경정거부처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2020.12.24 / 시행일:

【원 고】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 클라스 담당변호사 여상훈 외 1인)
【피 고】 이천세무서장
【변론종결】2020. 10. 22.
【주 문】
 1. 피고가 2019. 2. 25. 원고에 대하여 한 2014사업연도 법인세 310,189,220원의 경정거부처분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지】 주문과 같다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 1983. 2. 설립되어 반도체소자 제조 및 판매업 등을 영위하고 있는 내국법인이고, △△△, LLC.(이하 ‘이 사건 미국법인’이라 한다)는 미국 일리노이에 주사무소를 두고 있는 미합중국(이하 ‘미국’이라 한다)의 법인(유한책임회사)으로, 특허권 라이센싱 허여 등을 주된 사업으로 하는 특허관리전문회사이다. 
 나. 이 사건 미국법인은, 원고가 자신들이 보유하고 있는 DRAM 반도체 관련 특허권을 침해하였다는 이유로 2011. 6.경 원고를 상대로 미국 일리노이주 연방지방법원에 특허침해금지 등을 청구하는 소를 제기하였는데, 위 소송이 계속 중이던 2013. 12. 23. 원고는 특허사용료를 지불하고 위 소송의 종료 및 특허실시권의 허여를 주된 내용으로 하는 특허권 라이센스 및 화해계약(‘Settlement and License Agreement’, ‘이 사건 특허사용계약‘이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 특허사용계약상 원고는 이 사건 미국법인이 보유하고 있던 미국에 등록된 40개의 별지 목록 기재 특허(이하 ‘이 사건 특허’라 한다) 사용에 대하여 5년 동안 그 대가로 매년 미화 160만 달러(USD)를 지급하기로 약정하였다. 
 다. 원고는 이에 따라 2014. 1. 29. 이 사건 미국법인에게 2014년분 약정 사용료 160만 달러(이하 ‘이 사건 사용료 소득’이라 한다)를 지급하면서, ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한·미 조세협약’이라 한다) 제14조에 의하여 이 사건 사용료 소득에 대한 법인세 310,189,220원을 원천징수하여(이하 ‘이 사건 원천세’라 한다), 2014. 2. 10. 이를 신고·납부하였다.
 라. 이후 원고는 2015. 6. 9. 이 사건 사용료 소득은 미국에만 등록된 특허권에 대한 사용료에 해당하므로 한·미 조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항에 따라 그 소득의 원천을 국내로 볼 수 없다며 그것이 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 법인세법이라고만 한다) 제91조 제2항 소정의 ‘외국법인의 국내원천소득’에 해당하지 않는다는 이유로 이 사건 원천세에 대한 환급 청구를 하였으나, 피고는 2019. 2. 25. ‘특허권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다’고 규정하고 있는 법인세법 제93조 제8호를 근거로 이 사건 사용료 소득이 외국법인의 국내원천소득에 해당한다고 하여 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)을 하였다.
 마. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2019. 8. 28. 조세심판원에 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 심판 청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 10. 25. 원고의 청구를 기각하였다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 거부처분의 적법 여부 
 가. 당사자들의 주장 
 1) 원고의 주장 
 한·미 조세협약 제6조 제3항에 의하면, 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용 대가로 받는 소득만이 국내원천소득에 해당하고, 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용 대가로 받는 소득은 국내원천소득으로 볼 수 없어 원천징수대상에 해당하지 않는다. 따라서 국내에 등록되어 있지 않은 특허권에 대한 사용 대가인 이 사건 사용료 소득은 국내원천소득에 해당하지 않으므로 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다. 
 2) 피고의 주장 
 가) 원고가 한·미 조세협약 제3조의 ‘미국의 거주자’에 해당한다는 점에 관하여는 원고에게 입증책임이 있는데, 그것이 입증되었다고 할 수 없으므로, 이 사건 사용료 소득에는 한·미 조세협약이 적용되지 않는다. 
 나) 이 사건 특허가 미국에서 등록을 마치기는 하였으나, 이 사건 특허 중 미국 특허등록번호(U.S. Patent Number) (특허번호 생략) 특허(이하 ‘이 사건 쟁점특허’라 한다)의 경우 특허협력조약(Patent Cooperation Treaty, PCT)을 통해 국내에 출원 및 등록을 마쳤을 가능성이 있고, 이 사건 특허 중 전부 또는 일부는 국내에 출원 또는 등록된 특허로서, 한·미 조세협약에 의하더라도 이에 관한 사용료는 국내원천소득으로 과세되어야 한다. 
