법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2015.11.26 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 매지링크 (소송대리인 변호사 손지열 외 6인)
【피고, 상고인】 역삼세무서장 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 세한 담당변호사 강남규 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2013. 12. 6. 선고 2013누8976 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유 보충서면들의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점 및 제5점에 대하여
 가. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속명의와 달리 실질적으로 귀속되는 사람이 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속명의자를 납세의무자로 삼지 아니하고 실질적으로 귀속되는 사람을 납세의무자로 삼겠다는 것이다. 따라서 재산의 귀속명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 사람이 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배·관리하는 사람에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조). 그리고 이러한 실질과세의 원칙은 비거주자나 외국법인이 원천지국인 우리나라의 조세를 회피하기 위하여 조세조약상 혜택을 받는 나라에 명목회사를 설립하여 그 법인형식만을 이용하는 국제거래뿐만 아니라, 거주자나 내국법인이 거주지국인 우리나라의 조세를 회피하기 위하여 소득세를 비과세하거나 낮은 세율로 과세하는 조세피난처에 사업활동을 수행할 능력이 없는 외형뿐인 이른바 ‘기지회사(Base Company)’를 설립하여 두고 그 법인형식만을 이용함으로써 그 실질적 지배·관리자에게 귀속되어야 할 소득을 부당하게 유보하여 두는 국제거래에도 마찬가지로 적용될 수 있다.
 나. 원심판결 이유와 적법하게 채택된 증거들에 의하면 아래와 같은 사실을 알 수 있다.
 (1) ① 소외 1, 소외 2, 소외 3 및 훈진산업 주식회사는 2000. 5. 2. 말레이시아 라부안에 투자지주회사인 Pacific Gate Company Limited(이하 ‘PGC'라 한다)를 설립하였고, 이후 소외 1이 83%, 소외 2가 17%의 지분을 보유한 주주로 남게 되었다.
 ② 소외 1과 소외 2는 2000. 4.경 세무상 신고의무가 없고 지역의 특성상 재무제표와 감사보고서의 작성이 의무화되어 있지 아니하여 현지에서 과세될 가능성이 낮은 말레이시아 라부안에 투자지주회사를 설립하기로 하고, PGC의 설립을 주도하였다.
 ③ PGC는 말레이시아 라부안에 특별한 물적 시설이나 고용된 직원이 존재하지 않으며, 소외 1과 소외 2의 지시에 따라 홍콩에 있는 회사가 관련 업무를 모두 대행할 뿐, 이사회 결의 등 법인의 주요 의사결정절차도 제대로 이루어지지 아니하였다.
 ④ 소외 1이 PGC의 계좌에서 자신의 계좌로 수시로 입출금을 하는 등，PGC는 그 자산관리를 소외 1에게 의존하였음에도 신뢰할 만한 회계장부를 작성하지 아니하였다.
 ⑤ 한편 싱가포르 영주권자인 소외 1은 2000년부터 2007년까지 국내 체류일수가 매년 9일 내지 112일에 불과하였고, 소외 2는 국내 거주자이기는 하나 PGC 주식의 17%만 보유하고 있어 PGC가 얻은 소득은 그 당시 시행되던 국제조세조정에 관한 법률에 따른 특정외국법인 배당간주의 대상이 아니었다.
 (2) 원고는 PGC가 그 주식 전부를 보유한 내국법인으로서, PGC와 함께 싱가포르 법인 MagiNet Pte. Ltd.(이하 ‘MPL'이라 한다)의 주식을 취득할 수 있는 콜 옵션을 보유하다가, 2007. 9. 14. 이를 포기하여 PGC가 그 무렵 단독으로 콜 옵션을 행사하였다.
 그리고 원고는 이와 별도로 보유하던 MPL 주식을 PGC에 양도하여 2008. 2. 1. 그 잔금이 청산되었다.
 (3) 피고 역삼세무서장은 ① 원고가 저가로 MPL 주식을 취득할 수 있는 콜 옵션을 포기하고 특수관계회사인 PGC가 모든 콜 옵션을 행사하게 하여 콜 옵션 행사로 얻을 수 있는 콜 옵션 행사가격과 시가의 차액 상당을 무상으로 이전하고, ② MPL 주식을 PGC에 저가로 양도하여 시가와의 차액 상당의 이익을 분여함으로써, 각각 부당행위계산부인 규정에 따라 익금산입액이 발생하였다고 보아, 2010. 7. 1. 원고에게 2007 및 2008 사업연도 각 법인세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다). 그리고 피고 서울지방국세청장은 PGC가 그 실체를 인정할 수 없는 도관회사에 불과하여 그 익금산입액이 원고의 임원인 소외 1과 소외 2에게 직접 귀속되었다고 보아 2007년 및 2008년 각 상여로 소득처분한 다음 2010. 7. 1. 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다).
