법인세부과처분취소 (세무, 인천지방법원)
공포일: 2016.09.23 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인 길상 담당변호사 김용일 외 1인)
【피 고】 북인천세무서장
【변론종결】2016. 8. 26.
【주 문】
 1. 피고가 2014. 3. 13. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 귀속 법인세 1,188,270,230원(가산세 483,014,853원 포함)의 부과처분을 취소한다. 
 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지】 주문과 같다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고(‘주식회사 △△△’에서 ‘주식회사 □□□’로 상호를 변경한 후 다시 ‘주식회사 ○○○’로 상호를 변경하였다)는 전자제품 등 부품 제조업 및 판매업을 하는 코스닥 상장법인으로서, 전자제품 등 제조·판매업 및 태양광사업 등을 영위하던 비상장법인인 주식회사 ◇◇◇(이하 ‘피합병법인’이라고 한다)을 흡수합병하기 위하여, 2008. 6. 24. 합병을 위한 이사회결의를 하고서 같은 날 합병계약을 체결하였고, 2008. 8. 13. 주주총회를 거쳐, 2008. 9. 16. 합병(이하 ‘이 사건 합병’이라고 한다)을 하고 그 무렵 합병등기를 마쳤다.
 나. 원고는 구 증권거래법 시행령(2008. 7. 29. 대통령령 제20947호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘구 증권거래법 시행령’이라고 한다) 제84조의7 제1항 및 구 증권거래법 시행규칙(2008. 8. 4. 총리령 제885호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘구 증권거래법 시행규칙’이라고 한다) 제36조의12 제1항, 제3항에 따라 평가기준일(합병을 위한 이사회결의일 및 합병계약 체결일의 전일인 2008. 6. 23.) 현재 원고의 주가와 피합병법인의 본질가치를 기준으로 원고와 피합병법인의 합병비율을 1:2.2361279로 산정하였다. 원고는 위 합병비율에 따라 피합병법인의 주주에게 피합병법인의 보통주(액면금액 500원) 1주당 원고의 보통주(액면금액 500원) 2.2361279주를 교부하여 총 9,900,456주(= 피합병법인 발행주식수 4,427,500주 × 2.2361279, 1주 미만의 단주에 관하여는 단주가 귀속될 주주에게 현금으로 지급하기로 약정하였다)를 교부하였다. 
 다. 피합병법인의 주주에게 합병대가로 교부된 합병신주의 발행가액(합병기일 2008. 9. 16. 기준)은 보통주 합계 20,061,906,800원이고, 액면총액은 4,950,228,000원(= 발행주식수 9,900,456주 × 액면금액 500원)이었다. 
 라. 한편, 원고와 피합병법인은 2008. 6. 24. 합병계약서를 작성하였는데, 그 주요내용은 다음과 같다.
 원고(이하 "갑"이라 한다)와 피합병법인(이하 "을"이라 한다)은 국내외 경영환경 변화에 적극 대처하고 경영효율성 증대 및 시너지 효과의 극대화를 통하여 전자 및 태양광 전문기업으로 성장하기 위하여 합병하기로 하고 다음과 같이 계약을 체결한다. 제1조(합병의 방법) 갑이 을을 흡수합병하며, 이에 따라 갑은 존속하고 을은 해산한다. 제2조(발행할 주식의 총수) 갑의 정관상 발행할 주식의 총수는 합병으로 인하여 변동하지 아니한다. 제3조(증가할 자본금과 준비금 총액) ① 합병으로 인하여 갑의 자본금은 4,950,228,000원 증가하여 12,911,246,500원으로 한다. ② 갑이 합병으로 인해 증가할 준비금은 제7조에서 정한 합병기일 현재 을의 대차대조표상자본상태를 기준으로 하여 관계 법령 및 기업회계기준에 따라 결정된 금액으로 한다. 제4조(합병시 신주발행 및 배정) ① 갑은 합병시 기명식 보통주식 9,900,456주(1주당 액면가액 500원)를 신주로 발행하여 제7조에서 정한 합병기일 현재 을의 주주명부에 기재된 주주에게 본조 제2항의 규정에 따라 배정하고 교부한다. ② 갑은 본조 제1항의 신주(이하 ‘합병신주’라 한다)를 발행함에 있어 을의 기명식 보통주식을 보유한 주주들에 대하여 그 주식 1주당 갑의 기명식 보통주식 2.2361279주의 비율로 배정하여 교부하되, 1주 미만의 단주에 대하여는 합병신주가 한국증권선물거래소에 상장되어 거래되는 초일의 종가를 기준으로 계산된 금액을 단주가 귀속될 주주에게 현금으로 지급한다. 제5조(합병교부금) 갑이 합병으로 인하여 을의 주주에게 제4조에 의한 합병신주 외에 별도의 합병교부금을 지급하지 아니한다. 제7조(합병기일) 갑과 을이 합병을 할 날(이하 ‘합병기일’이라 한다)은 2008. 9. 16.로 한다. 다만, 합병절차의 진행상 필요한 경우에는 갑과 을이 협의하여 합병기일을 변경할 수 있다. 
