폐쇄명령처분취소의소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2018.01.18 / 시행일:

【원고, 피항소인】 주식회사 코알코 (소송대리인 법무법인 지평, 담당변호사 박보영 외 1인)
【피고, 항소인】 김포시장 (소송대리인 정부법무공단, 담당변호사 박지용)
【제1심판결】 인천지방법원 2017. 5. 25. 선고 2015구합52313 판결
【변론종결】2017. 12. 7.
【주 문】
 1. 제1심판결을 취소한다.
 2. 원고의 청구를 기각한다.
 3. 소송 총비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2015. 7. 27. 원고에 대하여 한 폐쇄명령처분을 취소한다.
2. 항소취지
 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
가. 원고는 주물제품의 생산과 개발 등을 목적으로 하는 회사로서 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2015. 8. 11. 법률 제13475호로 개정되어 2016. 2. 12. 시행되기 전의 것, 이하 ‘구 국토계획법’이라 한다)이 정한 계획관리지역인 김포시 ○○면 일대에서 공장등록 및 공장 내 대기배출시설 설치신고를 하고 영업을 해 왔다. 
나. 피고는 경기도보건환경연구원에 의뢰하여 2015. 4. 28. 원고의 공장에 설치된 반사로 15t(톤) 1대(이하 ‘이 사건 시설’이라 한다)에 대하여 특정대기유해물질 배출검사를 시행하였는데, 특정대기유해물질인 크롬(0.077mg/S㎥), 니켈(0.017mg/S㎥), 포름알데히드(0.009ppm), 벤젠(0.001ppm)이 검출되었다.
다. 피고는 2015. 7. 27. 원고에 대하여 ‘계획관리지역에서는 특정대기유해물질을 배출하는 건축물을 건축할 수 없음에도 아무런 허가도 받지 아니한 채 이 사건 시설을 설치하여 운영하였다’는 이유로 대기환경보전법 제23조 제1항, 제38조, 제84조, 구 국토계획법 시행령(2015. 7. 6. 대통령령 제26381호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제1항 제19호 및 [별표 20], [별표 19]를 근거로 이 사건 시설에 관한 폐쇄명령(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
라. 특정대기유해물질이 배출되기만 하면 무조건 설치허가를 받도록 하고 계획관리지역 내에서는 특정대기유해물질 배출시설의 설치 자체를 금지하던 구 대기환경보전법 시행령(2015. 12. 10. 대통령령 제26705호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 및 구 국토계획법 시행령 제71조 제1항 제19호 및 [별표 20], [별표 19] 등은 2015. 12. 10. ‘배출되는 특정대기유해물질이 환경부령으로 정하는 기준 이상인 경우’에 한하여 위와 같은 제한을 받는 것으로 개정되었다. 
2. 관계 법령
 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다. 
3. 이 사건 처분의 근거법령의 위헌성 여부에 관한 판단
가. 원고의 주장
 이 사건 처분의 근거법령 중 구 대기환경보전법 시행령 제11조 제1항 제1호, 구 국토계획법 시행령 제71조 제1항 제19호, [별표 20] 제1호 자목, [별표 19] 제2호 자목 ⑴(이하 ‘이 사건 시행령’이라 한다), 구 김포시 도시계획조례 제30조 제19호, [별표 19] 9호 가목, [별표 15] 제12호 가목(이하 ‘이 사건 조례규정’이라 하고 이 사건 시행령과 통칭하여 ‘이 사건 기존규정’이라 한다)은 계획관리지역 내의 배출시설에서 특정대기유해물질이 극소량이라도 검출되면 그 배출량을 불문하고 즉시 해당 배출시설의 폐쇄명령을 하도록 정하고 있다. 허용 가능한 특정대기유해물질의 기준치를 정하지 않고 단 1회의 검출만으로 시설폐쇄명령을 하도록 하는 것은 침해의 최소성을 위반한 것이고, 사람의 건강이나 동식물의 생육에 영향을 미치지 않을 정도로 극소량의 특정대기유해물질이 배출되는 경우까지도 시설폐쇄명령을 하는 것은 환경보전의 공익에 비하여 영업의 자유와 같은 기본권과 기타 사익의 침해가 막대하여 법익의 균형성 또한 위반한 것이다. 위와 같은 이 사건 기존규정의 위헌성을 인식하였기 때문에 2015. 12. 10. 대통령령 제26705호, 환경부령 제626호 등으로 특정대기유해물질이 환경부령으로 정하는 기준 이상으로 발생되는 배출시설에 대하여만 설치허가를 받도록 하는 근거법령의 개정(이하 ‘이 사건 개정규정’이라 한다)도 이루어졌다. 따라서 이 사건 기존규정은 과잉금지원칙(비례원칙)을 위반하여 위헌이다. 나아가 이 사건 조례규정은 위와 같은 근거 법령의 개정에도 불구하고 여전히 이 사건 기존규정과 같이 규정하고 있는데, 이는 헌법 제117조 제1항에서 정한 조례의 한계를 벗어난 것으로서 그 효력을 인정할 수 없다.
