법인장부에 기재된 취득가액이 취득세 과세표준에 해당하는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2007.01.11 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

상고이유의 주장은 모두 이유 없으므로 상고심절차에관한특례법 제4조, 제5조에 의하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2006. 9. 15. 선고 2006누4327 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 원고의 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 소외 서00와 소외 주식회사 00패러다이스(이하 ‘00패러다이스’라 한다)는 2000. 10. 9. 별지 토지의 표시 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다, 한편 같은 목록 제4 기재 토지는 2004. 7. 14. 같은 목록 제3 기재 토지에 합병되었다)에서 납골당 사업을 하기 위하여 사업시행에 대한 협약서를 작성하였는데, 그 주된 내용은 서00가 납골당 사업에 필요한 행정관청에의 신고 등 행정업무를, 00패러다이스가 납골당 분양 등의 업무를 담당한다는 것이다.
나. 서00와 00패러다이스는 2001. 1. 19. 이 사건 토지 및 그 지상에 건립될 납골당, 납골탑 등 지장물 일체에 대한 처분을 소외 주식회사 00토지신탁(이하 ‘00토지신탁’이라 한다)에 신탁하였는데, 그 후 2002. 2. 1. 소외 조00 등으로부터 납골당 사업에 소요될 16억원을 투자받음에 있어서 1년 후에 수익금으로 투자원금의 100%에 해당하는 16억원을 상환하기로 약정하고(나중에 투자원금 18억원 및 수익금 18억원 등 합계 36억원을 상환하기로 계약을 변경한 것으로 보인다), 같은 날 위 투자자들을 대표한 소외 조정제에게 위 부동산처분신탁계약에 기한 수익권에 대하여 한도액을 32억원으로 하여 질권을 설정해 주었다.
다. 별지 건물의 표시 기재 각 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)은 2002. 1. 31.경 완공되어 같은 날 서00 명의로 소유권보존등기가 경료되었다.
라. 서00와 00패러다이스는 이상욱 등으로 하여금 납골당 부지조성 및 신축공사를 하도록 하였으나 제대로 공사대금을 지급하지 못하게 되자 이상욱 등은 2001. 7.경부터 합계 45억원 상당의 공사대금채권을 피보전권리로 하여 서정모와 00패러다이스가 한국토지신탁으로부터 지급받을 납골당 분양대금을 가압류하였고, 거기에 납골당 분양마저 저조하여 공사대금, 납골시설 납품대금 등을 지급하지 못하게 되어 서00와 00패러다이스는 2003. 2. 28. 원고(당시 상호는 주식회사 00지앤디였다)에게 이 사건 토지 및 건물과 납골당 사업권 등 일체를 합계 94억원에 양도하되, 질권 해제비용 및 가압류 말소비용을 양도대금에서 공제한 나머지 금원을 지급받기로 하였다{한편 서00와 원고 사이의 2003. 2. 28.자 부동산매매계약서(갑 제3호증)상 서정모가 이 사건 토지 및 건물을 합계 10억원에 매도하는 내용으로, 00패러다이스와 원고 사이의 2003. 2. 28.자 사업권 양도·양수계약서(갑 제9호증)상 00패러다이스가 납골당 사업권을 84억원에 매도하되, 질권 해제비용 및 가압류 말소 비용은 매매대금 지급액에서 공제하는 취지로 기재되어 있다}.
마. 그 후 원고는 위 약정에 따라 가압류 말소비용, 질권 해제비용 등을 공제한 후 부동산매매계약서 상의 이 사건 토지 및 건물 매매대금 10억원 외에 2,897,000,000원을 이 사건 납골당 영업권에 대한 대가조로 지급하고, 2003. 3. 14. 서00로부터 이 사건 토지 및 건물에 관하여 소유권이전등기를 경료받았다.
바. 한편 원고는 피고에게 이 사건 토지 및 건물의 가액을 10억원으로 하여 취득신고를 하고, 이를 과세표준으로 하여 취득세 2천만원, 농어촌특별세 2백만원, 등록세 3천만원, 지방교육세 6백만원을 납부하였다.
사. 그런데 피고는 원고의 회계장부에, 위 2,897,000,000원만 영업권으로 계상되어 있고, 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매계약서상의 매매대금 10억원, 가압류 말소비용 2,345,000,000원 및 질권 해제비용 3,158,000,000원 등 합계 6,503,000,000원(=1,000,000,000 + 2,345,000,000 + 3,158,000,000)이 이 사건 토지 및 건물의 취득가격으로 계상되어 있음을 이유로, 2005. 4. 10. 법인장부상의 취득가격 6,503,000,000원을 과세표준으로 하여 산출된 세액에서 원고가 이미 납부한 세액을 뺀 세액, 즉 취득세 132,072,000원, 농어촌특별세 12,106,600원, 등록세 198,108,000원, 지방교육세 36,319,800원을 원고에게 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
2. 이 사건 처분의 위법성 여부

