증여세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2020.01.09 / 시행일:

【원 고】 학교법인 ○○학원 (소송대리인 법무법인 (유한) 태평양 담당변호사 이동훈 외 1인)
【피 고】 중부세무서장 (소송대리인 법무법인 (유한) 광장 담당변호사 류성현 외 2인)
【변론종결】2019. 10. 10.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다. 
 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】 피고가 2016. 8. 23. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 증여세 57,626,481,717원의 부과처분을 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 ○○대학교, ○○전문대학 등을 운영하는 학교법인으로 2007. 1. 25.까지 일부가 출연재산으로 이루어진 서울 중구 △△△동(지번 14 생략) 대 3,525.1㎡ 및 그 지상의 지상23층, 지하7층의 업무시설 등 빌딩(이하 통틀어 ‘○○빌딩’이라 한다)을 수익용 기본재산으로 소유하였다. 
 나. 원고는 2007. 1. 23. 소외 8 회사에 ○○빌딩을 2,603억 원(토지 780.9억 원, 건물 1,822.1억 원)에 매도하였다. 
 다. 피고는 2014. 12. 5.경 원고에게, ‘원고가 ○○빌딩의 매각대금 2,603.7억 원(그 사용시점을 기준으로 한 금액으로 매각시점 보다 0.7억 원이 증가한 것이다) 중 1,628.47억 원을 원고의 자회사인 ○○건설 주식회사(이하 ‘○○건설’이라 한다)에게 대여함으로써 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제48조 제2항 제4호에 따라 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업에 사용하지 아니하였다‘고 보아 그 금액의 90%에 해당하는 금액을 증여세 과세가액으로 산정하여 2007년 증여분 증여세 73,884,681,100원 등을 과세예고통지하였다. 
 라. 원고가 2015. 1. 7. 피고의 위 과세예고통지에 대하여 과세전적부심사를 청구하였고, 국세청장은 2015. 6. 9. ‘출연받은 재산의 매각대금과 차입금 및 임대보증금으로 취득한 재산의 매각대금을 재조사하여 그 결과에 따라 출연받은 재산의 매각대금 중 공익목적사업의 사용금액 산정부분을 재조사하라’는 결정을 하였다. 
 마. 피고는 2015. 11. 30. 원고에게, ○○빌딩의 매각대금 2,603.7억 원(사용 당시 기준)을 당초 취득가액의 원천에 따라 출연재산분과 비출연재산분의 비율로 안분한 후 비출연재산분에 해당하는 1,304.74억 원은 과세대상에서 제외하되, 아래 〈표 1〉 기재와 같이 각 매각대금의 재원별 사용내역에 따른 출연재산분 매각대금 1,298.96억 원 중 원고가 ○○건설에 대여함으로써 공익목적사업 외로 사용된 금액이 124,896,107,752원인 것으로 보아 그 금액의 90%에 해당하는 112,406,496,977원에 ○○빌딩 외 양주시 소재 토지 등 다른 출연재산 매각대금 중 공익목적사업 외 사용금액의 90%에 해당하는 3,766,466,457원을 합한 116,172,963,434원을 증여세 과세가액으로 산정하여 2007년 증여분 증여세 57,626,481,717원을 과세예고통지하였다. 
〈표 1〉?(단위: 백만 원)사용내역주3)계비출연재산분 매각대금출연재산분 매각대금목적 외 사용(①)증여세과세가액(① × 90%)① ▷▷대, ○○대 등 교비5,000?5,000??② ○○건설에게 대여한 우리은행(임차인) 보증금의 상환10,4805,2525,2285,2284,705③ ○○건설에게 대여한 외환은행 대출금의 상환40,39220,24120,15120,15118,136④ ○○건설에게 대여111,97412,45899,51699,51689,564⑤ ○○빌딩과 직접 관련된 보증금 및 차입금의 상환92,52392,523???합계260,369130,474129,896124,896112,405
 바. 원고는 2015. 12. 31. 피고의 위 과세예고통지에 대하여 다시 과세전적부심사를 청구하였으나, 국세청장은 2016. 8. 1. 원고의 위 청구를 불채택하는 결정을 하였고, 피고는 2016. 8. 23. 원고에게 위 과세예고통지와 같이 2007년 귀속 증여세 57,626,481,717원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 11. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 7. 10. 원고의 위 청구를 기각하였다. 
