담배소비세등부과처분취소청구 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2020.01.09 / 시행일:

【원 고】 한국필립모리스 주식회사 (소송대리인 법무법인 평안 외 3인)
【피 고】 양산시장
【피고보조참가인】 서울특별시장 (소송대리인 법무법인 세종 담당변호사 우도훈 외 2인)
【변론종결】2019. 10. 31.
【주 문】
 1. 이 사건 소 중 주위적 청구 부분을 각하한다.
 2. 피고가 2016. 12. 12. 원고에 대하여 한 담배소비세 98,129,793,550원(가산세 포함) 및 지방교육세 20,082,499,700원(가산세 포함) 합계 118,212,293,250원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
 3. 소송비용은 보조참가로 인한 부분을 포함하여 피고가 부담한다.

【청구취지】 주위적으로, 피고가 2016. 12. 12. 원고에 대하여 한 담배소비세 합계 118,212,293,250원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
 예비적으로, 주문 제2항과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고의 담배제조업 영위
 원고는 1989. 3. 29. 일반 무역업 등을 목적으로 하여 설립된 법인으로 2002. 8. 29. 기획재정부장관으로부터 담배사업법에 의한 담배제조업허가를 받고, 현재에 이르기까지 담배 제조 및 판매 등의 사업을 영위하고 있다. 원고는 위 담배제조업허가를 받을 당시 제조장 소재지를 ‘양산시 (지번 1 생략)’으로 하였다가 2012. 8. 2. 이를 ‘양산시 (지번 2 생략)’(이하 ‘이 사건 양산제조공장’이라 한다)으로 변경하였다.
나. 2014. 9. 2.경까지의 원고의 담배 제조 및 판매를 위한 운송 과정과 이에 관한 담배소비세 등의 신고·납부 방식
 1) 원고는 2008년경부터 주식회사 케이씨티시(이하 ‘케이씨티시’라 한다)와 원고가 제조하거나 수입하는 담배와 관련하여 수출입 화물 운송 및 관리, 화물의 보관 및 수배송, 대정부 세금 보고 등의 업무를 케이씨티시에게 위탁하는 내용의 물류 서비스 계약을 체결하였고, 그 계약 내용에 따라 케이씨티시는 자신의 비용과 책임으로 화물을 보관할 장소를 확보하여 위 업무를 수행하기로 하였다. 원고와 케이씨티시는 담배를 보관할 창고로 관세법에 따른 보세구역에 해당하는 양산시 (지번 3 생략)(지번 주소로는 양산시 (지번 4 생략)에 해당함)에 있는 물류센터(이하 ‘이 사건 양산물류센터’라 한다), 광주시 (지번 5 생략)에 있는 물류센터(이하 ‘이 사건 서울물류센터’라 하고, 이 사건 양산물류센터와 서울물류센터를 통칭하여 ‘이 사건 각 물류센터’라 한다) 및 광주 광산구 (지번 6 생략)에 있는 물류센터를 두기로 하였다.
 2) 원고는 이 사건 양산제조공장에서 담배를 제조·포장한 뒤 상자 상태로 포장된 담배를 팔레트 위에 적재하여 두고, 케이씨티시를 통해 위와 같이 제조·포장이 완료된 담배 완제품을 이 사건 양산물류센터로 옮긴 다음, 위 물류센터에서 일부 담배를 이 사건 서울물류센터와 광주 소재 물류센터로 옮긴 뒤 위 각 물류센터에서 보관하다가 도매업자 등으로부터 주문이 들어오면 이를 그에게 배송하는 방법으로 판매하여 왔다.
 3) 위와 같은 담배 운송 과정에서 원고는 이 사건 양산제조공장에서 담배 완제품을 이 사건 각 물류센터로 옮길 때에는 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전에는 구 지방세법 제231조에 근거하여, 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정된 이후로는 구 지방세법 제53조에 근거하여 이를 미납세반출대상 담배로 신고하였다가, 이 사건 각 물류센터에서 보관하던 담배를 도매업자 등으로부터 주문을 받으면 내부 전산프로그램상에 ‘미납세재고’를 의미하는 관리코드(예를 들어 이 사건 양산물류센터에 보관된 ‘미납세재고’인 담배에 부여하는 관리코드는 ‘KR14’임)로 입력한 물품의 관리코드를 ‘납세재고’를 의미하는 관리코드(예를 들어 이 사건 양산물류센터에 보관된 ‘납세재고’인 담배에 부여하는 관리코드는 ‘KR06’임)로 변경 입력하는 방식(이하 ‘이 사건 전산입력 방식’이라 한다)으로 해당 물품을 ‘납세재고’로 전환하고, 각 도매업자 등의 영업소 등으로 출고시키는 동시에 이에 관한 담배소비세와 지방교육세를 신고·납부하였다.
