자율형사립고등학교지정취소처분취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2021.02.18 / 시행일:

【원 고】 학교법인 ○○학당 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 구도형 외 4인)
【피 고】 서울특별시교육감 (소송대리인 법무법인(유한) 지평 담당변호사 김이안 외 3인)
【변론종결】2020. 11. 26.
【주 문】
1. 피고가 2019. 8. 5. 원고 학교법인 ○○학당에 한 ○○고등학교에 대한 자율형 사립고등학교 지정취소 처분, 원고 학교법인 △△□□학원에 한 □□고등학교에 대한 자율형 사립고등학교 지정취소 처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 자율형 사립고등학교 지정 
 1) 초ㆍ중등교육법은 교육기본법 제9조에 따라 초ㆍ중등교육에 관한 사항을 정하면서(제1조), 제61조 제1항에서 학교교육제도를 포함한 교육제도의 개선과 발전을 위하여 특히 필요하다고 인정되는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 법 일부 규정을 한시적으로 적용하지 아니하는 학교 또는 교육과정을 운영할 수 있다는 내용을 규정하고 있다. 자율형 사립고등학교(이하 ‘자사고’라 한다)는 그 위임에 따른 구 초ㆍ중등교육법 시행령(2020. 2. 28. 대통령령 제30494호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 초ㆍ중등교육법 시행령’이라 한다) 제91조의3에 근거하여, 국가 또는 지방자치단체로부터 교직원 인건비(교원의 명예퇴직 수당은 제외한다) 및 학교ㆍ교육과정운영비를 지급받지 아니하고, 교육부령으로 정하는 법인전입금 및 교육과정 운영기준을 충족하는 사립고등학교 중, 교육부장관의 동의를 받은 교육감의 지정에 따라 학교 또는 교육과정을 자율적으로 운영할 수 있는 고등학교이다. 
 2) 원고 학교법인 ○○학당은 ○○고등학교(이하 ‘○○고’라 한다)를 운영하는 학교법인이고, 원고 학교법인 △△□□학원은 □□고등학교(이하 ‘□□고’라 하고 ○○고와 통틀어 지칭할 때는 ‘이 사건 학교’라 한다)를 운영하는 학교법인이다. 이 사건 학교는 2009. 7. 17. ‘2010학년도 신입생 모집부터 2014학년도까지 5년간’을 기간으로 자사고로 지정되어 2010학년도부터 자사고로 운영되기 시작하였다. 
 3) 이 사건 학교는, 교육감이 5년마다 시ㆍ도 교육규칙으로 정하는 바에 따라 해당 학교의 운영 성과 등을 평가하여 지정을 취소할 수 있도록 규정한 구 초ㆍ중등교육법 시행령(2014. 2. 18. 대통령령 제25184호로 개정되기 전의 것) 제91조의3 제4항에 따라, 2014년에 자사고 운영 성과 평가를 받았고 2019년까지 자사고로 계속 운영되었다. 
 나. 피고의 2019년 자사고 운영 성과 평가 진행 
 1) 피고는 이 사건 학교를 비롯하여 2014년에 운영 성과 평가를 받은 자사고를 대상으로 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제4항에 근거한 2019년 자사고 운영 성과 평가를 계획하였다. 피고는 2018. 12. 27. ‘2019년 자율형 사립고 운영 성과 평가 기본계획’(이하 ‘2019년 평가계획’이라 한다)을 안내하였다. 2019년 평가계획에 따른 자사고 지정취소 판단 기준 점수는 최소 70점이고, 평가대상학교는 이 사건 학교를 비롯하여 합계 13개 학교였으며, 평가대상기간은 2015. 3. 1.부터 2020. 2. 29.까지이다(2015학년도부터 2019학년도까지, 이하 ‘이 사건 평가대상기간’이라 한다). 
 2) 이 사건 학교는 2019년 평가계획 진행 절차에 따라, 위 평가계획의 매뉴얼을 바탕으로 자체 운영 성과 평가를 진행하였고, □□고는 2019. 3. 29., ○○고는 2019. 4. 4. 서울특별시교육청에 자체 운영 성과 보고서를 제출하였다. 
 3) 서울특별시교육청이 구성한 평가단은 2019. 4.경부터 2019. 6.경까지 이 사건 학교가 제출한 위 자체 보고서를 바탕으로 서면평가 및 현장평가를 진행하였다. 평가단이 이 사건 학교 운영 성과를 평가한 결과는 다음과 같다. 한편 이 사건 학교를 비롯하여 평가대상학교 13개교 중 8개교의 평가점수가 70점에 미달하였다.
학교명학교운영(30점)교육과정 운영(30점)교원의 전문성(5점)재정 및 시설여건(15점)학교 만족도(8점)재량 평가(12점)감점(-12점)평가 점수(100점)○○고22.419.44.212.686.9-8.565.0□□고23.217.64.69.47.46.3-167.5
 다. 피고의 이 사건 학교에 대한 자사고 지정취소 
 1) 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제105조의4 제1항에 근거한 ‘자율학교 등 지정ㆍ운영위원회’(이하 ‘지정ㆍ운영위원회’라 한다)는 2019. 7. 8. 위 평가 결과를 심의한 후, ‘이 사건 학교는 기준점수 70점에 미달하고 자사고 지정 목적 달성이 불가능하다.’고 인정하여 지정취소 절차를 진행할 것을 의결하였다. 
 2) 이 사건 학교에 대해 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제105조의7에 근거한 청문절차가 진행되었고, 지정ㆍ운영위원회는 2019. 7. 26. 청문 내용을 바탕으로 지정취소 여부를 다시 심의하여 ‘자사고 지정 목적 달성이 불가능하다.’는 종전 결론을 유지하기로 하였다. 
 3) 피고는 위 심의 결과를 바탕으로 ‘2019년 운영 성과 평가 결과 이 사건 학교가 자사고 지정취소 점수 기준 70점에 미달되었고, 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제4항 제5호의 지정 목적의 달성이 불가능하다고 인정되는 경우에 해당한다.’는 이유로, 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제5항이 정한 교육부장관의 동의를 받아, 2019. 8. 5. 원고들에게 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제4항, 제5항에 근거하여 ‘이 사건 학교에 대해 자사고 지정을 취소한다.’고 통보하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제36, 38, 43 내지 47, 68호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 관련 법령 등
 1) 자사고 제도의 도입 
 가) 자사고의 전신은 자립형 사립고등학교(이하 ‘자립형 사립고’라 한다)라 할 수 있는데, 국가가 재정지원을 하지 않는 대신 교육과정 및 학교운영의 자율성을 더 넓게 보장하는 형태의 학교이다. 자립형 사립고는 지난 1974년 고등학교 평준화 정책 도입 이후 고교교육의 획일성 문제 보완 및 고교교육의 질 제고 등을 위한 다양한 정책의 도입ㆍ추진 과정에서 1995년경 처음 ‘학습자 중심 교육, 교육의 다양화, 자율과 책무성에 바탕을 둔 교육, 자유와 평등이 조화된 교육, 교육의 정보화, 질 높은 교육’을 기본 특징으로 하는 신교육체제의 한 방안으로 제시되었다(헌법재판소 2019. 4. 11. 선고 2018헌마221 전원재판부 결정 취지 참조). 
 나) 자립형 사립고는 2002년경부터 시범 운영되었다. 운영에 앞서 교육인적자원부가 2001. 8.경 검토한 ‘자립형 사립고 시범 운영 방안’에 의하면, 자립형 사립고에 대해 고교평준화의 기본 틀을 유지하되 고교교육의 다양화ㆍ특성화를 확대하고 학부모, 교사, 지역사회가 참여하는 학교공동체 중심의 단위학교 자율운영체제를 확립하며, 국ㆍ공ㆍ사립학교별 본연의 역할ㆍ기능을 제고하는 역할을 기대하고 있었다. 교육부는 시범학교 지정을 신청하는 학교의 희망을 받아 교육관련단체 추천 인사를 포함한 각계 인사 11인으로 구성된 선정심사위원회, 시ㆍ도교육청 심사ㆍ추천을 거쳐 6개 학교를 시범학교로 지정하였다. 
 다) 2008년 무렵 정부는 ‘고교다양화 300 프로젝트’를 추진하였고, 기숙형공립고, 마이스터고, 자사고를 확대 지정ㆍ운영하는 세부 실천방안이 제시되었다. 이에 따라 초ㆍ중등교육법 시행령이 2009. 3. 27. 대통령령 제21375호로 개정되면서 제105조의3(자율형 사립고등학교)을 신설하여 교육감이 같은 항 제1호, 제2호의 요건에 모두 해당하는 사립의 고등학교를 대상으로 초ㆍ중등교육법 제61조에 따라 ‘학교 또는 교육과정을 자율적으로 운영할 수 있는 고등학교’를 지정ㆍ고시할 수 있다고 규정하게 되었다. 이 사건 학교는 앞서 보았듯이 2009. 7. 17. 위 시행령 제105조의3 제1항에 따라 2010학년도 신입생 모집부터 자사고로 지정되었다. 
