부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2013.04.04 / 시행일:

【원 고】 에이멕인크 (소송대리인 법무법인 (유)율촌 담당변호사 최용환)
【피 고】 서초세무서장
【변론종결】2013. 3. 5.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다. 
 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】 피고가 원고에 대하여 한, 2010. 7. 15.자 2003년 1기분 1,542,217,370원(가산세 795,055,235원 포함)의 부가가치세 부과처분 및 2010. 11. 17.자 2003년 제2기분 148,878,130원(가산세 77,074,288원 포함)의 부가가치세 부과처분을 각 취소한다. 
【이 유】 1. 기초사실 및 처분의 경위 
 가. 실시협약 전까지 용역의 제공
 1) AMEC 그룹은 전세계적인 사업관리 및 인프라 구축 서비스를 주된 사업으로 하는데, 모회사인 AMEC PLC가 있고, AMEC 그룹의 자회사인 원고는 사회간접시설 투자 및 프로젝트 솔루션 제공을 주된 사업으로 하는 캐나다 법인이다. 
 2) 캐나다 법인인 AGRA Inc.(AGRA Inc.는 2000. 5. 15. AMEC과 합병하면서 명칭을 AMEC Inc.으로 변경하였다, 이하 합병 전후에 상관없이 ‘원고’라고만 한다)는 1999. 12. 23. 인천광역시와 51:49 지분으로, 송도신도시에서 영종도 해안도로를 연결하는 인천 제2연육교 민간투자사업(이하 ‘인천대교 건설사업’이라 한다)을 추진하기 위하여, 특수목적법인인 코다개발 주식회사(현 인천대교 주식회사, 이하 ‘코다개발’이라 한다)를 설립하고, 원고는 2001. 7. 2. 인천대교 건설사업의 우선협상대상자로 선정되었다. 
 3) 원고는 1999. 12.부터 2003. 3.까지 코다개발 사무실에서, Brian Benz를 총책임자로 하여 프로젝트 파이낸스, 상업 및 법률, 사업제안, 건설 등 4개의 담당조직과 마케팅 대표로 구성된 팀을 두고, 원고가 비용을 부담하여, AMEC 관계회사들 및 기타 제3자로부터 필요한 용역을 공급받는 등 전반적인 사업관리용역을 수행하였다. 
 즉 원고는 아래 2003. 4. 10.자 정산계약서의 별지 1(Schedule 1)과 같이, 코다개발을 위하여 인천대교 건설사업과 관련한 자문, 구조, 기술 및 기타 엔지니어링 서비스, 건설 관련 기획, 사업계획서준비 등의 서비스를 제공하고, 그 결과물로 사업제안서 등을 마련하였다(이하 그 서비스 및 결과물을 포함하여 ‘이 사건 용역’이라 한다). 
 별지1(schedule 1) 서비스(The services) 원고는, 그 자신과 본 약정에 언급된 다른 여러 AMEC 관련 회사들(그리고 제3자들)을 통해 다음과 같은 본 건 서비스를 코다개발에게 제공해오고 있다. 1. 실시협약상의 기회를 수행하기 위해 코다개발이 요구하는 바에 따른 전문가 및 기타 인력의 제공. 동 전문가와 기타 인력들이 제공한 서비스는 다음과 같다. -자문 서비스 -구조, 기술 및 기타 엔지니어링 서비스 -건설 관련 기획, 프로그램 및 스케줄 작성 서비스 -법률 및 서류작성 서비스 -사업계획서 준비 서비스 -재무모델 개발 서비스 -재무 구성 서비스 -통행량 및 수입 예측 서비스 -건설예측 서비스 -환경영향평가 서비스 -사업개발 및 관리 서비스 2. 결과물의 개발, 그 내역은 다음과 같다. -사업제안서(수시로 변경되는 바에 따름) -다수의 조사 -실시협약을 보충하는 협약안(보충실시협약) 3. 코다개발이 합리적으로 요구하는 바에 따른, 대한민국 외에 있는 서비스 제공자로부터 작업결과 및 제3자 서비스의 제공 
 나. 용역 대금의 정산 
 1) 원고의 자회사인 AMEC E＆C Services Limited(이하 ‘AMEC E＆C'라고만 한다)는 영국법인인 AMEC Investment Ltd.(이하 ‘AIL’이라 한다)의 자회사인 AMEC Project Investment Ltd(이하 ‘APIL’이라 한다)과 사이에, APIL에 이 사건 용역의 결과물을 대금 US$ 3,126,484.56에 2003. 1. 1.자로 소유권을 이전하기로 하는 내용의 ‘결과물 양도계약’을 체결하였다(이하 ‘이 사건 결과물 양도계약’이라 한다).
