법인세부과처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2012.07.04 / 시행일:

【원 고】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 백제흠 외 1인)
【피 고】 이천세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김영진)
【변론종결】2012. 5. 30.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 원고에 대하여, 2010. 3. 3.에 한 2004 사업연도 법인세 3,063,952,020원의 부과처분과 2010. 7. 20.에 한 2005 사업연도 법인세 2,521,432,470원, 2006 사업연도 법인세 2,345,882,150원, 2007 사업연도 법인세 93,279,010원, 2008 사업연도 법인세 304,493,630원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. (1) 2000년대 초반 이른바 IMF 사태로 반도체 산업의 구조조정에 따라 워크아웃에 들어간 △△△ 주식회사(2001. 3.경 주식회사 □□□로 상호를 변경하였는데, 이하 ‘소외 1 회사’라고 한다)는 2000. 11.경 대규모 자산매각과 외자유치 등을 내용으로 하는 자금조달계획을 수립하였다. 
 (2) 이러한 자금조달계획에 따라 소외 1 회사는 프랑스의 다국적 수처리 전문기업인 소외 2 회사에게, 소외 1 회사가 소외 2 회사에게 정수시설과 폐수시설 등 수처리시설을 양도하고 소외 2 회사는 소외 1 회사에게 현금 유동성을 지원하며, 소외 2 회사는 소외 1 회사의 반도체 사업에 필요한 공업용수 공급 및 수처리 서비스를 제공하고 소외 1 회사로부터 서비스 제공 대가를 받고, 계약기간이 종료되면 소외 2 회사는 정수시설과 폐수시설 등 수처리시설을 소외 1 회사에게 다시 양도하는 방식으로 약정을 체결할 것을 요청하였다.
 (3) 소외 2 회사는 소외 1 회사의 제안을 수용하여 정수시설과 폐수시설 등 수처리시설 가치에 상당하는 약 2,000억 원을 투자하기로 결정하였고, 이에 따라 소외 2 회사가 전액 출자하여 설립된 원고(종전 상호 : ◇◇◇ 주식회사)는 2000. 12. 18. 소외 1 회사의 수처리시설이 있는 이천시 (주소 생략)을 사업장으로, 종목을 수처리로 한 사업자등록을 하였다.
 나. (1) 원고는 소외 1 회사와 사이에, 2001. 3. 23. 소외 1 회사는 원고에게 소외 1 회사의 수처리시설에 관련된 건물, 구축물, 기계장치 등(이하 ‘이 사건 최초 자산’이라고 한다)을 197,415,117,485원에 양도하는 내용의 "ASSET PURCHASE AGREEMENT(이하 ‘APA’라고 한다)"를, 2001. 3. 29. 원고가 소외 1 회사에게 12년의 계약기간 동안 반도체 생산에 필요한 공업용수의 공급과 폐수·하수 등의 처리 용역을 제공하고, 계약기간 종료일인 2013. 3. 31. 원고는 소외 1 회사에게 이 사건 최초 자산을 1원에 양도하며, 원고가 계약기간 동안 취득한 사업 관련 자산(이하 ‘이 사건 신규 자산’이라고 하고, 이 사건 최초 자산과 이 사건 신규 자산을 통틀어 언급하는 경우에는 ‘이 사건 자산들’이라고 한다)도 계약기간 종료 후에 양도하기로 하는 내용의 "WATER AND WASTEWATER SERVICE AGREEMENT(이하 ‘WWSA’라고 하고, APA와 WWSA를 통틀어 ‘이 사건 거래’라고 한다)를 각 체결하였고, 공동사용 등으로 소외 1 회사가 원고에게 형식상 양도하는 것이 용이하지 않은 일부 건물이나 토지에 대하여는 "LEASE AGREEMENT"를 체결하였다.
 (2) 소외 1 회사는 신용등급이 종래의 ‘BBB-’에서 ‘BBB+’로 상승함에 따라 2006. 6. 1. 원고에게 기본서비스 요금을 330억 원만큼 감액해 줄 것을 요청하였다. 원고와 소외 1 회사는 여러 차례에 걸친 협의 끝에 2006. 11. 28. 기본서비스 요금을 2007. 1.부터 2013. 3.까지는 10% 감액하고, 2013. 4.부터 2014. 4.까지는 4% 인상하며, 그 이후부터 계약기간 종료일까지는 4.5% 인상하되, 계약기간을 2018. 3. 31.로 연장하기로 하였다.
 다. (1) 원고는 2002. 3.경 피고에게 내용연수와 감가상각방법을 신고하였다. 원고가 신고한 내용연수와 관련하여 등기부등본상 원고의 명의로 소유권이전등기가 마쳐진 건물과 구축물, 기계장치에 대하여는 내용연수를 12년으로, 비품 등에 대하여는 내용연수를 5년으로 신고하였고, 원고가 신고한 감가상각방법은 정액법이었다.