 [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제11호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 1) 공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 증여세 과세가액 불산입제도는 변칙적인 재산출연행위를 방지하기 위한 것으로, 이와 같은 입법취지와 실질과세원칙에 비추어 출연받은 재산의 매각대금이 실질적으로 출연목적에 적합하게 사용되고 있다면 이를 증여세 부과대상으로 보아서는 아니 된다. 
구 상속세 및 증여세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제38조 제4항의 ‘직접 공익목적사업에 사용’이라는 법문의 구조, 이에 대한 과세당국의 입장과 기존 판례 등에 따르면, 출연재산의 매각대금을 직접 공익목적사업에 사용하였는지 여부는 매각대금의 사용목적 및 용도의 직접성을 기준으로 평가하여야 하고, 단순히 사용·소비하는 행위의 직접성을 기준으로 판단할 수 없다. 
 2) 원고가 ○○빌딩 매각대금 2,603억 원에서 현금으로 수령한 1,116억 원 중 교비예금의 대체담보를 위해 사용된 769억 원(이하 ‘이 사건 대체담보 사용금’이라 한다)과 그 나머지 347억 원(이하 ‘이 사건 제1사용금’이라 한다) 및 위 매각대금 중 소외 8 회사가 직접 원고의 외환은행 대출금을 변제하기로 정산한 404억 원(이하 ‘이 사건 제2사용금’이라 하고, 이 사건 제1사용금과 합하여 ‘이 사건 각 사용금’이라 한다)은 아래 〈표 2〉 기재와 같이 모두 원고 고유의 공익목적사업인 교비 및 수익사업용 재산을 취득하기 위하여 각 사용되었다. 
〈표 2〉구분이 사건 대체담보 사용금이 사건 각 사용금이 사건 제1사용금이 사건 제2사용금금액약 769억 원약 347억 원약 404억 원수령 형태매각대금 중 현금 수령 약 1,116억 원주5)소외 8 회사가 외환은행에 직접 지급하는 것으로 정산주6)원고 주장 사용처교비예금 담보해지 비용수익사업(▲▲하임사업) 관련 자산 취득 비용(제①차용금)(제②차용금)총 합계 금액 약 1,520억 원
 가) ○○건설은 2004년부터 2007년까지 학교법인 ○○학원새마을금고(이하 ‘○○새마을금고’라 한다)에 예치되어 있는 ○○대학교 등의 교비예금을 담보로 669억 원을 차용하였는데, 이 사건 대체담보 사용금은 위 교비예금에 대한 담보권 실행을 방지하기 위하여 대체담보로 제공되었다가 ○○건설 및 ○○병원이 각자 차입금을 변제하지 못하자 위 교비예금 대신 각 담보실행되었다. 원고는 이 사건 대체담보 사용금을 통하여 자신의 교비예금에 설정된 담보권을 해제할 수 있었고, 나아가 769억 원의 교비를 집행할 수 있게 되었다. 결국 이 사건 대체담보 사용금은 실질적으로 교비로 사용된 것이다. 
 나) 원고가 공동사업시행자로서 소유관리처분권의 귀속주체인 ‘▲▲하임’이라는 노인복지주택 건축·분양 사업(이하 ‘▲▲하임사업’이라 하고, 위 사업으로 신축한 노인복지주택 및 그 부속 토지를 통틀어 ‘▲▲하임’이라 한다)을 위하여 ○○빌딩을 담보로 ① ○○건설이 2005. 8. 29. 우리은행으로부터 600억 원(이하 ‘제①차용금’이라 한다)을, ② 원고가 2006. 12. 29. 외환은행으로부터 400억 원(이하 ‘제②차용금’이라 한다)을 각 차용하였는데, 이 사건 제1사용금은 제①차용금의 잔액 상환을 위해 사용되었고, 이 사건 제2사용금은 ○○빌딩 매각 당시 소외 8 회사가 직접 외환은행에 제②차용금을 상환하도록 정산합의함으로써 정상 변제되었다. 
