早產嬰兒的呼吸問題，有時也使用檸檬酸咖啡因治療。使用檸檬酸咖啡因療法後，早產嬰兒的支氣管發育不良明顯減少。此療法的唯一缺點是在治療中暫時性的體重增長變慢。檸檬酸咖啡因在很多國家只能通過處方獲得。對人類而言，正常攝入的咖啡因是安全的，但是咖啡因對某些動物而言卻是有毒的，例如狗、馬和鸚鵡等，因為這些動物肝臟的分解咖啡因的能力比人類弱很多。咖啡因對蜘蛛有顯著的影響，遠遠高於其他藥物。在長期攝取的情況下，大劑量的咖啡因是一種毒品，能夠導致「咖啡因中毒」。咖啡因中毒包括上癮和一系列的身體與心理的不良反應，比如神經過敏，易怒，焦慮，震顫，肌肉抽搐等等。另外，由於咖啡因能使胃酸增多，持續的高劑量攝入會導致消化性潰瘍、糜爛性食道炎和胃食管反流病。然而，因為無論是正常的咖啡還是脫咖啡因咖啡，都會刺激胃黏膜，增加胃酸分泌，所以咖啡因可能不是咖啡造成此原因的唯一成分。
若長期攝取大劑量的咖啡因會導致哪一種疾病?