Χαρακτηρισμός απομονώσεως του μύκητα Rhiroctonia solani από φυτά βαμβακιού, με κλασσικές και μοριακές μεθόδους:
Creators: name: Μπαχάρης, Χαρίλαος Δημητρίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2008
Subjects: Rhiroctonia solani
ITS1
ITS2
rDNA αλληλούχηση
Βαμβάκι
Ομάδες αναστόμωσης
Anastomosis group
Cotton
RDNA sequencing

description: Ο μύκητας Rhizoctonia solani προκαλεί προφυτρωτικές και μεταφυτρωτικές τήξεις όπως επίσης και σήψη της ρίζας και του υποκοτυλίου φυταρίων βαμβακιού. Ο σκοπός αυτής της έρευνας ήταν ο χαρακτηρισμός στελεχών του μύκητα R. solani που απομονώθηκαν από ασθενή φυτά βαμβακιού στην Ελλάδα. Για το σκοπό αυτό συλλέχθηκαν από τις κύριες βαμβακοπαραγωγικές περιοχές της Ελλάδας 79 απομονώσεις του παθογόνου κατά τη διάρκεια της άνοιξης του 2007, από ασθενή φυτάρια βαμβακιού. Από τις 79 απομονώσεις που εξετάστηκαν, οι 13 ήταν διπύρηνες και οι 66 πολυπύρηνες. Οι πολυπύρηνες απομονώσεις χαρακτηρίστηκαν χρησιμοποιώντας συμβατικά κριτήρια όπως ο ρυθμός ανάπτυξης, η παραγωγή σκληρωτίων, η μολυσματικότητα σε διάφορους ξενιστές και οι αντιδράσεις αναστόμωσης με χαρακτηριστικούς αντιπροσώπους των ομάδων αναστόμωσης. Επιπλέον, σε 33 από τις 66 πολυπύρηνες απομονώσεις, έγινε μοριακός χαρακτηρισμός βασισμένος στην ανάλυση των μη μεταγραφόμενων περιοχών του ριβοσωμικού DNA (rDNA-ITS). Η μοριακή ανάλυση κατέταξε την πλειονότητα αυτών των απομονώσεων στην ομάδα αναστόμωσης AG-4 (18 απομονώσεις στην υποομάδα HG-I, 1 απομόνωση στην υποομάδα HG-II και 7 απομονώσεις στην υποομάδα HG-III) ενώ 5 απομονώσεις ανήκαν στην ομάδα AG-7, μια στην ομάδα AG-2-1 και μία στην ομάδα AG-3. Τα δεδομένα αυτά ήταν σύμφωνα με το διαχωρισμό των απομονώσεων που έγινε με τη βοήθεια των αντιδράσεων αναστόμοσης. Τέλος, η ανάλυση της αλληλουχίας του ITS, η οποία πολλαπλασιάστηκε με τη χρήση της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης (PCR), χρησιμοποιήθηκε για φυλογενετικές αναλύσεις.
description: Rhizoctonia solani causes pre- and post-emergence damping-off as well as root and hypocotyl rot in cotton seedlings. The aim of this study was to characterize strains of R. solani isolated from diseases cotton plants in Greece. For this purpose 79 pathogen isolates were obtained during the spring of 2007, from diseased cotton seedlings from fields located in the main cotton growing areas of Greece. Among the 79 isolates examined, 13 were binucleate and 66 were multinucleate. The multinucleate isolates were characterized using several conventional characteristics such as mycelial growth rate, sclerotia production, virulence and hyphal anastomosis reactions using tester isolates of known AG groups. In addition, molecular characterization was carried out, on 33 of 66 multinucleate isolates, using the specific ribosomal internal transcribed spacer region (rDNA-ITS). Molecular analysis classified the majority of the isolates within the anastomosis group AG-4 (18 isolates to the subgroup HG-I, 1 isolate to the subgroup HG-II and 7 isolates to the subgroup HG-III) while 5 isolates belonged to AG-7, one isolate belonged to AG-2-1 and one isolate to AG-3. These data were in agreement with the data derived from the anastomosis reactions. Moreover, sequence analysis of the polymerase chain reaction (PCR)-amplified internal transcribed spacer (ITS) rDNA region was used for phylogenetic analysis.