시정명령등취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2004.02.10 / 시행일:

【원 고】 한국토지공사(소송대리인 변호사 이건개외 3인)
【피 고】 공정거래위원회(소송대리인 법무법인 삼한 담당변호사 박종복)
【보조참가인】 주식회사 창보종합건설(소송대리인 변호사 김시현)
【변론종결】2004. 1. 27.
【주 문】
1. 이 사건 소 중 별지 제5항 기재 공표명령의 취소를 구하는 부분의 소를 각하한다.
2. 피고가 2001. 4. 2. 의결 제2001-045호로 원고에 대하여 한 별지 제1, 2, 4항 기재 각 시정명령과 별지 제6항 기재 과징금 납부명령을 각 취소한다.
3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
4. 소송비용은 이를 5분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】피고가 2001. 4. 2. 의결 제2001-045호로 원고에 대하여 한 별지 기재 시정명령, 공표명령 및 과징금 납부명령을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 갑제1, 2호증, 갑제3호증의 1, 2, 을제7호증, 을제8호증의 1 내지 4, 을제9호증의 1 내지 3, 을제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
 가. 원고의 일반현황
 ⑴ 원고는 토지를 취득·관리·개발 및 공급함으로써 토지자원의 효율적인 이용을 촉진하고 국토의 종합적인 이용·개발을 도모하여 건전한 국민경제 발전에 이바지함을 목적으로 설립된 정부투자기관으로서독점규제및공정거래에관한법률(이하 공정거래법이라 한다.) 제2조 제1호에 규정된 사업자에 해당한다.
 ⑵ 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업의 시행자는 국가, 지방자치단체, 원고 또는 대한주택공사 중 건설교통부장관이 지정하는 자로 한정되어 있는데, 원고는 국내 택지개발 예정지구 지정실적에 있어서는 총 84,215,000㎡로 49.5%를 점하고 있고, 택지개발사업 추진실적에 있어서는 총 95,425,000㎡로 40.6%를 점하고 있다(구체적인 내역은 아래 〈표 1〉 및 〈표 2〉와 같다.).
〈표 1〉 연도별 택지개발 예정지구 지정 현황(단위 : 천㎡, %)
연도별합계 한국토지공사대한주택공사지방자치단체사업면적점유율 사업면적점유율 사업면적점유율91～99 170,08084,215 49.5 34,618 20.4 51,247 30.1 97 27,69513,16347.5 10,37613.7 4,156 22.9 98 18,6899,786 52.0 3,133 17.0 5,770 31.0 99 13,8681,527 11.0 8,248 59.0 4,093 30.0 
 * 자료 : 「건설교통통계연보 2000」
〈표 2〉 택지개발사업 추진 실적 현황(단위 : 천㎡. %)
연도별합계 한국토지공사대한주택공사지방자치단체사업면적점유율 사업면적점유율 사업면적점유율 91～99 235,30195,425 40.6 29,752 12.6 110,12446.8 97 28,11811,41140.6 3,712 13.2 12,99546.2 98 22,1129,012 40.8 2,370 10.7 10,73048.5 99 20,6457,550 36.6 3,362 16.3 9,733 47.1 
 나. 원고의 행위사실
 ⑴ 수의계약에 의한 발주행위
 원고는 2000. 10. 12. 및 같은 해 11. 13. 아래 〈표 3〉에서 보는 바와 같이 군장국가산단군산지구 군사시설물대체시설공사 책임감리용역 등 2건을 원고가 한국도로공사, 대한주택공사 및 한국수자원공사와 공동으로 출자하여 설립한 주식회사 한국건설관리공사(이하 건설관리공사라 한다.)에게 수의계약에 의하여 총 1,165,000,000원(예정가격 대비 94.2%)에 발주하였다.
〈표 3〉 감리용역 발주내역(단위 : 백만원)
계약방법 감리용역 명계약일 예정가격(A)계약금액(B)B/A(%) 수의계약 군장국가산단군산지구 군시설물대체시설공사감리2000. 10. 2. 409 390 95.4 부천상동지구 특수구조물 공사감리2000. 11. 13. 828 775 93.6 합계(2건)？1,2371,16594.2 
 ⑵ 거래조건 차별행위
 원고는 남양주지구 공동주택지 판매에 대한 선수협약을 체결함에 있어, 대한주택공사(1999. 6. 30. 계약체결)에 대하여는 공급가격이 10% 이상 상승할 경우 대한주택공사가 협약을 해약할 수 있고, 원고는 대한주택공사로부터 수납한 선수금에 법정이자를 가산하여 반환한다는 조항을 설정한 반면에, 우미건설주식회사(1999. 6. 30. 계약체결, 이하 우미건설이라 한다.)과 신명주택건설주식회사(1999. 9. 17. 계약체결, 이하 신명주택건설이라 한다.)에 대하여는 공급가격이 10%이상 상승할 경우 원고와 협의하여 해약할 수 있다는 조항만 설정하고, 선수금 반납에 관해서는 아무런 규정을 하지 아니하였다.
 ⑶ 연계판매행위
 ㈎ 원고는 인천마전지구 공동주택지의 판매가 저조하자 판매가 잘 되는 부천상동지구 공동주택지를 판매하면서 인천마전지구 4블럭을 매입한 자에게 부천상동지구 공동주택지 21블럭 및 22블럭의 매입우선권을 주는 방식으로 연계판매를 실시하였고, 이에 따라 아래 〈표 4〉에서 보는 바와 같이 비인기지구인 인천마전지구 공동주택지 4블럭을 매입한 주식회사 창보종합건설에게 인기지구인 부천상동지구 공동주택지 21블럭 및 22블럭을 판매하였다.
〈표 4〉 인천마전지구와 부천상동지구의 공동주택지 판매(단위 : ㎡, 백만원)
소재지 블럭명 계약일 면적 매매금액비고 인천마전지구4블럭 1999. 11. 2423,546 13,515 비인기지구 부천상동지구21블럭 1999. 11. 3017,722 11,909 인기지구 22블럭15,4679,230 
 ㈏ 또한, 원고는 남양주호평·평내·마석 3개 지구 공동주택지의 판매가 저조하자, 판매가 잘 되는 용인신봉·동천·죽전·동백 4개 지구 공동주택지를 판매하면서 남양주호평·평내·마석 등 3개 지구 공동주택지를 매입하는 자에게 용인신봉·동천·죽전·동백 등 4개 지구 공동주택지의 매입우선권을 주는 방식으로 연계판매를 실시함으로써, 아래 〈표 5〉에서 보는 바와 같이 1999. 9.에서 2000. 9. 사이에 비인기지구인 남양주호평·평내·마석 등 3개 지구의 공동주택지를 매입한 현대산업개발주식회사 등 7개 회사(이하 각 상호 중 ‘주식회사’ 생략)에게 인기지구인 용인신봉·동천·죽전·동백 등 4개 지구의 공동주택지를 판매하였다.
