취득세등부과처분취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2020.01.23 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 원고에 대하여 한 [별지 1] 처분 목록 기재 각 부과처분 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.원고는□□교 서울대교구에 속하는 여러 교회의 운영,선교,복지,보육,청소년 선도,노령자보호,사후안위 사업을 목적으로 설립된 재단법인이다.
나.원고는2014. 8. 14.서울00구△△동2가1-1토지 등에 연면적31,941.46㎡규모의□□교00교구청 신관 건물(이하‘이 사건 건축물’이라 한다)을 신축하고,그중21,066.14㎡에 대하여는‘종교단체가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’으로 신고하여 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정되기 전의 것,이하‘구 지특법’이라 한다)제50조 제1항,제2항에 따라 취득세 등을 면제받았으며,나머지 면적10,875.32㎡에 대하여는 그 취득가액16,331,828,996원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였다.
구분종교 목적 면세종교 외 목적 과세면적(㎡)과세표준(원)세액(원)면적(㎡)과세표준(원)세액(원)합계22,078.9933,156,752,084916,220,80010,875.3216,331,828,996529,140,520이 사건 건축물21,066.1431,635,721,623885,800,20010,875.3216,331,828,996529,140,520함께 공사한 기존 건물(대수선)1,012.851,521,030,46130,420,600- 

다.피고는2017. 6. 22.이 사건 건축물의 사용현황을 조사한 결과,지상1층부터10층까지의 면적 중 일부(6,063.21㎡)와 지하2층부터 지하4층까지의 주차장 전체(9,854.04㎡,이하‘이 사건 지하주차장’이라 한다)가 유료로 사용되고 있다고 보고, ‘종교단체가 수익사업에 사용하는 경우 또는 해당 재산이 유료로 사용되는 경우’에 해당하여 취득세 등의 추징사유가 발생하였다는 이유로, 2017. 8. 11.및2017. 9. 10.원고에게 구 지특법 제50조 제1항 제1호 및 제2항 단서에 따라 아래 표 기재와 같이 취득세와 재산세 등을 추징ㆍ부과하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).
(단위:원)

처분일귀속연도세목부과금액과세대상2017.8.11.2014취득세361,166,170이 사건 건축물지방교육세20,638,060농어촌특별세25,797,580가산세 총액162,310,120합계569,911,9302015(건축물)재산세8,536,190이 사건 건축물도시지역분 재산세4,780,270지역자원시설세8,184,480지방교육세1,707,230합계23,208,1702015(토지)재산세113,178,530서울 ∇구 △△동2가 1-1, 1호 외 9건(면적 13,860.52㎡)도시지역분 재산세78,867,430지방교육세22,635,700합계214,681,6602016(건축물)재산세8,617,050이 사건 건축물도시지역분 재산세4,825,550지역자원시설세8,261,990지방교육세1,723,410합계23,428,0002016년(토지)재산세114,395,860서울 ∇구 △△동2가 1-1, 1호 외 11건(면적 13,932.62㎡)도시지역분 재산세79,706,590지방교육세22,879,170합계216,981,6202017.9.10.2017년(토지)재산세322,979,510서울 ∇구 △△동2가 1-18, 1호(10건, 14,579.57㎡)도시지역분 재산세225,365,760지방교육세64,595,900합계612,941,170합계1,661,152,550 

라.원고는 이 사건 처분에 불복하여2017. 11. 10.조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은2018. 12. 26.위 심판청구를 기각하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지4호증,을 제1내지4, 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같다)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.처분의 적법 여부

가.원고 주장의 요지

원고는 종교 활동을 위하여 이 사건 지하주차장을 취득하였고,그 이용 역시 대부분 종교 목적을 위하여 이루어지고 있으므로,이 사건 지하주차장은 원고의 고유목적사업에 직접 사용되고 있는 재산으로서 취득세 등의 면제대상에 해당한다.설령 이 사건 지하주차장에 수익사업이나 유료로 사용되고 있는 부분이 일부 있다 하더라도,원고의 고유목적사업에 사용되고 있는 부분을 넘어 이 사건 지하주차장 전체 면적에 대하여 취득세와 재산세 등을 추징·부과한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
나.관계 법령

