변상금부과처분취소 (일반행정, 대구고등법원)
공포일: 2011.04.15 / 시행일:

【원고, 피항소인 겸 부대항소인】 한국철도시설공단 (소송대리인 법무법인 동래 외 1인)
【피고, 항소인 겸 부대피항소인】 대구광역시 동구청장 (소송대리인 변호사 방문일)
【피고보조참가인】 한국철도공사
【제1심판결】 대구지방법원 2010. 7. 14. 선고 2009구합1329 판결
【변론종결】2011. 3. 25.
【주 문】
 1. 제1심 판결 중 피고가 2008. 4. 28. 원고에 대하여 한 변상금 부과처분 중 814,323,770원 부분에 관한 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
 2. 피고의 나머지 항소 및 원고의 부대항소를 모두 기각한다.
 3. 소송총비용 중 원고와 피고 사이에 생긴 부분은 이를 5분하여 그 3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담하고, 보조참가로 인한 부분은 이를 5분하여 그 4는 원고가, 나머지는 보조참가인이 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 주위적 청구취지 : 피고가 2008. 4. 28. 원고에 대하여 한 변상금 1,123,458,960원의 부과처분은 무효임을 확인한다. 
 예비적 청구취지 : 피고가 2008. 4. 28. 원고에 대하여 한 변상금 1,123,458,960원의 부과처분을 취소한다. 
2. 항소취지
 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소한다. 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 
3. 부대항소취지
 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2008. 4. 28. 원고에 대하여 한 변상금 1,123,458,960원의 부과처분은 무효임을 확인한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 철도시설의 건설 및 관리와 그 밖에 이와 관련되는 사업을 효율적으로 시행함으로써 국민의 교통편의의 증진과 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 철도산업발전기본법 및 한국철도시설공단법에 의하여 2003. 12. 31. 설립된 법인이고, 피고는 대구광역시(이하 ‘대구시’라고 한다) 사무위임조례 제2조 [별표2]의 규정에 따라 대구시로부터 공유재산의 대부 등 관리에 관한 권한을 위임받은 자이며, 피고보조참가인(이하 ‘참가인’이라고 한다)은 철도운영에 관한 사업의 전문성과 효율성을 높임으로써 철도산업과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 2005. 1. 1. 설립된 공사이다. 
 나. 참가인은 피고로부터 동대구역 부지인 대구시 소유의 대구 동구 (주소 1 생략) 대 2,169.9㎡(이하 ‘이 사건 제1토지’라고 한다), (주소 2 생략) 대 880.7㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라고 한다), (주소 3 생략) 대 19,512.7㎡(이하 ‘위 (주소 3 생략) 토지’라고 한다), (주소 4 생략) 대 7,657㎡, 합계 30,220.3㎡에 관하여 변상금부과처분을 통보받자, 피고를 상대로 하여 대구지방법원 2006구합981호로 변상금부과처분 취소소송(이하 ‘종전 소송’이라고 한다)을 제기하여, 위 법원으로부터 2007. 8. 22. ‘참가인은 위 (주소 3 생략) 토지 19,512㎡ 중 4,113.3㎡ 부분만을 점유·사용하고 있고, 그 외의 토지 부분에 관하여는 원고가 점유·사용하고 있다는 이유로 참가인에 대한 변상금부과처분을 일부 취소한다.’는 내용의 판결이 선고받았고, 그 판결은 같은 해 9. 12. 확정되었다.
 다. 이에 피고는 2008. 4. 28. 원고에게 종전 소송에서 원고가 점유·사용하고 있다고 인정한 토지 부분인 이 사건 제1토지 2,169.9㎡, 이 사건 제2토지 880.7㎡, 그리고 위 (주소 3 생략) 토지 중 15,339.4㎡( = 19,512㎡ - 4,113.3㎡, 이하 ‘이 사건 제3토지’라고 하고, 위 토지들을 합하여 ‘이 사건 토지들’이라고 한다)에 관하여 공유재산 및 물품관리법(이하 ‘공유재산법’이라 한다) 제81조 규정에 의하여 1,123,458,960원의 변상금을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 이 사건 처분은 아래와 같은 하자가 있어 위법하다.
 (가) 원고가 이 사건 토지들을 점유·사용하고 있음을 전제로 한 이 사건 처분에는 아래와 같이 부과대상자를 잘못 지정한 하자가 있다.
 1) 이 사건 토지들 지상에 있는 모든 철도시설물들은 참가인이 국가로부터 현물출자 받은 운영자산으로서, 참가인이 이를 관리·운영하면서 그 부지인 이 사건 토지들도 함께 점유·사용하고 있다. 
 2) 설사 원고가 이 사건 토지들을 점유·사용하고 있다고 하더라도, 이는 국가업무의 대행자로서 점유·사용하는 것에 불과하여 점유보조자에 해당하므로, 이 사건 토지들을 실질적으로 점유·사용하고 있는 자는 국가이다.
 (나) 원고가 이 사건 토지를 점유·사용하고 있다고 하더라도, 이는 국가가 직접 공공 또는 공공용으로 사용하고 있는 것이므로, 공유재산법 제24조 제1항 제1호에 의하여 그 사용료(변상금)는 면제되어야 함에도 이와 달리 본 피고의 이 사건 처분에는 하자가 있다.
