1622年，荷蘭東印度公司試圖將澎湖建立成一個貿易前哨站，但被明朝擊退。1624年，原佔領澎湖的荷蘭人和明軍簽約，放棄其在澎湖的經營，轉而登陸臺灣南部，屬於荷蘭東印度公司的荷蘭人首先在「北汕尾」建立簡易的商館，同年，於「一鯤鯓」築起了「熱蘭遮城」，以此作為統治中心，為增加米、糖等農作物產量，開始招募中國福建沿海一帶及澎湖的居民遷往臺灣開墾，其中許多人定居於臺灣。1626年至1642年，臺灣北部也曾經為西班牙佔領，西班牙人在臺灣北部的雞籠與社寮島築城，並稱之為「聖救主」城。之後又佔領蛤仔難，並在滬尾興建「聖多明哥城」。後來荷蘭人與西班牙人在東亞展開競爭，荷蘭東印度公司對日本幕府散播西班牙企圖顛覆德川幕府陰謀，引起日本鎖國政策。為了進一步驅逐西班牙勢力，荷蘭人於1642年攻佔了西班牙的佔領的雞籠地區，趕走了西班牙人。荷蘭所侵佔建立的殖民王國，是臺灣歷史上第一個有系統統治的政權，並有少量對平埔族的教育與傳教事業。佔領目的是作為對明朝、日本、朝鮮半島與南洋貿易據點的樞紐，臺灣據點成為當時荷蘭東印度公司亞洲據點的第二名，獲利主要是配送給公司股東。由於苛徵與限制，使得原住民族在1629年與1636年，分別發起麻豆溪事件與蕭壟事件兩次大型反抗。到了1652年，以鄭芝龍舊部郭懷一為領袖的漢族移民，也對殖民者展開大規模的反抗。
日本施行鎖國政策的原因為何?