법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2012.11.29 / 시행일:

【원고, 피상고인】 헤라유동화전문 유한회사 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 윤세리 외 6인)
【피고, 상고인】 역삼세무서장 (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 이규홍 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2010. 4. 2. 선고 2009누5147 판결 
【주 문】
 상고를 모두 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 관하여
 가. 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조의2 제1항 제1호는 ‘자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 대통령령이 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 공제한다’고 규정하고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제86조의2 제1항은 배당가능이익을 ‘당기순이익(유가증권의 평가에 따른 손익을 제외한 금액을 말하되, 증권투자회사법에 의한 증권투자회사의 경우에는 그러하지 아니하다)에 이월이익잉여금을 가산하거나 이월결손금을 공제하고, 상법 제458조의 규정에 의하여 적립한 이익준비금을 차감한 금액’으로 규정하고 있다.
 나. (1) 원심은 채택 증거에 의하여, ① 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사인 원고들(이하 원고 헤라유동화전문 유한회사를 ‘원고 1’이라 하고, 원고 엘에스에프포서울쓰리유동화전문 유한회사를 ‘원고 2’라 한다)은 자산관리회사인 허드슨 어드바이저 코리아 인코퍼레이티드(Hudson Advisors Korea, Inc., 이하 ‘HAK’라 한다)로부터 자산관리비용의 분담을 요청받고, 2003. 12. 20.경 소외인에 대한 컨설팅 용역비 명목으로 원고 1은 989,100,000원을, 원고 2는 292,950,487원을 각 지급하고(이하 원고들이 지급한 위 용역비를 ‘소외인 컨설팅 용역비’라 한다), 2003. 12.경 홍콩 소재 씨티그룹 글로벌 마켓 아시아 리미티드(Citigroup Global Market Asia Limited)에 대한 컨설팅 용역비 명목으로 원고 1은 835,870,000원을, 원고 2는 247,567,010원을 각 지급한 다음(이하 원고들이 지급한 위 용역비를 ‘CGM 컨설팅 용역비’라 한다), 위 각 컨설팅 용역비(이하 ‘이 사건 각 컨설팅 용역비’라 한다)를 2003 사업연도의 손금에 산입하여 법인세 과세표준을 신고한 사실, ② 그 후 서울지방국세청의 세무조사과정에서 소외인 컨설팅 용역비가 실제로는 용역의 제공 없이 지급된 가공경비라는 것이 밝혀지자, HAK는 자체 조사를 통해 CGM 컨설팅 용역비 역시 원고들이 부담할 비용이 아님을 뒤늦게 알고 2005. 9. 12.과 2005. 9. 14. 원고들에게 먼저 CGM 컨설팅 용역비 상당액을 반환한 사실, ③ 이에 원고들은 이 사건 각 컨설팅 용역비를 손금불산입함과 아울러 이를 기타소득으로 소득처분하는 한편, 임시주주총회를 개최하여 이 사건 각 컨설팅 용역비에서 1,000원을 차감한 금액을 사원에게 추가 배당하는 안과 이를 반영한 수정이익잉여금처분계산서를 승인하는 결의를 받은 다음, 2005. 10. 18. 피고에게 ‘위 각 추가 배당금을 2003 사업연도 소득금액에서 공제하고 과세표준 1,000원을 증액한다’는 내용의 법인세 과세표준 수정신고를 하면서 위 각 추가 배당금에 대한 소득공제신청을 한 사실, ④ 피고는 서울지방국세청의 세무조사결과에 따라 2005. 10. 14. 우선 소외인 컨설팅 용역비를 손금불산입하여 원고 1에게 2003 사업연도 법인세 354,545,410원(가산세 포함)을, 원고 2에게 2003 사업연도 법인세 91,828,440원(가산세 포함)을 각 부과하였는데, 그 각 납세고지서는 위 수정신고 직후 원고들에게 송달된 사실(이하 위 각 부과처분을 ‘이 사건 각 당초 처분’이라 한다), ⑤ 또한 피고는 이 사건 소송이 계속 중이던 2008. 2. 3. 위 수정신고의 효력을 부인하고 CGM 컨설팅 용역비를 손금불산입하는 한편, 아래 제2항에서 보는 바와 같이 원고 2의 지급이자를 일부 손금불산입하여, 원고 1에 대한 2003 사업연도 법인세를 720,425,330원으로, 원고 2에 대한 2003 사업연도 법인세를 447,601,560원으로 각 증액경정한 사실(이하 ‘이 사건 각 증액경정처분’이라 한다), ⑥ 한편 HAK는 2006. 6. 1.경 원고들에게 소외인 컨설팅 용역비 상당액 역시 반환한 사실 등을 인정하였다.
