법인세등 부과 처분취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2007.11.29 / 시행일:

【원고, 항소인】 디에스디삼호 주식회사 (소송대리인 법무법인 서정 담당변호사 김상철)
【피고, 피항소인】 천안세무서장
【제1심판결】 대전지방법원 2006. 11. 22. 선고 2006구합1014 판결
【변론종결】2007. 10. 25.
【주 문】
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】제1심 판결을 취소한다. 피고가 2004. 4. 6. 원고에 대하여 한 1999 사업연도 법인세 6,550,389,240원의 부과처분 중 4,623,918,087원을 초과하는 부분, 2000 사업연도 법인세 6,826,743,700원의 부과처분 중 3,901,625,530원을 초과하는 부분, 2001 사업연도 법인세 1,412,850,560원의 부과처분 중 1,158,123,769원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 피고가 2004. 4. 6. 원고에 대하여 소득자를제1심 공동원고로 하여 한 2000년 귀속분 상여소득 4,506,441,907원의 소득금액변동통지 중 844,528,725원을 초과하는 부분, 2001년 귀속분 상여소득 7,398,531,743원의 소득금액변동통지 중 5,673,543,925원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고(구 상호 : 삼호건설 주식회사)는 1986. 3. 24. 주택건설사업 등을 목적으로 설립된 법인이고,제1심 공동원고는 1998년경부터 2004. 11. 3.까지 원고의 대표이사로 근무하여 왔다.
 나. 중부지방국세청장은 2002. 7. 11.부터 2004. 2. 27.까지 사이에 원고의 1997 사업연도부터 2001 사업연도에 대한 세무조사를 하였는데, 그 결과 가공매입금액 57,367,021,245원을 포함한 합계 152,134,344,956원을 익금산입 및 손금불산입하고, 가공매출금액 6,345,000,000원을 포함한 합계 129,116,674,929원을 손금산입 및 익금불산입하며, 가공매입금액 중 사용처가 불분명한 16,336,378,650원은 당시 원고의 대표자인제1심 공동원고에 대한 상여로 처리하여 관할 세무서인 피고에게 과세자료로 통보하였다.
 다. 이에 따라 피고는 소득금액의 조정을 거쳐 2004. 4. 6. 원고에 대하여 법인세 1999 사업연도 8,368,912,030원, 2000 사업연도 7,836,690,980원, 2001 사업연도 1,431,385,810원을 각 경정·고지하였다. 
 또한 피고는 위와 같이 소득금액 조정을 거쳐 익금산입된 금액 중 2000년 귀속분 8,937,846,907원, 2001년 귀속분 7,398,531,743원을제1심 공동원고에게 상여처분을 하고, 같은 날 원고에 대하여 위 상여처분에 따른 소득금액변동통지를 하였다.
 위 소득금액 조정 중 이 사건에서 쟁점이 되는 부분은 다음과 같다. 
 (1) 부당행위계산 부인 및 차입금의 지급이자 손금불산입
 피고는 1999 사업연도부터 2001 사업연도 당시 원고의 대표이사이던제1심 공동원고가 원고의 주식 48.57%(제1심 공동원고의 어머니인소외 1의 소유 주식 10% 포함)를 소유하는 동시에 한독건설 주식회사(이하 ‘한독건설’이라 한다.)의 주식 20%를 소유하고 있다고 보아,구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항 제2호,제4호에 의하여 원고와 한독건설이 특수관계에 있는 것으로 판단하였다.
 이를 전제로 피고는, 원고가 2000. 11. 15. 대한주택보증 주식회사(이하 ‘대한주택보증’이라고 한다.)의 주식 515,383주를 한독건설에 대금 300,000,000원(1주당 약 582.09원)에 양도한 것과 관련하여, 위 주식의 시가를구 상속세 및 증여세법(2000. 12. 29. 법률 제6301호로 개정되기 전의 것, 이하 상속세 및 증여세법을 ‘상증법’이라 한다.) 제63조에 의한 보충적 평가방법에 따라 1주당 5,423원으로 평가하여 원고가 특수관계자인 한독건설에 위 주식을 양도한 것은 부당행위계산 부인의 대상인 저가양도라는 이유로 그 차이인 2,494,922,000원{(5,423원－582.09원)×515,383주}을 2000 사업연도 익금에 산입하였다.
 또한 피고는, 원고가 한독건설로부터 도급받은 용인시 수지읍 소재 엘지 5차 아파트 부지조성공사의 공사대금 3,470,500,000원의 회수를 지연하고, 한독건설에 업무와 관련 없이 자금을 대여하고 그 이자를 과소 계상한 것이 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 것으로 보아 위 공사대금에 대한 인정이자 687,560,364원(2000 사업연도 468,784,674원+2001 사업연도 218,775,690원) 및 위 대여금에 대한 이자 과소 계상분 2,202,706,265원{1998 사업연도 882,822,718원(1998 사업연도의 경우 과세표준이 마이너스로 법인세가 부과되지 않았으므로, 위 금액의 익금산입으로 공제 가능한 이월결손금이 위 금액만큼 줄어들게 되었고 이는 실질적으로 1999 사업연도에 같은 금액만큼이 과세되는 효과를 발생시킴, 이하 같음)+1999 사업연도 5,323,765원+2000 사업연도 1,126,833,587원+2001 사업연도 187,726,195원}을 각 해당 사업연도에 익금산입하였다. 
