부가가치세부과처분등취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2021.12.29 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 서울주택도시공사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 유철형 외 2인)
【피고, 항소인】 양천세무서장
【피고, 피항소인】 서울지방국세청장 (소송대리인 법무법인(유한) 주원 담당변호사 양근복)
【제1심판결】 서울행정법원 2020. 8. 11. 선고 2019구합59684 판결
【변론종결】2021. 10. 13.
【주 문】
 1. 제1심판결 중 피고 양천세무서장에 대한 부분을 취소하고, 원고의 피고 양천세무서장에 대한 청구를 기각한다.
 2. 원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 항소를 기각한다. 
 3. 원고와 피고 양천세무서장과 사이에 생긴 소송 총비용 및 원고와 피고 서울지방국세청장과 사이에 생긴 항소비용은 모두 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지 
 피고 양천세무서장이 2013. 6. 10. 및 2013. 10. 21. 원고에 대하여 한 별지1 목록 ‘부가가치세(본세)’란 기재 각 부과처분을 모두 취소한다. 피고 서울지방국세청장이 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 세무조사 결과통지를 취소한다. 
 2. 항소취지
 가. 원고
 제1심판결 중 피고 서울지방국세청장에 대한 부분을 취소하고, 피고 서울지방국세청장이 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 세무조사 결과통지를 취소한다. 
 나. 피고 양천세무서장
 주문 제1항과 같다. 
【이 유】1. 처분의 경위 및 관계 법령
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결문 2쪽 11행부터 5쪽 8행까지 부분("1. 처분의 경위" 부분) 기재와 같으므로(그 "별지2" 부분 포함), 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
2. 원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 청구에 관한 판단
가. 제1심의 직권판단(제소기간 도과)에 관한 판단
1) 원고의 주장 요지 
 제1심은 이 사건 소 중 원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 이 사건 세무조사 결과통지 취소 청구 부분에 관하여, 직권으로 원고가 2018. 1. 10. 이 사건 세무조사 결과통지를 수령하였음에도 90일의 제소기간이 도과된 후에 소를 제기하여 부적법하다고 보아 이 부분 소를 각하하였다. 
 이에 대하여 원고는, 2018. 1. 10. 이 사건 세무조사 결과통지를 수령한 다음 90일 이내에 피고 서울지방국세청장을 상대로 조세심판원에 이 사건 세무조사 결과통지의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으므로, 제소기간 도과의 위법이 없음에도 제1심법원이 이 사건 소 중 원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 부분을 제소기간 도과를 이유로 부적법하다고 보아 각하한 것은 위법하다고 주장한다. 
2) 제소기간 도과 여부 
가) 국세기본법에 의하면, 재조사 결정에 따른 처분에 대해서는 해당 재조사 결정을 한 재결청에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 있고(제55조 제5항 단서), 재조사 결정에 따른 처분에 대한 행정소송은 위 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 하며(제56조 제4항 제2호 본문), 재조사 결정에 따른 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하고도 제기할 수 있으나(제56조 제2항 단서), 심사청구 또는 심판청구를 거치지 아니한 경우에는 재조사 후 행한 처분청의 처분의 결과 통지를 받은 날부터 90일 이내에 행정소송을 제기하여야 한다(제56조 제4항 제1호 본문).
나) 제1심판결에서 인정한 사실 및 갑 제35 내지 38호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재를 종합하면, 원고가 2018. 1. 10. 이 사건 세무조사 결과통지를 수령한 후 2018. 2. 9. 조세심판원에 피고 양천세무서장 및 피고 서울지방국세청장을 상대로 당초 부과처분 및 이 사건 세무조사 결과통지의 취소를 구하는 심판청구를 제기한 사실, 조세심판원은 2018. 12. 21. ‘당초 부과처분은 무신고·납부불성실·미등록 및 세금계산서미교부 가산세를 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다’는 일부 인용결정을 하였고, 이에 원고가 그로부터 90일이 경과하기 전인 2019. 3. 20. 제1심법원에 피고들을 상대로 이 사건 소를 제기한 사실을 인정할 수 있다. 따라서 이 사건 소 중 원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 부분 역시 제소기간을 준수하여 적법하다고 할 것이므로, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 
나. 원고의 본안청구에 관한 판단
1) 원고 주장 요지 
 피고 서울지방국세청장은 원고로부터 재조사 결정에 따른 추가 자료 의견서를 제출받은 바로 다음날 당초 부과처분이 정당하다는 취지의 이 사건 세무조사 결과통지를 하였으므로, 이 사건 세무조사 결과통지는 사실상 이 사건 재조사 결정의 취지에 따른 재조사 없이 이루어진 것으로 국세기본법 제80조, 제81조에서 정한 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하다. 
