민원인 - 「농지법」 제40조제1항에 따른 농지전용 목적사업에 사용되고 있는 토지를 “다른 목적으로 사용하려는 경우”의 범위(「농지법」 제40조제1항 등 관련) (법령해석례, 법제처)
공포일: 2025.09.15 / 시행일:

「농지법」 제38조제1항에서는 같은 법 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자(제1호) 등 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전·관리 및 조성을 위한 부담금(이하 “농지보전부담금”이라 함)을 농지관리기금을 운용·관리하는 자에게 내야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제40조제1항에서는 농지전용허가를 거쳐 농지전용 목적사업에 사용되고 있거나 사용된 토지를 대통령령으로 정하는 기간1)1) 시설물의 준공검사필증을 교부한 날 또는 건축물대장에 등재된 날, 그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날부터 5년의 기간을 말함(「농지법 시행령」 제59조 참조)이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 자치구구청장(이하 “시장·군수등”이라 함)의 승인을 받아야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 같은 조 제1항에 따라 승인을 받아야 하는 자 중 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 농지보전부담금 감면 비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 내야 한다고 규정하고 있는 한편,「중소기업진흥에 관한 법률」(이하 “중소기업진흥법”이라 함) 제62조의10제2항에서는 소기업 중 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “산업집적법”이라 함) 제2조제1호에 따른 공장의 건축면적 또는 이에 준하는 사업장의 면적이 1천제곱미터 미만인 기업이 「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역(이하 “수도권 외의 지역”이라 함)에서 공장을 신축·증축 또는 이전하려는 경우2)2) 신축·증축 또는 이전 후 공장의 총건축면적과 이에 준하는 사업장 총면적의 합이 1천제곱미터 미만인 경우에 한정함에는 「농지법」 제38조에 따른 농지보전부담금(제1호) 등을 면제한다고 규정하고 있는바,가. 소기업이 「농지법」 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받은 토지에 건축면적이 900제곱미터인 공장을 신축하면서 중소기업진흥법 제62조의10제2항3)3) 농지보전부담금 감면과 관련하여 「농지법 시행령」 별표 2 제3호쿠목12)에서도 동일하게 규정하고 있음에 따라 농지보전부담금을 면제받은 후 준공일부터 5년 이내에 종전의 농지전용허가를 받았던 토지 내에 건축면적이 200제곱미터인 공장을 추가로 신축하려는 경우4)4) 두 공장의 건축면적의 합이 1천제곱미터 이상이 되어 중소기업진흥법 제62조의10제2항에 따른 부담금 면제요건을 충족하지 못하게 된 것을 전제함, 소기업은 종전에 농지전용허가를 받은 해당 토지에 대해 「농지법」 제40조제1항에 따른 용도변경 승인을 받아야 하는지?나. 소기업이 「농지법」 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받은 토지에 건축면적 900제곱미터의 공장을 신축하면서 중소기업진흥법 제62조의10제2항에 따라 농지전용부담금을 면제받은 후 준공일부터 5년 이내에 별개의 토지에 건축면적 200제곱미터의 공장을 신축하기 위해 농지전용허가를 받으려는 경우5)5) 두 토지에 건축된 공장의 건축면적의 합이 1천제곱미터 이상이 되어 중소기업진흥법 제62조의10제2항에 따른 부담금 면제요건을 충족하지 못하게 된 것을 전제함, 소기업은 종전에 농지전용허가를 받아 공장을 준공한 토지에 대하여 「농지법」 제40조제1항에 따른 용도변경 승인을 받아야 하는지?

가. 질의 가에 대해이 사안의 경우, 소기업은 종전에 농지전용허가를 받은 토지에 대해 「농지법」 제40조제1항에 따른 용도변경 승인을 받아야 합니다.나. 질의 나에 대해이 사안의 경우, 소기업은 종전에 농지전용허가를 받아 공장을 준공한 토지에 대해 「농지법」 제40조제1항에 따른 용도변경 승인을 받아야 합니다.

