노선배분취소처분취소·국제선정기항공운송사업노선면허거부처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2003.07.24 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 주식회사 대한항공 (소송대리인 변호사 이임수 외 3인)
【피고, 피항소인 겸 항소인】 건설교통부장관
【보조참가인, 항소인】 주식회사 아시아나항공 (소송대리인 법무법인 세종 담당변호사 황상현 외 4인)
【제1심판결】 서울행법 200 1. 7. 5. 선고 2000구7291, 2000구18901(병합) 판결
【변론종결】 2003. 5. 1.
【주 문】
1. 제1심판결을 아래와 같이 변경한다.
 가. 원고의 이 사건 소 중 '피고가 1999. 12. 16. 원고에 대하여 한 서울/계림 노선에 대한 운수권배분실효처분의 취소'를 구하는 부분을 각하한다.
 나. 피고가 1999. 12. 16. 원고에 대하여 한 서울/곤명, 서울/무한, 서울/우룸치, 대구/청도, 부산/청도, 서울/천진 노선에 대한 운수권배분실효처분을 취소한다.
 다. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 원고의 항소를 기각한다.
3. 소송총비용은 보조참가로 인한 부분을 포함하여 이를 3분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고 및 보조참가인의 각 부담으로 한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
피고가 원고에 대하여 한, 1999. 12. 16.자 서울/계림, 서울/곤명, 서울/무한, 서울/우룸치, 대구/청도, 부산/청도, 서울/천진 노선에 대한 운수권배분실효처분 및 2000. 4. 26.자 서울/계림 노선의 국제선 정기항공운송사업(여객) 노선면허신청반려처분을 취소한다.
2. 항소취지
 가. 원고 : 제1심판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한, 1999. 12. 16.자 서울/계림 노선에 대한 운수권배분실효처분 및 2000. 4. 26.자 서울/계림 노선의 국제선 정기항공운송사업(여객) 노선면허신청반려처분을 취소한다.
 나. 피고 및 보조참가인 : 제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】 1. 기초사실 및 처분의 경위 등
 가. 대한민국 정부는 중화인민공화국(이하 '중국'이라 한다) 정부와 사이에, 1994. 7. 27. 양국의 항공기 정기편 운항에 관하여 서울/북경 노선을 제외한 특정노선에 양국에서 각 1개의 항공사만을 지정하기로 합의하는 '정기편 운항에 관한 한·중 비밀양해각서(Confidential memorandum of understanding on scheduled air services)'를 체결하였고, 1997. 11. 7. 서울/계림(주 3회), 서울/무한(주 3회), 서울/곤명(주 2회), 서울/우룸치(주 3회), 부산/청도(주 3회), 대구/청도(주 3회), 서울/천진(화물, 주 3회) 간 국제항공노선(이하 '이 사건 각 노선'이라고 한다)을 양국 각 1개 지정항공사로 하여금 운항하도록 하는 '비밀양해각서(Confidential memorandum of understanding)'를 체결하였다.
 나. 이에 따라 피고는 1998. 1. 24. 원고에 대하여 '한·중 항공노선 배분' 공문을 통하여 이 사건 각 노선을 국제선 단일노선의 신규노선으로 배분하면서, 항공법 및 항공협정 등의 규정에 의한 노선면허 신청, 사업계획 변경인가 신청, 상무협정의 변경과 체결 등 필요한 절차를 취하도록 하였고, '한·중 항공노선 운항항공사 지정통보' 공문을 통하여 외무부장관에게 한중항공협정 제3조에 의하여 우리측의 노선별 지정운항항공사의 지정사실을 중국측에 서면통보하도록 요청하였다.
 다. 한편, 피고는 보조참가인 항공사(이하 '참가인 항공사'라 한다)가 1988. 2. 17. 설립되어 국적항공사가 복수로 되자, 원고와 참가인 항공사에 신규 국제항공노선을 배분하는 문제에 관하여 아래와 같은 지침을 제정하여 그 노선배분의 원칙을 정한 다음, 이에 따라 노선을 배분하여 왔다. 
 라. 피고가 제정한 1990. 10. 15.자 '정기항공운송사업자지도ㆍ육성지침'(교통부 예규 제188호) 제6조 제3항은 "정기항공운송사업자에게 배분한 운항회수의 전부 또는 일부에 대하여 운항할 수 있는 날로부터 6월 내에 운항을 개시하지 않는 경우 당해 운항회수를 다른 정기항공운송사업자에게 배분할 수 있다. 단, 1차에 한하여 정기운송사업자의 신청에 의하여 6월 내의 기간을 정하여 연장할 수 있다."고 규정하고 있고, 1994. 8. 27.자 '국적항공사경쟁력강화지침'(교통부 예규 제194호) 제4조 제4항은 "특정 국적항공사에 배분한 신규노선권에 대하여 노선권을 행사할 수 있는 날로부터 1년 이내에 이를 행사하지 않는 경우 당해 노선배분은 무효로 한다."고 규정하고 있었다.
 국적항공사경쟁력강화지침은 1995. 7. 28. 건설교통부 예규 제2호(이하 '이 사건 지침'이라 한다)로 개정되면서 그 명칭이 교통부에서 건설교통부로 변경되고 그 내용은 그대로 유지되었다가, 1998. 7. 16. 한미항공자율화협정등 국제항공시장의 자유화추세에 따른 항공사의 자율성 제고 및 법령미근거 행정규제정비지침(국무총리지시 제1998-5호)에 의하여 폐지되었는데, 피고는 1999. 7.경 '국제항공정책방향'이라는 문서를 통하여 국제항공노선의 배분기준을 정하면서 노선배분 이후 1년 이상 취항하지 아니하는 경우 노선권을 회수한다는 방침을 다시 정하여 원고와 참가인 항공사에 통보하였다.
 마. 대한민국 정부와 중국 정부 간의 민간항공운수에 관한 잠정협정 제7조, 양국 정부 간의 1994. 7. 27.자 정기편 운항에 관한 비밀양해각서 제8조, 1997. 11. 7.자 비밀양해각서 제12조는, 양국 간 노선을 운항하는 지정항공사는 취항에 선행하여 상대국 지정항공사와 상무협정(Commercial arrangement)을 체결하여 양국 항공 당국의 승인을 받도록 규정하고 있다.
 바. 중국 민용항공총국(民用航空總局, 이하 '민항총국'이라 한다)은 1998. 2. 13. 중국 측 지정항공사로 서울/계림, 서울/무한 노선에 대하여는 남방항공공사(南方航空公司, 이하 '남방항공'이라 한다)를, 서울/곤명 노선에 대하여는 운남항공공사(云南航空公司, 이하 '운남항공'이라 한다)를, 부산/청도, 대구/청도 노선에 대하여는 국제항공공사(國際航空公司, 이하 '국제항공'이라 한다)를, 서울/우룸치 노선에 대하여는 신강항공공사(新疆航空公司, 이하 '신강항공'이라 한다)를 각 지정·통보하였고, 이에 원고는 수 차례에 걸쳐 공식 상협회의 및 비공식 접촉을 벌인 결과 1999. 11. 3. 남방항공과 사이에 이 사건 각 노선 중 서울/계림 노선에 대한 상무협정을 체결하였다.
 사. 이에 원고는 1999. 11. 5. 피고에게 위 상무협정에 대한 인가를 신청하는 한편, 같은 달 12. 이 사건 서울/계림노선에 관한 국제선 정기항공운송사업(여객) 노선면허 신청을 하였고, 1999. 12. 2. 중국 민항총국으로부터 이 사건 서울/계림노선에 관한 경영허가를, 같은 달 7. 취항허가(Inauguration approval)를 각 취득하였다.
