부당이득금반환청구의소 (민사, 서울중앙지방법원)
공포일: 2023.06.30 / 시행일:

【원 고】 ○○○코리아리미티드(△△△ Korea, Ltd) 외 8인 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 2인)
【피 고】 서울특별시 강남구 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 세광 외 3인)
【변론종결】2023. 4. 28.
【주 문】
 1. 원고들의 피고 서울특별시 강남구에 대한 청구를 기각한다.
 2. 피고 서울특별시는 원고들에게 별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘미환급금’란 기재 각 돈 및 각 이에 대하여 별지2 ‘미환급금에 대한 원고들별 인용 환급가산금’의 ‘기산일’란 기재 각 일자부터 ‘종료일’란 기재 각 일자까지 ‘이자율’란 기재 각 비율, 2022. 8. 26.부터 2023. 6. 30.까지 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라. 
 3. 원고들의 피고 서울특별시에 대한 각 나머지 청구를 기각한다.
 4. 소송비용 중 원고들과 피고 서울특별시 강남구 사이에 생긴 부분은 원고들이 부담하고, 원고들과 피고 서울특별시 사이에 생긴 부분은 피고 서울특별시가 부담한다.
 5. 제2항은 가집행할 수 있다.

【청구취지】 주위적으로 피고 서울특별시 강남구, 예비적으로 피고 서울특별시는,
 원고들에게 별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘미환급금’란 기재 각 돈 및 각 이에 대하여 별지3 ‘미환급금에 대한 원고들별 청구 환급가산금’의 ‘기산일’란 기재 각 일자부터 ‘종료일’란 기재 각 일자까지 ‘이자율’란 기재 각 비율, 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 2019. 5. 31.까지 연 15%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 각 지급하라. 
【이 유】1. 기초사실
가. 원고들의 지위 및 원고들의 투자구조
 1) 원고 1 회사는 ◇◇◇펀드의 한국 내 자회사 임직원들에게 투자 기회를 제공하기 위하여 버뮤다국 법률에 의하여 설립된 버뮤다국 법인이고, 원고 2 회사는 미국 델라웨어(Delaware)주 법률에 의하여 설립되어 미국의 투자자들이 유한책임사원으로서 투자한 합자회사(Limited Partnership)이며, 원고 3 회사는 미국 외 투자자들이 유한책임사원으로서 투자한 합자회사이고, 나머지 원고들은 주식회사 □□□의 발행 주식에만 투자하기 위하여 버뮤다국 법률에 의하여 설립된 버뮤다국의 합자회사이다. 
 2) 원고들의 무한책임사원(General Partner, 이하 ‘GP’라 한다)은 소외 1 회사이고, 소외 1 회사의 GP는 소외 2가 100% 지분을 소유한 소외 3 회사이다.
 3) 원고들은 주식회사 □□□, 소외 4 회사, 소외 5 회사(이하 주식회사 □□□, 소외 4 회사, 소외 5 회사를 통틀어 ‘주식회사 □□□ 등’이라 한다)의 각 발행주식에 투자할 목적으로 공동으로 자금을 출연하여 버뮤다국에 소외 6 회사, 소외 7 회사, 소외 8 회사 등 지주회사를 설립하고, 다시 벨지움국(이하 ‘벨기에’라고 한다) 법률에 의하여 지주회사인 소외 9 회사, 소외 10 회사, 소외 11 회사, 소외 12 회사, 소외 13 회사를 설립하였다. 
 4) 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사, 원고 4 회사는 순차로 버뮤다국 법인인 소외 14 회사와 소외 6 회사를 통하여, 나머지 원고들은 순차로 버뮤다국에 설립된 합자회사인 원고 6 회사와 소외 6 회사를 통하여 룩셈부르크법에 의해 설립된 법인인 소외 15 회사의 지분을 취득하였다. 소외 9 회사의 지분 중 99.9%는 소외 15 회사가, 나머지 0.1%는 소외 9 회사의 법정이사인 벨기에 법인 소외 16 회사가 각 보유하였다.
 5) 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사는 순차로 소외 7 회사와 소외 14 회사를 통하여 룩셈부르크 법인인 소외 17 회사의 지분 전부를 취득하였다. 소외 10 회사와 소외 11 회사의 지분 중 99.9%는 소외 17 회사가, 나머지 0.1%는 소외 16 회사가 각 보유하였다. 
 6) 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사는 순차로 소외 8 회사와 소외 14 회사를 통하여 소외 17 회사의 지분 전부를 취득하였다. 소외 12 회사와 소외 13 회사의 지분 중 99.9%는 소외 17 회사가, 나머지 0.1%는 소외 16 회사가 각 보유하였다. 
나. 소득의 발생 및 세금 납부
 1) 주식회사 □□□에 관하여
 가) 소외 9 회사는 2003. 10.경부터 2005. 9.경까지 주식회사 □□□ 주식 약 4억 1,675만주를 2,154,848,454,930원에 취득하고, 2007. 4.경 주식회사 □□□으로부터 배당금 4,167억 5천만 원을 받았다. 당시 주식회사 □□□은 「대한민국과 벨기에간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피 및 탈세방지를 위한 협약」(이하 ‘한·벨 조세조약’이라 한다) 제10조에 따라 배당금 중 15%에 해당하는 625억 1,250만 원을 소외 9 회사의 2007년 사업연도 법인세 및 법인세할 주민세(각 56,829,545,460원, 5,682,954,540원)로 원천징수 및 특별징수하여 납부하였다.
 나) 이후 소외 9 회사는 2007. 6. 22. ☆☆☆ 증권 서울지점을 통하여 기관투자자 등에게 보유주식 중 87,707,328주를 1,192,819,660,800원에 매각하였다. 당시 ☆☆☆ 증권 서울지점은 위 매각대금 중 11%에 해당하는 131,210,162,680원을 소외 9 회사의 2007년 사업연도 법인세 및 법인세할 주민세(각 119,281,966,080원, 11,928,196,600원)로 원천징수 및 특별징수하여 납부하였다.
 2) 소외 4 회사에 관하여
 가) 소외 10 회사와 소외 11 회사는 2003. 5.경부터 2004. 12.경까지 소외 4 회사 주식 26,265,078주를 9,623,177,820원에 취득하고, 배당금으로 2004년에 23,404,194,050원, 2005년에 19,699,126,450원, 2006년에 26,265,395,950원을 각 받았다. 당시 소외 4 회사는 한·벨 조세조약 제10조에 따라 배당금 중 15%에 해당하는 10,405,307,370원을 소외 10 회사와 소외 11 회사의 2004 내지 2006 사업연도 법인세 및 법인세할 주민세(각 9,461,046,310원, 944,261,060원)로 원천징수 및 특별징수하여 납부하였다.
 나) 이후 소외 10 회사와 소외 11 회사는 2007. 8. 21. 소외 18 회사에 보유주식 전부를 6,600억 원에 매각하였으나 한·벨 조세조약의 적용을 주장하며 별도로 세금을 납부하지 않았다.
 3) 소외 5 회사에 관하여 
 가) 소외 12 회사, 소외 13 회사는 2002. 11.경부터 2005. 12.경까지 소외 5 회사 주식 7,544,595주를 58,996,862,070원에 취득하고 2006년에 배당금 5,658,446,250원을 받았다. 당시 소외 5 회사는 한·벨 조세조약 제10조에 따라 배당금 중 15%에 해당하는 848,766,920원을 소외 12 회사, 소외 13 회사의 2006년 사업연도 법인세 및 법인세할 주민세(각 771,812,060원, 76,954,860원)로 원천징수 및 특별징수하여 납부하였다(주식회사 □□□, ☆☆☆ 증권 서울지점, 소외 4 회사, 소외 5 회사가 납부한 원친징수세액 합계 186,344,369,910원을 이하 ‘이 사건 원천징수세액’이라 하고, 특별징수세액 합계 18,632,367,060원을 ‘이 사건 특별징수세액’이라 하며, 이들의 위 특별징수를 ‘이 사건 특별징수’라 한다).
 나) 소외 12 회사, 소외 13 회사는 2007. 8. 9. 소외 22 회사에 보유주식 전부를 294,466,366,941원에 매각하였으나, 한·벨 조세조약의 적용을 주장하며 별도로 세금을 납부하지 않았다.
다. 역삼세무서장의 소득세 및 법인세 부과 및 경정
 1) 서울지방국세청장은 2007. 8. 22.부터 2008. 5. 23.까지 원고들에 대한 세무조사를 한 후, 주식회사 □□□ 등 주식에 대한 배당소득(이하 ‘이 사건 배당소득’이라 한다) 및 양도소득(이하 ‘이 사건 양도소득’이라 하고 이 사건 배당소득과 통틀어 ‘이 사건 소득’이라 한다)의 실질 귀속자는 벨기에 국적의 중간 지주회사들이 아니라 원고들이고, 원고들은 국내에 고정사업장을 두고 사업활동을 수행하여 이 사건 소득을 취득한 것이므로, 원고들에게 이 사건 소득에 대한 과세를 하라고 역삼세무서장에게 통지하였다. 
