법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2011.04.01 / 시행일:

【피 고 인】 주식회사 국민은행 (소송대리인 변호사 백제흠 외 2인)
【피 고】 중부세무서장 (소송대리인 법무법인 랜드마크 담당변호사 김재훈)피고인
【변론종결】2010. 12. 15.
【주 문】
1. 피고가 원고에 대하여 한 [별지 1] 처분 목록 기재 각 과세처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 금융업 등을 경영하는 내국법인인데, 2003. 9. 30. 원고가 74%의 지분을 보유하고 있던 국민신용카드 주식회사(이하 ‘국민카드’라 한다)를 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)하였다. 국민카드는 금융감독위원회의 여신전문금융업감독규정에 따라 자신이 보유한 채권에 대하여 그 자산건전성에 따라 일정한 비율의 대손충당금을 설정하여야 하는데, 국민카드가 이 사건 합병 당시 보유한 채권(이하 ‘이 사건 채권’이라 한다)에 대하여 위 규정에 따라 적립하여야 하는 대손충당금은 1,266,405,343,264원이었다. 또한 위 대손충당금 액수 중 423,599,396,074원은 자산건전성 분류 기준상 추정손실 등급의 채권(이하 ‘이 사건 추정손실채권’이라 하고, 이 사건 채권 중 이 사건 추정손실채권을 제외한 나머지 채권을 ‘이 사건 일반채권’이라 한다)에 관한 것인데, 국민카드는 이 사건 합병일까지 위 423,599,396,074원 중 상당 부분에 관하여 금융감독원장으로부터 대손금 처리 승인을 받은 상태였다. 그런데 국민카드는 이 사건 합병에 따른 의제사업연도(2003. 1. 1.부터 2003. 9. 30.까지)에 대한 결산을 함에 있어 이 사건 채권에 관한 대손충당금 또는 대손금을 모두 회계장부에 계상하지 않았고, 그와 같은 상태에서 이 사건 합병이 이루어졌으며, 원고는 이 사건 채권을 장부가액대로 승계하였다. 한편 이 사건 합병대가는 관련 법령에 따라 2003. 5. 29. 및 그로부터 1주일, 1개월 전의 주가를 기준으로 하여 산정되었다.
 나. 원고는 이 사건 합병 후 2003 사업연도에 대한 결산을 함에 있어 이 사건 채권 중 이 사건 합병 후 매각되거나 회수된 채권 등 대손충당금 설정 대상이 아닌 채권을 제외한 나머지 채권에 관하여 대손충당금 932,001,169,515원을 회계장부에 계상(이하에서는 국민카드가 전항 기재와 같이 이 사건 합병 전에 이 사건 채권에 관한 대손충당금 또는 대손금을 회계장부상 설정하지 않은 것과 원고가 이 사건 합병 후에 이 사건 채권에 관한 대손충당금을 설정한 것을 아울러 ‘이 사건 회계처리’라 한다)하였고 이를 손금에 산입(이하 ‘이 사건 손금산입’이라 한다)하여 2003년 법인세 신고를 하였다.
 다. 피고는 원고가 국민카드로부터 이 사건 채권을 위와 같이 승계한 것과 관련하여, 이 사건 추정손실채권 승계의 경우구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제4호의 불량채권의 양수에, 이 사건 일반채권승계의 경우같은 항 제1호의 자산의 고가 매입에 각 해당된다는 이유로 이 사건 채권의 승계를 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정하였다. 이에 따라 피고는 국민카드가 이 사건 채권에 관하여 설정하여야 하거나 설정할 수 있었던 대손충당금 1,266,405,343,264원을 손금불산입하고, 그 중 원고가 대손충당금으로 계상하지 않은 334,404,173,749원을 손금산입하였다(이하 피고의 이 부분 소득금액 재계산을 ‘이 사건 부당행위계산 부인’이라 한다). 또한 피고는 당초 2004 사업연도 법인세 계산 시 소득에서 공제하였던 이월결손금 190,561,725,176원을 2003 사업연도의 소득계산 시 반영하는 대신 이를 2004 사업연도 소득계산에서는 제외하고, 원고의 케이비자산운용에 대한 과다 운용수수료 지급에 관하여 부당행위계산 부인을 하는 등으로 원고의 2003 사업연도 및 2004 사업연도의 소득금액을 다시 계산하였다. 그 결과 피고는 2003 사업연도 법인세로 2007. 5. 18. 70,867,126,100원을, 같은 해 7. 13. 264,121,123,760원을, 2009. 1. 6. 62,438,420원을 각 부과하였고, 2007. 7. 13. 2003 사업연도 농어촌특별세 263,270,290원을 부과하였으며, 2004 사업연도 법인세로 2007. 5. 18. 87,740,957,950원을, 같은 해 7. 13. 1,400,367,570원을, 2010. 1. 8. 60,387,470원을, 2010. 4. 14. 13,573,529,650원을 각 부과하였다.
