법인세부과처분등취소청구 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2016.01.06 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○ 외 1인 (소송대리인 변호사 이상우 외 4인)
【피 고】 용인세무서장 외 1인 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 손호철)
【변론종결】2015. 11. 11.
【주 문】
 1. 가. 피고 용인세무서장이 2011. 4. 8. 원고 1 회사에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 6,258,689,830원(가산세 포함)의 부과처분 및 2008년 제1기 부가가치세 2,724,814,640원(가산세 포함)의 부과처분을,
 나. 피고 이천세무서장이 2011. 4. 8. 원고 2 회사에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 2,613,908,980원(가산세 포함)의 부과처분 중 가산세 1,042,793,876원 부분, 2007 사업연도 법인세 654,395,540원(가산세 포함)의 부과처분 중 가산세 208,353,865원 부분 및 2009 사업연도 법인세 1,535,705,540원(가산세 포함)의 부과처분을,
 다. 피고 이천세무서장이 2011. 4. 14. 원고 2 회사에 대하여 한 2006년 제1기 부가가치세 854,886,600원(가산세 포함)의 부과처분 중 158,856,400원을 초과하는 부분을, 2006년 제2기 부가가치세 191,523,080원(가산세 포함)의 부과처분 중 60,197,470원을 초과하는 부분을, 2007년 제1기 부가가치세 213,089,870원(가산세 포함)의 부과처분 중 88,436,120원을 초과하는 부분을, 2009년 제1기 부가가치세 673,596,190원(가산세 포함)의 부과처분을
 각 취소한다.
 2. 원고 2 회사의 나머지 청구를 각 기각한다.
 3. 소송비용 중 원고 1 회사와 피고 용인세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 용인세무서장이 부담하고, 원고 2 회사와 피고 이천세무서장 사이에 생긴 부분 중 1/2은 위 원고가, 나머지는 위 피고가 각 부담한다.

【청구취지】 피고 용인세무서장이 2011. 4. 8. 원고 1 회사에 대하여 한 별지 1 목록 기재 ‘고지세액’란 기재 법인세 및 부가가치세 합계 8,983,504,470원의 각 부과처분과, 피고 이천세무서장이 원고 2 회사에 대하여 2011. 4. 8.자로 한 별지 2 목록 기재 ‘고지세액’란 기재 법인세 합계 4,804,010,060원의 각 부과처분 중 ‘정당한 고지세액’란 기재 합계 170,160,378원을 초과하는 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 합계 4,633,849,682원의 각 부과처분 및 2011. 4. 14.자로 한 별지 3 목록 기재 ‘고지세액’란 기재 부가가치세 합계 1,970,981,770원의 각 부과처분 중 ‘정당한 고지세액’란 합계 37,886,030원을 초과하는 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 합계 1,933,095,740원의 부과처분을 각 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고들의 관계
 1) 원고 2 회사(종전 △△△ 주식회사에서 2008. 9.경 현재의 상호로 변경, 이하 ‘원고 2 회사’라 한다)와 2006. 5. 9.경 □□□ 주식회사(이하 ‘소외 1 회사’라 한다)의 사업을 포괄양수한 원고 1 회사는 모두 소외 2 회사의 지배를 받는 특수관계에 있는 법인들로서, 주류 제조 및 수입·판매업을 영위하는 회사이다.
 2) 원고 2 회사와 소외 1 회사는 2000. 2.경 다음과 같은 내용의 공동경비 정산 용역계약을 체결하였는데, 이후 원고 1 회사가 2006. 4. 14. 소외 1 회사로부터 임페리얼 및 발렌타인 제품의 수입 및 판매에 관련한 사업 일체를 포괄양수하면서 소외 1 회사의 위 계약상 지위를 승계하였다.