 (다) 이 사건 토지들에 관하여 명시적인 대부계약의 체결은 없으나, 아래와 같이 이를 정당화할 적법한 권한을 보유하고 있어, 공유재산법 제81조 제1항에 의하여 변상금을 부과할 수 없음에도 이와 달리 본 피고의 이 사건 처분에는 하자가 있다. 
 1) 철도청은 동대구역내에 있는 이 사건 토지들을 비롯하여 그 지상에 있는 모든 철도시설을 관리하기 시작할 당시 대구시 혹은 피고로부터 아무런 이의를 제기 받은 적이 없으므로, 그 때부터 묵시적으로 이 사건 토지들을 무상으로 점유·사용할 수 있는 권한을 취득하였다고 봄이 상당한데, 이후 위와 같은 묵시적인 무상점유·사용의 허락은 취소되거나 철회됨이 없이 관리기관이 원고로 변경된 2004. 1. 1.이후에도 계속되었으므로, 철도청의 권한을 승계한 원고 또한 이 사건 토지들을 점유·사용할 권한이 있다. 
 2) 국가(철도청)는 1969.경에 대구시 현대화를 위한 사업의 하나로 현대적 화물수송 전문 역사를 설치할 목적으로 동대구역사 건립공사를 시행하였고, 이에 대구시는 토지구획정리사업법에 의하여 이 사건 토지들을 포함한 동대구역사 부근 토지 10만 여평의 토지를 대상으로 ‘대구 동부지구 토지구획정리사업’을 시행하면서 이를 공고 및 관보에 게시하였는데, 그 후 위 법을 대체한 도시개발법 제19조 제1항에 의하면 ‘관계행정기관장과 협의한 사항에 대하여는 해당 인·허가 등을 받은 것으로 보며, 실시계획을 고시한 경우에는 관계 법률에 따른 인·허가 등의 고시나 공고를 한 것으로 본다.’고 규정하면서 제20호에서 ‘지방재정법의 규정에 의한 사용·수익의 허가’를 예시하고 있어, 대구시가 토지구획정리사업을 시행하면서 국가로부터 실시계획승인을 받은 것은 철도부지의 점유·사용에 대한 승인을 전제한 것이고, 나아가 위 사업을 고시 및 관보 게시한 이상 국가(철도청)는 공유재산법 제20조 소정의 사용·수익에 관한 허가를 취득하였다고 봄이 상당하므로, 국가(철도청)의 승계인인 원고 또한 위 공유재산법 소정의 허가의제를 승계하여 이 사건 토지들을 점유·사용할 권한이 있다.
 3) 이 사건 제3토지를 포함한 위 (주소 3 생략) 토지는 원래 환지 전 (지번 1 생략)에 포함된 (지번 2 생략) 등 토지에서 환지된 토지인데, 국가(철도청)는 1969.경 동대구역사 건설사업을 시행하면서 학교법인 영남학원으로부터 위 (주소 3 생략) 토지의 환지 전 토지 및 인근 토지들을 매수하여 앞서 본 ‘대구 동부지구 토지구획정리사업’을 시행하던 대구시에 제출한 후 환지를 받을 예정이었으나, 환지 이후에 행정착오 등의 사유로 국가(철도청) 소유로 귀속되지 아니하고, 체비지로 있다가 대구시로 환지되어 비로소 공유재산이 되었는데, 이는 공유재산법 제81조 제1항 제1호가 규정하고 있는 ‘등기부나 그 밖의 공부상의 명의인을 정당한 소유자로 믿고 상당한 대가를 지급하고 권리를 취득한 자의 재산이 취득 후에 공유재산으로 판명되어 지방자치단체에 귀속된 경우에 해당’하므로, 토지취득자인 국가(철도청)의 포괄승계인인 원고 또한 이 사건 토지들을 점유·사용할 권한이 있다. 
 (라) 공유재산법 시행령 제81조 제2항에서는 ‘제1항에 의하여 변상금을 징수할 때에는 그 금액, 납부기한, 납부장소 및 변상금의 산출근거를 분명하게 적은 문서로 하여야 한다.’고 규정하고 있는데, 측량감정 등에 의하여 원고의 점유면적을 구체적으로 산출함이 없이 과거의 자료만을 토대로 자의적으로 변상금을 산출하여 원고에게 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
 (2) 따라서 위와 같은 하자는, 주위적으로 중대·명백하므로 이 사건 처분의 무효확인을 구하고, 설사 그렇지 않다고 하더라도 예비적으로 이 사건 처분의 취소를 구한다(다만 원고는 다른 하자사유 주장과 달리 위 (라) 주장은 2009. 11. 12.자 준비서면에서 취소사유로 주장하고 있다). 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 인정 사실
 (1) 이 사건 제1, 2토지 및 이 사건 제3토지를 포함한 위 (주소 3 생략)토지 지상에 있는 각 ‘① 궤도구축물(이하 ‘이 사건 궤도구축물’이라고 한다)‘ 등 철도시설의 현황 및 면적은 아래의 도표와 같다{지적측량 결과부(을 제20호증)}.
