법인세부과처분취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2001.02.01 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
기타
【주문】
1. 피고가 1997. 4. 1. 원고에 대하여 한 1992. 귀속분 법인세 금 2,224,728,720원의 부과처분 중 금 1,190,441,780원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 3분하여 그 1은 피고의, 나머지는 원고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1.처분의 경위 등

(채택증거 : 갑1의 1,2, 갑2, 갑3의 1,2, 갑4, 을1의 1 내지 22, 을2의 1 내지 18, 변론의 전취지)

가. 원고의 토지 취득 및 사용관계

(1) 1956. 9. 3. 토목건축 공사업, 부동산매매 및 임대업을 주업으로 설립

(2) 1979. 12. 14.소외 대한준설공사(현재의 한진종합건설 주식회사)와 함께 원목야적장 및 임항저장시설부지 조성 목적으로 인천 서구 율도 지선의 공유수면매립면허를 받음

(3) 1985. 9. 13. 매립공사를 완공한 후 서울지방국토관리청장으로부터 준공인가를 받아 인천 서구원창동 381 외 8필지 잡종지 합계 424,719㎡(이하 ‘이 사건 토지들’이라 한다)를 취득

나. 피고의 법인세 등 부과처분 및 증액경정 과정

(1) 원고의 법인세 신고

원고는 1992. 사업연도에 목적사업을 수행하면서 발생한 소득에 대한 법인세의 과세표준을 5,282,108,813원, 총결정세액을 1,694,747,134원으로 신고하였고, 1993. 사업연도에 목적사업을 수행하면서 발생한 소득에 대한 법인세의 과세표준을 7,093,728,246원, 총결정세액을 2,370,591,225원으로 신고하였다.
(2) 증액경정(1997. 4. 1.)

㈎ 피고는, 원고가 원목 야적장 및 임항저장시설로 사용할 목적으로 매립하여 취득한 이 사건 토지들을 경제성 등이 없다 하여 정당한 사유 없이 원고의 업무에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 이 사건 토지들을 비업무용 부동산으로 판정, 1992. 사업연도의 해당 지급이자와 관리유지비 합계 4,495,538,087원, 1993. 사업연도의 해당 지급이자와 관리유지비 합계 3,332,900,606원을 손금불산입

㈏ 1992. 사업연도의 해당 법인세 2,224,728,720원과 1993. 사업연도의 해당법인세 1,338,607,220원 부과·고지

(이하 증액경정된 위 세액부분을 ‘이 사건 처분’이라 함)