가. 당사자의 주장

원고는, 법인장부에 기재된 취득가격이 무조건 과세표준이 되는 것이 아니라 사실상의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 과세표준이 될 수 있는 것인데, 이 사건의 경우 당초 원고의 회계장부는 원고 직원의 실수로 착오작성된 것으로 그 후 원고는 가압류 말소비용 및 질권 해제비용을 영업권 계정에 다시 기장하여 이를 바로잡았을 뿐만 아니라 당초 원고의 회계장부에 기재된 취득가격을 사실상의 취득가격으로 볼 만한 근거가 없으므로 잘못 계상된 장부를 믿고 과세한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 주장하고, 이에 대하여 피고는, 가압류 말소비용 및 질권 해제비용은 이 사건 토지 및 건물을 취득하는데 소요된 비용이라는 점, 납골당 사업권에 대한 영업권 가액이 84억원에 이른다는 주장은 납득하기 힘들다는 점 등에 비추어 피고의 이 사건 처분은 실질과세 원칙에 부합하는 적법한 처분이라고 주장한다.
나. 관련법령

지방세법(2004. 12. 31. 법률 제7311호로 개정되기 전의 것)제111조 (과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 년부금액에 의한다.
3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
제112조 (세율)

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 년부금액의 1,000분의 20으로 한다.
제130조 (과세표준)

① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.
③ 제111조제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.
⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제131조 (부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농 지:

부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타:

부동산가액의 1,000분의 30

지방세법시행령 제82조의2 (취득가격의 입증등)

① 법 제111조 제5항 제3호에서 "판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.
2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서

제82조의3 (취득가격의 범위)

① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
다. 판단

(1)「지방세법」제111조제1항 및 제130조 제1항에서 취득세나 등록세의 과세표준으로 규정한 취득 또는 등기 당시의 가액은 원칙적으로 부동산(과세물건)을 취득함에 소요된 사실상의 취득가액을 의미하고, 제111조 제2항은 취득자 또는 등기자가 위 제1항의 과세표준 즉 취득당시의 가액을 신고하여야 하는데 그 신고가 없거나 신고 가액이 과세시가표준액에 미달하는 경우에는 그 과세시가표준액에 의한다는 규정이며, 한편 제111조 제5항 및 제130조 제3항에서는 거기에 게기한 각 호의 취득에서는 그 취득가액이 명백하게 드러나는 것이어서 이 경우에는 취득자의 신고에 관계없이 사실상의 취득가액에 의하여 과세표준을 정한다는 것을 규정한 것으로 풀이되므로, 취득자 또는 등기자가 취득세나 등록세 부과대상인 건물을 취득한 후「지방세법」제111조제2항이나 제130조 제2항에 의한 신고를 하였다 하더라도 취득가액이 입증되면 위 각 규정에 의하여 그 입증된 사실상의 취득가액으로 과세표준이 정해진다 할 것이다(대법원 1988. 1. 12. 선고 87누953판결, 2003. 9. 26. 선고 2002두240 판결 등 참조).
이 사건의 경우 이 사건 토지 및 건물의 취득이「지방세법」제111조제5항 제3호 소정의 ‘법인장부 중 대통령령이 정하는 것(법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서)에 의하여 취득가격이 입증되는 취득’에 해당하는지 여부가 문제라 할 것인데, 원고는, 이 사건 처분의 근거가 된 수정되기 전의 법인장부에 기재된 내용, 즉 이 사건 각 토지 및 지장물에 대한 매매계약서상의 매매대금 뿐만 아니라 가압류 말소에 소요된 비용 및 질권해제에 소요된 비용 모두를 이 사건 토지 및 건물에 대한 사실상의 취득가격으로 계상한 것이 착오에 의하여 작성된 것이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.
(2) 갑 제14호증, 갑 제15, 16호증의 각 1 내지 5, 을 제1호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 다음 사실이 인정된다.
가) 이 사건 건물에 대한 소유권보존등기가 경료될 2002. 1. 31. 당시 그 시가표준액은 279,500,000원이었다.
이 사건 토지의 ㎡당 개별공시지가는, ① 2003. 1. 당시에는 별지 목록 제1 기재 토지가 4,500원, 같은 목록 제2 기재 토지가 4,260원, 같은 목록 제3, 4 기재 토지가 각 10,600원, 같은 목록 제5 기재 토지가 4,230원이었고, ② 2004. 1. 당시에는, 같은 목록 제1, 5 기재 토지가 각 7,300원, 같은 목록 제2 기재 토지가 5,860원, 같은 목록 제3 기재 토지가 9,620원, 같은 목록 제4 기재 토지가 10,100원이었다.
나) 이 사건 토지 및 건물을 담보로 한 대출가능액을 산정하려는 소외 농협으로부터 감정평가를 의뢰받은 소외 주식회사 새한감정평가법인은 2003. 1. 13. 이 사건 토지 및 건물의 가치를 다음과 같이 평가하였다.
① 이 사건 토지

