법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2003.04.11 / 시행일:

【원 고】 파산자 주식회사 열린상호신용금고의 파산관재인 김택환(소송대리인 변호사 박요찬)
【피 고】 중부세무서장 
【변론종결】2003. 3. 14.
【주 문】
1. 피고가 1999. 7. 1. 원고에 대하여 한 1997. 6. 30. 종료 사업년도 귀속분 법인세 413,384,000원, 같은 해 사업년도 귀속분 특별부가세 295,274,000원, 1998. 6. 30. 종료 사업년도 귀속분 법인세 23,426,000원의 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】주문과 같다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1, 2, 갑제2호증, 을제1호증의 1 내지 12, 을제2호증의 1 내지 9의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.
 가. 주식회사 열린상호신용금고(위 금고는2001. 5. 14. 서울지방법원 2001하95호로 파산선고되었다, 이하 ‘원고’라고 한다)는 1987. 12. 26. 한국토지개발공사로부터 서울 중구 남대문로 5가 171 대 905㎡(이하 ‘이 사건 대지’라 한다)를 금 2,799,387,560원에 매수하여 1988. 1. 4. 소유권이전등기를 마쳤고, 1993. 9. 4. 이 사건 대지에 위치한 지하 3층, 지상 10층 규모의 서울 중구 남대문로 5가 171 소재 남대문오피스텔(이하 ‘이 사건 오피스텔’이라 한다)을 금 4,551,180,000원에 낙찰받아 그 낙찰대금을 모두 완납하였는데, 한편 이 사건 대지에서 서울 중구 남대문로 5가 171-1 대 42.7㎡(이하 ‘위 171-1 토지’라 한다)가 분할되고 남은 서울 중구 남대문로 5가 171 대 862.3㎡에 대하여 1996. 5. 25.경 이 사건 오피스텔을 위한 대지권등기가 마쳐졌다.
 나. 그 후 원고는 ① 1996. 5. 31. 이 사건 오피스텔 중 지하 1, 2층, 지상 3 내지 10층(단 701호, 901호, 801호, 902호 제외)을 4,452,011,030원에, ② 같은 해 8. 13. 이 사건 오피스텔 중 701호를 113,180,070원에, ③ 같은 해 10. 2. 이 사건 오피스텔 중 901호를 104,700,050원에, ④ 1997. 2. 3. 이 사건 오피스텔 중 지상 1, 2층을 2,952,000,000원에 각 매도하였다. 
 다. 이에 원고는 회계장부상 위 ①건물부분의 취득가액을 4,210,910,946원으로, 위 ④건물부분의 취득가액을 2,397,254,560원으로, 이 사건 오피스텔 중 매도하지 아니한 801호, 902호의 재고자산가액을 합계 180,108,850원으로, 위 171-1 토지의 재고자산가액을 104,613,000원 등으로 계상하면서, 그 계상방법에 대하여는 원고의 의뢰에 의하여 1996. 3. 22.자로 실시한 동해감정평가사사무소의 감정평가서에 기재된 이 사건 오피스텔에 대한 감정가액에 따라 산출된 금액비율(층수감정금액/전체감정금액×100%)을 기준으로 하되 양도가액을 초과하지 않도록 조정·계산한 금액을 토대로 1997, 1998사업년도 각 법인세 및 특별부가세의 과세표준과 세액을 신고하였다.
 라. 그런데 피고는 그 후 원고의 위와 같은 취득원가 산정방법을 부인하고 면적기준에 따른 취득원가 배분방법에 의하여 이를 계산한 다음, 1997사업년도 양도분에 대한 취득가액 1,089,416,000원이 과다계상되었다는 이유로 위 금액을 손금불산입 유보처분을 하고, 매도되지 아니한 이 사건 오피스텔 중 801호, 902호 및 위 171-1 토지에 대한 자산가액 69,169,000원이 과소계상되었다는 이유로 위 금액을 익금산입 유보처분을 하여 1997. 7. 1. 원고에게 주문 기재와 같은 법인세 및 특별부가세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
 마. 한편 원고는 이 사건 처분에 대하여 심사청구를 거쳐 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 이에 국세심판원은 2000. 12. 22. 이 사건 오피스텔을 분할하여 양도한 부분에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 취득원가를 면적기준에 의한 취득원가 안분방법이 아닌 기준시가에 의한 취득가액 안분방법으로 재계산하는 범위내에서 이 사건 처분의 과세표준 및 세액을 경정하는 내용의 결정을 하였으나, 피고는 위와 같은 국세심판원의 결정에 의한 방법에 의하더라도 당초의 취득가액에는 변동이 없다는 이유로 달리 이 사건 처분에 대한 경정결정을 하지 않았다. 
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장 
 ⑴ 원고는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.
