Termometr RNA

Termometr RNA – niekodujące fragmenty cząsteczki kwasu rybonukleinowego (RNA), których struktura drugorzędowa, zdeterminowana przez odpowiednie sekwencje zasad, podlega zmianie pod wpływem zmian temperatury. W wyniku tego udostępniane lub ukrywane są ważne funkcjonalnie regiony tej cząsteczki RNA, na przykład miejsca wiązania rybosomów, co wpływa na tempo translacji genu. Termometry RNA biorą udział w regulacji ekspresji genów zaangażowanych w odpowiedź na szok termiczny, spełniają również inne funkcje regulacyjne w patogenności i głodzeniu.
Termometry RNA wraz z ryboprzełącznikami traktowane są jako przykłady wspierające hipotezę świata RNA, według której na początku ewolucji życia jedynie RNA, a nie DNA, był nośnikiem informacji genetycznej i dopiero później zastąpiony został przez obserwowany u współczesnych organizmów systemem DNA → RNA → białka.
Przykłady termometrów RNA stanowią FourU, element regulacyjny Hsp90 cis, element ROSE (Repression of heat shock gene expression) i termometr Hsp17.

context: Choć cząsteczki RNA, których struktura funkcjonalna zależała od temperatury, znano od 1989 roku, termin „termometr RNA” pojawił się dopiero w 1999, kiedy to zastosowano go do określenia cząsteczki RNA rpoH znalezionej u pałeczki okrężnicy. Nowy rozdział w poszukiwaniu struktur regulatorowych odpowiadających termometrom RNA otwarło zastosowanie metod bioinformatycznych, dzięki którym zidentyfikowano kilka potencjalnie nowych cząsteczek termometrów RNA. Tradycyjne metody poszukiwań bazujące głównie na sekwencjonowaniu okazały się nieefektywne, jako że drugorzędowa struktura cząsteczki jest znacznie bardziej konserwatywna od sekwencji zasad azotowych.
qas: question: W którym roku ukłuto określenie "termometr RNA"?
answers: text: w 1999
generative_answer: w 1999

question: Kiedy odkryto cząsteczki RNA?
answers: text: 1989
generative_answer: w 1989

question: Co opisywał termin "termometr RNA", gdy został użyty po raz pierwszy?
answers: text: cząsteczki RNA rpoH znalezionej u pałeczki okrężnicy
generative_answer: cząsteczki RNA rpoH znalezionej u pałeczki okrężnicy

question: Jaki jest fundament pierwotnych metod poszukiwań?
answers: text: sekwencjonowaniu
generative_answer: sekwencjonowanie

question: Dlaczego metody analiz oparte na sekwencjonowaniu uznano za niewydajne?
answers: text: drugorzędowa struktura cząsteczki jest znacznie bardziej konserwatywna od sekwencji zasad azotowych
generative_answer: drugorzędowa struktura cząsteczki jest znacznie bardziej konserwatywna od sekwencji zasad azotowych

context: Termometry RNA cechują się prostą budową, mogą się na nie składać krótkie sekwencje RNA. Najmniejszy ze zidentyfikowanych liczy sobie zaledwie 44 nukleotydy; występuje on w mRNA białka szoku cieplnego hsp17 u szczepu PCC 6803 pospolitej cyanobakterii z rodzaju Synechocystis. Długość sekwencji znanych termometrów RNA wynosi od 60 do 110 nukleotydów. Zazwyczaj zawierają motyw spinki do włosów o niewielkiej liczbie niesparowanych par zasad, co zmniejsza stabilność tej struktury, pozwalając na łatwiejsze jej zmiany w odpowiedzi na wzrost temperatury.
qas: question: Czy konstrukcja tych fragmentów cząsteczek jest niezwykle skomplikowana?
answers: text: Termometry RNA cechują się prostą budową
generative_answer: nie

question: Jak duży jest najmniejszy znany termometr RNA?
answers: text: liczy sobie zaledwie 44 nukleotydy
generative_answer: liczy sobie zaledwie 44 nukleotydy

question: Gdzie można spotkać najmniejszy rozpoznany termometr RNA?
answers: text: w mRNA białka szoku cieplnego hsp17 u szczepu PCC 6803 pospolitej cyanobakterii z rodzaju Synechocystis
generative_answer: w mRNA białka szoku cieplnego hsp17 u szczepu PCC 6803 pospolitej cyanobakterii z rodzaju Synechocystis

question: Czy sekwencje termometrów RNA o przeciętnym rozmiarze przekraczają długość dwustu nukleotydów?
answers: text: Długość sekwencji znanych termometrów RNA wynosi od 60 do 110 nukleotydów
generative_answer: nie

question: Jaki wpływ na kształt termometrów RNA posiada wbicie w nie spinki do włosów?
plausible_answers: text: zmniejsza stabilność tej struktury, pozwalając na łatwiejsze jej zmiany w odpowiedzi na wzrost temperatury
generative_answer: zmniejsza stabilność tej struktury, pozwalając na łatwiejsze jej zmiany w odpowiedzi na wzrost temperatury