영업비밀침해금지등청구의소 (민사, 서울중앙지방법원)
공포일: 2021.06.17 / 시행일:

【원 고】 사카타코리아 주식회사 (소송대리인 법무법인 (유한) 화우 담당변호사 이창우 외 1인)
【피 고】 농업회사법인 현대종묘 주식회사 (소송대리인 법무법인 화현 담당변호사 홍성탁)
【변론종결】2021. 5. 27.
【주 문】
1. 가. 피고는 별지 목록 제1항 기재 종자 및 같은 목록 제2, 3항 기재 각 원종을 각 생산, 판매, 양도, 대여, 수출, 수입하거나 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함)을 하여서는 아니 된다. 
 나. 피고는 그 본점, 지점, 사무소, 대리점에 보관된 위 가.항 기재 종자 및 각 원종을 각 폐기하라. 
 다. 피고는 원고에게 97,972,400원 및 이에 대한 2021. 5. 27.부터 다 갚는 날까지 연 12%의 비율에 의한 금원을 지급하라.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
3. 제1항은 가집행할 수 있다.

【청구취지】 주문과 같다. 
【이 유】1. 기초사실
 가. 원고 회사는 일본 기업인 Sakata Seed Corp.(이하 ’일본 사카타‘라고만 한다)의 자회사로서 농원예용품 등의 생산, 판매 사업을 하고 있는데, 2009. 7. 9. 국립종자원에 일본 사카타가 개발한 토마토 종자인 △△△ 종자에 대한 품종판매신고를 한 뒤 현재까지 국내에서 △△△ 종자를 생산 또는 수입하여 판매하고 있다. 한편, 피고 회사는 2015. 11. 3. 국립종자원에 토마토 종자인 별지 목록 제1항 기재 ○○○○○ 종자에 대한 품종판매신고를 한 뒤 현재까지 국내에서 이를 판매하고 있다. 
 나. 원고는 2018. 4. 3. 서울대학교 산학협력단에 △△△ 품종, ○○○○○ 품종과 국내 시판 중인 다른 10개의 토마토 품종, 합계 12개 품종에 대한 유전자 분석을 의뢰하였다. 서울대학교 산학협력단은 피고로부터 위 12개 품종의 종자를 전달받아 파종, 재배하여 3주 후 성장한 식물 중 가장 어린 잎을 시료로 채취한 뒤 DNA 마커 분석방법 중 SNP 분석방법에 따른 분석을 한 결과 △△△와 ○○○○○이 192개의 SNP 마커 중 186개의 유전자형이 100% 일치하는 결과(갑 제22호증)가 나왔다.
 다. 원고는 2018. 5. 15.경 피고에게 △△△ 종자와 ○○○○○ 종자가 위 나.항 기재와 같이 동일한 품종으로 밝혀졌다며 대화 및 협의를 통한 문제 해결을 원한다는 취지의 내용증명우편을 보냈다. 
 라. 1) 식물 품종과 관련하여 원종(原種, stock seed)은 원원종(原原種, foundation seed)을 재배하여 생산된 종자로 보급종의 생산에 사용된다. 교배종은 부계 원종의 꽃가루를 모계 원종의 암술에 수정시켜 생산하는데 △△△ 종자와 ○○○○○ 종자가 교배종 종자에 해당한다. 교배종 종자는 서로 다른 부계와 모계의 염색체를 갖고 있는 이형접합체(heterozygote)로서 유전자형이 고정되지 않아 판매된 종자를 재배하여 채종(採種, seed production)된 종자를 다시 재배하더라도 동일한 품종을 얻을 수 없다.