다. 개별소비세법 및 지방세법의 개정 경과와 담배 매점매석 행위에 관한 고시
 1) 2014. 12. 23. 법률 제12846호로 일부개정되기 전의 구 개별소비세법은 개별소비세를 부과할 물품으로 담배를 규정하지 않고 있었고, 2014. 12. 23. 법률 제12855호로 일부개정되기 전의 구 지방세법(이하 ‘개정 전 구 지방세법’이라 한다) 제52조 제1항 제1호 가목은 담배 중 ‘제1종 궐련’에 대하여 20개비당 641원(이하 ‘개정 전 담배소비세율’이라 한다)의 담배소비세를 부과하는 것으로, 같은 법 제151조 제1항 제4호는 ‘이 법 및 지방세감면법령에 따라 납부하여야 할 담배소비세액의 100분의 50’에 해당하는 지방교육세를 부과하는 것으로 각 규정되어 있었다.
 2) 그런데 2014. 12. 23. 법률 제12846호로 일부개정된 구 개별소비세법은 제1조 제2항 제6호를 신설하여 위 조항 및 [별표]에 따라 ‘피우는 담배’ 중 ‘제1종 궐련’에 대하여 20개비당 594원의 개별소비세를 부과하는 근거규정을 마련하였고, 2014. 12. 23. 법률 제12855호로 일부개정된 구 지방세법(이하 ‘개정 후 구 지방세법’이라 한다) 제52조 제1항 제1호 가목은 담배 중 ‘제1종 궐련’에 대한 담배소비세율을 20개비당 1,007원(이하 ‘개정 후 담배소비세율’이라 한다)으로 인상하고, 제151조 제1항 제4호는 지방교육세율을 담배소비세액의 1만분의 4,399로 인하하는 내용으로 개정되었으며, 위 각 조항은 위 각 법률의 부칙에 따라 2015. 1. 1. 시행될 예정에 있었다.
 3) 한편 기획재정부장관은 2014. 9. 12. 물가안정에 관한 법률 제7조, 같은 법 시행령 제14조, 제23조에 근거하여 “담배사업법의 규정에 의한 제조업자 등이 담배를 대상으로 폭리를 얻을 목적으로 이 고시 시행일부터 적용시한 종료일까지 지방세법 제55조의 규정에 의하여 담배를 반출(지방세법 제53조의 규정에 의한 반출은 제외한다)함에 있어 매월 반출량이 2014. 1. 1.부터 2014. 8. 31.까지 기간의 월 평균 반출한 양의 104%를 초과하는 것을 금지“하는 내용이 포함된 ‘담배 매점매석 행위에 관한 고시’(이하 ‘이 사건 고시’라 한다)를 하였고, 위 고시의 부칙 제1조에 따라 위 고시는 2014. 9. 12.부터 담배값 인상한 날까지 시행되었다.
라. 원고의 2014. 9. 3.부터 2014. 12. 31.까지의 담배 반출 행위 및 이에 관한 담배소비세 등의 신고·납부
 1) 케이씨티시는 원고의 요청에 따라 담배를 보관할 장소로 2014. 9. 3.부터 2015. 2. 28.까지 양산시 (지번 7 생략) 외 105필지에 소재한 관세법상의 보세구역이 아닌 일반 물류센터(이하 ‘이 사건 임시 물류센터’라 한다)를 확보하여 이용하였다. 원고는 2014. 9. 3. 이 사건 양산제조공장에서 이 사건 임시 물류센터로 16,810,500갑(20개비 들이, 이하 같다)을 이동시키는 등 그 때부터 2014. 12. 31.까지 총 104,634,000갑의 담배를 이동시키면서 이에 관하여 이동일자를 기준으로 개정 전 담배소비세율에 따른 담배소비세와 지방교육세만을 신고·납부하고, 개별소비세를 신고·납부하지 않았다. 원고는 위 104,634,000갑의 담배 중 5,744,130갑을 2014. 12. 31. 이전에 이 사건 임시 물류센터에서부터 이 사건 각 물류센터로 이동시켜 보관하였고, 2015. 1. 1. 이후 34,090,000갑을 이 사건 임시 물류센터에서부터 이 사건 각 물류센터로 이동시켜 보관하였으며, 이를 합한 39,834,130갑(= 5,744,130갑 + 34,090,000갑) 중 출고 전 폐기된 7,258갑을 제외한 나머지 39,826,872갑(이하 ‘이 사건 제1 쟁점 담배’라 한다)을 2015. 1. 1. 이후에 이 사건 양산물류센터 또는 2015년 이후 일시불상경부터 이 사건 서울물류센터를 대체하는 창고로 사용한 이천시 (지번 8 생략)에 있는 새로운 물류센터(이하 ‘이 사건 이천물류센터’라 한다)에서 각 출고하여 도매업자 등에게 배송하였다.
