공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여 간주취득세 부과대상인지 여부 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2011.07.13 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2010. 3. 18. 원고에게 한 취득세 17,111,790원, 농어촌특별세 1,711,170원의 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 제1심 판결 인용 부분이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유 중 ‘1. 처분의 경위 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 나. 관련 법령’까지는 제1심 판결 해당 부분 기재와 같다.
행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 해당 부분을 인용한다.
2. 판단가. 지방세법 제22조 제2호, 제105조 제6항은 법인 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 과점주주가 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하여 과점주주에게 취득세 납부의무를 부과하고 있다.
조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사 주식을 취득하는 경우에는 과점주주에 대하여 지방세법 제105조 제6항을 적용하지 아니한다고 규정하여 공정거래법에 따른 지주회사에 대하여 취득세 감면 혜택을 주고 있다.
공정거래법 제2조 1의2호, 공정거래법 시행령 제2조 제1항, 제2항에 의하면, ‘지주회사’란 주식(지분을 포함) 소유를 통하여 국내회사 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사를 말하고, 주된 사업이 되는 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액 합계액이 해당 회사 자산총액의 1/2 이상인 것으로 한다.
원고는 2008. 11. 3. 이 사건 주식을 추가로 취득하여 이 사건 법인의 발행주식 총수인 24,952,195주 가운데 약 79.51%인 19,840,100주를 보유하게 되었다. 당시 원고 자산은 1천 억 원 이상이었고 그 후 2009. 6. 30. 기준으로 2천 억 원을 상회하였으며,

그 주식 가액은 자산총액의 약 80%를 차지하였다. 원고는 주식 취득으로 인하여 이 사건 법인 과점주주가 되었고 동시에 공정거래법에 따른 지주회사 요건을 갖추게 되었으므로, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 따라 과점주주에 부과되는 취득세가 면제되고, 취득세 납부의무를 전제로 하는 농어촌특별세 역시 부담하지 않는다.
나. 피고는, 간접투자법 제144조의17 제1항은 ‘사모투자전문회사 또는 투자목적회사(이하 ’투자전문회사 등‘이라 한다)에 대하여는 일정한 요건을 충족하는 투자를 하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하여 투자목적회사인 원고에 대하여 지주회사에 관한 규정이 적용되는 것을 배제하고 있으므로,

원고에게는 지주회사에 대한 취득세 면제 조항이 적용될 여지가 없다고 주장한다.
법령이 다른 법령을 인용하고 있는 등으로 서로 다른 법령 간에 같이 해석?적용하여야 하는 것이 당연한 경우가 아니라면 원칙적으로 한 법령에서 사용하는 용어 등을 해석?적용하는 것은 그 법령에 내재하는 체계에 따라야 하고, 다른 법령에서 적용을 배제하고 있다고 하여 해석을 요하는 당해 법령에서도 적용을 배제하여야 하는 것은 아니다. 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사 주식을 취득하는 경우를 취득세 면제사유로 들고 있을 뿐이고, 공정거래법에 의한 지주회사는 공정거래법 제2조 제1의2호에서 ‘주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사’라고 정의하면서 그 ‘주된 사업’의 기준도 대통령령에 위임하고 있다.
그러므로 조세특례제한법 제120조제6항 제8호에서 규정하는 지주회사는 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호, 공정거래법 제2조 제1의2호 및 그 시행령 제2조 제1항, 제2항에 따라 지주회사 요건을 충족하는 지 여부를 해석하면 충분하다. 간접투자법 제144조의17 제1항은 ‘사모투자전문회사 또는 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있으나, 이는 투자전문회사 등이 공정거래법 제2조 제1의2호가 정한 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 그에 대하여 공정거래법상 각종 규제규정을 적용하지 않겠다는 취지에 불과하고, 그와 다른 법령인 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 규정하고 있는 지주회사로도 보지 않겠다는 것으로 해석될 수는 없다(더구나 간접투자법 제14조의17 제1항은 공정거래법상 지주회사로 보지 않는다는 것이 아니고 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 할 뿐이다).
나아가 조세특례제한법 입법취지 등에 비추어 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호를 합목적적으로 해석한다 하여도 투자전문회사 등은 지주회사에 해당되지 않는다고 해석할 수는 없다. 그 이유는 다음과 같다.
