부가가치세경정청구거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2002.09.04 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 변호사 진행섭)
【피 고】 마포세무서장
【주 문】
 1. 피고가 2001. 6. 5. 원고에 대하여 한 1999년 제2기 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 1997. 3. 26. 피고에게 일반과세자로 사업자등록을 하고 부동산임대업을 영위해 왔으나, 1998년 제1기분 공급대가의 합계액을 1역년으로 환산한 금액이 1억 5천만 원에 미달함에도 간이과세 포기신고를 하지 않았다는 이유로 1999. 1. 1.부터 간이과세자로 전환되었고, 이에 피고는 원고에게 위 과세유형전환과 관련하여 재고매입세액 50,149,000원을 납부세액에 가산하여 1999. 1. 1.부터 뒤에서 보는 바와 같이 일반과세자로 전환되기 전인 같은 해 3. 31.까지의 과세기간에 대한 부가가치세를 부과하였다.
 나. 한편, 원고는 1999. 3. 15. 피고에게 간이과세 포기신고를 하여 1999. 4. 1.부터 다시 일반과세자로 전환되었는바, 당시 원고는 재고매입세액을 50,149,009원으로 신고하였고, 그 후 1999. 4. 1.부터 같은 해 6. 30.까지의 과세기간에 대한 부가가치세와 1999년 제2기분 부가가치세를 신고하면서 위 재고매입세액 중 1,545,365원과 2,263,784원을 위 각 부가가치세 산출세액에서 공제한 다음 각 0원을 그 납부세액으로 신고하였다.
 다. 그 후 원고는 2001. 1. 4. 피고에게, 위 1999년 제2기 부가가치세 신고에 대하여 위 재고매입세액 중 1999년 부가가치세에서 공제되지 않은 나머지 46,339,857원{＜46,339,860원＝50,149,009원－(1,545,365원＋2,263,784원)}도 매입세액으로 공제되어야 한다면서 이에 따라 환급세액을 46,339,857원으로 하는 내용으로 위 1999년 제2기 부가가치세액을 경정해 달라는 취지의 감액경정청구를 하였다.
 라. 이에 대해 피고는 2001. 6. 5. 원고에게, 구 부가가치세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의3 제7항에 따라 위 재고매입세액은 1999년 제2기까지의 부가가치세 납부세액에서 공제될 수 있는데 납부할 세액에서 공제되지 아니하는 금액은 이를 없는 것으로 보게 되어 있으므로, 납부할 세액을 초과하는 위 재고매입세액을 환급해 줄 수 없다면서 원고의 위 감액경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. 
 마. 이에 대해 원고는 2001. 9. 3. 국세심판을 청구하였으나, 2001. 11. 21. 위 심판청구는 기각되었다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 각 갑호증 및 을호증, 변론의 전취지
 2. 관련 법령
 [별지] 기재와 같다.
 3. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고 주장의 요지
 이 사건 처분의 근거가 되는 구 부가가치세법시행령 제63조의3 제7항(이하 '이 사건 규정'이라 한다) 단서는, 그 근거 법규정으로서 매입세액 이중과세의 문제점을 해결하기 위한 규정인 구 부가가치세법(1999. 12. 28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조의3 제1항에 위배되므로 무효이다. 
 또, 이는 구 부가가치세법 제26조의2와 구 부가가치세법시행령 제74조의4에서 일반과세자에서 간이과세자로 전환할 경우 재고매입세액을 제한 없이 전액 납부세액에 가산하도록 규정한 것과도 형평에 맞지 않을 뿐만 아니라 이 사건 규정의 단서조항이 2001. 12. 31. 부가가치세법시행령의 개정으로 삭제되어 재고매입세액공제의 제한이 없어진 것에 비추어 보아도 위 규정 단서는 위법하다. 
 나. 판 단
 (1) 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(납부세액)은 당해 과세기간 내에 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 등에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 하되 이 경우 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(환급세액)으로 하는 것이므로, 납부세액의 계산시 매입세액은 실제의 거래시기와 과세기간을 달리하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없음이 원칙이다.