가. 질의 가에 대해「농지법」 제40조제1항제1호에 따르면 농지전용허가를 거쳐 농지전용 목적사업에 사용되고 있거나 사용된 토지를 5년1)1) 「농지법 시행령」 제59조제1항 참조이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수등의 용도변경 승인을 받도록 하고 있고, 그 위임에 따라 마련된 「농지법 시행령」 제59조제3항 본문 및 각 호에서는 「농지법」 제40조제1항에서 “다른 목적으로 사용하려는 경우”란 해당 시설의 용도를 변경하거나 농지전용목적사업의 업종을 변경하는 경우로서 “농지보전부담금 또는 전용부담금이 감면되는 시설에서 농지보전부담금 또는 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 낮은 시설로 변경하려는 경우”(제3호) 등을 규정하고 있습니다.그런데 이 사안와 같이 소기업이 종전에 농지전용허가를 받은 토지에 건축면적이 900제곱미터인 공장을 준공하여 해당 토지를 농지보전부담금이 전액 면제되는 시설 부지의 용도로 사용하다가 공장 준공 후 5년 이내에 종전에 농지전용허가를 받았던 해당 토지 내에 건축면적이 200제곱미터인 공장을 추가로 신축하게 되는 경우에는, 해당 소기업은 공장의 건축면적의 합이 1천제곱미터 이상이 되어 중소기업진흥법 제62조의10제2항에 따른 농지보전부담금 감면 요건을 충족하지 못하게 됨으로써, 종전에 농지전용허가를 받아 농지전용 목적사업에 사용되고 있던 토지는 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지의 용도에서 농지보전부담금이 감면되지 아니하는 시설의 부지의 용도로 변경된 것이므로 「농지법 시행령」 제59조제3항제3호에 해당한다고 보아 「농지법」 제40조제1항에 따른 “다른 목적으로 사용하려는 경우”에 해당한다고 해석하는 것이 문언에 부합하는 해석이라 할 것입니다.또한 중소기업진흥법 제62조의10제2항은 경쟁력이 취약한 소기업의 활동을 제약하고 있는 규제를 철폐하고 소기업의 자유로운 생산활동을 촉진하기 위하여 도입된 규정2)2) 1997. 4. 10. 법률 제5331호로 제정된 「소기업지원을위한특별조치법」 제정이유 및 주요내용 참조으로, 소기업의 기업 활동 촉진을 위해 일정한 요건에 해당하는 소기업에 대해서는 예외적으로 농지보전부담금 등의 부담금을 면제해 주려는 취지이므로 이러한 원칙에 대한 예외적인 면제 요건은 엄격하고 제한적으로 해석해야 할 것이고,3)3) 대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결례, 법제처 2021. 6. 8. 회신 21-0201 해석례 참조「농지법」 제40조는 일단 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 농지전용허가를 받은 후 단기간 내에 농지보전부담금이 감면되지 않는 다른 시설의 부지로 용도변경하는 것을 제한함으로써 탈법적인 농지전용이 이루어지는 것을 방지하려는 것으로서, 이 사안의 경우 당초 농지보전부담금이 면제되는 규모의 공장을 신축하기 위한 목적으로 농지전용허가를 받았다고 하더라도 단기간 내에 해당 토지에 추가로 공장을 신축함으로써 결과적으로 소기업이 농지보전부담금의 면제 대상에서 제외되는 규모의 공장을 신축하게 된 것인바, 이러한 관련 규정의 취지에 비추어 보면 이 사안과 같이 농지보전부담금이 감면되는 시설에서 농지보전부담금이 감면되지 아니하는 시설의 부지가 되는 경우에는 「농지법」 제40조제1항에 따라 용도변경 승인을 받아야 한다고 해석하는 것이 입법취지에 부합합니다.따라서 이 사안의 경우, 소기업은 종전에 농지전용허가를 받은 토지에 대해 「농지법」 제40조제1항에 따른 용도변경 승인을 받아야 합니다.나. 질의 나에 대해먼저 「농지법 시행령」 제59조제3항 본문 및 각 호에서는 「농지법」 제40조제1항에 따라 용도변경의 승인이 필요한 “다른 목적으로 사용하려는 경우” 중 하나로 해당 시설의 용도를 변경하거나 농지전용목적사업의 업종을 변경하는 경우로서 농지보전부담금 또는 전용부담금이 감면되는 시설에서 농지보전부담금 또는 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 낮은 시설로 변경하려는 경우(제3호)를 규정하고 있는데, 이 사안과 같이 소기업이 종전에 농지전용허가를 받은 토지에 건축면적이 900제곱미터인 공장을 준공하여 해당 토지를 중소기업진흥법 제62조의10제2항에 따라 농지보전부담금이 전액 면제되는 시설의 부지로 사용하다가 종전에 농지전용허가를 받았던 토지에 공장을 준공한 후 5년 이내에 별개의 토지에 농지전용허가를 받아 공장을 신축하는 경우, 해당 소기업은 별개의 토지에 공장을 신축함으로써 공장의 건축면적의 합이 1천제곱미터 이상이 되어 중소기업진흥법 제62조의10제2항에 따른 농지보전부담금 감면 요건을 충족하지 못하게 되는바, 그로 인해 종전에 농지전용허가를 받아 공장을 준공한 토지는 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지의 용도에서 농지보전부담금이 감면되지 아니하는 시설의 부지의 용도로 변경된 것이므로 「농지법 시행령」 제59조제3항제3호에 해당한다고 보아 「농지법」 제40조제1항에 따른 “다른 목적으로 사용하려는 경우”에 해당한다고 해석하는 것이 문언에 부합하는 해석이라 할 것입니다.