벤처기업집적시설 지정전 취득시 감면대상 여부--기존해석과 다른 판결 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.11.13 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
재산세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다
【이유】

상고이유를 판단한다.
1. 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제3항은 "벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제18조 제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다."고 규정하고 있다.
2. 원심은 그 채택 증거에 의하여, 원고가 2009. 3. 25. 벤처기업집적시설을 개발·조성하기 위하여 이 사건 토지를 취득하고, 그 후 2011. 11. 27. 그 지상에 신축 중이던 이 사건 건물에 관하여 벤처기업집적시설 지정을 받은 사실 등을 인정하였다. 이어 원심은, ① 구 지방세법 제276조 제3항은 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체를 ‘벤처기업집적시설의 사업시행자’로 규정하고 있으나, 벤처기업육성에 관한 특별조치법에는 그에 관하여 아무런 정함이 없는 점, ② 구 지방세법 제276조 제3항 본문에 따라 벤처기업집적시설로 지정되기 전에 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 감면받았다고 하더라도, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 않는 등의 일정한 사유가 발생하면 과세관청으로서는 구 지방세법 제276조 제3항 단서에 따라 감면된 취득세 등을 추징할 수 있으므로, 벤처기업집적시설의 지정 전에 취득한 부동산을 취득세 등의 감면대상에서 제외할 현실적인 필요성도 크지 않는 점 등을 종합하여 보면, 벤처기업집적시설을 개발·조성하기 위하여 취득한 부동산인 이상, 벤처기업집적시설로 지정되기 전에 취득한 것도 구 지방세법 제276조 제3항에서 정한 취득세 등의 감면대상에 해당한다고 봄이 타당하다는 이유로, 그와 다른 전제에서 피고가 원고에게 취득세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
3. 앞서 본 관련 법령과 기록에 의하여 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 구 지방세법 제276조 제3항에서 정한 취득세 등의 감면대상에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2014. 2. 12. 선고 2013누45746 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 제1심판결을 취소한다.
2. 피고가 원고에게, 2012. 7. 13. 한 2009 사업연도 재산세 9,033,500원, 지방교육세 1,806,700원, 2010 사업연도 재산세 5,891,610원, 지방교육세 1,178,320원 및 2011 사업연도 재산세 6,964,430원, 지방교육세 1,392,890원의 각 부과처분과 2013. 1. 23. 한 취득세 211,192,740원(가산세 96,692,150원 포함), 등록세 232,500,750원(가 산세 73,231,840원 포함), 지방교육세 43,314,760원(가산세 11,460,980원 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 3. 25. 0000 주식회사 등 9개 법인과 공동으로 경기도로부터 00시 00구 00동 676 외 1필지 토지 22,081.5㎡를 아래 <표>와 같이 취득한 후 2009. 4. 24. 피고에게 원고의 지분에 해당하는 토지 3,199.6㎡의 취득신고를 하면서 원고의 지분에 해당하는 토지 중 2,314.92㎡(이하··이 사건 토지··라고 한다)는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 토지에 해당한다는 이유로 감면신청하여 취득세, 등록세, 지방교육세를 면제받았고, 2009년부터 2011년까지의 정기분 재산세의 50/100을 경감받았다.
<표>