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) ㈎ 원고가 1985. 9. 13. 이 사건 토지들을 취득한 후, 세관청사로부터 자동차 주행거리 10km 이내에 있는 지역에 한하여 설영특허를 하도록 하는 내용의 관세청 고시가 제정됨으로써 당시 세관청사로부터 10km 이상 떨어져 있던 이 사건 토지들에 대하여 설영특허를 받을 수 없었고, 따라서 원고는 취득 후 법령의 규정에 의하여 이 사건 토지들에 대한 사용이 제한을 받게 되어 본래의 목적대로 사용하지 못하였다.
㈏ 그리고 원고가 이 사건 토지들을 취득한 때인 1985. 9. 13.부터 1991. 12. 31.까지는 1990. 4. 4. 재무부령 제1818호로 개정된법인세법시행규칙(이하 법인세법시행규칙을 ‘시행규칙’이라 한다) 제18조 제4항 제12호, 부칙 제5조에 의하여 비업무용 부동산으로 되지 않고, 1992. 1. 1.부터는 1995. 3. 30. 총리령 제492호로 개정되기 전의시행규칙 제18조 제4항 제1호에 의하여 3년간은 비업무용 부동산에 해당하지 않으며, 법령에 의하여 사용이 제한된 때는 그 제한된 기간 동안은 비업무용 부동산의 보유에서 제외된다는 취지의 위 총리령으로 개정된 시행규칙은 당연히 소급적용되어야 할 것이고, 또한 1995. 1. 1.부터는 다시 위 총리령으로 개정된 시행규칙의 부칙 제2조에 의하여 비업무용 부동산에 해당하지 않아 결국 이 사건 토지들은 법령에 의하여 사용이 제한된 것으로서 비업무용 부동산이 아니다.
㈐ 만약 위 총리령으로 개정된 시행규칙이 소급적용 되지 않는다면시행규칙 제18조 제4항 제1호(1990. 10. 22. 재무부령 제1835호로 개정된 후 1995. 3. 30. 총리령 제492호로 개정되기 전의 것)는, 국민이 업무에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 그 후에 법령에 의하여 사용을 제한하여 놓고도 사용제한의 규제를 해지하지도 아니한 채 3년 또는 5년 안에 처분하지 않으면 중과의 제재를 가하겠다는 것으로서 국민의 소유권을 본질적으로 침해하는 것으로서헌법 제37조 제2항의 과잉금지원칙에 위반되어 무효이다.
㈑ 그렇지 않다면,시행규칙 제18조 제4항에 해당하지 않는 정당한 사유가 있는 경우에도 위 시행규칙의 모법인법인세법 제18조의3 제1항 제1호(1990. 12. 31. 개정 후 1998. 12. 28.로 전문개정 전의 것)에 따라 중과의 제재를 받게 되므로구 법인세법 제18조의3 제1항 제1호는 과잉금지 원칙에 위배되어 위헌이고, 따라서 위헌인 위 규정을 적용하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
(2) ㈎ 가사 이 사건 토지들을 비업무용 부동산으로 본다고 하더라도, 1992. 1. 1.부터 1992. 7. 14.까지 195일간은 비업무용 부동산에 해당하지 않고, 따라서 위 기간에 해당하는 부분은 정당하게 손금산입을 하여야 함에도, 피고가 1992. 사업연도 지급이자 손금 불산입시 위 기간에 해당하는 부분의 손금을 산입하지 않고 1992. 사업연도에 지출한 지급이자 전부를 불산입할 손금으로 계산하였으므로, 1992. 사업연도 귀속 법인세 중 위 기간에 해당하는 부분은 위법하다.
㈏ 또한 이 사건 토지들에 대한 금 386,887,980원의 종합토지세 과세기준일인 1992. 6. 1. 현재 이 사건 토지들이 비업무용 부동산이 아니었고, 따라서 비업무용 부동산의 유지비가 아니었으므로, 1992. 귀속 법인세를 산정함에 있어 위 종합토지세액을 손금에 산입하여야 한다.
나. 관계법령

이 사건에 적용할 법률과 시행령은,구 법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 전문개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 한다) 제18조의3 제1항 제1호,동법시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13541호로 전문 개정되어 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘구법시행령’이라 한다) 제43조의2 제1항 제1호이다.
그리고 1992. 사업연도의 법인세에 대하여 적용될 시행규칙은 1992. 6. 30. 재무부령 제1887호로 개정되어 1993. 2. 27. 재무부령 제1911호로 개정되기 전의시행규칙 제18조 제3항 제1호와제18조 제4항 제1호이고, 1993. 사업연도의 법인세에 대하여는 1993. 2. 27. 재무부령 제1911호로 개정되어 1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의시행규칙 제18조 제3항 제1호와제18조 제4항 제1호이다. 그런데 위 각 시행규칙상의제18조 제3항 제1호는 1991. 2. 28. 재무부령 제1844호로 개정된 시행규칙이,제18조 제4항 제1호는 1990. 10. 22. 재무부령 제1835호로 개정된 시행규칙이, 각 1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기까지는 개정이 없었다(별지 참조, 이하 위 각시행규칙 제18조 제3항 제1호와제18조 제4항 제1호를 ‘구법시행규칙 제18조 제3항 제1호와제18조 제4항 제1호’라고만 한다).
다. 판단

(1) 이 사건 토지들이 비업무용 부동산에 해당하는지 여부

(가) 인정되는 사실

(채택증거 : 갑5의 1, 갑7,8, 갑9의 1 내지 3, 갑22의 1 내지 8, 당원의 인천세관장, 인천광역시 종합건설본부장에 대한 사실조회결과, 변론의 전취지)① 원고가 이 사건 토지들을 취득한 후인 1989. 7. 15. 보세구역을 집단화시키기 위하여 관세청 고시 제89-578호로 특허보세구역 운영세칙이 제정되었고, 위 운영세칙 제10조 제1호는 영업용 보세구역은 원칙적으로 세관청사로부터 자동차 주행거리 기준으로 10km 이내에 한하여 설영특허를 하도록 규정하였다.
② 이 사건 토지들은 1992. 3. 4. 이전에는 구 인천세관청사로부터 12km 떨어져 있었고, 위 일자 이후에는 현 인천세관청사로부터 13km 떨어져 있어 위 세칙의 기준을 충족하지 못함으로써 원고가 설영특허를 받을 수 없어 이 사건 토지들 지상에 원목야적장 및 임항저장시설을 설치하지 못하였다.
③ 그 후 1995. 6. 30. 이 사건 토지들과 현 인천세관과의 사이에 신도로가 개설됨으로써 이 사건 토지들이 인천세관으로부터 자동차주행거리로 8.1km 밖에 떨어져 있지 않아 비로소 설영특허의 요건이 충족되자, 원고가 1995. 7. 4. 이 사건 토지들 중 128,887㎡에, 1996. 1. 25. 이 사건 토지들 중 208,436㎡에 대하여 각 설영특허 및 토지형질변경허가를 받아 그 지상에 야적장과 사무실 건물 등을 설치하였다.
(나) 판단