 다) 한·미 조세협약에서 ‘사용지’를 사용료 소득의 원천지로 판단하는 이른바 ‘사용지주의’를 취하면서도, ‘사용’의 의미에 관하여서는 특별히 규정하고 있지 않으므로, 한·미 조세협약 제2조 제2항에 따라 ‘사용’의 의미는 국내법에 따라 판단하여야 한다. 
 그런데 사용료 소득은 특허권 자체에서 발생하는 것이 아니라 이를 기초로 한 민사상 계약에서 발생하는 것이고, 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 ‘국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료 소득이라도 그 소득이 해당 특허권을 국내에서 제조·판매 등에 사용한 대가에 해당한다면 국내원천소득으로 본다’고 규정하고 있으므로, 이 사건 특허권에 대한 국내에서의 사용 대가인 이 사건 사용료 소득은 원천징수대상인 국내원천소득에 해당한다고 보아야 한다(이러한 이유에서 대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18326 판결은 변경되어야 한다). 
 라) 결국 이 사건 처분은 적법하다.
 나. 관계 법령 
 별지 관계 법령 기재와 같다.
 다. 구체적 판단 
 1) 이 사건 미국법인이 미국의 거주자인지 여부 
 가) 한·미 조세협약 제3조 제1항 (b)호는 ‘미국의 거주자라 함은 다음의 것을 의미한다’고 규정하면서, (i)목에서 ‘미국법인’을, (ii)목에서 ‘미국의 조세 목적상 미국에 거주하는 기타의 인(법인 또는 미국의 법에 따라 법인으로 취급되는 단체를 제외함), 다만 조합원 또는 수탁자로서 행동하는 인의 경우에, 그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 미국의 조세에 따라야 하는 범위에 한한다’라고 규정하고 있는데, 한·미 조세협약 제3조 제1항 (b)호 (ii)목 단서는 문언과 체계상 미국의 거주자 중 조합과 같이 미국법인에 이르지 아니하는 단체 등과 관련된 규정으로 보이는 점, 위 단서는 조약의 문맥에 비추어 볼 때 미국 세법에 따라 어떠한 단체의 활동으로 얻은 소득에 관하여 단체가 아니라 구성원이 납세의무를 부담하는 이른바 투과과세 단체(Fiscally Transparent Entity)의 경우 원칙적으로 한·미 조세협약의 적용을 받을 수 있는 미국의 거주자가 될 수 없으나, 구성원이 미국에서 납세의무를 지는 경우 예외적으로 단체에게 조세협약의 혜택을 부여하려는 특별규정으로 이해할 수 있는 점, 조합과 유한책임회사 등 조합의 형식을 취하지 아니한 단체가 미국 세법상 투과과세 단체로서 취급이 같은 이상 조합의 형식을 취하지 아니한 단체를 위 단서 규정의 적용대상에서 배제할 만한 뚜렷한 이유를 찾기 어려운 점, 그 밖에 한·미 조세협약의 체결목적이 소득에 대한 이중과세의 방지라는 점 등을 종합하여 보면, 위 단서가 규정한 ‘미국의 조세 목적상 미국에 거주하는 기타의 인’ 중 ‘조합원으로서 행동하는 인’이란 미국 세법상 조합원 등의 구성원으로 이루어진 단체의 활동으로 얻은 소득에 대하여 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 단체를 뜻한다고 보아야 하고, ‘그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 미국의 조세에 따라야 하는 범위에 한한다’는 의미는 그러한 단체의 소득에 대하여 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 범위에서 단체를 한·미 조세협약상 미국의 거주자로 취급한다는 뜻으로 해석함이 옳다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두11836 판결 참조). 이때 구성원들이 미국에서 납세의무를 부담하는지 여부는 현실적으로 과세되는지 여부가 아니라 추상적·포괄적 납세의무가 성립하는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두55134 판결 참조).
 나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거와 갑 제12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 미국의 유한책임회사인 이 사건 미국법인은 미국 세법에 따라 법인과세와 구성원과세 중 구성원과세를 선택한 단체로서{미국 재무부 작성 인증서의 기재(갑 제12호증)에 의하면, 이 사건 미국법인은 단체의 소득에 대하여 주주들이 납세의무를 부담하는 형태인 ‘S-Corporation’을 선택하였음을 알 수 있다}, 미국 세법상 투과과세 단체(Fiscally Transparent Entity)에 해당하는 사실, 이 사건 미국법인의 유한책임사원은 4인(소외 2, 소외 3, 소외 4, 소외 5)으로 구성되어 있는데, 이들은 모두 미국에 거주하고 있는 유한책임사원으로서 미국에서 납세의무를 부담하는 사실을 인정할 수 있고, 나아가 피고가 의구심을 제기하는 바와 같이, 이 사건 미국법인 또는 그 유한책임사원들이 허위라거나 그들이 미국에서 납세의무를 부담하지 않는 등의 사정이 있다는 아무런 자료가 제출된 바 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 미국법인은 한·미 조세협약상 미국의 거주자에 해당한다고 봄이 상당하다.
