개발부담금부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2004.01.15 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
재산세
【주문】
1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.
가. 피고가 1997. 12. 3. 원고에 대하여 부과한 개발부담금 167,859,862,260원의 부과처분 중 157,668,812,431원을 초과하는 부분을 취소한다.
나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 피고의 항소를 기각한다.
3. 소송총비용은 이를 3분하여 그 중 2는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2, 8호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑제11호증의 1 내지 3, 갑 제46호증의 1 내지 14, 을 제1, 2호증의 각 1, 2, 을 제3, 7호증, 을 제4 내지 6호증의 각 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 더하여 보면 이를 인정할 수 있다.
가. 원고는 1987. 3. 10. 한국토지공사법에 의하여 설립된 정부투자기관(당시에는 ‘한국토지개발공사’였다)으로서 1990. 3. 31. 정부의 주택 200만호 건설정책에 따라 대단위 택지조성으로 수도권지역의 주택난 해소와 쾌적한 주거환경의 조성 및 다양한 주택수요에 부응할 목적으로 서울 도심 북서쪽 약 20km 지점에 위치한 고양시 일산읍 승포면 일대의 토지 15,727,000㎡에 대하여,택지개발촉진법 제8조에 의하여 사업기간을 같은 날부터 1995. 12. 31.까지로 하는 “고양ㆍ일산지구 택지개발사업”의 개발계획승인을 받았다(다만, 위 사업면적은 이후 수회에 걸친 개발계획승인 변경인가에 의하여 최종적으로 15,735,711㎡가 되었다).
나. 그 후 원고는 위 개발사업을 시행하여 그 중 1단계 사업구역 2,610,227.9㎡ 부분에 대하여는 1993. 12. 31.에, 2단계 사업구역 6,841,337.8㎡ 부분에 대하여는 1995. 3. 31.에, 3단계 사업구역 3,032,142.2㎡ 및 4단계 사업구역 3,252,003.1㎡ 부분에 대하여는 같은 해 12. 31.에 각 사업준공인가를 받았다. 한편, 원고는 위 각 사업지구를 공사 시행의 최소 단위인 공구별로 나누어 공사를 시행한 다음 공구별로 공사준공인가를 받았는데, 위 각 사업지구내의 공구별 공사준공일은 별지 제4목록의 ‘공사준공일’란 기재와 같다.
다. 피고는 1996. 6. 29. 위 개발대상 토지들 중 국ㆍ공유지를 제외한 분양택지 즉, 1단계 사업구역의 1,566,335.9㎡, 2단계 사업구역의 4,037,820.7㎡, 3, 4단계 사업구역의 2,232,968.3㎡, 합계 7,837,124.9㎡(이하 편의상 이 사건 부과대상토지라고만 한다)에 시행한 개발사업에 대하여 구 개발이익환수에관한법률(1993. 6. 11. 법률 제4563호로 개정된 것, 이하 ‘법’이라고만 한다)의 관련규정을 적용하여 원고에게 개발부담금 179,257,072,360원을 부과ㆍ고지하였다가, 1996. 9. 2. 일부 토지의 개시시점지가 산정상의 착오를 시정하여 개발부담금액을 179,256,500,240원으로 감액 경정한 뒤 이를 원고에게 고지하였고(이하 1996. 6. 29.자 개발부담금 부과처분 중 위 감액경정 처분에 의하여 취소되지 않고 남은 개발부담금 179,256,500,240원의 부과처분을 편의상 ‘당초 처분’이라고 한다), 원고는 1996. 12. 28. 피고에게 위 179,256,500,240원을 전액 납부하였다.
라. 위 처분의 개발부담금 및 개발비용의 산정내역은 별지 제1, 제2목록의 각 ‘당초 처분’란 기재와 같은데, 피고는 이 사건 부과대상토지 중 준공인가 전에 주택건설업자들에게 분양되거나 이들에 의해 주택건축이 시작된 토지에 대하여 개발사업의 준공 전 부과종료시점을 인정하는 예외규정인법 제9조 제3항 제2호,시행령 제8조 제1항 제1호,제2항 제1,2호를 적용하여 부과종료시점을 최초 1회분 대금 납입일 또는 건축착공신고일로 하여 부과기간 동안의 정상지가상승분을 181,755,655,208원으로 계산하고 이에 터잡아 이 사건 처분의 개발부담금액을 산정하였다.
마. 한편, 원고는 1996. 8. 10. 당초 처분 중 부과대상토지의 범위, 부과종료시점의 적용, 개발비용의 산정내역 등이 위법하다고 주장하면서 당초 처분의 취소를 구하는 행정심판청구를 제기하였는데, 이에 대하여중앙토지수용위원회는 1997. 3. 28. 부과대상토지에 포함된지방자치단체에 기부하는 주차장 부지 6필지 29,825.1㎡를 종료시점지가 및 개시시점지가의 산정면적에서 제외하고, 순공사비 내역에서 빠진 직원들의 인건비ㆍ복리후생비 및 확정측량비를 순공사비에 산입하며, 개발비용 중 기타경비 항목으로 분류되었던 2단계 쓰레기소각장 설치비, 공공시설부담금의 항목으로 처리되었던 하수종말처리장, 진입도로, 대화배수처리시설, 쓰레기처리시설공사비를 순공사비 항목으로 조정하며, 재부과시까지 원고가 지출하거나 지출할 것이 확정된 사인시스템 및 가로시설물 제조ㆍ설치공사비, 수목ㆍ잔디관리공사비를 순공사비에 산입하여 개발부담금을 재산정하여야 한다고 하면서, 이에 따른 정당한 개발부담금액을 산정하기 곤란하다는 이유로 당초 처분 전체를 취소하는 재결(갑 제2호증)을 하였다.
바. 그러자 피고는 1997. 12. 1. 위 재결의 취지에 따라 위 개발사업에 대한 개발부담금을 재산정하여 개발부담금액을 167,859,862,260원으로 결정한 다음, 원고에게 당초 처분에 의하여 부과된 개발부담금 179,256,500,240원에서 위 결정금액을 공제한 나머지 11,396,637,980원을 환급하겠다는 취지의 통지를 하면서, 그 통지서(갑 제3호증의 1)에 새로이 산출한 개발부담금액 및 그 산출근거 등이 자세히 명시된 개발부담금 재산정내역서(갑 제3호증의 2)를 첨부하였고, 위 통지서는 1997. 12. 3. 원고에게 송달되었는데, 위 환급금 지급통지서에 의한 개발부담금 및 개발비용 산정내역은 별지 제1, 제2목록의 각 ‘환급통지시 처분’란 기재와 같다(이하 피고의 위 1997. 12. 1.자 개발부담금 167,859,862,260원의 결정통지를 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 부과종료시점에 대하여

