Γενετική χαρτογράφηση στο κυπαρίσσι (Cupressus sempervirens L.):
Creators: name: Αβραμίδου, Ευαγγελία Β.
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2014
Subjects: Γενετικοί χάρτες σύνδεσης
Κυπαρίσσι
Γονιδιακές θέσεις ποσοτικών γνωρισμάτων
Μεθυλίωση του DNA
Genetic molecular mapping
Cupressus sempervirens L.
Quantitative trait loci (QTL)
DNA methylation

description: Το κυπαρίσσι (Cupressus sempervirens L.) αποτελεί σημαντικό είδος της Μεσογειακής χλωρίδας και αποτελεί ένα από τα κύρια είδη των ευαίσθητων μεσογειακών οικοσυστημάτων που παρουσιάζει ευρεία αντοχή σε αντίξοες περιβαλλοντικές συνθήκες. Απαντάται σε δύο κύριες μορφές λόγω της ιδιαιτερότητας της μορφής της κόμης που παρουσιάζει: την οριζοντιόκλαδη (Cupressus sempervirens var. horizontalis) και την ορθόκλαδη μορφή (Cupressus sempervirens var. pyramidalis). Η παρούσα διδακτορική διατριβή εστιάστηκε στη λεπτομερή χαρτογράφηση του γονιδιώματος του κυπαρισσιού. Με τη χρήση 24 f-AFLP και οκτώ f-SSR εκκινητών προέκυψαν 1332 γονιδιακές θέσεις εκ των οποίων οι 1260 ήταν πολυμορφικές. Δημιουργήθηκαν τέσσερεις γενετικοί χάρτες με χρήση χαρτογραφικής οικογένειας που προήλθε από ελεγχόμενη διασταύρωση ενός οριζοντιόκλαδου θηλυκού και ενός ορθόκλαδου αρσενικού γονέα και αποτελούνταν από 382 απογόνους. Ο χάρτης πλαισίου της οριζοντιόκλαδης ποικιλίας (μητρικός) περιελάμβανε έξι ομάδες σύνδεσης συνολικού μήκους 818.58 cM και ο αντίστοιχος της ορθόκλαδης ποικιλίας (πατρικός) πέντε ομάδες σύνδεσης συνολικού μήκους γονιδιώματος 560.33 cM. Ο ενιαίος χάρτης πλαισίου που δημιουργήθηκε χρησιμοποιώντας τις γονιδιακές θέσεις f-AFLP με αναλογία διαχωρισμού 1:1 και τις f-SSR γονιδιακές θέσεις, αποτελείται από 11 ομάδες σύνδεσης συνολικού μήκους 1278.74 cM. Προσθέτοντας τις f-AFLP γονιδιακές θέσεις με αναλογία διαχωρισμού 3:1 το συνολικό μήκος του ολοκληρωμένου χάρτη ήταν 2.374,41 cM. Επιπρόσθετα με τη μέθοδο χαρτογράφησης διαστημάτων βρέθηκε ένα QTL που είναι συνδεδεμένο με μια f-AFLP γονιδιακή θέση στο 11ο χρωμόσωμα και σχετίζεται στατιστικά σημαντικά (LOD=3.30) με τη μορφή της κόμης. Ο δείκτης αυτός ενδέχεται να αποτελέσει μοριακό δείκτη πρώιμης επιλογής για τη μορφή της κόμης, μπορεί δηλαδή να εφαρμοστεί η υποβοηθούμενη από γονίδια σημάνσεως επιλογή (MAS) και η διερεύνηση ύπαρξης αντίστοιχων QTL σε άλλα είδη. Επιπλέον ανιχνεύθηκαν δύο QTLs με ασθενέστερη σύνδεση σε δείκτες f-AFLP στο 3ο και 11ο χρωμόσωμα για τα ποσοτικό γνώρισμα του ύψους (LOD= 1.65 και LOD=1.63, 0.001
description: Cupressus sempervirens L. is an important conifer tree in the Mediterranean region, bearing two phenotypic varieties, which are associated with the crown form (C. sempervirens var. pyramidalis and C. sempervirens var. horizontalis). In this thesis, genetic linkage maps of Cupressus sempervirens for the two different varieties, including a framework consensus map and a final consensus map, are being reported. Twenty four primer combinations of fluorescent Amplified Fragment Length Polymorphism (f-AFLP) and eight fluorescent SSR markers were used and produced 1260 polymorphic loci, in a mapping family containing 382 full-sibs resulting from a controlled cross between a female horizontalis and a male pyramidalis parent applying a double pseudo-test cross strategy. The female framework map (C. sempervirens var. horizontalis) consisted of six linkage groups covering 818.58 cM. The male framework map (C. sempervirens var. pyramidalis) featured five linkage groups covering 560.33 cM. The basic framework consensus map was created by testcross segregating markers (1:1) and SSR markers presenting 11 linkage groups, and a total length of 1278.74 cM. With the addition of 3:1 f-AFLP markers the total length of the final consensus map reached 2,347.41 cM in cypress. Moreover, a QTL mapping analysis was performed. A potential QTL associated to crown form was detected with an operationally significant LOD value of 3.30. This QTL is associated with a marker that will be a marker of choice in order to evaluate and select genotypes of particular crown form at the early stages of plant development. The analysis also indicated two QTLs for height (LOD=1.65 and LOD=1.63, 0.01