증여세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2024.01.19 / 시행일:

【원 고】 원고 1 외 3인 (소송대리인 변호사 김희철 외 2인)
【피 고】 삼성세무서장 외 1인 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 배진재 외 1인)
【변론종결】2023. 11. 3.
【주 문】
 1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 

【청구취지】 피고 삼성세무서장이 2021. 6. 22. 원고 1, 원고 2에 대하여 한 각 증여세 2,008,593,750원(가산세 446,093,750원 포함)의 부과처분 및 피고 용산세무서장이 2021. 6. 22. 원고 3, 원고 4에 대하여 한 각 증여세 2,008,593,750원(가산세 446,093,750원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
가. ○○○ 주식회사(이하 ‘소외 1 회사’라 한다)는 1999. 11. 5. 설립되어 청소용역업, 시설관리용역업, 부동산임대업 등을 영위하고 있는 법인이다. 원고들은 소외 1 회사의 대표이사인 소외 2의 자녀들로서 소외 1 회사 발행주식을 각 25%씩 보유하고 있다.
나. 소외 2는 2016. 8. 23. 주식회사 △△△(이하 ‘소외 3 회사’라 한다)로부터 나대지 상태의 서울 강남구 □□동 (지번 1 생략) 대 476.9㎡, □□동 (지번 2 생략) 대 467.4㎡, □□동 (지번 3 생략) 대 243.3㎡(이하 합하여 ‘이 사건 토지’라 한다)를 총 386억 원에 매수하였다가 이를 다시 2019. 4. 10. 소외 1 회사에 200억 원에 매도하고, 2019. 5. 17. 소외 1 회사 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다. 소외 2는 2019. 7. 31. 관할세무서장에게 이 사건 토지 양도에 따른 양도소득세를 양도차손 186억 원으로 신고하였다. 
다. 소외 2는 2016. 12. 30. 주식회사 ◇◇은행(이하 ‘◇◇은행’이라 한다)과 이 사건 토지에 대한 담보신탁계약을 체결하였다(이하 ‘제1차 담보신탁계약’이라 한다). 수탁자인 ◇◇은행은 우선수익자를 1순위 ◇◇은행, 2순위 주식회사 ☆☆은행(이하 ‘☆☆은행’이라 한다)으로 하여 총 96억 원의 수익권증서를 발행하였고, 2017. 5. 29. 및 2018. 3. 12. 2차례에 걸쳐 담보신탁계약을 변경하여 2018. 3. 12.자 변경계약으로 최종적으로 총 324억 원의 수익권증서를 발행하였다.
라. 서울지방국세청장은 2020. 6. 용산세무서에 대한 정기 업무감사를 실시하면서, 담보신탁계약이 체결된 부동산인 이 사건 토지가 양도된 경우 그 시가의 평가는 수익권증서 발행금액인 324억 원을 기준으로 하여야 함에도 소외 2가 이 사건 토지를 200억 원에 양도하면서 보충적 평가방법으로 평가한 기준시가와 임대료 환산가액 중 큰 금액에 따른 195억 원이 시가임을 전제로 양도소득세를 신고한 사실을 확인하고, 2020. 6. 19. 용산세무서에 ‘양도소득세 신고내용 적정여부 추가확인 필요’ 의견으로 감사결과를 통보하였다. 
마. 서울국세청장은 2021. 4. 27.부터 2021. 5. 27.까지 원고들의 2019. 5. 1.부터 2019. 5. 31.까지 기간에 대한 증여세 세무조사 및 소외 2에 대한 2019년 귀속 양도소득세 세무조사(이하 두 세무조사를 합하여 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 그 결과 소외 1 회사가 소외 2로부터 이 사건 토지를 저가양수한 것으로 보아 처분청에 관련자료를 통보하였다. 이에 피고들은 원고들이 각 주식보유비율만큼 소외 1 회사가 얻은 이익을 증여받은 것으로 보아 구 상속세 및 증여세법(2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제45조의5 규정에 따라 2021. 6. 22. 원고들에게 각 증여세 1,562,500,000원, 가산세 446,093,750원 합계 2,008,593,750원의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 
 가. 원고들의 주장 
1) 이 사건 토지를 구 상증세법 제60조 제3항 및 제61조에 따라 평가하면, 이 사건 토지의 시가는 이 사건 토지의 개별공시지가 약 165억 원과 임대료 환산가액 약 195억 원 중 큰 금액인 195억 원이고, 소외 1 회사는 그보다 높은 가격인 200억 원에 이 사건 토지를 매수하였을 따름이다. 나아가 2019. 5. 17.자 제2차 담보신탁계약의 수익권증서 발행금액 324억 원은 이 사건 토지와 그 지상 건물 전체를 담보로 한 것이므로, 구 상증세법 제66조에 따라 이 사건 토지 가액을 평가하려면 위 324억 원을 다시 이 사건 토지분과 이 사건 건물분으로 안분하여 건물분은 제외하여야 함에도 피고들은 이 사건 토지의 시가를 산정하면서 이를 포함시킨 잘못이 있다. 소외 1 회사의 이 사건 토지 취득은 저가양수가 아님에도 피고들이 이를 저가양수로 잘못 판단하였다. 