 마. 원고와 피합병법인은 2008. 6. 23. 합병신고서를 작성하였는데 그 주요내용은 다음과 같다.
 1. 합병의 목적 국내외 경영환경 변화에 적극 대처하고 경영효율성 증대 및 시너지 효과의 극대화를 통하여 전자 및 태양광 전문기업으로 성장하기 위함 ? 3. 합병의 요령 가. 합병회사의 변경될 사항 (단위 : 원, 주) 구분 ?합병전 합병후 수권주식수 보통주 100,000,000100,000,000 ?우선주 00 발행주식수 보통주 15,922,03725,822,493 ?우선주 00 자본금 ?7,961,018,50012,911,246,500 준비금총액 ?17,371,434,744? - 합병후 준비금 총액은 관계 법령 및 회계원칙에 따라 합병기일에 결정되므로 기재하지 아니합니다. 나. 피합병회사의 주주에 대한 신주배정에 관한 사항 (1) 신주배정내역 합병기일(2008. 9. 16. 예정) 현재 피합병법인의 주주명부에 기재되어 있는 보통주주에 대하여는 피합병법인의 보통주식(액면금액 500원) 1주당 원고의 보통주식(액면금액 500원) 2.2361279주를 교부함 마. 피합병법인의 주주에게 지급할 합병교부금 등에 관한 사항 합병회사가 피합병법인을 흡수합병함에 있어 피합병법인의 주주에게 합병비율에 따른 합병신주의 교부 외의 별도의 합병교부금은 없습니다. 사. 합병일정 이사회결의일2008. 6. 24. 합병계약일 2008. 6. 24. 합병신고서 제출일 2008. 6. 24. 합병승인을 위한 주주총회일 2008. 8. 13. 주식매수청구권행사기간2008. 8. 13. ~ 2008. 9. 2. 합병기일 2008. 9. 16. 합병종료보고총회일 2008. 9. 17. 합병종료보고공고일 2008. 9. 18. 합병등기예정일2008. 9. 19. 주권교부예정일 2008. 10. 6. 신주상장예정일2008. 10. 7. 
 바. 이 사건 합병으로 원고가 피합병법인으로부터 승계한 순자산(대차대조표의 총자산으로부터 부채를 뺀 것으로 자기자본이라고도 한다)의 장부가액은 4,086,245,403원, 공정가액은 4,270,678,000원이었는데, 원고는 피합병법인의 순자산을 공정가액으로 승계하면서 순자산 4,270,678,000원과 합병신주의 발행가액 20,061,906,800원과의 차액 15,791,228,800원을 영업권으로 회계장부에 계상하였다(이하 위와 같이 원고의 회계장부에 계상된 영업권을 ‘이 사건 영업권’이라고 한다). 
 사. 그러나 원고는 이 사건 영업권은 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라고 한다) 제24조 제4항에 의한 영업권에는 해당하지 않는다고 보아 영업권 상각비로 비용처리를 하는 내용의 세무조정을 한 후 법인세신고를 하였다. 
 아. 그러나 과세관청은 ‘이 사건 영업권 15,791,228,800원은 세법상 영업권으로 감가상각자산에 해당하므로 위 금액을 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호에 의한 합병평가차익으로 2008 사업연도 익금에 산입한 후 매년 감가상각비로 손금으로 산입하여야 한다.’고 판단하였다. 이에 따라 피고는 15,791,228,800원을 원고의 2008 사업연도의 합병평가차익으로 익금산입하고 2008 사업연도 이후 관련 영업권 상각비를 5년간 균등액으로 세무조정하여, 2014. 3. 13. 원고에 대하여 2008 사업연도 귀속 법인세 1,188,270,230원(가산세 483,014,853원 포함)을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 
 자. 원고는 2014. 6. 11. 조세심판원에 이 사건 처분에 대하여 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2015. 4. 13. 이를 기각하는 결정을 하였다. 
 [인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 9호증, 을 제1호증, 을 제3호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 2. 당사자의 주장 
 가. 원고의 주장
 피고가 이 사건 영업권 15,791,228,800원을 자산으로 보아 합병평가차익으로 익금에 산입하고 감가상각자산으로 손금으로 추인한 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다. 
 1) 이 사건 합병에 있어서 합병차익은 -679,550,000원(= 피합병법인의 순자산 공정가액 4,270,678,000원 - 피합병법인의 주주에게 교부한 주식의 액면총액 4,950,228,000원)이어서, 원고에게는 합병차익이 존재하지 아니하고 합병차손만이 있으므로, 합병차익의 한도에서 익금에 산입되는 합병평가차익도 존재할 수 없다.
 2) 영업권은 구 법인세법 시행령 제24조 제4항에 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 제한적으로 세법상 영업권으로 인정된다. 즉, 영업권이 ① 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치(무형의 재산적 가치)가 있고, ② 당해 영업권을 평가하여 승계한 경우에 한하여만 자산성이 있는 영업권으로 인정된다. 
