시정조치등취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2007.11.14 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 공정거래위원회 (소송대리인 변호사 박노창)
【변론종결】2007. 9. 19.
【주 문】
1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

【청구취지】피고가 원고들에 대하여 2006. 12. 11. 의결 제2006-279호로 한 별지1 기재 시정조치 및 과징금납부명령을 모두 취소한다. 
【이 유】1. 기초사실 및 처분의 경위
 가. 원고들의 지위 
 원고들은 화물자동차 운송업을 영위하는 사업자로서독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조 제1호의 규정에 의한 사업자이다.
 나. 원고들 일반현황
 원고들과소외 1 주식회사,소외 2 주식회사는 선사의 컨테이너를 보관·관리하기 위한 시설인 컨테이너 전용장치장(Container Yard, 이하 ‘CY’라 한다)을 보유하고 있는 사업자로서 선사의 컨테이너 물량을 유치하여 자기차량, 위수탁 차량 또는 협력운송회사에 운송을 위탁하고 이에 대한 운임을 받는 형태로 영업을 하고 있으며, 일반현황은 다음 〈표 1〉과 같다.
 〈표 1〉 원고들 및 소외회사들의 일반현황
 (2004년 기준, 단위 : 백만 원)
원고설립일자본금매출액당기순이익원고 1 주식회사1953. 12. 28. 5,136 86,078 595원고 2 주식회사1967. 12. 08. 3,500 114,309 6,024원고 3 주식회사1930. 11. 19. 55,294 1,119,32918,857원고 4 주식회사1965. 1. 14. 18,600 266,082 7,475원고 5 주식회사1969. 1. 24. 125,663 1,253,51457,069소외 1 주식회사1993. 6. 18. 1,83745,123 72원고 6 주식회사1965. 9. 13. 6,845 367,91216,058원고 7 주식회사1967. 9. 01. 70412,131 122원고 8 주식회사1974. 2. 02. 2,20014,339△898원고 9 주식회사1956. 6. 26. 3,00086,094 2,038원고 10주식회사1973. 7. 20. 2,000 126,634 3,793소외 2 주식회사1958. 3. 10. 59,873 661,75315,626
 다. 시장 구조 및 실태
 (1) 화물운송 시장의 현황
 화물운송 시장은 1999. 7. 화물자동차 운송사업이 면허제에서 등록제로 전환됨에 따라 컨테이너 운송차량이 급격히 증가하여 경쟁이 치열해지고 화물차 연료인 경유의 가격 인상 등으로 차주들의 운송수입이 감소하는 추세에 있다. 이러한 시장 상황하에 2003. 5. 운송차주들은 운송다단계 폐지, 유가보조금 지급, 하불료(운송회사가 차주에게 지불하는 운송의 대가 또는 운송주선업체가 운송회사에 지불하는 운송의 대가) 인상 등을 정부에 요구하며 2차례에 걸쳐 화물운송을 거부하였으며, 이 사건을 계기로 정부는 무분별한 화물차의 증가를 막기 위해 2004. 1. 운송사업을 허가제로 전환하는 등 양적 통제장치를 마련하였다.
 2004년 말 현재 전국의 운송회사는 약 8,000개에 달하며, 화물자동차(컨테이너차량을 포함한 전체 화물자동차) 등록대수 증가율 추이는 면허제 시행기인 1995년부터 1999년 기간 중 8.9%, 등록제 시행기인 2000년부터 2003년 기간 중에는 10.7%, 허가제가 시행된 2004년도에는 2.0% 증가하였다.
 한편, 컨테이너를 운반하는 차량은 트랙터와 카고로 구분되며, 트랙터는 컨테이너 운반 전문차량인데 비해 카고는 일반화물을 운반하기 위한 목적으로 제작된 차량으로 컨테이너차량으로도 이용되고 있는데, 트랙터 기준으로 원고들의 시장점유율은 다음 〈표 2〉와 같다.
 〈표 2〉 영업용 화물차 대수(2004년 5월말 현재)
구분전체원고들*원고들 시장점유율(%) **대수28,0005,21618.6
 * 자차(운송회사 소유의 트랙터), 위수탁, 용차(차량부족 등으로 다른 운송회사에 운송을 위탁하는 경우)를 모두 포함한 것이다.
 ** 전체 컨테이너물량 중 원고들이 운송하는 물량에 대한 정확한 통계가 나와 있지 않아 트랙터 대수로 시장점유율을 추정하며, 피고는 원고들이 제출한 자료를 기준으로 원고들이 물량기준으로 30%~40%의 시장점유율을 가지고 있다고 추정하였다.
 (2) 컨테이너육상운송 운임제도
 컨테이너육상운임은 1989년부터 신고요금제로 전환되었으며 신고는 원칙적으로 각 운송회사가 운임을 정하여 건설교통부(이하 ‘건교부’라 한다)에 신고하여야 하나, 실제로는 일부 대형 운송회사들이 물가인상 등을 감안한 운임표를 작성하여 전국화물자동차운송사업연합회 명의로 신고하고 있으며, 건교부는 신고한 운임을 검토하여 최종 승인을 하고 승인된 운임은 전국의 모든 컨테이너운송회사에 적용되며, 업계에서는 상한운임으로 적용하고 있다. 컨테이너육상운임체계는 전국을 150여개의 행정구역별로 나누어 컨테이너 물동량이 많은 5개 지역인 부산, 인천, 울산, 마산, 광양을 기점으로 요금이 책정되어 있다. 운임은 기본적으로 왕복운임적용을 원칙으로 하며(이는 운송회사가 운송 후 돌아올 때 빈차 운행에 대한 대가를 화주를 지불해야 한다는 이유에서이다.), 목적지 행정구역까지 20피트 크기의 컨테이너(이하 '20FT'라 한다)와 40피트 크기의 컨테이너(이하 '40FT'라 한다)로 구분하여 운임을 적용하고 있고 20FT의 요금은 40FT 요금의 약 90%를 적용하고 있다.
