관세등부과처분취소[관세조사기간 연장절차를 거치지 않은 채 사전통지된 조사종료일 이후에도 조사행위가 이루어진 경우 과세처분의 적법성이 문제된 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2025.04.24 / 시행일:

【원고, 상고인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 최철환 외 5인)
【피고, 피상고인】 서울세관장 (소송대리인 법무법인 이을 담당변호사 민경원)
【원심판결】 서울고법 2022. 5. 13. 선고 2020누59286 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다. 

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 각 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요 
 원심판결 이유와 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 가. 원고는 스웨덴에 있는 △△△(□□□, 모회사는 ◇◇◇로서 ‘☆☆☆’ 상표권자인데, 이하 이들과 특수관계에 있는 회사들을 통칭하여 ‘☆☆☆ 그룹’이라 한다)가 자본금 100%를 투자하여 2009년경 설립한 회사이다. 
 나. 원고는 2009년경 스웨덴에 있는 특수관계사이자 ☆☆☆ 그룹의 영업본사인 ▽▽▽(◎◎◎, 이하 ‘소외 회사’라 한다)와 유통계약 내지 공급계약 등을 체결하였고, 그에 따라 ☆☆☆ 상표가 부착된 의류 등 물품을 수입하여 원고가 직영하는 국내 매장에서 독점으로 판매하였다. 
 다. 원고는 2013. 6. 3.부터 2015. 7. 30.까지 소외 회사에 구매주문을 하고 ☆☆☆ 상표가 부착된 의류 등 물품을 수입하면서(이하 ‘이 사건 물품’이라 한다), 방글라데시 등 제3국에서 소외 회사 등의 지시·결정에 따라 의류 등을 제조하는 위탁생산업체 명의의 상업송장에 기재된 가격으로 수입통관 절차를 마쳤다.
 라. 피고는 2015. 7. 29.경 원고에게 ‘이 사건 물품 수입거래에 대한 과세가격 등 통관의 적정성 여부를 2015. 8. 10.부터 2015. 8. 28.까지 조사하겠다.’는 사전통지를 하였다. 피고는 사전통지한 조사기간이 지난 후에도 추가 자료 요청 등을 거친 다음 2017. 5. 19. 소외 회사가 원고에게 발행한 대금청구서(Invoice)에 기재된 미지급금액(이하 ‘이 사건 미지급금액’이라 한다)도 이 사건 물품의 거래가격에 포함되어야 한다는 조사결과를 통지하였다. 
 마. 피고는 2017. 11. 7. 원고에게 이 사건 물품의 수입신고분에 관하여 관세 및 부가가치세(각 가산세 포함) 합계 9,988,117,640원을 증액경정·고지하면서, 경정통지서를 전자적 방법으로 교부하였다. 
 바. 피고는 경정통지서 미교부 등을 원인으로 이 사건 소송 계속 중인 2020. 4. 20.경 위 처분 중 145,193,840원 부분을 직권취소하였다(이하 당초처분 중 직권취소 후 남은 부분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 2. 제1 상고이유에 관한 판단
 가. 구 관세법(2017. 12. 19. 법률 제15218호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제1항은 "세관공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하고 통관의 적법성을 보장하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 관세조사를 하여야 하며 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니 된다."라고 규정하고 있다.
구 관세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30399호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제139조의2 제1항은 관세조사의 조사기간은 조사대상자의 수출입 규모, 조사 인원·방법·범위 및 난이도 등을 종합적으로 고려하여 최소한이 되도록 하되, 방문하여 조사하는 경우에 그 조사기간은 20일 이내로 한다고 규정하면서, 제2항에서 조사대상자가 장부·서류 등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우(제1호) 또는 이에 준하는 사유로 사실관계의 확인이나 증거 확보 등을 위하여 조사기간을 연장할 필요가 있는 등(제4호) 각호의 사유가 있는 경우에는 이를 연장할 수 있다고 규정하고 있다.
 나. 원심은, 원고가 당초 고지된 조사종료일 직전 또는 조사기간이 도과한 후에야 소외 회사가 원고에게 발행한 대금청구서 및 이와 관련된 자료를 제출함으로써 피고 소속 세관공무원이 조사종료일 이후에도 여러 차례 원고에게 자료 등을 요청하게 된 점, 조사종료일 이후에 실시된 조사행위는 누락된 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성을 검증하기 위한 것이거나 원고가 이미 제출한 자료에 대한 추가 설명을 요구한 것에 불과하고, 세관공무원이 원고의 사무실 등 현장을 직접 방문하여 질문조사권 등을 행사한 것은 아닌 점, 그 과정에서 강요, 회유 등 불법적인 수단이 동원되었다고 볼 수 없고, 원고도 위 조사행위에 임의로 협력하는 등 묵시적으로 동의한 점 등 판시와 같은 사정들을 종합하여, 피고 소속 세관공무원이 당초 고지된 조사종료일 이후에도 일련의 조사행위를 한 것이 세무조사권을 남용한 것이거나 관세법령상 납세자의 절차적 권리를 중대하게 침해하여 위법하다고 볼 수 없다고 판단하였다. 
