경정거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2006.10.31 / 시행일:

【원 고】 한국교직원공제회 (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 권광중외 1인)
【피 고】 영등포세무서장 (소송대리인 변호사 김의식)
【변론종결】2006. 9. 26.
【주 문】
1. 이 사건 소 중 피고의 2003. 2. 4.자 및 2005. 3. 4.자 경정거부 취소청구부분을 모두 각하한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】1. 피고가 2003. 2. 4. 원고에 대하여 한 원고의 2002. 12. 31.자 2000년 귀속 이자소득세 금 79,405,456,720원, 2001년 귀속 이자소득세 금 48,024,026,500원, 2002년 1월 귀속 이자소득세 금 3,283,367,350원에 관한 경정청구에 대한 거부처분 및 2005. 3. 4. 원고에 대하여 한 원고의 2004. 12. 30.자 2002년 2월부터 같은 해 12월 귀속 이자소득세 금 33,402,191,360원에 관한 경정청구에 대한 거부처분을 모두 취소한다.
2. 피고가 별지 이자소득세 고지 내역 기재 각 고지처분일에 원고에 대하여 한 같은 내역 기재 각 이자소득세의 징수처분을 모두 취소한다.
3. 피고가 2005. 5. 9. 원고에 대하여 한 2000 사업연도 법인세 금 349,338,240원, 2001 사업연도 법인세 금 146,964,890원, 2002 사업연도 법인세 금 80,592,030원, 2003 사업연도 법인세 금 20,345,290원의 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 기초사실
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제6호증(을 제6호증의 일부 문서와 같다), 갑 제7 내지 10호증, 갑 제11호증의 1, 2, 3, 갑 제14호증의 1 내지 48, 갑 제15호증의 1 내지 4, 을 제1호증의 1 내지 11, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 1 내지 4, 을 제4호증의 1 내지 46, 을 제5호증의 1 내지 4, 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
 가. 원고는 대한교원공제회법에 근거하여 교육기관, 교육행정기관 또는 교육연구기관의 교육공무원, 교원 및 사무직원 등으로 재직 중이거나 재직하였던 자에 대한 효율적인 공제제도를 확립함으로써 이들의 생활안정과 복리를 증진하기 위하여 회원에 대한 급여, 대여, 회원을 위한 각종 복리·후생사업 등을 영위하는 법인이다.
 나. 국세청장은 1998. 7. 25. 원고의 급여제도 중 퇴직생활급여의 부가금은 은행 등 금융기관의 예금과 같은 성격의 이자라는 이유로구 소득세법(2001. 3. 28. 법률 제6429호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항 제3호의 ‘국내에서 받은 예금의 이자와 할인액’에 해당한다고 유권해석을 내렸고, 이에 원고는 1999. 1. 1.부터 회원에게 지급하는 목돈급여, 퇴직생활급여 및 종합복지급여(이하 ‘이 사건 급여’라 한다)의 부가금(이하 ‘이 사건 부가금’이라 한다)에 대하여 이자소득세를 원천징수하기 시작하였다(상세한 원천징수 내역은 다음 표와 같다).
구분목돈급여퇴직생활급여종합복지급여건수금액(원)건수금액(원)건수금액(원)2000년11,7984,583,634,720680,45368,888,920,8205,1295,932,901,1802001년10,7603,431,559,530685,76139,318,058,5205,5555,274,408,4502002년9,8882,691,996,090685,63430,429,770,2603,3093,563,792,360합계32,44610,707,190,3402,051,848138,636,749,60013,99314,771,101,990
 다. 원고는 2002. 12. 31. 피고에게 이 사건 부가금에 대하여 원천징수한 이자소득세 중 2000년 귀속 이자소득세 합계 금 79,405,456,720원, 2001년 귀속 이자소득세 합계 금 48,024,026,500원 및 2002년 1월 귀속 이자소득세 금 3,283,367,350원의 원천징수세액에 대한 감액경정 및 환급을 신청하였으나, 피고는 2003. 2. 4. 이 사건 부가금은 이자소득에 해당한다는 이유로 원고의 감액경정 및 환급을 거부하였다(이하 ‘이 사건 1차 경정 및 환급 거부’라 한다).