 그런데 이 사건 영업권은 무형의 재산적 가치를 반영한 것이 아니라 법령에서 정한 방법으로 합병비율을 계산하는 과정에서 회계상 대차차액을 조정하기 위하여 회계기술적으로 발생한 것일 뿐 사업상 가치가 있는 것이 아니고, 원고는 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등의 사업상 가치를 평가하여 승계한 사실도 없으므로 이 사건 영업권은 법인세법상 감가상각대상이 되는 합병평가차익이 아니다. 
 3) 합병법인이 피합병법인의 순자산가액과 신주발행가액의 차액을 영업권을 계상한 경우 그 영업권에 관하여는 과세하지 않는다는 과세당국의 비과세관행이 있었으므로, 이 사건 처분은 국세기본법 제18조 제3항에 의한 비과세관행 내지 소급과세금지의 원칙에 위배된다.
 4) 설령 이와 달리 본다고 하더라도, 원고는 위와 같은 비과세관행을 신뢰하고 법인세 신고·납부 의무를 이행하지 못한 것이어서 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 신고불성실가산세 100,484,332원 및 납부불성실가산세 382,530,521원까지 과세하는 것은 부당하다. 
 나. 피고의 주장
 아래와 같은 이유로 이 사건 처분은 적법하다.
 1) 피합병법인의 순자산가액에 영업권인 157억 9,100만 원도 포함되어야 하므로, 원고의 합병차익은 15,111,450,000원(= 피합병법인의 순자산 공정가액 4,270,678,000원 + 영업권 157억 9,100만 원 - 주주에게 교부한 주식의 액면총액 4,950,228,000원)이다.
 2) 설령 합병차익이 존재하지 아니한다고 하더라도, 합병평가차익에 관하여 ‘합병차익에 달할 때까지의 금액’이라고 규정하고 있는 구 법인세법 시행령 제12조 제1항은 "합병차익"이 존재하는 경우에만 적용되는 규정이어서 합병차익이 존재하지 아니하는 경우에는 합병평가차익의 법률상 상한은 존재하지 아니한다. 
 3) 원고는 이 사건 합병 당시 피합병법인의 순자산가액을 초과한 합병대가를 지급하고 합병계약을 체결하였는바, 합병대가와 순자산가액의 차액으로 계산된 영업권은 합병평가차익 및 감가상각의 대상이 되는 자산에 해당하고, 이 사건 합병의 과정에서 합병비율을 산출하면서 구 증권거래법령상의 본질가치 평가방식에 따른 피합병법인의 순자산에 대한 재평가가 이루어졌고, 그 결과 무형자산에 관한 평가증(피합병법인의 장부에 계상된 적이 없던 자산)이 발생하였으므로 그 평가증액은 법인세법상의 합병평가차익으로서 익금에 산입되어야 한다. 즉 원고는 피합병법인의 실제 가치를 합병신주의 발행가액에 해당하는 20,061,906,800원으로 평가하고 매수법에 따라 영업권(사업계속시의 초과수익력)으로 15,791,228,800원(= 피합병법인 순자산의 공정가액 4,270,678,000원 - 합병신주의 발행가액 20,061,906,800원)을 계상하는 회계처리를 하였으므로 평가증액인 15,791,228,800원은 익금에 산입되어야 한다.
 4) 이 사건 합병 당시 원고가 피합병법인의 영업권을 그 자체로 개별적으로 평가하지는 않았다고 하더라도, 영업권은 피합병법인의 허가권, 거래관계, 기타 영업상의 비밀 등으로 구성되는데, 영업권을 객관적으로 평가할 수 있는 개별적인 평가방식은 존재하지 않기 때문에 피합병법인에 교부된 합병대가에서 피합병법인의 순자산가액을 공제한 금액으로 영업권을 평가하는 것은 시장경제하에서의 영업권을 가장 객관적으로 평가한 것이므로, 원고가 피합병법인으로부터 승계한 영업권을 회계장부에 계상한 것은 ‘피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우’에 해당된다. 
 3. 관계 법령 
 별지 관계 법령의 기재와 같다. 
 4. 판단 
 가. 먼저 이 사건 합병으로 인하여 ‘원고의 2008 사업연도 소득금액계산에 있어서 익금에 산입되어야 하는 합병평가차익’이 존재하는지 여부에 관하여 살펴본다. 
 1) 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라고 한다) 제15조 제1항은 ‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.’고 규정하면서, 다음과 같이 합병차익은 자본거래로 인한 수익으로 보아 원칙적으로 익금 산입 대상에서 제외하고 있다. 즉, 구 법인세법 제17조 제1항 제3호 본문은 ‘합병차익은 합병법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.’는 원칙을 규정하고, 구 법인세법 시행령 제15조 제1항, 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상법’이라고 한다) 제459조 제1항 제3호는 합병차익을 ‘소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과한 때에는 그 초과금액’으로 한다고 규정하고 있다.
 그런데 구 법인세법 제17조 제1항 제3호 단서는 ‘대통령령이 정하는 합병평가차익’을 익금에 산입하지 아니하는 합병차익에서 제외하도록 규정하고, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항은 "법 제17조 제1항 제3호 단서에서 ‘대통령령이 정하는 합병평가차익’이라 함은 제12조 제1항 제1호 및 동조 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다."고 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 본문은 "법 제16조 제1항 제2호 가목에서 ‘대통령령이 정하는 합병평가차익 등’이라 함은 상법 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 ‘합병차익’이라 한다)에 달할 때까지 다음 각 호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호·제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사 외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다."고 규정하면서 그 제1호에서 ‘피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액’을 규정하고 있다. 