 라. 원고는 전항 기재 과세처분 중 2007. 5. 18. 및 같은 해 7. 13.자 2003 사업연도 및 2004 사업연도 법인세 부과처분과 2007. 7. 13.자 농어촌특별세 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2010. 3. 25. 이 사건 부당행위계산 부인에 의한 과세 부분을 제외한 나머지 중 일부가 위법하다는 이유로 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하였다. 
 마. 원고는 전항 기재 조세심판원 결정에서 심판청구가 기각된 부분에 대하여 불복하여 이 사건 소를 제기하였다가 이 사건 부당행위계산 부인에 의한 과세처분을 제외한 나머지 부분에 관하여는 소를 취하하였다. 결국 원고가 이 사건 소를 통하여 취소를 구하는 과세처분은 이 사건 부당행위계산 부인에 의한 부분에 한정되고, 그 구체적 액수는 [별지 1] 기재와 같이 2003 사업연도 법인세 330,725,522,575원, 농어촌특별세 263,270,290원, 2004 사업연도 법인세 81,189,552,661원이 된다(이하에서는 위 다.항 기재 각 과세처분 중 [별지 1] 기재와 같이 원고가 취소를 구하는 부분을 ‘이 사건 과세처분’이라 한다).
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5호증, 을 제1, 내지 3, 7호증, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 과세처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 이 사건 과세처분은 다음과 같은 이유 때문에 위법하다.
 (1) 이 사건 손금산입의 본질은 국민카드가 비용으로 계상하지 않은 대손충당금을 원고가 계상한 것일 뿐 피고가 주장하는 바와 같이 원고가 국민카드로부터 이 사건 채권을 그 실질가치와 무관하게 액면가로 인수한 것이 아니다.
 (2) 대손충당금의 비용계상은 세법상 결산조정사항으로서 원고는 세법상 허용된 범위 내에서 납세자에게 유리한 선택을 한 것이므로, 이는 납세자의 선택권 행사에 불과하고 납세자 간의 사적 거래에 해당되지 않는다.
 (3) 이 사건 회계처리는 기업회계기준 위반일 수 있으나 기업회계기준 위반 여부는 세법상 손금산입의 적법 여부와는 무관하다.
 (4) 이 사건 합병은 관계 법령에 따라 산정된 합병비율에 따라 이루어졌으므로 그 대가가 공정하여 자산의 고가매입이나 불량채권의 양수 문제는 발생하지 않으므로, 경제적 합리성이 있다.
 (5) 합병에 관한 부당행위계산은법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호에 규정되어 있는데, 이 사건 손금산입은 위 조항에 해당되지 않는다.
 나. 관계 법령
 [별지 2]와 같다.
 다. 판단
 과세관청이구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항에 따라 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 소득금액을 계산하려면 법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 위 조항 소정의 요건인 ① 대통령령이 정하는 특수관계자와의 거래일 것, ② 그 거래로 인하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시켰을 것을 모두 만족시켜야 하고, 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당되는지 여부는같은 조 제2항에 따라 사회통념 및 상관행과 시가를 기준으로 판단하여야 한다. 또한 거래란 당사자들이 어떠한 거래 형식을 선택하여 재화·용역을 이동시키는 작용과 당사자들이 그러한 재화·용역의 이동에 대하여 일정한 경제적 가치를 부여하는 작용으로 구성되는데 전자는 위 법 조항 소정의 ‘행위’에 해당되고, 후자는 위 법 조항 소정의 ‘소득금액의 계산’에 해당된다.
 또한 위와 같이구 법인세법 제52조 소정의 부당행위계산 여부의 판단 기준이 사회통념 및 상관행과 시가인 이상, 어떠한 행위나 소득금액의 계산이 부당행위계산에 해당되려면 부자연스럽고 불합리한 행위나 소득금액의 계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시한 것으로 인정되어야 하고, 이 때 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행 또는 시가에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것이다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).
