법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1985.11.26 / 시행일:

【원고, 상고인】 켐스트랜드주식회사 소송대리인 변호사 이종순
【피고, 피상고인】 서대문세무서장
【원 판 결】 서울고등법원 1983.3.21. 선고 81구617 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원으로 환송한다.

【이 유】 원고 소송대리인의 상고이유를 본다.
 1. 제1점에 대하여,
 기록과 원심판결에 의하면, 피고는 1980.12.3 원고회사의 1979.사업년도소득에 대한 법인세를 46,515,434원, 방위세를 9,290,840원으로 각 결정하여 이에서 원고의 자진납부액 및 원천징수액의 합계인 법인세 46,080,494원, 방위세 8,848,293원(원심판결은 동 금액이 자진납부액이라 하나 을 제1호증의 1,2의 각 기재에 의하면, 이 금액은 자진납부액과 원천징수액의 합계임이 명백하다)을 각 공제한 법인세 434,940원, 방위세 48,357원을 원고에게 고지하였는데 원고는 위 부과처분을 법인세 46,515,434원, 방위세 9,290,840원 총액에 대한 부과처분으로 보고 이 사건 청구취지로서 그 처분중 법인세 44,109,546원, 방위세 8,848,293원을 초과하는 부분의 취소(취소대상 세액은 법인세 2,405,888원, 방위세 442,547원이 된다)를 구하였음에 대하여, 원심은 위 1980.12.3자 부과처분은 법인세 434,940원과 방위세 48,357원에 한한 추가부과처분일 뿐, 법인세 46,515,434원, 방위세 9,290,840원을 부과한 처분은 아니라는 견해하에 그 부과처분중 법인세 434,940원, 방위세 48,357원을 초과하는 부과부분의 취소를 구하는 청구는 존재하지 아니하는 부과처분의 취소를 구하는 것으로서 부적법하다 하여 이를 각하하고, 법인세 434,940원, 방위세 48,357원의 부과처분의 취소를 구하는 부분만을 본안 판단의 대상으로 삼아 심리한 다음 이유없다 하여 기각하였다.
 살피건대, 원고의 1979.사업년도 소득에 적용될 당시의 법인세법(1979.12.28. 법률 제3200호로 개정되기 전) 제26조, 제32조, 제33조의 각 규정에 의하면 법인세의 과세표준과 세액은 정부의 부과처분이 있음으로써 비로소 확정되는 것이고, 그 이전 단계에 있어서의 납세의무자의 신고는 조세채권의 확정을 위한 참고자료의 제출에 불과한 것으로 되어 있었으며(이른바 부과과세의 방식) 또 자진납부나 원천징수라는 것은 원래 조세납부 내지 징수의 방식에 관한 것일 뿐 그로써 조세채권의 존재나 세액을 확정하는 효력은 없는 것이라 할 것이니, 이 사건 1980.12.3자 부과처분은 그 결정세액 총액을 확정한 처분임이 분명하고, 그 세액에서 이미 납부된 자진납부액 및 원천징수액을 공제한 차액만을 고지하였다는 사실만으로 그 차액만의 부과처분이라고는 볼 수 없다 할 것이다. 따라서 위 처분이 법인세 434,940원, 방위세 48,357원에 한한 부과처분임을 전제로 그 초과부분의 취소를 구하는 청구를 각하한 원심의 조치에는 위와 같은 부과처분의 법리를 오해한 위법이 있다 할 것이므로, 논지는 이유있다.
 2. 제2점 및 제3점에 대하여,
 원심판결이유에 의하면, 원심은 원고는 1971.1.1부터 한국 내 지점설립준비를 하다가 1974.9.10 한국 내 지점을 설치하고 영업을 해온 외국법인인 사실, 소외인은 원고회사에 근무하다가 1979.1.31 퇴직하였는데 원고는 소외인이 지점설립 전인 1971.1.1부터 지점설립준비에 공로가 있었다 하여 1971.1.1부터 1979.1.31까지를 근속기간으로 한 퇴직금 10,183,320원을 소외인에게 지급하였으나 국내지점이 설립된 1974.9.10부터 1979.1.31까지를 근속기간으로 할 경우 원고의 퇴직금 규정에 의하여 산정되는 퇴직금은 4,752,216원이어서 결국 5,431,104원이 규정 이상으로 초과지급된 사실, 그런데 원고의 1979.사업년도 전기 말(1978.12.31) 현재 퇴직급여충당금 잔액은 11,096,872원이고 1979. 사업년도 말 현재 퇴직급여충당금 부인 누계액은 5,548,436원이며(따라서 세무계산상 퇴직급여충당금 잔액은 5,548,436원임) 원고가 1979. 사업년도 중 지급한 퇴직직원에 대한 퇴직금은 13,501,540원인 사실, 피고는 원고에 대한 1979. 사업년도분 법인세를 조사 결정함에 있어 위 소외인에게 초과지급된 5,431,104원은 소득세법 제21조 제1항 제1호(라) 소정 퇴직으로 인하여 지급받은 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 갑종근로소득으로 보아 위 전체 지급퇴직금 13,501,540원에서 동 금액을 차감한 8,070,436원만을 지급퇴직금으로 인정하고, 이에 따라 동 금액 중 세무계산상 퇴직급여충당금 잔액을 초과하는 금액 2,522,000원(8,070,436-5,548,436)만을 퇴직급여충당금 부인액 중 손금추인액으로 인정하고 동 부인액 중 나머지 3,026,436원에 대하여는 손금추인 부인하여(퇴직급여충당 부인 누계액은 당기에 퇴직급여충당금 잔액을 초과하여 지급된 퇴직금이 있는 경우 그 금액의 범위 내에서 당기손금으로 추인되는 것이므로 원고가 기업회계상 퇴직금으로 지급한 13,501,540원 전액을 세무회계상으로도 지급퇴직금으로 인정하는 경우라면 위 부인누계액 전액이 손금추인되어야 한다. 이 부분 원심판결의 사실인정 설시에 미흡한 점이 있으나 기록에 비추어 보면 위와 같은 사실의 인정으로 추단할 수 있다) 원고의 1979.사업년도 과세표준액을 117,704,969원으로 정하고 이에 소정 세율을 적용하여 법인세 46,515,434원, 방위세 9,290,840원으로 결정한 사실을 인정한 다음, 위와 같은 사실관계에 비추어 볼 때 원고가 소외인에게 초과지급한 5,431,104원을 소득세법 제21조 제1항 제1호 (라)소정의 동인에 대한 갑종근로소득으로 보아 위 인정과 같이 퇴직급여충당금 부인액 중 2,552,000원을 손금추인하고 3,026,436원을 손금추인 부인한 피고의 조치는 적법하다고 판단하였다.
 그러나 기록에 의하면, 원고는 이 사건 청구원인으로서 피고가 위 조사결정단계에서 위 초과지급 금 5,431,104원 전부를 법인세법 제20조, 동법시행령 제46조 소정 부당행위, 부당계산으로 보아 손금부인 한 것은 위법하므로 원고의 과세표준액에서 동액 상당이 감소되어야 한다고 주장하고 있는바, 퇴직금 아닌 근로소득은 퇴직급여충당금에서 충당될 성질의 것이 아니어서 퇴직급여충당금 부인액의 손금추인 사유로 될 수 없는 것이지만 그 금액(근로소득)이 인건비로서 지출된 것임이 분명한 이상 부당행위, 부당계산에 해당된다는 등 특별한 사정이 없는 한 손금처리의 대상은 되는 것이므로, 원심으로서는 과연 원고의 주장과 같은 손금부인 조치가 있었는지의 여부를 확정하고 만일 있었다면 그 당부를 가려 보았어야 했을 것이다.
 원심판결은 위 5,431,104원이 퇴직금 아닌 근로소득에 해당하므로 퇴직급여충당금 부인액의 손금추인사유로 작용할 수 없다고 본 피고의 조치가 적법하다는 점에 대하여만 판시하였을 뿐 피고가 그 금액을 원고의 손금으로 인정하였는지 아니면 부당행위, 부당계산으로 보아 손금부인하였는지에 대하여는 전혀 판시한 바가 없어 심리미진과 판단유탈의 위법이 있다 할 것이므로 이 점에 관한 논지도 이유있다.
 3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리판단케 하고자 원심법원에 환송하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 윤일영(재판장) 강우영 김덕주 오성환

