법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2006.08.16 / 시행일:

【원 고】 두보물산 주식회사 (소송대리인 변호사 김영생)
【피 고】 영등포세무서장
【변론종결】2006. 7. 12.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2004. 12. 1. 원고에 대하여 한 2001사업연도 법인세 104,840,370원 및 2002사업연도 법인세 78,976,570원의 부과처분을 취소한다. 
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 1985. 12. 20.경부터 수입품판매업, 오파업 등을 영위해 온 법인인데, 1999. 12. 31. 보통창고업, 보관 및 창고업, 음식료품 및 담배도매업을 영위하는 평택식유 주식회사(이하 ‘평택식유’라고 한다)를 합병하면서 평택식유의 영업권으로 1,142,212,000원을 계상하고 1999-2003사업연도의 5년간 이를 균등상각하여 손금산입하였다.
 나. 피고는 원고가 계상한 위 영업권은 법인세법상 상각하여 손금산입대상이 될 영업권이 아니라고 보아 원고 법인이 세무조정에 의하여 손금불산입으로 신고한 1999-2000사업연도분을 제외하고 2001-2003사업연도의 영업권 상각액 685,329,000원을 손금불산입하여 2004. 12. 1. 원고에 대하여 2001사업연도 법인세 104,840,370원, 2002사업연도 법인세 78,976,570원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증의 1, 2, 을1호증의 1 내지 을9호증
 2. 원고의 주장
 원고는 평택식유를 합병함으로써 보관저유시설의 확보로 장기적 수입·판매계획에 의하여 사업상 편리한 지리적 여건 및 영업상의 비법을 확보할 수 있게 되었고 그에 대한 대가로 신주를 발행교부하여 영업권을 유상취득하였는바, 이처럼 유상취득한 영업권을 균등상각하여 손금 산입을 한 것은 적법함에도 불구하고, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.
 3. 관계 법령 
 법인세법
제23조 (감가상각비의 손금불산입)
① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 
②제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다.
③제1항의 규정에 의하여 감가상각비를 손금으로 계상한 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 감가상각비에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④제1항의 규정을 적용함에 있어서 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
 법인세법 시행령(2005. 6. 30. 대통령령 제18903호로 개정되기 전의 것)
제24조 (감가상각자산의 범위)
①법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각 호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각 목의 1에 해당하는 무형고정자산 
가. 영업권, 의장권, 실용신안권, 상표권 
④제1항 제2호 (가)목의 영업권 중 합병 또는 분할의 경우 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 계상한 영업권은 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 경우에 한한다)이 피합병법인 또는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다.
법인세법 시행규칙
제12조 (감가상각자산의 범위)
①영 제24조 제1항 제2호 (가)목의 규정에 의한 영업권에는 다음 각 호의 금액이 포함되는 것으로 한다.
1. 사업의 양도·양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액 
2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시등과 관련하여 부담한 기금·입회금등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금등
 상법
제452조 (자산의 평가방법) 회사의 회계장부에 기재될 자산은제31조 제2호의 규정을 적용하는 외에 다음의 방법에 의하여 평가하여야 한다.
 6. 영업권은 유상으로 승계취득한 경우에 한하여 취득가액을 기재할 수 있다. 이 경우에는 영업권을 취득한 후 5년 내의 매결산기에 균등액 이상을 상각하여야 한다.
 기업회계기준
 제20조(무형자산) 무형자산의 과목은 다음과 같다.
 1. 영업권 
 합병·영업양수 및 전세권취득 등의 경우에 유상으로 취득한 것으로 한다.
 구 합병회계준칙
 제6조(영업권과 합병차익)
 ① 합병대가가 피합병회사로부터 승계한 순자산가액을 초과하는 경우 동 초과액은 영업권으로 계상한다. 
 ② 피합병회사로부터 승계한 순자산가액이 합병대가를 초과하는 경우 동 초과액은 합병차익으로 계상한다.
 ③ 제1항의 규정에 의한 영업권은 계상연도부터 5년 이내의 기간에 매기 균등액을 상각하여야 한다. 
기업인수·합병 등에 관한 회계처리준칙 
 제9조(영업권)
 가. 매수원가 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산·부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분은 영업권으로 인식한다. 
 나. 영업권은 그 내용연수에 걸쳐 정액법으로 상각한다.
 다. 영업권의 내용연수는 미래에 경제적 효익이 유입될 것으로 기대되는 기간으로 하며 20년을 초과하지 못한다. 
