법인세등경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.07.28 / 시행일:

【원고, 상고인】 유한회사 재림컨설팅 (소송대리인 법무법인 서정 담당변호사 이흥복 외 3인)
【피고, 피상고인】 성동세무서장
【원심판결】 서울고법 2009. 11. 3. 선고 2009누12329 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다. 

【이 유】 상고이유를 판단한다(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 준비서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서 판단한다).
 1. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제45조의2 제2항은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다’고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정(이하 ‘최초의 신고 등’이라 한다)에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 규정하고 있다. 
 이처럼 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결, 대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두10023 판결 등 참조).
 2. 가. 원심은 그 채용 증거를 종합하여, ① 원고는 2000. 1. 5. 유한회사 우일종합건설(이하 ‘우일건설’이라 한다)과 서울 성동구 (주소 생략) 지상 상가건물의 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다) 도급계약을 체결한 후 우일건설이 2001. 6.경 그 공사를 완료하자 위 상가건물을 분양하고 2001년 제2기 부가가치세를 신고·납부하면서 우일건설이 2001. 7. 1. 발행한 공급대가 56억 원의 이 사건 세금계산서(공급가액 5,090,909,090원, 세액 509,090,910원)를 근거로 그 매입세액의 공제를 구한 사실, ② 피고는 이 사건 세금계산서가 실제 공사용역의 제공 없이 허위로 작성된 것이라는 이유로 그 매입세액의 공제 및 공급가액의 손금산입을 부인하는 내용의 2003. 2. 1. 자 부가가치세 및 법인세 경정처분을 한 사실, ③ 원고는 2006. 4. 17. 우일건설을 상대로 서울동부지방법원에 부당이득금 반환청구의 소를 제기하였는바, 당초에는 우일건설이 원고로부터 이 사건 세금계산서상의 세액 509,090,910원을 수령하고도 과세관청에 이를 납부하지 아니하였다는 이유로 그 반환을 구하다가, 우일건설이 원고에게 이 사건 세금계산서를 포함하여 공급대가 합계 135억 원 상당의 세금계산서를 발행하였으나 원고가 우일건설에게 약 160억 원을 지급하였고 그 차액은 갈취당한 것이라는 이유로 그에 따른 손해배상을 구한 후, 변론종결일에 와서는 다시 우일건설이 공사대금을 초과하여 지급받았다는 이유로 509,090,910원의 반환을 구한 사실, ④ 위 소송에서 우일건설에 대한 공시송달로 일체의 소송서류가 송달되고 그 변론이 진행된 결과 위 법원은 2006. 11. 23. ‘원고와 우일건설 사이에 이 사건 공사와 관련하여 체결한 공사계약 및 추가공사계약에 기한 공사대금이 135억 원인데, 원고가 2000. 5.경부터 2002. 1.경 사이에 우일건설에 16,079,023,500원을 지급한 사실’을 인정하면서 원고가 우일건설에 지급한 위 금원 중 약정공사대금을 초과하는 부분은 부당이득이므로 우일건설은 원고에게 그 중 원고가 구하는 509,090,910원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다는 내용의 원고 승소판결을 선고하여 2006. 12. 14. 그 판결이 확정된 사실, ⑤ 원고는 2007. 2. 5. 위 민사 사건 판결의 확정에 따라 원고가 우일건설에 공사대금 56억 원을 지급한 사실이 확정되었다는 이유로 2001년 제2기 부가가치세와 2001 사업연도 법인세를 각 감액해야 한다고 주장하면서 피고에게 법 제45조의2 제2항 제1호에 따른 경정청구를 하였으나, 피고가 이를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다. 
 나. 원심은 이러한 사실관계를 토대로 하여, 위 민사 사건에서 원고가 우일건설에게 이 사건 세금계산서상의 공급대가 56억 원을 지급하였다는 점이 당사자 사이에 투명하게 다투어지지 아니하였고 이를 입증할 만한 객관적인 자료가 제출되지 아니하였으며 그 판결의 주문이나 이유에서도 이 점이 명확히 판단되었다고 볼 수 없으므로, 위 민사 사건의 판결에서 인정된 사실만으로는 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서가 아니라는 점이 확정되었다고 볼 수 없다는 이유로, 위 민사 사건의 판결 확정이 법 제45조의2 제2항 제1호의 경정청구사유에 해당하지 아니한다고 보아 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다.
 3. 앞서 본 법 제45조의2 제2항의 법리에 비추어 보면 이 사건 세금계산서가 허위가 아니어서 원고의 경정청구가 인정되기 위해서는 우일건설이 원고에게 이 사건 세금계산서상의 공급가액에 상당하는 건축공사 용역을 실제로 제공하였음이 위 민사 사건의 판결에서 확정되었어야 하는데, 위 민사 사건의 판결에서는 원고가 우일건설에게 이 사건 공사에 관하여 약정공사대금 135억 원을 초과하는 약 160억 원을 지급한 사실을 인정하였을 뿐, 정작 이 사건 세금계산서상의 56억 원에 관하여는 아무런 언급이 없는바, 그렇다면 위 민사 사건의 판결에서 인정한 사실만으로는 위 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 피고의 과세처분(2003. 2. 1. 자 경정처분)이 정당하게 유지될 수 없게 되었다고 보기 어렵다 할 것이다.
 원심의 이유 설시에 다소 부적절한 점은 있으나, 위 민사 사건의 판결 확정만으로는 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 경정청구사유에 해당하지 아니한다고 본 결론은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 것과 같이 법 제45조의2 제2항 제1호의 해석이나 입증 책임에 관하여 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 김능환(재판장) 안대희 민일영(주심) 이인복