 아. 그러나 피고는 1999. 12. 10. 원고에 대하여, 원고가 서울/계림노선의 운수권을 배분받은 이후 1년 이내에 노선권을 행사하지 않아 운수권 배분의 효력이 상실되어 위 노선에 대한 위 인가신청과 노선면허신청이 불가하다는 이유로 이를 반려하는 한편, 1999. 12. 16.에는 원고와 참가인 항공사에 대하여 '국제항공노선 운수권 배분 실효 통보'라는 제목의 서면을 통하여 "1997. 2. 20., 1998. 1. 24. 및 1998. 5. 14.자로 배분한 국제항공노선 운수권 중 1년이 경과하도록 취항하지 않은 노선에 대해서는 노선배분의 효력이 상실되었다."고 통보하였다.
 자. 피고는 1999. 12. 30. 참가인 항공사에 대하여 같은 달 16.자로 배분이 실효된 이 사건 각 노선 중 서울/계림노선에 대한 주 3회의 운수권을 재배분하고, 같은 달 31. 외교 경로를 통하여 중국측에 위 노선의 우리 나라측 지정항공사가 원고에서 참가인 항공사로 변경되었음을 통보하였다.
 차. 참가인 항공사는 2000. 3. 9. 남방항공과 사이에 이 사건 서울/계림노선에 대한 상무협정을 체결하고, 같은 달 10. 피고에게 그에 대한 인가신청 및 국제선 정기항공운송사업(여객) 노선면허를 신청하여 같은 달 15. 그 면허를 취득한 다음, 같은 달 30. 중국 민항총국으로부터 이 사건 서울/계림노선에 관한 취항허가를 취득하였으며, 2000. 4. 3. 위 노선에 취항하고, 같은 달 24. 경영허가를 취득하였다. 
 카. 원고는 2000. 3. 15. 피고의 위 1999. 12. 16.자 이 사건 각 노선의 운수권배분실효처분 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하는 외에, 피고의 참가인 항공사에 대한 1999. 12. 30.자 서울/계림노선의 운수권배분처분 및 2000. 3. 15.자 노선면허처분과 관련하여, 2000. 3. 20. 서울행정법원 2000구7895호로 위 운수권배분처분의 취소를 구하는 소를 제기하고, 2000. 3. 27. 위 법원 2000구8713호로 위 노선면허처분의 취소를 구하는 소를 각 제기하였다가 그 후 위 2000구7895호를 취하하였는데, 위 2000구8713호 사건은 2001. 7. 5. 위 법원에서, 선행처분인 원고에 대한 위 노선의 운수권배분실효처분 및 면허신청반려처분에 불가쟁력이 발생하였고 위 선행처분이 당연무효라고 볼 수 없으므로 후행처분인 참가인에 대한 위 노선의 면허처분에 관하여 선행처분의 효력을 더 이상 다툴 수 없으며 위 후행처분에도 고유한 하자가 없다는 이유로 원고의 청구를 기각하는 판결이 선고되었고, 항소심인 이 법원 2001누12415호에서도 2003. 2. 6. 같은 이유로 원고의 항소를 기각하는 판결이 선고되었다.
 타. 원고는 참가인 항공사가 서울/계림노선에 취항한 이후인 2000. 4. 22. 피고에게 위 노선에 대한 부정기노선면허를 신청하는 한편, 같은 달 24. 위 노선에 대한 정기노선면허 및 상무협정 인가를 다시 신청하였으나 피고가 같은 달 26. 원고의 위 각 신청을 반려하자 위 노선에 대한 위 정기노선면허반려처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.
 파. 피고는 현재 이 사건 소송이 종료될 때까지 이 사건 각 노선에 대한 정기노선 면허발급 거부방침을 밝히고 있고, 원고는 부산/청도, 서울/곤명, 서울/무한, 서울/천진(화물) 등 4개 노선에서 2001. 9.경 및 11.경부터 피고로부터 1개월 단위로 국제부정기편운항인가를 받아 대중이용전세(Public Charter)의 형태로 전세기를 운항중이다.
 [인정 근거 : 갑 제1 내지 9, 24, 25, 26, 36, 44, 45, 52, 54의 1, 2, 55, 58, 59, 60, 101, 107, 108호증, 을가 제1, 2, 3, 5, 9, 29, 30, 31, 34, 35, 38호증, 을나 제1, 2, 3, 4, 5호증의 각 기재, 변론의 전취지]
 2. 당사자의 주장
 가. 원고의 주장
 (1) 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 각 노선의 운수권배분실효처분과 서울/계림 노선에 대한 노선면허거부처분, 참가인에 대하여 한 서울/계림 노선의 운수권배분처분 및 면허처분 등은 모두 원고가 운수권배분 후 노선권을 행사할 수 있는 날로부터 1년이 경과하도록 취항하지 않아 운수권이 실효된 것을 전제로 하고 있으나, 이는 아무런 법적 근거가 없고, 피고가 위 처분의 근거로 주장하는 이 사건 지침은 단순한 행정기관 내부의 업무처리지침에 불과하여 대외적인 구속력을 가지는 것이 되지 못하므로, 결국 위 지침을 근거로 한 피고의 위 각 처분은 모두 위법하다.
 (2) 가사 이 사건 지침이 구속력을 가진다고 하더라도 위 지침에 규정된 '노선권을 행사할 수 있는 날'은 상무협정 등의 체결이 취항의 전제조건이 되는 경우에는 '상무협정이 체결된 날' 등 운수권을 실제로 행사하기 위한 요건이 충족된 날로 해석하여야 하고, 따라서 운수권이 배분된 날을 기산일로 하여 원고가 이 사건 각 노선에서 운수권을 배분받은 날로부터 1년간 노선권을 행사하지 않았다는 이유로 피고가 원고에 대하여 위 각 노선의 운수권배분실효처분 및 면허거부처분을 하였음은 위법하다.
 (3) 또한, 이 사건 각 노선의 운수권배분 후 중국측 항공사의 비협조와 양자강의 홍수 등으로 인하여 취항이 다소 지연되었으나 원고가 그 취항을 위하여 많은 노력을 기울였고, 특히 서울/계림 노선에 대하여는 중국 항공사와 사이에 상무협정을 체결하고 중국 정부로부터 영업허가와 운항허가를 취득하는 등 취항준비를 대부분 마친 단계에서 피고가 갑자기 이 사건 각 노선에 대한 운수권배분실효처분을 한 데다가, 나아가 위 서울/계림 노선에 대하여는 원고의 노선면허신청반려처분을 한 다음 경쟁사인 참가인 항공사에게 위 노선에 대한 면허처분을 함으로써 원고의 정당한 신뢰이익을 저버리고 비례의 원칙에 반하는 처분을 하였을 뿐 아니라, 청문절차 등 원고에게 불이익한 위 각 처분을 하면서 필수적으로 거쳐야 할 행정절차도 제대로 거치지 아니한 위법이 있다.
 나. 피고의 주장
 (1) 피고의 운수권 또는 노선권 배분은 항공법상 인정되는 권리가 아니고 이는 앞으로 해당노선에 대하여 정기운송사업면허를 신청하는 경우 혹은 기취항중인 노선에 대하여 사업계획변경인가를 신청하는 경우 이를 교부 또는 인가할 예정이라는 정책적 판단 또는 약속을 사실상 통지한 것에 불과하여 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수 없고, 피고의 이 사건 운수권배분실효통보 역시 당초 원고에게 배분한 이 사건 각 노선에 대한 운수권이 일정한 사유로 실효된 사실을 알려주는 사실 또는 관념의 통지에 불과하여 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 않으므로, 이 사건 각 노선에 대한 운수권배분실효통보의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 부적법하다.
