비영리사업자로서 종교단체가 소속 선교사들 사용하기 위해 부동산을 취득한 경우 비과세 여부 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2007.11.22 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 이유란 중 제2의 다.(1)(가)항 중 "국·내외"(제3면 14행)를 "국내·외"로, 제2의 다.(3)(나)항 중 "2004. 4. 24.까지 총 21회 사용되었고, 구체적인 사용 내역을 보면, 선교사 후보생들이 훈련과 모임 등으로 10회"(제4면 16-17행)를 "2007. 8. 8.까지 총 27회 사용되었고, 구체적인 사용내역을 보면, 선교사 후보생들이 훈련과 모임 등으로 12회"로 각 고쳐 쓰고, [인정증거]란(제4면 마지막행)에 ‘갑 제11호증’을 추가하는 이외에는, 위 이유란의 제1, 2항 기재와 같으므로행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울행정법원 2007. 5. 25. 선고 2006구합46329 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 8. 16. 기독교 선교사의 파송, 훈련, 정보·전략 개발을 효과적으로 수행하는 데 기여함을 목적으로 설립된 사단법인으로, 원고의 목적 사업을 위해 2006. 9. 5. 이시영으로부터 서울 ○○○ 000동 30-2 제6동 제14층 6153호(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)를 증여받았다.
나. 원고는 피고에게 원고 소속 선교사들이 안식년이나 일시 귀국 시 거주지로 사용할 목적으로 이 사건 아파트를 취득하였으므로「지방세법」제107조제1호 및 제127조 제1항 제1호가 정한 취득세와 등록세 비과세 대상에 해당한다면서 취득세와 등록세의 면제를 요청하였으나, 피고는 이 사건 아파트가「지방세법」제107조제1호와 제127조 제1항 제1호에서 정하고 있는 비과세 대상 건물이 아니라는 이유로 거절하였다.
다. 원고는 2006. 9. 22. 피고로부터 이 사건 아파트에 대한 취득세 11,330,000원과 등록세 14,832,000원의 납세고지서를 발부받아 등록세는 2006. 9. 22., 취득세는 2006. 9. 27. 각 납부하였다(이하, 위 취득세와 등록세의 납세고지를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2, 갑 2, 5호증, 을 1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는「지방세법」제107조제1호 및 제127조 제1항 제1호가 정한 비영리사업자로서 종교단체에 해당하고, 이 사건 아파트는 원고 소속 선교사들이 안식년 및 일시 귀국 시 주거 공간 등으로 사용하기 위해 취득한 것으로 원고의 이 사건 아파트 취득은「지방세법」제107조제1호 및 제127조 제1항 제1호가 정한 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위해 부동산을 취득한 것에 해당하여 취득세 및 등록세가 비과세되어야 하는데도 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.
나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.
다. 인정사실

(1) 원고의 설립경위 및 목적

(가) 원고는 2006. 8. 16. 예수그리스도의 복음을 가지고 가난하고 병든 소외된 미전도 종족을 사랑하기 위해 선교사 파송, 훈련, 정보·전략개발을 효과적으로 수행하는 데 기여함을 목적으로 설립되었고, 본부는 서울 서초구 001동 919-4 00하우스 6층에 두고 있으며, 필요시에 국·내외에 지부를 설치할 수 있도록 하고 있다.
(나) 원고의 목적사업으로는 ① 선교사 파송, 관리 및 훈련, ② 선교 정보의 수집 교환 및 제공, ③ 00선교학교를 통한 무릎 선교사 양성, ④ 교회갱신을 위한 선교 세미나 및 선교대회, ⑤ 해외 선교단체간의 교류 및 NGO 사업지원, ⑥ 대학생, 청소년 기독선교학교, ⑦ 기타 본회의 목적 달성에 필요한 사항이다.
(2) 원고의 회원 자격 및 이 사건 아파트 증여 경위

(가) 원고의 회원 자격은 원고의 설립취지에 찬동하는 개인, 교회, 요나선교학교 수료자 및 선교단체로서 소정의 입회원서를 제출하여 승인을 얻은 자이다.
(나) 원고의 설립자는 이00외 14명이며, 그 중 이00이 2006. 9. 5. 이 사건 아파트를 원고에게 증여하였고, 이00은 이 사건 아파트를 증여하면서 ① 1차적으로 0 선교회가 필요로 하는 0 소속 선교사들을 위한 안식 공간을 제공하고, ② 2차적으로 0 선교회 소속 국제 또는 지역 대표, 간사, 선교사 후보생 등의 일시 귀국 시 단기 체류 공간, 컴 선교회 주관 행사 등에 초청되는 외국인 또는 재외 한국인 강사의 단기 체류 공간, 예외적으로 한국 0의 특별한 필요가 있을 때 특정인의 일시적인 체류 공간으로 사용되기를 희망하였다.
(3) 이 사건 아파트의 사용 현황

