MOLECULAR CHARACTERIZATION OF THE MICROBIAL COMMUNITY INVOLVED IN THE CARBON CYCLE IN DIFFERENT AREAS AND TYPES OF SOIL MANAGEMENT
CARACTÉRISATION MOLÉCULAIRE DE LA COMMUNAUTÉ MICROBIOLOGIQUE IMPLIQUÉE DANS LE CYCLE DU CARBONE PROVENANT DE ZONES ET DE SYSTÈMES DE GESTION DE SOLS VARIÉS
CARATTERIZZAZIONE MOLECOLARE DELLA COMUNITÀ MICROBICA COINVOLTA NEL CICLO DEL CARBONIO IN AREE E SISTEMI GESTIONALI DEL SUOLO DIVERSI
Creators: name: Landi, Silvia; CRA-ABP Consiglio Per La Ricerca E La Sperimentazione In Agricoltura  Centro Di Ricerca Per L’Agrobiologia E La Pedologia, Firenze
name: Piccolo, Raimondo; CRA-ABP Consiglio Per La Ricerca E La Sperimentazione In Agricoltura  Centro Di Ricerca Per L’Agrobiologia E La Pedologia, Firenze
name: Simoncini, Stefania; CRA-ABP Consiglio Per La Ricerca E La Sperimentazione In Agricoltura  Centro Di Ricerca Per L’Agrobiologia E La Pedologia, Firenze
name: Pastorelli, Roberta; CRA-CIN Consiglio Per La Ricerca E La Sperimentazione In Agricoltura  Centro Di Ricerca Per Le Colture Industriali , Bologna
Publisher: name: EQA - International Journal of Environmental QualityEQA - International Journal of Environmental Quality
Year: 2013
Subjects: metanotrophs; chitinase; DGGE
méthanotrophes; chitinase; DGGE
metanotrofi; chitinasi; DGGE

description: This paper addresses the diversity of two soil bacterial groups involved in the biogeochemical carbon cycle: bacteria implicated in chitin degradation and methanotrophs. To evaluate the influence of soil physico-chemical and anthropic characteristics on the diversity of these microbial groups, total DNA was directly extracted from soils differently managed and sampled in central and south Italy. PCR-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) analyses targeting genes coding for chitinase (chiA), particulate methane monooxygenase (pmoA) and 16S rRNA from bacteria, actinomycetes and type I or II methanotrophs were used to fingerprint the soil bacterial communities. DGGE cluster analysis showed a clear separation of the bacterial communities on the basis of the sampling sites. The Canonical Corrispondance Analysis (CCA) suggests that the edaphic factors such as granulometry and pH, could be responsible for determining the composition of these bacterial groups.
description: Cet article concerne deux groupes microbiotiens clés impliqués dans le cycle du carbone: ceux qui dégradent de la chitine et les méthanotrophes. Les expériences, effectuées par l' extraction directe de l'ADN et par l'analyse DGGE (électrophorèse sur gel en gradient dénaturant) se sont déroulées sur divers systèmes de sols sujets à différents modes de gestion et répartis dans plusieurs zones de l'Italie centrale et méridionale avec l’objectif de comprendre l’influence des facteurs environnementaux sur la structure de ces groupes microbioens. Ont été étudiés les gènes 16S rARN de bactéries, actinomycètes et méthanotrophes des types I et II et les gènes fonctionnels qui codent pour la chitinase (chiA) et pour la sous-unité catalytique de la méthano-monooxygénase insoluble (pmoA). Le site d’échantillonnage a montré une plus grande influence que le mode de gestion des sols. L'analyse canonique des correspondances (ACC) a mis en évidence une corrélation significative de ces groupes microbiens avec la granulométrie et le pH des sols.
description: Si riporta lo studio di due gruppi microbici chiave del ciclo del carbonio: i degradatori della chitina e i metanotrofi. Allo scopo di comprendere l’influenza dei fattori ambientali e antropici sulla diversità di questi gruppi, sono state effettuate prove, mediante l’estrazione diretta del DNA dal suolo e l’analisi DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), prendendo in esame suoli distribuiti in Italia centrale e meridionale e soggetti a vari sistemi gestionali. Sono stati considerati i geni codificanti per l’enzima chitinasi (chiA), la metano monossigenasi insolubile (pmoA) e l’rRNA 16S di batteri, attinomiceti e metanotrofi di tipo I e II. Il sito di campionamento mostra una maggiore influenza sulla diversità delle comunità batteriche rispetto al tipo di gestione, mentre i fattori edafici quali la granulometria ed il pH del suolo sono responsabili della composizione e diversità di queste comunità.
description: EQA - International Journal of Environmental Quality; Vol 6 (2011); 29-38