Proteindynamik unter hohem hydrostatischen Druck
Creators: name: Moron, Marc
Publisher: name: TU Dortmund
Year: 2023
Subjects: subject: Gelation
subject: Protein
subject: Liquid-liquid phase separation
subject: X-ray
subject: X-ray scattering
subject: Coherent scattering
subject: Protein dynamics
subject: 530
subject: Protein-Protein-Wechselwirkung
subject: Flüssig-Flüssig-System
subject: Hydrostatischer Druck
subject: Temperatur
subject: Röntgen-Kleinwinkelstreuung

description: Der Einfluss diverser thermodynamischer Parameter auf die Protein-Protein Wechselwirkung, sowie das Phasenverhalten von konzentrierten Proteinlösungen ist von fundamentaler Bedeutung für viele physiologische Prozesse. Diese Arbeit befasst sich insbesondere mit dem Einfluss des hydrostatischen Drucks und der Temperatur auf die Kinetik und Dynamik der flüssig-flüssig Phasenseparation (LLPS) in Lysozymlösungen. Die LLPS übernimmt einerseits funktionelle Aufgaben, wie beispielsweise die Bildung membranloser Organellen oder die Übertragung von Nervensignalen. Andererseits ist eine fehlregulierte LLPS an pathogenen Prozessen, wie der Entstehung von Alzheimer oder Katarakt beteiligt. Aus diesem Grund ist es von großer Bedeutung die zugrundeliegenden Mechanismen der LLPS vollständig zu verstehen. In der Vergangenheit befassten sich viele Studien mit der Untersuchung der Protein-Protein Wechselwirkung und des Phasenverhaltens in konzentrierten Proteinlösungen mittels Röntgenkleinwinkelstreuung. Allerdings wurde in diesen Studien das System charakterisiert, nachdem die LLPS vollständig abgeschlossen war, wodurch Informationen über die Kinetik und Dynamik während der Ausbildung der kondensierten Phase verloren gingen. Deshalb wurden in dieser Arbeit Röntgenphotonenkorrelationsspektroskopie-Messungen (XPCS) an konzentrierten Proteinlösungen während der LLPS durchgeführt. XPCS ist das Röntgenanalogon zur dynamischen Lichtstreuung (DLS), mit dem Unterschied das kohärente Röntgenstrahlung anstelle von Laserlicht verwendet wird. Durch die kleinere Wellenlänge der Strahlung kann somit die Dynamik auf kürzeren Längenskalen auch in trüben Proben untersucht werden. Der Fokus dieser Arbeit lag auf der Untersuchung der Kinetik und Dynamik in Abhängigkeit der Quenchtiefe. Im Fall des hydrostatischen Drucks konnte gezeigt werden, dass sich mit steigender Quenchtiefe das Wachstum der konzentrierten Phase verlangsamt und das System für die größten Quenchtiefen ein nanostrukturiertes Gelnetzwerk bildet. Die Autokorrelationsfunktionen zeigten zwei Zerfälle, wobei der schnelle Zerfall der Oberflächenbildung und der langsame Zerfall dem Wachstumsprozess zugeordnet werden konnte. Für die temperaturinduzierte LLPS wurde eine deutlich langsamere Dynamik und die Ausbildung größerer Strukturen beobachtet. Der zweite Teil dieser Arbeit befasste sich mit der Untersuchung der Dynamik in homogenen Proteinlösungen. Durch Kombination von DLS- und XPCS-Messungen konnte die Existenz von Clustern in Lysozymlösungen nachgewiesen und gezeigt werden, dass die charakteristischen Zeiten einzelner Proteine in homogenen Lösungen schneller sind, als die Wiederholrate der verwendeten Detektoren.
description: The influence of various thermodynamic parameters on protein-protein interaction, as well as the phase behavior of concentrated protein solutions, is of fundamental importance for many physiological processes. This work focuses in particular on the influence of hydrostatic pressure and temperature on the kinetics and dynamics of liquid-liquid phase separation (LLPS) in lysozyme solutions. On the one hand, LLPS performs functional tasks, such as the formation of membrane-less organelles or the transmission of cellular signals. On the other hand, a misregulated LLPS is involved in pathogenic processes, such as the development of Alzheimer's disease or cataract. Therefore, it is of great importance to fully understand the underlying mechanisms of LLPS. In the past, many studies dealt with the investigation of protein-protein interaction and phase behavior in concentrated protein solutions by small-angle X-ray scattering. However, in these studies, the system was characterized after the LLPS was complete, resulting in the loss of information about the kinetics and dynamics during the formation of the condensed phase. Therefore, in this work, X-ray photon correlation spectroscopy (XPCS) measurements were performed on concentrated protein solutions during LLPS. XPCS is the X-ray analogue of dynamic light scattering (DLS), with the difference that coherent X-ray radiation is used instead of laser light. Due to the smaller wavelength of the radiation, the dynamics can be studied on shorter length scales, even in turbid samples. The focus of this work was to study the kinetics and dynamics as a function of quench depth. In the case of hydrostatic pressure, it was shown that as the quench depth increases, the growth of the concentrated phase slows down and the system forms a nanostructured gel network for the largest quench depths. The autocorrelation functions showed two decays, where the fast decay could be attributed to surface formation and the slow decay to the growth process. For the temperature-induced LLPS, much slower dynamics and the formation of larger structures were observed. The second part of this work addressed the study of dynamics in homogeneous protein solutions. By combining DLS and XPCS measurements, the existence of clusters in lysozyme solutions was demonstrated and it was shown that the characteristic times of individual proteins in homogeneous solutions are faster than the repetition rate of the detectors used.