나. 판단
1) 이 사건 시행령의 과잉금지원칙 위반 여부
 가) 목적의 정당성
 구 대기환경보전법(2015. 12. 1. 법률 제13528호로 개정되어 2016. 6. 2. 시행되기 전의 것)은 ‘대기 중에 존재하는 물질 중 제7조에 따른 심사·평가(독성, 생태계에 미치는 영향, 배출량 등) 결과 대기오염의 원인으로 인정된 가스·입자상물질로서 환경부령으로 정하는 것’(제2조 제1호)을 대기오염물질로 규정한 뒤, 그 중 ‘제7조에 따른 심사·평가 결과 사람의 건강이나 동식물의 생육에 위해를 끼칠 수 있어 지속적인 측정이나 감시·관찰 등이 필요하다고 인정된 물질로서 환경부령으로 정하는 것’(제2조 제1호의2)을 유해성대기감시물질로, 유해성대기감시물질 중 ‘제7조에 따른 심사·평가 결과 저농도에서도 장기적인 섭취나 노출에 의하여 사람의 건강이나 동식물의 생육에 직접 또는 간접으로 위해를 끼칠 수 있어 대기 배출에 대한 관리가 필요하다고 인정된 물질로서 환경부령으로 정하는 것’(제2조 제9호)을 특정대기유해물질로 세분류하여 배출규제의 정도에 차등을 두는 방식을 취하고 있다. 한편 구 국토계획법은 ‘도시지역으로의 편입이 예상되는 지역이나 자연환경을 고려하여 제한적인 이용·개발을 하려는 지역으로서 계획적·체계적인 관리가 필요한 지역’(제36조 제1항 제2호 다목)을 계획관리지역으로 규정하고 계획관리지역에 대한 개발행위 또는 계획관리지역 내에서의 건축행위 등에 대하여 규제를 마련하고 있다. 
 이 사건 시행령은 이러한 모법의 취지, 규제 방식 등에 따라 대기오염물질 중 특정대기유해물질은 사람의 건강이나 동식물의 생육에 미치는 위해의 정도가 가장 크므로 이를 조금이라도 배출하는 시설에 대하여는 행정청의 관리·감독 기능을 높이기 위해 허가사항으로 규정하고, 계획관리지역의 특수성을 반영하여 특정대기유해물질을 배출하는 시설의 설치를 전면적으로 금지한 것으로 보인다. 이는 대기오염으로 인한 국민건강이나 환경에 관한 위해를 예방하고 대기환경을 적정하고 지속가능하게 관리·보전하여 모든 국민이 건강하고 쾌적한 환경에서 생활할 수 있도록 하기 위한 대기환경보전법의 입법목적(제1조)과 국토의 이용·개발과 보전을 위한 계획의 수립 및 집행 등에 필요한 사항을 정하여 공공복리를 증진시키고 국민의 삶의 질 향상을 도모하는 국토계획법의 입법목적(제1조)에 부합하므로, 그 목적의 정당성이 인정된다. 
