취득세 등 부과 처분 무효 확인 등 (일반행정, 의정부지방법원)
공포일: 2024.07.23 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 2017. 10. 10. 원고에게 한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세(각 가산세 포함) 합계 1,450,056,940원의 부과처분 중 취득세 54,004,210원(가산세 포함), 지방교육세 3,995,650원(가산세 포함), 농어촌특별세 2,663,760원(가산세 포함)의 각 부과처분은 무효임을 확인한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】
1. 처분의 경위

가. ○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○’이라 한다)와 고양시장은 2010. 1. 26. 고양시 일산동구 ○○동 1237번지의 도시관리계획 및 제1종 지구단위계획 변경에 따른 ○○○○의 공공기여방안에 관한 협약을 체결하였는데, 해당 약정에서 정한 기부채납 공공용지 목록에 고양시 일산동구 ○○동 1237-5 대 12,626㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)가 포함되어 있었다.

나. ○○○○과 고양시장은 2012. 4. 10. 위 협약에 관한 추가협약(이하 ‘이 사건 추가협약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.

<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 13pt;"="">
<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">제<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">3<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">조<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">공공기여 방안의 내용<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)
<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">① <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">위치는 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">○○○○<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">이 고양시 일산동구 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">○○<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">동 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">1237<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">번지 및 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">1237-1<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">번지 내지 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">1237-6<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">번지에서 이행하여야 할 사항은 본 협약서에 첨부된 공공기여계획<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">[<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">첨부<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">.1]<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">의 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">① <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">공공시설<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">업무용지<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">), <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">② <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">도로<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">③ <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">공원<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">광장<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">④ <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">공공시설<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">학교<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">로서 도시관리계획 결정<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">변경<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">) <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">및 제<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">1<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">종지구단위계획 결정<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">변경<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">고시 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(2010<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">년 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">2<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">월 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">2<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">일 제<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">2010-23<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">호 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">/ 2010<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">년 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">8<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">월 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">6<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">일 제<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">2010-172<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">호<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">를 기준으로 하며<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">복합용지<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(1237<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">번지<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">의 사용승인 전까지 최종 결정<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">변경<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">고시 된 것으로 확정한다<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">.
<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">제<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">6<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">조<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">시행방법<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)
<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">① <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">협약서 제<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">6<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">조 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">1<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">의 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">“<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">도시계획시설<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">”<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">이라함은 도로<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">공원<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">광장<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">학교<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">교통영향 평가 등 이행조건 등이며<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">이행을 위해서는 관련 절차법에 따라 실시계획인가를 받아 시행하고 본사업단지<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">복합용지의 공동주택 및 복합용도<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">) <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">사용승인 전까지 조성하여 해당관리청에 기부채납한다<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">. <p 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;="" margin-top:="" 0px;="" margin-bottom:="" 0px;"="" text-align:="" left;="" 13pt;=""><span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">② ○○○○<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">이 제시한 공공시설<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">학교<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">은 사립학교 등의 설치관련 절차법에 따라 운영주체인 사학재단<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">원고<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">에 토지소유권을 이전하고 동재단이 학교<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">시설물 포함<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">를 설치 운영한다<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">.
<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">다만<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">복합용지의 공동주택 및 복합용도 등의 사용승인일 이전까지 학교설립에 대한 절차<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">학교법인설립인가<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">학교설립인가<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">학교시설사업시행계획승인<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">가 이행되지 않은 경우에는 고양시와 협의하여 공공용지로 용도변경하고 시에 기부채납 한다<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">. <p 맑은="" 고딕";="" text-align:="" left;="" font-size:="" 13pt;="" margin-top:="" 0px;="" margin-bottom:="" 0px;"=""><span 맑은="" 고딕";="" letter-spacing:="" 0pt;="" font-size:="" 13pt;"="">

다. ○○○○은 2014. 11. 20. 이 사건 추가협약에서 정한 바에 따라 학교법인인 원고에게 이 사건 토지에 관하여 2014. 11. 19. 증여를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤고, 원고는 그 무렵 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항에 따라 교육사업용 부동산임을 이유로 취득세 감면신청을 하여 취득세를 면제받았다. 

라. 원고는 2014. 11. 19. ○○○○에게 ○○○○이 다음과 같은 내용으로 이 사건 토지 중 12,103㎡을 사용하도록 하는 토지사용승낙서를 작성해 주었다. 

