Genetic and genomic research to improve the productivity and robustness of farmed fish
Creators: name: Οικονόμου, Σταυρούλα Β.
Publisher: name: Aristotle University of Thessaloniki
Year: 2021
Subjects: Ευρωπαϊκό λαβράκι
Μυτάκι
Συναγρίδα
Μικροσυστοιχία μονοκλεοτιδικών πολυμορφισμών SNP
European seabass
Sharpsnout seabream
Common dentex
SNP array

description: Στις μέρες μας, οι προς κατανάλωση ιχθύες προέρχονται τόσο από άγριους όσο και από εκτρεφόμενους πληθυσμούς, ωστόσο είναι εμφανής η αύξηση της συνολικής παραγωγής από τους τελευταίους. Στις χώρες της Νότιας Ευρώπης, είδη όπως το Ευρωπαϊκό λαβράκι (Dicentrarchus labrax) και η τσιπούρα (Sparus aurata) έχουν καθιερωθεί ως τα κορυφαία είδη εκτρεφόμενων ιχθύων στην περιοχή της Μεσογείου. Ωστόσο, δεδομένης της μεγάλης ζήτησης των καταναλωτών για διαφορετικά είδη θαλασσινών, νέα είδη ιχθύων έχουν ενταχθεί στις υδατοκαλλιέργειες. Η αυξανόμενη παραγωγή των υδατοκαλλιεργειών απαιτεί περαιτέρω έρευνα σχετικά με τη γενετική δομή των εκτρεφόμενων πληθυσμών καθώς και υψηλότερα επίπεδα βελτίωσης του ρυθμού ανάπτυξης όσο και της αντοχής σε ασθένειες. Η παρούσα μελέτη καλείται να καλύψει τις παραπάνω απαιτήσεις χρησιμοποιώντας διάφορες γενετικές και γονιδιωματικές προσεγγίσεις στο Ευρωπαϊκό λαβράκι καθώς και δύο νέα είδη με αναδυόμενη σημασία για τις υδατοκαλλιέργειες, η συναγρίδα (Dentex dentex) και το μυτάκι (Diplodus puntazzo). Ειδικότερα, η παρούσα έρευνα επικεντρώθηκε στη μελέτη και βελτίωση της ανάπτυξης σε όλα τα παραπάνω είδη καθώς και στη μελέτη των χαρακτηριστικών της ευζωίας και υγείας του Ευρωπαϊκού λαυρακιού. Το Ευρωπαϊκό λαβράκι παρουσιάζει υψηλότερη απόκριση στην καταπόνηση (στρες) κατά τους ανθρώπινους χειρισμούς, πχ. κατά την μεταφορά κ.α., σε σύγκριση με άλλα είδη ιχθύων της Μεσογείου. Η υψηλότερη απόκριση στην καταπόνηση επηρεάζει την ανάπτυξη και την ευζωία των ιχθύων. Εκτός από την απόκριση στην καταπόνηση, το Ευρωπαϊκό λαβράκι είναι ευάλωτο έναντι των παθογόνων ειδών όπως το Vibrio anguillarum, εμφανίζοντας υψηλή θνητότητα μετά από σχετική μόλυνση. Για την εκτίμηση του συντελεστή κληρονομικότητας της απόκρισης στην καταπόνηση, του σωματικού βάρους και της ανθεκτικότητας ως προς τη μόλυνση με το Vibrio anguillarum και για τον εντοπισμό περιοχών ποσοτικών ιδιοτήτων (QTL) που σχετίζονται με τα παραπάνω χαρακτηριστικά στο Ευρωπαϊκό λαυράκι, επιλέχθηκε μια εμπορική ομάδα ιχθύων (παρτίδα 10, n = 620 άτομα). Σε αυτήν την ομάδα, πραγματοποιήθηκε πείραμα καταπόνησης για τη συλλογή δεικτών σχετιζόμενων με την καταπόνηση (επίπεδα κορτιζόλης, λυσοζύμης και γλυκόζης) σε 3 χρονικά σημεία. Στα ιδιά άτομα καταγράφηκε και το βάρος των ιχθύων σε 4 χρονικά σημεία της ανάπτυξής τους. Επιπλέον, μια υποομάδα των ιχθύων (n = 332) υποβλήθηκε σε τεχνητή μόλυνση με το βακτήριο Vibrio anguillarum προκειμένου να μελετηθεί η ανθεκτικότητα στη νόσο. Η ανάλυση των δεδομένων