법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2001.03.23 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 주식회사 태안
【피고, 피상고인 겸 상고인】 남대구세무서장
【원심판결】 대구고법 1998. 1. 22. 선고 96구8865 판결
【주 문】
원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 대구고등법원에 환송한다. 원고의 상고를 기각한다. 상고기각 부분에 관한 상고비용은 원고의 부담으로 한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라고 한다.) 제45조의2 제1항 및 제2항, 법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다.) 제38조의2 제2항, 제3항 및 제7항 제2호에 의하면, 제조업을 영위하는 중소기업이 사업전환을 하기 위하여 전환전사업(轉換前事業)의 사업용자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 법인세·특별부가세 또는 양도소득세를 면제하되, 면제하는 세액은 당해 사업용자산의 양도차익에 상당하는 법인세·특별부가세 또는 양도소득세의 산출세액에 전환사업(轉換事業)의 사업용자산취득가액이 전환전사업의 사업용자산양도가액에서 차지하는 비율(이하 '사업용자산가액비율'이라 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 하고, 이 경우 '전환전사업의 사업용자산양도가액'은 전환전사업의 기계장치·공장건물 및 그 부속토지의 양도가액과 사업전환과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 보조금 및 이전보상금의 합계액으로, '전환사업의 사업용자산취득가액'은 전환사업에 투자한 기계장치·공장건물 및 그 부속토지 가액과 공장의 이전비용의 합계액으로 하며, 한편 전환전사업의 사업용자산을 먼저 양도하고 사업전환을 함으로써 전환사업의 사업용자산취득가액을 알 수 없는 경우에는 공장의 준공일 또는 취득일까지는 그 사업용자산가액비율은 100분의 100으로 하여 면제한 다음, 그 면제세액이 실제의 사업용자산가액비율에 의하여 계산한 면제세액을 초과하는 때에는 그 초과하는 세액을 추징하도록 규정되어 있다.
 2. 피고의 상고이유 및 기간 경과 후의 상고이유보충서 중 상고이유를 보충하는 부분에 대하여
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 생사제조판매업(전환전사업)을 영위하는 중소기업인 원고가 자동차부품제조판매업(전환사업)으로 사업전환을 하기 위하여 1992. 1. 20. 그 판시와 같은 전환전사업의 사업용자산을 양도한 후 1993년 7월경 대구 달성군 (주소 1 생략) 공장용지 위에 공장을 신설·준공하여 사업을 개시한 사실, 그 후 원고는 외국기업으로부터 이 사건 자동차부품제조기계를 수입하기로 하여 이를 주문하고 1995. 1. 6. 미화 340,000$, 1995. 2. 10. 미화 680,000$, 1995. 12. 6. 미화 680,000$ 등 도합 미화 1,700,000$를 지급한 다음 1996년 2월경 위 기계를 위 공장에 설치하여 사용하여 온 사실을 인정한 다음, 원고는 전환전사업의 사업용자산 양도일로부터 3년 이내에 전환사업인 자동차부품제조업을 개시하였을 뿐만 아니라 위 양도일로부터 3년이 경과하기 전에 위 기계를 주문하고 계약금까지 지급하였으나 기계제작 및 운반에 시간이 소요되어 그 설치가 지연된 것이므로, 원고가 주장하는 위 기계의 대금 및 수입비용 중 대금의 원화환산액 금 1,349,541,600원은 이 사건 사업용자산가액비율에 따른 면제세액을 산출함에 있어 이를 전환사업의 사업용자산취득가액에 포함시키는 것이 상당하므로, 이를 포함시키지 아니한 채 산출한 면제세액을 기준으로 추징세액을 산정하여 부과한 이 사건 처분은 그 한도에서 위법하다고 판단하고 있다.
