증여세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2021.09.29 / 시행일:

【원고, 항소인】 학교법인 ○○학원의 소송수계인 회생채무자 학교법인 ○○학원의 관리인 원고 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 외 1인)
【피고, 피항소인】 중부세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 광장 담당변호사 류성현 외 1인)
【제1심판결】 서울행정법원 2020. 1. 9. 선고 2018구합78718 판결
【변론종결】2021. 6. 16.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 기각한다. 
 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 제1심판결을 취소한다. 피고가 2016. 8. 23. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 증여세 57,626,481,717원의 부과처분을 취소한다. 
【이 유】1. 제1심판결의 인용 등
 이 사건에 관하여 이 법원이 적을 이유는, 제1심판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하고, 다음 3항과 같이 이 법원에서의 주장에 대하여 추가 판단을 하는 이외에는 제1심판결의 이유 부분(별지 ‘관계 법령’ 부분을 포함하되, ‘3. 결론’ 부분 제외) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 수정하는 부분
 ○ 제1심판결문 2쪽 6행의 "원고는" 부분을 "학교법인 ○○학원(이 사건 소가 제기된 이후인 2020. 8. 18. 위 학교법인에 대하여 서울회생법원 2020회합100069호로 회생절차개시결정이 내려졌고, 위 학교법인의 대표자 이사장인 원고가 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제74조 제4항에 의한 법률상 관리인 자격으로 2020. 11. 13. 이 사건 소송절차를 수계하였다. 이하에서는 편의상 그대로 ‘원고’라고 한다)은"으로 수정한다. 
 ○ 제1심판결문 11쪽 4, 5행의 "원고가 소외 1 회사에게 지불하는 것으로 이루어져 있다." 부분을 "원고가 ○○건설에게 지불하는 것으로 이루어져 있다."로, 8행의 "연대보증채무 채무를 함께" 부분을 "연대보증채무를 함께"로 각 수정한다. 
 ○ 제1심판결문 12쪽 4, 5행의 ‘[인정근거]’란에 "갑 제25호증"을 추가한다. 
 ○ 제1심판결문 14쪽 10행부터 15쪽 16행까지 부분(살피건대, 구 상증세법 및 그 시행령은... 원고의 주장은 받아들일 수 없다.)을 아래와 같이 다시 고쳐 쓴다. 
 【살피건대, 앞서 본 관련 법령의 문언과 취지, 구 상증세법 시행령 제38조 제2항 본문에서 ‘법 제48조 제2항 제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등 의 정관상 고유목적사업에 사용(기획재정부령이 정하는 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다’고 규정하고 있는 점, 이 사건 조항에서 ‘직접 공익목적사업에 사용한 실적’에는 ‘매각대금으로 직접 공익목적사업용 재산 및 수익사업용 재산을 취득한 경우’가 포함되는 것으로 괄호 안에서 이를 별도로 규정하고 있는 점 및 비과세 특례에 관한 유사한 법령에 대한 기존 대법원 판례의 해석 등을 종합하여 보면, 구 상증세법 제38조 제4항의 ‘직접 공익목적사업에 사용’이라 함은 원칙적으로 당해 매각대금의 사용용도나 목적이 그 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 대한 사용으로 한정되어야 하고, 매각대금의 사용으로 인한 법적 효과나 이익 역시 중간에 아무것도 거치지 않고 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 곧바로 귀속되는 것을 뜻한다고 봄이 상당하다. 결국 공익법인 등이 출연재산 매각대금을 실질적, 종국적으로는 정관상 고유목적사업에 사용하려는 목적이나 의도를 가지고 있다 하더라도, 출연재산 매각대금의 사용으로 인한 법적 효과나 이익이 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 곧바로 귀속되지 아니한 채 중간에 별도의 매각대금의 사용(처분)행위가 개입되는 경우에는 그 중간 사용(처분)행위를 두고 ‘직접 공익목적사업에 사용’한 것으로 볼 수 없다. 다만, 그 사용의 범위는 당해 공익법인 등의 사업목적과 매각대금의 사용목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것인바, 그와 같은 취지에서 이 사건 조항에서도 ‘직접 공익목적사업에 사용한 실적’에는 매각대금으로 직접 공익목적사업용 재산을 취득한 경우뿐만 아니라 (직접 공익목적사업에 충당할 목적으로) 수익사업용 재산을 취득한 경우도 포함되는 것으로 괄호 안에서 이를 별도로 규정하고 있다. 
 이에 대하여 원고는 이 사건 조항의 ‘직접’이 ‘공익목적사업’만을 수식할 뿐 ‘사용’을 수식하는 것은 아니라고 주장한다. 그러나 ‘직접’의 사전적 의미에는 ① 명사로서 ‘중간에 제삼자나 매개물이 없이 바로 연결되는 관계’를 뜻하는 것 외에도 ② 부사로서 ‘중간에 아무것도 개재시키지 아니하고 바로’를 뜻하는 의미도 포함되어 있는바, 앞서 본 사정들 및 구 상증세법 시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15193호로 전부 개정되기 전의 것) 제3조의2 제6항 제1호에서 출연받은 재산을 ‘출연목적에 사용하는 경우’라 함은 ‘당해 공익사업의 정관상 고유목적사업에 사용’하는 경우 등이라고 규정하면서 ‘당해 공익사업의 정관상 고유목적사업’을 ‘직접공익목적사업’으로 약칭하였다가, 1996. 12. 31. 위 시행령이 전부 개정된 이후에는 이 사건 조항에서 보는 바와 같이 기존의 단일명사로서의 ‘직접공익목적사업’이 아닌 ‘직접 공익목적사업에 사용’이라는 문구를 사용하고 있는 사정까지 감안하여 보면, ‘직접 공익목적사업에 사용’에서의 ‘직접’은 바로 뒤에 오는 명사인 ‘공익목적사업’뿐만 아니라 그 뒤에 따라오는 동사인 ‘사용’까지도 동시에 수식하는 것으로 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 조항의 해석에 관한 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.】 
 ○ 제1심판결문 19쪽 3행의 "원고의 수입사업용 재산인" 부분을 "원고의 수익사업용 재산인"으로 수정한다. 
3. 추가 주장에 대한 판단
가. 원고 주장 요지
1) ○○빌딩 중 건물부지는 원고가 유상취득한 것이고, 그 지상건물은 원고가 신축하여 원시취득한 것이므로, ○○빌딩은 당사자 일방이 그 의사에 따라서 재산상의 손실을 봄으로써 타방을 이득시키는 것을 뜻하는 기부 및 증여를 포함하는 의미의 ‘출연받은 재산’에 해당한다고 볼 수 없다. 
