Zaburzenie to powstaje w komórkach macierzystych szpiku kostnego , czyli tych , z których mogą powstać wszystkie inne komórki , w tym wypadku wytwarzane w szpiku kostnym . Mutacja ta pobudza szpik kostny do wytwarzania nadmiernej liczby niedojrzałych białych krwinek ( granulocytów , komórek odpornościowych ) , które są bardziej żywotne i wypierają te , które są prawidłowe . Uszkadzają przy tym szpik kostny i nie chronią należycie przed infekcjami . Gdy przenikną do krwioobiegu , powodują również uszkodzenia narządów wewnętrznych , np . śledziony i nerek . Przed 15 laty opracowano pierwszy lek hamujący działanie mutacji BCR - ABL , która ma kluczowe znaczenie dla powstania białaczki szpikowej . Od tego czasu wprowadzono również kilka innych podobnie działających leków . Jednak z czasem choroba może przejść w etap tzw . kryzy blastycznej , kiedy we krwi chorego pojawia się znaczna liczba niedojrzałych komórek macierzystych ( tzw . blastów ) .