Μοριακή παραλλακτικότητα απομονώσεων του ιού του μωσαϊκού της καρπουζιάς από κολοκυνθοειδή και μελέτη του εύρους ξενιστών του
Creators: name: Ξαξίρη, Ειρήνη Χρήστου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2018
Subjects: Ιός του μωσαϊκού της καρπουζιάς
Κολοκυνθοειδή
Γενετική παραλλακτικότητα
Watermelon mosaic virus
Cucurbits
Genetic variability

description: Τα κολοκυνθοειδή είναι μεταξύ των σημαντικότερων καλλιέργειων των κηπευτικών στην Ελλάδα. Τα είδη αυτά προσβάλλονται παγκοσμίως από τουλάχιστον 70 χαρακτηρισμένους ιούς. Στη χώρα μας τα δεδομένα της συχνότητας εμφάνισης των ιών των κολοκυνθοειδών ήταν ελάχιστα. Έτσι τα έτη 2015-2016 πραγματοποιήθηκαν δειγματοληψίες σε 21 νομούς της χώρας και συλλέχθηκαν δείγματα από κολοκύθι, καρπούζι, αγγούρι και πεπόνι με τυπικά συμπτώματα ιολογικής προσβολής. Ο ιολογικός έλεγχος πραγματοποιήθηκε για τους ιούς WMV, CMV, ZYMV, PRSV-W, MWMV και CABYV. Ο ιός με την μεγαλύτερη συχνότητα εμφάνισης σε καλλιέργειες κολοκυθιάς, καρπουζιάς και πεπονιάς ήταν ο WMV. Η παρουσία του WMV ήταν εμφανής σε όλες τις περιοχές δειγματοληψίας, εκτός από το νομό Πιερίας που ανιχνεύτηκε προσβολή μόνο του CMV. Κυρίαρχη ήταν η παρουσία του WMV σε μονές μολύνσεις αλλά και σε μικτές μολύνσεις όπου το μεγαλύτερο ποσοστό το είχε ο συνδυασμός WMV- CMV. Όλα τα δείγματα αγγουριάς που ελέγχθησαν ανιχνεύθηκαν ως αρνητικά σε όλους τους ιούς. Ο ιός του μωσαϊκού της καρπουζιάς (Watermelon mosaic virus, WMV) είναι ένας από τους σημαντικότερους ιούς που προσβάλλουν καλλιεργούμενα φυτά του γένους Cucurbitaceae τόσο για την Ελλάδα όσο και για όλη τη Μεσογειακή λεκάνη. Έχει μεγάλος εύρος ξενιστών- φυτών με τουλάχιστον 170 επιβεβαιωμένους πειραματικά ξενιστές, μεταξύ αυτών και πολλά αυτοφυή φυτά. Πολύ σημαντικό ρόλο φαίνεται να έχουν οι αυτοφυείς ξενιστές του WMV για τη διατήρηση του μολύσματος. Στη χώρα μας τα δεδομένα της συχνότητας διατήρησης του WMV σε περιόδους πέραν της καλλιεργητικής ήταν ελάχιστα. Πραγματοποιήθηκε έλεγχος αυτοφυών φυτών, από 54 φυτικά είδη, 23 διαφορετικών οικογενειών από τέσσερις περιοχές της Ελλάδας. Τα αυτοφυή φυτά που ελέγχθηκαν υπήρχαν περιφερειακά από προσβεβλημένες, με τον WMV, υπαίθριες και θερμοκηπιακές καλλιέργειες κολοκυνθοειδών. Σκοπός των ελέγχων ήταν η επιβεβαίωση της βιβλιογραφίας για τους αυτοφυείς ξενιστές του WMV, καθώς και ο έλεγχος πιθανών νέων ξενιστών γύρω από τις καλλιέργειες. Λόγω χαμηλής συγκέντρωσης του ιού ήταν πολύ δύσκολο να αλληλουχηθούν τα θετικά δείγματα. Τέλος, λόγω έλλειψης πληροφοριών για τη γενετική παραλλακτικότητα των πληθυσμών του ιού, πραγματοποιήθηκε φυλογενετική ανάλυση τριών περιοχών του γονιδιώματος (Ρ1, Ρ3-CI και ΝΙb-CP) απομονώσεων που συλλέχθηκαν κατά τα έτη 2013-2016 και 18 απομονώσεων από προηγούμενα έτη (14 δείγματα από το 1994 και 1 από κάθε έτος 1997, 2003, 2005, 2009). Προηγούμενες μελέτες έδειξαν ότι οι απομονώσεις του ιού κατατάσσονται φυλογενετικά στις ομάδες G1, G2 και G3 (ή ''EM''-αναδυόμενες), ενώ εντοπίστηκαν και περιπτώσεις ανασυνδυασμού μεταξύ G1-G2. Στην παρούσα μελέτη τα φυλογενετικά δέντρα κατέταξαν τις περισσότερες απομονώσεις στις 3 γνωστές ομάδες, ενώ ανιχνεύθηκαν και περιπτώσεις ανασυνδυασμών. Ενδιαφέρον εμφανίζει η κατάταξη ορισμένων απομονώσεων σε διαφορετικούς φυλογενετικούς κλάδους από τους ήδη γνωστούς. Καμία από τις απομονώσεις των παρελθόντων ετών που μελετήθηκαν δεν χαρακτηρίστηκε ως ΕΜ γεγονός που υποδεικνύει ότι τα στελέχη ΕΜ πιθανώς έχουν εισαχθεί πρόσφατα στην Ελλάδα, όπως έχει παρατηρηθεί και σε άλλες χώρες της Μεσογειακής λεκάνης. Οι παράγοντες που συμβάλλουν στην αυξημένη γενετική διαφοροποίηση του WMV και οι αγρονομικές της επιπτώσεις είναι υπό διερεύνηση.
