부가가치세부과처분등취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2020.08.11 / 시행일:

【원 고】 서울주택도시공사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 유철형 외 3인)
【피 고】 양천세무서장 외 1인 (소송대리인 법무법인 (유한) 동인 담당변호사 최석규)
【변론종결】2020. 5. 28.
【주 문】
 1. 원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 소를 각하한다.
 2. 피고 양천세무서장이 2013. 6. 10. 및 2013. 10. 21. 원고에 대하여 한 별지1 목록 ‘부가가치세(본세)’란 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.
 3. 소송비용 중 원고와 피고 양천세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 양천세무서장이, 원고와 피고 서울지방국세청장 사이에 생긴 부분은 원고가 각 부담한다.

【청구취지】 주문 제2항 및 피고 서울지방국세청장이 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 세무조사 결과통지를 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고의 설립
 원고(변경 전 상호: 에스에이치공사)는 구 지방공기업법(1991. 5. 31. 법률 제4371호로 개정되기 전의 것) 제49조 및 ‘서울특별시 도시개발공사 설치 조례’에 따라 택지의 개발과 공급, 주택의 건설·개량·공급 및 관리 등을 목적으로 서울특별시가 전액 출자한 지방공사로서, 1988. 12. 21. 내무부장관의 설립인가를 받아 1989. 1. 18. 설립되었다.
나. 집단에너지 공급사업의 위탁 및 수행
 1) 서울특별시는 1983년경부터 집단에너지사업법에 따라 서울 강서구 및 노원구 등에서 다수의 사용자에게 열 또는 열과 전기를 생산·공급하는 집단에너지 공급사업을 다른 기관에 위탁하여 시행하였고, 2002. 1. 1.부터 지방자치법 제104조 제3항 및 구 ‘서울특별시 집단에너지공급사업의 시행 및 업무의 위탁에 관한 조례’(2015. 10. 8. 서울특별시 조례 제6016호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘위탁조례’라 한다)에 따라 원고와 ‘집단에너지 공급사업 업무 위·수탁 협약’(이하 ‘위탁협약’이라 한다)을 체결하여 원고에게 관련 업무를 위탁하였다.
 2) 원고는 서울 양천구 목동에 집단에너지사업단(이하 ‘사업단’이라 한다)을 설치하여 2002. 1. 1.부터 위탁받은 집단에너지 공급사업의 관리업무를 수행(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)하면서 2006년부터 2012년까지 서울특별시로부터 아래 표 기재 사업비를 수취하였는데, 원고의 사업단은 위 사업을 면세사업으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았고, 원고의 본점에서 인건비 및 경비의 3% 상당액인 위탁수수료 부분을 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하여 왔다.

다. 당초 부과처분 및 재조사 결정
 1) 피고 서울지방국세청장은 2013. 1. 21.부터 2013. 5. 10.까지 원고에 대한 법인세 정기 통합조사를 실시한 다음, 원고가 서울특별시로부터 집단에너지 공급사업 대행용역을 포괄적으로 위탁받으면서 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 공급가액 1조 2,807억 원 상당(위탁수수료를 제외한 사업비)을 부가가치세 과세표준에서 누락하였다고 보아 관련 과세자료를 통보하였고, 피고 양천세무서장은 2013. 6. 10. 및 2013. 10. 21. 원고에게 별지1 기재와 같이 2006년 제1기 내지 2012년 제2기 부가가치세(각 가산세 포함) 합계 225,880,034,450원을 부과·고지하였으며(이하 ‘당초 부과처분’이라 한다), 그 무렵 삼성세무서장은 원고의 본점 부가가치세 과세표준에 포함된 위탁수수료 부분에 관한 부가가치세 합계 359,162,466원을 환급하였다.
 2) 원고는 당초 부과처분에 불복하여 2013. 12. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2017. 12. 7. 다음과 같은 재조사 결정(조심 2014서307, 이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라 한다)을 하였다.
피고 양천세무서장이 2013. 6. 10. 원고에게 한 당초 부과처분은, 원고가 사업단과 관련하여 구 부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정된 것) 제37조 제1호, 같은 법 시행규칙 제11조의5 제1항에서 규정하고 있는 ‘비영리법인’의 사업으로서 그 고유의 사업목적을 위하여 ‘실비’로 공급하는 재화·용역에 해당하는지 여부 및 원고의 사업자등록 경위와 재정경제부장관의 질의회신(재소비제세과-288, 2004. 3. 15.) 경위 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.