 제1조(총칙) 소외 1 회사와 원고 2 회사 양사는 각각 상대방 용역을 일부 이용하고, 이에 따라 상대방 회사에 발생하는 간접경비에 대하여 각 사별 분담금액을 확정하여 정산하기로 하며, 비용의 귀속사가 분명한 직접경비는 수익·비용 대응의 원칙에 따라 각사가 부담한다. 제2조(정산 대상 비용 및 기간의 정의) 매 회계기간 중 지출한 판매비와 일반관리비 중 양사가 각각 상대방 용역을 일부 이용하고 이에 따라 상대방 회사에 발생한 배분이 필요한 간접경비가 대상이며, 정산 대상 기간은 양사의 회계연도에 따른다. 다만, 원고 1 회사가 소외 1 회사의 자산 및 부채를 양도받은 첫 해인 2006년 기간의 경우에는 양사가 합리적으로 협의한 기간 별로 정산한다. 제3조(회계기준 자료) 양사는 매 회계연도 종료 후 외부감사인이 감사한 재무제표의 판매비와 일반관리비의 금액 및 내역을 기준으로 배부한다. 제4조(공동경비의 배부기준) 매 회계연도 말 판매비와 일반관리비 중 정산 대상 간접경비는 양사의 직전 사업연도 재무제표의 매출액(주세 등 제외)에 비례하여 안분 계산한다. 단, 경영상의 이유로 변동이 있을 경우에는 양사의 합의 하에 합리적인 기준으로 적용하여 안분 계산한다. 제5조(공동경비의 정산방법) 양사의 기업회계상 매출액 기준으로 안분계산하여 배부된 공동경비는 합계액을 기준으로 장부상 금액과 배부금액의 차액에 대하여 세금계산서를 발행하고, 양사의 재무제표에 반영하기로 한다.
 3) 원고들은 위 계약에 따라 매 회계연도 말 공동경비 중 공동인건비, 사무실 운영·유지 비용 등과 같은 공동 간접경비는 양사의 전체 매출액을 기준으로, 임페리얼 제품에 대한 공동 광고선전비는 임페리얼 제품 매출액을 기준으로 공동경비를 분담하고, 공동경비 중 분담비율을 초과하여 지출한 금액에 대해서는 타사에게 매출세금계산서를 발행하여 왔다.
 나. 원고들의 법인세 및 부가가치세 신고
 1) 원고들은 2006. 4. 1.부터 2007. 6. 30.까지의 기간(이하 ‘그룹 1 기간’이라 한다) 동안에는 ‘직전 사업연도의 매출액’을 기준으로 공동경비를 분담하였는데, 원고 1 회사의 직전 사업연도 매출액에 사업양도자 소외 1 회사의 매출액을 포함시키지는 아니하였다. 
 2) 원고들은 2007. 7. 1.부터 2009. 6. 30.까지의 기간(이하 ‘그룹 2 기간’이라 한다) 동안에는 ‘해당 사업연도의 매출액’을 기준으로 공동경비를 분담하였다.
 다. 원고들에 대한 세무조사
 중부지방국세청은 원고들에 대한 세무조사를 실시한 결과 양사의 공동경비 배분과 관련하여 아래와 같은 방법으로 분담비율을 산정하여야 한다고 판단하면서, 피고들에게 원고들이 재산정 분담비율을 초과하여 지급한 공동경비 부분에 대하여는 손금불산입하여 법인세를 부과하고, 매출세금계산서 과소교부, 매입세금계산서 과다수취 부분에 대하여는 부가가치세를 부과할 것을 통지하였다. 
 1) 원고 1 회사는 2006. 4. 14. 소외 1 회사로부터 사업권 일체를 양수하였으므로, 그룹 1 기간의 공동경비를 배분함에 있어서 원고 1 회사의 직전 사업연도 매출액에는 사업양도자인 소외 1 회사의 매출액도 포함되어야 한다. 
 2) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제26조 및 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제48조 제1항 제2호 가목에 따르면, 직전 사업연도 매출액을 기준으로 공동경비를 안분하도록 하고 있으므로, 그룹 2 기간의 공동경비를 배분함에 있어서도 원고들의 직전 사업연도의 매출액을 기준으로 공동경비를 부담하여야 한다. 