 2) 이에 따라 역삼세무서장은 2008. 7. 7. 주식회사 □□□ 등 주식의 주주명부상 소유자 소외 9 회사, 소외 10 회사, 소외 11 회사, 소외 12 회사, 소외 13 회사는 조세회피 목적을 위해 설립된 도관회사(Conduit Company)에 불과하므로 주식의 실질 귀속자는 그 상위투자자들인 원고들인데, 미국법에 의하여 설립된 원고 2 회사는 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 ‘한·미 조세조약’이라 한다) 제9조가 정한 ‘고정사업장’을 국내에 보유하고 있고, 나머지 원고들은 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제91조 제1항 또는 소득세법 제120조가 정한 ‘국내사업장’을 보유하고 있으므로, 원고들이 이 사건 소득에 대한 납세의무자라고 전제한 후, 양도소득에 대해서는 소외 1 회사의 유한책임사원인 소외 19, 소외 20, 소외 21의 이익배당비율 합계 21%에 해당하는 2,478억 원을 소득세액으로 결정하고, 배당소득에 대해서는 그 전부가 국내사업장에 원천을 둔다고 하면서 역삼세무서장의 기준에 따라 이를 원고들에게 안분하여 원고 1 회사에 대해서는 법인세액을, 나머지 원고들에 대해서는 소득세액을 각 별지4 ‘소득세 및 법인세 부과내역’ 기재와 같이 결정하였다(다만 원고 1 회사에 대한 2007 사업연도 귀속 법인세는 2008. 6. 27.자로 부과고지되었다). 
 3) 당시 역삼세무서장은 원고 1 회사, 원고 3 회사에 대해서는 결정된 세액에서 원천징수하여 납부된 세액 중 위 원고들에 해당하는 세액만큼을 공제한 나머지 세액에 대하여 납세고지하였다. 위 원고들과 원고 2 회사를 제외한 나머지 원고들에 대해서는 원천징수하여 납부된 세액 중 나머지 원고들에게 안분한 원천징수세액이 결정세액을 초과하자 초과금액을 환급하는 대신 나머지 원고들로부터 환급금을 원고 2 회사에게 양도한다는 국세환급금양도요구서를 받고, 원고 2 회사로부터는 나머지 원고들로부터 양도받은 국세환급금을 원고 2 회사의 결정세액에 충당한다는 내용의 국세환급금충당청구서를 받아, 양도받은 환급금 전부를 원고 2 회사에 대한 결정세액에 충당하고 남은 세액만을 원고 2 회사에게 납세고지하면서 나머지 원고들에 대해서는 별도로 납세고지를 하지 않았다.
 4) 이후 2012. 1. 27. 외국의 합자회사는 법인세법상 외국법인에 해당하므로 소득세가 아니라 법인세가 부과되어야 한다는 대법원 판결(2010두5950)이 선고되자, 역삼세무서장은 2012. 2. 13. 원고 1 회사 외 나머지 원고들에 대한 소득세 부과처분을 직권취소하고, 다시 별지5 ‘법인세 부과내역’ 기재와 같이 합계 약 1,733억 원의 법인세를 부과하는 법인세 과세표준 및 세액경정결의를 하고 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사를 제외한 나머지 원고들에게 초과 납부한 세액을 환급해주었다.
 5) 역삼세무서장은 2012. 4. 9. 다시 별지5 ‘법인세 부과내역’ 기재와 같이 원고 1 회사에 대한 법인세액을 직권경정하고 초과 납부한 세액을 환급해주었다(이하 별지5 ‘법인세 부과내역’ 기재와 같이 원고들에게 부과된 법인세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다).
라. 강남구청장의 소득세할 주민세 및 법인지방소득세 부과 및 경정
 1) 역삼세무서장은 2008. 7.경 원고들에 대하여 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제173조 제2항, 제176조 제2항, 제177조의4 제2항에 따라 별지4 ‘소득세 및 법인세 부과내역’의 ‘결정세액’란 기재 각 금액(합계 약 2,200억 원)의 10%에 해당하는 법인세할 또는 소득세할 주민세액(합계 약 220억 원)을 부과고지하는 대신, 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대하여 이들에 대한 소득세 결정세액에서 원천징수하여 납부된 세액 중 위 원고들에 해당하는 세액만큼을 공제한 나머지 금액(별지4 ‘소득세 및 법인세 부과내역’의 ‘총 결정세액’란 기재 각 금액에서 ‘기납부세액’란 기재 각 금액을 공제한 금액이다)을 과세표준으로 하여 그 10%에 해당하는 소득세할 주민세(10원 미만 버림)를 아래 표 기재와 같이 납세고지하면서 ‘서울특별시 강남구’ 세입으로의 수납을 의뢰하였고, 나머지 원고들에 대해서는 납세고지서를 발송하지 않았다. 한편 원고 1 회사는 2008. 7.경 강남구청장에게 법인세 결정세액에서 원천징수하여 납부된 세액 중 원고 1 회사에 해당하는 세액만큼을 공제한 나머지 세액을 과세표준(법인세총액)으로 하여 아래 표 기재와 같이 그 10%에 해당하는 금액(10원 미만 버림)을 주민세로 신고하였고, 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사는 2008. 7. 25.경 위와 같이 납세고지를 받거나 신고한 각 귀속연도 법인세할 또는 소득세할 주민세 합계 5,536,996,100원을 납부하였다. 
순번원고세목귀속연도주민세과세표준/법인세총액(원)주민세(원)1원고 1 회사주민세 법인세할200491,385,9909,138,590200531,080,0403,108,0002007740,782,37074,078,230합계?86,324,820 2원고 2 회사주민세 소득세할20042,159,520,301215,952,0302005374,016,98337,401,69020062,884,464,361288,446,430200718,806,588,3721,880,658,830합계?2,422,458,9803원고 3 회사주민세 소득세할20041,389,806,334138,980,6302005423,297,20942,329,72020061,382,160,135138,216,010200727,086,829,4692,708,682,940합계?3,028,209,300
 2) 강남구청장은 2012. 2.경 역삼세무서장의 2012. 2. 13.자 소득세 부과처분 직권취소 및 이 사건 법인세 부과처분이 있었음을 이유로, 원고 1 회사를 제외한 나머지 원고들에 대하여 2008. 7.경의 소득세할 주민세 부과처분을 직권취소하고, 다시 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제86조, 제89조 제1항, 제94조 제1항에 따라 별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘산출세액’란 각 기재, ‘가산세’란 각 기재와 같이 이 사건 법인세 부과처분의 각 ‘산출세액’의 10%에 해당하는 법인지방소득세 및 이에 대한 가산세를 결정하였으나(원고 1 회사에 대하여는 2008. 7.경 법인세할 주민세 부과처분이 있었고, 2012. 6. 27. 역삼세무서장의 법인세액 직권경정이 있었으므로, 그 무렵 법인세할 주민세액을 별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘총 결정세액’란 각 기재와 같이 경정하였다. 원고 1 회사에 대한 2008. 7.경 법인세할 주민세 부과처분 및 나머지 원고들에 대한 2012. 2.경 법인지방소득세 부과처분을 통틀어 이하 ‘이 사건 지방소득세 부과처분’이라 하고, 그 세액인 합계 17,634,291,222원을 ‘이 사건 지방소득세’라 한다), 이미 특별징수로 납부되어 위 원고들에 대한 소득세할 주민세액에 안분·충당되었던 특별징수세액(이 사건 특별징수세액 18,632,367,060원 중 원고 1 회사에 대한 안분·충당액을 제외한 세액) 및 원고 2 회사, 원고 3 회사가 2008. 7.경 납부한 소득세할 주민세액(각 2,422,458,980원, 3,028,209,300원)이 있었으므로 위 법인지방소득세 결정세액에서 이를 공제하거나 충당하고, 그 무렵 원고 2 회사, 원고 3 회사를 제외한 나머지 원고들에게 초과 납부한 세액을 환급해주었다. 
마. 이 사건 법인세 부과처분에 대한 취소소송 제기 및 경과
 1) 원고들은 역삼세무서장을 상대로 서울행정법원 2010구합36824, 2012구합13627(병합)호로 이 사건 법인세 부과처분에 대한 취소소송을 제기하였고, 위 법원은 2013. 2. 8. ① 소외 9 회사, 소외 10 회사, 소외 11 회사, 소외 12 회사, 소외 13 회사 등 벨기에 국적의 지주회사들은 조세회피의 목적으로 설립한 도관회사에 불과하여 이 사건 주식양도소득을 지배·관리한다고 할 수 없으므로 이 사건 주식양도소득이 실질적으로 귀속되는 자라 할 수 없고, 따라서 한·벨 조세조약의 적용이 없어 역삼세무서장에게 과세권은 있으나, ② 원고들이 국내에 고정사업장을 가지고 있다고 보기 어렵다는 이유로 이 사건 법인세 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였다(이하 ‘이 사건 취소판결’이라 한다).
