由於元朝由蒙古人所統治，漢族士大夫基於異族統治的考量，在蒙元初期大多分成合作派與抵抗派。合作一派是華北儒者如耶律楚材、楊奐、郝經與許衡等人。他們主張與蒙古統治者和平共存，認為華、夷並非固定不變，如果夷而進於「中國」，則「中國」之。如果蒙古統治者有德行，也可以完全入主中原。他們提倡安定社會，保護百姓，將中華的典章制度帶進蒙元，以教感化蒙古人。另一派是江南南宋遺民的儒者如謝訪、鄭思肖、王應麟、胡三省、鄧牧、馬端臨等人。他們緬懷南宋故國，為了消極抵抗元廷，採取隱遁鄉里，終生不願意出仕的方式。並且以著述書籍為業，將思想化為書中主旨。到元朝後期，由於元仁宗實行延祐復科，恢復科舉，及第者都感謝天子的恩寵，紛紛願意為元廷解憂。元朝後期國勢大墬，政治腐敗、財政困難，使得當時士大夫如趙天麟、鄭介夫、張養皓與劉基等人紛紛提出各種政治主張，或從弊端中總結經驗教訓。他們大多提倡勤政愛民、廉潔公正、任用賢才等措施。元末民變的爆發使得南方有不少士大夫出於衛身、保鄉、勤王之目的，紛紛組織義兵護國，有些士大夫甚至捨身殉國。在明朝建立後，部分元朝遺老紛紛歸隱不出[89]。
蒙元初期的漢族士大夫通常分為兩派，一派是抵抗派，另一派是?