부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2015.11.12 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 새미랑 (소송대리인 법무법인 충정 담당변호사 김중곤 외 1인)
【피고, 피상고인】 용인세무서장
【원심판결】 서울고법 2012. 11. 1. 선고 2012누9217 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유에 대하여 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 대하여
구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제4호는 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것) 제60조 제6항은 “법 제17조 제2항 제4호에서 ‘대통령령이 정하는 토지관련 매입세액’이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.”고 규정하면서, ‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’(제1호), ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액’(제2호), ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’(제3호)을 각각 들고 있다. 한편 구 부가가치세법 제12조 제1항 제12호는 ‘토지’를 면세재화의 하나로 정하고 있다.
이러한 관련 규정에 따르면, 면세재화인 토지를 공급하는 면세사업자가 재고자산인 토지를 취득하면서 지출한 취득가액이나 그 취득부대비용에 대한 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 ‘면세사업에 관련된 매입세액’이므로 이를 매출세액에서 공제하여서는 안 된다.
 원심판결 이유와 기록에 의하면, 원고가 아파트 신축·분양사업을 위한 토지를 취득하면서 2006년 제2기부터 2008년 제1기까지 사이에 지출한 ㉮ 토지취득 목적의 금융조달을 위한 금융자문수수료, 감정평가수수료, 신용평가수수료, 법률자문수수료 중 토지취득에 사용한 비율에 따른 금액, ㉯ 토지신탁등기 및 소유권이전등기에 관한 법무사 수수료, ㉰ 지구단위계획수립용역비는 합계 2,327,930,000원에 이르는 사실, 피고는 위 금액이 토지의 취득에 소요된 부대비용으로서 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 같은 법 시행령 제60조 제6항이 정한 ‘토지관련 매입세액’에 해당한다는 이유로 위 금액을 매출세액에서 불공제하는 이 사건 처분을 한 사실을 알 수 있다.
 앞서 본 관련 규정에 비추어 보면, 면세재화인 토지를 재고자산으로 취득하여 공급하는 면세사업자인 원고가 토지를 취득하면서 지출한 부대비용인 위 2,327,930,000원은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 ‘면세사업에 관련된 매입세액’에 해당하여 매출세액에서 공제될 수 없는 것이므로, 위 금액을 매출세액에서 공제하지 아니한 이 사건 처분이 정당하다고 본 원심의 결론은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같은 법리오해 등으로 판결에 영향을 미친 위법이 없다. 이 부분 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다.
 2. 상고이유 제2점에 대하여
 가. 구 부가가치세법 제17조 제7항의 위임에 따른 같은 법 시행령 제61조 제1항 본문은 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산한다.”고 규정하고 있는데, 같은 법 시행령 제61조 제4항은 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분 계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.”고 규정하면서, ‘총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율’(제1호), ‘총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율’(제2호), ‘총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율’(제3호)을 각각 들고 있다.
 그리고 구 부가가치세법 시행령 제61조의2 본문은 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 그 각 호의 산식에 의하여 정산한다.”고 규정하고 있으며, 한편 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호, 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제1호, 제51조의2 제3항은 ‘주택법에 따른 국민주택 규모 이하의 주택’을 면세재화로 정하고 있다.
 나. 위와 같이 구 부가가치세법 시행령 제61조의2 본문의 규정이 같은 법 시행령 제61조 제4항의 ‘예정공급가액’이나 ‘예정사용면적’에 따른 공통매입세액의 안분 계산에 대하여 추후 확정된 수치에 따른 정산을 전제하고 있으므로, 같은 법 시행령 제61조 제4항이 정한 ‘예정공급가액’이나 ‘예정사용면적’은 실제로 공급 또는 사용이 이루어지는 과세기간에 발생할 공급가액이나 제공될 사용면적의 확정치를 의미하는 것이 아니라, 사업자가 부가가치세를 신고할 당시의 사업계획 등을 기초로 하여 향후 발생할 것으로 추정한 공급가액이나 사용면적의 예상치를 의미한다. 따라서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 부가가치세 신고 당시 과거의 사업실적, 시장 상황, 사업계획서, 금융기관용 대출제안서 등과 같은 자료를 토대로 과세사업과 면세사업에 제공할 것으로 구분하여 추정한 예정면적이 존재한다면, 그것이 객관적이고 합리적이지 않다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서가 규정한 ‘건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우’에 해당한다고 보아야 하고, 확정된 면세사용면적에 따른 정산은 같은 법 시행령 제61조의2 제2호에 따라 예정면적을 기초로 공제받은 매입세액을 차감하는 방식으로 이루어지므로 당초의 예정면적이 과세기간에 따라 일부 변동되었다고 하여 달리 볼 것도 아니다.