 다. 이와 같은 PGC의 설립경위와 목적, PGC의 인적·물적 조직과 사업활동 내역, PGC의 의사결정과 자산관리의 태양, PGC의 지배구조 등에 관한 사실관계를 앞에서 본 법리에 비추어 보면, (1) PGC는 소득세를 비과세하거나 낮은 세율로 과세하는 조세피난처에 설립된 회사로서 그 명의의 재산을 지배·관리할 능력이 없을 뿐만 아니라 실질적인 사업활동을 수행할 능력도 없고, 소외 1과 소외 2가 그 지배권을 통하여 PGC의 의사결정과 자산관리를 하면서 PGC의 명의로 실질적인 사업활동을 수행하였으며, 이러한 명의와 실질의 괴리는 오로지 PGC를 거래와 행위의 주체로 개입시켜 소득의 귀속자를 소외 1과 소외 2로부터 PGC로 변경함으로써 국내 세법에 따라 과세되어야 할 소득을 PGC에 유보하여 두려는 조세회피의 목적에서 비롯되었다고 볼 수 있으므로, PGC가 실질과세의 원칙상 그 실체를 인정할 수 없는 이른바 ‘기지회사’에 해당한다 할 것이며, (2) 피고가 익금산입의 대상으로 삼은 원고의 콜 옵션 포기로 인한 이익분여나 저가양도에 따른 이익은 이를 실질적으로 지배·관리하는 소외 1과 소외 2에게 직접 귀속되었다고 봄이 타당하다.
 따라서 이 사건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지의 위법 여부를 판단하기 위해서는, 소외 1과 소외 2가 소득세법상 거주자에 해당하는지 여부 및 원고의 콜 옵션 포기로 인한 이익분여와 MPL 주식의 저가양도가 국내거래 또는 국제거래인지 여부를 가린 후, 그에 따라 법인세법 또는 국제조세조정에 관한 법률(이하 ‘국제조세조정법’이라 한다)에 따른 과세요건을 갖추었는지 등에 대한 심리·판단이 이루어져야 한다.
 라. 그럼에도 이와 달리 원심은, PGC의 존재를 무시한 채 소외 1과 소외 2가 개인 자격으로 원고와 거래를 하면서 PGC를 명목상 행위주체로 내세웠다거나 위 익금산입액이 PGC가 아닌 소외 1과 소외 2에게 직접 귀속된 것으로 볼 수는 없다고 잘못 판단하여, 위 익금산입액이 외국법인인 PGC에 귀속되어 위 이익분여와 저가양도가 국제거래에만 해당한다고 단정하고, 이러한 잘못된 전제에서 이 사건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지의 위법 여부를 판단하였다.
 이러한 원심의 판단에는 실질과세의 원칙 및 그 적용 범위 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 2. 상고이유 제2점 및 제3점에 대하여
 가. (1) 구 국제조세조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제2조 제1항 제1호는 “‘국제거래’라 함은 거래당사자의 일방 또는 쌍방이 비거주자 또는 외국법인인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매·임대차, 용역의 제공, 금전의 대부·차용 기타 거래자의 손익 및 자산에 관련된 모든 거래를 말한다.”고 정의하고 있는데, 제3조 제2항은 “국제거래에 대하여는 소득세법 제41조 및 법인세법 제52조의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 자산의 증여 등에 대하여는 그러하지 아니하다.”고 정하고 있다.
 그리고 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21299호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제3조의2는 “구 국제조세조정법 제3조 제2항에서 ‘대통령령이 정하는 자산의 증여 등’이라 함은 다음 각 호를 말한다.”고 정하면서, ‘자산을 무상으로 이전(현저히 저렴한 대가로 이전하는 경우를 제외한다)하거나 채무면제가 있는 경우’(제1호), ‘수익이 없는 자산의 매입 또는 현물출자를 받았거나 당해 자산에 대한 비용을 부담한 경우’(제3호), ‘출연금을 대신 부담한 경우’(제4호), ‘그 밖의 자본거래로서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 경우’(제5호)를 들고 있다.
