법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2005.10.12 / 시행일:

【원고, 피항소인 겸 항소인】 아틀라스인베스트먼트 주식회사
【원고, 항소인】 주식회사 노바통신기기
【원고, 피항소인】 
【피고, 항소인 겸 피항소인】 역삼세무서장
【피고, 피항소인】 양천세무서장
【피고, 항소인】 강남세무서장(소송대리인 법무법인 세종 담당변호사 김재광)
【제1심판결】 서울행정법원 2004. 1. 30. 선고 2003구합11643 판결
【변론종결】2005. 9. 7.
【주 문】
1. 원고 아틀라스인베스트먼트 주식회사의 법인세 부과처분 취소청구 부분과 원고 주식회사 노바통신기기의 청구 부분에 대한 제1심 판결 중 아래에서 인용하는 부분에 해당하는 위 원고들 패소부분을 취소한다.
 가. 피고 역삼세무서장이 2002. 4. 3. 원고 아틀라스인베스트먼트 주식회사에 한 1997 사업년도분 법인세 4,503,602,130원의 부과처분 중 3,782,120,190원을 초과하는 부분을,
 나. 피고 양천세무서장이 2002. 4. 16. 원고 주식회사 노바통신기기에 한 1997 사업년도분 법인세 1,511,951,010원의 부과처분 중 1,264,686,820원을 초과하는 부분을
 각 취소한다.
2. 원고 아틀라스인베스트먼트 주식회사, 주식회사 노바통신기기의 나머지 항소와 피고 역삼세무서장, 강남세무서장의 항소를 모두 기각한다.
3. 소송 총비용 중 원고 아틀라스인베스트먼트 주식회사와 피고 역삼세무서장 사이에 생긴 부분은 이를 6분하여 그 1은 위 피고가, 나머지는 위 원고가 각 부담하고, 원고 주식회사 노바통신기기와 피고 양천세무서장 사이에 생긴 부분은 이를 7분하여 그 1은 위 피고가, 나머지는 위 원고가 부담하며,원고 3과 피고 강남세무서장 사이에 생긴 부분은 위 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 ① 피고 역삼세무서장이 2002. 4. 3. 원고 아틀라스인베스트먼트 주식회사에 한 1997 사업년도분 법인세 4,503,602,130원의 부과처분, ② 피고 양천세무서장이 2002. 4. 16. 원고 주식회사 노바통신기기에 한 1997 사업년도분 법인세 1,511,951,010원의 부과처분, ③ 피고 역삼세무서장이 2002. 5. 15. 원고 아틀라스인베스트먼트 주식회사에 한 2000년도분 원천징수근로소득세 12,047,950원와 원천징수기타소득세 108,766,220원의 부과처분, ④ 피고 강남세무서장이 2002. 7. 1.원고 3에게 한 2000년도분 종합소득세 102,570,180원와 주민세소득세할 10,257,010원의 부과처분을 각 취소한다.
2. 항소취지
 원고 아틀라스인베스트먼트 주식회사, 주식회사 노바통신기기 : 제1심 판결 중 원고 아틀라스인베스트먼트 주식회사의 패소부분과 원고 주식회사 노바통신기기에 대한 부분을 각 취소한다. 피고 역삼세무서장이 2002. 4. 3. 원고 아틀라스인베스트먼트 주식회사에 한 1997 사업년도분 법인세 4,503,602,130원의 부과처분과 피고 양천세무서장이 2002. 4. 16. 원고 주식회사 노바통신기기에 한 1997 사업년도분 법인세 1,511,951,010원의 부과처분을 각 취소한다.
 피고 역삼세무서장, 강남세무서장 : 제1심 판결 중 원고 아틀라스인베스트먼트 주식회사,원고 3에 대한 피고들 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 위 원고들의 청구를 모두 기각한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 서울이동통신 주식회사(이하 서울이동통신이라고 한다)는 정보통신산업 등을 영위하기 위하여 설립된 회사이고, 원고 아틀라스인베스트먼트 주식회사(이하 원고 아틀라스인베스트먼트라 한다)는 1997. 9. 24.경 유가증권 투자와 분석업, 매출채권의 양수도와 관리업 등을 영위하기 위하여 서울이동통신이 9.5%의 주식지분을, 당시 서울이동통신의 지배주주이자 대표이사인소외 1이 71.5%의 주식지분을 출자하여 설립된 회사이며, 원고 주식회사 노바통신기기(이하 원고 노바통신기기라고 한다)는 서울이동통신의 호출기 단말기를 판매하는 회사이다.
