부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2004.08.12 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 변호사 이준범)
【피 고】 성북세무서장 
【변론종결】 2004. 7. 15.
【주 문】

1. 피고가 2003. 7. 12. 원고에게 한 51,360,010원의 부가가치세 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】주문과 같다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 서울 성북구 (주소 1 생략) 토지에서 분할된 (주소 2 생략) 대 96㎡와 (주소 1 생략) 토지 지상의 철근콘크리트조 및 연와조 슬라브지붕 지하 1층 및 지상 5층 근린생활시설 및 주택 건물(지하 1층 다방 265.5㎡, 지상 1층 소매점 163.71㎡, 주차장 32.64㎡, 2층 소매점 201.96㎡, 3층 사무소 196.02㎡, 4층 예능계 강습소 181.98㎡, 5층 주택 165.78㎡, 상가 면적 합계 1,041.81㎡, 이하 '이 사건 건물'이라고 한다)을 소유하면서 부동산 임대업을 하고 있었다. 
 나. 서울특별시 성북구청장은 1997. 3. 25. 자신이 기업자가 되어 이 사건 건물이 있던 지역 일대에 대하여 도시계획사업(월곡동길 확장공사) 실시계획을 인가하여 서울특별시 성북구고시 제1997-13호로 이를 고시하였고, 당시 시행되던 도시계획법(2002. 2. 4. 법률 제6655호로 폐지) 제6조에 따라 이 사건 건물의 손실보상에 관하여 원고와 협의하려고 하였으나 손실보상금 액수에 대한 의견 차이로 협의가 이루어지지 않자 서울특별시 지방토지수용위원회에 재결을 신청한 결과, 1998. 3. 30. 서울특별시 지방토지수용위원회의 재결에 의하여 수용일자를 1998. 4. 30.로 하여 이 사건 건물이 합계 630,254,450원에 수용되었다. 
 다. 원고는 성북구청장이 그 무렵 공탁한 손실보상금을 이의를 유보하고 수령하였지만 이에 관한 부가가치세는 신고·납부하지 않았고, 이에 대하여 피고는 위 손실보상금의 수령 역시 부가가치세법에서 정하는 재화의 공급에 따른 대가의 수령에 해당한다고 보고 2003. 7. 12. 원고에게 이 사건 건물 중 상가 건물 부분에 대한 손실보상금을 513,600,995원으로 계산한 후 1998년도 1기분 부가가치세 및 가산세 56,496,100원(51,360,099원 ＋ 5,136,009원)의 부과처분을 하였다가, 위 상가 건물의 손실보상금은 상가분 공급가액 466,909,995원과 부가가치세 46,690,999원으로 구성되어 있다고 보아야 하고, 원고가 부담할 부가가치세의 과세표준은 상가분 공급가액 466,909,995원임에도 착오로 위와 같이 부과처분을 하였음을 발견하고 같은 해 8. 20. 5,136,010원을 감액경정하였다. 
 라. 성북구청장이 이 사건 건물의 손실보상금을 공탁하면서 별도로 손실보상금에 대한 부가가치세를 포함시켜 공탁하지는 않았다. 
 [증 거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 을 1호증의 1·2, 을 2 내지 8, 을 9호증의 1·2, 사실조회 결과(성북구청)
 2. 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장 
 ① 이 사건 건물의 손실보상금은 원고가 이 사건 건물의 소유권을 상실하는 것에 대가일 뿐이지 '재화의 공급'에 대한 대가가 아니므로 이 사건 건물의 수용은 부가가치세의 부과대상이 될 수 없다. 
 ② 이 사건 건물의 손실보상금에는 부가가치세가 포함되지 않았으므로 원고가 이 사건 건물의 수용으로 인한 부가가치세를 부담하는 것은 부당하다. 
 ③ 국세징수권의 시효소멸을 불과 15일 남기고서 이 사건 부과처분을 한 것은 신뢰의 원칙에도 위반한다. 
 ④ 과세관청조차 이 사건 부가가치세의 과세권 여부를 알지 못하여 과세를 하지 않고 있다가 감사원의 지적을 받고 이 사건 부과처분을 하기에 이르렀는바, 이러한 부과처분 경위에 가산세의 법적 성질 및 부과요건을 참작하면 원고가 이 사건 부가가치세를 신고하지 않은 것에 정당한 이유가 있으므로 이 사건 부과처분 중 가산세 부과처분은 위법하다. 
 나. 관계 법령 
 구 부가가치세법(1998. 12. 28. 법률 제5585호로 개정되기 전의 것)
 제1조 (과세대상)
 ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.
 1. 재화 또는 용역의 공급
 제6조 (재화의 공급)
 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 
 제19조 (확정신고와 납부) 
 ① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일(외국법인의 경우에는 50일) 내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
 ② 사업자는 제1항의 규정에 의한 신고(이하 '확정신고'라 한다)와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할 세무서장에게 납부하여야 한다.
 제22조 (가산세) 
 ⑤ 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액), 초과하여 신고한 환급세액 또는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 제1호와 제2호가 동시에 해당하는 경우에는 그 중 많은 금액에 대하여 이를 적용하고 제1호와 제2호의 금액이 같은 경우에는 제1호의 금액에 대하여 이를 적용한다.
 1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때
 2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때
 부가가치세법시행령 
