1필지내 2개의 산업용 건축물중 1개를 유예기간내 매각시 추징 범위 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.11.13 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-부산고등법원 2014. 6. 13. 선고 2013누1638 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 이 사건의 쟁점 및 제1심 법원의 판단

가. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은, 원고가 구 지방세법 등에 따라 취득세 등을 감면받은 토지와 그 지상에 건축된 제2공장을 그 사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않고 매각하였음을 이유로 취득세 등을 추징한 이 사건 처분이 적법한지 여부이다.
나. 제1심 법원의 판단

1) 제2공장 매각과 관련한 과세처분에 대하여 제1심 법원은, 구「지방세법」제29조제1항 제1호, 같은 법 시행령 제73조 제4항의 규정에 의하면 하나의 토지 위에 여러 개의 건축물이 지어진 경우 각각의 건축물이 과세대상인 이상 건축물별로 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였는지 여부를 판단하여야 하는바, 원고가 제2공장의 사용승인일인 2008. 12. 19.로부터 2년 이내인 2010. 8. 9. 주식회사 00에게 제2공장을 매각하였으므로 구 지방세법 제276조 제1항 단서에 규정된 추징 사유에 해당한다고 판단하였다.
2) 제2공장 부지 매각과 관련한 과세처분에 대하여 제1심 법원은, 아래와 같은 사정을 종합해 보면, 이 사건 나머지 토지인 22,645.4㎡(이 사건 토지 35,562.4㎡ 중 임대토지 9,917㎡를 제외한 부분을 말함) 전부가 제1공장의 부지에 해당한다고 볼 수 없어 그 토지가 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용되었음을 전제로 한 원고의 주장은 이유 없고, 한편 피고가 이 사건 나머지 토지의 실제 이용상황을 고려함이 없이 제1, 2공장의 건축물 면적에 안분하여 제2공장의 부지 면적을 16,139.56㎡라고 본 것은 그 산정방식에 문제가 있으나, 원고가 이 사건 나머지 토지 중 산업용 건축물 등의 직접 용도에 사용한 부분은 제1공장의 바닥면적 398㎡와 옥외공작물인 저수조의 수평투영면적인 280㎡을 합한 678㎡ 및 그 주위를 둘러싼 일부 토지에 불과하여 피고가 건축물 면적 비율로 안분하여 산출한 면적을 초과하지 않는 것이 분명하므로, 결과적으로 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.
가) 이 사건 나머지 토지 중에서 원고가 건축한 제1공장 398㎡ 및 저수조 280㎡가 차지하는 면적은 3%가량에 불과하고, 제1공장 및 저수조는 이 사건 토지 한쪽 모서리 부분에 치우쳐 있으며, 이 사건 토지 한가운데로 8m의 도로가 관통하고 있어 이 사건 나머지 토지 전체를 제1공장의 부지로 활용하였다고 보기 어렵다.
나) 제1공장의 가동 상황이나 이 사건 나머지 토지가 실제로 어떤 용도로 활용되었다는 점에 관하여는 아무런 주장·입증이 없다.
다) 원고는 한국산업단지공단과 사이에 산업단지입주계약을 체결하면서 건축면적으로 제조시설 17,902.50㎡, 부대시설 2,181.65㎡ 합계 20,084.15㎡의 공장, 사무동 등을 건축하기로 약정하였는데, 결국 제1, 2공장만 건축되고 중지된 상황에서 건축할 계획이던 그 공장, 사무동의 부지가 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용되었다고 보기 어렵다.
라) 원고는 2011. 1. 17. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하면서 ‘원고가 스위스 국적 회사 0000 000000로부터 이전받은 특허기술로 제품 양산시 보완해야 할 일부 기술적인 문제점이 그동안의 연구개발로 완료단계에 있어 조만간 공장신축 및 제품생산이 가능한 상황‘이라고 진술하였는바, 이는 원고가 위 심판청구일 전까지 본격적으로 제1공장을 가동하여 제품을 생산하지는 않았다고 보이므로, 이 사건 나머지 토지가 제1공장에서의 제품 생산을 위한 적재 장소나 직원들의 복지를 위한 부대시설 등으로 활용되지도 않았을 것으로 보인다.
마) 산업집적 활성화 및 공장 설립에 관한 법률 제8조 제2호, 제11조, 산업자원부 고시 제2004-98호에서 정한 기준공장 면적율은 위 법령에 따라 지정·고시된 유치지역 등에서 적합한 공장설립을 위한 건축면적 기준일 뿐으로, 이 사건 나머지 토지가 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였는지 여부와는 무관하다.
바) 원고가 구 지방세법 제276조 제1항, 4항, 구 지방세법 시행규칙 제116조, 제115조 제1항에 따라 지방산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축할 경우 준수하여야 할 건축물 연면적 기준을 준수하였다는 것과 원고가 이 사건 나머지 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하였는지 여부는 무관하다.
2. 이 법원의 판단 및 제1심 판결의 인용