 2) 위 각 규정의 문언과 취지, 체계 등과 함께 다음과 같은 사정을 고려하면, 구 법인세법 제17조 제1항 제3호에 따라 익금에 산입되는 합병평가차익은 합병차익을 한도로 하고, 합병차익이 발생하지 아니한 경우에는 익금에 산입되는 합병평가차익도 존재할 수 없다고 보아야 한다. 
 가) 구 법인세법 시행령 제15조 제2항은 구 법인세법 제17조 제1항 제3호 단서가 익금불산입에서 제외하는 것으로 정한 ‘대통령령이 정하는 합병평가차익’을 ‘구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호가 정한 가액’으로 규정하지 아니하고 ‘구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액’으로 규정하고 있으므로, ‘대통령령이 정하는 합병평가차익’은 ‘합병차익에 달할 때까지 계산하여 산출한 제1호의 금액’, 즉 피합병법인으로부터 자산을 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분의 가액으로서 합병차익을 한도로 계산한 금액을 말한다고 보는 것이 위 각 규정의 문언에 부합하는 해석이다. 
 나) 익금은 ‘법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액’이므로, 합병으로 인하여 합병법인의 순자산이 증가하지 않는다면 이는 법인의 순자산을 증가시키는 거래에 해당하지 않고 익금에 산입할 수익의 금액이 인정될 수도 없다고 보아야 한다. 피합병법인의 자산을 평가증하여 승계함에 따라 합병평가차익이 존재하는 경우라고 하더라도 이를 포함하여 피합병법인으로부터 승계한 재산의 가액이 피합병법인으로부터 승계한 채무액, 피합병법인의 주주에게 지급한 금액과 합병법인의 자본증가액보다 적어 합병차손이 발생하였다면, 합병의 결과 합병법인의 순자산이 증가하였다고 할 수 없고 합병법인의 순자산 증가에 기여하지 못한 합병평가차익을 익금에 산입되는 수익의 금액에 해당한다고 볼 수도 없다. 이러한 점에서도 구 법인세법 제17조 제1항 제3호 단서가 정한 ‘대통령령이 정하는 합병평가차익’은 합병차익을 한도로 하여 익금에 산입된다고 해석하는 것이 타당하다. 
 다) 국세청의 법인세법 기본통칙 17-15…2도 구 법인세법 제17조 제3호 규정에 의한 "합병평가차익"은 구 상법 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 "합병차익"을 초과할 수 없다고 규정하고 있다. 
 3) 이 사건의 경우, 원고가 합병대가로 피합병법인의 주주에게 지급한 합병신주의 액면가액 4,950,228,000원이 원고가 피합병법인으로부터 승계한 순자산의 공정가액 4,270,678,000원을 초과하여 합병차익이 존재하지 않음은 앞서 인정한 바와 같다. 
 이에 대하여 피고는, 합병차익을 계산함에 있어 원고의 회계장부에 계상된 영업권의 가액도 순자산가액에 포함되어야 하므로 합병차익이 존재한다고 주장하나, 합병차익을 계산함에 있어 순자산가액은 피합병법인으로부터 승계한 재산의 가액에서 피합병법인으로부터 승계한 채무액을 공제하여 산출되는 것(구 상법 제459조 제1항 제3호 참조)인데, 아래 나.항에서 보는 바와 같이 원고의 회계장부에 계상된 영업권은 단순히 회계처리의 기술적 과정에서 발생한 금액에 불과하다고 할 것이어서 위 영업권을 원고가 피합병법인으로부터 승계한 재산에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 이와 다른 전제에서 하는 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다. 
 4) 따라서 원고에게는 합병차익이 발생하지 아니하였으므로 익금산입의 대상이 되는 ‘합병차익을 한도로 하는 합병평가차익’도 존재한다고 볼 수 없어, 원고의 회계장부에 계상된 영업권을 법인세법상 감가상각자산인 영업권으로 볼 수 있는지에 상관없이 그 가액을 합병평가차익으로 보고 익금에 산입한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 
 나. 나아가 이 사건 영업권이 법인세법상 익금에 산입되어야 하는 합병평가차익에 해당하는지 여부에 관하여 살펴본다. 
 1) 인정 사실
 가) 이 사건 합병 전후 원고 및 피합병법인의 법인세 신고내역(단위 : 100만 원)은 아래와 같다. 
 사업연도원고피합병법인 수입금액소득금액수입금액소득금액 20065,503-3,3837,4451,004 20075,346-3,2649,3311,693 200813,415-4,19711,659-384 200911,908-8,475?? 201013,382-11,814?? 201120,343-14,438?? 201239,1132,136?? 
 나) 합병신고서의 기재 중 합병대가의 산정에 관한 부분은 아래와 같다. 
