부가가치세 부과처분 취소 (세무, 울산지방법원)
공포일: 2011.10.19 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 울산세무서장
【변론종결】2011. 9. 21.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2009. 5. 1. 원고에 대하여 한 2004. 제1기부터 2008년 제1기까지의 각 부가가치세 합계 96,505,604원의 각 부과처분을 모두 취소한다. 
【이 유】1. 처분 경위
가. 원고는 2003.경 울산대학교(울산 남구 무거동 산29 소재)와 주차시설 위탁운영계약(이하 이 사건 위탁계약이라 한다)을 체결하고 2003. 3. 1.경부터 2008. 2. 29. 폐업할 때까지 울산대학교 구내에서 ○○기전이라는 상호로 주차장을 운영하였다(이하 이 사건 사업장이라 한다). 
나. 원고는 피고에게 아래 표 기재와 같이 이 사건 사업장의 2003. 제1기분부터 2008. 제1기분까지의 각 부가가치세 과세표준을 신고하고, 그에 따른 각 부가가치세를 신고·납부하였다. 
귀속신고액(공급가액) 2003 1기 55,345,7282기 62,162,7282004 1기 58,489,4572기 42,207,9092005 1기 52,018,4582기 56,982,7272006 1기 52,020,4552기 62,308,5472007 1기 61,630,1002기 61,285,0002008 1기 13,350,455합계 577,801,564
다. 피고는 2009. 4.경 원고의 이 사건 사업장에 대하여 세무조사를 실시한 후 2003. 3. 1.부터 2008. 2. 28.까지 원고 명의의 5개의 각 예금계좌(이하 이 사건 각 계좌라 한다)에 입금된 금액 중 그 각 계좌 간의 거래 및 입금 사유가 다른 것으로 인정되는 금액 등(이하 계좌간 거래 등 공제금액이라 한다)을 제외한 나머지 금액을 이 사건 사업장의 실제 주차료 수입액이라고 보고, 그 금액에서 부가가치세액 상당을 뺀 금액에서 이 사건 사업장을 폐업할 때까지 정기주차권 구입 고객들에게 반환하지 못한 정기주차권 예치금(부가가치세액 상당 제외, 이하 이 사건 예치금 미환급 공제금액이라 한다)을 제외한 나머지 금액을 이 사건 사업장의 매출금액(공급가액)으로 파악한 끝에 아래 표 기재와 같이 2003. 제1기분부터 2008. 제1기분까지의 각 부가가치세 과세표준신고 누락액이 있는 것으로 보아, 2009. 5. 1. 원고에게 아래 표와 같이 2004. 제1기부터 2008. 제1기까지의 각 부가가치세의 본세 및 가산세(이하 이를 합하여 이 사건 부가가치세 등이라 한다) 합계 96,505,604원을 경정·고지(이하 이 사건 각 처분이라 한다)하였다.
귀속누락액(공급가액)본세가산세이 사건 각 처분 20031기 167,070,545* * * 2기 109,279,290* * * 20041기 114,749,770 11,474,977 7,140,877 18,615,854 2기 77,562,909 7,756,290 4,398,592 12,154,882 20051기 86,639,004 8,663,901 4,442,848 13,106,749 2기 60,421,900 6,042,189 2,764,904 8,807,09320061기 79,103,336 7,910,334 3,190,237 11,100,571 2기 50,155,089 5,015,509 1,745,897 6,761,40620071기 72,668,991 7,266,899 4,315,084 11,581,983 2기 79,080,636 7,908,063 4,259,282 12,167,345 20081기 14,860,272 1,486,027 723,694 2,209,721합계 911,591,742 63,524,189 32,981,415 96,505,604
라. 원고는 2009. 7. 31. 피고에게 이 사건 각 처분에 대하여 이의신청을 하였고, 이에 피고는 2009. 9. 30.부터 같은 해 10. 9.까지 재조사를 거쳐 원고의 위 이의신청을 받아들이지 아니하였다. 이에 원고는 2009. 12. 10. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2010. 11. 2. 위 심판청구를 기각하였다. 
