양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2014.01.10 / 시행일:

【원 고】 원고 1 외 4인 (소송대리인 변호사 백제흠 외 1인)
【피 고】 종로세무서장 외 2인 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김영진)
【변론종결】2013. 10. 25.
【주 문】
 1. 피고 종로세무서장이 2011. 5. 4. 원고 1에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 475,330,330원의 부과처분 중 381,422,659원(가산세 148,720,164원 포함)을 초과하는 부분, 원고 3에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 507,902,580원의 부과처분 중 429,615,785원(가산세 167,327,605원 포함)을 초과하는 부분, 피고 용산세무서장이 2011. 5. 4. 원고 2에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 158,722,530원의 부과처분 중 132,426,619원(가산세 51,674,797원 포함)을 초과하는 부분, 원고 4에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 755,705,930원의 부과처분 중 631,015,887원(가산세 246,008,236원 포함)을 초과하는 부분, 피고 강남세무서장이 2011. 5. 12. 원고 5에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 1,206,274,720원의 부과처분 중 1,006,147,258원(가산세 392,434,540원 포함)을 초과하는 부분을 각 취소한다.
 2. 원고들의 나머지 청구를 모두 기각한다.
 3. 소송비용 중 4/5는 원고들이, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

【청구취지】 피고 종로세무서장이 2011. 5. 4. 원고 1에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 475,330,330원, 원고 3에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 507,902,580원, 피고 용산세무서장이 2011. 5. 4. 원고 2에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 158,722,530원, 원고 4에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 755,705,930원, 피고 강남세무서장이 2011. 5. 12. 원고 5에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 1,206,274,720원의 각 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. ○○○ 주식회사(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)는 1988. 2. 22. 설립되어 상호를 1993. 1. 4. ‘△△△ 주식회사’로 변경하였고, □□□ 주식회사(이하 ‘소외 12 회사’라고 한다)에 인수되어 상호를 2000. 5. 27. ‘◇◇◇ 주식회사’로, 2006. 4. 1. ‘☆☆☆ 주식회사’로 각 변경하였다.
 나. 원고들 및 소외 8과 소외 7은 2005. 3. 31. 소외 9, 소외 10, 소외 11(이하 ‘양수인들’이라고 한다)에게 이 사건 회사의 주식(이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)을 주당 10원에 양도하였다.
 양도인양수인주식(주)대금(원) 원고 1소외 9515,4915,154,910 원고 3412,3934,123,930 원고 4613,6236,136,230 소외 8412,3934,123,930 원고 5108,0661,080,660 소외 10871,3678,713,670 원고 2128,8731,288,730 소외 7546,2355,462,350 소외 111,953,90019,539,000 
 다. 피고들은 구 상속세 및 증여세법(2005. 7. 13. 법률 제7580호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상속세 및 증여세법’이라고 한다) 제63조에 따라 이 사건 주식의 가액을 주당 2,898원(소외 9와 소외 10은 100분의 30을 가산한 주당 3,767원)으로 평가하고 원고들이 특수관계 있는 자와의 거래로 양도소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다고 판단하여, 피고 종로세무서장은 2011. 5. 4. 원고 1에 대하여 2005년 귀속 양도소득세 475,330,330원(가산세 185,335,620원 포함)을, 원고 3에 대하여 2005년 귀속 양도소득세 507,902,580원(가산세 198,030,489원 포함)을 각 부과하였고, 피고 용산세무서장은 2011. 5. 4. 원고 2에 대하여 2005년 귀속 양도소득세 158,722,530원(가산세 61,887,358원 포함)을, 원고 4에 대하여 2005년 귀속 양도소득세 755,705,930원(가산세 294,629,616원 포함)을 각 부과하였으며, 피고 강남세무서장은 2011. 5. 12. 원고 5에 대하여 2005년 귀속 양도소득세 1,206,274,720원(가산세 470,328,765원 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 라. 원고들은 이에 불복하여 2011. 7. 25. 이의신청을 거쳐 2011. 12. 9. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 위 청구는 2012. 12. 17. 기각되었다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 10, 14, 15호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제8, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고들의 주장 
 1) 입양자의 경우에는 양가를 기준으로 특수관계에 있는지 여부를 판단하여야 하는바, 원고들은 소외 9, 소외 10과 8촌 내지 9촌 관계에 있으므로 특수관계에 있다고 볼 수 없다.