 2) 한편 원고는 2014. 9. 5.부터 2014. 12. 31.까지 이 사건 양산제조공장에서 제조한 후 위 나. 3)항 기재와 같이 구 지방세법에 근거하여 미납세반출한 담배를 이 사건 각 물류센터에서 보관하던 중 그 무렵 실물을 이동하지 아니한 채 이 사건 전산입력 방식으로 191,133,000갑을 납세재고로 전환(이하 ‘이 사건 전산입력’이라 한다)하면서 이에 관하여 전산입력 일자를 기준으로 개정 전 담배소비세율에 따른 담배소비세와 지방교육세만을 신고·납부하고, 개별소비세를 신고·납부하지 않았다. 원고는 위 191,133,000갑의 담배 중 66,377,702갑(이하 ‘이 사건 제2 쟁점 담배’라 하고, 이 사건 제1 쟁점 담배와 이 사건 제2 쟁점 담배를 통틀어 ‘이 사건 쟁점 담배’라 한다)을 2015. 1. 1. 이후에 이 사건 양산물류센터 또는 위 1)항에서 본 바와 같이 이 사건 서울물류센터를 대체한 이 사건 이천물류센터에서 각 출고하여 도매업자 등에게 배송하였다.
마. 감사원의 「담뱃세 등 인상 관련 재고차익 관리실태」에 관한 감사
 감사원은 2015. 1. 1. 담뱃세 인상을 전후로 하여 그 부과·징수 업무가 적정하게 이루어졌는지 여부와 이 사건 고시에 따른 매점매석행위에 대한 단속·점검 활동이 철저하게 이루어졌는지 여부를 점검·분석하고 제도개선 방안 등을 마련하고자 2016. 5. 2.부터 2016. 6. 15.까지「담뱃세 등 인상관련 재고차익 관리실태」에 관한 감사를 실시하였다.
 감사원은 감사 결과 “원고가 담뱃세 인상차액을 취할 목적으로 담배 실물의 반출 없이 허위의 반출량을 신고하고 담뱃세를 신고·납부하는 등으로 담뱃세 인상일 전에 이 사건 쟁점 담배를 탈법적 재고로 각각 축적한 후 2015. 1. 1.부터 인상된 담뱃세를 반영한 가격으로 위 재고를 판매하여 담뱃세 인상차액을 취하고 담뱃세 1,691억 원을 포탈”하였다는 결론을 내리고, 2016. 7. 15.경 감사결과 통보사항을 국세청장 등 관계기관에 통보하였다. 
바. 피고의 세무조사 및 담배소비세와 지방교육세 등 부과처분
 피고는 피고보조참가인(이하 ‘참가인’이라고만 한다) 등 이 사건 쟁점 담배에 관한 담배소비세의 부과권자로부터 이에 관한 세무조사 및 부과업무 권한을 위임받아 2016. 8. 8.부터 2016. 11. 25.까지 이 사건 쟁점 담배에 관한 담배소비세 및 지방교육세의 포탈 여부에 관한 세무조사를 실시하였다. 그 결과 피고는 “원고가 판매 목적 없이 이 사건 제1 쟁점 담배를 이 사건 임시 물류센터로 가장 반출하고, 이 사건 전산입력 행위를 통하여 이 사건 제2 쟁점 담배를 허위반출함으로써 이 사건 쟁점 담배에 관한 담배소비세와 지방교육세를 탈루하였다”는 결론을 내리고 2016. 12. 14.경 원고에게 위 세무조사 결과를 통지하였으며, 2016. 12. 12. 원고에 대하여 아래 [표] 기재와 같이 담배소비세와 지방교육세 및 이에 대한 가산세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 내렸다.
[표][단위: 원]세목본세가 산 세합 계담배소비세35,962,560,810주1)62,167,232,740주2)98,129,793,550지방교육세11,533,705,1708,528,794,53020,082,499,700주3)합 계47,496,265,98070,696,027,270118,212,293,250
사. 전심절차 경유
 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2017. 3. 3. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2018. 11. 27. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13, 20 내지 22호증, 을 제1 내지 15호증(가지번호 있는 것을 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 소 중 주위적 청구 부분의 적법 여부에 관한 판단
 직권으로 이 사건 소 중 주위적 청구 부분의 적법 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 피고는 2016. 12. 12. 원고에 대하여 담배소비세와 지방교육세를 구분한 이 사건 각 처분을 하였을 뿐이고, 원고가 주위적 청구로써 취소를 구하는 합계액 118,212,293,250원의 담배소비세 부과처분(가산세 포함)은 존재하지 아니하는 처분이므로, 그 취소를 구할 실익이 없다.
 따라서 이 사건 소 중 주위적 청구 부분은 소의 이익이 없어 부적법하다.