 (2) 한편 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제52조 제1항은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 일정한 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 납세지 관할세무서장 등이 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있도록 하는 부당행위계산부인 규정을 두고 있다.
 그리고 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제88조 제1항은 부당행위계산의 유형을 정하면서 제7호의2에서 ‘재정경제부령으로 정하는 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 아니하거나 그 행사기간을 조정하는 등의 방법으로 이익을 분여하는 경우’를 들고 있는데, 구 법인세법 시행규칙(2008. 3. 31. 기획재정부령 제10호로 개정되기 전의 것) 제42조의3은 그 파생상품을 ‘기업회계기준에 따른 선도거래, 선물, 스왑, 옵션 그 밖에 이와 유사한 거래 또는 계약’으로 정하고 있다.
 (3) 국제조세조정법이 제정되기 전의 구 법인세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 개정되기 전의 것) 제46조 제4항은 국제거래에서 부당행위계산부인의 기준이 되는 시가 등의 산정방법을 정함으로써 국제거래에 관하여도 법인세법에 따른 부당행위계산부인을 할 수 있도록 하였다.
 그런데 1995. 12. 6. 법률 제4981호로 제정된 국제조세조정법은 특수관계 있는 사람 사이의 국제거래에 대하여 국제적으로 일반화되어 통용되고 있는 기준에 따르기 위하여 국제조세조정법을 다른 법률에 우선 적용하도록 하고, 이와 아울러 법인세법 등에서 관련 규정을 모두 삭제하였다.
 다만 국제조세조정법에서 정한 이전가격세제의 적용 요건과 법인세법에서 정한 부당행위계산부인의 요건이 서로 달라 이들 규정의 적용 범위에 관하여 논란의 소지가 있자, 2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정된 국제조세조정법은 제3조 제2항을 신설하여 이전가격세제의 적용이 어려운 일정한 자산의 증여 등에 대하여는 법인세법에 따른 부당행위계산부인 규정만을 적용하도록 하였다.
 (4) 이러한 국제조세조정법의 제·개정 연혁, 국제조세조정법 제3조 제2항의 신설 경위, 법인세법과 국제조세조정법의 상호 관계, 부당행위계산부인의 대상과 유형을 정한 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호와 국제조세조정법의 적용배제 범위를 정한 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 각 호의 성격과 체계 등을 종합하여 보면, 특수관계 있는 사람들 사이의 국제거래에 대하여 국제조세조정법에서 정한 이전가격세제의 적용이 어렵고 그 거래의 실질이 내국법인의 국외 특수관계자에 대한 이익의 무상이전에 해당하는 경우에는 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 각 호에 포함되는 것으로 해석하여야 할 것이다.
따라서 내국법인이 국외 특수관계자와 함께 파생상품에 근거한 권리를 보유하다가 그 보유비율에 상응하는 권리를 행사하지 아니한 채 국외 특수관계자로 하여금 권리의 전부를 행사할 수 있게 하는 방법으로 국외 특수관계자에게 이익을 분여하는 행위는 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 제1호에서 정한 ‘자산의 무상이전’에 준하는 것으로서 법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호의2에 따른 부당행위계산부인의 대상이 된다.
 나. 원심판결 이유와 적법하게 채택된 증거들에 의하면 아래와 같은 사실을 알 수 있다.
 (1) 원고와 PGC는 일본법인인 MP Technologies(이하 ‘MPT'라 한다)에 그들 보유의 MPL 주식(원고 26%, PGC 13%)을 1주당 미화 4.2110달러(이하 ‘달러’라 한다)에 양도하면서, 2005. 5. 10. MPT와 사이에 MPT가 MPL 주식을 2007. 6. 30.까지 일본 주식시장에 상장하지 못할 경우에는 원고와 PGC가 MPL 주식의 1% 내지 35%를 MPT가 취득한 가격의 70%에 매수할 수 있는 콜 옵션을 부여받기로 하는 등의 주주 간 약정을 체결하였다.
 (2) MPT는 위 약정에서 정한 기한 내에 MPL 주식을 일본 주식시장에 상장하지 못하였다.
 (3) 그런데 원고는 콜 옵션을 행사하지 아니하였고(이하 ‘이 사건 콜 옵션 포기’라 한다), 한편 PGC는 단독으로 콜 옵션을 행사하여 MPT로부터 MPL 주식 35%를 1주당 미화 2.7944달러에, 10%를 시가인 1주당 5.5342달러에 매수하였다.