 (2) 원고는 2005. 3.경부터 2009. 3.경까지 피고에게 2004 사업연도 내지 2008 사업연도의 각 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고함에 있어, 이 사건 최초 자산은 기업회계기준에 따라 12년을 내용연수로 하여 감가상각을 하였고, 2006. 11. 계약기간이 5년 연장됨에 따라 기업회계기준에서 인정되는 전진법을 적용하여 그 잔존가액을 잔여 계약기간인 12년에 걸쳐 감가상각을 하였으며, 이 사건 신규 자산은 종래의 계약기간인 2013. 3. 31.까지의 잔여기간을 내용연수로 하여 계산한 감가상각비를 상각하다가 계약기간 연장 후에는 내용연수를 연장된 계약기간까지의 잔여기간으로 감가상각을 하였다. 
 라. (1) 중부지방국세청장은 피고에 대하여 실시한 종합감사에서, 이 사건 자산들 중 건물에 대하여는 구 법인세법 시행규칙(2011. 1. 28. 기획재정부령 제187호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제3항 [별표 5]에 의한 구조별 내용연수를, 기계장치에 대하여는 구 법인세법 시행규칙 제15조 제3항 [별표 6]에 의한 업종별 내용연수를 적용하여야 함에도 원고가 임의로 이 사건 거래의 계약기간인 12년을 감가상각 내용연수로 적용하여 과다하게 감가상각비를 계상하여 신고하였고, 피고가 원고의 법인세 과세표준과 세액의 신고를 그대로 인정하였다는 이유로 피고에게 시정조치를 할 것을 통보하였다.
 (2) 이에 따라 피고는 이 사건 자산들의 감가상각비 손금 산입한도를 다시 계산하고 그 각 한도 초과액을 각 손금에 불산입하는 등 해당 사업연도의 소득에 대한 법인세를 각 증액·경정한 후 각 기납부세액을 공제한 나머지 세액으로, 원고에 대하여 2010. 3. 3. 2004 사업연도 법인세 3,063,952,020원을 부과하고, 2010. 7. 20. 2005 사업연도 법인세 2,521,432,470원, 2006 사업연도 법인세 2,345,882,150원, 2007 사업연도 법인세 93,279,010원, 2008 사업연도 법인세 304,493,630원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 각 처분이라고 한다). 
 마. 원고는 이에 불복하여 2004 사업연도 법인세 부과처분에 대하여는 이의신청을 거치고, 나머지 사업연도 법인세 부과처분에 대하여는 이의신청을 거치지 않은 채 2010. 8. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2011. 5. 27. 원고의 심판청구를 기각하였다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제4호증, 갑 제8호증 내지 갑 제11호증, 갑 제12호증의 1 내지 5, 갑 제13호증, 갑 제16호증, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 이 사건 각 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.
 (1) 원고와 소외 1 회사는 이 사건 거래를 통하여 원고가 12년의 계약기간 동안만 이 사건 자산들의 법적 소유권을 취득하고 계약기간이 종료되면 소외 1 회사에게 이 사건 자산들을 무상으로 양도하기로 하였으므로 이 사건 자산들의 가치증감이라는 투자위험은 소외 1 회사에게 귀속되고, 이 사건 거래의 법적 실질은 원고가 계약기간 동안 이 사건 자산들의 배타적 사용수익권을 취득하여 소외 1 회사에게 공업용수 공급 및 수처리 서비스를 제공하며, 계약기간이 종료되면 소외 1 회사가 이 사건 자산들의 배타적 사용수익권을 다시 취득하는 것으로서 자산양도거래의 외관을 갖춘 기간부 사용수익거래에 해당하고, 이 사건 자산들의 취득가액은 이 사건 자산들 자체의 거래대금이 아닌 이 사건 거래의 계약기간 동안의 사용수익에 대한 대가 명목인 선급비용에 해당하는 것으로서 수익·비용 대응의 원칙상 이 사건 거래의 계약기간에 안분하여 손금에 산입되어야 하며, 이는 법인세법 기본통칙이나 국세청의 유권해석에서도 마찬가지이므로, 이 사건 자산들은 원고의 감가상각자산이 아닌 소외 1 회사의 감가상각자산이다. 그렇지 않더라도 소외 1 회사는 이 사건 자산들을 원고에게 양도하면서 곧바로 이 사건 거래의 계약기간 동안 매수대금을 분할지급하는 장기할부조건으로 원고로부터 이 사건 자산들을 다시 매수하였고, 이 사건 자산들을 반도체 생산을 위한 공업용수 공급 및 수처리에 사용하고 있으므로, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제3항에 의하면 이 사건 자산들은 소외 1 회사의 감가상각자산이다. 