2) 증여재산가액 산정시 구 상속세 및 증여세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30391호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제34조의4 제4항에 따라 소외 1 회사가 저가양도로 얻은 이익에 대하여 부담해야 할 법인세 상당액을 공제하여야 함에도 이를 공제하지 않은 잘못도 있다. 
3) 이 사건 세무조사는 원고들 및 소외 2에 대한 2020. 6. 서울지방국세청장이 정기감사 후 재차 이루어진 것으로 중복세무조사에 해당하므로, 그에 근거한 이 사건 각 처분은 위법하다. 
 나. 관계 법령 
 별지 기재와 같다. 
 다. 인정사실 
1) 소외 2는 2016. 12. 30. ◇◇은행에 대한 대출금 채무 50억 원 및 ☆☆은행에 대한 대출금 채무 30억 원에 대한 담보로 이 사건 토지를 ◇◇은행에 신탁하는 내용의 제1차 담보신탁계약을 체결하였고, 수탁자 ◇◇은행 명의로 신탁등기를 마쳤다. 제1차 담보신탁계약에서 신탁부동산인 이 사건 토지의 신탁가액은 소외 2의 취득금액인 386억 원으로 산정되었고, 수익권증서 발행금액은 96억 원, 신탁기간은 2016. 12. 30.부터 2021. 12. 30.까지였다. 
2) 제1차 담보신탁계약은 2017. 5. 29. 및 2018. 3. 12. 두 차례에 걸쳐 변경되었다. 제1차 담보신탁계약의 변경 내용은 아래 〈표1〉 기재와 같다.
 〈표1〉 제1차 담보신탁계약의 변경 내용 위탁자 : 소외 2, 수탁자 : ◇◇은행 구분2016. 12. 30. 최초 신탁계약2017. 5. 29. 신탁원부변경계약2018. 3. 12. 신탁원부변경계약 신탁부동산이 사건 토지이 사건 토지이 사건 토지 (신탁원부 번호 각 생략)??? 신탁원본 우선수익자1순위 수익자 : ◇◇은행1순위 수익자 : ◇◇은행1순위 수익자 : ◇◇은행 2순위 수익자 : ☆☆은행2순위 수익자: ☆☆은행2순위 수익자: ☆☆은행 수익권증서발행금액96억 원180억 원324억 원 (◇◇은행 60억 원, ☆☆은행 36억 원)(◇◇은행 108억 원, ☆☆은행 72억 원)(◇◇은행 180억 원, ☆☆은행 144억 원) 대출금액(여신금액)80억 원150억 원270억 원 채무자소외 2소외 2소외 2 150억 원 소외 1 회사 120억 원 신탁가액 산정근거신탁법 제2조(신탁가액) 및 부동산담보신탁계약에 대한 특약 제2조(신탁가액) 신탁재산의 신탁가액은 인수시점의 위탁자의 장부금액, 단,위탁자의 장부금액을 알 수 없는 경우, 다음 각호의 순서에 따라 신탁가액을 인식 1. 위탁자의 취득원가, 2. 개별공시지가, 3. 인수시점의 공정가치 신탁가액 산정금액386억 원(취득가액)386억 원(취득가액)386억 원(취득가액) 
3) 소외 2는 소외 1 회사와 이 사건 토지 매매계약을 체결한 후 2019. 5. 17. 제1차 담보신탁계약을 해지하였고, 같은 날 소외 1 회사는 이 사건 토지와 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여 ◇◇은행과 새로운 담보신탁계약을 체결하여(이하 ‘제2차 담보신탁계약’이라 한다) ◇◇은행 명의로 신탁등기를 마쳤다. 제1차 담보신탁계약과 제2차 담보신탁계약의 내용을 비교하면 아래 〈표2〉 기재와 같다.