 원고는 캐나다 법인인 원고가 국외에서 제공한 용역에 대한 국외원천소득으로 보고, 이 사건 결과물 양도계약에 관하여 부가가치세 및 법인세 신고를 하지 않았다. 
 2) 원고는 2003. 4. 8. AIL과 사이에, AIL에 코다개발 지분 전부를 대금 CAN$ 105,106.00으로 정하여 이전하기로 하는 ‘지분양도계약’을 체결하였다(이하 ‘이 사건 지분양도계약’이라 한다). 
 3) 안건회계법인은, 원고의 의뢰로 원고가 인천대교 건설사업과 관련하여 지출한 비용을 실지조사하였고, 2003. 3. 29.경 검토보고서를 작성하여 원고에게 제출하였다. 
 위와 같은 회계법인의 실사를 거쳐 이 사건 용역 대금이 확정되자, 코다개발은 2003. 4. 10. AIL과 사이에, 다음 표와 같이, ‘이 사건 용역’의 대금을 정산하여 AIL에 지급하기로 하는 ‘Past Costs Service Agreement’(이하 ‘이 사건 정산계약’이라 한다)를 체결하고, 용역대금을 지급하였다. 
 지출기간 지출금액(US$) 확정일 청구일 송금일 공제(US$) 지급금액 99.9.1.~02.6.14. 5,978,501 03.4.10. 03.6.7. 03.6.23. 1,460,072 US$ 5,961,083(=7,471,621,432원) 02.6.15.~02.12.31. 934,648 03.1.1.~03.2.28. 284,529 03.3.1.~03.4.10. 223,477 03.3.1.~03.4.10. 611,930 03.9.5. 03.9.24. 03.9.30. US$ 611,930(=718,038,882원) 합계 8,033,085 1,460,072 6,573,013 
 다. 실시협약
 1) 코다개발은 2003. 6. 13. 대한민국 정부로부터 인천대교 건설사업 사업시행자로 지정되어 대한민국 정부와 사이에 ‘인천대교 건설사업 실시협약’을 체결하였고, 같은 날 실시협약에 따른 제반업무 수행을 위해 APIL과 ‘Offshore 및 Onshore Services Agreement'를 체결하였다. 
 2) APIL은 2003. 11. 14. 한국지점을 설치하고, 2005. 6. 30. 코다개발과 사이에 'Project Management Services' 계약을 체결하였는데, 이 사건 용역과 관련하여 세금을 신고·납부한 바 없다. 
 3) 인천대교 공사는 2005. 7. 1. 착공되어, 2009. 10. 22. 준공되었다. 
 라. 부가가치세 부과 처분
 1) 서울지방국세청장은 2010. 6. 28.부터 2010. 7. 19.까지 APIL의 국내사업장에 대한 법인세 조사과정에서, 원고의 국내사업장이 코다개발에 이 사건 용역을 제공하였다고 피고에게 통보하였다. 
 2) 이에 따라 피고는 원고의 국내사업장에 사업자등록번호를 직권으로 부여하고, 다음 표와 같이, 이 사건 용역업무의 대금이 확정된 날을 기준으로 2003년 1기분 및 2기분 부가가치세 부과처분을 각 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).
