양도소득세 부과 처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2010.11.10 / 시행일:

【원고, 항소인】 
【피고, 피항소인】 서인천세무서장
【제1심판결】 인천지방법원 2010. 5. 13. 선고 2009구단1409 판결
【변론종결】2010. 10. 6.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다. 
2. 피고가 원고들에게 한 별지 2 부과처분 내역 기재 각 부과처분을 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】주문과 같다. 
【이 유】1. 처분 경위
 가. 원고들은 별지 3 부동산 및 협의취득(수용) 내역에 적은 각 농지(이하 ‘이 사건 농지’라고 한다)를 소유하고 있었다(다만, 17번에 적힌 각 부동산은원고 17 남편인소외인이 소유하였다가 그 후 대한주택공사에 협의취득 되었는데,소외인이 2008. 1. 20. 사망하여원고 17에게 양도소득세가 부과되었다).
 나. 건설교통부 장관은 2003. 7. 29. 건설교통부 고시 제2003-189호로 이 사건 농지가 포함된 김포 양촌면 양곡리, 구래리 일대를 택지개발 예정지구로 지정고시하였고, 2004. 11. 1. 건설교통부 고시 제2004-294호로 기존 예정지구 면적을 다소 줄여 이 사건 농지가 포함된 김포 양촌면 양곡리, 구래리 일대에 관하여 택지개발 예정지구 지정변경 및 택지개발계획 승인을 고시하였다. 건설교통부 장관은 2005. 1. 4. 건설교통부 고시 제2004-480호로 위 일대에 관한 김포양곡지구 택지개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다) 택지개발계획 승인 변경 및 실시계획 승인을 고시하였다. 
 다. 이 사건 사업을 시행한 대한주택공사는 2005. 4. 15.부터 2005. 4. 29.까지 이 사건 농지에 관하여 보상계획 공고 및 열람절차를 진행한 후 2005. 6. 9.부터 2006. 7. 12.까지 원고들에게 각 보상금을 지급하고 별지 3 부동산 및 협의취득(수용) 내역 ‘협의취득 등기일’난 기재 일자에 소유권이전등기를 마쳤다. 
 라. 원고들은공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제23조 제2항에 따라 이 사건 농지에 관하여 변경되기 전 용도지역인 자연녹지, 농림, 관리지역 등으로 평가한 보상금을 받았다. 이 사건 농지에 관한 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가는 2005. 5. 30. 고시되었다.
 마. 원고들은 피고에게 이 사건 농지를 8년 이상 자경하였다는 이유로구 조세특례제한법(2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항에 따라 양도소득세 감면 신청을 하고, 감면 후 납부할 세액이 있는 경우 자진 신고·납부하였다.
 피고는,구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따라 이 사건 농지가 ‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률’에 의한 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득만 감면되고 주거지역 등에 편입된 날부터 양도일까지 발생한 소득은 감면 대상이 아니라는 이유로, 원고들에게 별지 2 부과처분 내역 기재와 같이 2005년도 귀속(원고 10의 경우 2006년도 귀속) 양도소득세 합계 404,568,260원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다). 피고는 이 사건 부과처분 당시, 이 사건 농지가 주거지역에 편입된 날은 2005. 1. 4.이고 편입 당시에는 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가가 고시되지 않았으므로, 주거지역에 편입된 날의 기준시가를 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가로 보고 이 사건 부과처분을 하였다.
 바. 원고들은 2009. 2. 10. 이 사건 부과처분에 관하여 조세심판원에 심판 청구를 하였으나, 조세심판원은 2009. 6. 3. 심판 청구를 기각하였다. 
 【인정 근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 7, 8, 9호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함) 각 기재, 변론 전체 취지】 
2. 원고들 주장
 이 사건 부과처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로, 취소되어야 한다. 
가. 주거지역 편입된 날 기준시가 적용 위법 주장(주위적 주장)
 1)구 조세특례제한법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제7항에 규정한 ‘주거지역 등에 편입된 날’은 택지개발사업 실시계획 승인일이 아니라 이 사건 농지가 자연녹지지역으로 지적 고시된 2006.경으로 보아야 한다. 이 사건 농지가 주거지역에 편입된 날을 2005. 1. 4.로 보고 한, 이 사건 부과처분은 위법하다.
