민간특례사업제안수용결정취소처분등취소 (일반행정, 대전지방법원)
공포일: 2020.02.13 / 시행일:

【원 고】 매봉파크피에프브이 주식회사(소송대리인 변호사 최창영 외 1인)
【피 고】 대전광역시장(소송대리인 법무법인 (유한)바른 담당변호사 이수경 외 1인)
【변론종결】2020. 1. 30.
【주 문】
1. 피고가 2019. 6. 10. 원고에게 한 매봉근린공원 민간특례사업 제안 수용결정 취소처분 및 2018. 3. 16.자 도시관리계획(매봉근린공원 조성계획) 결정(변경) 신청에 대한 거부처분을 각 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청 구 취 지】주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 당사자의 지위
 원고는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다)상 자연녹지지역에 해당하는 대전 유성구 (주소 생략) 일원 354,906㎡(이하 ‘매봉근린공원’이라 한다)에 도시공원 및 녹지 등에 관한 법률(이하 ‘공원녹지법’이라 한다) 제21조 및 제21조의2에 따라 도시공원, 공동주택 및 근린생활시설을 설치ㆍ개발하는 사업을 수행하기 위해 2016. 5. 4. 설립된 법인이다.
 나. 공원조성계획(변경)의 입안제안 및 수용
 1) 매봉근린공원에 대하여 1985. 5. 8. 도시공원의 설치에 관한 도시ㆍ군관리계획이 결정ㆍ고시되었고(건설부고시 제206호), 피고는 공원녹지법 제17조에 따른 위 도시ㆍ군관리계획결정의 실효를 막기 위하여 2015. 9. 4. 위 공원에 대한 공원조성계획을 결정ㆍ고시하였다(대전광역시고시 제2015-143호, 이하 ‘이 사건 공원조성계획’이라 한다).
 2) 주식회사 연성은 2015. 11. 19. 피고에게 공원녹지법 제16조 제3항 소정의 민간공원추진자로서 자신의 비용과 책임으로 매봉근린공원을 조성하고, 같은 법 제21조의2에 따라 위 공원 중 일부를 기부채납하고 남은 부지에 비공원시설을 설치하는 사업(이하 ‘이 사건 특례사업’이라 한다)에 관한 사전협의를 요청하였다.
 3) 피고는 2015. 12. 22. 주식회사 연성에게 ‘이 사건 특례사업 우선제안 대상자로 통보하니 사전협의를 해달라’는 내용의 공문을 보냈다. 주식회사 연성은 2015. 12. 29. 피고에게 위 특례사업 제안서를 제출하였는데, 위 제안 당시 별지2 비공원시설 제안안과 같이 비공원시설(86,900㎡)을 두 부분으로 나누어 매봉근린공원의 북쪽 및 동쪽에 이를 각 배치하는 것으로 계획하였다. 
 4) 피고는 2016. 2. 17. 주식회사 연성에게 도시공원위원회 자문결과 및 관련기관(부서) 협의의견에 대하여 조치계획을 제출하여 달라는 내용의 공문을 보냈고, 주식회사 연성은 2016. 2. 23. 피고에게 아래와 같은 내용의 조치계획을 제출하였다.
관계기관(부서)자문의견조치계획도시공원 위원회 자문의견○ 아파트 단지의 쾌적성을 위한 용적률을 더 줄일 수 있는 방안 검토 ○ 사업대상지의 입지, 밀도, 층고 등에 대한 적정성 검토 - 본 민간공원 특례사업은 공원면적의 70%를 조성 후 기부채납 하는 사업으로 사업구도 등을 고려하여 비공원시설의 밀도(용적률), 층고 등을 재검토하겠음.○ 사업부지 대부분이 국토환경성 2등지로 개발에 대한 적정성 제시- 공원조성계획시 생태자연도, 식생보전등급 현황, 비오톱유형평가등급도 등을 조사하여 (전략)환경영향평가를 통해 개발가용지의 적정성을 검토하겠음.○ 대상지에 대한 임상도, 경사도 등 구체적인 현황분석 필요 ○ 비공원시설지 등 형질변경 지역에 대한 종·횡단면도 등 분석결과 제시- 공원시설 및 비공원시설 조성계획은 훼손지와 임상불량지를 중심으로 제안하였으며, 경사도 20°, 표고 100m 미만을 비공원시설지로 개발하고자 하며, 향후 현황조사(현황측량, 경사도분석, 임목본수 및 지장물조사 등)를 통해 관련 자료를 제시하겠음.과학특구과○ 해당지역은 연구개발특구의 육성에 관한 특별법(이하 ‘연구개발특구법’이라 한다) 제35조의 규정에 따라 특구안의 쾌적한 연구환경을 조성하기 위하여 녹지구역으로 관리하고 있는 지역이며 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제43조의 규정에 따라 공원으로 도시계획시설 결정되어 관리되고 있음. ○ 당해 공원시설이 2020.7.1.부터 20년 이상된 도시계획시설 일몰제 적용대상에 해당됨에 따라 민간공원으로 조성을 추진하면서 공원 일부지역에 비공원시설(공동주택)을 설치하는 사항은 연구개발특구법 제6조의3의 규정에 의거 미래창조과학부장관과 협의가 필요할 것으로 판단되며, ○ 또한, 비공원시설에 대하여는 특구지정 목적에 부합되도록 종합적인 검토가 필요할 것으로 사료됨.- 공원조성계획 및 비공원시설계획 수립시 특구육성계획 및 개발계획 등을 고려하여 계획을 수립하고 관계부처와 사전협의하여 필요시 관련법에 의한 변경을 진행하겠음.연구개발 특구진흥 재단○ 해당 부지는 도시계획시설(매봉근린공원) 결정(1985.8.8.) 및 연구개발특구법 제35조에 따라 녹지구역으로 토지용도 구분된 지역으로써, 토지 기능 및 용도 등을 고려하여 연구단지 종사(거주)자들의 쾌적한 연구·주거환경 유지를 위한 시설로써 검토가 필요함.- 특구육성계획 및 개발계획 등을 고려하여 계획을 수립하고 관계부처와 사전협의하여 필요시 관련법에 의한 검토를 진행하겠음.
　
 5) 피고는 2016. 2. 29. 주식회사 연성에게 이 사건 특례사업 제안을 수용하되, ‘본 사업 시행을 위한 진행상 하자 등 결격사유가 발생 시에는 제안서 수용을 철회할 수 있다’는 내용의 통보를 하였고(이하 ‘이 사건 제안수용’이라 한다), 이에 따라 별지3 비공원시설 입안안과 같이 비공원시설(74,767㎡)을 매봉근린공원의 동쪽에 배치하는 내용의 입안안이 작성되었다. 
 다. 공원조성계획에 대한 변경신청 및 도시공원위원회 심의
 1) 주식회사 연성은 2016. 7. 7. 피고에게 이 사건 특례사업을 추진하기 위해 명목상 회사인 원고를 설립하였음을 통지하였고, 원고는 2017. 2. 14. 피고에게 이 사건 공원조성계획에 대한 변경신청을 하였다.
2) 피고는 2017. 4. 19. 원고에게 이 사건 공원조성계획 결정(변경) 입안에 따른 열람 의견에 대하여 조치계획을 제출하여 달라는 통보를 하였고, 원고는 2017. 4. 26. 피고에게 이에 대한 조치계획을 제출하였는데, 위 조치계획 중 미래창조과학부 지역연구진흥과의 협의의견과 관련된 부분은 아래와 같다.