이 사건 제1토지 (2169.9㎡) ① 궤도구축물(측선레일, 측선기타, 측량결과부 ‘ㄱ’ 부분 : 1,251.5㎡) ② 지하저장시설(측량결과부 ‘ㄴ’ 부분 : 918.4㎡)이 사건 제2토지 (880.6㎡) ① 궤도구축물(측선레일, 측선기타, 측량결과부 ‘ㄱ’ 부분 : 816.1㎡), ② 건사장(측량결과부 ‘ㄷ’ 부분 : 40.7㎡)(주1) ③ 분뇨처리시설(측량결과부 ‘ㄴ’ 부분 : 23.9㎡)위 (주소 3) 토지 (19,512.7㎡) ① 궤도구축물(측선레일, 측선기타, 측량결과부 ‘ㄴ’ 부분 중 10,533.4㎡) ② 검수고 일부(측량결과부 ‘ㄱ’ 부분 : 1,181.9㎡)(주2) ③ 전차대(측량결과부 ‘ㄴ’ 부분 중 349.3㎡) ④ 유류저장시설(측량결과부 ‘ㄷ’ 부분 : 625.6㎡) ⑤ 담장 및 물탱크(측량결과부 ‘ㄹ’ 부분: 677.9㎡) ⑥ 탈의실(측량결과부 ‘ㅁ’ 부분 : 261.1㎡) ⑦ 동차고(측량결과부 ‘ㅂ’ 부분 : 1,753.2㎡) ⑧ 그 외 각종시설(측량결과부 ‘ㅅ’ 부분 : 4,130.3㎡)(주3)
② 건사장(측량결과부 ‘ㄷ’ 부분 : 40.7㎡)
② 검수고 일부(측량결과부 ‘ㄱ’ 부분 : 1,181.9㎡))
⑧ 그 외 각종시설(측량결과부 ‘ㅅ’ 부분 : 4,130.3㎡)
 (2) 참가인은 2005. 1. 1. 설립당시 국가로부터 이 사건 제2토지 지상에 있는 시설물인 ‘② 건사장’(이후 지어진 ‘③ 분뇨처리시설’은 2008. 4. 22. 국토해양부 명의로 등재되어 출자되지 못함)과 위 (주소 3 생략) 토지 중 ‘⑧ 부분’에 있는 시설물들인 구기소본체, 동대구역종사원식당, 구기소기술실, 구기소동차고 4개 건물을 비롯하여, ‘② 검수고’, ‘③ 전차대’, ‘④ 유류저장시설’, ‘⑤ 물탱크’, ‘⑥ 탈의실’, ‘⑦ 동차고’ 시설물들을 각 현물출자 받아 관리·운영하면서 그 부지도 함께 점유·사용하고 있다(이하 이를 ‘제1차 현물출자’라고 한다). 
 (3) 이 사건 제1토지 지하에 있는 시설물인 ‘② 지하저장시설’은 폐쇄되었으며, 위 (주소 3 생략) 토지 지상에 있는 시설물 중 ‘⑤ 담장’은 경계울타리로 사용되고 있다.
 (4) 참가인은 2006. 7. 5. 국가로부터 동대구역에 소재하는 대구시설관리사무소의 궤도구축물(측선레일, 측선기타) 등에 대한 한국감정원의 현물출자를 위한 국유재산 감정평가를 거쳐, 동대구역의 궤도구축물(측선레일 - 식별번호 1 생략, 측선기타 - 식별번호 2 생략)을 운영자산으로 현물출자 받았으나, 궤도구축물이 있는 토지의 지번은 특정되지 아니하였다(이하 이를 ‘제2차 현물출자’라고 한다).
 (5) 한편, 참가자가 피고를 상대로 제기한 종전 소송에서, 원고는 2007. 2. 7. 피고의 토지사용자 확인요청에 대하여 ‘위 (주소 3 생략) 토지 지상에 있는 철도운영에 필요한 일부 시설은 참가인이 관리·운영하고 있으나, 그 외 토지들 지상에 있는 선로 등의 철도시설물은 모두 원고가 관리하고 있다.‘는 내용으로 회신하였을 뿐만 아니라, 같은 해 5. 2. 종전 소송 법원의 사실조회에 대하여도 ’이 사건 제1, 2토지 및 위 (주소 3 생략) 토지들 지상의 철도시설은 원고가 국가로부터 위임을 받아 관리하고 있어 원고가 이를 점유·사용하여 오고 있다.‘는 취지로 회신하였다. 이에 위 법원은 같은 해 8. 22. ’위 (주소 3 생략) 토지 중 참가자가 관리·운영하고 있는 시설물의 부지 부분인 4,113.3㎡를 제외한 나머지 이 사건 토지들에 관하여 원고가 국가로부터 위임을 받아 그 지상의 시설물과 함께 이를 점유·사용하고 있다.‘고 인정한 후, 그 부지면적 4,113.3㎡에 대한 정당한 변상금 61,047,680원을 제외한 나머지 부지면적 18,450㎡(이 사건 토지들 면적과 동일)에 대한 변상금의 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였고, 위 판결은 같은 해 9. 12. 확정되었다. 
 (6) 피고는 종전 소송의 판결이 확정된 후로부터 불과 1개월이 경과하지 않은 같은 해 10. 1. 원고에게 종전 소송의 판결에서 원고가 점유·사용하고 있다고 인정한 ‘이 사건 토지들에 대한 2005. 1. 1.부터 2007. 10. 1.까지의 변상금’의 부과 및 대부신청에 대한 의견을 제출할 것을 안내하였다.
 (7) 이에 대하여 원고는 같은 달 16. 피고에게 이 사건 토지들의 점유·사용에 관하여는 다투지 않으면서, 다만 ‘이 사건 토지들 지상에 있는 철도시설물은 국가(건설교통부)로부터 위임받아 관리하고 있는 공공용 재산인 철도시설물(선로구조물, 궤도구축물)이므로 변상금 부과대상이 아니다.’라고 회신하였으며, 이후 2008. 3. 4. 피고로부터 1,088,020,580원의 변상금을 부과하겠다는 사전통지를 받게 되자, 같은 달 27. 피고에게 위 주장을 반복하는 내용으로 회신하였다.
