양도소득세부과처분취소등 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2010.03.16 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 송파세무서장
【변론종결】2010. 1. 19.
【주 문】
 1. 이 사건 소 중 원고 1의 주민세 부과처분 취소 청구 부분 및 원고 2(대법원 및 항소심판결의 소외 1)의 양도소득세 환급 처분 취소 청구 부분을 각 각하한다. 
 2. 원고 1의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용은 모두 원고들의 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 2009. 2. 6. 원고 1에 대하여 한 2006년 귀속분 양도소득세 96,048,930원 및 주민세 9,604,890원의 각 부과처분과 원고 2에 대하여 한 2005년 귀속분 양도소득세 11,695,000원의 환급 처분을 각 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고 1은 2006. 4. 18. 서울 강남구 (주소 2 생략)(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2006. 5. 26. 이를 양도하고, 2006. 7. 12. 실지 거래가액에 따라 양도가액을 1,680,000,000원, 취득가액을 660,000,000원, 필요경비를 200,896,200원으로 하고 세율은 1세대 2주택의 50%를 적용하여 산정한 양도소득세 367,471,710원을 예정신고 납부하였다. 
 나. 그런데 이 사건 주택의 양도 당시 원고 1은 2002. 1. 26. 취득한 서울 송파구 (주소 3 생략)(이하, 이 사건 잠실 아파트라고 한다)를 보유하고 있었고, 원고 1의 처로서 위 원고와 함께 1세대를 구성하는 원고 2는 소외 2, 3과 체결한 공동 투자 약정에 따라 2002. 10. 1. 재건축이 진행되고 있던 서울 강남구 (주소 4 생략)(이하, ‘종전 아파트’라 한다)의 조합원 분양권을 취득하였다가 2003. 7. 25. 장차 건립될 서울 강남구 (주소 1 생략)(이하, ‘이 사건 신규 아파트’라 한다)의 입주자로 선정된 후 2005. 9. 28. 소외 3에게 이 사건 신규 아파트의 조합원 분양권을 양도하였다. 
 그 후 원고 2는 2005. 11. 30.경 이 사건 신규 아파트의 조합원 분양권 양도에 관하여 실지 거래가액에 따라 양도가액을 650,000,000원, 취득가액을 576,420,000원, 필요경비를 6,284,700원으로 하여 산정한 양도소득세 11,695,250원을 예정신고 납부하였다. 
 다. 피고는 그 후 원고 2가 소외 2, 3과 체결한 공동 투자 약정에 따라 종전 아파트를 취득하여 이 사건 신규 아파트의 입주자로 선정된 후 위 원고가 캐나다로 이민을 갈 상황에 이르자 차후 양도의 편의를 위하여 2005. 9. 28. 소외 3에게 이 사건 신규 아파트의 조합원 분양권을 아무런 대가 없이 승계하여 주었으므로, 위 신규 아파트의 조합원 분양권은 그 계약 명의에 불구하고 원고 2, 소외 2, 3이 명의신탁을 통해 사실상 공유하고 있고, 따라서 위 2005. 9. 28.자 양도는 실질적인 양도가 아니라 명의신탁에 의한 형식적인 양도에 불과하다고 보아 2009. 2. 6. 원고 2가 예정신고 납부한 2005년 귀속분 양도소득세 11,695,250원에 가산금 1,832,820원을 합한 13,528,070원을 환급하는 취지의 국세환급금 통지를 하였다(이하, 이 사건 환급 통지라 한다). 
 그리고 피고는 이 사건 주택의 양도 당시 원고 1이 이 사건 주택을, 원고들이 이 사건 잠실 아파트를 각각 보유하고 있는 이외에, 원고 2가 앞서 본 바와 같이 이 사건 신규 아파트 분양권을 소외 2, 3과 사실상 공유하고 있어서 원고 1의 이 사건 주택의 양도가 1세대 3주택 소유자의 주택 양도에 해당한다고 보아 2009. 2. 6. 원고 1에게 기존의 양도소득 과세표준에 중과세 세율 60%를 적용하여 산정한 양도소득세에서 기 납부한 세액을 공제한 잔액 96,048,930원 및 주민세 9,604,890원을 2006년 귀속분으로 부과·고지하는 처분을 하였다(이하, 위 2006년 귀속 양도소득세 96,048,930원의 부과처분을 이 사건 처분이라 한다). 