 라. 피고들의 원고들에 대한 조세부과처분
 위와 같은 세무조사결과통지에 따라, 피고 용인세무서장은 2011. 4. 8. 별지 1 목록 기재와 같은 법인세 및 부가가치세를, 피고 이천세무서장은 2011. 4. 8. 별지 2 목록 기재와 같은 법인세를, 2011. 4. 14. 별지 3 목록 기재와 같은 부가가치세를 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
 마. 전심절차
 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 5. 23. 기각결정을 받았다.
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 
 가. 원고들의 주장
 이 사건 각 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.
 1) 구 법인세법 제26조 제5호의 적용 가부
 원고들은 서로 별개의 사업을 영위하고 있을 뿐만 아니라, 각자 독립된 조직을 운영하고 있으므로, 원고들 사이에 분담하기로 한 공동경비는 구 법인세법 제26조 제5호에서 규정하고 있는 "법인이 당해 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비"에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 위 법령이 적용됨을 전제로 부과한 이 사건 각 처분은 위법하다.
 2) 구 법인세법 시행령 제48조 제1항 제2호 가목의 위법·무효 주장
 공동경비의 분담비율에 관하여 구 법인세법 시행령 제48조 제1항 제2호 가목(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)에서 정하고 있는 ‘직전 사업연도 매출액’ 기준은 모법인 구 법인세법 제26조에서 법인의 손비 중 ‘과다하거나 부당하다고 인정되는 금액’에 대해서만 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는 취지에 맞게 해석하여야 한다. 그와 달리 ‘직전 사업연도 매출액’을 공동경비 분담에 있어서의 유일한 기준으로 해석하는 것은 위임입법의 한계를 벗어나는 것으로, 위와 같이 해석하는 한 이 사건 시행령 조항은 위법·무효라고 할 것이다. 따라서 위법·무효인 이 사건 시행령 조항에 근거하여 행하여진 이 사건 각 처분은 위법하다.
 3) 그룹 1 기간 관련 법인세 부과처분 
 피고는 그룹 1 기간 동안 원고들의 공동경비를 안분함에 있어서 원고 1 회사의 직전 사업연도 매출액에 사업양수 전의 소외 1 회사의 직전 사업연도 매출액을 포함하여 이 사건 각 처분을 하였는데, 이는 사업양수도라는 우연한 사정으로 인해 공동사업자도 아닌 자의 매출을 포함하여 납세의무자의 손금을 부인하는 것으로 허용될 수 없고, 소외 1 회사와 같이 사업연도 중에 해산한 경우에는 해산등기일을 기준으로 1역년 안에서 사업연도를 구분하는데 피고 이천세무서장은 아무런 법령상 근거 없이 1년 미만의 사업연도 소득에 대해서 1역년으로 환산하는 방식을 적용하여 매출액을 계산하였으므로, 그룹 1 기간 관련 법인세 부과처분은 위법하다.
 4) 그룹 2 기간 관련 법인세 부과처분
 원고들은 그룹 2 기간 동안의 공동경비를 안분함에 있어서, 매출액 비율의 급격한 변화로 직전 사업연도 매출액을 기준으로 배분할 경우 일방 당사자가 과도한 공동경비를 배부받아 세무상 결손을 초래할 우려가 있어 위 기간 동안에는 당해 사업연도 매출액을 기준으로 배분하였는데, 이처럼 직전 사업연도의 매출액 기준을 적용하는 것이 심히 불합리한 결과를 초래하는 경우에는 합리적인 기준에 따라 분담비율을 결정하여야 할 것이고, 나아가 이 사건 시행령 조항도 2010. 2. 18. 개정을 통해 직전 사업연도 매출액 또는 해당 사업연도 매출액 기준 중 선택 적용할 수 있게 되었다. 
