법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2002.09.24 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 제일은행
【피고, 상고인】 종로세무서장
【원심판결】 서울고법 2000. 7. 5. 선고 99누12962 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원으로 환송한다.

【이 유】1. 원심의 판단은 다음과 같다.
 원심은, 원고가 1993. 3.경 1992 사업연도 법인세를 신고하면서 원고의 미국·영국·일본 등 소재 국외지점이 지급받은 내국법인 발행의 외화표시채권의 이자소득 합계 381,107,081원에 대하여, ① 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것, 이하 '조감법'이라 한다) 제28조의2를 적용하여 위 이자소득에 대한 외국납부세액 10,453,125원을 손금 산입하여 법인세 과세표준금액 및 법인세액을 산출하고, ② 조감법 제69조 제2항 제1호에 의한 면제세액을 계산함에 있어서 당시의 법인세법시행령 제11조 제1항을 적용하여 위 이자소득이 총 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 금액을 계산하고 이를 위 ①의 산출세액에서 공제하여 총 결정세액을 산정한 다음 여기에서 기납부세액을 공제한 695,029,965원을 신고·납부한 사실, 피고는 1998. 3. 26. 조감법 제69조 제2항에 의하여 법인세가 면제되는 내국법인 발행의 외화표시채권의 이자소득에 대한 외국납부세액은 조감법 제28조의2에 의하여 손금 산입할 수 없다는 사유를 들어 위 외국납부세액 10,453,125원에 대한 손금 산입을 부인하고는 이에 따라 위 사업연도의 법인세 과세표준금액 및 총 결정세액을 경정한 다음 기납부세액을 공제한 법인세 6,461,460원(가산세 포함)을 추가로 부과·고지한 사실(이하 '당초처분'이라 한다), 원고는 이에 불복하여 이 사건 부과처분취소소송을 제기하였고, 피고는 당초처분의 정당성을 주장하여 오다가 이 사건의 원심계속 당시인 2000. 4. 24. 자로 종전의 주장을 철회하고 원고의 주장을 모두 받아들여 위 외국납부세액의 손금 산입을 시인함을 전제로 과세처분을 재검토하게 되었는데, 위 외국이자소득에 대한 법인세 면제세액을 공제함에 있어서는, 원고의 당초 신고 내용과는 달리 위 이자소득에 대한 외국납부세액은 면제소득의 개별손금에 해당한다는 이유로, 위 이자소득에서 위 외국납부세액을 공제한 금액을 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 소정의 법인세 면제소득으로 보아 이를 기준으로 법인세 면제세액을 산정한 후 이를 산출세액에서 공제하여 이 사건 법인세를 2,844,810원으로 감액경정한 사실(이하 '감액경정처분'이라 한다)을 각 인정하였다.
 이어서 원심은, 조감법 제69조 제2항 제1호 소정의 내국법인 발행의 외화표시채권의 이자소득에 대한 법인세 면제규정은 국내 기업이 사업수행을 위하여 해외로부터의 자금조달을 하고자 할 경우 이를 원활히 하기 위하여 조세정책상 마련된 것임에 비하여 조감법 제28조의2 소정의 외국납부세액의 손금 산입 특례규정은 내국법인이 국외원천소득에 대하여 외국에서 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 손금 산입의 방법으로 공제하여 주는 것으로서 국제적인 이중과세를 방지하기 위하여 마련된 것인데, 조감법에서 위 각 규정이 동시에 적용되는 경우 어느 하나의 규정은 적용하지 아니한다는 명문의 규정을 두고 있지 않은 이상, 외화표시채권의 이자소득에 대하여 법인세가 면제되는 경우에 그 이자소득에 대한 외국납부세액의 손금 산입이 배제된다고 볼 수 없고, 위와 같이 위 각 규정의 입법 취지가 서로 다른 점에 비추어 외화표시채권의 이자소득에 대한 법인세가 면제됨으로써 실질적으로 이중과세의 방지효과가 생김과 동시에 외국납부세액을 손금 산입하여 법인세의 중복된 감면을 받게 된다고 하더라도 이를 특별히 부당하다고 할 수 없으므로, 원고가 이 사건 외화표시채권의 이자소득에 대하여 조감법상 법인세의 면제를 받았음을 이유로 이에 대한 외국납부세액의 손금 산입을 부인하여 한 피고의 당초처분은 위법하다고 판단하였다.