<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 13pt;"="">
<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">사용목적<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">일산요진 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">Y CITY <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">견본주택 분양영업<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">/<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">운영<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">사용기간<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">승낙일로부터 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">3<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">개월<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">사용조건<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 13pt;"="">
<p 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 13pt;="" text-align:="" left;="" margin-top:="" 0px;="" margin-bottom:="" 0px;"=""><span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">2. <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">사용종료 및 연장<p 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;="" margin-top:="" 0px;="" margin-bottom:="" 0px;"="" 13pt;="" text-align:="" left;="">
<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">○○○○<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">은 토지사용 마감일까지 지상에 건축된 분양용 견본주택 및 부속시설을 모두 철거하고 분양과 관련된 일체의 집기 등을 남김없이 처리한 상태로 반환하여야 한다<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">. <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">단<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">상기 사용기간<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">승낙일로부터 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">3<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">개월<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">) <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">소요 후 원고와 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">○○○○<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">의 합의에 따라 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">○○○○<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">이 원고에게 사용대가를 지불하고 학교설립인가일까지 자동 연장이 가능하다<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">. <p 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 13pt;="" text-align:="" left;="" margin-top:="" 0px;="" margin-bottom:="" 0px;"=""><span 맑은="" 고딕";="" letter-spacing:="" 0pt;="" font-size:="" 13pt;"="">
<p 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 13pt;="" text-align:="" left;="" margin-top:="" 0px;="" margin-bottom:="" 0px;"=""><span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">4. <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">사용대가의 지불<p 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;="" margin-top:="" 0px;="" margin-bottom:="" 0px;"="" 13pt;="" text-align:="" left;="">
<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">기간연장시 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">○○○○<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">은 원고에게 사용토지 면적에 비례하여 사용대가를 지불하며<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">구체적 금액은 객관적 시가로 하되<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">별도의 합의가 없으면 최근 개별공시지가 총액에 대하여 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">2%(1<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">년 기준<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">를 일할 계산<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">(VAT<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">별도<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">)<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">하여 월 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">1<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">회씩 후불하고<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">, <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">사용기간 종료시 <span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">○○○○<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" 13pt;"="">은 잔여 사용기간의 대가를 일할 정산하여 원고에게 지불한다<span 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 12pt;"="" letter-spacing:="" 0pt;="" 13pt;"="">. <p 맑은="" 고딕";="" font-size:="" 13pt;="" text-align:="" left;="" margin-top:="" 0px;="" margin-bottom:="" 0px;"=""><span 맑은="" 고딕";="" letter-spacing:="" 0pt;="" font-size:="" 13pt;"="">

마. 원고는 이후 ○○○○에게 2차례에 걸쳐 토지사용승낙기간을 각 1년씩 연장해 주었고, 2015. 4. 1.부터 2017. 2. 24.까지 사이에 ○○○○로부터 합계 1,003,250,296원의 사용료를 지급받았다. 

바. 한편, 이 사건 토지는 2016. 5. 12. 고양시 일산동구 ○○동 1237-5 대 12,092.4㎡(이하 ‘이 사건 학교부지’라 한다), 같은 동 1237-14 대 428.6㎡ 및 같은 동 1237-15 대 105㎡(이하 분할 된 위 두 토지 합계 533.6㎡를 ‘이 사건 도로부지’라 한다)로 분할되었고, 원고는 2016. 6. 13. 고양시에게 이 사건 도로부지에 관하여 같은 일자 기부채납을 원인으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

사. 피고는 2017. 6.경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 2017. 10. 10. 이 사건 학교부지는 수익사업에 사용되었고 이 사건 도로부지는 처음부터 감면대상에 해당되지 아니하였다는 이유로, 이 사건 토지에 대하여 구 지방세특례제한법(2017. 12. 26. 법률 제15295호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항 제1호 등을 근거로 별지1 목록 ‘취득세 등 부과내역 표’ 기재 합계란 기재와 같이 감면된 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세(이하 ‘취득세 등’이라 한다) 및 가산세 합계 1,450,056,940원을 추징·부과하였다(이하 ‘이 사건 제1 부과처분’이라 한다). 

