Επίδραση της πανδημίας COVID-19 στα ευρήματα καλλιεργειών αναπνευστικών δειγμάτων στη Β. Ελλάδα
Creators: name: Δημάκα, Κυριακή Γεωργίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2024
Subjects: Καλλιέργειες αναπνευστικού
Δευτερογενείς βακτηριακές λοιμώξεις
SARS-CoV-2
Αντιμικροβιακή αντοχή
Respiratory cultures
Secondary bacterial infections
Antimicrobial resistance

description: Εισαγωγή: Οι λοιμώξεις του αναπνευστικού συστήματος αποτελούν κύρια αιτία νοσηρότητας και θνησιμότητας παγκοσμίως. Η εμφάνιση της COVID-19 λοίμωξης, που προκαλείται από τον νέο κορωνοϊό SARS-CoV-2 και σύντομα εξελίχθηκε σε πανδημία, έχει επηρεάσει πολύ σημαντικά την παγκόσμια υγειονομική περίθαλψη και τα πρότυπα αναπνευστικών ασθενειών. Σκοπός: Σκοπός της παρούσας εργασίας είναι να πραγματοποιήσει αναδρομική μελέτη στα αναπνευστικά δείγματα που συλλέχθηκαν από τον πληθυσμό της Β. Ελλάδας την περίοδο 2018-2023, με στόχο να αξιολογήσει τις ποσοτικές και ποιοτικές μεταβολές στις θετικές καλλιέργειες κατά τη διάρκεια της πανδημίας COVID-19. Υλικά και μέθοδος: Πραγματοποιήθηκε αναδρομική ανάλυση αναπνευστικών δειγμάτων που υποβλήθηκαν στο Μικροβιολογικό Εργαστήριο του Νοσοκομείου Παπανικολάου την περίοδο 2018-2023, ανεξαρτήτου φύλου και ηλικίας. Καταγράφηκαν συνολικά 18.852 δείγματα (12.277 άνδρες, 6.575 γυναίκες) φαρυγγικού επιχρίσματος, βρογχικών εκκρίσεων, πτυέλων, βρογχοκυψελιδικού εκπλύματος (Bronchoalveolar Lavage, BAL) και προστατευμένου δείγματος με τηλεσκοπικό καθετήρα (Plugged Telescoping Catheter, PTC). Από αυτά τα 1.209 αφορούσαν ασθενείς έως 35 ετών, 8.237 ήταν μεταξύ 35-65 ετών, 8.594 ήταν άνω των 65 ετών και σε 812 δείγματα δεν αναφερόταν η ηλικία. Αποτελέσματα: Στα BAL τα έτη 2018-2019 παρελήφθησαν κατά μέσο όρο 684 δείγματα εκ των οποίων 12,3% ήταν θετικά. Το 2022 είχαμε το μέγιστο θετικών αποτελεσμάτων 19,4% σε 650 δείγματα σε σύγκριση με το 2020 (12,3%) και το 2021 (11,0%). Τα θετικά φαρυγγικά επιχρίσματα τα έτη 2018-2019 αποτέλεσαν το 24,8%, τα έτη της πανδημίας 18,5%, ενώ το 2023 αυξήθηκε στο 29,6%. Στα PTC, προ-πανδημίας, θετικά ήταν το 12,3% ενώ το 2021 παρατηρήθηκε το μέγιστο ποσοστό θετικών (21,9%) σε σημαντικά μικρότερο αριθμό συνολικών δειγμάτων. Τα επίπεδα θετικών διατηρήθηκαν υψηλά και το 2023 (18,3%). Παρά την αισθητή μείωση των συνολικών δειγμάτων στα πτύελα στη διάρκεια της πανδημίας, η αναλογία των θετικών παρέμεινε σε παρόμοια επίπεδα με την προπανδημική περίοδο (32,2%). Αύξηση παρατηρήθηκε το 2023 (39,2%) όπου ταυτόχρονα είχαμε και την επαναφορά λειτουργίας των εξωτερικών ιατρείων. Εξαίρεση αποτελούν οι βρογχικές εκκρίσεις που σε όλη τη διάρκεια της πανδημίας παρατηρήθηκε 12-15% αύξηση (55,3% το 2022 έναντι 47% το 2019), ρυθμός που παρέμεινε και μετά την λήξη της (58,4% το 2023). Επικρατέστερα μικρόβια σε όλα τα εξεταζόμενα έτη ήταν το Acinetobacter spp, η Klebsiella spp και η Pseudomonas spp ενώ μια θέση κέρδισε με αύξηση περίπου 7% η Providencia spp. Συμπεράσματα : Με εξαίρεση τις βρογχικές εκκρίσεις, τα υπόλοιπα δείγματα αναπνευστικού μοιάζει να μην επηρεάστηκαν ιδιαίτερα, εμφανίζοντας άλλοτε ανοδική και άλλοτε καθοδική πορεία στη διάρκεια της πανδημίας χωρίς ωστόσο να ακολουθούν κάποιον κανόνα. Αυτό που προκαλεί εντύπωση είναι η διατήρηση των υψηλών ποσοστών θετικών και συνολικών δειγμάτων μετά την πανδημία κάτι που ενδεχομένως μαρτυρά ευαισθητοποίηση των υγειονομικών και αλλαγή πρωτοκόλλων, παράλληλα με πιθανή αύξηση της ευαισθησίας των ασθενών στα κυκλοφορούντα βακτήρια. Λέξεις κλειδιά: καλλιέργειες αναπνευστικού, δευτερογενείς βακτηριακές λοιμώξεις, SARS-CoV-2, αντιμικροβιακή αντοχή.