(1) 당사자의 주장

(가) 원고의 주장

① 개발사업의 준공 전 부과종료시점을 인정하는 예외조항인시행령 제8조 제1항이 적용되려면, 그 전제로서 당해 사업지구 내 토지에 대한 절토, 성토 등 부지정지공사 뿐만 아니라 도로ㆍ상하수도ㆍ전기시설 등 기간시설공사 등이 마쳐짐으로써 더 이상의 가공공정이 필요치 않고 택지사용에 어떠한 물리적 제한이 없을 정도로 개발부담금 부과대상사업의 개발이 사실상 완료되어야 하는데, 이른바 합동택지개발방식에 의한 이 사건 개발사업의 경우, 원고는 아직 개발이 완료되지 않은 시점에서 주택건설사업자들에게 분양택지를 선분양하고 이들에 의하여 택지개발과 동시에 주택건설이 이루어진 것이므로, 위 선분양에 의하여 대금 일부가 지급되었다거나 건축공사를 위한 착공신고서가 제출되었다는 사실만으로는 사실상 택지로서의 개발이 완료되었다고 할 수 없어 위 예외조항이 적용된다고 할 수 없고,법 제9조 제3항본문의 원칙규정으로 돌아가 위 택지개발사업의 각 사업단계별 준공인가일을 부과종료시점으로 보아야 한다.
② 장기할부조건부 매매에 있어 양도의 시기를 정한구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제13456호로 개정되기 전의 것) 제53조 제2항에 의하면 양도의 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 양도일로 보아야 하므로, 원고가 주택건설사업자들과 선수협약을 체결하고 이에 따라 택지를 가분할하여 주택건설사업자들에게 선분양한 뒤 준공인가를 받은 후에 실제 분양면적을 확정하여 그 증감에 따른 대금정산을 하였던 이상 위 선분양 택지의 양도일은 첫회 부불금의 지급일이 아닌 각 필지별 분양택지의 권리범위가 확정된 준공인가일이라고 보아야 한다.
③ 가사 그렇지 않다고 하더라도 원고는 위 택지개발사업을 시행함에 있어 각 사업지구를 공사시행의 최소 단위인 공구별로 나누어 시행하였으므로, 피고는 위 각 사업지구의 공구별로 사실상 택지로서 개발이 완료된 시점인 공구별 공사준공일을 기준으로 하여 그 이전에 선분양된 토지의 경우에는 공구별 공사준공일을 부과종료시점으로, 공구별 공사준공일 이후에 분양된 택지의 경우에는 그 분양으로 인한 최초 1회분 할부금 납입일과 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일을 부과종료시점으로 정하여 그 정상지가상승분을 산정하여야 한다.
④ 원고는 토지만을 개발하는 사업시행자로서 부과대상토지의 전부 또는 일부를 개발사업의 목적용도로 사용하는 경우가 있을 수 없어, 법 시행령 제8조 제1항 제1호 나목에서 정한 부과종료시점인 건축공사 착공신고일을 부과종료시점으로 인정할 수 없을 것이므로, 피고가 이와 달리 이 사건 토지의 부과종료시점을 정하여 정상지가상승분을 산정한 이 사건 처분은 위법하다

(나) 피고의 주장

① 이 사건 처분 당시에는 이미 택지개발사업이 사실상 완료된 상태였으므로 이 사건 처분은 적법하고, 가사 그렇지 않다고 하더라도 원고의 주장대로 공구별 공사준공일에 공구별 개발사업이 사실상 완료되었다고 본다면 모든 사업지구에 대하여 일괄적으로 공구별 공사준공일을 부과종료시점으로 인정하여 이를 기준으로 정상지가상승분을 계산하여야 한다.
② 만일 원고의 주장대로 공구별 공사준공일 이전에 잔대금지급일 또는 착공신고일이 도래한 토지에 대하여 그 각 공구별 공사준공일을 개발부담금의 부과종료시점으로 본다면 그 부과종료시점이 잔대금지급일 또는 착공신고일 등의 처분일에서 공사준공일로 변경되는데, 위와 같이 처분일을 종료시점으로 보지 않는 경우 종료시점지가는 처분가액에 종료시점까지의 정상지가상승분을 더한 가액으로 하거나 또는 감정가액에 의하여 산정되어야 한다.
(2) 인정되는 사실

아래와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증, 갑 제4 내지 10호증, 갑 제18호증의 1 내지 10, 갑 제39호증의 1 내지 88, 갑 제42호증의 1 내지 6, 갑 제50호증의 1 내지 3, 갑 제52호증 내지 갑 제57호증, 갑 제59호증의 1 내지 3, 을 제8 내지 15호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 또는 영상, 제1심 증인이영제,조동창의 각 일부 증언에 변론의 전취지를 더하여 보면 이를 인정할 수 있다.
(가) 원고는 위 고양ㆍ일산지구 택지개발사업의 개발계획승인을 받은 다음 개발대상 토지를 1단계 2,610,227.9㎡, 2단계 6,841,337.8㎡, 3단계 3,032,142.2㎡, 4단계 3,252,003.1㎡의 4개 사업구역으로 나누어 그 개발사업을 시행하는 한편, 원고의 용지규정(갑 제5호증) 제26조의 2, 택지합동개발시행지침(갑 제4호증) 제8조에 의거 택지의 공급과 수요를 연계하여 사업시행 초기에 택지의 수요자인 공공기관 또는 주택건설사업자를 참여시킴으로써 택지개발과 주택건설을 동시에 추진하는 택지개발방식인 이른바 ‘합동개발방식’을 채택함으로써 택지조성사업이 완료되는 경우 이에 대한 준공인가를 받기 전이라도 위 택지를 주택건설사업자들에게 선공급하기로 하고,대한주택공사 등 주택건설사업자들과의 사이에 미리 용지매도를 위한 선수협약(갑 제42호증의 1 내지 6)을 체결하여 일부 선수금을 수령하기도 하였다.
(나) 그 후 원고는 위 선수협약에 의하여 각 단계별 사업준공일 전인 1990. 6. 26.경부터 주택건설사업자들에게 미리 개발택지 중 고양시백석동 1228 외 4,111필지 1,845,634.7㎡를 분양하면서, 그 대금을택지개발촉진법 제18조,한국토지개발공사법 제18조에 따라 건설부장관의 공급가격결정 승인 및 토지처분심의위원회의 심의를 거쳐 택지조성이 완료된 것을 전제로 평가한 각 용지별 가격으로 하되, 주택사업자들로부터 지급받은 선수금을 분양대금으로 대체하고 나머지 잔대금은 3회 이상 분할하거나 1년 이상의 기간을 두고 이를 지급받기로 약정하였다. 또한, 일부 주택건설업자들은 1990. 10. 17.경부터 각 단계별 사업준공 전까지 사이에 피고로부터 건축이 가능한 택지에 관하여 건축허가를 받아 건축착공신고서를 제출하고 주택신축공사에 착수한 바 있는데, 그 중 같은 동 1191 외 164필지 3,515,207㎡에 관하여는 원고로부터 택지를 분양받거나 혹은 원고에게 최초 제1회 대금을 지급하기 이전에 공사가 시작되었다. 한편, 주택신축공사가 시작된 위 택지들 중에는 원고가 수용재결에 의하여 소유권을 취득하지 못한 토지도 일부 포함되어 있었다.
(다) 피고는 이 사건 개발부담금을 산정함에 있어, 부과종료시점을 준공인가 전에 분양된 위 1,845,634.7㎡의 부과대상토지들에 대하여는 최초 1회분 대금 납입일, 주택신축공사가 개시된 위 3,515,207㎡의 부과대상토지들에 대하여는 건축착공신고일, 그 밖의 부과대상토지에 대하여는 위 단계별 사업준공인가일로 보고 그때까지의 정상지가상승분을 산정하였다.
(라) 그런데, 원고와 주택건설사업자간에 체결된 공급주택지공급협약서, 용지매매계약서(갑 제7호증의 1 내지 6, 을 제13호증의 5 내지 7, 을 제14호증의 2, 4 내지 7, 9 내지 12, 을 제15호증의 4 내지 13)에 의하면, 사업시행자인 원고는 부지정지를 위한 토공사, 이에 필요한 표면배수 처리시설, 간선배수로, 법면 등 기본적인 시설의 설치공사인 용지의 조성공사를 담당하고, 분양대상자는 분양토지와 접한 도로 부대시설인 대지경계석, 가로수분, 보도블록 등을 시공할 수 있도록 되어 있으며, 또 사업시행자가 합동개발방식에 따라 주택건설사업자에게 공급하는 토지의 대금은 계약금 납부 후 몇 차례 중도금을 납부하고 그 잔대금은 당해 토지의 사용가능시기에 납부하여야 하는바, 이때 당해 토지의 사용가능시기라 함은 해당 필지에 대한 용지 취득 및 공사진척상황으로 보아 건축공사착공이 가능하다고 원고가 정하는 시기를 말하고, 사용가능시기가 정해진 대금납부기일보다 먼저 도래하는 경우에는 주택건설사업자는 즉시 착공에 들어가며 미납 잔대금 전액을 지급하고, 잔대금 미지급시에는 잔금에 대한 이자를 지급하여야 하는 것으로 되어 있으며, 준공 후 분양택지 면적의 증감이 있는 경우 그 증감분에 대하여 계약체결 당시의 매매단가에 의하여 정산을 하도록 규정되어 있다.
(마) 이 사건 토지들 중 일부 토지들에 대하여는 건축허가 여부를 결정하는 과정에서 피고 측에서 현장확인을 하지는 않고 원고로부터 건축허가를 하여도 좋다는 취지의 회신만을 받고 건축허가를 하였는데, 이 사건 택지개발사업과 같이 택지의 개발과 건축물의 시공이 동시에 이루어지는 택지합동개발지침에 따른 개발사업의 경우, 사업지구내 토지상의 건축물에 대한 건축허가는 택지로서의 개발이 완료되었는지 여부와는 무관하게 택지개발업자가 승인만 해주면 피고는 건축허가를 하였다. 한편, 1993. 2. 24.경 도시계획 도면제작(항공측량 및 상황판 제작)을 위하여 촬영된 항공사진상 부지조성이 상당 부분 이루어진 상황이었고, 이 사건 택지를 분양받아 아파트건축공사를 시행하던 주택건설사업자들은 1991. 3.경부터 같은 해 11.경까지 사이에 아파트공사의 일부분을 완성하고 피고에게 중간검사를 신청하기도 하였으며, 1992. 8.경에는 위 사업지구 내 일부 아파트에 대한 입주가 시작되기도 하였다.
(바) 이 사건 택지개발사업은 상하수도 시설 등 기부시설 등으로 인정된 부분을 제외하고는 크게 부지조성공사, 가로등공사, 조경공사, 기타 부대공사 등으로 나뉘어 시행되었고 그 공사비는 공구별 기성고에 따라 여러 차례에 걸쳐 나누어 지급되었는데, 이러한 기성대금의 지급정도에 따라 공사진행률을 계산할 경우, 피고가 이 사건 처분 당시 인정한 부과종료시점의 부지조성공사가 50%에도 미달한 상태에 있었던 토지가 상당수 있었으며, 부지조성공사의 준공검사일 이후에도 조경공사 등의 공사를 추가로 시행한 다음 단계별 개발사업의 준공인가를 받게 되었다.
(사) 원고는 위와 같이 택지개발사업이 완료되지 않은 토지를 사전에 분양하면서 준공 후 분양택지 면적의 증감이 있는 경우 그 증감분에 대하여 계약체결 당시의 매매단가에 의하여 정산을 하도록 한 규정에 따라, 면적의 증감이 발생한 토지에 대하여 확정된 면적에 대한 용지매매변경계약을 체결하고, 대금을 정산하기도 하였다.
(3) 판단