 그리고 피고는, 원고가 위와 같이 한독건설에 업무와 관련 없이 자금을 대여한 것과 관련하여 위 대여액에 상응하는 차입금의 이자 5,520,433,358원(1998 사업연도 817,968,342원+1999 사업연도 2,551,139,293원+2000 사업연도 1,480,653,376원+2001 사업연도 670,672,347원)을 각 해당 사업연도에 손금불산입하였다.
 (2) 업무추진비의 손금불산입 
 피고는, 원고가 아파트 부지 조성을 위한 업무추진비 명목으로 계상한 경비 7,003,000,000원(1998 사업연도 636,000,000원+1999 사업연도 1,987,000,000원+2000 사업연도 2,870,000,000원+2001 사업연도 1,510,000,000원)과 관련하여, 원고가 임·직원 등을 통하여 우회적으로 지출하였고 그 증빙이 불비되었다는 이유로 위 업무추진비를 각 해당 사업연도에 손금불산입하였다. 
 (3) 작업진행률 재계산에 따른 수입금액의 익금산입
 원고는 1998 사업연도부터 2001 사업연도 기간에 용인시 수지읍 소재 엘지 2차 아파트 신축공사를 수행하면서 진입로와 기존의 도로와의 연결부위에 대한 입체교차로 설치비용 5,465,347,370원을 총 공사예정비에 포함하여 작업진행률을 계산하였는데, 2001. 3.경 최종적으로 입체교차로를 설치하지 않고 평면교차로를 설치한 상태로 아파트 준공검사를 받아 분양을 완료하였다. 이에 피고는 원고가 1999 사업연도 및 2000 사업연도의 총 공사예정비를 과대 계상하여 당해 연도 공사수입금액을 축소하였다는 이유로 입체교차로 설치비용을 제외한 나머지 총 공사예정비로 작업진행률을 산출한 후, 이를 통하여 1999 사업연도 및 2000 사업연도의 수입금액을 인식하여 그 차액 4,630,757,019원(1999 사업연도 2,789,757,902원+2000 사업연도 2,715,561,382원)을 각 해당 사업연도에 익금산입하였다.
 (4) 가공매입금액에 대한 상여처분
 원고가 2000 사업연도에 이오건기 주식회사 등으로부터 합계 6,218,300,000원에 달하는 가공매입세금계산서를 수취하는 한편, 한독건설로부터 총 6,345,000,000원에 달하는 어음을 수취하여 이를 매출로 회계처리한 것과 관련하여, 피고는 매출로 회계처리된 6,345,000,000원을 가공매출로 보아 익금불산입하였으며, 가공매입금액으로 유출된 6,218,300,000원을 당시 원고의 대표이사인제1심 공동원고에게 인정상여(2000년 귀속분 4,493,318,182원, 2001년 귀속분 1,724,981,818원)로 소득처분하였다.
 다. 위 부과처분 및 소득금액변동통지에 대하여 원고는 대전지방국세청장에 이의신청을 하였는데, 대전지방국세청장은 2004. 12. 31. 대한주택보증 주식의 양도와 관련하여 1주당 시가를 정상적인 매매가액인 2,490원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하라는 내용의 결정을 하였다. 피고는 위 결정에 따라 2005. 1. 28. 원고의 2000 사업연도 법인세를 7,053,249,430원으로 감액경정하였다.
 라. 그 후 원고가 제기한 국세심판 절차에서, 국세청장은 2005. 12. 23. “㈀ ① 대한주택보증 주식의 시가를 상증법상의 보충적 평가액으로 하되 국세심판 결정례에 따라 정리채권을 현재가치로 할인한 가액으로 대체하는 방법으로 평가하면 1주당 가액이 1,239원이므로 이를 기준으로 그 차액을 익금산입하고, ② 원고가 한독건설로부터 회수를 지연한 공사대금에 대한 인정이자 계산분 687,560,364원은 익금산입에서 제외하며, ③ 원고가 입체교차로를 설치하지 않기로 확정된 시기가 2000. 11.경이므로 1999 사업연도의 작업진행률을 계산함에 있어서는 입체교차로의 설치비용 5,465,347,370원을 총 공사예정비에 포함하고, 2000 사업연도부터는 사도개설과 관련한 실제 발생원가 누계액을 총 공사예정비에 포함하는 것으로 작업진행률을 계산하여 수입금액을 재계산하고, ④ 1998년부터 2000년까지 가공매입으로 조성한 자금 중 토지 구입대금으로 사용처가 확인된 3,600,000,000원은 각 지출연도에 토지취득원가에 가산하여 연도별 당해 아파트 분양수입에 대응되는 매출원가상당액을 손금산입하여, 각 해당 사업연도 법인세의 과세표준과 세액을 경정하며, ㈁ ① 가공매입금액 중 사용처가 불분명한 것으로 보아 2000 사업연도에제1심 공동원고에게 상여처분한 8,937,846,907원 중에서 위 토지 구입대금 3,600,000,000원을 차감하여 그 소득처분을 경정하고, ② 원고가 2000 사업연도에 한독건설의 부외비용 6,300,000,000원을 가공매입으로 조성한 자금에서 대신 지급하고 이를 가공매출금액으로 회수하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 소득처분을 경정한다.”는 결정을 하였다.