2) 원고는 ○○빌딩 매각에 따른 처분이익을 고유목적사업에 사용하지 않았다는 이유로 법인세법 제29조 제6항, 같은 법 시행령 제56조 제7항에 따라 그 처분이익에 대하여 법인세를 이미 납부하였으므로, ○○빌딩 매각대금에 대하여 재차 증여세를 부과한 이 사건 처분은 이중과세에 해당한다. 
3) 설령 이 사건 처분이 적법하다고 하더라도, 구 상증세법 시행령 제38조 제9항 제1호에 의하면, 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 경우에도 그중 일부가 ‘공인법인 등의 이사 또는 사용인의 불법행위로 인하여 출연받은 재산 등이 감소’되어 직접 공익목적사업 등에 사용할 수 없게 된 때에는 당해 금액을 출연받은 재산 등의 가액에서 차감한 금액을 기준으로 증여세를 부과한다고 규정하고 있는바, 이 사건의 경우 ○○빌딩 매각대금을 ○○건설에 대여함으로써 직접 공익목적사업 등에 사용할 수 없게 된 것은 원고의 전 이사장인 소외 2의 업무상 배임행위로 인한 것이고, 소외 2는 ○○빌딩 출연자의 친족에 해당하지 않으므로, 이 사건 처분으로 인한 증여세를 산정함에 있어서는 구 상증세법 시행령 제38조 제9항 제1호가 적용되어야 한다. 
나. 공익사업 출연재산의 과세가액 불산입 규정의 법적 성격 및 연혁
1) 법적 성격 
가) 영리법인은 유증·사인증여 또는 증여로 받은 재산에 대하여 상속세·증여세를 납부하지 아니하나, 비영리법인은 상속세·증여세의 납세의무를 진다. 왜냐하면 영리법인의 경우에는 그 받은 재산의 가액이 각 사업연도의 소득금액에 합산되어 법인세로 납부되나, 비영리법인의 경우에는 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 법인세 납세의무를 지는데, 무상으로 받은 자산의 가액은 수익사업에서 생긴 소득이라고 볼 수 없기 때문이다. 다만, 비영리법인의 경우에도, 대통령령이 정하는 바에 의하여 운영되는 종교, 자선, 학술 기타 공익사업을 영위하는 공익법인 등에 출연한 재산에 대하여는 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다(구 상증세법 제48조 제1항 본문). 
나) 그러나 상증세법에서 공익사업의 원활한 수행을 위해 일정한 요건(불산입 요건)을 충족하는 경우 출연행위에 대해 증여세 과세가액에 불산입하는 혜택을 주면서도, 공익과 선행을 앞세워 증여세를 회피하거나 출연자의 부의 증식 및 세습수단으로 악용되는 것을 방지하기 위하여 출연재산이 공익사업에 적절하게 사용될 수 있도록 사후관리기간 동안 증여세 과세가액 불산입의 취지를 달성하도록 엄격한 의무를 부과하고 있다. 
다) 이에 구 상증세법 제48조 제2항은, 제1항 본문의 규정에 의한 증여세 과세가액 불산입 재산을 출연받은 공익법인 등이 (i) 그 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등 이외에 사용하거나, 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우(제1호), (ii) 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서, 그 취득하는 주식 등과 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 내국법인의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우(제2호), (iii) 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우(제3호), (ⅳ) 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금 등을 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우(제4호) 등에 있어서는, 대통령령이 정하는 가액을 그 공익법인 등이 ‘증여’받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고 있다(이하 ‘출연재산에 대한 증여세 부과규정’이라 한다). 
라) 이와 같은 구 상증세법 제48조 제2항에 의한 공익법인 등에 대한 증여세 부과는, 당초 공익사업 출연행위와는 별도로 각호의 과세요건이 발생한 때에 증여세를 부과하는 것이므로, 당초 출연행위에 대한 과세가 아니라 공익법인 등의 의무위반에 따라 출연자와는 상관없이 별도의 과세요건이 성립되고, 이에 따라 그 의무를 위반한 공익법인 등에게 징벌적 증여세를 부과하는 것이다. 
2) 출연재산에 대한 증여세 부과규정의 변천
가) 1994. 12. 22. 법률 제4805호로 일부 개정되기 전의 상속세법
 위 개정 전 상속세법 제8조의2 제4항은, 상속세 과세가액 불산입 재산을 출연받은 공익법인 등이 (i) 출연받은 재산을 출연목적 외에 사용하거나 대통령령이 정하는 기간 내에 그 출연목적에 사용하지 아니하는 경우(제1호), (ii) 대통령령이 정하는 바에 의하여 운영되는 종교사업·자선사업·학술사업·기타 공익사업(같은 조 제1항 제1호 본문)에 운영되지 아니하는 경우(제2호), (iii) 출연받은 재산(당해 재산을 수익사업용 또는 수익용으로 운용하여 얻은 소득을 포함한다)을 내국법인의 주식을 취득하는데 사용한 경우로서 그 취득한 주식과 취득 당시에 소유하고 있는 주식 및 당해 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익사업을 영위하는 자가 소유하고 있는 주식을 합하여 당해 내국법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 5를 초과하는 경우(제3호)에는, 대통령령이 정하는 가액을 그 출연받은 자가 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다고 규정한 다음, 그 시행령 제3조의2 제7항 제1호 내지 제8호에서, 법 제8조의2 제4항의 규정에 의하여 증여세를 부과하는 경우를 규정하고 있었는바, 제1호에서는 ‘공익사업이 출연받은 재산을 그 출연일로부터 2년 내에 출연목적에 전부 사용하지 아니한 때’를 들고 있었다. 
나) 1994. 12. 22. 법률 제4805호로 일부 개정된 상속세법
 위 개정된 상속세법 제8조의2 제4항은, 제1호에서 ‘출연받은 재산을 출연목적 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 내에 출연목적에 전부 사용하지 아니하는 경우’로 규정하여, 종전 시행령 제3조의2 제7항 제1호의 유예기간을 3년으로 늘리면서 상위법으로 옮겨 규정하고, 개정 시행령 제3조의2에 제17항을 신설하여, 법 제8조의4 제4항 제1호 단서에서 말하는 제외사유로, 3년을 초과함을 요하거나 불가피하게 사용실적이 미달한 경우로서 주무부장관이 인정하는 경우를 규정하였다. 