 (2) 이 사건 자산들이 원고의 감가상각자산에 해당한다고 하더라도 법인세법과 조세특례제한법은 이 사건 자산들과 같이 법인이 일정기간 동안만 사용하고 무상으로 다시 양도하여야 하는 사용기간의 제약이 있는 자산에 대하여 그 내용연수와 감가상각방법을 규정하고 있지 않으므로 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조에 의하여 기업회계기준과 관행에 따라 이 사건 거래의 계약기간을 내용연수로 보아 감가상각을 하여야 하고, 이 사건 자산들에 대하여 구 법인세법 시행규칙의 기준내용연수를 적용하면 이 사건 거래의 계약기간 종료 이후 미상각된 잔존가액만큼은 사실상 손금불산입되어 이중과세를 초래하며, 원고가 기업회계기준에 따라 이 사건 자산들의 내용연수를 12년으로 신고한 이상 원고의 내용연수신고는 법령상 내용연수범위에 있지 않은 하자 있는 신고에 해당할 뿐 구 법인세법 시행령 제28조 제1항 제2호 단서가 규정한 ‘신고기한 내에 신고를 하지 아니한 경우’에 해당하지 않으므로 구 법인세법 시행규칙의 기준내용연수를 적용할 수 없다. 
 (3) 이 사건 자산들의 내용연수에 대하여 구 법인세법 시행규칙의 기준내용연수를 적용한다고 하더라도 피고가 원고의 법인세 과세표준과 세액의 신고를 아무런 이의없이 수리하였음에도 무려 9년이 경과한 시점에서 이 사건 각 처분을 한 것은 부당하고, 원고가 내용연수를 12년으로 신고한 취지상 이 사건 자산들의 내용연수를 구 법인세법 시행규칙의 내용연수범위의 하한인 15년으로 선해하는 것이 당사자의 의사에 부합하는 사정 등에 비추어 보면 이 사건 자산들의 내용연수에 대하여는 구 법인세법 시행규칙의 내용연수범위의 하한인 15년을 적용하여야 한다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실
 (1) WWSA의 계약내용
 (가) APA는 소외 1 회사가 원고에게 양도하는 소외 1 회사의 수처리시설의 범위와 원고가 소외 1 회사에게 지급하여야 하는 대금을 규정하고 있고, WWSA는 소외 1 회사의 수처리시설의 양도와 관련하여 원고의 권리와 의무, 서비스 요금의 개념 및 지불방법, 이 사건 자산들의 소유권 귀속 및 처분제한, 불가항력으로 인한 위험부담, 계약기간, 계약해지의 효과 등 계약에 따른 원고와 소외 1 회사의 이해관계를 조율하는 규정을 세부적으로 마련하고 있다. 이와 관련된 WWSA의 계약내용은 아래와 같다(영문 표기 중 HEI는 소외 1 회사를, the Operator는 원고를 각 의미하고, 필요한 부분에서는 영문을 같이 병기한다). 
 (나) 전문
 1) 소외 1 회사는 원고에게 이천 정수시설, 청주 정수시설, 구미 정수시설, 폐수시설 등을 매각하고, 원고는 소외 1 회사에게 처리수를 공급한다{전문 (A)항, (B)항}.
 2) 원고와 소외 1 회사는 WWSA 체결과 동시에 또는 개시일 이전에 APA를 체결하였거나 체결할 것이고, 그에 따라 원고는 소외 1 회사로부터 정수시설 및 폐수시설을 매수하며, 그와 같은 정수시설 및 소외 1 회사 단지 내에 위치한 폐수시설을 소유하게 된다{전문 (F)항}.
 (다) 정의("1. Interpretation" 중 "1.1 Definition")
 1) 자산매수계약은 원고와 소외 1 회사가 2001. 3. 23. 체결한 자산매수계약을 말하고, 이에 따라 소외 1 회사는 정수시설 및 폐수시설을 매도하며, 원고는 이를 매수한다(Asset Purchase Agreement means the asset purchase agreement dated March 23rd, 2001 between HEI and the Operator under which the Water Facilities and the Wastewater Facilities will be sold by HEI and purchased by the Operator). 
 2) 기본서비스 요금은 첨부 3(기본서비스 요금 및 부가서비스 요금)의 1.에서 정하는 서비스요금을 말한다{Base Service Charge means the service charge set out in paragraph 1 of Appendix 3(Base Service Charge and Additional Service Charge)}.
 3) 개시일은 자산매수계약에 따라 정수시설 및 폐수시설의 매각이 완성된 날을 말한다(Commencement Date means the date on which the sale of the Water Facilities and the Wastewater Facilities is completed in accordance with the Asset Purchase Agreement).
 4) 불가항력 사건은 제18조 제1항(불가항력 사건)에서 정하는 바에 의한다{Force Majeure Event has the meaning given to it in Clause 18.1(Force Majeure Events)}.
