부가가치세등부과처분취소 (세무, 인천지방법원)
공포일: 2017.02.17 / 시행일:

【원 고】 한국환경공단 (소송대리인 법무법인 (유한) 태평양 담당변호사 조일영 외 3인)
【피 고】 서인천세무서장 외 5인 (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 김경태 외 1인)
【변론종결】2017. 1. 19.
【주 문】
 1. 피고들이 원고에 대하여 한 별지1 제1항 기재 부가가치세 부과처분 및 피고 서인천세무서장이 원고에 대하여 한 별지1 제2항 기재 법인세 부과처분을 모두 취소한다.
 2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고의 지위 
 (1) 환경오염방지사업단은 환경오염방지사업을 효율적으로 수행하게 함으로써 환경보전에 기여함을 목적으로 1983. 5. 21. 제정되고 1983. 7. 1. 시행된 환경오염방지사업단법에 의하여 설립되었고, 1987. 11. 28. 환경관리공단법이 제정되면서 그 명칭이 환경관리공단으로 변경되었다. 
 (2) 그 후 2010. 1. 1. 구 환경관리공단법(2009. 2. 6. 법률 제9433호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다)과 한국환경자원공사법이 폐지되고 환경관리공단과 한국환경자원공사가 통합되면서 환경오염방지·환경개선 및 자원순환을 촉진하는 사업을 효율적으로 추진함으로써 환경보전과 순환형 자원관리체계를 마련하는 등 환경친화적 국가발전에 이바지함을 목적으로 원고가 설립되었다(원고는 환경관리공단에 속하는 모든 재산과 권리·의무를 포괄적으로 승계하였고, 종전에 환경관리공단이 시행한 사업 또는 시행 중인 사업은 원고가 시행하였거나 시행 중인 사업으로 보기로 하였으므로, 이하 환경관리공단과 원고를 통칭하여 ‘원고’라 한다).
 나. 부가가치세 미신고·미납부 및 법인세 신고·납부
 원고는 ① 2004년부터 2009년까지 ‘환경관리공단’으로서 수행한 정부업무대행사업, 정부위탁사업, 환경시설설치지원사업, 환경시설수탁운영사업, 연구용역사업 등(이하 환경시설수탁운영사업을 제외한 나머지 사업을 ‘이 사건 각 사업’이라 한다)에 관하여 제공한 재화 또는 용역이 부가가치세법에서 정한 면세대상이라고 보아 부가가치세를 신고·납부하지 아니하였고, ② 위 각 사업들을 수익사업과 비수익사업으로 구분한 다음 수익사업과 관련한 부분에서 발생한 소득에 대하여 법인세를 신고·납부하여 왔다. 
 다. 중부지방국세청장의 세무조사 및 피고들의 부가가치세 및 법인세 부과처분 
 (1) 중부지방국세청장은 2011. 3. 19.부터 2011. 4. 29.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여, ① 이 사건 각 사업은 부가가치세법상 면세대상이 아니고, ② 정부 및 지방자치단체로부터 지급받은 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적인 귀속자는 원고가 아닌 정부나 지방자치단체이므로 이자소득과 관련한 익금산입, 손금산입, 기납부 세액공제를 부인하여야 하고, 수익사업에 사용된 정부출연금은 익금에 산입하여야 하며, 수수료 발생 여부에 따라 수익사업과 비수익사업을 구분하고 이에 따라 수익사업에 관련된 수입과 비용만을 익금 및 손금으로 산입해야 함에도, 원고가 이와 다른 기준을 잘못 적용하여 정당한 법인세를 신고하지 아니하였다는 내용의 과세자료를 피고들에게 통보하였다.
 (2) 이에 피고들은 원고에 대하여, ① 2012. 1. 2., 2012. 1. 9., 2012. 3. 12. 및 2012. 3. 13. 별지1 부과처분 내역 제1항 기재와 같이 2004년 제2기부터 2009년 제2기까지의 각 부가가치세 합계 132,354,664,510원(가산세 포함, 이하 통틀어 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다)을 각 경정·고지하였고, ② 2012. 3. 12. 및 2012. 12. 3. 별지1 부과처분 내역 제2항 기재와 같이 2006 내지 2008, 2010 사업연도의 각 법인세 및 농어촌특별세 합계 4,542,317,420원(가산세 포함, 이하 통틀어 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)을 각 경정·고지하였다. 
 라. 전심절차 
 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분과 이 사건 법인세 부과처분 중 2006 내지 2008 사업연도에 관한 부분에 불복하여 2012. 3. 30. 감사원에 심사청구를 제기하였으나, 감사원은 2013. 8. 29. 원고의 청구를 기각하였고, 이 사건 법인세 부과처분 중 2010 사업연도에 관한 부분에 불복하여 2013. 2. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 위 심판제기일로부터 90일이 경과하도록 결정의 통지를 받지 못하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1의1~45, 갑 2, 갑 3, 을 1~4의 각 1~11, 을 5의 1, 을 6, 을 7의1~4의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 원고의 주장 요지
 가. 이 사건 부가가치세 부과처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.
 (1) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제16호, 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 제1호에 의하면, 학술 기타 공익을 목적으로 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역 및 학술연구단체가 공급하는 용역은 부가가치세가 면제된다고 규정하고 있다. 원고가 이 사건 각 사업과 관련하여 제공한 용역은 환경사업 등 공익사업을 하는 비영리법인인 원고가 고유의 목적사업인 이 사건 각 사업을 실시하기 위하여 실비에 해당하는 직접사업비와 수수료 등만을 받고 제공하는 용역에 해당하므로, 이 사건 각 사업 수행과 관련하여 지급받은 수수료 등 수입은 위 면세규정에 따라 부가가치세 면제대상이다.
 (2) 환경시설설치지원사업의 전체 사업비 중 위탁수수료와 구분되는 사업비는 원고가 지급을 대행한 것일 뿐, 지방자치단체에 공급한 용역과 대가관계에 있지 않으므로 원고의 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다.
 (3) 원고는 약 20년 이상 이 사건 각 사업과 관련된 용역을 부가가치세 면세대상으로 보아 부가가치세를 신고·납부하여 왔고, 재무부는 1994년 원고가 폐수종말처리 특정폐기물처리용역을 공급하는 경우 면세 대상이라는 공적 견해를 표명하였으며, 1995년과 2005년 세무조사 과정에서 용역수수료가 실비에 해당하는지 여부가 쟁점이 되었으나 부가가치세를 부과하지 않았다. 원고는 이러한 비과세 관행을 신뢰하였으며 이에 대하여 아무런 귀책사유가 없는데도, 피고들은 원고의 신뢰에 반하여 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였는바, 이는 신의성실의 원칙 및 비과세관행에 반한다.
 (4) 세법상 가산세는 납세의무자가 그 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 부과할 수 없다. 원고는 위와 같이 비과세관행으로 인하여 이 사건 각 사업 수행과 관련하여 지급받은 수입에 대한 부가가치세 신고·납부 의무를 불이행한 것이므로 이 사건 부가가치세 부과처분 중 가산세 부분은 위법하다.
 나. 이 사건 법인세 부과처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.
 (1) 원고는 정부 및 지방자치단체(이하 ‘정부 등’이라 한다)의 사업을 대행하면서 정부 등으로부터 대행사업과 관련하여 선급으로 사업비를 받아 원고 명의의 각 사업별 계좌에 예치하고, 대행사업을 수행한 후 그 사업이 종료되고 나면 원천징수세액을 공제한 세후이자를 정산하여 정부 등에게 반납하여 왔는데, 그 과정에서 발생한 사업비의 이자소득은 원고의 수익사업 소득 즉 익금으로 보고, 정부 등에게 반납하는 세후이자는 손금으로 보았으며, 원천징수된 이자소득세액을 원고의 법인세 산출세액에서 기납부세액으로 공제하여 왔다. 그런데 피고 측은 위 이자소득의 발생구조를 잘못 이해한 나머지 원고의 수익사업 소득으로 보지 않고 위 이자소득의 실질적 귀속주체가 정부 등이라고 하면서 위 이자소득을 익금에서 제외하고, 정부에 반환하는 세후이자도 손금에서 제외하였으며, 이자소득에 대한 원천징수세액도 법인세 기납부세액으로 공제하지 않는 것으로 세무조정을 하여 이 사건 법인세 부과처분을 하였다. 
 (2) 원고가 정부로부터 받는 정부출연금은 원고가 이 사건 사업을 수행하면서 지급받는 실비 수준의 사업비 등으로 보전되지 않는 기관운영비 등을 보전하기 위하여 지급받은 것으로, 원고의 특정 수익사업에 보전할 목적으로 출연된 것이 아니므로 익금에 산입할 수 없음에도, 피고 측은 정부출연금 중 일부가 원고의 수익사업 수행에 사용되었다는 이유로 수익사업의 익금으로 산입하였다.
 (3) 피고 측은 단순히 수수료 지급여부만으로 수익사업과 비수익사업을 구분하고 있으나, 피고 측이 수수료를 지급받았으므로 수익사업이라고 주장하는 ‘한강수계하수관망계측시스템관리사업’ 및 ‘가평군 환경기초시설통합센터관리사업’은 그 자체로 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위하는 것이 아니므로 비수익사업으로 보아야 한다.
3. 관계 법령
 별지5 기재와 같다. 
4. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부
 가. 인정사실
 (1) 원고가 수행하는 주요 사업의 개괄적 내용 
 ㈎ 정부업무 대행사업
 정부업무 대행사업은 원고가 환경부장관과 대행역무사업계약을 체결하여 관계법령에서 환경부장관의 업무로 규정된 환경보전 기타 환경개선사업을 위탁받아 원고의 인력과 시설을 이용하여 위 업무를 대신 수행하는 사업이다.
