부가가치세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2014.10.24 / 시행일:

【원 고】 주식회사 중소기업유통센터 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 조일영 외 2인)
【피 고】 양천세무서장
【변론종결】2014. 9. 19.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다. 
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2011. 9. 1. 원고에게 한 별지 ‘과세처분 내역’ 기재 법인세 가산세 및 부가가치세 가산세의 각 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 중소기업청 산하 공공기관으로, 중소기업제품의 홍보·전시, 통신판매 및 전자상거래, 홈쇼핑 티브이 사업 및 위탁판매업 등 중소기업의 판로확대 및 중소소매업유통지원사업을 목적으로 설립된 법인이다. 
 나. 서울지방국세청은 2011. 5. 17.부터 2011. 8. 24.까지 원고 등 14개 업체에 대한 거래질서 관련 조사를 실시하고, “원고가 ① 주식회사 지에스리테일(이하 ‘지에스'라 한다), 주식회사 제일씨디이엔에프(이하 ’제일‘이라 한다), 주식회사 디에스디마케팅(이하 ’디에스디‘라 한다), 조선아이에스 주식회사(이하 ’조선‘이라 한다), 주식회사 상림씨앤아이(이하 ’상림‘이라 한다), 주식회사 픽스딕스(이하 ’픽스‘라 한다), 주식회사 동성씨앤비(이하 ’동성‘이라 한다)로부터 실물 거래 없이 공급가액 232,728,167,591원의 가공세금계산서 233장을 수취하고, ② 지에스, 제일, 주식회사 애드디엔에스(이하 ’애드‘라 한다), 주식회사 성우아이유통(이하 ’성우‘라 한다), 케이티커머스 주식회사(이하 ’케이티'라 한다), 주식회사 이상네트웍스(이하 ‘이상’이라 한다), 네모커머스 주식회사(이하 ‘네모’라 한다), 팜스넷 주식회사(이하 ‘팜스넷’이라 하고, 케이티, 이상, 네모, 팜스넷을 ‘신규 매출처’라 한다)에게 실물거래 없이 공급가액 233,332,085,952원의 매출세금계산서 160장을 발급하였다(지에스에 실물거래 없이 발급한 공급가액 6,023,327,576원의 신용카드매출전표 12장이 포함되어 있다).”는 사실을 적발하고, 피고에게 과세자료를 통보하였다.
 다. 이에 따라 피고는 2011. 9. 1. 원고에게 별지 ‘과세처분 내역’ 기재와 같이 2007년 2기부터 2010년 2기까지 부가가치세 가산세, 2007 사업연도 법인세 가산세를 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 라. 원고는 이에 불복하여 2011. 11. 29. 이의신청하였으나 2011. 12. 29. 서울지방국세청장으로부터 기각결정을 받았다. 원고는 2012. 4. 2. 심판청구를 하였으나, 2013. 10. 29. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 6, 7호증(가지번호 포함), 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 정당한 사유에 관하여
 원고는 제일, 애드, 성우(이하 3개 회사를 합하여 ‘제일3사’라 한다)와, 제일3사의 명의로 상품을 매입한 뒤 원고를 대행하여 카드사 포인트몰 등에 상품을 공급·판매하거나, 원고를 대행하여 상품을 매입한 후 제일3사의 판매처에 상품을 판매하는 것을 내용으로 하는 위탁계약을 체결하였다. 그런데 제일3사의 실질적 운영자인 소외 1은 제일3사가 원고의 매입업무와 매출업무를 모두 위탁받은 것을 이용하여 ‘제일3사 → 지에스, 상림, 동성, 픽스, 디에스디(이하 ’전문유통업체‘라 한다) → 원고 → 제일3사’로 상품이 유통되는 순환가공거래구조(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)를 꾸며내고, 전문유통업체로부터 먼저 대금을 받아 자신의 채무변제 등에 사용하고, 이후 가공거래를 확대하여 전문유통업체들로부터 받은 대금으로 기존의 대금을 갚아나가게 되었다. 원고는 이 사건 거래가 가공거래임을 전혀 알지 못하였고, 공공기관으로서 가공거래를 통해 매출을 확장할 이유가 없었던 점, 소외 1에 대한 형사판결에서도 원고의 선의가 인정된 점, 원고는 조세범처벌법위반죄에 대하여 혐의없음 처분을 받은 점, 원고는 매출처로부터 대금을 받은 후 매입처에 대금을 지급하는 방식으로 상품의 공급을 확인하였고, 상품의 납품 현황을 점검하기 위해 불시에 대한통운 군포물류센터를 방문하는 등 주의의무를 다한 점, 대한통운 서울택배지사 팀장 소외 2가 소외 1의 지시로 허위의 화물입출고확인증을 작성하여 원고에게 교부하였는바, 원고는 이러한 사정을 알 수 없었던 점, 회계감사나 내부감사에서도 가공거래와 관련된 문제가 지적된 바 없는 점, 동성은 가산세 부과처분취소소송에서 “가공거래 사실을 알지 못하였고, 이를 의심할 상황이 아니었다.”는 이유로 승소판결을 받은 점 등을 고려할 때, 원고는 이 사건 거래가 가공거래라는 사실을 알지 못하였고, 이를 알지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 처분은 위법하다.
 (2) 신용카드매출전표에 관하여
법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제11항에 의하면, ‘신용카드가맹점이 신용카드매출전표를 사실과 다르게 발급한 경우’를 가산세 부과대상으로 규정하고 있을 뿐, ‘재화를 공급하지 아니하고 신용카드매출전표를 발급한 경우’를 가산세 부과대상으로 규정하지 않은 점, 법인세법이 2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되면서 비로소 ‘계산서 등을 사실과 다르게 적은 경우’와 ‘재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 계산서 등을 발급한 경우’를 구분하여 규정하게 된 점, 부가가치세법상 ‘사실과 다른 세금계산서’와 ‘재화를 공급하지 아니하고 발급한 세금계산서’를 구분하여 규정하고 있는 점 등을 고려할 때, 재화를 공급하지 아니하고 신용카드매출전표를 발급하였다고 하더라도 ‘신용카드매출전표를 사실과 다르게 발급한 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 2007 사업연도 법인세 가산세 부과처분은 위법하다.
 (3) 공급가액을 부풀린 세금계산서에 관하여
 별지 ‘가공거래 내역’의 ‘가공 매출세금계산서 신고(교부) 내역’ 중 ‘가공거래’란 기재 금액 합계 90,316,103,905원은 아래 표 기재와 같이 진정한 거래에 단지 공급가액을 부풀려 기재한 것이므로, ‘매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 기재한 때’에 해당하는 것은 별론으로 하고, ‘재화를 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급한 경우’에 해당하지 아니한다. 따라서 이 부분에 대한 부가가치세 가산세 부과처분은 위법하다.

 (4) 부가가치세 미신고한 세금계산서에 관하여
 원고는 2010. 12.경 가공거래 사실을 알고, 2010년 2기 부가가치세 신고시 2010년 10월, 11월 거래분(공급가액 합계 31,964,814,889원)에 관한 매입세액 및 매출세액을 포함시키지 않았다. 따라서 이 부분에 대한 부가가치세 가산세 639,296,297원의 부과처분은 위법하다. 
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 인정사실
 (1) 제일3사는 원고의 포인트몰 사업, B2B 특판거래사업과 관련하여 중소기업상품의 매입업무, 매출업무를 대행하는 회사인데, 소외 1에 의하여 실질적으로 운영되었다. 
 (2) 위탁계약 체결 등
 (가) 원고는 2005. 10.경 제일과 아래와 같이 업무제휴계약을 체결하였다.
원고와 제일은 B2B(점외판매)와 관련하여 아래와 같이 업무를 제휴한다.제1조(목적)본 업무제휴는 원고와 제일이 B2B(점외판매)를 진행함에 따라 쌍방의 역량을 기반으로 업무 전반에 대하여 제휴함을 목적으로 한다.제2조(제휴내용)1) 원고는 제일의 B2B(점외판매) 진행에 따른 제일의 업무협조 요청이 있을시 적극 협조한다.2) 원고는 제일의 B2B(점외판매)로 신규 발생되는 매출에 대하여 세금계산서를 발행하고, 제일로부터 매입하며, 이에 따른 원고의 영업이익은 1.5%로 한다.3) 매출발행에 따른 상품대금은 원고의 통장으로 입금확인 후 제일에 지급하는 것을 원칙으로 하며, 대금지급은 통장 입금일 기준 익일 지급한다.4) 제일의 B2B(점외판매)로 인한 매출은 원고를 경유하며, 원고는 매출에 연관된 구매에 적극 협조한다.5) 제일은 원고의 협력업체에 대하여 우선적으로 상품을 기획하며, 원고는 제일의 우선적 지위를 보장한다.제4조(특판 업무 대행)1) 제일은 원고의 B2B 및 B2E(점외판매) 대행사로 원고의 회사명을 명기한 명함을 사용할 수 있다.제5조(업무제휴의 유효)본 제휴의 유효기간은 쌍방이 날인하는 날로부터 1년으로 하고, 제휴만료 1개월 전에 제휴에 대하여 의사를 통보하며, 별도의 의견이 없을시 자동으로 1년 연장된다.
