법인세등부과처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 1993.11.03 / 시행일:

【원 고】 사회복지법인 자매여숙(소송대리인 변호사 김유현)
【피 고】 서부산세무서장
【변론종결】 1993. 9. 22.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1992. 6. 17. 원고에 대하여 한 1990년도 법인세 411,253,965 및 교육세 66,581,850원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 이건 과세처분의 경위
 갑제1, 갑제2, 3호증의 1, 2, 갑제4 내지 7호증, 갑제8, 9호증의 1, 2 의 각 기재에 변론의 전취지를 합쳐보면 원고는사회복지사업법 제2조에 의하여 정신요양시설운영을 목적으로 설립된 사회복지법인으로 그 소유의 기본재산인 부산 사하구 당리동 산97의1 임야 53,325제곱미터(아래, 이건 임야라 한다)와 같은 동534의1 전1024제곱미터(아래, 이건 토지라 한다)에서 정신요양시설을 설치하여 운영하여 오다가 이건 임야는 산지라 경사가 급한 지역이라 원고법인의 용도에 적합하도록 1989. 12. 14. 부산 사하구청에 토지형질변경신청을 하였으나 허가신청이 기각되어 정신요양시설의 추가설치가 불가능하게 되어 같은해, 12. 28. 같은 구청으로부터 법인기본재산처분허가를 받아 이건임야가운데 15,630제곱미터와 이건토지를 1990. 4. 14. 소외주식회사 으뜸주택에 돈 2,440,090,000에 매도하였고, 원고와 같은 사회복지법인이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는조세감면규제법(아래, 조감법이라 한다) 제67조의14 제1항 제1호에 의하여 특별부가세를 면제받을 수 있으나 같은법 제4항의 규정에 의한 면제신청을 하지 아니한 사실, 이에 피고는 원고에 대하여 1992. 6. 16. 양도가액은 위 매도금액으로 하고, 취득가액은법인세법시행령(1989. 12. 30. 신설되어 1990. 5. 1 개정되기 전의 것) 제124조의2 제7항에 따라 양도가액에서 환산한 가액으로 하여 특별부가세 돈 726,142,550원 교육세 117,562,200원을 부과, 고지하였다가 국세심판소의 결정에 따라 법인세 411,253,965원 교육세 66,581,850원으로 감액결정한 사실을 인정할 수 있고 반증없다.
 2. 이건처분의 적법여부
 가.조감법 제67조의14 제1항의 적용여부에 관하여
 (1) 원고와 피고의 주장
 피고는 원고법인이 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이고 그 고유목적에 직접 사용하는 토지를 당해법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 이건 임야등을 양도하였으나조감법 제67조의14 제4항에 의한 면제신청을 하지 아니하였으므로같은법 제1항에 따른 특별부가세의 감면을 받을 수 없다고 할 것이므로 이건 과세처분은 적법하다고 주장하고,
 원고는 그가 조갑법에 의한 위 감면신청을 하지는 아니하였지만 이건 임야등을 양도함에 있어 관할구청으로부터 법인기본재산의 처분에 관한 허가를 받았을 뿐더러 위 조감법의 규정취지도 사회복지법인이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 당해법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도하는 경우에 특별부가세를 감면하여 사회복지법인의 활동을 보장하려는데 있으며 원고가 이건 임야등을 양도하려는 것도 이건 임야에서는 더 이상 정신요양시설을 설치하기 위한 토지형질변경허가가 되지 아니하여 새로이 정신요양시설설치를 하기 위한 토지매수자금확보에 있으며 원고가 이건 임야의 매도대금으로 고유목적사업에 필요한 토지를 매수하는데 모두 사용하였으며 부산지역은 철도역의 종점등이 자리하고 있어 돌볼 사람이 없는 정신이상자가 상당히 많은 곳이고 나라는 원고와 같은 사회복지법인의 사업을 지원하기 위하여 사회복지사업법에 따라 보조금을 지급하기도 하면서 피고가 원고법인에 대하여 세금을 부과한다면 나라가 지급한 보조금을 과세관청에서 도로받아 가는 결과로 되는 점등을 종합하면 피고의 이건 과세처분은 위법하다고 주장한다.
 (2) 판단.
 먼저 관련법규를 보면조감법 제67조의14 제1항은 다음 각호의 1에 해당하는 토지등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 한 다음, 그 제1호에서 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지등이라고 하고, 그 법 제4항에서 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 하고 있다. 이러한 조감법규정의 취지는 양도인으로 하여금 세금의 과세표준과 세액의 결정에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 지나지 않는 것이 아니라 면제신청을 필요적 면세요건으로 하고 있는 것이므로 납세의무자로부터 소정의 기한내에 세금감면신청이 없으면 특별부가세를 감면할 수 없다고 할 것이다.(대법원 1993. 5. 25. 선고 92누17273호 판결참조). 그리고 납세의무자에게 단순히 과세표준과 세액의 결정에 필요한 서류를 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 지나지 아니한 경우에는조감법 제57조와 같이그 제1항에서.. 발생한 소득에 대하여는 ..세를 면제한다고 한 다음,그 제4항에서제1항..등의 규정에 의하여 세액을 공제받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액면제신청서를 제출하여야 한다라고 규정하고 있는 것처럼 법규정의 입법형식자체가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다는위 조감법 제67조의14 제4항과 다르다.