 특히, 구 법인세법 시행규칙(2012. 2. 28. 기획재정부령 제266호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행규칙’이라 한다) 제25조 제2항 제3호 나목은 공동 광고선전비의 특수성을 고려하여 ‘기업회계기준에 따른 매출액 중 국내 매출액’이라는 별도 매출액 기준을 두고 있고, 또 위 규정 단서에서는 ‘매출액의 2배에 상당하는 금액’의 범위와 예외를 두고 있음에도, 피고들은 공동 광고선전비의 분배와 관련하여 위 시행규칙을 고려하지 아니한 채 직전 사업연도 매출액 기준으로만 공동경비의 분담비율을 정하고 있다.
 따라서, 일률적으로 직전 사업연도 매출액을 기준을 적용하고 있는 그룹 2 관련 법인세 부과처분은 위법하다.
 5) 부가가치세 부과처분
 이 사건 각 처분 중 부가가치세 부과처분은 법인세 부과처분과 그 위법사유를 공통으로 하고 있는바, 앞서 살펴본 법인세 부과처분의 위법사유와 관련된 부가가치세 부과처분 역시 위법하고, 이 사건 공동경비의 배분은 원고들 사이에 체결된 계약에 따라 이루어진 것으로 피고들이 구 법인세법 시행령 제48조에 따라 그 분담액을 다시 산정하여 부가가치세를 부과할 수는 없으며, 특히 법인세 측면에서 공동경비의 배분을 잘못하였을 경우 부가가치세법상 공급받는 자의 매입과다에 대하여 매입세액을 불공제하도록 하는 규정은 있어도 공급하는 자의 매출과소에 대하여 과세표준을 증액하도록 하는 규정은 없으므로 매출과소에 따른 부가가치세 부과처분은 위법하다.
 6) 가산세 부과처분
 이 사건 각 처분 중 가산세 부과처분은 납세고지서 상 세액만 기재되어 있을 뿐 산출근거 등이 전혀 기재되어 있지 아니한 절차상 하자가 있고, 이 사건과 같이 공동경비 배분 방식에 있어 관련 법령의 문언의 해석상 의의가 있는 경우에는 원고들이 납세의무를 이행하지 아니한 데에 대한 정당한 사유가 있는 때에 해당한다 할 것이므로 가산세 부과처분은 실체적인 측면에서도 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 4 관계법령 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 구 법인세법 제26조 제5호의 적용 가부에 관한 판단
 가) 구 법인세법 제26조 제5호는 내국법인의 각 소득금액을 계산할 때 법인이 당해 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중에 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다.
 나) 원고들이 ‘동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위하였는지’에 관하여 살피건대, 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고 2 회사는 이천시에 주류 생산시설을 보유하고 이를 기반으로 임페리얼 제품의 제조 및 판매를 업으로 하는 법인이고, 원고 1 회사는 주로 주류 수입업을 영위하다가 소외 1 회사로부터 사업을 양수한 후부터는 임페리얼 제품의 수입 및 판매 사업을 영위하고 있는 법인인 점, ② 주류제조면허와 주류수입면허를 동시에 발급해 주지 않았던 종전의 주세사무처리규정으로 인하여 생산법인인 원고 2 회사와 수입법인인 원고 1 회사가 별도의 법인으로 설립되었지만, 양 법인이 수행하는 관리 및 영업 업무는 임페리얼 제품의 판매와 관련된 것으로 유사하거나 동일한 업무가 대부분이었던 점, ③ 원고들은 관리 및 영업 업무를 수행하기 위한 공동조직을 운영하면서, 직원 인건비, 사무실 임차료 및 유지비용 등의 간접경비와 양사의 공동취급제품인 임페리얼 제품에 대한 광고선전비를 공동경비로 보고, 매 회계연도 말 공동 간접경비에 대해서는 전체 매출액을 기준으로, 공동 광고선전비에 대해서는 임페리얼 제품의 매출액을 기준으로 정산하여 분담하기로 하는 약정을 체결하기도 한 점 등에 비추어 보면, 원고들은 공동으로 조직을 운영하면서 발생하는 경비를 함께 지출하였다고 봄이 타당하다. 
 따라서, 원고들 사이에 분담하기로 한 공동경비는 구 법인세법 제26조 제5호의 적용 대상이 된다.