 이후 원고는 2007. 10.경 사업시행자의 지위에서 ▲▲하임 등 ○○건설과 공동으로 수행하던 ▲▲하임사업 관련 자산 전부를 양도대금 약 431.5억 원으로 정하여 양수하였는데, 당시 양도대금은 이 사건 각 사용금을 반영하여 산정되었는바, 결국 이 사건 각 사용금은 모두 원고 자신의 수익사업용 재산인 ▲▲하임사업 관련 자산을 취득하는데 사용된 것이다. 
 다) 따라서 원고는 ○○빌딩의 매각대금에서 출연재산분에 해당하는 1,298.96억 원 중 ○○건설에게 대여한 임대차보증금의 상환을 위해 사용된 금액(〈표 1〉의 ②에 해당하는 금액이다)을 포함하여 약 108억 원을 ○○빌딩의 출연재산분(49.89%)과 비출연재산분(50.11%)의 비율에 따라 안분하여 산정한 약 54억 원을 제외한 나머지는 모두 공익목적사업에 사용함으로써 매각대금의 90% 이상을 직접 공익목적사업에 사용하였다고 할 것인바, 이 사건 처분은 구 상증세법 제48조 제2항 제4호의 과세요건을 갖추지 못하여 위법하다. 
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
다. 인정사실
1) 원고 등의 지위
 가) 원고는 순수한 복음주의 기독교 정신과 대한민국의 교육 이념에 입각하여 고등교육, 중등교육, 초등교육 및 유치원 교육을 실시할 목적 또는 그러한 교육을 실시할 각 학교를 설치·경영할 목적으로 1964. 1. 14. 설립허가를 받았다. 
 나) 소외 2는 2008. 2.경까지 원고의 이사장으로 재직하던 사람으로, 1994. 3.경까지 ○○건설의 대표이사로, 2007. 12.경까지 ○○건설의 이사 등으로 재직하면서 원고 산하의 ○○대학교, ▷▷대학교, ○○전문대학, ○○고등학교, ○○중학교, ○○초등학교, ○○전문대학부속 ○○유치원, ○○대학교 교회, ○○대학교 배움의 교회, ▷▷대학교 교회, ○○새마을금고, 사회복지법인 ○○원, 의료법인 ○○의료재단의 업무를 총괄하였고, 2008. 2.경 원고의 이사장을 사직한 후에도 계속해서 원고와 ○○건설의 재무현안 및 인사 등 주요 경영업무를 최종 결정·집행하였다. 
2) ▲▲하임사업의 부진 등으로 인한 ○○건설의 부실화
 가) 소외 2는 1997년 IMF 외환위기 이후 자금사정이 어려워진 ○○건설을 위해 원고 산하 학교들의 교비를 ○○새마을금고에 담보제공하고 대출을 받아 이를 ○○건설의 운영자금으로 사용하여 왔다. 
 나) 원고는 2003년 초경 ○○대학교의 교육용 기본재산에 속한 토지인 용인시 처인구 (지번 16 생략 내지 지번 19 생략) 등 4필지의 토지 59,700㎡를 수익용 기본재산으로 변경하여 ○○건설에 매각한 후, ○○건설로 하여금 위 토지에 ▲▲하임사업을 하게 하였다. 
 다) 그러나 ▲▲하임의 분양이 극도로 저조하여 금융기관들이 대출금을 회수하는 방향으로 나아가면서 ○○건설의 자금 사정은 더욱 어려워졌고, 이에 ○○건설의 2006년도 당기 순이익이 (-)1,104.11억 원으로 적자가 크게 발생하였을 뿐만 아니라 순자산은 (-)457.3억 원에 이르러 대규모 자본 잠식 상태에 이를 정도로 부실화되었으며, 차입금은 2,717.7억 원으로 증가하였고, 소외 2의 ○○건설 차입금에 대한 개인 연대보증 금액도 1,519.84억 원에 이르게 되었다. 