2) 재조사 결정의 기속력에 반하는지 여부
가) 심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사 결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로, 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다고 보아야 한다. 따라서 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다(대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결 참조).
나) 제1심판결에서 인정한 사실 및 그 인정근거로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 피고 서울지방국세청장이 이 사건 재조사 결정과 이에 따른 원고의 추가 자료 제출이 있었음에도 원고에게 ‘재조사 결과 당초 과세처분이 정당하다’는 취지로 이 사건 세무조사 결과통지를 한 것이, 이 사건 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 이에 관한 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 
(1) 피고 서울지방국세청장이 2018. 1. 9. 원고로부터 재조사를 위해 요청했던 자료를 송달받은 바로 다음날인 2018. 1. 10. 원고에게 ‘재조사 결과 당초 과세가 정당하다’는 취지로 이 사건 세무조사 결과통지를 한 사실이 인정되기는 한다. 
(2) 그러나 이 사건 재조사 결정은 과세관청으로 하여금 원고의 집단에너지 공급사업이 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조의5 제1항 소정의 면세사업에 해당하는지, 이 사건 용역과 관련한 원고의 매입세액이 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제7호 소정의 사업자등록 전 매입세액에 해당하는지 등에 관한 과세요건사실을 재조사하여 그 결과를 반영하라는 내용으로, 당초 부과처분이 위법하다거나 이를 원고에게 유리하게 변경하라는 취지로 보기는 어렵다. 
(3) 이 사건 재조사 결정에 따라 피고 서울지방국세청장은 2017. 12. 19. 원고에게 세무조사 사전통지서를 송달하고, 2018. 1. 5. 원고에게 이 사건 용역이 공익법인이 공급하는 면세용역에 해당하는지 여부와 관련 매입세액에 대해 등록 전 매입세액으로 공제하지 않은 것 등에 대한 의견 및 장부·서류 등 자료의 제출을 요구하였고, 2018. 1. 9. 원고로부터 원고의 사업자등록과 재정경제부장관의 2004. 3. 15.자 질의회신 경위 등에 관한 사실관계 및 위 각 쟁점에 대한 의견 등이 담긴 의견서를 모두 제출받아 이를 조사하였다. 이러한 사정에 비추어 보면, 피고 서울지방국세청장의 이 사건 세무조사 결과통지는 사실관계를 재조사한 후에 당초 과세처분을 유지한 것으로 보인다. 
(4) 더구나 서울지방국세청은 그 무렵 이미 원고의 2012, 2014, 2015 사업연도 귀속 법인세에 대한 정기세무조사를 하고 있었고, 2018. 1. 9. 과세사실판단자문위원회로부터 원고가 당초 부과처분에 따라 납부하고 서울특별시에 대한 장기대여금으로 회계처리한 부가가치세(가산세 포함) 225,880,034,450원이 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목 소정의 업무무관 가지급금에 해당한다는 의결결과도 통보받은 상황이었다. 
3. 원고의 피고 양천세무서장에 대한 청구에 관한 판단
가. 당사자들의 주장 요지
1) 원고 주장 요지 
가) 이 사건 부과처분은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반하는 것으로 위법하다.
나) 원고는 서울특별시로부터 집단에너지 공급사업에 필요한 사무 처리를 위탁받아 수행하였는바, 이는 일종의 준위탁매매인의 지위에서 서울특별시로부터 이 사건 사업비를 지급받아 위탁수수료를 제외한 나머지 사업비를 위 공급사업의 비용으로 서울특별시의 지출을 대행한 것에 불과하고, 위 공급사업은 어디까지나 서울특별시의 계산으로 진행된 사업이므로, 이 사건 사업비는 경제적 관점에서 이 사건 용역의 공급과 대가관계에 있지 아니하여 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다. 