 2) 이 사건 회사는 2001 사업연도부터 2004 사업연도까지 자본잠식 상태에 있었던 점, 2005. 3. 31. 현재 이월결손금이 1,700억 원 이상이었던 점, 금융감독원이 계속하여 원고들에게 증자에 참여하라고 요구하였던 점, 소외 11은 원고들과 특수관계에 있지 않으므로 소외 11이 이 사건 주식을 양수한 가액을 매매사례가액으로 볼 수 있는 점 등을 고려하면, 주당 10원은 이 사건 주식의 정당한 시가에 해당한다고 보아야 한다.
 3) 원고들이 이 사건 주식을 양도할 당시에는 매매사례가액이 존재하지 않았던 점, 이 사건 회사는 2001 사업연도부터 2004 사업연도까지 자본잠식 상태에 있었고, 2005. 3. 31. 현재 이월결손금이 1,700억 원 이상이었던 점, 금융감독원이 계속하여 원고들에게 증자에 참여하라고 요구하였던 점 등을 고려하면, 원고들이 이 사건 주식을 주당 10원에 양도한 데에는 경제적 합리성이 인정된다고 보아야 한다.
 4) 신계약비는 신규 계약을 획득하기 위하여 소요되는 경비로서 법인세법상 이연자산 또는 무형고정자산에 해당하지 않으므로, 신계약비는 법인세법 제40조 제1항에 따라 발생하는 때에 전액 손금 산입하여야 한다.
 5) 원고들은 이 사건 회사의 2004 사업연도 말일인 2005. 3. 31. 이 사건 주식을 양도하였는바, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2005. 8. 5. 대통령령 제18989호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상속세 및 증여세법 시행령’이라고 한다) 제56조 제1항 제1호 소정의 ‘평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도’는 2003 사업연도를 의미하므로, 이 사건 주식의 순손익가치는 2001 사업연도부터 2003 사업연도까지의 순손익액을 기초로 산정되어야 한다. 따라서 이 사건 주식의 순손익가치가 2002 사업연도부터 2004 사업연도까지의 순손익액을 기초로 산정됨을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 6) 구 상속세 및 증여세법 시행령 제56조 제1항은 순손익액의 계산방법을 규정하면서 ‘그 가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다’라는 규정을 두고 있는 반면, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제55조 제1항은 순자산가액 계산방법을 규정하면서 위와 같은 규정을 두고 있지 않으므로, 순자산가액이 부수(-)로 산정되는 경우에도 그대로 부수(-)로 평가되어야 한다. 따라서 순자산가액이 부수(-)로 산정되는 경우 0원으로 평가됨을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 7) 휴면 보험금은 소멸시효가 완성된 보험금이나 이 사건 회사는 사실상 고객에게 휴면 보험금을 지급할 의무를 부담하고 있으므로, 휴면 보험금은 부채로 계상하여야 한다.
 나. 관계 법령 
 별지 기재와 같다.
 다. 인정 사실 
 1) 이 사건 주식의 양도인·양수인들의 친족관계는 아래 ‘친족 관계도’와 같다.
 
 위 ‘친족 관계도’에서 보듯이, ‘소외 2, 소외 3, 소외 4’는 소외 1의 아들이고, 소외 9는 소외 3의, 소외 10은 소외 4의 아들이다. 소외 2는 소외 1의 사촌인 소외 5의 아들로 입양되었는데, ‘소외 6, 원고 2, 소외 7’은 소외 2의 아들이고, 원고 1은 소외 6의 처이며, ‘원고 3, 원고 4, 소외 8, 원고 5’는 소외 6의 자녀이다.
 2) 이 사건 회사는 2004. 11. 19. 신주 861,671주를 주당 2,730원에, 2005. 6. 22. 신주 13,247,176주를 주당 4,180원에 각 발행하였다.
 3) 소외 22는 2004. 12. 8. 소외 23에게 이 사건 회사의 주식 342주를 주당 2,000원에, 소외 24는 2004. 12. 15. 소외 25에게 이 사건 회사의 주식 201주를 주당 24,875원에 각 양도하였다.