 2) 토마토는 암술이 같은 그루 안의 꽃으로부터 꽃가루를 받아 수정이 이루어지는 자식성(自殖性) 식물에 해당한다. 토마토 종자는 i) 모계 원종의 자가 수분을 막기 위하여 모계 원종의 꽃에서 수술을 제거하는 단계, ii) 모계 원종과 독립된 공간에서 별도로 재배된 부계 원종으로부터 꽃가루를 수집하는 단계, iii) 수집한 부계 원종의 꽃가루의 모계 원종으로의 인공수정 단계, iv) 과실 생산 및 종자 추출 단계를 거쳐 생산된다. 토마토 종자는 부계와 모계 원종의 교배, 즉 유성생식을 통하여 생산되고, 이러한 유성생식 과정에서는 염색체교차 등으로 인하여 다양한 유전자형이 만들어 진다.
 [인정근거] 갑 제1, 2, 3, 7, 8, 22, 23호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지 
2. 당사자의 주장의 요지
 가. 원고의 주장
 1) 원고가 보유한 △△△ 부계 및 모계 원종(이하 부계 및 모계를 구분하지 않을 경우 편의상 △△△ 원종이라 한다)은 원고의 영업비밀에 해당한다. △△△ 종자는 △△△ 부계 및 모계 원종의 교배를 통해서만 생산이 가능하고, △△△ 종자로부터 △△△ 원종을 역설계하거나 △△△ 원종과 동일한 원종을 우연히 육종해 내는 것은 불가능하다. 피고가 판매하고 있는 ○○○○○ 종자는 △△△ 종자와 유전자형이 일치하는 동일한 품종으로서 △△△ 종자의 부계 및 모계 원종과 동일한 원종을 교배하여 생산된 것이고, 이는 피고가 원고의 영업비밀인 △△△ 원종을 취득한 뒤 이를 사용하여 ○○○○○ 종자를 생산하였다는 것을 의미한다. 
 2) 그렇다면, 피고는 ① 원고의 영업비밀인 △△△ 원종을 부정한 수단으로 취득하였거나[부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률(이하 ‘부정경쟁방지법’이라 한다) 제2조 제3호 (가)목], ② △△△ 원종에 관하여 부정취득행위가 개입된 사실을 알거나 중대한 과실로 알지 못하고 이를 취득하였거나 또는 그 취득한 △△△ 원종을 사용하였거나[같은 호 (나)목], ③ 가사 △△△ 원종 취득 당시에는 부정취득행위가 있었음을 알지 못하였고, 알지 못함에 중대한 과실이 없었다고 하더라도 위 기초사실에서 본 바와 같이 원고로부터 △△△ 종자와 ○○○○○ 종자가 동일한 품종이라는 내용이 포함된 2018. 5. 15.자 내용증명우편을 받은 때 또는 이 사건 제1회 변론기일에서 갑 제22호증(서울대 산학협력단 결과보고서)이 서증으로 제출된 2018. 12. 6. 무렵에는 △△△ 원종에 대하여 부정취득행위가 개입된 사실을 알았거나 중대한 과실로 알지 못하였고, 그 상태에서 △△△ 원종을 사용하였다고[같은 호 (다)목] 할 것이다(선택적 주장).
 3) 따라서, 피고는 ① 영업비밀 침해행위의 금지로서 ○○○○○ 종자 및 별지 목록 제2, 3항의 각 기재 물품으로서 ○○○○○의 부계 및 모계 원종을 각 생산, 판매, 양도, 대여, 수출, 수입하거나 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함)을 하여서는 아니 되고, ② 영업비밀 침해행위의 예방으로서 피고의 본점, 지점, 사무소, 대리점에 보관된 위 종자 및 각 원종을 각 폐기할 의무가 있고, ③ 영업비밀 침해로 인하여 원고가 입은 손해를 배상할 의무가 있다. 
