양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2004.09.17 / 시행일:

【원고】 이연구
【피고】 종로세무서장
【변론종결】 2004. 7. 23.
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】피고가 2003. 5. 26. 원고에 대하여 한 2002. 귀속 양도소득세 11,957,340원의 부과처분을 취소한다. 
【이유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 1990. 7. 7. 무렵 서울 종로구 숭인동 56-50, 같은 56-116 대지 면적 합계 165.3㎡와 그 지상 2층 주택 1층 81.63㎡, 2층 80.55㎡, 지층 83.79㎡, 합계 245.97㎡(이하 이 대지와 주택을 합하여 '이 사건 양도 주택'이라고만 한다)를 취득하여 가지고 있다가 2002. 11. 27. 김양임에게 양도하였다. 원고는 이 사건 주택을 양도한 후 피고에게 양도소득 과세표준 신고를 하지 않았다. 
 나. 한편, 원고는 1999. 7. 14. 서울 종로구 숭인동 56-25 대 308.5㎡와 그 지상 2층 주택 1층 113.72㎡, 2층 87.17㎡, 3층 6.51㎡, 지하층 15.14㎡, 합계 222.54㎡(이 주택을 '이 사건 철거 전 주택'이라 한다)를 임의경매절차를 통하여 취득하여 가지고 있다가 2000. 초에 지상 주택을 철거하고 2000. 6. 5.에 그 지상에 건물 신축 허가를 받아 그 무렵부터 신축 공사를 시작하였다. 그리하여 2001. 1. 18.에는 신축 건물(6층 근린생활시설 및 주택 면적 합계 1,097.9㎡. 그 중 주택 부분 면적은 195.1㎡이다. 이하 이와 같이 새로 지어진 주택을 '이 사건 신축 주택'이라 한다)을 완공하여 사용검사를 마쳤다. 그리고 철거 전 주택은 2001. 3. 18.에 멸실에 따른 건축물대장 말소와 폐쇄등기절차 등을 마쳤다. (이상의 경과를 대략 그림으로 나타내면 아래와 같다.)

 다. 피고는 사실조사를 벌여 원고가 위와 같이 이 사건 주택을 양도할 당시인 2002. 11. 27.에 이 사건 신축 주택을 보유하고 있었고, 피고가 이 사건 신축 주택을 신축한 후 이 사건 양도주택을 양도한 때는 신축 시점와 상관 없이 원고가 이 사건 철거전 주택을 취득하고 3년 4개월이 지난 후로서, 1년 안에 이 사건 양도 주택을 양도한 것에 해당하지 않아 일시적 2주택 보유가 아니라고 보고, 2002. 5. 26. 원고에 대하여 2002. 귀속 양도소득세로 11,957,340원(양도가액 268,509,420원, 취득가액 172,339,834원, 과세표준 60,953,113원)을 부과하였다(이하 이 양도소득세 부과처분을 '이 사건 처분'이라고만 한다). 
 [인정 근거] 갑2(부동산매매계약서), 갑3~6(등기부등본 또는 건축물관리대장등본), 을1(양도소득세결정결의서), 변론의 전체 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 이 사건 청구 원인으로, 원고는 위와 같이 새 건물을 짓고 사용승인을 받은 후 일시적 1세대 2주택의 보유 허용 기간인 2년 안에 이 사건 양도 주택을 양도하였으므로 이 사건 양도 주택의 양도에 대하여는 양도소득세가 부과될 수 없음에도 피고가 이 사건 처분을 한 것은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다. 
 나. 관련 법령
 소득세법
 제89조(비과세양도소득) 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 '양도소득세'라 한다)를 과세하지 아니한다. 
 3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(괄호 안 생략)과 이에 부수되는 ...(중략)... 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
 소득세법시행령
 제155조 (1세대 1주택의 특례)
 ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(괄호 안 생략)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. (이하 생략)
 구 소득세법시행령(2002. 3. 30. 대통령령 제17555호로 개정되기 전의 것)
 제155조 (1세대 1주택의 특례) 
 ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날(괄호 안 생략)부터 2년 이내에 종전의 주택(괄호 안 생략)을 양도하는 경우(괄호 안 생략)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. 
 소득세법시행령
 부칙(대통령령 제17555호, 2002. 3. 30.) 
 ① (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
 ② (적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
 ③ (중복보유기간 단축에 따른 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 제155조 제1항의 규정에 의하여 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득한 경우로서 종전의 제155조 제1항의 규정에 의한 1세대 2주택의 보유허용기간(2년)이 종료되지 아니한 경우 다음 각 호의 날까지 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.