이 사건 토지와 유사한 현황을 지닌 인근 토지의 적정가격수준(2,7000원 ~ 36,000원/㎡)과 임야를 이 사건과 같은 납골시설로 조성할 경우의 조성비(45,000원 ~ 75,000원/㎡)를 참작하여 같은 목록 제1, 3, 4, 5 토지는 각 90,000원/㎡, 같은 목록 제2 기재 토지는 30,000원/㎡

② 이 사건 지장물

㉠ 별지 목록 제1, 2 기재 각 건물 : 각 172,872,000원{=196㎡ × 900,000(재조달원가) × 49/50(감가수정치)}

㉡ 같은 목록 제3 기재 건물 : 65,228,000원{=128㎡ × 520,000(재조달원가) × 49/50(감가수정치)}

㉢ 같은 목록 제4 기재 건물 : 144,966,000원{=174.03㎡ × 850,000(재조달원가) × 49/50(감가수정치)}

③ 이 사건 토지에 설치된 납골당, 납골탑 등을 분양하여 발생할 수 있는 금액이 총 430억원에 이른다는 판단 하에 수익환원법에 의하여 이 사건 토지 및 건물을 일괄하여 121억원으로 평가

(3) 위 인정사실에 의하면, ① 이 사건 토지 및 건물의 2003년 및 2004년경의 시가표준액이 원고의 취득신고 당시 신고가액에도 미치지 못한다는 점, ② 00감정평가법인의 감정평가는 이 사건 각 토지 및 지장물에 대한 가치를 납골당 사업에 대한 영업권을 반영하지 않은 경우와 반영한 경우를 구분하여 전자의 경우 1,797,138,000원(토지 : 1,231,200,000원 + 건물 : 565,938,000원)으로, 후자의 경우 121억원으로 평가한 것으로 보이는 점 등이 인정되기는 하나, 위와 같은 사정만으로는 원고의 법인장부가 직원의 실수에 기인하여 착오로 작성되었다고 인정하기에는 부족하다.
오히려, 을 제8호증의 1 내지 11, 을 제11호증의 1 내지 6, 을 제12호증의 1 내지 10, 을 제17호증, 을 제18호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 00패러다이스와 사이에 부동산매매계약서 및 사업권양도·양수계약서를 작성한 이후인 2003. 3. 3. 다시 00패러다이스와 사이에 00패러다이스가 이 사건 토지 및 건물에 대한 공사비로 38억원을(다만 00패러다이스가 별도로 책임지는 부분은 제외된 금액이다) 투입한 것으로 인정하되, 18억원의 범위 내에서 설계도와 공사상태가 일치하지 않는 경우 이를 감액할 수 있고 다만 00패러다이스가 질권자에 대하여 18억원을 변제하는 경우에는 위 18억원은 감액된 것으로 보기로 약정한 사실(을 제17호증, 보충합의서), 서00와 00패러다이스는 2003. 3. 28. 질권계약을 해지하면서 추가발생이자 8백만원을 포함하여 합계 18억 8백만원을 질권자에게 변제하는 외에 나머지 18억원(=36억-18억)은 위 보충합의서 기재 내용과 같이 공사비 감액분과 상계처리한 사실, 원고는 이상욱 등 가압류권자들에게 합계 2,345,000,000원을 지급하고 위 각 가압류를 해제한 외에 소외 장oo 등 다른 공사대금 채권자들에게 합계 515,100,000원(=13,000,000 + 185,400,000 + 185,000,000 + 32,000,000 + 29,200,000 + 70,500,000)을 지급하기도 한 사실, 원고는 이 사건 토지 및 건물의 취득가액을 10억원으로 신고하였으나, 피고가 수정전의 법인장부상에는 00패러다이스에게 지급된 2,897,000,000원만 사업권으로 계상되어 있고 나머지 금액인 6,503,000,000원이 전부 이 사건 토지 및 건물의 취득가격으로 계상되어 있음을 발견하고 나머지 5,503,000,000원(=6,503,000,000 - 1,000,000,000)에 대한 소명자료를 요구하자 원고는 2004. 11. 30.경 이 사건 토지 및 건물의 취득비용으로 기신고 금액인 10억원만 토지 및 건물계정에 기입하고 나머지 금액 84억원 전부를 영업권계정으로 수정한 사실, 원고는 전문가인 회계사무소를 세무대리인으로 선임하여 이 사건 토지 및 건물을 취득한 이래로 수정신고하기까지 약 2년 동안 가압류 말소비용 및 질권 해제비용을 취득자금에 포함하여 세무신고를 하여 온 사실이 인정된다.