 라. 매수일에 자산으로 인식된 영업권에 대하여 매결산기에 회수가능가액으로 평가한다. 이 경우 영업권의 회수가능가액이 장부가액에 미달하고 그 미달액이 중요한 경우에는 이를 영업권감액손실로 하여 당기비용으로 처리한다. 감액된 영업권은 추후에 회복할 수 없다.
 다. 판 단 (1) 기업합병에 있어서 법인세법상 영업권으로 인정되는 것은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한정되고 그러한 자산성 있는 영업권에 한하여 이를 감가상각자산으로 보고 있다(법인세법 시행령 제24조 제4항). 따라서 법인세법상 영업권이 되기 위한 필요충분조건은 첫째 영업권이 사업상 가치가 있어야 하고, 둘째 유상으로 취득한 것이어야 할 것이다.
 여기서 사업상 가치가 있는 영업권으로 평가받기 위해서는 어떤 기업이 특수한 기술과 사회적 신용 및 거래관계 등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치가 있어야 할 것이고, 한 회사가 다른 회사를 흡수합병하여 그 영업상 기능 내지 특성을 흡수함으로써 합병 전의 통상수익보다 높은 초과수익을 갖게 된다면 합병 후 높은 수익률을 가져올 수 있는 피흡수회사의 무형적 가치는 영업권이라 보아 무방하다(대법원 1986. 2. 11. 선고 85누592 판결 참조).
 한편, 합병차손이란 합병시 지급대가가 승계한 순자산가액을 초과하는 경우 그 초과액으로서 지급대가와 수입자산의 차액에 해당하는데, 처음부터 독자적인 평가의 대상이 되는 자산인 유상취득의 영업권과 구별되고, 특히 이러한 합병차손이 발생하는 사례 중 하나로 이월결손금이 있는 피합병법인의 자산과 부채를 장부가액으로 승계하여 합병대가를 시가로 주식으로 교부할 경우가 꼽히고 있는바, 그 이월결손금에 상당한 가액을 기업회계처리준칙 등에 따라 영업권으로 계상하여 손금 산입하는 것은 법인세법상 허용되지 아니한다. 
 (2) 그런데 을10, 11호증, 을12호증의 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음의 사실을 인정할 수 있다.
 (가) 원고와 평택식유는 합병 당시 대표이사가 동일하였는데(박종문이 1998. 8. 10. 원고 법인의 대표이사로, 1998. 11. 10. 평택식유의 대표이사로 각 취임하였다), 1998. 10. 7. 합병계약을 체결하면서 원고 법인의 1주당 평가액을 5,449원(액면 5,000원), 평택식유의 1주당 평가액을 7,857원(액면 10,000원)으로 평가하여 합병비율은 1:1.44204827로 산정한 다음, 합병기일(1999. 12. 31.) 현재 평택식유의 주주에게 구주 1주당 원고의 주식 1.44204827주를 교부하는 것으로 하여 원고가 평택식유의 발행주식수 890,000주에 대하여 원고 법인의 무기명식 보통주식 1,283,423주를 발행·교부하기로 약정하였다.
 (나) 위 합병에 즈음하여 산동회계법인이 작성한 합병검토보고서에 의하면, 원고와 평택식유의 1주당 각 주식가치는 1999. 9. 30.을 평가기준일로 하여 원고의 경우 원고 법인의 순자산가치(5,742원)와 순손익가치(5,156원)의 평균액(5,449원)으로, 평택식유의 경우 평가기준일 전 3년 내 결손법인임을 감안하여 순자산가치(7,857원)만에 의하여 평가되었다. 그리고 원고의 1999. 9. 30. 결산서상 순자산가치는 4,855,783,721원이고 영업권 평가액은 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액의 50% 상당액에서 평가기준일 현재의 자기자본의 10%를 공제한 후, 평가기준일 이후 영업권의 지속연수 5를 곱하여 산출한 183,412,933원으로 평가되었다. 또한, 평택식유의 재무현황상 손익현황을 보면 1996년 1억 7,279만 원, 1997년 5억 7,184만 원, 1998년 20억 5,452만 원, 1999년에는 9. 30. 현재 11억 8,800만 원의 당기순손실이 발생하였고, 순자산가치 현황을 보면 1999. 9. 30. 결산서상의 순자산가치는 2,679,796,158원, 상속세 및 증여세법 규정에 의한 조정금액을 통한 수정 후의 순자산가치는 4,992,971,586원, 1999. 10. 5. 증자반영 후의 순자산가치는 6,992,971,586원으로 평가되었으며, 영업권 평가액은 초과수익이 존재하지 않으므로 없는 것으로 평가되었다. 
