이 사건 토지의 사실상취득 신고납부의무이행을 탓할수 없는 정당한사유가 존재여부 및 입증책임 (일반행정, 대법원)
공포일: 2019.04.11 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2018. 11. 14. 선고 2018누36426 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심판결을 취소한다.
2. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는, 제1심 판결이유 제1의 가. 나. 다. 라.항을 아래와 같이 고쳐 쓰고, 제1심 판결이유 제1의 바.항 중 둘째 줄의 "정산금 채권이 지급된 2012. 7. 25."을 "사실상 잔금 지급일(정산금채권 양도일)인 2012. 7. 25."로 고치는 것을 제외하고는 제1심 판결이유 제1항 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
[고쳐 쓰는 부분]

가. 협약체결의 경위 등

1) 인천광역시장은 2007. 4.경 인천 ○구 ○○동 180-6번지 일원 90,127㎡를 도시개발구역으로 지정하고 ○○운동장 도시개발사업(이하 ‘이 사건 개발사업’이라 한다)에 대한 개발계획을 승인한 다음, 2007. 6.경 인천광역시 도시개발공사(이하 ‘○○도시공사’라 한다)를 이 사건 개발사업의 사업시행자로 지정하였다.
2) ○○도시공사는 2007. 7.경 이 사건 개발사업과 관련하여 복합단지개발 프로젝트파이낸싱 사업의 민간사업자를 공모하였다. 이에 ○○○○ 컨소시엄(○○○○ 주식회사, ○○○○ 주식회사, ○○○○은행, ○○중앙회 등을 구성원으로 하는 컨소시엄이다)은 2007. 10.경 ○○도시공사에 사업계획서를 제출하였다.
3) ○○도시공사는 2007. 11.경 ○○○○ 컨소시엄을 우선협상대상자로 선정한 다음 2008. 1. 25. ○○○○ 컨소시엄과 사이에 ○○운동장 도시개발사업지구 복합단지개발 프로젝트파이낸싱 사업에 관한 사업협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 협약에는 아래와 같은 내용이 포함되어 있다.
[이 사건 협약]

제2조(용어의 정의)

6. ○○운동장 도시개발사업지구 복합단지개발 프로젝트 파이낸싱 사업(이하 ‘본 사업’이라 한다)이라 함은 기존 ○○운동장을 축구전용경기장으로 신축하고 사업지구 내에 주거, 상업, 업무, 체육, 여가 등의 복합기능을 도입하여 계획적으로 개발하기 위한 사업으로서, 그 상세한 내용은 본 협약 제3조에 의한다.
12. 프로젝트 회사(이하 ‘병’이라 한다)라 함은 본 사업을 수행하기 위하여 갑(=○○도시공사)과 민간사업자가 공동으로 출자하여 설립하는 법인으로서 법인세법 제51조의2 제1항 제6호에 해당하는 요건을 갖춘 법인을 말한다.
제3조(본 사업의 목적 등)

② 본 사업의 사업대상지 및 사업기간은 다음과 같다.
사업대상지 : 인천 ○구 ○○동 180-6번지 일원 90,127㎡(단, 측량에 의해 증감이 있을 수 있음)

사업기간 : 프로젝트 회사 설립일부터 주상복합 준공시점(2013. 3. 예정)

제5조(프로젝트 회사 등의 설립)

갑과 을(=○○○○ 컨소시엄)은 본 사업의 시행을 위하여 본 협약 체결일부터 30일 이내(시중 은행 영업일 기준)에 다음 각 호의 요건을 구비하여 공동으로 병(=원고)을 설립한다. 단, 부득이한 경우 상호 협의하여 설립기한을 연장할 수 있다.
① 병의 설립자본금은 금 50억 원으로 한다.
② 병의 설립시 출자지분율은 다음과 같다. 단, 갑과 을이 합의한 경우 출자지분율을 조정할 수 있다.
제8조(축구전용경기장 등의 건설 등)

① 병은 자기 책임으로 민간사업자 공모시 발행한 민간사업자 공모지침서에 제시한 연번 ⓒ토지 62,200㎡ 지상에 본 사업의 목적에 부합하는 범위 내에서 사업계획서에서 제시한 조건에 따라 착공계 제출일부터 24개월 이내에 축구전용경기장과 부대 수익시설, 부설주차장 및 소방파견소, 파출소 등 공공시설을 완공하여야 한다. 단, 부득이한 사유가 발생한 경우, 갑과 병은 상호협의하여 완공기한을 조정할 수 있다.
제11조(토지의 공급 등)

① 갑과 을은 병의 설립과 동시에 사업대상지 중 ○○운동장 도시개발구역 내 자연녹지지역을 제외한 토지 27,538㎡(이하 ‘매매대상토지’라 한다)에 대하여 갑과 병을 당사자로 하는 토지매매계약을 체결한다.
② 제1항에 의한 매매목적물에 대한 추정공급가격은 일금 153,665,000,000원(주거부분에 대한 추정공급가격 : 132,005,000,000원 + 비주거부분에 대한 추정공급가격 21,660,000,000원)으로 하되, 그 상세한 내용은 다음 표와 같다. 그리고 토지매매계약상의 매매대금도 위 금원으로 하여 계약금, 중도금, 잔금을 산정하되, 토지매매계약 체결 후 감정평가를 실시하여 그 감정평가금액과 추정공급가격이 상이할 경우 다음과 같이 처리한다.
가. 감정평가금액이 추정공급가격을 초과하는 경우 : 추정공급가격을 매매대금으로 한다.
나. 감정평가금액이 추정공급가격에 미달하는 경우 : 감정평가금액을 매매대금으로 한다.
③ 토지매매대금 중 일부는 병이 건설하는 축구전용경기장으로 받기로 하며, 축구전용경기장의 가액(대물변제금액)은 사업계획서상 제시된 축구전용경기장 총투자비인 1,120억 원을 기준으로 설계도면을 확정한다.
⑥ 토지매매대금의 계약금, 중도금 및 잔금의 납부시기, 방법, 면적 정산, 토지대금 납부지연 연체료 등 토지매매와 관련한 자세한 사항은 토지매매계약에서 정하기로 한다. 단, 계약금 및 중도금의 납부시기를 정함에 있어서는 갑에게 조성원가(보상 및 단지조성공사 등)에 소요되는 비용이 선지급될 수 있도록 하되 그 시기는 상호 협의하여 정하기로 한다.
제12조(사용승낙 및 소유권 이전)

① 갑은 병의 건축착공을 위하여 사업대상지에 대한 토지사용을 승낙한다.
② 토지대금 완납이전이라도 사업대상지의 소유권 이전이 가능하여 병이 갑에게 토지소유권 이전을 요청한 경우, 갑은 병이 본 조 제3항을 이행하는 것을 조건으로 병에게 사업대상지의 소유권을 이전하여야 한다.
③ 제2항에 의한 토지소유권 이전시 병은 토지매매대금을 완납하여야 하며, 토지매매대금 완납이 곤란할 경우 병은 토지매매대금과 할부이자(지급청구에 소요되는 기간 동안의 지연손해금을 포함한다)의 110/100에 해당하는 금액에 대하여 갑이 정하는 담보물(보증확약서)로 갑에게 제출하여야 한다.
제13조(당사자의 역할분담)

① 갑은 도시개발사업의 시행자로서 다음과 같은 역할을 수행한다.
1. 개발계획변경 및 실시계획인가 등의 인·허가

2. 보상 및 단지조성공사의 시행

3. 사업대상지공급

4. 병의 사업대상지 건축 관련 인·허가 적극 협조

② 병은 도시개발법 시행규칙 제19조의2에 의한 복합개발시행자로서 다음과 같은 역할을 수행한다.
1. 사업대상지의 각종 계획수립, 사업자금 조달

3. 사업대상지의 건축 관련 인·허가

5. 사업대상지 건축 관련 설계, 시공 등 본 사업과 관련한 용역업체의 선정 및 용역계약의 체결

제21조(손해배상)

① 제20조 제1항에 의하여 본 협약이 해지된 경우 다음 각 호와 같이 처리한다.
2. 해지 이전에 토지매매대금의 지급 또는 매매대상토지의 소유권 이전이 이루어진 경우 갑은 병으로부터 지급받은 토지매매대금 상당액을 병에게 반환하고, 병은 갑에게 매매대상토지를 반환한다.
제26조(프로젝트 회사의 당사자 추가 등)

갑과 을은 병의 설립 후 병을 본 협약서에 서명하게 함으로써 본 협약의 당사자로 추가하며, 본 협약에서 정한 사항 중 병의 권리 및 의무의 귀속주체가 되어야 할 사항은 병이 그러한 권리 및 의무의 귀속주체가 되도록 하여야 한다. 단, 을의 고유한 권리와 의무에 대해서는 그러하지 아니하다.
4) 원고는 ○○운동장 도시개발사업지구 복합단지개발 프로젝트파이낸싱 사업과 위 사업의 수행에 필요한 자산의 매입 및 운용 등을 목적으로 2008. 2. 14. 설립되었다(원고는 이 사건 협약 제2조 제12호에서 정하고 있는 ‘프로젝트 회사’이다). 원고는 설립 이후 이 사건 협약 제26조의 규정에 따라 그 협약서에 서명·날인함으로써 이 사건 협약의 당사자로 추가되었다.
5) 원고는 2009. 7. 29. ○○○○ 주식회사 등 21개 회사와 사이에 인천축구전용경기장 건립공사에 관한 공사도급계약을 체결하였다. 위 공사도급계약에 의하면 공사대금은 1,258억 원(부가가치세 별도)이었는데, 그 중 축구장 부분에 대한 공사대금은 853억 원(부가가치세 별도)이었고, 수익시설 부분에 대한 공사대금은 405억 원(부가가치세 별도)이었다.
나. 매매계약 등의 체결과 그 내용

