在此期間，內蒙古的德王試圖使內蒙古也獨立，還建立了實際上受日本人控制的傀儡政權蒙疆聯合自治政府，但隨著日本的投降和蘇、蒙聯軍的參戰，該傀儡政府也垮台，內蒙古很快被中國共產黨控制，1947年中共根據民族區域自治理論領導成立了中國第一個民族區域自治政權內蒙古自治政府。中華民國駐蘇大使邵力子曾說：我在1943年春間，曾提出有關中蘇邦交的建議……關於中蘇之間的許多應解決的問題，我所建議的幾乎多與中蘇友好協定所包含的相類似。因為那時我認為這些問題必須加以合理的解決，尤其是承認外蒙古的獨立，和中山先生建國大綱所定扶助弱小民族使之自治自決的精神，完全符合。第二次世界大戰末，同盟國為爭取蘇聯對日本宣戰，美、英兩國在未通知中華民國以及其他盟國之下，於1945年2月11日與蘇聯簽定涉及外蒙古以及中國主權的《雅爾達協定》。其中規定：外蒙的現狀應予保持。1945年，史達林曾對蔣經國說過：老實告訴你，我之所以要外蒙古，完全是站在軍事的戰略觀點而要這塊地方的。倘使有一個軍事力量從外蒙古向蘇聯進攻，西伯利亞鐵路一被切斷，俄國就完了。這也是他堅決要求外蒙古獨立的主要原因。但美國總統羅斯福曾面請中華民國駐美大使魏道明，謂在維持外蒙現狀之下，中國外蒙古成為兩個鄰居。當時中國政府亦認為對外蒙古鞭長莫及。
若讓外蒙古獨立，和孫中山先生哪項建國大綱精神相符?