Η περιοχή ελέγχου του μιτοχονδριακού DNA των siluriformes. Μοριακή και φυλογενετική ανάλυση:
Creators: name: Παπουλίδης, Ιωάννης Δημητρίου
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2008
Subjects: Περιοχή ελέγχου
Μιτοχονδριακό dna
Siluriformes
Mitochondrial dna
D-loop

description: Η τάξη των Siluriformes είναι μονοφυλετική και παρουσιάζει ιδιαίτερα πολύπλοκη εξελικτική «πορεία». Μέχρι σήμερα υπάρχει πολύ περιορισμένος αριθμός μελετών για τις φυλογενετικές σχέσεις των οικογενειών της τάξης, οι οποίες υποστηρίζονται από μορφολογικά δεδομένα (βλ. Hardman, 2005), ενώ οι σχέσεις μεταξύ πολλών οικογενειών δεν έχουν ακόμη καθοριστεί. Η ύπαρξη μοριακών δεδομένων, σε επίπεδο νουκλεοτιδικών ακολουθιών, είναι πολύ περιορισμένη και υπάρχουν μόνο δύο μελέτες που να χρησιμοποιούν τέτοια δεδομένα για την ανάλυση των φυλογενετικών τους σχέσεων. Η νουκλεοτιδική ακολουθία της περιοχής ελέγχου έχει περιγραφεί σε αρκετά είδη της τάξης που αντιπροσωπεύουν διαφορετικές οικογένειες των Siluriformes αλλά μέχρι σήμερα δεν έχει καθοριστεί η δομή της και δεν έχει χρησιμοποιηθεί ως δείκτης για φυλογενετικές αναλύσεις. Η περιοχή ελέγχου είναι η κύρια μη κωδικοποιούσα περιοχή στο μιτιχονδριακό DNA και περιλαμβάνει τα ρυθμιστικά στοιχεία για την αντιγραφή της H – αλυσίδας και τη μεταγραφή του μιτοχονδριακού γονιδιώματος. Κατά τη παρούσα μελέτη, καθορίστηκε η πλήρης αλληλουχία της περιοχής ελέγχου στο είδος Silurus glanis, αναλύθηκε και συγκρίθηκε με τις αλληλουχίες ειδών όλων των διαθέσιμων οικογενειών των Siluriformes στην Genebank. Ορίστηκαν το αριστερό, κεντρικό και δεξί τμήμα όπως και διάφορα συντηρημένα τμήματα (ETAS, CSB-D, CSB-E, CSB-F και τα CSB1,2 και 3). Επίσης, ορίστηκαν δύο επιπλέον αλληλουχίες οι οποίες παρουσιάζουν σημαντική ομολογία με τα CSB-C και CSB-B των θηλαστικών για πρώτη φορά στους τελεόστεους. Η αλληλουχία της περιοχής ελέγχου χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση των φυλογενετικών σχέσεων στις υπό μελέτη οικογένειες.
description: Siluriformes constitute a monophyletic group and have a complex evolutionary history. Superfamiliar taxa have been supported by few studies based on morphological data (see Hardman 2005 for review) but the status and interrelationships of several families remain controversial. Nucleotide sequence data are very limited and only two molecular phylogenetic analyses concerning the taxon of Siluriformes have been described (Hardman, 2005). The nucleotide sequence of the control region or displacement loop (D-loop) has been determined in several species representing different families of the Siluriformes, however its structure has not been thoroughly analyzed nor has it been used for retrieving phylogenetic information. D-loop is the main non coding region of metazoan mitochondrial DNA (mtDNA) and contains the regulatory elements for the replication of the H-strand and the transcription of mtDNA (Clayton 1992). During the present study, the complete sequence of the Silurus glanis D-loop was obtained, analyzed and compared to D-loop sequences of species from all Siluriformes families available in Genebank. The left, central and right domains were partitioned and several conserved sequence motifs (ETAS, CSB-D, CSB-E, CSB-F and CSBs1-3) were defined. Furthermore, two additional conserved sequences presenting homology to CSB-C and CSB-B of mammals were identified and reported for the first time in teleosts. The sequence of the D-loop conserved central domain was used for investigating the phylogenetic relationships among families of the order.