[별지2]관계 법령 기재와 같다.
다.관련 법리

1)구 지특법 제50조 제1항은‘종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다.다만 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.’고 규정하면서,추징사유의 하나로‘수익사업에 사용하는 경우’를 들고 있다.구 지특법 제50조 제2항은‘같은 조 제1항의 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세 및 지역자원시설세를 각각 면제한다.다만,수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.’고 규정하고 있다.한편,구 지특법 제2조 제1항 제2호,구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것)제3조 제3항 제1호,구 법인세법 시행령(2017. 2. 3.대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것)제2조 제1항,한국표준산업분류에 의하면, ‘주차장 운영업’은 수익사업에 해당한다.
2)어느 사업이 재산세 등의 비과세대상에서 제외되는 수익사업에 해당하는지의 여부는 그 사업이 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 하면서 그 규모,횟수,태양 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지의 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 하고(대법원1997. 2. 28.선고96누14845판결등 참조),비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적 등을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원1996. 1. 26.선고95누13104판결,대법원2002. 4. 26.선고2000두3238판결등 참조).그리고 부동산이 유료로 사용되는 경우라 함은 해당 부동산의 사용에 대하여 사용자가 그 대가를 지급하는 경우를 말하는 것으로서 그 사용이 대가적 의미를 갖는다면 사용기간의 장단이나 대가의 지급방법 및 그 대가의 다과 등은 이를 묻지 아니한다(대법원1997. 2. 28.선고96누14845판결,대법원1998. 1. 23.선고97누8731판결등 참조).
라.인정사실

1)원고는△△성당[□□교00교구의 주교좌성당으로서,우리나라□□교의 총본산이자 순교자들의 유해가 안장되어 있는 대표 성지(聖地)이며,사적 제258호로 지정되어 있다]의 관리주체로서,가톨릭 회관 등△△성당 부지에 들어서 있는 여러 종교시설과 이 사건 건축물의 원활한 운영을 위해 여러 곳에 산재되어 있던 주차시설을 통합하여 이 사건 지하주차장을 신설하였다.
2)이 사건 지하주차장은 원고의 종교시설을 방문하는 사제나 신자들이 주로 이용하고 있다.
3)원고의 이 사건 지하주차장 운영규정에 의하면,주차료는 기본(30분) 3,000원,초과 시10분당1,000원으로 주변 건물의 주차료와 비슷하고,사제(전일 무료이나,평일에 한함),△△성당 주일미사 참례 신자(2시간 무료),△△성당 혼배자(사전에 통보된 혼주차량3대에 한하여4시간 무료),가톨릭회관 입주단체 방문차량(30분 무료)등은 이 사건 지하주차장을 무료로 이용할 수 있다.위 운영규정의 구체적인 내용은[별지3]지하주차장 운영규정과 같다.
4)이 사건 지하주차장에 대한2015. 5. 1.부터2017. 4. 30.까지의 출입기록 집계표에 의하면,연간 주차료 수입금액은2015년에781,331,000원, 2016년에931,527,000원이고,유료 및 무료 이용차량의 각 이용시간은 아래 표 기재와 같다.
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[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제5, 6호증,을 제11호증의 각 기재,변론 전체의 취지

