부가가치세 부과처분 취소 (세무, 대전지방법원)
공포일: 2009.05.13 / 시행일:

【원 고】 주식회사 일레븐건설 (소송대리인 법무법인 다산 담당변호사 최명준)
【피 고】 천안세무서장
【변론종결】2009. 4. 22.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2008. 3. 3. 원고에 대하여 한 2006년 제2기분 부가가치세 130,814,790원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 현대산업개발 주식회사(이하 ‘현대산업’이라 한다.)는 2000. 2. 14. 아래와 같은 경위로 원고에게 1,207,378,824원의 매출세금계산서(이하 ‘이 사건 제1세금계산서’라 한다.)를 교부하였다. 
 ○ 원고는 1999. 4.경 용인시장에게 용인시 상현동 산 9 외 4필지 22,954㎡에 대하여 용적율 199.94%, 300세대 규모의 공동주택건설사업계획 승인신청을 하였으나, 용인시장은 1999. 5. 27. 위 사업부지면적이 준농림지역에서 준도시지역으로 국토이용계획을 변경하기 위하여 필요한 기준면적인 30,000㎡에 미달된다는 이유로 반려처분을 하였다.
 ○ 현대산업은 그 무렵 주식회사 동일종합건설(이하 ‘동일종건’이라 한다.)과 공동으로 원고 사업부지에 인접한 용인시 수지읍 상현리 산 13-4 외 1필지 16,251㎡에서 주택건설사업을 추진하고 있었으나, 위 사업부지면적 또한 국토이용계획을 변경하기 위하여 필요한 기준면적에 미달하여 사업진행이 불가능한 상태였다.
 ○ 이에 원고, 현대산업, 동일종건, 우신엔지니어링 주식회사는 1999. 12. 23. 원고의 사업부지 22,954㎡와 동일종건의 사업부지 16,251㎡를 합하여 국토이용계획변경에 필요한 기준면적요건을 구비한 후 공동으로 주택건설사업을 시행하고 그 수익을 분배하기로 하는 내용의 합의(이하 ‘이 사건 공동사업합의’라 한다.)를 하였는데, 사업부지까지의 진입도로에 대하여는 현대산업이 공사 중이던 용인시 수지읍 상현리 70-1 외 도로(이하 ‘이 사건 도로’라 한다.)를 이 사건 공동사업을 위하여 사용하고, 그 시설부담금에 대하여는 현대산업과 별도협약을 체결하기로 하였다.
 ○ 원고는 1999. 12. 29. 도로부지의 사용에 따른 시설부담금에 관한 별도협약약정에 따라 이 사건 도로의 사용대가로 도로개설비용 중 일부인 1,192,105,000원(부가가치세 제외)을 현대산업에게 지급하기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 도로개설비용 분담계약’이라 한다.)을 현대산업과 체결하고, 그 무렵 현대산업으로부터 도로사용승낙서를 교부받았다.
 ○ 현대산업은 이 사건 도로개설비용 분담계약에 기하여 2000. 2. 14. 원고에게 이 사건 제1세금계산서를 교부하였고, 원고는 이를 근거로 2000년 1기 과세기간의 매입세액공제로 신고하였다.
 나. 그런데 동일종건은 이 사건 공동사업합의서에서 정한 토지소유권확보 등 공동사업계획 승인에 필요한 요건을 구비하지 못하는 등 위 합의서상의 의무를 이행하지 아니하였고, 이에 용인시장은 2000. 7. 21. 위 주택건설사업 계획승인변경신청에 대하여 반려처분을 하였다.
 다. 현대산업은 2004.경 원고를 상대로 이 사건 도로개설비용 분담계약에 따른 분담금 1,311,315,500원 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 구하는 소를서울중앙지방법원 2004가합50766호로 제기하였는데, 위 법원은 2005. 8. 17. 이 사건 도로개설비용 분담계약이 이 사건 공동사업합의에 따른 공동사업의 이행불능이라는 해제조건이 성취되어 효력이 소멸하였다는 이유로 현대산업의 청구를 기각하는 내용의 판결을 선고하였다.
