법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2016.08.19 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○ 외 7인 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 신기선 외 4인)
【피 고】 남대문세무서장 외 4인
【변론종결】2016. 6. 29.
【주 문】
 1. 피고들이 원고들에 대하여 한 별지 처분목록 기재 각 가산세 부과처분 중 ②항 기재 각 정당세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다. 
 2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 기업어음 발행기업의 당좌계좌 개설, 기업어음 발행 및 원고들의 어음금 지급
 1) 원고들은 기업어음 발행기업들과 당좌예금계약을 체결하고, 기업어음 발행기업들에게 기업어음용지를 교부해 왔다.
 2) 기업어음 발행기업들은 증권회사 등 할인기관(이하 ‘할인기관’이라 한다)을 통해 기업어음을 할인 발행하였다.
 3) 기업어음의 소지인들은 기업어음의 만기일이 도래하면 한국예탁결제원에 예탁되지 아니한 기업어음을 자신들이 거래하는 다른 은행(이하 ‘제시은행’이라 한다)에 지급제시하였고, 원고들은 어음교환소를 통하여 지급제시된 기업어음의 필요적·형식적 기재사항을 확인한 다음 이상이 없는 경우 기업어음 발행기업들의 당좌계좌에서 어음금을 인출하여 제시은행에게 기업어음의 액면금액을 지급해 왔다. 
 나. 이 사건 기업어음 및 할인액
 원고들은 위와 같이 기업어음의 어음금을 지급하면서 기업어음 할인액 상당의 이자소득에 대하여 원천징수를 하지 않았는데, 원천징수가 누락된 기업어음들(이하 ‘이 사건 기업어음’이라 한다)의 어음금지급액과 할인액(이하 ‘이 사건 할인액’이라 한다)의 내역은 아래 표1과 같다.
 〈표1〉 원고대상연도어음금지급액할인액 원고 1 은행20103,812,500,000,000원22,107,678,428원 원고 2 은행20101,538,100,000,000원9,031,521,170원 원고 3 은행2010997,300,000,000원6,020,268,165원 원고 4 은행20102,900,500,000,000원515,341,849원 원고 5 은행2010110,000,000,000원1,085,271,226원 원고 6 은행2010130,000,000,000원836,575,340원 원고 7 회사2011~20134,330,200,000,000원10,843,635,938원 원고 8 은행2008, 2010186,000,000,000원3,546,764,000원 합계?14,004,600,000,000원53,987,056,116원 
 다. 피고들은 원고들에게 이 사건 할인액에 대한 법인세 원천징수의무가 있다고 보아 원천징수의무를 이행하지 아니하고 지급명세서를 제출하지 아니한 것에 대하여 원고들에게 아래 표2와 같이 가산세를 각 부과·고지하였다. 
 〈표2〉 원고피고(세무서장)처분일자귀속연도금액(원)세목 원고 1 은행남대문2013.8.1.2010309,507,490원천징수납부불성실 201092,080,000지급명세서 미제출 원고 2 은행2013.9.3.2010126,441,290원천징수납부불성실 원고 3 은행2013.8.19.201084,283,750이자소득세 원고 4 은행중부2013.10.16.20107,214,780이자소득세 원고 5 은행영등포2013.10.16.201015,193,790이자소득세 원고 6 은행2013.3.12.201011,712,050원천징수납부불성실 2013.9.13.201132,590,720원천징수납부불성실 2012117,093,880원천징수납부불성실 종로20131,845,660원천징수납부불성실 원고 7 회사2013.3.12.201016,731,500지급명세서 미제출 2013.9.11.201146,558,185지급명세서 미제출 2012100,000,000지급명세서 미제출 원고 8 은행광주2013.3.15.200811,856,870지급명세서 미제출 20101,658,710원천징수납부불성실 20105,208,490원천징수납부불성실 201027,597,260원천징수납부불성실 20105,254,940원천징수납부불성실 20101,635,580원천징수납부불성실 201059,078,580지급명세서 미제출 
 라. 전심절차
 원고들은 이에 불복하여 아래 표3과 같이 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 5. 26. 원고들의 심판청구를 모두 기각하는 결정을 하였다.