 위 결정에 따라 피고는 원고에 대한 법인세를 1999 사업연도 6,550,389,240원, 2000 사업연도 6,826,743,700원, 2001 사업연도 1,412,850,560원으로 감액경정하고,제1심 공동원고에 대한 2000년 귀속 상여처분액을 당초 8,937,846,907원에서 3,600,000,000원과 가공매입금액 중 사외유출된 것으로 확인된 831,405,000원을 제외한 나머지 4,506,441,907원으로 감액하였다(이하 위와 같이 최종적으로 감액경정된 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지를 ‘이 사건 부과처분 및 소득금액변동통지’라 한다.).
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4호증, 을 제1 내지 15호증, 을 제16호증의 1 내지 4, 을 제17호증의 1, 2, 을 제18호증, 을 제44호증의 1 내지 8, 을 제45호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 부당행위계산 부인 및 차입금 지급이자의 손금불산입 부분
 (가)제1심 공동원고는 1998. 4. 30.소외 2에게 그가 소유하던 한독건설 주식 40,000주를 대금 6,000,000원(1주당 150원×40,000주)에 양도하고 같은 날 그 대금을 지급받았는데, 당시소외 2는 공무원 신분인 관계로 주주명부상 명의개서를 하지 않았다. 그러던 중소외 2는 2004. 3.경 명의개서가 되지 않은 사실을 발견하고 2004. 11. 5. 법원의 확정판결을 통하여 명의개서를 하였다. 그러나 위 양도 당시 한독건설은 주권을 발행하지 않은 상태였으므로 위 양도는 지명채권의 양도에 관한 일반원칙에 따라 당사자의 의사표시만으로 그 효력이 발생하고, 따라서 원고와 한독건설 사이의 특수관계는 1998. 4. 30.자로 소멸하였다.
 그럼에도 피고가 여전히 원고와 한독건설이 특수관계에 있음을 전제로 원고의 한독건설에 대한 대한주택보증 주식의 양도 및 금원 대여를 부당행위계산 부인의 대상으로 판단하여, 주식양도대금 차액 및 이자 과소 계상분을 익금산입하고, 차입금의 지급이자를 손금불산입한 것은 위법하다. 
 (나) 설령 원고와 한독건설이 특수관계에 있다 하더라도 원고가 한독건설에 대한주택보증의 주식을 양도한 것이나 한독건설에 저리(低利)로 자금을 대여한 것은 부당행위계산 부인의 대상에 해당하지 않는다. 즉, 피고는 원고가 한독건설에 대한주택보증의 주식을 양도한 당시의 위 주식의 적정한 시가를 발굴하기 위한 충분한 노력 없이 만연히 시가가 불분명하다는 이유로 상증법에 의한 보충적 평가방법을 적용하여 위 주식의 시가를 평가하여 위 양도가 저가양도라고 단정하였을 뿐만 아니라, 위 양도 당시 대한주택보증 주식의 가치는 1주당 0원에 가까웠으므로 원고가 한독건설에 대한주택보증의 주식을 1주당 약 582원에 양도한 것이 경제적 합리성을 결여한 것이라고 볼 수 없다. 또한 원고는 한독건설로부터 그 시행하는 공사에 대하여 타 업체에 우선하여 공사시공권을 부여받아 그 반대급부로 한독건설의 자금 운용상의 편의를 위하여 자금을 대여한 것으로, 이와 같은 대여 경위에 비추어 볼 때 원고가 한독건설에 저리로 자금을 대여한 것이 경제적 합리성을 무시한 것이라고 보기 어렵다. 
 (2) 업무추진비의 손금불산입 부분
 원고는 아파트건설사업의 원활한 추진을 위하여 원고의 임·직원 및 관계회사 직원들에게 업무추진비를 지급하여 이를 아파트 부지 구입 등에 소요되는 비용으로 지출하도록 하였고 그 증빙자료로 기안문 및 영수증을 구비하였으므로, 위 업무추진비는 전액 손금으로 산입되어야 한다. 설령 그렇지 않더라도 적어도 원고의 임·직원들에게 지급한 업무추진비는 상여금으로 보아야 한다. 
 따라서 피고가 위 업무추진비를 전액 손금불산입한 것은 위법하다. 
 (3) 작업진행률의 재계산에 따른 익금산입 부분
 원고가 용인시 수지읍 소재 엘지 2차 아파트 신축공사를 시행하던 중인 1998년경 용인시는 원고와 인근에서 아파트 공사를 시행하던 강남건영 주식회사, 동훈상사 주식회사에 대하여 아파트 부지와 국도 43호선을 연결하기 위한 사도 설치를 요구하였다. 이에 따라 원고 등은 1998. 2. 10. 용인시로부터 사도 설치 허가를 받았는데, 1999. 4. 15. 한국토지공사가 교통체증을 이유로 사도개설계획의 변경을 요구하여 원고 등은 평면교차로가 아닌 입체교차로를 설치하기로 합의하였다. 그런데 이후에도 한국토지공사는 계속하여 사도개설계획의 변경을 촉구했고, 그 와중에 원고는 위 아파트의 공사를 완료하게 되자 조속한 분양을 위해 사도와 국도 43호선을 평면교차로로 연결하여 2001. 3.경 평면교차로를 설치한 상태로 아파트의 준공검사를 얻어 분양을 마치게 되었다. 
