영농조합법인 취득세 감면 부동산 3년 미만내 다른 용도로 사용하였는지 여부 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2024.02.15 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
가. 피고가 2020. 1. 23. 원고에게 한 취득세 236,053,060원(가산세 포함. 이하 같다), 지방교육세 29,706,190원 및 농어촌특별세 4,951,030원의 부과처분 중 취득세 128,445,970원, 지방교육세 16,164,320원 및 농어촌특별세 2,694,040원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
나. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.
2. 소송 총비용 중 50%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

▣ 청구취지·항소취지

1. 청구취지

피고가2020. 1. 23.원고에게 한 취득세236,053,060원,지방교육세29,706,190원 및 농어촌특별세4,951,030원의 부과처분을 각 취소한다.
2.항소취지

제1심판결을 취소한다.원고의 청구를 모두 기각한다.
▣ 이 유

1.처분의 경위,원고의 주장 요지

이 법원이 이 부분에 관해 적을 이유는 제1심판결 이유 제1, 2항 기재와 같다.그러므로 행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다(여기서 설정된 약칭도 그대로 사용한다).
2. 2019. 8. 27.자 조사의 적법 여부에 대한 판단

가.별지1과 같이,구 지방세기본법(2021. 12. 28.법률 제18654호로 일부 개정되기 전의 것.이하‘구 지방세기본법’이라 한다)제2조 제1항 제36호는“세무조사”를“지방세의 부과징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건(중략)을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동”이라고 정의한다.구 지방세기본법 제80조 제2항은,일정한 경우가 아니면(제1 ~ 6호)지방자치단체의 장이 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다는 재조사 금지 원칙을 규정하고 있다.
나.세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위,질문조사의 대상과 방법 및 내용,조사를 통하여 획득한 자료,조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단해야 한다.세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인,기장 여부의 단순 확인,특정한 매출사실의 확인,행정민원서류의 발급을 통한 확인,납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는‘세무조사’로 보기 어렵다(대법원2017. 3. 16.선고2014두8360판결 등 참조).
다.갑 제4호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면,피고 소속 공무원들은2016. 6. 14.원고의 사업장에 와서 취득세를 면제받은 ○○동 ○○○-7토지 등9필지의 토지 사용현황을 살펴 영농에 사용하는지 여부를 확인한 사실을 인정할 수 있다.이는 단순한 사업장의 현황 확인에 불과하여 재조사가 금지되는‘세무조사’로 볼 수 없다.따라서 위 조사가‘세무조사’에 해당하지 않는 이상, 2019. 8. 27.자 조사가 중복 세무조사 내지는 구 지방세기본법 제80조 제2항이 정하는 재조사 금지 원칙에 위반된다고 볼 수 없다.
라.한편2019. 8. 27.자 조사가 아래3항에서 보는 것처럼3년이라는‘추징기간’이후에 이루어진 것으로 보이기는 한다.하지만 그 기간 내에만 과세관청의 세무조사가 허용된다는 원고의 주장은 이를 뒷받침할 법령상 근거를 찾을 수 없어,이를 받아들일 수 없다.
3.이 사건 각 부과처분의 실체적 적법성 여부에 관계되는 법령

별지1과 같이,구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 일부 개정되기 전의 것.이하‘구 지방세특례제한법’이라 한다)제11조 제1항은“농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(중략)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를…(중략)…2015년12월31일까지 면제한다.”고 정한다.다만 같은 조 제3항은“제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.”면서“해당 용도로 직접 사용한 기간이3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”(제2호)등을 열거하고 있다.
4. ○○동 ○○○-7토지 관련 처분의 적법 여부

