합병에 따른 포괄승계방식으로 토지를 취득한 경우 합병한 이후에도 종전부터 소유하고 있는 것으로 보아 분리과세를 적용할 수 있는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2016.12.15 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
재산세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

원심판결 및 상고이유서와 이 사건 기록을 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-서울고등법원 2016. 8. 17. 선고 2016누36743 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원의 판결 이유는, 제1심 판결 중 해당 사항을 아래와 같이 고치거나 추가하는 것을 제외하고는 제1심 판결 이유(별지 포함)와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 따라 인용한다.
○ 5면 8행의 끝에 아래 내용을 추가한다.
【또한 과세대상이 된 부동산이 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있다(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결 등 참조).】

○ 7면 6행부터 12행까지를 아래와 같이 고친다.
【① 구 사립학교법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조는 "합병 후 존속하는 학교법인 또는 합병에 의하여 설립된 학교법인은 합병에 의하여 소멸된 학교법인의 권리·의무를 승계한다"고 규정하고 있다. 위 규정은 합병 후 존속 또는 신설된 학교법인이 소멸된 학교법인의 모든 권리·의무를 포괄적으로 승계하며 이 경우의 승계는 법률상 당연히 이루어지는 것이어서 각 권리·의무에 관하여 개별적으로 이전할 필요가 없다는 뜻일 뿐, 존속 또는 신설된 학교법인의 권리·의무 승계 시점이 소멸된 학교법인이 그 권리·의무를 취득한 시점으로 소급한다는 의미가 아니다.
원고는, 구「지방세법」제106조제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제13호가 ‘취득’이 아닌 ‘소유’를 기준으로 분리과세대상을 정하고 있고 구 사립학교법상 합병의 본질은 법인격의 합일이므로, 존속법인인 원고는 소멸법인인 △△학원이 이 사건 각 토지를 취득하여 소유한 시점부터 계속 소유하고 있었던 것으로 보아야 한다고 주장하나, ‘취득’과 ‘소유’는 그 개념 본질상 분리하여 해석·적용할 수 없고, 원고가 주장하는 인격합일설에 의하더라도 합병의 효력이 발생하는 시점은 합병등기를 마친 때이므로, 원고가 그 합병의 효력이 발생하기 전부터 이 사건 각 토지를 소유하고 있었다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.】

