부가가치세등부과처분및제2차납세의무자지정처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2014.12.11 / 시행일:

【원고, 상고인】 엘리제이드 주식회사 외 3인 (소송대리인 법무법인 소호 담당변호사 이창헌 외 2인)
【피고, 피상고인】 강서세무서장
【원심판결】 서울고법 2012. 8. 22. 선고 2011누34001 판결
【주 문】
 상고를 모두 기각한다. 상고비용은 원고들이 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 원고 2, 3, 4의 상고이유에 대하여
 가. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제56조 제2항은 “제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조 제1항 본문·제2항 및 제3항의 규정에 불구하고 이 법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없다.”고 하여 조세행정소송에 관한 필요적 전치주의를 규정하고 있다.
조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적·발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 조세행정소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 조세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 할 것이나(대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두25817 판결 등 참조), 그와 같은 정당한 사유가 없는 경우에는 전심절차를 거치지 아니한 채 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기하는 것은 부적법하다.
 나. 원심은, ① 피고가 2010. 6. 11. 원고 엘리제이드 주식회사(이하 ‘원고 회사’라 한다)에 2007년 제1, 2기분 및 2008년 제1기분 부가가치세와 2007, 2008 각 사업연도 법인세를 부과하는 이 사건 제1차 처분을 한 사실, ② 원고 회사가 위 부가가치세와 법인세를 그 납부기한까지 납부하지 아니하자, 피고는 2010. 7. 16. 원고 회사의 과점주주인 원고 2, 3, 4를 제2차 납세의무자로 지정하고 이들에게 위 부가가치세와 법인세를 부과하는 이 사건 제2차 처분을 한 사실, ③ 원고 회사는 조세심판원에 이 사건 제1차 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나 기각되었고, 원고 2, 3, 4는 이 사건 제2차 처분에 관한 전심절차를 거치지 아니한 사실 등을 인정한 다음, 제2차 납세의무의 성립에는 주된 납세의무의 성립 외에도 주된 납세의무자의 체납 등과 같은 별도의 요건이 요구되므로 제2차 납세의무자에 대한 부과처분은 주된 납세의무자에 대한 부과처분과는 독립된 부과처분에 해당하고, 따라서 이 사건 각 처분이 같은 목적을 달성하기 위해 단계적·발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다거나 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우 등으로 볼 수 없으며, 나아가 이 사건 제2차 처분에 대하여는 국세청장과 조세심판원으로 하여금 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 원고 2, 3, 4로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 볼 만한 사정도 없다는 등의 이유로, 원고 2, 3, 4가 이 사건 제2차 처분에 대하여 전심절차를 거치지 아니한 채 그 취소를 구하는 이 사건 소를 제기한 것은 부적법하다고 판단하였다.
 다. 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유로 주장하는 바와 같이 전심절차 완화에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 2. 원고 회사의 상고이유에 대하여
 가. 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 한다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2009두1808 판결 등 참조).
 그리고 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두28076 판결 등 참조).
 나. 원심은, 그 판시와 같은 사정에 비추어 볼 때 주식회사 성진콜렉션이 원고 회사의 위장사업체에 불과하여 원고 회사가 그로부터 수취한 이 사건 세금계산서는 위장거래 또는 가공거래에 기인한 것으로 보아야 하므로, 이 사건 세금계산서를 근거로 한 매입세액 공제와 손금 산입을 부인한 이 사건 제1차 처분은 적법하다고 판단하면서, 원고 회사가 그 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없다거나 가공거래에 따른 매입가액 상당액이 실지비용으로 지출되었다는 점에 관한 원고 회사의 증명이 부족하다는 이유로, 위장거래에 관한 매입세액이 공제되어야 하고 가공거래에 관한 매입가액이 손금에 산입되어야 한다는 원고 회사의 주장을 모두 배척하였다.
 다. 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나, 납세의무자가 신고한 비용 중 일부 금액에 관한 세금계산서가 허위인 경우 실지비용의 증명책임에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
 3. 결론
 상고를 모두 기각하고 상고비용은 패소자들이 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김용덕(재판장) 이인복 고영한 김소영(주심)

[1] 조세행정소송에서 납세의무자가 전심절차를 거치지 않고 과세처분 취소청구소송을 제기하기 위한 요건 및 정당한 사유 없이 전심절차를 거치지 아니하고 과세처분 취소청구소송을 제기할 수 있는지 여부(소극)
[2] 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우, 공급받는 자가 매입세액을 공제 내지 환급을 받기 위한 요건 및 증명책임자
[3] 납세의무자가 신고한 비용 중 일부 금액에 관한 세금계산서가 허위인 경우, 그것이 실지비용이라는 점에 관한 증명책임자

[1] 조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적·발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 조세행정소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 조세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 할 것이나, 그와 같은 정당한 사유가 없는 경우에는 전심절차를 거치지 아니한 채 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기하는 것은 부적법하다.
[2] 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 등의 특별한 사정이 없는 한 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 한다.
[3] 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다.