 (2) 원심은 위와 같은 사실관계를 토대로 하여, 비록 원고들이 이 사건 각 컨설팅 용역비를 손금불산입하면서 사내유보로 소득처분하지 아니하고 기타소득(사외유출)으로 소득처분하였다고 하더라도, 원고들이 HAK 등에게 이 사건 각 컨설팅 용역비 상당액에 대한 손해배상청구권 등의 권리를 가지고 있었고 결국 이를 회수한 이상, 이 사건 각 컨설팅 용역비의 손금불산입으로 인한 소득금액의 증가분은 원고들에게 유보되어 있다고 할 것이므로, 그에 대한 추가 배당결의는 적법하고 그 배당금은 구 법인세법 제51조의2 제1항에 의하여 원고들의 2003 사업연도 소득금액에서 공제되어야 한다는 이유로, 이 사건 각 증액경정처분 중 피고가 이 사건 각 컨설팅 용역비를 손금불산입하여 한 부분은 위법하다고 판단하였다.
 (3) 앞서 본 규정과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 유동화전문회사의 배당금 소득공제에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험의 법칙에 반하여 자유심증주의의 한계를 벗어난 잘못이 없다.
 2. 상고이유 제2, 3점에 관하여
 가. 구 국제조세조정에 관한 법률(2008. 12. 26. 법률 제9266호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국조법’이라 한다) 제4조 제1항은 "과세당국은 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다."고 규정하고, 제5조 제1항 제1호는 정상가격을 산정하는 방법의 하나로 ‘비교가능 제3자 가격방법: 거주자와 국외 특수관계자 간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법’을 규정하고 있다. 그리고 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국조법 시행령’이라 한다) 제5조 제1항은 "법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다."고 규정하면서, 제1호에서 ‘특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 국제거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우[(가)목] 또는 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우[(나)목]를 말한다’고 규정하고, 제3호에서 ‘특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 국제거래를 비교하기 위하여 설정된 경제여건·경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것’을 규정하고 있다.
 위 각 규정의 내용과 입법 취지, 그리고 국조법 제5조 제1항 제1호가 비교가능 제3자 가격방법에서의 비교대상거래를 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래로 규정하면서 이를 국제거래만으로 한정하고 있지 아니한 점, 국조법 시행령 제5조 제1항 제1호와 제3호는 비교가능 제3자 가격방법을 비롯한 국조법 소정의 정상가격 산출방법을 적용함에 있어 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 국제거래를 비교대상거래로 선택할 경우에 고려해야 할 요소들을 예시적으로 규정한 것일 뿐 특수관계가 없는 자 간의 국내거래를 비교대상거래에서 배제하려는 취지는 아닌 것으로 해석되는 점, 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가 국내거래일지라도 당해 국제거래와의 차이를 제거할 수 있는 합리적인 조정이 가능하다면 이를 굳이 비교대상거래에서 원천적으로 배제할 필요는 없는 점 등을 종합하면, 비교가능 제3자 가격방법에서의 비교대상거래에는 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래 중 국내거래도 포함된다고 할 것이다(대법원 2011. 10. 13. 선고 2009두15357 판결 등 참조).