(가) 부과종료시점

법 제9조 제3항 제2호,시행령 제8조 제1항 제1호,제2항 제1,2호및구 소득세법 시행령 제53조 제1항 제3호는, 원칙적으로 관계 법령에 의하여 국가 또는지방자치단체로부터 개발사업의 준공인가 등을 받은 날을 개발부담금의 부과종료시점으로 하고, 다만 납부의무자가 개발사업의 목적용도로 사용을 개시하거나 타인에게 분양 등 처분하는 경우로서, 토지만을 개발하는 개발사업의 경우 사실상 개발이 완료된 토지를 타인에게 양도한 때에는 대금청산일인 잔대금납입일을(다만 장기할부조건의 양도의 경우 첫회 부불금의 납입일, 이하 잔대금납입일로만 기재한다), 건축물을 건축하는 등으로 토지의 사용을 개시하는 때에는건축법 제16조의 규정에 의한 착공신고일을 각 부과종료시점으로 보도록 규정하고 있는바, 이와 같이 토지만을 개발하는 개발사업에 있어 준공인가 등을 받은 날 이전의 시점을 부과종료시점으로 보기 위해서는법 제9조 제3항 제2호,시행령 제8조 제1항 제1호,제2항 제1호,제2호의 규정에 따라,구 소득세법 시행령 제53조의 규정에 해당하게 된 날 또는건축법 제16조의 규정에 의한 착공신고를 한 날 당시에 당해 토지에 대하여 사실상 개발이 완료되어야 하고, 만일 그 당시까지 사실상 개발이 완료되지 아니한 경우에는 그 이후 사실상 개발이 완료된 날이 그 부과종료시점이 된다 할 것이다(대법원 2000. 6. 23. 선고 97누19328 판결,2002. 1. 22. 선고 99두8923 판결등 참조).
한편, 택지조성을 완료한 후 타에 분양하는 방식과는 달리 이 사건에 있어서와 같은 합동개발방식에 의한 택지개발사업에 있어서는 공사의 중복을 방지하고 주택건설기간을 단축하기 위하여 택지조성이 완료되기 전에 미리 주택건설사업자 등에게 택지를 선공급하고, 그 후 택지개발사업자가 택지를 선공급받은 주택건설사업자 등과 함께 택지개발사업의 남은 부분을 수행하므로, 합동개발방식에 의하여 택지개발사업을 할 경우에 있어서 택지개발사업자가 주택건설업자 등에게 장차 조성될 택지를 선공급하고 그 분양잔대금을 모두 지급받았거나, 주택건설업자 등이 건축공사에 착공하였다 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이로써 곧 그 택지가 잔대금납입일 또는 착공신고일 당시에 사실상 개발이 완료되었다고 볼 수는 없다.
따라서 준공인가일 이전에 택지의 사용을 개시하거나, 택지를 분양하는 등으로 처분한 토지의 경우, 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일 이전에 사실상 개발이 완료되었다면 그 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일이 개발부담금의 부과종료시점이 되고, 그 당시까지 사실상 개발이 완료되지 않았다면 사실상 개발사업이 완료된 날이 개발부담금의 부과종료시점이 된다고 할 것이므로, 결국 피고가 이 사건 처분 당시 부과종료시점으로 인정한 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일 당시에 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료되었는지의 여부에 따라 부과종료시점에 관한 이 사건 처분의 적법 여부가 결정된다고 할 것이다.
(나) 준공인가일의 부과종료시점 여부

이 사건 택지개발사업의 준공인가일 이전에 사실상 개발이 완료된 점은 아래에서 보는 바와 같은바, 준공인가일 전에 사실상 개발이 완료된 토지가 분양 등으로 처분되거나 목적에 따른 사용이 개시된 경우에는 준공인가일 전이라도 개발부담금의 부과종료시점이 도래하였다고 보아야 함은 앞서 본 바와 같으므로, 비록 일부 공사가 이 사건 택지개발사업의 사실상 개발완료일 이후에 이루어졌다고 하더라도, 그러한 사정만으로 곧 이 사건 토지의 부과종료시점을 일률적으로 준공인가일로 보아야 한다고는 할 수 없으므로, 이 사건 택지개발사업의 준공인가일을 부과종료시점으로 보아야 한다는 취지의 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
(다) 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료된 시점