 4) 이 사건 주식의 양도 전 이 사건 회사의 주주 현황은 아래 표와 같다.
 주주주식(주)지분율(%) 소외 12 회사10,309,83236.12 원고 1515,4911.81 원고 3412,3931.44 원고 4613,6232.15 소외 8412,3931.44 원고 51,855,7696.50 원고 24,098,15814.36 소외 76,160,12521.58 기 타4,167,89814.60 합 계28,545,682100.00 
 5) 이 사건 주식의 양도 후 이 사건 회사의 주주 현황은 아래 표와 같다.
 주주주식(주)지분율(%) 소외 12 회사10,309,83236.12 원고 5876,3363.07 원고 23,969,28513.90 소외 73,659,99012.82 원고 소외 92,061,9667.22 원고 소외 101,546,4755.42 원고 소외 111,989,3786.97 기 타4,132,42014.48 합 계28,545,682100.00 
 6) 양수인들은 2008. 4. 1. 소외 13 회사 등에게 이 사건 주식 전부를 주당 24,700원에 양도하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10 내지 13호증, 을 제1 내지 4, 6 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단 
 1) 첫 번째 주장에 대한 판단
 구 소득세법(2005. 5. 31. 법률 제7528호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라고 한다) 제101조 제1항은 ‘납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있다’라고, 같은 조 제4항은 ‘특수관계 있는 자의 범위 기타 부당행위 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’라고 각 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라고 한다) 제98조 제1항 제1호는 ‘특수관계 있는 자라 함은 당해 거주자의 친족을 말한다’라고 규정하고 있다. 한편, 구 국세기본법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18849호로 개정되기 전의 것) 제20조 제1호는 ‘친족 기타 특수관계에 있는 자라 함은 6촌 이내의 부계혈족과 4촌 이내의 부계혈족의 처에 해당하는 자를 말한다’라고 규정하고 있다.
 살피건대, 친양자로 입양되지 않는 이상 양자로 입양되었다고 하더라도 입양 전의 친족관계는 그대로 존속하므로, 입양자의 경우에도 양가뿐만 아니라 생가를 기준으로 특수관계에 있는지 여부를 판단하여야 하는바(대법원 1988. 10. 11. 선고 87누619 판결 참조), 소외 2의 생가를 기준으로 원고 1은 소외 9와 소외 10의 4촌의 부계혈족의 처, 원고 2는 소외 9와 소외 10의 4촌의 부계혈족, 원고 3, 원고 4, 원고 5는 소외 9와 소외 10의 5촌의 부계혈족 관계에 있으므로, 원고들은 소외 9, 소외 10과 특수관계에 있다고 할 것이다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 2) 두 번째 주장에 대한 판단
 구 상속세 및 증여세법 제60조 제1항은 ‘이 법에 의하여 증여세가 부과되는 재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 의한다’라고, 같은 조 제2항은 ‘제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용·공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다’라고 각 규정하고 있고, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 제1호는 ‘법 제60조 제2항에서 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것이라 함은 평가기준일 전후 3월 이내의 기간 중 매매가 있는 경우에 그 거래 가액을 말한다’라고 규정하고 있다.