 나아가 원심은, 피고가, 위 외국납부세액을 손금 산입하는 한편 위 이자소득에서 면제소득의 개별손금에 해당하는 위 외국납부세액을 공제한 금액을 법인세 면제소득으로 보아 법인세 면제세액을 다시 산정하여 감액경정처분을 하였으므로 당초처분 중 위 감액되고 남은 법인세 2,844,810원 부분은 정당하다는 피고의 주장에 대하여, 구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 소정의 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 같은 조 제2항에 의하여 당해 확정판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐 그 외의 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 된다고 전제한 다음, 피고가 당초처분시에는 위 외국납부세액을 손금에 불산입하면서 원고가 신고한 공제감면세액을 그대로 인정하여 이를 경정하지 아니함으로써 위 공제감면세액이 당초처분에 의하여 그대로 확정된 이 사건에 있어서, 원고가 신고한 법인세 과세표준금액 및 산출세액을 그대로 둔 채 1992 사업연도 법인세 신고기한인 1993. 3. 25.부터 5년의 부과제척기간이 경과한 이후에 비로소 공제감면세액의 신고내용에 오류가 있다고 하면서 이를 경정하여 공제감면세액을 다시 계산하여 재경정처분을 하는 것은 허용될 수 없으므로, 감액경정처분은 무효라고 판단하였다.
 2. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 수긍하기 어렵다.
 가. 먼저 감액경정처분의 유효 여부에 관하여 본다.
구 국세기본법 제26조의2 제1항은 국세부과의 제척기간을 규정하면서 법인세의 경우 원칙적으로 이를 5년으로 정하고 있는바, 같은 조 제2항에서 위 제1항 소정의 제척기간이 만료된 경우에도 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 판결 또는 결정에 따른 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있음에 비추어 위 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 1996. 9. 24. 선고 96누68 판결 참조), 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속중 언제든지 가능하다고 보아야 하며, 과세제척기간이 만료되었다는 이유 때문에 그러한 처분이 불가능하거나 위법하다고 해석할 것은 아니다.
 이 사건의 경우 피고의 당초처분이 법인세 부과제척기간 내에 이루어졌고, 원고가 불복절차를 통하여 이를 다투고 있었던 이상 피고로서는 비록 이 사건 소송 도중에 부과제척기간이 만료되었다 하더라도 원고의 불복 주장을 받아들이는 취지에서의 감액경정처분을 할 수 있다 할 것이고, 따라서 감액경정처분에 의하여 감액된 부분에 대한 취소청구는 소의 이익이 없게 되고 이 사건 취소소송의 대상이 되는 것은 당초처분 중 감액경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이라고 할 것이다.
 그럼에도 불구하고, 원심이, 피고의 감액경정처분이 법인세의 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어졌음을 들어 이를 무효라고 하면서 무시하고, 이 사건 취소소송의 대상이 피고의 당초처분뿐이라고 보아 애써 그 당초처분의 적법 여부에 대하여 판단해 버린 것은 부과제척기간의 적용에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 것이므로, 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 나. 다음 법인세 면제세액의 계산방법에 관하여 본다.
조감법 제69조 제2항 제1호는 내국법인 등이 발행하는 외화표시채권에 대하여 지급받은 이자 및 수수료의 소득에 대하여는 법인세를 면제한다고 규정하고 있는데, 이에 의한 법인세 면제세액의 계산방법을 규정한 구 법인세법시행령 제11조 제1항에 비추어 볼 때, 이는 지급받은 이자 및 수수료 전액에 상당하는 과세표준액에 상응하는 법인세를 면제한다는 뜻이 아니고, 그 사업으로 인한 소득에 상응하는 법인세를 면제한다는 뜻으로 해석하여야 할 것이므로, 이 경우 법인세 면제세액 산정의 기초가 되는 면제소득은 수입한 이자 및 수수료에서 당해 사업으로 인한 손금을 공제한 금액으로 보아야 할 것이고, 이 때 명백히 면제사업에만 관련되어 지출된 손금이 있다면 이는 '개별손금'으로서 전액 공제하고, 이와 달리 면제사업과 과세사업별로 구분할 수 없는 손금이라면 이는 '공통손금'으로서 구 법인세법시행령 제69조 제1항 및 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제25조에 따라 면제사업과 과세사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분 계산하여야 할 것이다.
