부가가치세부과처분취소 (세무, 대전지방법원)
공포일: 2019.08.29 / 시행일:

【원 고】 한국철도공사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 외 1인)
【피 고】 대전세무서장 (소송대리인 법무법인 호산 외 1인)
【변론종결】2019. 7. 18.
【주 문】
 1. 피고가 2014. 6. 1. 원고에게 한 별지 1 부과처분 내역표의 ‘잔존세액’란 기재 각 부가가치세 부과처분 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 경북관광순환테마열차(이하 ‘경북관광열차’라 한다) 운행 관련
 1) 원고는 2009. 11.경 경상북도와 철도관광 발전 및 경상북도 지역경제 활성화의 목적으로 경북관광순환테마열차 운행 협약(이하 ‘이 사건 운행협약’이라 한다)을 체결하고, 1일 2회 동대구-김천-영주-안동-동대구를 순환하는 무궁화동차(1~4호차, 경북관광열차)를 운행하였다. 이 사건 운행협약의 주된 내용은 별지 2 기재와 같다.
 2) 경북관광열차는 RDC 무궁화동차 2량을 특별 개조하여 만든 것으로 해당 객실에는 영상물장치가 설치되어 경상북도 관광자원 등이 홍보되었고, 연주회, 콘서트, 마술쇼 등을 진행할 수 있는 무대도 마련되었으며, 미니카페, 이벤트실, 특산물 판매관까지 갖추는 등 열차 내·외부 전체가 경상북도 홍보 및 관광 촉진을 위한 용도로 개조되어 사용되었으며, 그 개조에 소요된 비용은 경상북도가 전액 부담하였다.
 3) 경상북도는 이 사건 운행협약에 따라, 매월 원고에게 일정한 전세운임(이하 ‘이 사건 전세운임’이라 한다)을 지급하였다. 이 사건 전세운임은 4개의 객차 중 3호차 및 4호차의 총 좌석 수 합계에 기본운임의 70%를 곱한 금액인 1,652,400원을 1회 운임으로 하여 열차운행 횟수에 비례하여 지급되었다.
 4) 경북관광열차 승차권은 원고의 승차권발매시스템을 통해 판매되었는데(경상북도 관광상품을 계약한 관광객에게 열차표의 30%를 할인하는 가액으로 열차 티켓을 발행하였다), 그 판매대금(이하 ‘이 사건 운임’이라 한다) 중 60%에 해당하는 금액은 원고에게, 40%에 해당하는 금액은 경상북도에 귀속되었으며 후자의 경우 이 사건 전세운임의 범위 내에서만 지급될 수 있었다.
 5) 원고는 피고에게 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세를 신고·납부할 당시 원고에게 귀속한 이 사건 운임 및 이 사건 전세운임 중 경상북도에 지급한 승차권 판매대금의 40%를 제외한 나머지를 원고의 매출로 인식하되, 전자를 여객운송 용역의 대가로, 후자를 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금으로 보아 모두 부가가치세 면세대상으로 신고함으로써, 이를 과세표준이 되는 공급가액에서 제외하였다.
 나. 레일크루즈 해랑열차(이하 ‘해랑열차’라 한다) 위탁운영 협약 관련
 1) 원고는 2008. 10. 27. 코레일관광개발 주식회사(이하 ‘코레일관광개발’이라 한다)와 해랑열차 위탁운영에 관한 협약(이하 ‘이 사건 위탁운영협약’이라 한다)을 체결하고 코레일관광개발에 해랑열차 관련 상품 판매 및 홍보에 관한 업무를 위탁하였다. 이 사건 위탁운영협약의 주된 내용은 별지 3 기재와 같다.
 2) 해랑열차는 새마을호 2대를 해랑 전용 열차로 개조하여 만들어진 것으로 객실 6량(침대, 화장실, 샤워실, TV 등이 비치), 식당칸 1량(식사 및 음료 이용 가능), 라운지 1량(승무원들 공연 및 레크리에이션 장소) 등 총 8량으로 구성되어 있다.
 3) 코레일관광개발이 여행자에게 해랑열차 여행상품을 판매할 경우 여행계약이 체결되는데, 코레일관광개발은 여행자에게 안전하고 만족스러운 여행서비스를 제공하기 위하여 여행알선 및 안내·운송·숙박 등 여행계획의 수립 및 실행과정에서 맡은 바 임무를 충실히 수행해야 할 의무를 진다. 해랑열차의 여행상품은 아우라코스(전국일주 3일), 해오름코스(동남권 2일), 씨밀레코스(서남부권 2일)로 구성되어 있고, 각 코스별로 정차역에서 하차하여 관광버스 및 현지 식당에서의 식사를 제공하는 것 등이 포함된다. 
