등록세등 부과처분 취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2012.12.05 / 시행일:

【원고, 피항소인】 학교법인 서울디지털대학교 (소송대리인 법무법인 유진 담당변호사 김용찬 외 1인)
【피고, 항소인】 서울특별시 마포구청장
【제1심판결】 서울행정법원 2012. 2. 17. 선고 2011구합32874 판결
【변론종결】2012. 11. 7.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 원고가 한 청구를 기각한다.
 3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 2010. 7. 12. 원고에게 한 등록세 123,169,990원 및 지방교육세 24,633,990원의 부과처분을 각 취소한다.
 2. 항소취지
 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 2000. 12. 13. 재단법인 디지털스쿨로 설립된 후, 2009. 6. 30. 교육과학기술부장관에게 사이버대학인 서울디지털대학교를 설치·운영하는 학교법인으로 조직변경을 인가해 줄 것을 신청하였다.
 나. 교육과학기술부장관은 2009. 10. 31. 원고에게 ‘소재지 : 부천시 원미구 중동 (지번 1 생략) 금영프라자 6층’, ‘설치·경영대학교 : 서울디지털대학교’로 하여 학교법인으로 조직변경을 인가하였고, 이에 따라 원고는 2009. 11. 19. 위 소재지를 주사무소로 하여 설립등기를 하였다.
 다. 원고는 2010. 2. 16. 이사회를 개최하여 주사무소를 서울 마포구 도화동 (지번 2 생략)으로 이전하는 내용의 정관변경에 관한 의결을 하고, 2010. 3. 3. 교육과학기술부장관으로부터 정관변경 인가를 받아 주사무소를 이전하였다.
 라. 원고는 2010. 3. 15. 인천지방법원 부천지원 등기과에 ‘주사무소 이전등기 신청서’를 제출한 후 2010. 3. 17. 피고에게 본점 ‘이전’에 대한 지방세감면신청을 하였고, 피고는 2010. 3. 18. ‘지방세법 제127조 제1항 제3호에 따라『사립학교법』에 의한 학교법인 또는『사회복지사업법』에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기에 해당하므로 등록세를 비과세’한다는 취지의 별지 기재 지방세 비과세 결정(을 제2호증)을 함과 동시에 원고에게 ‘학교법인 또는 사회복지법인의 설립과 합병의 등기’에 해당한다는 이유로 납세할 세액이 0원인 등록세(비과세·감면) 확인서(을 제11호증)를 교부하였다. 
 마. 이에 따라 원고는 2010. 3. 22. 서울 마포구 도화동 (지번 2 생략)으로 본점이전등기(이하 ‘이 사건 이전등기’라 한다)를 마쳤다. 
 바. 그 후 피고는 사립학교법인이 대도시 내로 주사무소를 이전하는 경우 등록세 중과세 대상이라는 2010. 4. 8.자 행정안전부의 유권해석을 근거로, 2010. 7. 12. 원고에게 등록세 123,169,990원과 지방교육세 24,633,990원을 부과·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 9. 13. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 위 청구는 2011. 7. 15. 기각되었다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1 내지 5, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고 주장
 1) 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제127조 제1항 제3호는 사립학교법에 의한 학교법인의 설립등기에 대하여 등록세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다. 위 규정의 취지와 지방세법 제138조 제1항 제2호의 규정에 비추어 보면, 사립학교법에 의한 학교법인의 경우에는 대도시 내로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에도 등록세는 비과세되어야 한다.
 2) 설령, 등록세 비과세 대상이 아니라 하더라도, 원고는 피고가 통지한 지방세 비과세 결정을 신뢰하여 이 사건 이전등기를 한 것이므로, 이 사건 처분은 원고의 보호받을 만한 신뢰에 반하는 위법한 처분이다.
나. 관계 법령
 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)
제127조 (용도구분에 의한 비과세)
 ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.
 3. 「사립학교법」에 의한 학교법인 또는 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기
제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)
 ① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
 2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다. 
다. 판단
1) 등록세 비과세 대상인지 여부
 조세에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조). 지방세법 제127조 제1항 제3호는 사립학교법에 의한 학교법인의 ‘설립과 합병의 등기’에 대하여 등록세를 부과하지 않는다고 규정하고 있을 뿐, ‘전입’에 대해서는 규정하지 않고 있다. 또한, 지방세법 제138조 제1항 제2호에서 “전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.”고 규정한 것은 전입에 따른 등기에 대하여 적용할 세율을 설립에 따른 등기에 적용되는 세율과 같게 적용하려는 취지이지, 다른 규정에서 전입의 경우를 설립의 경우와 같게 해석하는 근거로 삼을 수는 없다. 
 따라서 사립학교법에 의한 학교법인의 ‘전입’의 경우에도 지방세법 제127조 제1항 제3호가 적용된다고 볼 수는 없다. 이와 다른 전제에서 이 사건 이전등기가 비과세 대상이라는 원고 주장은 이유 없다.
2) 신뢰보호 원칙에 위배되는지 여부
 가) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2001. 11. 27. 선고 99두10131 판결, 대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두9103 판결 등 참조). 
 나) 이러한 법리에 비추어 우선 피고가 원고에게 이 사건 이전등기가 비과세 대상에 해당한다는 지방세 비과세 결정 통지서(을 제2호증) 등을 발급하여 줌으로써 납세자인 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표시하였는지 본다. 
