부동산을 취득하기 위한 건설자금이자의 기산시점 (일반행정, 대법원)
공포일: 2011.04.14 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-부산고등법원 2010. 12. 3. 선고 2010누3800 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제11호증의 8 내지 11, 갑제12호증의 1 내지 3, 갑제16호증, 갑제21호증, 갑제31호증의 1 내지 6, 을제1호증의 1, 2, 을제3호증, 을제4 내지 6호증의 각 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.
가. 원고는, ① 2005. 10. 18. 최○○으로부터 취득한 부산 ○○구 ○○동 1361-7 대 367㎡및 지상 주택 21평 3홉(이하 ‘제1부동산’이라 한다)에 대하여 같은 날 취득가액을 1,000,000,000원으로 하여 취득세 20,000,000원, 농어촌특별세 2,000,000원, 등록세 20,000,000원, 지방교육세 4,000,000원을 자진 신고납부하고, ② 2006. 8. 18. 이○○로부터 취득한 부산 ○○구 ○○동 1359-7 소재 월성아파트 A동 303호(이하 ‘제2부동산’이라 한다)에 대하여 같은 날 취득가액을 145,000,000원으로 하여 취득세 2,900,000원, 농어촌특별세 290,000원, 등록세 2,900,000원, 지방교육세 580,000원을 자진 신고납부하고, ③ 2006. 11. 24. 이○○로부터 취득한 부산 ○○구 ○○동 1365-1 대 3,426㎡ 및 같은 동 1365-3 대 112㎡(이하 ‘제3부동산’이라 하고, 제1, 2, 3, 부동산을 합하여 ‘쟁점 부동산’이라 한다)에 대하여 2006. 12. 22. 취득가액을 5,050,380,000원으로 하여 취득세 101,007,600원, 농어촌특별세 10,100,760원, 등록세 101,007,600원, 지방교육세 20,201,520원을 자진 신고납부하였다.
나. 피고는 원고에 대한 지방세 세무조사결과 원고의 장부에 기장된 부동산중개수수료 10,000,000원, 감정평가수수료 20,680,000원, 건설자금이자 480,240,279원 합계 510,910,279원이 쟁점부동산의 취득가격에서 누락되었다고 보고, 2008. 3. 13. 원고에 대하여 취득세 10,210,790원, 농어촌특별세 1,021,070원, 등록세 10,210,790원, 지방교육세 2,042,140원을 부과하였다(가산세 제외, 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다. 위 각 세목에 가산세를 더하면, 취득세 13,657,270원, 농어촌특별세 1,087,860원, 등록세 13,657,270원, 지방교육세 2,527,190원이 된다).
다. 원고는 2008. 6. 5. 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 하였는데, 외 부산광역시장은 2008. 6. 27. 위 신청을 기각하였고, 원고는 다시 2008. 9. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2009. 8. 18. 위 심판청구를 기각하였다.
2. 이 사건 처분의 적법성

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

(가) 제2부동산 매입자금은 당초 주식회사 ○○은행(이하 ‘○○은행’이라 한다)과 체결한 대출약정상 대출자금용도에는 포함되지 않았으나, 사업추진과정에서 필요하다고 판단하여 ○○은행으로부터 대출자금 용도변경 승인을 받아 대출금으로 취득한 것이므로, 이에 대하여는 당초 대출일인 2005. 9. 12.부터가 아니라 매매계약 체결일인 2006. 7. 12.부터 건설자금이자를 계산하여야 한다.
(나) 제3부동산에 대하여는 계약금 1,500,000,000원만 지급하고 중도금 및 잔금은 지급하지 않은 상태이므로, 위 계약금 1,500,000,000원에 대한 대출이자만을 건설자금이자로 하여 과세표준에 포함시켜야 한다.
(2) 피고의 주장