 그런데 사회복지법인인 원고가 고유목적에 직접 사용하는 이건등의 토지를 양도하고조감법 제67조의14에 의한 조세감면신청을 하지 아니한 사실은 앞서 인정한 바와 같은 이상 원고가 주장하는 사정만으로 조감법의 규정에 따라 특별부가세를 감면할 수 없다고 할 것이므로 원고의 위 주장은 이유없다.
 나.법인세법 제59조의2 제3항단서의 양도가액과 취득가액의 결정과 관련하여
 (1) 원고와 피고의 주장
 원고는 둘째로법인세법 제59조의2 제3항단서는 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도상시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있고 이건임야등의 취득가액이 불분명하므로 피고는 양도가액과 취득가액 모두 기준시가에 따라 결정하여 이건과세처분을 하여야 할 것인데도 앞서본바와 같이 양도가액을 실제거래가액으로 하고, 이를 기준으로 취득가액을 취득당시의 기준시가를 양도당시의 기준시가로 나눈 비율에 곱하여 환산한 가액으로 하여 산출하였으므로 피고의 이건 과세처분은 위법하다고 주장한다.
 (2) 판단.
 (가) 관련법규를 보면법인세법 제59조의2(1990. 12. 31.법률제4282호로 개정되기 전의 것) 제3항은 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익은 양도가액에서 취득가액, 토지를 양도하기 위하여 직접 지출한 비용, 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액을 각 공제한 금액으로 하되, 다만 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득 당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있고,같은 법 시행령 제124조의2 제6항은 위 기준시가는소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다 고만 규정하고 있으며,같은법 시행령(1989. 12. 30 신설되어 1990. 5. 1.개정되기 전의 것) 제7항은법 제59조의2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나가 불분명한 경우에 그 불분명한 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다고 하고, 그 1호에서 취득가액이 불분명한 경우의 취득가액 산식은 양도가액 × 취득당시의 과세시가표준액/양도당시의 과세시가표준액(소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 나목단서의 경우에는 동단서의 규정에 의하여 계산한 양도가액)으로 하고 있다.
 (나) 그런데, 종래 대법원(1983. 4. 26. 선고 82누557 판결,1983. 12. 13. 선고 81누200 판결,1991. 7. 12. 선고 90누8527 판결,1991. 3. 27. 선고 90누8312 판결,1992. 7. 24. 선고 92누3762 판결등)은위 법인세법 제59조의2 제3항에서 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있는 것에 관하여, 여기서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 두 가액중 어느 한쪽이 불분명한 경우도 포함된다고 하면서 양도가액과 취득가액중 어느 한 쪽이 불분명한 경우에도 위 두가액을 모두 기준시가에 의하여 산정하여야 하며 이와 달리 불분명한 쪽의 가액은 기준시가에 따라 산정하고 다른 한쪽의 가액은 실지거래가액에 따라 산정함은 형평상 허용되지 아니한다고 일관하여 판시하고 있다.
 사실, 위의 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액과 취득가액중 어느 한쪽이 불분명하다고 하여 한쪽은 실지거래가액에 의하고 다른 한쪽은 기준시가에 의하여 산정하는 것은 그 기준시가가 실지거래가액을 반영하고 있다고 볼 특별한 사정이 없는 한, 도저히 형평상 맞지 아니하다고 보는 것은 지극히 당연하다고 이해된다.
 그런데위 법인세법시행령 제124조의2 제7항이 새로 신설되기 전에는 그제124조의12 제6항에서,모법인 제59조의2 제3항단서의 대통령령이 정하는 기준시가는 위에서 본 바와 같이소득세법 제115조에 규정하는 기준시가 즉 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 금액등에 의한다고 규정하고 있어서 이 규정에 따른 기준시가에 따라, 양도가액과 취득가액중 실지거래가액이 분명 한쪽은 지거래가액의 의하면서, 다른 한쪽은 그 기준시가에 의하여 양도차익을 산정한다면, 그러한 양도차익산정은 도저히 형평상 허용할 수 없다고 할 수 밖에 없을 것이다.
 그리고 위에서 본 대법원의 판시는위 법인세법시행령 제124조의2 제7항이 신설되기 전 즉법인세법 제59조의2 제3항단서의 대통령령이 정하는 기준시가를 위법인세법 제124조의2 제6항에 따라 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 금액등으로 정하고 있을 때의 해석이다.