다) 1996. 12. 30. 법률 제5193호로 전부 개정된 상속세 및 증여세법
 위 개정에 따라 상속세법은 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다)으로 명칭이 변경되었는바, 위 개정된 상증세법 제48조 제2항은, 증여세 과세가액 불산입 재산을 출연받은 공익법인 등이 (i) ‘출연받은 재산을 직접 공익목적사업등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다) 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우(제1호), (ii) 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 그 취득한 주식 등과 취득 당시에 보유하고 있는 주식 등 및 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등을 합하여 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우(제2호), (iii) 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용하거나 운용소득 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하는 경우(제3호), (ⅳ) 출연받은 재산을 매각하고 그 매각금액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사용하지 아니한 경우(제4호), (ⅴ) 기타 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업의 운용에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우(제5호)’에는, 대통령령이 정하는 가액을 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다고 규정하였다. 이에 따라 제1호에서 출연재산을 직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우도 ‘직접 공익목적사업등’에 사용하는 것으로 개정되었고, 이때 출연재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하여 그 운용실적이 기준금액에 미달한 때에는 제3호에 의하여 증여세를 부과받게 되었으며, 그와 별도로 제4호를 두어 출연받은 재산을 매각한 대금을 직접 공익목적사업등에 사용하지 않거나 일정 비율 미만으로 사용하는 경우를 새로이 증여세 과세대상으로 규정하였다. 그에 따른 세부적인 증여세 부과사유 및 증여세 과세가액의 범위 등에 관하여는 상증세법 시행령 제38조에서 규정하였다. 
라) 2000. 12. 29. 법률 제6301호로 일부 개정된 상증세법
 위 개정된 상증세법 제48조 제2항 제4호는, ‘출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금 등을 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우’로 개정되어 종전 상증세법 시행령 제38조 제6항에서 규정하고 있던 3년의 유예기간을 상위법으로 옮겨 규정하였고, 증여세를 부과하는 사유로 제4의2호가 신설되었다.
다. 인정사실
 제1심에서 설시한 사실 및 그에 관한 증거들을 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. 
1) 재단법인 □□학원 및 원고의 기본재산 형성 과정
가) 소외 3은 기독교 정신에 따라 여성교육기관으로서 가정에 관한 고등교육을 실시할 목적으로 11만 8,500원을 출연하여 1948. 7. 21. 재단법인 □□학원의 설립인가를 받았고, 재단법인 □□학원은 1948. 9.경 서울 중구 (지번 5 생략)에 소재한 건물을 임차하여 ◇◇고등학교를 개교하였다. 그 후 재단법인 □□학원은 1949. 3.경 교사(校舍)를 서울 중구 (지번 6 생략)에 소재한 임차 건물로 이전하였고, 1950. 6.경 6·25 전쟁으로 부산 (지번 7 생략)에 소재한 임시 교사(校舍)로 이전하여 약 7개월 동안 수업을 하다가 1952. 6. 10.경 다시 위 ☆☆동 소재 교사(校舍)로 돌아오게 되었다. 
나) 1952. 7. 1.경 재단법인 □□학원의 재산은 ‘기본재산’인 현금 11만 9,400원과 ‘보통재산(현존비품)’인 총 570만 원 상당의 흑판대, 테이블 등의 비품이 전부였고[당시 교사(校舍)인 서울 중구 (지번 6 생략)에 소재한 건물은 임차한 것이었다], 1955년경에는 적극재산은 전혀 없이 소극재산(당시 기준으로 약 7,000만 환의 고리채와 2,800만 환의 미지급 임금채무 등)만 증가하여 재정난이 심각한 상태에 이르렀다.
다) 그 무렵 재단법인 □□학원은 임차한 건물을 교사(校舍)로 사용해 오던 중 소외 4 소유의 서울 중구 △△△동(지번 1 생략) 토지 2,879.3㎡(이하 ‘이 사건 A토지’라 한다)를 매입하여 그 지상에 교사(校舍)를 신축하고자 하였으나, 소외 4에게 계약금 500만 원만 지급한 상태에서 채권자들의 위 계약금 압류로 이 사건 A토지에 관한 매매계약은 해제되었고, 공사대금도 마련하지 못하여 그 지상에 신축 중이던 교사(校舍)의 신축공사마저 중단되었다. 
라) 이에 당시 재단법인 □□학원의 이사장이던 소외 5는 소외 6에게 재단법인 □□학원을 인수할 것을 제안하였고, 1956. 1. 14. 소외 6이 재단법인 □□학원의 이사장으로 취임하게 되었다. 이후 재단법인 □□학원은 소외 6이 출연한 현금으로 이 사건 A토지 지상에 교사(校舍)를 신축하는 공사를 다시 진행하여 1956. 2. 15.경 교사(校舍) 신축공사를 완료하였고, 1956. 3.경부터 새로 신축한 서울 중구 △△△동 소재 교사(校舍)에서 수업을 하였다. 
마) 1956. 8. 25.자 전국 고등교육기관 실태조사보고에 따르면, 당시 재단법인 □□학원의 ‘기본재산’은 ‘이 사건 A토지 및 그 지상 4층 건물, 소외 6이 출연한 강원 철원군 (지번 8 생략) 임야, 도서(총 5,206권)’가 전부였고, 1957년경 소외 6 및 소외 6의 종중인 ▽▽종중이 출연한 강원 철원군 (지번 9 생략) 임야 등이 기본재산으로 추가되었다. 소외 6은 그 무렵부터 1963. 5. 10.경까지 계속해서 현금을 출연하여 서울 성북구 (지번 10 생략) 소재 토지, 서울 서대문구 (지번 11 생략) 소재 토지, 서울 서대문구 (지번 12 생략) 소재 토지를 매수하는 한편, 충남 연기군 (지번 13 생략) 소재 토지를 출연하여 이를 모두 재단법인 □□학원의 기본재산으로 편입하였다. 
바) 그 후 재단법인 □□학원은 구 사립학교법(1963. 6. 26. 법률 제1362호로 제정된 것)에 의하여 재단법인을 학교법인으로 조직변경을 한 후, 1963. 9. 26. 명칭을 학교법인 ○○학원(원고)으로 변경하고 1964. 1. 14. 설립허가를 받았다. 
사) 원고가 설립허가를 받은 무렵인 1963년경 원고의 재산은, ① 교육용 기본재산으로 1956. 2.경 신축한 서울 중구 △△△동 소재 교사(校舍) 등 학교시설, ② 수익용 기본재산으로 수익용 사업체{이 사건 A토지에 소재지를 둔 ◎◎ 주식회사(1958. 9. 11. 취득, 이하 법인명에서 주식회사는 생략한다) 및 서울 중구 태평로에 소재지를 둔 ◁◁여행사(1962. 3. 31. 취득)}와 위 각 수익용 사업체의 주권(株券) 및 국채, ③ 수익용 토지로 강원 철원군 (지번 8 생략), (지번 9 생략) 등 소재 토지 및 충남 연기군 (지번 13 생략) 소재 토지가 있었다(을 제6호증 17쪽 이하 참조). 