 2) 이 사건 시행령 조항의 위헌·위법 주장에 관한 판단
 가) 구 법인세법 제26조 제5호는 내국법인의 각 소득금액을 계산할 때 법인이 당해 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중에 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제48조 제1항 제2호 가목은 법인이 당해 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 직전 사업연도의 매출액 총액에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 
 그런데, 2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정된 법인세법 시행령 제48조 제1항 제2호 가목은 종전의 규정 본문을 ‘직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율’로 변경(이하 ‘개정 시행령 조항’이라 한다)함으로써 납세자가 공동경비의 분담기준에 관하여 직전 사업연도 매출액과 해당 사업연도 매출액 중에서 선택하여 적용할 수 있도록 하고 있다.
 한편, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 허용된다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조). 한편 법률의 시행령이나 시행규칙은 그 법률에 의한 위임이 없으면 개인의 권리·의무에 관한 내용을 변경·보충하거나 법률에 규정되지 아니한 새로운 내용을 정할 수는 없지만, 법률의 시행령이나 시행규칙의 내용이 모법의 입법 취지 및 관련 조항 전체를 유기적·체계적으로 살펴보아 모법의 해석상 가능한 것을 명시한 것에 지나지 아니하거나 모법 조항의 취지에 근거하여 이를 구체화하기 위한 것인 때에는 모법의 규율 범위를 벗어난 것으로 볼 수 없으므로, 모법에 이에 관하여 직접 위임하는 규정을 두지 않았다고 하더라도 이를 무효라고 볼 수는 없다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2008두13637 판결, 대법원 2010. 8. 19. 선고 2010두1750 판결 등 참조). 
 나) 위 법리에 비추어 이 사건 시행령 조항이 모법의 위임범위를 벗어났는지 여부에 관하여 보건대, ① 구 법인세법 제26조 제5호는 법인의 공동경비 중 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 손금 불산입한다고 규정함으로써 어느 일방이 공동경비를 조세회피 목적으로 분담비율을 초과하여 손금에 산입시키는 것을 방지하고 있는데, 다만 과다하거나 부당한 공동경비에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 구체적인 기준은 대통령령으로 정하도록 하고 있는 점, ② 특수관계에 있는 법인 사이에서의 공동경비 분담기준은 법인세법상 특수관계, 손금산입 등 세법의 전문적이고 기술적인 요소를 고려하여 정해야 할 필요성이 있는 점, ③ 이 사건 시행령 조항은 공동경비의 분담기준으로 직전 사업연도 매출액만을 규정하고 있는데, 개정 시행령 조항은 납세자가 직전 사업연도 매출액과 해당 사업연도 매출액 중에서 선택하여 적용할 수 있도록 함으로써 납세자로 하여금 보다 합리적인 기준에 의하여 공동경비를 분담할 수 있게 한 점, ④ 이 사건 시행령 조항이 위와 같이 개정되었다 하더라도, 이 사건 시행령 조항은 구 법인세법 제26조 제5호의 취지 및 의미에 부합하는 것으로서 모법의 해석상 가능한 것을 명시한 것이거나 모법 조항의 취지에 근거하여 이를 구체화한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 시행령 조항이 모법의 위임한계를 벗어났다고 볼 수 없다. 
 따라서, 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.
