경정청구거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2012.06.08 / 시행일:

【원 고】 삼성생명보험 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 김범준)
【피 고】 남대문세무서장 (소송대리인 손호철 외 1인)
【변론종결】2012. 5. 18.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2009. 11. 5. 원고에 대하여 한 2008 사업연도(2008. 4. 1.부터 2009. 3. 31.까지) 귀속 법인세 33,081,785,263원에 대한 경정거부처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 보험업을 영위하는 법인으로 2009. 1. 7. 주식회사 대한항공에 원고 소유의 서울 종로구 송현동 (지번 1 생략) 등 47필지 합계 36,642㎡(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다, (주1) 기재와 같이 비사업용 토지와 관련해서는 일부 토지를 제외한다) 및 그 지상건물을 양도하고, “이 사건 각 토지가 비사업용 토지 및 업무와 관련 없는 자산(이하 ‘업무무관자산’이라 한다)에 해당한다”고 보아, 아래 표 기재와 같이 2008 사업연도(2008. 4. 1.부터 2009. 3. 31.까지) 법인세 33,081,785,263원(=28,836,500,627원+4,245,284,636원)을 추가로 신고·납부하였다.
구분세무상 처리추가 납부세액법적 근거비사업용 토지 등 양도소득에 대한 법인세이 사건 각 토지(주1) 양도에 따른 양도소득에 대해 법인세 신고·납부28,836,500,627원법인세법(2009. 5. 21. 법률 제9673호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제55조 제1항업무무관자산 손금불산입에 따른 법인세이 사건 각 토지의 취득·관리 비용을 손금불산입하여 법인세 신고·납부4,245,284,636원(주2)구 법인세법 제27조
(주1) 이 사건 각 토지 중 ‘서울 종로구 사간동 (지번 3 생략) 대 52.5㎡, 같은 동 (지번 4 생략) 대 7㎡’(뒤에서 보는 바와 같이 ‘제2토지’에 해당한다), ‘같은 구 송현동 (지번 5 생략) 대 281.1㎡(뒤에서 보는 바와 같이 ‘제3토지’에 해당한다) 중 69.5㎡’는 업무시설용 부속토지로 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 재산세별도합산과세 대상에 해당하여 비사업용 토지에서 제외되었는데, 이하 설시의 편의상 비사업용 토지와 관련해서는 이 사건 각 토지에 위 각 토지는 제외된 것으로 본다.
(주2) 원고는 구 법인세법 시행규칙(2009. 3. 30. 기획재정부령 제66호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행규칙’이라 한다) 제26조 제9항 제1호 단서에 따라 업무무관자산의 기간을 취득일부터 양도일까지로 보아 추가 납부세액을 산정하였다.
 나. 원고는 2009. 9. 10. 피고에게 “이 사건 각 토지가 비사업용 토지나 업무무관자산에 해당하지 않는다”는 이유로 추가 신고·납부한 법인세 33,081,785,263원을 감액하여 달라는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2009. 11. 5. 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
 다. 이에 원고는 2010. 1. 14. 심판청구를 제기하였는데, 2010. 12. 30. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7, 8, 9호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 비사업용 토지(양도소득)에 관하여
 (가) 원고는 이 사건 각 토지 취득 후 지상건물을 철거하였으므로, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제92조의11 제1항 제3호, 동 시행규칙 제46조의2 제1항 제9호에 따라 건축물이 철거된 날로부터 2년간 비사업용 토지의 소유기간에서 제외하여야 한다.
 (나) 원고는 사옥을 신축하려고 하였으나, 2007. 2. 1. ‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률’(2007. 7. 27. 법률 제8564호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국토계획법’이라 한다) 제30조, 동 시행령(2008. 1. 8. 대통령령 제20535호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국토계획법 시행령’이라 한다) 제25조에 따라 이 사건 각 토지를 제2종일반주거지역에서 제1종일반주거지역으로 변경하는 서울특별시장의 도시계획변경결정 고시에 의하여 사옥을 신축할 수 없게 되었다. 따라서 이 사건 각 토지는 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제1호 소정의 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’ 또는 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호, 동 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호 소정의 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니한 토지’에 해당하게 되었으므로, 위 고시일 이후의 기간은 비사업용 토지의 소유기간에서 제외하여야 한다.