〈표 5〉 남양주 3개 지구와 용인 4개 지구의 공동주택지 판매(단위 : ㎡, 백만원)
매입자 소재지 블럭명 계약일 면적 매매금액비고 현대산업개발 남양주호평지구1블럭 1999. 9. 17. 45,353 30,355 비인기지구 용인동천지구2블럭 1999. 12. 7.11,033 11,015 인기지구 용인신봉지구6블럭 9,483 9,464 효성 남양주호평지구12블럭 1999. 9. 17. 30,915 20,692 비인기지구 용인동천지구2블럭 1999. 12. 7.11,033 11,015 인기지구 용인신봉지구6블럭 9,483 9,464 신명주택건설 남양주평내지구5블럭 1999. 9. 17. 17,099 11,082 비인기지구 용인동천지구4블럭 1999. 12. 7.13,186 13,160 인기지구 세림L＆D 남양주호평지구4블럭 1999. 9. 30. 25,193 18,548 비인기지구 용인죽전지구37블럭 2000. 6. 29.26,814 29,200 인기지구 우남종합건설 남양주평내지구1-2블럭 1999. 10. 1. 19,122 123,393 비인기지구 용인신봉지구7블럭 1999. 12. 7.34,485 17,242 인기지구 한화 남양주호평지구5블럭 1999. 11. 16. 21,047 14,087 비인기지구 용인신봉지구4블럭 1999. 12. 7.20,680 20,639 인기지구 금강주택 남양주호평지구11블럭 2000. 2. 15. 45,548 30,486 비인기지구 용인동백C지구7-2블럭 2000. 9. 23. 43,328 36,612 인기지구 
 ⑷ 간접비용 미지급행위
 ㈎ 원고는 광주첨단지하보차도설치공사 등 3건의 공사를 추진하면서, 유관기관과의 용지미보상 등 시공업체의 귀책사유가 아닌 사유로 공사기간이 연장됨으로써 아래 〈표 6〉과 같이 125,825,000원 상당의 간접비용이 발생하였음에도 시공업체에게 이를 지급하지 아니하였다.
〈표 6〉 공기연장에 따른 간접비용 발생 내역
공사명 시공업체 공사대금(천원) 공기연장[연장일수]연장사유 간접비용(천원) 광주첨단지하 보차도설치공사 삼호 16,783,114 1999. 3. 23.～2000. 6. 30. [465일]용지미보상 등 94,220 김해장유지구 택지조성공사 1공구 삼성물산 14,784,000 2000. 4. 21.～2000. 9. 30. [163일]우회도로 해체 등 절대공기소요 27,980 김해장유지구 택지조성공사 4공구 삼능건설 312,200 2000. 4. 21.～2000. 9. 30. [163일]연결구간 도로 개설 공기소요 3,626 합계 ？ 31,879,314？ ？ 125,825 
 ㈏ 또한, 원고는 청주공항도로연결공사에서 시공업체인 한진건설의 귀책사유가 아닌 유관기관의 공사계획 협의지연 등의 사유로 공사기간을 8.3개월 연장하고(공기연장일수 : 254일, 공기연장기간 : 1998. 12. 20. ～ 1999. 8. 31.) 이에 대한 간접비용을 반영하면서, 공기연장일수가 8.3개월(254일)임에도 불구하고 7.3개월분에 해당하는 간접비용 141,898,000원을 지급하고, 나머지 1개월분에 해당하는 간접비용 10,300,000원을 지급하지 아니하였다.
 다. 피고의 처분
 피고는 2001. 4. 2. 의결 제2001-045호로, ⑴ 원고가 위 나. ⑴항과 같이 책임감리용역을 건설관리공사에 대하여 수의계약으로 발주한 행위는, 이러한 용역은 경쟁입찰방식을 통해 비관계회사와도 계약할 수 있는 성질의 것임에도 경쟁입찰을 통한 비관계회사와의 책임감리용역 계약시의 낙찰율 72.6%보다 현저히 높은 수준인 예정가격의 94.2% 수준에서 계약금액이 결정되었을 뿐만 아니라, 건설관리공사의 공동주주인 한국도로공사, 대한주택공사, 및 한국토지공사와 사전에 합의하여 4개사가 건설관리공사에 합계 13,806,000,000원에 이르는 현저한 규모의 수의계약을 하여 줌으로써 건설관리공사를 지원하였고, 건설관리공사는 원고 등 4개사의 이러한 지원 덕분에 관련시장인 책임감리용역시장에서 사업자로서의 지위를 유지·강화할 수 있었으므로,공정거래법 제23조 제1항 제7호, 같은법시행령 [별표1] 일반불공정거래행위의유형및기준(제36조 제1항 관련)(2002. 3. 30. 대통령령 제17564호로 제목변경되기 전의 것, 이하 불공정거래행위기준이라 한다.) 제10호의 부당지원행위에 해당하고, ⑵ 원고가 위 나. ⑵항과 같이 선수협약시 거래조건을 차별한 행위는, 원고가 거래상대방과 동일지구 공동주택지에 관한 선수협약을 체결함에 있어 동일한 사유로 당해 선수협약이 해제될 경우에는 동일한 조건으로 협약이 해제될 수 있도록 하고, 또한 그에 따른 선수금 반환시에도 동일한 조건으로 반환하도록 협약을 체결함이 타당함에도 불구하고 거래상대방에 따라 거래조건을 달리한 것이므로, 부당하게 특정사업자에 대하여 거래조건이나 거래내용에 관하여 현저히 유리하게 하거나 불리하게 하는 행위로서공정거래법 제23조 제1항 제1호, 같은법시행령 [별표1] 불공정거래행위기준 제2호의 차별적 취급에 해당하며, ⑶ 원고가 위 나. ⑶항과 같이 공동주택지를 연계하여 판매한 행위는, 원고는 국내 택지개발공급분야에서 40% 이상을 차지하고 있는 사업자이고, 당해 인기지구의 공동택지를 필요로 하는 건설사업자의 입장에서는 원고 이외의 자로부터 이를 구입할 방법이 없는 특성이 있어 원고로부터 인기지구의 택지를 구입하기 위해서는 원고가 제시하는 비인기지구의 택지를 매입할 수밖에 없으므로, 인기지구의 택지를 매입하는 자에게 비인기지구의 택지를 구입하도록 사실상 강제한 행위로서공정거래법 제23조 제1항 제3호 같은법시행령 [별표1] 불공정거래행위기준 제5호의 거래강제에 해당하고, ⑷ 원고가 위 나. ⑷항과 같이 시공업체에게 간접비용을 지급하지 아니한 행위는, 원고는 1999년도 택지개발공급업 및 공업용지개발공급업 품목에서 시장지배적 사업자로 지정·고시되었고, 택지개발공급 및 공업용지개발공급 등과 관련한 각종 공사 및 물품구매시장에서 대규모수요자의 위치에 있으므로 시공업체로서는 원고와의 계속적인 거래관계 유지를 위하여 원고의 요구 또는 제시사항을 거절하기 어렵다는 점에서 시공업체에 대하여 거래상 지위가 우위에 있고, 시공업체의 귀책사유가 아닌 사유로 인해 공사기간이 연장됨으로 인하여 발생한 공사현장 유지·관리를 위한 인건비, 경비 등 제반 간접비용은 모두 원고가 부담하여야 할 성질의 것이므로, 거래상대방에게 불이익이 되도록 거래조건을 설정 또는 변경하거나 그 이행과정에서 거래상대방에게 불이익을 주는 행위로서공정거래법 제23조 제1항 제4호, 같은법시행령 [별표1] 불공정거래행위기준 제6호의 거래상 지위의 남용행위에 해당한다고 판단하고, 별지 기재와 같은 시정명령, 공표명령 및 과징금 납부명령을 하였다(다만, 위 나. ⑴항의 수의계약에 의한 발주행위에 대하여 104,000,000원의 과징금을, 나머지 각 행위에 대하여 합계 449,000,000원의 과징금을 각 부과하였다.).
