Εργαστηριακή διερεύνηση μυκηταιμιών στην παιδική και νεογνική ηλικία : συστηματική ανασκόπηση
Creators: name: Βαρλάμης, Σωτήριος Γεωργίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2025
Subjects: Μυκηταιμία
Εργαστηριακή διερεύνηση
Παιδιά
Fungemia
Laboratory investigation
Children

description: Οι μυκηταιμίες είναι λοιμώξεις με υψηλά ποσοστά θνησιμότητας. Τα συνηθέστερα αίτια στην παιδική ηλικία είναι τα είδη Candida. Η έγκαιρη και αξιόπιστη διάγνωση κρίνεται επιβεβλημένη για την εφαρμογή στοχευμένης θεραπείας προκειμένου να μειωθεί η θνησιμότητα. Η διάγνωση στηρίζεται στην εφαρμογή των συμβατικών καλλιεργητικών μεθόδων (αιμοκαλλιέργεια), μικροσκόπηση (χρώση Gram από τη θετική φιάλη αιμοκαλλιέργειας) και ταυτοποίηση των μυκήτων με ανάπτυξη σε θρεπτικά υλικά ή βιοχημικές μεθόδους σε αυτόματα συστήματα. Για την καταπολέμηση των μειονεκτημάτων των συμβατικών μεθόδων ταυτοποίησης (χαμηλή ευαισθησία και μεγάλος συνολικός χρόνος διάγνωσης), εφαρμόζονται μη συμβατικές μέθοδοι ταυτοποίησης (μοριακές τεχνικές, μεθοδολογία φασματομετρίας μάζας τύπου MALDI TOF, ορολογικές μέθοδοι). Σκοπός της μελέτης είναι η συστηματική ανασκόπηση της βιβλιογραφίας σχετικά με την εργαστηριακή διερεύνηση των μυκηταιμιών. Μελετήθηκαν οι χρησιμοποιούμενες εργαστηριακές μέθοδοι για τη διάγνωση της μυκηταιμίας στην παιδική ηλικία. Διερευνήθηκαν τα πλεονεκτήματα, τα μειονεκτήματα και τα κριτήρια επιλογής της καθεμίας, καταγράφηκε ο χρόνος διάγνωσης και η ευαισθησία των μεθοδολογιών και έγινε προσπάθεια σύγκρισης των μεθοδολογιών βάσει του χρόνου διάγνωσης. Διενεργήθηκε συστηματική αναζήτηση στις βάσεις δεδομένων PubMed και Cochrane Library. Συμπεριλήφθηκαν συνολικά 61 μελέτες. Οκτώ μελέτες που είχαν ως κεντρικό θέμα τη μεθοδολογία των αιμοκαλλιεργειών αναλύθηκαν ξεχωριστά και περιλάμβαναν τρόπους βελτίωσης της μεθοδολογίας των αιμοκαλλιεργειών. Από τις υπόλοιπες 53 μελέτες εργαστηριακής διερεύνησης των μυκηταιμιών στην παιδική ηλικία (χωρίς αναφορά στη μεθοδολογία των αιμοκαλλιεργειών), μόνο οι 3 δεν παρουσίασαν χρήση συμβατικών μεθοδολογιών. Οι λόγοι χρήσης των μη συμβατικών μεθόδων στις μελέτες αυτές ομαδοποιήθηκαν και για τις μοριακές μεθόδους και το MALDI TOF MS ήταν η ακριβής ταυτοποίηση (εκτός των άλλων και σπάνιων ειδών μυκήτων είτε μυκήτων που ταυτοποιήθηκαν λανθασμένα) και η μείωση του χρόνου διάγνωσης. Καλύτερα αποτελέσματα όσον αφορά το χρόνο διάγνωσης εμφάνισαν οι μοριακές τεχνικές (T2MR και σύστημα Film array για Candida spp) και το MALDI TOF MS όταν εφαρμοζόταν απευθείας στη φιάλη της αιμοκαλλιέργειας. Οι μοριακές τεχνικές και το MALDI TOF εμφάνισαν συνολικά μεγαλύτερη ευαισθησία από τις ορολογικές μεθόδους. Μεγάλο μέρος της διεθνούς βιβλιογραφίας ασχολείται με τη σύγκριση των μεθοδολογιών διάγνωσης και καταγραφή της ευαισθησίας και του χρόνου διάγνωσης, με στόχο την βελτίωση της αξιοπιστίας και της ταχύτητας ταυτοποίησης των αιτίων μυκηταιμίας. Προκύπτουν τα συμπεράσματα ότι δεν εγκαταλείπονται οι συμβατικές μέθοδοι στην καθημερινή πρακτική των μυκητολογικών διαγνωστικών Εργαστηρίων και ότι η βελτίωση του χρόνου διάγνωσης μπορεί να επιτευχθεί με μοριακές μεθόδους και με την εφαρμογή της MALDI TOF φασματομετρίας μάζας, ειδικά όταν αυτή εφαρμόζεται απευθείας στη θετική φιάλη της αιμοκαλλιέργειας. Επιπλέον, διαπιστώνεται ότι οι ορολογικές μεθοδολογίες αποτελούν βοηθητικές και όχι αυτόνομες δοκιμασίες για τη διάγνωση, με το πλεονέκτημα της εύκολης διαδικασίας και του μικρού χρόνου που απαιτεί η μεθοδολογία αλλά και τα μειονεκτήματα της χαμηλής ευαισθησίας, των ψευδώς θετικών αποτελεσμάτων και των ακαθόριστων ορίων θετικότητας. Όλες οι μέθοδοι εμφανίζουν πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα. Τα μειονεκτήματα των μοριακών τεχνικών φαίνεται να είναι ότι στερούνται προτυποποίησης, έχουν μεγαλύτερο κόστος και απαιτούν εκπαιδευμένο προσωπικό και του MALDI TOF MS ότι χρειάζεται ανανέωση των βάσεων δεδομένων του για αναγνώριση μεγαλύτερου αριθμού μυκήτων.