 처분일자 과세표준 부가가치세(원) 가산세(원) 합계(원, 원 미만 버림) 2010.7.15. 2003. 4. 10.자 747,162,143 795,055,235 2013년 1기분 US$ 5,961,083 (=7,471,621,432원) 1,542,217,370 2010.11.17. 2003. 9. 5.자 71,803,866 77,074,268 2013년 2기분 US$ 611,930 (=718,038,882원) 148,878,130 
 3) 원고는 조세심판원에, 2010. 10. 15. 2003년 1기분 부가가치세 부과처분에 대하여 심판청구를 하였으나 2012. 5. 18. 기각결정을 받고, 2010. 11. 17. 2003년 2기분 부과처분에 대하여 심판청구를 하였으나 2012. 5. 18. 기각결정을 받은 후 이 사건 소를 제기하였다. 
[인정근거] 갑 제1 내지 18호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 2. 원고의 주장
 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다. 
① 이 사건 용역은, 원고가 인천대교 건설사업의 우선협상대상자로서 자신을 위하여 제공한 것이므로 부가가치세 과세대상인 용역의 공급이 아니다. 
② 이 사건 용역은 그 용역의 제공이 완료된 때를 공급시기로 보아야 한다. 
③ 이 사건 결과물 양도계약에 따라 이 사건 용역의 결과물이 2003. 1. 1.부터 AIL에게 귀속되었고, AMEC E＆C에서 APIL에 실제 대금을 지급하였으므로 이 사건 결과물 양도계약 및 정산계약에 따라 코다개발에 이 사건 용역을 공급한 자는 원고가 아니라 AIL이다. 
 3. 관계 법령 
 별지 관계 법령 기재와 같다. 
 4. 판단
 가. 인정사실
 1) AMEC E＆C와 APIL 사이에 체결된 이 사건 결과물 양도계약(갑 제3호증)의 주요 내용은 다음과 같다. 
 2003. 5. …인천시와 건설교통부의 동의를 거쳐, 우리는 우리의 모회사인 AIL이 원고와 별도로 체결한 주식 양수도 계약서에 의해 원고가 보유하고 있었던 코다개발에 대한 지분을 취득할 것을 확인한다. 위는 AIL과 인천시는 코다개발의 주주이며, 코다개발은 실시협약이 체결된 이후 특정한 기간 내에 개발된 결과물에 대한 소유권을 가지게 된다는 내용으로 이는 대한민국 정부와 사업시행자인 코다개발이 체결한 실시협약과 일치하는 것이다. 우리는 아울러 2001. 1. 1. 이래로 AIL의 프로젝트 파이낸스 전문 자회사인 APIL이 사업제안서와 관련한 발생비용 및 프로젝트 진척도 등을 관리하여 왔고, 사업시행자로 실시협약을 체결하는 코다개발에게 프로젝트 파이낸스 및 다른 기술적인 서비스를 계속 제공할 것을 인정한다. 위에서 언급한 전제와 다른 중요한 사항들을 고려하고, 내용을 상호 간에 인정하며, 우리는 다음과 같이 동의한다: 1. APIL은 AMEC E＆C가 본인 및 원고를 대리하여 개발한 사업제안서 및 기술적 결과물의 양도에 대가로 AMEC E＆C에게 대금을 지급할 것이다. 2. 지급대금은 미화 US$ 3,126,484.56(총 지급대금인 캐나다달러 CAN$4,779,582.00에 서로 동의한 환율 CAN$ 1.5274 = 미화 US$1.0을 적용하여 계산한)이며, 아래와 같이 구성된다. ● AMEC E＆C가 2001.1.1.에서 2003. 2. 21.까지 기간에 이미 양도된 결과물과 관련하여 부담한 금액 CAN$ 2,397,311.00 ● 가산하여 2000.12.31.까지 기간에 APIL에 결과물이 양도되지 않은 잔여금액 AMEC E＆C 동의한 금액 CAN$ 1,180,380.00 원고가 동의한 금액 CAN$ 1,201,891.00 CAN$ 2,382,271.00 총 지급대금: CAN$ 4,779,582.00 ● 차감하여 AMEC E＆C가 APIL로부터 이미 수취하였다고 인정한 금액 -CAN$ 2,397,311.00 감사비용 차감 -CAN$ 40,502.00 총미수대금= CAN$ 2,341,769.00 총미수대금(US$) (서로 동의한 CAN$1.52874=US$1.0을 적용) =US$1,531,829.48 4. AMEC E＆C는 동 계약서 날로부터 10영업일 이내 APIL에 결과물을 양도하거나 양도되도록 조치한다. 5. 동 계약서에 포함된 다른 조항에도 불구하고, 동 계약서 목적으로 결과물의 양도는 2003. 1. 1.부터 유효한 것으로 간주한다. 