 2) 이에 역삼세무서장이 서울고등법원 2013누8792, 8808(병합)호로 항소하였으나, 위 법원은 2014. 1. 10. 항소를 기각하였고, 다시 역삼세무서장이 대법원 2014두3044, 3051(병합)호로 상고하였으나 2017. 10. 12. 상고기각되어 위 판결이 그대로 확정되었다.
바. 역삼세무서장의 법인세 감액경정 및 일부 환급, 강남구청장의 지방소득세 일부 환급
 1) 이에 역삼세무서장은 2017. 11. 24. 원고들에 대하여 이 사건 법인세 부과처분의 법인세액 과세표준 및 결정세액을 모두 0으로 감액경정하였다. 
 2) 다만 역삼세무서장은 2017. 11. 27.경 원고들에 대한 각 환급세액에서 이 사건 원천징수세액 중 각 원고들에 해당하는 부분을 공제하고, 이를 공제하고도 환급세액이 존재하는 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대하여만 아래 표 기재 각 금액에 관한 ‘국세환급금 통지’(환급사유 : 행정소송, 세목 : 법인세)를 하였으며(갑 제5호증), 위 각 금액을 지급하는 한편, 공제 후 환급세액이 존재하지 않는 나머지 원고들에 대하여는 국세환급금 통지를 하지 않았다.
순번원고귀속년도부과처분액(원)환급금주13)(원)환급가산금(원)1원고 1 회사200496,250,52332,420,9009,880,90020072,874,030,632135,496,62041,295,4602원고 2 회사20042,427,503,070529,210,16084,478,400200784,682,490,053228,849,46036,531,4903원고 3 회사20042,367,634,8871,138,276,400181,934,24020051,264,339,266229,597,87036,697,34020062,474,562,893797,690,520127,497,350200719,780,972,89619,780,972,8903,161,654,120합계?22,872,514,8203,679,969,300
 3) 강남구청장 또한 2017. 12. 21.경 원고들에 대한 각 지방소득세액에서 이 사건 특별징수세액 중 각 원고들에 해당하는 부분을 공제하고, 이를 공제하고도 나머지 위 세액이 존재하는 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대하여만 아래 표 기재 각 금액에 관한 ‘지방세환급금 충당 및 지급통지’(과오납연월일 : 2017. 12. 5., 지급이유 : 민사소송 등 판결에 의한 결정)를 하였으며(갑 제6호증), 그 무렵 위 원고들에게 아래 표 기재 각 환급금 및 환급가산금을 지급하는 한편, 나머지 원고들에 대하여는 지방세환급금 충당 및 지급통지를 하지 않았다. 
순번원고세목/부과연월환급금(원)환급가산금합계(원)일수금액(원)1원고 1 회사주민세법인세할 2008/072,458,6503,426751,0803,209,73011,076,8603,4263,383,83014,460,6902원고 2 회사법인지방소득세 2012/0454,508,6302,0208,114,50062,623,13023,571,4902,0203,509,00027,080,4903원고 3 회사법인지방소득세 2012/04117,242,4702,02017,453,470134,695,94023,648,5702,0203,520,47027,169,04082,162,1202,02012,231,18094,393,3002,037,440,200주14)2,020303,306,5902,340,746,790합계?2,352,108,990?352,270,1202,704,379,110
사. 소외 9 회사의 원천징수환급 경정거부처분에 대한 취소소송 제기 및 경과
 1) 한편, 소외 9 회사는 2007. 7. 13. 남대문세무서장에 대하여 한·벨 조세조약 제4조, 제13조를 근거로 주식양도소득에 대하여 과세할 수 없다며 원천징수되어 납부된 법인세 119,281,966,080원(☆☆☆ 증권 서울지점이 원천징수하여 납부) 전부의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 남대문세무서장은 그로부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻의 통지를 하지 않음으로써 경정청구를 거부한 것으로 간주되었다(이하 ‘경정거부처분’이라 한다). 
 2) 이에 소외 9 회사는 2010. 10. 7. 남대문세무서장을 상대로 서울행정법원 2010구합38684호로 경정거부처분에 대한 취소소송을 제기하였다. 위 법원은 2014. 6. 13. 소외 9 회사의 청구를 인용하여 위 경정거부처분을 취소하는 판결을 선고하였으나, 이에 대하여 남대문세무서장이 서울고등법원 2014누5691호로 항소하였고, 위 법원은 2018. 8. 24. ‘원천징수는 주식양도소득에 대한 실질귀속자가 국내사업장이 없는 소외 9 회사라는 전제 하에 이루어진 것인데, 남대문세무서장은 위 원천징수 이후 소외 9 회사가 아닌 상위투자자인 원고들(원고 3 회사 제외)이 주식양도소득에 대한 실질귀속자에 해당하고 이들이 국내에 고정사업장을 가지고 있다는 이유로 이 사건 법인세 부과처분을 하였는바, 원천징수와 법인세 부과처분은 동일한 주식양도소득에 대하여 중복하여 이루어진 것으로서 상호 모순되어 양립할 수 없고, 남대문세무서장은 이와 양립할 수 없는 과세처분을 하면서 원천징수세액을 상위투자자들인 위 원고들의 소외 9 회사에 대한 출자비율에 따라 안분한 후, 그들에 대한 법인세액에서 기납부세액으로 공제하거나 충당하였는바, 이로써 남대문세무서장은 원천징수를 취소하였다고 할 것이고, 경정청구의 대상인 위 원천징수가 이미 취소되어 확정적으로 소멸하였으므로 경정거부처분의 취소를 구하는 소는 소의 이익이 없어 부적법하다.’는 이유로 제1심 판결을 취소하고, 소외 9 회사의 위 소를 각하하였다(이하 ‘이 사건 관련 원천징수 판결’이라 한다).
 3) 이에 대하여 남대문세무서장이 상고하였으나, 2022. 6. 30. 상소인이 전부 승소한 판결에 대하여 제기한 상소는 그 이익이 없어 부적법함을 이유로 상고가 각하되어 위 항소심 판결이 그대로 확정되었다(2018두289호). 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 12호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을가 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 당사자들의 주장 요지
가. 원고들
 1) 이 사건 법인세 부과처분에 대하여 이 사건 취소판결이 확정됨에 따라 위 부과처분이 취소되었고, 이에 따라 강남구청장의 이 사건 지방소득세 부과처분 역시 확정적으로 취소되었으므로, 원고들에 대하여 이 사건 지방소득세 부과처분을 한 피고 서울특별시 강남구(이하 ‘피고 강남구’라고 한다)는 원고들에게 이 사건 지방소득세 부과처분에 따라 원고들이 강남구청장에게 납부한 세액을 환급할 의무가 있다. 
 2) 원고들이 이 사건 지방소득세 부과처분에 대하여 취소소송을 별도로 제기하지 않았더라도, 이 사건 취소판결이 확정됨에 따라 이 사건 법인세 부과처분이 취소된 이상, 피고 강남구는 원고들에게 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제178조 제2항 및 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되어 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제94조 제2항에 따라 원고들이 이 사건 지방소득세 부과처분에 따라 납부한 세액을 환급할 의무가 발생하고, 실제로 피고 강남구는 원고들에게 그 중 일부를 이미 환급하기도 하였다. 그런데 피고 강남구는 나머지를 환급하지 않고 있는데, 이는 피고 강남구가 법률상 원인 없이 미환급금 상당액을 부당이득한 것에 해당하므로, 피고 강남구는 지방소득세 환급금 중 강남구청장의 실제 환급금을 제외한 나머지 지방소득세 미환급금(별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘미환급금’란 기재 각 금원)과 이에 대한 환급가산금 및 지연손해금을 반환할 의무가 있다.
 3) 원고들은 강남구청장의 이 사건 지방세 부과처분에 따라 피고 강남구에 이를 납부하였으므로 최종 귀속주체가 누구인지와 관계없이 피고 강남구가 원고들에게 이를 환급할 의무가 있으므로, 주위적으로 피고 강남구를 상대로 위 나머지 지방소득세 미환급금(별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 미환급금’란 기재 각 금원)의 반환을 구하고, 예비적으로 지방소득세의 최종 귀속주체인 피고 서울특별시를 상대로 위 나머지 지방소득세 미환급금의 반환을 구한다. 
나. 피고 강남구
 1) 지방소득세는 특별시세로서 피고 서울특별시에 귀속되는 세금이고, 피고 강남구가 원고들로부터 납부 받았거나 피고 강남구에 귀속된 것이 없다. 
 2) 납부한 세금에 대한 부당이득반환청구는 과세처분이 무효임을 전제로 하는데, 이 사건 지방소득세 부과처분에 대하여 원고들이 취소소송 등을 제기한 사실이 없어 위 부과처분은 유효하므로, 원고들이 납부한 이 사건 지방소득세 중 일부에 대한 부당이득반환을 구하는 이 사건 청구는 그 자체로 이유 없다.
