MEDITS 2022 cruise,L'Europe R/V
Creators: name: Angélique, JADAUD
name: CERTAIN Grégoire
Publisher: name: Sismer
Year: 2022

description: Dans le cadre de la "Data Collection Framework" de la Commission européenne, la campagne MEDITS  constitue le volet Méditerranéen du projet campagnes à la mer.La couverture géographique du programme comprend l'ensemble des façades chalutables de 12 états contribuant à cette campagne en Méditerranée (Espagne, Italie, France, Grèce, Chypre, Malte, Slovénie, Croatie, Monténégro et Albanie) et depuis 2009 en mer Noire (Roumanie et Bulgarie). Pour la partie française, les zones chalutées sont l'Est-Corse et le Golfe du Lion.La stratégie d'échantillonnage est commune à tous les pays et immuable depuis le début du programme (1994). La standardisation des méthodes d'observation permet la reproduction de chalutages de fond dans des conditions analogues et ainsi la comparaison des indices d'abondance des différentes espèces entre les différentes zones d'année en année. Ces protocoles portent principalement sur la période de la campagne, la localisation des stations d'échantillonnage, les caractéristiques et modalités d'utilisation de l'engin de capture, les observations biologiques (pesées, dénombrements, mensurations, analyse de la maturité, prélèvements d'otolithes), les formats des fichiers informatiques. Ils ont ainsi été définis en commun et sont appliqués par toutes les équipes participant au programme. Les États doivent donc assurer le recueil des données et la gestion de ces campagnes d'évaluation directe.Les données issues de chaque campagne sont utilisées pour fournir plusieurs indicateurs requis par les gestionnaires des pêches, à des fins d'expertise internationale (évaluations de stocks de la CGPM <sup>-</sup>Commission Générale des Pêches pour la Méditerranée- et du CSTEP<sup> -</sup>Comité Scientifique, Technique et Economique de la Pêche-) et nationale (réponses à saisines DPMA<sup> -</sup>Direction des Pêches Maritimes et de l'Aquaculture-, communications auprès de la profession, etc.)  mais également pour l'Approche Ecosystémique des Pêches, la DCSMM<sup> -</sup>Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin- (hydrologie, gélatineux, macrodéchets, chaine trophique, etc.) et à des fins de recherche (projets GALION, DEMERSCAN, travaux de thèse, etc.). Les données permettent de fournir des indicateurs en routine via le SIH campagnes, notamment l'édition annuelle d'indices de population et de peuplements pouvant servir aux administrations nationales et communautaires, et sont partagées au sein de la communauté scientifique internationale MEDITS.Pour 2022, 5 jours complémentaires de campagne ont été nécessaires afin d'agrandir le champ des observations, notamment par rapport au chalutage pratiqué habituellement, avec l'ajout de prélèvements d'ADN environnemental (eDNA) au moyen de pompage d'eau de mer. Dans le golfe de Gascogne une première utilisation de l'ADN environnemental (eDNA) est en cours pour des applications quantitative sur le merlu (lien entre la biomasse d'une espèce et la quantité d'ADN qu'elle laisse dans le milieu). Ces approches se développent beaucoup pour le suivi de la biodiversité (inventaire en simple présence-absence) mais les applications quantitatives sont très novatrices et demandent des calibrations importantes. Chaque espèce dans une région donnée (conditions environnementales locales) laisse plus ou moins de matériel génétique derrière elle (écailles, fesces, mucus, ...) et demande donc une calibration spécifique. Pour disposer des données nécessaires aux calibrations, d'un point de vue opérationnel, des pompages d'eau de mer au moyen de la pompe MacLane ont été réalisés pour récolter de l'ADN puis le quantifier, en parallèle avec les chalutages habituels de MEDITS. Les 5 jours complémentaires demandés, nous ont permis de réaliser 11 points de pompages d'eDNA (2,5 heures de pompage par point de prélèvement) dans le golfe du Lion et de tester la pertinence de cette approche de suivi quand elle est appliquée aux populations de poissons démersaux.Le développement d'indicateurs semi quantitatifs est indispensable à l'établissement d'indices écologiques et d'indicateurs fiables de biomasse, mais reste à ce jour  difficilement envisageable sur la base d'approches simples de métabarcoding d'ADN environnemental. L'émergence d'approches de PCR digitales (aussi appelée 'droplet PCR') a récemment ouvert une voie dans la direction d'approches semi-quantitative, validée lorts d'étudess pilotes récentes  par l'obtention de résultats de calibrations concluants chez diverses espèces d'eau douce (Thalinger et al, 2019, Hunter et al., 2018; ) et marines cotières (Hamagushi et al., 2018) comme profondes (Kutti et al., 2020). Il s'agit donc ici de participer à ces développement technologiques émergents et de contribuer à les adapter aux estimations de biomasses qui sont l'objet des campagnes.