라. 후속처분과 조세심판원의 당초 부과처분에 대한 일부 취소결정
 1) 피고 서울지방국세청장은 2018. 1. 5.부터 2018. 1. 9.까지 재조사를 마친 후 2018. 1. 10. 원고에게 ‘조세심판원 2014서307 결정에 따른 재조사 결과 당초 과세가 정당하다’는 세무조사 결과통지(이하 ‘이 사건 세무조사 결과통지’라 한다)를 하였다.
 2) 원고는 2018. 2. 9. 재차 피고 양천세무서장을 상대로 조세심판원에 심판청구를 제기하여 당초 부과처분의 취소를 구하였고, 조세심판원은 2018. 12. 21. ‘당초 부과처분은 무신고·납부불성실·미등록 및 세금계산서미교부 가산세를 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다’는 일부 인용결정을 하였다[이하 당초 부과처분 중 위와 같이 취소되고 남은 별지1 목록 각 ‘부가가치세(본세)’란 기재 각 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다].
마. 관계 규정
 별지2 기재와 같다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5, 18, 19, 21, 28, 32호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 소의 적법 여부
가. 원고의 주장 요지
 피고 서울지방국세청장은 원고로부터 의견서를 제출받은 다음날 당초 부과처분이 정당하다고 통지하였는바, 이 사건 세무조사 결과통지는 이 사건 재조사 결정의 취지에 따른 재조사 없이 이루어진 것으로 국세기본법 제80조, 제81조에서 정한 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하다.
나. 직권 판단
 국세기본법에 의하면, 재조사 결정에 따른 처분에 대해서는 해당 재조사 결정을 한 재결청에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 있고(제55조 제5항 단서), 재조사 결정에 따른 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하고도 제기할 수 있으나(제56조 제2항 단서), 심사청구 또는 심판청구를 거치지 아니한 경우에는 재조사 후 행한 처분청의 처분의 결과 통지를 받은 날부터 90일 이내에 행정소송을 제기하여야 한다(제56조 제4항 제1호 본문).
 그런데 앞서 본 바와 같이 원고는 2018. 1. 10. 이 사건 세무조사 결과통지를 수령한 다음 조세심판원에 당초 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였고, 달리 원고가 피고 서울지방국세청장을 상대로 조세심판원에 이 사건 세무조사 결과통지의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였음을 인정할 자료가 없다. 결국 원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 소는 이 사건 세무조사 결과통지 수령일로부터 90일의 제소기간이 도과된 후에 제기된 것으로 부적법하다 할 것이다.
3. 이 사건 부과처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 요지
 1) 이 사건 부과처분은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반하는 것으로 위법하다.
 2) 원고는 서울특별시로부터 집단에너지 공급사업에 필요한 사무 처리를 위탁받아 수행하였고, 위탁수수료를 제외한 나머지 사업비는 위 공급사업에 소요되는 비용으로서 서울특별시의 지출을 대행한 것에 불과하므로, 경제적 관점에서 이 사건 용역의 공급과 대가관계에 있지 아니하여 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다.
 3) 원고가 서울특별시로부터 위탁받아 수행한 집단에너지 공급사업은 공익을 목적으로 하는 사업에 해당하고 서울특별시로부터 실비를 변상받았을 뿐이므로, 이 사건 용역은 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조의5 제1항에 따른 부가가치세 면제 대상에 해당한다.
 4) 원고는 2002. 4. 18. 과세사업자로서 사업자등록을 마쳤으므로, 그 후 사업자등록 정정이 이루어졌다 하더라도 이 사건 용역 관련 매입세액을 사업자등록 전 매입세액으로 보아 공제하지 않은 것은 위법하다.
 5) 원고가 서울특별시로부터 위탁협약 제12조에 따라 지급받은 위탁수수료는 본점의 일반회계에 귀속되었고 원고의 본점이 당사자로서 위탁협약을 체결하였으므로 위탁수수료 부분은 원고가 당초 신고·납부한 바와 같이 본점 사업장의 과세표준에 포함되어야 한다. 따라서 이 사건 부과처분 중 위탁수수료에 관한 부분은 사업장별 과세원칙에 위반한 것으로 위법하다.