 (나) 원고는 2007. 11. 5. 제일과 아래와 같이 인터넷사업 대행업무협약을 체결하고, 이를 지속적으로 갱신하여 왔다.
원고와 제일은 인터넷사업 대행업무협약을 다음과 같이 체결한다.제1조(목적)본 협약은 제일이 원고의 인터넷사업을 대행함에 있어 원고의 대외적인 이미지를 훼손하지 않고, 양사 신뢰관계를 바탕으로 해당 업무수행에 최선을 다하여 시장확장과 상호이익을 도모함에 그 목적이 있다.제2조(용어의 정의)2. 인터넷사업대행: 제일이 원고를 대신하여 인터넷쇼핑몰 입점판매 영업을 수행하고, 이에 대한 상품 공급 역시 책임지고 수행하는 것을 말하고, 직접적인 계약의 주체는 원고와 기업고객이다.제3조(원고의 의무 및 제일의 대행업무범위)1. 원고의 의무① 원고는 대외적인 인터넷사업에 관한 업무를 대행한다.② 원고는 제일의 영업활동을 지원하기 위해서 사무공간, 사무실용 전화료 등을 제공한다.2. 제일의 대행업무 범위① 제일은 원고를 대신하여 인터넷쇼핑몰(카드사 및 유통업체 포인트몰, 기업 임직원 복지몰 등) 입점판매 영업을 수행하고, 모든 거래계약에 있어 추진여부의 판단 주체는 원고가 된다.② 제일은 원고를 대신하여 인터넷사업을 수행함에 있어 영업대행만을 수행하고, 인터넷사업에 관한계약체결, 대금수령권은 원고에게 있음을 분명히 한다.③ 제일은 원고를 대신하여 인터넷사업을 수행함에 있어 원고의 회사 상호나 이미지가 포함된 명함 등을 사용할 수 없고, 이로 인하여 법적, 금전적 문제가 발생하였을 때에는 전적으로 제일에게 책임이 있다. 단, 원고의 별도 승인이 있을 경우는 예외로 한다.제5조(대금지급)거래에 따른 매입 상품대금은 매출 발생이 확정된 것을 기준으로 당월 마감하여 익월 지급기일에 원고의 통장으로 매출상품 대금이 입금된 후 제일에게 지급하는 것을 원칙으로 하고, 지급기일은 원고와 제일이 협의하여 정한다.제7조(합의조건)원고는 제일의 월간 매출액 10억 원까지는 매출이익률 2%를, 10억 원 초과시에는 초과분의 1%를 적용한다.제8조(계약기간)본 협약은 체결일로부터 1년간으로 하고, 재계약에 관한 별도 의사표시를 하지 않을 경우, 본 협약은 만료일에 자동 종료되는 것으로 한다.
 (다) 원고는 2009. 11.경 제일3사와 아래와 같이 포인트몰 사업 등 위탁계약(이하 ‘이 사건 위탁계약’이라 한다)을 체결하였다. 다만 제일과 체결한 위탁계약상에는 “원고와 제일이 체결한 2007. 11. 5.자 인터넷사업 대행업무협약서는 본 계약서로 대체한다. 성우와 애드가 원고와 거래하면서 원고에게 지급할 채무(손해배상금 등 포함)가 발생하였을 때에는 제일이 성우, 애드와 연대하여 채무를 부담한다.”는 내용이 추가되었다.
원고와 을(제일3사)은 포인트몰사업 등 업무위탁계약을 다음과 같이 체결한다.제1조(목적)본 계약은 원고와 을 양사 신뢰관계를 바탕으로, 원고가 포인트몰사업 등 업무를 을에게 위탁하여, 중소기업 판로지원 확대는 물론 양사 상호이익을 도모함에 그 목적이 있다.제2조(용어의 정의)① 포인트몰사업: 고객이 적립된 카드포인트를 사용할 수 있도록 각 카드사가 운영하는 인터넷 쇼핑몰을 포인트몰이라 하고, 포인트몰상에서 물품을 판매하거나 서비스를 제공하는 사업을 말한다.② 포인트몰사업 위탁: 을이 원고를 대행하여 포인트몰에 상품을 공급하고, 판매 및 영업활동을 하는 것을 말한다.③ 기타 위탁사업: 포인트몰사업 외 을이 원고를 대행하여 상품을 매입, 공급, 판매하는 사업을 말한다(예: 기업체 임직원 복지몰 영업 등).제4조(위탁사업 절차)① 을은 자신들의 명의로 상품을 매입, 원고를 대행하여 카드사 포인트몰 등에 상품을 공급, 판매한다.② 을은 원고를 대행하여 상품을 매입한 후, 을의 판매처에 상품을 판매한다.제5조(대금정산)① 판매대금 정산: 을은 전조 위탁사업으로 발생한 매출액 중, 월간을 기준으로 10억 원까지는 2%를, 10억 원 초과시에는 초과분의 1%를 적용한 금원을 원고에게 지급한다.제6조(계약이행보증 및 담보제공)② 원고는 위탁사업의 안정적 발전을 위해 필요하다고 판단할 경우, 을에게 그에 상응하는 담보제공을 요구할 수 있고, 을은 이에 최대한 협조하여야 한다.제10조(계약기간)계약기간은 2009. 11. 5.부터 2010. 10. 31.까지이고, 계약만료일까지 별도 의사표시가 없으면, 기존 조건과 동일한 조건으로 1년간 자동연장하는 것으로 한다.
 (3) 거래구조의 형성
 (가) 원고는 2005. 8.경 지에스와 포인트몰 사업에 관한 업무제휴협약을 체결하고, 신용카드사 포인트몰 사업에 있어 경쟁관계에 있었던 원고와 지에스가 신용카드사 포인트몰 납품거래를 수주받는데 상호협력하며, 각자 신용카드사로부터 수주받은 거래에 관하여 상대방에게 납품기회를 제공(즉, 원고가 수주받은 포인트몰 거래에 관하여 지에스에게 원고를 통한 납품기회를 제공하고, 지에스가 수주받은 포인트몰 거래에 관하여 원고에게 지에스를 통한 납품기회를 제공)하기로 약정하였다. 
 (나) 제일의 직원으로 지에스와의 실무협의를 담당하였던 소외 3은 2006. 7.경부터 2008. 7.경까지 지에스에게 “원고와 지에스간 업무제휴협약에 따라 지에스가 원고에게 납품하는 거래에서 제일3사를 지에스의 매입처로 지정해달라.”고 요청하였고, 지에스는 이를 수락하였다. 이에 따라 원고, 지에스와 제일3사간의 거래에 지에스와 원고가 모두 들어가는 방식으로 거래형태가 형성되었다.
 (다) 지에스는 2007. 12.경 원고에게 포인트몰 사업과 관련하여 원고와 제일간 위탁계약 체결사실의 확인을 요청하였고, 원고로부터 “원고와 제일간 계약에 따라 제일이 원고를 대행하여 인터넷쇼핑몰(카드사 및 유통업체 포인트몰 등)의 입점 판매영업에 대한 독점적 업무를 수행한다.”는 회신을 받았다.
 (라) 지에스는 2007. 12.경 제일에 대한 외상매출채권이 증가하자, 제일에 대금지급에 대한 담보를 요구하였으나, 제일은 담보를 제공하지 못하였다. 이에 따라 2008년 이후 원고에서 지에스를 거쳐 제일로 진행되는 거래는 더이상 이루어지지 못하였고, 지에스에서 원고를 거쳐 제일로 진행되는 거래형태만이 유지되었다.