 나. 피고의 주장
 1) 피고는 2008. 3. 하순경 부산 대저 지역의 농가 하우스에서 재배되는 토마토 중 주변의 토마토와 다르게 생긴 한 개체를 발견하고, 그 개체와 그 주변의 토마토 개체로부터 측지를 꺾어 수집한 뒤 계통육성, 특성조사, 조합능력 검정 및 선발 등의 절차를 거쳐 2015년경에 ○○○○○ 품종을 육종하였을 뿐 그 종자의 육종에 △△△ 원종을 사용한 사실이 없어 영업비밀 침해행위는 성립되지 않는다. 
 2) ○○○○○ 종자가 △△△ 종자와 유전자형이 일치한다거나 나아가 품종이 동일하다고 볼 수 없다. 원고가 양 종자의 유전자형의 동일성 여부의 판독 방법으로 사용하고 있는 SNP 분석방법은 방법상의 한계로 말미암아 동일성 여부의 직접적 근거가 될 수 없는바, 90만 개 가량의 SNP가 존재하는 토마토에 관하여 극히 일부의 SNP 마커를 사용하는 분석방법의 결과 그 유전형이 100% 일치하였다는 자료가 나왔다고 하더라도 그와 다른 SNP 마커를 사용할 경우 품종이 다르다는 결과가 도출될 가능성을 배제할 수 없으므로 앞서 본 SNP 분석방법의 결과를 근거로 ○○○○○ 종자와 △△△ 종자의 품종의 동일하다거나 나아가 피고가 △△△ 원종을 이용하여 ○○○○○ 종자를 생산하였다고 볼 수 없다. 
3. 판 단 
 가. 영업비밀침해 여부에 대한 판단
 1) △△△ 원종이 영업비밀에 해당하는지 여부에 대한 판단
 가) 구 부정경쟁방지법(2019. 1. 8. 법률 제16204호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2호는 ‘영업비밀’을 ‘공공연히 알려져 있지 아니하고 독립된 경제적 가치를 가지는 것으로서, 합리적인 노력에 의하여 비밀로 유지된 생산방법, 판매방법, 그 밖에 영업활동에 유용한 기술상 또는 경영상의 정보’라고 정의하고 있다. 여기서 공공연히 알려져 있지 않다고 함은 그 정보가 동종 업계에 종사하는 자 등 이를 가지고 경제적 이익을 얻을 가능성이 있는 자들 사이에 알려져 있지 않은 것을 뜻하고, 독립된 경제적 가치를 가진다 함은 정보의 보유자가 그 정보의 사용을 통하여 상대방 경쟁자에 대하여 경쟁상의 이익을 얻을 수 있거나 그 정보의 취득이나 개발을 위하여 상당한 비용이나 노력이 든 경우를 뜻한다(대법원 2008. 7. 10. 선고 2006도8278 판결 등 참조). 또 구 부정경쟁방지법(2015. 1. 28. 법률 제13081호로 개정되기 전의 것)은 ‘상당한 노력에 의하여 비밀로 유지될 것’, 즉, 그 정보가 비밀이라고 인식될 수 있는 표시를 하거나 고지를 하고, 그 정보에 접근할 수 있는 대상자나 접근 방법을 제한하거나 그 정보에 접근한 자에게 비밀준수의무를 부과하는 등 객관적으로 그 정보가 비밀로 유지·관리되고 있다는 사실이 인식 가능한 상태인 것임을 요구하였으나(대법원 2008. 7. 10. 선고 2008도3435 판결 등 참조), 이후 2015. 1. 28. 개정·시행된 부정경쟁방지법은 영업비밀 보호를 위한 충분한 시스템을 구비하지 못한 중소기업들의 영업비밀을 보호하기 위하여 비밀유지에 필요한 ‘상당한 노력‘을 ’합리적인 노력‘으로 완화하여 규정하였고, 현행 부정경쟁방지법(2019. 1. 8. 법률 제16024호, 2019. 7. 9. 시행)에서는 합리적인 노력이 없더라도 ’비밀로 관리된‘ 정보에 대해서도 비밀관리성을 인정하는 등 그 요건을 더욱 완화하고 있다. 
