양도소득세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2021.12.30 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 변호사 김오섭)
【피고, 피상고인】 남양주세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김영진 외 2인)
【원심판결】 서울고법 2017. 11. 17. 선고 2017누57846 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 원고는 2014. 4.경 의왕시 (주소 생략)에 있는 토지 및 주택을 양도하고, 2014. 6. 30. 피고에게 ‘고가주택에 대한 1세대 1주택 비과세 규정’을 적용하여 그에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다(이하 ‘이 사건 예정신고’라 한다).
 나. 피고는 원고가 주택의 양도가액을 허위로 신고하였다고 보고 ‘고가주택에 대한 1세대 1주택 비과세 규정’의 적용을 배제하여, 2015. 1. 5. 원고에게 양도소득세를 증액경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 증액경정처분’이라 한다). 
 다. 원고는 주택의 양도가액을 예정신고 당시보다 증액하는 한편 ‘고가주택에 대한 1세대 1주택 비과세 규정’을 다시 적용하여, 2015. 5. 6. 피고에게 양도소득 과세표준 확정신고를 하였다(이하 ‘이 사건 확정신고’라 한다). 또한 원고는 2015. 8. 10. 피고에게 이 사건 증액경정처분에 따른 과세표준과 세액을 이 사건 확정신고에 따른 과세표준과 세액으로 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다).
 라. 피고는 2015. 10. 16. ‘원고가 이 사건 증액경정처분이 있음을 안 날부터 90일이 지난 후에 이 사건 경정청구가 이루어졌다.’는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 2. 상고이유에 관한 판단 
 가. 구 소득세법(2016. 1. 19. 법률 제13797호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제1항 제1호는 부동산을 양도한 경우 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 양도소득 과세표준 예정신고를 하도록 규정하고, 제110조는 제1항에서 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5. 1.부터 5. 31.까지 신고하도록 규정하면서 제4항에서 “예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 있다.
 한편 구 소득세법 제111조 제1항, 제3항은 확정신고납부를 하는 경우 해당 과세기간의 과세표준에 대한 양도소득 산출세액에서 제107조에 따른 예정신고 산출세액, 제114조에 따라 결정·경정한 세액 등이 있을 때에는 이를 공제하여 납부하도록 규정하고, 제114조 제2항은 예정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 관할세무서장 등이 양도소득 과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있다.
 나. 위 각 규정의 내용과 체계 및 양도소득세 예정신고납부제도의 입법 취지 등을 종합하여 보면, 납세자가 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우에는 그 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸하고(대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두1609 판결 참조), 이에 따라 예정신고에 기초하여 그 과세표준과 세액을 경정한 과세관청의 증액경정처분 역시 효력을 상실한다고 보아야 한다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다. 
 (1) 양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 해당 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정된다.
 (2) 납세자는 예정신고를 이행한 경우에도 구 소득세법 제110조 제4항 단서, 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것) 제173조 제4항 제1호 내지 제3호에 해당하는 때에는 반드시 확정신고를 하여야 한다. 
 (3) 예정신고납부제도의 입법 취지는 소득의 발생 초기에 미리 세액을 납부하도록 함으로써 세원을 조기에 확보하고 징수의 효율성을 도모하며 조세 부담의 누적을 방지하려는 데 있다(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두22850 판결 등 참조). 
 (4) 종래에는 납세자가 예정신고를 하고 그에 따라 세액을 자진납부한 경우 납부할 세액의 일부를 산출세액에서 공제하는 혜택을 부여하다가 2010년부터는 예정신고를 하지 않은 경우 가산세를 부과하는 것으로 제도가 변경되었으나, 이는 예정신고납부의무의 성실한 이행을 담보하기 위하여 의무불이행에 대하여 제재를 가하는 것일 뿐이고, 이로써 예정신고에 과세표준과 세액을 종국적으로 확정하는 효력을 부여하였다고 보기는 어렵다. 
 (5) 구 소득세법은 제111조 제3항 등에서 확정신고납부를 하는 경우 예정신고 산출세액이나 예정신고한 세액을 증액경정한 세액이 있을 때에는 이를 양도소득 산출세액에서 공제하도록 규정함으로써 예정신고나 예정신고에 대한 증액경정처분이 있는 경우에도 확정신고가 유효하게 이루어질 수 있음을 전제하고 있다. 
 다. 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 이 사건 예정신고를 한 후 그와 다른 내용의 이 사건 확정신고를 하였으므로, 이 사건 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 이 사건 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸하였고, 이 사건 예정신고에 기초하여 이루어진 이 사건 증액경정처분 역시 효력을 상실하였다. 따라서 이 사건 경정청구는 그 대상이 없어 부적법하고, 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따른 경정청구기간이 지난 후에 이루어졌다는 점에서도 부적법하다(설령 이 사건 경정청구가 이 사건 확정신고에 대한 것이라고 하더라도, 이 사건 확정신고에 의하여 양도소득 과세표준과 세액이 확정되어 그 효력이 존속하고 있는 이상, 이 사건 확정신고에 따른 과세표준과 세액을 그와 동일한 내용으로 경정하여 달라는 청구는 허용될 수 없다). 결국 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다. 
 라. 원심이 이 사건 확정신고로 인하여 이 사건 예정신고 및 이에 대한 이 사건 증액경정처분에 따라 확정된 양도소득 과세표준과 세액이 흡수되어 소멸하였다고 볼 수 없다는 취지로 설시한 부분은 적절하지 않으나, 이 사건 처분이 적법하다고 판단한 원심의 결론은 정당하다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 민유숙(재판장) 조재연 이동원 천대엽(주심)

납세자가 양도소득 과세표준 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우, 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 소멸하는지 여부(적극) 및 예정신고에 기초하여 과세표준과 세액을 경정한 과세관청의 증액경정처분 역시 효력을 상실하는지 여부(적극)