수질초과배출부과금부과처분취소 (일반행정, 부산지방법원)
공포일: 2014.02.20 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○ 외 3인 (소송대리인 변호사 예인수)
【피 고】 부산광역시 사하구청장 (소송대리인 법무법인 국제 담당변호사 양미영)
【변론종결】2014. 1. 23.
【주 문】
 1. 피고가 2012. 10. 4. 원고 주식회사 ○○○에 대하여 한 별지1-가 표 제1항 내지 제3항 각 배분금액 총액란 기재 금액 합계 149,355,310원의 각 초과배출부과금 부과처분 중 별지1-가 표 제1항 가호 내지 마호 각 일반오염물질 배분금액란 기재 금액 합계 10,182,970원을 초과하는 각 부분, 원고 2 회사에 대하여 한 별지1-나 표 제1항 내지 제3항 각 배분금액 총액란 기재 금액 합계 138,479,140원의 각 초과배출부과금 부과처분 중 별지1-나 표 제1항 가호 내지 마호 각 일반오염물질 배분금액란 기재 금액 합계 7,573,370원을 초과하는 각 부분, 원고 3에 대하여 한 별지1-다 표 제1항 내지 제3항 각 배분금액 총액란 기재 금액 합계 83,972,730원의 각 초과배출부과금 부과처분 중 별지1-다 표 제1항 가호 내지 마호 각 일반오염물질 배분금액란 기재 금액 합계 3,670,090원을 초과하는 각 부분, 원고 4에 대하여 한 별지1-라 표 제1항 내지 제3항 각 배분금액 총액란 기재 금액 합계 196,285,040원의 각 초과배출부과금 부과처분 중 별지1-라 표 제1항 가호 내지 마호 각 일반오염물질 배분금액란 기재 금액 합계 15,544,080원을 초과하는 각 부분을 각 취소한다.
 2. 원고들의 각 나머지 청구를 각 기각한다.
 3. 소송비용 중 1/10은 원고들이, 나머지는 피고가 각 부담한다. 
 4. 제1항 기재 각 초과배출부과금 부과처분 중 제1항에서 각 취소를 명하는 부분에 대하여는 이 사건 항소심판결선고시까지 그 집행을 각 정지한다.

【청구취지】 피고가 2012. 10. 4. 원고 1 회사에 대하여 한 각 수질초과배출부과금 합계 149,355,310원, 원고 2 회사에 대하여 한 각 수질초과배출부과금 합계 138,479,140원, 원고 3에 대하여 한 각 수질초과배출부과금 합계 83,972,730원, 원고 4에 대하여 한 각 수질초과배출부과금 합계 196,285,040원의 각 부과처분을 모두 취소한다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 부산△△△협동조합 및 원고들의 지위 
 1) 부산△△△협동조합(이하 ‘이 사건 조합’이라고 한다)은 부산 사하구 장림1동 소재 신평·장림산업단지 내 협업화단지인 장림피혁단지에 입주한 피혁가공업체를 조합원으로 하여 1985. 11. 22. 설립된 협동조합이다.
 2) 장림피혁단지에는 피혁, 어피, 어묵, 연육, 수산물가공 등의 업종 총 78개의 업체가 입주해 있는데, 이 중 부지 소유자 또는 임대인 지위에 있는 총 43개의 업체만 이 사건 조합에 조합원으로 가입이 되어 있고 나머지 임차업체는 가입이 되어 있지 않다.
 3) 이 사건 조합은 조합원 및 위 임차업체들이 배출하는 피혁, 수산물 가공 폐수의 공동처리를 위한 공동방지시설(이하 ‘이 사건 공동방지시설’이라고 한다)을 운영하고 있는데, 이 사건 공동방지시설에서 처리된 폐수는 부산광역시 환경관리공단 강변사업소의 하수종말처리장으로 배출된다.
 4) 원고들은 장림피혁단지에 있는 피혁 제조업체들로서 원고 4는 이 사건 조합의 조합원이고, 나머지 원고들은 공장을 임차하여 피혁제조업을 하는 임차인들로서 비조합원이다. 
 나. 이 사건 조합에 대한 초과배출부과금 부과처분 
 1) 2010. 6. 22., 2010. 8. 25., 2010. 10. 7., 2010. 11. 10., 2010. 12. 8. 각 채수된 방류수에 대한 초과배출부과금 부과처분(이하 ‘당초 제1처분’이라고 한다) 
 피고는 2011. 11. 24. 아래 표 기재내역과 같이 자체개선기간 중이던 2010. 6. 22., 2010. 8. 25., 2010. 10. 7., 2010. 11. 10., 2010. 12. 8. 각 채수된 이 사건 공동방지시설에서 위 하수종말처리장으로 최종 배출되는 방류수에서 COD(화학적 산소요구량), SS(부유물질량), T-N(수질 내 총질소), T-P(수질 내 총인), Cr(크롬)이 구 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률(2013. 3. 22. 법률 제11670호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘수질보전법’이라고 한다) 제32조 제1항, 같은 법 시행규칙 제34조 [별표 13]이 정한 배출허용기준인 화학적 산소요구량 90㎎/ℓ, 부유물질량 80㎎/ℓ, 총질소 60㎎/ℓ, 총인 8㎎/ℓ, 크롬 2㎎/ℓ를 각 초과하여 검출되었음을 이유로 이 사건 조합에게 합계 3,856,420,740원의 초과배출부과금 부과처분을 하였다(상세 내용은 별지2 수질초과배출부과금 산정명세서 기재와 같다).