 3) 그룹 1 기간 관련 법인세 부과처분의 적법성
 가) 원고 1 회사의 직전 사업연도 매출액에 소외 1 회사의 매출액을 포함시켜서는 안 된다는 주장에 관한 판단 
 살피건대, 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고 1 회사와 소외 1 회사는 모두 주류 수입을 주로 영위하는 법인이었고, 원고 1 회사는 소외 1 회사로부터 임페리얼 제품의 수입 및 판매와 관련된 사업 일체를 양수하였으며, 소외 1 회사는 해당 사업을 양도한 다음 곧바로 폐업한 점, ② 원고 2 회사와 소외 1 회사는 2000. 2.경부터 공동경비 정산 용역계약을 체결하였는데, 소외 1 회사가 원고 1 회사에게 사업을 양도하면서 원고 1 회사가 소외 1 회사의 위 계약상 지위를 승계하게 되었고, 원고 1 회사는 소외 1 회사의 위 계약상의 권리·의무를 양수받게 된 점, ③ 관련 예규(법인세과-91)에 의하더라도 "공동광고선전비 분담금액을 직전 사업연도의 매출액 비율로 안분계산함에 있어서, 두 법인이 직전 사업연도에 공동광고선전과 관련된 사업부문을 양수도한 경우 직전 사업연도의 양수도 사업부문 매출액은 사업양수법인의 직전 사업연도 매출액에 포함한다"고 하고 있는 점 등에 비추어 보면, 그룹 1 기간의 원고들의 공동경비를 안분함에 있어서 직전 사업연도에 원고 1 회사가 소외 1 회사의 사업을 포괄양수하였으므로 원고 1 회사의 직전 사업연도 매출액에는 소외 1 회사의 직전 사업연도 매출액을 포함시켜야 할 것이다.
 따라서, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 나) 그룹 1 기간의 사업연도를 부당하게 확장하였다는 주장에 관한 판단
 구 법인세법 제55조 제2항은 사업연도가 1년 미만인 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 그 사업연도의 제13조의 규정을 적용하여 계산한 금액을 그 사업연도의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 그 사업연도의 과세표준으로 하여 제1항의 규정에 의하여 계산한 세액에 그 사업연도의 월수를 12로 나눈 수를 곱하여 산출한 세액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있다.
 살피건대, 공동사업자 사이의 공동경비의 분담비율을 정하는 목적은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 산정하기 위한 것으로, 직전 사업연도의 매출액을 기준으로 공동경비의 분담비율을 정함에 있어 어느 한 쪽 당사자의 전년도 매출액이 1년에 미치지 못하여 양사의 직전 사업연도 월수가 상이하다면 구 법인세법 제55조 제2항에 따라 1년으로 환산한 매출액을 기준으로 분담비율을 정하여야 할 것이고, 피고 이천세무서장도 위와 같은 방식으로 원고들의 직전 사업연도의 매출액을 계산하여 분담비율을 정하였다 할 것이다.
 따라서, 피고 이천세무서장의 그룹 1 기간 관련 법인세 부과처분은 적법하고, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 4) 그룹 2 기간 관련 법인세 부과처분의 적법성
 살피건대, 앞서 든 각 증거, 갑 제5호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고 2 회사는 국내 제조된 임페리얼 제품을 용인에 위치한 직매장에서 판매하여 왔는데, 2007. 12. 27.경 용인세무서장에 의하여 위 용인직매장의 설치허가가 취소되자, 국내 제조 임페리얼 제품의 수도권 매출이 감소하면서 원고 2 회사의 그룹 2 기간의 매출이 급감하게 되었고, 수입 임페리얼 제품이 국내 제조 임페리얼 제품을 대체하게 됨에 따라 원고 1 회사의 그룹 2 기간의 매출은 급증하게 된 점, ② 그룹 2 기간의 공동경비 분담비율에 관하여 원고들의 직전 사업연도 매출액 기준을 적용할 경우, 원고 2 회사로서는 매출액에 비하여 과다한 공동경비를 부담하게 되어 세무상 결손을 초래할 수 있게 되는 반면, 당해 사업연도 매출액 기준을 적용하면 수익과 비례하는 비용 부담이 가능하게 되어 법인세법상 손금의 일반원칙에 부합하는 결과를 얻게 되는 점, ③ 구 법인세법 제26조 제5호는 공동경비 중 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액에 대한 손금 불산입을 규정하고 있고, 위 규정의 취지 자체가 어느 일방이 조세회피 목적으로 과다하거나 부당한 공동경비를 손금에 산입하는 것을 방지하고자 마련된 것이므로, ‘직전 사업연도 매출액’이라는 기준을 적용하여 불합리한 결과가 초래된다면 다른 합리적인 기준에 따라 분담비율을 결정할 수 있다고 보아야 하는 점, ④ 나아가 개정 시행령 조항 역시 납세자로 하여금 직전 사업연도 매출액 기준과 해당 사업연도 매출액 기준 중에서 선택 적용할 수 있게 함으로써 보다 합리적인 기준에 의한 공동경비의 배분을 도모하고 있는 점, ⑤ 원고들 사이에 체결된 공동경비 정산 용역계약 제4조에서도 ‘공동경비는 양사의 직전 사업연도 매출액에 비례하여 안분계산하되, 경영상 이유로 변동이 있을 경우에는 양사의 합의 하에 합리적인 기준으로 적용하여 안분계산한다’고 정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고들이 당초 당해 사업연도 매출액을 기준으로 공동경비를 분담하여 적법하게 법인세를 신고·납부하였음에도 피고들이 공동경비의 분담비율을 직전 사업연도 매출액 기준으로 재조정하여 행하여진 그룹 2 기간 관련 법인세 부과처분은 위법하다 할 것이다.