3. 예비적 청구에 관한 판단
가. 당사자들의 주장
1) 원고 주장의 요지
개정 후 구 지방세법 부칙 제1조 내지 제3조의 규정에 따라 위 법률의 시행일인 2015. 1. 1. 이후 제조장으로부터 반출한 담배에 대하여만 개정 후 담배소비세율을 적용할 수 있는데, 원고의 제조장은 이 사건 양산제조공장에 한정될 뿐, 이 사건 쟁점 담배가 도매업자 등에게 배송되기 전 최종 출고된 이 사건 임시 물류센터나 이 사건 각 물류센터를 원고의 ‘제조장’이라고 할 수는 없다. 따라서 이 사건 쟁점 담배는 모두 2014. 12. 31. 이전에 제조장인 이 사건 양산제조공장에서 반출되었으므로 이에 대하여는 개정 전 담배소비세율을 적용하여야 함에도 이 사건 쟁점 담배에 대하여 개정 후 담배소비세율을 적용한 이 사건 각 처분은 모두 위법하여 취소되어야 한다.
2) 피고 및 참가인(이하 ‘피고 등’이라 한다) 주장의 요지
가) 제조장의 범위에 관한 주장(이하 ‘피고 등의 ① 주장’이라 한다)
 ‘제조장’은 운영상황 내지 형태에 따라 판단하여야 하고, 원고가 스스로 이 사건 각 물류센터나 이천물류센터를 ‘제조장’의 일부로 간주하여 이 사건 양산제조공장에서 이 사건 각 물류센터로 담배를 이동시킬 때에 미납세반출한 이후 이 사건 각 물류센터에서 담배를 출고할 때 비로소 담배소비세를 신고·납부하여 왔던 관행과 2015. 1. 1. 이전에 이 사건 양산물류센터로 미납세반출된 담배 중 일부에 관하여는 개정 후 담배소비세율에 따른 담배소비세를 신고·납부하기도 한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 임시 물류센터나 이 사건 각 물류센터, 이 사건 이천물류센터는 모두 원고의 ‘제조장’에 포함된다.
나) 반출의 의미에 관한 주장(이하 ‘피고 등의 ② 주장’이라 한다)
 과세요건으로서의 ‘반출’의 의미는 단순히 사실행위에 그치는 것이 아니라 정상적인 유통과정에서 사업상 목적을 위하여 과세대상 물건을 제조장 밖으로 이동시키는 행위를 의미하는 것이므로, 담배의 반출에는 판매나 수입 등의 거래가 발생하였음을 전제로 하고, 아무런 거래행위 없이 이 사건 양산제조공장에서 이 사건 임시 물류센터나 이 사건 각 물류센터로 이동된 것을 두고 이 사건 쟁점 담배가 ‘반출’되었다고 할 수 없다.
다) 실질과세의 원칙과 신의성실의 원칙 적용 주장(이하 ‘피고 등의 ③ 주장’이라 한다)
 기존 관행과는 달리 이 사건 쟁점 담배에 대하여만 이 사건 임시 물류센터로 납세반출하거나 이 사건 전산입력과 함께 담배소비세를 신고·납부한 것은 조세회피의 목적에서 비롯된 비정상적인 업무처리 내지 행위로서 지방세기본법 제17조 제2항, 제153조, 국세기본법 제14조 제3항에 따른 실질과세의 원칙이나 신의성실의 원칙에 따라 부인되어야 한다. 
라) 미납세반출에 따른 담배소비세의 납부의무 성립시기 변경에 관한 주장(이하 ‘피고 등의 ④ 주장’이라 한다)
개정 후 구 지방세법 부칙 제2조는 2015. 1. 1. 이후 담배소비세의 납세의무가 성립하는 담배에 대하여 적용한다는 의미인데, 이 사건 제2 쟁점 담배가 개정 전 구 지방세법 제53조 제1호에 근거하여 미납세반출된 이상 이에 대한 담배소비세의 납세의무 성립시기는 최종 단계의 제조장 또는 보세구역에서 반출된 때로 변경된다. 따라서 이 사건 쟁점 담배는 모두 미납세반출된 상태로 있다가 2015. 1. 1. 이후에야 보세구역인 이 사건 양산물류센터 또는 이천물류센터에서 반출된 것이므로 그 때 담배소비세의 납세의무가 성립하여 이 사건 부칙조항에 따라 개정 후 담배소비세율이 적용되어야 한다.
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
다. 판단
1) 담배소비세의 납세의무 성립시기
가) 관련 규정의 내용과 취지
 앞서 본 바와 같이 개정 후 구 지방세법은 담배소비세율을 인상하였는데, 위 법률 부칙 제1조와 제2조에 따르면 개정 후 담배소비세율에 관한 제52조 제1항 개정규정은 “위 법률 시행일인 2015. 1. 1. 후 최초로 담배를 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 국내로 반입하는 경우부터” 적용된다(이하 위 부칙 제2조를 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다). 