 구분배출허용기준초과사항(㎎/ℓ)부과기간부과금액(원) 일반오염물질크롬소계 1COD 164.02010. 6. 22.~2010. 8. 24.(공휴일 제외)134,484,260·134,484,260 SS 192.0 T-N 98.64 2COD 176.02010. 8. 25.~2010. 10. 6.(공휴일 제외)47,207,720·47,207,720 SS 134.0 T-N 96.3 3COD 240.02010. 10. 7.~2010. 11. 9.(공휴일 제외)202,190,060·202,190,060 SS 740.0 4COD 124.02010. 11. 10.~2010. 11. 16.(공휴일 제외)7,171,930·7,171,930 SS 196.0 5COD 1720.02010. 12. 8.~2010. 12. 15.(공휴일 제외)360,908,6903,104,458,0803,465,366,770 SS 5190.0 T-N 212.4 T-P 60.4 Cr 207.0 소계751,962,6603,104,458,0803,856,420,740 
 2) 2011. 1. 27. 채수된 방류수에 대한 초과배출부과금 부과처분(이하 ‘당초 제2처분’이라고 한다) 
 피고는 2011. 11. 24. 아래 표 기재내역과 같이 2011. 1. 27. 채수된 이 사건 공동방지시설에서 위 하수종말처리장으로 최종 배출되는 방류수에서 화학적 산소요구량, 부유물질량, 총질소, 크롬이 위 배출허용기준을 각 초과하여 검출되었음을 이유로 이 사건 조합에게 합계 28,458,057,730원의 초과배출부과금 부과처분을 하였다(상세 내용은 별지3 수질초과배출부과금 산정명세서 기재와 같다).
 배출허용기준 초과사항(㎎/ℓ)부과기간부과금액(원) 일반오염물질크롬소계 COD 245.02011. 1. 27.~2011. 2. 11.(공휴일 제외)2,167,316,40026,286,741,33028,458,057,730(2,167,316,400 + 26,286,741,330 + 사업장 종별부과금 4,000,000) SS 830.0 T-N 84.686 Cr 38.55 
 3) 2011. 3. 17. 채취된 방류수에 대한 초과배출부과금 부과처분(이하 ‘당초 제3처분’이라고 한다) 
 피고는 2011. 11. 24. 아래 표 기재내역과 같이 2011. 3. 17. 채수된 이 사건 공동방지시설에서 위 하수종말처리장으로 최종 배출되는 방류수에서 화학적 산소요구량, 부유물질량, 크롬이 위 배출허용기준을 각 초과하여 검출되었음을 이유로 이 사건 조합에게 합계 15,987,353,170원의 초과배출부과금 부과처분을 하였다(상세 내용은 별지4 수질초과배출부과금 산정명세서 기재와 같다).
 배출허용기준 초과사항(㎎/ℓ)부과기간부과금액(원) 일반오염물질크롬소계 COD 172.02011. 3. 17.~2011. 3. 29.(공휴일 제외)1,183,045,73014,800,307,44015,987,353,170(1,183,045,730 + 14,800,307,440 + 사업장 종별부과금 4,000,000) SS 317.5 Cr 12.95 
 다. 개별 사업자에 대한 초과배출부과금 부과처분 
 1) 이후 피고는 폐수의 공동처리를 위한 공동방지시설이 설치된 경우에도 초과배출부과금의 부과대상은 공동방지시설의 운영기구인 이 사건 조합이 아니라 공동방지시설에 폐수를 유입시키는 개별 사업자여야 한다는 사실을 깨닫고, 각 사업자에게 초과배출부과금을 부과하려고 하였으나, 각 사업자별 폐수배출량 및 수질오염물질 농도를 알 수 없자 이 사건 조합에게 각 사업자별 초과배출부과금 분담비율이 포함된 공동방지시설 운영 규약을 제정·제출하여 줄 것을 요구하였다. 그러나 이 사건 조합은 이에 응하지 아니하였고, 피고는 이 사건 조합에게 당초 제1 내지 제3처분의 초과배출부과금 합계 48,301,831,640원(3,856,420,740원 + 28,458,057,730원 + 15,987,353,170원)을 각 사업자별로 배분하여 부과처분 할 것임을 통보하였다.
 2) 이에 대하여 이 사건 조합의 조합원들 및 부산상공회의소는 피고에게 어려운 경제사정 등을 이유로 선처를 호소하였고, 피고는 이 사건 조합이 위와 같은 내용이 포함된 공동방지시설 운영 규약을 개정하여 제출하는 것을 조건으로 초과배출부과금의 금액을 조정하기로 하였다.
 3) 이 사건 조합은 2012. 8. 31. 임시총회를 열어 공동협동화 사업장 규정(위 규정은 2013. 10. 16. 공동방지시설운영규약으로 명칭이 변경되었다) 제2편 출자금, 분담금, 처리비 징수규정 중 제10조 제7항 및 제12조 제7항(이하 위 제12조 제7항을 ‘이 사건 분담규정’이라고 한다)을 신설하는 내용을 안건으로 상정하여 총 조합원 43개 업체 중 40개 업체가 참석한 가운데 30개 업체의 찬성으로 위 안건을 심의·의결하였는데, 그 내용은 아래 표 기재와 같다.
 제10조(분담금) 회원이 부담하는 분담금의 종류는 다음과 같다. 7. 배출부과금, 과태료, 과징금, 벌금 등 제12조(부과금의 부과기준) 제6조의 출자금 납부 의무 회원은 본조의 분담금 의무를 가지며 다음 각 항의 방법에 의하여 부과한다. 변동의 필요성이 있을 때에는 위원회의 결의로서 시행하고 변경사항은 회원에게 서면으로 통지한다. 7. 사업장별 폐수배출량 및 수질 오염물질 농도를 측정할 수 없을 때의 배출부과금·과태료·과징금 및 벌금 등에 대한 분담은 ?① 크롬 등 중금속은 배출 해당업체 ?② 그 외는 회원사 전원 ?③ 분담비율은 사유발생일(위반행위일) 기준으로 당월 및 직전 1개월 수도(지하수 포함) 검침량으로 한다. 다만 격월 검침 사업자는 월 평균으로 검침량을 산정한다. ?④ 크롬의 분담비율은 2012. 2. 폐수처리장 운영에 따른 분담금 결정을 위한 자료 분석 연구 표21.(별지5 표21. 크롬에 의한 운영비 비율 산정 기재와 같다) 크롬에 의한 운영비 비율 산정 운영비 비율에 따른다. 단, 미가동 확인업체에 분담비율은 백분율에 의거 잔여업체가 분담한다. 