 (다) 평택식유의 1999. 12. 31. 대차대조표는 아래 표와 같다.
차변대변자산 6,752,996,666부채 1,478,099,621자본6,417,115,000이월결손금△1,142,217,955계 6,752,996,666계 6,752,996,666
 (3) 위 인정 사실에서 나타난 바와 같이, 평택식유는 1995. 11. 15. 개업 이후 1999. 12. 31. 합병으로 인한 폐업시까지 계속적으로 결손이 발생하였고, 5년간 누적 결손액이 약 36억 원에 달하였으며 회계법인의 합병검토보고서상 영업권 평가액도 0이었던 점, 원고는 평택식유의 자산·부채를 장부가액대로 승계하였고 아래에서 배척하는 사실관계 이외에는 영업권을 다른 자산과 별도로 적절한 평가방법에 따라 평가한 사실이 없는 점, 합병검토보고서상 평택식유의 주식평가내용을 보아도 순자산가액을 평가증한 차액은 유형자산의 평가증과 관계회사 부채감소액으로서 영업권에 대한 평가로 인한 순자산가액의 증가는 전혀 없는 점, 원고가 계상한 영업권은 위 대차대조표에서 보듯이 1999. 12. 31. 현재 평택식유의 순자산가치 5,274,897,045원{자산 6,752,996,666원(이연자산 제외) - 부채 1,478,099,621원}에서 합병교부주식의 액면가액 6,417,115,000원(1,283,423주 × 5,000원)을 공제한 세무상 합병차손 △1,142,217,955원에 의한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 계상한 영업권은 법인세법상 영업권의 요건인 ‘초과 이익력에 대한 가치평가’와 ‘유상취득’이라는 요건을 충족하지 못하여 평택식유의 이월결손금이 합병과정에서 원고의 영업권으로 변형되어 나타난 데에 불과하다고 할 것이다. 그렇다면 단순히 피합병법인으로부터 인수한 순자산가액보다 합병대가의 지급액이 더 많다고 하여 그 차액을 법인세법상 영업권에 대한 대가로 볼 수는 없다. 
 (4) 이에 대하여 원고는, 평택식유는 원고가 40%, 싱가폴 로레인사가 30%, 호주 가드너스미스(Gardner Smith)사가 30%를 출자하여 설립한 회사인데 로레인사와 가드너스미스사는 평택시에 식용유 보관 탱크터미널을 신축하기로 하고 1차 3만톤, 2차 3만톤, 3차 1만톤의 탱크터미널을 신축할 예정이었으며, 1차 탱크터미널 신축을 위하여 로레인사와 가드너스미스사가 각 150만 달러를 투자하여 이를 완공하였고, 2차 탱크터미널을 신축하는 도중에 투자를 포기하여 원고가 30억 원을 대여하여 공사를 진행하였으며, 평택식유의 주요 자산인 위 완성된 1차 탱크터미널과 건축 중인 2차 탱크터미널은 서해안의 독점적인 탱크터미널로 최종 완성 후에는 상당한 규모의 독점적 수익창출이 가능하기에 가드너스미스사가 이를 별도의 영업권으로 평가하여 줄 것을 요구하여 합병검토보고서상 1999. 9. 30. 현재의 자산평가액 2,679,756,158원과 상속세 및 증여세법상의 평가액인 4,992,971,586원의 차액인 2,313,215,428원의 50%는 자산으로 인정하고 나머지 50%는 영업권으로 인정하기로 상호 합의하여 영업권 1,142,217,000원을 계상하게 되었다고 하면서 원고가 평택식유의 순자산가치보다 1,142,217,000원을 초과하여 지급하였으므로 위 금액은 평택식유의 미래에 기대되는 초과수익력인 영업권에 해당한다고 주장하고, 그 증거로서 갑4호증(합의서)을 제시하고 있다. 