제1심 법원이 설시한 사정들을 종합해 보면, 원고가 당심에서 보충한 주장들을 더하여 살펴보더라도 제1심 법원의 판단은 정당하다.
따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
3. 결론

그렇다면, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-울산지방법원 2013. 5. 16. 선고 2012구합83 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고의 토지 및 건물의 취득과 취득세 및 등록세 등의 면제

1) 원고는 2006. 3. 28. 주식회사 00으로부터 00 0구 00동 186-6 공장용지 32,562.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 같은 동 186-10 공장용지 7500.8㎡ 중 1,651㎡ 합계 34,213.4㎡를 매수하면서 구 지방세법(2006. 12. 30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항 본문에서 규정하는 ‘산업단지 내 산업용 건축물 등을 신·증축하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다고 하여 피고로부터 그 취득세 및 등록세 등을 면제받았다.
2) 원고는 2007. 12. 27. 00000의 000, 000, 000에게 이 사건 토지 중 9,917㎡(이하 ‘임대토지’라 한다)를 임대기간 2008. 1. 5.부터 2011. 1. 4.까지로 하여 임대하였다.
3) 원고는 이 사건 토지 위에 1동 일반철골구조 기타지붕 단층 공장 398㎡(이하 ‘제1공장’이라 한다)를 건축하여 2008. 2. 18. 사용승인을 받고, 2008. 3. 11. 원고 앞으로 소유권보존등기를 마쳤으며, 2008. 10. 16. 이 사건 토지 위에 2동 일반철골구조 기타지붕 단층 공장 987.35㎡ (이하 ‘제2공장’이라 한다)을 추가로 건축하여 2008. 12. 19. 사용승인을 받고, 2009. 1. 14. 원고 앞으로 소유권보전등기를 마쳤다. 이때에도 원고는 구 지방세법 제276조 제1항에 따라 취득하는 부동산에 해당한다고 하여 피고로부터 제1, 2공장에 대한 취득세와 등록세 등을 면제받았다.
4) 원고는 2010. 8. 9. 주식회사 00에게 이 사건 토지 및 제1, 2공장 일체를 매각하였다.
나. 피고의 이 사건 과세처분

1) 피고는 원고가 000000의 000, 000, 000에게 임대토지를 임대한 사실을 확인하고, 2010. 12. 14. 원고에게 이 사건 토지의 취득가액 5,391,596,319원 중 임대토지의 면적 9,917㎡에 해당하는 취득가액 1,642,030,707원을 과세표준으로, 구「지방세법」제112조제1항, 제131조 제1항에 정한 세율을 적용하여 산출한 취득세 49,694,400원, 농어촌특별세 4,969,430원, 등록세 49,694,400원, 지방교육세 9,282,060원 합계 113,640,290원을 추징하였다.
2) 피고는 원고가 제2공장을 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않고 매각하였음을 사유로, 2010. 12. 14. 원고에게 제2공장의 취득가액 393,700,000원을 과세표준으로, 구「지방세법」제112조제1항, 제131조 제1항에 정한 세율을 적용하여 산출한 취득세 9,677,930원, 농어촌특별세 967,790원, 등록세 3,787,590원, 지방교육세 695,880원 합계 15,129,190원을 추징하였다.
3) 피고는 원고가 이 사건 토지 중 제2공장의 부지에 해당한다고 판단한 16,139.56㎡ 부분을 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않고 매각하였음을 사유로, 2010. 12. 14. 원고에게 이 사건 토지의 취득가액 5,391,596,319원 중 위 16,139.56㎡ 부분의 취득가액에 해당하는 금액인 2,672,345,332원을 과세표준으로, 구「지방세법」제112조제1항, 제131조 제1항에 정한 세율을 적용하여 산출한 취득세 65,691,580원, 농어촌특별세 6,569,150원, 등록세 65,691,580원, 지방교육세 12,069,370원 합계 150,021,680원을 추징하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 12호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.
3. 당사자들의 주장