아. 또한 피고는 2015. 9. 7. 이 사건 토지 중 도로 부분 면적을 제외한 나머지 12,103㎡에 대하여 위 토지가 과세기준일 현재 해당 사업의 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우에 해당한다는 이유로 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제41조 제2항에 따라 재산세, 지방교육세 합계 110,589,300원을 부과한 이래로 2020년까지 이 사건 토지 중 중 도로 부분 면적을 제외한 나머지 12,103㎡ 또는 12,092.4㎡에 대하여 별지1 목록 ‘재산세 등 부과내역표’ 기재와 같이 재산세(지방교육세 포함) 합계 778,430,880원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 제2 부과처분’이라 한다)(이 사건 제1, 2 부과처분이 있은 동안 지방세특례제한법 제41조 제1항 및 제2항이 수차례 개정되었으나, 이 사건에 적용되는 실질적 내용은 동일하다. 이하에서는 특별히 구분해서 지칭할 필요가 있는 경우를 제외하고는 개정 전 후 구분 없이 ‘지방세특례제한법’이라고 한다).

자. 원고는 2021. 3. 19. 피고에게 이 사건 제1, 2 부과처분에 따라 부과된 취득세 등(가산세 포함) 및 재산세에 관하여 지방세특례제한법 제183조 제1항에 따라 지방세 감면신청을 하였고, 피고는 2021. 3. 26. 원고에게 지방세특례제한법 제41조 제1항, 제2항의 감면대상에 해당하지 아니한다는 취지의 회신을 하였다. 원고는 이에 불복하여 2021. 6. 25. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 2. 27. 위와 같은 지방세 감면신청은 단순한 진정 내지 민원제기에 불과하고 이에 대한 거부통지 또한 민원회신에 불과하여 불복대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다는 취지로 각하 결정을 하였다. 

차. 한편, 원고는 이 사건 토지를 증여받은 이후 그 부지에 학교를 설립하기 위하여 고양시장에게 지구단위계획변경신청을 하였으나 고양시장이 이를 거부하자 고양시장을 상대로 지구단위계획변경신청 거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나 패소하였고, 항소 및 상고가 모두 기각됨에 따라 위 판결은 2018. 4. 12. 그대로 확정되었다(의정부지방법원 2015구합10327, 서울고등법원 2017누38548, 대법원 2017두75460). 또한 원고는 경기도교육감에게 신청한 학교설립계획승인 신청이 거부되자 경기도교육감을 상대로 학교설립계획승인 거부처분의 취소를 구하는 소(수원지방법원 2016구합65832)를 제기하였으나 패소하였고, 위 판결은 2017. 3. 31. 확정되었다. 

카. ○○○○은 원고를 상대로 이 사건 학교부지에 관하여 증여계약 해제를 원인으로 하는 소유권이전등기의 말소를 구하는 소송을 제기하여 2021. 2. 3. 승소하였고(서울북부지방법원 2020가합26786), 위 판결은 그 무렵 확정되었으며, 2021. 2. 18. 위 확정판결에 따라 이 사건 학교부지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기의 말소등기절차가 마쳐졌다. 이후 ○○○○은 2021. 2. 18. 고양시에게 이 사건 학교부지에 관하여 같은 일자 기부채납을 원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 10, 11, 16호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 이 사건 토지는 구 지방세법(2015. 7. 24. 법률 제13427호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항에서 정한 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납 될 부동산으로 취득세 비과세 대상에 해당한다. 또한 이 사건 토지의 취득이 비과세 대상이어서 원고에게 취득세 신고의무가 없을 뿐 아니라 원고가 취득세 신고 기간 내에 과세표준 및 취득세액의 신고를 하였으므로 원고에게 무신고가산세와 납부불성실가산세를 부과할 수 없다. 그럼에도 원고에게 감면된 취득세 등을 추징하고 무신고가산세와 납부불성실가산세를 부과한 이 사건 제1 부과처분은 그 하자가 중대하고 명백하여 무효이다. 

나. 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후 고유 목적상 해당 용도로 직접 사용하기 위한 건축허가를 받을 수 없었던 정당한 사유(원고가 이 사건 토지에 사립초등학교 또는 사립고등학교를 설립할 수 없었던 행정상 장애가 계속됨)가 있었고 원고는 이 사건 토지의 사용료를 전액 고유 목적사업비로 사용하였으므로 지방세특례제한법 제41조 제1항 및 제2항에 따라 취득세와 재산세의 감면 요건에 해당한다. 그럼에도 원고에게 취득세 등 및 재산세를 부과한 이 사건 제1, 2 부과처분은 그 하자가 중대하고 명백하여 무효이다.