 ㈎ 건물 등을 하나의 거래단위로 구입한 후 2개이상 사업년도에 걸쳐 양도가액을 달리하여 분할양도하는 경우 그 취득가액의 안분방법에 대하여 법인세법 등에서 명시적인 규정을 두고 있지 아니하고, 한편 법인세법의 규정상 1차년도의 분할양도분에 대하여 양도차손이 발생한 경우 특별부가세의 계산에 있어서 결손금의 이월공제가 허용되지 않아 2차년도의 분할양도분에 양도차익이 발생하더라도 직전연도의 양도차손을 이월공제받을 수 없기 때문에 일괄양도하는 것에 비하여 특별부가세의 부담이 늘어나는 모순이 발생하여 기업회계기준에 따른 수익비용대응의 원칙에 어긋하게 되므로, 부동산을 일괄 구입하여 2개 이상의 사업년도에 걸쳐 양도가액을 달리하여 분할양도하는 경우 분할양도분의 취득가액에 대하여는 예정양도가액의 비율이나 분양수입금액의 비율 등과 같은 합리적인 방법으로 정하여야 한다.
 ㈏ 따라서 원고는 위와 같은 사정을 참작하여, 자신의 의뢰에 의하여 1996. 3. 22.자로 실시한 감정인의 감정평가서에 기재된 이 사건 오피스텔에 대한 감정가액에 따라 산출된 금액비율(층수감정금액/전체감정금액×100%)을 기준으로 하여 양도가액을 초과하지 않는 범위내에서 취득원가를 계산하였고, 이러한 방법에 따라 산출된 취득원가는 거래관행, 실거래가액 및 수익비용대응의 원칙 등을 고려한 배분방법에 따른 합리적인 것임에도 피고는 원고의 위와 같은 취득원가 산정방법을 부인하고 면적기준에 따른 취득원가 배분방법에 따른 취득가액을 전제로 이 사건 부과처분을 하였으니 위법하다.
 ⑵ 이에 대하여 피고는, 하나의 거래단위로 취득한 토지 등을 분할하여 양도하는 경우에 있어서 양도토지 등에 대한 취득가액계산에 대하여는 면적기준에 의한 취득가액 안분방법 또는 기준시가에 의한 취득가액 안분방법에 의하여야 함에도 불구하고, 원고는 세금부담을 감소시키기 위한 방편으로 개인감정사의 감정평가서에 기재된 시가평가액을 기준으로 하여 양도가액의 범위내에서 임의로 취득가액을 산정하여 신고하였으므로, 이는 취득가액의 계산을 규정하고 있는 구 법인세법령에 반하는 것이라고 주장한다.
 나. 관계 법령
구 법인세법(1997. 8. 28. 법률 제5374호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법’이라 한다)
제17조 【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】 ①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
 ②내국법인이 매입·제작등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다. 
 ③내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는제1항과제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우는 그러하지 아니하다.
 ④제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도와제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제59조의2 【과세표준】 ①특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 "토지등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.
 ⑤법인이 토지등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 취득가액 또는 양도가액을 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
 ⑥토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 
구 법인세법시행령(1997. 10. 25. 대통령령 제15501호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법시행령’이라 한다)
제37조 【자산의 취득가액등】 ①법 제17조 제2항 및제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.
 1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액(제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금은 이를 포함하지 아니한다)에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액(이하 생략)
제124조의5 【기준시가의 산정】 ③법 제59조의2 제5항에서 "대통령령이 정하는 방법"이하 함은 다음 각호의 방법을 말한다.
 1. 기준시가가 있는 자산만을 취득하거나 양도한 경우에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 
 2, 기준시가가 있는 자산과 기준시가가 없는 자산을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 
법인세법통칙(1997. 4. 1. 개정된 것, 이하 ‘구 법통칙’이라 한다)
7-2-3…59의2 【일괄구입한 토지를 분할하여 양도하는 경우 취득가액 계산】
하나의 거래단위로 취득한 토지를 분할하여 양도하는 경우의 그 양도토지에 대한 취득가액은 다음 산식에 의하여 계산한다.
총취득가액 × 양도면적/총취득면적 = 양도토지의 취득가액
구 지방세법시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것)
제80조 【시가표준액의 결정】 ①건물 및 선박의 시가표준액은 매년 1회 조례로써 정하는 날 현재 도지사의 승인을 얻어 시장·군수가 결정한 가액으로 한다. 다만, 이미 결정한 시가표준액이 시가의 변동 또는 기타의 사유로 불합리하다고 인정되는 경우에는 도지사의 승인을 얻어 시가표준액을 변경 결정할 수 있다. 이 경우 건물의 시가표준액을 결정하거나 변경결정함에 있어서는 건물의 규모·형태·위치·특수부대설비 기타 여건을 참작하여 가감산율을 적용할 수 있다.