 6) 피고 양천세무서장은 2003년 원고에게 부가가치세를 환급함으로써 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상이라는 공적인 견해표명을 하였고, 그 후 원고의 사업자등록 정정신고를 수리하여 면세사업자용 사업자등록증을 발급한 후 이 사건 부과처분이 있기 전까지 10년 이상 원고의 부가가치세 면세 신고에 대해 시정지시 없이 신고 내용대로 접수하여 왔으며, 원고는 이를 신뢰하여 서울특별시로부터 사업비에 대한 부가가치세를 거래징수하지 않았으므로, 이 사건 부과처분은 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다.
나. 이 사건 부과처분이 조세심판원 결정의 기속력에 반하는지 여부
 1) 국세기본법은 제81조에서 심판청구에 관하여 심사청구의 결정에 대한 제65조를 준용하고, 제80조 제1항, 제2항에서 ‘제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다’고 규정하고 있으며, 제65조 제5항 본문은 같은 조 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 ‘처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다’고 규정하고 있다. 
 2) 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 당초 부과처분에 불복하여 2013. 12. 6. 조세심판원에 심판청구를 한 사실, 조세심판원은 2017. 12. 7. ‘원고가 사업단과 관련하여 비영리법인의 사업으로서 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 재화·용역에 해당하는지 여부 및 원고의 사업자등록 경위와 재정경제부장관의 2004. 3. 15.자 질의회신 경위 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다’는 이 사건 재조사 결정을 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제15, 17 내지 19, 22, 23호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 서울지방국세청에서는 이 사건 재조사 결정이 있은 후 2017. 12. 19. 원고에게 세무조사 사전통지서를 송달하고, 2018. 1. 5. 원고에게 이 사건 용역이 공익법인이 공급하는 면세용역에 해당하는지 여부와 관련 매입세액에 대해 등록 전 매입세액으로 공제하지 않은 것 등에 대한 의견 및 장부·서류 등 자료의 제출을 요구하였으며, 원고는 2018. 1. 9. 서울지방국세청에 원고의 사업자등록과 재정경제부장관의 2004. 3. 15.자 질의회신 경위 등에 관한 사실관계 및 위 각 쟁점에 대한 의견 등이 담긴 의견서를 제출한 사실, 한편 서울지방국세청은 이 사건 재조사 결정 당시 원고의 2012년, 2014년, 2015년 사업연도 귀속 법인세에 대한 정기세무조사를 하고 있었고, 2018. 1. 9. 과세사실판단자문위원회로부터 원고가 당초 부과처분에 따라 납부하고 서울특별시에 대한 장기대여금으로 회계처리한 부가가치세(가산세 포함) 225,880,034,450원이 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목 소정의 업무무관 가지급금에 해당한다는 의결결과를 통보받은 사실, 서울지방국세청은 2018. 1. 9. 다음과 같은 조사 내용을 들어 당초 부과처분이 정당하다고 보아 위 세무조사를 종결한 사실이 인정된다.
재조사 결정 취지조사 내용집단에너지 공급사업 대행용역이 공익법인이 공급하는 면세용역 해당 여부원고는 공익법인에 해당하지 않고, 공급대가가 실비 상당액을 초과하므로 재화용역에 해당함등록 전 매입세액에 해당하여 부가가치세 불공제 여부면세사업자 등록기간 매입세액은 등록 전 매입세액에 해당함가산세 감면의 정당한 사유 해당 여부공익법인에 해당하지 않는다는 회신에도 불구하고 사업자등록 정정 해태
 3) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 재조사 결정은 과세관청으로 하여금 원고의 집단에너지 공급사업이 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 소정의 면세사업에 해당하는지, 이 사건 용역과 관련한 원고의 매입세액이 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제7호 소정의 사업자등록 전 매입세액 해당하는지 등에 관한 과세요건사실을 재조사하여 그 결과를 반영하라는 것에 불과하고, 당초 부과처분을 원고에게 유리하게 변경하라는 취지로 보기 어려우므로, 과세관청이 재조사 결과 이 사건 부과처분이 정당하다고 보아 이를 그대로 유지하였다는 이유만으로 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반한다고 볼 수 없다.