2. 이 사건 각 처분의 위법 여부
가. 원고 주장의 요지
 피고가 파악한 이 사건 사업장의 주차료 수입금액 중에는 피고가 인정하여 공제한 금액보다 더 많은 이 사건 예치금 미환급금이 포함되어 있을 뿐 아니라 이 사건 사업장 주차료 수입과는 무관하거나 이 사건 각 계좌간 거래에 해당하는 별지 3. 표 기재 합계 53,178,295원이 포함되어 있으므로, 피고로서는 그러한 점들을 조사하여 그 만큼을 공제하여 이 사건 사업장의 공급가액을 산정하여야 함에도 그에 대한 구체적인 조사 없이 이 사건 각 처분을 하였으니, 이는 근거과세원칙에 위배되어 위법하므로 취소되어야 한다. 
나. 관계법령
 별지 4. 관계법령 기재와 같다. 
다. 인정사실
 1) 원고가 이 사건 사업장을 운영하면서 얻은 수입은 일일주차료, 정기주차료(정기주차권 판매료) 및 정기주차권 예치금(이를 모두 합산하여 이 사건 주차료 수입이라 한다)인데, 일일주차료는 외부방문고객 등으로부터 징수한 주차요금이고, 정기주차료는 이 사건 사업장을 상시 이용하는 울산대학교 학생(학부생, 대학원생, 평생교육원생), 교직원들로부터 정액으로 징수하는 주차료이며, 정기주차권 예치금(이하 이 사건 예치금이라 한다)은 정기주차권을 구입한 고객들에게 교부하는 차량부착용 정기주차인식표(TAG)의 회수를 담보하기 위하여 정기주차권 구입 고객들로부터 징수하는 것으로 정기주차권 1매당 33,000원(부가가치세를 포함한 공급대가)이고 나중에 정기주차권 구입 고객들이 그 정기주차인식표를 반환하는 경우 그들에게 환급해야 하는 것이다. 
 2) 원고는 이 사건 주차료 수입은 이 사건 각 계좌를 통하여 관리하였는바 그 각 계좌 내역은 아래와 같다. 
- 신한은행 (계좌번호 1 생략) (구 조흥은행 (계좌번호 2 생략), 이하 이 사건 신한은행 139 계좌라 한다)
- 신한은행 (계좌번호 3 생략) (구 조흥은행 (계좌번호 4 생략), 이하 이 사건 신한은행 148 계좌라 한다)
- 경남은행 (계좌번호 5 생략)(이하 이 사건 경남은행 21 계좌라 한다)
- 경남은행 (계좌번호 6 생략)(이하 이 사건 경남은행 07 계좌라 한다)
- 우체국은행 (계좌번호 7 생략)(이하 이 사건 우체국 계좌라 한다)
 3) 원고 측은 이 사건 주차료 수입에서 이 사건 예치금 환급금을 환급하여 왔는바, 이 사건 사업장의 관리소장이었던 소외 2는 당일 이 사건 주차료 수입에서 당일 이 사건 예치금 환급금을 뺀 나머지를 이 사건 각 계좌에 입금하고, 당일 이 사건 주차료 수입만으로 당일 이 사건 예치금 환급금을 지급하기에 부족할 경우 이 사건 각 계좌에 입금된 돈을 인출하여 지급하였다.
 4) 원고와 울산대학교는 이 사건 위탁계약 기간이 종료할 무렵인 2008. 1. 25. 이 사건 위탁계약이 종료되면 원고가 회수하지 못한 위 정기주차인식표의 소유권을 울산대학교에 이전하기로 하되 이에 상응하는 이 사건 예치금 미환급금은 향후 원고 대신 울산대학교가 정기주차권자들에게 지급하기로 약정하고, 원고가 울산대학교에 위 정기주차인식표 소유권이전 및 이에 상응한 이 사건 예치금 환급채무 인수에 대하여 합계 124,311,000원(= 3,767개 × 33,000원)의 매출계산서를 발급하여 주었다. 