1) 원고는 ○○도시공사로부터 이 사건 협약 제11조 제1항에서 매매목적물로 정하고 있는 토지 27,538㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하는 한편, 이 사건 협약 제8조에서 정하고 있는 축구전용경기장 건설 등에 관한 업무를 위탁받기 위하여 2010. 4. 15. ○○도시공사와 사이에 토지매매등 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
2) 이 사건 계약에는 아래와 같은 내용이 포함되어 있다.
[이 사건 계약]

○○운동장 복합단지개발 프로젝트 파이낸싱 사업(이하 ‘본 사업’이라 한다)을 위하여 매도인 ○○도시공사(이하 ‘갑’이라 한다)와 매수인 원고(이하 ‘을’이라 한다)는 대상토지의 매매와 관련된 제반 사항에 관하여 다음과 같이 본 계약을 체결한다.
제1조(매매대금 및 납부방법)

① 대상토지의 매매대금은 제2조의 주거부분에 대한 매매대금조정을 전제로, 153,665,000,000원(이하 ‘매매대금’이라 한다)으로 하며, 대상토지 중 주거부분에 대한 추정공급가격(132,005,000,000원)과 비주거부분에 대한 공급가격(21,660,000,000원)으로 구성된다.
② 대상토지의 매매대금의 납부항목, 항목별 지급방법과 납부기한 등은 다음과 같다.
③ 을은 본 사업을 위한 대상토지의 부지조성 및 토지보상을 위해 매매대금 중 266억 원(이하 ‘보상비1’이라 한다)을 갑이 지급을 요청한 날로부터 30일 이내에 갑의 은행계좌로 지급하여야 한다. 다만, 부지조성 및 토지보상 등을 위하여 소요된 비용이 보상비1 금액을 초과할 경우에는 갑은 제2조 제1항에 따른 감정평가를 통해 매매대금이 확정됨에 따라서 본조 제5항의 보상비2 금액이 확정된 후, 보상비2 금액 내에서 을과 합의를 거친 후 위 초과금액의 지급을 을에게 요청할 수 있고, 이 경우 을은 갑의 요청일로부터 30일 이내 이를 지급하여야 한다.
④ 을은 매매대금 중 1,120억 원(이하 ‘축구장건립비’라 한다)을 인천축구전용경기장(이하 ‘축구장’이라 한다) 건설공사의 착공계 제출일로부터 24개월 경과 후 14일(이하 ‘사용승인 예정일’이라 한다)까지 갑에게 지급하여야 한다. 다만, 갑과 을은, 갑이 을에 대하여 가지는 매매대금채권 중 축구장건립비 부분 1,120억 원과 을이 제6조 제1항에 따른 축구장건립에 관한 업무위탁과 관련하여 갑에 대하여 가지는 채권(이하 ‘축구장공사비채권 등’이라 한다)을 대등액의 범위에서 상계할 수 있다. 축구장공사비채권 등은 잠정적으로 1,120억 원으로 하며, 제7조에 의한 정산 후 최종적으로 확정하되, 1,120억 원에서 과부족이 있는 경우는 현금으로 정산하는 것으로 한다.
⑤ 갑과 을은 축구장 사용승인일로부터 30일 이내에 제1조에 의한 매매대금과 제7조, 제10조의 업무로 인해 을이 갑에 대하여 가지는 채권 금액과 보상비1, 보상비2 금액을 정산하기로 한다.
⑥ 을이 매매대금의 지급을 지체하는 경우, 을은 갑에게 지체된 금액에 대하여 각 납부기한의 익일부터 실제 납부일까지 연 12%의 이율을 적용하여 산정한 지연이자를 지급하여야 한다.
1. 을이 매매대금 중 보상비1과 보상비2를 각 납부기한까지 납부하지 아니한 경우 을은 갑에게 각 체납한 금액에 대하여 그 익일부터 실제 납부일까지 연 12%의 이율을 적용하여 산정한 지연이자를 지급하여야 한다.
2. 을이 사용승인예정일까지 건설기술관리법상 준공검사 및 건축법상 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 못한 때에는 을은 갑에게 축구장 건립공사 도급금액(853억 원)에 대하여 사용승인예정일부터 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 득한 날까지 연 12%의 이율을 적용한 지연이자를 지급하여야 하며, 미납시 갑은 그에 상당하는 금액을 추가공사에 따른 비용에서 공제하고 지급한다.
제2조(매매대금의 조정)

① 매매대금 중 주거부분의 공급가격은 갑이 2010년 5월말 이전에 대상토지에 대하여 감정평가를 거친 후 확정하기로 하되 감정평가의 시점은 평가 당시를 기준으로 실시하며, 주거부분에 대한 확정공급가격은 주거부분에 대한 추정공급가격과 주거부분에 대한 본항에 따른 감정가격 중 낮은 금액으로 한다.
제4조(토지사용승낙 등)

① 갑은 을의 주상복합건물 건축관련 인허가를 위해 2010. 6. 30.까지 대상토지에 관한 토지사용승낙서의 제공 등 필요한 조치를 취하여야 한다.
③ 갑은 2010년내 을이 주상복합건물의 착공 및 분양을 할 수 있도록 을이 요청하는 조치를 취하여야 한다.
④ 갑이 본조에 따른 의무이행을 지체하는 경우, 갑은 그 지체기간 동안 을이 갑에게 기지급한 매매대금(축구장 준공 전에는 보상비1, 2의 기투입비용을 의미하며, 축구장 준공 후에는 축구장 건립비를 포함한 보상비1, 2의 기투입비용 전부를 의미한다)에 대하여 연 12%의 이율을 적용한 지연이자를 을에게 현금으로 지급한다.
제5조(토지소유권 이전)

① 갑을 을에게 ○○운동장 도시개발사업구역 사업준공 후 지체없이 대상토지를 인도하고 소유권이전등기를 경료하기로 하며, 대상토지의 소유권이전등기비용은 을이 부담하기로 한다.
제6조(축구장건립사업 시행자 및 갑의 업무위탁 등)

① 갑은 축구장 건축허가를 얻은 건축주로서 갑과 을이 2008. 1. 25. 체결한 사업협약서(이하 ‘사업협약서’라 한다)에 정한 바에 따라서 을에게 축구장 건설과 관련한 별첨Ⅱ에 기재된 업무를 위탁한다. 을은 갑을 대신하여 축구장 건립을 대행하며, 갑의 건축주로서의 책임에 관하여 면책하여 주기로 한다.
<별첨Ⅱ> 축구장 건설관련 위탁업무의 범위 계약서 말미에 첨부되어 있는 부분이지만, 편의상 이 곳에 기재한다.
(1) 축구장 건설공사 등과 관련한 각종 계획수립

(2) 축구장의 건축관련 인허가 업무 지원

(3) 축구장 건축관련 설계, 시공 등 본 사업과 관련한 용역업체의 선정 및 관리·감독·용역비 지급

(4) CM사 용역비 지급

(5) 기타 본 사업과 관련된 을과 협의를 거친 갑의 지시사항 수행

② 전항의 업무위탁에 따라 갑이 을에게 지급할 축구장공사비채권 등(제1조 제4항에서 정의된 바와 같다)은 1,120억 원으로 하되 상기 금액을 초과하지 아니하며, 이에 관한 상세한 내용은 제7조에 의하여 최종확정되는 것으로 한다.
③ 본조의 업무위탁에 따른 축구장공사비채권 등은 갑이 을에게 축구장사용승인일에 지급하기로 하되, 갑이 을에 대하여 가지는 매매대금채권 중 축구장 건립비 부분 1,120억과 대등액의 범위 내에서 상계하기로 한다.
⑤ 을은 본조에 따른 업무위탁에 따른 축구장건립공사 도급계약시 수급인인 을의 건설투자자로 하여금 대주단과 갑에게 책임준공확약서를 제출하도록 한다.
제7조(축구장 시공범위, 공사금액 및 검증 등)

② 제6조 제1항의 업무위탁에 따라서 갑이 을에게 지급하여야 하는 축구장공사비채권 등은 축구장 공사비, 설계비용, CM사 용역비, 물가변동비, 인입공사비, 금융비용, 미술장식품비, 부가가치세를 비롯한 각종 제세공과금을 포함하며, 잠정적으로 1,120억 원으로 한다. 단, 이 중 축구장 공사비는 853억 원(부가가치세 별도)으로 하며, 금융비용은 을이 각 비용을 지급한 날부터 축구장의 사용승인일까지 발생하는 것으로 한다.
제8조(축구장 등의 인도 및 소유권이전등기)

① 을은 축구장 등에 대해서 건설기술관리법상 준공검사를 득한 후 지체없이 대상토지에 대한 소유권이전을 전제로 갑의 명의로 소유권보존등기를 경료하여 갑에게 축구장 등을 인도하기로 한다.
제11조(면적정산)

① 대상토지의 확정측량 실시결과 면적증감이 있는 경우에는 그 증감분에 대하여 감정평가 이후의 확정공급단가에 의하여 정산하기로 하며, 정산금에 대한 이자를 상호 부리하지 않기로 한다. 단, 면적증감이 경미한 경우 갑과 을은 정산하지 않기로 합의할 수 있다.
다. 변경계약의 체결경위 등

1) 원고와 ○○도시공사 및 ○○○○ 컨소시엄은 주거복합건축물의 주거비율이 완화되는 등 사업환경에 변화가 생기자 2011. 11. 8. 이 사건 계약의 내용을 일부 수정하는 내용의 변경계약(이하 ‘이 사건 1차 변경계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 1차 변경계약에는 아래와 같은 내용이 포함되어 있다.
[이 사건 1차 변경계약]

제1조(매매대금결정)

