법인세등경정청구거부처분취소 (세무, 청주지방법원)
공포일: 2011.06.09 / 시행일:

【원 고】 에머슨퍼시픽주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 김근재)
【피 고】 청주세무서장
【변론종결】2011. 5. 26.
【주 문】
1. 피고가 2009. 12. 28. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 귀속 법인세 및 농어촌특별세에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 관광 숙박업의 설치, 운영, 회원모집 및 임대, 위탁운영업 등을 목적으로 설립된 내국법인인데, 2005. 12. 30. 통일부장관으로부터 북한의 금강산 관광지구에 723억 5,500만 원을 단독으로 투자하여 금강산 골프, 스파 리조트 건설·운영을 목적으로 하는 사업내용에 관하여남북교류협력에 관한 법률(다음부터 ‘남북협력법’이라고만 한다) 제17조 제1항의 규정에 의하여 남북협력사업 승인을 받았다. 그 이후에 원고는 북한 금강산 관광지구에 원고 회사 금강산 지점을 설치하여 금강산 골프장 및 스파 리조트 사업 등을 영위하고 있다.
 나. 그런데 2008. 7. 경 북한의 금강산 관광지구에서 남한 관광객이 북한군의 총격으로 사망하는 사고가 발생함으로써 금강산 관광이 전면 중단되었고, 원고는 이로 인하여 2008 사업연도 중 금강산 지점에서 결손금 6,038,821,332원(다음부터 ‘이 사건 결손금‘이라고 한다)이 발생하였다.
 다. 원고는 2009. 3. 31. 2008 사업연도의 소득에서 이 사건 결손금을 공제하지 아니한 과세표준을 기준으로 2008 사업연도 법인세 및 농어촌특별세를 신고하였다가, 그 후 2009. 10. 28. 이 사건 결손금을 손금에 산입하여 2008 사업연도 법인세에 대한 과세표준 및 세액 경정청구를 하였다.
 라. 이에 대하여 피고는 2009. 12. 28. 원고에게, ‘남북 사이의 소득에 대한 이중과세방지 합의서’(다음부터 ‘이 사건 합의서’라고 한다) 제22조 제1항에서 규정하는 소득면제방식은 완전면제방식을 의미하는 것이고, 이에 따라 북측에서 소득이 발생하지 아니하고 결손금이 발생한 경우에는 남측 법인세의 과세표준 계산 시 공제하지 아니한다는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(다음부터 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제3호증, 갑 제6호증 내지 갑 제8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 당사자들 주장의 요지
 (1) 원고의 주장
 내국법인의 국내지점에서 결손금이 발생한 경우 그 결손금을 손금에 산입하여 법인세 과세표준을 산정하여야 하는 것이 원칙이고, 이 사건 합의서는 남북 중 어느 일방에서 세금을 부담한 경우 타방에서 세금을 부담하지 않도록 함으로써 이중과세를 방지하고자 하는 취지일 뿐이지, 법인세 과세표준 산정 시 결손금을 산입하지 못하도록 하는 규정은 아니므로, 결국 원고에 대한 법인세 과세표준 산정 시 이 사건 결손금을 손금에 산입하여야 함에도 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
 (2) 피고의 주장
 이 사건 합의서 제22조는 어느 일방에서 발생한 이자, 배당금, 사용료에 대해서는 세액공제방식으로, 그 외의 소득에 대해서는 소득면제방식으로 이중과세를 방지하는 것을 주내용으로 하고 있고, 일방의 소득을 정함에 있어 타방에서 발생한 소득을 전혀 고려하지 아니하는 완전면제방식을 취하고 있으므로, 이 사건 결손금은 원고에 대한 법인세 과세표준 산정 시 공제하지 않아야 타당하고, 결국 원고의 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
 다. 인정 사실
 (1) 남한과 북한은 2000. 12. 26. 남북 사이의 경제교류와 협력을 촉진하고, 어느 일방에서 발생한 소득에 대하여 과세권이 경합되는 것을 조정함으로써 조세의 이중부담을 방지하기 위하여, 남한의 대표로서 통일부장관이, 북한의 대표로서 내각책임참사가 이 사건 합의서를 작성하였는데, 이 사건 합의서 중 이 사건에 관련된 내용은 다음과 같다.