 라. 그 후 원고는 2004. 12. 30. 피고에게 원천징수한 소득세 중 2002. 2.부터 같은 해 12. 귀속 이자소득세 금 33,402,191,360원의 원천징수세액에 대한 감액경정 및 환급을 신청하였고, 피고는 2005. 3. 4. 이 사건 1차 경정 및 환급 거부와 같은 사유로 원고의 감액경정 및 환급을 다시 거부하였다(이하 ‘이 사건 2차 경정 및 환급 거부’라 한다).
 마. 피고는 2005년 초순경 원고에 대한 세무조사를 한 결과 원고가 2000. 1.부터 2003. 12.까지 회원들에게 지급한 목돈급여 및 종합복지급여의 부가금에 대한 이자소득세 원천징수를 누락한 사실을 적발하고, 2005. 2. 1.부터 같은 해 5. 2.까지 사이에 별지 이자소득세 고지 내역 기재와 같이 2000년 ~ 2003년 귀속 이자소득세를 징수·고지하고(이하 ‘이 사건 징수처분’이라 한다), 2005. 5. 9. 2000 사업연도 법인세 금 349,338,240원, 2001 사업연도 법인세 금 146,964,890원, 2002 사업연도 법인세 금 80,592,030원, 2003 사업연도 법인세 금 20,345,290원을 각 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다). 
 바. 원고는 이 사건 1차 경정 및 환급 거부에 대하여는 2003. 4. 17.에, 이 사건 2차 경정 및 환급 거부에 대하여는 2005. 5. 27.에, 이 사건 징수 및 부과 처분에 대하여는 이의신청을 거쳐 같은 해 9. 15.에 각 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 같은 해 12. 30. 원고의 심판청구를 모두 기각하였다(각 별개의 절차로 진행되었다).
2. 본안전 항변
 가. 당사자의 주장
 원고가 이 사건 1, 2차 경정 및 환급 거부는 위법한 처분이라고 주장함에 대하여, 피고는 원고의 2002. 12. 31. 및 2004. 12. 31.자 원천징수 이자소득세 감액경정신청을 거부한 부분은 원천징수의무자인 원고에게 국세기본법령상 원천징수 소득세의 감액경정을 구할 신청권이 존재하지 아니하므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니고, 환급거부결정도 원고의 환급청구권의 존부나 범위에 어떠한 영향을 미치는 것이 아니므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수 없으므로, 이 사건 1, 2차 경정 및 환급 거부를 다투는 부분은 부적법하다고 항변한다.
 나. 판단
 (1) 이 사건 각 경정거부 부분
 ㈎ 원고는, 원고가 국세기본법상 원천징수세액의 감액경정을 구할 법률상 근거가 없는 것은 사실이나, 조세법률주의, 조세평등주의와 납세자 주권 및 재산권·재판청구권의 보장이라는 헌법상 원리에 비추어 원고에게 원천징수세액의 경정을 구할 조리상의 권리가 인정되어야 하므로, 이를 거부한 이 사건 1, 2차 경정거부는 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 주장한다.
 ㈏ 국민의 적극적 신청행위에 대하여 행정청이 그 신청에 따른 행위를 하지 않겠다고 거부한 행위가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하려면, 그 신청한 행위가 공권력의 행사 또는 이에 준하는 행정작용이어야 하고, 그 거부행위가 신청인의 법률관계에 어떤 변동을 일으키는 것이어야 하며, 그 국민에게 행위발동을 요구할 법규상 또는 조리상의 신청권이 있어야 한다(대법원 2003. 9. 23. 선고 2001두10936 판결 참조).