 라) 한편 초ㆍ중등교육법 시행령이 2010. 6. 29. 대통령령 제22234호로 개정되면서 복잡다기한 고등학교 유형을 단순화하고 고등학교 형태를 4가지로 구분하기 위하여 제76조의2(고등학교의 구분)에서 고등학교는 교육과정 운영과 학교의 자율성을 기준으로 ‘일반고등학교(특정 분야가 아닌 다양한 분야에 걸쳐 일반적인 교육을 실시하는 고등학교를 말한다)’(제1호), ‘제90조에 따른 특수목적고등학교’(제2호), ‘제91조에 따른 특성화고등학교’(제3호), ‘자율고등학교(제91조의3에 따른 자율형 사립고등학교 및 제91조의4에 따른 자율형 공립고등학교를 말한다)’(제4호)로 구분하여 규정하게 되었고, 자사고는 제91조의3에서 규정하게 되었다(제105조의3 삭제).
 2) 자사고 지정취소 제도 
 가) 2010. 6. 29. 초ㆍ중등교육법 시행령이 대통령령 제22234호로 개정되면서 신설된 제91조의3은 제4항에서 “자율형 사립고등학교는 5년 이내로 지정ㆍ운영하되, 시ㆍ도 교육규칙으로 정하는 바에 따라 5년의 범위에서 연장할 수 있다.”라고 규정하여, 자사고의 지정ㆍ운영 기간은 5년 이내로 하고, 운영 기간 내의 운영 성과 등을 평가하여 행정청이 재량에 따라 연장 여부를 결정할 것을 예정하고 있었다.
 나) 이러한 제도 운영과정에서 해당 학교 운영의 안정성이 떨어진다는 점이 지적되었고, 초ㆍ중등교육법 시행령이 2011. 6. 7. 대통령령 제22955호로 개정되면서 제91조의3 제4항은 “교육감은 자율형 사립고등학교를 지정한 경우에는 5년마다 시ㆍ도 교육규칙으로 정하는 바에 따라 해당 학교의 운영 성과 등을 평가하여 지정 목적의 달성이 불가능하다고 인정하는 경우에는 지정을 취소할 수 있다.”라고 규정하게 되었다. 또한 종전의 지정기간 연장에 행사되는 재량을 절차적으로 통제할 수 있는 장치를 마련하기 위하여, 교육감이 자사고 지정을 취소하는 경우에는 미리 교육과학기술부장관(현재 교육부장관, 이하 구분하지 않는다)과 ‘협의하여야 한다.’는 내용(같은 조 제5항)을 신설하였고, 지정취소 시의 절차로서 청문제도(제105조의7)의 근거도 신설되었다. 2014. 2. 18. 대통령령 제25184호로 개정된 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제4항은 자사고 지정취소에 관한 사유를 제1호 내지 제5호로 규정하여, 그중 제5호로서 “교육감이 5년마다 시ㆍ도 교육규칙으로 정하는 바에 따라 해당 학교 운영 성과 등을 평가하여 지정 목적의 달성이 불가능하다고 인정되는 경우”를 규정하게 되었고(이하 ‘이 사건 취소규정’이라 한다), 자사고의 지정, 지정취소 및 운영에 필요한 사항은 교육부령으로 정하도록 위임하게 되었다(같은 조 제7항). 
 다) 이후 초ㆍ중등교육법 시행령이 2014. 12. 9. 대통령령 제25819호로 개정되면서 제91조의3 제1항, 제5항이 교육감과 교육부장관 사이의 관계에 대하여 교육감이 자사고를 지정ㆍ고시할 때 및 같은 조 제4항에 따라 자사고의 지정을 취소할 때 교육부장관의 ‘동의를 받아야 한다.’는 내용으로 개정되었고, 같은 조 제6항이 신설되어 교육부장관이 그 동의 여부를 결정하려는 경우에는 ‘제105조의3에 따른 특수목적고등학교 등 지정위원회의 심의를 거쳐야 한다.’고 규정하게 되었다.
 3) 자사고 제도의 설립 근거 삭제(일반고등학교로의 전환)
 한편 외국어ㆍ국제계열의 특수목적고등학교, 자율형 사립고등학교ㆍ공립고등학교가 각 도입 취지와 달리 고등학교의 서열화를 유발하고 사교육을 심화시키는 등의 부작용이 발생하였다는 지적이 이루어졌다. 이에 구 초ㆍ중등교육법 시행령이 2020. 2. 28. 대통령령 제30494호로 개정되면서 자사고를 비롯한 해당 학교의 설립 근거를 삭제하고 일반고등학교로 전환할 것이 결정되었다. 개정된 위 시행령은 자사고의 근거였던 제91조의3을 삭제하였고, 같은 시행령 부칙(2020. 2. 28.) 제1조에 의하여 개정 시행령은 2025. 3. 1.부터 시행하되, 제3조에 따라 고등학교의 구분 등에 관한 제91조의3(제4항 제5호는 제외)의 개정규정은 2025학년도의 고등학교 입학전형부터 적용되고, 제7조에 따라 해당 시행령 시행 당시인 2020. 2. 8. 이 사건 학교를 비롯하여 자사고로 운영되는 고등학교에 재학 중인 2학년 및 3학년 학생에 대해서는 해당 학교를 졸업할 때까지 당초 계획된 교육과정이 운영될 것이 예정되어 있다. 
 4) 기타 
 나머지 관련 법령은 [별지] 기재와 같다. 
 나. 근거 법령의 위헌ㆍ무효 여부 
 1) 원고들의 주장 요지 
 이 사건 각 처분의 근거가 되는 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제8항과 초ㆍ중등교육법 시행규칙 제82조는 포괄위임금지원칙, 복위임금지원칙에 위배되어 위헌ㆍ무효이다. 
 2) 판단
 가) 헌법 제31조 제6항은 “학교교육 및 평생교육을 포함한 교육제도와 그 운영, 교육재정 및 교원의 지위에 관한 기본적인 사항은 법률로 정한다.”라고 하여 교육제도 법정주의를 규정하고 있다. 교육제도 법정주의는 교육제도에 관한 기본방침을 제외한 나머지 세부적인 사항까지 반드시 형식적 의미의 법률만으로 정하여야 한다는 의미는 아니고, 입법자가 정한 기본방침을 구체화하거나 이를 집행하기 위한 세부시행 사항은 하위법령에 위임이 가능하다(헌법재판소 2016. 2. 25. 선고 2013헌마838 전원재판부 결정 참조). 또한 포괄위임금지원칙은 위임입법의 근거 및 그 범위와 한계를 제시하는 헌법 제76조에 따라, 하위법규에 규정될 내용 및 범위의 기본사항이 구체적이고 명확하게 규정되어 있어 누구라도 그 자체로부터 하위법규 등에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있어야 함을 의미한다(헌법재판소 2016. 7. 28. 선고 2014헌바158, 174 전원재판부 결정 취지 참조). 
 나) 초ㆍ중등교육법 제2조는 학교의 종류로 초등학교ㆍ공민학교, 중학교ㆍ고등공민학교, 고등학교ㆍ기술고등학교, 특수학교, 각종학교를 두고 있을 뿐, 직접 법률에서 고등학교의 종류나 구분ㆍ유형 등에 관하여 별도로 규정을 두고 있지는 않고, 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제76조의3(고등학교의 구분)에서 고등학교를 일반고등학교, 특수목적고등학교, 특성화고등학교, 자율고등학교로 구분하고 있다. 그러나 초ㆍ중등교육법은 고등학교 교육제도와 그 운영에 관하여 교육의 목적(제45조), 수업연한(제46조), 입학자격(제47조), 학과와 교과 및 교육과정(제48조) 등 기본적인 사항을 규정하고 있고, 같은 법 제61조 제1항을 통해 학교교육제도를 포함한 교육제도의 개선과 발전을 위하여 특히 필요하다고 인정되는 경우 한시적으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 초ㆍ중등교육법 조항의 일부를 적용받지 않는 학교 또는 교육과정을 운영할 수 있도록 규정함으로써 자사고를 비롯하여 다른 형태의 고등학교 교육제도를 운영할 수 있는 근거를 마련하고 있다. 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3은 위 조항의 위임 취지에 따라 법률로 정하고 있는 학교교육제도에 관한 사항 중 일부가 적용되지 않고 폭넓은 자율권을 향유하는 학교로서 자사고의 설립 근거를 정하고 있는데, 자사고 지정의 요건, 신청 절차(제1항, 제2항), 입학대상(제3항), 지정취소 사유(제4항) 등을 시행령에서 규정하고 있고 제8항에서 ‘제1항부터 제7항까지 규정한 사항 외에 자사고의 지정, 지정취소 및 운영에 필요한 사항’을 교육부령으로 정하도록 위임하고 있다. 그 위임에 따라 초ㆍ중등교육법 시행규칙은 자사고 지정 및 취소의 동의 절차(제56조 내지 제62조), 지정위원회의 구성 및 운영(제63조 내지 제69조), 자사고의 입학전형(제72조), 자사고의 법인전입금기준(제77조), 교육과정 운영기준(제78조) 등을 규정하고 제82조에서 “이 규칙에서 규정한 사항 외에 특성화중학교, 특수목적고등학교 또는 자율형 사립고등학교의 지정ㆍ지정취소 및 운영에 필요한 사항에 관하여는 법령의 범위 내에서 시ㆍ도 교육규칙으로 정할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 
 다) 학교교육에 관한 한 국가는 광범위한 형성권을 가지고 있으며, 그에 따라 국가는 교육의 다양성과 형평성, 교육의 공공성과 사학의 자율성, 학생의 학교선택권 등 여러 요소들을 종합적으로 고려하고, 교육환경의 변화에 따라 교육정책을 탄력적ㆍ합리적으로 운영할 필요성이 크다. 자사고의 지정과 운영, 지정취소에 영향을 미치는 운영 평가의 기준 등은 교육정책, 교육여건 등 다양한 요소를 종합적으로 고려하여 전문적ㆍ정책적 판단을 거쳐 결정되어야 하고 국가 교육방향과도 밀접한 관련성이 있다. 앞서 본 자사고 도입제도의 취지에 비추어 ‘학교교육제도를 포함한 교육제도의 개선과 발전을 위하여 특히 필요하다고 인정되는 경우’에 대하여, 그 세부적 사항을 일일이 법률로 정하는 것보다는 위와 같은 본질적 취지를 바탕으로 행정법령에 위임하는 것이 보다 적절하다고 볼 수도 있다. 이러한 점과 아울러 자사고 제도의 전반적인 체계와 취지 및 목적, 위임조항의 문언 등을 종합하면, 자사고 지정, 운영 및 지정취소에 관한 사항을 유기적으로 해석할 수 있고, 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제8항 및 같은 법 시행규칙 제82조가 포괄위임금지원칙에 반한다고 볼 수 없다. 
