택지개발사업 공동시행자 간 실시협약에 따라 원고가 LH에 조성용지의 공급에 따른 토지대금을 지급한 경우 이를 잔금지급으로 보아 유상승계 취득으로 볼 수 있는지 여부 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2023.03.10 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 2018. 9. 11. 원고에 대하여 한 취득세 2,333,823,550원, 지방교육세 196,466,050원, 농어촌특별세 1,261,940원(각 가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

▣ 청 구 취 지

주문과 같다.
▣ 이 유

1.처분의 경위

가.원고 등의 지위

원고는 지방공기업법에 따라 서울특별시가 출자하여1989. 1. 18.설립된 지방공사로서 택지개발·공공주택 조성 등을 위하여 부동산을 취득·공급하는 사업을 영위하고 있고,한국토지주택공사(이하‘LH공사’라 한다)는 한국토지주택공사법에 근거하여 설립된 법인이다.
나. LH공사의 이 사건 사업 시행

1)건설교통부장관은2006. 7. 21.송파구 ○○동, △△동, □□시 및 ◇◇시 일원을‘송파○○ 택지개발예정지구’로 지정하고 시행자를 한국토지공사(2009년경LH공사가 그 권리와 의무를 포괄적으로 승계함)로 하여 이를 고시하였다.
2)국토해양부장관은2008. 8. 5. ‘송파○○ 택지개발예정지구’의 명칭을‘◎◎택지개발예정지구’로 변경하고‘◎◎지구 택지개발사업(이하’이 사건 사업‘이라 한다)’의 개발계획을 승인하여 고시하였으며, 2010. 11. 3.실시계획을 승인·고시하고 지형도면을 고시하였다.
다.원고와LH공사의 이 사건 사업의 공동시행

1)원고는2011. 3.경 이 사건 택지개발사업을 단독으로 시행하던LH공사와 사이에‘◎◎신도시 공동사업시행 기본협약(이하’이 사건 기본협약‘이라 한다)’을, 2011. 9월경‘◎◎신도시 공동사업시행 실시협약(이하’이 사건 실시협약‘이라 하고,위 기본협약과 통틀어’이 사건 협약‘이라 한다)’을 각 체결하고 이 사건 사업을 공동으로 시행하기로 하였다.
2)국토해양부장관은2011. 9. 30.이 사건 사업의 시행자에 원고를 추가하는 내용의 택지개발사업 개발계획 변경고시를 하였다.
라.이 사건 협약의 주요 내용

1)이 사건 사업과 관련된 업무 및 이에 부대되는 업무에 대해 행정구역상 시범단지를 제외한 서울시계 구역은 원고가 시행하고,나머지 구역은LH공사가 시행하기로 하였고(이 사건 기본협약 제5조 제3항).이 사건 실시협약에 따른LH공사의 사업면적은5,123,000㎡(전체 사업면적의75.4%, [그림1]중A구역),원고의 사업면적은1,675,000㎡(전체 사업면적의25.6%, [그림1]중B구역)이다(이 사건 실시협약 제3조 제1항).담당 사업구역에서 취득토지 등의 등기·등록 등은LH공사와 원고가 각각 단독명의로 수행하기로 하였다(이 사건 실시협약 제6조 제1항).
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2)이 사건 사업에 관한 공동사업시행자의 지분율은LH공사가75%,원고가25%이고,원고와LH공사는 이 사건 사업 시행에 따른 투입 사업비 및 회수금을 위 지분율과 동일하게 투입 및 배분하기로 하였으며,투입 사업비 및 회수금의 배분,정산의 원칙은 실시 협약 체결시 정한 바에 따르기로 하였다(이 사건 기본협약 제4조).
3)원고는LH공사가2010. 12. 31.까지 집행한 기 투입 사업비를 원고의 참여비율(25%)에 따라 지급하고(이 사건 기본협약 제7조 제1항),이 사건 사업 관련하여 원고의 사업구역 내에서LH공사가 기존에 취득한 토지에 대해서는 원고에게 소유권을 이전하되 즉시 이전이 곤란한 토지에 대해서는 실시협약에서 정하는 바에 따르며(이 사건 기본협약 제8조 제1항),원고는 원고의 사업구역에서LH가 소유한‘공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하’토지보상법‘이라 한다)’에서 규정한 사업시행자로의 권리 및 의무를 포괄 승계한다(이 사건 실시협약 제8조 제1항).
마.원고의 분담금 지급