 그러므로 원고에게 원천징수세액의 감액경정을 구할 조리상의 신청권이 인정되는지 여부에 관하여 보건대, ① 원천징수의무자가 원천납세의무자로부터 원천징수대상이 아닌 소득에 대하여 세액을 징수·납부하였거나 징수하여야 할 세액을 초과하여 징수·납부하였다면, 국가는 원천징수의무자로부터 이를 납부받는 순간 아무런 법률상 원인 없이 이를 보유하는 부당이득이 되는 것이므로(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두8780 판결 참조), 원천징수의무자는 납부한 초과징수 세액에 대하여 곧바로 국가를 상대로 과오납금환급청구소송의 제기가 가능한바, 환급청구소송은 일반 조세부과처분취소소송과 달리 전심절차나 제소기간의 제약이 없고, 국가를 상대로 직접 세액의 환급을 구함으로써 당사자에게 직접적이고 구체적인 구제수단이 된다는 점(단지 첩부하는 인지액의 다소를 기준으로 항고소송이 민사소송에 비하여 유리한 구제수단이라고 단정할 수 없다), ②국세기본법이 2003. 12. 30. 법률 제7008호로 개정되면서 제45조의2 제4항을 신설하여 과세표준확정신고가 면제되는 근로소득, 퇴직소득 등만 있는 자 또는 그 원천징수의무자에게 위 원천세액을 법정납부일까지 납부하고 지급조서를 제출하였음을 요건으로 근로·연금·사업소득세액의 연말정산납부일, 퇴직소득의 원천징수납부일 후 각 2년 이내에 경정청구를 인정하고 있으나, 이는 근로·퇴직·연금 등 원천징수 대상소득만 있어 연말정산으로 납세의무가 종결된 자에 대하여 원천징수의무자의 연말정산납부를 법정신고로 보아 근로소득자 또는 그 원천징수의무자에게 경정청구권을 예외적으로 인정하는 취지라는 점, ③ 원고가 들고 있는헌법재판소 2000. 2. 24.자 97헌마13, 245(병합) 결정은구 국세기본법 제45조의2가 1994. 12. 22. 법률 제4810호로 신설되기 이전에 ‘후발적 사유’에 의한 경정청구권을 조리상 인정할 것인지의 여부에 관한 판단이고, 이 사건은 위 법률 제4810호로 구 국세기본법이 개정되면서그 제45조의2에서 일반적인 경우와 후발적인 사유로 인한 경정청구제도를 입법적으로 받아들인 이후에 원천징수의무 자체가 발생하지 아니하였다는 것이어서 그 내용과 사안이 다른 점, ④ 국세환급금의 소멸시효는국세기본법 제54조 제1항에 따라 이를 행사할 수 있는 날로부터 5년간으로서 경정청구기간보다 장기라는 점, ⑤ 아래에서 보는 바와 같이 원천징수세액 환급거부결정도 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 아니하는 점 등을 종합하면, 국세기본법 또는 개별 세법에 경정청구권을 인정하는 명문의 규정이 없는 이상 조리에 의한 경정청구권을 인정할 수 없다 할 것이고(대법원 2006. 5. 12. 선고 2003두7651 판결 참조), 앞서 본 바와 같이 원천징수의무자인 원고에게 원천징수세액의 감액경정을 구할 조리상 권리를 별도로 인정하여야 할 필요성도 인정되지 아니하므로, 이 사건 1, 2차 경정거부는 항고소송의 대상이 되는 거부처분이라고 할 수 없다.
 ㈐ 따라서, 원고가 이 사건 1, 2차 경정거부를 다투는 부분은 항고소송의 대상이 되지 아니하는 부분의 취소를 구하는 것이어서 부적법하다. 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 있다.
