양도소득세부과처분취소 (세무, 울산지방법원)
공포일: 2006.11.22 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 국제 담당변호사 박권병 외 1인) 
【피 고】 동울산세무서장
【변론종결】2006. 9. 20.
【주 문】
1. 피고가 2003. 12. 6. 원고에 대하여 한 2001년도 양도소득세 257,163,920원의 부과처분 중 197,991,889원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 5분하여 그 1은 피고의, 나머지는 원고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】피고가 2003. 12. 6. 원고에 대하여 한 2001년도 양도소득세 257,163,920원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 다음의 각 사실은 갑 1 내지 5호증, 갑 6호증의 1, 2, 갑 8호증, 을 1 내지 4호증, 을 8 내지 10호증의 각 기재, 증인 소외 2의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
 가. 원고는 2001. 1. 5. 주식회사 언양디즈니월드(이하 ‘언양디즈니월드’라 한다)로부터 등억온천단지 내에 위치한 울산 울주군 상북면 (지번 1 생략) 대 2,043.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하면서, 그 매매대금은 그 지상에 건물을 신축하여 이를 담보로 은행으로부터 대출받아 지급하기로 약정하였다.
 나. 원고는 2001. 6. 11. 목성종합건설 주식회사(이하 ‘목성건설’이라 한다)와 사이에 이 사건 토지상에 지하 1층, 지하 5층 규모의 숙박시설(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하는 내용의 도급계약을 체결하면서, 공사기간은 2001. 7. 10.부터 2001. 10. 30.까지, 공사금액은 983,800,000원(부가세 별도, 부가세를 포함하면 1,082,180,000원)으로 약정하였고, 같은 날 건물 신축공사에 착공하였다.
 다. 원고는 위 공사가 진행 중이던 2001. 10.경 소외인과 사이에 이 사건 건물을 소외인에게 1,491,000,000원에 매도하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2001. 11. 5. 소외인 명의로 건축주 명의변경을 하여 주었다.
 라. 한편, 이 사건 토지는 2001. 11. 5. 원고 명의의 등기를 거치지 아니하고 곧바로 소외인 명의의 소유권이전등기가 경료되었으며, 이 사건 건물은 2001. 11. 16. 사용승인을 받은 다음 2001. 11. 21. 곧바로 소외인 명의의 소유권보존등기가 경료되었다.
 마. 피고는 2003. 12. 6. 원고에 대하여 이 사건 건물의 양도 등에 관하여 2001년도 양도소득세 257,163,920원을 부과고지하였는데(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 그 사유 중 이 사건 건물에 관한 부분은 아래와 같다.
 (1) 이 사건 건물은 건축법상 건물에 해당하므로 유상으로 한 건축주 명의변경은 건물만 신축하여 양도한 경우와 마찬가지로 양도소득세 과세대상에 해당한다.
 (2) 원고는 이 사건 건물을 취득한 후 1년 이내에 양도하였으므로, 양도 당시의 기준시가 대신 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1항 단서 제4호에 따라 실지거래가격에 의하여 산정한 양도소득세를 납부하여야 한다.
 바. 한편, 이 사건 처분에 있어 세액산정의 근거는 다음과 같고, 구체적인 계산내역은 별지 (1) 세액계산표 중 "결정 세액"란 기재와 같다.
 (1) 이 사건 건물의 실지 양도가액은 원고와 소외인의 진술을 통하여 확인된 매매대금 1,574,000,000원에서 양도소득세 과세대상이 아닌 전자제품 등 가격 55,326,080원( ‘상속세 및 증여세법 시행령’ 제52조 소정의 기타 유형재산 평가방법을 준용하여 2개 감정평가기관의 평가액을 평균한 가격)을 공제한 1,518,673,920원(1,574,000,000원 - 55,326,080원)으로 보았다.
 (2) 이 사건 건물의 실지 취득가액은 목성건설에 대한 도급금액 1,082,180,000원(부가세 포함 금액)에서 양도소득세 과세대상이 아닌 집기비품 가격 33,605,500원( ‘상속세 및 증여세법 시행령’ 제52조 소정의 기타 유형재산의 평가방법을 준용하여 2개 감정평가기관의 평가액을 평균한 가격)을 공제한 1,048,574,500원(1,082,180,000원 - 33,605,500원)으로 보았다.