 라) 대통령령이 위임받은 사항에 관하여 대강을 정하고 그중의 특정사항을 범위를 정하여 하위 법령에 다시 위임하는 경우에는 재위임이 허용된다(헌법재판소 2003. 12. 18. 선고 2001헌마543 전원재판부 결정 참조). 앞서 보았듯이 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3은 ‘초ㆍ중등교육법 조항의 일부를 적용받지 않는 학교 또는 교육과정을 운영할 수 있도록 규정’하기 위한 내용을 제1항 내지 제7항에서 정하고 있고, 제8항에서 ‘제1항부터 제7항까지에서 규정한 사항 외에 지정, 지정취소 및 운영에 필요한 사항’을 한정하여 교육부령에 재위임하고 있다. 초ㆍ중등교육법 시행규칙은 위 시행령으로부터 재위임받은 범위에 따라 관련 내용을 정하고 그 외 자사고의 ‘지정ㆍ지정취소 및 운영에 필요한 사항’에 관하여 법령의 범위 내에서 시ㆍ도 교육규칙으로 정하도록 재위임하고 있는 것이므로 재위임의 경우에 요청되는 기준도 충족하고 있다고 봄이 타당하다. 
 마) 근거 법령의 위헌ㆍ무효 여부에 관한 원고들의 주장은 받아들이지 않는다. 
 다. 절차적 위법 인정 여부 
 1) 원고들의 주장 요지 
 가) 행정절차법 제23조 제1항에 의하면, 피고는 원고들이 어떠한 위반사실에 대하여 당해 처분이 있었는지를 알 수 있을 정도로 사실을 적시하였어야 한다. 그러나 이 사건 처분서는 구체적인 평가점수 산정 근거에 대해 아무런 자료를 제공하지 않고, 원고들이 평가지표별 점수 산정의 오류를 다투는 것이 불가능하여 방어권 행사에 지장을 초래하였다. 이 사건 각 처분은 충분한 이유제시를 결여하였다. 
 나) 피고는 법령의 근거 없이 임의로 평가위원을 선정하고, 자사고 존립을 반대하거나 편향적 견해를 가진 평가위원들로 위원회를 불공정하게 구성하였다. 해당 평가위원들에 의한 평가 결과는 객관성ㆍ공정성을 담보할 수 없으므로 이러한 평가 결과를 근거로 한 이 사건 처분 역시 모두 위법하다. 
 다) 행정절차법 제20조 제1항에 따라 피고는 이 사건 각 처분에 앞서 구체적인 평가기준을 사전에 공표하여야 한다. 자사고 운영 성과 평가는 지정 목적 달성 여부를 판단하기 위해 지난 5년간의 성과를 평가하는 것이므로, 피고는 이 사건 평가대상기간이 시작되기 전에 구체적인 운영 성과 평가기준을 공표하였어야 하고, 평가대상기간 도중에 처분기준을 변경하였다면 그러한 내용을 구체적으로 통보하고 평가대상기간이나 평가점수 산정방식을 합리적으로 조정하여 예측가능성을 보장하였어야 한다. 그러나 피고는 운영 성과 평가에 중대한 영향을 미치는 평가기준 변경사항을 사전에 공표하지 않았으므로, 이 사건 처분은 행정절차법 제20조 제1항을 위반하여 위법하다. 
 2) 인정 사실 
 가) 교육부는 2018. 11.경 아래 라. 2) 나)항에서 보는 바와 같이 각 시ㆍ도교육청이 2019년 운영 성과 평가지표 수립에 참조할 수 있는 표준안(이하 ‘2019년 표준안’이라 한다)을 설계하여 안내하였다. 표준안에 따르면 평가지표는 6개 영역, 12개 항목, 32개 지표로 구성되어 있고, 총점 100점 중 교육부 공통지표가 88점, 각 시ㆍ도교육청이 재량에 따라 수립할 재량지표가 12점이며, 다만 합산된 점수에 ‘감사 등 지적사례’가 최대 12점의 감점지표로 작용하여 각 평가지표에서 얻은 점수를 합산하여 최종 평가점수를 산출한다. 자사고 지정 목적 달성 여부를 평가하는 기준 점수는 70점이다. 
 나) 서울특별시교육청은 위 표준안을 기초로 2019년 평가계획안을 마련하고 2018. 12. 21. 지정ㆍ운영위원회 심의를 거쳐 관할 지역 자사고에 적용할 2019년 평가계획을 결정하였다. 서울특별시교육청은 2018. 12. 27. 이를 이 사건 학교를 비롯한 13개 평가대상학교에 보내어 2019년 운영 성과 평가계획을 안내하였다. 
 다) 서울특별시 자사고 교장 연합회는 2019. 2. 13. ‘사전협의나 고시 없이 일방적으로 평가기준을 변경한 것이 부당하고, 공정성을 잃었으며 특히 10가지 기준이 부적정하다.’는 취지로 평가계획상 평가지표의 문제점을 지적하고 이의를 제기하였다. 서울특별시교육청은 자사고 교장 연합회가 제기한 이의사항을 바탕으로 지정ㆍ운영위원회에 추가심의를 의뢰하였다.
 라) 지정ㆍ운영위원회는 2019. 2. 25. 평가지표 중 ‘감사 등 지적사례’ 지표에 관한 일부 이의를 받아들여, 구체적 평가과정에서 ‘단순한 지침 미숙지나 소홀로 인한 동일 사안으로 여러 교직원이 감사 지적을 받은 경우, 평가위원 간 협의를 거쳐 1건으로 처리할 수 있다.’는 내용으로 지침을 일부 수정하기로 하고, 나머지 평가지표는 그대로 유지하여 2019년 평가계획을 확정하였다.
 마) 피고는「서울특별시교육청 자율학교 등의 지정 및 운영에 관한 규칙」(서울특별시교육규칙 제905호, 이하 ‘지정 및 운영규칙’이라 한다) 제12조의2에 따라 평가절차를 진행하고 ‘평가단 구성 및 평가위원 선정 계획’을 구성하여, 2019년 평가대상 13개교를 7개교, 6개교로 나누어 2개의 평가단을 구성하였다. 1개 평가단은 총 10명의 평가위원으로 구성되어 있는데 평가영역별로 교장과 지정ㆍ운영위원회 위원(‘학교운영’ 부문 평가위원), 교장과 교감(‘교육과정 운영’ 부문 평가위원), 교수와 교감(‘교원의 전문성’ 평가위원), 행정실장 2명(‘재정 및 시설여건’ 평가위원), 시민단체와 교감(‘교육청 재량지표’ 평가위원)의 지위에 있는 사람으로 구성하기로 하였고, 구체적으로 서울특별시교육청이 보유한 인력풀에서 평가일정 등을 고려하여 선정하는 방식으로 진행되었다.
 바) 서울특별시교육청은 한국교육개발연구원을 통해 각 평가지표에 배점을 부여하기 위한 평가매뉴얼을 마련하였고, 외부 평가위탁기관 주관하에 평가위원 전원을 대상으로 연수를 진행하였다. 
 사) 이 사건 학교는 2019. 4. 5.까지 위 확정된 평가계획안을 바탕으로 자체평가를 진행하여 운영 성과 보고서를 제출하였다. 서울특별시교육청은 위 보고서를 바탕으로 서면평가, 현장평가, 온라인 학교 만족도 조사를 실시하였고 2019. 7. 8. ○○고의 점수를 65점, □□고의 점수를 67.5점으로 산정하였으며, 지정취소 절차를 진행할 것을 의결하였다. 
 아) 피고는 2019. 7. 9. 원고들에게 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제105조의7에 따라 청문실시를 통지하며 붙임 문서로 평가영역별 2019년 운영 성과 평가 결과, 총점 및 각 평가영역별 주요 미흡사유 등을 사전통지하였고, 같은 날 ‘2019년 자사고 운영 성과 평가 결과 통보서’를 송부하여, 평가영역별 세부 평가 의견이 기재된 문서를 교부하였다. 
