법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1992.09.08 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 세풍 소송대리인 변호사 고석윤
【피고, 상고인】 군산세무서장
【원심판결】 광주고등법원 1991. 11. 8. 선고 90구1785 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 광주고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 본다.
자기주식은 상법 제341조, 제369조 제2항 등에 의하여 취득이 제한되고, 의결권이 인정되지 아니하는 등의 특성도 있지만, 소각을 위하여 취득한 자기주식이 아닌 한 상당기간 내에 처분하여야 하는 것(상법 제342조, 증권거래법 제191조 제4항 참조)이므로 이는 처분을 전제로 발행회사가 일시적으로 보유하고 있는 주식에 불과하여 양도성과 자산성에 있어서 다른 주식회사가 발행한 주식과 사이에 본질적인 차이가 없을 뿐만 아니라, 법인세법 제9조 제1, 2, 3항, 제15조 제1항 제2, 3호, 상법 제459조 등의 규정에 의하면, 자본감소절차의 일환으로서 자기주식을 취득하여 소각하거나 회사합병으로 인하여 자기주식을 취득하여 처분하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성질을 가지므로 자본거래로 봄이 상당(1988.11.8. 선고 87누174 판결 참조)하지만, 그 외의 자기주식의 취득과 처분은 순자산을 증감시키는 거래임에 틀림이 없고, 법인세법도 이를 손익거래에서 제외하는 규정을 두고 있지 아니하므로, 그것은 과세처분의 대상이 되는 자산의 손익거래에 해당한다고 봄이 상당하다(1980.12.23. 선고 79누370 판결 참조).
그리고, 피합병회사가 보유하던 합병회사의 발행주식은 합병으로 인하여 합병회사가 승계취득하는 자기주식으로서 그 처분이익은 법인세법 제15조 제1항 제3호 소정의 합병차익에 포함되어 과세대상이 아니지만, 합병회사가 보유하던 피합병회사의 발행주식, 즉 포합주식은 그에 대하여도 합병신주가 교부되면 자기주식으로 되나, 그것은 원래 합병회사가 보유하던 자산으로서 피합병회사로 부터 승계취득한 것이 아니므로 그 처분익이 합병차익에 포함되는 것은 아니고, 합병으로 인하여 그 처분의 성질이 자본거래로 변경되는 것은 아니라 할 것이다.
 그런데, 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고가 1985.8.31. 소외 세대제지공업주식회사를 흡수합병하면서 보유중이던 피합병회사의 주식에 대하여도 합병신주를 발행하여 그 중 대부분에 해당하는 이 사건 자기주식을 1987.2. 부터 같은 해 12. 까지 사이에 매각하고, 그 양도금액에서 그 당시의 장부가액과 처분수수료 및 증권거래세를 공제한 차액을 합병차익으로 보아 자본잉여금으로 처리한 후, 1987 사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 신고, 납부함에 있어서 이를 과세표준에 산입하지 아니하였던 사실 및 이에 대하여 피고는 이 사건 자기주식의 양도차익을 자산의 양도로 인한 소득으로 보아 (1) 원고가 산정한 위 합병차익은 물론, (2) 원고가 위 합병차익을 산정함에 있어서 공제한 양도주식의 장부가액에는 익금에 가산되지 아니하였던 무상주의 액면가액과 임의평가차익이 포함되어 있다는 이유로 그 가액에 위 양도주식수가 자기주식총수에 대하여 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액도 그 양도소득금액으로 보아 원고가 신고하였던 과세표준에 이를 가산하여 산출한 세액에서 기납부세액을 공제하고, 그 차액의 추가납부를 명하는 이 사건 과세처분을 한 사실 등을 당사자 사이에 다툼이 없는 사실로 확정한 다음, 이 사건 자기주식의처분행위는 자본거래이므로 그 양도차익을 과세표준에 산입하지 아니한 것이 정당하다는 원고의 주장에 관하여는 아무런 판단도 하지 아니한 채, 국세청이 1984.4.4.자 법인 1264.21-9611 예규로써 흡수합병으로 인하여 취득한 자기주식의 매각손익은 각 사업연도의 소득금액 계산상 익금 또는 손금에 산입할 수 없고 자본준비금이나 기타 자본잉여금의 증감사항으로 계산하여야 한다는 공적인 견해를 표명함으로써 그와 상이한 새로운 해석인 1988. 3. 1.자 법인세법 기본통칙 2-2-14···9를 신설할 때까지 자기주식의 매각차익에 대하여 과세하지 아니한 사실을 인정하여 그동안 비과세관행이 성립되었다고 보고, 이사건 과세처분은 이 사건 자기주식의 양도차익에 대한 법인세 납부의무의 성립일 이후에 제정된 위 기본통칙을 적용하여 한 것으로서 국세기본법 제18조제2항, 제3항에 위반한 소급과세라는 이유로 위법하다고 판단하여 이를 취소하였다.
