법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2012.02.03 / 시행일:

【원고, 항소인】 에스비아이인베스트먼트 주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 외 1인)
【피고, 피항소인】 삼성세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2005. 4. 22. 선고 2003구합29057 판결
【변론종결】2011. 12. 23.
【주 문】
1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고가 2009. 7. 13. 원고에 대하여 한 2000 사업연도 귀속 법인세 23,783,885,984원의 부과처분 중 21,358,599,752원을 초과하는 부분을 취소한다.
 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송총비용은 이를 2분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】제1심 판결을 취소한다. 피고가 2009. 7. 13. 원고에 대하여 한 2000 사업연도 귀속 법인세 23,783,885,984원의 부과처분 중 19,478,368,776원을 초과하는 부분을 취소한다(원고는 재환송 전 당심에서 청구를 위와 같이 변경하였다).
【이 유】1. 사건의 경과 및 이 법원의 심판범위
가. 원고와 관계사들의 관계 등
 1) 원고는 중소벤처기업에 대한 투자 및 자금대여를 주업으로 하는 회사로서, 조세회피지역인 말레이시아 라부안에 1996. 5. 7. 역외펀드인 아시아 퍼시픽 앨리언스 인베스트먼트(Asia Pacific Alliance Investment Ltd., 이하 APAI라고 한다)를, 2000. 2. 28. 역외펀드인 이노베스트 인베스트먼트(Innovest Investment Ltd., 이하 IIL이라고 한다)를 각 설립하였다. 
 2) 한편, 원고 및 소외 1, 소외 2 등이 공동 출자하여 1999. 6. 21. 주송 주식회사(이하 ‘주송’이라고만 한다)를 설립하였다.
나. IIL의 실권주 고가인수에 따른 부당행위계산부인
 1) IIL은 2000. 3. 20. 주송의 유상증자에 참여하여 실권주 70,000주를 1주당 158,000원에 인수하였는데, 실권주 70,000주 중 63,333.333주의 주주인 소외 1 등 7인이 원고와 구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조, 구 법인세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조가 규정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라고 한다)의 지위에 있다. 
 2) 피고는 2002. 1. 18. IIL이 원고가 조세부담을 회피하기 위하여 설립한 페이퍼 컴퍼니에 불과하므로 원고가 위와 같은 실권주를 인수한 것으로 보고 위 실권주의 1주당 가액을 43,200원으로 평가한 뒤, 원고가 위 실권주 70,000주를 인수한 것은 위 특수관계자에게 그 인수가액과 위 평가액의 차액 상당인 8,032,500,000원{=(158,000원－43,250원)×70,000주}의 이익을 분여한 것으로서 구 법인세법시행령 제88조 제1항 제8호 나목의 부당행위이므로 부인대상에 해당한다고 보아 그 차액 상당을 익금산입하고 기타사외유출 처분하여 법인세를 증액하였다가, 2002. 5. 2. 위 실권주 70,000주 중 원고와 특수관계자의 지위에 있지 아니한 주주인 소외 3의 실권주 6,666.666주를 제외한 나머지 63,333.333주에 대한 평가액의 차액 상당인 7,267,500,000원{=(158,000원－43,250원)×63,333.333주}으로 부당행위계산 부인대상액을 감액하여 2000 사업연도 귀속분 법인세 총결정세액을 19,552,324,342원(=산출세액 18,375,047,063원＋가산세액 1,177,277,279원)으로 경정하였다.
다. 주식의 저가인수에 따른 의제배당 등
 1) 한편, APAI는 1999. 7. 21. 아시아넷 주식회사(Asia Net Corporation Ltd., 이하 ‘아시아넷’이라 한다)의 주식 1,333,333주를 2,390,200,000원에 취득하였고, 1999. 12. 20. 위 주식이 1/2로 액면분할 되어 보유주식수가 2,666,666주로 되었는데, 2000. 2. 28. 그중 2,000,000주를 IIL에게 무상양도하고, IIL이 다시 이를 2000. 3. 17. 원고에게 11,256,198,145원에 양도하였다(나머지 666,666주는 APAI가 그대로 보유하였다). 아시아넷은 2000. 7. 21. 리타워 테크놀러지스 주식회사(이하 ‘리타워테크’라 한다)의 유상증자에 참여하여 리타워테크의 신주 8,680,324주를 교부받은 뒤 2000. 7. 22. 아시아넷의 모든 주주로부터 아시아넷 주식을 전량인 60,762,265주를 회수하여 이를 강제소각하기로 결의하고 주주들에게 그 대가로 아시아넷 주식 7주당 리타워테크 주식 1주의 비율로 교부함에 따라 원고는 리타워테크 주식 285,714주(=2,000,000주×1/7)를, APAI는 95,238주(=666,666주×1/7)를 각 교부받았다.