 〈표3〉 원고(청구인)피고심판청구일 (세무서장)(이의신청결정일) 원고 1 은행남대문2013. 10. 25. 원고 2 은행2013. 11. 29. 원고 3 은행2013. 11. 15. 원고 4 은행중부2013. 12. 10. 원고 5 은행영등포2014. 1. 13. 원고 6 은행2013. 3. 12.자 부과처분에 대하여 2013. 6. 11. 종로2013. 9. 13.자 부과처분에 대하여 2013. 12. 10. 원고 7 회사2013. 3. 12.자 부과처분에 대하여 2013. 6. 11. 2013. 9. 11.자 부과처분에 대하여 2013. 12. 10. 원고 8 은행광주2013. 10. 7.(2013. 7. 9.) 
 마. 피고 남대문세무서장, 중부세무서장, 영등포세무서장의 처분 변경
 1) 피고 남대문세무서장은 2015. 1. 1. 주식회사 △△은행(이하 ‘구 △△은행’이라 한다)에 대한 2013. 8. 19.자 이자소득세 부과처분을 직권 취소하고, 같은 날 구 △△은행에 대하여 기업어음의 이자소득에 대한 원천징수납부불성실가산세 84,283,750원을 부과·고지하였다. 
 2) 피고 중부세무서장은 2015. 1. 1. 원고 4 은행에 대한 2013. 10. 16.자 이자소득세 부과처분을 직권 취소하고, 같은 날 원고 4 은행에 대하여 기업어음의 이자소득에 대한 원천징수납부불성실가산세 7,214,780원을 부과·고지하였다. 
 3) 피고 영등포세무서장은 2015. 1. 1. 원고 5 은행에 대한 2013. 10. 16.자 이자소득세 부과처분을 직권 취소하고, 같은 날 원고 5 은행에 대하여 기업어음의 이자소득에 대한 원천징수납부불성실가산세 15,193,790원을 부과·고지하였다.
 바. 피고 남대문세무서장은 ① 원고 1 은행이 주식회사 □□□은행(이하 ‘구 ◇◇은행’이라 한다)에 지급제시한 기업어음 5건, ② 원고 4 은행이 구 ◇◇은행에 지급제시한 기업어음 5건이 투자신탁재산에 귀속된 것임을 확인하고, 2015. 7.경 ‘위 기업어음 10건의 어음금은 그 어음금을 지급한 구 ◇◇은행이 아니라 수탁회사인 원고 1 은행과 원고 4 은행에게 위 기업어음 10건의 할인액에 대한 법인세 원천징수의무가 있다’는 이유로 구 ◇◇은행에 대한 2010 사업연도 원천징수납부불성실가산세 126,441,290원을 126,284,000원으로 감액 경정하였다(이하 위와 같이 감액경정된 가산세 부과처분을 포함하여 피고들이 원고들에게 한 각 가산세 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 
 사. 구 ◇◇은행은 2015. 9. 1. 구 △△은행을 흡수합병하였고, 상호를 주식회사 △△은행으로 변경하였다. 또한 원고 6 은행은 2015. 12. 2. ☆☆☆ 주식회사를 흡수합병하였다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 15, 17, 21 내지 26호증, 을가 제1, 2, 5호증, 을나 제1호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 
 가. 피고들이 주장하는 이 사건 각 처분의 근거 
 피고들은 한국예탁결제원으로부터 금융회사의 예탁자계좌부 중 ‘자기소유분(금융회사가 투자자의 지위에서 자기의 계산으로 기업어음을 보유하고 있는 계좌부이다)’ 중에서 금융회사들이 기업어음 실물을 인출한 기업어음 관련 자료만을 수령한 다음 그중 금융회사가 기업어음 인수자의 지위에서 스스로 원천징수하였음이 소명된 경우를 과세대상에서 제외하였으므로, 이 사건 각 처분에는, 이 사건 기업어음을 지급제시한 금융기관이 ① 할인기관 또는 수탁자로서 고객이 맡긴 어음을 자기 명의로 보유한 경우와 ② 할인기관으로서 기업어음을 인수하여 그중 일부를 직접 보유한 경우가 포함되어 있지 않다. 피고들은, 이 사건 기업어음을 지급제시한 금융기관이 할인기관으로부터 자기 명의·자기 계산으로 기업어음을 매수한 경우, 다음과 같은 근거로 원천징수의무를 부담하는 원고들이 원천징수의무 또는 지급명세서 제출의무를 이행하지 않았다는 이유로 이 사건 각 처분을 하였다. 