 (3) 최종 고지세액 257,163,920원은, 위 양도가액과 취득가액의 차액인 양도차익 470,099,420원(1,518,673,920원 - 1,048,574,500원)을 기초로, 소득금액조정과 소득공제를 거친 508,055,241원을 과세표준으로 산출한 세액 195,652,114원에, 세액공제, 신고불성실 및 납부불성실(549일분) 가산세, 기납부세액 차감을 반영하여 계산한 금액이다.
 2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 이 사건 처분은 아래와 같이 양도차익을 잘못 산정한 것이어서 위법하다.
 (1) 양도가액 부분
 언양디즈니월드의 회계장부에는 소외인으로부터 토지대금으로 309,000,000원을 지급받은 내용이 기재되어 있으므로, 이 사건 건물의 실지 양도가액은 총 매매대금 1,800,000,000원에서 위 토지대금 309,000,000원과 전자제품 등 비품가격 55,326,080원을 공제한 1,435,673,920원으로 보아야 한다(원고는 그 주장에 따라 계산한 양도가액이 1,437,673,920원이라고 하나 이는 계산착오로 보인다).
 (2) 필요경비 부분
 이 사건 토지는 원래 구릉지로서 건물 신축을 위하여는 반드시 대지평탄작업이 선행되어야 했는데, 원고는 이 사건 건물의 신축을 위하여 직접 부지조성공사를 시행하였고, 목성건설과의 공사도급계약에 포함되어 있지 아니한 ① 전기·가스·수도, ② 지하수개발, ③ 간판, 네온, 주차장천막 등의 추가공사도 별도의 도급계약을 통하여 시행하였으며, 이는 목성건설이 실제 지출한 공사비 내역에 부지조성공사에 해당하는 경비의 지출이 포함되어 있지 아니한 점에서도 명백하므로, 이 사건 건물의 실지 취득가액은 위와 같은 부지조성공사 등 공사비로 투입된 금액 중 법원에서 실시한 감정을 통하여 밝혀진 필요경비 209,794,000원을 포함한 1,258,368,500원으로 보아야 한다. 그렇지 않더라도, 부동산매매업자나 건설업자가 아닌 원고로서는 실지거래가격을 장부에 기록·관리할 의무가 없고, 실지거래가격을 근거로 양도소득세를 부과한 이상 실지거래가격을 조사할 의무 및 필요경비에 관한 입증책임은 과세관청인 피고가 부담하는 것이므로, 피고로서는 증빙자료가 부족하다면 추계조사를 통하여서라도 부지조성공사비와 추가공사비를 필요경비에 반영하였어야 한다.
 나. 피고의 주장
 이 사건 처분은 아래와 같이 양도차익 산정에 잘못이 없으므로 적법하다.
 (1) 양도가액 부분
 원고와 소외인에 대한 문답서에 따른 실지거래금액이 1,570,000,000원으로 일치하고, 소외인이 언양디즈니랜드에 지급한 것으로 기재된 언양디즈니랜드의 장부상 금액의 대부분은 이 사건 건물의 양도시기인 건축주 명의변경일 이후에 지급된 것으로 이 사건 건물의 양도대금과 무관한 것이므로, 양도가액은 1,570,000,0000원으로 보아야 한다.