 (마) 소외 1은 홈쇼핑 사업에 투자하여 약 40억 원의 손해를 입게 되자, 채무변제에 사용할 자금을 마련하기 위하여, ‘제일3사 → 전문유통업체 → 원고 → 제일3사’로 이루어지는 순환거래를 가공하여, 실제 물품의 유통 없이 전문유통업체로부터 물품 구입자금 명목으로 대금을 받아 자신의 기존 채무나 선지급받은 대금을 변제하는 방식의 가공거래를 하였다.
 (바) 원고는 2007년경 제일3사에 대한 매출비중이 높다는 지적에 따라 2008. 1.경부터 제일3사를 제외하고, 제일3사의 매출처이던 이상 등 신규 매출처에 직접 매출하는 구조로 거래구조를 변경하였다. 
 (4) 소외 1 등의 진술
 (가) 소외 1은 2011. 5. 25., 2011. 6. 9., 2011. 7. 5., 2011. 8. 2. 서울지방국세청에서 아래와 같이 진술하였다.
〈2011. 5. 25.자 진술〉○ 본인은 제일3사의 실질적인 운영자였다. 제일3사는 당초 설립시는 각각의 목적에 따라 운영되었으나, 2008년 하반기부터 사실상 하나로 통합운영하였다.○ 제일3사 모두 주사무실을 원고 14층에 두고 운영하였다. 지에스와 원고는 주로 본인이 관리하였기 때문에 직원들은 그에 대해 잘 알지 못한다.○ 제일3사 모두 처음에는 원고로부터 명함 및 사무실집기, 통신비, 사무실임대료를 제공받고, 매출의 일부 수수료(약 1.5% → 2%, 일정금액 초과시 1%)를 지급하는 조건이었다.○ 원고와 제일3사의 거래에 있어 제일3사측 업무관련 보고라인은 별도로 없었고, 본인이 모두 알아서 했다.○ 매출·매입 품목의 각각 구분은 어렵다. 2006년 중반쯤 원고의 매출확대 요구로 지에스와 원고 가운데 끼거나, 제일3사가 빠지고 지에스와 원고 거래형태 등으로, 지에스와 원고에서 매출을 더 가져가는 방식이었다. 거래명세표는 원고의 별도 요청이 없어 작성하지 않았고, 2010년 초중반쯤부터 거래명세표 요청을 하여 그때부터 작성하였다. 지에스의 경우 지에스가 카드사에 매출을 하는 경우는 지에스에서 자료를 보내오고, 제일3사가 특판 및 원고측 자료를 보내주었다. 원고의 매출확대 요청은 별도의 공문이 아니라 당시 홈쇼핑1팀장 소외 4 과장으로부터 구두로 요청받았다.○ 물건의 매출·매입은 카드사의 경우 택배로 나가기 때문에 대한통운 물류에 입고하여 수량을 파악하였다. 대한통운 소외 2가 관리를 맡았다. 소외 2는 대한통운 소속이었다가 2010. 7.경부터 대한통운에서 구조조정으로 급여가 나오지 않아 본인이 월급을 주었다. 가공거래의 경우 물품이 대한통운에 입고·출고된 경우는 없었다. 2010. 6.경 이후 원고에서 요청한 이후로 입고증과 출고증만 제 지시로 작성되었고, 가공거래가 시작된 정확한 시기는 잘 모르겠다.○ 원고의 직원에 의하면, 원고의 홈쇼핑 진출, 매년 정기국회 때 제기되는 원고의 규모 및 운영 문제로 인해 원고의 매출확대가 필요했고, 이를 위해 제일3사가 중간에 끼었다. 물건이 제일3사를 거치지 않아도 세금계산서는 한 단계 더 거쳐서 수수되었다. 그 결과 수수료가 더 높아지는 결과가 되어 제일3사의 자금부담이 커지게 되었다{예를 들어 정상적으로 ‘제일3사→지에스→매출처’의 구조로 이루어졌으나(2005년~ 2006년 중반 거래), 2006년 중반 이후부터 제일3사가 중간에 끼어 ‘제일3사→원고→제일3사→지에스→매출처’의 구조로 세금계산서가 발행되었다. 실제 거래는 ‘제일→지에스→매출처’로, 세금계산서는 ‘애드→원고→제일→지에스→매출처’ 구조로 수수되었다. 또한 ‘제일3사→원고→제일3사→지에스→매출처’의 비정상적인 거래흐름은 중간에 지에스 매출확대 요청으로 중간에 ‘원고→제일3사→지에스’가 끼어들게 되었다. 실제 거래는 ‘제일3사→원고→매출처’이고, 세금계산서는 ‘제일3사→원고→제일3사→지에스→원고→매출처’로 수수되었다.○ 원고와 지에스의 매출확대 요청으로 비정상적인 거래구조가 되었다.○ 원고와 제일3사의 대금결제에 관하여, 계약서상으로는 입금된 다음날 돈이 들어오는 구조였고 처음에는 이렇게 운영되었으나, 2009년경 별도계약서상 명시 없이 한달에 3번 정도 받는 것으로 했고, 대금결제는 본인이 직접 하였다.○ 제일3사의 비정상적인 거래구조는 2006년경 매출확대 요청으로 시작되었으므로, 당연히 원고나 지에스도 알고 있었다(2006년부터 2007년까지는 제일3사의 자금부담이 있었고, 원고는 별도 피해 없이 매출확대 및 수수료 이익이 발생).○ 2008년 이전에는 실제 거래는 ‘제일3사→원고→지에스→매출처’로 이루어졌고, 2008년 이후에는 ‘제일3사→지에스→원고→매출처’로 이루어졌다. 그러나 세금계산서는 ‘제일3사→원고→제일3사→지에스→매출처’, ‘제일3사→원고→제일3사→지에스→원고→매출처’로 수수되었다.○ 2009년에 원고로부터 매출처 중 제일3사의 비중이 너무 높아져 매출처를 우량기업으로 바꿔달라는 요청이 있었다. 회의 결과 우량거래선을 60%, 제일3사는 40%선을 유지하자는 결론이 나왔고, 매출처를 갑작스럽게 확보할 수 없어 NP사인 이상, 팜스넷의 NP계정을 일년정도 이용하고 중개수수료를 지급하였다. NP사는 기업과 기업간 중개를 하면서 수수료를 받는 업체이다.○ 제일3사는 2005년경부터 지에스와 계약하고 자동갱신하였다. 제일3사는 지에스의 카드 관련 업무를 총괄하고, 지에스는 카드사 담당을 만나거나 계산서 수수 및 민원이 들어왔을 때 제일3사에 연락하여 처리하게 하였다.○ 2008년을 기점으로 그 전에는 원고가 지에스로 매출, 그 이후에는 지에스가 원고로 매출하는 구조로 변경되었다. 이는 지에스가 2008년 이전에 제일3사가 매출처가 되는 구조여서 세무구조상 원고가 매출처가 되길 요청하였고, 원고는 지에스가 매입처가 되게 해달라고 요청하여 변경하였다.○ 원고가 2010. 5.경 입출고증을 요구하면서부터 2010. 11. 30.까지 소외 2에게 입출고증을 발급지시하였고, 실물거래는 없었다.〈2011. 6. 9.자 진술〉○ 원고가 지에스로부터 매입하는 물품의 매출처는, 카드사몰로 가는 경우에는 카드사에서 주문과 함께 자동결정되고, 그 외 기업으로 가는 경우에는 본인이 결정한다. 제일3사가 매입처·매출처를 정하여 원고와 지에스에 알려줄 때 상대방에서 실물거래인지 물어보거나 확인하지 않았다.