가.논의의 전제

원고는 별지2지적도에 점선으로 표시된 농로를 이용하여 ○○동 산○○등에서 영농을 하였다고 주장한다.그 농로는 ○○동 ○○○-7을 통해 공로(公路)와 연결된다. ○○동 ○○○-7토지는 공로에서 ○○동 ○○○-10토지에 이르는 도로이기도 하다.따라서 이하에서는 ○○동 ○○○-7토지를①공도에서 위 농로에 이르는 부분,②위 구간을 지나 ○○동 ○○○-10토지에 이르는 부분,③나머지 부분으로 나누어 살펴본다.
나. ○○동 ○○○-7토지 중 공로에서 위 농로 사이의 구간에 관하여

갑 제4호증의 기재·영상,변론 전체의 취지에 의하면,①위 농로는 ○○동 ○○○-7토지와 연결되어 공로로 이어진다.②피고가2016. 6. 14. ○○동 ○○○-7토지를 조사한 결과,농지 진입을 위한 농로로 이용되고 있었던 것으로 보인다.③ ○○동 ○○○-7토지가 도로의 실질을 띠고 있다. ○○동 ○○○-4토지에 위치한 음식점 영업에 사용됐다고 해서,곧바로‘영농’에 이용되지 않았다든가 이와 다른 용도로 사용되었다고 섣불리 단정할 수 없다.
이 부분 토지가 영농과 다른 용도에 사용되었다고 본 부분의 처분은 적법하다고 할 수 없다.
다.위 구간을 지나 이 사건 각 토지 중 ○○동 ○○○-10토지까지의 구간에 관하여

아래에서 보듯이,원고가 ○○동 ○○○-10토지를 영농 용도로3년 미만에 걸쳐서만 사용했다고 인정할 수는 없다.그렇다면 피고 제출 증거들만으로는,이 부분 구간의 토지에 관해 원고가 영농이 아닌 다른 용도로 사용했다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
따라서 이 부분 토지가 영농과 다른 용도에 사용되었다고 본 부분의 처분도 적법하다고 할 수 없다.
라.그 밖의 나머지 부분에 관하여

을 제1, 7호증,갑 제8호증,을 제2호증의 각 기재·영상에 변론 전체의 취지를 더해 보면,다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
1) ○○동 ○○○-7토지는 ○○동 ○○○-4에 위치한 음식점의 도로로 쓰기 위해1998. 4. 29. ○○동 ○○○-4에서 분할되었다.
2)그 시점 무렵부터2018. 12. 31.까지 ○○동 ○○○-4토지상에서,실제로 음식점 영업이 있었다.
3) 2019. 8. 27.피고의 현장조사 당시, ○○동 ○○○-7토지 중 ○○동 ○○○-4토지에 위치한 음식점 앞쪽 부분에는 정원이 조성되고,구조물이 설치되어 있었다. ○○동 산○○토지와 사이에는 옹벽 등이 설치되어 있었다.
4)위 구조물은2015년경부터 설치되어 있었다.
위 인정사실을 종합하면,이 부분 토지가 영농 용도로 사용된 기간은3년 미만에 불과하다(3년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용되었다)는 점을 충분히 인정할 수 있다.이 부분 토지가 영농과 다른 용도에 사용되었다고 본 부분의 처분은 적법하다.
마.피고의 주장과 이에 대한 판단

이에 대해 피고는, ○○동 ○○○-7토지가 식당의 진입로로 사용할 목적으로 개설된 사도로 실제2015 ~ 2018년 사이에 ○○초가집, ○○○숯불민물장어 음식점 진입로로 사용되었다면서 을 제1, 7호증 등을 내세운다.하지만 그 증거들로는 이 사건 각 토지 인근에서 ○○초가집 내지 ○○○ 숯불민물장어의 음식점 영업이 있(었)다는 사실만 인정할 수 있을 뿐이다.식당 진입로로 사용할 목적으로 개설된 도로라도,그 도로가 영농 사업의 용도로도 쓰였다면 함부로‘영농’의 목적·용도를 부인할 수 없다.
5. ○○동 ○○○-9토지 관련 처분의 적법 여부

가.논의의 전제

○○동 ○○○-9토지에 관해서는 별지3사진처럼 당사자 사이에 크게 세 부분으로 대별해 처분사유의 존부를 다투었다.그러므로 이를 나누어 살펴본다.
나.별지3사진에서 붉은 선으로 표시된 부분