 4) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
다. 사업비 지급과 이 사건 용역 공급의 대가관계 여부
 1) 구 부가가치세법 제13조 제1항은 재화 또는 용역의 공급에 대하여 금전으로 대가를 받는 경우 그 대가를 부가가치세의 공급가액으로 규정하고, 구 부가가치세법 시행령 제48조 제1항은 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고 있다. 
 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 등 참조).
 2) 앞서 든 증거들에 갑 제10 내지 16, 29 내지 34호증, 을 제24 내지 26, 29 내지 31호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.
 가) 구 집단에너지사업법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것)에 따른 집단에너지 공급사업이란 많은 수의 사용자를 대상으로 열 또는 열과 전기를 공급하는 사업으로, 지식경제부장관(현재의 산업통상자원부장관)으로부터 공급구역별로 허가를 받아 영위할 수 있다.
 나) 원고는 2002. 1. 1.경 서울특별시와 위탁협약을 체결하고 지점인 사업단을 설치한 후 서울특별시 강서구 및 노원구 등 다수의 사용자에 대한 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행하여 왔다.
 다) 위탁협약 제3조은 ‘위탁조례 제3조 제2항에서 정한 집단에너지 공급사업의 업무를 원고에게 위탁하여 시행하게 하고 원고가 위탁받은 업무의 시행 전반에 관한 책임을 진다’고 정하고, 위탁조례 제3조 제2항에서는 ‘① 공급시설의 기본설계, 실시설계, 시공 및 감리, ② 사업의 운영 및 공급시설·운영시설의 관리, ③ 열·전기 요금의 징수, ④ 공급시설 건설비용 부담금의 징수, ⑤ 그 밖에 사업의 효율적인 운영·관리를 위하여 실시하는 각종 시험·검사 등의 수수료의 징수 등’을 그 위탁사무로 정하고 있다. 
 라) 위탁조례, 위탁협약 및 이에 따라 마련된 집단에너지공급사업 업무처리지침(이하 ‘업무처리지침’이라 한다)의 주요 내용은 다음과 같다.
 (1) 원고는 매년 수탁업무의 시행계획을 작성하여 서울특별시장의 승인을 얻어 시행하여야 하고, 매 회계연도 개시 전 수탁업무에 대한 총수입과 총지출을 예산안으로 편성하여 서울특별시장의 승인을 얻어야 하며, 매 회계연도 경과 후 3월 이내에 수탁업무에 대한 결산서를 작성하여 서울특별시장에게 제출하여야 한다(위탁조례 제4조 제2항, 제7조 제2항, 제3항, 제4항).
 (2) 원고는 위탁받은 업무와 관련하여 시설관리·운영계획서, 건설계획서 및 예산서(이하 ‘예산서 등’이라 한다)를 작성하여 매 회계연도 개시 4월 전까지 서울특별시에 제출하여 승인을 받고, 예산서 등에 대한 운용 및 지출에 관하여 책임을 지며, 위탁업무에 대한 결산보고서, 재산목록, 대차대조표, 손익계산서 등의 결산서에 공인회계사의 감사보고서를 첨부하여야 한다(위탁협약 제8조 제1항, 제4항, 제11조 제1항, 제2항). 사업비는 예산배정금액 범위 내에서 매월 지급하며, 회계연도가 종료된 때에는 집행한 사업비를 정산하고 잔액은 반납한다(업무처리지침 제10조).
 (3) 서울특별시는 원고에게 공급업무와 관련된 인건비와 일반경비 합계액의 3%를 위탁수수료(부가가치세 별도)로 지급하고, 그 위탁수수료는 원고가 지정하는 계좌에 다른 위탁사업비와 구분하여 지급한다. 서울특별시는 원고로부터 결산서를 제출받은 후 3개월 이내에 위탁업무 전반에 대하여 경영실적을 평가할 수 있고, 경영실적 평가 결과에 따라 익년도 예산 범위 내에서 성과금을 지급할 수 있다(위탁협약 제12조 제1항, 제2항, 제16조 제1항, 제2항).
 (4) 서울특별시장은 원고의 수탁업무를 지도하기 위하여 처리지침을 시달하고 그 이행 여부를 감독할 수 있으며 업무상 필요한 명령을 할 수 있고(위탁조례 제8조 제1항), 원고는 위탁받은 업무를 수행함에 있어 관계법규와 명령, 위탁협약에서 정한 사항 및 업무처리지침을 준수하고 경영개선을 위하여 지속적으로 노력하여야 하며, 매 회계연도 개시 후 서울특별시에 경영개선 계획을 포함한 사업시행계획서를 제출하여 승인을 받아야 한다(위탁협약 제8조 제2항, 제13조 제1항).