나. 원고는 2009. 6. 17. 주식회사 000와 공동으로 00시 00구 00동 676 대 11,625.4㎡에 업무시설 및 교육시설 4개동을 신축하는 건축허가를 받고 2009. 9. 27. 공사에 착공하여 2011. 11. 22. 위 건축물(이하··이 사건 건물··이라고 한다)에 대한 사용승인을 받는 한편 2011. 11. 17. 경기도지사로부터 자신을 사업자로 하여 이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정받았다.
다. 벤처기업인 주식회사 000000(이하 000000이라 한다)는 원고로부터 이 사건 건물 중 일부를 임차하여 2011. 12. 11.경 이 사건 건물에 입주하였고, 현재 이 사건 건물에는 000000을 포함하여 4개 이상의 벤처기업이 입주하여 사용하고 있다.
라. 그런데 피고는, 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후인 2011. 11. 17. 이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정받은 사실을 확인하고 이 사건 토지에 관하여 취득세, 재산세 등의 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 2012. 7. 13. 원고에게 이미 경감받았던 2009 사업연도 재산세 9,033,500원, 지방교육세 1,806,700원, 2010 사업연도 재산세 5,891,610원, 지방교육세 1,178,320원 및 2011 사업연도 재산세 6,964,430원, 지방교육세 1,392,890원을 부과하였다.
마. 원고는 이에 불복하여 경기도지사에 심사청구를 하였으나 2012. 12. 26. 기각결정을 받았다. 이후 피고는 2013. 1. 23. 원고에게 이 사건 토지에 관하여 이미 면제받았던 취득세 211,192,740원(가산세 96,692,150원 포함), 등록세 232,500,750원(가산세 73,231,840원 포함), 지방교육세 43,314,760원(가산세 11,460,980원 포함)을 부과하였다(이하 위 라항의 각 부과처분을 포함하여 이 사건 처분이라고 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 7호증, 을 제1, 2, 4호증의 각 기재(가 지 번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주요 주장의 요지

구 지방세법 제276조 제3항은 ‘벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산’에 대하여 취득세와 등록세를 면제하고 재산세 등을 경감하도록 규정하고 있는바, 위 규정의 입법 취지와 문언 내용 등에 비추어 볼 때 위 규정에 따라 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체인 ‘벤처기업집적시설의 사업시행자’를 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대를 목적으로 사업을 진행하는 주체라고 해석하여야 하므로, 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 이 사건 토지를 취득한 원고가 그 목적대로 이 사건 토지 위에 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 사용하고 있는 이상 이 사건 토지는 구 지방세법 제276조 제3항에 따라 취득세 등의 감면대상에 해당한다고 할 것이어서, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단