 〈표2〉 제1차, 제2차 담보신탁계약 비교 ?제1차 담보신탁계약제2차 담보신탁계약 체결일 등2016. 12. 30. 최초 체결2019. 5. 17. 체결 2017. 5. 29. 변경 2018. 3. 12. 변경 2019. 5. 17. 종료 위탁자소외 2소외 1 회사 수탁자◇◇은행◇◇은행 신탁부동산이 사건 토지이 사건 토지 및 이 사건 건물 우선수익자◇◇은행 및 ☆☆은행◇◇은행 및 ☆☆은행 수익권증서 발행금액324억 원324억 원 
4) 소외 1 회사는 2017. 4.경부터 이 사건 토지를 소외 2로부터 임차하여 그 지상에 2개동 건물의 신축공사를 진행하였고, 2019. 4. 15. 소외 1 회사 명의로 소유권보존등기를 마쳤다. 이 사건 토지 지상의 2개동 건물(이하 합하여 ‘이 사건 건물’이라 한다)은 이 사건 변론종결일 현재 ◎◎한방병원이 임차하여 사용하고 있는데, 이 사건 건물의 현황은 아래 〈표3〉 기재와 같다. 
 〈표3〉 이 사건 건물 현황 지번건물임대차계약 서울 강남구 □□동 (지번 1 생략), (지번 2 생략)철근콘크리트구조 철근콘크리트슬라브지붕 16층 의료시설(한방병원 본관)보증금 38억 9,400만 원 월 임대료 3억 276만 원 서울 강남구 □□동 (지번 3 생략)철근콘크리트구조 철근콘크리트슬라브지붕 6층 근린생활시설(한방병원 별관)보증금 28억 7,000만 원 월 임대료 1,890만 원 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제15호증의 기재, 변론 전체의 취지
 라. 이 사건 토지 시가 관련 주장에 관한 판단(이 사건 토지 시가 산정에 반영하여야 할 수익권증서 발행금액 관련) 
1) 관련 규정 및 법리
 구 상증세법 제45조의5에 따르면 지배주주와 그 친족의 주식보유비율이 100분의 50 이상인 법인(제1항 제3호, 특정법인)의 대통령령으로 정하는 주주등(특정법인의 주주등)과 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자가 그 특정법인과 재산을 통상적인 거래 관행에 비추어 현저히 낮은 대가로 양도·제공하는 경우(제2항)에는 거래한 날을 증여일로 하여 그 특정법인의 이익에 특정법인의 주주등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 그 특정법인의 주주등이 증여받은 것으로 본다(제1항)고 규정하고 있다. 
 구 상증세법 제60조에 의하면 증여세가 부과되는 재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 따르고(제1항), 그 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함하며(제2항), 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지의 보충적 평가방법으로 평가한 가액을 시가로 본다(제3항). 다만 구 상증세법 제66조 제4호는 ‘위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 대통령령으로 정하는 신탁계약을 체결한 재산은 그 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제60조에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다’고 규정하고, ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액’에 관하여 구 상증세법 시행령 제63조 제1항 제2호는 ‘공동저당권이 설정된 재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권액을 공동저당된 재산의 평가기준일 현재의 가액으로 안분하여 계산한 가액’을, 제6호는 ‘법 제66조 제4호에 따른 신탁계약을 체결한 재산의 가액은 신탁계약 또는 수익증권에 따른 우선수익자인 채권자의 수익한도금액’을 각 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 법 제66조 제4호의 ‘대통령령으로 정하는 신탁계약’을 ‘수탁자가 위탁자로부터 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제103조 제1항 제5호 또는 제6호의 재산을 위탁자의 채무이행을 담보하기 위해 수탁으로 운용하는 내용으로 체결되는 신탁계약을 말한다’고 규정하고 있다. 
 위 규정들에 따르면 담보신탁에 제공된 부동산은 해당 신탁계약상 우선수익자인 채권자의 수익한도금액, 즉 수익권증서 발행금액이 해당 부동산의 시가 또는 보충적 평가방법에 의한 평가액보다 큰 경우 수익권증서 발행금액이 시가 평가액이 된다. 
 이와 같이 담보로 제공된 재산에 관한 평가의 특례를 규정한 구 상증세법 제66조는, 증여재산의 평가에 관하여 시가주의 원칙을 정한 구 상증세법 제60조 제1항의 규정을 보충하여 시가에 보다 근접한 가액을 산정하려는 취지에서 마련된 것이다(대법원 2013. 6. 13. 선고 2013두1850 판결 참조).
2) 이 사건 토지 시가 관련 쟁점의 정리
 원고들은 친족으로서 소외 1 회사의 주식 100%를 소유하고 있어 소외 1 회사는 구 상증세법 제45조의5 제1항 제3호에 따른 특정법인에 해당하므로, 이 사건에서는 소외 1 회사의 대표이사인 소외 2와 특정법인인 소외 1 회사 사이의 이 사건 토지 매매가 구 상증세법 제45조의4 제2항 제2호에서 말하는 ‘통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 낮은 대가로 양도·제공하는 것’, 즉 저가양도에 해당하는지가 문제된다. 
