법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2002.11.01 / 시행일:

【원 고】 엘지전자 주식회사(소송대리인 변호사 김영생)
【피 고】 영등포세무서장
【변론종결】2002. 10. 9.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】피고가 2002. 7. 9. 원고에 대하여 한 1998사업연도 귀속 법인세 3,596,390원, 1999사업연도 귀속 법인세 242,157,890원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 1호증의 1, 2, 을 1호증의 1, 2, 을 2호증의 1, 2, 을 3호증, 을 4호증, 을 5호증의 1 내지 3, 을 6호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있다.
 가. 원고회사는 1998년도에 원고회사가 보유하고 있던 별지 목록 기재 순번 1, 2의 부동산을 사원들에게 합계 886,289,000원(토지 344,739,162원 + 건물 541,549,838원)에 양도하면서 이 가운데 359,639,139원에 해당하는 계산서를 교부하지 아니하였고, 또한 박장원특허법률사무소로부터 수취한 공급가액 145,630,000원에 해당하는 계산서에 대하여 매입처별계산서합계표를 제출하지 아니하였으며, 1999년도에도 같은 목록 기재 순번 3 내지 18의 부동산을 사원들에게 합계 24,215,768,640원(토지 11,277,407,148원 + 건물 12,938,361,492원)에 양도하면서 계산서를 전혀 교부하지 아니하였고, 또한 인천공항세관장으로부터 수취한 공급가액 158,639,849원에 대한 매입처별계산서합계표를 제출하지 아니하였다.
 나. 이에 대하여 피고는 1998사업연도 거래분의 계산서 미교부 및 매입처별계산서합계표 미제출에 대하여는구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘1998법인세법’이라고 한다) 제41조 제14항 제1호,제2호,제66조 제1항,제2항을, 1999사업연도 거래분의 계산서 미교부 및 매입처별계산서합계표 미제출에 대하여는구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘1999법인세법’이라고 한다) 제76조 제9항 제1호,제2호,제121조 제1항,제3항을 각 적용하여(이하 위 각 법인세법 중 계산서미교부가산세에 관한 부분만을 ‘이 사건 법인세법 규정’이라고 한다) 2001. 7. 9. 원고에게 위 각 부동산 공급가액의 100분의 1에 해당하는 가산세로서 1998사업연도 귀속분 5,052,690원과 1999사업연도 귀속분 243,744,080원을 부과하였다가, 2001. 11. 9. 1999사업연도 귀속분 중 인천공항세관장으로부터 수취한 매입세금계산서 158,639,849원에 대한 가산세 1,586,390원에 대하여는 세관장의 경우 수입되는 재화의 공급자가 아니므로 그로부터 받은 계산서의 매입처별계산서합계표를 제출하지 않았다 하더라도1999법인세법 제76조 제9항의 규정을 적용할 수 없다는 서울지방국세청장의 통보를 받고 이 부분을 감액 경정하였다.
 다. 심판의 대상
 원고는 위 각 가산세 중 계산서 미교부에 해당하는 1998사업연도 귀속 법인세 3,596,390원(5,052,690원-145,630,000원/100)과 1999사업연도 귀속 법인세 242,157,890원(≒243,744,080원-158,639,849원/100)에 대하여만 불복하고 있으므로, 이 부분을 이 사건 심판의 대상으로 하면서 이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다. 
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 나. 원고의 주장
 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.
 (1) 아래와 같은 점에 비추어, 이 사건 법인세법 규정은헌법 제23조 제1항의 재산권보장과제37조 제2항의 과잉금지의 원칙에 위배되고, 그렇지 않다 하더라도 원고에게는 가산세를 부과할 수 없는 정당한 이유가 있다.
 원고회사는 회사 구조조정의 일환으로 사원주택인 별지 목록 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 기존에 사용하던 사원들에게 양도한 것으로서 대부분 부가가치세 면세대상인 국민주택규모이고, 법인의 경우 복식부기에 의하여 장부를 작성하므로 매출누락의 가능성이 없어 계산서교부제도가 도입된 1967. 11. 29. 이래 미교부에 대한 가산세를 부과하지 않다가 1996. 12. 30. 법개정을 하면서 비로소 이를 규정하게 되었는데, 이 경우에도 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 상당기간 홍보한 후 시행하여야 함에도 피고는 이를 소홀히 하였고, 이 사건 법인세법 규정 소정의 ‘재화’의 개념에 토지가 포함되는지 여부가 불분명하고, 그 문언 자체로는 계산서와 영수증의 발행기준을 알 수 없는 등 원고회사는 이 사건의 경우 계산서 교부대상이 된다는 것을 알지 못하였고, 또한 원고회사가 사택을 사원들에게 공급하면서 교부하지 아니하였다고 하는 계산서는 부동산의 양도자료로서 후에 등기소에서 국세청에 통보되어 활용되는 자료이므로 이를 납세자로부터 따로 수집할 필요가 없고, 위 계산서는 주민등록기재로 발행하여야 할 대상으로서 매출·매입처별계산서합계표에 주민등록기재분은 합계로 표시될 뿐 달리 명세서를 제출하지 아니하여도 되는 것인데, 그럼에도 이를 요구한다 함은 부동산등기자료와 이중자료가 되어 행정력의 낭비를 초래하는 것이고, 이러한 여러 문제점들로 인하여 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 법인세법이 개정되면서 토지의 공급분에 대한 계산서미교부가산제 제도가 폐지되기에 이르렀다.