description: Fungemia is an infection with high mortality rates. The most common causes in childhood are the Candida species. Early and reliable diagnosis is considered a necessity for the application of targeted therapy, in order to reduce mortality. Diagnosis is based on the application of conventional culture methods (blood cultures), microscopy (gram stain from the positive blood culture vial) and identification of the fungi by growth on nutrient media or by biochemical methods in automated systems. To manage the disadvantages of conventional identification methods (low sensitivity and long overall time to diagnosis), unconventional identification methods (molecular techniques, MALDI TOF mass spectrometry methodology, serology methods) are applied. The purpose of this study is to systematically review the literature on the laboratory investigation of fungemia. The laboratory methods used for the diagnosis of childhood fungemia were studied. The advantages, disadvantages and selection criteria of each were investigated, the diagnosis time and sensitivity of the methodologies were recorded and a comparison of the methodologies based on the diagnosis time was attempted. A systematic search of the PubMed and Cochrane Library databases was performed. A total of 61 studies were included. Eight studies focusing on blood culture methodology were analyzed separately and included ways to improve blood culture methodology. Of the remaining 53 studies focusing on the laboratory investigation of fungemia in childhood (without reference to blood culture methodology), only 3 did not apply conventional methodologies. The reasons these studies applied unconventional methods were grouped; for molecular methods and MALDI TOF MS the reasons involved accurate identification (excluding rare fungal species or incorrectly identified fungi) and reduction of the time to diagnosis. Better results in terms of time to diagnosis were achieved using molecular techniques (T2MR and Film array system for Candida spp) and MALDI TOF MS, when applied directly to the blood culture vial. Molecular techniques and MALDI TOF showed overall greater sensitivity than serology methods. A large percentage of the international literature deals with the comparison of diagnostic methodologies and recording of sensitivity and time to diagnosis, aiming at improving the reliability and speed of identification of the causes of fungemia. Τhe conclusions emerging are that conventional methods are not abandoned in the daily practice of mycology diagnostic laboratories, and that the improvement of the time to diagnosis can be achieved with molecular methods and the application of MALDI TOF mass spectrometry, especially when it is applied directly to the positive blood culture vial. Furthermore, it is found that serology methodologies are auxiliary and not autonomous tests for diagnosis, and offer advantages including easiness of the procedure and brief time required and disadvantages including low sensitivity, false positive results, and undefined positivity range. All methods have advantages and disadvantages. The disadvantages of molecular techniques seem to be that they lack standardization, have higher costs and require trained personnel, while MALDI TOF MS needs to renew its databases to identify a larger number of fungi.