등록세등 부과처분 취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2012.01.31 / 시행일:

【원고, 항소인】 골든시그너스 주식회사 (소송대리인 법무법인 세종 담당변호사 조춘 외 1인)
【피고, 피항소인】 경기도 하남시장 (소송대리인 법무법인 하나로 담당변호사 백강수 외 1인)
【제1심판결】 수원지방법원 2011. 2. 17. 선고 2010구합11857 판결
【변론종결】2011. 11. 29.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 기각한다.
 2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2009. 2. 11. 원고에 대하여 한 등록세 824,787,760원, 지방교육세 153,132,530원, 농어촌특별세 3,913,260원의 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 제1심 판결의 인용
 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 중 원고의 제②주장에 관한 판단 부분에 아래 제2항 부분을 추가하고, 제8면 제1항 이하 부분을 아래 제3항과 같이 고치는 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 추가하는 부분
 『오히려 앞서 든 증거들에 갑 제21, 42 내지 45, 74호증(각 가지번호 포함), 을 제4호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 귀속토지는 대부분 1필지의 토지 중 일부분씩만이 하남시에 귀속된 것으로 나타나므로, 원고가 당초부터 이 사건 귀속토지를 하남시에게 무상으로 귀속시킬 의도로 이 사건 귀속토지가 포함된 토지를 취득하였다고 보기는 어려운 점, ② 원고가 2006. 5. 17. 최초 건축허가신청 당시 제출한 건축허가신청서에 첨부된 건축설계도면상으로는 하남시에 무상귀속 시킬 예정인 토지의 면적이 총 183.61㎡에 불과하고, 대상 토지의 위치도 최종적으로 확정된 부분과 상이한 것으로 나타나는 점, ③ 원고는 2006. 6. 19. 피고의 건축허가신청에 대한 보완사항을 반영하여 피고에게 보완서류를 제출하였는데, 위 제출서류 중 하나인 건축설계도면상으로 기부채납 예정면적이 183.61㎡에서 496.75㎡로 증가되었으나, 여전히 최종적으로 확정된 면적에 비하여 상당히 작을 뿐만 아니라, 그 위치도 확정된 부분에 완전히 포섭되어 있다고 보기 어려운 점, ④ 원고는 건축허가신청을 한 2006. 5. 17. 무렵부터 피고가 건축허가신청서 보완통보를 한 2006. 9. 19.까지 이 사건 귀속토지를 포함한 대부분 토지의 취득을 완료하였는데, 피고는 그 이후인 2006. 10. 2.에도 여전히 원고에게 ‘사업지 전면부 35m 도로의 부지 역시 공공시설로 조성하여 무상귀속 되어야 한다’는 취지의 보완통보를 하고 있던 상황이므로, 이 시점까지도 하남시에 무상으로 귀속될 토지 부분이 특정되거나 그 귀속에 관하여 원고와 하남시 사이에 확정적인 의사의 합치가 있었다고 보기는 어려운 점, ⑤ 이 사건 건축허가 당시 하남시에 무상귀속될 토지의 면적은 당초보다 대폭 늘어난 1,118.02㎡로 되었다가 그 후 심사결정 과정에서 이 사건 건축허가 이후 원고가 취득한 하남시 신장동(지번 1 생략){을 제4호증에는 그 지번이(지번 2 생략)으로 기재되어 있으나, 오기로 보인다} 토지 1㎡은 비과세 규정의 대상이 된다는 이유로 과세부분에서 제외된 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 귀속토지를 취득하여 등기한 후 이 사건 건축허가시점에 비로소 이 사건 귀속토지에 관하여 하남시와 사이에 기부채납 등의 합의가 이루어졌다고 보아야 할 것이다.』
3. 고치는 부분
 『가)지방세법 제29조 제1항 제2호,제30조 제1호에 의하면 등록세의 납세의무는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때 성립하고, 신고하는 때에 그 납세의무가 확정되며, 앞서 본 바와 같이지방세법 제138조 제1항,지방세법 시행령 제101조 제1항 제5호에 의하면, 이 사건과 같이 과밀억제권역인 서울특별시에서 법인 설립 이후의 부동산등기에 대하여는지방세법 제131조,제137조가 규정한 당해 세율의 3배에 해당하는 세율을 적용하되,주택법 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 위하여 주택건설용으로 등기하는 부동산에 대하여는 중과세율을 적용하지 않는 것으로 되어 있으므로, 납세의무자는 재산권 등 권리의 등기 또는 등록하는 시점에 있어서 자신의 사용목적과 객관적인 용도에 맞게지방세법 제131조,제137조 소정의 일반 세율 또는제138조 제1항 소정의 중과세율을 적용하여 등록세를 신고·납부하여야 한다.