 그러나, 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고, 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니므로 (1989.9.12. 선고 87누564 판결; 1987.5.26. 선고 86누96 판결 등 참조), 과세처분이 납세의무 성립당시의 조세법규에 근거하는 이상, 그 해석과 관련하여 그 후에 개정 또는 제정된 기본통칙의 규정을 참작하였다고 하더라도 그것이 조세관행존중의 원칙에 위배되지 아니하는 한 그점만으로 소급과세라 할 수 없음은 물론, 잘못이라 할 수도 없는 바(1987.3.10. 선고 85누349 판결 및 위 87누564 판결 등 참조), 기록에 의하면, 피고는 법인세법 제9조 제2항, 제32조 및 같은법 시행령 제12조에 의하여 이 사건 과세처분을 함에 있어서 위 법인세법 기본통칙 2-2-14…9를 그 해석의 자료로 삼았을 뿐임을 알 수 있는데, 원심판결은 이를 두고 국세기본법 제18조 제2항소정의 조세법규불소급의 원칙에 위반된다고 판단한 것이므로 이는 위 국세기본법 조항이나 기본통칙의 성질에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 아니할 수 없다.
 그리고, 신의칙이나 국세기본법 제18조 제3항 소정의 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것(1992.4.28. 선고 91누9848 판결 참조)이고, 위 조항 소정의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르른 것을 말하고(1992.3.31. 선고 91누9824 판결; 1987.8.18. 선고 86누537 판결 및 위 84누593 판결 등 참조), 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이며(1987.5.26. 선고 86누96 판결 참조), 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다고 할 것(1990.10.10. 선고 89누3816 판결; 1989.11.28. 선고 89누5522 판결 및 위 91누9824 판결 등 참조)이다.
 그런데, 기록에 의하면, 국세청장은 (1) 1984.4.4. 자 법인 1264.21-9611 예규와 (2) 1984.6.27. 자 법인 1264.21-2125 예규로써 자기주식의 소각의 경우 뿐만 아니라, 매각의 경우조차 그 차손익이 법인의 소득금액 계산상 익금 또는 손금이 아니라는 견해를 표명하였다가, (3) 1987.9.10. 자 법인 22601-2454 예규와 (4) 1987.11.10. 자 법인 22601-3002 예규 및 (5) 1987.11.18. 자 법인 22601-3070 예규로써 자기주식의 매각으로 인한 차손익은 소득금액 계산상 익금 또는 손금에 해당한다는 견해를 표명하였고, 특히 위 (4)의 예규는 "법인이 자기주식을 취득하여 정상적인 시가로 매각함으로써 발생한 매각차손익은 당해 법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 익금 또는 손금으로 하는 것"이라는 회신을 하고 있어 명백히 위 (1), (2) 예규의 내용과 상이한 새로운 해석을 표명하고 있음을 알 수 있으므로, 늦어도 위 (4)의 예규가 나온 1987.11.10. 이후에는 이미 위 (1), (2)의 예규는 위 (4)의 예규와 상치되는 한도에서 그 내용이 변경되었다고 봄이 상당하고, 법인세법 기본통칙 2-2-14… 신설이유와 그 부칙에 의하면, 자기주식의 매각차손익에 대한 세무처리에 관하여 위와 같이 내용이 상이한 예규들이 병존함으로써 발생할지도 모를 집행과 정상의 혼란을 방지하기 위하여 잘못된 위 (1), (2) 예규의 일부내용을 수정함과 아울러 이미 표명된 위 예규들의 내용을 종합, 정리한 것이 위 기본통칙임을 알 수 있다.
