법인세경정거부처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2021.07.07 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 강석규 외 2인)
【피고, 피항소인】 수영세무서장
【제1심판결】 부산지방법원 2020. 10. 16. 선고 2018구합24514 판결
【변론종결】2021. 6. 2.
【주 문】
 1. 제1심판결을 취소한다. 
 2. 피고가 2017. 5. 18. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 828,000,000원, 2012 사업연도 법인세 2,298,588,000원, 2013 사업연도 법인세 65,535,435원, 2014 사업연도 법인세 61,147,371원의 각 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.
 3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 이 법원에서 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 이유 중 제1항 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 
2. 처분의 적법 여부
가. 당사자 주장의 요지
(1) 원고의 주장
 (가) 이 사건 시스템 개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하므로 원고가 이 사건 시스템 개발을 위하여 △△△ 등에게 지급한 쟁점 비용은 구 조세특례제한법 제10조 제1항에 따른 연구개발비 세액공제의 대상이 된다. 
 (나) 이 사건 시스템은 원고의 매매체결 업무에만 적용되는 시스템으로 그 개발을 위한 위탁비용인 쟁점 비용은 세액공제 대상에서 제외되는 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항 [별표 6](이하 ‘이 사건 별표’라 한다) 제1호 나목 1)항 중 괄호규정인 ‘전사적 기업자원 관리설비(ERP, Enterprise Resource Planning) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’(이하 위 괄호규정을 ‘쟁점 예외규정’이라 한다)에 해당하지 않는다. 
 (다) 쟁점 비용은 이 사건 시스템을 개발하는데 지출된 비용 중 연구개발 자체에 대한 비용만을 산정한 것이고, 자산취득의 성격을 가진 비용은 이에 포함되어 있지 아니하다.
(2) 피고의 주장
 (가) 이 사건 시스템의 개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라고 볼 수 없다.
 (나) 이 사건 시스템의 개발은 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제9조 제5항의 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’에 해당하는데 같은 법 제9조 제2항에 따라 자체 연구개발 비용이 아닌 위탁비용은 세액공제의 대상이 되지 않는다. 
 (다) 쟁점 비용은 쟁점 예외규정에서 정하고 있는 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당하므로 세액공제의 대상이 되지 않는다.
 (라) 쟁점 비용은 연구개발 자체에 대한 대가가 아니라 연구개발의 성과물을 구입하는데 지출한 비용이므로 세액공제 대상이 되는 연구개발비 즉, 이 사건 별표 제1호 나목에 규정된 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용’에 해당한다고 볼 수 없다.
나. 관계 법령
 이 법원에서 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 이유 중 제2. 나항 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 
다. 판단
(1) 관련 법리
 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).
 한편 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).
(2) 이 사건 시스템 개발이 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’인지 여부 및 이 사건 시스템 개발이 서비스 활동에 해당하여 위탁비용인 쟁점 비용이 세액공제 대상에서 배제되는지 여부
 이 법원에서 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결 제9면 제5행의 ‘Lactency time’을 ‘Latency time’으로 고치고, 아래와 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 중 제2. 다. (2)항 및 (3)항 부분의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
 『한편 피고는 한국표준산업분류상 주요산업활동이 증권거래활동으로 분류되는 원고는 과학·기술진보의 산업활동과 무관하여 세액공제의 요건을 충족할 수 없다는 취지의 주장도 하고 있으나, 구 조세특례제한법은 세액공제의 대상이 되는 연구개발의 의미를 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다고 규정하고 있을 뿐 당해 법인이 영위하는 업종을 별도로 제한하고 있지 않으므로 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.』
(3) 쟁점 예외규정의 적용 여부(이 사건 시스템이 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’에 해당하는지 여부)
 살피건대, 갑 제21호증 내지 제22호증의4의 각 기재, 제1심법원의 현장검증결과, 제1심 증인 ▽▽▽의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 시스템은 매매체결 및 이에 부수된 절차를 전자적으로 처리하기 위한 단일한 목적에서 설계된 시스템인 사실, 원고는 원고의 내부 인력을 전자적 형태로 관리하기 위하여 소외 1 회사로부터 공급받은 (시스템명 1 생략)이라는 인사 ERP와 구매, 예산, 회계 등을 전자적 형태로 관리하기 위하여 소외 2 회사로부터 공급받은 회계 ERP를 사용하고 있는데 이와 같은 ERP 시스템은 이 사건 시스템과 물리적으로 구분된 별도의 서버에서 운용되고 있는 사실, 이 사건 시스템은 회원사인 증권회사나 원고의 직원 중에서도 권한을 가진 시장 운영담당자만이 접속하여 사용할 수 있는 사실을 각 인정할 수 있다. 
 위 인정사실과 변론 전체의 취지에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 시스템은 쟁점 예외규정에서 정하고 있는 전사적 기업자원 관리설비 또는 그와 유사한 시스템에 해당한다고 할 수 없다(피고는 쟁점 예외규정이 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’이라고 규정하고 있으므로 시스템 개발과 관련된 위탁비용은 모두 세액공제의 대상이 될 수 없다는 취지로 주장하기도 하나, ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’이라 함은 전사적 기업지원 관리설비 또는 그와 유사한 시스템 개발을 위한 위탁비용을 의미한다고 봄이 타당하므로 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다).
 ① 구 조세특례제한법 제5조의2 제1호에서는 ‘구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비’를 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비’로 규정하고 있다. 
 ② 이 사건 시스템은 원고 내부의 인적·물적 자원을 효율적으로 관리하기 위한 시스템이 아니라, 원고의 주업무인 유가증권시장, 코스닥시장, 파생상품시장, 채권시장에서 이루어지는 고객들의 매매거래 일반을 효율적으로 관리하기 위하여 구축된 시스템이다. 
