   │   └── run.sh    │   └── run.bash    ├── c2h4_gp    │   ├── 1    │   │   ├── QM    │   │   │   ├── MOLCAS.1.JobIph.init    │   │   │   ├── MOLCAS.resources    │   │   │   ├── MOLCAS.template    │   │   │   ├── QM.in    │   │   │   ├── runQM.sh    │   │   │   └── runQM_sharc.sh    │   │   ├── geom    │   │   ├── input    │   │   └── run.sh    │   └── run.bash    └── c2h4_ground_truth        ├── 1        │   ├── QM        │   │   ├── MOLCAS.1.JobIph.init        │   │   ├── MOLCAS.resources        │   │   ├── MOLCAS.template        │   │   └── runQM.sh        │   ├── geom        │   ├── input        │   └── run.sh        └── run.bash