 5) HEI 단지는 이천 단지, 청주 단지, 가남 단지 및 구미 단지(각 자산매수계약에서 정의함)를 말한다{HEI Complexes means each of the Ichon Complex, Cheongju Complex, Ganam Complex and Gumi Complex(each as defined in the Asset Purchase Agreement), as identified Appendix 1(Boundary Limits)}.
 6) 보험은 원고가 첨부 12(보험)에서 정하는 형태와 금액으로 유지하여야 하는 보험증권을 말한다{Insurance means the policies of insurance to be maintained by the Operator of the type and in the amounts set out in Appendix 12(Insurances)}.
 7) 프로젝트 문서는 WWSA 계약, 토지사용권계약, 자산임대차계약, 시설접근계약(체결한 경우), APA 계약, 양도된 계약, 갱신 및 제3자의 동의(체결된 경우), 경과기간 서비스계약, 공동운영계약, 건물임대차계약, 기타 원고와 소외 1 회사가 서면으로 지정하는 계약을 말한다{Project Documents means (a) this Agreement, (b) the Land Use Rights Agreement, (c) the Asset Lease Agreement, (d) when it is entered into, the Facility Access Agreement, (d) the Asset Purchase Agreement, (f) when they are entered into, the Assigned Agreements, the Novations and Third Party Consents, (g) the Transition Period Services Agreement, (h) the Joint Operation Agreements, (i) the Building Lease Agreement and (j) such other Agreements as the Operator and HEI may designate in writing}. 
 8) 기간은 개시일부터 12년이 되는 날 및 이 계약의 조건에 따라 계약이 해지되는 날 이전까지의 기간을 말한다{Term means the period starting from the Commencement Date and ending on the earlier of (ⅰ) the dating falling twelve years thereafter and (ⅱ) the termination of this Agreement in accordance with the terms hereof}.
 (라) 배타적 권리{"2. Exclusive Rights" 중 (a)항} 
 이 계약 및 경과기간 서비스계약을 조건으로 소외 1 회사는 원고에게 계약기간에 대하여 정수시설 및 폐수시설의 관리, 운영, 보수 및 유지 등에 관한 배타적 권리를 허여한다(이하 생략)(Subject to the terms of this Agreement and the Transition Period Services Agreement, HEI hereby grants the Operator the sole and exclusive right and discretion during the Term to : manage, operate, repair and maintain the Water Facilities and the Wastewater Facilities). 
 (마) 원고의 의무와 권리("4. Operation and Maintenance" 중 4.1) 
 1) 이 계약의 조건에 따라 원고는 운영기간 중 자신의 비용 및 경비로 다음과 같이 행하여야 한다. (A) (ⅰ) 신중한 공익설비 관행, (ⅱ) 첨부 6(운영 수행 기준 및 운영절차), (ⅲ) 기타 프로젝트 문서의 조건, (ⅳ) 소외 1 회사가 따라야 하는 제3자에 대한 계약상 의무를 정하는 첨부 15(소외 1 회사의 계약조건)에서 정하는 조건, (ⅴ) 국제표준위원회가 정하는 표준(보건, 안전 및 환경에 관한 표준 포함)에 부합하고, (B) 이 계약에 의한 의무를 이행할 수 있는 소외 1 회사의 능력에 중대하게 불리한 영향을 미치지 않는 방식으로 자신의 비용과 위험부담으로 정수시설, 폐수시설 및 용지의 운영, 관리 및 유지(이하 생략){(a)항 : Subject to and in accordance with the terms and conditions of this Agreement, the Operator shall at all times during the Operating Period and at its sole cost and expense : operate, manage and maintain the Water Facilities, the Wastewater Facilities and the Sites at its own cost and risk and in a matter (A) consistent with (ⅰ) Prudent Utility Practices; (ⅱ) Appendix 6(Operating Performance Criteria and Operating Procedures); (ⅲ) the terms and conditions of the other Project Documents; (ⅳ) the terms and conditions set out in Appendix 15(Contract Terms of HEI) which set out contractual obligations with third parties to which HEI is subject; and (ⅴ) the standards set forth by the International Organization for Standards(including standards regarding health, safety and environment) and (B) that does not materially adversely affect the ability of HEI to perform its obligations under this Agreement}. 
 2) 위 (a)의 각 항목 및 관련 법률을 조건으로 원고는 운영기간 중에 그 절대적 재량으로 이 계약에 의한 의무의 이행에 필요한 서비스의 제공 또는 자산의 사용 또는 매수를 위한 계약을 체결하는 등을 할 수 있다(이하 생략){(b)항 : Subject in each case to paragraph (a) above and Applicable Laws, the Operator may during the Operating Period in its absolute discretion : enter into such contracts for the provision of services or the use or purchase of any assets necessary to perform its obligations under this Agreement}.
