법인세부과처분취소·특별부과세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1982.10.26 / 시행일:

【원고, 피상고인】 학교법인 화북학원 소송대리인 변호사 이현우
【피고, 상고인】 상주세무서장
【원심판결】 대구고등법원 1980.7.29. 선고 80구24 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 대구고등법원에 환송한다.

【이 유】 피고소송수행자 박철우의 상고이유 제1,2점을 함께 본다.
 원심은 그 판결이유에서, 그 채택한 증거에 의하여 원고가 학교법인으로서 1978.2.24 소외 장정호에게 그 판시의 임야 604정 4단보(이하 이 사건 임야라고 한다)를 대금 43,879,400 원에 매도한 사실, 이에 피고는 이 사건 임야의 양도로 인하여 원고에게 그 차익이 금 29,587,758원이 발생한 것으로 보아법인세법 제59조의 2의 규정에 따라 위 양도차익을 과세표준으로 하여 법인세특별부가세 금 10,367,821원, 및 이에 대한 방위세 금 1,777,201원을 1979.7.27자로 원고에게 부과하기에 이른 사실을 인정한 다음,같은 제 59조의 2 소정의 과세표준은 법인에 있어 과세대상이라고 하여야 할 토지 등 양도에 대한 특별부가세의 과세표준에 관한 규정이라고 할 것이므로 원고에게 이 사건 임야의 양도로 인하여 그 차익이 생겨났다고 할지라도 그 차익의 존부에 앞서 법인세특별부가세의 과세대상인지의 여부가 선결되어야 할 것인데,같은법 제1조에 의하면 원고와 같이사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업 목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다고 하면서 " 1,......부동산업......" 으로 인한 수입을 그 과세대상으로 규정하고 있으므로 학교법인인 원고에 있어 이 사건 임야의 매매행위가 임업이나 부동산업에 해당하여야만 그 차익을 과세표준으로 하여 법인세특별부과세 및 이에 대한 방위세를 납부할 의무가 있다 할 것인 바, 피고의 전거증에 의하여도 원고의 이 사건 임야의 매매행위가 임업 또는 부동산업으로서 한 것이라고 인정할 만한 아무런 증거가 없고 오히려 이 사건 임야는 원고 법인의 설립 당시부터의 기본재산으로서 원고가 일부 조림도 하면서 관리하여 오다가 원고 운영의 학교시설확충 및 운영비 충당에 애로가 있어 이사회의 결의 및 주무관청으로부터 기본재산 대체의 처분허가를 얻어 이 사건 임야를 위와 같이 매도하고 그 매도대금을 새로운 기본재산을 매입하고, 원고 운영의 학교교실증축, 학교의 이전 및 운영 등에 필요한 비용으로 충당한 사실이 인정될 뿐이라고 판시하고 그렇다면 원고의 이 사건 임야의 매매행위는 원고가 임업 또는 부동산업을 영위한 것으로는 볼 수 없다 할 것이니, 비록 원고에게 이로 인한 양도차익이 생겨났다고 가정하더라도 이는 법인세법특별부가세 및 이에 대한 방위세의 과세대상 이 될 수 없다 할 것임에도 불구하고 피고가 그 과세대상을 오인하여 한 본건 과세처분은 위법하다는 취지로 판시하고 있다.
 그러나 기록(을 제1,2호증, 을 제3호증의 1내지 5)에 의하면 피고가 원고의 이 사건 임야의 양도로 인하여 발생한 차익에 대하여 부과한 본건 법인세특별부가세액은 금 10,355,713원이고, 이에 대한 방위세액은 금 1,775,264원으로서 원심인정의 앞서 본각 세액은 원고 법인의 본건 사업년도의 소득에 대한법인세액 및 이에 대한 방위세액이 각 포함되어 있는 것임을 알 수 있는바, 본건에 있어서 이 사건임야의 양도차익이 법인세특별부가세의 과세대상인지의여부에 관하여 보건대, 이 사건 과세요건 성립 당시에 시행되던법인세법(1978.12.5 법률 3099호로 개정되기 전의 것) 제1조 제1항 단서의 규정에 의하면 원고와 같이사립학교법 제10조에 의하여 설립된 법인 등 비영리내국법인의소득에 대하여는 원칙적으로 법인세를 부과하지 아니하고 다만같은 법조 제1항 단서 각호에 게기하는 소득원천인 수익사업 또는 수입에서 생기는 소득에 대하여서만 예외적, 제한적으로 법인세를 부과한다는 취지임은 원심이 판시한 바와 같으나 한편같은 법조 제4항,제5항에 의하면 국가, 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)에 대하여는제1항의 규정에 불구하고 법인세(제59조의2의 규정에 의한 특별부가세를 포함한다)를 부과하지 아니한다.제1항 내지제3항에 규정하는 법인이제59조의2의 규정에 의한 토지등 양도차익이 있을 때에는 이 법에 의한 특별부가세를 법인세로서 납부할 의무가 있다고 각 규정하고 있고같은법 제59조의 2 제1항에 의하면 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생한 양도차익의 합계금액으로 한다고 규정하고 있고같은법 제59조의3에서는 다음 각호의 소득에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니한다고 하면서 그1호 내지18호에 비과세소득의 경우를 열거하고 그12호에서 사립학교법의 규정에 의하여 설립된 학교법인의 소유토지 중 교육 목적에 직접 사용하는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 비과세소득으로서 게기하고 있으며같은 법 시행령(1978.12.30 대통령령 제9230호로 개정되기 전의 것) 제124조의 4 제7항에서는위 법 제59조의 3제12조에 규정하는 토지는 당해 학교법인이 설치, 경영하는 사립학교의 교육에 직접 사용되는 것으로서사립학교법시행령 제12조의 규정에 해당하는 토지로 한다고 규정하고 있고같은법 제59조의 4,제59조의 5의 각 규정에 의하면 법인의 토지등 양도에 대한 특별부가세는제59조의2의 규정에 의한 과세표준금액에 100분의 25를 곱한금액을 그 세액으로 하며 이 경우법인세법 제8조의 규정에 의한 과세표준금액에 대한 법인세액이 없는 경우에도 이를 적용한다. 특별부가세의 과세표준에 대한 신고, 납부, 결정 및 징수에 관하여는 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세 표준등의 신고, 납부, 결정 및 징수에 관한 규정을 준용하되 기타 법인세액에 합산하여 신고, 납부, 결정 및 징수한다고각 규정하고 있고 또한사립학교법시행령 제12조에 의하면 학교법인이 설치, 경영하는 학교의 교육에 직접 사용되는 재산으로서는 1. 교지 2. 교사(강당포함) 3. 체육장(실내체육장 포함) 4. 실습 또는 연구시설 5. 기타 교육에 직접사용되는 시설 또는 설비로서 문교부장관이 지정한 것 등을 열거하여 규정하고 있음을 알 수 있는바,이상과 같은 관계 각 규정에 비추어 보면 법인세특별부가세란 법인세의 부가세로서 법인이 소유하고 있던 토지 등을 유상으로 양도할 때에 생기는 양도차익에 대하여 부과하는 세금임을 말하고 이는 입법연혁적으로 특정지역의 부동산에 대한 투기를 억제하기 위하여 제정된 부동산투기억제에 관한 특별조치법(1967.11.29 법률 제1972호)을폐지하고 이에 대신하여 생긴 것으로서 납세의무자가 법인인 경우에는 특별부가세로서 법인세법에, 납세의무자가 개인인 경우에는 양도소득세로서 소득세법에 각 규정하기에 이른 것임을 알 수 있고 법인이 소유하고 있던 자산을 판매하거나 매각하게 되면 그 차액은 영리법인에 있어서는 영업수익 또는 영업외 수익으로서 비영리법인에 있어서는법인세법 제1조 제1항 단서 각호 소정의 수익사업, 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하는 경우에 한하여 그 법인의 각 사업년도 소득을 구성하게 되어 이에 대한 법인세가 부과되는 한편 법인이 특히 토지 등을 양도한 때에는 그 양도차익에 대하여 위 법인세와는 별도로 특별부가세가 다시 부과되는 것으로서 국가, 지방자치단체(지방자치단체조합 포함)를 제외한 모든법인(법인으로 보는 사단, 제단 기타 단체포함)은 토지 등을 양도한 때에는 그 양도차익에 대하여 특별부가세를 법인세로서 납부할 의무가 있고 이 경우 비영리내국법인이 토지 등을 양도함으로써 생기는 그 양도차익이법인세법 제1조 제1항 단서 각호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니하여 그 법인의 각 사업년도 소득에 대한 법인세의 과세소득에 해당하지 아니하는 경우에도 그 양도차익은 비과세소득 및 면제의 경우를 제외하고는 의연히 특별부가세의 과세대상이 되는 것이라고 해석된다 할 것이다.
돌이켜 이 사건 기록에 의하면 이 사건 임야는 원고 법인의 수익용 기본재산으로서사립학교법시행령 제12조 소정의 학교법인이 설치, 경영하는 학교교육에 직접 사용되는 재산에 해당되지 아니한 것임을 엿볼 수 있는 본건에 있어서 원심이 원고의 이 사건 임야의 매매행위가법인세법 제1조 제1항 단서 각호 소정의 수익사업의 어느 것에도 해당되지 아니한다는 이유로 이 사건 임야의 양도로 인하여 생긴 양도차익이 법인세특별부가세의 과세대상이 될 수 없는 것이라고 단정하여 피고의 본건 과세처분을 위법하다고 판단하였음은 필경 법인세특별부가세에 관한 법리를 오해한 위법이 있고이는 판결결과에 영향을 미쳤다 할 것이므로 논지는 이유있어 이 점에서 원심판결은 파기를 면치 못한다 할 것이다.
 이에 원심판결을 파기하고 사건을 원심인 대구고등법원에 환송하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 오성환(재판장) 정태균 윤일영 김덕주

