司法機構負責解釋州憲法以及在刑事和民事訴訟當中實行法律。州最高法院是阿拉巴馬州最高法院。阿拉巴馬州利用黨代表選舉法官。自從1980年代起，司法機構越來越政治化。現任阿拉巴馬州最高法院首席法官是共和黨人羅伊·摩爾。所有阿拉巴馬州最高法院的在任法官都是共和黨員。法院設有兩個上訴法院：民事訴訟法院和刑事訴訟法院，以及四個初審法院：巡迴法院、地方法院、城鎮法院以及公證法院。一些批抨者認為法官的選舉造成相當高的死刑比率。阿拉巴馬州是全國按人口比例最高的死刑比例的州份。在一些年間該州強制執行比德克薩斯州更多的死刑，而該州人口比阿拉巴馬州多五倍。部分案件極具爭議性，最高法院推翻了24宗死刑定罪。阿拉巴馬州也是唯一仍然容許法官在是否使用死刑上推翻陪審團的州份，有10宗法官推翻陪審團無期徒刑且不得假釋的判決案例。阿拉巴馬州有67個郡。各郡有自行選舉的立法機構，通常稱為郡委員會。同時在郡內有一定程度的行政權。受阿拉巴馬州憲法所限，權力集中到州議會，州內只有7個郡有一定程度的地方自治。相反，州內多數的郡都必須遊說州議會的本地立法委員會以通過簡單的地方政策，包括廢物處理到土地使用。冗長的程序導致當地管治權無法處理自身的問題，而州議員陷入無數地方事務之中。根據1973年阿拉巴馬州憲法委員會，州議會透過拒絕通過建立郡地方自治的修憲來維持控制地方政府。立法代表團維持對各郡的相當權力。美國最高法院在1964年貝克訴卡爾案下令兩院都必須以人口為基礎建立選區，並在每次普查後重劃，以實行一人一票原則。在那以前，各郡只由一名州參議院代表，造成郡內都市和人口較多的郡代表性不足。州議會偏向郊區也造成無法在州議會重新編配議席，一直影響政治到20世紀，難以回應工業城市和都市地區的堀起。阿拉巴馬州缺乏地方自治導致當地議會長期允許各郡執行未獲州憲法授權的行為。阿拉巴馬州憲法曾修改逾700次，但近三分之一的修改都是以當地為準，只在一個郡或城市實行。各立法會期都有相當部分花在本地立法上，浪費議員的時間和集中力，無法專注在全州重要性的事情上。阿拉巴馬州是一個酒精管制州，意即州政府可壟斷酒精的銷售。阿拉巴馬州酒精管制局控制州內含酒精飲品的銷售和分布。67個郡當中有25個禁酒郡，甚至郡容許銷售酒精的同時還有禁酒市。
阿拉巴馬州有幾個郡?