○ ‘제일→지에스→원고→제일3사’, ‘제일3사→원고→이상 등→제일3사’의 두 개의 구조로 세금계산서 발행이 이루어졌다. 제일3사가 지에스에 얼마의 세금계산서를 받고 얼마의 세금계산서를 원고에게 교부하느냐를 한 달에 한두 번 정도 알려주면 상대방에서 세금계산서를 수수한다. 대금결제는 지에스로부터 두 번에 걸쳐 10 ~ 15일 사이에 한 번 받고, 24 ~ 28일 사이에 한 번 받았다. 비슷한 시기에 지에스로부터 받은 돈을 원고에게 입금하면 원고가 지에스에 대금결제하였다. 품의서는 상대방 입장에서 매입 기준이므로 원고에게만 주었다. 품의서 내용은 제일3사가 결정하고, 제일3사의 인감을 찍은 뒤 원고에게 전달하면 원고가 이를 보고 돈을 지급하였다. 거래명세표는 2010년 6월 이전에는 발행하지 않았고, 이후부터 원고의 요구를 받고 발행하였다.○ 2009년 말 원고가 제일3사측에 우량거래선을 확보해달라고 요청하여 이상, 팜스넷, 네모, 케이티를 매출처로 소개해주었다.○ 원고와 지에스는 실물 확인 없이 제일3사로부터 받은 거래명세서를 기준으로 세금계산서 및 대금을 수수하였다. 원고와 지에스에 보낸 거래명세서 및 품의서는 본인이 작성하였다.○ ‘디에스디, 상림, 픽스, 동성→원고→제일3사’, ‘원고→이상, 팜스넷, 네모, 케이티→제일3사→원고’, ‘제일3사→지에스→원고→제일3사’의 거래구조였다.〈2011. 7. 5.자 진술〉○ 제일3사 모두 처음에는 원고로부터 명함 및 사무실집기, 통신비, 사무실입대료를 제공받고 매출의 일부 수수료를 지급하는 조건이었다. 포인트몰 사업, 사은품, 특판 등의 운영은 제일3사가 하였고, 원고가 하는 특별한 역할은 없었다. 2005년 제일, 2006년 애드, 2008년 성우 계약이 이루어졌다. 포인트몰 상품 배송에 대해서도 제일3사가 관리하였다. 카드사 포인트몰 관련 관리화면에 로그인할 수 있게 원고가 제일3사 직원들의 인증서 등록을 해주었다.○ 원고는 카드사 포인트몰에 벤더로만 등록되어 있을 뿐, 상품 판매부터 배송까지 모두 제일3사에 서 관리하였다.○ 당초 계약시 원고는 일정 수수료만 가져가면 된다고 하였고, 제일3사가 이로운 점을 이야기해 계약하게 되었다.○ 제일을 설립하면서 원고에서 명함을 만들어주어 사용했고, 2008년경 원고 감사실에서 명함사용중지 공문을 받았다. 그래서 2008년부터는 비공식적으로 명함을 사용하였다. 원고 직원도 같이 영업을 나갔기 때문에 제일3사가 원고 명함을 사용했다는 사실을 충분히 알고 있었고, 이를 묵인하였다. 원고의 소외 5 이사, 신 본부장, 진 본부장, 소외 6 팀장, 소외 7 팀장으로부터 홈페이지 직원 등록은 어려우나, 명함은 계속 사용해도 된다는 말을 들었다.○ 2006년 중반쯤 원고와 지에스의 매출확대 요구로 지에스와 원고 가운데 제일3사가 끼거나, 제일3사가 빠지고 지에스와 원고가 거래하는 등으로 원고와 지에스가 매출을 더 가져갔다. 예를 들어 ‘공급업체→애드→지에스→원고→LG카드’의 거래구조가 있다면, 실제로는 ‘공급업체→애드→원고→LG카드'로 거래가 이루어지는데, 중간에 지에스가 끼면서 ’공급업체→애드→지에스→원고→LG카드‘의 구조가 되는 것이다. 따라서 매출·매입품목을 별도로 구분하기 어렵다. 지에스가 카드사에 매출하는 경우는 카드사 벤더로 지에스가 등록된 경우로, 거래구조가 ’매입처→제일3사→원고→지에스→지에스 카드사몰‘로 이루어지며, 이 과정에서 원고가 중간에 끼게 되는 형태이다. 이러한 거래구조에서는 지에스에서 제일3사에 카드사 포인트몰 판매자료를 보내주었고, 제일3사는 원고에게 자료를 보내 원고가 확인한다. 원고가 카드사에 매출하는 경우는 ’매입처→제일3사→지에스→원고→원고 카드사몰‘의 거래구조로, 카드사 벤더로 원고가 등록된 경우이다.○ 카드사의 경우 택배로 나가기 때문에 대한통운 물류에 입고하여 수량을 파악하였다. 대한통운측에서 사실상 물건 수량 등을 관리하였다. 소외 2가 입고증·출고증을 모두 관리하였다. ‘제일3사→지에스→원고→원고 카드사몰’의 경우나, ‘제일3사→원고→지에스→지에스 카드사몰’의 경우, 즉 카드사 포인트몰 관련하여는 대한통운을 이용하였다. 그 외의 B2B거래, 예를 들어 ‘제일3사→지에스→센터→제일3사’, ‘제일3사→디에스디→원고→이상→제일3사→원고‘ 등의 가공거래의 경우에는 대한통운에 물건이 입고되지 않았다.○ 원고의 직원에 의하면, 원고의 홈쇼핑 진출, 매년 정기국회 때 제기되는 원고의 규모 및 운영문제로 인해 원고의 매출확대가 필요했고, 이를 위해 제일3사가 중간에 끼었기 때문에 원고와 매출·매입이 같이 발생하였다. 물건이 원고나 지에스를 거치지 않아도 세금계산서는 한단계 더 거쳐 수수되었고, 그 결과 수수료가 높아져 제일3사의 자금부담이 커지게 되었다. 정상적인 물건의 흐름은 ‘제일3사→지에스(원고)→매출처’이나, 원고나 지에스가 끼게 되면서 ‘제일3사→원고(지에스)→제일3사→지에스(원고)→매출처’의 구조로 세금계산서가 수수된다.○ 2008년 이전에는 ‘제일3사→원고→지에스→지에스 카드사몰 등’의 거래형태였는데, 2008년 이후에는 ‘제일3사→지에스→원고→원고 카드사몰’의 거래형태이다. 상품은 제일3사에서 바로 물류창고에 입고시키거나 고객에게 배송하는 것으로 이루어진다.○ 제일3사는 회전거래로 금전적 손실을 보게 되나, 한달 정도 자금을 융통할 수 있는 이점이 있어 비정상적인 거래를 하게 되었다.〈2011. 8. 2.자 진술〉○ 2007년경 원고와 지에스의 요청으로 ‘제일3사→지에스→매출처’의 거래구조에서 ‘제일3사→원고→지에스→매출처’, ‘제일3사→지에스→원고→매출처’의 거래구조로 변경되었다.○ 원고 매출처 민원 및 배송관리의 경우 제일3사로 직접 연락오는 경우도 있고, 원고로 걸려오는 민원전화를 제일3사로 돌려주는 경우도 있었다. 모든 민원은 제일3사에서 처리하였다. 2006년경 매출구조 변경 후에도 동일하였다.○ 원고의 변경요청으로 2008년 1월부터 ‘제일3사→원고→지에스→제일3사’의 거래구조가 ‘제일3사→지에스→원고→제일3사’로 변경되었다.○ 2010. 5경 소외 8 팀장, 소외 9 과장과 원고 옆 건물 1층 커피숍에서 이야기할 때 가공거래라는말을 처음 들었다.
 (나) 원고 직원(홈쇼핑 1팀 차장)인 소외 6은 2011. 5. 30. 서울지방국세청에서 아래와 같이 진술하였다. 
