21世紀伊始，2000年3月18日，由民主進步黨提名的陳水扁、呂秀蓮當選第10任正副總統，寫下首次政黨輪替的新頁。於2001年1月1日，廈門與金馬小型三通實施，首度展開兩岸小規模正式通商、通航和通郵。2001年以「臺澎金馬個別關稅領域」名義加入世界貿易組織。2002年8月，時任總統陳水扁公開表示中華民國與中華人民共和國的關係是「一邊一國」，引發北京當局反彈。2002年，臺灣教育部廢除大學聯考，以「大學入學指定科目考試、大學學科能力測驗、大學入學術科考試」作為大學多元入學的指標。2003年3月14日臺灣首例非典型肺炎引發SARS風波，使得全臺灣產生恐慌浪潮，創下臺灣戰後以來，醫院封院、街坊封樓、醫院外全面發燒篩檢的首見景況。2003年底成為東亞第一個立法保障公民投票權的地區。2004年，第11任正副總統陳水扁及呂秀蓮當選連任。2004年3月19日，於總統大選前夕發生「三一九槍擊事件」，為中華民國政府遷台以來首次國家元首遭槍擊事件。2005年6月立法院預算審核通過新十大建設。2006年8月12日起，針對陳水扁總統任內爆發的醜聞，由前民主進步黨主席施明德於臺灣發起「百萬人民倒扁運動」，要求陳水扁總統負起政治責任下台，又稱「紅衫軍運動」。
當時的總統陳水扁用哪四個字形容中華民國與中華人民共和國的關係?