 나) 위 인정사실 및 갑 제4, 11 내지 18호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, △△△ 원종은 원고 회사의 영업비밀에 해당한다고 봄이 타당하다.
 (1) △△△ 부계 및 모계 원종은 그 교배종 종자인 △△△ 종자와 달리 시중에 판매되지 않고, 비밀준수의무를 부담하는 일본 사카타 및 원고 회사의 직원, 생산 담당자에게만 이에 대한 접근이 허용되고 있다(비공지성). 
 (2) △△△ 종자는 그 재배에 있어 부산 대저 지역의 토양에 적합하고 질병에 강한 품종으로 △△△ 부계 및 모계 원종의 교배를 통해서만 생산될 수 있을 뿐, 다른 종자들의 교배를 통한 생산은 불가능하고, △△△ 원종의 개발을 위해서는 수년간의 연구 기간과 상당한 연구비의 투입을 필요로 한다(경제적 유용성). 
 (3) 일본 사카타 및 원고 회사는 핵심 자산인 원종의 외부 유출을 방지하기 위하여 다음과 같은 조치를 취하고 있다(비밀관리성).
 (가) 일본 사카타 및 원고 회사는 원종의 외부 유출을 방지하기 위하여 보안의무, 보안서약서의 작성 및 보안제도의 운영에 대한 규정을 제정하여 보유하고 있고, 전 임직원으로부터 보안에 대한 서약서를 받고 있다.
 (나) 일본 사카타는 원종의 생산 및 관리에 있어 매뉴얼에 따른 절차를 통해 원종의 입출고를 관리하면서 자회사인 원고의 원종 요청이 있는 경우에만 해당 원종 필요수량을 원고에게 발송하고, 원고로부터 수령확인 서명이 기재된 원종발송청구서(invoice)를 팩스 또는 이메일로 받고 있으며, 일본 사카타로부터 원종수량을 전달받은 원고 회사는 해당 원종의 파종, 수확 후 남은 원종은 보관하지 않고 다시 일본 사카타로 돌려보내거나 폐기하는 절차를 밟고 있다. 
 (다) 원고 회사는 종자 창고를 별도로 설치하여 원종을 그 곳에 보관하고 있고, 창고의 출입을 관리하기 위하여 출입자, 출입시간, 내역 등을 기재한 종자 창고 출입 현황을 기록하여 왔다.
 2) ○○○○○ 종자가 △△△ 원종을 사용하여 생산되었는지 여부에 대한 판단
 앞서 채용한 증거들과 갑 제28호증, 제29호증의 1, 2의 각 기재, 이 법원의 국립종자원에 대한 감정촉탁결과 및 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 각 사실 및 사정에 비추어 볼 때 ○○○○○ 종자는 △△△ 부계 및 모계 원종과 동일한 원종을 사용하여 생산되었다고 판단된다. 
 가) 서울대 산학협력단의 결과보고서에 따르면 앞서 본 바와 같이 △△△와 ○○○○○ 사이에 186개의 SNP 마커에서 그 유전자형이 100% 일치하는 결과가 나왔는데, 아래와 같은 전문가 의견에 따르면 감별력이 있는 DNA 마커에 의해 두 종자간 분석결과가 동일할 경우 두 종자는 동일한 원종으로부터 유래하였을 것이고, 동일한 품종을 만드는 다른 양친 조합을 육성하는 것은 사실상 불가능하다고 보인다.
