법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2015.07.10 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 국민은행 (소송대리인 변호사 백제흠 외 1인)
【피고, 피항소인】 중부세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2014. 8. 19. 선고 2013구합60651 판결
【변론종결】2015. 6. 19.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 피고가 원고에 대하여 한 2012. 3. 5.자 2006 사연연도 법인세 486,693,900원의 부과처분 및 2012. 4. 6.자 2007 사업연도 법인세 710,786,070원의 부과처분 중 893,651원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 금융업을 영위하는 법인으로서 2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제18조의3에 따라 2006 사업연도에 12,874,097,623원, 2007 사업연도에 19,385,069,512원의 각 수입배당금액을 익금불산입하였고, 위 익금불산입액을 계산하면서 아래와 같이 원화예수금이자 등을 수입배당금 익금불산입액 계산시 차감되는 ‘차입금의 이자’에서 제외하였다.
(단위 : 원)구분2006 사업연도2007 사업연도합계원화예수금이자3,433,434,134,5474,144,123,596,5947,577,557,731,141발행금융채권이자1,139,073,184,9161,637,995,366,7342,777,068,551,650환매조건부채권매도이자312,438,169,126347,121,245,138659,559,414,264신탁계정미지급이자073,745,573,66873,745,573,668매출어음할인료16,088,106,51123,208,552,23939,296,658,750기타지급이자2,236,7837,486,838,2617,489,075,044원화콜머니이자01,215,650,0981,215,650,098
 나. 서울지방국세청장은 지급이자 중 위 표의 발행금융채권이자, 환매조건부채권매도이자, 신탁계정미지급이자, 매출어음할인료, 기타지급이자 합계 3,557,159,273,376원(이하 ‘이 사건 쟁점이자’라 한다)과 원화콜머니이자 1,215,650,098원이 수입배당금 익금불산입액 계산시 차감되는 ‘차입금의 이자’에 해당한다고 보아 과세자료를 피고에게 통보하였다. 
 다. 이에 따라 피고는 이 사건 쟁점이자를 수입배당금 익금불산입액 계산시 차감되는 차입금의 이자에 포함시켜 수입배당금 익금불산입액을 재계산하여, 원고에게 2012. 3. 5. 2006 사업연도 법인세 486,693,900원, 2012. 4. 6. 2007 사업연도 법인세 710,786,070원을 각 경정·고지하였다(이하 2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 6. 12. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 7. 18. 원고의 심판청구를 기각하였다. 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 아래와 같은 이유들 및 배당소득에 대한 이중과세 방지라는 구 법인세법 제18조의3의 입법취지에 비추어, 이 사건 쟁점이자는 차입금의 이자에서 제외되어야 한다.
 (1) 수입배당금을 익금불산입하는 취지는 법인 사이의 배당소득에 대한 이중과세 방지에 있으므로 익금불산입을 제한하는 차입금의 범위를 법령상 근거 없이 확장해석할 수 없으므로, 차입금의 이자는 본래적인 의미인 ‘금전소비대차계약에서 발생한 채무’만으로 한정하여야 한다. 소비대차계약에서 발생한 차입금의 이자에 소비임치계약에서 발생한 수신자금의 이자까지 포함된다고 해석할 수는 없다. 수신자금이란 불특정 다수의 고객과 은행 간에 체결된 금전소비임치계약에 발생한 것을 말하는 것으로서, 은행업에 적용되는 회계기준상의 ‘예수부채’에 한정할 수는 없다. 은행회계기준은 이 사건 쟁점이자를 세법상 차입금의 이자에 해당하는지 아니면 수신자금의 이자에 해당하는지 판단하는 기준이 될 수 없다.
 (2) 구 법인세법 제18조의3 제1항 제3호(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에서 익금불산입 대상 수입배당금에서 차입금의 이자를 제외하는 이유는 생산성이 없는 다른 법인 주식 등의 취득으로 인한 재무구조 부실화를 방지하려는 정책적 목적 때문이므로, 당해 차입금으로 생산성이 없는 다른 법인 주식 등을 취득함으로써 법인의 재무구조를 부실화할 가능성이 없는 채무는 수입배당금 익금불산입을 제한하는 차입금에 포함시켜서는 안 된다.
 (3) 이 사건 쟁점이자는 원고의 사업과 직접 관련하여 발생하는 것으로서 다른 내국법인 출자와는 관련이 없으므로 이 사건 조항의 차입금의 이자에서 제외되어야 한다.
