부가가치세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2007.05.22 / 시행일:

【원고, 항소인】 
【피고, 피항소인】 양천세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2006. 10. 13. 선고 2006구합11484 판결
【변론종결】2007. 4. 24.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2005. 4. 1. 원고에 대하여 한, 부가가치세 2000년 1기분 8,927,030원, 2기분 2,949,170원, 2001년 1기분 4,828,590원, 2기분 2,546,830원, 2003년 1기분 1,024,75
 0원의 부과처분을 취소한다. 
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가.소외 1은 처인소외 2 명의로 ‘○○○’라는 상호로 사업자등록을 하고 서울 관악구 신림동(지번 생략)에 있는 지입회사에 차적을 두고 강원도에서 운수알선업 등을 영위하다가 2002. 12. 31. 폐업한 사업자이다.
 나. 금천세무서장은○○○가소외 3,4 등에게 화물을 운송하여 준 바 없음에도 이에 관한 허위의 매출세금계산서를 발행한 것과 관련하여 세무조사를 하는 과정에서,소외 1로부터 ‘원고가○○○에서 소개하여 준 물량을 운송하고 세금계산서를 발행하지 아니하여○○○가소외 3 등 거래처에 대하여 직접 세금계산서를 발행한 것이다’라는 내용의 확인서를 제출받고서, 원고가소외 3,4에게 화물을 운송하여 주었음에도 불구하고 이에 관한 매출신고를 하지 않았다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.
 다. 피고는 이에 따라 2005. 4. 1. 원고에 대하여 위와 같은 매출신고 누락분 2000년 1기분 43,430,000원, 2기분 15,020,000원, 2001년 1기분 25,780,000원, 2기분 14,300,000원, 2003년 1기분 7,400,000원 합계 105,930,000원에 해당하는 청구취지 기재와 같은 부가가치세를 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 라. 원고가 이에 불복하여 2005. 6. 29. 피고에게 이의신청을 하였고 이에 대하여 피고는 2005. 7. 27. 원고의 주장이 이유 있는 것으로 판단되므로 실지거래여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하도록 한다는 취지의 결정을 하고(이하 ‘이 사건 재조사결정’이라 한다), 이를 금천세무서장에게 통보하였고, 2005. 7. 29. 원고에게 그 결정서가 도달하였다. 
 마. 한편 금천세무서장은 피고의 재조사결정 통보에 따라 2005. 9. 6.부터 2005. 10. 21.까지 재조사를 하고서 당초 결정이 정당한 것으로 판단하고 2005. 10. 18. 이를 피고에게 통지하였고, 피고는 2005. 10. 24. 원고에게 당초 결정이 정당하다는 재조사결과를 통보하였다.
 바. 이에 원고는 2005. 10. 28. 국세청에 심사청구를 제기하였는데, 국세청은 원고의 심사청구는 원고가 이 사건 재조사결정을 통보받은 2005. 7. 29.로부터 심사청구기간인 90일을 도과하여 제기된 것으로서 부적법하다는 이유로 2005. 12. 29. 청구를 각하하는 결정을 하였다.
 사. 이에 원고는 2006. 3. 20. 이 사건 소를 제기하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 5, 을 제2호증
2. 본안전 항변에 관한 판단
 가. 피고의 주장
 이 사건 재조사결정은 원고의 청구에 대한 재조사를 하여 그 결정에 따라 원고에 대한 부가가치세를 결정·경정하라는 취지로서, 원래의 부과처분을 취소하라는 취지가 아니고, 이 사건 재조사결정에 따른 처분이 존재하지 아니하므로, 원고로서는 이러한 재조사결정에 불복하는 경우 이 사건 재조사결정을 통보받은 날로부터 적법한 불복기간 내에 심판청구 등을 제기하여 당초 처분에 대한 취소를 구하여야 하는 바, 원고는 이 사건 재조사결정을 통보받은 날인 2005. 7. 29.로부터 90일이 이미 도과한 2005. 10. 28. 국세청에 심사청구를 하여 심사청구가 부적법 각하되었으므로, 원고는 전심절차를 거치지 않은 것과 마찬가지 이므로 이 사건 소는 부적법하다.
 나. 판 단
 (1) 일반적으로 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 당초 부과처분의 변경으로써 그에 의해 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이라 할 것이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다고 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상이 되는 것은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이 된다 할 것이고, 경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니라 할 것이고 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 1998. 5. 26. 선고 98두3211 판결 등 참조).
 (2) 그러므로 살피건대, 갑 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이의신청절차에서 ‘처분청이 거래내역 등에 대한 정확한 근거 없이소외 1의 확인서만으로 원고에게 부가가치세를 부과한 것은 근거과세 원칙에 위배된다’는 취지로 주장하였고, 피고는 원고의 주장을 받아들여 2005. 7. 27. ‘원고의 주장이 이유 있는 것으로 판단되므로 실지거래 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표액 및 세액을 경정하도록 한다’는 취지의 재조사결정을 한 사실이 인정되고, 그후 피고가 2005. 10. 24.경 당초 처분이 정당하다는 재조사결과를 원고에게 통보하자, 원고가 2005. 10. 28. 이 사건 처분에 관하여 국세심판청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같다.