 나. 서울이동통신은 1997. 10. 13. 권면총액 210억 원의 신주인수권부사채(이율 13%, 만기 3년, 발행할 신주의 수 1,000,000주, 행사가액 1주당 21,000원)를 발행하여, 동부화재해상보험 주식회사(이하 동부화재해상보험이라 한다)가 위 사채를 전액 인수하였는데, 동부화재해상보험은 1997. 10. 15. 신주인수권(이하 이 사건 신주인수권이라 한다)만을 분리하여 1주당 488원을 받고 1,000,000주의 신주인수권 중 원고 아틀라스인베스트먼트에 750,000주의 신주인수권을, 원고 노바통신기기에 나머지 250,000주의 신주인수권을 각 양도하였다. 
 다. 원고 아틀라스인베스트먼트, 노바통신기기(이하 원고 회사들이라 한다)는 1997. 10. 23. 이 사건 신주인수권을 행사하여 1주당 21,000원을 납입하고, 원고 아틀라스인베스트먼트가 서울이동통신의 주식 750,000주를, 원고 노바통신기기가 서울이동통신의 주식 250,000주를 각 취득하였다.
 라. 이에 대하여 피고 역삼세무서장, 양천세무서장은 원고 회사들이 이 사건 신주인수권을 무상으로 취득한 것으로 보아 신주인수권 1주당 가액을 29,000원(1997. 10. 13. 당시의 서울이동통신 주식 매매실례가액 50,000원을 주식의 시가로 보아 이에서 주금납입액 21,000원을 뺀 금액)으로 산정한 후, 피고 역삼세무서장은 원고 아틀라스인베스트먼트의 1997 사업년도 소득금액을 계산하면서 무상수증이익 21,750,000,000원(750,000주×29,000원)을 익금 산입하여 2002. 4. 3. 위 원고에게 1997 사업년도분 법인세 9,799,726,140원을 경정ㆍ고지하였고, 피고 양천세무서장은 원고 노바통신기기의 1997 사업년도 소득금액을 계산하면서 무상수증이익 7,250,000,000원(250,000주×29,000원)을 익금 산입하여 2002. 4. 16. 위 원고에게 1997 사업년도분 법인세 3,261,477,590원을 경정ㆍ고지하였다. 
 마. 그리고 피고 역삼세무서장은, 원고 아틀라스인베스트먼트가 2000. 2. 18. 서울이동통신의 주주이자 위 원고의 대표이사인소외 2에게 2,034주, 서울이동통신의 주주이자 당시 서울이동통신의 임원인소외 3,4,원고 3에게 각 1,315주, 1,535주, 33,875주를 1주당 29,938원으로 각 양도한 것에 대하여, 2002. 4. 3. 양도일 현재 위 주식의 주식시장(코스닥) 최종시세가액인 1주당 43,400원과 위 1주당 29,938원의 차액(1주당 13,462원)만큼 위 원고가 특수관계자에게 시가보다 부당하게 낮은 가액으로 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인하여,소외 2에게 27,318,708원을 상여처분하고,소외 3에게 17,702,530원,소외 4에게 20,664,170원,원고 3에게 456,025,250원을 각 기타소득으로 처분하여 2002. 5. 15. 원고 아틀라스인베스트먼트에 2000년 귀속 원천징수근로소득세 12,047,950원과 원천징수기타소득세 108,766,220원을 경정·고지하였다.
 바. 또한 피고 강남세무서장은 위와 같이 원고 이흥재에게 기타소득으로 처분한 456,025,250원을 원고 이흥재의 2000년도 종합소득금액에 가산하여 2002. 7. 1.원고 3에게 2000년 귀속 종합소득세 102,570,180원, 주민소득세할 10,257,010원을 경정·고지하였다.
 사. 그 후 원고 회사들의 국세심판청구에 대하여, 2003. 5. 1. 신주인수권의 1주당 가액을 13,357원(1997. 9. 2. 및 1997. 9. 8. 당시의 서울이동통신 주식 매매실례가액 40,000원에서 1997. 9. 26.자 증자를 반영한 금액 34,357원을 위 주식의 시가로 보아 이에서 주금납입액 21,000원을 뺀 금액)으로 계산하여 원고 아틀라스인베스트먼트의 신주인수권 취득에 따른 무상수증이익을 총 10,017,750,000원(750,000주×13,357원)으로 산정하고 이를 초과하는 금액 11,732,250,000원을 익금산입액에서 빼 그 과세표준과 세액을 경정하며, 원고 노바통신기기의 신주인수권 취득에 따른 무상수증이익을 총 3,339,250,000원(250,000주×13,357원)으로 산정하고 이를 초과하는 금액 3,910,750,000원을 익금산입액에서 빼 그 과세표준과 세액을 경정한다는 결정이 내려짐에 따라, 피고 역삼세무서장은 원고 아틀라스인베스트먼트에 대한 1997 사업년도분 법인세를 4,503,602,130원으로, 피고 양천세무서장은 원고 노바통신기기에 대한 1997 사업년도분 법인세를 1,511,951,010원으로 각 감액경정하였다(이하 각 감경된 법인세 부과처분을 이 사건 법인세 부과처분이라 한다). 