 (2) 이 사건 각 환급거부 부분
 보건대, 앞서 본 바와 같이 원천징수의무자가 원천납세의무자로부터 원천징수대상이 아닌 소득에 대하여 세액을 징수·납부하였다면, 국가는 원천징수의무자로부터 이를 납부받는 순간 아무런 법률상의 원인 없이 보유하는 부당이득이 되고,국세기본법(2003. 12. 30. 법률 제7008호로 개정되기 전·후의 것 포함) 제51조 제1항,제52조 등의 규정은 환급청구권이 확정된 국세환급금 및 가산금에 대한 내부적 사무처리절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것일 뿐, 그 규정에 의한 국세환급금(가산금 포함) 결정에 의하여 비로소 환급청구권이 확정되는 것은 아니므로, 국세환급금 결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정 등은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두8780 판결 참조).
 따라서, 원고가 이 사건 1, 2차 환급거부를 다투는 부분은 항고소송의 대상이 되지 아니하는 부분의 취소를 구하는 것이어서 부적법하다. 피고의 이 부분 본안전 항변도 이유 있다.
3. 이 사건 징수·부과 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1)구 소득세법(아래에서 보는 제16조 제1항 제3호, 제11호, 제12호는 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정된 이후, 2001. 3. 28. 법률 제6429호, 2001. 12. 31. 법률 제6557호 및 2003. 12. 30. 법률 제7006호 개정에 불구하고 개정되지 아니하였으므로, 이하 위 법률 제4803호로 개정되어 위 법률 제7006호로 개정되기까지의 것을 '구 소득세법'이라 한다) 제16조 제1항 제3호는 ‘예금의 이자’를 이자소득세 과세대상으로 규정하고 있으나, ① 원고는 ‘예금’의 의미를 구체적으로 정의하고 있는 예금자보호법 소정의 불특정 다수를 상대로 금융업 등을 영위하는 부보금융기관에 해당하지 않는 점, ② 원고의 회원들이 원고에게 납입하는 부담금은 금융기간의 예금과 달리 자본을 구성하는 점 등을 종합하면, 이 사건 부가금은구 소득세법 제16조 제1항 제3호 소정의 ‘예금의 이자’에 해당하지 아니한다.
 (2) 또한, 원고 공제회의 초과반환금은 1994. 12. 22. 법률 제4803호로 소득세법이 개정되기 전까지 비과세 대상으로 인식되고 있다가, 위 법률 제4803호로 비로소 근로자의 퇴직이나 탈퇴로 인한 초과반환금만이 과세 대상으로 전환된 것이며, 이러한 사실은 재정경제부(종전 재무부)의 1994. 9. 27. 세제개혁안에도 명시되어 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 부가금에 대하여는 비과세 관행이 성립되어 있다 할 것이고, 나아가 피고가 재정경제부의 위 세제개혁안이라는 공적인 견해에 반하여 이 사건 징수 및 부과 처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 반한다. 
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 인정사실
 앞서 든 각 증거와 갑 제1 내지 5호증, 갑 제13호증, 갑 제18 내지 22호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
 (1) 재정경제부는 1994. 9. 27. ‘94 세제개혁(안) 국무회의 수정사항’이라는 문서에서 직장공제회 초과반환금은 소득세 비과세 대상이었으나, 원고가 상호부조단체인 점을 감안하여 3년간 유예기간을 두어 1999. 1. 1. 이후 가입자부터 과세하기로 결정하였다.
 (2) 원고의 회원 가입자격과 자격취득 등에 관한 원고 정관의 규정은 다음과 같다.
[정관]
제4조 (회원) 공제회의 회원은 일반회원과 특별회원으로 한다.
제4조의2 (가입자격)
① 공제회의 일반회원에 가입할 수 있는 자는 다음 각호의 1에 해당하는 자로 한다. 다만, 임시 또는 조건부로 채용된 자는 제외한다.