 (바) 사실증명 및 보증("11. Representations and Warranties")
 1) 소외 1 회사는 개시일 현재 원고에 대하여, 소외 1 회사는 대한민국 법률에 의하여 정당하게 조직되고 유효하게 존재하는 주식회사로서 소외 1 회사의 단지를 소유, 운영, 관리 및 유지하고, 대한민국 내에서 사업을 수행할 수 있는 완전한 권한을 갖고 있는 점 등을 사실증명하고 이를 보증한다(이하 생략)(HEI represents and warrants to the Operator that as at the Commencement Date : HEI is a limited liability company duly organised and validly existing under the laws of Korea and has full corporate power and authority to own, operate, manage and maintain the HEI Complexes and to otherwise conduct business in Korea). 
 2) 원고는 개시일 현재 소외 1 회사에 대하여, 원고는 대한민국 법률에 의하여 정당하게 조직되고 유효하게 존재하는 주식회사로서 정수시설 및 폐수시설을 소유, 운영, 관리 및 유지하고, 대한민국 내에서 사업을 수행할 수 있는 완전한 권한을 갖고 있는 점 등을 사실증명하고 이를 보증한다(이하 생략)(The Operator represents and warrants to HEI that as at the Commencement Date : it is a limited liability company duly organised and validly existing under the laws of Korea and has full corporate power and authority to own, lease, operate, manage and maintain the Water Facilities and the Wastewater Facilities and to otherwise conduct business in Korea). 
 (사) 보험의무{"17. Insurance Obligations" 중 (a)항}
 계약기간 중에 원고는 첨부 12(보험)에서 정하는 금액 및 조건의 보험을 획득·유지하거나 획득·유지하도록 하여야 한다(During the Term, the Operator shall obtain and maintain or cause to be obtained and maintained an amount of insurance in the amounts and on the terms of the Insurance). 
 (아) 이행면제 및 과거 의무{"18. Force Majeure" 중 18.2.의 (c)항} 
 불가항력 사건이 발생한 경우에도 당사자 일방은 제12조(서비스요금 및 비용 인상요인)에 의한 금액을 지급할 소외 1 회사의 의무{제12조 제3항(기본서비스 요금에 대한 불가항력의 영향)을 조건으로 함} 등 이 계약에 의하여 지불하여야 하는 금원의 지급의무를 면할 수 없다{The occurrence of a Force Majeure Event will not excuse a Party's obligation to pay any sum due under this Agreement, including HEI's obligation to pay any sum due under Clause 12(Service Charge and Cost Escalators), subject always to Clause 12.3(Consequences of Force Majeure on Base Service Charge)}.
 (자) 해지로 인한 대금지급{"19 Termination" 중 19.3의 (c)항} 
 제26조 제2항(통지), 제13조(요금조정)(h) 또는 제18조 제5항(불가항력의 장기화)에 따라 해지가 통지된 경우 소외 1 회사는 감소 투자가치와 교환하여 첨부 16(해지)에 따라 정수시설 및 폐수시설을 매수하여야 한다. 소외 1 회사가 해지통지를 발하거나 수령한 날로부터 90일 이내에 소외 1 회사가 감소 투자가치와 교환하여 정수시설 및 폐수시설을 매수하지 않는 경우 원고는 소외 1 회사 이외의 자에게 매각(의무 아님)할 수 있다{If a Termination Notice is served in accordance with Clause 26.2(Notices) and pursuant to paragraph (h) of Clause 13(Rebasing) or Clause 18.5(Prolonged Force Majeure), HEI shall purchase the Water Facilities and the Wastewater Facilities in accordance with Appendix 16(Termination) in exchange for Force Majeure Investment Value. If HEI has not purchased the Water Facilities and the Wastewater Facilities in exchange for Force Majeure Investment Value within ninety days after the Termination Notice is received by or served by HEI, the Operator shall have the right(but not the obligation) to sell the Water Facilities and the Wastewater Facilities to any person other than HEI}.
 (차) 이전("19. Termination" 중 19.4의 (b)항} 
 제20조(대여자 담보 및 소외 1 회사의 간섭) 및 직접 계약을 조건으로 원고는 해지가 통지되고 1원을 수령하여 기간이 종료된 경우에는 첨부 16(해지)에 따라서 정수시설 및 폐수시설에 관한 모든 권리 및 이익을 소외 1 회사에게 이전하여야 한다{Subject to Clause 20(Lender Security and Step-in by HEI) and the terms and conditions of any Direct Agreement, the Operator shall transfer to HEI all its rights and interests in the Water Facilities and the Wastewater Facilities in accordance with Appendix 16(Termination) : if a Termination Notice has been served, on the expiry of the Term upon receipt by the Operator of 1 won}. 
