특별부가세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2010.10.14 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 주식회사 (소송대리인 법무법인 백제종합법률사무소 담당변호사 김영외 4인)
【피고, 피상고인】 전주세무서장
【원심판결】 광주고법 2007. 11. 30. 선고 (전주)2007누615 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 광주고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 대하여
 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 법’이라 한다) 제59조의2와 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정된 구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 법’이라 한다) 제99조는 모두 특별부가세의 과세표준을 토지 등의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 하되(제1항), 그 양도차익을 양도가액에서 취득가액과 양도비용을 공제한 금액으로 한다고(제3항) 각 규정하고 있다. 다만, 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 시행령’이라 한다) 제124조의2 제2항은 개정 전 법 제59조의2 제3항의 취득가액에 관하여 ‘제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액, 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액’으로 규정하였는데, 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부 개정된 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 시행령’이라 한다) 제140조 제2항은 개정 후 법 제99조 제3항의 취득가액에 관하여 ‘제72조 제1항 내지 제3항, 제4항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(제1호), 토지개발채권의 이자(제2호), 주택채권의 이자(제3호)를 합계한 금액’으로 규정하고, 이와 함께 개정 후 시행령 제72조는 자산의 취득가액에 관하여 제2항 제2호에서 ‘제52조의 규정에 의한 건설자금에 충당한 차입금의 이자’를, 제4항 제2호에서 ‘제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출액’을 각 취득가액에 포함하도록 규정하고 있다.
 한편 개정 후 시행령 부칙(이하 ‘부칙’이라 한다) 제1조는 시행일에 관하여 ‘이 영은 1999. 1. 1.부터 시행하되, 제72조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다’고 규정한 다음, 제2조 단서는 일반적 적용례에 관하여 ‘특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다’고 규정하고, 제8조 제3항은 손익의 귀속사업연도 등에 관한 개별적 적용례에 관하여 ‘제72조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있다.
 특별부가세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 그 과세요건 및 면세요건에 해당되는지 여부는 그 양도시기를 기준으로 판정하여야 하고(대법원 1995. 3. 24. 선고 94누6871 판결 등 참조), 부칙 제2조 단서도 특별부가세에 관한 개정규정은 개정 후 시행령의 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는 점, 부칙 제8조 제3항은 법인세에 있어 취득가액 산정에 관한 제72조 개정규정의 개별적 적용시기를 규정한 것일 뿐 법인세와는 별개의 과세단위를 이루고 있는 특별부가세에 관한 규정이 아닌 점, 특별부가세에 관한 개정규정인 개정 후 시행령 제140조 제2항 제1호는 특별부가세의 취득가액을 산정함에 있어 제72조의 계산방식만을 준용하고 있는 점 등을 종합하면, 개정 후 시행령의 시행 전에 취득한 토지라 하더라도 그 시행 후에 양도된 경우 특별부가세의 과세표준 계산에 있어서 그 취득가액의 산정에는 개정 후 시행령 제140조 제2항 제1호를 적용하여야 한다. 
 원심은, 그 판시와 같이 주택건설업 등을 목적으로 하는 원고가 1994년경부터 1998. 6. 27.까지 주택건설 용지로 이 사건 토지를 합계 15,840,920,268원에 취득하여 재고자산으로 계상하였다가 2000. 3. 7. 한국토지공사에 합계 28,274,972,370원에 매도한 사실, 그 후 원고는 위 양도가액에서 취득가액과 이 사건 토지를 취득하기 위하여 사용된 차입금 이자 상당액으로 4,925,095,025원(이하 ‘이 사건 건설자금이자’라 한다)을 공제하여 산출한 특별부가세 과세표준 7,508,957,077원 및 세액 1,126,343,561원을 신고·납부한 사실 등을 인정한 다음, 원고가 개정 후 시행령의 시행 전에 이 사건 토지를 취득하였다고 하더라도 그 시행 후에 양도한 이상 특별부가세의 과세표준 계산에 있어서 개정 후 시행령 제140조 제2항 제1호를 적용하여 취득가액을 산정하여야 한다고 판단하였는바, 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이와 같은 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 부칙 제8조 제3항의 해석 및 적용에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 2. 상고이유 제2점에 대하여
개정 후 시행령 제140조 제2항 제1호는 개정 후 법 제99조 제3항의 취득가액에 포함되는 금액의 하나로 ‘제72조 제1항 내지 제3항, 제4항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 취득가액’이라고 규정하고 있는데, 제72조 제2항 제2호는 ‘제52조의 규정에 의한 건설자금에 충당한 차입금의 이자’를 취득가액에 포함하도록 규정하고 있고, 다시 제52조 제1항은 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 ‘사업용 고정자산의 건설 등에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금’으로 규정하고 있다.
