등록세등 부과처분 취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2011.04.28 / 시행일:

【원고, 항소인】 코오롱글로텍 주식회사 (소송대리인 법무법인 화현 담당변호사 강인엽)
【피고, 피항소인】 서울특별시 서초구청장
【제1심판결】 서울행정법원 2010. 10. 7. 선고 2010구합23293 판결
【변론종결】2011. 3. 31.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 피고가 2009. 3. 24. 원고에 대하여 한 등록세 2,384,670,510원, 지방교육세 476,934,090원의 부과처분 중 등록세 794,890,170원, 지방교육세 158,978,030원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문 기재와 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 1987. 3. 25. 과천시 (이하 생략)을 본점소재지로 하여 설립된 법인으로 주식회사 코오롱스포렉스(이하 ‘코오롱스포렉스’라 한다)를 흡수합병하여 2005. 6. 8. 합병등기를 마쳤다.
 나. 코오롱스포렉스(당시 상호는 삼경동화레자 주식회사였다)는 1972. 12. 21. 설립되었는데, 1993. 2. 1. 본점소재지를 서울 서초구 (이하 생략)으로 이전하고, 주식회사 코오롱으로부터 별지 목록 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 및 이에 설치된 체육시설물을 임차하여 수영장, 골프연습장, 볼링장 등 각종 체육시설업을 하고 있었다.
 다. 원고는 2005. 6. 1. 이 사건 부동산 중 코오롱스포렉스가 본점으로 사용하던 서울 서초구 (이하 생략)을 사업장소재지로 하여 사업자등록(스포렉스 서초점)을 하는 한편, 위 흡수합병에 따라 코오롱스포렉스의 인적·물적 시설을 그대로 인수하여 이 사건 부동산에서 종전처럼 체육시설업을 하였고, 2005. 12. 29. 주식회사 코오롱으로부터 이 사건 부동산을 양수한 신 소유자인 주식회사 머스트비디앤씨(이하 ‘머스트비디앤씨’라 한다)로부터 이 사건 부동산 및 이에 설치된 체육시설물을 임차하여 계속 영업을 하였다.
 라. 그 후 원고는 2009. 1. 19. 머스트비디앤씨와 사이에 이 사건 부동산을 39,989,621,965원(부가가치세 포함)에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2009. 3. 24. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다. 
 마. 원고는 2009. 3. 24. 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 하면서 등록세 등을 신고·납부함에 있어, 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제138조 제1항 제3호, 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제102조 제2항에 의한 중과세율을 적용하여야 한다는 피고의 의견에 따라 과세표준액을 39,744,508,696원으로 하여 등록세 일반세율(20/1,000)의 300/100인 중과세율로 산출한 등록세 2,384,670,510원과 이를 기초로 산출한 지방교육세 476,934,090원을 납부하였다(신고·납부방식의 지방세는 납세의무자가 과세표준 및 세액을 신고한 때에 납세의무가 확정되는 것이므로 위와 같이 중과세율로 산출한 등록세 및 지방교육세 신고를 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 바. 이에 대하여 원고는 2009. 5. 7. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2010. 4. 8. 원고의 청구를 기각하였다.
