손실보상금 (일반행정, 광주지방법원)
공포일: 2010.10.21 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 대한민국
【변론종결】2010. 9. 16.
【주 문】
1. 피고는 원고에게 1,133,289,600원 및 이에 대하여 2008. 6. 30.부터 2010. 10. 21.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 1/15은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】피고는 원고에게 1,202,024,790원 및 이에 대하여 2008. 6. 30.부터 이 사건 판결 선고일까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.
【이 유】1. 기초사실
 가. 원고는 전남 진도군 임회면 남동리(지번 1 생략),(지번 2 생략) 지상에 육상수조식 종묘생산시설(이하 ‘이 사건 시설’이라 한다)을 설치하여 어패류를 생산하는 어민으로서, 1994. 1. 17. 진도군수로부터 같은 날부터 1999. 1. 16.까지 5년간 육상수조식 수산종묘생산어업허가를 받았고, 1996. 12. 31.부터 육상수조식 종묘생산업이 신고제로 전환됨에 따라 1999. 8. 17. 진도군 임회면장으로부터 같은 날부터 2004. 8. 16.까지 5년간 다음과 같은 내용의 육상수조식 종묘생산어업 신고필증을 교부받았다(이러한 원고의 어업권을 이하 ‘이 사건 신고어업권’이라 한다).
다 음
1. 어업의 종류 : 육상수조식 종묘생산어업
2. 어업의 종류 및 규모 : 어류 양식 / 부지 - 3,699㎡, 시설 - 613㎡(사육 및 부화조 349.76㎡, 배수침전조 : 20㎡, 기타 부대시설 : 100㎡, 양수기 2대, 발전기 1대, 보일러 3대, 현미경 외 4종)
3. 어업의 방법 : 육상수조식 양식어업
4. 조업구역 또는 시설의 위치 : 전남 진도군 임회면 남동리(지번 1 생략),(지번 2 생략)
5. 포획, 채취물 또는 양식물(생산종묘)의 종류 : 어·패류(넙치, 조피볼락, 전복)
6. 어업의 시기 : 매년 1. 1.부터 12. 31.까지
 나. 피고는 2000. 9.경 전남 진도군 임회면 연동리 일원에 ‘팽목항’을 개발하는 항만기본계획을 수립한 후, 2003. 10. 21. 목포지방해양수산청 공고 제2003-61호로 다음과 같은 내용의 항만공사실시계획을 공고(이하 ‘이 사건 실시계획 공고’라 한다)하였다.
다 음
1. 공사의 명칭 : 팽목항 건설공사(이하 '이 사건 항만사업'이라 한다)
2. 시행자 : 목포지방해양수산청장
5. 공사기간 : 2005.부터 2011.까지
 다. 피고는 2008. 3. 7. 이 사건 항만사업에 따른 보상계획 공고(이하 ‘이 사건 보상계획 공고’라 한다)를 하면서 원고가 ‘보상기준일인 2003. 10. 21.부터 현재까지 적법한 어업면허, 허가 및 신고필증을 보유하고 있는 자’에 해당하지 않는다며 보상대상자에서 제외하였다.
 라. 이에 불복한 원고가 2008. 3. 25. 한국농촌공사에 이의신청을 하였으나, 한국농촌공사는 같은 달 31. 이를 받아들이지 않았다.
 마. 한편, 피고는 원고를 무면허·무허가 양식어업자로 보고 2008. 9. 22.경 원고에게 285,865,990원(= 시설물 보상비 217,130,800원 + 생물이전비 68,735,190원)을 보상하기로 하였고, 이에 따라 보상수탁기관으로 지정된 한국농촌공사에서 2008. 10. 2. 원고를 피공탁자로 하여 원고의 전부채무액 105,523,287원을 제외한 180,342,703원(= 285,865,990원 - 105,523,287원)을 광주지방법원 해남지원에 공탁하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2, 3, 18호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 갑 제8호증의 1, 2, 3, 을 제2, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 주장 및 판단
 가. 당사자의 주장
 ⑴ 원고의 주장
 이 사건 항만사업의 시행으로 인하여 이 사건 시설에서 더 이상 종묘배양 및 어패류 양식을 할 수 없게 되면서 원고에게 막대한 손실이 발생하였고, 또한 이 사건 실시계획 공고 당시 이 사건 시설의 신고필증이 있던 원고는 피고와 체결한 2006. 1. 31.자 약정서의 효력이나 관련 법령에 의하여 보상대상자에 해당함이 명백하므로, 피고는 원고에게 정당하게 산정된 손실보상금을 지급할 의무가 있다.