 (8) 피고는 같은 해 4. 28. 원고에게 원고가 이 사건 토지들을 2005. 1. 1.부터 2008. 3. 31.까지 무단으로 점유·사용하였다는 이유로 공유재산법 제81조 규정에 의하여 1,123,458,960원의 변상금을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
 (9) 원고는 같은 해 6. 5. 피고에게 종전 주장을 반복하면서 변상금을 취소하여 줄 것을 요구하는 내용의 회신을 하였으나, 피고로부터 같은 달 12. 위와 같은 주장을 배척하는 내용의 ‘공공용 재산에 관한 법령해석 사례’와 ‘대부료 면제대상에 관한 질의답변 내용’을 위 회신에 대한 답변으로 송부받았다. 
 (10) 위와 같은 답변을 송부받은 원고는 같은 해 7. 29. 피고에게 종전의 회신내용과는 전혀 다른 내용, 즉 ‘이 사건 토지들은 모두 2003. 2. 17. 국·공유재산 교환협약서에 의한 교환대상부지로서 대구시와 교환업무를 재추진하여야 할 부지이므로 변상금을 취소하여 줄 것을 요구하면서 부지교환 협의추진이 무산될 경우 변상금 부과에 대한 납부를 검토하겠으나, 원고도 교환추진에 관련된 각 기설도로부지 등에 관하여 피고에게 변상금을 부과하겠다.’고 회신하였다.
 (11) 그럼에도 피고가 같은 해 10. 23. 이 사건 처분에 기한 변상금의 납부를 독촉고지 하자, 원고는 2009. 1. 14. 또다시 새로운 내용, 즉 ‘원고가 이 사건 토지들을 점유·사용하고는 있으나 변상금부과시 적용한 점유면적에 이의를 제기하며 공신력 있는 현황측량을 통하여 이를 결정하되, 원고의 직원이 입회할 수 있도록 통보하여 줄 것을 요구한다.’고 회신하였으나, 피고로부터 같은 달 29. ‘변상금부과 토지는 담장으로 구획되어져 철도관련 부지로 독점·배타적으로 사용 중인 토지이므로, 명확한 구분이 필요할 경우 그 사유 및 근거를 제시하여 줄 것을 요청’하는 답변을 받았다.
 (12) 이에 원고는 같은 해 2. 11. 피고에게 철도시설을 운영자산, 시설자산으로 분류한 후, ’이 사건 토지들 지상에 있는 철도시설 중 이 사건 궤도시설(선로)은 시설자산으로 원고가 관리하면서 그 부지를 점유·사용하고 있으나, 그 외 시설물은 모두 운영자산에 해당하여 참가인이 이를 관리·운영하면서 그 부지를 점유·사용하고 있다.‘고 회신하였다.
 (13) 회신을 받은 피고는 원고에게, 같은 해 3. 20. 종전 소송에서 참가인이 점유·사용하고 있는 토지로 인정한 부분 4,113.3㎡에 관하여 참가인으로부터 임대료를 지급받고 있어, 나머지 원고가 점유·사용하고 있는 토지인 이 사건 토지들의 면적은 특정되므로, 이 사건 처분은 위 토지면적에 대한 변상금이라는 내용으로 답변을 하면서, 같은 해 4. 13. 시유재산 변상금 체납법인 체납처분 예고통지를 하자, 원고는 같은 해 5. 7. 이 사건 소송을 제기하였다.
 (14) 원고는 이 사건 소송이 계속 중이던 2010. 1. 12. 이 사건 제1, 2토지에 관하여 각 같은 달 7. 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 대구시로부터 소유권이전등기를 넘겨받았으나, 이 사건 제3토지를 포함한 위 (주소 3 생략) 토지에 관하여는 협의취득을 하지 않은 관계로 현재까지 대구시의 소유 명의로 되어 있으며(1973. 11. 27. 대구시 명의로 소유권보존등기 마침), 한편 참가인은 이 사건 토지들의 인근 토지인 (주소 6 생략) 철도용지 2,400.3㎡, (주소 7 생략) 철도용지 3,274.3㎡, (주소 8 생략) 철도용지 1,046㎡, (주소 9 생략) 철도용지 1,586.1㎡에 관하여 각 2005. 1. 1. 현물출자를 원인으로 하여 국(國)으로부터 소유권이전등기를 넘겨받았을 뿐만 아니라, 종전 소송에서 참가인이 점유·사용하는 것으로 인정된 토지 부분 4,113.3㎡에 관하여 현재까지 피고에게 사용료를 납부하여 오고 있다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 13, 14호증(갑 제15호증의 1, 2, 3은 갑 제14호증의 2와 중복), 갑 제16호증의 3, 4(갑 제16호증의 1, 2는 갑 제14호증의 3과 중복), 갑 제17, 18호증, 을 제4, 8, 20호증의 각 기재, 제1심 법원의 국토해양부장관에 대한 각 사실조회 결과, 변론 전체의 취지 
 라. 원고의 이 사건 처분에 관한 하자 주장에 대한 판단
 (1) 참가인이 이 사건 토지들을 점유·사용한다는 주장에 대한 판단
 (가) 이 사건 궤도구축물 시설 및 그 부지 부분
 1) 한국철도공사법 제4조 제1항은 국가는 국유재산법의 규정에 불구하고 철도산업발전기본법 제22조 제1항 제1호의 규정에 의한 운영자산을 참가인에게 현물로 출자한다고 규정하고 있고, 한국철도공사법 부칙 제6조 제1항은 참가인은 그 설립과 동시에 제4조의 규정에 의하여 현물로 출자받은 자산으로부터 발생한 권리·의무를 포괄승계한다고 규정하고 있다. 그러므로 이 사건의 경우, 원고가 이 사건 궤도구축물 시설을 관리하면서 그 부지도 함께 점유·사용하고 있는지를 살펴보기에 앞서, 먼저 참가인이 이 사건 궤도구축물을 국가로부터 현물출자 받아 이를 관리·운영하고 있는지를 살펴보아야 한다. 
