부가가치세 환급신청거부 처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2012.05.09 / 시행일:

【원고, 상고인】 동방노보펌 주식회사 (소송대리인 법무법인 금성 담당변호사 하윤홍 외 2인)
【피고, 피상고인】 동대문세무서장
【원심판결】 서울고법 2010. 9. 9. 선고 2010누10275 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1.구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제6조 제1항은 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.”고 규정하고,부가가치세법 시행령(이하 ‘시행령’이라 한다) 제15조 제2항은 “2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다.”고 규정하고 있다.
 한편법 제17조 제1항,제2항 제4호,제7항,시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)의 경우에는 원칙적으로 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 안분계산한다고 규정하고 있다.
 2. 원심은 채용 증거에 의하여, ① 원고의 수원지점은 원재료 등을 매입하여 방화문 등을 제조한 후 그 중 일부는 직접 판매하고 대부분은 주사업장인 본점으로 반출한 사실, ② 원고의 본점에서는 수원지점으로부터 공급받은 방화문 등을 그대로 판매하거나 건설회사 등으로부터 하도급받은 방화문 설치공사 등의 시공에 사용했는데, 본점에서 시공한 공사 중 일부는구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제4호가 규정한 부가가치세 면제 대상인 국민주택 건설용역의 공급에 해당하는 것이었던 사실, ③ 총괄납부승인을 얻은 사업자인 원고는 2008. 4. 25.경 2008년 제1기분 부가가치세 예정신고를 하면서 본점의 경우 총매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액 57,031,665원 등을 제외한 124,616,413원을 매출세액 323,261,435원에서 공제하여 납부세액을 198,645,022원으로 계산하고, 수원지점의 경우 면세사업에 관련된 매입세액이 없다고 보아 매입세액 386,654,806원을 매출세액 18,722,813원에서 공제하여 환급세액을 367,931,993원으로 계산한 다음, 주사업장인 본점에서 위 본점의 납부세액과 수원지점의 환급세액의 차액인 169,286,971원을 환급세액으로 신고한 사실, ④ 이에 피고는 수원지점의 위 매입세액 386,654,806원 중 본점과 수원지점의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율(약 0.3021)로 안분계산한 116,837,098원은 면세사업에 관련된 매입세액에 해당한다는 이유로, 원고가 환급세액으로 신고한 169,286,971원에서 위와 같이 안분계산한 116,837,098원 및 신고불성실가산세 11,683,710원 등을 뺀 40,766,159원만을 환급세액으로 결정하고 나머지 128,520,812원의 환급을 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
 원심은 위와 같은 사실관계를 토대로 하여, 원고가 수원지점에서 제조한 방화문 등을 그 설치공사 등의 시공에 사용하기 위하여 본점으로 반출하는 것은 타인에게 직접 판매할 목적이 아니라 본점에서 원료·자재 등으로 사용·소비하기 위한 것이어서시행령 제15조 제2항이 규정한 ‘재화의 공급으로 보는 경우’에 해당하지 아니하므로 위 방화문 등은 비과세사업에 사용된 것이고, 나아가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액의 안분계산방법을 규정한법 제17조 제1항,제2항 제4호,제7항,시행령 제61조 제1항은 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용되므로, 수원지점의 공통매입세액은 수원지점과 본점의 총공급가액의 합계액에 대한 비과세 및 면세 공급가액의 합계액의 비율에 따라 안분계산하여야 하는데, 위와 같이 안분계산한 수원지점의 불공제 매입세액보다 피고가 계산한 수원지점의 불공제 매입세액이 적어 원고에게 유리한 이상, 피고의 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수는 없다는 취지로 판단하였다.
 3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 그대로 수긍할 수 없다.
원래 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은법 제6조 제1항이 규정한 ‘재화의 공급’에 해당하지 않지만,시행령 제15조 제2항은 사업장 과세의 원칙(법 제4조 제1항)에 따라 과세거래를 용이하게 파악하고, 납세자의 자금부담을 완화하여 주기 위하여 이를 재화의 공급으로 의제하고 있는 것일 뿐이므로(대법원 1992. 8. 14. 선고 91누13229 판결 등 참조),2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적이 아니라 다른 사업장에서 원료·자재 등으로 사용·소비하기 위하여 반출하는 경우 그것이 재화의 공급으로 의제되지 않는다고 하여 그 재화가 비과세사업에 사용되었다고 할 수는 없다. 따라서 원고의 수원지점이 방화문 등을 제조하여 본점으로 반출하는 것이 재화의 공급에 해당하지 않는다는 사정만으로 수원지점이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.
 나아가 원고의 수원지점이 과세사업과 면세사업 등을 겸영하고 있다고 하더라도, 부가가치세는 사업장 과세의 원칙에 따라 사업장마다 납부하여야 하고 원칙적으로 각 사업장 소재지가 납세지가 되며 각 사업장은 과세상 독립된 장소적 단위가 되므로, 수원지점의 공통매입세액 중 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업 등에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 수원지점만의 총공급가액에 대한 면세공급가액 등의 비율에 의하여 안분계산하여야 한다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결 등 참조).
 그럼에도 원심은, 이와 달리 원고의 수원지점이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 해당하고, 나아가 수원지점의 공통매입세액 중 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업 등에 관련된 매입세액은 수원지점과 본점의 총공급가액의 합계액에 대한 비과세 및 면세 공급가액의 합계액의 비율에 따라 안분계산하여야 한다는 취지로 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 부가가치세법상 비과세사업의 의미나 공통매입세액의 안분계산 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 4. 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박보영(재판장) 박일환 신영철(주심) 민일영

2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적이 아니라 다른 사업장에서 원료·자재 등으로 사용·소비하기 위하여 반출하는 경우,부가가치세법 시행령 제15조 제2항의 ‘재화의 공급’으로 의제되지 않는다고 하여 그 재화가 비과세사업에 사용되었다고 할 수 있는지 여부(소극)