 위 갑4호증에는, 원고가 1999. 11. 5. 평택식유와 사이에 ‘산동회계법인 작성의 합병보고서에는 평택식유의 1999. 9. 30. 현재 순자산가치는 2,679,756,158원이나, 상속세 및 증여세법에 의한 조정금액을 포함하여 영업권 평가 전 순자산가치는 4,992,971,586원이다. 평택식유의 주주인 가드너스미스사는 평택식유의 주자산인 평택 탱크터미널에 대하여 별도의 영업권을 요구하여 합병보고서상의 자산과 합작계약서상의 자산의 차액의 50%를 평택식유 자산에 가액하고, 나머지 50%는 영업권으로 가액하기로 하여 결국, 합작계약서상의 자산은 2,679,756,158원(US $ 2,205,600), 자산 증가액은 1,156,587,714원(US $ 951,924), 영업권은 1,156,587,714원(US $ 951,924), 합계 4,992,971,586원(US $ 4,109,441)으로 한다.’는 합의를 한 것으로 기재되어 있다. 
 그러나 한편, 을10호증의 기재에 의하면 원고와 평택식유는 1999. 10. 7. 합병계약서를 작성하면서 순자산가액을 6,992,971,586원으로 하여 피합병법인의 구주 1주당 합병법인의 신주를 1.44204827의 비율로 교부하기로 약정한 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같이 이미 합병대가가 결정되어 있고 가드너스미스사가 요구한 순자산가액보다 약 20억 원이나 많은 순자산가액으로 합병대가를 계산하였음에도 그로부터 한 달 후에 20억 원이나 적은 순자산가액으로 합의하였다는 것은 믿기 어려운 점, 1999. 11. 5. 당시 평택식유의 주주는 원고가 58.43%, 가드너스미스사가 17.19%, 로레인사가 24.38%였는데 가드너스미스사보다 지분이 많은 로레인사는 별도의 합의를 요구하지 않은 것이 선뜻 이해되지 않는 점 등에 비추어 보면 위 갑4호증에서와 같은 영업권에 관한 합의가 있었다는 점에 관한 증거들은 이를 믿기 어렵다. 
 (5) 결국, 이월결손금을 기업회계에 따라 영업권으로 계상한 경우 법인세법상으로는 영업권의 가치가 있는 부분만을 인정하도록 하고 있고, 위와 같이 영업권의 가치가 없이 단순히 이월결손금에 해당하는 금액은 이를 법인세법상 영업권으로 인정하지 아니하므로 그에 대한 감가상각비는 손금불산입하여야 할 것이어서 이 사건 처분은 적법하다.
 3. 결 론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 김상준(재판장) 윤경아 정준화

[1] 기업합병에 있어서 법인세법상 영업권으로 인정되기 위한 요건
[2] 기업합병에 있어서 피합병법인의 이월결손금 상당의 합병차손을 법인세법상 영업권으로 계상하여 손금 산입할 수 있는지 여부(소극)

[1] 기업합병에 있어서 법인세법상 영업권으로 인정되는 것은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한정되고 그러한 자산성 있는 영업권에 한하여 이를 감가상각자산으로 보고 있으므로, 법인세법상 영업권이 되기 위한 필요충분조건은 첫째, 영업권이 사업상 가치가 있어야 하고 둘째, 유상으로 취득한 것이어야 한다. 여기서 사업상 가치가 있는 영업권으로 평가받기 위해서는 어떤 기업이 특수한 기술과 사회적 신용 및 거래관계 등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치가 있어야 할 것이고, 한 회사가 다른 회사를 흡수합병하여 그 영업상 기능 내지 특성을 흡수함으로써 합병 전의 통상수익보다 높은 초과수익을 갖게 된다면 합병 후 높은 수익률을 가져올 수 있는 피흡수회사의 무형적 가치는 영업권이라 보아 무방하다.
[2] 기업합병에 있어서 합병차손이란 합병시 지급대가가 승계한 순자산가액을 초과하는 경우 그 초과액으로서 지급대가와 수입자산의 차액에 해당하는데, 처음부터 독자적인 평가의 대상이 되는 자산인 유상취득의 영업권과 구별되고, 특히 이러한 합병차손이 발생하는 사례 중 하나로 이월결손금이 있는 피합병법인의 자산과 부채를 장부가액으로 승계하여 합병대가를 시가로 주식으로 교부할 경우가 꼽히고 있는바, 그 이월결손금에 상당한 가액을 기업회계처리준칙 등에 따라 영업권으로 계상하여 손금 산입하는 것은 법인세법상 허용되지 아니한다.