 (2) 피고의 운수권배분실효통보는 그 성격상 최종처분인 정기항공운송사업면허거부처분에 흡수되는 관계에 있고, 원고가 피고의 1999. 12. 10.자 서울/계림노선에 대한 면허거부처분에 대하여 다투지 않아 불가쟁력이 생긴 이상 위 노선에 대한 운수권배분실효통보의 취소를 구하는 원고의 청구는 부적법하며, 이에 따라 원고는 더 이상 위 노선의 운수권을 배분받은 자가 아니어서 위 노선에 대한 2000. 4. 26.자 노선면허거부처분의 취소를 구할 수 있는 지위에 있지 않으므로 위 거부처분 취소를 구하는 원고의 청구 역시 부적법하다.
 (3) 이 사건 지침은 참가인 항공사가 후발 항공사로 참여하여 복수항공사에 대한 신규노선의 배정 문제가 생김에 따라 원고와 참가인 항공사 등 두 항공사에만 적용하기 위하여 제정된 것이고, 피고는 위 지침에 따라 위 두 항공사가 노선배분 후 1년 이내에 이를 행사하지 않는 경우 예외없이 배분한 노선의 운수권을 실효시켜왔으므로, 위 지침은 대외적으로 국민을 기속하는 효력은 없다 하더라도 적어도 원ㆍ피고와 참가인 항공사에 대하여는 당연히 구속력을 가지는 규범으로서 상당한 기간 동안 관행으로 자리잡은 법규 내지 준법규의 성질을 가지는 것일 뿐더러, 위 지침이 1998. 7. 16. 폐지되었다 하더라도 위 지침이 폐지되기 전인 1998. 1. 24.에 이루어진 이 사건 각 노선의 운수권배분 및 그 실효처분에 대하여는 당연히 위 지침이 적용되어야 한다. 
 (4) 피고는 원고에 대하여 이 사건 운수권배분 당시 미리 통지한 이 사건 지침에 따라 '노선배분일로부터 1년 이내에 취항할 것'이라는 부관을 붙여 노선을 배분한 것이고 이는 1년 이내에 취항하지 못할 경우 해당 노선배분을 철회할 것을 유보한 것이므로, 피고는 이러한 유보된 철회권의 행사로서 또는 부담의 불이행을 사유로 이 사건 각 노선에 대한 운수권배분을 철회할 수 있다고 보아야 하고, 또한 피고의 이러한 처분은 재량행위로서 국가 외교정책적 관점에서 추진되는 항공정책의 특수성, 국가항공정책의 대외적 신뢰성과 일관성 등에 비추어 볼 때 그 처분으로 인하여 원고가 입게 된 손해를 감안한다고 하더라도 그 정당성이 인정되어야 하며, 특히 원고가 이 사건 각 노선에서 1년 이내에 취항하지 못한 것은 위 각 노선의 경제성을 부정적으로 본 결과 사실상 취항의사가 없어 적극적으로 노선개설을 추진하지 않은 자신의 귀책사유로 인한 것일 뿐더러, 1997. 8. 6. 발생한 괌 여객기 추락사고의 원인이 원고에게 있다는 조사결과가 1999. 11. 3. 미국국가교통안전위원회로부터 발표되는 등 원고에 대하여 이 사건 각 노선의 운수권배분을 철회할 만한 중대한 공익상의 사정변경이 생겼으므로, 결국 피고의 위 운수권배분실효처분은 정당하다.
 3. 운수권배분의 처분성
 가. 인정 사실 
 (1) 일반적으로 국제항공노선의 경우에는 사업계획을 수립하고 항공교통의 안전을 확보하기 위하여 필요한 조치를 취하는 데 상당한 시간 및 비용과 노력이 들고, 특히 이 사건과 같이 정부간에 체결된 양해각서 등 부속문서에 상무협정의 체결 등 세부사항에 관한 조건이 구체적으로 설정되어 있는 경우에는 이를 충족하지 못하면 사실상 취항이 불가능하기 때문에, 피고는 항공사에 대하여 다음과 같은 일련의 단계적 과정을 거쳐 노선면허를 부여하여 왔다.
 ① 피고, 항공사에 운수권 배분, ② 피고, 외교 경로를 통하여 상대국에 지정항공사 통보, ③ 이 사건과 같이 상무협정조건이 있는 경우에는 [㉮ 지정항공사 간 상무협정 내용 합의를 위한 교섭→ ㉯ 지정항공사 간 상무협정 체결→ ㉰ 항공사, 양국 정부에 상무협정 인가 신청→ ㉱ 정부, 상무협정 인가], ④ 항공사, 양국 정부에 노선면허 신청, ⑤ 피고, 노선면허 부여
 (2) 이에 따라 피고는 1998. 1. 24. 원고에게 공문을 통하여 이 사건 각 노선에 관한 운수권을 배분한다는 통보를 하였는데 이를 구체적으로 살펴보면, 첫째, 위 공문의 제목이 '한·중 항공노선 배분'으로 되어 있어 그 행위가 피고의 원고에 대한 특정노선의 배분이라는 처분행위임을 명백히 밝히고 있고, 둘째, 항공법상 피고가 원고에게 이 사건 운수권을 배분하는 처분을 할 근거는 없으나 그 본처분에 해당되는 노선면허처분을 할 권한이 있을 뿐 아니라 한·중항공협정상으로도 피고가 항공사에 운수권을 배분함을 전제로 한 규정이 있으며, 셋째, 그 통보내용은 원고에게 기존노선의 증회 및 신규노선권을 배분하니 항공법 및 관련 항공협정 등의 규정에 의한 노선면허신청, 사업계획 변경인가신청, 상무협정의 변경 및 체결 등 필요한 절차를 취하라는 내용으로 실질적으로 원고가 피고로부터 운수권을 배분받지 못한 노선에 대하여는 항공법 및 항공협정 등의 규정에 따르는 필요한 절차를 취하지 못하게 된다. 
 (3) 원래 국제민간항공협약에 의하면, 정기국제항공업무는 체약국의 특별한 허가나 인가를 받아 그 허가 또는 인가의 조건에 따르는 경우를 제외하고 그 체약국의 영역에 들어가거나 그 상공을 비행할 수 없도록 규정되어 있으나(제6조), 대한민국 정부는 1994. 10. 31. 중국 정부와 사이에 민간항공운수에 관한 잠정협정(이하 '한·중 항공협정'이라 한다)을 체결하여 항공업무의 개설 및 운영에 관하여 합의하였는데, 위 협정에는 각 당사국은 타방 당사국에게 특정노선에서 합의된 업무를 운영할 항공사들을 서면으로 지정하면, 타방 당사국은 위 지정을 접수하는 즉시 일정한 조건에 맞으면 지정항공사들에 대하여 부당한 지체 없이 적절한 운항허가를 부여하도록 규정되어 있으며(제3조), 양 당사국은 타방의 지정항공사들이 부속서에 규정된 노선에서의 국제항공업무를 개설하고 운영할 수 있도록 타방 당사국에게 이 협정에 규정된 제 권리를 부여하고(제2조), 각 당사국의 지정항공사들은 특정 노선상의 합의된 업무를 운영함에 있어서 ① 타방 당사국의 항공당국에 의하여 정해진 항로를 따라 그 당사국의 영역을 통과하는 무착륙비행, ② 양 당사국의 항공당국에 의하여 합의된 타방 당사국 영역 내 제지점에서의 비운수목적의 착륙, ③ 타방 당사국의 영역을 출발지 또는 목적지로 하는 국제운송에서 승객 수하물, 화물 및 우편물의 적재 및 하륙을 위한 타방 당사국 영역 내 특정 노선상 제지점에서의 착륙, ④ 양 당사국의 항공당국의 합의에 따라 일방 당사국의 지정항공사가 제3국을 목적지나 출발지로 하는 국제운송을 타방 당사국 영역 내 제지점에서 적재하고 하륙할 권리가 있다고 규정되어 있다.