 ‘굴뚝원격감시체계(CleanSYS) 운영관리 대행역무사업’을 예로 들어 사업 수행과정을 보면 환경부장관과의 대행역무사업계약을 체결하면 위 사업 수행에 따른 인건비, 물건비, 자본지출경비, 기술료 등은 계약금액 범위 내에서 환경부가 부담하고, 그 중 기술료는 예산집행 잔액 범위 내에서 엔지니어링사업대가의 기준 중 실비정액가산방식에 따라 10%를 지급하며, 계약기간 만료 후 잔여자금 및 선급한 사업비의 예치에 따라 발생한 수입이자, 공사업체로부터 지급받은 지체상금 등은 국고에 반납한다. 
 ㈏ 정부위탁사업
 정부위탁사업은 정부 및 지방자치단체의 업무 중 관련 법령에 의하여 원고에게 권한이 위임된 사항을 원고가 수행하는 사업으로, 환경기술진단·지원, 유해물질분석, 정부의 환경정책지원 등의 사업을 말한다. 
 정부위탁사업은 수수료를 지급받는 사업과 지급받지 않는 사업으로 나누어 지는데 수수료를 지급받는 사업 중 대표적으로 ‘환경시설기술진단사업’은 원고가 지방자치단체 등에게 기술진단용역을 제공하고 진단수수료를 받게 되는데, 2008. 4. 1. 이전에는 환경기술지원 및 진단비용산정기준에 따라 직접인건비와 제경비를 합한 금액의 30%를 진단수수료로 받았고, 이후 공공환경시설의 기술진단비용에 의하여 시설 규모에 따라 진단비용을 산정하여 진단수수료를 받는 것으로 하고 있다.
 ㈐ 환경시설설치지원사업
 환경시설설치지원사업은 환경행정 및 전문인력의 부족으로 공공인프라 구축에 어려움을 겪고 있는 지방자치단체에서 원고에게 환경관리시설의 설치를 요청하면, 원고가 지방자치단체와 위·수탁협약을 체결하고 환경시설의 설치를 지원해 주는 사업이다.
 상하수도 설치지원사업 중 ‘보령시 보령하수종말처리장 고도처리시설 설치지원사업’을 예로 들어 사업 수행과정을 보면 원고는 보령시장과 위·수탁 협약을 체결한 후 그 시설을 설치하면 사업비 전액은 보령시장이 부담하고, 보령시장은 원고에게 환경시설 설치지원 및 수탁운영사업 수수료 산정에 관한 규칙에 따른 위탁수수료를 지급하며, 원고는 수수료를 제외한 사업비를 매 회계연도별로 결산하여 보령시장에게 통지하고, 사업완료 후 2개월 이내에 사업비를 정산한다. 
 ㈑ 환경시설수탁운영사업
 환경시설수탁운영사업은 지방자치단체의 권한으로 되어 있는 환경시설의 운영에 관한 업무를 원고가 수행하는 사업으로, 환경시설 설치지원 및 수탁운영사업 수수료 산정에 관한 규칙에 따른 위탁수수료를 지급받는 형식으로 운영된다. 
 ㈒ 연구용역사업
 연구용역사업은 정부 및 지방자치단체 등으로부터 단기적인 사업을 요청받아 원고의 업무경험 및 기술력 등을 바탕으로 환경과 관련된 용역을 제공하고 수수료를 받는 형식으로 운영되는데, 수수료 산정기준에 대한 별도의 환경부 고시가 존재하지 아니하여 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 등에서 위임하여 제정된 예정가격 산정기준에 따라 재료비·노무비 및 경비의 합계액의 5%를 수수료로 받고 있다.
 (2) 원고의 주요 사업 중 이 사건과 관련된 부분은 별지4에 기재되어 있는 각 사업과 같다.
 (3) 원고의 사업수입
 원고는 이 사건 각 사업으로 인한 수수료 등 이외에 구 환경관리공단법 제17조 및 한국환경공단법 제23조에 의하여 정부출연금, 차입금, 채권발행 자금, 자산 운용 수익금 등을 그 사업수익으로 하고 있다.
 특히 정부출연금은 원고가 다음 해 지출예산 총액과 수입예산 총액을 산정하여 그 부족액을 정부의 예산에 반영해 줄 것을 요청하면, 기획재정부에서 심의한 후 국회의 승인을 거쳐 출연금 예산이 확정되고, 원고는 확정된 출연금을 분기별로 교부받게 된다. 원고가 정부로부터 교부받은 출연금 액수는 2004년 7,924,000,000원, 2005년 7,243,000,000원, 2006년 8,356,000,000원, 2007년 8,915,000,000원, 2008년 8,880,000,000원, 2009년 8,137,000,000원(백만 원 단위에서 반올림)이다.
 (4) 손익계산서
 원고의 2004 사업연도부터 2009 사업연도까지의 손익계산서의 주요 내용은 아래 표 기재와 같다.
(단위: 원)과목 ＼ 사업연도200420052006Ⅰ. 사업수익158,620,511,942152,532,530,515195,061,929,505Ⅱ. 사업비용155,001,684,756146,226,043,583182,727,054,638Ⅲ. 사업총이익3,618,827,1866,306,486,93212,334,874,867Ⅳ. 일반관리비13,345,616,19213,856,115,51913,559,748,396Ⅵ. 사업외수입13,234,593,87013,147,033,74116,906,117,077Ⅶ. 사업외비용3,074,387,6693,573,335,1808,503,936,029ⅩⅢ. 당기순이익433,417,1952,024,069,9746,949,856,069
과목 ＼ 사업연도200720082009Ⅰ. 사업수익769,940,704,754971,554,158,0241,213,980,268,564Ⅱ. 사업비용750,366,699,011945,665,702,8081,190,495,399,389Ⅲ. 사업총이익17,574,005,74325,888,455,21623,484,869,175Ⅳ. 일반관리비16,354,279,83616,464,220,06118,169,628,708Ⅵ. 사업외수입28,286,397,79921,333,370,7058,922,143,477Ⅶ. 사업외비용12,632,478,70013,448,840,3085,913,082,963ⅩⅢ. 당기순이익7,579,831,22413,045,463,2185,836,451,921
 (5) 이익잉여금의 발생
 원고가 당초 편성한 사업계획보다 많은 사업을 진행하여 수수료 수령액이 증가하거나, 미리 수입과 지출액을 예상하여 편성받은 정부출연금이 실제 지출액보다 과다한 경우 위 표와 같이 이익잉여금이 발생한다. 이는 구 환경관리공단법 제22조에 따라 이월결손금 보전에 사용되고, 남은 금액은 전액 원고의 기본재산에 편입되는데 위와 같이 편입된 금액 중에서 2009. 4.경 활용가능한 금액만 약 130억 원 내지 180억 원에 달해서 이를 이용하여 ‘국민체감형 녹색성장 교육시설 설치’, ‘수변구역 유지관리 및 생태복원 전문회사 설립’, ‘녹색성장산업 펀드 투자’ 등으로 사용하는 방안이 검토되었다. 
 (6) 경영평가 성과급
 정부는 사업활동이 효율적으로 이루어지고 있는지 등을 기준으로 원고 등 준정부기관의 경영실적을 평가하고, 경영실적 평가에 따라 지급되는 성과급을 예산편성시 예비비로 편성하여 성과급을 지급하고 있으며, 예를 들면 원고는 ‘굴뚝원격감시체계(CleanSYS) 운영관리 대행역무사업’과 관련하여 직원들에게 경영평가 성과급으로 130,129,340원을 지급하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 각 증거, 갑 6의1~8, 갑 8의1~8, 갑 11, 갑 12, 갑13의1~7, 갑 14의1~3, 갑 19의1~4, 갑 21~23, 갑 27, 갑 28, 갑 38의1~4, 갑 39, 갑 40의1, 2, 갑 41의1~5, 갑 42, 을 9의1~4, 을 10의1~5, 을 11의1~5, 을 12의1~5, 을 13의1~5, 을 14의1~4, 을 14, 을 18의1~8, 을 19의1~5, 을 20의1~9, 을 21, 을 23의 각 기재, 변론 전체의 취지
 나. 판단
 (1) 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 ‘공익을 목적으로 하는 단체’의 해당 여부
구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호는 ‘종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’은 부가가치세를 면제하도록 정하고, 같은 법 시행령 제37조 제1호는 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역’을 위 법 제12조 제1항 제16호의 하나로 정하고 있고, 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것) 제11조의5 제1항에 의하면 기획재정부령이 정하는 사업이라 함은 비영리법인 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다고 정하고 있다.
 위와 같이 부가가치세법 시행령 제37조 제1호가 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역을 면세사업으로 규정하면서 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체’로 그 주체를 한정한 것은 주무관청이 당해 공익 목적 단체를 지도·감독하기 위한 목적인 것으로 보인다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두23255 판결 등 참조). 