 (다) 위와 같이 비사업용 토지의 소유기간에서 제외되는 기간을 고려하면, 이 사건 각 토지는 구 법인세법 시행령 제92조의3에 따른 비사업용 토지의 소유기간 요건을 충족하지 못하였다.
 (2) 업무무관자산(손금불산입)에 관하여
 (가) 원고는 보험사업자이고, 구 보험업법(2010. 7. 23. 법률 제10394호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 보험업법’이라 한다) 제11조 제1항 제3호 나목, 제105조 제1항 제2호, 제106조 제1항 제8호에 따라 재산이용방법의 일환으로 이 사건 각 토지를 취득·보유하였으므로, 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목 소정의 ‘법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산’에 해당하지 아니한다. 
 (나) 원고는 이 사건 각 토지를 사옥 신축용으로 취득하고 지상건물을 철거하였으므로, 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목 단서, 동 시행규칙 제26조 제1항 제1호에 따라 취득일로부터 5년간 및 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 단서, 동 시행규칙 제26조 제5항 제16호에 따라 철거일로부터 5년간 업무무관자산의 유예기간에 포함하여야 한다.
 (다) 원고는 도시계획변경결정 고시에 의하여 사옥을 신축할 수 없게 되었다. 따라서 이 사건 각 토지는 구 법인세법 시행령 제45조 제1항 제1호 각목 외의 단서, 동시행규칙 제26조 제5항 제2호 가목 소정의 ‘당해 부동산의 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산’ 또는 제29호 소정의 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니한 부동산’에 해당하게 되었으므로, 위 고시일 이후의 기간은 업무무관자산의 유예기간에 포함하여야 한다.
 (라) 결국 이 사건 각 토지는 업무무관자산에 해당하지 아니하므로, 그 취득·관리비용은 손금에 산입할 수 있다.
 나. 인정사실
 (1) 이 사건 각 토지 취득 및 지상건물 철거내역
 (가) 원고는 재단법인 삼성미술관(이하 ‘삼성미술관’이라 한다)과 함께 1997. 8. 1. 주한미국대사관으로부터 이 사건 각 토지 중 ‘서울 종로구 송현동 (지번 6 생략) 등 42필지 대지 합계 35,878.3㎡’(이하 ‘제1토지’라 한다) 및 지상건물 9,733.7㎡를 ‘미화 150,000,000달러’에 매수하면서(제1토지 중 원고가 23,977.5㎡ 부분을, 삼성미술관이 11,900.8㎡ 부분을 각 특정하여 매수하기로 하였다), 잔금지급기일을 ‘2000. 9. 30. 또는 당사자 합의일’로 정하였다. 
 (나) 원고와 삼성미술관은 2000. 2. 23. 주한미국대사관과 매매대금을 ‘미화 154,000,000달러’로, 잔금지급기일을 ‘2003. 8. 31. 또는 당사자 합의일’로 각 변경하는 1차 수정계약을 체결하였다. 
 (다) 원고는 2002. 9. 13. 주한미국대사관과 삼성미술관의 매수예정 토지를 매수하기로 하는 2차 수정계약을, 2003. 7. 10. 잔금지급일자를 ‘2003. 9. 2.’로 연기하는 3차 수정계약을, 2003. 8. 12. 매매대금을 ‘미화 153,796,762달러’로 감액하는 4차 수정계약을 체결하였다. 이에 따라 원고는 최종 변경된 잔금지급기일인 2003. 9. 2. 잔금을 지급하고, 주한미국대사관으로부터 제1토지를 취득하였다.