 한편, 건축물의 용도나 그 면적은 건축허가 또는 그 변경허가시가 아니라 최종적으로 사용승인시에 확정되고, 이에 따라 그 부지인 토지의 용도 또한 이 시점에서 객관적으로 확정된다 할 것인데, 건축물의 사용시점에서 확정된 토지의 용도가 당초 등록세를 신고·납부할 당시의 용도와 달라지는 등 등기·등록 이후의 사정변경 등 후발적 사유로 인하여 객관적인 용도 등이 변경되었다면 납세의무자는 수정신고(당초 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액보다 적은 경우 등,2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 지방세기본법 제50조 참조) 또는 경정청구(당초 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 등,지방세기본법 제51조 참조)를 통하여 구제받을 수 있는 반면, 과세관청으로서는 중과세율 적용 대상 면적 증가나 감소 등 후발적 사유로 납세의무자가 납부하여야 할 등록세액이 변경되는 상황이 발생한 경우에는 객관적인 토지의 용도를 토대로 지방세법령에 따라 등록세 증액경정처분 또는 감액경정처분을 함으로써 적정한 조세정의를 실현할 수 있다.
 그러나 이와 같이 토지의 용도가 객관적으로 확정되기 이전이라 하더라도 납세의무자가 당초 신고·납부한 등록세액에 잘못이 있는 것으로 밝혀진 경우 과세관청이 이를 근거로 한 증액경정처분 또는 감액경정처분 등을 할 수 있음은 별개의 문제이다. 
 나) 그런데 이 사건의 경우, 원고가 2006. 5. 17. 피고에게 이 사건 각 토지상에 주상복합아파트 1동을 건설하는 내용의 건축허가신청을 하였고, 그 후 2006. 6. 15.부터 2007. 7. 12.까지 이 사건 각 토지에 관하여 이 사건 각 등기를 마친 사실, 원고는 이 사건 각 토지에 관한 이 사건 각 등기에 따른 등록세액을 신고·납부할 당시 이 사건 각 토지 위에 허가신청서에 첨부된 설계도면과 같은 주상복합아파트를 건축하려고 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고로서는 위에서 본 등록세에 관한 법리에 따라 이 사건 각 토지의 등록 당시 객관적인 용도별 면적 비율에 따라 주거용으로 사용할 부분에 대해서만 일반 세율을 적용하고, 나머지 부분은 중과세율을 적용하여 등록세를 신고납부 하였어야 함에도 이와 달리 이 사건 각 토지가 전부 주거용 건물에 제공됨을 전제로 일반 세율을 적용하여 등록세를 신고·납부함으로써 등록세를 과소신고·납부 하였다고 할 것이고, 피고는 이와 같은 과소신고·납부가 되었음을 전제로 이를 바로잡기 위하여 이 사건 각 처분으로써 이 사건 등록세의 신고·납부 당시 확인되는 이 사건 건물의 용도별 면적 비율을 토대로 증액경정처분을 한 것이므로, 이 사건 각 처분에 어떠한 잘못이 있다고 할 수 없다.
 원고는 이 사건 각 처분 이후 이 사건 건물에 관하여 사용승인이 이루어졌고, 위 사용승인으로 이 사건 건물의 용도별 면적 비율이 확정되었으므로, 사용승인시의 이 사건 건물의 용도별 면적 비율을 토대로 하지 않은 이 사건 각 처분은 위법하다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 건물의 용도별 면적은 사용승인시 최종적으로 확정되므로, 등록 당시 객관적인 상황에 맞게 등록세를 신고·납부하였더라도 등록 당시의 객관적인 상황이 후발적으로 변경됨으로써 등록세액도 변경되어야 할 경우 납세의무자는 수정신고 또는 감액경정청구를 통하여, 과세관청은 증액 또는 감액경정청구를 통하여 각 과소 또는 과다신고한 등록세액을 추가납부 또는 징수하거나 환급받거나 환급할 수 있다 할 것이나, 이 사건 각 처분은 위에서 본 바와 같이 당초 신고·납부한 등록세액이 후발적으로 감액 또는 증액되는 사유가 발생하였음을 전제로 이루어진 것이 아니라, 원고가 당초 신고·납부한 등록세액 자체가 그 당시 객관적인 상황에 맞지 않게 정당한 세액보다 과소신고하였음을 문제삼아 이루어진 것이므로, 원고가 주장하는 사유는 이 사건 각 처분의 적법성에 아무런 영향을 미치지 못한다.
 따라서 원고의 제③주장도 이유 없다.』 
4. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 김창석(재판장) 이종림 김정곤