 그런데 별지5 관계 법령 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 폐지 전 환경관리공단법(이하 해당조문만을 인용한다)에 의하여 설립된 법인으로서 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립하는바(제5조 제1항), 주무관청인 환경부(설립당시 환경청) 차장 등이 설립위원이 되어 정관인가, 임원임명 등의 절차를 마친 후 1987.경 설립등기를 마치고, 1987. 11.경 환경부로부터 비영리공익법인이라는 확인(갑 4)을 받았던 것으로 보인다. 이러한 설립경위 등의 사정에 구 환경관리공단법의 관계규정의 내용[지사·사업소 또는 연구기관을 둘 경우 환경부장관의 승인을 얻어야 하고(제3조), 정관을 변경하고자 할 때에는 환경부장관의 인가를 받아여 하며(제4조), 이사장은 환경부장관의 제청으로 대통령이 임명하고, 이사 및 감사는 환경부장관이 임명하고(제8조), 원고가 수행하는 사업에는 설립목적을 달성하기 위하여 필요하다고 환경부장관이 인정하는 사업이 포함되어 있으며(제16조 제1항 제11호), 원고가 수행하는 사업 중 수질환경보전법에 따른 폐수종말처리시설 설치·운영사업, 폐기물처리시설의 설치·운영, 폐수종말처리시설 등의 시설을 설치하여 양도하는 사업을 실시하고자 할 때에는 실시계획을 수립하여 환경부장관의 승인을 얻어야 하고(제16조의2), 수수료의 징수, 자금의 차입, 채권의 발행, 예산과 결산서 작성에 있어서도 환경부장관의 승인이 필요하며(제17조의5, 제18조, 제18조의2, 제21조), 환경부장관은 원고의 업무를 지도·감독한다(제23조)]과 원고의 설립목적(환경개선사업을 효율적으로 수행하게 함으로써 환경보전에 기여함), 이 사건 각 사업의 전반적인 공익적 성격 등의 사정을 보태어 앞서 본 규정취지, 관련 판례(특별법에 의하여 성립된 비영리법인이 설립등기를 마치고 고유의 목적사업을 수행하여 온 경우 주무관청의 등록을 마친 것으로 볼 여지가 있음, 대법원 1984. 5. 29. 선고 83누712 판결의 취지) 등에 비추어 보면, 비록 원고가 특별법에 의하여 설립된 법인이지만 설립등기를 마친 후 주무관청인 환경부의 업무상, 인사상, 예산상 지도·감독을 받고 있고, 환경부장관으로부터 정관 변경에 관한 인가를 받았으며, 주무관청인 환경부로부터 비영리공익법인이라는 확인까지 받은 이상 위 법령에 따른 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체’에 해당한다고 봄이 상당하다.
 한편, 피고들은 원고와 같이 정부업무를 대행하는 단체의 경우에는 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제6호, 같은 법 시행령(2009. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제106호 제7항에 해당하는 단체인지 여부를 살펴보아야 하는 것이지 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호에 해당하는지를 검토할 것은 아니라는 취지로 주장하나, 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호의 ‘정부업무를 대행하는 단체’에 해당하는지 여부와 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호의 ‘공익을 목적으로 하는 단체’에 해당하는지 여부는 그 입법목적과 성립요건을 달리하며 별도로 성립될 수 있는 것으로 보이므로(대법원 2011. 12. 8. 선고 2011두18410 판결 등 참조), 피고들의 위 주장은 받아들일 수 없다.
 (2) 이 사건 각 사업이 원고의 고유의 사업목적을 위하여 공급된 것인지 여부
 피고들은 비영리법인이 특정 법률에 의하여 설립되었고 설립 근거법령과 정관에 명시된 사업을 하고 있더라도 세법을 적용함에 있어서는 수익이 발생하는 사업이라면 고유의 사업목적을 위하여 공급한 용역이라고 보아서는 안된다는 취지로 주장한다. 그러나 구 환경관리공단법 제1조는 ‘환경오염방지사업 기타 환경개선사업을 효율적으로 수행하게 함으로써 환경보전에 기여함’을 원고의 목적으로 하고 있고, 제16조 제1항에서 ‘환경오염방지를 위한 시설의 점검·진단 및 설치·운영에 관한 기술지원, 환경시설의 수탁관리, 환경산업의 육성, 환경시설의 설치, 환경과학기술의 개발 등 환경개선사업에 필요한 자금의 융자’ 등 12개의 사업을 원고가 수행하는 사업으로 정하고 있는바, 이 사건 각 사업이 위 법 제16조 제1항에서 정하고 있는 사업에 해당함은 별다른 다툼이 없는 것으로 보인다. 위와 같이 원고의 설립 근거가 된 법령에 명시된 원고의 설립목적은 원고의 고유의 사업목적이라고 보아야 하고, 이에 부합하는 것으로 규정된 사업은 원고의 고유의 사업목적을 위하여 수행되는 것으로 보는 것이 타당하므로, 그 사업에 해당하는 이 사건 각 사업을 위하여 제공된 용역도 원고의 고유의 사업목적을 위하여 제공된 용역으로 보아야 한다.
 한편, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항은 ‘비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다’고 정하고, 제7항은 ‘제1항의 규정에 의한 고유목적사업의 범위, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 정하고, 이에 따른 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제5항에서 법 제29조 제1항에서 ‘고유목적사업’이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다고 정하고 있으며, 제2조 제1항은 수익사업의 범위를 규정하면서 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다고 정하고 있다. 그러나 위 법인세법 시행령 제56조 제5항이 정하는 수익사업을 제외한 ‘고유목적사업’은 법인세법 제29조 제1항의 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 경우를 정하면서 위 경우에 해당하는 고유목적사업의 범위를 정하고 있는 것에 불과하고, 또한 법인세법령이 정하고 있는 ‘수익사업’은 법인세의 부과를 목적으로 규정된 것이므로, 법인세와는 과세 목적과 방법을 달리하는 부가가치세법의 면세규정에서 ‘고유의 사업목적을 위하여 공급하는 용역’인지를 판단할 때 이를 그대로 차용할 것은 아닌 것으로 보인다.
 나아가 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호는 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역’을 면세사업으로 정하고 있는바, 비영리법인이 수행하는 사업이라도 이윤이 발생하면 부가가치세 면세의 대상에서 제외되는 것일 뿐, 수익이 발생한다는 이유만으로 비영리법인이 수행하는 모든 사업이 고유의 사업목적에서 벗어나는 것이라고 해석할 만한 부가가치세법령 상의 근거는 없는 것으로 보인다. 
 (3) 이 사건 각 사업이 실비로 제공되었는지 여부
 ㈎ 판단기준
 어떠한 용역을 실비로 공급할 경우 실비의 개념과 판단기준에 관하여 구 부가가치세법령이나 기본통칙에 특별한 규정이 없는바, 우선 실비의 사전적(辭典的) 의미(실제로 드는 비용) 등에 비추어 볼 때 실비란 용역을 공급받은 자로부터 받은 금액 등의 경제적 대가가 당해 용역의 공급업무에 필요한 비용을 초과하지 않음을 의미한다고 할 것이고, 용역을 공급받는 자로부터 받은 금원 등 용역대가가 실비에 해당되는지 여부는 관련 법령 내지 계약 등을 기초로 용역의 공급의도·목적, 용역의 내용과 성격, 공급 이후 과세기간 종료시까지의 제반사정(용역대가에 이윤포함 여부 등)을 종합하여 합리적으로 판단하여야 한다{부가가치세법상 실비용역의 공급에 해당되는지 여부와 법인세법상 수익사업에 해당되는지 여부는 각 해당부분 판단기준의 설시와 같이 각 과세목적과 과세요건 등을 고려하여 개별적으로 판단하기로 한다}.
 이하 이러한 기준하에 판단하되 원고는 특히 관련 법령과 계약 등에 근거하여 실비 공급이라고 주장하고 있으므로, 이를 중심으로 먼저 살펴보기로 한다.
 ㈏ 관련 법령 내지 계약 등 검토
 우선 위 관계 법령, 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 각 사업이 실비로 제공되었는지 여부를 관계 법령 및 개별 계약에 의하여 단정하기 어려운 측면이 있다.
 ① 구 환경관리공단법 제17조의5는 제16조의 규정에 의한 사업에 관하여 환경부장관의 승인을 얻어서 수수료 기타 실비를 징수할 수 있다고 규정한 사실은 인정할 수 있다. 그런데 이 사건 각 사업에 대한 수수료는 개별적인 계약에 의하여 지급된 것일뿐 환경부 장관의 승인을 얻어서 용역의 상대방으로부터 ‘징수’한 것이라고 볼 만한 증거가 존재하지 않는다. 또한 같은 법 제17조 제1항 제2호에 따르면 원고의 자금으로 제16조의 규정에 의한 사업으로 인한 ‘수익금’을 정하고 있으므로, 위 제17조의5의 규정만으로 원고가 이 사건 각 사업의 대가로 지급받은 용역 수수료에 이윤이 전혀 포함되어 있지 않다고 단정할 수 없다.
 ② 원고는 구 물가안정에 관한 법률(2009. 12. 29. 법률 제9828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제2항, 제3항은 국가 또는 국가로부터 위탁받은 기관이 다른 법률이 정하는 바에 따라 제공하는 행정서비스, 시설이용 및 특정한 권리부여 등에 대한 보상으로 징수하는 대가(이하 "수수료"라 한다)를 정하거나 변경하고자 할 때에는 주무부장관은 미리 기획재정부장관과 협의하여야 하고, 기획재정부장관은 협의를 위한 대상 및 절차 등에 필요한 사항에 관하여 고시하여야 한다고 정하고 있고, 이에 따라 물가안정에 관한 법률 제4조 제3항의 규정에 의한 수수료 협의대상 및 방법 제5조 제1항은 수수료는 제공되는 행정서비스 등의 생산공급에 소요된 원가를 보상하는 수준에서 산정하여야 한다고 정하고 있고, 제11조에서 행정서비스 등의 제공기관이 비영리법인인 경우 이윤을 포함하지 않는 것으로 정하고 있으므로 이 사건 각 사업의 대가도 이윤을 포함하지 않고 있다는 취지로 주장한다. 그러나 구 물가안정에 관한 법률 제4조 제2항이 정하는 수수료의 대상은 ‘행정서비스, 시설이용 및 특정한 권리부여 등’인바, 원고가 수행한 이 사건 각 사업이 위 행정서비스 등에 해당한다고 볼 만한 근거가 없고, 설령 원고의 이 사건 각 사업이 위 행정서비스 등에 해당한다고 하더라도 위 법의 규정만으로 곧바로 원고가 지급받은 대가가 실제로 실비에 그치고 있다고 단정하기 어렵다.
