title: Visual Exploration and Analytics of Disease Maps with the MINERVA Platform
Creators: name: Ostaszewski, Marek
name: Schneider, Reinhard
Publisher: name: MyCoRe Community
Year: 2021
Subjects: subject: Disease Maps
subject: Systems Biology
subject: Systembiologie
subject: MINERVA Platform
subject: Visual Analysis
subject: 610

description: Disease maps are knowledge repositories that support the discovery process of molecular mechanisms of human diseases by elucidating complex cross-talks of multiple relevant pathways. At the core of disease maps are diagrams that are constructed following the standards of systems biology. These diagrams can be used for exploration and visual analytics but requires a proper set of tools. The MINERVA Platform is a web server developed for the visual analysis of molecular interaction diagrams, especially disease maps. We discuss different aspects of discovery processes in disease maps, including their reproducibility. We illustrate them with examples using the MINERVA Platform. Extensive exploration is enabled through interactive browsing, the visualization of protein structures and multi-omics datasets, and integration with databases of drug, chemical or miRNA targets. The platform offers a contextualized view of omics datasets, including genetic variants, improving their interpretation. Reproducible and customizable analytics is attainable via dedicated API and plugins, allowing the establishment of entire visualization workflows. In summary, the MINERVA Platform supports exploration and visual analysis of complex disease maps by offering dedicated, built-in functionalities, but also by flexible data interfaces.
description: Disease Maps sind Wissensspeicher, die den Erkenntnisprozess der molekularen Mechanismen menschlicher Krankheiten unterstützen, indem sie komplexe Querverbindungen zwischen mehreren relevanten Signalwegen aufdecken. Der Kern von Disease Maps sind Diagramme, die nach systembiologischen Standards konstruiert sind. Diese Diagramme können zur Exploration und zur visuelle Analysen verwendet werden, erfordern aber ein geeignetes Set von Werkzeugen. Die MINERVA-Plattform ist ein Webserver, der für die visuelle Analyse von molekularen Interaktionsdiagrammen, insbesondere von Krankheitsdiagrammen entwickelt wurde. Wir diskutieren verschiedene Aspekte von Entdeckungsprozessen in Krankheitskarten, einschließlich ihrer Reproduzierbarkeit und veranschaulichen sie mit Beispielen unter Verwendung der MINERVA Plattform. Eine umfangreiche Visualisierung ermöglicht die Darstellung von Proteinstrukturen und Multi-omics-Datensätzen, und die Integration mit Datenbanken von Medikamenten, Chemikalien oder miRNA-Targets. Die Plattform bietet eine kontextualisierte Ansicht von Omics-Datensätzen, einschließlich genetischer Varianten, und verbessert so deren Interpretation. Reproduzierbare und anpassbare Analytikverfahren können über dedizierte API’s und Plugins angesprochen werden, was die Erstellung ganzer Visualisierungs-Workflows ermöglicht. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die MINERVA Plattform die Exploration und visuelle Analyse komplexer Krankheitskarten unterstützt, indem sie dedizierte, eingebaute Funktionalitäten bereitstellt, aber auch durch flexible Datenschnittstellen erweitert werden kann.
description: Mission – Innovation: Telematics, eHealth and High-Definition Medicine in Patient-Centered Acute Medicine, p. 129