 2) 이 사건 특허가 국내 등록 특허인지 여부 
 가) 특허협력조약(Patent Cooperation Treaty, PCT)에 의한 국제특허출원은 출원인이 수리관청에 하나의 국제출원서류를 제출하면서 다수의 체약국(Contracting States)을 지정하면, 출원인이 일정 기간에 번역문을 제출하고 국내수수료를 납부할 것을 조건으로, 국제출원서에서 지정한 모든 체약국에서 국제출원일에 직접 출원한 것과 같은 효과를 인정하여 주고, 국제조사기관(International Searching Authority)에 의한 국제조사를 통하여 출원인이 각 국에 번역문 등을 제출하여 절차를 밟기 전에 발명에 대한 특허요건의 충족 여부를 검토받을 수 있게 하는 제도이다 
 PCT에 따른 국제출원 절차는 ‘국제단계에서의 절차’와 ‘국내단계에서의 절차’로 구분되고, 국제단계에서의 절차는 ① 국제출원절차, ② 국제조사, ③ 국제공개, ④ 보충적 국제조사 또는 국제예비심사 등 일련의 절차를 말하며, 국내단계에서의 절차는 국제단계에서의 절차 이후에 진행되는 각 국에서의 심사절차를 뜻한다.
 나) 갑 제9 내지 11호증의 각 기재에 의하면, 40개의 이 사건 특허 중 PCT에 의한 출원이 이루어진 특허는 6개인데, 그중 우리나라를 지정국으로 지정한 특허는 이 사건 쟁점 특허 1개[미국 등록번호 (특허번호 생략), PCT 출원번호 (출원번호 생략)] 인데(나머지 5개는 러시아와 미국만을 지정국으로 지정하였다), 그에 대하여 국내에서 그 심사 및 등록이 이루어진 바 없고, 특허청이 제공하는 특허정보 검색사이트인 ‘KIPRIS’ 사이트를 통하여서도 검색되지 않는 사실을 알 수 있는바, 이에 비추어 보면, 이 사건 특허 중 39개는 국제출원이 이루어진 바 없거나, 대한민국을 지정국으로 지정한 특허에 해당하지 않고, 대한민국을 지정국으로 지정한 이 사건 쟁점 특허 또한 국내단계로 진입하지 아니하였다고 봄이 상당한바, 이 사건 특허들은 국내에 등록된 특허에 해당한다고 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 이유 없다. 
 3) 이 사건 사용료 소득이 국내원천소득에 해당하는지 여부 
 가) 법인세법 제2조 제1항 제2호는 외국법인에 대하여 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고, 제2조 제5항, 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다.
 그런데 법인세법 제93조는 "외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다."라고 하면서, 제8호에서 "다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(특허권 등)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다."라고 규정하고 있다. 
 한편 한·미 조세협약 제14조 제4항은 "본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다."라고 하면서 제a호에서 ‘문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’을 규정하고, 제6조는 "이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다."라고 하면서 제3항에서 "제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다."라고 규정하고 있다.
 나) 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제28조는 "비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세협약이 우선하여 적용된다."라고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미 조세협약에 따라 판단하여야 한다. 그런데 한·미 조세협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한·미 조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조), 한·미 조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 참조). 
 다) 살피건대, 이 사건 사용료 소득은 이 사건 미국법인이 등록하거나 출원한 특허권에 기한 특허실시권을 원고에게 허여함에 따라 원고가 위 특허권을 반도체 등 제품의 제조·판매 등에 사용하였거나 향후 사용하는 것에 대한 대가에 해당하고, 이 사건 특허는 모두 미국에 등록되거나 출원되고 국내에 등록되지 아니한 특허인 사실은 앞서 본 바와 같다. 
 그렇다면 이 사건 사용료 소득은 모두 국내에 등록되지 아니한 특허권의 사용대가라 할 것이므로, 위 특허가 국내에서 제조·판매 등에 사실상 사용되었는지 여부와 관계없이 법인세법 제93조 제8호에 따른 원천징수대상인 국내원천소득에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 4) 소결 
 결국 이 사건 사용료 소득은 원천징수대상인 국내원천소득에 해당한다고 할 수 없고, 원고는 이 사건 사용료 소득에 대한 원천세를 징수·납부할 의무가 있다고 할 수 없으므로, 이 사건 거부처분은 취소하여야 한다.
 3. 결론 
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 특허 목록 생략]

판사 서형주(재판장) 곽동준 지은희