○ 포인트몰 사업은, 공급처로부터 상품을 공급받아 카드사 포인트몰 상품을 업로드하고 고객의 주문이 들어오면 공급처에 통보하여 상품을 공급하는 형태이다. 공급처가 가진 상품 중 인기상품은 대한통운에 적재하고 직접 배송하고, 비인기상품은 공급처에서 직접 배송한다. 판매분 매입은 원고 이름으로 이루어진다.○ 제일3사는 원고를 대행하여 매출처와 매입처를 잘 발굴했고, 고객배송까지 해주는 업체이다. 소외 1은 사실상 대표자로서 업무진행 및 계약 관련 업무에 대해 제일3사를 대표해서 총괄적으로 원고와 소통하였다.○ 원고와 제일3사가 체결한 계약은, 제일3사가 원고를 대행해서 매출처와 매입처를 발굴해주면 그 과정에서 제일3사가 중간 거래이익을 취한다. 위탁계약서 제4조 제1항의 거래는 센터가 제일3사로부터 물건을 매입하여 카드사에 직접 매출하는 것이고(제일3사→원고→카드사), 제2항의 거래는 ‘공급처→원고→제일3사→매출처‘로 거래되는 구조이다.○ 원고는 매출처 발굴능력이 없어 원고가 직접 매출처로 판매하지 않고, 제일3사를 중간에 끼우게 되었다.○ 제일3사와의 거래로 원고는 매출·매입처 발굴의 이익이 있고, 제일3사는 마진을 얻는 이익이 있다.○ 소형가전, 주방용품 등 다양한 생활가전 위주의 제품을 매출 매입하였다. 매입의 경우 ‘제일3사→원고→카드사’, 매출의 경우 ‘공급처→원고→제일3사’의 구조로 세금계산서, 거래명세표 등을 수수하였다. 세금계산서 및 거래명세표는 매출, 매입 모두 제일3사를 통해 받았다.○ 영업 담당자의 책임 하에 대한통운 군포물류에 방문하여 물품을 확인하였고, 매출처에서 거래명세서를 받아 세금계산서를 발행하였다.○ 2010. 12. 중순경 매출처에서는 물건을 못받았다고 하고 매입처에서는 물건을 줬다고 하여 그 과정을 파악하다 가공거래에 관하여 알게 되었다.○ 제일3사와 원고의 거래대금 결제는 모두 현금으로 이루어졌고, 한 달에 두 번 정도 매출처로부터 입금되면 원고가 매입처로 결제하는 방식이었다.○ 매출처로부터 2010. 7.경부터 인수증을 받아 이를 근거로 매출확인하였다. 매입은 거래명세표를 받아 확인하였다. 실물은 두 달에 한 번 정도 군포물류에 방문하여 학인하였다. 2010. 7. 이전에는 납품확인서, 납품품의서로 거래확인하고, 담당자가 세 달에 두 번 정도 군포물류에 내려가 확인하였다.○ 기업간 거래는 매입처에서 매출처로 가는 경우가 대부분이라 별도 관리가 필요 없었고, 개별소비자와의 거래는 잘 모르겠다.○ 지에스는 원고의 가장 큰 매입처이자 매출처이다. 매출은 지에스의 소매점포인 지에스마트의 사은품목을 취급할 경우이고, 매입은 일반 B2B 거래이다. 원고와 지에스 사이의 매출·매입에 관한 세금계산서, 거래명세표 등은 소외 1로부터 받았다. 이는 제일3사가 위탁사였기 때문이다.○ 지에스와의 거래시 매출처인 이상, 팜스넷, 제일3사 등으로부터 인수증을 받아 물품확인하였고, 관련 서류는 인수증 외에는 없었다.○ 매입처에서 상품을 공급했다고 제시한 것이 대한통운 입고증이었고, 원고가 확인한 바 대한통운 측에서 ‘상품 입고 없이 사인만 했다.’는 진술을 확보하였다. 이전의 거래에 대해서는 당연히 매출처에서 상품을 인수했다고 하여 가공거래인지 몰랐다.○ 제일3사가 발굴한 매출처가 많이 늘어나서, 제일3사와의 거래가 큰 폭으로 증가한 것에 대한 의문을 가지지 않았다.○ 2010년 초에 제일3사의 매출이 지나치게 높다는 의견에 따라 매출처를 다양화하고, 원고의 리스크 부담을 최소화하기 위해서 제일3사에 우량업체와의 거래를 요청하였다.
 (다) 원고 직원(의류사업팀 팀장)인 소외 7은 2011. 7. 8. 서울지방국세청에서 아래와 같이 진술하였다. 
○ 소외 1, 소외 3이 제일3사의 실질적인 사장이라고 알고 있었다.○ 원고는 중소기업 판로지원의 이익을 목적으로 계약체결하였고, 제일3사는 센터 대행업무를 하였다.○ 위탁계약서 제4조 제1항은 ‘매입처→제일3사→원고→카드사몰’의 거래구조로, 상품관리 및 배송을 제일3사가 담당한다. 제2항은 제일3사의 신용도 문제로 매입처로부터 제일3사가 물건을 구매하기 어려울 경우, ‘매입처→원고→제일3사→매출처’로 가는 구조이다. 원고가 제일3사보다 우월한 지위에 있어 매입이 수월하므로 원고를 경유하여 제일3사로 가는 것이다.○ 2010. 12.경 작성된 센터 내부 문건 ‘포인트몰 사업 사고 관련 현황’을 보면, 2007. 3. 법인영업 개선방안 관련 감사의견으로 ‘법인 영업사업에 대해 특별한 변수가 없는 이상 의견(사업 중단) 변함 없음, 법인영업 개선방안의 인터넷 특판 또한 현행과 같이 당사 명의(명함 사용) 위험요소 상존하고 있으므로, 계약 만료시점에 법인영업 정리할 것’이라고 되어 있다. 이는 납품처에 대한 대금회수 문제 때문에 거래중단하라고 했던 내용이다. 제일3사에 담보설정을 하여 대금을 일정부분 보류하는 등의 조치를 하고 계속 영업을 진행하였다.○ 카드사몰로 나가는 B2C 거래에 대해서는 두어 달에 한 번 소외 4 과장이 군포물류에 방문하여 구두로 저에게 보고하였고, B2B 거래에 대해서는 대금지급이 되면 정상적인 거래라고 생각되어 별도 관리하지 않았다.○ 2010. 7. 인수증 발급 이전에는 제일3사로부터 월마감 정산자료를 받아 그에 따라 세금계산서 발행 등을 했고, 대금지급이 되었기에 별다른 의심을 하지 않았고 별도로 실제 물품 확인을 하지는 않았다.○ 지에스와의 매입세금계산서를 제일3사로부터 받은 것은, 제일3사가 위탁대행업무를 맡았기 때문이다.○ 제일3사와의 거래가 큰 폭으로 증가했으나, 매출이 늘어나면 좋은 것이기 때문에 별도로 의문을 가지지는 않았다.
 (라) 소외 2는 2011. 6. 27. 서울지방국세청에서 아래와 같이 진술하였다.
○ 2008. 2.경부터 2011. 3.경까지 소외 1의 소개로 대한통운의 외주인력업체인 지영산업에서 근무하게 되었다. 소외 1의 부탁으로 제일의 주주로 등재하게 되었다.○ 제일3사는 소외 1이 운영하는 사업체로, 본인이 제일3사와 관련한 군포물류 담당을 하였다.○ 2010. 6.경 이후부터는 성우에서 급여를 받았다. 군포물류 근무 당시 직속 상관은 소외 1였다. 대한통운 소속 관리직원은 별도로 없었다.○ 제일3사와 관련된 거래에 있어, 본인은 들어오는 물품의 수량과 품목만 알 수 있다. 2010. 6.경부터 제일3사 관련 인수증을 써주었다.○ 원고는 분기에 한 번 꼴로 방문하였다.○ 카드사에서 상품을 공급하는 업체가 대한통운에 납품하면 본인이 물품의 품목, 수량 등을 확인하여 대한통운 재고관리 프로그램에 입력하고, 카드사몰에서 고객들이 주문한 것을 다운받아서 본인이 택배로 배송한다. 물건이 들어오면 본인이 상품과 수량을 확인하여 입고시키고, 모든 출고는 택배를 통해 진행하였다. 최종 고객이 개인소비자인 경우만 담당했을 뿐, 기업간 이동하는 물품에 대해서는 아는 바가 없다. 최종소비자에게 택배로 발송되는 물류만 관리하였고, 기업간 거래에 대해서는 알지 못한다.○ 물품 입고시 본인은 상품의 종류와 수량만 체크할 뿐, 납품처가 어디인지 알 수 없기 때문에 제일3사, 원고, 지에스 담당자가 군포물류를 방문해도 본인이 제일3사, 원고, 지에스의 재고 및 상품 수량에 대해 정확히 파악할 수는 없다. 다만 판매분 결재(고객에게 배송 완료된 것)에 대해 수량체크하였다.○ 소외 1의 지시를 받은 소외 10 대리의 요청으로 화물입고확인증에 입고서명하였다. 정상적인 입고확인증이 아니었기 때문에 바로 폐기처분하였다. 입고확인증의 내용은 소외 10 대리가 작성하여 팩스로 보내왔다. 디에스디, 상림, 픽스, 동성에만 실제 상품 확인 없이 화물입고증에 서명하였다.
 (마) 원고 직원인 소외 6, 소외 9, 소외 11은 2014. 8. 31. 아래와 같은 확인서를 작성하였다.
○ 2010. 7. 19. 소외 1과의 미팅 당시 “매출 대부분이 가공거래임을 알고 있다.”는 이야기를 전혀 하지 않았다. 당시 가공거래임을 알고 소외 1을 추궁하는 자리가 아니라, 단지 거래 리스크 관리 차원에서 만난 자리였다.○ 당시 소외 1에게 “B2B 영업과 관련하여 이사님께서 문제가 있는 거래인지 확인해보라는데 어떻게 생각하느냐”고 질문하였고, 소외 1은 “문제있는 거래는 전혀 없다. 매입처, 매출처들도 전부 대기업, 상장기업이다. 우리가 원고와 얼마나 오래 거래해 왔는데 우리를 믿지 못하느냐”며 강력하게 부인하였다.○ 이에 소외 1에게 향후 매출처의 인수증과 거래명세서가 있어야 거래승인을 하겠다고 의사를 전달하였다.