 2) 피고는, APAI 역시 원고가 조세부담을 회피하기 위하여 설립한 페이퍼 컴퍼니에 불과하므로 원고가 2000. 7. 22. 위 주식 2,666,666주를 소각시키는 대신 아시아넷으로부터 리타워테크 주식 380,952주(=285,714주+95,238주)를 교부받았는데 리타워테크 주식의 2000. 7. 21. 당시 시가는 1주당 108,500원이어서 원고는 아시아넷으로부터 38,943,092,000원(=리타워테크 주식 380,952주의 평가액 41,333,292,000원－원고의 아시아넷 주식 2,666,666주의 취득가액 2,390,200,000원) 상당을 아시아넷으로부터 배당받은 것으로 보고 위 의제배당액 38,943,092,000원을 익금 산입하되, 원고가 2000 사업연도에 제3자에게 양도한 리타워테크 주식에 대응하는 14,222,767,844원을 손금산입하여 2003. 4. 1. 원고에 대하여 2000 사업연도 귀속분 법인세를 26,689,370,612원(=산출세액 21,083,095,688원＋가산세액 5,606,274,925원)으로 증액경정하였다. 그 후 2003. 6. 30. 피고의 2002. 5. 2.자 부과처분에 대한 심사에서 원고의 이의 중 일부가 받아들여지자 피고는 원고에 대한 2000 사업연도 귀속분 법인세를 25,722,088,682원(=산출세액 21,065,775,085원＋가산세액 4,656,313,597원)으로 경정하였다(이하 2003. 4. 1.자 증액경정처분 중 감액경정되고 남은 부분을 ’이 사건 처분‘이라 한다).
라. 소송의 경과 및 피고의 직권경정 등
 1) 원고는 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 서울행정법원 2003구합29057호로 제기하여 원고 패소판결을 선고받고, 이 법원 2005누10349호로 항소하여 항소기각판결을 선고받았으며, 대법원 2006두3711호로 상고하였다.
 2) 이에 대법원은, 의제배당에 관하여 리타워테크의 주식을 취득당시를 기준으로 가액을 평가하고, APAI가 취득한 리타워테크 주식의 실질적 귀속자를 원고로 본 원심의 판단은 정당하나, 부당행위계산 부인에 관하여 실권주 고가인수의 경우에도 취득가액 중 부인 대상인 시가초과액은 당해 사업연도 법인의 과세표준에는 아무런 영향을 미치지 못함에도 그 사업연도에 전부 귀속됨을 전제로 한 이 사건 처분이 적법하다고 본 원심의 판단은 위법하다는 이유로 원심판결을 파기하는 내용의 환송판결을 하였다.
 3) 이후 피고는 2009. 6. 18. 원고의 2000 사업연도 익금에 위법하게 산입하였던 주송의 실권주 고가 인수에 따른 시가초과액 7,267,500,000원을 손금에 산입한 다음, 과세표준을 71,384,484,593원으로 경정한 후 이 사건 처분 중 3,057,280,167원{=산출세액 중 1,090,124,999원(=21,065,775,085원－19,975,650,086원)＋가산세액 중 1,967,155,168원}을 직권취소하였다.
 4) 원고는 2009. 6. 26. 피고의 요구에 응하여 과소신고가산세 및 미납부가산세가 3,444,018,868원이 아닌 3,463,716,577원(그 차액이 119,697,709원)이고 환급가산금이 28,957,269원이라는 수정신고를 하면서 합계 148,654,970원을 자진 납부하였다.
 5) 피고는 2009. 7. 13. 가산세 999,379,760원을 추가로 부과·고지함으로써 원고의 2000 사업연도 귀속 법인세는 합계 23,783,885,984원(=이 사건 처분액 25,722,088,682원－직권취소액 3,057,280,167원＋자진납부 가산세액 119,697,709원＋추가 부과·고지액 999,379,760원)이 되었다(이하 이 사건 처분이 위와 같은 감액경정을 거쳐 추가로 증액된 것을 ‘이 사건 최종부과처분’이라 한다).