 (3) 운송관리비
 운송관리비는 CY보유 운송사가 자신이 보유한 CY에 보관되어 있는 컨테이너를 자가운송사가 출입하여 반출하는 경우에 자가운송사에게 청구하는 요금을 말하며, 업계에서는 운송관리비를 관리비, 상하차비, 상차료 등의 이름으로 불렀으나 최근에는 운송관리비로 용어를 통일하고 있다. CY보유 운송사는 운송관리비 징수 이유를 자가운송을 돕는 전담 직원의 인건비, 이디아이(EDI, Electronic Data Interchange, 전자문서교환기술로서 거래당사자간에 표준화된 전자문서를 사용하여 데이터 통신망으로 정보를 교환하는 시스템을 말한다) 전송료 등 자가운송에 수반되는 제반 관리비용을 보전하기 위한 것이라고 주장하고 있다. 
 운송관리비의 징수대상은 주로 중소형화주가 자가운송하는 경우에 집중되며, CY보유운송사의 협력운송회사가 자가운송 하는 경우, 대형 선사가 운송관리비를 징수하지 말도록 요청하는 경우에는 운송관리비를 징수하지 않고 있으며, 구체적 금액은 컨테이너 크기에 따라 차이가 있으나 20FT는 15,000원에서 38,000원, 40FT는 30,000원에서 55,000원 정도이며 자가운송비율은 평균 64% 정도에 이르고 있다. 
 다. 화물연대의 파업사태와 정부의 대책의 경과
 (1) 화물자동차의 증가로 인한 육상운송시장에서의 과당경쟁 등으로 소득이 감소하게 된 화물차주들은 2003. 2. 10. 전국운송하역노동조합 화물운송특수고용직연대(이하 ‘화물연대’라 한다)를 구성하고, 민주노총에 가입한 후 2003. 3. 31.과 4. 30. 과천 정부종합청사에서 대규모 집회를 개최하였다. 
 (2) 정부는 이러한 문제를 해결하기 위하여 화물연대와 수차에 걸쳐 협상을 진행하였으나 별다른 진척이 없었으며, 화물연대는 2003. 5. 2. 전면파업에 돌입하였다. 이에 정부는 사태를 수습하고자 하였으나, 부산의 경우 컨테이너 화물의 특성상 화물연대측과 협상할 수 있는 주요 화주나 운송회사가 존재하지 않아 협상 자체가 이루어지지 않았다.
 (3) 이에 정부는 2003. 5. 11. 컨테이너 부분과 관련하여 화주측과 운송회사측에 교섭참여를 요구하였고, 그 결과 원고들 및 소외회사들이 화물연대에 대한 협상주체로 나서게 되었으며, 2003. 5. 12. 정부 주도하에 화물연대와 운송업체, 대형화주 및 한국무역협회 간에 운송료 인상과 관련된 협의를 성실히 진행하기로 잠정적으로 합의하였다. 또한 대통령의 특별지시에 따라 청와대는 2003. 5. 12.부터 ‘청와대 특별대책반’을 가동하고, 정부는 같은 달 13. 국무총리 주관하에 각 관련부처가 사업자들을 규합하여 각종 비상수송대책본부를 구성하였으며, 같은 달 14.에는 건교부가 주축이 되어 화물운송 지원본부를 구성하였다.
 (4) 그리하여 2003. 5. 15.에는 정부와 화물연대 대표들 사이의 협상이 이루어졌고, 정부가 화물연대의 11개 주요 요구안을 수용한 “노·정 합의문”을 발표하였으며, 화물연대의 5월 총파업사태가 파업 14일 만에 종료하게 되었다. 2003. 5. 15.자 노·정 합의문 제11항에 의하면, “정부는 화물운송 노동자 단체와 운수업 사업자단체간에 중앙교섭이 원만히 이루어 질 수 있도록 적극 지원하고, 화주업체의 협조가 필요한 부분이 있는 경우에는 적극 참여하도록 지원한다”고 되어 있다.
 (5) 위 “노·정 합의문” 발표 후, 정부(건교부, 노동부, 재경부, 산자부, 공정위)와 화물연대는 2003. 5. 23. “5·15 노·정 합의사항”의 이행점검을 위한 실무정책협의회를 개최하였고, 건교부는 2003. 6. 7. 물류제도개선을 위한 정부부처 등의 의견을 광범위하게 수렴하고자 하였으며, 2003. 6. 14.에는 정부(건교부, 재경부, 산자부, 법무부, 노동부, 공정위)와 화물연대의 정례협의기구인 화물운송제도개선협의회가 구성되었다. 
 한편 운송료 인상협상은 실질적인 비용부담 주체인 화주의 협력이 필수적이라고 생각한 정부와 화물연대측의 지속적인 요구로 인해 한국무역협회, 한국선주협회 등 4개 관련단체는 2003. 7. 4. “화주 등 관련단체들도 화물연대와 운송업체간의 운임협상을 적극 지원하기로 약속한다”는 입장을 발표하였고, 2003. 7. 30. 정부(건교부)의 주도로 화주대표(11인), 운송사대표(12인), 경제단체대표(2인)간의 간담회가 개최되었다.
 (6) 원고들 및 화주들이 화물연대의 하불료 인상요구를 받아들이지 않아 협상이 잘 이루어지지 아니하였고, 이에 2003. 8. 1. 화물연대는 같은 달 19.까지 실질적인 운임인상안이 마련되지 않을 경우 2003. 8. 20.부터 총파업을 강행할 것임을 예고하였다. 그러자 정부는 2003. 8. 4. 관계부처(법무부, 산자부, 노동부, 해수부, 경찰청) 차관회의를 통해 화물연대와 원고들간의 운송료 협상을 적극 지원하겠다는 입장을 정리하였고, 정부는 국무총리 주재로 8. 6. 열린 국정현안 정책조정회의와 8. 14.열린 화물운송 제도개선 워크샵에서도 같은 입장을 표명하였다. 