 ③ 원고는 잉여금이 발생하는 경우 원고의 기본재산에 편입하였다가 추후 환경부에 반환하였다고 주장하고 있으나 원고의 잉여금이 환경부에 반환되었다는 사실을 인정할 만한 뚜렷한 증거가 없다[원고는 정부의 사업 및 회계정책 변경에 따라 적립된 금액에 대한 반환지시가 있으면 위 잉여금을 정부에 반환하고 있고 그 금액이 2004년에 1,825,341,000원, 2006년에 14,658,181,410원, 2008년에 22,703,699,083원이라는 취지로 정부출연금 현황(갑 27)을 제출하였다. 그러나 위 정부출연금 현황의 비고란에 의하면, 2004년 반환분은 ‘사업부서 일부가 임차하여 사용 중인 연구소가 수용됨에 따라 회수된 임차보증금을 출연금으로 사용’하였다는 것이고, 2006년 반환분은 ‘수도권매립지 매립권자인 공단의 권리가 환경부로 이관되어 매립면허권이 정부로 이관’되었다는 것이며, 2008년 반환분은 ‘회계정책변경으로 정부출연금으로 취득한 자산에 대한 감가상각누계액의 회계처리금액을 소급적용 처리’하였다는 것인바, 이익잉여금을 정부의 지시에 따라 반환한 것과는 거리가 있는 것으로 보인다].
 ④ 정부대행사업의 구체적 계약에 관하여 보면, 굴뚝원격감시체계(CleanSYS) 운영관리 대행역무사업의 계약서(갑 6의1)에 따르면 기술료는 엔지니어링기술진흥법 제10조 제2항 기준에 의한 엔지니어링사업대가의 기준 제3항 실비정액가산방식에 따라 산정(요율 10%)하며, 예산집행 잔액 범위 내에서 기술료를 부담하도록 정하고 있다(제13조 제3항). 그런데 엔지니어링사업대가의 기준(갑 23) 제3조에 따른 실비정액가산방식은 ‘직접인건비, 직접경비, 제경비, 기술료와 부가가치세를 합산하여 대가를 산출하는 방식’을 말하고, 제10조는 기술료를 ‘엔지니어링사업자가 개발·보유한 기술의 사용 및 기술축적을 위한 대가로서 조사연구비, 기술개발비, 기술훈련비 및 이윤 등을 포함하며 직접인건비에 제경비를 합한 금액의 20~40%로 계산한다’고 정하고 있다. 위 법령의 기재와 2010. 12. 감사원의 지적에 따라 기술료의 요율을 위와 같은 10%에서 5%로 인하한 점(갑 24, 을 24) 등에 비추어 보면 일응 정부대행사업의 기술료에는 이윤이 포함된 것으로 볼 여지가 있다. 그러나, 다른 한편 요율 10%가 엔지니어링사업대가기준에서 정하고 있는 20~40%의 절반에 미치지 못하는 점과 위 기술료율 10%의 범위 내에서 예산집행 잔액이 있을 경우 기술료를 지급받는 것으로 계약한 결과 굴뚝원격감시체계 운영관리 대행역무사업의 경우 원고는 사업비로 5,278,456,759원을 지급받아서 10%에 미치지 못하는 집행잔액 369,763,214원만을 수수료로 지급받는 등(갑 6의6) 원고가 약정된 기술료율 10%를 모두 지급받지 못한 사업들이 존재하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 이윤을 포함하고 있지 않을 가능성도 배제할 수 없다.
 ⑤ 정부위탁사업 중 수수료를 지급받는 사업에 관하여 보면, 환경시설기술진단사업과 관련하여 구 하수도법 시행규칙(2010. 2. 26. 환경부령 제363호로 개정되기 전의 것) 제75조는 제74조에 따른 기술진단에 드는 비용은 인건비·여비와 시험·분석비 등으로 하되, 기술진단 대상의 범위·종류·규모 등을 고려하여 환경부장관이 고시한다고 정하고 있다. 이에 따라 2008. 4. 1. 이전에는 환경기술지원 및 진단비용산정기준(환경부고시 제97-4호) 제2조 제4호에 따라 ‘기술료는 직접인건비와 제경비를 합한 금액의 30%’로, 2008. 4. 1. 이후에는 구 공공환경시설의 기술진단비용(2009. 8. 27. 환경부고시 제2009-189호로 개정되기 전의 것)에 따라 ‘시설 규모별 9,681~66,870원 사이의 기본진단비용에 각 처리공정에 따른 보정률을 곱하여 산정한 금액’으로 정하여져 있다. 위와 같이 수수료 산정이 추상적인 기준에 의하여 이루어지고 있고, 달리 비교대상이 없으므로 위 수수료 산정 기준이 수익을 포함한 것인지 실비 정도에 머무르는 것인지 여부를 위 기준만으로 단정적으로 판단하기 어렵다.
 ⑥ 환경시설설치지원사업의 구체적인 계약에 관하여 보면, 보령시 보령하수종말처리장 고도처리시설 설치사업 위·수탁협약서(갑 8의5), 제주시 제주하수종말처리장 고도처리시설 설치사업 협약서(갑 11)에 따르면, 위 각 사업에 따라 원고가 지급받게 될 위탁수수료는 환경시설 설치지원 및 수탁운영사업 수수료 산정에 관한 규칙의 규정에 의한 붙임1의 위탁수수료요율 중 공사관리·감독부문의 요율을 적용하여 산정하는 것으로 정하고 있다(각 제6조 제2항). 환경시설 설치지원 및 수탁운영사업 수수료 산정에 관한 예규(갑 9) 제4조 제1항, [별표 1]에 따르면 아래 표의 ‘예산편성지침’란 기재의 요율을 적용하도록 정하고 있는바, 이는 국토해양부에서 건설사업관리자에게 건설사업관리를 위탁하여 시행하는 경우 필요한 건설사업관리대가의 산정방법을 정하기 위하여 고시한 아래 표의 ‘건설사업관리 대가기준’란 기재의 요율에 비하여 다소 낮은 수준으로서 그 차이만으로 ‘예산편성지침’란 기재의 요율에 수익이 전혀 반영되어 있지 않다고 단정하기 어렵다.
공사비규모건설사업관리대가기준예산편성지침차이100억원8.813%7.014%1.799%200억원6.952%5.940%1.012%300억원6.031%5.374%0.657%400억원5.460%5.017%0.443%
 ⑦ 연구용역사업에 관하여 보면, 환경부장관의 승인을 받아 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙에 따른 예정가격 작성기준(회계예규 2200.04-160-5, 2008. 12. 29.) 중 제4절 학술연구용역의 일반관리비의 산정 기준에 근거하여 연구용역사업의 위탁수수료 산정하고 있는데, 제28조 제1항에 따르면 일반관리비는 시행규칙 제8조에 규정된 일반관리비율 5%를 초과하여 계상할 수는 없다고 정하고 있고, 제2항은 이윤은 영업이익을 말하며, 인건비, 경비, 및 일반관리비 합계액에 대하여 시행규칙 제8조에 규정된 이윤을 10% 초과하여 계상할 수 없다고 정하고 있다. 그런데 원고는 보령 하수처리장 고도처리시설 설치사업 사업비 정산서(갑 8의7)에 따르면 원고는 총 사업비 11,478,371,000원에 대한 위탁수수료 625,705,000원을 받고 있어서 일반관리비 명목의 위탁수수료만을 징수하고 있다고 주장하고 있으나, 위 위탁수수료는 사업비 대비 약 5.45%로서 위 예정가격 작성기준에 따라 초과할 수 없는 일반관리비율 5%를 초과하고 있으므로 위 위탁수수료가 단순한 일반관리비라고 단정하기 어렵고, 위 위탁수수료의 요율에 비추어 보면 이에 수익이 포함되어 있다고 단정하기도 어렵다.
 ⑧ 이 사건 부가가치세 부과처분의 과세대상 기간 이후인 2010. 12. 30. 법률 제22583호로 개정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 조세특례제한법 시행령 제106조 제7항 제47호는 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호에 따라 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체로 원고를 추가로 지정하였고, 이에 따라 개정된 조세특례제한법 시행규칙(2010. 12. 31. 기획재정부령 제182호로 개정되어 2011. 11. 1.부터 시행된 것) 제48조 제1항, [별표 10] 제47호는 정부업무대행단체의 면세 사업 범위를 정하면서 원고의 사업 중 ‘국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하거나 그 위탁을 받아 수행하는 사업. 다만, 시험·분석·검사·진단사업, 폐비닐처리사업, 압수폐기물자원화사업’은 제외하는 것으로 정하고 있기는 하다. 그러나 위 법률에 대한 개정세법해설에 기재된 개정취지(갑 5)에 따르면, 민간과 경쟁관계에 있는 분야 및 기타 공공기관이 과세사업으로 영위하는 사업은 과세형평을 고려하여 면세에서 제외한 것으로서 이는 입법정책적으로 위 사업을 면세에서 제외한 것으로 보일 뿐, 위 사업이 실비로 제공되고 있지 않기 때문이라고 볼 만한 합리적 근거는 없어 보인다.
 또한, 기획재정부에서 작성한 개정취지(갑 15)에 "기존 면세 적용분에 대하여 ‘정부업무대행단체’로 추가할지 여부를 결정하는 문제이므로 추가적인 세수 감소 없음"이라는 기재가 있다고 하더라도 이는 이 사건이 문제되기 이전에 원고가 부가가치세를 신고·납부하지 않고 있던 당시의 기획재정부 의견에 불과하고, 위 개정취지에 의하더라도 ‘민간과의 경쟁이 예상되는 업무 및 한국환경자원공사가 과세사업으로 수행한 업무 등에 대하여는 사실관계 검토 후 부가가치세 면세 적용 제외’라고 기재하고 있어서 원고의 사업 전부가 면세대상이라는 취지는 아닌 것으로 보인다.