 라. 원고는 이에 불복하여 2009. 5. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 심판청구는 2009. 7. 17. 기각되었다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 소 중 주민세 부과처분 취소 청구 부분의 적법 여부
 이 사건 소 중 주민세 부과처분 취소 청구 부분의 적법 여부에 대하여 직권으로 보건대, 구 지방세법(2009. 4. 1. 법률 제9576호로 개정되기 전의 것) 제177조의4 제1항, 제2항, 제5항에 의하면, ‘소득세할 주민세는 소득세의 납세지를 관할하는 시장·군수(특별시·광역시의 경우에는 구청장, 이하 같다)에게 납부하여야 하는 지방세이고, 세무서장이 국세기본법 또는 소득세법에 의한 경정·결정 등에 따라 부과고지 방법에 의하여 소득세를 징수하는 경우 그 소득세할 주민세를 함께 부과고지 하더라도 이는 해당 시장·군수가 부과고지 한 것으로 본다.’고 규정하고 있으므로, 이 사건 주민세 부분 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 피고는 원고의 소득세 납세지를 관할하는 기초 자치단체장이 되어야 한다(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 참조).
 따라서 이 사건 소 중 주민세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 피고 적격이 없는 자를 상대로 한 것이어서 부적법하다.
 3. 이 사건 소 중 이 사건 환급통지의 취소를 구하는 부분의 적법 여부
 이 사건 소 중 피고의 양도소득세 환급 통지를 처분으로 보아 다투는 부분의 적법 여부에 대하여 직권으로 보건대, 조세의 환급세액에 대한 납세의무자의 환급청구권은 각 개별세법에서 규정한 환급요건이 충족된 때에 확정되는 것이지 과세관청의 환급결정에 의하여 비로소 확정되는 것은 아니므로 국세기본법이나 개별세별에서 환급세액의 환급에 관한 절차를 규정하고 있다고 하여도 이는 과세관청이 반환할 의무가 있는 세액의 환급을 위한 내부적 사무처리 절차에 지나지 않을 뿐이고 이러한 환급절차에 따른 환급결정 또는 환급거부처분은 납세자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니므로 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없으며 납세자가 부당하게 환급거부를 당한 경우에 직접 민사소송으로 그 환급을 요구할 수 있을 뿐이다(대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체판결 등 참조). 따라서 이 사건 소 중 이 사건 환급통지의 취소를 구하는 부분은 처분이 아닌 것을 대상으로 그 취소를 구하는 것이어서 부적법하다. 
 4. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 원고 2는 소외 2, 3과 체결한 공동 투자 약정에 따라 2002. 10. 1. 재건축이 진행되고 있던 종전 아파트의 조합원 분양권을 취득하였다가 2003. 7. 25. 장차 건립될 이 사건 신규 아파트의 입주자로 선정된 후 캐나다로 이민을 가야 하는 사정에 따라 2005. 9. 28. 소외 3에게 이 사건 신규 아파트의 조합원 분양권을 양도하고, 추후 위 신규 아파트가 완공되어 처분을 하게 될 때 수익금 중 자신의 투자 지분에 상응한 금원을 수령하기로 하였으므로, 이 사건 신규 아파트의 양도는 명의신탁이 아니라 실질적인 양도에 해당한다. 따라서 원고 1이 이 사건 주택을 양도할 당시 원고들은 위 주택과 이 사건 잠실 아파트를 보유하고 있었을 뿐이므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 주택의 양도에 관하여 1세대 3주택의 주택 양도에 적용되는 중과세율 60%를 적용하여 2006년 귀속분 양도소득세를 산정한 피고의 이 사건 처분은 위법하다. 
 (2) 피고는 원고 2가 소외 2, 3과 함께 사실상 이 사건 신규 아파트를 공유하고 있고, 소득세법 기본통칙 제89-4에 의하면 이와 같이 하나의 주택을 공동으로 소유하는 경우에는 각각의 개인이 1주택을 소유하는 것으로 보도록 규정하고 있으므로, 결국 이 사건 신규 아파트에 관한 원고 2의 공유 지분은 하나의 주택으로 볼 수 있다고 주장하나, 소득세법 기본통칙 제89-4는 국세청 내부의 업무처리 지침에 불과할 뿐 국민이나 법원에 구속력을 가지지 아니하고, 특히 상위 법령에 위임을 받지 아니한 채 임의로 공유자도 각각 1주택을 소유하는 것으로 보도록 규정함으로써 조세법률주의에 위반하였으며, 가사 위 규정이 적법하다 하더라도 위 규정에서 말하는 공동 소유는 민법에서 차용한 개념으로서 부동산 등기부에 공동 소유로 등기되어 있는 경우를 지칭한다고 해석함이 합리적이므로, 이와 다른 전제에서 원고 2를 위 소득세법 기본통칙 제89-4 소정의 공동 소유자로 인정한 것은 위법하다. 