(가) 원고가 제2부동산의 취득에 소요된 자금을 ○○은행으로부터 대출받아 지급한 사실은 원고의 법인장부에서 확인할 수 있고, 대출일로부터 발생되는 이자는 취득가격에 포함되는 간접비용에 해당하므로, 제2부동산 취득자금에 대한 이자를 대출일인 2005. 9. 12.부터 계산하여 과세표준에 포함시키는 것이 타당하다.
(나) 원고가 2006. 11. 24. 제3부동산에 대하여 취득금액을 5,050,380,000원으로 하여 취득세 등을 신고하고 소유권이전등기를 마친 이상, 원고가 실제로 지급하였다고 주장하는 1,500,000,000원 및 취득시기 이전에 지급하여야 할 비용으로 확정된 잔여 매매대금을 합한 취득자금 5,050,380,000원 전부에 대하여 이자를 계산하여 과세표준에 계상하여야 한다.
나. 관계법령

별지 기재와 같다.
다. 인정사실

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제4호증, 갑제9호증의 1 내지 3, 갑제11호증의 1 내지 11, 갑제12호증의 1 내지 3, 갑제13호증의 1, 2, 갑제14호증의 1 내지 7, 갑제26호증의 1 내지 8, 갑제29호증의 1, 2, 갑제30호증, 을제2, 3호증, 을제4 내지 6호증의 각 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.
(1) 원고는 부산 ○○구 ○○동 1365-1일대의 주상복합아파트 개발사업을 추진하면서 2005. 9. 12. ○○은행과 여신거래특별약정(이하 ‘이 사건 대출약정’이라 하고 위 대출약정에 기한 대출금을 ‘이 사건 대출금’이라 한다)을 체결하고 사업부지매입 및 초기사업비 용도로 7,000,000,000원을 단계적으로 대출받기로 하였는데, 당초의 대출약정에는 제1, 3부동산만이 매입대상토지로 기재되어 있었으나, 이후 원고는 2006. 7. 25. 이 사건 제2부동산의 매수를 위하여 ○○은행에게 대출자금 사용승인을 요청하였고, ○○은행이 2006. 8. 18. 이를 승인하였다.
(2) 원고는 2005. 10. 18. 최○○과 제1부동산에 대한 매매계약을 체결하고, 같은 날 매매대금 1,000,000,000원 및 부동산중개수수료 5,000,000원을 이 사건 대출금으로 지급하였다. 제1부동산의 취득일은 2005. 10. 18.이다

(3) 원고는 2006. 7. 12. 이○○와 제2부동산에 대하여 매매대금을 145,000,000원으로 정하여 매매계약을 체결하고, 같은 날 계약금 20,000,000원 및 부동산중개수수료 5,000,000원, 2006. 7. 31. 중도금 60,000,000원, 2006. 8. 18. 잔금 65,000,000원을 이 사건 대출금으로 지급하였다. 제2부동산의 취득일은 2006. 8. 18.이다.
(4) 원고는 2005. 9. 12. 이○○와 제3부동산에 대하여 매매대금을 5,050,380,000원으로 정하여 매매계약을 체결하고, 2006. 11. 24. 이를 취득하였는데, 원고의 법인장부(계정별원장) 토지계정에는 2006. 12. 12. 제3부동산의 취득을 위하여 2,087,455,776원을 지급한 것으로 기장되어 있다.
라. 판단

(1) 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제111조 제2항, 제130조 제1항, 제3항, 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제1항에 의하면, 취득세 및 등록세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용을 포함)을 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 '취득가격'에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다고 할 것이다( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 참조).
한편, 원고가 지출한 감정평가수수료 20,680,000원은, 각 매매대금을 기준으로 하여 제1부동산에 3,349,460원, 제2부동산에 499,920원, 제3부동산에 16,830,620원으로 안분함이 상당하다.
(2) 제1부동산에 관하여

