Βιολογικός και μοριακός χαρακτηρισμός του ιού της ήπιας ποικιλοχλώρωσης της πιπεριάς (Pepper mild mottle virus, PMMoV)
Creators: name: Μπούτσικα, Αναστασία Θεμιστοκλή
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2020
Subjects: Βιολογικός χαρακτηρισμός
Μοριακός χαρακτηρισμός
Ιός ήπιας ποικιλοχλώρωσης πιπεριάς
Biological characterization
Molecular characterization
Pepper mild mottle virus, PMMoV

description: Ο ιός της ήπιας ποικιλοχλώρωσης της πιπεριάς (Pepper mild mottle virus, PMMoV) ανήκει στο γένος Tobamovirus (οικογένεια Virgaviridae), και προσβάλλει κυρίως την καλλιέργεια της πιπεριάς. Η μετάδοση του ιού γίνεται μηχανικά καθώς και με το σπόρο. Ο σκοπός της διατριβής ήταν ο βιολογικός καθώς και ο μοριακός χαρακτηρισμός απομονώσεων του PMMoV από καλλιέργειες πιπεριάς της χώρας μας. Τα έτη 2012-2019 συλλέχθηκαν 281 δείγματα από 12 νομούς της Ελλάδας, από φυτά πιπεριάς, τα οποία εμφάνιζαν τυπικά συμπτώματα ιών του γένους Tobamovirus. Τα δείγματα ελέγχθηκαν στη συνέχεια με RT-PCR για την παρουσία του ιού με εκκινητές που πολλαπλασιάζουν την καψιδιακή πρωτεΐνη, καθώς και την πρωτεΐνη διακυτταρικής μετακίνησης. Ο PMMoV ανιχνεύτηκε σε 79 από τα 281 δείγματα (27,8%), κυρίως σε περιοχές της Κρήτης (97,5%) αλλά και στις περιοχές της Ημαθίας (1,25%) και της Αττικής (1,25%). Επιπλέον, πραγματοποιήθηκαν μηχανικές μολύνσεις στους φυτοδείκτες N. glutinosa, N. benthamiana, N. tabacum var. xanthi. N. tabacum var. samsun, N. rustica και Physalis floridana, καθώς και σε επτά υβρίδια τομάτας (VP1, Bella alma, Linnea, Lenora, Clx, Cabrera). Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι ο ιός μόλυνε όλους τους φυτοδείκτες, ενώ δεν μόλυνε κανένα φυτό τομάτας. Τέλος, πραγματοποιήθηκε αλληλούχηση του γονιδίου της καψιδιακής πρωτεΐνης και της πρωτεΐνης διακυτταρικής μετακίνησης 15 απομονώσεων του ιού από 3 περιοχές της χώρας (Ημαθία, Κρήτη, Αθήνα). Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι η ομοιότητα μεταξύ των ελληνικών απομονώσεων σε επίπεδο νουκλεοτιδίων κυμαίνεται από 95 έως 100%, ενώ η ομοιότητά τους με τις κατατεθειμένες στη βάση δεδομένων NCBI απομονώσεις κυμαίνεται από 94 έως 100%. Περαιτέρω φυλογενετική ανάλυση ταξινόμησε τις ελληνικές απομονώσεις όσον αφορά την καψιδιακή και την πρωτεΐνη διακυτταρικής μετακίνησης σε τρεις κλάδους. Επιπλέον, πραγματοποιήθηκε αλληλούχηση ολόκληρου του γονιδιώματος τριών ελληνικών απομονώσεων από δύο περιοχές της Ελλάδας (Κρήτη, Αττική) για περαιτέρω αναλύσεις της γενετικής παραλλακτικότητας του PMMoV
description: The Pepper mild mottle virus (PMMoV) belongs to the genus Tobamovirus (Virgaviridae family) and mainly affects pepper cultivars. The virus is transmitted mechanically and with the seed. The purpose of the study was the biological as well as the molecular characterization of the PMMoV isolates from peppers of our country. In the years 2012-2019, 281 pepper samples from 12 localities of Greece were gathered, showing typical symptoms of the genus Tobamovirus. The samples were then tested by RT-PCR for the presence of the virus with primers that amplify the capsid and the movement protein. PMMoV was detected in 79 of 281 samples (27,8%), mainly in regions of Crete (97,1%) in Imathia (1,25%) and in Attiki (1,25%). Also, mechanical transmissions took place in the plant indicators N. glutinosa, N. benthamiana, N. tabacum var. xanthi, N. tabacum var. samsun, N. rustica and Physalis floridana and in seven tomato hybrids (VP1, Bella alma, Linnea, Lenora, Clx, Cabrera). The results showed that all the indicator plants were infected, contrary to the tomato hybrids, that were not infected. Finally, sequencing of the capsid and movement protein of 15 virus isolates from 3 regions of Greece (Crete, Imathia, Attiki) was carried out. The results showed that the identity between Greek isolates at nucleotide level ranges from 95 to 100%, while their homology with the isolates deposited in the NCBI ranges from 94 to 100%. Further phylogenetic analysis of the capsid and movement proteins, clustered the Greek isolates in three different branches. In addition, full sequencing of three isolates from two localities (Crete, Attiki) was carried out in order to further analyze the genetic diversity of PMMoV