 1) 원고가 이 사건 채권을 승계 받은 행위와 그에 관한 경제적 가치 부여가 경제적 합리성을 결하여 비정상적인지 여부
 이 사건 채권 승계는 이 사건 합병에 의한 것이므로, 이 사건 합병의 법적 성질에 관하여 먼저 살펴본다. 이 사건 합병은 특히 흡수합병인데, 흡수합병이란 합병으로 인하여 소멸하는 회사는 청산절차 없이 소멸하고 합병 후에 존속하는 회사가 소멸하는 회사의 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하고 사원(社員)을 수용하는 회사법상의 법률사실로서, 그 본질은 소멸하는 회사와 존속하는 회사가 기존에 가지고 있던 법인격의 경계를 허물어 존속회사라는 하나의 법인격이 되는 것이다. 또한 권리·의무의 포괄승계라는 합병의 효과는 법률의 규정에 의하여 발생하는 것으로서 포괄승계라는 합병의 법적 성질 및 법인격 합일이라는 합병의 본질상 존속회사가 승계하는 소멸회사의 권리·의무의 목적물은 합병에 의하여 그 귀속 주체가 변경될 뿐 그 목적물 자체는 합병 전후에 아무런 변화가 없다. 그러나 이와 달리, 합병의 또 다른 효과인 사원의 수용의 경우, 소멸회사의 사원의 지위[이 사건 합병과 같이 합병당사자가 주식회사인 경우 이는 곧 주식(株式)으로 표창된다]는 합병 전에는 존속회사의 사원의 지위와는 별개로서 그 가치 또한 서로 다른 것인데, 합병 후에는 존속회사의 사원의 지위와 동일하게 취급되므로 소멸하는 회사의 사원의 지위는 합병으로 인하여 그 가치에 변동이 생긴다. 따라서 합병 후에는 합병 전의 양 회사의 사원의 지위의 경제적 가치를 서로 비교하여 소멸하는 회사의 사원의 지위를 적절한 비율로 환산하여 조정하여야 할 필요가 있고, 그 구체적 조정비율은 합병 당사자 간의 합병계약에 의하여 정해지는데, 그것이 곧 합병대가에 해당된다.
 위와 같은 합병의 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 이 사건 채권 승계는 이 사건 합병에 따른 것으로서 국민카드와 원고 사이의 계약에 의한 특정승계가 아니라,상법 제235조,제530조 제2항에 따라 그 효과가 발생하는 포괄승계이다. 또한 원고는 국민카드에게 이 사건 채권의 승계에 관하여 별도로 대가를 지불하지 않고 이를 장부가액 그대로 승계하였는데, 합병 당사자 사이의 이와 같은 채권 승계는 앞서 본 바와 같은 합병의 법적 성질과 본질에 비추어 당연한 것으로서 특수관계에 있는 자 사이의 합병뿐 아니라 모든 종류의 합병에서 마찬가지이며, 합병으로 인하여 채권의 가치에 변동이 생기는 것도 아니므로, 원고의 이 사건 채권 승계(=구 법인세법 제52조 제1항 소정의 ‘행위’)와 그에 관한 경제적 가치의 부여(=구 법인세법 제52조 제1항 소정의 ‘소득금액의 계산’)는 사회통념 및 상관행과 시가에 비추어 이상한 거래형식을 택하였다거나 부당한 경제적 가치를 부여한 것이라고 볼 수 없으므로, 이는 경제적 합리성을 결한 것으로 인정되지 않는다.
 더구나 피고의 과세근거인구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 및제4호는 재산의 특정승계나 현물출자를 전제로 하는 규정이므로 합병에 의한 포괄승계인 이 사건 채권 승계를 부당행위로 인정하는 데에는 적용할 수 없는 것으로 봄이 상당하다.
 따라서 이 사건 과세처분은구 법인세법 제52조 소정의 요건을 갖추지 못하였으므로 위법하다. 다만 피고는 원고가 이 사건 회계처리를 거쳐 이 사건 채권을 승계한 것이 부당한 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 해당된다고 주장하므로 이에 관하여 살펴본다.
 2) 원고가 이 사건 회계처리를 거쳐 이 사건 채권을 승계한 것이 부당행위계산에 해당하는지 여부
구 법인세법 제52조 제1항 소정의 부당행위계산은 행위 또는 소득금액의 계산이 경제적 합리성을 결하여 부당하게 조세를 감소시킨 경우를 의미하는데, 전항에서 살펴본 바와 같이 이 사건 채권의 승계는 포괄승계로서 그 승계 행위 및 그에 관한 소득금액의 계산이 경제적 합리성을 결하였다고 보기 어렵고, 이 사건 채권의 회계장부상 기재에 따라 이 사건 채권의 경제적 가치가 달라지는 것도 아니므로 이 사건 회계처리를 거쳤다고 하여 이 사건 채권의 포괄승계 및 그에 관한 경제적 가치부여가 경제적 합리성을 잃는 것은 아니다.