 라) 그 후 ○○건설은 2007. 3. 19. ○○건설 명의로 발행한 어음 20억 원을 결제하지 못하여 1차 부도를, 2007. 4. 27. ○○건설 명의로 발행한 어음 255억 원을 결제하지 못하여 다시 1차 부도를 내기도 하였는바, 이후 자력으로 흑자 전환이 불가능한 상태로서 자체적인 지급능력을 완전히 상실하였고, 금융기관으로부터 추가 자금 대출도 받을 수 없는 상태에 이르렀으며, 부채를 변제할 능력이 없는 상황에 이르러 조만간 부도가 날 것이 명백하였다.
3) ○○빌딩 매각 전 ○○건설에 대한 자금 지원 등 경위
 가) 원고는 2006. 6. 22. ○○빌딩 임차인인 우리은행과 사이의 임대차계약을 월세에서 전세로 변경한 후 우리은행으로부터 전세보증금 60억 원을 지급받아 이를 아무런 담보 없이 같은 날 ○○건설에 대여하였고, 2006. 11. 16. 우리은행과 사이에 임대차계약을 다시 변경하여 지급받은 전세보증금 증액분 44.8억 원 역시 같은 날 아무런 담보 없이 ○○건설에게 대여하였다.
 나) 원고는 2006. 12. 29. 교육인적자원부로부터 ‘○○빌딩에 대한 기채 및 담보제공 허가’를 받은 다음, 같은 날 외환은행에 ○○빌딩을 담보로 제②차용금에 해당하는 400억 원을 대출받아, 그중 110억 원을 같은 날 아무런 담보도 없이 ○○건설의 채무 변제에 사용하도록 ○○건설에 대여하였고, 나머지 금액으로는 부채 변제자금을 마련하기 위한 ○○건설의 유상증자에 참여하여 같은 날 200억 원을 보통주 4,000,000주에 대한 인수대금으로, 2007. 1. 4. 나머지 90억 원을 우선상환주 450,000주의 인수대금으로 각 사용하였다. 
4) ○○빌딩 매각 및 매수대금 정산 등 경위
 가) 원고는 2006. 6. 14. 및 2006. 7. 21. 교육인적자원부에 ○○빌딩 처분허가 신청을 하여 2006. 8. 11. 교육인적자원부로부터 ‘○○빌딩을 259,240,000,000원 이상으로 매각하되 매각대금 중 89,974,956,200원은 임대보증금 및 차입금 상환자금으로 사용하고, 나머지 169,265,043,800원 이상은 대체 수익용 기본재산 취득자금으로 사용한다’는 조건으로 ○○빌딩 처분허가를 받았다.
 나) 원고는 2007. 1. 23. 소외 8 회사에 ○○빌딩을 매도하면서 매각대금에서 아래 〈표 3〉 기재와 같이 공제 또는 정산하거나 소외 8 회사가 원고의 대출금 상환을 위해 해당 대출금 계좌로 송금하고 남은 현금 111,582,143,383원을 송금받았다. 
〈표 3〉항목금액(원)비고목적 외 사용 다툼 여부매매대금260,300,000,000부가가치세 별도-공제금기존 임대보증금78,411,030,000〈표 1〉의 ② 금액 및 ⑤ 금액 일부×매도인 임대차보증금4,845,000,000〈표 1〉의 ⑤ 금액 일부(원고의 사무실 사용을 위한 임대차계약 신규체결)×정산금비용 및 수익477,152,755원고가 미지급한 공과금 등×대출금 상환우리은행16,534,075,506〈표 1〉의 ⑤ 금액 일부×외환은행48,450,598,356〈표 1〉의 ③ 금액(이 사건 제2사용금)주11) 및 ⑤ 금액 일부△현금 송금111,582,143,383〈표 1〉의 ④에 해당하는 금액(이 사건 대체담보 사용금, 이 사건 제1사용금)주12)○
 다) 원고가 위와 같이 현금으로 송금받은 ○○빌딩 매각대금 111,582,143,383원은 2007. 1. 26.경부터 2007. 6. 18.경까지 사이에 모두 아무런 담보 없이 ○○건설에게 대여 형식으로 송금되거나 ○○건설의 대출금 상환을 위해 사용되었다. 
5) ▲▲하임사업의 자산 양수도
 가) 원고는 2007. 10.경 소외 1 회사에 ○○건설을 매각하는 M＆A 계약을 체결하였는데, 당시 소외 1 회사는 수익성을 이유로 ▲▲하임 등 ▲▲하임사업 관련 자산의 인수를 포기하였다. 
