법인세부과처분등취소청구[과세관청이 시가 평가를 위해 실시한 토지 소급 재감정의 적법성이 문제된 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2024.04.12 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 ○○○의 소송수계인 △△△ 주식회사 외 6인 (소송대리인 변호사 정병문 외 2인)
【피고, 피상고인】 서울지방국세청장 외 5인 (소송대리인 변호사 김의식)
【원심판결】 서울고법 2020. 10. 23. 선고 2019누66509 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요 
 가. 원고들은 □□□리조트 주식회사(이하 ‘□□□리조트’라 한다) 또는 ◇◇◇리조트 주식회사(이하 ‘◇◇◇리조트’라 하고, □□□리조트와 합하여 ‘두 리조트 회사’라 한다)의 주주들이다. 
 나. 원고 ☆☆☆ 주식회사(이하 ‘원고 ☆☆☆’라 한다)는 2013. 8. 14. 두 리조트 회사와 각 합병계약을 체결하여 두 리조트 회사를 흡수합병하였고, 두 리조트 회사는 2013. 10. 2. 해산되었다(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다). 이 사건 합병 당시 원고 ☆☆☆와 두 리조트 회사는 「상속세 및 증여세법」에서 정한 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 주식의 가치를 평가하여 합병비율을 정하였다. 
 다. 서울지방국세청장은 2015. 9. 8.부터 2016. 3. 10.까지 □□□리조트, 2016. 5. 18.부터 2016. 7. 21.까지 ◇◇◇리조트에 대한 법인제세 통합조사(이하 통틀어 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 각각 실시한 다음, 이 사건 합병 과정에서 보충적 평가방법에 따른 두 리조트 회사 주식 가치 평가를 위한 순자산가액 계산 시 부채인 입회보증금이 과대평가되었고, □□□리조트가 소유한 서귀포시 (주소 생략) 목장용지 등 9필지 합계 304,510㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)가 과소평가되었다고 보아 피고들에게 과세자료를 통보하였다. 
 라. 이에 피고들은 이 사건 합병은 불공정합병으로서 그 과정에서 두 리조트 회사의 주주인 원고들이 원고 ☆☆☆의 주주들에게 합병에 따른 이익을 분여하였다는 이유로 부당행위계산부인 규정에 따라 그 이익을 익금에 산입하여 원고들에게 법인세(가산세 포함)를 증액경정·고지하고 관련 소득금액변동통지를 하였다가, 조세심판원의 재조사결정에 따라 그 일부를 감액경정·고지하였다. 
 2. 제1 상고이유에 관하여
 가. 구 「상속세 및 증여세법 시행령」(2014. 2. 21. 대통령령 제25195호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제58조 제2항 본문은 ‘입회금·보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간·약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 한다.’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 「상속세 및 증여세법 시행규칙」 제18조의2 제2항은 구 상증세법 시행령 제58조 제2항 본문에서 ‘기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액’이란 다음 각호의 1의 방법에 의하여 평가한 가액을 말한다고 규정하면서, 제1호에서 ‘원본의 회수기간이 5년을 초과하는 경우에는 각 연도에 회수할 금액을 구 상증세법 시행령 제58조의2 제2항 제1호 (가)목에 따른 적정할인율에 의하여 현재가치로 할인한 금액의 합계액’을 들고 있다.
 나. 원심은 관련 규정의 문언과 취지 등 판시와 같은 이유로, 회원들로부터 수령한 입회보증금 중 관련 규정에 따라 현재가치로 할인하여 평가한 가액만을 두 리조트 회사의 순자산가액 계산 시 부채로서 자산에서 차감할 수 있을 뿐, 입회보증금 전액을 부채로 보아 자산에서 차감할 수는 없다고 판단하였다. 
 다. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이유 설시에 일부 부적절한 부분이 있으나, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 비상장주식의 보충적 평가방법에 따른 순자산가액 계산 시 자산에서 차감하는 부채의 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 
 3. 제2 상고이유에 관하여
 가. 관련 규정 등
 1) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제2항은 부당행위계산부인 규정을 적용할 때는 시가를 기준으로 하도록 규정하고 있고, 같은 조 제4항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항 제2호는 주식에 관하여 구 법인세법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의3, 제61조 내지 제64조 및 조세특례제한법 제101조를 준용하여 평가한 가액에 의하도록 규정하고 있다. 
구 「상속세 및 증여세법」(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제63조 제1항 제1호 (다)목 및 그 위임에 따른 구 상증세법 시행령 제54조는 비상장주식의 보충적 평가방법을 규정하고 있고, 같은 시행령 제55조 제1항은 위 보충적 평가방법에서 ‘당해 법인의 순자산가액’은 ‘평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 구 상증세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다.’고 규정하고 있다. 