 마) 원고가 위탁받은 집단에너지 공급사업 사무에 관한 예산은 위탁조례 제5조 제2항 및 구 ‘서울특별시 집단에너지공급사업특별회계 설치 조례’(2015. 10. 8. 서울특별시 조례 제6016호로 개정되기 전의 것)에 따라 설치된 서울특별시의 특별회계로 운영되고, 사업단의 예산은 지역난방 운영과 관련한 열생산재료비, 인건비, 경비 등 항목과, 지역난방 건설과 관련한 건설비(각종 공사나 시설 설치 관련 비용) 등으로 구성되어 있다. 
 3) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 서울특별시로부터 지급받은 사업비는 위탁받은 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행하며 공급한 이 사건 용역의 대가로서 부가가치세의 과세표준이 된다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 가) 원고가 위탁받아 수행한 집단에너지 공급사업의 사무는 ‘공급시설의 설계, 시공 및 감리, 사업 운영 및 시설관리, 요금 및 부담금, 수수료의 징수 등’ 집단에너지 공급사업의 제반 업무이고, 그 시행 전반에 관한 책임을 지며, 사업시행계획을 수립하거나 예산안을 편성하여 사업비를 집행하고, 경영실적에 대한 평가를 받는 점 등에 비추어 보면, 원고는 서울특별시로부터 집단에너지 공급사업을 포괄적으로 위탁받았다고 봄이 상당하다.
 나) 사업단의 예산에 포함되는 열생산재료비는 집단에너지 공급을 위해 소요되는 비용으로 원고가 그 계약당사자로서 공급업체로부터 열생산재료를 공급받으면서 지출한 것이고, 건설비는 열공급시설와 부대시설의 건설, 운영 및 유지관리비용 등으로 원고 명의로 공사계약 등을 체결한 다음 원고의 회계결의를 통해 지출한 것이며, 인건비의 지급대상이 되는 사업단의 직원들은 원고 소속이고, 경비 또한 이 사건 용역의 공급 과정에서 지출하는 것이므로, 위 각 비용은 모두 원고가 위탁받은 사무 수행을 위해 자기의 명의와 계산으로 지출한 것이다. 따라서 원고가 서울특별시로부터 위 각 비용 명목으로 지급받은 사업비는 이 사건 용역의 공급에 대한 직접적인 대가에 해당한다 할 것이고, 서울특별시장으로부터 승인받아 사업단의 예산을 편성하여 서울특별시 특별회계로 처리하였다거나 실제 지출액수에 따라 서울특별시와 사이에 사업비 정산이 이루어진다는 사정만으로 원고가 단순히 서울특별시를 대행하여 사업비를 지출하는 지위에 있었다고 볼 수 없다.
 다) 서울특별시장으로부터 승인을 받은 시행계획에 따라 수탁업무를 수행하고 이에 관하여 지도·감독을 받도록 정한 관련 규정들은 지방공사인 원고가 위탁받아 수행하는 집단에너지 공급사업의 사업비 지출 및 업무 수행에 대해 서울특별시의 통제를 받도록 한 것에 불과하므로, 사업비와 이 사건 용역 공급과의 대가관계를 부정할 만한 사정에 해당하지 않는다.
라. 이 사건 용역 공급에 대해 부가가치세가 면제되는지 여부
 1) 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호는 부가가치세 면제 대상의 하나로 ‘종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제37조는 "법 제12조 제1항 제17호에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 다음 각 호의 것을 말한다."고 규정하면서 제1호에서 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역‘을 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항은 "영 제37조 제1호에서 ‘기획재정부령이 정하는 사업’이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다."고 규정하고 있다. 따라서 위 각 규정에 의한 부가가치세 면제 대상이 되기 위해서는 재화 또는 용역을 공급하는 단체가 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항이 규정하는 사업을 하는 단체이어야 하고, 공급하는 재화 또는 용역이 그 단체 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하는 것이거나 실비 또는 무상으로 공급하는 것에 해당하여야 한다. 