 나) 수단의 적합성
 특정대기유해물질을 조금이라도 배출하는 시설에 대하여는 반드시 행정청으로부터 허가를 받도록 하고, 계획관리지역 내에서는 위와 같은 시설을 설치할 수 없도록 제한하면 특정대기유해물질의 배출 가능성이 전면적으로 차단되거나 최소한 행정청이 그 배출 규모 등을 관리·감독할 수 있게 되므로, 이 사건 시행령은 위 목적을 달성하는 데 적합한 수단이라고 할 수 있다.
 다) 침해의 최소성 
 앞서 인정한 사실과 변론 전체의 취지에 관련 법령을 통하여 알 수 있는 다음 사정들에 비추어 보면, 이 사건 시행령은 그 제재의 기준이나 내용이 특정대기유해물질 배출시설을 설치·운영하려는 자에게 지나치게 가혹한 부담을 지워 입법형성권의 범위를 현저히 벗어나거나 침해의 최소성 원칙에 어긋난다고 볼 수 없다.
 ① 대기환경보전법 제16조 제1항의 위임을 받은 구 대기환경보전법 시행규칙 제15조와 [별표 8]은 특정대기유해물질을 포함한 대기오염물질 전반에 대하여 배출허용기준을 정하고 있는데, 이는 특정대기유해물질이라 하더라도 일정한 기준치 이하로 배출되는 경우에는 사람이나 동식물의 생육에 미치는 위해의 정도가 비교적 작고, 제조업 분야 등에서 필연적으로 발생하는 특정대기유해물질의 배출을 무조건 금지할 수 없는 현실적인 사정을 고려하여 설치허가를 받은 특정대기유해물질 배출시설에 대한 배출허용기준을 규정한 것이다. 이처럼 특정대기유해물질의 배출은 무조건 금지되는 것이 아니라 위 기준 내에서 일정 정도 허용되는 것이고, 다만 이 사건 시행령에 따라 특정대기유해물질 배출시설을 설치하려는 자는 행정청의 관리·감독상 편의를 위해 사전에 허가를 받아야 한다는 것일 뿐이므로 그 이익의 침해 정도가 크지 않다. 
 ② 계획관리지역은 도시지역으로의 편입이 예상되는 지역 또는 자연환경을 고려하여 제한적인 이용·개발을 하려는 지역으로서, 자연환경의 보전과 주변 개발이 계획적이고 체계적으로 이루어져야 할 필요성이 있으므로 대기오염물질 중 인체에 치명적인 영향을 미칠 수 있는 물질을 관리할 필요성이 있다. 이 사건 시행령은 계획관리지역의 지역적 특수성과 공공의 이익을 고려하여 계획관리지역에서의 특정유해대기물질 배출시설의 설치를 전면적으로 금지하였는데, 이러한 판단에는 합리적 근거가 있다.
 ③ 이 사건 시행령은 용도지역 중 ‘계획관리지역’ 내 특정대기유해물질 배출시설의 설치를 금지하는 것일 뿐 용도지역을 불문하고 특정대기유해물질을 배출하는 사업 자체를 금지하는 것이 아니다. 또한, 특정대기유해물질을 배출하는 시설이더라도 설치허가를 받으면 배출허용기준 내 배출이 허용되므로, 원고처럼 배출시설을 설치·운영하려는 자의 영업의 자유, 재산권 등에 대한 기본권을 과도하게 침해한다고 볼 수 없다.
 ④ 이 사건 시행령은 이 사건 소 제기 이후인 2015. 12. 10. 특정대기유해물질이 ‘환경부령으로 정하는 기준 이상으로’ 발생되는 배출시설에 대하여만 설치허가가 필요하고, 계획관리지역 내에서도 위 기준 이상의 배출시설만을 설치할 수 없는 것으로 개정되었는데, 그 개정취지는 특정대기유해물질 배출시설의 설치허가 및 설치제한지역에 관한 규제를 합리적으로 개선하기 위한 것으로 보인다. 이는 과학의 발달 등 시대적 상황의 변화로 인해 환경영향에 대한 평가기준을 구체화하는 것이 가능하게 되었고, 그로 인해 특정대기유해물질 배출시설의 설치허가기준을 현실화하고 기존의 규정에 따른 제도 운영상의 미비점을 개선·보완하는 것이 가능해졌기 때문이다. 따라서 이 사건 시행령의 위헌성을 제거하기 위해 이 사건 개정규정처럼 개정된 것이라고 볼 수 없다.