 (7) 그러나 화물연대는 2003. 8. 21. 다시 2차 파업에 돌입하였고, 건교부는 다음 날인 8. 22. 원고들 및 소외회사 임원들을 참석자로 하여 ‘화물연대 관련 컨테이너 운송사 임원 대책회의’를 개최하였으며, 회의 후 원고들 및 소외회사들 12개 컨테이너 운송업체 대표 일동은 “화물연대가 파업을 철회하면 운송업체도 운송료를 13% 인상해 주겠다”는 내용이 담긴 ‘화물연대 운송거부에 대한 우리의 입장’을 건교부 기자회견장에서 발표하였다(원고들은 건교부 직원이 위 발표문 및 관련 보도자료를 일방적으로 작성한 후, 원고들 임원들로 하여금 발표하게 한 것이라고 주장한다).
 (8) 정부는 2003. 8. 23. 국무총리 주재로 열린 국정현안정책조정회의에서 전향적인 협상이 이루어질 수 있도록 화주와 운송회사에 대해 정부가 적극적으로 주선하겠다는 입장을 밝혔고, 관계 장관(재경·법무·행자·산자·노동·건교부 장관 등, 국무조정실장, 청와대 비서실장, 정책수석, 민정수석 등)에게 사태의 조기해결을 위해 노력할 것을 지시하였다.
 (9) 이에 따라 건교부는 2003. 8. 25. ‘화물연대 관련 컨테이너 운송사 임원 대책회의’를 개최하여 2003. 8. 22.자 발표문에서 포함된 후속 조치(하불료 13% 인상)에 대한 이행상황을 제출하도록 하는 등 하불료 인상의 이행을 촉구하였다.
 (10) 한편 화물연대는 2003. 9. 6. 정부의 ‘선복귀 후협상’ 원칙에 따라 업무에 복귀한 후 협상을 계속하기로 결정하였고, 그 결과 화물연대의 8월 총파업사태도 16일 만에 종료하고, 화물연대와의 협상도 다시 재개되었다. 
 (11) 그러나 2003. 9. 10. 화물연대소속 화물운전자가 생계를 비관하며 분신자살하는 일이 발생하였고, 이에 2003. 9. 16. 건교부장관 주재로 관계기관 긴급회의가 개최되어 화물차주의 생계안정 지원대책이 발표되었으나, 화물연대는 2003. 9. 22.자로 ‘5·15 노정 합의사항’의 성실 이행을 촉구하며 2003. 10. 15.까지 주요 문제가 해결되지 않으면 3차 파업을 강행할 것을 예고하였다. 
 (12) 그러자 건교부는 2003. 12. 2. 대형 컨테이너 사장단 회의를 개최하여 운송료 인상지급현황에 관한 자료를 제출하도록 하였고, 이는 원고들 및 소외회사들에 대하여 화물연대소속 개인 차주들에 대한 하불료를 인상하라는 요구로 작용하였다.
 (13) 그러던 중 정부의 주도로 2003. 12. 15. 관련 부처(건교부, 산자부, 공정위), 화주협회, 원고들이 참석한 가운데 ‘컨테이너 운임관련 대책회의’가 개최되었는데 그 회의자료에 의하면, 문제점으로 ‘화물차주들에 대한 컨테이너 운송료 인상지급이 지연될 경우 정부, 화주 및 운송업체와 차주 상호간의 신뢰성에 악영향을 미치게 되고, 최악의 경우 제3의 물류대란의 빌미를 제공할 수 있어 관련업계의 적극적인 협조가 요구된다’는 것을 들고 있고, 협조사항으로 ① 컨테이너 운송업계에 대하여는 ‘13% 인상지급은 화물차주들에 대한 약속이며 대외적으로 발표한 사항이므로 조속히 이행하고, 향후에도 차주에게 적정운임을 지급하고 다단계 운송거래 등이 발생하지 않도록 협력업체 관리 강화’할 것을, ② 공정거래위원회에 대하여는 ‘운송업계에서는 CY 시설이용료를 운송관리비 명목으로 부과하고자 하는바, 이와 관련하여 공정거래법 위반여부에 대한 검토 요망’을 각 들고 있으며, 행정사항으로 컨테이너 운송업계는 차주들에 대한 운송료 인상지급 현황 및 향후 계획을 2003. 12. 20.까지 건교부에 제출하고, 공정거래위원회는 운송관리비 부과관련 검토의견을 2003. 12.말까지 업계에 답변하고 그 내용을 건교부에도 통보요망할 것을 들고 있다.
 (14) 이후 정부는 2004. 3. 10. 화물운송료의 지급현황 파악 및 적정 운송료 형성 유도를 도모하기 위해, 관련부처(건교부, 산자부, 노동부)와 화주·운송업체·차주단체 등이 참여하는 화물운송료지원협의회를 구성하였는데, 건교부가 작성한 ‘화물운송 제도개선 추진상황 및 「화물운송료 지원협의회」 구성·운영’이라는 문건에 의하면 협조사항으로서 운송업체 및 운송관련 단체에 대하여 ‘운송업계가 지난 8. 22.에 발표한 컨테이너 평균 13% 인상지급계획은 차주들에 대한 약속이므로 조속히 이행’이라는 내용이 포함되어 있다.. 
 라. 원고들의 행위사실
 (1) 컨테이너육상운임의 적용율을 합의한 행위
원고 9 주식회사의소외 3 등 원고들 및 소외회사들의 임직원 12명은 화물연대측과 하불료 인상에 관한 협상을 하던 도중인 2003. 6. 19. ① 운송비를 건교부에 신고한 컨테이너 운송요율의 100%를 수수하고, ② 자가운송분에 대하여 운송관리비를 징수할 수 있도록 제도를 확립하며, ③ 원고들 및 소외회사들 외 일정규모 이상의 운송업체들에 대한 참여장치를 강구한다는 것을 내용으로 하는 ‘공정거래이행협약서’를 작성하고, 협약당사자로서 서명하였고, 화물연대 위수탁지부장인소외 4가 위 ‘공정거래이행협약서’에 입회인으로 서명하였다.