 다. 판단
 ⑴ 이 사건 처분의 적법 여부는 하나의 거래단위로 취득한 부동산을 분할하여 양도하는 경우 그 양도부동산의 취득원가를 산출하는 방법에 있다 할 것이다.
 먼저, 법인세법에서는 집합건물 등을 하나의 거래단위로 취득한 후 이를 구분하여 양도가액을 달리하여 분할양도하는 경우 그 취득가액의 안분방법에 관한 명시적인 규정을 두지 않고 있으며, 기업회계기준에도 이에 관하여 별다른 규정이 없는데, 다만 법인이 토지등을 함께 취득 또는 양도하였으나 토지등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 대하여구 법인세법 제59조의2 및구 법인세법시행령 제124조의5 제3항의 규정을 두고 있을 뿐이다. 따라서 이에 관하여는 해석론으로서 합리적인 계산방법을 도출할 수밖에 없다 할 것이다.
 ⑵ 우선, 피고는 구 법, 구 법시행령, 구 법통칙 등을 유추적용하여 ‘면적기준에 의한 취득가액 안분방법(총취득가액×양도면적/총취득면적)’ 또는 ‘기준시가에 의한 취득가액 안분방법{총취득가액×양도면적×(토지, 건물)단위당기준시가/총취득면적×(토지, 건물)단위당기준시가}’에 따라 이 사건 오피스텔과 위 171-1 토지에 대한 취득원가를 산정하고 있다(기준시가에 의한 취득가액 안분방법에 의하여 취득가액을 계산하더라도 아래에서 보는 바와 같은 이유로 면적기준에 의한 취득가액 안분방법에 의하여 산출된 취득가액과 동일한 결과가 나온다).
 그러나 피고가 한, 면적기준에 의한 취득가액 안분방법은 물론이거니와, ‘기준시가에 의한 취득가액 안분방법’에 있어서도, 기준시가는 하나의 건물일 경우 구조·용도·잔존연수 등이 동일하므로 층수나 호실에 구별없이 동일한 가격으로 평가되는바(구 지방세법시행령 제80조 제1항 참조), 이는 이 사건 오피스텔과 같이 지상 10층 건물인 경우 1층과 10층에 위치한 구분건물은 현실적으로 상당한 시가(가격) 차이가 있음에도 불구하고 1층과 10층에 위치한 구분건물의 취득가액을 동일하게 산정하게 되는 것이어서 현실을 도외시한 불합리한 방법이라고 할 것이다.
 다음으로, 원고는 자신의 의뢰에 의하여 실시한 감정평가서에 기재된 이 사건 오피스텔의 감정가액에 따라 산출된 금액비율(층수감정금액/전체감정금액×100%)을 기준으로 삼은 것은 아래에서 보는 바와 같이 합리적인 계산방법이라고 할 것이나, 거기에서 더 나아가 원고는 위와 같이 계산된 금원이 양도가액을 초과하지 않도록 임의로 조정하여 취득가액을 산정하여 이를 신고하였으므로, 이러한 취득가액 산출방법은 법인의 비용을 과대계상하고 자산을 과소계상하여 세금부담을 줄이는 편법으로 취득가액이 산출될 가능성이 많아 이 또한 합리적인 계산방법이라고 볼 수 없다.
 ⑶ 그렇다면, 위에서 언급된 여러 사정들과 갑제3호증의 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 국세청에서는 이 사건과 유사한 사안인, 상가 등의 신축분양시 실제 층별·위치별 분양가액을 달리하여 수년에 걸쳐 분양하는 경우 그 전체 분양가액이 합리적으로 산정되었다면 층별·위치별 분양수입금액 비율에 의하여 개별 분양건물의 분양원가를 계산할 수 있도록 관계 법령을 해석하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 오피스텔과 같은 집합건물의 취득시기에 가까운 시점을 기준으로 각 층별로 시가를 감정한 다음, 각 층별로 계산되는 금액비율(층수감정금액/전체감정금액×100%)을 총취득가액에 곱하여 계산하는 방법(이하 ‘이 법원의 취득가액계산방법’이라 한다)으로 각 층별 건물부분의 취득가액을 산정하는 것이 합리적인 계산방법이라고 할 것이다.
 다만, 토지의 경우에는 건물의 경우와는 달리구 법인세법 제59조의2 및구 법인세법시행령 제124조의5 제3항의 규정을 유추적용하여 ‘기준시가에 의한 취득가액 안분방법’에 의하더라도 앞서 언급한 바와 같은 문제점이 생기지 아니하여 불합리하다고 보이지 아니하므로 그에 따라 산정함이 상당할 것이다.
 따라서, 이 사건 오피스텔 등에 대한 취득가액을 이 법원의 취득가액계산방법에 의하는 것과 관련하여 이에 일부 배치되는 원고 및 피고의 주장은 이유 없어 받아들이지 아니한다.