 6) 원고는 재환송 전 당심에서도 위 최종부과처분에 대하여 산출세액과 가산세 부분을 다투었으나, 재환송 전 당심법원은 산출세액 부분에 관한 주장은 받아들이지 아니하고 가산세 부분 중 피고가 2009. 7. 13. 한 가산세 999,379,760원의 증액경정부분이 부과제척기간을 도과하여 무효라는 이유로 이 부분 원고 주장을 받아들여, 결국 이 사건 최종부과처분 중 22,784,506,224원을 초과하는 부분을 취소하고 원고의 나머지 청구는 기각하는 내용의 원고 일부승소판결을 선고하였다.
 7) 이에 대하여 쌍방이 각각의 패소부분에 관하여 전부 불복하여 다시 상고하였는데, 대법원은 재환송 전 당심판결 중 원고 패소부분만을 파기하여 이를 환송하고 피고의 상고를 기각하는 내용의 재환송판결을 하였다.
마. 이 법원의 심판범위
 따라서 이 법원의 심판범위는 대법원의 재환송판결에 의하여 파기·환송된 원고 패소 부분 즉, 이 사건 최종부과처분 중 19,478,368,776원을 초과하는 부분에서 위 재환송판결에서 무효로 판단된 2009. 7. 13.자로 증액된 가산세 999,379,760원을 제외한 부분에 대한 취소 청구부분에 한정된다고 할 것이다.
【인정근거】 다툼 없는 사실, 기록상 명백하거나 이 법원에 현저한 사실, 갑 제2, 3, 9, 10호증, 을 제4, 6호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 최종부과처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 1) 산출세액에 관하여
 피고가 APAI를 원고의 페이퍼 컴퍼니에 불과하다고 보아 APAI의 2000 사업연도 당기순손익을 원고의 익금이나 손금에 가산하고, 이로 인하여 중복과세된 내역을 손금산입하였으므로 이와 동일하게 IIL의 2000 사업연도 당기순손익에 대하여도 동일한 방식으로 소득조정을 하여야 하는바, 다음과 같은 내역에 따라 원고의 2000 사업연도 과세표준은 1,776,004,678원(1,789,827,086원－13,822,408원)으로 감액되어야 한다.
 ○ IIL은 2000 사업연도 당기순이익을 8,591,699달러로 확정시 APAI로부터 무상취득하였던 아시아넷 주식 2,000,000주를 원고에 양도하고 얻은 양도차익 10,000,000달러를 산입하여 산정하였으나, 이는 원고와의 내부 거래에 불과해 실제 발생하지 아니한 이익이어서 위 당기순이익에서 차감하고 나면 실제로는 1,774,459,600원{1,408,310달러×1,260원/달러(2000. 12. 31.자 매매기준환율)}의 순손실이 발생한 것이므로, 원고의 손금에 산입하여야 한다.
 ○ IIL의 계좌에서 발생한 이자 2,540,539원{2,176.64달러×1,260원/달러)}원을 원고의 익금에 산입한 만큼 중복과세를 피하기 위해 원고의 손금에 산입하여야 한다.
 ○ IIL이 2000. 11. 14. ITCM에 지급한 거래수수료 13,822,408원을 원고의 손금에 산입한 만큼 중복과세를 피하기 위해 원고의 익금에 산입하여야 한다.
 2) 가산세에 관하여
 이 사건 최종부과처분을 함에 있어 가산세 산정에 30%의 가산세율을 적용하려면 원고가 2000 사업연도에 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 부당과소신고금액이 50억 원을 초과하는 경우이어야 한다. 그런데 원고의 경우 미달신고금액은 과세표준의 3분의 1 미만이고, 부당과소신고금액이 50억 원을 초과한다는 입증도 없으며, 피고의 가산세 산정근거 및 내역도 객관적으로 알 수 없어 정당한 가산세를 산정할 수 없다. 따라서 이 사건 최종부과처분의 가산세 중 위 무효부분을 제외한 부분도 모두 취소되어야 한다.
나. 관계 법령
 별지 1 기재와 같다.