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실
 (1) 원고 2는 2002. 8.경 소외 2, 3과 사이에 공동으로 자금을 투자하여 재건축이 추진되고 있던 역삼동 소재 영동아파트를 위 원고 명의로 매수한 후 재건축이 완료 되었을 때 매도하여 수익금을 투자 지분에 따라 나누기로 하는 공동 투자 합의서를 작성하였다. 
 (2) 위 공동 투자 합의서 작성 당시 원고 2, 소외 2, 3은 원고 2, 소외 3 각 1/4, 소외 2 1/2 지분 비율로 350,000,000원을 투자하기로 하되, 소외 2는 원고 2의 숙모이므로 위 원고가 소외 2와 관련된 투자 지분까지 모두 책임을 부담하고, 소외 3은 자금이 없으므로 그의 투자금 85,000,000원 중 30,000,000원을 제외한 나머지를 위 원고가 대출을 받아 충당한 후 차후 수익금을 정산할 때 함께 정산하기로 하였다. 
 (3) 이에 따라 원고 2는 2002. 10. 1. 재건축이 진행되고 있던 종전 아파트의 조합원 분양권을 350,000,000원에 취득하였다가 2003. 7. 25. 재건축 시공사인 삼성물산 주식회사와 사이에 분양계약을 체결함으로써 장차 건립될 이 사건 신규 아파트의 입주자로 선정되었다. 
 (4) 그런데 강남권에 소재하는 이 사건 신규 아파트의 가격이 재건축 완료 후에도 상승할 것으로 보이자 원고 2를 포함한 투자자들은 협의를 거쳐 이를 장기 보유하기로 결정하였으나 원고 2가 2004. 11.경 캐나다로 이민을 가기 위하여 영주권 신청을 준비하게 됨에 따라 향후 위 원고가 캐나다로 이민을 갈 경우 위 신규 아파트의 매도에 어려움을 겪을 것을 우려해 위 신규 아파트의 분양권 명의를 공동 투자자 중 1인인 소외 3에게 이전하기로 하였고, 이에 따라 원고 2는 2005. 8. 25.자로 매매대금 650,000,000원에 위 신규 아파트의 분양권을 소외 3에게 매도한다는 내용의 매매계약서를 형식적으로 작성한 후 2005. 9. 28. 이 사건 신규 아파트의 수분양자 명의를 원고 2에서 소외 3으로 변경하였다.
 (5) 그 후 재건축이 완료됨에 따라 2005. 12. 6. 이 사건 신규 아파트에 관하여 소외 3 명의로 소유권보존등기가 마쳐졌고, 원고 2는 위 공동 투자 약정에 따른 투자 수익금의 회수를 담보하기 위하여 2005. 12. 15. 소외 3과 사이에 매매대금을 650,000,000원으로 정한 매매예약을 체결하고 이를 원인으로 하여 같은 달 28. 위 신규 아파트에 관하여 소유권이전청구권가등기를 마쳤다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6 내지 14호증, 을 제3 내지 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 (1) 국세기본법 제14조에 의하면, 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하도록 규정하고 있다. 따라서 이익분배 약정에 따라 여러 사람이 공동으로 투자하여 어느 한 사람의 명의로 부동산을 취득한 후 사정에 따라 아무런 대가의 수수 없이 공동 투자자 중 1인에게 재차 명의를 변경하는 경우에 대가를 수반한 자산의 양도가 이루어지지 아니하여 사실상 명의신탁 내지 그 해지에 의한 등기로 볼 수 있어서 이를 양도소득세 부과대상인 유상양도에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다(대법원 1994. 9. 9. 선고 93누23541 판결 등 참조).
 그런데, 위 인정사실에 의하면, 원고 2는 2002. 8.경 소외 2, 3과 사이에 재건축이 추진되고 있던 종전 아파트를 위 원고 명의로 매수한 후 재건축이 완료 된 다음 매도함으로써 수익금을 나누기로 하는 공동 투자 약정을 체결하고 이에 따라 공동 투자금으로 종전 아파트를 매수하여 같은 해 10. 1.경 위 원고 명의로 소유권이전등기를 마친 후 보유하다가 자신의 개인 사정으로 인해 종전 아파트에 배정된 이 사건 신규 아파트의 수분양자 명의를 공동 투자자 중 1인인 소외 3 명의로 변경하기로 나머지 공동 투자자들과 합의한 다음 아무런 대가의 수수 없이 이 사건 신규 아파트의 수분양자 명의를 소외 3 앞으로 변경하였으므로, 이 사건 신규 아파트의 수분양자 명의를 소외 3 앞으로 변경한 것은 위와 같은 공동 투자 약정에 따른 것으로서 위 신규 아파트 중 위 원고의 투자 지분에 상응하는 1/4 지분에 관하여는 여전히 위 원고에게 그 실질적 권리가 있다고 할 것이고, 그 등기 명의는 소외 3에게 신탁되어 있는 것이라고 봄이 타당하다 할 것이다. 