 4) 코레일관광개발은 해랑열차를 이용한 여행상품(이하 ‘해랑상품’이라 한다)을 고객에게 판매하고 그 상품 판매대금(이하 ‘해랑상품 판매대금’이라 한다)을 지급받았으며, 그중 코레일관광개발에게 귀속하는 판매수수료, 행사비용, 운영비용, 운영수수료 등을 공제한 나머지 금액(이하 ‘해랑상품 수익’이라 한다)을 원고에게 지급하는 방식으로 정산하였다.
 5) 원고는 피고에게 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세를 신고·납부할 당시 코레일관광개발로부터 지급받은 해랑상품 수익을 코레일관광개발에 제공한 여객운송 용역의 대가로 보아 부가가치세 면세대상으로 신고함으로써, 이를 과세표준이 되는 공급가액에서 제외하였다.
 다. 피고의 부가가치세 부과처분 및 감액 경정
 1) 대전지방국세청장은 2014. 1. 17.부터 2014. 5. 16.까지 원고에 대하여 정기세무조사를 실시하고, ① 경북관광열차에 관해서는 이 사건 운임 및 전세운임은 전세열차에 대한 임대용역 수익이므로 과세대상 매출액에 해당하고, 해랑열차에 관해서는 해랑상품 판매대금 전부가 원고의 부가가치세 과세대상 매출액에 해당하며, ② 일반철도시설 유지보수비와 관련하여 원고가 한국철도시설공단에 발급한 세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다르게 기재되었고, ③ 원고가 공통매입세액 안분계산시 정부공공보조금을 면세사업의 수입금액에 포함하지 아니하였다는 취지의 과세자료를 피고에게 통보하였다. 
 2) 피고는 2014. 6. 1. 이 사건 운임과 이 사건 전세운임, 해랑상품 판매대금을 모두 2009년도 1기~2013년도 2기 부가가치세 과세표준에 포함시켜 별지 기재와 같이 원고에게 부가가치세 합계 70,550,922,192원(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 부과하였다. 여기에는 ① 철도유지보수비 세금계산서 관련 세액(2009. 1기분~2012. 2기분 부과처분), ② 공익서비스비용 보조금(PSO) 관련 세액(원고, 대전지사 및 충남지사에 대한 2009. 1기분~2012. 2기분 부과처분)도 포함되어 있었다.
 3) 피고는 2016. 5. 23. 철도유지보수비 세금계산서 세액(①) 부분 부과처분의 경우, 한국철도시설공단과 피고 사이의 행정소송에서 선고된 대법원 2016. 5. 12. 선고 2016두30187 판결의 취지에 따라 이 부분을 직권취소(감액경정)하고 관련 세액을 환급하였다. 피고는 또한 공익서비스비용 보조금 관련 세액(②) 부분 부과처분의 경우 원고가 제기한 동일한 쟁점의 별건 행정소송의 파기환송심(서울고등법원 2018누34727)에서 재판부의 조정권고에 따라 위 보조금 관련 각 부과처분액의 94%를 직권취소하고 관련 세액을 환급하였다. 그리하여 이 사건 부과처분은 별지 1 부과처분 내역표의 ‘당초 부과세액’란 기재 금액에서 일부(철도유지보수비 세금계산서 관련 세액 전부, 공익서비스비용 보조금 관련 세액의 94%)가 감액되어, ‘잔존세액’란 기재 금액만 남게 되었다(원래는 잔존세액 외에 공익서비스비용 보조금 관련 세액의 6%도 남았으나, 원고가 그 부분에 대하여는 더 이상 다투지 않기로 하였다).
 라. 전심절차의 경유
 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2014. 8. 27. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다. 조세심판원은 2018. 11. 26. ‘이 사건 부과처분 중 원고가 2011. 9. 30. 드림허브프로젝트금융투자 주식회사가 서울 용산구 (지번 생략) 토지 등에 건설할 건물에 대한 매매계약을 체결하고 지급한 계약금과 관련된 건물분 부가가치세 18,140,573,520원을 매입세액 공제하여 2011년 제2기 부가가치세를 신고한 것에 대하여 일반과소신고가산세를 적용하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구(경북관광열차 관련 이 사건 운임, 전세운임 및 해랑열차상품 판매 수익에 대한 부가가치세 부과처분에 관한 심판청구가 포함되어 있다)는 기각한다’라는 취지의 결정을 하였다. 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 2, 14~16(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 을1, 3, 변론 전체의 취지
2. 당사자들의 주장 요지
 가. 원고
 1) 경북관광열차의 경우, 원고에게 발생한 매출은 이 사건 운임과 이 사건 전세운임으로 구분되는데, 전자의 경우 여객운송용역에 대한 대가, 후자의 경우 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금에 해당하므로 모두 부가가치세 면세대상이다.