【인정 근거】갑 제2호증의 1, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제9호증, 을 제1호증의 1~12, 을 제2호증의 1~3, 을 제3호증, 을 제4호증의 1~11, 을 제5호증, 을 제6호증의 1~3, 을 제7호증, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
3. 처분의 적법 여부에 대한 판단
 가. 원고들의 주장
 (1) 법인세 부과처분에 대하여
 ① 서울이동통신은 동부화재해상보험이 요구하는 이율 14%보다 낮은 13%로 사채를 발행하면서 나머지 1%를 이 사건 신주인수권으로 보상하였고, 동부화재해상보험은 적정 수익을 확보하기 위하여 신주인수권의 1주당 가액을 488원으로 계산하여 양도한 것이므로, 원고 회사들이 신주인수권을 취득하면서 지급한 488,000,000원(488원×1,000,000주)은 신주인수권의 중개수수료가 아니라 양수대가이고, 원고 회사들이 신주인수권을 무상 취득한 것이 아니라 1주당 488원에 유상 취득하였으며, 이는 삼일회계법인이 1997. 9. 30.을 기준으로 상속세 및 증여세법에 의하여 평가한 당해 주식 1주당 가액이 21,667원이고 1997. 9. 26.에 실시된 서울이동통신의 주주들에 대한 2,000,000주의 유상증자 당시 1주당 20,000원에도 6.9%(137,988주)의 실권주가 발생된 사실에 비추어 볼 때, 신주인수권의 시가 또는 시가에 근접하는 가격이므로, 원고 회사들에게는 무상수증이익이 없다. 
 ② 원고 회사들이 신주인수권을 취득한 거래는 상법에서 법정하고 있는 거래 형식인데, 과세 관청이 이를 부인하는 것은 실질과세의 원칙을 넘어서는 것으로 조세법률주의의 원칙에 반하는 것이고, 나아가 원고 회사들의 위 거래는 서울이동통신의 주주들 사이의 합의로 사실상 취소됨으로써 이 사건 과세처분의 원인도 소멸하였으므로, 이 사건 과세처분도 취소되어야 한다.
 ③ 신주인수권이란 기존 주주들이 가지는 것이어서 서울이동통신이 이를 증여한다는 것이 불가능하고, 서울이동통신의 기존 주주들이 원고 회사들에게 신주인수권을 증여한 바 없으며, 서울이동통신이나 그 주주들이 원고 회사들에게 신주인수권을 증여한 것으로 의제할 수 있는 조세법적인 근거도 없고, 가사 원고 회사들이 서울이동통신에서 신주인수권을 증여받았다고 하더라도법인세법 제9조 제2항이 규정한 자본의 납입에 해당되어 익금에 산입할 수 없다.
 ④ 원고 회사들의 신주인수권 취득을 무상수증이익으로 보아 익금산입하는 경우에도 신주인수권의 가액을 1주당 13,357원으로 계산한 것은 잘못되었다.
 즉, 피고는 당초 서울이동통신 주식의 시가를 1997. 9. 2.~1997. 9. 8. 사이에 거래된 가격인 1주당 40,000원으로 보고 신주인수권의 가액을 산정하였으나, 신주인수권이 거래된 이후 1개월여가 경과하였고, 1997. 9. 26. 2,000,000주(1주당 발행가액 20,000원)에 달하는 유상증자가 있었으므로 위 거래가액을 1997. 10. 15. 또는 1997. 10. 22.을 기준으로 한 주식시가산정의 기초로 삼는 것은 그 사이에 사정이 변경된 것을 무시한 것으로서 부당할 뿐만 아니라, 1997. 9. 26.자 유상증자에서 1주당 20,000원에 신주가 발행되었음에도 총주식의 6.9%에 상당하는 137,988주의 실권주가 발생하였고 1997. 9. 25. 거래된 가격이 1주당 20,000원, 1998. 1. 12 거래된 가격이 1주당 11,317원이었음에 비추어 볼 때, 1997. 10. 22. 당시 서울이동통신 주식의 시가는 1주당 20,000원을 초과할 수 없다. 