아) 그 후 원고는 1980년경 ○○대학교 용인캠퍼스, ▷▷대학교, ○○고등학교, ○○여자고등학교의 교지(校地)로 총 17,049㎡ 상당의 토지를 추가 매입하고, 1981년경에도 위 학교들과 ♤♤교회 부지로 총 5,442㎡ 상당의 토지를 추가 매입하는 등 이후에도 꾸준히 교육용 및 수익용 기본재산을 매입함으로써 1988년경 원고의 교육용 토지는 총 159만 2,261㎡ 상당에 이르게 되었다. 그 무렵 원고의 수익용 사업체 역시 ◁◁여행사, ♡♡애드, ○○물산, ○○전업사, ●●코리아 등으로 증가하였다. 
2) ○○빌딩의 조성 과정
가) 이 사건 A토지의 폐쇄등기부에는 ‘단기 4289년(1956년)’ 재단법인 □□학원이 ‘대한민국 정부’로부터 매매를 원인으로 소유권을 이전받은 것으로 기재되어 있는데 반해, 이 사건 A토지의 폐쇄토지대장에는 ‘단기 4283년(1950년)’ 재단법인 □□학원이 ‘국(國)’으로부터 매매를 원인으로 소유권을 이전받은 것으로 기재되어 있다.
나) 그러나 이후 이 사건 A토지의 소유권 변동에 관해서는, 그 폐쇄등기부및 폐쇄토지대장 모두 재단법인 □□학원이 단기 4290년(1957년) 소외 4에게 이 사건 A토지의 소유권을 이전하였다가 단기 4292년(1959년) 소외 4로부터 다시 그 소유권을 이전받은 것으로 기재되어 있다. 
다) 원고는 1996. 7. 31.경 소외 7로부터 서울 중구 △△△동(지번 2 생략), (지번 3 생략), (지번 4 생략) 토지 총 1,818.7㎡를 취득하였고(당시 원고는 위 토지를 취득하는데 총 106억 4,000만 원 상당을 지출하였고, 그중 105억 8,000만 원은 동아건설산업으로부터 차입하였다), 이후 그중 666㎡ 부분(이하 ‘이 사건 B토지’라 한다)이 이 사건 A토지에 합병되었으며, 이 사건 A토지와 이 사건 B토지는 토지구획정리사업에 의하여 구획정리가 완료되어 2002. 7. 23. 서울 중구 △△△동(지번 14 생략) 대 3,525.1㎡로 환지되었다. 
라) 원고는 1997년경 이 사건 A토지와 이 사건 B토지(이하 ‘○○빌딩 건물부지’라 한다)에 지상 23층, 지하 7층의 규모의 건물인 ○○빌딩을 신축하였는데, 신축비용은 총 911억 1,400만 원 상당이 소요되었고, 그중 594억 원 상당은 차입금 및 선수보증금(이하 ‘차입금 등’이라 하고, 원금을 기준으로 기재한다. 이하 같다)으로 충당되었다. 
마) 그 후 원고는 1999. 2.경 삼성생명으로부터 189억 원을 대출받아 그중 일부로 위 △△△동 토지 취득 당시 동아건설산업으로부터 차입한 금원을 상환하였고, 같은 해 8.경 한빛은행으로부터 189억 원을 대출받아 삼성생명에 대한 위 대출금 189억 원을 상환하였다. 원고는 2004년경 한빛은행에 대한 위 대출금 189억 원 중 합계 37억 8,000만 원을 상환한 후 2007. 1. 25.경 ○○빌딩 매각대금으로 한빛은행에 대한 위 대출금 잔액 151억 2,000만 원을 최종 상환하였다.
3) 이 사건 처분 당시 ‘출연받은 재산의 매각대금’ 산정 내역
가) 피고는 이 사건 처분 당시 취득원천을 기준으로 ‘○○빌딩 건물부지’ 중 이 사건 A토지 2,879.3㎡는 그 전체를 ‘출연받은 재산’으로 조성된 것으로 판단하고, 이 사건 B토지는 그중 529.7㎡는 ‘비출연재산’으로, 나머지 136.3㎡는 ‘출연받은 재산’으로 각 조성된 것으로 판단하여, ○○빌딩 건물부지 총 3,545.1㎡ 중 3,015㎡{3,015.6㎡(2,879.3㎡ + 136.3㎡), 소수점 아래 버림, 이하 같다}가 출연받은 재산임을 전제로, ○○빌딩 건물부지의 매각대금 780억 9,000만 원 중 664억 원[663억 7,600만 원{780억 9,000만 원 × (3,015㎡/3,545㎡)}, 억 원 미만에서 반올림] 상당액을 출연받은 재산의 매각대금으로, 그 나머지 117억 원{116억 9,000만 원(780억 9,000만 원 － 664억 원), 억 원 미만 반올림} 상당액을 비출연재산의 매각대금으로 각 산정하였다. 
나) 또한 ‘○○빌딩 지상건물’의 경우에도 취득원천을 기준으로 총 신축비용 911억 원 1,400만 원 중 594억 원 상당이 차입금 등으로 충당되었다가 이후 ○○빌딩 매각대금으로 상환된 사정 등을 근거로, ○○빌딩 지상건물 중 65%에 상당하는 부분은 ‘비출연재산’으로, 나머지 35%에 상당하는 부분은 ‘출연받은 재산’으로 각 조성된 것으로 판단하여, 이를 전제로 ○○빌딩 지상건물의 매각대금 1,822억 1,000만 원 중 1,188억 원{1,822억 원 × (594억 원 / 911억 원), 억 원 미만 버림} 상당액을 비출연재산의 매각대금으로, 그 나머지 634억 원(1,822억 원－1,188억 원) 상당액을 출연받은 재산의 매각대금으로 각 산정하였다. 
다) 구체적인 산정내역은 아래 표 기재와 같다. 
(단위 : 억 원)자산배분매각대금매각대금 배분금액종류배분기준합계출연받은 재산분비출연 재산분(차입금)출연받은 재산분비출연 재산분?금액 계1,303(100%)650(49.9%)653(50.1%)2,6031,298(49.9%)1,305(50.1%)건물부지주12)면적(㎡)3,545(100%)3,015(85%)530(15%)781664116금액39233359지상건물주13)자금원천 금액911(100%)317(35%)594(65%)1,8226341,189
라. 구체적 판단
1) ○○빌딩 매각대금이‘출연받은 재산의 매각대금’에 해당하는지 여부
가) 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’의 범위
(1) ○○빌딩의 경우 원고(또는 재단법인 □□학원)가 그 ‘건물부지’와 ‘지상건물’을 기부나 증여를 직접 원인으로 하여 취득한 것이 아니라, 매매를 원인으로 취득하거나 또는 건물신축에 따라 원시취득한 것임은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 그와 같이 ○○빌딩 자체를 출연받지 않은 경우 이를 매각한 대금이 구 상증세법 제48조 제2항 제4호 소정의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에 해당하는지 여부가 문제된다. 
