관세등부과처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2015.01.09 / 시행일:

【원고, 항소인】 한국필립모리스 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 조일영 외 2인)
【피고, 피항소인】 부산세관장 (소송대리인 법무법인(유한) 대륙아주 담당변호사 강헌구)
【제1심판결】 부산지방법원 2014. 2. 20. 선고 2012구합5818 판결
【변론종결】2014. 12. 12.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 기각한다.
 2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에게 한 ① 별지1-9 기재 2011. 3. 29.자 각 관세 합계 585,346,930원, ② 별지1-10 기재 2011. 6. 27.자 각 관세 합계 1,141,086,510원, ③ 별지1-11 기재 2011. 9. 27.자 각 관세 합계 727,156,980원, ④ 별지1-8 기재 2011. 11. 1.자 각 관세 합계 3,443,831,630원의 각 부과처분을 모두 취소한다(원고는 당초 피고가 원고에게 한 ① 별지1-5 기재 2011. 3. 29.자 각 관세 합계 585,754,340원 및 각 부가가치세 합계 205,014,020원, ② 별지1-6 기재 2011. 6. 27.자 각 관세 합계 1,141,881,390원 및 각 부가가치세 합계 399,658,540원, ③ 별지1-7 기재 2011. 9. 27.자 각 관세 합계 727,663,000원 및 각 부가가치세 합계 254,682,050원, ④ 별지1-8 기재 2011. 11. 1.자 각 관세 합계 3,443,831,630원 및 각 부가가치세 합계 1,205,341,080원의 각 부과처분의 취소를 구하였다가 당심에서 이 사건 소 중 위 각 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분을 취하하였고, 피고가 별지1-5, 별지1-6, 별지1-7 기재 각 관세에 대하여 감액경정을 하자, 원고는 이를 반영하여 위와 같이 청구취지를 감축하였다).
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 제조담배 도매업, 담배 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사로서 미국 법인인 Philip Morris International Inc.(이하 ‘PMI'라고 하고, 그 계열회사들을 통틀어 ’PMI그룹‘이라고 한다)의 자회사이고, 스위스국 법인인 Philip Morris Products S.A.(이하 ‘PMPSA’라고 한다)는 PMI그룹 내 계열회사 중 하나이다.
 나. 원고와 PMPSA 사이의 제1계약 체결
 원고는 2001. 5. 31. 국내에서 필립모리스 담배 완제품을 제조 및 판매하는데 필요한 상표를 사용할 수 있는 권리 등을 허여받기 위해 PMPSA와 사이에 라이선스 계약(이하 ‘제1계약’이라고 한다)을 체결하고 이에 따라 PMPSA에게 로열티를 지급하였는데, 제1계약의 주요 내용은 아래와 같다.
〈제1계약의 주요 내용〉? 이 라이선스 계약은 2001. 5. 31. 체결되었다. [LICENSE AGREEMENT entered into as of May 31, 2001.] ? 전문 PMPSA는 원고가 아래 조건에 따라 계열회사들을 통해 계약제품을 제조할 수 있는 권리를 포함하여 본 계약 조건에 따라 본건 상표를 사용할 수 있는 권리를 갖기를 바란다. [Licensor desires that Licensee have the right to use the Trademarks(as defined herein) pursuant to the terms and conditions of this Agreement, including the right to have Licensed Products manufactured by Affiliates in accordance with the terms hereof.] ? 제1조 정의(DEFINITIONS) 1.01. 정의(Definitions) 다음 용어는 본 계약에서 사용되었을 때 다음과 같은 의미를 가진다: [The following terms shall have the specified meanings when used in this Agreement:]? (b) 어느 일방의 “계열회사”란 직접 또는 간접적으로 그 당사자를 지배하거나 그 당사자에 의해 지배되거나 그 당사자와 공동으로 지배를 받는 사람 또는 단체를 의미한다 ; 다만, 본 계약의 목적을 위해 어느 일방도 상대방의 “계열회사”로 간주되지 않는다.["Affiliate" of a party shall mean any person or entity directly or indirectly controlling, controlled by, or under common control with, such party ; provided that, for purposes of this Agreement, neither party shall be considered an "Affiliate" of the other.] ? (f) “계약제품”이란 품질표준과 사양서에 따라 본 계약 부록 A에서 확인되는 담배 브랜드 제품 또는 본 계약 부록 A에서 확인되는 상표로 판매되는 담배 브랜드 제품을 의미한다. ["Licensed Products" shall mean the brands of cigarettes identified in Schedule A hereto or sold under the trademarks identified in Schedule A hereto, conforming to the Quality Standards and Specifications.]? (k) “계약지역”이란 관세가 부과되는 대한민국 시장을 의미한다. [“Territory" shall mean the duty paid market of the Republic of Korea.]? (l) "본건 상표“란 본 계약 부록 A에 정한 브랜드에 대한 상표, 상표 등록, 상표 적용 및 그러한 상표, 상표 등록, 상표적용의 모든 재적용, 재등록, 갱신을 의미한다. [“Trademarks" shall mean the trademarks and any trademark registrations and trademark applications for the brands set forth in Schedule A as well as all reapplications, reregistrations, and renewals of any of the foregoing.] ? 제2조 라이선스 허여(LICENSE GRANT) 2.01. 허여되는 권리(Rights Granted) (a) PMPSA는 원고에게 본 계약의 조건 및 제한에 따라 계약지역에서 판매와 소비를 위한 계약 제품의 제조와 관련하여 본건 상표를 사용할 수 있는 비독점적인 권리를 허여한다. [Licensor hereby grants to Licensee, upon the terms and subject to the conditions and restrictions of this Agreement, the non-exclusive right to use the Trademarks upon and in connection with the manufacture of the Licensed Products for sale and consumption in the Territory.] ? (b) PMPSA는 원고가 현재 대한민국 내에 제조설비를 가지고 있지 않고, 그 설비를 건설하고자 계획하고 있으며, 그 설비가 적어도 1년 동안 가동될 수 없다는 것을 인식하고 있다. 따라서 그 설비가 완전 가동될 동안, 본 계약일로부터 2년을 초과하지 아니하는 범위 내에서, PMPSA는 원고에게 원고의 계열회사들(“계열 제조회사들”)을 통해 계약지역 밖에서 계약제품을 제조할 수 있는 권리를 허여한다 ; 단, 그 계열 제조회사 각각은 PMPSA의 사전 승인을 받아야 한다 ; 나아가 원고는 그 계열 제조회사가 제조한 모든 계약제품에 대하여 본 계약 조건에 따라 PMPSA에게 항상 직접적인 책임을 부담한다. [Licensor recognizes that Licensee does not currently have manufacturing facilities in Korea and is intending to construct such facilities and that such facilities will not be operational for at least one year. Accordingly, pending such facilities being fully operational, but not for a period exceeding two years from the date hereof, Licensor hereby grants to Licensee the right to have Licensed Products manufactured outside the Territory by Licensee's Affiliates("Affiliated Manufacturers") ; provided, that each such Affiliated Manufacturer shall have been approved in advance by Licensor ; and provided, further, that Licensee shall at all times remain directly liable to Licensor under the terms of this Agreement for all Licensed Products manufactured by any such Affiliated Manufacturer.]? 제4조 로열티, 세금(ROYALTIES, TAXES) 4.01. 로열티 금액(Royalty Amount) (a) 본 계약에 따라 본건 상표를 사용하기 위하여 원고에게 허여하는 권리와 라이선스를 고려하여, 원고는 PMPSA에게 본 계약에 규정된 방식으로 원고의 계약제품 순매출액의 5%를 로열티로 지급한다. [In consideration of the right and license granted to Licensee to use the Trademarks pursuant to this Agreement, Licensee shall pay to Licensor, in the manner and as provided in this Agreement, a royalty of 5% of Licensee's Net Sales of the Licensed Products.] ? 제5조 유효일, 기간, 해지(EFFECTIVE DATE, TERM, TERMINATION) 5.01. 유효일, 기간(Effective Date ; Term) 본 계약은 2001. 3. 28. 또는 그 이후 대한민국 항구에서 양륙되는 계약제품에 적용되고 유효하며 본 계약의 조건에 따라서 조기 종료되지 않는 한 2006. 3. 31.까지 계속 유효하다. [This Agreement shall apply and be effective to Licensed Products unloaded at a Korean port on or after March 28, 2001, and, unless earlier terminated pursuant to the provisions of this Agreement, shall continue in effect through March 31, 2006.] 
 다. 당초 원고는 담배 완제품을 수입하여 판매하다가 2002. 10. 14.경 ○○시에 담배 제조 공장을 완공함에 따라 그 무렵부터 국내에서 담배 완제품을 제조하여 판매하였다. 당시 원고는 자체적으로 각초(刻草, cut filler, 농가에서 수확한 담배잎을 건조, 배합, 가향, 열처리, 숙성 등의 공정을 거쳐 가공한 다음 이를 일정한 크기로 절각하는 방법으로 제조되는 담배 완제품의 원재료를 말한다) 제조 공정을 보유하고 있지 않아 각초를 전량 수입하여 담배 완제품을 제조하였다(이후 원고는 2012. 6.경 각초 제조 공정을 갖추어 국내에서 자체적으로 각초를 제조한 후 이를 원재료로 하여 담배 완제품을 제조하고 있다).
 라. 서울세관장의 2003. 6. 30.자 조사결과 통지
 서울세관장은 원고의 수출입통관 등의 적법성 여부를 조사하여 2003. 6. 30. 원고에게 그 조사결과를 통지(이하 ’서울세관장의 조사결과 통지‘라고 한다)하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.