 앞서 본 바와 같이 개정 전 법 제59조의2 제3항과 개정 후 법 제99조 제3항은 모두 양도가액에서 공제될 취득가액에 관하여 정의하거나 이를 대통령령에 위임하는 규정을 두고 있지 않아, 위 취득가액을 정의하고 있는 개정 전 시행령 제124조의2 제2항과 개정 후 시행령 제140조 제2항은 해석규정이라 할 수 있는데, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 조세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추, 확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의의 원칙에 위반되는 점(대법원 1982. 11. 23. 선고 82누221 전원합의체 판결 등 참조), 한편 개정 전 시행령 제124조의2 제2항에서 개정 전 법 제59조의2 제3항의 취득가액에 포함되는 금액의 하나로 규정하고 있는 ‘건설자금에 충당한 금액의 이자’와 관련하여 기본적으로 재고자산과 사업용 고정자산을 구별할 특별한 이유가 없음을 전제로 재고자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자도 양도가액에서 공제될 취득가액에 포함되는 것으로 보고 있고(대법원 1989. 11. 14. 선고 86누787 판결, 대법원 1990. 11. 27. 선고 90누3607 판결 등 참조), 특별부가세에 있어서 재고자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 취득가액에 포함하여 양도가액에서 공제하는 것이 입법 취지에도 부합하는 점, 개정 전·후 법에서 특별부가세와 관련하여 재고자산과 사업용 고정자산을 구별하는 규정을 두고 있지 않은데다가, 특별부가세에 있어서 양도가액에서 공제하는 취득가액에 관한 개정 전·후 법의 규정이 동일하고, 개정 후 시행령 제140조 제2항에서 취득가액에 포함되는 금액으로 ‘건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액’이 삭제되었으나, 그와 동시에 같은 항이 취득가액의 계산방식으로 준용하는 제72조 제2항 제2호 및 제4항 제2호에서 ‘건설자금에 충당한 차입금의 이자’와 ‘자본적 지출액’이 추가됨으로써 결국 특별부가세 과세표준 계산에 있어서 양도가액에서 공제하는 취득가액 중 위 두 가지 부분에 관하여는 개정 전·후 시행령의 규정이 실질적으로 동일한 점 등을 종합하여 보면, 개정 후 시행령 제140조 제2항 제1호에서 정하는 취득가액에는 사업용 고정자산뿐만 아니라 재고자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자도 포함된다고 할 것이다. 
 그럼에도 원심은 이 사건 토지가 재고자산이라는 이유만으로 이 사건 건설자금이자가 이 사건 토지의 매입에 소요된 차입금의 이자인지 여부에 관하여 심리·판단하지 아니한 채 특별부가세 과세표준 계산에 있어서 이 사건 건설자금이자를 취득가액에 포함시키지 않은 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 개정 후 시행령 제140조 제2항 제1호의 해석 및 적용에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리·판단을 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 취지의 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신영철(재판장) 박시환 안대희(주심) 차한성

[1] 구 법인세법 시행령 시행 전에 취득한 토지를 그 시행 후에 양도한 경우 특별부가세의 과세표준 계산을 위한 취득가액의 산정에 구 법인세법 시행령 제140조 제2항 제1호가 적용되어야 하는지 여부(적극)
[2] 특별부가세의 과세표준을 산정할 때 구 법인세법 시행령 제140조 제2항 제1호의 규정에 따라 계산된 취득가액에 재고자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자가 포함되는지 여부(적극)

[1] 특별부가세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 그 과세요건 및 면세요건에 해당되는지 여부는 그 양도시기를 기준으로 판정하여야 하고, 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) 부칙 제2조 단서도 특별부가세에 관한 개정규정은 구 법인세법 시행령의 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는 점, 구 법인세법 시행령 부칙 제8조 제3항은 법인세의 취득가액 산정에 관한 제72조 개정규정의 개별적 적용시기를 규정한 것일 뿐 법인세와는 별개의 과세단위를 이루고 있는 특별부가세에 관한 규정이 아닌 점, 특별부가세에 관한 개정규정인 구 법인세법 시행령 제140조 제2항 제1호는 특별부가세의 취득가액을 산정할 때 제72조의 계산방식만을 준용하고 있는 점 등을 종합하면, 구 법인세법 시행령의 시행 전에 취득한 토지라 하더라도 그 시행 후에 양도된 경우 특별부가세의 과세표준 계산시 그 취득가액의 산정에는 구 법인세법 시행령 제140조 제2항 제1호를 적용하여야 한다.
[2] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 법’이라 한다) 제59조의2 제3항과 구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 법’이라 한다) 제99조 제3항은 모두 양도가액에서 공제될 취득가액에 관하여 정의하거나 이를 대통령령에 위임하는 규정을 두고 있지 않아, 위 취득가액을 정의하고 있는 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 시행령’이라 한다) 제124조의2 제2항과 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 시행령’이라 한다) 제140조 제2항은 해석규정이라 할 수 있는데, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 조세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추, 확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의의 원칙에 위반되는 점, 한편 ‘개정 전 시행령’ 제124조의2 제2항에서 ‘개정 전 법’ 제59조의2 제3항의 취득가액에 포함되는 금액의 하나로 규정하고 있는 ‘건설자금에 충당한 금액의 이자’와 관련하여 기본적으로 재고자산과 사업용 고정자산을 구별할 특별한 이유가 없음을 전제로 재고자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자도 양도가액에서 공제될 취득가액에 포함되는 것으로 보고 있고, 특별부가세에 있어서 재고자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 취득가액에 포함하여 양도가액에서 공제하는 것이 입법 취지에도 부합하는 점, ‘개정 전·후 법’에서 특별부가세와 관련하여 재고자산과 사업용 고정자산을 구별하는 규정을 두고 있지 않은데다가, 특별부가세에 있어서 양도가액에서 공제하는 취득가액에 관한 ‘개정 전·후 법’의 규정이 동일하고, ‘개정 후 시행령’ 제140조 제2항에서 취득가액에 포함되는 금액으로 ‘건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액’이 삭제되었으나, 그와 동시에 같은 항이 취득가액의 계산방식으로 준용하는 제72조 제2항 제2호 및 제4항 제2호에서 ‘건설자금에 충당한 차입금의 이자’와 ‘자본적 지출액’이 추가됨으로써 결국 특별부가세 과세표준 계산에 있어서 양도가액에서 공제하는 취득가액 중 위 두 가지 부분에 관하여는 ‘개정 전·후 시행령’의 규정이 실질적으로 동일한 점 등을 종합하여 보면, ‘개정 후 시행령’ 제140조 제2항 제1호에서 정하는 취득가액에는 사업용 고정자산뿐만 아니라 재고자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자도 포함된다.