 또한 이 사건 신주인수권의 가액을 계산하기 위한 주식 시가를 1주당 40,000원으로 보더라도, 그와 같은 거래 이후인 1997. 9. 26.에 2,000,000주의 유상증자가 실시되었고, 이 사건 신주인수권의 행사로 다시 1,000,000주가 유상증자되는 것이므로, 이와 같은 사정을 고려하여야 하며, 원고 회사들의 무상수증이익을 계산하는 경우 원고 회사들이 신주인수권을 취득하기 위하여 동부화재해상보험에 지급한 488,000,000원(1주당 488원×1,000,000주)을 고려하여야 한다.
 (2) 근로소득세 및 기타소득세와 종합소득세 등 부과처분에 대하여
 원고 회사들이 서울이동통신의 기존 주주에게 주식을 양도한 것은 원고 회사들의 신주인수권의 취득으로 침해당한 기존 주주들의 권리를 원상회복시켜 준 것에 불과하므로, 위 양도로 원고 회사들이 소득을 얻었다고 할 수 없고, 위 양도는 서울이동통신의 기존 주주들의 고소에 따라 1998. 3. 19. 이루어진 합의에 따른 것으로서 원고 회사들로서는 불가피한 선택이었으며, 양도가격 역시 경제적 합리성이 없다고 볼 수 없으므로, 과세 관청이 이를 부당행위계산 부인함은 위법하다.
 나. 인정 사실
 (1) 서울이동통신은 1997. 9. 26.경 2,000,000주(1주당 발행가액 20,000원)의 유상증자를 실시하여 발행 주식수가 5,088,331주에서 7,088,331주로 증가되었는데, 당시 약 6.9%에 해당하는 137,988주의 실권주가 발생하여 1997. 9. 27. 우리사주조합과 대표이사 등 임직원, 외부관계인과 기존 주주들에게 실권주가 배정되었다.
 (2) 그 후 서울이동통신의 대주주이자 대표이사인소외 1과 임원들은 경영권 확보를 목적으로 기존 주주들을 배제하고 원고 회사들만 서울이동통신의 신주 1,000,000주를 취득할 수 있도록 하기 위하여 신주인수권부사채를 발행하기로 하고, 1997. 10. 10.경 이사회를 개최하여 신주인수권부사채의 발행을 결의하였으며, 동부화재해상보험은 서울이동통신 사이의 사전 약정에 따라 1997. 10. 13. 발행한 신주인수권부사채 전부를 인수한 다음, 신주인수권만 분리하여 앞서 본 바와 같이 총 488,000,000원(1주당 488원×1,000,000주)에 그 신주인수권 전부를 원고 회사들에 양도하였다.
 (3) 위 신주인수권부사채의 발행 조건과 신주인수권 행사 조건은 다음과 같다.
 ① 발행 조건
 ◎ 사채의 명칭 : 서울이동통신 제1회 무보증 신주인수권부사채
 ◎ 사채의 종류 : 무기명식 이권부 신주인수권 분리형 무보증 신주인수권부사채
 ◎ 사채의 권면총액 : 210억 원
 ◎ 사채의 발행총액 : 210억 원
 ◎ 사채의 이율 : 연 13%
 ◎ 사채의 상환방법 및 기한 : 2000. 10. 13. 일시 상환(3년 만기)
 ② 신주인수권 행사 조건
 ◎ 행사비율
 각 사채의 권면액(2 이상의 사채권으로 행사 청구하는 경우에는 그 권면 합계 금액)의 100%를 행사가격으로 나눈 주식수를 발행 주식수로 하고 1주 미만의 단수주는 버리며, 사채권면액의 일부에 대한 행사청구는 할 수 없다.
 ◎ 행사가격 : 발행주식의 액면가 이상인 주당 21,000원으로 한다.
 ◎ 신주인수권 행사로 인하여 발행할 주식의 종류 : 기명식 보통주식
 ◎ 신주인수권의 행사기간 : 본 사채의 발행일 익일(1997. 10. 14.)부터 상환기일 전날(2000. 10. 12.)까지
 ◎ 신주인수권의 양도: 사채와 분리하여 양도할 수 있다.
 ◎ 신주인수권 행사로 발행된 주식의 최초 배당금에 관한 사항
 신주인수권 행사로 발행된 주식은 신주인수권을 행사한 때가 속하는 영업년도의 직전 영업년도말에 신주가 발행된 것으로 보아 배당금을 지급한다.