 2) 구 상증세법 제60조 제1항 본문은 ‘재산의 가액은 평가기준일 현재의 시가에 따른다.’고 규정하여 재산의 평가에 있어 시가주의 원칙을 선언하고, 제2항에서 ‘시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.’고 규정하여 시가로 인정될 수 있는 대략적인 기준을 제시하면서 그 구체적인 범위를 대통령령으로 정하도록 위임하였다. 
 그 위임에 따른 구 상증세법 시행령 제49조 제1항 본문은 ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것이란, 평가기간 이내의 기간 중 감정 등이 있는 경우에 다음 각호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다.’고 규정하면서, 각호에서 재산의 시가로 볼 수 있는 대표적인 경우를 들고 있다. 그중 제2호는 시가로 볼 수 있는 ‘감정가액’의 범위를 정하고 있는바, 토지의 경우 본문에서 ‘토지에 대하여 2 이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액(이하 ‘원감정가액’이라 한다)’을 시가로 보도록 규정하면서도, 단서에서 ‘당해 감정가액이 토지에 대한 개별공시지가 등과 유사사례가액의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 ‘기준금액’이라 한다)에 미달하는 경우이거나, 기준금액 이상인 경우에도 평가심의위원회의 자문을 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 원감정가액이 부적정하다고 인정되는 경우에는, 세무서장이나 관할지방국세청장이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액(이하 ‘재감정가액’이라 한다)에 의하되, 그 가액이 증여세 납세의무자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다.’고 규정하고 있다. 이는 감정평가의 목적에 따라 평가액이 달라질 수 있는 현실적인 한계 등을 고려하여 납세자가 신고한 원감정가액을 시가로 보는 것이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에 한하여 과세관청의 재감정 권한을 예외적으로 인정함으로써 감정기관을 이용한 재산평가의 왜곡을 방지하는 데 취지가 있다. 
 나. 재감정가액의 시가 인정 기준 및 재감정 사유의 판단 기준
 1) 구 상증세법 제60조 제2항의 위임에 따른 구 상증세법 시행령 제49조 제1항 각호는 재산의 시가로 볼 수 있는 대표적인 경우를 예시한 것에 불과하고, 시가란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두5098 판결, 대법원 2008. 2. 1. 선고 2004두1834 판결 등 참조). 이러한 법리는 부당행위계산부인 규정을 적용하면서 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 당해 법인의 자산을 평가하는 경우에도 마찬가지로 적용된다. 
 2) 그러나 앞서 본 관련 규정의 문언, 체계, 개정 경과 및 입법 취지 등을 종합하여 보면, 비록 구 상증세법 시행령 제49조 제1항 각호의 예시적 성격을 감안하더라도 어떠한 토지에 관하여 구 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호 본문에 따른 원감정가액이 존재하고 그 원감정가액에 대하여 같은 호 단서에서 정하고 있는 재감정 사유가 인정되지 않는 경우에는, 과세관청의 의뢰에 따른 재감정가액은 공신력 있는 감정기관이 평가한 가액이라 하더라도 이를 시가로 볼 수 없다. 나아가 평가심의위원회는 국세청장이 과세관청에 설치하는 기관으로서 과세관청이 평가심의위원회의 자문결과에 구속되지 않는 점 등에 비추어 보면, 구 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호 단서 중 두 번째 괄호 부분, 즉 원감정가액이 기준금액 이상인 경우의 재감정 사유(이하 ‘쟁점 재감정 사유’라 한다)가 인정되는지 여부는 평가심의위원회의 자문을 거쳤는지 여부를 기준으로만 판단할 것은 아니고, 원감정가액의 감정평가목적, 납세자와 감정기관과의 관계, 통모 여부, 납세자의 조세회피 의사, 평가심의위원회의 자문내용 및 결과 등을 함께 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다. 
 다. 구체적 판단
 1) 원심판결 이유 및 기록에 따르면, 다음의 사실을 알 수 있다.
 가) 이 사건 합병 당시 원고 ☆☆☆와 □□□리조트는 2013. 6.경 주식회사 두요감정평가법인과 주식회사 제일감정평가법인에 이 사건 부동산을 포함한 □□□리조트가 소유한 유형자산에 대한 감정평가를 각각 의뢰하였고(이하 ‘이 사건 원감정평가’라 한다), 2013. 6. 30.을 평가기준일로 하여 평가기간 내에 이루어진 감정가액의 평균액을 시가로 보아 □□□리조트 주식의 가치를 평가하고 합병비율을 산정하였는데, 이 사건 부동산 감정가액의 평균액은 이 사건 부동산의 기준금액을 초과하는 금액이었다. 