 5) 원고는 2009. 4. 6. 피고에게 다음과 같은 내용의 확인서(을 제3호증의 3)를 작성하여 제출하였다. ？
 - 주차료수입(일일주차료, 정기주차료, 이 사건 예치금)은 이 사건 사업장의 관리소장이었던 소외 2로부터 매일 보고를 받았다. 
 - 이 사건 사업장의 폐업시까지의 주차료수입 중의 이 사건 예치금 중에 미처 환급해주지 못한 124,311,000원(부가가치세를 포함한 공급대가)은 울산대학교가 반환하기로 합의함에 따라 2008. 제1기에 부산○○○○에서 울산대학교로 매출세금계산서를 발행하였다. 
 6) 원고가 운영하는 이 사건 사업장의 관리부장이었던 소외 3은 2009. 3. 31. 이 사건과 관련하여 피고 소속 직원에게 다음과 같이 진술하였다. 
 - 2002년 3월 입사하여 2007년 2월 퇴사시까지 관리부장으로 영업 및 관리업무 전반에 관한 일을 하였다.
 - 주차료수입일지의 정기주차료수입은 순수한 주차료수입만 기재된 것이 아니라 이 사건 예치금(1개당 33,000원, 부가가치세 포함)과 정기주차료를 합친 금액으로 작성하였다.
 - 주차료수입일지의 정기주차료수입 중 위 정기주차인식표의 회수 과정에서 이 사건 예치금의 입금액(수입)과 환급액(지출)을 일일정산한 나머지 금액과 정기주차료를 정기주차료 수입금액으로 집계하고 있으므로 이 사건 예치금이 중복하여 집계될 수는 없다.
 - 주차료수입금액은 주차관리소장인 소외 2이 주차요금 일일정산 및 수입금통장으로 입금하는 업무를 담당하면서 매일매일 원고에게 전화로 보고한 후 예금계좌로 입금하였다.
 - 2008. 2. 이후 주차요금 전산집계프로그램에 아무 내용도 없는 것은 주차료수입을 감추기 위해 주차요금이 기록된 하드디스크를 원고 측에서 교체한 것으로 알고 있다.
 - 부가가치세 신고와 관련하여 주차료수입에 대한 세무신고자료를 소외 2이 원고에게 보고하면 원고는 정기주차료수입을 제외한 일일주차료 수입만 회계사무소에 보내 신고하도록 하였다.
 7) 이 사건 사업장을 운영하면서 관리부장인 소외 2으로 하여금 부스정산일보를 작성하도록 한 원고는 이 사건 처분 당시 피고에게 부스정산일보 2일분만을 제출하였다가, 이 사건 재조사 당시에는 2005. 6. 27.부터 2007. 1. 15.까지의 각 부스정산일보 572장을 제출하였다. 
 8) 가) 이 사건 각 계좌에 2003. 3. 1.부터 2008. 2. 28.까지 입금된 총 금액과 그 중에서 피고가 계좌간 거래 등 공제금액으로 인정한 금액 및 이에 따라 피고가 이 사건 주차료 수입으로 본 금액은 다음 표 기재와 같다. 