 1) ① 어음 할인액의 수입시기는 약정에 의한 지급일이고, 만기에 어음금이 지급되면서 어음 할인액이 소득금액으로 의제되므로 어음 할인액 상당 이자소득의 발생원인은 어음금 지급이라고 할 것인데, 원고들은 기업어음 발행기업들로부터 어음금 지급을 위탁받아 이 사건 기업어음의 어음금 지급을 함으로써 원천징수대상 소득의 발생 원인이 되는 행위를 하고 소득금액을 지급하는 점, ② 원천징수하는 법인세는 소득금액을 지급하는 때에 납세의무가 성립·확정되고 그 때가 원천징수일이 되므로 이자소득금액의 지급과 원천징수는 불가분의 관계에 있는 점, ③ 기업어음의 특성상 본래의 원천징수의무자인 기업어음 발행기업들은 직접 어음금을 지급하지 않고 소득자를 알 수도 없으므로 이 사건 할인액의 원천징수의무를 이행하는 것이 사실상 불가능한 반면, 원고들은 어음용지에 ‘기업어음증권’이라는 문구가 기재된 이 사건 기업어음의 지급제시를 받을 때 원천징수대상 소득인 이 사건 할인액이 발생하였음을 알 수 있고, 어음금 지급 전 배서의 연속이 제대로 되어 있는지 조사하면서 이 사건 할인액 상당 이자소득의 귀속자를 알 수 있는 점, ④ 당좌예금계약에 나타난 원고들과 기업어음 발행기업들의 의사 등의 사정을 고려하면, 기업어음 발행기업로부터 어음금의 지급업무를 위탁받은 원고들은 이자소득금액을 지급하여야 할 자인 기업어음 발행기업들로부터 원천징수업무의 묵시적인 위임을 받았다고 보아야 한다. 따라서 원고들은 기업어음금을 지급할 때 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제4항에 따라 어음할인액 상당의 이자소득금액에 대하여 원천징수를 할 의무가 있다. 
 2) ① 구 법인세법 제73조 제5항에 규정된 ‘어음을 인수·매매·중개 또는 대리하는 경우’라 함은 어음과 관련한 일련의 모든 업무를 지칭하는 것으로 해석함이 타당하므로, 어음과 관련한 일련의 거래에 참여하는 금융기관 모두가 원천징수의무를 부담한다고 보아야 하는 점, ② 구 법인세법 제73조 제5항은 대리의 범위를 ‘인수·매매·중개의 대리’로 한정하지 않은 점, ③ 원천징수에 관하여 법인세법과 맥락을 같이 하는 소득세법에서 외국법인이 발행한 증권에서 발생하는 이자소득을 거주자에게 지급하는 경우 국내에서 지급을 대리하거나 또는 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자를 원천징수의무자로 보는 점(소득세법 제127조 제5항), ④ 한국예탁결제원은 기업어음의 인수·매매·중개 없이 어음금의 지급만 대리하는데도 지급은행으로부터 어음금을 수령하여 자기소유분 예탁자에게 어음금을 지급할 때 어음할인액 상당의 이자소득금액에 대하여 원천징수를 하고 있는 점, ⑤ 법인세법 시행령 제111조 제6항, 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것) 제190조 제1호, 제2호, 제45조 제3호에 따르면, 기업어음의 경우 소득자가 원천징수시기로 ‘할인매출하는 날’과 ‘어음의 만기일’ 중 하나를 선택할 수 있는데, 현실적으로 어음금의 최종 회수 여부가 확실하지 않은 상태에서 세금을 먼저 내려는 경우는 거의 없을 것이므로, 원고들이 이 사건 기업어음의 만기일에 소득자인 지급제시 금융기관에게 소득금액인 이 사건 할인액을 지급하면서 소득자인 지급제시 금융기관으로부터 원천징수를 하였어야 한다고 보아야만 기업어음의 할인액에 대한 원천징수의 공백을 막을 수 있는 점 등을 종합하면, 금융회사인 원고들이 기업어음 발행기업을 위하여 이 사건 기업어음의 지급을 대리한 것은 구 법인세법 제73조 제5항에 규정된 ‘내국법인이 발행한 어음을 대리한 경우’에 해당한다. 따라서 원고들은 이 사건 기업어음의 어음금을 지급할 때 이 사건 할인액에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다. 
