수정수입세금계산서재발급거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2020.12.24 / 시행일:

【원고, 상고인】 코리아후드써비스 주식회사 (소송대리인 변호사 김의환 외 3인)
【피고, 피상고인】 성남세관장
【원심판결】 서울고법 2019. 5. 15. 선고 2018누57348 판결
【주 문】
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 

【이 유】상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제2점에 관한 원심의 판단
 가. 원심은 그 채택 증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
 1) 원고는 1998. 1. 8. 한국맥도날드 유한회사(2006. 12. 28. 주식회사 신맥에서 상호 및 조직이 변경되었다, 이하 ‘한국맥도날드’라고 한다)와 위탁수입 및 배송계약(이하 ‘이 사건 위탁수입계약’이라고 한다)을 체결한 후 식품류 및 기타 소모품을 수입하여 한국맥도날드에 공급하였다. 
 2) 한국맥도날드는 미국 법인인 McDonald’s Corporation(이하 ‘미국맥도날드’라고 한다)과 라이선스 계약(이하 ‘이 사건 라이선스 계약’이라고 한다)을 체결하고, 미국맥도날드의 레스토랑 운영 시스템을 사용하는 대가로 미국맥도날드에 총매출액의 5%에 해당하는 로열티(이하 ‘이 사건 로열티’라고 한다)를 지급하였다. 
 3) 원고는 2008. 1. 2.부터 2010. 12. 30.까지 Lamb Weston, Inc.(이하 ‘LW’라고 한다)가 제조한 냉동감자(이하 ‘이 사건 물품’이라고 한다)를 HAVI Global Solutions LLC(이하 ‘HAVI’라고 한다)로부터 수입하여 한국맥도날드에 전부 공급하면서, 이 사건 로열티를 이 사건 물품의 과세가격에 가산하여 관세 및 부가가치세를 신고·납부하였다. 
 4) 원고는 2011. 8. 8. 및 2012. 1. 13. 천안세관장에게, 2011. 8. 10. 창원세관장에게 ‘이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산될 수 없다.’는 이유로 위와 같이 신고·납부된 관세 및 부가가치세 중 이 사건 로열티에 상당하는 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 경정청구’라고 한다). 천안세관장은 2012. 1. 16. 및 2012. 3. 2., 창원세관장은 2012. 3. 19. 이 사건 경정청구 중 경정청구 기간이 지나지 않은 수입신고분에 대한 경정청구를 인용하였다(이하 이를 통틀어 ‘당초 감액경정’이라고 한다).
 5) 원고는 당초 감액경정 이후 2014. 5.경까지 이 사건 물품을 수입하면서 이 사건 로열티를 이 사건 물품의 과세가격에 가산하지 않은 채 피고를 포함한 통관지 세관장에게 관세 및 부가가치세를 신고·납부하였다. 
 6) 서울세관장은 2014. 3. 3.부터 2014. 3. 21.까지 원고에 대하여 관세조사(이하 ‘이 사건 조사’라고 한다)를 한 후, 2014. 6. 26. 원고에게 ‘이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산되어야 한다.’는 내용의 관세조사 결과를 통지한 다음, 원고가 당초 감액경정으로 환급받은 관세 및 부가가치세 본세 합계 930,747,870원과 당초 감액경정 이후 2014. 5.경까지 수입신고된 이 사건 물품에 대한 이 사건 로열티 미가산분 상당의 관세 및 부가가치세 본세 합계 1,748,351,760원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 증액경정’이라고 한다). 
 7) 원고는 이 사건 증액경정에 따른 관세 및 부가가치세 본세를 납부하였고, 위와 같이 경정·납부된 부가가치세 세액에 대하여 수정된 수입세금계산서(이하 ‘수정수입세금계산서’라고 한다)가 원고에게 발급되었다. 
 8) 감사원은 2016. 1.경 서울세관에 대한 감사를 실시한 후, 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 이 사건 위탁수입계약이 종료되었다고 사실과 다르게 설명하였을 뿐 아니라 LW의 모회사 ConAgra Foods, Inc.(이하 ‘ConAgra’라고 한다)와 미국맥도날드의 아시아·태평양·중동지역 총괄법인인 McDonald’s APMEA, LLC(이하 ‘APMEA’라고 한다) 사이에 작성된 거래관계 및 비밀유지 약정서(이하 ‘이 사건 약정서’라고 한다) 등을 제출하지 않는 등 원고에게 귀책사유가 있다고 본 다음, 서울세관장에게 위 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 요구하였다.