 2) AMEC 그룹의 모회사인 AMEC LPC는 AMEC E＆C 명의의 캐나다 CIBC 은행 계좌로 인천대교 건설사업과 관련하여 다음과 같이 금원을 입금하였다. 
 입금일 금원(CAN$) 소계 2002. 12. 27. 1,906,516.70 2,397,290.85 2003. 1. 31. 249,427.15 2003. 5. 30. 241,347.00 2003. 9. 26. 2,148,544.03 2,148,544.03 합계 4,545,834.88 4,545,834.88 
 3) AIL이 2003. 4. 10. 코다개발과 체결한 이 사건 정산계약(갑 제6호증)의 주요 내용은 다음과 같다. 한편, 이 사건 정산계약 외에 원고와 코다개발 사이에 이 사건 용역과 관련하여 체결된 계약은 없다. 
 전문 2. 코다개발은, 대한민국 정부와 협약(실시협약)을 체결할 예정인바, 그에 따르면 실시협약 발효일로 부터 10 영업일 이내에 결과물에 대한 소유권을 자신이 취득하도록 되어 있다. 3. 원고는 본 사업을 위한 아래의 서비스 및 결과물과 관련하여 그 자신과 자신의 자회사인 AMEC E＆C를 대신하여, 다른 AMEC 관련 회사들과 기타 제3자들과 함께 소정의 서비스(별지1)를 수행하고, 본 사업을 위한 소정의 결과물(별지1의 제2항)을 개발하였으며, 대한민국 내외에서 코다개발을 대신하여 그 비용을 부담하였다. 4. 원고는 2001. 6. 민간투자법에서 말하는 “우선협상대상자”로 선언되었다. 5. 원고는 2002년 정부와 실시협약에 대한 추가협상과 관련하여, 코다개발에 대한 자신의 지분을 AIL에 양도하고 결과물에 대한 자신의 모든 소유권은 AIL의 프로젝트 파이낸스 전문 자회사인 APIL에게 양도하였는바, 이는 본 약정 체결일 이전에 체결된 여러 약정의 조건에 의해 이루어진 것이다. 6. 원고와 AMEC E＆C, APIL, 그리고 기타 제3자들의 본건 서비스는 수행을 통해 결과물을 개발해 온 원고에 대한 대가로서, 코다개발은 원고 및 기타 AMEC 자회사들 그리고 제3자들이 본 약정 체결일까지 본건 서비스를 수행하고 결과물을 개발하면서 부담한 비용을 본 약정의 조건에 따라 AIL에게 상환해주고자 한다. 7. 결과물에 대해 이상과 같이 코다개발이 AIL에게 상환해준 것에 대한 대가로, 결과물에 대한 소유권은 본 약정의 조건에 따라 코다개발에게 이전된다. 이에, 본 약정서에 규정된 전제와 상호약정을 원인으로 하여, 약정당사자들은 다음과 같이 상호 합의하는 것으로 한다. 1. 대한민국 내외에서 원고와 AMEC E＆C, APIL 및 제3자들이 제공해온 서비스는 별지1에 열거된 서비스와 같다. 2. 위 AMEC 관련 회사들과 제3자들에 의한 본건 서비스 제공과 결과물 개발에 대한 대가로써 그리고 결과물에 대한 소유권을 본 약정에서 의도하는 방식대로 AIL에게 양도하는 것에 대한 대가로써, 코다개발은 본건 서비스를 제공하고 결과물을 개발하면서 원고(그리고 기타 AMEC 관련 계열사들과 제3자들)가 코다개발을 대신하여 부담한, 아래 제3조에 기재된 금원(“지급대금”)을 AIL에게 상환해주기로 한다. 지급대금 중 일부에 대해 대한민국에서 과세가 되는 경우, AMEC에게 지급하기에 앞서 동 과세액만큼 지급대금을 증액하도록 한다. 3. 