 나. 관계 법령 
 별지 관계 법령 기재와 같다. 
 다. 판단 
 1) 원천징수제도는 납세의무자가 아닌 소득의 지급자로 하여금 납세의무자에게 지급할 소득금액 등으로부터 납세의무자가 납부할 세액을 공제하여 납부하도록 하는 예외적인 징수방법이다. 원천징수제도를 통하여 조세포탈을 방지하고 징세의 편의를 도모할 수 있으나, 원천징수의무자로서는 반대급부 없이 원천징수에 소요되는 비용을 부담하여야 하고, 원천징수의무를 위반하는 경우 가산세뿐만 아니라 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 상당하는 금액까지 징수당하는 위험을 부담하게 된다. 따라서 이러한 원천징수의무자의 재산권 제한의 측면 등을 고려하면, 원천징수의무는 원천징수의무의 존부와 원천징수세액, 그 시기 등을 쉽고 분명하게 파악할 수 있는 자에게만 부과되어야 하고, 원천징수의무를 규정하는 조세법령을 해석할 때에는 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석해서는 안 된다. 
 2) 구 법인세법 제73조 제4항, 제1항에 따른 원천징수의무의 존부
 가) 구 법인세법 제73조 제4항, 제1항 에 의하면, 원천징수의무자를 대리하거나 그 위임을 받은 자는 수권 또는 위임의 범위 안에서 내국법인에 지급되는 소득세법 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액에 대한 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다. 
 한편, 구 소득세법(2005. 5. 31. 법률 제7528호로 개정되기 전의 것) 제127조 제1항 제5호, 제2항의 문언과 취지 등을 종합하면, 위 구 소득세법 제127조 제2항에 따라 ‘원천징수의무자를 대리하거나 그 위임을 받은 자로서 그 수권이나 위임의 범위 안에서 원천징수의무를 부담하는 자’는 구 소득세법 제127조 제1항 각 호의 소득금액을 지급해야 할 자로부터 원천납세의무자에 대한 소득금액의 지급과 아울러 원천징수업무, 즉 원천납세의무자로부터 소득세를 원천징수하는 업무와 원천징수한 소득세를 관할 세무서에 납부할 업무 등을 수권 또는 위임받은 자를 말한다. 그리고 이러한 원천징수업무의 위임은 명시적으로뿐만 아니라 묵시적으로도 이루어질 수 있으나, 원천징수의 성격과 효과 등에 비추어 볼 때 묵시적 위임이 있다고 하기 위하여는 명시적 위임이 있는 경우와 동일시할 수 있을 정도로 위임 의사를 추단할 만한 사정이 있어야 한다. 다만 소득금액을 지급하여야 할 자를 대리하거나 그로부터 위임을 받아 원천징수대상 소득의 발생 원인이 되는 법률행위 등을 하고 소득금액을 지급한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 적어도 원천징수업무의 묵시적인 위임이 있었다고 봄이 당사자의 의사에 부합한다(대법원 2014. 7. 24. 선고 2010두21952 판결 참조). 이러한 법리는 납세의무자만 다를 뿐 소득세법과 같은 내용으로 규정된 구 법인세법 제73조 제4항에 따라 원천징수의무를 부담하는 자가 누구인지 해석하는 경우에도 적용된다고 할 것이다.
 나) 앞서 본 사실관계와 앞서 든 증거들 및 갑 제18호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고들은 원천징수의무자인 이 사건 기업어음 발행기업을 대리하거나 위임을 받은 자에 해당한다고 보기 어려우므로 구 법인세법 제73조 제4항, 제1항에 따른 원천징수의무를 부담하지 않는다고 할 것이다. 