 (5) 관련 판결 등
 (가) 소외 1은 아래와 같은 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기)죄, 조세범처벌법위반죄로, 2012. 6. 7. 서울남부지방법원(2011고합507)로부터 징역 5년을, 2012. 11. 29. 서울고등법원(2012노1772, 3594)으로부터 징역 5년을 각 선고받았다. 위 판결은 그 무렵 확정되었다.
피고인은 홈쇼핑 사업에 투자하여 약 40억 원의 손해를 입으면서 발생한 채무변제에 사용할 자금을 마련하기 위하여, 상품의 유통 흐름이 ‘제일3사 → 전문유통업체 → 원고 → 제일3사’로 이루어지는 순환거래를 가공하여 피해자인 전문유통업체들로부터 대금을 먼저 받아 자신의 채무변제 등에 사용하고, 이후 계속 확대되면서 이루어지는 가공거래에서 피해자들로부터 지급받은 대금으로 기존의 대금을 갚아나가기로 마음먹었다.1. 조세범처벌법 위반피고인은 2007. 7. 31.부터 2010. 11. 30.까지 가공거래 금액 합계 258,972,577,816원인 허위 세금계산서 또는 무거래 세금계산서 570장을 발급하고, 2007. 8. 31.부터 2010. 11. 8.까지 가공거래 금액 합계 152,351,050,558원인 무거래 세금계산서 187장을 발급받았다.2. 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기)피고인은 피해자인 전문유통업체에게 제일3사가 전문유통업체에 납품한 물품이 원고를 거쳐 고객에게 배송이 완료되었으니 제일3사에 거래대금을 결제해 달라고 요청하였다. 그러나 사실 이 거래는 가공순환거래의 일부로서, 대금결제는 제일3사가 전문유통업체로부터 대금을 먼저 받은 후 원고에게 대금을 결제해 줌으로써 원고로 하여금 전문유통업체에 대금을 지급하도록 하는 방식으로 이루어져 왔으나, 피고인은 전문유통업체로부터 선지급받은 대금을 자신의 급한 채무변제에 사용하거나 돌려막기로 직전 가공거래에 대금 결제에 사용하였고, 피고인에게는 가공 순환거래가 그 규모가 계속 확대되면서 계속 이루어지지 않는 한 피해자 전문유통업체가 원고로부터 대금을 정상적으로 결제받을 수 있도록 해 줄 능력이 없었다.피고인은 피해자 전문유통업체를 기망하여 2010. 10. 15.부터 2010. 11. 16.까지 지에스로부터 4회에 걸쳐 15,606,766,440원, 상림으로부터 2회에 걸쳐 2,503,462,960원,디에스디로부터 1,228,818,740원, 픽스로부터 517,374,200원, 동성으로부터 513,906,900원을 교부받아 편취하였다.
 (나) 디에스디는 제일3사 중 하나인 애드의 요청에 따라 애드에 물품대금 1,228,818,740원을 지급하고, 원고에게 대금 지급을 청구하였으나, 원고로부터 “물품이 대한통운 물류센터에 입고되지 아니하였으므로 대금을 지급할 수 없다.”는 답변을 받았다. 이에 디에스디는 서울남부지방법원(2011가합1669)에 원고를 상대로 물품대금의 지급을 구하는 소를 제기하였고, 2012. 6. 19. 위 법원으로부터 일부승소 판결을, 2013. 12. 5. 서울고등법원(2012나58205)으로부터 기각판결을 각 받았다. 위 사건은 현재 대법원(2014다1782) 계속 중이다.
 (다) 지에스는 제일3사의 청구에 따라 제일3사에 물품대금 15,558,826,690원을 지급한 후, 원고에게 이윤을 합한 16,272,061,160원의 지급을 청구하였으나, 원고로부터 “물품이 실제로 공급되지 아니하였으므로 대금을 지급할 수 없다.”는 답변을 받았다. 이에 지에스는 서울남부지방법원(2011가합5401)에 원고를 상대로 물품대금의 지급을 구하는 소를 제기하였고, 2012. 11. 16. 위 법원으로부터 일부승소 판결을, 2013. 8. 21. 서울고등법원(2012나10261)으로부터 기각판결을 각 받았다. 위 사건은 현재 대법원(2013다69286) 계속 중이다.
 (라) 동성은 2011. 9. 1. 강동세무서장으로부터 가공세금계산서 수수를 이유로 부가가치세 가산세 부과처분을 받고, 서울행정법원(2013구합9212)에 강동세무서장을 상대로 위 부과처분 취소소송을 제기하였다. 동성은 2013. 11. 19. 위 법원으로부터 “가공거래라는 사실을 알지 못하였고, 이를 의심할 수 있는 상황에 있지도 않았으므로, 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다.”는 이유로 부과처분 취소판결을, 2014. 7. 9. 서울고등법원(2013누52539)으로부터 강동세무서장의 항소기각판결을 각 받았다. 
 (6) 기타
 (가) 원고는 2006년경부터 원고 본사로 사용하고 있는 서울 양천구 (주소 생략) 중소기업유통센터 ○○○○○백화점 14층 일부를 제일3사의 사무실로 사용하게 하면서, 전화, 팩스 등 사무실 집기를 제공하였다. 위 사무실에는 제일3사의 간판 등 제일3사의 사무실이라는 것을 알 수 있는 표식이 없었고, ○○○○○백화점 건물 안내판에도 14층에는 ‘중소기업유통센터’로만 표시되어 있을 뿐 제일3사의 명칭은 기재되어 있지 않았다. 원고는 지에스 등 거래업체로부터 제일3사 직원을 찾는 전화가 걸려오면 원고 소속 부서에 전화를 연결해주는 것처럼 처리하기도 하였다. 한편 제일3사는 위 ○○○○○백화점 외에 다른 사무실은 가지고 있지 않았다. 
 (나) 제일3사 소속 직원들은 2006년경 원고의 승인을 받고 원고 소속임을 나타내는 명함을 만들어 사용하였다. 처음에는 명함에 ‘(주)중소기업유통센터 홈쇼핑1팀’이라고 기재하였다가, 이후 ‘(주)중소기업유통센터 신사업업무추진팀’으로, 마지막에는 ‘(주)중소기업유통센터 B2B팀’으로 기재하였다. 
 (다) 원고 직원들은 2007. 10. 17.부터 2010. 7. 16.까지 7차례 대한통운 군포/부곡 물류센터를 방문하였다. 원고 직원인 소외 11 작성의 2010. 7. 12.자 상담일지에 의하면, “상담자: 소외 2 팀장, 상담내용: 재고현황 및 입출고내역 전산처리 여부: 현재 70 ~ 80억 원 정도 상품물량 입고되어 있음. 상품물량 중 지에스 입고물량이 상당수임. 순수 카드사 입고물량에 한해서는 웹상으로 전산처리가 가능하나, 당일 입고되어 당일 출고되는 물량은 전산처리가 어려움. 재고조사와 관련해서는 대한통운 내 입출고가 전산처리되어 관리되고 있음”이라고 기재되어 있다.
 (라) 삼정회계법인 작성의 원고에 대한 2006 내지 2010 사업연도 재무제표 감사보고서에 의하면, 이 사건 거래가 가공거래라는 등의 언급이 없고, 원고에 대한 내·외부 감사에서도 이러한 사항은 지적되지 않았다.
 (마) 원고는 2010. 12.경 전문유통업체와 제일3사에 2010년 10월, 11월 거래분에 관한 매입·매출거래의 취소를 통보하고, 2010년 2기 부가가치세 경정청구를 하였다.
 (바) 원고는 “이 사건 거래가 가공거래에 해당한다.”는 이유로 서울남부지방검찰청에 조세범처벌법위반죄로 고발되었으나, 2011. 11. 21. 서울남부지방검찰청 검사로부터 “가공거래 사실을 알고 허위로 세금계산서를 수수하였다고 인정할 만한 증거가 없다.”는 이유로 혐의없음(증거불충분) 처분을 받았다.
 (사) 원고의 2007년부터 2010년까지 영업실적, 가공거래 액수, 가공거래 비율은 아래와 같다.