① 매매대금은 주거부문 공급가격(감정가격)과 비주거부문 공급가격으로 구성된다.
② 매매대금 중 주거부문 공급가격 결정을 위한 감정평가는 다음과 같이 시행한다.
1. 감정평가는 갑(=○○도시공사)과 을(=원고)이 각각 시행한다.
3. 감정가격은 갑과 을이 각각 시행한 감정가격을 산술평균(이하 ‘산술평균가격’이라 한다)하여 산정한다. 단, 갑과 을의 감정가격이 상호간 10% 범위를 초과할 경우 감정평가결과를 인정하지 않고 재시행하기로 한다.
③ 비주거부문 공급가격은 146억 4,800만 원으로 정한다.
제3조(매매계약 체결) 갑과 을은 본 합의서 체결 후 감정평가결과를 반영하여 이 사건 토지의 공급가격을 확정하고 별첨2와 같이 매매계약을 체결한다.
2) 이 사건 1차 변경계약 제1조 제2항에 따라 ○○도시공사는 ○○감정평가법인에 감정평가를 의뢰하였고, 원고는 ○○감정평가법인에 감정평가를 의뢰하였다. ○○감정평가법인과 ○○감정평가법인은 2012. 2.경 평가절차를 완료하고 감정평가서를 각각 제출하였는데, 이 사건 토지 중 주거부문의 감정가격(2011. 11. 10.자 기준)에 관하여 ○○감정평가법인은 77,994,375,000원으로, ○○감정평가법인은 71,948,835,000원으로 각 평가하였다.
3) 원고와 ○○도시공사는 위와 같이 감정평가절차가 완료되자 2012. 6. 29. 이 사건 1차 변경계약 제3조에 따라 다시 매매계약(이하 ‘이 사건 2차 변경계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 2차 변경계약에는 아래와 같은 내용이 포함되어 있다.
[이 사건 2차 변경계약]

이 사건 토지에 관하여 매도인 ○○도시공사(이하 ‘갑’이라 한다)와 매수인 원고(이하 ‘을’이라 한다)는 다음과 같이 매매계약을 체결한다.
제1조(매매대금) 목적토지의 매매대금은 89,619,605,000원 주거부문에 대한 감정평가액을 산술평균한 금액인 74,971,605,000원[= (77,994,375,000원 + 71,948,835,000원) ÷ 2]과 비주거부문에 대한 공급가액인 14,648,000,000원을 합한 금액이다.
으로 한다.
제2조(계약의 성립) 갑은 그 소유의 목적토지를 을에게 매도하고 을은 이를 매수한다.
제3조(대금의 지급방법) 을이 갑에게 지급할 매매대금은 다음의 방법으로 지급한다.
1. 매매대금에서 갑이 을에게 지급할 축구장 건립비 1,120억 원을 제외한 나머지 잔금을 현금으로 지급한다.
2. 매매대금이 축구장 건립비에 미달할 경우 매매대금과 축구장 건립비의 차액에 해당되는 금액을 갑이 을에게 현금으로 지급한다.
3. 제1호, 제2호 금액은 갑과 을이 2010. 4. 체결한 토지매매등 계약서 제8조에 따른 축구장 등에 대한 소유권보존등기 경료 및 인도일로부터 15영업일(휴일인 경우 다음 최초 영업일) 이내에 지급한다.
제5조(면적의 기준 및 정산) 목적토지의 면적은 도시개발사업 준공 전 가분할면적을 기준으로 하되, 준공 후 지적 및 토지공부정리결과 면적의 증감이 있는 경우에는 그 증감분에 대하여 이 계약 체결 당시의 매입단가에 의하여 정산하기로 한다.
라. 채권양도계약의 체결 등

1) 원고와 ○○○○○○ 유한회사 및 ○○도시공사는 2012. 7. 25. 원고가 ○○도시공사에 대하여 가진 정산금 채권을 ○○○○○○ 유한회사에 양도하고 ○○도시공사는 이를 승낙하는 내용의 채권양도계약(이하 ‘이 사건 채권양도계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 채권양도계약에는 아래와 같은 내용이 포함되어 있다.
[이 사건 채권양도계약]

매도인으로서 ○○도시공사(이하 ‘채무자’라 한다)와 매수인으로서 원고(이하 ‘양도인’이라 한다)는 ○○운동장 복합단지개발 프로젝트파이낸싱 사업과 관련하여, 매매대상토지를 양도인이 채무자로부터 매입하고, 매매대상토지 인근에 양도인이 채무자로부터 인천축구전용경기장(이하 ‘대상시설’이라 한다)의 건립에 관한 업무를 위탁받아 수행하는 내용으로 2010. 4. 15. 토지매매등 계약서를 체결하였고, 일부 매매조건의 변경 등을 위하여 2011. 11. 8. ○○○○ 컨소시엄과 함께 업무분담 협약 및 토지매매등 계약변경합의서를 체결하였으며, 매매대상토지의 매매대금을 확정하고 대상시설 건립에 관한 공사비와의 정산관계를 정하기 위하여 2012. 6. 29. 별도의 매매계약서를 체결하였다.
양도인은 본건 토지매매계약에 따른 정산금채권(제1조에서 정의되는 바와 같다)을 양수인에게 양도하고자 하고(이하 ‘본건 양도’라 한다) 양수인은 이를 양수하고자 하며, 채무자는 이 계약에 정한 바에 따라 양수인에게 위 정산금채권을 지급하고자 한다.
제1조(용어의 정의)

③ ‘정산금’이라 함은 본건 토지매매계약에 따라 양도인이 대상시설의 건립에 관한 업무를 채무자로부터 위탁받아 수행하여 축구장을 건립함에 있어 소요된 제반 비용으로서 1,120억 원과 본건 토지매매계약에 따라 확정된 매매대상토지에 대한 매매대금으로서 89,619,605,000원의 차액에 해당하는 정산금 22,380,395,000원을 말한다.
④ ‘정산금이자’라 함은 정산금 상당액에 대하여 2012. 7. 25.부터 정산금채권 지급기일까지의 기간에 대한 이자상당액으로서 2,376,679,115원을 말한다.
⑤ ‘정산금채권’이라 함은 본건 토지매매계약에 따라 양도인이 채무자에 대하여 가지는 정산금 상당액 및 정산금이자의 합계액으로서 정산금채권 가액을 정산금채권 지급기일에 지급받을 채권 및 기타 이에 부수하는 권리를 말한다. 이하 채무자의 입장에서 ‘정산금채무’라 한다.
⑦ ‘정산금채권 지급기일’이라 함은 2014. 7. 25.(이 날이 영업일이 아닌 경우 그 직후 영업일)을 말한다.
제3조(정산금채권의 매매)

① 양도인은 이 계약에 의하여 정산금채권을 양수인에게 양도하고 양수인을 이를 양수한다.
② 양수인이 양도인에게 지급해야 할 정산금채권의 매매대금은 22,380,395,000원으로 하며, 양수인은 양도인에게 위 매매대금을 2012. 7. 25.(이하 ‘매매대금 지급일’이라 한다)에 현금으로 양도인이 지정하는 계좌에 입금하는 방식으로 지급한다.
제4조(양도의 효력발생)

① 정산금채권의 양도는 매매대금지급일에 그 효력이 발생한다.
제5조(양도에 관한 절차)

② 채무자는 이 계약을 체결함으로써 이 계약에 따른 정산금채권의 양도를 승낙하며, 이 계약에 확정일자를 받음으로써 확정일자 있는 승낙에 갈음하기로 한다. 각 당사자들은 2010. 4. 15.자 토지매매등 계약서 제18조에도 불구하고 이 계약에 따른 정산금채권의 양도로 양수인이 정산금채권의 적법한 권리자가 되는 것에 동의하며, 채무자는 제3조에 따라 정산금채권에 대한 매매대금의 지급이 이루어진 이후에는 양수인에 대하여 이 계약에 정한 바에 따라 정산금채무를 이행하기로 한다.
2) ○○○○○○ 유한회사는 이 사건 채권양도계약 제3조 제2항에 따라 2012. 7. 25. 원고에게 22,380,395,000원을 지급하였다.
3) ○○도시공사는 2012. 8. 1. 원고로부터 축구전용경기장(사용승인일 2012. 8.경)을 인도받아 2012. 8. 28. 취득신고를 마쳤다. 한편 이 사건 토지에 관하여는 2013. 8.경까지도 원고 앞으로 소유권이전등기가 경료되지 아니하였다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