 ⑵ 피고의 주장
 설사 이 사건 항만사업의 시행으로 인해 원고에게 손실이 발생하고, 이 사건 실시계획 공고 당시 원고가 이 사건 신고어업권자에 해당하였다고 하더라도, 원고의 포기 또는 과실로 인해 이 사건 신고어업권이 연장되지 않은 것이어서 원고는 이 사건 항만사업 시행 당시 무허가 어업권자에 불과하므로, 피고는 원고에게 정당한 어업권자임을 전제로 한 손실보상금을 지급할 의무가 없다.
 나. 관련 법령
 별지 관련 법령의 기재와 같다.
 다. 손실보상금의 존부
 ⑴ 인정사실
 ㈎ 이 사건 실시계획 공고 이후의 사정
 ① 이 사건 실시계획 공고 이후 2004. 11.경 ‘팽목항 건설사업에 따른 어업 피해조사 보고서’(이하 ‘이 사건 제1보고서’라 한다)가 작성되었는데, 이 사건 시설도 피해조사의 대상에 포함되었다.
 ② 한편, 이 사건 항만사업이 진행됨에 따라 해당 지역 어민들은 팽목연안항 개발사업 추진위원 9명을 선정하였는데, 위 추진위원 중 8명은 사업시행지역 내에 구성되어 있던 팽목·서망·수양·마사어촌계 별로 각 2명씩 어촌계의 대표자 자격으로 선정되었고, 원고는 육상종묘양식업자로서 개인 자격으로 선정되었다.
 피고와 어촌계 대표자(팽목·서망·수양·마사어촌계 관내 피해어업인과 기타 관련인들의 보상에 관한 모든 권한을 위임받은 대표자) 및 한국농촌공사, 진도군은 2006. 10. 31. 이 사건 항만사업에 따른 어업피해보상과 관련한 약정(이하 ‘이 사건 약정’이라 한다)을 체결하면서 어업피해의 보상기준일을 이 사건 실시계획 공고일인 2003. 10. 21.로 정하고, 보상기준일 현재 적법한 권리(면허, 허가, 신고)를 가진 어업권자를 피해보상 대상자로 정하였다.
 ③ 이 사건 약정의 내용에 따라 2007. 12.경 ‘팽목항 개발사업에 따른 어업피해조사 보고서’(이하 ‘이 사건 제2보고서’라 한다)가 작성되었는데, 이 사건 시설도 피해조사의 대상에 포함되었다.
 ④ 그런데 피고는 2008. 3. 7. 이 사건 보상계획 공고에서 보상대상을 ‘이 사건 항만사업에 따른 어업 피해영향 조사 결과 피해가 있는 지역에서 보상기준일부터 현재까지 적법한 어업면허, 허가 및 신고필증을 보유하고 있는 자’로 한정하여 원고를 보상대상에서 제외하였다.
 ㈏ 이 사건 신고어업권의 만료 및 공유수면 점·사용허가 신청
 ① 원고는 이 사건 신고어업권이 2004. 8. 16. 기간 만료된 이후 같은 해 10. 15. 진도군수에게 이 사건 시설에 대한 공유수면 점·사용허가를 신청하였으나 반려되자, 2005. 5. 26. 다시 허가신청을 하였다. 이에 진도군수가 목포지방해양항만청장(당시 목포지방해양수산청장, 이하 ‘목포항만청장’이라고만 한다)에게 협의요청을 하자, 목포항만청장은 2005. 6. 20. 진도군수에게 “이 사건 제1보고서에 의하면 해당 지역은 이 사건 항만사업에 따라 부유물질의 유입 등 정상적인 양식어업을 할 수 없는 지역이어서 신청시설물의 설치 협의가 불가능하다”는 취지의 협의회신(이하 ‘이 사건 협의회신’이라 한다)을 하였고, 이에 따라 진도군수는 또다시 위 신청을 반려하였다.