 그러나 구 부가가치세법 제17조의3은 이러한 예외의 하나로서, "재고매입세액공제"라는 표제하에 간이과세자 또는 과세특례자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(재고매입세액)을 매입세액으로서 공제할 수 있도록 규정하고 있는바, 이는 일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우 당해 변경 당시의 재고매입세액을 납부세액에 가산하도록 한 구 부가가치세법 제26조의2에 대응하는 규정으로서, 그 입법취지는, 간이과세자 또는 과세특례자로서 재화 또는 용역을 공급받거나 재화를 수입하는 때에 거래상대방 또는 세관장으로부터 징수 당하는 부가가치세는 매입세액으로서 공제되지 아니하기 때문에 당해 재화 또는 용역의 원가에 포함되며 이를 일반과세자로서 공급하는 때에는 그 매입세액이 포함된 공급가액에 대하여 또다시 부가가치세를 거래징수하여야 하므로 결과적으로 중복과세현상이 일어나게 되는데 이를 배제하기 위한 것이다. 
 그런데 구 부가가치세법 제17조의3의 위임을 받은 구 부가가치세법시행령 제63조의3은, 제1항에서 위와 같이 재고매입세액공제 대상이 되는 재고품 및 감가상각자산의 범위를, 제2항에서 그 가액을, 제3, 4항에서 재고매입세액의 계산방법을 각 규정하는 한편, 이 사건 규정인 제7항에서 "제4항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 일반과세자로 변경된 날부터 6월이 되는 날까지의 기간이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간(6월이 되는 날이 예정신고기간에 속하는 경우에는 예정신고기간으로 한다.)의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다. 이 경우 납부할 세액에서 공제되지 아니하는 금액은 이를 없는 것으로 본다."고 규정하여 재고매입세액공제의 적용시기를 규정하는 동시에 구체적인 공제방법으로 위 재고매입세액을 "납부할 세액"에서 공제하고, 이렇게 공제하고 남은 재고매입세액은 환급하지 않는다는 취지로 규정하고 있다. 
 (2) 그러나 구 부가가치세법 제17조의3은 그 문언상 재고매입세액을 "매입세액으로서 공제할 수 있다."고 규정하고 있으므로, 이는 같은 법 제17조 제1항에 규정된 부가가치세 납부세액의 산출방법{매출세액－매입세액＝납부세액(매입세액이 매출세액 초과시 환급세액)}이나 같은 법 제17조 제3항의 규정표현 등에 비추어 볼 때 위와 같은 재고매입세액을 당해 과세기간의 통상의 매입세액과 같이 취급하여 "매출세액"에서 공제함으로써 부가가치세액(납부세액)을 산출하도록 하되(따라서 매출세액을 초과할 경우 그 차액은 당연히 환급받을 세액이 된다.), 다만 위와 같은 재고매입세액공제의 대상이 되는 재고품 등의 범위나 그 평가 또는 계산방법, 적용시기만을 대통령령에 위임한 것이라고 해석하여야 할 것이고, 또 이것이 앞서 본 바와 같은 재고매입세액공제 제도의 입법 취지에 부합하고 구 부가가치세법 제26조의2의 재고매입세액가산 규정과도 형평에 맞는다. 
 따라서 그 위임을 받은 구 부가가치세법시행령은 재고매입세액을 통상의 매입세액과 같이 취급하여 이를 "매출세액"에서 공제하는 틀을 유지한 채 단지 그 재고매입세액공제의 대상이 되는 재고품 등의 범위나 그 평가 또는 계산방법, 적용시기 등을 규정할 수 있을 뿐이라 할 것이다.
 그런데 앞서 본 바와 같이, 이 사건 규정은 재고매입세액공제의 적용시기에 대하여 "일반과세자로 변경된 날부터 6월이 되는 날까지의 기간이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간(의 거래)"으로 규정하는 한편, 더 나아가 재고매입세액공제의 구체적인 방법에 대하여는 재고매입세액을 위 과세기간 등의 거래에 대한 "납부할 세액"에서 공제한다고 하면서 단서에서 "이 경우 납부할 세액에서 공제되지 아니하는 금액은 이를 없는 것으로 본다."고 규정하고 있는바, 이와 같은 재고매입세액공제의 방법에 대한 규정부분은 ① 재고매입세액을 "매출세액"이 아니라 매출세액에서 매입세액을 공제한 이후의 세액인 "납부할 세액"에서 공제하도록 규정한 점과 ② 재고매입세액을 포함시킨 매입세액이 매출세액을 초과하더라도 초과부분을 환급받을 수 없도록 규정한 점에서, 재고매입세액을 "매입세액으로서" 공제하도록 규정한 구 부가가치세법 제17조의3 제1항의 위임범위를 벗어나 오히려 이와 배치되게 부당하게 환급세액의 범위를 제한한 것이라고 할 수 있다. 