 2) 앞서 본 바와 같이 국토해양부는 2006. 7. 5. 참가인에게 한국감정원의 현물출자를 위한 국유재산평가를 거쳐 제2차 현물출자로 대구시설관리사무소에 있는 측선레일(식별번호 1 생략), 측선기타(식별번호 2 생략) 궤도구축물을 현물출자한 사실을 인정할 수 있으나, 한편 위 현물출자된 궤도구축물이 이 사건 궤도구축물과 동일한 시설물인지 여부에 관하여 보면, 이에 부합하는 듯한 위 한국감정원의 감정평가서(갑 제18호증)의 내용 및 2010. 6. 4.자 국토해양부의 사실조회 회보의 근거인 국유재산 제2차 현물출자 이행서(갑 제14호증의 3)의 내용은, 앞서 본 인정 사실 및 갑 제14호증의 2의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 볼 때 인정되는 아래와 같은 사정, 즉 ① 원고는 위 측선레일(식별번호 1 생략), 측선기타(식별번호 2 생략)가 구체적으로 어느 부분에 위치한 것인지에 관한 자료를 보유하고 있지 아니한 점, ② 원고는 종전 소송 때부터 이 사건 소송 제기 이전까지 시설자산으로 분류한 이 사건 궤도구축물을 자신이 관리하면서 그 부지를 점유·사용하고 있음을 전제로 하여 피고에게 계속하여 회신한 점, ③ 국가가 참가인에게 제1차 현물출자를 한 2005. 1. 1. 당시 동대구역 내에 (주소 9 생략) 토지 등 다수의 토지들을 현물출자 하였음에도, 이후 제2차 현물출자 당시 작성된 한국감정원의 평가의견서 중 ‘1. 평가개요’에는 동대구역 내에 있는 모든 토지들을 비롯하여 궤도구축물을 포함한 모든 시설물을 함께 평가하는 것으로 기재하고 있어, 위 제1차 현물출자 내용과 서로 부합하지 아니하므로, 위 부분에 관한 감정평가서의 기재내용을 쉽사리 믿기 어려운 점, ④ 제1차 현물출자에서 건물 등을 출자하면서는 ‘편입부서 : 대구기관차소, 식별번호 : (식별번호 3 생략), 자산명칭 : 구기소본체, 읍면동 : 신암동, 본번 : 302, 부번 : 3, 면적 : 1,337.79㎡’ 등으로 상세히 구체적으로 기재하였음에 반하여, 제2차 현물출자를 하면서는 ‘역소명 : 대구시설소, 자산명칭 및 식별번호 : 측선레일(식별번호 1 생략), 측선기타(식별번호 2 생략), 수량 1‘으로만 간략히 기재하고 있어 구체적으로 무엇이 현물출자 되었는지를 특정할 수 없는 점, ⑤ 원고는 2010. 1. 12. 이 사건 궤도구축물의 일부 부지인 이 사건 제1, 2토지의 소유권을 취득한 점 등에 비추어 보면, 그 부지를 특정하지 않은 채 만연히 식별번호로 특정된 위 궤도구축물이 이 사건 토지들 지상에 있는 이 사건 궤도구축물이라는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 
 (나) 이 사건 궤도구축물 이외의 나머지 시설물들 및 그 부지 부분
 1) 앞서 본 바와 같이 이 사건 제1토지 지하에 있는 ‘② 지하저장시설’ 및 이 사건 제2토지 지상에 있는 ‘③ 분뇨처리시설’을 제외한 나머지 시설물들은 모두 참가인이 국가로부터 현물출자 받은 후, 이를 관리·운영하면서 그 부지도 함께 점유·사용하고 있다.
 2) 이에 대하여 피고 및 참가인은 위 나머지 시설물들 중 이 사건 제3토지 지상에 있는 ‘② 검수고’ 및 ‘⑦ 동차고’의 부지에 관하여 그 부지 내에 선로가 점유하고 있으므로, 원고가 이를 점유·사용하고 있다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 참가인이 위 시설물들을 현물출자 받아 이를 관리·운영하고 있는 이상, 그 부지 내에 선로가 있다고 하여 달리 볼 수는 없으므로, 위 주장은 받아들이지 아니한다. 