 (1) 원고들은 기업어음 발행기업들과 당좌예금계약을 체결하였고, 위 당좌예금계약에는 원고들의 ‘입출금이 자유로운 예금약관’이 적용되는데, 원고들은 위 약관에 따라 거래처에서 지급을 위탁받아 자신들이 거래처에 내어준 어음용지로 발행된 어음이 지급제시 기간 안에 제시된 때에만 그 어음에 적힌 금액을 그 제시인에게 지급하였다(갑 제5호증, 갑 제15호증의 1 내지 7 참조). 한편, 원고들과 기업어음 발행기업들이 기업어음에만 국한하여 그 발행, 지급 등에 관한 업무위탁계약을 따로 체결하였다고 볼 자료는 없다. 따라서 원고들은 기업어음 발행기업들로부터 이 사건 기업어음을 포함한 모든 어음의 액면금액 지급을 위탁받았을 뿐이고, 원천징수대상 소득인 이 사건 할인액 발생의 원인이 되는 이 사건 기업어음의 할인 발행에 관여한 바가 없다.
 (2) 본래의 원천징수의무자는 소득금액을 지급하는 때에 원천징수의무를 부담하므로 소득금액의 지급과 원천징수는 시간적으로 인접하지만, 사법상 소득금액 지급의무와 공법상 원천징수의무는 별개의 의무이다. 따라서 원고들이 기업어음 발행기업들로부터 이 사건 기업어음의 어음금 지급을 위탁받았다는 사정만으로 공법상 원천징수의무까지 위임받았다고 보기 어렵다. 
 (3) 원고들은 기업어음 발행기업들로부터 약속어음 지급 위탁에 관한 수수료로 어음책 1권당 10,000원, 부도처리 수수료 매당 5,000원(사고신고서 접수 부도) 또는 매당 10,000원(예금부족/무거래 부도), 교환결제전 자금화 수수료 1,000원 등 정도를 수령하였는데, 원고들이 이러한 대가만을 지급받으면서 약속어음 지급 업무 외에 원천징수 업무까지 대행하는 것에 합의하였다고 볼 수 없다. 
 (4) 원고들이 기업어음 발행기업들과 체결한 당좌예금계약의 내용을 살펴보더라도 원천징수업무의 위임 의사를 추단할 만한 사정을 발견하기 어렵다. 
 3) 구 법인세법 제73조 제5항, 제1항에 따른 원천징수의무의 존부
 가) 구 법인세법 제73조 제5항, 제1항 에 의하면, 금융회사가 내국법인이 발행한 어음을 인수·매매·중개 또는 대리하는 경우에는 금융회사와 내국법인 간에 대리 또는 위임의 관계가 있는 것으로 보아 금융회사는 내국법인에 지급되는 소득세법 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액에 대한 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다. 
 나) 앞서 본 원고들과 기업어음 발행기업들 사이의 당좌예금계약에 따르면 원고들이 이 사건 기업어음을 인수·매매·중개하지 않은 것은 명백하므로, 원고들이 이 사건 기업어음을 대리한 금융회사로서 이 사건 할인액에 대한 원천징수의무를 부담하는지 여부가 문제된다. 앞서 본 사실관계와 앞서 든 증거들 및 갑 제13, 14, 16, 27, 28호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면, 원고들이 기업어음 발행기업으로부터 위탁받은 어음금 지급 업무를 수행한 것만으로 ‘금융회사가 내국법인이 발행한 어음을 대리하는 경우’에 해당한다고 보기 어려우므로, 원고들은 구 법인세법 제73조 제5항, 제1항에 따른 원천징수의무를 부담하지 않는다고 할 것이다. 
 (1) 대리는 본디 의사표시 내지 법률행위에 한하여 인정되고 사실행위에 대하여는 대리가 성립할 여지가 없다. 따라서 구 법인세법 제73조 제5항에 규정된 ‘어음의 대리’라 함은 어음의 발행, 배서, 보증 등 어음행위를 대리하는 것을 뜻한다고 보는 것이 타당하다. 그런데 원고들은 기업어음 발행기업들로부터 어음금 지급 업무만을 위탁받았을 뿐 이 사건 기업어음의 발행 등 어음행위를 대리하지 않았다. 