① 사실상 개발완료일이 문제가 되는 토지

㉮ 원고는 이 사건 택지개발사업이 각 공구별 공사준공일에 사실상 그 개발이 완료되었음을 전제로 하여, 그 이전에 분양되거나 건축공사에 착공된 토지에 대한 부과종료시점에 대하여는 각 공구별 공사준공일을 부과종료시점으로 주장하면서, 위 각 공구별 공사준공일 이후에 분양되거나 공사에 착공된 토지 및 이 사건 택지개발사업의 준공인가일까지 처분되지 아니한 토지들에 대한 부과종료시점에 대하여는 피고가 부과종료시점으로 인정한 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일 및 준공인가일을 그대로 부과종료시점으로 인정하고 있으므로, 결국 원고가 주장하는 각 공구별 공사준공일 이전에 분양되거나 공사에 착공한 토지들만이 그 각 사실상 개발완료일을 피고의 이 사건 처분과 같이 분양 또는 공사착공일로 볼 것인지 아니면 원고의 주장과 같이 각 공구별 공사준공일로 볼 것인지에 따라 그 부과종료시점이 달라지고, 그 각 부과종료시점은 어느 경우에나 모두 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료된 날 이후가 된다.
그렇다면 이 사건 토지의 부과종료시점은 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료된 날 이후가 되는 이상, 비록 사후에 정산과정을 거쳤다고 하더라도 그 각 부과종료시점 당시 이 사건 토지는 이미 완성 또는 확정된 것이라고 보아야 할 것이고, 따라서 이 사건 토지 중 준공인가일 이전에 양도한 토지들이 완성 또는 확정되지 아니하였으므로 그 양도시기도 준공인가일로 보아야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.
㉯ 한편, 피고는, 원고의 주장과 같이 각 공구별 공사준공일을 사실상 개발완료일로 보아 정상지가상승분을 계산하려면, 개별 토지들이 실제로 처분되었는지에 관계없이 모두 그 각 공구별 공사준공일을 기준으로 하여 일괄적으로 정상지가상승분을 계산하여야 한다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 법 및 시행령에서, 개발부담금을 산정함에 있어서의 부과종료시점은 개발사업의 준공인가일을 원칙으로 하고, 다만 준공인가일 이전에 개발사업자가 개발사업의 목적용도로 사용을 개시하거나 타인에게 분양 등 처분하는 경우로서 사실상 개발이 완료된 토지를 양도하는 경우에만 잔대금납입일 또는 착공신고일을 부과종료시점으로 인정할 수 있다고 규정하고 있으므로, 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료되었다는 사정만으로 곧 부과종료시점이 도래하였다고는 할 수 없고, 사실상 개발이 완료된 토지라 하더라도 준공인가일 이전에 실제로 타인에게 양도를 하고 그 대금(할부금 포함)을 수령하였거나, 건축물의 착공신고를 한 경우에만 준공인가일 이전의 시점을 부과종료시점으로 인정할 수 있을 것이므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
② 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료된 시점

㉮ 피고는, 1993. 2. 24. 촬영된 항공사진상 제1단계 사업지구는 아파트단지가 거의 완공되었고 아파트가 건축되지 아니한 일부 택지에 대한 택지조성사업도 모두 마무리되었음을 확인할 수 있고, 경기도와 고양시에서는 1992. 1. 15. 및 같은 달 30.경에 건설부장관이 한 사업추진 촉구에 따라 1992년에 제1단계 사업지구에 입주하는 신도시 입주민들을 대상으로 한 적극적인 행정조치를 취하기 시작하였으며, 실제로 1992년에 제1단계 사업지구내인 마두동, 백석동 등에 이미 많은 주민이 입주하여 거주하기 시작한 점 등에 비추어 보면, 제1단계 사업지구의 택지조성사업은 위 항공사진 촬영 당시인 1993. 2. 24.에는 이미 택지개발사업이 사실상 완료된 것으로 보아야 하고, 나아가 제2단계 및 제3, 4단계 사업지구 역시 1993. 2. 24.의 항공촬영에 의하여 아파트단지 건축이 상당한 정도로 진행된 사실을 확인할 수 있는 점 및 그 각 사업지구내에 있는 주엽동, 장항동 등에 1993년부터 1995년에 걸쳐 수많은 세대의 주민이 입주하여 거주한 점에 비추어 원고가 이 사건 제2, 3, 4단계 사업지구에 대한 택지개발사업을 그 각 준공인가일 이전에 사실상 완료하였다고 보아야 하고, 수분양자들이 그 잔대금청산 이전에 위와 같이 사실상 개발이 완료된 토지에 건축물을 건축하는 등 토지의 사용을 개시하였으므로, 결국 피고가 이 사건 처분 당시 정한 부과종료시점은 정당한 것이라고 주장한다.
살피건대, 을 제8호증의 1 내지 3, 을 제12호증의 1 내지 9, 을 제19호증의 1, 2, 을 제20호증의 1 내지 5의 각 기재, 제1심 증인조동창의 일부 증언에 의하면, 1993. 2. 24. 이 사건 사업지구에 대한 항공사진 촬영 당시 상당 부분의 부지조성공사가 이루어진 사실, 제1단계 사업지구 내의 아파트에는 1992년경부터 일부 주민들이 입주하여 거주하기 시작한 사실, 이 사건 토지를 공급받은 건설업자들이 1993. 7.경부터 아파트 건설을 위한 공사를 시작하여 1993. 10.경에는 일부 중간검사를 받기도 한 사실은 인정되나, 한편, 앞서 본 바와 같이 이 사건 택지개발사업이 합동개발방식에 의한 것으로서 사실상 개발이 완료되지 않은 상태에서 선분양이 이루어졌고, 그와 같이 분양 등이 이루어진 이후에도 계속하여 부지조성공사 등이 시행된 점, 이에 따라 피고가 주장하는 부과종료시점 이후 단계별 준공인가일까지도 원고가 이 사건 택지개발공사를 시행하면서 공사비용을 투입하였고, 피고 역시 위 기간 동안에 지출된 비용을 개발비용으로 인정하여 개발부담금 산정시 이를 공제하기도 한 점, 이 사건 택지개발사업 중 부지조성공사대금이 여러 차례에 걸쳐 지급되었으며, 준공검사결과 이 사건 개발사업에 대한 부지조성공사는 공구별 준공일에 사실상 완료되었던 점, 위 부지조성공사가 완료된 이후에도 조경공사 등이 별도로 시행된 점, 피고가 부과종료시점으로 인정한 당시를 기준으로 한 부지조성공사의 진행률(기성대금 지급정도에 따라 산정한 것)이 50%에 미달한 토지도 상당수 있는 점 등 이 사건 변론에 나타난 제반사정에 비추어 보면, 위 각 인정사실만으로는 피고가 주장하는 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일 당시에 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료되었다고 인정할 수는 없을 것이다.
㉯ 오히려 위와 같은 이 사건 택지개발사업이 합동개발방식에 따라 시행된 점, 피고가 주장하는 부과종료시점 이후에도 개발사업이 진행되고, 그에 따라 지출된 개발비용이 개발부담금 산정 당시 공제된 점, 이 사건 단계별 사업은 각 공구별로 나누어 나누어 개발사업이 진행되었고, 그에 따라 준공검사 및 기성대금도 공구별로 별도로 지급된 점 및 부지조성공사가 완료된 이후에도 조경공사 등이 계속 진행된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 택지개발사업은 부지조성공사에 대한 준공검사가 이루어진 시점인 각 공구별 공사준공일에 사실상 개발이 완료되었다고 봄이 상당할 것이고, 따라서 피고가 이 사건 처분 당시 부과종료시점으로 인정한 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일 당시에 부지조성공사 진행률이 상당한 정도에 이른 토지가 일부 있다고 하더라도, 그러한 사정만으로 곧 그 토지의 부지조성공사 등 개발사업이 사실상 완료되었다고 인정할 수는 없다고 할 것이다.
(라) 개발부담금의 부과종료시점

앞서 본 바와 같이 이 사건 택지개발사업이 그 각 공구별 공사준공일에 사실상 개발사업이 완료되었다고 보아야 하는 이상, ① 이 사건에서 위 공구별 공사준공일 이전에 잔대금지급일 또는 착공신고일이 도래한 토지의 경우에는 그 각 공구별 공사준공일이 개발부담금의 부과종료시점이 되고, ② 각 공구별 공사준공일 이후에 택지 등을 처분하여 그 잔대금지급일 또는 착공신고일이 도래한 경우에는 그 잔대금지급일 또는 착공신고일이 개발부담금의 부과종료시점이 되며, ③ 이 사건 택지개발사업의 단계별 사업준공일까지 분양 등이 이루어지지 않고 원고의 소유로 그대로 남아 있는 토지의 경우에는 단계별 사업준공일(1단계는 1993. 12. 31., 2단계는 1995. 3. 31. 3, 4단계는 각 1995. 12. 31.)이 개발부담금의 부과종료시점이 된다고 할 것이다(따라서 ①항의 경우만 이 사건 처분과 그 부과종료시점이 서로 다르다).
(마) 부과종료시점의 지가

