법인세등 부과 처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2008.08.27 / 시행일:

【원 고】 주식회사 휴맥스 소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 강성모
【피 고】 동수원세무서장
【변론종결】2008. 7. 23.
【주 문】
1. 피고가 원고에 대하여 한, 2005. 1. 5.자 법인세 부과처분과 2005. 1. 12.자 근로소득세 부과처분 중 아래 부분을 취소한다.
 ㈎ 2002사업연도 법인세 381,537,120원의 부과처분 중 87,209,000원을 초과하는 부분
 ㈏ 2003사업연도 법인세 10,267,600원의 부과처분 전체 
 ㈐ 2002년 귀속 근로소득세 6,362,997,460원의 부과처분 중 898,928,030원을 초과하는 부분 
 ㈑ 2003년 귀속 근로소득세 192,979,660원의 부과처분 전체
2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다. 
3. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 

【청구취지】피고가 원고에 대하여 한, 2005. 1. 5.자 2001사업연도 법인세 96,657,000원, 2002사업연도 법인세 381,537,120원, 2003사업연도 법인세 10,267,600원의 각 부과처분 및 2005. 1. 12.자 2001년 귀속 근로소득세 1,974,429,810원, 2002년 귀속 근로소득세 6,362,997,460원, 2002년 귀속 기타소득세 429,704,000원, 2003년 귀속 근로소득세 192,979,660원의 각 부과처분을 각 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 협회(코스닥)등록법인인 원고는 1998. 3. 13. 임직원인소외 1 등 11인(이하 ‘소외 1 등’이라 한다)의 근무성과를 고양시킬 목적으로 다음과 같은 내용으로 주주총회 특별결의를 거쳐상법 제340조의2 및구 증권거래법(2000. 1. 21. 법률 제6176호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘증권거래법’이라 한다) 제189조의4 소정의 주식매입선택권을 부여하였다.
 - 부여대상 : 주요핵심 연구원 및 직원
 - 부여주식수 : 합계 58,000주(1주당 액면가액 5,000원 기준)
 - 행사가격 : 17,000원(행사가격의 조정은 부여계약서에 따른다)
 - 행사기간 : 2001. 3. 13.부터 2005. 3. 12.까지
 - 주식매입선택권 부여대상자 및 부여주식수 승인의 건은 별도의 계약서 작성
 나. 원고는 위 주주총회가 있은 날 별지 ‘주식매입선택권 부여 및 행사 현황’ 기재와 같이소외 1 등과 주식매입선택권 부여계약을 체결하였는데(이하 위와 같이소외 1 등에게 부여된 주식매입선택권을 ‘제1주식매입선택권’이라 한다), 당시 원고 회사 주식의 시가는 1주당 16,900원이었고, 위 계약의 주요내용은 다음과 같다.
 - 대상주식 : 원고 회사의 기명식 보통주식
 - 부여수량 : 합계 58,000주
 - 행사가격 : 1주당 17,000원
 - 행사기간 : 2001. 3. 13.부터 2005. 3. 12.까지
 - 행사가격의 조정 : 주식매입선택권 부여 이후에 유·무상증자, 주식배당, 전환사채, 신주인수권부사채의 발행, 주식분할 등을 실시하여 주식가치의 희석화가 이루어지는 경우에는 행사가격 및 부여수량을 조정한다(위 각 사유가 발생한 경우의 행사가격 조정산식을 구체적으로 정해두었다). 
 다. 또한 원고는 1999. 2. 27. 임직원인소외 4 등 16인(이하 ‘소외 4 등’이라 한다)의 근무성과를 고양시킬 목적으로 다음과 같은 내용으로 주주총회 특별결의를 거쳐 주식매입선택권을 부여하였다.
 - 부여대상 : 주요핵심 연구요원
 - 부여주식수 : 46,000주
 - 행사가격 : 20,000원
 - 행사기간 : 2002. 2. 27.부터 2006. 2. 26.까지
 - 행사가격 산출 : 3개우러 평균종가 이상(2개월 평균종가 17,339원)
 - 주식매입선택권 부여대상자 및 부여주식수 승인의 건은 별도의 계약서 작성
 라. 원고는 위 주주총회가 있은 날 별지 ‘주식매입선택권 부여 및 행사 현황’ 기재와 같이소외 4 등과 주식매입선택권 부여계약을 체결하였는데(이하 위와 같이소외 4 등에게 부여된 주식매입선택권을 ‘제2주식매입선택권’이라 한다), 당시 원고 회사 주식의 시가는 1주당 17,340원이었고, 위 계약의 주요내용은 다음과 같다.