부동산은 그 취득원인이 매매인지 아니면 대물변제인지에 따라 취득세 납세의무의 성립시기인 취득시기가 달라진다. 그런데 일반적으로 공사업자가 취득한 토지는 대물변제로 취득하였다고 봄이 상당한 점, 원고의 주된 업무는 축구전용경기장 및 부대시설을 완공하여 ○○도시공사에 인도해야 할 업무인 점, 당초 원고는 이 사건 토지에 관한 소유권을 이전받는 것을 전제로 ○○도시공사에 신축한 축구전용경기장을 인도할 의무를 부담한다고 약정하는 등 원고가 축구장 건립비를 지급받지 못하는 상황과 이 사건 토지의 소유권을 이전받지 못하는 상황을 동일하게 규정한 점(이 사건 계약 제8조 제1항), 피고들도 이 사건 토지 취득의 법률상 원인을 이미 ‘대물변제’로 판단한 적이 있었던 점 등에 비추어 볼 때, 원고로서는 이 사건 토지의 취득원인을 대물변제로 인식할 여지가 충분히 있었다.
한편 일반적으로 공사가 진행 중이어서 매매목적물이 완성되지 않은 상태의 부동산 계약과 관련하여서는 잔금이 모두 지급되더라도 공사 완료 후 대금이 정산되는 시기에 비로소 토지를 취득한 것으로 보는 점, 이 사건 토지의 경우에도 대지조성공사가 진행 중에 있고 면적 증감에 따른 정산과정이 남아 있어 매매목적물이 없는 상태에서의 매매계약과 유사하다고 혼동할 여지가 있는 점, 도시개발법 제53조에 따르면 토지조성공사가 완료되기 전에는 이 사건 토지의 사용이 원칙적으로 금지되어 있고 이를 어길 경우에는 형사처벌까지 받을 수 있는 점, 이에 따라 이 사건 토지에 관한 인·허가 등의 모든 업무는 사실상 취득자인 원고가 아니라 매도인인 ○○도시공사의 명의로 이루어지고 있는 점 등을 종합하면, 원고는 이 사건 토지를 사실상 취득하였다고 단정하기 어려운 상태였다.
이와 같이 이 사건 토지를 사실상 취득한 상태라고 단정하기 어려운 사정이 존재하였던 점에다가 이 사건 토지의 취득원인에 대하여 법률적인 견해의 대립이 있는 상황에서 비법률가인 원고가 그에 대한 법률적인 판단을 정확하게 하기는 어려웠던 점을 더하여 보면, 원고에게는 취득세 신고·납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 참조). 그러나 이러한 가산세에 있어서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084 판결 참조). 한편 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다는 점은 이를 주장하는 납세의무자가 증명하여야 한다.
2) 앞서 본 사실관계와 갑 5호증의 1, 2, 갑 11호증, 을가 14, 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정을 모두 종합하여 보면, 원고는 이 사건 토지의 매수인으로서 위 토지를 2012. 7. 25. 사실상 취득하였고 이로 인해 그 무렵 취득세 납세의무가 성립하였음을 알았거나 충분히 알 수 있었던 것으로 판단된다. 따라서 원고가 이 사건 토지에 관한 취득세 신고·납부의무를 게을리한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다. 원고의 주장은 받아들일 수 없다.·먼저 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 토지의 취득원인은 ‘대물변제’가 아니라 ‘매매’인 것으로 판단되고, 원고로서도 이 사건 토지의 취득원인이 ‘대물변제’가 아니라 ‘매매’임을 알았거나 충분히 알 수 있었던 것으로 보인다. 따라서 이 사건 토지의 취득원인을 대물변제로 오인하였다는 취지의 원고의 주장은 그 합리성을 인정하기 어렵다.
㉠ 구 도시개발법 시행령(2008. 9. 18. 대통령령 제21019호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 도시개발법 시행령’이라 한다.) 제46조 제2항, 제4항에 의하면, 도시개발사업의 사업시행자는 토지의 공급을 ‘경쟁입찰’의 방법에 의하는 것을 원칙으로 하되 구 도시개발법 시행령 제46조 제4항에 해당하는 경우에는 ‘수의계약’의 방법으로 조성토지등을 공급할 수 있도록 규정하고 있다. 한편 구 도시개발법 시행령 제46조 제4항 제6호는 "법 제11조 제1항 제1호 내지 제3호에 해당하는 시행자가 도시개발구역 안에서 도시발전을 위하여 복합적이고 입체적인 개발이 필요하여 국토해양부령이 정하는 절차와 방법에 따라 선정된 자에게 토지를 공급하는 경우"에 수의계약을 체결할 수 있도록 규정하고 있고, 그 위임에 따라 마련된 구 도시개발법 시행규칙(2008. 9. 22. 국토해양부령 제53호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 도시개발법 시행규칙’이라 한다.) 제19조의2는 구 도시개발법 시행령 제46조 제4항 제6호의 규정에 따라 수의계약의 방법으로 토지를 공급받을 자의 선정에 관한 절차 등을 규정하고 있다.
다시 이 사건으로 돌아와 보건대, 갑 6, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고는 구 도시개발법 시행령 제46조 제4항 제6호, 구 도시개발법 시행규칙 제19조의2 제1항의 규정에 따라 조성토지등을 수의계약의 방법으로 공급받기 위하여 이 사건 협약을 체결한 사실을 인정할 수 있다. ○○도시공사가 2007. 7. 민간사업자를 공모한 것은 구 도시개발법 시행령 제46조 제4항 제6호에 근거한 것이다. 한편 이 사건 협약 제13조 제2항은 원고가 구 도시개발법 시행규칙 제19조의2에 의한 복합개발시행자로서의 역할을 수행하도록 정하고 있다.
이와 같은 협약체결의 경위를 앞서 본 관계법령의 규정내용에 비추어 보면, 이 사건 토지의 공급에 관한 계약은 ‘매매’에 해당하는 것으로 보일 뿐이고 그것이 ‘대물변제’의 성격을 가지는 것이라고 보이지 않는다(도시개발사업의 사업시행자가 조성토지등을 대물변제의 방법으로 양도할 수 있는 법령상의 근거는 없다).
㉡ 이 사건 계약과 이 사건 1, 2차 변경계약(이하 통틀어 ‘이 사건 각 계약’이라 한다)은 이 사건 협약을 골자로 하되, 그 이후의 사정변경 등을 감안하여 계약내용을 구체화하거나 수정하는 형태로 체결된 것으로 보인다. 그런데 이 사건 협약 제11조 제6항은 "토지매매대금의 계약금, 중도금 및 잔금의 납부시기, 방법, 면적 정산, 토지대금 납부지연 연체료 등 토지매매와 관련한 자세한 사항은 토지매매계약에서 정하기로 한다."라고 정하고 있고, 위 협약에 터 잡아 2010. 4. 15. 체결된 이 사건 계약 제1조 제2항은 ‘매매대금의 납부항목, 항목별 지급방법과 납부기한 등’을 상세하게 정하고 있으며, 위 계약 제1조 제6항, 제2조, 제11조는 ‘매매대금 지급지연에 따른 지연이자, 매매대금의 조정, 면적정산’에 대하여 각각 정하고 있다.
한편 이 사건 계약 제1조 제2항은 매매대금의 총액을 1,536억 6,500만 원으로 정하되 이를 축구장건립비 1,120억 원과 보상비1 266억 원 및 보상비2 150억 6,500만 원으로 구분하여 그 납부기한과 납부방법을 각각 정하고 있고, 특히 축구장건립비는 축구장 착공계 제출일로부터 24개월 경과 후 14일 이내에 ‘상계’의 방법으로 납부하도록 정하고 있다. 그리고 이 사건 계약 제1조 제4항은 ○○도시공사가 원고에 대하여 가지는 매매대금채권 중 축구장건립비 부분(1,120억 원)과 원고가 축구장건립에 관한 업무위탁과 관련하여 ○○도시공사에 대하여 가지는 채권(축구장공사비등 채권)을 대등액의 범위에서 ‘상계’할 수 있도록 정하고 있다.
이와 같은 계약내용에 의하면, 이 사건 토지에 관한 계약은 매매계약의 성질을 가지는 것으로서 그 매매대금 납부방법에 관하여만 원고가 축구장건립비등 채권으로 상계할 수 있도록 정한 것으로 판단된다.
㉢ 2010. 4. 15. 체결된 이 사건 계약에는 ‘토지매매계약’과 ‘업무위탁계약’의 두 가지 계약내용이 포함되어 있다(이 사건 계약의 명칭도 ‘토지매매등 계약’이라고 되어 있다). 구체적으로 살펴보면, 이 사건 계약에는 ○○도시공사와 원고 사이에 이 사건 토지의 매매대금을 1,536억 6,500만 원으로 정하여 이를 매매하는 내용의 매매계약(계약 제1조, 제5조 등)과 함께 ○○도시공사가 축구장 건설과 관련된 각종 업무를 원고에게 위탁하고 그에 대한 대가로 1,120억 원을 지급하기로 하는 내용의 업무위탁계약(계약 제6조, 제7조 등)이 포함되어 있음을 알 수 있다. 한편 원고가 ○○도시공사로부터 위탁받은 업무내용은 축구장 건설공사 등과 관련한 각종 계획수립, 축구장 건축관련 인·허가 업무지원 등을 포함하는 포괄적인 것이었고(이 사건 계약 별첨 II), 원고가 업무수행에 따라 ○○도시공사로부터 지급받기로 한 대가도 단순히 공사대금에 한정되는 것이 아니라 설계비용, CM사 용역비, 물가변동비, 미술장식품비 등을 모두 포함하는 것이었다(이 사건 계약 제7조 제2항). 이와 같이 이 사건 계약은 두 개의 서로 다른 계약내용을 하나의 계약서에 함께 기재하는 한편, 쌍방이 가진 채권을 대등액의 범위에서 상계할 수 있도록 정한 것으로 보일 뿐이고, 이를 들어 ○○도시공사와 원고 사이에 어떠한 공사도급계약이 체결된 것이라거나 ○○도시공사가 원고에 대하여 부담하는 공사대금채무에 갈음하여 이 사건 토지의 소유권을 양도하기로 하는 내용의 대물변제계약이 체결된 것이라고 볼 수는 없다. 그리고 이와 같은 계약의 내용과 성격은 통상의 주의능력을 가진 거래당사자라면 충분히 이해하였거나 이해할 수 있는 것으로 보인다.
㉣ 대물변제는 본래의 채무에 갈음하여 다른 급여를 현실적으로 하는 때에 성립되는 요물계약이므로, 다른 급여가 부동산의 소유권이전인 때에는 등기를 완료하여야만 대물변제가 성립되어 기존채무가 소멸되는 것이다(대법원 1987. 10. 26. 선고 86다카1755 판결 참조). 그런데 원고는 이 사건 토지에 관하여 자신 앞으로 소유권이전등기가 경료되지 않았음에도 불구하고(이는 원고가 취득시기로 신고한 2013. 8.경에도 마찬가지이다) 이 사건 토지에 관하여 체결된 이 사건 각 계약을 대물변제계약으로 인식하였다는 것인바, 이는 대물변제의 기본적인 법리에도 어긋나는 것이다.