① 공정거래법상 지주회사 관련 규정 체계를 보면, 제2조에서 지주회사 및 자회사라는 용어에 대하여 정의한 다음 제8조에서는 지주회사를 설립한 경우 공정거래위원회에 신고하도록 하고 있고, 제8조의2 제2항 내지 제5항에서는 부채비율, 자회사 주식 보유비율, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있으며, 같은 법 제66조, 제68조에서는 신고의무를 위반하거나 행위제한규정을 위반한 자에 대하여 벌칙을 부과하고 있다.
입법자는 1990년대 말 외환위기를 맞아 외자유치 및 신속한 기업구조조정 필요성 때문에 1999. 2. 5. 공정거래법을 개정하여 그 동안 금지하여 오던 지주회사제도를 허용하면서 지주회사가 초래할 수 있는 경제력 집중 폐해를 방지하기 위하여 부채비율 제한 등 각종 규제규정을 마련한 것이다. 간접투자법 제144조의17 제1항은 투자전문회사 등이 투자를 수행하는 과정에서 그 본질상 지주회사가 될 가능성이 큰 점을 고려하여 이들이 공정거래법 제2조에서 정한 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 원활한 투자활동을 보장해 주기 위하여 지주회사에 대한 각종 규제규정을 일정 기간 배제해 주겠다는 취지로 마련된 것이다. 이는 위 법조문 표제가 ‘지주회사 규제의 특례’인 점, 투자전문회사 등에 대하여 공정거래법 등에 의한 지주회사에 관한 규정을 제한적으로 적용하는 등 관련규제를 대폭 완화하기 위하여 간접투자법을 제정한 것으로 보이는 점 등에 비추어도 분명하다.
② 간접투자법 제144조의17 제3항 본문은 ‘투자전문회사 등에 대하여는 일정한 요건을 충족하는 투자를 하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있다.
투자전문회사 등이 금융업 등을 하는 회사에 투자한 경우에는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 않는다는 취지를 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 규정하는 공정거래법에 의한 지주회사가 아니라는 것으로 해석하게 되면, 지주회사와 금융지주회사를 구분하지 아니하고 취득세 면제대상으로 규정한 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호와 달리 투자전문회사 등이 투자하는 대상 기업에 따라 취득세 면제 여부가 달라지는 부당한 결과가 초래된다.
공정거래법에 따른 지주회사는 법에서 정한 일정한 요건, 즉 자산총액과 주식요건을 충족함으로써 자유롭게 성립되나 금융지주회사법은 금융의 공공성 등을 고려하여 금융지주회사가 성립하기 위하여는 미리 금융위원회로부터 인가를 받도록 요구함으로써( 금융지주회사법 제2조 제1항 제1호, 제3조, 제4조, 제5조의2 참조) 그 성립 자체를 사전 규제하고 있다.
여기에 금융지주회사법은 오로지 금융지주회사 관련 정의규정과 행위제한규정만으로 구성되어 있다는 특성을 보태어 보면, 간접투자법 제144조의17 제3항 본문에서 ‘금융지주회사로 보지 아니한다’는 문구는 금융업을 영위하는 회사 등 주식을 취득하여 금융지주회사로 성립하는 과정에서 금융지주회사법에서 요구하는 금융위원회 인가를 받지 않아도 되고, 그 후 활동 시에도 법에서 정한 각종 규제규정을 적용하지 않겠다는 취지일 뿐 금융지주회사로 성립하는 것 자체를 부정하는 것은 아니라고 보아야 한다.
간접투자법 제144조의17 제3항본문에도 불구하고 금융지주회사 역시 공정거래법에 따른 지주회사와 마찬가지로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 의하여 취득세를 면제받는다고 보아야 한다.
③ 공정거래법상 지주회사에 대하여 과점주주에 부과되는 취득세를 면제하는 특례규정은 외환위기 조기 극복을 위하여 1999. 2. 5. 구 공정거래법 개정으로 도입된 지주회사 제도를 뒷받침하기 위한 것이다. 투자전문회사 등은 투자한 회사 기업가치를 높여 그 수익을 사원들에게 배분하는 것을 목적으로 하여 간접투자를 활성화하고 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하며 회사 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급하여 자산운용산업이 발전할 수 있는 계기를 만들고 궁극적으로 투자산업을 발전시키기 위해 2004. 10. 5. 간접투자법에 처음 도입된 제도이다.
