DNA的分子鏈被切開後，還得縫接起來以完成基因的拼接。1967年，科學家們在5個實驗室里幾乎同時發現並提取出一種酶，這種酶可以將兩個DNA片段連線起來，修復好DNA鏈的斷裂口。1974年以後科學界正式肯定了這一發現，並把這種酶叫作DNA連線酶。從此，DNA連線酶就成了名符其實的縫合基因的分子針線。只要在用同一種分子剪刀剪下的兩種DNA碎片中加上分子針線，就會把兩種DNA片段重新連線起來。DNA的操作通常發生在質體內。使用重組DNA技術，例如限制性消化，連線和分子複製製備構建體。其中一種常見的技術是將新的遺傳物質插入宿主基因組中的特定位置，或在所需的能夠敲除的基因組位點產生突變內源基因。基因靶向技術使用同源重組來靶向特定內源基因的期望變化。這在植物和動物中發生的頻率相對較低，並且通常需要使用選擇標記基因。使用工程化核酸酶如鋅指核酸酶，工程改造的歸巢核酸內切酶或由TAL效應物產生的核酸酶，可以大大增強基因靶向的頻率。 除了增強基因靶向，工程化核酸酶也可以用於在產生基因剔除的內源基因中引入突變。
連線、分子複製製備構建體以及什麼都得使用重組DNA技術?