재산세부과처분등취소청구 (세무, 광주고등법원)
공포일: 2023.02.09 / 시행일:

【원고, 항소인】 한국농어촌공사 (소송대리인 변호사 김해마중 외 1인)
【피고, 피항소인】 고흥군수 외 11인 (소송대리인 변호사 송현승 외 4인)
【제1심판결】 광주지방법원 2022. 6. 9. 선고 2021구합13889 판결
【변론종결】2022. 12. 22.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 모두 기각한다. 
 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 제1심판결을 취소한다. 피고들이 원고에 대하여 한 별지1 ‘부과처분금액’란 기재 각 2021년 귀속 정기분 재산세 및 지방교육세 부과처분, 2020년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분 중 ‘불복금액’란 기재 각 부분을 모두 취소한다[원고는 이 법원에서 제1심에서 각하된 부분(피고 고흥군수, 영암군수, 해남군수에 대한 일부 청구 부분)을 감축하는 취지로 청구취지와 항소취지를 변경하였다]. 
【이 유】1. 제1심판결의 인용
 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 일부를 고쳐 쓰고, 제2항과 같이 판단을 보충하는 외에는 제1심판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
 ○ 4쪽 각주 4번의 “유후지”를 “유휴지”로, “민간간척사업 직 중”을 “민간간척사업 지구 중”으로 각 고친다. 
 ○ 8쪽 17줄의 “이 법원이”를 “제1심이”로 고치고, 19줄의 “할 것이다.”를 “할 것이다(더욱이 갑 제41호증의 기재에 의하면, 당심 변론종결 이전에 위 심판청구에 대한 기각결정이 이루어졌다). 따라서 피고들의 본안 전 항변은 이유 없다.”로 고친다. 
 ○ 8쪽 아래에서 2줄부터 10쪽 8줄까지를 삭제한다. 
 ○ 13쪽 10줄의 “추가 그재하여”를 “추가 기재하여”로 고친다.
2. 판단의 보충
가. 원고의 주장 요지
 원고는 다음과 같은 여러 가지 이유를 들어 이 사건 토지의 실질적 소유자는 국가라는 취지로 주장한다. 
 ① 이 사건 토지는 전액 농지관리기금, 즉 국고에 의하여 조성되었고, 그 유지, 관리에 필요한 재원도 모두 국고로 충당되며, 원고로서는 국가(농림축산식품부장관)의 승인 없이는 이 사건 토지를 관리·처분할 수 없다.
 ② 이 사건 토지로 인하여 발생하는 수익, 처분대금 등은 농지관리기금에 납입되어야 하는 등 이 사건 토지의 수익·관리·처분에 따른 경제적 효과도 모두 국가에 귀속된다. 
 ③ 농지관리기금은 국가가 운영·관리하는 것이고, 원고는 그 업무를 위탁받은 수탁관리자일 뿐이다. 이 사건 토지에 관하여는 그 수익을 농지관리기금으로 용이하게 회수할 수 있도록 수탁관리자인 원고 명의로 형식적인 등기가 경료된 것에 불과하다. 
 ④ 원고 명의로 이 사건 토지에 관한 등기를 경료하는 것에 관하여 국가와 원고 사이, 사업시행자와 원고 사이에 소유권이전에 대한 합의나 협의가 전혀 없었고, 원고가 이 사건 토지의 대가를 지급하지도 않았으며, 국가는 이 사건 토지에 관하여 언제든 무상으로 등기 명의를 반환받을 수 있다. 
 ⑤ 새만금지구 간척종합개발사업(이하 ‘새만금사업’이라 한다)에 관한 확정판결[광주고등법원(전주) 2020. 6. 17. 선고 2019누1994 판결, 대법원 2020. 11. 5. 선고 2020두43548 판결, 이하 ‘새만금판결’이라 한다]과 이 사건은 그 사실관계와 쟁점이 사실상 동일하다. 따라서 새만금판결에서의 결론과 같이 이 사건 토지도 실질적으로 국가의 소유라고 보아야 한다. 
나. 판단
 그러나 이 사건 토지는 법률상으로는 물론 실질적으로도 원고의 소유라고 할 것이므로 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다. 
1) 농업생산기반 정비사업 시행으로 조성된 토지의 소유권은 원칙적으로 그 사업시행자에게 귀속된다.
 ① 농어촌공사법은 원고의 법인격을 법인으로 규정하였다(제2조). 즉 원고는 국가와 별개로 독립한 법인격을 가진 공법인이므로, 독립된 권리·의무의 주체가 된다. 
