취득세 등 부과처분 취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2020.06.04 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】
1. 처분의 경위

가. 서울특별시장은 2018. 9. 6. 서울특별시고시 제2018-281호로 서울 영등포구 ○○○○○ 45-5번지 6,316.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다) 제22조, 제24조, 「서울시 역세권 청년주택 공급 지원에 관한 조례」 제9조에 따라 ‘영등포 ○○○○○ 역세권 청년주택(기업형 임대주택) 공급촉진지구’로 지정하고, 이에 대하여 같은 법 제28조에 따른 지구계획을 승인하며, 같은 법 제29조 제1항 제6호, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시관리계획(지구단위계획구역 및 계획)을 결정하였고, 같은 날 서울특별시고시 제2018- 282호로 사업시행자를 주식회사 ○○○○○○○○(이하 ‘○○○○○○○○'라 한다)와 이 사건 토지의 당시 소유자인 ○○○으로 하여 이 사건 토지 지상에 2개동, 지하 6층 지상 19층, 연면적 52,667.495㎡ 규모의 공동주택(공공임대 87세대 및 민간임대 409세대) 등을 신축하는 ‘영등포 ○○○○○ 역세권 청년주택(기업형 임대주택) 신축공사사업’(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 민간임대주택법 제33조 제1항, 주택법 제15조에 따른 주택건설사업계획으로 승인(건축법 제11조에 의한 건축허가 의제 포함)하였다.

나. 원고는 2018. 11. 5. 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 따라 이 사건 사업을 수행하기 위한 목적으로 ○○○○○○○○에 의해 설립되었다. 원고는 2018. 11. 20. ○○○으로부터 이 사건 토지의 소유권등기를 이전받아(등기원인은 2017. 9. 8.자 매매), 같은 날 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제31조 제1항(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다)에 의한 감면세율을 적용한 취득세 등을 신고하였다.

다. 원고는 2019. 1. 17. 피고에게 법인등기사항증명서, 사업자등록증, 투자회사임을 증명하는 원고의 정관 등을 첨부하여, 이 사건 토지를 임대목적물로 한 민간임대주택법 제5조 제1항, 같은 법 시행규칙 제2조 제1항에 따른 임대사업자 등록을 신청하였으나, 피고는 이 사건 사업에 대한 사업계획승인 및 건축허가 대상이 ○○○에서 원고로 변경되지 않아 원고가 이 사건 토지를 임대목적물로 하는 임대사업을 한다고 단정할 수 없다는 이유로 ‘임대목적물이 기재되지 않은 임대사업자 등록증(갑 제4호증)’을 발급하였다.

라. 피고는 2019. 1. 23. 국토교통부에 ‘원고가 이 사건 토지의 소유권을 가지고 있고, 원고를 이 사건 사업의 시행자로 재지정하는 절차에 있음을 근거로 원고의 임대사업자 등록증에 이 사건 토지를 임대주택 물건으로 등록할 수 있는지 여부’에 관하여 질의하였고, 이에 국토교통부는 2019. 4. 1. 피고에게 ‘촉진지구 지정 부지를 매입한 투자회사가 사업자 재지정을 받지 않은 상태에서 해당 토지를 임대주택 물건으로 기재하여 임대사업자로 등록할 수 없고, 다만 투자회사가 매입한 토지에 대하여 실제 지방세 감면 대상이 되는지에 대한 해석은 행정안전부에 문의하라’는 취지의 답변을 하였다.

