법인세부과처분등취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2011.10.20 / 시행일:

【원 고】 한국허벌라이프 주식회사 (소송대리인 변호사 김수형 외 3인)
【피 고】 강남세무서장 외 1인
【변론종결】2011. 7. 19.
【주 문】
 1. 피고 강남세무서장이 원고에 대하여 한 2007. 3. 28.자 2001 사업연도 법인세 2,239,344,460원의 부과처분 및 2007. 5. 30.자 2004 사업연도 법인세 268,073,720원의 부과처분을 각 취소한다.
 2. 피고 서울지방국세청장이 2007. 8. 10. 원고에 대하여 한 별지 1 〈표 2〉 기재 소득금액변동통지처분을 취소한다. 
 3. 원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 나머지 청구를 기각한다. 
 4. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다. 

【청구취지】 주문 제1, 2항 및 피고 서울지방국세청장이 2007. 3. 29. 및 2007. 5. 7. 원고에 대하여 한 별지 1 〈표 1〉 기재 소득금액변동통지처분을 각 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 미국법인 Herbalife International, Inc(이하 ‘HII'라 한다)가 100% 출자하여 설립한 내국법인으로서 HII가 제공한 기술정보를 이용하여 국내외 제3자 제조업체를 통한 OEM 방식(주문자 상표부착 생산방식)으로 제조된 체중관리 및 영양제품 등을 구입한 후 이를 국내에서 회원으로 등록된 다단계판매원에게 판매하는 형태의 다단계판매업을 영위하고 있다. 
 나. 원고는 HII와 사이에 1996. 11. 18. 라이센스 및 기술지원 계약을, 1999. 1. 1. 프랜차이즈 및 라이센스 계약을 각 체결한 후 HII로부터 기술정보 등을 제공받고 그 대가로 HII에 기술사용료 및 프랜차이즈 사용료를 지급하고 있다. 또한, 원고는 1996. 11. 18. 국외특수관계자인 Herbalife International of America, Inc(HII가 100% 출자하여 설립한 미국소재 회사임, 이하 ‘HIAI’라 한다)와 사이에 경영자문서비스 계약을 체결한 후 HIAI로부터 다단계판매업을 영위하기 위하여 필요한 마케팅, 전산시스템, 다단계판매원의 관리 및 회계·재무지원 등의 용역서비스를 제공받고 그 대가로 HIAI에 경영자문료를 지급하고 있다. 
 다. 피고 서울지방국세청장은 2005. 3. 2.부터 2005. 5. 24.까지 원고의 2001 ~ 2004 사업연도에 대한 법인제세 세무조사를 실시한 후, ① 원고가 2001 ~ 2004 사업연도 기간 동안 HIAI에 지급한 경영자문료 중 14개 항목 합계 6,748,624,000원(이하 ‘이 사건경영자문료’라 한다)은 용역제공의 실체가 확인되지 않거나 제공된 용역이 원고의 사업과 무관하다고 보아 이를 손금불산입하는 한편, ② 원고가 2001, 2004 사업연도 기간 동안 구 국제조세조정에 관한 법률(2006. 5. 24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국조법’이라 한다) 제4조에 규정한 정상가격을 초과하여 기술사용료 등을 지급한 것으로 보아 구 국조법 제5조 제1항 제4호, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국조법 시행령’이라 한다) 제4조 제2호에 의한 거래순이익률방법에 의하여 정상가격을 산정한 다음 정상가격을 초과하여 HII에 지급한 기술사용료 및 프랜차이즈 사용료 합계 3,946,239,098원 및 HIAI에 지급한 경영자문료(이 사건 경영자문료 제외) 합계 4,776,282,460원을 각 손금불산입하는 내용의 세무조사결과를 피고 강남세무서장에게 통보하였다. 
 라. 이에 피고 강남세무서장은 위 세무조사결과를 기초로 2007. 3. 28. 및 2007. 5. 30. 원고에 대하여 아래 표의 ‘당초고지세액’란 기재와 같이 2001, 2002, 2004 사업연도 법인세를 각 경정·고지하였다. 피고 서울지방국세청장은 위와 같이 손금불산입한 이 사건 경영자문료가 HIAI에게 귀속되었다고 보아 HIAI에 대한 기타소득으로 소득처분하면서 원고에게 2007. 3. 29. 2002년 귀속분에 대하여, 2007. 5. 7. 2003 ~ 2005년 귀속분에 대하여 각 별지 1 〈표 1〉기재와 같은 소득금액변동통지를 하였고, 또 위와 같이 손금불산입한 기술사용료, 프랜차이즈 사용료 및 경영자문료(이 사건 경영자문료 제외)가 HII 및 HIAI에 귀속되었다고 보아 HII 및 HIAI에 대한 배당으로 소득처분하면서 원고에게 2007. 8. 10. 별지 1 〈표 2〉 기재와 같은 소득금액변동통지를 하였다. 
 마. 원고는 이에 불복하여 2007. 6. 26. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2010. 7. 20. 후원수당을 매출액에서 차감한 후 원고의 2001 ~ 2004 사업연도 기간의 영업이익률을 재계산하고 이를 기초로 이전가격을 재산정(이하 ‘이 사건 이전가격과세’라 한다)하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다. 
 바. 이에 따라 피고는 2010. 8. 17. 원고에 대하여 아래 표의 ‘감액경정세액’란 기재와 같이 법인세를 각 감액경정 하고, 별지 1 〈표 2〉 ‘감액소득금액’란 기재와 같이 소득금액변동통지의 소득금액을 감액하는 통지를 하였는바, 이와 같이 감액되고 남은 법인세액은 아래 표의 ‘이 사건 부과세액’(과소신고 및 미납부가산세 포함)란 기재와 같고(이하 위 각 당초처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다), 위 각 소득금액변동통지 중 위와 같이 감액되고 남은 소득금액은 별지 1 〈표 2〉의 ‘소득금액’란 기재와 같다. 
＼200120022004당초고지세액4,971,313,680원882,820,915원680,294,240원고지 후 감액경정199,157,230원 감액경정세액2,532,811,990원882,820,915원412,220,520원이 사건 부과세액2,239,344,460원0원268,073,720원
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증의 각 1, 2, 3, 갑 3, 5호증, 갑 4호증의 1 내지 4, 을 1, 2, 3호증의 각 1, 2, 을 6호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 관계 법령
 별지 2 관계 법령 기재와 같다.