 그런데 피고들은, 이 사건 토지를 거래한 날은 이 사건 토지의 매매계약일인 2019. 4. 10.이고, 그 당시 유효한 제1차 담보신탁계약의 수익권증서 발행금액 324억 원은 이 사건 토지의 기준시가나 보충적 평가방법에 따른 금액보다 크므로 구 상증세법 제66조 제4호, 같은 법 시행령 제63조 제1항 제6호에 따라 이 사건 토지의 시가는 위 324억 원이라고 주장한다. 반면 원고들은 이 사건 토지를 거래한 날은 이 사건 토지의 소유권이전등기 경료일인 2019. 5. 17.이고, 같은 날 신탁부동산을 이 사건 토지와 이 사건 건물로, 수익권증서 발행금액을 324억 원으로 한 제2차 담보신탁계약이 이루어졌으므로, 위 수익권증서 발행금액을 이 사건 토지와 이 사건 건물의 기준시가로 각 안분하면 이 사건 토지에 관한 부분은 약 174억 원에 불과하고, 이 사건 토지의 가액을 보충적 평가방법인 임대료환산 평가방법으로 산정하면 195억 원이므로, 구 상증세법 제66조 제4호, 제61조 제5항, 구 상증세법 시행령 제50조 제7항에 따라 이 사건 토지의 시가는 임대료 환산가액인 195억 원으로 보아야 한다고 주장하고 있다. 따라서 구 상증세법 제45조의5에 따른 이 사건 토지의 ‘거래를 한 날’이 언제인지에 따라 해당 담보신탁계약의 수익권증서 발행금액과 이 사건 토지의 시가평가액이 달라질 수 있으므로 ‘거래를 한 날’에 관하여 먼저 살펴보고, 이후 이 사건 토지의 시가평가액에 관하여 본다. 
3) ‘거래를 한 날’에 관한 판단
가) 구 상증세법 제45조의5 제1항, 제2항에 따르면 특정법인과의 거래를 통한 이익을 증여의제하는 경우 그 증여일을 ‘재산을 통상적인 거래 관행에 비추어 현저히 낮은 대가로 양도·제공하는 거래를 한 날’로 보고 있고, 같은 조 제3항은 제1항에 따른 증여일의 판단, 특정법인의 이익의 계산, 현저히 낮은 대가와 현저히 높은 대가의 범위 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하면서도 증여일의 판단에 관하여는 대통령령에 아무런 정함이 없다(증여재산의 취득시기를 정하고 있는 구 상증세법 제32조에서 ‘증여재산의 취득시기는 재산을 인도한 날 또는 사실상 사용한 날 등 대통령령으로 정하는 날로 한다’고 하면서도 구 상증세법 제45조의2의 경우 이를 적용하지 않는 것으로 명시적으로 규정하고 있다). 그런데 아래와 같은 사정들을 고려하면, 구 상증세법 제45조의5 제2항 각호에서 정한 재산·용역의 무상 제공, 현저히 높거나 낮은 대가로 양도·제공하는 거래인지 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 한다. 
나) ‘거래(去來)’란 ‘주고받음’ 또는 ‘사고팜’을 의미하는 것이고, 주로 ‘상품이나 용역을 사고팔거나 서로 돈을 융통함. 또는 그러한 경제상의 관계’ 또는 ‘금전을 서로 대차하거나 물건을 매매하는 일’ 을 의미하므로, 문언 자체로 보더라도 거래는 재화 등의 주고받음이 일어난 관계 내지 행위 그 자체를 지칭하는 것으로 보인다. 
다) 나아가 부당행위계산의 부인은 일정한 특수관계자 사이의 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 이를 부인하고 법령이 정하는 방법으로 정부가 소득금액을 계산하는 제도이므로, 매매계약 체결시기와 양도시기가 다른 경우 토지 등의 양도가 정상적인 거래인가의 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 할 것이고(대법원 1989. 6. 13. 선고 88누5273 판결, 대법원 1999. 1. 29. 선고 97누15821 판결, 대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결 등 참조), 저가양수에 따른 이익의 증여에 관하여 규정한 구 상증세법 제35조 제1항에서 정한 ‘대가와 시가의 차액’과 소득세법상 부당행위계산 부인 규정이 적용됨에 따라 양도인에게 추가로 인정되는 소득금액은 특별한 사정이 없는 한 같은 금액이어야 한다(대법원 2020. 6. 18. 선고 2016두43411 전원합의체 판결). 세법상 특수관계에 있는 개인과 특정법인 사이에 자산을 시가보다 저가로 매매한 경우 이로 인해 자신의 소득을 부당하게 감소시킨 것으로 볼 수 있는 저가매도자에게는 부당행위계산부인제도가 적용되고, 이 거래행위를 통해 무상의 자산증가를 이룩한 자에게는 상증세법상 증여세가 과세된다는 점에 비추어 보면, 부당행위계산 부인에 있어 매매계약 체결시기와 양도시기가 다른 경우 토지 등의 양도가 정상적인 거래인가의 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 한다는 위 대법원의 설시는 구 상증세법 제45조의5에 따른 증여일을 판단함에 있어서도 그대로 적용될 수 있다. 
라) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 소외 2와 소외 1 회사의 이 사건 토지 매매계약 체결일은 2019. 4. 10.이고, 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기가 2019. 5. 17.에 경료된 것이므로, 구 상증세법 제45조의5에 따른 ‘거래를 한 날’로서 이 사건 토지의 매매대금을 확정 짓는 거래일은 매매계약이 체결된 2019. 4. 10.로 봄이 타당하다. 
4) 이 사건 토지의 시가평가액 및 저가양도 해당 여부
 앞서 본 인정사실로 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 토지의 시가평가액은 구 상증세법 제66조 제4호, 같은 법 시행령 제63조 제1항 제6호에 따라 제1차 담보신탁계약상의 수익권증서 발행금액인 324억 원과 임대료 환산가액 195억 원 중 다액인 324억 원으로 봄이 타당하다. 따라서 소외 2가 소외 1 회사에 이 사건 토지를 200억 원에 양도한 것은 저가양도에 해당한다. 이와 다른 원고들의 주장은 받아들이지 않는다. 
가) 앞서 본 바와 같이 저가양도로 인한 이 사건 토지의 거래일은 그 매매계약 체결일인 2019. 4. 10.로 보아야 한다. 그런데 당시 유효하게 성립되어 있던 제1차 담보신탁계약의 신탁부동산은 이 사건 토지뿐이었고, 수익권증서 발행금액은 324억 원이다. 
나) 설령 원고들의 주장과 같이 이 사건 토지의 거래일을 2019. 5. 17.로 보더라도, 2019. 4. 10. 성립되어 있던 제1차 담보신탁계약과 2019. 5. 17. 체결된 제2차 담보신탁계약은 수익권증서 발행금액이 324억 원으로 동일하고 신탁부동산이 이 사건 토지에서 이 사건 토지와 이 사건 건물로 변경되었을 따름인바, 이는 이 사건 토지 지상에 이 사건 건물이 신축되어 소유권보존등기가 경료됨으로써 신탁부동산에 이 사건 건물이 추가된 것으로 보일 뿐 제1차 담보신탁계약과 달리 이 사건 건물과 이 사건 토지의 가치가 재산정된 결과라고 보이지 않는다.
다) 제1차 담보신탁계약의 수익권증서 발행금액이 최초 80억 원에서 150억 원, 324억 원으로 순차 증가하였고, 대출금액(여신거래액)도 80억 원에서 150억 원, 270억 원으로 순차 증가하였다. 이에 대해 원고들은 위와 같은 각 수익권증서 발행금액과 대출금액이 증가될 수 있었던 것은 그 수정계약 당시 신탁부동산에 신축중이던 이 사건 건물의 가치가 반영되었기 때문이라고 주장한다. 살피건대, 갑 제18호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 ◇◇은행의 내규상 부동산담보신탁계약으로 발행하는 수익권증서의 발행금액이 대출예정금액의 120%라는 점이 인정되나, 이 사건 토지를 담보로 한 대출금액이 최초 80억 원, 2017. 5. 29.자 150억 원, 2018. 3. 12.자 270억 원으로 증가된 것이 각 대출실행 시점에 이 사건 토지를 담보로 하여 받을 수 있는 최대 금액으로 증가되어 온 것이라는 점을 인정할 객관적인 증거는 제출된 바 없다. 오히려 그 담보가 이 사건 토지로 동일함에도 추가 감정 등을 거치는 등의 과정 없이 대출실행 금액이 계속 증가하여 270억 원까지 가능하였던 것은, 그 자체로 이 사건 토지의 담보가치가 소외 2의 당초 취득가액인 386억 원 상당이 된다고 보았기 때문인 것으로 보일 따름이다. 
라) 갑 제16, 17호증의 각 기재에 의하면 2018. 3. 12.자 제1차 담보신탁계약의 수정계약으로 이 사건 토지를 담보로 소외 1 회사가 ◇◇은행 및 ☆☆은행과 각 60억 원, 합계 120억 원의 추가대출계약을 체결한 사실, ☆☆은행은 ‘기성고 확인 및 대출금 산출명세’로 신축 중인 이 사건 건물의 기성고에 따라 대출을 순차 실행한 사실, 위 대출금이 이 사건 건물 신축공사 수급인인 강산건설 주식회사에 직접 지급된 사실은 인정된다. 그러나 위와 같은 사실은 위 대출금이 이 사건 건물 신축공사 비용을 충당하기 위해 실행된 것임을 뒷받침할 뿐, 그로써 2018. 3. 12.자 제1차 담보신탁계약이 이 사건 토지 외에 이 사건 건물의 가치까지 반영한 것이라고 보기는 어렵다. 