가. 원고의 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하다.
1) 임대토지에 대한 과세처분

가) 구 지방세법 제276조 제1항 본문에 따르면 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자’가 취득하는 부동산도 취득세와 등록세 등의 면제대상인데, 여기서의 ‘공장용 부동산’에는 산업용 건축물 등이 건축되어 있지 않은 나대지 상태의 토지도 포함되므로, 원고가 00000에게 산업용 건축물 등을 건축하지 않은 나대지 상태로 임대토지를 임대한 것도 취득세와 등록세 등의 면제대상에 해당한다.
나) 원고로부터 임대토지를 임차한 00000가 소정기한 내에 그 위에 선박임가공, 철판·앵글 절단가공업을 영위하고 있었으므로, 구 지방세법 제276조 제1항 단서(면제된 취득세와 등록세를 추징하는 경우)의 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.
2) 제2공장 및 그 부지의 매각에 대한 과세처분

가) 구 지방세법 제276조 제1항 단서에 규정된 ‘사용일부터’의 사용일은 토지 취득 후 최초의 사용일을 뜻한다고 보아야 하고 공장을 여러 동 건축하였다고 하여 각각을 사용개시일로 볼 수는 없는바, 제2공장이 사용승인일인 2008. 12. 19.부터 2년을 경과하지 않은 2010. 8. 9. 매각되었다 하더라도 이미 제1공장의 신축 및 사용으로 취·등록세가 면제되고 추징사유도 없게 된 이상, 제2공장이 사용일부터 2년 내에 매각되었다고 하여 별도로 추징할 수 없다.
나) 피고는 제2공장뿐만 아니라 이 사건 토지 중 임대토지를 제외한 나머지 토지인 22,645.4㎡(이하 ‘이 사건 나머지 토지’라 한다)를 제1, 2공장의 바닥면적에 따라 안분하여 계산하였을 때 제2공장의 부지에 해당하는 16,139.56㎡ 부분에 대하여도 취득세 및 등록세 등을 추징하였다. 그런데 공장 건축면적이 공장 부지면적의 3% 이상이 되어야 한다는 산업자원부 고시에 의하더라도, 공장 건축면적에는 공장 부지 내의 모든 건축물 각층의 바닥면적 합계와 건축물의 외부에 설치된 기계·장치 기타 공작물의 수평투영면적을 합산하여야 하고 공장설립(신설·증설·이전) 승인일부터 4년 이내의 공장건축 계획분이 포함되어야 하는 이상, 제1, 2공장 각층의 바닥면적 합계와 저수조의 수평투영면적을 합산한 1665.35㎡가 공장 부지면적의 5.1%를 초과하므로 위 고시의 요건을 충족한다. 따라서 적어도 이 사건 나머지 토지 부분은 제1공장의 신축으로 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용되어 추징사유가 없는 것이므로, 위 16,139.56㎡ 부분에 대한 추징은 위법하다.
나. 피고의 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 적법하다.
1) 임대토지에 대한 과세처분

구 지방세법 제276조 제1항 본문에서 감면대상에 포함시킨 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자’란 산업용 건축물 등을 신·증축하여 그 부속토지와 함께 중소기업자에게 임대하고자 하는 자로 보아야 한다. 원고는 임대토지를 나대지 상태로 임대하였으므로 면제 대상에 해당하지 않고, 위 조항 단서에서 면제된 취득세와 등록세의 추징대상으로 정한 ‘산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하므로, 이 부분에 대한 추징은 적법하다.
2) 제2공장 및 그 부지의 매각에 대한 과세처분

