양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2025.06.05 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 (소송대리인 법무법인(유한) 평산 담당변호사 김태희 외 2인)
【피고, 상고인】 동작세무서장
【원심판결】 서울고법 2024. 12. 20. 선고 2024누56858 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 관하여(절차상 하자 유무)
 가. 관련 규정과 법리
 1) 국세기본법 제81조의15 제1항 본문은 "세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 ‘과세예고통지’라 한다)하여야 한다."라고 규정하면서, ‘납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우’(제3호 본문) 등을 과세예고통지를 하여야 할 사유로 들고 있고, 같은 조 제2항 본문 및 그 제2호는 "과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다."라고 규정하고 있다. 또한 같은 조 제3항은 "다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다."라고 하면서, ‘국세징수법 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우’(제1호), ‘「조세범 처벌법」위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’(제2호 본문), ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호), ‘그 밖에 대통령령으로 정하는 경우’(제4호)를 들고 있다.
 2) 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 실질을 가진다. 또한 과세처분 이후에 행하여지는 심사·심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가질 뿐만 아니라, 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대상으로 삼고 있어 행정소송과 같은 사후적 구제절차에 비하여 그 권리구제의 폭이 넓다.
 이와 같이 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없음에도 불구하고, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조).
 3) 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다.
 따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다.
 나. 판단
 원심은 그 채택 증거들을 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 피고가 국세 부과제척기간 만료일까지 남은 기간이 3개월 이하라는 점을 들어 과세전적부심사 절차를 거치지 않은 채 과세예고통지를 하고 1주일 만에 이 사건 처분으로 나아간 것에 대하여, 피고가 이 사건 건물에 대한 양도소득세 과세자료 등을 이관받은 시점이 2021. 8. 3.이고 과세예고통지가 있은 시점은 2022. 5. 2.이었는데, 그사이 피고가 원고에 대한 양도소득세 부과 여부를 검토하거나 관련 사실을 조사하였다고 볼 증거가 없을 뿐 아니라, 추가 조사를 할 것이 남아 있던 상황도 아니었던 점 등을 고려하면 피고는 별다른 이유 없이 후속 절차를 지연시킨 것으로 보일 뿐 과세예고통지가 늦어질 수밖에 없었던 정당한 사유가 증명되었다고 볼 수 없다는 이유로, 이 사건 처분이 과세전적부심사의 기회를 박탈한 절차적 하자가 있어 위법하다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 규정의 해석과 적용, 부과제척기간, 증명책임의 소재 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 2. 상고이유 제2점에 관하여(실체상 하자 유무)
 원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 건물의 양도 당시 이 사건 옥상 부분이 주택으로 쓰였다고 볼 수 없으므로 이 사건 건물은 3층 이하의 다가구주택으로서 그 전부가 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례의 적용대상에 해당한다고 보아야 하고, 따라서 이와 달리 이 사건 옥상 부분까지 주택으로 쓰는 층수에 포함되어야 함을 전제로 이 사건 건물 전체 면적 중 3층 부분에 대해서만 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례를 적용하고 나머지 면적에 대하여는 일반세율을 적용한 이 사건 처분은 실체상 하자가 있어 위법하다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나 구 소득세법 시행령(2017. 1. 17. 대통령령 제27793호로 개정되기 전의 것) 제155조 제15항 단서 및 소득세법상 ‘주택’에 관한 법리를 오해하거나 판단을 누락하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 권영준(재판장) 오경미 엄상필 박영재(주심)

[1] 과세예고통지 및 과세전적부심사 제도의 의의 / 과세관청이 과세예고통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 한 경우, 과세처분이 위법한지 여부(원칙적 적극)

 [2] 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 한 경우, 이는 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당하는지 여부(소극) / 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위한 요건 및 이에 관한 증명책임의 소재(=과세관청)