2. 관계법령
독점규제및공정거래에관한법률
제23조(불공정거래행위의 금지)
 ① 사업자는 다음 각 호의 1에 해당하는 행위로서 공정한 거래를 저해할 우려가 있는 행위(이하 "불공정거래행위"라 한다.)를 하거나, 계열회사 또는 다른 사업자로 하여금 이를 행하도록 하여서는 아니된다.
 1. 부당하게 거래를 거절하거나 거래의 상대방을 차별하여 취급하는 행위
 3. 부당하게 경쟁자의 고객을 자기와 거래하도록 유인하거나 강제하는 행위
 4. 자기의 거래상의 지위를 부당하게 이용하여 상대방과 거래하는 행위 
 7. 부당하게 특수관계인 또는 다른 회사에 대하여 가지급금·대여금·인력·부동산·유가증권·무체재산권 등을 제공하거나 현저히 유리한 조건으로 거래하여 특수관계인 또는 다른 회사를 지원하는 행위 
 ② 불공정거래행위의 유형 또는 기준은 대통령령으로 정한다.
제24조(시정조치）공정거래위원회는제23조(불공정거래행위의 금지) 제1항의 규정에 위반하는 행위가 있을 때에는 당해 사업자에 대하여 당해 불공정거래행위의 중지, 계약조항의 삭제, 법위반사실의 공표 기타 시정을 위한 필요한 조치를 명할 수 있다.
제24조의2(과징금)공정거래위원회는제23조(불공정거래행위의 금지) 제1항 각 호의 1의 규정에 위반하는 불공정거래행위가 있는 경우에는 당해 사업자에 대하여 대통령령이 정하는 매출액에 100분의 2(제7호의 규정에 위반한 경우에는 100분의 5)를 곱한 금액을 초과하지 아니하는 범위 안에서 과징금을 부과할 수 있다. 다만, 매출액이 없는 경우 등에는 5억원을 초과하지 아니하는 범위 안에서 과징금을 부과할 수 있다.
제58조(법령에 따른 정당한 행위)이 법의 규정은 사업자 또는 사업자단체가 다른 법률 또는 그 법률에 의한 명령에 따라 행하는 정당한 행위에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

독점규제및공정거래에관한법률시행령
제36조(불공정거래행위의 지정)
 ①법 제23조(불공정거래행위의 금지) 제2항의 규정에 의한 불공정거래행위의 유형 또는 기준은 별표1과 같다.
[별표1] 일반불공정거래행위의 유형 및 기준(제36조 제1항 관련): (2002. 3. 30. 대통령령 제17564호로 제목변경되기 전의 것)
 2. 차별적 취급
법 제23조(불공정거래행위의 금지) 제1항 제1호 후단에서 "부당하게 거래의 상대방을 차별하여 취급하는 행위"라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 행위를 말한다.
 나. 거래조건차별
 부당하게 특정사업자에 대하여 수량·품질 등의 거래조건이나 거래내용에 관하여 현저하게유리하거나 불리한 취급을 하는 행위
 5. 거래강제
법 제23조(불공정거래행위의 금지) 제1항 제3호 후단에서 "부당하게 경쟁자의 고객을 자기와 거래하도록 강제하는 행위"라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 행위를 말한다.
 가. 끼워팔기
 거래상대방에게 대하여 자기의 상품 또는 용역을 공급하면서 정상적인 거래관행에 비추어 부당하게 다른 상품 또는 용역을 자기 또는 자기가 지정하는 사업자로부터 구입하도록 하는 행위
 6. 거래상 지위의 남용
법 제23조(불공정거래행위의 금지) 제1항 제4호에서 "자기의 거래상의 지위를 부당하게 이용하여 상대방과 거래하는 행위"라 함은 다음 각 목의 1에 해당하는 행위를 말한다.
 라. 불이익제공
 가목 내지 다목에 해당하는 행위 외의 방법으로 거래상대방에게 불이익이 되도록 거래조건을 설정 또는 변경하거나 그 이행과정에서 불이익을 주는 행위
 10. 부당한 자금·자산·인력의 지원
법 제23조(불공정거래행위의 금지) 제1항 제7호에서 "부당하게 특수관계인 또는 다른 회사에 대하여 가지급금·대여금·인력·부동산·유가증권·무체재산권 등을 제공하거나 현저히 유리한 조건으로 거래하여 특수관계인 또는 다른 회사를 지원하는 행위"라 함은 다음 각 목의 1에 해당하는 행위를 말한다.
 가. 부당한 자금지원
 부당하게 특수관계인 또는 다른 회사에 대하여 가지급금·대여금 등 자금을 현저히 낮거나 높은 대가로 제공 또는 거래하거나 현저한 규모로 제공 또는 거래하여 과다한 경제상 이익을 제공함으로써 특수관계인 또는 다른 회사를 지원하는 행위
 나. 부당한 자산지원
 부당하게 특수관계인 또는 다른 회사에 대하여 부동산·유가증권·무체재산권 등 자산을 현저히 낮거나 높은 대가로 제공 또는 거래하거나 현저한 규모로 제공 또는 거래하여 과다한 경제상 이익을 제공함으로써 특수관계인 또는 다른 회사를 지원하는 행위
 다. 부당한 인력지원
 부당하게 특수관계인 또는 다른 회사에 대하여 인력을 현저히 낮거나 높은 대가로 제공하거나 현저한 규모로 제공하여 과다한 경제상 이익을 제공함으로써 특수관계인 또는 다른 회사를 지원하는 행위
3. 이 사건 소 중 별지 제5항 기재 공표명령의 취소를 구하는 부분의 소의 적법 여부
 기록에 의하면, 피고는 이 사건이 당심에 계속중이던 2002. 3. 21. 의결 제2002-065호로 이 사건 처분 중 별지 제5항 기재 공표명령 부분을 “공정거래법을 위반하였다는 이유로 피고로부터 시정명령을 받은 사실”을 공표하는 것으로 직권변경하였는바, 그렇다면, 변경 전의 처분인 별지 제5항 기재 공표명령에 대하여는 그 취소를 구할 소의 이익이 없어졌다고 할 것이므로 이 부분 소는 부적법하다. 