법 제10조 제2항은 개발부담금 부과대상 토지를 분양등 처분함에 있어서 그 처분가격에 대하여 국가나지방자치단체의 인가등을 받는 경우 등 대통령령이 정하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 처분가격을 종료시점지가로 할 수 있다고 규정하고 있고,법 시행령 제9조 제1항은법 제10조 제2항에서 “대통령령이 정하는 경우”로, 택지개발촉진법령에 의하여 택지의 공급가격결정방법 등에 대하여 건설교통부장관 또는지방자치단체의 장의 승인을 얻은 경우(제3호),한국토지개발공사법 제16조의 규정에 의하여 한국토지개발공사가 매입하여 개발한 토지의 분양가가 결정된 경우(제6호)를 규정하고 있으며, 한편, 갑 제4호증, 갑 제18호증의 1 내지 10의 각 기재에 변론의 전취지를 더하여 보면, 원고의 ‘택지합동개발시행지침’은 합동개발방식의 경우 개발토지의 분양가를 감정가격에 의하여 결정하도록 하되, 감정가격은 개발이 완료되었을 것(공사준공)을 전제로 하여 한 감정가격을 기초로 하여 분양가격을 결정하도록 규정하고 있는데, 원고는 이에 따라 이 사건 토지에 대하여 조성공사가 완료된 상태를 상정하여 감정평가를 실시한 다음 그 감정가격에 기초하여 이 사건 토지의 분양가를 책정하여 분양한 사실을 인정할 수 있다.
그렇다면, 원고는 이 사건 토지에 대한 개발사업이 완료되었을 것을 전제로 하여 사실상 사업준공일까지 상승하게 되는 지가상승분을 이미 감안하여 그 처분가격을 결정한 것이라고 할 것이고, 따라서 이 사건 토지의 처분가격은 그 부과종료시점이 실제 처분일에서 사실상 개발완료일로 변경되었다고 하여 부과종료시점의 지가를 새로이 산정할 필요가 없다고 할 것일 뿐더러, 개발이익은 개발사업자에게 귀속되는 토지가액의 증가분을 의미하는 것이므로 이 사건 토지의 처분일 이후에 토지 가액의 증가분이 발생한다고 하더라도 이는 개발사업자에게 귀속되는 것이 아니어서 그 증가분을 개발사업자인 원고에게 개발부담금으로 부과할 수도 없다고 할 것이므로, 부과종료시점의 변경에 따른 지가상승분을 이 사건 토지의 정상지가상승분 산정에 참작하여야 한다는 취지의 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.
(바) 정상지가상승분의 산정

위 (라)항 기재와 같은 방법에 따라 개별 토지들에 대하여 공구별 공사준공일을 기준으로 하여 구체적인 부과종료시점을 결정한 다음 단계별 정상지가상승분을 산정하면 별지 제4목록의 ‘정상지가상승분’란 기재와 같은 액수가 되는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 결국 이 사건 토지에 대한 정상지가상승분은 위 각 단계별 정상지가상승분을 합한 215,265,898,895원이 된다.
나. 개발비용 산정에 대하여

(1) 원고의 주장

① 이 사건 개발부담금을 산정함에 있어 개발비용 중 기타 경비 등으로 처리된 상수도공사비 54,755,257,453원, 장항배수펌프장공사비 16,856,946,000원, 군사대비 소요자금 43,422,805,470원, 하수종말처리장공사비 중 17,791,595,390원, 일산선 지구내 전철사업비 229,415,000,000원 등 광역적 기반시설 설치공사비 합계 362,241,604,313원은 이 사건 택지개발지구 자체의 존립을 위한 간선시설비용으로, ② 개발비용 산정에서 제외된 사인시스템 및 가로시설 제작ㆍ설치공사비 1,223,430,136원, 수목ㆍ잔디관리공사비 1,512,127,000원, 합계 2,735,557,136원은 사업준공 전에 발주되어 지출이 확정된 것이거나, 사업준공 이후에도 지속적인 관리가 필요하여 조경공사의 일부로 계약이 체결되어 그 기성에 따라 비용이 지급된 것이므로 부과종료시점 이후 계속 사업시행하는 공사비로, ③ 개발비용 중 기타 경비로 분류된 교통신호기 설치공사비 3,368,000,000원은 도시기반시설비용으로, ④ 개발비용에서 제외된 농어촌특별세 4,172,972,042원은 특별부가세 감면과 관련된 제세공과금으로, ⑤ 같은 종합토지세 12,728,726,123원은 위 택지개발사업의 시행과 관련하여 당해 개발택지에 대하여 납부한 제세공과금으로, ⑥ 같은 용지부대비 7,755,150,200원은 개발사업에 공하여지는 토지를 매입하거나 개발사업구역 안의 건물, 입목 등을 이전, 철거하는 과정에서 택지개발사업과 관련하여 필요 불가결하게 지출된 각종 공과금, 등기소송비 등이어서 재료비로서 각 순공사비에 산입되어야 하고, ⑦ 같은 호수공원관리비 등 1,622,000,000원은 피고가 위 사업지구 내의 인가조건에 의하여 설치된 공공시설물인 호수공원 등의 인계를 지연하면서 원고에게 관리를 요구하여 부득이 피고와의 협의 하에 시설물 유지관리비, 도로유지관리 장비구입비 등으로 집행된 것이어서시행령 제10조 제1항 제5호소정의지방자치단체에 납부한 부담금으로 기타 경비에 산입되어야 하며, 만약 위 조항이 위와 같은 공공시설지원금을 기타경비에서 배제하는 취지라면 이는 모법의 위임취지에 위배되는 것으로 무효로 보아야 할 것이고, ⑧ 앞서 본 각종 지출비용이 순공사비로 새로 산입 또는 항목 조정됨에 따라 함께 증액된 일반관리비 19,613,322,633원을 개발비용에 포함시켜 개발부담금을 재산정하여야 한다.
(2) 판단

(가) 관계법령 및 개발비용의 판단기준

개발비용 산정에 관한 법령의 규정은 별지 제5목록 기재와 같은바,법 제2조 제1호,제8조에 의하면, 개발이익은 개발사업을 시행함으로써 정상지가상승분을 초과하여 개발사업시행자에게 귀속되는 토지가액의 증가분을 말하며, 이는 「(부과종료시점의 지가) - (부과개시시점의 지가 + 정상지가상승분 + 개발비용)」으로 산정하도록 되어 있으므로, 개발비용은 사업개시시점의 지가와 정상지가상승분을 제외하고 순전히 개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용만을 의미하게 된다.
한편,법 제11조 제1항 제1호와법시행령 제10조 제1항 제1호,예산회계법시행령(1995. 7. 6. 대통령령 제14710호로 개정되기 전의 것) 제78조와국가를당사자로하는계약에관한법률시행령(1995. 7. 6. 대통령령 제14710호) 제9조(예산회계법시행령 제78조와 내용이 거의 동일하다),계약사무처리규칙(1995. 7. 6. 총리령 제511호로 폐지되기 전의 것) 제6조및제8조와국가를당사자로하는계약에관한법률시행규칙(1995. 7. 6. 총리령 제511호로 제정된 후 1999. 9. 9. 재정경제부령 제104호로 개정되기 전의 것) 제6조(계약사무처리규칙 제6조와 내용이 거의 동일하다), 원가계산에의한예정가격작성준칙(재무부회계예규 2200.04-105, 1995. 7. 10., 이하 예정가격준칙이라 한다)상의 공사원가계산에 관한 규정 등 관련 규정에 의하면, 개발이익의 산정에 있어 공제대상이 되는 개발비용 중 순공사비는 예정가격준칙상의 재료비(직접재료비 및 간접재료비 등)ㆍ노무비(직접노무비 및 간접노무비)ㆍ경비를 합한 이른바 공사원가와 제세공과금을 그 구성요소로 하는 것인바, 개발이익 자체가 개발사업을 통하여 얻게 되는 토지의 가치증진으로 인한 이득을 가리키는 것인 이상, 위와 같은 공사원가와 제세공과금은 그것이 당해 개발사업의 시행을 위하여 사업대상 토지에 투입되어 그 편익 혹은 가치의 증가를 가져온 것으로 볼 수 있는 경우에만 순공사비로서 개발비용에 해당한다고 할 것이다(대법원 2000. 6. 9. 선고 98두15566 판결참조).
(나) 광역적 기반시설 설치공사비