 2) 해랑열차의 경우, 해랑열차를 통하여 공급한 것은 관광용역이나 그 공급자는 코레일관광개발이고 원고는 코레일관광개발에 운송용역을 제공한 것일 뿐이다. 그렇다면 원고의 매출은 원고에게 최종 귀속된 해랑상품 수익에 한하고 이는 여객운송용역의 대가이므로 부가가치세면세대상이다.
 나. 피고
 1) 경북관광열차의 경우, 경북관광열차에 따르는 주된 용역은 관광이고 이 사건 운임은 관광용역에 대한 대가로 받은 것일 뿐이어서 부가가치세 면세대상에 해당하지 않는다. 이 사건 전세운임 역시 경상북도에 열차 내의 관광홍보를 허락하면서 그 대가로 받은 돈이므로 반대급부의 부존재를 전제로 하는 공공보조금으로 볼 수 없어 부가가치세 면세대상에 해당하지 않는다.
 2) 해랑열차의 경우, 코레일관광개발은 원고로부터 해랑열차 상품 홍보, 안내, 판매 및 정산, 행사진행 등의 업무를 위탁받아 수행하였을 뿐이고 해랑상품에 대한 주된 의사결정권 및 그 판매에 따른 수익은 원고에게 귀속되므로 해랑상품의 공급자가 코레일관광개발임을 전제로 한 원고의 주장은 타당하지 않다. 설령 코레일관광개발을 공급자로 보더라도 원고는 주된 용역인 관광용역에 부수하여 열차운행을 하였을 뿐이므로 원고에게 귀속된 해랑상품 수익을 운송용역의 대가라고 볼 수 없다.
3. 관련 법령
 별지 4 기재와 같다.
4. 이 사건 부과처분의 위법 여부
 가. 경북관광열차 관련 부가가치세 부과처분 부분
 1) 이 사건 운임
 위 인정 사실과 앞서 든 증거를 통해 인정되는 아래의 사정에 비추어 보면, 이 사건 운임은 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제12조 제1항 제7호에 따라 부가가치세가 면세되는 여객운송 용역의 대가로 지급된 운임에 해당한다. 따라서 이 사건 부과처분 중 이 사건 운임에 대하여 부가가치세를 부과한 부분은 위법하다.
 가) 법 제12조 제1항 제7호에 따라 부가가치세가 면세되는 여객운송 용역의 공급이란 여객을 직접 운송하고 그 대가로 운임을 받는 경우를 의미한다. 이처럼 법이 여객운송 용역을 부가가치세 면제 대상으로 규정한 취지는 그것이 일반 국민의 기초적 생활에 필수적으로 관련되는 용역이라는 데 있다(대법원 2003. 4. 8. 선고 2001두10011 판결 참조).
 나) 원고는 일반 열차와 동일한 승차권 발급시스템을 이용하여 고객에게 승차권을 발급하고, 다만 그 수익 중 일부를 이 사건 운행협약에 따라 경북관광열차의 내·외부디자인 및 객실 내 영상물 장치, 무대설비 등 개조에 소요되는 비용을 부담한 경상북도에게 지급할 뿐이다.
 다) 경북관광열차는 동대구-김천-점촌-영주-안동-동대구를 순환 운행하는 정기열차로서 시각별로 각 역에 정차하여 불특정 다수의 승객을 원하는 목적지로 운송하고 운임 역시 이용하는 구간별로 일반철도(무궁화호) 요금과 동일하게 책정된다. 이에 따라 승객으로서는 일반 열차와 동일하게 운행구간의 일부 또는 전 구간을 선택하여 자유롭게 이동하는 방법으로 경북관광열차를 이용할 수 있다. 
 라) 비록 원고가 경북지역의 관광 활성화를 목적으로 경상북도가 지급하는 이 사건 전세운임의 지원을 받고 운행하는 열차이기는 하나, 관광전용 노선이 별도로 편성된 것이라기보다는 일반정기노선에서 정해진 시간 및 구간을 운행함으로써 일차적으로 당해 지역주민들의 교통편의를 증진하는 대중교통 수단으로서의 기능을 한다. 따라서 원고가 경북관광열차를 운행함으로써 승객들에게 공급하는 용역은 그 본질상 ‘여객운송 용역’이라 보아야 하고, 다만 ‘경북관광 활성화’라는 목적이 부수적으로 추가된 여객운송 용역으로 봄이 합리적이다. 
 2) 이 사건 전세운임
 위 인정 사실과 앞서 든 증거를 통해 인정되는 아래의 사정에 비추어 보면, 이 사건 전세운임은 법 제13조 제2항 제4호에서 정한 부가가치세의 과세표준에 포함하지 않는 ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니한 공공보조금’에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 부과처분 중 위 부가가치세 부과 부분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다. 