코다개발은 본건 서비스(결과물 포함)에 대해 적법하게 승인된 청구서를 수령하는 즉시, 아래와 같이 산정된 지급대금 전액을 AIL에게 지급하기로 한다. (a) 2002년 6월 14일까지 제공된 본 건 서비스/결과물에 대한 대금 US$ 5,978,501.00 (b) 2002년 6월 15일부터 동년 12월 31일까지 제공된 본건 서비스/결과물에 대한 대금 US$ 934,648.00 (c) 2003년 1월1일부터 동년 2월28일까지 제공된 본건 서비스/결과물에 대한 대금 US$ 284,529.00 (d) 2003년3월1일부터 실시협약 서명 예정일(현재는 2003년 4월로 예상)까지 제공된 본건 서비스/결과물에 대한 대금, 이 금원은 실시협약 서명 후 조속한 시일 내에 조정(증액 또는 감액)을 거쳐 지급되어야 함 US$ 223,477.00 소계 US$ 7,421,155.00 (e) 본건 서비스/결과물을 상환하기 위해 부분적으로 사용된 코다개발의 원 자본금을 차감함. 원 자본금=20억 42,500,000원 US$ 1에 대한 원화환율 1255원 US$ 1,627,490에서 2002. 12. 31. 당시의 코다개발 순자산액 US$ 167,418 $ 차감 - US$ 1,460,072.00 총지급대금 US$ 5,961,083.00 5. 코다개발이 위 제2조 내지 제4조에 따라 AIL에게 지급대금을 지급하는 경우 결과물에 대한 소유권은 코다개발에게 양도되어 그에게 귀속되는 것으로 하며 AIL은 결과물에 대한 위 소유권에 관한 모든 권리를 포기하는 것으로 한다. 7. 본 약정은 원고가 사업제안서에 따른 작업을 개시한 날로부터 시작되는 것으로 보고, 아래의 사유 중 하나가 가장 먼저 발생하는 때까지 유효하게 존속하는 것으로 한다. (a)정부와 코다개발이 실시협약 체결을 하지 못하거나 대한민국 정부와 코다개발 간에 체결된 실시협약이 그 조건에 따라 발효할 수 없게 된 경우 (b)약정당사자들의 상호합의에 따라 종료되는 날 (C)본 서비스 약정의 조건에 따라 코다개발이 지급대금을 지급한 이후에 결과물에 대한 소유권이 코다개발에게 양도되어 그에 귀속된 날 위 사유에 따라 본 약정은 종료된다. 단 본 서비스 약정이 종료되는 경우라도 종료 이전에 약정당사자들 중 일방이 발생시킨 권리나 책임에 대해서는 아무런 침해도 없는 것으로 한다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 6호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 나. 판단
 1) 자가공급 여부
부가가치세법(2003. 5. 29. 법률 제6905호로 개정되기 전의 것) 제7조 제2항은 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 보고, 이에 따라 부가가치세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 18034호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 법 제7조 제2항에서 자가공급으로 과세되는 용역은 당해 용역이 무상으로 자가공급되어 다른 동업자와 과세형평이 침해되는 경우의 재정경제부령이 정하는 용역에 한한다고 규정하고 있으나, 재정경제부령에서는 특별한 규정이 없어, 자기의 사업을 위하여 무상으로 직접 용역을 공급하는 자가공급의 경우 과세가 이루어지지 않고 있다. 