 이후, 원고들 및 소외회사들의 임원 및 실무자들은 위 공정거래이행협약서의 내용을 구체적으로 추진하기 위하여 아래 〈표 3〉에서 보는 바와 같이 2003. 7. 18.부터원고 9 주식회사의 서울사무소 회의실 및원고 6 주식회사의 부산 감만터미널 회의실 등에서 임원회의, 실무자회의, 부산지역 운송부장회의 등 수차례 모임을 가졌으며, 결국 2003. 11월 말경 건교부에 의해 확정된 새로운 운임표(2003. 11. 24.)를 기준으로 실제 운임적용율을 왕복구간에서는 건교부에 신고한 운송비의 75%, 편도구간에서는 80% 이상 적용하기로 합의하였다.
〈표 3〉 컨테이너육상운임 적용율 합의를 위한 회합 내용
회의일시회의장소회의 내용참석자2003. 7. 18.소외 2 주식회사운송료 덤핑금지대형화주 : 공동대처불명중·소형화주 : ’98년 요율의 100% 적용낮은 운임으로 현행 계약 선사 및 화주 유치행위 금지2003. 7. 29.화련대형화주 : ’98년 요율의 90% 이상불명중·소형화주 : ’98년 요율의 100% 적용합의서 위반에 대한 제재조치2003. 9. 04.원고 9 주식회사운송료 제값 받기전사 참석각 협회 및 선사에 12개 업체 명의의 사과문 작성 및 요율인상 공문 발송10.1.부터 화주분 재요율 청구 및 수수2003. 9. 17.원고 9 주식회사대형, 중·소형 구분 없이 1998년 요율의 90% 이상 적용(중·소형 화주의 불만이 확대될 우려가 있다는 이유)불명2003. 9. 22.원고 9 주식회사대·소형화주 구분 없이 최저요율제(1998년 요율기준 최저 90% 이상 적용)시행전사 참석2003. 10. 08.원고 3 주식회사초량2003. 11.1.부터 가급적 요율표 대로 요율 적용 삼성전자 원가분석자료 제시건에 업계 공동대응전사 참석 운송업체별 경쟁자체 요청2003 .10. 14.원고 9 주식회사운임표 적용방침(안) 11/1 적용전사 참석 ’98년 운임표 적용시 최저 95% 적용 ’2003년 신 운임표 적용시 90% 적용2003. 10. 20.원고 9 주식회사운송관리비 징수 공고문 부착불명운송료 현실화 공문 발송 재확인(11/1부 시행에 차질 없도록)2003. 10. 21.원고 6 주식회사 감만대형화주 : ’98년 요율의 95%중·소형화주 : ’98년 요율의 100% 적용선사 : 최소 13% 인상 요구전사 참석2003. 11월말？2003년도 요율 기준으로 왕복 75%, 편도 80% 이상 적용
 (2) 운송관리비 징수를 위한 원고들의 합의
 원고들은 또한 위 2003. 6. 19.자 공정거래이행협약서 중 자가운송분에 대하여 운송관리비를 징수하기로 한 합의내용을 구체적으로 추진하기 위하여 아래 〈표 4〉에서 보는 바와 같이 2003. 7. 18.부터원고 9 주식회사 사무소 회의실 및원고 6 주식회사의 부산 감만터미널 회의실 등에서 수차례 모임을 갖고 결국 2003. 10.경 부곡지역은 20FT 35,000원, 40FT 50,000원, 인천지역은 20FT 20,000원 40FT 30,000원, 부산지역은 20FT 20,000원 40FT 30,000원을 징수하기로 합의하였다.
〈표 4〉 운송관리비 징수 합의를 위한 회합 내용
회의일시회의장소회의 내용참석자2003. 7. 18.소외 2 주식회사부곡, 인천지역을 동시 시행하자는 의견과 부곡지역 시행후 점진적으로 확대하자는 의견으로 양분불명금액은 추후 결정하기로 함2003. 7. 29.화련부곡, 인천지역은 동시 시행하고 부산지역은 일정기간 경과 후 적용불명20FT : 25,000원, 40FT : 45,000원2003. 8. 18.원고 6 주식회사 감만현재 각 CY운송분이 요율조정으로 자가운송으로 전환시 운송관리비를 일괄 징수할 수 있도록 협의전사 참석2003. 9. 04.원고 9 주식회사상·하차료 인상전사 참석2003. 9. 22.원고 9 주식회사운송관리비 금액부곡지역 : 20FT 35,000원, 40FT 50,000원 전사 참석 인천지역 : 20FT 20,000원, 40FT 30,000원2003. 10. 08.원고 3 주식회사초량부산지역도 부곡·인천지역과 같이 동시에 징수(11. 1.부터) 금액 : 20FT 20,000원, 40FT 30,000원전사 참석 실현가능한 요율로 징구후 점차 인상 적용2003. 10. 13.원고 6 주식회사 감만운송관리비 징수는 필수적이라는데 전사가 동의원고 1 주식회사 불참2003. 10. 14.원고 9 주식회사부산지역 운송관리비 징수전사 참석 (협의결과) 부산지역에서 ‘각 터미널 운영담당자/현대CY담당자/운송부장’회의를 갖도록 하고 그 결과에 따름2003. 10. 21.원고 6 주식회사 감만부산지역도 11.1부로 전면 시행키로 협의전사 참석 (20FT : 20,000원, 40FT : 30,000원)2003. 10. 24.원고 9 주식회사부산지역은 잠정 유보, 부곡과 인천은 100% 징구원고 4 주식회사, 원고 1 주식회사 불참인천지역의 경우 시내 및 근거리운송을 제외한 전구간과 부산하행은 운송관리비 징수(20FT : 20,000원, 40FT : 30,000원)2003. 10. 24.원고 6 주식회사 감만부산지역은 인천 및 부곡의 선시행을 지켜본 뒤 시행시기 결정(예정시행일자 : 2003. 12. 1. 또는 2004. 1. 1.)전사 참석단, 현재 징수하고 있는 업체는 현행대로 시행하고 인상된 청구요율로 인하여 자가운송을 요청할 경우 무조건 운송관리비 징수
 마. 피고의 처분
 (1) 시정조치 및 과징금납부명령
 피고는 원고들 및 소외회사들의 위 2003. 6. 19.자 합의가공정거래법 제19조 제1항 제1호 및제4호에서 규정하고 있는 부당한 공동행위에 해당한다는 이유로,공정거래법 제21조,제22조를 적용하여 2006. 12. 11. 의결 제2006-279호로 원고들에 대하여 별지1 기재와 같은 시정조치 및 과징금납부명령(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
 (2) 과징금의 산정기준
 이때, 피고는 다음과 같은 기준에 의하여 이 사건 처분에서의 원고 등에 대한 과징금을 산정하였다.