가) 구「지방세법 시행령」제73조제4항에서 건축허가를 받아 건축하는 건축물의 취득시기를 ‘사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)’로 보고 있고, 취득세는 지방세법이 정하는 과세물건을 취득함으로써 납세의무가 확정되므로, 이러한 납세의무가 확정되는 시기를 기준으로 지방세 감면 여부를 판단하여야 한다. 따라서 각각의 건축물 취득시기, 즉 제2공장의 경우 그 사용승인서 교부일인 2008. 12. 19.부터 2년 이상 해당 용도에 직접 사용하였는지 여부를 가지고 감면 여부를 판단하여야 하므로, 이 부분에 대한 추징은 적법하다.
나) 원고가 한국산업단지공단과 체결한 산업단지 입주 계약상 당초 용지면적은 이 사건 토지 전체인 32,562.4㎡이고, 건축면적은 20,084.15㎡이었는바, 이는 원고가 이 사건 토지 위에 20,084.15㎡의 공장용 건축물을 신축한다는 조건으로 계약을 한 것으로 보아야 하고, 원고가 면적 398㎡의 제1공장만을 신축함으로써 이 사건 나머지 토지 전체를 제1공장의 부지로 사용하였다고 할 수 없다. 즉, 추가로 공장이 신축된 때는 각각의 건축물에 대하여 그 부속토지와 묶어서 감면조건의 충족 여부를 판단하여야 한다. 제1, 2공장의 면적 비율에 따라 이 사건 토지 전체면적을 안분하여 볼 때, 이 사건 토지 중 16,139.56㎡는 제2공장의 부속토지로 되었다 할 것이고, 이 부분은 제2공장 사용승인시점부터 2년 이내에 매각되었으므로, 이 부분에 대한 추징은 적법하다.
4. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 임대토지에 대한 과세처분의 적법 여부

1) 구 지방세법 제276조 제1항은 그 본문의 괄호규정에서 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 경우’를 예외적으로 그 본문에 의한 취득세와 등록세 면제 대상에 포함하고 있는바, 위 규정의 입법 취지와 개정 연혁, 그 본문과 단서의 관계 등에 비추어 볼 때, 이 사건 괄호규정의 ‘공장용 부동산’은 그 본문규정의 ‘산업용 건축물 등’과 달리 보기 어렵다. 따라서 산업용 건축물 등이 건축되지 않은 공장용지는 이 사건 괄호규정의 ‘공장용 부동산’에 포함되지 않으므로 위와 같은 공장용지를 이 사건 괄호규정이 정하는 중소기업자에게 임대하여 그 중소기업자가 산업용 건축물을 신축하였다 하더라도 구 지방세법 제276조 제1항 본문에 의한 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하지 않는다고 해석함이 타당하다(대법원 2013. 2. 28. 선고 2012두23426 판결 참조).
2) 이 사건에서, 원고가 이 사건 토지를 2006. 3. 28. 취득한 후 2007. 12. 27. 00000의 000, 000, 000에게 임대토지를 나대지 상태로 임대한 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고는 구 지방세법 제276조 제1항 본문의 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자’에 해당하지 않으므로, 원고가 임대토지를 임대한 행위는 구 지방세법 제276조 제1항 단서 조항에 규정된 추징 사유에 해당한다.
3) 따라서 원고에게 임대토지에 대한 취득세와 등록세 등을 추징한 피고의 처분은 적법하다.
나. 제2공장 매각에 대한 과세처분의 적법 여부

