법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2010.10.28 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 정리회사 주식회사 메디슨의 관리인 소외 1, 소외 2의 소송수계인 주식회사 메디슨 (소송대리인 법무법인 케이앤씨외 1인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 홍천세무서장
【원심판결】 서울고법 2008. 8. 20. 선고 2007누25079 판결 
【주 문】
 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 원고의 상고이유에 관하여
 가. 상고이유 제1점
 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목, 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조 제1항에서 규정한 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 적정한 이자율에 의하여 이자를 받으면서 가지급금을 제공한 경우도 포함되며, 가지급금의 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두11224 판결 등 참조).
 한편 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조).
 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 특수관계자인 소외 3 주식회사 발행의 이 사건 제1, 2 회사채를 취득할 당시 소외 3 주식회사는 해외투자의 유치를 시도하고 있어 그 모기업인 원고의 입장에서는 투자자 유치를 위하여 소외 3 주식회사의 재무구조를 개선할 필요가 있었다고 하더라도, 원고는 의료기기의 제조, 판매를 목적으로 하는 회사이므로 소외 3 주식회사 발행의 이 사건 제1, 2 회사채를 취득하는 행위를 원고의 정상적인 수익사업으로 보기는 어려운 점, 더욱이 원고가 이 사건 제1, 2 회사채를 취득할 당시 소외 3 주식회사는 완전 자본잠식상태였고, 제2 회사채의 경우 비록 이자율이 당시의 당좌대월이자율보다 높기는 했지만 원리금의 회수가능성이 현저히 떨어지는 상황에서 원리금 만기상환 조건으로 발행되었음에도 원고가 이를 취득한 점, 원고가 이 사건 제1, 2 회사채를 취득한 후 특별한 이유 없이 이를 소외 3 주식회사에게 양도하였다가 수회에 걸쳐 재취득하는 등 원고와 소외 3 주식회사가 필요에 따라 제1, 2 회사채 취득대금을 주고받은 점에다가 원고와 소외 3 주식회사의 경영상황 및 원고의 사업목적 등을 보태어 보면, 원고는 업무와 관련 없이 이 사건 제1, 2 회사채를 이용하여 소외 3 주식회사에 자금을 대여한 것으로 봄이 상당하므로 이 사건 제1, 2 회사채 취득대금은 업무무관 가지급금에 해당하고, 또한 소외 3 주식회사가 완전 자본잠식상태로서 원리금의 지급이 극히 불투명함에도 원고가 이자를 만기에 일시 상환받는 조건인 이 사건 제2 회사채를 취득한 행위는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 있다고 할 수 없어 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 판단하였다.
 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 원고가 상고이유에서 주장하는 업무무관 가지급금이나 부당행위계산부인에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 나. 상고이유 제2점
 이 부분 상고이유는, 원심이 이 사건 주식양도를 가공거래로 인정한 것은 채증법칙 위반 등의 위법이 있다는 것이나, 이는 결국 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택이나 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유가 될 수 없고, 나아가 원심의 판단을 기록에 비추어 살펴보더라도 논리와 경험의 법칙에 위배하고 자유심증주의의 한계를 벗어나 판단한 위법이 있다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 상고이유의 주장도 이유 없다.
 다. 상고이유 제3점
 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 채권의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 그 채권 상당액이 의무이행기한 내에 전부 회수되었다가 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 미회수 채권 상당액은 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목이 규정하는 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당하여 그에 상당하는 차입금의 지급이자가 손금에 산입되지 않는다. 또한 그와 같은 채권의 회수지연이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여되어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호에 준하는 행위로서 같은 항 제9호의 규정에 의한 부당행위계산부인에 의하여 그에 대한 인정이자가 익금에 산입된다(대법원 1990. 5. 11. 선고 89누8095 판결, 대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두5646 판결 등 참조).
 원심은 채용 증거를 종합하여, 원고가 1999 사업연도부터 2001 사업연도까지 의료기기 등을 Medison America 등의 해외 자회사들에게 D/A 조건으로 수출하면서 해외 자회사들이 인수한 D/A 환어음을 할인매도하는 방식으로 거래은행으로부터 수출금융을 받은 사실, 원고는 해외 자회사들이 어음금을 만기일까지 지급하지 아니함에 따라 거래은행과의 약정에 의하여 해외 자회사들이 부담하여야 할 D/A 연장이자 및 연체수수료를 거래은행에 지급한 후 해외 자회사들로부터 이를 장기간 회수하지 아니한 사실 등을 인정한 다음, 위와 같은 D/A 연장이자 및 연체수수료의 회수지연은 부당행위계산부인 대상에 해당하고, 미회수된 D/A 연장이자 및 연체수수료 상당액은 업무무관 가지급금에 해당한다는 취지로 판단하였다.
 그러나 앞서 본 법리 및 원심이 적법하게 채택한 증거와 기록에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 원고가 해외매출의 대부분을 의존하고 있는 해외 자회사들은 1999 내지 2001 사업연도 당시 대부분 자본잠식상태로서 변제자력이 충분하지 않았던 점, 원고는 당시 해외 자회사들뿐만 아니라 재무구조가 악화된 국내 자회사나 특수관계가 없는 거래처에 대해서도 동일하게 지급기한을 연장하여 주었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원심으로서는 당초 거래시부터 해외 자회사들의 변제자력이 불충분하였는지 아니면 거래 도중에 변제자력이 불충분해진 것인지 여부, 원고에게 해외 자회사들과 D/A 조건으로 계속 거래를 해야 할 특별한 사정이 있었는지 여부, 해외 자회사들에 대한 매출채권 중 회수지연된 채권의 비율은 어느 정도였는지 등을 심리하여 과연 원고가 해외 자회사들에 대한 D/A 연장이자 및 연체수수료의 회수를 지연한 것이 정당한 사유가 있거나 경제적 합리성에 따른 것인지 여부를 판단하였어야 했다.