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 코오롱스포렉스를 흡수합병하면서 이 사건 부동산에서 영업 중이던 코오롱스포렉스 본점을 그 소속만 원고의 지점으로 바꾸어 코오롱스포렉스의 인적·물적 시설을 그대로 인수하여 사용하였을 뿐, 대도시 내에 인구유입 또는 경제력 집중을 유발하는 효과가 있는 점포수를 증가시킨 것이 아니고 지점을 새로이 설치한 것도 아니다. 이러한 경우에는 법 제138조 제1항 제3호의 중과세 요건에 해당하는지 여부를 가리기 위해서는 소멸법인인 코오롱스포렉스의 본점 설치일을 기준으로 5년 내에 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기가 이루어졌는지 여부를 판단해야 하는데 코오롱스포렉스는 원고가 이 사건 부동산을 취득하여 등기한 때로부터 5년 훨씬 전인 1993년에 이 사건 부동산 중 서울 서초구 (이하 생략)에 본점을 설치하였다. 따라서 원고의 이 사건 부동산등기에 대하여는 등록세 중과를 할 수 없음에도 이와 달리 보고 등록세 중과를 한 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관련 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 ⑴ 과세요건을 규정하고 있는 조세법규는 법문대로 해석하여야 하는바, 법 제138조 제1항 본문은 그 제3호의 ‘대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’에 대하여 등록세를 중과하도록 규정하고 있고, 시행령 제102조 제2항은 위에서 본 ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라 함은 지점이 설치된 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있으므로 종전의 회사를 흡수합병하면서 그 지점을 소속만 합병회사의 지점으로 바꾸어 유지·존속한 것은 법 제138조 제1항 제3호 후단에서 규정하는 대도시 내에서의 지점 설치에 해당한다(대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두6566 판결 참조)고 할 것이다.
 이 사건에서, 원고가 2005. 6. 8. 코오롱스포렉스를 흡수합병하면서 코오롱스포렉스가 본점으로 사용하고 있던 이 사건 부동산에 대하여 사업자 등록을 하고 합병으로 인한 코오롱스포렉스의 인적·물적 시설을 그대로 인수하여 이 사건 부동산에서 계속 영업을 하였으며, 위 지점이 설치된 때로부터 약 3년 9개월이 경과한 2009. 3. 24. 머스트비디앤씨로부터 이 사건 부동산을 매수하여 소유권이전등기를 경료한 사실은 앞서 본 바와 같으므로 원고의 위 지점 설치는 법 제138조 제1항 제3호 후단 및 시행령 제102조 제2항에서 규정하는 대도시 내에서의 지점 설치에 해당하고 그로부터 5년 이내에 이루어진 이 사건 부동산 취득은 일응 위 규정에 따른 중과세 대상이 된다고 볼 수 있다.
 ⑵ 이에 대하여 원고는, 원고와 코오롱스포렉스 사이의 합병으로 인한 이 사건 지점의 설치 또는 이 사건 부동산취득등기는 시행령 제102조 제7항에 따라 중과세의 대상이 되지 않는다고 주장하므로 아래에서 위 규정의 해석에 관하여 살핀다.
 ㈎ 법 제138조는 대도시 지역 내 법인등기 등의 중과에 대하여 규정하면서 제3항에서 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항을 대통령령에 위임하고 있고, 이에 따라 시행령 제102조는 “대도시 내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준”이라는 제목 아래 각 항에서 법 제138조 제1항 각호의 등기의 내용과 그 범위에 관하여 이를 구체적으로 규정하고 있는데, 제7항은 “대도시 안에서 설립 후 5년이 경과한 법인(이하 이 항에서 "기존법인"이라 한다)이 다른 기존법인과 합병하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니하며, 기존법인이 대도시 안에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상으로 보지 아니한다. 이 경우 자산비율은 자산을 평가하는 때에는 평가액을 기준으로 계산한 비율로 하고, 자산을 평가하지 아니하는 때에는 합병 당시의 장부가액을 기준으로 계산한 비율로 한다.”라고 규정하면서 시행령 제102조 제2항(법 제138조 제1항 제3호 관련 규정), 제4항(법 제138조 제1항 제2호 및 제3호 관련 규정), 제5항(법 제138조 제1항 제1호 관련 규정)과는 달리 법 제138조 제1항 제1, 2, 3호에 대한 구분을 두고 있지 않다. 