원고는 이 사건 협약이 정한 바에 따라2011. 3. 25.및2011. 3. 30. LH공사에 총699,143,264,303원(=기 투입 사업비 분담금1회차350,000,000,000원+기 투입 사업비 분담금2회차349,143,264,303원)을 지급하였다.
바.원고의 이 사건 블록 관련 토지 취득 및 조성사업의 시행

1)원고의 사업구역 내에는A1-10블록(이하‘이 사건 블록’이라 한다)이 포함되어 있다(구체적인 위치는 아래[그림2]중 붉은 색 네모로 표시된 부분).
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2)원고는LH공사가 기존에 취득한 토지를 제외하고 이 사건 블록 내 나머지 토지의 소유권을 취득한 후 이 사건 블록에 관하여 택지조성공사를 실시하여 그 지상에 공동주택(◎◎●●●●아파트)을 건설하여 국민임대주택,장기전세주택 등으로 공급하였다.
3)이 사건 블록 내에는100여 필지의 토지가 속해 있으나[그림3]에서 보는 바와 같이 한 필지의 토지 중 일부만이 이 사건 블록 내에 포함되어 있는 경우도 있어 위 필지들의 면적 합계와 이 사건 블록의 면적이 일치하는 것은 아니다.
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사.간주취득세의 납부

원고가 이 사건 블록을 택지로 조성하여 그 지상에 공동주택을 건설함에 따라 이 사건 블록에 속한 토지의 지목이 사실상 변경되었고,이에 원고는2017. 10. 24.이 사건 블록이 속한 토지에 관하여 간주취득세312,187,060원을 신고·납부하였다(등기원인:지목변경,등기물건: △△동 ▲▲▲A1-10블록).
아.이 사건 블록에 관한 대금지급

1)이 사건 실시협약 제16조 제5항에서는‘LH공사와 원고는 자체 사용하는 분양 및 임대주택용지의 가격은 택지공급가격기준에 따라 산정하고,해당 용지 대금은 해당 주택단지의 계약금,중도금 및 잔금의 최종수입일 익일까지 전체 호수의 분양 또는 임대를 간주한 각각의 회수비율에 상응하는 지분 금액을 상대방 각자 명의의 계좌에 입금하여야 한다’고 규정하고 있고,이 사건 블록은 원고가 자체사용하는 주택용지로서 택지공급가격기준에 따라 산정한 가격은241,177,864,323원이다.
2)원고는 위241,177,864,323원 중75%에 해당하는180,883,398,242원(이하‘이 사건 쟁점금액’이라 한다)을 다음과 같이LH공사에 지급하였다.
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자.이 사건 처분

1)피고는2018. 9. 3.부터2018. 9. 5.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후‘원고가2017. 12. 6.이 사건 사업의 공동사업시행자인LH공사로부터 이 사건 블록에 속한 토지를 유상승계 취득하였음에도 이에 대한 취득세 등을 신고·납부하지 않았다’는 이유로2018. 9. 11.원고에게 과세대상을‘△△동 ▲▲▲A1-10블록(원고신축아파트 부지60㎡이하, 85㎡이하,분양상가)’으로,과세표준을241,177,864,323원으로 하여 산출한 취득세3,005,561,520원,농어촌특별세1,627,270원,지방교육세253,190,740원 합계3,260,469,530원을 부과·고지하였다.
2)원고는 위 처분에 불복하여 심판청구를 하였고,조세심판원은2020. 3. 10.서울 송파구 △△동 ▲▲▲소재 토지105,589㎡(이하‘이 사건 토지’라 한다)를 과세대상으로 보고 이 사건 토지를 서울 송파구 △△동 ◐◐◐외66필지 토지66,171.8㎡부분(LH공사 취득분,이하‘쟁점1토지’라 한다)과 서울 송파구 △△동 ◑◑◑-14외35필지 토지39,417.2㎡부분(원고 취득분,이하‘쟁점2토지’라 한다)으로 나눈 뒤,다음과 같은 이유로“피고가2017. 12. 6.원고에 대하여 한 처분은 그 과세표준241,177,864,323원에서 원고가2013. 3. 28.취득한 쟁점2토지의 취득가격30,300,253,580원 및2017. 9. 28.취득한 같은 토지의 지목변경비용23,735,726,318원 합계54,036,979,989원을 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.”고 결정(이하‘이 사건 결정이라 한다)하였다.(조심2019지0810)