 또한 이 사건 채권은 이 사건 합병에 의하여 승계된 것일 뿐이므로, 이 사건 회계처리 자체는 이 사건 채권의 포괄승계라는 재화의 이동에 해당되지 않는다. 나아가 이 사건 채권의 실질 가치는 합병으로 인하여 소멸되는 회사나 합병 후 존속하는 회사의 대손충당금 설정과 같은 회계처리에 따라 달라지는 것이 아니므로, 비록 이 사건 회계처리에 의하여 원고에게 조세 부담감소의 효과가 발생한다 하더라도, 이 사건 회계처리는 이 사건 채권의 포괄승계라는 재화의 이동에 대한 경제적 가치 부여와도 아무런 관련이 없다. 따라서 이 사건 회계처리 자체는 부당행위계산 부인의 대상인 ‘거래’의 두 가지 구성요소인 ‘재화나 용역의 이동(=행위)’이나 ‘재화나 용역의 이동에 대한 경제적 가치 부여(=소득금액의 계산)’의 어느 것에도 해당되지 않는다. 
 따라서 원고와 국민카드가 이 사건 회계처리를 거쳐 이 사건 채권을 승계한 것은 행위 또는 소득금액의 계산에 해당되지만 경제적 합리성을 결하였다고 볼 수 없으므로 부당행위계산에는 해당되지 않고, 이 사건 회계처리 자체는 부당행위계산 부인의 대상이 되는 행위 또는 소득금액의 계산에 해당되지 않으므로 이에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수는 없다.
 설령, 이 사건 회계처리만을 부당행위계산 부인의 대상이 되는 행위 또는 소득금액의 계산의 일종으로 볼 수 있다 하더라도 대손충당금, 대손금에 관한 법인세법의 규정 및 위 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면 국민카드가 이 사건 채권 승계에 있어 금융감독위원회의 여신전문금융업감독규정에 따라 설정하여야 할 대손충당금을 설정하지 않는 부적절한 회계처리를 하였고, 그 후 원고가 이 사건 합병 후 이 사건 채권에 대하여 대손충당금을 설정하는 방법으로 이 사건 손금산입을 하였다 하더라도 이 사건 회계처리를구 법인세법 제52조 제1항 소정의 부당행위계산으로 인정하기는 어렵다.
 ○ 국민카드는 이 사건 합병 전에 이 사건 채권에 관한 대손충당금을 설정하지 않았으므로 위와 같은 회계처리는 자산의 과대평가로 볼 여지가 있으나, 그러한 자산의 과대평가는 이 사건 합병 후 원고의 대손충당금 정상 설정을 예상한 일시적인 회계처리에 불과한 점, 원고는 이 사건 합병 후에 위 대손충당금을 정상적으로 설정한 점, 이 사건 회계처리와 이 사건 채권의 실질가치는 무관한 점을 고려하면, 이 사건 회계처리는 전체적으로 보아 부당행위계산 부인의 요건인 ‘경제적 합리성’을 결한 것으로 보기 어렵다.
 ○ 개별 채권의 가치는 채권이 소멸하지 않은 이상 보통 그 액면가에 상응하는 금액이지만 채권의 통상적인 회수율을 고려하면 통계적으로 보아 그 실질가치는 액면가 이하가 될 수 있는데, 대손충당금이란 그와 같은 채권의 통계적 추정가치를 반영하기 위한 값이므로 추정치라는 본질적인 한계가 있다. 또한 채권의 액면가를 평가절하하여 채권의 실질가치를 나타내는 회계처리 방법 중 하나인 대손충당금의 설정은 당해 채권이 실제로 대손 확정되기 전에 미리 대손충당금 상당액을 회계상 비용으로 인식하여 당해 사업연도의 회계상 소득을 감소시키게 되므로, 이를 소득계산에 있어서 손금에 산입할 수 있도록 하는 것은 결국 채권에 관한 대손 확정이라는 실질적인 소득 감소가 발생하기 전에 회계상으로 존재하는 소득 감소를 법인세의 과세표준 계산에 반영할 수 있도록 하여 조세 부담 경감을 허용한다는 점에서 납세자에 대한 혜택의 성격이 있다. 대손충당금의 위와 같은 속성을 고려하여구 법인세법 제34조 제1항은 대손충당금을 납세자가 손금으로 계상한 경우에 비로소 손금에 산입하는 것으로 규정하여 납세자에게 대손충당금의 손금 산입 여부에 관한 선택권을 부여하고 있다.