 (2) 필요경비 부분
 납세의무자에게 유리한 필요경비의 존재 및 액수에 관하여는 원고가 입증하여야 할 것인데, 원고가 부지조성공사비 등에 대한 구체적인 증빙자료를 제시하지 아니한 이상 필요경비는 부존재하는 것으로 추정되어야 하고, 원고가 사후에 소급하여 한 시가감정가액이 비록 건물의 시가와 비슷하다 할지라도 그것이 실지거래가격을 의미하는 것은 아니며, 이 사건 건물의 실지거래가격이 확인되는 이상 부수공사에 불과한 부지조성공사비 등이 반영되지 아니하였다는 이유로 양도소득세를 추계조사결정할 수는 없다. 그리고 법원에서 실시한 감정을 통하여 인정된 공사금액 중 부지조성공사 부분은, 기업회계기준이 건물기초작업을 위한 굴착 이전 단계에 발생한 모든 원가를 토지원가로 간주하는 점에 비추어, 토지에 대한 자본적 지출에 해당하여 토지원가에 가산할 수 있을 뿐, 이 사건 건물에 대한 자본적 지출로 필요경비에 가산할 수는 없고, 지하수개발공사 부분은 인접한 5개 토지와 공동사용된 것으로 이 사건 건물에 해당하는 부분만 반영되어야 하며, 간판 등 설치공사 부분은 이 사건 건물의 공사가 90% 정도 진행되었을 때 매매계약이 체결된 점에 비추어 원고가 전액을 부담한 것으로 보기 어렵고, 부가가치세 부분까지 취득가액에 포함할 수는 없을 뿐 아니라, 추계결정에 있어 감정가액은 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있다고 인정되는 감정가액이 있는 경우 그 감정가액의 평균액을 의미하는 것이므로, 감정인 소외 4의 감정을 통하여 밝혀진 위 각 공사비를 이 사건 건물의 취득가액에 산입할 수는 없다.
 다. 관련 법령
 별지 (2) 기재와 같다.
 라. 판 단
 (1) 양도가액 부분
 갑3호증, 을2호증, 을3호증의 각 기재에 의하면, 원고는 세무조사 과정에서 피고 소속 공무원의 질문에 대하여 이 사건 건물의 양도대금은 1,570,000,000원으로 계좌 입금 및 현금으로 지급받았다고 진술하였고, 소외인은 이 사건 토지 및 건물의 취득대금이 총 1,800,000,000원 정도인데 토지대금 230,000,000원은 언양디즈니월드에 직접 지급하였고, 원고에게는 건물 및 부대시설 대금 1,570,000,000원을 입금하였다고 진술한 사실이 인정되므로(토지대금이 309,000,000원이라는 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑10호증의 1 내지 3의 각 기재는 이 사건 건물의 거래 당사자인 원고와 소외인의 진술이 위와 같이 일치하는 점에 비추어 믿지 아니한다), 이 사건 건물의 양도가액은 1,570,000,000원으로 봄이 상당하다. 다만, 피고는 세무조사 과정에서 원고와 소외인의 진술을 통하여 이 사건 건물의 매매대금이 1,570,000,000원임을 확인하였으면서도 아무런 근거 없이 이를 1,574,000,000원으로 계산한 세액을 부과하였으므로, 이 사건 처분의 양도가액 산정은 위 부분에 한하여 위법하다.
 (2) 필요경비 중 부지조성공사비 부분
 (가) 갑7호증의 1, 3, 갑8호증의 각 기재 및 영상, 증인 소외 2, 소외 3의 각 증언, 이 법원의 감정인 소외 4에 대한 감정촉탁 결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음의 각 사실을 인정할 수 있다. 즉, 이 사건 토지는 원래 북쪽 도로로부터 산 방향으로 구릉을 형성하고 있어 그 지상에 건물을 신축하기 위해서는 먼저 대지를 평탄하게 하는 부지조성공사가 선행되어야만 하는 상황이었다. 이에 원고는 본인의 부담으로 포크레인과 덤프트럭 등 공사장비를 동원하여 직접 절토, 성토, 축대 축조 등 부지조성공사를 시행하였고, 목성건설은 부지조성공사가 완료된 상태에서 원고와 도급계약을 체결하였다. 한편, 원고와 목성건설이 체결한 공사도급계약서는 제4조에서 ① 전기·가스·수도 인입공사, ② 지하수·온천개발공사, ③ 광고물 제작 및 설치공사 등을 계약에서 제외되는 공사로 명시하고 있다.