 1.교육공무원법 제2조 제1항 각호에 규정된 교원·교육감·교육장·장학관·장학사·교육연구관·교육연구사
 2.교육공무원법 제2조 제2항 내지제4항에 규정된 교육기관, 교육행정기관, 교육연구기관에 근무하는 교육공무원 외의 국가공무원 및 지방공무원
 3.사립학교법 제2조 제1항에 규정된 사립학교의 교원 및 사무직원
 4. 공제회의 임원 및 직원
 5. 국립대학병원설치법·서울대학교병원설치법·서울대학교치과병원설치법에 의하여 설치된 병원의 임원 및 직원(2004. 2. 18. 신설인가)
② 공제회의 특별회원에 가입할 수 있는 자는 다음 각호와 같다.
 1. 일반회원으로 있다가 정년 또는 명예퇴직한 자와 임기만료로 퇴직한 자
 2. 일반회원으로 있다가 만 60세 이상으로 퇴직한 자
 3. 제44조에 의한 상병퇴직자
 4. 일반회원으로 10년 이상 있다가 퇴직한 자로 만 55세 이상에 달하는 자(1995. 7. 13. 인가)
제5조 (자격취득) 회원은 공제회의 가입절차에 의하여 소정의 부담금을 납입한 날에 그 자격을 취득한다.
제6조 (권리의무) 회원은 소정의 부담금을 부담할 의무와 공제회로부터 급여 기타 이익 또는 역무를 받을 권리를 가진다.
 (3) 원고의 자본금, 부담금 및 급여에 관한 원고 정관의 규정은 다음과 같다.
[정관]
제29조 (자본금) 공제회의 자본금은 회원의 부담금과 정부보조금 및 사업에서 생기는 순수익금으로 한다.
제30조 (사업결손금) 회원의 부담금에 의한 사업상의 결손금은 정부보조금으로 보전한다.
제33조 (부담금액)
① 회원의 부담금액은 좌수제로 하되, 일반회원의 장기저축급여는 1구좌당 600원으로 한다. (2005. 8. 22. 인가)
② 학자급여·목돈급여·종합복지급여·퇴직생활급여의 부담금액은 따로 정한다.(1995. 7. 13. 인가, 2005. 8. 22. 인가)
제35조 (급여의 종류)
① 일반회원에 대한 급여는 다음 각호와 같다.
 1. 장기저축급여(2005. 8. 22. 인가)
 2. 학자급여
 3. 목돈급여(2005. 8. 22. 인가)
 4. 종합복지급여(1995. 7. 13. 인가)
② 제1항 제1호의 장기저축급여는 퇴직급여, 상병급여, 유족급여의 3종으로 한다.(2005. 8. 22. 인가)
③ 특별회원에 대한 급여는 퇴직생활급여 및 종합복지급여로 한다.(1995. 7. 13. 인가, 2005. 8. 22. 인가)
제36조 (학자급여·목돈급여·종합복지급여·퇴직생활급여)
① 학자급여·목돈급여·종합복지급여·퇴직생활급여에 관한 사항은 따로 정한다.(1995. 7. 13. 인가, 2005. 8. 22. 인가)
② 학자급여·목돈급여에 가입하고자 하는 자는 일반회원이어야 한다.(2005. 8. 22. 인가)
③ 종합복지급여에 가입하고자 하는 자는 제4조의2 제1항 및 제2항의 규정에 의한 일반회원과 특별회원에 가입할 수 있는 자이어야 한다.(1995. 7. 13. 인가)
④ 제35조 제1항 제4호의 종합복지급여에 가입한 자가 사망 또는 기타의 사유로 가입자격을 상실한 때에는 피급여자가 그 계약을 승계하여 효력을 유지할 수 있다.(2005. 8. 22. 신설인가)
 (4) 원고가 취급하는 급여 종류는 다음과 같다.
