Χαρακτηρισμός απομονώσεων του μύκητα Rhizoctonia Solani, από σπορόφυτα καπνού, με συμβατικές και μοριακές μεθόδους:
Creators: name: Γκουζιώτης, Απόστολος Παντελή
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2009
Subjects: Φυλογενετική ανάλυση
Καπνός
Χαρακτηρισμός απομονώσεων
Rhizoctonia solani
ITS1
ITS4

description: Ο μύκητας Rhizoctonia solani είναι ένα εδαφογενές παθογόνο που προκαλεί οικονομικά σημαντικές ασθένειες σε πολλά καλλιεργούμενα φυτικά είδη. Μεταξύ αυτών, ιδιαίτερα σημαντικές είναι και οι προσβολές που εκδηλώνονται με τη μορφή προ- και μεταφυτρωτικών τήξεων στον καπνό. Ο σκοπός αυτής της έρευνας ήταν ο χαρακτηρισμός απομονώσεων του μύκητα R. solani από νεαρά φυτά καπνού στην Ελλάδα. Για το σκοπό αυτό, κατά τη διάρκεια της άνοιξης του 2007, συλλέχθηκαν 89 απομονώσεις του παθογόνου από σπορεία καπνοπαραγωγικών περιοχών της Βόρειας Ελλάδας. Οι απομονώσεις χαρακτηρίστηκαν με τη χρήση συμβατικών κριτηρίων όπως ο αριθμός πυρήνων, ο ρυθμός μυκηλιακής ανάπτυξης, η παραγωγή σκληρωτίων, η μολυσματικότητα σε διάφορους ξενιστές και οι αντιδράσεις αναστόμωσης με χαρακτηριστικούς αντιπροσώπους των ομάδων αναστόμωσης. Από τις 89 απομονώσεις που εξετάστηκαν οι 87 ήταν πολυπύρηνες και οι 2 διπύρηνες. Σε 39 από τις 87 πολυπύρηνες απομονώσεις έγινε μοριακός χαρακτηρισμός βασισμένος στην ανάλυση των μη μεταγραφόμενων περιοχών του ριβοσωμικού DNA (ITS1 και ITS4). Τα δεδομένα των μοριακών αναλύσεων έδειξαν ότι η πλειονότητα των απομονώσεων αυτών ανήκε στην ομάδα αναστόμωσης AG-2-1 (27 απομονώσεις), 11 απομονώσεις ανήκαν στην ομάδα AG-4 (6 απομονώσεις στην υποομάδα HG-I και 5 απομονώσεις στην υποομάδα HG-III), ενώ μία απομόνωση ανήκε στην ομάδα AG-5. Η ανάλυση της αλληλουχίας του ITS, η οποία πολλαπλασιάστηκε με τη χρήση της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης (PCR), χρησιμοποιήθηκε για φυλογενετικές αναλύσεις. Αυτή είναι η πρώτη μελέτη διερεύνησης της ποικιλομορφίας απομονώσεων του μύκητα R. solani από τον καπνό στην Ελλάδα.
description: Rhizoctonia solani is a soil-borne pathogen that causes economically important diseases in many crop species. It is known to cause damping-off as well as crown rot in tobacco seedlings. The aim of this study was to characterize isolates of R. solani associated with tobacco in Greece. For this purpose 89 pathogen isolates were obtained during the spring of 2007, from diseased tobacco seedling plants from nurseries located in the main tobacco-growing areas in Northern Greece. The isolates were characterized using several conventional characteristics such as number of nuclei, mycelial growth rate, sclerotia production, virulence and hyphal anastomosis reactions using tester isolates of known AG groups. Among the 89 isolates tested, 87 were multinucleate and only 2 were binucleate. Molecular characterization was carried out in 39 out of 87 multinucleate isolates, using sequence analysis of the genomic regions encoding the internal transcribed spacers ITS1 and ITS4 for AG determination. Molecular analysis classified 27 of the isolates within the anastomosis group AG-2-1, 11 isolates belonged to AG-4 (6 isolates to the subgroup HG-I and 5 isolates to the subgroup HG-III) and a single isolate belonged to AG-5. Moreover, sequence analysis of the polymerase chain reaction (PCR)-amplified internal transcribed spacer (ITS) rDNA region was used for phylogenetic analysis. This is the first study of the relative AG composition of R. solani populations causing disease in tobacco seedlings in Greece.