살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 제1부동산을 취득하기 위하여 이 사건 대출금으로 매매대금 1,000,000,000원, 부동산중개수수료 5,000,000원, 감정평가수수료 3,349,460원을 지급하였으므로, 위 매매대금, 부동산중개수수료, 감정평가수수료 및 위 각 비용을 대출금으로 지급함으로써 발생한 이자 7,247,131원(별지 ‘대출금 지급이자’ 참조)은 제1부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준에 포함되어야 한다.
결국 제1부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준이 되는 취득가격은 1,015,596,591원(= 1,000,000,0000원 + 5,000,000원 + 3,349,460원 + 7,247,131원)이 되므로, 정당한 세액은 취득세 20,311,931원(= 1,015,596,591원 × 20/1,000, 원 미만은 버림, 이하 같다), 농어촌특별세 2,031,193원(= 20,311,931원 × 10/100), 등록세 20,311,931원(= 1,015,596,591원 × 20/1,000), 지방교육세 4,062,386원(= 20,311,931원 × 20/100)이 된다.
(3) 제2부동산에 관하여

살피건대, 앞서 본 법리와 사실에 의하여 인정되는 다음의 사정, 즉 ① 부동산의 취득을 위한 차입금이 있음이 명백히 인정되지 아니하고 법인의 차입금이 그 부동산취득에 소요된 여부가 분명하지 아니한 경우에는 그 차입금에 대한 이자를 취득세의 과세표준에 합산할 수 없고, 당해 부동산의 취득을 위한 차입금이 분명한 경우에만 합산함이 실질과세의 원칙에 부합하는 점, ② 제2부동산은 당초 이 사건 대출약정상 매입대상토지에 포함되어 있지 않았으나 원고가 이 사건 사업을 추진하는 과정에서 제2부동산을 매입할 필요가 있어 ○○은행에 자금사용 승인을 신청함으로써 비로소 지출이 이루어진 점, ③ 그런데 ○○은행의 자금사용 승인에 따라 실제로 대출금을 제2부동산의 매입자금으로 사용하기 까지는 그 대금에 해당하는 대출금은 이 사건 부동산의 매입을 위한 대출금이라고 할 수 없거나 적어도 그 매입자금으로 투입할지 여부가 불분명한 상태라 할 것이고, 따라서 그 기간에 해당하는 이자는 위 부동산의 취득을 위한 간접비용으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 위 대출금에 대한 이자는 당초 이 사건 대출약정시가 아니라 ○○은행의 자금사용 승인에 따라 실제로 대출금을 제2부동산을 위하여 사용한 때부터 이자를 계산하여야 할 것이다.
결국 제2부동산을 취득하기 위하여 이 사건 대출금으로 지급한 매매대금 145,000,000원, 부동산중개수수료 5,000,000원, 감정평가수수료 499,920원 및 위 각 비용을 대출금으로 지급함으로써 발생한 이자 1,189,237원(별지 ‘대출금 지급이자’ 참조, 원고가 매매계약 체결일인 2006. 7. 12.부터 대출금에 대한 이자를 일괄하여 계산함에 이의가 없으므로 이에 따른다.)은 제2부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준에 포함되어야 하므로, 제2 부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준이 되는 취득가격은 151,689,157원(= 145,000,000원 + 5,000,000원 + 499,920원 + 1,189,237원)이 되고, 정당한 세액은 취득세 3,033,783원(= 151,689,157원 × 20/1,000), 농어촌특별세 303,378원(= 3,033,783원 × 10/100), 등록세 3,033,783원(= 151,689,157원 × 20/1,000), 지방교육세 606,756원(= 3,033,783원 × 20/100)이 된다.
(4) 제3부동산에 관하여