위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 약 2년 동안 세무신고를 하면서 세무대리인이 작성한 회계장부를 확인하였을 것임에도 그때까지 오류를 발견하지 못하다가 세무조사를 받고 나서야 비로소 회계장부의 기재가 잘못되었음을 지득하였다는 것은 선뜻 수긍이 가지 않아 단순한 착오라고 보기에는 수정경위가 석연치 않은 점, ② 원고가 이 사건 토지 및 건물의 취득대금으로 지급하였다고 주장하는 10억원은 가압류 말소비용과만 비교해 보더라도 그 금액 차이가 커 원고의 주장이 쉽사리 믿기 어려운 점, ③ 장oo 등 다른 공사업자들에게 지급한 금액을 감안하여 볼 때 원고가 가압류 말소비용으로 지급하였다고 계상한 금액은 이 사건 납골당 사업에 필요한 부지조성 및 건물 등 설치 공사에 투입되었다고 보이는 점, ④ 질권 해제비용의 경우, 질권을 설정하고 취득한 자금이 납골당 사업을 위하여 사용되었을 것으로 추단되고, 일부 금액은 공사비 감액분과 상계된 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 토지 및 건물의 취득자금이라고 주장하는 10억원 이외에도 가압류 말소비용 2,345,000,000원 및 질권 해제비용 3,158,000,000원 역시 이 사건 토지 및 건물의 취득자금에 포함되는 것으로 보이므로 이와 같이 계상한 수정전 법인장부상의 가액이 사실상의 취득가액을 나타내는 것이라 할 것이다.
따라서 피고의 이 사건 과세처분은 적법하다 할 것이므로 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.
3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-인천지방법원 2005. 12. 29. 선고 2005구합1743 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2005. 4. 10. 원고에 대하여 한 취득세 132,072,000원, 농어촌특별세 12,106,600원, 등록세 198,108,000원, 지방교육세 36,319,800원의 각 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 서00와 주식회사 00패러다이스는 별지목록 기재 각 토지(이 사건 각 토지)에서 납골당 사업을 하기 위하여 2000. 10. 9. 사업시행에 대한 협약서를 작성하였는데, 그 주된 내용은 서00가 납골당 사업에 필요한 행정관청에의 신고 등 행정업무를, 00패러다이스가 납골당 분양 등의 업무를 담당한다는 것이다.
나. 서00와 00패러다이스는 2001. 1. 19. 이 사건 각 토지 및 지상에 건립될 납골당, 납골탑 등의 지장물 일체에 대한 처분을 주식회사 00토지신탁에 신탁하는 한편, 조정제에게 위 납골당 사업에 대한 투자자 모집을 요청하여 조00등 11명의 투자자들로부터 약 32억원을 모집하고, 2002. 2. 1. 위 투자자들을 대표한 조00에게 위 부동산처분신탁계약에 기한 수익권에 대하여 질권을 설정해 주었다.
다. 한편, 이 사건 지장물[이 사건 3토지 지상의 단층 납골당 2동(1동 면적 : 196㎡), 이 사건 4토지 지상의 단층 대웅전(128㎡) 및 관리사(174.03㎡)]은 2002. 1. 31. 서정모 명의로 소유권보존등기 되었다.
라. 그런데, 이 사건 각 토지에서 납골당 공사를 하던 이00 등 공사업자들은 공사대금을 받지 못하자 2002. 7.경부터 공사대금채권을 피보전권리로 하여 위 수익권을 가압류하였고, 이에 서00와 00패러다이스는 더 이상의 사업진행이 어렵다고 판단하여 원고에게 이 사건 각 토지와 납골당 등의 지장물 일체 및 납골당 사업권을 양도하기로 하여, 2003. 2. 28. 서정모가 이 사건 각 토지 및 지장물을 10억원에, 00패러다이스가 납골당 사업권을 84억원에 양도하는 내용의 매매계약을 체결하였는데, 위 사업권에 대한 양도·양수계약서(갑 제9호증)에는, 질권자로부터의 차입금 32억 8백만원 및 위 가압류 말소비용은 사업권 매매대금 84억원에서 공제하도록 되어 있다.
마. 이후, 원고는 위 계약서에 규정된 바에 따라 납골당 사업권 매매대금 84억원에서 가압류말소에 든 비용 2,345,000,000원 및 질권해제 비용 3,158,000,000원을 공제한 2,897,000,000원을 사업권에 대한 매매대금으로 지급하였고, 2003. 3. 14. 서00로부터 이 사건 각 토지 및 지장물에 대하여 소유권이전등기를 경료받았다.
바. 한편, 원고는 피고에게 이 사건 각 토지 및 지장물 일체의 가액을 10억원으로 하여 취득신고를 하고, 이를 과세표준으로 하여 취득세 2천만원, 농어촌특별세 2백만원, 등록세 3천만원, 지방교육세 6백만원을 납부하였다.
사. 그런데, 피고는 원고의 회계장부에 ‘00패러다이스에게 지급된 2,897,000,000원만 영업권으로 계상되어 있고, 이 사건 각 토지 및 지장물에 대한 매매계약서상의 매매대금 10억원, 가압류 말소비용 및 질권 해제비용 합계 6,503,000,000원이 위 각 토지 및 지장물의 취득가격으로 계상되어 있음’을 이유로 2005. 4. 10. 법인장부상의 취득가격 6,503,000,000원을 과세표준으로 하여 산출된 세액에서 원고가 이미 납부한 세액을 뺀 세액, 즉 취득세 132,072,000원, 농어촌특별세 12,106,600원, 등록세 198,108,000원, 지방교육세 36,319,800원을 원고에게 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
2. 이 사건 처분의 위법성 여부