 (2) 원고회사가 사택인 이 사건 부동산을 사원들에게 공급한 것은소득세법시행령 제211조 제2항 소정의 영수증 교부사유에 해당하므로 계산서미교부에 따른 가산세를 부과할 수 없다.
 다. 판단
 (1) 원고 주장 (1)부분에 대한 판단
 이 사건 법인세법 규정에서, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우 계산서를 교부하게 하고 이를 위반하는 경우 가산세를 징수하도록 하는 취지는, 사업자로 하여금 거래사실의 확인자료를 스스로 작성·교부하게 하여 과세표준의 양성화 및 근거과세를 실현하고, 공급자와 공급받은 자가 제출하는 매출·매입처별계산서합계표와 의 유기적인 연관을 통한 거래관계의 상호검증을 통하여 조세포탈을 방지하고 조세행정의 원활을 구현하는데 있다.
 또한, 법인이 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익이 있는 경우 이는 각 사업연도의 소득이 되어 법인세의 과세단위가 됨은 물론 법인세법상 특별부가세의 과세단위가 되고 있고(1998법인세법 제59조의2,1999법인세법 제99조), 한편 부가가치세법에 의한 세금계산서를 교부하는 경우 법인세법에 따른 계산서의 제출의무는 없는 것으로 규정하고 있는데(1998법인세법 제66조 제3항,1999법인세법 제121조 제4항), 부가가치세법에서는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 세금계산 또는 영수증을 작성·교부하고 매출·매입처별세금계산서합계표를 제출하도록 하면서(제16조,제20조), 토지의 경우 부가가치세법상 면세의 대상이 된다고 규정하고 있어(제12조 제1항 제12호), 특히 토지의 양도에 따른 양도차익이 있는 경우에는 특별부가세의 과세자료를 수집하기 위한 의미도 있다고 할 것이다.
 한편, 법인의 사업연도 소득금액에 포함되는 토지등의 양도금액은 실지양도금액이어야 하고, 특별부가세의 과세표준이 되는 토지등의 양도차익도 양도가액에서 취득가액등을 공제한 금액으로 하되, 다만 양도가액이 불분명한 경우에만 양도당시의 기준시가를 양도가액으로 하도록 규정하고 있어(1998법인세법 제59조의2,1999법인세법 제99조), 이 사건 법인세법 규정상의 계산서교부의무를 통하여 수집하고자 하는 과세자료는 실지양도금액 내지 기준시가에 관한 것임을 알 수 있다. 이에 비하여 부동산등기절차를 통하여 과세자료가 수집되는 취득세, 등록세 등 지방세의 과세표준은 취득자 등의 신고에 의하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 지방세시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의하도록 규정하고 있어(지방세법 제111조,제130조), 그 결과 부동산등기 납세의무자가 제출하는 이른바 검인계약서등의 과세자료도 실지거래가액과 다른 신고가액 또는 지방세시가표준액이 양도가액이 되는 것이 보통이어서, 이와 과세표준을 달리하는 법인세 및 특별부가세의 과세자료가 되기에는 부족하다고 하지 않을 수 없다.
 나아가,1998법인세법 제59조의2 제6항,1999법인세법 제99조 제6항에 의하면, 특별부가세의 과세표준이 되는 토지등의 양도차익을 산정함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이지 소유권이전등기일이 아니므로 아직 소유권이전등기가 경료되지 아니하였다 하더라도 잔금이 청산되었다면 특별부가세와 관련하여서는 이미 양도가 있었던 것인만큼 과세관청은 그에 관한 과세자료를 수집할 필요가 있고, 법인이 특별부가세 과세표준 및 세액계산서를 제출할 의무를 부담하고 있다고 하더라도 이는 납세의무자인 법인이 스스로 특별부가세의 과세요건이 충족되었는지를 조사·확인하게 하고 이에 관련 세법을 적용하여 과세표준 및 세액을 신고하도록 하는데 목적이 있을 뿐, 특별부가세 과세표준 및 세액계산서 그 자체가 거래의 근거자료가 되는 것이 아님에 반하여, 계산서교부의무를 부담시키고 있는 것은 거래 당시에 과세의 근거가 될 수 있는 자료인 계산서를 작성·교부하도록 하여 과세대상거래의 근거를 남기도록 하고자 함에 목적이 있어 그 규정의 취지가 서로 다르고, 또 그 기재사항도 계산서에는 거래상대방의 등록번호와 성명 또는 명칭등이 포함되어 있는 등 반드시 특별부가세 과세표준 및 세액계산서의 기재사항과 일치하는 것은 아니다.