 나아가, 을제3호증의 기재와 이 법원의 감정인 최웅규에 대한 감정결과를 토대로 하여 이 사건 오피스텔 및 위 171-1 토지의 취득가액을 이 법원의 취득가액계산방법으로 산정해 보면, ① 이 사건 오피스텔 중 701호의 취득가액은 102,731,848원[=7,350,567,560원 × {(557,280,000원/10,698,180,000원) × (58.22/216.99)}](원미만 버림, 이하 같다), ② 이 사건 오피스텔 중 801호, 901호, 902호의 각 취득가액은 각 105,348,062원[=7,350,567,560원 × {(624,800,000원/10,698,180,000원) × (57.57/234.59)}], ③ 이 사건 오피스텔 중 지상 1, 2층의 취득가액은 2,692,689,248원[=7,350,567,560원 × {(2,916,000,000원 + 1,003,000,000원)/10,698,180,000원}], ④ 이 사건 오피스텔 중 지하 1, 2층, 지상 3 내지 10층(단 701호, 801호, 901호, 902호 제외)의 취득가액은 4,197,877,129원[=〔7,350,567,560원 × {(980,100,000원 + 984,600,000원 + 517,440,000원 + 690,800,000원 + 557,280,000원 + 557,280,000원 + 557,280,000원 + 624,800,000원 + 624,800,000원 + 624,800,000원)/10,698,180,000원}〕- 102,731,848원(701호) - 105,348,062원(801호) - 105,348,062원(901호) - 105,348,062원(902호)], ⑤ 위 171-1 토지의 취득가액은 132,081,600원(2,799,387,560원 × 42.7/905)이 되는 반면, 갑제1호증, 을제4호증의 각 기재에 의하면 피고가 면적기준에 의한 취득가액 안분방법 또는 기준시가에 의한 취득가액 안분방법에 따라 산정한 취득가액은, ① 이 사건 오피스텔 중 701호의 경우 150,011,530원이고, ② 이 사건 오피스텔 중 801호, 901호의 경우 각 144,391,082원, 902호의 경우 104,002,285원이며, ③ 이 사건 오피스텔 중 지상 1, 2층의 경우 1,230,015,796원이고, ④ 이 사건 오피스텔 중 지하 1, 2층, 지상 3 내지 10층(단 701호, 801호, 901호, 902호 제외)의 경우 5,406,633,086원이며, ⑤ 위 171-1 토지의 취득가액은 132,081,600원인 사실이 인정되는바, 위에서 살펴 본 바와 같이 이 법원의 취득가액계산방법에 따른 취득가액과 피고의 면적기준에 의한 취득가액 안분방법 또는 기준시가에 의한 취득가액 안분방법에 따른 취득가액은 그 취득가액에 현저한 차이가 있어 이 사건 처분의 기초가 되는 과세표준에 중대한 영향을 미친 이상, 피고의 이 사건 처분에는 취득원가의 평가방법에 있어서의 위법이 있으므로 그 취소를 면할 수 없다고 할 것이다.
 라. 정당한 세액
 ⑴ 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니라고 할 것이다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조).
 ⑵ 돌이켜 이 사건에 돌아와 보면, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부과처분은 피고가 이 사건 오피스텔 등의 취득가액을 평가함에 있어서 임의로 면적기준에 의한 취득가액 안분방법 또는 기준시가에 의한 취득가액 안분방법을 기초로 산정한 위법이 있으므로, 이를 바로잡아 이 사건 오피스텔 등의 취득가액을 이 법원의 취득가액계산방법으로 산정하여 정당세액을 계산한 다음 그 정당세액이 이 사건 부과처분에서 정한 법인세 및 특별부가세액보다 많을 경우에는 결과적으로 이 사건 부과처분은 적법하고, 그 정당세액이 이 사건 부과처분에서 정한 법인세 및 특별부가세액보다 적을 경우에는 그 부분 한도내에서 이 사건 부과처분이 위법하므로 그 부분에 한하여 이 사건 부과처분을 취소하여야 할 것이다.
 ⑶ 그러나 이 사건 오피스텔 등의 취득가액 외에 원고에 대한 1997, 1998 사업년도 법인세 및 특별부가세의 정당세액을 산정할 수 있는 아무런 자료가 없는 이상, 결국 이 법원으로서는 앞서 지적한 위법을 바로잡아 원고가 납부하여야 할 정당한 세액을 산출할 수 없고(이 법원에서는 피고에게 위와 같이 평가하였을 경우의 정당세액을 계산하여 제출할 것을 명하였으나, 피고는 이에 응하지 아니하였다), 따라서 부득이 이 사건 부과처분 전부를 취소할 수밖에 없다. 
3. 결론
 그렇다면, 피고의 이 사건 부과처분은 위법하므로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 강영호(재판장) 김관중 조철호