 3) 이 사건 법인세 부과처분이 취소됨에 따라 기납부세액 공제 및 충당의 효력이 소멸되어 이 사건 원천징수의 법률관계가 그대로 남아있게 되고, 원천징수 세액의 환급청구권자는 원천징수의무자일 뿐이고 원천납세의무자는 직접 과세관청 등을 상대로 반환청구를 할 수는 없으므로, 원고들은 이 사건 특별징수세액의 반환을 구할 수 없다. 
 4) 피고 강남구는 역삼세무서장의 법인세 환급액(약 228억 원)에 따라 이에 상응하는 법인세분 지방소득세를 환급할 의무가 있을 뿐인데, 피고 강남구로는 원고들 중 일부에게 이미 합계 약 23억 원의 지방소득세를 취소·환급함으로써 이 사건 법인세 부과처분의 취소에 따른 환급의무를 전부 이행하였다.
다. 피고 서울특별시
 1) 원고들의 주위적 피고 강남구와 예비적 피고 서울특별시에 대한 청구는 양립불가능한 청구가 아니므로, 원고들의 피고들에 대한 소송은 예비적 공동소송의 요건을 갖추지 않았다. 따라서 피고 서울특별시를 예비적 피고로 추가하는 원고들의 예비적 피고 추가신청은 부적법하다. 
 2) 이 사건 법인세 부과처분이 취소되었다는 이유만으로 이 사건 지방소득세의 부과처분이 당연무효가 된다고 할 수 없고, 이를 전제로 한 원고들의 부당이득반환청구는 받아들일 수 없다. 원고들이 주장하는 지방세법 위 규정들은 과세관청의 내부적 사무처리절차 등을 정한 확인 규정에 불과하므로 이를 근거로 피고 서울특별시에게 민사상의 부당이득반환의무를 인정할 수 없다. 원고들로서는 위 규정을 근거로 강남구청장에게 환급신청을 한 후 강남구청장이 위 신청의 전부 또는 일부의 환급을 거부할 경우 이에 대한 행정법상의 불복절차를 거쳐야 할 뿐이다. 강남구청장은 역삼세무서장이 법인세를 환급하는 경우에만 그 환급된 법인세액에 따라 이에 관한 지방소득세액을 환급할 의무가 있다.
 3) 원고들의 주장은 강남구청장이 이 사건 지방소득세 부과처분을 하면서 이 사건 특별징수세액을 공제 및 충당하였음을 근거로 하는데, 소멸대상인 조세채권이 존재하지 않거나 당연무효 또는 취소되는 경우에는 그 충당도 효력이 없는 것이므로 원고들은 충당된 지방소득세액의 반환을 구할 수 없는바, 이 사건 특별징수세액이 부당이득에 해당하는지는 별론으로 하더라도, 강남구청장이 한 이 사건 지방소득세 부과처분에 따라 원고들이 납부한 세액은 존재하지 않는다. 
 4) 역삼세무서장은 원고들이 이 사건 법인세 부과처분에 따라 실제 납부한 세액을 전액 환급하였고, 현재 남아있는 것은 공제되거나 충당된 이 사건 원천징수세액이며, 이는 원천징수자들에게 귀속된 것이므로 원고들이 이에 대한 반환을 구할 수 없다. 따라서 역삼세무서장이 원고들에게 위 부과처분의 법인세액 중 일부분(약 228억 원)을 환급한 것은 적법하고, 강남구청장이 위 환급세액에 상응하는 지방소득세액 합계 약 23억 원을 환급한 것 또한 적법하다. 
 5) 원고들은 소득세 부과처분이 있었던 2007년경 또는 이 사건 법인세 부과처분이 있었던 2012. 2. 13.경 이를 과세표준으로 하는 지방소득세를 납부하였으므로, 원고들이 납부한 이 사건 지방소득세에 대한 부당이득반환청구권의 소멸시효는 위 2007년경 또는 2012. 2. 13.경부터 진행하고, 예비적 피고 추가 결정이 있었던 2022. 8. 22. 피고 서울특별시에 대하여 이 사건 소가 제기되었다고 할 것이므로, 원고들의 위 부당이득반환청구권은 5년의 소멸시효기간이 경과하여 소멸하였다. 
 6) 피고 서울특별시는 예비적 피고로 추가된 이후인 2022. 8. 25. 이 사건 소장 부본을 송달받았으므로 그 다음날인 2022. 8. 26.부터 소송촉진 등에 관한 특례법상의 이율이 적용되어야 한다. 
3. 피고 강남구에 대한 청구에 관한 판단(부당이득반환청구의 상대방)
가. 관련 법리
구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1항 제1호 (가)목과 (나)목, 제1조 제2항, 제4조, 제53조 등의 규정에 의하면, 취득세와 등록세는 특별시세이므로 구(區)가 특별시세인 취득세 등을 신고납부받아 특별시에 납입하는 것은 특별시 사무의 처리에 불과하여 구가 취득세 등을 납부받는다고 하더라도 이로 인한 취득세 등의 귀속주체는 특별시라고 할 것이다(대법원 2000. 9. 8. 선고 99두2765 판결, 대법원 2005. 5. 13. 선고 2005다12544 판결 참조). 
나. 판단
 살피건대, 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제53조 제1항 및 제1조 제2항, 제6조 제1항 제1호 라.목, 구 지방세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10415호로 개정되어 2013. 1. 1. 법률 제11616호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 제1호 (바)목, 제67조 제1항 및 제2조 제2항에 의하면 지방 소득세는 특별시세로서 피고 강남구가 위 각 세금을 부과·징수하여 그 귀속의 주체인 피고 서울특별시에 납입하도록 되어 있는바, 원고들이 납부한 지방소득세는 피고 서울특별시에 종국적으로 귀속되었다고 할 것이고, 비록 원고들이 위 지방소득세를 피고 강남구에 납부하고 피고 강남구가 이를 수령하였다 하더라도 이는 위 지방소득세의 귀속주체로서가 아니라 피고 서울특별시로부터 앞서 본 구 지방세법 규정 등에 의하여 그 부과 및 징수 업무를 위임받아 처리한 것에 지나지 아니하는 것이다. 
 따라서 지방소득세에 대한 부당이득반환의 주체는 피고 강남구가 아니라 그 이득의 귀속주체인 피고 서울특별시이고, 피고 강남구가 위 지방소득세를 이득한 주체가 아닌 이상 피고 강남구를 상대로 그 반환을 구할 수는 없으므로, 피고 강남구를 상대로 부당이득반환을 구하는 원고들의 청구는 더 나아가 살필 필요 없이 받아들일 수 없다. 
4. 피고 서울특별시에 대한 청구에 관한 판단
가. 예비적 피고 추가신청의 적법 여부
 기록에 의하면 이 법원은 2022. 8. 22. 피고 서울특별시를 예비적 피고로 추가하는 원고들의 신청에 대하여 명시적인 허가결정을 하였고, 원고들과 피고들 모두 허가결정에 대하여 이의 없이 당사자의 추가가 허용되었음을 전제로 소송이 진행된 점, 이 법원의 허가결정 이후로도 3회의 실질적인 변론기일이 진행되어 피고 서울특별시에게 충분한 변론기회가 부여되었고, 위 피고의 소송대리인은 그 과정에서 원고들의 청구를 다투며 적극적인 변론을 하였던 점 등에 비추어 보면, 예비적 피고 추가신청의 적법 여부를 새삼스럽게 문제 삼아 이를 기각하는 것은 당사자의 권리구제나 소송경제의 측면에 비추어 허용될 수 없다. 나아가 원고들의 피고들에 대한 각 청구취지 및 청구원인에 비추어 볼 때 원고들의 피고 서울특별시에 대한 청구는 피고 강남구에 대한 청구가 받아들여지 않는 경우에만 이유 있게 되는 것으로서 양 청구는 법률상 양립할 수 없으므로 이 사건 예비적 피고 추가신청은 적법하다고 판단된다. 따라서 피고 서울특별시의 이 부분 주장은 이유 없다. 
나. 이 사건 지방소득세 부과처분의 취소 여부
 1) 지방소득세의 과세표준이 법인세액이라고 하더라도, 이는 지방세로서 국세인 법인세와 그 부과주체 및 과세요건, 절차 등에 있어 서로 다른 별개의 독립된 조세라고 할 것이므로, 그 과세표준이 되는 이 사건 법인세 부과처분이 사후적으로 취소된 때에는 그 한도 내에서 그에 따른 이 사건 지방소득세 부과처분도 위법하게 되어 취소를 면할 수 없게 될지언정, 이 사건 법인세 부과처분에 대하여 취소판결이 확정되었거나 과세관청(역삼세무서장)이 이 사건 법인세 부과처분을 취소하였다고 하여 곧바로 강남구청장의 이 사건 지방소득세 부과처분까지 취소되었다고 할 수는 없다고 할 것이다. 
