법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1990.03.23 / 시행일:

【원고, 상고인】 도이치은행 소송대리인 변호사 황주명
【피고, 피상고인】 남대문세무서장
【원심판결】서울고등법원 1989.10.12. 선고 87구155 판결
【주 문】
 원심판결 중 원고의 패소부분을 파기하고, 이 부분에 관하여 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 원고소송대리인의 상고이유에 대하여 판단한다.
 1. 원심은, 원고가 독일연방공화국에 본점을 두고 금융업을 영위하는 외국법인의 국내지점으로 1981.3.16. 피고에게 서울지점의 1980.사업연도 법인세와 방위세의 과세표준을 신고함에 있어서, 원고은행의 본점경비 중 서울지점의 손금으로 산입할 수 있는 관련경비 배부액을 국세청고시 제81-37호에 정하여진 방법에 따라 계산하지 않고, 원고가 종전부터 채택하여 온 방법, 즉 원고은행의 산하 각 지점들의 영업규모점유비율(각 지점의 예수금, 대출금, 매입외환액, 재할인어음액, 신용장 및 지급보증액등의 합계액이, 전세계 모든 지점의 위 각 항목금액의 합산액에서 차지하는 비율)과 매출총이익점유비율(각 지점의 수입이자, 수입수수료, 외환매매액 등의 합계액에서 지급이자와 지급수수료를 감한 수익금액인 매출총이익이, 전세계 모든 지점의 매출총이익의 합산액에서 차지하는 비율)을 평균한 비율을, 배부대상 경비액에 곱하여 배부경비액을 계산하는 방법에 따라 계산한 결과, 법인세의 과세표준을 금 336,845,305원으로 신고하고 그에 대한 법인세로 금 83,616,080원, 방위세로 금 66,177,772원을 자진납부한 사실, 피고가 원고은행의 서울지점의 1980. 사업연도분 법인세를 실지조사하면서 (i) 원고은행의 본점경비 중 서울지점의 손금으로 산입할 수 있는 관련경비 배부액을 원고가 채택한 배부방법이 아닌 국세청고시 제81-37호 소정의 배부방법에 의하여 계산한 결과, 원고가 서울지점의 본점경비 배부액으로 과다하게 산입한 금 173,832,053원을 손금부인하고, (ii) 본·지점 차입이자 금 47,279,978원을 자기자본에 대한 지급이자로 인정하여 손금부인하고 (iii) 원고가 비과세소득으로 계상한 환매거래에 따른 유가증권수입이자금 8,172,789원을 과세소득으로 인정함으로써, 1986.3.15.자로 원고에 대하여 원심판결서 첨부 별지 제1. 계산서 기재와 같이 법인세 금 200,294,330원과 방위세 금 20,368,130원을 부과하는 이 사건 과세처분을 한 사실등을 인정한 다음, 피고가 서울지점의 본점경비 배부액이 과다하게 산입되었다는 이유로 손금부인한 것이 부당하다는 원고의 첫번째 주장에 대하여, 1978.5.4. 발효된 대한민국과독일연방공화국간의소득및자본에대한조세의이중과세회피를위한협정 제7조 제3항에 의하면 "고정사업장의 이윤을 결정함에 있어서, 경영비와 일반관리비를 포함하여 동 고정사업장의 목적을 위해서 발생한 경비는, 동 고정사업장이 소재하는 체약국내에서 또는 다른 곳에서 발생하는가에 관계없이 비용공제가 허용된다"고 규정되어 있고,법인세법시행령 제121조 제1항에 의하면 그 본문에 "법 제54조의 규정에 의하여 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득의 총 합계금액을 계산함에 있어서는 법과 이 령에서 규정하는 것을 제외하고 다음 각호의 규정에 의한다"고 규정하고 그 제1호에서 "법 제9조에서 규정하는 손금은법 제55조에 규정하는 국내원천소득에 관련하는 수입금액·자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한한다."