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3)피고는 이 사건 결정에 따라 취득세를2,333,823,550원으로,지방교육세를196,466,050원으로,농어촌특별세를1,261,940원(각 가산세 포함)으로 감액경정 하였다(이하 감액되어 남은 부분에 대한 처분을’이 사건 처분‘이라 한다).
[인정근거]다툼 없는 사실,갑1내지13호증,을1호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고 주장의 요지

이 사건 처분은 다음과 같은 이유에서 위법하다.
1)원고에 대한 납세고지서에는 취득세 과세대상 토지의 지번과 면적,면적의 산출근거가 구체적으로 기재되어 있지 않고,나아가 과세표준 총 금액만 표시하였을 뿐 취득세율도 기재되어 있지 않는바,결국 이 사건 처분은 과세대상을 특정하지 않고 세액산출의 근거를 구체적으로 기재하지 않은 납세고지서에 의하여 이루어진 것으로서 위법하다.
2)원고는2011년경LH공사에 이미 투입된 사업비의25%를 지급하고LH공사가 기 취득한 토지에 관한 토지보상법상 권리·의무를 모두 승계하였으므로,원고가LH공사로부터 취득한 토지에 대한 취득세는 부과제척기간이 도과하였다.
3)원고가LH공사로부터 취득한 토지를 제외한 나머지 토지의 경우 원고가 보상금을 지급하고 이를 취득한 후 취득세를 신고·납부하였으며,택지조성으로 인한 지목변경에 따른 간주취득세도 납부하였으므로,추가로 취득세를 납부할 의무가 없다.
4)원고가2017년경 세 차례에 걸쳐LH공사에 토지대금을 지급한 것은 이 사건 사업 공동시행에 따른‘사업 수익 분배’에 해당할 뿐 이 사건 블록 내 토지의 취득과는 무관하고,원고가2011년 및2017년경 위 토지에 대한 용지비 및 잔금을 각 지급하였다고 볼 근거는 없다.
나.관계 법령

