2002年7月1日，時任行政長官董建華實施主要官員問責制，決策局首長棄用以公務員晉升的方式，改用政治任命，局長須承擔政治風險；而則原局長改稱常任秘書長，維持公務員擢升的原則。決策局因此被徹底重組，重新設立11個決策局，外界將之與三位司長合稱「三司十一局」。當時的十一局包括公務員事務局、政制事務局、教育統籌局、環境運輸及工務局、衛生福利及食物局、民政事務局、房屋及規劃地政局、保安局、工商及科技局、經濟發展及勞工局及財經事務及庫務局。被批評得較多的是這些決策局的重組方式，例如將原來關係不大的環境及運輸合於一局；外界普遍認為這是由於2001年環境保護署否決九廣鐵路的落馬洲支線穿過塱原濕地，董為免類似的尷尬情況再出現，於是將兩個相關部門置於同一局長之下。董建華自己也承認決策局合併的方式「不太科學」。到了2007年7月1日，曾蔭權在2007年香港特別行政區行政長官選舉中連任行政長官，決策局輕微改動，重組成12個決策局，新增決策局為發展局，外界改稱為「三司十二局」。
「三司十一局」被外界批評的地方是?