 (4) 서울이동통신은 신한은행에 각 1년 만기 정기예금으로 1997. 10. 18.에 100억 원을(만기일: 1998. 10. 18. 이율: 연 9.39%), 1997. 10. 23.에 110억 원을(만기일: 1998. 10. 23. 이율: 연 9.39%), 1997. 10. 27.에 10억 원을(만기일: 1998. 10. 27. 이율: 연 9.39%) 각 예치하였고, 원고 아틀라스인베스트먼트는 1997. 10. 22. 신한은행에서 220억 원을 대출받았는데, 서울이동통신은 위 정기예금을 원고 아틀라스인베스트먼트의 위 대출금채무의 담보로 제공하였다.
 (5) 원고 아틀라스인베스트먼트는 1997. 10. 23. 서울이동통신에 750,000주의 신주인수권을 행사하여 신한은행에서 대출받은 돈에서 신주대금 15,750,000,000원을 납입하고, 원고 노바통신기기에 5,250,000,000원을 대여하였으며, 원고 노바통신기기는 서울이동통신에 250,000주의 신주인수권을 행사하면서 위 5,250,000,000원을 신주대금으로 납입하였다. 
 (6) 원고 회사들이 위 신주인수권을 취득한 시점을 전후하여 다음과 같이 서울이동통신 주식이 거래되었는데,소외 12는소외 18 주식회사의 대주주로서소외 13 주식회사를 통하여 특수관계자인소외 18 주식회사에 서울이동통신 주식을 우회 양도한 것이었고,원고 3,소외 5,2는 서울이동통신의 임직원들이었다.
양도일양도자양수자 주식수 단가(원) 1997. 9. 2. 소외 6소외 9(주) 67,32540,000 1997. 9. 2. 소외 7소외 9(주) 33,11140,000 1997. 9. 5. 소외 8소외 15 20,00068,000 1997. 9. 6 소외 9(주)소외 15 32,00040,000 1997. 9. 6 소외 9(주)소외 16(주) 68,00040,000 1997. 9. 8. 소외 10소외 17 22,00040,000 1997. 9. 8. 소외 11소외 17 22,00040,000 1997. 9. 25. 원고 3소외 16(주) 6,62020,000 1997. 9. 25. 소외 5소외 16(주) 2,38020,000 1997. 9. 25. 소외 2소외 16(주) 1,00020,000 1997. 10. 13. 소외 12소외 13(주) 170,00050,000 1997. 10. 23. 소외 13(주)소외 18(주) 170,00050,500 1998. 1. 12. 소외 14소외 19 15,90511,317
 (7) 서울이동통신의 기존 주주들은, 원고 회사들이 신주 1,000,000주를 인수함으로써 기존 주주들의 권리를 침해하였다는 이유로 1998. 3.경 서울지방검찰청에 서울이동통신과 원고 회사들의 각 대표이사 등을 업무상 배임 또는 상법상 특별배임의 죄로 고소하는 한편, 서울이동통신과 원고 회사들,원고 3,소외 20 주식회사,소외 21,10,11,22,17,4,3에 대한 의결권행사금지가처분신청을 서울지방법원에 제기하였다.
 (8) 그리하여소외 1과 원고 회사들은 1998. 3. 19.경 기존 주주들 사이에, 원고 회사들이 보유하고 있는 서울이동통신 주식 1,000,000주를 모두 기존 주주들에게 신주인수권부사채 발행 이전의 지분비율에 따라 양도하되, 양도가격은 원고 회사들이 주식을 인수하면서 든 비용인 1주당 21,500원(1주당 21,488원에 기타 문서비용 등을 추가한 비용)으로 하고, 양도대금에는 1997. 10. 23.부터 1998. 6. 30.까지 연 9%, 1998. 7. 1.부터 대금지급완료일까지 18%의 이자를 합산하여 지급하며, 양도시기는 1998. 4. 1.부터 주식의 증권거래소 거래개시일 직전까지로 하고, 양도시기가 지난 후에는 양도청구를 할 수 없으며, 기존 주주들은 이미 제기한 민사소송과 형사고소를 취하하고소외 1과 원고 회사들이 약정사항을 이행할 경우 향후 민형사상 이의를 일체 제기하지 아니한다고 합의하였다.
