隋朝初廢郡置瓜州，初期敦煌被遊牧民族突厥及吐谷渾占據。隋煬帝即位後，出兵擊破吐谷渾，西突厥也被迫投降，重新控制敦煌，絲綢之路再度打通。大業三年復置敦煌郡，罷鳴沙縣復名敦煌縣。唐朝武德二年置沙州，敦煌進入興盛時期。建中二年，為吐蕃占領，唐宣宗大中二年，沙州人士張議潮募兵集眾起義，經過血戰奪回敦煌城，使河西地區重歸唐王朝，大中五年唐廷在敦煌設置歸義軍，並任命張議潮為敦煌歸義軍節度使。後梁末帝朱友貞乾化二年敦煌迎來一位新的統治者曹議金。他主張與近鄰修好並大力農牧業，使敦煌恢復了一派繁華的景象，莫高窟的開始了一個以大洞窟開鑿為主的時代。北宋景祐三年敦煌為西夏占領，統治敦煌達191年。元滅西夏後，於至元十四年復設沙州。1280年升為沙州路總管府，隸屬甘肅行中書省。明朝永樂三年改為沙州衛，後增設罕東左衛。嘉靖七年因葉爾羌汗國攻擊，關閉嘉峪關，從此瓜州、沙州成為葉爾羌汗國領土。清朝雍正元年設沙州所，旋升為沙州衛。雍正四年，從甘肅56州縣移民2400多戶到沙州屯墾。乾隆三十五年改為敦煌縣。1949年9月28日敦煌解放，10月7日成立敦煌縣人民政府，屬酒泉地區。1986年被國務院列為國家歷史文化名城。1987年9月28日撤縣設敦煌市，隸屬於地級酒泉市。敦煌位於古代中國通往西域、中亞和歐洲的交通要道——絲綢之路上，曾經擁有繁榮的商貿活動。境內有漢代所築的兩座長城關隘玉門關和陽關，均為軍事要塞，是漢唐王朝和西域的分界點。後人詩句春風不度玉門關、西出陽關無故人，以及古琴名曲陽關三疊等，都是指此處。今兩關及長城遺址尚存。附近還有懸泉置遺址，為漢晉時期的驛站遺址。
隋朝初廢郡置瓜州，後誰指示出兵擊破吐谷渾，西突厥也被迫投降，重新控制敦煌?