피고는 이 부분 토지에 관해,인근 음식점의 접객용 시설이 설치되어 있거나 과거 음식점의 별관이 있었으므로 원고가‘영농’아닌 다른 용도로 사용했다(이곳에 ○○초가집과 ○○○ 숯불민물장어 식당의 시설인 어린이 놀이시설,족구장 등이 설치되어 있었고, ○○○숯불민물장어 식당의 별관도 있었다)는 취지로 주장한다.이에 맞서 원고는,원고가 영농 사업을 영위하는 ○○동 산 ○○토지 등에 출입하는 농로로 이용해 왔다는 취지로 주장하였다.
피고 주장과 같은 음식점의 접객용 시설 또는 별관이 있었는지 보건대,피고 제출 증거로는 이 부분 토지에 이러한 시설물 내지 건물이 있었다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
2019. 8. 27.자 조사보고서1)에 따르면 이 부분 토지가 조경화된 것으로 보이기는 하지만,이 시점은 부동산 취득일로부터3년이 지난 이후라는 점을 고려하면,그 증거에 결정적인 증명력을 부여할 수는 없다.
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주1)갑 제8호증4쪽

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따라서 이 부분 토지가 영농과 다른 용도에 사용되었다고 본 부분의 처분은 적법하다고 할 수 없다.
다.별지3사진에서 노란 선으로 표시된 부분

을 제4호증의5,을 제8호증의 각 영상과 변론 전체의 취지에 의하면, 2017. 12.경 이 부분 토지는 주차장으로 사용되던 사실,그 입구 쪽에‘○○○주차장’이라는 표시가 부착되었던 사실, 2019. 8. 27.자 조사보고서에“○○○숯불민물장어의 주차장으로 사용”한다고 기재된 사실을 인정할 수 있다.
위 인정사실에 의하면,이 부분 토지는2017. 12.경부터2019. 8. 27.까지 인근 음식점의 주차장으로 이용되어‘영농’아닌 다른 용도로 사용되었다고 인정하기에 충분하다.이 부분 토지가 영농과 다른 용도에 사용되었다고 본 부분의 처분은 적법하다.
라.별지3사진에서 녹색 선으로 표시된 부분