 다. 이러한 사실관계를 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 콜 옵션을 행사하여 MPL 주식을 시가보다 저렴한 1주당 2.7944달러에 취득할 수 있었음에도 이를 행사하지 않고 PGC로 하여금 이를 전부 행사하도록 함으로써 원고가 보유한 콜 옵션 지분에 콜 옵션 행사가격과 시가의 차액을 곱한 금액에 해당하는 이익을 PGC를 통하여 특수관계자에게 분여한 것으로 볼 수 있으므로, 그 이익의 분여가 원심 인정과 같이 국외 특수관계자에 대한 국제거래로 인정된다 하더라도, 이는 법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호의2에 따른 부당행위계산부인의 대상이 될 수 있다.
 라. 그럼에도 이와 달리 원심은, 이 사건 콜 옵션 포기로 이익을 분여하는 행위가 특수관계자에 대한 것이라 하더라도 국제거래에 해당한다면 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 각 호에 해당하지 아니하여 법인세법에 따른 부당행위계산부인의 대상이 되지 않는다는 잘못된 전제에서, 이 사건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지의 위법 여부를 판단하였다.
 따라서 이러한 원심의 판단에는 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 또는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호의2의 해석 및 그 적용 범위에 관한 법리를 오해한 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 상고이유 제4점에 대하여
 가. 구 국제조세조정법 제4조 제1항은 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다)의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있고, 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제1호는 이러한 정상가격 산출방법의 하나로 ‘비교가능 제3자 가격방법: 거주자와 국외 특수관계자 간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법’을 들고 있다.
 한편 구 국제조세조정법 시행령 제5조 제1항은 “구 국제조세조정법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.”고 하면서, 제1호에서 “특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 1에 해당하는 경우를 말한다.”고 정하고 있는데, (가)목은 ‘비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우’를, (나)목은 ‘비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우’를 들고 있다.
 이들 규정의 문언 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 구 국제조세조정법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 사정에 대한 증명책임은 과세관청에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).
 그리고 회사의 발행주식을 회사의 경영권과 함께 양도하는 경우에, 그 거래가격은 주식만을 양도하는 경우의 객관적 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없다(대법원 1990. 1. 12. 선고 89누558 판결 등 참조). 마찬가지로 경영권의 완전한 이전을 수반하는 주식거래는 내국법인이 국외 특수관계자에게 주식 일부만을 양도하는 거래와 비교가능성이 높은 거래로 보기 어려우므로 특별한 사정이 없는 한 그 거래가격을 정상가격으로 볼 수는 없다.
 나. 원심은, (1) 원고가 2007. 12. 12. PGC에 원고 보유의 MPL 주식 20%를 1주당 3.4032 달러에 양도하고(이하 ‘이 사건 주식양도’라 한다) 2008. 2. 1. 그 잔금을 청산한 사실, 한편 PGC는 2007. 9. 21. 일본법인인 NIF SMBC Ventures Co., Ltd.에 MPL 주식 10.47%를 1주당 5.5342달러에 양도하였으며, 2007. 12. 21. 일본법인인 DoCoMo interTouch(이하 ‘인터터치’라 한다)에 MPL 주식 69%를 1주당 5.79달러(이하 ‘이 사건 가격’이라 한다)에 양도한 사실 등을 인정한 다음, (2) PGC와 인터터치 사이의 주식거래는 PGC가 그 책임 아래 나머지 주주들로 하여금 그 보유주식을 인터터치에게 양도하도록 알선·보증하고 PGC의 책임과 보증으로 스톡옵션 등을 각 권리자로부터 매수하여 소각하여야 하는 의무를 부담하는 등 MPL 경영권의 완전한 이전을 수반하는 거래라고 보고, (3) 이 사건 주식양도가 내국법인의 국외 특수관계자에 대한 국제거래여서 구 국제조세조정법이 적용된다는 전제에서, 이 사건 가격을 이 사건 주식양도와 비교가능성이 높은 정상가격으로 보기 어렵다고 판단하였다.
 다. 원심판결 이유를 적법하게 채택된 증거들에 비추어 살펴보면, 이 사건 가격을 국제조세조정법에서 정한 정상가격으로 보기 어렵다는 판단 부분은 위 법리에 기초한 것으로 보이고, 그 부분에는 상고이유 주장과 같이 정상가격 산정을 위한 비교대상거래의 선정 등에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다. 다만 원심이 이 사건 주식양도가 국제거래에만 해당한다고 단정하여 그 전제에서 판단한 것이 잘못임은 앞에서 본 것과 같다.
