1861年，一隊美國士兵在巴爾的摩轉火車時，遭到親南方的巴爾的摩市民圍攻，士兵向市民開槍後導致了巴爾的摩暴亂。此暴亂的直接結果是林肯政府對親南方的州進行鎮壓，並宣布巴爾的摩進入軍管狀態，巴爾的摩市長、警察局長與馬里蘭州議會多名議員被捕。在整個美國內戰期間，馬里蘭州被置於美國聯邦政府的直接管理，德拉瓦州則被置為北方軍事占領狀態。阿肯色州和田納西州在了解到林肯政府對親南方的地區的鎮壓後，宣布脫離美國北方政府加入南方政府。1904年2月7日，巴爾的摩市發生大火，整個城市幾乎被燒毀。從哥倫比亞特區、費城至紐約等地都有消防隊趕來救援，但由於各處消防水龍頭的接頭有所差異，因此救援人員面對大火無能為力。這件事件導致了國家標準與技術院的誕生。1980年，巴爾的摩國家水族館建成。同年在巴爾的摩內港地區海建成一系列的的商業觀光區，巴爾的摩內港逐漸從工業區和居民區轉變成為觀光旅遊區。2003年，颶風依莎貝爾帶來的潮水，淹沒了巴爾的摩內港地區。
巴爾的摩暴亂於何年發生?