법인세부과처분등취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.07.14 / 시행일:

【원고, 상고인】 길동삼광연립재건축조합
【피고, 피상고인】 강동세무서장
【원심판결】 서울고법 2008. 8. 26. 선고 2008누10388 판결 
【주 문】
 원심판결 중 2003 사업연도 법인세 부과처분 부분 및 2001 내지 2003 사업연도 귀속 각 소득금액변동통지 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】 1. 상고이유를 판단한다.
 가. 이 사건 2001, 2002 사업연도 법인세 부과처분에 관하여
 (1) 원고가 구분경리 의무자인지 여부
 원심은, ① 원고는 서울 강동구 (주소 생략) 외 1필지 지상 연립주택 44세대의 소유자들로 구성된 재건축조합으로서, 2001. 7. 13. 구 주택건설촉진법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것) 제44조 제1항의 규정에 의하여 서울특별시 강동구청장으로부터 인가를 받아 설립되어, 2001. 12. 31. 이 사건 재건축에 대한 사업계획승인을 받고, 2003. 7. 22. 도시 및 주거환경정비법 제18조의 규정에 의하여 법인설립등기를 한 사실, ② 원고는 2001. 9. 21. 우림건설 주식회사 및 우림산업개발 주식회사와 사이에, 원고와 우림건설 주식회사가 공동으로 재건축사업을 시행하고 우림산업개발 주식회사는 재건축공사를 시공하는 내용의 재건축공사계약을 체결한 후 이 사건 재건축아파트 1개동 78세대를 건축하여 2003년경 이를 모두 분양한 사실 등을 인정한 다음, 원고는 비영리내국법인으로서 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제113조 제1항 소정의 구분경리 의무자에 해당한다고 판단하였다.
 관계 법령과 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 구분경리 의무자에 관한 법리오해의 위법이 없다. 
 (2) 재건축사업으로 인한 소득의 귀속 여부
 법인세법 제15조 제1항은 "익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다."고 규정하고 있고 그 제3항은 "제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."고 하여 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제11조는 그러한 수익의 하나로 제2호에서 ‘자산의 양도금액’을 들고 있다. 한편 법인세법 제41조 제1항 제3호, 제2항, 법인세법 시행령 제72조 제1항 제3호는 현물출자에 의하여 취득한 자산의 취득가액을 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액으로 하되, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외한다고 규정하고 있다.
 원심은, 원고가 조합원들로부터 대지와 주택 등을 출자받아 이 사건 재건축아파트 1개동 78세대를 건축하여 조합원들에게 44세대를 분양하고, 나머지 34세대는 일반 분양하여 그로 인한 수입금을 조합원들에게 지분비율에 따라 배분하되 각 조합원이 납부할 건축비에 충당한 사실 등을 인정한 다음, 일반 분양으로 인하여 원고가 얻은 소득이 원고 조합원들이 부담할 건축비에 충당된 이상 그 소득은 모두 원고에게 귀속되었다가 원고의 조합원들에게 분배된 것으로 봄이 상당하므로, 위 일반 분양으로 인하여 원고가 2001 내지 2002 사업연도에 얻은 소득은 비영리내국법인의 사업소득으로서 법인세 부과대상이 된다고 판단하였다.
 원심이 인정한 사실을 앞서 본 규정에 비추어 살펴보면, 이 사건 재건축아파트의 일반 분양과 관련하여 그 분양대금 등에서 취득원가에 해당하는 일반 분양분 토지 지분의 장부가액과 공사비 등을 공제한 금액 상당의 소득이 원고에게 발생하였고, 그 소득은 원고가 조합원들에게 그들의 출자가액을 초과하는 아파트를 분양함으로써 분배되었다고 봄이 상당하므로(대법원 2010. 6. 10. 선고 2007두19799 판결 등 참조), 그와 같이 한 원심의 결론은 결국 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 재건축사업으로 인한 소득의 귀속에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없다.
 (3) 공통손금의 안분기준
 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호는, 비영리법인이 법인세법 제113조 제1항의 규정에 의하여 업종이 동일한 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하되, 다만 개별손금(공통손금 외의 손금의 합계액을 말한다)이 없는 경우나 기타의 사유로 이와 같은 계산방법을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산하도록 규정하고 있다.