 (라) 원고는 1997. 6. 30. 소외인으로부터 이 사건 각 토지 중 ‘서울 종로구 사간동 (지번 3 생략) 대 52.5㎡, 같은 동 (지번 4 생략) 대 7㎡’(이하 ‘제2토지’라 한다) 및 지상건물 200.4㎡를 850,000,000원에 취득하였다. 원고는 2002. 9. 16. 삼성미술관으로부터 ‘서울 종로구 송현동 (지번 5 생략) 대 287.1㎡’(이하 ‘제3토지’라 한다) 및 지상건물 605.1㎡를 60,373,000,000원(제1토지 중 삼성미술관의 매수예정 토지 대가를 포함한 금액)에 취득하였고, 2004. 12. 31. 주식회사 한국일보사로부터 ‘서울 종로구 송현동 (지번 7 생략) 대 410.5㎡, 같은 동 (지번 8 생략) 대 6.6㎡’(이하 ‘제4토지’라 한다) 및 지상건물 812.1㎡를 3,500,000,000원에 취득하였다.
 (마) 원고는 이 사건 각 건물을 취득한 후 그 지상건물을 철거하였는데, 구체적 내역은 다음과 같다.
구분면적취득일철거일제1토지35,878.3㎡2003. 9. 2.2003. 10. 9.제2토지59.5㎡1997. 6. 30.존치제3토지287.1㎡2002. 9. 16.존치제4토지417.1㎡2004. 12. 31.2005. 1. 13.
 (2) 이 사건 변경고시 
 (가) 서울특별시장은 2007. 2. 1. 서울특별시 고시 제2007-22호로 구 국토계획법 제35조, 동 시행령 제25조에 따라 이 사건 각 토지가 포함된 서울 종로구 송현동 등 10개동 759,987㎡의 용도지역을 제2종일반주거지역에서 제1종일반주거지역으로 변경하는 도시계획변경결정(이하 ‘이 사건 변경고시’라 한다)을 하였다. 
 (나) 이 사건 변경고시에 따라 건축가능한 범위는 다음과 같이 변경되었다.
구분제2종일반주거지역(변경전)제1종일반주거지역(변경후)층12층 이하4층 이하건폐율60%60%용적율200%150%2종근린생활시설일반음식점, 서점, 금융업소, 사무소(바닥면적 500㎡ 미만)일반음식점, 서점, 금융업소, 사무소(바닥면적 500㎡ 미만)업무시설공공업무시설, 금융업소, 사무소(바닥면적 3,000㎡ 미만)건축불가
 (3) 원고의 사옥 신축 활동
 (가) 원고는 삼성미술관과 함께 1997. 8. 1. 제1토지를 매수할 때 서울특별시 종로구청장으로터 원고의 매수예정 토지 약 23,977.5㎡에 관하여 사용계획을 ‘사옥 신축’으로 하여 ‘구 택지소유상한에 관한 법률’에 따라 택지취득허가를 받았다. 
 (나) 원고는 2002. 4. 1. 주식회사 삼우종합건축사사무소(이하 ‘삼우건축사’라 한다)에 이 사건 각 토지 지상에 신축될 건물에 관한 설계용역을 의뢰하여, 2002. 7.경 삼우건축사로부터 ‘송현동 마스터 플랜’이라는 사옥 신축 계획(이하 ‘설계용역서’라 한다)을 송부받았는데, 그 주요내용은 다음과 같다.