 9) 서울세관장은 감사원의 지적에 따라 피고를 포함한 통관지 세관장에게 위 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 통보하였고, 피고는 2016. 2. 2. 이 사건 증액경정에 따른 부가가치세 합계 161,621,380원에 대한 각 수정수입세금계산서의 발급을 취소하였다. 
 10) 원고는 2016. 3. 24. 피고에게 위 각 수정수입세금계산서의 재발급을 신청하였으나, 피고는 2016. 3. 28. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 나. 원심은 다음과 같은 이유를 들어 원고에게 구 부가가치세법(2015. 12. 15. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조 제2항 제2호 (다)목의 귀책사유가 있다고 판단하였다.
 1) 원고는 대법원 1993. 4. 27. 선고 91누7958 판결에 의하여 이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산될 수 있음을 알았거나 알 수 있었는데도, 이 사건 경정청구를 하였다.
 2) 원고는 이 사건 경정청구 당시 이 사건 위탁수입계약과 이 사건 라이선스 계약이 상호 간에 독립된 계약이고, 이 사건 물품에 무형재산권이 체화 또는 구현되지 않았다고 사실과 다르게 설명하였다. 
 3) 천안세관장이 이 사건 경정청구 과정에서 원고에게 ‘이 사건 위탁수입계약의 사본과 해당 계약이 만료된 경우 추가로 체결한 계약서 사본 또는 구두 약정에 관한 자료’를 제출하도록 요청하자, 원고가 천안세관장에게 이 사건 위탁수입계약의 사본, 가격합의서(Pricing Protocol), 이 사건 물품의 제품사양설명서(Product Specification)를 제출하였고, 이로 인하여 천안세관장은 이 사건 위탁수입계약이 종료되었다는 착오에 빠졌다. 
 4) 원고는 이 사건 물품의 생산자인 LW와 그 모회사인 ConAgra, 미국맥도날드 사이의 지분 또는 계약 관계를 별다른 어려움 없이 파악할 수 있었음에도 불구하고, 이를 천안세관장에게 알리지 않았다.
 5) 원고는 이 사건 경정청구에서 천안세관장에게 이 사건 약정서를 제출하지 않은 반면, 서울세관장은 이 사건 조사 당시 한국맥도날드로부터 이 사건 약정서를 제출받았다.
 6) 원고는 이 사건 조사 당시 서울세관장에게 확인서(이하 ‘이 사건 확인서’라고 한다)를 제출하였는데, 이 사건 확인서에 따르면 원고는 1998년경부터 HAVI로부터 이 사건 물품 등을 수입하였고, HAVI와 이 사건 물품에 관한 수입가격 협상을 하지 않았으며, 매월 한국맥도날드 또는 HAVI로부터 수입가격을 통보받았다.
 2. 대법원의 판단
 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다.
 가. 구 관세법(2014. 12. 23. 법률 제12847호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제30조 제1항 제4호는 관세의 부과를 위한 수입물품의 과세가격을 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 및 이와 유사한 권리를 사용하는 대가로 지급하는 금액 등을 더하여 조정한 거래가격으로 하도록 정하고 있다. 또한 구 관세법 제38조의3은 제2항에서 납세의무자가 신고·납부한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때에는 최초로 납세신고를 한 날부터 3년 이내에 신고한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있다고 정하면서, 제4항에서 세관장이 납세의무자의 경정청구 세액을 심사한 결과 과부족하다는 것을 알게 되었을 때에는 그 세액을 경정하여야 한다고 정하고 있다. 한편 구 부가가치세법 제35조 제1항은 세관장이 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입하는 자(이하 ‘수입자’라고 한다)에게 수입세금계산서를 발급하도록 정하고 있다. 나아가 같은 조 제2항은 제2호 (다)목에서 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 때 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에는 수정수입세금계산서를 수입자에게 발급하도록 정하고 있다.
 나. 위와 같은 관련 규정의 체계 및 내용과 원심판결 이유 및 기록을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 증액경정의 대상이 된 원고의 이 사건 물품에 관한 수입신고는 실지조사권을 가진 세관장이 이 사건 경정청구를 심사한 후 인용한 당초 감액경정에 따른 것이므로, 그 후 이에 관하여 이 사건 증액경정이 있었더라도 원심이 든 이유만으로는 당초 감액경정에 따라 수입신고를 한 원고에게 구 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 (다)목에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없어, 이와 다른 전제의 이 사건 처분은 위법하다고 봄이 타당하다. 
