Ανίχνευση ιών της οικογένειας Flexiviridae και μελέτη της γενετικής παραλλακτικότητας του ιού της λχωριστικής κηλίδωσης των φύλλων της μηλιάς (ACLSV) σε διάφορα είδη της οικογένειας Rosa ceal:
Creators: name: Κατσιάνη, Ασημίνα Θωμά
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2009
Subjects: Παραλλακτικότητα
Flexiviridae
ACLSV
RT-PCR
PDO-rt-pcr
Elisa

description: Στην εργασία αυτή μελετήθηκε η συχνότητα εμφάνισης καθώς και η γενετική παραλλακτικότητα του ιού της χλωρωτικής κηλίδωσης των φύλλων της μηλιάς (ACLSV) σε καλλιεργούμενα, καλλωπιστικά και αυτοφυή είδη της οικογένειας Rosaceae. Εξ’ αιτίας του χαμηλού τίτλου του ιού η ορολογική δοκιμή ELISA δεν ήταν αξιόπιστη, ενώ συνδυάστηκαν δυο δημοσιευμένες μέθοδοι RT-PCR ώστε να αυξηθεί η ευαισθησία ανίχνευσης της μεθόδου. Με την εστιασμένη PCR που αναπτύχθηκε, ο ιός ανιχνεύθηκε στα είδη μηλιά, αχλαδιά, κυδωνιά, ροδακινιά, κερασιά, αμυγδαλιά, γκορτσιά και καλλωπιστική κυδωνιά. Ο ιός ανιχνεύθηκε για πρώτη φορά στην Ελλάδα στη δαμασκηνιά, αγριοκερασιά, τριανταφυλλιά, κορομηλιά, Crataegus monogyna, τσαπουρνιά, καλλωπιστική δαμασκηνιά και Rubus sp., καθώς και στο αυτοφυές Potentilla pindicola που αναφέρεται για πρώτη φορά ως ξενιστής του ιού παγκοσμίως. Η εφαρμογή της (PDO) RT-PCR για την ανίχνευση ιών που ανήκουν στα γένη Trichovirus, Capillovirus και Foveavirus ανέδειξε την παρουσία των ACLSV, ASPV και CGRMV σε μηλιά και κερασιά, και αποτελεί την πρώτη αναφορά του CGRMV στην Ελλάδα. Επίσης, αναπτύχθηκε μια αξιόπιστη και εξειδικευμένη εστιασμένη PCR για τη μελέτη της γενετικής παραλλακτικότητας τμήματος του γονιδίου της ΚΠ και της 3΄αμετάφραστης περιοχής του ACLSV. Η σύγκριση αλληλουχιών μεταξύ 14 Ελληνικών και άλλων απομονώσεων έδειξε ποσοστά ότι η παραλλακτικότητα του ιού στις απομονώσεις που μελετήθηκαν κυμαίνονταν από 3-14% σε επίπεδο νουκλεοτιδίων. Επιπλέον, η φυλογενετική ανάλυση κατέταξε τις περισσότερες απομονώσεις από καλλιεργούμενα πυρηνόκαρπα και γιγαρτόκαρπα σε διαφορετικές ομάδες, ενώ ομαδοποίηση μεταξύ απομονώσεων από καλλιεργούμενα, καλλωπιστικά και αυτοφυή είδη δεν ήταν εφικτή.
description: Ιn this study the molecular variability of Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) in cultivated, ornamental and wild species of the Rosaceae family, was investigated. The serological method ELISA was unreliable and two RT-PCR methods were combined in order to increase its sensitivity. Also, a survey was carried out for ACLSV incidence in apple, pear, quince, peach, cherry, almond, Pyrus amygdaliformis and Cydonia japonica by using the nested PCR developed in this study. The virus was detected for the first time in Greece in plum, wild cherry, Rosa canina, Prunus maliformis, Crataegus monogyna, Prunus spinosa, Prunus carassifera and Rubus sp., as well as in Potentilla pindicola which is reported for the first time as a natural host of ACLSV. The application of (PDO) RT-PCR for the detection of virus belonging to genera Trichovirus, Capillovirus and Foveavirus, arose the presence of ACLSV and CGRMV in cherry, and ASPV in apple. This is the first report of CGRMV in cherry trees in Greece. A reliable and virus specific PCR was developed for the study of ACLSV variability amplifying part of the CP encoding gene and the 3΄ untranslated area. Sequence comparison among 14 Greek isolates and isolates available in the database, ACLSV showed amino acid variability ranging between 3-14%. Moreover, the phylogenetic analysis revealed the clustering of most of the cultivated pome and stone fruits ACLSV isolates in different groups, though a clustering pattern able to separate isolates in cultivated, ornamental and wild species was not feasible.