◆ 도시계획 현황○ 지역: 일반주거지역○ 도시계획시설: 동측에 15m(확폭) 도로계획, 서측에 8m 도로인접, 부지를 관통하는 8m(신설) 도로계획○ 지역/지구안에서의 건축 -건폐율: 60% -용적율: 300% -건축가능용도: 근린생활시설, 3000㎡ 이하의 문화 및 집회시설, 2,000㎡ 이하의 판매 및 영업시설, 의료시설, 교육연구 및 복지시설, 운동시설, 업무시설, 공장, 2,000㎡ 이하의 창고시설, 위험물저장 및 처리시설, 자동차관련시설, 동물 및 식물 관련 시설, 공공용시설 등？◆ 제1안 설계개요○ 부지위치: 서울 종로구 송현동 (지번 1 생략) 일대○ 면적: 부지면적(10,955.9평), 연면적(41,310평)○ 용적율: 199.33%(법정 300%)○ 건폐율: 54.72%(법정: 60%)○ 층별 면적 산정층별용도바닥면적지하 3층주차·기계실·전기실22,975.31㎡(6,950평)지하 2층주차·기계실·전기실19,504.22㎡(5,900평)지하 1층사무실·로비·휘트니스센터·기타 오피스 지원시설22,975.31㎡(6,950평)지상 1층사무실·로비·은행 등 금융기관17,950.49㎡(5,430평)지상 2층사무실17,851.32㎡(5,400평)지상 3층사무실17,487.68㎡(5,290평)지상 4층사무실17,818.26㎡(5,390평)합 계？136,562.59㎡(41,310평)◆ 제2안 설계개요○ 부지위치: 서울 종로구 송현동 (지번 1 생략) 일대○ 면적: 부지면적(10,955.9평), 연면적(41,310평)○ 용적율: 199.33% (법정 300%)○ 건폐율: 54.72% (법정 60%)○ 층별 면적 산정층별용도바닥면적지하 3층주차·기계실·전기실27,272.85㎡(8,250평)지하 2층주차·기계실·전기실18,909.18㎡(5,720평)지하 1층사무실·로비·휘트니스센터·기타 오피스 지원시설19,570.34㎡(5,920평)지상 1층사무실·로비·은행 등 금융기관17,421.57㎡(5,270평)지상 2층사무실17,256.28㎡(5,220평)지상 3층사무실17,752.15㎡(5,370평)지상 4층사무실17,851.32㎡(5,400평)합 계？136,033.67㎡(41,150평)
 (다) 원고는 2002. 9. 13. 제1토지 중 삼성미술관의 매수예정 토지를 양수하는 내용의 이사회 결의를 하였는데, 이사회의사록에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.
 4. 기대효과□ 부지효율 증대□ 차량진출입 효율 개선□ 지하층 자연 채광 면적 증가(사무실 사용 가능)
 (라) 원고는 2002. 9. 14. 금융감독원 전자공시시스템에 거래 목적란을 ‘건축 신축부지 매입’으로 기재하여 위 매매사실을 공시하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 다. 판단
 (1) 비사업용 토지(양도소득)에 관하여
 (가) 관계법령
별지 관계법령1 기재와 같다.
 (나) 건물 철거 후 2년간 소유기간 
원고는 제1토지 및 지상건물을 2003. 9. 2. 취득하였다가 2003. 10. 9. 지상건물을 철거하고, 제4토지 및 지상건물을 2004. 12. 31. 취득하였다가 2005. 1. 13. 지상건물을 철거한 사실은 앞에서 본 바와 같으므로, 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호, 동 시행규칙 제46조의2 제1항 제9호에 따라 위 각 건물이 철거된 날로부터 2년간 비사업용 토지의 소유기간에서 제외하여야 한다.
 (다) 이 사건 변경고시 후 소유기간 
 1) 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호, 제3항, 동 시행령 제92조의11 제1항 제1, 3호, 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호에 의하면, 법인의 비사업용 토지를 양도한 경우 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 부과하도록 하면서, 다만 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지, 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지는 그 기간 동안 비사업용 토지로 보지 않고 있는데, 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유로 ‘도시계획의 변경 등’을 들고 있다. 
위와 같은 규정들을 종합하여 보면, 토지를 취득한 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되거나 도시계획의 변경과 같은 정도에 준하는 정당한 사유로 인하여 부득이하게 토지를 사용하지 못하게 된 경우에는 비사업용 토지로 보지 않고 있는바, 이와 같이 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판단하는 기준으로서의 ‘정당한 사유’라 함은 법령 또는 도시계획변경에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단하는 데에는 비업무용 부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금 불산입 요건으로 하고 있는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 5. 2. 선고 2000두4989 판결, 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결 등 참조).