 살피건대, 앞서 거시한 증거와 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 주식의 양도일인 2005. 3. 31. 전후 3월 이내의 기간 중에는 매매가 이루어지지 않았던 점, ② 이 사건 회사는 2003 사업연도에 약 76억 원, 2004 사업연도에 약 180억 원의 당기순이익을 기록한 점, ③ 이 사건 회사는 2004. 11. 19. 신주 861,671주를 주당 2,730원에, 2005. 6. 22. 신주 13,247,176주를 주당 4,180원에 각 발행한 점, ④ 양수인들은 이 사건 회사의 후순위 채권자들로서 2005. 6. 22. 후순위 채권을 주당 4,180원에 이 사건 회사의 주식으로 출자전환한 점, ⑤ 이 사건 회사의 주주인 소외 22는 2004. 12. 8. 소외 23에게 이 사건 회사의 주식 342주를 주당 2,000원에 양도한 점, ⑥ 원고 1, 원고 3, 원고 4는 2003. 9. 19. 자본확충 이행 확약서를, 2004. 11. 8. 증자참여 확약서를 각 작성하지 않았기 때문에 위 원고들은 증자에 참여할 의무를 면하기 위하여 급박하게 이 사건 주식을 양도할 필요가 없었던 것으로 보이는 점, ⑦ 소외 7과 소외 11의 거래는 원고들과 소외 9, 소외 10의 거래와 동일한 기회에 이루어진 거래로서 별개의 거래라고 보기 어려울 뿐만 아니라, 소외 7은 ◎◎◎그룹의 지배주주 일가이고 소외 11은 ▽▽▽그룹의 지배주주 일가로서 소외 7과 소외 11이 아무런 관련이 없다고 볼 수 없는 점, ⑧ 원고들은 소외 12 회사의 지배주주 일가로서 양수인들에게 이 사건 주식을 양도하더라도 소외 12 회사를 통하여 이 사건 회사의 지배권을 유지할 수 있었을 것으로 보이는 점, ⑨ 양수인들은 2008. 4. 1. 소외 13 회사 등에게 이 사건 주식 전부를 주당 24,700원에 양도한 점 등을 종합하면, 이 사건 주식의 시가가 주당 10원이라고 볼 수 없다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 3) 세 번째 주장에 대한 판단
 구 소득세법 제101조 제1항은 ‘납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계 없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있다’라고 규정하고 있다.
 살피건대, 앞서 거시한 증거와 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 회사는 2003 사업연도에 약 76억 원, 2004 사업연도에 약 180억 원의 당기순이익을 기록한 점, ② 이 사건 회사는 2004. 11. 19. 신주 861,671주를 주당 2,730원에, 2005. 6. 22. 신주 13,247,176주를 주당 4,180원에 각 발행한 점, ③ 양수인들은 이 사건 회사의 후순위 채권자들로서 2005. 6. 22. 후순위 채권을 주당 4,180원에 이 사건 회사의 주식으로 출자전환한 점, ④ 이 사건 회사의 주주인 소외 22는 2004. 12. 8. 소외 23에게 이 사건 회사의 주식 342주를 주당 2,000원에 양도한 점, ⑤ 원고 1, 원고 3, 원고 4는 2003. 9. 19. 자본확충 이행 확약서를, 2004. 11. 8. 증자참여 확약서를 각 작성하지 않았기 때문에 위 원고들은 증자에 참여할 의무를 면하기 위하여 급박하게 이 사건 주식을 양도할 필요가 없었던 것으로 보이는 점, ⑥ 양수인들은 2008. 4. 1. 소외 13 회사 등에게 이 사건 주식 전부를 주당 24,700원에 양도한 점, ⑦ 위에서 살펴본 바와 같이 소외 7과 소외 11은 아무런 관련이 없는 사이라고 볼 수 없는 점, ⑧ 아래에서 살펴보는 바와 같이 이 사건 주식의 시가는 구 상속세 및 증여세법 제63조에 따라 평가한 2,418원(소외 9와 소외 10의 경우에는 3,143원)이라고 보아야 하는 점 등을 종합하면, 원고들이 이 사건 주식을 주당 10원에 양도함으로써 양도소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다고 봄이 상당하다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 4) 네 번째 주장에 대한 판단
 구 국세기본법(2005. 7. 13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라고 한다) 제20조는 ‘국세의 과세표준을 조사·결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있고, 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라고 한다) 제40조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’라고, 제43조는 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다’라고 각 규정하고 있다.
 구 법인세법 제40조 및 구 법인세법 시행령(2005. 7. 15. 대통령령 제18945호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라고 한다) 제68조 내지 제71조는 거래 유형 등에 따라 손익의 귀속시기를 개별적으로 열거하고 있으나, 이러한 거래 유형 등에 따른 세법상 손익의 귀속시기에 관한 규정은 현대사회의 다종다양한 모든 거래 유형을 예측하여 그 자체 완결적으로 손익의 귀속을 정한 규정이라 할 수 없으므로, 위와 같은 규정으로 손익의 귀속을 정하는 것이 어려운 경우에는, 법인세법상의 손익확정주의에 반하지 않는 한 일반적으로 공정타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준상의 손익의 발생에 관한 기준을 채택하여 손익의 귀속을 정할 수도 있다 할 것이고, 그렇게 하는 것이 구 국세기본법 제20조 소정의 기업회계 존중의 원칙에도 부합한다 할 것이다[대법원 1992. 10. 23. 선고 92누2936, 2943(병합) 판결 참조].