 ⑨ 원고가 사업비에 일정률을 적용하는 방식으로 수수료 등을 추상적으로 책정하였고, 실비에 대한 정산이 이루어지지 않고 있다고 하더라도 이러한 사정만으로 바로 실비공급 여부가 좌우되는 것은 아니다(대법원 1997. 8. 29. 선고 97누5978 판결 등 참조).
 ⑩ 피고들은 경영평가 성과급은 이윤의 발생을 조건으로 하는 것이므로 원고가 직원들에게 경영평가 성과급을 지급한 것은 이윤이 발생했다는 의미라는 취지로 주장한다. 그러나 경영평가 성과급의 기초가 되는 경영실적 평가기준(갑 29)에 따르면 리더십·전략(비전, 목표, 전략, 리더십 등 조직을 이끄는 동인이 적절하게 설정되고 실행되는지 여부), 경영시스템(사업 추진활동의 효율성 및 조직자원의 효율적 활용체계를 갖추고 있는지 여부), 경영성과(주요사업성과, 생산성, 고객만족도 등 경영활동 성과를 제대로 창출하고 있는지 여부)를 평가 지표로 삼아서 평가를 하고 있는 것으로 보이므로, 이윤의 발생이 경영평가 성과급의 전제가 된다고 인정하기 어렵다.
 ㈐ 이 사건 각 사업에서 이윤이 발생하였는지 여부
 ○ 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 사업에 관한 법령 내지 계약 등만으로는 원고가 이 사건 각 사업을 하면서 실비만을 수령한 것인지 여부가 명확하지 않은바, 원고가 이 사건 각 사업에 관하여 지급받은 수수료가 비용을 상회하여 이윤을 남기고 있는지 여부 등을 살펴보기로 한다.
 ○ 평가단위(개별사업별로 평가할 것인지 분야별로 평가할 것인지)
 이 사건 각 사업은 앞서 본 바와 같이 정부대행사업, 정부위탁사업, 환경시설설치지원사업, 기타용역사업 분야로 구분할 수 있는데, 각 분야별로 수수료 등을 산정하는 방법이 대체적으로 비슷한 것으로 보이는바, 전체 분야에서 이윤이 나고 있음에도 개별사업 중에서 일부 손실이 있는 사업이 있더라도 비슷한 방법으로 수수료 등의 요율을 결정하면서 당해 개별사업에서만 실비로 공급할 의도가 있었다고는 보기 어렵다.
 마찬가지로 전체 분야에서 손실이 나고 있음에도 개별사업에서 일부 이윤이 나고 있더라도 당해 개별사업에서만 이윤을 발생시킬 의도가 있었다고 보기 어려우므로, 계속되는 일련의 사업에서 실비로 공급하였는지 여부는 개별사업이 아닌 개별사업을 아우르는 각 분야별로 판단하는 것이 합리적이다. 
 따라서, ① 각 분야별로 여러 연도에 걸쳐 이윤이 꾸준히 발생한다면 특별한 사정이 없는 한 정부 또는 지방자치단체 등으로부터 실비 수준의 돈을 받았다고 볼 수 없고, ② 정부 또는 지방자치단체 등으로부터 돈을 받았음에도 계속 적자가 나거나 이윤이 있더라도 미미한 정도에 그친 경우, 이윤이 나는 해가 있고 손실이 나는 해가 있더라도 여러 연도를 비교하여 평균적으로 이윤이 나지 않는 경우에는 정부 또는 지방자치단체 등으로부터 실비 수준의 돈을 받았다고 볼 여지가 많고, 재화 내지 용역을 실비로 제공한 경우에 해당한다고 할 것이다. 
 ○ 구체적인 손익 산정 기준
 손익의 발생여부는 각 사업별로 수입과 비용의 차액을 산정하여 판단할 수 있는바, 위 비용에는 재화·용역을 공급하기 위하여 직접 투입되는 비용 즉, 직접 경비(재료구입비, 직접 사업부서의 인건비 등) 뿐만 아니라 사업 수행을 원활하게 하기 위하여 투입되는 비용 즉, 간접 경비(지원부서의 인건비, 연구개발비 등)도 실비에 포함된다고 할 것이다. 이와 같이 간접 경비를 실비에 포함된다고 볼 경우 각 사업별 비용에 간접 경비를 안분하여 배분하여야 각 사업에서 손익이 발생하고 있는지 산정할 수가 있으므로 간접 경비를 각 사업별로 안분하여야 한다. 그런데, 간접 경비를 안분함에 있어서 각 사업별 수입을 기준으로 안분할 경우 수입이 발생하지 않는 사업의 경우 간접 경비가 지출되지 않는 것으로 왜곡될 우려가 있으므로 각 사업에 사용된 직접 경비를 기준으로 하여 간접 경비를 배분하는 것이 합리적이다.
 한편, ① 환경시설설치지원사업의 경우 외부 업체에게 지급하는 금액도 직접 경비로 계상되어 있는데 외부 업체에게 지급하는 금액에 대하여는 그 금액에 상응하는 간접 경비가 발생할 가능성이 적음에도 간접 경비가 환경시설설치지원사업에 과다하게 집중되는 결과가 발생하므로 외부 업체에게 지급된 설치사업비를 제외하고 원고가 수행한 계획 및 관리, 감독업무에 직접 지출한 비용만을 기준으로 간접 경비를 배분하고, 같은 이유로 ② 융자사업의 경우에도 원고가 환경부에 지급하는 이자비용, 지방자치단체 등으로부터 지급받는 이자수익 등을 제외하고, 융자사업을 수행하기 위하여 실제로 지출되는 인건비 및 융자지원비용 상당액을 기준으로 간접 경비를 배분하는 것이 상당하다고 보인다. 나아가 ③ 영업외손익은 간접 경비와 관련성이 낮은 것으로 보이므로 영업외손익에는 간접 경비를 배분하지 않는 방식을 택하기로 한다.
 그리고 ④ 정부출연금은 계약당사자로부터 받는 것이 아니고, 개별적인 사업과 관련 없이 지급받는 것이므로 이윤이 발생하는지 판단할 때는 정부출연금을 수입에 포함시키지 않는다.
 위와 같은 기준으로 개별사업 분야별로 이윤이 나는지 혹은 손실이 나는지를 살펴보면 별지4 기재 손익산출서(이하 ‘이 사건 손익산출서’라 한다)와 같고, 이를 바탕으로 실비를 공급하는 사업인지 여부에 관하여 살펴본다.
 ○ 실비로 공급하는 사업
 ① 정부대행사업
 이 사건 손익산출서에 의하면, 정부대행사업 분야의 손익은 2004년 -1,704,000,000원, 2005년 -2,550,000,000원, 2006년 -3,649,000,000원, 2007년 -3,385,000,000원, 2008년 -1,463,000,000원, 2009년 -2,842,000,000원으로 모두 손실을 보고 있다. 또한 개별적인 사업에 관하여 살펴보더라도 2008년 상수원수질개선사업, 2009년 자동차배출가스전산시스템운영관리사업에서 일부 이익이 나고 있을 뿐 나머지 개별사업은 모두 손실이 발생한 상태이다. 위와 같은 사정 등에 비추어 보면, 원고는 정부대행사업에서 이윤을 얻지 않고 실비로 공급하였다고 봄이 상당하다. 
 ② 정부위탁사업
 정부위탁사업 중에서 수입이 있어서 부가가치세 부과대상이 되는 사업은 기술지원, 고도처리시설성능확인, 소각시설유해물질검사, 악취물질검사분석, 자동차소음인증, 토양오염도검사, 폐기물처리시설검사, 환경기술평가, 환경성적표지인증, 환경시설기술진단지원수수료, 환경시설운영요원교육, 환경측정기기검사, 환경호르몬조사이고, 위 각 사업의 손익을 정리하면 아래 표와 같다.
(단위: 백만 원)사업명2004년2005년2006년2007년2008년2009년합계기술지원9292고도처리시설성능확인21788305소각시설유해물질검사-269-507-351-283-339-177-1,926악취물질검사분석-11311538692381자동차소음인증420420토양오염도검사-255-***-****-****4518-853폐기물처리시설검사-188-371-190-749환경기술평가-557-621-580-1,758환경성적표지인증-177-176-86-439환경시설기술진단지원수수료-11437-***-****-****26-1,358환경시설운영요원교육-15184144환경측정기기검사-309-20299-111178122-223환경호르몬조사123-330-207소계-1,792-2,324-1,934-1,223233769-6,271
 위 표에 따르면, 정부위탁사업 중 수수료를 받는 사업의 손익은 2004년 -1,792,000,000원, 2005년 -2,324,000,000원, 2006년 -1,934,000,000원, 2007년 -1,223,000,000원, 2008년 233,000,000원, 2009년 769,000,000원이다. 위 사업의 손익에 따르면 2008년과 2009년에 이익이 났지만 2004년 내지 2007년에 발생한 손실이 훨씬 커서 전체적으로는 상당한 손실을 기록하고 있고, 개별사업별로 보더라도 기술지원, 고도처리시설성능확인, 악취물질검사분석, 자동차소음인증, 환경시설운영요원교육을 제외한 나머지 사업에서는 손실이 발생하고 있으며, 손실과 이윤이 발생하는 기간이 산재되어 있다. 위와 같은 사정 등에 비추어 보면, 원고는 위 사업들에서 이윤을 얻지 않고 실비로 공급하였다고 봄이 상당하다. 
 ③ 용역사업
 이 사건 손익산출서에 의하면, 용역사업 분야는 2004년 -633,000,000원, 2005년 -318,000,000원, 2006년 770,000,000원, 2007년 -550,000,000원, 2008년 1,151,000,000원, 2009년 -5,387,000,000원의 손익이 발생하고 있는데, 전체적으로 보면, -4,967,000,000원의 손실을 기록하고 있고 손실과 이익이 일관되게 발생하는 것이 아니며 개별사업별로 보더라도 수익이 발생하는 사업과 손실이 있는 사업이 산재하여 있는바, 전체적으로 위와 같은 규모의 손실이 발생하고 있다면, 원고는 기타 용역사업분야에 있는 사업을 실비로 공급하고 있다고 보는 것이 상당하다.
