법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2004.10.22 / 시행일:

【원 고】 대우전자주식회사(소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 장찬익)
【피 고】 마포세무서장(소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 이준근)
【변론종결】2004.9.17.
【주 문】
1. 피고가 원고에 대하여 한,
가. 2002. 3. 5.자 1996사업연도 법인세 10,491,449,018원의 부과처분,
나. 2002. 9. 5.자 1997사업연도 법인세 8,735,772,579원의 부과처분,
다. 2002. 9. 5.자 1998사업연도 법인세 4,095,963,865원의 부과처분,
라. 2002. 9. 5.자 1997사업연도 농어촌특별세 116,228,956원의 부과처분을
모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】주문과 같다.
【이 유】1. 부과처분의 경위
가. 원고는 가정용 전기기기 등의 제조가공 및 판매업을 영위하는 법인이다.
나. 원고의 법인세 신고
원고는 아래와 같이 1996, 1997, 1998 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준 및 그 세액을 신고하였다.
사업연도199619971998신고일자1997. 3. 31.1998. 3. 30.1999. 3. 31.과세표준81,440,889,352원71,265,614,368원11,257,685,868원총 부담세액10,491,449,018원8,942,372,023원2,290,152,042원
다. 피고의 경정처분 및 감사원의 결정
(1) 남대문세무서장은 공정거래위원회로부터 원고의 1997, 1998사업연도 부당내부거래에 관련된 세무자료를 통보받고 원고에게 법인세법상 부당행위계산을 부인하는 등의 방법으로 아래와 같이 경정결정을 하였다.
사업연도1997 사업연도1998 사업연도2001. 5. 15.자 경정결정인정이자 843,900,670원 익금산입하고 지급이자 398,738,130원 손금불산입하여 과세표준 계산한 후 당초 원고가 과소신고한 감면세액을 공제하여 법인세 206,599,440원을 환급함.인정이자 6,422,823,720원을 익금산입하고 지급이자 4,346,674,522원을 손금불산입하여 과세표준을 계산하여 법인세를 3,694,923,028원으로 증액함2001. 6. 15.자 재경정결정해당 없음그 후 지급이자손금불산입 계산 착오 등을 이유로 법인세를 다시 4,095,963,865원으로 증액함.
(2) 이에 원고는 2001. 6. 28. 위 각 부과처분에는 원고의 장부상 과소계상되어 있는 것으로 확인된 비용을 손금산입하지 아니한 위법이 있다는 이유 등으로 감사원에 심사청구를 하였으나 감사원은 2002. 7. 16. 위 심사청구를 기각하였다.
라. 1996, 1997, 1998사업연도에 대한 법인세 등 증액경정처분
한편 피고는 원고가 주식회사 하이마트로부터 받은 어음과 관련하여 팩토링비용을 부담한 것을 접대성비용으로 보아 접대비한도 초과액을 손금불산입하는 등으로 1996, 1997, 1998사업연도의 법인세를 증액경정하였는바, 1996사업연도에 대하여는 2002. 3. 5.자로 과세표준을 100,213,552,638원으로, 총결정세액을 13,491,486,779원으로 각 증액경정하여 그 차액인 3,000,037,761원을 추가로 고지함과 아울러 농어촌특별세를 345,362,560원으로 결정하여 고지하였으며(이하 ‘2002. 3. 5.자 부과처분’이라 한다), 1997사업연도에 대하여는 2002. 9. 5.자로 과세표준을 92,450,560,364원으로, 총결정세액을 15,251,051,173원으로 각 증액경정하여 그 차액인 6,515,278,594원을 추가로 고지함과 아울러 농어촌특별세에 대한 총결정세액을 447,768,104원으로 증액경정하였고, 1998사업연도에 대하여는 2002. 9. 5.자로 과세표준을 30,082,268,244원으로, 총결정세액을 5,931,008,123원으로 각 증액경정하여 그 차액 1,835,044,258원을 추가로 고지함과 아울러 농어촌특별세에 대한 총결정세액을 61,554,441원으로 증액경정하였다(이하 ‘2002. 9. 5.자 부과처분’이라 한다).