 그러나위 법인세법시행령 제124조의2 제7항은,법인세법 제59조의2 제3항단서의 대통령령이 정하는 기준시가에 관하여, 양도가액 또는 취득가액중 어느 한쪽이 불분명한 경우에는 위에서 본 산식에 의하여 그 불분명한 가액을 환산하여 그 가액을 정하도록 하였고 그 기준시가의 산식은 상당히 그 실지거래가액에 접근할 수 있도록 마련되어 있다. 그렇다면, 이제 양도가액과 취득가액중 어느 한쪽이 불분명한 경우에 분명한 가액은 실지가래가액에 의하고 불분명한 가액은위 법인세법시행령 제124조의2 제7항에 의하여 환산한 가액으로 하여 그 양도차익을 산정한다고 하여 형평에 맞지 아니하다거나, 형평상 허용할 수 없다고 할 수는 없다고 할 것이다.
 여기서, 돌이켜위 법인세법 제59조의2 제3항의 규정취지를 살펴보면, 그 규정에서 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익은 양도가액에서 취득가액등을 공제한 금액으로 하되 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각의 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있는 취지는 양도차익은 양도가액 즉 실지양도가액에서 취득가액 즉 실지취득가액등을 공제한 금액으로 산정하고 다만 그 양도가액(실지양도가액)과 그 취득가액(실지 취득가액)이 불분명한 경우에는 그 불분명한 양도가액과 취득가액은 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액으로 한다는 취지라고 할 것이므로, 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우에는, 그 양쪽 모두를 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액으로 양도차익을 산정하고, 양도가액과 취득가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에는 분명한 쪽은 그 실지거래가액에 의하고 불분명한 쪽만을 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액으로 양도차익을 산정하여야 한다고 보아야 할 것이다.
 위 대법원 판례도,위 법인세법 제59조의2 제3항에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서, 양도가액과 취득가액중 어느 한쪽이 불분명한 경우에도 위 두 가액을 모두 기준시가에 의한 금액으로 산정하여야 한다고 판시하면서도, 위 규정에 그러한 취지가 당연히 포함되어 있다고는 해석하지 않고, 이와달리 불분명한 쪽의 가액은 기준시가에 따라 산정하고, 다른 한쪽의 가액은 실지거래가액에 따라 산정함이 형평상 허용되지 아니한다고 판시하고 있는 점으로 보아 위 법인세법의 규정은, 대통령령이 정하는 기준시가와의 관계에서, 형평상의 문제가 없다면, 위에서와 같이 양도가액과 취득가액중 어느 한쪽의 불분명한 경우에는 분명한 쪽은 실지거래가액에 의하고 불분명한쪽은 대통령령이 정하는 기준시가에 의한다는 취지로 해석 한다고 하여 위 대법원의 판례와 배치된다고 할 수는 없을 것이다.
 (다) 그렇다면, 위 법인세법 규정과 그시행령 제124조의2 제6항외에 그제124조의2 제7항이 신설된 이상, 이제, 위 규정들에 의하여 특별부가세의 양도차익을 산정함에 있어서는 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우에는 그 양도가액과 취득가액을 모두 대통령령이 정한 기준시가에 의한 금액인위 법인세법시행령 제124조의2 제6항에 의한 기준시가에 의한 금액으로 그 양도차익을 산정할 것이고, 양도가액과 취득가액중 어느 하나만 불분명한 경우에는 그 분명한 양도가액 또는 취득가액은 실지거래가액에 의하고, 그 불분명한 다른 한쪽은 대통령령이 정한 기준시가에 의한 금액인위 법인세법시행령 제124조의2 제7항에 정한 산식에 의하여 환산한 가액으로 하여 그 양도차익을 산정하여야 할 것이다.
 그리고 이렇게 해석한다고 하여위 법인세법시행령 제124조의2 제7항이 조세법률주의 내지 국세기본법의 정신에 반하거나, 모법인 위 법인세법의 규정에 위반한 규정이라고 할 수도 없다.
 따라서 피고가 이건 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액을 실지거래가액으로 하고 실지거래가액이 불분명한 취득가액은 위법인세법 제59조의2 제3항과위 법인세법시행령 제124조2의그 제7항에 정한 산식에 따라 환산한 기준시가가액으로 하여 그 양도차익을 산정한 것은 적법하다고 할 것이고, 이와 달리 그 양도가액과 취득가액을 모두 기준시가에 의하여 그 차익을 산정하여야 한다는 원고의 주장은 이유없다고 할 것이다.
 3. 결론
 그렇다면 원고의 이건 청구는 이유없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
1993. 11. 3.

판사 안석태(재판장) 박흥대 홍광식