 제14조 (재화공급의 범위) 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
 4. 공매·경매·수용·현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것 
 다. 판 단
 부가가치세 법령에 의하면, 사업자가 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경우, 부가가치세를 면제하거나 부과하지 아니한다는 특별한 규정이 없는 한 모두 부가가치세 과세 대상이 되고( 대법원 1999. 4. 13. 선고 97누6100 판결 참조), 부가가치세법시행령 제14조는 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다고 규정하면서 그 제4호에서 '공매·경매·수용·현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것'이라고 규정함으로써 수용을 들고 있으므로 수용에 의하여 건물이 양도되는 경우에도 일응 부가가치세법상의 재화의 공급에 해당한다고 해석된다. 
 그러나 모든 수용의 경우에 위와 같이 해석하는 것은 다음과 같은 점에서 부당한 결과를 낳으므로 수긍하기 어렵다. 
 도시계획(도로)사업은 구 공공용지의취득및손실보상에관한특례법(2002. 2. 4. 법률 제6656호로 폐지된 것)에 정하여진 공공사업에 해당하고, 구 도시계획법(2000. 1. 28. 법률 제6243호로 전문 개정되기 전의 것) 제30조 제1항, 제29조 제1항(전문 개정 후의 제68조 제1항, 제67조 제1항과 같다)에 따라 구 토지수용법(2002. 2. 4. 법률 제6656호로 폐지)이 적용되는데, 그 도시계획 사업인가를 받은 사업시행자는 구 토지수용법 제25조에 따라 도시계획사업에 필요한 토지 등에 관한 권리를 취득하기 위하여 토지소유자 등과 협의하여야 하고, 협의가 성립하지 않거나 성립할 수 없는 경우에는 관할 토지수용위원회에 재결을 신청할 수 있도록 되어 있다. 
 그런데 이 사건과 같이 도시계획사업에 필요한 토지 위에 건물이 있는 경우 도시계획사업에 필요한 물건은 토지이지 건물이 아니므로 그 건물은 지장물로서 누가 철거를 하든지 철거될 운명에 있을 뿐만 아니라, 도시계획사업에 편입되는 토지를 협의취득하는 경우 사업시행자와 토지소유자는 지상 건물을 협의취득의 대상에서 제외하고 그 철거에 관한 약정을 할 수 있고, 이 경우 사업시행자가 건물 소유자에게 건물에 관하여 지급하는 돈의 성격은 건물 철거에 따른 손실보상금일 뿐이므로 건물소유자가 그 보상금을 수령한다고 하여 이를 가지고 사업시행자에게 부가가치세 법령에서 규정하는 재화의 공급이라고는 볼 수 없고( 대법원 1986. 2. 25. 선고 85누747 판결 참조), 이러한 법리는 사업시행자와 건물소유자가 손실보상금의 수액에 관한 의견의 합치를 보지 못하여 토지수용위원회의 재결에 의하여 수용되는 경우 비록 법적으로는 수용에 의하여 소유권의 이전이 일어난다고 평가된다 하더라도( 구 토지수용법 제67조 제1항, 민법 제187조) 건물소유자가 사업시행자로부터 받는 보상금의 성격은 여전히 지장물 철거에 대한 손실보상금이라고 봄이 상당하다. 
 나아가 이 사건에서와 같이 도시계획사업 시행자가 토지수용위원회의 수용재결에 따른 손실보상금을 지급하거나 공탁하는 경우 자진하여 손실보상금에 대한 부가가치세를 가산하여 지급·공탁하지 않고, "사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 부가가치세 상당액을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다."고 규정하는 부가가치세법 제15조 규정이 사업자로부터 징수하고 있는 부가가치세 상당액을 공급을 받는 자에게 차례로 전가시킴으로써 궁극적으로 최종 소비자에게 이를 부담시키겠다는 취지에 불과하여 위 규정만으로는 공급을 받는 자가 거래의 상대방이나 국가에 대하여 부가가치세를 지급하거나 납부할 의무가 있다고 볼 수는 없다( 대법원 1997. 4. 25. 선고 96다40677, 40684 판결, 2004. 2. 13. 선고 2003다49153 판결 등 참조)고 해석되는 이상 토지 소유자가 협의절차가 아닌 수용재결절차를 거치는 경우에는 도시계획사업 시행자로부터 지장물인 건물의 손실보상금에 대한 부가가치세 상당액을 지급받을 수 있는 법률적 수단은 존재하지 않는다고 보인다. 
 이러한 상황에서 사업자인 건물의 소유자가 사업 시행자가 제시하는 건물에 대한 손실보상금의 수액에 불복한 결과, 사업 시행자와의 협의를 통하여 부가가치세의 부담을 피할 수 있는 법률적 형식을 선택하지 않고 수용으로 인한 건물 양도의 결과를 가져왔다고 하여 부가가치세의 납세의무가 있다고 하는 것은 사업자인 건물의 소유자로 하여금 사업시행자의 협의에 응할 것을 강제하는 결과가 되어 심히 부당하다. 
 따라서 사업자가 도시계획사업 시행자와 사이에 도시계획사업에 필요한 토지 위의 건물 철거에 대한 손실보상금에 관한 협의가 성립하지 않아 수용되는 경우에는 건물 자체에 대한 매수협의가 이루어지지 않아 수용절차에 이르는 경우와는 달리 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하지 않는다고 제한적으로 해석함이 상당하므로, 결국 재화 공급의 대가가 아닌 이 사건 건물 보상금에 대하여 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다. 
 3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 권순일(재판장) 이용구 곽내원

도시계획사업에 따라 수용 대상이 된 토지 위의 건물에 관하여 철거 보상금에 관한 협의가 이루어지지 않아 건물이 수용된 경우, 위 건물 수용이 부가가치세법에서 규정하는 재화의 공급에 해당하지 않는다고 한 사례

도시계획사업에 따라 수용 대상이 된 토지 위의 건물에 관하여 철거 보상금에 관한 협의가 이루어지지 않아 건물이 수용된 경우, 위 건물 수용이 부가가치세법에서 규정하는 재화의 공급에 해당하지 않는다고 한 사례.