description: Introduction: Respiratory infections are a leading cause of morbidity and mortality worldwide. The emergence of COVID-19, caused by the novel SARS-CoV-2 coronavirus which soon evolved into a pandemic, has had impact on global healthcare and respiratory disease patterns. Purpose: The present study aims to perform a retrospective study on respiratory samples collected from the population of Northern Greece during the period 2018-2023, to evaluate the quantitative and qualitative changes in positive cultures during the COVID-19 pandemic. Method-Material: A retrospective analysis of respiratory specimens delivered to the Laboratory of Microbiology of Papanicolaou Hospital in the period 2018-2023, regardless of gender and age, was performed. A total of 18852 samples (12277 males, 6575 females) of oropharyngeal swab, bronchial secretions, sputum, BAL and PTC were recorded. Out of these, 1209 involved patients up to 35 years of age, 8237 between 35-65 years, 8594 over 65 years while 812 samples did not report any age. Results: During the years 2018-2019, an average of 684 BAL samples were received, of which 12.3% were positive. The largest positive rate of 19.4% occurred in 2022 with a total of 650 positive samples, compared to 12.3% in 2020 and 11.0% in 2021. Positive pharyngeal smears in the years 2018-2019 constituted 24.8%, compared to 18.5% in pandemic years in 2023 the positive rate increased to 29.6%. In PTC, pre-pandemic, positives were 12.3%, while in 2021 the maximum percentage of positives (21.9%) was observed in a significantly smaller number of total samples. Positive levels remained high in 2023 (18.3%). Although we observed a decrease in total sputum samples during the pandemic, the proportion of positive samples remained at similar levels to the pre-pandemic period (32.2%). An increase was observed in 2023 (39.2%) when outpatient clinics were reopened. The exception was bronchial secretions, where throughout the pandemic there was a 12-15% increase (55.3% in 2022 vs 47% in 2019), a trend that continued after the end of the pandemic (58.4% in 2023). The most predominant microbes in all years considered were Acinetobacter spp, Klebsiella spp and Pseudomonas spp, while Providencia spp gained a place with an increase of about 7%. Conclusions: Except for the bronchial secretions, the rest of the respiratory specimens do not exhibit any definite trends, sometimes increasing or decreasing during the pandemic, but without following any specific pattern. A striking issue is the sustained high positive rates and increased numbers of total samples after the pandemic, which probably indicates an awareness of health care workers and a development of protocols, along with an increase susceptibility of patients to circulating bacteria. Key words: respiratory, cultures, secondary bacterial infections, SARS-CoV-2, antimicrobial resistance.