 4) 이 사건 조합은 위와 같이 심의·의결된 이 사건 분담규정을 피고에게 제출하였고, 이에 따라 피고는 2012. 9. 13. 당초 제1 내지 제3처분을 직권으로 모두 취소하고, 이 사건 조합의 자가측정자료를 바탕으로 부과일수를 재산정하여 아래 초과배출부과금 부과대상금액 표 기재와 같이 총 초과배출부과금 금액을 합계 17,317,908,080원으로 조정한 후 이 사건 분담규정에서 정한 바에 따라 각 사업장 별로 이를 배분하여 2012. 10. 4. 부과처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다)을 하였는데, 원고들에게 각 부과된 초과배출부과금 내역은 별지1-가 내지 별지1-마 표 각 기재와 같다.
 (초과배출부과금 부과대상금액) 구분배출허용기준 초과사항(㎎/ℓ)부과기간부과금액(원) 일반오염물질(종별부과금포함)크롬소계 당초 제1처분1COD 164.02010. 6. 22.~2010. 8. 24.(공휴일 제외)134,484,260·134,484,260 SS 192.0 T-N 98.64 2COD 176.02010. 8. 25.~2010. 10. 6.(공휴일 제외)47,207,720·47,207,720 SS 134.0 T-N 96.3 3COD 240.02010. 10. 7.~2010. 11. 9.(공휴일 제외)202,190,060·202,190,060 SS 740.0 4COD 120.02010. 11. 10.~2010. 11. 16.(공휴일 제외)7,171,930·7,171,930 SS 196.0 5COD 1720.02010. 12. 8.~2010. 12. 15.(공휴일 제외)(COD, T-N, Cr은 2010. 12. 8.~2010. 12. 9.)291,146,700886,988,0201,178,134,720 SS 5190.0 T-N 212.4 T-P 60.4 Cr 207.0 소계682,200,670886,988,0201,569,188,690 당초 제2처분COD 245.02011. 1. 27.~2011. 1. 31.(공휴일 제외)870,926,56010,514,696,53011,385,623,090 SS 830.0 T-N 84.686 Cr 38.55 당초 제3처분COD 172.02011. 3. 17.~2011. 3. 20.(공휴일 제외)326,648,8204,036,447,4804,363,096,300 SS 317.5 Cr 12.95 총계1,879,776,05015,438,132,03017,317,908,080 
 5) 이 사건 조합은 2012. 11. 15. 중소기업중앙회에 이 사건 분담규정의 신설에 따른 승인을 신청하였으나, 중소기업중앙회 부산울산지역본부장은 2013. 1. 21. 이 사건 분담규정 중 제4호 부분에 대하여는 ‘분담금 결정을 위한 자료 분석이 객관적이고 합당한 근거자료가 되기에는 부족함이 있고, 연구자도 이를 인정하고 있으며, 표21.을 규약으로 정하기에는 적절하지 아니하다. 따라서 연구결과는 이 사건 조합 및 조합원에게 중대한 사항이므로 다른 객관적이고 합리적인 연구방법에 의하여 보완 후 적용하여야 한다’는 이유로 승인하지 아니하고, 나머지 부분에 대하여만 승인하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 제4호증의 3, 제6호증 내지 제8호증, 제23호증의 1 내지 제7호증, 을 제1호증 내지 제10호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 
 가. 원고들의 주장 
 원고들은 아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분이 위법하다고 주장한다.
 1) 전체 초과배출부과금 산정의 위법성 
 가) 단속 재량권의 일탈·남용 
 ① 피고는 수질오염공정시험기준상의 시료의 채취 및 보존방법, 즉 ‘채수용기의 3회 세척, 복수 채취, 단시간 내의 검사’라는 방법을 위반하였다.
 ② 피고는 이 사건 공동방지시설에 대하여만 주·야간을 가리지 않고 단기간에 107회에 이르는 과잉단속을 하였고, 특히 당초 제1, 제2처분의 각 단속시기는 한파로 인하여 오·폐수처리시설의 정상적인 가동이 불가능하였던 시기로 유사 공동방지시설에 대하여는 단속이 이루어지지 않았으며, 당초 제1 내지 제3처분의 각 단속이 4개월 사이에 모두 이루어졌으므로 이는 기존의 단속 관행에 명백히 어긋난다.
 나) 상당성의 결여 
 당초 제1 내지 제3처분은 자연재해 및 기술적 한계라는 불가항력적 상황을 고려하지 않았다.
 (1) 당초 제1, 제2처분 : 2010. 12. 8.과 2011. 1. 27.은 각 98년만의 한파로 인하여 침전조의 난분해성 어지방이 일시 부유하면서 원래 침전되어 있어야 할 크롬이 어지방에 침착되어 표면으로 떠올라 배출되었다.
 (2) 당초 제3처분 : 이 사건 공동방지시설 제3차 폭기조의 7단, 8단 산기메인벨브가 고장이 나 오염물질이 배출되었다.
 다) 채수과정의 위법 
 ① 사회관념상 통상적인 채수 횟수를 초과하는 과잉채수가 이루어진 점, ② 주·야를 불문하고 채수가 이루어졌고 유독 이상한파로 인한 비정상적 가동시점에 채수한 방류수의 수질만을 근거로 삼은 점, ③ 배출기준 초과 이후 수질개선에 따른 재채수 요청에 불응하고 임의로 재채수 시점을 미루어 배출기간을 연장시킨 점 등에 비추어 재량권을 일탈·남용하였다.
