법인세특별부가세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2003.09.26 / 시행일:

【원고, 피상고인】 한강농지개량조합의 소송수계인 농업기반공사 (소송대리인 변호사 김형진)
【피고, 상고인】 서인천세무서장
【원심판결】 서울고법 2001. 12. 5. 선고 2000누910 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용을 피고가 부담하게 한다.

【이 유】 1. 농어민지원시설의 해당 여부에 관하여
 원심은 그의 채택증거에 의하여, 원고는 이 사건 환지전 각 토지를 취득한 후 5년 이상 농업용 도수로 부지로 사용되다가 토지구획정리사업에 따라 대지로 환지됨으로써 농어민지원시설로서의 사용이 불가능하게 되어 이를 양도하고자 하였으나 그 매각을 위한 공법인으로서의 행정절차에 상당한 시간이 소요되었고 또한 매매계약을 체결한 후에도 환지 받은 토지들 지상에 포장도로 및 불법 건축물 등이 설치되어 있어 소송 등을 통하여 이러한 장애원인이 제거될 때까지 매매계약에 따른 잔금의 수령이나 그 소유권이전등기절차가 상당기간 동안 지연된 사실을 인정한 다음, 이 사건 각 토지는 그 양도 당시의 지목이 대지로서 양도시로부터 소급하여 5년 이상 계속 사용한 농어민지원시설의 양도에 해당하지 아니하여 구 조세감면규제법상 특별부가세의 감면대상이 아니라는 피고의 주장에 대하여, 새로운 시설을 취득하기 위하여 5년 이상 사용한 농어민지원시설을 양도하고자 하였으나 이를 바로 양도할 수 없는 장애원인이 있어 그 원인이 제거된 후에 양도하였다면, 양도 당시에 종전의 토지 등이 농어민지원시설로 사용되지 못하였던 사정은 일시적인 사정으로 보아야 할 것이고, 이와 같이 종전에 5년 이상 농어민지원시설로 사용되다가 일시적으로 사용이 중단된 상황하에서 양도된 것이라면 당해 시설은 5년 이상 계속 사용한 농어민지원시설의 양도에 해당한다고 보아야 한다고 판단하였다.
 기록 중의 증거들과 대조하여 살펴보니, 위와 같은 원심의 사실인정은 정당하고 그 인정에 필요한 심리를 다하지 아니하였다거나 증거법칙에 위반하였다는 등의 위법이 없으며 그 사실관계에서는 원심의 그 판단도 정당하여 거기에 특별부가세의 감면요건에 대한 법리오해 등의 위법이 없다.
 2. 대체자산의 취득 여부
 기록 중의 증거들과 대조하여 본즉, 원심의 이 부분 관련 사실인정은 옳고 그 인정에 필요한 심리를 다하지 아니하였다거나 증거법칙에 위반한 잘못은 없다.
 그리고 구 조세감면규제법(1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정되기 전의 것) 제75조 제2항, 제71조 제1항, 제2항에 의하면, 농업협동조합 등이 5년 이상 계속하여 사용한 농어민지원시설을 새로운 시설로 이전하기 위하여 양도하는 경우 그 양도에 대한 특별부가세를 감면하도록 하는 한편, 양도 후 농어민지원시설을 이전하여 사업을 개시하지 아니하거나, 신시설에서 사업을 개시한 후 3년 이내에 당해 사업을 폐지한 때 또는 사업을 개시한 후 3년 이내에 당해 시설을 처분한 때에는 감면된 세액을 추징하도록 규정하고 있으므로, 농어민지원시설을 양도한 후 대체자산을 취득하여 사업을 개시하였는지 여부는 특별부가세의 감면요건이 아니라 사후적 추징요건에 해당하는 것이다.
한편, 추징은 일단 면제 요건에 해당하면 그 세액을 면제한 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 부과처분이라 할 것이므로, 면제요건이 있는 데도 과세한 것은 과세요건을 갖추지 못한 위법한 처분이라 할 것이고, 추징요건이 있다고 하여 그것이 위법한 부과처분의 정당성의 근거로 되어 적법한 것으로 되는 것은 아니다(대법원 1992. 4. 28. 선고 91누8487 판결, 2001. 3. 9. 선고 99두11677 판결 등 참조).
 따라서 이 사건 토지의 양도가 감면요건에 해당하는 이상 가사 피고의 주장과 같이 그 양도 후에 원고가 새로이 취득한 자산이 그 법 소정의 대체자산에 해당하지 아니한다 하더라도 이를 이유로 감면된 특별부가세의 추징처분을 함은 별론으로 하고, 그 양도로 인한 특별부가세의 감면 자체를 불허할 것은 아니므로 피고의 과세처분이 적법하게 되는 것은 아니다.
 결국, 같은 취지를 전제로 한 원심판단의 결론은 옳고 거기에 대체자산의 취득 여부와 그의 범위에 관련된 법리를 오해한 위법은 없다.
 3. 결 론
 그러므로 상고이유의 주장들을 받아들이지 아니하여 피고의 상고를 기각하고, 상고비용을 피고가 부담하게 하기로 관여 대법관들의 의견이 일치되어 주문에 쓴 바와 같이 판결한다.