1) 구「지방세법」제29조제1항 제1호는 ‘지방세를 납부할 의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때 성립한다’라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제73조 제4항은 ’건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다‘라고 규정하고 있는바, 하나의 토지 위에 여러 개의 건축물이 지어진 경우 각각의 건축물이 과세대상인 이상 건축물별로 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였는지 여부를 판단하여야 한다.
2) 이 사건에서, 제2공장의 사용승인일이 2008. 12. 19.이고, 원고가 2010. 8. 9. 주식회사 00에게 제2공장을 매각하였음은 앞서 본 바와 같고, 각각의 건축물별로 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였는지 여부를 판단하여야 하므로, 원고는 제2공장의 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하여 구 지방세법 제276조 단서 조항에 규정된 추징 사유에 해당한다.
3) 따라서 피고가 원고에게 제2공장에 대한 취득세 및 등록세 등을 추징한 처분은 적법하다.
다. 제2공장 부지의 매각에 대한 과세처분의 적법 여부

1) 구 지방세법 제276조 제1항 단서는 ‘취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다’고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언 및 입법 취지에 비추어 볼 때, 토지를 공장의 용도에 직접 사용하는지 여부 즉, 당해 토지가 공장 부지에 해당하는지 여부는 토지의 실질적인 이용 상황에 따라 객관적으로 결정하여야 한다.
2) 원고는 이 사건 나머지 토지가 제1공장의 부지로서 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용되어 추징사유가 없다고 주장하므로, 이 사건 나머지 토지를 제1공장의 부지로 볼 수 있는지 여부에 관하여 보건대, 갑 제14, 15호증, 을 제13, 16호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 다음과 같은 사정을 종합하여 볼 때, 이 사건 나머지 토지 전부가 제1공장의 부지에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 이 사건 나머지 토지 전체가 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용되었다고 할 수 없다.
가) 이 사건 나머지 토지 중에서 원고가 건축한 제1공장 398㎡ 및 저수조 280㎡가 차지하는 면적은 3%가량에 불과하고, 제1공장 및 저수조는 이 사건 토지 한쪽 모서리 부분에 치우쳐 위치하고 있으며, 이 사건 토지 한가운데로 8m의 도로가 관통하고 있어 이 사건 나머지 토지 전체를 제1공장의 부지로 활용하였다고 보기 어렵다.
나) 원고는 00000에 임대한 부분의 이용 상황에 대하여만 주장 및 입증하고 있을 뿐, 제1공장의 가동 상황이나 이 사건 나머지 토지가 실제로 어떤 용도로 활용되었다는 점에 관하여는 아무런 언급이 없다.
다) 원고는 한국산업단지공단과 사이에 산업단지입주계약을 체결하면서 건축면적으로 제조시설 17,902.50㎡, 부대시설 2,181.65㎡ 합계 20,084.15㎡의 공장, 사무동 등을 건축하기로 약정하였는데, 결국 제1, 2공장만 건축되고 중지된 상황에서 건축할 계획이던 그 공장, 사무동의 부지가 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용되었다고 보기 어렵다.
라) 원고는 2011. 1. 17. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하면서 ‘원고가 스위스 국적 회사 0000 000000부터 이전받은 특허기술로 제품 양산시 보완해야 할 일부 기술적인 문제점이 그동안의 연구개발로 완료단계에 있어 조만간 공장신축 및 제품생산이 가능한 상황‘이라고 진술하였는바, 이는 원고가 위 심판청구일 전까지 본격적으로 제1공장을 가동하여 제품을 생산하지는 않았다고 보이므로, 이 사건 나머지 토지가 제1공장에서의 제품 생산을 위한 적재 장소나 직원들의 복지를 위한 부대시설 등으로 활용되지도 않았을 것으로 보인다.
마) 산업집적 활성화 및 공장 설립에 관한 법률(이하 ‘산업집적법’이라 한다) 제8조 제2호, 제11조, 산업자원부 고시 제2004-98호의 규정에 따르면, 산업자원부장관이 고시한, 기초유기화합물 제조업의 기준공장 면적율 3에 해당하는 기준공장건축면적에 적합하게 공장설립 등을 할 것을 규정하고 있는데, 위 법령에 정한 기준공장 면적율은 산업집적법에 따라 지정·고시된 유치지역 등에서 적합한 공장설립을 위한 건축면적 기준일 뿐으로, 이 사건 나머지 토지가 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였는지 여부와는 무관하다.
바) 구 지방세법 제276조 제1항, 4항, 구 지방세법 시행규칙 제116조, 제115조 제1항에 따르면, 지방산업단지 등 입주공장의 범위를 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상으로 규정하고 있는바, 이 규정은 지방산업단지 등에 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하고자 하는 자의 건축물의 연면적 기준을 정한 것인데, 원고가 이러한 기준에 적합하게 공장을 건축하였다는 것과 원고가 이 사건 나머지 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하였는지 여부는 무관하다.
3) 그렇다면 피고가 이 사건 나머지 토지의 실제 이용 상황을 고려함이 없이 제1, 2공장의 건축물 면적 비율로 안분하여 제2공장의 부지 면적을 산출한 것은 그 산정 방식에 문제가 있는 것으로 보이나, 원고가 이 사건 나머지 토지 중 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용한 부분은 제1공장의 바닥면적인 398㎡와 옥외공작물인 저수조의 수평투영면적인 280㎡을 합한 면적인 678㎡와 그 주위를 둘러싼 일부분의 토지일 뿐이어서 피고가 건축물 면적 비율로 안분하여 산출한 면적을 초과하지는 않는 것으로 봄이 타당하므로, 결과적으로 피고가 이 사건 나머지 토지 중 16,139.56㎡ 부분에 대하여 제2공장의 부지로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.
5. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지1