마. 피고는 2019. 4. 15. 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 60일 이내에 임대목적물을 등록하지 아니하여 이 사건 감면규정이 정한 감면요건에 해당하지 않는다는 점을 근거로 원고에게 이 사건 토지에 대한 취득세 1,021,678,670원, 지방교육세 102,167,870원, 농어촌특별세 51,083,930원, 가산세 126,841,390원 합계 1,301,771,860원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 한편, 피고는 2019. 4. 18. 이 사건 사업의 시행자를 ○○○과 ○○○○○○○○에서 원고 및 ○○○○○○○○로 변경하는 공급촉진지구지정 및 지구계획결정 변경(안)에 대하여 주민의견 청취를 위한 관계도서 열람기간(2019. 4. 18.부터 2019. 5. 2.까지)을 공고하였고, 서울특별시장은 2019. 5. 30. 서울특별시고시 제2019-167호로 민간임대주택법 제33조 제1항, 주택법 제15조에 따라 이 사건 사업의 시행자를 위와 같이 변경하는 주택건설사업계획 변경을 승인하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 9, 10호증, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 감면규정은 ‘해당 임대용 부동산을 60일 이내에 임대목적물로 등록한 임대사업자’를 대상으로 규정하고 있을 뿐, 감면받은 취득세를 추징하는 별도의 규정은 두고 있지 않다. 단순히 추징요건을 감면규정과 반대로 해석하여 이루어진 이 사건 처분은 법률의 근거 없이 이루어진 것으로 위법ㆍ부당하다.

2) 이 사건 감면규정의 임대목적물 등록요건은 ‘기존 임대사업자’가 추가로 임대목적물을 취득하는 경우에 이 사건 감면규정이 적용될 수 있도록 그 대상을 확대하려는 취지에서 도입된 것으로, 신규 임대사업자에 해당하는 원고에게는 적용될 여지가 없다. 또한 신규 임대사업자가 공공임대주택 개발사업의 시행을 위하여 취득한 토지에 대해서는 60일 이내에 사업시행자 지정 절차를 완료하는 것이 불가능한바, 신규 임대사업자에 대해서는 이 사건 감면규정의 임대목적물 등록요건이 적용되지 않는 것으로 보아야 한다. 따라서 신규 임대사업자인 원고가 공공임대주택 개발사업의 시행을 위하여 취득한 이 사건 토지에 대해서는 임대목적물 등록요건이 적용될 수 없는바, 이에 반하는 이 사건 처분은 위법하다.

3) 납세의무 성립요건은 법률이 정한 규정에 따라 확정적으로 결정되어야 하고 그 성립 여부가 행정관청의 절차 지연 여부에 의하여 결정되는 것은 부당하므로, 토지를 취득한 임대사업자가 그 취득일로부터 60일 이내에 임대목적물 등록신청을 하였음에도 불구하고 행정관청의 내부 사정으로 인하여 그 등록이 지연된 경우에는 임대목적물 등록요건을 갖춘 것으로 보아야 한다. 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 60일 이내인 2019. 1. 17. 피고에게 임대목적물 등록신청을 하였으나, 피고 및 유관 행정기관의 내부사정으로 그 등록절차가 지연된 것인바, 원고에게 임대목적물 미등록에 대한 정당한 사유가 존재하고, 이를 간과한 이 사건 처분은 위법하다.

4) 만약 이 사건 감면규정 중 임대목적물 등록요건이 예정부지를 취득한 신규 임대사업자에게도 적용된다고 보는 경우에는 60일 이내에 사업시행자 지위를 얻을 수 없어 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록할 수가 없는 공공임대주택 개발사업자가 이 사건 감면규정에 따른 감면혜택을 전혀 적용받지 못하는 결과가 발생하는바, 이는 비례의 원칙을 위반한 것이고 재산권에 대한 부당한 침해일 뿐만 아니라 자기책임의 원칙 및 조세평등주의 원칙에도 반하여 위헌이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 처분의 법률적 근거

이 사건 감면규정 전단은 임대사업자가 임대를 목적으로 일정한 공동주택을 건축하는 경우 그 공동주택에 대하여 취득세를 감면한다고 규정하면서 그 괄호 안에서 위 임대사업자에 대하여 ‘임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우’로 명확히 정의하고 있으므로, 위와 같은 임대목적물 등록요건을 갖춘 임대사업자의 경우에 비로소 지방세를 감면하고, 그렇지 아니할 경우에는 처음부터 감면대상에서 제외하여 원칙대로 과세하는 것을 규정하고 있음이 분명하다. 따라서 임대사업자가 해당 임대용 부동산을 그 취득일부터 60일 이내에 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하지 않으면 당해 부동산은 위 감면규정에 의하여 처음부터 지방세 감면대상에서 배제되는 것으로서, 이 경우에 과세관청이 하는 지방세 부과처분은 추징처분이 아닌 본래의 부과처분이라고 할 것이다.

