양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2000.10.06 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 변호사 김동묵)
【피고, 피상고인】 수원세무서장
【원심판결】 서울고법 1997. 11. 18. 선고 96구4031 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 제1점에 대하여
 가. 원심판결 이유에 의하면, 원고는 이 사건 구공장을 이전할 목적으로 1990. 10. 31. 이 사건 신공장 부지를 취득하였는데, 그 이전인 1990. 10. 30. 이 사건 신공장 부지에 신공장 건물을 건축하기 위한 형질변경 등의 공사에 착수한 사실, 원고가 위 형질변경 공사를 마치고 1991. 6. 15. 산림훼손 준공검사필증을 교부받은 다음 화성군수에게 지목변경신청을 하였으나 토지등급 관계로 늦게 처리되어 1991. 7. 26.에야 지목변경등기를 마친 후 1991. 9. 19. 신공장 건물의 건축허가를 받았다가, 1991. 10. 8. 이 사건 구공장에서 사용하던 제재설비 외에 추가로 새로운 제재설비를 설치하기로 하고 제조시설면적을 380㎡에서 900㎡로 늘리고 부대시설면적을 600㎡에서 80㎡로 줄이는 공장설립변경신고를 한 사실, 원고는 1992. 5. 18. 소외 도한종합건설 주식회사로 하여금 이 사건 신공장 건물을 1992. 8. 30.까지 준공하도록 하였으나, 당시 주택 2백만 호 건설로 인한 극심한 자재, 인력난으로 공사가 늦어져 1992. 9. 20.경 이 사건 신공장 중 구공장에서 사용하던 제재설비를 이전, 설치할 부분을 완공하고서 구공장의 제재설비를 설치하여 제품을 제조한 다음 1992. 10. 20.경부터 판매한 사실, 원고가 1992. 9. 29. 새로운 제재설비의 도입계약을 체결하고 그 때부터 나머지 공장 건물 및 부대시설의 신축공사를 계속하여, 1992. 12. 3. 새로운 제재설비를 설치하였으나, 부대시설과 주위 환경정리를 하느라 1993. 6. 13.에야 이 사건 신공장 건물에 대한 사용검사를 신청하여 1993. 7. 6. 사용검사를 받은 사실을 인정한 다음, 이 사건 신공장의 시공일인 1990. 10. 30.로부터 2년 이내에 이 사건 신공장 건물이 완전 준공되었다고 볼 수 없으므로 양도소득세 및 방위세 전액의 추징사유가 발생하였고, 또한 당시 주택 2백만 호 건설로 인한 자재, 인력난이 있었던 사정만으로는 원고가 이 사건 신공장의 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하지 못하고 그 기한을 넘기게 된 데에 정당한 이유가 있다고 볼 수는 없다고 판단하였다. 
 나. 그러나 구 소득세법(1989. 12. 30. 법률 제4163호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제2항 제2호, 구 방위세법(1990. 12. 31. 법률 제4280호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항, 구 소득세법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12877호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 시행령'이라 한다) 제18조 제1항, 제2항, 제5항에 의하면, 2년 이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 토지와 건물을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세하였다가 구공장의 양도일로부터 1년 이내에 시공하지 아니하거나 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 그 면제받은 세액을 추징하고, 기한 내에 신공장을 시공·준공하였으나 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에 미달하고 신공장의 가액도 구공장의 가액에 미달하는 때에는 구공장의 가액에서 신공장의 가액이 차지하는 비율에 해당하는 산출세액을 추징에서 제외한다고 규정하고 있다.
공장 이전 목적의 양도의 경우에 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세하도록 규정하고 있는 취지는 공장을 소유 경영하다가 이를 이전하기 위하여 종전에 운영하던 공장의 대지와 건물을 양도하는 자에게 소득세 감면의 혜택을 줌으로써 이전 후에도 계속적으로 공장을 운영할 수 있도록 공장 이전을 지원하는 한편, 그 감면 혜택이 부동산 투기에 악용됨을 방지하려는 데에 있는 점(대법원 1992. 4. 28. 선고 91누8487 판결 등 참조), 구 시행령 제18조 제2항, 제5항 제3호에서 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에 미달하고 신공장의 가액도 구공장의 가액에 미달하는 때에는 구공장의 가액에서 신공장의 가액이 차지하는 부분에 해당하는 산출세액은 추징에서 제외하고 있는 점에 비추어 구 시행령 제18조 제5항 소정의 '준공하여 사업을 개시한 경우'에는 '신공장의 일부를 준공하여 사업을 개시한 경우'도 포함된다고 보아 신공장의 일부를 준공하여 사업을 개시한 부분의 대지면적이나 가액이 구공장의 대지면적이나 가액을 초과하는 때에는 추징대상에서 제외하고, 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에 미달하고 신공장의 가액도 구공장의 가액에 미달하는 때에는 구공장의 가액에서 신공장의 가액이 차지하는 부분에 해당하는 산출세액은 추징에서 제외함이 타당하다 할 것이다. 
 원심이 인정한 사실관계에 의하더라도, 원고는 1992. 9. 20.경 이 사건 신공장 중 이 사건 구공장의 제재설비를 가동하기 위한 공장 부분을 완공하여 이 사건 구공장에서 사용하던 제재기계를 이전 설치한 다음, 1992. 10. 20.경부터 제품을 제조 판매하였다는 것이므로, 원고는 시공일인 1990. 10. 29.로부터 2년 이내에 이 사건 신공장의 일부를 준공하여 사업을 개시하였다 할 것이다. 
