법인세부과처분등취소[구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제11조 제9호의 ‘특수관계인’의 해석이 문제된 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2024.06.13 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 장성두 외 2인)
【피고, 상고인】 강남세무서장
【원심판결】 서울고법 2023. 3. 21. 선고 2022누53299 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(제출기간이 지난 상고이유보충서는 이를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 따르면 다음 사실을 알 수 있다. 
 가. △△△ 주식회사(이하 ‘△△△’이라 한다)는 2012. 9. 21. 권면액 70억 원의 사모 분리형 신주인수권부사채를 발행하였고, 원고는 그중 20억 원 상당의 신주인수권부사채(이하 ‘이 사건 신주인수권부사채’라 한다)를 인수하였다. 당시 원고는 △△△ 최대주주의 특수관계인으로서 △△△의 주주였다. 
 나. 원고는 2013. 9. 26. 및 2014. 9. 22. 이 사건 신주인수권부사채에서 분리된 신주인수권을 1주당 955원에 행사하여 △△△의 신주 2,094,240주를 취득하였다.
 다. 피고는, 원고가 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 이 사건 신주인수권부사채를 인수하고 그 신주인수권을 행사하여 주식으로 전환함으로써 특수관계인으로부터 이익을 분여받았다고 보아, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항, 제3항, 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제9호에 따라 원고에게 2017. 8. 9. 2014 사업연도 법인세를 증액경정·고지하고, 2017. 10. 24. 2013 사업연도 법인세 과세표준의 결손금을 감액경정하여 통지하였다(이하 모두 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 2. 관련 규정
구 법인세법 제15조 제1항은 익금을 ‘자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액’으로 규정하고, 같은 조 제3항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제11조 제9호(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)는 그러한 수익의 하나로 ‘구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익’을 들고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2(이하 ‘제8호의2’라고만 한다)는 부당행위계산의 유형으로 ‘제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 들고 있다. 
 3. 판단
 가. 이러한 관련 규정의 문언과 체계, 개정 연혁 등에 비추어 보면, 이 사건 규정에서 말하는 ‘특수관계인’은 다음과 같은 이유로 법인 주주뿐만 아니라 개인 주주도 포함한다고 해석하여야 한다. 
 1) 이 사건 규정은 ‘제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익’을 수익의 하나로 규정하면서 이익을 분여한 ‘특수관계인’을 ‘주주 등인 법인’과 같이 법인 주주로 한정하고 있지 않다. 
 2) 이 사건 규정의 ‘제8호의2에 따른 자본거래’는, 제8호의2의 ‘제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래’와 대응되므로, 이 사건 규정은 제8호의2에서 규정한 자본거래의 유형만 인용한 것으로 해석함이 자연스럽다.
 3) 당초 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 수익의 하나로 ‘제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’을 규정하였는데, 법인세법 시행령이 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되면서 위 규정은 ‘제88조 제1항 제8호 각 목의 규정에 의한 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’으로 개정되었다. 그 취지는 자본거래의 유형만을 인용함으로써 이익 분여자가 개인 주주인 경우에도 그 분여받은 이익이 수익에 포함된다는 것을 명확히 하려는 데 있다. 
 4) 이 사건 규정은 일정한 유형의 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 법인세 과세대상으로 포착하여 과세하는 규정으로, 이익 분여자가 법인 주주인지 개인 주주인지에 따라 과세 여부가 달라진다고 보기 어렵다.
 나. 그런데도 원심은 이익 분여자가 법인 주주인 경우에만 이 사건 규정이 적용된다는 잘못된 전제에서, 특수관계인인 개인 주주들로부터 분여받은 이익은 이 사건 규정의 적용 대상이 아니라고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 규정의 적용 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.
 4. 결론
 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 서경환(재판장) 김선수 노태악(주심) 오경미

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항, 제3항, 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호의2의 문언과 체계, 개정 연혁 등에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령 제11조 제9호에서 말하는 ‘특수관계인’은 다음과 같은 이유로 법인 주주뿐만 아니라 개인 주주도 포함한다고 해석하여야 한다.
 ① 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 ‘제88조 제1항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익’을 수익의 하나로 규정하면서 이익을 분여한 ‘특수관계인’을 ‘주주 등인 법인’과 같이 법인 주주로 한정하고 있지 않다.
 ② 구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 ‘제88조 제1항 제8호의2에 따른 자본거래’는, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2의 ‘제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, 상속세 및 증여세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래’와 대응되므로, 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 제88조 제1항 제8호의2에서 규정한 자본거래의 유형만 인용한 것으로 해석함이 자연스럽다.
 ③ 당초 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 수익의 하나로 ‘제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’을 규정하였는데, 법인세법 시행령이 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되면서 위 규정은 ‘제88조 제1항 제8호 각 목의 규정에 의한 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’으로 개정되었다. 그 취지는 자본거래의 유형만을 인용함으로써 이익 분여자가 개인 주주인 경우에도 그 분여받은 이익이 수익에 포함된다는 것을 명확히 하려는 데 있다.
 ④ 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 일정한 유형의 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 법인세 과세대상으로 포착하여 과세하는 규정으로, 이익 분여자가 법인 주주인지 개인 주주인지에 따라 과세 여부가 달라진다고 보기 어렵다.