 (카) 소유권("23. Assignment" 중 23.3) 
 1) 제19조 제3항(해지로 인한 대금)을 조건으로 원고는 소외 1 회사로부터 사전 서면동의를 얻지 아니하고는 정수시설 또는 폐수시설을(각각의 부가물 및 개선)의 일부를 제3자에게 매각, 양도, 인도 기타 이전할 수 없다. 다만 원고는 통상적 영업과정에서 발생하는 잉여, 폐용품, 마모 또는 교체장비를 처분할 수 있고, 제23조 제2항 (a)에 따라 HEI의 동의를 얻지 아니하고도 출자 또는 자금조달을 목적으로 정수시설, 폐수시설, 용지 또는 원고의 기타 재산, 원고의 이윤, 권리 또는 자산을 양도·이전하거나 담보를 설정할 수 있다{제4조 제1항 (d)(운영자의 권리와 의무)를 조건으로 함}[Subject to Clause19.3(Termination Payments), the Operator shall not sell, assign, convey or otherwise transfer any portion of the Water Facilities or the Wastewater Facilities(and their respective additions and improvements) to a third party without the prior written consent of HEI provided that the Operator may dispose of any surplus, obsolete, worn out or replaced equipment in the ordinary course of business and may in accordance with Clause 23.2(a) without HEI's consent assign, transfer or create in or to the Lenders a security interest over its rights and interests in the Water Facilities, the Wastewater Facilities, the Sites or any other property of the Operator, or the revenues or any of the rights or assets of the Operator for financing or refinancing purposes{subject always to Clause 4.1(d)(Rights and Obligations of the Operator}]
 2) 제23조 제1항에 의하여 허용되는 양도와 관련된 경우를 제외하고 소외 1 회사는 소외 1 회사 단지의 전부 또는 중요한 일부를 매각, 양도 또는 이전으로 인하여 자신이 당사자 일방으로 참가하는 프로젝트 문서에 의한 의무를 이행할 수 있는 능력에 중대하게 불리한 영향이 발생하는 경우, 원고의 사전 서면동의 없이는 소외 1 회사 단지의 전부 또는 중요한 일부를 매각, 양도 또는 이전할 수 없다. 이와 관계 없이 소외 1 회사는 소외 1 회사 단지의 전부 또는 중대한 일부를 제3자에게 이전할 것임을 원고에게 통지하여야 한다(Except in connection with the permitted assignment under Clause 23.1, HEI shall not sell, assign or convey or otherwise transfer all or any material portion of the HEI Complexes to a third party without the prior written consent of the Operator if any such transfer would have a material adverse effect on HEI's ability to perform its obligations under the Project Documents to which it is a party. Without prejudice to the foregoing HEI shall notify the Operator of any transfer of all or any material portion of HEI Complexes to a third party). 
 (2) WWSA에 의한 서비스요금 체계
 WWSA에 의하면 소외 1 회사가 이 사건 거래의 계약기간 동안 원고에게 지급하는 서비스요금 산정의 구성요소는 기본서비스 요금, 부가서비스 요금, Pass-Through 요금이 있다. 그 중 기본서비스 요금(Base Service Charge)은 원고가 이 사건 자산들의 취득비용, 금융비용 및 기타 경상비용을 계약기간에 안분하여 회수할 수 있도록 미리 액수를 특정하여 놓은 서비스제공의 대가를 의미하는데, 계약기간이 연장되기 전까지 소외 1 회사가 지급하여야 하는 기본서비스 요금은 2001. 5. 24.부터 2002. 5. 23.까지는 하루당 183,561,644원이고, 2002. 5. 24.부터 2003. 5. 23.까지는 하루당 180,821,918원이며, 2003. 5. 24.부터 2004. 5. 23.까지는 하루당 180,327,869원이고, 2004. 5. 24.부터 2005. 5. 23.까지는 하루당 180,821,918원이며, 2005. 5. 24.부터 2006. 5. 23.까지는 하루당 178,082,192원이다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증, 갑 제4호증, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 (1) 이 사건 자산들이 원고의 감가상각자산인지
 세법은 고정자산의 개념과 종류에 관하여 따로 규정을 두고 있지 않으나, 구 법인세법 제23조 제1항, 제2항은 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(상각범위액)의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니하며, 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제24조 제1항은 건물 및 구축물, 차량 및 운반구·공구·기구 및 비품, 선박 및 항공기, 기계 및 장치, 동물 및 식물 그 밖의 이들과 유사한 고정자산을 감가상각의 대상이 되는 유형고정자산으로 규정하고 있다. 