4. 원고의 나머지 청구에 대한 판단
 가. 당사자들의 주장
 피고가 이 사건 처분이 위 처분사유 및 관계법령에 의하여 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.
 ⑴ 수의계약에 의한 발주행위
 ㈎정부투자기관회계규칙 제15조 제2호 라.목에 의하면 “투자기관의 경영혁신을 위하여 투자기관의 자회사 또는 출자회사를 정리함에 있어서 주무부장관이 불가피하다고 인정하는 경우”에는 자회사 또는 출자회사와 수의계약에 의할 수 있다고 규정하고 있고, 원고는 위 규정에 의하여 건설관리공사와의 수의계약에 관하여 주무부장관인 건설교통부장관으로부터 승인을 받았으므로, 관계법령 및 위 승인범위를 벗어나지 않는 한 위와 같은 책임감리용역을 수의계약으로 발주하였다고 하여 부당지원행위에 해당한다고 할 수 없다.
 ㈏ 이 사건 각 책임감리용역계약의 낙찰률이 경쟁입찰을 통한 비관계회사와의 책임감리용역 계약시의 낙찰률보다 높다고 하더라도 정상가격인 예정가격보다 낮은 가격으로 용역대금이 결정된 이상 정상가격보다 현저히 높은 가격에 의한 거래에 해당한다고 볼 수 없고, 이 사건 용역대금은 1,165,000,000원으로 건설관리공사의 2000년도 추정매출액 51,800,000,000원의 2.2%, 지원추정금액은 건설관리공사의 추정순이익 4,800,000,000원의 2.4%에 불과하므로 현저한 규모의 거래라고도 볼 수 없다.
 ⑵ 거래조건 차별행위
 ㈎ 원고는 다수의 주택사업자들과 선수협약을 체결함에 있어 계약내용의 정형화를 기하기 위하여 원고의 내규로 “선수협약서” 양식을 정해놓고 정형화된 “선수협약서” 원안을 상대방에게 발송하여 계약조항에 대한 의견을 물어 다른 의견이 제시되지 않으면 위 원안대로 계약을 체결하고, 다른 의견이 있으면 관련법령이나 상거래관행을 검토한 후 상대방과 협의하여 계약내용의 일부를 조정하는데, 이 사건의 경우에도 대한주택공사는 우미건설 등 다른 사업자와 달리 문제된 위 조항 등의 수정을 요청하였고, 원고가 이를 받아들여 체결하게 된 것이다. 자유경제체제 하에서 위와 같이 거래상대방에 따라 거래조건에 다소 차이가 있다고 하여 이를 두고 경쟁자를 배제하거나 공정한 경쟁을 저해할 우려가 있는 부당한 것이라고 볼 수 없다. 
 ㈏ 원고는 위와 같이 정형화된 “선수협약서”에 의하여 선수협약이 체결되더라도 선수협약 체결 후 공급대금이 10% 이상 상승하면 그것이 상대방의 귀책사유에 기한 것이 아닌 한 계약해제를 인정하고 있고, 이 경우 위약금 귀속 없이 선수금을 반환함과 아울러 법정이자를 가산해 주고 있으며, 이는 건설교통부가 원고에게 지시한 사항일 뿐 아니라 원고의 내규인 “용지규정”과 “선수공급에관한지침”에도 명시적으로 규정되어 있으므로, 원고가 대한주택공사와의 계약에서 명시한 ‘협약해약 및 법정이자 가산’조항이 없더라도 실제 운용결과에는 아무런 차이가 없다. 
 ⑶ 연계판매행위
 ㈎ “끼워팔기”에 해당하려면, 주된 상품과 종된 상품이 서로 다르고 시장도 구분되어야 하고, 같은 상품을 여러 개 묶어서 패키지로 판매하는 경우에는 끼워팔기에 해당하지 아니하는데, 이 사건의 경우에는 주된 상품과 종된 상품이 모두 토지로서 같은 종류의 상품이므로 끼워팔기라고 보기 어렵다. 또한, 위 1의 나. ⑶. ㈎항과 같이 토지를 비인기지구와 인기지구로 구분할 근거도 없다. 
 ㈏ “끼워팔기”에 해당하려면 주된 상품에 대하여 시장지배력을 가질 것이 요구되는데, 택지의 공급은 공공부문과 민간부문으로 나눌 수 있고, 공공부문의 주택공급규모를 전체 주택공급규모의 40% 정도로 추정할 수 있으므로 택지공급시장에서 원고의 실질적인 시장점유율은 15% - 16% 정도에 불과하여 시장지배적 사업자라고 볼 수 없고, 따라서 원고에게 “택지”에 대한 시장지배력이 없다. 
 ㈐ “끼워팔기”는 개념상 강제성을 필요로 하는데, 원고는 위 1의 나. ⑶. ㈎항에서 비인기지구로 분류된 토지(이하 비인기토지로 약칭한다.)의 판매를 촉진하기 위하여 비인기토지를 매입하는 주택사업자에 대하여 위 1의 나. ⑶. ㈎항에서 인기지구로 분류된 토지(이하 인기토지로 약칭한다.)에 대한 매입우선권을 부여하였던 것이고, 비인기토지의 매입 여부는 전적으로 주택사업자가 향후 분양가능성 등에 대한 자유로운 사업적 판단을 거쳐 결정한 것일 뿐 원고가 그 매입을 강제한 바도 없으며, 비인기토지를 매입한 주택사업자가 반드시 인기토지를 매입하여야 하는 것도 아니므로 주택사업자들의 위 비인기토지의 매입에 강제성이 있다고 할 수 없다.
 ㈑ 또한, 원고로서는 이 사건 비인기토지 매입시 매입우선권 등 혜택을 부여하지 않아도 무방하지만 고객 위주의 경영방침에 따라 우수고객에 대하여 그가 원할 경우에 한하여 위와 같은 혜택을 부여한 것에 불과하고, 이러한 판매촉진행위는 일반 상거래에서도 널리 활용되는 것이므로 부당하다고 볼 수도 없다. 