 그러나 시행령 제38조의2 제1항에 의하면, '사업전환'이라 함은 제조업을 영위하는 중소기업이 관계 법령에 따라 전환전사업에 직접 사용되는 기계장치·공장건물 및 그 부속토지를 공장단위별로 양도하고 전환사업에 직접 사용되는 사업용자산을 취득하여 당해 전환사업을 영위하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 조 제6항에 의하면, 전환전사업의 사업용자산을 먼저 양도하고 공장을 신설하거나 기존공장을 취득하는 때에는 전환전사업의 사업용자산 양도일로부터 3년 이내에 공장을 준공하여 전환사업을 개시하거나 1년 이내에 기존공장을 취득하여 전환사업을 개시하는 경우에 한하여 법 제45조의2 규정을 적용한다고 규정하고 있으므로, 제조업을 영위하는 중소기업이 사업전환을 하기 위하여 전환전사업의 사업용자산을 먼저 양도하고 공장을 신설하는 경우 위 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 법인세·특별부가세 또는 양도소득세를 면제받기 위하여는 전환전사업의 사업용자산 양도일로부터 3년 이내에 공장을 준공하여 전환사업을 개시하여야 하는 것이지만, 이 때에도 시행령 제38조의2 제2항 소정의 면제세액을 산정하기 위한 사업용자산가액비율을 계산함에 있어서 그 '전환사업의 사업용자산취득가액'은 전환사업의 개시일까지 전환사업에 투자한 기계장치·공장건물 및 그 부속토지 가액과 공장의 이전비용의 합계액만을 말한다고 할 것이다.
 그럼에도 불구하고 원심은 이 사건 전환사업의 개시일(1993년 7월) 이후로서 1996년 2월에 위 공장에 설치된 위 수입 자동차부품제조기계의 대금이 전환사업의 사업용자산취득가액에 포함된다고 판단하고 말았으니, 이는 면제세액을 산정하기 위한 사업용자산가액비율을 계산함에 있어서 전환사업의 사업용자산취득가액에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법을 저지른 것이라 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유는 이유 있다.
 3. 원고의 상고이유에 대하여
 가. 제1점
법 제88조 제1항에 의하면, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세(특별부가세·가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정하는 세액공제를 하지 아니한 법인세를 말한다.)를 계산함에 있어서 다음 각 호에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준에 100분의 12를 곱하여 계산한 세액(이하 '최저한세액'이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니하도록 규정하면서, 제4호에서 법 제45조의2 규정에 의한 법인세의 면제를 들고 있는바, 제조업을 영위하는 중소기업이 사업전환을 하기 위하여 전환전사업의 사업용자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 사업용자산가액비율에 따라 법인세·특별부가세 또는 양도소득세를 면제받는 경우라 하더라도 그 중 법인세에 대하여는 최저한세액에 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 면제되지 아니하는 것이고, 이 때의 법인세 최저한세액은 전환전사업의 사업용자산양도가액이나 특별부가세의 면제세액의 계산에 아무런 영향을 미칠 수 없는 것이므로, 중소기업의 사업전환에 대한 특별부가세 면제세액을 산정하기 위한 사업용자산가액비율을 계산함에 있어서 전환전사업의 사업용자산양도가액에서 위 법인세 최저한세액을 공제하여야 할 것은 아니라고 할 것이다.
 같은 취지에서, 원심이 이 사건 특별부가세 면제세액의 기준이 되는 사업용자산가액비율을 산정함에 있어서 원고가 납부한 법인세 최저한세액 및 그에 따른 주민세를 전환전사업의 사업용자산양도가액에서 공제할 수 없다고 판단한 조치는 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없다. 이 점에 관한 상고이유는 받아들일 수 없다.
 나. 제2점
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고가 1992. 1. 20. 전환전사업의 사업용자산을 양도한 후 1993년 7월경 대구 달성군 (주소 1 생략) 공장용지 위에 공장을 신설·준공하여 사업을 개시하는 한편, 1993. 5. 25. (주소 2 생략) 답을 매수하고 1995. 3. 21. 그 지상에 이 사건 사택을 건축하여 사원용 주택으로 사용하여 온 사실, 이 사건 사택은 위 공장으로부터 약 1km 떨어진 거리에 위치하고 있으며, 위 공장 내에는 사원용 기숙사가 따로 건축되어 있는 사실을 인정한 다음, 이 사건 사택 및 그 부지는 위 공장건물 및 그 부속토지로 볼 수 없으므로 이 사건 사택의 건축비 및 그 부지 구입비는 시행령 제38조의2 제2항 후문 소정의 전환사업의 사업용자산취득가액에 포함되는 '기계장치·공장건물 및 그 부속토지의 가액'에 해당한다고 볼 수 없다고 판단하였다.
 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 인정 및 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다. 이 점에 관한 상고이유도 받아들일 수 없다.