마) 앞서 든 증거들 및 을 제8호증의 기재에 의하면, 이 사건 토지의 신탁원부 제4조에서 ‘…(전략)…소유권보존등기가 경료된 즉시 해당 건축물을 수탁자 앞으로 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하여야 합니다. 단 별도의 절차 없이도 토지 위에 건축 중인 건물(시설물, 완성 또는 미완성)은 본 신탁계약상의 신탁재산으로 봅니다’라는 규정이 있고, 2018. 3. 12. 소외 2는 ☆☆은행에 ‘건축물 준공 즉시 귀행에 선순위로 담보제공하기로 한다’는 내용의 각서를 작성한 사실이 인정된다. 그러나 이러한 약정은 본래 나대지 상태였던 이 사건 토지의 담보가치가 이 사건 토지 지상에 건축 중인 건물로 인하여 감소되는 것을 보전하기 위한 것이라고 보일 따름이고, 위 약정 내용을 근거로 나대지 상태에서의 이 사건 토지의 담보가치가 324억 원에 이르지 못하였다고 볼 수도 없다.
바) 원고들은 ‘이 사건 건물을 신축하지 않았다면 소외 2의 기존 토지담보대출 150억 원에 더하여 120억 원에 달하는 대출실행은 불가능하다. 소외 1 회사의 기성대출 120억 원을 실행한 것은 소외 1 회사의 신축가액, 회사의 신용 등을 감안하여 이루어진 것이다’는 내용의 ◇◇은행 ▽▽▽센터 명의의 사실확인서(갑 제11호증)를 제출하였다. 그러나 원고들의 이 부분 주장에 따를 경우 수익권증서 발행금액 324억 원 중 이 사건 토지분 상응액은 약 174억 원이라는 것인데, 이는 2017. 5. 29.자 제1차 담보신탁계약의 수익권증서 발행금액 180억 원보다 오히려 낮고, 결국 2017. 5. 29.자 제1차 담보신탁계약이 이 사건 토지의 실제 담보가치를 초과하여 수익권증서의 발행 및 대출이 이뤄졌다는 것이 되어 쉽게 납득이 되지 않는다. 
사) 더구나 소외 2는 2016년경 이 사건 토지가 나대지인 상태에서 386억 원에 매수하였고, 그로부터 3년 뒤인 2019년경 이를 매도하였던 것이다. 소외 2는 2016. 12. 30. 이 사건 토지를 ◇◇은행에 신탁하였는바, 이 사건 토지의 신탁가액은 ‘부동산담보신탁계약에 대한 특약’ 제2조 제1호에 따라 소외 2의 취득원가인 386억 원이 되고, 달리 이 금액을 감액할 만한 사정도 없다. 오히려 을 제7호증의 기재에 의하면 소외 2의 이 사건 토지 매수 시점과 매도 시점 사이 이 사건 토지의 공시지가는 계속 상승하였음이 확인될 따름인바, 그럼에도 불구하고 소외 2가 이 사건 토지를 매수 금액의 절반에 가까운 금액으로 매도하여야 할 만한 경제적으로 합리성 있는 이유도 달리 찾아볼 수 없다. 
5) 소결
 이 사건 토지 거래일은 2019. 4. 10.이고 이를 기준으로 이 사건 토지의 시가는 수익권증서 발행금액인 324억 원으로 봄이 타당하다. 따라서 소외 1 회사의 대표이사인 소외 2가 특정법인인 소외 1 회사에 이 사건 토지를 200억 원에 양도한 것은 구 상증세법 제45조의4 제2항 제2호의 ‘통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 낮은 대가로 양도한 것’에 해당한다. 
 마. ‘특정법인의 이익’ 산정 방법 위법 주장에 관한 판단 － 법인세액 공제 필요 여부 
1) 관련 규정 및 법리
 구 상증세법 제45조의5 제3항의 위임에 따른 구 상증세법 시행령 제34조의4 제4항은 증여재산가액 또는 그 면제·인수 또는 변제로 인하여 해당 법인이 얻는 이익에 상당하는 금액 등에서 법인세법 제55조 제1항에 따른 산출세액에서 법인세액의 공제·감면액을 뺀 금액에 위 이익이 특정법인의 법인세법 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 공제하여 구 상증세법 제45조의5 제1항의 ‘특정법인의 이익’을 산정하도록 규정하고 있다. 