 (가) 과징금 부과 결정
 원고들의 컨테이너육상운임 적용율 합의가 앞에서 살펴 본 바와 같이 화물연대 파업 사태를 해결하기 위한 과정에서 이루어진 비자발적 성격을 가지고 있다는 점을 고려하여 과징금을 부과하지 않기로 한다. 다만, 운송관리비 징수 합의는 원고들이 화물연대 파업 이전에도 운송료 인상 및 운송관리비 징수를 지속적으로 논의한 사실 등을 고려하여 과징금을 부과하기로 한다. 
 (나) 과징금 산정기준의 적용
 이 사건의 경우 원고들간의 합의가 2003. 6. 19.로서 ‘과징금부과세부기준등에관한고시’(2004. 4. 1. 공정거래위원회 고시 제2004-7호, 이하 ‘2004년 과징금 고시’라 한다) 시행 전의 행위로서 2004년 과징금 고시 부칙 제2항에 의거하여 2002. 1. 2. 개정된 ‘과징금부과세부기준등에관한고시’(2002. 1. 2. 공정거래위원회 고시 제2002-1호, 이하 ‘2002년 과징금 고시’라 한다)를 적용하기로 한다.
 (다) 법 위반 기간
 운송관리비 징수 합의의 개시일은 원고들이 ‘공정거래이행협약서’를 작성하여 자가운송분에 대하여 운송관리비를 징수할 수 있도록 제도를 확립할 것을 합의한 2003. 6. 19.로 보며, 위반행위의 종료일은 원고들이 이 사건 처분 당시까지 운송관리비 징수와 관련한 합의의 파기, 운송관리비 징수의 중단 등 이 사건 공동행위를 종료하기 위한 적극적 조치를 취한 바 없으므로 2002년 과징금 고시 Ⅱ. 5. 다. 의 규정에 따라 시정명령이 위 원고들에게 통지된 날을 이 사건 법위반 행위의 종기로 하여야 하나, 공정거래위원회 회의운영 및 사건절차 등에 관한 규칙(공정거래위원회 고시 제2006-8호, 2006. 7. 19.) 제54조 의결서 작성기한 및 제56조의 의결내용 통지기한 등을 고려하여 과징금 산정을 위한 관련 매출액은 이 사건 부당한 공동행위에 대한 공정거래위원회 전원회의 합의일로부터 의결서 작성기한인 20일에 해당되는 2006. 10. 31.까지만 산출한다. 
 (라) 과징금액 산정의 기초
 이 건 과징금 산정의 기초는 원고들이 자가운송분에 대하여 운송관리비를 징수한 전체 금액으로 한다.
 (마) 과징금액 산정
 1) 적용부과율에 의한 과징금 산정
 원고들의 운송관리비 징수 합의는 원고들간의 가격경쟁을 원천적으로 배제하는 행위로서 원고들이 CY운영분야에서 차지하는 시장점유율이 86%에 달하고 있어 법 위반행위의 파급효과 및 경쟁제한성의 정도가 크므로 원고들 관련매출액의 100분의 3을 적용부과율로 한다.
 한편, 2002년 과징금 고시 Ⅲ. 5.는 기업의 규모·자금사정 등 현실적인 과징금 부담능력을 고려하여 과징금액의 일부를 감경할 수 있도록 규정하고 있는데, 원고들 및 소외회사들 중소외 1 주식회사,원고 3 주식회사는 법정관리 상태이며,원고 8 주식회사는 최근 2년 이상 당기순이익이 연속 적자인점을 고려하여 이들에 대해서는 관련매출액의 100분의 2.4를 적용부과율로 한다.
 원고들 및 소외회사별 과징금액은 아래 〈표 5〉와 같이 이 사건 법 위반기간 동안의 관련 매출액에 위 과징금 적용부과율을 곱한 금액으로 하며, 백만 원 미만은 절사한다.
 〈표 5〉 원고별 과징금 산정 내역
 (단위 : 백만 원)
회사명관련매출액부과기준율(%) 과징금부과한도(3년 평균매출액의 5%) 과징금부과액원고 1 주식회사873.04,250 2원고 2 주식회사7063.05,608 21원고 3 주식회사1,1472.456,467 27원고 4 주식회사1,0023.013,312 30원고 5 주식회사1,1833.014,441 35소외 1 주식회사2532.42,176 6원고 6 주식회사2,5173.018,043 75원고 7 주식회사4833.0593 14원고 8 주식회사443.0677 1원고 9 주식회사1,0072.44,126 24소외 6 주식회사6493.06,334 19소외 2 주식회사323.033,663 0합 계9,110？？254
 2) 부과과징금 
 위 2)에 의해 산정된 원고들 및 소외회사별 과징금은 이 사건 법위반행위로 인해 위 원고들과 소외회사들이 취득한 이익의 규모, 법 위반의 방지 또는 제재목적 달성 정도 등을 감안할 때 적정하다고 판단되므로 이를 부과과징금으로 한다.
2. 이 사건 처분의 적법여부에 관한 판단
 가. 원고들의 주장의 요지
 피고는 이 사건 처분이 위 처부사유 및 관계법령에 의하여 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고들은 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.