 관련 규정에 따르더라도 비과세로 등기 또는 등록을 하고자 하는 때에는 납세지를 관할하는 시장·군수의 비과세확인을 받아야 한다고 규정(지방세법 제127조, 같은 법 시행규칙 제54조 참조)할 뿐 원고 주장과 같은 지방세 비과세 결정 통지서(을 제2호증) 에 관한 규정을 두고 있지 않은 점, 위 통지서에는 납세자, 비과세내역, 결정사유 등이 구체적으로 기재되어 있고 피고의 직인이 날인되어 있기는 하나, 아래에서 보는 사실관계 등을 고려할 때 피고가 이 사건 이전등기에 필요한 서류로서 이를 교부한 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 갑 제11호증, 을 제2호증의 각 기재만으로는 피고가 이 사건 이전등기 이전에 원고에게 지방세 비과세 결정 통지서(을 제2호증)를 발급하여 주었다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
 오히려 앞서 든 증거들과 갑 제11호증, 을 제7 내지 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 수익사업으로 서울 마포구 도화동 (지번 3 생략)에서 서울디지털평생교육원을 운영할 목적으로 2010. 2. 16. 이사회를 개최하여 주사무소를 같은 동 (지번 2 생략)으로 이전하는 정관변경에 관한 의결을 한 다음 2010. 3. 3. 교육과학기술부장관으로부터 정관변경인가를 받아 주사무소를 이전한 사실, 그 이후 원고가 2010. 3. 15. 주사무소 이전등기신청서를 제출한 후 같은 달 17. 피고에게 본점 ‘이전’에 관한 지방세감면신청을 제출하였는데, 이에 대하여 피고는 같은 달 18. 행정안전부장관의 유권해석을 전제로 일응 원고의 신청을 받아들이기로 하여 원고에게 ‘학교법인 또는 사회복지법인의 설립과 합병의 등기’에 해당한다는 이유로 납세할 세액이 0원인 등록세(비과세·감면) 확인서(을 제11호증)를 교부하는 한편, 비과세대상 여부에 관한 유권해석을 받기 위하여 행정안전부장관에게 질의회신을 한 사실, 이 사건 이전등기가 2010. 3. 22.자로 마쳐진 이후인 2010. 4. 8.자로 원고의 신청과 달리 이 사건 이전등기가 중과세 대상이라는 질의회신결과가 나온 사실, 이에 따라 피고는 2010. 7. 12. 원고에게 이 사건 처분을 한 다음 그 조세불복 등과 관련한 원고의 요청에 따라 2010. 9.경 별지 기재와 같은 2010. 3. 18.자 ‘지방세 비과세 결정 통지서’(을 제2호증)를 모사전송방식(팩스)으로 원고에게 전송한 사실을 인정할 수 있다. 
 위 인정사실에 따르면, 이와 같이 주사무소 이전과 관련한 원고의 이 사건 이전등기 신청에 대하여 피고가 법령해석 등을 오인하여 원고에게 등록세(비과세·감면) 확인서 등을 교부하여 주었으나, 이는 원고의 이 사건 이전등기 신청 경위와 피고의 유권해석 의뢰 경위 등에 비추어 유권해석 결과를 염두에 두고 잠정적으로 원고의 신청을 받아들인 것에 불과하다고 볼 수 있는 점, 실제로 원고의 신청과 달리 유권해석 결과가 나오자 피고는 원고에게 이 사건 처분을 하였는데, 그 후 이에 불복하는 원고의 자료송부 요청에 따라 지방세 비과세 결정 통지서를 전송한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 피고가 등록세 비과세를 주장하는 원고의 신청에 대하여 관련 법령 해석 등을 오인하고 지방세 비과세 결정 통지서를 작성하고 원고에게 등록세(비과세·감면) 확인서 등을 교부하였다는 사유만으로는 피고가 등록세 비과세와 관련한 공적인 견해표명을 한 것으로 보기 어렵다.
 다) 나아가 원고는, 만약 피고의 공적인 견해표명이 없었다면 정관 변경 등을 거쳐 주사무소 이전 등을 철회하고 이 사건 이전등기 신청을 취하하는 조치를 하였을 것이므로 공적인 견해표명과 주사무소 이전 등 사이에 인과관계도 있다고 주장한다. 
 그러나 원고 주장과 같이 지방세 비과세 결정 통지서 또는 등록세(비과세·감면) 확인서 등을 공적인 견해표명으로 본다고 하더라도, 이 사건 이전등기 당시 필요한 서류로서 등록세영수필확인서와 등록세(비과세·감면) 확인서(을 제11호증)가 제출되었을 뿐 지방세 비과세 결정 통지서는 포함되지 않은 점, 원고는 이미 이 사건 이전등기 신청 이전에 수익사업으로 서울디지털평생교육원을 운영할 목적으로 정관 변경 등을 거쳐 2010. 3. 3.자로 주사무소를 이전하였을 뿐 아니라 2010. 2. 4.자로 서울디지털평생교육원 부지로서 서울 마포구 도화동 (지번 3 생략) 토지를 임차하는 임대차계약을 체결한 점(을 제10호증), 그 과정에서 이 사건 이전등기가 비과세 대상인지 여부가 고려되었다고 볼 만한 사정이 보이지 않는 점, 나아가 이 사건 이전등기 신청 이전에는 원고가 비과세 대상 여부에 관하여 행정관청 등을 상대로 유권해석을 요청한 적도 없는 점(피고 측으로부터 관련된 어떠한 언동도 없었다), 관계 법령상으로도 이 사건 이전등기 절차는 이와 같은 주사무소 이전에 따른 후속절차에 불과한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 공적인 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 주사무소 이전 또는 이 사건 이전등기를 마쳤다고 볼 수도 없다. 
 라) 이 사건 처분이 신뢰보호 원칙에 반하여 위법하다고 볼 수는 없다. 이 부분 원고 주장도 이유 없다.
3. 결론
 이 사건 처분은 적법하므로 원고가 한 청구는 받아들일 수 없다. 이와 결론을 달리 한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 원고가 한 청구를 기각한다.
[별지 생략]

판사 김의환(재판장) 김태호 이형근