 ○ 실비로 공급한다고 보기 어려운 사업: 환경시설설치지원사업 
 이 사건 손익산출서에 의하면, 환경시설설치지원사업 분야에서는 2004년 -1,003,000,000원, 2005년 234,000,000원, 2006년 6,234,000,000원, 2007년 2,516,000,000원, 2008년 3,937,000,000원, 2009년 5,643,000,000원의 손익이 발생하였는바, 2004년을 제외한 2005년 내지 2009년에서 모두 이윤이 발생하고 있다. 위 각 손익에 따른 이익 합계가 17,561,000,000원에 이르고 있는데 이는 총수입 대비 8.84%에 해당하는 수준이다. 앞서 본 바와 같이 환경시설설치지원사업의 경우 환경시설 설치지원 및 수탁운영사업 수수료 산정에 관한 예규에 따라 위탁수수료 요율이 결정되고 있는데, 그 요율이 건설사업관리대가의 산정방법을 정하기 위하여 고시한 건설사업관리 대가기준과 현저한 차이를 보이고 있지 않는 상황에서, 위와 같이 총 수입대비 8.84%에 이르는 상당한 이익이 발생하고 있었다면 이를 실비로 공급한 것이라고 단정하기는 어렵다.
 나아가 원고와 같이 정부의 업무를 대신하여 수행하거나, 공익사업을 수행하는 준정부기관에게 부가가치세를 과세하는 경우는 대부분 민간사업과의 경쟁이 있는 사업부문에 대하여 공정한 경쟁을 보장하여 주기 위한 것으로 보이는바, 을 42~52의 기재에 의하면, 코오롱워터앤에너지 주식회사는 환경기초시설 운영관리, 환경기초시설 민간투자사업(BTO, BTL 방식), 토양오염 정화, 수질정화공원 조성사업을, 주식회사 삼안은 상·하수도 기본계획 수립 및 설계, 오·폐수 처리시설 설계를, 수자원기술 주식회사는 수자원시설물에 대한 점검정비, 진단, 운영관리, 건설 등의 사업을, 주식회사 이산은 상·하수도 시설의 기본계획 및 실시설계, 감리, 유지관리 및 시운전, 환경영향평가 사업 등을 영위하고 있고, 위와 같은 사업분야에서 수익을 창출하고 있는 것으로 보인다(이에 대하여 원고는 위 민간사업자들은 수익성인 좋은 사업만을 수행하고 공공성이 강하여 민간에 맡기기 어렵고, 예산부족의 이유로 수익성이 없어 민간사업자들이 맡지 않으려는 사업들에 한하여 원고가 이를 수행하였다고 주장하나, 원고가 수행한 환경시설설치지원사업들에 위와 같은 사유가 있음을 구체적으로 입증할 만한 자료가 제출되지 않았고, 일부 사유가 존재한다고 하더라도 원고에게 앞서 본 정도의 수익이 발생하고 있음에 비추어 보면 민간사업자들이 더 많은 수익을 얻는다고 해서 원고가 환경시설설치지원사업을 실비로 공급한 것이라고 보기는 어렵다).
 또한 2010. 1. 1. 원고로 합병되기 전의 한국환경자원공사는 환경시설설치지원사업에 속하는 ‘폐기물처리시설의 설치지원사업’을 원고와 거의 유사한 수수료율을 적용받아 수행하였는데(을 39), 이에 대하여 부가가치세를 신고·납부한 것으로 보인다.
 위와 같은 사정에 부가가치세 면제대상요건에 대한 입증책임은 납세의무자인 원고에게 있는 점(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12078 판결 등 참고)을 종합하여 보면, 원고가 환경시설설치지원사업에 속하는 사업들을 실비로 공급하였다고 보기 어렵다.
 ㈑ 소결론
 따라서 피고들의 이 사건 부가가치세 부과처분 중 환경시설설치지원사업 분야에 속한 사업을 제외한 나머지 사업들에 대한 부분은 면세대상임에도 과세를 한 것으로서 나머지 주장에 관하여 살펴볼 필요 없이 위법하다. 다만, 환경시설설치지원사업 분야에 속한 사업들에 대한 부가가치세 부과처분은 일응 적법한 것으로 보이므로, 위 사업들에 국한하여 원고의 나머지 주장들을 살펴보기로 한다.
 (4) 환경시설설치지원사업의 설치사업비가 과세표준에서 제외되어야 하는지 여부
구 부가가치세법 제13조 제1항, 구 부가가치세법 시행령 제48조 제1항은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고 있다.
 위 인정사실, 갑 41의5, 을 19의2의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 원고의 손익계산서에 의하면 원고는 건설대행사업수익이라는 항목으로 설치사업비를 자신의 사업수익으로 인식하고 있는 것으로 보이는 점(갑 41의5), ② 원고는 설치사업비를 포함한 사업비 전체에 대한 계산서(을 19의3)를 발행하기도 하였던 점, ③ 원고는 설치사업비가 원고에게 처분권이 있음을 전제로 아래 5.가.항에서 보는 바와 같이 사업비에 대한 이자소득이 원고에게 귀속되는 것으로 하여 원천징수세액을 공제받기도 한 점, ④ 원고는 법인세 신고를 하면서 환경시설설치지원사업비 중 위탁수수료만을 수입금액으로 신고한 것이 아니라 그 전액을 수입금으로 신고한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 환경시설설치지원사업비 중 수수료를 제외한 나머지 부분도 원고가 지방자치단체를 위하여 지출을 대행한 것이 아니라 위 사업의 수행과정에서 원고의 계산으로 지출한 것이므로 설치사업비를 포함한 환경시설설치지원사업비 전체가 이 사건 사업의 대가로서 부가가치세 과세표준이 된다고 봄이 타당하다(대법원 2011. 12. 8. 선고 2011두18410 판결 취지 참조).
 (5) 신의성실원칙 및 비과세관행에 반하는지 여부
 일반적으로 조세 법률관계에서 신의칙이 적용되거나 비과세관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적인 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세 누락과는 달리 과세관청이 상당기간 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것이다(대법원 1995. 10. 12. 선고 95누9815 판결, 2001. 4. 24. 선고 2000두5203 판결 등). 
 위 법리에 기초하여 위 가.항에서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 부가가치세 부과처분이 신의칙에 위배되었다거나 이 사건 각 사업의 용역공급에 대하여 비과세관행이 성립하였다고 평가하기 어렵다.
 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다. 
 ① 재무부가 ‘환경관리공단법에 의하여 설립된 환경관리공단이 ‘폐수종말처리 및 특정(지정) 폐기물처리용역’을 공급하는 경우 부가가치세법 제12조 및 같은 법 시행령 제37조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것‘이라는 유권해석을 한 사실은 인정된다. 그러나 피고들은 위 ‘폐수종말처리 및 특정(지정) 폐기물처리용역’이 포함되어 있는 용역사업에 관하여는 부가가치세 과세처분을 하지 않은 것으로 보이고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 사업은 사업분야 별로 수수료의 부과 근거 및 기준이 달리 정해지고 있으므로 위 용역사업에 관한 재무부의 유권해석이 다른 사업분야에 대하여까지 유효하다고 단정할 수 없다.
 ② 1995년과 2005년 세무조사당시에 부가가치세에 관하여 언급이 없었고(갑 16, 위 두 세무조사 모두 조사대상이 법인세인 것으로 보인다), 피고들이 이 사건 각 사업에 관하여 20여년간 부가가치세를 과세하지 않았고, 과세표준에 관한 조사내용을 통지하면서 아무런 지적이나 시정요구를 하지 않았다고 하더라도 그와 같은 사유만으로는 그에 대한 과세처분이 신뢰보호의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다(대법원 1991. 1. 11. 선고 90누7432 판결 등 참조). 
 ③ 원고는 한국환경자원공사와 통합한 2010년 제1기부터는 이 사건 각 사업에 대하여 부가가치세를 자진 신고·납부하였고, 국세종합상담센터는 환국환경자원공사에게 ‘폐기물인계관리시스템운영과 자원의절약과제활용촉진에관한법률 시행령 제48조 제3항의 업무를 환경부로부터 수탁받아 수행하고 그 대가를 받는 경우 부가가치세법 시행령 제7조에 의거 부가가치세가 과세되는 것입니다’라는 취지의 질의회신을 보내기도 하였는데, 원고에게는 이와 상반되는 공적견해를 표명하였음을 인정할 만한 증거가 없다.
 ④ 한국환경자원공사가 이 사건 각 사업 중 환경시설설치지원사업과 유사한 사업을 시행하면서 위 사업에 대한 부가가치세 신고·납부하고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 피고들이 그 이전에 적극적으로 부가가치세를 부과(경정·고지)하지 아니하였던 것은 관련 과세자료를 확보하지 못하였기 때문인 것으로 볼 여지가 있고, 이를 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사나 공적 견해를 명시적 내지 묵시적으로 표시하였다고 할 수 없다. 
 (6) 가산세 부분에 관한 예비적 주장에 관한 판단
 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실을 고려하지 않고, 법령의 부지나 착오 등은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2007두3107 판결, 대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두12986 판결 등 참조). 
