2008–09年香港甲组足球联赛是二战后第 64 届赛事。本届赛事有多达 13 队球队参与角逐，是自1974–75球季后首次甲组联赛有13 队球队参与。揭幕战一如以往由上届联赛冠军南华对上届联赛亚军公民，结果双方赛和 1–1，各得1分。联赛战至第二十五轮，南华于旺角大球场以 2–1 击败康宏晨曦，提前一轮夺得联赛锦标，成功卫冕，这亦是该队届来第 39 次夺得联赛冠军。加入球队离开球队球队易名上赛季的外援制度「注12出7」一直被人批评，认为引入过多外援会扼杀本港球员的发展机会，并且会造成某支球队垄断局面。因此于本赛季的外援制度会改为「注9出6」，更会于下赛季进一步收紧至「注8出5」，以确保本港球员出场的机会。本届赛事的甲组队一般均没有自己的主球场，因此大部分赛事会于旺角大球场举行，一些较重要赛事则会被安排到香港大球场上演。而本届赛事中的国内球队谢菲联，已被香港足总拒绝使用他们位于国内的主球场；而另一队国内球队香雪上清饮亦因场地质素及配套设施的问题，同样被香港足总拒绝他们于主场（壆岗足球俱乐部球场）作赛。另外，新界地产和富大埔已成功向香港足总申请于他们区内的球场作赛，可是另一队区队天水围飞马的申请则未能顺利通过，只获准部分重要赛事于他们区内的元朗大球场进行比赛。下列是本季会被使用作举办甲组赛事之球场：以下资料为本赛季香港甲组足球联赛各奖项之得主：2009年3月31日（第二十三轮）屯门普高对愉园的联赛，屯门普高于完场前7分钟内连失四球以1比5落败，中场球员周伟明在球队输到1比2时大叫「出声呀，几多球呀！换我出场呀！」。翌日，张天德在其网志宣布因难忍阵中4名国援未尽全力，体育精神不敌金钱而宣布挂靴。另外两名队友萧亮及梁志立亦分别在网志中表达对球队表现的不满。香港足球总会于2009年4月6日召开会议讨论，决定向廉政公署寻求协助。4月9日，屯门普高就假球事件内部向足总提交调查报告，报告中各球员均否认参与打假波，而曾经提出质疑的球员亦一致改口风，解释打假波之说纯属误会和推测。以下资料为本赛季香港甲组足球联赛各奖项之奖金分配：
2008–09年香港甲组足球联赛有多少个球队参加？
13 队 13 队 13 队