 ㈎ 장기저축급여(퇴직급여, 상병급여, 유족급여) 
 1) 가입금액(부담금) : 1구좌 600원, 최고 500구좌 가입이 가능하며 매월 납입
 2) 부가금 : 부담금 납입기간에 ‘퇴직급여율’에 따라 지급(퇴직급여율은 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균금리와 퇴직급여율의 차이가 당해 급여율의 10% 이상일 때 조정 가능)
 3) 급여지급 : 퇴직 및 탈퇴 사유 발생시 
 ㈏ 목돈급여(종전 연금급여) 
 1) 회원의 목돈을 위탁받아 높은 이율로 운용해주는 현직 교직원을 위한 재테크 저축상품과 가입기간(3년, 5년) 동안 매월 일정하게 불입 후 만기에 목돈을 일시에 수령하는 적립형 상품(원고의 인터넷 게시판에 소개된 안내문구로서, 원고는 목돈급여 중 2종 급여의 부가금을 ‘이자’라고 소개하였다)
 2) 가입대상 : 일반회원(정관 제36조 제2항, 목돈급여규약 제4조)
 3) 가입금액(부담금) 
 - 1, 2, 3종 급여는 1구좌당 100만원으로 최고 100구좌(1억원)까지 일시 납입
 - 4종 급여는 월 1만원 이상으로 최고 1억원까지 가입 가능(목돈급여규약 제6조 제1항)
 4) 가입기간 : 가입신청서가 접수된 날부터 급여금지급일 만료일까지, 다만 4종 급여는 3년, 5년(목돈급여규약 제6조 제2항)
 5) 급여종류(목돈급여규약 제10 내지 13조)
 - 1종 급여 : 가입기간(1년 ~ 10년) 동안 매 3월, 6월, 1년 마다 원리금과 부가금 분할 지급
 - 2종 급여 : 가입기간 동안 매 3월, 6월 1년 마다 부가금을 지급하고, 급여금 청구시 원금 지급
 - 3종 급여 : 청구시 원금 지급
 - 4종 급여 : 약정기간 동안 부담금을 매월 일정액 납부 후 만기시 원금 및 부가금 지급
 6) 부가금(목돈급여규약 제18조) : 5개 시중은행의 1년 만기 정기예금 기본금리 평균에 0.5%를 더한 이율 이상인 부가율을 적용하여 계산하되, 정기예금 기본금리는 매월 1일의 금리를 기준으로 조정
 ㈐ 퇴직생활급여(종전 종신급여)
 1) 회원이 퇴직할 때 받은 각종 연금이나 본회의 퇴직급여금 등을 위탁받아 높은 이율로 운용하는 퇴직교직원을 위한 노후생활보장제도(원고의 인터넷 게시판에 소개된 안내문구로서, 원고는 부가금형을 ‘이자 지급식’으로, 적립형, 종신연금형 및 확정연금형의 부가금을 ‘이자’라고 소개하였다)
 2) 가입대상 : 장기저축급여에 가입한 회원으로서 정년·명예·임기만료, 상병 및 만 60세 이상으로 퇴직한 교직원, 장기저축급여에 10년 이상 가입 후 퇴직하여 만 55세에 달한 교직원
 3) 가입금액(부담금)(퇴직생활급여규약 제6조) : 부가금형, 적립형(3년, 5년제), 종신연금형, 확정연금형이 있는데, 가입금액은 부가금형, 종신연금형, 확정연금형은 1구좌당 500만원으로 최고 60구좌(3억원)까지 가입가능하고, 적립형은 월 1만원 이상으로 최고 1억원까지 가입가능
 4) 급여종류(퇴직생활급여규약 제8 내지 11조) 
 - 부가금형 : 원금 청구시까지 매월 또는 매년 부가금만 지급하고, 청구시 원금 지급
 - 적립형 : 만기에 원금과 부가금을 일시에 지급
 - 종신연금형 : 매월 또는 매년 원금과 부가금을 분할 지급
 - 확정연금형 : 가입기간 동안 매월 또는 매년 원금과 부가금을 분할 지급(가입기간 만료시 원금 소멸)
 5) 부가금(퇴직생활급여규약 제22조) : 급여 종류에 따라 납입원금 및 잔여원금의 경과기간에 따라 5개 시중은행의 1년 만기 정기예금 기본금리 평균에 0.5%를 더한 이율 이상인 부가율을 적용하여 계산하되, 정기예금 기본금리는 매월 1일의 금리를 기준으로 조정
 ㈑ 종합복지급여(저축성 급여) 
 1) 가입대상 : 일반회원 및 특별회원(정관 제36조 제3항)
 2) 가입종류 : 보장성 급여, 저축성 급여{보장성 급여 가입자를 대상(종합복지급여규약 제23조), 2004. 1. 1.부터 신규가입 중단} 
 3) 가입금액(부담금) : 월납, 반기납, 연납 및 일시납으로 1구좌당 1만원으로 최고 3만구좌(3억원)까지 가입 가능
 4) 가입기간 : 3년, 5년
 5) 부가금 : 목돈급여의 부가금과 같다.