 자) 피고는 2019. 7. 22.부터 2019. 7. 24.까지 청문을 진행하였고, 청문결과를 바탕으로 2019. 7. 26. 지정ㆍ운영위원회 심의를 진행하였으며 앞서 보았듯이 2019. 8. 5. 원고들에게 이 사건 학교에 대한 지정취소를 결정하여 통보하였다. 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 8, 9호증, 을 제35 내지 39, 41 내지 47호증의 각 기재, 이 법원의 교육부장관에 대한 사실조회 회신 결과, 변론 전체의 취지 
 3) 판단 
 가) 이 사건 처분의 근거 및 이유제시에 관한 주장에 대하여 본다. 행정절차법 제23조 제1항은 행정청이 처분을 할 때에는 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하도록 규정하고 있고, 이는 행정청의 자의적 결정을 배제하고 당사자가 행정구제절차에서 적절히 대처할 수 있도록 하려는 취지이다. 따라서 처분서에 기재된 내용과 관계 법령 및 처분을 하기까지의 전체적인 과정 등을 종합적으로 고려하여, 어떠한 근거와 이유로 처분하였는지를 당사자가 충분히 알 수 있어서 그에 불복하여 행정구제절차로 나아가는 데 지장이 없다면 처분서에 처분의 근거와 이유가 구체적으로 명시되어 있지 않아도 그 처분이 위법하다고 할 수 없다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두2024 판결 등 참조). 
 위 인정 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 처분서에는 이 사건 취소규정이 근거 규정으로 명시되어 있고 지정취소 판단 기준인 70점에 미달함을 원인으로 이 사건 처분이 이루어졌음을 알 수 있었던 점, ② 점수 산정의 바탕이 되는 2019년 운영 성과 평가계획은 2018. 12. 27. 이 사건 학교에 전달된 바 있고 이 사건 학교가 서울 자사고 교장 연합회를 통해 그 평가계획안의 일부 지표에 이의를 제기함에 따라 지정ㆍ심의위원회가 다시 진행되었으므로 원고들이 평가영역 및 평가지표가 기재된 평가계획의 내용을 구체적으로 알 수 있었던 점, ③ 이 사건 평가 결과는 2019년 평가계획안을 기초로 원고들이 자체평가를 진행한 결과를 기초로 하고 있고 피고는 자체평가 결과를 바탕으로 서면평가, 현장평가, 온라인 만족도 조사를 거쳐 평가 결과를 산정하였으며, 청문절차를 진행하여 문제 된 지표에 대한 소명기회를 부여하였으므로, 원고들로서도 문제 된 평가지표를 개략적으로 파악할 수 있었던 것으로 보이는 점, ④ 피고는 처분에 앞서 원고들에게 평가 결과 중 평가영역별로 우수사항, 보완사항, 영역점수 등이 기재된 결과통보서를 교부하였고, 기재된 내용을 통해 각 영역별 피고의 평가내역을 파악할 수 있었던 점 등을 종합하여 보면, 원고들이 이 사건 처분에 불복하여 행정구제절차로 나아가는 데 지장이 없었다고 판단되고, 평가영역을 구성하는 개별 세부지표에 대하여 모두 세부적 판단 이유가 제시되어야 한다고 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 처분에 행정절차법 제23조를 위반한 절차적 위법이 있다는 원고들의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다. 
 나) 다음으로 평가위원 구성의 위법 주장에 관하여 본다. 평가위원의 자격과 경력 등을 정하는 문제는 평가대상의 내용, 평가 관여자에게 요구되는 능력이나 자질, 평가가 의사결정에 미치는 효과 등에 따라 구체적ㆍ개별적으로 평가하여야 한다. 이 사건 처분의 법률적 성질은 재량행위에 속하고, 행정청이 재량권을 행사하기 위하여 평가의 방법으로서 평가단을 구성하는 것은 특별히 법령의 제한이 없는 이상 행정청의 재량이 광범위하게 인정되는 영역으로 봄이 타당하다. 지정 및 운영규칙 제12조의2는 자사고의 평가과정과 관련하여, 평가대상학교의 장은 피고가 정한 서식에 따라 운영 성과 보고서를 작성하여 제출하고(제2항), 피고는 그 보고서에 의한 서면ㆍ현장평가, 학생ㆍ학부모ㆍ교원 만족도 조사를 실시한다고 규정하며(제3항), 그 밖에 평가 내용ㆍ방법 및 절차에 관한 구체적인 사항은 피고가 따로 정한다고 규정하고 있다. 그에 따라 피고는 평가대상 영역별로 평가위원의 자격을 나누어 교육관련 영역에는 교장, 교감 및 교수를, 재정 및 시설 관련 영역에는 행정실장 등을 선정하였는데 이러한 평가위원들의 자격으로부터 추단할 수 있는 경험이나 전문성은 평가대상 영역과 충분히 관련성이 있다고 보인다. 이에 피고가 서울특별시교육청이 보유한 인력풀을 활용하여 평가위원을 선정하는 방식을 선택했던 점, 학교별 평가단에 2명의 평가자를 배치하여 평가자 개인의 주관을 배제할 최소한의 장치를 갖추고 있었다고 보이는 점, 가사 평가위원들이 자사고 제도에 비판적 견해를 가졌다고 하여 평가를 불공정하게 한다고 단정할 수 없을뿐더러, 원고들의 주장만으로는 평가위원들이 자사고 제도에 대해 편향적이었다고 볼만한 증거도 없는 점 등을 종합하면, 평가위원 구성의 위법 및 평가의 편향성에 관한 원고들의 주장을 인정하기에 부족하고 달리 증거가 없다. 이 부분 원고들의 주장도 받아들일 수 없다. 
 다) 다음으로 처분기준의 설정ㆍ공표의무를 위반하여 절차적 위법이 있다는 주장에 관하여 본다. 
행정절차법 제20조는 제1항에서 “행정청은 필요한 처분기준을 해당 처분의 성질에 비추어 되도록 구체적으로 정하여 공표하여야 한다. 처분기준을 변경하는 경우에도 또한 같다.”라고 규정하면서 제2항에서 “제1항에 따른 처분기준을 공표하는 것이 해당 처분의 성질상 현저히 곤란하거나 공공의 안전 또는 복리를 현저히 해치는 것으로 인정될 만한 상당한 이유가 있는 경우에는 처분기준을 공표하지 아니할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 그러나 행정청이 행정절차법 제20조 제1항의 처분기준 사전공표 의무를 위반하여 미리 공표하지 아니한 기준을 적용하여 처분을 하였다고 하더라도 그러한 사정만으로 곧바로 해당 처분에 취소사유에 이를 정도의 흠이 존재한다고 볼 수 없다. 행정청이 공표한 처분기준은, 해당 처분의 근거 법령에서 구체적 위임을 받아 제정ㆍ공포되었다는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 대외적 구속력이 없는 행정규칙에 해당하는 것으로 보아야 하고, 처분이 적법한지는 행정규칙에 적합한지 여부가 아니라 상위법령의 규정과 입법 목적 등에 적합한지 여부에 따라 판단해야 하기 때문이다. 행정청이 미리 공표한 기준, 즉 행정규칙을 따랐는지 여부가 처분의 적법성을 판단하는 결정적인 지표가 되지 못하는 것과 마찬가지로, 행정청이 미리 공표하지 않은 기준을 적용하였는지 여부도 처분의 적법성을 판단하는 결정적인 지표가 될 수 없다고 보아야 한다. 만약 행정청이 행정절차법 제20조 제1항에 따라 구체적인 처분기준을 사전에 공표한 경우에만 적법하게 처분을 할 수 있는 것이라고 보게 되면, 처분의 적법성이 지나치게 불안정해지고 개별법령의 집행이 사실상 유보ㆍ지연되는 문제가 발생하게 된다(대법원 2021. 1. 14. 선고 2017두61232 판결 참조). 
 앞서 보았듯이 자사고 지정ㆍ지정취소 및 운영에 필요한 사항에 관하여는 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제8항에서 교육부령에 위임하고 있고, 초ㆍ중등교육법 시행규칙 제82조는 “이 규칙에서 규정한 사항 외에 특성화중학교, 특수목적고등학교 또는 자율형 사립고등학교의 지정ㆍ지정취소 및 운영에 필요한 사항에 관하여는 법령의 범위 내에서 시ㆍ도 교육규칙으로 정할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 관계 법령의 규정에 따라 5년마다 평가가 예정되어 있는 자사고의 지위가 부여된 처분상대방에게, 교육부와 피고가 지정취소 여부를 평가하기 위한 기준으로 구체적 평가항목의 세부내역을 결정하고, 배점을 정하고, 평가의 방식, 평가점수의 구체적인 산정 방법 및 기준을 정하는 것은 주무부서로서 고유한 영역의 정책적 재량판단을 통일적으로 수행하고 업무처리에 효율을 가하기 위한 행정규칙이다. 따라서 위 법리에 비추어 2019년 평가계획이 행정절차법 제20조를 위반하는 등 적용기준에 흠이 있어 이 사건 처분에 취소사유에 이를 정도의 위법에 해당하는지 여부는, 결국 해당 기준이 상위법령의 규정이나 법의 일반원칙을 위반하는 정도에 이르러 재량권을 일탈ㆍ남용하였는지 여부와 밀접하게 관련되어 있으므로, 이 부분 주장은 이 사건 처분의 실체적 위법에 대한 주장과 함께 판단하기로 한다. 