 그럼에도, 원심은 이에 나아가 심리하거나 판단하지 아니한 채 원고가 D/A 연장이자 및 연체수수료의 회수를 장기간 지연하였다는 이유만으로 그와 같은 회수지연은 부당행위계산부인 대상에 해당하고, 미회수된 D/A 연장이자 및 연체수수료 상당액은 업무무관 가지급금에 해당한다는 취지로 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 부당행위계산부인 및 업무무관 가지급금에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 원고의 상고이유의 주장은 이유 있다.
 2. 피고의 상고이유에 관하여
 가. 상고이유 제1점
 이 부분 상고이유는, 원심이 원고와 소외 4 주식회사 사이의 2000. 12. 29. 자 채권양수도계약을 가공거래가 아닌 실제 거래로 인정한 것은 사실오인 등의 위법이 있다는 것이나, 이는 결국 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택이나 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유가 될 수 없고, 나아가 원심의 판단을 기록에 비추어 살펴보더라도 논리와 경험의 법칙에 위배하고 자유심증주의의 한계를 벗어나 판단한 위법이 있다고 할 수 없으므로, 피고의 이 부분 상고이유의 주장은 이유 없다.
 나. 상고이유 제2점
 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항, 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 (다)목은 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체의 고유목적사업비로 지출하는 기부금을 지정기부금의 하나로 규정하고 있다.
 원심은 채용 증거를 종합하여, 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 한국임상의학연구재단과 한국의학학술지원재단은 모두 정부로부터 허가를 받아 설립된 재단으로서 그 정관상의 설립목적이나 목적사업에 비추어 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 (다)목 소정의 학술연구단체에 해당하므로, 원고가 위 각 재단에 기부한 이 사건 각 기부금은 지정기부금에 해당한다고 판단하였다. 이어 원심은, 관련 규정에 의하면 학술연구에 관한 사업을 목적으로 하여 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 단체는 지정기부금 대상단체가 되는 것이고 반드시 구체적 학술연구활동 및 결과를 요구하는 것은 아니며, 정부로부터 허가 또는 인가를 받아 설립된 학술연구단체가 그 연구활동을 개시하기 전이라도 그 단체의 학술연구를 위하여 지출한 기부금은 지정기부금으로 볼 수 있고, 한편 한국의학학술지원재단이 열악한 사무환경에 처해 있는 대한의학회 산하 의학학술단체가 입주할 수 있는 건물을 매입한 것도 궁극적으로는 학술의 연구와 발표를 위한 것이라고 할 수 있으며, 원고로서는 학술연구단체에 대하여 그 단체의 고유목적사업비로 사용할 것을 특정하여 지출하면 충분하고 그 기부금을 받은 단체가 실제로 고유목적사업비로 사용한 부분에 한하여 지정기부금으로서 손금산입되는 것은 아니라는(대법원 1986. 9. 9. 선고 85누379 판결 참조) 등의 이유로, 위 각 재단이 구체적인 학술연구활동을 한 자료가 없고, 한국의학학술지원재단의 경우 원고의 기부금을 목적사업과는 관련이 없는 건물매입비용에 충당하였으므로 이 사건 각 기부금은 지정기부금에 해당하지 않는다는 피고의 주장을 배척하였다.
 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 피고가 상고이유에서 주장하는 지정기부금에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신영철(재판장) 박시환 안대희(주심) 차한성

[1] 법인세법 제52조의 부당행위계산부인의 의미와 경제적 합리성에 대한 판단 기준
[2] 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 채권의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 경우, 미회수 채권 상당액이 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당하는지 여부(적극) 및 채권의 회수지연이 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 부당행위계산부인에 의하여 그에 대한 인정이자가 익금산입되는지 여부(적극)
[3] 의료기기의 제조, 판매를 목적으로 하는 법인이 정부로부터 허가를 받아 설립된 재단인 한국임상의학연구재단과 한국의학학술지원재단에 기부한 기부금은 구 법인세법 제24조 제1항, 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호에서 정한 지정기부금에 해당한다고 한 원심판결은 정당하다고 한 사례

[1] 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다.
[2] 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 채권의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 그 채권 상당액이 의무이행기한 내에 전부 회수되었다가 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 미회수 채권 상당액은 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목이 규정하는 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당하여 그에 상당하는 차입금의 지급이자가 손금에 산입되지 않는다. 또한 그와 같은 채권의 회수지연이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여되어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제6호에 준하는 행위로서 같은 항 제9호의 규정에 의한 부당행위계산부인에 의하여 그에 대한 인정이자가 익금에 산입된다.
[3] 한국임상의학연구재단과 한국의학학술지원재단은 모두 정부로부터 허가를 받아 설립된 재단으로서 그 정관상의 설립목적이나 목적사업에 비추어 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제1호 (다)목 소정의 학술연구단체에 해당하므로, 의료기기의 제조, 판매를 목적으로 하는 법인이 위 각 재단에 기부한 기부금은 지정기부금에 해당한다고 판단한 원심판결은 정당하다고 한 사례.