 위 법리에 기초하여 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 앞서 본 바와 같이 피고들이 원고에게 이 사건 각 사업에 대한 부가가치세를 납부할 의무가 존재하지 않는다는 안내를 하는 등 공적 견해를 표명하였다고 보기 어려운 점, ② 한국환경자원공사는 원고의 사업 중 환경시설설치지원사업과 유사한 사업을 시행하면서 위 사업에 대한 부가가치세를 신고·납부하고 있었던 것으로 보이는바, 피고들이 이 사건 각 사업의 부가가치세 부과에 관한 명확한 입장이 없었다고 단정하기 어려운 점, ③ 원고는 이 사건 각 사업이 실비로 공급되었으므로 면세에 해당한다고 주장하고 있는데, 피고들로서는 이에 대한 과세자료를 확보하여 조사하지 않고서는 실비로 공급되었는지 여부를 확인하기 어려웠을 것으로 보이는바 피고들이 부가가치세 면세가 정당한지 여부에 관하여 조사를 한 사실이 있다는 뚜렷한 증거가 없는 점, ④ 원고도 2010년 이후에는 부가가치세를 신고·납부하였던 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 피고들이 이 사건 각 사업에 대한 부가가치세를 경정·고지하지 않았다는 것만으로 원고의 법령의 부지 또는 오인으로 인한 납세의무 위반에 정당한 사유가 존재한다고 볼 수 없다.
 (7) 소결론
 따라서 피고들의 이 사건 부가가치세 부과처분 중 환경시설설치지원사업 분야에 속한 사업을 제외한 나머지 사업들에 대한 부분은 위법하고, 환경시설설치지원사업 분야에 속한 사업들에 대한 부분(가산세 포함)은 적법하다.
5. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부
 가. 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적 귀속자가 원고인지 여부 
 (1) 인정사실
 ① 원고는 정부 및 지방자치단체의 사업을 대행하면서 정부 등으로부터 대행사업과 관련하여 선급으로 사업비를 받아 원고 명의의 각 사업별 은행계좌에 예치하고, 대행사업을 수행한 후 그 사업이 종료되고 나면 원천징수세액을 공제한 세후이자를 정산하여 정부 등에게 반납하여 왔다.
 예를 들어, 굴뚝원격감시체계(CleanSYS) 운영관리 대행역무사업의 경우 원고는 위 사업비로 5,648,220,000원을 지급받아 은행이자가 40,943,994원 발생하여 이를 환경부에 반납하였고, 보령하수처리장 고도처리시설 설치사업의 경우 원고는 사업비로 11,478,371,000원을 지급받아 은행이자가 86,840,875원 발생하여 이를 보령시장에게 반납하였다. 
 ② 원고는 그 과정에서 발생한 사업비의 이자소득은 원고의 수익사업 소득 즉 익금으로 보고, 정부 등에게 반납하는 세후이자는 손금으로 보았으며, 원천징수된 이자소득세액을 원고의 법인세 산출세액에서 기납부세액으로 공제하여 왔다. 
 ③ 그런데 피고 측은 위 이자소득을 원고의 수익사업 소득으로 보지 않고 위 이자소득의 실질적 귀속주체가 정부라고 하면서 위 이자소득을 익금에서 제외하고, 정부에 반환하는 세후이자도 손금에서 제외하였으며 이자소득에 대한 원천징수세액도 법인세 기납부세액으로 공제하지 않는 것으로 세무조정을 하였고, 구체적인 세무조정 내역은 아래와 같다. 
(단위: 원)구분 ＼ 사업연도2006년2007년2008년2010년이자수익 익금불산입6,650,616,10813,810,654,84814,000,202,9548,959,013,658이자비용 손금불산입5,719,529,85311,877,163,17012,040,174,5416,932,841,020원천징수세액 기납부세액 공제 부인931,086,2551,933,491,6781,960,028,4131,097,615,718
[인정사실] 다툼 없는 사실, 앞서 든 각 증거, 변론 전체의 취지
 (2) 판단
 실질과세의 원칙 중 국세기본법 제14조 제1항이 규정하고 있는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익·재산·거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이므로, 재산의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조).
 위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 원고와 정부 또는 지방자치단체 사이의 사업비 약정의 내용 등에 비추어 보면, 원고가 해당 사업을 수행하기 위하여 정부나 지방자치단체로부터 선급 사업비를 지급받아 원고 명의의 계좌로 예치한 이상 위 사업비는 원고의 소유로 귀속되는 것이고, 그에 대한 처분권한 역시 원고가 갖는 것이므로, 원고가 위 사업비를 보유한 기간 동안 발생한 금융이자 상당의 소득 역시 원고에게 귀속된다고 보는 것이 상당하다. 따라서 원고는 사업비를 보유하고 있는 동안은 그에 관하여 발생한 이자소득에 관하여도 실질적인 귀속자로서 이를 지배·관리할 권한을 가진다고 할 것이고, 사업비 정산약정에 따라 사업이 종료된 후 이자소득분에 해당하는 금액을 정부나 지방자치단체에게 반환할 의무를 부담할 뿐이므로, 이와 같은 정산 및 반환의무를 부담한다는 사정만으로 이자소득의 실질적 귀속자 여부를 달리 보아야 할 것은 아니다. 
 또한 원고가 원천징수세액을 공제하고 나머지 부분을 국가 또는 지방자치단체에 반환하는지 또는 원천징수세액을 포함한 전액을 반환하는지 여부 역시 위와 같은 사업비 이자소득의 실질 귀속주체를 판단하는 기준이나 근거가 된다고 볼 수는 없고, 원천징수세액분까지 국가 또는 지방자치단체에 반환할 것인지의 문제는 원고가 체결한 사업비 정산약정의 해석문제에 불과한 것이어서, 설사 위 약정을 원고가 원천징수세액분을 포함한 이자 전액을 반환할 의무를 부담하는 것이라고 해석하더라도 이는 민사상 채무이행의 문제일 뿐 이자소득의 실질적 귀속주체를 달리 판단하여야 하는 논거가 될 수는 없다. 국세청도 같은 취지에서 유권해석(서이 46012-11295, 2003. 7. 9.)을 통하여 지방공기업이 지방자치단체의 대행사업비를 지방공기업 명의로 예치하고 당해 예금에서 발생하는 이자소득에 대하여 반환특약 등에 따라 세전이자소득 상당액 전액을 지방자치단체에 반환하는 경우 당해 이자소득의 귀속자는 지방공기업이므로 당해 예금이자에 대한 원천징수세액은 지방공기업의 법인세에서 공제받을 수 있다는 입장을 밝힌 바 있다.
 따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 이자 반환약정이 존재한다는 이유만으로 이자소득의 실질적인 귀속주체를 달리 보고 그 이자소득을 익금에서 제외하고, 정부에 반환하는 세후이자를 손금에서 제외하였으며 이자소득에 대한 원천징수세액도 법인세 기납부세액으로 공제하지 않는 것으로 세무조정을 하여 법인세를 부과한 부분은 위법하다고 봄이 상당하다.
 나. 정부출연금 중 수익사업에 사용된 부분은 법인세법상 익금에 해당하는지 여부
 (1) 인정사실
 ① 정부출연금은 원고가 다음 해 지출예산 총액과 수입예산 총액을 산정하여 그 부족액을 정부의 예산에 반영해 줄 것을 요청하면, 기획재정부에서 심의한 후 국회의 승인을 거쳐 출연금 예산이 확정되고, 원고는 확정된 출연금을 분기별로 교부받게 된다. 즉, 정부출연금은 수지차 보전방식으로 지급되고, 사용용도가 정해져 있지 않으며, 사후정산을 하지 않고 잔액은 기관 자체 수입으로 처리한다[앞에서 본 바와 같이, 원고가 정부로부터 교부받은 출연금 액수는 2004년 7,924,000,000원, 2005년 7,243,000,000원, 2006년 8,356,000,000원, 2007년 8,915,000,000원, 2008년 8,880,000,000원, 2009년 8,137,000,000원(백만 원 단위에서 반올림)이다]. 
 ② 원고는 정부출연금은 원고가 수행하는 각 사업의 손실을 보전하기 위한 것으로 수익사업으로 인한 소득이 아니라는 이유로 비수익사업의 영업외수익으로 계상한 반면, 정부출연금으로 지출한 위탁사업비용 중 수입사업과 관련하여 지출한 비용은 손금으로 처리하고 기타운영비와 출연금으로 취득한 위탁사업용 자산의 감가상각비는 공통손금으로 보아 대부분 손금에 산입하여 처리하여 왔다.
 ③ 이에 피고 서인천세무서장은 ㉠ 정부출연금 중 수익사업에 사용된 금액을 수익사업의 익금에 산입하고, ㉡ 기관운영비를 공통비용으로 수익사업의 비용으로 계상한 금액 중 정부출연금으로 보전된 금액을 익금 산입하였으며, ㉢ 수익사업을 위한 자산의 취득에 사용된 정부출연금은 익금 산입하고, ㉣ 수익·비수익 사업에 공통으로 사용된 자산의 취득에 사용된 정부출연금 중 수익사업 해당분을 익금에 산입하며, ㉤ 정부출연금으로 구입한 자산에 대한 감가상각액 과소계산액을 손금에 산입하는 세무조정을 하였고, 구체적인 세무조정 내역은 아래와 같다. 
(단위: 원)구분2006년2007년2008년익금산입수익사업 지원액1,000,211,000862,957,0001,171,285,046기관운영비 지원액 중 수익사업 해당분5,149,603,7015,368,056,7685,182,047,205수익사업용 자산취득지원731,363,9821,160,726,2501,760,329,267공통사용자산 취득지원액 중 수익사업 해당분167,447,999143,041,049205,859,273감가상각액 조정-35,939,088-30,193,41156,416,480
[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지
 (2) 판단
 ㈎ 관계 규정
구 법인세법 제14조는, ‘각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제15조 및 제19조는 ‘익금은 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 하고, 손금은 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로서, 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있으며, 제40조는 ‘각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있는바, 법인세법은 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 권리·의무 확정주의 및 수익·비용 대응원칙을 채택하고 있다. 