과 세 내 역

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별지2

【관계법령】

■ 지방세법 (2006. 12. 30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것)

제29조 (납세의무의 성립시기)

① 지방세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.
1. 취득세 : 취득세 과세물건을 취득하는 때

제112조 (세율)

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.
제131조 (부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지

부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타

부동산가액의 1,000분의 20

4. 소유권의 보존

부동산가액의 1,000분의 8

제276조 (산업단지 등에 대한 감면)

① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.
④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.
■ 지방세법 시행령 (2006. 12. 30. 대통령령 제19816호로 개정되기 전의 것)

제73조 (취득의 시기등)

④ 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. 다만, 「도시개발법」에 의한 도시개발사업이나 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)으로 건축한 주택을 「도시개발법」제41조의 규정에 의한 환지처분 또는「도시 및 주거환경정비법」제54조의 규정에 의한 소유권이전에 의하여 취득하는 경우에는 환지처분공고일의 다음 날 또는 소유권이전고시일의 다음날을 취득일로 보며, 환지처분공고일 또는 소유권이전고시일 이전에 사실상 사용하는 경우에는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.
■ 지방세법 시행규칙 (2010. 8. 9. 행정안정부령 제153호로 개정되기 전의 것)

제115조 (대도시 외로의 이전공장의 범위와 적용기준)

① 법 제275조 제2항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정한 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설등 각종 부대시설을 포함한다.
제116조(지방산업단지등 입주공장의 범위) 법 제276조 제4항의 규정에 의한 공장의 범위에 관하여는 제115조 제1항의 규정을 준용한다.
■ 산업집적 활성화 및 공장 설립에 관한 법률 (2006. 3. 3. 법률 제7861호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

1. 공장이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 부대시설을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.
제8조 (공장입지의 기준) 산업자원부장관은 관계중앙행정기관의 장과 협의하여 다음 각호의 사항에 관한 공장입지의 기준(이하 "입지기준"이라 한다)을 정하여 이를 고시하여야 한다. 이를 변경한 때에도 또한 같다.
2. 제조업종별 공장부지면적에 대한 대통령령이 정하는 공장건축물등(이하 "공장건축물등"이라 한다)의 면적의 비율(이하 "기준공장면적율"이라 한다)과 그 적용대상

제11조 (기준공장면적률의 적용)