 ㈎ 발행금융채권, 환매조건부채권, 매출어음 등의 시장성수신상품은 일반 예·적금과 달리 예금 자체를 자금시장에서 사고팔 수 있는 성격(시장성)을 가지고 있다는 점을 제외하고는 수신자금으로서의 성격을 가지고 있고, 이를 통해 조달한 자금은 일반 예·적금으로 조달한 자금과 마찬가지로 은행 고유의 업무인 자금중개기능에 사용된다. 따라서 은행업을 영위하지 않는 일반 법인이 일시적(비경상적·비반복적)으로 다른 법인 주식 등의 취득 등 특정 사용 목적으로 사용하기 위해서 특정인과 금전소비대차계약을 체결하여 조달하는 차입금과는 성격이 다르므로, 차입금의 수입배당금 익금불산입 제한 취지상 발행금융채권이자, 환매조건부채권이자, 매출어음할인료는 차입금의 이자에서 제외되어야 한다.
 ㈏ 신탁계정미지급금이자는 신탁업무를 처리하는 은행이 신탁계정의 일시 여유자금을 은행계정에 공여, 운영하고 그에 대한 대가로 이자를 지급하는 것으로서, 은행 내부에서 신탁계정과 은행계정을 구분하여 관리·운용한 결과로 발생한 것이고, 신탁재산과 고유재산은 엄격히 구별되어 은행이 임의로 신탁자산을 은행자산으로 운용할 수 없으므로 은행의 일정률의 이자를 신탁계정에 지급하고 있는 것이어서 계정간의 대체에 불과하다. 신탁계정은 고객이 맡긴 자산을 관리하는 계정으로서 그 대가로 수수료를 받을 뿐이므로 고객으로부터 신탁자산을 차입한 것이 아니며, 신탁계정미지급금이자를 고객에게 그대로 지급하는 것도 아니므로 이자로 볼 수는 없다.
 ㈐ 기타지급이자는 은행 고유의 업무인 자금중개기능에 부수하여 경상적·반복적으로 발생한다는 점에서 이 사건 조항의 차입금의 이자에서 제외되어야 한다.
 (4) 배당소득에 대한 이중과세방지라는 입법취지상 어떤 비용이 수입배당금의 익금불산입액에서 공제하는 차입금의 이자인지 여부는 당해 비용의 손금 산입 여부와는 관계가 없으므로, 법인세법 시행령 제17조의3 제2항의 규정을 들어 이 사건 조항의 입법취지가 차입금의 이자가 손금으로 인정되면서 수입배당금도 익금불산입되는 이중공제에 따른 세금 혜택을 배제하기 위한 것이라는 해석은 법인세법 시행령 제17조의3 제2항의 입법취지와 관련 규정의 체계에 정면으로 배치되는 잘못된 주장이다.
나. 관계 법령
 [별지] 기재와 같다. 
다. 인정사실
 (1) 사단법인 전국은행연합회가 2011. 3.경 발간한 은행회계해설에 따르면, 은행회계에 있어서 부채는 ‘과거의 거래나 사건의 결과로 현재 기업실체가 부담하고 있고 미래에 자원의 유출 또는 사용이 예상되는 의무’로서 예수부채, 차입부채, 기타부채로 분류된다. 은행회계해설 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.
