1281年七月，忽必烈又發動第二次侵日戰爭，日本史書稱為「弘安之役」，由范文虎、李庭率江南軍十餘萬人，到達次能、志賀二島，因日軍積極抵抗，且元軍又遇到颱風，最後再度慘敗。通常認為颱風與元軍不擅水戰是造成失敗的最大原因。而後元世祖又準備第三次東征，因大臣勸阻，再加上出兵安南的緣故而罷。而後元世祖多次遣使均遭日本拒絕，通使關係一直未能建立，但是元朝與日本的經濟和文化交流仍然十分繁盛，來元日本人以商人與禪僧最多。元廷令沿海官司通日本國人市舶，主要港口是慶元。南洋諸國有安南、占城與爪哇等國。安南國據有今越南北部，於五代北宋時期獨立於中華。蒙古大汗蒙哥於1257年派兀良哈台南攻安南，蒙越戰爭爆發。越南陳太宗被蒙軍擊敗，上表稱臣，蒙哥封為安南國王，而越南陳聖宗繼位後不願向元朝稱臣。當時在安南南方還有占城國，1282年占城國王因陀羅跋摩六世遣使朝貢，元世祖因此設置荊湖占城行中書省，以阿里海牙為該行省的平章政事。由於占城王扣留元使，元世祖藉此發兵分水陸攻打占城與安南。他以唆都率水軍由廣州渡海攻打占城。隔年蒙古水軍攻下占城國王據守的木城，占城國王因陀羅跋摩六世求和，但於蒙古退軍後殺使者。
占城國在哪一年開始向元世祖遣使朝貢?