남북 사이의 소득에 대한 이중과세방지 합의서 남과 북은 2000. 6. 15. 발표된 역사적인 「남북공동선언」에 따라 진행되는 경제교류와 협력이 나라와 나라 사이가 아닌 민족내부의 거래임을 확인하고 소득에 대한 이중과세를 방지하기 위하여 다음과 같이 합의한다. 제3조 세금의 종류 1. 이 합의서에 따라 적용되는 세금의 종류는 다음과 같다. 가. 남측에서는 소득세, 법인세 및 소득할주민세 나. 북측에서는 기업소득세, 개인소득세, 소득에 대한 지방세 2. 세금의 종류에는 합의서가 체결된 후 본질적으로 같은 세금들로서 현행 세금들에 추가하여 부과되거나 그에 대체하여 부과되는 것들도 포함한다. 쌍방은 세금의 종류가 달라진 경우 그에 대하여 상호 통보한다. 제7조 기업이윤 1. 일방의 기업이 상대방에 있는 고정사업장에서 사업활동을 하여 얻은 이윤에 대한 세금은 상대방에서 부과할 수 있다. 이 경우 상대방에 있는 고정사업장에 귀속되는 이윤에 대하여서만 세금을 부과한다. 제22조 이중과세방지방법 1. 일방은 자기 지역의 거주자가 상대방에서 얻은 소득에 대하여 세금을 납부하였거나 납부하여야 할 경우 일방에서는 그 소득에 대한 세금을 면제한다. 그러나 이자, 배당금, 사용료에 대하여는 상대방에서 납부하였거나 납부하여야 할 세액만큼 일방의 세액에서 공제할 수 있다. 2. 일방은 자기 지역의 거주자가 상대방에서 얻은 소득에 대한 세금을 법이나 기타 조치에 따라 감면 또는 면제받았을 경우 세금을 전부 납부한 것으로 인정한다. 
 (2) 한편 이 사건 합의서에는 상대방의 지역에서 결손금이 발생한 경우 일방에서 이를 처리하기 위한 규정은 두고 있지 않다.
 (3) 국회 통일외교통상위원회는 이 사건 합의서에 대하여 국회 본회의에 상정하여 2003. 5. 17. 제240회 임시국회에서 이 사건 합의서가 의결되었다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 (1) 이 사건 합의서는, 남북관계가 나라와 나라 사이의 관계가 아닌 통일을 지향하는 과정에서 잠정적으로 형성되는 특수관계임을 전제로, 조국의 평화적 통일을 이룩해야 할 공동의 정치적 책무를 지는 남북한 당국이 특수관계인 남북관계에 관하여 채택한 합의문서로서, 남북한 당국이 각기 정치적인 책임을 지고 상호간에 그 성의 있는 이행을 약속한 것이라고 할 것이나, 이를 국가 간의 조약 또는 이에 준하는 것으로 볼 수는 없다고 할 것이다. 다만 이 사건 합의서는 일방의 기업이 상대방 안의 고정사업장을 통하여 얻은 기업이윤 중 고정사업장에 귀속시킬 수 있는 이윤에 대하여 그 상대방이 과세할 수 있도록 하되, 이중과세를 방지하기 위한 방법으로 자기 지역의 거주자가 상대방에서 얻은 소득에 대하여 상대방에게 세금을 납부하였거나 납부하여야 할 경우에 일방은 그 소득에 대한 세금을 면제하도록 하여 남북 사이의 경제적 측면에서의 교류와 협력을 촉진하기 위하여 작성된 것이고, 국회가 이를 의결함으로써, 원칙적으로 과세권한을 행사할 수 있는 내국법인의 북한에서 얻는 소득에 대하여 과세당국의 과세권을 제한할 수 있는 근거를 마련한 것이라고 할 것이다.
 (2) 남북 사이의 상호 교류와 협력을 촉진하기 위하여 제정된구 남북협력법(2010. 4. 5. 법률 제10282호로 개정되기 전의 것) 제26조 제3항 제6호,동법 시행령 제44조 제1항,제3항에 의하면, 남한과 북한 간의 투자, 물품 등의 반출이나 반입, 그 밖에 경제에 관한 협력사업과 이에 따르는 거래로 발생하는 소득에 대한 조세의 부과·징수·감면 및 환급 등에 관하여는 법인세법, 소득세법 등을 준용하되, 남북교류·협력으로 발생하는 소득에 대한 과세에 대하여 정부와 북한의 당국 간의 합의가 있는 때에는제1항에 따른 소득세법의 전부 또는 일부를 준용하지 아니할 수 있도록 규정하고 있다. 그런데 앞에서 살펴 본 바와 같이, 이 사건 합의서에는 상대방의 지역에서 결손금이 발생한 경우에 일방에서 이를 처리하기 위한 규정은 두고 있지 않으므로, 결국 내국법인인 원고가 북한의 금강산 지구에서 남북경제협력사업의 하나로 승인받은 사업을 영위하는 과정에서 발생한 이 사건 결손금의 처리에 대해서는 남한의 법인세법이 적용되어야 할 것이다.