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가는 것이다( 대법원 1996. 4. 26. 선고 96누1627 판결 참조).
위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 원고의 계정별원장(을제2호증, 을제6호증의 2)에는 원고가 2006. 12. 12. 제3부동산의 취득을 위하여 2,087,455,776원을 지급한 것으로 기장되어 있음은 앞에서 본 바와 같으므로, 원고가 제3부동산의 취득을 위하여 이 사건 대출금 중 2,087,455,776원을 사용한 사실을 인정할 수는 있으나, 원고가 제3부동산의 취득을 위하여 이 사건 대출금 중 위 금액을 초과한 돈을 사용한 사실을 인정할 증거는 없다. 따라서 위 금액을 기준으로 대출금 이자를 산정하기로 한다.
결국 제3부동산의 매매대금 5,050,000,000원, 감정평가수수료 16,830,620원, 원고가 실제로 매매대금으로 지급한 2,087,455,776원 및 감정평가수수료에 대한 대출이자 192,056,775원(별지 ‘대출금 지급이자’ 참조)은 제3부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준에 포함되어야 하므로, 제3부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준이 되는 취득가격은 5,258,887,395원(= 5,050,000,000원 + 16,830,620원 + 192,056,775원)이 되고, 정당한 세액은 취득세 105,177,747원(= 5,258,887,395원 × 20/1,000), 농어촌특별세 10,517,774원(= 105,177,747원 × 10/100), 등록세 105,177,747원(= 5,258,887,395원 × 20/1,000), 지방교육세 21,035,549원(= 105,177,747원 × 20/100)이 된다.
(5) 소결론

따라서 쟁점부동산에 대한 각 세목별 정당한 세액에서 원고가 이미 신고납부한 세액을 차감하여 원고가 납부하여야 하는 취득세 등을 산정하면, 별지 ‘취득세 등 추징세액’ 기재와 같이 취득세 4,615,861원, 농어촌특별세 461,585원, 등록세 4,615,861원, 지방교육세 923,171원이 됨이 계산상 명백하므로, 이 사건 취득세 10,210,790원의 부과처분 중 4,615,861원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 1,021,070원의 부과처분 중 461,585원을 초과하는 부분, 등록세 10,210,790원의 부과처분 중 4,615,861원을 초과하는 부분, 지방교육세 2,042,140원의 부과처분 중 923,171원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.
3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 각 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-부산고등법원 2010. 7. 9. 선고 2009구합5474 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2008. 3. 13. 원고에 대하여 한 취득세 10,210,790원의 부과처분 중 4,615,861원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 1,021,070원의 부과처분 중 461,585원을 초과하는 부분, 등록세 10,210,790원의 부과처분 중 4,615,861원을 초과하는 부분, 지방교육세 2,042,140원의 부과처분 중 923,171원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.
3. 소송비용 중 1/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 ① 2005. 10. 18. 소외 최○○으로부터 취득한 부산 ○○구 ○○동 1361-7 대 367㎡ 및 지상 주택 21평 3홉(이하 ‘제1 부동산’이라 한다)에 대하여 같은 날 취득가액을 1,000,000,000원으로 하여 취득세 20,000,000원, 농어촌특별세 2,000,000원, 등록세 20,000,000원, 지방교육세 4,000,000원을 자진 신고ㆍ납부하고, ② 2006. 8. 18. 소외 이○○로부터 취득한 부산 ○○구 ○○동 1359-7 소재 월성아파트 A동 303호(이하 ‘제2 부동산’이라 한다)에 대하여 같은 날 취득가액을 145,000,000원으로 하여 취득세 2,900,000원, 농어촌특별세 290,000원, 등록세 2,900,000원, 지방교육세 580,000원을 자진 신고ㆍ납부하고, ③ 2006. 11. 24. 소외 이○○로부터 취득한 부산 ○○구 ○○동 1365-1 대 3,426㎡ 및 같은 동 1365-3 대 112㎡(이하 ‘제3 부동산’이라 하고, 제1, 2, 3, 부동산을 합하여 ‘쟁점 부동산’이라 한다)에 대하여 2006. 12. 22. 취득가액을 5,050,380,000원으로 하여 취득세 101,007,600원, 농어촌특별세 10,100,760원, 등록세 101,007,600원, 지방교육세 20,201,520원을 자진 신고ㆍ납부하였다.
나. 피고는 원고에 대한 지방세 세무조사결과 원고의 장부에 기장된 부동산중개수수료 10,000,000원, 감정평가수수료 20,680,000원, 건설자금이자 480,240,279원 합계 510,910,279원이 쟁점부동산의 취득가격에서 누락되었다고 보고, 2008. 3. 13. 원고에 대하여 취득세 10,210,790원, 농어촌특별세 1,021,070원, 등록세 10,210,790원, 지방교육세 2,042,140원을 부과하였다(가산세 제외, 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다. 위 각 세목에 가산세를 더하면, 취득세 13,657,270원, 농어촌특별세 1,087,860원, 등록세 13,657,270원, 지방교육세 2,527,190원이 된다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제11호증의 8 내지 11, 갑 제12호증의 1 내지 3, 갑 제16호증, 갑 제21호증, 갑 제31호증의 1 내지 6, 을 제1호증의 1, 2, 을 제3호증, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법성