 ② 농어촌정비법에 의하면, 농업생산기반 정비사업은 국가, 지방자치단체, 원고 또는 토지 소유자가 시행하고(제10조), 농업생산기반 정비사업 시행으로 조성된 재산 중 농업생산기반시설에 제공되지 아니하는 매립지·간척지·개간지·취토장 등은 그 정비사업 시행자가 임대, 매각, 직접사용, 일시사용의 방법으로 관리·처분한다(제14조 제1항). 
 농어촌공사법은 원고가 농지를 매입하여 소유할 수 있고, 소유하고 있는 농지를 매도 또는 임대할 수 있도록 규정하고 있다(제24조의2 제2항). 여기에서 원고가 소유하는 토지에는 농어촌정비법에 따른 농업생산기반 정비사업 시행자가 조성한 간척농지를 농업생산기반 정비사업 시행자로부터 인수하여 소유하는 것을 포함한다(제24조의2 제2항 괄호). 또한 원고가 농어촌공사법 제10조 제1항 제14호에 따라 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받아 시행하는 사업과 관련하여 국가 또는 지방자치단체가 취득한 부동산에 관한 권리를 부동산등기법 제98조에 따라 등기하여야 하는 경우 원고는 국가 또는 지방자치단체를 대위하여 등기를 촉탁할 수 있다(제41조). 
공유수면 관리 및 매립에 관한 법률(이하 ‘공유수면법’이라 한다) 제46조 제1항은 매립지의 소유권 귀속에 관하여, 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공용으로 사용하기 위하여 필요한 매립지는 국가 또는 지방자치단체(제1호), 매립된 바닷가에 상응하는 면접의 매립지는 국가(제2호), 제1호와 제2호에 따라 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비에 상당하는 매립지는 매립면허취득자(제3호)가 그 소유권을 취득한다고 규정하고 있다. 
농어촌정비법 제14조에 따라 농지관리기금으로 조성된 매립지 등의 관리·처분에 관한 세부사항을 정하는 것을 목적으로 하는 매립지등의 관리·처분에 관한 규정(농림축산식품부훈령 제390호)에 의하면, 사업시행자(국가, 지방자치단체 및 원고)가 농어촌정비법 제114조, 공유수면법 제45조에 따라 준공검사를 받은 경우 지체 없이 매립지등에 대하여 지적공부 정리와 소유권보존등기를 하여야 하는데(제4조 제1항), 그 명의방법에 관하여 임대차, 매각, 일시사용 및 직접사용 대상 매립지 등의 경우 원고 명의로, 그 외의 매립지등은 농림축산식품부를 관리청으로 추가 기재하여 국가 명의로 등기하도록 규정하고 있다(제4조 제2항). 
 위와 같은 법령의 규정에 비추어 보면, 농업생산기반 정비사업, 매립사업을 통하여 조성된 매립지 등 가운데 농업생산기반시설이나 도로, 호안, 방파제, 배수시설 등 그 용도나 사용방법에 있어서 공공성이 매우 강하여 사적인 관리·처분을 제한하여야 할 필요가 있는 경우에는 국가에 그 소유권이 귀속되고, 그 외의 경우에는 원칙적으로 농업생산기반 정비사업 시행자나 매립면허취득자에게 귀속된다고 봄이 타당하다(매립지등의 관리·처분에 관한 규정은 임대차, 매각, 일시사용 및 직접사용 대상 매립지등의 경우 원고의 명의로 소유권보존등기를 하도록 규정하고 있다. 그러나 위 규정은 사업시행자가 소유권보존등기를 하는 데 있어 그 ‘명의방법’을 규정한 것에 불과하다는 점, 농어촌공사법, 농어촌정비법, 공유수면법에 따른 관리·처분 권한의 귀속이 훈령에 불과한 위 규정에 따라 달리진다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 예를 들어 국가가 사업시행자인 사업으로 조성된 임대차 등 대상 매립지에 관하여 위 규정에 따라 원고 명의의 소유권보존등기가 경료되었다고 하여, 위 매립지의 관리·처분 권한 자체가 원고에게 이전되는 것이라고 볼 수는 없다). 