①수도권정비계획법 제19조,제20조의 규정에 의하면, 수도권 안에서 대규모개발사업을 시행하고자 하는 관계행정기관의 장은 대통령령이 정하는 광역적 기반시설의 설치계획을 수립하여야 하고, 광역적 기반시설의 설치비용은 수도권정비위원회의 심의를 거쳐 대규모개발사업을 시행하는 자에게 이를 부담시킬 수 있다고 규정하고 있고,시행령 제25조 제1항은 광역적 기반시설은 대규모사업개발지구와 그 사업지구 밖의 지역을 연계하여 설치하는 다음 각 호의 시설을 말한다고 규정하면서, 그 각호에서 1. 대규모개발사업지구와 주변 도시간의 교통시설, 2. 환경오염방지시설 및 폐기물처리시설, 3. 용수공급계획에 의한 용수공급시설, 4. 기타 광역적 정비가 필요한 시설 등을 규정하고 있는바, 위 각 규정에 비추어 보면, 이 사건 택지개발사업과 같은 대규모개발사업에 있어서 광역기반시설 설치의무는 사업시행자에게 있는 것이 아니라 관계행정기관에게 있고, 다만 관계행정기관은 그 시설의 설치에 필요한 비용을 원고와 같은 사업자에게 부담시킬 수 있는 것에 불과하다고 할 것이다.
② 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제2호증, 갑 제11호증의 1 내지 3, 갑 제12호증, 갑 제13, 17호증의 각 1 내지 5, 갑 제14호증의 1 내지 6, 갑 제15호증의 1 내지 4, 갑 제16호증의 1 내지 8, 을 제16호증의 1, 2, 을 제17호증, 을 제18호증의 각 기재에 변론의 전취지를 더하여 보면, 원고는 이 사건 일산지구 택지개발사업을 위하여 1989. 6. 14. 건설부고시 제307호로 국토이용계획변경승인을 받은 이래 같은 달 20. 택지개발 예정지구로 지정을 받아 1990. 3. 31. 개발계획을 승인 받은 사실, 원고는 그 후 여러 차례의 개발계획 변경승인을 거쳐 1993. 12. 31. 제1단계 택지개발사업 준공인가를 받았고, 1995. 3. 31.에 제2단계, 1995. 12. 31.에 제3, 4단계 택지개발사업 준공인가를 받았는데, 원고는 위 택지개발사업계획 승인을 받는 과정에서 건설부장관으로부터 각 단계별 택지개발사업계획승인을 받을 당시 택지개발촉진법과 수도권정비계획법 및 관계행정청과의 협의를 거쳐 상ㆍ하수도시설과 장항배수펌프장시설, 하수종말처리장시설, 일산선 전철사업비 등을 원고가 부담하여 설치하는 한편, 군사시설용지와 관련된 문제에 대하여는 국방부 등과 협의하여 국방부가 제시한 의견에 대하여는 사업에 차질이 없도록 대책을 수립하는 조건하에 그 각 계획을 승인받은 사실, 원고는 위와 같은 조건에 따라 이 사건 택지개발사업을 시행하면서 관계기관인한국수자원공사, 경기도,육군참모총장, 고양시,대한주택공사, 철도청과의 해당 사업비의 분담약정을 하고 이에 따라 상수도공사비 54,755,257,453원, 장항배수펌프장공사비 16,856,946,000원, 군사대비 소요자금 43,422,805,470원, 하수종말처리장공사비 46,590,915,886원, 일산선 지구내 전철사업비 229,415,000,000원 등 합계 391,040,924,789원을 지출한 사실, 피고는 당초의 처분 당시에는 위 각 비용을 비롯한 공공시설부담금 등을 모두 순공사비의 항목에서 제외하였으나, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업에는 당해 택지개발사업과 관련하여 사업부지내에 설치하는 공공시설의 설치도 택지개발사업의 범위에 포함하는 것이 타당하다는중앙토지수용위원회의 재결에 따라 당초 기타경비 항목으로 분류되었던 2단계 쓰레기소각장 설치비, 공공시설부담금의 항목으로 처리되었던 하수종말처리장, 진입도로, 대화배수처리시설, 쓰레기처리시설공사비 등 사업부지내에 설치하는 공공시설 설치비용에 해당하는 비용들은 순공사비 항목으로 조정하여 이 사건 처분을 하였으나, 광역적 기반시설에 해당하는 위 각 비용 중 상수도공사비, 장항배수펌프장공사비, 일산선 지구내 전철사업비, 하수종말처리장공사비 중 2단계 설치비와 그 운영비, 군사대비 소요자금 등으로 지출된 17,791,595,390원 등 합계 362,241,604,313원은 순공사비에 포함시키지 아니하고 기타경비에 포함시켜 개발부담금을 산정한 사실을 각 인정할 수 있다.
위 인정사실에 의하면, 원래 피고가 부담하여야 할 위와 같은 광역기반시설의 설치비용(다만, 군사대비 소요자금은 군사적 목적과 관련을 가진 시설의 설치비용으로서 위와 같은 광역기반시설의 설치비용에도 해당되지 않는다) 등을 원고가 부담한 것은 이 사건 택지개발사업계획승인 조건에 의한 것이므로, 이러한 비용은 법령의 규정이나 개발사업에 대한 인가의 조건 등에 의하여 부담한 비용으로서 순공사비인 재료비 또는 경비가 아니라, 국가,지방자치단체에 납부한 금원 또는 관계법령의 규정 또는 인가 등의 조건의 의하여 납부의무자가 국가 또는지방자치단체에 기부하는 공공시설 또는 토지 등의 가액으로서법시행령 제10조 제1항 제5호소정의 기타 경비 또는 제6호 소정의 비용에 해당한다고 할 것이고(대법원 1999. 11. 12. 선고 97누11850 판결참조), 이 사건 택지개발사업이 수도권지역의 주택난 해소를 위한 신도시 건설과 관련된 기반조성사업에 해당하고, 원고의 회계규정시행세칙(갑 제9호증) 제7조 별표 제1호 소정의 조성사업원가를 구성하는 조성비에 위와 같은 광역적 기반시설 설치공사비에 해당하는 도시간선시설비 항목이 포함되어 있다는 등의 사정만으로 위와 같은 비용들이 당해 개발사업을 위하여 지출한 재료비 또는 경비로서 순공사비에 해당한다고는 할 수 없으므로, 원고의 위 각 주장은 이유 없다.
(다) 계속사업비