① 법인세법상 비업무용 부동산에 관한 규정과 그 해석

구법 제18조의3 제1항 제1호,구법시행령 제43조의2 제1항 제1호,구법시행규칙 제18조 제3항 제1호의 규정을 종합하면,구 지방세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15982호로 전문개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항,제3항의 각 규정에서 정당한 사유 없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우를 비업무용 토지로 규정함으로써 ‘정당한 사유’ 를 비업무용 토지의 일반적 예외사유로 규정하고 있는 것과는 달리,구법시행규칙 제18조 제3항은 법인의 비업무용 부동산을 개별적으로 열거하고, 그 예외사유에 대하여는제4항에서 이를 열거하여 규정하고 있는바, 구법과 그 시행령, 시행규칙의 규정 내용을 전체적으로 보면 어떤 부동산이구법시행규칙 제18조 제3항각 호의 어느 하나에 해당하면 그것은 바로구법 제18조의3이 정하는 것에 해당한다고 보아야 하고, 법인의 업무에 직접 사용하는 부동산이라 하더라도구법시행규칙 제18조 제3항각 호의 1에 해당한다면제4항의 예외사유가 없는 한 당해 부동산은 비업무용 부동산으로 판정될 수 밖에 없어 정당한 사유의 존재는 법인세법상 비업무용 부동산 해당 여부를 좌우하는 예외사유로 되지 아니한다(대법원 1999. 7. 9. 선고 97누7219 판결참조).
그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지들은 이 사건 과세기간인 1992. 및 1993. 사업연도 당시에는 원고가 이를 취득한 후 6월이 경과한 부동산으로서 원고 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산이라고 할 것이므로,구법시행규칙 제18조 제3항 제1호소정의 비업무용 부동산에 해당하고, 다만 이 사건 토지들이 비업무용 부동산으로 보지 않는 예외사유인구법시행규칙 제18조 제4항 제1호에 해당하는지 여부가 문제될 따름이다.
② 이 사건 토지들이구법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 예외사유에 해 당하는지 여부

법인세법상 자산을 취득·보유함에 따라 차입금에 대한 지급이자 및 제세공과금 등 자산의 유지관리비가 손금불산입되는 비업무용 부동산에 해당하는 여부를 판정함에 있어, 비업무용 부동산에서 제외되는 사유의 하나인구법 제18조 제4항 제1호에서 말하는 '당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의한 사용의 금지 또는 제한'에는 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지 또는 제한되는 경우뿐만 아니라 행정청이 그 행정작용의 일환으로 건축허가나 그 전단계인 설영특허 등을 일률적으로 통제하여 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한된 경우도 포함되고, 위와 같은 건축제한조치나 설영특허 제한조치가구법시행규칙 제18조 제4항 제1호소정의 법령의 규정에 의한 사용제한에 해당되는지의 여부를 판정하기 위하여는 법인세법상의 지급이자의 손금불산입은 각 과세기간마다 하는 것이므로, 특별한 사정이 없는 한, 과세기간을 중심으로 하여 그 전후에 걸친 원고의 설영특허 및 건축관련 행위에 나타난 신축하고자 하는 건축물의 규모, 용도 및 면적 등의 내용, 그에 관한 위 건축제한조치나 설영특허 제한조치의 내용 등 여러 가지 사정을 종합적으로 고려하여야 할 것이다(대법원 1999. 6. 8. 98두3648 판결,대법원 1996. 6. 11. 선고 95누7918 판결,대법원 1995. 6. 13. 선고 95누1026 판결등 참조).
위 인정사실에 의하면, 관세청은 원고가 이 사건 토지들을 취득한 뒤인 1989. 7. 15. 위 운영세칙을 제정하여 세관청사로부터 자동차 주행거리 기준으로 10km 이내에 한하여 영업용 보세구역에 대한 설영특허를 하도록 규정하였고, 이 사건 토지들의 경우는 신도로가 개설된 1995. 6. 30. 이전까지는 신·구 인천세관청사로부터 10km 이상 떨어져 있어 위 운영세칙의 기준을 충족하지 못함으로써 원고가 설영특허를 받을 수 없어 이 사건 토지들 지상에 원목야적장 및 임항저장시설을 설치하지 못한 것으로서, 이 사건의 경우는 행정청이 행정작용의 일환으로 설영특허의 사유를 제한하여 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한된 경우에 해당된다 할 것이고, 그러한 제한일은 위 운영세칙 제정일인 1989. 7. 15.이라고 할 것이다.
③ 이 사건 토지들이구법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 예외사유에 해 당하는 기간