 라) 배출기간산정 방식의 위법 
 (1) 당초 제1처분 
 피고의 채수 다음 날인 2010. 12. 9. 이 사건 조합의 자체점검 결과 수질이 양호한 상태로 개선되었고, 2010. 12. 10.과 2010. 12. 13. 공인 시험분석기관인 피티시험연구원에 수질분석을 의뢰한 결과 배출허용기준 이내로 수질이 개선된 것을 확인할 수 있었다. 이에 이 사건 조합은 피고에게 재채수를 요청하였으나, 피고는 이에 불응하였고, 임의로 2010. 12. 15.까지를 배출기간으로 보아 당초 제1처분을 하였다.
 (2) 당초 제2처분 
 이 사건 공동방지시설이 정상적으로 가동된 이후인 2011. 1. 28. 이 사건 조합의 자체점검 결과 수질이 양호한 상태로 개선되었고, 2011. 2. 1. 피티시험연구원에 수질분석을 의뢰한 결과 배출허용기준 이내로 수질이 개선된 것을 확인할 수 있었으나, 피고는 임의로 2011. 2. 12.까지를 배출기간으로 보아 당초 제2처분을 하였다.
 (3) 당초 제3처분 
 피고의 채수 다음 날인 2011. 3. 18. 이 사건 조합의 자체점검 결과 수질이 양호한 상태로 개선된 것을 확인할 수 있었다. 이에 이 사건 조합은 피고에게 재채수를 요청하였으나, 피고는 이에 불응하였고, 임의로 2011. 3. 29.까지를 배출기간으로 보아 당초 제3처분을 하였다.
 마) 위반횟수별 부과계수 적용의 위법 
 (1) 사업장의 종류별 구분에 따른 위반횟수별 부과계수 적용의 위법 
 사업장의 종류별 구분에 따른 위반횟수별 부과계수를 적용함에 있어 원고들을 포함한 각 사업장별 폐수배출량을 기준으로 하여 개별적으로 이를 적용하여야 함에도 피고는 이 사건 공동방지시설을 운영하는 이 사건 조합을 기준으로 제1종 사업장에 해당하는 부과계수를 적용하여 전체 초과배출부과금을 산정한 후 이를 배분하였다.
 (2) 위반횟수 적용의 위법 
 이 사건 조합은 당초 제2처분의 근거가 된 2011. 1. 27.자 위반행위 이전에는 크롬의 초과배출로 적발된 적이 없었고, 당초 제3처분의 근거가 된 2011. 3. 17.자 위반행위 이전에는 위 2011. 1. 27.자 한 차례의 위반행위만 있었음에도, 피고는 크롬 외의 다른 수질오염물질의 배출로 적발된 경우도 위 위반행위에 해당하는 것으로 보아 당초 제2처분에는 4회 위반에 해당하는 위반횟수별 부과계수를, 당초 제3처분에는 5회 위반에 해당하는 위반횟수별 부과계수를 각 적용하였다.
 2) 전체 초과배출부과금을 각 사업장별로 배분하여 한 처분의 위법성 
 가) 이 사건 분담규정의 무효 
 이 사건 분담규정은 다수인 수산물가공업체를 운영하는 조합원들이 소수인 피혁업체를 운영하는 조합원들에게 부당한 불이익을 강요하는 내용의 것일 뿐만 아니라, 크롬 부분은 중소기업중앙회의 승인도 받지 못하였으므로 무효이다.
 나) 이 사건 분담규정에 따른 이 사건 처분의 위법성 
 설령 이 사건 분담규정이 유효하다고 하더라도, 행정처분은 법령의 근거하에 행하여야 하는 것이므로 법령의 근거 없이 이 사건 분담규정에 따라 초과배출부과금을 부과한 것은 위법할 뿐만 아니라, 원고 4를 제외한 나머지 원고들은 이 사건 조합의 조합원이 아니므로 이 사건 분담규정이 적용되어서는 아니 된다.
 다) 합리적 산정을 결여한 위법 
 이 사건 분담규정에 의하여 각 사업장의 초과배출부과금 부담비율을 정할 수 없으므로 결국 각 사업장이 실제로 배출한 ‘수질오염물질의 양’ 및 ‘농도’를 기준으로 초과배출부과금을 산정하여야 할 것인데, 피고는 이를 무시하고 이 사건 분담규정에 따라 수질오염물질의 배출량을 산정하였다.
 나. 관계 법령 
 별지6 관계 법령 기재와 같다.
 다. 판단 
 1) 전체 초과배출부과금 산정의 위법 여부에 대한 판단 
 가) 단속 재량권의 일탈·남용 여부 
 (1) 먼저 시료의 채취 및 보존방법 위반 여부에 관하여 보건대, 피고가 수질오염공정시험기준상의 시료의 채취 및 보존방법을 위반하였다는 원고들의 주장에 부합하는 갑 제20호증의 7, 제22호증의 5의 각 기재는 아래와 같은 이유로 이를 그대로 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
 오히려, 갑 제20호증의 8, 제22호증의 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 당초 제1 내지 제3처분의 기초가 된 각 채수 당시 부산광역시 사하구청(이하 ‘사하구청’이라고만 한다) 소속 공무원 및 이 사건 조합의 직원들이 지켜보는 가운데 이 사건 조합의 직원인 소외 2가 직접 시료를 시료용기에 담은 사실, ② 사하구청 소속 공무원들은 시료채취 전 이 사건 조합의 직원들에게 시료채취 방법에 관하여 설명하여 준 사실, ③ 위 각 채수 이전에도 이 사건 공동방지시설에서의 방류수 채수가 여러 차례 시행되었고, 그때마다 이 사건 조합의 직원들이 채수과정에 참여하여 그 직원들은 채수방법을 숙지하고 있었을 것으로 보임에도 위 각 채수 당시 이 사건 조합의 직원들은 채수 방법에 관하여 아무런 이의를 제기하지 아니한 사실, ④ 한 번도 사용하지 않은 깨끗한 용기에 시료를 담아 2010. 12. 8.과 2011. 3. 17. 각 오후 늦게 채수한 시료는 각 그 다음 날 오전에, 2011. 1. 27. 채수한 시료는 같은 날 각 보건환경연구원에 분석을 의뢰한 사실이 인정될 뿐이다.