 2) 돌이켜 이 사건을 보건대, 원고가 주한미국대사관으로부터 제1토지를 매수하면서 사용계획을 ‘사옥 신축’하여 택지취득허가를 받은 점, 원고가 제1, 3토지를 취득하기 직전 삼우건축사에 이 사건 각 토지상에 신축될 건물에 관한 설계용역을 의뢰하였고, 삼우건축사는 사무실 등 업무시설로 사용될 것을 전제로 한 설계용역서를 제출한 점, 제1토지 중 삼성미술관의 매수예정 토지를 양수할 당시 이사회의사록에 “사무실 용도로 토지를 양수하다”는 기재가 되어 있고, 금융감독원 전자공시시스템에 거래 목적란을 ‘건축 신축부지 매입’으로 기재하여 매매사실을 공시한 점 등을 고려할 때, 원고는 이 사건 각 토지를 ‘사옥 신축’ 목적으로 취득하였음을 넉넉히 인정할 수 있다.
한편 정당한 사유가 있는지에 관하여 보건대, 이 사건 각 토지 취득 후 이 사건 변경고시가 있었던 사정은 인정된다. 그러나 ① 도시계획조례에 의한 제한; ㉮ 종전 ‘서울특별시 도시계획조례’(이하 ‘도시계획조례’라 한다, 2000. 7. 15. 서울특별시 조례 제3760호로 제정되어 2003. 7. 25. 서울특별시 조례 제4131호로 개정되기 전의 것) 제29조 제3항 제7호에 의하면, 제2종일반주거지역 안에서도 너비 12m 이상의 도로에 접한 토지상에 업무시설을 건축하는 경우 건물의 바닥면적을 제한하지 아니하였는바, 설계용역서의 설계개요 중 신축건물의 바닥면적을 136,500㎡(각 층별로 한정하더라도 17,000㎡) 이상으로, 건축가능용도를 제한 없는 것으로 기재되어 있으므로, 원고는 이 사건 각 토지가 제2종일반주거지역 안에 위치하였지만 바닥면적의 제한을 받지 않기 때문에 설계용역서에 따른 사옥 신축이 가능할 것이라고 판단하였던 것으로 보이는 점, ㉯ 그런데 도시계획조례가 제1토지(이 사건 각 토지 면적의 약 98%에 달한다) 취득 직전인 2003. 7. 25. 개정되면서 제2종일반주거지역 안에서는 바닥면적의 합계가 3,000㎡ 이상인 업무시설을 건축할 수 없도록 제한되었고(제28조 제3항 제7호), 이에 따라 원고는 이 사건 각 토지상 설계용역서에 따른 업무시설을 신축할 수 없게 된 점(설계용역서의 업무시설과 개정 도시계획조례상 건축가능한 업무시설은 바닥면적 등에서 상당한 차이가 있다) 등을 고려할 때 제1, 4토지 취득 전에 이미 법령상의 제한을 받고 있는 상태였고(원고가 도시계획조례 변경 전 제2, 3토지를 취득하였으나, 이 사건 각 토지 중 차지하는 면적, 제1, 4토지와 함께 신축될 사옥의 부지인 점을 감안하면, 정당한 사유 판단에 장애가 되지 아니한다), ② 이 사건 변경고시에 의한 제한; ㉮ 원고는 이 사건 각 토지 및 지상건물을 취득한 이후 이 사건 변경고시가 날 때까지 지상건물만을 철거하였을 뿐 사옥 신축을 위한 절차를 진행하지 아니한 점(제2, 3토지 지상건물은 철거조차 하지 아니하였다), ㉯ 원고는 이 사건 각 토지를 취득하기 시작한 1997년경부터 이 사건 변경고시일인 2007. 2. 1.까지 10년여 동안 이 사건 각 토지를 방치해 왔던 점, ㉰ 제2종일반주거지역 안에서 바닥면적 3,000㎡ 미만의 업무시설을 건축할 수 있었으나, 업무시설의 신축 계획도 세우지 아니하던 중 이 사건 변경고시가 난 점, ㉱ 이 사건 변경고시에 의하여 제1종일반주거지역으로 변경되어 업무시설을 신축할 수 없게 되었다 하더라도, 원고가 원하는 업무시설은 제2종일반주거지역에서도 불가능하였던 점(원고는 바닥면적 136,500㎡ 이상의 규모에 해당하는 업무시설의 신축을 원하고 있었으나, 개정 도시계획조례에 의하면 제2종일반주거지역에서는 바닥면적 3,000㎡ 이상의 건물은 신축할 수 없었다), ㉲ 제1종일반주거지역에서도 바닥면적 500㎡ 미만의 사무소는 여전히 건축할 수 있는 점(제1토지를 제외하고 