 또한 구 법인세법 제113조 제1항은 비영리내국법인이 수익사업을 영위하는 경우 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 제113조 제6항, 구 법인세법 시행령 제156조의 위임에 의하여 구분경리의 방법을 정하고 있는 법인세법 시행규칙 제76조는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 하고, 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리하며, 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 하도록 규정하고 있다. 또한 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하거나 업종이 다른 경우 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산규정에 의하여 구분계산하여야 하고, 다만, 개별손금이 없는 경우 등으로 위와 같은 기준을 적용하는 것이 불합리한 경우에는 작업시간 등을 기준으로 안분하도록 규정하고 있다. 
 ㈏ 검토
 위 규정내용에 비추어 살피건대, 원고는 수익사업과 비수익사업을 같이 영위하는 비영리법인으로 위 규정에 따라 구분경리를 해야 하는데, 수입을 초과한 지출비용을 보전하기 위한 목적으로 신청하여 수령한 정부출연금을 비수익사업의 영업외수익으로 계상한 반면, 정부출연금으로 지출한 위탁사업비용 중 수익사업과 관련하여 지출한 비용은 손금으로 처리하고 기타운영비와 출연금으로 취득한 위탁사업용 자산의 감가상각비는 공통손금으로 보아 대부분 손금으로 처리하고 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. ① 원고가 구체적인 용도를 정하지 않은 정부출연금을 수령한 시점에는 이를 모두 수익사업을 위하여 지급받은 금원이라고 단정할 수 없으므로 수익사업에 대한 익금으로 처리하지 않은 것을 부당하다고 볼 수 없더라도, ② 해당 사업연도에 배정된 정부출연금은 그 사업연도 내에 사용목적을 정하여 각 사업비용의 보전 또는 기관운영비, 자산취득비 등에 배분되어 구체적인 용도가 정해지고, 각 항목에 배정되어 지출되는바, 원고가 해당 사업연도별로 수익사업과 비수익사업에 대하여 구분경리를 하고 결산을 하는 시점에는 정부출연금에 대해서도 정해진 용도에 따라 수익사업과 관련하여 배분된 부분에 대하여는 수익사업에 대한 익금으로 처리한 다음, 수익사업에 관련하여 지출된 비용을 손금으로 처리하는 것이 위 규정 취지에 합당한 세무처리라고 할 것이다. 피고 측이 이와 같이 수익사업과 관련하여 교부(배분)된 정부출연금을 익금으로 산입한 세무조정은 정당하다.
 다. 수익사업과 비수익사업의 구분이 잘못되었는지 여부 
 (1) 인정사실
 ① 비영리법인인 원고는 수익사업과 관련된 법인세 납부를 위하여 이 사건 각 사업을 수익사업과 비수익사업을 구분하였는데, 피고 측은 일부 사업들에 관하여 원고의 분류와 달리 수수료 수령여부에 따라 수익·비수익사업을 분류하여 비수익사업의 비용을 손금에 불산입하고, 수익사업의 수익은 익금에 산입하고, 비용은 손금에 산입하는 방법으로 이 사건 법인세 부과처분을 하였다.
 ② 원고와 피고 측 사이에 수익·비수익사업 구분의 차이는 아래와 같은데, 원고는 원고가 비수익사업으로 분류하였으나 피고 측이 수익사업으로 분류한 사업에 관하여만 다투고 있다.
원고는 수익사업으로 분류하였으나 피고 측은 비수익사업으로 분류한 것환경시설기술진단사업 중 일부기후변화협약정책지원사업상하수도정책지원사업하수관거기술지원사업환경신기술창업보육지원사업환경시설민자사업정책지원사업환경성적표지인증사업수질개선정책지원사업원고는 비수익사업으로 분류하였으나 피고 측은 수익사업으로 분류한 것한강수계하수관망계측시스템관리사업가평군 환경기초시설통합센터관리사업
 ③ 원고가 다투는 사업의 개괄적인 내용
 ○ 한강수계 하수관망 계측시스템 관리사업
 경기도 및 구리시 등 9개 시·군과 한강수계 하수관망 계측시스템 관리사업 운영을 위한 위·수탁 협약을 체결하여 하수관거 모니터링 시스템 등에 관한 유지관리를 통하여 하수관거 관리정비체계의 안정적인 구축 및 공공하수처리시설 운영효율 개선을 도모하기 위한 사업이다. 원고는 위·수탁 협약을 통하여 시장·군수로부터 직접 소요되는 비용의 10%를 위탁수수료로 수령하고 있다. 
 ○ 가평군 환경기초시설 통합센터 관리사업
 가평군과 가평군 환경기초시설 통합관리시스템 운영을 위한 위·수탁 협약을 체결하여 18개소 처리장에 대한 통합관리시스템을 운영·관리하여 환경기초시설 운영효율을 개선하기 위한 사업이다. 원고는 위·수탁 협약 내용에 따라 가평군수로부터 인건비 등 제경비, 수선유지비, 수질분석비를 포함하는 위탁관리비를 수령하고 있다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거, 갑 19의3~4의 각 기재, 변론 전체의 취지
 (2) 판단 
구 법인세법 제3조 제1항, 제3항, 같은법 시행령 제2조 제항에 의하면 비영리법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수는 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나(대법원 1991. 5. 10. 선고 90누4327 판결 참조), 어느 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위된 것이어야 한다(대법원 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결 등). 즉, 사업으로 인한 수입이나 소득이 있다는 사정만으로 이를 모두 수익사업으로 볼 수는 없고, 수익사업에 해당하는지의 여부는 소득의 유무가 아니라 사업 그 자체의 성격에 따라 판단하여야 하고, 수익이나 소득 사실, 즉 이 사건의 경우 수수료 수령사실만으로 수익사업으로 볼 수는 없다고 할 것이나, 각 사업에서 꾸준히 수익이 발생한다면 특별한 사정이 없는 한 사업의 수익성에 대한 판단에 중요한 징표가 된다고 할 것이다. 
 위 법리에 기초하여 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, 이 사건 손익산출서(별지4)에 의하면 위 가평군환경기초시설통합센터관리 사업은 2008년 -13,000,000원의 손실이 발생하였으나 그 규모가 크지 않고 2009년에는 383,000,000원의 상당한 이익이 발생하였으며, 한강수계하수관망계측시스템관리 사업은 2008년 1,000,000원, 2009년 205,000,000원의 이익이 발생하였던 점[수입금액이 적다는 이유만으로 그 사업의 수익성을 부정할 것은 아니다(대법원 1997. 2. 28. 선고 96누14845 판결 참조)], 앞서 본 바와 같이 민간업체인 코오롱워터앤에너지 주식회사는 환경기초시설 운영관리, 수자원기술 주식회사는 수자원시설물 운영관리, 주식회사 이산은 상·하수도 시설의 유지관리사업을 수행하고 있고 위 각 사업을 포함한 기업체의 운영으로 수익을 얻고 있는 것으로 보이는데 위 민간업체들이 운영하고 있는 사업과 이 사건 가평군환경기초시설통합센터관리, 한강수계하수관망계측시스템관리 사업이 동일한 영역의 사업으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 위 각 사업자체가 수익성을 가지거나 수익을 목적으로 영위된 것이라고 볼 여지가 많다. 따라서 이 부분 관련 법인세 부과처분은 적법하다고 봄이 상당하다.
 라. 소결론
 그렇다면 원고가 정부업무대행사업비에 관한 이자소득의 실질적인 귀속자라고 할 것이므로, 원고가 이자소득의 귀속자가 아닌 것을 전제로 한 이 사건 법인세 부과처분은 그 한도에서 위법하다.
6. 취소의 범위
 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).
 위 법리에 기초하여 살피건대, (1) 이 사건 부가가치세 부과처분 중 환경시설설치지원사업 분야에 속하는 사업들을 제외한 나머지 사업들에 대한 부가가치세 부과처분은 취소되어야 할 것인바, 이 법원의 석명에 따라 피고들은 별지2 기재와 같은 정당한 부가가치세 세액을 계산하여 제출하였다. 그러나 이 사건 부가가치세 부과처분은 2004년 제2기부터 2009년 제2기까지를 과세기간으로 하고 있음에도 일응의 정당한 세액은 2004년 제1기부터의 부가가치세를 산출하였고, 이 사건 부가가치세 부과처분에 비하여 과세대상이 축소되었음에도 일부 세액은 오히려 증가(이 사건 부가가치세 부과처분 중 본점에 대한 2006년 제1기의 세액이 4,260,335,740원인데 비하여 피고들이 제출한 2006년 제1기의 정당한 세액은 4,302,920,245원이다)하였으며, 피고들이 제출한 정당한 세액 계산내역에 기재되어 있는 ‘당초 전체 과세 매출’란 기재의 액수가 경정결의서(을 1의1~11)와 일치하지 않는 등 피고들이 제출한 정당한 세액이 적법하게 계산된 것인지 신뢰하기 어렵다. (2) 또한 이 사건 법인세 부과처분 중 원고가 이자소득의 귀속자가 아님을 전제로 한 부분은 취소되어야 한다. 그런데 피고 측이 별지3 기재와 같이 제출한 정당한 세액에 관하여 보면, 이 사건 법인세 부과처분은 2006, 2007, 2008, 2010 사업연도에 관한 것인데 반하여 정당한 세액은 2006, 2007, 2008, 2009 사업연도에 관한 세액으로 산출되어 있고, 이 사건 법인세 부과처분 중 2008 사업연도에는 농어촌특별세가 포함되어 있는데 정당한 세액에는 그 내역이 확인되지 않으며, 일부 사업연도의 법인세 세액이 증가되는 등 법인세에 관한 정당한 세액도 이를 그대로 믿기 어렵다. 따라서 이 사건 변론 종결일까지 제출된 증거들만으로는 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분에 관한 정당한 세액을 산정하기 어려운바, 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분 전부를 취소하기로 한다.
7. 결론
 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 임민성(재판장) 김용민 심우승