협의의견조치계획○ 특구관리계획상 해당지역은 녹지구역으로 공원시설부지 및 비공원시설부지 개발행위로 인한 주변의 환경·경관 등이 손상되지 않도록 도시관리계획 결정(변경)절차를 철저히 이행해야 함.○ 공원시설 부지 내의 각종 시설에 대해, 설치의 필요성 및 설치 규모를 면밀히 검토해야 함.- 공원시설부지 및 비공원시설부지 개발행위로 인한 주변의 환경·경관 등이 손상되지 않도록 관련법령에서 정한 절차·방법을 준수하여 이행하겠음.- 기 조성된 조성계획 내용과 각종 협의의견에 따른 사업 타당성을 반영하고, 비공원시설 증가 및 도룡재정비에 의한 인구증가에 따른 수요를 예측하여 공원계획에 반영
　
3) 원고는 2017. 7. 13. 피고에게 종래 동쪽에 설치하는 것으로 계획하였던 비공원시설을 별지4 비공원시설 배치계획(1)과 같이 서쪽에 배치(이하 ‘이 사건 배치변경’이라 한다)하겠다는 내용의 공문을 보냈고, 2017. 9. 28. 피고에게 이 사건 공원조성계획에 대한 변경신청을 하였다.
 4) 피고는 2017. 11. 3. 원고에게 이 사건 공원조성계획 결정(변경) 입안에 따른 열람 의견에 대하여 조치계획을 제출하여 달라는 통보를 하였고, 원고는 2017. 11. 8. 피고에게 이에 대한 조치계획을 제출하였는데, 위 조치계획 중 피고 소속 도시계획과, 과학기술정보통신부 지역연구진흥과 및 한국전자통신연구원의 협의의견과 관련된 부분은 아래와 같다. 
기관(부서)협의의견조치계획대전광역시 도시계획과○ 비공원시설의 위치는 매봉근린공원의 본질적 기능과 전체 도시경관이 훼손되지 않고 대덕연구개발특구 지정 목적을 달성할 수 있도록 훼손된 지역에 입지시키는 것이 합리적이라고 판단됩니다.- 매봉근린공원 내 훼손면적은 15,696㎡(소외인의 묘 제외)로 전체면적(354,906㎡) 대비 4.4% 정도로 비교적 훼손지가 적은 공원이며, 비공원시설 내 훼손비율은 9.9%로, 제안안 3.6%, 입안안 5.8%보다 훼손지에 입지하고 있음.과학기술정보통신부 지역연구진흥과○ 비도시계획시설인 공동주택의 입지는 연구시설의 보호 측면에서 공원의 동측이 더 적합할 것으로 판단되나, 불가피한 경우 연구 환경에 미치는 부정적 영향이 최소화되도록 공동주택의 높이, 배치 등을 면밀히 검토하여 조정 필요 ○ 도시관리계획(용도지역, 도시계획시설) 변경이 완료된 후 연구개발특구법 제34조, 제35조에 의한 연구개발특구 관리계획에 반영될 수 있도록 조치- 연구시설을 바라보고 있는 아파트의 향을 면밀히 검토하여 연구환경에 미치는 부정적 영향이 최소화되도록 계획하겠음. - 도시관리계획(용도지역, 도시계획시설) 변경이 완료된 연구개발특구 관리계획에 반영될 수 있도록 조치하겠음.한국전자통신연구원[연구원]○ 공사중 및 완공 후 출퇴근시간 교통혼잡 예상○ 개발에 따른 자연녹지 훼손 등 연구단지내 안정적 연구환경 저해에 대한 대책○ 보안, 소음 및 진동, 대기질 악화로 인해 야외실험 및 연구시설 장비 운용상 문제 우려[노동조합]○ 국책연구소는 특성상 상업시설이나 대규모 주거시설과 일정한 거리를 둬야 함.○ 개발행위 중단하고 연구단지 유일한 녹지공간인 매봉산을 시유화하여 연구단지 허파로 역할을 할 수 있게 매진- 안정적 연구환경에 저해되지 않도록 차폐식재 및 방음기능이 되도록 수림대를 두텁게 조성하겠음.- 공사시 일시적으로 발생하는 소음진동 및 대기질 영향은 다양한 저감방안을 수립하여 영향을 최소화 할 것임.- 현재 연구소와는 대부분 100미터 이상 이격거리이며, 다만 융합기술연구생산센터와는 비교적 가까움. 이 구간은 최대한 차폐 가능한 녹지를 밀식하고 좀 더 이격할 수 있는 건축계획을 실시계획을 진행하며 검토하겠음.- 조성되지 않은 공원의 경우 도시계획시설 일몰제 시행 후 개별필지에 대한 난개발로 인해 환경훼손이 심해질 것으로 판단되어 불가피하게 시행하는 사업으로 연구환경에 미치는 부정적 영향이 최소화 될 수 있도록 하겠음.
　
 5) 이 사건 특례사업과 관련하여 2017. 12. 21. 개최된 2017년 제8회 대전광역시 도시공원위원회에서 ‘이 사건 공원조성계획 결정(변경) 및 경관심의(안)’ 안건(이하 ‘이 사건 안건’이라 한다)에 대한 재심의 결정이 내려졌고, 원고는 2018. 1. 17. 피고에게 위 위원회의 심의의견에 대하여 아래와 같은 내용의 조치계획을 제출하였다.
심의의견조치계획○ 비공원시설 부지 축소 방안 검토 및 녹지축 연결 방안 제시- 비공원시설 면적을 축소하고 공원 구역 외 녹지와 공원구역 내 녹지를 숲복원 및 쉼터조성 계획을 통해 녹지축 연결 방안을 제시(비공원시설면적 89,118㎡ → 79,235㎡)○ 비공원시설 내 옹벽을 완화할 수 있는 방안 제시- 비공원시설의 부지 폭이 좁아 4층 테라스하우스가 2열로 배치될 수밖에 없는 상황이며, 서측면 부지레벨은 85m, 단지내 도로레벨은 90m, 동측면 부지레벨을 95m로 계획하여 공원과의 레벨차를 최대 5m~15m로 계획
　
 6) 2018. 2. 2. 개최된 2018년 제1회 도시공원위원회에서 재차 이 사건 안건에 대한 재심의 결정이 내려졌고, 원고는 2018. 3. 12. 피고에게 위 위원회의 심의의견에 대하여 아래와 같은 내용의 조치계획을 제출하였다. 
구분심의의견조치계획1○ 구역계 설정에 대한 정확하고 타당한 적정성 검토(단지규모, 배치 등)- 비공원시설 구역계 설정시 표고 및 경사등 자연환경적 요소와 남측의 문화재 입지여건, 지역주민들의 의견을 고려하여 현재 매봉근린공원 북서측에 입지를 결정한 사항으로서,- 도시공원위원회 심의의견을 반영하여 단지규모축소 및 건축물 배치계획을 수립하였음 ? 당초(안): 450세대/28동 ? 변경(안): 436세대/19동 [별지5 비공원시설 배치계획(2) 참조]2○ 비공원시설 부지 축소방안 검토- 비공원시설 부지 축소를 위하여 저층의 테라스형 주택 배치를 지양하고,- 중층(12층 이하) 규모의 공동주택을 계획하여 단지 통경축을 개선하고, 비공원부지를 축소하여 기부채납할 공원부지를 최대한 확보하였음. ? 당초(안): 79,235㎡(전체대비 22.3%) ? 변경(안): 64,864㎡(전체대비 18.3%)3○ 생태축의 연결 및 훼손지 생태복원, 숲 기능 확충 방안 제시- 당초 제시한 비공원시설부지의 축소를 통해 폭원 255m의 녹지를 확보하여 기존녹지와 공원구역계 내 녹지의 단절을 최소화 함.- 훼손지는 주변임상(소나무, 상수리림)과 유사한 복원식재를 도입하여 건강한 수림대가 형성되도록 하였으며, 소규모의 숲속쉼터를 조성해 공원이용객의 편의를 제공토록 함.
