Εκτίμηση μοριακών μεθόδων ανίχνευσης του SARS-CoV-2 σε δείγματα ρινοφαρυγγικών επιχρισμάτων και σιέλων COVID-19-ασθενών
Creators: name: Τακαρδάκη, Αννα Δημητρίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2022
Subjects: Σίελος
RT-PCR
SARS-CoV-2
Saliva

description: Σύμφωνα με τις κατευθυντήριες οδηγίες των οργανισμών δημόσιας υγείας (CDC, ECDC) δεν υπάρχει ένδειξη της ανίχνευσης του SARS-CoV-2 στους COVID-19 ασθενείς, μετά το τέλος της νόσησης. Ωστόσο, σύμφωνα με τα τελευταία επικαιροποιημένα δεδομένα (31/08/2022) αναφορικά με την λήξη της απομόνωσης και των μέτρων προστασίας κατά της μετάδοσης του ιού, ο ιολογικός επανέλεγχος συστήνεται σε σοβαρά νοσούντες, σε ανοσοκατασταλμένα άτομα καθώς και στο υγειονομικό προσωπικό, προκειμένου να επιστρέψει ταχύτερα στην εργασία του. Η RT-PCR (real time reverse transcription polymerase chain reaction) σε ρινοφαρυγγικό δείγμα επικράτησε στη διάγνωση της COVID-19, εξαιτίας της υψηλής ευαισθησίας της. Ωστόσο, οι περιορισμοί στη χρήση ρινοφαρυγγικού δείγματος, όπως η επεμβατικότητα της λήψης, η ανάγκη εκπαιδευμένου προσωπικού, η έλλειψη των απαιτούμενων αναλώσιμων υλικών και προστατευτικού εξοπλισμού και η έκθεση των επαγγελματιών υγείας σε πιθανή μόλυνση, οδήγησαν στην διερεύνηση της διαγνωστικής απόδοσης εναλλακτικών βιολογικών υλικών, τα οποία επιτρέπουν αυτόνομη, ασφαλή και μη επεμβατική συλλογή του δείγματος, όπως ο σίελος. Στην κατεύθυνση αυτή στην παρούσα μελέτη, εκτιμήθηκε η διαγνωστική απόδοση της μεθόδου «Advanta™ Dx SARS-CoV-2 RT-PCR Assay» που εφαρμόζεται σε δείγματα σιέλου σε σχέση με τις μεθόδους RT-PCR «NeumoDx™ SARS-CoV-2 assay» και «Abbott Real Time SARS-CoV-2 assay» που εφαρμόζονται σε ρινοφαρυγγικά δείγματα. Για το σκοπό αυτό χρησιμοποιήθηκαν ζεύγη δειγμάτων σιέλου-ρινοφαρυγγικού από 66 COVID-19-ασθενείς. Συνολικά, η ευαισθησία της μεθόδου Advanta™ Dx SARS-CoV-2 RT-PCR Assay σε σχέση με τις μεθόδους των ρινοφαρυγγικών δειγμάτων είναι 26.83% (95% CI: 14.7-43.2) και η ειδικότητα 84% (95% CI: 63-94.7) και η τιμή του συντελεστή kappa του Cohen έδειξε την απουσία συμφωνίας μεταξύ σιέλου και ρινοφαρυγγικού (0.09). Ακόμη, βρεθηκε πως για κάθε μία ημέρα παρέλευσης από την αρχική εργαστηριακή διάγνωση των COVID-19-ασθενών, είναι πιθανότερο κατά 10.2% το αποτέλεσμα της RT-PCR στον σίελο να είναι αρνητικό στην ανίχνευση του γενετικού υλικού του SARS-CoV-2 και αν είναι αρνητικό τότε είναι πιθανότερο κατά 1.1% να είναι ψευδώς αρνητικό. Ωστόσο, με βάση τα δεδομένα της βιβλιογραφίας, τα οποία αναφέρουν ότι η διαγνωστική απόδοση του σιέλου φθίνει σε COVID-19-ασθενείς σε αποδρομή και ότι τα μη ανοσοκατασταλμένα άτομα που νοσούν από την COVID-19 παύουν να είναι μολυσματικά μετά την παρέλευση καθορισμένων ημέρων από την έναρξη των συμπτωμάτων ή της διάγνωσης για τους ασυμπτωματικούς (οχτώ έως είκοσι ημέρες, ανάλογα με το βαθμό σοβαρότητας της νόσησης) και ότι το ρινοφαρυγγικό δείγμα παρουσιάζει παρατεταμένη θετικότητα λόγω μη μολυσματικών υπολειμμάτων του ιού, προκύπτει το συμπέρασμα ότι ο σίελος θα μπορούσε να αποτελέσει εναλλακτικό βιολογικό δείγμα επανελέγχου
description: According to the public health guidelines (CDC, ECDC) follow-up testing for SARS-CoV-2 detection is not recommended in COVID-19-patients after their recovery. However, the latest updated Interim Guidance regarding the end of isolation and precautions for people with COVID-19 (31/08/2022), follow-up testing is recommended for seriously ill or immune-compromised people as well as for healthcare personnel, in order to return faster at work. RT-PCR (real time reverse transcription polymerase chain reaction) combined with nasopharyngeal sampling was preferred in the diagnosis of COVID-19 so far, due to high sensitivity performance. However, limitations in the use of a nasopharyngeal specimen, such as the invasiveness of collection, the need for trained personnel, the lack of required consumables and protective equipment, and the exposure of healthcare professionals to potential infection, have led to the investigation of the diagnostic performance of alternative biological materials, which allow autonomous, safe and non-invasive sample collection, such as saliva. In this direction, in the present study, the diagnostic performance of the "Advanta™ Dx SARS-CoV-2 RT-PCR Assay" method applied to saliva samples was evaluated compared to the RT-PCR methods "NeumoDx™ SARS-CoV-2 assay" and "Abbott Real Time SARS-CoV-2 assay" applied to nasopharyngeal samples. For this purpose, paired saliva-nasopharyngeal samples from 66 COVID-19-patients were used. Overall, the sensitivity of the Advanta™ Dx SARS-CoV-2 RT-PCR Assay compared to nasopharyngeal specimen methods was 26.83% (95% CI: 14.7-43.2) and the specificity was 84% (95% CI: 63- 94.7) and Cohen's kappa value showed the absence of concordance between salivary and nasopharyngeal specimens (0.09). Furthermore, it was found that for each day that has passed since the initial laboratory diagnosis of the COVID-19 patients, it is 10.2% more likely that the result of the RT-PCR in the saliva specimen will be negative for the detection of SARS-CoV-2 genetic material and if negative then it is 1.1% more likely to be a false negative. However, based on literature data, which report that the diagnostic yield of saliva declines in convalescent COVID-19-patients and that non-immuno-compromised individuals with COVID-19 cease to be infectious after a specified number of days from the onset of symptoms or diagnosis for the asymptomatic (eight to twenty days, depending on the severity of the symptoms) and that the nasopharyngeal specimen shows prolonged positivity due to non-infectious remnants of the virus, it is concluded that saliva could be an appealing alternative biological specimen for COVID-19 follow-up testing