부가가치세부과처분취소 (세무, 의정부지방법원)
공포일: 2008.12.02 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 고양세무서장
【변론종결】2008. 10. 21.
【주 문】
 1. 이 사건 소 중 207,021,129원을 초과하는 금액에 대한 2003년 2기 부가가치세 부과처분 취소청구 부분과 2004년 2기 부가가치세 부과처분 취소청구 부분을 각하한다. 
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 
 3. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】 피고가 2006. 12. 7. 원고에 대하여 한 2003년 1기분 27,286,580원, 2003년 2기분 271,793,100원, 2004년 2기분 24,837,970원의 부가가치세 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 고양시 덕양구 성사동(지번 생략)에서 ‘○○○’이라는 상호로 부동산, 건물 신축판매업을 영위하던 사업자로서, 2002. 2. 1. 위 성사동(지번 생략) 지상 2층 건물을 낙찰받은 후 2003. 7. 위 건물을 6층 규모의 상가(이하, ‘이 사건 상가’라고 한다)로 증축·준공하였으며, 2003년부터 2004년에 걸쳐서 위 상가의 45개 점포를 수정유통 외 30명에게 분양한 후 부가가치세 및 종합소득세를 신고하였다.
 나. 중부지방국세청장은 2005. 10. 10.부터 2005. 12. 9.까지 이 사건 상가의 분양계약과 관련하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 분양수입금액 732,280,000원의 신고를 누락하고, 필요경비 항목에 11,437,000원을 과다 산입한 사실을 적발하였고, 중부지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 피고는 원고에게 2002년 ～ 2004년 귀속 종합소득세 합계 400,749,070원, 부가가치세 2003년 1기～ 2004년 2기 합계 67,422,480원을 결정·고지하였다.
 다. 중부지방국세청장은 국세청의 종합감사 지적에 따라 2006. 9. 4.부터 같은 달 13.까지 원고에 대한 제2차 세무조사를 실시한 결과, 과세·면세 겸용사업자인 원고가 부가가치세 과세표준 및 세액 신고시 공통매입세액을 안분하여 불공제하여야 함에도 안분계산을 누락하여 2003년 2기까지 수취한 분양대행수수료 119,599,000원이 매입세액에 부당하게 포함되었고,소외 1을 독립한 사업자로 볼 수 없으므로 원고가소외 1로부터 직접 수취한 세금계산서 887,390,000원은 사실과 다른 세금계산서임에도 매입세액 공제액에 포함된 사실을 적발하였고, 중부지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 피고는 위 각 금액을 매입세액에서 불공제하여 2006. 12. 7. 원고에게 2003년 1기 부가가치세 27,268,580원, 2003년 2기 부가가치세 271,793,100원, 2004년 2기 부가가치세 24,837,970원으로 경정결정한 후 2006. 12. 15.경 이를 원고에게 고지하였다.
 라. 원고는 이에 불복하여 2007. 1. 18. 국세심판을 청구하였고, 국세심판원은 2007. 8. 24. ‘원고가소외 1로부터 수취한 2003년 2기 685,990,000원 2004년 2기 191,400,000원 합계 887,390,000원의 세금계산서 매입세액을 불공제한 처분은 이를 공제하는 매입세액으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하라’는 결정을 내렸다.
 마. 피고는 2007. 8. 24. 국세심판원의 심판결정에 따라 2004년 2기 부가가치세 24,837,970원 부과처분을 취소하고, 2003년 2기 부가가치세를 207,021,129원으로 감액경정하였다(이하, 피고의 위 2007. 8. 24.자 취소 및 감액경정 후 남은 부가가치세 2003년 1기 27,268,580원, 2003년 2기 207,021,129원을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 바. 원고는 이에 불복하여 2007. 11. 26. 이 사건 소를 제기하였다.
 [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 1 내지 4호증, 을 1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 주장 및 판단
 가. 원고의 주장
 중부지방국세청장의 위법한 중복세무조사에 터잡은 이 사건 처분은 위법하다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 원고는 이 사건 소송으로서 2006. 12. 7.자 부과처분의 취소를 구하고 있으나, 2007. 8. 24. 위 부과처분 중 2003년 2기 부가가치세 부과처분은 207,021,129원으로 감액되고 2004년 2기 부가가치세 부과처분은 전부 취소되는 내용의 경정결정이 이루어졌음은 앞에서 인정한 바와 같으므로, 감액되거나 취소된 부과처분에 한해서는 대상적격이 결여되어 그 부분 취소청구의 소는 부적법하다. 
 2) 중부지방국세청의 2차 세무조사가국세기본법 제81조의4를 위반한 위법한 중복조사에 해당하는지에 관하여 본다.
국세기본법 제81조의4는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등을 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있는바, 을 5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 국세청이 중부지방국세청에 대하여 2006. 4. 20.부터 같은 해 5. 12.까지 정기종합감사를 실시한 결과, 원고가 상가 신축분양과 관련한 과·면세 겸업사업자이므로, 공통매입세액을 안분계산하여 불공제하여야 함에도 분양대행수수료 2003년 1기 5억 원, 2003년 2기 2,390,990,000원에 대하여 안분계산을 누락하여 부가가치세 148,272,560원의 징수 부족액이 발생하였고, 분양대행계약서에 의하면 분양대행 수수료는 분양가액의 10%인데, 원고가 실제 지급한 분양대행 수수료가 전체 분양가액의 10%를 초과하는 점을 감안하면 원고의 분양대행 수수료를 과다계상한 혐의가 있다는 내용 등을 지적하면서 중부지방국세청장에게 원고에 대한 재조사를 실시한 후 그 결과를 보고할 것을 지시하였고, 중부지방국세청장은 위와 같은 지시에 따라 재조사를 실시한 것으로서, 이 사건 부과처분을 위한 세무조사는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 기하여 이루어진 것이므로(바꾸어 말하면, 원고에 대한 중복세무조사 이전에 조세탈루혐의를 인정할 명백한 자료가 나왔던 것이지 중복세무조사를 통하여 비로서 이같은 자료가 나왔던 것이 아니다), 중복조사금지의 원칙에 위반한다고 볼 수 없다.
 3. 결론
 그렇다면 이 사건 소 중 207,021,129원을 초과하는 금액에 대한 2003년 2기 부가가치세 부과처분 취소청구 부분과 2004년 2기 부가가치세 부과처분 취소청구 부분을 각하하고, 원고의 나머지 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
 [별지 생략]

판사 최영룡(재판장) 박근정 문성호