 그런데도 원심은, 이 사건 신공장 전부가 시공일로부터 2년 이내에 준공되지 않았음을 이유로 이 사건 구공장 양도로 면제받은 세액 전부를 추징하여야 한다고 판단하였으니, 원심판결에는 구 시행령 제18조 제5항 소정의 추징대상에 관한 법리를 오해하여 이 사건 신공장 중 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시한 부분의 대지면적이나 가액에 대한 심리를 미진하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 부분 상고이유의 주장은 이유 있다.
 다. 그리고 구 소득세법 제6조 제2항 제2호, 구 방위세법 제3조 제3항에 의하여 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세 받은 경우에, 그 면제된 세액의 추징을 규정한 구 시행령 제18조 제5항 제1호 소정의 유예기간을 넘겨 신공장을 시공하거나 준공하여 사업을 개시하였다고 하더라도, 그 지연의 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 사유에서 비롯되었을 때에는 위 시행령 조항을 적용하여 면제된 양도소득세와 방위세를 추징할 수 없다고 보아야 할 것이다(대법원 1994. 9. 13. 선고 94누4141 판결, 1995. 9. 15. 선고 95누6854 판결 등 참조). 
 원심이 인정한 사실관계에 의하더라도, 원고가 공장의 신축을 고의적으로 지연시킨 것이라고 볼 사유가 없고, 시공일로부터 2년 내인 1992. 9. 20.경 공장 일부를 완공한 다음 가동하여 제품을 판매하였으며, 나머지 공장 건물 및 부대시설의 신축공사도 계속하여 1992. 12. 3. 새로운 제재설비를 설치하였고, 이 사건 신공장 전부의 준공도 1993. 7. 6.로 준공기한으로부터 불과 8개월 남짓 지난 시점인바, 원심이 인정한 사실을 전체적으로 관찰하여 보면 원고가 이 사건 신공장 전부를 준공하여 사업을 개시함에 있어 유예기간을 넘기게 된 원인이 원고의 태만에서 비롯된 것이라고 할 수는 없다 할 것이다. 
 그런데도 원심은, 원고가 이 사건 신공장 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하지 못하고 그 기한을 넘기게 된 것이 원고에게 그 책임을 지울 수 없는 사유에서 비롯된 것이라고 볼 수 없다고 판단하였으니, 원심판결에는 구 시행령 제18조 제5항 소정의 추징사유에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 부분 상고이유의 주장도 이유 있다.
 2. 그러므로 원고의 나머지 상고이유에 대하여 더 나아가 판단하지 아니하고 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 조무제(재판장) 이용우 강신욱(주심) 이강국

[1] 공장 이전 목적의 양도의 경우에 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세하도록 규정한 구 소득세법 제6조 제2항 제2호, 구 방위세법 제3조 제3항의 규정 취지 및 신공장의 일부를 준공하여 사업을 개시한 경우, 공장 이전에 따라 면제된 양도소득세가 추징의 대상이 되는지 여부에 대한 판단 기준
[2] 공장 이전 목적의 양도에 해당하여 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세받은 자가 구 소득세법시행령 제18조 제5항 제1호 소정의 유예기간을 넘겨 신공장을 시공하거나 준공하여 사업을 개시하였으나 그 지연에 귀책사유가 없는 경우, 면제된 세액을 추징할 수 있는지 여부(소극)

[1] 공장 이전 목적의 양도의 경우에 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세하도록 규정하고 있는 구 소득세법(1989. 12. 30. 법률 제4163호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항 제2호 및 구 방위세법(1990. 12. 31. 법률 제4280호로 폐지) 제3조 제3항의 규정 취지는 공장을 소유 경영하다가 이를 이전하기 위하여 종전에 운영하던 공장의 대지와 건물을 양도하는 자에게 소득세 감면의 혜택을 줌으로써 이전 후에도 계속적으로 공장을 운영할 수 있도록 공장 이전을 지원하는 한편, 그 감면 혜택이 부동산 투기에 악용됨을 방지하려는 데에 있고, 구 소득세법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12877호로 개정되기 전의 것) 제18조 제2항, 제5항 제3호에서 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에 미달하고 신공장의 가액도 구공장의 가액에 미달하는 때에는 구공장의 가액에서 신공장의 가액이 차지하는 부분에 해당하는 산출세액은 추징에서 제외하고 있는 점에 비추어 위 시행령 제18조 제5항 소정의 '준공하여 사업을 개시한 경우'에는 '신공장의 일부를 준공하여 사업을 개시한 경우'도 포함된다고 보아 신공장의 일부를 준공하여 사업을 개시한 부분의 대지면적이나 가액이 구공장의 대지면적이나 가액을 초과하는 때에는 추징대상에서 제외하고, 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에 미달하고 신공장의 가액도 구공장의 가액에 미달하는 때에는 구공장의 가액에서 신공장의 가액이 차지하는 부분에 해당하는 산출세액은 추징에서 제외함이 타당하다. 
[2] 구 소득세법(1989. 12. 30. 법률 제4163호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항 제2호, 구 방위세법(1990. 12. 31. 법률 제4280호로 폐지) 제3조 제3항에 의하여 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세 받은 경우에, 그 면제된 세액의 추징을 규정한 구 소득세법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12877호로 개정되기 전의 것) 제18조 제5항 제1호 소정의 유예기간을 넘겨 신공장을 시공하거나 준공하여 사업을 개시하였다고 하더라도 그 지연의 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 사유에서 비롯되었을 때에는 같은법시행령 같은 조항을 적용하여 면제된 양도소득세와 방위세를 추징할 수 없다고 보아야 한다.