 ③ 이 사건에 관하여 본다. 다툼 없는 사실, 앞서 보았거나 갑 제8 내지 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ㉠ 정부는 공유수면법, 농어촌정비법에 따라 원고 또는 피고들(지방자치단체장)을 사업시행자로 정하여 농업생산기반 정비사업을 실시한 사실, ㉡ 원고는 이 사건 토지에 관하여 사업시행자로서 소유권보존등기를 마치거나[이 사건 토지 중 대부분에 관하여 원고 명의의 소유권보존등기가 경료되었다. 여기에는 피고 고흥군수, 당진군수, 보령시장, 장흥군수, 태안군수가 사업시행자인 사업으로 조성된 토지를 인수받은 것(농어촌공사법 제24조의2 제2항)도 포함된다], 공공용지 협의취득을 원인으로 하여 전 소유자로부터 소유권이전등기를 마친(이 사건 토지 중 극히 일부 필지에 불과하다) 사실, ㉢ 위 각 사업에 관한 준공인가서에 의하면, 위 사업으로 조성된 토지는 공유수면법의 규정에 따라 국가에게 귀속되는 토지와 매립면허취득자(사업시행자)에게 귀속되는 토지가 구분되어 있고, 이 사건 토지는 매립면허취득자(사업시행자)에게 귀속된 토지인 사실을 인정할 수 있다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법령의 규정에 비추어 보면, 이 사건 토지는 농업생산기반시설 등에 해당하지 아니하여 농업생산기반 정비사업 사업시행자 또는 매립면허취득자에게 귀속되는 토지이고, 원고는 사업시행자, 매립면허취득자로서 또는 지방자치단체로부터 인수받아 이 사건 토지의 소유권을 취득하였다고 할 것이므로, 특별한 사정이 없는 원고가 이 사건 토지의 실질적인 소유자라고 봄이 타당하다.
2) 이 사건 토지의 사용, 수익, 처분 등에 있어서 원고가 주장하는 바와 같이 국가가 관여하는 사정은 이 사건 토지가 가지는 공공성의 징표일 뿐 이 사건 토지의 실질적인 소유권이 국가에 귀속된다는 근거가 될 수 없다. 
 ① 이 사건 토지가 농지관리기금이나 국고의 지원을 통하여 조성된 토지임은 당사자 사이에 다툼이 없고, 갑 제21호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 토지의 유지, 관리에 사용되는 재원도 국고로 충당된 사실을 인정할 수 있다. 또한 농어촌공사법에 의하면, 정부는 농지관리기금을 설치하고(제31조), 농지관리기금은 정부출연금 등 기본적으로 국고로 조성되며(제32조), 농지관리기금의 용도는 엄격히 제한된다(제34조 제1항). 농지관리기금의 운용·관리권은 정부(농림축산식품부장관)에 있고(제35조 제1항), 단지 농지관리기금의 운용·관리에 관한 업무의 일부를 원고에게 위탁할 수 있을 뿐이다(제35조 제2항). 
 그러나 농지관리기금은 영농규모의 적정화, 농지의 집단화, 농지의 조성 및 효율적 관리와 해외농업개발에 필요한 자금을 조달·공급하기 위한 공익 목적에서 설치되는 것이고(제31조), 농어촌공사법은 농지관리기금을 그 설치목적에 부합하는 사업에 필요한 자금의 융자, 보조, 투자, 장려금 및 포상금의 지급 등의 용도에 사용하도록 규정할 뿐(제34조 제1항 각호 참조), 농지관리기금을 통하여 조성된 재산의 소유권 귀속에 관하여 특별한 규정을 두지 않았으므로 앞서 본 바와 같이 원고에게 그 소유권이 귀속될 수 있는 것이다. 여기에 원고는 국가와 독립된 공법인이라는 점을 더하여 보면, 원고가 권리의무의 주체로서 법령에 따라 이 사건 토지의 소유권을 취득한 이상, 그 자금의 출처가 농지관리기금이나 국고라는 사정으로 인하여 이 사건 토지의 실질적인 소유권이 원고가 아닌 국가에 귀속된다고 볼 수는 없다. 농어촌공사법이 원고를 설립하고 원고가 시행하는 사업에 농지관리기금의 자금을 융자, 투자할 수 있도록 규정한 것은, 농업생산성의 증대 및 농어촌의 경제·사회적 발전이라는 매우 중대한 공익목적을 위하여 원고를 주체로 하여 필요한 사업을 진행하도록 하는 한편, 그에는 막대한 자금이 소요되므로 이를 국가적으로 지원하기 위한 것으로 이해함이 타당하다. 