 (나) 양도소득세의 과세표준 산정을 위한 관련 법령에 의하면, 양도자산의 필요경비에 산입되는 자본적 지출은 당해 자산의 이용가치를 현실적으로 증가시키는 것으로서 자산의 용도변경·개량 또는 이용의 편의를 위하여 지출한 비용을 지칭하는 것이다. 건축물 시공을 위한 전단계로서 지하실 축조 또는 건물의 지반공사를 위하여 건물의 부지로서 이미 조성이 완료된 토지의 굴착작업을 시행하는 것(이 경우에는 신축된 건물의 취득가액에 포함된다)과는 달리, 이에 앞서 건물의 신축이 예정된 토지를 절개하여 성토, 복토 등의 방법으로 평탄작업을 하는 등 그 형질을 변경하여 부지를 조성하는 것은 당해 토지의 이용가치를 현저히 증가시키는 것으로서 이를 위하여 지출한 비용은 그 토지의 자본적 지출액에 해당하는 것이지, 이후 그 토지상에 신축된 건물의 취득가액이나 그 건물을 위한 설비비와 개량비에 해당하는 것이라고 할 수는 없다. 위 인정의 공사 중 이 사건 건물의 신축을 위하여 원고가 그 주장과 같이 위와 같이 종전 토지에 대한 형질을 변경하는 부지조성공사를 시행하고 이를 위한 비용을 지출하였다고 하더라도 이는 그 토지의 가치 증가와 이용편의의 제고를 위한 자본적 지출액으로서 토지의 원가에 산입되는 것이고, 그 지상에 신축된 이 사건 건물의 자본적 지출액으로서 그 취득가액에 산입되는 것은 아니다. 이 사건 양도소득세의 필요경비에 이를 산입하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.
 (3) 필요경비 중 기타 공사비용 부분
 (가) 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로, 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이지만, 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서는 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반하므로, 필요경비의 존재가 분명한 경우 실지조사 또는 추계조사의 방법으로 산정이 가능한 범위 내에서는 과세관청이 과세처분취소소송의 사실심 변론종결시까지 그 금액을 입증하여야 하고, 다만 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에만 납세의무자에게 그 입증의 필요가 돌아가는 것이다( 대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결, 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결 등 참조).
 (나) 앞서 본 바와 같이 원고와 목성건설은 이 사건 건물에 관하여 전기·가스·수도 인입공사, 지하수·온천개발공사, 광고물 제작 및 설치공사 등을 계약에서 제외하였고, 증인 소외 3의 증언, 이 법원의 감정인 소외 4에 대한 감정촉탁결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 건물 신축과 관련하여 지하수 개발, 가스 연결, 간판 등의 설치, 전기 인입, 옥돌 바닥 설치 등의 공사가 완료된 사실이 인정되는바, 이 사건 건물이 온천단지 내에 위치한 숙박시설인 점을 감안하면, 위 각 공사와 관련하여 지출된 비용은 이 사건 건물의 객관적 가치 증가를 위하여 지출된 비용, 즉 구 소득세법(2001. 12. 31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제2호에서 정한 자본적 지출액에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이는 이 사건 건물에 관한 양도소득세를 계산함에 있어 필요경비로 산입되어야 할 것이다. 이를 비용으로 산입하지 아니한 채 세액을 계산한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 할 수밖에 없다.