 ⑷ 간접비용 미지급행위
 ㈎ 원고는 택지공급부문에서 민간부문을 함께 고려할 때 택지공급의 15% - 16%를 점하고 있을 뿐이고, 거래상대방과 사이에 강한 의존관계도 없으므로 상대방의 거래활동에 상당한 영향을 미칠 수 있는 지위에 있다고 할 수 없다.
 ㈏국가를당사자로하는계약에관한법률시행령 제66조 제1항 및 원고의 공사계약 일반조건 제23조에 의하면, 공사기간 연장 등 계약내용의 변경에 따라 계약금액을 조정하여야 할 필요가 있는 경우에는 계약상대자의 신청에 의하여 실비를 초과하지 않는 범위 안에서 이를 조정하도록 규정하고 있으므로, 시공업체의 귀책사유 없이 공사기간이 연장되는 경우 실비를 초과하지 않는 범위 내에서 시공업체의 신청에 의하여 계약금액이 조정되도록 되어 있다. 따라서, 공사기간이 연장되었다 하더라도 그로 인하여 시공업체에 간접비용이 발생하지 아니하였다거나 그 액수가 미미하여 신청하지 아니한 때에는 그 간접비용을 지급할 의무가 없을 뿐 아니라 발주자로서는 그 발생 여부를 알 수도 없다. 또한, 시공업체가 간접비용을 신청하였다 하더라도 실사 결과 당해 청구가 근거가 없거나 과다하다고 인정되는 경우 간접비를 지급하지 않거나 정당성이 인정되는 간접비용만을 지급하는 것이므로, 시공업체의 신청이 없어 간접비용을 지급하지 아니하거나 실사 후 신청금액을 일부 감액한 것을 두고 거래상의 지위를 부당하게 이용하여 거래상대방에게 불이익을 준 행위로 볼 수 없다.
 나. 판단
 ⑴ 수의계약에 의한 발주행위
 ㈎ 먼저 위 수의계약에 의한 발주행위가공정거래법 제23조 제1항 제7호에 규정된 “부당지원행위”의 대상이 되는 행위에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대, 피고가 위 수의계약에 의한 발주행위를 부당지원행위로 본 것은 결국 위 책임감리용역에 대한 대금을 경쟁입찰에 의한 경우보다 과다하게 지급하였기 때문인데, 이러한 용역대금 과다지급 행위는, 그로 인하여 간접적인 자금지원의 효과가 수반된다 하더라도, 용역거래에 있어서 거래조건을 차별하였거나 부당고가매입으로 볼 수 있을지 여부는 별론으로 하고 위와 같은 부당지원행위의 대상이 되는 행위에 해당한다고 볼 수는 없다.
 그 이유를 간략히 살펴보면, 우선,공정거래법 제23조 제1항 제7호와 같은법시행령 [별표1]의 불공정거래행위기준 제10호 등 부당지원행위에 대한 관련법규정의 해석상 불공정거래행위기준 제10호 가목의 “부당한 자금지원”은 “금융”의 지원 또는 자금의 직접적인 지원 행위를, 나목의 “부당한 자산지원”은 “부동산 등”의 지원행위를 의미하는 것으로 보일 뿐 여기에 책임감리용역을 거래함에 있어서 정상가격보다 고가매입하여 간접적인 지원효과를 내는 경우까지도 당연히 여기에 포함된다고 하기 어렵고, 이와 관련한 피고의 자체 지침인 ‘부당한지원행위의심사지침’에서도 책임감리용역거래와 같은 경우를 자금 또는 자산지원으로 보고 있지 아니하며, 이러한 용역거래를 다목의 “인력”의 지원행위에 해당한다고 볼 수도 없다. 또한, 종래 상품·용역거래의 내부거래를 규제하는 법규정만이 있었을 뿐 그보다 오히려 폐해가 큰 자금·자산의 내부거래를 규제할 입법이 미비하였다는 반성에서 위 “부당지원행위”에 관한 규정이 입법되었다는 입법경위에 비추어 보더라도, 상품·용역의 거래와 자금·자산의 거래는 일단 구별되는 것이라고 할 것이다. 그 밖에 부당지원행위에 대한 과징금은 매출액의 100분의 5 범위 안에서 부과될 수 있어 그 제재의 정도가 다른 불공정거래행위에 대한 것보다 높을 뿐만 아니라(법 제24조의2), 공정거래법상 부당지원행위의 조사에 한정하여서만 금융거래정보제출요구권(소위 ‘계좌추적권’)이 인정되고 있다(법 제50조 제5항). 따라서 책임감리용역과 같은 용역의 거래에 수반하여 간접적으로 지원의 효과를 내는 행위까지 모두 부당지원행위의 대상으로 하여 부당지원행위의 개념을 포괄적으로 본다면, 종래 적용되던 “불공정거래행위기준”의 상당부분은 쓸모없는 규정이 되어 버리는 것은 물론, 특수관계인 등 일정한 관계자들 사이에서는 경제상 이익의 이전이 있기만 하면 부당지원행위의 강력한 제재가 부과될 우려가 있으므로, 사업자들이 피고의 규제에 대한 예측가능성을 상실하고 경제활동이 위축됨으로써 우리 헌법상 보장되어야 할 경제상의 자유가 오히려 제약되고 재산권이 침해될 우려마저 있다.
 ㈏ 한편, 가사 이 사건 수의계약에 의한 발주행위가 부당지원행위의 대상이 되는 행위에 해당한다 하더라도, 앞서 든 각 증거와 갑제5호증의 1 내지 3, 갑제6호증의 1 내지 4, 을제2, 3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1999. 3. 1. 정부의 공기업경영혁신계획에 따라 원고 및 대한주택공사, 한국토지공사, 한국수자원공사의 자회사이던 4개 감리공단을 통합하여 건설관리공사를 출범시키고 인력을 감축하는 등 강도 높은 구조조정을 하면서 2001년 상반기 중으로 이를 민영화하려고 계획중이었는데, 수의계약을 전면적으로 중단하는 경우 입찰참가자격 심사시 평가점수가 낮은 건설관리공사는 일반경쟁에 의한 수주가 어려우므로 그 수지가 급격히 악화되어 민영화를 원만히 추진할 수 없게 된다고 판단하고 건설교통부장관에정부투자기관회계규칙 제15조 제2호 ㈑목에 따른 승인을 신청하여, 2000. 4. 4. 건설교통부장관으로부터 “원고 및 한국도로공사, 대한주택공사 및 한국토지공사의 사장은 정부의 공기업 경영혁신계획에 따라 원활한 민영화를 추진하기 위하여 필요하다고 판단되는 경우 출자회사인 건설관리공사와 건설공사의 감리 및 설계용역의 일부에 대해 계약을 체결하는 때에는 수의계약에 의할 수 있다.”는 내용의 승인을 받고, 같은 해 8. 7. 건설교통부장관에게 이 사건 각 책임감리용역을 수의계약으로 발주하겠다고 보고한 후 수의계약으로 발주하여 건설관리공사와 예정가격 대비 94.2%의 낙찰률로 계약금액 합계 1,165,000,000원(예정가격 1,237,000,000원 x 94.2%)에 발주한 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같이 원고가 주무부장관의 승인을 받고 이 사건 각 책임감리용역을 수의계약으로 발주한 것이라면 피고로서는 주무부장관의 승인과 지시가 공정한 거래질서나 경쟁구도의 정착에 어긋나는 결과는 가져온다는 점을 지적하여 주무부장관과의 협의에 의하여 이를 시정토록 도모함은 별론으로 하고, 주무부장관의 승인에 따라 이루어진 위 각 계약을 부당지원행위라고 하여 원고에게 시정조치와 과징금의 납부를 명하는 것을 온당하다고 할 수 없으므로, 이는 결국 법령에 따른 정당한 행위로서공정거래법 제58조에 의하여법 제23조의 적용이 배제된다고 보아야 하거나, 그렇지 않더라도 적어도 그 지원행위에 정당한 이유가 있는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이다.
