종합소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2021.10.12 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 평안 담당변호사 이재환)
【피 고】 도봉세무서장 (소송대리인 법무법인 남산 담당변호사 이창 외 1인)
【변론종결】2021. 8. 12.
【주 문】
 1. 피고가 2019. 3. 11. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 양도소득세 6,591,661,190원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 개인사업체인 △△개발을 운영하면서 ○○○ 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)의 대표이사로 근무하던 사람이다. 
 나. 원고는 2013. 4. 30. 소외 회사와 사이에, 소외 회사에 △△개발의 자산과 부채 및 영업 일체를 양도하는 내용의 중소기업 통합 계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다. 
 인수 대상 순자산가액: 자산 19,437,161,640원 － 부채 7,364,751,846원 = 12,072,409,794원 원고가 인수하는 신주:발행주식수 3,511,463주 ?1주당 금액 3,438원 ?인수금액 12,072,409,794원 통합일: 2013. 6. 1. 
 다. 이후 원고와 소외 회사는 인수 대상 부채를 7,711,948,696원으로 조정하여 인수 대상 순자산가액을 11,725,212,944원(= 19,437,161,640원 － 7,711,948,696원)으로 변경하는 등 위 계약의 내용을 일부 수정하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다(이하 이와 같이 수정된 계약을 ‘이 사건 통합계약’이라 한다). 
 인수 대상 순자산가액: 자산 19,437,161,640원 － 부채 7,711,948,696원 = 11,725,212,944원 원고가 인수하는 신주: 발행주식수 3,410,474주 ?1주당 금액 3,438원 ?인수금액 11,725,209,612원 (발행가액 미만인 3,332원은 절사) 통합일: 2013. 6. 20. 
 라. 소외 회사는 법원의 인가를 받아 2013. 6. 26. 원고에게 보통주 58,802주(1주당 발행가액 3,438원)를 발행하였고, 원고는 2013. 7. 2. △△개발의 자산인 서울 도봉구 (이하 생략) 대 2,631.1㎡ 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에 관하여 소외 회사 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다. 
 마. 원고는 2013. 9. 30. 이 사건 각 부동산의 양도와 관련한 양도소득세를 신고하면서, 이 사건 각 부동산의 순자산가액을 202,161,000원(= 자산평가액 19,437,161,640원 － 부채평가액 19,235,000,000원, 천 원 이하 절사)으로, 신주취득가액의 평가액을 202,161,000원(= 58,802주 × 3,438주, 천 원 이하 절사)으로 각 산정하여, 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제31조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제28조 제1항에 따라 중소기업 간의 통합으로 인한 양도소득세 이월과세를 적용받았다. 
 바. 원고는 소외 회사의 2010년 내지 2013년 사업연도에 가공매출·비용을 계상하고 선급금 등 자산의 손상차손을 계상하지 않는 등의 방법으로 당기순이익 및 자기자본을 과대계상하는 분식회계를 하였다는 이유로 증권선물위원회로부터 고발당하여 형사재판을 받았다. 
 사. 피고는 위 분식회계로 인한 오류를 제거한 소외 회사의 재무제표를 기준으로 원고가 이 사건 통합계약으로 인하여 취득한 주식을 재평가할 경우 1주당 가액이 3,438원에 미달하게 되므로, 양도소득세 이월과세를 적용받기 위한 요건으로서 구 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에서 정하고 있는 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것’을 충족하지 못한다고 보아, 2019. 3. 11. 원고에 대하여 이 사건 각 부동산의 양도로 인한 양도소득세 6,591,661,190원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 아. 원고는 이에 불복하여 2019. 4. 10. 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 10. 15. 원고의 청구를 기각하였다. 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5, 6호증 및 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장
 1) 이 사건 조항의 문언해석, 순자산가액과 주식가액의 평가방법에 관하여 아무런 규정이 없다가 순자산가액에 관하여만 이를 시가로 평가하도록 개정된 이 사건 조항의 입법연혁, 법인형태 전환 과정에서 이전되는 사업장의 순자산가액이 통합법인에 그대로 승계되도록 하기 위한 이 사건 조항의 입법취지, 개인사업자의 법인전환에 관한 구 조특법 제32조와의 체계적 해석의 필요성 등에 비추어 보면, 이 사건 조항에서 ‘소멸하는 사업장의 순자산가액’의 크기와 비교하는 ‘취득하는 주식 또는 지분의 가액’은 시가가 아니라 발행가액을 의미하므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다. 