귀속이 사건 신한은행 139계좌이 사건 신한은행148계좌 이 사건 경남은행 21 계좌이 사건 경남은행07계좌 이 사건 우체국 계좌 합계 2003 1기238,303,500 - - - 14,641,800 252,945,300 2기118,250,370 44,664,900 - - 38,102,050 201,017,320 2004 1기95,861,000 69,989,650 - - 37,143,600 202,994,250 2기62,521,400 44,903,500 - - 36,754,100 144,179,000 2005 1기78,240,800 46,078,500 - - 40,635,008 164,954,308 2기48,372,500 49,096,200 - - 44,127,890 141,576,190(주4) 2006 1기16,295,000 - 36,441,400 44,882,700 59,048,170 156,667,270 2기540,000 - 37,374,200 53,259,900 44,967,000 136,141,100 2007 1기120,000 - 38,638,300 72,130,800 49,271,000 160,160,100 2기120,000 - 40,346,900 66,128,200 60,238,200 166,833,300 20081기 40,000 -9,600,200 18,481,3007,054,000 35,175,500피고가 인정한 계좌간 거래 등 공제금액(원)- 2003. 3. 7. : 4,649,000- - - 2006. 1. 26. : 500,000- 337,617,450(주6) ？ - 2003. 5. 27. : 480,800 - 2006. 11. 23.(주5) : 877,950- 2003. 12. 4. : 169,000 ？ - 2003. 5. 27. : 139,000 - 2006. 11. 23 : 2,066,055 - 2006. 1. 14. : 134,000 ？ ？ ？ - 2006. 5. 15. : 2,481,090 ？ ？ ？ - 2009. 9. 14. : 1,956,000 ？ 피고가 인정한 이 사건 사업장의 주차료 수입(원)658,664,570 254,732,750 162,401,000 254,882,900 431,982,818 1,762,643,638(주7)
141,576,190
2006. 11. 23.
337,617,450
1,762,643,638
 나) 이에 기하여 피고는 별지 1. 표상의 ‘이 사건 사업장의 주차료 수입금액에서 부가가치세 상당을 뺀 금액’란 기재 각 금액에서 별지 1. 표의 ‘이 사건 예치금 미환급 공제금액(공급가액)’란 기재와 같이 이 사건 예치금 미환급금 113,010,000원{공급대가인 124,311,000원(= 3,767개 × 33,000원)에서 부가가치세를 제외한 금액}을 사업월수(2003. 3.부터 2008. 2.까지 총 60개월)로 안분하여(1개월에 1,883,500원) 각 분기별로 계산한 각 금액을 공제하고 그 나머지를 이 사건 사업장의 매출금액(공급가액)으로 본 끝에 앞서 본 바와 같이 2004. 제1기분부터 2008. 제1기분까지 각 부가가치세 과세표준 신고액에 누락이 있는 것으로 보아 이 사건 각 처분을 하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지
라. 판단
 1) 납세자의 과세표준확정신고에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는바, 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없다 할 것이다. 납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 매출액을 결정하는 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 속한다 할 것이고, 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조).
 2) 이 사건으로 돌아와 살펴보면, 앞서 본 바에서 알 수 있듯이 원고가 이 사건 주차료 수입 내용을 감추기 위하여 2008. 2.경 이 사건 사업장의 주차요금 전산집계프로그램의 하드디스크를 교체하는 한편 피고에게 과세표준을 확정하는데 필요한 장부나 증빙자료를 제출하고 있지 않은 상황이었으므로, 피고가 원고의 이 사건 각 계좌에 입금된 금액을 계산하는 방식으로 이 사건 사업장의 매출금액을 계산한 것은 객관성이 있는 실지조사방법에 속한다고 할 것이다. 게다가 앞서 보았듯이 원고가 이 사건 사업장의 관리소장을 통하여 이 사건 주차료수입을 이 사건 각 계좌로 관리하는 등 하였으므로 이 사건 각 계좌에 입금된 금원은 특별한 사정이 없는 한 이 사건 사업장의 주차료수입으로 추정된다 할 것이다. 
 4) 여기서 원고가 주장하는 바와 같이 피고가 파악한 이 사건 사업장의 주차료수입금액에는 피고가 공제한 금액보다 더 많은 이 사건 예치금 미환급금이 포함되어 있는지(첫 번째 주장)와 이 사건 사업장 주차료수입과 무관하거나 이 사건 각 계좌간 거래에 해당하는 별지 3. 표 기재 합계 53175,295원이 포함되어 있는지(두 번째 주장)에 관하여 살펴본다. 
 가) 먼저 첫 번째 주장에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 울산대학교와 사이의 이 사건 위탁계약이 종료되면 위 정기주차인식표의 소유권을 울산대학교에 이전하되 이에 상응하는 이 사건 예치금 미환급금은 울산대학교에서 원고 대신 지급하기로 약정하고, 원고가 울산대학교에 124,311,000원에 대하여 매출계산서를 발급하여 준 점, 원고 스스로도 이 사건 예치금 미환급금의 액수가 얼마인지에 관하여 구체적인 주장·입증이 없는 점 등에 비추어 원고가 제출하는 증거들만으로는 이 사건 예치금 미환급금이 피고가 인정한 것보다 더 많다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 자료가 없다. 