 따라서, 피고 용인세무서장이 2011. 4. 8. 원고 1 회사에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 부과처분 및 피고 이천세무서장이 2011. 4. 8. 원고 2 회사에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 부과처분은 원고들의 나머지 주장사실에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다 할 것이고, 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.
 5) 부가가치세 부과처분의 적법성
 가) 그룹 2 기간 관련 부가가치세 부과처분의 적법성
 살피건대, 원고들이 그룹 2 기간의 공동경비에 대해서 당해 사업연도 매출액을 기준으로 분담비율을 정하여 각각 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고·납부한 사실은 앞에서 살펴본 바 있고, 그룹 2 기간의 원고들의 공동경비 분담비율은 당해 사업연도 매출액 기준을 적용하는 것이 직전 사업연도 매출액 기준을 적용하는 것에 비해 보다 합리적인 배분방식이라는 점 역시 앞에서 살펴보았는바, 피고들이 원고들의 공동경비 분담비율을 직전 사업연도 매출액 기준으로 재조정하여 행하여진 그룹 2 기간 관련 부가가치세 부과처분은 위법하다 할 것이다.
 따라서, 피고 용인세무서장이 2011. 4. 8. 원고 1 회사에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 부과처분 및 피고 이천세무서장이 2011. 4. 14. 원고 2 회사에 대하여 한 2009년 제1기 부가가치세 부과처분은 위법하므로, 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.
 나) 그룹 1 기간 관련 부가가치세 부과처분의 적법성
 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항은 사업자가 매출세액에서 공제할 수 있는 매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액에 한정하고 있고, 제2항 제3호는 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 하고 있으며, 제7항은 제2항에 따라 공제하지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22578호로 개정되기 전의 것) 제60조 제3항은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제3호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위를 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 따르도록 규정하고 있다.
 위와 같은 관련 규정의 내용에 비추어 보면, 공동경비 중 법인세법 시행령 제48조에 따른 분담비율을 초과한 금액에 대해서는 부가가치세법상 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제할 수 없도록 하고 있는바, 앞서 살펴본 바와 같이 원고들이 자율적으로 정산약정에 따라 공동경비를 분담하면서 분담비율을 초과하여 지출한 금액에 대해서는 타사에게 매출세금계산서를 발행하여 왔다고 하더라도, 과세관청은 공동경비 중 법인세법상 규정하고 있는 분담비율을 초과하여 지출한 부분에 대해서는 부가가치세를 과세할 수 있다 할 것이다. 
 따라서, 원고들이 그룹 1 기간의 공동경비를 안분함에 있어서 원고 1 회사의 직전 사업연도 매출액에 소외 1 회사의 직전 사업연도 매출액을 포함시키지 아니한 채 부가가치세를 신고·납부한 것에 대하여, 피고 이천세무서장이 이를 재산정하여 원고 2 회사에게 부가가치세를 부과한 것은 적법하다 할 것이다. 