 2) 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 의하면, 이 사건 용역은 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 소정의 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 할 수 없다.
 가) 원고의 정관 제30조 제1항에서는 결산이익금을 ‘이월결손금의 보전, 이익준비금의 적립, 시 일반회계에 납입, 사업준비금의 적립’의 순으로 처리하도록 정하여 원고의 결산 결과 이익이 생긴 때에 구 지방공기업법(2013. 6. 4. 법률 제11852호로 개정되기 전의 것) 제67조 제1항에 따라 출자자인 서울특별시에 대한 이익배당의 실시를 예정하고 있다. 또한 원고는 이 사건 용역을 공급한 대가로 서울특별시로부터 인건비 및 경비의 3% 상당액인 위탁수수료를 지급받아 왔고, 경영실적 평가 결과에 따른 성과금을 지급받기로 약정하였으므로, 원고가 수행하는 집단에너지 공급사업의 관리업무는 수익사업에 해당한다. 따라서 원고는 ‘비영리법인’에 해당한다고 볼 수 없다.
 나) 원고는 택지의 개발과 공급, 주택의 건설·개량·공급 및 관리 등을 목적으로 설립된 지방공사이다. 원고의 정관은 제6조 제1항 제6호에서 수행하는 사업의 하나로 ‘국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 업무’를 정하고 있고, 이에 따라 원고가 서울특별시로부터 위탁받은 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행하였으나, 이는 원고의 위 설립목적과 별다른 관련 없는 수익사업에 해당한다. 따라서 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행하면서 공급한 이 사건 용역은 원고 고유의 사업목적을 위한 것이라고 보기 어렵다.
 다) 원고는 2002. 1. 1. 이후 계속하여 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행하였고, 서울특별시 특별회계로 처리되어 실제 지출에 따라 정산이 이루어지는 다른 사업비와 별도로 위탁수수료를 지급받아 왔으며, 인건비와 일반경비 합계액의 3%로 정하여진 위탁수수료 상당액이 실제 지출 비용에 상응하는 것이라고 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 원고가 이 사건 용역을 일시적으로 공급하였다거나 실비 또는 무상으로 공급하였다고 볼 수 없다.
마. 이 사건 용역 관련 매입세액이 사업자등록 전 매입세액에 해당하는지 여부
 1) 부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보하게 하려는 데 제도의 취지가 있는바, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립하는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것이며, 과세관청의 사업자등록 말소행위도 폐업사실의 기재일 뿐 그에 의하여 사업자로서의 지위에 변동을 가져오는 것이 아니다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두2200 판결 등 참조). 그리고 구 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 본문은 ‘제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있는바, 여기서 ‘제5조 제1항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액’이라 함은 적법한 등록신청을 하기 전의 매입세액이라고 보아야 할 것이다(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두318 판결 등 참조).
 2) 갑 제18 내지 28호증, 을 제6, 8 내지 11호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.
 가) 원고는 사업단에 관하여 2002. 1. 1.경 법인세법 제111조에 따라 면세사업자로 사업자등록을 하였다가, 2002. 4. 18. 과세사업자로 등록하고 피고 양천세무서장으로부터 정정신고에 따른 사업자등록증을 교부받았다.
 나) 원고는 사업단이 부가가치세가 면제되는 공익 목적 단체에 해당한다는 서울특별시의 지도·점검 결과에 따라 2003. 1. 14. 피고 양천세무서장에게 2002년 제1기, 제2기 부가가치세에 대한 경정청구를 하였으나, 피고 양천세무서장은 검토 결과 면세 요건에 해당하지 않는다는 이유로 2003. 1. 24. 위 경정청구를 거부하고 2003. 5. 9. 원고의 이의신청을 기각하였다.
 다) 원고는 2003. 5. 21. 위 경정청구 거부처분에 대해 조세심판원에 심판청구를 제기하는 한편 2003. 5. 28. 피고 양천세무서장에게 직권취소를 요청하였는데, 피고 양천세무서장은 2003. 6. 9. 위 요청을 받아들여 위 각 부가가치세의 환급결정을 하였고, 원고는 2003. 6. 5. 심판청구를 취하하였다.