 다. 제3, 4점
 앞에서 본 바와 같이 시행령 제38조의2 제2항 소정의 전환사업의 사업용자산취득가액은 전환사업의 개시일까지 전환사업에 투자한 기계장치·공장건물 및 그 부속토지 가액과 공장의 이전비용의 합계액만을 말하는 것인바, 원심의 설시에는 부적절한 점이 없지 않으나, 원고의 전환사업 개시일 이후에 투자된 기계장치 등의 가액에 불과한 이 사건 기계장치 구입비 1억5520만 원과 이 사건 자동차부품제조기계 대금 및 수입비용(금 1,636,173,964원 중 원심이 전환사업의 사업용자산취득가액으로 인정한 금 1,349,541,600원을 제외한 나머지 부분)에 대하여, 이를 전환사업의 사업용자산취득가액에 포함시킬 수 없다고 한 결론은 정당하고, 거기에 상고이유에서 들고 있는 바와 같은 심리미진 등의 위법이 있다고 할 수 없다. 이 부분 상고이유도 받아들일 수 없다.
 4. 그러므로 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하여 이 부분 사건을 다시 심리·판단케 하기 위하여 원심법원에 환송하고, 원고의 상고를 기각하며 상고기각 부분에 관한 상고비용은 원고의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다. 

대법관 이용우(재판장) 조무제 강신욱 이강국(주심)

[1] 제조업을 영위하는 중소기업이 사업전환을 하기 위하여 전환전사업의 사업용자산을 먼저 양도하고 공장을 신설함으로써 그 양도로 인한 소득에 대하여 구 조세감면규제법 제45조의2 제1항에 의하여 법인세 등을 면제받는 경우, 같은법시행령 제38조의2 제2항 소정의 면제세액산정의 기준이 되는 '전환사업의 사업용자산취득가액'의 범위
[2] 구 조세감면규제법 제45조의2 제1항에 의하여 중소기업사업전환에 따른 사업용자산 양도에 대하여 특별부가세를 면제받는 경우, 면제세액산정의 기준이 되는 '전환전사업의 사업용자산양도가액'은 법인세 최저한세액을 공제한 금액인지 여부(소극)

[1] 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항, 제2항, 같은법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것) 제38조의2 제1항, 제2항, 제3항, 제6항, 제7항 제2호 등에 의하면, 제조업을 영위하는 중소기업이 사업전환을 하기 위하여 전환전사업(轉換前事業)의 사업용자산을 먼저 양도하고 공장을 신설하는 경우 위 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 법인세·특별부가세 또는 양도소득세를 면제받기 위하여는 전환전사업의 사업용자산 양도일로부터 3년 이내에 공장을 준공하여 전환사업을 개시하여야 하는 것이지만, 이때에도 같은법시행령 제38조의2 제2항 소정의 면제세액을 산정하기 위한 사업용자산가액비율을 계산함에 있어서 그 '전환사업의 사업용자산취득가액'은 전환사업의 개시일까지 전환사업에 투자한 기계장치·공장건물 및 그 부속토지 가액과 공장의 이전비용의 합계액만을 말한다.
[2] 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것) 제88조 제1항에 의하면, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세(특별부가세·가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정하는 세액공제를 하지 아니한 법인세를 말한다.)를 계산함에 있어서 다음 각 호에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준에 100분의 12를 곱하여 계산한 세액(이하 '최저한세액'이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니하도록 규정하면서, 제4호에서 같은 법 제45조의2 규정에 의한 법인세의 면제를 들고 있는바, 제조업을 영위하는 중소기업이 사업전환을 하기 위하여 전환전사업의 사업용자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 사업용자산가액비율에 따라 법인세·특별부가세 또는 양도소득세를 면제받는 경우라 하더라도 그 중 법인세에 대하여는 최저한세액에 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 면제되지 아니하는 것이고, 이때의 법인세 최저한세액은 전환전사업의 사업용자산양도가액이나 특별부가세의 면제세액의 계산에 아무런 영향을 미칠 수 없는 것이므로, 중소기업의 사업전환에 대한 특별부가세 면제세액을 산정하기 위한 사업용자산가액비율을 계산함에 있어서 전환전사업의 사업용자산양도가액에서 위 법인세 최저한세액을 공제하여야 할 것은 아니다.