〈서울세관장의 2003. 6. 30.자 조사결과 통지의 주요 내용〉?1. 조사대상기간 : 1997. 11. 1. ~ 2002. 11. 1.2. 경정할 내역(단위 : 원)관세부가가치세가산세합계2,005,432,7002,541,693,490909,425,2305,456,551,420□ 붙임1. 과세표준 및 세액의 산출내역(금액 : 천원)위반유형과세가격 누락추징세액관련물품과세가격특수관계자간 거래가 가격에 영향을 미침거래가격에 적정이윤 미반영23,430,6125,456,551수입 담배합계?5,456,5512. 조사항목별 적출내역 1) 거래가격에 적정이윤 미반영 ○ 원고는 수출자인 PMPSA와 PMG에서 담배 제품을 수입하면서, ○ PMPSA와는 제조업자인 PMUSA의 Cost, Mark-up on Cost 5%, 선적비용 등과 상기 합계액의 PMPSA의 Mark-up 2%를 합한 금액으로 수입하고 있고, PMG와는 Cost + Mark-up on Cost 5% 금액으로 수입하고 있어 이른바 Cost Plus Mark-up 방식으로 가격을 결정하고 있으나, ○ PMUSA 및 PMG의 Mark-up 5%는 회사 전체의 이익률 및 동종 동류의 상품 판매에서 실현하는 전반적인 이익률과 비교하면 현격한 차이가 있고, ○ Mark-up on Cost 5%를 산출한 PwC의 방법 역시 WTO 평가협약에서 인정할 수 있는 적정한 방법에 의하지 않는 등 수출자의 적정한 이윤이 포함되지 않은 가격으로 수입하고 있으므로 특수관계가 거래가격에 영향을 미쳤다고 판단됨 ○ 따라서 원고가 PMPSA 및 PMG에서 수입하는 담배 완제품에 대하여는 증가비용 중 수출자에게 지급하는 상표권 대가를 공제한 실질적인 증가비용을 수입가격에 가산하고자 함 ○ 각초 제품에 대하여는 기업심사 중 입수한 자료상의 제조원가 명세에서 각초가 차지하는 비율을 산출하여 브랜드가 일치하는 완제품의 판매가격에서 안분하여 각초 수입가격과 비교한 결과, 비교가격 대비 3%에 상당하는 이윤이 포함되지 않은 것으로 확인되어 각초 제품에 대하여는 수입가격의 3%를 가산하고자 함 2) 상표권 사용료 감액 경정 ○ 원고는 PMPSA와 상표권 사용계약을 체결(2001. 5. 31.)하고 라이선스 제품의 제조에 따른 상표사용 권리 허여와 한국 내 제조시설의 완전 운영전까지 라이선스 제품을 국외에서 제조할 권리를 허여하는 대가로 매출액의 5%를 상표권 사용료로 지급하기로 약정하였고, 이미 매출액의 5%에 상당하는 상표권 사용료를 가산신고하고 있는바, - 가산요소는 협약 제1방법에 의한 과세가격 결정방법 시 고려하여야 할 비용이므로 동 건과 같은 협약 제6방법에 의한 과세가격 결정방법일 경우 동 가산요소는 고려대상이 아니므로 기존에 이미 납부한 세액은 과오납 경정 조치할 예정임 3) 추가 가산신고 조치 ○ 동건 경정 조치와 별도로 원고가 2003. 4. 1. 이후 현재까지 수입한 완제품 및 각초 제품에 대하여는 동 결과 통지내역에 따라 추가 가산신고하시기 바람
 마. 원고와 PMPSA 사이의 제2계약 체결
 원고는 2004. 1. 1. 상표 및 기타 지적재산권을 사용할 수 있는 권리를 허여받기 위해 PMPSA와 사이에 라이선스 계약(이하 ‘제2계약’이라고 한다)을 체결하고 이에 따라 PMPSA에게 로열티(이하 원고가 제2계약에 따라 PMPSA에게 지급한 로열티를 ‘이 사건 권리사용료’라고 한다)를 지급하였는데, 제2계약의 주요 내용은 아래와 같다.
〈제2계약의 주요 내용〉 ? 본 계약은 2004. 1. 1. 체결되었다 [This Agreement, effective as of January 1, 2004.] ? 전문 가. PMPSA는 계약지역 내에서 본건 상표를 소유하고 있다. 나. 본 계약 조건에 따라, PMPSA는 원고에게 본건 상표와 기타 지적재산권의 사용권을 허여하고자 하며, 원고는 본건 상표와 기타 지적재산권을 사용하고자 한다. [A. PMPSA owns the Trademarks in the Territory(each, as defined below); and B. PMPSA wishes to license the Trademarks and certain other intellectual property rights to Licensee, and Licensee wishes to use the Trademarks and other intellectual property rights, subject to and in accordance with the terms and conditions hereof.] ? 1. 정의(Definitions) 1.5. “기타 지적재산권”이란 PMPSA가 본 계약 기간 동안 언제든지 사용권을 허여할 권리를 보유하고, 계약지역 및/또는 본 계약에 의한 계약제품 제조국의 법령, 법률 또는 형평법에 의하여 보호받는 계약제품과 관련된 본건 상표 이외의 산업 및 지적 재산권을 의미하며, 계약지역 이외의 지역인 경우 작업 또는 기타 관련 사항에 존재하거나 향후 존재할 수 있는 모든 등록 또는 미등록 저작권과 유사한 권리, 발명에 관한 권리(특허 및 특허출원이 포함됨), 노하우, 기밀정보 및 영업비밀에 대한 권리와 디자인(등록 여부를 불문함)에 관한 권리를 포함한다. [1.5. "Other Intellectual Property Rights" means any industrial and intellectual property rights, other than the Trademarks, applicable to the Products, as to which PMPSA has at any time during the term of this Agreement the right to grant licenses and which are protected by statute, at law or in equity in the Territory and/or in the country of manufacture of the Products pursuant to the Agreement, if this shall be other than the Territory, including all registered and unregistered copyright and similar rights which may subsist or may hereafter subsist in works or other subject matter, rights in relation to inventions(including patents and patent applications), rights in relation to know-how, Confidential Information and trade secrets, and rights in relation to designs(whether registerable or not registerable)]. ? 1.6. “계약제품”이란 본 계약에 따라 제조되고 본건 상표가 부착된 모든 담배를 의미한다. [1.6. “Products" means all cigarettes, bearing the Trademarks and manufactured in accordance with this Agreement.] ? 1.7. “사양서”란 PMPSA가 수시로 통지하는 계약제품의 제조를 위한 PMPSA의 표준, 사양 및 지시를 의미한다. [1.7. “Specifications" means the standards, specifications and directions of PMPSA for the manufacture of the Products as communicated from time to time by PMPSA.] ? 1.8. “계약지역”이란 관세 및 소비세가 부과되는 대한민국 국내시장을 의미한다. [1.8. “Territory" means the duty paid and excise tax paid domestic market of the Republic of Korea.] ? 1.9. "본건 상표“란 본 계약 부록 A(별지2 기재와 같다)에 열거된 상표(본 계약에 따라 수시로 수정되는 내용을 포함한다)를 의미한다. [1.9. “Trademarks" means the trademarks listed in Schedule A hereto, as amended from time to time in accordance with this Agreement.] ? 2. 라이선스 허여(License Grant) PMPSA는 원고에게 본 계약의 조건에 따라 한국 내에서의 계약제품 제조와 계약지역에서의 계약제품 판매를 위하여 본건 상표 및 기타 지적재산권을 사용할 비독점적인 권리를 허여한다. [PMPSA hereby grants to Licensee under the terms and conditions of this Agreement the non-exclusive right to use the Trademarks and the Other Intellectual Property Rights for the manufacture of the Products in the Republic of Korea and the sale of the Products in the Territory.] ? 4. 품질관리(Quality Control) 원고는 사양서를 엄격하게 준수하여 계약제품을 제조하며, 그와 같이 제조되지 않는 계약제품은 판매하지 아니한다. 원고는 매 분기마다 이전 분기 동안 제조하여 판매한 모든 계약제품의 견본을 PMPSA 또는 PMPSA가 지명한 자에게 제출한다. PMPSA는 본 계약 기간 동안 언제든지 적법하게 수권된 대리인을 통하여 원고에 의해 또는 원고의 계산으로 계약제품이 제조 또는 보관되거나 또는 제조시 사용될 재료가 보관된 장소를 검사할 수 있으며, 그러한 대리인은 그러한 장소의 모든 부분을 자유롭게 출입할 수 있고, 계약제품 또는 재료를 검사하고 시험하며 원고의 관련 장부와 기록을 복사할 수 있다. PMPSA는 계약제품이 사양서의 모든 점에 부합되게 생산되도록 하는데 합리적으로 필요한 경우 재료나 제조방법의 변경을 요구할 무제한적인 권리를 가진다. 원고가 광고, 판촉, 판매 또는 관련 재료에 본건 상표를 사용하는 경우 기존의 절차(수시로 변경되는 내용을 포함함)에 따라 PMPSA 또는 그 대리인의 사전 승인을 받아야 한다. [Licensee shall manufacture the Products in strict accordance with the Specifications and shall not sell any Products which are not so manufactured. Licensee shall submit to PMPSA of its designees each calendar quarter fair samples of all Products that have been manufactured and sold by it during the preceding calendar quarter. PMPSA shall at all times during the term of this Agreement be entitled to inspect, by its duly authorized agents, any premises where the Products are manufactured or stored, or where materials to be used in their manufacture are stored, by Licensee or for its account, and said agents shall have free access to all parts of said premises and may inspect and test the Products or such materials and make copies of the related books and records of Licensee. PMPSA shall have an unqualified right to require such changes in materials or methods of manufacture as may reasonably be necessary to secure the production of Products complying in all respects with the Specifications. Any use of the Trademarks by Licensee in advertising, promotional, sales, or related materials shall be subject to the prior approval of PMPSA or its representatives under existing procedures, as may be modified from time to time.]? 5. 로열티(Royalties) 5.1. 원고는 본 계약에 따라 허여된 권리에 대한 대가로 본 계약에 따라 원고가 제조하여 판매한 각 계약제품에 대하여 PMPSA에게 로열티를 지급하여야 한다. 계약제품 각 브랜드에 대한 로열티는 원고의 해당 브랜드 순매출액 중 본 계약 부록 A에 기재된 비율에 해당하는 금액으로 한다. [5.1. In consideration of the rights granted herein, Licensee shall pay to PMPSA a royalty for each of the Products which Licensee manufactures and sells pursuant to this Agreement. For each brand of the Products, such royalty shall be that percentage of Licensee's Net Sales Value for that brand which is specified in Schedule A.] ? 7. 기술지원 및 개량물(Technical Assistance and Improvements) PMPSA는 PMPSA가 판단하기에 원고가 사양서에 따라 계약제품을 제조 및 판매할 수 있도록 하는데 필요하거나 적절한 기술지원을 제공한다. 원고는 그러한 기술지원 제공과 관련된 합리적인 출장비와 생활비를 부담한다. 원고는 원고나 그 직원이 만든 기타 지적재산권과 관련된 개량물에 대하여 신속하게 무상으로 PMPSA에게 통지하며, 통지 후 해당 개량물은 PMPSA의 단독 재산이 된다. [PMPSA shall supply such technological assistance as PMPSA deems necessary or appropriate to enable Licensee to manufacture and sell the Products in accordance with the Specifications. Licensee shall assume the cost of reasonable travel and living expenses associated with the provision of such assistance. Licensee shall promptly communicate to PMPSA without charge any improvements relating to the Other Intellectual Property Rights made by it or its employees, and once communicated such improvements shall become the sole property of PMPSA.] ? 9. 기간 및 해지(Term and Termination) 9.1. 본 계약은 2004. 1. 1.에 발효되며, 제9.2.조의 규정에 따라 어느 당사자가 해지할 때까지 무기한 계속된다. [9.1. This Agreement shall be effective as of January 1, 2004 and shall continue indefinitely until terminated by either party in accordance with the provision of Section 9.2.] 
