曼尼托巴南部屬於潮濕的大陸性氣候帶。這個區域是草原省最濕潤的地區，降水適中。曼尼托巴省西南部，雖然與曼尼托巴省南部其他地區屬於相同的氣候分類，但是其更接近帕利斯三角的半乾旱區域的內部。該區域比曼尼托巴省南部的其他地區更乾燥也更容易發生旱災。這個地區寒冷多風，在冬天和頻繁的暴風雪由於草原景觀的開放。夏季則溫暖，時長適度，濕度中低，適宜居住。曼尼托巴南部位於龍捲風走廊的北部，龍捲風經常在此形成。2006年有記錄的觸地龍捲風達15起。在2007年6月22日和23日，發生了一系列的龍捲風觸地事件，最大的一起龍捲風指數為F5的龍捲風破壞了部分Elie小鎮。該省有兩個區域並不由森林為主。東北角與哈德遜灣接壤的地方在林木線以上，屬於苔原。高草草原曾經主導南中部和東南部地區，包括紅河谷。西南地區屬於混合草原草原。農業活動取代了大部分的自然草原，但草原仍然可以在公園和保護區看到; 值得注意的是西部草原的緣蘭花屬於瀕危物種。曼尼托巴省以北極熊出名，邱吉爾通常被稱為「北極熊的首都」。其他大型動物，包括駝鹿，白尾鹿，黑熊，美洲獅，猞猁和狼都是在全省是常見的，特別是在省級公園和國家公園。在Narcisse附近有大量的紅邊襪帶蛇。此外。這裡還有世界上最大的蛇類聚居地。曼尼托巴的鳥類種類繁多，因其在兩個主要遷徙路線上。其中392個確認的物種過境，287個種在省內築巢。其中不乏大灰貓頭鷹，省官方鳥游隼。曼尼托巴湖中有18種可供釣魚的魚種，特別是鱒魚，狗魚和似鯡月眼魚及許多小型魚類。
曼尼托巴的省官方鳥是?