 나) 이에 원고는 2007. 10.경 ○○건설과 사이에 ▲▲하임 등 ▲▲하임사업 관련 자산 전부를 원고가 양수하기로 하는 자산양수도계약(이하 ‘이 사건 양수도계약’이라 한다)을 체결하였는데(갑 제21호증), 당시 위 계약의 내용은 ○○건설의 ▲▲하임사업 관련 자산 전부를 90,853,824,421원으로 평가하되, 원고가 인수하는 ○○건설의 PF 대출금 22,000,000,000원 등 관련 부채 47,708,353,250원을 뺀 43,145,471,171원을 매매금액으로 산정한 다음, 원고가 ○○건설에 대하여 가지는 채권 중 18,245,471,171원을 위 매매금액과 대등액에서 상계처리하고 남은 나머지 24,900,000,000원을 원고가 소외 1 회사에게 지불하는 것으로 이루어져 있다. 
6) 소외 2에 대한 형사 처벌
 가) 소외 2는 2011. 5. 20. ‘원고 및 원고 산하 학교들에 대한 경영권 상실 및 연대보증채무 채무를 함께 부담하는 ○○건설의 부도를 막기 위하여 원고의 교육용 기본재산을 매각하고 그 매각대금을 회수가능성이 없는 ○○건설에 대한 대여 명목으로 처분함으로써 횡령하였다’는 등의 혐의로 기소되었는데, 당시 공소사실에는 소외 2가 업무상 임무에 위배하여 원고 명의로, 우리은행으로부터 2006. 6. 22. 및 2006. 11. 16. 보증금 합계 104.8억 원을 교부받거나 외환은행으로부터 2006. 12. 29. ○○빌딩을 담보로 제②차용금 400억 원을 대출받거나 소외 8 회사로부터 2007. 1. 25. ○○빌딩 매각대금으로 현금 111,582,143,383원을 송금받은 후 이를 각각 담보나 손해보전 방안을 확보하지 아니한 채 ○○건설의 채무 변제에 사용하도록 ○○건설에게 대여함으로써 피해자인 원고에게 재산상 손해를 가하였다는 배임의 범죄사실이 포함되었다. 
 나) 서울중앙지방법원은 2011. 11. 18. 위 소외 2에 대한 혐의 대부분을 인정하여 징역 7년의 유죄판결을 선고하였고(2011고합476호), 이에 소외 2와 검사가 항소하였는데, 항소심인 서울고등법원은 2012. 2. 15. 검사의 항소를 받아들여 소외 2에 대한 위 1심 판결을 파기하고 공소사실 모두를 유죄로 보아 징역 7년을 선고하였다(2011노3437호). 이에 소외 2가 상고하였으나, 대법원이 2012. 7. 26. 소외 2의 위 상고를 기각하면서 같은 날 위 판결(이하 ‘관련 확정판결’이라 한다)이 그대로 확정되었다(2012도3261호).
 [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5, 10, 11, 12, 17, 21, 22호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
라. 판단
1) 쟁점의 정리
 이 사건 처분의 총 과세표준액 116,172,963,434원에는 양주시 소재 토지 등 ○○빌딩 외에 공익목적사업 외 사용이 인정된 원고의 다른 출연재산의 매각대금에서 비롯된 과세가액 3,766,466,457원이 포함되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같다. 
 그런데 원고는 심판청구 단계는 물론 이 사건 소에 이르기까지 이 사건 처분의 취소를 구하면서도 그 일부를 이루는 위 다른 출연재산의 매각대금 부분에 대하여는 어떠한 위법사유도 주장·입증을 하지 아니하고 있는바, 이 사건 처분 중 위 다른 출연재산의 매각대금에서 비롯된 1,423,233,229원 부분에 대한 원고의 청구는 이유 없다. 이하 이 사건 처분의 나머지 과세부분인 56,203,248,488원(= 57,626,481,717원 - 1,423,233,229원) 증여세 과세처분의 위법 여부에 한하여 본다. 