㉤ 갑 5호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 원고가 2013. 8.경 취득세 감면신청을 하자 피고 인천광역시 ○○○구청장은 2013. 8. 5.에, 피고 인천광역시 ○구청장은 2013. 8. 12.에 원고에게 취득세 감면통지서를 각 송부한 사실, 피고 인천광역시 ○○○구청장이 송부한 취득세 감면신청서에는 "과세물건 : 토지 ○○동 124-37번지외 49필지 24,392.3㎡ 축구전용경기장 신축 대물상계"라고 기재되어 있고, 피고 인천광역시 ○구청장이 송부한 취득세 감면통지서에는 "과세물건 : 토지 ○○○ 3-4번지외 12필지 매매(대물변제)"라고 기재되어 있는 사실은 인정된다. 그러나 원고가 취득세를 감면받을 수 있었던 것은 구 조세특례제한법(2013. 8. 13. 법률 제12031호로 개정되기 전의 것) 제120조 제4항 제3호(프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산)의 규정이 적용되었기 때문일 뿐이고 이 사건 토지의 취득원인이 매매인지 대물변제인지 여부와는 아무런 상관도 없는 것이다. 이러한 점에다가 피고들이 보낸 감면통지서에도 ‘대물상계’ 혹은 ‘매매(대물변제)’로 기재되어 있으므로 위와 같은 기재내용만을 들어 피고들이 이 사건 토지의 취득원인을 대물변제로 파악하였다고 보기도 어려운 점, 이 사건 감면통지서의 발급과정에서 이 사건 토지의 취득원인에 관하여 과세관청의 진지한 검토가 수반되었다고 보이지도 않는 점 등을 더하여 보면, 위와 같은 사실만을 들어 피고들이 이 사건 토지의 취득원인을 대물변제로 인정하였다고 볼 수는 없다.·아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고는 자신이 이 사건 토지를 2012. 7. 25. 사실상 취득함으로써 취득세 납세의무가 성립하였음을 인식하였거나 충분히 인식할 수 있었던 것으로 보인다.
㉠ 매수인이 부동산에 관한 매매계약을 체결하고 소유권이전등기에 앞서 매매대금을 모두 지급한 경우 사실상의 잔금지급일에 ‘사실상 취득’에 따른 취득세 납세의무가 성립한다(대법원 2007. 5. 11. 선고 2005두13360 판결, 대법원 2018. 3. 22. 선고 2014두43110 전원합의체 판결 참조). 다시 이 사건으로 돌아와 보건대, 원고와 ○○○○○○ 유한회사가 2012. 7. 25. 이 사건 채권양도계약을 체결할 당시 ○○도시공사도 위 계약의 당사자로 참여하였음은 앞서 본 바와 같다. 그런데 이 사건 채권양도계약 제1조 제3항에 따라 정하여진 정산금은 원고가 ○○도시공사에 대하여 가진 축구장공사비등 채권과 ○○도시공사가 원고에 대하여 가진 매매대금채권을 상계한 후의 잔액임이 계산상 분명하므로, 원고와 ○○도시공사는 위 채권양도계약을 통해 상호간의 채권을 상계하기로 합의한 것으로 판단된다. 사정이 이와 같다면, 원고는 2012. 7. 25. 자신이 ○○도시공사에 대하여 가진 축구장공사비등 채권과 ○○도시공사가 원고에 대하여 가진 매매대금채권을 그 대등액에서 상계함으로써 이 사건 토지의 매매대금 전액을 지급한 것으로 판단된다. 따라서 원고는 2012. 7. 25. 이 사건 토지를 ‘사실상 취득’한 것으로 보아야 한다.
㉡ 이 사건 토지는 위치와 경계가 확정되어 있는 토지이므로 조성공사가 완료되지 않았다거나 지적측량성과도 등이 작성되지 않았다는 사정만을 들어 그 매매목적물이 없거나 특정되지 않았다고 볼 수는 없다.
한편 위치 및 경계가 특정된 일정 토지를 일정한 금액을 매매대금으로 정하되 추후에 측량결과에 따라 면적의 증감이 있는 경우에는 대금을 정산하기로 하는 약정하에 매수한 후 당초의 매매대금을 모두 지급하였다면, 당초의 매매대금이 모두 지급된 때가 사실상의 잔금지급일이라고 봄이 상당하므로 그 때가 위 토지의 취득시기가 된다고 할 것이고, 매매대금의 지급 후 면적증가가 밝혀져 청산금을 지급하였다고 하여 청산금이 지급된 때가 취득시기가 된다고 할 수는 없다(대법원 1998. 1. 23. 선고 97누7097 판결 참조). 이 사건의 경우, 원고는 이 사건 토지에 관하여 체결된 매매계약에 따라 2012. 7. 25. 당초의 매매대금을 모두 지급하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 면적증감에 따른 정산약정이 있다는 등의 사정을 들어 그 취득시기를 달리 볼 수는 없다.
㉢ 부동산 취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로, 부동산의 취득자가 그 부동산을 사용·수익·처분함으로써 얻어질 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니므로,「지방세법」제7조제1항의 ‘부동산 취득’은 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산 취득의 모든 경우를 포함한다(대법원 2017. 6. 15. 선고 2015두56809 판결 참조). 따라서 원고가 도시개발법 제53조의 규정에 따라 이 사건 토지를 사용함에 있어 어떠한 제한을 받는다고 하더라도 그러한 사정만을 들어 이 사건 토지의 취득시기를 달리 볼 수는 없다(게다가 도시개발법 제53조 단서는 지정권자로부터 사용허가를 받은 경우에는 조성토지등을 사용할 수 있도록 규정하고 있는 점, 이 사건 협약 제12조 제1항은 "○○도시공사는 원고의 건축착공을 위하여 사업대상지에 대한 토지사용을 승낙한다."라고 정하고 있고, 그 제13조 제1항 제4호는 ○○도시공사에게 원고의 사업대상지 건축 관련 인·허가에 적극 협조하도록 정하고 있는 점, 이 사건 계약 제4조 제1항도 "○○도시공사는 원고의 주상복합건물 건축 관련 인허가를 위해 2010. 6. 30.까지 대상토지에 관한 토지사용승낙서의 제공 등 필요한 조치를 취하여야 한다."라고 정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 도시개발법 제53조 본문의 규정만을 들어 이 사건 토지를 사용하는 데에 어떠한 제한이 있었던 것이라고 보기도 어렵다).
㉣ 토지조성공사 등과 관련된 절차가 ○○도시공사 명의로 진행되는 것은 ○○도시공사가 이 사건 개발사업의 사업시행자로 지정되었기 때문으로 보일 뿐이다. 따라서 그와 같은 사정만을 들어 이 사건 토지의 취득시기를 달리 판단할 수도 없다.
㉤ 원고는 2012. 7.경부터 2013. 8.경까지 별다른 사정변경이 없었음에도 불구하고 2013. 8.경 이 사건 토지를 취득하였다고 보아 그 무렵 이 사건 토지에 대한 취득세를 신고·납부하였다. 이에 대하여 원고는 "2012. 7.경에는 이 사건 토지의 취득원인을 대물변제라고 판단하여 취득세 등을 신고·납부하지 않았는데, 2013. 초순경 회계감사과정에서 토지의 취득원인이 대물변제가 아닌 매매로 판단될 가능성이 일부라도 있으므로, 매매로 판단될 경우의 취득세 등 신고·납부기한이 도과하긴 하였지만 납부지연에 따른 가산세가 계속 증가되는 만큼 지금이라도 취득세 등을 신고·납부하는 것이 안전할 것이라는 지적을 받고 2013. 8.경 취득세 등을 신고·납부하였다."는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 주장하는 바와 같은 사실을 인정할 만한 아무런 증거도 없다(게다가 위와 같은 원고의 주장에 의하더라도 원고가 이 사건 토지의 취득시기를 2013. 8.경으로 본 것은 아무런 근거도 없는 것으로 보일 뿐이다).
㉥ 원고의 2012년도 재무제표에 의하면 2012년 회계연도의 건설용지 항목에는 2011년 회계연도에 계상되어 있지 않던 건설용지 89,619,605,000원(이 사건 토지의 매매대금 액수와 정확하게 일치한다)이 추가로 기재되어 있다. 이와 같은 사정에 비추어 보면, 원고로서도 2012년에 이미 이 사건 토지를 취득하였음을 충분히 인식하였거나 인식할 수 있었던 것으로 보인다.
㉦ 원고는 2013. 9. 26. 이 사건 토지에 대하여 일반경쟁입찰 방법에 의한 매각공고를 하였다가 유찰되자 최저입찰가를 하향조정하여 2013. 11. 7. 이 사건 토지에 대하여 다시 매각공고를 하였다. 그런데 2012. 7.경 이후부터 위 매각공고를 할 당시까지 별다른 사정변경이 없었던 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 매각공고는 원고가 2012. 7.경 이 사건 토지를 사실상 취득하였다는 전제 아래 이루어진 것으로 봄이 합리적이다. 이에 대하여 원고는 "원고 명의로 이 사건 토지에 대한 매각공고를 할 수 있었던 것은 ○○도시공사의 승인이 있었기 때문이다."라는 취지로 주장한다. 그러나 ○○도시공사가 원고의 토지매각을 승인하였다는 것은 원고가 이 사건 토지를 사실상 취득하였음을 전제로 한 것이므로 원고가 주장하는 위와 같은 사정만을 들어 이와 달리 볼 수는 없다.·취득세는 신고납부방식의 조세로서 원칙적으로 납세의무자가 스스로 조세채무 성립요건의 충족여부를 조사·확인하고 납세의무자 자신의 책임으로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정된다. 원고는 이 사건 소송에서 이 사건 토지의 취득시기가 2012. 7. 25.이라는 점은 다투지 아니하면서 그와 같은 취득시기를 오인할 만한 정당한 사유가 있었다는 취지로 주장하고 있다. 그런데 2012. 7.경(원고가 이 사건 소송에서 인정하는 취득시기)부터 2013. 8.경(원고가 취득세 신고·납부를 하면서 내세운 취득시기)까지 사이에 그 취득시기를 달리 볼 수 있는 어떠한 사정변경도 없었던 것으로 보인다. 게다가 원고가 그 취득시기라고 신고한 2013. 8.경은 이를 이 사건 토지의 취득시기라고 볼 만한 아무런 근거도 없음이 분명하다. 사정이 이와 같다면, 원고가 2012. 7. 25. 이 사건 토지를 사실상 취득하고도 그에 대한 취득세 신고·납부의무를 게을리한 것이 어떠한 합리적인 근거에 터 잡은 것이라고 보이지 않는다.
3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 구 조세특례제한법(2013. 8. 13. 법률 제12031호로 개정되기 전의 것)

