등록면허세 등 부과 처분 무효 확인 청구 (일반행정, 수원지방법원)
공포일: 2024.06.05 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
등록면허세
【주문】
1. 피고가 2023. 5. 24. 원고에게 한 등록면허세 375,723,350원, 지방교육세 75,144,670원의 각 부과처분은 무효임을 확인한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】
1. 처분의 경위

가. 원고(변경 전 상호 ○○○ 주식회사)는 수원지방법원 2016회합10016 사건에서 2016. 5. 18. 회생절차개시결정을 받고, 2016. 12. 8. 회생계획인가결정을 받았다. 

나. 원고는 회생계획에 따라, ① 2016. 12. 8. 회생계획인가 전에 발행한 보통주 12,065,263주 중 원고가 소유한 자기주식 4,176주는 전부 무상소각하고, 이를 제외한 일반 주주가 소유한 12,061,087주는 액면가 500원의 보통주 5주를 액면가 500원의 보통주 1주로 병합하였으며(1차 주식소각에 따른 자본금 4,827,219,000원 감자), ② 2016. 12. 9. 회생담보권, 회생채권 등 중 현금으로 변제되는 부분을 제외한 나머지는 출자전환을 하고(출자전환에 따른 자본금 93,930,839,000원 증자, 이하 ‘이 사건 출자전환’이라고 한다), ③ 2016. 12. 9. 출자전환으로 발행된 신주는 전부 무상 소각하였으며(2차 주식소각에 따른 자본금 93,930,839,000원 감자), ④ 2016. 12. 13. 회생담보권, 회생채권 등의 변제자금 조달을 위해 원고의 인수자(광림 컨소시엄)의 인수대금 47,005,023,697원을 보통주 1주당 액면가 500원으로 발행하여 인수자에게 배정하였다(유상증자에 따른 자본금 47,005,023,500원).

다. 회생법원(수원지방법원)은 구 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(2024. 2. 13. 법률 제20264호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 채무자회생법’이라고 한다) 제23조 제1항에 따라 위 나항의 ① 내지 ④ 사항에 관한 등기를 촉탁하였고, 위 각 등기는 2016. 12. 30. 모두 경료되었다(위 등기 중 이 사건 출자전환에 따른 등기를 ‘이 사건 출자전환 등기’라고 한다).

라. 피고는 2023. 5. 24. 원고에게 구 지방세법(2015. 12. 19. 법률 제13636호로 개정되고, 2023. 12. 29. 법률 제19860호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2015년 개정 지방세법’이라고 한다) 제26조 제2항 제1호 단서를 근거로 이 사건 출자전환 등기는 등록면허세 과세대상이 된다는 이유로 이에 대한 등록면허세 375,723,350원, 지방교육세 75,144,670원을 납부할 것을 고지(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 9호증, 을 제1 내지 3, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

이 사건 처분에 관하여는 지방세기본법 제38조 제1항 제3호 소정의 부과제척기간 5년이 적용되어야 하는데, 이 사건 처분은 5년의 부과제척기간이 경과한 후 이루어졌으므로 무효이다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판 단

가. 지방세기본법 제38조 제1항은 일반적으로 지방세 부과의 제척기간을 지방세를 부과할 수 있는 날부터 5년(제3호)으로 정하면서도 ‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우’에는 지방세 부과의 제척기간을 지방세를 부과할 수 있는 날부터 7년(제2호)으로 정하고 있다.