2. 결론

제1심 판결은 정당하다. 원고의 항소를 기각한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-수원지방법원 2016. 1. 19. 선고 2015구합1329 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 학교법인 △△학원(이하 ‘△△학원’이라고 한다)은 <별지 2> 내지 <별지 4> 부동산목록 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라고 한다)를 1995. 12. 31. 이전에 취득하여 소유하여 왔고, 원고는 2002. 6. 26. △△학원을 흡수합병하여 2002. 6. 29. 합병등기를 마쳤다.
나. 1) 원고가 △△학원을 흡수합병한 이후 피고 00시 동부출장소장은 <별지 3> 부동산목록 기재 각 토지 중 일부 토지가 원고의 교육목적에 직접 사용되는 부동산으로서 재산세 등의 면제대상에 해당한다고 보아 그 토지에 관한 재산세 등을 원고에게 부과하지 아니하였다.
2) 또한 피고 00시장이 <별지 2> 부동산목록 기재 각 토지에 관하여, 피고 00시 동부출장소장이 <별지 3> 부동산목록 기재 각 토지 중 위와 같이 면제대상토지로 본 토지를 제외한 나머지 토지와 <별지 4> 부동산목록 기재 각 토지에 관하여 원고에게 각 재산세 등을 부과함에 있어 위 각 토지를 분리과세대상으로 보아 재산세 등을 산정하여 오다가, 원고가 위 각 토지를 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있었던 것이 아니므로 위 각 토지는 분리과세대상이 아니라 종합합산과세대상이라고 하여, 2009년부터 2012년분까지에 대하여는 종합합산과세표준에 따라 산정한 재산세 등에서 분리과세표준에 의하여 원고가 이미 납부한 재산세 등을 차감하고, 2013년분에 대하여는 처음부터 종합합산과세표준에 의하여 재산세 등을 산정한 다음, 피고 00시장은 <별지 1> 부과처분 내역 제1항 기재와 같이, 피고 00시 동부출장소장은 같은 내역 제2항 기재와 같이 원고에게 재산세 등을 부과하였다(이하 피고들의 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
다. 원고는 2013. 12. 10. 이의신청을 거쳐 조세심판원에 2014. 4. 4. 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 2. 24. 위 청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 <별지 3> 부동산목록 기재 각 토지(이하 ‘별지 3 토지’라고 한다) 위에 3개의 실습장을 설치하고, 원고가 운영하는 00대학교의 공과대학 도시공학과 학생들과 건축도시대학원 학생들의 수업과정에 위 실습장을 사용하여 왔다. 그 수업과정의 특성상 실습장은 최대한 자연상태 그대로 보존하여야 하기에 별지 3 토지에 별다른 시설을 설치하지 아니하고 이를 교육목적에 이용하여 왔다. 따라서 별지 3 토지는 학교 교육에 직접 사용되는 토지로서 위 토지에 대한 재산세 등은 면제되어야 한다.
2) 원고는 1995. 12. 31. 이전부터 이 사건 각 토지를 소유하고 있던 △△학원을 흡수합병함으로써 이 사건 각 토지에 대하여 포괄승계에 의한 소유자가 되었으므로 원고는 이 사건 각 토지를 1995. 12. 31. 이전부터 소유한 것으로 보아야 한다. 또한 관계 규정에서 사회복지사업자나 종중이 소유한 토지에 대한 분리과세대상을 규정함에 있어 합병으로 인하여 취득하여 소유한 경우도 분리과세대상에 포함하고 있고, 이와 같은 규정은 합병의 당연한 법리를 주의적으로 규정한 것에 불과할 뿐이므로 원고와 같은 비영리사업자가 소유하고 있는 토지에 대한 분리과세대상을 판단함에 있어도 동일하게 해석하여야 한다. 따라서 원고가 소유하고 있는 이 사건 각 토지는 분리과세대상에 해당한다.
3) 피고들은 원고가 △△학원을 흡수한 이후 이 사건 처분을 하기 전까지 10여 년간 이 사건 각 토지 중 일부 토지에 대하여는 교육목적에 직접 사용하는 부동산이라는 이유로 재산세를 부과하지 아니하였고, 그 외의 토지에 대하여는 모두 분리과세대상으로 보아 재산세 등을 부과하여 왔으므로 원고는 이와 같은 관행을 신뢰하였다. 그럼에도 피고들은 위 관행에 반하는 이 사건 처분을 하였으므로 이는 신뢰보호의 원칙에 반하는 것으로 위법하다.
나. 판단

1) 별지 3 토지가 재산세 등의 면제대상에 해당하는지 여부에 대하여

2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 구 지방세법 제186조 제1호와 2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 구 지방세법시행령 제136조 제2항, 제79조 제1항 제2호는 학교 등의 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 그리고 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 구「지방세특례제한법」제41조제2항은 학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대한 재산세를 면제한다고 규정하고 있고, 2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정된 구「지방세특례제한법」제41조제2항과 2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정된 구「지방세특례제한법」제41조제2항도 같은 취지로 규정하고 있다.
위 각 규정에서 학교가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻하고, 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것인지는 해당 학교의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두45680 판결 참조).
이 사건에서 보건대, 갑 제3 내지 8호증, 을나 제3, 6, 7, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고가 제출한 증거들만으로는 원고 주장과 같이 원고가 운영하는 00대학교의 공과대학 도시공학과와 건축도시대학원의 학생들이 매 학기마다 규칙적으로 별지 3 토지 지상의 실습장을 견학하고 수업에 활용하여 왔다거나 원고가 별지 3 토지를 교육목적에 사용하기 위하여 계속적으로 관리하여 왔다고 보기 부족한 점, 설혹 위 학생들이 학기당 1~2회 정도 별지 3 토지를 견학하여 별지 3 토지가 수업장소로 활용되었다고 하더라도, 별지 3 토지의 전체 면적은 171,051㎡이고, 그 지목은 답, 전, 임야이며, 그 지상에는 화장실을 비롯한 건물들이나 교육용 기자재 등이 전혀 존재하지 아니하는 등 별지 3 토지는 현재 그 지목과 같은 상태로 유지되고 있는바, 별지 3 토지의 전체 면적과 그 현황, 위와 같이 수업장소로 이용된 면적과 그 횟수 및 수강인원 등으로 미루어 볼 때 이는 별지 3 토지를 일시적이거나 부수적으로 수업장소로 이용한 것에 불과할 뿐 이를 계속적·반복적으로 학교교육을 위해 사용하였다고 보기는 어려운 점 등을 고려해 보면, 별지 3 토지가 현실적으로 교육사업의 목적에 직접 사용되었다고 할 수 없고, 달리 이를 인정할 증거도 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
2) 이 사건 각 토지가 분리과세대상인지 여부에 대하여