 이에 대해 원고는 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에는 ‘출연받은 당해 재산의 매각대금’만 포함된다는 취지로 주장하고, 피고는 ‘출연받은 당해 재산의 매각대금뿐만 아니라, 출연받은 재산을 처분한 대금으로 취득한 재산 등의 매각대금’도 포함된다는 취지로 주장한다. 
(2) 그런데 상증세법에는 ‘출연받은 재산의 매각대금’의 범위 및 판단기준에 관한 직접적인 규정이 존재하지 아니한다. 결국 당해 법령 자체에 그 법령에서 사용하는 용어의 정의나 포섭의 구체적인 범위가 명확히 규정되어 있지 아니한 경우 법령상 용어의 해석은 그 법령의 전반적인 체계와 취지·목적, 당해 조항의 규정형식과 내용 및 관련 법령을 종합적으로 고려하여 해석하여야 한다(대법원 2010. 6. 26. 선고 2010두3978 판결 등 참조). 이때 법은 원칙적으로 불특정 다수인에 대하여 동일한 구속력을 갖는 사회의 보편타당한 규범이므로 법의 표준적 의미를 밝혀 객관적 타당성이 있도록 해석하여야 하고, 가급적 모든 사람이 수긍할 수 있는 일관성을 유지함으로써 법적 안정성이 손상되지 않도록 하여야 한다. 또한 실정법은 보편적이고 전형적인 사안을 염두에 두고 규정되기 마련이므로 사회현실에서 일어나는 다양한 사안에서 구체적 사안에 맞는 가장 타당한 해결이 될 수 있도록 해석·적용할 것도 요구된다(대법원 2018. 6. 21. 선고 2011다112391 전원합의체 판결 참조). 요컨대 법 해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데에 두어야 한다. 그리고 그 과정에서 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하고, 나아가 법률의 입법 취지와 목적, 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 법 해석의 요청에 부응하는 타당한 해석이 되도록 하여야 할 것이다(대법원 2020. 8. 27. 선고 2019도11294 전원합의체 판결 참조).
(3) 위 법리에 비추어, 앞선 인정사실로부터 알 수 있는 아래와 같은 사정들 및 앞서 본 공익목적 출연재산의 증여세 과세가액 불산입 원칙과 그 예외를 정한 출연재산에 대한 증여세 부과규정의 법적 성격 및 문언 내용과 체계, 그 연혁 및 입법취지 등을 종합하여 보면, 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에는 ‘출연받은 당해 재산의 매각대금’뿐만 아니라, ‘출연받은 재산으로 취득한 재산의 매각대금 및 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하여 취득한 재산의 매각대금’까지 포함되는 것으로 해석함이 타당하다. 
 ① 구 상증세법 제48조가 규정하는 공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 증여세 과세가액 불산입 원칙의 입법 취지는 공익사업을 앞세우고 변칙적인 재산출연행위를 하여 탈세나 부의 증식수단으로 악용하는 것을 방지하기 위하여 공익법인 등에 출연된 재산에 대하여는 공익법인 등이 출연받은 해당 재산뿐만 아니라 그 운용소득이나 매각대금 등에 대해서도 이를 직접 공익목적사업 등에 사용할 것을 조건으로 증여세 과세가액에 정책적으로 산입하지 아니하는 데 있고, 구 상증세법 제48조 제2항에서 각호의 사유가 발생한 경우 대통령령이 정하는 가액을 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과하는 것은 위와 같은 입법 취지를 관철하기 위함이다. 
 ② 결국 앞서 본 바와 같이 구 상증세법 제48조 제2항에 의한 공익법인 등에 대한 증여세 부과는 당초 출연행위 자체에 대한 과세가 아니라 각호에서 규정한 사유가 발생한 경우 그와 같은 의무를 위반한 공익법인 등에게 사후적으로 징벌적 증여세를 부과하는 것이다. 
 ③ 출연재산에 대한 증여세 부과규정이, 앞서 본 바와 같이 증여세 과세가액 불산입 재산을 출연받은 공익법인 등에게 부과하는 사후관리의무의 유형을 점점 구체화하고 세분화하는 한편, 공익법인 등이 출연받은 해당 재산뿐만 아니라 당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용한 소득이나 해당 재산을 처분한 매각대금까지도 이를 직접 공익목적사업 등에 사용하도록 사후관리의무의 범위를 확대하는 방향으로 개정된 것도 그와 같은 취지이다. 
 ④ 실제로 종전 상속세법이 1996. 12. 30. 법률 제5193호로 상증세법으로 전부 개정되기 전에는 구 상증세법 제48조 제2항 제4호와 같은 규정을 별도로 두고 있지 않았기 때문에 ‘공익법인 등이 출연받은 재산을 매각한 후 그 처분대금을 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우’에도 종전 상속세법 제8조의2 제4항 제1호(출연받은 재산을 출연목적 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 내에 출연목적에 전부 사용하지 아니하는 경우)가 적용되었다. 이때 종전 상속세법 제8조의2 제4항 제1호에 의할 경우에는 공익법인 등이 출연받은 재산을 3년 내에 직접 공익목적사업 등에 사용하다가 이를 처분한 경우 그 처분대금을 3년 내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 않더라도 사후관리의무 위반의 책임을 물을 수 없는 부당한 결과가 발생할 수밖에 없었다. 그런데 종전 상속세법이 1996. 12. 30. 법률 제5193호로 상증세법으로 전부 개정되면서 제48조 제2항 제4호가 신설되어 공익법인 등은 출연받은 재산을 매각한 처분대금도 이를 직접 공익목적사업 등에 사용할 의무를 별도로 부담하게 되었는바, 제48조 제2항 제4호의 신설 취지는 앞서 본 출연재산에 대한 증여세 부과규정의 입법 취지를 관철하여 종전 상속세법에 따른 입법상의 흠결을 해결하려는 데 있었던 것으로 보아야 할 것이다. 
 ⑤ 이러한 출연재산에 대한 증여세 부과규정의 입법 취지 및 법적 성격, 그 개정경과 등을 감안하면, 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’의 의미를 원고가 주장하는 바와 같이 ‘출연받은 당해 재산의 매각대금’으로한정 해석할 경우에는 출연재산에 대한 증여세 부과규정의 입법 취지가 몰각될 수밖에 없고 객관적 타당성도 결여하게 되어 오히려 법적 안정성을 저해하는 부당한 결과를 초래하게 된다. 
 ⑥ 공익법인의 설립 및 자산운용 등에 관한 관련 법령의 내용을 살펴보더라도, 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에 ‘출연받은 당해 재산의 매각대금’만 포함된다고 볼 수는 없다. 
