在缺點上，由於使用跨站式車站一定得在不同的設施樓層之間移動，因此除非是利用電梯、手扶梯等設施輔助，否則會對老年人、身障人士或攜帶大件行李的旅客造成相當程度的困擾，在無障礙環境的規劃上難度也相對較純粹設於地面上的車站來得高。在構造上，跨站式車站與高架車站有極高的近似性，兩種車站結構都一樣是利用月台/路線與站體設施分層重疊達到節省用地的目標，不同的是跨站式車站的站體位於高架樓層，月台區位於地面，但高架車站正好相反—站體位於地面，月台區則採高架設計以配合高架路線。在某些傳統的地面車站由於時代的改變旅運需求增加，原有的車站設施容量不足，因此進行改建將部分車站設施移築到跨線天橋之上，而成為半地面、半橋上的混種設計。雖然此類的車站在特性上的確具有相當程度跨站式車站的風格，但在分類上還是傾向歸類於地面車站的一種，只有整個站體都位於天橋上的車站，才被歸類為真正的跨站式車站。
跨站式車站在構造上十分類似於哪一種車站?