 (다) 소결
 결론적으로 국가로부터 관리권을 위임받은 원고가 점유·사용하고 있는 토지 부분은, 1) 이 사건 제1토지에 관하여는 참가인이 현물출자 받아 관리·운영하고 있는 시설물이 없으므로 부지 전부인 2,169.9㎡, 2) 이 사건 제2토지에 관하여는 참가인이 현물출자 받아 관리·운영하고 있는 ‘② 건사장’을 제외한 나머지 부지인 839.9㎡( = 880.6㎡ - 40.7㎡), 3) 이 사건 제3토지에 관하여는 원고가 관리하고 있는 이 사건 궤도구축물의 부지인 10,533.4㎡(이 부분에 관하여는 앞서 본 산정방식에 의하면, 위 (주소 3 생략) 토지 전체 19,512.7㎡ 중 종전 소송에서 참가인이 점유·사용하고 있는 부분으로 인정된 4,113.3㎡을 공제한 나머지 부분으로서 이 사건 처분의 전제가 된 15,339.4㎡에서 참가인이 시설물 부지로서 점유·사용하고 있는 부분으로 인정된 부지 3,849㎡을 공제하여야 하나, 이와 같은 산정방식을 위 토지에도 그대로 적용하는 것은, 종전 소송에서 사용한 산정방식의 정확성 등을 고려하지 않은 것으로 부당할 뿐만 아니라, 위 (주소 3 생략) 토지 지상에 있는 시설물들 중 궤도구축물을 제외한 나머지 시설물들을 모두 참가인이 관리·운영하면서 위 (주소 3 생략) 토지 대부분을 그 부지로 점유·사용하고 있는 이상, 위 방식과 달리 오히려 원고가 점유·사용하는 부지 부분을 제외하고 나머지 부지 전부를 참가인이 모두 점유·사용하고 있다고 해석함이 상당하다), 합계 13,543.2㎡( = 2,169.9㎡ + 839.9㎡ + 10,533.4㎡, 이하 ‘원고가 점유·사용하는 토지 부분’이라고 한다)이므로, 이 사건 토지들 전부를 원고가 점유·사용하고 있지 아니하다는 원고의 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있어 받아들인다.
 (2) 원고는 국가의 점유보조자일 뿐이라는 주장에 대한 판단
 앞서 본바와 같이 원고가 점유·사용하는 토지 부분은 국가로부터 그 시설물의 관리권을 위임받아 관리하면서 그 부지를 함께 점유·사용하고 있는 것이므로, 국가업무를 대행하여 점유보조자로서 이를 관리하고 있다고는 보기 어려워, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다. 
 (3) 국가가 공공용 재산으로 사용하고 있어 변상금이 면제되어야 한다는 주장에 대한 판단
 국유재산은 행정재산, 보존재산, 잡종재산으로 구분되고, 행정재산은 다시 공용재산, 공공용 재산 및 기업용 재산으로 구분되는데, 이 사건 토지들은 모두 철도시설 부지로서 철도시설 건설사업을 시행하는 정부기업인 원고가 사용하고 있는 기업용 재산으로 봄이 상당할 뿐만 아니라, 나아가 공유재산법 제24조 제1항에서 잡종재산의 대부계약을 체결함에 있어서 ‘국가 또는 다른 지방자치단체가 당해 잡종재산을 직접 공용·공공용 또는 비영리공익사업용으로 사용하고자 하는 때에 제32조의 규정에 불구하고 그 대부료를 면제할 수 있다.’고 규정하고 있어, 국가가 위 토지들을 공용 혹은 공공용으로 사용하는지 여부에 관한 문제는 별론으로 하고, 피고가 이를 반드시 면제하지 않았다고 하더라도 재량권의 남용·일탈에 해당하지 아니하는 이상 위법하다고 볼 수는 없으므로, 원고의 위 주장도 받아들이기 어렵다.
 (4) 원고가 점유할 적법한 권원을 보유하고 있다는 주장에 대한 판단
 (가) 국유재산법 제51조 제1항에서 법률에 의한 국유재산의 대부 또는 사용수익허가 등을 받지 아니하고 국유재산을 점유하거나 이를 사용수익한 자에 대하여 당해 재산에 대한 대부료 또는 사용료의 100분의 120에 상당하는 변상금을 징수하도록 규정하고 있는 것은 국유재산에 대한 점유나 사용수익의 개시 그 자체가 법률상 아무런 권원 없이 이루어진 경우에는 정상적인 대부료 또는 사용료를 징수할 수 없으므로 그 대부료나 사용료 대신에 변상금을 징수한다는 취지라고 풀이되므로, 점유나 사용수익을 정당화할 법적 지위에 있는 자에 대하여는 그 적용이 없는데(대법원 1992. 3. 10. 선고 91누5211 판결 등 참조), 원고의 주장들이 이에 해당하는지 살펴본다.
 (나) 철도산업발전기본법에서 국토해양부장관은 철도자산처리계획에 의하여 철도청장으로부터 철도자산 및 기타자산을 이관받되 그 관리업무를 원고에게 위탁하거나 그 자산을 사용·수익하게 할 수 있도록 규정하고 있으나(제23조 제4항), 한편 민법 제610조 제2항에 의하면 ‘차주는 대주의 승낙이 없으면 제3자에게 차용물을 사용, 수익하게 하지 못하도록 규정하고 있는데, 이 사건의 경우, 국가(철도청)가 철도자산처리계획에 의하여 철도청장으로부터 철도자산 및 기타자산을 이관받았는지 및 그 부지에 관하여 무상으로 점유·사용권을 취득하였는지는 별론으로 하고, 차주인 국가가 대주인 대구시 혹은 피고의 동의나 승낙을 받지 아니한 채 제3자인 원고에게 점유부분에 관한 무상점유·사용권을 양도하여 승계된다고는 볼 수 없다.