διενεργήθηκε με εφαρμογή μικτών στατιστικών προτύπων (ατομικό ζωικό πρότυπο) πολλαπλών ιδιοτήτων τα οποία συνδύασαν τα δεδομένα των δεικτών καταπόνησης με το σωματικό βάρος και την αντοχή στην ασθένεια. Ο εκτιμηθείς συντελεστής κληρονομικότητας των μελετώμενων ιδιοτήτων κυμάνθηκε από 0,23 έως 0,55. Επιπλέον, ο συντελεστής γενετικής συσχέτισης μεταξύ του σωματικού βάρους και των επιπέδων κορτιζόλης ήταν αρνητικός (-0,43) ενώ ο αντίστοιχος συντελεστής μεταξύ των επιπέδων κορτιζόλης και της αντοχής στο Vibrio anguillarum βρέθηκε θετικός και ίσος με 0,33. Ο προς μελέτη πληθυσμός γονοτυπήθηκε με χρήση 35 μικροδορυφορικών δεικτών και ακολούθως κατασκευάστηκε χάρτης σύνδεσης, ο οποίος περιελάβανε 6 ομάδες σύνδεσης. Ακολούθησε αναζήτηση γονιδιακών τόπων ποσοτικών ιδιοτήτων (QTLs) για τους δείκτες καταπόνησης, το σωματικό βάρος και την αντοχή στο Vibrio anguillarum. Η διαδικασία αυτή οδήγησε στον εντοπισμό QTLs (μικροδορυφορικών δείκτες) που σχετίζονται με τους δείκτες καταπόνησης και το σωματικό βάρος. Ωστόσο, κανένας δείκτης δε βρέθηκε να σχετίζεται στατιστικώς με την αντοχή στη μόλυνση από Vibrio anguillarum. Συμπερασματικά, οι μελετώμενοι δείκτες καταπόνησης παρουσιάζουν υψηλά επίπεδα συντελεστών κληρονομικότητας στο Ευρωπαϊκό λαβράκι. Το γεγονός αυτό σε συνδυασμό με τον εντοπισμό QTLs σχετιζόμενων με την καταπόνηση καθιστά δυνατή την επιλογή (και μέσω δεικτών, MAS) υποψήφιων γεννητόρων οι οποίοι θα παρουσιάζουν χαμηλότερα επίπεδα καταπόνησης κατά την εκτροφή τους. Με τον ίδιο τρόπο, μπορεί να επιτευχθεί και βελτίωση του ρυθμού ανάπτυξης. Δεδομένου ότι εντοπίστηκαν σχετιζόμενα QTLs και εκτιμήθηκε ένας μέτριος έως υψηλός συντελεστής κληρονομικότητας (0,40-0,60) για τις περισσότερες από τις παραπάνω ιδιότητες στον πληθυσμό, πραγματοποιήθηκαν περαιτέρω αναλύσεις με τη βοήθεια γενωμικών εργαλείων με σκοπό την πληρέστερη διερεύνηση της αποτελεσματικότητας της γενωμικής επιλογής. Για το σκοπό αυτό, διενεργήθηκε γονοτύπηση των ατόμων της πρώτη ομάδας ιχθύων (παρτίδα 10, n=620 άτομα) με χρήση μικροσυστοιχίας η οποία περιλάμβανε 57000 πολυμορφισμούς μονονουκλεοτιδίων (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs). Παράλληλα, η δεύτερη ομάδα ιχθύων (παρτίδα 13, n=330 άτομα) συμμετείχε σε πείραμα καταπόνησης με σκοπό τη συλλογή φαινοτυπικών δεδομένων (επίπεδα κορτιζόλης, λυσοζύμης και γλυκόζης). Για το σύνολο του πληθυσμού, τα επίπεδα ανισορροπίας σύνδεσης μεταξύ των μονονουκλεοτιδικών πολυμορφισμών (SNP) εκτιμήθηκαν σε 0,036 (r2) και κατασκευάστηκαν 886 απλότυποι που περιλάμβαναν όμως μόνο το 3,696 SNP (7,4% των συνολικών SNP). Ακολούθησε ανάλυση συσχέτισης γονιδιωματικών δεικτών-φαινοτύπων για όλες τις παραπάνω μετρήσεις. Η ανάλυση αυτή ανέδειξε δύο QTLs (ή δείκτης) ως σχετιζόμενες με τα επίπεδα του γαλακτικού οξέος εξηγώντας επιπλέον το 5% της φαινοτυπικής διακύμανσης για την ιδιότητα. Ένα QTL (ή δείκτης) βρέθηκε