② 농업생산기반 정비사업 시행자가 매립지 등을 관리·처분하려면 농림축산식품부장관의 승인을 받아야 하고(농어촌정비법 제14조 제2항), 국가가 시행하거나 농지관리기금이 투입된 사업의 경우 그 매각대금을 농지관리기금에 내야하며(농어촌정비법 제14조 제4항), 사업시행자가 농림축산식품부장관의 승인을 받아 농지관리기금을 위탁 관리하는 자로부터 개발비의 지원을 받아 사업을 완료한 경우 그 사업으로 조성된 토지를 매각 또는 임대하거나 일시사용하는 경우에는 그 매각대금, 임대료 및 일시사용료를 기금에 납입하여야(농어촌공사법 시행령 제30조 제3, 4항) 한다. 즉 농어촌정비법령상 원고는 이 사건 토지를 관리·처분하는 데 국가의 승인을 받아야 하고, 그 처분대금 등을 농지관리기금에 납입하여야 하는 제한을 받게 되고, 갑 제8 내지 22호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 실제로 이 사건 토지에 관한 준공인가조건에는 이 사건 토지에 관한 관리·처분계획을 수립하여 농림축산식품부장관의 승인을 받도록 되어 있고, 원고는 이 사건 토지에 관한 임대료 등을 농지관리기금에 납입하였다. 
 그러나 농지관리기금은 국가재정법 제5조 제1항 별표2 제56호에 의하여 설치된 기금으로 국가재정법에 따른 제한을 받는다. 즉 농지관리기금의 관리주체인 농림축산식품부장관은 기금의 설치목적과 공익에 맞게 기금을 관리·운용하여야 하고(제62조 제1항), 기금운용계획안을 수립하여 기획재정부장관에게 제출하고, 정부는 기금운용계획안을 국회에 제출하며(제66, 67조), 기획재정부장관은 3년마다 농지관리기금의 운용실태를 조사·평가하여 기금의 존치 여부를 평가할 뿐만 아니라(제82조 제1항), 기금관리주체는 국정감사의 대상기관이 된다(제83조). 결국 농지관리기금은 국민의 세금으로 조성되는 것이고, 국가재정법의 제한을 따라야 하므로, 농지관리기금을 재원으로 조성된 재산에 대하여 농지관리기금의 설치목적과 공익에 맞게끔 운영하도록 할 필요가 있기 때문에 농어촌정비법에서 위와 같은 제한을 두게 된 것일 뿐, 농지관리기금을 재원으로 조성된 모든 재산이 법률상·사실상 국가의 소유임을 전제로 한 것이라고 보기는 어렵다. 
3) 지방세법 등은 이 사건 토지에 관한 재산세가 원고에게 부과됨을 전제로 하고 있다. 
 ① 지방세법 제109조 제1항은 국가의 소유에 속하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 그럼에도 지방세특례제한법 제13조 제2항 제1의2호는 원고가 농어촌정비법에 따른 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반 정비계획에 따라 취득·소유하는 토지와 그 시설물에 대하여 재산세를 면제하거나 감경하도록 규정하고 있다. 즉 농지관리기금으로 조성되는 토지인지 여부를 불문하고, 위 규정에 따라 원고가 취득하는 토지에 대한 재산세를 원고가 부담하여야 함을 전제로 이를 감면하도록 규정한 것이다. 
 ② 위 지방세특례제한법과 같은 취지의 규정은 감면의 범위에 관한 개정이 이루어지기는 하였으나 과거부터 그대로 유지되었다. 즉 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정된 것)은 제266조를 신설하여 그 제2항에서 원고(농어촌진흥공사)가 취득·소유하는 농지개량시설물(이후 농업기반시설물로 개정) 및 그 부속토지에 대한 재산세를 면제하였고, 같은 취지의 규정은 지방세법이 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전까지 그대로 유지되었다. 위 규정은 지방세특례제한법이 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정되면서 그 제13조 제2항 제2호에서 ‘원고가 농어촌정비법에 따른 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반 정비계획에 따라 취득·소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물에 대하여는 2012. 12. 31.까지 재산세를 면제한다’는 취지로 규정되었다가 그 면제기한이 연장되면서 현행 법률에 이르게 되었다. 
 ③ 국가로서는 농지관리기금을 통하여 조성되었으나 원고 명의로 등기된 토지에 관하여 그 명의에도 불구하고 지방세법 제109조 제1항과 같이 비과세대상으로 규정할 수 있었다. 그럼에도 농지관리기금으로 조성되었는지 여부를 불문하고 재산세 부과대상으로 보되 다만 이를 감면하도록 한 구 지방세법이나 지방세특례제한법의 관련 규정을 유지하고 있다. 이에 비추어 보면, 입법자의 의사 또한 원고가 취득·소유하는 재산은 그 조성대금의 출처를 묻지 아니하고 원고의 소유로 보아 재산세를 부과하겠다는 것으로 볼 수 있다. 