○ 부채는 과거의 거래나 사건의 결과로 현재 기업실체가 부담하고 있고 미래에 자원의 유출 또는 사용이 예상되는 의무로서 예수부채, 차입부채, 기타부채로 분류한다. ○ 예수부채- 예금증서를 발행하거나 예금계좌를 통하여 일정한 이자지급 등의 반대급부를 조건으로 일반대중 또는 기업, 공공기관 등 불특정 다수의 고객으로부터 자금을 수납하여 관리·운용하는 경우 이를 예수부채로 분류하며, 자금예수의 형태에 따라 원화예수금, 양도성예금증서, 외화예수금, 역외외화예수금, 발행어음예수금, 어음관리계좌수탁금, 신탁예수금, 금 예수 등으로 분류한다. ○ 차입부채- 명칭 등 형식에 불구하고 경제적 실질이 담보를 제공하거나 신용으로 일정기간 동안 또는 동 기간 종료시 원리금의 반환을 약정하고 자금을 차입하는 경우 이를 차입부채로 분류한다. 자금차입의 형태에 따라 외화수탁금, 원화차입금, 외화차입금, 역외외화차입금, 콜머니, 환매조건부채권매도, 매출어음, 신용카드채권매출, 차입유가증권, 발행금융채권 등으로 분류한다.- 차입부채 중 은행이 장기적으로 안정적인 자금조달을 위해 발행하는 채권은 상법상 사채에 해당하며 통상 은행은 금융채권으로 계상한다. 일반적으로 금융채권은 붙특정 다수로부터 정형화된 채권을 발행하여 자금을 조달하는 특성으로 인해 여타의 차입부채와 비교되며, 발행조건 및 발행방법 등은 은행법에서 정하고 있다. ○ 기타부채- 기타부채계정은 과목이나 금액의 중요성이 비추어 독립된 대과목으로 분류하기 곤란한 여타의 계정과 결산정리상 나타나는 경과계정으로 이루어져 있는데, 신탁계정차는 기타부채에 포함된다. ○ 환매조건부채권매도- 은행이 인수한 국·공채를 타은행 또는 일반에게 환매수할 것을 조건으로 매각하는 경우, 동 매도채권 잔액을 표시하는 계정으로 동 채권매수와 동일하게 구분된다. ○ 환매조건부채권매도이자- 환매조건부채권 매도시 지급하는 이자를 처리하는 계정이다.○ 매출어음- 본 계정은 은행이 매입하여 보유하고 있는 상업어음, 무역어음 등 매입어음을 근거로 발행하는 어음(‘표지어음’이라 한다)을 불특정 다수의 일반에게 매출하는 형식으로 자금을 차입하는 경우에 처리하는 계정으로 동 계정의 잔액은 어음매출에 따른 채무잔액을 표시하며 항상 대변에 나타난다. ○ 매출어음할인료- 은행이 표지어음 등을 매출하였을 경우 매출할인이자를 처리하는 계정이다. ○ 발행금융채권- 주식회사가 확정채무임을 표시하는 증권을 발행하여 다수인으로부터 장기간 거액의 자금을 차입함으로써 발생하는 부채를 말한다.- 발행가액에 따라 액면발행, 할인발행, 할증발행으로 구분되며, 발행방법에 따라 사모 및 공모에 의한 발행으로 구분되며, 상환방법에 따라 만기일시상환과 분할상환으로 구분된다.- 동 계정은 은행이 채권을 발행한 경우 동 발행채권에 따른 채무를 처리하는 계정으로서, 채권발행으로 인한 채무는 대변에, 상환시에는 차변에 기입한다. 미상환 잔액은 항상 대변에 나타난다. ○ 발행금융채권이자- 은행이 금융채권을 발행하였을 경우 이에 대해 지급하는 이자(할인이자 포함)와 할증·할인발행차금 상각액을 처리하는 계정이다. ○ 신탁계정차(주1)- 신탁업무를 취급하는 은행의 경우 신탁계정의 일시 여유자금을 고유계정에 공여·운용할 경우에 신탁계정에서 공여받은 자금을 처리하는 계정이다. ○ 신탁계정차이자- 신탁계정으로부터 차입한 자금(신탁계정차)에 대한 고유계정의 신탁계정 앞 지급이자를 처리하는 계정이다. ○ 기타지급이자- 타행간자금수수이자, 대출채권매각지급이자, 기타 영업상 지급이자를 처리하는 계정이다.
신탁계정차
 (2) 원고는 2006 사업연도 및 2007 사업연도의 대차대조표상 부채를 예수부채, 차입부채, 기타부채로 분류하였고, 위 대차대조표상 차입부채에는 환매조건부채권매도, 매출어음, 콜머니, 사채가 포함되며, 기타부채에는 신탁계정미지급금이 포함된다. 또한 원고는 2006 사업연도 및 2007 사업연도의 손익계산서상 이자비용을 예수부채이자, 차입부채이자, 기타이자비용으로 분류하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증, 을 제2, 3, 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
라. 판단
 (1) 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’에 대한 해석기준
 이 사건 조항에서 규정한 ‘차입금’과 ‘이자’의 개념이나 범위에 대하여 구 법인세법이나 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다)에서 명시적으로 규정하고 있지 아니하다. 따라서 이 사건 조항의 입법취지, 관계규정에서의 ‘차입금’과 ‘이자’의 범위 등을 고려하여 그 의미를 해석할 수 밖에 없다.