 라. 실체적 위법 인정 여부 
 1) 원고들의 주장 요지 
 가) 이 사건 취소규정에 따라 자사고 지정을 취소하기 위해서는 “지정 목적 달성이 불가능”하다는 점이 입증되어야 하고 처분청인 피고가 입증책임을 부담한다. 그러나 2019년 운영 성과 평가계획은 다음과 같이 자사고의 운영 성과와 무관한 평가지표들이 대거 포함되어 기준점수 70점에 미달한다고 지정 목적 달성이 불가능하다고 볼 수 없으므로, 이 사건 각 학교를 평가한 결과가 70점에 미달한다고 하더라도 이는 부적절한 평가기준을 토대로 산정된 잘못된 평가 결과를 의미할 뿐 처분사유가 존재한다고 볼 수 없다. 피고가 기초로 한 2019년 운영 성과 평가는 일부 평가지표 자체가 잘못 설정되어 있고 원고가 예측할 수 없을 정도로 불리한 평가방법, 평가지표가 설계ㆍ신설되었음에도 원고들에게 사전에 평가기준이 제시되지 않았으며, 이미 평가대상기간 대부분이 지난 시점에 소급하여 평가가 이루어져 예측가능성이 현저히 떨어진다. 또한 구체적인 평가지표에 따른 판단과정에서 정량평가, 정성평가에 오류가 있어 점수가 잘못 산정되었다. 
 나) 교육청 재량지표 4가지는 모두 자사고의 지정 목적과 무관하여 자사고 운영 성과의 평가지표로 삼기에 부적절하다. 특히 ‘학생 참여 및 자치문화 활성화’, ‘학부모 학교교육 참여 확대 및 지역사회와의 협력’, ‘학교업무정상화 및 참여ㆍ소통ㆍ협력의 학교문화 조성’ 지표는 서울형혁신학교(자율학교)에서 강조되는 평가지표이다. 재량지표에 대한 피고의 구체적 평가 내용도 사실을 오인하거나 등급 평가를 잘못한 위법이 있다. 
 다) 피고는 2019년 평가기준에서 ‘감사 등 지적사례’ 평가지표를 가점 없이 최대 12점을 감점하는 내용으로 변경하였다. 감사에서 주의나 경고를 받았다고 하여 자사고 지정취소 사유가 인정된다고 볼 수 없고 ‘감사 등 지적사례’ 지표는 자사고의 평가탈락을 유도하는 조항으로 기능하여 원고들에게 큰 불이익을 가하였다. 
 라) 공통지표 중 개별 평가지표에 대하여, ① 학교운영 영역 중 ‘중장기 학교발전계획의 수립 및 이행정도’ 지표에서 기간제교원 비율 증가는 선택과정을 확대 운용한 결과에 불과하고, ② ‘건학이념과 지정취지를 반영한 특성화 교육프로그램 운영’ 지표에 대해, 이 사건 학교는 각자의 건학이념을 반영하여 채플을 통한 전인적 인격 형성, 농촌선교봉사활동, 복지기관 및 선교기관 후원활동, 1인 1악기, 1인 1구기 교육 외 5개 프로그램, ○○역사 탐방 외 4개 프로그램 등 다양한 특성화 교육프로그램(이상 ○○고), 교양인 양성 프로그램, 봉사인 양성 프로그램, 건강인 양성 프로그램(이상 □□고)을 운영하고 있는데 평가가 잘못 이루어졌다. ③ 피고는 ‘전ㆍ편입학업무 처리의 공정성’ 지표를 잘못 평가하고, ④ ‘사회통합전형 대상자 선발 노력’은 원고들의 노력만으로 달성 가능한 지표가 아니고 지원자 자체가 감소한다는 점을 제대로 고려하지 않았다. ⑤ 교육과정 운영 영역 중 ‘다양한 선택과목 편성ㆍ운영 정도’ 지표는 학생들의 선택에 따라 좌우되므로 평가지표로 적절하지 않고, 연평균 학생선택 이수단위 비율을 제대로 반영하지 못한 오류가 있으며, ⑥ ‘다양한 교과 외 프로그램 운영’ 지표에 관하여 다채로운 수업이 제공되는 점이 반영되지 않은 오류가 있고, ‘교실수업 개선 노력 정도’ 항목은 지표 자체가 모호하고 평가기준의 구분 의미도 불명확하며 구체적 평가 결과에도 오류가 있다. ‘선행학습 방지 노력’ 지표에는 이 사건 학교의 노력이 충분히 평가되지 못하였고 ‘프로그램별 학생 참여율’ 지표는 학생들의 참여를 강제할 수 없다는 점이 고려되지 않았다. ⑦ ‘교원의 전문성’ 지표 중 ‘교원전문성 신장을 위한 노력’ 지표는 종전에 비해 현저히 불이익하게 변경되었고, ‘교원(수업교사) 1인당 학생 수 비율’은 자사고 지정조건 및 피고의 교원정원 허용 여부에 따라 외부적으로 결정되는 부적정한 지표이다. ⑧ 재정 및 시설여건 영역 중 ‘교비회계 운영의 적정성’ 지표에 대하여 순세계잉여금 비율을 4% 미만으로 유지하는 것은 사실상 추가적인 법인전입금을 투입하여야 가능하므로 부적법하고, ‘학생 1인당 교육비의 적정성’ 지표, ‘사회통합전형대상자 1인당 재정지원 현황’ 지표 또한 설계가 잘못된 평가지표인 등 2019년 평가지표의 설계, 평가기준, 구체적 평가 등에 위법이 있다. 또한 원고들에게 유리하게 적용될 수 있는 ‘학교 만족도’ 지표의 배점은 대폭 축소하고, 원고들의 노력만으로 해결할 수 없는 ‘사회통합전형 대상자 맞춤형 프로그램 운영’ 등 지표의 배점은 확대하는 등 평가기준을 원고들에게 불이익하도록 변경하였다. 
 마) 이 사건 처분은 자사고 지정 목적 달성 여부와 무관하게 피고의 선거 공약인 ‘자사고 제도 폐지’ 자체만을 목적으로 이루어졌으므로 목적이 정당하지 않다. 피고가 설정한 평가지표는 위와 같이 자사고 운영 성과 평가지표로 삼기에 부적절하고 최소한의 예측가능성도 보장되지 않았으므로 적합한 수단으로 볼 수 없다. 가장 침익적인 이 사건 처분에 앞서 유예기간을 두어 자사고가 자체적으로 미흡한 점을 개선하게 하거나 행정지도를 하는 등 덜 침익적인 수단이 전혀 고려되지 않았고, 이 사건 처분으로 인하여 달성되는 공익보다 원고들, 학생, 학부모들이 받는 불이익이 월등히 크므로 침해의 최소성과 법익의 균형성도 결여되어 있다. 또한 원고들의 정당한 신뢰에도 위반된다. 이 사건 처분은 비례의 원칙, 신뢰보호원칙에 위반된다. 
 2) 인정 사실 
 가) 2014년 운영 성과 평가계획 및 시행 
 (1) 교육부는 자사고의 운영 성과 등을 평가하는 데 필요한 기준안을 마련하기 위하여 정책연구, 전문가 의견수렴 절차 등을 거쳐 2014. 3.경「자사고 평가지표 표준안 및 14년 운영 성과 평가 안내」를 발표하였다. 위 표준안은 평가영역(6개), 평가항목(12개), 평가지표(27개)를 제시하고 평가지표별 배점은 각 시ㆍ도교육청이 정하도록 하였고, 지정취소 판단 기준은 60점으로 제시하되 각 시ㆍ도교육청에서 기준점수를 달리 적용할 수 있도록 하였다. 서울특별시교육청은 2014. 4. 해당 표준안을 토대로「14 자사고 운영 성과 평가 기본계획(안)」을 마련하였고, 서울특별시의 지정취소 판단 기준은 ‘70점’으로 적용하기로 하였다. 
 (2) 2014년 운영 성과 평가대상은 이 사건 학교를 비롯하여 2010학년도(2009년 무렵 지정)부터 운영한 14개 학교였다. 위 학교는 6개 평가영역, 12개 평가항목, 27개 평가지표로 구성된 2014년 평가계획안에 따라 2014. 4.경부터 2014. 5.경까지 자체평가를 실시하였고, 운영위원회는 2014. 6.경 이를 바탕으로 평가를 실시하였다(이하 ‘2014년 1차 평가’라 한다). 
 (3) 2014년 1차 평가 결과 ○○고는 82.2점, □□고는 71.8점을 얻었고, 지정ㆍ운영위원회는 2014. 6. 27. 2014년 자사고 운영 성과 평가 결과 심의안을 가결하였다. 그러나 당시 신임 교육감의 취임이 2014. 7. 1.로 예정되어 있는 점 등을 고려하여 평가 결과에 따른 교육감의 최종 결재는 이루어지지 않았다. 
 (4) 이후 2014. 6. 4. 치러진 제6회 전국동시지방선거에서 피고가 신임 서울특별시교육감으로 당선되었다. 피고는 자사고 운영 성과 평가의 목적을 ‘일반고 전성시대를 위한 기반 확보’로 명명하고, 종전 평가기준의 공교육지표를 재검토한 후 평가목적 및 평가지표를 수정하여 재평가를 진행할 것을 결정하였다(이하 ‘2014년 수정평가’라 하고 2014년에 이루어진 평가를 통틀어 지칭할 때에는 ‘2014년 평가’라 한다). 
 (5) 2014. 8.경 새로운 평가지표에 따른 2014년 수정평가가 진행되었고 변경된 지표에 따른 운영 성과 평가 결과 ○○고는 65.2점, □□고는 58.4점을 받았다. 피고는 2014. 10. 31. 이 사건 학교가 70점 미만을 받아 지정 목적을 달성하는 것이 불가능하다는 이유로 자사고 지정취소 처분을 하였다. 