 ○ 한편 대손금의 경우에는 이를 손금으로 계상하여야 하는데, 소멸시효의 완성 등의 사유로 청구권이 법적으로 소멸한 경우에는 법인의 회계처리에 불구하고 그 청구권이 소멸된 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입되지만(대법원 1990. 3. 13. 선고 88누3123 판결 등 참조), 이 사건 추정손실채권과 같이 자산건전성의 관점에서 회수가 불가능하다는 회계적 인식을 한 경우의 대손금에 대하여는 손금으로 계상한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 하도록 규정되어 있으므로(구 법인세법 제34조 제2항,같은 법 시행령 제62조 제3항 제2호), 납세자로서는 손금계상일을 선택할 수 있다.
 ○ 원고와 국민카드가 이 사건 합병당시구 법인세법 제45조 제1항 제2호 소정의 이월결손금 승계 요건인 ‘피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것’을 충족하지 못하였던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 위와 같이 이월결손금의 승계를 제한하는 위 법인세법 조항은 법인격의 합일이라는 합병의 본질에 반하는 측면이 있고, 대손충당금 등의 승계를 허용하고 있는 다른 법인세법 조항들과 모순인 면도 있을 뿐 아니라, 결국 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법에 의하여 폐지되었다.
 ○ 국민카드가 관련 규정에 따라 일정한 비율의 대손충당금을 설정하지 않아도 채권의 실질 가치에는 아무런 변동이 없고, 이 사건 합병의 대가 산정일인 2003. 5. 29.보다 훨씬 뒤에 이루어진 이 사건 회계처리가 합병대가의 산정에 어떠한 영향을 주었다고 보기도 어려우며, 이 사건 합병 후 원고가 이 사건 채권에 관하여 대손충당금을 설정한 이상 위와 같은 부적절한 회계처리가 채권의 실질 가치 반영을 통한 재산 가치의 충실한 공시라는 대손충당금 회계의 목적에 크게 위반되는 것으로 보기는 어렵다.
 ○ 부당행위계산에 해당되려면 이익분여가 있어야 하는데(대법원 2005. 4. 29. 선고 2003두15249 판결 등 참조), 이 사건 채권 승계로 인하여 이익을 분여 받은 특수관계자가 있다고 볼 증거가 부족하다.
 3) 소결
 따라서 이 사건 과세처분은 위법하다.
 3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[[별지 1] 처분 목록 : 생략]
[[별지 2] 관계법령 : 생략]

판사 오석준(재판장) 김영식 이재홍

피합병법인 甲이 보유채권에 관하여 기업회계기준에 따른 대손충당금을 적정하게 계상하지 아니하고 있다가 합병법인 乙이 합병 이후에 비로소 합병으로 승계받은 당해 채권에 관한 대손충당금을 설정하는 방법으로 손금산입을 한 데 대하여 과세관청이구 법인세법 제52조 제1항을 적용하여 부당행위계산 부인에 의한 과세처분을 한 사안에서, 이 부분 과세처분이 위법하다고 한 사례

피합병법인 甲이 보유채권에 관하여 기업회계기준에 따른 대손충당금을 적정하게 계상하지 아니하고 있다가 합병법인 乙이 합병 이후에 비로소 합병으로 승계받은 당해 채권에 관한 대손충당금을 설정하는 방법으로 손금산입을 한 사안에서, 합병 당사자 사이의 채권 승계는 합병의 법적 성질과 본질에 비추어 당연한 것으로서 특수관계에 있는 자 사이의 합병뿐 아니라 모든 종류의 합병에서 마찬가지이며, 합병으로 인하여 채권의 가치에 변동이 생기는 것도 아니므로, 합병법인 乙의 채권 승계와 그에 관한 경제적 가치의 부여는 사회통념 및 상관행과 시가에 비추어 이상한 거래형식을 택하였다거나 부당한 경제적 가치를 부여한 것으로 볼 수 없어 경제적 합리성을 결한 것으로 인정할 수 없으며, 대손충당금 설정에 관한 피합병법인 甲 및 합병법인 乙의 회계처리 역시 그 자체는 재화의 이동에 해당되지 않는데다가, 더 나아가 채권의 실질 가치는 합병으로 인하여 소멸되는 회사나 합병 후 존속하는 회사의 대손충당금 설정과 같은 회계처리에 따라 달라지는 것이 아니므로, 비록 위 회계처리에 의하여 합병법인 乙의 조세 부담이 감소하는 효과가 발생한다 하더라도 그 회계처리는 채권의 포괄승계라는 재화의 이동에 관한 경제적 가치 부여와 아무런 관련이 없고,구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항 소정의 부당행위계산 부인의 대상이 되지 않는다고 한 사례.