앞서 인정한 사실과 관계 법령의 규정 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 볼 때 원고의 이 사건 토지의 취득은 구 지방세법 제276조 제3항 소정의 ‘벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 경우’에 해당한다고 봄이 타당하므로, 이 사건 토지에 대하여는 구 지방세법 제276조 제3항에 따라 취득세 등이 감면된다고 할 것이고, 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하므로, 원고의 주장은 이유 있다.
① 구 지방세법 제276조 제3항은 벤처기업집적시설의 경우 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체를 ‘벤처기업육성에 관한 특별조치법(이하 벤처기업법이라 한다)에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자’라고 규정하고 있는바, 아래에서 드는 다음과 같은 사정들, 즉 ㉠ 구 지방세법과 같은 법 시행령 및 시행규칙에는 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체인 사업시행자의 정의나 지정절차, 지정요건에 대하여 아무런 정함이 없고, 벤처기업법을 살펴보더라도 벤처기업집적시설의 지정에 관하여 그 절차나 요건을 규정하고 있을 뿐이고 사업시행자에 관하여는 별다른 규정을 두고 있지 않은 점, ㉡ 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것이 허용되지 않는다는 점, ㉢ 산업단지, 관광단지, 중소기업 등의 지원을 위하여 구 지방세법 제276조 제3항과 유사한 형식과 내용으로 취득세 등의 감면을 규정하고 있는 구 지방세법 제276조 제1항, 제277조 제2항, 제280조 제3, 4항이 각 그 감면 요건을 규정하면서 해당 지역이나 사업시행자에 관하여 관련 법률에 의하여 ‘지정된’ 또는 ‘지정을 받은’이라는 용어를 사용하고 있음에 비하여 구 지방세법 제276조 제3항이 굳이 ‘지정하는’이라는 다른 용어를 사용하고 있는 점과 아래 ②항에서 보는 바와 같은 위 규정의 입법 취지 등을 고려하면, 구 지방세법 제276조 제3항 소정의 "벤처기업법에 의하여 ‘지정하는’ 벤처기업집적시설의 사업시행자"를 "벤처기업법에 의하여 ‘지정된’ 벤처기업집적시설의 사업시행자"라고 해석하여야 할 논리필연적인 근거가 있다고 보기 어렵고, 오히려 토지의 소유권을 취득하기도 전에 장차 그 지상에 건축할 건물에 관하여 벤처기업집적시설의 지정을 받는 것이 현실적으로 어려운 사정을 감안하여 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 토지를 취득한 경우에는 설령 벤처기업집적시설의 지정을 토지 취득 후에 받더라도 감면 혜택을 부여하기 위한 취지에서 위와 같이 규정하였다고 해석할 여지가 충분하다.
② 구 지방세법 제276조 제3항이 벤처기업집적시설의 경우 취득세, 등록세를 면제하는 등의 혜택을 주고 있는 것은 벤처기업집적시설의 사업시행자가 거액의 취득세 등을 면제받는 대신에 임대료를 저렴하게 해서라도 벤처기업을 벤처기업집적시설에 입주시키게끔 하여 재정이 취약한 신생 벤처기업도 창업 및 기업활동이 가능하도록 유도함으로써 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 높이는 데 기여함에 그 목적이 있다고 할 것인바(대법원 2006. 5. 11. 선고 2006두2138 판결 등 참조), 이러한 입법 취지 등을 고려하면 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 장래 벤처기업집적시설로 지정되어 사용될 건축물의 신축 부지로 사용하기 위해 토지를 취득한 이상 그 토지의 취득시기가 그 지상에 신축할 예정인 건축물이 벤처기업법에 따라 벤처기업집적시설로 지정되기 전(前) 또는 후(後)인가에 따라 세제상의 혜택을 달리 취급하여야 할 합리적인 이유를 찾아보기 어렵다.
③ 사업시행자가 장래 그 지상에 신축할 건축물이 벤처기업집적시설로 지정되기 전에 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 토지를 취득하였다고 주장하면서 구 지방세법 제276조 제3항 본문에 따라 그 토지에 대하여 취득세 등의 감면을 신청할 경우 그에 필요한 소명자료도 함께 제출하리라고 예상할 수 있으므로, 과세관청으로서는 사업시행자가 제출하는 취득세 등의 감면신청과 관련된 소명자료 등을 토대로 취득세 등의 감면대상인지를 충분히 판단할 수 있을 것으로 보인다.
④ 사업시행자가 구 지방세법 제276조 제3항 본문에 따라 벤처기업집적시설로 지정되기 이전에 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 감면받았다고 하더라도, 그 사업시행자가 그 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 않는 등의 일정한 사유가 발생하면, 과세관청으로서는 구 지방세법 제276조 제3항 단서에 따라 감면된 취득세 등을 추징할 수 있으므로, 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설로 지정되기 이전에 취득한 부동산을 취득세 등의 감면대상에서 제외할 현실적인 필요성도 그리 크다고 보이지 않는다.
⑤ 원고는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 이 사건 토지를 취득하여 그 위에 이 사건 건물을 신축한 후 이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정받아 이 사건 건물에 벤처기업들을 입주시켜 벤처기업집적시설로 사용하고 있는바, 사정이 이러함에도 단지 원고의 이 사건 토지 취득 시기가 벤처기업집적시설로 지정되기 이전이라는 사정만으로 원고에 대하여 구 지방세법 제276조 제3항에 따른 취득세 등의 감면 혜택을 배제하고 뒤늦게 약 5억 원을 초과하는 취득세 등을 부과하는 것은 원고에게 너무 가혹할 뿐만 아니라 구 지방세법 제276조 제3항의 입법 취지에도 반하여 매우 부당하다고 여겨진다.
⑥ 중소기업청고시 제2008-50호로 고시된 ‘벤처기업집적시설의 지정 및 관리 지침’ 등에 의하면, 신축 예정인 건축물에 대하여도 벤처기업집적시설로 지정받을 수 있도록 하고 있지만, 그러한 사정이 구 지방세법 제276조 제3항 소정의 ‘벤처기업집적시설의 사업시행자’를 ‘벤처기업법에 의하여 이미 지정받은 벤처기업집적시설의 사업시행자’라고 한정하여 해석하여야 할 근거라고 볼 수 없다.
3. 결론