 (6) 교육부장관은 2014. 11. 3. 피고에게 ‘위 2014년 자사고 지정취소 처분이 행정절차법, 초ㆍ중등교육법 시행령을 위반하고 재량권을 일탈ㆍ남용하였다.’는 이유로 2014년 지정취소 처분을 취소하라는 시정명령을 하였으나 피고는 응하지 않았다. 교육부장관은 2014. 11. 18. 피고의 자사고 지정취소 처분을 직권으로 취소하는 처분을 하였다. 
 (7) 피고는 2014. 12. 2. 교육부장관의 ‘자사고 지정취소 직권취소 처분’의 취소를 청구하였다(대법원 2014추33). 대법원은 2018. 7. 12. ‘이 사건 학교를 비롯한 학교들이 2014년 1차 평가 기본계획안을 믿고 그에 따라 평가를 준비하여 70점 이상으로 평가될 경우 자신들에 대한 자사고 지정이 취소되지 않을 것이라고 정당하게 신뢰하였는데, 피고가 평가기준을 수정하여 2014년 수정평가를 시행하였고, 수정된 평가기준은 종전 평가기준의 평가항목별 배점과 기본점수를 낮추고 교육의 공공성과 학교의 민주적 운영(배점 15점)이라는 교육청 재량평가 항목을 추가하여 사실상 교육청의 재량평가가 자사고 지정취소에 커다란 영향을 끼칠 수밖에 없게 되었다. 자사고 지정취소 처분으로 인하여 침해되는 학교들의 사익, 즉 그 신뢰에 반하여 자사고를 더 이상 운영할 수 없게 되는 불이익이 지정취소 처분을 통하여 달성하려는 공익보다 결코 작다고 할 수 없다.’는 이유로, 피고의 청구를 기각하는 판결을 선고하여, 같은 날 판결이 확정되었다. 이에 이 사건 학교는 2015학년도부터 2019학년도까지도 계속하여 자사고로 운영되었다. 
 나) 2019년 표준안 수립
 (1) 한편 2014년 평가에 대하여는 시ㆍ도교육청 간 평가기준, 지표별 배점, 등급간격 및 지정취소 기준점수가 상이하여 평가의 통일성 및 형평성을 저해하고, 일부 평가지표의 평가기준이 엄격하거나 낮다는 점이 지적되었다. 교육부는 시ㆍ도교육감이 각자의 자사고 운영 성과 평가권한에 따라 평가계획, 평가지표 등을 결정할 재량을 행사하도록 하면서도 지역별 최소한의 통일성ㆍ공정성을 담보하고자 하였고, 이에 교육부와 시ㆍ도교육청이 상호 협의를 통해 평가 표준안을 개발하고 표준안을 바탕으로 지역 여건 및 특성을 고려하여 각 시ㆍ도교육청의 재량평가 비중 확대를 토대로 시ㆍ도별 평가계획을 수립하기로 하였다. 
 (2) 교육부는 2018. 5. 3. 자사고 운영 성과 평가 관련 각 시ㆍ도 업무담당자 협의회를 개최하고, 2018. 5. 15. 현장전문가 검토 협의회를 개최하여 평가영역을 검토하였다. 교육부는 2018. 11. 무렵까지 4차에 걸쳐 운영 성과 평가 관련 각 시ㆍ도 업무담당자 협의회를 이어갔고, 매 협의회에서는 대체로 고등학교 소속인 업무담당자가 ‘교원의 전문성’ 평가영역의 지표를 검토하고 ‘교육과정 운영’, ‘학교운영’, ‘재정 및 시설여건’ 등의 평가영역은 각 교육청 담당 부서(교육과정운영과, 예산과, 중등교육과 등) 소속 업무담당자가 지표를 검토하였다. 
 (3) 교육부는 위와 같이 협의된 2019년 표준안을 2018. 11. 26. 각 시ㆍ도교육청에 안내하였다. 2019년 평가대상학교는 2014년에 운영 성과 평가를 받은 14개교 중 일반고로 전환한 1개 학교를 제외한 13개 고등학교이다. 2019년 표준안은 감사 지적사항 등에 대한 사회적 책무성을 제고하고 수업ㆍ학생평가를 개선할 것을 목적으로 하는 평가지표를 신설하였고 지표별 배점, 등급 간격 등을 제시하였으며, 입학전형, 전출ㆍ중도이탈, 교육과정(선택과목, 기초교과목 편성 등), 선행학습 방지 등 일부 평가지표에 대한 배점기준을 강화하였다. 또한 지정취소 판단 기준 점수를 ‘70점’으로 제시하였다. 
 (4) 2014년 1차 평가기준과 비교할 때 2019년 표준안에서 새로운 평가지표가 신설ㆍ변경되거나 평가방식에 차이가 있는 부분은 아래와 같다. 2019년 평가계획의 평가지표는 6개 영역, 12개 항목, 32개 지표로 구성되어 있고 교육부 공통지표 88점, 각 시ㆍ도교육청 재량지표 12점, 감사 등 지적사례 감점 최대 12점을 반영하여 최종 평가점수를 산출한다(총점 100점). 지표구성은 정량평가 15개 지표, 정성평가 10개 지표, 정량ㆍ정성 혼합평가 7개 지표이며 지표별로 S부터 D까지 5등급을 기본 구간으로 하여 각 지표별 배점에 따라 배정된 점수를 부여하는 방식이다. 감사 등 지적사례는 2014년 평가종료일 이후부터 2019년 평가일까지를 감사 결과 지적사항 산정대상기간으로 정하였다.
영역평가항목평가지표비고[1]학교운영(30점)1. 중장기 학교발 전계획과 건학 이념의 구현 노력(8점)1-1. 중장기 학교발전계획의 수립 및 이행정도(4점)1-1, 1-2. 각 배점증가(각 3점→각 4점)1-2. 건학이념과 지정취지를 반영한 특성화 교육프로그램 운영(4점)2. 학생선발과정의 공정성 및 충실성(10점)2-1. 입학전형 운영의 적정성(4점)2-1. 평가기준 강화(감사지적건수 기준 상향)2-2. 2019년 신설지표 2-3. 배점축소(3점→2점)2-2. 고교입학전형 영향평가의 충실도(4점)2-3. 전ㆍ편입학업무 처리의 공정성(2점)3. 학생 충원ㆍ유지를 위한 노력(12점)3-1. 학생충원율(4점)3-1. 배점축소(6점→4점) D등급 평가기준 강화3-2. D등급 평가기준 강화 3-3. 배점증가(3점→4점)3-2. 학생전출 및 중도이탈 비율(4점)3-3. 사회통합전형 대상자 선발 노력(4점)※ 종전 합계 25점이었던 ‘학교운영’ 영역이 합계 30점으로 확대되었음.[2]교육과정 운영(30점)1. 교육과정의 다양성 확보 노력(8점)1-1. 다양한 선택과목 편성ㆍ운영 정도(5점)1-1. 최고점 기준 강화(종전 25%→30%) 1-2. 배점축소(4점→3점)1-2. 인성/진로교육 등 다양한 교과외 프로그램 편성ㆍ운영의 적절성(3점)2. 교육과정 편성ㆍ운영의 적절성(14점)2-1. 기초교과 편성 비율(5점)2-2. 2019년 신설지표2-2. 교실 수업 개선 노력 정도(5점)2-3. 선행학습 방지 노력(4점)3. 사회통합전형 대상자 맞춤형 프로그램 운영(8점)3-1. 프로그램별 학생 참여율(4점)3-1. 배점증가(3점→4점)3-2. 배점증가(2점→4점)3-2. 프로그램 내용 및 시행의 충실도(4점) ※ 종전 합계 23점이었던 ‘교육과정 운영’ 영역이 합계 30점으로 확대되었음.[3]교원의 전문성(5점)교원 충원 및 전문성 신장을 위한 노력(5점)1-1. 교원(수업교사) 1인당 학생 수 비율(2점)1-1. 배점축소(4점→2점)1-2. 배점 기준 강화(최고점 기준 종전 40시간→60시간)1-2. 교원 전문성 신장을 위한 노력(3점)※ 종전 합계 7점이었던 ‘교원의 전문성’ 영역은 합계 5점으로 축소되었음.[4]재정및시설여건(15점)1. 학교 재정운영의 적정성(5점)1-1. 법인전입금 전출계획 이행 여부(3점)1-2. 배점축소(3점→2점)1-2. 교비회계운영의 적정성(2점)2. 학생 재정지원 현황(6점)2-1. 학생 1인당 교육비의 적정성(2점)각 배점축소(3점→2점)2-2. 학생 1인당 평균장학금(2점)2-3. 사회통합전형 대상자 1인당 재정지원 현황(2점)3. 시설 확보 및 활용(4점)3-1. 교육활동에 필요한 시설 확보 정도(2점)3-1. 배점축소(3점→2점)3-2. 자사고 특성에 맞는 시설 활용도(2점)※ 종전 합계 20점이었던 ‘재정 및 시설여건’ 영역은 합계 15점으로 축소되었음.[5]학교만족도(8점)1. 학교 구성원의 만족도(8점)1-1. 학생의 학교 만족도(3점)1-1. 배점축소(5점→3점)1-2. 배점축소(5점→2점)1-3. 배점축소(5점→3점)1-2. 학부모의 학교 만족도(2점)1-3. 교원의 학교 만족도(3점)※ 종전 합계 15점이었던 ‘학교 만족도’ 영역은 합계 8점으로 축소되었음.[6]교육청재량평가(12점)재량평가 지표 및 지적사례(-12~+12점)1-1. 교육청 재량평가(가점, 최대 +12점) ① 학생 참여 및 자치문화 활성화 ② 안전교육 내실화 및 학교폭력 예방 근절 노력 ③ 학부모 학교교육 참여 확대 및 지역사회와의 협력 ④ 학교업무정상화 및 참여 소통 협력의 학교문화 조성 1-2. 감사 등 지적사례(감점, 최대 -12점)1-1. 배점확대(10점→12점) ④ 지표 신설 1-2. 감점폭 확대(종전 최대 감점 5점→최대 감점 12점) 기준강화(종전에는 학교에 대한 주의 또는 경고에 대해 -0.5점 감점, 교직원은 경징계 이상 -1점 감점→학교에 대한 주의와 경고를 강화하여 주의 1점, 기관경고 2점 감점)※ 종전 합계 10점이었던 재량지표를, 재량지표 12점과 감점 최대 -12점으로 변경
 (5) ‘고교입학전형 영향평가의 충실도’는 2014년 교육부 표준안에 포함되어 서울특별시교육청 외 타 시ㆍ도교육청에서는 2019년 이전에도 평가지표로 활용하고 있었으나 서울특별시교육청 평가지표에는 2019년 평가안에 포함되었다. ‘감사 등 지적사례’ 지표는 2013년 전국 자사고ㆍ외고ㆍ국제고ㆍ자율학교 입시전형 감사 결과 이후 감점지표로 변경되었고 아래와 같이 반영 비중이 증대되었다.