3. 이 사건 경영자문료의 손금부인 부분 관련
 가. 원고의 주장 
 1) 원고는 비용절감을 도모하고자 다단계판매업을 영위하기 위하여 필요한 마케팅, 다단계판매원 관리, 재무·회계와 관련된 물적·인적자원을 별도로 보유하지 않고 HIAI와 사이에 경영자문서비스 계약을 체결한 후 HIAI로부터 전 세계 소재 계열회사에 공통으로 적용되는 경영자문용역, 즉 마케팅서비스(마케팅 분석·계획·자료 등), 다단계판매원 서비스(시스템 개발유지, 다단계판매원의 모집·유지, 수당내역서 관리 등), 재무 및 회계서비스(예산, 재무가격산정 회계시스템 개발 및 유지, 재무담당자 교육 등)을 제공받아 왔다. 원고는 피고가 손금불산입한 이 사건 경영자문료(14개 항목) 해당 용역부분도 HIAI로부터 그에 관한 용역서비스를 실제로 제공받았고 그 용역은 원고의 사업운영을 위하여 필수불가결한 것으로서 원고의 수익과 직접적으로 관련이 있으며, 또한 위 경영자문료는 해당 용역을 직접 받은 회사에 먼저 직접 용역비용을 배분하고 나머지 비용을 수혜받은 회사들의 매출총이익 등에 따라 배분하여 청구되고 있으므로 그 배분기준 또한 합리적이다. 따라서 이 사건 경영자문료가 용역제공의 실체가 확인되지 않았다거나 제공된 용역이 원고의 사업과 무관하다고 보아 손금불산입하여 한 피고의 이 사건 처분과 별지 1 〈표 1〉 기재 각 소득금액변동통지처분은 위법하다. 
 2) 피고 서울지방국세청장은 원고가 HIAI에 대하여 지급한 이 사건 경영자문료를 손금불산입하고 이를 기타소득으로 소득처분하면서 2007. 5. 7. 2003년 내지 2005년 귀속분에 대하여 그 소득자를 HII로 하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였는바, 피고는 위 소득금액변동통지서에 소득자를 HII로 표기한 것은 HIAI의 오기라고 하나, HII와 HIAI는 모두 실존하는 회사로서 양자간 동일성이 인정될 수 없으므로 위 2003 ~ 2005년 귀속분 소득금액변동통지는 필요적 기재사항에 중대한 흠결 내지 하자가 있어 위법하다.
 나. 인정사실 
 1) HIAI의 경영자문서비스 제공내용 등 
 가) HII가 100% 출자하여 미국내 설립한 HIAI는 원고를 비롯한 HII 계열회사들이 다단계판매업을 영위하는 데에 필요한 마케팅 지원서비스, 다단계판매원 지원서비스, 재무 및 회계 지원서비스 등의 용역을 제공할 수 있도록 재무관리팀, 인사관리팀, 마케팅관리팀, 다단계판매원서비스팀 등의 70여 개의 부서로 조직되어 있고, 2011. 7. 1. 현재 총 임직원 수는 1,374명에 이르며, 원고를 비롯한 계열회사들과 경영자문서비스 계약을 체결하고 용역 제공업무를 수행하고 있다. 
 나) 원고는 1996. 11. 18. HIAI와 사이에 경영자문서비스 계약을 체결하고 HIAI로부터 아래와 같은 내용의 서비스를 제공받아 왔고, 용역비는 HIAI가 용역을 제공하는 과정에서 발생한 비용과 경비에 10% 수수료를 가산하여 지급하고 있다. 
 ① 마케팅 분야
 HIAI는 원고에게 가장 적합한 마케팅 전략을 수립·조언하는 서비스, 마케팅 부서에 근무하는 직원에 대한 평가 등의 서비스 등을 제공하고 있다. 
 ② 다단계판매원 분야 
 HIAI는 원고 소속 다단계판매원의 교육효과를 높이기 위한 세일즈미팅의 개최 및 다양한 프로그램을 통한 교육을 진행하고 있고, 원고가 사용하는 정보시스템의 소프트웨어를 개발하여 공급함과 아울러 다단계판매원의 관리를 위한 시스템을 구축· 운영하면서 다단계판매원의 자격관리, 배당금 지급, 수익률 관리 등과 관련된 서비스를 제공하고 있다. 
 ③ 재무 및 회계서비스 
 HIAI는 원고가 보유한 물류센터의 영업에 관한 회계 및 재무서비스에 대한 전반적인 자문 및 지침을 제공하고 있고, 은행 및 외화관련 문제 해결, 예산계획 설정 등의 서비스를 제공하고 있다. 
 다) HIAI의 용역비용 배분의 기준 
 HIAI는 경영자문서비스를 제공하는 과정에서 발생한 비용 중 직접 용역관련 비용은 해당 용역을 받은 관계회사에 배분하고 나머지 간접비용을 집계하여 그 중에서 미국 내 사업에만 기여하는 부분을 제외한 나머지 금액을 각 계열회사의 매출총이익에 따라 배분하여 청구하여 왔다. 
 2) 피고 서울지방국세청장의 세무조사실시 경위 및 손금불산입 내역 등 
 가) 피고 서울지방국세청장은 원고가 2003년경부터 매출액과 영업이익률이 큰 폭으로 감소하였음에도 HIAI에 발생원가에 10%를 가산한 경영자문료를 계속하여 지급함으로써 아래 표와 같이 경영자문료 지급 후에 오히려 영업이익률이 더욱 하락된 양상을 띠고 있어 HIAI로부터 제공받은 경영자문서비스와 원고의 수익창출과 사이에 합리적 연관성이 적다고 판단하였다(단위 : 백만 원, %). 
2001200220032004금액비율금액비율금액비율금액비율매출액106,714100100,75210054,92410043,546100매출총이익87,80082.382,96282.345,96883.737,21085.5경영자문료 차감 전 영업이익31,53629.628,34328.111,14520.36,54415.0경영자문료17,86113,2106,6115,427경영자문료 차감 후 영업이익13,67512.815,13415.04,5348.31,1172.6경영자문료 중 손금불산입2,0352,1841,699830
 2) 이에 피고 서울지방국세청장은 2005. 3. 2.부터 2005. 5. 24.까지 원고의 2001 ~ 2004 사업연도에 대한 법인제세 세무조사를 실시하여 원고가 2001 ~ 2004 사업연도 동안에 HIAI에 지급한 총 70여 개 항목 합계 43,109,000,000원의 경영자문료에 대하여 서비스 제공내용, 원고 사업과의 관련성, 비용배분의 적정성 등을 검토한 결과, 그 중 아래 ‘이 사건 경영자문료 내역’표의 14개 항목을 제외한 부분은 앞서 본 바와 같이 원고가 HIAI로부터 제공받은 서비스 등과 관련된 것이고 원고의 사업활동을 위한 것으로서 원고의 소득발생과 합리적인 관련이 있는 것이라 판단하였으나, 아래 표의 14개 항목 합계 6,748,624,000원(이 사건 경영자문료, 전체 중 약 15%에 해당함) 부분은 용역제공의 실체가 없거나 원고의 사업활동과 무관하다고 판단하여 위 금원을 손금불산입하였다.