다) 원고가 서울특별시로부터 위탁받아 수행한 집단에너지 공급사업은 공익을 목적으로 하는 사업에 해당하고 서울특별시로부터 실비를 변상받았을 뿐이므로, 이 사건 용역은 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항에 따른 부가가치세 면제 대상에 해당한다.
라) 원고는 2002. 4. 18. 과세사업자로 사업자등록을 마쳤으므로, 그 후 면세사업자로 사업자등록 정정이 이루어졌다 하더라도 이 사건 용역 관련 매입세액을 사업자등록 전 매입세액으로 보아 공제하지 않은 것은 위법하다.
마) 원고가 서울특별시로부터 위탁협약 제12조에 따라 지급받은 위탁수수료는 본점의 일반회계에 귀속되었고 원고의 본점이 당사자로서 위탁협약을 체결하였으므로 위탁수수료 부분은 원고가 당초 신고·납부한 바와 같이 본점 사업장의 과세표준에 포함되어야 한다. 따라서 이 사건 부과처분 중 위탁수수료에 관한 부분은 사업장별 과세원칙을 위반한 것으로 위법하다.
바) 이 사건 사업비를 이 사건 용역의 대가로서 부가가치세의 과세표준에 포함된다고 보더라도, 원고는 서울특별시로부터 사업비 총액을 실비로 지급받은 것이므로 피고 양천세무서장으로서는 그중 과세표준의 1/11을 부가가치세로 부과하여야 하고, 이 사건 부과처분과 같이 1/10을 부가가치세로 부과하여서는 아니 된다.
사) 피고 양천세무서장은 2003년 원고에게 부가가치세를 환급함으로써 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상이라는 공적인 견해표명을 하였고, 그 후 원고의 사업자등록 정정신고를 수리하여 면세사업자용 사업자등록증을 발급한 후 이 사건 부과처분이 있기 전까지 10년 이상 원고의 부가가치세 면세 신고에 대해 시정지시 없이 신고 내용대로 접수하여 왔으며, 원고는 이와 같은 비과세 관행을 신뢰하여 서울특별시로부터 사업비에 대한 부가가치세를 거래징수하지 않았으므로, 이 사건 부과처분은 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다.
2) 피고 양천세무서장의 주장 요지 
가) 구 부가가치세법 시행령 제7조 제8항은, 법인세법상 면세사업자로만 사업자등록을 마치고 부가가치세법상으로는 사업자등록을 하지 않고 면세사업을 영위하던 사업자가 과세사업을 추가하여 겸영하고자 하는 경우에 부가가치세법상 신규로 사업자등록을 하지 않더라도 사업자등록정정신고서를 제출하는 것만으로도 적법한 사업자등록 신청을 한 것으로 본다는 규정으로서, 원고가 사업단에 대하여 2002. 4. 18.자 사업자등록정정신고서를 제출하여 발급받은 과세사업자용 사업자등록증은 사업의 종류를 변경한 경우이기 때문에 구 부가가치세법 시행령 제7조 제8항을 적용할 수 없고, 원고는 사업단에 대하여 부가가치세법상 신규로 과세사업자 사업자등록을 신청하여야 한다.