 또한 법 제138조 제1항, 시행령 제102조에서 정한 대도시 내에서의 법인설립에 따른 부동산 등기와 그 설립 이후의 부동산 등기 등에 대한 등록세 중과세의 입법취지는 법인의 대도시 내의 설립과 전입에 따른 인구와 경제력의 집중효과가 자연인의 경우에 비하여 훨씬 더 강하게 나타날 뿐만 아니라 대도시가 가지는 고도의 집적이익을 향유함으로써 대도시 외의 법인에 비하여 더 큰 활동상의 편의와 경제적 이득을 얻을 수 있다는 점을 고려하여 인구의 새로운 유입과 경제력의 대도시 집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경을 보존·개선하고 지역간의 균형발전 내지는 지역경제의 활성화를 도모하려는 조세정책적인 목적이 있다고 할 것이고, 그러면서도 위 법 제138조 제3항이 위 등록세 중과세의 구체적 범위를 대통령령에 위임하고 있으며, 이에 따라 시행령 제102조 제6항에서 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 분할한 경우를, 제7항에서는 위와 같은 법인이 합병한 경우를 중과세 대상에서 제외하고 있는바, 이는 위 시행령 규정이 법인의 분할이나 합병의 경우에는 이미 대도시 내에서 5년 이상 지속된 영업을 하고 있는 기존의 법인이 분리하여 존속되거나 합쳐져 존속하는 경우로서 그로 인한 새로운 인구유입이나 경제력 집중의 유발의 위험이 높지 않음에도 등록세를 중과세함으로써 기업의 자유로운 구조개선을 통한 투자효율화를 방해하는 것을 억제하는 데 목적이 있다고 할 것이다(대법원 2004. 9. 24. 2003두7293 판결 참조).
 ㈏ 이 같은 법 제138조 중과세 규정의 입법취지, 시행령 제102조 제7항이 대도시 안에서 설립 후 5년이 경과한 기존법인과 기존법인이 합병하는 경우와 기존법인이 대도시 안에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하는 경우를 대별하여 중과세 대상의 범위를 규율하면서 기존법인이 대도시 안에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상에서 제외하고 있는 점 및 시행령 제102조 제7항이 같은 조 제2항(법 제138조 제1항 제3호 관련 규정), 제4항(법 제138조 제1항 제2호 및 제3호 관련 규정), 제5항(법 제138조 제1항 제1호 관련 규정)과는 달리 법 제138조 제1항 제1호 제1, 2, 3호에 대한 구분을 두고 있지 않은 규정형식을 취하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 대도시 내로의 새로운 인구유입 또는 경제력 집중의 문제를 발생시키지 않는 기존법인과 기존법인이 합병하는 경우에는 법 제138조 제1항의 각 호를 적용함에 있어 그 전부가 중과세 대상이 되지 않는다고 봄이 상당하다. 
 ㈐ 이 사건에서, 원고와 코오롱스포렉스가 모두 합병 당시 이미 대도시 내에서 설립 후 5년이 경과한 법인(법문상 ‘기존법인’)인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 시행령 제102조 제7항에 대한 위 법리에 따르면, 기존법인인 원고와 코오롱스포렉스가 합병한 경우 구 지방세법 제138조 제1항의 각 호를 적용함에 있어 원고와 코오롱스포렉스의 각 자산비율에 해당하는 부분(전부)을 중과세의 대상으로 삼지 않게 되므로, 결국 원고가 코오롱스포렉스를 흡수합병하여 그 지점을 설치한 후 5년 내에 이 사건 부동산을 취득등기하였다고 하더라도 원고와 코오롱스포렉스의 합병 당시 각 자산비율(전부)에 해당하는 부분은 그 합병에도 불구하고 새로운 인구 유입이나 점포수 증가를 포함한 경제력 집중을 유발하지 않으므로 이 사건 부동산취득등기에 대하여는 그 전부에 관하여 등록세를 중과할 수 없다고 할 것이다(대법원 2004. 9. 24. 선고 2003두7293 판결 참조). 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
 ㈑ 따라서, 원고의 이 사건 부동산등기에 대하여는 시행령 제107조 제2항에 의하여 등록세 중과를 할 수 없음에도 이와 달리 보고 등록세 중과를 한 이 사건 처분은 위법하다.