구 법인세법은 비업무용 부동산 판정의 기준시기에 관하여 명문의 규정을 두고 있지 아니하나, 위에 나온구법시행령 제43조의2 제4항,제8항규정에 의하면 지급이자 중 손금불산입 금액은 총차입금 중 비업무용 부동산의 자산가액이 차지하는 비율에 의하도록 되어 있고, 이는 적수(일정기간의 매일 매일의 금액을 합산한 것)로 계산하도록 되어 있는 점에 비추어 보면, 비업무용 부동산의 해당 여부는 특별한 규정을 두고 있지 아니하는 한 과세기간 중 1일 단위로 판정하여야 할 것이다.
1990. 4. 4. 재무부령 제1818호로 개정되어 1990. 10. 22. 재무부령 제1835호로 개정되기 전의 시행규칙 부칙은, 이 규칙은 공포한 날부터 시행하고(제1조), 이 규칙 시행일 전에 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산, 주택신축업자가 신축한 주택 또는 준공된 공유수면매립지에 관하여는 1991. 12. 31.까지는 종전의제18조 제4항의 규정을 적용한다고(제5조) 규정하고 있었다. 또한 1987. 12. 31. 재무부령 제1736호로 개정되어 1990. 4. 4. 재무부령 제1818호로 개정되기 전의 종전시행규칙 제18조 제4항 제1호는 당해 부동산 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것과 그 금지 또는 제한이 해제된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 것을 비업무용 부동산에서 제외하고 있어 당해 부동산 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것은 개정 이후의 시행규칙들과는 달리 기간을 정함이 없이 비업무용 부동산에서 제외하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지들이 준공된 공유수면매립지로서 위 재무부령 제1818호의 시행규칙 부칙 제5조에 따라 1991. 12. 31.까지는 종전의 제18조 제4항을 적용한다고 되어 있으므로, 이 사건 토지들은 1991. 12. 31.까지는 비업무용 부동산에서 제외된다고 할 것이다.
그리고 1990. 10. 22. 재무부령 제1835호로 개정되어 1991. 2. 28. 재무부령 제1844호로 개정되기 전의시행규칙 제18조 제4항 제1호(이는 1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전까지 개정되지 않았다)는 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니하거나 사용제한 부동산(중략)을 비업무용 부동산에서 제외하고 있고, 위 규정은 위 시행규칙 부칙에 따라 위 규칙 시행 후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용되므로, 이 사건 토지들이 비업무용 부동산에서 제외되는 기간은 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이라고 할 것이고, 따라서 원고가 이 사건 토지들을 취득한 후 위 운영세칙에 따라 사용이 금지 또는 제한된 1989. 7. 15.부터 3년인 1992. 7. 14.까지의 기간은 비업무용 부동산에서 제외된다고 할 것이다.
그렇다면 1992. 1. 1.부터 1992. 12. 31.까지를 사업연도로 하는 1992. 사업연도 중 1992. 1. 1.부터 1992. 7. 14.까지의 195일은 비업무용 부동산에서 제외되는 기간이라 할 것이고, 그 제한일로부터 3년이 경과된 1992. 7. 15. 이후부터는 이 사건 토지들은구법시행규칙 제18조 제3항 제1호의 규정에 따른 비업무용 부동산에 해당한다고 할 것이다. 또한 1993. 1. 1.부터 1993. 12. 31.까지를 사업연도로 하는 1993. 사업연도의 모든 기간은구법시행규칙 제18조 제3항 제1호의 규정에 따른 비업무용 부동산에 해당한다고 할 것이다.
④ 총리령을 소급적용하여야 한다는 주장에 대한 판단