 원심은, 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 재건축아파트의 분양가액은 통상적으로 일반 분양분의 경우에는 사전에 감독관청의 승인을 얻어 적정하게 산정되는 반면, 조합원 분양분의 경우에는 조합원들의 의결을 거쳐 비교적 낮게 산정되는 사정이 있어 그 공통손금을 일률적으로 재건축아파트의 분양가액에 비례하여 안분계산하는 것은 합리적 계산방법이라 할 수 없으므로, 피고가 일반 분양분 아파트와 조합원 분양분 아파트의 공통손금을 그 분양가액이 아닌 분양면적에 비례하여 안분계산하였다고 하여 이를 위법하다고 할 수는 없다고 판단하였다. 
 앞서 본 규정과 기록에 비추어 살펴보면 이러한 원심의 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 공통손금의 안분계산에 관한 법리오해의 위법은 없다.
 나. 이 사건 2001, 2002 사업연도 귀속 소득금액변동통지에 관하여
 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호는, 법인세법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되어 주주나 출자자에게 귀속된 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로 처분하도록 규정하고 있다. 
 원심은, 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 재건축아파트의 일반 분양으로 인하여 원고가 얻은 소득이 원고의 조합원들이 부담해야 할 건축비에 충당된 이상 그 소득은 모두 원고에게 귀속되었다가 원고의 조합원들에게 분배된 것으로 봄이 상당하므로, 이 사건 재건축아파트의 일반 분양으로 인한 원고의 소득 중 2001 사업연도에 5,918,040원이, 2002 사업연도에 358,685,800원이 각 원고의 조합원들에게 유출되었음을 전제로 한 이 사건 2001, 2002 사업연도 귀속 소득금액변동통지는 적법하다고 판단하였다. 
 그러나 위와 같은 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
 앞서 본 바와 같이 이 사건 재건축아파트의 일반 분양으로 인한 소득은 원고가 조합원들에게 그들의 출자가액을 초과하는 아파트를 분양함으로써 분배되는 것이므로, 원고의 조합원들이 조합원 분양분 아파트를 취득하기 전에는 이 사건 재건축아파트의 일반 분양으로 인한 소득이 원고의 조합원들에게 유출되었다고 할 수 없다.
 그럼에도 원심은, 이 사건 재건축아파트가 건축되기 전인 2001, 2002 사업연도에도 이 사건 재건축아파트의 일반 분양으로 인한 소득이 원고의 조합원들에게 유출되었다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심판단에는 사외유출의 시기에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유는 이유 있다. 
 2. 이 사건 2003 사업연도 법인세 부과처분 및 같은 사업연도 귀속 소득금액변동통지에 관한 상고이유에 대한 판단에 앞서 직권으로 판단한다.
2003. 12. 30. 개정된 구 조세특례제한법은 제104조의7 제1항으로, "2003년 6월 30일 이전에 주택건설촉진법(법률 제6852호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 제1항의 규정에 의하여 조합설립의 인가를 받은 재건축조합으로서 도시 및 주거환경정비법 제18조의 규정에 의하여 법인으로 등기한 조합(이하 이 조에서 ‘전환정비사업조합’이라 한다)에 대하여는 법인세법 제2조의 규정에 불구하고 전환정비사업조합 및 그 조합원을 각각 소득세법 제87조 제1항 및 동법 제43조 제3항의 규정에 의한 공동사업장 및 공동사업자로 보아 소득세법을 적용한다. 다만, 전환정비사업조합이 법인세법 제60조의 규정에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다."는 규정을 신설하면서 그 부칙 제25조에서 위 신설규정은 개정 법률의 공포일(2003. 12. 30.)이 속하는 과세연도분부터 적용하도록 규정하였다. 
 원심판결 이유에 의하면, 전환정비사업조합인 원고는 2003. 12. 30.이 속하는 과세연도인 2003 사업연도(2003. 1. 1.∼2003. 12. 31.)의 소득에 대하여 법인세법 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 사실을 알 수 있으므로, 위 소득에 대해서는 원고 및 그 조합원들을 공동사업장 및 공동사업자로 보아 소득세를 과세할 수 있을 뿐 법인세법을 적용하여 원고에게 법인세를 과세할 수 없고, 나아가 위 소득이 원고의 조합원들에게 유출되었음을 전제로 한 소득금액변동통지도 할 수 없다고 할 것이다. 