 하여 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. 
 나) 다음 두 번째 주장에 관하여 보건대, 다음과 같은 이유에서 받아들일 수 없다. 
 (1) 별지 3. 표 1 내지 7번 기재 금원은, 이 사건 각 처분에서 제외된 2003. 제1기 및 제2기 각 부가가치세 등과 관련된 것이다. 
 (2) 같은 표 8번 기재 금원의 경우, 원고는 그 금원(이 사건 신한은행 148 계좌에 2004. 2. 10. 입금된 9,445,450원)은 이 사건 신한은행 139 계좌에서 입금된 금액이므로 이 사건 사업장의 주차료수입에서 제외되어야 한다고 주장하나, 이 사건 신한은행 139 계좌의 거래내역(조세심판원장에 대한 문서송부촉탁에 따라 송부된 문서의일부)에 의하면 이 사건 신한은행 139 계좌에서 세 차례에 걸쳐 1,040,000원, 1,633,500원 및 19,820,700원이 현금으로 출금된 사실은 인정되지만, 그 사실만으로는 같은 표 8번 기재 금원이 이 사건 각 계좌간 거래에 해당하는 것이라고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다(즉 앞서의 추정을 뒤집기 부족하다). 
 (3) 같은 표 9, 10번 기재 각 금원의 경우, 원고는 그 금원들이 이 사건 사업장의 관리소장이었던 소외 1에 대한 대여금이라거나(9번), △△병원에서 입금한 내역(10번)이므로 이 사건 사업장의 주차료수입과 무관하다고 주장하나, 이 사건 신한은행 139 계좌와 이 사건 우체국 계좌의 각 거래내역표(조세심판원장에 대한 문서송부촉탁에 따라 송부된 문서의 일부)의 각 기재에 의하면 이 사건 신한은행 139 계좌에 2001. 3. 2. 3,200,000원이 입금되면서 그 비고란에 ‘소외 1’이라고 기재되어 있고, 이 사건 우체국 계좌에 2005. 11. 21. 979,000원이 입금되면서 그 적요란에 ‘△△병원’이라고 기재된 사실은 인정되지만, 그 사실만으로는 그 각 금원이 이 사건 사업장의 주차료수입과 무관한 것이라고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다(즉 앞서의 추정을 뒤집기 부족하다). 
 (4) 같은 표 11 내지 14번 기재 금원의 경우, 앞서 본 바{위 인정사실 8)의 표 기재}에 의하면, 피고는 그 각 금원을 앞서 본 계좌간 거래 등 공제금액에 모두 포함시켜 피고가 파악한 이 사건 사업장의 주차료 수입액 1,762,643,638원을 산정하였음을 알 수 있다. 
 (5) 같은 표 15 내지 18번 기재 금원의 경우, 이 사건 우체국 계좌 거래내역에 의하면, 이 사건 각 계좌의 입출금을 담당하였던 소외 2이 이 사건 우체국 계좌에 2007. 9. 4.에 8,432,000원을 입금하면서 그 중 200,000원은 타점발행수표로, 2007. 9. 5.에 5,727,000원을 입금하면서 그 중 200,000원을 타점발행수표로, 2007. 9. 11.에 1,959,000원을 입금하면서 그 중 300,000원을 타점발행수표로, 2007. 9. 12.에 873,000원을 입금하면서 그 중 300,000원을 타점발행수표로 각 입금한 사실은 인정되지만, 그 사실만으로 그 각 금원이 이 사건 사업장의 주차료수입과 무관하거나 이 사건 각 계좌간 거래에 해당하는 것이라고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다(즉 앞서의 추정을 뒤집기 부족하다). 
3. 결론
 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 홍성주(재판장) 손주희 우경아