양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2008.05.29 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 
【피고, 피상고인】 성북세무서장
【원심판결】 서울고법 2006. 12. 1. 선고 2006누5412 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 본다.
 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 한다) 제99조의3 제1항은 거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하면서, 그 제1호에서 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우라는 제목으로, "2001. 5. 23.부터 2003. 6. 30.까지의 기간(이하 이 조에서 ‘신축주택취득기간’이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)"을 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법 시행령’이라 한다) 제99조의3 제3항은 구법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 대통령령이 정하는 주택으로, 그 제1호에서 "주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 ‘주택조합 등’이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 ‘잔여주택’이라 한다)으로서 신축주택취득기간 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택"을, 그 제2호에서 "조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다"고 각 규정하고 있다.
 구법 제99조의3 제1항 제1호가 ‘대통령령이 정하는 주택’을 잔여주택으로 한정하여 규정하고 있지는 아니한 점 및 구법 시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정 내용 등에 비추어 보면, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에는 조합원이 그 주택조합 등으로부터 취득하는 소위 조합원공급분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 것도 구법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 양도소득세 감면대상인 신축주택에 포함된다. 
 한편, 소득세법 제98조, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 취득시기는 자기가 건설한 건축물의 경우 사용검사필증교부일로 하되 사용검사 전에 사용승인(이하 ‘사용승인 등’이라 한다)을 얻은 경우에는 그 사용승인일로 한다고 규정하고 있다.
 위 소득세법의 규정 내용과 구법 제99조의3 제1항이 양도소득세 감면범위와 관련하여 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’이라고 규정한 점 등에 비추어 구법 제99조의3 제1항 소정의 취득일은 양도소득금액 계산의 기준이 되는 취득시기를 의미하는 것으로 보이는 점, 그리고 재개발조합의 조합원이 그 조합으로부터 취득하는 조합원공급분 주택은 자기가 건설하는 건축물과 실질적으로 동일한 점(대법원 1992. 6. 12. 선고 91누11087 판결 참조) 등을 종합하여 보면, 구법 제99조의3 제1항 소정의 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 조합원공급분 신축주택의 취득일은 그 사용승인 등을 받은 날로 봄이 상당하다. 
 원심이 적법하게 인정한 사실관계에 의하면, 원고는 상도제3구역주택재개발조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)의 조합원으로서 위 조합으로부터 취득한 조합원공급분인 원심 판시의 아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)에 대하여 신축주택취득기간 경과 후인 2003. 11. 사용승인을 받은 다음 2004. 4. 이를 양도한 사실 및 이 사건 조합은 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내인 2001. 11. 잔여주택에 대하여 매매계약을 체결하고 그 계약금을 납부받은 사실을 알 수 있는바, 앞서 본 법리 및 관계 법령에 의하면, 원고의 이 사건 아파트 양도는 구법 제99조의3 제1항 소정의 양도소득세 감면대상에 해당한다.
 그런데도, 원심은 원고가 이 사건 아파트를 양도할 당시 그 소유권을 취득하지 못하였다는 이유로 원고의 이 사건 아파트 양도가 구법 제99조의3 제1항 소정의 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는다고 판단하였으니, 이러한 원심에는 구법 제99조의3 제1항 소정의 양도소득세 감면에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 이홍훈(재판장) 김영란(주심) 김황식 안대희

[1] 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호에 정한 양도소득세 감면대상인 ‘신축주택’에 조합원공급분 주택이 포함되는 경우
[2] 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에 정한 양도소득세 감면대상으로서 조합원공급분 신축주택의 취득일(=사용검사필증 교부일 또는 사용승인일)

[1] 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정인 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항 제1호가 ‘대통령령이 정하는 주택’을 주택조합이나 재개발조합이 그 조합원에게 공급하고 남은 잔여주택으로 한정하여 규정하고 있지는 아니한 점, 같은 법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제3항 제2호의 규정 내용 등에 비추어 보면, 주택조합이나 재개발조합이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에는, 조합원이 그 주택조합이나 재개발조합으로부터 취득하는 소위 조합원공급분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 것도 위 법 제99조의3 제1항 제1호에 정한 양도소득세 감면대상인 신축주택에 포함된다.
[2] 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제4호의 규정 내용과 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항이 양도소득세 감면범위와 관련하여 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’이라고 규정한 점 등에 비추어, 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에서 말하는 취득일은 양도소득금액 계산의 기준이 되는 취득시기를 의미하는 것으로 보이는 점, 그리고 재개발조합의 조합원이 그 조합으로부터 취득하는 조합원공급분 주택은 자기가 건설하는 건축물과 실질적으로 동일한 점 등을 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에 정한 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 조합원공급분 신축주택의 취득일은 사용검사필증 교부일이나 사용승인일로 봄이 상당하다.