 1) 이 사건은 대법원 1993. 4. 27. 선고 91누7958 판결의 사안과 사실관계가 동일하다고 볼 수 없고, 설령 그 사실관계가 유사하더라도 납세의무자인 원고로서는 이 사건 로열티가 이 사건 물품의 과세가격에 가산되어야 하는지에 대해서 위 판결의 법리를 다툴 수도 있으므로, 이 사건 경정청구를 하였다는 사정만으로 원고에게 귀책사유가 있다고 볼 수는 없다.
 2) 이 사건 위탁수입계약과 이 사건 라이선스 계약은 당사자가 다를 뿐 아니라 계약의 효력 또는 존속 여부가 서로 연관되어 있지 않으므로, 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 위 계약들이 상호 간에 독립된 계약이라고 설명하였더라도 이를 사실과 다른 주장이라고 보기 어렵다. 또한 이 사건 물품에 무형재산권이 체화 또는 구현되었는지에 대해서 법리상 다툴 수 있는 여지가 있는 이상, 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 이 사건 물품에 무형재산권이 체화 또는 구현되지 않았다고 설명하였더라도 이를 원고의 귀책사유라고 볼 수 없다. 더욱이 이 사건 위탁수입계약에는 원고가 한국맥도날드를 위하여 위탁수입을 한다는 내용이 명시되어 있고, 이 사건 경정청구서에는 한국맥도날드가 미국맥도날드에 이 사건 로열티를 지급하는 사실관계가 나타나 있으므로, 위와 같은 원고의 설명이 천안세관장의 착오를 일으켰다고 할 수도 없다.
 3) 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 천안세관장의 요구에 따라 이 사건 위탁수입계약의 사본과 가격합의서 등을 제출하기는 하였으나, 이 사건 위탁수입계약이 종료되었다고 명시적으로 주장한 사실은 없다. 또한 이 사건 위탁수입계약에는 계약시행일만 기재되어 있을 뿐 계약존속기간이나 종료일은 기재되어 있지 않다. 그리고 가격합의서에는 이 사건 위탁수입계약의 존속을 전제로 원고와 한국맥도날드 사이에서 배송료 등을 산정하기 위한 세부 항목이 기재되어 있을 뿐이어서, 이를 이 사건 위탁수입계약이 종료된 후 새로 체결된 계약으로 보기도 어렵다. 따라서 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 위와 같은 서류를 제출하였다는 사정만으로 천안세관장으로 하여금 이 사건 위탁수입계약이 종료되었다는 착오를 일으켰다고 할 수 없다. 
 4) 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 천안세관장에게 제출한 제품사양설명서와 LW 설명서에는 LW, ConAgra, APMEA가 명확히 기재되어 있어서 원고가 이들의 존재를 천안세관장에게 알리지 않았다고 볼 수 없다. 
 5) 원고는 이 사건 경정청구 과정에서 LW 및 HAVI가 미국맥도날드와 지분 또는 계약 관계를 맺지 않았다고 밝혔다.
 6) 이 사건 약정서는 이 사건 경정청구 이후인 2012. 1. 31. ConAgra와 APMEA 사이에 작성되었으므로, 계약 당사자가 아닌 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 이 사건 약정서의 존재를 알았다고 보기 어렵다. 설령 이 사건 약정서의 존재를 알았더라도, 계약 당사자가 아니고 조사권한도 없는 원고가 ConAgra 또는 APMEA로부터 이 사건 약정서를 입수하여 천안세관장에게 제출할 것을 기대할 수는 없다. 
 7) 이 사건 확인서는 이 사건 조사 당시인 2014. 3.경 서울세관에 제출된 것이고 이 사건 위탁수입계약 및 가격합의서와 같은 내용이어서, 원고가 이 사건 확인서를 이 사건 경정청구 당시에 제출하지 않았더라도 원고에게 귀책사유가 있다고 보기도 어렵다.
 다. 그런데도 원심은 이와 달리 판시와 같은 이유만으로 원고에게 구 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 (다)목의 귀책사유가 있음을 전제로 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 (다)목의 귀책사유에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다. 