나) 한편, 종전 부가가치세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제4호는 ‘사업의 종류의 변동이 있는 때’를 사업자등록 정정신청의 사유로 규정하고 있는바, 위 ‘사업의 종류’는 과세사업에만 한정하는 것이 아니라 과세사업 및 면세사업을 모두 포함하는 의미이고, 실무상으로도 과세사업에서 면세사업으로, 면세사업에서 과세사업으로 사업의 종류를 변경하는 경우 위 종전 부가가치세법 시행령 제11조 제1항 제4호를 근거로 사업자등록 정정신청에 따라 변경된 사업자등록증을 발급하고 있다. 따라서 원고의 2003. 6. 12.자 면세사업용 사업자등록증은 적법하게 발급된 사업자등록증으로서 유효하므로, 이 사건 용역과 관련한 매입세액은 원고가 2003. 6. 12.자 면세사업용 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액으로서 구 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 소정의 ‘제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 
나. 이 사건 부과처분이 조세심판원 결정의 기속력에 반하는지 여부, 사업비 지급과 이 사건 용역 공급의 대가관계 여부 및 이 사건 용역 공급에 대해 부가가치세가 면제되는지 여부
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결문 10쪽 15행의 "위탁협약 제3조은" 부분을 "위탁협약 제3조는"으로 고치고, 제1심판결문 13쪽 11행의 "있었다고 볼 수 없다." 다음으로 아래의 내용을 추가하는 외에는 제1심판결문 7쪽 14행부터 15쪽 16행까지 부분("나. 내지 라.항" 부분) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
 【 이에 대하여 원고는, 원고와 서울특별시 사이의 위탁협약은 일종의 준위탁매매계약으로서, 원고는 준위탁매매인의 지위에서 서울특별시로부터 이 사건 사업비를 지급받아 위탁수수료를 제외한 나머지 사업비를 서울특별시를 대신하여 그 지출을 대행한 것에 불과하고, 이 사건 사업은 서울특별시의 계산으로 진행되었다는 취지로 주장한다. 준위탁매매는 자기의 명의로 타인의 계산에 의하여 매매 아닌 행위를 영업으로 하고 보수를 받는 것으로서(상법 제113조), 명의와 계산의 분리를 본질로 하는바, 준위탁매매에서 준위탁매매인이 준위탁매매로 인하여 취득한 물건, 유가증권 또는 채권은 위탁자와 준위탁매매인 사이의 관계에서는 이를 위탁자의 채권으로 보고(상법 제103조, 제113조), 어떠한 계약이 일반의 매매계약인지 준위탁매매계약인지는 계약의 명칭 또는 형식적인 문언을 떠나 그 실질을 중시하여 판단하여야 한다(대법원 2011. 7. 14. 선고 2011다31645 판결 참조). 
 그런데 앞서 본 위탁협약 규정의 문언 내용, 원고가 이 사건 용역을 실제 수행한 업무의 내용이나 형태, 서울특별시의 위탁업무에 대한 경영실적평가, 업무의 지도와 감독, 업무상 필요한 명령 등의 권한 및 원고가 서울특별시와 사이에 이 사건 용역 수행으로 취득하게 되는 채권의 귀속 및 이에 관한 원고의 이행담보책임에 관하여 위탁협약에 아무런 규정을 두지 않았을 뿐만 아니라 그에 관하여 특별한 논의도 하지 않은 것으로 보이는 사정까지 감안하여 보면, 원고가 준위탁매매인의 지위에서 원고의 명의를 사용하여 서울특별시의 계산으로 이 사건 용역을 수행하면서 이 사건 사업비를 서울특별시를 대신하여 그 지출을 대행한 것에 불과하다고 보기는 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.】 
다. 이 사건 용역 관련 매입세액이 사업자등록 전 매입세액에 해당하는지 여부
1) 관련 규정 및 법리 
가) 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 참조).
나) 한편, 부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보하게 하려는 데 제도의 취지가 있는바, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립하는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과하다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두2200 판결 등 참조).
다) 구 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 및 제5조 제1항의 규정에 의하면, 같은 법 제5조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 같은 법 제17조 제2항 제7호 소정의 ‘제5조 제1항의 규정에 의한 등록’이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다. 따라서 부가가치세의 면세사업자인지 또는 과세사업자인지 여부를 불문하고, 사업자가 ‘면세사업자용’이라고 기재된 사업자등록증을 교부받은 것만으로는 같은 법 제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로, 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 같은 법 제17조 제2항 제7호 소정의 ‘제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(대법원 2004. 3. 12. 선고 2002두5146 판결 등 참조). 
2) 인정사실
 제1심판결에서 인정한 사실 및 갑 제18 내지 28, 40, 41호증, 을 제6, 8 내지 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.