 (2) 다음으로 과잉단속 여부에 관하여 보건대, 을 제4호증, 제10호증의 1, 2, 제17호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 당초 제1, 제3처분의 근거가 된 2010. 12. 8.과 2011. 1. 27.자 단속은 각 부산환경공단 강변사업소의 민원 제기에 따라 이루어진 점, ② 이 사건 조합은 당초 제1 내지 제3처분 이전에도 여러 차례 오염물질을 초과배출하여 초과배출부과금 부과처분을 받았으면서도 이를 체납한 전력이 있어 중점적인 단속이 필요했던 곳으로 보이는 점, ③ 이 사건 공동방지시설이 2010. 11.부터 2011. 3.까지 약 4개월간 4차례에 걸쳐 단속이 된 것은 이 사건 공동방지시설에서 그와 같이 자주 오염물질이 배출되었기 때문이므로 그 책임은 이 사건 조합에게 있는 점 등에 비추어 보면, 원고들이 주장하는 사정을 고려하더라도 피고의 단속이 재량권을 일탈·남용한 것이라고 보기 어렵다.
 (3) 따라서 원고들의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.
 나) 상당성의 결여 여부 
 (1) 먼저 당초 제1, 제2처분에 관한 주장에 대하여 보건대, 갑 제10호증의 1 내지 제13호증의 2의 각 기재만으로는 원고들의 이 부분 주장사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
 설령, 원고들의 주장대로 2010. 12. 8.과 2011. 1. 27. 한파로 인하여 이 사건 공동방지시설의 정상적인 작동이 불가능하였다고 하더라도, 갑 제20호증의 7, 8, 제22호증의 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 공동방지시설에는 악취방지가 주목적인 덮개 외에 이상저온에 대비하기 위한 수온조절설비 및 폐수처리 과정에서 발생하는 슬러지를 처리할 시설이 설치되어 있지 않았던 점(이 사건 조합은 2012. 5.경에 이르러서야 피고의 지원을 받아 이 사건 공동방지시설에 슬러지 처리시설을 설치하였다), ② 이 사건 조합은 2010. 12. 8. 이미 한차례 한파로 인한 이상을 겪었으면서도 한 달이 지나는 기간 동안에도 이에 대한 대비를 소홀히 한 점에 비추어 보면, 이상한파에 대비하지 못한 책임이 이 사건 조합에게 있다고 할 것이므로, 위와 같은 상황이 원고들이 책임질 수 없는 불가항력적인 상황이었다고 보기 어렵다.
 (2) 다음으로 당초 제3처분에 관한 주장에 대하여 보건대, 갑 제16호증의 1, 제20호증의 7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 2011. 3. 17. 당시 이 사건 공동방지시설 3차 폭기조의 7단, 8단 메인벨브가 고장이 나 교체된 사실을 인정할 수 있으나, 위 각 벨브의 유지·관리책임은 이 사건 공동방지시설을 운영하는 이 사건 조합에게 있으므로, 그 고장으로 인한 책임은 이 사건 조합이 져야 할 것이고, 달리 위와 같은 고장이 불가항력적인 사유로 인한 것임을 인정할 증거가 없다.
 (3) 따라서 원고들의 이 부분 주장도 모두 이유 없다.
 다) 채수과정의 위법 여부 
 살피건대, ① 앞서 본 바와 같이 이 사건 조합은 당초 제1 내지 제3처분 이전에도 여러 차례 수질오염물질을 초과배출하여 초과배출부과금 부과처분을 받은 전력이 있고, 부산환경공단 강변사업소 등으로부터 폐수배출에 대한 지속적인 민원 제기가 있어 중점적인 단속이 필요했던 것으로 보이는 점, ② 원고들이 주장하는 이상한파 시점 이전과 이후에도 지속적으로 채수가 이루어졌고, 이상한파로 인하여 이 사건 공동방지시설이 정상적으로 작동하지 못하였다고 하더라도 이에 대비하지 못한 이 사건 조합의 책임이 큰 점, ③ 앞서 배척한 갑 제22호증의 5의 기재 외에는 이 사건 조합이 피고에게 각 단속 후 자체분석 결과나, 피티시험연구원의 분석 결과를 가지고 재채수 요청을 하였음을 인정할 증거가 없는 점 등에 비추어 보면, 피고의 방류수 채수과정 및 수질개선상태 확인을 위한 재채수 과정에서 어떠한 위법이 있었다고 보기 어렵다. 
 따라서 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.
 라) 배출기간산정 방식의 위법 여부 
 살피건대, 피고가 2012. 9. 13. 당초 제1 내지 제3처분을 직권으로 모두 취소하고 이 사건 조합의 자가측정자료를 바탕으로 부과일수를 재산정하여 총 초과배출부과금 금액을 합계 17,317,908,080원으로 조정한 사실은 앞서 본 바와 같다.
 따라서 원고들의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.
 마) 위반횟수별 부과계수 적용의 위법 여부 
 (1) 사업장의 종류별 구분에 따른 위반횟수별 부과계수 적용의 위법 여부 
 살피건대, 수질보전법 시행령 제49조 제2항 [별표 16] 제2항, [별표 13]은 사업장의 폐수 배출 규모에 따라 사업장을 제1종 내지 제5종으로 구분하여 위반횟수별 부과계수를 달리 정하고 있는바, ① 앞서 본 바와 같이 공동방지시설을 이용하는 각 사업장별 폐수배출량 및 수질오염물질 농도를 알 수 없는 경우 공동방지시설 전체에 대하여 산정한 초과배출부과금을 분담규약에 따라 나누어 부담하도록 규정하고 있는 수질보전법 및 같은 법 시행규칙 관련 규정의 취지 및 ② 위와 같은 경우 각 사업장을 제1종 내지 제5종으로 구분하는 것은 원칙적으로 불가능한 점 등에 비추어 이 사건 공동방지시설의 폐수배출량을 기준으로 제1종 사업장에 해당하는 위반횟수별 부과계수를 적용한 것은 정당하다고 봄이 상당하다.