να σχετίζεται με τα επίπεδα της λυσοζύμης, εξηγώντας το 2,2% της φαινοτυπικής παραλλακτικότητας για την ιδιότητα. Επιπλέον, εντοπίστηκε μια γενωμική περιοχή ως πιθανώς σχετιζόμενη με το ρυθμό ανάπτυξης στο χρωμόσωμα 23 και βρέθηκαν δύο γενωμικές περιοχές (QTL), στο χρωμόσωμα 16, να σχετίζονται με το σωματικό βάρος. Πραγματοποιήθηκε χαρτογράφηση κληρονομικότητας χρησιμοποιώντας, τους απλoτύπους και περιοχές μεγέθους 20 συνεχόμενων SNP, αλλά δεν εντοπίστηκαν στατιστικά σημαντικές περιοχές, μόνο πιθανές περιοχές σχετιζόμενες με τα επίπεδα γαλακτικού οξέος. Τέλος, εκτιμήθηκαν τα επίπεδα της αναμενόμενης ετήσιας γενετικής προόδου για τα επίπεδα του γαλακτικού οξέος χρησιμοποιώντας δύο διαφορετικές προσεγγίσεις: α) χρήση της μεθόδου της Αρίστης Γραμμικής Αμερόληπτης Πρόβλεψης (BLUP) και β) μέσω υποβοηθούμενης επιλογής με δείκτες (Marker Assisted Selection, MAS). Για το σκοπό αυτό εκτιμήθηκαν οι κληροδοτικές αξίες (EBV) σε δύο σενάρια: α) με βάση τον πίνακα A ο οποίος περιγράφει τις σχέσεις των ατόμων του πληθυσμού με βάση τα στοιχεία γενεαλογίας (κλασσικό πολυγονιδιακό πρότυπο γενετικής αξιολόγησης) και β) με υποβοηθούμενη επιλογή με χρήση δεικτών. Η σύγκριση των δύο σεναρίων κατέδειξε υψηλότερα επίπεδα ετήσιας γενετικής προόδου (μείωση επιπέδων γαλακτικού οξέος) κατά το σενάριο β. Συμπερασματικά, απαιτείται περαιτέρω έρευνα στην πιθανή γενωμική περιοχή η οποία βρέθηκε να σχετίζεται με την ανάπτυξη ενώ τα ευρήματα της παρούσης αναφορικά με την αντοχή στην καταπόνηση (επίπεδα γαλακτικού οξέος) στο Ευρωπαϊκό λαβράκι μπορούν να αξιοποιηθούν και πρακτικά μέσω κατάλληλου προγράμματος επιλογής το οποίο στοχεύει στη μείωση των επιπέδων καταπόνησης. Δεδομένου ότι εντοπίστηκε περιορισμένος αριθμός γενωμικών περιοχών ως σχετιζόμενες με τους μελετηθέντες φαινότυπους διενεργήθηκε περαιτέρω ανάλυση με εκτίμηση των συντελεστών κληρονομικότητας και ανάλυση συσχέτισης γενωμικών δεικτών-φαινοτύπων. Συγκεκριμένα, εκτιμήθηκε ο συντελεστής κληρονομικότητας για τις διάφορες ιδιότητες σε δύο σενάρια εκτίμησης των συγγενικών σχέσεων των ατόμων του πληθυσμού. Στο πρώτο, οι σχέσεις μεταξύ των ατόμων του πληθυσμού προσδιορίστηκαν μέσω γενεαλογίας (Pedigree Relationship Matrix, PRM) ενώ στο δεύτερο μέσω γενωμικών δεικτών με βάση το γονότυπο των ατόμων για n = 50.136 μονονουκλεοτιδικούς δείκτες (SNPs) (Genomic Relationship Matrix, GRM)). O συντελεστής κληρονομικότητας για τους δείκτες καταπόνησης κατά το A’ σενάριο κυμάνθηκε από 0,31 έως 0,63 ενώ σε συγκρίσιμα επίπεδα (0,43 έως 0,64) εκτιμήθηκε και κατά το β σενάριο. Για το σωματικό βάρος, ο συντελεστής κληρονομικότητας κυμάνθηκε από 0,54 έως 0,75 στην πρώτη περίπτωση και από 0,54 έως 0,61 στη B΄ περίπτωση. Διενεργήθηκε επίσης εκτίμηση των ατομικών κληροδοτικών αξιών στις δύο παραπάνω περιπτώσεις (ΕΒV και GEBV, αντίστοιχα). Ο συντελεστής συσχέτισης μεταξύ EBV-GEBV κυμάνθηκε από 