7년의 부과제척기간은 국세기본법이 1994. 12. 22. 개정되면서 신고납세방식 국세를 무신고한 경우에 적용하도록 처음 도입되었고, 이후 2010. 3. 31. 지방세기본법이 제정되면서 무신고에 대한 7년의 장기 부과제척기간 규정을 그대로 규정하였다. 이러한 신고납세방식의 세목에 있어 무신고에 따른 7년의 장기 부과제척기간을 적용한 이유는 ‘신고성실도’와 ‘과세권 행사의 난이도’의 차이 때문이다. 과세표준과 세액에 관한 자료는 일반적으로 납세자가 보유하고 있어 납세자가 그 자료를 제출하여야 과세관청은 그 자료에 기초하여 세금이 제대로 신고ㆍ납부되었는지 확인할 수 있다. 납세자가 자료를 제출하지 않는다면 과세관청으로서는 과세권을 행사하기 어렵기 때문에 일반적인 부과고지방식의 세목 등에 적용되는 5년의 부과제척기간을 연장하여 7년의 부과제척기간을 규정하게 되었다. 그런데 신고납세방식의 세목에 있어서도 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하지 아니하면 과세관청은 과세권을 행사하여 과세표준과 세액을 직접 결정하여 부과하게 된다. 이와 같이 무신고의 경우 7년의 장기 부과제척기간을 적용하게 된 취지와 신고납세방식의 조세에서도 부과고지의 과세방식도 행해지고 있는 것을 고려하면, 신고납세방식의 세목에서 예외없이 7년의 장기 부과제척기간이 적용된다고 해석하기 보다는, 납세자가 과세표준과 세액에 관한 자료를 제출하지 않는 등 자의적으로 신고의무를 불성실하게 해태하였거나 과세관청의 과세권 행사에 어려움이 발생하였는지 여부에 따라 7년의 장기 부과제척기간이 아닌 5년의 부과제척기간이 적용되는 경우도 있다고 해석함이 타당하다. 

한편 부과제척기간이 도과된 후에 이루어진 과세처분은 무효이다(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140판결, 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결 등 참조). 

나. 살피건대, 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 5년의 부과제척기간이 적용되는 것으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분은 피고가 등록면허세 등을 부과할 수 있는 날로서 신고기한(등기하기 전날)의 다음 날인 이 사건 출자전환등기가 경료된 2016. 12. 30.로부터 5년의 부과제척기간이 도과한 2023. 5. 24. 이루어진 것으로 무효라고 보아야 한다.

1) 먼저 납세자인 원고에게 장기 부과제척기간이 적용될 정도의 신고의무 해태가 있었다거나 과세권 행사에 어려움이 발생하였다고 보기 어렵다. 그 이유는 다음과 같다.

① 납세자란 1) 납세의무자와 2) 특별징수의무자(특별징수에 의하여 지방세를 징수하고 이를 납부할 의무가 있는 자)를 의미한다(지방세기본법 제2조 제12호, 제21호). 등록면허세는 등록을 하려는 자가 지방세법 제27조에 따른 과세표준에 지방세법 제28조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액을 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다(지방세법 제30조 제1항). 따라서 원칙적으로 등록면허세의 경우 납세의무자인 등록을 하려는 자가 그 등록을 하기 전까지 등록면허세를 지방자치단체의 장에게 직접 신고 및 납부하여야 할 의무가 있기는 하다.

② 그런데 구 채무자회생법은 제23조 제1항, 구 채무자 회생 및 파산에 관한 규칙(2024. 3. 28. 대법원 규칙 제3139호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 채무자회생규칙’이라고 한다) 제9조 제1항은 법인인 채무자에 대하여 회생계획의 수행에 의하여 등기할 사항이 생긴 때에는 법원사무관 등으로 하여금 직권으로 지체 없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본 등 관련 서류를 첨부하여 채무자의 각 사무소 및 영업소의 소재지의 등기소에 그 등기를 촉탁하도록 정하고 있고, 구 채무자회생법 제25조는 등기소가 제23조의 규정에 의한 등기를 촉탁을 받은 때에는 지체 없이 그 등기를 하도록 정하고(제1항), 그 등기에 관하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다(제4항). 한편 지방세법 시행령 제49조의2 제1항은 국가기관이 등기를 등기소에 촉탁하려는 경우에는 등록면허세를 납부하여야 할 납세자에게 등록면허세 영수필 통지서 1부와 등록면허세 영수필 확인서 1부를 제출하게 하고, 촉탁서에 이를 첨부하여 등기소에 송부하도록 정하고 있다. 이처럼 위 구 채무자회생법 제23조 등에 따라 국가기관이 직접 등기소에 등기를 촉탁하는 경우 국가기관이 직접 납세의무자에게 등록면허세 납부에 관한 서류를 제출하도록 하라는 것은 등기 촉탁 과정에서 납세의무자가 등기 여부나 시기 등을 직접 결정하거나 알 수가 없어 스스로 법정신고기한(등기를 하기 전날)까지 등록면허세의 신고 및 납부를 기대하기 어렵기 때문이다. 

