등록세등부과처분취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2005.01.13 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
등록면허세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위(다툼 없는 사실)

가. 원고는 2000. 1. 14. 고양시 일산구장항동 895-1우신프라자601호를 본점으로 하고 주택건설사업 등을 목적으로 하여 설립된 법인으로서 이후주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 주택건설사업자로 등록하였으며, 2000. 6. 12.부터 2001. 7. 25.까지 사이에 고양시 일산구일산동 964-12도로 22㎡를 비롯한 30필지 합계 5,944㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를 주택건설용 토지로 취득하여 원고 명의로 소유권이전등기를 경료한 다음, 2001. 7. 31. 이 사건 부동산을 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하고 주식회사일신건영(이하 ‘일신건영’이라고만 한다)에게 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하여 주었다.
나. 이에 피고는, 원고가 정당한 사유 없이 이 사건 부동산을 등기한 후 3년 이내에 주택건설사업에 착공하지 아니하였고, 주택건설사업에 직접 사용하지 아니한 채 매각하였다고 보아, 2001. 12. 11. 원고 명의의 위 소유권이전등기에지방세법 제138조 제1항의 중고세율을 적용하여 산출한 등록세 및 교육세 중 원고가 이미 일반세율에 의하여 납부한 세액을 차감한 등록세 408,400,300원, 교육세 74,873,379원을 각 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 고양시 일산구일산동 964-22등 158필지 32,457㎡에 조합주택인일산휴먼빌아파트를 건축하기 위하여 주택조합을 결성하고 토지를 매입하기 시작하였는데, 조합원이 제대로 모집되지 않아 토지매입자금이 부족하게 되었고, 토지매입자금을 확보하기 위하여 부득이 원고가 주택건설용으로 취득한 이 사건 부동산을 공동사업자인일신건영에게 소유권을 이전한 다음일신건영이 이 사건 부동산을 담보로 제공하여 주식회사생보부동산신탁으로부터 100억원을 차입한 것이며, 이후에도 원고는일신건영,일산휴먼빌연합주택조합과 함께 공동으로 이 사건 부동산 위에 아파트를 건설하는 등 주택건설사업을 계속함으로써 이 사건 부동산을 주택건설용으로 사용하였다.
따라서 원고가 이 사건 부동산을 취득 후 3년 이내에 당해 업종에 직접 사용하였거나 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 부동산에 관한 원고 명의의 등기는 등록세의 중과대상에 해당되지 아니한다.
나. 관련 법령

지방세법

제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을제131조및제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,수도권정비계획법 제6조제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(공업배치및공장설립에관한법율의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2001년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입이후의 부동산등기

지방세법시행령

제101조(대도시내 법인 중과세의 예외) ①법 제138조 제1항단서의 규정에서 "대통령령으로 정하는 업종"이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다.
5. 해외건설촉진법의 규정에 의하여 면허받은 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)

② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는법 제138조제1항본문의 규정을 적용한다.
제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ②법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
다. 판단

⑴ 위 규정에 의하면, 법인이 대도시 내에서의 법인설립 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기에 관하여는 원칙적으로 등록세의 중과 대상으로 되고, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우 그 등기 또는 등록행위 자체를 과세물건으로 하는 조세로서, 그 등기 또는 등록의 유·무효나, 실질적인 권리귀속 여부 또는 법인이 그 부동산을 실제 취득할 의사가 있었는지 여부와 관계없이 과세대상이 된다(대법원 1996. 7. 26. 선고 95누14885 판결,대법원 1987. 7. 7. 선고 87누191 판결등 참조).
한편 대도시 내에서의 법인설립, 부동산취득 등에 대하여 등록세를 중과하면서 그 예외의 하나로주택건설촉진법 제6조소정의 등록된 주택건설사업자가 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하여 그 등록세 중과를 배제하도록 한 취지는, 일정한 자격요건을 갖추고 연간 일정한 호수 이상의 주택건설 실적이 있는 자에 대하여 등록을 하게 한 다음 그 등록된 주택건설사업자로 하여금 주택의 건설기준이나 규모, 주택의 공급조건, 방법 및 절차에 관하여 엄격한 기준을 설정하여 이를 준수하게 하는 등의 규제를 함과 아울러 주택건설을 촉진함으로써 대도시 내의 주택이 없는 국민의 주거생활의 안정을 도모하고 그 주거수준의 향상을 기하는 데 있다(대법원 1995. 6. 16. 선고 95누2395 판결참조).
그러므로영 제101조 제1항 제5호,제2항의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단하는 데에는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하며(대법원 1998. 11. 27. 선고 97누5121 판결참조), 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익성의 문제 등으로 고유업무에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다(대법원 1997. 6. 27. 선고 96누16810 판결참조).
이 사건에서, 원고는 수도권정비계획법상의 과밀억제권역인 고양시 내에서 2000. 1. 14. 설립되었고, 그 설립 이후 5년 이내인 2000. 6. 12.부터 2001. 7. 25.까지 사이에 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료한 사실은 앞서 본 바와 같으므로 위 관련 법령이 정하는 예외사유에 해당하지 아니하는 한 등록세가 중과된다고 할 것이다.
그러면 원고가 이 사건 부동산을 취득 후 3년 이내에 당해 업종에 직접 사용하였거나 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각한 데에 정당한 사유가 있어지방세법시행령 제101조 제1항 제5호,제2항소정의 예외사유에 해당하는지에 대하여 살펴보기로 한다.
⑵ 갑4, 5, 6, 갑7의 1, 2, 3, 갑8, 갑9의 1, 2, 갑10, 11, 갑12의 1 내지 8, 갑14 내지 17, 갑18, 19의 각 1, 2의 각 기재 및 증인서덕조,유성대의 각 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
㈎ 1차 약정(2000. 4. 20.자)에 이르게 된 경위 및 내용