 이러한 사정을 종합하여 보면 입체교차로의 설치계획은 2001. 3.경까지 존속하고 있었다고 보아야 하므로, 1999 사업연도 및 2000 사업연도의 작업진행률을 계산함에 있어 입체교차로 설치비용을 총 공사예정비에 포함하는 것이 합리적이라 할 것이다. 
 그럼에도 피고가 입체교차로를 설치하지 않기로 최종 확정된 시기를 2000. 11.경으로 보아 2000 사업연도의 작업진행률을 계산함에 있어 입체교차로 설치비용을 총 공사예정비에 포함하지 않고 작업진행률을 재계산하여 수입금액을 익금산입한 것은 위법하다. 
 (4) 결국 이 사건 부과처분 중 1999 사업연도 법인세 6,550,389,240원에서 4,623,918,087원을 초과하는 부분, 2000 사업연도 법인세 6,826,743,700원에서 3,901,625,530원을 초과하는 부분, 2001 사업연도 법인세 1,412,850,560원에서 1,158,123,769원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 부당행위계산 부인 및 차입금 지급이자의 손금불산입 부분 주장에 대한 판단
 (1) 한독건설이 원고와 특수관계에 있는지 여부
 갑 제45호증, 을 제21호증의 각 기재에 의하면,제1심 공동원고는 1999 사업연도부터 2001 사업연도 기간에 원고의 주식 48.57%(제1심 공동원고의 어머니인소외 1이 소유하고 있던 주식 포함)를 소유한 사실, 한독건설의 주식이동상황명세서상제1심 공동원고가 1999 사업연도부터 2001 사업연도 기간에 한독건설의 주식 40,000주를 소유한 것으로 등재되어 있는 사실을 인정할 수 있는데, 위 인정사실에 의하면제1심 공동원고는 위 사업연도 기간 동안 한독건설의 주식 40,000주를 소유한 것으로 추정되고, 따라서구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항 제2호,제4호에 따라 한독건설은 위 사업연도 기간에 원고와 특수관계에 있다고 할 것이다.
 이와 달리제1심 공동원고가 위 사업연도 이전인 1998. 4. 30.소외 2에게 위 한독건설의 주식을 양도하였다고 주장하는 원고로서는 이를 입증할 책임이 있다고 할 것인바, 원고는 먼저 위 주장에 부합하는 듯한 서증으로 갑 제7호증(주권 양도·양수계약서), 갑 제10호증(소장), 갑 제11호증(판결문), 갑 제42호증의 1, 2(각 주주총회 소집통지서 수령증), 갑 제43호증의 1, 2(각 정기주주총회의사록), 갑 제50호증(영수증)을 제출하고 있다.
 위 각 서증의 기재에 의하면, 원고가 1998. 4. 30.자로소외 2에게 한독건설 주식 40,000주를 대금 6,000,000원에 양도하고,제1심 공동원고의 대리인인소외 3이 같은 날소외 2로부터 위 양도대금 6,000,000원을 수령한 것으로 되어 있는 사실,소외 2가 한독건설의 1999. 3. 30.자 및 2000. 3. 30.자 정기주주총회 소집통지서를 수령하고 위 정기주주총회에 주주로 출석한 것으로 되어 있는 사실,소외 2가 2004. 5. 11.제1심 공동원고를 상대로수원지방법원 2004가단31063호로 위 한독건설 주식에 관한 1998. 4. 30.자 양도계약을 원인으로 하여 주권인도 청구의 소를 제기하였고, 위 법원은 2004. 11. 5.제1심 공동원고와소외 2 사이에 1998. 4. 30.자로 한독건설 주식 40,000주에 관한 양도계약이 체결되었음을 인정하고 원고승소판결을 선고한 사실은 인정된다. 그러나 갑 제9호증, 갑 제44, 45호증, 갑 제46호증의 1 내지 4, 을 제62호증의 3, 을 제65, 66호증의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ①제1심 공동원고는 1998년경소외 4 등에게 명의신탁하였던 한독건설의 주식 합계 120,000주를 실명전환하여 이미 자신의 명의로 보유하고 있던 주식 56,000주를 합하여 총 176,000주를 그 명의로 보유하게 되었는데, 1998. 6. 29.소외 5에게 36,000주,소외 6에게 50,000주,소외 7에게 18,000주,소외 8에게 32,000주를 각 양도하고 한독건설의 주식이동상황명세서에 위 양도사실이 기재되도록 한 점에 비추어 볼 때,소외 2가 공무원 신분이라는 이유만으로는 원고가 1998. 4. 30.소외 2에게 위 한독건설 주식 40,000주를 양도하고도 이를 주식이동상황명세서에 기재되도록 하지 않은 것을 쉽사리 납득할 수 없는 점, ②소외 2는 2000. 11. 24. 