 그러나, 부가가치세법은 과다 공동경비에 관하여 공급받는 자의 매입과다에 대해서 매입세액을 불공제하도록 하는 규정은 두고 있으나, 공급하는 자의 매출과소에 대해서 과세표준을 증액하도록 하는 규정은 두고 있지 않은바, 피고 이천세무서장이 그룹 1 기간 관련 부가가치세 부과처분을 하면서 아무런 법령상 근거 없이 매출세액을 증액 경정하여 부가가치세액을 계산한 것은 위법하다 할 것이다.
 그렇다면, 그룹 1 기간 관련 부가가치세 부과처분 중 매출세액을 증액 경정하지 아니하여 정당 세액을 계산하면 아래 표 ‘정당한 세액’란 기재와 같이 되므로, 위 각 금액을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다.
 (단위 : 원) 원고 2 회사에 대한 부가가치세 부과처분당초 경정고지세액매출세액 경정하지 아니한 경우 매출과표 중 경정매입과표 감 경정경정고지세액매입과표 감 경정정당한 세액 2006년 1기4,100,566,778936,325,899854,886,600936,325,899158,856,400 2006년 2기799,693,114366,672,601191,523,080366,672,60160,197,470 2007년 1기785,022,667557,064,424213,089,870557,064,42488,436,120 
 6) 가산세 부과처분의 적법성
 가) 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 판결 참조).
 나) 위 법리에 비추어 살피건대, 갑 제1, 2, 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고들에 대한 이 사건 각 처분의 납세고지서에는 가산세의 총 세액만 기재되어 있을 뿐 가산세의 종류와 그 산출근거는 전혀 기재되어 있지 않은 사실, 중부지방국세청장이 이 사건 각 처분이 있기 전인 2010. 9. 28.경 원고들에게 발송한 세무조사결과 통지서에도 가산세의 세액이나 산출근거 등이 전혀 기재되어 있지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 각 가산세 부분의 납세고지는 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락하는 등의 하자가 있다고 할 것이고, 달리 그 하자가 보완되거나 치유되었다고 볼 사정이 없다.
 따라서, 이 사건 각 처분 중 가산세 부과처분은 원고들의 나머지 주장사실에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하고, 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.
 7) 소결론
 가. 그룹 2 기간 관련 법인세 및 부가가치세 부과처분
 피고 용인세무서장이 2011. 4. 8. 원고 1 회사에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 6,258,689,830원(가산세 포함)의 부과처분 및 2008년 제1기 부가가치세 2,724,814,640원(가산세 포함)의 부과처분, 피고 이천세무서장이 2011. 4. 8. 원고 2 회사에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 1,535,705,540원(가산세 포함)의 부과처분, 피고 이천세무서장이 2011. 4. 14. 원고 2 회사에 대하여 한 2009년 제1기 부가가치세 673,596,190원(가산세 포함)의 부과처분은 모두 취소되어야 한다.
 나. 그룹 1 기간 관련 법인세 부과처분 중 가산세 부분
 피고 이천세무서장이 2011. 4. 8. 원고 2 회사에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 2,613,908,980원(가산세 포함)의 부과처분 중 가산세 1,042,793,876원 부분, 2007 사업연도 법인세 654,395,540원(가산세 포함)의 부과처분 중 가산세 208,353,865원 부분은 모두 취소되어야 한다.
 다. 그룹 1 기간 관련 부가가치세 부과처분
 피고 이천세무서장이 2011. 4. 14. 원고 2 회사에 대하여 한 2006년 제1기 부가가치세 854,886,600원(가산세 포함)의 부과처분 중 158,856,400원을 초과하는 부분을, 2006년 제2기 부가가치세 191,523,080원(가산세 포함)의 부과처분 중 60,197,470원을 초과하는 부분을, 2007년 제1기 부가가치세 213,089,870원(가산세 포함)의 부과처분 중 88,436,120원을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.
 3. 결론 
 그렇다면, 원고 1 회사의 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 원고 2 회사의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 임성철(재판장) 임재남 이미경