 - 대상주식 : 원고 회사의 기명식 보통주식
 - 부여수량 : 합계 46,000주
 - 행사가격 : 1주당 20,000원
 - 행사기간 : 2002. 2. 17.부터 2006. 2. 26.까지
 - 행사가격의 조정 : 주식매입선택권 부여 이후에 유·무상증자, 주식배당, 전환사채, 신주인수권부사채의 발행, 주식분할 등을 실시하여 주식가치의 희석화가 이루어지는 경우에는 행사가격 및 부여수량을 조정한다(위 각 사유가 발생한 경우의 행사가격 조정산식을 구체적으로 정해두었다). 
 마. 원고는 제1주식매입선택권을 부여한 이후 다음과 같은 내용으로 전환사채 전환, 주식분할, 유·무상증자를 실시하였고, 위와 같은 가격조정 사유가 있을 때마다 위 계약에서 정해진 조정산식대로 위 각 주식매입선택권 행사가격을 조정하여 왔는데, 위 각 주식매입선택권 행사 당시의 행사가격은 제1주식매수선택권이 1,105원이고, 제2주식매수선택권이 1,420원이다. 
일자원인수량증가누계1998. 11. 26.전환사채 전환104,000주940,572주1999. 1. 12.전환사채 전환122,800주1,063,372주1999. 4. 17.주식분할9,570,348주10,633,720주1999. 6. 25.전환사채 전환2,080,000주12,713,720주1999. 7. 2.전환사채 전환377,000주13,090,720주1999. 7. 3.전환사채 전환100,000주13,190,720주1999. 10. 8.유상증자2,638,144주15,828,864주1999. 10. 8.무상증자6,331,545주22,160,409주
 바. 이후 별지 ‘주식매입선택권 부여 및 행사 현황’ 기재와 같이소외 1 등은 제1주식매입선택권의 행사가격인 1,105원에,소외 4 등은 제2주식매입선택권의 행사가격인 1,420원에 각 해당 주식매입선택권을 행사하였다.
 사. 원고는소외 1 등 및소외 4 등이 주식매입선택권을 행사하여 얻은 이익이구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6279호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제15조 제1항에 의하여 비과세대상에 해당한다는 이유로소외 1 등 및소외 4 등에게 위 행사이익에 대한 소득세의 원천징수를 하지 않았다.
 아. 이에 대하여 피고는 위 각 행사가격이 각 해당 주식매입선택권 부여 당시의 시가보다 낮아소외 1 등 및소외 4 등이 각 해당 주식매입선택권을 행사함으로써 얻은 이익은조세제한특례법 제15조에 의한 비과세대상에 해당하지 아니한다는 이유로 원고에게 청구취지 기재 각 처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.
 자. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2005. 4. 11. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2006. 7. 5. 기각되었다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 제12호증의 3, 을 제1호증의 1 내지 제27호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계법령 : 별지 관계법령 기재와 같다.
3. 처분의 적법 여부
 가. 주식매입선택권 행사가격의 조정에 관하여
 ⑴ 원고의 주장
 회사가 주식매입선택권을 부여한 후 유·무상증자 등을 하여 주식의 가치에 변동이 발생하는 경우, 그러한 가치변동에 따라 이미 부여한 주식매입선택권의 행사가격도 조정하는 것이 합리적이므로, 주식매입선택권 부여 당시 정한 행사가격이 부여 당시의 시가보다 높아조세제한특례법 제15조에 의한 비과세요건을 충족하였다면, 그 후 유·무상증자 등으로 주식의 가치에 변동이 발생하여 그 가치변동율만큼 행사가격을 조정한 결과 행사가격이 부여 당시의 시가에 미달하게 된다고 하더라도, 비과세요건은 유지된다고 보아야 한다.
 이 사건의 경우, 각 주식매입선택권 부여 당시 정한 행사가격은 1,700원 및 2,000원으로서 각 부여 당시의 시가 이상이었고, 그 후의 행사가격의 조정은 전환사채의 전환 등으로 주식의 가치가 변동됨에 따라 그 가치변동율만큼 행사가격에 반영하여 행한 것이므로,소외 1 등 및소외 4 등이 각 해당 주식매입선택권을 행사하여 얻은 이익은 비과세대상에 해당한다고 할 것임에도 불구하고, 위 이익이 과세대상이라고 보고 행한 이 사건 각 처분은 위법하다.