 4. 합병비율 및 그 산출근거 나. 산출근거 …합병법인(원고)은 기준주가(단, 기준주가가 자산가치에 미달할 경우 자산가치로 함), 피합병법인은 본질가치를 합병가액으로 산출하였습니다. 5. 평가기관의 평가의견 요약 가. 평가기관 : 소외 회계법인 다. 평가의 방법 (1) 기준주가 분석방법 코스닥상장법인인 원고의 기준주가는 증권거래법 시행규칙 제36조의12 제1항에 따라 합병을 위한 이사회결의일과 합병계약을 체결한 날 중 앞서는 날의 전일을 기산일로 최근 1개월간의 거래량 가중 산술평균종가, 최근 1주일간의 거래량 가중산술평균종가, 최근일의 종가를 산술평균한 가액과 최근일의 종가 중 낮은 가액으로 산정하였습니다. (2) 본질가치의 분석방법 주권비상장법인인 피합병법인의 본질가치는 유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 시행세칙(주1) 제5조 내지 제7조에 따라 자산가치와 수익가치를 각각 1과 1.5로 하여 가중산술평균한 가액으로 산정하였습니다. 1) 자산가치 분석방법 자산가치는 유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 시행세칙 제6조에 따라 분석기준일 현재의 발행주식 1주당 순자산가액으로 하였으며, 순자산가액은 합병신고서 제출일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 말 현재의 감사보고서에 첨부된 대차대조표상 자본총계에서 다음의 금액을 가감하여 산정하였습니다. - 실질가치가 없는 무형자산 및 회수가능성 없는 채권 등을 차감 (이하 생략) 2) 수익가치 분석방법 수익가치는 유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 시행세칙 제7조에 따라 향후 2사업연도(합병신고서를 제출하는 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도)의 추정재무제표를 기초로 산정된 평균주당 추정이익을 자본환원율로 나누어 산정하였습니다. (이하 생략) 
 유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 시행세칙 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2) 관련 법리와 관계 규정 
 가) 합병차익과 합병차손 
 (1) 구 법인세법 제17조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제12조 제1항, 구 상법 제459조 제1항 제3호는 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액(합병교부금)과 합병 후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과하는 경우의 그 초과금액을 합병차익으로 정의하면서, 이는 자본거래로 인한 수익이므로 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 즉, 합병차익은 피합병법인 순자산가액 중 자본금으로 이입되지 않은 그 잔액을 의미하므로 그 산식은 다음과 같고, 본질은 주식발행액면초과금이다. 
 ● 합병차익 = 피합병법인의 순자산가액(승계한 자산의 총액 - 승계한 부채의 총액) -(주주에게 교부한 주식의 액면총액 + 합병교부금총액) 
 (2) 이에 대하여 합병차손은 법령상 규정되고 있지 않으나, 일반적으로 합병차익과 반대되는 개념으로, 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액이 피합병법인의 주주에게 지급한 합병교부금과 교부한 합병신주의 액면가액의 합계액(즉, 합병대가)보다 적은 경우 그 차액을 의미하는 것으로 설명되고 있다. 즉, 이에 대한 산식은 다음과 같고, 그 본질은 역시 주식발행액면할인금이다. 
 ● 합병차손 = 합병대가(합병교부금 + 합병신주의 액면총액)-피합병법인으로부터 승계한 순자산가액 
 나) 합병차손과 영업권 
 2009. 8. 28.자로 개정되기 전의 「기업인수·합병 등에 관한 회계처리준칙」(이하 ‘결합회계준칙’이라 한다)은, 매수원가는 다른 회사의 순자산 및 영업활동을 지배하기 위하여 지급하는 현금이나 현금등가물 또는 기타 매수대가의 공정가액을 말하는 것이고, 매수대가의 일부로 발행한 시장성 있는 주식의 공정가액은 발행일의 종가로 한다고 규정하면서(§6. 가. 6-3), 매수원가 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산·부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분을 영업권으로 인식한다고 규정하고 있었다(§9. 가.). 이러한 결합회계준칙상의 영업권은 합병대가를 합병신주의 액면총액으로 보는 합병차손과는 개념에 있어서 차이가 있을 뿐만 아니라, 결합회계준칙의 영업권은 자산을 평가하여 승계하는 매수법(기업합병에 대한 회계처리를 위하여 합병법인에 승계되는 피합병법인의 순자산을 어떻게 평가할 것인가 하는 논의가 있다. 합병을 합병당사회사의 지분의 결합으로 보아 소멸회사의 순자산의 장부가액을 존속회사가 그대로 승계하여야 한다는 ‘지분풀링법’, 합병을 소멸회사의 순자산을 매수하는 거래로 인식하는 입장에서 소멸회사의 순자산을 매수시점의 시가로 평가하여 승계하여야 한다는 ‘매수법’의 두 가지 견해로 나뉜다)에만 인정되는 반면, 합병차손은 자산을 장부가액으로 승계하는 경우(지분풀링법)에도 인정된다는 점에서 차이가 있으므로 이하에서는 합병차손과 합병대가가 피합병법인의 순자산의 공정가액을 초과하는 부분을 의미하는 결합회계준칙의 영업권(이하 ‘회계상 영업권’이라 한다) 및 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 영업권(이하 ‘세법상 영업권’이라 한다)을 구분한다. 