 ② 이에 원고가 이 사건 제1보고서를 작성한 여수대학교에 목포항만청장의 이 사건 협의회신의 적부에 대한 의견을 물었고, 여수대학교는 “이 사건 제1보고서에서 이 사건 시설 일대를 부유물질의 유입으로 정상적인 양식이 불가능한 지역으로 분류한 것은 진도 팽목항이 실제 개발이 되었을 때를 상정한 것이어서, 현 시점에서는 생물을 키우는 양식장으로서 아무런 문제가 없다고 판단되고, 신고 연장을 불허할 이유가 전혀 없는 것으로 판단된다”는 취지로 회신하였다.
 ③ 이후 원고는 진도군수에게 세 차례 더 공유수면 점·사용허가를 신청하였으나, 진도군수는 2006. 1. 3., 2007. 3. 8., 2007. 5. 4. 각각 이 사건 협의회신과 유사한 내용의 목포항만청장의 협의회신을 근거로 하여 위 각 신청을 반려하였다.
 ④ 한편, 진도군수는 육상종묘생산어업이 2005. 6. 23. 이전 신고어업으로 운용될 때에도 어업권자에게 구 공유수면관리법(2010. 4. 15. 법률 제10272호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다)에 따라 공유수면 점·사용허가를 받을 것을 요구하였다.
 ㈐ 이 사건 항만사업의 착공
 피고는 이 사건 보상계획 공고 후 2008. 6. 5. 동화건설 주식회사와 팽목항 건설공사 도급계약을 체결하였고, 동화건설 주식회사는 같은 달 30. 위 건설공사를 시작하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 4, 6, 7, 8, 11 내지 14, 19, 20호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 ⑵ 판단
 ㈎ 사전 손실보상의무 있는 공공사업의 시행자가 손실보상을 하지 않고 공공사업을 시행함으로써 제3자에게 실질적이고 현실적인 침해를 가한 때에는 불법행위를 구성하나, 공유수면의 어업자에게 공공사업의 시행으로 인한 손실보상 또는 손해배상을 청구할 수 있는 피해가 발생하였다고 볼 수 있으려면 그 ‘사업시행에 관한 면허 등의 고시일 및 사업시행 당시’ 적법한 면허어업자이거나 허가 또는 신고어업자로서 어업에 종사하고 있어야 하고, 위 사업시행의 면허 등 고시 이후에 비로소 어업허가를 받았거나 어업신고를 한 경우에는 이는 그 공유수면에 대한 공공사업의 시행과 이로 인한 허가 또는 신고어업의 제한이 이미 객관적으로 확정되어 있는 상태에서 그 제한을 전제로 하여 한 것으로서, 그 이전에 어업허가 또는 신고를 마친 자와는 달리 위 공공사업이 시행됨으로써 그렇지 않을 경우에 비하여 그 어업자가 얻을 수 있는 이익이 감소된다고 하더라도 손실보상의 대상이 되는 특별한 손실을 입게 되었다고 할 수 없어 이에 대하여는 손실보상 또는 손해배상을 청구할 수 없다고 할 것이고, 어업허가 또는 신고의 경우 그러한 공공사업에 의한 제한이 있는 상태에서 이루어진 것인지 여부는 당해 어업허가 또는 신고를 기준으로 하여야 하며, 그 이전에 받았으나 이미 유효기간이 만료한 어업허가 또는 신고를 기준으로 할 수 없다(대법원 2002. 2. 26. 선고 2000다72404 판결 등 참조).
 ㈏ 관련 법규를 살펴 보건대,공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘공익사업법’이라고만 한다) 제76조,공익사업법 시행규칙 제44조 제1항에 따르면, 공익사업의 시행자는 ‘공익사업의 시행으로 인하여 어업권이 제한·정지 또는 취소되거나수산업법 제16조 또는내수면어업법 제13조에 따른 어업면허의 유효기간의 연장이 허가되지 아니하는 경우’에 수산업법 시행령 규정에 따라 어업권자가 입은 손실을 보상할 의무가 있고,공익사업법 시행규칙 제44조 제4항에서는 허가어업이나 신고어업에 대한 손실의 평가에 이러한 규정을 준용하고 있다.
 그런데 손실보상청구권은 적법한 공권력의 행사로 가하여진 재산상의 특별한 희생에 대하여 전체적인 공평부담의 차원에서 이를 조절하기 위하여 행해지는 재산적인 보상이므로, 앞서 본 규정상의 ‘공익사업의 시행’ 당시 어업면허나 허가 또는 신고필증을 보유한 어업권자만이 손실보상의 대상자가 된다고 봄이 상당하다.
