title: Genome-wide analysis of dMi-2 binding sites
title: Genomweite Untersuchung von dMi-2 Bindungstellen
Creators: name: Mathieu, Eve-Lyne
Publisher: name: Philipps-Universität Marburg
Year: 2013
Subjects: dMi-2
dMi-2 Drosophila
remodeling
Chromatin, Remodelierung
Naturwissenschaften
Drosophila, chromatin

description: ATP-dependent chromatin remodelers
      regulate gene expression. The actions of chromatin remodelers
      on the nucleosome removal and assembly, the histone variants
      exchange and the modifications of the nucleosome array modify
      the accessibility of the transcriptional machinery to DNA.
      Transcription is also influenced by the chromatin context.
      Indeed, the presence of transcription factors,
      nucleosome-depleted regions and histone modifications,
      facilitate the recruitment of specific histone modifying
      enzymes, chromatin modifying enzymes and chromatin
      remodelers. Thus, several chromatin features influence the
      transcription outcome. The ATP-dependent chromatin remodeler
      dMi-2 is typically associated with transcription repression,
      but its implication in active transcription has also been
      reported. The dMi-2 binding sites on polytene chromosomes
      suggest that dMi-2 binds mainly in open chromatin regions.
      However, the resolution of polytene staining is approximate
      and does not give any information about the chromatin context
      surrounding dMi-2. Thus, the genome-wide dMi-2 binding sites
      have been identified by ChIP-sequencing and correlated with
      existing data of histone modifications, RNA polymerase II,
      nucleosome-depleted regions, transcription, transcription
      factors and chromatin states. All in all, dMi-2 is located in
      open chromatin regions and in vicinity of developmental
      genes. Although dMi-2 mainly represses the expression of its
      associated genes, it binds close to features linked to active
      transcription and it is enriched in promoters and in
      potential regulatory regions. Upon heat shock, the inducible
      hsp70 gene is actively transcribed, and dMi-2 is important
      for its expression. To investigate the factors influencing
      the recruitment of dMi-2 in a context of active
      transcription, the dMi-2 genome-wide binding sites in
      un-induced and heat shock conditions have been identified by
      ChIP-sequencing. dMi-2 is selectively enriched on 7 hsp
      genes. The chromatin features associated to the hsp70
      promoter or a nucleosome-depleted region does not suffice to
      recruit dMi-2. Moreover, a strong transcription is not
      sufficient to recruit dMi-2, even though its recruitment on
      the heat shock genes is transcription dependent. Notably,
      dMi-2 distribution encompasses the gene body and extent
      beyond the polyadenylation site of the heat shock genes.
      Thus, the results suggest that dMi-2 follow the
      transcriptional activity.
description: ATP-abhängige Chromatinremodeler
      regulieren die Genexpression. Die Wirkung der
      Chromatinremodeler auf Nukleosomenentfernung und -
      assemblierung, den Austausch von Histonvarianten und die
      Modifikation des Nukleosomenarrays verändert die
      Zugänglichkeit der DNA für die Transkriptionsmaschinerie.
      Transkription wird auch vom Chromatinkontext beeinflußt. In
      der Tat erleichtert die Anwesenheit von
      Transkriptionsfaktoren, nukleosomdepletierte Regionen und
      Histonmodifikationen die Rekrutierung von spezifischen
      histonmodifizierenden Enzymen, chromatinmodifizierenden
      Enzymen und Chromtinremodelern. Somit beeinflussen mehrere
      Chromatineigenschaften die Transkription. Der ATP-abhängige
      Chromatinremodeler dMi-2 wird im allgemeinen mit der
      Repression der Transkription assoziiert, er wurde jedoch auch
      mit aktiver Transkription in Verbindung gebracht. Die dMi-2
      Bindungsstellen auf Polytänchromosomen legen nahe, daß dMi-2
      vornehmlich an offenen Chromatinregionen bindet. Jedoch
      erlaubt die Anfärbung von Polytänchromosomen keine exakte
      Bestimmung von dMi-2 Bindungsstellen und gibt keinen
      Aufschluß über den Chromatinkontext von dMi-2
      Bindungsstellen. Aus diesem Grund wurden genomweite dMi-2
      Bindungsstellen durch ChIP-seq identifiziert und mit
      vorhandenen Datensätzen von Histonmodifikationen, RNA
      Polymerase II Bindungsstellen, nukleosomdepletierten
      Regionen, Transkription, Transkriptionsfaktoren und
      Chromatinzuständen korreliert. dMi-2 lokalisiert innerhalb
      von offenen Chromatinregionen und in der Nähe von
      entwicklungsspezifischen Genen. Obwohl dMi-2 hauptsächlich
      gebundene Gene reprimiert, bindet es in der Nähe von
      Chromatin dessen Modifikationen mit aktiver Transkription in
      Verbindung stehen und dMi-2 is in Promotoren und potentiellen
      regulatorischen Sequenzen angereichert. Nach Hitzeschock wird
      das induzierbare hsp70 Gen aktiv transkribiert und dMi-2 ist
      für seine Transkription wichtig. Um Faktoren zu untersuchen,
      die die Rekrutierung von dMi-2 im Kontext aktiver
      Transkription beeinflussen wurden genomweite dMi-2
      Bindungsstellen in nichtinduzierten und hitzebehandelten
      Zellen durch ChIP-seq identifiziert. dMi-2 ist selektiv an 7
      hsp Genen angereichert. Die Chromatineigenschaften, die mit
      dem hsp70 Promotor oder nukleosomdepletierten Regionen
      assoziiert sind sind nicht hinreichend für eine Rekrutierung
      von dMi-2. Darüberhinaus ist eine starke Transkription per se
      nicht ausreichend für eine Rekrutierung von dMi-2, obwohl
      seine Rekrutierung an Hitzeschockgene transkriptionsabhängig
      ist. Interessanterweise schließt die Bindung von dMi-2 das
      ganze Gen ein und erstreckt sich über die
      Polyadenylierungsstelle von Hitzeschockgenen hinaus. Mithin
      legen die Resultate nahe, daß dMi-2 Bindung der Transkription
      folgt.