그 당시 지주회사의 일종인 투자전문회사 등에 대하여 취득세를 부과하고자 했다면 당연히 취득세 특례 규정을 배제하는 입법조치를 했어야 마땅하다. 그렇지 않은 채 오히려 간접투자법에서 일정 기간 공정거래법상 지주회사 규제를 배제하는 우호적인 입법을 한 것은 투자전문회사 등을 발전시켜 구조조정 등에 필요한 자본 등을 육성시키려는 입법자의 의도를 반영한 것으로 볼 수 있다. 기업의 원활한 구조조정을 위하여 도입된 투자목적회사의 경우에도 다른 지주회사와 마찬가지로 취득세를 감면하여 줌으로써 그 설립을 장려할 필요가 있고, 법령상 이와 다르게 해석할 만한 법적 근거가 없다.
만약 이와 달리 본다면 투자전문회사 등으로서는 단기간에 과도한 취득세를 부담하게 되면서 그 설립 및 활동 과정에서 상당한 제약을 받을 수밖에 없을 것이다. 이는 공정거래법상 지주회사 규제를 배제시키면서까지 구조조정 등에 필요한 자본을 육성하려고 한 간접투자법의 입법취지에 명백히 어긋나는 것으로 보인다.
④ 지주회사는 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지는 반면 원고와 같은 투자전문회사 등은 처음부터 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사로서 실체를 가지지 않는 투자기구(paper company)에 불과하며, 그 밖에 앞서 본 도입 시기, 목적 등에서 서로 차이가 있기는 하나 기업 구조조정을 원활히 한다는 측면에서 양자의 성격은 크게 다르지 않다. 이러한 점에 비추어 투자전문회사 등이 공정거래법상 지주회사 요건을 갖추었다면 이를 지주회사로 보아 같이 취득세 면제규정을 적용하는 것이 타당하다.
피고는 공정거래법 제2조 제1호의2가 ‘지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업내용으로 하는 회사’라고 정의하고 있듯이 지주회사는 자회사 지배를 목적으로 하는 반면 투자전문회사 등이 하는 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익 창출이라는 주된 목적을 위한 수단에 불과하여 양자 간에는 본질적인 차이가 있다고 주장한다.
그러나 지주회사 정의규정에서 말하는 ‘주된 사업’이란 기실 회사가 소유하고 있는 자회사 주식 가액 합계액이 해당 회사 자산총액에서 차지하는 비중이 50% 이상일 것을 요한다는 의미일 뿐이므로 지주회사는 오로지 자산총액과 자산총액 대비 일정한 자회사 주식보유라는 객관적 사실만으로 판정되는 것이고, 자회사 지배기간 역시 지주회사 인정에 아무런 영향을 미치지 못한다. 따라서 공정거래법상 지주회사 요건을 충족하는 이상 모두 동일한 지주회사일 뿐임에도 아무런 법적 근거도 없이 그 추구하는 목적 등을 이유로 취득세 면제 여부를 달리 취급하는 것은 엄격해석 원칙 등을 내용으로 하는 조세법률주의에 명백히 위배되는 것으로 볼 수밖에 없다. 다. 피고는 투자전문회사 등은 공정거래법에 따른 지주회사가 아니라고 보고 이 사건 처분을 하였다.
이 사건 처분은 위법하다.
3. 결론제1심 판결을 취소한다. 이 사건 처분을 취소한다.

투자목적 회사가 지주회사와 도입 시기, 목적 등에서 서로 차이가 있기는 하나 기업 구조조정을 원활히 한다는 측면에서 양자의 성격은 크게 다르지 않으며 투자전문회사 등이 공정거래법상 지주회사 요건을 갖추었다면 이를 지주회사로 보아 같이 취득세 면제규정을 적용하는 것이 타당하다. 따라서 과세청의 취득세 부과처분은 부당하다.