 ㈎ 구 법인세법 제18조의3 및 이 사건 조항의 입법취지
구 법인세법 제18조의3에서 수입배당금액을 익금불산입하도록 규정한 것은 배당소득의 경우 일단 이를 지급하는 법인 단계에서 손금에 해당하지 않기 때문에 법인세가 과세되고, 지급받는 주주 단계에서 법인주주에게 법인세가 과세되기 때문에 이중과세의 문제가 제기되어 이를 방지하고자 함에 그 입법취지가 있다. 그리고 이 사건 조항은 배당소득을 익금불산입함에 따라 내국법인이 차입을 통하여 다른 내국법인의 주식 또는 출자지분을 과도하게 보유함으로써 야기될 수 있는 기업의 문어발식 확장, 비생산적 자산 보유, 재무구조의 부실화 등을 방지하고자 익금불산입에서 제외되는 차입금의 이자 범위를 정하고 있다.
 ㈏ 관계 규정에서의 ‘차입금’의 범위
구 법인세법 제18조의3 제3항 및 구 법인세법 시행령 제17조의3 제2항은 ‘이 사건 조항을 적용함에 있어서 차입금 및 그 차입금의 이자에는 구 법인세법 시행령 제55조에 의하여 이미 손금불산입된 금액이 포함되지 아니하는 것으로 한다’라고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제55조는 ‘지급이자의 손금불산입에 관하여 구 법인세법 제28조 제1항 각 호의 규정이 동시에 적용되는 경우의 적용순서’를 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제28조 제1항 제2호는 ‘소득세법 제16조 제1항 제1호·제2호·제6호 및 제9호의 규정에 의한 채권·증권의 이자·할인액 또는 차익 중 그 지급받은 자가 불분명한 채권·증권의 이자·할인액 또는 차익으로서 대통령령이 정하는 것’은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되지 아니하는 차입금의 이자로 규정하고 있는데, 구 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8541호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1호·제2호·제6호 및 제9호에 의하면 그 차입금의 이자는 국가 또는 지방자치단체가 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액(제1호), 내국법인이 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액(제2호) 외국법인의 국내지점 또는 국내영업소에서 발행한 채권이나 증권의 이자와 할인액(제6호), 대통령령이 정하는 채권 또는 증권의 환매조건부매매차익(제9호)이라고 규정하고 있다. 
 이러한 규정들을 종합하면, 이 사건 조항에서의 ‘차입금’이 민법상 소비대차계약에 기한 것으로 한정된다거나 ‘이자’가 소비대차계약에서 발생하는 통상적인 이자에 한정된다고 보기 어렵다.
 ㈐ 은행회계기준의 적용 가부
구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제20조는 ‘국세의 과세표준을 조사·결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.’라고 규정하고 있고, 구 법인세법 제43조에서는 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다’라고 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령 제79조에서는 ‘법 제43조의 규정에 의한 기업회계의 기준 또는 관행은 다음 각 호의 1에 해당하는 회계기준(당해 회계기준에 배치되지 아니하는 것으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 관행을 포함한다)으로 한다’라고 규정하고 있다.
 살피건대, 은행업을 영위하는 경우 구 은행법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항, 구 은행업 감독규정(2009. 6. 24. 금융위원회 고시 제2009-34호로 개정되기 전의 것) 제32조 제1항에 의해 증권선물위원회가 정하는 은행업회계처리준칙에 따라 회계를 처리하고 재무제표를 작성하여야 하므로 은행회계기준은 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 회계의 기준 또는 관행에 해당한다. 그렇다면 이 사건 조항이 ‘차입금’의 의미에 관하여 명시적으로 규정하고 있지 아니하므로 이 사건 조항을 해석함에 있어서 은행회계기준을 고려할 수 있다고 봄이 타당하다. 
 한편, 은행회계해설에 의하면 금융회사의 부채를 예수부채, 차입부채, 기타부채로 구분하면서, 예금증서를 발행하거나 예금계좌를 통하여 일정한 이자지급 등의 대가를 조건으로 개인, 기업 및 공공기관 등 불특정 다수의 고객으로부터 자금을 수납하여 관리하고 운용하는 경우 이를 예수부채로 분류하며, 명칭 등 형식에 불구하고 경제적 실질이 원리금의 반환을 약정하고 자금을 차입하는 경우 이를 차입부채로 분류하고 있다. 