 (9) 그 후 원고 회사들은 서울이동통신 주식의 코스닥 등록일인 1998. 9. 16.까지 서울이동통신의 기존 주주들에게 주식을 반환하지 아니하다가, 2000. 2. 15. 기존 주주들에게 위 1998. 3. 19.자 합의에 따라 서울이동통신 주식을 양도하기로 하고, 2000. 2. 15.부터 2000. 3. 7.까지 원고 아틀라스인베스트먼트가 394,505주, 원고 노바통신기가가 269,510주를 기존 주주들에게 주식시장(코스닥) 거래가액보다 낮은 가액으로 양도하였다.
 (10) 위와 같은 경위로 원고 아틀라스인베스트먼트는 2000. 2. 18. 서울이동통신의 기존 주주이자 위 원고의 대표이사인소외 2에게 2,034주, 서울이동통신의 기존 주주이자 당시 서울이동통신의 임원이던소외 3,4,원고 3에게 각 1,315주, 1,535주, 33,875주를 위 1998. 3. 19.자 합의에 따른 금액인 1주당 29,938원에 각 양도하였는데, 양도 당일의 서울이동통신 주식의 주식시장(코스닥) 최종시세가액은 1주당 43,400원이었다.
【인정 근거】 갑 제2호증의 1, 3, 4, 6, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증의 1~4, 갑 제6호증의 1~4, 갑 제7호증의 1~5, 갑 제8호증, 갑 제9호증, 갑 제13호증의 1~4, 갑 제14호증, 을 제7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 다. 법인세 부과처분에 대한 판단
 (1) 원고 회사들의 무상수증이익 존재 여부
 (가) 위 인정 사실에 의하여 나타나는 제반 사정, 즉 서울이동통신이 이 사건 신주인수권부사채를 발행한 목적과 그 경위, 동부화재해상보험이 서울이동통신 사이의 사전 약정에 따라 그 신주인수권부사채를 인수하였다가 곧바로 신주인수권만 분리하여 원고 회사들에 양도한 경위와 원고 회사들이 그 신주인수권을 행사하기 위하여 사용한 자금 조달 방법과 나아가 사채인수에 관한 거래 관행과 뒤에서 살펴보는 신주인수권의 평가액 등을 종합적으로 고려하여 보면, 서울이동통신은 동부화재해상보험을 통해 원고 회사들에, 이 사건 신주인수권의 가액 중 원고 회사들이 이 사건 신주인수권 취득 당시 동부화재해상보험에 지급한 488,000,000원(1주당 488원)을 뺀 나머지 가액 부분을 증여, 즉 무상으로 취득하게 하였음을 충분히 인정할 수 있다.
 (나) 위와 같이 원고 회사들이 이 사건 신주인수권의 일부 가액을 무상으로 취득하였음을 인정하는 이상, 신주인수권의 일부를 무상으로 양도받은 후 신주인수권을 행사하여 취득한 주식 중 일부를 2년여가 지난 시점에서 기존 주주들에게 신주인수권부사채 발행전 주식지분비율에 따라 양도하였다 하여도 이로써 신주인수권의 일부를 무상 양도받음으로써 얻은 이익이 소급하여 소멸하는 것은 아니고, 또한 신주인수권부사채가 발행된 경우, 신주인수권부사채권자나 그에게서 신주인수권을 양수한 자는 일정한 조건에 따라 신주인수권을 행사할 수 있고, 신주인수권부사채를 주주에게만 발행하여야 하거나 그 신주인수권을 주주에게만 양도할 수 있는 것은 아니어서 주주의 신주인수권은 문제되지 아니하며, 나아가 타인에게서 신주인수권을 양수하는 것은 자본의 납입이 아니라 유가증권의 취득에 해당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고 회사들의 위 주장은 모두 이유 없다.
 (2) 이 사건 신주인수권의 가액과 원고 회사들의 무상수증이익
 (가)구 법인세법 시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제6호에서 규정한 무상으로 받은 자산의 가액이란 그 시가를 의미하는 것으로서 정상 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있고, 그렇게 하여서도 그 시가의 산정이 어려운 경우에는 보충적으로 그 시가에 갈음하여 객관적이고 합리적인 방법으로 그 가액을 평가하여야 하며, 이 경우구 법인세법 시행규칙(1998. 3. 21. 재정경제부령 제12호로 개정되기 전의 것) 제16조의2를 유추적용하여구 상속세 및 증여세법(1998. 12. 28. 법률 제5582호로 개정되기 전의 것) 제61조 내지제64조에 따라 그 가액을 평가할 수 있으나, 신주인수권의 평가방법에 대하여는 위 구 상속세 및 증여세법이나 같은 법 시행령에서 규정하고 있지 아니하므로 그 가액은 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가할 수밖에 없는바, 특별한 사정이 없는 한 신주인수권 증권의 가액을 당해 증권을 발행한 법인의 증자 전 주식 시가에서 배당차액과 그 신주의 인수에 따른 주금납입액을 뺀 가액으로 평가하는 것도 객관적이고 합리적인 평가방법이다(대법원 1994. 12. 22. 선고 93누22333 판결 참조).