 2) 가사 이 사건 조항에서 말하는 ‘취득하는 주식 또는 지분의 가액’이 시가를 의미하는 것이라고 하더라도, 분식회계로 인한 오류를 반영한 후 상속세 및 증여세법에 따라 재계산한 소외 회사의 주식가액은 12,009,873,711원으로서 △△개발의 순자산가액보다 크므로 양도소득세 이월과세 요건을 충족하였다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 인정 사실
 1) 소외 회사는 2013. 6. 5. 이 사건 통합계약에 따라 서울북부지방법원에 신주발행 조사보고서 인가신청을 하였고, 서울북부지방법원은 2013. 6. 24. 보통주식 58,802주(= 이 사건 각 부동산의 감정평가액 202,161,640원 / 1주당 발행가액 3,438원)의 발행을 인가하였다. 
 2) 소외 회사는 2013. 6. 30. △△개발을 통합하였고, 위 통합일을 기준으로 한 △△개발의 순자산가액은 11,847,644,277원(= 이 사건 통합계약에서 △△개발의 순자산가액으로 본 11,725,212,944원 + 위 통합계약상 승계대상 외에 추가로 승계한 구축물 및 전력설비의 가액 28,687,967원 + 위 통합계약상 부채 산정일과 실제 통합일 사이에 발생한 통합대상 부채 감소액 93,743,366원)이다. 이 사건 통합계약에는 ‘소외 회사는 △△개발의 순자산가액을 통합일 기준 상속세 및 증여세법에 의한 비상장 주식 평가방법에 의하여 평가한 1주의 가액을 기준으로 증자방식에 의하여 증자하고 신주를 교부한다’고 기재되어 있다.
 3) 소외 회사는 수정된 이 사건 통합계약에 따라 기발행된 주식을 제외하고 추가로 원고에게 발행해야 할 주식과 관련된 채무를 ‘통합예수금 11,645,482,637원(= 통합일 기준 △△개발의 순자산가액 11,847,644,277원 - 기발행된 보통주식 58,802주의 1주당 발행가액 합계액 202,161,640원)’으로 회계처리하였다.
 4) 이후 소외 회사는 2014. 1. 6.부터 2014. 2. 21.까지 원고에게 3,351,672주(= 이 사건 통합계약에 따른 3,410,474주 － 기발행한 58,802주)를 1주당 발행가액 3,438원으로 발행하였고, 2014. 7. 4. 원고에게 35,613주를 액면가액으로 발행하였으며, 그 구체적인 내역은 다음과 같다.
 
 5) 소외 회사는 2013. 6. 28.경 이 사건 각 부동산이 구 조특법 제120조 제1항 제2호, 제31조 제1항, 제2항 및 이 사건 조항에 따라 취득세가 면제되는 ‘존속기업이 소멸기업으로부터 취득하는 사업용 재산’에 해당한다고 보아 취득세 면제 신고를 하였으나, 도봉구청장은 이 사건 통합계약으로 인하여 소멸하는 사업장(△△개발)의 중소기업자(원고)가 당해 통합으로 인하여 취득한 주식의 수가 소외 회사의 이 사건 부동산 취득일(2013. 7. 2.)까지 소외 회사가 원고에게 발행한 신주 58,802주라고 보아, 이 사건 통합계약은 이 사건 조항의 면제요건을 충족하지 못하였다는 이유로 2015. 1. 20. 소외 회사에 취득세 등을 부과하였다.
