就在有關草議獲批兩天後，美國內戰第一場戰役就展開了。為時數年的戰爭使學校的教研工作延誤。1865年，麻省理工正式在位於波士頓的校園內開班。這所新院校的使命乎合土地撥贈法案的要求，故獲贈地作進一步發展。1866年，由土地銷售帶來的利益使學校得以在後灣區發展。波士頓理工為麻省理工學院的非正式別稱。大學採用歐洲理工大學的模式辦學，早期比較重視實驗教學。雖一直受到財政問題困擾，但在弗朗西·斯亞瑪撒·沃克的帶領下，學校還是在19世紀最後的20年裡不斷成長，繼而開辦電子、化學、海洋及潔淨工程學，並興建了新的教學大樓，亦吸納了更多學生。
麻省理工學院的非正式別稱名為什麼?