 ③ 별지1과 같은 이 사건 시스템의 구조에 의하면, 이 사건 시스템이 원고가 수행하는 다른 업무기능과 통합하여 운영될 것을 전제로 설계되었다고 볼 수 있는 시스템 구성요소가 포함되어 있지 않다.
 ④ 피고는 이 사건 시스템의 개발이 전사적 기업자원 관리설비의 구축방법인 ‘착수→분석→설계→구축→구현’의 단계적 과정을 거쳐 개발되었으므로 이 사건 시스템이 전사적 기업자원 관리설비 또는 그와 유사한 시스템에 해당한다는 취지로도 주장하나, 위와 같은 시스템의 구축과정은 기업용 전자시스템을 개발하는 과정에서 공통적으로 나타날 수 있는 단계적 과정에 해당하고 전사적 기업자원 관리설비만의 고유한 단계적 과정이라고 보기 어렵다. 
 ⑤ 은행, 카드사, 증권사 등 다수의 금융회사가 비슷한 시기에 업무효율화를 위한 차세대 전산시스템을 위탁개발방식으로 구축하였는데, 과세관청은 이러한 금융회사의 차세대 전산시스템이 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템에 해당하여 그 개발을 위한 위탁비용이 세액공제의 대상이 되지 않는다고 판단하여 금융회사들이 청구한 법인세 경정청구에 대하여 거부처분을 한바 있으나(현재 위 거부처분에 대한 취소소송이 진행 중이다), 이 사건 시스템은 금융회사들이 구축한 차세대 전산시스템과는 그 기능 및 역할을 달리하는 것으로 보인다. 
(4) 쟁점 비용이 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용이 아니라 연구개발의 성과물을 구입하는데 지출된 비용에 해당하는지 여부
 피고는, 원고가 △△△ 등에 지급한 쟁점 비용이 연구개발 자체의 위탁에 따른 용역비용이 아니라 수탁업체가 수행한 연구개발의 성과물을 구입하기 위한 비용에 불과하므로 세액공제 대상이 되는 연구개발비 즉, 이 사건 별표 제1호 나목에 규정된 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용’에 해당한다고 볼 수 없다고 주장한다. 
 살피건대, 갑 제5호증 내지 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 수탁업체에 지급한 쟁점 비용은 연구개발용역의 위탁에 따른 비용에 해당한다고 할 것이고 이를 단순히 연구개발의 결과물을 구입하기 위하여 지출한 비용에 불과하다고 볼 수는 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유 없다.
 ① 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]에서 세액공제의 대상으로 열거한 비용 중 제1호 나목 1)에서 규정하는 “위탁”이라 함은 그 아래 가)에서 자)까지 열거하는 대학, 연구기관 또는 기업 등에게 연구개발용역을 의뢰하는 것을 가리키고, 이때 체결되는 연구개발용역계약은 개개의 약정에 의하여 그 내용이 결정될 것이지만 연구개발이 가지는 특성상 일의 완성을 목적으로 삼기 어려운 면에서 대체로 위임계약에 유사한 성질을 가질 것이지만 목표로 삼은 연구개발의 성취를 지향하는 면에서 도급의 성질도 아울러 가지는 일종의 무명계약의 형태를 취할 가능성이 크다. 따라서 그 연구개발용역계약에 도급계약 등과 유사한 약정조항이 포함되어 있다고 하더라도 그 전체적 취지가 연구개발용역을 의뢰하는 것이라면 그 대가로 지급되는 비용은 여전히 구 조세특례제한법 제10조 소정의 세액공제의 대상이 되는 연구개발비에 해당한다고 봄이 타당하다.
 ② 이 사건 각 용역계약에서 원고가 수탁업체의 용역업무 수행과정을 검사하거나 시정요구를 할 수 있고, 용역에 대한 검수결과에 따라 용역비용을 지급하며, 수탁업체에 지체상금이나 하자보수의무를 부과하는 규정을 두고 있고, 수탁업체가 계약서상의 업무수행 기간 내에 용역대상 업무를 완료하지 못하면 계약을 해제 또는 해지할 수 있도록 하는 규정을 두고 있다고 하더라도, 이러한 규정은 통상의 용역계약에 포함되는 수탁업체의 일반적인 의무 조항으로 계약상대방의 계약상 책임에 관한 규정에 불과하다고 할 것이므로 이 사건 시스템 개발의 불확실성으로 인한 시행착오나 실패에 따르는 손실의 위험성은 여전히 종국적으로 원고가 부담하고 있다고 봄이 타당하다.
 ③ 이 사건 각 용역계약에 의하면 용역 업무를 수행함에 있어 생성된 모든 전산자료 및 용역 결과물의 소유권은 원고에게 있는 것으로 하고(제21조), 용역업무 수행과 관련하여 개발 또는 새로이 권리를 취득한 일체의 소프트웨어 지적재산권은 원고와 수탁업체의 공동소유로 하기로 약정하였으므로(제22조), 원고가 위 약정에 따라 수탁업체가 수행한 용역업무의 결과물 내지 지적재산권을 취득하였더라도 원고가 수탁업체에 지급한 비용이 이 사건 각 용역계약에 따른 연구개발의 위탁비용이 아니라 연구개발의 결과물을 구입하기 위한 비용에 해당하는 것이라고 단정하기는 어렵다.
(5) 소결론
 따라서 쟁점 비용은 세액공제의 대상이 되는 연구개발비에 해당한다고 할 것이므로 이와 달리 판단하여 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다. 
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지1] 이 사건 시스템의 구조 생략

판사 곽병수(재판장) 박진웅 배동한