Ενοποίηση αλγόριθμων ομαδοποίησης και βαθμονόμησης βοιοιατρικών και φαρμακευτικών άρθρων της Pubmed:
Creators: name: Ζήσης, Δημήτριος Κωνσταντίνου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2011
Subjects: Βιοιατρικά δεδομένα
Pubmed
Δυναμική αναζήτηση
Mesh terms
Pubmed, Meshy, Pured MCL
Web tools, prescript, biolayout

description: Η παρούσα διπλωματική εργασία περιγράφει με λεπτομερή τρόπο την λειτουργία και την ανάπτυξη εργαλείων στην αναζήτηση και ανάκτηση βιοιατρικών δεδομένων μέσο της δυναμικής χρήσης του διαδικτύου. Σκοπός της εργασίας είναι η παρουσίαση και η ανάλυση τόσο της βάσης δεδομένων της Pubmed και των ήδη υλοποιημένων εργαλείων όσο και η ανάλυση και η δημιουργία ενός νέο εργαλείου για την πραγματοποίηση μιας σύνθετης αναζήτησης από τον χρήστη . Αναπτύσσεται ένα δυναμικό web interface με σκοπό την λειτουργία μιας μηχανής αναζήτησης για βιοιατρικά κείμενα. Μελετήθηκε η λειτουργία δυο αλγόριθμων ταξινόμησης: του PuReD-MCL και του MeSHy και εξετάστηκε πως αυτοί μπορούν να συνδυαστούν και να χρησιμοποιηθούν στην μηχανή αναζήτησης με σκοπό την ομαδοποίηση (clustering) και τη βαθμονόμηση (ranking) των βιομετρικών κειμένων από τον χρήστη, βασισμένη στην χρήση των ειδικών όρων MESH terms. Δημιουργείται λοιπόν με την χρήση γλωσσών προγραμματισμού html, Perl και javascript μια δυναμική ιστοσελίδα που μέσω συγκεκριμένων queries μπορεί να δώσει ένα σύνθετο αποτέλεσμα στο χρήστη. Έπειτα από την ανάκτηση του συνόλου των PubMed εγγραφών μέσω του eutils με την βοήθεια ενός perlscript πραγματοποιείται αναζήτηση σε αυτή την πληροφορία την όποια μπορεί και καθορίζει ο χρήστης. Έτσι έχει την δυνατότητα να αναζητήσει και να ταξινομήσει την πληροφορία με 3 τρόπους. Α) Να εκτελέσει αναζήτηση με βάση τον MeSHy αλγόριθμο Β) Με βάση τον PuReD-MCL και Γ) Να εκτελέσει μια σύνθετη αναζήτηση εφαρμόζοντας και τους δυο αλγορίθμους. Μετά το πέρας αυτής της διαδικασίας μπορεί να αποθηκευτούν τα αποτελέσματα η να ανοίξουν σε νέο παράθυρο για περεταίρω χρήση .
description: The present diplomatic work describes with in detail way the operation and the growth of tools in the search and recuperation of biomedical data through the dynamic use of internet. The aim of this work to presentate the use of Pubmed data base and the other tools which are already available in Web and also is to analyse and create a brand new tool which will be able to provide a full and complex search in biomedical data from the user. Is developed a dynamic web interface aiming at the operation of search engine for biomedical texts. Was studied the operation of two algorithms of classification: PuReD-MCL and MeSHy and it was examined how these can be combined and used in the search engine aiming at the clustering and ranking the biometric data from the user, based on the use of special MESH terms. Therefore with the use of languages html, Perl and javascript we created a dynamic web page that via concrete queries can give a complex result in the user. After the total recuperation of PubMed data of registrations via eutils, with the help of a perlscript is realized search in this information that can be determined from the user. In this way the user has the possibility of searching and categorizing the information with 3 ways. A) it executes search with base MeSHy algorithm B) With base PuReD-MCL and G) it executes a complex search applying the two algorithms. After completion of this process the user can see and store the results through the opening of a new tab with them .