대법관 이규홍(재판장) 조무제(주심) 유지담 손지열

[1] 종전에 5년 이상 농어민지원시설로 사용되다가 일시적으로 사용이 중단된 상황하에서 양도된 당해 시설이 구 조세감면규제법상 특별부가세의 감면대상이 되는 농어민지원시설의 양도에 해당한다고 한 사례
[2] 구 조세감면규제법상 농어민지원시설에 대한 특별부가세의 감면요건과 추징요건의 관계 및 특별부가세의 면제요건이 있음에도 위법하게 과세한 경우, 추징요건이 있다고 하여 그것이 위법한 부과처분의 정당성의 근거로 될 수 있는지 여부(소극)

[1] 새로운 시설을 취득하기 위하여 5년 이상 사용한 농어민지원시설을 양도하고자 하였으나 이를 바로 양도할 수 없는 장애원인이 있어 그 원인이 제거된 후에 양도하였다면, 양도 당시에 종전의 토지 등이 농어민지원시설로 사용되지 못하였던 사정은 일시적인 사정으로 보아야 할 것이고, 이와 같이 종전에 5년 이상 농어민지원시설로 사용되다가 일시적으로 사용이 중단된 상황하에서 양도된 것이라면 당해 시설은 5년 이상 계속 사용한 농어민지원시설의 양도에 해당한다고 한 사례.
 [2] 구 조세감면규제법(1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정되기 전의 것) 제75조 제2항, 제71조 제1항, 제2항에 의하면, 농업협동조합 등이 5년 이상 계속하여 사용한 농어민지원시설을 새로운 시설로 이전하기 위하여 양도하는 경우 그 양도에 대한 특별부가세를 감면하도록 하는 한편, 양도 후 농어민지원시설을 이전하여 사업을 개시하지 아니하거나, 신시설에서 사업을 개시한 후 3년 이내에 당해 사업을 폐지한 때 또는 사업을 개시한 후 3년 이내에 당해 시설을 처분한 때에는 감면된 세액을 추징하도록 규정하고 있으므로, 농어민지원시설을 양도한 후 대체자산을 취득하여 사업을 개시하였는지 여부는 특별부가세의 감면요건이 아니라 사후적 추징요건에 해당하는 것이고, 추징은 일단 면제 요건에 해당하면 그 세액을 면제한 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 부과처분이라 할 것이므로, 면제요건이 있는 데도 과세한 것은 과세요건을 갖추지 못한 위법한 처분이라 할 것이고, 추징요건이 있다고 하여 그것이 위법한 부과처분의 정당성의 근거로 되어 적법한 것으로 되는 것은 아니다.