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

가) 제2 부동산 매입자금은 당초 소외 주식회사 ○○은행(이하 ‘ ○○은행’이라 한다)과 체결한 대출약정상 대출자금용도에는 포함되지 않았으나, 사업추진과정에서 필요하다고 판단하여 ○○은행으로부터 대출자금 용도변경 승인을 받아 대출금으로 취득한 것이므로, 이에 대하여는 당초 대출일인 2005. 9. 12.부터가 아니라 매매계약 체결일인 2006. 7. 12.부터 건설자금이자를 계산하여야 한다.
나) 제3 부동산에 대하여는 계약금 1,500,000,000원만 지급하고 중도금 및 잔금은 지급하지 않은 상태이므로, 위 계약금 1,500,000,000원에 대한 대출이자만을 건설자금이자로 하여 과세표준에 포함시켜야 한다.
2) 피고의 주장

가) 원고가 제2 부동산의 취득에 소요된 자금을 ○○은행으로부터 대출받아 지급한 사실은 원고의 법인장부에서 확인할 수 있고, 대출일로부터 발생되는 이자는 취득가격에 포함되는 간접비용에 해당하므로, 제2 부동산 취득자금에 대한 이자를 대출일인 2005. 9. 12.부터 계산하여 과세표준에 포함시키는 것이 타당하다.
나) 원고가 2006. 11. 24. 제3 부동산에 대하여 취득금액을 5,050,380,000원으로 하여 취득세 등을 신고하고 소유권이전등기를 경료한 이상, 원고가 실제로 지급하였다고 주장하는 1,500,000,000원 및 취득시기 이전에 지급하여야 할 비용으로 확정된 잔여 매매대금을 합한 취득자금 5,050,380,000원 전부에 대하여 이자를 계산하여 과세표준에 계상하여야 한다.
나. 관계법령

별지 기재와 같다.
다. 인정사실

1) 원고는 부산 ○○구 ○○동 1365-1일대의 주상복합아파트 개발사업을 추진하면서 2005. 9. 12. ○○은행과 여신거래특별약정(이하 ‘이 사건 대출약정’이라 하고 위 대출약정에 기한 대출금을 ‘이 사건 대출금’이라 한다)을 체결하고 사업부지매입 및 초기사업비 용도로 7,000,000,000원을 단계적으로 대출받기로 하였는데, 당초의 대출약정에는 제1, 3부동산만이 매입대상토지로 기재되어 있었으나, 이후 원고는 2006. 7. 25. 이 사건 제2 부동산의 매수를 위하여 ○○은행에게 대출자금 사용승인을 요청하였고, ○○은행이 2006. 8. 18. 이를 승인하였다.
2) 가) 원고는 2005. 10. 18. 최○○과 제1 부동산에 대한 매매계약을 체결하고, 같은 날 매매대금 1,000,000,000원 및 부동산중개수수료 5,000,000원을 이 사건 대출금으로 지급하였다. 제1 부동산의 취득일은 2005. 10. 18.이다