그렇다면 이 사건 처분은 모두 취소되어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 지방세법(2008. 12. 26. 법률 제9168호로 개정되기 전의 것)

제276조 (산업단지 등에 대한 감면)

③「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자, 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의한 사업시행자 및 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제41조의 규정에 의한 환매권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 규정에 의한 한국산업단지공단의 경우에는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제45조의7제1항제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감(「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.
■ 지방세특례제한법(2011. 8. 4. 법률 제11029호로 개정되기 전의 것)

제58조(벤처기업 등에 대한 과세특례)

① 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 지정이 취소되거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제17조의3 또는 제18조제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 재산세를 추징한다.
■ 벤처기업 육성에 관한 특별조치법

제2조(정의)

④ "벤처기업집적시설"이란 벤처기업 및 대통령령으로 정하는 지원시설을 집중적으로 입주하게 함으로써 벤처기업의 영업활동을 활성화하기 위하여 제18조에 따라 지정된 건축물을 말한다.
제18조(벤처기업집적시설의 지정 등)

① 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시·도지사로부터 그 지정을 받을 수 있다. 지정받은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.
② 제1항에 따라 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날(건축 중인 건축물은「건축법」제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받은 날을 말한다)부터 1년 이내에 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.
1. 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 입주하게 하되, 입주한 기업 중에서 벤처기업이 4개 이상(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역은 3개 이상)일 것

2. 연면적의 100분의 70(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역은 100분의 50) 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것

3. 제2호에 해당하지 아니하는 지정 면적은 벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설이 사용하게 할 것. 끝.
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【하급심-수원지방법원 2013. 6. 26. 선고 2013구합10367 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 3. 25. 0000 주식회사 등 9개 법인과 공동으로 경기도로부터 00시 00구 00동 676 외 1필지 토지 22,081.5㎡를 아래 <표>와 같이 취득한 후 2009. 4. 24. 피고에게 원고의 지분에 해당하는 토지 3,199.6㎡의 취득신고를 하면서 원고의 지분에 해당하는 토지 중 2,314.92㎡(이하··이 사건 토지··라고 한다)는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 토지에 해당한다는 이유로 감면신청하여 취득세, 등록세, 지방교육세를 면제받았고, 2009년부터 2011년까지의 정기분 재산세의 50/100을 경감받았다.
<표>