결국 원고가 이 사건 토지를 그 취득일부터 60일 이내에 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하지 아니하여 부과된 이 사건 처분은 추징처분이 아닌 부과처분이라 할 것이고, 이 사건 처분이 추징처분임을 전제로 이 사건 처분의 법률적 근거가 없다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

2) 임대목적물 등록요건의 신규 임대사업자 적용 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 이 사건 감면규정의 내용과 형식, 체계 및 그 개정 취지와 연혁 등에 비추어 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 감면규정의 임대목적물 등록요건은 신규 임대사업자에게도 당연히 적용되는 규정이라 봄이 타당하다. 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

① 이 사건 감면규정은 민간임대주택법에 따른 임대사업자 모두가 아닌 ‘60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우’, 즉 일정한 임대목적물 등록요건을 갖춘 임대사업자만을 지방세 감면대상의 범위에 포함하고 있는바, 그 문언상 이 사건 감면규정 중 위 임대목적물 등록요건을 갖추지 아니한 경우에는 신규 임대사업자인지 여부를 불문하고 지방세 감면혜택을 받을 수 없음이 분명하다.

② 2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 구 지방세특례제한법 제31조 제1항에서는 민간임대주택법에 따른 감면대상 임대사업자를 “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다.”고 규정하였다가 위 개정에 따른 이 사건 감면규정에 이르러서는 위 임대사업자를 “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다.”로 정의하고 있다. 신규 임대사업자이든 기존 임대사업자이든 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 하는 것에 어떠한 절차적 차이가 있다거나 이를 달리 취급하여야 할 특별한 이유가 있다고 보이지 않고, 신규 임대사업자가 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 하는 것이 불가능하지도 아니한 이상, 위와 같은 이 사건 감면규정으로의 개정은 지방세 감면대상의 범위를 보다 명확히 하려는 취지로 해석할 수 있을 뿐이고, 특별히 기존 임대사업자에게만 임대목적물 등록요건을 추가하는 취지라 해석할 수 없으며, 이것이 신규 임대사업자에 대한 입법미비 또는 입법오류에 해당한다고 볼 수도 없다.

③ 지방세특례제한법에 대한 안전행정위원회의 일부개정법률안 심사보고서(을 제3호증 6쪽 참조)에서도 위와 같은 이 사건 감면규정의 개정취지가 ‘해당 임대용 부동산에 대해 임대사업을 등록한 경우에 한해 감면’하여 감면대상자를 명확화하기 위함임을 분명히 하고 있을 뿐이고 달리 신규 임대사업자에게 임대목적물 등록요건의 적용을 배제하고 있지 아니하다. 원고가 제출한 2017년도 시행 지방세특례제한법 적용요령(갑 제11호증) 역시 이 사건 감면규정의 개정이유가 ‘감면대상 임대사업자가 부동산을 추가 취득시에도 적용하고자 하는 취지였으나 해석상 논란이 있어 이를 명확히 할 필요’에 의한 것이라고 밝히고 있다.

3) 행정청 내부 사정으로 인한 등록 지연 및 원고의 정당사유 인정 여부

민간임대주택법 시행령 제4조 제1항은 민간임대주택법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자의 하나로 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 위 주택을 건설하기 위하여 주택법 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 자(제2호 나목)와 이외에 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 투자회사(제3호 다목) 등을 규정하고 있고, 민간임대주택법 시행규칙 제2조 제1항은 민간임대주택법 제5조 제1항 및 같은 법 시행령 제4조 3항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자가 제출할 서류로 위 주택법 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 자는 주택사업계획승인서 사본(제1호), 위 투자회사는 투자회사임을 확인할 수 있는 서류 사본(제6호)을 각 제출하도록 정하고 있다.

그런데 원고가 2019. 1. 15. 피고에게 임대사업자 등록을 신청하면서 주택사업계획승인서 사본이 아닌 투자회사임을 확인할 수 있는 서류의 사본만을 제출한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 원고는 이 사건 토지 지상에 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되지 아니한 자로서 임대사업자 등록을 신청하였다고 할 것이고, 따라서 피고가 같은 날 원고에게 임대목적물이 기재되지 않은 임대사업자 등록증(갑 제4호증)을 발급한 것에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다.