 2) 이 사건 농지가 주거지역에 편입된 날을 2005. 1. 4.로 보는 경우,구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항에 규정한 ‘주거지역 등에 편입된 날의 기준지가’는 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가를 의미한다. 이 사건 부과처분은 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용하여 산정한 것이므로 위법하다.
나. 예비적 주장
 1)구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항에서 규정한 ‘양도 당시의 기준시가’는 이 사건 농지 대금이 지급된 2005. 또는 2006. 기준시가를 의미하는 것이 아니라 보상협의 가격 산정 기준일인 2004. 1. 1. 기준시가로 보아야 한다. 양도 당시 기준시가를 2005. 1. 1. 기준시가로 본 이 사건 부과처분은 위법하다.
 2) 이 사건 농지가 주거지역에 편입된 이후 이 사건 농지 지가가 상승하지 않았다. 감면 대상에서 제외되는 양도소득이 존재하지 않는다. 
 3) 대한주택공사와 김포시에서 이 사건 농지에 대한 양도소득세가 감면된다는 견해를 공식적으로 알렸다. 이 사건 부과처분은 위와 같은 공적인 의사 표명에 어긋나는 것으로 신의칙에 위배된다. 
3. 관계 법령
조세특례제한법 (2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것)
제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)
① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[괄호 부분 생략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
조세특례제한법 시행령 (2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것)
제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)
⑦법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

4. 이 사건 부과처분 적법 여부에 관한 판단
가. ‘주거지역에 편입된 날’이 언제인지에 관한 판단
구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2005. 12. 7. 법률 제7707호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제36조 제1항에 의하면, 건설교통부 장관 또는 시·도지사는 용도지역 지정 또는 변경을 도시관리계획으로 결정하고, 도시관리계획으로 결정되는 용도지역은 도시지역, 관리지역, 농림지역, 자연환경보전지역으로 구분되며, 도시지역은 ‘주거지역, 상업지역, 공업지역, 녹지지역’으로 구분된다.구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제31조,제30조 제6항에 의하면, 건설교통부 장관 또는 시·도지사는 도시관리계획 결정을 한 때에는 이를 고시하여야 하고, 도시관리계획 결정은 고시가 있은 날부터 5일 후에 그 효력이 발생한다.
 한편,구 택지개발촉진법(2005. 12. 7. 법률 제7715호로 개정되기 전의 것) 제7조,제9조는 택지개발사업 시행자는 택지개발사업 실시계획을 작성하여 건설교통부 장관 승인을 얻어야 하고, 건설교통부 장관은 택지계발사업 실시계획을 승인한 때에는 이를 고시하여야 한다고 규정하고 있으며,제11조는 택지개발사업 실시계획 승인 및 고시를 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에서 규정한 도시관리계획 결정 및 고시로 보도록 규정하고 있다.
 따라서구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항에 규정한 ‘주거지역 등에 편입된 날’은, 2005. 1. 4. 택지개발사업 실시계획 승인 및 고시가 있어 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에서 규정한 주거지역 등 용도지역 결정 및 고시가 있었던 것으로 간주된 날로부터 5일이 지나 그 효력이 발생한 2005. 1. 10.이다(대법원 1999. 4. 13. 선고 99두806 판결,2004. 12. 9. 선고 2003두4034 판결 참조). 이 부분 원고들 주장은 이유 없다.
나. ‘주거지역 등에 편입된 날의 기준시가’ 적용 위법 여부에 관한 판단
 1) 이 사건 농지가 주거지역 등에 편입된 날은 2005. 1. 10.이므로, 그 기준시가는구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조 제1항 제1호에 따라 이 사건 농지에 관한 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용하여야 한다. 주거지역 등에 편입된 날 기준시가로 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용한 이 사건 부과처분은 위법하다.
 2) 이에 대하여, 피고는 이 사건 농지가 편입된 2005. 1. 10.에는 아직 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가가 공시되지 않았으므로,구 소득세법 제99조,구 소득세법 시행령(2006. 9. 22. 대통령령 제19687호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제164조 제3항에 따라 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도한 경우로 보아 직전 기준시가인 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용해야 한다고 주장한다.