3. 관계 법령

별지3 기재와 같다.

4. 이 사건 제1, 2 부과처분의 당연무효 여부

가. 구 지방세법 제9조 제2항에 따라 비과세 대상에 부과한 과세처분으로 당연무효라는 주장에 관한 판단(이 사건 제1 부과처분 관련) 

1) 관련 법리

가) 구 지방세법 제9조 제2항에 의하면, 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산은 취득세 비과세 대상이 된다. 위 규정의 입법 취지는, 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세를 비과세하는 구 지방세법 제9조 제1항과 같은 취지에서 취득세를 비과세하겠다는 데에 있으므로, 위 규정에 의하여 취득세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 그 취득자가 당해 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다고 할 것이다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2010두6977 판결 참조). 사업자가 주택건설사업계획승인을 받기 이전이라도 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는, 그 이후에 취득하여 국가 등에 기부채납 한 토지도 ‘기부채납을 조건으로 취득한 토지’로서 비과세 대상에 해당한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두14998 판결, 대법원 2011. 11. 1. 선고 2011두17363 판결 등 참조). 

나) 비과세요건에 대한 증명책임은 비과세 사유를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 참조).

다) 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 처분의 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한지를 판별할 때에는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다(대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두2980, 2997 판결 참조). 일반적으로 과세대상이 되는 법률관계나 소득 또는 행위 등의 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이지만 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세요건 사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2001. 6. 29. 선고 2000다17339 판결 참조).

2) 이 사건 제1 부과처분 중 이 사건 도로부지 부분

가) 구 지방세법 제9조 제2항에 정한 비과세 대상인지 여부

앞서 든 증거들과 갑 제12, 13, 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정들을 종합적으로 고려하면, 원고가 이 사건 도로부지에 관하여 소유권이전등기를 마친 것은 지방자치단체인 고양시에 이를 귀속시키기 위한 잠정적·일시적 조치에 불과하고, 이 사건 도로부지는 고양시에 귀속 또는 기부채납 할 것을 조건으로 취득한 부동산으로서 취득세 비과세 대상이 된다고 봄이 타당하다. 

① 고양시장은 2010. 8. 6. 고양 도시관리계획[제1종지구단위계획(일산구역), 제1종지구단위계획(○○동1237번지)] 결정(변경)을 하고 그 지형도면을 고시하였는데, 이 사건 토지에 대한 계획은 별지2 기재와 같이 변경되었다. 즉, 이 사건 토지에 설치하는 학교부지의 면적이 12,626㎡에서 12,103㎡로 523㎡ 감소되었는데, 위 523㎡는 도로 확장에 따라 도로부지로 편입되었다.

② 이 사건 추가협약서(갑 제11호증의 2)에 의하면, 공공기여할 사항은 위 2010. 8. 6. 자 도시관리계획 결정(변경)고시를 기준으로 하고 복합용지의 사용승인전까지 최종 결정(변경)고시 된 것으로 확정하도록 하고, ○○○○은 도로 등 도시계획시설을 사용승인 전까지 조성하여 고양시에 기부채납 하도록 정하였는바, ○○○○이 사업부지에 도로를 조성한 후 고양시에 기부채납하기로 하는 구체적인 협의가 있었고 이 사건 토지 중 도로로 편입되는 위치와 면적이 어느 정도 특정되어 있었다. 

③ ○○○○이 2014. 11. 19. 원고와 사이에 작성한 이 사건 토지에 대한 증여계약서(갑 제13호증)에 의하면, ‘이 사건 토지에 대한 고양시장의 지구단위계획의 확정, 지적측량의 확정 등의 사유로 인하여 이 사건 토지 중 ○○○○이 2012. 4. 10. 자 추가협약서에 따라 고양시에 기부채납하여야 할 도로의 위치 및 면적이 특정되는 경우, 본 약정은 위 특정된 도로부분에 한하여 해제되며 원고는 도로부분에 관하여 즉시 필지분할 절차를 실시하고 도로부분에 대한 말소등기절차를 이행하도록’ 정하였다(제3조, 제4조). 즉, 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 비록 기부채납에 대한 최종 승인이 이루어지지는 아니하였으나, 이 사건 토지 중 도로부지 부분은 고양시에 귀속 또는 기부채납 될 것임이 확정되어 있었고, 원고는 ○○○○로부터 이 사건 토지를 취득하면서 이 사건 토지 중 도로부지 부분은 고양시에 귀속 또는 기부채납 될 예정임을 잘 알면서 이를 용인하였으며, 원고가 도로부지 부분을 취득한 것은 이를 고양시에 기부채납하기 위한 목적일 뿐 다른 목적이 있었다고 보이지 아니하다.