 다. 원심판결 이유를 앞서 본 관세법령의 문언, 체계 및 입법 취지 등과 기록에 비추어 보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고 거기에 상고이유 주장과 같이 관세조사권의 남용금지 및 납세자의 절차적 권리 침해 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 3. 제2 상고이유에 관한 판단 
 가. 구 관세법 제111조 제2항에 따르면, 세관공무원은 예외적인 경우를 제외하고는 해당 사안에 대하여 이미 조사를 받은 자에 대하여 재조사를 할 수 없다. 
이때 세관공무원의 조사행위가 구 관세법 제111조가 적용되는 ‘조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하며, 납세자 등을 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건사실을 조사·확인하고 일정한 기간 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 검사·조사하고 수집하는 일련의 행위를 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘조사’로 보아야 한다(대법원 2020. 2. 13. 선고 2015두745 판결 등 참조). 
 나. 원심은, 피고 소속 세관공무원이 당초 고지된 조사종료일 이후에도 계속하여 조사를 실시하게 된 경위와 그 목적, 실시한 조사행위의 구체적 내용과 방법, 조사를 통하여 추가로 획득한 자료의 성격, 원고에게 조사결과가 통지된 시점 등 판시와 같은 사정들을 종합하여, 피고 소속 세관공무원이 당초 고지된 조사종료일 이후에도 실시한 일련의 조사행위는 기존 조사행위의 연장일 뿐이라고 보아 이 사건 처분이 구 관세법 제111조 제2항에서 정한 재조사금지 원칙에 반하여 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다. 
 다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고 거기에 상고이유 주장과 같이 구 관세법 제111조의 재조사금지 원칙에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 4. 제3 상고이유에 관한 판단
 가. 구 관세법 제327조 제6항은 "전자송달은 대통령령으로 정하는 바에 따라 송달을 받아야 할 자가 신청하는 경우에만 한다."라고 규정하고, 그 위임에 따른 구 관세법 시행령 제285조의2 제1항은 ‘위 규정에 따라 전자송달을 받으려는 자는 관세청장이 정하는 바에 따라 전자송달에 필요한 설비를 갖추고 각호의 사항을 기재한 신청서를 관할 세관장에게 제출하여야 한다.’라고 규정하고 있다. 
 또한 위법한 행정처분의 취소를 구하는 소는 위법한 처분에 의하여 발생한 위법상태를 배제하여 원상으로 회복시키고 그 처분으로 침해되거나 방해받은 권리와 이익을 보호·구제하고자 하는 소송이므로, 비록 그 위법한 처분을 취소한다고 하더라도 원상회복이 불가능한 경우에는 그 취소를 구할 이익이 없다(대법원 1997. 1. 24. 선고 95누17403 판결, 대법원 2024. 12. 12. 선고 2023두60643 판결 등 참조). 
 나. 원심은, 원고가 경정통지서를 전자적 방법으로 교부하는 것에 사전 동의하였고, 원고 소속 직원은 세관공무원으로부터 경정통지서를 전자적으로 교부받으면서 아무런 이의제기 없이 수령확인서를 작성·교부하였으며, 이로 인하여 원고가 어떠한 불이익을 받았다고 볼 수 없는 점 등 판시와 같은 사정들을 종합하여, 원고가 구 관세법 시행령 제285조의2 제1항에서 규정한 신청서를 제출하지 않았다는 사정만으로 피고가 경정통지서를 전자적 방법으로 교부한 것이 곧바로 위법하다고 볼 수 없으며, 원고가 주장하는 경정통지서 교부 누락이나 경정통지서와 납세고지서 간 세액불일치 등 절차적 하자가 있는 부분에 관하여 피고가 2020. 4. 20.경 관련된 처분을 직권취소하였으므로 더 이상 이 부분을 다툴 실익이 없고, 잔존하는 이 사건 처분에도 영향을 미칠 수 없다고 판단하였다. 
 다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고 거기에 상고이유 주장과 같이 구 관세법 제327조의 해석에 관한 법리 등을 오해한 잘못이 없다. 
 5. 제4, 5, 6 상고이유에 관한 판단 
 원심은, 원고와 소외 회사 사이의 유통계약 등에 따라 소외 회사는 원고에게 이 사건 물품 수입거래에 관한 대금청구서 등을 발행하여 청구하고, 원고는 소외 회사에 물품대금 등을 지급할 의무를 부담하는 점, 이 사건 미지급금액은 이 사건 물품 수입거래의 당사자인 소외 회사가 위 유통계약 등에 따라 거래상대방인 원고에게 발행한 대금청구서에 기재된 액수이고, 이 사건 미지급금액의 법적 성격이나 원고의 회계처리 방식 등 판시와 같은 사정들을 종합하여, 이 사건 미지급금액은 원고가 소외 회사에 지급하기로 약정한 이 사건 물품에 관한 대가의 일부로서 구 관세법 제30조 제1항 본문의 ‘구매자가 실제로 지급하여야 할 가격’에 해당한다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고 거기에 각 상고이유 주장과 같이 구 관세법 제30조 제1항의 해석에 관한 법리 등을 오해한 잘못이 없다. 
