Απομόνωση νέων γονιδίων που πιθανόν να σχετίζονται με τον καρκίνο του πνεύμονα με τη μεθοδολογία της διαφορικής αποτύπωσης του RNA:
Creators: name: Καραγεωργόπουλος, Χρήστος Δημητρίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2009
Subjects: Καρκίνος του πνεύμονα
Διαφορική έκφραση
Lung cancer
Differential display
RNA fingerprinting
Differential gene expression

description: Ο καρκίνος του πνεύμονα αποτελεί την συχνότερη αιτία θανάτου από καρκίνο, παγκοσμίως. Παρά την ανάπτυξη νέων διαγνωστικών τεχνικών, οι περισσότερες περιπτώσεις διαγιγνώσκονται αργά και τα ποσοστά επιβίωσης είναι πολύ μικρά. Η ανάπτυξη βιολογικών δεικτών που θα επέτρεπαν την διάγνωση της νόσου σε πρώιμα στάδια, θα συνεισέφερε σημαντικά στη βελτίωση της επιβίωσης, επιτρέποντας την αφαίρεση του νεοπλάσματος πριν από τη δημιουργία μεταστάσεων. Το κάπνισμα αποτελεί τον κύριο αιτιολογικό παράγοντα του καρκίνου του πνεύμονα. Εκτός από τις γενετικές και επιγενετικές αλλαγές που υπάρχουν, ένα μεγάλο ποσοστό γονιδίων παρουσιάζει το φαινόμενο της διαφορικής έκφρασης. Στην παρούσα εργασία, μελετήθηκε η διαφορική γονιδιακή έκφραση σε μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα σε σύγκριση με τον παρακείμενο φυσιολογικό ιστό, με τη μεθοδολογία της διαφορικής αποτύπωσης του RNA. Απομονώθηκαν συνολικά 112 μόρια cDNA, τα οποία παρουσίαζαν διαφορικά επίπεδα έκφρασης και ονομάστηκαν DELC (Differentially Expressed in Lung Cancer). Τα 57 από αυτά, ενισχύθηκαν, ενώ προσδιορίστηκε η αλληλουχία 37 DELC, συνολικά. Με την ανάλυση της αλληλουχίας προέκυψαν 100% ομολογίες με το mRNA γνωστών γονιδίων που σχετίζονται με τον καρκίνο (LIFR, MTMR1, MYLK2, RPSP16, RAPGEF4). Βρέθηκαν επίσης, 100% ομολογίες με χρωμοσωμικές περιοχές του ανθρώπινου γονιδιώματος με όλες τις αλληλουχίες που αναλύθηκαν. Το μεγαλύτερο ποσοστό αυτών περιείχε κάποιο ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης, γεγονός που υποδηλώνει ότι πιθανόν κωδικοποιούν πρωτεΐνες, που ο βιολογικός τους ρόλος δεν έχει μελετηθεί ακόμη.Η απομόνωση και ο χαρακτηρισμός νέων γονιδίων που παρουσιάζουν διαφορική έκφραση μπορεί να αποτελέσει χρήσιμο εργαλείο στα χέρια των επιστημόνων, για την κατανόηση του καρκίνου του πνεύμονα, αλλά και την δημιουργία νέων καρκινικών δεικτών, που θα βοηθήσουν στην έγκαιρη διάγνωση του καρκίνου του πνεύμονα.
description: Lung cancer is the most frequent cause of death from cancer, worldwide. Despite the advent of new diagnostic techniques, most cases are diagnosed late with very low survival rates. The use of new biomarkers for the disease could attribute to the early diagnosis, thus improving survival rates. Smoking is the main causative factor of lung cancer. Although, both genetic and epigenetic changes are responsible for lung carcinogenesis, a number of genes exist, that exhibits the phenomenon of differential expression. In this work, differential gene expression was studied in the non-small cell lung cancer compared to adjacent physiological lung tissue, with the methodology of differential display of RNA. 112 cDNA molecules were isolated, which presented differential levels of expression and were named DELC (Differentially Expressed in Lung Cancer). 57 DELC, were strengthened, while DNA sequence was determined for 37 DELC, on the whole. The analysis of the sequence resulted in 100% homology with the mRNA of known genes related with cancer (LIFR, MTMR 1, MYLK 2, RPSP 16, RAPGEF4). We also found, 100% homology with chromosomal regions of human genome with all the sequences that were analyzed. The majority of these cDNAs contained certain open reading frames. This fact implies that these regions might represent new genes, encoding proteins, which might play a role in lung cancer. The isolation and the characterization of novel genes that exhibit differential expression, could be a useful tool, for the comprehension of the molecular biology of lung cancer, but could also provide a number of new biomarkers, enabling the early diagnosis of disease.