개정 전, 후 구 지방세법 제47조 제4호, 제49조 제1항에 의하면, 담배사업법 제11조에 따른 담배제조업허가를 받아 담배를 제조하는 제조자는 제조장으로부터 반출한 담배에 대하여 담배소비세를 납부할 의무가 있다. 한편 제조자 외에도 담배를 수입하여 매도하는 수입판매업자는 보세구역으로부터 반출한 담배에 대하여, 외국으로부터 입국하는 사람의 휴대품·탁송품·별송품으로 담배를 반입하거나 또는 외국으로부터 탁송의 방법으로 국내로 담배를 반입하는 사람은 그 담배에 대하여 개정 전, 후 구 지방세법 제49조 제2항, 제3항에 따라 각 담배소비세를 납부할 의무가 있다.
 각종 지방세의 납세의무의 성립시기에 관한 일반조항인 구 지방세기본법(2016. 12. 27. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세기본법’이라고만 한다) 제34조 제1항 제4호는 담배소비세의 납세의무의 성립시기를 “담배를 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 국내로 반입하는 때”로 규정하고, 같은 법 제20조 제2항은 “지방세를 납부할 의무(이 법 또는 지방세관계법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 지방세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무를 말한다. 이하 같다)가 성립된 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다”는 소급과세 금지의 원칙을 규정하였다.
 이러한 관련 법령의 문언, 내용과 체계에 비추어 볼 때, 담배의 제조자가 납부하여야 하는 담배소비세의 납세의무 성립시기는 “담배를 제조장으로부터 반출하는 때”임이 분명하고, 개정 후 담배소비세율은 개정 후 구 지방세법의 시행일인 2015. 1. 1. 이후에 납세의무가 성립하는 것, 즉 2015. 1. 1. 이후 제조장으로부터 반출하는 담배에 대하여만 적용될 수 있다.
 담배소비세 관련 법령이 그 납세의무의 성립시기를 제조장 반출 시로 규정하여 둔 것은 담배소비세가 소비자가 재화 또는 용역을 구입·소비한다는 것에 착안하여 과세하는 소비세이지만 소비행위 자체를 직접 대상으로 하지 않고 사업자에 의하여 이를 납부하도록 하는 간접소비세의 성격을 가진 조세인 점을 고려하고 과세의 편의를 위하여 납세의무의 성립시기를 담배를 “판매”할 때 또는 “소비자에게 인도”할 때가 아니라 “제조장으로부터 반출한 때”로 규정한 것으로 이해할 수 있다.
나) 과세요건 해석에 관한 법리
 조세법률주의의 원칙상 과세요건사실이거나 비과세요건사실이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 2000. 12. 26. 선고 98두1192 판결, 2004. 3. 12. 선고 2002두5955 판결).
 이 사건에 있어 이 사건 쟁점 담배가 “제조장으로부터 반출”된 때를 언제로 보는지에 따라 이 사건 쟁점 담배에 대하여 적용되는 담배소비세율이 달라지므로, 이러한 점과 앞서 본 조세법규의 엄격해석원칙을 종합하여 보면, 이 사건 부칙조항에서 정한 ‘제조장’과 ‘반출’이라는 개념을 해석함에 있어서는 그 문언대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다.
다) 제조장의 범위에 관하여
 (1) 앞서 본 사실관계와 피고 등의 주장 내용을 종합하여 보면, 피고는 이 사건 쟁점 담배가 이 사건 양산물류센터나 이천물류센터에서 출고된 때가 “제조장으로부터 반출한 때”라는 전제에서 이 사건 각 처분을 하였던 것으로 보인다. 
 (2) 그런데 앞서 본 법리에 비추어 이 사건 부칙조항에서 정한 ‘제조장’의 의미에 관하여 보면, ‘제조장’이라는 문언의 의미와 개정 전, 후 구 지방세법 제47조 제5호가 ‘제조장’은 “담배를 제조하는 제조자의 공장”을 말한다고 정한 규정의 내용을 종합하여 볼 때, 담배의 ‘제조장’이라 함은 담배를 제조하는 시설을 갖춘 공장이 소재하는 특정지역과 그 지역 내의 건조물을 의미한다고 봄이 타당하고, 어떠한 시설이 담배 제조자의 ‘제조장’에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 명칭에 구애될 것은 아니지만 그 시설과 설비의 용도 및 기능 등에 비추어 제조시설을 갖춘 공장과 그 인근의 부대시설로서 관념적으로 동일한 관리권한 내에서 지배되는 건조물의 실질을 갖추고 있는지 여부를 살펴보아야 할 것이다.
 (3) 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 갑 제14 내지 19, 24 내지 35호증의 각 영상을 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정과 사실들에 비추어 볼 때, 이 사건 양산물류센터나 이천물류센터는 ‘제조장’에 해당한다고 볼 수 없고, 이 사건 양산제조공장만이 원고의 제조장이라고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고 등의 ① 주장은 이유 없다.