③ 실제로도 이 사건 출자전환 등기는 구 채무자회생법 제23조에 따라 회생법원의 법원사무관 등의 촉탁에 따라 직권으로 이루어졌고, 그 과정에서 당사자인 원고는 그 등기 여부나 시기 등을 전혀 결정하거나 알 수 없었을 뿐만 아니라, 이 사건 출자전환 등기를 촉탁한 회생법원 역시 구 채무자회생법 제25조 제4항에 따라 등록세 면제대상으로 알았기에 원고에게 등록면허세 납부 통지서나 확인서 등을 징구하지도 않았다. 구 채무자회생법이나 2015년 개정 지방세법 전 구 지방세법에서 이러한 회생계획에 따른 법인 자본에 관한 등기가 등록면허세 면제대상이라고 규정하였다가 구 채무자회생법의 내용은 변함 없는 채로 2015년 개정 지방세법이 새로이 회생계획에 따른 법인의 출자전환 증자 등기는 등록면허세 면제대상에서 제외되는 것으로 규정하였는데, 이러한 상황에서 원고 스스로 이러한 회생계획에 따른 출자전환 등기가 등록면허세 납부대상임을 깨우치고 스스로 법정신고기한인 등기를 하기 전날까지 등록면허세를 신고 및 납부하도록 하는 것은 현실적으로 기대하기 어렵고, 이를 하지 않았다고 하여 장기 부과제척기간을 적용하여야 할 정도로 그 신고의무를 해태하였다고 볼 수 없다.

④ 또한 지방세법 시행령 제50조 제1항에 의하면, 등기ㆍ등록관서의 장은 등기 또는 등록 후에 등록면허세가 납부되지 아니하였거나 납부부족액을 발견한 경우에는 다음 달 10일까지 납세지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 통보하도록 규정하고 있다. 이 규정에 의할 때 회생법원의 촉탁으로 원고 회사 출자전환 증자 등기를 실행한 등기관서의 장이 2015년 개정 지방세법 내용을 숙지하고 등록면허세가 납부되지 않은 원고의 이 사건 출자전환 등기에 관하여 과세관청에 미납부 통보를 하였어야 했고, 이러한 규정이 있는 이상 원고의 등록면허세 자진 신고납부 의무 미이행으로 인해 과세관청의 과세권 행사에 어려움이 발생하였다고도 볼 수 없다. 

⑤ 지방세법은 위와 같이 등록면허세의 면제범위를 여러 차례에 걸쳐 조정하면서 관련 규정들을 개정하였고, 그 과정에서 출자전환에 따른 등기 또는 등록이 등록면허세 비과세 대상이었다가 2015. 12. 19. 지방세법이 개정되면서 비과세 대상에서 제외되었고, 2023. 12. 29. 다시 지방세법이 개정되면서 비과세 대상에 포함되었다. 또한 구 채무자회생법은 2024. 2. 13. 최신 개정되기 전까지 계속하여 회생절차에 의한 법원사무관 등이 직권으로 한 촉탁 등기에 관하여는 등록세를 부과하지 않도록 정하고 있어(제25조 제4항), 원고는 물론 국가기관인 회생법원조차도 이 사건 출자전환 등기가 등록면허세의 부과 대상인지를 제대로 파악하지 못하였다. 이처럼 등록면허세의 신고 및 납부의무를 불이행하게 된 데에는 지방세법이 위와 같이 여러 차례 개정되면서 입법주체가 상호 모순ㆍ충돌이 발생하는 법규정들을 그대로 방치하고, 사법기관도 관련 규정을 제대로 숙지하지 못하는 등 입법ㆍ사법의 국가기관의 잘못으로 비롯되었을 뿐, 납세의무자인 원고의 과실이나 잘못을 상정하기 어려운 이 사건 출자전환 등기에 관한 등록면허세 미신고ㆍ미납부에 대해 7년의 장기 부과제척기간을 적용할 수는 없다 하겠다.

