沙勿略發現，中國文化對日本的影響很深，於是決心儘早訪問中國。但當時，外國傳教士要進入中國是一件非常困難的事情。1552年，他組織了一個赴中國的葡萄牙使團，參見明朝皇帝。但5月底使團在麻六甲被長官亞戴德扣留。於是他決心獨自前往中國，1552年8月底，他把距離中國廣東海岸很近的上川島作為基地，計劃偷渡入境。但是，答應幫助他們偷渡的中國商人反悔，遲遲不來。1552年12月3日晨，沙勿略因瘧疾病逝於島上，年僅46歲，終未達成進入中國的心願。同年10月6日，利瑪竇生於義大利馬切拉塔。三十年後，利瑪竇成功的將天主教傳入古老的中國。耶穌會於1847年至1853年建造在中國的第一座主教座堂將其命名為聖方濟各沙勿略堂。據說，沙勿略的屍體長期不腐爛，一路向人展示，到1554年才被安葬在印度果阿。1662年沙勿略被教會列為聖徒，他的墓地也成為朝拜的聖地。同時，麻六甲、羅馬和澳門聖若瑟修院都珍藏著沙勿略的部份遺髑。2006年是聖方濟各沙勿略誕辰五百周年紀念。紀念活動將持續整整一年。在方濟各故鄉納瓦拉、方濟各安葬地印度果阿以及麻六甲、菲律賓和日本，朝聖活動已經拉開了序幕。
耶穌會為了紀念沙勿略得貢獻，因此有何作為?