 ⑵ 피고의 주장
조세특례제한법 제15조 등의 규정에 의하면, 위 과세특례규정은 주식매입선택권을 부여하기 전 주주총회의 결의를 거쳐 당해 종업원 등과 약정한 매입가액 뿐만 아니라 당해 종업원이 실제로 주식매입선택권을 행사하는 때의 매입가액도 조세특례제한법 시행령에서 정한 가액일 경우에만 적용되는 것이므로,소외 1 등이 제1주식매입선택권을 행사한 가격이 부여일 현재의 시가보다 낮은 가격인 1,150원이고,소외 4 등이 제2주식매입선택권을 행사한 가격이 부여일 현재의 시가보다 낮은 가격인 1,420원임이 명백한 이상, 그들이 각 주식매입선택권을 행사함으로써 얻은 이익에 대하여 위 과세특례규정이 적용될 수 없다.
 ⑶ 판단
 창업법인 등의 종업원 등이 주식매입선택권을 행사함으로써 얻은 이익에 관하여 과세특례를 정한조세특례제한법 제15조,구 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 제13조와증권거래법 제189조의4 제1항,구 증권거래법 시행령(1999. 5. 27. 대통령령 제16367호로 개정되기 전의 것) 제84조의6 제2항,제3항의 위임에 의한구 증권거래법 시행규칙(2000. 3. 15. 부령 제129호로 개정되기 전의 것) 제36조의8 제1항(위 규정에 의하면,위 시행령 제84조의6 제2항 제1호의 규정에 의한 주식매입선택권의 행사가격은 자기주식을 교부하는 경우에는 주식매입선택권의 부여일을 기준으로상속세및증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 당해 주식의 시가 이상이어야 하고, 이는 주식매입선택권을 부여한 후 그 행사가격을 조정하는 경우에도 또한 같다)의 각 규정 내용 등에 비추어 보면,조세특례제한법 제15조에 의하여 비과세되기 위해서는 원칙적으로 주식의 매입가액(당초의 매입가액을 조정한 경우 그 조정가격을 포함한다)이 주식매입선택권을 부여할 때뿐만 아니라 나중에 주식매입선택권을 실제로 행사할 때에도 자기주식을 취득하여 주식매입선택권을 부여하는 경우에는 주식매입선택권의 부여일을 기준으로상속세및증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 당해 주식의 시가 이상이어야 한다고 할 것이다.
 나아가 회사가 주식매입선택권을 부여한 이후 주식분할, 전환사채의 전환, 유·무상증자와 같이 주식의 실질가치에 영향을 미치는 행위 등을 한 경우 이로 인한 영향을 위 조세제한특례법 시행령이 정한 가액에 반영할 수 있을 것인지, 반영한다면 어떻게 반영하여야 하는지 여부에 관하여 살펴보기로 한다. 
 주식매입선택권은 법인의 설립과 경영, 기술혁신 등에 기여하였거나 기여할 능력을 갖춘 당해 법인의 임직원에게 부여한 특별히 유리한 가격으로 신주교부 기타의 방법에 따라 당해 법인의 주식을 매입할 수 있는 권리로서, 그 선택권의 부여가 임직원 등이 그 행사를 통하여 자신들이 달성한 경영성과에 따른 이익을 직접 얻을 수 있도록 하되, 그와 같은 이익이 아닌 그 선택권 부여일 당시의 실제 주식의 시가와 행사가액의 차액으로 인한 이익을 얻는 것을 방지하기 위하여 위 조세특례규정 등을 둔 것이라고 할 것인데, 주식분할은 회사가 이미 발행한 주식을 분할하여 증가한 주식을 주주에게 그 소유주식수에 비례하여 배분하는 것으로 주식분할이 있게 되면 회사의 자본금과 자산에는 변동이 없이 발행주식수만 증가하게 되어 주식 1주의 가치가 주식분할의 비율에 따라 감소되고, 무상증자는 현금의 납입 없이 법정준비금 등을 자본금에 전입하고 이에 해당하는 만큼의 신주를 발행하여 주주에게 소유주식수에 비례하여 무상으로 배분하는 것으로 무상증자가 있는 경우에도 회사 재산의 증가 없이 발행주식수만 증가하게 되며, 따라서 이러한 주식분할, 무상증자가 있게 되면 회사의 자본 또는 주주의 지위에는 사실상 아무런 변화 없이 기존의 주식이 분할되거나 기존의 주식에 그 수에 비례하여 주식이 배분됨으로써 주식 1주의 가치가 그만큼 감소하게 되는 것에 불과한 것이므로, 주식매입선택권을 부여한 이후 주식분할, 무상증자가 있게 되면 주식매입선택권 부여 당시의 행사조건을 균등하게 유지시켜 주기 위하여 그로 인한 주식의 가치변동을 반영할 필요성이 생긴다고 할 것인바, 그렇다면 주식매입선택권을 부여한 이후 주식분할, 무상증자로 인하여 주식의 가치가 변동된 경우 이로 인한 조정을 거친 행사가격이 주식매입선택권 부여 당시의 가액에는 미치지 못한다고 하더라도, 주식분할, 무상증자에 따른 주식 가치의 변동을 반영하여 주식매입선택권 부여 당시의 시가를 조정한 가액 이상이라면 위 과세특례조항이 적용된다고 보아야 할 것이다. 