 따라서 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.
 (2) 위반횟수 적용의 위법 여부 
 수질보전법 시행령 제45조 제1항, 제49조 제2항 [별표 16] 제1항은 초과배출부과금을 산정함에 있어서 위반횟수별 부과계수의 위반횟수는 ‘사업장별로 같은 시행령 제46조에 따른 초과배출부과금 부과 대상 수질오염물질을 배출(수질보전법 제41조 제1항 제2호 가목의 경우에는 배출허용기준을 초과하여 배출한 경우를 말한다)함으로써 수질보전법 제39조 개선명령 등을 받은 경우 그 위반행위의 횟수로 하되, 그 부과금 부과의 원인이 되는 위반행위를 한 날을 기준으로 최근 2년간의 위반행위를 한 횟수로 한다’고 규정하고 있다.
 살피건대, ① 수질보전법 시행령 제45조 제1항에 의하면 초과배출부과금은 ‘기준초과배출량 × 수질오염물질 1킬로그램당 부과금액 × 연도별 부과금산정지수 × 지역별 부과계수 × 배출허용기준초과율별 부과계수(수질보전법 제41조 제1항 제2호 나목의 경우에는 유출계수·누출계수) × 배출허용기준 위반횟수별 부과계수’의 산식에 따라 기준치를 초과하여 배출된 수질오염물질별로 구분하여 계산하도록 되어 있는 점, ② 위 수질오염물질 1㎏당 부과금액과 관련하여 같은 조 제5항 [별표 14]는 각 수질오염물질별로 그 금액을 달리 정하고 있고, 1㎏당 부과금액이 250원으로서 가장 낮은 유기물질 및 부유물질에 비하여 크롬 및 그 화합물은 300배인 75,000원, 수은 및 그 화합물과 폴리염화비페닐은 5,000배인 1,250,000원으로서 수질오염물질의 유해성 정도를 고려하여 매우 큰 차이를 두고 규정되어 있는데, 만약 위반횟수를 수질오염물질의 종류를 불문하고 이를 배출하여 위반한 경우로 산정하여 위반횟수별 부과계수를 적용하게 되면, 유해성 정도가 중한 오염물질의 경우 단 1회 위반의 경우에도 이전 다른 수질오염물질의 배출 위반 전력에 따라 사업자로서는 예상치 못한 큰 액수의 초과배출부과금을 부담하게 될 수 있는바, 이는 위와 같이 수질오염물질의 유해성 정도에 따라 수질오염 1㎏당 부과금액에 큰 차등을 두어 제재를 가하고 있는 사정에 비추어 볼 때 지나치게 가혹한 것으로 보이는 점, ③ 위와 같은 사정에 비추어 수질오염물질의 종류에 상관없이 위반횟수를 산정하려면 특별한 규정이 있어야 할 것인데, 이에 관하여는 아무런 규정이 없는 점 등에 비추어 보면, 수질보전법 시행령 제45조 제1항, 제49조 제2항 [별표 16] 제1항의 배출허용기준 위반횟수별 부과계수의 위반횟수는 수질오염물질의 종류를 불문하고 위반행위의 횟수를 산정할 것이 아니라 각 수질오염물질별로 구분하여 배출허용기준을 초과한 수질오염물질을 배출함으로써 개선명령 등을 받은 경우 그 위반행위의 횟수로 산정하여야 하는 것으로 해석함이 상당하다고 할 것이다(을 제17호증의 1의 기재에 의하면, 피고는 2011. 10. 27. 위 관계 규정을 수질오염물질의 종류를 불문하고 위반행위의 횟수를 산정하여야 하는 것으로 해석하여, 이 경우 사업자의 부담이 지나치게 가중되므로 수질오염물질별로 산정하는 것으로 개선되어야 한다는 의견을 환경부장관에게 제출하기도 하였는바, 위에서 본 바와 같이 현행 규정상으로도 위와 같은 해석은 가능하다고 할 것이다).
 그런데, 앞서 든 증거들과 을 제17호증의 1의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 조합은 이 사건 공동방지시설에서 2009. 7. 14. 화학적 산소요구량 및 총질소가, 2009. 9. 14. 총질소가, 2010. 3. 24. 총질소 및 총인이 각 기준치를 초과하여 배출된 사실이 적발되어 피고로부터 각 개선명령 등을 받은 사실, 피고는 2012. 9. 13. 조정된 총 초과배출부과금을 산정하면서 위반횟수별 부과계수와 관련하여 수질오염물질별로 위반횟수를 구분하지 아니하고, 당초 제2처분(화학적 산소요구량, 부유물질, 총질소, 크롬 초과배출)에 해당하는 부분에 관하여는 위 세 번의 위반을 위반횟수에 포함시켜 4차 위반에 해당하는 위반횟수별 부과계수를, 당초 제3처분(화학적 산소요구량, 부유물질, 크롬 초과배출)에 해당하는 부분에 관하여는 위 세 번의 위반과 당초 제2처분을 위반횟수에 포함시켜 5차 위반에 해당하는 위반횟수별 부과계수를 각 적용한 사실을 인정할 수 있는바, 앞서 본 법리에 비추어 보면, 당초 제2처분 중 화학적 산소요구량은 2차 위반, 부유물질 및 크롬은 각 1차 위반에, 당초 제3처분 중 화학적 산소요구량은 3차 위반, 부유물질 및 크롬은 각 2차 위반에 각 해당함에도 위와 같이 각 4차 및 5차 위반에 해당하는 위반횟수별 부과계수를 적용하여 총 초과배출부과금을 산정하였으므로 이는 위반횟수별 부과계수를 잘못 적용한 것으로서 위법하다고 봄이 상당하다(당초 제1처분에 해당하는 부분의 경우 이 사건 공동방지시설의 자체개선기간 중의 초과배출에 해당하여 수질보전법 시행령 제45조 제1항 단서에 따라 초과배출부과금을 산정함에 있어서 위반횟수별 부과계수를 적용하지 아니하였다).