 (4) 한편, 항공법은 국제민간항공조약의 규정과 동 조약의 부속서로서 채택된 표준과 방식에 따라 항공기 운행의 안전을 도모하기 위한 방법을 정하고 항공시설 설치·관리의 효율화를 기하며 항공운송사업의 질서를 확립함으로써 항공의 발전과 공공복리의 증진에 이바지함을 목적으로 제정되었는데( 제1조), 항공법 제2조는 정기항공운송사업이라 함은 한 지점과 다른 지점 사이에 노선을 정하고 정기적으로 항공기를 운항하는 항공운송사업을 말한다고 규정하고 있고, 제112조 제1항은 정기항공운송사업을 경영하고자 하는 자는 '노선별'로 건설교통부장관의 면허를 받아야 한다고 규정하고 있어, 정기항공운송사업을 영위하기 위해서는 미리 정해진 노선과 그 노선배분이 있음을 전제로 하고 있고, 피고도 정기항공운송사업자에 대한 운수권 배분과정에서 원고와 참가인 항공사 사이에 발생할 수 있는 다툼과 과당경쟁을 방지하고 정기항공운송사업의 건전한 발전을 도모하기 위하여 운수권 배분에 관한 원칙과 기준을 규정하는 내부지침을 두고 있다. 
 (5) 항공사가 운수권을 배분받은 이후 그 노선에 취항하기 위하여는 항공법 제112조에 의한 노선면허를 받아야 하고, 이 경우 위 법 제113조에 의한 면허기준인 ① 당해 사업의 개시로 항공교통의 안전에 지장을 줄 염려가 없을 것, ② 사업계획상의 운항계획이 이용자의 편의에 적합할 것, ③ 당해 사업에 사용할 항공기의 대수 및 사업의 재정적 기초가 건설교통부령이 정하는 기준 등에 적합하여야 하지만, 그보다는 당해 노선에 대한 노선권이 있는지 여부, 지정항공사 지정을 전제로 한 경우 지정항공사로 지정되어 있는지 여부, 이 사건과 같이 상무협정이 조건으로 되어 있는 경우에는 그 협정의 체결 여부, 당해 노선을 운항할 승무원, 항공기 등을 보유하고 있는 사정 등이 노선면허발급을 결정하는 주된 사유가 된다. 
 [인정 근거 : 위에서 든 각 증거, 을가 제39호증의 기재, 변론의 전취지]
 나. 판단
 위 인정 사실에 나타난 바와 같이, 국제선 단일노선의 경우 정기항공운송사업을 하고자 하는 자는 자국 정부로부터 노선배분을 받고 상대국에 해당 노선의 지정항공사라는 사실이 통보되면 그 지위에서 상대국 지정항공사와 상무협정을 체결하는 등 노선개설에 필요한 절차를 밟은 뒤 양국 항공운송 주무관청으로부터 정기항공운송사업 노선면허를 받아 해당 노선에 취항하는 국제항공노선 개설에 있어서의 특수성, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 각 노선에 관한 운수권 배분통보의 형식과 내용, 한·중 항공협정과 항공법의 관련 규정, 국제정기항공운송사업 노선면허 발급기준과 처리실태 및 그 동안의 업무관행 등을 종합하여 보면, 국제정기항공노선의 운항은 항공사가 상대국의 공항에 여객이나 화물을 수송할 수 있는 권리인 운수권(traffic rights)의 존재를 전제로 하고 있으므로 항공사는 운수권이 없으면 상대국 공항으로의 운항이 불가능한데, 이러한 운수권은 국가 간의 항공협정에 의하여 국가가 이를 확보한 후 자국 항공사에 배분해 왔으며, 항공사로서는 피고로부터 노선면허를 받기 위하여는 먼저 피고로부터 운수권을 배분받은 다음 이를 전제로 하여 일정기간 내에 시설과 장비 등을 갖추어 해당 노선의 면허를 신청할 수 있으므로, 위와 같은 피고의 특정 노선에 대한 운수권 배분 또는 그 취소는 특정 항공사에게 해당 노선의 운항을 위한 면허와 관련된 일정한 내용의 권리를 설정하거나 제한하는 행위임과 동시에 그 운수권이 없는 경우에는 노선면허신청 자체를 제한하는 내용의 처분행위로서 노선면허의 전단계인 중간단계의 행정처분에 해당한다고 할 것이다.
 한편, 피고의 위와 같은 운수권 배분처분에 기초하여 해당 노선에 대한 노선면허까지 이루어진 경우에는 위와 같은 중간단계의 운수권 배분처분은 그 독자적인 의의를 상실하고 그 노선면허처분에 흡수되는 것이므로 그러한 경우, 항공사가 독립적으로 그 운수권 배분처분의 취소를 구할 소의 이익은 상실된다고 할 것이지만, 아직 노선면허처분까지 나아가지 아니하는 동안에는 중간단계의 행정처분으로서 그 운수권 배분처분의 취소를 구할 소의 이익이 인정된다고 할 것이다.
 4. 서울/계림 노선에 대한 운수권배분실효통보의 처분성
 가. 피고가 1999. 12. 10. 이 사건 서울/계림노선에 관한 국제선 정기항공운송사업(여객) 노선면허신청을 한 원고에 대하여 그 운수권을 배분받은 이후 1년 이내에 노선권을 행사하지 않아 운수권 배분의 효력이 상실되었다는 이유로 위 신청을 반려(이하 이를 '제1차 면허거부처분'이라고 한다)하는 한편, 1999. 12. 16.에는 원고에 대하여 '국제항공노선 운수권 배분 실효 통보'라는 제목의 서면을 통하여 1998. 1. 24.자로 배분한 서울/계림 노선을 포함한 이 사건 각 노선의 운수권은 원고가 1년이 경과하도록 취항하지 않아 그 노선배분의 효력이 상실되었다고 통보한 사실은 앞서 본 바와 같다.
 나. 살피건대, 운수권 배분처분은 노선면허를 받기 위한 중간적인 단계의 처분으로서 그에 기초하여 노선면허가 이루어진 경우에는 그 독자적 의의를 상실하고 노선면허에 흡수되는 관계에 있는 점, 운수권 배분처분 이후에 운수권이 실효되었음을 전제로 하는 노선면허거부처분이 있는 경우 그 노선면허거부처분 자체를 다투는 것 이외에 그 전제가 된 운수권의 실효 여부에 관하여 따로 다툴 아무런 실익이 없는 점, 통상의 경우 피고로서도 위와 같은 사유로 노선면허거부처분을 한 경우 별도로 원고에 대하여 해당 노선의 운수권이 실효되었다는 통보를 다시 하지는 않을 것으로 보이는 점(피고의 1999. 12. 16.자 운수권배분실효통보는 이 사건 각 노선에 대하여 일괄적인 운수권배분실효통보를 하다 보니 이미 운수권이 실효된 서울/계림 노선이 포함된 것일 뿐 위 노선에 대한 별도의 운수권배분실효처분을 할 필요성이 있어서 통보를 한 것으로는 보이지 않는다) 등에 비추어 보면, 피고의 위 1999. 12. 10.자 제1차 면허거부처분은 서울/계림노선의 면허를 받기 위한 중간적 단계의 처분인 운수권 배분이 실효되었고 따라서 이를 전제로 한 위 노선에 대한 면허신청을 반려한다는 취지의 처분으로서 위 노선의 운수권배분실효처분과 노선면허거부처분을 한꺼번에 한 것으로 봄이 상당하다.