 다. 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택한 증거들에 의하면 현대증권 주식회사, 한국신용평가 주식회사가 2006년 제2기에 원고에 대한 금융자문 및 신용평가를 위하여 작성한 서류, 한양증권 주식회사, 주식회사 대망컨설팅이 2008년 제1기에 원고에 대한 금융자문 등을 위하여 작성한 서류, 사업부지의 88.8%를 취득한 원고가 2008년 제1기에 금융기관 대출을 받기 위하여 작성한 사업계획서 등 각 서류에는 분기별로 약간의 변동이 있기는 하나 국민주택 규모 이하분과 국민주택 규모 초과분의 각 세대수 등 분기별 예정면적이 구체적으로 나타나 있는 사실, 피고는 이를 토대로 전체 토지와 건물 중 과세대상인 국민주택 규모를 초과하는 아파트와 상가의 공급가액 비율(과세분 20.9%)과 면세대상인 전체 토지와 국민주택 규모 이하의 아파트의 공급가액 비율(면세분 79.1%)을 산출한 사실 등을 알 수 있다.
 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 위와 같이 각 서류에 나타난 분기별 예정면적은 원고의 과거 사업실적, 당시 시장 상황, 사업계획 등을 근거로 하여 원고가 과세사업과 면세사업에 제공할 것으로 구분한 면적으로서 객관적이고 합리적인 방법에 따라 향후 사용할 것으로 추정한 면적의 예상치로 볼 수 있으므로, 이는 ‘건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우’에 해당하여 그 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액은 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제3호에 따라 각각의 과세기간별로 알 수 있는 ‘총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율’로 안분 계산하여야 할 것이다.
 라. 그런데도 원심은 이와 달리 피고가 제출한 증거에 의하면 이 사건 사업은 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 공통매입세액을 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제2호에 따라 ‘총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율’로 안분하여야 한다고 잘못 판단하였다.
 따라서 이러한 원심의 판단에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서가 정한 ‘건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우’의 의미에 관한 법리를 오해한 위법이 있다. 뿐만 아니라 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 금액은 토지관련 매입가액이 제외된 금액이므로, 원심이 면세사업에 관련된 매입세액을 안분 계산함에 있어서 전체 토지를 제외한 건물만의 총예정사용면적 중 면세사업에 관련된 건물의 예정사용면적의 비율로 하여야 함에도, 전체 토지와 건물 중 면세대상인 전체 토지와 국민주택 규모 이하의 아파트의 공급가액 비율로 안분 계산한 것도 타당하다고 할 수 없다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장에는 정당한 이유가 있다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김소영(재판장) 이인복(주심) 고영한 이기택

[1] 면세재화인 토지를 공급하는 면세사업자가 재고자산인 토지를 취득하면서 지출한 취득가액이나 취득부대비용에 대한 매입세액이 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 ‘면세사업에 관련된 매입세액’이어서 매출세액에서 공제하여서는 안 되는지 여부(적극)
[2] 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항이 정한 ‘예정공급가액’이나 ‘예정사용면적’의 의미 / 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 부가가치세 신고 당시 과거의 사업실적 등을 토대로 과세사업과 면세사업에 제공할 것으로 구분하여 추정한 예정면적이 존재하는 경우, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서가 정한 ‘건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우’에 해당하는지 여부(원칙적 적극) 및 당초 예정면적이 과세기간에 따라 일부 변동되었다고 하여 달리 볼 것인지 여부(소극)

[1] 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제12호, 제17조 제2항 제4호, 구 부가가치세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것) 제60조 제6항에 따르면, 면세재화인 토지를 공급하는 면세사업자가 재고자산인 토지를 취득하면서 지출한 취득가액이나 취득부대비용에 대한 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 ‘면세사업에 관련된 매입세액’이므로 매출세액에서 공제하여서는 안 된다.
[2] 구 부가가치세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조의2 본문이 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항의 ‘예정공급가액’이나 ‘예정사용면적’에 따른 공통매입세액의 안분 계산에 대하여 추후 확정된 수치에 따른 정산을 전제하고 있으므로, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항이 정한 ‘예정공급가액’이나 ‘예정사용면적’은 실제로 공급 또는 사용이 이루어지는 과세기간에 발생할 공급가액이나 제공될 사용면적의 확정치를 의미하는 것이 아니라, 사업자가 부가가치세를 신고할 당시의 사업계획 등을 기초로 향후 발생할 것으로 추정한 공급가액이나 사용면적의 예상치를 의미한다. 따라서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 부가가치세 신고 당시 과거의 사업실적, 시장 상황, 사업계획서, 금융기관용 대출제안서 등을 토대로 과세사업과 면세사업에 제공할 것으로 구분하여 추정한 예정면적이 존재한다면, 그것이 객관적이고 합리적이지 않다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서가 규정한 ‘건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우’에 해당한다고 보아야 하고, 확정된 면세사용면적에 따른 정산은 구 부가가치세법 시행령 제61조의2 제2호에 따라 예정면적을 기초로 공제받은 매입세액을 차감하는 방식으로 이루어지므로 당초의 예정면적이 과세기간에 따라 일부 변동되었다고 하여 달리 볼 것도 아니다.