 반면, 유상증자는 주주 또는 제3자에게 유상으로 신주를 발행하는 것으로서, 유상증자가 있게 되면 주식인수자가 신주의 수에 인수가액을 곱한 것만큼 현금을 납입함으로써 회사의 순재산이 증가하고, 발행되는 신주의 수에 액면가를 곱한 금액만큼 자본이 증가하게 되며, 전환사채 전환의 경우 전환사채의 소유자가 전환을 청구하면 회사는 신주를 발행하여 전환사채와 교환하는데, 발행되는 신주의 액면가만큼 자본이 늘어나고 부채감소분만큼 순재산이 늘어나게 되는바, 이와 같은 유상증자와 전환사채 전환이 있으면 주식분할이나 무상증자의 경우와는 달리 기존의 주식과는 별개의 새로운 주식이 발행되어 회사의 자본 및 주주의 지위가 실질적으로 변하게 되고, 증자 및 전환 당시 당해 법인의 재무구조, 사업전망, 당시의 경제상황, 신주의 인수가액 등에 따라 주식의 가치 변동의 정도도 달라지게 되며, 이로 인한 주식의 가치변동율을 정확하게 산정하여 반영하기도 쉽지 아니하므로, 주식매입선택권을 부여한 이후 유상증자, 전환사채의 전환으로 인하여 주식의 가치가 변동되었다고 하더라도 이러한 가치의 변동에 따라 위 조세특례제한법 시행령이 정한 가액이 조정된다고 할 수는 없다. 
 이와 같은 전제 하에 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바에 따라 1999. 4. 17.자 주식분할과 1999. 10. 8.자 무상증자만을 고려할 경우 주식매입선택권 부여 당시 원고 회사 주식의 시가는 제1주식매입선택권의 경우 1,207원(① 주식분할 : 1,690원 = 조정 전 시가 16,900원 × 분할 후 1주당 액면가액 500원/분할 전 1주당 액면가액 5,000원, ② 무상증자 : 1,207원 = 조정 전 시가 1,690원 × 무상증자 직전 발행주식수 15,828,864주/무상증자 직전 발행주식수 15,828,864주 + 무상증자시 발행주식수 6,331,545주)으로, 제2주식매입선택권의 경우 1,239원(① 주식분할 : 1,734원 = 조정 전 시가 17,340원 × 분할 후 1주당 액면가액 500원/분할 전 1주당 액면가액 5,000원, ② 무상증자 : 1,239원 = 조정 전 시가 1,734원 × 무상증자 직전 발행주식수 15,828,864주/무상증자 직전 발행주식수 15,828,864주 + 무상증자시 발행주식수 6,331,545주)으로 각 조정되었고,소외 1 등은 제1주식매입선택권을 위 조정된 가액보다 낮은 1,105원에,소외 4 등은 제2주식매입선택권을 위 조정된 가액보다 높은 1,420원에 각 행사하였으므로, 제1주식매입선택권을 행사함으로써소외 1 등이 얻은 이익은 위 과세특례조항의 요건을 갖추지 못하여 과세대상이 된다고 할 것이고, 제2주식매입선택권을 행사함으로써소외 4 등이 얻은 이익은 위 과세특례조항의 요건을 갖추어 과세대상이 되지 않는다고 할 것이다.