 (2) 소득세법 제127조 제5항 과 법인세법 제73조 제6항은, 외국법인이 발행한 채권 또는 증권에서 발생하는 이자소득 등을 거주자 또는 내국법인에게 지급하는 경우 국내에서 ‘그 지급을 대리하거나 그 지급권한을 위임 또는 위탁받은 자’를 그 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 원천징수의무자로 규정하고 있다. 앞서 본 대리의 인정 범위에 비추어 보면, 어음금 지급 업무만을 위임 또는 위탁받은 자에게 어음 할인액 상당의 이자소득에 대한 원천징수의무를 부과하기 위해서는 위 규정들과 같은 명시적인 규정이 존재하여야 하고, 그러한 명시적 규정이 존재하지 않는데도 구 법인세법 제73조 제5항의 ‘어음의 대리’에 ‘어음금 지급 업무의 수임 또는 수탁’이 포함된다고 보는 것은 허용되지 않는 확장해석 내지 유추해석으로서 조세법률주의에 반한다. 
 (3) 법인세법 시행령 제111조 제6항 본문, 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것) 제190조 제1호, 제2호, 제45조 제3호에 따르면, 금융회사 등이 매출 또는 중개하는 어음의 할인액에 대하여 ① 할인액을 지급받은 자가 할인매출일에 원천징수하기를 선택한 경우에는 어음을 할인매출하는 날, ② 그렇지 않은 경우에는 어음의 만기일에 법인세를 원천징수하여야 한다. 위 규정들과 구 법인세법 제73조 제5항, 제1항을 종합하여 보면, 기업어음을 지급제시한 금융기관이 할인기관으로부터 자기 명의·자기 계산으로 기업어음을 매수한 경우는 구 법인세법 제73조 제5항에 규정된 ‘어음을 매매하는 경우’에 해당하므로, 어음 할인액 상당 이자소득의 소득자인 지급제시 금융기관이 할인매출일에 원천징수하기를 선택한다면 기업어음을 인수·매도하거나 기업어음의 발행을 중개 또는 대리한 할인기관이 그 기업어음을 할인매출하는 날에, 그렇지 않은 경우라면 기업어음을 매수한 지급제시 금융기관이 기업어음의 만기일에 어음 할인액 상당 이자소득에 대한 법인세를 원천징수하여야 한다(내국법인이 채권 등에서 발생하는 이자, 할인액 등의 계산기간 중에 당해 채권 등을 타인에게 매도하는 경우 채권 등의 보유기간에 따른 이자, 할인액 등에 대하여는 당해 법인이 원천징수의무를 부담한다는 취지의 규정인 구 법인세법 제73조 제8항 과 같이 법인세법상 납세의무자도 원천징수의무를 부담하는 것이 가능하다). 
 (4) 법인세법 시행령 제111조 제6항 본문에서 인용하는 소득세법 시행령 제190조 제1호 단서가 2013. 2. 15. ‘다만, 어음 및 전자단기사채등이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제294조에 따른 한국예탁결제원에 발행일부터 만기일까지 계속하여 예탁된 경우로서 해당 어음 및 전자단기사채등의 이자와 할인액을 지급받는 자가 할인매출일에 원천징수하기를 선택한 경우만 해당한다’로 개정되었는데, 이러한 개정의 취지는 기업어음에 대한 원천징수 시기를 ‘할인매출하는 날’로 일원화하되 기업어음이 발행일부터 만기일까지 한국예탁결제원에 예탁된 경우에만 기업어음 할인액 상당의 이자소득을 받는 자가 원천징수 시기로 ‘만기일’을 선택할 수 있도록 하여 기업어음의 이자소득에 대한 원천징수 누락을 방지하는 데에 있다. 피고들 주장과 같이 기업어음의 어음금 지급 업무를 위탁받은 원고들이 한국예탁결제원에 예탁되지 않은 기업어음의 만기일에 그 기업어음 할인액에 대한 원천징수의무를 부담한다면, 법령상 기업어음의 이자소득에 대한 원천징수의 공백은 존재하지 않으므로 위와 같이 소득세법 시행령 제190조 제1호 단서를 개정할 필요는 없었을 것으로 보인다. 