　
 7) 과학기술정보통신부장관은 대전광역시 의회를 통하여 전달받은 이 사건 특례사업 관련 대덕연구개발특구 연구기관의 민원에 대하여 2018. 2. 14. ‘대전광역시와 시의회, 연구기관 등 이해관계자 간의 협조를 통해 기 협의한 바와 같이 연구환경에 부정적인 영향을 최소화하는 방향으로 원만한 해결책이 마련되기를 바란다’는 내용으로 회신하였다.
 8) 원고는 2018. 3. 16. 피고에게 이 사건 공원조성계획에 대한 변경신청(이하 ‘이 사건 변경신청’이라 한다)을 하였다.
 9) 2018. 3. 22. 개최된 2018년 제2회 도시공원위원회(이하 2017. 12. 21.자, 2018. 2. 2.자 도시공원위원회와 합하여 ‘이 사건 도시공원위원회’라 한다)에서 이 사건 안건에 대해 ‘생태복원계획 및 시설물 배치(조정)계획 등 공원조성의 전문적인 부분에 대한 소위원회 심의’를 조건으로 한 가결 결정이 내려졌고, 이에 원고는 2018. 5. 18. 피고에게 훼손지 및 임상불량지(매봉근린공원 내 훼손지 및 임상불량지의 분포는 별지6 임상도 현황과 같다)에 대한 생태복원계획 및 시설물 배치(조정) 계획을 제출하였다.
 10) 2018. 6. 7. 개최된 도시공원위원회 소위원회에서 아래와 같은 내용의 자문의견이 제시되었고, 원고는 2018. 9. 7. 피고에게 이에 대한 조치계획을 제출하였다.

　
 11) 2018. 9. 19. 개최된 도시공원위원회 소위원회에서 아래와 같은 내용의 자문의견이 제시되었고, 원고는 2018. 10. 12. 피고에게 이에 대한 조치계획을 제출하였다.
○ 시설물 디자인의 통일성과 연속성을 위한 가이드라인 요약정리 제시○ 비공원시설 내부 옹벽 높이 조정과 경관향상 방안 제시○ 커뮤니티마당 벽천의 사계절 이용방안과 커뮤니티센터의 옥상조경 실시설계에 반영
　
 라. 도시계획위원회 심의 및 이 사건 제안수용 취소처분
 1) 원고는 2019. 3. 8. 피고에게 이 사건 특례사업 관련 도시계획위원회 심의안건서를 보완하여 제출하였고, 2019. 3. 22. 이 사건 특례사업과 관련하여 개최된 도시계획위원회(이하 ‘제1차 도시계획위원회’라 한다)에서 ‘① 관계기관(중앙부처 등) 협의 결과 첨부, ② 생태자연도 2등급지에 대한 현장 답사’를 보완사항으로 한 재심의 결정이 내려졌다.
 2) 피고는 2019. 3. 25. 원고에게 대덕연구개발특구 관련부서 협의의견을 통보하면서 이에 대한 조치계획을 작성하고, 도시계획위원회 심의안건에 반영하여 달라는 내용의 공문을 보냈다. 원고는 2019. 4. 2. 피고에게 아래와 같은 협의의견에 대한 조치계획 및 제1차 도시계획위원회의 재심의 결정에 따른 재심의안건을 작성ㆍ제출하였다.
기관(부서)협의의견조치계획대전광역시과학산업과○ 기회신한 과학특구과-788호를 이행하시기 바라며, 공원 특례사업이 연구개발특구 관리계획 Ⅲ.특구세부관리계획 제1장 토지용도구역별 관리 5. 녹지구역과 제3장 녹지 및 연구환경의 보전 2. 녹지환경의 보전에서 규정하고 있는 내용과 부합하는지 여부에 대하여 세밀한 검토 필요- 과학특구과-788호에 따라 미래창조과학부와 2차례 협의 진행하여 조치- 특구세부관리 계획에 따른 녹지보전 및 공원조성을 위해 민간공원사업을 추진하며, 도시공원위원회에서 3회에 걸친 심의와 추가로 3회의 소위원회를 거쳐 심의 완료과학기술 정보통신부 지역과학 기술진흥과○ 매봉공원은 귀 시에서 중점 추진 중인 대덕특구 리노베이션의 선도사업인 창의혁신공간 및 정부출연 오픈플랫폼(창업타운) 조성 부지에 인접한 중요한 지역이므로 신중한 접근이 필요○ 아울러 리노베이션의 원활한 추진을 위해 연구기관 등 특구 구성원의 참여와 협력이 중요한바, 예산의 우선순위 조정 중 대안을 마련하고 충분한 의견수렴 등 공감대를 형성하여 사업추진 검토- 경관, 교통, 환경, 재해 등 개별인허가 절차를 진행하여 신중한 계획이 되도록 하겠음.- 민간공원사업의 제안서 제출과 함께 예산 등을 고려하여 사업제안서를 수용 후 도시공원위원회 심의를 득했으며, 절차에 따른 의견수렴 등 공감대를 형성하여 사업 추진하겠음.연구개발특구진흥재단 개발관리총괄팀○ 매봉근린공원은 대덕연구개발특구 중심부에 위치하여 다수의 연구기관과 인접하고 있으며 대덕연구개발특구 개발기본계획 및 관리계획에 따라 녹지구역 및 공원으로 토지용도가 지정되어 쾌적한 연구 및 사업화환경을 유지하기 위해 가능한 원형대로 보전이 필요한 곳임.○ 또한 전자통신연구원 등 15개 기관으로부터 교통체증, 자연녹지훼손, 연구환경 저해, 보안문제 등 우려로 총 19회 이상 반대민원이 제기된 점을 적극 고려하여 공청회, 설명회 등을 통한 특구 구성원과의 공감대 형성이 선행되어야 하며, 현재 대덕연구개발특구 리노베이션 추진이 검토되고 있는 점 등을 감안, 종합적인 관점에서 접근하여야 할 것으로 사료됨.- 민간공원특례사업은 국토부에서 일몰제를 앞두고 예산이 부족한 지자체 도시공원의 실효를 막기 위해 70% 이상의 기부채납, 30% 이하의 수익사업으로 제정한 사업임.- 매봉근린공원은 81.7%를 공원조성하여 기부채납하고 18.3%에 수익사업을 하도록 도시공원위원회에서 심의완료- 민간공원특례사업은 교통영향평가, 환경영향평가, 재해영향검토, 경관검토 등의 각종 제영향평가를 바탕으로 도시공원위원회, 도시계획위원회, 건축위원회 등의 심의를 통하여 추진. 이와 같은 종합적인 검토와 접근으로 신중하게 사업 진행
　
 3) 2019. 4. 12. 개최된 도시계획위원회(이하 ‘제2차 도시계획위원회’라 하고, 제1차 도시계획위원회와 합하여 ‘이 사건 도시계획위원회’라 한다)에서 ‘① 생태환경 및 임상이 양호하므로 보존 필요, ② 주거기능 입지에 따른 연구환경 저해’를 사유(이하 ‘이 사건 부결사유’라 한다)로 하여 이 사건 특례사업 관련 안건이 부결되었고(이하 ‘이 사건 부결결정’이라 한다), 피고는 2019. 4. 16. 원고에게 위 부결사유를 기재하여 ‘2019. 4. 30.까지 향후 사업추진방향에 대한 의견을 제출하여 달라’는 내용의 통지를 하였다. 