 라) 원고는 2003. 6. 12. 과세사업자에서 면세사업자로 변경하여 달라는 내용의 사업자등록 정정신고서를 제출하면서 "부가가치세법 시행령 제11조"를 관련근거로 기재하였고, 피고 양천세무서장은 같은 날 원고에게 "업종변경"이 교부사유로 기재된 면세사업자용 사업자등록증을 교부하였다.
 3) 앞서 본 법리에 비추어 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 용역과 관련한 매입세액은 원고가 부가가치세법에 따른 적법한 등록신청을 한 이후의 매입세액에 해당한다 할 것이고, 원고가 2003. 6. 12.자 사업자등록 정정신고를 하고 면세사업자용 사업자등록증을 교부받았다는 사정만으로 사업자등록 전 매입세액에 해당한다고 볼 수 없다.
 가) 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항은 ‘신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.’고 규정하고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 위 규정에 따라 등록하려는 사업자는 사업장마다 사업자의 인적사항, 사업자등록신청사유, 사업개시연월일 등을 기재한 사업자등록신청서를 관할 세무서장에게 제출하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제8항에서는 ‘소득세법 제168조 및 법인세법 제111조의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 하는 경우에 제11조 제1항의 규정을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출한 때에 제1항의 규정에 의한 등록신청을 한 것으로 본다’고 규정하고 있다. 
 따라서 원고가 사업단의 설립 당시 면세사업자로 등록하였다가 과세사업자로 등록하기 위해 2002. 4. 18. 사업자등록 정정신고를 한 이상, 이 사건 용역 관련 매입세액의 발생 전에 위 시행령 제7조 제8항에 따라 적법한 사업자등록신청을 하였다 할 것이다.
 나) 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제5조 제4항, 제5항은, 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체 없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하고, 사업장 관할세무서장은 지체 없이 그 등록을 말소하도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항은 휴업(폐업)신고서를 제출하거나 부가가치세 확정신고시 폐업연월일 및 사유를 기재하는 등으로 폐업신고를 하도록 규정하고 있다. 한편 구 부가가치세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18175호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제4호는 ‘사업의 종류에 변동이 있는 때’를 등록정정의 사유로 규정하고 있으나, 부가가치세의 면세사업자는 부가가치세법에 따른 사업자등록의무가 없으므로 ‘과세사업을 영위하는 자가 면세사업을 영위하고자 하는 경우’가 위 등록정정 사유에 포함된다고 보기 어렵고, 달리 사업자등록 정정신고에 의해 부가가치세 과세사업자의 사업자등록을 말소하거나 면세사업자의 사업자등록으로 변경하도록 하는 규정을 찾을 수 없다.
 결국 원고의 2003. 6. 12.자 사업자등록 정정신고는 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제5조 제5항의 사업자등록 말소사유나 면세사업자로서의 사업자등록 변경사유에 해당하지 않고, 위 정정신고에 따라 피고 양천세무서장이 원고에게 면세사업자용 사업자등록증을 교부하였다 하더라도 이는 과세관청이 사무처리를 잘못한 것에 불과하므로, 이미 부가가치세 과세사업자로 등록한 원고의 지위에 변동을 가져온다고 볼 수 없다.
 4) 따라서 피고 양천세무서장이 이 사건 부과처분을 함에 있어 이 사건 용역 관련 매입세액이 구 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 본문의 사업자등록 전 매입세액에 해당한다고 보아 공제하지 아니하고 이 사건 용역의 공급가액을 부가가치세의 과세표준으로 삼은 것은 위법하므로, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
바. 위탁수수료가 원고 사업단의 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부
 1) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2002. 1. 1. 서울특별시로부터 집단에너지 공급사업의 관리업무를 위탁받으면서 위탁조례 제8조 제2항 및 업무처리지침 제4조에 따라 서울 양천구 목동에 사업단을 설치하였고, 사업단이 위탁조례, 위탁협약 및 업무처리지침 등에 따라 서울특별시로부터 위탁받은 집단에너지 공급사업의 관리업무를 수행하여 온 사실이 인정되는바, 원고가 서울특별시로부터 지급받은 위탁수수료는 사업단이 집단에너지 공급사업의 관리업무를 수행하면서 이 사건 용역을 공급하는 대가로 발생한 매출이라 할 것이므로, 관할 과세관청은 원고 사업단 사업장 소재지를 관할하는 피고 양천세무서장이라 할 것이다.