 (5) 자기소유분 기업어음이 한국예탁결제원에 예탁된 경우, 한국예탁결제원은 기업어음 발행기업으로부터 어음금 지급 업무를 위탁받은 바가 없으므로 구 법인세법 제73조 제5항에 근거하여 기업어음 할인액에 대한 원천징수를 하는 것이 아니다. 한국예탁결제원은 예탁자의 신청을 받아 예탁된 기업어음에 관한 예탁자의 권리 행사를 대행하여 어음금을 수령한 다음 자신의 고유 업무로서 예탁자에게 그 어음금을 지급하는데, 이 때 기업어음 할인액 상당 이자소득금액을 지급하는 자의 지위에서 구 법인세법 제73조 제1항에 따라 본래의 원천징수의무를 이행하는 것이다. 
 (6) 원고들은 이 사건 할인액의 소득자도 아니고 원칙적으로 이 사건 할인액을 지급할 책임이 있는 이 사건 기업어음의 발행인도 아니다. 따라서 원고들에게 구 법인세법 제73조 제5항에 의한 원천징수의무가 존재하는지 여부를 따지려면, 앞서 본 원천징수제도의 취지 및 한계 등을 고려하여야 한다. 
 원고들은 지급제시된 기업어음이 어음요건을 갖추었는지, 배서가 연속되어 있는지 여부만을 확인하고 어음금을 지급해 왔다. 이 사건 기업어음이 지급제시되기 전까지 이 사건 기업어음의 최종소지인이 누구인지 알기 어려운 원고들로서는 한국예탁결제원처럼 미리 이 사건 할인액 상당 이자소득금액의 소득자에게 이 사건 기업어음의 할인액이 얼마인지, 이미 할인액에 대한 원천징수가 이루어졌는지 등을 확인할 수는 없었을 것으로 보인다. 
 이처럼 원천징수와 관련된 정보를 알 수 없거나 알기 어려운 지위에 있는 원고들에게 원천징수의무를 부담시키는 것은 단지 징세의 편의를 위하여 실현이 불가능하거나 곤란한 의무의 이행을 요구하는 것이므로, 원천징수제도의 한계를 일탈하는 것이다. 또한 할인기관이나 이 사건 기업어음을 매수한 금융기관은 원천징수해야 할 이 사건 할인액, 그 귀속자, 할인매출일에 원천징수가 이루어졌는지 여부 등을 잘 알 수 있으므로, 원고들에게 원천징수의무를 부담시키는 것보다 이들에게 원천징수의무를 부담시키는 것이 더 합리적이다. 
 4) 취소의 범위 
 따라서 기업어음 발행기업들로부터 위탁을 받아 이 사건 기업어음의 어음금을 지급하는 지위에 있을 뿐인 원고들이 구 법인세법 제73조 제4항 또는 같은 조 제5항에 따라 이 사건 할인액 상당 이자소득금액에 대한 법인세를 원천징수하여 납부할 의무를 부담함을 전제로 한 피고들의 원천징수납부불성실가산세 또는 지급명세서미제출가산세 부과처분은 위법하므로, 별지 처분목록 기재 각 가산세 부과처분 중 ‘정당세액’란 기재 각 정당세액(① 구 ◇◇은행이 기업어음의 매수인으로서 원천징수의무를 이행하지 않은 부분에 대한 가산세액으로서 원고 주식회사 △△은행이 부담하는 9,159원, ② 원고 1 은행이 투자신탁의 수탁회사로서 원천징수의무를 이행하지 않은 부분에 대한 가산세액 84,044원과 지급명세서 제출의무를 이행하지 않은 부분에 대한 가산세액 96,385원, ③ 원고 4 은행이 투자신탁의 수탁회사로서 원천징수의무를 이행하지 않은 부분에 대한 가산세액 108,871원, ④ 나머지 가산세 부과처분의 경우 0원이다)을 초과하는 부분은 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지에 관하여 살필 필요 없이 모두 취소되어야 한다. 
 3. 결 론 
 원고들의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하고 소송비용은 패소자인 피고들이 부담하도록 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 각 생략]

판사 호제훈(재판장) 이민구 이정훈