 라. 이에 현대산업은 항소하였고,2006. 6. 30. 서울고등법원은 2005나80785호로 아래와 같은 조정조항(이하 ‘이 사건 조정조항’이라 한다.)을 내용으로 하는 조정에 갈음하는 결정을 하였는데, 당사자가 이의신청을 하지 아니하여 2006. 7. 15. 확정되었다(이 사건 조정조항에서 ‘원고’는 현대산업을, ‘피고’는 이 사건에서의 원고인 주식회사 일레븐건설을, ‘이 사건 진입도로’는 이 사건 도로를 각 의미한다).
 ○ 1. 피고는 원고에게 2006. 7. 31.까지 250,000,000원을 지급한다.
 만약 피고가 그 지급을 지체하는 경우에는 2006. 8. 1.부터 완제일까지 연 20%의 비율에 의한 지연손해금을 가산하여 지급한다.
 2. 원고는 피고에 대한 이 사건 진입도로의 사용승낙을 철회할 수 없고, 피고에 대하여 이 사건 진입도로와 관련하여 손해배상, 부당이득 기타 일체의 청구를 포기한다.
 3. 원고의 나머지 청구는 포기한다.
 4. 소송총비용은 각자 부담한다.
 마. 현대산업은 2006. 7. 18. 이 사건 제1세금계산서를 포함하여 원고에게 2000. 1기에 교부한 세금계산서의 공급대가 1,328,116,706원(공급가액 1,207,378,824원 ＋ 세액 120,737,882원)에서 위 조정결정에 의하여 지급받을 250,000,000원을 차감하여 계산한 공급가액 상당액 980,106,096원을 감액한 수정세금계산서(이하 ‘이 사건 제2세금계산서라 한다.)를 발행한 다음, 2006. 2기 과세기간의 매출세액에서 차감하여 피고에게 부가가치세 수정신고를 하였다.
 바. 피고는, 원고가 적법하게 발행된 이 사건 제2세금계산서에 대하여 매입세액 차감 신고를 하지 않은 것으로 보아, 원고의 소명을 거쳐 2008. 3. 3. 원고에 대하여 2006년 제2기분 부가가치세 130,814,790원의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
 사. 원고는 2008. 5. 13. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2008. 8. 8. 원고의 청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 7, 8, 9, 10, 11, 13, 16, 32 호증, 을 제1, 2호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 주장 및 판단
 가. 원고의 주장
 1) 원고가 현대산업과 이 사건 도로개설비용 분담계약을 할 당시에 부가가치세액이 120,737,882원으로 확정되어 있었기 때문에, 위 부가가치세를 보전하여 준다는 의미에서 위 조정에 갈음하는 결정을 통하여 현대산업에게 250,000,000원을 지급한 것일 뿐, 위 금원을 도로개설비용분담금으로 지급한 것은 아니다. 그럼에도 원고가 위 분담금 중 일부를 조정결정에 기하여 지급하였다는 전제 하에 내려진 이 사건 처분은 위법하다.
 2) 이 사건 제2세금계산서는 원고의 동의 없이 현대산업이 일방적으로 발행한 것이어서 무효임에도, 이와 같은 세금계산서를 근거로 원고에 대하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 관계법령의 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 원고가서울고등법원 2005나80785호 조정결정에 기하여 지급한 250,000,000원의 성격
 법률행위의 해석은 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적인 의미를 명백하게 확정하는 것으로서, 서면에 사용된 문구에 구애받는 것은 아니지만 어디까지나 당사자의 내심적 의사의 여하에 관계없이 그 서면의 기재 내용에 의하여 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적 의미를 합리적으로 해석하여야 하는 것이고, 당사자가 표시한 문언에 의하여 그 객관적인 의미가 명확하게 드러나지 않는 경우에는 그 문언의 내용과 그 법률행위가 이루어진 동기 및 경위, 당사자가 그 법률행위에 의하여 달성하려는 목적과 진정한 의사, 거래의 관행 등을 종합적으로 고려하여 사회정의와 형평의 이념에 맞도록 논리와 경험의 법칙, 그리고 사회 일반의 상식과 거래의 통념에 따라 합리적으로 해석하여야 할 것인데, 이러한 법리는 소송의 당사자 사이에 조정이 성립한 후 그 조정조항의 해석에 관하여 다툼이 있는 경우에도 마찬가지로 적용되어야 할 것이다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2007다48554 판결 참조).