 (나) 그런데 이 사건 신주인수권에 대하여는 원고 회사들이 신주인수권을 전부 취득하였기 때문에 정상 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격이 없고 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 존재하지 아니하므로 그 가액은 객관적이고 합리적인 방법으로 평가할 수밖에 없다{원고들은, 삼일회계법인이 작성한 주식평가보고서(갑 제2호증의 2)를 근거로 이 사건 신주인수권 취득 당시 서울이통통신 주식의 감정가액이 1주당 21,667원이라고 주장하나, 위 주식평가보고서는 이 사건 신주인수권 취득 후이자 원고 회사들과 기존 주주들의 주식양도합의가 이루어진 후인 1998. 4. 3. 작성된 것이고, 감사 받지 아니한 서울이동통신의 대차대조표, 손익계산서와 외부 조정자에 의하여 조정되지 아니하고 가결산한 세무조정결과와 위 회사가 제시한 부동산 등 평가자료와 회계자료를 기본 자료로 삼고 있으며, 1997. 1. 1.부터 1997. 12. 31.까지 서울이동통신의 법인세 과세 전 순이익이 21,097,742,673원임에도 1997. 1. 1.부터 1997. 9. 30.까지 서울이동통신의 소득이 6,459,652,393원으로 계산되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 위 주식평가보고서는 객관적이고 합리적인 방법으로 작성된 것이라고 할 수 없으므로, 이에 기초한 원고 회사들의 위 주장은 이유 없다}.
 우선 위에서 인정한 사실을 종합하여 보면, 원고 회사들이 이 사건 신주인수권을 취득한 시점 이전 서울이동통신의 주식 거래 중 정상 거래에 의한 서울이동통신 주식의 객관적인 가격은 1주당 40,000원으로 봄이 상당하고, 이에 따라 그와 같은 정상 거래가 서울이동통신의 1997. 9. 26.자 증자(2,000,000주, 1주당 발행가액 20,000원) 이전에 이루어진 것과 원고들이 이 사건 신주인수권을 행사함으로써 서울이동통신의 발행 주식수가 7,088,331주에서 8,088,331주로 1,000,000주 증가되는 점을 함께 고려하면, 원고들의 이 사건 신주인수권 취득 당시 서울이동통신의 주식 시가는 1주당 32,705원【위 1997. 9. 26.자 증자를 고려하여 계산한 위 1주당 주식시가 34,357원{(40,000원 × 5,088,331주 + 20,000원 × 2,000,000주) ÷ (5,088,331주 + 2,000,000주)}에서, 다시 이 사건 신주인수권 행사로 1,000,000주가 증가되는 점을 고려하여 계산한 금액; (34,357원 × 7,088,331주 + 21,000원 × 1,000,000주) ÷ (7,088,331주 + 1,000,000주), 원 미만 버림】이므로, 위 금액에서 배당차액(이 사건에서는 신주인수권 행사로 발행된 주식은 신주인수권을 행사한 때가 속하는 영업년도의 직전 영업년도말에 신주가 발행된 것으로 보아 배당금을 지급하므로 구주와의 배당차액이 없다)과 주금납입액을 뺀 1주당 11,705원(32,705원 - 21,000원)이 이 사건 신주인수권의 가액이고, 여기서 다시 원고 회사들이 위 신주인수권 취득 당시 동부화재해상보험에 지급한 1주당 488원을 뺀 1주당 11,217원(11,705원 - 488원)이 원고 회사들이 서울이동통신에서 무상으로 취득한 신주인수권 가액 부분이 된다.
 (3) 정당한 세액의 계산
 따라서 원고들이 무상으로 취득한 위 신주인수권의 가액 부분에 의하여 원고 회사들의 무상수증이익을 계산하면, 원고 아틀라스인베스트먼트의 무상수증이익은 8,412,750,000원(750,000주 × 11,217원), 원고 노바통신기기의 무상수증이익은 2,804,250,000원(250,000주 × 11,217원)이 되고, 이에 따라 그 과세표준과 세액을 다시 계산하면, 별지 ‘1997 사업년도 법인세 계산표’ 기재와 같이 원고 아틀라스인베스트먼트에 대한 1997 사업년도분 법인세는 3,782,120,190원{국고금단수계산법(2005. 1. 27. 법률 제7347호로 폐지되기 전의 것) 제1조 제1항에 따라 10원 미만 버림, 이하 같다), 원고 노바통신기기에 대한 1997 사업년도분 법인세는 1,264,686,820원이 되므로, 이 사건 법인세 부과처분은 위 각 금액의 범위 내에서 적법하고, 위 각 금액을 초과하는 부분은 위법하다.
