Μοριακή ανίχνευση και γενετική παραλλακτικότητα του ιού 3 του καραουλιάσματος των φύλων της αμπέλου (GLRaV-3)
Creators: name: Στεφανίδου, Ελένη Ιωάννη
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2019
Subjects: Αμπέλι
Ιός 3 του καρουλιάσματος των φύλλων της αμπέλου
Γενετική παραλλακτικότητα ιών
Grapevine leaf roll associated virus 3
Genetic variability

description: Η ασθένεια της συστροφής των φύλλων της αμπέλου (Grapevine leafroll disease-GLD) είναι μια ασθένεια με σημαντικό οικονομικό αντίκτυπο καθώς υποβαθμίζει την ποιότητα των παραγόμενων προϊόντων. Προκαλείται από ένα σύμπλεγμα (+)ssRNA ιών που ανήκουν στην οικογένεια Closteroviridae [Grapevine leafroll associated virus, GLRaV-1, 2, 3, 4 (στελέχη 4, 5, 6, 9, Car, De, Pr), 7]. Μεταξύ αυτών ο GLRaV-3 του γένους Ampelovirus είναι ο πιο διαδεδομένος. Μεταδίδεται κυρίως με το προσβεβλημένο πολλαπλασιαστικό υλικό καθώς και με τα έντομα φορείς του (κοκκοειδή και ψευδόκοκκοι). Παρόλο που έχει αναφερθεί σε πολλές περιοχές του κόσμου, μέχρι σήμερα η παρουσία του ιού σε ελληνικούς αμπελώνες έχει ελάχιστα ερευνηθεί. Στόχος της παρούσας μελέτης είναι η διερεύνηση της παρουσίας του GLRaV-3 στον Ελλαδικό χώρο και η μελέτη της γενετικής του παραλλακτικότητας. Για το σκοπό αυτό πραγματοποιήθηκαν δειγματοληψίες αυτόριζων και εμβολιασμένων ποικιλιών σε διαφορετικές γεωγραφικές περιοχές της χώρας. Επίσης, εξαιτίας της γενετικής παραλλακτικότητας του ιού, αναπτύχθηκε μία νέα μοριακή μέθοδος ανίχνευσης (RT-PCR). Συνολικά ελέχθησαν 759 δείγματα από τα οποία 261 (34,4%) βρέθηκαν θετικά στον GLRaV-3. Το ποσοστό προσβολής των εμβολιασμένων ποικιλιών από τον ιό ήταν υψηλότερο (37,5% ή 236/629) σε σχέση με αυτό που παρατηρήθηκε στις αυτόρριζες ποικιλίες (19,2% ή 25/130). Επίσης, το ποσοστό προβολής των ξενικών ποικιλιών (26,0% ή 39/150) ήταν εμφανώς μικρότερο συγκριτικά με εκείνο των ελληνικών ποικιλιών (38,0% ή 211/555). Τέλος, για τη μελέτη της γενετικής παραλλακτικότητας χρησιμοποιήθηκε το γονίδιο της καψιδιακής πρωτεΐνης (CP). Σύμφωνα με τη φυλογενετική ανάλυση οι Ελληνικές απομονώσεις του ιού ομαδοποιηθήκαν στους ήδη γνωστούς γενετικούς κλάδους μαζί με γεωγραφικά απομακρυσμένες απομονώσεις με εξαίρεση μία απομόνωση η οποία είναι διαφοροποιημένη
description: Grapevine leafroll disease (GLD) is one of the most economically important viral diseases affecting grapevines worldwide. Five serologically distinct viruses, [Grapevine leafroll associated virus, GLRaV-1, 2, 3, 4 (strain 4, 5, 6, 9, Car, De, Pr), 7], are associated with this disease. Among them, however, GLRaV-3 the type species of the genus Ampelovirus, family Closteroviridae, is regarded as the most important causative agent and is transmitted by infected plant material and mealybugs (coccidae and pseudococcidae). The presence of the virus in Greek vineyards has not been extensively studied. The aim of this study was to detect the GRLaV3 in Greece in order to access its frequency and the genetic variability. In this study, samples of self rooted and grafted varieties from several geographical regions of Greece were collected and tested for the presence of GRLaV-3. Due to the existence of genetic variability a new RT-PCR method was developed for detection. In total, 759 samples were tested and the 261 (34,4%) were positive. The infection in grafted varieties (37,5%) was higher than in self rooted (19,2%). Also, the percentage of infection of foreign varieties (26,0% or 39/150) was noticeably smaller than that of the Greek varieties (38,0% or 211/555). Finally, for the genetic variability, the gene of the capsid protein was used. According to phylogenetic analysis, most isolates of the present research were clustered into the already known molecular groups along with other deposited isolates in GeneBank, with the exception of one isolate that is genetically diverse