 6) 급여지급 : 계약만료 및 해약시 지급
 라. 판단
 (1) 이 사건 부가금이구 소득세법 제16조 제1항 제3호의 이자소득인지 여부
 이 사건 급여는 그 가입대상이 전·현직 교직원으로 한정되어 있고, 회계처리상 시중 금융기관이 예금을 부채로 계상하는 것과 달리 원고는 이 사건 급여의 부담금을 자본금으로 계상하고 있는 사실은 앞서 본바와 같다.
 그러나, ① 예금이자의 사전적 의미는 일정한 계약에 의하여 금융기관 등에 맡긴 자금에 대한 일정한 비율의 대가를 의미하는데, 이 사건 급여 중 목돈급여는 원고가 일반회원으로부터 가입형태에 따라 월 1만원(4종 급여)에서 최고 1억원까지의 자금을 일시에 지급받거나(1, 2, 3종 급여) 분할 지급받고, 약정된 기간(3년, 5년)내에 원금과 이에 대한 시중은행의 1년 만기 정기예금 기본금리 평균에 0.5% 이상을 더한 일정한 이율이 적용된 부가금을 분할 혹은 가입기간 만료시에 지급하는 것이고, 퇴직생활급여나 종합복지급여도 기본적으로 이와 유사하여 이 사건 부가금은 모두 회원이 맡긴 자금에 대하여 시중은행의 정기예금 기본 금리를 기준으로 한 일정한 비율의 대가라는 점, ② 원고는 회원으로부터 납입받은 부담금을 자본금으로 계상하고 있으나, 자본금인 위 부담금의 운용으로 수익이 발생한 경우에만 이를 이익처분으로 회원에게 납부한 좌수에 따라 배당하거나 혹은 수익이 발생하지 아니하였다고 하여 회원에게 수익을 배당하지 않는 것이 아니라, 앞서 본 바와 같이 자금운용 이익의 발생 여부에 관계없이 시중은행 정기예금 기본금리를 기준으로 한 일정율의 금원을 부가하여 지급함으로써 통상의 자본금과 달리 운영하고 있는 점, ③ 원고도 인터넷 홈페이지에서 이 사건 급여 중 목돈급여, 퇴직생활급여를 소개함에 있어 부가금을 원금에 대한 ‘이자’로 소개하고 있는 점, ④구 소득세법 제16조 제1항 제11호,구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항은 근로자의 퇴직·탈퇴를 원인으로 규약에 따라 반환하는 직장공제회 초과반환금을 이자소득으로 규정하고, 원고 공제회의 급여 중 장기저축급여가 위 직장공제회 초과반환금이라는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는 바, 장기저축급여는 교직원의 퇴직, 상병 발생 및 사망으로 인한 유족의 생활보장 등 사회보장적 공적부조의 목적과 성질을 가지는 것으로서 여유자금의 운용을 주된 목적으로 일정한 가입기간과 다양한 자금운용 방식을 가지는 이 사건 급여와는 그 취지와 성질이 다르므로, 이 사건 부가금에 대하여 장기저축급여에 대한 초과반환금보다 더 높은 세율이 적용된다고 하더라도 불합리하다고 보기 어려운 점, ⑤ 이 사건 급여는 원고가 회원으로부터 더 많은 자금유입을 유인하기 위하여 시중은행의 금융기법을 도입하여 실시하는 금융상품이라고 보이는 점 등 변론에 나타난 제반사정을 종합하면, 이 사건 부가금은 그 형식에 불구하고 실질에 있어서는 회원의 부담금을 원금으로 하여 이에 대한 일정율의 이자를 지급하는 것으로서구 소득세법 제16조 제1항 제3호 소정의 ‘예금의 이자’의 성격을 가진다고 할 것이므로, 피고가 이 사건 부가금을 이자소득으로 파악하고 원고에게 이자소득세 원천징수의무가 있다고 판단한 것은 적법하다고 할 것이고, 이는 소득의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 과세하여야 한다는국세기본법 제14조의 실질과세의 원칙에도 부합한다고 할 것이다.