 한편, 보험업에서의 ‘신계약비’는 신규 계약을 획득하기 위하여 소요되는 경비로서 보험모집인의 제경비, 영업소의 인건비 등으로 지출한 금액을 말하는데, 구 법인세법 시행령 제70조는 신계약비의 귀속시기에 관하여 별도로 규정하고 있지 아니하고 보험업 관련 기업회계의 기준이 되는 보험업회계처리준칙(1998. 12. 10. 제정) (23-6)은 ‘사업비는 발생시 비용으로 처리한다. 다만, 기타자산에 해당하는 신계약비는 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있었으나, 과세관청은 신계약비를 발생한 시점에 전액 손금에 산입하는 것을 전제로 과세하여 왔다. 그러나 보험업을 영위하는 법인들은 초기에 막대한 신계약비를 지출하는데 위와 같이 과세하는 경우 신계약비를 지출한 연도에 거액의 손금이 발생하게 되어 이월결손금 공제기간(5년) 내에 손금으로 산입되지 아니하면 손금으로 인정받지 못하므로 다수의 민원이 제기되었고, 이에 따라 신계약비를 자산화하여 향후 손금으로 산입될 수 있도록 하기 위하여 법인세법 기본통칙(2003. 5. 10. 개정) 40-71…23은 ‘보험사업을 영위하는 법인이 영 제47조의 규정에 의하여 각 사업연도에 지출한 사업비 중 장기보험계약으로 인하여 발생한 신계약비(모집수당, 점포운영비 등)는 그 보험계약에 의한 보험료 납입기간(그 기간이 7년을 초과하는 경우에는 7년)에 안분하여 손금에 산입한다’라는 규정을 두게 되었다.
 살피건대, ① 보험업은 공공성, 사회성, 윤리성 등이 요구되는 업종으로서 보험계약자 등을 보호하기 위하여 회계처리 준칙을 엄격하게 준수하여야 할 필요성이 매우 크고, 이러한 필요성 하에 제정된 보험업회계처리준칙은 특수한 영역의 기업회계 기준으로서 보험업 분야에서는 특히 존중되어야 하는 점, ② 법인세법 기본통칙도 위와 같은 경위에서 보험업회계처리준칙의 규정에 따라 신계약비는 보험료 납입기간에 안분하여 손금에 산입하는 것으로 개정되었고, 이에 따라 과세관청도 위와 같은 규정에 근거하여 과세함으로써 이러한 과세관행이 성립된 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 회사도 2003. 5. 10. 이후에는 위와 같은 규정에 근거하여 신계약비를 보험료 납입기간에 안분하여 손금에 산입하여 왔고, 이에 대해 이 사건 회사를 포함한 보험회사들이 특별한 이의를 제기한 적이 없는 점, ④ 신계약비는 보험계약이 체결된 연도에 지출되나 신계약비에 대응되는 수익은 보험료 납입기간에 나누어 발생하기 때문에 신계약비를 보험료 납입기간에 안분하여 손금에 산입할 필요성을 부정할 수 없는 점 등을 종합하면, 신계약비는 발생한 시점에 전액 손금에 산입하는 것이 아니라 보험료 납입기간(그 기간이 7년을 초과하는 경우에는 7년)에 안분하여 손금에 산입하는 것이라고 봄이 상당하고, 이러한 해석이 매우 자의적이어서 납세의무자의 권리를 부당하게 침해한다고 판단되지는 않으므로 법인세법상의 손익확정주의에 반한다고 볼 수도 없다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 5) 다섯 번째 주장에 대한 판단
 구 상속세 및 증여세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17459호로 개정되기 전의 것) 제56조 제1항 제1호는 "최근 3년간의 순손익액은 ‘상속개시 전’ 3년이 되는 사업연도부터 ‘상속개시 전’ 1년이 되는 사업연도까지의 순손익액을 의미한다"는 취지로 규정하고 있었으나, 2001. 12. 31. "최근 3년간의 순손익액은 ‘평가기준일 이전’ 3년이 되는 사업연도부터 ‘평가기준일 이전’ 1년이 되는 사업연도까지의 순손익액을 의미한다"는 취지로 개정되었다.