 이에 대하여 피고는, 이 사건 각 책임감리용역계약이 경쟁입찰방식을 통하여 비관계회사와도 계약을 체결할 수 있는 성질의 용역일 뿐 아니라 원고의 2000년도 외주시행 책임감리용역계약 전부이고, 계약금액도 비관계회사보다 높다는 점 등을 들어 위 건설교통부장관의 승인범위를 일탈한 것이라는 취지의 주장도 하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 원고는 건설교통부장관의 승인을 받은 후 이 사건 각 책임감리용역을 수의계약으로 발주하겠다고 보고까지 하고 이를 수의계약에 의하여 발주한 것이므로 건설교통부장관의 승인범위를 일탈한 것이라고 할 수 없고, 또 일단 수의계약으로 발주한 이상 예정가격 이하의 응찰이라면 계약을 체결할 것이고 원고가 임의로 계약금액을 정할 수 있는 것도 아니므로 이를 이유로 승인의 범위를 벗어난 것이라고 볼 수 없으며, 달리 위 수의계약에 의한 발주가 부당하다고 볼 증거도 없다.
 ㈐ 따라서, 이 사건 수의계약에 의한 발주행위는공정거래법 제23조 제1항 제7호의 부당지원행위에 해당한다고 볼 수 없다.
 ⑵ 거래조건 차별행위
 ㈎ 거래조건차별의 의의 및 요건
공정거래법 제23조 제1항 제1호 후단,제2항 및 같은법시행령 [별표1] 불공정거래행위기준 제2호 나.목의 차별적 취급 중 “거래조건차별”은 “부당하게 특정사업자에 대하여 수량·품질 등의 거래조건이나 거래내용에 관하여 현저하게 유리하거나 불리한 취급을 하는 행위”를 의미하므로, 이에 해당하기 위해서는 특정사업자에 대한 거래조건이나 거래내용이 다른 사업자에 대한 것보다 유리 또는 불리하여야 할 뿐 아니라 그 유리 또는 불리한 정도가 현저하여야 하고, 또, 그렇게 차별취급하는 것이 부당한 것이어야 한다.
 그런데, 거래조건 또는 거래내용이란 원래 거래가격, 거래량, 시장여건 등에 따라 다른 조건과 함께 변할 수 있는 것이고, 이러한 거래조건의 차이는 경쟁을 촉진시키기도 경쟁을 저해하기도 할 뿐 아니라 시장경제체제 하에서는 원칙적으로 사업자가 거래상대방, 거래조건 및 판매방식 등을 정할 자유가 있다는 점에 비추어 볼 때 그것이 특정 사업자의 사업활동을 곤란하게 할 우려가 있거나, 특정 사업자의 사업활동을 곤란하게 할 의도를 가진 유력 사업자에 의하여 그 지위 남용행위로서 행하여지거나, 공정거래법이 금지하고 있는 거래강제 등 다른 목적을 달성하기 위한 수단으로 행하여진 경우 등에 해당하여야 공정한 거래를 저해할 우려가 있는 거래조건차별로서 불공정거래행위에 해당한다 할 것이다(대법원 2001. 1. 5. 선고 98두17869 판결 등 참조).
 ㈏ 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 선수협약을 체결함에 있어 대한주택공사에 대하여는 공급가격이 10% 이상 상승할 경우 협약해약권을 주고, 해약시 선수금에 법정이자를 가산하여 반환한다는 조항을 설정한 반면에, 우미건설 등 다른 회사에 대하여는 이러한 경우 원고와 협의하여 해약할 수 있다는 조항만 설정한 것은 특정사업자를 유리하게 취급하는 것으로서 거래조건에서 차별취급을 한 것으로 볼 수는 있다.
 ㈐ 그러나, 앞서 든 각 증거와 갑제9호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 내부지침인 “선수공급에관한지침” 제20조 제4항에 “공급가격이 선수공급가격보다 상승한 경우로서 정상지가상승분을 차감한 초과상승액이 선수공급가격의 10%를 초과하는 경우에는 매수인의 요청에 따라 위약금귀속 없이 선수협약을 해제할 수 있다.”라는 취지의 규정을 두고 있고, “용지규정” 제48조 제5항 및 원고의 선수협약서 양식 제10조 제5, 6항에 의하면 협약 해제시 수납한 선수금(다만, 매수인의 귀책사유로 인한 경우에는 계약보증금을 제외한 금액)에 법정이자를 가산하여 반환하도록 규정하고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 비추어 볼 때, 선수협약 체결 후 공급금액이 10% 이상 상승하는 경우 매수인에게 일방적으로 해제할 권리가 있는지 여부에 관하여 의문이 없는 것은 아니나, 매수인이 요청하면 위 협약은 해제될 것으로 보이고, 이러한 사유로 해제되는 경우 원고로서는 위약금 귀속 없이 선수금 및 이에 대한 법정이자를 가산하여 반환해 줄 의무가 있다고 할 것이다(더구나 원고 스스로도 이러한 경우 협약을 해제하고 위약금 귀속 없이 선수금 및 이에 대한 법정이자를 가산하여 반환하고 있다고 한다.). 
 이러한 사실관계에 비추어 보면, 대한주택공사와 우미건설 등 다른 회사 사이의 위와 같은 거래조건의 차이가 “특정사업자를 '현저하게' 유리하거나 불리하게 하는 행위”에 해당한다고 보기 어려울 뿐 아니라, 원고의 주장과 같이 대한주택공사가 위 정형화된 선수협약서 조항의 수정을 요청하여 위와 같이 거래조건이 달라진 것이라면 시장경제체제 하에서는 원칙적으로 사업자가 거래상대방, 거래조건 등을 정할 자유가 있는 점에 비추어 볼 때 부당하다고 보기도 어렵다.
