Προκαταρκτική διερεύνηση του προφίλ των αυτόχθονων γαλακτικών βακτηρίων του νωπού και επεξεργασμένου με άλκαλι ελαιόκαρπου ποικιλιών ‘Χονδρολιά Χαλκιδικής’ και ‘Χαλκιδική’ με τη χρήση κλασσικών μικροβιολογικών και μοριακών τεχνικών
Creators: name: Λάγγαρη, Δέσποινα Δημητρίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2023
Subjects: Αλκαλική εκπίκρανση
Πράσινη ελιά Χαλκιδικής
Κλασσική μικροβιολογική ανάλυση
Μοριακές τεχνικές
Γαλακτικά βακτήρια
Lye treatment
Spanish style Chalkidiki green olives
Conventional microbiological analysis
Molecular techniques
Lactic acid bacteria

description: Οι πράσινες ελιές Χαλκιδικής κρίνονται ιδιαίτερα σημαντικές για την οικονομία της χώρας. Κύριο ρόλο στη ζύμωση της επιτραπέζιας ελιάς διαδραματίζουν τα γαλακτικά βακτήρια με κυρίαρχο γένος το Lactiplantibacillus. Η παρούσα εργασία αποτελεί μέρος μίας ευρύτερης μελέτης για την αποτύπωση της μικροχλωρίδας σε δείγματα πράσινης ελιάς Χαλκιδικής ισπανικού τύπου που έχουν ζυμωθεί αυθόρμητα σε άλμη υψηλής (NaCl 8%, w/v) και μειωμένης αλατοπεριεκτικότητας (50% υποκατάσταση NaCl με άλλα χλωριούχα άλατα). Στόχος ήταν η προκαταρκτική διερεύνηση του προφίλ των αυτόχθονων γαλακτικών βακτηρίων του νωπού και επεξεργασμένου ελαιόκαρπου των ποικιλιών ‘Χαλκιδική’ και ‘Χονδρολιά Χαλκιδικής’ που καλλιεργούνται στην περιοχή της Χαλκιδικής και υπέστησαν επεξεργασία ισπανικού τύπου σε βιομηχανική κλίμακα. Χρησιμοποιήθηκαν κλασσικές μικροβιολογικές τεχνικές και μοριακές τεχνικές. Χρησιμοποιώντας εκλεκτικό υπόστρωμα για την ανάπτυξη των γαλακτικών βακτηρίων, απομονώθηκαν συνολικά 28 βακτηριακά στελέχη από ένα αντιπροσωπευτικό δείγμα νωπού ελαιόκαρπου και δύο δείγματα ελαιόκαρπου επεξεργασμένα με άλκαλι σε γραμμή πλήρωσης δεξαμενών ζύμωσης με άλμη υψηλής και μειωμένης αλατοπεριεκτικότητας. Αφού χαρακτηρίστηκαν φαινοτυπικά, ακολούθησε πρωταρχική ταυτοποίηση με τη μοριακή τεχνική της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR). Χρησιμοποιήθηκε μία τεχνική PCR για την ανίχνευση των γαλακτικών βακτηρίων, μέσω ενίσχυσης της περιοχής V1-V3 του 16S rRNA γονιδίου και μία πιο εξειδικευμένη για το διαχωρισμό των ειδών Lbp. plantarum, Lbp. pentosus και Lbp. paraplantarum, μέσω της ενίσχυσης του recA γονιδίου (multiplex PCR). Με την PCR αναλύθηκαν επιπλέον και 20 βακτηριακά στελέχη που είχαν απομονωθεί από δείγματα άλμης υψηλής και μειωμένης αλατοπεριεκτικότητας σε αντιστοιχία με τα επεξεργασμένα δείγματα ελαιόκαρπου με σκοπό τη σύγκριση της μικροχλωρίδας στο στάδιο της ζύμωσης. Στο δείγμα του νωπού καρπού δεν ανιχνεύθηκαν γαλακτικά βακτήρια, στο δείγματα του επεξεργασμένου καρπού ανιχνευθήκαν σε ικανοποιητικό ποσοστό (68%), ενώ όλα τα απομονωμένα στελέχη των δειγμάτων της άλμης ταυτοποιήθηκαν ως γαλακτικά βακτήρια. Βάση της πρωταρχικής διαφοροποίησης και ταυτοποίησης των στελεχών που επιτεύχθηκε, τα περισσότερα από τα γαλακτικά βακτήρια που ανιχνεύθηκαν (73%) πιθανότατα ανήκουν στο γένος Lactiplantibacillus.
description: Spanish style Chalkidiki green olives are a highly important product for the national economy. Lactic acid bacteria and specifically the genus Lactiplantibacillus plays a significant role in the fermentation of table olives. This thesis is a part of broader study investigating the microbiota of table olives from Spanish style green olives cultivar Hondrolia Chalkidikis and Chalkidiki, that have undergone spontaneous fermentation in brines rich in salt (NaCl 8%, w/v) and brines reduced of salt (50% substitution of NaCl with other chlorides). The main purpose was the preliminary investigation of raw olive fruit cultivar Hondrolia Chalkidikis and Chalkidiki as well as lye treated olive fruit, that are cultivated in Halkidiki region and went through Spanish style processing at industrial scale. Both conventional microbiological techniques and molecular techniques were used. Using a selective medium for the isolation of lactic acid bacteria, a total of 28 bacterial isolates have been selected from fermentation tanks of brine rich in salt and brine of reduced salt. Their phenotypical characterization was followed by a preliminary identification that took place using polymerase chain reaction (PCR), a molecular technique. Two types were used. The first one was used to detect lactic acid bacteria, through the amplification of the V1-V3 region of 16S rRNA gene. Next, multiplex PCR took place using species-specific primers in order to differentiate among the species of Lbp. plantarum, Lbp. pentosus and Lbp. Paraplantarum, through the amplification of recA gene. Also, 20 more bacterial isolates underwent PCR analysis that have been isolated from brine samples of rich and reduced NaCl concentrations, in line with the samples of raw and lye treated olive fruit. The aim was to compare the microbiota during fermentation. No lactic acid bacteria were found in the raw olive fruit sample. In the lye treated samples a satisfactory 68% of the isolates were identified as lactic acid bacteria. Also, all the brine isolates were identified as such. According to this preliminary differentiation and identification analysis most of the isolates that were identified as lactic acid bacteria (73%) seem to belong to the Lactiplantibacillus genus.