 (1) 공정거래법의 적용대상이 아니라는 주장
 공정거래법은 시장에서의 사업자들의 사업활동행위를 규제대상으로 하는바, 위 행위사실에 나타난 원고들의 행위는 사업자의 행위가 아니라 정부차원의 ‘화물연대 파업사태 해결 및 수습행위’의 한 구성부분에 불과하므로 공정거래법의 적용대상이 되지 않는다.
 (2) 법령에 따른 정당한 행위라는 주장
 원고들의 이 사건 행위는 화물연대파업이라는 국가적 비상사태를 해결하고 수습하기 위한 목적에서 주무부처인 건교부 등 정부의 요구와 통제에 따라 이루어진 행위로서, 건교부장관에게는화물자동차운수사업법 제12조 소정의 개선명령권과제27조 소정의 경영지도권이 있으므로, 건교부 등 다수의 정부부처가 관여한 정부의 행위는 정부활동에 관한 관련 법령에 따라 이루어진 정당한 활동으로 보아야만 하며, 따라서 정부의 요구와 압력에 따른 원고들의 행위 또한공정거래법 제58조에 해당되는 행위 또는 이에 준하는 행위로서 공정거래법의 적용대상에서 제외되어야 한다.
 (3) 부당한 공동행위의 구성요건이 결여되었다는 주장
 (가) 합의의 부존재 주장
 이 사건 공정거래이행협약서의 체결동기, 체결과정 및 그 내용 등을 고려할 때, 위 협약서는 컨테이너 화물운송사업자들을 대표하는 원고들을 일방 당사자로 하고 화물연대를 타방 당사자로 하여, 양 당사자간에 체결된 단체협약이라고 보아야 하며, 따라서 이것만으로는 원고들 상호간의 합의가 존재한다고 볼 수 없으므로 원고들의 합의는 존재하지 않는다.
 (나) 경쟁제한성의 부존재 주장
 원고들의 행위가공정거래법 제19조 제1항의 ‘합의’로 인정된다고 가정하더라도 원고들은 컨테이너 육상운송시장에서 시장점유율이 트랙터 보유대수 기준으로 18.6%에 불과하고, 물량기준으로는 30% 내지 40%에 불과하여 가격담합을 실행할 정도의 지위를 가지고 있지 않으므로 이러한 시장상황이나 원고들의 시장에서의 지위를 고려하면 경쟁제한성이 인정될 수 없기 때문에 부당한 공동행위는 성립될 수 없다.
 (다) 합의의 실행행위의 부존재 주장 
 원고들은 피고가 주장하는 합의 내용을 실제로 실행한 사실이 없다. 
 (4) 재량권의 일탈·남용 주장
 원고들의 행위가 부당한 공동행위에 해당한다고 하더라도, 원고들의 공정거래이행협약서의 체결 및 그 이행을 위한 일련의 후속조치들은 화물연대파업사태라는 국가적·국민경제적 위기를 해결하기 위하여 정부 및 화물연대의 요구와 압력, 그리고 화주의 협조 약속 하에서 불가피하게 행한 것으로서, 부당이득의 환수 차원에서 보거나 법위반행위에 대한 제재 차원에서 보거나, 이 사건 원고들의 행위에는 시정명령과 과징금 부과라는 강력한 제재조치를 가할 만한 실질과 비난가능성이 전혀 존재하지 아니하므로, 피고가 원고들에게 한 이 사건 시정조치 및 과징금납부명령은 합리적인 재량권을 일탈·남용한 것으로서 위법하다. 
 나. 관계 법령
 별지2 관계 법령 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 공정거래법의 적용대상인지 여부에 관한 판단
 살피건대, 앞에서 본 바와 같이 이 사건 원고들의 행위의 경위를 보면, 2003. 5.경 화물연대 파업사태가 발발하여 화물연대와 화주들 사이에 하불료 인상에 관한 협상이 필요하게 되었으나, 다수의 화주들이 협상 당사자로 나올 수 없게 되자 정부가 원고들로 하여금 화물연대의 상대방으로 협상에 임하게 하였던 사실, 원고들이 화물연대에 지급할 하불료를 인상하기 위하여는 화주들로부터 받는 운송료를 인상할 것이 어느 정도 필요하였던 사실은 인정되나, 이 사건에서 문제된 원고들의 행위는 2003. 6. 19.자 공정거래이행협약서와 같이 협약을 한 후 이를 구체화하기 위한 실무협의회를 통하여 컨테이너 운임 및 운송관리비에 관한 합의를 한 것인데, 위 공정거래이행협약서상 협약 당사자는 원고들 및 소외회사들이고, 화물연대는 입회인으로 되어 있을 뿐인 점, 또한 화물연대 파업사태 당시 화물연대가 요구사항은 원고들과 같은 운송회사들이 화물차주들에게 지급하는 하불료의 인상이었으며, 정부도 원고들에게 하불료의 인상과 관련한 문제해결을 요청한 것인데, 이 사건 원고들의 합의 내용은 하불료에 관한 사항이 아니라 원고들이 화주들로부터 받을 운송료 및 운송관리비에 관한 사항인 점, 특히 운송관리비에관한 사항은 자가운송사로부터 징수하는 요금으로서 화물연대의 파업사태 해결에 필요한 하불료와는 아무런 관계가 없는 사항인 점 등을 종합하여 보면, 원고들의 행위는 화주와 원고들의 화물연대에 대한 협력과 양보를 통하여 국가적 물류대란을 해결하려는 정부의 요구에 따라 여러 이해관계자들의 이해를 조정하는 차원에서 불가피하게 이루어진 것이 아니라, 오히려 화물연대 파업사태를 기화로 원고들 공동으로 그 이익을 추구하기 위하여 가격에 관한 합의를 한 것이라고 봄이 상당하다.