 ㈑ 따라서, 이 사건 거래조건 차별행위는공정거래법 제23조 제1항 제1호 후단,제2항 및 같은법시행령 [별표1] 불공정거래행위기준 제2호 나목의 “거래조건차별”이라는 불공정거래행위에 해당한다고 볼 수 없다.
 ⑶ 연계판매행위
 ㈎ “끼워팔기”의 의의 및 규정취지
공정거래법 제23조 제1항 제3호 후단,제2항 및 같은법시행령 [별표1] 불공정거래행위기준 제5호 가.목의 거래강제 중 “끼워팔기”는 “거래상대방에 대하여 자기의 상품 또는 용역을 공급하면서 정상적인 거래관행에 비추어 부당하게 다른 상품 또는 용역을 자기 또는 자기가 지정하는 사업자로부터 구입하도록 하는 행위”라고 규정하고 있는데, 이는 자기의 공급하는 상품 또는 용역 중 거래상대방이 구입하고자 하는 상품 또는 용역(이하 주된 상품이라 한다.)을 상대방에게 공급하는 것과 연계하여 상대방이 구입하고자 하지 않는(또는 상대적으로 덜 필요로 하는) 상품 또는 용역(이하 종된 상품이라 한다.)을 자기 또는 자기가 지정하는 다른 사업자로부터 상대방이 구입하도록 하는 상황을 만들어내는 행위를 의미한다 할 것이다.
 이러한 “끼워팔기”는 거래상대방으로 하여금 자기가 구입하고자 하지 않는 상품의 구입을 강제함으로써 거래상대방의 선택의 자유를 침해하고, 그 결과 양질·염가의 상품을 제공함으로써 고객을 확보한다는 능률경쟁을 침해할 뿐 아니라, 종된 상품시장에서의 경쟁질서를 침해할 우려가 있으므로, 이를 방지하기 위하여 불공정거래행위의 하나로 규제하고 있는 것이다.
 ㈏ 먼저, 위 1의 나. ⑶항의 인기지구의 토지와 비인기지구의 토지를 “끼워팔기”의 주된 상품과 종된 상품으로 나눌 수 있는지 여부에 관하여 살피건대, “끼워팔기”를 불공정거래행위의 하나로 규제하는 취지에 비추어 볼 때, ① “끼워팔기”에 있어서 거래상대방이 구입하고자 하지 않는 종된 상품이란 주된 상품의 밀접불가분한 구성요소가 아닌 별개의 상품으로서 독립하여 거래의 대상이 될 수 있고, 통상적으로 주된 상품과 짝지워 하나의 단위로 판매 또는 사용되지 않는 상품이면 족하다 할 것인데, 이 사건에서 피고가 종된 상품으로 본 비인기토지(인천마전·남양주호평·평내·마석지구의 토지)는 피고가 주된 상품으로 본 인기토지(부천상동·용인신봉·동천·죽전·동백지구의 토지)와 같은 종류의 상품이기는 하나 동일한 상품이 아닌 별개의 상품으로서 독립하여 거래의 대상이 되고, 통상적으로 인기토지와 짝지워 하나의 단위로 판매 또는 사용되는 상품도 아니므로 “끼워팔기”에 있어서의 종된 상품이 될 수 있고, ② 주된 상품과 종된 상품의 구별은 거래상대방의 입장에서 구입을 원하는 상품이 어느 것인지 여부에 의하여 결정되는 것이지 당해 상품의 크기나 가격에 의하여 좌우되는 것은 아니므로, 부천상동·용인신봉·동천·죽전·동백지구와 같이 주택사업자들이 구입을 원하여 상대적으로 분양이 양호한 지구의 토지는 주된 상품으로, 인천마전·남양주호평·평내·마석지구의 토지와 같이 주택사업자들이 구입하고자 하지 않아 분양이 저조한 지구의 토지는 종된 상품으로 나눌 수 있다고 할 것이다.
 ㈐ 다음, “끼워팔기”에 해당하려면 주된 상품을 공급하는 것과 연계하여 거래상대방이 종된 상품을 구입하도록 하는 상황을 만들어내면 족하므로 반드시 주된 상품에 대하여 시장지배적 사업자일 필요는 없고, 주된 상품을 공급할 수 있는 지위에 있으면 족하다 할 것이므로 인기지구를 분양할 지위에 있는 원고 또한 이러한 사업자에 해당한다 할 것이다. 또한, 원고가 종된 상품인 비인기토지의 판매를 촉진하기 위하여 비인기토지의 매입시 주된 상품인 인기토지에 대한 매입우선권을 부여함으로써 비인기토지를 매입하지 않고서는 사실상 인기토지를 매입할 수 없게 되었으므로, 주된 상품인 인기토지를 매입하여 주택건설사업을 하고자 하는 주택사업자로서는 사실상 종된 상품인 비인기토지를 매입할 수밖에 없는 상황에 처하게 되었다 할 것이고(즉, 앞서 본 주택사업자들이 비인기토지를 매입한 것은 비인기토지의 매입에 인기토지에 대한 매입우선권을 부여한 때문이지 비인기토지만에 대한 사업적 판단에 기한 것이라고 볼 수 없다.), 따라서, 이러한 연계판매행위는 결국 “거래상대방에 대하여 자기의 주된 상품을 공급하면서 자기의 종된 상품을 구입하도록 하는 행위”에 해당한다고 볼 수밖에 없다.
 ㈑ 또한, 공공부문 택지개발사업의 40% 이상을 점하고 있는 공공기업인 원고가 위와 같은 “끼워팔기”에 해당하는 연계판매행위를 할 경우 거래상대방인 주택사업자들로서는 구입을 원하지 않는 비인기토지를 구입하지 않을 수 없게 되므로 주택사업자들의 상품선택의 자유를 침해하고, 나아가 양질·염가의 상품을 제공함으로써 고객을 확보한다는 능률경쟁을 침해할 우려도 있으므로, 이러한 행위는 결국공정거래법 제23조 제1항 제3호 후단,제2항 및 같은법시행령 [별표1] 불공정거래행위기준 제5호 가.목의 “끼워팔기”라는 불공정거래행위에 해당한다고 볼 수밖에 없고, 그것이 비록 고객 위주의 경영방침에 의한 것이었다거나 비인기토지의 판매촉진을 위한 것이었다 하여 부당하지 않다고 할 수 없으며, 이러한 판매촉진행위가 일반 상거래에서 널리 활용되고 있다고 볼 자료도 없다.