 한편, 여기서 ‘공익사업의 시행’이란 구체적으로 어떠한 단계를 의미하는지가 문제되는데, ① ‘사업의 시행’이라 함은 사업계획을 확정한 이후 실제 착공에 이르는 전반적인 과정을 지칭하는 것이 문언 자체의 일반적인 의미라고 보이고, ②공익사업법 시행규칙 제44조 제3항에서 별도로 ‘보상계획 공고일’이나 ‘사업인정 고시일’을 규정하여 위 각 일자 이후에 어업권 면허 등을 받은 사람에 대해서는 ‘공익사업의 시행’ 당시에 받게 되는 어업권의 제한과 무관하게 보상대상자에서 제외하고 있는 점 등을 종합하여 보면, ‘공익사업의 시행’은 단지 공익사업 실시계획의 확정·공고만을 의미하는 것이 아니라 해당 사업의 착공으로 인해 어업권자의 침해가 현실화되었을 때까지를 모두 의미한다고 봄이 상당하다.
 그러나 이러한 결론을 예외 없이 관철할 경우, 공익사업 실시계획의 확정·공고 이후 사업시행자인 국가나 지방자치단체의 고의·과실 등 책임 있는 사유로 인하여 사업 대상 수면에 위치한 어업권 면허 등을 부당하게 갱신해 주지 않은 때까지, 즉 갱신을 신청한 자의 책임 없는 사유로 인하여 갱신이 거절된 경우까지 보상 대상에서 제외되게 되는 불합리한 결과에 이르게 된다.
 따라서, ‘보상계획 공고일’ 또는 ‘사업인정고시일’과 앞서 본 ‘공익사업의 시행일’ 사이에 어업면허 등이 소멸된 경우에 일률적으로 손실보상 대상이 되지 않는다고 판단할 것이 아니라, 어업면허 등의 소멸원인이 어업권자의 책임으로 돌릴 수 없는 경우에는 여전히공익사업법 시행규칙 제44조 제1항이 적용된다고 봄이 상당하다.
 ㈐ 이 사건 항만사업에 관하여 보면,구 항만법(2005. 5. 31. 법률 제7571호로 개정되기 전의 것) 제10조,제48조 제2항의 규정에 따라 이 사건 실시계획 공고 당시 이 사건 항만사업의 사업인정·고시가 있는 것으로 보아야 하므로, 결국 이 사건 실시계획 공고 이후 이 사건 신고어업권이 소멸되어 연장되지 않은 것을 누구의 책임으로 볼 것인지가 문제된다.
 ㈑ 위 인정사실 및 관련 법령에 의하면, ① 육상종묘생산어업은 ‘공유수면으로부터 물을 끌어들이거나 공유수면으로 물을 내보내는’ 방식으로 운영되고, 공유수면을 일정한 범위 내에서 허가 없이 점·사용할 수 있는 구 수산업법(2004. 12. 31. 법률 제7314호로 개정되기 전의 것)상 면허어업에도 해당하지 아니하여구 공유수면관리법 제5조 제5호에 따라 공유수면 점·사용허가를 필요로 하며, 이는 육상종묘생산어업이 2005. 6. 23. 이전 신고어업으로 운용될 때에도 마찬가지였던 점(을 제4, 8호증의 각 기재와 진도군수가 2000. 이전에는 공유수면 점·사용허가 없이도 육상종묘생산어업에 대한 신고필증을 교부하는 관행이 있었다는 사정만으로는, 위와 같은 결론을 뒤집기에 부족하다), ② 이에 따라 원고도 이 사건 신고어업권이 만료된 이후 이를 연장하고자 먼저 진도군수에게 공유수면 점·사용허가를 신청하였으나, 피고 산하 목포항만청장이 2004. 말경 내지 2005. 6. 20.경까지는 이 사건 항만사업이 본격적으로 착공되지 않아 부유물질의 유입 등의 우려가 당장은 없었음에도 이러한 우려를 이유로 설치협의가 불가능하다는 협의회신을 한 결과, 이 사건 신고어업권이 연장되지 않은 채 부당하게 소멸되었다고 봄이 상당한 점 등을 알 수 있다.
