특별부가세부과처분취소 (세무, 광주고등법원)
공포일: 2007.11.30 / 시행일:

【원고, 피항소인】 
【피고, 항소인】 전주세무서장 (소송대리인 변호사 진행섭)
【제1심판결】 전주지방법원 2007. 6. 7. 선고 2006구합2456 판결
【변론종결】2007. 11. 2.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 원고의 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2004. 12. 1. 원고에게 한 법인세 특별부가세 1,381,858,536원의 부과처분을 취소한다.
2. 항소취지
 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 전주시 완산구 남노송동(이하 1 생략), 101호를 영업소로 하여 건축공사업, 주택건설업 등을 목적으로 하는 회사인데, 1994년경부터 1998. 6. 27.까지 주택건설 용지로 사용할 목적으로 용인시 기흥읍 신갈리(이하 2 생략) 외 29필지의 토지 81,534㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 15,840,920,268원에 취득하였다가, 2000. 3. 7. 한국토지공사에게 이 사건 토지를 공공용지 협의취득 절차를 통하여 28,274,972,370원에 매도하였고, 위 양도가액에서 위 취득금액과 원고가 이 사건 토지를 취득하기 위하여 사용한 차입금의 지급이자 4,925,095,025원(이하 ‘이 사건 건설이자’라 한다)을 공제하여 법인세 특별부가세(이하 ‘특별부가세’라고만 한다)의 과세표준을 7,508,957,077원으로 산출한 후 그 세액을 1,126,343,561원으로 하여 2000년 사업연도 특별부가세 과세표준 및 세액을 신고·납부하였다.
 나. 광주지방국세청장은 원고가 신고·납부한 위 특별부가세를 조사한 후, 피고에게, 이 사건 토지가 주택건설용지로 사업용 고정자산이 아닌 매매용 재고자산에 해당하고,법인세법 시행령 제140조 제2항,제72조 제2항 제2호,제52조 제2항과부칙 제2조에 의하여 이 사건 건설이자는 특별부가세를 산정함에 있어 취득가액에 포함되지 아니한다는 이유로 원고에 대한 특별부가세를 경정하도록 통보하였고, 이에 피고는 2004. 12. 1. 원고에게, 이 사건 건설이자를 취득가액에서 제외하여 특별부가세 과세표준과 세액(1,865,107,815원)을 다시 산출하고, 이에 부당과소신고가산세 147,752,850원, 납부불성실가산세 495,341,432원을 더한 다음, 원고가 이미 신고·납부한 1,126,343,561원을 공제하여 계산한 특별부가세 1,381,858,536원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 다. 이에 대하여 원고는 2005. 2. 18. 국세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 국세심판원은 2006. 9. 18. 원고의 심판청구를 기각하였다.
【인정근거】갑 제1호증의 1 내지 4, 갑 제2 내지 6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재
2. 원고의 주장과 이에 대한 판단
 가. 주장
 (1) 특별부가세의 과세표준 중 양도 자산의 취득가액 산정과 관련하여,구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 법인세법 시행령’이라 하고, 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되고, 2000. 12. 29. 대통령령 17033호로 개정되기 전의 것을 ‘개정 후 법인세법 시행령’이라 한다) 제124조의2 제2항은 양도 자산의 취득가액을 계산함에 있어 “건설자금에 충당한 금액의 이자”를 포함하도록 규정하고 있었고, 위 “건설자금에 충당한 금액의 이자”에는 매매용 재고자산에 대한 건설이자가 포함되는 것으로 해석되고 있었는데,개정 후 법인세법 시행령 제140조 제2항 제1호,제72조 제2항 제2호,제52조 제1항에 의하면, 양도 자산의 취득가액을 산정함에 있어 사업용 고정자산에 대한 건설이자만이 산입되는 것으로 규정되어 있다.
 이는개정 후 법인세법 시행령 제140조 제2항 제1호가 양도 자산의 취득가액 산정에 있어같은 법 시행령 제72조 제1 내지3항,제4항 제2호를 준용하여 계산하도록 규정하고 있는 것에 따른 것인바,같은 법 시행령 부칙 제8조 제3항은 “제72조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있으므로, 양도 자산의 취득가액 산정에 있어위 제72조의 개정 규정을 적용하여 산정하는 경우는 같은 법 시행령 시행 후 양도 자산을 취득하는 경우에 한하고, 그 이전에 취득한 양도 자산에 관하여는 개정 전 법인세법 시행령의 규정에 따라 취득가액을 산정하여야 한다.