고 규정하고 있어, 원고은행과 같은 외국법인의 본점경비로서 국내지점을 위한 경비로 합리적으로 배분된 금액은 법인세의 과세표준을 계산·신고함에 있어서 이를 손금으로 계상·처리할 수 있도록 정하여져 있으나, 이와 같은 경우 본점경비의 국내지점 배부액을 어떤 방법으로 계산하는 것이 합리적인지에 관하여는 정하여진바 없으므로, 국세청장이 1981.11.18. 고시 제81-37호로 외국법인의 과세소득금액을 계산함에 있어서 관련점 경비등을 배부하는 방법을 고시하여, 배부대상경비는 관련 본·지점에서 발생한 경영비 및 일반관리비를 포함하는 경비로서, 그 경비가 국내사업장에 대한 산업상 또는 상업상의 이윤을 얻는 데 합리적으로 관련이 있다고 인정되는 경비항목과 금액으로 하되, 그 경비가 발생국의 조세법령의 규정에 따라 비용으로 공제되는 것에 한하도록 하면서 위와 같은 배부대상 경비액에 국내사업장의 수입금액이 전세계 관련점 수입금액에서 차지하는 비율을 곱하여 배부경비액을 계산하되, 국내사업장 및 전세계 관련점 수입금액은 배부대상 경비에 관련하여 발생하였다고 인정되는 산업상 또는 상업상의 수입금액에 한하도록 정하고 있는 바, 복잡다단한 현대경제의 여건하에서는 외국법인의 국내지점도 여러가지 업종과 업태가 있고 그 조직 또한 각양각색이므로 그러한 납세자들의 개별적 특색을모두 고려하여 각별로 관련점경비 배부방법을 정하는 것은 현실적으로 불가능할 뿐더러, 이들 여러 외국법인의 국내지점 사이에 과세형평을 기하기 위하여는 획일적으로 일정한 관련점경비 배부방법을 정하여 두고 이를 적용함이 합리적이라고 할 것이고, 현행 법인세법상 본점경비를 지점에 배분하는 것과 비슷한 면세소득과 과세소득을 구분계산함에 있어서도 동일업종의 공통비용은 수입금액에 비례하여 안분하도록 하고 있을 뿐더러, 이론상 어떤 배부방법이 보다 실경비액에 가까운 금액을 산출할 수 있는 회계방법인지는 결국 절대적 구별이 아닌 상대적 구별이며 실정법의 해석상 어떤 배부방법이 합리성이 있는 적법 타당한 것인지는 당해 실정법 체계와 관련하여 판단하여야 할 것인 점 등을 감안하면, 위 국세청고시 제81-37호가 정하고 있는 관련점경비 배부방법이 현행 우리나라 조세 체계에 적합한 합리적인 배부방법이라고 할 것이고, 그 방법이 위 조세협정이나 법인세법시행령 등의 규정취지에 위반되는 것이 아닐 뿐만 아니라, 설사 원고가 주장하는 바와 같이 그가 주장하는 관련점경비 배부방법이 원고은행의 업종과 업태등에 적합한 합리적인 방법으로, 원고은행의 다른 외국지점 소재지 나라의 세무당국에 의하여 용인되어 오고 있다고 할지라도, 그와 같은 사유만으로 원고지점의 경우에는 위와 같은 관련점경비 배부방법만이 위 조세협정과 법인세법시행령의 규정등 우리나라 현행 실정법체계에 적합한 유일한 합리적인 배부방법이라고 단정할 수는 없다고 할 것이고, 따라서 원고지점의 법인세과세표준액을 산출함에 있어서는 관련점경비 배부액을 원고가 주장하는 방법에 따라 산출, 계산하여야만 적법타당한 것으로 볼 수는 없다고 할 것인 만큼, 원고의 첫번째 주장은 이유가 없는 것이라는 취지로 판단하였다.
 2. 그러나위 조세협정 제7조 제3항 및법인세법시행령 제121조 제1항 제1호의 규정취지는, 국내에 지점을 둔 외국법인이 각 지점의 통할기능과 지점관리기능을 수행하기 위하여 지출한 비용으로서 특정된 사업장등에게 전속시킬 수 없는 본점경비중, 국내지점의 업무에 대응하는 부분을 적정하게 국내원천소득에 배부하여 외국법인의 국내원천소득의 총합계금액을 계산함에 있어서 이를 손금으로 인정하여 주려는데 그 목적이 있다고 할 것이므로, 본점경비의 배부기준으로는 관련된 각 사업장의 수입금액에 비례하여 배부하는 방법이나 각 사업장의 발생원가에 비례하여 배부하는 방법 등이 고려될 수 있음은 물론, 합리적인 이유만 있다면 반드시 일률적으로 한가지 배부기준에 의하여야 할 필요는 없고 항목별로 다른 배부기준을 적용하여도 무방하다고 보는 것이 상당하다.