구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 재13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항은 "토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다."고 규정하고, 그 제1호로 "종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다."고 규정하면서 그 가목으로 "이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지"를 규정하고 있고, 그 제3호로 "분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지"를 규정하면서, 그 마목으로 "가목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지"를 규정하고 있다. 그리고 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 구 지방세법 제182조 제1항도 같은 취지로 규정하고 있다.
구 지방세법 시행령(2014. 1. 1. 대통령령 제25058호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제5항 본문은 "법 제106조 제1항 제3호 마목에서 ‘대통령령으로 정하는 토지’란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다."고 규정하면서, 그 제13호에서 "제22조에 따른 비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지"를 규정하고 있다. 그리고 2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 구「지방세법 시행령」제132조제5항 제14호도 같은 취지로 규정하고 있다.
위 각 규정에 의하여 보건대, 다음과 같은 사정을 고려하면, 1995. 12. 31. 이전부터 이 사건 각 토지를 소유하고 있던 △△학원을 원고가 흡수합병하였다는 이유로 원고가 이 사건 각 토지를 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있는 것으로 볼 수는 없다.
①상법 제530조제2항의 규정에 의하여 주식회사에 준용되는상법 제235조는 "회사의 합병 후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다."고 규정하고 있다. 이 규정은 합병 후 존속회사 또는 신설회사가 해산회사의 모든 권리의무를 포괄적으로 승계하며 이 경우의 승계는 법률상 당연히 이루어지는 것이어서 각각의 권리의무에 관하여 개별적으로 이전할 필요가 없다는 뜻일 뿐, 해산회사가 권리의무를 취득한 시점으로 소급하여 존속회사 또는 신설회사가 그 권리의무를 승계한다는 의미로 볼 수는 없다.
② 구「지방세법 시행령」제102조제6항은 분리과세대상인 일부 농지, 임야 또는 목장용지의 범위에 관하여 "제1항 제2호 라목·바목 및 제2항 제4호·제6호에 따른 농지와 임야는 1990년 5월 31일 이전부터 소유(1990년 6월 1일 이후에 해당 농지 또는 임야를 상속받아 소유하는 경우와 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함한다)하는 것으로 한정하고, 제1항 제3호에 따른 목장용지 중 도시지역의 목장용지 및 제2항 제5호 각 목에서 규정하는 임야는 1989년 12월 31일 이전부터 소유(1990년 1월 1일 이후에 해당 목장용지 및 임야를 상속받아 소유하는 경우와 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함한다)하는 것으로 한정한다."고 규정하고 있다. 이러한 규정은 일정한 농지, 임야 또는 목장용지를 종합합산과세대상에서 제외하여 별도의 기준에 의하여 분리과세하려는 정책적인 결단의 산물이라고 보아야 하므로, 같은 조 제5항에서 학교 등을 운영하는 비영리사업자가 1996. 1. 1. 이후 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 토지에 관하여 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있는 토지와 마찬가지로 분리과세대상으로 한다는 규정을 두고 있지 아니한 이상, 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하고 있다는 이유만으로 위와 같은 정책적 고려에 따른 입법조치가 있었던 경우와 마찬가지로 분리과세대상에 포함된다고 해석할 수는 없다.
따라서 원고가 이 사건 각 토지를 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
3) 이 사건 처분이 신뢰보호 원칙에 반하는지 여부에 대하여

신의칙이나 국세기본법 제18조 제3항 소정의 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고(대법원 1992. 4. 28. 선고 91누9848 판결 참조), 위 조항 소정의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르른 것을 말한다(대법원 1992. 3. 31. 선고 91누9824 판결 등 참조).
이 사건에서 보건대, 원고가 △△학원을 흡수합병한 이후 이 사건 처분을 하기 전까지 10여 년간 이 사건 각 토지 중 일부 토지에 대하여는 교육목적에 직접 사용하는 부동산이라는 이유로 재산세 등을 부과하지 아니하였고, 그 외의 토지에 대하여는 모두 분리과세대상으로 보아 재산세 등을 부과하여 온 사실은 앞서 본 바와 같으나, 이와 같은 부과처분만으로는 피고들이 이 사건 각 토지가 재산세 등의 면제대상 또는 분리과세대상에 해당한다는 내용의 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수 없고, 또한 이와 같은 부과처분이 불특정의 일반납세자에게까지 정당한 관행으로 받아들여졌다고 볼 수도 없어 피고들의 부과처분에 관행이 성립하였음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장 또한 받아들일 수 없다.
3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.