별지 기재와 같다.
다.판단

1)이 사건 처분은 원고가LH공사로부터 이 사건 토지를 유상으로 승계취득 하였음을 전제로 이루어졌는데,피고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 사업에 참여한 이후 직접 보상금을 지급하고 취득한 쟁점2토지의 경우LH공사 앞으로 소유권이 귀속되었다가 원고에게 이전되었다는 사실을 인정하기 부족하고,달리 이를 인정할 증거가 없다.따라서 이 사건 처분은 원고가 승계취득 하였다고 보기 어려운 토지를 과세대상에 포함하고 있으므로,나머지 점에 관하여 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다.
피고는 이 사건 결정에 따라 쟁점2토지에 관한 취득가격 및 지목변경비용을 제외하고 과세표준 및 세액을 경정하였으므로,쟁점2토지 부분은 이 사건 처분대상에서 제외되었다는 취지로 주장한다.그러나 이 사건 처분은 원고가LH공사로부터 조성이 완료된 토지를 매수하였다는 전제에서 이루어졌고,이 사건 결정에서 제외된 쟁점2토지에 관한 취득가격은 원고가 조성공사 이전에 토지를 지급한 비용이므로 조성 후 쟁점2토지에 대한 대금이 제외되었다고 볼 수는 없다.따라서 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다.
2)나아가 이 사건 처분의 과세대상이 명확하게 특정되었는지에 관하여 살펴본다.이 사건 처분은 부동산의 유상취득을 원인으로 하고 있으므로,그 납세고지를 함에 있어서 과세대상재산인 부동산의 지번과 지목,면적을 특정하고 그에 대한 과세표준액,적용할 세율 등의 세액의 산출기초가 되는 사항을 구체적으로 기재하여야 하며,위 규정들은 강행규정으로 법령이 요구하는 사항 중 일부를 누락시킨 하자가 있는 경우는 그 부과처분은 위법하다 할 것이다(대법원1994. 6. 14.선고93누11944판결 참조).
그런데 이 사건 처분의 납세고지서에는 과세대상이‘△△동 ▲▲▲A1-10블록(원고신축임대아파트부지60㎡이하, 85㎡이하,분양상가)’라고만 기재되어 있는 사실,이 사건 블록에는100여개의 필지가 포함되어 있는데 하나의 필지 중 일부만이 이 사건 블록 내에 포함되어 있는 경우도 있어 위 필지들의 면적 합계와 이 사건 블록의 면적이 일치하는 것은 아닌 사실은 처분의 경위에서 본 바와 같고,여기에 을4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정 즉,①피고가 이 사건 처분의 과세대상이 되는 토지에 관한 자료로 제출한 을4호증 목록은 원고가 조세심판 당시 제출한 서류일뿐 피고가 과세대상의 특정을 위해 작성한 서류는 제출된 바 없는 점,②을4호증 목록에는 이 사건 블록 내 토지 면적 합계가105,926㎡로 기재되어 있으나 이 사건 결정상으로는 과세대상토지 면적이105,589㎡로 기재되어 있어 서로 다른 점,③피고는 위와 같이 면적 차이가 발생한 이유에 대하여 납득할만한 설명을 하지 못하고 있는 점 등을 종합적으로 고려하면,비록 이 사건 사업과 같은 택지개발사업의 경우 구 필지들이 폐쇄되고 새로운 지번이 확정되고 새로운 지번과 종전의 지번 사이의 대응관계가 성립하기 어렵다는 점을 감안하더라도 과세대상이 특정되었다고 볼 수 없다(원고가 조세심판과정에서 제출한 서류에 기재된 이 사건 블록의 면적과 다른 면적을 기초로 처분이 이루어졌음에도 그 근거를 밝히지 못한다면 원고의 방어권 행사에 대한 침해로 볼 수 있다).따라서 이러한 측면에서도 이 사건 처분은 위법하다.
이에 대하여 피고는 조세심판원 역시 개별 필지별로 세액을 계산하는 것이 불가능하여 전제면적대비 비율로 계산하여 과세표준을 산정하였는데,원고가 자신에게 유리한 조세심판원 결정에 대하여는 위법주장을 하지 않았음에도 이 사건에서 과세표준 산정의 위법을 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다고 주장한다.그러나 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세실체법과 관련한 신의성실의 원칙은 합법성을 희생해서라도 구체적 신뢰를 보호할 필요성이 있다고 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것인바,납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고,그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며,그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 할 것인데(대법원2009. 4. 23.선고2006두14865판결 등 참조),피고가 주장하는 사정만으로는 원고의 행태가 심한 배신행위에 기인하였다고 보기 어렵고,달리 그와 같은 사정을 인정할 증거가 없다.따라서 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
3.결론

그렇다면,원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

■지방세법

제7조(납세의무자 등)

①취득세는 부동산,차량,기계장비,항공기,선박,입목,광업권,어업권,양식업권,골프회원권,승마회원권,콘도미니엄 회원권,종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서“부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.
②부동산등의 취득은「민법」,「자동차관리법」,「건설기계관리법」,「항공안전법」,「선박법」,「입목에 관한 법률」,「광업법」,「수산업법」또는「양식산업발전법」등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다.다만,차량,기계장비,항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.
■지방세법 시행령

제20조(취득의 시기 등)

①무상취득의 경우에는 그 계약일(상속 또는 유증으로 인한 취득의 경우에는 상속 또는 유증 개시일을 말한다)에 취득한 것으로 본다.다만,해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 않고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류로 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 않는다.
1.화해조서ㆍ인낙조서(해당 조서에서 취득일부터60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)

2.공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되,취득일부터60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)

3.행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터60일 이내에 제출된 것만 해당한다)

②유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1.사실상의 잔금지급일.끝.