 건물, 차량, 선박, 기계장치 등의 고정자산은 사용하거나 시간이 경과함에 따라 노후화되어 그 가치가 감소되고, 새로운 제품의 출현에 따라 부적당하게 되는 경우도 있다. 이러한 고정자산의 물리적·경제적인 감손을 비용배분의 방법에 따라 그 용역을 제공받는 동안의 손비로 배분함으로써 수익·비용을 대응시키는 제도가 감가상각이다. 감가상각은 기간손익계산을 정확히 하기 위하여 수익·비용 대응의 원칙에 따라 특정기간 내에 사용된 고정자산의 취득원가를 그 자산의 이용에 의하여 창출된 수익에 대응시키는 원가배분절차이고, 고정자산의 취득원가를 배분함에 있어 반드시 자산의 경제적 효익이 전부 소진될 것이 전제되어야만 고정자산의 이용에 의하여 창출된 수익에 대응하여 감가상각비를 인정할 수 있는 것은 아니다. 한편, 자산은 일반적으로 미래의 경제적 이익 또는 용역잠재력으로서의 법인의 통제 아래에 있는 자원을 말하는 것이므로 특정 자원이 법인의 통제 아래에서 법인의 수익활동에 제공될 수 있는 상태에 이르렀을 때 법인의 자산으로 인식되고, 이러한 점에서 감가상각의 대상이 되는 고정자산은 법인의 사업에 실질적으로 제공된 것으로 법인 소유의 자산은 물론 법인이 사실상의 소유권을 취득하여 현실적인 지배력을 행사하고 있는 자산도 포함된다.
 이 사건 자산들이 원고의 사업에 실질적으로 제공된 것으로 원고가 현실적인 지배력을 행사하고 있는 자산인지에 대하여 보건대, WWSA의 계약내용에서 인정되는 다음과 같은 사정, ① WWSA의 체결 목적과 관련하여 소외 1 회사는 원고에게 이천 정수시설, 청주 정수시설, 구미 정수시설, 폐수시설 등을 매각하고 원고는 이를 매수하며, 이를 토대로 소외 1 회사는 원고에게 이 사건 거래의 계약기간 동안 정수시설 및 폐수시설의 관리, 운영, 보수 및 유지 등에 관한 배타적인 권리를 부여한 점, ② 원고는 WWSA의 조건에 따라 운영기간 중 자신의 비용과 위험부담으로 정수시설 및 폐수시설 등을 운영, 유지, 관리하여야 할 의무를 부담하는 한편 운영기간 중에 WWSA에 의한 의무 이행에 필요한 서비스의 제공이나 자산의 사용 또는 매수를 위한 계약을 자유롭게 체결할 수 있는 권리가 인정되는 점, ③ 불가항력의 사건이 발생한 경우에도 소외 1 회사는 WWSA에 의하여 지불하여야 하는 서비스요금의 지급의무를 면할 수 없지만, 이는 원고의 귀책사유가 아닌 불가항력적인 사유로 공업용수 공급 및 수처리 서비스를 제공하지 못한 경우에도 그로 인한 위험을 소외 1 회사로 하여금 부담하도록 한 것에 불과하고, 위 규정만으로는 이 사건 자산들이 불가항력적인 사유로 멸실되는 경우에도 소외 1 회사가 그로 인한 위험까지 부담하는 것으로 해석할 수는 없는 점, ④ 원고는 이 사건 거래의 계약기간 중에 이 사건 자산들과 관련하여 보험에 가입하거나 가입하도록 하는 의무를 부담하고 있는 점, ⑤ 원고는 소외 1 회사의 사전 서면동의를 얻지 않고는 이 사건 자산들을 매각하는 등으로 처분할 수 없으나, 이와 같은 원고의 처분제한에 대응하여 소외 1 회사 또한 원고의 사전 서면동의를 얻지 않고는 소외 1 회사 단지의 전부 또는 중요한 일부를 매각하는 등으로 처분할 수 없는데, 이 사건 자산들이나 이 사건 자산들이 위치한 소외 1 회사 단지를 처분함에 있어 상대방의 서면동의를 받도록 한 취지는 이 사건 자산들이나 이 사건 자산들이 위치한 소외 1 회사 단지는 WWSA의 계약내용을 원만하게 이행하는데 있어 필수적인 시설이라는 점을 고려하여 어느 일방의 일방적인 자산 처분으로 인하여 입게 될 상대방의 손해를 미연에 방지하기 위한 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 이 사건 자산들은 원고가 현실적인 지배력을 행사하면서 원고의 사업에 실질적으로 제공한 자산에 해당하고, 원고는 소외 1 회사와 사이에 원고가 지급한 이 사건 자산들의 취득비용, 금융비용 등을 계약기간 동안 소외 1 회사로부터 지급받을 기본서비스 요금 명목의 금원에서 회수하기로 하였으므로 WWSA의 연장된 계약기간이 종료되면 원고가 소외 1 회사에게 이 사건 자산들을 1원에 다시 양도할 것이 예정되어 있다고 하더라도 달리 볼 수는 없다. 
 따라서 원고가 이 사건 자산들에 대하여 현실적인 지배력을 행사하면서 원고의 사업에 실질적으로 제공하고 있는 이상 이 사건 자산들은 원고의 감가상각자산이라고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 첫 번째 주장은 이유 없다.
