21世紀伊始，2000年3月18日，由民主進步黨提名的陳水扁、呂秀蓮當選第10任正副總統，寫下首次政黨輪替的新頁。於2001年1月1日，廈門與金馬小型三通實施，首度展開兩岸小規模正式通商、通航和通郵。2001年以「臺澎金馬個別關稅領域」名義加入世界貿易組織。2002年8月，時任總統陳水扁公開表示中華民國與中華人民共和國的關係是「一邊一國」，引發北京當局反彈。2002年，臺灣教育部廢除大學聯考，以「大學入學指定科目考試、大學學科能力測驗、大學入學術科考試」作為大學多元入學的指標。2003年3月14日臺灣首例非典型肺炎引發SARS風波，使得全臺灣產生恐慌浪潮，創下臺灣戰後以來，醫院封院、街坊封樓、醫院外全面發燒篩檢的首見景況。2003年底成為東亞第一個立法保障公民投票權的地區。2004年，第11任正副總統陳水扁及呂秀蓮當選連任。2004年3月19日，於總統大選前夕發生「三一九槍擊事件」，為中華民國政府遷台以來首次國家元首遭槍擊事件。2005年6月立法院預算審核通過新十大建設。2006年8月12日起，針對陳水扁總統任內爆發的醜聞，由前民主進步黨主席施明德於臺灣發起「百萬人民倒扁運動」，要求陳水扁總統負起政治責任下台，又稱「紅衫軍運動」。
百萬人民倒扁運動又被稱為甚麼運動?