① 제8조 제2호의 규정에 의하여 고시된 기준공장면적률의 적용대상이 되는 공장의 공장건축물등의 면적은 기준공장면적률을 적용하여 산정한 면적(이하 "기준공장건축면적"이라 한다)에 적합하여야 한다. 다만, 다른 법률에 의하여 공장건축이 제한되거나 기타 대통령령이 정하는 용지의 경우에는 그러하지 아니하다.
② 시장·군수·구청장 또는 관리기관은 제15조의 규정에 의한 공장설립등의 완료신고를 받은 경우 공장건축물등의 면적이 제1항의 규정에 의한 기준공장건축면적에 미달하는 때에는 이에 적합하게 하도록 권고할 수 있다.
③ 제1항의 규정에 의한 공장건축물등의 면적은 공장설립등의 승인을 얻은 날부터 대통령령이 정하는 기간동안의 계획분을 포함한다.
④ 제1항의 규정에 의한 기준공장건축면적의 산출방법은 대통령령으로 정한다.
■ 산업집적 활성화 및 공장 설립에 관한 법률 시행령 (2007 10. 23. 대통령령 제20331호로 개정되기 전의 것)

제2조 (공장의 범위)

② 법 제2조 제1호의 규정에 의한 공장의 범위에 포함되는 것은 다음 각호와 같다.
1. 제조업을 영위함에 필요한 제조시설(물품의 가공·조립·수리시설을 포함한다. 이하 같다) 및 시험생산시설

2. 제조업을 영위함에 있어서 그 제조시설의 관리·지원, 종업원의 복지후생을 위하여 당해 공장부지안에 설치하는 부대시설로서 산업자원부령이 정하는 것

3. 제조업을 영위함에 있어서 관계법령에 의하여 설치가 의무화된 시설

4. 제1호 내지 제3호의 시설이 설치된 공장부지

제12조 (공장입지기준의 고시내용 등)

② 법 제8조 제2호의 규정에 의한 공장부지면적은 공장이 설치된 부지의 수평투영면적으로 한다.
③ 법 제8조 제2호에서 "대통령령이 정하는 공장건축물등의 면적"이라 함은 다음 각호의 면적을 합산한 면적을 말한다. <개정 1999.8.9>

1. 공장부지안의 건축물 각층의 바닥면적

2. 공장부지안에 설치된 기계·장치 기타 공작물로서 건축물의 외부에 설치된 것(이하 "옥외공작물"이라 한다)의 수평투영면적

④ 법 제8조의 규정에 의한 공장입지의 기준은 관보에 고시하여야 한다. <신설 2003.6.30>

제14조 (기준공장건축면적의 산출등)

① 법 제11조 제1항의 규정에 의한 기준공장건축면적은 다음의 산식에 의하여 산출한다.
기준공장건축면적=공장부지면적×기준공장면적률

■ 산업자원부 고시 제2004-98호

제3조(기준공장면적율과 그 적용방법)

① 법 제8조 제2호의 제조업종별 공장부지면적에 대한 공장건축면적의 비율(이하 "기준공장면적율"이라 한다)은 다음과 같다.
1. 기준공장면적율 : (공장건축면적/공장부지면적) × 100 [별표1]

2. 기준공장면적율의 산정범위

가. 기준공장면적율을 산정할 경우의 공장건축면적에는 공장부지 내의 모든 건축물 각층의 바닥면적 합계와 건축물의 외부에 설치된 기계·장치 기타 공작물의 수평투영면적을 합산한 면적으로 한다.
나. "가"목의 "공장건축면적"에는 공장설립(신설·증설·이전) 승인일부터 4년 이내의 공장건축 계획분을 포함한다.
[별표1] 업종변경의 대상이 되는 업종분류 및 기준공장면적율

1. 산업용 건축물을 신축하지 않은 상태에서 임대한 경우에는 감면대상에 해당하지 않음- 산업용 건축물 등이 건축되지 않은 공장용지는 이 사건 괄호규정의 ‘공장용 부동산’에 포함되지 않으므로 위와 같은 공장용지를 이 사건 괄호규정이 정하는 중소기업자에게 임대하여 그 중소기업자가 산업용 건축물을 신축하였다 하더라도 구 지방세법 제276조 제1항 본문에 의한 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하지 않는다고 해석함이 타당하다(대법원 2013. 2. 28. 선고 2012두23426 판결 참조).(울산지법 2012구합83, 2013. 5. 16. 판결)