 2) 그러나 양도소득세 부과처분을 취소하는 경우 그 형식에 관하여는 국세기본법, 소득세법 등에 규정된 바가 없으므로 부과처분의 취소는 특별한 형식을 요하지 않고 객관적으로 취소의 뜻을 알 수 있는 방법으로 하면 족하다 할 것이며, 과세관청이 양도소득세 부과처분을 하였다가 그 처분의 취소를 전제로 하는 새로운 처분을 하였다면 특별한 사정이 없는 한 당초처분은 취소되었다고 볼 것이고(대법원 1997. 7. 11. 선고 95누10051, 1997. 7. 11. 선고 95누10051 판결 참조), 이는 지방소득세 부과처분의 경우에도 마찬가지라 할 것이다. 
 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 강남구청장은 2017. 12. 11. 환급결의 및 2017. 12. 21. ‘지방세환급금 충당 및 지급통지’를 함으로써 원고들에 대한 이 사건 지방소득세 부과처분을 취소하였다고 봄이 타당하다.
 가) 강남구청장은 역삼세무서장의 법인세액 과세표준 및 결정세액 감액경정(0원) 이후 2017. 12. 11. 지방소득세 환급결의를 하였고, 2017. 12. 21. 원고들에 대한 지방소득세액 중 원고들의 출자비율에 따라 안분하여 공제하거나 충당한 이 사건 특별징수세액을 제외하고도 나머지 세액이 존재하는 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대하여 위 세액에 관한 지방세환급금 충당 및 지급통지를 하였는데, 위 통지에 환급금 지급 이유가 ‘민사소송 등 판결에 의한 결정’이고, ‘과오납연월일’이 ‘2017. 12. 5.’이라고 기재되어 있다. 
 나) 강남구청장은 위 지급통지를 한 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대하여, 원고 1 회사의 경우 3,426일, 원고 2 회사, 원고 3 회사의 경우 2,020일의 환급가산금을 가산하여 지급하였는데, 위 일수는 원고 1 회사에 대하여 법인세 부과처분이 있었던 2008. 7.경부터, 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대하여 법인세 부과처분이 있었던 2012. 2.경부터 각 위 지방소득세 환급결의가 있었던 2017. 12. 11.경까지의 기간에 일응 부합하고, 구 지방세기본법(2017. 12. 26. 법률 제15291호로 개정되기 전의 것) 제62조 제1호는 "지방자치단체의 장은 지방세환급금을 제60조에 따라 지급할 때 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 지방세환급금의 경우에는 그 납부일의 다음 날부터 지급결정을 하는 날까지 지방세환급가산금을 지방세환급금에 가산하여야 한다."고 규정하고 있다. 
 다) 피고 서울특별시는 이 사건 지방소득세 부과처분이 취소되지 않았음을 전제로 이 사건 법인세 부과처분의 취소만으로 이 사건 지방소득세 부과처분이 취소되거나 당연무효가 된다고 할 수 없고, 이를 전제로 한 원고들의 부당이득반환청구는 받아들일 수 없다고 주장한다. 반면 피고 서울특별시는 이 사건 지방소득세 부과처분에 관한 이 사건 특별징수세액의 안분·충당의 효력이 소멸하여 위 특별징수세액이 그대로 남아있게 되고, 이에 특별징수의무자들에게 이를 반환할 의무가 있음은 별론으로 하더라도 특별징수의무자가 아닌 원고들에 대하여는 이에 대한 반환의무가 없으며, 원고들이 이 사건 지방소득세 부과처분에 따라 납부한 지방소득세액은 없다는 주장도 하는데, 이러한 주장은 위와 달리 이 사건 지방소득세 부과처분이 취소되었음을 전제로 하는 것이다(피고 서울특별시는 원고들이 대한민국을 상대로 제기한 이 법원 2017가합598455호 부당이득반환소송에서의 대한민국의 주장을 원용하였는데, 대한민국은 위 소송에서 이 사건 법인세 부과처분이 취소됨에 따라 이에 대하여 이 사건 원천징수세액을 안분하거나 충당한 효력이 소멸하고, 이에 위 원천징수세액은 그대로 남아있게 된다는 취지로 주장하며 원고들에 대한 부당이득반환의무가 없다고 다툰다). 
 3) 이에 따르면 피고 서울특별시는 위 부과처분에 따라 납부된 지방소득세액을 보유할 법률상 원인이 없으므로, 원고들에게 부당이득반환으로 위 지방소득세액 중 이미 반환한 환급금을 제외한 나머지인 별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘미환급금’란 기재 각 돈과 이에 대한 환급가산금 및 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
 4) 이에 대하여 피고 서울특별시는 주식회사 □□□ 등이 특별징수하여 납부한 이 사건 특별징수세액이 그대로 남아있으므로 원고들에 대하여 환급할 지방소득세가 없다는 취지로도 주장한다. 
 살피건대, 강남구청장은 이 사건 특별징수 이후 이와 양립할 수 없는 이 사건 지방소득세 부과처분을 하면서 이 사건 특별징수세액을 원고들의 출자비율에 따라 안분한 후 원고들에 대한 지방소득세액에서 기납부세액으로 공제하거나 충당하였는바, 이로써 강남구청장은 사실상 이 사건 특별징수를 취소하거나 위 특별징수로 인한 법률관계를 소멸시켰다고 할 것이다. 이 사건 특별징수세액의 환급금이 원고들에게 귀속된 후 그 환급금은 이 사건 지방소득세 부과처분에 따른 지방소득세에 충당되었으므로 이 사건 지방소득세 부과처분이 취소되었다고 하더라도 원천징수의무자의 환급금 청구권이 다시 살아난다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원천징수의무자의 환급금 청구권이 다시 살아나는 것을 전제로 한 피고 서울특별시의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 [피고 서울특별시는, 원고들이 대한민국을 상대로 제기한 이 법원 2017가합589455호 부당이득반환소송에서 대한민국이 한 주장을 원용하여 ‘이 사건 특별징수는 사실행위로서 취소될 수 없으므로 이 사건 원천징수가 취소되어 확정적으로 소멸하였다고 판단한 이 사건 관련 원천징수 판결이 부당하다.’는 취지로 주장한다. 
 살피건대, 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득, 국내사업장이 없는 외국법인에 대한 국내 원천소득에 대하여는 법인세법 제98조 제1항에 의하여 원천징수 되는 반면, 국내사업장이 있는 외국법인에 대하여는 종합하여 법인세로 과세한다. 따라서 외국법인이 국내 고정사업장을 가진 경우에는 원천징수의무가 있을 수 없다(대법원 1987. 2. 24. 선고 86누463 판결 등 참조). 강남구청장은 이 사건 특별징수 후에 원고들에 대하여 이 사건 지방소득세 부과처분을 하였는데, 이 사건 특별징수는 소외 9 회사, 소외 10 회사, 소외 11 회사, 소외 12 회사, 소외 13 회사 등 지주회사들이 국내에 고정사업장이 없는 이 사건 소득의 귀속자임을 전제로 하고, 이 사건 지방소득세 부과처분은 원고들이 고정사업장을 갖는 이 사건 소득의 귀속자임을 전제로 한 것이므로 논리적으로 양립할 수 없다고 할 것이다. 따라서 강남구청장이 이 사건 특별징수 이후 이와 양립할 수 없는 이 사건 지방소득세 부과처분을 하면서 원고들에 대한 법인지방소득세액에서 이 사건 특별징수세액을 기납부세액으로 보아 공제·충당함으로서 이 사건 소득은 특별징수의무 대상이 아님을 확인하였으므로 이 사건 특별징수의 효력이 확정적으로 소멸하였다고 봄이 타당하다. 
 그리고 이 사건 관련 원천징수 판결에서 이 사건 원천징수가 이미 취소되어 확정적으로 소멸하였다고 판단한 취지는 원천징수의무자가 원천징수 후 납부하는 사실행위 그 자체를 취소하였다는 것이 아니라 이 사건 소득에 대한 조세징수는 원천징수 방법이 아닌 법인세 과세의 방법으로 이루어져야 하는 것을 확인함과 동시에, 원천징수에 따른 조세납부의 효력을 취소하여 그 효력이 소멸하였다는 취지로 이해할 수 있다. 따라서 강남구청장이 이 사건 지방소득세 부과처분을 하면서 이 사건 특별징수세액으로 원고들의 법인세에 공제·충당을 함으로써 이 사건 특별징수에 따른 조세납부의 효력을 취소하여 그 효력이 소멸된 이상, 그 후에 이 사건 지방소득세 부과처분이 취소되었다고 하더라도 다시 이 사건 특별징수에 따른 조세납부와 관련된 법률관계가 유효하게 되살아난다고 볼 수는 없다. 따라서 피고 서울특별시의 이 부분 주장도 이유 없다.] 