 이러한 사정에 비추어 보면, 결국 원고가 이 사건 신고어업권을 갱신하여 이 사건 항만사업의 시행 당시까지 신고어업권자로서의 지위를 유지하지 못한 것이 원고에게 책임 있는 어떠한 사유에 기인하였다기보다는 오히려 피고의 책임이라 볼 것이고, 결국 피고가 이 사건 보상계획 공고에서 일방적으로 보상대상자의 범위를 축소하여 원고를 그 대상자에서 제외한 것은 위법하다.
 ㈒ 따라서, 나아가 이 사건 약정의 효력 범위는 살펴 볼 것도 없이, 원고는 이 사건 항만사업의 시행으로 인한 손실보상의 대상자에 해당한다고 할 것이므로, 피고는 원고에게 이 사건 항만사업의 시행에 따른 정당한 손실보상금을 지급할 의무가 있다.
 라. 손실보상금의 범위
 ⑴ 인정사실
 ㈎ 감정인소외인의 시가감정결과(이하 ‘이 사건 감정결과’라 한다)
 - 감정목적물 : 이 사건 신고어업권(다만, 이 사건 감정결과에서는 현행 법령에 따라 이를 ‘허가어업’으로 파악하고 시가감정을 하였다)의 취소에 따른 손실보상금
 - 가격시점 : 2008. 5. 31.
 - 평가기준 :공익사업법 제76조,같은 법 시행규칙 제44조,구 수산업법 시행령(2003. 11. 14. 대통령령 제18121호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제62조, [별표 4]의 규정에 따라 평년수익액{= 평년생산액(평균연간어획량 × 평균 연간판매단가) - 평년어업경비}의 3년분에 의하여 손실보상금을 산정하였다(어선, 어구 또는 시설물의 잔존가액은 원고의 요청에 따라 평가에서 제외).
 - 평균연간어획량의 산정 : 아래 〈표〉와 같이 이 사건 제2보고서의 이 사건 시설에 대한 품종별 연평균 생산량 조사 결과를 그대로 채택하였다.
〈표〉
품 종 구분(마리) 구성비(%) 연평균생산량(마리)출하크기(㎝) 판매단가(원) 넙 치 어 류(690,747) 50 345,374 10 ~ 11 650조피볼락20 138,149 7 ~ 8 400감성돔 20 138,149 7 ~ 8 400돌 돔 10 69,075 7 ~ 8 450전 복 패 류(405,254) 100405,254 5 ~ 6 920
 - 판매단가의 산정 : 조달청 수산물별 입찰가격, 한국해산종묘 전남협회 수산물별 단가, 유사 사업장의 판매단가를 고려하여 위 〈표〉와 같이 적정 판매단가를 결정
 - 평년어업경비 산정 : 관련 증빙서류 및 설문조사 등을 통하여 산정
 - 평년수익액 산정 : 400,674,930원/년(= 평년생산액 738,929,730원 - 평년어업경비 338,254,800원)
 - 손실보상금 산정 : 3년치 평년수익액인 1,202,024,790원(= 400,674,930원/년 × 3년)
 ㈏ 이 사건 제2보고서의 내용 및 이 법원의 전남대학교총장에 대한 사실조회결과(이하 ‘이 사건 사실조회결과’라 한다)
 - 이 사건 항만사업의 시행으로 인하여 이 사건 신고어업권이 취소(소멸)된다고 보아야 한다.
 - 이 사건 시설 중 원고 소유의 수조면적에 관하여 이 사건 제2보고서에는 613㎡로 기재되어 있고, 이는 조사 당시 현장 실측으로 산출한 수치이며, 원고는 이 사건 시설에서 초기 사육기간이 지나면 사육·부화조 이외의 모든 수조(613㎡)를 사용하여 어패류를 양식하였다.
 - 이 사건 시설에서는 어패류를 연간 3회 이상 위 〈표〉의 ‘출하크기’란과 같은 크기로 사육하여 출하하고 있는데, 이는 이 사건 시설의 입지와 원고의 양식기술 등에 의하여 가능하며, 조사 당시 직접 이를 확인하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7, 17호증의 각 기재, 이 사건 감정결과 및 사실조회결과, 변론 전체의 취지
 ⑵ 판단
 위 인정사실에 의하면, 이 사건 항만사업으로 인하여 이 사건 신고어업권이 소멸됨에 따라 피고가 원고에게 지급하여야 하는 정당한 보상금은 이 사건 감정결과에서 앞서 본 관련 법령에 의하여 산정한 1,202,024,790원에 이른다(신고어업의 경우에도구 수산업법 시행령 제62조, [별표 4]에 의하면, 산출기준이 허가어업과 같으므로, 이 사건 감정결과를 그대로 원용함에 어떠한 위법이 없다).