 ⑷ 간접비용 미지급행위
 ㈎ 거래상 지위에 관한 부분
공정거래법 제23조 제1항 제4호,제2항 및 이에 근거한 같은법시행령 [별표 1] 제6호에서 불공정거래행위의 한 유형으로 사업자가 “자기의 거래상의 지위를 부당하게 이용하여 상대방과 거래하는 행위”를 규정하고 있는 것은, 현실의 거래관계에서 경제력에 차이가 있는 거래주체 사이에도 상호 대등한 지위에서 공정거래법이 보장하고자 하는 공정한 거래를 할 수 있게 하기 위하여, 상대적으로 우월한 지위에 있거나 그렇지 않더라도 상대방의 거래활동에 상당한 영향을 미칠 수 있는 지위에 있는 사업자에 대하여 그 지위를 남용하여 상대방에게 거래상 불이익을 주는 행위를 금지하고자 하는 데 그 취지가 있고, 여기서 말하는 거래상의 지위라 함은 당사자 사이의 전체적인 사업능력뿐만 아니라 시장의 상황, 거래의 대상인 상품의 특성 등을 모두 고려하여 판단하여야 할 것이다(대법원 2002. 9. 27. 선고 2000두3801 판결 등 참조).
 그런데, 원고는 1999년도 택지개발공급업 및 공업용지개발공급업 품목에서 시장지배적 사업자로 지정·고시되었고, 택지개발공급 및 공업용지개발공급 등과 관련한 각종 공사 및 물품구매시장에서 대규모 수요자의 위치에 있으므로 시공업체로서는 원고와의 계속적인 거래관계 유지를 위하여 원고의 요구 또는 제시사항을 거절하기 어려운바, 이러한 사정에 비추어 보면, 원고는 시공업체에 대하여 거래활동에 상당한 영향을 미칠 수 있는 지위에 있다고 봄이 상당하다.
 ㈏ 부당성에 관한 부분
국가를당사자로하는계약에관한법률시행령 제66조에는 “공사기간 등 계약내용의 변경으로 계약금액을 조정하여야 할 필요가 있는 경우 그 변경된 내용에 따라 실비를 초과하지 않는 범위 안에서 이를 조정하도록 규정하고 있고, 원고의 공사계약 일반조건 제23조에는 위와 같은 취지의 규정 및 이러한 경우 계약금액이 증액될 때에는 계약상대자의 신청에 의거 조정하도록 규정하고 있으며, 앞서 든 각 증거와 갑제13호증의 기재와 증인 김용기의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 삼호 등 4개 시공업체가 시공하였던 위 1. 나. ⑷항 기재 각 공사의 공사기간이 위 시공업체들의 귀책사유 없이 연장되어 간접비용이 추가로 발생한 것은 사실이나, 위 시공업체들 중 삼호, 삼성물산, 삼능건설은 그 간접비용이 비교적 적은 액수에 불과하여{삼호 : 94,220,000원(총 공사금액 16,783,114,000원의 0.5%에 불과함, 삼성물산 : 27,980,000원(총 공사비 14,784,000,000원의 0.1%에 불과함, 삼능건설 : 3,626,000원(총 공사비 312,200,000원의 1.1%에 불과함)} 계약금액을 조정해 줄 것을 신청하지 아니한 것으로 보이고, 한진건설에 대하여 당초 신청한 8.3개월에 해당하는 간접비용이 아니라 7.3개월에 해당하는 간접비용만을 인정해 준 것은 실사결과 주요공정이 1999. 7. 말경 완료될 것으로 판단하였기 때문인 사실을 인정할 수 있으며, 원고가 위 시공업체들로 하여금 위와 같은 간접비용을 신청하지 못하게 하였다거나 위와 같이 삭감된 비용 또한 원고가 부담하여야 할 비용이라고 볼만한 자료는 없다.
 이러한 여러 사정에 비추어 보면, ① 삼호, 삼성물산, 삼능건설의 경우 위와 같이 공사기간 연장으로 발생한 간접비용이 공사금액에 비추어 매우 적은 액수이고, 공사계약상 위와 같은 간접비용이 발생하면 시공업체들의 신청에 의하여 계약금액을 조정하도록 되어 있음에도 시공업체들이 위와 같은 이유로 계약금액 조정을 신청하지도 아니하였으며, 원고가 이러한 신청을 못하게 한 것도 아니고, ② 한진건설의 경우 주요공정이 조기에 완료될 것이라는 실사결과를 근거로 신청한 간접비용 중 일부(총 152,198,000원 중 10,300,000원)를 삭감한 것에 불과하므로 위와 같이 삭감된 부분 또한 원고가 부담하여야 할 비용이고, 이를 삭감한 것이 부당한 것이라고 볼 자료도 없는 이상, 원고가 위와 같이 간접비용을 지급하지 아니한 행위가 자신의 거래상의 지위를 부당하게 이용하여 상대방에게 불이익을 준 행위에 해당한다고 볼 수 없다.
 ㈐ 따라서, 이 사건 간접비용 미지급행위는공정거래법 제23조 제1항 제4호,제2항 및 같은법시행령 [별표1] 불공정거래행위기준 제6호 라.목의 “불이익제공”이라는 불공정거래행위에 해당한다고 볼 수 없다.
 ⑸ 소결론
 ㈎ 그렇다면, 이 사건 수의계약에 의한 발주행위와 거래조건 차별행위 및 간접비용 미지급행위가 부당지원행위 또는 불공정거래행위에 해당함을 전제로 한 별지 제1, 2, 4항 기재 각 시정명령과 별지 제6항 기재 과징금 납부명령 중 위 각 행위가 부당지원행위 또는 불공정거래행위에 해당함을 전제로 한 부분은 위법하다 할 것이나, 별지 제3항 기재 시정명령과 별지 제6항 기재 과징금 납부명령 중 연계판매행위가 불공정거래행위에 해당함을 전제로 한 부분은 위법하다고 할 수 없다.
 ㈏ 그런데, 이러한 과징금 납부명령은 그 부과 여부 및 액수의 결정 등이 피고가 가지는 재량권의 범위 내에 속하는 것이므로, 과징금의 액수를 공정거래법 위반행위의 대상별로 분리하여 정한 경우에는 부당지원행위로 인정되지 아니한 행위가 위법함을 전제로 한 부분만 취소하면 될 것이나, 과징금의 액수를 위반행위의 대상별로 분리하여 정하지 아니한 경우에는 과징금 산정의 기초가 된 행위 중 일부가 위법행위로 인정되지 아니하는 경우 법원으로서는 그 전부를 취소할 수밖에 없는데, 별지 제6항 기재 과징금 납부명령은 연계판매행위에 대한 부분을 다른 행위와 분리하여 과징금을 정하고 있지 않으므로 그 전부를 취소할 수밖에 없다. 
5. 결론
 그렇다면, 이 사건 소 중 별지 제5항 기재 공표명령의 취소를 구하는 부분의 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 피고가 원고에 대하여 한 별지 제1, 2, 4항 기재 각 시정명령과 별지 제6항 기재 과징금 납부명령은 위법하므로 이를 각 취소하며, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 이동흡(재판장) 양현주 하종대