다. 법인세 감액경정에 따른 지방소득세 환급의무의 발생 여부
 1) 관련 규정
 주민세 내지 지방소득세의 납부와 환급에 관하여 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제178조 제1항은 "소득할은 「소득세법」·「법인세법」 또는 이 법의 농업소득세의 규정에 의하여 신고하거나 결정·경정된 소득세·법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다) 또는 농업소득세로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제176조 제2항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제175조의 규정에 의하여 수시부과된 세액은 이를 공제한다.", 제2항은 "「소득세법」·「법인세법」 또는 이 법의 농업소득세의 규정에 의하여 신고한 소득세·법인세·농업소득세의 결정·경정 또는 「소득세법」 제85조의2와 「법인세법」 제72조의 규정에 의한 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정·경정 또는 환급세액에 따라 소득할의 세액을 환부 또는 추징한다."고 규정하고 있었다. 
 위 구 지방세법은 2010. 1. 1. 법률 제9924호로 일부개정되었다가 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되었는데(2011. 1. 1. 시행), 제94조 제1항은 "소득분은 「소득세법」과 「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항 및 제2항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.", 제2항은 "「소득세법」과 「법인세법」에 따라 신고한 소득세와 법인세의 결정·경정 또는 「소득세법」 제85조의2와 「법인세법」 제72조에 따른 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정·경정 또는 환급세액에 따라 소득분의 세액을 환급하거나 추징한다."고 규정하였다.
 2) 관련 법리
 가) 구 지방세법(2010. 6. 4. 법률 제10340호로 개정되기 전의 것) 제176조의8 제3호는 지방소득세에서 사용하는 용어 중 소득세분이란 ‘소득세법에 따라 납부하여야 하는 소득세액을 과세표준으로 하는 지방소득세’를 말한다고 규정하고 있다. 그리고 제177조의4는 소득세분의 납세의무자는 이를 소득세의 납세지를 관할하는 시장·군수에게 납부하여야 하고(제1항), 세무서장이 국세기본법 또는 소득세법에 의한 경정·결정 등에 따라 부과고지방법에 의하여 소득세를 징수하는 경우에 소득세분을 함께 부과·고지하더라도 이는 해당 시장·군수가 부과고지한 것으로 보도록 규정하고 있으며(제2항 및 제5항), 세무서장이 소득세분의 과세표준이 된 소득세를 환급한 경우 소득세의 납세지를 관할하는 시장·군수에게 그 내역을 통보하여야 하고 시장·군수는 그 소득세분을 환부하여야 한다고 규정하고 있다(제4항).
 따라서 지방소득세 소득세분의 취소를 구하는 항고소송은 세무서장이 아니라 납세의무자의 소득세 납세지를 관할하는 시장·군수를 상대로 하여야 하나, 관련 납세의무자로서는 세무서장을 상대로 한 소송에서 소득세 부과처분의 취소판결을 받으면 족하고 이와 별도로 지방소득세 소득세분 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기할 필요도 없다(대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두205 판결 참조).
 나) 국세기본법 및 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제51조 제1항 본문은 ‘세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 세액이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다.’고 규정하고 있다. 국세환급금에 관한 국세기본법 제51조 제1항은 이미 부당이득으로서 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액이 있는 때에는 국가가 납세자의 환급신청을 기다리지 않고 이를 즉시 반환하는 것이 정의와 공평에 합당하다는 법리를 선언하고 있는 것이므로, 이미 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액은 납세자가 부당이득의 반환을 구하는 민사소송으로 그 환급을 청구할 수 있다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2013다212639 판결 등 참조).
 3) 판단 
 가) 설령 이 사건 지방소득세 부과처분이 취소되지 않았다고 하더라도, 앞서 본 사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, 2017. 10. 12. 이 사건 법인세 부과처분에 대한 이 사건 취소판결 확정 및 이에 따른 역삼세무서장의 2017. 11. 24.자 감액경정이 있었는바, 이로써 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제178조 제2항 및 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제94조 제2항에 따라 원고들에 대한 법인지방소득세액이 변경되고, 환급세액의 존재 및 범위가 확정된다고 봄이 타당하다. 따라서 원고들은 피고 서울특별시를 상대로 부당이득반환의 법리에 따라 이미 존재와 범위가 확정되어 있는 지방소득세 환급금의 반환을 청구할 수 있다. 
 (1) 법인세할 주민세 또는 법인세분 지방소득세는 법인세를 과세표준으로 하는 것이므로 부과·고지된 법인세에 위법사유가 존재하거나 법인세 부과처분이 취소된 경우 그 법인세분 지방소득세가 위법하게 됨은 당연하고, 법인세에 관한 증액사유가 있어 과세관청이 법인세에 대한 증액경정처분을 할 경우 법인세분 지방소득세액 또한 증가하게 된다. 이에 지방세법은 법인세에 대한 결정·경정에 따라 세액이 달라진 경우 위 결정·경정에 따라 지방소득세의 세액을 환급 또는 추징한다고 정하고 있다고 할 것인데, 법인세에 대한 결정·경정에 따라 법인세분 지방소득세액이 달라짐을 전제로, 지방소득세액에 별도의 대한 결정·경정 없이 곧바로 ‘환급 또는 추징한다’고 정하고 있다. 
 (2) 피고 서울특별시는 원고들이 이 사건 지방소득세 부과처분의 효력을 부인하기 위해서는 별도로 이를 다투었어야 하고, 원고들이 주장하는 지방세법 규정들은 확인적 규정에 불과하여 이를 근거로 곧바로 피고 서울특별시를 상대로 이 사건 지방소득세 부과처분에 따라 납부한 지방소득세액의 반환을 구할 수는 없다고 주장한다.
 법인세 부과에 대한 불복과는 별개로 과세표준이 되는 당해 법인세액의 결정이 위법하다는 이유로 그 취소를 구함과 동시에 별도로 그 위법을 이유로 법인세할 주민세의 부과처분의 취소를 구할 수 있다고 할 것이고(대법원 1996. 9. 24. 선고 95누15445 판결 등 참조), 법인세 부과처분의 취소가 없었더라도 지방소득세 부과처분의 취소소송에서 법원이 그 전제가 된 법인세 납세의무의 존부를 판단한 후 지방소득세 부과처분을 취소하는 것도 가능하기는 하다. 
 그러나 앞서의 대법원 2014두205 판결이 구 지방세법(2010. 6. 4. 법률 제10340호로 개정되기 전의 것) 제178조 제2항 등을 근거로 ‘납세자가 소득세 부과처분에 대한 취소와 별도로 반드시 지방소득세 부과처분의 취소를 다투어야 할 필요가 없다.’고 판단하면서, 지방소득세 부과처분에 대하여 취소를 구하는 부분을 각하한 제1심 판결이 적법하다고 보았고, 이러한 법리는 법인세 부과처분과 법인지방소득세 부과처분의 경우에도 동일하게 적용된다고 할 것이다. 그런데 피고의 서울특별시의 위 주장과 같이 위 지방세법 규정이 단순히 확인적 규정 내지 절차적 규정에 불과하다면 납세자는 소득세 또는 법인세 부과처분에 대한 취소와 별도로 지방소득세 부과처분의 취소를 다투어야 할 필요성이 있다고 할 것인바, 피고 서울특별시의 위 주장은 위 대법원 2014두205 판결의 취지와 배치되는 측면이 있으므로 받아들이기 어렵다.
 (3) 실제로도 강남구청장은 2017. 12. 21.경 이 사건 지방소득세 부과처분에 대하여 원고들의 취소소송 등이 없었음에도, ‘판결에 의한 결정’을 이유로 원고들 중 일부에 대하여 지방소득세액 중 일부를 환급하고, 구 지방세기본법(2017. 12. 26. 법률 제15291호로 개정되기 전의 것) 제62조 제1호에 따라 지방세환급가산금도 가산하여 지급하였다. 
 (4) 이 사건 취소판결이 확정되었고 이에 따라 역삼세무서장이 법인세액을 0원으로 감액경정하여 원고들의 법인세 납부채무가 소멸되었는바, 역삼세무서장이 원고들로부터 납부받은 법인세액은 법률상 원인 없는 부당이득에 해당하게 되고, 역삼세무서장은 원고들에게 위 법인세액을 환급할 의무가 있다고 할 것이다. 그런데 역삼세무서장은 원고들 중 일부에 대하여 이 사건 원천징수세액 중 원고들에 대하여 안분한 세액을 제외한 나머지만을 환급금으로 통지하고 이를 지급하였고, 강남구청장 또한 원고들 중 일부에 대하여 이 사건 특별징수세액 중 원고들에 대하여 안분한 세액을 제외한 나머지만을 환급금으로 통지하고 이를 지급하였으며, 이에 원고들은 대한민국을 상대로 미환급된 법인세에 대한 부당이득반환소송을 제기하고(이 법원 2017가합598455호)], 주위적으로 피고 강남구, 예비적으로 피고 서울특별시를 상대로 미환급된 지방소득세에 대한 부당이득반환소송(이 사건 소송)을 제기하기에 이르렀다. 