이 사건 경영자문료 내역순번과목금액1일반 보험비(General Insurance)1,675,367,000원2미국 판매 커뮤니케이션(USA Sales Communication)163,644,000원3미국 마케팅(USA Marketing)474,380,000원4북미 운영비(North America Operation)122,859,000원5국제 신도시 발전기금(International New City Development )373,969,000원6북남미 다단계판매원 서비스비(Distributor Services North ＆ South America)56,379,000원7반품 및 재구매비(Refunds ＆ Repurchases)313,674,000원8임원 사무비(Executive Administration)62,317,000원9허벌라이프 가족기금(Herbalife family foundation)101,056,000원10내부 회계감사(Internal Audit)96,339,000원11규제 및 관리업무(Regulatory ＆ Government Affairs)599,817,000원12태평양 지역센터 분담(Share of Pac Rim Center)1,395,860,000원13컨설팅 수수료(Consulting fee)999,540,000원14보험비 지원(Insurance Assist)313,416,000원합계6,748,624,000원
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3호증, 을 4호증의 1 내지 17의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 다. 판단 
 1) 구 법인세법(2004. 12. 31. 법률 제7289호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항은 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다고 규정하면서, 제2항에서 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있다. 같은 법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항은 같은 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비라 함은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다고 하면서 제17호에서 제1호 내지 제16호 이외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액을 들고 있으나, 이 사건의 경우와 같이 내국법인이 동일한 다국적기업군에 속하는 외국법인으로부터 용역을 제공받은 후 지급한 비용의 손금 산입 여부에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않다. 
 그러나 내국법인이 동일한 다국적기업군에 속하는 외국법인으로부터 용역을 제공받은 경우에, 동일한 다국적기업군에 속하지 않는 제3의 법인이라도 그러한 용역을 제공받기 위하여 대가를 지급할 것으로 예상되고, 그 용역이 출자회사의 주주로서의 지위에서 제공되는 것이 아니라 내국법인의 사업활동을 위한 것이며, 내국법인의 소득 발생과 합리적인 관련이 있는 것이라면, 그와 같은 용역의 제공의 대가로 외국법인에게 지급한 비용은 법인세법 소정의 손비로서 법인의 순자산의 감소를 가져오는 손금에 해당한다고 보아야 할 것이고, 그와 같은 용역 제공의 대가는 외국법인이 당해 용역의 제공을 위하여 독립적으로 운영하는 사업 부분을 유지·관리하기 위하여 소요되는 간접비용도 예외적으로 포함된다고 할 것이며, 다만 위와 같은 간접비용이 예외적으로 포함되기 위하여는 동일한 용역을 제공받는 다수의 계열회사 사이에서 합리적인 기준에 의하여 배분된 것이어야 할 것이다. 
 한편, 법인세 과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다고 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있기 때문에 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합된다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결, 대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조). 
 이하에서는 이러한 법리에 따라 원고가 용역제공의 실체가 있고 원고의 사업내용과 합리적인 관련이 있음을 구체적으로 주장하고 있는 세 가지 항목, 즉 일반 보험비(General Insurance), 태평양 지역센타 분담(Share of Pac Rim Center), 보험비 지원(Insurance Assist) 관련 비용지급의 적정성에 대하여 먼저 살펴보고 나머지 11개 항목 관련 비용지급의 적정성 여부에 관하여 살펴본 다음, 2007. 5. 7.자 2003 ~ 2005년 귀속분 소득금액변동통지처분의 위법 여부에 관하여 보기로 한다. 
 2) 일반 보험비(General Insurance) 항목 관련(앞서 본 ‘이 사건 경영자문료 내역’표 순번 1)
 원고는, HIA가 전 세계 허벌라이프 계열회사들의 위험을 공동으로 담보하기 위하여 보험가입을 통한 각종 서비스를 제공하고 있고, 그 일환으로 원고는 HIAI로부터 제조물 책임배상, 임원손해배상, 해상화물 및 재난관련 손해배상책임과 관련한 보험서비스를 제공받았다고 주장한다. 
 살피건대, 갑 17, 18, 21호증의 각 1, 2, 갑 24, 25호증의 각 기재에 의하면, ① HIAI는 Allied World Assurance Company, Ltd 보험사와 사이에 보험계약기간을 2004. 11. 19.부터 2005. 11. 19.까지로, 보험료를 미화 1,200,000달러로 하는 내용의 제조물책임 보험계약을 체결하였고, 위 보험계약서에서 보험의 배상범위는 ‘전 세계 사업 중 생산물배상책임으로만 한정된다’고 기재되어 있는 사실, 또 HIAI는 Max Re, Ltd 보험사와 사이에 보험계약기간을 2004. 11. 19.부터 2005. 11. 19.까지로, 보험료를 미화 1,650,000달러로 하는 내용의 제조물책임 보험계약을 체결하였고, 위 보험계약서에서 보험의 배상범위는 ‘전 세계 제품’을 대상으로 한다고 기재되어 있는 사실, ② HIAI는 Axis Specialty Insurance Company와 사이에 보험기간을 2004. 7. 31.부터 2005. 7. 31.까지로, 보험료를 미화 160,000달러로 하는 내용의 임원배상책임 보험계약을 체결한 사실, ③ HIAI는 American Home Assurance Company와 사이에 계열회사에 선적·운송되는 상품과 관련한 해상화물보험계약을 체결한 사실, ④ HIAI는 Assicurazioni Generali S.p.a 보험사와 사이에 보험기간을 2001. 12. 1.부터 2002. 12. 1.까지로 하여 전 세계의 지진, 화재, 기타 풍수재해로 인한 재산상 손실에 관한 손해보험계약을 체결한 사실을 각 인정할 수 있으나, 아래에서 인정되는 사실관계 및 사정들에 비추어 보면, 위 인정사실만으로는 HIAI가 체결한 위 각 보험계약이 원고의 사업활동을 위한 것으로서 원고의 수익발생과 합리적인 관련성이 있다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 
 오히려 앞서 든 증거와 증인 고동균의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, HIAI가 체결한 위 각 보험계약은 그 피보험자 내지 수익자가 모두 HII이고(위 각 보험계약의 계약자가 HIAI인지는 분명하지 않으나 Herbalife 그룹 차원에서 위 각 보험계약을 체결한 것으로 보인다), 비록 원고는 HII가 100% 출자하여 설립한 회사라고 하더라도 원고와 HII는 독립한 별개의 법인이므로 원고가 위 각 보험계약으로부터 구체적으로 어떠한 보험수혜를 받을 수 있는 것인지가 불분명하고, 실제로 원고가 위 각 보험계약에 따른 보험혜택을 받은 적도 없는 것으로 보이는 점, 원고는 2004. 12. 31. 현재 삼성화재해상보험 주식회사와 재산종합보험(보험가입금액 미화 4,542,607 달러), 에이스 손해보험과 Commercial General Liabilty 보험계약(보험가입금액 미화 2,000,000달러)을, 직접공제조합과 공제계약 등을 각 체결하고 있어 소비자 보호, 제조물 책임배상 및 해상운송 등 국내 사업과 관련된 대부분의 위험에 대비하여 자체적으로 보험계약을 체결·유지하고 있는 점, 원고 회사의 재경부 차장으로 근무하면서 회계·세무 등의 재무관리 업무 전반을 담당하고 있는 증인 고동균의 진술에 의하더라도 원고는 위 각 국내보험계약을 통하여 국내 사업과 관련된 대부분의 위험에 대비할 수 있고 단지 HIAI가 가입한 위 각 보험계약은 원고가 가입한 위 국내보험의 배상범위보다 그 규모가 더 크다는 점에서 의미가 있을 뿐인 점 등을 종합해 보면, HIAI가 가입한 위 각 보험계약으로 인하여 원고가 부담한 경영자문료 부분과 원고의 사업활동 및 수익발생 사이에 합리적 관련성이 있다고 보기는 어렵다. 