 위에서 살펴본 이 사건 조항의 입법취지와 관계 규정에서의 ‘차입금’ 및 ‘이자’의 범위를 고려하면 ‘차입부채’가 이 사건 조항의 ‘차입금’을 해석하는데 일응의 기준이 될 수 있다. 다만, 차입부채에 해당한다고 하여도, 구 법인세법 제18조의3 및 이 사건 조항의 입법취지를 고려하였을 때, 은행의 “예수금이자”와 같이 은행 본연의 업무로 인한 것으로서 경상적·반복적 업무에 의하여 지급하는 성격의 금원은 이를 유용하여 다른 내국법인의 주식을 취득함으로써 문어발식 경영확장, 재무구조 부실화 등을 불러일으킬 것이라고 보기는 어려우므로 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’에서 제외된다고 봄이 타당하다.
 ㈑ 소결
 위와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 조항에서 규정한 ‘차입금의 이자’는 민법상 전형계약인 금전소비대차계약에 의한 차입금의 이자에 한정되는 것은 아니고, 그것보다 넓은 개념인데, 은행회계기준의 차입부채가 이 사건 조항의 ‘차입금’을 해석하는데 일응의 기준이 될 수 있다. 그러므로 명칭 등 형식에 불구하고 경제적 실질이 원리금의 반환을 약정하고 자금을 차입하는 경우로서 은행 본연의 경상적·반복적 업무에 의하여 지급되는 것이 아닌 금원에 대한 이자를 차입금의 이자로 봄이 상당하다. 이러한 해석기준에 따라 이 사건 쟁점이자의 유형별로 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’에 해당하는지를 아래 항에서 살펴보기로 한다.
 (2) 이 사건 쟁점이자가 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’에 해당하는지 여부
 ㈎ 발행금융채권이자
 앞서 본 은행회계해설(을 제2, 3호증)에 따르면, 발행금융채권은 주식회사가 확정채무임을 표시하는 증권을 발행하여 다수인으로부터 장기간 거액의 자금을 차입함으로써 발생하는 부채로, 은행회계해설에서 차입부채에 포함되는 사채 중 하나로 설명하고 있고, 사채는 은행이 장기적으로 안정적인 자금조달을 위해 발행하는 채권이다. 그렇다면 그 경제적 실질이 신용으로 일정기간 동안 또는 동 기간 종료시 원리금의 반환을 약정하고 자금을 차입하는 것이라 할 것이고 이를 활용한 자금의 유용이 가능할 것으로 보이므로 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’에 포함된다.
 ㈏ 환매조건부채권매도이자
 앞서 본 은행회계해설(을 제2, 3호증)에 따르면, 환매조건부채권매도이자는 은행이 인수한 국·공채를 타은행 또는 일반에게 환매수할 것을 조건으로 매각하고 지급하는 이자를 말하는데, 발행금융채권과 마찬가지로 그 자금의 유용성을 고려하였을 때 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’에 포함된다고 봄이 타당하다.
 ㈐ 신탁계정미지급이자
 앞서 본 은행회계해설(을 제2, 3호증)에 따르면, 신탁계정미지급이자는 신탁계정으로부터 차입한 자금에 대한 고유계정의 신탁계정 앞 지급이자를 처리하는 계정이고, 신탁계정미지급금이란 신탁업무를 취급하는 은행의 경우 신탁계정의 일시 여유자금을 고유계정에 공여·운용할 경우에 신탁계정에서 공여 받은 자금을 처리하는 계정이다. 그런데 구 신탁업법(2008. 3. 14. 법률 제8908호로 개정되기 전의 것) 제12조에 의하면 신탁회사는 신탁재산과 고유재산을 구분하여야 하고, ‘신탁회사는 금전신탁에 관하여 그 운용에 의하여 취득한 재산이 유가증권시장 등에서 시세가 있는 것일 때 신탁행위에 의하여 수익자에 대하여 부담하는 채무를 이행하기 위하여 필요한 경우에 한하여 신탁회사의 고유재산으로 할 수 있다’고 규정하고 있어 신탁재산의 운용이 법으로 엄격하게 규제되고 있어 이를 유용하여 재무구조를 부실하게 할 우려가 없다고 보인다. 또한 신탁계정미지급금은 고유계정이 전일의 신탁계정미지급금 잔액에 일(日) 이자율을 곱해 계산한 이자를 신탁계정에 지급하고 전일의 신탁계정미지급금 잔액을 신탁계정에 환원한 후, 다시 당일의 신탁계정미지급금만큼의 신탁계정에서 가져오는 형태로 운영되는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 이는 계정간의 대체에 불과하다고 할 것이고, 신탁계정미지급금이자의 발생기간이 사실상 1일이어서 원고가 이를 유용하여 다른 내국법인의 주식 등을 취득하는 것은 어려워 보인다. 그렇다면 이 사건 규정의 입법취지를 고려하였을 때, 신탁계정미지급금이자는 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’에서 제외된다고 봄이 타당하다.