이 부분 토지에 관해 원고는,이 부분에 식재된 수목들은 원고가 이를 취득할 당시부터 존재하던 것으로 인접 토지와의 경계 표시를 위해 남겨둔 것(따라서 이 부분 토지는 추징 대상에 해당하지 않는다)이라는 취지로 주장한다.
이 부분 토지에 영농에 무관한 수목이 식재된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.나아가 앞서 본 증거들과 변론 전체의 취지에 의하면,다음과 같은 사실·사정들을 추론할 수 있다.
①이 부분 토지 중 ○○동 ○○○-7토지, ○○동 산○○토지와 접한 부분의 경우,두 토지 모두 원고의 소유이므로 수목을 식재함으로써 경계를 표시하여야 할 별다른 이유가 없어 보인다.
② ○○동 □□□토지, ○○동 ○○○-3토지, ○○동 ○○○-5토지와 경계를 이루는 부분의 경우,위 토지들의 이용 현황도 ○○동 ○○○-9토지와는 달라 쉽게 경계의 구분이 가능한 것으로 보인다.그러므로 영농을 위하여 위 토지들과 경계의 구분을 명확히 할 이유가 무엇인지 선뜻 납득하기 어렵다.원고의 주장처럼2019. 6.경에 이르러서야 조경공사가 시행되었는지 여부와 관계없이,이 부분 토지가‘영농’목적으로 사용되었다고 보기는 힘들다.
③경계를 표시하기 위해서는,수목을 남겨두는 것 말고도 담장을 설치하는 등 더 효율적인 방법도 있다(수목을 경계로 필지를 구분하는 것이 자연스럽다는 등 원고가 이 법원에서 변론종결 후에 내세운 주장도 있지만,이 부분 각 토지의 왼쪽에 자리한 도로 및 음식점 부지의 분할 시기 및 그 부지의 형태,이 사건 토지에 설치된 수목의 조성 형태 등에 비추어 원고 주장처럼 이 부분 수목을 기준으로 ○○동 ○○○-9토지와 그 인접 토지가 분필되었다고 보기도 어렵다).
④원고는 이 부분 토지에 관해 그 처분이유(과세예고통지)에‘가로수처럼 도로를 감싸는 나무가 있다’는 기재만 있어 처분이유가 분명하지 않다는 취지로도 주장한다.하지만 이러한 기재로써 원고가‘영농’과 다른 용도로 이 부분 토지가 사용되었다는 처분의 판단이유를 알 수 있는 이상,이를 이유로 이 부분 토지에 관한 이 사건 각 부과처분이 위법하다고 할 수는 없다.
⑤원고는 이 부분 토지가 토지 경계 및 농로에 인접한 곳으로서 협소한 짜투리 땅인데 이곳에까지 농작물이 심어져 있지 않다는 이유로 추징당하는 것은 부당하다는 취지로도 주장한다.하지만 앞서 본 대로,이곳에 농작물이 아닌 수목들이 식재되어 있는 사실은 명백하고,그것이 농작물에 관련된 용도로 사용되지 않았음이 증명되었다고 보이는 이상,이 부분 토지에 관한 추징이 적법하지 않다고 볼 수도 없다.
위 인정사실·사정들을 종합하면,이 부분 토지가 영농과 다른 용도에 사용되었다고 본 부분의 처분은 적법하다.
6. ○○동 ○○○-10토지 관련 처분의 적법 여부

가.갑 제4, 8, 16호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면,피고 소속 공무원들의2016. 6. 14.자 현장조사 당시 ○○동 ○○○-10토지에 있는 건축물은 배 저장고,농업용 창고로 이용되고 있었던 사실, 2019. 8. 27.조사 당시에는 위 건축물에 식당에서 사용하는 환풍기 등 자재가 적재되었던 사실,원고가2017. 4.경부터 쌍별귀뚜라미 축산업에 종사하는 박○○과 거래를 한 사실을 각 인정할 수 있다.한편 일정 시점 이후부터2018. 12.경까지 이 토지가 귀뚜라미 사육장으로 사용되었다는 사실은 피고가 명백히 다투지 않는다.
나.위 인정사실에다가 원고가2015. 5. 30.이 토지를 취득한 직후부터 이를 배 저장고로 사용해 왔다고 주장하는 사정 등을 더해 보면,피고 제출 증거들만으로는 원고가 ○○동 ○○○-10토지를 영농 용도로3년 미만 사용하였다거나 이를 다른 용도로 사용했다고 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다(피고는 그 영농의 기간이 사업자등록이 있었던2016. 11. 27.부터2018. 12.사이 즉2년을 조금 넘는 기간으로서3년에 못 미친다고 주장하지만,원고가 위 창고를 농자재 보관 창고의 용도로 계속 사용했다고 주장하는 상황에서,그 주장을 깨뜨릴 만한 더 이상의 증거는 기록에서 찾기 어렵다).
다.나아가 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조 제1호는 농업인을‘농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호에 따른 농업인’으로 정의한다.농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호는 농업인을‘농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자’로,제1호는 농업을‘농작물재배업,축산업,임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것’이라고 정의한다.같은 법 시행령 제2조 제2호는‘수생동물을 제외한 동물의 사육업’을 축산업으로서 농업의 일부로 규정하고 있다.귀뚜라미는 곤충으로,수생동물이 아닌 동물에 해당하므로 원고가 이를 사육하는 업을 영위한 것은‘영농’에 포함된다고 해석함이 타당하다.이에 대해 피고는,귀뚜라미 양식이 농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조 제2호가 정하는 동물의 사육업에 해당하지 않는다는 취지로 주장하지만,귀뚜라미가 왜 수생동물을 제외한 동물의 범주에 속하지 않는다는 것인지 선뜻 이해하기 어렵다.
라.그러므로 이 부분 토지를‘영농’과 다른 용도로 사용했다고 보아 취득세 등을 추징한 부분의 이 사건 각 부과처분은 적법하다고 할 수 없다.
7.이 사건 각 부과처분의 적법성과 그 범위