제120조(취득세의 면제 등)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」제13조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우「지방세법」제13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산

■ 지방세기본법

제34조(납세의무의 성립시기)

① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때

제57조(가산세의 감면 등)

① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.
■ 구 지방세법(2016. 3. 29. 법률 제14116호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등)

② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」또는 「수산업법」등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.
■ 도시개발법

제53조(조성토지등의 준공 전 사용)

제50조나 제51조에 따른 준공검사 전 또는 공사 완료 공고 전에는 조성토지등(체비지는 제외한다)을 사용할 수 없다. 다만, 사업 시행의 지장 여부를 확인받는 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 지정권자로부터 사용허가를 받은 경우에는 그러하지 아니하다.
제81조(벌칙)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 2년 이하의 징역이나 2천만원 이하의 벌금에 처한다.
3. 제53조 단서에 따른 사용허가 없이 조성토지등을 사용한 자

■ 도시개발법 시행령

제70조(준공 전 사용허가)

① 시행자는 법 제53조 단서에 따라 조성토지등(법 제32조에 따라 입체 환지로 지정된 건축물을 포함한다)을 준공 전에 사용하려면 그 범위를 정하여 준공전사용허가신청서에 사업시행상의 지장 여부에 관한 검토서를 첨부하여 지정권자에게 제출하여야 한다.
② 지정권자는 제1항에 따른 허가신청이 있는 경우 그 사용으로 인하여 앞으로 시행될 사업에 지장이 있는지를 확인한 후 허가 여부를 결정하여야 한다.
■ 구 도시개발법 시행령(2008. 9. 18. 대통령령 제21019호로 전부개정되기 전의 것)

제46조(조성토지등의 공급방법 등)

① 시행자는 그가 개발한 토지를 법 제4조제1항의 규정에 의하여 수립된 개발계획에서 정한 용도에 따라 공급하여야 한다. 이 경우 시행자는 기반시설의 원활한 설치를 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 공급대상자의 자격을 제한하거나 공급조건을 부여할 수 있다.
② 토지의 공급은 경쟁입찰의 방법에 의한다. 다만,「주택법」 제2조제3호에 따른 국민주택규모 이하의 주택건설용지(임대주택건설용지를 포함한다),「주택법」 제2조제3호의2에 따른 공공택지, 국토해양부령으로 정하는 면적 이하의 단독주택용지 및 공장용지에 대하여는 추첨의 방법으로 분양할 수 있다.
④ 시행자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 수의계약의 방법으로 조성토지등을 공급할 수 있다.
6. 법 제11조제1항제1호 내지 제3호에 해당하는 시행자가 도시개발구역 안에서 도시발전을 위하여 복합적이고 입체적인 개발이 필요하여 국토해양부령이 정하는 절차와 방법에 따라 선정된 자에게 토지를 공급하는 경우

■ 구 도시개발법 시행규칙(2008. 9. 22. 국토해양부령 제53호로 전부개정되기 전의 것)

제19조의2(복합개발시행자에 대한 토지공급)

① 영 제46조제4항제6호의 규정에 의하여 수의계약의 방법으로 토지를 공급받을 자(이하 "복합개발시행자"라 하며, 법인을 설립하여 사업시행자로 하고자 하는 자를 포함한다)를 선정하는 경우에는 다음 각 호의 절차와 방법에 따라야 한다.
1. 공모는 전국 또는 해당 지방을 주된 보급지역으로 하는 일간신문에 다음 각 목의 사항을 1회 이상 공고하고, 응모기간은 90일 이상으로 할 것

가. 공모 대상 토지 현황

나. 공모참가자격 및 공모일정

다. 그 밖에 시행자가 필요하다고 인정하는 사항

2. 시행자는 분야별 전문가로 구성된 선정심의위원회를 구성하여 평가를 거쳐 복합개발시행자를 선정할 것

3. 그 밖에 선정심의위원회의 구성, 평가기준, 선정방법, 협약서 체결 등에 관하여 필요한 사항은 시행자가 정하고, 평가기준은 일반국민에게 공개할 것

■ 인천광역시 ○구 명칭 변경에 관한 법률

인천광역시 "○구"를 "○○○구"로 한다.
부칙 <제15499호,2018.3.20>

제1조(시행일) 이 법은 2018년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 이 법에 따라 명칭이 변경되는 인천광역시 "○구"를 인용한 경우에는 이 법에 따른 "○○○구"를 인용한 것으로 본다.
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【하급심-인천지방법원 2018. 1. 18. 선고 2016구합54361 판결】

【주문】 처분청패소

1. 원고에 대하여, 피고 인천광역시 ○구청장이 2015. 7. 10. 한 취득세 489,908,190원, 지방교육세 33,177,120원, 농어촌특별세 8,681,710원의 각 부과처분 및 피고 인천광역시 ○구청장이 2015. 7. 13. 한 취득세 65,374,860원, 지방교육세 4,427,250원, 농어촌특별세 1,158,510원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고들이 부담한다.
【이유】

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 인천광역시○○○○○○(이하 ‘○○도시공사’라 한다)와 ○○○○ 컨소시엄 사이에 2008. 1. 25. 인천 ○구 ○○동 소재 ○○운동장 및 그 주변지역 일대에 관하여 ○○○○ 컨소시엄은 축구전용경기장 및 각종 편의시설, 주상복합단지 등을 신축·조성하여 주고, ○○도시공사는 위 개발대상지역 내에 속한 같은 동 124-37 외 62필지 27,538㎡ *주1)(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 양도하기로 하는 내용의 ‘○○운동장 도시개발사업지구 복합단지개발 프로젝트파이낸싱 사업’(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 대한 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)이 체결됨에 따라 위 사업의 수행을 위하여 2008. 2. 14. ○○도시공사 및 ○○○○ 컨소시엄 구성원들을 투자자로 하여 설립된 회사 *주2)이다.
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주1)인천 ○구 ○○동 124-37 외 49필지 24,392.3㎡ 및 인천 ○구 ○○○ 3-4 외 11필지 3,145.7㎡로 행정구역상 인천 ○구와 ○구에 걸쳐 있다.
주2) ○○도시공사가 19.9%, ○○○○은행, 농업협동조합중앙회가 18.1%, ○○○○ 주식회사, 주식회사 ○○○○, 주식회사 포스코건설, 주식회사 한진중공업, 주식회사 태영건설, 대우자동차판매 주식회사(현 자일자동차판매 주식회사)가 나머지 지분을 투자하여 설립하였다.
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나. 원고는 2010. 4.경 이 사건 협약을 구체화하고 보충하는 의미에서 ○○도시공사와 사이에 ‘토지매매등 계약서’라는 제목 아래 다음과 같은 내용의 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
이 사건 사업을 위하여 매도인 ○○도시공사와 매수인 원고는 이 사건 토지의 매매와 관련된 제반 사항에 관하여 다음과 같이 본 계약을 체결한다.
제1조(매매대금 및 납부방법)

① 이 사건 토지의 매매대금은 제2조의 주거부분에 대한 매매대금조정을 전제로, 153,665,000,000원으로 하며, 이 사건 토지 중 주거부분에 대한 추정공급가격(132,005,000,000원)과 비주거부분에 대한 공급가격(21,660,000,000원)으로 구성된다.
② 이 사건 토지의 매매대금의 납부항목, 항목별 지급방법과 납부기한 등은 다음과 같다.
매매대금: 153,665,000,000원

<항목 납부금액 납부방법 납부기한 생략>

축구장 준공 후 14일 이내 정산(○○도시공사의 요청시 협의 지급)

③ 원고는 이 사건 사업을 위한 이 사건 토지의 부지조성 및 토지보상을 위해 매매대금 중 26,600,000,000원을 ○○도시공사가 지급을 요청한 날로부터 30일 이내에 ○○도시공사의 은행계좌로 지급하여야 한다. 다만, 부지조성 및 토지보상 등을 위하여 소요된 비용이 보상비1을 초과할 경우에는 ○○도시공사는 제2조 제1항에 따른 감정평가를 통해 매매대금이 확정됨에 따라서 본조 제5항의 보상비2 금액이 확정된 후, 보상비2 금액 내에서 원고와 합의를 거친 후 위 초과금액의 지급을 원고에게 요청할 수 있고, 이 경우 원고는 ○○도시공사의 요청일로부터 30일 이내 이를 지급하여야 한다.
④ 원고는 매매대금 중 축구장건립비를 인천축구전용경기장 건설공사의 착공계 제출일로부터 24개월 경과 후 14일까지 ○○도시공사에 지급하여야 한다. 다만 ○○도시공사와 원고는, ○○도시공사가 원고에 대하여 가지는 매매대금채권 중 축구장건립비 부분과 원고가 제6조 제1항에 따른 축구장건립에 관한 업무위탁과 관련하여 ○○도시공사에 대하여 가지는 채권(축구장공사비채권 등)을 대등액의 범위에서 상계할 수 있다. 축구장공사비채권 등은 잠정적으로 112,000,000,000원으로 하며, 제7조에 의한 정산 후 최종적으로 확정하되, 112,000,000,000원에서 과부족이 있는 경우는 현금으로 정산하는 것으로 한다.
⑤ ○○도시공사와 원고는 축구장 사용승인일로부터 30일 이내에 제1조에 의한 매매대금과 제7조, 제10조의 업무로 인해 원고가 ○○도시공사에 대하여 가지는 채권 금액과 보상비1, 보상비2 금액을 정산하기로 한다.
제2조(매매대금의 조정)

① 매매대금 중 주거부분의 공급가격은 인천광역시○○○○○○가 2010년 5월말 이전에 이 사건 토지에 대하여 감정평가를 거친 후 확정하기로 하되 감정평가의 시점은 평가 당시를 기준으로 실시하며, 주거부분에 대한 확정공급가격은 주거부분에 대한 추정공급가격과 주거부분에 대한 본항에 따른 감정가격 중 낮은 금액으로 한다.
제5조(토지소유권 이전)

① ○○도시공사는 원고에게 ○○운동장 도시개발사업구역 사업준공 후 지체없이 이 사건 토지를 인도하고 소유권이전등기를 경료하기로 하며, 대상토지의 소유권이전등기비용은 원고가 부담하기로 한다.
제6조(축구장건립사업 시행자 및 원고의 업무위탁 등)