 다. 그렇다면 피고의 원고에 대한 서울/계림 노선의 운수권 배분처분은 위 제1차 면허거부처분으로 그 효력이 상실되었다고 할 것이므로, 피고가 제1차 면허거부처분 이후인 1999. 12. 16. 원고에 대하여 이 사건 각 노선의 운수권배분이 실효되었다고 통보하였다고 하더라도 이는 위 각 노선 중 피고의 제1차 면허거부처분으로 이미 운수권 배분의 효력이 상실된 서울/계림 노선에 대하여는 그 운수권이 실효된 사실을 확인하여 알려주는 사실 또는 관념의 통지에 불과할 뿐 위 노선의 운수권을 소멸시키는 새로운 처분은 아니라고 할 것이고, 따라서 피고의 서울/계림 노선의 운수권배분실효통보는 결국 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수는 없다고 할 것이니, 위 노선의 운수권배분실효통보의 취소를 구하는 원고의 이 부분 청구는 부적법하다.
 5. 2000. 4. 26.자 서울/계림 노선면허신청반려처분(제2차 면허거부처분)의 적법성 여부
 가. 피고가 1999. 12. 10. 원고에게 서울/계림노선에 대하여 그 운수권배분실효처분을 포함한 제1차 면허거부처분을 한 이후, 참가인 항공사가 피고로부터 위 노선에 대한 운수권을 재배분받고 그 면허까지 받아 2000. 4. 3.부터 취항하고 있는 사실, 원고가 2000. 4. 24. 피고에 대하여 위 노선에 대한 피고의 위 운수권배분실효처분이 효력이 없음을 전제로 정기노선면허를 다시 신청하였으나 피고가 2000. 4. 26. 이를 거부하는 제2차 면허거부처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.
 나. 살피건대, 거부처분은 당사자의 신청에 대하여 관할행정청이 이를 거절하는 의사를 대외적으로 표시함으로써 성립되는 것인바, 당사자가 한 신청에 대하여 거부처분이 있은 후 당사자가 다시 동일한 신청을 한 경우에 그 신청의 내용이 새로운 신청을 하는 것이라면 관할행정청이 이를 다시 거절한 이상 새로운 거부처분이 있은 것으로 보아야 할 것이므로, 피고의 위 2000. 4. 26.자 제2차 면허거부처분은 제1차 면허거부처분 이후에 원고가 한 새로운 노선면허신청에 대하여 다시 이를 새로이 거부한 처분으로서 별도로 항고소송의 대상이 된다고 할 것이다. 
 다. 한편, 원고가 피고의 1999. 12. 10.자 제1차 면허거부처분에 대하여 적법한 제소기간 내에 행정소송을 제기하지 아니한 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없는바, 원고는 피고의 위 1999. 12. 10.자 운수권배분실효처분을 포함한 제1차 면허거부처분에 대하여 다투지 아니함으로써 위 면허거부처분에 포함되어 있는 서울/계림 노선에 대한 운수권배분실효처분에 관하여도 더 이상 이를 다툴 수 없게 되었다고 할 것이다. 
 따라서 원고는 서울/계림노선에 대한 운수권이 이미 실효되었음을 이유로 한 피고의 제2차 면허거부처분에 대하여도 그 전제가 되는 운수권배분실효처분을 더 이상 다툴 수 없게 된 이상 이를 이유로 위 면허거부처분의 위법성을 다툴 수 없게 되었다고 할 것이므로, 위 운수권배분실효처분이 위법함을 전제로 한 원고의 이 부분 청구는 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다(운수권배분은 노선면허 신청의 전제요건일 뿐 그 면허거부처분의 당부를 소로써 다툴 수 있는 전제요건이나 당사자적격의 요건이 아니므로, 원고가 위 면허거부처분의 전제가 된 위 운수권배분실효처분을 더 이상 다툴 수 없게 되었다고 하여 위 면허거부처분의 취소를 구할 지위에 있지 않다고는 할 수 없고, 따라서 원고의 이 부분 청구 자체가 부적법한 것이라고는 할 수 없다). 
 6. 서울/계림노선을 제외한 나머지 노선에 대한 운수권배분실효처분의 적법성 여부
 가. 실효처분의 근거와 이 사건 지침의 효력
 (1) 피고가 1999. 12. 16. "신규노선권에 대하여 노선권을 행사할 수 있는 날로부터 1년 이내에 이를 행사하지 않는 경우 당해 노선배분은 무효로 한다."고 규정한 이 사건 지침 제4조 제4항에 의하여 원고의 이 사건 각 노선에 대하여 운수권배분실효통보를 한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 피고가 1998. 1. 24. 원고에게 이 사건 각 노선에 대한 운수권을 신규로 배분할 당시 '노선배분일로부터 1년 이내에 취항할 것'이라는 부관을 붙여 노선을 배분하면서 1년 이내에 취항하지 못할 경우 그 노선배분이 실효됨을 조건으로 하거나 또는 위와 같은 조건의 성취 여부에 따라 위 노선배분의 철회권을 유보한 것이라는 점을 인정할 아무런 증거가 없다. 
 또한, 이 사건 지침은 상위법에 근거를 두지 아니한 것으로서 그 성질 및 내용으로 보아 행정청 내부의 사무처리준칙을 정하고 있는 것에 불과하여 대외적으로 법원이나 일반국민을 기속하는 효력은 없다고 할 것인 데다가, 위 지침은 원고가 이 사건 각 노선의 운수권을 배분받은 날로부터 1년의 기간이 경과하기도 전인 1998. 7. 16. 폐지되었으므로 위 지침에서 위와 같은 조항이 규정되어 있었다고 하여 이 사건 각 노선의 운수권에 대하여 위 조항을 근거로 하여 바로 위 운수권 배분처분을 취소하거나 철회할 수는 없다고 할 것이다.
 (2) 피고는 이에 대하여, 이 사건 지침은 제정 당시 원고와 참가인 항공사의 의견을 모두 반영하여 제정된 다음 위 두 항공사에 통보되어 원고 등이 모두 그 내용을 잘 알고 있는 점, 피고는 위 지침에 따라 신규노선의 실효문제를 일관되게 처리해 왔는데, 위 지침이 1998. 7. 16. 폐지된 이후에도 같은 방침에 따라 업무를 처리해 오던 중 1999. 7.경 '국제항공정책방향'이라는 문서를 통하여 '1년 이내 미취항시 배분받은 신규노선의 무효처리' 원칙을 다시 명문화하여 원고와 참가인 항공사에게 통보한 점, 피고가 이 사건 처분 이전에도 2번(원고의 서울/멕시코시티 노선, 참가인 회사의 서울/뉴델리 노선)에 걸쳐 같은 사유로 기한연장허가를 거부한 점 등에 비추어 보면, 위 지침은 상당한 기간 동안 관행으로 자리잡은 법규 내지 준법규의 성질을 가지는 규범으로 원ㆍ피고와 참가인 항공사를 구속하는 효력을 가진다는 취지로 주장하나, 피고가 이 사건 지침 제정 당시 원고 및 참가인 항공사의 의견을 반영하였고 그 내용을 원고 등에게 통보하였으며 이 사건 처분 이전에도 2번에 걸쳐 같은 사유로 기한연장허가를 거부하였다는 점 등만으로 위 지침의 내용이 행정선례나 상당한 기간 동안의 관행으로 정착된 법규 내지 준법규의 성질을 가지는 규범이 되었다고는 볼 수 없을 뿐더러, 위 '국제항공정책방향' 역시 피고의 일방적인 업무처리방침에 불과할 뿐 관련 당사자를 기속하는 규범이나 준칙이라고는 할 수 없을 것이므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.
