법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2001.06.12 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 태영개발 주식회사 (구 우방토건 주식회사) (소송대리인 변호사 정극수)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 서초세무서장 (경정 전 : 개포세무서장)
【원심판결】 서울고법 1999. 7. 16. 선고 93구11281 판결
【주 문】
원심판결의 피고 패소 부분 중 1989 사업연도 법인세 및 방위세 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 나머지 상고와 원고의 상고를 각 기각한다.

【이 유】 상고이유를 본다.
 1. 원고의 상고이유에 대하여
 가. 제1점
조세소송에 있어서는 국세기본법 규정에 의하여 행정소송법 제18조 제2항, 제3항 및 제20조의 규정이 적용되지 아니하나, 다만 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적·발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에, 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판소로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 할 것이나(대법원 1992. 9. 8. 선고 92누4383 판결, 2000. 9. 26. 선고 99두1557 판결 등 참조), 동일한 법인소득에 근거를 둔 법인세 및 방위세부과처분과 갑종근로소득세 및 방위세부과처분의 경우에 이들은 각기 독립한 별개의 처분으로서 법인세 및 방위세부과처분만을 대상으로 한 심사청구의 효력이 갑종근로소득세 및 방위세부과처분에까지 미칠 수 없을 뿐 아니라 위에서 본 중복하여 전심절차를 거칠 필요가 없는 경우에도 해당하지 않는다 할 것이다(대법원 1985. 11. 12. 선고 85누139 판결 참조). 
 원심이 확정한 사실과 기록에 의하면, 원고는 1992. 6. 1. 이 사건 법인세 및 방위세 부과처분에 대한 심사청구를 하여 같은 해 7월 3일 위 청구가 기각되자 같은 해 8월 31일 이에 대한 심판청구를 제기하였고, 한편 위 법인세등부과처분과 동일한 법인소득에 근거한 이 사건 소득세 및 방위세 징수처분에 대하여는 심사청구를 하지 아니한 채 바로 같은 해 12월 11일 심판청구를 하였음이 명백하므로, 이 사건 소득세 및 방위세 징수처분에 대하여 적법한 전심절차를 거치지 아니하였다고 본 원심 판단은 앞서 본 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 전심절차의 요부에 관한 법리오해가 있다고 할 수 없다.
 나. 제2점
 원심판결 이유를 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 1988 사업연도 결산서상의 임차료지급액과 현장별 공사비대장상의 지급액과의 차액 금 61,778,731원을 가공경비로 보아 법인세 산정에 있어 이를 손금불산입한 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 채증법칙 위배로 인한 사실오인 등의 위법이 없다.
 2. 피고의 상고이유에 대하여
 가. 제1점
 원심판결 이유를 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 1989 사업연도 법인세 산정에 있어서 차량임차료 중 금 5,373,250원을 가공경비가 아니라고 본 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 채증법칙 위배로 인한 사실오인 등의 위법이 없다.
 나. 제2점
과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 그 전부를 취소할 것이 아니라고 할 것이다(대법원 1991. 4. 12. 선고 90누8459 판결, 1992. 7. 24. 선고 92누4840 판결, 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결 등 참조).
 그런데 원심판결 이유와 기록에 의하면, 원고는 이 사건 1989 사업연도 법인세 및 방위세 부과처분에 대하여 피고가 가공경비로 보고 손금불산입한 차량임차료 금 5,373,250원이 가공경비가 아니라는 이유로 다투고 있을 뿐이므로, 원심으로서는 위 차량임차료를 가공경비가 아니라고 보았다면 그 부분을 손금산입하여 소득금액을 확정한 후 공제 등의 절차를 거쳐 정당한 세액을 산출하고 그 금액과 이 사건 1989 사업연도 법인세 및 방위세 부과처분의 금액을 비교하여 위 부과처분 금액이 위 방법에 따라 산정한 금액을 초과하면 그 초과부분만을 취소하여야 할 것이다. 
 그런데도 원심은 정당한 세액을 산출하여 보지 아니한 채 이 사건 1989 사업연도 법인세 및 방위세 부과처분 전부를 취소하였으니, 거기에는 부과처분의 취소 범위에 관한 법리를 오해한 위법이 있다 할 것이고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유가 있다.
 3. 그러므로 원심판결의 피고 패소 부분 중 1989 사업연도 법인세 및 방위세 부분을 파기하고 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 나머지 상고와 원고의 상고를 각 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이강국(재판장) 조무제 이용우(주심) 강신욱

[1] 동일한 법인소득에 근거한 법인세 및 방위세부과처분과 갑종근로소득세 및 방위세부과처분의 경우, 법인세 및 방위세부과처분만을 대상으로 한 심사청구의 효력이 갑종근로소득세 및 방위세부과처분에까지 미치는지 여부(소극) 및 그것이 중복하여 전심절차를 거칠 필요가 없는 경우에 해당하는지 여부(소극)
[2] 과세처분취소소송의 심판대상과 그 자료의 제출시한 및 취소범위

[1] 조세소송에 있어서는 국세기본법 규정에 의하여 행정소송법 제18조 제2항, 제3항 및 제20조의 규정이 적용되지 아니하나, 다만 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적·발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에, 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판소로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 할 것이나, 동일한 법인소득에 근거를 둔 법인세 및 방위세부과처분과 갑종근로소득세 및 방위세부과처분의 경우에 이들은 각기 독립한 별개의 처분으로서 법인세 및 방위세부과처분만을 대상으로 한 심사청구의 효력이 갑종근로소득세 및 방위세부과처분에까지 미칠 수 없을 뿐 아니라 위에서 본 중복하여 전심절차를 거칠 필요가 없는 경우에도 해당하지 않는다.
[2] 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 그 전부를 취소할 것이 아니다.