마. 국세심판원의 결정 및 피고의 감액경정처분
(1) 원고는 위 각 부과처분에 대하여 국세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 국세심판소는 2003. 2. 21. 원고가 주식회사 하이마트로부터 받은 어음과 관련하여 팩토링비용을 부담한 것을 접대성비용으로 볼 수 없음에도 이를 접대성비용으로 보아 그 한도초과액을 손금불산입한 것은 위법하다는 원고의 주장에 대하여는 이를 인용하여 그에 따른 경정결정을 한 반면, 위 각 사업연도에 분식결산에 따라 원고의 장부상 과소계상되어 있는 것으로 확인된 비용을 손금산입하지 아니한 위법이 있다는 원고의 주장에 대하여는 이를 기각하는 결정을 하였다.
(2) 이에 따라 피고는 2003. 3. 8.자로 2002. 3. 5.자 부과처분에 대하여 1996사업연도 법인세의 과세표준을 81,440,889,352원으로, 그 세액을 10,491,449,018원으로 감액결정함과 아울러 1996사업연도 농어촌특별세부과처분 전부를 취소하였으며, 2003. 3. 10.자로 2002. 9. 5.자 부과처분 중 1997사업연도 법인세 부과처분에 대하여는 그 과세표준을 72,508,313,168원으로, 그 세액을 8,735,772,579원으로 감액경정함과 아울러 1997사업연도 농어촌특별세의 과세표준을 581,144,784원, 총결정세액을 116,228,956원으로 감액경정하였고, 1998사업연도 법인세 부과처분에 대하여는 그 과세표준을 22,825,899,922원으로, 그 세액을 4,095,963,865원으로 감액경정함과 아울러 1998사업연도 농어촌특별세부과처분 전부를 취소하였다.
바. 법원의 판단대상
2002. 3. 5.자 및 9. 5.자 각 부과처분 중 피고의 위 감액경정결정으로도 취소되지 않고 남아 있는 것으로서 이 사건 취소소송의 대상이 되는 부분은 주문 기재와 같이 2002. 3. 5.자 1996사업연도 법인세 10,491,449,018원, 2002. 9. 5.자 1997사업연도 법인세 8,735,772,579원, 2002. 9. 5.자 1997사업연도 농어촌특별세 116,228,956원, 2002. 9. 5.자 1998사업연도 법인세 4,095,963,865원(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)에 국한된다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1 내지 3, 갑 제3, 4호증의 각 1 내지 10, 갑 제5, 6호증의 각 1 내지 6, 갑 제7호증의 1 내지 12, 갑 제8호증의 1 내지 11, 갑 제10호증, 갑 제11호증의 1 내지 11, 갑 제12호증의 1, 2, 갑 제13 내지 15호증의 각 1 내지 9의 각 기재, 변론의 전취지
2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
원고는 1996년도부터 1998년도까지 당초 법인세 신고 당시 자산을 과대계상하거나 부채를 과소계상하는 등의 방법으로 분식결산을 하여 왔는데, 증권선물위원회의 원고에 대한 재무제표 감리 결과 과소계상된 비용으로 확인된 금액이 1996사업연도에는 391,800,000,000원, 1997사업연도에는 375,304,000,000원, 1998사업연도에는 285,000,000,000원에 달하고 실질과세의 원칙상 위 분식금액도 해당 사업연도 법인세 과세표준 산정시 반영되어야 함에도 불구하고, 이 사건 각 부과처분에는 위와 같이 과소계상된 비용을 손금산입하지 아니한 위법이 있다고 주장한다.
나. 관계법령
국세기본법
제14조 (실질과세)
① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
제15조(신의·성실)납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
다. 인정사실
(1) 원고는 1999. 8. 26. 대우계열 12개사 채권금융기관협의회에서 기업개선작업(워크아웃)기업으로 지정되었는데, 기업개선작업 과정에서 실시된 회계감사 결과 분식결산사실이 처음으로 지적되었다.
(2) 증권선물위원회는 1999. 12.경부터 2000. 6.경까지 실지조사 등을 통하여 원고의 재무제표를 감리한 후 2000. 9. 18. 1997사업연도에 비용 375,304,060,266원을, 1998사업연도에 비용 285,030,964,987원을, 1996사업연도까지의 누적된 비용 1,336,324,045,466원을 각각 과소계상하여 1998. 12. 31.기준으로 총 1,996,659,070,719원의 비용이 분식결산되었다는 내용의 이행보고서를 작성한 다음 이를 금융감독원에 제출하였다.
