민원인 - 2014년 1월 1일 전에 법인세 감면 결정을 받은 자가 2014년 1월 1일 이후 법인지방소득세를 신고ㆍ납부하는 경우의 세액 산출 방식(법률 제12153호 「지방세법」 부칙 제15조 등 관련) (법령해석례, 법제처)
공포일: 2020.02.13 / 시행일:

2014년 1월 1일 전에 구 「조세특례제한법」(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것을 말하며, 이하 같음) 제121조의2에 따라 법인세 감면 결정1)1) 2014년 1월 1일 현재 구 「조세특례제한법」 제121조의2에 따른 법인세 감면기간(①최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지, ②그 기간이 끝난 이후 2년 이내에 끝나는 과세연도까지)이 남아있는 경우를 전제로 함.을 받은 자가 2014년 1월 1일 이후 개시된 사업연도의 법인지방소득세를 신고ㆍ납부하는 경우 개정 「지방세법」(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정된 것을 말하며, 이하 같음) 부칙 제15조에 따라 구 「지방세법」(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것을 말하며, 이하 같음) 제89조제1항을 적용하여 감면된 법인세액을 과세표준으로 하여 세액을 산출할 수 있는지?< 질의 배경 >민원인은 위 질의요지에 대한 행정안전부 회신내용에 이견이 있어 법제처에 법령해석을 요청함.

이 사안의 경우 구 「지방세법」 제89조제1항을 적용하여 감면된 법인세액을 과세표준으로 하여 세액을 산출할 수 없습니다.

구 「지방세법」 제85조제4호 및 제89조제1항에서는 지방소득세 법인세분을 「법인세법」에 따라 납부해야 하는 법인세액의 100분의 10을 표준세율로 하여 법인세의 부가세 형태로 징수하도록 규정하여 2014년 1월 1일 전에는 구 「조세특례제한법」 제121조의2에 따라 법인세 감면 결정을 받으면 감면된 법인세액을 기준으로 지방소득세 법인세분의 세액을 산출했습니다.그런데 2014년 1월 1일 「지방세법」이 법률 제12153호로 개정되면서 법인지방소득세를 법인세와 결부되지 않는 별도의 독립세 방식으로 변경하면서 법인지방소득세의 표준세율을 과세표준 구간별로 구분하여 규정(제103조의20제1항)하였는바, 개정 「지방세법」에 따르면 법인세액의 감면 여부는 법인지방소득세 산출에 영향을 미칠 수 없습니다.한편 개정 「지방세법」 부칙 제15조에서는 같은 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 하는 경과조치를 두었는데, 이는 구 「지방세법」 본칙을 개정함에 따라 필요한 과도적 조치를 담은 규정으로서 이 경우 “종전의 규정”은 문언 상 개정 대상인 구 「지방세법」의 규정을 말하는 것으로 보아야 할 것인데 구 「지방세법」에서는 지방소득세 법인세분의 감면에 대해 규정하고 있지 않았으므로 2014년 1월 1일 이후 개시된 사업연도의 법인지방소득세에 대해서는 해당 경과조치에 따라 적용할 구 「지방세법」의 규정이 없습니다.그리고 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다고 할 것2)2) 대법원 2011. 1. 27 선고 2010도1191 판결례 참조인데, 이 사안과 같이 2014년 1월 1일 전에 구 「조세특례제한법」에 따라 감면된 법인세액을 과세표준으로 하여 산출함으로써 발생된 반사적 결과에 대해서까지 계속해서 감면된 법인세액을 과세표준으로 하여 지방소득세 법인세분의 세액을 산출할 수 있도록 개정 「지방세법」 부칙 제15조를 확장해석하거나 유추해석할 수는 없습니다.한편 앞서 살펴본 것과 달리 설령 개정 「지방세법」 부칙 제15조의 경과조치가 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이어서 “종전의 규정”에는 구 「지방세법」뿐만 아니라 구 「조세특례제한법」의 규정이 모두 포함된다고 보더라도, 일반적 경과조치에 따라 개정 전 법령이 적용되기 위해서는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 할 것입니다.3)3) 대법원 2015. 10. 15. 선고 2015두36652 판결례 참조그런데 개정 「지방세법」 부칙 제2조 단서에 따라 법인지방소득세에 관한 개정규정은 그 시행일인 2014년 1월 1일 이후 최초로 과세기간(사업연도)이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용되므로, 납세의무자는 개정 「지방세법」의 시행에 따라 종전의 부가세 형태의 지방소득세 법인세분 제도가 독립세 형태의 법인지방소득세 제도로 변경되었음을 충분히 알 수 있는 상황에서 해당 사업을 수행한 것이므로 마땅히 보호해야 할 정도의 신뢰에 원인을 둔 행위로 보기 어렵다는 점에서 개정 「지방세법」 부칙 제15조의 경과조치 적용대상으로 볼 수 없습니다.<관계 법령>구 「지방세법」(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것을 말함)제85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. ∼ 3. (생 략)4. “법인세분”이란 「법인세법」에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.5. ∼ 9. (생 략)제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다.구분세율소득세분법인세분소득세액의 100분의 10법인세액의 100분의 10② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.개정 「지방세법」(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정된 것을 말함)제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.제103조의20(세율) ①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.과세표준세율2억원 이하과세표준의 1000분의 102억원 초과 200억원 이하2백만원 + (2억원을 초과하는 금액의 1000분의 20)200억원 초과3억9천8백만원 + (200억원을 초과하는 금액의 1000분의 22)② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세율을 제1항에 따른 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.부 칙 <법률 제12153호>제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제92조제2항, 제103조의3제4항 및 제103조의20제2항의 개정규정은 2017년 1월 1일부터 시행하고 제123조의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.