來自歐洲的水手，水兵和傳教士之間的意見不合、目的不同，又加上16世紀末葉，日本德川幕府諸將軍極欲統一日本，對不服從中央的諸侯大加討伐，那些傾向或選擇天主教的諸侯和他們的臣民更是幕府將軍征討的對象，何況天主教在日本的發展已經引起佛教和神道教的不滿與反對。就這樣，日本天主教的教難成了預料中的事。1597年二十六位傳教士和教友在長崎致命；其餘的迫害事件，或大或小也接踵而來，傳教士和教友受到的酷刑虐待令人髮指。1637年，教友人數很多的有馬一帶，居民因為國君的橫徵暴斂，苦不堪言，而群起反抗，結果遭軍隊追擊，逃至島原，史稱島原之亂。在這裡，凡不背教者都遭屠殺，計有男女和兒童三萬五千人。從此，日本與外界完全隔絕，處在封閉中達兩百年之久。這期間，雖然沒有神父，但長崎一帶仍有一個教友核心團體殘存下來，他們保持信德，世代相傳。
天主教傳教士在何時於日本死了26人？