가) 원고는 사업단에 관하여 2002. 1. 4. 피고 양천세무서장에게 법인세법 제111조에 따라 면세사업자로 신규 사업자등록신청을 하여 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았는데, 당시 원고는 ‘법인설립신고 및 사업자등록신청서’에 ‘부가가치세 해당 여부’의 ‘부’란에 ‘○’으로 표시하였다.
나) 원고는 2002. 4. 18. 피고 양천세무서장에게 면세사업자에서 과세사업자로 변경하여 달라는 내용의 ‘사업자등록정정신고서’를 제출하면서 ‘부가가치세법 시행령 제11조 제1항’을 근거규정으로 기재하였고, 피고 양천세무서장으로부터 같은 날 ‘업종변경’이 교부사유로 기재된 과세사업자용 사업자등록증을 발급받았는데, 당시 원고는 위 ‘사업자등록정정신고서’에 ‘정정할 사항’의 ‘사업의 종류’란의 ‘부업태/부종목’ 항목에 ‘서비스/업무대행(열공급)’으로 기재하는 한편, ‘부가가치세 해당 여부’의 ‘여’란에 ‘○’으로 표시하였다.
다) 그 후 원고는 사업단이 부가가치세가 면제되는 공익 목적 단체에 해당한다는 서울특별시의 지도·점검 결과에 따라 2003. 1. 14. 피고 양천세무서장에게 2002년 제1기, 제2기 부가가치세에 대한 경정청구를 하였으나, 피고 양천세무서장은 검토 결과 면세 요건에 해당하지 않는다는 이유로 2003. 1. 24. 위 경정청구를 거부하고 2003. 5. 9. 원고의 이의신청을 기각하였다.
라) 원고는 2003. 5. 21. 위 경정청구 거부처분에 대해 조세심판원에 심판청구를 제기하는 한편, 2003. 5. 28. 피고 양천세무서장에게 직권취소를 요청하였는데, 피고 양천세무서장은 2003. 6. 9. 위 요청을 받아들여 위 각 부가가치세의 환급결정을 하였고, 그 무렵 원고는 심판청구를 취하하였다.
마) 원고는 2003. 6. 12. 피고 양천세무서장에게 다시 과세사업자에서 면세사업자로 변경하여 달라는 내용의 ‘사업자등록정정신고서’를 제출하면서 ‘부가가치세법 시행령 제11조 제1항’을 근거규정으로 기재하였고, 피고 양천세무서장으로부터 같은 날 ‘업종변경’이 교부사유로 기재된 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았는데, 당시 원고는 위 ‘사업자등록정정신고서’에 ‘정정할 사항’의 ‘사업의 종류’란의 ‘부종목’ 항목에 ‘증기업’으로 기재하는 한편, ‘부가가치세 해당 여부’의 ‘부’란에 ‘○’으로 표시하였다.
3) 구체적 판단
 위 인정사실 및 을 제33, 35, 37호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 2003. 6. 12.자 사업자등록정정신고서를 제출한 후 발급받은 ‘면세사업자용 사업자등록증‘은 구 부가가치세법 제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 용역과 관련한 매입세액은 원고가 위 2003. 6. 12.자 사업자등록정정신고에 따라 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액으로서 같은 법 제17조 제2항 제7호 소정의 ‘제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(원고가 2003. 6. 12.자 사업자등록정정신고서를 제출하고 ‘면세사업자용 사업자등록증’을 발급받기 전에 2002. 4. 18.자 과세사업자용 사업자등록증을 교부받은 바 있다고 하더라도 이와 달리 볼 수는 없다). 
 따라서 피고 양천세무서장이 이 사건 부과처분을 함에 있어서 이 사건 용역과 관련 매입세액을 구 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 본문의 사업자등록 전 매입세액에 해당한다고 보아 공제하지 아니하고 이 사건 용역의 공급가액을 부가가치세의 과세표준으로 삼은 것은 적법하므로, 이를 지적하는 피고 양천세무서장의 주장은 이유 있고, 이와 달리 판단한 이 부분에 관한 제1심판결은 위법하다. 