그런데 원고는, 1992. 1. 1.부터는 1995. 3. 30. 총리령 제492호로 개정되기 전의시행규칙 제18조 제4항 제1호와 총리령으로 개정된 시행규칙이 당연히 소급적용되어야 한다는 취지로 주장하고 있으나, 법인세는 과세기간인 사업연도 개시와 더불어 과세요건이 생성되어 사업연도 종료시에 완성하고, 그 때 납세의무가 성립하며 그 확정절차도 과세기간 종료 후에 이루어지므로, 사업연도 진행 중 세법이 개정되었을 때에도 그 사업연도 종료시의 법에 의하여 과세 여부 및 납세의무의 범위가 결정된다고 할 것이고(대법원 1996. 7. 9. 선고 95누13067 판결참조), 더욱이 1992. 6. 30. 재무부령 제1887호로 개정된 시행규칙과 1993. 2. 27. 재무부령 제1911호로 개정된 시행규칙은 각 부칙 제2조에서 ‘이 규칙은 이 규칙 시행후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용한다’고 규정하고 있으므로, 사업연도가 1992. 1. 1.부터 1992. 12. 31.까지와 1993. 1. 1.부터 1993. 12. 31.까지인 원고 법인의 1992. 및 1993. 사업연도 각 법인세에 대하여는 1992. 6. 30. 재무부령 제1887호로 개정된 시행규칙과 1993. 2. 27. 재무부령 제1911호로 개정된시행규칙 제18조 제3항 제1호와제18조 제4항 제1호가 적용된다고 할 것이므로, 원고 주장과 같이 이 사건 각 사업연도 종료 이후에 개정된 시행규칙을 이 사건에 적용할 수는 없다고 할 것이어서, 원고의 위 주장은 이유없다.
⑤구법 제18조의3 제1항 제1호의 위헌 주장과구법시행규칙 제18조 제4항제1호의 무효 주장의 판단

구법 제18조의3은 법인이 비업무용 부동산을 보유하는 것을 법인의 차입금에 대한 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 조건의 하나로 규정하면서 그 비업무용 부동산의 범위를 시행령에서 정하도록 위임하고, 그 위임을 받은구법시행령 제43조의2는 비업무용 부동산에 관한 일반적인 기준을 제시하는 한편 그 구체적인 내용을 재무부령에서 정하도록 다시 위임하고 있는데, 이에 따른구법시행규칙 제18조 제3항은 비업무용 부동산을 열거하고 있고,구법시행규칙 제18조 제4항은 비업무용 부동산의 예외가 되는 경우를 구체적으로 열거하고 있다. 위와 같이구법 제18조의3 제1항 제1호는 비업무용 부동산의 범위에 관하여 상당히 구체적으로 범위를 한정하여 하위법규인 대통령령에 위임함으로써 보다 세부적인 유형과 판정기준을 그때 그때의 사회경제적 상황에 따라 탄력적으로 대통령령에서 정할 수 있도록 한 것으로서, 누구라도 위 법률조항으로부터 대통령령에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있다고 할 것이어서, 헌법이 정한 위임입법의 한계를 준수하고 있다고 할 것이다.
그리고 법인의 비업무용 부동산의 보유를 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 규정하고 있는 구 법인세법 규정의 입법취지는 타인 자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고, 대기업의 금융자산에 의한 부동산투기 및 비생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제하여 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하고, 아울러 국토의 효율적 이용을 도모하기 위한 데에 있다고 할 것이며(대법원 2000. 8. 22. 선고 99두4006 판결참조),구법 제18조의3 제1항 제1호,구법시행령 제43조의2 제1항 제1호,구법시행규칙 제18조 제3항 제1호의 규정이,구 지방세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15982호로 전문개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항,제3항에서 ‘정당한 사유’를 비업무용 토지의 일반적 예외사유로 규정하고 있는 것과는 달리,구법시행규칙 제18조 제3항각 호의 1에 해당한다면제4항의 예외사유가 없는 한 당해 부동산은 비업무용 부동산으로 판정하도록 하여 정당한 사유의 존재를 법인세법상 비업무용 부동산 해당 여부를 좌우하는 예외사유로 보지 아니하도록 한 것은, 가능하면구법시행규칙 제18조의3 제4항의 예외사유 이외의 경우에는 법인의 비업무용 부동산 보유를 원천적으로 금지하겠다는 것을 표시한 것으로 보여지고, 또한 위와 같은 입법취지를 달성하기 위하여 법인이 부동산을 취득한 후 법령에 의하여 사용이 제한되는 경우 일정기간 내에 이를 처분하도록 유도하는 것도 입법목적상 필요하다고 보이고, 따라서 구법인세법령에서 위와 같이 규정한 취지는 대기업의 무분별한 기업확장의 억제라는 시대 경제적 요구를 조세 정책적인 측면에서 반영한 것으로서, 그와 같은 입법취지를 고려할 때 그 내용이 반드시 불합리하다거나 부당한 것이라고 단정하기 어려울 뿐 아니라, 법인의 비업무용 부동산에 대한 보유를 허용 또는 제한할 것인가 말 것인가, 이를 허용 또는 제한한다면 어느 범위와 정도까지 할 것인가 하는 것은 입법정책의 문제로서 당해 법률이 제·개정되던 당시의 금융시장 및 주식시장의 상황, 실물경제의 상황 등 국가의 경제사정이나 국가의 부동산정책 및 기업정책 등 여러 가지 경제상황을 고려하여야 한다는 점을 아울러 보면,구법 제18조의3 제1항 제1호가 그 내용에 있어 재산권에 대한 통상의 사회적 제약의 정도를 넘어 재산권의 본질적인 내용을 침해하는 것으로서 헌법의 과잉금지 원칙에 반한다고 할 수 없고,구법시행규칙 제18조 제4항 제1호역시 헌법의 재산권 보장 원칙에 위반하여 무효라고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유없다.
(2) 손금불산입되는 차입금 지급이자의 범위에 대한 판단

