농업법인이 취득시점에 농업경영정보를 등록을 하지 않은 경우 취득세 감면대상에 해당하는지 여부 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2024.04.17 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
원고의 항소를 기각한다.
항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】

▣청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다.피고가2021. 12. 22.원고에 대하여 한 취득세65,444,460원,지방교육세3,699,750원,농어촌특별세4,694,560원에 대한 각 경정거부처분을 취소한다.
▣이 유

1.처분의 경위

가.원고는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하‘농어업경영체법’이라 한다)제19조에 따라2011. 7. 7.설립된 농업회사법인이다.
나.원고는 양주시○○면○○리408-4, 408-5, 408-7, 408-11(이하 통틀어‘이 사건 토지’라 한다)지상에 건물(이하‘이 사건 건물’이라 한다)을 건축하여2021. 9. 17.사용승인을 받고2021. 10. 28.소유권보존등기를 마친 다음,위 건물에 관하여 취득세130,888,930원,지방교육세7,399,510원,농어촌특별세9,389,130원 합계147,677,570원을 납부하였다.한편 원고는2021. 10. 22.농어업경영체법 제4조 제1항 제1호에 따른 농업경영정보(이하‘농업경영정보’라 한다)를 등록하였다.
다.원고는‘이 사건 건물은 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당한다’는 이유로 피고에게‘구 지방세특례제한법(2023. 12. 29.법률 제19862호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제11조 제1항,제2항에 따라 위147,677,570원 중73,838,790원이 감경되어야 한다’는 취지의 경정청구를 하였다.이에 피고는‘원고가 이 사건 건물을 취득한2021. 9. 17.이후인2021. 10. 22.비로소 농업경영정보를 등록하였으므로,구 지방세특례제한법 제11조 제1항,제2항에 따른 취득세 감경 대상에 해당하지 않는다’는 이유로2021. 12. 22.원고에 대하여 위 경정청구를 거부하는 처분(이하‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
라.원고는 이에 불복하여2022. 2. 21.조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은2022. 5. 20.위 심판청구를 기각하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 7내지11, 13내지15, 17호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
가.원고와 같은 농업회사법인이 대출이나 보조금 지급과 무관하게 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우,그 취득 시점에 농업경영정보 등록을 하지 않았더라도 취득세의 법정신고기한 이전까지만 농업경영정보 등록을 하였다면 구 지방세특례제한법 제11조 제1항,제2항에 따른 취득세 감경 대상에 해당한다고 보는 것이 위 조항의 입법 취지에 부합한다.
나.피고가 원고의 이 사건 토지의 취득에 대하여는 취득세 감경을 하였으면서도 그와 공통의 목적 하에 일체적으로 연계되어 있는 이 사건 건물의 취득에 대하여 취득세 감경을 해주지 않는 것은 실질과세의 원칙에 위배된다.
다.취득세 감경은 수익적 행정행위이므로 이 사건 처분은 재량행위에 해당한다.농업경영정보 등록은 원고가 이 사건 건물을 취득하기 위하여 꼭 필요한 요건이 아니고,피고는 원고가 농업경영정보를 등록하기 전부터 원고의 운영실태에 대한 정기적인 조사를 통하여 실질적인 농업경영정보를 충분히 파악하고 있었으므로,이 사건 처분은 재량권을 일탈·남용한 것이다.
3.이 사건 처분의 적법 여부

가.관계법령

별지 기재와 같다.
나.원고가 구 지방세특례제한법 제11조 제1항,제2항에 따른 취득세 감경 대상에 해당하는지에 관한 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고,특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원1998. 3. 27.선고97누20090판결 등 참조).
농업법인에 대한 취득세 감경에 관한 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것)제11조 제1항에서는 취득세 감경 대상 농업법인의 범위를 특별히 제한하지 않고 있다가,그것이2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되어 그 범위를‘농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인’으로 제한·축소하였다.그 위임에 따른 구 지방세특례제한법 시행령(2023. 12. 29.대통령령 제34079호로 개정되기 전의 것)제5조의2에서는‘구 지방세특례제한법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서“대통령령으로 정하는 법인”이란 농어업경영체법 제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록한 농업법인(설립등기일부터90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다.’고 규정하고 있다.
위와 같은 구 지방세특례제한법령의 개정 경과 및 그 문언에 따르면,구 지방세특례제한법 제11조 제1항,제2항에 따라 취득세 감경을 받을 수 있는 농업법인은 농어업경영체법에 따른 농업법인 가운데 부동산 취득 시점에 농업경영정보를‘등록한’,즉 등록을 이미 마친 농업법인으로 한정된다고 봄이 타당하고,원고의 주장처럼 농업법인이 대출이나 보조금 지급과 무관하게 취득세의 법정신고기한 내에 농업경영정보를 등록한 경우까지 위 규정이 적용된다고 보는 것은 해석의 한계를 넘는 것으로서 허용될 수 없을 뿐만 아니라,그와 같이 해석할 만한 아무런 근거가 없다.
그런데 원고가 이 사건 건물에 관하여 사용승인을 받음으로써 이 사건 건물을 취득한2021. 9. 17.및 원고의 설립등기일인2011. 7. 7.이후인2021. 10. 22.비로소 농업경영정보를 등록하였음은 위 처분의 경위에서 본 바와 같다.따라서 원고는 이 사건 건물 취득 시에 구 지방세특례제한법 제11조 제1항,제2항에서 정한 요건을 갖추지 못하였다.
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------