① ○○도시공사는 축구장 건축허가를 얻은 건축주로서 ○○도시공사와 ○○○○ 컨소시엄이 2008. 1. 25. 체결한 사업 협약서에 정한 바에 따라서 원고에게 축구장 건설과 관련한 별첨Ⅱ에 기재된 업무를 위탁한다. 원고는 ○○도시공사를 대신하여 축구장 건립을 대행하며, ○○도시공사의 건축주로서의 책임에 관하여 면책하여 주기로 한다.
② 전항의 업무위탁에 따라 ○○도시공사가 원고에게 지급할 축구장공사비채권 등은 일천일백이십억원(112,000,000,000원)으로 하되 상기 금액을 초과하지 아니하며, 이에 관한 상세한 내용은 제6조에 의하여 최종확정되는 것으로 한다.
제8조(축구장 등의 인도 및 소유권이전등기)

① 원고는 축구장 등에 대해서 건설기술관리법상 준공검사를 득한 후 지체없이 대상 토지에 대한 소유권이전을 전제로 ○○도시공사 명의로 소유권보존등기를 경료하여 ○○도시공사에 축구장 등을 인도하기로 한다.
④ ○○도시공사는 대상토지의 토지소유권이 원고에게 이전되기까지는 건축 중인 축구장 등 건축물에 대하여 대주단을 위한 양도담보 및/또는 담보신탁을 설정하는 것을 인정하고, 담보설정자로서 양도담보계약서, 담보신탁계약서의 체결 등 필요한 협조를 하기로 한다. 원고는 대상토지의 인도 및 토지소유권이 원고에게 이전된 즉시 축구장 등 건축물에 대한 양도담보 및/또는 담보신탁의 해지 등 필요한 조치를 취하여야 한다.
다. 그 후 원고는 2011. 11.경 ○○도시공사 및 ○○○○ 컨소시엄과 사이에 이 사건 토지 가격 중 주거부분은 감정평가에 의하고 비주거부분은 14,648,000,000원으로 정하기로 이 사건 계약 내용을 변경하였고, 2012. 6. 29. 다시 ○○도시공사와 사이에 이 사건 토지의 가격은 감정평가결과에 따라 89,619,605,000원으로 하되 위 가격이 축구장 건립비에 미달할 경우 축구장 건립비와의 차액을 ○○도시공사가 원고에게 현금으로 지급하고, 도시개발사업 준공 후 지적 및 토지공부정리결과 이 사건 토지의 면적에 증감이 있는 경우에는 그 증감분에 대하여 위 계약 체결 당시의 매입단가에 따라 정산하기로 하는 내용의 변경계약을 체결하였다.
라. 원고는 2012. 7. 25. ○○도시공사에 대한 정산금 채권(축구장 건립비와 이 사건 토지 가격의 차액 22,380,395,000원)을 ○○○○○○ 유한회사에 양도하였고, ○○도시공사는 같은 날 위 정산금을 ○○○○○○ 유한회사에 지급하였다. 한편, ○○도시공사는 2012. 8. 1. 원고로부터 축구전용경기장(사용승인일 2012. 8.경)을 인도받아 2012. 8. 28. 취득신고를 마쳤으나, 이 사건 토지에 관하여는 대지조성 공사가 완료되지 않아 지적측량 성과도를 작성할 수 없어 등기가 불가능하다는 등의 이유로 원고에게 소유권이전등기를 마쳐주지 않았다.
마. 원고는 이 사건 토지에 관하여 2013. 8. 5. 및 2013. 8. 12. 구 조세특례제한법(2013. 8. 13. 법률 제12031호로 개정되기 전의 것) 제120조 제4항 제3호에 따라 프로젝트금융투자회사가 취득한 부동산으로서 취득세의 100분의 50을 감면받아, 아래 표와 같이 취득세를 신고·납부하였다.
바. 그런데 피고들은 원고의 이 사건 토지 취득시기가 취득세 신고일인 2013. 8. 5. 및 2013. 8. 12.이 아니라 정산금 채권이 지급된 2012. 7. 25.이고, 축구전용경기장을 신축하는 과정에서 발생한 원고의 금융비용 역시 이 사건 토지의 취득에 따른 간접비용으로서 과세대상에 해당한다고 보아 가산세와 위 간접비용에 대한 세금 명목으로 원고에 대하여, 피고 인천광역시 ○구청장은 2015. 7. 10. 취득세 941,931,160원, 지방교육세 75,377,320원, 농어촌특별세 28,280,770원을, 피고 인천광역시 ○구청장은 2015. 7. 13. 취득세 125,946,580원, 지방교육세 10,083,800원, 농어촌특별세 3,789,480원을 각각 부과·고지하였다.
사. 원고는 이에 불복하여 2015. 10. 12. 조세심판원에 위 바.항 기재 각 부과·고지에 대하여 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2016. 8. 18. 금융비용을 이 사건 토지의 취득가액에 포함하여 과세한 부분은 위법하다고 판단하여 피고 인천광역시 ○구청장의 2015. 7. 10.자 부과·고지 중 취득세 452,022,970원, 지방교육세 42,200,200원, 농어촌특별세 19,599,060원과 피고 인천광역시 ○구청장의 2015. 7. 13.자 부과·고지 중 취득세 60,571,720원, 지방교육세 5,656,550원, 농어촌특별세 2,630,970원을 취소하는 것으로 일부 인용하면서, 나머지 가산세 부분은 기각하였다(이하 피고들의 2015. 7. 10.자 및 2015. 7. 13.자 부과·고지 중 위와 같이 일부 취소되고 남은 부분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증, 을가 제1 내지 6호증, 을나 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

부동산은 그 취득원인이 매매인지 아니면 대물변제인지에 따라 취득세법상 취득시기가 달라지는데, 원고로서는 이 사건 협약 및 계약과 그 후에 이루어진 변경계약 등의 내용이 다소 불분명하여 이 사건 토지의 취득원인이 매매인지 아니면 대물변제인지 명확히 파악하기 어려웠다. 또한, 이 사건 토지는 피고들이 취득시기로 본 2012. 7. 25.경 여전히 대지조성공사가 진행 중이어서 관계 법령상 이를 사용할 수 없는 상태였는바,*주3) 단지 정산금이 지급되었다는 사정만으로 이 사건 토지를 사실상 취득하였다고 단정할 수도 없는 상황이었다. 따라서 이러한 사정에 비추어 볼 때 원고에게는 취득세 신고·납부의무의 이행 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정된다.
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주3)원고는 이 사건 변론과정에서 이 사건 처분이 전제하고 있는 취득원인(매매)이나 취득시기 자체는 다투지 않는 점을 명백히 하였다.
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나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 참조).
앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고에게 가산세까지 부과하는 것은 지나치게 가혹한 것으로 보이고, 원고에게는 이 사건 토지에 관한 취득세 신고·납부의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정된다고 봄이 상당하다.
따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
(1) 매매 내지 대물변제의 취득세 납세의무 성립시기

「지방세기본법」제34조제1항 제1호는 ‘취득세는 과세물건을 취득하는 때에 그 납세의무가 성립한다’고 규정하고 있고, 구 지방세법(2016. 3. 29. 법률 제14116호로 개정되기 전의 것) 제7조 제2항은 ‘부동산의 취득에 있어서는 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있다. 여기에서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는데, 매매의 경우에 있어서는 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금지급이 이행되었음을 뜻한다고 보아야 하고, 이와 같이 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 수 있는지 여부는 개별적·구체적 사안에 따라 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두8147 판결, 대법원 2014. 1. 23. 선고 2013두18018 판결 등 참조). 한편, 대물변제는 본래의 채무에 갈음하여 다른 급부를 현실적으로 하는 때에 성립하는 요물계약으로서, 다른 급부가 부동산의 소유권이전인 때에는 그 소유권이전등기를 완료하여야만 대물변제가 성립되어 기존채무가 소멸하는 것이므로, 채권자로서는 그 소유권이전등기를 경료하기 이전에는 소유권취득의 실질적 요건을 갖추었다고 할 수 없고, 따라서 소유권이전등기를 경료한 때에 당해 부동산을 취득하는 것으로 보아야 한다(대법원 1999. 11. 12. 선고 98두17067 판결 참조). 이처럼 부동산 취득 원인이 매매인지 아니면 대물변제인지에 따라 취득세 신고·납부의무의 발생 시기인 취득시기가 확연히 달라지므로 이 사건 협약 및 계약의 체결 경위, 내용 등에 비추어 원고가 이 사건 토지에 관하여 객관적으로 볼 때, 그 취득원인을 혼동할 만한 합리적인 사유가 있는 등 그 취득시기를 잘못 판단할 여지가 있었는지에 대하여 살펴볼 필요가 있다.
(2) 가산세의 정당한 사유 존재 여부