 ■ 갑 제29호증의 1(서울대학교 식물생산과학부 교수 고희종 의견서) 4면 3번째 단락 결론적으로 F1 품종 간에 유전자 분석결과가(감별력 있는 SNP, SSR 등 20~30개 이상 분자표지로 분석) 동일하다면 같은 양친으로부터 유래한 F1 품종으로 100% 확신할 수 있다. ■갑 제29호증의 2(서울대학교 식물생산과학부 교수 양태진 의견서) 1면 마지막 단락 우연히 다른 두 개의 계통을 개발하여 동일한 F1 품종을 만드는 기술은 현재 기술로는 거의 불가능한 상태입니다. Reverse breeding이라는 새로운 기술이 그런 가능성을 제시하고 있지만 아직 작물에서 상용화되지 않았고 설사 기술이 허락하더라도 타사의 품종을 대상으로 한 적용은 불가능하리라 판단됩니다. 특히 우리나라에서는 아직 이 기술이 구현된 바 없기 때문에 동일한 F1 품종을 만드는 다른 양친 조합을 육성하는 것은 불가능하리라 판단됩니다.
 나) 이 법원은 원고의 신청에 따라 국립종자원에 보관된 △△△ 종자, ○○○○○ 종자, 그 외 10개의 토마토 종자, 원고로부터 제출받은 △△△ 종자의 부계 및 모계의 원종을 감정목적물로 하여 국립종자원에 ① 토마토 종자들의 품종을 충분히 구분할 수 있는 수의 분자표지(SSR 및/또는 SNP 마커)를 이용한 감정목적물에 대한 유전적 유사도 분석, ② 위 분석을 통해 △△△와 ○○○○○이 동일한 부계 및 모계 원종의 조합에 의하여 생산되었다고 볼 수 있는지 여부, ○○○○○의 부계 및 모계 원종 조합이 △△△의 부계 및 모계 원종 조합과 동일하다고 합리적 출원이 가능한지 여부에 대하여 감정을 촉탁하였다. 이에 따른 감정촉탁결과에서 국립종자원은 위 ②항에 관한 의견 표명 없이 위 ①항과 관련하여 원고의 △△△와 피고의 ○○○○○ 등 대저 지역에서 재배되는 토마토 11종과 미니 토마토 1종에 대하여 SNP 분자표지 검정 분석법을 통해 91개의 SNP 마커를 사용하여 유전적 유사도 분석을 한 결과 △△△ 종자와 ○○○○○ 종자는 SNP 마커가 100% 일치하는 것으로 나타난 반면, △△△ 종자와 ○○○○○이 아닌 다른 토마토 종자의 일치도는 11 내지 65% 정도에 불과하였다고 감정하였다. 국립종자원이 유전적 유사도 분석에 대저 지역 토마토를 다수 포함시켰고, △△△와 ○○○○○ 종자 외에 다른 대저 지역 토마토 품종들은 모두 유전자 유사도에 차이가 있었던 점을 고려할 때 국립종자원의 SNP 마커 분석은 토마토 품종을 구분할 수 있는 감별력 있는 DNA 마커 분석에 해당한다고 봄이 상당하다.
 다) 비록 위 감정촉탁결과에서 감정 요청사항 중 ‘유전자 검사 및/또는 재배시험 검사를 통한 분석에 의해, △△△와 ○○○○○ 유전자가 동일한 원종 조합에 의하여 생산되었다고 볼 수 있는지 여부에 대한 감정’에 대한 감정결과가 나와 있지는 않다. 그런데, 국립종자원은 2019. 6. 25.자 감정 요청사항에 대한 검토결과 회신을 통해 원고의 △△△ 부계 및 모계 원종, 피고의 ○○○○○ 부계 및 모계 원종 시료가 제공되는 경우 유전자 분석을 통해 동일한 원종 조합인지 여부를 확인하는 것이 가능하다는 의견을 밝혔기 때문에 △△△ 종자와 ○○○○○이 동일한 품종인지 여부에 대한 정확한 판정을 위해서는 △△△와 ○○○○○의 각 원종 시료의 제출이 반드시 필요하다고 판단된다. 그러함에도 피고가 ○○○○○ 원종 시료를 제출하지 않았기 때문에 위 감정사항에 대한 감정이 이루어지지 않은 것으로 보이고, △△△와 ○○○○○ 유전자가 동일한 원종 조합에 의하여 생산된 것이 아니라고 볼 근거는 전혀 나타나 있지 않다. 
