Προσδιορισμός μικροβιακής ποικιλότητας στη λίμνη της Καστοριάς:
Creators: name: Σαρτσίδης, Αναστάσιος Κωνσταντίνου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2010
Subjects: Καστοριά
Λίμνη
Μικροοργανισμοί μικρόβια
Kastoria
Lake
Microorganisms (microbes)

description: Η λίμνη της Καστοριάς εντοπίζεται στον ομώνυμο νομό και ένα από τα βασικά της χαρακτηριστικά είναι ο υπερεύτροφος χαρακτήρας της, λόγω αυξημένης εισροής ανόργανων θρεπτικών ως αποτέλεσμα ανθρώπινων δραστηριοτήτων στην λεκάνη απορροής. Επίσης, η παρουσία της πόλης της Καστοριάς στις όχθες αποτελεί πηγή ρύπων για τη λίμνη (όμβρια ύδατα κ.α.). Για το λόγο αυτό η λίμνη της Καστοριάς αποτελεί ένα ιδιαίτερα ενδιαφέρον οικοσύστημα για τον προσδιορισμό της μικροβιακής σύστασης. Στην παρούσα εργασία έγινε μια πρώτη καταγραφή της μικροβιακής ποικιλότητας στο ίζημα της λίμνης σχετικά με την παρουσία Archaea και Bacteria. Πραγματοποιήθηκαν τέσσερις εποχιακές δειγματοληψίες κατά την διάρκεια του έτους 2009 (Ιανουάριος, Απρίλιος, Ιούλιος και Οκτώβριος) σε τέσσερα σημεία της λίμνης (ίζημα και επιφανειακό νερό). Έγινε μέτρηση φυσικοχημικών παραγόντων οι οποίοι αποδεικνύουν τον υπερεύτροφο χαρακτήρα της λίμνης. Τα υψηλά επίπεδα της χλωροφύλλης, ιδιαίτερα τον μήνα Οκτώβριο (~ 45 – 50 mg/m3) και η μικρή διαφάνεια του νερού (&lt;2m τους μήνες Ιούλιο και Οκτώβριο), δείχνουν συνθήκες υπερευτροφισμού στη λίμνη. Με την χρήση κατάλληλων παγκόσμιων εκκινητών ενισχύθηκε το 16S rRNA των Archaea και Bacteria σε δείγματα απομονωμένου DNA από τα τέσσερα σημεία της λίμνης και κατασκευάστηκαν 16S βιβλιοθήκες για τα Archaea και τα Bacteria των ιζημάτων των σταθμών 2, 3 και 4 από την δειγματοληψία του Απριλίου 2009. Από την 16S βιβλιοθήκη για τα Bacteria του ιζήματος του σταθμού 2 αναλύθηκαν μέχρι στιγμής 54 κλώνοι που αντιστοιχούν σε 40 OTUs και οι οποίες κατατάσσονται σε 10 φύλα (Verrucomicrobia, Actinobacteria, Flavobacteria, Acidobacteria, Fusobacteria, Planctomycetes, Firmicutes, Cyanobacteria, Gemmatimonadetes και τα πέντε υπο-φύλα (α- έως ε-) των Proteobacteria, με τα τελευταία να εμφανίζονται σε μεγαλύτερη συχνότητα (38%). Ωστόσο, απαιτείται ανάλυση μεγαλύτερου αριθμού κλώνων ώστε να εκπροσωπούνται όλα τα Bacteria του δείγματος. Από την 16S βιβλιοθήκη για τα Archaea του ιζήματος του σταθμού 2 αναλύθηκαν συνολικά 39 κλώνοι που αντιστοιχούν σε 21 OTUs που ανήκουν στα φύλα Euryarchaeota και Crenarchaeota, με εντονότερη παρουσία (84%) των τάξεων Methanomicrobiales και Methanosarcinales, που συνίστανται από μεθανογόνα στελέχη.
description: The Kastoria Lake is located in the north-west Greece, in the prefecture of Kastoria. It is a polymictic lake with 28 km2 surface area and 9 m maximum depth. The excessive use of fertilizers in the surrounding area and the presence of Kastoria city on the coast have an important effect on the lake ecosystem which is characterized as eutrophic. In this context, the study of the microbial community of the lake, as well as the correlation of the observed diversity with physical or anthropogenic parameters presents particular interest. During 2009, seasonal samplings of both surface water and sediment have been performed at selected stations. Physicochemical parameters (temperature, pH, dissolved oxygen concentration etc.) have been measured in situ and the concentrations of anorganic nutrients and chlorophyll a have been determined spectrophotometrically. The high levels of chlorophyll a detected, especially in October (~ 45 – 50 mg/m3), as well as the limited transparency of the water (&lt;2m depth) indicate hypertrophic conditions in the lake. . Universal primers for Bacteria (27F, 1391R) and Archaea (4F, 1492R) have been used to amplify part of the16S rRNA gene, and 16S clone libraries have been constructed from sediment samples. 54 bacterial and 39 archaean clones have been sequenced and bioinformatically analyzed. The above analysis revealed the presence of 40 bacterial OTUs belonging to 10 phyla: Verrucomicrobia, Actinobacteria, Flavobacteria, Acidobacteria, Fusobacteria, Planctomycetes, Firmicutes, Cyanobacteria, Gemmatimonadetes and the five sub-phyla of Proteobacteria which were the most abundant (38%). Furthermore, Archaea belonging to two phyla (Euryarchaeota and Crenarchaeota), have been detected with strains of Methanomicrobiales and Methanosarcinales being by far the most frequent (84%). These two orders consist of methanogens, which are widely prevalent in lake sediments.