Γενετική δομή του κόκκινου ελαφιού (Cervus elaphus) της Πάρνηθας και συσχέτιση με οικολογικές παραμέτρους:
Creators: name: Τσακογιάννης, Αλέξανδρος Εμμανουήλ
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2011
Subjects: Cervus elaphus
Γενετική τοπίου
Πάρνηθα
Landscape genetics
Parnitha

description: Το κόκκινο ελάφι Cervus elaphus αποτελεί ένα από τα πιο διαδεδομένα μεγάλα θηλαστικά στην Ευρώπη αλλά και παγκοσμίως. Ως ίσως ένα από τα πιο σημαντικά θηράματα, έχει υποστεί τις ανθρωπογενείς επιδράσεις για εκατοντάδες ή και χιλιάδες χρόνια. Στην Ελλάδα το κόκκινο ελάφι ήταν αρκετά διαδεδομένο στο παρελθόν, σχεδόν σε ολόκληρη την ηπειρωτική χώρα. Σήμερα οι μοναδικοί βιώσιμοι πληθυσμοί βρίσκονται στην Ροδόπη και στην Πάρνηθα, με τον τελευταίο να αποτελεί τον πιο ακμαίο πληθυσμό στην χώρα. Στόχος της παρούσας εργασίας αποτέλεσε η εκτίμηση του βαθμού γενετικής ποικιλότητας του ελαφιού της Πάρνηθας, η εξακρίβωση της βιολογικής του προέλευσης, η ανάλυση της γενετικής δομής του πληθυσμού και η συσχέτιση της με οικολογικές παραμέτρους. Στα πλαίσια της παρούσας μεταπτυχιακής εργασίας συλλέχθηκαν 55 δείγματα από τον άγριο πληθυσμό της Πάρνηθας και αναλύθηκαν με τα υπόλοιπα 39 των προηγούμενων ετών. Για τον λόγο ότι η Πάρνηθα αποτελεί προστατευόμενη περιοχή, επιλέχθηκαν μη επεμβατικές μέθοδοι δειγματοληψίας. Η εξαγωγή γενετικού υλικού έγινε κατά κύριο λόγο από απορριφθέντα κέρατα ή σε μερικές περιπτώσεις από ιστό ή αίμα νεκρών ζώων. Υπήρξαν ακόμη 3 δείγματα από το Φραγκτό Δράμας (Ροδόπη) και άλλα 3 από περιοχές κοντά στα σύνορα με τη Βουλγαρία. Στο σύνολο των 94 δειγμάτων υπήρχε χωρική πληροφορία για την δειγματοληπτική περιοχή σε 69 δείγματα, που κατά το σύνολό τους βρέθηκαν σε 19 περιοχές και για τις οποίες εξήχθησαν δεδομένα για το υψόμετρο, την κλίση και τους τύπους οικοτόπων. Έγινε ανάλυση της πρωτοδιάταξης της περιοχής Dloop του μιτοχονδριακού DNA και ενισχύθηκαν 14 μικροδορυφορικοί τόποι. Τα αποτελέσματα της εργασίας έδειξαν ότι η φυλογενετική προέλευση του κόκκινου ελαφιού της Πάρνηθας είναι κυρίως Βαλκανική. Ο πληθυσμός εμφανίζει αρκετά μεγάλο βαθμό γενετικής ποικιλομορφίας και δεν φαίνεται να πάσχει από φαινόμενα ομομιξίας και γενετικής κατάπτωσης, καθώς τα επίπεδα ετεροζυγωτίας, όσον αφορά στο μικροδορυφορικό DNA, καθώς και η νουκλεοτιδική και απλοτυπική ποικιλότητα, όσον αφορά στο μιτοχονδριακό, είναι αρκετά υψηλά, συγκρινόμενα με άλλους ευρωπαϊκούς πληθυσμούς. Το δραστικό μέγεθος του πληθυσμού υπολογίστηκε με δυο μεθόδους σε 55 και 69 αντίστοιχα, γεγονός που υποδεικνύει έναν βιώσιμο αλλά ασταθή στο χρόνο πληθυσμό. Στον πληθυσμό υπάρχει υποομαδοποίηση με την ύπαρξη δύο ή τριών γενετικών ομάδων. Σε μια πρώτη ανάλυση, το υψόμετρο, η κλίση, η καθαρά γεωγραφική απόσταση και ο τύπος οικοτόπου δεν φαίνεται να αποτελούν περιοριστικό παράγοντα στην γονιδιακή ροή μεταξύ των γενετικών ομάδων. Μεγαλύτερης λεπτομέρειας χωρικά δεδομένα θα πρέπει να ελεγχθούν και περισσότερες οικολογικές παράμετροι θα πρέπει να αναλυθούν.
description: The red deer Cervus elaphus is one of the most widespread large mammals in Europe, and worldwide. As perhaps one of the most important game species, it has been undergoing anthropogenic pressure for centuries, or even millennia. In Greece the red deer was quite widespread in the past, almost in the entire mainland. Today the only viable populations are in Rodope and mount Parnitha, with the latter the most flourishing population in the country. The aim of this study was to estimate the genetic diversity of Parnitha’s deer, to verify its biological origin, to analyze the population’s genetic structure and correlate it with ecological parameters. Since Parnitha’s National Park is a protected area, non invasive methods were used for sample collection. Total DNA was extracted mainly from drooped horns or in a few cases from tissue or blood of dead animals. In this work, we sampled 55 samples from wild population of Parnitha and analyzed them with another 39 from previous work. There were also 3 samples from Rodope mountain and another 3 from Bulgaria. For a total of 94 samples there was spatial information for 69 of them (found in 19 sampling areas), from which data about the altitude, aspect and land-use were exported.PCR amplification was performed for mtDNA Dloop region and 14 microsatellite loci were analyzed. The results indicated that Parnitha’s red deer has Balkan phylogenetic origins. The population shows a high degree of genetic diversity and it doesn’t seem to suffer from inbreeding and genetic depression, while microsatellite heterozygosity values and the mitochondrial nucleotide and haplotype diversity are quite high, compared with other European populations. The effective population size was calculated with 2 methods, at 55 and 69 individuals respectively, indicating a viable but not very stable, in time population. The population is subdivided in two or three genetic clusters. Altitude, aspect, geographic distance and land-use do not seem to be limiting factors in gene flow between the clusters. More detailed spatial data must be verified and more ecological factors must be analyzed.