 (다) 도시개발법은 종전의 도시계획법의 도시계획사업에 관한 부분과 토지구획정리사업법을 통합·보완하여 종합적이고 체계적인 도시개발을 위한 법적기반을 마련하기 위하여 제정된 법률로서, 같은 법 제19조 제1항에 의한 사용·수익의 허가의제는 토지구획정리사업 시행을 위하여 일시적으로 토지를 확보할 필요성이 있는 경우를 위한 규정으로 해석함이 상당하므로, 이후 사업이 완료된 경우에도 계속하여 사용·수익할 필요가 있는 경우에는 위 허가의제 규정을 그대로 적용할 수는 없고, 대부 허가를 받아 이를 사용할 수 있다고 해석하여야 한다. 
 이 사건의 경우, 갑 제7, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, ① 대구시는 계획적인 도시개발이 필요하다고 보아 1969. 5. 22. 건설부공고 제49호로 대구시 도시계획 동부지구 토지구획정리사업에 대하여 건설부로부터 토지구획정리사업법 제32조의 규정에 의하여 시행인가를 받은 사실, ② 대구시는 1970. 12. 경 피고에게 사업 시행상 철도부지를 확보할 필요가 있어 그 부지 토지를 소유권이전(일반 토지를 국유지로)할 수 있도록 협의를 요청한 사실, ③ 대구시는 1972. 4. 24. 철도부지 면적변경에 관하여 건설부로부터 인가를 받은 사실, ④ 대구시는 1973. 1. 5. 건설부공고 제100호로 사업시행기간을 변경하는 내용의 인가를 받았고, 1974. 2. 14. 건설부공고 제14호로 사업일부변경인가를 받아, 각 이를 관보에 게시한 후 1974. 12. 31.경 위 토지구획정리사업을 완료한 사실 등을 인정할 수 있는데, 이에 의하면 대구시가 토지구획정리사업 시행을 모두 완료한 이상 사용·수익의 허가의제는 더 이상 유지될 수 없으며, 철도청이 계속하여 사용할 필요가 있는 경우에는 피고로부터 허가를 받아 이를 사용하여야 하나, 기록을 살펴보아도 이에 관한 아무런 증거가 없다(다만 사용·수익허가를 받지 않았다고 하더라도 앞서 판단한 바와 같이 피고가 재량에 의하여 대부료를 면제할 수는 있다).
 (라) 공유재산 및 물품 관리법 제81조 제1, 2항에 의하면 ‘등기부 그 밖의 공부상의 명의인을 정당한 소유자로 믿고 상당한 대가를 지급하고 권리를 취득한 자(취득자의 상속인과 그 포괄승계인을 포함한다)의 재산이 취득 후에 공유재산으로 판명되어 지방자치단체에 귀속된 경우에는 변상금을 부과하지 아니 한다.‘고 규정하고 있다.
 이 사건의 경우, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1, 2, 3, 갑 제12호증의 1 내지 9, 을 제9호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, ① 국가는 1971. 4. 경 학교법인 영남학원으로부터 (주소 10 생략) 임야 2단 1무보, (주소 11 생략) 전 515평, (주소 12 생략) 답 57평, (주소 13 생략) 대 89평, (주소 14 생략) 전 2243평, (주소 15 생략) 임야 1,290평 중 395평, (주소 16 생략) 전 414평((주소 16 생략) 전 73평 및 (지번 3 생략) 전 351평)을 매수하여 관리청으로 하여금 관리하도록 한 사실, ② 위 토지들 중 (주소 11 생략) 토지, (주소 12 생략) 토지, (주소 13 생략) 토지, (주소 14 생략) 토지, (주소 15 생략) 중 395㎡ 토지는 구획정리구역 (지번 1 생략)에 구획정리된 사실, ③ 위 (주소 11 생략) 토지, (주소 12 생략) 토지, (주소 13 생략) 토지들은 모두 (주소 17 생략) 토지로, 위 (주소 14 생략) 토지는 (주소 18 생략) 토지로, (주소 15 생략) 중 395평 토지는 (주소 8 생략) 토지 및 (주소 19 생략) 토지로, 위 (주소 20 생략) 토지는 (주소 21 생략) 토지로 각 환지된 사실, ④ 철도부지로는 (지번 4 생략), (지번 5 생략), (지번 6 생략), (지번 7 생략), (지번 8 생략) 5필지 및 철도부지 남편 (지번 9 생략) 토지, 철도부지 북편 (지번 10 생략) 토지가 포함되어 있는 사실(문서송부촉탁 결과 중 기록 제160, 161면)을 인정할 수 있으나, 한편 이러한 사실만으로는 앞서 본 바와 같이 이 사건 제3토지에 관하여 1973. 11. 27. 대구시 명의로 소유권보존등기가 경료되어 있어 대구시 소유로 추정되는 점을 뒤집고, 원고 주장과 같이 토지구획정리사업 후 철도청으로 귀속되어야 함에도 행정착오 등의 사유로 대구시로 환지되었음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 
 (마) 그러므로 원고가 점유·사용하는 토지 부분에 관하여 점유할 적법한 권원을 보유하고 있다는 위 주장들은 모두 받아들이기 어렵다.