 나. 원심은 채택 증거에 의하여, ① 원고 2가 2002. 12. 27. 케이디비 론스타 기업구조조정전문 주식회사로부터 장부가액 합계 미화 228,009,077.49불 및 76,561,255,680원 상당의 화의채권 및 사모전환사채를 212,844,055,245원에 양수한 다음 이를 기초자산으로 하여 그 발행가액 중 108억 원 상당은 주식형 증권으로, 137,200,000,000원은 만기 3년, 이자율 ‘연 180일물 CD 유통수익률 + 2.0%’ 조건의 선순위 유동화사채로, 미화 53,907,341.72불은 만기 7년, 이자율 연 18% 조건의 후순위 유동화사채(이하 ‘이 사건 유동화사채’라 한다)로 각 발행하였고, 그 중 이 사건 유동화사채를 원고 2의 국외 특수관계자인 엘에스에프 포 글로벌 캐피탈 리미티드(LSF 4 Global Capital, Ltd.)가 인수하여 2003. 2. 3. 이를 다시 원고 2의 다른 국외 특수관계자인 론스타 인터내셔널 파이낸스 리미티드(Lone Star International Finance, Ltd., 이하 ‘LSIF’라 한다)에 매도한 사실, ② 피고는 이 사건 유동화사채의 이자율이 정상이자율을 초과하는 것으로 보아, 15개 국내 유동화전문회사들이 공모방식으로 발행한 후순위사채의 이자율을 비교대상거래(이하 ‘이 사건 비교대상 유동화거래’라 한다)로 선정하고 그 이자율을 기초로 발행형식, 발행통화, 만기, 기초자산에 대한 유동화증권의 발행비율, 신용보강, 발행시기의 차이에 대한 조정을 거쳐 국조법 제5조 제1항 제1호에서 규정한 비교가능 제3자 가격방법에 의한 정상이자율을 연 16.98%로 산정한 다음, 원고 2가 LSIF에 지급한 이자 중 위와 같이 산정된 정상이자율을 초과하는 부분을 손금불산입하는 등으로 2008. 2. 3. 원고 2의 2003 사업연도 법인세를 447,601,560원으로 증액경정한 사실(앞의 제1항에서 본 이 사건 각 증액경정처분 중 원고 2에 대한 부분을 말한다. 이하 원고 2에 대한 이 사건 증액경정처분 중 위 지급이자 손금불산입과 관련된 부분을 ‘이전가격 부분’이라 한다) 등을 인정하였다.
 원심은 위와 같은 사실관계를 토대로 하여, ① 국조법 시행령 제5조 제1항 제1호를 비롯한 관련 규정의 문언 내용과 개정 연혁 등에 비추어 보면 비교가능 제3자 가격방법에서의 비교대상거래는 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래 중 국제거래로 한정됨에도 피고는 ‘국내거래’인 이 사건 비교대상 유동화거래를 이 사건 유동화사채 발행거래의 비교대상거래로 선정하였을 뿐만 아니라, ② 이 사건 유동화사채 발행거래와 이 사건 비교대상 유동화거래 사이의 비교되는 상황의 차이는 정상이자율의 산정에 중대한 영향을 주는 경우에 해당하는데, 피고가 정상이자율을 산정하면서 그 차이를 일부 조정하였다고 하더라도 그러한 조정이 이러한 상황의 차이를 제거할 수 있는 합리적인 조정이었다고 보기 어려워 피고가 이 사건 비교대상 유동화거래를 기초로 산정한 연 16.98%의 이자율을 국조법 제4조, 제5조 제1항 제1호 등에서 규정한 정상가격(정상이자율)으로 볼 수 없다는 이유로, 원고 2에 대한 이 사건 증액경정처분 중 이전가격 부분은 위법하다고 판단하였다.
 다. 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원심이 비교가능 제3자 가격방법에서의 비교대상거래는 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래 중 국제거래로 한정된다는 전제 아래 피고가 국내거래인 이 사건 비교대상 유동화거래를 비교대상거래로 선정한 것이 위법하다고 판단한 것은 잘못이다.