또한 「농지법」 제40조는 일단 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 농지전용허가를 받은 후 단기간 내에 농지보전부담금이 감면되지 않는 다른 시설의 부지로 용도변경하는 것을 제한함으로써 탈법적인 농지전용이 이루어지는 것을 방지하려는 취지의 규정으로, 당초 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용되는 것을 전제로 농지보전부담금을 감면하였으나 결국 농지보전부담금이 감면되지 않는 시설의 부지로 사용함에 따라 농지보전부담금을 감면할 필요성이 없어진 경우에는 당초 감면하였던 농지보전부담금을 추가로 납부하도록 하여 처음부터 그 변경된 용도로 전용허가를 받은 것과 실질적 형평을 이룰 수 있도록 하고 있는데4)4) 서울고등법원 2024. 9. 12. 선고 2023누72563 판결례(판결확정) 참조, 만약 이 사안의 경우 종전에 농지전용허가를 받아 공장을 준공한 토지에 대해 농지전용부담금을 부과할 수 없다면, 건축면적의 합이 1천제곱미터 이상인 공장을 지으려는 소기업이 1천제곱미터 미만의 공장을 여러 토지에 분산해서 짓는 방법을 통해 농지보전부담금 부과 및 용도변경의 승인을 회피하는 문제가 발생할 수 있는바, 이 사안의 경우 종전에 농지전용허가를 받아 공장을 준공한 토지에 대해서도 「농지법」 제40조제1항에 따라 용도변경 승인을 받아야 한다고 보는 것이 해당 규정의 취지에 부합한다고 할 것입니다.한편 이 사안의 경우 종전에 농지전용허가를 받았던 토지에 공장을 준공한 후 5년 이내에 별개의 토지에 공장을 신축하게 되어 공장의 건축면적의 합이 1천제곱미터 이상이 되더라도 이미 농지보전부담금을 면제받은 종전의 토지에 대해서는 변경이 발생하지 않으므로 「농지법」 제40조제1항에 따른 용도변경 승인을 받을 필요가 없다는 의견이 있으나, 중소기업진흥법 제62조의10제2항에서는 소기업이 수도권 외의 지역에서 신축·증축 또는 이전하는 공장을 농지보전부담금의 면제 대상으로 규정하면서 “신축·증축 또는 이전 후” 공장의 건축면적의 합이 1천제곱미터 미만인 경우로 한정하여 그 면제 대상을 정하고 있는 점을 고려하면, 해당 규정에 따른 농지보전부담금 면제 여부는 신축·증축·이전 후의 공장의 건축면적의 합을 기준으로 판단해야 하는 것인바,5)5) 법제처 2021. 10. 15. 회신 21-0514 해석례 참조이 사안과 같이 종전에 건축면적이 900제곱미터인 공장을 건축하면서 농지전용허가를 받은 토지에 대해 농지보전부담금이 면제되었다고 하더라도 이는 농지보전부담금의 면제가 확정된 것으로 볼 수 없고, 공장을 준공한 이후 5년 이내에 별개의 토지에 농지전용허가를 받아 건축면적이 200제곱미터인 공장을 신축하게 되면 해당 공장의 신축 후 해당 소기업 공장의 총 건축면적은 1천제곱미터 이상이 되어 농지보전부담금이 감면되는 시설에 해당하지 않게 된다는 점에서, 그러한 주장은 타당하지 않습니다.따라서 이 사안의 경우, 소기업은 종전에 농지전용허가를 받아 공장을 준공한 토지에 대해 「농지법」 제40조제1항에 따른 용도변경 승인을 받아야 합니다.<관계 법령>농지법제34조(농지의 전용허가·협의) ①농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 포함한다. 이하 같다)를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.1. 삭제2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 또는 계획관리지역에 있는 농지로서 제2항에 따른 협의를 거친 농지나 제2항제1호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 전용하는 경우3. 제35조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하는 경우4. 「산지관리법」 제14조에 따른 산지전용허가를 받지 아니하거나 같은 법 제15조에 따른 산지전용신고를 하지 아니하고 불법으로 개간한 농지를 산림으로 복구하는 경우② (생 략)제38조(농지보전부담금) ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전·관리 및 조성을 위한 부담금(이하 “농지보전부담금”이라 한다)을 농지관리기금을 운용·관리하는 자에게 내야 한다.1. 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자2. 제34조제2항제1호에 따라 농지전용협의를 거친 지역 예정지 또는 시설 예정지에 있는 농지(같은 호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 포함한다)를 전용하려는 자2의2. 제34조제2항제1호의2에 따라 농지전용에 관한 협의를 거친 구역 예정지에 있는 농지를 전용하려는 자3. 제34조제2항제2호에 따라 농지전용협의를 거친 농지를 전용하려는 자4. 삭제5. 