나머지 토지의 면적은 모두 500㎡ 미만으로 각 토지별로 건물신축이 가능하다) 등을 고려할 때, 이 사건 각 토지는 이 사건 변경고시에 의하여 ‘법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지’ 또는 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니한 토지’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 변경고시 이후의 소유기간을 비사업용 토지의 소유기간에서 제외할 수 없다.
 (라) 소결론
구 법인세법 제55조의2 제2항, 동 시행령 제92조의3에 따라 비사업용 토지의 소유기간을 산정하면, 이 사건 각 토지(제2토지 및 제3토지 중 69.5㎡는 앞에서 본 바와 같이 업무시설용 부속토지로 당초부터 비사업용 토지에서 제외되었으므로, 별도로 판단하지 아니한다)는 아래에서 보는 바와 같이 그 요건을 모두 충족하였다. 따라서 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 양도소득에 대한 법인세 경정신청을 거부한 것은 정당하다.
 ① 제1토지
취득일2003. 9. 2철거일2003. 10. 9.양도일2009. 1. 7.총소유기간1,955일(2003.9. 2. ~ 2009. 1. 7.) → 5년 이상소유기간 제외731일(철거 후 2년, 2003. 10. 9. ~ 2005. 10. 8.)인정된 소유기간1,224일[=철거 전 37일(2003. 9. 2.~2003. 10. 8.) + 철거 후 1,187일(2005. 10. 9. ~ 2009. 1. 7.)]소유기간 요건 판단구 법인세법 시행령 제92조의3 제1호1) 가목양도일 직전 5년(2004. 1. 7. ~ 2009. 1. 7.) 중 소유기간(1,187일)이 2년을 초과하였으므로, 요건 충족함2) 나목전체 비사업용 토지로 소유하였으므로, 요건 충족3) 다목인정된 소유기간(1,224일)이 총소유기간(1,955일)의 20/100인 391일을 초과하였으므로, 요건 충족함
 ② 제3토지 중 211.6㎡ 
취득일2002. 9. 16.철거일해당사항 없음양도일2009. 1. 7.총소유기간2,306일(2002. 9. 16. ~ 2009. 1. 7.) → 5년 이상소유기간 제외해당사항 없음인정된 소유기간2,306일소유기간 요건 판단구 법인세법 시행령 제92조의3 제1호1) 가목전체 비사업용 토지로 소유하였으므로, 요건 충족함2) 나목전체 비사업용 토지로 소유하였으므로, 요건 충족함3) 다목전체 비사업용 토지로 소유하였으므로, 요건 충족함
 ③ 제4토지 
취득일2004. 12. 31.철거일2005. 1. 13.양도일2009. 1. 7.총소유기간1,469일[2004. 12. 31. ~ 2009. 1. 7.) → 3년 이상 5년 미만소유기간 제외730일(철거 후 2년, 2005. 1. 13. ~ 2007. 1. 12.)인정된 소유기간739일[=철거전 13일(2004. 12. 31. ~ 2005. 1. 12.) + 철거후 726일(2007. 1. 13. ~ 2009. 1. 7.)]소유기간 요건 판단구 법인세법 시행령 제92조의3 제2호1) 가목인정된 소유기간(739일)이 토지의 총소유기간(1,469일)에서 3년을 차감한 기간 374일(=1,469일 - 365일×3년)을 초과하였으므로, 요건 충족함2) 나목양도일 직전 3년(2006. 1. 7. ~ 2009. 1. 7.) 중 인정된 소유기간(726일)이 1년을 초과하였으므로, 요건 충족함3) 다목인정된 소유기간(739일)이 총소유기간(1,469일)의 20/100인 294일을 초과하였으므로, 요건 충족함
 (2) 업무무관자산(손금불산입)에 관하여
 (가) 관계법령
별지 관계법령2 기재와 같다.