 앞서 본 바와 같이, 원고는 2001. 7. 2. 인천대교 건설사업의 우선협상대상자로 선정되었으나, 위 인정사실 등에 따라 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 인천대교 건설사업을 추진하기 위하여 우선협상대상자로 선정되기 이전부터 인천시와 함께 특수목적법인인 코다개발을 설립하여 실제 사업은 코다개발이 시행자로서 진행할 것을 예정하였던 점, ② 원고는 코다개발의 주주로서 코다개발과 별개의 법인격을 가지므로 코다개발을 위하여 이 사건 용역을 수행한 것을, 단지 원고가 코다개발의 주주라는 이유로 자신의 내부적인 사업 수행 여부 판단을 위한 자료로 사용하기 위한 것이라고 할 수는 없는 점, ③ 원고는 인천대교 건설사업을 실제 시행할 코다개발을 위하여 이 사건 용역을 수행하였으나 코다개발의 자본금이 적어 비용을 지급할 수 없자 대신 금원을 지급하고, 코다개발의 자본금에서 일부 비용을 지급받았으며, 남아있는 비용의 정산을 위하여 이 사건 정산계약이 체결된 점, ④ 이 사건 결과물 양도계약 및 정산계약에서 원고, AMEC E＆C, AIL, APIL, 코다개발 등 관계 회사들은 모두 원고가 코다개발을 위하여 AMEC 관계 회사들 및 기타 제3자들과 함께 인천대교 건설사업과 관련한 이 사건 용역을 수행하였고, 코다개발을 대신하여 원고가 비용을 부담하였다고 전문에서 명시하고 있는 점, ⑤ 이 사건 결과물 양도계약에 의하면, 원고가 인천대교 건설사업의 우선협상 대상자로 지정되기 이전부터 원고와 AIL은 원고와 AMEC E＆C가 이 사건 용역을 수행하는 동안 APIL이 자금 및 기타 서비스를 제공하고 AIL이 장차 원고로부터 코다개발의 지분을 인수할 것을 예정한 것으로 보이고, AMEC E＆C와 APIL이 정한 이 사건 결과물 양도계약 금액, AIL이 코다개발과 정한 이 사건 용역대금과 원고와 AIL 사이의 코다개발 지분 양도대금을 비교해 보면, 원고는 처음부터 대가를 지급받을 것을 전제로 이 사건 용역을 수행한 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 이 사건 용역은 원고가 코다개발을 위하여 용역을 공급한 것일 뿐 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우라고 할 수 없다. 
 2) 용역의 공급시기 
부가가치세법 제9조는 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다고 규정하고, 부가가치세법 시행령 제22조는 용역의 공급시기는 통상적인 공급의 경우에 역무의 제공이 완료되는 때로 하되(1호), 이를 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때로 한다(3호)고 규정하고 있다. 