 1. 다른 주택을 취득한 날부터 이 영 시행일까지의 기간이 1년을 초과하지 아니한 때에는 이 영 시행일부터 1년이 되는 날. 다만, 이 영 시행일부터 6월이 경과하는 날 이후에 종전의 주택이 제154조 제1항의 규정에 의한 보유기간(동항 제1호의 규정에 해당하는 경우에는 동호의 규정에 의한 거주기간을 말하며, 이하 이 호에서 '보유기간 등'이라 한다)을 충족하는 경우에는 보유기간 등을 충족하는 날에 6월을 가산한 날 또는 그 다른 주택의 취득일부터 2년이 되는 날 중 빠른 날로 한다. (이 사건에는 해당될 여지가 없다. 필자 주)
 2. 다른 주택을 취득한 날부터 이 영 시행일까지의 기간이 1년을 초과한 때에는 다른 주택의 취득일부터 2년이 되는 날
 다. 판 단
 살피건대,소득세법시행령 제155조 제1항의 취지는 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우, 다른 주택을 취득한 날로부터 1년 이내에―2002. 3. 30. 개정되기 전에는 2년 이내에― 종전의 주택을 양도하면 1세대 1주택의 양도로 보아 양도소득세를 부과하지 않으려는 데에 있는바, 이 사건과 같이 단독 주택을 취득하여 소유하다가 이를 헐고 그 곳에 근린생활시설 및 주택을 신축하여 사용검사를 마쳤고, 한편 위 단독주택을 헐기 전에 이미 다른 주택을 가지고 있다가 위 근린생활시설 및 주택에 대한 사용검사 후소득세법시행령 부칙(2002. 3. 30.) 제3항,구 소득세법시행령(2002. 3. 30. 대통령령 제17555호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항에 정하여진 2년의 기간 안에 이를 양도한 경우, 기존의 단독주택을 헐고 그 곳에 새 주택(근린생활시설 포함)을 신축하였다 하더라도 기존의 주택과 별개의 주택을 취득한 것으로 볼 것은 아니므로, 이를 두고 '국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우'에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 1998. 12. 8. 선고 98두13508 판결 참조). 따라서 1세대 1주택의 비과세요건에 관하여 볼 때, 이 사건 철거전 주택과 신축 주택을 별개의 주택이라고 할 수 없고, 원고가 그 주택을 취득한 후 2년이 지난 후 3년 4개월이 더 지난 후에 이 사건 양도 주택을 양도한 것은 1세대 1주택의 양도라 할 수 없다. 따라서 피고의 이 사건 처분은 잘못이 없고, 원고의 주장은 이유가 없다.
 원고는 이에 관하여, 위와 같이 인용된 대법원판결은 철거와 신축을 거친 주택을 취득하기 이전에 이 사건 양도 주택을 보유한 원고와 같은 사안이 아니라, 철거와 신축을 거친 주택을 취득한 이후 주택을 철거하고 신축하던 사이에 다른 주택(아파트)를 취득한 이후 그 신축 주택을 양도한 사안을 다룬 판결이어서 원고의 경우는 사안이 달라 적용될 수 없는 판결이고, 국세청에서도 소득세법기본통칙 89-15를 통하여 주택 신축 때에는 그 준공일부터 1년 안에 종전 주택을 양도하는 경우에 1세대 1주택으로 본다고 하고 있으므로, 원고의 이 사건 양도주택은 1세대 1주택의 비과세요건라 해당한다는 취지의 주장을 한다. 