 그럼에도 불구하고, 원심은 위 (1), (2)의 예규에 대하여 위 (3), (4), (5)의 예규는 새로운 해석이 아니고, 위 기본통칙에 의하여 비로소 새로운 해석이 표명된 것으로 보았을 뿐만 아니라, 위 (1), (2)의 예규에 따라 자기주식의 매각차익에 대하여 비과세처리하여 온 사례의 유무에 대하여는 심리도 하지 아니한 채, 아무런 증거도 없이 그 예규만으로 위 기본통칙이 신설될 때까지 자기주식의 매각차익에 대하여 과세되지 아니하였다는 사실을 인정하여 그동안 비과세관행이 성립되었다고 판단하고만 것이므로 결국 원심판결은 사실을 오인하고, 비과세관행의 성립요건에 관한 법리를 오해하여 심리를 다하지 아니하거나 증거없이 비과세관행을 인정하였다는 비난을 면할 수 없다고 하겠다.
 또한 소급과세란 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대하여 그 성립 후의 새로운 세법이나 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하는 것(국세기본법 제18조 제2항, 제3항 참조)을 말하고, 납세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때 즉, 각 법규에 정한 바에 따라 과세표준을 계산하고 세율을 적용하여 과세할 수 있는 상태가 되었을때 성립하며(1991.2.26. 선고 90누7050 판결), 청산소득 이외의 소득에 대한 법인세에 있어서는 과세기간인 법인세법 제5조, 제6조 소정의 사업연도가 종료하는 때에 그 납세의무가 성립(국세기본법 제21조 제1항 제1호)하므로, 그 과세기간 진행중에 새로운 세법의 해석이 있는 경우에는 그 과세기간 전체의 소득에 대하여 과세기간 종료당시의 새로운 해석을 적용함이 원칙이고, 그것을 소급과세라 할 수는 없다고 할 것이다.
 따라서, 원심이 확정한 바와 같이 이 사건 자기주식의 양도차익에 대한 법인세 납세의무의 성립일이 1987.12.31.이라면, 그 양도차익에 대하여 납세의무의 성립일 이전에 있은 위 (3), (4), (5)의 예규를 적용하는 것이 소급과세가 아님은 물론, 비록 1988.3.1.에 제정되었지만 앞서 본 바와 같이 이미 1987년도까지 표명된 예규들은 종합, 정리한 것에 불과한 위 기본통칙을 적용하는 것도 그 실질은 위 (3), (4), (5) 예규의 적용에 다름아니므로, 이를 가리켜 새로운 해석의 소급적용이라고 할 수는 없음에도 불구하고, 원심이 이 사건 자기주식의 양도에 대하여 위 기본통칙을 적용한 것은 새로운 해석의 소급적용으로서 국세기본법 제18조 제3항에 위반된다고 판단한 것은 위 조항 소정의 소급과세의 법리를 오해한 위법도 있다고 하겠다.
 이런 점을 지적하는 주장은 이유 있다.