가. 과세청이 구 법인세법 (1979.12.28 법률 제3200호로 개정되기 전의 것)에 따라 세액을 결정하고 그 세액에서 이미 납부된 자진납부액 및 원천징수액을 공제한 차액만을 고지한 것이 그 차액만의 과세처분인지 여부
나. 법인이 퇴직 직원의 설립준비에 대한 공로로 설립준비기간까지 포함한 기간을 근속기간으로 하여 퇴직금을 지급한 경우, 위 초과지급한 퇴직금의 성질과 동금원이 손금처리의 대상이 되는지 여부

가. 과세청이 구 법인세법(1979.12.28 법률 제3200호로 개정되기 전의 것)에 따라 납세의무자의 소득에 대한 법인세 및 방위세를 각 결정하여 이에서 납세의무자의 자진납부액 및 원천징수액의 합계를 각 공제한 금액을 고지한 경우, 위 부과처분은 그 결정세액 총액을 확정한 처분임이 분명하고, 그 세액에서 이미 납부된 자진납부액 및 원천징수액을 공제한 차액만을 고지하였다는 사실만으로 그 차액만의 부과처분이라고는 볼 수 없다.
나. 국내지점을 설치하고 영업을 해온 외국법인이, 그 퇴직 직원의 지점설립준비에 대한 공로에 관하여 지점설립준비기간까지 포함한 기간을 근속기간으로 한 퇴직금을 위 퇴직직원에게 지급한 경우, 위 퇴직직원에게 초과지급된 금액은 소득세법 제21조 제1항 제1호 (라) 소정의 퇴직으로 인하여 지급받은 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 갑종근로소득에 해당하므로 퇴직금 아닌 근로소득은 퇴직급여충당금에서 충당될 성질의 것이 아니어서 퇴직급여충당금 부인액의 손금추인 사유로 될 수 없는 것이지만 그 금액(근로소득)이 인건비로서 지출된 것임이 분명한 이상 부당행위, 부당계산에 해당된다는 등 특별한 사정이 없는 한 손금처리의 대상은 된다.