 나아가 HIAI가 체결한 위 각 보험으로 인하여 발생한 비용이 합리적인 기준에 의하여 배분된 것인지에 관하여 보건대, 용역제공의 대가의 청구는 원칙적으로 직접청구방식에 의할 것이나 예외적으로 원가계량이 불가능하거나 실제 수혜자들이 받은 원가를 특정하여 배분하는 것이 어려운 경우에는 간접청구방식에 의할 수 있다 할 것이고, 다만 간접청구방식에 의하여 대가를 산정함에 있어서는 그 대가가 용역의 가치와 충분히 관련이 있고 그 배분기준이 개별 사안의 거래특성에 적합하여야 할 뿐만 아니라 자의적인 조작을 방지하기 위한 장치가 마련되어 있거나 회계원칙에 부합하는 등과 같은 합리성이 인정되어야 할 것이며, 그 합리성의 유무는 간접청구방식에 의한 서비스 지급액을 손금에 산입하고자 하는 원고에게 그 입증책임이 있다고 할 것이다. 
 그런데 이 사건의 경우, HIAI는 원고나 HIAI가 용역제공과 관련하여 청구서나 비용명세서를 작성하지 않은 상태에서 앞서 본 바와 같은 용역비용 배분기준에 따라 단순히 HIAI에게 발생한 총 보험료 등의 비용을 각 계열회사의 총 매출액 중 원고의 매출액이 차지한 비율로 배분하는 간접청구방식에 따라 이 부분 자문료를 산출하였다. 그러나 매출액은 합리적인 배분기준의 한 요소는 될 수 있을지언정 보험혜택에 따른 비용을 단지 매출액만을 기준으로 배분하는 것은 개별 보험의 특성에 적합하다고 볼 수 없음은 물론(예를 들어 해상보험은 운송거리나 운송수단에 따라 위험도가 상이하고, 재난 관련 보험도 각 계열사가 위치한 지역상황 등에 따라 위험도가 상이하며, 임원보상 보험은 각 계열사의 임직원 수와 같은 기준에 의하는 것이 보다 개별 보험의 특성에 적합하다고 할 것이다), 이 부분 자문료의 산출근거가 되는 수치가 구체적으로 어떻게 산출되었는지를 확인할 만한 자료가 없고, 이러한 산출방법에 자의적인 조작을 방지하기 위한 장치가 마련되어 있음을 인정할 자료도 찾아볼 수 없으므로, 이 부분 자문료가 합리적인 기준에 의하여 배분된 것으로 볼 수 없다.
 따라서 이 부분 자문료가 원고의 수익발생과 합리적인 관련성이 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라 합리적인 기준에 의하여 배분되었다고 볼 수도 없다. 
 3) 태평양 지역센터 분담(Share of Pac Rim Center) 항목 관련(위 ‘이 사건 경영자문료 내역’표 순번 12)
 원고는, HIAI와 마케팅 서비스 제공계약을 체결한 Herbalife Australasia(이하 ‘허벌라이프 오스트레일리아’라 한다) 내 Pac Rim Center로부터 국내 마케팅 부서 소속 직원에 대한 평가 및 조언 등의 마케팅 업무지원 서비스를 제공받고 그에 대한 대가를 HIAI에 지급하였다고 주장한다. 
 살피건대, 갑 26호증의 기재에 의하면, HIAI가 허벌라이프 오스트레일리아와 사이에 허벌라이프 오스트레일리아가 환태평양 지역에 위치한 HII 계열회사들에 마케팅 서비스를 제공하고 HII에게 그 비용을 청구하기로 하는 내용의 계약을 체결한 사실은 인정되나, 한편 앞서 본 바와 같이 원고가 HIAI에 지급한 경영자문료 중에는 마케팅 지원서비스 비용이 이미 포함되어 있는 점, 이와 같이 원고가 HIAI에 마케팅 지원서비스 비용을 지급한 상태에서 허벌라이프 오스트레일리아가 원고에 대하여 마케팅 서비스를 제공하였다고 하더라도 그 서비스 비용은 원고가 HIAI에 지급한 마케팅 비용에 포함되어 있다고 볼 여지가 충분하고 그와 별도로 지급하여야 하는 비용인지에 대한 객관적인 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 위 인정사실과 갑 27, 28, 29호증의 각 기재만으로는 원고가 HIAI와 체결한 경영자문서비스 계약에 따른 마케팅 지원서비스와 구별되는 별도의 원고 주장과 같은 마케팅 업무지원 서비스를 허벌라이프 오스트레일리아로부터 제공받았다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 나아가 그와 같은 비용이 원고의 사업활동을 위한 것이고 원고의 수익발생과 합리적인 관련이 있다고 보기도 어려우며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 
 4) 보험비 지원(Insurance Assist) 항목 관련(위 ‘이 사건 경영자문료 내역’표 순번 14)
 원고는, 이 부분 자문료 313,416,000원 중 304,514,000원은 아시아 지역 다단계판매원들을 위한 마케팅 지원의 일환으로 오스트레일리아 시드니시에서 개최된 대규모 이벤트인 2001 APS와 관련된 비용으로서, 원고 소속 다단계판매원들이 참가함으써 발생한 비용을 원고가 부담하게 된 것이라고 주장하나, 갑 30, 31, 32호증의 각 기재만으로는 위 비용이 위 이벤트로 인하여 발생한 것이라거나 원고의 수익발생과 합리적인 관련성이 있다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 오히려 을 14, 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 위 이벤트에 대한 비용을 다른 항목의 비용에 포함시켜 HIAI에 자문료로 지급한 것으로 보이고, 달리 위 비용을 별도의 손금으로 산입하여야 할 근거도 없어 보인다.