 ㈑ 매출어음할인료
 앞서 본 은행회계해설(을 제2, 3호증)에 따르면, 매출어음할인료란 은행이 매입하여 보유하고 있는 상업어음, 무역어음 등 매입어음을 근거로 발행하는 어음을 불특정 다수의 일반에게 매출하는 형식으로 자금을 차입하는 경우 그 매출할인이자를 처리하는 계정으로 그 경제적 실질이 신용으로 일정기간 동안 또는 동 기간 종료시 원리금의 반환을 약정하고 자금을 차입하는 것이라 할 것이고, 경상적·반복적인 은행업무에 포함된다고 보기 어려우므로 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’에 포함된다고 봄이 타당하다.
 ㈒ 기타지급이자
 앞서 본 은행회계해설(을 제2, 3호증)에 따르면, 기타지급이자에는 타행환조정자금이자, 어음교환자금조정이자, 자기앞수표정보교환조정자금이자, 전자어음조정자금이자, 대출채권매각지급이자 등이 있는데, 이러한 것들은 단기자금차입에 대한 비용으로의 성격이 있기는 하다. 그러나 기타지급이자에 해당하는 것들은 그 지급기간이 단기이고, 은행 본연의 자금중개기능에 부수하여 경상적·반복적으로 발생하며, 이와 관련된 자금을 유용하여 문어발식 경영확장을 한다거나, 생산성이 없는 다른 법인 주식을 취득하는데 사용하여 재무구조 부실화를 초래할 것이라고 보기 어려우므로 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’에서 제외된다고 봄이 타당하다.
 ㈓ 피고 주장에 대한 판단
 피고는 대법원 1998. 12. 23. 선고 97누11812 판결의 취지에 비추어, 이 사건 쟁점이자는 법문상 제외되는 차입금의 이자로 열거되지 아니하였고, 이 사건 조항은 금융기관인 법인과 일반법인을 구분하고 있지 아니하므로 이 사건 쟁점이자들은 모두 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’에 해당한다는 취지로 주장한다. 그러나 위 판결은 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’의 해석과 관련이 있는 것이 아니므로 이 사건 조항의 해석에 그대로 적용할 만한 것이 아니다.
 ㈔ 소결
 따라서 피고의 이 사건 처분 중 신탁계정미지급이자, 기타지급이자를 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’에 포함시켜 익금불산입에서 제외한 처분 부분은 위법하다.
마. 이 사건 처분의 전부 취소
 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2013두3641 판결, 대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).
 앞에서 살펴본 바와 같이 피고의 이 사건 부과처분 중 신탁계정미지급이자 및 기타지급이자를 이 사건 조항의 ‘차입금의 이자’로 보아 익금불산입에서 제외한 처분 부분은 위법하다. 한편, 이 사건 조항에 따른 금액을 계산하기 위해서는 구 법인세법 제18조의2 제1항 제3호의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 산출하여야 하는데, 이를 규정한 구 법인세법 시행령 제17조의3 제3항에 따라 차입금의 이자에 같은 항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액의 합계액이 제4호의 규정에 의한 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출하여야 한다. 그러기 위해서는 원고가 보유하고 있는 다른 내국법인의 주식등의 장부가액이 산출되어야 하고, 같은 법 시행령 제17조의3 제5항에서 내국법인의 주식등의 가액을 적수(매일 매일의 잔액을 일정기간 동안 더한 금액)로 계산하도록 규정하고 있다. 그런데 현재 이에 관한 자료가 제출되어 있지 않아 정당한 세액을 산출할 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 일부가 위법하나 사실심변론종결시까지 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되지 아니하므로 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 장석조(재판장) 손삼락 김용하