 그러나 한편 원심판결 이유 및 적법하게 채택된 증거에 의하여 인정되는 이 사건 유동화사채 발행거래와 이 사건 비교대상 유동화거래 사이의 발행형식, 발행통화, 만기, 기초자산에 대한 유동화증권의 발행비율, 신용보강, 발행시기의 차이 및 그에 대한 피고의 조정 내용, 그 밖에 위 각 거래 사이의 기초자산의 차이 및 선·후순위사채의 비중과 구조의 차이 등을 앞서 본 규정에 비추어 살펴보면, 정상이자율의 산정에 중대한 영향을 주는 이 사건 유동화사채 발행거래와 이 사건 비교대상 유동화거래 사이의 비교되는 상황의 차이에 대하여 피고가 합리적인 조정을 하였다고 보기는 어렵다.
 따라서 피고가 이 사건 비교대상 유동화거래를 기초로 산정한 연 16.98%의 이자율을 국조법 제4조, 제5조 제1항 제1호 등에서 규정한 정상가격(정상이자율)으로 볼 수 없다는 이유로, 원고 2에 대한 이 사건 증액경정처분 중 이전가격 부분이 위법하다고 본 원심의 결론은 정당하고, 거기에 정상가격 산정에 있어 비교대상거래의 선정 등에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 없다.
 3. 상고이유 제4점에 관하여
 가. 당초의 조세부과처분에 대하여 적법한 취소소송이 계속 중에 동일한 과세목적물에 대하여 당초의 부과처분을 증액 변경하는 경정결정 또는 재경정결정이 있는 경우에 당초 부과처분에 존재하고 있다고 주장되는 취소사유(실체상의 위법성)가 경정결정 또는 재경정결정에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초 부과처분이 위법하다고 판단되면 경정결정 또는 재경정결정도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우 원고는 경정결정 또는 재경정결정에 대하여 따로 전심절차를 거칠 필요 없이 청구취지를 변경하여 경정결정 또는 재경정결정의 취소를 구할 수 있고, 이러한 경우 당초의 소송이 적법한 제소기간 내에 제기된 것이라면 경정결정 또는 재경정결정에 대한 청구취지변경의 제소기간 준수 여부는 따로 따질 필요가 없다(대법원 1982. 2. 9. 선고 80누522 판결 등 참조).
 한편 당사자 및 소송물이 동일한 소가 시간을 달리하여 제기된 경우 시간적으로 나중에 제기된 소는 중복제소금지의 원칙에 위배되어 부적법하다. 그리고 이 경우 전소와 후소의 판별기준은 소송계속의 발생시기, 즉 소장이나 소변경신청서 등이 피고에게 송달된 때의 선후에 의할 것이다(대법원 1994. 11. 25. 선고 94다12517, 12524 판결 등 참조).
 나. 기록에 의하면, ① 원고들은 이 사건 각 당초 처분에 대하여 적법한 전심절차를 거쳐 이 사건 소를 제기하였는데, 제1심 소송계속 중이던 2008. 2. 3. 이 사건 각 증액경정처분이 있었고, 원고들이 그에 대하여 다시 전심절차를 거쳐 원심 소송계속 중이던 2009. 3. 6. 주위적으로는 이 사건 각 증액경정처분의 취소를, 예비적으로는 이 사건 각 당초 처분과 이 사건 각 증액경정처분 중 당초 세액보다 증액된 부분의 취소를 각 구하는 것으로 청구취지를 교환적으로 변경하는 내용의 청구취지변경신청서를 제출하여 2009. 3. 11. 피고에게 송달된 사실, ② 이 사건 각 당초 처분과 이 사건 각 증액경정처분은 소외인 컨설팅 용역비를 손금불산입한 처분사유가 공통되는데, 원고들은 위 청구취지변경신청서 제출 전에는 물론 그 후에도 이 부분의 위법사유를 계속 주장하고 있는 사실, ③ 한편 원고들은 2009. 4. 3. 서울행정법원 2009구합13276호로 위 청구취지변경신청과 동일한 내용의 소를 별도로 제기하였으나, 같은 법원은 2010. 5. 20. 중복제소를 이유로 원고들의 위 부분 소를 각하한 사실을 알 수 있다.