 (3) 다만, 행정행위를 한 처분청은 그 처분 당시에 행정처분에 별다른 하자가 없었고 또 그 처분 후에 이를 취소할 별도의 법적 근거가 없다 하더라도 원래의 처분을 그대로 존속시킬 필요가 없게 된 사정변경이 생겼거나 또는 중대한 공익상의 필요가 발생한 경우에는 별개의 행정행위로 이를 철회하거나 변경할 수 있다고 할 것이고, 항공사가 운항능력과 운항의사도 없이 특정 노선을 선점할 목적으로 노선권을 배분받은 다음 취항을 위한 정당한 노력을 하지 아니하고 상당한 기간 동안 이를 사장시킬 경우 그 노선권을 회수하여 타 항공사에 재배분하는 등으로 노선권을 효율적으로 활용하도록 할 필요성이 있는 점에 비추어 보면 이 사건 지침 제4조 제4항도 나름대로 합리성을 가진다고 할 것이고, 실제 피고도 위 규정에 의하여 업무를 처리하여 왔으므로, 항공사가 신규노선을 배분받은 후 1년 이내에 해당 노선에 취항하지 아니하는 경우 그 노선권을 회수할 수 있도록 한 위 규정은 피고에게 있어서 하나의 재량준칙으로서의 의미가 있다고 할 것이다.
 그러나 만약 위 기준을 획일적으로 적용하여 노선권을 배분받은 항공사가 해당노선 취항을 위하여 상당한 노력을 기울여 어느 정도 취항준비를 마친 단계에서 일정한 기간이 경과하였다는 이유만으로 그 노선권을 회수하여 재배분한다면 해당 항공사는 그로 인한 적지 않은 경제적 손실을 입게 되고 재취항을 위한 무용한 절차를 반복하게 될 우려가 크므로, 결국 신규노선을 배분받은 항공사가 그 노선 취항을 위하여 기울인 노력과 비용, 취항이 늦어지게 된 사유, 항공사의 운항의사와 운항능력 등을 종합적으로 고려하여 항공사의 귀책사유로 해당 노선에 대한 취항이 장기간 지연되거나 노선권배분 이후의 절차가 진행되지 않고 그대로 방치되는 등의 특별한 사정이 있는 경우에만 피고가 그 노선권배분처분을 취소 또는 철회할 수 있다고 할 것이다.
 따라서 원고가 이 사건 각 노선 중 서울/계림 노선을 제외한 나머지 노선에 대하여 운수권을 배분받은 날로부터 그 실효처분일까지 1년 10개월 남짓 경과하도록 위 각 노선에 취항하지 아니한 사실을 자인하고 있는 이 사건에 있어서, 피고의 위 각 노선에 대한 운수권배분실효처분이 합리적인 사유에 기하여 정당하게 재량권을 행사한 것인지 여부는 결국 위 각 노선에서 취항이 장기간 지연된 사유에 원고에게 귀책사유가 있는지 또는 원고가 위 각 노선을 실제로 운항할 의사와 능력이 없이 단지 그 노선권만을 보유하고 있는 것인지 여부에 따라 결정된다고 할 것이므로, 다음에서 이를 살펴보기로 한다.
 나. 실효처분의 재량권남용 여부 
 (1) 인정 사실
 갑 제10, 12, 16, 21호증, 갑 제20호증의 1, 2, 3, 갑 제51, 56, 58, 62, 63, 64, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 73, 74, 79, 80, 84, 87, 88, 90, 92, 95, 96, 98, 99, 100, 116 내지 119, 122 내지 124, 132호증, 갑 제75호증의 1, 2, 갑 제76호증의 1, 2, 갑 제77호증의 1, 2, 3, 갑 제78호증의 1, 2, 3, 갑 제82호증의 2, 갑 제89호증의 1, 2, 3, 갑 제91호증의 1, 2, 갑 제93호증의 2, 3, 4, 7, 갑 제94호증의 1, 2, 3, 갑 제97호증의 1, 2, 갑 제105호증의 1, 2, 갑 제115호증의 1, 2, 3, 갑 제120호증의 1, 2, 갑 제121호증의 1 내지 22, 갑 제125호증의 1 내지 32, 을가 제5, 24, 25, 26, 33, 64, 65, 66호증의 각 기재 및 영상, 제1심 증인 소외 1, 소외 2, 당심증인 소외 3, 소외 4의 각 증언에 변론의 전취지를 더하여 보면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
 (가) 원고는 1997. 12. 27. 피고에 대하여 1998. 1.경 이루어질 운수권 배분신청과 관련한 한·중노선배분관련 취항계획서를 제출하면서, 서울/무한, 서울/곤명 노선에 대하여는 1999.에 취항할 예정이고, 부산/청도, 대구/청도, 서울/우룸치 노선에 대하여는 13개 여객노선 중 순위를 11, 12, 13으로 지정하여 신청하며 현재 시장이 미성숙되어 있음을 이유로 1999. 이후에나 취항할 예정이며, 그와 같은 취항계획은 중국측 항공사와의 협의, 시장여건 등에 따라 변경가능성이 있음을 밝혔는데, 이에 대하여 피고로부터 위 취항계획을 변경하라는 지시를 받거나 추가보완자료를 요구받지는 않았다.
 (나) 한편, 참가인 항공사도 1997. 12. 26. 피고에 대하여 한·중 노선배분관련 취항계획서를 제출하였는바, 거기에서는 서울/곤명, 부산/청도 노선에 대하여 1998. 하반기 중 취항 검토예정이라고 밝혔을 뿐, 서울/무한, 서울/우룸치, 대구/청도, 서울/천진(화물) 노선에 대하여는 운수권 배분관련 취항계획서를 제출하지도 아니하였다.
 (다) 또한, 원고는 1998. 5. 11. 한·중간 항공여건이 개선 추세에 있다면서 신규노선에 대한 취항일자 등 취항계획을 작성하여 제출하여 달라는 피고의 요청에 따라 피고에게 한·중간 신규노선 취항계획서를 제출하였고, 거기에서도 서울/계림, 부산/청도 노선에 대하여는 1999. 4.경에, 대구/청도 노선에 대하여는 1999. 10.경에, 서울/우룸치 노선에 대하여는 2000. 3.경에 취항하는 것으로 되어 있었는데, 피고는 원고의 위 취항계획에 대하여도 변경지시를 하거나 이를 이유로 배분된 운수권에 대하여 이의를 제기하지 아니하였다.
 (라) 한편, 1997. 말경에는 이른바 아이·엠·에프(IMF) 경제위기 상황으로 국내경기의 급격한 하강과 더불어 항공수요가 급격히 감소하여 국내 항공사들은 적자가 심각한 노선에 대하여 휴지연장신청을 하였는데, 피고는 1997. 12. 12. 원고에게 규슈노선휴지연장허가신청과 관련하여 '최근 경제상황의 급속한 악화로 국제선 수요가 현저히 감소하고 이의 장기화가 예측되고 있어 이에 따른 경영난의 극복을 위하여 보다 신축적인 노선운영이 필요'하다면서, '항공사가 보다 장기적인 관점에서 탄력적인 노선운영으로 경영난을 극복할 수 있도록 하기 위하여 휴지기간이 지난 노선은 일단 폐지하기로 하되 폐지로부터 2년 내에 운항재개를 원할 경우 특별한 사유가 없는 한 다시 운항재개할 수 있도록' 하는 취지의 업무처리방침을 시달하였고, 1999. 7. 작성된 '국제항공 정책방향' 문건에서도 국내 항공산업이 외환위기 이후 환율상승과 항공수요의 감소 등으로 경영에 어려움이 있었다고 분석되어 있다.