 원고는 법인세법이 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되면서 토지의 공급분에 대한 계산서미교부가산제 제도를 폐지하였음을 들어 위 규정의 부당성을 시인하는 결과가 되었다는 취지로 주장하나, 위 개정법률에 의하면, 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산 또는 영수증을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하는 점은 변함이 없으나(제121조 제1항), 다만 부동산을 매각하는 경우등 계산서등을 교부하는 것이 적합하지 아니하다고 인정되어 대통령령이 정하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다(제121조 제4항)고 하면서, 대통령령에서는 토지와 건축물을 공급하는 경우를 말한다(법인세법시행령 제164조 제3항)고 규정하고 있는데, 앞서 보았던 위 제도의 입법취지에 비추어 볼 때 위 개정규정만으로 종전의 규정에 위헌적인 요소가 있다고 단정하기 어렵고, 오히려 위와 같은 개정의 취지는 법인세율 인하를 통해서 기업의 국제경쟁력을 제고하고 성장잠재력 확충을 통한 경제체질 강화를 도모하고, 보유부동산의 처분을 통한 기업구조조정이 보다 원활하게 이루어질 수 있도록 하기 위한 목적하에 종전에 규정하였던 토지등의 양도차익에 대한 특별부가세를 폐지하게 됨으로써, 결국 토지에 대하여는(토지를 제외한 건물등의 경우에는 여전히 부가가치세법에서 계산서교부의무와 가산세규정을 두고 있다) 굳이 계산서를 작성할 필요성이 적어졌기 때문으로 보인다.
 한편, 세법상 가산세 제도는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 법에 규정된 신고, 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 것이며, 단순한 법령의 부지 또는 오인은 가산세를 배척할 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없고(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결,2001. 9. 14. 선고 99두3324 판결,1999. 9. 17. 선고 98두16750 판결 등 참조), 이 사건 법인세법 규정이 ‘재화’를 규정하면서, 부가치세법상 토지를 면세의 대상으로 한다는 것과 같은 예외의 규정을 별도로 두고 있지 않은 점에 비추어 재화의 일반적인 개념(부가치세법 제1조 제2항에서는, 재화를 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다고 규정하고 있다)에 따라 토지도 당연히 포함되는 것이라 할 것이고, 법인세법 자체에서 계산서교부의 원칙, 미교부시 가산세 부과의 요건 및 세율 등의 본질적인 사항에 관하여 규정하고, 계산서 또는 영수증의 작성·교부 및 기타 작성방식 등에 관하여는 시행령등에 위임하고 있고, 이에 따라 시행령에서 이를 세분하고 있는 점에 비추어 계산서 또는 영수증 작성의 구분이 명확하지 아니하다고도 할 수 없다.
 이러한 점들에 비추어보면, 법인의 토지등의 거래시 계산서교부의무를 부과하는 이 사건 법인세법 규정은 근거과세의 실현, 과세표준의 양성화, 조세포탈의 방지, 조세행정의 원활화를 추구하고 있어 그 목적의 정당성은 물론 이를 실현하기 위한 수단의 적합성 또한 인정된다 할 것이고, 그 의무위반에 대하여 공급가액의 100분의 1에 해당하는 금액을 가산세로 부과한다고 하여 같은 법에서 규정한 신고·기장불성실 가산세, 과소신고가산세, 납부불성실가산세 등과 비교하여 그 제재가 특히 무겁다고 단정할 수 없고, 토지등 부동산의 경우에만 다른 재화의 경우와 달리 가산세율을 정하여야 할 이유도 없으며, 따라서 이 사건 법인세법 규정이 토지등의 소유자의 재산권을 부당히 침해한다거나 보호하려는 공익에 비하여 침해되는 사익이 지나치게 크다고 볼 수도 없다.
 그렇다면, 이 사건 법인세법 규정이 헌법상 재산권보장규정이나 과잉금지의 원칙에 위배된다고 할 수 없고, 나아가 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고도 할 수 없다.
 (2) 원고 주장 (2)부분에 대한 판단
 위 관계법령이 규정하고 있듯이, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 계산서 교부를 원칙으로 하면서 예외적으로 계산서 대신 영수증을 교부할 수 있도록 하고 있는데, 이는 주로 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 그 사업자의 범위를 금융 및 보험업, 사업서비스업, 교육서비스업, 보건 및 사회복지사업, 사회 및 개인서비스업, 가사관련서비스업, 기타 위와 유사한 사업으로서 계산서 교부가 불가능하거나 현저히 곤란한 사업으로 한정하고 있는바, 원고회사는 전자·통신·전기·기타 기계기구의 제작 및 판매업 등 주로 전자제품 등의 제조·판매를 목적사업으로 하고 있어(등기부등본 참조) 위 소정의 영수증 교부대상이라고 볼 수 없으므로, 위 주장도 이유 없다.
 (3) 소결론
 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론
 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 강영호(재판장) 지상목 오현규