2) 관련 법리
구 상증세법 제48조 제1항 본문은 "공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다."고 규정하고 있으나, 같은 조 제2항 제4호는 "재산을 출연받은 공익법인등이 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업 외에 사용한 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다."고 규정하고 있고, 이에 구 상증세법 시행령 제38조 제4항은 "위와 같이 증여세가 부과되는 공익목적사업 외에 사용한 경우라 함은 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다."고 규정하고 있다.
구 상증세법 제48조가 규정한 공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 증여세 과세가액 불산입제도의 입법 취지는 공익사업을 앞세우고 변칙적인 재산출연행위를 하여 탈세나 부의 증식수단으로 악용하는 것을 방지하기 위하여 공익법인 등에 출연된 재산에 대하여는 공익법인 등이 해당 재산이나 그 운용소득을 출연목적에 사용할 것을 조건으로 증여세 과세가액에 정책적으로 산입하지 아니하는 데 있다. 그리고 구 상증세법 제48조 제2항 제1호 단서는 위와 같은 입법 취지를 관철하기 위하여 과세관청이 그 조건의 이행 여부를 사후관리할 수 있도록 공익법인 등으로 하여금 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지 관할 세무서장에게 부득이한 사유를 보고하게 하고 있다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두12580 판결 참조). 
 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조). 
3) ‘직접 공익목적사업에 사용’하였는지 여부의 판단기준
구 상증세법 제48조 제1항, 구 상증세법 시행령 제38조 제4항에 따르면, 공익법인 등에 해당하는 원고로서는 그 매각대금에 대하여 증여세가 부과되지 않도록 출연받은 재산인 ○○빌딩의 매각대금을 3년 내에 직접 공익목적사업에 사용하거나 그 매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하여야 한다.
 그런데 구 상증세법 시행령 제38조 제4항 중 ‘직접 공익목적사업에 사용’(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)하였는지 여부의 판단기준에 관하여 원고와 피고 사이에 다툼이 있으므로 이에 관하여 먼저 본다. 
 살피건대, 구 상증세법 및 그 시행령은 ‘직접 공익목적사업 사용’의 범위 및 판단기준에 관하여는 아무런 규정을 둔 바 없으나, 앞서 본 법령의 문언과 취지 및 비과세 특례에 관한 유사한 법령에 대한 기존 대법원 판례의 해석 등에 비추어, 구 상증세법 제38조 제4항의 ‘직접 공익목적사업에 사용’한다 함은 현실적으로 당해 매각대금의 사용용도가 그 공익법인 등의 공익목적사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 단지 공익목적사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 경우까지 포함된다고 볼 수 없으며, 그 사용의 범위는 당해 공익법인 등의 사업목적과 매각대금의 사용목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다고 할 것이다. 
 이에 대하여 원고는 이 사건 조항의 ‘직접’이 ‘공익목적사업’만을 수식할 뿐 ‘사용’을 수식하는 것은 아니라고 주장한다. 그러나 ‘직접’의 사전적 의미는 ① 명사로서 ‘중간에 제삼자나 매개물이 없이 바로 연결되는 관계’를 뜻하거나 ② 부사로서 ‘중간에 아무것도 개재시키지 아니하고 바로’를 뜻하는데, 명사에 해당하는 ‘직접’이 같은 명사인 ‘공익목적사업’을 수식한다고 보는 것은 어법상 자연스럽지 아니할 뿐만 아니라, 공익목적사업이란 개념적으로 상호 연결이나 관계를 전제하는 용어가 아니어서 위와 같은 명사인 ‘직접’의 뜻과 어울리지 아니한다. 