나. 원고는 2009. 6. 17. 주식회사 와이즈와 공동으로 00시 00구 00동 676 대 11,625.4㎡에 업무시설 및 교육시설 4개동을 신축하는 건축허가를 받고 2009. 9. 27. 공사에 착공하여 2011. 11. 22. 위 건축물(이하··이 사건 건물··이라고 한다)에 대한 사용승인을 받았다.
다. 피고는 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후인 2011. 11. 17. 이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정받은 사실을 확인하고 이 사건 토지에 관하여 취득세, 재산세 등의 경감요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 2012. 7. 13. 원고에게 이미 경감받았던 2009 사업연도 재산세 9,033,500원, 지방교육세 1,806,700원, 2010 사업연도 재산세 5,891,610원, 지방교육세 1,178,320원 및 2011 사업연도 재산세 6,964,430원, 지방교육세 1,392,890원을 부과하였다.
라. 원고는 이에 불복하여 경기도지사에 심사청구를 하였으나 2012. 12. 26. 기각결정을 받았다. 이후 피고는 2013. 1. 23. 원고에게 이 사건 토지에 관하여 이미 면제받았던 취득세 211,192,740원(가산세 96,692,150원 포함), 등록세 232,500,750원(가산세 73,231,840원 포함), 지방교육세 43,314,760원(가산세 11,460,980원 포함)을 부과하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 7호증, 을 제1, 2, 4호증의 각 기재(가지 번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구 지방세법 제276조 제3항은··벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산··을 취득세, 재산세 등의 감면요건으로 하고 있는바, 위 문언 중··지정하는··을··지정된··으로 해석하거나··벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의하여 지정하는 사업시행자··로 해석할 수는 없는 점, 벤처기업육성에 관한 특별조치법은 사업시행자를 지정하는 절차를 규정하고 있지도 않은 점, 감면대상인 부동산은 토지와 건물을 모두 포함하는 것인바, 벤처기업집적시설로 지정된 경우에만 취득세 등을 감면해 준다고 해석할 경우 토지의 취득에 관하여는 감면 규정이 적용될 여지가 없는 점, 피고는 벤처기업집적시설 제도에 관하여··선지정 - 후요건 충족··이라고 주장하고 있으나 이는 건축물에 관한 것이고 토지에 대하여는 적용할 수 없는 점을 고려하면, 위 감면요건의 사업시행자는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대를 목적으로 사업을 진행하는 주체라고 해석하여야 하는바, 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 이를 목적대로 사용하고 있는 원고는 감면 대상에 해당된다.
2) 피고는 이 사건 토지가 취득세 등의 면제대상에 해당한다고 판단하여 이를 면제한 이후에, 법령의 해석을 변경하여 면제를 취소하고 취득세 등을 부과하였는바, 이는 피고의 고의 내지 과실에 의한 것이므로 피고는 원고에게 위 취득세 등에 대한 가산세 상당의 손해를 배상할 책임이 있다.
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 인정사실

1) 원고는 2011. 11. 17. 자신을 사업자로 하여 이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 지정받았다.
2) 경기도가 발간한 벤처기업집적시설 사업자 준수사항 안내 책자는 벤처기업집적시설이··선지정 - 후요건 충족··인 제도로서 건물이 건축되지 않은 상황에서도 지정신청이 가능하다고 되어 있다.
3) 벤처기업집적시설의 지정 및 관리지침 제3조 역시 신축예정인 건축물을 벤처기업집적시설로 지정받고자 할 경우에 첨부하여야 할 서류에 관하여 규정하고 있다.
4) 원고의 회사가 입주해 있는 0000000 내 벤처기업 중에는 벤처기업집적시설로 지정받은 후 토지를 취득하여 취득세 등의 감면을 받은 경우가 9건이나 존재한다.
[인정근거] 갑 제3호증, 을 제5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 관한 판단