 살피건대, 위 인정사실 등에서 본 바와 같이, ① 이 사건 용역은 원고가 코다개발이 대한민국 정부와 실시협약을 체결하기 전까지 인천대교 건설사업과 관련하여 사업계획서 준비, 재무모델 개발 등 장기간에 걸쳐 자문업무를 수행한 것인 점, ② 용역의 대가 지급과 관련하여 원고와 코다개발 사이에 명시적인 약정은 없었으나 이 사건 결과물 양도계약, 정산계약의 전문에 기재된 내용에 비춰 보면, 원고가 미리 비용을 지출하고, 코다개발의 자본금에서 일부 비용을 지출하되 사후적으로 회계법인의 실사를 거쳐 비용을 확정하기로 약정한 것으로 보이는 점, ③ 실제로 원고가 코다개발을 위하여 각종 업무 수행에 필요한 비용을 미리 지출하였고, 2002. 12. 31.까지 코다개발의 자본금에서 일부 비용처리가 이루어졌으나 이를 넘는 부분에 대하여는 이 사건 용역 공급 이후에 정산이 이루어진 점, ④ 원고는 2002. 12. 31. 이 사건 결과물 양도계약을 체결하였다고 주장하나 이 사건 결과물 양도계약서에 2003. 2. 21.까지 양도된 결과물이 있는 것으로 기재되어 있고, AIL이 원고가 보유하는 코다개발의 주식을 양수하여 코다개발의 주주가 될 것이고, 코다개발이 대한민국 정부와 실시협약을 체결할 것인 점 등이 언급되어 있는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 결과물 양도계약 시점은 적어도 이 사건 지분 양도계약이나 정산계약과 동시 또는 그 이후에 체결된 것으로 보이고, 갑 제3호증 상단의 2003. 5.로 볼 여지도 있으므로 2003. 4. 10. 전까지 역무의 제공이 완료되었다고는 할 수 없는 점, ⑤ 이 사건 정산계약에 의하면 이 사건 용역제공의 종기는 실시협약 서명 예정일이고 당시 서명일은 2003. 4.로 예상하고 있었고 예상 대금은 기재되어 있었으므로 2003. 4. 8. 원고로부터 코다개발의 지분을 양수한 AIL이 새로이 제공하는 용역은 거의 없고, 이 사건 용역은 모두 원고가 제공한 것으로 보이는데, 코다개발이 AIL에게 용역대금을 지급해야 결과물이 코다개발에게 귀속된다고 정하였으므로 원고의 이 사건 용역 대금이 확정되는 시점 역시 AIL과 코다개발 사이에 용역대금이 확정된 시점이 된다고 할 수 있고, 한편 이 사건 정산계약상 용역 대금 산정이 기간별로 나누어져 있기는 하나, 업무의 진행 단계에 따라 나누어 진 것으로 보이지 않고, 업무의 진행 단계별로 나누어져 있다고 해도 그 비용은 실사를 거쳐 확정된 후 2번에 걸쳐 일괄적으로 청구되고 지급된 점 등을 고려하면, 이 사건 용역의 공급시기를 일반적인 용역과 마찬가지로 역무의 제공이 완료되는 때라고 할 수는 없고, 부가가치세법 시행령 제22조 제3호에 따라 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정된 2003. 4. 10., 2003. 9. 5.로 봄이 상당하다. 
 3) 이 사건 용역의 공급자
법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항은 외국법인이 국내에 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정된 장소를 가지고 있는 경우 국내사업장이 있는 것으로 하고, 이때 국내사업장이 고용인을 통하여 용역을 제공하는 경우에는 용역의 제공이 계속되는 12월 기간 중 합계 6월을 초과하는 기간 동안 용역이 수행되는 장소(제2항 제5호의 가목)를 국내사업장에 포함하는 것으로 규정하고 있다. 
 또한, 부가가치세법 제2조 제1항, 제7조 제1항은 사업상 독립적으로 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 자를 부가가치세 납세의무자로 규정하고, 국세기본법 제14조는 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하도록 규정하고 있다. 그리고 이러한 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이고, 그 경우에 과세대상의 취득 경위와 목적, 취득자금의 출처, 그 관리와 처분과정, 귀속명의자의 능력과 그에 대한 지배관계 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다{대법원 2012. 1. 19. 2008두8499(전원합의체) 판결 등 참조}. 