 다) 구 법인세법상의 합병법인에 대한 합병평가차익에 대한 과세 
 구 법인세법 시행령 제12조 제1항은 피합병법인으로부터 구 상법 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(합병차익)에 달할 때까지 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 금액을 합병평가차익으로 규정하고 있다. 합병평가차익은 앞서 본 바와 같이 피합병법인로부터 승계한 순자산의 평가가액에서 자본금증가액을 공제한 액수를 의미하는 합병차익과는 구별되는 개념이다. 
 ● 합병평가차익 = 승계한 자산의 평가가액(시가) - 승계한 자산의 장부가액 
 구 법인세법 제17조 제1항 제5호는 합병차익은 자본거래로 인한 수익으로 보아 익금에 산입하지 않으면서도, 단서 규정에 의하여 합병평가차익을 익금에 산입하고 있는데, 이는 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가증하여 승계한 후 감가상각비 또는 자산처분손실 처리를 하는 경우 소득금액이 감소하게 되므로, 합병시점에서 과세하도록 한 것이다.
 라) 영업권에 관한 규정 
 (1) 결합회계준칙에 따르면 영업권은 매수법에 의한 기업결합의 경우에만 인식되는데, 매수원가(결합회계준칙 §6 가. 매수원가는 다른 회사의 순자산 및 영업활동을 지배하기 위하여 지급하는 현금이나 현금등가물 또는 기타 매수대가의 공정가액을 말한다) 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 순자산의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분이다. 이러한 영업권은 미래에 경제적 효익이 유입될 것으로 기대되는 기간으로 내용연수를 정하여 정액법으로 상각하되, 20년을 초과하지 못한다(결합회계준칙 §9). 즉, 결합회계준칙 상의 영업권은 합병법인이 합병시 피합병법인의 주주에게 합병대가로서 교부하는 합병신주의 발행일 또는 합병기일의 시가(합병교부금이 있는 경우 포함)에서 피합병법인으로부터 승계하는 순자산가액을 공제하는 금액으로 규정하여 차액개념에 의하여 인식하고 있다. 
 ● 회계상 영업권 = 매수원가 - 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산·부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분 
 한편, 이와 반대의 경우, 즉 매수일에 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산·부채의 공정가액 중 매수회사의 지분이 매수원가를 초과하는 경우에는 그 초과액을 부의 영업권으로 계상한다(결합회계준칙 §10). 
 (2) 한편, 구 법인세법 시행령 제24조 제1항은 감가상각자산을 규정하면서 제2호 가목에서 영업권을 열거하고 있고, 제4항은 ‘제1항 제2호 가목의 영업권 중 합병 또는 분할의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다.’고 규정하고 있다. 
 (3) 위와 같은 관계 규정들을 종합하면, 기업합병에 있어서 구 법인세법상 영업권으로 인정되는 것은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한정되고 그러한 자산성 있는 영업권에 한하여 이를 감가상각자산으로 보고 있다. 여기서 사업상 가치가 있는 영업권으로 평가받기 위해서는 어떤 기업이 특수한 기술과 사회적 신용 및 거래관계 등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치가 있어야 할 것이고, 한 회사가 다른 회사를 흡수합병하여 그 영업상 기능 내지 특성을 흡수함으로써 합병 전의 통상수익보다 높은 초과수익을 갖게 된다면 합병 후 높은 수익률을 가져올 수 있는 피흡수회사의 무형적 가치는 영업권이라 보아 무방하다(대법원 1986. 2. 11. 선고 85누592 판결 등 참조). 
 (4) 한편, 자산을 평가하여 승계함으로 인하여 발생한 합병평가차익은 합병 당해 사업연도 익금에 산입되는데, 여기서의 자산은 유형자산뿐만 아니라 무형자산도 해당할 수 있는 것이어서 피합병법인에 무형의 사업상 가치(초과수익력)가 존재하는 경우 합병법인이 그것을 평가하여 승계하였다면 영업권이라는 자산이 평가증되어(피합병법인의 영업권 장부가액은 0원이었으므로) 합병법인에게 승계된 것이므로, 영업권은 동시에 합병평가차익이 된다. 
 3) 판단
 이러한 법리에 따라 앞서 인정한 사실과 이 사건 변론에 나타난 아래의 제반사정에 비추어 보면, 이 사건 영업권은 회계상 영업권에 해당하는 것일 뿐 자산을 평가하여 승계한 세법상 영업권이라고 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 영업권의 자산성이 인정됨을 전제로 이 사건 영업권의 회계장부상 가액을 합병평가차익으로 익금에 산입한 후 감가상각자산으로 손금 추인한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 
 가) 코스닥상장법인이 ‘주권상장법인 및 코스닥상장법인’이 아닌 법인(이하 ‘비상장법인’이라고 한다)과 합병을 하는 경우에는 그 합병가액을 당사자가 임의로 정할 수 없고, 코스닥상장법인의 코스닥시장에서의 거래가격과 비상장법인의 ‘자산가치와 수익가치를 가중산술평균한 가액과 상대가치의 가액을 산술평균한 가액’으로 기준으로 합병가액을 정하여야 하고(상대가치를 산출할 수 없는 경우에는 자산가치와 수익가치를 가중산술평균한 가액), 구 증권거래법 시행령에서 정한 합병요건·절차 등 합병기준에 따라 합병관련사항을 금융감독위원회와 한국증권선물거래소에 신고하여야 하는바[구 증권거래법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 폐지되기 전의 것) 제190조의2 제1항, 구 증권거래법 시행령 제84조의7 제1항, 구 증권거래법 시행규칙 제36조의12 제1, 3항], 합병 당사법인들은 위 법령에 따라 산정된 합병비율로 합병계약을 체결하고, 그에 따라 합병대가를 교부하여야 하며, 이를 관련 기관에 신고하여야 한다. 