가. 당사자의 주장

원고는, 법인장부에 기재된 취득가격이 무조건 과세표준이 되는 것이 아니라 사실상의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 과세표준이 될 수 있는 것인데, 이 사건의 경우 당초 원고의 회계장부는 원고 직원의 실수로 착오작성된 것으로 이후 원고는 위 가압류말소 비용 및 질권해제 비용을 영업권 계정에 다시 기장하여 이를 바로잡았을 뿐만 아니라 당초 원고의 회계장부에 기재된 취득가격을 사실상의 취득가격으로 볼 만한 근거가 없으므로 잘못 계상된 장부를 믿고 과세한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.
이에 대하여 피고는, 가압류말소 비용 및 질권해제 비용은 이 사건 각 토지 및 지장물을 취득하는데 소요된 비용이라는 점, 납골당 사업권에 대한 영업권 가액이 84억원에 이른다는 주장은 납득하기 힘들다는 점에 비추어 피고의 이 사건 처분은 실질과세 원칙에 부합하는 적법한 처분이라고 주장한다.
나. 관련법령

지방세법(2004. 12. 31. 법률 제7311호로 개정되기 전의 것) 제111조 (과세표준)

①취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.
②제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
⑤다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 년부금액에 의한다.
3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

⑦제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
제112조 (세율)

①취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 년부금액의 1,000분의 20으로 한다.
제130조 (과세표준)

①부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.
②제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.
③제111조제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.
⑤제1항 내지 제4항의 규정에 의한 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제131조 (부동산등기의 세율)

①부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농 지:

부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타:

부동산가액의 1,000분의 30

지방세법시행령 제82조의2 (취득가격의 입증등)

①법 제111조 제5항 제3호에서 "판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.
2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서

제82조의3 (취득가격의 범위)

①취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
다. 인정사실

(1) 이 사건 지장물에 대한 소유권보존등기가 경료된 2002. 1. 31. 당시 그 지장물의 시가표준액이 279,500,000원이었고, 이 사건 각 토지의 ㎡당 개별공시지가는, 2003. 1. 당시에는 이 사건 1토지가 4,500원, 2토지가 4,260원, 3,4토지가 각 10,600원, 5토지가 4,230원, 2004. 1. 당시에는, 이 사건 1,5토지가 각 7,300원, 2토지가 5,860원, 3토지가 9,620원, 4토지가 10,100원이었다.