(단위: 억 원)연도2007200820092010영업실적1614768311,295가공거래603617191,193가공거래비율37.3%75.8%86.5%92.1%
[인정근거] 갑 제2 내지 15, 23호증(가지번호 포함), 을 제3 내지 8, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 (1) 정당한 사유에 관하여
 (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하되, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 참조).
한편 세금계산서는 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우 그 거래시기에 공급받은 자에게 세금영수증으로서 교부하는 것을 말하며, 세금영수증의 역할 이외에 부가가치세는 물론 소득세 및 법인세의 과세자료로 사용되므로, 세금계산서가 교부되지 아니하거나 부실교부될 경우 근거과세제도를 위협할 수 있다. 따라서 부가가치세법에는 세금계산서의 적정한 교부를 위하여 여러 가산세 제도를 운영하고 있고, 이 사건에서처럼 가공의 세금계산서가 교부되는 경우에도 세금계산서불성실가산세가 부과되며, 위와 같은 세금계산서의 기능 및 가산세의 취지에 비추어 이러한 경우에도 국세기본법 제48조 제1항 소정의 ‘정당한 사유’가 있는지 여부에 따라 가산세의 감면 여부가 결정된다.
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 위 인정사실에 의하면 이 사건 거래는 실제 물품 공급 없이 물품의 유통이 이루어지는 것처럼 가장한 가공거래에 해당하고, 소외 1에 대한 형사판결에서 “원고가 가공거래에 적극 가담하였다.”는 소외 1의 진술을 믿지 않는 등 제반사정을 기초로 원고가 가공거래 사실을 알지 못했던 것으로 판단된 점, 원고는 서울남부지방검찰청으로부터 조세범처벌법위반죄에 관하여 “가공거래 사실을 알고 허위로 세금계산서를 수수하였다고 인정할 증거가 없다.”는 이유로 불기소처분을 받은 점 등을 고려할 때, 원고는 가공거래라는 사실을 알지 못했던 것으로 보인다.
그러나 아래의 사정을 고려할 때, 원고는 “이 사건 거래가 가공거래임을 알 수 있었음에도 이를 확인할 의무를 게을리하였다.”고 봄이 타당하므로, 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다.
① 원고는 2005년경부터 제일3사에 포괄적으로 매입·매출업무 전체를 위탁하고, 제일3사의 실질적인 운영자인 소외 1에게 매출처 및 매입처의 지정 등 위탁사업에 대한 관리를 모두 맡겨두었다. 또한 통상적인 위탁계약과 달리 제일3사로부터 매출액의 일정 비율을 지급받는 방식으로 정산하였고, 마진율도 매출액을 기준으로 일률적으로 정해졌다. 이러한 거래구조는 사실상 원고가 제일3사에 명의 또는 매입·매출처로서의 지위를 빌려주고, 이에 대한 수수료를 받는 형식이다. 소외 1은 카드사 포인트몰사업 등에 관한 매입·매출업무를 모두 위탁받은 사정을 악용하여 가공거래를 하였는바, 이는 업무위탁이라는 명목으로 소외 1에게 매입·매출에 대하여 과도한 권한을 부여하고 이를 제대로 관리하지 아니한 원고에게도 책임이 있다(실제로 중간업체나 신규 매출처는 원고가 중소기업진흥공단의 100% 출자로 설립된 법인인 점을 신뢰하여 제일3사와 거래한 것으로 보이는바, 원고는 이러한 사정을 감안하여 제일3사에 대한 위탁업무의 범위를 구체화하는 등 더 신중하게 거래에 임하였어야 한다).
② 원고는 제일3사 직원들에게 원고 본사 옆에 별도로 제일3사의 표시가 되어 있지 않은 사무실을 제공하고, 제일3사에 전화가 걸려올 경우 원고 소속 부서에 전화를 돌려주는 것처럼 전화를 연결해 주었으며, 제일3사 직원들이 카드사 포인트몰 관리화면에 로그인할 수 있도록 인증서 등록을 해주는 등(원고 명의의 세금계산서 발행을 위해서는 인증서가 반드시 필요하다) 외부적으로 제일3사 소속 직원을 원고의 직원인 것처럼 보이게 하였다. 실제로 전문유통업체나 신규 매출처는 대부분 제일3사의 직원을 원고의 직원으로 오인하고 이 사건 거래를 진실한 거래로 믿었다.
원고는 “공공기관으로서 매출을 확대할 이유가 없었다.”고 주장하나, 법인의 형태로 운영된 이상, 매출 확대를 통한 이윤 창출은 원고 설립의 원래 목적인 중소기업을 위한 판로개척, 중소기업 지원의 목적에 도움이 되는 것일 뿐만 아니라, 원고의 매출 확대는 중소기업과의 거래가 활발하게 이루어지는 것을 반증하므로, 원고에게 매출 확대에 대한 유인이 없었다고 볼 수 없다(원고 직원인 소외 7은 “제일3사와의 거래가 큰 폭으로 증가했으나, 매출이 늘어나면 좋은 것이기 때문에 의문을 가지지 않았다.”고 진술하였다).
③ 원고의 직원인 소외 6, 소외 7은 “2010. 7.경 인수증 발급 이전에는 제일3사로부터 월마감 정산자료를 받아 세금계산서를 발행하였다. 기업간거래(B2B)의 경우 대금이 지급되면 정상적인 거래라고 생각하여 별다른 의심을 하지 않고 실제 물품관리를 하지 않았다.“고 진술하였다. 이에 따르면 원고는 입고 관련 서류, 대금 지급 내역만 확인하고 세금계산서를 발행한 것으로 보인다. 원고는 ”제일3사에 업무를 위탁하였다.“는 이유로, 전문유통업체나 신규 매출처에 대한 매입세금계산서 등을 모두 제일3사로부터 제공받고, 별도의 확인절차를 거치지 아니하였다.
④ 원고는 ”대한통운 군포물류센터를 불시에 방문하여 물품내역을 확인하였다. 소외 2가 입고증을 위조하여 가공거래라는 사실을 알 수 없었다.“고 주장한다. 그러나 소외 2는 ”최종 고객이 개인소비자인 경우만 담당했고 기업간 이동물품에 대해서는 아는 바가 없다.“고, 원고 직원 소외 6은 ”기업간 거래는 매입처에서 매출처로 가는 경우가 대부분이라 별도 관리가 필요 없었다.“고, 원고 직원 소외 7은 ”카드사몰로 나가는 B2C 거래에 대해서는 두어 달에 한 번 소외 4 과장이 군포물류를 방문하여 구두로 보고하였고, B2B 거래에 대해서는 대금지급이 되면 정상적인 거래라고 생각하여 별도 관리하지 않았다.“고 각 진술한 점에 비추어, 실제 가공거래가 이루어진 기업간 거래에 관하여 제대로 관리·감독이 이루어졌다고 보기 어렵다. 뿐만 아니라 ”물품 입고시 상품의 종류와 수량만 체크할 뿐, 납품처가 어디인지 알 수 없기 때문에 원고 담당자가 군포물류를 방문하여도 원고의 재고 및 상품 수량에 대해서 정확히 파악할 수는 없었다.“는 소외 2의 진술에 비추어, 원고 직원이 군포물류를 방문하더라도 직접 물품을 특정하여 이 사건 거래의 진정성을 확인할 수 없었고, 소외 2의 설명이나 그가 제시하는 입고증을 토대로 물품 입고 여부를 확인한 것으로 보이는 점, 소외 7의 진술에 의하면, 원고는 2010. 7.경부터 제일3사로부터 거래명세표 및 인수증을 받아 이를 근거로 매출과 매입을 확인하였으나, 그 이전에는 제일3사로부터 월마감 정산자료를 받아 매출·매입을 확인하고, 별도로 실제 물품 확인을 하지 않은 점 등을 고려할 때, 원고 직원이 대한통운 군포물류를 불시에 방문하였다는 사정만으로는 이 사건 거래가 진정한 것임을 확인하기 위한 주의의무를 다하였다고 보기 부족하다(원고는 전문유통업체나 신규 매출처에 전화 연락 등을 하여 물품 입고 상황 등을 확인할 수도 있었으나, 이를 하지 않았다). 
⑤ 원고는 2010. 2.경 이후부터 ”제일3사에 대한 매출비중이 높다.“는 내부감사 지적에 따라, 소외 1에게 요청하여 신규 매출처에 직접 납품하는 방식의 거래구조로 변경하였고, 이에 따라 기존에 제일3사가 원고로부터 직접 납품받던 물량이 60%로 감소하였다. 그럼에도 소외 1은 원고로부터 물건을 납품받은 신규 매출처로부터 다시 물품을 구매하는 거래구조를 취함으로써 순환거래구조를 유지할 수 있었기 때문에 원고의 요구에 응한 것으로 보이나, 원고는 소외 1이 자신에게 불리한 요구에 순순히 응하였음에도 그 경위를 의심하지 않았다.