 ⑶ 피고는, 구체적인 사안에 따라 입법취지 등을 고려하여 해석 및 적용을 달리하는 것은 엄격히 제한되어야 할 것인바, 존속법인이 합병시 피합병법인이 기존에 소유하고 있던 부동산을 그대로 승계하는 경우에는 피합병법인이 이미 부동산등기를 할 당시 등록세가 중과되었을 것이므로 합병에 따라 포괄승계한 부동산에 대한 등기는 등록세 중과대상이 되지 않으나, 피합병법인이 아닌 다른 제3자로부터 부동산을 양수하는 경우까지 등록세 중과대상에서 제외된다고 한다면 존속법인이 실질적으로 사업장을 설치하고 부동산을 취득하면서도 일단 다른 제3자로 하여금 부동산을 취득하게 하고 피합병법인으로 하여금 이를 임차하여 일시 영업하게 하다가 합병과 동시에 위 부동산을 취득하는 형식으로 위 등록세 중과규정을 잠탈할 염려가 있으므로 이러한 경우에는 등록세 중과규정이 그대로 적용되어야 한다고 주장한다.
 살피건대, ① 피고는, 존속법인이 합병시 피합병법인이 기존에 소유하고 있던 부동산을 그대로 승계하는 경우에는 피합병법인이 이미 부동산등기를 할 당시 등록세가 중과되었을 것이라고 주장하나, 피합병법인이 부동산취득등기 당시 대도시 내 설립된 후 5년이 경과한 “기존법인”이어서 그 무렵에도 등록세가 중과되지 않았다면, 존속법인이 합병시 피합병법인이 이미 소유하고 있던 부동산을 그대로 승계하더라도 시행령 제102조 제7항에 의하여 존속법인이 “기존법인”인지에 따라 중과세 여부가 결정될 뿐, 피합병법인이 이미 부동산등기를 할 당시 등록세가 중과되었는지에 따라 등록세 중과대상 여부가 결정되는 것은 아닌 점(같은 취지에서 시행령 제102조 제7조 후단은 대도시 내에서 설립된 후 5년이 경과하지 않은 법인과의 합병시에는 새로운 인구 유입 등의 사정을 들어 그 자산비율 부분에 대한 중과세를 규정하고 있다), ② 합병은 피합병법인의 인적, 물적 시설이 그 동일성을 유지한 채 존속법인으로 그대로 이전되어 인적합일을 이루는 것이므로 존속법인을 어느 법인으로 하느냐에 따라 그 경제적 효과가 달라지지 않는다고 할 것인데, 이 사건에서, 원고가 아닌 코오롱스포렉스가 존속법인으로 남았다가 이 사건 부동산을 취득하였다면 등록세 중과대상에서 제외됨에 반하여(원고와 코오롱스포렉스는 대도시 내에서 설립된 후 5년이 경과하였다), 원고가 존속법인이 되었다는 이유로 등록세의 중과대상이 된다면 이는 경제적으로 동일한 내용의 합병임에도 서로 모순된 결론에 이르는 점, ③ 피고의 위 주장과 같이 존속법인이 실질적으로 사업장을 설치하고 부동산을 취득하면서도 일단 다른 제3자로 하여금 부동산을 취득하게 하고 피합병법인으로 하여금 이를 임차하여 일시 영업하게 하다가 합병과 동시에 위 부동산을 취득하는 경우라도, 피합병법인이 위 부동산에 지점을 설치한 후 5년이 경과하지 않았다면 피합병법인이 이 사건 부동산을 취득하거나 존속법인이 합병 후 즉시 이 사건 부동산을 취득하는 어느 경우에든 시행령 제102조 제2항, 제7항 후단에 의하여 당연히 등록세 중과세 대상이 되므로 위 등록세 중과규정을 잠탈할 염려가 있다고 할 수 없는 점 등을 종합하면, 피고의 위 주장은 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 이대경(재판장) 오상용 이한일