법인세부과처분취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2010.12.10 / 시행일:

【원 고】 오씨아이 주식회사 (소송대리인 법무법인 청와 담당변호사 박환택)
【피 고】 남대문세무서장
【변론종결】2010. 10. 15.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2008. 11. 11. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 606,658,240원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 기초화학제품 등을 생산하는 법인인 원고(아래의 오덱 설립 당시의 상호는 동양제철화학 주식회사였다)는 1985. 9. 23. 사업다각화의 일환으로 자동차배기가스 정화용 촉매제를 생산하기 위해 독일 법인인 데구사(Degussa Huls)와 50:50의 지분비율로 오덱 주식회사(이하 ‘오덱’이라고 한다)를 설립하였다.
 나. 오덱은 1999년 및 2001 사업연도에 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제4조 및 제9조의 규정에 따라 1999 및 2001 사업연도에 중소기업투자준비금 1,000,000,000원 및 연구 및 인력개발준비금 3,381,682,152원을 설정하였는데, 위 준비금의 구 조세특례제한법에 따른 설정 및 환입금액은 아래의 표와 같다.
준비금연구 및 인력개발준비금중소기업투자준비금계설정1999년2001년1999년4,381,682,1521,381,682,1522,000,000,0001,000,000,000환입2002년460,560,717？333,333,333793,894,0502003년460,560,717？333,333,333793,894,0502004년460,560,718666,666,667333,333,3341,460,560,7192005년？666,666,667？666,666,6662006년？666,666,666？666,666,666환입 계1,381,682,1522,000,000,0001,000,000,0004,381,682,152
 다. 원고는 향후 태양광산업에 진출하는데 필요한 자금을 마련하기 위해 2005년경 보유하던 오덱의 주식 중 441,860주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 원고와 같은 동양제철화학그룹의 계열회사로서 법인세법상 특수관계자에 해당하는 삼광유리공업 주식회사(이하 ‘삼광유리’라 한다)에 1주당 48,000원씩 총 21,209,280,000원에 양도하였다.
 라. 그런데 서울지방국세청장은 비상장주식인 이 사건 주식의 시가를 구 상속세 및 소득세법 시행령에 정해진 보충적 평가방법에 의해 산정한 결과 이 사건 주식의 1주당 가액은 51,694원, 총액은 22,841,510,840원이어서 원고가 이 사건 주식을 특수관계자인 삼광유리에게 저가로 양도한 것으로 보아, 피고에게 법인세법상 부당행위계산 부인규정을 적용하여 실제 양도한 가액과의 차액인 1,632,230,840원(=22,841,510,840원-21,209,280,000원)을 익금산입하여 2005 사업연도 법인세를 경정하도록 통보하였다.
 마. 피고는 이에 따라 2008. 11. 11. 원고에게 2005 사업연도 법인세 606,658,240원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
 [인정근거 : 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 5, 7, 8호증, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지]
 2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 비상장주식의 시가에 대한 보충적 평가방법을 규정한 구 상속세 및 증여세법 시행령 제56조 제3항이 1999. 12. 31. 개정되면서 “이 경우 각 사업연도소득 계산시 손금에 산입된 충당금 또는 준비금이 세법의 규정에 따라 일시 환입되는 경우에는 당해금액이 환입될 연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도소득에 가산한다”라는 규정이 위 조항에 새로 더하여짐으로써(이하 위 새로 더해진 부분의 규정을 ‘이 사건 규정’이라 한다) 법인세 과세이연 목적의 조세특례제한법에 의한 준비금이 각 사업연도소득에 가감되도록 규정되었다.
 (2) 피고가 이 사건 주식의 1주당 시가를 51,694원으로 평가함으로써 원고의 평가액인 48,000원과 차이가 발생하게 된 원인은, 피고가 이 사건 주식의 시가산정 당시 이 사건 규정에 따라 기존 1999년도 및 2001년도에 설정된 연구 및 인력개발준비금과 중소기업투자준비금의 합계액인 3,048,348,819원(=2002년도 793,894,040원+2003년도 793,894,050+2004년도 1,460,560,719원)을 이 사건 주식의 양도 이전의 과거 3개 사업연도(2002년, 2003년, 2004년)에 익금으로 환입된 것으로 보아 오덱의 순손익가치 산정에 있어 해당 사업연도소득에 더함으로써 이 사건 주식의 순손익가치가 증가하였기 때문이다.