 한편 구 상증세법 제45조의5가 2019. 12. 31. 법률 제16846호로 전문개정되면서 제2항으로 ‘특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제로 증여세를 부과할 때 그 증여세액이 지배주주등이 직접 증여받은 경우의 증여세 상당액에서 특정법인이 부담한 법인세 상당액을 차감한 금액을 초과하는 경우 그 초과액은 없는 것으로 본다’고 하여 해당 조항에 따른 증여세액의 한도를 신설하였는데, 그 취지는 지배주주등이 특정법인을 이용하여 우회적으로 증여받은 경우의 총 세부담(=특정법인이 부담하는 법인세와 지배주주등이 증여의제이익에 대해 부담하는 증여세의 합계)이 지배주주등이 직접 증여받은 경우의 세부담(=증여세)보다 커지지 않도록 하려는 것이었다(의안번호 2022207호 관련 소위원회인 기획재정위원회의 2019. 11. ‘상속세 및 증여세법 일부개정법률안 검토보고서’ 참조). 
2) 구체적 판단
 위 법리에다 아래와 같은 사정들을 고려하여 보면, 구 상증세법 시행령 제34조의4 제4항은 중복과세의 위험을 방지하고자 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제로 인하여 당해 사업연도에 특정법인이 실제 부담하거나 부담하게 될 법인세를 공제하려는 것으로 해석되고, 그러한 부담 사실이나 위험이 없는 상황에서까지 모두 법인세 상당액을 공제하여야 하는 것으로 해석할 수는 없다. 따라서 피고들이 원고들의 증여이익을 산정하면서 구 상증세법 시행령 제34조의4 제4항에 따른 공제를 하지 않은 것은 적법하다고 보인다. 이와 다른 원고들의 주장은 받아들이지 않는다. 
가) 구 상증세법 시행령 제34조의4 제4항은 구 상증세법 제45조의5에 따른 각 주주들의 증여재산가액을 산정할 때 증여이익(시가와 대가 차액)에서 ‘해당 과세연도의 특정법인의 법인세 산출세액 중 증여이익이 법인의 소득금액에서 차지하는 비율 상당액’을 다시 공제하도록 규정하고 있다. 이는 해당 거래와 관련하여 특정법인의 소득금액에 대한 법인세와 그 주주들의 이익에 대한 증여세가 함께 부과될 수 있음을 고려하여 그 중복과세를 회피하기 위해 특정법인이 얻은 이익에 부과된 법인세 상당액은 주주들이 부담해야 할 증여세 과세대상에서 공제하도록 한 것이다. 
나) 구 상증세법 제68조 제1항은 ‘법 제45조의5에 따른 증여세 과세표준 신고기한’을 ‘특정법인의 법인세법 제60조 제1항에 따른 과세표준의 신고기한이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날까지’로 정하고 있기도 한바, 구 상증세법 제45조의5, 같은 법 시행령 제34조의4에 따른 특정법인의 이익 산출은 특정법인의 당해 사업연도 법인세 산출이 완료되었을 것을 전제하고 있다고 보인다. 여기에 앞서 본 2019. 12. 31. 개정으로 상증세법 제45조의2 제2항으로 증여세액 한도를 도입한 취지까지 함께 고려하여 보면, 구 상증세법 시행령 제34조의4 제4항에서 법인세액 상당을 공제하도록 한 취지는 해당 증여이익에 대하여 법인세와 증여세의 중복과세 발생을 차단하기 위한 것임이 더 명확히 확인된다. 그런데 특정법인의 소득금액에 포함되었는지를 불문하여 소득금액에 포함되지 않은 이익까지도 위 규정에 따른 공제를 적용한다고 보는 경우 주주들로서는 해당 이익을 직접 증여받은 경우보다 특정법인을 통한 우회 증여를 받은 경우 조세경감의 혜택을 받을 수 있게 되므로 우회 증여를 더 촉진시킬 우려가 있는바, 그럼에도 특정법인이 부담하지 않았거나 부담할 우려가 없는 부분까지도 중복과세 우려를 이유로 그 법인세액 상당액을 공제하여야 할 마땅한 이유를 찾기 어렵다. 
다) 그런데 이 법원에 제출된 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 특정법인이 부동산을 저가에 취득하더라도 해당 부동산 시가와 실제 거래가액의 차액을 익금에 산입하는 규정이 없고, 소외 1 회사 역시 이 사건 토지의 저가양수로 인한 이익을 해당 사업연도 소득금액에 포함시키지 않았다. 나아가 과세관청이 소외 1 회사에 대하여 이 사건 토지의 저가양수와 관련한 법인세를 부과하였다고도 보이지 않고, 향후 이를 부과할 것인지도 모두 불분명한바, 소외 1 회사가 증여이익에 관하여 법인세를 부담할 위험이 있어 위 조항으로써 이중과세 위험을 해소하여야 할 상황이라고 보이지 아니할 따름이다. 