 이 사건 취소판결 확정 이후 지방소득세에 대한 수정신고 내지 경정청구를 하는 등 원고들에게 이 사건 지방소득세액을 변경할 법적 구제수단이 전혀 없었던 것은 아니나, 위와 같은 사정에 비추어 볼 때 원고들이 수정신고 내지 경정청구 등을 하였더라도 강남구청장이 이에 대한 거부처분을 하였을 것이 예상되고, 나아가 원고들이 위 거부처분에 대한 취소소송을 제기하여 승소하였더라도 강남구청장이 곧바로 원고들이 납부한 지방소득세 전부를 환급하였을 것으로 보이지 않으므로, 미환급분 지방소득세에 대한 원고들의 부당이득반환청구를 허용하는 것이 당사자의 권리구제 측면에서 합리적인 해결방안이라고 할 것이다. 
 (5) 피고 서울특별시는 이 사건 지방소득세 부과처분이 당연무효가 아닌 이상 원고들이 이 사건 지방소득세 부과처분에 대한 취소소송 없이 곧바로 피고 서울특별시를 상대로 민사상 부당이득반환청구를 할 수 없다고 주장한다. 그러나 원고들은 이 사건 지방소득세 부과처분이 당연무효임을 이유로 납부한 위 세액의 부당이득반환을 구하는 것이 아니라 이 사건 법인세 부과처분에 대한 취소판결 확정 및 역삼세무서장의 감액경정에 따라 피고 서울특별시에게 원고들이 이 사건 지방소득세 부과처분에 따라 납부한 지방소득세를 환급할 의무가 발생하였음에도 피고 서울특별시가 이를 환급하지 않고 있음을 이유로, 위 지방소득세 미환급금의 반환을 구하고 있는 것이다. 따라서 피고 서울특별시의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 (6) 피고 서울특별시는 역삼세무서장이 이 사건 법인세 부과처분에 따른 법인세액 중 일부만을 환급하였고, 강남구청장이 이에 상응하는 지방소득세 상당을 환급하였음을 이유로 피고 서울특별시의 환급금 반환의무를 다하였다고 주장한다. 그러나 앞서 본 지방세법 규정 및 법인세와 지방소득세의 관계 등에 비추어 보면, 피고 서울특별시의 지방소득세 환급의무는 이 사건 법인세 부과처분이 감액경정됨으로 인해 이를 과세표준으로 한 지방소득세 부과처분 또한 위법하게 됨으로 인하여 발생·확정되는 것이고, 역삼세무서장의 법인세 환급에 따라 발생·확정되는 것은 아니다. 따라서 피고 서울특별시의 이 부분 주장은 이유 없다.
 나) 한편, 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 하자가 중대한 이 사건 지방소득세 부과처분의 경우에는 이를 당연무효라고 볼 만한 특별한 사정도 있다고 봄이 타당하고, 이에 따라 원고들은 피고 서울특별시를 상대로 위 부과처분에 따라 이미 납부한 지방소득세의 반환을 민사상 부당이득반환청구로서 구할 수 있다. 
 (1) 취득세 신고행위는 납세의무자와 과세관청 사이에 이루어지는 것으로서 취득세 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 반면, 과세요건 등에 관한 중대한 하자가 있고 그 법적 구제수단이 국세에 비하여 상대적으로 미비함에도 위법한 결과를 시정하지 않고 납세의무자에게 그 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하더라도 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 이와 같은 하자 있는 신고행위가 당연무효라고 함이 타당하다(대법원 2009. 2. 12. 선고 2008두11716 판결 참조). 이러한 법리는 같은 지방세인 지방소득세의 경우에도 마찬가지이고, 과세관청의 부과처분의 경우에도 적용할 수 있다고 봄이 타당하다.
 (2) 원고들이 납부한 지방소득세는 법인세액이 과세표준이므로 법인세 납세의무를 전제로 성립하는바, 법인세액이 존재하지 않을 경우 지방소득세액 또한 존재하지 않으므로 법인세액의 부존재는 지방소득세 부과처분의 중대한 하자이다. 
 (3) 이 사건 지방소득세 부과처분의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 이를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않고, 이 사건 법인세 부과처분에 대한 취소판결의 확정에 따라 역삼세무서장의 감액경정이 있었으며, 강남구청장 또한 이에 따라 지방소득세 중 일부를 환급하기도 하였는데, 그 이유는 이 사건 법인세 부과처분이 위법할 경우 이를 과세표준으로 하는 이 사건 지방소득세 부과처분 또한 위법하기 때문이고, 다만 강남구청장이 원고들에게 원고들의 지방소득세액 전부를 환급하지 않은 것은 지방소득세 부과처분이 위법하기 않기 때문이 아니라 원고들로부터 이 사건 특별징수세액의 안분·충당을 통해 이를 납부받았다는 것이었다. 
 (4) 이 사건 취소판결의 제1심 법원은 원고들이 국내에 고정사업장을 가지고 있지 않음을 이유로 위 법인세 부과처분이 위법하다고 보아 이를 취소하였고, 항소심 및 상고심을 거쳐 위 판결이 그대로 확정되었다. 
 (5) 이 사건 법인세 부과처분에 대한 취소판결 및 역삼세무서장의 감액경정이 있었으므로, 법인세 미환급분은 부당이득에 해당하고, 대한민국은 원고들에게 이를 반환할 의무가 있다고 할 것인데, 원고들이 이 사건 지방소득세 부과처분에 대하여 취소소송을 제기하지 않거나 다른 구제수단을 활용하지 않았다는 이유만으로 원고들에게 법인세액을 과세표준으로 하는 법인지방소득세의 납부로 인한 불이익을 감수시키는 것은 납세자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다. 
 (6) 이 사건 지방소득세 부과처분을 당연무효로 보더라도 과세행정의 원활한 운영에 지장이 있다고 단정하기 어렵다.
라. 피고 서울특별시의 소멸시효 항변에 관한 판단
 1) 일반적으로 위법한 행정처분의 취소, 변경을 구하는 행정소송은 사권을 행사하는 것으로 볼 수 없으므로 사권에 대한 시효중단사유가 되지 못하는 것이나, 다만 오납한 조세에 대한 부당이득반환청구권을 실현하기 위한 수단이 되는 과세처분의 취소 또는 무효확인을 구하는 소는 그 소송물이 객관적인 조세채무의 존부확인으로서 실질적으로 민사소송인 채무부존재확인의 소와 유사할 뿐 아니라, 과세처분의 유효 여부는 그 과세처분으로 납부한 조세에 대한 환급청구권의 존부와 표리관계에 있어 실질적으로 동일 당사자인 조세부과권자와 납세의무자 사이의 양면적 법률관계라고 볼 수 있으므로, 위와 같은 경우에는 과세처분의 취소 또는 무효확인청구의 소가 비록 행정소송이라고 할지라도 조세환급을 구하는 부당이득반환청구권의 소멸시효중단사유인 재판상 청구에 해당한다고 볼 수 있다(대법원 1992. 3. 31. 선고 91다32053 전원합의체 판결 등 참조).
 2) 원고들이 납부한 지방소득세 오납금에 대한 부당이득반환청구권은 이 사건 지방소득세 부과처분의 취소시(2017. 12.경)에 발생하고, 앞서 본 구 지방세법 규정 및 역삼세무서장의 감액경정에 따라 그 존재와 범위가 확정된 지방소득세 환급금 내지 이에 대한 원고들의 부당이득반환청구권은 역삼세무서장의 위 감액경정 당시(2017. 11. 24.) 발생한다고 할 것인데, 원고들의 피고 서울특별시에 대한 소는 그로부터 지방세환급청구권의 소멸시효기간인 5년[구 지방세기본법(2017. 12. 26. 법률 제15291호로 개정되기 전의 것) 제64조]이 경과하기 전인 2018. 1. 19. 제기되었음(민사소송법 제70조 제1항, 제68조 제3항)이 기록상 명백하므로, 피고 서울특별시의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 3) 이 사건 지방소득세 부과처분이 당연무효에 해당하는 경우에는 지방소득세가 처음부터 법률상 원인 없이 납부된 것이므로, 이에 대한 원고들의 부당이득반환청구권은 납부 시(원고 1 회사는 2008. 7.경, 나머지 원고들은 2012. 2.경)에 발생하고, 그 때부터 소멸시효가 진행된다. 그런데 앞서 본 바와 같이 ① 법인지방소득세는 법인세를 과세표준으로 하여 이 사건 법인세 부과처분에 대한 취소소송은 이 사건 지방소득세에 관한 부당이득반환청구권을 행사하기 위한 전제가 되거나 이를 실현하는 수단이 될 수 있고, 이 사건 법인세 부과처분의 유효여부가 이 사건 지방소득세에 관한 부당이득청구권의 존부에 영향을 미칠 수 있는 점, ② 앞서 본 바와 같이 이 사건 지방소득세 부과처분 당시 지방세법은 법인세의 결정·경정에 따른 지방소득세액의 환급의무를 규정하고 있었으므로, 납세자가 법인세 부과처분을 다투는 경우 지방소득세 부과처분을 별도로 다툴 필요가 없다고 할 것인 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 법인세 부과처분에 대한 이 사건 취소소송은 이를 전제로 하는 지방소득세에 대한 부당이득반환청구권의 소멸시효 중단사유인 재판상 청구에 해당한다고 봄이 타당하다. 원고들은 2010년과 2012년경 이 사건 취소소송을 제기하였으므로, 위 부당이득반환청구권의 소멸시효는 그 무렵 중단되었다. 