 바. 원고는 2006. 4. 6.부터 2007. 12. 28.까지 총 397회에 걸쳐 PMI그룹 내 PMPSA, Philip Morris Limited, Philip Morris Philippines Manufacturing Inc.(이하 통틀어 ‘이 사건 판매자들’이라고 한다)으로부터 각초를 수입하여 담배 완제품을 제조하였다(이하 원고가 위와 같이 수입한 각초를 ‘이 사건 각초’라고 한다).
 사. 피고의 2008. 3. 13.자 이 사건 기업심사결과 통지
 1) 피고는 수출입물품 통관적법성 확인을 위한 기업심사를 실시하여 2008. 3. 13. 원고에게 아래와 같은 내용으로 그 심사결과를 통지(이하 ‘이 사건 기업심사결과 통지’라고 한다)하면서 별지3 기재와 같은 내용의 ‘수입신고별 세부추징내역’ 등을 첨부하였고, ‘원고가 지급하는 이 사건 권리사용료, 이 사건 권리사용료와 이전가격의 관계에 대하여는 추가자료 요청 등이 있을 수 있음’이라고 명시하였다.
〈피고의 2008. 3. 13.자 이 사건 기업심사결과 통지의 주요 내용〉?① 심사대상기간 : 2003. 1. 1. ~ 2007. 12. 31.② 경정할 내역(단위 : 원)관세부가가치세가산세합계539,101,830669,453,740225,954,8901,434,510,460?□ 붙임 : 조사항목별 적출내역 1) 디자인 개발비용 및 인쇄판 제작비용 신고누락 2) 가산금액 누락 ○ 일부 각초 수입건의 가산금액을 신고에서 누락(서울세관 심사 결과 각초에 대해서는 mark-up 8% 기준으로 신고하도록 하였으나, 일부건에 대해 가산금액 미신고) 3) AOC 비용 ○ AOC(말레이시아 소재 아시아제조본부)가 원고에게 기술지원비로 청구하는 비용 중 담배잎 구매, 선별 등과 관련된 비용은 국내로 수입되는 각초를 수출하는 자의 제조원가로 계상되었어야 할 비용으로 각초 수입신고 가격에 가산되는 것으로 보아 과세 ○ 적용규정 : 적출내역 2), 3) 관련 관세법 제35조 합리적인 기준에 의한 과세가격 결정(관세법 제34조 산정가격을 기초로 한 과세가격 결정의 신축적용 유지) ⇒ 기존 서울세관 심사결과 인정된 mark-up 비율에 대한 가산비율 유지 및 종전 심사 후 신설 비용인 AOC 비용 중 담배잎 관련비용에 대한 추가 가산총 예상 추징세액 : 65건 1,434,510,460원
 2) 이후 원고는 위 적출내역 중 ‘가산금액 누락’ 부분에 관해서만 수정신고를 하였고, 피고는 원고가 수정신고하지 않은 ‘디자인 개발비용 및 인쇄판 제작비용 신고누락’ 및 ‘AOC 비용 누락’ 부분에 관하여 2008. 4. 17. 원고에게 ‘세액경정 통지 및 납부고지서 송부’ 공문으로 과세처분을 하였다.
 아. 피고의 이 사건 처분
 1) 그 후 피고는 원고로부터 이 사건 각초 및 이 사건 권리사용료와 관련된 추가 자료를 제공받아 검토한 결과 이 사건 권리사용료는 원고가 이 사건 판매자들로부터 수입하는 이 사건 각초와 관련성 및 거래조건성이 있다고 보았다. 이에 피고는 구 수입물품 과세가격 결정에 관한 고시(2014. 1. 3. 관세청 고시 제2014-1호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 '구 과세가격 결정 고시'라고 한다) 제3-4조 제2호 단서, 제4호 가목에 따라 이 사건 권리사용료에 담배 완제품의 가격(제조원가에서 세금 및 이 사건 권리사용료를 제외한 금액) 중 이 사건 각초의 가격이 차지하는 비율을 곱하여 산출된 금액을 조정액으로 산정하고, 이 사건 각초의 가격 중 조정액이 차지하는 비율을 가산율로 산정하는 방법을 적용하여 2006년도 가산율을 21.44%, 2007년도 가산율을 21.97%로 산정하였고, 이를 적용하여 이 사건 각초의 가격에 안분가산함에 따라 증액된 관세 및 부가가치세에 관하여 아래와 같이 총 4회에 걸쳐 부과처분(이하 통틀어 '피고의 당초 처분'이라고 한다)을 하였다.
 ① 피고는 2011. 3. 29. 이 사건 각초 중 원고가 2006. 4. 6.부터 2006. 6. 28.까지 수입신고한 총 46건의 각초에 관하여 별지1-1 기재와 같이 관세, 부가가치세, 관세의 가산세, 부가가치세의 가산세 등 합계 948,921,660원을 부과하였다.
 ② 피고는 2011. 6. 27. 이 사건 각초 중 원고가 2006. 7. 3.부터 2006. 9. 29.까지 수입신고한 총 74건의 각초에 관하여 별지1-2 기재와 같이 관세, 부가가치세, 관세의 가산세, 부가가치세의 가산세 등 합계 1,849,847,300원을 부과하였다.
 ③ 피고는 2011. 9. 27. 이 사건 각초 중 원고가 2006. 10. 9.부터 2006. 12. 28.까지 수입신고한 총 32건의 각초에 관하여 별지1-3 기재와 같이 관세, 부가가치세, 관세의 가산세, 부가가치세의 가산세 등 합계 1,178,813,770원을 부과하였다.
 ④ 피고는 2011. 11. 1. 이 사건 각초 중 원고가 2007. 1. 3.부터 2007. 12. 28.까지 수입신고한 총 246건의 각초에 관하여 별지1-4 기재와 같이 관세, 부가가치세, 관세의 가산세, 부가가치세의 가산세 등 합계 6,013,858,720원을 부과하였다.
 2) 원고는 이에 불복하여 2011. 6. 29. 및 2011. 9. 24. 이의신청을 거쳐 2011. 12. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2012. 9. 20. 피고의 당초 처분 중 관세의 가산세, 부가가치세의 가산세를 가산하지 않는 것으로 그 세액을 경정하고 원고의 나머지 심판청구를 기각하였고, 이에 따라 피고의 당초 처분은 별지1-5 내지 별지1-8 기재와 같이 관세 및 부가가치세만 부과하는 것으로 경정되었다.
 3) 이후 피고는 이 사건 소송계속 중인 2014. 12. 8. 2006년도 가산율을 21.44%에서 21.43%로 정정한 후 ① 별지1-5 기재 2011. 3. 29.자 각 관세 합계 585,754,340원을 별지1-9 기재 2011. 3. 29.자 각 관세 합계 585,346,930원으로, ② 별지1-6 기재 2011. 6. 27.자 각 관세 합계 1,141,881,390원을 별지1-10 기재 2011. 6. 27.자 각 관세 합계 1,141,086,510원으로, ③ 별지1-7 기재 2011. 9. 27.자 각 관세 합계 727,663,000원을 별지1-11 기재 2011. 9. 27.자 각 관세 합계 727,156,980원으로 감액경정하였다(이하 피고의 당초 처분 중 감액경정을 통해 감액되어 최종적으로 남은 부분인 ① 별지1-9 기재 2011. 3. 29.자 각 관세 합계 585,346,930원, ② 별지1-10 기재 2011. 6. 27.자 각 관세 합계 1,141,086,510원, ③ 별지1-11 기재 2011. 9. 27.자 각 관세 합계 727,156,980원, ④ 별지1-8 기재 2011. 11. 1.자 각 관세 합계 3,443,831,630원의 각 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라고 한다).