 라) 이처럼 ○○○○○과 △△△ 품종의 동일성 여부를 판정하기 위해서는 두 품종의 각 부계 및 모계 원종과 두 품종의 종자의 유전자 분석을 필요로 하고 이를 위해서는 원고와 피고가 보유하고 있는 △△△ 원종 시료와 ○○○○○ 원종 시료의 제출이 반드시 필요하나(○○○○○ 종자의 유전자 분석만으로는 ○○○○○의 부계 및 모계 원종의 정확한 유전자형을 특정할 수 없어 △△△ 원종과 ○○○○○의 원종 사이의 동일성 여부를 판정하는데 한계가 있다), △△△ 원종 시료를 제출한 원고와 달리 피고는 자신이 보유하고 있는 ○○○○○ 원종 시료의 제출을 거부하고 있다. 피고는 원종 시료 제출의 거부 사유로 원종의 반출 내지 재배시험 과정에서 원종이 원고나 제3자에게 유출될 가능성을 들고 있으나 피고는 원종 시료를 원고의 관여 없이 감정기관인 국립종자원에 직접 제출할 수 있고, 객관적 지위에 있는 국립종자원이 원종 시료를 외부에 유출할 가능성도 없는 점, 피고의 거절 사유에 대하여 원고는 원종의 씨앗이 아닌 원종의 이파리라도 시료로 제출할 것을 피고에게 제안하였고, 원종의 이파리를 사용하여 DNA 마커 분석이 가능함에도 피고는 이마저도 응하지 않았던 점 등을 감안할 때 피고의 거부 사유는 설득력이 없고, ○○○○○ 원종 시료가 제출되지 않은 상태에서 위 감정촉탁에 따른 감정방법보다 더 나은 감정방법이 있다고도 보이지 않는다. 
 마) 원고의 △△△와 피고의 ○○○○○의 각 품종판매신고서에 기재된 재배시험 결과 중 질적형질(QL)의 경우, 양 품종 모두 결과가 기재된 항목의 내용이 아래와 같이 모두 일치한다.
갑 제28호증 토마토 특성조사기준 3~7면△△△○○○○○번호특성표현형태계급(갑 제3호증)(갑 제7호증)1(+)QL모(Seedling): 배축의 안토시아닌 착색없다199있다92(*)QL식물체(Plant): 생장형유한형122무한형215(+)QL꽃: 암술대의 솜털없다199있다916(*)(+)QL꽃: 색노란색111오렌지색217(*)(+)QL꽃자루(Peduncle):분리층(abscission layer)없다199있다919(*)QL과식: 성숙전 어깨녹색 유무없다199있다9
 바) 피고는 DNA 마커 분석은 전체 유전자 정보를 모두 해석하는 것이 아니라 일부분의 특정한 염기서열의 동일성만을 비교하는 것에 불과하므로, DNA 마커 분석에서 동일한 결과를 얻었다고 하더라도 전체 유전자가 동일한지 알 수 없고, △△△와 ○○○○○의 SNP 마커가 일치한다는 점만으로 두 품종이 동일하다고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 어느 한 품종의 전체 유전자 염기서열을 분석하는 방법은 많은 비용과 시간이 소요되어 사실상 시행이 어렵고, 앞서 본 바와 같이 품종을 구분할 수 있는 감별력 있는 DNA 마커 분석이 이루어진 경우에는 그 분석만으로도 품종의 동일성 판단이 가능하다고 할 것이어서 피고 주장은 받아들이기 어렵다. 
 사) 피고는, 피고가 △△△ 부계 및 모계 원종을 취득하지 않고, 다른 방법으로 ○○○○○ 부계 및 모계 원종을 취득하여 ○○○○○ 종자를 생산하였다고 주장하나 아래와 같은 사정을 감안할 때 피고의 주장은 믿기 어렵다. 