 (마) 원고는 이 사건 각 노선에 대한 운수권을 배분받은 후 서울/곤명 노선에 대하여는, 1998. 4. 조사단을 보내어 시장조사를 하는 동시에 중국측 지정항공사인 운남항공사와 접촉하여 절차적인 문제를 협의하였고, 같은 해 5. 24.경부터 원고의 임직원들이 여러 차례 곤명을 방문하여 운남성 정부관계자 및 운남항공사 사장 등을 만나 위 노선의 조기개설을 논의하였으나, 운남항공사는 상무협정을 체결하자고 하면서도 구체적인 상무협정안을 제시하지 않은 채 중간에 청도를 경유하는 형태 즉 서울/청도/곤명의 방식으로 운항하자고 주장하여 이를 조정하는 절차가 필요하였으며, 운남항공사 관계자도 한국의 경제상황 등으로 연내 노선취항에 대하여 부정적 입장을 표명하는 바람에 상무협정이 체결되지 않았는데, 원고는 2001. 12. 10.부터 주 2회 전세편을 취항하여 운항하고 있다.
 (바) 서울/무한 노선에 대하여, 원고는 1998. 3. 22.부터 같은 달 28.까지 직원으로 하여금 무한을 방문하여 시장조사를 마치고, 1998. 8. 7. 중국측 항공사인 남방항공과 상무협정 체결을 위한 회의를 개최하여 상무협정에 대한 기본합의를 하였고, 원고의 단독취항에 대한 남방항공의 양해에 따라 원고가 1998. 9. 중순부터, 남방항공은 1998. 11. 또는 12. 중 운행하기로 하여 그 구체적인 운영방식을 협의하였으나, 무한지방이 1998. 7.부터 같은 해 9.까지 중국지방의 대홍수로 인하여 직접적인 피해를 입어 중국측의 협조를 얻지 못하였고 피해복구에 모든 노력이 집중되어 취항에 어려움이 있어, 1998. 10. 12.부터 같은 해 11. 24.까지 사이에 남방항공에게 아시아 금융위기 등 경제사정을 고려하여 계림과 병합하여 신노선을 개발할 것을 제의하였고, 우리 정부도 양국 지정항공사 간 합의가 이루어지고 상무협정이 체결되면 긍정적이라고 상대방 항공사측에 통보하였으며, 중국 항공당국은 계림노선과 병합이 가능하므로 남방항공과 협의할 것을 권장하였는데, 이에 대하여 남방항공의 부정적인 태도로 그 협의가 제대로 진행되지 못하게 되자, 원고는 부득이 2001. 12. 12.부터 위 노선을 주 2회 전세편으로 취항하여 운항하고 있다.
 (사) 서울/천진 노선에 대하여, 원고는 1998. 2.부터 같은 해 4.까지 화물기 운항에 대비하여 중국화물시장 현황 및 계획을 세웠고, 1998. 4. 21. 상대항공사인 국제항공과 1차 상무협정체결을 위한 회의를 개최하였으며, 1998. 7. 27., 같은 해 9. 22., 같은 해 10. 18., 같은 해 11. 18. 2~5차 회의를 개최하여 국제항공과의 상무협정체결을 위하여 노력하였으나, 국제항공은 원고측의 공동운항안에 대하여 수요부족을 이유로 화물편 운항에 부정적인 입장을 표명하면서 화물수송에 있어 한국/중국간 수송으로 제한할 것과 화물 탑재율 50% 미만시 화물편 자동운휴 조건을 추가로 제기함과 아울러 수입 및 비용의 공동분담(Cost & Revenue Sharing)방식을 내세워 원고측의 편명공유 및 화물공급임대(Code Share & Block Space)방식 주장과 의견 접근을 이루지 못하여 상무협정이 체결되지 못하였는데, 원고는 2001. 11. 15.부터 주 1회 전세편을 취항하여 운항하고 있다.
 (아) 부산/청도, 대구/청도, 서울/우룸치 노선에 대하여, 원고는 1997. 12. 27. 피고에 대하여 한·중 노선배분관련 취항계획서를 제출할 당시부터 위 각 노선은 현재 시장이 미성숙되어 있음을 이유로 1999. 이후에나 취항할 것으로 계획하였고, 그와 같은 취항계획은 중국측 항공사와의 협의, 시장여건 등으로 변경가능성이 있음을 밝힌 데다가, 청도노선은 한국의 사업가들이 주고객인데, 1998. 상반기는 아이·엠·에프(IMF) 경제위기 상황으로 인하여 기왕에 청도지역으로 진출하였던 한국기업들마저 철수하는 상황으로 항공수요가 별로 없는 편이어서, 상대방 항공사인 국제항공도 기왕에 취항중이던 서울/청도 노선 이외에 새로이 위 2개 노선에 취항하기를 꺼려 상무협정 체결을 위한 협의가 제대로 이루어지지 않았는데, 원고는 부산/청도 노선에 대하여는 2001. 9. 11.부터 주 3회 전세편으로 취항하여 운항하고 있다. 한편, 서울/우룸치 노선은, 1998. 4.경 및 1998. 8.경 원고 회사의 실무진이 신강항공 운수부 총경리, 국제합작처장 등과 만나 취항과 관련된 협의를 하였으나, 신강항공측에서 국제선 정기편 운항을 추진하기에는 국제경쟁력이 크게 부족하고 중국의 서부개발 프로젝트로 미정인 상황이라는 이유로 그 취항을 꺼려 상무협정 체결을 위한 협상이 제대로 진행되지 않고 있다.
 (자) 한편, 피고는 1999. 9. 28., 같은 해 10. 21. 개최되는 한·중항공협력회의에 즈음하여 원고에게 주요일정, 의제, 의견 및 자료, 참석자명단의 송부를 요청하였고, 이에 대하여 원고는 1999. 10. 6. 피고에게 참석자 명단과 함께 의견서를 제출하면서, 1999. 10. 현재 5개의 여객노선과 1개의 화물노선이 운항되고 있는 반면 이 사건 각 노선은 운항되지 않는데 신규취항 및 증편 등과 관련하여 중국측 항공사의 소극적 태도로 취항 및 증편에 어려움을 겪고 있다면서 한·중 항공협정에서 상무협정체결을 조건으로 규정한 조항을 삭제해 줄 것을 피고에게 요청하였고, 피고도 그와 같은 원고의 요청을 받아들여 중국측과의 항공협력 관련 회의에서 여러 차례 상무협정 폐지를 제의하였으며, 이에 따라 현재는 한ㆍ중 간의 여객노선에 대하여 상무협정의 체결이 선행적으로 요구되지는 않고 있다.
 (차) 아울러 피고는 1999. 12. 16. 이 사건 각 노선에 대한 운수권배분실효처분을 한 후 같은 달 30. 서울/계림 노선 및 참가인 항공사에 운수권이 배분되었다가 이 사건 각 노선과 함께 1999. 12. 16.자로 실효통보한 서울/서안(주 3회), 서울/중경(주 2회), 서울/북경(화물, 주 4회) 노선 및 서울/싱가폴, 서울/암스텔담 노선의, 2000. 7. 11. 서울/오사카, 서울/나고야, 서울·부산·제주/후쿠시마, 서울/자카르타, 서울/타쉬켄트, 서울/홍콩, 서울/홍콩(화물)노선의 국제항공노선 운수권을 참가인 항공사에 각 배분하였음에도 불구하고 그 이후 위 계림노선을 제외하고 운수권을 실효시킨 이 사건 각 노선에 대하여 새로이 운수권배분절차를 밟지도 않았고, 상대국인 중국이나 상대 항공사측으로부터 이 사건 각 노선에 대한 조기취항을 요구받지도 아니하였다.
 (카) 피고는 1999. 11. 5. 원고에게 괌 여객기 추락사고 조사결과 발표에 따른 노선배분제한 등의 방침과 관련하여, ① 괌, 사이판 노선에 대하여는 2001. 11. 2. 까지 면허발급을 제한하고, ② 국제선 신규노선 면허, 증편 및 운수권 배분을 2000. 11. 2. 까지 제한하는 내용을 통보하면서 이미 운수권을 배분받은 노선의 경우에는 위와 같은 노선배분제한에 대한 예외조치가 가능하다고 하였다.