0,78 έως 0,85 για τους δείκτες καταπόνησης και από 0,85 έως 0,91 για το σωματικό βάρος. Η ακρίβεια της επιλογής κυμάνθηκε από 0,78 έως 0,99 ενώ η ακρίβεια της εκτίμησης των κληροδοτικών αξιών κυμάνθηκε από 0,32 έως 0,78 για όλους τους φαινότυπους με ακριβέστερες εκτιμήσεις κατά την χρήση του πίνακα γονιδιωματικών σχέσεων (GRM). Επιπλέον, επιλέγοντας το 45% του πληθυσμού ως μελλοντικούς υποψήφιους γεννήτορες, προβλέφθηκε υψηλότερη ετήσια γενετική πρόοδος για κάθε ιδιότητα κατά την εκτίμηση των κληροδοτικών τιμών μέσω του πίνακα GRM. Τα αποτελέσματα αυτά καταδεικνύουν την αποτελεσματικότητα της γενωμικής επιλογής έναντι της παραδοσιακής προσέγγισης κατά την εκτίμηση των κληροδοτικών αξιών των ατόμων. Εκτός από το Ευρωπαϊκό λαυράκι, υπάρχει περιορισμένη γνώση αναφορικά με το γενετικό υπόβαθρο της αναπτυξιακής ικανότητας των σχετικά νέων ειδών ιχθύων στις ιχθυοκαλλιέργειες, όπως η συναγρίδα και το μυτάκι. Η γνώση αυτή μπορεί να αξιοποιηθεί κατά το σχεδιασμό προγραμμάτων γενετικής βελτίωσης με σκοπό τη βελτίωση της παραγωγικότητάς τους. Στα πλαίσια αυτής της προσπάθειας, χρησιμοποιήθηκε ένας επιλεγμένος αριθμός ιχθύων του είδους μυτάκι (129 άτομα) και της συναγρίδας (131 άτομα). Τα άτομα αυτά γονοτυπήθηκαν χρησιμοποιώντας μια στοχαστική μέθοδο γονοτύπησης επόμενης γενιάς (ddRAD) ενώ παράλληλα συλλέχθηκαν φαινοτυπικά δεδομένα που σχετίζονται με την ανάπτυξη κατά τα πρώιμα στάδια. Οι ανακαλυφθέντες μονονουκλεοτιδικοί πολυμορφισμοί συνδυάστηκαν κατάλληλα και κατασκευάστηκε ο πρώτος γενετικός χάρτης σύνδεσης για τα δύο είδη, ο οποίος περιλάμβανε 24 ομάδες σύνδεσης. Επιπλέον, πραγματοποιήθηκε πιλοτική χαρτογράφηση γονιδιακών τόπων ποσοτικών ιδιοτήτων (QTL) για τα δύο είδη, η οποία αποκάλυψε πιθανούς γονιδιακούς τόπους (QTL) που σχετίζονται με την ανάπτυξη κατά τα πρώιμα στάδια. Η συγκριτική γενωμική ανάλυση των περιοχών αυτών σε σχέση με το γονιδίωμα αναφοράς της τσιπούρας και του Ευρωπαϊκού λαυρακιού, αποκάλυψε ότι οι περιοχές αυτές βρίσκονται εγγύς γονιδίων (ή τόπων) σχετιζόμενων με την ανάπτυξη στα δύο είδη. Η ίδια ανάλυση αποκάλυψε υψηλά επίπεδα ομολογίας μεταξύ των ειδών επικυρώνοντας την ποιότητα των γενετικών χαρτών για τα νέα είδη. Παράλληλα διαπιστώθηκαν υψηλότερα επίπεδα ομολογίας μεταξύ των νέων ειδών με την τσιπούρα έναντι του Ευρωπαϊκού λαυρακιού. Το αποτέλεσμα αυτό μπορεί να θεωρηθεί αναμενόμενο, καθόσον τα δύο νέα είδη παρουσιάζουν φυλογενετικά μεγαλύτερη εγγύτητα με την τσίπουρα σε σχέση με το Ευρωπαϊκό λαβράκι. Συμπερασματικά, τα νέα γενετικά δεδομένα στα είδη συναγρίδα και μυτάκι κατέδειξαν πιθανές γενωμικές περιοχές σχετιζόμενες με την ανάπτυξη κατά τα πρώιμα στάδια. Επιπλέον, λόγω της υψηλής γενετικής ομολογίας των γονιδιωμάτων των νέων ειδών με αυτό της τσιπούρας, γονιδιακοί τόποι (QTL) που έχουν εντοπιστεί στην τσιπούρα μπορούν εν δυνάμει να αποδειχθούν ιδιαίτεροι χρήσιμοι στα δύο νέα είδη.
