양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2013.04.17 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 송파세무서장
【변론종결】2013. 3. 27.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2011. 10. 1. 원고에 대하여 한 2010년도 귀속양도소득세 42,203,750원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 1988. 11. 15. 부상 수영구 (주소 1 생략) 도로 73.4㎡(이하 ‘이 사건 제1 토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가 1996. 1. 24. 지목을 대지로 변경하고, 1998. 12. 11. 이 사건 제1 토지 및 이와 연접한 위 같은 동 (주소 2 생략) 대 289.9㎡(이하 ‘이 사건 제2 토지’라 한다) 외 10필지를 같은 동 (주소 2 생략) 대 2,736.5㎡(이하 ‘합병 토지’라 한다)로 합병하여 보유하다가, 2010. 11. 30. 합병 토지 및 그 지상건물을 양도한 후 2010. 12.경 합병 토지 및 지상건물의 취득가액은 5,336,802,740원, 양도가액은 9,805,324,540원임을 들어 2010년도 귀속분 양도소득세 1,053,900,970원을 피고에게 신고, 납부하였다.
 나. 이 때 원고는 이 사건 제1 토지에 대한 취득가액을 환산하여 정함에 있어 이 사건 제2 토지의 1990. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용하였던바, 이에 대하여 피고는 이 사건 제2 토지에 기초한 취득가액 산정이 잘못되었다며, 이 사건 제1 토지를 관할하는 수영세무서장에게 이 사건 제1 토지의 감정가액 평가의뢰를 한 후 그 감정결과에 기초하여 이 사건 제1 토지의 취득가액을 정한 후 2011. 10. 1. 원고에게 양도소득세 42,203,750원을 경정고지 하였다.
 다. 원고는 이에 불복하여 서울지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2011. 11. 25. 기각되었고, 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2012. 4. 26. 기각되었다.
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(이하 각 가지번호가 있는 서증은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 주장 및 판단
 가. 원고 주장의 요지
 (1) 취득가액 산정절차 위법
 소득세법에 의하면 이 사건 제1 토지의 취득가액 평가는 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 함에도 피고는 스스로 취득가액을 평가하지 아니하고 수영세무서장에게 의뢰하여 평가하도록 하였던바, 이는 위 소득세법 규정에 위배되고 이에 반하는 취지의 소득세법 시행령 제164조 제1항은 모법의 위임범위를 벗어난 것이어서 무효이다.
 (2) 가산세 면제의 정당한 사유 존재
 원고는 개별공시지가가 없는 이 사건 제1 토지에 관하여 연접한 이 사건 제2 토지의 가격에 따라 환산가액을 산정하고 자진 신고, 납부하였던바, 그 이후 피고가 소급하여 토지가액 감정결과를 적용한 후 이 사건 가산세 부과에 이른 것으로서 이는 원고의 의무해태에 정당한 사유가 있음에도 가산세를 부과한 것이어서 위법하다. 
 나. 인정사실
 (1) 원고는 1988. 11. 15. 이 사건 제1 토지를 매수하였는데, 그 즈음 이 사건 제1 토지와 연접하고 있는 이 사건 제2 토지 및 부산 수영구 남천동 (주소 3 생략) 대 267.9㎡, (주소 4 생략) 대 289.9㎡, (주소 5 생략) 대 293㎡, (주소 2 생략) 대 289.9㎡(이하 연접한 토지를 합하여 ‘연접토지’라 한다)도 함께 매수하였다.
 (2) 이 사건 제1 토지는 연접토지로 둘러싸여 가운데에 위치한 도로였는데, 1996. 1. 24. 지목이 도로에서 대지로 변경되었다. 아울러 이 사건 제1 토지는 연접토지 등 10필지와 합하여 1998. 12. 11. 이 사건 합병 토지로 합병되었다.
 (3) 원고는 위 합병 토지 및 그 지상건물을 2010. 11. 1. 주식회사 제이엔지 인터내셔날에 9,805,324,540원에 매도하였고, 그 후 양도소득세를 신고·납부하면서 합병 전 각 토지의 취득가액을 환산가액으로 산정하여 건물의 취득가액과 합계 5,336,802,740원으로 신고하였는데 이 때 개별공시지가가 고시되지 아니한 이 사건 제1 토지에 대하여는 이 사건 제2 토지의 1990. 1. 1. 기준 개별공시지가인 1,200,000원/㎡를 적용하여 계산한 환산가액을 신고하였다.