(2) 이 사건 각 토지 및 지장물을 담보로 한 대출가능액을 산정하려는 농협으로부터 감정평가를 의뢰받은 주식회사 새한감정평가법인은 2003. 1. 13. 다음과 같이 평가하였다.
● 이 사건 각 토지

이 사건 각 토지와 유사한 현황을 지닌 인근 토지의 적정가격수준(2,7000원 ～ 36,000원/㎡)과 임야를 본건과 같은 납골시설로 조성할 경우의 조성비(45,000원 ～ 75,000원/㎡)를 참작하여 이 사건 1,3,4,5 각 토지는 각 90,000원/㎡, 이 사건 2토지는 30,000원/㎡

● 이 사건 지장물

* 단층 납골당 2동(1동 면적 : 196㎡) : 재조달원가 900,000원에 감가수정치 49/50을 곱한 172,872,000원

* 단층 대웅전(128㎡) : 재조달원가 520,000원에 감가수정치 49/50을 곱한 65,228,000원

* 관리사(174.03㎡) : 재조달원가 850,000원에 감가수정치 49/50을 곱한 144,966,000원

● 이 사건 토지에 설치된 납골당, 납골탑 등을 분양하여 발생할 수 있는 금액이 총 43,000,000,000원에 이른다는 판단 하에 수익환원법에 의하여 위 각 토지 및 지장물을 일괄하여 12,100,000,000원으로 평가

라. 판단

(1) 이 사건의 쟁점

가)「지방세법」제111조제1항 및 제130조 제1항에서 취득세나 등록세의 과세표준으로 규정한 취득 또는 등기 당시의 가액은 원칙적으로 부동산(과세물건)을 취득함에 소요된 사실상의 취득가액을 의미하며, 제111조 제2항은 취득자 또는 등기자가 위 제1항의 과세표준 즉 취득당시의 가액을 신고하여야 하는데 그 신고가 없거나 신고 가액이 과세시가표준액에 미달하는 경우에는 그 과세시가표준액에 의한다는 규정이고, 한편 제111조 제5항 및 제130조 제3항에서는 거기에 게기한 각 호(1 내지 4호)의 취득에서는 그 취득가액이 명백하게 드러나는 것이어서 이 경우에는 취득자의 신고에 관계없이 사실상의 취득가액에 의하여 과세표준을 정한다는 것을 규정한 것으로 풀이되므로 취득자 또는 등기자가 취득세나 등록세 부과대상인 건물을 취득한 후「지방세법」제111조제2항이나 제130조 제2항에 의한 신고를 하였다 하더라도 취득가액이 입증되면 위 각 규정에 의하여 그 입증된 사실상의 취득가액으로 과세표준이 정해진다 할 것이다(대법원 1988. 1. 12. 선고 87누953판결, 2003. 9. 26. 선고 2002누240 판결 등 참조).
나) 이 사건의 경우 이 사건 각 토지 및 지장물의 취득은「지방세법」제111조제5항 제1, 2, 4호가 적용되는 취득이 아니므로 위 조항 제3호 ‘법인장부 중 대통령령(시행령 제82조의2 제1항에서 규정한 ‘법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서’)이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득‘의 적용여부만 문제된다 할 것이다. 그런데, 위 조항의 취지는 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 한다는 것이 아니고 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있을 경우에만 위 조항이 적용될 수 있다는 것이라 할 것이다.
다) 결국, 이 사건의 쟁점은 이 사건 처분의 근거가 된 원고에 의해 수정되기 전의 법인장부에 기재된 내용, 즉 이 사건 각 토지 및 지장물에 대한 매매계약서상의 매매대금 뿐만 아니라 가압류 말소에 소요된 비용 및 질권해제에 소요된 비용 모두를 이 사건 각 토지 및 지장물에 대한 사실상의 취득가격으로 계상한 부분이 실제 취득가격을 반영한 것이어서 신빙성이 있다고 볼 수 있을지, 아니면 원고 주장대로 착오에 의해 작성된 것이므로 신빙성이 없다고 보아야 할 지 여부라 하겠다.
(2) 위 쟁점에 대한 판단

앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ①이 사건 토지 및 지장물의 2003년 및 2004년경의 시가표준액이 원고의 취득신고 당시 신고가액에도 미치지 못한다는 점, ②새한감정평가법인의 감정평가는 이 사건 각 토지 및 지장물에 대한 가치를 납골당 사업에 대한 영업권을 반영하지 않은 경우와 반영한 경우를 구분하여 전자의 경우 1,797,138,000(1,231,200,000원 + 565,938,000원)으로, 후자의 경우 12,100,000,000원으로 평가한 것으로 보이는 점, ③가압류말소 비용은 그 중 일부가 이 사건 납골당 사업에 필요한 부지조성 및 지장물 설치 공사에 투입되었다고 보이지만, 이러한 사정만으로 위 가압류 해제비용 전체를 이 사건 토지 및 지장물에 대한 취득가액으로 의제하기는 어렵다는 점, ④질권해제 비용의 경우, 그 비용이 어디에 소요되었는지조차 불명확하므로 이를 위 부동산에 대한 취득가액으로 보기가 더욱 어렵다는 점, ⑤ 결과적으로 앞서 본 사업권 양도·양수계약서의 기재내용에 비추어 볼 때 가압류말소 비용 및 질권해제 비용은 이 사건 각 토지 및 지장물에 대한 가격이 아니라 납골당 사업권이라는 영업권에 대한 가격으로 보이는 점 등을 고려해 볼 때, 당초 법인장부에 기재된 내용은 신빙성이 없고, 오히려 원고 주장과 같이 원고의 회계장부는 직원의 실수에 기인하여 착오로 작성된 것으로 보이므로 위 장부가액을 과세표준으로 하여 산출된 세금을 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다 할 것이다.
3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

원고는 약 2년 동안 세무신고를 하면서 세무대리인이 작성한 회계장부를 확인하였을 것임에도 그때까지 오류를 발견하지 못하다가 세무조사를 받고 나서야 비로소 회계장부의 기재가 잘못되었음을 지득하였다는 것은 선뜻 수긍이 가지 않아 단순한 착오라고 보기에는 수정경위가 석연치 않은 점, 원고가 이 사건 토지 및 건물의 취득대금으로 지급하였다고 주장하는 10억원은 가압류 말소비용과만 비교해 보더라도 그 금액 차이가 커 원고의 주장이 쉽사리 믿기 어려운 점, 장oo 등 다른 공사업자들에게 지급한 금액을 감안하여 볼 때 원고가 가압류 말소비용으로 지급하였다고 계상한 금액은 이 사건 납골당 사업에 필요한 부지조성 및 건물 등 설치 공사에 투입되었다고 보이는 점, 질권 해제비용의 경우, 질권을 설정하고 취득한 자금이 납골당 사업을 위하여 사용되었을 것으로 추단되고, 일부 금액은 공사비 감액분과 상계된 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 토지 및 건물의 취득자금이라고 주장하는 10억원 이외에도 가압류 말소비용 및 질권 해제비용 역시 이 사건 토지 및 건물의 취득자금에 포함되는 것으로 보이므로 이와 같이 계상한 수정전 법인장부상의 가액이 사실상의 취득가액을 나타내는 것이라 할 것이다.