description: Nowadays, seafood comes both from wild and farmed populations, however a remarkable increase in the total production from the farmed populations is evident. In the southern European countries, species such as the European seabass and the gilthead seabream have been established as the leading Mediterranean species. However, given the wide consumer demand for different seafood, new species are becoming more popular. The increasing production of aquaculture necessitates further research into the genetic architecture such us growth performance and disease resistance against pathogens. For this purpose, the European seabass as well as two new species with, emerging importance for aquaculture the sharpsnout seabream and the common dentex have been studied in this dissertation using a variety of genetic and genomic approaches. Our research was focused on the growth performance as well as the welfare and health traits of those species. The European seabass shows a higher stress response not only when being handled, but also when it is exposed to transfer etc. compared to other Mediterranean marine species. This higher stress response influences the growth and welfare of the fish. Apart from stress response, the European seabass is vulnerable to some Vibrio pathogen species which, in some cases, could lead to high mortality after infection. To investigate the heritability of the stress response, body weight and resistance against Vibrio infection and to identify QTL affecting the above traits in European seabass, a commercial group of fish (Named by company as batch 10, 620 fish) was selected. In this group, a stress experiment was performed in order to collect phenotypic measurements for stress indicators like cortisol, lysozyme and glucose levels as well as their weight which was recorded in 4 different growth time points. Furthermore, a subgroup of batch 10 (332 fish) was selected to participate in the Vibrio challenge in order to investigate evidence of significant genetic control for disease resistance. Two multitrait animal models combined the stress indicators with body weight and the disease resistance were analyzed. The heritability from all the above models and traits ranged from 0.23 to 0.55, while the genetic/phenotypic correlations between traits reveal a negative genetic correlation between body weight and cortisol levels (-0.43) along with a positive genetic correlation between cortisol levels and resistance against Vibrio (0.33). The fish were genotyped using 35 microsatellite markers and a linkage map was constructed providing six linkage groups. A Quantitative Traits Loci (QTL) analysis for the stress indicators, the body weight and the resistance against Vibrio was performed. QTL affecting the stress indicators and the body weight were detected in all the linkage groups but no evidence of QTL for the disease resistance was identified. In conclusion, the studied stress indicators can be considered as inheritable traits in European seabass and in combination with the detected QTL for those traits, candidates can be selected based on their QTL genotype providing offspring with lower stress response, using a Marker Assisted Selection (MAS) approach. QTL affecting the body weight were also detected, which can be accounted into the selection candidates’ process, in order to improve the accuracy of selection. Since QTL were detected and moderate heritability was estimated for the above traits in the population, further research was performed to deepen into the genetic knowledge of those traits and to create a useful tool of selection of breeders. The first group of fish (batch 10, 620 offspring) was genotyped using a 57K SNP array as well as a second group of commercial fish (batch 13, 330 offspring) which was selected and participated in a new stress experiment (under the same conditions), in order to collect the phenotypic measurements. In the studied population (batch 10 and batch 13), the Linkage Disequilibrium was calculated around 0.036, and haplotype blocks were constructed including only 7.37% of the total SNPs. GWAS for all the above measurements was performed and two QTL associated with lactate levels explaining 5% of the phenotypic variation were detected. One QTL was discovered to affect the lysozyme levels, explaining 2.2% of the phenotypic variation. Moreover, a putative QTL affecting growth performance was detected using all offspring, while two QTL associated with body weight were detected when only the first group (batch 10) was analyzed. Haplotype block based Regional Heritability Mapping and a Regional Heritability mapping was performed on a size region of 20 consecutive SNPs, but no evidence of statistically significant regions or blocks was detected. The last step was to estimate the genetic gain per generation for the lactate levels using two different approaches, traditional polygenic (i.e., pedigree based) selection and MAS. Thus, EBVs were estimated using only polygenic infinitesimal models and a MAS selection was performed using the EBVs from polygenic infinitesimal models combined with the QTL effect. The fish were selected using the EBVs from the above approaches and compared, revealing a higher decrease on the lactate levels using the QTL effect through MAS compared to polygenic (i.e., pedigree