 살피건대, 앞서 거시한 증거와 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 시행령 규정을 위와 같이 개정한 취지는 평가기준일이 사업연도 종료일인 경우에는 중도 결산을 할 필요 없이 순손익가치를 산정할 수 있으므로 당해 사업연도의 순손익액을 평가대상에 포함하기 위함이라고 보이는 점(피고 제출 참고자료 5 참조), ② ‘이전(以前)’이라는 용어는 통상적으로 ‘기준이 되는 때를 포함하여 그 전’이라는 의미로 사용되는 점, ③ 이 사건 회사의 2004 사업연도 말일인 2005. 3. 31.을 포함하여 1년 전이 되는 날은 이 사건 회사의 2004 사업연도 초일인 2004. 4. 1.인 점, ④ 특히, 평가기준일에 근접한 사업연도의 순손익액에 기초하여 순손익가치를 산정하는 것이 이 사건 주식에 대한 평가의 정확성을 기하는 데 더욱 부합하는 점 등을 종합하면, ‘평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도’는 2004 사업연도를 의미한다고 보아야 하므로, 이 사건 주식의 순손익가치는 2002 사업연도부터 2004 사업연도까지의 순손익액을 기초로 산정되어야 한다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 원고들은 구 상속세 및 증여세법 시행령 제29조 제4항을 근거로 시행령이 ‘이전’이라는 용어를 기준이 되는 때를 포함하지 않는 개념으로 사용하고 있다고 주장한다. 살피건대, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제29조 제4항은 ‘제3항의 규정에 의한 이익의 계산은 주식대금 납입일(주식대금 납입일 이전에 실권주를 배정받은 자가 신주인수권증서를 교부받은 경우에는 그 교부일을 말한다)을 기준으로 한다’라고 규정하고 있는바, ‘이전’이라는 용어를 기준이 되는 때를 포함하는 개념으로 해석하더라도 아무런 모순이 발생하지 않으므로(신주인수권증서의 교부일과 주식대금 납입일이 같아질 뿐이다), 위 규정을 근거로 시행령이 ‘이전’이라는 용어를 기준이 되는 때를 포함하지 않는 개념으로 사용하고 있다고 볼 수 없다.
 6) 여섯 번째 주장에 대한 판단
 가) 구 상속세 및 증여세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21292호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정된 시행령’이라고 한다) 제55조 제1항은 ‘제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다’라고, 부칙 제3조는 ‘제55조 제1항의 개정 규정은 이 영 시행 후 최초로 비상장주식을 평가하는 분부터 적용한다’라고 각 규정하고 있다.
 살피건대, 개정된 시행령 부칙 제3조 소정의 ‘이 영 시행 후 최초로 비상장주식을 평가하는 분’은 ‘개정된 시행령 시행 후 과세관청이 실제로 비상장주식을 평가하는 경우’를 의미하는 것이 아니라 ‘개정된 시행령 시행 후 증여재산가액 산정을 위하여 비상장주식을 평가하여야 하는 경우’, 다시 말해서 ‘평가기준일이 개정된 시행령 시행 후인 경우’를 의미한다고 보아야 하는바, 원고들은 개정된 시행령 시행 전인 2005. 3. 31. 이 사건 주식을 양도하여 ‘평가기준일이 개정된 시행령 시행 후인 경우’에 해당하지 않으므로, 이 사건 주식을 평가함에 있어서는 개정된 시행령이 적용될 수 없다.
 나) 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제1항 본문은 ‘법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다’라고, 같은 조 제2항은 ‘제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 ‘당해 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식 총수’에 의하여 평가한 가액으로 한다’라고, 제55조 제1항은 ‘제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다’라고 각 규정하고 있다.