 4) 원고는 2019. 4. 30. 피고에게 ‘피고가 이 사건 제안수용을 철회하고, 이 사건 변경신청을 거부하는 것은 위법하므로, 위 신청에 따른 후속절차를 이행하여 달라’는 내용의 의견을 제출하였고, 피고는 2019. 5. 2. 원고에게 ‘기 제안한 비공원시설 외 다른 대안으로 사업추진 의사 및 방향에 대한 의견을 재차 조회하니 2019. 5. 30.까지 의견을 제출하여 달라’는 내용의 공문을 보냈다.
 5) 피고는 2019. 6. 10. 원고에게 아래와 같은 이유로 이 사건 제안수용을 취소하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 제안수용 취소처분’이라 한다).

　
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10, 12, 15, 17, 18, 19, 25, 26, 27, 33, 34, 37 내지 49, 51 내지 58, 75 내지 81호증, 을 제1, 2, 4, 16, 24호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
 별지1 관계 법령 기재와 같다.
3. 원고 주장의 요지
 가. 절차상 하자 주장
 피고는 ‘이 사건 특례사업에 관하여 도시계획위원회의 심의를 거치지 못하였고, 향후 사업추진 방향과 기 제안한 비공원시설의 다른 대안에 대한 의견이 제출되지 않아 도시계획위원회에 다른 안건으로 재상정이 불가능하다’는 이유로 이 사건 제안수용 취소처분 및 이 사건 변경신청에 대한 거부처분(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 하고, 이 사건 제안수용 취소처분과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였는데, 위 처분사유만으로는 어떠한 근거와 이유로 이 사건 각 처분이 이루어진 것인지를 알기 어렵다. 따라서 이 사건 각 처분은 행정절차법 제23조 소정의 이유제시의무를 위반한 것으로 위법하다.
 나. 실체상 하자 주장 
 1) 법률유보의 원칙 위배 주장
 공원녹지법령과 도시공원부지에서 개발행위 특례에 관한 지침(2016. 9. 8. 국토교통부훈령 제764호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 지침’이라 한다)에 의하면, 피고는 자문기구인 도시공원위원회와 도시계획위원회의 심의결과를 반영하여 공원조성계획을 결정 또는 변경할 수 있을 뿐, 그 심의결과를 이유로 하여 민간특례사업 제안수용 결정을 취소하거나 협약체결 및 시행자 지정을 거부할 수 없다. 따라서 이 사건 제안수용 취소처분은 법률상 아무런 근거가 없어 위법하다.
 2) 이 사건 부결결정 관련 주장
 가) 이 사건 도시계획위원회가 도시공원위원회의 심의사항으로서 그 심의가 완료된 공원조성에 관한 사항을 사유로 하여 이 사건 부결결정을 한 것은 위법하다.
 나) 매봉근린공원의 생태환경 및 임상이 도시공원을 설치할 수 없을 정도로 양호하여 보전의 필요성이 있다고 보기 어렵고, 위 공원에 원고가 계획한 공동주택(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)을 설치하는 것이 연구기관의 연구환경을 저해한다고 볼만한 근거도 없는바, 이 사건 부결사유는 그 자체로 정당한 사유라고 볼 수 없고, 이를 이유로 한 이 사건 부결결정은 위법하다.
 다) 따라서 이 사건 부결결정을 이유로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.
 3) 대안 미제출 부분 관련 주장
 이 사건 부결사유는 매봉근린공원에 비공원시설을 설치할 수 없다는 내용으로서 이 사건 특례사업의 취지에 반하여 대안 제시가 불가능하다. 또한, 원고는 이 사건 부결사유와 관련한 구체적인 내용을 전달받지 못하였고, 피고는 원고에게 이 사건 아파트에 관하여 어떠한 사항의 보완이 필요한지 아무런 설명을 해주지 않았다. 따라서 이 사건 처분사유 중 ‘향후 사업추진방향과 기 제안한 비공원시설의 다른 대안에 대한 의견이 제출되지 않았다’는 부분(이하 ‘대안 미제출 부분’이라 한다)은 이 사건 각 처분의 명분을 쌓기 위한 것에 불과하여 부당하다.
 4) 철회사유 관련 주장
 이 사건 제안수용을 존속시킬 필요가 없게 된 사정변경이나 중대한 공익상 필요가 발생하였다고 볼 수 없다.
 5) 재량권 일탈ㆍ남용 주장
 이 사건 각 처분은 이를 통해 보호하려는 공익은 미미한 반면 그로 인한 원고의 불이익은 막대하므로, 비례의 원칙 및 신뢰보호의 원칙을 위배하여 재량권을 일탈ㆍ남용한 것으로 위법하다.
4. 본안전항변에 대한 판단
 가. 항변의 요지
공원녹지법 제16조 제4항에 의하면 피고가 입안 제안을 수용한 경우 이를 공원조성계획의 입안에 반영할 의무가 있을 뿐이고, 입안에 반영한다는 것은 안건으로 상정함을 의미하는바, 원고에게는 공원조성계획에 대한 변경신청권이 없다. 따라서 피고가 이 사건 변경신청을 거부하였다고 하더라도, 이러한 거부행위는 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당하지 아니한다.
 나. 관련법리
 국민의 적극적 신청행위에 대하여 행정청이 그 신청에 따른 행위를 하지 않겠다고 거부한 행위가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것이라고 하려면, 그 신청한 행위가 공권력의 행사 또는 이에 준하는 행정작용이어야 하고, 그 거부행위가 신청인의 법률관계에 어떤 변동을 일으키는 것이어야 하며, 그 국민에게 그 행위발동을 요구할 법규상 또는 조리상의 신청권이 있어야만 하는바, 국토이용관리법상 주민이 국토이용계획의 변경에 대하여 신청을 할 수 있다는 규정이 없을 뿐만 아니라, 국토건설종합계획의 효율적인 추진과 국토이용질서를 확립하기 위한 국토이용계획은 장기성, 종합성이 요구되는 행정계획이어서 원칙적으로는 그 계획이 일단 확정된 후에 어떤 사정의 변동이 있다고 하여 그러한 사유만으로는 지역주민이나 일반 이해관계인에게 일일이 그 계획의 변경을 신청할 권리를 인정하여 줄 수는 없을 것이지만, 장래 일정한 기간 내에 관계 법령이 규정하는 시설 등을 갖추어 일정한 행정처분을 구하는 신청을 할 수 있는 법률상 지위에 있는 자의 국토이용계획변경신청을 거부하는 것이 실질적으로 당해 행정처분 자체를 거부하는 결과가 되는 경우에는 예외적으로 그 신청인에게 국토이용계획변경을 신청할 권리가 인정된다고 봄이 상당하므로, 이러한 신청에 대한 거부행위는 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다고 할 것이다(대법원 2003. 9. 23. 선고 2001두10936 판결 등 참조).
 다. 판 단
 1) 앞서 본 바와 같이 원고는 2018. 3. 16. 피고에게 이 사건 변경신청을 하였고, 피고는 이 사건 제안수용 취소처분을 통해 이 사건 제안수용을 취소함과 동시에 위 변경신청을 종국적으로 받아들이지 않겠다는 취지의 이 사건 거부처분을 원고에게 하였다고 봄이 타당하다. 