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 16, 39호증, 을 제1, 3, 11, 53호증(가지번호가 있는 것은 이를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장
 이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.
가. 근거 법령의 무효
 이 사건 처분의 근거가 된 아래 법령은 무효이다.
 1) 관세법 시행령 제19조 제1항
구 관세법(2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 관세법'이라고 한다) 제30조 제1항 제4호는 권리사용료의 구체적인 산출방법을 대통령령에 위임하였을 뿐 ‘이와 유사한 권리’의 의미나 범위에 관하여 위임한 바 없다. 그럼에도 관세법 시행령 제19조 제1항은 ‘이와 유사한 권리’의 범위를 정하고 있는데, 이는 모법의 위임이 없어 무효이다.
 설령 모법의 위임이 있다고 보더라도, 구 관세법 제30조 제1항 제4호에서 정한 ‘이와 유사한 권리’의 내용은 적어도 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권과 법률상 같은 수준으로 인정될 수 있는 정도의 법적 권리이어야 한다. 그럼에도 관세법 시행령 제19조 제1항 제2호는 ‘영업비밀’이라고 규정하면서 그 내용과 범위가 불명확한 요소들을 권리사용료 대상에 포함시켜 그 범위를 확장시키고 있는데, 이는 위임의 한계를 일탈한 것으로 무효이다.
 2) 관세법 시행령 제19조 제6항
관세법 시행령 제19조 제6항은 구 관세법 제30조 제1항 제4호에 따라 위임받은 권리사용료의 산출방법에 관한 사항을 그 대강조차 정하지 아니한 채 관세청장에게 그대로 백지재위임하여 재위임의 한계를 일탈하였으므로 무효이다.
 3) 구 과세가격 결정 고시 제3-4조 제2호 단서, 제4호 가목
 설령 관세법 시행령 제19조 제6항이 유효하다고 하더라도, 그 위임의 범위는 구 관세법 제30조 제1항 단서에 따라 객관적이고 수량화할 수 있는 자료가 존재하는 것을 전제로 그 자료에 기초하여 가산할 권리사용료를 산출하는 방법에 한정될 뿐이다. 그럼에도 관세법 시행령 제19조 제6항의 위임을 받은 구 과세가격 결정 고시 제3-4조 제2호 단서, 제4호 가목은 권리사용료 중 수입부분품에 관련된 금액만을 구분하여 확인할 수 있는 객관적이고 수량화할 수 있는 자료가 없는 경우에도 구 관세법 제30조에서 정한 방법(과세가격의 결정 방법과 관련하여 구 관세법 제30조 내지 제35조는 총 6가지의 방법을 규정하고 있는데, 이하 순서대로 ‘제1방법’ 내지 ‘제6방법’이라고 한다)을 적용할 수 있다고 하여 권리사용료 산정방법에 관하여 그 위임범위를 일탈하여 상위법령의 내용을 변경하는 내용을 규정하고 있으므로 무효이다.
나. 관련성 및 거래조건성의 결여
 이 사건 권리사용료는 아래와 같은 이유로 수입물품인 이 사건 각초와 관련성 및 거래조건성이 없으므로 이 사건 각초의 과세가격에 가산할 수 없다.
 1) 관련성 결여
 제2계약의 내용, 담배 완제품의 제조 공정, 이 사건 권리사용료 금액의 산정방법 등을 종합하면, 이 사건 권리사용료는 국내에서 담배 완제품을 제조하여 판매할 때 PMPSA가 보유하고 있는 상표와 기타 지적재산권을 사용하는 대가로 지급되는 것으로 수입 원재료인 이 사건 각초와 아무런 관련성이 없다.
 2) 거래조건성 결여
 제2계약의 내용, 원고가 PMI그룹의 계열회사들로부터 각초를 구매하는 이유, PMI그룹의 계열회사와 비계열회사 사이의 각초 거래 사례 등을 종합하면, 원고는 각초에 대한 구매선택권을 가지고 있고 이 사건 각초의 구매의무가 없는 이상 이 사건 권리사용료는 이 사건 각초 수입의 거래조건이라고 볼 수 없다.
다. 권리사용료 가산방법의 위법
 권리사용료 중 일부는 수입물품에, 일부는 국내공정에 관련되어 있는 경우 권리사용료 중 수입물품에 관련된 부분이 객관적이고 수량화할 수 있는 자료에 근거하여 산정될 수 없는 때에는 제1방법을 적용할 수 없다.
 구 과세가격 결정 고시 제3-4조 제2호 단서, 제4호 가목에서 정한 산출방법은 권리사용료 중 수입물품에 관련된 부분이 완제품 가격 중 수입부분품 가격이 차지하는 비율에 의해 결정되는 구조인데, 수입부분품에 체화되거나 구현된 영업비밀 등의 가치가 완제품 가격 중 수입부분품 가격이 차지하는 비율에 따라 일의적으로 결정되는 것이 아닌 점, 상표의 가치가 제품의 절대적인 비중을 차지하는 담배업계의 현실에 전혀 부합하지 못하는 점, 권리사용료 중 상표의 사용 대가로 지급된 금액이 제대로 고려되지 않은 점 등에 비추어 보면, 위 산출방법은 객관적이고 합리적인 산출방법으로 볼 수 없다.
 따라서 피고가 이 사건 처분에 적용한 권리사용료 금액의 산정방법은 구 관세법 제30조 제1항 단서에서 정한 ‘객관적이고 수량화할 수 있는 자료’에 근거한 것으로 볼 수 없으므로 이 사건 처분은 위법하다.
라. 신의성실의 원칙 및 중복조사금지의 원칙 위반
 1) 신의성실의 원칙 위반
 서울세관장의 2003. 6. 30.자 조사결과 통지에서는 원고가 수입한 각초의 과세가격 결정과 관련하여 구매자와 판매자간 특수관계가 있다고 하여 제1방법의 적용을 명시적으로 부인하고 제6방법을 적용하였고, 피고의 2008. 3. 13.자 이 사건 기업심사결과 통지에서도 이를 그대로 유지하였는데, 이는 모두 신의성실 원칙의 적용요건인 ‘공적 견해표명’으로 볼 수 있고, 위 두 차례의 공적 견해표명에 반하여 제1방법을 적용하여 이 사건 각초의 과세가격을 결정한 이 사건 처분은 신의성실의 원칙을 위반한 것으로 위법하다.
 2) 중복조사금지의 원칙 위반
 피고는 2008. 3. 13. 원고에게 이 사건 기업심사결과 통지를 하였고 이를 통해 이 사건 각초에 대하여 이미 조사가 이루어졌음에도, 이후 피고는 심사대상과 기간이 같은 품목에 대하여 다시 조사를 하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 구 관세법 제111조에 따라 금지되는 중복조사의 결과를 토대로 이루어진 것으로서 중대한 절차적 위법이 있다.
3. 관계 법령
 별지4 기재와 같다.
4. 판단
가. 근거 법령의 무효 주장에 관하여
 1) 관세법 시행령 제19조 제1항
 법률의 시행령은 그 법률에 의한 위임이 없으면 개인의 권리·의무에 관한 내용을 변경·보충하거나 법률에 규정되지 아니한 새로운 내용을 정할 수는 없지만, 법률의 시행령의 내용이 모법의 입법 취지와 관련 조항 전체를 유기적·체계적으로 살펴보아 모법의 해석상 가능한 것을 명시한 것에 지나지 아니하거나 모법 조항의 취지에 근거하여 이를 구체화하기 위한 것인 때에는 모법의 규율 범위를 벗어난 것으로 볼 수 없으므로, 모법에 이에 관하여 직접 위임하는 규정을 두지 않았다고 하더라도 이를 무효라고 볼 수는 없다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2008두13637 판결 참조).
구 관세법 제30조 제1항 본문은 ‘수입물품의 과세가격은 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 다음 각 호의 금액을 더하여 조정한 거래가격으로 한다’고 규정하면서 같은 항 제4호에서 ‘특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 및 이와 유사한 권리를 사용하는 대가로 지급하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 산출된 금액’을 들고 있다.
관세법 시행령 제19조 제1항은 “법 제30조 제1항 제4호에서 ‘이와 유사한 권리’라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.”라고 규정하면서 같은 항 제1호는 ‘저작권 등의 법적 권리’를 들고 있고, 같은 항 제2호는 “법적 권리에는 속하지 아니하지만 경제적 가치를 가지는 것으로서 상당한 노력에 의하여 비밀로 유지된 생산방법·판매방법 기타 사업활동에 유용한 기술상 또는 경영상의 정보 등(이하 ‘영업비밀’이라 한다)”을 들고 있다.
구 관세법 제30조 제1항 제4호의 입법 취지를 살펴보면, 수입물품의 과세가격은 당해 수입물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격(이하 '실제지급가격'이라고 한다)을 기초로 하여 결정하는 것이 원칙이지만, 구매자와 판매자가 통정하여 수입물품에 대한 실제지급가격을 통상적인 상거래에서의 경쟁거래가격보다 부당하게 낮추어 결정하고 그 대신 차액을 권리사용료의 명목으로 지급하는 경우에도 그 실제지급가격만을 기초로 하여 수입물품의 과세가격을 결정하는 것은 관세포탈을 용인하는 결과가 되고, 자유경쟁을 통한 국제무역의 확대에도 저해요인이 될 뿐만 아니라, 권리사용료의 명목으로 분식(粉飾)되거나 은폐된 실제지급가격과의 차액 상당액은 그 실질이 수입물품의 대가이므로 이를 실제지급가격에 가산하여 조정한 거래가격(이하 '실제거래가격'이라고 한다)을 기초로 하여 수입물품의 과세가격을 결정함으로써 공평하고 합리적인 과세를 도모하려는 데 있다. 