한독건설의 이사 및 대표이사로 취임한 이후 계속하여 한독건설의 대표이사로 근무하였고, 2003년경에는 한독건설 주식 2,200주를 취득하였는바, 그렇다면소외 2로서는 적어도 한독건설의 대표이사로 취임한 2000. 11.경에는 한독건설의 주주명부 등을 통해제1심 공동원고로부터 양수한 한독건설 주식 40,000주에 관한 명의개서가 이루어지지 않았음을 쉽사리 확인할 수 있었음에도, 2004. 3.경까지 이를 몰랐다는 것은 쉽게 수긍이 가지 않는 점, ③제1심 공동원고는 2001. 3. 26. 수원지방검찰청에서 조사를 받으면서 자신이 한독건설의 실질적인 대주주라고 진술하고 있는 점 및 여기에 ①소외 2가 수원지방법원에 제기한 주권인도 청구의 소는 원고에 대한 이 사건 세무조사가 종료된 이후인 2004. 5. 11.에야 비로소 제기된 것으로, 그 판결의 내용을 보더라도제1심 공동원고는 주식 양도계약 및 대금지급에 관하여는 전혀 다투지 아니하였을 뿐만 아니라 위 승소판결에 항소를 하지 않았는데, 이러한 사정에 비추어 볼 때소외 2 등이 형식적으로 소송을 제기한 것이 아닌가 하는 의심이 강하게 드는 점, ②소외 2가 한독건설의 1999. 3. 30.자 및 2000. 3. 30.자 정기주주총회에 주주로 출석한 것으로 되어 있는 정기주주총회의사록은 원고가 서증으로 제출하고 있는 한독건설의 임시주주총회 의사록과 달리 공증되지 않은 점 등을 종합하여 보면, 위 갑 제7호증, 갑 제10호증, 갑 제11호증, 갑 제42호증의 1, 2, 갑 제43호증의 1, 2, 갑 제50호증은 이를 그대로 믿기 어렵다.
 또한 1998. 4. 30.제1심 공동원고로부터 한독건설 주식 40,000주를 양수하였다는 취지의 당심 증인소외 2의 증언 역시 위와 같은 이유로 이를 믿기 어렵고, 갑 제8호증, 갑 제39, 40호증의 각 기재만으로는 원고의 위 주장을 인정하기에 부족하며, 그밖에 이를 인정할 증거가 없다.
 따라서제1심 공동원고가 1998. 4. 30.소외 2에게 한독건설 주식 40,000주를 양도하였음을 전제로 1999 사업연도부터 2001 사업연도 기간에 한독건설이 원고와 특수관계에 있지 않다는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.
 (2) 이 사건 대한주택보증 주식의 양도가 저가양도에 해당하는지 여부 
구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제3호는 부당행위계산 부인 대상의 하나로 주주 등 특수관계에 있는 자에게 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우를 들고 있고,위 시행령 제89조 제1항,제2항에 의하면 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 시가로 하고, 시가가 불분명한 경우에는상증법 제61조 내지제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 기준으로 하도록 규정하고 있다.
 이 사건의 경우, 갑 제4호증의 기재에 의하면, 신안건설산업 주식회사가 2000. 12. 29. 대한주택보증 주식 574,040주를 그 특수관계자에게 1주당 175원에 양도하였고, 대한주택보증이 2000. 4. 1.부터 2000. 12. 31.까지 그와 특수관계에 있는 17개 주택건설사업체로부터 자기주식을 1주당 2,490원씩에 취득한 사실은 인정된다. 그러나 이는 특수관계자 간의 거래로서 위 가격이 일반적이고도 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 없고, 그밖에 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 인정할 만한 자료가 없으므로, 원고가 한독건설에 대한주택보증 주식을 양도할 당시 위 주식은 그 시가가 불분명한 경우에 해당하고, 따라서 피고가 대한주택보증의 주식을위 시행령 제89조 제2항에 따라구 상증법(2000. 12. 29. 법률 제6301호로 개정되기 전의 것) 제63조에서 정한 보충적 평가방법에 의하여 산정한 것은 적법하다.
그렇다면 원고가 한독건설에 대한주택보증 주식을 1주당 약 582원에 양도한 것은 그양도가액이 피고가 보충적 평가방법에 의하여 산정한 1주당 1,239원에 미달하여위 시행령 제88조 제1항 제3호 소정의 특수관계에 있는 자에게 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우에 해당하여 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 할 것이다.
