법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2014.02.13 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 아이비씨쥬얼리 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 소순무 외 2인)
【피고, 피상고인】 종로세무서장
【원심판결】 서울고법 2013. 7. 19. 선고 2012누12251 판결
【주 문】
 원심판결 중 법인세 징수처분 및 납부불성실가산세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 신고납세방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정된다. 따라서 그 납세의무를 이행하지 아니한다고 하여 과세관청이 신고된 세액에 납부불성실가산세를 더하여 납세고지를 하였더라도, 이는 신고에 의하여 확정된 조세채무의 이행을 명하는 징수처분과 그에 대한 가산세의 부과처분 및 그 징수처분이 혼합된 처분일 뿐이다(대법원 1992. 4. 28. 선고 91누13113 판결, 대법원 1995. 2. 3. 선고 94누910 판결 참조). 그리고 납세의무자가 당초 신고를 한 데 대하여 이후 과세관청이 증액하여 신고하도록 안내를 함에 따라 수정신고를 하였다고 하더라도, 그 증액신고된 부분에 대한 납세고지가 단순한 징수처분이 아니라 증액 경정 취지의 조세 부과처분이 되는 것은 아니라 할 것이다.
 한편 신고납세방식 조세에서 과세표준 등의 신고행위가 납세의무를 부담할 법령상 근거가 없이 이루어진 경우와 같이 객관적으로 타당한 법적 근거와 합리성이 없는 때에는 그 하자는 중대할 뿐 아니라 명백하다고 보아야 한다. 따라서 그 신고행위는 당연무효라 할 것이므로, 그로써 확정된 조세채무가 존재함을 전제로 하는 과세관청의 징수처분 및 가산세 부과처분은 위법하다 할 것이다.
 2. 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 2006 사업연도 법인세에 관한 원고의 수정신고 및 그에 따른 피고의 납세고지 경위는 다음과 같다.
 가. 원고는 2001. 7. 6. 서울 종로구에 있는 본점과 공장시설을 전북 남원시로 이전하였고, 그에 따라 수도권 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면을 규정한 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제63조 제1항에 의하여 2001 내지 2004 사업연도 법인세 합계 316,492,138원을 감면받았다.
 나. 그 후 원고가 2006. 4. 6. 다시 본점을 서울 종로구로 이전하자, 서울지방국세청장은 원고에게, “위와 같은 본점의 재이전에 따라 원고는 구 조세특례제한법(2009. 5. 21. 법률 제9671호로 개정되기 전의 것) 제63조 제2항, 제3항(이하 ‘이 사건 추징규정’이라 한다)의 적용대상이 되어 당초 감면받은 법인세와 그에 대한 이자 상당 가산액을 2006 사업연도 법인세로 납부할 의무가 있다”는 내용의 수정신고 안내를 하였다.
 다. 이에 원고는 2008. 10.경 피고에게 2006 사업연도 법인세에 관한 제1차 수정신고를 하면서, 2001 내지 2004 사업연도 법인세 감면액 합계 316,492,138원에서 원고가 2001 내지 2004 사업연도에 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것) 제7조에 따라 감면받을 수 있었던 중소기업에 대한 특별세액 감면액 170,357,814원을 차감한 법인세와 그에 대한 이자 상당 가산액을 2006 사업연도 법인세로 추가 납부하였다.
 라. 그 후 서울지방국세청장은 2010. 4.경 원고에게, “2001 내지 2002 사업연도 법인세에 관하여는 이미 부과제척기간이 경과하여 중소기업에 대한 특별세액 감면을 적용받을 수 없으므로, 제1차 수정신고 당시 중소기업에 대한 특별세액 감면액으로 차감하였던 170,357,814원 중 2001 내지 2002 사업연도에 해당하는 부분을 차감액에서 제외하여 다시 수정신고를 하라”는 취지의 안내를 하였고, 그에 따라 원고는 2010. 4. 14. 피고에게 2006 사업연도 법인세 200,226,675원을 증액하는 내용의 제2차 수정신고를 하였으나 그 세액은 납부하지 아니하였다.
 마. 이에 피고는 2010. 6. 11. 원고에게 제2차 수정신고에 따라 증액된 2006 사업연도 법인세 본세 200,226,675원 및 그에 대한 납부불성실가산세 70,039,290원을 납세고지하였다(이하 ‘이 사건 납세고지’라 한다).
 3. 법인세 본세 부과처분의 취소청구 부분에 관한 상고이유에 대하여 본다.
 원고는 이 사건 주위적 청구로 이 사건 납세고지가 제1차 수정신고 금액에 이 사건 납세고지의 금액을 가산한 금액으로 2006 사업연도의 법인세를 증액 경정하는 부과처분에 해당한다는 전제에서 그 중 제1차 수정신고 금액을 초과하는 부분의 취소를 구하였다.
 이에 대하여 원심은, 이 사건 납세고지 중 법인세 본세 부분은 원고의 제2차 수정신고에 의하여 증액된 세액으로 납세의무가 확정되었으니 그 부분 납세고지는 피고가 그 이행을 명한 징수처분에 불과할 뿐 부과처분에 해당하지 아니하며, 2차 수정신고가 서울지방국세청장의 수정신고 안내에 따라 하게 된 사정이 있다고 하여 달리 볼 수 없다는 이유로, 이 사건 주위적 청구 중 법인세 본세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 존재하지 않는 과세처분의 취소를 구하는 것으로서 부적법하다고 판단하였다.
