양도소득세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.01.31 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 태산 담당변호사 김태훈)
【피고, 피상고인】 역삼세무서장
【원심판결】 서울고법 2012. 3. 21. 선고 2011누34193 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 직권으로 판단한다.
 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항은 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관하여 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항은 위에서 말하는 ‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 산정하는 산식으로 ‘양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’ (이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)라고 규정하고 있다.
 한편 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항은 "제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서, 제100조 및 제114조 제7항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다."고 규정하면서, 그 제1호 (나)목에서 ‘건물’에 관하여는 ‘건물의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액’을 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 "법 제99조 제1항 제1호 (가)목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다."고 규정하고 있다.
 위 각 법령규정의 내용을 바탕으로, 이 사건 산식은 전체 양도소득금액을 ‘취득일로부터 양도일까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득일로부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득일과 양도일 및 취득일로부터 5년이 되는 날의 각 기준시가는 그 각 시점이 속하는 연도의 기준시가를 적용하는 것이 바람직한 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 취득일 또는 양도일에 그 연도의 기준시가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 기준시가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 취득일로부터 5년이 되는 날에는 그 연도의 기준시가가 고시되지 않았더라도 사후에 그 연도의 기준시가를 알 수 있다면 위 규정을 유추·확대 적용할 것이 아닌 점 등을 고려하면, 이 사건 산식에서의 ‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’는 취득일로부터 5년이 되는 날이 속한 연도의 기준시가를 적용하는 것이 타당하고, 취득일로부터 5년이 되는 날에 그 연도의 기준시가가 고시되지 아니하였다는 이유로 그 직전연도의 기준시가를 적용할 것은 아니다. 
 원심은, 그 채택 증거들에 의하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감할 양도소득금액은 신축주택 취득일부터 일정 기간에 실제로 발생한 양도소득금액이 아니라 법령에서 정한 신축주택 취득 당시 또는 양도 당시 기준시가 등 특정한 시점의 기준시가를 요소로 하는 산식에 따라 계산된 금액으로 의제하고 있어 기간이나 기한에 대한 민법 제161조, 국세기본법 제5조의 규정이 기준시가를 정하는데 적용될 여지가 없다고 전제한 후, 이 사건 산식에서 ‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’도 ‘신축주택을 취득한 날부터 5년이 되는 특정한 시점의 기준시가’를 의미하므로 이 사건 산식에는 이 사건 주택의 취득일로부터 5년이 되는 날인 2007. 4. 29. 유효한 2006년 기준시가를 적용하여야 하고 2007. 4. 30. 고시된 2007년 기준시가를 적용할 수 없다고 판단하였다.
 그러나 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 주택의 취득일로부터 5년이 되는 날인 2007. 4. 29.에는 2007년 기준시가가 고시되지 않았으나 사후에 2007년 기준시가가 고시되어 있었으므로 이 사건 산식에는 2007년 기준시가를 적용하여야 한다. 그럼에도 원심은 이 사건 산식에 2006년 기준시가를 적용하여야 한다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 소정의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 법리를 오해한 위법이 있다.
 그러므로 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이상훈(재판장) 신영철 김용덕 김소영(주심)

구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항이 정한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 ‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 산정하는 산식의 ‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’(=취득일로부터 5년이 되는 날이 속한 연도의 기준시가) 및 취득일로부터 5년이 되는 날에 그 연도의 기준시가가 고시되지 아니하였다는 이유로 직전연도의 기준시가를 적용하여야 하는지 여부(소극)

구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항, 제4항, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항, 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호 (나)목, 소득세법 시행령 제164조 제3항 규정의 내용을 바탕으로, 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항에서 말하는 ‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 산정하는 산식 ‘양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’ (이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)는 전체 양도소득금액을 ‘취득일로부터 양도일까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득일로부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득일과 양도일 및 취득일로부터 5년이 되는 날의 각 기준시가는 각 시점이 속하는 연도의 기준시가를 적용하는 것이 바람직한 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 취득일 또는 양도일에 그 연도의 기준시가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 기준시가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 취득일로부터 5년이 되는 날에는 그 연도의 기준시가가 고시되지 않았더라도 사후에 그 연도의 기준시가를 알 수 있다면 위 규정을 유추·확대 적용할 것이 아닌 점 등을 고려하면, 이 사건 산식의 ‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’는 취득일로부터 5년이 되는 날이 속한 연도의 기준시가를 적용하는 것이 타당하고, 취득일로부터 5년이 되는 날에 그 연도의 기준시가가 고시되지 아니하였다는 이유로 그 직전연도의 기준시가를 적용할 것은 아니다.