가) 우선, 앞선 인정사실로부터 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 사업단의 설립 당시 법인세법 제111조에 의해 면세사업자로 신규 사업자등록을 하였다가 과세사업자로 사업자등록하기 위해 2002. 4. 18.자 사업자등록정정신고서를 제출한 것뿐만 아니라, 이후 과세사업자에서 면세사업자로 사업의 종류를 변경하는 내용의 2003. 6. 12.자 사업자등록정정신고서를 제출한 것은 종전 부가가치세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제4호에 따른 적법한 사업자등록 정정신청으로서 모두 유효하다고 볼 것이다. 
(1) 원고의 사업단과 같이 면세사업을 영위하는 법인사업자의 경우 부가가치세법상 사업자등록 의무를 부담하지 않기 때문에 법인세법 제111조 제1항에 따라 2002. 1. 4. 피고 양천세무서장에게 ‘법인설립신고 및 사업자등록신고서’를 제출함으로써 신규 면세사업자 사업자등록신청을 한 것으로 보게 된다. 
(2) 이후 원고가 당초 법인세법상으로만 면세사업자로 사업자등록 되어 있던 사업단에 대하여 사업의 종류를 변경하여 2002. 4. 18. 부가가치세법상 과세사업자로 사업자등록을 새롭게 하고자 하였다면, 기존에 부가가치세법상 등록한 사업자등록 자체가 없으므로, 원칙적으로 원고로서는 종전 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항에 따라 피고 양천세무서장에게 신규로 과세사업자로 사업자등록을 신청하였어야 한다. 
(3) 그런데 다음과 같은 사정들, 즉, ① 종전 부가가치세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제4호는 ‘사업의 종류에 변동이 있는 때’를 등록정정 사유의 하나로 규정하고 있는 점, ② 부가가치세법상 과세사업자만 사업자등록의 의무를 부담한다고 하더라도, 부가가치세법상 과세자료 확보 등을 위해 면세사업자에게도 고유번호를 부여하고 있는 취지 등에 비추어 위 시행령 제11조 제1항 제4호의 ‘사업의 종류’를 과세사업에만 한정된다고 해석하기는 어려운 점, ③ 한편, 실무상으로 과세사업에서 면세사업으로, 면세사업에서 과세사업으로 사업의 종류를 변경하는 경우 위 시행령 제11조 제1항 제4호를 근거로 사업자등록정정신고을 허용하고 있고, 그에 따라 과세관청이 변경된 사업자등록증을 새롭게 발급하고 있는 점, ④ 특히 이 사건의 경우 원고가 2002. 4. 18.자 사업자등록정정신고서를 제출하기 전인 2002. 1. 31. 과세관청에서 ‘고유번호를 부여받은 사업자가 사업자등록정정신고를 하는 경우 사업자등록을 하는 것으로 보인다’라는 취지의 유권해석이 나오기도 하였던 점, ⑤ 구 부가가치세법 시행규칙 제7조 별지 제7호 서식에 따라 마련된 ‘사업자등록정정신고서’에도 ‘정정할 사항’으로 ‘부가가치세 해당 여부’란에 표시하도록 되어 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 면세사업자에서 과세사업자로 사업의 종류를 변경하기 위해 2002. 4. 18. 사업자등록정정신고서를 제출한 것은, 종전 부가가치세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제4호 소정의 등록정정 사유가 인정되는 경우로서, 원고의 위 2002. 4. 18.자 사업자등록정정신고로 인하여 종전 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항에 따른 적법한 과세사업자의 사업자등록이 있었다고 봄이 타당하다. 
(4) 이에 의할 경우, 원고가 사업단에 대하여 다시 과세사업자에서 면세사업자로 사업의 종류를 변경하기 위해 2003. 6. 12. 사업자등록정정신고서를 제출한 것 역시 종전 부가가치세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제4호 소정의 등록정정 사유가 인정되는 경우로서 유효하다고 봄이 타당하다. 다만, 원고의 위 2003. 6. 12.자 사업자등록정정신고서에 따라 발급받은 것은 면세사업자용 사업자등록증이므로, 이는 종전 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항의 사업자등록에 해당한다고 볼 수는 없다. 
나) 결국 이 사건 용역 관련 매입세액은 원고가 위 2003. 6. 12.자 사업자등록정정신고에 따른 면세사업자 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액으로서, 구 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 본문의 ‘제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다.