 마. 주위적 청구에 대한 판단
 (1) 행정처분이 당연 무효라고 하기 위하여는 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자의 중대·명백 여부를 판별함에 있어서는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요한다(대법원 1995. 7. 11. 선고 94누4615 판결, 대법원 2004. 11. 26. 선고 2003두2403 판결 등 참조).
 (2) 이 사건의 경우, ① 원고가 점유·사용하는 토지 부분 이외의 부분에 관하여도 변상금을 부과한 피고의 이 사건 처분에는 하자가 있음은 앞서 판단한 바와 같으나, 한편, 앞서 본 바와 같이 원고가 피고의 이 사건 토지들의 사용자확인요청이나 법원의 종전 소송에서의 사실조회에 대하여 자신이 이 사건 토지들을 점유·사용하고 있다는 취지로 회신하였던 점, ② 그 이후 피고가 이 사건 처분에 있어 원고에게 보낸 답변에 대하여도 원고 스스로 이 사건 토지들 지상에 있는 철도시설을 관리하고 있다는 점을 인정하였던 점, ③ 종전 소송에서 이 사건 토지들에 관한 부분에 관하여 원고가 이를 점유·사용하고 있음을 이유로 참가인에 대한 변상금부과처분이 취소되기까지 하였던 점 등에 비추어 보면, 피고로서는 원고가 2005. 1. 1. 이후 이 사건 토지들을 점유·사용하고 있다고 객관적으로 오인할 만한 충분한 사유가 있다고 봄이 상당하므로, 결국 변상금 부과대상자를 일부 잘못 지정한 이 사건 처분은 그 하자가 중대하며, 객관적으로 명백하다고 할 수는 없어, 이 사건 처분이 당연 무효라는 원고의 주위적 청구는 이유 없다. 
 바. 예비적 청구에 대한 판단
 (1) 피고의 본안 전 항변에 관한 판단 
 (가) 피고는, 이 사건 소 중 변상금부과처분의 취소를 구하는 부분은 원고가 이 사건 처분이 있었던 것을 안 날로부터 90일이 경과된 이후인 2009. 5. 7. 비로소 제기되었으므로 제소기간이 도과하여 부적법하다고 항변한다.
 (나) 행정심판법 제19조, 제23조의 규정 취지와 행정심판제도의 목적에 비추어 행정소송의 전치요건이 되는 행정심판청구는 엄격한 형식을 요하지 아니하는 서면행위이므로, 행정청의 위법 부당한 처분 등으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자로부터 처분의 취소나 변경을 구하는 서면이 제출되었을 때에는 그 표제와 제출기관의 여하를 불문하고 이를 행정소송법 제18조 소정의 행정심판청구로 보고, 불비된 사항이 있을 때에는 보정가능하면 보정을 명하고 보정이 불가능하거나 보정명령에 따르지 아니하면 그 때 비로소 부적법 각하를 하여야 한다(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누14067 판결 등 참조).
 (다) 이 사건의 경우, 갑 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고가 이 사건 처분 이후 2008. 6. 5. 피고에게 ‘공유재산 무단점유 변상금 부과통지에 따른 회신’이라는 제목으로 이 사건 처분의 취소를 구하는 서면을 제출하였음을 인정할 수 있는 바, 이에 의하면 비록 위 서면에는 심판청구임이 명시되어 있지는 아니하나 그 기재내용에 의하여 심판청구의 대상이 되는 처분의 내용 및 심판청구의 취지 및 이유를 알 수 있어 그 기재에 누락된 부분은 보정이 가능하므로, 원고는 이 사건 처분에 대하여 적법한 행정심판청구를 제기하였다고 볼 것이고, 이러한 원고의 행정심판청구에 대하여 아직 적법한 재결이 없는 이상 원고로서는 제소기간의 제한을 받지 아니한다 할 것이므로, 원고의 이 사건 소는 적법하고 피고의 위 항변은 이유 없다.
 (2) 본안에 관한 판단 
 (가) 원고가 이 사건 토지들 전부를 점유·사용하고 있음을 전제로 한 이 사건 처분은 원고가 점유·사용하고 있는 토지인 ① 이 사건 제1토지 2,169.9㎡, ② 이 사건 제2토지 중 839.9㎡, ③ 이 사건 제3토지 중 10,533.4㎡ 부분을 초과하는 부분에 관하여는 위법하다는 점은 앞서 본 바와 같다.
 (나) 나아가 2005. 1. 1.부터 2008. 3. 31.까지 원고가 점유·사용하고 있는 토지 부분의 면적에 상응하는 정당한 변상금을 산정하여 보면, 별지 변상금산출내역과 같이 814,323,770원( = 이 사건 제1토지 2,169.9㎡ 면적에 대한 변상금 107,980,740원 + 이 사건 제2토지 중 839.9㎡ 면적에 대한 변상금 41,526,800원 + 이 사건 제3토지 중 10,533.4㎡ 면적에 대한 변상금 664,816,230원)이므로, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 원고가 점유·사용하고 있는 토지 면적에 상응하는 정당한 변상금 814,323,770원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
 (다) 따라서 원고의 예비적 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있고, 나머지 부분은 이유 없다.
3. 결론
 원고의 주위적 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 예비적 청구는 위 인정범위 내에 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인데, 제1심 판결 중 주위적 청구 부분은 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 부대항소를 기각하고, 이와 결론을 일부 달리한 예비적 청구 부분 중 위 인정 금액 부분에 대한 피고 패소부분은 부당하므로 이를 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 피고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 한다.
[별지 생략]

판사 김창종(재판장) 김경대 이무상