 (3) 그런데 이 사건 규정에 의하면, 특정사업연도에만 준비금 설정(손금산입)과 환입(익금산입)이 있는 경우, 환입된 사업연도의 소득을 기준으로 주식을 평가하여야 한다면 이 사건 규정에 따른 준비금의 익금산입으로 인해 사업연도소득이 부풀려져 실제의 주식가치와 다르게 고가로 평가되고, 반대로 준비금이 설정된 사업연도의 소득을 기준으로 한다면 이 사건 규정에 따른 준비금의 손금산입으로 인해 사업연도소득이 축소되어 저가로 평가되게 되는 것과 같이, 주식평가 당사자에 의해 임의로 준비금을 설정하거나 하지 아니하는 방법으로 주식평가액이 조정될 수 있게 됨으로써 주식의 진정한 가치가 반영되지 못하고 왜곡된 주식가액으로 평가되는 문제점이 있다. 
 (4) 이러한 점에서 이 사건 규정은 헌법이 정한 조세법률주의에 반하는 것으로서 모법의 위임의 범위를 넘는 것이어서 무효라 할 것이고, 이러한 무효인 규정을 적용하지 아니하고 주식의 진정한 가치를 나타내도록 준비금을 해당 사업연도소득에 익금산입을 하지 아니하여 산정한 원고의 이 사건 주식의 시가는 정당한 것이어서 삼광유리와 이 사건 주식을 거래한 것이 법인세법 제52조에 정해진 부당행위에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 규정에 정해진 방법으로 산정한 주식 시가에 바탕을 둔 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
 나. 관련법령
 별지 관련법령 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 이 사건 주식 거래 당시 시행되던 구 법인세법 제52조 제2항(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 소정의 시가는 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미하고, 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함한다 할 것인바, 위 조항은 시가주의를 채택하면서도 이러한 시가의 개념 정의만으로는 시가의 범위가 분명해지지 아니하므로 그 시행령에 시가산정 등에 관한 필요한 사항을 위임하고 있고, 이에 따른 구 법인세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19255호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항 제2호는 주식의 시가에 관하여 구 상속세 및 증여세법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상증법‘이라고 한다) 제63조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 적용하도록 되어 있으며, 이 사건 주식과 같은 비상장주식은 구 상증법 제63조 제1항 제1호 다목의 위임에 따라 이 사건 규정을 비롯하여 같은 법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19333호로 개정되기 전의 것) 제54조부터 제56조에 걸쳐 규정된 보충적 평가방법에 의하도록 규정하고 있다. 
 (2) 구 상증법 시행령에 규정된 비상장주식의 보충적 평가방법에 의하면, 비상장주식의 시가는 원칙적으로 1주당 최근 3년간 순손익액의 가중평균액과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의하도록 규정하고 있고(구 상증법 시행령 제54조 제1항), 여기서 1주당 최근 3년간 순손익액의 가중평균액은 평가시점 기준으로 최근 3년간의 1주당 순손익가치의 가중평균액으로 하되 최근 3년간의 각 사업연도별 순손익가치는 구 법인세법 제14조의 규정에 의한 각 사업연도소득을 기준으로 구 상증법 시행령 제56조 제3항 제1호의 규정에 의한 금액을 가산한 금액에서 같은 항 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액에 의하도록 규정하고 있는데(구 상증법 시행령 제56조 제1, 3항), 구 법인세법 제14조 제1항에 따르면 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 하도록 되어 있고, 익금의 범위에 관한 규정인 구 법인세법 제15조 및 구 법인세법 시행령 제11조 제7호에 의하면 ‘손금에 산입한 금액 중 환입된 금액’이 익금에 해당하는 것으로 규정되어 있는바, 이 사건 주식의 거래일 기준으로 최근 3년간의 사업연도인 2002~2004 사업연도에는 오덱이 설정한 중소기업투자준비금과 연구 및 인력개발준비금이 앞서 본 바와 같이 각 해당 사업연도에 익금으로 환입되었으므로, 이 사건 처분에 있어 이처럼 익금으로 환입된 위 각 준비금을 각 해당 사업연도의 소득으로 보아 이 사건 주식의 시가 산정에 있어 순손익가치 산정에 참작된 것은 위와 같은 구 상증법 시행령과 구 법인세법 관련규정에 의한 것이지, 이 사건 규정에 의한 것은 아니다. 