나) 원고는 2006. 7. 12. 이○○와 제2 부동산에 대하여 매매대금을 145,000,000원으로 정하여 매매계약을 체결하고, 같은 날 계약금 20,000,000원 및 부동산중개수수료 5,000,000원, 2006. 7. 31. 중도금 60,000,000원, 2006. 8. 18. 잔금 65,000,000원을 이 사건 대출금으로 지급하였다. 제2 부동산의 취득일은 2006. 8. 18.이다.
다) 원고는 2005. 9. 12. 이○○와 제3 부동산에 대하여 매매대금을 5,050,380,000원으로 정하여 매매계약을 체결하고, 2006. 11. 24. 이를 취득하였는데, 원고의 법인장부(계정별원장) 토지계정에는 2006. 12. 12. 제3 부동산의 취득을 위하여 2,087,455,776원을 지급한 것으로 기장되어 있다.
3) 한편, 이 사건 대출금으로 지급된 감정평가수수료 20,680,000원을, 제1 부동산에 3,349,460원, 제2 부동산에 499,920원, 제3 부동산에 16,830,620원으로 안분하는 것에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없는 상태다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 갑 제9호증의 1 내지 3, 갑 제11호증의 1 내지 11, 갑 제12호증의 1 내지 3, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제14호증의 1 내지 7, 갑 제26호증의 1 내지 8, 갑 제29호증의 1, 2, 갑 제30호증, 을 제2, 3호증, 을 제4 내지 6호증의 각 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것 및 2006. 12. 28. 법률 제8099호로 개정되기 전의 것) 제111조 제2항, 제130조 제1항, 제3항, 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제1항에 의하면, 취득세 및 등록세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용을 포함)을 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 '취득가격'에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수 료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다고 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세과세표준으로 삼을 수 없다고 할 것이다( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 참조).
1) 제1 부동산에 관하여

살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 제1 부동산을 취득하기 위하여 이 사건 대출금으로 매매대금 1,000,000,000원, 부동산중개수수료 5,000,000원, 감정평가수수료 3,349,460원을 지급한 사실이 인정되므로, 위 매매대금, 부동산중개수수료, 감정평가수수료 및 위 각 비용을 대출금으로 지급함으로써 발생한 이자 7,247,131원(별지 ‘대출금 지급이자’ 참조)은 제1 부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준에 포함되어야 한다.
결국 제1 부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준이 되는 취득가격은 1,015,596,591원(= 1,000,000,0000원 + 5,000,000원 + 3,349,460원 + 7,247,131원)이 되므로, 정당한 세액은 취득세 20,311,931원(= 1,015,596,591원 × 20/1,000, 원 미만은 버림, 이하 같다), 농어촌특별세 2,031,193원(= 20,311,931원 × 10/100), 등록세 20,311,931원(= 1,015,596,591원 × 20/1,000), 지방교육세 4,062,386원(= 20,311,931원 × 20/100)이 된다.
2) 제2 부동산에 관하여

살피건대, 위 인정사실에 의하면, 제2부동산은 당초 이 사건 대출약정상 매입대상토지에 포함되어 있지 않았으나 원고가 이 사건 사업을 추진하는 과정에서 제2 부동산을 매입할 필요가 있어 ○○은행에 자금사용 승인을 신청함으로써 비로소 지출이 이루어진 사실을 알 수 있으므로, 위 대출금에 대한 이자는 당초 이 사건 대출약정시가 아니라 ○○은행의 자금사용 승인에 따라 실제로 대출금을 제2 부동산을 위하여 사용한 때부터 이자를 계산하여야 할 것인데, 원고가 제2 부동산의 매매계약 체결일인 2006. 7. 12.부터 대출금에 대한 이자를 일괄하여 계산하는데 아무런 이의가 없으므로 이에 따르기로 한다.
결국 제2 부동산을 취득하기 위하여 이 사건 대출금으로 지급한 매매대금 145,000,000원, 부동산중개수수료 5,000,000원, 감정평가수수료 499,920원 및 위 각 비용을 대출금으로 지급함으로써 발생한 이자 1,189,237원(별지 ‘대출금 지급이자’ 참조)은 제2 부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준에 포함되어야 하므로, 제2 부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준이 되는 취득가격은 151,689,157원(= 145,000,000원 + 5,000,000원 + 499,920원 + 1,189,237원)이 되고, 정당한 세액은 취득세 3,033,783원(= 151,689,157원 × 20/1,000), 농어촌특별세 303,378원(= 3,033,783원 × 10/100), 등록세 3,033,783원(= 151,689,157원 × 20/1,000), 지방교육세 606,756원(= 3,033,783원 × 20/100)이 된다.
3) 제3 부동산에 관하여