description: Cucurbitaceae is one of the most important plant families for the Greek agriculture economy. Although there have been identified 70 viruses worldwide that can potentially infect this family, not extensive information can be found about their occurrence in Greece. Sampling was performed between 2015 and 2016 from 21 perfectures of Greece from infected symptomatic samples of Cucurbita pepo, Cucurbita melo, Cucumis sativus and Citrullus lanatus were collected. The samples were analyzed for WMV, CMV, ZYMV, PRSV-W, MWMV and CABYV. Of all species Cucumis sativus samples were found negative to viral infection. WMV had the highest occurrence in Cucurbita melo, Cucurbita pepo and Citrullus lanatus. This virus was present in every region apart from one. Τhe presence of WMV was dominant in single infections of cucurbit crops while the combination of WMV-CMV was mainly observed in multiple infections Watermelon mosaic virus (WMV) is one of the most important viruses, infecting Cucurbitaceae crops in Greece and the Mediterranean region. It has a wide host range (170 hosts), including many weeds which seem to have a vital role in maintaining the virus during the winter. Few data have been recorded so far about the maintenance of WMV during periods that Cucurbitceae plants are not cultivated. In 2015-2016, sampling conducted in 4 regions of Greece and 54 plant species, from 23 different families, were tested. These plants were collected near WMV-infected sites in the field or greenhouses. The aim of this study was the reviewing of the literature regarding the alternative hosts of WMV and the discovery of putative new ones. Because of the low concentration of the virus in these plant species, the positive samples could not be sequenced. Finally, since there was a lack of information regarding the populations of WMV, a phylogenetic analysis was conducted in 3 regions of the genome from samples that were collected based on 2013-2016 and also 18 samples from previous years (14 samples from 1994 and 1 sample from 1997, 2003, 2005, 2009). Previous studies showed that the virus were isolates classified in 3 phylogenetic groups (G1, G2, G3 (or ‘EM’ – emerging)) and also there were cases of recombination between G1-G2. In this study, the phylogenetic analysis grouped most of the isolates in three, already known, clusters. Interestingly, some isolates were classified in new phylogenetic branches, other than the three already existing groups. None of the isolates from the previous years were classified in G3 or EM group. The previous findings suggest that the EM isolates were recently introduced to Greece, similarly to other Mediterranean regions. The factors that contribute to the increased genetic differentiation of WMV and its effect in agriculture are still under investigation.