 2) 국토계획법 제24조 제1항은 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수가 관할 구역에 대한 도시ㆍ군관리계획을 입안하도록 하고, 같은 법 제29조 제1항은 시ㆍ도지사(특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ도지사ㆍ특별자치도지사를 말한다)가 직접 또는 시장ㆍ군수의 신청에 따라 도시ㆍ군관리계획을 결정한다고 규정하는바, 도시ㆍ군관리계획에 대한 입안절차와 결정절차는 분리되어 있고, 입안권자와 결정권자도 차이가 있다. 그러나, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 모아보면, 원고는 이 사건 공원조성계획의 입안권자이자 결정권자인 피고에 대하여 위 계획의 변경을 신청할 법규상 또는 조리상 권리를 가진다고 보아야 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 위 본안전항변은 받아들이지 아니한다.
 가) 공원녹지법 제21조 제1항 및 이 사건 지침에 의하면, 도시ㆍ군관리계획이 결정된 도시공원에 대하여 자기의 비용과 책임으로 그 공원을 조성하는 내용의 공원조성계획을 입안하여 줄 것을 제안하여 이에 대한 제안수용 처분을 받은 민간공원추진자는 장래 국토계획법 등 관계 법령이 규정하는 요건을 갖추어 국토계획법 제86조 제5항에 따른 도시ㆍ군계획시설사업 시행자의 지정 및 같은 법 제88조 제2항에 따른 실시계획의 인가를 신청할 수 있는 법률상 지위에 있고, 위 시행자의 지정 및 실시계획의 인가를 받기 위해서는 이 사건 공원조성계획의 변경이 선행되어야 하는바, 위 공원조성계획에 대한 원고의 이 사건 변경신청을 피고가 거부한다면 이는 실질적으로 원고에 대해 위 시행자의 지정 및 실시계획의 인가 신청을 불허하는 결과가 된다. 
 나) 구 공원녹지법(2009. 12. 29. 법률 제9860호로 개정된 것)은 ‘도시공원의 대부분은 지자체의 열악한 재정여건으로 인하여 장기간 동안 미조성 상태로 방치되고 있으며, 도시공원을 설치하기 위해서는 복잡한 체계와 절차를 거치도록 하고 있는바, 공원조성체계를 탄력적으로 개선하고, 민간자본의 유인을 위한 인센티브를 제공하는 등 장기간 미조성된 공원을 조속히 해소하는 방안을 강구함으로써 도시공원을 신속하고 지속적으로 조성ㆍ확충하여 민원해소 및 도시민의 삶의 질을 향상시키려는 것’을 목적으로 개정되었고, 위 개정으로 같은 법 제16조에 민간공원추진자가 공원조성계획의 입안을 제안할 수 있도록 하는 조항이 신설되었다. 도시ㆍ군관리계획에 대한 입안절차와 결정절차가 분리되어 있다는 이유로 민간공원추진자가 공원조성계획 변경신청에 대한 거부행위를 직접 다툴 수 없도록 하는 것은 비용을 부담할 민간공원추진자를 유치하여 장기미집행 상태로 방치되고 있는 도시공원을 조속히 해소하고자 하는 위와 같은 공원녹지법의 개정취지에 어긋난다.
 다) 공원녹지법 제21조의2에 따른 도시공원 조성의 구체적인 절차를 정하고 있는 이 사건 지침 역시 3-5-1.에서 ‘시장ㆍ군수는 민간공원추진예정자의 제안을 수용한 때에는 지체 없이 공원조성계획을 입안하고 관련 위원회의 심의를 거쳐 공원조성계획을 결정(변경)하여야 한다’고 규정하여, 입안절차와 결정절차를 특별히 구분하고 있지 않다.
 라) 원고는 이 사건 제안수용 처분을 받은 후 이 사건 공원조성계획 결정(변경)을 위한 도시공원위원회 및 도시계획위원회 심의와 관련하여 피고의 요청에 따라 다수의 조치계획을 제출하였으며, 피고를 대신하여 상당한 분량의 도시계획위원회 심의안건서(초안)를 작성하기도 하였다. 이처럼 공원조성계획 결정(변경) 신청에 대한 거부행위가 있기 전 피고의 관여 하에 다수의 절차가 진행되고, 이에 따라 민간공원추진자가 상당한 비용을 지출할 수밖에 없는 상황이며, 특히 이 사건과 같이 입안권자와 결정권자가 동일한 경우에는 공원조성계획에 대한 입안절차와 결정절차가 엄격히 분리되지도 않는바, 공원조성계획에 대한 변경신청권을 인정하지 않음으로써 위와 같은 거부행위를 다툴 수 없게 하는 것은 민간공원추진자에게 지나치게 가혹하여 바람직하지 않다.
5. 본안에 대한 판단
 가. 절차상 하자 주장에 대한 판단
 1) 관련법리
행정절차법 제23조 제1항은 행정청이 처분을 하는 때에는 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하도록 규정하고 있고, 이는 행정청의 자의적 결정을 배제하고 당사자로 하여금 행정구제절차에서 적절히 대처할 수 있도록 하는 데 그 취지가 있다. 따라서 처분서에 기재된 내용과 관계 법령 및 당해 처분에 이르기까지 전체적인 과정 등을 종합적으로 고려하여, 처분 당시 당사자가 어떠한 근거와 이유로 처분이 이루어진 것인지를 충분히 알 수 있어서 그에 불복하여 행정구제절차로 나아가는 데에 별다른 지장이 없었던 것으로 인정되는 경우에는 처분서에 처분의 근거와 이유가 구체적으로 명시되어 있지 않았다고 하더라도 그로 말미암아 그 처분이 위법한 것으로 된다고 할 수는 없다(대법원 2013. 11. 14. 선고 2011두18571 판결 등 참조).
 2) 판 단 
 가) 위 법리에 비추어 이 사건에서 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 피고는 2019. 4. 16. 원고에게 이 사건 부결사유를 기재하여 향후 사업추진방향에 대한 의견을 제출하여 달라는 통지를 하였고, 이에 대해 원고는 2019. 4. 30. 피고에게 위 부결사유에 대한 의견을 기재한 의견서를 제출하였던 점, ② 피고는 2019. 5. 2. 원고에게 이 사건 부결결정이 ‘기 상정된 비공원시설의 종류(공동주택) 및 규모(세대수, 층수), 현지상황 등 제반여건을 고려하여 심의한 결과’임을 알리면서 재차 사업추진 의사 및 방향에 대한 의견을 제출하여 달라는 내용의 통지를 하였던바, 원고는 이 사건 부결사유와 동일한 이유로 이 사건 처분이 행하여질 것임을 쉽게 예상할 수 있었다고 보이는 점, ③ 이 사건 처분서 제3항에 ‘도시계획위원회 심의를 거치지 못하였다’는 문구가 기재되어 있는데, 이는 제2차 도시계획위원회에서 이 사건 특례사업 관련 안건이 이 사건 부결사유를 이유로 부결되었음을 의미하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 피고는 이 사건 부결사유 자체를 처분사유로 삼아 이 사건 각 처분을 하였고, 원고도 이를 인식하고 있었다고 봄이 타당하다.