결국 이 사건 조항에서의 ‘직접’은 동사와 형용사 또는 다른 부사 및 문장 전체를 수식하는 부사에 해당한다고 보아야 하고, 따라서 이 사건 조항의 ‘직접’은 같은 문장에 위치하는 동사인 ‘사용’을 수식한다고 볼 수밖에 없다. 만약 이와 달리 이 사건 조항의 ‘직접’이 ‘사용’을 수식하지는 않는다고 해석할 경우 ‘직접 공익목적사업’에 해당하지 아니하는 ‘간접 공익목적사업’이란 무엇인지, 단순히 ‘공익목적사업에 사용’한 경우라 규정하지 아니하고 ‘직접 공익목적사업에 사용’한 경우로 규정한 이유가 무엇인지 등을 알 수 없게 되는 문제점이 있다. 이 사건 조항의 해석에 관한 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 
4) 이 사건 대체담보 사용금 및 이 사건 각 사용금의 직접 공익목적사업 사용 여부
 가) 앞서 본 바와 같은 이 사건 조항의 판단기준에 따를 경우, 이 사건 대체담보 사용금 및 이 사건 각 사용금이 원고의 공익목적사업에 직접 사용되었는지 여부를 판단함에 있어 위 각 사용금의 사용행위가 가져오는 간접적인 영향이나 그 사용 이후 다른 제3자에 의하여 우연히 이루어진 행위의 결과까지 고려하는 것은 타당하다고 볼 수 없고, 해당 사용행위 이후 별도로 이루어진 법률행위(상환, 정산 등)를 이유로 추후에 직접 사용 여부를 판단함도 타당하다고 볼 수 없다. 결국 이 사건 대체담보 사용금 및 이 사건 각 사용금은 그 실제의 사용관계가 ○○건설에게 대여되었거나 ○○건설을 위한 원고의 기존 대출금의 상환으로 사용된 것이어서 현실적으로 원고의 공익목적사업 그 자체에 직접 사용되지 아니하였음이 분명하다고 할 것이다. 
 나) 나아가 앞서 든 각 증거들과 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 실질적으로나마 이 사건 대체담보 사용금 및 이 사건 각 사용금을 원고의 공익목적사업을 위하여 사용하였거나 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산의 취득을 위하여 사용하였다고 볼 수도 없다. 
 (1) 소외 2가 자금사정이 어려워진 ○○건설을 위하여 원고 산하 학교들의 교비예금을 ○○새마을금고에 담보제공하고 그 대출금을 ○○건설의 운영자금으로 사용한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 결국 이 사건 대체담보 사용금이 위 교비예금의 담보해지 비용으로 사용되었다는 원고의 주장을 인정한다 하더라도, 위와 같이 부당하게 공익목적사업으로 사용되지 아니한 교비예금을 대신한 이 사건 대체담보 사용금의 사용이 공익목적사업을 위한 것으로 볼 수는 없다. 
 결과적으로 교비예금에 대한 담보실행을 막게 되었으니 공익목적사업에 사용된 것으로 인정하여야 한다는 원고의 이 부분 주장을 따를 경우, 일단 공익목적사업을 위해 마련된 교비예금 등 자금을 어떠한 용도로든 담보제공하거나 사용·소비하기만 하면 이를 대체하기 위한 사용금은 무조건 공익목적사업을 위한 것으로 보아야 한다는 부당한 결론에 이르게 된다. 
 (2) ○○건설이 1997년경 이후 계속해서 자금사정이 좋지 않았고, 2006년경에 이르러는 대규모 적자와 순자산이 (-)457억 원에 이르는 대규모 자본 잠식 상태였음은 앞서 본 바와 같은바, ○○건설이 2005. 8. 29. ○○빌딩을 담보로 우리은행으로부터 차용한 제①차용금이 모두 온전하게 ▲▲하임사업을 위해 사용되었다고 보기도 어렵다. 따라서 이 사건 제1사용금이 제①차용금의 상환을 위해 사용되었다는 원고의 주장을 받아들인다 하더라도, 이를 ▲▲하임사업 또는 공익목적사업에 사용된 것이라 볼 수 없다. 
 더구나 갑 제12, 17, 20호증의 각 기재만으로는 제①차용금의 상환이 이 사건 제1사용금으로 이루어진 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 원고가 이 사건 제1사용금을 ○○건설에게 대여 또는 제공할 당시 그 반대급부로 제①차용금의 상환을 조건으로 삼았다고 볼 증거도 없다. 심지어 원고가 이 사건 제1사용금을 ○○건설에게 대여 또는 제공한 2007년경에는 ○○건설이 조만간 부도가 날 것이 명백한 상태였는바, 원고가 이러한 부도 직전의 회사에게 아무런 담보도 없이 대여 또는 제공한 자금을 공익목적사업에 사용하였다고 평가하기는 더더욱 어렵다. 