⑥ 소외 1에 대한 형사판결은 원고의 선의에 대하여만 판단하고 과실 여부는 문제되지 않았다. 또한 허위세금계산서 수수에 대한 조세범처벌법위반죄는 고의범이므로, 불기소처분을 받았다는 사정만으로 과실까지 불인정한 것이 아니다. 나아가 재무제표상 이 사건 거래의 가공 여부에 대한 지적이 없었다는 사정만으로 주의의무를 다하였다고 인정할 수 없다.
 (2) 신용카드매출전표에 관하여
법인세법 제76조 제9항으로 ‘발급한 계산서에 대통령령으로 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우’에 대하여 공급가액의 1/100을 가산세로 부과하도록 규정하였다가, 2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되면서 제76조 제9항 제4호 나목에서 ‘재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 계산서 등을 발급한 경우’를 신설하여 공급가액의 2/100를 가산세로 부과하도록 하였다. 또한 부가가치세법 제22조 제2항에서 ‘세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때’에 그 공급가액의 1/100을 가산세로 부과하다가, 2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되면서 제3항에 ‘재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발행한 때’ 그 세금계산서에 기재된 금액의 2/100를 가산세로 부과하는 내용을 신설하였다. 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발행한 경우는 개념상 세금계산서의 기재가 사실과 다른 경우에 포함될 수 있고, 그 비난가능성 역시 사실과 다른 세금계산서에 비하여 오히려 크다고 볼 수 있는 점, 이에 대한 국회심사보고서, 과세관청 해설서(을 제10호증, 제11호증의 1, 2)에 “재화나 용역의 공급 없이 발행된 세금계산서에 대해 부과하는 가산세를 기존의 1%에서 2%로 상향조정하여 고의로 거래질서를 문란하게 하는 행위에 대해 가산세를 중과하려는 취지이다.”고 설명하고 있는 점 등을 고려할 때, 위 개정의 취지는 법 개정으로 비로소 재화의 공급 없는 세금계산서 발급을 제재하려는 것이 아니라, 기존에 ‘사실과 다른 세금계산서’에 포함하여 같이 제재하다가 법 개정으로 가산세 부과 유형을 세분화하여 ‘재화의 공급 없는 세금계산서 발행’을 강하게 제재하려는 취지로 봄이 타당하다. 
법인세법 제76조 제11항에서 ‘신용카드 매출전표를 사실과 다르게 발급한 경우’만 규정하고 있다고 하더라도, 법인세법 및 부가가치세법 개정의 취지에 신용카드매출전표미발급가산세는 매출누락 또는 매입과다계상으로 인한 탈세를 방지하고자 하는 데 그 목적이 있고, 이러한 목적을 달성하기 위하여 납세자에게 납세협력의무의 하나로 신용카드매출전표의 공급가액 합계액을 정확하게 기재할 것을 요구하므로, 가공거래는 납세자가 협력의무를 성실히 이행하지 아니하였다는 점에서는 공급가액 과다 또는 과소 기재하는 경우와 동일한 점, 과세관청으로서는 가공거래인지 또는 실물거래로 인한 공급가액을 과다 또는 과소하게 기재된 것인지를 구별하기 어려운 점, 대법원(대법원 1996. 12. 6. 선고 96누5155 판결, 대법원 1987. 3. 24. 선고 85누515 판결, 대법원 2003. 5. 16. 선고 2001두1772 판결 참조)도 가공거래에 관한 신고납부불성실가산세, 세금계산서불명가산세, 매출·매입처별세금계산서합계표부실기재가산세를 각 인정한 점, 원고가 내세우는 대법원 1990. 6. 26. 선고 88누4522 판결은 세금계산서불명가산세에 관한 것이고, 신용카드매출전표미발급가산세와는 그 부과취지나 대상 및 가산세의 성격이 서로 달라 그대로 적용하기 어려운 점 등을 고려할 때, 여기에는 ‘재화의 공급 없이 신용카드매출전표를 발급한 경우’가 포함된다고 봄이 타당하다. 
 따라서 원고가 2007 사업연도에 재화 공급 없이 신용카드매출전표를 발급한 행위에 대하여 법인세법 제76조 제11항을 적용한 것은 적법하므로, 이에 대한 원고의 주장은 이유 없다.
 (3) 공급가액을 부풀린 세금계산서에 관하여
 ① 원고가 발급한 세금계산서는 부가가치세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22578호로 개정되기 전의 것) 제54조 제1항 제2호의 ‘거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급기간을 합계하여 그 기간의 종료일자를 발행일자로 하여 발급한 세금계산서 또는 1역월의 공급가액을 합계하여 해당 월의 말일자를 발행일자로 하여 발급한 세금계산서’에 해당하는 점, 이러한 세금계산서에는 거래기간 동안의 공급가액의 합계액만 기재하면 되고, 개별 공급가액이나 거래시기는 기재되지 않으므로, 과세관청으로서는 전체 공급가액의 합계액이 사실과 달리 기재된 이상 그 원인이 가공거래로 인한 가공의 공급가액이 합산된 결과에 따른 것인지, 실물거래로 인한 공급가액을 과다하게 기재한 것인지 명확하게 드러나지 않는 점, ② 전문유통업체나 신규 매출처에 대한 판결, 소외 1에 대한 판결 등에서 소외 1이 각각의 개별거래를 가공으로 꾸며낸 사정만 인정되었을 뿐, 재화를 공급하고도 그 공급가액을 부풀린 세금계산서를 수수하였다는 사정은 인정되지 않았고, 달리 이를 인정할 증거도 없는 점, ③ 원고의 주장은 개별 거래에 대한 세금계산서의 경우에는 타당하나, 사안과 같이 수 개의 개별거래를 한꺼번에 기재한 월 또는 기간합계 세금계산서의 경우에 적용하기는 어려운 점(원고는 “피고의 주장에 따른다면 수량이나 공급가액이 사실과 다르게 기재된 세금계산서의 경우에도 ‘재화를 공급하지 아니한 경우’를 적용할 수밖에 없어, 공급가액에 관하여 ‘사실과 다르게 기재된 세금계산서’ 가산세를 적용하는 경우가 거의 없게 된다.”고 주장하나, 피고는 하나의 개별거래를 진성거래와 가공거래로 나누는 것이 아니라, 하나의 월 또는 기간합계 세금계산서에 포함된 각각의 가공거래에 대해서만 가산세를 부과하겠다는 취지로 보인다), ④ 원고의 주장대로라면 ㉠ 개별 거래마다 세금계산서를 발행하였고 그 중 가공세금계산서가 포함된 경우와 ㉡ 월 또는 기간합계 세금계산서에 기재된 개별거래 중 가공거래가 포함된 경우, 두 경우 모두 개별 거래 중 일부가 가공거래라는 점에서 동일한데도 합리적 이유 없이 달리 취급(①은 '재화를 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급한 경우‘에 해당하여 가공세금계산서에 대해서 2%의 가산세를 부과하고, ②는 '매출처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 기재한 때’에 해당하여 1%의 가산세를 부과한다)하는 것이 되어 부당한 점, ⑤ 위에서 본 바와 같이 부가가치세법이 2006. 12. 30. 개정되면서 비로소 재화의 공급 없는 세금계산서 발급에 가산세를 부과하게 된 것으로 볼 수도 없는 점 등을 고려할 때, 월합계세금계산서에 기재된 거래를 진성거래와 가공거래로 나누고, 그 중 가공거래에 대하여 ‘재화를 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급한 경우’에 해당하는 가산세를 부과한 것은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (4) 부가가치세 미신고한 세금계산서에 관하여
부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항은 “재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급한 경우 또는 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에는 그 공급가액의 2/100에 해당하는 가산세를 부과한다.”고 되어 있으므로, ‘세금계산서의 발급’이 가산세 부과 요건이다.
 따라서 2010년 2기 가공거래에 관한 세금계산서를 발급한 이상, 가공거래 사실 를 취소하고 부가가치세를 미신고하였다 하더라도, 가산세 부과 요건을 충족하였으므로, 가산세 부과처분은 적법하다 할 것이니, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 문준필(재판장) 김형원 손화정