 이에 대해 피고는, 이 사건 시설의 수조면적 613㎡ 중 전남 진도군 임화면장에게 신고된 ‘사육·부화조’의 면적 349.76㎡ 이외에는 실제 종묘양식에 사용되지 않는 부분임에도 이러한 부분을 모두 포함하여 평년생산액을 산정한 이 사건 감정결과를 믿기 어렵다고 주장하나, ① 이 사건 감정결과는 감정인이 이 사건 시설을 현장실측하여 평년생산액을 산정한 것이 아니라, 이 사건 제2보고서 작성 당시의 조사자가 이 사건 시설을 현장조사하여 산출한 품종별 연평균생산량, 구성비율, 출하크기를 그대로 원용하여 계산의 기초자료로 삼은 것이고, ② 위 수조면적은 당시 조사자가 현장조사를 통하여 원고가 종묘생산에 사용하는 실제 수조면적을 실측하여 도출한 결과라 할 것이므로, 달리 위 조사결과에 어떠한 위법이 있다는 주장·입증이 없는 이상 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 또한 피고는, 이 사건 제2보고서에서 종묘생산에 있어 적정한 양식이 가능한 어패류의 크기 및 개체수를 산정하면서, 연 3회 이상 출하를 할 경우의 일반적인 사례와 현격하게 차이가 나도록 산정을 한 위법이 있다고 주장하나, 이러한 결과는 원고의 기술력 등이 반영된 현장실측 자료에 입각한 것이어서, 달리 위 조사결과에 어떠한 위법이 있다는 주장·입증이 없는 이상 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 마지막으로 피고는, 설사 이 사건 감정결과에 따라 손실보상금이 산정된다고 하더라도, 이 사건 시설이 무허가 시설임을 전제로 원고에게 이미 공탁한 보상금 액수만큼은 공제되어야 한다고 주장하므로 살피건대, 피고가 위와 같은 사유로공익사업법 시행규칙 제52조에 의하여 2008. 9. 22.경 원고의 손실보상금을 285,865,990원으로 산정한 후 한국농촌공사가 그 중 원고의 전부채무액을 제외한 나머지 금액을 공탁한 것은 앞서 본 바와 같고(위 전부채무금 부분은 전부채권자에게 직접 지급한 것으로 보인다), 위 금액 중 이 사건 신고어업권의 소멸에 따른 보상금은 생물이전비 부분인 68,735,190원에 해당하므로(나머지 ‘시설물 보상금’ 부분은 어업권 보상과 별도로 피고가 이 사건 시설을 취득함에 따라 지급한 보상금으로서 구 수산업법 시행령 [별표 4] Ⅰ. 1. 가항의 ‘어선·어구 또는 시설물의 잔존가액’에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 감정결과에 포함되어 있다고 볼 수 없다), 위 생물이전비에 해당하는 액수만큼은 결국 원고에게 이 사건 항만사업 시행에 따른 손실보상금 조로 이미 지급된 것으로 볼 것이어서, 피고의 이 부분 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다.
 마. 소결론
 따라서, 피고는 원고에게 정당하게 산정된 손실보상금 1,133,289,600원(= 이 사건 감정결과에서 산정된 보상금 1,202,024,790원 - 이미 지급한 보상금 68,735,190원) 및 이에 대하여 피고가 이 사건 항만사업을 착공함으로써 이 사건 신고어업권이 소멸된 2008. 6. 30.부터(물론 위 착공시점과 이 사건 신고어업권의 소멸시점이 차이가 날 수는 있으나, 이에 대한 피고의 아무런 주장·입증이 없다) 원고가 구하는 이 사건 판결 선고일인 2010. 10. 21.까지는 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 20%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다(이에 대해 피고는, 이 사건 신고어업권이 원고의 과실 등으로 인하여 소멸된 것이어서 지연손해금이 발생할 여지가 없다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 신고어업권은 피고의 귀책사유로 인하여 소멸된 것으로 보아야 할 것이므로, 위 주장은 이유 없다).
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김병하(재판장) 서정희 배진호