 따라서 이 사건 규정 중 위 재고매입세액공제의 방법에 대한 부분은 그 상위법률이자 근거법규정인 위 구 부가가치세법 제17조의3 제1항에 위반하여 무효라 할 것이고, 위 규정은 구 부가가치세법 제17조의3 제1항의 취지에 따라 "제4항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 일반과세자로 변경된 날부터 6월이 되는 날까지의 기간이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 거래에 대한 매출세액에서 공제한다."라는 의미로 해석·적용하여야 할 것이다. 
 (참고로, 이 사건 규정은, 그 근거법규인 구 부가가치세법 제17조의3이 그 내용상 크게 바뀌지 않았음에도 불구하고, 2001. 12. 31. 대통령령 제17640호로 '재고매입세액을 납부할 세액이 아닌 매출세액에서 공제함으로써 납부할 세액을 초과하는 세액을 초과하는 재고매입세액의 환급을 허용'하는 취지로 개정되었는바, 그 개정취지는 '재고매입세액은 매입세액의 일종이므로 간이과세자 당시 공제받지 못한 세액은 전액 공제를 인정하는 것이 타당하고, 일반과세자가 간이과세자로 변경시 재고납부세액을 전액 가산하고 있는 것과의 형평을 유지하기 위해서'라고 한다.) 
 (3) 그러므로 피고는 1999년 제2기의 매출세액에서 위 잔여 재고매입세액을 공제한 다음 매출세액을 초과하는 세액을 원고에게 환급하는 내용으로 1999년 제2기 부가가치세를 경정하여야 할 것인바, 그럼에도 불구하고 피고는 위와 같이 이 사건 규정 중 그 효력을 인정할 수 없는 재고매입세액공제의 방법에 대한 규정부분을 그대로 적용하여 원고의 위 경정신청을 거부하는 이 사건 처분을 하였으므로, 위 처분은 위법하다 할 것이다(피고는 이 사건 규정을 그대로 적용한 근거로서 대법원 1997. 1. 21. 선고 96누14623 판결 등을 들고 있으나, 위 판례들은 상위법에 재고매입세액공제의 방법에 대한 구체적인 규정이 없는 구 부가가치세법시행규칙 규정의 해석론에 관한 사안으로서, 상위법에 재고매입세액공제의 방법에 대한 구체적인 규정이 있는 이 사건 규정의 위법 여부 판단에 적용할 것은 아니다). 
 4. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유가 있으므로 이를 인용하여 이 사건 처분을 취소하기로 한다.

판사 한강현(재판장) 정태학 김성욱

구 부가가치세법시행령 제63조의3 제7항 중 재고매입세액공제의 방법에 대한 부분이 그 상위법률이자 근거법 규정인 구 부가가치세법 제17조의3 제1항에 위반하여 무효인지 여부(적극) 및 그 경우의 해석·적용방법

구 부가가치세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것) 제63조의3 제7항 중 재고매입세액공제의 방법에 대한 규정부분은 ① 재고매입세액을 "매출세액"이 아니라 매출세액에서 매입세액을 공제한 이후의 세액인 "납부할 세액"에서 공제하도록 규정한 점과 ② 재고매입세액을 포함시킨 매입세액이 매출세액을 초과하더라도 초과부분을 환급받을 수 없도록 규정한 점에서, 재고매입세액을 "매입세액으로서" 공제하도록 규정한 구 부가가치세법(1999. 12. 28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 것) 제17조의3 제1항의 위임범위를 벗어나 오히려 이와 배치되게 부당하게 환급세액의 범위를 제한한 것이므로, 같은법시행령의 규정 중 위 재고매입세액공제의 방법에 대한 부분은 그 상위법률이자 근거법 규정인 위 구 부가가치세법 제17조의3 제1항에 위반하여 무효라 할 것이고, 위 시행령 규정은 구 부가가치세법 제17조의3 제1항의 취지에 따라 "제4항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 일반과세자로 변경된 날부터 6월이 되는 날까지의 기간이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 거래에 대한 매출세액에서 공제한다."라는 의미로 해석·적용하여야 한다.