마.구체적인 판단

1)이 사건 지하주차장 전체가 수익사업 또는 유료로 사용되고 있는지 여부

위 인정사실 등에서 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면,이 사건 지하주차장은 그중 일부가 수익사업이나 유료로 사용되고 있어서 해당 부분에 대해서만 취득세와 재산세 등을 추징·부과할 수 있을 뿐이므로,이와 다른 전제에서 이 사건 지하주차장 전체에 대하여 취득세와 재산세 등을 추징·부과한 이 사건 처분은 위법하고,원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
가)원고는△△동성당 부지에 들어서 있는 여러 종교시설과 이 사건 건축물의 원활한 운영을 위해 여러 곳에 산재되어 있던 주차시설을 통합하여 이 사건 지하주차장을 신설하였는바,이 사건 지하주차장은 원고가 고유목적사업인 종교 활동에 사용하기 위하여 취득한 재산에 해당한다.
나)이 사건 지하주차장은 원고의 종교시설을 방문하는 사제나 신자들이 주로 이용하고 있고,위 주차장 이용시간 중 무료 이용차량의 이용시간 비율이65%에 달하는바,이 사건 지하주차장은 원고가 종교 사업을 영위함에 있어 가톨릭 신자와 사제 등의 접근의 편의를 위한 필수적인 시설로서,만약 이 사건 지하주차장이 없다면 원고가 그 목적사업인 종교 활동을 영위하는 데에 커다란 지장이 초래될 것으로 보인다.
다)△△성당은□□교00교구의 주교좌성당(교구장 주교가 상주하는 교구의 중심이 되는 성당)이자 성지로 인정받는 곳으로서,서울대교구의 공식적인 종교 행사나 업무,신자들의 개별적인 종교 활동,성지 순례,관광 등 다양한 목적을 위하여 많은 사람들이 방문하고 있고,종교 활동에는 종교를 전도하여 널리 알리는 선교 등이 필수적으로 포함되는바,△△성당 및 기타 종교시설을□□교 사제와 신자만을 위한 공간으로 보아 이 사건 지하주차장을 배타적·독점적으로 사용하게 할 수 없으므로,원고가 이 사건 지하주차장을 외부에 개방하였다 하여 이 사건 지하주차장 전체 면적이 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 한 사업 활동이라고 볼 수는 없다(또한,원고가 제3자들에게 이 사건 건축물 중 일부를 종교 외 용도로 사용할 수 있도록 임대하였으므로,그 공간을 이용하는 사람들을 위해서라도 이 사건 지하주차장을 외부에 개방할 수밖에 없다).
라)다만,모든 사람들에게 별다른 제한 없이 이 사건 지하주차장을 무료 또는 주변 건물의 주차료보다 저렴한 가격에 제공한다면,오히려△△성당 부지에 들어서 있는 여러 종교시설과 이 사건 건축물을 종교 목적으로 방문하고자 하는 사람들에게 주차공간을 제공한다는 본래의 기능을 유지하기가 어려워질 수 있으므로,원고는 부득이 일정한 조건 하에서 이 사건 지하주차장을 무료로 제공하고,위 조건을 벗어나는 경우에만 유료로 제공하고 있는 것으로 보인다(원고는 고유목적사업인 종교 사업을 수행하는 데에 반드시 필요한 사제나 신자,종교 활동 관련자의 차량에 대하여 해당 용무에 소요되는 시간 동안 이 사건 지하주차장을 무료로 제공하고 있다).따라서 원고가 이 사건 지하주차장을 일부 유료로 운영한다고 하여 이 사건 지하주차장 전체가 수익사업 또는 유료로 사용되고 있다고 볼 수는 없다.
마)구 지특법 제50조 제1항 단서는 종교단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 수익사업에 사용하는 경우 그‘해당 부분’에 대해서는 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있는데,부동산 중 일부가 수익사업이나 유료로 사용되는 경우의 재산세 면제에 관하여도 위와 같은 취득세 면제의 경우와 달리 볼 이유가 없다(대법원2018. 8. 30.선고2018두42153판결참조).
2)정당세액의 계산

가)원고는,유료 및 무료 이용차량의 각 이용시간에 따라 안분하여 세액을 계산하여야 한다고 주장하나,①재산세는 과세기준일인 매년6월1일의 사용현황에 따라 부과되는 세목인 점(지방세법 제114조),②유료 및 무료 이용차량의 각 이용시간은 그 산정기간을 어떻게 정하는지에 따라 가변적이어서 이를 객관적인 기준으로 삼을 수 없는 점,③관계법령에 위와 같은 시간적 구분에 따라 안분하여 세액을 계산할 수 있다는 취지의 규정도 없는 점 등에 비추어 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
나)결국,이 사건 지하주차장이 종교 용도와 종교 외 용도로 구획되어 있지 않다 하더라도,이 사건 지하주차장에 대한 취득세,재산세 등은 다른 공용면적과 마찬가지로 종교 용도의 전용면적과 종교 외 용도의 전용면적의 비율에 따라 안분하여 그 세액을 계산하는 것이 합리적인바,이에 따라 원고에 대한 정당세액(가산세 포함)을 계산하면[별지1]처분 목록 중‘정당세액’란 기재와 같으므로(피고의2020. 1. 20.자 참고서면 참조),이 사건 처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
3.결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고,나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지1]

처분 목록

(단위: 원)