 나) 따라서 피고가 이 사건 부결사유를 처분사유로 제시한 것이 위법한지 여부는 별론으로 하고, 원고는 어떠한 근거와 이유로 이 사건 각 처분이 이루어진 것인지를 충분히 알 수 있어서 그에 불복하여 행정구제절차로 나아가는 데에 별다른 지장이 없었던 것으로 보이므로, 피고가 위 처분을 함에 있어 행정절차법 제23조 소정의 이유제시의무를 위반하였다고 보기 어렵다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
 나. 실체상 하자 주장에 대한 판단
 1) 법률유보의 원칙 위배 주장에 대한 판단
 가) 관련법리
 행정행위를 한 처분청은 비록 그 처분 당시에 별다른 하자가 없었고, 또 그 처분 후에 이를 철회할 별도의 법적 근거가 없다 하더라도 원래의 처분을 존속시킬 필요가 없게 된 사정변경이 생겼거나 또는 중대한 공익상의 필요가 발생한 경우에는 그 효력을 상실케 하는 별개의 행정행위로 이를 철회할 수 있다(대법원 2004. 11. 26. 선고 2003두10251, 10268 판결 등 참조).
 나) 판 단
 위 법리에 비추어 이 사건에서 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 제안수용 취소처분은 적법하게 성립한 행정행위의 효력을 장래에 향하여 상실시키는 철회에 해당한다고 봄이 타당하고, 피고는 철회할 별도의 법적 근거가 없더라도 ① 이 사건 제안수용 당시 부관으로 철회권을 유보하였고 그 유보사유가 발생하였음을 이유로 또는, ② 위 제안수용을 존속시킬 필요가 없게 된 사정변경이나 중대한 공익상의 필요가 발생하였음을 이유로 들어 이를 철회할 수 있는 것이다(다만, 아래에서 살피는 바와 같이 철회권의 유보는 인정되지 아니한다). 따라서 위와 같은 철회사유가 인정되는지 여부는 별론으로 하고, 이 사건 제안수용 취소처분에 별도의 법적근거가 필요함을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다. 
 2) 이 사건 부결 결정 관련 주장에 대한 판단
 가) 심의사항 관련 주장에 대한 판단
 (1) 국토계획법 제30조 제3항은 시ㆍ도지사가 도시ㆍ군관리계획을 결정하려면 시ㆍ도도시계획위원회의 심의를 거쳐야 한다고 규정하고, 공원녹지법 제16조의2 제1항은 공원조성계획은 도시ㆍ군관리계획으로 결정하되, 위 시ㆍ도도시계획위원회의 심의는 같은 법 제50조 제1항에 따른 시ㆍ도도시공원위원회가 설치된 경우 시ㆍ도도시공원위원회의 심의로 갈음한다고 규정하며(같은 조 제2항은 공원조성계획을 변경하는 경우에 제1항을 준용하도록 하고 있다), 같은 법 제50조 제1항은 공원녹지와 관련하여 ‘공원녹지기본계획에 관한 자문에 대한 조언, 공원조성계획의 심의, 도시녹화계획의 심의, 그 밖에 공원녹지와 관련하여 시ㆍ도지사가 회의에 부치는 사항의 심의’의 기능을 수행하기 위하여 시ㆍ도도시공원위원회를 둘 수 있도록 하고 있다. 한편, 공원녹지법 제21조의2 제1항은 민간공원추진자가 도시공원을 기부채납 하는 경우로서 ‘비공원시설의 종류 및 규모는 해당 지방도시계획위원회의 심의를 거친 건축물 또는 공작물(도시공원 부지의 지하에 설치하는 경우에는 해당 용도지역에서 설치가 가능한 건축물 또는 공작물로 한정한다)일 것’이라는 요건을 충족하여야 기부채납하고 남은 부지에 비공원시설을 설치할 수 있도록 하고 있으며, 이 사건 지침은 3-5-1.항에서 ‘도시공원위원회는 공원시설 등 공원조성에 관한 사항에 대하여 심의하고, 지방도시계획위원회는 비공원시설의 종류 및 규모, 비공원시설을 설치할 공원부지의 용도지역, 그 밖에 시장ㆍ군수가 심의를 요청한 사항에 대하여 심의한다’고 규정한다.
 (2) 위 규정들을 종합하여 보면, 이 사건 특례사업과 관련하여 도시공원위원회는 공원시설 등 공원조성계획의 전반적인 사항에 대하여 심의하고, 도시계획위원회는 위 공원조성계획 중 비공원시설의 종류 및 규모에 대한 심의를 하는 것으로 그 권한 범위가 나누어져 있다고 보인다. 그러나 도시공원위원회 및 도시계획위원회의 심의는 공원조성계획의 결정권자인 피고가 원고의 신청에 따라 이 사건 공원조성계획을 변경할지 여부를 결정함에 있어 참고로 하는 것에 불과하고, 그 결과에 구속되지 않는바, 이 사건 도시계획위원회가 그 권한 범위를 넘어 도시공원위원회가 심의하여야 할 사항을 심의하고 그에 기하여 이 사건 부결결정을 하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 처분이 위법해진다고 볼 수는 없다.
 (3) 나아가, 이 사건 부결사유 중 ‘생태환경 및 임상이 양호하므로 보존이 필요하다’는 부분(이하 ‘제1 사유’라 한다)은 최종적으로 변경된 원고의 계획에 따른 비공원시설[별지5 비공원시설 배치계획(2) 참조, 이하 ‘이 사건 비공원시설’이라 한다]의 위치나 규모에 비추어 볼 때 생태환경 및 임상에 미치는 부정적인 영향이 크다는 취지가 포함되어 있는 것으로 보인다(제1차 도시계획위원회의 재심의 결정사유인 ‘생태자연도 2등급지에 대한 현장 답사’ 역시 이 사건 비공원시설 부지의 자연환경에 관한 사항으로서 비공원시설의 위치, 규모와 밀접한 관련이 있다고 보인다). 또한, 이 사건 부결사유 중 ‘주거기능 입지에 따라 연구환경이 저해된다’는 부분(이하 ‘제2 사유’라 한다)은 이 사건 비공원시설 부지에 이 사건 아파트를 설치하는 것이 대덕연구개발특구 중 대덕연구단지(1지구, 이하 ‘대덕연구단지’라 한다)에서의 연구활동에 부정적 영향을 미친다는 것으로서 비공원시설의 종류 및 규모와 직접적인 관련이 있으므로, 이 사건 도시계획위원회가 그 권한 범위를 넘어 심의를 하였다고 보기도 어렵다. 
 (4) 한편, 원고는 이 사건 부결사유에 대한 검토가 이 사건 도시계획위원회 심의 전에 이미 완료되었으므로 위 도시계획위원회가 위 부결사유에 관한 사항을 심의하고, 관계기관(부서)과 재차 협의를 하도록 한 것은 위법하다는 취지로 주장하므로 살피건대, 위 도시계획위원회가 개최되기 전까지 매봉근린공원의 자연환경, 이 사건 아파트의 위치와 규모 등 위 부결사유와 관련한 사항에 대하여 수차례 관련기관(부서) 협의 및 이 사건 도시공원위원회의 심의가 이루어졌고, 원고가 피고에게 위 협의 및 심의결과에 따른 조치계획을 제출하였던 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나, 피고는 이 사건 도시공원위원회 및 도시계획위원회의 심의결과, 관련기관(부서)과의 협의결과 및 이에 대한 원고의 조치계획 등을 참고하여 최종적으로 이 사건 공원조성계획을 변경할지 여부를 결정하게 되는 것이고, 기존에 협의의견이나 심의결과가 있었다고 하여 이에 구속되지 않는바, 이 사건 도시계획위원회가 개최되기 전에 이 사건 부결사유와 관련된 사항이 관련기관(부서)과의 협의과정 또는 이 사건 도시공원위원회 심의과정에서 논의되었고, 원고가 이에 대한 조치계획을 제출하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 위 도시계획위원회에서 위 부결사유에 대하여 다시 심의를 하는 것이 위법하다고 보기 어렵다. 더군다나, 앞서 (3)항에서 본 바와 같이 이 사건 부결사유는 비공원시설의 종류 및 규모에 관한 것으로서 공원녹지법 제21조의2 제1항 및 이 사건 지침상 이 사건 도시계획위원회의 심의사항에 해당한다.