 그런데 권리사용료의 지급대상이 되는 권리의 범위를 정하는 문제는 경제적 상황의 변화에 따라 탄력적이고 유동적으로 규율할 필요성이 크고, 법률조항에서 모든 권리를 개별적이고 구체적으로 상세히 규율하는 것이 반드시 바람직하다고 볼 수는 없으므로, 구 관세법 제30조 제1항 제4호는 ‘이와 유사한 권리’라는 일반조항을 두어 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 외에 새로운 권리가 포함될 수 있는 가능성을 열어놓고 있다.
 위와 같은 구 관세법 제30조 제1항 제4호의 입법 취지 및 그 문언 내용을 종합하면, 구 관세법 제30조 제1항 제4호에서 정한 ‘이와 유사한 권리’는 반드시 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 등 법적 권리에 한정되거나 이와 법률상 같은 수준으로 인정될 수 있는 정도의 법적 권리에 한정된다고 해석할 것은 아니고, 비록 법적 권리에는 속하지 아니하지만 경제적 가치를 가지는 것으로서 그 사용대가로 지급된 권리사용료로 말미암아 실제지급가격이 분식되거나 은폐될 염려가 있는 것도 포함된다고 보아야 한다.
 이러한 점에 비추어 보면, 관세법 시행령 제19조 제1항이 ‘이와 유사한 권리’의 범위를 규정하고 있는 것과 관세법 시행령 제19조 제1항 제2호가 ‘이와 유사한 권리’ 중 하나로서 ‘영업비밀’을 규정하고 있는 것은 모두 모법인 구 관세법 제30조 제1항 제4호의 해석상 가능한 내용을 명시한 것에 지나지 아니하거나 모법 조항의 취지에 근거하여 이를 구체화하기 위한 것이므로, 모법에 이에 관하여 직접 위임하는 규정을 두지 않았다고 하더라도 이를 무효라고 볼 수 없고, 모법의 규율 범위를 벗어나 위임의 한계를 일탈한 것으로 무효라고 볼 수도 없다.
 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
 2) 관세법 시행령 제19조 제6항
 법률에서 위임받은 사항을 전혀 규정하지 않고 재위임하는 것은 백지재위임금지의 법리에 반할 뿐 아니라 수권법의 내용변경을 초래하므로 허용되지 아니하지만, 위임받은 사항에 관하여 대강을 정하고 그 중 특정사항에 관하여 범위를 정하여 하위법령에 다시 위임하는 경우에는 재위임이 허용된다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2004두14793 판결 참조).
구 관세법 제30조 제1항 제4호의 문언상 ‘권리사용료 산출방법’만을 시행령에서 정하도록 위임한 것이 아니므로, 시행령은 ‘권리사용료 산출’에 필요한 제반 사항에 관해서도 규정할 수 있다.
관세법 시행령 제19조는 구 관세법 제30조 제1항 제4호로부터 위임받은 ‘권리사용료 산출’에 필요한 사항에 관하여 같은 조 제2항에서 권리사용료는 당해 물품에 관련되고 당해 물품의 거래조건으로 지급되는 것으로 관련성 및 거래조건성이 있어야 한다는 점을 규정하고, 같은 조 제3항에서 관련성이 있는 것으로 간주되는 경우를 규정하며, 같은 조 제4항에서 관련성이 없는 것으로 간주되는 경우를 규정하고, 같은 조 제5항에서 거래조건성이 있는 것으로 간주되는 경우를 규정하는 등 그 대강을 정하고 있고, 같은 조 제6항에서 ‘제1항 내지 제4항의 규정 외에 권리사용료의 산출에 필요한 세부사항은 관세청장이 정한다’고 하여 권리사용료의 산출에 필요한 사항 중 미리 예측하여 규정하기 어렵거나 전문적 능력이 요구되는 구체적이고 세부적인 사항에 대하여 하위법령에 다시 위임하고 있으므로, 관세법 시행령 제19조 제6항이 백지재위임에 해당한다고 할 수 없다.
 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
 3) 구 과세가격 결정 고시 제3-4조 제2호 단서, 제4호 가목
 원고의 이 부분 주장은 실질적으로 원고의 ‘권리사용료 가산방법이 위법하다’는 주장과 그 취지가 동일하므로 아래 다항에서 함께 살펴본다.
나. 관련성 및 거래조건성의 결여 주장에 관하여
 1) 관련성 인정 여부
 가) 관세법 시행령 제19조 제2항은 ‘법 제30조 제1항의 규정에 의하여 당해 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 가산하여야 하는 권리사용료는 당해 물품에 관련되고 당해 물품의 거래조건으로 구매자가 직접 또는 간접으로 지급하는 금액으로 한다’고 규정하고 있다.
 나아가 관세법 시행령 제19조 제3항은 ‘제2항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 권리사용료가 당해 물품과 관련되는 것으로 본다’고 규정하면서 같은 항 각 호에서 관련성이 있는 것으로 간주되는 경우를 아래와 같이 예시하고 있다.
 ① 권리사용료가 특허권에 대하여 지급되는 때에는 수입물품이 국내에서 당해 특허에 의하여 생산될 물품의 부분품·원재료 또는 구성요소로서 그 자체에 당해 특허의 내용의 전부 또는 일부가 구현되어 있는 물품인 경우(제1호 다목)
 ② 권리사용료가 상표권에 대하여 지급되는 때에는 수입물품에 상표가 부착되거나 희석·혼합·분류·단순조립·재포장 등의 경미한 가공 후에 상표가 부착되는 경우(제3호)
 ③ 권리사용료가 실용신안권 또는 영업비밀에 대하여 지급되는 때에는 당해 실용신안권 또는 영업비밀이 수입물품과 제1호의 규정에 준하는 관련이 있는 경우(제5호)
 ④ 권리사용료가 기타의 권리에 대하여 지급되는 때에는 당해 권리가 수입물품과 제1호 내지 제5호의 규정 중 권리의 성격상 당해 권리와 가장 유사한 권리에 대한 규정에 준하는 관련이 있는 경우(제6호)
 위 관련 규정의 내용을 종합하면, 권리사용료가 당해 수입물품에 관련되어 있다는 것은 권리사용료의 지급대상인 무형재산권이 수입물품에 체화 또는 구현되어 수입물품과 일체화되거나 수입물품의 일부를 이루고 있는 경우를 말한다고 보아야 한다.
 나) 앞서 든 증거 및 갑 제9호증, 을 제5, 12 내지 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래 사정에 비추어 보면, 이 사건 권리사용료의 지급대상인 ’기타 지적재산권‘은 수입물품인 이 사건 각초에 체화 또는 구현되어 이 사건 각초와 일체화되거나 이 사건 각초의 일부를 이루고 있다고 보아야 하므로, 이 사건 권리사용료는 이 사건 각초와 관련성이 있다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 ① 담배 완제품의 제조 과정을 살펴보면, 농가에서 수확한 담배잎을 적당한 온도와 습도에서 건조한 후 배합(담배의 특징과 품질을 통일하기 위하여 각종 담배잎이 지닌 향기와 맛의 특성을 고려하여 적절한 비율로 섞는 작업), 가향(담배의 맛과 품질을 향상시키기 위하여 원료 배합물에 당과 향료 등의 가향제와 글리세린 등의 보습제를 가하는 작업), 열처리(토스토 처리) 등의 가공 과정을 거치고, 가공된 원료를 절각하여 각초를 제조한 후 이를 궐련지로 말아 필터와 연결하면 담배 완제품이 완성된다. 위와 같이 담배 완제품의 기본적인 맛과 향 등 품질은 대부분 각초 제조 단계에서 결정되므로, 담배 완제품을 제조하는 해당 기업이 보유하는 담배 완제품의 제조 기술이 체화되고 구현된 것은 각초라고 보아야 하고, 이에 담배 완제품을 제조하는 기업들은 일반적으로 각초를 만드는 기술을 영업비밀로 취급하여 외부에 공개하지 않고 있다.
 ② PMPSA는 스위스국 노이샤텔에 연구개발센터를 운영하면서 제조 공정과 품질수준 유지를 위한 활동을 하여 상표의 가치를 높이고, 제품이 PMI 기준 및 전 세계적인 규제 수준을 충족하도록 하며, 같은 상표 하에 판매되는 제품이 동일한 품질을 유지하여 전 세계적으로 동일한 제품특성을 갖도록 하는 역할을 수행하게 하고 있고, 위 연구개발센터에서 개발된 영업비밀, 제품, 기타 영업상 비법 등에 대하여 미국 이외의 지역에서는 PMPSA가 배타적 사용권을 가진다. 또한, PMPSA는 PMPSA의 형식, 양, 질, 가격 등 제품 규격에 따라 담배잎을 전 세계에서 구입하여 PMI의 계열제조업체나 비계열제조업체에 이를 판매하고, 담배잎의 숙성과 혼합율을 일정하게 유지하기 위하여 담배잎을 미국 이외의 지역의 창고에서 약 18개월 동안 보관하는 등 담배 완제품의 원재료인 각초의 제조에도 관여하고 있으므로, 각초에는 PMPSA의 영업비밀 등이 체화되어 있다고 보아야 한다.
 ③ 더욱이 원고는 PMI가 이미 개발한 표준 각초 중 어느 품목을 선택하여 그대로 수입한 것이 아니라 AOC의 담당 부서에 한국시장에 적합한 요구사항을 제안하여 한국소비자의 입맛에 가장 맞는 담배를 만들기 위해 최적화된 각초를 개발하게 한 후 이를 수입하였다.