 5) 나머지 11개 항목 관련
 갑 3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 미국 판매 커뮤니케이션(USA Sales Communication), 미국 마케팅(USA Marketing) 항목 관련 서비스비용(위 ‘이 사건 경영자문료 내역’표 순번 2) 및 북미 운영비(North America Operation), 북남미 다단계판매원 서비스(Distributor Services North ＆ South America) 항목 관련 서비스비용(위 같은 표 순번 4, 6)은 모두 HIAI 내지 HII의 미국지역 내 사업활동을 위하여 사용된 것으로 보일 뿐, 원고의 사업활동을 위한 것이라거나 원고의 수익발생과 합리적인 관련이 있는 것으로 보이지 않고, ② 국제 신도시 발전기금(International New City Development) 항목 관련 서비스비용(위 같은 표 순번 5)은 HII의 새로운 해외시장의 개발을 위하여 사용된 것으로 보이고, 반품 및 재구매비(Refunds ＆ Repurchases) 항목 관련 서비스비용(위 같은 표 순번 7)도 HIAI의 미국지역 내 반품 및 재구매비로 사용된 것으로 보이며, 내부 회계감사(Internal Audit) 항목 관련 서비스비용(위 같은 표 순번 10) 또한 미국 HIAI의 내부 회계감사와 관련된 것으로 보일 뿐, 위 비용들이 원고의 사업활동을 위한 것이라거나 원고의 수익발생과 합리적인 관련이 있는 것으로 보이지 않으며, ③ 임원 사무비(Executive Administration) 항목 관련 서비스비용(위 같은 표 순번 8)과 관련해서는 HIAI가 지출한 위 임원 사무비 중 대부분이 기부금으로 HIAI의 미국지역 내 사업활동을 위한 것으로 보이고, 허벌라이프 가족기금(Herbalife family foundation) 항목 관련 서비스비용(위 같은 표 순번 9)과 관련해서도 위 허벌라이프 가족기금이 미국 내 단체들(로스엔젤레스 심장재단, 트레이시 병원 등)을 후원하는 허벌라이프 가족재단을 위하여 사용된 것으로 보일 뿐, 위 비용들이 원고의 사업활동을 위한 것이라거나 원고의 수익발생과 합리적인 관련이 있는 것이라고 보이지 않고, ④ 규제 및 관리업무(Regulatory ＆ Government Affairs) 항목 관련 서비스비용(위 같은 표 순번 11) 또한 HIAI 내지 HII의 북남미 지역 내 사업활동을 위하여 사용된 것으로 보일 뿐, 원고의 사업활동을 위한 것이라거나 원고의 수익발생과 합리적인 관련이 있는 것이라고 보이지 않으며, ⑤ 컨설팅 수수료(Consulting fee) 항목 관련 서비스 비용(위 같은 표 순번 13)은 위 비용의 지급근거가 되는 컨설팅 계약서, 총 발생액, 배분기준은 물론 관련 컨설팅 용역이 실제로 제공되었는지, 원고의 수익발생과 합리적인 관련이 있는지에 관하여 원고의 아무런 구체적인 주장·입증이 없으며, 위 ①내지 ⑤ 기재 각 비용이 원고의 사업활동을 위한 것이라거나 원고의 수익발생과 합리적인 관련이 있다는 점에 관한 원고의 구체적인 주장·입증이 없다.
 6) 위 2007. 5. 7.자 2003 ~ 2005년 귀속분 소득금액변동통지의 위법 여부
 가) 구 법인세법 제67조, 같은 법 시행령 제106조는 과세관청은 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액을 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타소득 등으로 처분하도록 규정하고 있고, 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항, 제20조 제1항 제1호, 제21조 제1항 제20호, 제127조 제1항은 위와 같이 법인세법에 의하여 배당·상여·기타소득으로 처분된 소득금액을 소득세의 과세대상으로 하면서 그 소득금액을 지급하는 법인이 이를 원천징수하도록 규정하고 있으며, 구 소득세법 제128조, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것) 제192조 제1항, 소득세법 시행규칙 제100조 제24호에 의하면, 원천징수의 대상이 되는 배당·상여·기타소득으로 처분된 소득금액을 ‘소득금액변동통지서’라는 서식에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 하고, 위 소득금액변동통지서에는 당해 소득의 종류(배당·상여·기타소득), 사업연도, 귀속연도, 소득금액, 소득자의 성명·주소·주민등록번호 등을 기재하도록 되어 있으며, 이와 같이 소득금액변동통지서에 기재된 당해 배당·상여·기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급한 것으로 의제되어 그 때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되는 것으로 규정함과 아울러, 원천징수의무자는 소득금액변동통지를 받은 달의 다음달 10일까지 원천징수세액을 납부하여야 할 의무를 부담하게 된다(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결 등 참조). 
 또한 원천징수하는 소득세는 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정되는 자동확정방식의 조세이므로(국세기본법 제21조 제2항, 제22조 제2항) 그 과세요건이 발생하였을 때 소득자 및 원천징수의무자는 결정되는 것이고, 과세관청이 사외유출된 금액에 대해 소득처분을 한 경우 당해 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법인에 대하여는 소득금액변동통지서가 당해 법인에게 송달된 날에 그 원천징수의무가 성립하는 것과는 달리, 그 소득의 귀속자에 대하여는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지 여부와 상관없이 소득처분이 있게 되면 소득세법 규정에 따라 소득세 과세대상이 되고 소득의 귀속자의 소득세 납세의무는 국세기본법 제21조가 정하는 바에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2004두9944 판결 등 참조). 
 그리고 국세기본법 제2조 제10호는 납세자란 납세의무자와 세법에 따라 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자를 말한다고 규정하고 있고, 구 국세징수법(2011. 4. 4. 법률 제10527호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항은 세무서장 또는 시장, 군수가 국세를 징수하고자 할 때에는 납세자에게 그 국세의 과세연도, 세목, 세액 및 그 산출근거, 납부기한과 납부장소를 명시한 고지서를 발부하여야 한다고 규정하고 있다. 
 위 각 규정의 내용 및 법리에 비추어 보면, 원천징수의무자인 법인에 대한 소득금액변동통지는 원천징수의무자가 사외유출된 소득의 귀속자 및 소득의 종류, 그에 따른 원천징수세액 등을 충분히 알 수 있을 정도로 기재되어 있다면 그 소득금액변동통지 처분이 위법하다고 볼 수 없고, 또한 소득금액변동통지서의 일부 기재사항이 제대로 기재되어 있지 않다고 하더라도 과세관청이 소득금액변동통지에 앞서 보낸 세무조사결과통지 등에 의하여 원천징수의무자가 그와 같은 소득금액변동통지서의 일부기재가 오기이거나 착오기재임을 충분히 알 수 있었고 그로 인하여 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 지장을 받지 않았음이 명백하다면 그 소득금액변동통지 처분이 위법하다고 볼 수는 없다.
 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들 및 을 8, 9호증의 각 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 서울지방국세청장은 원고가 2002 ~ 2004 사업연도에 HIAI에게 지급한 경영자문료 중 이 사건 경영자문료를 손금불산입하고 위 손금불산입(익금산입)한 금액이 HIAI에게 귀속되었다고 보아 HIAI에 대한 기타소득으로 소득처분하면서 원고에게 2007. 3. 29. 2002년 귀속분에 대하여, 2007. 5. 7. 2003 ~ 2005년 귀속분에 대하여 각 소득금액변동통지를 하였는데, 위 2007. 3. 29.자 소득금액변동통지서에는 소득종류 란에 ‘기타소득’으로, 사업연도 및 귀속연도 란에 ‘2001’ 및 ‘2002’로, 소득금액 란에 ‘2,035,186,991원, 256,493원’으로, 소득자의 성명 란에 ‘Herbalife International of America, Inc’(HIAI)로, 주소 란에 ‘(주소 생략), East Century-City, C.A. USA'로 각 기재되어 있고, 위 2007. 5. 7.자 소득금액변동통지서에도 마찬가지로 소득종류 란에 ‘기타소득’으로, 사업연도, 귀속연도 및 소득금액 란에 각 별지 1 〈표 1〉의 (2) 기재 각 해당란과 같이, 소득자의 주소 란도 ‘(주소 생략), East Century-City, C.A. USA'로 각 기재되어 있는데, 다만 소득자의 성명 란에 ‘Herbalife International, Inc’(HII)로 기재되어 있는 사실, 이보다 앞선 2006. 3.경 피고 서울지방국세청장은 앞서 본 바와 같이 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 원고가 HIAI에게 지급한 2001 ~ 2004 사업연도 경영자문료 중 이 사건 경영자문료가 그 용역의 실재성이 입증되지 않거나 원고의 수익과 무관하다고 보아 손금불산입하고 기타소득으로 소득처분하겠다는 내용의 세무조사결과를 통지한 사실을 인정할 수 있다. 