4) 갑 제8 내지 19, 23, 36호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정에 비추어 보면, 새만금판결은 이 사건과는 사안이 달라 원용하기에 적절하지 아니하다. 
 ① 새만금사업은 군산~부안 간 33㎞ 길이의 방조제를 축조하고 방조제 내부를 매립하여 간척토지 28,300㏊(2억 8,300㎡)와 담수호 11,800㏊(1억 1,800㎡)를 조성하는 대규모 사업이다. 반면 이 사건 토지가 조성된 사업은 수십만㎡에서 약 수천만㎡ 정도를 조성하는 사업으로 그 규모에서 새만금사업과 비교가 되지 아니한다. 더욱이 새만금사업은 그 지원을 위하여 2012. 12. 11. 법률 제11542호로 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법이 제정되기도 한 국책사업이다. 
 ② 국가는 1991. 8. 13. 새만금사업 시행계획을 확정하고, 그 사업시행자로 농림축산식품부장관을, 위탁사업시행자로 원고를 지정하였다(매립면허권자도 농림축산식품부장관이다). 반면 이 사건 토지가 조성된 사업의 시행자는 원고 또는 지방자치단체이다. 농어촌정비법 제14조는 농업생산기반 정비사업 시행으로 조성된 재산은 농업생산기반 정비사업 시행자가 관리·처분하도록 되어 있는바, 새만금사업의 경우 원칙적으로 그 사업시행자인 국가가 재산의 관리·처분권한을 가지게 된다. 
 ③ 국가(농림축산식품부장관)는 2010년경 새만금사업 중 일부 공사가 완료되어 방조제 등의 등록 및 유지관리, 선착장과 해경초소의 이관 등을 위하여 분할준공인가가 필요하다고 판단하여 ‘새만금간척종합개발사업 분할준공’ 보고서를 작성하였다. 위 보고서에는 ‘매립면허권자인 농림축산식품부장관이 구 공유수면매립법 제10조의2 제1항의 규정에 따라 원고에 사업시행을 대행시켰는바, 농지관리기금을 투자한 점 등을 고려하여 매립지등의 관리·처분에 관한 규정에 따라 공용 또는 공공용에 필요한 매립지는 국가 명의로, 그 외의 가용토지(임대·매각·일시사용 및 직접사용 대상 매립지)는 원고의 명의로 각 소유권보존등기함이 타당하다’는 취지로 검토되어 있다. 
 그러나 실제로는 위 보고서의 내용과 달리 가용토지에 관하여 2011. 5. 6. 국가 명의의 소유권보존등기와 2011. 5. 6. 양여를 원인으로 하는 원고 명의의 소유권이전등기가 순차 경료되었다. 
 ④ 농어촌정비법, 공유수면법 등은 앞서 본 바와 같이 사업시행자, 매립면허권자가 공용 또는 공공용 토지를 제외한 매립지 등의 소유권을 취득하는 것으로 규정하고 있는바, 새만금사업의 사업시행자가 국가(농림축산식품부장관)인 이상 새만금사업으로 조성된 토지는 국가에 귀속된다고 보아야 한다(새만금사업의 사업시행을 ‘대행’한 것에 불과한 원고가 가용토지의 소유권을 취득한다고 볼 근거가 없다. 위 보고서의 내용과 달리 가용토지에 관하여 국가 명의의 소유권보존등기가 먼저 경료된 것에 비추어 보아도 그러하다). 
 ⑤ 새만금판결은 위와 같이 국가에 귀속될 토지에 관하여 양여 등의 법률상 원인이 분명하지 아니한 점, 소유권이전의 대가가 지급되거나 그에 관한 협의가 이루어지지 않은 점 등을 고려할 때 원고에게 위 가용토지를 배타적으로 사용·수익·처분할 권한이 있다고 볼 수 없다는 이유로 원고를 위 토지의 실질적 소유권을 보유한 사실상 소유자로 볼 수 없다고 판단한 것이다. 결국 새만금판결은 국가를 사업시행자로 하는 농업생산기반 정비사업에 의하여 조성된 토지가 원고 명의로 등기되었을 경우 그 실질적인 소유권의 귀속에 관한 사례로서, 원고나 지방자치단체를 사업시행자로 하는 농업생산기반 정비사업에 의하여 조성된 토지에 관한 이 사건에 그대로 적용될 수 없다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하였으므로 원고의 항소를 모두 기각한다(제1심판결 중 원고가 이 법원에서 감축한 청구에 관한 부분은 실효되었다). 
[별지 생략]

판사 김성주(재판장) 박혜선 김영훈