 ④ 이 사건 권리사용료는 원고가 제2계약에 따라 허여받은 PMPSA의 상표와 기타 지적재산권을 사용할 수 있는 권리에 대한 대가로 지급하는 것인데(제2계약 제2조, 제5.1.조)이고, 제2계약 제1.5.조에서는 ‘기타 지적재산권’이란 ‘계약제품과 관련된 본건 상표 이외의 산업 및 지적 재산권을 의미하며, 계약지역 이외의 지역인 경우 작업 또는 기타 관련 사항에 존재하거나 향후 존재할 수 있는 모든 등록 또는 미등록 저작권과 유사한 권리, 발명에 관한 권리(특허 및 특허출원이 포함됨), 노우하우, 기밀정보 및 영업비밀에 대한 권리와 디자인(등록여부를 불문함)에 관한 권리를 포함한다’고 규정하여 기타 지적재산권에 PMPSA의 노우하우, 기밀정보 및 영업비밀도 포함된다는 점을 명시하고 있다.
 ⑤ 나아가 제2계약 제7조에서 ‘PMPSA는 PMPSA가 판단하기에 원고가 사양서에 따라 계약제품을 제조 및 판매할 수 있도록 하는데 필요하거나 적절한 기술지원을 제공하고, 원고는 원고나 그 직원이 만든 기타 지적재산권과 관련된 개량물에 대하여 신속하게 무상으로 PMPSA에게 통지하며, 통지 후 해당 개량물은 PMPSA의 단독 재산이 된다’고 규정하여 PMPSA는 기술지원과 동시에 원고나 원고의 직원이 만든 개량물이 ‘기타 지적재산권’과 관련이 있다면 이를 자신의 단독 재산이 되는 것으로 하여 이 사건 각초와 관련된 '기타 지적재산권‘을 확보하고 확장하고 있다.
 ⑥ 원고는, 이 사건 권리사용료는 이 사건 각초를 수입한 후 국내에서 담배 완제품을 제조하는 과정과 관련된 노하우, 영업비밀 등에 대한 것이므로 이 사건 각초와 관련성이 없다고 주장한다. 그러나 원고는 이 사건 처분의 대상기간인 2006. 4. 6.부터 2007. 12. 28.까지 국내에서 각초를 제조한 사실이 없고 전량 수입하였는데, 수입한 각초를 궐련지로 말아 필터와 연결하여 포장하는 과정은 각초를 제조하는 과정에 비하여 매우 기계적이고 간단한 과정이므로, 국내에서 담배 완제품을 제조하는 과정과 관련된 노하우, 영업비밀 등의 정도가 각초보다 크다고 볼 수는 없다.
 ⑦ 또한 원고는 기간별 로열티 지급액이 각초 수입량과 비례관계에 있지 않은 점, 원고의 공정별 설비 및 인원 투자현황을 고려할 때 상대적으로 각초 제조 공정을 중요 공정으로 볼 수 없는 점, 수입된 각초는 수출용 담배 완제품 및 내수용 담배 완제품 모두에 구별 없이 사용되는 점 등에 비추어 볼 때 이 사건 권리사용료가 이 사건 각초와 관련성이 없다고 주장한다. 그러나 기간별 로열티 지급액과 각초 수입량 사이에 외관상 비례관계가 나타나지 않는 것은 중간재 거래 단계에서 로열티를 받지 아니하고 최종 매출 단계에서 로열티를 부과하는 PMI그룹의 이전가격 정책에 따른 것에 불과한 점, 앞서 본 각초 제조 단계의 중요성에 비추어 단순히 원고의 공정별 설비 및 인원 투자현황만으로 각초 제조 공정을 중요 공정으로 볼 수 없다고 하기 어려운 점, 각초 수입 당시 이미 브랜드별로 각초가 수입되고 수출용 담배 완제품의 비율이 아주 낮은 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 설득력이 부족하다.
 2) 거래조건성 인정 여부
 가) 관세법 시행령 제19조 제5항은 ‘제2항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 권리사용료가 당해 물품의 거래조건으로 지급되는 것으로 본다’고 규정하면서 같은 항 각 호에서 거래조건성이 있는 것으로 간주되는 경우를 아래와 같이 예시하고 있다.
 ① 구매자가 수입물품을 구매하기 위하여 판매자에게 권리사용료를 지급하는 경우(제1호)
 ② 수입물품의 구매자와 판매자간의 약정에 따라 구매자가 수입물품을 구매하기 위하여 당해 판매자가 아닌 자에게 권리사용료를 지급하는 경우(제2호)
 ③ 구매자가 수입물품을 구매하기 위하여 판매자가 아닌 자로부터 특허권 등의 사용에 대한 허락을 받아 판매자에게 그 특허권 등을 사용하게 하고 당해 판매자가 아닌 자에게 권리사용료를 지급하는 경우(제3호)
 위 관련 규정의 내용을 종합하면, 권리사용료가 당해 수입물품의 거래조건으로 지급된다는 것은 구매자가 수입물품을 구매하기 위하여 권리사용료를 지급하는 경우로서 사실상 구매자에게 수입물품의 구매선택권이 없는 경우를 말한다고 보아야 한다(대법원 1993. 4. 27. 선고 91누7958 판결 참조).
 나) 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래 사정에 비추어 보면, 원고는 수입물품인 이 사건 각초를 구매하기 위하여 이 사건 권리사용료를 지급하였고, 사실상 원고에게 이 사건 각초에 대한 구매선택권이 없었으므로, 이 사건 권리사용료는 이 사건 각초의 거래조건으로 지급되었다고 보아야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 ① PMPSA는 전 세계 담배잎을 구입하여 스스로 각초를 제조하거나 이 사건 판매자들 등 PMI그룹 계열회사들에게 담배잎을 판매하여 PMPSA의 주문에 의해서만 각초를 제조하게 한다.
 ② PMPSA는 제2계약 제4조에서 원고에게 사양서를 엄격하게 준수하여 계약제품을 제조하고 그와 같이 제조되지 않은 계약제품을 판매하지 아니할 의무, 매 분기마다 이전 분기 동안 제조하여 판매한 모든 계약제품의 견본을 제출할 의무 등을 부과하고, PMPSA는 언제든지 원고에 의해 계약제품이 제조 또는 보관되거나 또는 제조시 사용될 재료가 보관된 장소를 검사할 수 있고, 그러한 장소의 모든 부분을 자유롭게 출입할 수 있으며, 계약제품 또는 재료를 검사하고 시험하며 원고의 관련 장부와 기록을 복사할 수 있는 권리, 계약제품이 사양서의 모든 점에 부합되게 생산되도록 하는데 합리적으로 필요한 경우 재료나 제조방법의 변경을 요구할 무제한적인 권리 등을 갖도록 약정하여 담배 완제품의 원재료인 이 사건 각초가 담배 완제품으로 완성되는 모든 과정에서 광범위한 ‘품질관리’ 권한을 가지고 이를 행사해 왔다.
 ③ 원고와 PMPSA를 비롯한 이 사건 판매자들은 모두 PMI그룹 내 계열회사들로서 특수관계회사인 점, PMPSA는 같은 상표 하에 판매되는 제품이 동일한 품질을 유지할 수 있도록 각초 제조에 관여하여 이 사건 판매자들에 의하여 위와 같은 품질을 갖춘 각초가 원고에게 공급되도록 한 점, 더욱이 원고는 한국시장에 적합한 요구사항을 제안하여 한국소비자의 입맛에 가장 맞는 담배를 만들기 위해 최적화된 각초를 개발하게 한 점, 원고는 이 사건 판매자들로부터 브랜드별로 각초를 수입하여 PMPSA가 제시한 사양서를 엄격하게 준수하여 담배 완제품을 제조할 수밖에 없는 점, 원고는 이 사건 판매자들 이외에 다른 제3자로부터 각초를 수입하여 담배 완제품을 제조한 사실이 없는 점, 원고가 이 사건 판매자들로부터 각초를 수입하지 아니하고 제3자로부터 각초를 수입하여 PMPSA가 요구하는 일정한 품질 기준 및 사양을 엄격하게 준수하여 담배 완제품을 제조하는 것은 사실상 불가능한 점 등을 종합하면, 실질적으로 원고로서는 이 사건 각초에 대한 구매선택권이 없었다고 보아야 한다.
다. 권리사용료 가산방법의 위법 주장에 관하여
 1) 구 관세법 제30조 내지 제35조는 과세가격의 결정 방법과 관련하여 아래와 같이 제1방법 내지 제6방법을 규정하면서 제1방법을 원칙으로 하되, 선순위 방법으로 과세가격을 결정할 수 없을 때에 비로소 후순위 방법을 순차적·보충적으로 적용하여 과세가격을 결정하도록 하고 있다.
 ① 제1방법(구 관세법 제30조) : 해당 물품의 실제지급가격에 일정한 금액을 더하여 조정한 실제거래가격을 기초로 하여 과세가격을 결정하는 방법이다. 다만, ㉠ 위와 같이 일정한 금액을 더할 때에는 객관적이고 수량화할 수 있는 자료에 근거하여야 하고, 이러한 자료가 없는 경우에는 제1방법으로 과세가격을 결정하지 아니하고 제2방법 내지 제6방법으로 과세가격을 결정하고(구 관세법 제30조 제1항 단서), ㉡ 구매자와 판매자 간에 대통령령으로 정하는 특수관계가 있어 그 특수관계가 해당 물품의 가격에 영향을 미친 경우에도 제1방법으로 과세가격을 결정하지 아니하고 제2방법 내지 제6방법으로 과세가격을 결정한다(구 관세법 제30조 제3항 제4호)
 ② 제2방법(구 관세법 제31조) : 동종·동질물품의 거래가격을 기초로 하여 과세가격을 결정하는 방법이다.
 ③ 제3방법(구 관세법 제32조) : 유사물품의 거래가격을 기초로 하여 과세가격을 결정하는 방법이다.