based) selection. In conclusion, further research is needed in order to study the putative QTL affecting growth and to clarify its effect in production. Focusing on the stress response, lactate levels can be used beneficially as stress indicator for the European seabass. The use of the QTL affecting lactate levels, can be helpful to the candidate’s selection into a breeding program since a higher decrease of lactate levels was estimated in the candidates which were selected using it through MAS selection. Since only few QTL were detected using Genome Wide Association (GWAS) analysis, Genomic Selection and traditional polygenic (pedigree based) approach were performed in order to compare them and select the most competitive strategy of the studied traits in the European seabass. The fish from the two batches were used in order to estimate the heritability for the stress indicators as well as for the body weight using Maximum likelihood. The genetic variance was estimated using two different relationship matrices, the pedigree and the genomic, both were fitted in the model, one at a time. Starting with stress indicators, the heritability was estimated using polygenic (pedigree based) infinitesimal models and it ranged from 0.31 to 0.63. When using the genomic relationship matrix (i.e., genomic heritability), it ranged from 0.43 to 0.64. The body weight’s, heritability was also estimated using polygenic (pedigree based) infinitesimal models and it ranged from 0.54 to 0.75 while using the genomic relationship matrix (i.e., genomic heritability), it ranged from 0.54 to 0.61. The breeding values were estimated using Best Linear Unbiased Prediction (BLUP) and GBLUP (Genomic BLUP) approaches and they were compared by estimating the correlations between EBVs and GEBVs. The correlation ranged from 0.78 to 0.85 for stress response and from 0.85 to 0.91 for growth. The accuracy of selection (0.78 to 0.99) as well as the accuracy of estimation (0.32 to 0.78) were estimated for all phenotypes, both provided better estimates when the genomic relationship matrix was used. Selecting the 45% of the population as selection candidates, the genetic gain per generation was estimated for each trait and revealed a better performance for the Genomic Selection (i.e., genomic relationship matrix model) (higher body weight at late growth stages and a better decrease in stress bioindicator traits). Based on the genetic gain results, selection candidates for breeders through Genomic Selection provided lower levels in all stress indicator traits as well as higher body weight at the last two stages of growth compared to traditional approaches. The use of Genomic Selection indicates that a faster improvement per generation can be achieved, and all stress indicator traits can be used in order to improve the stress response in European seabass. Apart from the European seabass, limited information on growth performance exists for new aquaculture species in the industry. Since new species are being used in aquaculture, genetic information which can be used in the development of a breeding strategy could be beneficial in order to improve their production efficiency. Thus, a selected number of fish for the sharpsnout seabream (129 offspring) and the common dentex (131 offspring) were genotyped using a Next Generation stochastic genotyping method (ddRAD) and phenotypes related to growth performance at the juvenile stage were collected. Genetic data generated by the ddRAD were analyzed using STACKS to discover SNP markers. The discovered SNPs were combined, and the first linkage map supporting 24 linkage groups was constructed. Furthermore, a pilot QTL analysis was performed for both species suggesting putative QTL affecting growth at early stages. Even though, the QTL were not statistically significant, a good trailing of the LOD score was identified using two different models (with and without the effect of the polygenic component). When we search for the coordinates of those sequences of loci on reference genomes of other species of interest, they were found to be close to genes and other QTL reported to affect growth in other species. Two comparative analyses were performed between the studied species and two species of interest respectively, gilthead seabream and European seabass, in order to identify the genetic similarity between the species and to validate the quality of the new genetic maps. The genetic similarity between the studied species and the gilthead seabream was higher to that of the respective similarity with the European seabass. That was expected since the studied species are phylogenetically more related to the gilthead seabream. Finally, the quality of the two linkage maps was verified suggesting that high-quality results were produced. In conclusion, the genetic information which was found through the study of the sharpsnout seabream and the common dentex provided evidence for QTL affecting growth at early stages which can be utilized by the industry for the establishment of a breeding program for those species. Moreover, the high similarity between gilthead seabream can be helpful for the further investigation of those species since QTL that could be detected in gilthead seabream could be verified and utilized in future breeding programs in those new aquaculture species.