 (3) 이 사건 제2사용금이 소외 8 회사에 의해 제②차용금의 상환을 위해 사용된 사실은 인정된다. 그러나 원고가 2006. 12. 29. 외환은행으로부터 빌린 제②차용금 중 110억 원은 ○○건설의 채무 변제에 사용하도록 ○○건설에 대여하였고, 나머지 290억 원은 ○○건설의 유상증자에 참여하여 신주 인수대금으로 각 사용한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 제②차용금 자체가 ▲▲하임사업이나 원고의 공익목적사업을 위하여 사용되었다고 볼 수 없으므로, 이를 상환하는 데에 사용된 이 사건 제2사용금 역시 위 ▲▲하임사업 등을 위해 사용된 것으로 볼 수 없다. 
 (4) 원고는 이 사건 각 사용금을 반영하여 산정된 양도대금으로 이 사건 양수도계약이 체결됨으로써 결론적으로 이 사건 각 사용금은 원고의 ▲▲하임 등 수익사업용 자산을 취득하는 데 사용된 것이라고 주장한다. 그러나 이 사건 양수도계약 체결 당시 원고의 ○○건설에 대한 채권이 이 사건 각 사용금의 합계액인 751억 원에 한참 미치지 못하는 약 182억 원으로 정산된 사실은 앞서 본 바와 같고, 달리 이 사건 각 사용금이 이 사건 양수도계약의 양도대금에 반영된 사실을 인정할 증거는 없다[오히려 제①차용금 또는 제②차용금은 이 사건 양수도계약서(갑 제21호증)의 정산 내역 어디에도 포함되어 있지 아니하다]. 
 한편 원고가 스스로 대체 수익용 기본재산의 취득 보고를 위해 작성한 감정평가서(갑 제23호증)의 기재만으로 ▲▲하임의 가치가 1,468억 원에 이른다고 볼 수도 없다. 오히려 앞서 본 ○○건설의 재정 상황을 비롯하여 관련 형사판결에서 인정된 소외 2가 원고를 상대로 입힌 피해금액의 규모가 약 2,500억 원으로 거액인 점, 원고가 이 사건 양수도계약으로 ○○건설로부터 ▲▲하임사업 관련 자산을 인수하면서 약 477억 원에 이르는 거액의 부채를 인수하였고, ○○건설을 인수하는 소외 1 회사에게 매각대금으로 249억 원까지 지급한 점, 관련 형사절차에서 소외 2 스스로 위 감정가 1,468억 원에서 분양대금 사용분 256억 원, 임대보증금 341억 원, 미지급금 249억 원을 제외하면 ▲▲하임의 순자산가치를 622억 원으로 평가할 수 있다고 주장한 바가 있는 점(을 제4호증의 1, 36쪽 참조) 등을 감안하면, 원고가 부실기업을 정리하며 거액의 비용을 지급하고 인수한 ▲▲하임 등 관련 자산의 가치에 이 사건 각 사용금 상당액이 온전히 포함되어 있다고 볼 수는 없다. 
 (5) 원고는 관할관청인 교육인적자원부가 2008. 8. 14. ▲▲하임사업에 대한 허가 및 2010. 9.경 감사를 통해 ○○빌딩 매각대금이 원고의 수입사업용 재산인 ▲▲하임사업 관련 자산을 대체 취득하는데 사용된 사실을 인정하였다고 주장한다. 그러나 원고의 위 주장을 인정할 증거는 없고, 오히려 을 제4호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 관련 확정판결의 이유에서 인정된 바와 같이 소외 2가 원고의 수익용 기본재산인 ○○빌딩 매각자금을 부도 위기에 처한 ○○건설에게 대여할 목적이었음에도 그 사실을 숨기고 ○○빌딩을 대체할 수익용 기본재산을 취득한다는 허위의 명목으로 2006. 6. 14. 및 2006. 7. 21. 교육인적자원부에 ○○빌딩 처분허가 신청을 하여 2006. 8. 11. 교육인적자원부로부터 ○○빌딩 처분허가를 받은 사실이 인정될 뿐이다.
 다) 따라서 원고의 주장은 어느모로 보나 받아들일 수 없다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 박양준(재판장) 박종환 추진석