 (가) 원고가 담배를 제조하는 시설이 갖추어진 공장은 이 사건 양산제조공장이다. 즉, 원고는 이 사건 양산제조공장에서 담뱃잎 등 원료를 가공한 후 이를 종이에 말아 담배를 제조한 뒤 이를 여러 단계로 포장하는 공정을 거쳐 상자에 담으면 그 상태로 이를 물류센터 등으로 이동시켰다. 이로써 담배의 제조시설을 거친 제조과정은 이 사건 양산제조공장에서 마쳐진 것이고, 제조공정에 필요한 설비를 갖추지 아니한 채 단순히 유통만을 위하여 완제품 상태로 입고된 담배의 보관 또는 재포장 작업을 수행하는 이 사건 양산물류센터나 이천물류센터 등을 두고 원고의 제조시설을 갖춘 공장이라고 볼 수는 없다.
 (나) 이에 원고는 담배제조업허가에 관하여 이 사건 양산제조공장만을 원고의 제조장 소재지로 등록하였다.
 (다) 이 사건 이천물류센터는 이 사건 양산제조공장으로부터 무려 319km 떨어져 있고, 이 사건 양산물류센터조차 이 사건 양산제조공장으로부터 13.7km 떨어져 있으므로, 그 물리적 거리를 감안하면 위 각 물류센터가 이 사건 양산제조공장의 인근에 위치하여 관념적으로 동일한 관리권한 내에서 원고에 의하여 지배되는 건조물로서 공장 인근의 부대시설이라고 보기도 어렵다.
 (라) 이 사건 제2 쟁점 담배를 포함한 191,133,000갑의 담배 등이 구 지방세법에 따라 이 사건 양산제조공장에서 이 사건 각 물류센터로 미납세반출되었음은 앞서 본 바와 같다. 그러나 이 사건 제2 쟁점 담배 등이 미납세반출되었다고 하더라도, 그러한 사정만으로 원고가 이 사건 각 물류센터를 ‘제조장’의 일부로 인식하였다고 보기 어려울뿐더러(오히려 앞서 본 사실관계나 증거들에 비추어 보면 원고는 이 사건 각 물류센터가 관세법상의 보세구역임을 이용하여 제조장인 이 사건 양산제조공장에서 보세구역으로 반출하는 것으로 보고 개정 전 구 지방세법 제53조 제1호가 적용되는 것을 전제로 미납세반출신고를 하였던 것으로 보인다), 과세요건의 하나인 ‘제조장’의 의미는 객관적이고 통일적으로 해석되어야 하고 납세자의 주관적인 의사에 따라 그 의미가 좌우된다고 할 수 없으므로, 미납세반출 관행에 따른 원고의 인식을 전제로 하는 피고 등의 주장은 받아들일 수 없다.
라) 반출의 의미에 관하여
 (1) ‘반출’이라 함은 현실적으로 제조장으로부터 제조장 이외의 장소로 이동하는 사실행위를 가리키고, 매매, 증여, 교환, 담보, 단순한 저장 등 그 원인의 여하를 불문하고(대법원 1981. 2. 24. 선고 80누8 판결 참조), 여기에 앞서 본 바와 같이 우리 세법은 담배소비세에 관한 납세의무의 성립시기를 ‘반출’ 시점을 기준으로 하였을 뿐, ‘판매’나 ‘소비자에 대한 인도’ 시점을 그 기준으로 삼지 않은 점을 보태어 보면, 이 사건 부칙조항에서 말하는 ‘반출’과 담배소비세의 과세요건인 ‘반출’에 판매나 수입 등의 거래가 발생하였음을 전제로 한다고 볼 수 없다.
 (2) 이 사건 쟁점 담배가 모두 2014. 12. 31. 이전에 이 사건 양산제조공장에서부터 이 사건 임시 물류센터 또는 이 사건 각 물류센터로 이동하였음은 앞서 본 바와 같다. 위에서 본 ‘반출’의 의미를 되짚어 보면, 이 사건 각 처분의 기초가 된 이 사건 양산물류센터나 이천물류센터에서의 출고만이 이 사건 부칙조항에서 말하는 ‘반출’에 해당하고 이 사건 양산제조공장에서 물류센터 등으로의 이동은 ‘반출’에 해당하지 않는다고 보기는 어려우므로, 이와 다른 전제에 선 피고 등의 ② 주장은 이유 없다.
2) 미납세반출에 따라 담배소비세의 납세의무 성립시기가 변경되는지 여부에 관한 판단
가) 미납세반출제도에 관한 규정과 그 취지
 이 사건 제2 쟁점 담배의 미납세반출의 근거가 되었던 개정 전 구 지방세법 제53조는 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 담배에 대하여는 담배소비세를 징수하지 아니한다. 1. 담배 공급의 편의를 위하여 제조장 또는 보세구역에서 다른 제조장 또는 보세구역으로 반출하는 것, 2. 담배를 다른 담배의 원료로 사용하기 위하여 반출하는 것, 3. 그 밖에 제조장을 이전하기 위하여 담배를 반출하는 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 반출하는 것”이라고 규정하여 담배에 관한 미납세반출제도를 두었다. 미납세반출제도는 반출과세 원칙하에서 담배를 제조장으로부터 반출함으로써 일응 담배소비세의 납세의무가 성립하기 위한 요건이 모두 충족되었음에도 담배소비세가 최종소비자를 담세자로 예정하여 과세되는 조세인 점을 감안하여 최종 소비 단계로 당장 이어지지 않는 단순한 보관장소의 변경이나 제조공정 중의 반출의 경우에는 담배소비세의 부담이 유보된 상태로 반출을 허용함으로써 반출과세 원칙에 따른 문제점을 보완하려는 데 그 취지가 있다.