원고는 행정청의 내부 사정으로 원고의 이 사건 토지의 임대목적물 등록이 지연되었다고 주장하나, 이를 인정할 증거는 없고, 오히려 원고가 이 사건 감면규정에서 정한 이 사건 토지의 임대목적물 등록 기한 60일을 단 3일 남긴 2019. 1. 17.에 이르러서야 임대사업자 등록을 신청한 사실, 피고는 원고의 위 신청을 받은 당일 임대사업자 등록을 마쳐준 사실이 인정되고, 위 기간이 경과되기까지 원고가 이 사건 사업의 시행자 명의 변경을 위하여 어떠한 절차를 진행하였는지 알 수 있는 자료도 전혀 제출된 바 없다. 따라서 이 사건 토지의 임대목적물 등록이 행정청의 내부 사정으로 지연되었다고 보기는 어렵다.

또한 원고는 이 사건 사업의 시행자로 지정받기 위해서는 관계기관과의 협의, 환경 등 평가 협의, 주민의견 청취, 도시계획위원회 등의 절차를 거쳐야 하고, 만약 도시ㆍ군기본계획이 변경될 경우에는 공청회와 지방의회의 의견청취 등 절차까지도 거쳐야 하는바, 특별한 사정이 없는 한 60일 이내에 이 사건 사업의 시행자로 지정되는 것이 법률적ㆍ사실적으로 가능하지 않으므로, 이 사건 토지의 취득일로부터 60일 이내에 위 토지를 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하는 것은 불가능하다고 주장한다. 그러나 공공지원민간임대주택 공급촉진지구의 변경에도 적용되는 민간임대주택법 제24조 제2항 각 호에 따른 별도의 전략환경영향평가, 재해영향평가 등 협의의 기간은 ‘30일 이내’로 정하여져 있을 뿐만 아니라 위 협의 절차를 나머지 절차와 동시에 또는 병행하여 진행하는 것이 불가능해보이지도 않는바, 이 사건 사업 관련 촉진지구의 변경 절차에 반드시 60일 이상이 소요된다고 볼 근거는 찾기 어렵고, 이 사건 사업의 시행자가 변경되면서 도시ㆍ군기본계획이 함께 변경되지도 아니하였으며, 원고가 시행자 지정을 받기 전에 이 사건 토지의 취득을 완료할 것을 전제로 사전에 이 사건 사업의 시행자 변경을 신청하는 것이 반드시 금지되어 있다고 보기도 어렵다. 따라서 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 60일 이내에 이 사건 사업의 시행자로 변경ㆍ승인받는 것이 불가능하였다고 보기 어렵다. 주1)

주1)------------------------------------------

원고의 주장에 의하더라도, 원고가 2019. 4. 3. 이 사건 사업의 시행자 변경ㆍ지정을 신청하여 2019. 5. 30. 사업시행자로 지정되었는바, 결국 행정청의 이 사건 사업 시행자 변경ㆍ지정 절차에 소요된 기간은 58일인데, 원고가 위 기간의 단축을 위하여 별다른 조치를 취한 사정은 찾을 수 없다. 또한 이 사건 사업의 최초 주택건설사업계획 승인에는 건축법 제11조에 의한 건축허가 의제도 포함되어 있는바, 원고가 기한 내에 건축허가 명의자 변경을 거친 후 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제2호 나목에 따라 임대사업자 등록을 하는 방법도 가능하였을 것으로 보인다.

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결국 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 60일 이내에 이를 임대목적물로 한 임대사업자 등록을 마치지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로, 이에 이 사건 감면규정을 적용하지 아니한 것은 정당하다. 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 않는다.

4) 이 사건 감면규정의 임대사업자 정의 부분이 위헌인지 여부

가) 조세감면의 혜택 범위를 결정하는 문제는 재정수입의 확보라는 목적 이외에도 국민경제적ㆍ재정정책적ㆍ사회정책적 목적과 조세 부담의 형평성 등을 종합적으로 고려하는 가운데 입법자가 광범위한 형성의 자유를 행사할 수 있는 영역에 속하는 것이고, 입법자가 명백히 입법형성의 재량범위를 벗어난 자의적인 입법을 한 경우에 한하여 평등원칙에 위반되어 위헌이라고 할 수 있다.