라) 이에 대해 원고들은 향후 소외 1 회사가 이 사건 토지를 양도할 경우에 그 차익이 실현되면서 법인세를 부담하게 되므로 주주에 대한 증여세 과세 단계에서 이중과세의 조정이 반드시 필요하다는 취지로 주장하나, 소외 1 회사의 이 사건 토지 양도 여부 자체도 불확실할 뿐만 아니라 위 조항이 이처럼 추상적인 이중과세 상황까지 해소할 것을 상정한 것이라고 보기도 어렵다. 즉 이 사건 토지의 저가양도로 인하여 소외 1 회사에 대한 법인세가 추가로 발생할지 여부가 불명확한 현재 상황에서는 구 상증세법 시행령 제34조의4 제4항에 따른 공제를 할 수 없다고 보일 따름이다. 
마) 나아가 구 상증세법 시행령 제34조의2 제4항은 증여재산가액에서 차감하는 법인세 산출세액을 ‘특정법인의 해당 사업연도 법인세 산출세액에서 법인세액의 공제·감면액을 뺀 금액’으로 정하고 있고, 조세심판원에서는 원고들의 주장에 따르면 위와 같은 방식으로 공제대상 세액을 계산할 수 없다고 판단하였다. 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있는데(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 참조), 원고들은 이 법원에 이르러서도 소외 1 회사에 대한 법인세가 추가로 발생할 것이라는 점이나 구 상증세법 시행령 제34조의2 제4항에 따라 공제되어야 할 금액에 관하여 구체적으로 주장·증명하지도 않았다. 
 바. 이 사건 세무조사가 중복조사인지 
1) 관련 규정 및 법리
가) 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제2조 제21호에서 ‘세무조사’를 "국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건(이하 ‘장부등’이라 한다)을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동"이라고 정의하고, 같은 법 제81조의4 제2항으로 각 호에서 정한 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세 기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 하여 중복세무조사를 금지하고 있다. 
나) 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 위반하여 같은 세목 및 과세기간에 대하여 중복하여 실시한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다고 보아야 한다. 
 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵고, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).
2) 구체적 판단
가) 앞서 든 증거들, 갑 제13, 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 2020. 6.경 서울지방국세청장이 용산세무서장에 대하여 업무감사지적을 하였던 사실, 용산세무서 직원이 소외 2의 세무대리인인 세무사 소외 4에게 ‘업무감사를 받는 과정에서 감사관이 신탁 관련 소명이 필요하다’는 연락을 한 사실, 이에 소외 4는 소외 1 회사, 소외 2 등에게 신탁 사실을 확인한 후 용산세무서를 방문하여 해당 사안을 직접 설명하였던 사실이 인정된다. 
나) 그러나 앞서 본 인정사실을 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 2020. 6.경의 용산세무서 직원의 소명 요구는 세무조사에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 그 이후 이루어진 이 사건 세무조사가 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사라고 할 수 없으므로, 이와 다른 원고들의 주장 역시 받아들이지 않는다. 
(1) 2020. 6. 당시 용산세무서 직원은 소명이 필요하다는 연락 외에 소외 2의 사무실, 주소지 등에서 소외 2나 그 세무대리인을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하였던 바는 없었고, 일정한 기간 동안의 장부·서류나 물건 등을 검사·조사한 바도 없었던 것으로 보인다. 세무공무원이 위와 같은 소명을 요구할 당시에 원고에게 대답할 의무나 어떠한 수인의무를 부과하였다고 볼만한 자료도 없다. 
(2) 갑 제13호증의 기재에 의하더라도 용산세무서 직원의 소명 요구는 감사 지적에 따른 사실관계의 확인 목적으로 이루어졌던 것으로 보이고, 이에 대한 소외 2 측의 소명 역시 일회성의 간단한 사실확인 및 설명에 그쳤던 것으로 보인다. 
(3) 그 외에 용산세무서장이 소외 2 등에게 광범위한 자료 조사나 제출 요구 등을 하였다고 볼 만한 사정도 발견되지 않는다. 그 과정에서 소외 2나 소외 1 회사가 영업의 자유나 법적 안정성 등을 침해받았다거나 과세관청이 세무조사권을 남용할 우려가 있었다고도 볼 만한 사정도 없다. 
 3. 결론 
 그렇다면 이 사건 각 처분은 적법하고, 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 관계법령 생략]

판사 이주영(재판장) 박정미 강민균