 그러나 ①소득세법시행령 제155조 제1항의 입법 취지는 주택을 교체하는 과정에서 일시적으로 2주택이 되는 경우 이를 구제하기 위한 취지에서 둔 규정으로서 1세대 1주택이 아닌 일반적인 경우 모두 양도소득세 부과대상이 되는 것의 예외를 허용하는 것이고, 법문상으로도 '일시적으로 2주택이 된 경우'에 적용됨을 명시하고 있으므로, 그 요건을 가능한 한 엄격하게 해석하여야 하고, ② 원고의 경우 1999. 7. 14.에 경매로 이 사건 철거전 주택을 취득하였으면 당시 시행되던 법령에 따라 원칙적으로 2년 안에 다른 주택인 이 사건 양도주택을 양도하여야만 1세대 1주택의 비과세에 해당하게 되는데, 철거 후 신축이라는 우연한 사정 때문에 그 보유허용기간을 주택 완공 후 2년으로 다시 하염 없이 늘어나는 것은(만일 원고가 이 사건 양도 주택의 양도 차익을 더 누리기 위해 새 건물의 신축공사 기간을 일부러 늘릴 경우, 원고는 마음대로 그 양도 시점을 뒤로 무작정 미룰 수도 있다.) 철거 후 신축 없이 그대로 일시적으로 2주택을 가진 경우 조건 없이 2년(현행 1년) 안에 양도하여야 1세대 1주택의 비과세요건에 해당하는 경우와 형평이 맞지 않으며(기존 주택을 철거하여 그 주택에 멸실되어 있는 도중에 다른 주택을 양도하였을 때 양도 당시 1주택만을 가지고 있어 1세대 1주택이 된다고 해석될 여지가 있기는 하나, 그러한 해석은소득세법시행령 제155조 제1항의 법형식과 문언 해석 때문에 불가피하게 생긴 것이지, 주택 자체의 철거와 신축 과정 중의 주택을 별개로 보아야 한다고 해석할 근거가 된다고 볼 수는 없다.), ③ 국세청이 마련하고 있는 기본통칙은 국세행정기관 안에 마련된 업무처리지침일 뿐 법원이나 일반 국민에 대한 법적 구속력이 없다는 점(대법원대법원 1991. 4. 12. 선고 90누8459 판결,1992. 12. 22. 선고 92누7580 판결 등 참조). 따라서 국세청이 원고 주장의 기본통칙과 양립할 수 없는 예규를 제정하고 기존 예규를 변경한 것에 관하여 그 변경 예규가 자신에게 적용되어서는 아니된다고 하는 원고 주장은 법적 구속력이 없는 예규 변경의 적용 범위에 관한 문제로서 검토할 실익이 없다고 보여진다.) 등에 비추어 볼 때, 일시적 1세대 2주택으로서 1세대 1주택의 비과세가 되기 위한 주택 여부를 판단할 때에는 기존 주택의 철거와 새로운 주택의 신축이 있었다 하더라도 철거 전 주택과 신축 후 새로 지어진 주택은 별개의 주택으로 보아서는 아니될 것으로 보여진다. 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.
 또한, 원고는 자산의 취득시기에 관하여, 재개발조합원이 출자한 종전 건물을 헐고 새로운 건물을 지은 경우,구 소득세법시행령 제53조 제1항 제3호(현행소득세법시행령 제162조 제4호)의 규정에 따라 신축건물에 대한 준공검사필증교부일을 그 취득시기로 보아야 한다는 취지의 판결(대법원 1992. 6. 12. 선고 91누11087 판결)을 들면서 원고의 경우에도 이 사건 철거 전 주택의 취득시기와 상관 없이 이 사건 신축 주택의 사용검사일부터 1세대 2주택의 일시 보유 허용 기간을 계산하여야 한다고 주장하나, 위 판결은 자산의 취득시기에 관한 판결일 뿐, 일시적 1세대 2주택의 일시 보유 허용 기간이라는 이 사건의 사안에는 적용될 수 없는 판결이라고 보여진다. 이 부분 원고 주장 역시 받아들이지 아니한다.
 결국 원고 주장은 모두 이유 없다. 
 3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 최은배

국내에 2주택을 소유하던 1세대가 그 중 나중에 취득한 주택을 철거하고 새로 주택을 건축하여 사용검사를 마친 다음 원래 보유하던 주택을 양도한 날이 위 사용검사일로부터는소득세법시행령 제155조 제1항에 규정한 기간 내에 속하나 철거된 주택의 취득일로부터는 그 기간을 지난 경우, 1세대 1주택의 양도로서 양도소득세 비과세 요건에 해당하는지 여부(소극)

국내에 2주택을 소유하던 1세대가 그 중 나중에 취득한 주택을 철거하고 새로 주택을 건축하여 사용검사를 마친 다음 원래 보유하던 주택을 양도한 날이 위 사용검사일로부터는소득세법시행령 부칙(2002. 3. 30.) 제3항,구 소득세법시행령(2002. 3. 30. 대통령령 제17555호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항에 정하여진 2년의 기간 내에 속하나 철거된 주택의 취득일로부터는 그 기간을 지난 경우, 기존의 단독주택을 헐고 그 곳에 새 주택(근린생활시설 포함)을 신축하였다 하더라도 기존의 주택과 별개의 주택을 취득한 것으로 볼 것은 아니므로, 이를 두고 1세대 1주택의 양도로서 양도소득세 비과세 요건에 해당한다고 볼 수 없다.