 2) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
사. 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
 1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 
 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못 알고 일단 비과세결정을 하였으나 그 후 과세표준과 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 이를 조사하여 결정할 수 있다(대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체 판결 등 참조). 그리고 과세관청이 과거의 언동을 시정하여 장래에 향하여 처분하는 것은 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위반되지 않는다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결 등 참조). 또한 과세관청이 사업자의 신청에 따라 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 행위만으로는 부가가치세의 과세에 관하여 어떤 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없을 뿐 아니라 과세관청으로부터 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 납세자가 자신이 부가가치세 면세사업자라고 신뢰하였다고 하더라도 납세자가 그와 같이 신뢰한 데에 납세자에게 귀책사유가 없었다고 할 수 없고(대법원 1995. 9. 29. 선고 95누7376 판결 등 참조), 면세사업자로서 한 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 받은 행위만으로는 세무서장이 납세의무자에게 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없다(대법원 2000. 2. 11. 선고 98두2119 판결 등 참조). 
 2) 피고 양천세무서장이 2003. 6. 9. 원고의 2002년 제1기, 제2기 부가가치세에 대해 환급결정을 한 사실, 원고가 2003. 6. 12. 사업자등록 정정신고서를 제출하자 피고 양천세무서장이 원고에게 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제12 내지 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2003. 3. 31. 택지개발 대행사업에 관하여 공급한 용역이 부가가치세 면제 대상에 해당한다는 이유로 감사원에 부가가치세의 환급 조치를 요청하는 고충민원을 제기한 사실, 감사원장은 국세청장에게 위 고충민원을 이송하였고, 국세청장은 2003. 5. 7. 재정경제부장관에게 지방공사의 지방자치단체 대행사업 면세 여부에 대해 질의하였는데, 재정경제부장관은 2004. 3. 15. "원고는 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 구 부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제37조 제1호에서 규정하는 ‘주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체’에 해당하지 아니한다."고 회신한 사실이 인정된다.
 3) 살피건대 피고 양천세무서장이 2003. 6. 9. 원고의 직권취소 요청을 받아들여 2002년 제1기, 제2기 부가가치세에 대해 환급결정을 한 것은 원고의 사업단이 집단에너지 공급사업의 관리업무를 수행하면서 공급한 용역을 부가가치세의 면제 대상이라고 잘못 판단한 데에 기인한 것으로 보이나, 그러한 사정만으로 원고 사업단의 집단에너지 공급사업 수행과 관련하여 원고에게 부가가치세를 부과하지 않겠다는 어떠한 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없고, 설령 이를 묵시적으로 부가가치세 비과세의 의사를 표시한 것으로 볼 수 있다 하더라도 원고가 부가가치세 면제 대상인 용역을 공급하는 공익 목적 단체에 해당하지 않는다는 재정경제부장관의 2004. 3. 15.자 회신 이후 이루어진 이 사건 용역의 공급에 관하여 부가가치세를 부과하는 것까지 포함된다고 보기 어렵다.
 또한 피고 양천세무서장이 원고의 2003. 6. 12.자 사업자등록 정정신고에 응하여 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부하고 수년간 원고의 부가가치세 면세 신고를 받았다는 사정만으로는 원고의 이 사건 용역 공급에 대해 부가가치세를 과세하지 않겠다는 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수 없고, 원고가 부가가치세 면세사업자라고 신뢰하였다 하더라도 그와 같이 신뢰한 데에는 원고에게 귀책사유가 있다.
 4) 결국 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
아. 취소의 범위
 1) 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).
 2) 위에서 살핀 바와 같이 이 사건 용역 관련 매입세액은 원고가 적법하게 사업자등록을 신청한 이후의 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제되어야 함에도 이 사건 부과처분은 이를 공제하지 아니하고 이 사건 용역의 공급가액을 부가가치세의 과세표준으로 하여 이루어졌으므로 위법하다. 나아가 이 사건에서 제출된 자료만으로는 각 부가가치세 과세기간별로 해당 매입세액을 공제한 과세표준에 따른 정당한 세액을 산출할 수 없으므로 이 사건 부과처분은 그 전부를 취소할 수밖에 없다.
4. 결 론
 그렇다면 원고의 피고 서울지방국세청장에 대한 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 피고 양천세무서장에 대한 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 이정민(재판장) 임윤한 차선영