 이러한 법리에 따라 이 사건 용역의 실질귀속자에 관하여 본다. 
 ① 우선 원고는, 앞서 본 바와 같이, 1999. 12.부터 2003. 3.까지 인천대교 건설사업을 위해 특수목적법인인 코다개발 주식회사 사무실에서, 자신의 고용인 등을 통해, 자회사인 AMEC E＆C, 다른 AMEC 관련 회사들, 기타 제3자와 함께 코다개발이 대한민국과 실시협약을 맺기 전 단계까지 비용을 지출하여 코다개발을 위하여 인천대교 건설사업에 관한 전반적인 사업관리용역을 실제로 수행하였다. 또한, ② 이 사건 결과물 양도계약, 이 사건 정산계약은 개별적인 판단에 따라 시기별로 나누어져 이루어진 것이 아니라 코다개발과 대한민국 정부 사이의 실시협약을 체결하기 직전 또는 그 직후 실시협약이 체결되는 것을 전제로 한꺼번에 이루어졌는데, 원고는 사업주체를 원고에서 APIL로 변경하는 것은 사업목적 판단에 따른 것이라고 하나, 관련 이사회는 의장과 이사 둘이 참석해 극히 형식적으로 이루어졌고, 구체적인 사업목적이나 사업주체 변경의 필요성을 제대로 설명을 하지 못하고 있다. ③ 원고는 이 사건 결과물 양도계약 대금이 AMEC PLC에서 AMEC E＆C 계좌로 송금되었으므로 APIL로부터 이 사건 용역대금을 지급받았다는 취지로 주장하나, 이 사건 결과물 양도계약 대금은 이 사건 정산계약 대금의 절반 정도 밖에 되지 않고, 이 사건 결과물 양도계약을 체결하기도 전에 AMEC 그룹의 모회사인 AMEC PLC에서 AMEC E＆C로 상당한 금원이 이미 지급되었으며, 2003. 5. 30.까지 지급된 금액이 이 사건 결과물 양도계약에 기재된 이미 지급된 CAN$ 2,397,311에 달하며, 이 사건 결과물 양도계약에 APIL이 2001 1. 1. 이래로 사업제안서와 관련된 비용을 관리하여 왔다고 기재된 점에 비추어, AMEC PLC에서 지급된 금액을 이 사건 결과물 양도 댓가로 지급된 것으로 볼 수 없고, AMEC E＆C가 이 사건 용역 수행과 관련된 비용을 APIL의 모회사인 AMEC PLC로부터 미리 지급받은 것으로 볼 수 있을 뿐이다(위 송금시점과 금액에 비추어 보아도 이 사건 결과물 양도 계약은 2003. 5. 30. 무렵 체결된 것으로 보인다). 
 여기에 ④ 원고, AMEC E＆C, APIL, AIL은 모두 AMEC 그룹 내 관계회사인 점, ⑤ APIL은 2003. 6.경 코다개발과 사업용역계약을 맺고, 2003. 11. 14. 국내영업소를 설치하여 그 이전까지 국내소득에 대하여 세금을 신고·납부한 바 없는 점, ⑥ 원고로서는 국내사업장이 없는 APIL에게 이 사건 용역의 결과물을 양도하는 것 같은 외관을 만들어 국내 과세를 피할 수 있는 세무상 이점이 있는 점, ⑦ 과세관청이 APIL에게 실시협약 이후 용역에 관하여 과세하였다고 하여, 실시협약 이전 용역과 관련된 이 사건 처분과 모순되는 것으로 볼 수 없는 점 등을 고려할 때, 원고가 자신의 고정사업장을 통해 이 사건 용역을 코다개발에게 제공하고, 그 대금을 수취한 실질 귀속자로서 이 사건 용역에 따른 부가가치세의 납세의무자라고 봄이 상당하다. 
 5. 결론
 그렇다면, 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 관계 법령 생략]

판사 김경란(재판장) 공현진 김동관