 ㉠ 공익법인은 원칙적으로 비영리법인에 해당하고, 주무관청의 승인을 받은 경우에 한하여 그가 설치·경영하는 재단법인이나 학교법인의 목적사업 범위 내에서 그 수익을 재단법인이나 학교법인의 경영에 충당하기 위해서만 수익을 목적으로 하는 사업을 할 수 있을 뿐이고(공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제4조 제3항), 공익법인의 재산은 대통령령으로 정하는 바에 따라 기본재산과 보통재산으로 구분하되, 기본재산은 그 목록과 평가액을 정관에 적어야 하며, 평가액에 변동이 있을 때에는 지체 없이 정관 변경 절차를 밟아야 하고, 기본재산에 관하여 매도·증여·임대·교환 또는 용도변경하거나 담보로 제공하거나 기본재산을 보통재산으로 편입하는 등의 경우에는 주무관청의 허가를 받아야 한다(같은 법 제11조). 
 ㉡ 사립학교법에도 같은 취지의 규정을 두고 있는바, 학교법인은 그 설치·경영하는 사립학교에 필요한 시설·설비와 당해 학교의 경영에 필요한 재산을 갖추어야 하고, 학교법인을 설립하려는 자는 일정한 재산을 출연하여야 한다(제5조 제1항, 제10조 제1항). 이때 학교법인의 재산은 기본재산과 보통재산으로 나뉘고, 기본재산은 교육용 기본재산과 수익용 기본재산으로 구분되며, 기본재산은 부동산, 정관 또는 이사회 결의에 의하여 기본재산으로 되는 재산 및 학교법인 회계의 매년도 잉여금 중 적립금 등을 말하고, 그 외 재산은 보통재산이며, 학교법인이 기본재산에 대하여 매도·증여·교환·용도변경하거나 담보로 제공하려는 경우 또는 의무를 부담하거나 권리를 포기하려는 경우에는 관할청의 허가를 받아야 한다(제5조 제2항, 제28조 제1항, 같은 법 시행령 제4조 제2항, 제5조). 
 ㉢ 이에 의하면, 원고와 같은 학교법인의 경우 최초 설립 당시 기본재산은 원칙적으로 출연받은 재산으로만 구성된다고 볼 것이고, 이후 학교법인의 기본재산의 수나 가액이 증가하더라도 이는 출연받은 당해 재산의 시가 상당액 자체가 증가한 것이거나, 출연받은 재산으로 고유목적사업을 경영하여 얻은 수입 상당액이 증가한 것이거나, 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하여 얻은 소득이 증가한 것이거나 또는 그 출연재산운용소득으로 기본재산 내지 수익사업용 재산을 새롭게 취득하여 증가한 것이라고 봄이 상당하다. 나아가 이는 모두 학교법인의 기본재산을 구성하므로 그에 대해서는 사립학교법에 따른 관할청의 관리·감독을 받는 한편, 상증세법에 따른 엄격한 사후관리의무도 부담하게 된다. 
 ⑦ 상증세법 집행기준(48-38-9) 및 유권해석(서면4팀-2755, 2006. 8. 10.) 역시 「구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에는 ‘수익용·수익사업용 재산의 매각대금, 운용소득으로 취득한 재산의 매각대금, 매각대금으로 취득한 다른 재산의 매각대금’이 포함된다」고 보고 있다. 
나) 이 사건 A토지 매각대금 부분 
 앞선 인정사실과 사정들 및 앞선 증거들에 의하여 추가로 인정되는 아래와 같은 사정 등을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 A토지의 매각대금은 구 상증세법 제48조 제2항 제4호 소정의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에 해당한다. 
(1) 1975. 12. 31. 전부 개정된 지적법(법률 제2801호)이 시행되기 전에 소관청이 아무런 법적 근거 없이 과세의 편의상 임의로 복구한 토지대장에 소유자 이름이 기재되어 있다 하더라도, 그 기재에는 권리추정력을 인정할 수 없고, 또한 개정 지적법 시행 이후 새로 작성된 카드식 토지대장에 위와 같이 권리추정력이 인정되지 않는 종전 토지대장의 소유자란 기재가 그대로 옮겨 적어졌다면, 그 새로운 토지대장의 소유자에 관한 사항에도 마찬가지로 권리추정력은 없다고 보아야 하는바(대법원 2013. 7. 11. 선고 2013다202878 판결 참조), 이 사건 A토지의 폐쇄토지대장은 위 전부 개정된 지적법 시행 전에 과세관청이 과세편의 등을 위하여 임의로 작성한 것으로 보이므로, 권리추정력이 없어, 위 기재만으로 재단법인 □□학원이 1950년경 이 사건 A토지를 ‘국(대한민국 정부)’으로부터 취득하였다고 단정할 수는 없다. 오히려 앞서 본 재단법인 □□학원 및 원고의 기본재산 형성 과정 및 ○○빌딩 조성 과정 등에 비추어 보면, 재단법인 □□학원이 1956년경 이 사건 A토지를 ‘국(대한민국 정부)’으로부터 취득한 것으로 보는 것이 더 합리적이다. 
(2) 한편, 재단법인 □□학원이 이 사건 A토지를 최초로 언제 취득하였는지 여부와 관계없이, 이 사건 A토지는 단기 4290년(1957년) 소외 4에게 소유권이 이전되었다가 단기 4292년(1959년) 다시 재단법인 □□학원 앞으로 소유권이 이전된 것으로 보이는바, 앞서 본 재단법인 □□학원 및 원고의 기본재산 형성 과정 및 ○○빌딩 조성 과정에 관한 여러 인정사실 및 그로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정들, ① 소외 6이 1956. 1. 14.경 재단법인 □□학원의 이사장으로 취임할 무렵 재단법인 □□학원은 최초 설립 당시 전현종이 출연한 재산을 전부 소비하고 오히려 소극재산만이 증가한 상태였던 점, ② 이 사건 A토지 지상에 새로운 교사(校舍)가 완공된 것은 1956. 2.경으로 소외 6이 재단법인 □□학원 이사장으로 취임한 이후이고, 위 교사(校舍)의 신축자금은 모두 소외 6이 출연한 것으로 보이는 점, ③ 소외 6은 1956. 1. 14.경 재단법인 □□학원의 이사장으로 취임한 이후 1963. 5. 10.경까지 계속해서 현금을 출연하여 서울 성북구 (지번 10 생략) 소재 토지 등 다수의 부동산을 매입하여 이를 모두 재단법인 □□학원의 기본재산으로 편입하였고, 이후 재단법인 □□학원이 학교법인으로 조직을 변경하면서 위 기본재산이 원고에게 모두 승계되었던 점, ④ 이 사건 A토지의 소유권이 단기 4290년(1957년) 소외 4에게 이전되었다가 단기 4292년(1959년) 다시 재단법인 □□학원 앞으로 이전된 경위 및 그에 따른 취득자금의 출처나 매각대금의 사용처 등에 대해서는 객관적인 자료가 남아 있지 않은 점, ⑤ 그 무렵 소외 6 및 그와 관련된 ▽▽종중 이외에 재단법인 □□학원이나 원고에게 부동산이나 현금을 출연한 다른 법인이나 개인이 존재한다는 자료도 찾아볼 수 없는 점(원고 역시 당심에 이르기까지 소외 6 및 ▽▽종중 외에 다른 출연자가 있었다는 점에 관해서는 특별히 주장, 입증하지 못하고 있다) 등에 비추어 보면, 적어도 재단법인 □□학원이 1959년경 소외 4로부터 이 사건 A토지에 관한 소유권을 다시 이전받을 당시 그 매입대금은 소외 6이 출연한 재산으로 충당되었다고 봄이 타당하다. 