 또한, 이 사건 특례사업에 대해 밀접한 이해관계를 가지는 연구개발특구진흥재단은 제1차 도시계획위원회가 개최되기 전에 협의의견을 제출하지 않았던 것으로 보이고, 과학기술정보통신부는 위 특례사업에 대해 부정적인 내용의 협의의견을 회신한 바 있으므로, 위 기관들을 포함하여 재차 관계기관(부서) 협의를 할 필요성도 있었을 것으로 보인다. 
 (5) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다. 
 나) 이 사건 부결사유 관련 주장에 대한 판단
 원고는 이 사건 부결사유가 정당하지 아니하여 이 사건 부결결정을 이유로 한 이 사건 각 처분이 위법하다는 취지로 주장하나, 앞서 5. 가. ‘절차상 하자 주장에 대한 판단’에서 살핀 바와 같이 이 사건 부결사유 자체가 이 사건 처분사유에 해당하므로, 위 주장을 이 사건 처분사유로서 위 부결사유가 존재하지 않는다는 주장으로 선해하여 판단하기로 한다. 다만, 아래에서 보는 바와 같이 행정행위의 철회에 해당하는 이 사건 제안수용 취소처분과 관련하여서는 이 사건 부결사유가 철회사유에 해당하는지 여부가, 이 사건 거부처분과 관련하여서는 위 부결사유를 이유로 위 거부처분을 한 것에 형량하자(재량권 일탈ㆍ남용)가 있는지 여부가 각 문제되는바, 이하 4)항 ‘철회사유 관련 주장에 대한 판단’ 및 5)항 ‘재량권 일탈ㆍ남용 주장에 대한 판단’에서 위 부결사유에 관한 사항을 구체적으로 판단한다.
 3) 대안 미제출 부분에 대한 판단
 피고가 이 사건 부결결정이 있은 후 원고에게 향후 사업추진방향에 대한 의견을 제출하여 달라는 내용의 통지를 하였고, 이에 대해 원고가 사업계획을 변경하는 등의 조치를 취하지 않았음은 앞서 본 바와 같다. 대안 미제출 부분은 원고가 위와 같이 사업계획을 변경하지 않아 향후 도시계획위원회에 안건을 다시 상정하여 가결 결정을 받는 것이 사실상 어렵다는 취지로 보이는바, 도시계획위원회에서 가결되지 않는 한 사업을 추진할 수 없다는 것은 결국 도시계획위원회의 승인을 받아야 한다는 것과 마찬가지인데, 관련법령상 이 사건 공원조성계획을 변경하기 위해서는 도시계획위원회의 ‘심의’를 거치기만 하면 되고 ‘승인’을 받아야 하는 것은 아니므로(공원녹지법 제21조의2 제1항 제3호는 민간공원추진자의 기부채납을 전제로 한 비공원시설 설치에 관하여 해당 지방도시계획위원회의 ‘심의를 거친’ 건축물 또는 공작물일 것을 요건으로 두고 있을 뿐이다), 피고가 재차 도시계획위원회의 승인을 받아야 함을 전제로 원고에게 사업계획의 변경을 요구하고, 원고가 이에 응하지 않았다는 점을 처분사유로 삼았다면 이는 타당하지 않다. 
 그러나, 이 사건 처분서의 문언 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 이 사건 부결사유를 이유로 이 사건 처분을 한 것이고, 대안 미제출 부분은 피고가 위 처분을 함에 있어 고려한 사정을 참고적으로 기재한 것에 불과하다고 보이므로 위 처분의 위법성 여부에 영향을 미치지 아니한다. 따라서 대안 미제출 부분이 이 사건 처분사유에 해당함을 전제로 하는 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
 4) 철회사유 관련 주장에 대한 판단 (이 사건 제안수용 취소처분 관련)
 가) 철회권 유보 관련 판단
 피고는 ‘이 사건 제안수용 당시 유보해 두었던 철회권을 행사하여 이 사건 제안수용 취소처분을 하였다’는 취지로 주장한다. 살피건대, 이 사건 제안수용 당시 피고가 ‘본 사업 시행을 위한 진행상 하자 등 결격사유가 발생시에는 제안서 수용을 철회할 수 있다’는 내용의 부관을 붙인 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나, ‘진행상 하자 등 결격사유’라는 문구는 그 자체로 매우 추상적이고, 이 사건 특례사업 관련 법령에서도 민간공원추진자의 결격사유에 대한 규정을 찾을 수 없어(공원녹지법 제21조의2 제1항 각 호는 비공원시설의 설치를 위한 실체적인 요건들을 규정한 것이므로 ‘진행상 하자 등 결격사유’라는 문구에 부합한다고 보기 어렵다) 어떠한 경우가 이에 해당하는지를 알기 어려운바, 위 부관은 특정한 철회사유도 없이 철회권을 유보한다는 내용에 불과하여 그 효력을 인정할 수 없다.
 그리고 설령 위 부관이 적법하다고 보더라도, 앞서 살핀 바와 같이 이 사건 공원조성계획의 변경을 위하여 이 사건 도시계획위원회의 심의 절차를 거치는 것 이외에 반드시 위 도시계획위원회의 승인이 있어야 되는 것은 아닌바, 위 도시계획위원회의 심의결과 이 사건 부결결정이 있었고, 원고의 대안 미제출로 위 도시계획위원회에 이 사건 특례사업에 대한 안건을 다시 상정하는 것이 어렵게 되었다는 사정만으로 ‘진행상 하자 등 결격사유’가 발생하였다고 보기는 어렵다. 
 나) 철회사유의 인정여부
 위 가)항에서 살핀 바와 같이 피고가 이 사건 제안수용 당시 철회권을 유보하였다고 보기 어려우므로, 이 사건 부결사유가 인정되는지, 인정된다면 이 사건 제안수용을 존속시킬 필요가 없게 된 사정변경이 생겼거나 중대한 공익상의 필요가 발생한 경우로 볼 수 있는지 여부에 관하여 살펴본다.
