劉裕征劉毅時以諸葛長民守留府事，但諸葛長民見劉毅敗死，自己亦深感不安，更意圖作亂，劉裕回建康時故意拖慢進度，讓等待迎接他的諸葛長民及其他官員接連幾日都等不到劉裕。劉裕卻乘輕舟快快進城，進入了官邸東府。諸葛長民知道劉裕突然回來了，於是拜訪，劉裕暗中命壯士丁旿埋伏，故意和諸葛長民閒話家常，乘諸葛長民警覺性下降時命丁旿將其殺死，接著又誅殺了長民弟諸葛黎民等人。劉裕接著就加鎮西將軍、豫州刺史，接掌諸葛長民的原職。清除京口武將中的異己勢力之後，劉裕在412年底發動晉滅譙蜀之戰，隔年西征主將朱齡石成功滅譙蜀，使劉裕加授羽葆、鼓吹及班劍二十人。412年征討劉毅時，劉裕以晉宗室司馬休之接任荊州刺史。司馬休之頗得當地人心，而劉裕就懷疑他有異心；在義熙十年，其子司馬文思又在建康招集輕俠，令劉裕十分厭惡，司馬文思終因被揭發殺害官吏而被捕，劉裕誅殺其黨眾而免文思死，反送他到司馬休之那裏，要他親自教誨他，實質就是要司馬休之將其處死。然而，司馬休之並沒有殺文思，只是上表廢掉文思的譙王爵位，並寫信向劉裕道歉。這舉動令劉裕對其大感不滿，立刻就命江州刺史孟懷玉戒備。
領導晉滅譙蜀之戰的西征主將為哪一個人?