 (2) 구 법인세법 시행규칙의 기준내용연수를 적용하여야 하는지
 구 법인세법 제23조 제4항은 감가상각비를 손금에 산입하거나 불산입하는 경우 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제28조 제1항 제2호, 제4항은 감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률에 대하여 구조 또는 자산별·업종별로 기획재정부령이 정하는 기준내용연수(이하 "기준내용연수"라 한다)에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 기획재정부령이 정하는 내용연수범위(이하 "내용연수범위"라 한다) 안에서 법인이 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수(이하 "신고내용연수"라 한다)와 그에 따른 상각률을 적용하며, 자산별·업종별로 적용한 신고내용연수 또는 기준내용연수는 그 후의 사업연도에 있어서도 계속하여 그 내용연수를 적용하도록 하고 있고, 다만, 제3항 각 호의 신고기한 내에 신고를 하지 아니한 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률을 적용한다고 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행규칙 제15조 제3항 [별표 6]은 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위를 규정하면서 수도사업에 대하여는 기준내용연수를 20년으로, 내용연수범위를 15년(하한)에서 25년(상한)으로 규정하고 있다. 
 감가상각비는 자산의 기초가액(취득가액), 내용연수, 상각률 및 잔존가액의 결정에 의하여 계산하게 되고, 감가상각의 계산요소가 되는 내용연수는 감가상각자산의 영업활동에 사용할 수 있는 기간으로서 그 자산의 경제적 효익이 감소하게 되는 물리적·경제적 원인을 고려하여 추정하게 되는데, 세법은 과세소득 계산의 자의성을 배제하고 과세의 형평을 달성하기 위하여 내용연수를 구조 또는 자산별·업종별로 법정함으로써 법인이 임의로 내용연수를 결정하여 감가상각비를 계상할 수 없도록 하였다. 다만, 내용연수를 법정하면서도 기준내용연수 제도를 채택하여 법인의 특수한 사정을 반영할 수 있도록 기준내용연수에 그 기준내용연수의 25%에 상당하는 연수를 가감한 내용연수범위 안에서 법인이 선택하여 신고한 내용연수(신고내용연수)를 적용하고, 자산별·업종별로 적용한 신고내용연수 또는 기준내용연수는 그 후의 사업연도에 있어서도 계속하여 그 내용연수를 적용하도록 하고 있으며, 일정한 신고기한 내에 신고를 하지 아니한 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률을 일률적으로 적용하도록 하고 있다. 이와 같이 고정자산의 구조 또는 자산별·업종별로 내용연수를 법정한 것은 앞에서 본 바와 같이 특정기간 내에 사용된 고정자산의 취득원가를 그 자산의 이용에 의하여 창출된 수익에 대응시켜 기간손익계산을 정확히 하기 위한 감가상각제도의 본질에서 비롯된 것으로 보이므로, 기준내용연수와 그에 따른 상각률을 일률적으로 적용하도록 규정한 구 법인세법 시행규칙 제28조 제1항 제2호 단서의 ‘신고기한 내에 신고를 하지 아니한 경우’에는 ‘구 법인세법 등이 허용하는 내용연수범위 안에서 신고를 하지 아니한 경우’도 포함된다고 해석함이 상당하다.
 원고가 구 법인세법 등이 허용하는 내용연수범위에 미달하는 신고를 함으로써 구 법인세법 시행규칙의 기준내용연수를 적용하는 경우에도 이 사건 거래의 계약기간 종료 이후 미상각된 잔존가액만큼은 구 법인세법 시행령 제32조 제5항에 따라 원고가 소외 1 회사에게 이 사건 자산들을 양도한 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입하게 되므로 원고에게 사실상 이중과세하는 불합리한 결과를 초래하는 것은 아니고, 만약 위와 같이 해석하지 않고 원고의 주장과 같이 기업회계기준에 따라 이 사건 거래의 계약기간을 내용연수로 그대로 인정한다면 당사자가 체결하면서 정한 계약기간의 장단이라는 우연한 사정에 따라 법정된 내용연수를 초과하거나 미달하는 내용연수를 적용받을 수 있게 되며, 특히 이 사건에서와 같이 당사자가 체결한 계약의 계약기간이 업종별 자산의 내용연수범위에 미달함에도 계약기간을 감가상각의 내용연수로 적용하는 것을 허용한다면 법인이 감가상각비를 과다하게 계상하여 신고할 수 있게 되어 과세소득 계산의 자의성을 배제하고 과세의 형평을 달성하기 위하여 내용연수를 법정한 취지에 반하게 된다.
 따라서 피고가 이 사건 거래의 계약기간인 12년을 감가상각 내용연수로 적용하여 감가상각비를 계상한 원고에 대하여 수도사업의 기준내용연수 20년을 적용하여 이 사건 처분을 한 것은 구 법인세법 시행령 제28조 제1항 제2호 단서, 구 법인세법 시행규칙 제15조 제3항 [별표 6]에 따른 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 두 번째, 세변째 주장도 이유 없다.
 3. 결론
 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계법령 생략]

판사 김경란(재판장) 홍득관 강희경