 따라서 이 사건 각 처분 중 당초 제2, 제3처분에 해당하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로(앞서 본 바와 같이 총질소에 관한 부분은 위반횟수별 부과계수 적용에 있어 잘못이 없으나 당초 제2, 제3처분에 해당하는 부분 중 총질소 부분만을 따로 떼어내어 총 초과배출부과금을 산정하는 것이 불가능하므로 당초 제2, 제3처분에 해당하는 부분 전체를 취소하기로 한다), 원고들의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.
 2) 전체 초과배출부과금을 각 사업장별로 배분하여 한 이 사건 각 처분의 위법 여부 
 가) 이 사건 분담규정 중 크롬에 관한 부분 
 수질보전법 제35조 제4항, 제6항에 의하면 사업자는 배출시설로부터 배출되는 수질오염물질의 공동처리를 위한 공동방지시설을 설치할 수 있고, 이 경우 각 사업자는 사업장별로 해당수질오염물질에 대한 방지시설을 설치한 것으로 보며, 공동방지시설의 설치·운영에 관하여 필요한 사항은 환경부령으로 정한다. 위 법의 위임에 따라 공동방지시설의 설치·운영에 관하여 필요한 사항을 규정한 같은 법 시행규칙 제45조 제1항 제6호, 제2항 단서에 의하면, 공동방지시설의 대표자는 공동방지시설을 설치하려는 경우에는 ‘사업장별 폐수배출량 및 수질오염물질 농도를 측정할 수 없을 때의 배출부과금·과태료·과징금 및 벌금 등에 대한 분담명세를 포함한 공동방지시설의 운영에 관한 규약’을 시·도지사에게 제출하여야 하고, 공동방지시설의 운영관리와 관련된 배출부과금의 납부는 사업자별로 부담비율을 미리 정하여 분담한다. 
 한편, 중소기업협동조합법 제30조 제1항 제3호, 제130조 제1항 제4호, 제3항, 제136조 제2항, 같은 법 시행령 제42조 제2항 제3호에 의하면, 협동조합은 조합원에게 의무를 부과하는 사항을 규약으로 정할 수 있고, 그 규약을 제정하거나 개폐하려면 중소기업중앙회 회장의 승인을 받아야 하는바, 위 승인은 그 규약의 효력발생요건이라고 봄이 상당하다.
 위 규정에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 비록 이 사건 분담규정이 ‘규약’이 아닌 ‘규정’의 명칭으로 신설되었으나 중소기업협동조합법 제30조 제1항 제3호가 규정하는 ‘그 밖에 조합원에게 의무를 부과하는 사항’을 정한 규약에 해당하는지 여부는 그 명칭 여하에 불구하고 실질적인 내용을 기준으로 하여 이를 판단하여야 할 것인바, 이 사건 분담규정에 따라 이 사건 공동방지시설을 이용하여 폐수를 배출하는 각 사업장 별로 구체적인 초과배출부과금의 금액이 정해지고, 그에 따라 초과배출부과금 납부의무가 확정되므로, 이 사건 분담규정은 조합원에게 의무를 부과하는 사항에 해당하여 그 신설에는 중소기업중앙회 회장의 승인이 필요하다고 할 것이다.
 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 조합이 이 사건 분담규정에 대하여 중소기업중앙회에 승인신청을 하였으나 이 사건 분담규정 중 크롬에 관한 제4호 부분에 관하여는 승인을 받지 못하였는바, 위 제4호 부분은 효력이 없다고 할 것이므로 이 사건 처분 중 크롬에 관하여 위 제4호에 따라 부담비율을 정하여 초과배출부과금을 부과한 부분은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다(피고는 이 사건 분담규정이 무효인 경우 입법의 공백이 발생하게 되므로 일응의 합리적인 기준에 따라 초과배출부과금을 부과하여야 하는데, 이 사건 조합이 자체적으로 용역을 의뢰하여 그 결과에 따라 내부 의사결정까지 거쳐 피고에게 제출한 이 사건 분담규정이 초과배출부과금을 산정함에 있어서 가장 합리적인 기준이므로 이 사건 분담규정에 따라 초과배출부과금을 부과한 이 사건 각 처분은 적법하다고도 주장하나, 갑 제18호증의 기재에 의하면 크롬에 관하여 위 연구용역을 수행한 소외 1 교수는 위 연구 결과에 따른 분석 결과는 크롬에 관한 분담금을 정하는 기준이 될 수 없음을 스스로 인정하고 있으므로 이 사건 분담규정 중 크롬에 관한 제4호 부분을 초과배출부과금을 산정함에 있어 가장 합리적인 기준이라고 보기는 어렵다고 할 것이다).
 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 있으므로, 이하에서는 이 사건 분담규정 중 크롬 외의 수질오염물질에 관한 부분에 대하여만 살펴보기로 한다. 