 이 사건의 경우원고은행의 본점경비중 서울지점의 손금으로 산입할 수 있는 배부대상 경비액의 계산방법에 관하여 살펴보면, 국세청고시 제81-37호 소정의 이른바 일괄배부방법, 즉 배부대상 경비액에 국내사업장의 수입금액이 전세계 관련점 수입금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하는 방법은 물론, 원고가 법인세의 과세표준을 신고함에 있어서 채택하여 온 이른바 항목별배부방법, 즉 국내사업장이 전세계 관련점에서 차지하는 영업규모점유비율과 매출총이익점유 비율을 항목별로 계산하여 평균한 비율에 따라 계산하는 방법도 그 나름대로의 합리성을 갖춘 경비배부방법으로 인정될 수도 있는 것으로 보이는 바(1987.3.11. 신설된 법인세법기본통칙 6-1-33...(54)가 외국은행의 본점경비 배부방법에 관하여 위의 두가지 배부방법 중 하나를 임의로 선택할 수 있도록 정하고 있는 것도 두가지 배부방법의 합리성을 모두 인정하고 있는 취지로 해석된다),원고가 당초 채택한 항목별배부방법이 합리적인 것으로 인정된다면, 원고가 당초 피고에게 서울지점의 1980.사업연도 법인세와 방위세의 과세표준을 신고함에 있어서 원고은행의 본점령비중 서울지점의 손금으로 산입할 수 있는 배부경비액을 자신이 채택한 항목별배부방법에 따라 계산하여 신고하였다고 하더라도, 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있었다고는 볼 수 없는 것임이 명백하고(더구나 원고가 1981.3.16. 과세표준을 신고할 당시는 위 국세청고시가 고시되기 이전이었으므로, 원심이 설시한 바와 같이 여러 외국법인의 국내지점 사이에 과세의 형평을 해할 염려가 있었다고 볼 수도 없다),따라서 피고가 1986.3.15.자로 과세표준과 세액을 갱정함에 있어서, 원고은행본점의 배부대상경비의 배부방법을 달리함으로써 나타난 차액을 과다하게 계산된 경비로 보아 손금부인한 것은 위법한 것이라고 보지 않을 수 없음에도 불구하고, 원심은 원고가 채택한 항목별배부방법이 합리적인 것으로 인정되는지의 여부에 대하여는 명백히 판단하지도 아니한 채, 위 국세청고시가 정하고 있는 일괄배부방법이 현행 조세법체계에 적합한 합리적인 배부방법으로 위 조세협정이나 법인세법시행령등의 규정취지에 위반되는 것이 아닐 뿐만 아니라 원고가 채택한 항목별 배부방법만이 현행 조세법체계에 적합한 유일한 합리적인 배부방법이라고 단정할 수는 없으므로, 피고가 과세표준과 세액을 갱정함에 있어서 원고은행의 본점경비중 서울지점의 손금으로 산입할 수 있는 배부경비액을 원고가 채택한 방법에 따라 계산하여야만 적법 타당한 것으로 볼 수 없다는 이유만으로, 피고의 이 점에 관한 과세표준 및 세액의 갱정처분이 위법한 것이라는 원고의 첫번째 주장이 이유가 없는 것이라는 취지로 판단하였으니, 원심판결은 위 조세협정 제7조 제3항 및법인세법시행령 제121조 제1항 제1호나법인세법 제32조 제2항에 관한 법리를 오해하였거나 심리를 제대로 하지 못한 위법을 저질렀다고 보지 않을 수 없고, 이와 같은 위법은 판결에 영향을 미친 것임이 명백하므로, 이 점을 지적하는 취지가 포함되어 있는 논지는 이유가 있고, 원심판결 중 원고의 패소부분은 파기를 면할 수 없다.
 3. 그러므로 원심판결 중 원고의 패소부분을 파기하고 이 부분에 관하여 다시 심리판단하도록 하기 위하여 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 이재성(재판장) 박우동 윤영철 김용준

가. 외국법인이 그 국내지점의 손금에 산입할 본점경비의 배부방법
나. 외국법인이 항목별 배부방법을 채택하여 과세표준신고를 한 경우 과세관청이 일괄배부방법으로 계산하여 그 차액을 손금부인함의 적부(소극)

가. 대한민국과독일연방공화국간의소득및자본에대한조세의이중과세회피를위한협정 제7조 제3항 및법인세법시행령 제121조 제1항 제1호의 규정취지는 국내에 지점을 둔 외국법인이 각 지점에 대한 통할기능과 관리기능을 수행하기 위하여 지출한 비용으로서 특정된 사업장 등에게 전속시킬 수 없는 본점경비 중, 국내지점의 업무에 대응하는 부분을 적정하게 국내원천소득에 배부하여 외국법인의 국내원천소득의 총합계금액을 계산함에 있어서 이를 손금으로 인정하여 주려는데 그 목적이 있다고 할 것이므로, 본점경비의 배부기준으로는 관련된 각 사업장의 수입금액에 비례하여 배부하는 방법이나, 각 사업장의 발생원가에 비례하여 배부하는 방법 등이 고려될 수 있음은 물론, 합리적인 이유만 있다면 반드시 일률적으로 한가지 배부기준에 의하여야 할 필요는 없고, 항목별로 다른 배부기준을 적용하여도 무방하다고 보는 것이 상당하고, 따라서 국세청고시 제81-37호 소정의 이른바 일괄배부방법, 즉 배부대상 경비액에 국내사업장의 수입금액이 전세계 관련점 수입금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하는 방법은 물론, 국내사업장이 전세계 관련점에서 차지하는 영업규모점유비율과 매출총이익점유비율을 항목별로 계산하여 평균한 비율에 따라 계산하는 이른바 항목별 배부방법도 그 나름대로의 합리성을 갖춘 경비배부방법으로 인정될 수 있는 것이다.
나. 외국법인이 당초 과세관청에게 국내지점의 법인세와 방위세의 과세표준을 신고함에 있어서 본점경비 중 국내지점의 손금으로 산입할 수 있는 배부경비액을 자신이 채택한 항목별 배부방법에 따라 계산하여 신고하였더라도, 그 배부방법이 합리적인 것으로 인정된다면 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있었다고는 볼 수 없으므로 과세관청이 과세표준과 세액을 갱정함에 있어서, 그 배부방법을 달리하여 국세청고시 제81-37호 소정의 일괄배부방법을 채택함으로써 나타난 차액을 과다하게 계산된 경비로 보아 손금부인한 것은 위법하다.