 3. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 노정희(재판장) 박상옥(주심) 안철상 김상환

甲 주식회사가 미국 법인 乙 회사와 라이선스 계약을 체결하고 로열티를 지급하고 있는 丙 유한회사와 위탁수입계약을 체결한 후 물품을 수입하여 丙 회사에 전부 공급하면서, 로열티를 물품의 과세가격에 가산하여 관세 및 부가가치세를 신고·납부해 오다 통관지 세관장에게 로열티에 상당하는 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 통관지 세관장이 이를 인용하는 감액경정을 하였는데, 丁 세관장이 甲 회사에 대하여 관세조사를 한 후 로열티가 물품의 과세가격에 가산되어야 한다며 관세 및 부가가치세 증액경정을 하였고, 이에 따른 세금을 납부한 甲 회사에 경정·납부된 부가가치세 세액에 대하여 수정수입세금계산서가 발급되었으나, 감사원이 甲 회사가 경정청구 과정에서 위탁수입계약이 종료되었다고 사실과 다르게 설명하는 등 甲 회사에 귀책사유가 있다며 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 요구함에 따라, 戊 세관장이 증액경정에 따른 부가가치세에 대한 각 수정수입세금계산서의 발급을 취소하자, 甲 회사가 위 각 수정수입세금계산서의 재발급을 신청하였으나 戊 세관장이 이를 거부한 사안에서, 증액경정의 대상이 된 甲 회사의 물품에 관한 수입신고는 당초 감액경정에 따른 것이므로, 甲 회사에 구 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 (다)목에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없어, 수정수입세금계산서의 재발급을 거부한 처분은 위법하다고 한 사례

甲 주식회사가 미국 법인 乙 회사와 라이선스 계약을 체결하고 로열티를 지급하고 있는 丙 유한회사와 위탁수입계약을 체결한 후 물품을 수입하여 丙 회사에 전부 공급하면서, 로열티를 물품의 과세가격에 가산하여 관세 및 부가가치세를 신고·납부해 오다 통관지 세관장에게 로열티에 상당하는 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 통관지 세관장이 이를 인용하는 감액경정을 하였는데, 丁 세관장이 甲 회사에 대하여 관세조사를 한 후 로열티가 물품의 과세가격에 가산되어야 한다며 관세 및 부가가치세 증액경정을 하였고, 이에 따른 세금을 납부한 甲 회사에 경정·납부된 부가가치세 세액에 대하여 수정수입세금계산서가 발급되었으나, 감사원이 甲 회사가 경정청구 과정에서 위탁수입계약이 종료되었다고 사실과 다르게 설명하는 등 甲 회사에 귀책사유가 있다며 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 요구함에 따라, 戊 세관장이 증액경정에 따른 부가가치세에 대한 각 수정수입세금계산서의 발급을 취소하자, 甲 회사가 위 각 수정수입세금계산서의 재발급을 신청하였으나 戊 세관장이 이를 거부한 사안에서, 甲 회사가 경정청구 과정에서 위탁수입계약이 종료되었다고 명시적으로 주장한 사실은 없고, 위탁수입계약에는 계약시행일만 기재되어 있을 뿐 계약존속기간이나 종료일은 기재되어 있지 않으며, 가격합의서에는 위탁수입계약의 존속을 전제로 甲 회사와 丙 회사 사이에서 배송료 등을 산정하기 위한 세부 항목이 기재되어 있을 뿐이어서, 이를 위탁수입계약이 종료된 후 새로 체결된 계약으로 보기도 어려우므로, 甲 회사가 통관지 세관장의 요구에 따라 위와 같은 서류를 제출하였다는 사정만으로 통관지 세관장으로 하여금 위탁수입계약이 종료되었다는 착오를 일으켰다고 할 수 없는 점 등을 종합하면, 증액경정의 대상이 된 甲 회사의 물품에 관한 수입신고는 실지조사권을 가진 세관장이 경정청구를 심사한 후 인용한 당초 감액경정에 따른 것이므로, 그 후 이에 관하여 증액경정이 있었더라도 당초 감액경정에 따라 수입신고를 한 甲 회사에게 구 부가가치세법(2015. 12. 15. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것) 제35조 제2항 제2호 (다)목에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없음에도 이와 달리 본 원심판단에 법리오해의 잘못이 있다고 한 사례.