 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (2) 법령에 따른 정당한 행위 여부에 관한 판단
공정거래법 제58조에 의하면, ‘이 법의 규정은 사업자 또는 사업자단체가 다른 법률 또는 그 법률에 의한 명령에 따라 행하는 정당한 행위에 대하여는 이를 적용하지 아니한다’고 규정되어 있는데, 위 조항에서 말하는 법률은 당해 사업의 특수성으로 경쟁제한이 합리적이라고 인정되는 사업 또는 인가제 등에 의하여 사업자의 독점적 지위가 보장되는 반면 공공성의 관점에서 고도의 공적 규제가 필요한 사업 등에 있어서 자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정하고 있는 법률 또는 그 법률에 의한 명령의 범위 내에서 행하는 필요최소한의 행위를 말하는 것이라 할 것이다(대법원 1997. 5. 16. 선고 96누150 판결,대법원 2006. 11. 23. 선고 2004두8323 판결 등 참조).
 살피건대, 원고들이 이 사건 원고들의 행위에 대한 근거법령으로 들고 있는화물자동차운수사업법 제12조은 건교부장관이 안전운행의 확보, 운송질서의 확립 및 화주의 편의를 도모하기 위하여 필요한 경우에 운송사업자에게 운송약관의 변경, 화물자동차의 구조변경 및 운송시설의 개선, 화물의 안전운송을 위한 조치, 보험·공제에의 가입 등 개선명령을 할 수 있다는 규정이고,제27조는 건교부장관이 화물자동차운수사업의 경영개선 또는 운송서비스의 향상을 위하여 필요한 경우에 운송사업자의 경영에 관한 지도를 할 수 있는 경영지도를 할 수 있다는 규정으로서, 이들 규정들은 당해 사업의 특수성으로 경쟁제한이 합리적이라고 인정되는 사업 또는 인가제 등에 의하여 사업자의 독점적 지위가 보장되는 반면, 공공성의 관점에서 고도의 공적규제가 필요한 사업 등에 있어서 자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정하고 있는 법률이라고 볼 수 없는데다가, 앞서 본 바와 같이 이 사건 원고들의 합의는 정부의 하불료 인상 요청에 따라 화물연대와 하불료의 인상에 관한 합의를 한 것이 아니라, 이를 기화로 원고들이 화주들로부터 받는 운송료 및 자가운송업자로부터 받는 운송관리비에 관한 합의를 한 것인 점 등을 더하여 보면, 이 사건 합의는 어느 모로 보나공정거래법 제58조 소정의 법령에 따른 정당행위라고 할 수 없고, 따라서 공정거래법의 적용대상에서 제외된다고 할 수 없으므로 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.
 (3) 부당한 공동행위의 구성요건 해당여부에 관한 판단
 (가) 합의의 존재 여부 
 살피건대, 2003. 6. 19.자 공정거래이행협약서상 입회인으로 화물연대의 대리인소외 4가 서명한 사실은 앞에서 본 바와 같으나, 앞서의 인정사실에 나타난 다음과 같은 사정들, 즉 위 협약서상 합의 당사자들은 원고들 및 소외회사들로 되어 있고, 그 협약의 내용도 원고들과 화주 사이의 운송료 결정에 관한 사항 또는 원고들과 자가운송업자간의 운송관리비 결정에 관한 내용으로서 원고들과 화물연대 사이의 합의 내용이라고 볼 수는 없는 점(특히 화물연대 소속 자가운송업체에 소속된 지입차주들은 운송관리비의 징수에 반대하는 입장에 있다 할 것이므로 화물연대가 운송관리비를 징수하는데 합의할 이유가 없어 보인다), 원고들과 소외회사들은 화물연대의 참석 없이 위 협약서의 내용을 구체적으로 추진하기 위하여 2003. 7. 18.경부터 2003. 11.경까지 사이에 수차례 회의를 한 사실, 위 공정거래협약서가 작성된 뒤에도 원고들은 정부의 수차례에 걸친 하불료 인상에 관한 협조요청에도 불구하고 화물연대와 사이에 하불료 인상에 쉽게 합의에 이르지 못하였던 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 공정거래협약서는 원고와 화물연대 사이의 협상의 결과 체결된 것이 아니라 원고들 및 소외회사들 사이에 체결된 합의서라고 봄이 상당하고, 따라서 원고들과 소외회사들 사이에는 운송료 및 운송관리비의 결정에 관한 합의가 있었다고 할 것이므로 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (나) 경쟁제한성의 존재 여부
 살피건대, 화물운송시장에서 원고들의 시장점유율이 전체 화물차 수를 기준으로 18.6%, 물량기준으로 30% 내지 40% 정도인 사실은 앞에서 본 바와 같으나, 운송회사 수를 기준으로 전체 8,000여개의 운송회사 중 0.01%에 불과한 원고들 및 소외회사들이 운송물량 기준으로 30% 내지 40%의 시장점유율을 가지고 있고, 나머지 운송회사들은 상대적으로 소규모 회사들로서 원고들 및 소외회사들이 화물운송 시장에서 상당한 가격결정력을 가지고 있다고 보이는 점, 또한 CY 운영분야에 있어서 원고들 및 소외회사들이 80%가 넘는 시장점유율을 가지고 있어 운송관리비의 징수를 통하여 자가운송업체의 가격 경쟁에 영향을 미치거나 미칠 우려가 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고들의 합의는 경쟁제한성이 있다고 봄이 상당하므로, 원고들의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
 (다) 합의의 실행행위의 존재 여부