 따라서, 이 사건 신규 아파트는 그 등기명의에도 불구하고 1/4 지분에 관하여는 원고 2가 사실상의 소유자로 인정되고, 이와 같이 하나의 주택을 공동으로 소유하는 경우에는 각각의 개인이 하나의 주택을 각기 소유하는 것으로 봄이 타당하므로, 이와 같은 전제에서 원고 1이 이 사건 주택을 양도할 당시 원고들이 1세대로서 위 주택, 이 사건 잠실 아파트, 위 신규 아파트 등 3주택을 소유한 것으로 보아 양도소득세 중과세율 60%를 적용해 2006년 귀속분 양도소득세를 산정한 피고의 이 사건 처분은 적법하다. 
 (2) 나아가, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 할 수 있다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두13784 판결 참조). 
 그런데, ① 1세대 3주택 해당 여부를 판단하기 위한 주택의 개수를 산정함에 있어서 주택은 소득세법 자체에 정의 규정이 없는 차용 개념이므로 물리적·사회적으로 하나의 독립된 주거로의 사용이 가능한 건물이라는 통상적인 주택 개념을 전제로 한다고 할 것이나, 투기적 목적의 주택 소유를 막고 이를 통하여 주택이라는 한정된 재화가 일부 사람들에게 소유가 집중되는 것을 막아 다수 국민의 주거 생활의 안정을 이룩하려는 공익을 실현하려는 의도 하에 1세대 2주택 이상의 보유자들에게 양도소득세 중과세율을 적용하는 소득세법 관련 규정의 입법취지를 고려하면 여기서 규정하는 주택을 필요적으로 주택 전체를 소유하는 경우로 한정하여 해석할 필요가 없다는 점, ② 실제 1세대가 2주택 이상을 보유하고 있는 경우에 주택 전부를 소유하는 경우 이외에 주택의 일부 지분을 소유하고 있는 경우가 다수 있고 이러한 경우에는 투기적 목적을 가지는 경우도 많다는 점, ③ 소득세법 기본통칙 제89-4가 소득세법 및 같은 법 시행령 등 상위 법령의 위임을 받지 않은 채 하나의 주택을 공동으로 소유하는 경우에 각각의 개인이 1주택을 소유하는 것으로 보도록 규정하고 있으나, 이는 국세청 내부의 업무처리 지침에 불과할 뿐 국민이나 법원에 구속력을 가지지 아니하고, 다만 소득세법 및 같은 법 시행령 등 상위 법령에서 규정하고 있지 않은 주택의 공유에 있어서 주택의 보유 여부를 판단하는 하나의 기준을 제시하였고, 그 기준이 앞서 본 주택의 통상적인 개념과 일부 배치되기는 하나 투기적 수요를 억제하려는 의도 하에 1세대 2주택 내지 1세대 3주택 등의 경우에 양도소득세를 중과하려는 소득세법의 입법 취지에 부합한다는 점, ④ 소득세법 및 같은 법 시행령 어디에도 1세대 2주택 혹은 1세대 3주택 등에 있어서 주택의 개념을 주택 전부를 소유하는 경우로 한정하고 있지 않고, 실제 소득세법 시행령 제155조 제3항 단서는 위와 같은 전제 하에 공동상속의 경우에 있어서 1세대 1주택 여부를 판단함에 있어서 예외적으로 가장 큰 상속지분을 가지고 있는 상속인을 공동상속 주택의 소유자로 보도록 규정하고 있다는 점 등에 비추어 보면, 1세대가 보유한 주택 수를 판단함에 있어서 주택 전부를 소유하고 있는 경우 뿐만 아니라 지분을 소유하고 있는 경우에도 이를 보유 주택수에 포함시키는 것이 타당하다고 보이므로, 이와 같은 내용을 규정한 소득세법 기본통칙 제89-4가 조세법률주의의 파생 원칙인 엄격해석의 원칙 등에 위반된다고 보기는 어렵다(대법원 1992. 4. 28. 선고 92누886 판결 참조). 
 (3) 결국, 이와 결론을 같이 한 이 사건 처분은 적법하다.
 3. 결론
 그렇다면, 이 사건 소 중 원고 1의 주민세 부과처분 취소 청구 부분 및 원고 2의 양도소득세 환급 처분 취소 청구 부분은 각 부적법하므로, 이를 각 각하하고, 원고 1의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 정총령