 위 인정사실에 의하면, 위 2007. 3. 29.자 및 2007. 5. 7.자 소득금액변동통지는 모두 원고가 2002 ~ 2004 사업연도에 HIAI에게 지급한 이 사건 경영자문료를 손금불산입하고 그 귀속자인 HIAI에 대하여 기타소득으로 처분함에 따른 원천징수 소득세에 대한 소득금액변동통지이고, 다만 2002년 귀속분 원천징수세액에 대하여는 2007. 3. 29.에, 2003 ~ 2005년 귀속분 원천징수세액에 대하여는 2007. 5. 7.에 각 그 소득금액변동통지서에 의하여 원고에게 통지가 이루어진 것임을 알 수 있으므로, 이미 2006. 3.경 세무조사결과통지 및 2007. 3. 29.자 소득금액변동통지를 받은 원고로서는 그 후에 이루어진 2007. 5. 7.자 소득금액변동통지서에 비록 그 소득자가 ‘HIAI’가 아닌 ‘HII’로 잘못 기재되어 있었다 하더라도 이는 ‘HIAI'의 오기 또는 착오기재임을 충분히 알 수 있었다고 할 것이고, 그로 인하여 위 소득금액변동통지 처분에 대한 불복 여부의 결정 이나 불복신청에 지장을 받지 않았음도 명백해 보이므로, 위 2007. 5. 7.자 소득금액변동통지가 그 필요적 기재사항에 하자가 있어 위법하다고 볼 수는 없어, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 라. 소결 
 따라서 이 사건 경영자문료(14개 항목)가 원고의 사업활동을 위한 것이라거나 원고의 수익발생과 합리적인 관련이 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라 합리적인 기준에 의하여 배분되었다고 보기도 어려우므로, 이 사건 처분 중 이 사건 경영자문료가 법인세법 제19조 제2항에서 정하고 있는 손금에 해당하지 않는다는 전제에서 이루어진 법인세 부과부분 및 별지 1 〈표 1〉 기재 각 소득금액변동통지처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다. 
4. 이 사건 이전가격과세 부분 관련
 가. 당사자의 주장 
 1) 원고의 주장 
 가) 제3자 비교대상업체를 기준으로 이전가격 과세조정을 하고자 하는 경우 ‘정상가격’이라 함은 구 국조법 제2조 제1항 제10호에 따라 내국법인이 국외특수관계자가 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 의미한다. 그런데 피고들이 선정한 비교대상업체 중 유로통상 주식회사(이하 ‘유로통상’이라 한다)는 2002. 6. 30. 의류사업 부분을 버버리코리아 주식회사(이하 ‘버버리코리아’라 한다)에 양도할 때까지 영국 소재 버버리사의 국내 에이전트로서 매출 및 매입거래의 60% 이상을 위 버버리사의 의류상품에 의존해왔고, 주식회사 비에스케이코퍼레이션(이하 ‘비에스케이코퍼레이션’이라 한다)은 영국 소재 The Body Shop International PLC(이하 ‘더 바디샵’이라 한다)의 독점프랜차이즈로서 매출 및 매입거래의 100%를 더 바디샵의 화장품 및 관련 상품에 의존하고 있는바, 유로통상은 버버리사와 사이에, 비에스케이코퍼레이션은 더 바디샵과 사이에 각 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제4호 소정의 특수관계에 있어 비교대상업체로 적합하지 않다. 
 나) 또한 원고와 피고들이 선정한 비교대상업체들 간에는 그 취급제품이나 거래단계 등에 중대한 차이가 있어 각 거래 사이에 비교가능성이 낮음에도 원고와 비교대상업체들의 연도별 영업이익률을 비교하는 방법으로 이 사건 이전가격 과세조정이 이루어진 것은 위법하다. 
 2) 피고들의 주장 
 가) 이 사건 이전가격과세와 관련하여 피고들이 정상가격 산출방법으로서 거래순이익률 방법을 적용한 것은 합리적이고, 비교대상업체의 선정 또한 적합하여 이 사건 처분은 적법하다. 
 나) 설령 이 사건 이전가격 과세조정에 관한 원고의 주장이 받아들여져 그 부분 2001, 2004 사업연도 귀속분 법인세 부과처분이 취소된다고 하더라도, 2002 사업연도의 경우 조세심판원의 결정에 따라 고지세액을 한도로 감액경정하였던 31억 원을 다시 증액경정하게 되어 전체적으로는 오히려 원고에게 더 손해가 된다고 할 것이므로 이 부분 법인세 부과처분의 취소를 구할 소의 이익이 없어 이 부분 청구는 부적법하다.
 나. 피고들의 위 본안전항변에 대한 판단 
 원고가 2001, 2004 사업연도의 법인세를 증액경정한 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건에 있어서, 설령 피고 강남세무서장이 그 주장과 같이 증액경정한 이 사건 처분이 취소된다면 이로 인하여 차후 원고의 2002 사업연도의 법인세액을 증액경정하게 되어 세액면에서는 전체적으로 원고에게 손해가 된다고 하더라도 이러한 사정만으로 이 사건 처분의 취소를 구할 소의 이익이 없다고 볼 수는 없으므로, 피고들의 위 본안전 항변은 이유 없다.
 다. 인정사실 
 1) 이 사건 이전가격 과세조정의 경위 등
 가) 피고 서울지방국세청장은 원고의 2000 ~ 2004 사업연도 평균 매출총이익률이 81.9%에 이르고 있음에도 다단계판매원들에게 지급하는 후원수당을 제외한 매출이익을 경영자문료, 기술사용료, 프랜차이즈사용료 등의 명목으로 해외 모회사인 HII 및 HII가 100% 출자한 특수관계법인인 HIAI에 과다 지급함으로써 평균 영업이익률이 12% 수준에 불과하여 HII 및 HIAI에 과세소득이전 혐의가 있다고 판단하여 앞서 본 바와 같이 원고의 2001 ~ 2004 사업연도에 대한 세무조사를 실시하였다. 