 (나) 보험사업자로서의 취득에 관하여
보험사업자는 보험자산의 운용방법의 일환으로 총자산의 25%의 범위 내에서 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 소정의 업무무관자산에 해당하지 아니하는 부동산업무시설용 부동산이나 투자사업용 부동산을 소유할 수 있으나(구 보험업법 제105조 제1항 제2호, 제106조 제1항 제8호, 동 시행령 제49조 제2항), 원고는 이 사건 각 토지를 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하였고, 사옥 신축 목적으로 취득하였다고 하더라도 건설에 ‘착공’하지 아니하였다면 업무에 사용한 것으로 볼 수 없으므로(구 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제1호), 이 사건 각 토지는 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 소정의 업무무관자산에 해당한다[이에 대하여 원고는, “구 보험업법(2000. 1. 21. 법률 제6175호로 개정되기 전의 것) 제19조, 동 시행령(1994. 12. 23. 대통령령 제14438호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 제2호, 제15조 제1항 제2호의 각 규정에 의하면, 보험사업자는 재산이용방법의 하나로서 총자산의 15/100의 제한 내에서 부동산을 소유할 수 있으므로, 보험사업자로서 보험업법령의 규정에 따라 총자산의 15% 범위 내에서 부동산을 취득하여 보유하고 있다면, 이는 구 법인세법 시행규칙(1991. 2. 28. 재무부령 제1844호로 개정된 것) 제18조 제3항 제1호에서 정하는 비업무용 부동산을 보유하고 있는 것이라고 볼 수 없다”는 판례(대법원 2001. 4. 13. 선고 99두11738 판결)를 들면서, 보험사업자의 경우 부동산을 취득하여 보유하기만 하면 업무무관자산이라고 볼 수 없다는 취지로 주장하나, 위 판결 당시에는 보험업법 등 관계법령에서 보험사업자가 업무와 무관한 부동산의 소유를 금지 또는 제한하는 규정이 없었으므로(보험업법 시행령이 2003. 8. 27. 대통령령 제18093호로 전부 개정되면서 비로소 신설되었다), 이 사안에 그대로 적용할 수 없다]. 
 (다) 건물 취득 및 철거 후 5년간 유예기간
 1) 앞에서 본 바와 같이 원고는 이 사건 각 토지를 ‘사옥 신축’ 목적으로 취득하였으므로, 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 가목 단서, 동 시행규칙 제26조 제1항 제1호에 따라 각 취득일로부터 5년간 업무무관자산의 유예기간에 포함하여야 한다.