 이 사건 규정이 신설된 취지는 설정된 준비금이 사용중지 등의 사유로 일시에 환입되어 익금에 한꺼번에 산입될 경우 발생할 수도 있는 주식가치의 왜곡을 방지하기 위해 일시 환입되는 경우라도 원래 환입될 해당연도에 안분하여 환입되도록 규정을 보다 구체화·합리화한 것에 불과하고, 기존에 비상장주식의 시가 산정에 있어 사업연도소득에 가감되지 않던 조세특례제한법상의 준비금이 이 사건 규정의 신설로 비로소 가감되기 시작한 것이라고 볼 수 없다.
 (3) 다만, 그럼에도 불구하고 준비금을 각 사업연도소득에 가감하는 것이 주식의 순손익가치 평가의 왜곡을 초래함으로써 모법의 위임범위를 벗어난다는 원고의 주장은 여전히 의미 있으므로{그 논의의 대상이 이 사건 규정에서 구 상증법 시행령 제56조 제3항 전문(순손익액을 구 법인세법 제14조의 규정에 의한 각 사업연도소득을 기준으로 하도록 한 부분)으로 옮겨갈 뿐이다} 이에 관하여 살피건대, 비상장주식은 그 거래가 통상 내부자 사이에 회사 지배나 부의 이전 등 별도의 동기에서 이루어지는 것이지 공개시장에서 경쟁을 통하여 자유로이 가격이 형성되는 것이 아니고, 그 가치가 수시로 변화하는 특성을 갖고 있기 때문에 시가의 판정이 매우 어려워, 비상장주식의 객관적인 교환가치가 없는 경우 객관적이고 합리적인 방법으로 평가하여 가액을 결정할 수밖에 없다고 할 것인데, 비상장주식의 가액은 결국 자산가치, 수익가치, 상대가치 등을 결합하여 객관적이고 합리성을 담보할 수 있는 가액을 도출하는 보충적 평가방법으로 산출해야 하고, 그 평가방법은 절대적인 기준이 있다고 보기 어렵고 여러 방법이 있을 수 있는 점 등을 고려하면, 구 상증법상의 보충적 평가방법은 기업가치를 객관적이고 합리적으로 반영할 수 있는 시가를 적정하게 산정하기 위하여 당시의 조세정책적 고려에 따라 비상장주식의 시가를 반영할 수 있는 여러 방법들 중 하나의 방법을 선택한 것이라 할 것인 점, 구 상증법 시행령 제56조에서 순손익가치의 산정에 있어 ‘소득액’이라 하지 아니하고 ‘순손익액’이라 표현하고 있는 취지는 주주에게 귀속되지 아니하는 소득을 제외하고 주주에게 실제 귀속되는 이익액을 표현하기 위함이라 할 것인데, 손금에 산입되거나 익금으로 환입되는 준비금이 이러한 순손익액에 해당한다고 못 볼바 아닌 점 등의 제반사정을 종합하면 구 상증법 시행령 제56조 제3항 전문 규정이 조세법률주의에 반하는 것으로서 모법의 위임을 벗어난 것이어서 효력이 없다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분은 적법하고, 이와 반대의 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.
 3. 결론
 따라서, 원고의 청구는 이유 없어 주문과 같이 판결한다.
[별지 관련 법령 생략]

판사 김홍도(재판장) 박상현 성원제