 나) 피고 서울지방국세청장은 구 국조법 제4조, 제5조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제4조 제2호에 따른 거래순이익률방법(영업이익률 사용방법)에 의하여 정상가격을 산정함에 있어 다음과 같은 과정을 거쳐 비교대상업체를 선정하였다. 우선 원고와 동종업종을 영위한다고 판단되는 81개 업체들을 선정한 후, 그 중 외부감사를 받지 않은 업체 35개, 폐업 또는 피합병된 업체 9개, 신규사업자 또는 2년 연속 영업손실을 입은 업체 9개, 특수관계자와의 거래가 50%를 초과하는 업체 12개, 원고의 업종과 기능이 상이한 업체 12개를 제외한 4개 업체, 즉 주식회사 하이리빙(이하 ‘하이리빙’이라 한다), 비에스케이코퍼레이션, 주식회사 아이피시통상(이하 ‘아이피시통상’이라 한다), 유로통상을 비교대상업체로 최종 선정하였다. 
 2) 원고와 비교대상업체들의 2001 내지 2004 사업연도 영업이익률은 다음과 같다. 
2001200220032004다년도 평균하이리빙15.7%10.4%7.20% 5.9%9.8%비에스케이코퍼레이션 26.2% 24.9% 23.6% 15.9%22.65%아이피시통상-- 11.7% 9.8%10.75%유로통상23.1%11.4%9.1%-14.53%원고15.2%17.2%11.3%4.5%12.05%
 3) 피고 서울지방국세청장은 원고의 각 사업연도별 영업이익률을 비교대상업체의 각 사업연도별 영업이익률의 범위와 비교하여 아래 표와 같이 이전가격 소득조정액을 산출하였다.
2001200220032004평균정상가격 범위상위사분위수24.9%21.2%17.1%14.0%19.3%중위수21.6%10.6%9.2%8.9%12.5%하위사분위수17.4%10.2%7.6%6.9%10.5%원고 영업이익률15.2%17.2%11.3%4.5%12.05%소득조정 여부조정조정조정 후 매출액105,714,000,000원43,546,000,000원정상 영업이익률21.6%8.9%정상 영업이익23,050,000,000원3,875,000,000원신고 영업이익16,273,000,000원1,947,000,000원소득조정액6,777,000,000원1,928,000,000원2001년도분에 포함된 2000년도분 조정546,000,000원최종 소득조정액6,231,000,000원1,928,000,000원
 4) 원고와 비교대상업체들의 취급 제품 및 거래단계는 다음과 같다. 
취급 제품거래단계원고건강보조식품(다이어트, 비타민), 스킨케어 제품 수입다단계판매하이리빙가정생활용품, 건강보조식품다단계판매비에스케이코퍼레이션화장품 수입화장품도매아이피시통상화장품, 향수, 목욕제품 수입화장품도매유로통상의류, 화장품 수입화장품도매
 5) 원고의 2001 ~ 2004 사업연도 기간 동안의 매출 상위 5개 제품은 체중조절과 관련된 건강보조(다이어트)식품이고, 참고로 원고의 2005 사업연도 기준 매출 상위 5개 제품과 그 비율은 다음과 같다. 
매출액제품명종류비율총 매출액47,884,198,385100%1위5,951,052,904허벌 알로에 겔건강보조식품12.4%2위5,926,350,420원뉴트리셔널 프로틴 드링크 믹스건강보조식품12.4%3위5,901,792,290원인스턴트 허벌 베버리지건강보조식품12.3%4위2,266,746,417원뉴스리셔널 프로틴 드링크믹스-초콜렛맛건강보조식품4.7%5위1,867,110,334원서모제틱스 퍼포먼스 프로틴 파우더건강보조식품3.9%합계45.8%
 6) 한편, 1996. 12. 28. 설립된 비에스케이코퍼레이션은 1997. 2.경 더 바디샵과 체결한 독점프랜차이즈계약을 통해 20년간 화장품 및 관련상품의 국내판매에 대한 독점적 권한을 획득하였고, 현재까지 매출 및 매입거래의 대부분은 더 바디샵의 화장품 및 관련상품이다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3, 5, 6, 7, 11, 15호증, 을 7, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 라. 판단
 1) 구 국조법 제4조 제1항은 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다, 이하 같다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하면서, 제5조 제1항 제4호는 정상가격을 산출하는 방법의 하나로서 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한하여 ‘대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법’을 들고 있다. 구 국조법 시행령 제4조 제2호는 위 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법의 하나로서 거래순이익률방법, 즉 거주자와 국외 특수관계자간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자간의 거래 중 당해 거래와 유사한 거래에서 실현된 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법을 규정하고 있고, 제5조 제1항은 국조법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다고 규정하면서 그 제1호에서 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래 사이에 비교가능성이 높을 것을, 제3호에서 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래를 비교하기 위하여 설정된 경제여건·경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것을 각 규정하고 있으며, 제2항은 제1항 제1호의 규정에 의하여 비교가능성이 높은지의 여부를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제요건 등의 요소를 분석하여야 한다고 규정하고 있다. 
 위 각 규정내용을 종합해 보면, 이 사건의 정상가격 산정을 위해서는 ① 특수관계가 없는 자간의 국제거래라는 비교대상이 있어야 하고, ② 동 거래는 문제되는 당해 국제거래와 비교가능성이 높을 것이 요구된다. 이 때 비교가능성이 높은지 여부를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제여건 등의 요소를 분석해야 한다. 한편, 과세처분 취소소송에 있어 당해 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로, 과세관청은 거주자와 국외 특수관계자 사이의 거래에서 형성된 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과한다는 이유로 정상가격을 산정하여 이를 토대로 과세표준 및 세액을 결정하기 위해서는 과세처분의 기초가 된 정상가격이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 산정한 것임을 증명하여야 한다. 
 2) 먼저, 유로통상과 버버리사 및 비에스케이코퍼레이션과 더 바디샵이 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제4호 소정의 특수관계에 있는지 여부에 관하여 보기로 한다.
구 국조법 제2조 제1항 제8호, 같은 법 시행령 제2조 제1항 소정의 특수관계에 있다고 하려면 단순히 일방과 타방 사이에 위 시행령 제2조 제1항 제4호 각 목의 사유가 있다는 것만으로는 부족하고, 위 제4호 각 목의 사유와 같은 방법에 의하여 ‘일방이 타방의 사업방침의 전부 또는 중요한 부분을 실질적으로 결정할 수 있는 경우’에 해당하여야 할 것이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두14364 판결 등 참조).