 2) 나아가 원고는 제1, 4토지를 취득한 후 각 지상건물을 철거하였으므로, 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 각목 외의 부분 단서, 동 시행규칙 제26조 제5항 제16호에 따라 각 철거일로부터 5년간 업무무관자산의 유예기간에서 추가적으로 포함하여야 한다고 주장하나, ① 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호는 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산 등을 업무무관자산으로 규정하면서, 단서에 “기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다”고 규정하고, 구 법인세법 시행규칙 제26조 제5항은 ‘기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산’을 각 호로 열거하고 있는데(건물이 멸실된 경우는 제16호에서 규정하고 있다), 각 호의 사유를 보면 부동산 취득 후에 예상하지 못한 사정변경 사유가 발생하여 그 부동산을 본래 용도로 사용하지 못하게 된 경우나 특별법 등에 따라 정책적으로 업무무관자산으로 보지 아니한 경우를 상정한 것임에 비추어 보면(제29호는 포괄조항으로 ‘당해 부동산의 취득 후 제2호 내지 제28호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산’을 규정하였다), 제16호에서 규정한 ‘건물이 철거된 경우’도 건물을 사용하다가 예상하지 못한 사정으로 철거된 경우를 의미하는 것으로 해석함이 상당한 점, ② 건물 신축 목적으로 건물이 있는 토지를 취득할 경우 취득할 때 이미 철거를 예정하고 있으므로, 건물 철거로 예상하지 못한 사정변경이 있다고 보기 어려운 점, ③ 토지만을 사용할 목적으로 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거한 경우 건물이 없는 토지를 취득한 것과 경제적 실질이 동일한 점, ④ 구 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 제1호는 건물신축 목적으로 토지를 취득한 경우에는 취득일로부터 5년간 업무무관자산의 유예기간으로 인정하고 있는데, 철거 예정인 구건물을 함께 취득하였다 하여 또 다시 철거일로부터 5년간 업무무관자산으로 보지 아니한다면, 최장 10년간 업무무관자산에서 제외되는 결과가 되고, 적용시점을 임의로 결정할 수 있게 되는 점, ⑤ 업무무관자산의 취득·관리비용은 손금에 산입하지 않는 것이 원칙이고(구 법인세법 제27조 제1호), 다만 건물 철거 등의 부득이한 사유가 있는 경우에는 예외적으로 업무무관자산으로 보지 않는 것이므로(구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 단서), 위 단서 조항은 납세자에게 특별한 혜택을 주는 규정으로 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점 등을 고려할 때, 건물신축용으로 토지 및 지상건물을 취득한 후 지상건물을 철거하는 경우에는 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 단서, 동 시행규칙 제26조 제5항 제16호를 적용할 수 없다고 봄이 타당하다.
 (라) 이 사건 변경고시 후 기간
구 법인세법 제27조 제1호, 제28조 제1항 제4호 가목, 동 시행령 제49조 제1항 제1호, 동 시행규칙 제26조 제5항에 의하면, 법인이 업무에 직접 사용하지 아니하거나 일정한 유예기간 중 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산을 취득하거나 보유하기 위하여 지급한 차입금의 이자 등 취득·관리비용은 손금에 산입하지 아니하도록 하고 있고, 다만 당해 부동산의 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되거나 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니한 부동산은 업무와 직접 관련이 없는 부동산에서 제외하도록 하고 있다. 
비사업용 토지 중 이 사건 변경고시 후 소유기간(9쪽)에서 본 바와 같이 동일한 이유로 이 사건 각 토지는 ‘법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지’ 또는 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니한 토지’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 변경고시 이후의 기간을 업무무관자산의 유예기간에 포함할 수 없다.
 (마) 소결론
구 법인세법 제27조, 동 시행령 제49조 제1항 제1호 가목, 동 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서에 따라 업무무관자산의 기간을 산정하면, 원고는 이 사건 각 부동산을 취득한 후 유예기간 5년이 경과하도록 업무에 사용하지 아니하다가 그대로 양도하였으므로, 취득일로부터 양도일까지이다. 따라서 취득일부터 양도일까지 기간 전부에 대하여 이 사건 각 토지의 취득·관리 비용을 전액 손금불산입하여 법인세 경정신청을 거부한 것은 정당하다.
3. 결론
그렇다면 이 사건 처분은 정당하므로 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 문준필(재판장) 이승훈 이창은