④ 실제로 도로공사가 완료되자 원고는 2016. 5. 12. 도로에 편입된 이 사건 도로부지에 관하여 분할등기를 마쳤는데, 이 사건 도로부지의 면적(533.6㎡ = 428.6㎡ + 105㎡) 및 위치는 ○○○○과 고양시장 사이의 위 추가협약에서 예정하였던 도로부지의 면적(523㎡) 및 위치와 큰 차이가 없다. 나아가 고양시장은 원고에게 이 사건 도로부지를 기부채납 할 것을 요청하였고, 원고는 2016. 6. 13. 이 사건 도로부지에 관하여 고양시에게 기부채납을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나) 당연무효인지 여부 

결국, 이 사건 도로부지는 구 지방세법 제9조 제2항에서 정한 취득세 비과세 대상에 해당한다. 한편, 이 사건 도로부지가 당초 취득세 등을 면제받은 지방특례제한법 제41조 제1항에 따른 감면대상에 해당하지 아니한다 하더라도, 이 사건 도로부지가 구 지방세법 제9조 제2항에서 정한 취득세 비과세 대상에 해당하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것이므로(대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두26414 판결 참조), 이 사건 도로부지 부분에 관한 취득세 등을 추징한 이 사건 제1 부과처분은 위법하며 그 하자가 중대하다. 나아가 이 사건 제1 부과처분 당시 이 사건 도로부지는 도시계획시설 도로로 조성되어 이용되고 있었고 이미 기부채납을 원인으로 고양시에게 소유권이전등기까지 마쳐진 상태였으므로 위 토지가 고양시에 귀속 또는 기부채납 될 것을 목적으로 취득한 부동산에 해당함이 외관상 명백하였다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 제 1부과처분 중 이 사건 도로부지에 관한 부분은 과세요건 사실을 오인한 위법이 중대하고 명백하여 당연무효이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 

2) 이 사건 제1 부과처분 중 이 사건 학교부지 부분

가) 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합적으로 고려하면, 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 학교부지 부분이 구 지방세법 제9조 제2항에서 정한 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 구 지방세법 제9조 제2항의 입법취지에 비추어 볼 때, 위 규정에 의하여 취득세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 당해 부동산을 지방자치단체 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 함은 앞서 본 바와 같다. 

② 그런데 원고는 이 사건 학교부지를 취득하고 그에 관한 소유권이전등기를 할 당시 원고가 이 사건 학교부지에 관한 소유권을 이전받아 그 지상에 학교를 설립하여 운영할 것을 예정하고 있었고, 이 사건 추가협약 제6조 제2항 단서에 의하더라도 ‘복합용지의 공동주택 및 복합용도 등의 사용승인일 이전까지 학교설립에 대한 절차가 이행되지 않은 경우’ ○○○○이 고양시와 협의하여 이 사건 학교부지를 공공용지로 용도변경하고 고양시에 기부채납한다는 것이므로, 결과적으로 이 사건 학교부지가 고양시에 기부채납되었다고 하더라도, 원고가 이 사건 학교부지를 취득할 당시 그 부동산을 고양시에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있었다고 보기 어렵다.

나) 설사 이 사건 학교부지가 구 지방세법 제9조 제2항에서 정한 취득세 비과세 대상에 해당한다고 하더라도, 이 사건 제1 부과처분 당시 이 사건 학교부지는 여전히 원고의 소유명의로 되어 있었고, 이 사건 제1 부과처분으로부터 약 3년 4개월이 지난 2021. 2. 18.에야 원고 명의의 소유권이전등기가 말소되고 ○○○○이 이 사건 학교부지를 고양시에 기부채납하였음은 앞서 본 바와 같은바, 위 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 추가협약의 당사자가 아닌 피고로서는 이 사건 학교부지에 학교설립 절차가 이행되지 아니하여 장차 이 사건 학교부지가 고양시에 기부채납되게 될 것이라는 사정을 조사하여야 비로소 알 수 있다고 보이므로 위 하자가 외관상 명백하다고 볼 수는 없어 이 사건 제1 부과처분 중 이 사건 학교부지에 관한 부분이 당연무효라고 보기는 어렵다. 