(가) 원고가 작성한 "0 안식관 사용안내"문에 의하면, ‘본 안식관은 0 선교회가 운영하는 곳으로 사용 용도는 다음과 같습니다. ▶ 안식년 중인 0 선교회 소속 선교사 가정, ▶ 일시 귀국한 0 선교회 소속 선교사 가정, ▶ 0 선교회 소속 각 지역 대표 간사 및 선교사 후보생, ▶ 0 선교회 주관 행사 초청 외국인, 재외 한국인 강사 및 한국학 교실 참여 학생, ▶ 0 선교회와 교류하는 선교단체 소속 선교사(단기 체류)’라고 기재되어 있다.
(나) 이 사건 아파트의 사용료는 무료이고, 이 사건 아파트 출입대장에 의하면, 이 사건 아파트는 2006. 11. 26.부터 2004. 4. 24.까지 총 21회 사용되었고, 구체적인 사용 내역을 보면, 선교사 후보생들이 훈련과 모임 등으로 10회, 비자 신청을 위해 일시 귀국한 선교사가 2회, 미국 0미션 관계자(이00)가 00선교학교에서 강의를 위해 2회, 미국 0미션 간사가 책자 발간을 위해 1회, 00둥지 훈련원에 소속된 사람들이 5회 사용하는 등 하였다.
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 2 내지 5호증, 갑 6호증의 1, 2, 갑 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1)「지방세법」제107조제1호, 제127조 제1항 제1호는 종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기 등을 하는 경우 취득세·등록세 등을 부과하지 않는다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용‘의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 참조).
특히 종교단체가 ‘그 사업에 사용’한다 함은 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 사용하거나 종교 활동을 위해 반드시 있어야만 하는 필요불가결한 중추적인 지위에 있는 사람의 주거용으로 사용하는 등 종교목적으로 직접 사용하는 경우를 의미한다고 보아야 하며, 만일 위와 같이 해석하지 않고 부동산의 취득·등기가 종교 활동에 관련된 경우에는 모두 취득세나 등록세 등이 비과세된다고 하면 그 범위가 지나치게 넓어져, 부동산의 취득·등기 중 종교단체가 그 사업에 사용하기 위한 것에 예외적으로 취득세나 등록세를 비과세하도록 하면서 만약 종교단체가 정당한 사유 없이 그 부동산을 그 용도에 직접 사용하지 않는 경우 등에는 취득세나 등록세 등을 부과하도록 규정한「지방세법」제107조제1호, 제127조 제1항 제1호의 규정의 입법취지에 어긋나기 때문이다.
(2) 이 사건에 관하여 보건대, 종교단체의 범위를 단지 예배, 찬양, 기도 등의 종교활동을 직접 목적으로 하는 단체로 한정할 수는 없고, 선교를 직접 목적으로 하는 원고와 같은 단체도 종교단체에 포함된다고 보더라도, 위 인정사실에서 본 바와 같이 컴 선교회 소속 각 지역 대표 간사, 컴 선교회 주관 행사 초청 외국인, 재외 한국인 강사 및 한국학 교실 참여 학생, 0 선교회와 교류하는 선교단체 소속 선교사도 이 사건 아파트를 이용할 수 있고, 실제로 이 사건 아파트는 선교사 후보생의 모임이 있을 때, 미국 0미션 관계자(이00)가 00 선교학교에 강의가 있을 때, 아랑둥지 훈련원 소속 사람들이 한국 0미션학교와 관련된 일이 있을 때 등 선교사 후보생이나 한국 0미션 관계자가 서울에서 일시 체류할 경우에 숙소로 사용되었는데, 이는 원고의 종교단체로서의 본질적 활동인 선교활동, 선교사 양성을 위한 교육 등에 이 사건 아파트가 직접적으로 또는 일상적으로 사용되었다고 보기보다는 선교 후보생들이 선교 교육 등을 받고 돌아와 휴식을 취하는 쉼터이자 기와침식(起臥寢食)을 위한 주거로 사용되거나, 원고와 관련된 단체에 소속된 사람들이 요나 선교학교에서의 강의, 책자 발간, 한국0미션 학교와 관련된 일 등을 위해 서울에서 일시 체류하는 동안에 휴식을 취하는 쉼터이자 기와침식(起臥寢食)을 위한 주거로서 주로 사용되고, 일부 종교적 활동을 위한 공간으로 사용되고 있다고 하더라도 이는 부수적인 정도에 그쳤다고 봄이 상당하다.
(3) 따라서 원고가 이 사건 아파트를 종교 사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기한 경우에 해당한다고 할 수 없어「지방세법」제107조제1호, 제127조 제1항 제1호에 의한 취득세와 등록세 등의 비과세 대상에 해당하지 않는다.
3. 결 론

그렇다면, 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

「지방세법」제107조(용도구분에 의한 비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다. 1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세)① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다. 1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

지방세법시행령

제79조 (비영리사업자의 범위)① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다. 1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체.

이 사건 아파트를 종교 사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기한 경우에 해당한다고 할 수 없어 지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호에 의한 취득세와 등록세 등의 비과세 대상에 해당하지 않음.