Μελέτη της συχνότητας των πολυμορφισμών του γονιδίου Ρ-γλυκοπρωτεΐνης (MDR1) G2677T και C3435T στον Ελληνικό πληθυσμό:
Creators: name: Γκμπάντι, Εμμανουέλα Ρέϊμοντ Ονόρα
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2011
Subjects: MDR1 (ABCB1)
γονιδιακοί πολυμορφισμοί
απλότυποι
gene polymorphism
haplotypes

description: To γονίδιο MDR1 (ABCB1) εντοπίζεται στο χρωμόσωμα 7q21.1 και αποτελείται από 28 εξώνια. Η P-γλυκοπρωτεΐνη (Pgp), που κωδικοποιείται από το γονίδιο αυτό, είναι μια εξαρτώμενη από ATP αντλία εκροής με ευρεία εξειδίκευση υποστρώματος. Η Pgp βρίσκεται σε μια πληθώρα ιστών υπεύθυνων για την απορρόφηση και απέκκρισης ουσιών από το σώμα και είναι έτσι σε θέση να ελέγχει τη διαθεσιμότητα ενός μεγάλου αριθμού φαρμάκων. Το MDR1 είναι εξαιρετικά πολυμορφικό γονίδιο και έχουν εντοπιστεί τουλάχιστον δύο σημειακές μεταλλάξεις (SNPs), G2677T και C3435T, που φαίνεται να επηρεάζουν τα επίπεδα έκφρασης της Pgp και την ανταπόκριση σε φάρμακα, ενώ φαίνεται επίσης να επηρεάζουν την προδιάθεση για φλεγμονώδη νόσο του εντέρου. Δεδομένης της διαφορετικής διασποράς των πολυμορφισμών αυτών μεταξύ διαφορετικών εθνοτήτων, κρίθηκε σκόπιμη η διερεύνηση της κατανομής τους στον Ελληνικό πληθυσμό. Για τον σκοπό αυτό απομονώθηκε DNA από το περιφερικό αίμα 52 παιδιών (ηλικίας: 4-16 ετών) από τη βόρεια Ελλάδα και 64 ενηλίκων (ηλικίας: 22-60 ετών) από όλη τη χώρα, που δεν διαγνωσθεί χρόνια νόσο. Και για τους δυο πολυμορφισμούς (G2677T και C3435T) έγινε γονοτυπική ανάλυση χρησιμοποιώντας την μέθοδο PCR-RFLP. Η εκτίμηση των απλοτυπικών συχνοτήτων πραγματοποιήθηκε με την βοήθεια του προγράμματος PHASE 2.1. Τόσο ο συνολικός πληθυσμός όσο και η κάθε υποομάδα ξεχωριστά δεν βρέθηκε να αποκλίνουν στατιστικά σημαντικά από την ισορροπία Hardy-Weinberg για κανέναν από τους δυο τόπους που εξετάστηκαν, ενώ και οι κατανομές των γονοτυπικών συχνοτήτων είναι παρόμοιες και στις δύο ομάδες. Στο συνολικό δείγμα, η συχνότητα του αλληλομόρφου 3435T ήταν 57,39%, ενώ εκείνη του αλληλόμορφου 3435C, 42,61%. Για τον πολυμορφισμό G2677T, οι συχνότητες ήταν 46,98% για το G αλληλόμορφο και 53,02% για το T. Ο ετεροζυγωτικός φαίνεται να είναι ο πιο συχνός γονότυπος και στις δύο περιπτώσεις. Οι πιο συχνοί απλότυποι είναι οι 2677T-3435T και 2677G-3435C (με συχνότητες 49,0% και 39,0% αντίστοιχα). Τα αποτελέσματα της παρούσας μελέτης είναι αρκετά συνεπής με τα δεδομένα που δημοσιεύονται για διάφορους ευρωπαϊκούς πληθυσμούς, εκτός από μια ελαφρώς αυξημένη συχνότητα του αλληλομόρφου T που καταγράφηκε και στους δύο τόπους σε αντίθεση με άλλες έρευνες. Χρειάζεται περαιτέρω ανάλυση για να καθοριστούν τα αίτια αυτού του ευρήματος. Είναι πιθανό να αντικατοπτρίζει μια ελαφρώς διαφορετική κατανομή των πολυμορφισμών του γονιδιακού τόπου MDR1 στον ελληνικό πληθυσμό, καθώς το πληθυσμιακό δείγμα που χρησιμοποιήθηκε στην παρούσα μελέτη φαίνεται να είναι επαρκές και αντιπροσωπευτικό του ελληνικού πληθυσμού.
description: The MDR1 (ABCB1) gene is located on chromosome 7q21.1 and consists of 28 exons. The protein produced by this gene, P-glycoprotein (Pgp) is an ATP-dependent efflux pump for xenobiotic compounds with broad substrate specificity. Pgp is located in absorptive and excretory tissues in the body and is thus able to control the disposition of a large number of drugs. The MDR1 gene is highly polymorphic and at least two single nucleotide polymorphisms (SNPs), G2677T and C3435T, have been shown to affect Pgp expression levels and response to drugs, and could also affect predisposition to inflammatory bowel disease. As these SNPs display differential distribution among different ethnicities we sought to register their frequency of occurrence in the Greek population. DNA was isolated from peripheral leukocytes of 52 children (age: 4-16 yrs) from northern Greece and 64 adults (age: 22-60 yrs) from throughout the country, with no diagnosed chronic disease. Both SNPs (G2677T and C3435T) were genotyped using a PCR-RFLP method. Estimation of haplotype frequencies was accomplished by running the PHASE version 2.1 program. There was no statistically significant deviation from the Hardy-Weinberg equilibrium with respect to either SNP in any of the subpopulations examined. The distributions of genotype frequencies were very similar in the two groups. In the combined sample, the frequency of the 3435T allele was 57,39%, whereas that of the 3435C allele, 42,61%. For the G2677T SNP, allelic frequencies were 46,98% for 2677G and 53.02% for 2677T. Heterozygotes were the most frequent genotypes in both cases. The most frequent haplotypes were 2677T-3435T and 2677G-3435C (49.0 and 39.0%, respectively). Our results are fairly consistent with data published for various European populations, albeit a small prevalence of the T allele that was recorded in both loci in contrast to other reports. Further analysis is needed to determine the cause of this finding. It may as well reflect a slightly different distribution of the MDR1 polymorphisms in the Greek population, as the population sample analyzed in this study seems to be adequate and representative of the Greek population.