 원고는, 한독건설에 위 대한주택보증 주식을 양도할 당시 대한주택보증 주식의 가치가 1주당 0원에 가까워 1주당 약 582원에 양도한 것이 결코 경제적 합리성이 없는 거래가 아니라고 주장하므로 살피건대, 갑 제16호증의 기재에 의하면, 안건회계법인이 감사하여 공시한 대한주택보증의 2000 사업연도 재무제표에 대한 감사보고서에는, 대한주택보증은 2000 회계연도에 당기 영업순손실은 1,710,232,000,000원, 당기순손실은 1,835,267,000,000원이 발생하였고, 당기 대차대조표일 현재 회사의 유동부채가 유동자산보다 1,109,900,000원만큼 많고 누적결손으로 인하여 총부채가 총자산보다 1,116,893,000,000원 많아 계속기업으로서의 존속능력에 중대한 의문을 불러일으킬 불확실성이 존재한다고 보고된 사실은 인정되나, 대한주택보증 주식의 가치는 유형적·물리적 재산만으로 평가될 수 있는 것은 아니고 인적 구성이나 조직, 대외적 지명도 등 무형적 가치도 그 평가 요소가 될 수 있는 점을 고려하면, 대차대조표상 순자산이 잠식상태라는 사정만으로 곧바로 대한주택보증 주식의 가치가 1주당 0원에 가까워 원고의 한독건설에 대한 대한주택보증 주식의 양도가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 있다고 단정하기에는 부족하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 (3) 이자 과소 계상분의 익금산입 및 차입금 지급이자의 손금불산입이 적법한지 여부 
구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제6호는 특수관계에 있는 자에게 금전 기타 자산을 시가보다 낮은 이율로 대부한 경우를 부당행위계산의 유형으로 규정하고 있고, 한편구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제28조,법인세법 시행령 제53조 제1항은 법인이 특수관계에 있는 자에게 업무와 관련 없이 자금을 대여한 경우 그 대여액에 상응하는 차입금의 지급이자를 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있다.
 그런데 원고가 한독건설에 업무와 관련 없이 자금을 대여하고 그 이자를 과소 계상한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이처럼 원고가 특수관계에 있는 한독건설에 업무와 무관하게 자금을 대여하면서 그 이자를 과소 계상한 것은위 시행령 제88조 제1항 제6호에 의해 부당행위계산 부인의 대상이 되므로 피고가 그 이자 과소 계상분을 익금에 산입한 것은 적법하고, 또한 피고가 위 대여액에 상응하는 차입금의 지급이자를 손금에 산입하지 않은 것 역시 적법하다.
 원고는, 한독건설로부터 그 시행하는 공사에 대하여 타 업체에 우선하여 공사시공권을 부여받은 데 대한 반대급부로 한독건설에 자금을 대여한 경위를 고려하면 원고가 한독건설에 자금을 대여한 것이 경제적 합리성을 무시하였다고 볼 수 없다고 주장하나, 이와 같은 사정만으로는 원고가 한독건설에 업무와 관련 없이 자금을 대여하면서 그 이자를 과소 계상한 것이 경제인의 입장에서 볼 때 경제적 합리성이 있는 거래라고 보기 어렵다. 
 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 라. 업무추진비의 손금불산입 부분 주장에 대한 판단 
 (1) 갑 제18 내지 27호증, 을 제52호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 1998 사업연도부터 2001 사업연도 기간에 정상적인 회계처리가 곤란한 경비지출과 관련하여 업무추진비를 지급하기로 한 내부결재를 거쳐 매 분기별로 업무추진비 명목으로 원고 임·직원들에게 4,683,000,000원, 원고 계열사 임·직원들에게 2,320,000,000원, 합계 7,003,000,000원을 지급한 사실은 인정된다.
 (2)법인세법 제19조 제2항은 손금에 산입하는 손비를 같은 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있는바, 위 업무추진비가 원고의 손금으로 인정되기 위해서는 단순히 원고가 업무추진비를 지급한 것만으로는 부족하고 위 금원이 원고의 사업과 관련되어 지출된 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이어야 한다.
 그런데 원고가 업무추진비 지급에 관하여 내부적으로 작성한 기안용지와 임·직원들로부터 징구한 영수증 외에 위 업무추진비의 지출 대상이나 지출용도 등을 알 수 있는 아무런 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 이상, 위 업무추진비는 원고의 사업과 관련하여 사용되었다고 볼 수 없으므로 이를 손금에 산입할 수 없다. 
 (3) 한편 원고가 그 임·직원들에게 지급한 업무추진비를 상여금으로 본다고 하더라도, 그 중 임원들에게 지급한 업무추진비는 원고의 정관이나 주주총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여 지급기준에 의하여 정상적으로 지급된 것이 아니고, 직원들에게 지급한 업무추진비 역시 정당한 사유 없이 동일 직위에 있는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우에 해당하므로,법인세법 시행령 제43조 제2항,제3항에 따라 위 업무추진비를 손금에 산입할 수 없다.
 (4) 따라서 피고가 위 업무추진비를 손금에 산입하지 아니한 것은 타당하다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 마. 작업진행률의 재계산에 따른 익금산입 부분 주장에 대한 판단
 (1) 인정사실
 갑 제4호증, 갑 제28호증, 갑 제29호증의 1 내지 4, 갑 제30호증의 1, 2, 갑 제31 내지 33호증, 을 제42호증, 을 제43호증의 1, 2, 을 제47호증의 1, 2, 을 제48 내지 50호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다. 
 (가) 원고는 용인시 수지읍 소재 엘지 2차 아파트 신축공사를 시행하던 중인 1998. 2. 10. 인근에서 아파트 공사를 시행하던 강남건영 주식회사와 주식회사 동훈(이하 위 회사들을 합하여 ‘원고 등’이라 한다.)과 함께 용인시로부터 국도 43호선에서 각 신축중인 아파트로의 진입을 위한 진입로로 사용하기 위하여 사도의 개설허가를 받고, 1998. 8. 6. 착공신고를 하였다. 