 따라서 이 사건 건설이자는 이 사건 토지의 취득가액에 산정되어야 하므로 결국 이 사건 처분은 위법하다. 
 (2) 특별부가세 제도는 2001. 12. 31. 법인세법 개정으로 인하여 폐지되었는바, 특별부가세가 폐지된 이후 3년이나 지나 원고에게 2000년도분의 특별부가세를 부가하는 것은 위 입법취지에 반할 뿐만 아니라, 더 이상 특별부가세의 납세의무가 없다고 믿은 원고의 신뢰를 침해한 처분이므로 위법하다.
 나. 판단
 (1) 이 사건 건설이자는 매매용 재고자산에 대한 건설이자로서, 이 사건 토지의 양도 당시에 시행되던개정 후 법인세법 시행령 제140조 제2항 제1호,제72조 제2항 제2호,제52조 제1항의 규정에 의할 경우, 취득가액에 포함되는 차입금의 이자는 사업용 고정자산의 매입 등에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 의미한다고 할 것이므로, 이 사건 건설이자는 특별부가세 과세표준인 양도 자산의 취득가액에 포함되지 아니한다.
 (2) 원고의 위 (1) 주장, 즉 개정 후 법인세법 시행령 시행 이전에 취득한 이 사건 토지의 취득가액 산정에 있어서는같은 법 시행령 부칙 제8조 제3항의 규정에 따라같은 법 시행령 제72조 제2항 제2호를 적용하여서는 아니되므로, 결국개정 전 법인세법 시행령 제124조의2 제2항의 규정을 적용하여야 한다는 주장에 관하여 살피건대, 원고의 위 주장은 다음과 같은 점에서 받아들이기 어렵다.
 즉, 특별부가세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하는 특성을 지니고 있으므로 그 과세요건·면세요건에 해당하는지 여부는 그 양도시기를 기준으로 판정하여야 하는 것일 뿐만 아니라,개정 후 법인세법 시행령 부칙 제2조 또한 “특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”고 규정하여 이를 명백히 하고 있다.
 그리고같은 령 부칙 제8조 제3항은부칙 제8조 각 항이 같은 령 제4절이 규정하고 있는 “손익의 귀속시기 등”에 관한 적용례를 규정하고 있는 것인 점에 비추어, 손금과 익금의 산입을 위한 자산의 취득가액 산정에 있어서의 적용례를 규정하고 있는 것으로 해석될 뿐, 더 나아가 특별부가세의 과세표준에 관한 양도 자산의 취득가액 산정에 있어서의 적용례라고 보기는 어려우며, 한편같은 령 제140조 제2항 제1호는 양도 자산의 취득가액을 산정함에 있어제72조 제1항 내지제3항,제4항 제2호의 규정에 의한 계산 방식만을 준용하고 있을 뿐, 위 조문 자체를 준용하고 있는 것도 아니다.
 따라서 개정 후 법인세법 시행령의 규정에 따라 이 사건 부동산에 대한 취득가액의 산정에 있어서 이 사건 건설이자를 제외하고 행한 이 사건 처분은 적법하다.
 (3) 원고의 위 (2) 주장에 관하여 살피건대, 구 법인세법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것)은 이전에 존재하던 특별부가세 제도를 폐지하면서, 그 경과조치로부칙 제23조에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세하였거나 과세할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다’고 규정하고 있는바, 이 사건 처분은 위 규정에 따른 것으로서 정당하고, 한편 특별부가세 제도가 폐지된 이후 3년이 경과하여 이 사건 처분이 행해졌다는 사정만으로 특별부가세의 부과가 더 이상 이루어지지 않을 것이라는 신뢰가 원고에게 생겼다고 하기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면, 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론이 다른 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하기로 하고, 피고의 항소는 이유 있으므로 이를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 방극성(재판장) 이민호 최건호