 6) 소외 회사는 이에 불복하여 취득세 등 부과처분 취소소송을 제기하였고(서울행정법원 2016구합68786호), 제1심법원 및 항소심법원(서울고등법원 2017누73305호)은 원고가 통합으로 인하여 취득한 주식은 이 사건 통합계약서의 내용에 따라 3,410,474주이지만, 그 주식의 가액 11,725,209,612원(= 3,410,474주 × 3,438원)이 통합으로 인하여 소멸한 사업장(△△개발)의 순자산가액 11,847,644,277원보다 낮다는 이유로 위 취득세 부과처분이 적법하다고 보았다. 그러나 상고심법원(대법원 2018두40188호)은 이 사건 통합계약의 경위, 신주발행 과정 등에 비추어 보면 원고와 소외 회사는 이 사건 조항의 취득세 면제요건을 충족하기 위하여 승계하는 사업장의 순자산가액과 동일한 금액 상당의 신주를 발행하기로 한 것으로 보이므로, 소외 회사가 2014. 7. 4. 발행한 신주도 이 사건 통합으로 인하여 취득한 주식으로 볼 여지가 있다는 이유로 위 항소심판결을 파기환송하였으며, 환송 후 항소심법원(서울고등법원 2018누56260호)은 2014. 7. 4.자 발행 신주도 통합으로 인하여 취득한 주식에 포함하여야 한다고 보아 이 사건 조항의 이월과세 요건을 충족하였다고 판단하였다. 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 1) 관련 법령 및 그 취지
 구 조특법 제31조 제1항은 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 ‘사업용고정자산’이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 ‘통합법인’이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 그 위임을 받아 제정된 이 사건 조항은 "통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것"이라고 규정하고 있는 한편, 위 규정에 따라 이월과세를 적용받은 경우 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 통합법인이 승계받은 사업을 폐지하거나 중소기업자가 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도에 이월과세액을 양도소득세로 납부하도록 하고 있다(구 조특법 제31조 제7항). 
 또한 구 조특법 제120조 제1항 제2호는 구 조특법 제31조 제1항에 해당하는 경우 통합으로 인하여 설립되거나 존속하는 법인이 사업용고정자산을 취득함으로써 발생하는 취득세도 면제하도록 하고 있다. 이와 같이 사업양수도에 따라 취득하는 사업용 재산에 대하여 등록세와 취득세를 면제하는 취지는, 개인이 권리·의무의 주체가 되어 경영하던 기업을 개인 기업주와 독립된 법인이 권리·의무의 주체가 되어 경영하도록 기업의 조직 형태를 변경하는 경우 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과하여 재산 이전에 따르는 등록세, 취득세 등을 부과할 필요가 적다는 데에 있다. 이처럼 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾼 것으로 평가되기 위해서는 사업양수도 대상의 순자산가액이 신설 법인에 그대로 승계되어야 한다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두17865 판결 등 참조). 
 2) 판단
 이 사건 조항에서 말하는 ‘통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액’은 통합 당시 당사자 사이의 합의에 의하여 정하여진 발행가액을 의미한다고 봄이 상당하다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다. 
 가) 이 사건 조항은 ‘소멸하는 사업장의 순자산가액’은 통합일 현재의 시가로 평가하도록 하고 있으나, 소멸하는 사업장의 중소기업자가 취득하는 ‘주식 또는 지분의 가액’에 관하여는 별다른 평가방법을 규정하고 있지 않으므로, 당사자 사이에서 계약으로 정한 주식가액을 의미한다고 보는 것이 문언에 부합하는 해석이다. 