 ④ 제4방법(구 관세법 제33조) : 국내판매가격(해당 물품, 동종·동질물품 또는 유사물품이 수입된 것과 동일한 상태로 해당 물품의 수입신고일 또는 수입신고일과 거의 동시에 특수관계가 없는 자에게 가장 많은 수량으로 국내에서 판매되는 단위가격을 기초로 하여 산출한 금액에서 수수료, 이윤, 일반경비 등을 뺀 가격)을 기초로 하여 과세가격을 결정하는 방법이다.
 ⑤ 제5방법(구 관세법 제34조) : 산정가격(해당 물품의 생산에 사용된 원자재 비용 및 조립·가공비용에 이윤, 일반경비 등을 합산한 가격)을 기초로 하여 과세가격을 결정하는 방법이다.
 ⑥ 제6방법(구 관세법 제35조) : 구 관세법 제30조부터 제34조까지에 규정된 원칙과 부합되는 합리적인 기준에 따라 과세가격을 결정하는 방법이다.
 2) 앞서 본 바와 같이 관세법 시행령 제19조는 구 관세법 제30조 제1항 제4호로부터 위임받은 ‘권리사용료 산출’에 필요한 사항에 관하여 같은 조 제2항 내지 제5항에서 그 대강을 정하고 있고, 같은 조 제6항에서 ‘제1항 내지 제4항의 규정 외에 권리사용료의 산출에 필요한 세부사항은 관세청장이 정한다’고 하여 권리사용료의 산출에 필요한 사항 중 미리 예측하여 규정하기 어렵거나 전문적 능력이 요구되는 구체적이고 세부적인 사항에 대하여 관세청장이 이를 정하도록 다시 위임하고 있다.
 구 과세가격 결정 고시 제3-4조는 구 관세법 제30조 제1항 제4호, 관세법 시행령 제19조 제6항의 위임을 받아 ‘권리사용료의 산출방법’에 관하여 구체적으로 규정하고 있는데, 같은 조 제2호는 “수입물품이 국내에서 생산될 물품의 부분품, 원재료, 구성요소 등(이하 ‘수입부분품 등’이라 한다)이라 할지라도 당해 권리가 수입물품에만 관련되는 경우에는 이와 관련하여 지급되는 권리사용료의 전액을 가산한다. 다만, 지급되는 권리사용료 중 당해 수입부분품 등과 관련이 없는 우리나라에서의 생산, 기타 사업 등의 활동대가가 포함되어 있는 경우에는 지급되는 권리사용료에 완제품의 가격(제조원가에서 세금 및 당해 권리사용료를 제외한 금액)중 당해 수입부분품 등의 가격이 차지하는 비율을 곱하여 산출된 권리사용료 금액을 가산한다.”라고 규정하고, 같은 조 제4호 가목은 “권리사용료의 지급원인이 되는 물품이 장기간 반복하여 수입되는 경우로서 수입물품이 제2호 단서에 해당하는 물품인 경우에는 권리사용료의 안분을 위한 조정액은 ‘총지급로열티 × 당해 수입물품 가격 ÷ 완제품 가격’으로 산출하고, 가산율은 ‘조정액 ÷ 당해 수입물품 가격’으로 산출한다.”라고 규정하고 있다.
 3) 법령의 규정이 특정 행정기관에 그 법령내용의 구체적 사항을 정할 수 있는 권한을 부여하면서 그 권한행사의 절차나 방법을 특정하고 있지 않은 관계로 수임 행정기관이 행정규칙의 형식으로 그 법령의 내용이 될 사항을 구체적으로 정하고 있다면, 그와 같은 행정규칙은 당해 법령의 위임한계를 벗어나지 않는 한 그와 결합하여 대외적으로 구속력이 있는 법규명령으로서의 효력을 가지게 된다(대법원 1987. 9. 29. 선고 86누484 판결, 대법원 2008. 3. 27. 선고 2006두3742, 3759 판결 등 참조).
 위 관련 규정의 내용을 종합하면, 구 과세가격 결정 고시 제3-4조는 구 관세법 제30조 제1항 제4호, 관세법 시행령 제19조 제6항에 따라 관세청장이 정하도록 위임한 ‘권리사용료 산출방법’을 구체적으로 정하고 있으므로 그 근거 법령규정과 결합하여 대외적으로 구속력이 있는 법규명령으로서의 효력을 가진다고 보아야 한다. 나아가 관세청장이 그 위임의 범위 내에서 권리사용료 산출방법을 정하였다면, 그 내용이 관계 법령의 목적이나 근본취지에 명백히 배치되거나 서로 모순되는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 권리사용료 산출방법이 효력이 없는 것이라고 볼 수는 없다.
 이 사건에서 문제가 되는 조항은 구 과세가격 결정 고시 제3-4조 제2호 단서, 제4호 가목인데, 아래 사정을 종합하면 위 조항이 관계 법령의 위임범위를 일탈하였다고 볼 수 없고, 관계 법령의 목적이나 근본취지에 명백히 배치되거나 서로 모순된다고 볼 수도 없으므로, 위 조항이 무효라는 원고의 주장은 이유 없다.
 ① 구 관세법 제30조 제1항 제4호의 위임을 받은 관세법 시행령 제19조 제3항은 권리사용료가 당해 수입물품과 관련성이 있는 것으로 간주되는 경우를 예시하고 있는데, 그 중 ‘수입물품이 국내에서 당해 특허에 의하여 생산될 물품의 부분품·원재료 또는 구성요소로서 그 자체에 당해 특허의 내용의 전부 또는 일부가 구현되어 있는 경우(제1호 다목)’ 또는 ‘수입물품이 국내에서 당해 디자인권에 의하여 생산되는 물품의 부분품 또는 구성요소로서 그 자체에 당해 디자인의 전부 또는 일부가 표현되어 있는 경우(제2호)’를 명시하고 있다. 따라서 수입물품이 국내에서 생산될 물품의 부분품·원재료 또는 구성요소이고 이와 관련하여 권리사용료가 지급되는 경우에도 권리사용료 산출방법을 규정할 필요성이 있다.
 ② 그런데 만일 위와 같은 경우 지급되는 권리사용료에 수입물품과 관련이 없는 금액이 포함되어 있다면, 그 금액을 제외하고 수입물품과 관련이 있는 금액만을 따로 산출하여야 한다. 한편, 제1방법을 적용하는 경우에는 구 관세법 제30조 제1항 단서에 따라 객관적이고 수량화할 수 있는 자료에 근거하여 가산할 권리사용료를 산출하여야 한다. 구 과세가격 결정 고시 제3-4조 제2호 단서, 제4호 가목은 완제품의 가격(제조원가에서 세금 및 당해 권리사용료를 제외한 금액) 중 당해 수입물품의 가격이 차지하는 비율을 기준으로 하여 가산할 권리사용료를 산출하도록 규정하고 있는데, 위와 같은 경우 권리사용료가 통상적으로 완제품의 매출액에 일정한 비율을 곱한 금액으로 정해지는 점, 완제품의 가격 또는 당해 수입물품의 가격은 일반적으로 이를 산출할 수 있는 객관적이고 수량화할 수 있는 자료가 존재하는 점, 지급되는 권리사용료 중 당해 수입물품과 관련이 있는 금액만을 따로 산출하는 것은 전문적이고 기술적인 사항으로서 그 산출방법을 정하도록 위임받은 수임 행정기관으로서는 그 기준을 정하는 데 어느 정도의 재량권이 있다고 보아야 하는 점 등에 비추어 보면, 위 조항은 관세청장이 수권의 범위 내에서 법령이 위임한 취지에 기초하여 합목적적으로 설정한 기준으로 보인다.
 4) 그리고 앞서 든 증거에 의하면, 피고는 원고에 대한 감사보고서 및 재무제표, 원고가 피고에게 제출한 로열티 지급내역 등 객관적이고 수량화할 수 있는 자료를 토대로 하여 총지급로열티, 이 사건 각초의 가격, 담배 완제품 가격 등을 산출하여 이를 기초로 조정액과 가산율을 산정한 사실을 인정할 수 있고, 이는 구 과세가격 결정 고시 제3-4조 제2호 단서, 제4호 가목에 따른 것으로 적법하고, 피고의 권리사용료 가산방법에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
라. 신의성실의 원칙 및 중복조사금지의 원칙 위반 주장에 관하여
 1) 신의성실의 원칙 위반 여부
 원고의 이 부분 주장은 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙을 위반하였다는 취지로 보이는데, 일반적으로 행정상 법률관계에서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 개인이 견해표명을 신뢰하고 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 그로 말미암아 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다.
 피고가 이 사건 처분을 하면서 제1방법에 따라 과세가격을 결정한 사실은 앞서 본 바와 같은데, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래 사정에 비추어 보면, 서울세관장의 2003. 6. 30.자 조사결과 통지 또는 피고의 2008. 3. 13.자 이 사건 기업심사결과 통지만으로 행정청이 원고에게 이 사건 각초의 수입과 관련하여 제1방법이 아닌 제6방법에 따라 과세가격을 결정하겠다는 공적인 견해를 표명하였다고 보기 어려우므로, 피고가 제6방법이 아닌 제1방법에 따라 과세가격을 결정하여 이 사건 처분을 한 것이 신뢰보호의 원칙을 위반하였다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 ① 구 관세법은 과세가격을 결정할 때 해당 수입물품의 실제거래가격을 기초로 한 제1방법을 원칙으로 하되, 관세부과의 어려움, 실제거래가격이 저평가되어 관세포탈이 우려될 경우 등을 대비하여 제2방법 내지 제6방법을 규정하고 있으므로, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 제1방법에 따라 관세를 부과하여야 한다. 따라서 제1방법의 적용을 배제하고 제2방법 내지 제6방법으로 과세가격을 결정하는 것은 가급적 그 요건을 엄격히 해석할 필요가 있다(대법원 2007. 12. 27. 선고 2005두17188 판결 참조).