갑 제11호증의 1 내지 3, 갑 제19, 20호증, 갑 제21, 28, 29호증의 각 1 내지 7, 갑 제22호증의 1 내지 3, 갑 제24, 31, 37호증의 각 1 내지 9, 갑 제25, 32, 35, 36호증의 각 1 내지 6, 갑 제27, 34호증의 각 1 내지 4, 갑 제30, 33호증의 각 1 내지 8의 각 기재에 변론의 전취지를 더하여 보면, 원고는 이 사건 택지개발사업을 시행하면서 지구, 단지, 버스노선 등의 안내를 위하여 1995. 7. 13.경기도광고물제작공업협동조합에 사인시스템 및 가로시설물 제조공사를 대금 1,061,597,000원에, 같은 해 7. 24.창원기공(주)에 그 설치공사를 대금 283,734,136원에 각 도급준 다음, 1995. 12. 9.부터 1997. 1. 23.까지 사이에 위 업체들에게 각 기성고에 따라 위 공사대금 합계 1,345,336,138원을 분할 지급하였고, 위 시설물의 제조공사는 1996. 11. 20.에, 설치공사는 1996. 12. 30.에 각 준공되었으며, 또 사업지구 내 조경을 위한 수목, 잔디를 유지, 관리하기 위하여 1993. 4. 30.부터 1994. 8. 26.까지 사이에동아종합환경(주)외 10개 업체에 수목잔디관리공사를 공사대금 합계 3,633,659,000원에 도급준 다음, 1995. 9. 7.부터 1998. 1. 9.까지 사이에 이들 업체에게 각 기성고에 따라 위 공사대금을 분할 지급하였고, 위 공사는 1996. 11. 30.부터 1998. 1. 9.까지 준공되었던 사실, 그런데 피고는 사인시스템 및 가로시설물의 제조ㆍ설치공사비 1,345,336,138원과 수목잔디관리공사비 3,633,659,000원 중 이 사건 처분 당시까지 실제 지급된 공사비만을 개발비용에 포함시키고, 나머지 사인시스템 및 가로시설물 제조ㆍ설치공사비 1,223,430,136원과 수목잔디관리공사비 1,512,127,000원을 순공사비 중 사인ㆍ가로등공사비 및 조경공사비 항목(가로등공사비는 전기공사비, 가스공사비, 조경공사비, 시설부담금 등과 함께 원고의 회계규정시행세칙 제7조 별표 제1호 소정의 조성사업원가를 구성하는 조성비에 포함되어 있다)에서 제외하여 개발부담금을 산정한 사실을 각 인정할 수 있는바, 개발비용에서 제외된 위 각 공사비는 이 사건 택지개발사업 완료 전에 발주되어 사업완료 전에 준공되지는 아니하였으나, 개발사업이 준공되기 전에 발주되어 개발사업 준공 후에도 계속 시행되어야 하는 공사비는 법 제11조 제1항 소정의 개발사업의 시행과 관련하여 지출한 개발비용에 해당한다 할 것이고, 이 사건 처분 당시에 이미 도급계약에 의하여 그 지출이 확정된 위 각 공사비는 그 실제 지급시기에 불구하고 개발사업을 위하여 지출한 순공사비에 해당한다고 보아야 할 것이다.
(라) 교통신호기 설치공사비

갑 제11호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 보태어 보면, 원고는 이 사건 택지개발사업을 시행하면서 고양시의 요청에 따라 신도시의 교통체계확립을 위하여 교통신호기 설치공사비로 3,368,000,000원을 지출한 사실은 인정되나, 교통신호기는 도로교통법 제3조에 의하여 관할지방자치단체에서 설치비용을 부담하는 것이 원칙인 점에 비추어 보면, 원고의 주장과 같이 교통신호기 설치공사비가 도시기반시설 설치비용에 해당한다고 하더라도 이는 광역적 기반시설 설치공사비에서 본 바와 마찬가지로 관계법령의 규정 또는 인가 등의 조건의 의하여 납부의무자가 국가 또는지방자치단체에 기부하는 공공시설 또는 토지 등의 가액으로서법시행령 제10조 제1항 제5호소정의 기타 경비 또는 제6호 소정의 비용에 해당하므로, 위 비용이 순공사비에 해당함을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
(마) 농어촌특별세

갑 제11호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 더하여 보면, 원고는 정부투자기관으로서 조세감면규제법에 의하여 위 택지의 분양에 대하여 부과되는 법인세 특별부가세의 50%가 감면되게 됨에 따라,농어촌특별세법 제5조 제1항에 의거 그 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세 4,172,972,042원이 부과ㆍ고지되어 이를 납부한 사실을 인정할 수 있는바,법 제12조는 부과개시시점 후 개발부담금의 부과 전에 토지 또는 사업의 양도 등으로 인하여 발생한 소득에 대하여 양도소득세 또는 특별부가세가 부과된 경우에는 2중 부담의 방지 차원에서 원래는 개발비용에 해당할 수 없는 위 양도소득세 또는 특별부가세에 대하여법 제11조의 규정에 불구하고 당해 세액 중 부과개시시점부터 양도 등의 시점까지에 상당하는 세액을법 제11조의 규정에 의한 개발비용에 계상할 수 있도록 규정하고 있는 점, 비록 위 농어촌특별세가 특별부가세와는 그 부과목적을 달리하고, 특별부가세의 경우와 같이 개발비용에 계상하도록 한 명문의 규정이 없기는 하나, 위 농어촌특별세는 위 택지의 분양에 대하여 부과되는 특별부가세의 일부 감면에 따라 그 감면세액을 과세표준으로 하여 부과되는 것이어서 그 자체가 위 택지분양과 직접적인 관련이 있는 점, 위 특별부가세는 위와 같이 순공사비로 인정되므로 특별부가세가 면제되지 아니하는 경우 부과된 특별부가세 전체를 순공사비로 인정받을 수 있는 반면, 위 특별부가세가 면제되는 경우에 부과되는 농어촌특별세를 순공사비로 인정받지 못한다면 그 형평에 어긋나는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 사업대상 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 특별부가세의 50%를 감면받으면서 위 감면세액의 20%에 상당하는 농어촌특별세를 부과받아 이를 지출한 이상, 위 농어촌특별세는 위 택지개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 제세공과금으로서 순공사비에 포함하여야 할 것이므로(대법원 2001. 11. 27. 선고 2001두2362 판결참조), 원고의 위 주장은 이유 있다.
(바) 종합토지세

갑 제11호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 더하여 보면, 원고가 위 개발토지에 대하여 부과된 종합토지세 12,728,726,123원을 납부한 사실이 인정되는바, 종합토지세는 기본적으로 개발사업과 관계없이 토지의 보유에 대하여 부과하는 재산세의 일종으로서, 원고가 이 사건 개발사업을 시행하면서 이 사건 토지에 대한 종합토지세를 납부하였다고 하더라도 이는 개발비용에의 산입이 허용되지 아니하는 개발토지 매입에 따른 취득세, 등록세, 등록비용 등과 마찬가지로 위 택지개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용이라 볼 수 없으므로 이를 순공사비나 기타 경비에 포함시킬 수 없다고 할 것이다.
(사) 용지부대비

1) 인정사실

갑 제5, 6, 9호증, 갑 제13호증의 1 내지 3, 갑 제43호증의 1 내지 8의 각 기재에 변론의 전취지를 더하여 보면, 다음과 같은 각 사실이 인정된다.
① 원고는 정부투자기관회계규정에 따른 회계규정시행세칙, 용지규정 및 그 시행세칙을 마련하여 시행하고 있고, 정부투자기관관리기본법 등 관계 법령에 따라 매년 재무부장관에게 이 사건 개발사업을 비롯한 원고의 사업 전부에 관하여 재무제표와 그 부속서류 등이 첨부된 결산서를 제출하여 승인을 받았다.
② 원고의 회계규정시행세칙 중 용지부대비 관련 주요 내용은 아래와 같다.
제7조【계정과목】

규정 제14조 제4항의 개별 계정과목은 “절”로 분류하며 별표 제1호와 같다.
별표 제1호 제5절 제조원가명세서 과목 중 가. 조성사업

9100000관 조성사업원가

9110000항 용지비(조성사업에 따른 순용지비와 보상비 및 부대비)

9110100목 순용지비(토지취득비)

9110200목 보상비(지장물보상비, 손실보상비용 등)

9110300목 용지부대비(법정부대비, 업무추진비 및 소모성부대비)

9110400목 종합토지세

9120000항 조성비

9120100목 도급공사비 : 부지조성공사비, 지급자재비, 가로등공사비,

전기공사비, 가스공사비, 조경공사비, 시설부담금, 기타 …

9120200목 조성조사설계비

9120300목 조성교육훈련비(IBRD 차관사업과 관련한 교육훈련비)

9120400목 개발부담금(개발이익환수에관한법률에 의한 개발부담금)

9120500목 확정측량비

9120600목 조성부대비(법정부대비, 업무추진비 및 소모성부대비)

제101조【예산편성 방법】

① 예산관리자는 정부투자기관관리기본법 제21조의 규정에 의거 경제기획원장관으로부터 시달된 예산편성지침을 기준으로 자체예산편성지침을 작성하여 이를 부문 예산관리자에게 통보한다.
제129조【원가의 구성요소와 구분】

