법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2016.10.05 / 시행일:

【원고, 항소인】 학교법인 ○○학교 (소송대리인 법무법인 평안 담당변호사 권형기 외 1인)
【피고, 피항소인】 안양세무서장
【제1심판결】 수원지방법원 2016. 1. 19. 선고 2015구합937 판결 
【변론종결】2016. 9. 21.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 피고가 2013. 3. 13. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 귀속 법인세 530,853,453원에 대한 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다. 
【이 유】 1. 제1심 판결의 일부 인용 
 이 판결 이유는 제1심 판결 이유 중 일부 내용을 아래와 같이 고치고 추가하는 것 외에는 제1심 판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.
○ 3면 16행 "반영하여" 다음에 아래 내용을 추가한다. 
【 이 사건 토지의 취득가액을 장부가액과 1991년 개별공시지가 중 큰 금액으로 평가하여 이를 토대로 】
○ 4면 8행의 "또한"부터 14행까지를 삭제한다.
○ 5면 1행 다음에 아래의 내용을 추가한다. 
【 4) 이 사건 처분 당시 1991. 1. 1. 기준시가를 적정하게 반영한 1991년 개별공시지가가 이미 고시되어 있으므로 법적안정성 내지 예측가능성을 위하여 상증세법 제50조 제6항을 유추적용할 필요가 없다. 구 법인세법 부칙(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제8조 제2항에 따라 이 사건 토지의 취득가액은 1991. 1. 1. 기준 개별공시지가에 기초하여 판단하여야 한다. 】
○ 5면 6행의 "구 법인세법" 다음에 아래 내용을 추가한다.
【 제3조 제1항 제1호, 동조 제3항 제5호에 따르면, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산을 제외한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 각 사업연도 소득이 되어 이에 대하여 법인세가 부과되는데, 같은 법 】
○ 7면 밑에서 3행 다음에 아래 내용을 추가하고, 밑에서 2행의 "그러므로" 앞에 "바)"를 추가한다.
【 라) 원고의 정관은 ‘설립목적이 대한민국의 교육이념에 입각(의거)하여 중등교육과 실업에 관한 전문교육을 실시하는 것으로(제1조), 자산을 기본재산과 보통재산으로 구분하되 기본재산은 교육용 기본재산과 수익용 기본재산으로 구분하여 관리하는 것으로(제6조 제1항), 학교의 운영을 위한 수익사업으로 농장, 수목재배 및 판매업과 임대업을 경영하는 것으로(제32, 33조)’ 규정하고 있다. 이처럼 원고의 정관에 따른 설립목적은 중등교육과 실업에 관한 전문교육이고 임대업은 수익사업이므로 이 사건 아파트를 취득하여 영위한 임대사업은 설립목적을 직접 수행하는 사업이라고 볼 수 없고, 수익사업에 해당한다.
 마) 비영리법인이 수행하는 사업에서 얻는 수익이 종국적으로 고유목적사업의 재원조달에 충당된다 하여 그 수익성을 부정할 것은 아니므로 임대사업을 통하여 생긴 수입으로 학교 운영비등에 충당하였다고 하더라도 이를 고유목적사업에 사용된 것으로는 볼 수 없다. 】
○ 8면 5행의 "구 법인세법" 앞에 "가)"를 추가하고, 8면 11행의 "위에서 본 바와 같은바"부터 10면 5행까지를 아래와 같이 고친다.
【 위에서 본 바와 같다. 여기의 익금의 귀속시기와 관련한 ‘5년이 되는 날까지 고유목적사업에 사용하지 아니한 때’의 해석에 관하여는 다음과 같은 점에 비추어 보면 ‘5년이 되기 전이라도 고유목적사업이 아닌 다른 사업에 사용한 때’라기보다는 ‘손금으로 계상한 사업연도 종료일 후 5년이 되는 날’이라고 보아야 한다.