나. 지방세특례제한법 제41조 제1, 2항에 따라 면제대상에 부과한 과세처분으로 당연무효라는 주장에 관한 판단(이 사건 제1, 2 부과처분 관련) 

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결).

2) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합적으로 고려하면, 이 사건 학교부지에 관하여 지방세특례제한법 제41조 제1항 제1호에서 정한 취득세 추징사유가 발생하였다고 봄이 타당하다.

① 구 지방세특례제한법(2017. 12. 26. 법률 제15295호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항 제1호는 학교를 경영하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 하되, 그 부동산을 ‘해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우’ 면제된 취득세를 추징한다고 정하고 있다. 같은 법 제2조 제1항 제2호에서 ‘수익사업’을 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다고 정하고 있고, 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항에서는 비영리국내법인이 행하는 ‘제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것의 사업 또는 수입’을 수익사업으로 정하고 있다. 구 법인세법 시행령(2017. 5. 29. 대통령령 제28074호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항은 구 법인세법 제3조 제3항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다고 정하고, 구 법인세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제730호로 개정되기 전의 것) 제1조는 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 본문의 규정에 의한 사업은 그 사업활동이 각 사업연도의 전기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업 외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당횟수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함하는 것으로 정하고 있다. 

이 때, ‘수익사업’에 해당하는지 여부는 그 사업의 성질상 수익성을 가지거나 수익을 목적으로 하는지 여부 및 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 4. 26. 선고 2011두6394 판결 등 참조).

② 원고가 2014. 11. 19. ○○○○에게 이 사건 학교부지에 대한 토지사용을 승낙한 이후 상당기간에 걸쳐 토지사용을 승낙하고 2015. 4. 1.부터 2017. 2. 24.까지 그 사용 대가로 지급 받은 수입 누계액이 1,003,250,296원에 달하는 점, 원고가 사업연도 결산 시 부동산임대 수입을 수익사업의 수입액에 포함하여 처리한 점, 비영리사업자가 취득세 등이 면제된 부동산을 원래의 공익적 목적이 아닌 다른 목적으로 사용하는 것은 법이 예외적으로 허용하고 있는 혜택의 범위를 넘어서는 결과가 될 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 ○○○○에게 이 사건 학교부지를 임대하고 사용료를 지급받은 행위는 고유사업인 학교 사업 외에 상당기간 계속적으로 행하여졌던 수익사업에 해당한다고 볼 수 있다.

나) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합적으로 고려하면, 이 사건 학교부지에 관하여 지방세특례제한법 제41조 제2항에서 정한 재산세 면제사유도 발생하지 아니하였다고 봄이 타당하다. 

① 지방세특례제한법 제41조 제2항은 학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세를 면제한다’고 정하고 있다(지방세특례제한법이 2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되면서 2021. 12. 31.까지 면제하는 것으로 개정되었다). 같은 법 제2조 제1항 제8호에 의하면, ‘직접 사용’은 ‘부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것’을 말한다. 구 지방세특례제한법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28525호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1항(2017. 12. 29. 개정된 이후는 같은 조 제2항에서 같은 내용을 규정하고 있다)은 지방세특례제한법 제41조 제2항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다고 정하고 있다. 

지방세특례제한법 제41조 제2항에서 학교가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻하고, 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것인지는 해당 학교의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두45680 판결 등 참조). 

② 원고는 2014. 11. 19. ○○○○과 사이에 토지사용승낙 계약을 체결하면서 그 사용목적을 ‘일산요진 Y CITY 견본주택 분양영업/운영’으로 하였고, 이후 2차례에 걸쳐 토지사용 기간을 연장하면서 그 사용 목적을 ‘일산요진 Y CITY 공사용 사무실 용도로 사용’이라고 정하였으며, ○○○○과 사이에 토지사용승낙 계약이 종료된 이후 이 사건 학교부지는 나대지 상태로 남아 있었다. 위와 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고가 제출한 증거거들만으로는 원고가 이 사건 학교부지를 교육사업 자체에 사용하였다거나 이 사건 학교부지가 건축허가를 받은 학교의 교육시설 건축물의 부속토지에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

다) 한편, 원고는 이 사건 학교부지를 취득한 이후 고유 목적상 해당 용도로 직접 사용하기 위한 건축허가를 받을 수 없었던 정당한 사유가 있었기 때문에 지방세특례제한법 제41조 제1항 및 제2항에 따라 취득세와 재산세의 면제대상에 해당한다고 주장한다.