2) 나아가 7년의 장기 부과제척기간을 이 사안에까지 적용하여 원고에게 이 사건 출자전환 등기에 등록면허세를 부과하는 것은 지방세법의 개정 목적과 취지, 채무자회생법과 이 사건 출자전환의 목적에도 반한다. 그 이유는 다음과 같다.

① 구 지방세법(2015. 12. 19. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것)은 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등록에 대하여는 등록면허세를 부과하지 않도록 규정하다가(구 법 제26조 제2항 제1호), 2015. 12. 19. 위 법이 개정되면서 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록에 대하여는 등록면허세를 부과하지 않지만 ‘법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환’에 따른 등기 또는 등록은 등록면허세 비과세 대상에서 제외하도록 정하였다(2015년 개정 법 제26조 제2항 제1호 단서). 그런데 지방세법은 2023. 12. 29. 다시 개정되어 위 제26조 제2항 제1호 단서를 삭제하고, 채무자회생법 제25조 제1항, 제23조 제1항 제4호에 따라 촉탁된 등기에 관하여 등록면허세를 비과세하도록 규정하였다(개정 법 제26조 제2항 제1호). 즉 지방세법에서 출자전환에 따른 등기에 관하여 등록면허세를 과세할 수 있도록 규정한 것은 2015년 개정 지방세법뿐이고, 그 외에는 이에 대한 등록면허세 규정은 없었다.

② 그 뿐만 아니라 구 채무자회생법 제25조 제4항은 2024. 2. 13. 위 법의 개정으로 위 규정이 삭제되기 전까지 계속하여 회생절차에서 법원사무관 등이 직권 촉탁을 한 등기에 대해서는 등록세를 부과하지 않도록 규정하고 있었다(위 규정이 삭제된 이유는 지방세특례제한법, 지방세기본법, 지방세징수법, 지방세법, 조세특례제한법 및 조약 외에는 지방세 특례를 정할 수 없도록 한 지방세특례제한법의 취지에 따라 회생 및 파산 절차 등에서 법원사무관 등의 촉탁이나 등기소의 직권으로 이루어진 등기ㆍ등록 등에 관하여도 지방세 관계 법률에서 통일적으로 규율하도록 하기 위함이다). ③ 위와 같은 현행 지방세법과 구 채무자회생법 관련 규정들의 취지나 목적은, 재정적 어려움으로 인하여 파탄에 직면해 있는 채무자에 대하여 회생 절차 등에서 법원이 촉탁하여 이루어진 등기ㆍ등록에 대한 등록면허세를 과세하지 않음으로써 채무자의 효율적인 회생을 도모하고, 채무자의 재산을 채권자 등에게 공정하게 환가 및 배당하기 위한 것이라고 볼 수 있다. 

④ 원고가 회생계획에 따라 회생채권자 등에 대한 채권액 중 현금 등으로 변제되는 부분을 제외한 나머지 부분에 대한 채무면제를 받지 않고, 그 부분을 원고 회사 주식으로 출자전환하여 자본금 증자 등기를 하였다가 바로 증자된 주식을 소각함으로써 이 부분 채무를 면제받는 것과 같은 효과를 누리게 되는데, 이와 같은 미변제 채무에 대한 출자전환 및 전환된 주식의 무상소각은 회생채무자인 원고 혼자만의 독단적인 결정에 의한 것이 아니고, 원고의 채권자들에게 일정 금액을 변제하여 그 손해를 최소화함과 동시에 원고의 희생을 효율적으로 도모하기 위한 것으로서 회생채권자, 회생법원, 원고의 다자간의 관계에서 여러 가지 이익을 고려하고 조정하여 합의된 결과 도출된 것이다. 이러한 상황에서 비록 증자등기가 된다고 하지만 바로 무상소각될 자본에 관한 등기에 관하여 피고가 고액의 등록면허세를 부과하는 것은 채무자회생법 등 취지나 목적에 반한다고 보인다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.