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가는 것이다( 1996. 4. 26. 선고 96누1627 판결 참조).
위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 원고의 계정별원장(을 제2호증, 을 제6호증의 2)에는 원고가 2006. 12. 12 제3 부동산의 취득을 위하여 2,087,455,776원을 지급한 것으로 기장되어 있음은 앞에서 본 바와 같고, 위에서 든 증거들에 갑 제5호증의 1 내지 갑 제10호증, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제14호증의 1 내지 갑 제15호증의 3, 갑 제17호증의 1 내지 갑 제20호증, 갑 제22호증, 갑 제23호증의 1 내지 갑 제30호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 제3 부동산의 매도인인 이○○는 원고 대표이사인 최○○의 남편인 사실, 원고는 이 사건 대출금과 자체 자금으로 주상복합아파트 개발사업을 추진하였으나 자금이 모자라자 매도인의 양해를 얻어 매매대금을 다 지급하지 못한 상태에서 제3 부동산에 관한 소유권이전등기를 넘겨받은 사실, 이 사건 대출금은 제3 부동산의 취득자금 중 일부로 사용된 외에, 제1ㆍ제2 부동산의 취득자금, 원고 법인 운영자금, 쟁점 부동산 관련 제세 공과금 지급에 사용된 사실을 인정할 수 있으므로, 원고가 제3 부동산의 취득을 위하여 이 사건 대출금 중 2,087,455,776원을 사용한 사실은 인정되나, 이를 초과하여 제3 부동산의 취득에 사용하였다는 점을 인정할 증거는 없다. 따라서 위 금액을 기준으로 대출금 이자를 산정하기로 한다.
결국 제3 부동산의 매매대금 5,050,000,000원, 감정평가수수료 16,830,620원, 원고가 실제로 매매대금으로 지급한 2,087,455,776원 및 감정평가수수료에 대한 대출이자 192,056,775원(별지 ‘대출금 지급이자’ 참조)은 제3 부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준에 포함되어야 하므로, 제3 부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준이 되는 취득가격은 5,258,887,395원(= 5,050,000,000원 + 16,830,620원 + 192,056,775원)이 되고, 정당한 세액은 취득세 105,177,747원(= 5,258,887,395원 × 20/1,000), 농어촌특별세 10,517,774원(= 105,177,747원 × 10/100), 등록세 105,177,747원(= 5,258,887,395원 × 20/1,000), 지방교육세 21,035,549원(= 105,177,747원 × 20/100)이 된다.
4) 소결론

따라서 쟁점부동산에 대한 각 세목별 정당한 세액에서 원고가 이미 신고ㆍ납부한 세액을 차감하여 원고가 납부하여야 하는 취득세 등을 산정하면, 별지 ‘취득세 등 추징세액’ 기재와 같이 취득세 4,615,861원, 농어촌특별세 461,585원, 등록세 4,615,861원, 지방교육세 923,171원이 됨이 계산상 명백하므로, 이 사건 취득세 10,210,790원의 부과처분 중 4,615,861원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 1,021,070원의 부과처분 중 461,585원을 초과하는 부분, 등록세 10,210,790원의 부과처분 중 4,615,861원을 초과하는 부분, 지방교육세 2,042,140원의 부과처분 중 923,171원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.
3. 결 론

그렇다면, 이 사건 각 청구는 위 인정범위 내에서 이유있어 이를 인용하고, 나머지 각 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

대출금을 제2부동산의 매입자금으로 사용하기 까지는 그 대금에 해당하는 대출금은 부동산의 매입을 위한 대출금이라고 할 수 없거나 적어도 그 매입자금으로 투입할지 여부가 불분명한 상태라 할 것이고, 따라서 그 기간에 해당하는 이자는 위 부동산의 취득을 위한 간접비용으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 위 대출금에 대한 이자는 당초 대출약정시가 아니라 은행의 자금사용 승인에 따라 실제로 대출금을 제2부동산을 위하여 사용한 때부터 이자를 계산하여야 할 것이다.