 6. 제7 상고이유에 관한 판단 
 원심은, 원고가 인천세관의 수입신고 심사 당시 소외 회사로부터 발행받은 대금청구서에 관한 자료를 제출하지 않아 인천세관은 이 사건 미지급금액이 이 사건 물품의 과세가격에 포함되어야 하는지를 실질적으로 심사할 기회가 없었다는 등의 판시와 같은 이유로, 원고에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 존재하지 않는다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 가산세를 면제할 정당한 사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 7. 결론 
 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 엄상필(재판장) 이흥구(주심) 오석준 이숙연

[1] 외국 의류기업의 국내법인인 甲 주식회사가 특수관계사이자 그룹 본사인 乙 주식회사와 유통계약 내지 공급계약 등의 체결에 따라 의류 등 물품을 수입·판매하면서 제3국에서 의류 등을 제조하는 위탁생산업체 명의의 상업송장에 기재된 가격으로 수입통관 절차를 마치자, 관할 세관장이 ‘물품 수입거래에 대한 과세가격 등 통관의 적정성 여부를 2015. 8. 10.부터 2015. 8. 28.까지 조사하겠다.’는 사전통지를 하였으나 사전통지한 조사기간이 지난 후에도 추가 자료 요청 등을 거친 다음 물품의 수입신고분에 관하여 관세 등을 증액경정·고지한 사안에서, 세관공무원이 당초 고지된 조사종료일 이후에도 일련의 조사행위를 한 것이 세무조사권을 남용한 것이거나 관세법령상 납세자의 절차적 권리를 중대하게 침해하여 위법하다고 볼 수 없다고 한 원심판단을 정당하다고 한 사례
 [2] 세관공무원의 조사행위가 구 관세법 제111조가 적용되는 ‘조사’에 해당하는지 판단하는 방법 및 납세자 등을 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건사실을 조사·확인하고 일정한 기간 과세에 필요한 직간접의 자료를 검사·조사하고 수집하는 일련의 행위를 한 경우, 재조사가 금지되는 구 관세법 제111조 제2항의 ‘조사’에 해당하는지 여부(원칙적 적극)

[1] 외국 의류기업의 국내법인인 甲 주식회사가 특수관계사이자 그룹 본사인 乙 주식회사와 유통계약 내지 공급계약 등의 체결에 따라 의류 등 물품을 수입·판매하면서 제3국에서 의류 등을 제조하는 위탁생산업체 명의의 상업송장에 기재된 가격으로 수입통관 절차를 마치자, 관할 세관장이 ‘물품 수입거래에 대한 과세가격 등 통관의 적정성 여부를 2015. 8. 10.부터 2015. 8. 28.까지 조사하겠다.’는 사전통지를 하였으나 사전통지한 조사기간이 지난 후에도 추가 자료 요청 등을 거친 다음, 乙 회사가 甲 회사에 발행한 대금청구서에 기재된 미지급금액도 물품의 거래가격에 포함되어야 한다는 이유로 물품의 수입신고분에 관하여 관세 등을 증액경정·고지한 사안에서, 甲 회사가 당초 고지된 조사종료일 직전 또는 조사기간이 지난 후에야 위 대금청구서 및 이와 관련된 자료를 제출함으로써 세관공무원이 조사종료일 이후에도 여러 차례 甲 회사에 자료 등을 요청하게 된 점, 조사종료일 이후에 실시된 조사행위는 누락된 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성을 검증하기 위한 것이거나 甲 회사가 이미 제출한 자료에 대한 추가 설명을 요구한 것에 불과하고, 세관공무원이 甲 회사의 사무실 등 현장을 직접 방문하여 질문조사권 등을 행사한 것은 아닌 점, 그 과정에서 강요, 회유 등 불법적인 수단이 동원되었다고 볼 수 없고, 甲 회사도 위 조사행위에 임의로 협력하는 등 묵시적으로 동의한 점 등을 종합하여, 세관공무원이 당초 고지된 조사종료일 이후에도 일련의 조사행위를 한 것이 세무조사권을 남용한 것이거나 관세법령상 납세자의 절차적 권리를 중대하게 침해하여 위법하다고 볼 수 없다고 한 원심판단을 정당하다고 한 사례.
 [2] 구 관세법(2017. 12. 19. 법률 제15218호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제2항에 따르면, 세관공무원은 예외적인 경우를 제외하고는 해당 사안에 대하여 이미 조사를 받은 자에 대하여 재조사를 할 수 없다. 
 이때 세관공무원의 조사행위가 구 관세법 제111조가 적용되는 ‘조사’에 해당하는지는 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하며, 납세자 등을 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건사실을 조사·확인하고 일정한 기간 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 검사·조사하고 수집하는 일련의 행위를 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘조사’로 보아야 한다.