Ορολογική και μοριακή ταυτοποίηση πληθυσμών του ιού της ευλογιάς της δαμασκηνιάς (Plum pox virus, PPV) στην Ελλάδα
Creators: name: Δημητριάδου, Ανδρομάχη Αθανασίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2015
Subjects: Ευλογιά της δαμασκηνιάς (PPV)
Μοριακός και ορολογικός χαρακτηρισμός
Ιοί πυρηνοκάρπων
Plum pox virus (PPV)
Sharka
Molecular and serological characterisation

description: Ο ιός της ευλογιάς της δαμασκηνιάς (Plum pox virus, PPV) αποτελεί το παθογόνο αίτιο της καταστρεπτικότερης ασθένειας των πυρηνοκάρπων. Στην παρούσα εργασία έγινε για πρώτη φορά ορολογικός και μοριακός χαρακτηρισμός των απομονώσεων του ιού στην Ελλάδα. Συγκριτική αξιολόγηση των ορολογικών και μοριακών μεθόδων ανίχνευσης του ιού ανέδειξε την υψηλή αξιοπιστία των δεύτερων. Ο ιός ανιχνεύτηκε, με μοριακές μεθόδους, σε όλα τα δείγματα βερικοκιάς, ροδακινιάς και κορομηλιάς, ενώ απουσιάζει από κερασιές και αμυγδαλιές. Το στέλεχος M κυριαρχεί στον ελλαδικό χώρο, ενώ η παρουσία του στελέχους PPV-D κρίθηκε αμελητέα, καθώς χαρακτηρίστηκαν μόνο τρεις απομονώσεις του, που προήλθαν από τον ίδιο οπωρώνα. Στο πλαίσιο της παρούσας μελέτης δεν ανιχνεύτηκε καμία απομόνωση των ανασυνδυασμένων στελεχών Rec ή T. Αλληλούχηση μέρους των γονιδιακών περιοχών NIb-CP και P3-6k1 κατέδειξε την χαμηλή ενδο-στελεχική παραλλακτικότητα των απομονώσεων PPV-M, ενώ οι απομονώσεις PPV-D είναι πανομοιότυπες και πιθανώς εισήχθησαν στην Ελλάδα από κάποια άλλη ευρωπαϊκή χώρα. Φυλογενετικές αναλύσεις τμήματος του γονιδίου της CP απομονώσεων M που χαρακτηρίστηκαν στην παρούσα μελέτη ανέδειξαν την ομαδοποίηση όλων, πλην δύο, με απομονώσεις από τη Μεσογειακή Λεκάνη (κλάδος Ma). Μία απομόνωση ομαδοποιήθηκε με αυτές από την Κεντρική και Ανατολική Ευρώπη (κλάδος Mb), ενώ η δεύτερη, φαίνεται να ακολουθεί ανεξάρτητη, εξελικτικά ενδιάμεση πορεία, ανάμεσα στους δυο γεωγραφικούς κλάδους. Τέλος, κατέστη αδύνατο να επαληθευτεί η ισχύς της φυλογενετικής υπόθεσης για την περιοχή P3-6k1, πιθανόν λόγω της ιδιαίτερα χαμηλής ενδο-στελεχικής παραλλακτικότητας των απομονώσεων PPV-M στην περιοχή αυτή.
description: Plum pox virus is the causal agent of the most devastating disease affecting Prunus sp. The present study is the first report of serological and molecular characterisation of Greek isolates. Comparative analysis of the sensitivity of the serological and molecular methods applied in this study proved the latter as the most reliable. The virus was detected via molecular testing in all apricot, peach, plum and P. maliformis samples. On the other hand, the virus was not detected in almond and cherry trees. The PPV-M strain is prevalent in Greek orchards, whereas only three PPV-D isolates were recovered, which were extremely geographically confined. No recombinant isolates, belonging to either the Rec or T strain, were detected in this study. Analysis of partial sequences of the NIb-CP and P3-6k1 polyprotein regions of PPV-M isolates revealed low inter-strain genetic variability. The PPV-D isolates identified herein were identical and were possibly introduced from another European country. Phylogenetic analysis of a fragment of the viral CP indicated that all but two of the PPV-M isolates recovered cluster with isolates hailing from the Mediterranean region (Ma clade). Of the remaining two, one clustered with isolates originating from Central and Eastern Europe (Mb clade) while the other shows an independent and presumably evolutionary intermediate route, between the two geographical groups. Finally, the phylogenetic hypothesis was not supported by a strong tree topology in the analysis of the P3-6k1 region, likely due to the high conservation of the aforementioned region amongst PPV-M isolates.