제35조나 제43조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하려는 자② ∼ ⑤ (생 략)⑥농림축산식품부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다.1. 국가나 지방자치단체가 공용 목적이나 공공용 목적으로 농지를 전용하는 경우2. 대통령령으로 정하는 중요 산업 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우3. 제35조제1항 각 호에 따른 시설이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우⑦ ∼ ⑮ (생 략)제40조(용도변경의 승인) ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 절차를 거쳐 농지전용 목적사업에 사용되고 있거나 사용된 토지를 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 자치구구청장의 승인을 받아야 한다.1. 제34조제1항에 따른 농지전용허가2. 제34조제2항제2호에 따른 농지전용협의3. 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고②제1항에 따라 승인을 받아야 하는 자 중 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 농지보전부담금 감면 비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 내야 한다.농지법 시행령제52조(농지보전부담금의 감면) 법 제38조제6항에 따른 농지보전부담금의 감면대상 및 감면비율은 별표 2와 같다.제59조(용도변경의 승인) ①법 제40조제1항에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 5년을 말한다.② 제1항에 따른 기간은 해당 시설물의 준공검사필증을 교부한 날 또는 건축물대장에 등재된 날, 그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날부터 기산한다.③ 법 제40조제1항에서 “다른 목적으로 사용하려는 경우”란 해당 시설의 용도를 변경하거나 농지전용목적사업의 업종을 변경하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역·계획관리지역 및 개발진흥지구에 있는 토지는 제3호의 경우에 한정한다.1. 「대기환경보전법 시행령」 별표 1의3 또는 「물환경보전법 시행령」 별표 13에 따른 사업장의 규모별 구분을 달리하는 정도로 시설을 변경하려는 경우2. 제44조제3항 각 호의 구분을 달리하는 종류의 시설로 변경하려는 경우3. 농지보전부담금 또는 전용부담금이 감면되는 시설에서 농지보전부담금 또는 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 낮은 시설로 변경하려는 경우④·⑤ (생 략)[별표 2]농지보전부담금 감면대상 및 감면비율(제52조 관련)3. 법 제35조제1항 각 호에 따른 시설이나 그 밖의 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우(법 제38조제6항제3호 관련)(단위: 퍼센트)감면대상감면비율농업진흥지역 안농업진흥지역 밖가. ∼ 주 (생 략)쿠. 다른 법률에 의해 농지보전부담금이 면제되는 시설1) ∼ 11) (생 략)12) 「중소기업진흥에 관한 법률」 제62조의10제2항에 따라 소기업 중 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 공장의 건축면적 또는 이에 준하는 사업장의 면적이 1천제곱미터 미만인 기업이 「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역[이하 12)에서 "수도권 외의 지역이라 한다]에서 신축·증축 또는 이전(신축·증축 또는 이전 후 공장의 총 건축면적과 이에 준하는 사업장 총면적의 합이 1천제곱미터 미만인 경우로 한정한다)하는 공장과 「중소기업진흥에 관한 법률」 제62조의10제3항에 따라 수도권 외의 지역에서 소기업을 100분의 50 이상 유치하여 조성하는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 국가산업단지·일반산업단지·도시첨단산업단지 또는 농공단지13) ∼ 15) (생 략)100100중소기업진흥에 관한 법률제62조의10(소기업의 공장설립에 관한 특례) ① (생 략)② 소기업 중 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 공장의 건축면적 또는 이에 준하는 사업장의 면적이 1천제곱미터 미만인 기업이 「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역(이하 이 조에서 “수도권 외의 지역”이라 한다)에서 공장을 신축·증축 또는 이전하려는 경우(신축·증축 또는 이전 후 공장의 총건축면적과 이에 준하는 사업장 총면적의 합이 1천제곱미터 미만인 경우에 한정한다)에는 다음 각 호의 부담금을 면제한다.1. 「농지법」 제38조에 따른 농지보전부담금2. 「산지관리법」 제19조에 따른 대체산림자원조성비3. 「개발이익 환수에 관한 법률」 제5조에 따른 개발부담금③·④ (생 략)