주1)지방세법 시행령 제20조 제6항에서는‘건축물을 건축하여 취득하는 경우에는 사용승인서 등을 내주는 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.’고 규정하고 있다.
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------

한편 원고는‘①대법원2023. 3. 30.선고2019두55972판결은“법인세 면제 신청 절차에 관한 규정은 납세의무자로 하여금 면제 신청에 필요한 서류를 관할 세무서장에게 제출하도록 협력의무를 부과한 것이므로,영농조합법인이 법인세 면제 신청을 하면서 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 과세관청이 해당 법인세 면제를 거부할 수는 없다”는 취지로 판시하였는바,그 취지에 따르면 원고는 취득세 감경 대상이라고 보아야 하고,②경기도 도세 감면 조례 제19조 제1항 단서에 따르면,시장·군수가 도세 감면 대상임을 알 수 있는 때에는 신청을 하지 아니한 경우에도 직권으로 감면할 수 있는바,피고는 원고의 설립 이후부터 농업법인의 운영실태에 대한 정기적인 조사를 통하여 원고의 실질적인 농업경영정보를 가지고 있었으므로,직권으로라도 취득세를 감경하여야 한다’고 주장한다.그러나①원고가 원용하고 있는 대법원2023. 3. 30.선고2019두55972판결은‘구 조세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16009호로 개정되기 전의 것)제66조 제1항에서는 법인세 면제 대상을“농어업경영체법에 따른 영농조합법인”으로 정하고 있는바,농업경영체 등록확인서를 제출하는 것은 법인세 면제 요건이 아니므로,농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 과세관청이 해당 법인세 면제를 거부할 수는 없다’는 취지로서,취득세 감경 대상을‘농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인’으로 명확하게 정한 구 지방세특례제한법 제11조 제1항,제2항이 적용되는 이 사건에 원용하기에는 적절하지 않고,②앞서 본 바와 같이 원고는 구 지방세특례제한법 제11조 제1항,제2항에서 정한 취득세 감경 대상에 해당하지 않는바,이와 달리 원고가 취득세 감경 대상 농업법인에 해당한다는 전제에서 피고가 취득세를 직권 감경하여야 한다는 원고의 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
따라서 원고의 이 부분 주장은 모두 받아들이지 않는다.
다.이 사건 처분이 실질과세의 원칙을 위배하였는지에 관한 판단

실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서,조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있는 것이다(대법원2012. 1. 19.선고2008두8499전원합의체 판결 등 참조).
그런데 이 사건에서 원고가 이 사건 건물을 건축하여 취득한 이상 그 담세력은 원고에게 있다고 할 것이므로 그 취득세 감경 여부와 실질과세의 원칙 사이에는 별다른 관련이 없다.따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.
라.이 사건 처분이 재량권을 일탈·남용하였는지에 관한 판단

어느 행정행위가 기속행위인지 재량행위인지는 당해 처분의 근거가 된 규정의 형식이나 체제 또는 문언에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바(대법원1995. 12. 12.선고94누12302판결 등 참조),구 지방세특례제한법 제11조 제2항의‘경감한다’라는 문언상 과세관청에게는 그 취득세의 경감 여부를 결정하거나 세액을 조정할 수 있는 재량의 여지가 없으므로,위 조항에 따른 취득세의 감경은 기속행위에 해당한다.이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.
4.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로,원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

■구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것)

제11조(농업법인에 대한 감면)①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서"농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를2019년12월31일까지 면제한다.
2.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업회사법인

②농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의50을,과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의100분의50을 각각2020년12월31일까지 경감한다.
■구 지방세특례제한법(2023. 12. 29.법률 제19862호로 개정되기 전의 것)

제11조(농업법인에 대한 감면)①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서"농업법인"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는4년 이내)에 취득하는 농지,관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의100분의75를2023년12월31일까지 경감한다.
2.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업회사법인

②농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의50을,과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의100분의50을 각각2023년12월31일까지 경감한다.
■지방세특례제한법 시행령(2023. 12. 29.대통령령 제34079호로 개정되기 전의 것)

제5조의2(농업법인의 기준 등)①법 제11조제1항 각 호 외의 부분에서"대통령령으로 정하는 법인"이란「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조제1항에 따라 농업경영정보를 등록(이하 이 조에서"농업경영정보 등록"이라 한다)한 농업법인(설립등기일부터90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다.
■농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률

제2조(정의)이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “농업법인”이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.
제4조(농어업경영정보의 등록)①농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하“농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다.등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1.농업경영체:「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단,생산농산물,생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하“농업경영정보”라 한다).
제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등)①농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.
■구 조세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16009호로 개정되기 전의 것)

제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등)① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하"영농조합법인"이라 한다)에 대해서는2018년12월31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하"식량작물재배업소득"이라 한다)전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.끝.