구 소득세법 시행령 제164조 제3항은 “소득세법 제99조 제1항 제1호 가목을 적용할 때” 적용되는 규정임을 명시하고 있다. 이 사건 산식에서 사용하고 있는 “주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가”를 산정하는 데에구 소득세법 시행령 제164조 제3항이 적용된다고 볼 근거가 없다(피고는 또한구 조세특례제한법 제2조 제2항에서 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 소득세법 등 법률에서 사용하는 용어의 예에 의한다고 규정하고 있으므로구 소득세법 시행령 제164조 제3항이 적용되어야 한다고 주장하나, 이는 조세특례제한법에서 사용하는 용어는 소득세법 등 법률에서 사용하는 용어를 사용한다는 것에 불과하므로, 위 주장은 이유 없다).
 나아가,구 소득세법 시행령 제164조 제3항은 ‘새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에 직전의 기준시가에 의하도록’ 규정하고 있는데, 이 사건 농지는 모두 2005. 6.부터 2006. 7. 사이에 협의취득 또는 수용에 의하여 잔금이 청산되었으므로, 양도 당시에는 이미 2005. 기준시가가 고시되어 있었던 경우에 해당한다.
 3)구 조세특례제한법 제69조 제1항이 자경농지에 대한 양도소득세를 감면하면서 이 사건 농지와 같이 주거지역 등에 편입된 경우, 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정한 소득에 대해서만 감면하도록 하는 취지는 주거지역에 편입된 날 이후 발생한 소득을 배제하자는 데 있다. ① 이 사건 농지는 2005. 1. 10. 주거지역에 편입되었으므로, 2004. 이후 2005.까지 농지가 아닌 상태에서 발생한 소득이 있다고 보기 어려운 점, ②구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 자경농지에 대한 양도소득세 감면에 대한 예외를 제한하는 취지에서 규정된 조항으로 예외의 예외에 해당하여 그 적용을 엄격하게 할 필요가 있는 점, ③ 이 사건 농지가 주거지역 등에 편입된 날이 2005. 1.이므로 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가가 토지가액을 더 정확하게 반영하는데도, 법률에 명확한 규정 없이 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용하는 것은 부당한 점, ④ 원고들은공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제23조 제2항에 따라 주거지역 편입 전인 2004. 1. 1. 기준으로 산정된 보상금액을 지급받았는데도(다툼 없음), 양도 당시 기준시가를 2005. 또는 2006.으로 적용하고 편입된 날 기준시가만 2004.으로 보는 것은 구 조세특례제한법 입법취지에도 어긋나는 점, ⑤ 위와 같은 불합리를 시정하기 위하여구 조세특례제한법 시행령이 2008. 12. 31. 대통령령 제21196호로 개정되면서 제66조 제7항 단서 조항으로 ‘다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도 당시 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다’는 규정을 추가한 점에 비추어 볼 때, 이 사건 농지가 주거지역에 편입된 날의 기준시가를 정하는 경우에도구 소득세법 시행령 제164조 제3항을 적용할 수 있다고 보는 것은 조세법규를 합리적 이유 없이 확장해석 하는 것으로 허용될 수 없다.
다. 이 사건 부과처분의 위법성
 이 사건 농지가 주거지역 등에 편입된 날 기준시가로 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용하여 한 이 사건 부과처분은 위법하다. 이 사건 부과처분을 취소한다{다만,원고 10의 경우, 양도 당시 기준시가로 2006. 기준 개별공시지가가 적용되었으므로, 자진·납부한 세액 10,676,305원(을 제1호증의 10)이 2006. 기준 개별공시지가를 양도 당시 기준시가로 하였는지에 따라 부과처분 전체 또는 일부가 위법한지가 달라질 수 있으나, 이 사건 부과처분 일부가 위법한 경우에도 피고가 제출한 자료만으로는원고 10에 대한 정당한 세액을 확정할 수 없다. 해당 부과처분 전체를 취소한다}.
5. 결론
 제1심 판결을 취소한다. 별지 2 부과처분 내역 기재 각 부과처분을 취소한다.
[별지 생략]

판사 김문석(재판장) 이형근 신혁재