 위와 같은 법리에 따라 이 사건 조정조항을 살펴보면, ① 위 조정조항 어디에도 원고의 주장과 같이 위 250,000,000원이 2000. 2.경 확정된 부가가치세 120,737,882원을 보전해 준다는 의미에서 원고가 현대산업에게 지급하는 것이라는 내용이 없고, ② 원고가 현대산업에게 지급하기로 약정한 250,000,000원은 위 부가가치세의 2배가 넘는 금액이어서 부가가치세를 보전해 주기 위하여 지급하였다고 보기에는 그 액수가 너무 많으며, ③ 이 사건 조정조항 제2항에는 현대산업이 원고에 대한 이 사건 도로의 사용승낙을 철회할 수 없다고 기재되어 있어 원고의 이 사건 도로에 대한 사용권을 보장하고 있는데, 쌍무계약인 이 사건 도로개설비용 분담계약에 의하여 발생하는 쌍방의 주된 권리(원고 : 이 사건 도로를 사용할 수 있는 권리, 현대산업 : 원고로부터 약정한 도로개설비용분담금을 받을 권리) 중 원고의 권리가 보장되었다는 점에서, 원고가 현대산업에게 일정한 금원을 지급하는 것은 그와 대가적 관계에 있는 현대산업의 도로개설비용분담금을 받을 권리를 보장해 준 것이라고 보는 것이 거래관념상 타당하고, ④ 만일 위 도로개설비용분담금 지급소송의 항소심에서 이 사건 도로개설비용 분담계약이 이 사건 공동사업합의에 따른 공동사업의 이행불능이라는 해제조건이 성취되어 효력이 소멸하였다는 이유로 현대산업이 1심 판결과 같이 전부 패소하였다면, 현대산업이 발행한 이 사건 제1세금계산서는 용역의 공급 없이 발급된 것이 되므로 현대산업으로서는 위 세금계산서에 기재된 금액 전부에 대하여 차감신고하여 이미 납부한 부가가치세 전액을 환급받을 수 있는데, 현대산업이 위 소송에서 원고로부터 이미 납부한 부가가치세를 전보받는 내용의 조정에 응하였다는 것은 납득하기 어려우며, ⑤ 원고의 주장대로라면 현대산업은 원고로부터 도로개설분담금을 전혀 지급받지 아니한 채 이미 납부한 부가가치세만 전보받은 다음 원고가 이 사건 도로를 계속 사용하는 것에 대하여 동의했다는 것이 되는데, 현대산업의 입장에서 이와 같이 불리한 내용의 조정을 받아들였다고 보기 어려운 점 등의 사정을 종합하면, 이 사건 조정조항을 원고가 현대산업에게 약정한 도로개설분담금 중 일부를 지급하고, 현대산업은 원고에게 이 사건 도로에 대한 사용권을 보장하는 것을 내용으로 하는 취지라고 해석하는 것이 논리와 경험의 법칙, 그리고 사회 일반의 상식과 거래의 통념에 비추어 타당하다.
 그러므로 이 사건 조정조항을 통하여 원고가 현대산업에게 지급한 250,000,000원이 도로개설비용 분담금의 일부라고 판단된다.
 2) 이 사건 제2세금계산서가 원고의 동의 없이 발행된 것으로 위법한지 여부
부가가치세법(2006. 12. 20. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항은 용역을 공급하는 자에게 세금계산서를 발행할 의무를 부여하고 있으며,부가가치세법시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조 단서는 세금계산서를 발행한 자가 당초의 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우에는 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있도록 규정하고 있다.
 그런데 ① 위 법령에는 용역을 공급하는 자는 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우에 수정세금계산서를 발행, 교부할 수 있다고만 규정하고 있을 뿐, 수정세금계산서 발행시 용역을 공급받는 자의 동의를 얻어야 한다고 규정하고 있지는 않은 점, ② 현대산업은 원고와의 도로개설분담금 지급소송의 조정결정을 통하여 지급 받은 금원을 원래의 용역금액에서 차감하여 이 사건 제2세금계산서를 발행한 점 등에 비추어 볼 때 이 사건 제2세금계산서는 위 부가가치세법 및 동법 시행령이 규정하는 요건을 구비하여 발행된 것으로 유효하다.
 3) 소결론
 그러므로 피고가 원고에게 부가가치세 130,814,790원의 부과처분을 한 것은 적법하다.
3. 결 론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 설범식(재판장) 윤혜정 조상민