(가) 원고 법인의 1992. 사업연도 중 1992. 1. 1.부터 1992. 7. 14.까지의 195일간은 비업무용 부동산에서 제외되는 기간이고, 1992. 7. 15. 이후부터 1992. 12. 31.까지와 1993. 사업연도에 해당하는 기간은구법시행규칙 제18조 제3항 제1호의 규정에 따라 비업무용 부동산에 해당한다는 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 1992. 귀속 법인세를 부과함에 있어서 195일간에 대하여는 비업무용 부동산에서 제외하여 세액 산출을 하였어야 함에도 1992. 사업연도 전체의 기간에 대하여 이 사건 토지들을 비업무용 부동산으로 보고 부과처분을 하였으니 이 사건 처분 중 1992. 사업연도에 대한 부분은 일응 위법하다.
(나) 한편 법인이 소유하는 토지가 지방세법에 따른 종합토지세 과세기준일 현재 법인세법상의 비업무용 부동산에 해당하는 경우에는 당해 부동산에 대한 종합토지세를 법인세법상의 각 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입하지 아니하는 것이 타당하고, 그 토지가 위 기준일 현재 법인세법상의 비업무용 부동산의 보유에서 제외되는 기간에 해당하는 경우에는 위 종합토지세는 비업무용 부동산의 유지비가 아니므로 손금에 산입하여야 할 것인바, 이 사건 토지들에 대한 종합토지세 과세기준일인 1992. 6. 1. 현재 종합토지세로 금 386,887,980원의 부과처분이 있은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 위 기준일인 1992. 6. 1.이 원고 법인의 1992. 사업연도 중 비업무용 부동산에서 제외되는 기간에 포함된다 함은 앞서 본바와 같으므로, 위 종합토지세는 손금에 산입하여야 할 것이다.
(3) 정당한 세액

원고 법인의 1992. 사업연도 중 1992. 1. 1.부터 1992. 7. 14.까지의 195일간을 비업무용 부동산에 해당하는 기간에서 제외하고, 이 사건 토지들에 대한 종합토지세 금 386,887,980원을 손금에 산입하는 경우의 1992. 귀속 법인세액이 금 1,190,441,789원(국고금단수계산법 제1조에 따라 원이하 세액은 계산하지 아니함)이 되는 사실, 1993. 사업연도에 있어서 이 사건 토지들을 비업무용 부동산으로 보는 경우의 1993. 귀속분 법인세액이 금 1,338,607,220원이 되는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 피고가 1997. 4. 1. 원고에 대하여 한 1992. 귀속분 법인세 금 2,224,728,720원의 부과처분 중 금 1,190,441,780원을 초과하는 부분은 위법하다고 할 것이고, 나머지 부과처분은 적법하다고 할 것이다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

토지들에 대한 종합토지세 과세기준일인 1992. 6. 1. 현재 종합토지세로 금 386,887,980원의 부과처분이 있은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 위 기준일인 1992. 6. 1.이 법인의 1992. 사업연도 중 비업무용 부동산에서 제외되는 기간에 포함되므로, 위 종합토지세는 손금에 산입하여야 할 것이므로, 적정세금을 초과하는 범위에서 위법하고 나머지 부과처분은 적법하다.