 4) 따라서 피고 서울특별시의 이 부분 주장은 이유 없다.
마. 피고 서울특별시의 부당이득반환범위
 1) 결국, 피고 서울특별시는 부당이득반환으로 원고들에게, 이 사건 지방소득세 부과처분에 따라 피고 서울특별시에 최종 귀속된 이 사건 지방소득세(별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘총 결정세액’란 기재 각 금액) 중 강남구청장이 이미 반환한 환급금(별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘실제환급금’란 기재 각 금액)을 제외한 나머지 지방소득세를 반환할 의무가 있다. 
 2) 조세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 환급가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가진다. 이 때 환급가산금의 내용에 대한 세법상의 규정은 부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조에 대하여 그 특칙으로서의 성질을 가진다고 할 것이므로, 환급가산금은 수익자인 국가의 선의·악의를 불문하고 그 가산금에 관한 각 규정에서 정한 기산일과 비율에 의하여 확정된다. 부당이득반환의무는 일반적으로 기한의 정함이 없는 채무로서, 수익자는 이행청구를 받은 다음날부터 이행지체로 인한 지연손해금을 배상할 책임이 있다. 그러므로 납세자가 조세환급금에 대하여 이행청구를 한 이후에는 법정이자의 성질을 가지는 환급가산금청구권 및 이행지체로 인한 지연손해금청구권이 경합적으로 발생하고, 납세자는 자신의 선택에 좇아 그 중 하나의 청구권을 행사할 수 있다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 등 참조).
 지방자치단체의 장이 지방세환급금을 지급할 때에는 그 지방세의 납부일 다음날부터 구 지방세기본법 시행령(2021. 12. 31. 대통령령 제32294호로 개정되기 전의 것) 제43조, 구 국세기본법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것) 제43조의3 제2항, 기획재정부령인 국세기본법 시행규칙 제19조의3에 의한 기본이자율에 따라 계산한 지방세환급가산금을 지방세환급금에 가산하여야 한다[구 지방세기본법(2017. 12. 26. 법률 제15291호로 개정되기 전의 것) 제62조 제1항]. 원고 1 회사는 2008. 7.경, 나머지 원고들은 2012. 2.경 이 사건 지방소득세 부과처분에 따른 법인지방소득세를 각 납부하였고, 강남구청장이 2017. 12. 27.경 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대하여 위와 같이 납부한 법인지방소득세액 중 중 일부만을 환급한다는 통지를 하자 피고 강남구 및 피고 서울특별시를 상대로 이 사건 소송을 제기한 사실은 앞서 본 바와 같으며, 국세기본법 시행규칙 제19조의3이 정한 시기별 기본이자율은 별지2 ‘미환급금에 대한 원고들별 인용 환급가산금’의 ‘이자율’란 각 기재와 같다. 
 따라서 피고 서울특별시는 원고들에게 위 1)항에서 본 부당이득금에 대하여 위 법정이자 기간인 2008. 8. 1.(원고 1 회사) 내지 2012. 3. 1.(나머지 원고들)부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 위 각 이자율을 적용한 환급가산금을, 그 다음날부터는 원고들의 선택에 따라 이에 대한 지연손해금을 각 지급할 의무가 있다고 할 것이다.
바. 소결론
 따라서 피고 서울특별시는 원고들에게 원고들이 구하는 부당이득금 별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘미환급금’란 기재 각 돈 및 각 이에 대하여 ① 그 납부일 다음날 이후로서 원고들이 구하는 별지2 ‘미환급금에 대한 원고들별 인용 환급가산금’의 ‘기산일’란 각 일자부터 ‘종료일’란 각 일자까지 구 국세기본법(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것) 시행령 및 같은 법 시행규칙이 정한 ‘이자율’란 각 기재 비율로 계산한 환급가산금을, ② 피고 서울특별시에 대한 예비적 피고 추가신청서 및 결정 정본 송달일 다음날인 2022. 8. 26.부터 피고 서울특별시가 그 이행의무의 존부나 범위에 관하여 항쟁함이 타당하다고 인정되는 이 판결 선고일인 2023. 6. 30.까지 민법이 정한 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 각 지급할 의무가 있다.
 [원고들은 이 사건 소송 중 추가된 피고 서울특별시에 대하여도 피고 강남구가 이 사건 소장 부본을 송달받은 날(2018. 2. 5.)까지만 별지3 ‘미환급금에 대한 원고들별 청구 환급가산금’의 ‘이자율’란 각 기재와 같이 국세기본법 시행규칙에서 정한 시기별 각 이자율로 계산한 환급가산금을 구하고, 피고 강남구에 대한 이 사건 소장 부본 송달일 다음날(2018. 2. 6.)부터 2019. 5. 31.까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 15%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 같은 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 구한다. 
 가. 그러나 피고 서울특별시가 이 사건 소장 부본을 송달받은 것은 2022. 8. 25.이므로, 피고 강남구에 대한 이 사건 소장 부본 송달인인 위 2018. 2. 6.부터 2022. 8. 25.까지의 기간에 대한 원고들의 지연손해금 청구는 받아들일 수 없다. 다만 환급가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로의 성질을 가지고, 위 기간에 대하여 원고들이 구하는 15%, 12%의 각 비율은 앞서 본 그 기간 동안의 환급가산금에 관한 이자율을 초과함이 계산상 명백하므로, 원고들의 지연손해금 청구는 위 기간에 대하여 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 위 법정이율에 의한 지연손해금이 인정되지 않을 경우 구 지방세기본법(2017. 12. 26. 법률 제15291호로 개정되기 전의 것)상의 환급가산금을 구하는 취지를 포함하고 있다고 할 것이다. 따라서 국세기본법 시행규칙이 정한 이자율의 범위 내에서 이를 인정한다. 
 나. 소송촉진 등에 관한 특례법(아래에서는 ‘소송촉진법’이라고만 한다) 제3조 제2항은 "채무자가 그 이행의무의 존재를 선언하는 사실심판결이 선고되기까지 그 존부나 범위에 관하여 항쟁함이 타당하다고 인정되는 경우에는 그 타당한 범위에서 제1항을 적용하지 아니한다."고 규정함으로써 금전채무불이행으로 인한 손해배상액 산정의 기준이 되는 법정이율의 특례를 규정한 특례법 제3조 제1항의 규정의 적용을 배제할 수 있는 경우를 들고 있는바, 소송촉진법 제3조 제2항 소정의 ‘채무자가 그 이행의무의 존부나 범위에 관하여 항쟁함이 타당하다고 인정되는 때’라 함은 그 이행의무의 존부나 범위에 관하여 항쟁하는 채무자의 주장에 타당한 근거가 있는 것으로 인정되는 때를 가리키는 것이고, 채무자가 위와 같이 항쟁함이 타당한 것인지의 여부는 당해 사건에 관한 법원의 사실인정과 그 평가에 관한 문제라고 할 것이다(대법원 1998. 5. 8. 선고 97다50725 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 살피건대, 원고들의 이 사건 청구 중 미환급금 원금에 대한 부당이득반환을 구하는 부분을 전부 인용하나, 피고 서울특별시의 항쟁 취지, 이 사건 소송 계속 중에 이 사건 관련 원천징수 판결이 확정된 사정 등을 종합하면 피고 서울특별시가 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 다툴 여지가 충분히 있다고 인정되므로, 이 판결 선고일까지 소송촉진법 제3조 제1항이 정한 지연손해금 이율을 적용하지 않는다. 다만 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 연 15% 또는 연 12%의 비율로 계산한 지연손해금을 구하는 원고들의 청구는 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 이 판결 선고시까지 소송촉진법이 정한 지연손해금이 인정되지 않을 경우 그 기간에 대하여 민법이 정한 지연손해금을 구하는 취지를 포함하고 있다고 할 것이므로 그 범위 내에서 이를 인정한다.] 
5. 결론
 그렇다면 원고들의 피고 서울특별시에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 원고들의 피고 강남구에 대한 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지1 원고들별 미환급금 내역 생략]
[별지2 미환급금에 대한 원고들별 인용 환급가산금 생략]
[별지3 미환급금에 대한 원고들별 청구 환급가산금 생략]
[별지4 소득세 및 법인세 부과내역 생략]
[별지5 법인세 부과내역 생략]
[별지6 관계 법령 및 조약 생략]

판사 이승원(재판장) 이진경 이동형