소득금액변동통지처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2014.11.27 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 에스아이리소스 (소송대리인 변호사 정병문 외 2인)
【피고, 피상고인】 서울지방국세청장
【원심판결】 서울고법 2012. 10. 19. 선고 2012누14660 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 직권으로 판단한다.
 1. 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조는 법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분하도록 규정하고, 이에 따른 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 본문은 “법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 처분한다.”고 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제3호 (자)목은 같은 항 제1호의 규정에 불구하고 “제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액으로서 귀속자에게 상속세 및 증여세법에 의하여 증여세가 과세되는 금액”을 ‘기타 사외유출’로 하도록 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 부당행위계산의 유형으로서 제1호에서 “자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우”를 규정하고, 제8호에서는 “다음 각 목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우”를 규정하면서 그 (가)목에서 “특수관계자인 법인 간의 합병에 있어서 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우”를, (나)목에서 “법인의 자본을 증가시키는 거래에 있어서 신주를 배정·인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우”를, (다)목에서 “법인의 감자에 있어서 주주 등의 소유주식 등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주 등의 주식 등을 소각하는 경우”를 들고 있다.
구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제42조 제1항 제3호는 증여받은 이익의 하나로 “출자·감자, 합병(분할합병을 포함한다)·분할, 제40조 제1항의 규정에 의한 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환(이하 ‘주식전환 등’이라 한다) 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래로 인하여 얻은 이익 또는 사업양수도·사업교환 및 법인의 조직변경 등에 의하여 소유지분 또는 그 가액이 변동됨에 따라 얻은 이익. 이 경우 당해 이익은 주식전환 등의 경우에는 주식전환 등 당시의 주식가액에서 주식전환 등의 가액을 차감한 가액으로 하고, 주식전환 등 외의 경우에는 소유지분 또는 그 가액의 변동 전·후의 당해 재산의 평가차액으로 한다.”고 규정하고 있다.
 한편, 상법 제360조의2에서 정한 주식의 포괄적 교환은, 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 ‘완전모회사’라 하고, 다른 회사를 ‘완전자회사’라 한다)가 되는 회사에 완전자회사가 되는 회사의 주식이 이전되는 거래와 완전자회사가 되는 회사의 주주가 완전모회사가 되는 회사로부터 완전자회사가 되는 회사의 주식과 대가관계에 있는 신주를 배정받아 완전모회사가 되는 회사의 주주가 되는 거래가 결합하여 일체로 이루어진다. 따라서 주식의 포괄적 교환은 기본적으로 ‘법인의 자본을 증가시키는 거래’의 성격을 가지는 것이지만, 그 자본의 출자가 완전자회사가 되는 회사의 주식이라는 현물에 의하여 이루어지게 되므로 그러한 한도에서 ‘자산의 유상 양도라는 손익거래’의 성격도 병존한다.
 이와 같이 주식의 포괄적 교환은 자산의 유상 양도로서의 성격도 있기 때문에, 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사가 완전자회사가 되는 회사의 주식을 시가보다 높은 가액으로 양수한 경우에는 법인의 자산이 과대계상되므로 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호의 부당행위계산 부인에 의하여 그 시가 초과액을 자산의 취득가액에서 제외하는 한편 그 금액을 완전모회사인 법인의 익금에 산입하게 되는 것이다.
구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제3호는 법인의 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 경우라도 동일한 소득이 이미 귀속자의 과세소득을 구성하고 있는 등 귀속자에게 소득세의 납세의무를 지우는 것이 부적절한 경우에는 그 귀속자에 대한 소득처분 없이 유출사실만을 확정하는 ‘기타 사외유출’로 처분하도록 하는 데 그 취지가 있다. 그런데 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 얻은 이익은 ‘법인의 자본을 증가시키는 거래에 따른 이익의 증여’로서 구 상속세 및 증여세법 제42조 제1항 제3호에 따라 증여세가 과세된다(대법원 2014. 4. 24. 선고 2011두23047 판결 참조).
따라서 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사가 완전자회사가 되는 회사의 주식을 시가보다 높은 가액으로 양수함으로써 부당행위계산 부인에 따라 법인의 익금에 산입되는 금액에 대하여는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의 경우에 준하여 ‘기타 사외유출’로 처분하여야 하고, 그 귀속자에게 배당, 상여 또는 기타소득의 처분을 할 수 없다.
 2. 그런데도 원심은 이와 달리, 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사가 완전자회사가 되는 회사의 주주들로부터 그 주식을 고가로 양수한 경우 부당행위계산 부인에 의하여 법인의 익금에 산입한 금액에 대하여 귀속자에게 상여나 기타소득으로 소득처분을 할 수 있다고 보아, 이 사건 교환계약에 의하여 완전모회사가 되는 원고에게 법인세법상 부당행위계산 부인에 따른 소득금액변동통지를 한 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제3호 (자)목에서 정한 ‘기타 사외유출’로 처분할 대상에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.
 3. 그러므로 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이상훈(재판장) 신영철 김창석 조희대(주심)

주식의 포괄적 교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사가 완전자회사가 되는 회사의 주식을 시가보다 높은 가액으로 양수한 경우, 부당행위계산 부인에 따라 법인의 익금에 산입되는 금액에 대하여 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의 경우에 준하여 ‘기타 사외유출’로 처분하여야 하는지 여부(적극)와 귀속자에게 배당, 상여 또는 기타소득의 처분을 할 수 있는지 여부(소극)

주식의 포괄적 교환은 자산의 유상 양도로서의 성격도 있기 때문에, 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 ‘완전모회사’라 하고, 다른 회사를 ‘완전자회사’라 한다)가 되는 회사가 완전자회사가 되는 회사의 주식을 시가보다 높은 가액으로 양수한 경우에는 법인의 자산이 과대계상되므로 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제1호의 부당행위계산 부인에 의하여 그 시가 초과액을 자산의 취득가액에서 제외하는 한편 그 금액을 완전모회사인 법인의 익금에 산입하게 되는 것이다.
구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제3호는 법인의 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 경우라도 동일한 소득이 이미 귀속자의 과세소득을 구성하고 있는 등 귀속자에게 소득세의 납세의무를 지우는 것이 부적절한 경우에는 그 귀속자에 대한 소득처분 없이 유출사실만을 확정하는 ‘기타 사외유출’로 처분하도록 하는 데 그 취지가 있다. 그런데 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 얻은 이익은 ‘법인의 자본을 증가시키는 거래에 따른 이익의 증여’로서 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것) 제42조 제1항 제3호에 따라 증여세가 과세된다.
 따라서 주식의 포괄적 교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사가 완전자회사가 되는 회사의 주식을 시가보다 높은 가액으로 양수함으로써 부당행위계산 부인에 따라 법인의 익금에 산입되는 금액에 대하여는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의 경우에 준하여 ‘기타 사외유출’로 처분하여야 하고, 그 귀속자에게 배당, 상여 또는 기타소득의 처분을 할 수 없다.