살피건대, 구 상속세 및 증여세법(2018. 12. 31. 법률 제16102호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제2항 제1호는 공익법인 등이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우 증여세를 부과하도록 하면서, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우에는 증여세를 부과하지 않도록 정하고 있다. 이와 달리 지방세특례제한법 제41조 제1항 제1호 및 제2항에서는 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유가 있는 경우 취득세 또는 재산세를 면제할 수 있다는 규정을 두고 있지 않다. 위 법문의 해석상 지방세특례제한법 제41조 제1항 제1호에서 정한 사유가 발생하였거나 제2항에서 정한 요건을 충족하지 못한 경우 납세자에게 ‘정당한 사유’가 있는지 여부를 불문하고 취득세 및 재산세의 면제대상에 해당된다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

라) 결국, 이 사건 학교부지가 지방세특례제한법 제41조 제1, 2항에서 정한 취득세 및 재산세 면제대상에 해당한다는 전제에 선 원고의 위 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다(설령, 이 사건 제1, 2 부과처분에 원고가 주장하는 하자가 있다고 하더라도, 그 하자가 명백한 하자로서 당연무효사유에 해당한다고 볼 수도 없다).

다. 이 사건 학교부지에 대한 취득세 등 가산세 부과처분이 무효라는 주장에 관한 판단

1) 관련 규정

구 지방세법(2018. 12. 31. 법률 제16194호로 개정되기 전의 것) 제20조 제1항은 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 한다고 정하고, 제3항은 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있다. 동법 제21조 제1항은 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액에 지방세기본법 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 징수한다고 정하고 있다. 구 지방세기본법(2017. 12. 26. 법률 제15291호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조 제1항은 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 정하고 있다. 또한 같은 법 제55조 제1항에서는 납세의무자가 납부기한까지 지방세를 납부하지 않은 경우에는 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다고 정하고 있다.

2) 구체적 판단 

앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 ‘2015. 4. 1.’을 원고가 이 사건 학교부지를 수익사업에 사용하게 된 날로 보고 그때로부터 30일 이내에 세액을 신고·납부하지 아니하였다는 이유로 각 가산세 부과처분을 한 사실을 인정할 수 있다. 원고가 이 사건 학교부지를 해당 사업에 직접 사용하지 않고 ○○○○에 대한 임대를 통해 수익사업을 함으로써 면제받은 취득세 등에 대한 추징사유가 발생한 사실은 앞서 본 바와 같다. 또한 원고는 ○○○○로부터 2015. 4. 1.부터 토지 사용료를 지급받았는바 그때부터 이 사건 학교부지를 수익사업에 사용하기 시작한 것이라 추단할 수 있다. 그런데 원고가 2015. 4. 1.로부터 30일 이내에 세액을 신고·납부하지 아니한 사실을 알 수 있으므로 피고가 원고에게 가산세를 부과한 것은 적법하다. 

원고는 이 사건 학교부지를 취득하고 신고기한 내에 취득세 과세표준 및 세액 신고를 한 이상 무신고가산세와 납부불성실가산세의 적용대상이 아니라고 주장한다. 그러나 위 각 규정에 의하면, 취득세를 면제받은 후에 해당 과세물건이 취득세 추징대상이 되었을 때에는 그 추징 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 취득세를 신고하고 납부하여야 하며, 이에 따른 신고를 하지 않은 경우에는 과세표준 신고를 하였는지 여부와 관계없이 구 지방세기본법 제53조 제1항에 따른 무신고가산세 징수대상이 되고, 납부기한까지 취득세를 납부하지 않은 경우에는 구 지방세기본법 제55조 제1항에 따른 납부지연가산세의 징수대상이 된다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 

라. 소결론 

이 사건 제1 부과처분 중 이 사건 도로부지에 해당하는 세액이 취득세 54,004,210원(가산세 포함), 지방교육세 3,995,650원(가산세 포함), 농어촌특별세 2,663,760원(가산세 포함)임은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 이 사건 제1 부과처분 중 이 사건 도로부지에 해당하는 위 취득세 등의 각 부과처분은 그 하자가 중대하고 명백하여 무효이고, 이 사건 제1 부과처분 중 

이 사건 학교부지 부분과 이 사건 제2 부과처분은 모두 적법하다. 

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.