 살피건대,공정거래법 제19조 제1항 소정의 부당한 공동행위가 성립하기 위하여는 사업자들 사이의 합의가 존재함으로써 족하므로 그 합의 내용에 따른 실행행위가 존재하지 않는 경우에도 부당한 공동행위가 성립할 수 있는바, 원고들이 소외 회사들과 함께 2003. 6. 19.자 공정거래이행협약서를 체결하고, 이후 그 구체적인 추진에 관하여 수차례 회의를 하여 운송료에 관하여는 2003. 11.말 건교부에 의하여 확정된 2003년 운임표를 기준으로 왕복구간에서는 운송비의 75%, 편도구간에서는 80% 이상을 적용하고, 운송관리비에 관하여는 부산, 부곡, 인천 지역에서 2003. 11. 1.부터 운송관리비를 징수하기로 합의한 사실은 앞에서 본 바와 같으므로 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 가사, 부당한 공동행위의 성립에 실행행위가 존재하여야 한다고 하더라도, 앞에서 든 증거에 을 제2호증의 1 내지 12, 을 제4호증의 1 내지 10, 을 제5호증의 1 내지 12, 을 제6호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고들은 2003. 10. 9.경 전국화물자동차운수사업협회, 화주 및 선사들에게 2003. 11. 1.부터는 새로운 운임표대로 컨테이너 운송료를 청구하고, 또한 CY 내에서 컨테이너를 상차할 경우 운송관리비를 징수하겠다는 내용의 공문을 발송한 사실, 2004. 1.부터 같은 해 6.까지의 기간 동안 원고들이 실제로 화주들에게 적용한 운임단가 표준조사 결과에 의하면, 원고들이 위 기간 동안 2003. 11.말 합의한 내용대로 2003년 운임표를 기준으로 왕복구간에서는 운송비의 75%, 편도구간에서는 80% 이상을 적용하였던 사실, 2003. 10. 27.경 부산광역시화물자동차운수사업협회는 각 회원사에게 2003. 11. 1.부터 징수하기로 했던 운송관리비에 관하여 원고들이 소속된 컨테이너운송 CY 사업자협의회에서 징수를 철회하기로 결정하였다는 공문을 보냈는데, 이와 관련하여 2003. 10. 28. 컨테이너운송 CY 사업자협의회는 전국화물자동차운수사업협회에 대하여 자신들과 아무런 협의 없이 운송관리비 징수를 철회한다는 공문을 보낸데 대하여 유감을 표명하고, 향후 운송관리비를 계속 징수할 것임을 통지한 사실, 2004. 2. 19.자원고 4 주식회사의 내부 문건에 ‘운송관리비 징수가 컨테이너운송 CY 사업자협의회의 합의사항으로 부산, 부곡, 인천 지역에 적용되고 있다’는 취지로 기재되어 있는 사실,원고 6 주식회사의 직원의 메모에 의하면 ‘2004. 8.경부터 회원사 운송관리비(TMC) 징수 확대 시행’이라는 내용이 개지되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면 원고들과 소외회사들은 운송료 및 운송관리비에 관한 합의 내용을 실제로 실행하였다고 봄이 상당하므로 원고들의 위 주장은 결국 이유 없다.
 (4) 재량권의 일탈·남용 주장
 (가)구 공정거래법(2004. 12. 31. 법률 제7289호로 개정되기 전의 것) 제21조에 의하면, 피고는법 제19조의 규정에 위반하는 부당한 공동행위가 있을 때에는 당해사업자에 대하여 당해행위의 중지, 법위반사실의 공표 기타 시정을 위한 필요한 조치를 명할 수 있으며,구 공정거래법 제22조,제55조의3 및구 공정거래법시행령 제9조,제61조 제1항 별표2 제6호에 의하면, 원고의 과징금 액수는 직전 3개 사업연도 평균 매출액의 5%의 범위 내에서 위반행위의 내용 및 정도, 기간 및 회수, 위반행위로 인해 취득한 이익의 규모 등을 참작하여 위반행위기간 중 관련상품·용역의 매출액의 5% 이내에서 산정하도록 규정하고 있다.
 (나) 그러므로 살피건대, 피고는 원고들의 행위사실에 대하여 별지1 기재와 같이 동일한 위법행위의 재발을 금하고, 위법한 합의의 파기 및 그에 대한 통지를 할 것을 명하는 내용의 시정조치와 함께 과징금납부명령을 한 사실, 이때 피고는 원고들이 비자발적으로 화물연대와의 협의를 개시한 점과 화물연대가 요구하는 하불료 인상을 위하여는 화주 및 선사에 대한 운송료의 인상이 어느 정도 필요하다는 점을 고려하여 컨테이너 운송료와 관련하여서는 시정조치만을 명하고 과징금을 부과하지 않은 사실, 피고가 원고들이 CY운영분야에서 차지하는 시장점유율이 86%에 달하고 있어 법 위반행위의 파급효과 및 경쟁제한성이 크다고 보고 관련매출액의 100분의 3을 적용부과율로 결정하고,원고 3 주식회사는 법정관리 상태에 있고,원고 8 주식회사는 최근 2년 이상 당기순이익이 적자임 점을 고려하여 관련매출액의 100분의 2.4를 적용부과율로 결정하여 별지1 기재와 같이 과징금 액수를 결정한 사실은 앞에서 본 바와 같은바, 원고들이 화물연대 파업사태를 해결하려는 정부의 요청에 따라 화물연대의 상대방으로서 협상에 임하게 되었으나, 이 사건 운송료 및 운송관리비에 관한 합의는 화물연대나 정부측이 요청에 따른 합의라기 보다는 원고들 사이에서 화물연대 파업사태를 기화로 원고들 공동으로 그 이익을 추구하기 위하여 가격에 관한 합의라고 보이는 점, 원고가 운송료와 관련하여서는 하불료 인상과 전혀 무관하다고 보지 아니하여 과징금을 부과하지 아니한 점 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 처분을 통하여 별지1 기재 제1항 내지 제4항과 같은 시정조치를 명하면서, 과징금 부과기준율을 3% 또는 2.4%로 적용하여 과징금을 산정, 부과한 것은 그 재량 범위 내의 행위로서 적법하다 할 것이다.
 (5) 소결론
 따라서, 원고들 및 소외회사들 간의 부당한 공동행위가 인정되고, 그에 대한 피고의 이 사건 처분은 적법하고도 적정하다고 보여지므로, 이 사건 처분이 위법하다는 원고들의 위 주장은 모두 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 시정조치 및 과징금 납부명령 생략]

판사 조병현(재판장) 김종수 이철규