 나) 한편 이 사건 세무조사 당시 서울지방국세청장은 이 사건 원감정평가에 쟁점 재감정 사유가 존재한다고 보아, 서울지방국세청 재산평가심의위원회의 자문을 거쳐 평가기간 이후인 2015. 11.경 주식회사 한국감정원과 주식회사 가온감정평가법인에 재감정을 의뢰하였고, 피고들은 그에 따른 소급감정가액의 평균액이 시가임을 전제로 이 사건 합병 과정에서 보충적 평가방법에 따른 □□□리조트 주식 가치 평가를 위한 순자산가액 계산 시 이 사건 부동산 등 유형자산이 과소평가되었다고 보아 원고들에게 법인세(가산세 포함)를 증액경정·고지하고 관련 소득금액변동통지를 하였다.
 다) 이에 불복하여 원고들은 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 12. 19. ‘감정평가를 받는 등 이 사건 부동산의 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지를 경정하고 나머지 청구를 기각한다.’는 취지의 재조사결정을 하였다. 이에 따른 재조사 과정에서 서울지방국세청장 등은 평가기간 이후인 2018. 3.경 주식회사 감정평가법인 대일감정원과 주식회사 가람감정평가법인에 이 사건 부동산에 대한 소급감정을 의뢰하였고(이하 ‘이 사건 재감정평가’라 한다), 피고들은 그에 따른 소급감정가액의 평균액을 이 사건 부동산의 시가로 보아 종전 처분 중 일부를 감액경정·고지하였다.
 2) 사정이 이러하다면, 원심으로서는 앞서 본 법리에 따라 이 사건 원감정평가에 따른 이 사건 부동산 감정가액의 평균액에 쟁점 재감정 사유가 인정되는지 여부를 심리한 다음, 그 결과에 따라 이 사건 재감정평가에 따른 재감정가액을 이 사건 부동산의 시가로 볼 수 있는지 여부를 판단하였어야 한다. 
 3) 그런데도 원심은 이 사건 원감정평가에 대하여 평가심의위원회의 자문을 거쳤다는 이유만으로 쟁점 재감정 사유가 존재한다고 잘못 전제한 다음, 판시와 같은 이유를 들어 이 사건 재감정평가가 위법하다는 원고들의 주장을 배척하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호 단서에서 정한 과세관청의 재감정 사유의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 
 4. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신숙희(재판장) 이동원 김상환(주심)

[1] 공신력 있는 감정기관의 감정가액을 시가로 볼 수 있는지 여부(적극) 및 그 가액이 소급감정에 의한 것이라도 마찬가지인지 여부(적극) / 이러한 법리는 부당행위계산부인 규정을 적용하면서 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 당해 법인의 자산을 평가하는 경우에도 적용되는지 여부(적극)
 [2] 어떠한 토지에 관하여 구 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 제2호 본문에 따른 원감정가액이 존재하고 그 원감정가액에 대하여 같은 호 단서에서 정하고 있는 재감정 사유가 인정되지 않는 경우, 과세관청의 의뢰에 따른 재감정가액을 시가로 볼 수 있는지 여부(소극) / 구 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 제2호 단서 중 두 번째 괄호 부분, 즉 원감정가액이 기준금액 이상인 경우의 재감정 사유가 인정되는지 판단하는 기준

[1] 구 상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것) 제60조 제2항의 위임에 따른 구 상속세 및 증여세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25195호로 개정되기 전의 것) 제49조 제1항 각호는 재산의 시가로 볼 수 있는 대표적인 경우를 예시한 것에 불과하고, 시가란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다. 이러한 법리는 부당행위계산부인 규정을 적용하면서 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 당해 법인의 자산을 평가하는 경우에도 마찬가지로 적용된다.
 [2] 구 상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것) 제60조 제1항, 제2항, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25195호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제49조 제1항의 문언, 체계, 개정 경과 및 입법 취지 등을 종합하여 보면, 비록 구 상증세법 시행령 제49조 제1항 각호의 예시적 성격을 감안하더라도 어떠한 토지에 관하여 구 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호 본문에 따른 원감정가액이 존재하고 그 원감정가액에 대하여 같은 호 단서에서 정하고 있는 재감정 사유가 인정되지 않는 경우에는, 과세관청의 의뢰에 따른 재감정가액은 공신력 있는 감정기관이 평가한 가액이라 하더라도 이를 시가로 볼 수 없다. 나아가 평가심의위원회는 국세청장이 과세관청에 설치하는 기관으로서 과세관청이 평가심의위원회의 자문결과에 구속되지 않는 점 등에 비추어 보면, 구 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호 단서 중 두 번째 괄호 부분, 즉 원감정가액이 기준금액 이상인 경우의 재감정 사유가 인정되는지는 평가심의위원회의 자문을 거쳤는지를 기준으로만 판단할 것은 아니고, 원감정가액의 감정평가목적, 납세자와 감정기관과의 관계, 통모 여부, 납세자의 조세회피 의사, 평가심의위원회의 자문내용 및 결과 등을 함께 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다.