(3) 그런데 앞서 본 바와 같이 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에는 ‘출연받은 재산으로 취득한 재산의 매각대금’도 포함된다고 해석함이 타당하므로, 이 사건 A토지의 매각대금은 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에 해당한다. 
다) 이 사건 B토지 및 그 지상건물 매각대금 부분
 앞선 인정사실과 사정들 및 앞선 증거들에 의하여 추가로 인정되는 아래와 같은 사정 등을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 B토지 중 136㎡ 상당 부분의 매각대금 및 그 지상건물 중 35% 상당 부분의 매각대금은 모두 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에 해당한다. 
(1) 피고는 이 사건 처분 당시 취득원천을 기준으로, 앞서 본 제3의 다. 3) 다)항의 표 기재와 같이, 이 사건 B토지 중 529㎡ 상당 부분은 ‘비출연재산’으로, 나머지 136㎡ 상당 부분은 ‘출연받은 재산’으로 조성된 것으로 판단하고, 그 지상건물 중 65% 상당 부분은 ‘비출연재산’으로, 나머지 35% 상당 부분은 ‘출연받은 재산’으로 조성된 것으로 판단한 후 그에 따라 이 사건 B토지 및 그 지상건물 중 출연받은 재산의 매각대금을 각각 산정하였는바, 앞서 본 재단법인 □□학원 및 원고의 기본재산 형성 과정과 ○○빌딩 조성 과정에 관한 인정사실과 사정들을 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’의 범위에 관한 앞선 법리에 비추어 살펴보면, 피고가 이 사건 B토지 및 그 지상건물을 그 각 취득원천을 기준으로 출연받은 재산과 비출연재산으로 구분한 것은 타당하고, 그와 같이 구분한 데에 문제가 없는 이상 그와 관련된 자산배분 액수나 그에 따른 출연받은 재산의 매각대금 배분금액 계산 자체에 잘못이나 오류가 있다고 볼 수 없다. 
(2) 이에 대하여 원고는, 이 사건 B토지의 매입대금 중 대부분은 외부 차입금으로 충당되었는데, 피고는 나머지 매입대금 및 2004년경 위 차입금 중 중간 상환한 합계 37억 8,000만 원 상당의 금원이 모두 출연받은 재산으로 조성되었다는 사실을 전혀 입증하지 못한 상태에서 만연히 이를 전제로 이 사건 B토지 중 136㎡ 상당 부분을 ‘출연받은 재산’으로 조성된 것으로 판단하였으므로, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다는 취지로 주장한다. 
 그런데 행정소송에서 사실의 증명은 추호의 의혹도 없어야 한다는 자연과학적 증명이 아니고, 특별한 사정이 없는 한 경험칙에 비추어 모든 증거를 종합적으로 검토하여 볼 때 어떤 사실이 있었다는 점을 시인할 수 있는 고도의 개연성을 증명하는 것이면 충분하나, 그 판정은 통상인이라면 의심을 품지 않을 정도일 것을 필요로 하는 점(대법원 2018. 4. 12. 선고 2017두74702 판결, 대법원 2015. 1. 29. 선고 2013다13146 판결 등 참조), 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수도 있는 점(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조) 등에 비추어 보면, ○○빌딩이 오랜 기간에 걸쳐 조성되었을 뿐만 아니라 그 과정에서 출연받은 재산과 비출연재산이 혼합되어 투입된 이 사건에 있어서, 이 사건 B토지 및 그 지상건물 중 비출연재산으로 조성된 부분에 대해서는 이 사건 처분을 다투는 원고가 이를 입증해야 한다고 봄이 타당하다. 
 더욱이 앞선 인정사실 및 앞서 본 공익법인의 설립 및 자산운용 등에 관한 관련 법령과 법리 등을 경험의 법칙에 비추어 살펴보면, 학교법인인 원고의 경우 이 사건 B토지의 매입대금 중 차입금을 제외한 나머지 매입대금 및 37억 8,000만 원 상당의 중간 상환금은 모두 출연받은 재산으로 목적사업을 직접 운영하여 얻은 소득 내지 출연재산운용소득으로 지출되었거나 충당되었다고 봄이 합리적이므로, 위 나머지 매입대금 및 37억 8,000만 원 상당의 중간 상환금이 ‘출연받은 재산’으로 조성되었다는 점에 관해서는 그에 관한 고도의 개연성이 증명되었다고 보기 충분하다. 
 이러한 경우, 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험의 법칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험의 법칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없는 것인바(대법원 2014. 5. 29. 선고 2014두2027 판결 등 참조), 원고가 당심에서 주장하는 사정들이나 제출한 자료들만으로는 위에서 고도의 개연성이 증명된 것으로 시인된 사실이 경험의 법칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나, 이 사건에서 그와 같은 경험의 법칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다거나 또는 위와 같은 판단이 통상인이라면 의심을 품을 정도라는 점 등이 충분히 증명되었다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 아무런 자료도 찾아볼 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 B토지 및 그 지상건물 중 비출연재산으로 조성된 부분에 대한 뚜렷한 입증을 못하고 있는 이상 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 받아들일 수 없다. 
(3) 또한, 원고는, ○○빌딩 지상건물의 신축대금 총 911억 원 중 합계 36억 5,000만 원(이천시 소재 토지 23필지 매각대금 약 34억 5,000만 원 ＋ 성남시 소재 토지 2필지 매각대금 약 2억 원) 상당을 제외한 나머지 금원은 출연받은 재산이 아닌 원고가 1973년경부터 1996년경까지 사이에 취득한 성남시 분당구 판교동, 백현동 소재 임야나 이천시 (지번 15 생략) 임야, 서울 강남구 논현동 소재 빌딩 등을 처분한 대금인 비출연재산으로 충당되었으므로, 피고가 이 사건 처분 당시 ○○빌딩 지상건물의 신축대금 총 911억 원 중 594억 원 상당만이 차입금 등으로 충당되어 비출연재산에 해당한다고 판단한 것은 위법하다는 취지로 주장한다. 