가.종합하면, ○○동 ○○○-7토지 중 공로에서 위 농로에 이르는 부분과 그 구간을 지나 ○○동 ○○○-10에 이르는 부분, ○○동 ○○○-9토지 중 붉은 선으로 표시된 부분, ○○동 ○○○-10토지에 관한 이 사건 각 부과처분은 적법하다고 할 수 없다.이 부분 각 토지에 관한 원고의 주장은 받아들인다.반면 ○○동 ○○○-7토지 중 나머지 부분, ○○동 ○○○-9토지 중 노란 선과 녹색 선으로 표시된 부분에 관한 이 사건 각 부과처분은 적법하다.이 부분 각 토지에 관한 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
나.이에 대해 원고는,원고의 대표자 등으로부터 이 사건 각 토지를 포함해9필지를 영농에 사용할 목적으로 원고가 취득했다면서,이 사건 각 토지 전체가 영농에 사용되었다(연도별 매출액,연도별 비료 등 농자재 구매내역,곤충 판매수익 내역 등이 담긴 갑 제14, 15호증 등을 내세운다)는 등의 취지로 주장한다.하지만 이 사건 각 토지가 이에 인접한 ○○○-4토지 등에 위치한 음식점의 영업 등에 적어도 일정 기간 이상,적어도 일부분 이상 사용되었던 사실까지 부인할 수는 없다.이러한 상황에서는,앞서 본 것처럼 이 사건 각 토지의 구성 부분마다 구체적으로 살펴보아 개별적 증거들 사이의 우열 및 증명력,증명책임의 원칙에 따라 이 사건 각 부과처분의 적법 여부를 사안별로 가려내지 않을 수 없다.
다.위 가.항과 같이 이 사건 각 부과처분이 적법하다고 인정되는 부분의 토지에 한하여 정당한 취득세(가산세 포함)등의 세액을 산정하면,별지4기재와 같이 취득세128,445,970원,지방교육세16,164,320원 및 농어촌특별세2,694,040원이 된다(피고는 이와 같은 정당세액 내역을 이 법원 변론종결 후인2023. 9. 7.자 참고서면으로 제출하였다.원고는2023. 9. 13.그 내역에 관해 이견이 없다는 내용이 담긴 참고서면을 제출하였다).
8.결론

이 사건 각 부과처분은 그중 위7의 다.항 기재 부분에 한하여 적법하고,이를 초과하는 부분은 위법하다.그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이처럼 위법하다고 인정되는 부분에 한해 받아들이고,나머지 청구는 각 기각해야 한다.이 법원에 이르러 위와 같이 정당세액을 산정할 수 있는 자료가 제출된 이상,제1심판결을 이 판결 주문 제1항과 같이 변경하기로 한다.
별지1

관계법령

■구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것)

제11조(농업법인에 대한 감면)

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서"농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를,농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각2015년12월31일까지 면제한다.
③제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1.정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2.해당 용도로 직접 사용한 기간이3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■구 지방세기본법(2021. 12. 28.법률 제18654호로 일부개정되기 전의 것)

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
36. "세무조사"란 지방세의 부과·징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건(이하"장부등"이라 한다)을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.
제80조(조사권의 남용 금지)

①지방자치단체의 장은 적절하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며,다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
②지방자치단체의 장은 다음 각 호의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1.지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2.거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3.둘 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4.제88조제4항제2호 단서 또는 제96조제1항제3호 단서(제100조에 따라「국세기본법」제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5.납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6.그 밖에 제1호부터 제5호까지의 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

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