① 원가의 구성요소는 직접비와 간접비로 구분한다.
② 직접비는 용지비, 조성비, 재개발보상비, 건축비로 한다.
③ 간접비는 다음 각 호에 게기하는 부서의 직원에 대한 인건비와 급여성 있는 복리후생비(급식비, 동ㆍ하계단련비, 학자금, 복지보험료 등)로 한다.
③ 원고는 1996년 실행예산편성지침에서 부대비 과목을 아래와 같이 편성하도록 하고 있다.
(ａ) 법정부대비

○지급수수료 : 감정평가수수료, 측량수수료, 법무사수수료, 기타 지급수수료, 용역수수료

○지급임차료 : 사무실 임차료(사업단, 사업소의 임대료 및 관리비)

○광고선전비 : 신문광고료(취득ㆍ개발의 법정 공고 또는 불가피한 신문공고료)

○등기소송비 : 등기수수료, 소송비용

○세금과 공과 : 원가성 있는 세금과 공과금에 한하여 편성

(ｂ) 소모성부대비 : 일용잡급비, 여비교통비(시내외 출장비, 현장체재비, 교통보조비), 통신비(사업소 비용 및 지사 공통비용), 전력수도료, 연료유지비, 소모품비, 피복비, 도서인쇄비, 지급임차료, 수선유지비, 차량비, 보험료, 지급수수료, 운반 및 보관료, 광고선전비, 등기소송비, 협회비, 협력비, 잡비

(ｃ) 업무추진비 : 기획조정실에서 당해 사업을 원활하게 추진하기 위하여 필요 불가결한 금액을 사업면적, 지구수, 인원, 공구수 등을 감안하여 일괄 편성

④ 원고는 이 사건 택지개발사업 기간을 전후하여 그에 필요한 용지의 취득 또는 개발사업구역 안의 건물, 입목 등의 철거, 이전 등과 관련된 부대비용으로 합계 7,755,150,200원을 지출하였는바, 위 용지부대비의 항목별, 연도별 지출내역은 별지 제3목록 기재와 같고, 용ⓒ지부대비의 지출규모는 대체로 순용지비의 지출액 규모와 비례하여 증가하고 있다.
2) 판단

① 원고의 회계규정시행세칙 등에 규정한 원가계산은 토지에 투하된 경제가치를 일정한 기준에 의하여 계산함으로써 그에 대한 합리적인 장부가격 또는 매각가격을 산정하기 위한 것이어서 이 사건 개발비용의 항목 및 그 산정목적과 반드시 일치하는 것이 아니므로 원고의 회계규정시행세칙에 의하여 작성된 원가를 구성하는 각종 비용항목 중 어느 것이 개발비용에 포함될 것인지 여부는 비록 그 비용항목이 외견상 순공사비 등을 구성하는 비용항목과 명칭 또는 용도가 동일ㆍ유사하다고 하더라도, 개발부담금 제도의 독자적인 관점에서 그 비용이 과연 법 제11조가 정하는 ‘개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용’인가 여부에 따라 판단하여야 할 것이며, 앞서 본 바와 같이 개발이익의 산정에 있어 공제대상이 되는 개발비용 중 순공사비는 예정가격준칙상의 재료비(직접재료비 및 간접재료비 등)ㆍ노무비(직접노무비 및 간접노무비)ㆍ경비를 합한 이른바 공사원가 등을 그 구성요소로 하지만, 개발이익 자체가 개발사업을 통하여 얻게 되는 토지의 가치증진으로 인한 이득을 가리키는 것이어서, 위와 같은 세가지 항목의 공사원가라 하더라도 그것이 당해 개발사업의 시행을 위하여 사업대상 토지에 투입되어 그 편익 혹은 가치의 증가를 가져온 것이라야 순공사비로서 개발비용에 해당될 수 있다고 할 것이다.
② 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면 원고가 지출한 용지부대비는 그 내역에 비추어 개발비용 중 순공사비의 요소인 재료비 또는 노무비에 해당한다고 할 수는 없고, 나아가 원고가 지출한 용지부대비 중 그 명칭 및 용도(지급수수료, 광고선전비, 등기소송비)로 보아 토지취득 관련 부대비용으로 보이는 법정부대비의 구성비율이 별지 제3목록 기재와 같이 용지매입비의 61.9%에 이르고, 이 사건 택지개발사업과 병행하여 사업지구 내 토지를 취득하기 위한 순용지비가 계속하여 지출되었으며, 대체로 그에 비례하여 용지부대비가 지출된 점 등에 비추어 보면, 비록 용지부대비가 정부투자기관관리기본법의 규정에 의하여 지출되는 비용이고, 택지조성원가구성비목에서도 직접비로서 원가에 포함되어 분양가격의 일부를 이룬다고 하더라도, 용지부대비는 사업시행 대상토지의 취득에 관련된 부수비용에 불과할 뿐이고, 당해 대상토지에 투입되어 그 편익 혹은 가치의 증가를 가져온 개발비용에 해당하지 않는다고 할 것이므로(위 98두15566 판결, 2001두2362 판결 등 참조), 용지부대비를 개발비용으로 인정하여야 한다는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
(아) 호수공원관리비 등

갑 제11, 38호증의 각 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 더하여 보면, 원고는 1995. 12. 31. 이 사건 택지개발사업계획의 인가조건에 따라 사업지구 내 공공시설물인 호수공원을 준공한 뒤 이를 피고에게 인계하고자 하였으나, 그 인계절차가 지연되자 피고와의 협의를 거쳐 공공시설지원금 명목으로 위 관리비 등을 대신 부담하기로 함에 따라 1996. 10. 31.까지 그 비용으로 1,622,000,000원을 지출한 사실은 인정되나, 비록 원고가 피고의 요청에 따라 위 1,622,000,000원을 지출하였다 하여도, 이는 어디까지나 원고 임의로 공공시설의 유지ㆍ관리비용을 부담하기로 한 데 따른 것에 불과하므로 이를법 제11조 제1항 제2호,시행령 제10조 제5호소정의 법령의 규정이나 개발사업의 인가의 조건 등에 의하여 국가 등에 납부한 부담금의 일종으로 볼 수는 없다고 할 것이며, 위와 같이 해석한다고 하여 위 시행령 규정을 상위법의 위임취지에 반하는 것이라고도 할 수 없으므로, 결국 원고가 지출한 위 호수공원관리비 등은 이 사건 개발비용에 산입할 수 없다고 할 것이다.
(자) 일반관리비

시행령 제10조 제2항,예산회계법시행령 제78조에 의하면, 개발비용에 포함되는 일반관리비는 일률적으로 순공사비 가액에 5/100를 곱하여 산정하도록 규정되어 있으므로, 앞서 인정한 바와 같이 원고가 지출한 계속사업비와 농어촌특별세를 순공사비로 항목 조정 내지 산입하게 되면 순공사비는 별지 제2목록 기재와 같이 합계 558,250,633,577원에 이르게 되고, 이에 따라 일반관리비를 산정하면 같은 목록의 ‘정당한 개발비용’ 중 일반관리비 항목의 기재와 같이 345,426,458원이 증액된 27,912,531,677원이 된다(순공사비 추가분인 계속사업비 중 사인시스템 및 가로시설 제작ㆍ설치공사비 1,223,430,136원은 사인ㆍ가로등공사비 항목에, 수목잔디관리공사비 1,512,127,000원은 조경공사비 항목에 산입하여 계산한다).
다. 정당한 개발부담금

나아가 개발비용에서 제외되었던 계속사업비, 농어촌특별세를 순공사비에 산입하고 위 일반관리비 증액분을 계산에 넣어 정당한 개발비용을 산정하면, 별지 제2목록의 ‘정당한 개발비용’란 기재와 같이 합계 2,608,694,059,268원이 되고, 이에 따라 원고가 부담하여야 할 정당한 개발부담금액을 산정하면 별지 제1목록의 ‘정당한 부담금’란 기재와 같이 157,668,812,431원이 된다.
3. 결 론

그렇다면 피고의 이 사건 처분 중 157,668,812,431원을 초과하는 부분은 위법하므로, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 변경하고, 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.