 ② 원고는 당초 국내에 담배 제조 공장을 두지 않은 채 담배 완제품을 수입하여 판매하던 중 담배 제조 공장을 건설하기로 하고 2001. 5. 31. PMPSA와 사이에 제1계약을 체결하였다. 제1계약의 주된 내용은, 원고는 담배 제조 공장이 완공될 때까지 PMPSA로부터 국외에 있는 계열회사를 통해 담배 완제품을 제조할 수 있는 권리를 포함하여 PMPSA의 상표를 사용할 수 있는 권리를 허여받고 그 대가로 순매출액의 5%를 로열티로 지급한다는 것이다(제1계약 전문, 제2.01.조, 제4.01.조). 이후 원고는 2002. 10. 14.경 ○○시에 담배 제조 공장을 완공하여 그 무렵부터 각초를 전량 수입한 후 국내에서 담배 완제품을 제조하여 판매하였고, 2004. 1. 1. PMPSA와 사이에 제2계약을 체결하였다. 제2계약의 주된 내용은, 원고는 PMPSA로부터 국내에서 담배 완제품을 제조 및 판매하기 위하여 PMPSA의 상표 및 기타 지적재산권을 사용할 수 있는 권리를 허여받고 그 대가로 브랜드별로 순매출액의 6% 내지 10%를 로열티로 지급한다는 것이다(제2계약 전문, 제2조, 제5.1.조).
 ③ 서울세관장의 2003. 6. 30.자 조사결과 통지의 주요 내용을 살펴보면, 서울세관장은 조사대상기간을 1997. 11. 1.부터 2002. 11. 1.까지로 정하여 조사한 결과 ‘원고가 수출자인 PMPSA, PMG로부터 담배 제품을 수입하면서 수출자의 적정한 이윤이 포함되지 않은 가격으로 수입하고 있는데, 이는 원고와 PMPSA, PMG의 특수관계가 거래가격에 영향을 미쳤기 때문이므로, 수입하는 담배 완제품에 대해서는 실질적인 증가비용을 수입가격에 가산하고, 각초 제품에 대해서는 수입가격의 3%를 가산하기로 한다’고 하여 제6방법에 따라 과세가격을 결정하였다. 위 조사대상기간은 1997. 11. 1.부터 2002. 11. 1.로서 그 기간 동안 주로 문제가 된 수입물품은 원고가 수입하여 판매한 담배 완제품이고, 서울세관장은 원고와 PMPSA, PMG의 특수관계로 말미암아 그 담배 완제품의 정확한 실제 거래가격을 파악하기 어려운 점을 고려하여 제6방법을 적용한 것으로 보인다.
 ④ 피고의 2008. 3. 13.자 이 사건 기업심사결과 통지의 주요 내용을 살펴보면, 피고는 심사대상기간을 2003. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지로 정하여 심사한 결과 ‘디자인 개발비용 및 인쇄판 제작비용 신고누락, 가산금액 누락, AOC 비용 누락’ 등의 문제점을 지적하면서 일단 서울세관장의 2003. 6. 30.자 조사결과 통지에서 인정된 제6방법의 적용을 유지하되, ‘원고가 지급하는 이 사건 권리사용료, 이 사건 권리사용료와 이전가격의 관계에 대하여는 추가자료 요청 등이 있을 수 있음’이라고 명시하였다. 그 후 피고는 원고로부터 이 사건 각초 및 이 사건 권리사용료와 관련된 추가자료를 제공받아 검토한 결과 이 사건 권리사용료는 원고가 2006. 4. 6.부터 2007. 11. 28.까지 이 사건 판매자들로부터 수입한 이 사건 각초와 관련성 및 거래조건성이 있다고 보고 제1방법에 따라 과세가격을 결정하여 2011. 3. 29.부터 2011. 11. 1.까지 4회에 걸쳐 관세 등을 부과하였다.
 ⑤ 앞서 본 바와 같은 사정, 즉 과세가격을 결정할 때 해당 수입물품의 실제거래가격을 기초로 한 제1방법이 원칙인 점, 원고는 종전에 담배 완제품을 수입·판매하다가 각초를 전량 수입하여 담배 완제품을 제조·판매하는 것으로 영업방식을 변경하였는데, 서울세관장의 2003. 6. 30.자 조사결과 통지는 대부분 원고가 종전에 담배 완제품을 수입·판매한 기간에 대한 것인 점, 이 사건 처분의 경우 문제가 되는 수입물품은 담배 완제품이 아닌 각초로서 수입물품의 종류가 달라진 점, 더욱이 원고는 PMPSA와 사이에 제1계약을 체결하였다가 서울세관장의 2003. 6. 30.자 조사결과 통지 이후 제2계약을 체결하였는데, 제2계약은 제1계약과 비교하여 원고가 PMPSA로부터 허여받은 권리, 그 대가로 지급할 로열티의 산정비율 등이 변경되어 사실관계를 종전과 동일하게 평가할 수 없게 된 점, 이에 피고는 2008. 3. 13.자 이 사건 기업심사결과 통지를 하면서 원고가 제2계약에 따라 지급하는 이 사건 권리사용료에 관한 판단을 유보하였다가 관련 자료를 제공받아 검토한 결과 이 사건 각초의 수입과 관련하여 제1방법에 따라 과세가격을 결정하여 관세 등을 부과한 점 등을 종합하면, 서울세관장의 2003. 6. 30.자 조사결과 통지 또는 피고의 2008. 3. 13.자 이 사건 기업심사결과 통지만으로 행정청이 원고에게 이 사건 각초의 수입과 관련하여 제1방법이 아닌 제6방법에 따라 과세가격을 결정하겠다는 공적인 견해를 표명하였다고 보기는 어렵다.
 2) 중복조사금지의 원칙 위반 여부
구 관세법 제111조는 ‘세관공무원은 관세포탈 등의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 이미 조사를 받은 자의 거래상대방을 조사할 필요가 있는 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 사안에 대하여 이미 조사를 받은 자에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 하여 중복조사금지의 원칙을 규정하고 있다.
 갑 제2, 8, 29, 30, 37, 38, 48호증, 을 제1, 5, 6, 7, 8, 9, 25, 28, 29, 35호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래 사정에 비추어 보면, 이 사건 처분이 중복조사의 결과를 토대로 이루어진 것이라고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 ① 피고는 2008. 3. 13. 원고에게 이 사건 기업심사결과 통지를 하면서 조사항목별 적출내역으로 ‘디자인 개발비용 및 인쇄판 제작비용 신고누락, 가산금액 누락, AOC 비용 누락’만을 적시하면서 ‘원고가 지급하는 이 사건 권리사용료, 이 사건 권리사용료와 이전가격의 관계에 대하여는 추가자료 요청 등이 있을 수 있음’이라고 명시하여 이 사건 권리사용료에 관한 조사를 추가로 진행할 예정이라는 취지를 밝혔다.
 ② 이후 피고는 2009. 8. 10. 원고에게 ‘이 사건 권리사용료가 수입물품의 거래가격에 영향을 미쳤는지 여부에 관한 검토를 위해 2007. 8. 1. 이후부터 현재까지 로열티 계산내역 및 외환지급 관련 전표, 2005년 이후 생산·판매한 브랜드별 담배의 종류와 담배종류별 판매수량 및 판매금액에 관한 자료(연도별), 2005년부터 현재까지 원고의 연도별 제조원가명세서 등의 자료를 제출해 달라’는 내용의 ‘과세가격 심사 질문서 및 자료제출 요구서’를 보냈다. 원고는 2009. 8. 27. 피고에게 일부 자료를 제출하면서 나머지 자료에 대한 제출기한을 연기해 달라고 요청하였고, 2009. 9. 11. 피고에게 로열티 적정성 관련 검토자료를 제출하였다. 피고는 2009. 12. 9. 로열티 산정내역 등 추가자료를 제출해 달라고 요청하였고, 원고는 2010. 9. 28. 로열티 관련 추가답변서를 제출하였으며, 피고는 2010. 10. 14. 추가답변서 제출에 따른 질문서를 송부하였고, 원고는 2010. 11. 12. 추가질문서에 대한 답변서를 제출하였으며, 피고는 2011. 3. 7. 원고에게 추가자료를 제출해 달라고 요구하였다.
 ③ 피고는 원고로부터 위와 같이 제출받은 답변서와 자료들을 검토한 결과 2011. 3. 29. 원고에게 ‘이 사건 권리사용료는 원고가 이 사건 판매자들로부터 수입한 이 사건 각초와 관련성 및 거래조건성이 있으므로 누락된 과세표준에 대하여 관세 등을 부과한다’는 내용의 기업심사결과 통지를 하였다.
 ④ 앞서 본 바와 같은 사정, 즉 피고의 2008. 3. 13.자 이 사건 기업심사결과 통지에서는 그 대상에 이 사건 각초의 실제지급가격에 이 사건 권리사용료를 가산할 것인지 여부는 포함되어 있지 않았고, 피고는 이와 별도로 이 사건 각초의 실제지급가격에 이 사건 권리사용료를 가산할 것인지 여부에 관하여 원고로부터 자료를 제출받는 등의 방법으로 그 조사를 추가로 실시한 점, 피고가 추가로 진행한 위 조사는 이 사건 각초의 실제지급가격에 이 사건 권리사용료를 가산할 것인지 여부에 국한되었고, 실제 위 특정 항목 외에는 조사가 이루어지지 않은 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 피고가 이 사건 처분을 하기 전에 추가로 진행한 위 조사는 이 사건 기업심사결과 통지를 하기 위해 실시한 조사와 그 조사대상이 실질적으로 서로 다르므로 구 관세법 제111조가 원칙적으로 금지하고 있는 중복조사에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2005. 1. 14. 선고 2004두10470 판결 참조).
5. 결론
 그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없어 기각하여야 하는데, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 이에 대한 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.
[별지 생략]

판사 박효관(재판장) 장수영 황인성