㈎ 취득원인이 매매인지 대물변제인지 객관적으로 파악하기 어려웠던 사정

물건을 매수함에 있어 그 반대급부는 반드시 금전일 필요는 없고 일정한 용역을 제공하는 것으로 갈음할 수도 있는바, 이 사건의 경우 원고가 이 사건 토지를 취득하기 위하여 그 대가로 축구전용경기장을 신축하여 주었다면 그 법률관계는 일응 매매계약에 해당할 것이나, 반대로 원고가 ○○도시공사에 축구전용경기장을 신축하여 주기로 하는 공사도급계약을 체결하였는데 그 공사대금에 갈음하여 이 사건 토지의 소유권을 이전받기로 하였다면 이는 대물변제계약이라고 볼 수 있을 것이다.
그런데 앞서 본 이 사건 협약 및 계약과 그 후에 이루어진 변경계약 등의 내용을 살펴보면, 이 사건 사업에 관하여 ‘기존 ○○운동장을 축구전용경기장으로 신축하고 사업지구 내에 주거, 상업, 업무, 체육, 여가 등의 복합기능을 도입하여 계획적으로 개발하기 위한 사업’이라고 정의하면서, 원고에게는 축구전용경기장 및 각종 편의·부대시설의 신축과 이 사건 토지 위에 주상복합단지를 조성할 의무를 부과하고, ○○도시공사에는 이 사건 토지의 소유권을 원고에게 이전할 의무를 부과하고 있을 뿐 양 의무가 구체적으로 어떤 관계에 놓여 있는지에 대하여는 명확한 설명이 없다. 또한, 당초 이 사건 협약 및 계약에서는 이 사건 토지의 추정가격이 축구전용경기장 등의 신축비용보다 더 높을 것이라는 전제 아래 원고가 ○○도시공사에 이 사건 토지 대금 중 일부를 축구전용경기장으로 대물변제하고 나머지는 현금으로 지급하기로 정하였다가, 이후 감정평가결과 이 사건 토지의 가격이 축구전용경기장보다 더 낮게 평가되자 오히려 축구전용경기장 신축에 소요된 비용 중 일부를 이 사건 토지로 갈음하고 그 차액을 ○○도시공사가 원고에게 지급하는 것으로 변경되기도 하였다. 한편, 이 사건 협약 및 계약서 등에 ‘토지매매, 매도인, 매수인’이라는 용어가 사용되고 있기는 하나, 통상의 부동산 매매계약과 달리 계약금, 중도금, 잔금과 그 지급시기 등에 관한 내용이 전혀 포함되어 있지 않고, ‘매매’라는 용어를 사용하였다고 하여 반드시 그 법률관계의 실체가 ‘매매’로 확정되는 것은 아니므로, 단지 계약서 등에 사용된 용어만을 기준으로 이 사건 토지를 둘러싼 원고와 ○○도시공사 사이의 법률관계가 ‘매매계약’이라고 단정하기는 어려운 측면이 있었다(피고들은 ‘대물변제’ 대신 ‘상계’라는 용어가 사용되었음을 들어 매매계약에 해당한다는 취지로도 주장하나, 여기에서 상계는 ○○도시공사가 원고에 대하여 가지고 있는 별개의 금전채권으로 축구전용경기장 공사대금 채무에 갈음한다는 의미라기보다는 이 사건 토지의 소유권을 이전함으로써 이 사건 토지의 가치 상당액으로 위 공사대금 채무를 갈음하겠다는 의미로서 실질적으로 대물변제로 볼 여지도 있었다).
이러한 제반 사정에 비추어 보면, 객관적으로 볼 때 원고로서는 축구전용경기장 신축 공사대금 대신 이 사건 토지를 대물변제받았다고 판단할 여지가 충분히 있었다고 할 것이고, 원고가 단순한 법률의 부지나 오해를 한 나머지 그 신고·납부의무를 게을리 한 것이라고 평가하기는 어렵다. 나아가 당초 피고들도 이 사건 토지의 취득원인을 대물변제로 보아 취득세의 50%를 감면해 주기도 한 것으로 보이는바, 피고들도 이 사건 토지의 취득원인에 관하여 확실한 견해를 가지지 못하였던 측면도 있어 보인다.
㈏ ‘사회통념상 매매대금의 거의 전부가 지급되었다’고 보기 어려운 사정

원고가 이 사건 토지를 사실상 취득하였다고 하려면 그 매매대금이 전부 지급되거나 실질적으로 전부 지급되었다고 볼 수 있을 정도로 미지급 대금의 액수가 적어야 한다. 그런데 원고와 ○○도시공사 사이에 체결된 2012. 6. 29.자 변경계약에 따르면, 도시개발사업 준공 후 지적 및 토지공부정리결과 이 사건 토지의 면적에 증감이 있는 경우에는 그 증감분에 대하여 위 계약 체결 당시의 매입단가에 따라 정산하기로 정하였는바, 원고가 취득세를 신고·납부한 2013. 9.경까지도 이 사건 사업은 아직 준공되지 않은 상태였고(축구전용경기장 부분은 완성되었으나 이 사건 토지 위에 조성하기로 했던 주상복합단지는 완성되지 않았던 것으로 보인다), 이 사건 토지의 1㎡당 단가는 약 3,254,397원(= 89,619,605,000원/27,538㎡)으로 지적 및 토지공부정리결과 이 사건 토지의 면적이 일부라도 증가하게 되면 원고는 ○○도시공사에 상당한 정산금을 더 지급하여야 하는 상황이었으므로, 원고가 2012. 8.경 축구전용경기장을 인도한 것만으로는 매매대금을 모두 지급하여 사실상 이 사건 토지를 취득하였다고 단정하기 어려운 측면도 있다.
㈐ ‘사실상 취득’의 규정취지에 반한다고 보기 어려운 사정

구「지방세법」제7조제2항에서 ‘부동산의 취득에 있어서는 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 본다’는 규정을 둔 취지는, 해당 부동산에 관하여 실질적인 지배력을 행사할 수 있는 상태임에도 단지 소유권 이전에 필요한 등기 등을 마치지 않음으로써 취득세 납세의무를 회피하거나 장기간 유예받는 상황을 방지하기 위함이라고 할 수 있다. 그런데 이 사건 토지는 원고가 취득세 신고·납부를 한 2013. 9.경까지도 아직 대지조성공사가 완료되지 않아(대지조성공사는 이 사건 토지의 양도인인 ○○도시공사의 의무이다) 소유권이전등기 유무와 상관없이 사실상 이를 사용·수익할 수 없는 상황이었고, 도시개발법 제53조 및 제81조에 따르면 같은 법 제50조나 제51조에 따른 준공검사 전 또는 공사 완료 공고 전에는 사업 시행의 지장 여부를 확인받는 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 지정권자로부터 사용허가를 받은 경우 외에는 조성토지를 사용할 수 없고 그럼에도 이를 사용하면 2년 이하의 징역이나 2천만 원 이하의 벌금형에 처한다고 정하고 있어 법률상으로도 사용·수익에 장애사유가 있었던 것으로 보인다. 따라서 원고로서는 소유권이전등기를 경료받지 못한 가운데 위와 같이 이 사건 토지를 인도받아 사용·수익할 수도 없었으므로 자신이 이 사건 토지를 사실상 취득한 것인지에 대하여 충분히 합리적인 의심을 가질 만한 상황이었다고 평가할 여지가 있다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 구 조세특례제한법(2013. 8. 13. 법률 제12031호로 개정되기 전의 것)

제120조(취득세의 면제 등)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」제13조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우「지방세법」제13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산

■ 지방세기본법

제34조(납세의무의 성립시기)

① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때

■ 구 지방세법(2016. 3. 29. 법률 제14116호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등)

② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」또는 「수산업법」등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.
■ 도시개발법

제50조(준공검사)

① 시행자(지정권자가 시행자인 경우는 제외한다)가 도시개발사업의 공사를 끝낸 때에는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 공사완료 보고서를 작성하여 지정권자의 준공검사를 받아야 한다.
② 지정권자는 제1항에 따른 공사완료 보고서를 받으면 지체 없이 준공검사를 하여야 한다. 이 경우 지정권자는 효율적인 준공검사를 위하여 필요하면 관계 행정기관·공공기관·연구기관, 그 밖의 전문기관 등에 의뢰하여 준공검사를 할 수 있다.
③ 지정권자는 공사완료 보고서의 내용에 포함된 공공시설을 인수하거나 관리하게 될 국가기관·지방자치단체 또는 공공기관의 장 등에게 준공검사에 참여할 것을 요청할 수 있으며, 이를 요청받은 자는 특별한 사유가 없으면 요청에 따라야 한다.
④ 시행자는 도시개발사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요하면 해당 도시개발사업에 관한 공사가 전부 끝나기 전이라도 공사가 끝난 부분에 관하여 제1항에 따른 준공검사(지정권자가 시행자인 경우에는 시행자에 의한 공사 완료 공고를 말한다)를 받을 수 있다.
제51조(공사 완료의 공고)

① 지정권자는 제50조제2항에 따른 준공검사를 한 결과 도시개발사업이 실시계획대로 끝났다고 인정되면 시행자에게 준공검사 증명서를 내어주고 공사 완료 공고를 하여야 하며, 실시계획대로 끝나지 아니하였으면 지체 없이 보완 시공 등 필요한 조치를 하도록 명하여야 한다.
② 지정권자가 시행자인 경우 그 시행자는 도시개발사업의 공사를 완료한 때에는 공사 완료 공고를 하여야 한다.
제53조(조성토지등의 준공 전 사용)

제50조나 제51조에 따른 준공검사 전 또는 공사 완료 공고 전에는 조성토지등(체비지는 제외한다)을 사용할 수 없다. 다만, 사업 시행의 지장 여부를 확인받는 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 지정권자로부터 사용허가를 받은 경우에는 그러하지 아니하다.
제81조(벌칙)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 2년 이하의 징역이나 2천만원 이하의 벌금에 처한다.
1. 제17조제2항에 따라 실시계획의 인가를 받지 아니하고 사업을 시행한 자

2. 제26조제1항에 따른 조성토지등의 공급 계획을 제출하지 아니하고 조성토지등을 공급한 자

3. 제53조 단서에 따른 사용허가 없이 조성토지등을 사용한 자

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 참조). 그러나 이러한 가산세에 있어서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084 판결 참조). 한편 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다는 점은 이를 주장하는 납세의무자가 증명하여야 한다. 앞서 본 사실관계와 갑 5호증의 1, 2, 갑 11호증, 을가 14, 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정을 모두 종합하여 보면, 원고는 이 사건 토지의 매수인으로서 위 토지를 2012. 7. 25. 사실상 취득하였고 이로 인해 그 무렵 취득세 납세의무가 성립하였음을 알았거나 충분히 알 수 있었던 것으로 판단된다. 따라서 원고가 이 사건 토지에 관한 취득세 신고·납부의무를 게을리한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다. 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 먼저 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 토지의 취득원인은 ‘대물변제’가 아니라 ‘매매’인 것으로 판단되고, 원고로서도 이 사건 토지의 취득원인이 ‘대물변제’가 아니라 ‘매매’임을 알았거나 충분히 알 수 있었던 것으로 보인다. 따라서 이 사건 토지의 취득원인을 대물변제로 오인하였다는 취지의 원고의 주장은 그 합리성을 인정하기 어렵다.