 다. 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고들의 위 청구취지변경신청이 적법함을 전제로 본안에 관하여 판단한 원심의 조치는 정당하고, 거기에 행정소송에 있어 청구취지변경에 따른 제소기간이나 소의 이익 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 4. 결론
 그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박보영(재판장) 민일영(주심) 이인복 김신

[1] 유동화전문회사인 甲 유한회사 등이 乙 자산관리회사에 지급한 컨설팅 용역비를 손금산입하여 법인세 과세표준을 신고하였다가 위 용역비가 가공경비임이 밝혀지자, 이를 손금불산입함과 아울러 기타소득으로 소득처분한 후 사원에게 추가 배당하는 결의를 하고 추가 배당금에 대한 소득공제신청을 하였으나, 과세관청이 위 신청을 불인정한 후 법인세를 증액경정처분한 사안에서, 위 배당금은 구 법인세법 제51조의2 제1항에 의하여 소득공제대상이 된다고 한 원심판단을 수긍한 사례

[2] 당초의 조세부과처분 취소소송 계속 중 당초의 부과처분을 증액 변경하는 증액경정결정 또는 재경정결정이 있는 경우에 경정결정 또는 재경정결정에 대한 전심절차를 거칠 필요 없이 청구취지변경으로 취소를 구할 수 있는 경우 및 이때 당초의 소송이 제소기간 내에 제기된 경우 청구취지변경의 제소기간 준수를 따질 필요가 있는지 여부(소극)

[1] 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사인 甲 유한회사 등이 乙 자산관리회사에 지급한 컨설팅 용역비를 손금산입하여 법인세 과세표준을 신고하였다가 위 용역비가 가공경비임이 밝혀지자, 이를 손금불산입함과 아울러 기타소득으로 소득처분한 후 사원에게 추가 배당하는 결의를 하고 추가 배당금을 해당 사업연도 소득금액에서 공제하는 소득공제신청을 하였으나, 과세관청이 추가 배당결의에 따른 소득공제신청을 불인정한 후 법인세를 증액경정처분한 사안에서, 비록 甲 회사 등이 컨설팅 용역비를 손금불산입하면서 사내유보로 소득처분하지 아니하고 기타소득(사외유출)으로 소득처분하였다고 하더라도, 甲 회사 등이 乙 회사 등에 컨설팅 용역비 상당액에 대한 손해배상청구권 등의 권리를 가지고 있었고 결국 이를 회수한 이상, 컨설팅 용역비의 손금불산입으로 인한 소득금액 증가분은 甲 회사 등에게 유보되어 있어 그에 대한 추가 배당결의는 적법하고, 그 배당금은 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제51조의2 제1항에 의하여 甲 회사 등의 해당 사업연도 소득금액에서 공제되어야 한다는 이유로, 과세관청의 위 증액경정처분은 위법하다고 본 원심판단을 수긍한 사례.

[2] 당초의 조세부과처분에 대하여 적법한 취소소송이 계속 중에 동일한 과세목적물에 대하여 당초의 부과처분을 증액 변경하는 경정결정 또는 재경정결정이 있는 경우에 당초 부과처분에 존재하고 있다고 주장되는 취소사유(실체상의 위법성)가 경정결정 또는 재경정결정에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초 부과처분이 위법하다고 판단되면 경정결정 또는 재경정결정도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우 원고는 경정결정 또는 재경정결정에 대하여 따로 전심절차를 거칠 필요 없이 청구취지를 변경하여 경정결정 또는 재경정결정의 취소를 구할 수 있고, 이러한 경우 당초의 소송이 적법한 제소기간 내에 제기된 것이라면 경정결정 또는 재경정결정에 대한 청구취지변경의 제소기간 준수 여부는 따로 따질 필요가 없다.