 이에 대하여 원고는,구 소득세법 제16조 제1항 제3호 소정의 ‘예금’의 개념은 예금자보호법 소정의 예금의 개념을 차용한 것이라고 주장하므로 보건대, 원고가예금자보호법 제2조 제1호,제2호 소정의 예금 등을 취급하는 부보금융기관의 범위에 포함되지 아니함은 법문상 명백하나, 예금자보호법은 소득세법에 의하여 이자소득이 과세된 이후인 1995. 12. 29. 법률 제5042호로 비로소 제정되었고, 그 입법취지도 금융기관의 파산 등의 사유로 예금 등을 지급할 수 없는 상황에 대처하기 위하여 예금보험제도 등을 효율적으로 운영함으로써 예금자 등을 보호하고 금융제도의 안정성을 유지하기 위한 것으로서 이자소득 과세를 목적으로 하는 소득세법과 다르다는 점 등을 종합하면,구 소득세법 제16조 제1항 제3호의 ‘예금’이 예금자보호법 소정의 예금의 개념을 차용한 개념이라고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
 (2) 비과세관행 및 신의성실의 원칙 위반 여부
 ㈎ 비과세관행 성립 여부
국세기본법 제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만, 묵시적 표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하고(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결 참조), 그러한 비과세관행의 존재에 대한 입증책임은 납세자가 부담한다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두10837 판결 참조).
 보건대, 피고가 1999년 이전 이 사건 부가금에 대하여 적극적 과세조치를 취하지 아니한 것은 사실이나, 위 인정사실만으로는 피고가 그 이전에 원고에게 이 사건 부가금에 대하여 과세하지 않겠다는 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없는 이상 이 사건 부가금에 대하여국세기본법 제18조 제3항 소정의 비과세관행이 성립하였다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 ㈏ 신의성실의 원칙 위반 여부
 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11233 판결 참조).
 그러므로 피고가 원고에게 이 사건 징수 및 부과 처분에 관하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였는지 여부를 보건대, 재정경제부는 1994. 9. 27. ‘94 세제개혁(안) 국무회의 수정사항’에서 직장공제회 초과반환금에 대하여 1999. 1. 1.부터 과세하기로 결정한 것은 사실이나, 그러한 사정만으로 이 사건 부가금에 대하여 비과세한다는 공적인 견해를 표명한 것이라고 보기 어렵고, 그 주체와 대상도 피고가 원고에 대하여 한 것이 아니며, 달리 이를 인정할 증거가 없는 이상, 원고의 나머지 주장에 나아가 판단할 필요 없이 이 사건 징수 및 부과 처분이 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 (3) 따라서, 이 사건 징수 및 부과 처분은 모두구 소득세법 제16조 제1항 제3호에 따른 적법한 처분이다.
4. 결론
 그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 1, 2차 경정 및 환급 거부의 취소를 구하는 부분은 모두 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 이태종(재판장) 김선희 오태환