2014년 1차평가2014년 수정평가2015년 평가2018년 평가2019년 평가감점 아님0점~-5점0점~-5점0점~-12점0점~-12점
 다) 표준안을 바탕으로 하는 자사고 2019년 운영 성과 평가계획의 확정 
 (1) 서울특별시교육청은 2019년 표준안을 기초로 평가계획안을 마련하였다. 평가지표 중 공통지표(배점 88점)는 표준안을 그대로 유지하였고, 재량지표(배점 12점)에 대하여, 서울특별시의 시ㆍ도 자율지표(재량지표)로서 ① 학생 참여 및 자치문화 활성화, ② 안전교육 내실화 및 학교폭력 예방ㆍ근절 노력, ③ 학부모 학교교육 참여 확대 및 지역사회와의 협력, ④ 학교업무정상화 및 참여ㆍ소통ㆍ협력의 학교문화 조성의 4가지를 선정하였다. ‘감사 및 지적사례’ 지표는 표준안과 동일하게 최대 12점까지 감점할 수 있도록 하였고, 평가기준 또한 70점으로 유지하였다. 
 (2) 심의위원회를 거친 평가계획안(심의 과정에서 일부 자구수정이 이루어진 외에 평가계획안의 내용 및 배점은 표준안과 동일하다)은 2018. 12. 27. 서울특별시 내 평가대상 자사고에 통지되었고, 앞서 본 이의절차를 거쳐 ‘감사 등 지적사례’ 지표 평가방법이 일부 수정된 외에는 위 결과대로 2019년 평가계획이 확정되었다(이하 2019년 평가계획에 따른 평가기준을 ‘이 사건 평가기준’이라 한다). 
 라) 2019년 운영 성과 평가계획에 따른 이 사건 학교의 평가 
 (1) 이 사건 학교의 운영 성과를 평가한 결과는 위 1. 나.항에서 본 바와 같이 ○○고 65.0점, □□고 67.5점이었다. 그중 특히 2019년 평가계획에서 신설ㆍ변경된 지표, 교육청 재량지표에서 감점된 내역은 아래와 같다.
영역평가지표배점○○고□□고평가결과감점평가결과감점학교운영고교입학전형 영향평가의 충실도42.4-1.62.8-1.2교육과정운영교실수업 개선 노력 정도53-23-2교육청재량평가학생 참여 및 자치문화 활성화31.8-1.20.6-2.4안전교육 내실화 및학교폭력 예방ㆍ근절 노력31.2-1.81.2-1.8학부모 학교교육 참여 확대 및지역사회와의 협력31.5-1.51.8-1.2학교업무정상화 및참여ㆍ소통ㆍ협력의 학교문화 조성32.4-0.62.7-0.3감사 등 지적사례-12-8.5-8.5-1-1감점합계-17.2-9.9
 (2) 위 감점내역 중 교육청 재량평가와 감사 및 지적사례를 이유로 감점된 구체적 내역은 아래와 같다.
 [교육청 재량평가 영역의 평가지표 및 평가 결과] 
평가지표배점평가 결과비고 - 평가 결과 중 일부○○고□□고학생 참여 및자치문화 활성화31.80.6ㆍ 각종 협의회와 위원회의 회의록을 내실 있게 작성할 필요가 있고 학생회와 학교장 간담회, 학교 규정 제ㆍ개정 시 학교 공동체의 의견수렴 방법에 대한 보완이 필요하며, 교직원 대상 안전교육, 심폐소생술 교육의 참여율 제고 방안이 필요하고, 학부모회 전용공간 확보와 학부모회 예산의 적정한 책정, 학부모 동아리 활성화 노력이 필요함.ㆍ 인사위원회가 부장교사 중심으로 구성되어 교사의 참여기회가 제한되고, 교직원 안전교육의 이수 비율이 낮으며 학생 대상 안전교육 실시가 미흡하고 상담사의 근무 여건 안정화가 필요하며 학부모회 활성화를 위한 자율활동 예산 책정이 필요하고, 지역주민 대상 교육프로그램의 활성화가 필요함.안전교육 내실화및 학교폭력예방ㆍ근절 노력31.21.2학부모 학교교육참여 확대 및지역사회와의협력31.51.8학교업무정상화및 참여ㆍ소통ㆍ협력의 학교문화조성32.42.7감사 등 지적사례-12-8.5-1아래 ‘구체적 사유’ 참조
 [‘감사 및 지적사례’의 구체적 사유]
학교감점사유○○고-8.5점○ 2018년 종합감사방과후학교 운영 소홀(주의 8건), 개인체험학습 운영 소홀(주의 11건), 선택교육과정 운영 부적정(종교과목 단수 개설, 경고 4건), 교직원 대상 예방교육 및 인권교육 실시 소홀(주의 1건), 학교급식 식재료 구매계약 및 집행업무 부적정(주의 4건), 급식 식재료(공산품) 특정상품 단수 지정(주의 3건), 학교운영위원회 운영 부적정(주의 2건), 휴직의 목적 외 사용 및 휴직자 복무관리 부적정(경고 2건, 주의 2건), 초과근무수당 중복 부당수령(기관주의 1건), 교원채용 업무관리 부적정(기관경고 1건), 설계변경 및 준공검사 부적정(경고 3건), 학교기본재산 사용허가 업무처리 소홀(경고 2건, 주의 2건), CMS 계좌관리 소홀(주의 2건) □□고-1점○ 2019년 종합감사협상에 의한 계약(소규모 테마형교육여행) 제안서 평가 부적정(주의 3건), 시설공사 및 용역 분할계약(주의 1건) 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 10, 11, 51 내지 58, 74, 75, 78, 79, 80호증, 을 제1 내지 23, 31, 32 내지 54호증, 60, 69, 72 내지 82호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 3) 판단 
 가) 처분기준의 사전공표 및 ‘갱신제’와 유사한 ‘지정취소’의 측면에서 고려되어야 할 기준
 (1) 앞서 보았듯이 행정절차법 제20조 제1항은 행정청으로 하여금 처분기준을 구체적으로 정하여 공표하도록 하여, 해당 처분이 가급적 미리 공표된 기준에 따라 이루어질 수 있도록 함으로써 해당 처분의 상대방으로 하여금 결과에 대한 예측가능성을 높이고 이를 통하여 행정의 공정성, 투명성, 신뢰성을 확보하며 행정청의 자의적인 권한행사를 방지하고자 하고 있다. 행정청은 당초에 공표된 처분기준을 변경하는 경우에도 행정절차법 제20조 제2항이 정한 예외에 해당하지 않는 한 변경된 처분기준을 다시 공표하여야 한다. 
 (2) 행정청이 관계 법령의 규정이나 또는 자체적인 판단에 따라 처분상대방에게 특정한 권리나 이익 또는 지위 등을 부여한 후 일정한 기간마다 심사하여 그 갱신 여부를 판단하는 이른바 ‘갱신제’를 채택하여 운용하는 경우에는, 처분상대방은 합리적인 기준에 의한 공정한 심사를 받아 그 기준에 부합되면 특별한 사정이 없는 한 갱신되리라는 기대를 가지고 갱신 여부에 관하여 합리적인 기준에 의한 공정한 심사를 요구할 권리를 가진다고 보아야 한다. 여기에서 ‘공정한 심사’란 갱신 여부가 행정청의 자의가 아니라 객관적이고 합리적인 기준에 의하여 심사되어야 할 뿐만 아니라, 처분상대방에게 사전에 심사기준과 방법의 예측가능성을 제공하고 사후에 갱신 여부 결정이 합리적인 기준에 의하여 공정하게 이루어졌는지를 검토할 수 있도록 심사기준이 사전에 마련되어 공표되어 있어야 함을 의미한다(대법원 2011. 1. 13. 선고 2010두1835 판결 등 참조). 사전에 공표한 심사기준 중 경미한 사항을 변경하거나 다소 불명확하고 추상적이었던 부분을 명확하게 하거나 구체화하는 정도를 뛰어넘어, 심사대상기간이 이미 경과하였거나 또는 상당 부분 경과한 시점에서 처분상대방의 갱신 여부를 좌우할 정도로 중대하게 변경하는 것은 갱신제의 본질과 사전에 공표된 심사기준에 따라 공정한 심사가 이루어져야 한다는 요청에 정면으로 위배되는 것이므로, 갱신제 자체를 폐지하거나 갱신상대방의 수를 종전보다 대폭 감축할 수밖에 없도록 만드는 중대한 공익상 필요가 인정되거나 관계 법령이 제ㆍ개정이 되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 허용되지 않는다고 보아야 한다(대법원 2021. 1. 14. 선고 2017두61232 판결 참조).