나) 미납세반출에 따라 담배소비세의 납세의무 성립시기가 변경되는지 여부
 살피건대, ① 앞서 본 바와 같이 담배소비세의 납세의무 성립시기는 명문의 규정으로 “담배를 제조장으로부터 반출하는 때”로 정하여져 있는 점, ② 앞서 본 바와 같이 미납세반출제도는 일응 담배소비세의 납세의무가 성립하기 위한 요건이 모두 충족되었음에도 일정한 경우에는 담배소비세의 부담이 유보된 상태로 반출을 허용함으로써 반출과세 원칙에 따른 문제점을 보완하려는 데 그 취지가 있는 점, ③ 이에 이 사건 제2 쟁점 담배의 미납세반출의 근거가 되었던 개정 전 구 지방세법 제53조 제1호도 “담배 공급의 편의를 위하여 제조장…에서 다른 제조장 또는 보세구역으로 반출하는 것”을 요건으로 규정하여 담배가 이미 제조장을 벗어나는 반출이 이루어졌음을 전제하고 있는 점, ④ 개정 전, 후 구 지방세법 제60조에 따른 담배소비세의 신고는 구 지방세기본법 제35조 제1항 제1호에서 정한 바와 같이 담배소비세에 관한 납세의무의 확정을 위한 요건이므로 그 규정 여하에 따라 담배소비세의 납세의무 성립시점에 영향이 있다고 볼 수 없는 점에 비추어 보면, 미납세반출제도는 담배소비세의 납세의무가 이미 성립한 담배에 대하여 예외적인 사유에 한하여 그 징수를 유예하는 성격의 제도라고 봄이 타당하고, 미납세반출에 관한 구 지방세법 제53조의 규정에 의하여 미납세반출된 담배에 관한 담배소비세의 납세의무 성립시기가 달라진다고 볼 수는 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고 등의 ④ 주장도 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.
3) 실질과세의 원칙이나 신의성실의 원칙에 따라 원고의 반출행위를 부인할 수 있는지 여부에 관한 판단
 피고 등은 실질과세의 원칙이나 신의성실의 원칙을 적용하여 원고가 이 사건 쟁점 담배를 이 사건 임시 물류센터로 반출한 행위나 이 사건 각 물류센터로 반출한 뒤 이 사건 전산입력과 함께 담배소비세를 신고·납부한 행위가 부인되어야 한다고 주장하나, 아래와 같은 이유에서 피고 등의 위와 같은 취지의 ③ 주장은 받아들일 수 없다.
 가) 앞서 본 바와 같이 ‘반출’은 물건을 현실적으로 제조장으로부터 제조장 이외의 장소로 이동하는 사실행위를 말한다. 즉 귀속자의 변경 여부나 반출 이후의 반입장소가 어딘지 여부와는 관계없이, 반출하는 자의 의도, 동기나 원인의 여하를 불문하고 “제조장으로부터 제조장 이외의 장소로 내어지는 상태에 이르렀다면” 곧바로 해당 물건은 ‘반출’되었다고 보아야 하고, 명목이나 형식을 가장할 수 있는 법률행위나 거래와는 달리 ‘반출’의 실질과 명목은 분리될 수 없다.
 나) 구 지방세기본법 제17조 제2항은 “이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다“고 규정하고 있다. 그러나 ① ‘과세표준’이란 “지방세법에 따라 직접적으로 세액산출의 기초가 되는 과세대상의 수량·면적 또는 가액”을 말하는데(지방세기본법 제2조 제5호), 이 사건에서 ‘반출’의 의미는 이 사건 부칙조항에서 정한 바에 따라 개정 후 담배소비세율의 적용 여부를 가리는 판단기준이 될 뿐 이 사건 각 처분의 과세표준의 계산과는 아무런 관련이 없는 점, ② 앞서 본 바와 같이 ‘반출’행위에는 명칭이나 형식과 분리된 실질이 있음을 상정하기 어렵고, 만일 담배의 물리적 이동이 전혀 이루어지지 아니하였음에도 다른 방법으로 마치 반출된 것과 같이 표시하였다면 명목상의 ‘반출’이라고 볼 여지가 있으나, 이 사건에서는 이 사건 쟁점 담배가 모두 이 사건 양산제조공장으로부터 현실적으로 이동하였으므로 명목상의 ‘반출’만이 있었다고 볼 수 없는 점에 비추어 보면, 이 사건 쟁점 담배의 ‘반출’ 해당 여부를 살피는 데 있어 구 지방세기본법 제17조 제2항을 적용할 수는 없다고 봄이 타당하다.