 앞서 본 이 사건 납세고지의 경위 등에 비추어 보면, 원심의 위와 같은 판단은 제2차 수정신고가 국세기본법 제45조에 의한 수정신고에 해당하는 것이니 이 사건 납세고지 중 법인세 본세에 관한 부분은 그 수정신고에 의하여 확정된 세액의 납부를 명하는 징수처분에 해당할 뿐이라고 본 것이다. 그런데, 위 제2차 수정신고는 뒤에서 보는 바와 같이 당연무효이므로 그에 의하여 조세채무가 확정되는 효과가 인정될 수는 없지만, 앞서 본 법리에 비추어 이 사건 납세고지가 위 법인세 본세에 관한 부과처분에 해당하지 아니한다고 한 부분의 원심의 결론은 타당하다. 그러므로 이 부분 원심 판단에 상고이유 주장과 같이 수정신고에 따른 납세고지의 법적 성격 등에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
 4. 다음 법인세 본세에 대한 징수처분 및 납부불성실가산세 부과처분 취소청구 부분에 관하여, 상고이유에 대한 판단에 앞서 직권으로 살핀다.
 가. 구 조특법 제63조는 수도권 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면에 관하여 제1항에서 “수도권 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인으로서 창업 후 2년이 경과된 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권 외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2003년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고, 제2항에서 “제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다”고 규정하였을 뿐 위 세액감면에 따른 추징규정을 두지는 아니하였다.
 그런데 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정 조특법’이라 한다) 제63조는 이 사건 추징규정을 신설하여 제2항에서 “제1항의 규정에 의하여 감면의 적용을 받은 중소기업이 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준 신고 시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다”고 규정하면서 제3호로 ‘제1항의 규정에 의하여 감면을 받는 기간 중에 수도권 안에 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 때’를 규정하는 한편, 제3항에서 “제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제40조 제2항 중 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다”고 규정하였다. 다만 그 개정 조특법 부칙은 제1조에서 “이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하는 한편, 제13조에서 “제63조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공장 또는 본사를 이전하는 분부터 적용한다”고 규정하였다.
 따라서 개정 조특법이 시행된 2002. 1. 1. 전에 공장 또는 본사를 수도권 외의 지역으로 이전하여 구 조특법 제63조 제1항에 따른 세액감면을 받은 경우에는 그 후 그 감면기간 중에 수도권 안에 다시 본점을 설치하여 재이전하더라도 이 사건 추징규정은 적용되지 않는다고 할 것이다.
 나. 앞서 본 사실관계를 위 법리와 관련 규정에 비추어 살펴보면, 개정 조특법이 시행되기 전인 2001. 7. 6. 본점과 공장시설을 수도권 외 지역으로 이전하여 구 조특법 제63조 제1항에 따라 2001 내지 2004 사업연도 법인세를 감면받은 원고에게는 이 사건 추징규정이 적용될 수 없다. 그러므로 이와 달리 원고에게도 이 사건 추징규정이 적용됨을 전제로 2006 사업연도 법인세를 증액하여 신고한 원고의 제2차 수정신고는 납세의무를 부담할 법령상 근거가 없이 이루어진 것으로서 객관적으로 타당한 법적 근거와 합리성이 없다 할 것이어서 그 하자가 중대할 뿐 아니라 명백하여 당연무효라 할 것이다.
 따라서 이 사건 납세고지 중, 제2차 수정신고에 의하여 납세의무가 확정되었음을 전제로 하는 법인세 본세 징수처분과 원고에게 이 사건 추징규정에 따른 법인세의 납세의무가 있음을 전제로 하는 납부불성실가산세 부과처분 부분은 모두 위법하다고 할 것이다.
 다. 그런데도 원심은, 원고에게도 이 사건 추징규정이 적용되고 나아가 원고의 제2차 수정신고가 적법함을 전제로 이 사건 납세고지에 의한 법인세 본세 징수처분과 납부불성실가산세 부과처분이 모두 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 추징규정의 적용범위 및 법인세 신고행위의 당연무효에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.
 5. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결 중 법인세 본세 징수처분 및 납부불성실가산세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하고, 나머지 상고는 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김창석(재판장) 양창수 박병대(주심) 고영한

[1] 신고납세방식의 조세에 있어서 납세의무를 이행하지 아니한다고 하여 과세관청이 신고된 세액에 납부불성실가산세를 더하여 납세고지를 한 경우, 납세고지의 법적 성격 및 납세의무자가 당초 신고를 한 후 과세관청이 증액하여 신고하도록 안내를 함에 따라 수정신고를 한 경우, 증액신고된 부분에 대한 납세고지가 증액 경정 취지의 조세 부과처분이 되는지 여부(소극)
[2] 신고납세방식 조세에서 과세표준 등의 신고행위가 당연무효인 경우 및 그로써 확정된 조세채무가 존재함을 전제로 하는 과세관청의 징수처분과 가산세 부과처분이 위법한지 여부(적극)