title: ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ, СВЯЗАННЫЕ С ШИРИНОЙ ГРУДИ У ОВЕЦ ПОРОДЫ РОССИЙСКИЙ МЯСНОЙ МЕРИНОС
Creators: name: Криворучко, Александр Юрьевич
name: Сафарян, Елена Юрьевна
name: Каниболоцкая, Анастасия Александровна
name: Степаненко, Валерия Александровна
Publisher: name:  Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Северо-Кавказский федеральный научный аграрный центр»
Year: 2023
Subjects: овцеводство, ширина груди, мясная продуктивность, российский мясной меринос, полногеномный поиск ассоциаций, однонуклеотидные замены, ген.
sheep breeding, chest width, meat productivity, Russian Meat Merino, genome-wide association study, single nucleotide substitutions, gene.

description: Полногеномный поиск ассоциаций (GWAS, Genome‐Wide Association Study) в последнее время широко применяется в области генетики и селекции сельскохозяйственных животных. Исследования направлены на выявление вариантов в геномных локусах, связанных с определёнными признаками в популяции, в част-ности на выявление ассоциаций между распространёнными однонуклеотидными полиморфизмами (single nucleotide polymorphism, SNP) и продуктивными качествами у животных. В работе представлены результаты исследований, посвящённых поиску однонуклеотидных замен и генов-кандидатов, связанных с шириной груди у баранчиков породы российский мясной меринос. Объектом исследования служили клинически здоровые животные (n = 50). Экспериментальная работа проводилась в СПК «Племенной завод Вторая Пятилетка» Ипатовского района Ставропольского края. Генотипирование животных выполнялось с использованием Ovine Infinium HD BeadChip 600K согласно протоколу производителя. Контроль качества генотипирования проводился с использованием программного обеспечения PLINK V.1.07. Для картирования SNP использовали сборку генома Ovis_Aries_3.1. В результате проделанных исследований нами обнаружено 13 однонуклеотидных полиморфизмов, ассоциированных с шириной груди у годовалых баранчиков. Локализованы полиморфизмы на 18, 3, 16, 6, 1, 2, 4 хромосомах. Определение местоположения замен даёт возможность обнаружить 11 генов-кандидатов (LINGO1, ANKS1B, ENSOARG00000006105, CFI, USP33, IFI44, ENSOARG00000025572, TMPRSS15, ARHGEF26, ENSOARG00000014626, UPP1), связанных с шириной груди. Белковые продукты генов участвуют в важных внутриклеточных и физиологических процессах. Дальнейшие исследования позволят подтвердить влияния предложенных генов-кандидатов на фенотип, а также детально рассмотреть их структуры с целью изучения мутаций, вызывающих изменения фенотипа у баранчиков породы российский мясной меринос.
description: Genome-Wide Association Study (GWAS) has recently been widely used in the field of genetics and selective breeding of farm animals. Researches are aimed at identifying variants in genomic loci, which are associated with specific traits in a population, in particular, identifying associations between common single nucleotide polymorphisms (SNPs) and productive traits in animals. The paper presents the results of studies that are devoted to the search for single nucleotide substitutions and candidate genes, which are associated with chest width in young rams of the Russian Meat Merino breed. The object of the research was clinically healthy animals (n = 50). The experimental work was carried out in the agricultural production co-operative “Plemennoi Zavod Vtoraia Piatiletka” in the Ipatovsky District of the Stavropol Territory. Animal genotyping was performed with the use of Ovine Infinium HD BeadChip 600K according to the manufacturer's protocol. Quality control of genotyping was carried out with the use of PLINK V.1.07 software. The genome assembly Ovis_Aries_3.1 was used for SNP mapping. As a result of our research, we discovered 13 single nucleotide polymorphisms, which were associated with chest width in one-year-old rams. Polymorphisms were localized on chromosomes 18, 3, 16, 6, 1, 2, 4. Determining the location of the substitutions allowed us to identify 11 candidate genes (LINGO1, ANKS1B, EN-SOARG00000006105, CFI, USP33, IFI44, ENSOARG00000025572, TMPRSS15, ARHGEF26, ENSOARG00000014626, UPP1), which were associated with chest width. Pro-tein products of genes are involved in important intracellular and physiological processes. Further studies will confirm the influence of the proposed candidate genes on the phenotype, as well as examine their structures in detail in order to study mutations, which cause changes in the phenotype in the Russian Meat Merino young rams.