Εξόρυξη Δεδομένων για Εύρεση Σημείου Πολυαδενυλίωσης σε Βιολογικές Αλληλουχίες:
Creators: name: Καβακιώτης, Ιωάννης Απόστολου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2010
Subjects: subject: Εξόρυξη Δεδομένων
subject: Βιοπληροφορική
subject: Πολυαδενυλίωση
subject: Data Mining
subject: Bioinformatics
subject: FOS: Computer and information sciences
subject: Polyadenylation

description: Η αλματώδης ανάπτυξη της πληροφορικής και γενικότερα του πεδίου της επιστήμης των υπολογιστών έκανε φανερό στην επιστημονική κοινότητα ότι οι δυνατότητές της μπορούν να αξιοποιηθούν αποτελεσματικά και αποδοτικά από άλλες επιστήμες, όπως η βιολογία. Πιο ειδικά, τα τελευταία επιτεύγματα της μοριακής βιολογίας οδήγησαν σε μεγάλη συσσώρευση βιολογικών δεδομένων, όπου η χρήση των υπολογιστών κρίθηκε απαραίτητη για την αποτελεσματική και αποδοτική διαχείριση τους. Η παρούσα διπλωματική ανήκει στον χώρο στης βιοπληροφορικής, το πεδίο που προέκυψε από την αξιοποίηση των δυνατοτήτων της πληροφορικής σε συγκεκριμένα θέματα της επιστήμης της βιολογίας. Οι μέθοδοι πληροφορικής που χρησιμοποιούνται ανήκουν στον χώρο της Μηχανικής Μάθησης και της Εξόρυξης Δεδομένων. Σκοπός της παρούσας διπλωματικής ήταν η δημιουργία ενός συστήματος που θα προβλέπει σημεία πολυαδενυλίωσης σε βιολογικές ακολουθίες (PAS – PolyAdenylation Site). Πολυαδενυλίωση είναι μια διεργασία που λαμβάνει χώρα αμέσως μετά την μεταγραφή του DNA σε RNA. Κύριος στόχος της πολυαδενυλίωσης είναι να προστατέψει το RNA και κατ’ επέκταση την κωδικοποιημένη πληροφορία του DNA που μεταφέρεται μέσω αυτού, ώστε να φτάσει άθικτο στην περιοχή της πρωτεϊνοσύνθεσης. Η δομή της διπλωματικής είναι η εξής: Στα πρώτα κεφάλαια δίνεται το απαραίτητο υπόβαθρο για τις επιστημονικές περιοχές στις οποίες κινείται η παρούσα διπλωματική. Πιο συγκεκριμένα για την Μηχανική Μάθηση και την Ανακάλυψη Γνώσης την Μοριακή Βιολογία και την Βιοπληροφορική. Στα τελευταία κεφάλαια παρουσιάζονται θέματα πιο εξειδικευμένα για την παρούσα διπλωματική όπως ενδελεχής μελέτη της πολυαδενυλίωσης, η παρουσίαση της μεθόδου, των δεδομένων και των πειραμάτων διεξήχθησαν.
description: The great advances that have been achieved in Informatics and generally in the field of computer science made clear that it can be applied to other scientific areas, like biology, very effectively. More specifically, the latest achievements in the field of molecular biology have led to a great accumulation of biological data where the use of computers for the efficient data management is necessary. This thesis deals with the scientific area of bioinformatics. The computer methods that have been used belong to the scientific area of Machine Learning and Knowledge discovery. The aim of this dissertation is to built a system that predicts the polyadenylation sites in biological sequences. Polyadenylation is a process that occurs after DNA transcription to RNA. The main aim of the process of polyadenylation is to protect RNA and more specifically the data contained in this sequence in order to reach the region of protein production intact. This thesis is structured as follows: The first chapters present the fields of Machine Learning, Knowledge Discovery, Molecular Biology and Bioinformatics. The next chapters present more specific issues about the thesis like the polyadenylation process, the description of the method, the data and the experiments that have been conducted.