 다) 구 지방세기본법 제147조에 따라 지방세의 부과·징수에 관하여 이 법 또는 지방세관계법에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용하는데, 국세기본법 제14조 제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다”고 규정하고 있다. 그러나 ① 앞서 본 바와 같이 담배 제조장으로부터 제조장 이외의 장소로 내어지는 순간, 이 사건에 있어서는 이 사건 쟁점 담배가 이 사건 양산제조공장 이외의 장소로 내어지는 순간 곧바로 ‘반출’이 이루어진 것이므로, 그 이후 도매업자 등에게 이르기까지의 과정으로 나아가 “제3자를 통한 간접적인 방법”으로 또는 “둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법”으로 반출이 이루어졌다거나 “경제적 실질이 다른” 행위 또는 거래가 있었다고 볼 수 없는 점, ② 설령 원고가 개정 후 담배소비세율의 적용을 받지 않으려는 의도로 개정 후 구 지방세법의 시행일시 이전에 이 사건 쟁점 담배를 “제조장으로부터 반출”하였다고 하더라도, 이 사건 쟁점 담배에 대하여 개정 전 담배소비세율이 적용되어야 하는 이유는 지방세기본법과 지방세법이 정한 담배소비세의 납세의무 성립시기나 이 사건 부칙조항의 해석과 적용에 의한 결과일 뿐이고, 나아가 원고가 이 사건 고시가 허용하는 범위 내에서만 담배를 반출한 점을 보태어 볼 때 원고의 위와 같은 의도만으로 그 반출행위가 국세기본법 또는 세법의 혜택을 ‘부당하게’ 받기 위한 행위였다고 평가할 수도 없는 점에 비추어 보면, 이 사건 쟁점 담배의 ‘반출’ 해당 여부를 살피는 데 있어 국세기본법 제14조 제3항을 적용할 수도 없다고 할 것이다.
 라) 구 지방세기본법 제18조는 “납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다“고 규정하고 있다. 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세실체법과 관련한 신의성실의 원칙의 적용은 합법성을 희생해서라도 구체적 신뢰를 보호할 필요성이 있다고 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것이고, 특히 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거의 언동에 반하는 행위를 하였을 경우에는 세법상 조세감면 등 혜택의 박탈, 각종 가산세에 의한 제재, 세법상의 벌칙 등 불이익처분을 받게 될 것이며, 과세관청은 납세자에 대한 우월적 지위에서 실지조사권 등을 가지고 있고, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다는 점 등을 고려한다면, 납세의무자에 대한 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 된다(대법원 2004. 5. 14. 선고 2003두3468 판결).
 이러한 법리에 비추어 이 사건을 보면, 원고가 미납세반출을 하여 오던 과거의 언동과는 달리 담배소비세의 납세의무 성립시점을 이용하여 개정 후 구 지방세법의 시행일시 이전에 이 사건 쟁점 담배를 “제조장으로부터 반출”하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 원고가 납세자로서의 의무를 신의성실의 원칙에 반하여 이행하였다고 할 수는 없다.
4) 소결 - 이 사건 각 처분은 위법함
 따라서 이 사건 쟁점 담배는 2014. 12. 31. 전에 이 사건 양산제조공장에서 이 사건 임시 물류센터나 이 사건 각 물류센터로 이동되었을 때 모두 “제조장으로부터 반출”된 것으로 보아야 하고, 2015. 1. 1. 이후에 이 사건 양산물류센터나 이천물류센터에서 출고되었을 때 비로소 “제조장으로부터 반출”한 것이라고 할 수는 없으므로, 이 사건 부칙조항에 따라 개정 후 담배소비세율은 이 사건 쟁점 담배에 적용될 수 없다. 
 담배소비세는 구 지방세법(1988. 12. 26. 법률 제4028호로 일부개정된 것) 제5조 제2항 제6호로 신설되었는데, 위 법률은 부칙 제4조 제1항으로 “이 법 시행전에 제조장으로부터 반출되어 1988년 12월 31일까지 소매인에게 매도되지 아니한 제조담배에 대하여는 이 법 시행일에 반출된 것으로 본다“는 경과규정을 두어 신설된 담배소비세 부과 규정의 시행 이전에 제조장으로부터 반출한 담배라도 매도되지 않은 것에 대하여는 담배소비세를 부과하는 근거규정을 마련하였던 반면에, 개정 후 구 지방세법은 어떠한 경과규정도 두고 있지 않은 점을 보태어 보면 더욱 그러하다.
 결국 이 사건 쟁점 담배에 개정 후 담배소비세율을 적용한 이 사건 각 처분은 위법하므로 모두 취소되어야 한다.
4. 결론
 그렇다면, 원고의 주위적 청구는 부적법하여 이를 각하하고, 예비적 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김영학(재판장) 이연경 민수연