 가) 공공보조금은 공공단체가 사인에 대하여 산업의 육성이나 사회공공사업의 조성 등 행정상 목적을 위하여 교부하는 현금으로, 그 성질상 보조금수혜자에게 반대급부 없이 무상으로 지급된다. 
 나) 이 사건 운행협약서 제5조에는 이 사건 전세운임의 지급 목적이 ‘열차 운행에 따른 변동비용 일부 보전을 위하여’라고 기재되어 있으나, 아래와 같은 사정을 고려하면 위 전세운임이 단순히 열차의 운행비 일부를 보전하는 차원에서 지급되는 지원금의 성격만을 갖는다고 보기는 어렵고 일정한 용역과 대가관계가 있다고 봄이 타당하다.
 ① 경상북도는 이 사건 운행협약에 따라 지역 관광자원 홍보를 위한 목적으로 열차를 개조하여 사용할 수 있게 되었다.
 ② 비록 경상북도가 원고로부터 열차를 임차하여 직접 운행하는 것은 아니지만, 열차가 운행되는 동안 경상북도를 홍보하고 특산품을 판매할 수 있는 공간과 기회를 제공받는다.
 ③ 이 사건 전세운임은 열차의 실제 운행횟수에 연동하여 지급되고, 선로불통이나 정기검수 등의 사유로 열차 운행이 생략되는 경우에는 지급되지 않는다.
 ④ 열차의 승객수가 증가할 경우 경상북도에 귀속되는 열차 운임(승차권 판매액의 40%)도 증가하고, 경상북도의 관광수익이 증대될 가능성도 높아지므로, 이 사건 전세운임은 경상북도에게도 이익이 되는 측면이 있다. 
 3) 그렇다면 이 사건 운임에 대한 부가가치세 부과는 면세 대상인 여객운송 용역의 공급가액을 과세표준으로 한 것으로서 위법하고, 이 사건 전세운임에 대한 부가가치세 부과는 적법하다. 따라서 위 일부 위법한 이 사건 운임에 관한 부가가치세 부분만 취소하여야 하나, 제출된 자료만 가지고는 위법한 부분을 제외하고 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이 부분 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다. 
 나. 해랑열차 관련 부가가치세 부과처분 부분
 1) 위 인정 사실에 따르면 원고는 이 사건 위탁운영협약에 따라 코레일관광개발에게 해랑열차를 통한 여행상품 운영 용역 전반을 위탁하였다. 이로써 코레일관광개발은 해랑열차시설을 이용하여 승객들에게 관광용역을 제공하고 원고에게는 해랑상품 판매대금 중 판매수수료, 현지 행사비, 운영비용, 운영수수료를 공제한 나머지 해랑상품 수익을 지급하였다. 그렇다면 해랑열차 운영 용역 공급의 대가는 자기의 사업을 위하여 위 용역을 직접 공급한 코레일관광개발에게 귀속된다고 봄이 타당하다(법 제7조 제2항). 원고에게 귀속되는 부분은 해랑열차 자체의 운행 업무를 이행한 부분에 상응하는 해랑상품 수익에 국한된다고 보아야 하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 타당하다.
 2) 다만, 앞서 인정한 바와 같이 해랑열차는 차내에서 숙식이 가능한 차량으로 편성된 열차로서, 코레일관광개발에 의해 위 열차를 이용한 여행 일정, 운송, 숙박 등의 서비스를 결합한 해랑패키지 관광상품이 판매되는 점, 해랑패키지 관광요금에는 철도운임과 철도요금뿐만 아니라 관광요금과 수수료가 모두 포함된 점, 코레일관광개발이 여행자와 체결한 여행계약의 의무에 여행지로의 안내, 운송 및 숙박이 포함되어 있는 점, 원고가 운송에 해당하는 용역을 제공한 대가로 코레일관광개발로부터 정산받는 금액, 즉 해랑상품 수익이 해랑상품 판매대금의 12%에 불과하다는 점 등을 종합할 때, 해랑열차 운행 용역은 일반 국민의 교통편의 제공이 아닌 관광을 주된 거래로 하는 용역이라고 봄이 타당하다. 따라서 주된 거래인 관광용역의 공급에 필수적으로 부수되는 여객운송 용역의 공급은 주된 거래인 관광용역의 공급에 포함되는 것이므로 법상 부가가치세 과세대상에 해당한다. 
 3) 그렇다면 이 사건 부과처분 중 해랑상품 판매대금에 대한 부가가치세 부과처분 은 해랑상품 수익을 과세표준으로 하여 산정한 부분에 한하여 적법하고, 나머지 부분은 위법하다. 따라서 위 일부 위법한 부분만 취소하여야 할 것이지만, 제출된 자료만 가지고는 위법한 부분을 제외하고 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이 부분 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다. 
5. 결론
 원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.
[별지 생략]

판사 성기권(재판장) 강창효 이창환