1368年元廷退回蒙古草原，元惠宗退至上都，隔年又至應昌。他繼續使用「大元」國號，史稱北元。當時北方除了元惠宗據有漠南漠北，關中還有元將王保保駐守甘肅定西，此外元廷還領有東北地區與雲南地區。明太祖為了占領北方，採取兵分二路，各個擊破的方式，此即第一次北伐。元惠宗戰敗後於1370年在應昌去世，元昭宗即位後北逃至漠北和林。明將馮勝奪取了甘肅地區。然而元將王保保仍然在漠北多次與明將徐達等人作戰。明太祖曾多次寫信招降，但王保保從不理會，被朱元璋稱為「當世奇男子」。1378年四月，元昭宗去世，繼位的元天元帝繼續和明朝對抗，屢次侵犯明境。至於北元領有的東北地區與雲南地區方面：1371年，元朝遼陽行省平章劉益降明，明朝占領遼寧南部。然而其餘東北地區仍由元朝太尉納哈出控制，納哈出屯兵二十萬於金山，自持畜牧豐盛，與明軍對峙了十幾年，多次拒絕明朝的招撫。1387年馮勝、傅友德、藍玉等人發動第五次北伐，目標是攻占納哈出的金山。經過多次戰爭，1387年10月，納哈出投降藍玉，明朝占領東北地區。鎮守雲南的元朝梁王把匝剌瓦爾密，在元廷退回草原後仍然繼續忠效之。1371年明太祖派湯和等人領兵平定據有四川的明玉珍，並且勸降梁王未果。1381年12月，明軍攻入雲南，1382年梁王逃離昆明並自殺，隨後明軍攻克大理，明軍平定雲南地區。
「當世奇男子」指的是誰?