Αξιολόγηση της χρήσης της πρωτεϊνωματικής ανάλυσης στην κατανόηση της μοριακής βάσης της ιδιοπαθής φλεγμονώδους νόσου του εντέρου και την εύρεση πιθανών βιοδεικτών και θεραπευτικών στόχων
Creators: name: Ευσταθίου, Κυπριανός Ανδρέα
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2023
Subjects: Πρωτεομική
Βιοδείκτες
Φλεγμονώδης νόσος του εντέρου
Proteomics
Biomarker
Inflammatory bowel disease

description: Η ιδιοπαθής φλεγμονώδης νόσος του εντέρου (ΙΦΝΕ) είναι μία πολυπαραγοντική, νοσολογική οντότητα του γαστρεντερικού συστήματος, με αυξανόμενη επίπτωση την τελευταία δεκαετία στην Ευρώπη. Διακρίνεται σε δύο φαινοτύπους, την ελκώδη κολίτιδα (ΕΚ) και τη νόσο του Crohn (ΝC) καθεμία από τις οποίες εμφανίζει διαφορετικά χαρακτηριστικά. Η επιλογή της κατάλληλης θεραπευτικής αγωγής παραμένει μια πρόκληση, καθώς μόνο ένα μέρος των ασθενών ανταποκρίνεται στις διαθέσιμες θεραπείες. Υπάρχει ανάγκη ανεύρεσης αξιόπιστων και εύκολα μετρούμενων βιοδεικτών, οι οποίοι θα εξυπηρετούν τις ανάγκες διαχείρισης και θεραπείας της ΙΦΝΕ. Στόχος της εργασίας είναι η πραγματοποίηση μιας συστηματικής βιβλιογραφικής ανασκόπησης που αναδεικνύει τη συμβολή της ολοένα εξελισσόμενης τεχνικής της πρωτεϊνωματικής στην κατανόηση της μοριακής βάσης της ΙΦΝΕ και την εύρεση πιθανών βιοδεικτών και θεραπευτικών στόχων. Για το σκοπό αυτό αναλύσαμε τη σχετική βιβλιογραφία από τον Ιανουάριο 2011 έως και το Δεκέμβριο 2022 στις βάσεις δεδομένων PubMed και SCOPUS με έμφαση στις μελέτες που συνδυάζουν τη τεχνική της πρωτεϊνωματικής και συγκεκριμένα της φασματομετρίας μάζας για τη μελέτη της ΙΦΝΕ. Τελικά συμπεριλήφθηκαν 15 εργασίες. Συλλέχθηκαν και ενοποιήθηκαν όλες οι πρωτεΐνες που βρέθηκαν με σημαντική διαφοροποίηση στις εργασίες αυτές και ομαδοποιήθηκαν ανάλογα με το είδος και τη συμμετοχή τους σε πρωτεϊνικά μονοπάτια αφού πραγματοποιήθηκε λειτουργική ανάλυση του συνόλου των πρωτεϊνών με συνδυαστική χρήση διαφορετικών βιοπληροφορικών εργαλείων όπως οι πλατφόρμες Human Protein Atlas και UniProt. Από τις πειραματικές, συγκριτικές μελέτες που συμπεριλήφθηκαν απομονώθηκαν 125 πρωτεΐνες ως πιθανοί βιοδείκτες. Προέκυψαν τουλάχιστον δύο πρωτεΐνες με διαγνωστική αξία στην ΙΦΝΕ η PSMA7 και η καθεψινη G, το μονοπάτι PPAR, ως πιθανός θεραπευτικός στόχος καθώς και νεότερα στοιχεία για τη παθοφυσιολογία της ΙΦΝΕ. Σχετικά με την ανταπόκριση στη θεραπεία με αντι-TNFα προσδιορίζονται ένα σύνολο σχετικών πρωτεϊνών με κυριότερες τις CCL2, TNC, APOA1, APOE, CO4B, PLMN,TRFE, APOH, CLUS. Η παρούσα εργασία προσφέρει νεότερα στοιχεία στη μελέτη της ΙΦΝΕ και υπογραμμίζει τη σημασία της πρωτεϊνωματικής σε αυτή.
description: Inflammatory bowel disease (IBD) is a multifactorial, nosological entity of the gastrointestinal system, with an increasing incidence in the last decade in Europe. It is divided into two subtypes, ulcerative colitis (UC) and Crohn's disease (NC), each with different clinical features. Choosing the most appropriate treatment for each patient remains a challenge, as only a fraction of patients respond to available treatments. There is a need for reliable and easily measured biomarkers that will serve the management and treatment needs of IBD. The aim of the work is to carry out a systematic bibliographic review that highlights the contribution of the ever-evolving technique of proteomics to the understanding of the molecular basis of IBD and the finding of potential biomarkers and therapeutic targets. For this purpose, we analyzed the relevant literature from January 2011 to December 2022 in the PubMed and SCOPUS databases with an emphasis on studies that combine the proteomics technique and specifically the mass spectrometry method for the study of IBD. After applying the selection criteria, 15 papers were included. All the proteins found with significant differentiation in these works were collected and integrated and grouped according to their species and participation in protein pathways after a functional analysis of all proteins was performed with the combined use of different bioinformatics tools such as the Human Protein Atlas and UniProt platforms. From the included experimental, comparative studies, 125 proteins were isolated as potential biomarkers, of which at least two proteins with diagnostic value in IBD, PSMA7 and cathepsin G, at least one pathway, PPAR, which may be a therapeutic target as well as new evidence for the pathophysiology of IBD, emerged. Regarding the response to the treatment with anti-TNFα, a set of related proteins are determined, the main ones being CCL2, TNC, APOA1, APOE, CO4B, PLMN, TRFE, APOH, CLUS. The present review offers new elements to the study of IBD and underlines the importance of proteomics in it.