가. 비영리 국내법인이 토지 등을 양도함으로써 생긴 양도차익이법인세법 제 1조 제1항 단서 각호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 않는 경우 법인세 특별부가세의 과세대상이 되는지 여부
나. 학교법인이 학교교육에 사용되지 않는 임야를 양도함으로써 생긴 양도 차익이 법인세 특별부가세의 과세대상이 되는지 여부(구법관계)

가. 국가, 지방자치단체를 제외한 법인이 특히 토지등을 양도한 때에는 그 양도차익에 대하여 법인세와는 별도로 특별부가세가 다시 부과되는 것인 바 이 경우 비영리국내법인이 토지등을 양도함으로써 생기는 양도차익이법인세법 제1조 제1항 단서 각호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니하여 그 법인의 각 사업년도 소득에 대한 법인세의 과세 소득에 해당하지 아니하는 경우에도 그 양도차익은 비과세소득 및 면제의 경우를 제외하고는 의연히 특별부가세의 과세대상이 된다.
나. 사립학교법의 규정에 의하여 설립된 학교법인이사립학교법시행령 제12조 소정의 학교교육에 직접 사용되는 재산에 해당되지 아니하는 수익용 기본 재산인 임야를 양도함으로써 발생하는 양도차익은구 법인세법,(1978.12.5 법률 제3099호로 개정되기 전의 법) 제59조의3 제12호에 의하면 법인세 특별부가세의 과세대상이 된다.