그 후 위 이행보고서내용을 기초로 하여 원고의 대표이사이던소외인 등 분식회계 관련자들은 주식회사의외부감사에관한법률 및 특정경제가중처벌등에관한법률 위반사건으로 기소되어2001. 7. 24. 서울지방법원(2001고합130)으로부터 유죄판결을 각 선고받았다{이후 상소(2심 :서울고등법원 2001노2062, 3심 :대법원 2002도538)하였으나 2심에서 일부 형량이 변경된 것 외에는 유죄판결이 그대로 확정되었음}.
(3) 원고는 자산을 과대계상하거나 부채를 과소계상하는 등의 방법으로 분식결산을 하여 왔는데, 사업연도별 분식결산내역은 아래 표 기재와 같다.
(단위 : 원)
사업연도199619971998비고재고자산589,287,268,697603,700,000,000670,900,000,000과대계상(누적분)매출채권74,901,338,21346,500,000,000938,400,000,000과대계상, 다만 1997.은 과소계상어음차입금？847,100,000,000？과소계상대손충당금？86,000,000,000106,100,000,000과소계상유형자산165,192,997,138192,000,000,000188,700,000,000과대계상퇴직급여충당금28,599,648,08529,300,000,00030,500,000,000과소계상장ㆍ단기 대여금？？25,100,000,000과대계상과소계상 비용391,800,000,000375,304,000,000285,030,000,000？
[인정근거] 당사자 사이에 다툼이 없거나 명백히 다투지 아니하여 자백한 것으로 보는 사실, 갑 제2호증의 2, 갑 제12호증의 2, 갑 제9호증의 각 기재, 증인 신충섭의 증언, 변론의 전취지
라. 이 사건 각 부과처분의 적법여부에 대한 판단
(1) 실질과세의 원칙에 비추어 법인세의 과세소득을 계산함에 있어서 구체적인 세법적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준으로 하여야 할 것인바(대법원 1993. 7. 27. 선고 90누10384 판결 등), 위 인정사실에 의하면, 이 사건 각 부과처분은 원고의 법인장부상 과다계상된 자산과 과소계상된 비용 등을 기초로 한 것으로서 손금산입되거나 익금불산입되어야 할 부분을 제대로 반영하지 아니한 채 산정된 소득을 기준으로 한 것이므로 위법하다고 할 것이다.
(2) 이에 대하여 피고는, 당초 원고의 신고내용을 신뢰하여 원고에게 해당 법인세를 부과하였던 것으로서 과세관청인 피고도 선의의 제3자에 해당하는 것인데, 원고는 투자자들이나 채권자들을 기망할 목적으로 주식회사의외부감사에관한법률 등 관계법령을 위반하고 분식결산을 함으로써 불법적인 이득을 취득한 이후에 분식결산이 적발되자 비로소 당초의 법인세 신고내용이 조작된 것이라며 그 취소를 구하고 있는바, 여기에는 객관적으로 모순된 행태가 존재함이 명백할 뿐만 아니라 강행법규인 주식회사의외부감사에관한법률의 입법취지 등에 비추어 그 주관적 귀책가능성도 크다고 할 것이므로, 위와 같은 지위에 있는 원고가 과소계상된 비용을 손금이 산입되지 않았다고 하여 해당 법인세의 취소를 구하는 것은 납세자가 지켜야 할 신의·성실의무에 반하는 것으로서 허용될 수 없다고 주장한다.
살피건대, 조세소송에서의 신의성실의 원칙의 적용은 조세소송 절차법과 관련한 적용 및 실체법과 관련한 적용으로 나누어 볼 수 있고 조세소송의 절차법과 관련한 적용은 민사소송에서의 그것과 특별히 구분된다 할 수 없을 것이지만, 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세 실체법과 관련한 적용은 사적자치의 원칙이 지배하는 사법에서보다는 제약을 받으며 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것이다. 더구나 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거의 언동에 반하는 행위를 하였을 경우에는 세법상 조세감면 등 혜택의 박탈, 신고불성실·기장불성실·자료불제출가산세 등 가산세에 의한 제재, 각종 세법상의 벌칙 등 불이익처분을 받게 될 것이며, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있는 등 세법상 우월한 지위에서 조세과징권을 행사하고 있고, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 점 등을 고려한다면, 납세의무자에 대한 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 된다고 할 것이다(대법원 1997. 3. 20. 선고 95누18383 전원합의체 판결 등).