 그러나 원고가 당심에서 주장하는 사정들이나 제출한 자료들(갑 제32 내지 92호증의 각 기재)만으로는 ○○빌딩 지상건물을 신축할 당시 앞서 본 제3의 다. 3) 다)항의 표에 기재된 594억 원을 초과하는 차입금이 지출되었다거나 또는 출연받은 재산으로 36억 5,000만 원 상당의 금원만이 사용되었음을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 아무런 객관적인 자료도 찾아볼 수 없다(원고는 당심에서 처음으로 성남시 분당구 판교동, 백현동 소재 임야나 이천시 (지번 15 생략) 임야 등을 처분한 대금으로 ○○빌딩 지상건물의 신축대금 중 상당 부분을 충당하였다고 주장하고 있을 뿐만 아니라, 서울 강남구 논현동 소재 빌딩 등을 처분한 대금으로 충당하였다는 신축대금의 규모 역시 제1, 2차 과세전적부심 당시 주장한 금액보다 당심에서 주장하는 금액이 상당히 증가하였음에도, 위 임야나 토지 등을 매각한 대금의 구체적인 액수나 그 사용처 등에 관한 계약서나 금융거래자료, 계정별 원장 등의 객관적인 자료는 전혀 제출하지 못하고 있고, 제1, 2차 과세전적부심에서의 주장 내용과 당심에서의 주장 내용이 변경된 경위에 관해서도 합리적으로 설명하지 못하고 있다). 따라서 ○○빌딩 지상건물을 신축할 당시 594억 원을 초과하는 차입금이 지출되었음을 전제로 한 원고의 위 주장 역시 더 나아가 살필 필요 없이 받아들이기 어렵다. 
2) 이중과세 해당 여부
 원고가 주장하는 바와 같이 공익법인이 출연받은 재산을 공익목적사업 등에 사용하지 아니한 경우, 그에 따라 부과되는 증여세와 비영리법인의 고정재산의 양도소득(처분이익)에 부과되는 법인세 간에 과세대상이 일정 부분 겹치는 현상이 발생하기도 하는바, 이를 구 상속세 및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 일부 개정되기 전의 것) 제4조의2 제2항의 증여재산에 대하여 수증자에게 법인세법에 따른 법인세가 부과되는 경우에 해당한다고 보아 이런 경우 구 상증세법 제48조 제2항 제4호에 따른 증여세를 부과하지 못하는 것인지 문제된다. 
 그러나 구 상증세법 제48조 제2항 제4호에 따른 증여세 과세대상은 증여로 의제되는 ‘출연받은 재산의 매각대금을 공익목적사업 등에 사용하지 않고 있는 상태’인 반면, 비영리법인의 고정재산의 양도소득(처분이익)에 부과되는 법인세의 과세대상은 ‘출연재산의 양도소득’으로서 각 과세대상이 서로 상이한 경우이므로, 과세대상이 서로 동일한 경우에 적용되는 구 상속세 및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 일부 개정되기 전의 것) 제4조의2 제2항의 적용은 문제되지 않는다. 
 또한 공익법인이 출연받은 재산을 공익목적사업 등에 사용하지 아니한 경우, 그에 따라 부과되는 증여세와 비영리법인의 고정재산의 양도소득(처분이익)에 부과되는 법인세 간에 과세대상이 일정 부분 겹치는 현상이 발생한다고 하더라도, 그 각 과세대상이 서로 상이하고, 별개의 원인에 기초하여 과세하는 이상 이를 두고 동일한 과세대상사실에 대해서 이중으로 과세하는 것으로 볼 수도 없다. 따라서 이에 관한 원고의 주장도 받아들일 수 없다. 
3) 구 상증세법 시행령 제38조 제9항 제1호 적용 여부
구 상증세법 시행령 제38조 제9항은 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 규정을 적용함에 있어서 출연받은 재산의 매각대금 중 일부가 공익법인 등의 이사 또는 사용인의 불법행위로 인하여 출연받은 재산 등이 감소된 경우(제1호)에 해당하여 그로 인해 직접 공익목적사업에 사용할 수 없는 때에는 당해 금액을 출연받은 재산 등의 가액에서 차감한 금액을 기준으로 해당 각 조항을 적용하되, 다만, 출연자 및 그 출연자와 제19조 제2항 제1호의 관계에 있는 자(친족 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 부계혈족과 그 배우자)의 불법행위로 인한 경우는 제외한다고 규정하고 있다(제1호 단서). 
소외 2는 소외 6의 아들로서 소외 6이 사망한 후 1992. 9.경부터 2008. 2.경까지 원고의 이사장으로 재직하던 중 그 임무에 위배하여 출연받은 재산에 해당하는 ○○빌딩의 매각대금을 공익목적사업 외로 사용함으로써 출연받은 재산을 감소시키는 불법행위를 저질렀다는 등의 범죄사실로 관련 형사사건에서 유죄판결을 선고받아 위 판결이 확정된 사실은 앞서 본 바와 같다. 
 그런데 ○○빌딩 중 ‘이 사건 A토지의 매각대금 및 이 사건 B토지 중 136㎡ 상당 부분의 매각대금과 그 지상건물 중 35% 상당 부분의 매각대금’이 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에 해당하고, 이는 모두 소외 6이 출연한 재산으로 취득한 것이거나 소외 6이 출연한 재산을 수익사업용 내지 수익용으로 운용하여 얻은 소득으로 취득한 재산에 해당함은 앞서 본 바와 같다. 여기에 구 상증세법 시행령 제38조 제9항의 입법 취지 및 구 상증세법 시행령 제38조 제10항이 구 상증세법 제48조 제8항의 ‘출연자‘란 재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만 원 중 적은 금액을 초과하여 출연한 자를 말한다고 출연자의 범위를 제한하고 있는데 반해, 구 상증세법 시행령 제38조 제9항은 출연자의 범위를 제한하고 있지 않은 점 등의 사정까지 보태어 보면, ○○빌딩 중 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 ‘출연받은 재산의 매각대금’에 해당하는 재산의 출연자는 소외 6이라고 보아야 할 것이다. 
 결국 소외 2는 소외 6의 아들로서, 위 출연받은 재산의 출연자인 소외 6과 제19조 제2항 제1호 단서에서 정한 특수관계에 있는 자에 해당하여 구 상증세법 시행령 제38조 제9항의 적용은 문제되지 않는다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장 역시 더 나아가 살필 필요 없이 받아들일 수 없다. 
4. 결론
 따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

판사 배준현(재판장) 송영승 이은혜