 (3) 위 인정사실에 의하면, 원고로서는 향후 처분청이 재조사결정에 따라 어떤 결정을 내릴지 알 수 없어 재조사결정 자체만으로는 원고의 쟁송목적을 달성했는지에 대한 판단을 유보할 수밖에 없고, 이 사건 처분에 대한 불복 여부를 결정하기 위하여는 재조사결과에 따른 처분이 행하여진 이후에야 비로서 판단할 수 있는 것이어서, 이의신청절차에서 부과처분의 일부가 취소 또는 경정될 것으로 예상되는 재조사결정을 한 경우에 잔존하게 되는 나머지 부분에 관하여 적법한 심사청구기간을 준수하였는지 여부를 재조사 결정일을 기준으로 판단하여야 한다는 것과는 달리 이 사건과 같이 원고의주장이 이유 있음을 전제로 한 재조사결정에 있어서는 피고가 재조사절차를 거친 이후 그 결과를 통보한 날인 2005. 10. 24. 원고의 이의신청을 종국적으로 기각하는 결정을 한 것이라고 볼 것이다. 
 (4) 따라서 원고로서는 재조사결과를 통보받은 날을 기준으로 90일 이내에 국세청에 대하여 심사청구를 할 수 있다고 할 것이므로 2005. 10. 28. 제기된 원고의 심사청구는 위 기간 내 제기된 것이어서 적법함에도 불구하고 심판청구기간 도과를 이유로 한 국세청의 심사청구 각하결정은 결국 위법하다고 할 것이므로 피고의 위 주장은 이유 없다. 
3. 처분의 적법 여부
 가. 인정사실
 (1) 원고는 1998. 4. 1.부터 2001. 2. 12.까지 ‘□□□’라는 상호로, 2003. 7. 1.부터 2004. 12. 31.까지 ‘△△△’라는 상호로 사업자등록을 하고 지입차주로서 화물운수업 등을 하였으나, 2001. 2. 13.부터 2003. 6. 30. 사이에는 아무런 사업자등록을 하지 아니하였고, 사업자 등록을 하지 아니한 기간 중 2001. 3.경부터 2002. 9.경까지는소외 5 주식회사에서 화물트럭 운전기사로 근무하였다.
 (2)소외 1은 2004. 6. 18. 위와 같은 세무조사를 받으면서 원고 등 12명의 지입차주에 대한 운송알선 내용을 월별로 기재한 명세서를 첨부하여 원고 등에게 운송을 알선하고 그 대금을 지급하였다는 취지의 확인서(을 제5호증의 2, 3, 이하 ‘이 사건 확인서’라 한다)를 작성하였다.
 (3)소외 1은 세무조사를 받은 이후인 2005. 6. 23. 원고에 대하여 이 사건 확인서 중 원고에 관한 부분은 잘못 기재한 것이라는 내용의 확인서를 작성한 바 있고, 제1심 법원의 증인으로 출석하여 증언하면서 세무조사시 작성한 이 사건 확인서는소외 1이○○○의 운행일지를 기초하여 작성한 것이라고 하면서도, ① 이 사건 확인서 중 원고에 대한 부분은 자신이 세무조사를 받던 중 11톤 화물트럭 운반부분이 과다하다고 하여 위 운반부분을 세금계산서에 맞추는 과정에서소외 1이 알고 있는 원고 등 지인이나 차주를 임의로 넣어서 작성한 것으로 이는 실제 일한 부분이나 금액에 차이가 있고, ② 세무조사 당시 피고에게 이 사건 확인서의 기초가 된 운행일지를 제출하였으며, ③ 원고에게 화물을 소개하여 준 것은 2003. 초경이라고 증언하고 있다.
 [인정근거] 갑 제2호증의 1 내지 3, 갑 제9호증의 2, 갑 제12호증, 을 제2호증, 을 제5호증의 1 내지 4, 을 제6호증, 제1심 증인소외 1의 증언, 변론 전체의 취지
 나. 판 단
 (1) 그러므로 살피건대, 부가가치세를 신고하지 아니하는 경우 과세관청은 과세표준과 세액을 조사하여 결정을 하여야 하고, 이러한 경우부가가치세법 제21조 제2항은 ‘사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다’고 규정하고 있으므로, 과세처분을 결정하기 위해서는 장부 또는 증빙서류에 근거하여 하여야 할 것이다.
 (2) 이 사건 처분의 근거가 되는 유일한 근거는 이 사건 확인서라 할 것인데, 위 인정사실에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ①소외 1은 이 사건 확인서 중 원고에 대한 부분은 세금계산서에 맞추어○○○의 11톤 화물트럭 운반부분을 감축하는 과정에서 사실과 다르게 작성된 것이라고 그 내용을 부인하는 증언을 하고 있는 점, ② 원고는 이 사건 처분이 부과된 과세기간 중 2001.경에는소외 5 주식회사의 화물트럭 운전수로 근무하고 있어 지입차주가 아니었고, 2003. 7. 1.부터△△△라는 사업자등록을 하고 지입차주로서 화물운수업을 하였으며,소외 1도 원고에게 화물을 소개한 것은 2003.경이라고 증언하고 있는 점, ③ 이 사건 확인서가○○○의 운행일지에 기초하여 작성하였다고 하더라도 위 확인서는 제출자인소외 1이 아닌 원고에게 과세하기 위한 자료이므로 피고로서는 위 확인서의 내용을 운행일지와 대조하는 등 그 내용을 확인하여 과세하여야 할 것임에도 이러한 절차를 거쳤다고 인정할 아무런 자료가 없는 점 등에 비추어 보면 이 사건 확인서의 기재만으로 이 사건 처분이 과세근거에 기초하여 부과되었다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 이 사건 처분은 위법하다.
4. 결 론 
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 정장오(재판장) 문준필 장일혁