이월공제(연구비) 효과의 법인지방소득세 적용 여부 (일반행정, 대전고등법원)
공포일: 2020.05.27 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
지방소득세
【주문】
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 참가로 인한 부분을 포함하여 모두 원고가 부담한다.
【이유】

▣청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다.피고가2018. 11. 16.원고에 대하여 한 별지‘이 사건 거부처분 목록’기재 법인지방소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.
▣이 유

1.제1심판결의 인용

이 법원이 적을 이유는 아래 제2항과 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
2.고쳐 쓰거나 추가하는 부분

가. 8면3행의“개정 지방세법은”앞에 아래「」내용을 추가한다.
「특히 지방소득세가2010. 1. 1.지방세법 개정을 통해 신설된 이후2010. 3. 31.지방세에 관한 기본적 사항과 부과ㆍ징수에 필요한 사항 및 위법 또는 부당한 처분에 대한 불복절차,지방세 범칙행위에 대한 처벌에 관한 사항 등을 규정한 지방세기본법과 과세면제 및 경감에 관한 규정,각 세목별로 감면적 성격이 강한 비과세 규정 및 지방자치단체의 감면에 관한 조례 중에서 전국 공통으로 적용되는 감면사항을 일괄 규정한 지방세특례제한법이 지방세법으로부터 분리 제정됨으로써,지방세 관련 규정이 체계화되고 법인세와의 구별도 보다 명확해졌다.」

나. 9면9행과10행 사이에 아래「」내용을 추가한다.
「가사 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 위와 같은 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도,납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원2001. 5. 29.선고98두13713판결 등 참조).이 사건에서의 종전 규정인 지방세법 제89조 제1항,제94조제1항은 법인지방소득세의 세액 산출방식만을 규정하였지 직접 부과(비과세)내지 감면을 규정한 것은 아니다.세액공제 및 이월공제를 규정한 구 조특법 제10조,제144조는 연구·인력개발비 등을‘법인세’에서 공제한다고 규정하고 있을 뿐이다.구 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 과세표준으로 삼고 있었다고 하더라도,앞서 본 지방세와 법인세의 관계,규정의 체계 및 내용 등에 비추어 볼 때,위 구 조특법 규정을 통해 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기는 어렵다.
결국 이 사건 연구비 등의 이월공제에 관하여 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라 구 지방세법 및 구 조특법이 적용된다고 볼 수 없다.」

다. 9면 하단1행부터10면6행까지“마)앞서 본 것과 같이…취급할 수는 없다.”를 아래「」내용으로 고쳐 쓴다.
「마)구 지방세법상 법인지방소득세는 법인세액을 과세표준으로 하고 있어서,납세의무자로서는 연구비 등을 지출함에 있어 최저한세 적용에 따른 제한 등으로 당해에 감면받지 못할 연구비 등도 추후5년간 이월하여 법인세와 마찬가지로 법인지방소득세에서도 공제받을 수 있으리라 기대하였을 수 있다.
그렇지만 이는 구 조특법에서 직접 이월공제의 대상으로 명시한‘법인세’에 대한 이월공제가 향후5년 동안 유지될 것을 신뢰한 것과는 다르다. ‘법인지방소득세’에 관한 납세의무자의 기대는 법인지방소득세의 과세표준이 향후5년 동안 그대로 유지되어 법인세에 대한 이월공제의 혜택을 법인지방소득세에 대하여도 계속해서 누릴 수 있다고 기대한 것에 불과하다.법인세는 당해 사업연도의 수익이 발생하여야 부과되고 그에 대한 공제도 이루어질 수 있는 것이므로,원고가 이 사건 연구비 등을 지출할 당시 법인지방소득세의 과세요건 내지는 공제요건이 모두 충족되었다고 보기 어렵다.또한 이 사건 연구비 등의 지출로 인하여 원고가 일정한 법적 지위를 취득하였다거나 법률관계를 형성하였다고 볼만한 사정도 없다.원고가 이 사건 연구비 등을 지출한 것은 기술개발을 통한 경쟁력을 확보하기 위한 목적에서 이루어진 것이고,법인세에 관하여는 세액공제 및 이월공제가 유지되고 있는바,구 지방세법에 따른 법인지방소득세액에 대하여도 이월공제의 효과를 누릴 수 있다고 신뢰한 것이 이 사건 연구비 등 지출의 직접적인 유인이나 동기가 되었다고 보기 어렵다.
조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼,조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다.특히 구 조특법상의 연구·인력개발비 세액공제 및 이월공제 규정은 정책적 목적에 의한 특혜로서 이러한 제도는 사회환경이나 경제여건의 변화에 따라 탄력적으로 운용되는 성격이 더욱 강하다.원고는 이 사건 연구비 등에 대하여2014~2017사업연도 법인세에서 세액공제 혜택을 받았고,약4년에 걸쳐서 개정 지방세법에 따라 산출된2014~2017사업연도 법인지방소득세를 이미 신고·납부하였다.개정 지방세법의 취지는 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과·징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환하여 재원을 확보하고 지방자치발전에 기여하려는 것이다.그에 반해 납세의무자가 받는 불이익은 기대했던 세액공제액이11분의1만큼 줄어드는 정도에 불과하다.
이러한 사정들을 종합하여 볼 때,위와 같은 기대는 법적으로 보호할 필요성이 있는 신뢰에 해당한다고 보기 어렵다.」

라. 16면 지방세법 부칙<제12153호, 2014. 1. 1.>에“제2조(일반적 적용례)이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.다만,제8장 지방소득세(제103조의29의 개정규정은 제외한다)에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.”를 추가한다.
3.결론

그렇다면 원고의 청구를 기각한 제1심판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다. 특히 구 조특법상의 연구·인력개발비 세액공제 및 이월공제 규정은 정책적 목적에 의한 특혜로서 이러한 제도는 사회환경이나 경제여건의 변화에 따라 탄력적으로 운용되는 성격이 더욱 강하다. 원고는 이 사건 연구비 등에 대하여 2014~2017 사업연도 법인세에서 세액공제 혜택을 받았고, 약 4년에 걸쳐서 개정 지방세법에 따라 산출된 2014~2017 사업연도 법인지방소득세를 이미 신고·납부하였다. 개정 지방세법의 취지는 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과·징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환하여 재원을 확보하고 지방자치발전에 기여하려는 것이다. 그에 반해 납세의무자가 받는 불이익은 기대했던 세액공제액이 11분의 1 만큼 줄어드는 정도에 불과하다.
이러한 사정들을 종합하여 볼 때, 위와 같은 기대는 법적으로 보호할 필요성이 있는 신뢰에 해당한다고 보기 어렵다.」