 ⑤ 이 사건 시행령의 개정에 따라 이전에는 설치허가의 대상이었던 시설이 현행 법령에 따라 설치신고의 대상으로 되었다. 이에 대해 구 대기환경보전법 시행령 부칙(2015. 12. 10. 대통령령 제26705호) 제2조 제2항에서는 ‘종전의 시행령에 따라 설치허가 대상인 시설 중 개정 조항에 따라 설치신고 대상이 된 시설에 대한 개정 시행령 시행 전의 법 제23조 제1항 및 제2항에 따른 허가, 변경허가 또는 변경신고 관련 위반행위에 대하여 행정처분을 하려는 경우에는 같은 조 중 신고 또는 변경신고에 관한 부분을 적용한다’고 하여 법령의 개정에 따른 경과조치를 마련하고 있는데, 구 대기환경보전법 제84조 및 같은 법 시행규칙 제134조 [별표 36] 2.가.1)에 따르면 ‘배출시설설치허가를 받지 아니한 경우’와 ‘설치신고를 하지 아니하고 배출시설을 설치한 경우’의 행정처분기준이 결국 동일하여 이 사건 시행령의 개정으로 기본권 침해의 정도에 상당한 차이가 발생하였다고 보기도 어렵다. 
 ⑥ 한편 이 사건 시행령의 개정에 따라 계획관리지역에서도 일정기준 이하를 배출하는 특정대기유해물질 배출시설의 설치가 가능하게 되어 계획관리지역 내에서 설치허가 또는 신고를 하지 아니하고 특정대기유해물질 배출시설을 운영하는 경우 구 대기환경보전법 시행규칙 제134조 [별표 36] 2.가.1)에 따라 ‘폐쇄명령’보다 완화된 처분인 ‘사용중지 명령’을 받을 수 있게 되었다. 그런데 입법자가 구 대기환경보전법 시행령 부칙(2015. 12. 10. 대통령령 제26705호) 제2조 경과조치의 적용 범위에 이를 포함시키지 않은 것은 이 사건 시행령 개정이 위헌성 제거를 위한 것이 아님을 보여준다. 
 라) 법익의 균형성
 특정대기유해물질은 그 성격상 저농도에서도 장기적인 섭취나 노출에 의하여 사람의 건강이나 동식물의 생육에 직접 또는 간접으로 위해를 끼칠 수 있어 극소량만이 배출되는 경우에도 관리가 필요하다. 이 사건 시행령에서 특정대기유해물질 배출시설을 설치허가대상으로 분류하고, 계획관리지역 내에서 특정대기유해물질 배출시설의 설치를 전면적으로 금지한 것은 사람과 동식물의 건강을 보호하고 환경을 보전하기 위한 것으로 그 공익적 필요성이 매우 크다.
 한편 원고처럼 특정대기유해물질 배출시설을 설치·운영하는 자는 이 사건 시행령에 따라 계획관리지역 내에서 특정대기유해물질 배출시설의 설치가 금지되어 있고, 특정대기유해물질 배출시설을 설치하기 위해서 허가를 받아야 하므로 영업상의 자유와 재산권에 제한을 받는다. 그러나 이는 특정대기유해물질이 사람의 건강이나 동식물의 생육에 미치는 위해의 정도를 고려하여 이를 조금이라도 배출하는 시설에 대하여는 행정청의 관리·감독 기능을 높이기 위해 허가를 받도록 하고 계획관리지역의 경우 지역적 특수성을 반영하여 그 설치를 전면적으로 금지한 것이다. 따라서 원고는 계획관리지역이 아닌 지역에서 특정대기유해물질 배출시설의 설치허가를 받아 자유롭게 운영할 수 있었을 것이므로 이에 대한 영업상의 제한이 지나치게 가혹하다고 보기 어렵다. 이처럼 원고에게 제한되는 법률상 이익이 앞서 본 공익적 필요성보다 크다고 볼 수 없으므로, 이 사건 시행령은 법익의 균형성을 갖추었다. 