 (3) 한편구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 다음부터 같다) 제60조 제1항,제66조 제1항,제2항 제1호,제4항에 의하면, 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하고, 납세지 관할세무서장 등은 내국법인이 신고를 하지 아니한 때에는 법인세의 과세표준과 세액을 결정하며, 신고를 한 내국법인의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 과세표준과 세액을 경정하고, 위 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 경정하도록 규정하고 있다. 또한구 법인세법 제13조,제14조에 의하면, 내국법인의 법인세 과세표준은 내국법인의 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 결손금 등을 순차로 공제한 금액이고, 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액이다.
 (4) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에서 살피건대, 원고에 대한 2008 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 산정함에 있어서 원고의 2008 사업연도 소득에서 금강산 지점에서 발생한 이 사건 결손금을 공제함이 타당하므로, 원고가 이 사건 결손금을 반영하여 한 이 사건 과세표준 및 세액 경정청구는 적법하다고 할 것이다. 그럼에도 불구하고 피고가 이 사건 합의서 제22조에 규정된 소득면제방식이 일방의 소득을 정함에 있어서 타방에서 발생한 소득을 전혀 고려하지 아니하는 이른바 ‘완전면제방식’이라는 이유를 들어서 원고의 2008 사업연도의 법인세 과세표준 산정 시 이 사건 결손금을 공제하지 않아야 한다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.
 3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[[별 지] 관계 법령 : 생략]

판사 최병준(재판장) 이혜성 김진희

甲 주식회사가 북한 금강산 관광지구에 지점을 설치하여 관광 관련 사업 등을 영위하던 중, 금강산 관광이 전면 중단됨으로써 위 지점에서 거액의 결손금이 발생하였으나 위 결손금을 공제하지 아니한 채 법인세 등을 신고하였다가 이후 이를 다시 손금산입하여 법인세에 대한 과세표준 및 세액 경정청구를 하였는데 과세관청이 이를 거부한 사안에서, 甲 회사의 법인세 과세표준 산정 시 금강산 지점에서 발생한 결손금을 공제하는 것이 타당하므로, 과세관청의 법인세 등 경정청구 거부처분이 위법하다고 한 사례

관광 숙박업의 설치, 운영 등을 목적으로 설립된 내국법인 甲 주식회사가 남북협력사업 승인을 받아 북한 금강산 관광지구에 금강산 지점을 설치하여 금강산 골프장 및 스파 리조트 사업 등을 영위하던 중 북한군의 총격으로 남한 관광객이 사망하는 사고가 발생하여 금강산 관광이 전면 중단됨으로써 금강산 지점에서 거액의 결손금이 발생하였으나 위 결손금을 공제하지 아니한 과세표준을 기준으로 법인세 등을 신고하였다가 그 후 결손금을 손금에 산입하여 법인세에 대한 과세표준 및 세액 경정청구를 하였는데, ‘남북사이의 소득에 대한 이중과세방지 합의서’ 제22조에 규정된 소득면제방식이 완전면제방식이라는 이유로 과세관청이 위 경정청구를 거부한 사안에서, ‘남북사이의 소득에 대한 이중과세방지 합의서’는 소득에 대한 이중과세를 방지하고자 하는 취지이고 상대방의 지역에서 결손금이 발생한 경우 일방에서 이를 처리하기 위한 규정은 두고 있지 않은 점, 내국법인인 甲 회사가 사업을 영위하는 과정에서 발생한 결손금 처리에 대해서는 남한 법인세법이 적용되어야 하고,구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제13조,제14조,제60조 제1항,제66조 제1항,제2항 제1호,제4항 등에 의할 때 甲 회사의 법인세 과세표준 산정 시 금강산 지점에서 발생한 결손금을 공제하는 것이 타당하므로, 과세관청의 법인세 등 경정청구 거부처분은 위법하다고 한 사례.