Investigating Entity Linking in Greek Electronic Health Records: Leveraging Hierarchical Structures and Bi-Encoder Architectures
Creators: name: Κηπουρός, Άλκης Δημητρίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2024
Subjects: Επεξεργασία Φυσικής Γλώσσας
Εξαγωγή Πληροφοριών από Ηλεκτρονικά Υγειονομικά Κείμενα
Συσχέτιση Οντοτήτων
Natural Language Processing (NLP)
Information Extraction from EHRs
Entity Linking

description: Entity linking (EL) in the context of Greek medical texts presents unique challenges due to the unstructured nature of Electronic Health Records and the scarcity of resources in the Greek language. This study proposes a novel methodology embracing two distinct paradigms for EL tasks. The first paradigm adopts a one-stage EL approach, employing a standalone hierarchical classifier that leverages the natural hierarchy of the ICD-10. The second paradigm explores a two-stage EL strategy involving candidate concept generation and reranking. The proposed approach integrates the robustness of a bi-encoder architecture for candidate generation with a hierarchical classifier for reranking. This dynamic combination aims to enhance the effectiveness of EL in the intricate landscape of Greek medical texts. The study systematically evaluates both architectures independently and jointly. The hierarchical classifier undergoes meticulous assessment, comparing alternative configurations to identify optimal settings for Greek EHR entity linking. Joint evaluations with the bi-encoder for candidate generation and independent assessments of the bi-encoder’s ability to retrieve correct entities further contribute to a comprehensive understanding of their strengths and limitations. This research not only addresses the challenges of EL in Greek medical texts but also contributes insights into evolving strategies for EL tasks, shedding light on optimal configurations and novel paradigms for tackling intricacies within the domain of healthcare.
description: Η συσχέτιση οντοτήτων στο πλαίσιο των Ελληνικών ιατρικών κειμένων αντιμετωπίζει μοναδικές προκλήσεις λόγω της μη δομημένης φύσης των ηλεκτρονικών ιατρικών εγγράφων και της έλλειψης πόρων στην ελληνική γλώσσα. Η συγκεκριμένη μελέτη προτείνει μια νέα μεθοδολογία που υιοθετεί δύο παραδείγματα για τη συσχέτιση οντοτήτων. Το πρώτο παράδειγμα υιοθετεί μια προσέγγιση ενός σταδίου, χρησιμοποιώντας ένα αυτόνομο ιεραρχικό ταξινομητή που εκμεταλλεύεται τη φυσική ιεραρχία του ICD 10. Το δεύτερο παράδειγμα εξετάζει μια στρατηγική δύο σταδίων που περιλαμβάνει τη δημιουργία υποψηφίων εννοιών και την αναδιάταξή τους. Η προτεινόμενη προσέγγιση ενσωματώνει την ανθεκτικότητα μιας αρχιτεκτονικής με ζεύγος κωδικοποιητών για τη δημιουργία υποψήφιων εννοιών με έναν ιεραρχικό ταξινομητή για την αναδιάταξη. Αυτός ο δυναμικός συνδυασμός στοχεύει στη βελτίωση της αποτελεσματικότητας της συσχέτισης οντοτήτων στο περίπλοκο τοπίο των ελληνικών ιατρικών κειμένων. Η μελέτη αξιολογεί συστηματικά και ανεξάρτητα τις δύο αρχιτεκτονικές. Ο ιεραρχικός ταξινομητής υφίσταται λεπτομερή αξιολόγηση, συγκρίνοντας εναλλακτικές διαμορφώσεις για να εντοπίσει τις βέλτιστες ρυθμίσεις για τον συσχετισμό των ηλεκτρονικών ιατρικών κειμένων. Συνδυαστικές αξιολογήσεις με το ζεύγος κωδικοποιητών για τη δημιουργία υποψηφίων και ανεξάρτητες εκτιμήσεις της δυνατότητας του να ανακτήσει ακριβείς οντότητες προσθέτουν στη κατανόηση των δυνατοτήτων και των περιορισμών του. Η μελέτη αυτή αντιμετωπίζει όχι μόνο τις προκλήσεις της συσχέτισης οντοτήτων σε ελληνικά ιατρικά κείμενα, αλλά παρέχει επίσης εισηγήσεις στην εξέλιξη των στρατηγικών ης συσχέτισης οντοτήτων, φωτίζοντας τις βέλτιστες διαμορφώσεις και τα καινοτόμα παραδείγματα για την αντιμετώπιση των ιδιαιτεροτήτων στον τομέα της υγείας.