2) 이 사건 조례규정에 대한 판단
헌법 제107조는 제1항에서 헌법재판소로 하여금 법률의 위헌 여부의 최종적인 심판을 하도록 규정하는 한편, 제2항에서 명령·규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는지 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원으로 하여금 이를 최종적으로 심사하도록 규정함으로써 법률 이외 법령의 위헌 또는 위법 여부를 법원에서 판단하도록 규정하고 있다.
 그런데 갑 제4호증의 기재에 의하면 피고는 이 사건 처분의 근거법령으로 ‘대기환경보전법 제23조 제1항, 제38조, 제84조 및 같은 법 시행규칙 제134조’를 명시하여 이 사건 처분을 한 사실이 인정되므로, 피고는 이 사건 조례규정이 아닌 상위법령을 근거로 그 재량의 범위 내에서 이 사건 처분을 하였다고 볼 수 있다. 따라서 이 사건 조례규정은 이 사건 처분의 근거 법령이 아니고, 그 효력 여부에 따라 이 사건 처분의 효력 또는 위법 여부가 좌우되는 관계에 있다고 볼 수 없어 그 재판의 전제성이 인정되지 아니한다. 이에 대한 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다. 
 설령 이와 견해를 달리한다고 하더라도, 이 사건 조례규정은 이 사건 시행령과 실질적인 내용이 동일하므로 이 사건 시행령에 대하여 앞서 판단한 바와 같은 이유로 이를 과잉금지원칙을 위반하여 위헌 또는 위법하다고 볼 수 없다. 
3) 소결론
 이 사건 조례규정은 재판의 전제성이 인정되지 아니하므로 그 위헌 또는 위법 여부를 판단하지 아니하고, 이 사건 시행령(이 사건 조례규정을 포함하더라도)은 그 목적의 정당성, 수단의 적합성, 침해의 최소성 및 법익의 균형성이 인정되므로 과잉금지원칙을 위반하지 아니하였다. 따라서 이 사건 기존규정이 위헌 또는 위법이라는 원고의 주장은 이유 없다. 
4. 이 사건 처분사유의 부존재 여부
가. 원고의 주장
 경기도보건환경연구원이 이 사건 시설에 관하여 특정대기유해물질 배출검사를 실시할 때 조사방식과 조사과정의 적정성이 담보되지 않았고, 원고 측 관계자가 현장에 참여하여 이의를 제기할 기회도 부여되지 아니하였으며, 특정대기유해물질의 배출이 이 사건 시설로 인한 것이라는 점도 규명되지도 아니하였으므로, 경기도보건환경연구원의 배출검사 내용을 근거로 한 이 사건 처분은 위법하다. 
나. 판단
 이 사건 기존규정에 의하면 계획관리지역에서는 특정대기유해물질이 배출되는 시설의 설치 자체가 금지되므로 이 사건 시설에서 조금이라도 특정대기유해물질이 배출되는 것으로 측정되었다면 이 사건 처분은 적법하다고 볼 수 있다. 
 을 제4, 14, 21, 22호증의 각 기재와 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 경기도보건환경연구원이 2015. 4. 28. 가동 중인 이 사건 시설 내부를 대상으로 관계인의 참여하에 1회 시료 채취를 한 다음 이에 관한 분석을 1회 실시하였고, 그 분석결과 특정대기유해물질인 크롬, 니켈, 포르알데히드, 벤젠이 검출되어 이 사건 처분이 이루어진 사실이 인정되는데, 위 인정 사실에 갑 제10호증, 을 제25 내지 31호증의 각 기재와 영상, 제1심법원의 소외인에 대한 감정촉탁 결과, 제1심법원과 이 법원의 소외인에 대한 사실조회 결과(이하 감정촉탁 결과와 사실조회 결과를 통칭하여 ‘이 사건 회신결과’라 한다), 제1심법원의 경기도보건환경연구원에 대한 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지에 비추어 인정되는 아래 ①∼⑤의 사정들을 종합하면, 이 사건 시설에 관한 경기도보건환경연구원의 시료채취 및 분석결과(이하 ‘이 사건 분석결과’라 한다)와 달리 이 사건 시설에서 특정대기유해물질이 배출되지 않았다고는 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 시설에서 특정대기유해물질이 배출되지 않았음을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.