이 사건에 있어서, 앞서 본 사실관계 및 관계법령 등에 의하면, 원고가 당기 순이익을 부풀리기 위한 방편으로 손금산입되어야 할 항목을 숨기는 한편, 매출액 등 자산을 과대계상하는 분식회계의 방법으로 회계장부를 조작하고, 그 조작된 장부를 가지고 산정한 당해 과세연도의 법인세를 과세관청에게 신고ㆍ 납부한 후 스스로 장부가 조작되었음을 주장하며 조작된 부분을 손금산입하여 과세표준과 세액을 다시 계산하여야 한다면서 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하고 있음을 알 수 있고, 이는 명백히 자기의 과거의 언동에 반하는 행위라고 할 수 있으나, 반면 분식회계 등 회계장부 조작행위에 대하여는 별도로 주식회사의외부감사에관한법률 등에서 이를 처벌하는 규정을 두고 있는 점, 분식회계된 장부를 기초로 법인세를 신고ㆍ 납부한 경우 신고불성실이나 기장불성실에 따른 가산세의 제재 등 세법상 불이익 처분이 따르게 되는 점, 광범위한 실지조사권을 가지고 조세과징권을 행사하는 과세관청인 피고는 납세의무자인 원고에 비하여 세법상 우월한 지위에 있다고 볼 수 있는 점 및 여기에 법인세법이 2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되면서제66조 제2항에 분식회계처리된 장부를 기초로 과세표준과 세액을 과다 계상하여 법인세를 신고ㆍ납부한 법인이 일정한 요건하에 국세기본법 관련규정에 따라 경정청구를 하면 과세관청은 해당 과세연도의 과세표준과 세액을 경정하도록 하는 규정을 신설하였는데, 위와 같은 경정규정이 진작 마련되어 있었다면 원고로서는 위와 같은 경정청구의 방법에 의하여 분식회계에 기초한 과세표준과 세액을 바로잡을 가능성이 있었던 점 등을 종합하여 보면, 과거의 언동에 반하는 원고의 이 사건 청구가국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 정도로 심한 배신행위에 기인하였다고 보기는 어렵다 할 것이므로, 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
마. 정당한 세액
앞서 본 바와 같이 분식결산에 따라 원고의 회계장부상 과소계상된 부분을 손금산입하여 원고가 부담할 해당 과세연도의 정당한 과세표준과 세액을 다시 계산하여 보면, 아래 표 기재와 같이 과세표준이 음수(陰數)로 되므로 1996, 1997, 1998 사업연도 귀속 법인세액 및 1997사업연도 농어촌특별세액은 모두 0원이 된다.
귀속연도세목①과세표준②분식금액③피고가인정하는¹ 분식금액④차감액{(①-②) 또는(①-③)³}1996.2002.3. 5.자 법인세81,440,889,352원391,800,000,000원368,300,000,000원음수(陰數)1997.2002. 9. 5.자 법인세72,508,313,168원375,304,000,000원306,400,000,000원음수(陰數)1997.2002. 9. 5.자 농어촌특별세581,144,784원？？음수(陰數)²1998.2002. 9. 5.자 법인세22,825,899,922원285,030,000,000원226,700,000,000원음수(陰數)
1, 3 : ③항의 분식금액은 국세청에서 2003. 12.경 분식사실에 대한 확인조사를 실시한 후 세무조정 등을 통하여 ②항의 분식금액 중 대손상각비, 폐기손실, 퇴직급여충당금전입액 등 손금불산입되는 일부 항목금액을 제외하고 손금산입되는 부분만을 정리한 금액인데, 위 금액을 기준으로 계산하더라도 법인세 과세표준은 음수가 나옴.
2 : 법인세액이 0원이 되어 감면세액이 없게 되므로 농어촌특별세의 과세표준 및 세액도 없음.
따라서, 이와 다른 전제에서 분식결산으로 과소계상된 비용을 손금산입하지 아니한 피고의 이 사건 각 부과처분은 위법하다고 할 것이므로 모두 취소되어야 한다.
3. 결론
그렇다면 이 사건 각 부과처분에 대한 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 강영호(재판장) 안덕호 김태호