 (1) F1 교배종
 품종을 만드는 원종의 경우 장기간 동안 인위적으로 자가수정하여 계통을 고정시키게 되는데, 아래와 같은 전문가 의견을 고려할 때, 판매된 종자로부터 역으로 동일한 원종을 분리하는 것은 현재 육종 기술로는 사실상 불가능하다.
■ 갑 제29호증의 1(서울대학교 식물생산과학부 교수 고희종 의견서) 4면 2번째 단락 육종가가 상업적 F1을 입수하여 원 양친과 동일한 특성을 가진 F1을 만들 양친을 재생할 수 있나?: 이론적으로는 유전자변형(GMO) 방법을 이용하여 가능할 수 있지만 현실적으로는 불가능하며, 연구 단계에 있다.
 (2) ① 피고의 ○○○○○ 품종판매신고서(갑 제7호증)에 따르면 피고는 2007년에서 2008년 사이에 ○○○○○ 원종 계통 확립을 위한 유전자원을 채취한 것으로 되어 있으나 △△△ 종자는 2009년 품종판매 신고 이후 시중에 유통된 것으로 보이는 점, ② 피고가 ○○○○○ 원종 육종경위에 대한 객관적 자료를 제출하고 있지 않은 점, ③ 특히 ○○○○○의 부계인 □□□□□□의 경우 피고 주장과 같이 계통선발로 고정되었다면 감별력 있는 DNA 마커에 의해 △△△ 부계 또는 모계 원종과 구별됨이 충분히 입증될 것으로 보임에도 불구하고 피고가 이를 위한 감정에 응하지 않은 점 등을 감안할 때 피고의 위 주장은 신빙성이 떨어진다. 
 (3) 피고는, ○○○○○이 대저 지역의 토마토를 기본으로 하여 개발되었고, 육종가의 재배 기술, 개발환경의 영향을 받았기 때문에 그 유전형질이 대저 지역에서 재배되는 다른 품종의 토마토와 거의 같을 수밖에 없어 유전자 분석결과만을 가지고 피고가 △△△ 원종을 이용하여 ○○○○○ 종자를 생산하였다고 단정해서는 안된다고 주장한다. 그러나 ① 이 사건에서의 SNP 마커는 앞서 본 바와 같이 감별력 있는 DNA 마커로서 감별력이 있다고 인정되는 점, ② 이 법원의 국립종자원에 대한 사실조회결과에 따르면 91종의 SNP 분자표의 개별 유전자형을 분석한 결과 △△△와 S일년감의 개별유전자형은 모두 일치하였고, 위 각 유전자형은 △△△ 부계, △△△ 모계의 교배로 인하여 나올 수 있는 유전자형과도 모두 일치하였으며, 특히 아래와 같이 분자표지 3번, 37번의 경우 다른 대저지역 토마토들과 달리 원고의 △△△ 종자, 피고의 ○○○○○ 종자에서만 동일한 점, ③ 피고가 ○○○○○의 육종과 관련된 객관적 자료를 제출하고 있지 않은 점 등을 고려하면 피고의 위 주장 역시 받아들이기 어렵다.
[국립종자원의 사실조회결과 발췌 생략]
 아) 따라서, ○○○○○ 원종은 △△△ 원종과 동일하다고 할 것이고, 피고가 △△△ 원종의 교배 없이 ○○○○○ 원종을 독자적으로 취득하였다고 볼 수도 없어 피고는 △△△ 원종을 교배하여 ○○○○○ 종자를 생산하였다고 봄이 상당하다. 
