양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2014.12.11 / 시행일:

【원고, 피상고인 겸 상고인】 
【피고, 상고인 겸 피상고인】 잠실세무서장
【원심판결】 서울고법 2014. 1. 24. 선고 2012누35902 판결
【주 문】
 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 상고를 기각한다.

【이 유】 원고와 피고의 상고이유를 함께 판단한다.
 1. 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 본문(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)은 “거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고(이하 ‘전단’이라 한다), 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다(이하 ‘후단’이라 한다).”고 규정하면서, 제1호에서 ‘주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택을 포함한다)’을, 제2호에서 ‘자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)’을 각각 들고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 제99조의3 제4항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항은 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 ‘양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 － 취득 당시의 기준시가)’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)에 의하여 계산한 금액으로 하도록 정하고 있다.
 2. 원심은, ① 원고가 1996. 12. 1. 이 사건 구주택을 171,000,000원에 취득하였다가 재건축이 이루어지자 그 주택조합의 조합원으로서 청산금을 납부하고 2003. 5. 무렵 이 사건 신축주택을 취득한 사실, ② 원고는 2009. 12. 1. 이 사건 신축주택을 양도하고, 그 전체 양도소득금액 169,746,800원[= 실지양도가액 1,250,000,000원 － (구주택 평가액 160,000,000원 + 청산금 234,396,000원) － 기타 필요경비 6,870,000원 － 장기보유특별공제액 678,987,200원]이 이 사건 특례조항 후단에 따라 전부 감면된다고 보아 신고·납부할 양도소득세가 없는 것으로 양도소득세예정신고를 하였던 사실, ③ 그런데 피고는 이 사건 구주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니고 이 사건 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상에 해당한다는 이유로, 이 사건 산식을 변형한 다음의 산식, 즉 ‘전체 양도소득금액 169,746,800원 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 1,032,000,000원 － 신축주택 취득 당시의 기준시가 748,000,000원) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 920,000,000원 － 구주택 취득 당시의 기준시가 105,000,000원)’의 산식에 의하여 감면되는 양도소득금액 20,589,800원을 산정하여, 2011. 1. 11. 원고에게 나머지 양도소득금액에 관하여 2009년 귀속 양도소득세 23,806,580원을 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
 나아가 원심은, 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업으로 신축주택을 취득하고 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 이 사건 특례조항 후단에 따라 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만 감면대상이 되고 신축 전에 발생한 양도소득과 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 뒤에 발생한 양도소득금액은 감면되지 아니한다고 전제한 다음, 이 사건 신축주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 86,026,000원(= 실지양도가액 1,250,000,000원 － 매매사례가액에 따른 취득가액 813,000,000원 － 기타 필요경비 6,870,000원 － 장기보유특별공제액 344,104,000원)을 기초로, 이 사건 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액 86,026,000원 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 1,032,000,000원 － 신축주택 취득 당시의 기준시가 748,000,000원) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 920,000,000원 － 신축주택 취득 당시의 기준시가 748,000,000원)’의 산식에 따라 산정하되, 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가보다 신축주택 양도 당시의 기준시가가 하락하여 분자가 분모를 초과하므로 86,026,000원 전액이 감면대상 양도소득금액에 해당한다는 이유로, 이 사건 처분 중 그에 따른 정당한 세액 14,849,258원을 초과하는 부분은 위법하다고 판단하면서 이와 다른 방식에 따라 감면대상인 양도소득금액을 산정하여야 한다는 원고와 피고의 주장을 모두 배척하였다.
 3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.
 가. 이 사건 특례조항은 ‘취득일부터 5년 이내’에 신축주택을 양도하였는지를 기준으로 전단과 후단으로 나누어 과세특례의 내용을 다르게 규정하면서 그 전단에서는 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 특별히 명시하고 있지 아니하다. 또한 이 사건 특례조항은 재건축·재개발을 통하여 취득한 신축주택의 양도와 같이 ‘신축주택 취득일 전의 양도소득’이 양도소득세의 과세대상에 포함되는 경우를 감면대상으로 정하면서도 그 전단에서는 후단과 달리 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 채 양도소득세를 전액 감면한다고 규정하고 있을 뿐이다. 이러한 이 사건 특례조항의 문언과 체계, 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 특례조항은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다. 따라서 이 사건 특례조항 전단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다.
 한편 이 사건 특례조항 후단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후의 양도’의 경우에는 이 사건 특례조항 후단에서 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 구체적인 계산방법을 정하지 아니한 채 대통령령으로 정하도록 위임하고 있으므로(구 조세특례제한법 제99조의3 제4항), 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항의 규정에 따라야 할 것이다. 그런데 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항은 전체 양도소득금액 중 신축주택의 취득일 이후에 발생한 양도소득금액, 즉 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 구분하여 산정하는 방법을 별도로 정하지 아니한 채 단지 ‘양도소득금액’에 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분’에서 차지하는 비율을 곱하여 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하도록 규정하고 있을 뿐이다. 그리고 소득세법상으로도 양도소득금액은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통하여 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있다. 이와 같은 이 사건 산식을 비롯한 관련 규정의 문언 및 체계, 그리고 앞서 본 이 사건 특례조항의 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 산식 중 ‘양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액’을 의미하고, ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’는 모두 신축주택의 ‘취득일’이나 ‘취득 당시’ 또는 ‘양도 당시’를 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 특례조항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 ‘전체 양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 － 신축주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 계산하여야 한다.
 나. 원심이 인정한 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 특례조항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 양도소득금액은 ‘전체 양도소득금액 169,746,800원 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 1,032,000,000원 － 신축주택 취득 당시의 기준시가 748,000,000원) / (신축주택 양도 당시의 기준시가 920,000,000원 － 신축주택 취득 당시의 기준시가 748,000,000원)’의 산식에 따라 계산하여야 하는데, 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가보다 신축주택 양도 당시의 기준시가가 하락하여 분자가 분모를 초과하게 됨으로써 169,746,800원 전액이 감면대상 양도소득금액에 해당하고, 결국 원고가 신고·납부하여야 할 양도소득세액이 없다고 보아야 하므로, 이 사건 처분은 그 전부가 위법하다.
 그런데도 원심은 이와 달리, 전체 양도소득금액 중 ‘이 사건 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 구분하여 산정한 다음 이를 이 사건 산식의 ‘양도소득금액’에 대입하여 감면대상인 양도소득금액을 계산한 결과 이 사건 처분 중 일부만 위법하다고 보았으니, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 특례조항 후단이 정한 과세특례대상인 양도소득금액의 범위와 그 산정방법에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 것이다. 이 점을 지적하는 원고의 상고이유의 주장은 이유 있고, 이 사건 산식을 변형한 ‘전체 양도소득금액 × (양도 당시의 기준시가 － 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 － 구주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 따라 감면대상인 양도소득금액을 계산하여야 한다는 피고의 상고이유의 주장은 이유 없다.
 4. 그러므로 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 조희대(재판장) 신영철 이상훈(주심) 김창석

[1] 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문의 의미 / 위 본문 전단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우, 감면되는 양도소득세액의 범위
[2] 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 등에서 정한 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하는 산식 중 ‘양도소득금액’, ‘취득일’, ‘취득 당시’, ‘양도 당시’의 각 의미 / 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 계산방법