 4. 결론
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김신(재판장) 김용덕(주심) 박보영 권순일

[1] 구 국세기본법 제14조 제1항에서 정한 실질과세의 원칙의 의미 / 실질과세의 원칙이 거주자나 내국법인이 우리나라의 조세를 회피하기 위하여 조세피난처에 외형뿐인 ‘기지회사(Base Company)’를 설립하여 두고 법인형식만을 이용하는 국제거래에 적용될 수 있는지 여부(적극)
[2] 특수관계 있는 사람들 사이의 국제거래에 대하여 구 국제조세조정에 관한 법률에서 정한 이전가격세제의 적용이 어렵고 거래의 실질이 내국법인의 국외 특수관계자에 대한 이익의 무상이전에 해당하는 경우, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제3조의2 각 호에 포함되는지 여부(적극) / 내국법인이 국외 특수관계자와 함께 파생상품에 근거한 권리를 보유하다가 국외 특수관계자에게 권리의 전부를 행사할 수 있게 하는 방법으로 이익을 분여하는 행위가 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호의2에 따른 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부(적극)
[3] 회사의 발행주식을 경영권과 함께 양도하는 경우, 거래가격을 일반적인 시가로 볼 수 있는지 여부(소극) / 경영권의 완전한 이전을 수반하는 주식거래의 경우, 거래가격을 정상가격으로 볼 수 있는지 여부(원칙적 소극)

[1] 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속명의와 달리 실질적으로 귀속되는 사람이 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속명의자를 납세의무자로 삼지 아니하고 실질적으로 귀속되는 사람을 납세의무자로 삼겠다는 것이다. 따라서 재산의 귀속명의자는 지배·관리할 능력이 없고, 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 지배·관리하는 사람이 따로 있으며, 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 재산에 관한 소득은 재산을 실질적으로 지배·관리하는 사람에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다. 그리고 실질과세의 원칙은 비거주자나 외국법인이 원천지국인 우리나라의 조세를 회피하기 위하여 조세조약상 혜택을 받는 나라에 명목회사를 설립하여 법인형식만을 이용하는 국제거래뿐만 아니라, 거주자나 내국법인이 거주지국인 우리나라의 조세를 회피하기 위하여 소득세를 비과세하거나 낮은 세율로 과세하는 조세피난처에 사업활동을 수행할 능력이 없는 외형뿐인 이른바 ‘기지회사(Base Company)’를 설립하여 두고 법인형식만을 이용함으로써 실질적 지배·관리자에게 귀속되어야 할 소득을 부당하게 유보하여 두는 국제거래에도 마찬가지로 적용될 수 있다.
[2] 국제조세조정에 관한 법률의 제·개정 연혁, 구 국제조세조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제3조 제2항의 신설 경위, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다)과 구 국제조세조정법의 상호 관계, 부당행위계산부인의 대상과 유형을 정한 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제88조 제1항 각 호와 구 국제조세조정법의 적용배제 범위를 정한 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21299호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제3조의2 각 호의 성격과 체계 등을 종합하면, 특수관계 있는 사람들 사이의 국제거래에 대하여 구 국제조세조정법에서 정한 이전가격세제의 적용이 어렵고 거래의 실질이 내국법인의 국외 특수관계자에 대한 이익의 무상이전에 해당하는 경우에는 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 각 호에 포함되는 것으로 해석하여야 한다.
 따라서 내국법인이 국외 특수관계자와 함께 파생상품에 근거한 권리를 보유하다가 보유비율에 상응하는 권리를 행사하지 아니한 채 국외 특수관계자에게 권리의 전부를 행사할 수 있게 하는 방법으로 국외 특수관계자에게 이익을 분여하는 행위는 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 제1호에서 정한 ‘자산의 무상이전’에 준하는 것으로서 법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호의2에 따른 부당행위계산부인의 대상이 된다.
[3] 회사의 발행주식을 회사의 경영권과 함께 양도하는 경우에, 거래가격은 주식만을 양도하는 경우의 객관적 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없다. 마찬가지로 경영권의 완전한 이전을 수반하는 주식거래는 내국법인이 국외 특수관계자에게 주식 일부만을 양도하는 거래와 비교가능성이 높은 거래로 보기 어려우므로 특별한 사정이 없는 한 거래가격을 정상가격으로 볼 수는 없다.