 살피건대, 앞서 거시한 증거와 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 구 상속세 및 증여세법 시행령 제56조 제1항은 순손익액의 계산방법을 규정하면서 ‘그 가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다’라는 규정을 두고 있는 반면, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제55조 제1항은 순자산가액 계산방법을 규정하면서 위와 같은 규정을 두고 있지 않은 점, ② 구 상속세 및 증여세법 시행령 제56조 제1항이 2009. 2. 4. ‘순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다’라는 규정을 추가하는 것으로 개정되었으나, 위와 같은 규정은 평가기준일이 개정된 시행령 시행 후인 경우에만 적용되는 점, ③ 시행령 규정을 위와 같이 개정한 취지는 음수로 계산된 순자산가액을 기준으로 순자산가치를 평가하는 것은 적절한 평가로 보기 어려우므로 순손익액의 평가와 마찬가지로 순자산가액이 음수인 경우에는 0원으로 간주하기 위함이라고 보이는 점 등을 종합하면, ‘순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다’라는 규정이 없는 한, 순자산가액이 부수(-)로 산정된다 하더라도 이를 0원으로 평가할 수는 없다고 할 것이다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.
 7) 일곱 번째 주장에 대한 판단
 갑 제17호증의 기재에 의하면, 금융감독원이 2005. 3. 30. ‘고객에게 소멸시효 완성 3개월 전까지 보험금을 수령하라고 통지하고, 보험금을 지급할 의무가 법적으로 소멸되고, 보험계약자 등이 보험금을 청구할 개연성이 희박한 시점에 준비금 조정 등으로 회계처리하며, 보험계약자 등이 보험금을 청구하는 경우 지급할 수 있는 근거를 내규에 반영하라’는 취지의 ‘보험회사 휴면 보험금 관리 개선방안’을 마련한 사실이 인정된다.
 그러나 원고들의 주장대로 이 사건 회사가 휴면 보험금의 지급을 청구한 일부 고객에게 휴면 보험금을 지급하였다고 하더라도, 이는 법적으로 이행이 강제되지 아니하는 의무를 이행한 것이므로, 이 사건 회사가 기업회계의 기준 또는 관행에 따라 합리적인 범위에서 휴면 보험금을 지급하기 위한 충당금을 설정하는 것은 별론으로, 소멸시효 기간이 도과되어 법적으로 지급할 의무가 소멸된 보험금 전액을 부채로 계상할 수는 없다(이 사건 회사가 휴면 보험금의 지급을 청구한 고객에게 휴면 보험금을 지급할 수 있는 근거를 마련하여 이를 지급하였다면, 실제로 휴면 보험금을 지급한 시점에 이를 손금에 산입할 수는 있을 것이다). 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 원고들은 ‘대법원 2012. 8. 17. 선고 2009두14965 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2011두9157 판결, 대법원 2012. 10. 25. 선고 2012두15340 판결’ 등을 근거로 휴면 보험금도 휴면 예금과 마찬가지로 손금에 산입되어야 한다고 주장한다. 살피건대, 원고들이 원용한 판결들은 ‘은행이 고객의 예금계좌에 이자를 입금하는 것은 채무의 승인에 해당하여 예금채권에 대한 소멸시효가 중단되므로 최종거래일로부터 5년이 경과된 예금도 소멸시효가 완성되었다고 볼 수 없다’는 취지의 판결인바, 이 사건은 소멸시효가 완성된 보험금을 부채로 계상하여야 하는지 여부에 관한 것이므로, 위 판결들은 이 사건에 원용할 수 있는 판결이라고 볼 수 없다.
 8) 정당한 세액의 계산
 위와 같은 판단에 따라 부수(-)의 순자산가액을 인정하는 경우, 이 사건 주식의 가액은 주당 2,418원(소외 9와 소외 10의 경우에는 3,143원)이 된다. 따라서 피고 종로세무서장이 2011. 5. 4. 원고 1에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 475,330,330원의 부과처분 중 381,422,659원(가산세 148,720,164원 포함)을 초과하는 부분, 원고 3에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 507,902,580원의 부과처분 중 429,615,785원(가산세 167,327,605원 포함)을 초과하는 부분, 피고 용산세무서장이 2011. 5. 4. 원고 2에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 158,722,530원의 부과처분 중 132,426,619원(가산세 51,674,797원 포함)을 초과하는 부분, 원고 4에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 755,705,930원의 부과처분 중 631,015,887원(가산세 246,008,236원 포함)을 초과하는 부분, 피고 강남세무서장이 2011. 5. 12. 원고 5에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 1,206,274,720원의 부과처분 중 1,006,147,258원(가산세 392,434,540원 포함)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
 3. 결론 
 그렇다면, 원고들의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 원고들의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 함상훈(재판장) 강희경 주대성