① 원고는 고양시 일산구일산동 964-22등 158필지 32,457㎡에일산휴먼빌아파트822세대를 조합주택으로 건축하기 위하여 조합결성을 추진하면서 1999. 2.부터 토지매입에 착수하였다.
② 원고는 위 주택사업추진을 원활히 하기 위하여 2000. 4. 20.일산휴먼빌연합주택조합,일신건영과 사이에 공동으로 위 주택조합아파트건설사업을 추진하기로 하면서, ㉠ 원고는일산휴먼빌연합주택조합을 대리하여 조합의 구성과 인허가업무, 토지의 매입에서 청산완료시까지 조합업무 전반을 담당하기로 하고, 그 대신일산휴먼빌연합주택조합으로부터 위 조합업무대행비로 조합원 분양분 1세대당 500만원을 지급받기로 하였으며, ㉡ 공동사업자들이 예정한 사업비용이 이후에 추가될 경우 원고가 이를 부담하기로 하였고, ㉢ 원고와일산휴먼빌연합주택조합은 이 사건 사업을 추진하기 위하여 필요한 자금을일신건영에게 요청할 수 있으며,일신건영은 대여요청항목의 검토 후 운용가능한 범위내에서 대여할 수 있고, ㉣일신건영은일산휴먼빌아파트를 시공하기로 한다는 내용의 1차 약정을 하였다.
③ 이후 원고는 위 1차 약정에 따라일신건영으로부터 금원을 대여받은 후 그 돈으로 2000. 6. 12.부터 2001. 7. 25.까지 사이에 이 사건 부동산을 매수하였다.
④ 한편 원고는 위 아파트건설사업을 추진하기 위하여 조합원을 모집하였으나 당초 계획하였던 822세대에 훨씬 못 미치는 272세대의 조합원을 모집하는 데 그쳤고, 이에 따라 2000. 6. 26. 조합원 24명으로 구성된일산휴먼빌지역주택조합, 2000. 8. 25. 조합원 180명으로 구성된일산휴먼빌1지역주택조합, 2000. 10. 27. 조합원 68명으로 구성된일산휴먼빌2지역주택조합이 각 설립되었다. 따라서 조합원이 모집되지 아니한 550세대분은 일반분양으로 전환되었다.
⑤ 원고는 공동사업자들과 함께 2001. 7. 25. 피고로부터 사업주체를일산휴먼빌지역주택조합,일산휴먼빌1지역주택조합,일산휴먼빌2지역주택조합, 원고,일신건영, 사업대지면적 32,457.13㎡, 세대수 822세대, 공사기간 2001. 7.～2004. 7.로 한 주택건설사업계획을 승인받았다.
㈏ 2차 약정(2001. 7. 25.자)에 이르게 된 경위 및 내용