 이 사건에 있어서, 이 사건 외화표시채권의 이자소득에 대한 외국납부세액은 면제사업에만 관련되어 지출된 비용으로서 위 이자소득의 개별손금에 해당함이 명백하므로, 조감법 제69조 제2항 제1호에 의한 위 이자소득에 대한 법인세 면제세액을 산정함에 있어서의 법인세 면제소득은 위 외국납부세액을 개별손금으로서 공제한 금액이라 할 것이고, 따라서 피고가 감액경정처분을 함에 있어 위 외국납부세액 전부를 개별손금으로 공제하여 법인세 면제소득을 계산하고, 그것이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 법인세 면제세액으로 산정한 조치는 정당하다고 할 것이다.
 그리고 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 당초의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니라고 할 것인데(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결, 2001. 8. 24. 선고 2000두4873 판결 등 참조), 피고가 당초처분의 취소를 구하는 이 사건 소송계속중 법인세 면제세액의 계산에 관한 원고의 신고내용의 오류를 시정하여 정당한 면제세액을 다시 계산하여 당초의 결정세액을 일부 감액하는 감액경정처분을 한 것은, 당초처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 처분사유를 교환·변경한 것이므로 적법하다고 할 것이다.
 따라서 원심이 감액경정처분이 무효임을 전제로 하여, 부과제척기간이 경과한 이상 피고는 법인세 공제·감면세액을 다시 계산하여 정당세액을 주장할 수 없다고 판단한 것은 처분사유의 변경에 관한 법리를 오해하여 법인세 면제세액 산정방법에 대한 심리를 다하지 않은 위법이 있다고 할 것이므로, 이 점을 지적하는 상고이유 주장도 이유 있다.
 3. 결 론
 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원으로 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이용우(재판장) 서성 배기원 박재윤(주심)

[1] 항고소송 등 불복절차가 계속중일 경우, 과세제척기간이 만료된 이후라도 과세관청이 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소할 수 있는지 여부(적극)
[2] 외화표시채권의 이자소득에 대한 법인세 면제를 규정한 구 조세감면규제법 제69조 제2항 제1호의 의미와 법인세 면제소득의 계산방법
[3] 과세처분취소소송에서 처분사유의 교환·변경 가부(한정 적극)
[4] 과세관청이 당초처분의 취소를 구하는 소송계속중 법인세 면제세액의 계산에 관한 납세의무자의 신고내용의 오류를 시정하여 정당한 면제세액을 다시 계산하여 당초의 결정세액을 일부 감액하는 감액경정처분을 한 것은 당초처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 처분사유를 교환·변경한 것이므로 적법하다고 한 사례

[1] 구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 국세부과의 제척기간을 규정하면서 법인세의 경우 원칙적으로 이를 5년으로 정하고 있는바, 같은 조 제2항에서 위 제1항 소정의 제척기간이 만료된 경우에도 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 판결 또는 결정에 따른 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있음에 비추어 위 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속중 언제든지 가능하다고 보아야 하며, 과세제척기간이 만료되었다는 이유 때문에 그러한 처분이 불가능하거나 위법하다고 해석할 것은 아니다.
 [2] 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제69조 제2항 제1호는 내국법인 등이 발행하는 외화표시채권에 대하여 지급받은 이자 및 수수료의 소득에 대하여는 법인세를 면제한다고 규정하고 있는데, 이에 의한 법인세 면제세액의 계산방법을 규정한 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제16970호로 전문 개정되기 전의 것) 제11조 제1항에 비추어 볼 때, 이는 지급받은 이자 및 수수료 전액에 상당하는 과세표준액에 상응하는 법인세를 면제한다는 뜻이 아니고, 그 사업으로 인한 소득에 상응하는 법인세를 면제한다는 뜻으로 해석하여야 할 것이므로, 이 경우 법인세 면제세액 산정의 기초가 되는 면제소득은 수입한 이자 및 수수료에서 당해 사업으로 인한 손금을 공제한 금액으로 보아야 할 것이고, 이 때 명백히 면제사업에만 관련되어 지출된 손금이 있다면 이는 '개별손금'으로서 전액 공제하고, 이와 달리 면제사업과 과세사업별로 구분할 수 없는 손금이라면 이는 '공통손금'으로서 구 법인세법시행령 제69조 제1항 및 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제25조에 따라 면제사업과 과세사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분 계산하여야 한다.
 [3] 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 당초의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다.
 [4] 과세관청이 당초처분의 취소를 구하는 소송계속중 법인세 면제세액의 계산에 관한 납세의무자의 신고내용의 오류를 시정하여 정당한 면제세액을 다시 계산하여 당초의 결정세액을 일부 감액하는 감액경정처분을 한 것은 당초처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 처분사유를 교환·변경한 것이므로 적법하다고 한 사례.