 (다) 이에 이 사건 양도소득세 산정에 반영하여야 할 필요경비의 가액을 구체적으로 살펴 본다. ① 먼저 지하수 개발공사 부분을 본다. 증인 소외 3의 증언, 이 법원의 감정인 소외 4에 대한 감정촉탁 결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 지하수 개발공사 비용으로 53,039,324원이 소요되는 사실, 원고는 이 사건 건물의 신축과 관련하여 자신의 비용을 투입하여 이 사건 토지와 인접한 울산 울주군 상북면 (지번 2 생략)에서 온천공을 굴착하는 공사를 하였는데, 위 공사는 등억온천개발조합이 2000. 12. 26. 울산광역시 울주군수로부터 받은 지하수 개발허가에 근거한 것으로, 위 토지는 위 개발허가 당시 원고의 소유였다가 원고가 이 사건 토지를 매수한 후인 2001. 3. 3. 소외 5에게 그 소유권이 이전되었고, 원고는 위 개발허가 당시 등억온천개발조합에 대하여 토지사용승낙서를 작성하였으며, 위 온천공에서 취수된 지하수 중 이 사건 건물에서 사용하고 남는 부분은 인근 숙박시설에 공급된 사실이 각 인정되고, 원고가 위 등억온천개발조합의 이사인 사실은 이 법원에 현저하므로, 위 사실관계와 정황을 종합하면, 위 지하수 개발공사 비용은 모두 원고가 부담한 것으로 봄이 상당하다. 다만, 이 법원의 감정인 소외 4에 대한 감정촉탁결과에 의하면, 소외인이 이 사건 건물을 인수할 당시 위 지하수 개발공사와 관련하여 물탱크, 모터 설치 등의 공사비용으로 5,000,000원을 부담한 사실이 인정되므로, 이와 관련하여 원고에 대한 양도소득세 산정에 반영하여야 할 필요경비는 48,039,324원(53,039,324원 - 5,000,000원)이 된다. ② 다음으로 주차장 천막 설치공사 부분을 본다. 이 법원의 감정인 소외 4에 대한 감정촉탁결과에 의하면, 주차장 천막부분은 소외인이 이 사건 건물을 매수한 후 직접 공사한 사실이 인정되므로, 이 부분까지 필요경비에 산입하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다. ③ 이어 가스연결공사, 간판 등 설치공사, 전기인입공사, 옥돌 바닥 설치공사 부분을 본다. 증인 소외 3의 증언, 이 법원의 감정인 소외 4에 대한 감정촉탁결과에 의하면, 원고는 자신의 비용으로 위 각 공사를 시행하였고, 그 공사에 투입한 비용은 아래 표 중 "감정가액"란 기재와 같은 사실이 인정되는바, 이 부분은 필요경비에 산입되어야 한다. ④ 앞서 본 바와 같이 이 사건 
건물에 대한 자본적 지출액으로서 필요경비에 반영하여야 할 금액을 합산하면 아래 표와 같다.
공사 내용원고 주장감정가액 필요경비 지하수 개발공사83,240,000원 53,039,324원 48,039,324원 가스연결공사4,000,000원 912,633원 912,633원 간판 등 설치공사52,000,000원 34,051,713원 34,051,713원 전기인입공사4,000,000원 1,162,755원 1,162,755원 옥돌 바닥 설치공사20,000,000원 19,458,233원 19,458,233원 합계 ？ 108,624,658원103,624,658원
 (4) 따라서 이 사건 건물에 관한 양도소득세는 그 양도가액을 1,514,673,920원(매매대금 1,570,000,000원 - 비품감정가액 55,326,080원)으로 수정하고, 앞서 본 추가공사비용 103,624,658원을 필요경비에 반영함으로써, 별지 (1) 세액계산표 "정당한 세액"란 기재와 같이 계산하여야 할 것이고, 그에 따라 산출한 정당한 양도소득세액은 같은 표의 "차감고지세액"란 기재와 같은 197,991,889원이므로, 이 사건 처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하다.
 3. 결 론
 그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 고종주(재판장) 김문성 강재원

양도소득세의 과세표준 산정을 위한 관련 법령에 의하면, 양도자산의 필요경비에 산입되는 자본적 지출은 당해 자산의 이용가치를 현실적으로 증가시키는 것으로서 자산의 용도변경·개량 또는 이용의 편의를 위하여 지출한 비용을 지칭하는 것인바, 건물의 신축이 예정된 토지를 절개하여 성토, 복토 등의 방법으로 평탄작업을 하는 등 그 형질을 변경하여 부지를 조성하는 것은 당해 토지의 이용가치를 현저히 증가시키는 것으로서 이를 위하여 지출한 비용은 그 토지의 자본적 지출액에 해당하는 것이지, 부지 조성 후 그 토지상에 신축된 건물의 취득가액이나 그 건물을 위한 설비비와 개량비에 해당하는 것이 아니다.