 (나) 원고 등의 사도개설계획에 의하면 위 사도는 당시 한국토지공사가 시행하던 수지2지구 및 신봉지구의 지구 외 연결도로와 국도 43호선 접속부에 평면교차로 접속하도록 되어 있는데, 한국토지공사는 1999. 4. 15. 원고 등에게 위 연결도로와 국도 43호선을 평면교차로 접속할 계획으로, 위 연결도로상의 지근거리에 2개의 평면교차가 접속할 경우 교통소통에 문제가 생길 우려가 있어 위 연결도로에 사도를 접속할 수 없다면서 사도개설계획을 변경할 것을 요구하였다.
 (다) 이에 원고 등은 내부적으로 위 연결도로와 국도 43호선 접속지점에 입체교차로를 설치하는 방안을 검토하였으나 한국토지공사에 대해서는 1999. 4. 28. 원고 등이 당초 한국토지공사가 설계했던 입체교차 형식에 맞추어 용인시로부터 사도개설허가를 얻었고, 사도개설허가 내용은 아파트 분양시 공고한 사항으로 그 변경을 위해서는 사도개설계획 변경을 위해서는 입주예정자들의 동의와 용인시의 변경허가 등의 절차가 필요하다고 회신하여 사도개설계획의 변경이 곤란함을 밝혔다. 이에 대하여 한국토지공사는 1999. 5. 18. 원고 등에게 교통체증의 우려를 이유로 위 연결도로에 사도를 접속할 수 없다면서 사도의 접속계획을 변경할 것을 촉구하였다.
 (라) 이와 같이 원고 등과 한국토지공사 사이에 상호 이견을 좁히지 못하다가 1999. 10.경 한국토지공사가 원고 등의 사도개설계획 변경이 어렵다는 것을 수긍하였으나, 이후 원고 등에게 사도 접속에 따른 위 연결도로의 공사비 분담을 요구하면서 도로접속협의를 거부하여 원고 등은 사도개설공사를 진행하지 못하였다. 
 (마) 그러던 중 원고 등은 2000. 10. 20. 한국토지공사에 위 연결도로에의 사도 접속에 따른 도로건설비용 분담금으로 1,431,000,000원을 납부하기로 확약하였고, 이에 따라 원고는 2000. 10. 23. 위 분담금 중 원고의 부담분인 424,935,000원의 담보를 위하여 액면금 동액 상당의 당좌수표를 한국토지공사에 교부하였다. 
 (바) 이후 원고 등은 사도 개설공사를 진행하면서 개설되는 사도와 국도 43호선을 평면교차로로 연결하였고, 2001. 3.경 아파트 준공검사를 받아 아파트의 분양을 마쳤다.
 (사) 한편 원고는 이 사건 부과처분에 대한 국세심판을 제기하면서 입체교차로 설치계획이 2000. 11.경 평면교차로 설치로 변경되었다고 주장하였다. 
 (2) 판단
 (가)구 법인세법 시행령 제69조 제2항 및구 법인세법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것) 제34조는 건설 착수일부터 인도일까지의 기간이 1년 이상인 경우 그 기간 동안의 손익의 귀속과 관련하여 당해 사업연도 말까지 발생한 총 공사비 누적액을 총 공사예정비로 나누어 산출한 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하고, 총 공사예정비는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 당해 사업연도 말까지의 변동 상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 하도록 규정하고 있다. 한편 건설업회계처리준칙 제3조 제3호는 대차대조표일 현재로 발생된 공사원가와 발생이 예상되는 공사원가의 합계금액을 공사예정원가로 하고 있다.
 (나) 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에서 알 수 있는 바와 같이, 원고 등은 그 신축중인 아파트의 진입로로 사용할 목적으로 국도 43호선에 평면교차로 접속하는 사도의 개설허가를 받았는데, 위 사도에 접속되는 수지2지구 및 신봉지구의 지구 외 연결도로의 시행자인 한국토지공사로부터 사도개설계획의 변경을 요구받고 입체교차로를 설치하는 방안을 검토하였으나 한국토지공사에 대해서는 기존의 사도개설계획을 변경할 수 없다는 태도를 고수하여 1999. 10.경에는 한국토지공사도 이를 수긍한 점, 그런데 한국토지공사가 이번에는 원고 등에게 사도 접속에 따른 연결도로의 공사비 분담을 요구하며 도로접속협의를 거부함에 따라 원고 등이 사도개설공사를 시행하지 못한 점, 이후 2000. 10. 20. 원고 등과 한국토지공사 사이에 연결도로의 공사비 분담에 관한 합의가 이루어져 원고 등이 사도개설공사를 진행하였는데, 원고 등은 사도를 국도 43호선에 평면교차로 접속하도록 하여 개설한 점 등을 종합하여 보면, 원고 등은 한국토지공사가 원고 등의 사도개설계획을 수용한 것으로 볼 수 있는 1999. 10.경 또는 늦어도 원고 등과 한국토지공사 사이의 연결도로 공사비 분담에 관한 합의가 이루어져 사도개설공사가 진행된 2000. 10.경 무렵에는 입체교차로를 설치하지 않기로 확정된 것으로 봄이 상당하다. 