 나) 이 사건 분담규정(크롬 부분 제외)의 무효 여부 
 살피건대, ① 갑 제23호증의 7의 기재에 의하면, 이 사건 조합의 정관(2013. 10. 16. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제34조 제1항 제2호, 제35조 제1항에 따라 ‘규약의 제정·변경 또는 폐지’는 총회의 의결사항이고, 총회는 법령이나 정관 또는 규약에 특별한 규정이 없는 한 총 조합원 과반수의 출석으로 개의하고, 출석조합원 과반수의 찬성으로 의결하는바, 갑 제6호증, 을 제9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 분담규정(크롬 부분 제외)은 2012. 8. 31. 이 사건 조합의 임시총회에서 총 조합원 43개 업체 중 40개 업체가 참석한 가운데 30개 업체의 찬성으로 의결되었으므로 그 신설 과정에 절차상 아무런 흠이 없고, ② 그 내용에 있어서도 ‘부담비율은 사유발생일(위반행위일) 기준으로 당월 및 직전 1개월 수도(지하수 포함) 검침량으로 한다. 다만 격월 검침 사업자는 월 평균으로 검침량을 산정한다.’는 것으로서 이 사건과 같이 사업장별 폐수배출량 및 수질오염물질 농도를 측정할 수 없는 경우 일반적으로 물 사용량이 많을 경우 폐수 배출량도 많을 것으로 추단할 수 있으므로 물 사용량을 기준으로 분담비율을 정하는 것을 일부의 조합원들에게 부당하게 불이익을 강요하여 합리적 타당성을 결한 것으로 보기도 어렵다.
 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 다) 이 사건 분담규정에 따른 이 사건 처분(크롬 부분 제외)의 위법 여부 
 먼저, 앞서 살펴 본 바와 같이 피고가 이 사건 분담규정(크롬 부분 제외)에 따라 원고 4에게 이 사건 처분(크롬 부분 제외)을 한 것은 수질보전법 제35조 제6항, 같은 법 시행규칙 제45조 제1항 제6호, 제2항 단서에 그 근거를 둔 것이므로 적법하다.
 다음으로, 이 사건 조합의 조합원이 아닌 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3에게도 이 사건 분담규정(크롬 부분 제외)이 적용되어야 하는지 여부에 대하여 보건대, 갑 제23호증의 3 내지 7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 이 사건 공동방지시설은 이 사건 조합의 조합원들이 막대한 투자비를 출자하여 1993년경 설치되었고, 그 이후에도 조합원들의 출자로 지속적인 시설개선 등을 하여 왔으며, 위 설치시부터 현재까지 이 사건 조합이 계속하여 이 사건 공동방지시설을 운영해 오고 있으므로, 이 사건 조합의 규약으로 이 사건 공동방지시설을 이용하는 사업자들의 분담비율을 정하는 것이 타당한 것으로 보이는 점, ② 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3을 포함한 임차업체들은 조합원들과 마찬가지로 이 사건 공동방지시설에 폐수를 배출하여 사업을 영위해오고 있으므로 이 사건 공동방지시설의 이용에 따른 초과배출부과금 등의 분담 의무를 져야하는 점, ③ 이 사건 조합의 정관 제9조, 제10조는 조합원의 자격을 부지의 소유자 또는 임대인으로 한정하지 아니하여 임차인들도 조합원으로 가입할 수 있는 길을 열어두고 있을 뿐만 아니라, 이 사건 조합의 공동협동화사업장 규정 부칙 제3조는 ‘이 사건 조합의 공동시설을 이용하고자 하는 업체는 이 사건 조합에 가입하여야 한다’고 하여 가입 의무를 부과하고 있음에도 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3이 이에 가입하지 아니한 점, ④ 앞서 본 바와 같이 물 사용량에 따라 분담비율을 정한 이 사건 분담규정(크롬 부분 제외)이 합리적 타당성을 결한 것으로는 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 임차업체인 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3이 이 사건 분담규정(크롬 부분 제외)의 신설 과정에 의결권을 행사하지 아니하였다고 하더라도 이 사건 분담규정(크롬 부분 제외)은 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3에게도 적용된다고 봄이 상당하다.
 따라서 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.
 라) 합리적 산정을 결여한 위법 여부 
 앞서 살펴 본 바와 같이 이 사건 분담규정(크롬 부분 제외)에 따른 이 사건 처분(크롬 부분 제외)은 적법하므로 원고들의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.
 3) 소결 
 따라서 이 사건 각 처분 중 당초 제1처분의 일반오염물질에 해당하는 부분의 초과배출부과금, 즉 원고 1 회사에 대하여 한 별지1-가 표 제1항 가호 내지 마호 각 일반오염물질 배분금액란 기재 금액 합계 10,182,970원(1,536,100원+664,120원+3,304,380원+96,070원+4,582,290원), 원고 2 회사에 대하여 한 별지1-나 표 제1항 가호 내지 마호 각 일반오염물질 배분금액란 기재 금액 합계 7,573,370원(1,664,540원+515,610원+2,576,550원+74,080원+2,742,590원), 원고 3에 대하여 한 별지1-다 표 제1항 가호 내지 마호 각 일반오염물질 배분금액란 기재 금액 합계 3,670,090원(912,010원+263,520원+29,140원+33,620원+2,431,800원), 원고 4에 대하여 한 별지1-라 표 제1항 가호 내지 마호 각 일반오염물질 배분금액란 기재 금액 합계 15,544,080원(2,528,010원+1,066,540원+5,118,650원+170,370원+6,660,510원)을 각 초과하는 부분은 위법하므로 각 취소되어야 할 것이다.
 3. 집행정지 
 이 사건 기록에 나타난 자료를 종합하면, 이 사건 각 처분의 집행으로 인하여 원고들에게 생길 회복하기 어려운 손해를 예방하기 위한 긴급한 필요가 있다고 인정되고, 달리 이 사건 각 처분의 집행정지로 인하여 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 있다고 인정할 만한 자료도 없으므로, 이 사건 각 처분 중 주문 제1항에서 각 취소를 명하는 각 부분에 대하여는 이 사건 항소심판결선고시까지 직권으로 그 집행을 각 정지한다.
 4. 결론 
 그렇다면 원고들의 청구는 위 각 인정범위 내에서 각 이유 있으므로 이를 각 인용하고, 각 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하며, 직권으로 이 사건 각 처분 중 주문 제1항에서 각 취소를 명하는 부분에 대하여 각 집행정지를 명하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김상국(재판장) 신윤주 장성욱