처분일귀속연도세목부과금액취소를 구하는 세액정당세액2017.8.11.2014취득세361,166,170부과금액과 동일0지방교육세20,638,060〃0농어촌특별세25,797,580〃0가산세 총액162,310,120〃0합계569,911,930〃02015(건축물)재산세8,536,190〃0도시지역분 재산세4,780,270〃0지역자원시설세8,184,480〃0지방교육세1,707,230〃0합계23,208,170〃02015(토지)재산세113,178,530〃2,127,770도시지역분 재산세78,867,430〃1,131,890지방교육세22,635,700〃425,550합계214,681,660〃3,685,2102016(건축물)재산세8,617,050〃0도시지역분 재산세4,825,550〃0지역자원시설세8,261,990〃0지방교육세1,723,410〃0합계23,428,000〃02016년(토지)재산세114,395,860〃0도시지역분 재산세79,706,590〃0지방교육세22,879,170〃0합계216,981,620〃02017.9.10.2017년(토지)재산세322,979,510부과금액 중236,433,960원을 초과하는 부분236,433,960도시지역분 재산세225,365,760부과금액 중164,583,120원을 초과하는 부분164,583,120지방교육세64,595,900부과금액 중47,286,790원을 초과하는 부분47,286,790합계612,941,170부과금액 중448,303,870원을 초과하는 부분448,303,870총 합계1,661,152,550총 부과금액 중448,303,870원을 초과하는 부분451,989,000

끝.
[별지2]

관계 법령

■구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.
2. "수익사업"이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.다만,「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다.
8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
제50조(종교 및 제사 단체에 대한 면제)

①종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1.수익사업에 사용하는 경우

2.정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

②제1항의 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)및「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.다만,수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.
③제1항의 단체가 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대하여는 등록면허세를 면제하고,해당 단체에 대하여는 주민세 재산분 및 종업원분을 각각 면제한다.다만,수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 종업원분은 면제하지 아니한다.
■구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것)

제3조(과세소득의 범위)

③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하"수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1.제조업,건설업,도매업·소매업,소비자용품수리업,부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2.「소득세법」제16조 제1항에 따른 이자소득

3.「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득

4.주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5.고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6.「소득세법」제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7.제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

■구 법인세법 시행령(2017. 2. 3.대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것)

제2조(수익사업의 범위)

① 「법인세법」(이하"법"이라 한다)제3조 제3항 제1호에서"대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하"한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.다만,다음 각 호의 사업을 제외한다.
7.주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역 중「부가가치세법」제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

③법 제3조 제3항 제7호에서"대통령령으로 정하는 것"이란「소득세법」제46조 제1항에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다.다만,제2조 제1항 제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권등의 매매익을 제외한다.
■구 부가가치세법(2015. 8. 11.법률 제13474호로 개정되기 전의 것)

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)

①다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
18.종교,자선,학술,구호,그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

■구 부가가치세법 시행령(2015. 2. 3.대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것)

제45조(종교,자선,학술,구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위)

법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교,자선,학술,구호,그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.
1.주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

■구 상속세 및 증여세법 시행령(2017. 2. 7.대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것)

제12조(공익법인등의 범위)

법 제16조 제1항에서"공익법인등"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하"공익법인등"이라 한다)를 말한다.
1.종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

■지방세법

제114조(과세기준일)

재산세의 과세기준일은 매년6월1일로 한다.
제150조(납세의무자)

지방교육세의 납세의무자는 다음 각 호와 같다.
1.부동산,기계장비(제124조에 해당하는 자동차는 제외한다),항공기 및 선박의 취득에 대한 취득세의 납세의무자

6.재산세(제112조 제1항 제2호 및 같은 조 제2항에 따른 재산세액은 제외한다)의 납세의무자

■농어촌특별세법

제3조(납세의무자)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
5.「지방세법」에 따른 취득세 또는 레저세의 납세의무자

끝.
[별지3]

지하주차장 운영규정

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만일 모든 사람들에게 별다른 제한 없이 이 사건 지하주차장을 무료 또는 주변 건물의 주차료보다 저렴한 가격에 제공한다면, 종교 목적으로 방문하고자 하는 사람들에게 주차공간을 제공한다는 본래의 기능을 유지하기가 어려워질 수 있으므로, 부득이 일정한 조건 하에서 이 사건 지하주차장을 유료로 제공하고 있는 것으로 볼 수 있으므로 조건부·유료로 운영한다는 사정만으로 이 사건 지하주차장이 수익사업에 사용되고 있다고 볼 수는 없음