다) 이에 대하여 원고는, 원고의 위 2003. 6. 12.자 사업자등록정정신고는 당초 영위하던 사업내용에는 변동이 없이 법적 판단만을 달리하여 과세사업자로서의 사업자등록을 면세사업자로서의 사업자등록으로 정정한 것에 불과하여 위 사업자등록 정정신고로 인하여 당초 등록된 과세사업자로서의 사업자등록의 효력이 소멸된다거나 말소된다고 볼 수 없으므로, 이 사건 용역 관련 매입세액은 원고가 당초 2002. 4. 18.자 과세사업자로 사업자등록을 한 기간 중에 발생한 매입세액으로서, 이를 매출세액에서 공제하여야 한다는 취지로 주장한다. 
그러나 종전 부가가치세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제4호가 명시적으로 ‘사업의 종류에 변동이 있는 때’를 등록정정 사유로 규정하고 있는 점, 실무적으로도 과세사업자로 사업자등록을 마친 사업자가 그 사업의 종류를 변동하여 사실상 과세사업을 폐업하고 면세사업을 새롭게 영위하고자 하는 경우에 사업자등록정정신고를 활용하고 있음은 앞서 본 바와 같은 점, 원고 역시 2003. 6. 12. ‘사업자등록정정신고서’에 ‘부가가치세 해당 여부’의 ‘부’란에 ‘○’으로 표시함으로써 과세사업에서 면세사업으로 전환한다는 취지를 명확히 하였던 점 등을 감안하여 보면, 원고의 2003. 6. 12.자 사업자등록정정신고로 인하여 기존의 2002. 4. 18.자 과세사업자 사업자등록의 효력이 소멸하였다고 봄이 상당하다. 따라서 이에 반하는 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다. 
라. 이 사건 사업비 전부를 부가가치세의 과세표준에 포함한 후 그 1/10을 부가가치세로 부과한 이 사건 부과처분이 적법한지 여부
1) 구 부가가치세법 제13조 제1항 제1호는 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받은 경우 그 대가의 합계액(공급가액)으로 하되, 여기에 부가가치세는 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제14조는 부가가치세의 세율은 과세표준의 100분의 10(1/10)으로 한다고 규정하고 있다.
2) 앞선 증거들 및 을 제17호증의 기재를 종합하면, 원고와 서울특별시가 체결한 위탁협약 제12조에 의하면, 서울특별시는 원고에게 위탁수수료와 별도로 부가가치세를 지급하기로 약정한 사실, 서울특별시는 집단에너지 공급사업과 관련하여 원고에게 부과된 부가가치세와 관련하여, 원고가 우선 위 부가가치세를 납부하고 추후 불복 등의 절차를 거쳐 확정된 내용에 따라 서울특별시가 이를 부담하겠다는 내용의 공문을 원고에게 보낸 사실, 한편, 원고가 서울특별시로부터 지급받은 이 사건 사업비 에는 부가가치세가 포함되어 있지 않은 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실을 앞선 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 사업비는 그 전부가 구 부가가치세법 제13조 제1항 제1호 소정의 부가가치세의 과세표준인 공급가액에 해당한다고 볼 것이므로, 그 과세표준의 1/10을 부가가치세로 부과한 이 사건 부과처분은 적법하다. 따라서 이에 반하는 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다. 
마. 위탁수수료가 원고 사업단의 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부 및 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결문 19쪽 7행부터 22쪽 3행까지 부분("바. 및 사.항" 부분) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
4. 결론
 그렇다면, 원고의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결 중 피고 양천세무서장에 대한 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고 양천세무서장의 항소를 받아들여 제1심판결 중 피고 양천세무서장에 대한 부분을 취소하고, 원고의 피고 양천세무서장에 대한 청구를 기각하며, 제1심판결 중 이와 결론을 달리한 피고 서울지방국세청장에 대한 부분은 그 소를 각하하여 결과적으로 부당하나 원고만이 이에 대하여 항소한 이상 불이익변경금지의 원칙에 따라 이를 원고에게 불이익하게 변경할 수 없으므로 원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 배준현(재판장) 송영승 이은혜