 그러므로 원심판결을 파기하고, 원심으로 하여금 다시 심리하도록 하기 위하여 사건을 원심법원으로 환송하기로 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김용준(재판장) 최재호 윤관 김주한

가. 자기주식의 취득과 처분이 자본거래로 되는 경우와 자산의 손익거래로 되는 경우
 나. 피합병회사가 보유하던 합병회사의 발행주식이 과세대상인지 여부(소극) 및 합병회사가 보유하던 피합병회사의 발행주식에 대하여 교부된 합병신주의 처분이익이 과세대상인지 여부(적극)
 다. 국세청 기본통칙의 법규성 유무(소극) 및 과세처분의 해석과 관련하여 그 후에 개정 또는 제정된 기본통칙의 규정을 참작한 조치의 적부
 라. 신의칙이나 국세기본법 제18조 제3항 소정의 조세관행존중의 원칙의 적용요건 및 그 존재에 대한 입증책임의 소재(=납세자)
 마. 소급과세의 의의와 납세의무의 성립시기 및 과세기간 진행 중에 새로운 세법의 해석이 있는 경우, 그 과세기간 전체의 소득에 대하여 과세기간 종료 당시의 새로운 해석을 적용한 조치의 적부(적극)

가. 자기주식은 상법 제341조, 제369조 제2항 등에 의하여 취득이 제한되고, 의결권이 인정되지 아니하는 등의 특성도 있지만, 소각을 위하여 취득한 자기주식이 아닌 한 상당기간 내에 처분하여야 하는 것이므로 이는 처분을 전제로 발행회사가 일시적으로 보유하고 있는 주식에 불과하여 양도성과 자산성에 있어서 다른 주식회사가 발행한 주식과의 사이에 본질적인 차이가 없을 뿐만 아니라, 법인세법 제9조 제1, 2, 3항, 제15조 제1항 제2, 3호, 상법 제459조등의 규정에 의하면, 자본감소절차의 일환으로서 자기주식을 취득하여 소각하거나 회사합병으로 인하여 자기주식을 취득하여 처분하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성질을 가지므로 자본거래로 봄이 상당하지만, 그 외의 자기주식의 취득과 처분은 순자산을 증감시키는 거래임에 틀림이 없고, 법인세법도 이를 손익거래에서 제외하는 규정을 두고 있지 아니하므로, 그것은 과세처분의 대상이 되는 자산의 손익거래에 해당한다고 봄이 상당하다.
 나. 피합병회사가 보유하던 합병회사의 발행주식은 합병으로 인하여 합병회사가 승계취득하는 자기주식으로서 그 처분이익은 법인세법 제15조 제1항 제3호 소정의 합병차익에 포함되어 과세대상이 아니지만, 합병회사가 보유하던 피합병회사의 발행주식, 즉 포합주식은 그에 대하여도 합병신주가 교부되면 자기주식으로 되나, 그것은 원래 합병회사가 보유하던 자산으로서 피합병회사로부터 승계취득한 것이 아니므로 그 처분이익이 합병차익에 포함되는 것은아니고, 합병으로 인하여 그 처분의 성질이 자본거래로 변경되는 것은 아니다.
 다. 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고, 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니므로, 과세처분이 납세의무 성립 당시의 조세법규에 근거하는 이상, 그 해석과 관련하여 그 후에 개정 또는 제정된 기본통칙의 규정을 참작하였다고 하더라도 그것이 조세관행존중의 원칙에 위배되지 아니하는 한 그 점만으로 소급과세라 할 수 없음은 물론, 잘못이라 할 수도 없다.
 라. 신의칙이나 국세기본법 제18조 제3항 소정의 조세관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 위 조항 소정의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다.
 마. 소급과세란 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대하여 그 성립 후의 새로운 세법이나 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하는 것을 말하고, 납세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때 즉, 각 법규에 정한 바에 따라 과세표준을 계산하고 세율을 적용하여 과세할 수 있는 상태가 되었을 때 성립하며, 청산소득 이외의 소득에 대한 법인세에 있어서는 과세기간인 법인세법 제5조, 제6조 소정의 사업년도가 종료하는때에 그 납세의무가 성립하므로, 그 과세기간 진행 중에 새로운 세법의 해석이 있는 경우에는 그 과세기간 전체의 소득에 대하여 과세기간 종료 당시의 새로운 해석을 적용함이 원칙이고, 그것을 소급과세라 할 수는 없다.