 ① 위 조항의 "고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)"라는 문언 중 "5년이 되는 날까지"는 사용기간의 종기를 표시하고 있고 괄호안의 "잔액"이라는 개념에는 5년 내 사용하지 아니하고 남은 액수를 상정하고 있으므로 위 잔액은 5년이 되는 종기에 이르러서야 특정될 수 있을 뿐 5년이 되기 전에 특정될 수 없다. 따라서 ‘5년이 지나기 전에 고유목적사업이 아닌 다른 사업에 사용한 때의 남은 액수’라는 해석보다는 ‘5년이 지난 시점에서도 남은 액수’라는 해석이 문언에 더 부합한다. 
 ② 고유목적사업준비금은 이를 손금으로 인정하여 과세이연의 혜택을 부여한 만큼 손금 산입한 고유목적사업준비금을 법령에 정한 기간 내에 실질적으로 고유목적사업을 위한 사용을 강제하되 그 기간 내에 이를 사용하지 않게 되면 익금으로 과세되므로, "5년이 되는 날까지"라는 제한은 5년의 범위 내에서는 고유목적사업을 탄력적으로 운영할 수 있도록 한 것으로 볼 수 있다. 이와 달리 5년이 되기 전이라도 고유목적사업이 아닌 다른 사업에 사용한 때에 곧바로 해당 사유가 발생하였다고 보는 것은 과세이연의 혜택을 부여하여 탄력적으로 고유목적사업비를 지출할 수 있도록 법령에서 허용한 기회를 박탈하는 것이어서 고유목적사업준비금의 제도취지에 반한다.
 ③ 수익사업을 위해 자산을 취득하였다고 하더라도 5년 이내에 고유목적사업으로 이를 다시 사용하는 것으로 전환할 수 있는 이상, 수익사업을 위해 지출한 준비금이 곧바로 5년이 경과하는 기간까지 고유목적사업에 사용되지 않을 것이라고 단정할 수 없다. 설령 수익사업 지출 준비금이 고유목적사업에 사용하는 것으로 전환되지 않았다고 하더라도 구 법인세법 제29조 제4항은 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우 이자상당액을 법인세에 가산하고 있으므로 그 만큼 비영리법인의 세수부담이 증가하여 국가의 세수손실의 위험도 없다.
 ④ 비영리법인이 이전 사업연도에 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금에 산입한 금원을 법령에 정한 기간 내에 고유목적사업비로 사용하지 아니하고 환원하여 익금에 산입함으로써 법인세 과세이연의 혜택을 포기하고 익금산입에 따른 법인세 및 과세이연된 기간 동안의 법인세 이자상당액을 납부한다는 것은 법인의 해산, 고유목적사업의 전부 폐지, 법인으로 보는 단체의 승인취소 등과 같은 불가피한 사정이 있는 경우 외에는 매우 이례적이다(구 법인세법 제29조 제3항 각 호). 손금 계상 사업연도 종료일 후 5년이 지나기 전에 고유목적사업준비금을 다른 사업을 위해 사용하는 경우에 이를 바로 익금에 산입하는 것은 다른 각 호의 불가피한 경우와 동일하게 평가하는 것이나 그와 같이 보기 어렵다. 
 나) 위 법리에 비추어 보면, 원고가 2007 사업연도에 이 사건 토지 매각대금을 고유목적사업준비금으로 손금에 계상하고 이를 고유목적사업이 아닌 임대사업을 위한 아파트 매입에 사용하였더라도 아직 손금 계상 사업연도 종료일부터 5년이 되는 날에 도달하지 아니한 이상, 아파트 매입을 위한 지출이 곧바로 고유목적사업에 사용하지 아니한 당해 사유 발생으로는 볼 수 없으므로, 피고는 위 고유목적사업비를 이 사건 아파트 매입일이 속한 사업연도의 익금에 산입할 수 없다. 따라서 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 이 사건 토지 매각대금을 2007 사업연도 익금에 산입한 이 사건 처분은 위법하다. 】
 2. 결론 
 이 사건 처분은 위법하므로 이와 결론을 달리한 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소한다. 

판사 김용빈(재판장) 김경환 정승규