[1] 구 국세기본법 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지 및 같은 항 제1호에서 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’의 의미
[2] 甲 유한회사가 乙 유한회사에 신축공사를 도급준 다음 乙 회사에게서 교부받은 세금계산서를 근거로 매입세액 공제 등을 구하였으나, 위 세금계산서가 허위라는 이유로 과세관청이 이를 부인하는 내용의 부가가치세 및 법인세 경정처분을 하였는데, 이후 甲 회사가 乙 회사를 상대로 ‘甲 회사가 위 공사와 관련하여 乙 회사에 약정 공사대금을 초과하는 돈을 지급하였다는 사실’을 인정하는 내용의 승소 확정판결을 받은 다음 이를 근거로 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 따라 후발적 경정청구를 하였으나 과세관청이 이를 거부하는 처분을 한 사안에서, 거부처분은 적법하다고 한 사례

[1] 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는데, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’란 최초 신고·결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다.
[2] 甲 유한회사가 乙 유한회사에 상가건물 신축공사를 도급준 다음 乙 회사에게서 교부받은 세금계산서를 근거로 매입세액 공제 등을 구하였으나, 위 세금계산서가 허위라는 이유로 과세관청이 이를 부인하는 내용의 부가가치세 및 법인세 경정처분을 하였는데, 이후 甲 회사가 乙 회사를 상대로 제기한 부당이득금 반환청구의 소에서 ‘甲 회사가 위 공사와 관련하여 乙 회사에 약정 공사대금을 초과한 돈을 지급하였다는 사실’을 인정하는 내용의 승소 확정판결을 받은 다음, 이를 근거로 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항 제1호에 따라 부가가치세 등의 감액을 주장하면서 후발적 경정청구를 하였으나 과세관청이 이를 거부하는 처분을 한 사안에서, 甲 회사의 후발적 경정청구가 인정되기 위해서는 ‘乙 회사가 甲 회사에 세금계산서상 공급가액에 상당하는 건축공사 용역을 실제로 제공하였다는 점’이 위 판결에서 확정되어야 하는데, 위 인정 사실만으로는 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정되었다고 볼 수 없다는 이유로, 위 거부처분은 적법하다고 한 사례.