 그럼에도 원심은, 원고에 대한 이 사건 2003 사업연도 법인세 부과처분 및 같은 사업연도 귀속 소득금액변동통지가 적법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 조세특례제한법 제104조의7 제1항에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 
 3. 결론 
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 2003 사업연도 법인세 부과처분 및 2001 내지 2003 사업연도 귀속 각 소득금액변동통지 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 원고의 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이상훈(재판장) 김지형 전수안(주심) 양창수

[1] 관할구청장의 인가를 받은 후 법인설립등기를 마친 甲 재건축조합이 아파트를 재건축한 다음 분양한 사안에서, 甲 조합은 구 법인세법 제113조 제1항에서 정한 ‘구분경리 의무자’에 해당한다고 본 원심판단을 수긍한 사례
[2] 甲 재건축조합이 아파트를 재건축하여 일부는 조합원들에게 분양하고, 나머지는 일반 분양한 다음 일반 분양으로 인한 수입금을 조합원들이 납부할 건축비에 충당한 사안에서, 일반 분양을 통해 甲 조합이 얻은 소득은 법인세 부과대상이 되고, 甲 조합의 조합원들이 조합원 분양분 아파트를 취득하기 전에는 위 소득이 조합원들에게 유출되었다고 볼 수 없다고 한 사례
[3] 甲 재건축조합이 2003. 12. 30.이 속하는 과세연도인 2003 사업연도 소득에 대하여 구 법인세법 제60조에 따른 신고를 하지 않은 사안에서, 구 조세특례제한법 제104조의7 제1항 등에 따라 위 소득에 대해서는 甲 조합에 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지를 할 수 없다고 한 사례

[1] 구 주택건설촉진법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것)에 따라 관할구청장의 인가를 받은 후 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따라 법인설립등기를 마친 甲 재건축조합이 아파트를 재건축한 다음 이를 분양한 사안에서, 甲 조합은 비영리내국법인으로서 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제113조 제1항에서 정한 ‘구분경리 의무자’에 해당한다고 본 원심판단을 수긍한 사례.
[2] 甲 재건축조합이 조합원들에게서 대지와 주택 등을 출자받아 아파트를 재건축한 다음 일부는 조합원들에게 분양하고, 나머지는 일반 분양한 다음 일반 분양으로 인한 수입금을 지분비율에 따라 조합원들이 납부할 건축비에 충당한 사안에서, 일반 분양대금 등에서 취득원가에 해당하는 일반 분양분 토지 지분의 장부가액과 공사비 등을 공제한 금액 상당 소득이 甲 조합에 발생하였으므로 위 소득은 비영리내국법인의 사업소득으로서 법인세 부과대상이 되고, 이는 건축비 충당 시가 아니라 甲 조합이 조합원들에게 그들의 출자가액을 초과하는 아파트를 분양한 때에 분배되는 것이므로, 甲 조합의 조합원들이 조합원 분양분 아파트를 취득하기 전에는 조합원들에게 유출되었다고 볼 수 없다고 한 사례. 
[3] 2003. 6. 30. 이전에 구 주택건설촉진법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것) 제44조 제1항에 따라 조합설립 인가를 받은 재건축조합으로서 도시 및 주거환경정비법 제18조에 따라 법인으로 등기한 甲 전환정비사업조합이 2003. 12. 30.이 속하는 과세연도인 2003 사업연도 소득에 대하여 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제60조에 따른 신고를 하지 않은 사안에서, 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제104조의7 제1항, 부칙(2003. 12. 30.) 제25조에 따라 위 소득에 대해 甲 조합 및 조합원들을 공동사업장 및 공동사업자로 보아 소득세를 과세할 수 있을 뿐 법인세법을 적용하여 甲 조합에 법인세를 과세할 수 없고, 위 소득이 甲 조합의 조합원들에게 유출되었음을 전제로 한 소득금액변동통지도 할 수 없다고 한 사례.