 살피건대, 원고 주장과 같이 비록 비에스케이코퍼레이션이 사업활동의 50% 이상을 더 바디샵과의 거래에, 유로통상이 사업활동의 50% 이상을 영국 버버리사와의 거래에 각 의존하고 있다고 하더라도(원고가 제출한 증거들만으로는 비에스케이코퍼레이션의 더 바디샵에 대한, 유로통상의 버버리사에 대한 각 거래의존 비율이 50% 이상이 된다고 인정하기도 어렵다), 버버리사가 유로통상의 각 사업방침의 전부 또는 중요한 부분을 실질적으로 결정할 수 있는 지위에 있었음을 인정할 만한 아무런 자료가 없을 뿐만 아니라 갑 6, 9호증의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 비에스케이코퍼레이션의 경우 대주주인 일신창업투자 주식회사와 그 특수관계자가 100%의 지분을 가지고 있는 사실상 1인 회사이고, 유로통상의 경우 2002. 6. 30. 의류사업 부분을 버버리코리아에 양도한 사실에 비추어 볼 때, 더 바디샵이 비에스케이코퍼레이션의, 버버리사가 유로통상의 각 사업방침의 전부 또는 중요한 부분을 실질적으로 결정할 수 있는 지위에 있었다고 보기 어려우므로, 비에스케이코퍼레이션과 더 바디샵이, 유로통상과 버버리사가 각 구 국조법 제2조 제1항 제8호, 같은 법 시행령 제2조 제1항 제4호 소정의 특수관계에 있다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 3) 다음으로, 앞서 본 법리에 비추어 피고 강남세무서장이 산출한 정상가격이 적법한지 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지를 통하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 피고 강남세무서장이 정상가격을 산출하기 위하여 선정한 비교대상업체들은 원고와 사이에 그 취급제품이나 거래단계, 시장 여건 등에 중대한 차이가 존재하여 비교가능성이 낮아 비교대상업체로 적합하지 않을 뿐만 아니라 그와 같은 차이를 극복할 수 있을 정도의 합리적인 조정이 이루어졌음을 인정할 만한 아무런 자료도 없으므로, 위와 같이 비교가능성이 없는 비교대상업체들을 기준으로 산출한 정상가격을 기초로 이루어진 이 사건 이전가격과세 조정은 위법하다고 할 것이다.
 가) 취급 재화의 종류 및 특성, 사업활동의 기능 등 관련
 원고가 취급하는 제품 중 매출 5개 상위 제품은 건강보조식품(다이어트식품)으로 전체 매출액의 절반 이상에 이르고, 원고의 거래는 OEM 방식을 통해 제조·수입한 제품을 다단계판매원에게 판매하는 다단계판매 형태를 띠고 있다. 반면에 피고가 선정한 비교대상업체 중 하이리빙을 제외한 나머지 업체들은 모두 의류나 화장품 등을 취급하고 건강보조식품을 취급하지 아니할 뿐만 아니라 다단계판매방식이 아닌 일반적인 도매 또는 소매방식을 취하고 있다. 결국 위 업체들은 취급 제품이나 거래 단계(사업활동의 기능)에 질적인 차이가 있어 이 점에서 비교가능성이 낮다고 할 것이다. 
 나) 시장여건의 변화, 경제여건 등
 원고는 HII 및 HIAI에 대하여 원화결제가 아닌 달러결제 방식으로 기술사용료, 프랜차이즈사용료 및 경영자문료를 지급해 온 관계로 원/달러 환율변동에 따라 영업이익이 상당부분 좌우되고 있으나, 피고가 선정한 비교대상업체 중 하이리빙은 순수하게 국내에 기반을 둔 다단계업체로서 환율변동에 거의 영향을 받지 아니함에도 피고는 이 사건 이전가격 과세조정을 함에 있어 하이리빙을 비교대상업체로 사용하면서 환율변동에 따른 영업이익의 차이를 조정하였다는 사정은 보이지 아니한다. 
 다) 앞서 본 바와 같이 원고의 매출액은 2002년 100,752,000,000원에서 2003년 54,924,000,000원, 2004년 43,546,000,000원으로, 원고의 영업이익률은 2002년 17.2%에서 2003년 11.3%, 2004년 4.5%로 크게 변동하고 있는바, 이는 원고가 속한 다단계판매업이라는 업종과 원고의 주력제품인 건강보조식품의 특성상 경기변동에 민감하게 영향을 받을 수밖에 없기 때문인 것으로 보이는바, 이러한 영향을 고려하여 다년간 평균수치를 이용한 다년도 접근법을 사용할 경우 피고가 선정한 비교대상업체를 그대로 인정한다고 하더라도 원고의 2001 ~ 2004 사업연도의 평균 영업이익률은 12.05%로서 정상가격 범위(상위 사분위값 평균 19.3% ~ 하위 사분위값 10.5%)에 있어 이전가격 소득조정액이 산출되지 아니한다. 
 라) 이 사건에서 원고는 비교대상업체 모두와 사이에 취급 제품의 종류와 거래 단계(사업활동의 기능), 환율을 비롯한 경제여건 등에서 본질적으로 상이함에도 불구하고 그로부터 야기되는 순이익이 미치는 영향의 차이는 조정되지 않은 것으로 보이고, 달리 위와 같은 거래의 차이를 극복할 수 있을 정도의 합리적인 조정이 이루어졌음을 인정할 만한 아무런 자료도 없다.
 마. 소결 
 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 이전가격 과세조정으로 인한 2001, 2004 사업연도 법인세 부과부분과 별지 1 〈표 2〉 기재 소득금액변동통지처분은 위법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 
5. 이 사건 처분의 취소 범위
 이상에서 살펴본 바와 같이 이 사건 처분 중 이 사건 이전가격 과세조정으로 인한 부과부분에 대한 원고의 주장은 이유 있으므로, 이 사건 변론 종결시까지 당사자가 제출한 원고의 2001 및 2004 사업연도의 각 법인세에 대한 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 심리확정한 후 이를 초과하는 부분만을 취소하는 것이 원칙이라 할 것이다.
 그러나 제출된 모든 자료에 의하여도 정당한 세액이 산출되지 않는 경우라면, 법원은 과세관청이 아니므로 부득이 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 처분은 이 사건 이전가격 과세조정으로 인한 부분뿐만 아니라 이 사건 경영자문료에 대하여도 손금불산입의 조정이 이루졌음을 알 수 있고, 2001, 2004 각 사업연도에 대하여 이 사건 이전가격 과세조정으로 인한 손금의 산입내역 및 그에 따른 전체적인 법인세액 계산내역을 확인할 수 없어, 변론종결 당시까지 제출된 모든 자료에 의하더라도 이 법원이 원고의 법인세와 가산세액 전부를 새로이 산정하는 것은 불가능한 경우에 해당하므로, 이 사건 처분 전체를 취소하기로 한다. 
6. 결론
 따라서 피고 강남세무서장의 이 사건 처분에 관한 원고의 취소청구는 위 인정범위 내에서 이유 있고 나머지 청구는 이유 없으나, 정당한 세액을 새로이 산출하는 것이 불가능하므로, 피고 강남세무서장이 이 사건 처분에 따른 법인세(가산세 포함)를 다시 산정하여야 한다는 의미에서 이를 전부 인용하고, 피고 서울지방국세청장의 이 사건 이전가격 과세조정으로 인한 별지 1 〈표 2〉 기재 소득금액변동통지처분에 관한 원고의 청구는 이유 있어 인용하며, 이 사건 경영자문료 관련 별지 1 〈표 1〉 기재 소득금액변동통지처분에 관한 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다. 
[별지 생략]

판사 조일영(재판장) 김강산 김용태