다. 판 단
 1) 산출세액에 관하여 
 다툼이 없거나 갑 제2, 5, 6호증, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, IIL은 2000. 2. 28. 아시아넷 주식 2,000,000주를 무상양도받아 이를 2000. 3. 17.에 10,000,000달러에 원고에게 양도한 사실, 위 양도대금으로 주송 70,000주를 위와 같이 고가에 인수하고, 나머지 금액은 IIL 명의의 신한은행 삼성중앙지점계좌에 예치하였는데, 그 예금에서 발생한 이자나 지출한 거래수수료가 바로 원고가 주장하는 위 금액인 사실, IIL은 원고가 조세부담을 회피하기 위하여 설립한 페이퍼 컴퍼니인 사실을 인정할 수 있다.
 위와 같은 원고와 IIL의 관계, 주송 인수대금 및 위 예금은 원고로부터 지출된 자금이 그 출처인 점, 앞서 피고는 IIL이 주송 실권주를 고가 인수한 것을 실제 원고가 인수한 것으로 보고 그 시가초과액을 부당행위계산 부인하였던 사정에 비추어 보면, 피고는 IIL의 법인격을 부인하여 원고와 동일시 한 것이 아니라 원고가 특수관계자와의 거래에 있어 IIL과의 위와 같은 거래를 이용하여 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 것으로 인정하여 IIL과의 거래에 있어서도 원고에게 합리적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하였던 것으로 보이고, 위와 같이 보는 것이 부당행위계산부인의 법리에 비추어 위법하다고 보이지는 아니한다. 따라서 원고의 2000 사업연도 과세표준에서 원고가 주장하는 익금이나 손금을 추가로 조정할 것은 아니어서 위 주장은 받아들이지 아니한다.
 2) 가산세에 관하여
 가) 과세처분에 관한 불복절차과정에서 그 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 법 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다(대법원 1990. 10. 23. 선고 89누6426 판결 참조). 
 그런데 갑 제2호증의 기재와 변론의 전체적 취지에 의하면, 국세청장은 2003. 6. 30. 심사결정 당시 위 과소신고금액에 포함된 금액 중 주송 주식 관련 자산누락액 합계 11,148,290,400원은 제외되어야 한다고 결정한 바 있는바, 이러한 심사결정에서의 판단은 행정청에 대하여 기속력이 있다. 따라서 이를 전제로 하여 뒤에서 보는 바와 같은 판단에 따라 원고의 2000 사업연도 귀속분 법인세의 정당한 가산세를 계산해 보면, 별지 2 정당한 가산세액의 기재와 같이 합계 1,382,949,666원이 된다.
 나) 이에 대하여, (1) 원고는 먼저, 2000 사업연도 법인세 중 과세신고가산세 산정의 기초가 되는 과소신고금액을 산정함에 있어서 최저한세 익금산입감소 합계분 13,479,804,601원을 추가 손금에 산입해야 한다고 주장한다. 
 그러나 을 제2호증의 3의 기재와 변론의 전체적 취지에 의하면, 피고는 구 법인세법 제118조 제2항에 따라 원고의 2001. 9. 30.자 수정신고시 178,711,938원, 2002. 5. 2.자 경정결정시 5,251,607,123,원, 2003. 4. 1.자 경정결정시 11,477,293,357원 등 합계 16,907,612,418원을 과소신고금액 계산시 신고한 과세표준에서 공제한 사실을 인정할 수 있는바, 이에 따르면 피고는 세액을 경정할 때마다 최저한세 부인액을 손금산입(익금불산입)하여 피고가 산정한 과세표준 및 산출세액에는 손금산입(익금불산입)한 최저한세 부인액이 이미 반영되어 있으므로, 이에 반하는 원고의 위 주장은 이유 없다.
 원고는 다음으로, 피고가 부당과소신고금액으로 구분한 항목은 APAI 당기순이익 322,388,865원, APAI 및 IIL 소유 리타워테크 주식과 관련된 투자주식처분이익 3,576,457,166원, 의제배당 38,043,092,000원, 외환차익 12,827,287원, 이자수입누락 2,540,539원 등인데, 위 각 항목은 단순히 손익의 귀속시기만 달라질 뿐으로 이를 두고 부당과소신고금액이라고 할 수 없으므로 이에 대해서는 일반과소신고금액에 대한 세율인 10%를 적용해야 한다고 주장한다.