 (4) 이에 대하여 피고는 이 사건 제1 토지는 개별공시지가의 결정·고시가 누락되어 있는 토지이고 지목도 도로에서 대지로 변경된 것으로서 인근에 유사한 토지가 없음에도 원고가 대지인 이 사건 제2 토지의 개별공시지가에 기초하여 환산가액을 산정하였다며 이를 부인하고, 2011. 6. 3. 이 사건 제1 토지를 관할하는 부산 수영세무서장에게 위 토지의 감정가액 평가의뢰를 하였다.
 (5) 이에 따라 수영세무서장은 이 사건 제1 토지의 1990. 1. 1. 기준 가액에 관하여 감정인에게 감정을 의뢰하여 한국감정원 부산지점에서는 505,000원/㎡, 주식회사 가온감정평가법인 부산경남지점에서는 537,000원/㎡이라는 감정결과를 수령하였다. 피고는 위 감정가액의 평균액인 521,000원/㎡를 기준으로 이 사건 제1 토지의 취득가액을 환산한 후 전체 취득가액을 5,230,081,671원으로 경정결정하여 이 사건 처분을 하였다.
 (6) 경정결정에 따르면, 이 사건 결정세액은 1,089,924,783원이고, 이에 신고불성실 가산세 3,553,810원 및 납부불성실 가산세 2,626,135원이 부과되었으며, 기납부 세액인 1,053,900,973원이 차감되어 이 사건 처분시 원고에게 고지된 세액은 42,204,755원이다.
【인정근거】 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 다. 관계법령
 별지와 같다.
 라. 판단
 (1) 취득가액 산정절차 위법 주장에 대한 판단
 (가) 소득세법 제97조 제1항 제1호 가목에서는 취득가액 평가에 있어 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하도록 규정하고 있고, 이 때 ‘대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액’의 의미에 관하여 소득세법 시행령 제164조 제1항에서는 개별공시지가가 없는 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제9조 제2항에 따른 비교표에 따라 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 해당 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 그 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액이라고 규정하고 있으며, 납세지 관할세무서장은 지방세법 제4조 제1항 단서에 따라 시장·군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 둘 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 그 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있다고 규정하고 있다.
 (나) 앞에서 본 바와 같이, 피고는 이 사건 제1 토지 관할 세무서장인 수영세무서장에게 토지의 취득가액 평가를 의뢰하였고, 수영세무서장은 2개의 감정평가기관에 의뢰하여 그 감정가액을 도출하였으며, 피고는 이에 기초하여 이 사건 제1 토지의 취득가액을 산정하였던바, 이에 어떠한 절차상 위법이 있다고 볼 수 없다. 원고는 소득세법에서 납세지 관할세무서장이 토지가액을 평가하도록 규정하고 있음에도 토지 소재지 관할 세무서장에게 평가를 위임하도록 허용하는 소득세법 시행령 규정이 모법의 위임범위에 벗어난다는 주장을 하고 있으나, 해당 토지가 소재하는 지역의 관할 세무서장에 대한 가액평가의 위임을 통하여 해당 토지의 실정에 맞는 공정하고 합리적이며 편리한 가액 평가가 가능하다고 할 것이고, 위 시행령에서는 이를 위한 세부규정을 마련한 것에 불과하여 모법의 위임범위를 벗어난다고 보이지도 아니한다.
 (다) 결국, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (2) 가산세 면제 주장에 대한 판단
 (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089 판결 참조).
 (나) 이 사건에서 이러한 정당한 사유가 있는지 여부를 보건대, 이 사건 제1 토지는 취득당시나 1990. 1. 1. 당시 이 사건 제2 토지와 지목과 현황이 달라 양 토지는 가액에 상당한 차이가 존재하는 것으로 쉽게 추단할 수 있는 점, 원고로서는 앞에서 본 소득세법, 같은 시행령 규정에 따라 이 사건 제1 토지는 관할 세무서장이나 토지 소재지 관할 세무서장이 감정 등을 통해 평가한 가액이 환산취득가액으로 정해진다는 것을 알 수 있었던 점 등을 종합해 볼 때, 설령 원고가 법령의 부지로 인해 임의로 이 사건 제2 토지의 개별공시지가에 따라 환산한 이 사건 제1 토지의 취득가액에 기초하여 양도소득세를 신고·납부하게 된 것이라 해도 납세의무자가 세법 및 관련 법령을 숙지하지 못하여 세법에 위반된 신고를 한 경우와 같은 법령의 부지는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 할 것이고(대법원 1991. 11. 26. 선고 91누5341 판결 등 참조), 달리 원고 주장과 같은 사정만으로 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
 (다) 결국, 원고의 위 주장도 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 조병구