 이와 같이 구 증권거래법 관계 법령에서 코스닥상장법인과 비상장법인간의 합병의 경우 합병가액의 산정방법을 규정하고 있는 취지는 합병비율이 합병할 각 회사의 일방에게 불리하게 정해지는 경우 그 회사의 주주가 합병 전 회사의 재산에 대하여 가지고 있던 지분비율을 합병 후에 유지할 수 없게 되어 실질적으로 주식의 일부를 상실하게 되는 부당한 결과가 초래되므로, 시장가치가 반영된 거래소 주가와 자산가치, 수익가치, 상대가치가 적정하게 반영된 본질가치를 기준으로 합병비율을 산정토록 함으로써 합병비율의 객관성, 적정성을 보장하여 불공정한 합병을 방지하기 위한 것이므로, 합병가액을 산정함에 있어 수익가치 등에 관한 평가가 있다는 사정만으로는 ‘피합병법인에게 영업권이 존재하고 있고 이에 관한 평가까지 이루어졌다.’고 보기는 어렵다. 
 나) 한편 위와 같은 기준으로 합병비율을 정한 후 합병법인이 그 합병비율에 따라 피합병법인의 주주에게 신주를 교부하는 경우 합병법인으로서는 피합병법인의 본질가치에 합당한 합병대가를 모두 지급하는 결과가 되어 사실상 합병법인에게 합병을 통한 손익, 즉 법인세법상 과세대상이 되는 소득이 발생할 여지가 없게 된다. 
 그러나 실제 피합병법인의 시장가치에 합당한 신주가 교부되었음에도, ① 결합회계준칙에 따르면, 매수대가(합병의 대가)를 합병법인의 주식으로 교부하는 경우 그 주식의 공정가액은 발행일의 종가를 기준으로 산정하여야 하고, 매수원가(매수대가의 공정가액) 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 순자산의 공정가액을 초과하는 부분은 영업권으로 인식하여야 하므로, 회계상으로는 매수원가가 피합병법인으로부터 승계받은 순자산을 초과하는 부분(영업권)이 발생할 수 있으며, ② 구 법인세법 제17조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제12조 제1항, 구 상법 제459조 제1항 제3호에 의하면 합병차익을 계산함에 있어서 피합병법인의 순자산가액에서 공제할 합병대가를 주주에게 교부한 주식의 시가가 아니라 자본 증가액, 즉 주식의 액면가로 산정하여야 하므로 구 상법상의 합병차익이 발생할 수 있다. 
 따라서 회계상 영업권 및 합병차익이 존재한다는 사정만으로는 법인세법상 과세대상이 되는 평가증된 자산(합병평가차익)이 존재한다고 볼 수는 없다. 
 다) 또한 주식의 시가가 액면가보다 높은 경우, 합병법인이 합병대가로 피합병법인의 주주들에게 합병법인의 주식을 교부하는 대신에 신주를 시가로 발행한 후 그 대금으로 합병대가를 지급한다면 합병차익이 발생하지 않을 수도 있다. 즉, 익금에 산입되는 합병평가차익은 합병차익의 범위 내에서만 인정되는데, 합병대가의 지급방식(주식 또는 현금으로 교부하는지) 및 합병대가를 주식으로 교부하는 경우 주식의 시가와 액면가의 차이라는 우연한 사정에 따라 합병차익 및 합병평가차익이 결정되므로 부당한 결과를 가져올 수 있다. 이러한 점에 비추어 보면, 구 증권거래법 관계 법령에 따라 합병비율을 정한 후 신주를 교부하는 방법으로 상장법인과 상장법인 또는 비상장법인 사이에 합병이 이루어지는 경우 합병대가에서 순자산의 공정가액을 공제한 금액을 회계상 영업권으로 인식하였다고 하여 이를 곧바로 합병평가차익에 해당한다고 볼 것이 아니라, 합병법인이 그 영업권을 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치로 인정한 후 이를 평가하여 승계하였는지 여부를 엄격히 따져서 합병평가차익에 해당하는지 여부를 판단하여야 할 것이다.
 라) 또한 피고의 주장과 같이 ‘피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우’는 매수법에 의한 합병을 의미하므로 영업권을 별도로 평가할 필요는 없다고 본다면, 구 증권거래법 관련규정에 의하여 주가 등으로 평가된 합병대가가 피합병법인의 순자산가액보다 큰 경우에는 항상 과세되어야 하고, 이는 구 법인세법 시행령 제24조 제4항이 "피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다."고 규정하여 영업권의 개념을 제한적으로 규정한 취지에 반한다. 