 ① 경기도보건환경연구원은 시료채취 시 대기 중의 수분량, 산소농도, 등속흡인계수를 기록하지 아니하였고, 유량계산에 있어 대기 중 이론 산소농도인 20.9%를 적용한 것으로 보인다. 그런데 이 사건 회신결과에 의하면, 니켈과 같은 입자상 물질을 반자동식 채취기로 채취할 때에는 정확한 시료채취를 위하여 등속흡인을 하여야 하고, 등속흡인을 유지하기 위해서 정확한 오리피스 차압을 구하여야 한다. 오리피스 차압은 K-factor에 의해 결정되고, K-factor는 산소농도, 수분량, 노즐내경, 가스미터 및 배출가스 온도, 피토관계수 등이 있어야만 산출할 수 있다. 시료채취 시 수분량과 산소농도에 관한 실제 값 측정이 이루어지지 아니하였다면 그 검사결과를 그대로 신뢰하기 어려운 측면이 있다. 
 그러나 대기오염공정시험기준에 의하면 배출가스 중 먼지, 니켈 등 입자상 물질의 시료를 채취하는 경우 ES0112(배출가스 중 입자상 물질의 시료채취 방법)에 따라 등속흡인을 하여야 하지만, 벤젠, 포름알데히드 등 가스상 물질의 시료를 채취하는 경우에는 ES0111(배출가스 중 가스상 물질의 시료채취 방법)에 따라 등속흡인을 적용하지 않는다. 따라서 가스상 물질의 시료채취 시에는 등속흡인 여부를 확인하기 위해 수분량과 산소농도에 관한 실제 값 측정을 할 필요가 없다. 이 사건 회신결과에 의하더라도 이 사건 분석결과 중 니켈과 같은 입자상 물질이 아닌 가스상 물질에 대한 시료채취 부분은 위와 같은 문제 없이 이루어진 것이라 할 것이므로 이 사건 시설에서 특정대기유해물질인 포름알데히드(0.009ppm)와 벤젠(0.001ppm)이 검출된 사실을 부정하기 어렵다. 
 ② 경기도보건환경연구원은 대기환경보전법 시행규칙 제40조에 따른 공인된 검사기관으로서 대기오염공정시험기준 준수 여부와 관련한 피고의 자료요청 및 제1심법원의 사실조회에 대하여 ‘대기오염공정시험기준에 따라 채취·검사하였으며, 정도검사를 받은 장비를 사용하여 측정하였기에 바탕시험 백데이터 등은 정도검사성적서로 갈음할 수 있다고 판단된다’는 답변과 함께 시료채취 확인서 및 기록부, 시험일지와 시료채취 기록부, 대기측정장비 정도검사 점검표를 첨부하여 회신하였다. 이 사건 분석결과가 이 사건 회신결과와 일부 측정 방법과 기준을 달리한다는 사유만으로 이를 믿을 수 없다거나 관계규정에 따라 적법·타당하게 이루어지지 않은 것이라 볼 수 없다. 
 ③ 원고는 경기도보건환경연구원이 이 사건 시설에 관하여 ‘1회 한 군데의 시료’만을 채취한 다음 ‘1회의 분석’(바탕실험 제외)만을 실시한 것으로 보이고, 그 외에 감정, 비교분석, 기타 적당한 방법으로 오차 여부를 확인하였음을 인정할 만한 뚜렷한 객관적인 증거가 없으므로 그 검사결과를 신뢰할 수 없다고 주장한다. 그러나 대기환경보전법과 대기오염공정시험기준 등 관련 규정을 모두 종합하여 보더라도 대기오염배출시설에 대하여 2회 이상 분석을 요구하는 등 시료채취 횟수를 규정하고 있지 아니하므로 위와 같은 사유만으로 이 사건 분석결과를 신뢰할 수 없다거나 관련 규정에서 정한 절차를 위반하였다고 볼 수 없다.