 따라서 피고가 2000 사업연도의 작업진행률을 계산함에 있어 입체교차로의 설치비용을 총 공사예정비에 포함하지 않은 것은 정당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
3. 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부
 가. 원고의 주장 
 원고는 2000 사업연도에 한독건설을 대신하여 한독건설이 시행하던 용인시 수지읍 소재 엘지 5차 아파트건설사업의 부지조성을 위한 업무추진비, 이주 및 철거비용 등 한독건설의 부외비용 6,300,000,000원을 지출한 다음 이를 장부에 반영하기 위하여 매입으로 처리하고 그 증빙자료로 이오건기 주식회사 등으로부터 합계 6,218,300,000원 상당의 가공매입세금계산서 등을 수취하였다. 그리고 원고는 위와 같은 비용지출의 대가로 한독건설로부터 6,345,000,000원 상당의 어음을 교부받아 이를 가공매출로 처리하여 위 가공매입금액 6,218,300,000원에 상당하는 금원을 회수하였다. 따라서 위 가공매입으로 조성된 금액은 전액 회수함으로써 사외로 유출되지 않았고, 설령 유출되었다 하더라도 이는 한독건설을 대신하여 지출한 것으로 한독건설에 귀속된 것으로 보아야 함에도, 피고가 위 가공매입금액이 모두 사외로 유출되었고 그 중 831,405,000원을 공제한 나머지의 귀속이 불분명한 것으로 보아 이를 당시 원고의 대표이사인제1심 공동원고에게 인정상여처분한 것은 위법하므로, 이 사건 소득금액변동통지 가운데 2000년 귀속분 상여소득 4,506,441,907원 중 844,528,725원을 초과하는 부분과 2001년 귀속분 상여소득 7,398,531,743원 중 5,673,543,925원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.
 나. 관계 법령 
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 원고가 위 가공매입으로 조성된 금원을 한독건설을 대신하여 한독건설의 부외비용으로 지출하였는지 여부 및 위 가공매입금액 상당의 금원을 위 가공매출을 통하여 회수하였는지 여부에 관하여 살펴본다. 
 갑 제3, 4호증, 을 제18호증, 을 제58호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 이오건기 주식회사 등으로부터 합계 6,218,300,000원에 달하는 가공매입세금계산서를 수취하는 한편 한독건설에 원고가 한독건설로부터 지급받아야 할 공사대금 3,155,000,000원보다 많은 합계 9,500,000,000원의 세금계산서를 발행하여 6,345,000,000원의 가공매출을 계상한 사실, ② 피고는 위 국세청장의 재조사결정에 따라 2006. 3. 27.부터 2006. 4. 21.까지 위 가공매입으로 조성된 자금의 지출내역 및 그 회수 여부를 조사하였는데, 그 결과 ⒜ 원고가 위 가공매입을 통하여 지출한 6,840,130,000원(6,218,300,000원+부가가치세 621,830,000원) 중 831,405,000원은 부가가치세 등으로 실제 지출된 것이 확인되어 이를제1심 공동원고에 대한 인정상여처분액에서 제외하였고, ⒝ 나머지 6,008,725,000원(6,840,130,000원-831,405,000원)은 모두 사외로 유출되었는데, 원고가 위 가공매입으로 조성한 자금으로 토지구입 관련 추진비 3,660,000,000원, 부동산 컨설팅 수수료 1,550,000,000원, 추가 토지구입대금 1,090,000,000원 등 한독건설의 부외비용으로 합계 6,300,000,000원을 지급하였다고 주장하면서도 영수증 등 증빙자료를 제출하지 못하고 그 수령인들 역시 한독건설로부터 지급받았다고 진술하고 있는 등 위 6,008,725,000원이 한독건설의 부외비용으로 지출되었음을 인정할 객관적인 자료가 없는 것으로 확인되었으며, ⒞ 원고가 2000. 4. 15.부터 2000. 8. 9.까지 한독건설로부터 교부받은 합계 10,450,000,000원 상당의 어음 7장 중 원고에게 실제 결제된 것은 4,729,450,000원으로, 그 중 원고가 한독건설로부터 도급받은 부지조성공사의 공사대금 3,470,500,000원을 제외한 나머지 1,258,950,000원은 2001. 11. 1. 이전에 결제되지 않은 것으로 확인된 사실을 인정할 수 있다.
 위 인정사실에 의하면, 원고가 2000 사업연도에 위 가공매입으로 조성한 자금 중 부가가치세 등으로 지출된 것이 확인된 831,405,000원을 제외한 나머지를 한독건설의 부외비용으로 지출하였다거나 이를 회수하였다고 볼 수 없어 결국 이는 사외에 유출된 것이 분명하나 그 귀속이 불분명한 경우에 해당한다고 할 것이므로, 피고가 위 가공매입액 6,218,300,000원 중 831,405,000원을 공제한 나머지를 원고의 대표이사인제1심 공동원고에게 인정상여처분한 것은 적법하다 할 것이다.
 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
4. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각한다. 
[별지 생략]

판사 권순일(재판장) 송인혁 이미선