 그러나 앞서 본 바와 같이 APAI와 IIL은 모두 원고가 조세부담을 회피하기 위하여 설립한 페이퍼 컴퍼니인 사실을 인정할 수 있고, 여기에 구 법인세법시행령 제118조 제4항 제4호에 의하면 손익의 귀속사업연도를 법인세법 등과 달리 적용함에 따라 익금에 산입된 금액은 부당과소신고금액으로 규정하고 있는 점을 더해 보면, 피고가 부당과소신고금액으로 구분한 위 각 항목은 구 법인세법시행령 제118조 제6호 소정의 ‘기타 익금을 고의로 누락한 경우’에 해당된다고 봄이 상당하므로, 이를 부당과소신고금액으로 볼 수 없다는 원고의 위 주장도 이유 없다.
 (2) 한편 피고는, 위 과소신고금액을 산정함에 있어서 구 법인세법시행령 제118조 제3항(각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금이 있는 경우 법 제76조 제1항 제2호의 규정에 의한 과소신고소득금액은 그 손금을 공제한 금액으로 한다)에 따라 주송 주식 관련 자산누락액 11,148,290,400원(뒤에서 보는 바와 같이 11,170,612,700원의 오기임)이 익금 항목에 추가되면서 이에 직접 대응하는 손금으로서 11,256,198,145원(투자유가증권과대계상 9,463,558,145원＋투자주식과대계상 1,792,640,000원)이 손금 항목에 포함되어 공제된 것이므로, 위 과소신고금액 산정시 위 주송 주식 관련 자산누락액이 익금산입액에서 제외되어야 하는 이상 위 11,256,198,145원의 손금산입액도 손금 항목에서 제외하여야 한다고 주장한다.
 그러나 갑 제2호증의 기재에 의하면 국세청장은 2003. 6. 30. 심사결정 당시 위 과소신고금액에 포함된 금액 중 주송 주식 관련 자산누락액 합계만을 제외하여야 하고, 정미신고소득계산시 손금산입한 위 11,256,198,145원을 신고한 과세표준에서 공제하지 말아야 한다고 결정하였는바(기록 제73쪽 참조, 대법원 재환송판결도 이에 따라 판결이유에서 과소신고금액을 산정할 때 주송 주식 관련 자산누락액만을 익금산입한 자산누락액에서 제외하여 과소신고금액을 산정하였다), 앞서 본 국세청장 심사결정에서의 판단이 행정청에 대하여 갖는 기속력의 법리에 따라 피고의 위와 같은 주장은 허용될 수 없다{뿐만 아니라 원고의 과소신고소득금액을 구성하는 항목 중 익금 산입 항목에 해당하는 주송 주식 관련 자산누락액 부분은, IIL이 2000. 3. 20. 원고에게 양도한 아시아넷 주식대금으로 주송의 유상증자에 참여하여 기존주주가 실권한 70,000주를 주당 158,000원에 취득한 것과 관련된 것인 반면, 손금 산입 항목에 해당하는 투자유가증권과대계상액(9,463,558,145원)과 투자주식과대계상액(1,792,640,000원) 부분은, 원고의 특수관계자인 APAI가 1999. 7. 21. 아시아넷 주식을 1,792,640,000원에 취득하였다가 위 주식이 ILL을 거쳐 원고에게 양도된 뒤 원고가 이를 장부에 11,256,198,145원의 투자자산으로 기장한 것과 관련된 것으로, 피고 주장과 같이 위 11,256,198,145원이 과소신고금액 산정에 있어서 위 주송 주식 관련 자산누락액과 직접 대응하는 손금으로서 손금 항목에 포함된 것으로 단정할 수도 없으므로, 이를 전제로 한 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다}.
라. 소결론(정당한 세액의 계산)
 위와 같은 판단에 따라 원고에 대한 2000 사업연도 귀속 법인세의 정당한 세액을 계산해 보면, 앞서 인정한 2009. 6. 18. 감액된 과세표준 71,384,464,593원에 따른 산출세액(본세) 19,975,650,086원과 위에서 인정한 가산세 합계 1,382,949,666원을 더한 21,358,599,752원이 된다. 따라서 이 사건 최종부과처분에 따른 법인세 23,783,885,984원 중 위 21,358,599,752원을 초과하는 부분이 취소되어야 한다.
3. 결 론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 2000 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분은 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 일부 인용하여야 할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하다. 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김인욱(재판장) 박범석 김강대