 ④ 국립환경과학원은 배출시설에서 채취한 시료에 대한 분석은 대기오염공정시험기준에 따른 내부정도관리로 방법검출한계, 바탕시료분석, 반복분석 등을 통해 분석결과 값이 오차범위 내에 있음을 확인하고 있다는 취지로 답변하였고, 대기오염공정시험기준 화학분석 일반사항(ES 01001.1) 15.(3)에 의하면 ‘얻어진 성적이 기대한 정밀도 및 오차범위 내에서 만족하고 있는가에 대하여는 감정, 비교분석, 기타 적당한 방법으로 확인하여야 한다’고 규정하고 있다. 피고의 자료요청에 대해 경기도보건환경연구원은 ‘정확한 측정을 위해 장비에 대한 정도검사 및 매년 국립환경과학원에서 실시하는 숙련도 시험을 받고 있다’고 답변하였을 뿐 이 사건 분석결과 값이 오차범위 내에 있음을 구체적으로 증명할 수 있는 자료를 제출하지는 않았다. 
 그러나 이처럼 경기도보건환경연구원이 시료채취 및 분석 결과에 대한 오차범위 설정 기준을 마련하지 않고 있거나 이를 확인하지 않은 사정이 있다고 하더라도, 이 사건 처분 전 원고 스스로 동일한 조건에서 실시하였다고 주장하고 있는 자연환경알앤디 주식회사가 실시한 대기시험결과(갑 제10호증)에 의하더라도 이 사건 시설에서 크롬(0.016mg/S㎥), 니켈(0.011mg/S㎥)이 배출된 것으로 측정된 사실을 함께 고려하면, 이 사건 시설에서 이 사건 처분 무렵 특정대기유해물질이 검출되었다는 사실 자체를 부정하기 어렵다. 
 ⑤ 제1심 감정과정에서 2016. 11. 9., 2016. 11. 16., 2016. 12. 6. 2개의 기관(환경보건기술연구원, 한국종합공해시험연구소)이 각 2회씩 니켈에 대하여만 시료채취와 분석을 실시하였는데, 같은 날 채취한 시료의 분석과정에서도 2개 기관의 니켈 검출량이 다르게 나타나거나, 일부는 불검출로 나타나기도 하였다. 위 각 채취·분석 당시와 경기도보건환경연구원의 채취·분석 당시의 조건이 동일하다고 보기 어려울 뿐만 아니라 이 사건 회신결과에 의하더라도 시료의 채취·분석에 있어 기관별로 오차가 발생할 가능성이 충분하고 이 사건 시설에서 니켈이 배출된 사실이 일부 확인되므로, 이 사건 회신결과만으로 이 사건 분석결과가 위법하다고 볼 수 없다. 
5. 신뢰보호원칙 위반 여부에 관한 판단
가. 원고의 주장
 원고가 이 사건 시설을 포함한 공장을 등록함으로써 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제13조 제2항에 따라 각종 인·허가가 의제되었다. 대기환경보전법 시행규칙 [별지 제2호서식], [별지 제3호서식]에 따른 배출시설 허가와 신고의 양식이 같은데, 원고는 특정대기유해물질의 배출 가능성에 관한 전문지식이 없다. 피고는 김포시 관내 모든 주물공장에 관하여 아무런 검토나 안내 없이 공장등록 및 대기배출시설 설치신고를 수리하여 공장운영이 가능하다는 신뢰를 형성하였다. 피고는 이러한 사정들에도 불구하고 1회의 일제 단속으로 원고에게 배출시설의 폐쇄명령을 하였고, 함께 단속을 받은 다른 사업자들에 대하여는 관계 법령의 개정을 이유로 폐쇄명령을 하지 아니하였다. 따라서 이 사건 처분은 신뢰보호원칙을 위반하여 위법하다. 