 3) 피고가 자신이 취득한 △△△ 원종을 사용하여 ○○○○○ 종자를 생산한 것과 관련하여 종자 생산 당시 △△△ 원종에 대한 부정취득행위가 개입된 사실을 알았거나 중대한 과실로 알지 못하였는지에 대한 판단
 살피건대, 피고가 △△△ 원종의 적법한 취득 경위나 정당한 사용 권원 등에 대하여 합리적인 설명을 전혀 하지 못하는 이 사건에 있어서 피고가 △△△ 원종을 취득할 당시 부정취득행위가 개입되어 있었음이 인정된다 할 것이고, 나아가 피고로서는 늦어도 원고로부터 △△△ 종자와 ○○○○○ 종자가 동일한 품종으로 밝혀졌다는 취지의 내용증명우편을 받은 2018. 5. 15.경에는 그러한 부정취득행위가 개입되었음을 알았다고 볼 수 있고, 가사 그러한 사정을 몰랐다고 하더라도 그 모르는 것에 대하여 중대한 과실이 있다고 할 것이다. 이처럼 △△△ 원종에 대한 부정취득행위가 개입된 사실을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 피고가 그러한 상황에서 △△△ 원종을 사용하여 ○○○○○ 종자를 생산한 행위는 부정경쟁방지법 제2조 제3호 (다)목의 행위에 해당된다. 
 나. 침해 금지 등 청구에 대한 판단
 앞서 본 바와 같이 피고의 ○○○○○ 종자의 부계 원종 및 모계 원종은 원고의 영업비밀인 △△△ 원종을 침해한 것이고, ○○○○○ 종자는 이러한 원종을 사용하여 생산된 것이므로, 피고는 같은 법 제10조 제1항에 따라 ○○○○○ 종자와 위 종자의 각 부계 및 모계 원종을 각 생산, 판매, 양도, 대여, 수출, 수입하거나 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함)을 하여서는 아니 되고, 같은 조 제2항에 따라 그 본점, 지점, 사무소, 대리점에 보관된 위 종자 및 각 원종을 각 폐기할 의무가 있다. 
 다. 손해배상청구에 대한 판단
 1) 손해배상청구권의 발생
 위 인정사실에 의하면, 부정경쟁방지법 제11조에 따라 피고는 원고의 영업비밀인 △△△ 원종을 이용하여 ○○○○○ 종자를 생산, 판매함으로써 원고의 영업상 이익을 침해하였으므로, 이로 인하여 원고가 입은 손해를 배상할 책임이 있다.
 2) 손해배상청구권의 범위
 가) 인정사실 
 (1) ○○○○○과 관련한 피고의 매출액은 다음과 같다. 
기 간매출액2018. 5. 15.부터 2018. 12. 31.까지342,155,000원2019. 1. 1.부터 2019. 12. 31.까지410,885,000원2020. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지452,085,000원2021. 1. 1.부터 2021. 4. 30.까지19,530,000원합 계772,570,000원
 (2) 국세청이 고시한 종자 및 묘목도매업의 단순경비율(2018 내지 2020년도)은 92%이다. 
 [인정근거] 갑 제36, 37호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 나) 판 단
 영업비밀 침해행위로 인한 손해배상에 있어서 영업상의 이익을 침해한 자가 그 침해행위에 의하여 이익을 받은 것이 있으면 그 이익액을 영업상의 이익을 침해당한 자의 손해로 추정하는데(같은 법 제14조의2 제2항), ○○○○○과 관련한 피고의 2018. 5. 15.부터 2021. 4. 30.까지의 매출액 합계액은 1,224,655,000원이고, 피고의 평균소득률은 8%(1-단순경비율 92%)이므로, 위 기간 동안의 피고의 이익액 97,972,400원(=1,224,655,000원×8%) 상당이 원고의 손해액으로 추정된다. 따라서 피고는 원고에게 손해배상금으로 위 97,972,400원 및 이에 대하여 원고가 구하는 바에 따라 이 사건 청구취지 및 청구원인 부본 송달일 다음날인 2021. 5. 27.부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다. 
4. 결 론
 그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[목록 생략]

판사 이민수(재판장) 이태웅 박태일