 먼저, 제1 사유에 관하여 보건대, 갑 제19, 20호증, 을 제4호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면, 매봉근린공원은 전체 면적(354,906㎡)의 약 95.1%(337,407㎡)가 생태자연도 2등급(나머지 약 4.9%는 3등급)에, 약 94.2%(334,321㎡)가 국토환경성평가도 2등급(3등급 0.6%, 4등급 3.7%, 5등급 1.5%)에 각 해당하고, 이 사건 비공원시설 부지는 그 전부가 생태자연도 및 국토환경성평가도 2등급에 해당하는 사실, 위 공원 중 훼손지는 약 5.9%(20,930㎡)인데, 위 비공원시설 부지 중 훼손지는 약 0.5%(1,655㎡)인 사실이 각 인정되는바, 위 비공원시설 부지의 생태환경 및 임상을 보존할 필요성 자체는 인정된다. 그러나, 원고는 이 사건 배치변경에 따라 이 사건 아파트를 서쪽에 설치하는 것으로 계획을 변경한 후 이 사건 도시공원위원회를 거치면서 비공원시설 부지의 면적을 64,864㎡(매봉근린공원의 18.3%)로 축소하였으므로, 이 사건 제안수용 당시의 원고의 계획(별지3 비공원시설 입안안 참조)과 비교하였을 때 위 아파트의 신축으로 인하여 훼손되는 생태자연도 및 국토환경성평가도 2등급지의 면적은 오히려 크게 감소한 것으로 보인다[별지3 비공원시설 입안안에 의하면 비공원시설 부지의 면적은 74,767㎡, 그 중 생태자연도 2등급지의 면적은 73,487㎡, 국토환경성평가도 2등급지의 면적은 70,627㎡이다. 별지5 비공원시설 배치계획(2)에 의하면 비공원시설 부지의 면적은 64,864㎡이고, 생태자연도 및 국토환경성평가도 2등급지의 면적은 이와 동일하다]. 따라서 제1 사유와 관련하여 이 사건 제안수용 처분을 존속시킬 수 없게 된 사정변경이 생겼다거나 중대한 공익상의 필요가 발생하였다고 보기 어려우므로, 제1 사유가 철회사유에 해당한다고 볼 수 없다.
 다음으로 제2 사유에 관하여 보건대, 별지5 비공원시설 배치계획(2)에서 보는 바와 같이 원고의 이 사건 아파트 신축 계획에 따르면, 위 아파트와 융합기술연구생산센터와의 거리는 위 아파트의 가장 가까운 동을 기준으로 약 30m 정도에 불과할 것으로 보인다. 그러나, 앞서 든 증거들에 갑 제22, 28, 29호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 아파트는 각 동의 전ㆍ후면부에서 융합기술연구생산센터를 직접 조망할 수 없도록 그 방향이 북동쪽으로 설계되었고, 융합기술연구생산센터 다음으로 가까운 한국전자통신연구원(ETRI) 건물과는 약 120m 이격되어 있는 점, ② 융합기술연구생산센터 및 한국전자통신연구원의 연구활동은 주로 각 건물 내에서 이루어지는 것으로 보이고, 이 사건 아파트 입지가 위 연구기관들의 야외실험, 장비 운용 및 정보 보안 등에 부정적인 영향을 미친다고 볼만한 구체적인 사정이 기록상 나타나지 않는 점, ③ 매봉근린공원의 북동쪽은 국토계획법상 주거지역 및 상업지역으로서 이미 다수의 공동주택 및 상업시설이 들어서있고, 기록상 이 사건 아파트의 신축으로 인하여 그 주변에 수인한도를 초과할 정도의 교통체증이 초래된다고 볼만한 자료도 나타나지 않는 점 등에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 아파트의 입지가 대덕연구단지에 있는 연구기관들의 연구환경에 부정적인 영향을 미친다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 제2 사유 역시 철회사유에 해당하지 않는다.
 5) 재량권 일탈ㆍ남용 주장에 대한 판단(이 사건 거부처분 관련)
 가) 판단대상 및 판단기준
 앞서 4)항 ‘철회사유 관련 주장에 대한 판단’에서 살핀 바와 같이 이 사건 제안수용 취소처분은 그 철회사유가 인정되지 않아 위법하므로, 위 취소처분에 재량권을 일탈ㆍ남용한 위법이 있는지 여부에 대해서는 나아가 판단하지 아니한다. 한편, 이 사건 공원조성계획은 행정계획에 해당하고, 피고는 위 계획의 변경여부를 결정함에 있어 광범위한 형성의 자유를 가지는바, 이 사건 거부처분에 대한 원고의 이 부분 주장을 ‘위 거부처분은 형량에 하자가 있어 위법하다’는 취지의 주장으로 선해하여 살펴본다.
 나) 관련법리 
 행정계획이라 함은 행정에 관한 전문적ㆍ기술적 판단을 기초로 하여 도시의 건설ㆍ정비ㆍ개량 등과 같은 특정한 행정목표를 달성하기 위하여 서로 관련되는 행정수단을 종합ㆍ조정함으로써 장래의 일정한 시점에 있어서 일정한 질서를 실현하기 위한 활동기준으로 설정된 것으로서, 관계 법령에는 추상적인 행정목표와 절차만이 규정되어 있을 뿐 행정계획의 내용에 관하여는 별다른 규정을 두고 있지 않아 행정주체는 구체적인 행정계획을 입안ㆍ결정함에 있어서 비교적 광범위한 형성의 자유를 가진다. 다만 행정주체가 가지는 이와 같은 형성의 자유는 무제한적인 것이 아니라 그 행정계획에 관련되는 자들의 이익을 공익과 사익 사이에서는 물론이고 공익 상호 간과 사익 상호 간에도 정당하게 비교교량 하여야 한다는 제한이 있으므로, 행정주체가 행정계획을 입안ㆍ결정함에 있어서 이익형량을 전혀 행하지 아니하거나 이익형량의 고려 대상에 마땅히 포함시켜야 할 사항을 누락한 경우 또는 이익형량을 하였으나 정당성과 객관성이 결여된 경우에는 그 행정계획결정은 형량에 하자가 있어 위법하게 된다. 위와 같은 법리는 행정주체가 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2009. 2. 6. 법률 제9442호로 개정되기 전의 것) 제26조에 의한 주민의 도시관리계획 입안 제안에 대하여 이를 받아들여 도시관리계획결정을 할 것인지 여부를 결정함에 있어서도 마찬가지이다(대법원 2012. 1. 12. 선고 2010두5806 판결 등 참조).
 다) 판 단
 피고는 도시공원위원회의 자문, 관련기관(부서)과의 협의 등을 거쳐 이 사건 특례사업과 관련한 원고의 제안을 수용하였는데, 제안수용에 이르는 과정에서 위 자문 및 협의결과를 바탕으로 매봉근린공원의 생태자연도 및 국토환경성평가등급, 당시 원고가 계획한 비공원시설의 위치와 면적 등에 대한 검토가 이루어졌으며, 원고는 별지2 비공원시설 제안안 및 별지3 비공원시설 입안안에서 보는 바와 같이 위 자문 및 협의결과를 반영하여 비공원시설을 동쪽에 배치하고, 그 면적을 축소(86,900㎡→74,767㎡)하는 것으로 계획을 수정하기도 하였다. 한편, 앞서 본 바와 같이 이 사건 비공원시설은 원고가 이 사건 제안수용 당시에 계획한 비공원시설보다 그 부지면적을 축소한 것이어서 이 사건 비공원시설의 설치로 인하여 훼손되는 생태자연도 및 국토환경성평가도 2등급지의 면적은 위 제안수용시에 비하여 오히려 감소하였다.
 그럼에도 불구하고 피고가 제1 사유를 이유로 이 사건 거부처분을 하는 것은 위 제안수용을 신뢰한 원고의 정당한 이익을 침해하는 것이다. 또한, 앞서 본 바와 같이 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 아파트의 입지가 대덕연구단지에 있는 연구기관들의 연구환경에 부정적인 영향을 미친다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없는바, 이 사건 공원조성계획의 변경여부를 결정함에 있어 제2 사유를 이익형량의 고려대상에 포함시킨 것은 부당하다. 따라서 이 사건 부결사유를 이유로 한 이 사건 거부처분은 그 이익형량에 정당성과 객관성이 결여되어 위법하다고 봄이 타당하다.
6. 결 론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
 (별지 생략)

판사 성기권(재판장) 강창효 이창환