Προσδιορισμός της ποικιλότητας των Θυσσανωδών Μυκορριζικών Μυκήτων των ελληνικών τουλιπών με Αλληλούχιση Νέας γενιάς
Creators: name: Σπυριάδου, Θεοδωρίδου Σοφία Σπυρίδωνα
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2025
Subjects: Ελληνικές τουλίπες
Ποικιλότητα Θυσσανωδών Μυκορριζικών Μυκήτων
Αλληλούχιση Νέας Γενιάς
Greek Tulips
Diversity of Arbuscular Mycorrhizal Fungi
Next-Generation Sequencing

description: Στην εργασία αυτή μελετήθηκαν 13 διαφορετικά είδη τουλιπών ενδημικά στην Ελλάδα για να προσδιοριστεί η ποικιλότητα των θυσσανωδών μυκορριζικών μυκήτων (ΘΜΜ). Μετά τη συλλογή των δειγμάτων από 26 διαφορετικές τοποθεσίες ανά τον Ελλαδικό χώρο και 3 φυτογεωγραφικές ενότητες (Ηπειρωτική Ελλάδα, Κρήτη και Βόρειο Αιγαίο), αξιοποιήθηκαν σύγχρονες μέθοδοι εξαγωγής του DNA, η μέθοδος της PCR, της ηλεκτροφόρησης, της φωτομέτρησης και τέλος έγινε επεξεργασία των αλληλουχιών που προέκυψαν από την αλληλούχιση νέας γενιάς (NGS) η οποία πραγματοποιήθηκε σε εξωτερικό εργαστήριο. Ένα από τα βασικά ερωτήματα της εργασίας αυτής αποτέλεσε το ποιος καθορίζει την παρουσία συγκεκριμένων ειδών ΘΜΜ σε κάθε είδος τουλίπας - ξενιστή : το είδος της τουλίπας ή η τοποθεσία. Μετρήθηκε η ποικιλότητα των ειδών ΘΜΜ που εντοπίστηκαν με τη χρήση των δεικτών Shannon και Simpson’s 1-D. Έγιναν συγκρίσεις της ποικιλότητας ανάμεσα στα 13 διαφορετικά είδη τουλιπών και μελετήθηκε ο ρόλος που παίζουν παράγοντες όπως η φυτογεωγραφική ενότητα, ο οικότυπος της περιοχής, το υψόμετρο, η λιθοφιλία και η εποχή ανθοφορίας στον παρουσία διαφορετικών ή όμοιων ειδών ΘΜΜ. Καταγράφηκε ο αριθμός αλληλουχιών που εντοπίστηκε σε κάθε είδος τουλίπας και έγινε αντιστοίχηση ταξινομικής πληροφορίας μέσω της βάσης δεδομένων MaarjAM. Ταυτοποιήθηκαν πολλές αλληλουχίες από συγκεκριμένα είδη ΘΜΜ που έχουν ήδη μελετηθεί από ερευνητές, αλλά εντοπίστηκε και νέα ποικιλότητα στις μη ταυτοποιημένες αλληλουχίες. Έγινε καταγραφή των επικρατέστερων ASVs για κάθε είδος τουλίπας και στη συνέχεια των 42 επικρατέστερων ειδών ΘΜΜ που εμφανίζονται με το μεγαλύτερο ποσοστό συμμετοχής στην μικροβιακή κοινότητα ανά γένος ΘΜΜ και είδος τουλίπας στο οποίο ανιχνεύθηκαν. Η εργασία αυτή έδειξε πως το είδος της τουλίπας – ξενιστή καθορίζει τον πληθυσμό των ειδών ΘΜΜ που θα την αποικήσουν και όχι η τοποθεσία, γεγονός που συμφωνεί με προηγούμενες έρευνες παρόμοιου χαρακτήρα. Επιπρόσθετα αναδείχθηκε νέος πλούτος ποικιλότητας από τις αταυτοποίητες αλληλουχίες που προέκυψαν από την NGS, ενώ ταυτόχρονα ταυτοποιήθηκαν 42 διαφορετικά είδη ΘΜΜ.
description: In this study, 13 different species of tulips endemic to Greece were examined to determine the diversity of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF). After collecting samples from 26 different locations across Greece and from three phytogeographical regions (Mainland Greece, Crete, and the North Aegean), modern methods of DNA extraction, PCR, electrophoresis, photometry, and sequence processing derived from next-generation sequencing (NGS) performed at an external laboratory were utilized. One of the main objectives of this study was to determine what dictates the presence of specific AMF species in each tulip host species: the tulip species or the location. The diversity of AMF species that were identified was measured using Shannon and Simpson’s 1-D indices. Comparisons were made between the diversity across the 13 different tulip species, and the role of factors such as the phytogeographical region, ecotype of the area, elevation, lithophilicity, and flowering season in the presence of different or similar AMF species was examined. The number of sequences detected in each tulip species was recorded, and taxonomic information was matched using the MaarjAM database. Many sequences were identified from specific AMF species that have already been studied by researchers, but new diversity was also found in unidentified sequences. The most prevalent ASVs were recorded for each tulip species, followed by the 42 most dominant AMF species that showed the highest participation in the microbial community by genus and tulip species in which they were detected. This study showed that the tulip host species determines the population of AMF species that colonize it and not the location, a finding that aligns with previous research of a similar nature. Additionally, new diversity was revealed from the unidentified sequences obtained from NGS, and 42 different AMF species were identified.