 (2) 판단
 원고가 이 사건 각 노선에 대한 운수권을 배분받을 당시에는 국내 항공사들이 이른바 아이·엠·에프(IMF) 경제위기로 인한 국제선 항공수요의 격감과 수지 악화로 심각한 경영난을 겪는 바람에 기존 노선들에 대하여서까지도 운항중단을 추진하고 있었고, 원고 역시 위 각 노선의 취항을 위하여 나름대로 여러 가지로 노력하였으나 그 여건상 1년 이내에 상무협상 등의 제반 절차를 모두 마치고 취항한다는 것이 현실적으로 어려웠던 데다가, 전반적인 국제적 경제위기로 노선별 항공수요가 급격히 감소하면서 중국측 항공사들이 자신들의 일방적인 이익만을 고집한 데다가 양자강의 홍수 등으로 인하여 협상에 소극적으로 응하는 바람에 상무협정의 체결을 위한 원활한 협상이 제대로 이루어지지 못하는 등 위 각 노선의 취항이 장기간 지연됨에 있어서 반드시 원고의 귀책사유로만 돌릴 수 없는 여러 가지 사정이 있었으며, 피고도 원고가 위 각 노선의 취항에 위와 같은 어려움을 겪고 있음을 잘 알고 있었던 것으로 보이는 점, 원고가 위 각 노선에 대한 운수권 배분을 신청할 당시부터 시장의 미성숙 등을 이유로 운수권 배분 후 일정기간이 경과된 이후에나 취항이 가능하다는 것을 밝혔고, 1998. 5. 11. 피고에게 제출한 신규노선에 대한 취항계획서에도 위와 같이 지연된 취항일자가 포함되어 있었으나 피고가 이에 대하여 별다른 이의가 없었던 점, 피고도 1997. 12.경에 이미 경제상황의 급속한 악화로 국제선 수요가 현저히 감소하고 그 장기화가 예측되어 항공사의 경영난 극복을 위하여 보다 신축적인 노선운영이 필요한 것을 지적하고 있었던 점, 피고는 참가인 항공사에 대하여 기배분되었다가 실효통보한 서울/서안, 서울/중경, 서울/북경(화물)의 운수권을 즉시 참가인 항공사에 재배분하였음에 비하여, 위 서울/계림노선을 제외하고 노선권을 실효시킨 이 사건 각 노선에 대하여는 새로운 노선배분절차를 밟지도 아니하였고, 중국측으로부터도 위 각 노선에 대한 조기취항을 요구받지 아니하여 그 노선권을 시급히 회수하지 않으면 안 될 공익상의 필요도 없어 보이는 점 등을 종합하여 보면, 피고가 1998. 1. 24. 원고에게 이 사건 각 노선에 대한 운수권을 배분한 이후 위 각 노선에 대한 운수권배분실효처분을 한 1999. 12. 16.까지 1년 10개월 남짓 원고가 위 각 노선에 실제로 취항하지 못하였다는 사정만으로는 원래의 처분을 그대로 존속시킬 필요가 없게 된 사정변경이 생겼거나 또는 원래의 처분을 취소 또는 철회할 중대한 공익상의 필요가 발생하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
 나아가 1997. 8. 6. 발생한 괌 여객기 추락사고의 원인이 원고에게 있다는 조사결과가 1999. 11. 3. 미국국가교통안전위원회로부터 발표되었다는 사유는 피고가 원고에 대하여 이 사건 각 노선에 대한 운수권배분실효처분을 한 사유에 해당되지 않을 뿐더러, 피고가 1999. 11. 5. 원고에게 위 조사결과 발표에 따른 노선배분제한 등의 방침과 관련하여 일정한 노선에 대한 면허를 일정기간 제한하는 조치를 통보하면서 이미 운수권을 배분받은 노선의 경우에는 위와 같은 노선배분제한에 대한 예외조치가 가능함을 통보한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 위와 같은 사유를 들어 원고에 대하여 이 사건 각 노선의 운수권배분을 철회할 만한 중대한 공익상의 사정변경이 생긴 것이라고 할 수도 없을 것이다.
 그렇다면 결국 피고가 이 사건 각 노선 중 서울/계림 노선을 제외한 나머지 노선에 대하여 1년 이내에 해당 노선에 취항하지 못하는 경우 그 노선배분을 무효로 하는 내용의 이 사건 지침을 근거로 하여 그 각 운수권배분실효처분을 한 것은 재량권을 남용한 처분으로서 위법하다고 할 것이다.
 7. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 소 중 '피고가 1999. 12. 16. 원고에 대하여 한 서울/계림 노선에 대한 운수권배분실효처분의 취소'를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 피고가 1999. 12. 16. 원고에 대하여 한 서울/곤명, 서울/무한, 서울/우룸치, 대구/청도, 부산/청도, 서울/천진 노선에 대한 운수권배분실효처분은 위법하여 이를 취소하며, 서울/계림 노선에 대한 제2차 면허거부처분의 취소를 구하는 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심판결 중 서울/계림 노선에 대한 제2차 면허거부처분의 취소를 구하는 원고의 청구에 대하여 소를 각하한 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하나 이 부분은 본안판결을 할 수 있을 정도로 심리가 되어 있으므로 민사소송법 제418조 단서에 의하여 이 법원이 스스로 본안판결을 하기로 하되, 피고 및 보조참가인의 항소를 받아들여 제1심판결을 변경하고, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 이영애(재판장) 성지용 고영구

[1] 건설교통부장관의 항공사에 대한 국제선 단일노선에 대한 운수권 배분 또는 그 취소가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는지 여부(적극)
 [2] 건설교통부장관이 특정 국제항공노선에 대한 노선면허신청을 거부하는 노선면허거부처분을 한 경우, 그 전제가 되는 운수권배분실효처분의 위법성을 독립하여 다툴 수 있는지 여부(소극)
 [3] IMF 등 그 취항이 지연된 사유를 고려하지 아니하고 국제항공노선권을 배분받은 항공사가 단지 내부업무처리지침상의 일정기간 내에 미취항하였다는 이유만으로 그 노선권을 회수한 것은 재량권을 남용하였다고 한 사례

[1] 건설교통부장관의 특정 국제항공노선에 대한 운수권 배분 또는 그 취소는 특정 항공사에게 해당 노선의 운항을 위한 면허와 관련된 일정한 내용의 권리를 설정하거나 제한하는 행위임과 동시에 그 운수권이 없는 경우에는 노선면허신청 자체를 제한하는 내용의 처분행위로서 노선면허의 전단계인 중간단계의 행정처분에 해당한다.
 [2] 건설교통부장관의 특정 국제항공노선에 대한 노선면허신청을 거부하는 노선면허거부처분을 하였다면, 그 노선면허거부처분은 해당 노선의 운수권배분을 실효시키는 처분을 함께 한 것으로 보아야 할 것이므로, 건설교통부장관이 면허거부처분 이후 면허신청자에게 대하여 위 노선의 운수권배분이 실효되었다고 통보하였다고 하더라도 이는 면허거부처분으로 이미 운수권 배분의 효력이 상실된 노선에 대하여는 그 운수권이 실효된 사실을 확인하여 알려주는 사실 또는 관념의 통지에 불과할 뿐 위 노선의 운수권을 소멸시키는 새로운 처분은 아니라고 할 것이므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수는 없다.
 [3] IMF 등 그 취항이 지연된 사유를 고려하지 아니하고 국제항공노선권을 배분받은 항공사가 단지 내부업무처리지침상의 일정기간 내에 미취항하였다는 이유만으로 그 노선권을 회수한 것은 재량권을 남용하였다고 한 사례.