법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1995.07.14 / 시행일:

【원고, 상고인】 학교법인 성화교육재단
【피고, 피상고인】 북대구세무서장
【원심판결】 대구고법 1994. 4. 22. 선고 93구1900 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 대구고등법원에 환송한다. 

【이 유】 상고이유를 본다. 
 1. 제1점(면제주장)에 관하여
구 조세감면규제법(1993.12.31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것) 제67조의3 제1항 제1호, 제4항, 같은법시행령(1993.12.31. 대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것) 제55조의3 제4항의 각 규정을 종합하여 보면, 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제받으려면 법인세법 제26조에 규정된 법인세과세표준과세액의 신고기간 내에 특별부가세면제신청서를 제출하여야 하고, 위 신고기간 내에 위 신청서를 제출하지 아니하는 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없다고 보아야 한다는 것이 당원의 확립된 견해(당원 1989.7.25.선고 88누10794 판결; 1990.4.27.선고 89누7351 판결; 1994.7.29.선고 93누9705 판결)이므로 같은 취지의 원심판단은 정당하고, 거기에 소론과 같은 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다. 논지는 이유가 없다. 
 2. 제2점(양도차익산정방법에 대한 주장)에 관하여
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 거시의 증거에 의하여 원고가 1975.9.30. 이 사건 부동산을 증여받아 소유하여 오다가 1991.2.27. 소외인 등에게 금822,460,000원에 양도한 사실, 이에 피고가 양도가액은 실지거래가액으로 하고, 취득가액은 구 법인세법시행령 제124조의2 제9항(1990.12.31. 대통령령 제13195호로 개정되어 1994.12.31. 대통령령 제14468호로 삭제되기 전의 것, 이하 영이라 한다)에 따라 환산한 가액으로 하여 그 양도차익을 산정한 후, 이를 기초로 이 사건 부과처분을 한 사실을 인정한 다음, 이 사건과 같이 양도가액은 분명하나 취득가액이 분명하지 아니한 경우 양도가액 및 취득가액 모두를 기준시가에 의한 가액으로 하여 그 양도차익을 산정하여야 함에도 불구하고 피고가 위와 같은 방법으로 그 양도차익을 산정한 것은 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다. 
 법 제59조의2 제3항 단서의 "양도가액과 취득가액이 불분명한 경우"라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 형평상 두 가액 중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다고 보아야 하므로, 법 제59조의2 제3항 단서의 해석상 특별부가세의 양도차익의 산정은 양도가액과 취득가액을 모두 실지거래가액에 의함이 원칙이고, 양도가액과 취득가액이 모두 분명하지 아니한 경우는 물론 어느 한쪽의 가액이 분명하지 아니한 경우에도 양도가액과 취득가액을 모두 대통령령이 정하는 기준시가에 의하여야 하는 것이지, 실지거래가액이 분명한 쪽의 가액은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액이 분명하지 아니한 쪽의 가액은 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 것으로 볼 것은 아니므로, 구 법인세법시행령 제124조의2 제7항(1989.12.30. 대통령령 제12878호로 신설되어 1990.5.1. 대통령령 제12995호로 개정되기 전의 것, 이하 구 영이라 한다)이 "법 제59조의2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액과 취득가액 중 어느 하나가 불분명한 경우에 그 불분명한 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 가액에 의한다"고 규정하고 있는 것은 법 제59조의2 제3항의 해석상 허용되지 않는 양도차익산정방법을 규정한 것이어서 모법의 규정에 부합하지 않는 것일 뿐만 아니라, 그와 같은 양도차익산정방법을 규정할 수 있도록 위임한 근거도 찾아볼 수 없으므로, 이 규정은 조세법률주의의 원칙에 위반되어 그 효력이 없다고 함이 당원의 견해이다(당원 1995.6.13.선고 93누23992 전원합의체 판결).
 그런데 1990.5.1. 대통령령 제12995호로 그 법문상 "불명한"이 "분명하지 아니한"으로 개정되고, 소득세법상 기준시가의 개념이 달라짐에 따라 그 산식이 개정되었으며, 1990.12.31. 대통령령 제13195호로 그 제3항 및 제4항이 신설되는 바람에 위 제7항이 제9항으로 개정되었으나, 동 제9항은 그 항의 번호가 바뀐 것을 제외하고는 법 제59조의2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액과 취득가액 중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 그 소정의 산식에 의하여 환산한 가액에 의한다고 규정하고 있는 점에서 구 영 제124조의2 제7항의 규정과 다를 바가 없음이 명백하고, 그 모법인 법 제59조의2 제3항 단서의 규정 역시 개정된 바가 없었으므로, 특단의 사정이 없는 한 위 각 개정에 관계없이 여전히 그 효력이 없다고 할 것이다. 
 그럼에도 불구하고 원심이 영 제124조의2 제9항이 유효함을 전제로 그 규정에 의하여 양도차익을 산정하여 한 이 사건 부과처분이 적법하다고 판단한 것은 법 제59조의2 제3항에 관한 법리를 오해하였거나 영 제124조의2 제9항을 잘못 해석한 위법을 저지른 것이라 아니할 수 없고, 이는 판결 결과에 영향을 미쳤음이 명백하므로, 이 점을 지적하는 논지는 이유가 있다. 
 이에 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다. 

대법관 김형선(재판장) 박만호(주심) 박준서 이용훈

가. 구 조세감면규제법(1993.12.31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것) 제67조의3 제1항 제1호, 제4항, 구 조세감면규제법시행령(1993.12.31. 대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것) 제55조의3 제4항의 각 규정을 종합하여 보면, 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제받으려면 법인세법 제26조에 규정된 법인세과세표준과세액의 신고기간내에 특별부가세 면제신청서를 제출하여야 하고, 신고기간 내에 신청서를 제출하지 아니하는 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없다. 
나. 구 법인세법시행령(1990.5.1. 대통령령 제12995호로 개정되기 전의 것)제124조의2 제7항이 "법 제59조의2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액과 취득가액 중 어느 하나가 불분명한 경우에 그 불분명한 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 가액에 의한다"고 규정하고 있는 것은 구 법인세법(1990.12.31.법률 제4282호로 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항의 해석상 허용되지 않는 양도차익 산정방법을 규정한 것이어서 모법의 규정에 부합하지 않는 것일 뿐만 아니라, 그와 같은 양도차익 산정방법을 규정할 수 있도록 위임한 근거도 찾아볼 수 없으므로, 이 규정은 조세법률주의의 원칙에 위반되어 그 효력이 없다. 
다. 구 법인세법시행령 제124조의2 제9항(1994.12.31. 대통령령 제14468호로 삭제)은 1990.5.1. 대통령령 제12995호로 '나'항의 제124조의2 제7항의 법문상 "불명한"이 "분명하지 아니한"으로 개정되고, 소득세법상 기준시가의 개념이 달라짐에 따라 그 산식이 개정되었으며, 1990.12.31. 대통령령 제13195호로 제3항 및 제4항이 신설되는 바람에 제7항이 제9항으로 개정된 것이나, 항의 번호가 바뀐 것을 제외하고는 구 법인세법(1994.12.22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액과 취득가액 중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 분명하지 아니한 가액은 그 소정의 산식에 의하여 환산한 가액에 의한다고 규정하고 있는 점에서 개정 전의 제124조의2 제7항의 규정과 다를 바 없고, 모법인 구 법인세법 제59조의2 제3항 단서의 규정 역시 개정된 바가 없었으므로, 특단의 사정이 없는 한 위 각 개정에 관계없이 여전히 그 효력이 없다.