살피건대, 위 인정사실 및 관계 법령을 종합하여 보면, ① 조세법률주의의 요청은 과세요건은 물론 비과세요건에 있어서도 문언을 기초로 한 엄격한 해석을 요구하는바, 구 지방세법(2008. 12. 26. 법률 제9168호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제3항이 그 주체를··벤처기업집적시설의 사업시행자··라고 규정하고 있음에 비추어 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 면제받고, 재산세의 50/100을 경감받기 위하여는 그 부동산의 취득 이전에 벤처기업집적시설의 사업시행자의 지위에 있을 것이 요구된다고 보이는 점, ② 원고는 구 지방세법 제276조 제3항의 주체를 앞으로 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대를 목적으로 사업을 진행하는 자로 해석해야 한다고 주장하나, 그에 따르면 납세의무자가 벤처기업집적시설을 개발·조성할 목적으로 부동산을 취득하였다고 주장하기만 하면 과세관청으로서는 일응 취득세 등을 감면해 주어야 하게 되어 과세요건에 있어서의 명확주의 원칙에 반하는 점, ③ 구 지방세법에서 감면의 주체로 규정한··벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자··는 신축 예정건물 또는 건축 중인 건물 또는 기존 건물을 벤처기업집적시설로 지정받은 벤처기업집적시설의 사업시행자가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등의 감면 혜택을 주겠다는 취지로 해석하는 것이 문언상 자연스러운 점, ④ 원고는 벤처기업집적시설로 지정된 경우에만 취득세 등을 감면해 준다고 해석할 경우 토지의 취득에 관하여는 감면 규정이 적용될 여지가 없다고 주장하나, 사업시행자는 신축예정인 건물에 대하여 벤처기업집적시설로 지정을 받을 수 있는 것과 마찬가지로 사업시행자가 벤처기업집적시설부지의 소유자가 아닌 경우 토지에 관한 사용승낙을 받거나 매매계약을 체결한 상태에서 신축예정인 건물을 벤처기업집적시설로 지정을 받는다면 그 후 매매대금을 완납하는 등으로 취득하는 토지에 관하여도 감면 규정이 적용될 것으로 보이고, 실제로 0000000 내 다른 벤처기업들 중 토지의 매매대금을 모두 지급하기 전에 벤처기업집적시설로 지정을 받아 토지에 관하여도 취득세 등의 감면을 받았던 경우가 상당수 있었던 점을 앞서 본 바와 같은바, 구 지방세법 제276조 제3항에서 규정하는 감면 대상은··벤처기업집적시설로 지정을 받은 후 사업시행자가 부동산을 취득하는 경우··라고 해석하여야 함이 상당하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2) 두 번째 주장에 관한 판단

구「지방세법」제121조제1항의 가산세는 일정한 신고·납부 등의 의무를 부담하는 납세의무자가 정당한 이유 없이 이를 위반하는 경우 행정상의 제재를 가함으로써 과세권의 적정한 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위한 것으로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2007.4.26. 선고 2005두10545 판결 참조).
살피건대, 앞서 인정한 바와 같이 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후에 취득세 등의 감면신청을 하자 피고가 이를 받아들여 위 취득세 등을 감면하였던 사실관계에 비추어 보면, 피고는 원고의 감면신청에 대하여 착오에 의하여 원고의 감면신청을 그대로 수용하였던 것으로 보이고, 달리 피고가 원고에게 이 사건 토지가 취득세 등의 감면대상임을 알려주는 등 감면과 관련한 어떠한 신뢰를 부여하였다는 사정은 보이지 않는바, 원고가 주장하는 위와 같은 사정만으로는 원고에게 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 따라서 원고가 취득세 등의 신고·납부의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있음을 전제로 한 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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별지

【관계법령】

■ 지방세법(2008. 12. 26. 법률 제9168호로 개정되기 전의 것)

제276조 (산업단지 등에 대한 감면)

③「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자, 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의한 사업시행자 및 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제41조의 규정에 의한 환매권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 규정에 의한 한국산업단지공단의 경우에는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제45조의7제1항제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감(「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.
■ 지방세특례제한법(2011. 8. 4. 법률 제11029호로 개정되기 전의 것)

제58조(벤처기업 등에 대한 과세특례)

① 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 지정이 취소되거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제17조의3 또는 제18조제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 재산세를 추징한다.
■ 벤처기업 육성에 관한 특별조치법

제2조(정의)

④ "벤처기업집적시설"이란 벤처기업 및 대통령령으로 정하는 지원시설을 집중적으로 입주하게 함으로써 벤처기업의 영업활동을 활성화하기 위하여 제18조에 따라 지정된 건축물을 말한다.
제18조(벤처기업집적시설의 지정 등)

① 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시·도지사로부터 그 지정을 받을 수 있다. 지정받은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.
② 제1항에 따라 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날(건축 중인 건축물은「건축법」제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받은 날을 말한다)부터 1년 이내에 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.
1. 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 입주하게 하되, 입주한 기업 중에서 벤처기업이 4개 이상(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역은 3개 이상)일 것

2. 연면적의 100분의 70(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역은 100분의 50) 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것

3. 제2호에 해당하지 아니하는 지정 면적은 벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설이 사용하게 할 것. 끝.