 나) 이 사건 조항의 전신인 구 조세감면규제법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것) 제28조 제2항 제2호는 이월과세의 요건으로 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 1년간 평균 순자산가액(통합일이 속하는 월의 직전 월 말일부터 소급하여 1년간 매월 말일 현재의 사업용자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액의 합계액을 12로 나눈 금액을 말한다) 이상일 것’이라고 규정하고 있다가, 1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되면서 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 사업용자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액의 합계액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것’으로 변경되었다. 이는 소멸하는 사업장의 순자산가액을 장부가액으로 평가하던 것을 시가로 평가하도록 변경한 것인데, 당사자 사이에 시가와 장부가액의 차액 상당액을 현금 등으로 수수하는 경우 유상양도에 해당함에도 양도소득세를 과세하지 못하게 되는 것을 방지하고, 법인의 자본을 충실히 하기 위한 것이다. 
 즉, 중소기업 간 통합에 관한 양도소득세 이월과세의 취지는 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 사업용고정자산을 통합법인에 양도함에 따라 중소기업자에 대하여 발생하는 장부가액과 양도가액(시가)의 차액에 대한 양도소득세를 통합일 현재 과세하지 아니하고 통합법인이 이를 양도할 때까지 그 과세를 이월하겠다는 것이다. 그런데 소멸하는 사업장의 순자산가액(사업용고정자산)을 장부가액으로 평가하여 해당 이월과세 규정을 적용하도록 할 경우, 당사자 사이에서 위 규정을 적용받으면서 과세를 회피하기 위하여 사업용고정자산의 장부가액과 시가 사이에 차이가 발생하였음에도 불구하고 사업용고정자산의 장부가액을 기준으로 통합으로 인하여 취득하는 주식가액을 산정하면서, 시가와 장부가액의 차액은 현금으로 수수하는 등의 방법을 택할 경우, 소멸하는 사업장의 중소기업자에 대하여는 사업용고정자산의 양도소득세가 발생하지 않고(장부가액 = 양도가액), 통합법인에는 순자산가액이 그대로 승계되지 않고 장부가액 만큼만 이전되며, 자본도 실제로 취득한 사업용고정자산의 시가보다 적게 증가하여 자본충실의 문제가 발생할 가능성이 있어, 이와 같은 문제를 방지하기 위하여 위와 같이 개정된 것이라고 봄이 상당하다.
 그렇다면 이 사건 조항에서 중요한 것은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액의 적정한 평가이고, 이로 인하여 중소기업자가 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 위 순자산가액을 양도하고 취득한 대가로서의 의미를 가질 뿐이다.
 다) 통합법인의 주식가치 평가가 의미가 있는 것은 결국 당사자 사이에서 인수되는 순자산가액의 대가로 몇 주의 신주를 발행할 것인지를 결정할 때인바, 가사 이때 통합 후 존속하는 법인의 주식가치가 잘못 평가되어 과다하거나 과소한 신주가 발행되었다고 하더라도, 이는 당사자 사이의 고가매입 또는 저가매입 문제가 될 뿐이지 통합법인의 자본에는 아무런 영향을 미치지 않으므로, 이월과세 적용요건과 관련하여 과세관청이 이를 사후적으로 재평가할 이유가 없다. 
 라) 구 조특법 제32조 제1항, 제2항, 구 조특법 시행령 제29조 제5항은 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우, 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 이 사건 조항을 준용하여 계산한 금액 이상인 경우에는 그 사업용고정자산에 대해서 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있다. 구 조특법 제32조 및 구 조특법 시행령 제29조는 거주자의 법인전환의 경우에 현물출자 또는 사업양수도로 이전되는 사업장의 순자산가액을 시가로 평가한 금액과 신설되는 법인의 자본금을 비교하여 그 적용여부를 판단하도록 명시적으로 규정하고 있는바, 그 입법 취지와 보호법익 등을 고려할 때 중소기업 간의 통합의 경우를 이와 달리 보아야 할 이유가 없다. 
 3. 결론 
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 이정민(재판장) 임윤한 이소진