나. 판단
 1) 행정상의 법률관계에서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 이러한 요건을 충족할 때에는 행정청의 처분은 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하게 된다. 또한 위 요건의 하나인 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1997. 9. 12. 선고 96누18380 판결 참조).
 2) 갑 제3호증, 을 제1호증의 각 기재에 의하면, 피고가 2012. 11. 22. 원고의 이 사건 시설에 관한 설치신고를 수리한 사실은 인정된다. 그러나 위 증거들에 의하면, 원고가 제출한 이 사건 시설 설치신고서에는 ‘환경관련법 제반규정을 반드시 준수하시기 바랍니다’, ‘인·허가 및 가동개시 신고 후 신고·허가 사항과 상이한 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 허가·신고, 변경허가·신고로 확인된 경우(예: 오염물질 배출제한지역에서 신고·허가사항과 다른 특정대기유해물질이 검출 확인된 경우 등)에는 대기환경보전법 제36조에 의거 허가취소 등의 처분을 받게 되니 이점 유념하시어 철저히 관리하기 바랍니다’는 내용도 함께 기재되어 있는 사실이 인정된다. 따라서 위와 같은 설치신고 수리만으로는 피고가 원고에게 특정대기유해물질의 배출 여부와 무관하게 이 사건 시설을 설치·운영할 수 있다는 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수 없고, 설령 그러한 견해표명이 있었을지라도 이를 신뢰한 데에 원고의 귀책사유가 없다고 볼 수도 없으므로, 원고의 위 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다. 
6. 이 사건 개정규정의 적용 여부에 관한 판단
가. 원고의 주장
국토계획법 시행령 부칙(2015. 12. 10. 대통령령 제26705호) 제2조 제2항은 ‘위 영 시행 전의 구 국토계획법 제23조 제1항에 따른 허가 관련 위반행위에 대하여 같은 법 제38조에 따른 행정처분을 하려는 경우에는 같은 조 중 신고 또는 변경신고에 관한 부분을 적용한다’고 규정하고 있다. 이 사건 시설은 종전 규정에 따르면 허가대상이었으나 이 사건 개정규정에 따라 신고대상이 되었고, 계획관리지역 내에서도 특정대기유해물질이 환경부령으로 정하는 기준 미만인 경우에는 그 설치가 가능하게 되었으므로, 위 부칙 조항의 ‘행정처분을 하려는 경우’에 행정처분을 하였으나 그에 관하여 다툼이 있어 집행이 정지되고 소가 제기된 경우까지도 포함되므로, 이 사건 개정규정이 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 시설이 이 사건 기존규정에 따라 허가대상이고 계획관리지역 내에서의 설치가 전면적으로 부정됨을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 
나. 판단
구 대기환경보전법 시행령 부칙(2015. 12. 10. 대통령령 제26705호) 제2조 제2항은 ‘종전의 시행령에 따라 설치허가 대상인 시설 중 개정 조항에 따라 설치신고 대상이 된 시설에 대한 개정 시행령 시행 전의 법 제23조 제1항 및 제2항에 따른 허가, 변경허가 또는 변경신고 관련 위반행위에 대하여 행정처분을 하려는 경우에는 같은 조 중 신고 또는 변경신고에 관한 부분을 적용한다’고 정하고 있는데, 행정소송에서 행정처분의 위법 여부는 행정처분이 있을 때의 법령과 사실상태를 기준으로 하여 판단하여야 하고, 처분 후 법령의 개폐나 사실상태의 변동에 의하여 영향을 받지 않는다(대법원 2002. 7. 9. 선고 2001두10684 판결 참조). 따라서 이미 피고가 원고에 대해 행정처분을 하였고 이에 대해 원고가 행정소송으로 그 위법성을 다투는 경우까지 위 조항에 포함된다고 해석되지 않으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
7. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략] 

판사 윤성원(재판장) 박순영 이정환