 라. 근로소득세 및 기타소득세와 종합소득세 등 부과처분에 대한 판단 
 (1)법인세법 제52조 소정의 부당행위계산의 부인은, 법인과 특수관계에 있는 자의 거래가법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 해당되는 경우에 한하여 제한적으로 인정되어야 하고, 조세법률주의의 원칙상 유추해석이나 확대해석은 허용되지 않으며, 또한 부당행위계산이라고 하기 위하여는위 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용으로써 조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시킬 것을 의도하는 경우나, 이러한 의도가 없더라도 경제인의 방법에서 부자연스럽고 불합리한 행위 계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우이어야 하며(대법원 1990. 5. 11. 선고 89누8095 판결 등 참조), 나아가 어떤 행위가 부당행위계산에 해당되는지는 거래 행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 것인지에 의하여 판단하여야 하고(대법원 1997. 5. 28. 선고 95누18697 판결 등 참조), 경제적 합리성을 판단하는 기준으로 사회통념, 상관행 외에 비특수관계자간의 거래가격, 거래당시의 특수사정 등도 고려하여야 한다.
 (2) 그런데 서울이동통신의 대주주이자 대표이사인소외 1과 그 임원들은 앞서 본 바와 같이 경영권 확보를 위하여 기존 주주들의 신주인수권을 보장하고 있는 상법상 제한을 잠탈하는 방법으로 원고 회사들에 신주인수권의 일부를 증여, 즉 무상으로 취득하게 하였다가, 기존 주주들이 형사고소와 민사소송을 제기함에 따라 부당하게 취득한 주식을 정당하게 귀속되었어야 할 기존 주주들에게 기존 주식지분비율을 유지시켜 주는 형태로 양도하기로 하는 합의가 이루어졌고, 이에 따라 서울이동통신의 기존 주주들인소외 2,3,4,원고 3에 대하여도 기존 주식지분비율대로 주식 양도가 이루어졌으며,소외 2,3,4,원고 3에게 양도된 주식 총수는 원고 아틀라스인베스트먼트가 기존 주주들에게 양도한 주식총수의 10%에도 못미치는 규모이고, 그 양도 가격도 다른 기존 주주들과 마찬가지로 위 1998. 3. 19.자 합의에 따른 금액으로 정해진 것이므로,소외 2,3,4,원고 3가 원고 아틀라스인베스트먼트의 법인세법상의 특수관계자라는 이유만으로 주식양도가격과 주식시장(코스닥) 최종시세가액을 산술적으로만 비교하여 원고 아틀라스인베스트먼트의 위 양도행위가 경제적 합리성을 무시한 부당행위계산에 해당한다고 할 수 없다.
 따라서 위 양도행위가 부당행위계산에 해당함을 전제로 한 원고 아틀라스인베스트먼트에 대한 원천징수 근로소득세와 원천징수 기타소득세 부과처분과원고 3에 대한 종합소득세와 주민세소득세할 부과처분은 모두 위법하다.
4. 결론
 그렇다면 이 사건 청구 중 원고 아틀라스인베스트먼트의 근로소득세와 기타소득세 부과처분 취소청구와원고 3의 청구는 이유 있어 각 인용하고, 원고 아틀라스인베스트먼트의 법인세 부과처분 취소청구와 원고 노바통신기기의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고 각 나머지 청구는 이유 없어 모두 기각할 것인바, 제1심 판결 중 원고 아틀라스인베스트먼트의 법인세 부과처분 취소청구 부분과 원고 노바통신기기의 청구 부분은 이와 결론이 일부 달라 부당하므로 제1심 판결 중 위 위법한 부분에 해당하는 위 원고들 패소부분을 취소하고, 이 사건 법인세 부과처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분을 각 취소하며, 위 원고들의 나머지 항소는 이유 없어 모두 기각하고, 제1심 판결 중 원고 아틀라스인베스트먼트의 근로소득세와 기타소득세 부과처분 취소청구와원고 3의 청구 부분은 이와 결론이 같아 정당하므로 이 부분에 대한 피고 역삼세무서장, 강남세무서장의 각 항소를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 법인세 계산표 각 생략]

판사 이성룡(재판장) 이상윤 이규철