① 원고는 고양시 일산구일산동 964-22등 158필지 32,457.13㎡에 대한 매매계약을 체결함에 따라 1999. 12.말까지 토지매입대금으로 약 36,261,000,000원을 지급하여야 하는 실정이었으나 당초 예상에 못 미치는 272명의 조합원들로부터 받은 조합비는 12,404,000,000원에 불과하여 위 토지매입대금을 일정대로 지급하지 못하였고, 이에 일부 토지매도인들로부터 계약해지를 통보받는 상황에까지 이르게 되었다.
② 원고는 2001. 7. 25.경일신건영,일산휴먼빌연합주택조합과 사이에 위와 같이 조합원모집 부진 등의 사유로 자체적으로는 사업부지 매입자금을 확보하는데 한계에 이르러 더 이상 사업시행이 불가능해짐에 따라 사업시행자로서 원고가 가지는 일체의 권한과 이 사건 사업부지 중 원고 명의로 취득한 이 사건 부동산을일신건영에게 양도하기로 하면서, ㉠ 원고는일신건영이 금융기관(생명보험신탁)으로부터 부지매입을 위한 자금대출을 받을 수 있도록 2001. 7. 31.까지 원고 명의로 되어 있는 이 사건 부동산의 소유권을일신건영명의로 이전하기로 하고, ㉡ 원고는 이 약정 체결 이후 이 사건 사업 시행과 관련하여 어떠한 형태의 권리도 행사할 수 없으며, ㉢ 이 사건 사업 중 일반분양에 관하여는일신건영이 전적으로 책임지고 추진하기로 하고, ㉣ 이 사건 사업을 추진하기 위하여 원고가 이미 지급한 비용 중일신건영이 대여한 금원을 제외한 비용은 일반분양 후일신건영이 원고에게 지급하기로 하는 등 사업비용은일신건영이 모두 부담하기로 하며, ㉤ 이 약정 이후에도 별도의 약정에 의한 원고의 조합대행업무는 계속 유효하다고 약정하였다.
위 약정과는 별도로 원고와일신건영은 같은 날 원고가 이 사건 아파트건설사업에서 탈퇴하게 됨에 따라 이후 이 사건 사업시행 중의 원고의 업무와 원고에 대한 조합업무대행 수수료의 지급에 관한 약정을 하였는데, 그 내용을 보면 ㉠ 원고는 이 사건 아파트건설사업의 주체인일산휴먼빌지역주택조합,일산휴먼빌1지역주택조합,일산휴먼빌2지역주택조합의 조합업무대행사로의 지위를 계속 갖게 되고, ㉡ 원고는 조합원 분양분 272세대에 대하여는 1세대당 조합업무추진비로 500만원씩을 지급받되 그 지급방법은일신건영이 원고에게 매월 3,000만원씩 분양수입금에서 지급하다가 위 아파트의 사용승인 완료시까지는 그 잔액을 전부 지급하기로 하며, ㉢ 일반분양분 550세대에 대하여는 아파트의 사용승인 완료 후 각종 제세공과금 및 일반관리비를 제외한 이익금 중 이익금이 있을 경우일신건영이 원고에게 조합업무추진비에 준하여 1세대당 500만원씩 계산하여 지급하기로 한다는 것이다.
③ 이후 위 약정들에 따라 원고는 2001. 8. 11. 위일산휴먼빌아파트주택건설사업주체에서 제외되었다.
④일신건영은 위 약정들에 따라 원고로부터 이 사건 부동산의 소유권을 이전받은 다음 2001. 7. 31. 이 사건 부동산을 담보로 제공하여주식회사 생보부동산신탁으로부터 100억원(수수료를 공제하고 9,805,511,700원을 입금받았다)을 차입하였고, 이를 위 아파트건설사업에 투입하여 2001. 9. 7. 아파트건축공사를 착공하였으며, 2001. 9. 8. 피고로부터 조합원 미구성분 550세대에 대한 일반분양허가를 받았고, 이후 정상적으로 이 사건 아파트건설사업을 추진하고 있다.
⑶ 위 인정사실에 의하면, 원고는 위일산휴먼빌아파트건설을 목적으로 이 사건 부동산을 취득한 후 경기침체와 조합원 모집미달 등에 의한 자금난으로 인하여 더 이상 사업을 계속하기 어렵게 되자 이 사건 부동산을 당시 공동사업자였던일신건영에게 넘기고, 그 사업주체에서 제외되었으며, 이후 위 아파트건설사업에는 조합업무의 대행자로서 개입하여 그에 대한 수수료를 지급받는 것에 불과하므로, 결국 원고는 이 사건 부동산을일신건영에게 매각한 이후에는 더 이상 이 사건 아파트건설사업의 공동사업자라고 할 수 없다 할 것이니(공동사업자라면 이 사건 아파트건설사업으로 인하여 손해가 발생할 경우 그 손해를 부담하거나 사업비용을 부담하여야 하는데, 원고는 1차 약정시에는 당초 예정된 비용을 초과하는 비용을 부담하기로 하는 등 그 손해를 부담하기로 하였다가 2차 약정시에는일신건영으로부터 일정한 수수료만을 받게 되어 있을 뿐 손해를 분담하거나 사업비용을 부담하지 않기로 하였다), 이 사건 부동산을 주택건설업에 직접 사용하였다고 할 수 없고, 자체의 자금사정으로 인하여 이 사건 부동산을 주택건설업에 직접 사용하지 아니하고일신건영에게 매각한 것이므로 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없다.
따라서, 원고의 위 주장은 이유 없다.
3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.

납세의무자는 부동산을 매각함으로써 이후 아파트건설사업에는 조합업무의 대행자로서 개입하여 그에 대한 수수료를 지급받는 것에 불과하여 부동산을 주택건설업에 직접 사용하였다고 할 수 없고, 부동산을 매각한 것은 자금사정으로 인한 것으로써 이를 지방세법시행령 제101조 제1항 제5호, 제2항의 '정당한 사유'로 볼 수 없다. 따라서 처분은 적법하다.