1868年，明治新政府宣布設立後箱館裁判所，便將北海道納入新政府統治之內。然而在1869年1月，舊幕府軍佔領五稜郭，其首領榎本武揚宣布成立蝦夷共和國，並和新政府軍之間爆發箱館戰爭。在舊幕府軍投降之後，新政府宣布在北海道全境設11國86郡。1869年，新政府創建了開拓使，北海道開始進入大規模開發時代。新政府鼓勵失去工作的武士和士族移民北海道，並且為了加強國防，還設置了屯田兵制度。除了政府動員的移民之外，亦有自發性的大規模移民，其代表例為帶廣的成社。1882年，開拓使被廢止，政府改設函館縣、札幌縣、根室縣三個縣來管理北海道。但由於北海道人口分布不均，這一體制效率不彰。1886年，政府決定廢除三縣，改設北海道廳。然而大量士族在明治維新的過程中失業，造成極大社會問題，舊藩士在新政下生活困苦，演變成西南戰爭。日本後來有出兵臺灣之議。1871年10月，一艘琉球國船隻於颱風後漂流至臺灣東南部，其中54名登島乘客被原住民出草殺害，史稱八瑤灣事件。由於當時琉球國同時向清朝和日本朝貢，而清廷表示將事件交由日本處理，日本因而在1874年5月攻打臺灣南部排灣族部落，是為「牡丹社事件」。
新政府在北海道實施什麼制度?