그리고 조세우대조치의 남발은 그에 의하여 조세감면을 받는 특정한 납세자군의 조세부담을 다른 납세자군에게 전가하는 결과를 가져와 조세평등의 이념에 반하고 일반 납세자들의 납세의식을 저하시킬 수 있기 때문에, 입법자가 조세감면 대상을 설정함에 있어 되도록 신중한 입장을 취하여 그러한 조세감면이 가장 절실하거나 시급하다고 생각되는 집단으로 그 범위를 한정하고 사회ㆍ경제적 상황의 변화에 따라 그 범위를 조절하는 것이 허용된다고 할 것이므로, 비록 면세규정의 기본 취지에 비추어 볼 때에는 면세대상이 과소 포함되었다 하더라도, 입법자가 자신의 재량 범위 내에서 합리적인 기준에 의하여 면세대상을 선정하고 있는 이상, 이는 정당화된다(헌법재판소 2005. 2. 24. 선고 2003헌바72 전원재판부 결정 등 참조).

나) 위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 아래와 같은 점을 고려하면, 이 사건 감면규정의 임대사업자 정의 부분은 입법형성의 재량범위 내에서 합리적인 기준에 의하여 지방세 감면대상을 정하고 있다고 할 것인바, 비례의 원칙을 위반하여 재산권을 부당하게 침해하거나 자기책임의 원칙 및 조세평등주의에 반하는 위헌의 법률이라고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

① 이 사건 감면규정은 임대주택의 건설 및 분양을 촉진하여 서민의 장기적인 주거생활의 안정을 도모하기 위하여 임대사업자가 취득한 임대주택에 대하여 취득세 감면의 혜택을 부여하면서도, 조세형평 등을 고려하여 감면대상의 범위를 ‘임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우’로 한정하거나 임대주택의 구체적 취득방법 등에 따라 제한하고 있다. 이와 같은 감면규정의 기본취지에 비추어 볼 때 임대용 부동산의 취득일로부터 60일 이내에 이를 임대목적물로 하는 임대사업자 등록이 용이하지 아니한 일부 임대사업자 등에게 감면혜택이 배제되어 감경대상이 과소 포함된 것으로 볼 수 있는 측면이 있다고 하더라도 이를 평등원칙 위반이라고 보기는 어렵다.

② 이 사건 감면규정은 과세물건인 부동산의 취득 당시 확정적으로 감면 요건을 갖출 것을 요구하지 아니하고, 신규 임대사업자를 보호하기 위하여 특별히 해당 부동산의 취득 당시 임대사업자로 등록하지 않더라도 그 후 취득세의 원칙적인 신고ㆍ납부 기한인 60일(지방세법 제20조 참조) 이내에 임대사업자 등록을 한 경우에 취득세를 감면해 주는 혜택을 주고 있는바, 위와 같은 특혜를 부여함에 있어 일정 기간 내의 감면 요건 구비를 요구함은 불가피해 보이고, 취득일로부터 60일 이내에 임대사업자 등록 여부를 그 기준으로 삼는 것 역시 합리적 근거 없는 차별이라고 볼 수는 없다.

③ 임대용 부동산의 취득 후 사업계획승인을 받아야 할 임대사업자가 이 사건 감면규정의 적용을 받기 위해 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하기에는 상당한 기간이 소요될 것으로 보이기는 하다. 그러나 이러한 감면규정의 적용을 받는 개별 임대사업자의 주관적ㆍ개별적 사정을 고려함은 법적 안정성 및 예측가능성을 해칠 우려가 있어 바람직하다고 보기 어렵다. 더구나 앞서 본 바와 같이 60일 이내에 사업계획승인(변경)을 받는 것이 반드시 불가능하다고 보기 어려운 이상, 그 기간 내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 등록하지 못한 것을 이유로 한 감면규정 배제가 자기책임의 원칙에 반한다고 볼 수도 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.