 마) 이 사건의 경우, ① 합병을 위한 이사회결의일이자 합병계약일의 전일인 2008. 6. 23.을 기준으로 하여 최근 1개월간의 거래량 가중 산술평균종가, 최근 1주일간의 거래량 가중산술평균종가, 최근일의 종가를 산술평균한 가액과 최근일의 종가 중 낮은 금액으로 산정한 원고의 기준주가와 ② 유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 시행세칙 제5조 내지 제7조(이하 ‘이 사건 시행세칙’이라고 한다)에 따른 본질가치의 분석방법에 따라 산정된 피합병법인의 본질가치를 기준으로 합병비율 및 그에 따른 합병대가를 정하였다. 
 영업권은 그 기업의 전통, 사회적 신용, 그 입지조건, 특수한 제조기술 또는 특수거래관계의 존재 등을 비롯하여 제조판매의 독점성 등으로 동종의 사업을 영위하는 다른 기업이 올리는 수익보다 큰 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치를 말하는 것인데(대법원 1985. 4. 23. 선고 84누281 판결 등 참조), 피합병법인이 2006년도 소득금액은 1,004,000,000원, 2007년도 소득금액은 1,693,000,000원이었으나 동종의 사업을 영위하는 다른 기업들이 같은 기간 동안 올린 수익을 알 수 있는 아무런 자료가 없어 피합병법인에게 위와 같은 소득이 발생되고 있었다고 하더라도 그러한 사실만으로 영업권으로 인정할 만한 초과수익력이 존재하고 있었다고 평가할 수는 없다. 
 오히려 ① 피합병법인에 지급된 합병대가는 피합병법인이 동종의 사업을 영위하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이 있는지 여부를 평가하여 정해진 것이 아니라, 유가증권의 발행 및 공시에 관한 규정 제82조 및 그 시행세칙 제5조 내지 제7조에 따라 자산가치와 수익가치를 각각 1과 1.5로 하여 가중산술평균한 가액으로 산정한 것이므로 순자산가액을 초과하여 지급한 합병대가 전부가 초과수익력을 반영하는 영업권의 존재를 입증한다고 보기는 어려운 점에다가, ② 원고의 이 사건 합병 후 3개년도 순손실합계액이 347억 2,700만 원에 이르러 이 사건 합병 전 3개년도 순손실액 합계 108억 4,400만 원보다 훨씬 많다는 합병 이후의 사정까지 더하여 보면, 피합병법인에게 이 사건 합병 당시 영업권이 존재하였다고 보기는 어렵다.
 바) 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 문언적 해석상, 피합병법인의 순자산의 공정가액을 초과하는 합병대가 전부가 아니라 그중 자산적 가치가 있는 부분만이 영업권으로 인정되므로, 자산적 가치가 있는 부분이 얼마인지 확인되어야 비로소 그 금액을 세법상 영업권으로 인정하고 동시에 합병평가차익으로 과세할 수 있는데 이 사건의 경우 영업권에 관한 직접적인 인식이나 평가가 없었다. 
 사) 2003년 9월 국세청은 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 규정에 의하여 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등 사업상 가치를 평가하여 감가상각자산으로 계상한 영업권은 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호에서 규정하는 합병평가차익에 포함된다는 유권해석을 처음으로 공표하였다(2003. 9. 27. 서이46012-11717, "합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계함에 있어, 구 법인세법시행령 제24조 제4항의 규정에 의하여 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등 사업상 가치를 평가하여 감가상각자산으로 계상한 영업권은 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호에서 규정하는 합병평가차익에 포함된다."). 그와 같은 해석 이전에는 영업권이 발생하는 경우에도 합병평가차익으로서 익금에 산입하지 않았을 뿐만 아니라, 그와 같은 유권해석 이후에도 단순히 피합병법인의 순자산가액과 신주교부가액의 차액을 영업권으로 계상한 경우에는 영업권으로 보지 아니한다는 유권해석을 지속적으로 하여 왔다(2005. 11. 15. 서면2팀-1834, "합병법인이 피합병법인의 자산과 부채를 평가하여 승계받은 경우로서 그 자산가액을 초과하는 부채의 가액을 결합회계준칙에 따라 영업권으로 계상한 경우 그 가액은 법인세법 시행령 제24조에 규정된 감가상각자산에 해당되지 아니하는 것으로 합병법인의 합병평가차익을 구성하지 아니하는 것임", 2009. 5. 4.자 법인세과-511, 2009. 3. 12. 법인세과-1020, 2008. 12. 16. 법인세과-4006, "합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계함에 있어서 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 규정에 의하여 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등 사업상가치를 평가하여 대가를 지급하고 감가상각자산으로 계상한 경우에만 영업권에 해당되는 것이며, 단순히 피합병법인의 순자산가액과 신주교부가액의 차액을 영업권으로 계상한 경우에는 이를 영업권으로 보지 아니하는 것임" 등) 
 5. 결론 
 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 김태훈(재판장) 박용근 황여진