 나. 행사가격의 조정과 주주총회 특별결의
 피고는 주식매입선택권을 부여한 후 행사가격을 조정할 경우에도 주주총회의 특별결의를 거쳐야 하는데, 원고는 이러한 절차를 거치지 않고 행사가격을 조정하였으니 위 과세특례규정이 적용될 수 없다고 주장하므로 살피건대, 행사가격 조정시 주주총회 특별결의를 거쳐야 하는 것은 피고의 주장과 같으나, 갑 제5, 6호증의 각 1, 2, 갑 제7호증의 1 내지 4, 갑 제11, 12호증의 각 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 위 각 주주총회 특별결의로소외 1 등 및소외 4 등에게 주식매입선택권을 부여하면서 행사가격의 조정은 부여계약서에 따르기로 하였고, 위 각 주주총회가 있은 날소외 1 등 및소외 4 등과 주식매입선택권 부여 이후에 유·무상증자, 전환사채 전환, 주식분할 등을 실시하여 주식가치의 희석화가 이루어지는 경우에는 행사가격 및 부여수량을 조정하되, 그 조정은 일정한 산식에 따라서 하겠다는 내용의 부여계약을 체결하였고, 이후 현실적으로 주식분할 등 행사가격 조정사유가 발생하자 위 부여계약에서 정한 조정산식에 따라 행사가격을 조정한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 위 주식매입선택권 행사가격과 조정에 관하여는 주주총회의 특별결의를 거친 것으로 봄이 상당하므로, 원고가 그 후 행사가격 조정사유가 발생할 때마다 주주총회 특별결의를 거치지 않았다고 하여 그 행사가격 조정이 주주총회 특별결의를 거치지 않은 것이라고 할 수 없고, 따라서 위와 같은 이유로 위 과세특례규정이 적용될 수 없다는 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
 다.소외 2,3에 관한 부분
 피고는소외 2,3이 원고로부터 주식매입선택권을 부여받고는 3년 이내에 퇴직하였으니소외 2,3이 주식매입선택권을 행사함으로써 얻은 이익에 대하여는 위 과세특례조항이 적용될 수 없다고 주장하므로, 이에 관하여 본다.
조세특례제한법 제15조 제2항 제4호는 위 주식매입선택권은 주식매입선택권을 부여받은 날부터 3년이 경과한 후에 주식매입선택권을 행사하는 것이어야 하되, 다만 창업법인 등의 종업원이 주식매입선택권을 부여받은 날부터 3년이 경과한 후에 퇴직한 경우에는 퇴직한 날부터 3월 이내에 행사하는 것에 한한다고 규정하고 있고,같은 법 시행령 제13조 제10항은 ‘주식매입선택권을 행사한 종업원은 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 1월분 근로소득을 지급받는 날(퇴직 후 주식매입선택권을 행사한 경우에는 퇴직일부터 4월이 되는 날을 말한다)까지 재정경제부령이 정하는 소득세감면신청서를 원천징수의무자(법 제15조 제1항의 규정에 의한 창업법인등을 말한다)에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있는바, 위와 같은 관계 법령의 문언과 그 취지 등에 비추어 보면, 창업법인 등의 종업원이 주식매입선택권을 부여받은 후 3년이 경과하기 전에 퇴직한 경우에는 위 과세특례 규정이 적용되지 않는다고 할 것이다.
 살피건대, 을 제17호증의 1, 2, 을 제18호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면,소외 2와소외 3은 1999. 2. 27. 원고로부터 각 20,000주에 대한 주식매입선택권을 부여받은 후소외 2는 1999. 6. 9.,소외 3은 2000. 12. 25. 각 퇴직하였다가 2002. 2. 27. 주식매입선택권을 각 행사한 사실을 인정할 수 있는바, 위소외 2,3은 원고로부터 주식매입선택권을 부여받은 후 3년이 경과하기 이전에 퇴직함으로써조세특례제한법 제15조 제2항 제4호에 규정된 주식매입선택권에 대한 과세특례 요건을 충족하지 못하였다고 할 것이므로,소외 2,3이 제2주식매입선택권을 행사함으로써 얻은 이익은 과세대상이 된다고 할 것이다.
 라. 취소되어야 할 부분
 과세대상이 되는소외 1 등이 제1주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 이익과소외 2,3이 제2주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 이익과 관련하여 원고에게 부과되어야 할 정당한 세액은 2001사업연도 법인세 96,657,000원, 2002사업연도 법인세 87,209,000원, 2001년 귀속 근로소득세 1,974,429,810원, 2002년 귀속 근로소득세 898,928,030원, 2002년 귀속 기타소득세 429,704,000원이므로(별지 ‘2001년 귀속 갑종근로소득세 산출내역’, ‘2002년 귀속 갑종근로소득세 산출내역’, ‘2002년 귀속 기타소득세 산출내역’ 참조), 이 사건 각 처분 중 2005. 1. 5.자 2002사업연도 법인세 381,537,120원의 부과처분 중 87,209,000원을 초과하는 부분, 2003사업연도 법인세 10,267,600원의 부과처분 전체, 2005. 1. 12.자 2002년 귀속 근로소득세 6,362,997,460원의 부과처분 중 898,928,030원을 초과하는 부분, 2003년 귀속 근로소득세 192,979,660원의 부과처분 전체는 위법하여 취소되어야 한다.
4. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 하종대(재판장) 정선미 도훈태