 나) 지정 목적 달성 불가능 여부 
 (1) 피고는 이 사건 학교가 ‘2019년 운영 성과 평가 결과 자사고 지정 목적의 달성이 불가능하다고 인정된다.’는 이유로 이 사건 취소규정에 따라 이 사건 처분을 하였다. 이 사건 취소규정은 ‘교육감이 5년마다 시ㆍ도 교육규칙으로 정하는 바에 따라 해당 학교 운영 성과 등을 평가하여 지정 목적의 달성이 불가능하다고 인정되는 경우’ 그 자사고 지정을 취소할 수 있다고 규정하여, 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제4항 각호에 열거되어 있는 다른 요건들이 ‘거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 회계를 집행한 경우’(제1호), ‘부정한 방법으로 학생을 선발한 경우’(제2호), ‘교육과정을 부당하게 운영하는 등 지정 목적을 위반한 중대한 사유가 발생한 경우’(제3호)와 같이 자사고에 객관적으로 중대한 부정사유가 발생한 경우를 규정하거나, ‘지정 목적 달성이 불가능한 사유의 발생 등으로 인하여 학교의 신청이 있는 경우’(제4호)와 같이 학교 스스로 지정취소 신청을 하는 경우를 규정하고 있는 것과 달리 불확정개념을 사용하여 취소의 요건을 규정하고 있다. 
 (2) 초ㆍ중등교육법 제45조는 우리나라 고등학교의 목적을 ‘중학교에서 받은 교육의 기초 위에 중등교육 및 기초적인 전문적인 교육을 하는 것’으로 규정하고 있다. 이러한 역할을 수행하는 중등교육기관의 운영은 국가의 기본 교육방향, 교육목표 및 교육여건 등 고도의 교육정책적 판단에 따라 결정되고, 중등교육기관의 한 형태로서 ‘자사고’라는 형태를 지정하여 운영하거나 그 지정된 결과를 취소하는 것 역시 고도의 전문적ㆍ정책적 평가를 필요로 한다. 앞서 보았듯이 국가 교육방향과도 밀접한 관련성이 있는 자사고 제도의 지정, 운영에 관한 구체적 사항을 법령에 모두 규정하기는 어려운 것과 마찬가지로, 자사고 지정의 취소사유를 모두 시행령에서 구체적으로 정하기는 어렵다. 자사고의 지정 및 그 취소는 해당 학교에 재학 중인 학생들과 그 학교에 입학하고자 하는 학생들에게 미치는 영향이 크므로, 국가의 교육정책과 운영 실태, 관련자들에게 미치는 영향 등을 다양한 측면에서 종합적으로 평가할 필요 또한 인정된다. 이 사건 취소규정은 불확정개념을 통해 다른 각호가 규율하지 못하는 자사고 지정취소 사유를 포섭하기 위한 내용으로 해석되므로 이 사건 취소규정에 따른 자사고의 지정 및 지정취소는 원칙적으로 교육감 및 교육부장관의 고유한 정책적 전문적 판단에 맡겨진 것으로 폭넓은 재량에 속하는 사항이다. 따라서 이 사건 처분에 대한 사법심사는 행정청의 재량에 기한 공익판단의 여지를 감안하여 법원이 독자의 결론을 도출함이 없이 당해 행위에 재량권의 일탈ㆍ남용이 있는지 여부만을 심사하게 된다(대법원 2001. 2. 9. 선고 98두17593 판결 취지 참조). 
 (3) 한편 이 사건 취소규정은 불확정개념을 통해 포괄적인 취소사유의 근거를 마련하면서도 그 요건을 ‘해당 학교 운영 성과 등을 평가하여 지정 목적의 달성이 불가능하다고 인정하는 경우’라고 규정하고 있다. 이 사건 처분은 이 사건 학교를 자사고로 지정하였다가 그 지정 이후의 운영을 평가한 결과에 따라 지정의 효력을 잃게 하는 것으로 앞서 본 ‘갱신제’와 유사한 성질을 지니므로, 합리적인 기준에 의한 공정한 심사를 받고 그 기준에 부합되면 특별한 사정이 없는 한 재지정되리라는 기대에 관하여 충분히 고려하여야 한다. 따라서 자사고 지정을 취소하여야 할 공익상의 필요와 취소로 인하여 당사자가 입게 될 기득권과 신뢰보호 및 법률생활 안정의 침해 등 불이익을 비교ㆍ교량한 후, 공익상의 필요가 당사자가 입을 불이익을 정당화할 만큼 강한 경우에 한하여 취소할 수 있다(수익적 행정처분의 취소에 관한 대법원 2014. 11. 27. 선고 2013두16111 판결 취지 참조). 또한 새로운 교육제도는 충분한 검토와 의견수렴을 거쳐 신중하게 시행되므로, 그러한 과정을 거쳐 시행되고 있는 교육제도를 다시 변경하는 것은 관련된 다수의 이해관계인들뿐만 아니라, 국가의 교육시책에 대한 일반 국민의 신뢰에도 큰 영향을 미칠 수 있는 만큼 더욱 조심스럽게 이루어져야 하고(대법원 2018. 7. 12. 선고 2014추33 판결 취지 참조), 이 사건 취소규정은 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제4항 제4호에서 규정하고 있는 자사고 스스로 지정취소 신청을 하는 경우와 달리, 자사고 측의 의사와 무관한 지정취소 사유에 해당하므로 침익적 측면이 매우 크다는 점도 고려되어야 한다. 
 (4) 자사고는 고교평준화 제도의 기본 틀을 유지하면서 고교평준화 제도의 문제점으로 지적된 획일성을 보완하기 위해 고교교육의 다양화를 추진하고, 학습자의 소질ㆍ적성 및 창의성 개발을 지원하며 학생ㆍ학부모의 다양한 요구 및 선택기회 확대에 부응하는 것을 목적으로 하는 제도이다(헌법재판소 2019. 4. 11. 선고 2018헌마221 전원재판부 결정 취지 참조). 그 목적에 따라 자사고 지정에 관하여는 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3이 정하고 있는데, 같은 조 제2항은 자사고를 운영하는 사립학교로 하여금 건학이념 및 학교운영에 관한 계획(제1호), 교육과정 운영에 관한 계획(제2호), 입학전형 실시에 관한 계획(제3호), 교원배치에 관한 계획(제4호), 그 밖에 자율형 사립고등학교의 운영 등에 관하여 교육감이 정하여 고시하는 사항(제5호)의 각 사항이 포함된 신청서를 제출하도록 하고, 그 신청 내용과 지정ㆍ운영위원회의 심의 결과를 바탕으로 교육부장관이 위 지정 동의 신청에 대해 자사고 지정 목적 달성 여부를 판단하여 지정이 이루어진다. 구「자율형 사립고등학교 지정 협의에 관한 훈령」(교육부훈령 제34호) 제7조 제1항은 자사고 지정 시 검토하고 교육감이 교육부장관에게 제출하여야 하는 검토사항을 제1호 내지 제5호 및 구체적 각 목을 통해 규정하고 있는데 그중 일부의 항목은 아래와 같다.
구분검토 항목 일부재정운영현황 및 계획ㆍ 재정운영계획 수립(관련 규칙에 해당하는 법인전입금 기준 이상을 부담하는 것을 주요 내용으로 하는)ㆍ 해당 학교법인의 수익용 기본재산으로부터 발생하는 수익금이 규칙 제4조 제4항 제4호에 따른 법인전입금 기준 이상일 것교육과정 편성ㆍ운영에관한 계획ㆍ 자율형 사립고등학교 지정으로부터 5년간의 교육과정 편성ㆍ운영계획이 수립되어 있을 것ㆍ 최소 204단위 이상을 교육과정으로 편성하도록 하고, 창의적 체험활동을 24단위 이상 확보하도록 할 것ㆍ 학생들의 수요와 적성ㆍ능력을 고려한 교육과정을 자유롭게 편성하되, 상급학교 진학, 인증시험 점수 취득만을 목적으로 하여 교육과정을 편성ㆍ운영하는 것을 지양할 것ㆍ 예술 및 체육교육, 창의성 및 인성교육 강화 방안을 반드시 마련하여 제출하도록 할 것ㆍ 기타 학교교육활동으로 부적합하다고 판단되는 교육활동을 지양하도록 할 것입학전형 실시에 관한 계획ㆍ 전형은 일반전형 및 사회통합전형으로 나누어 실시할 것ㆍ 사회통합전형은 추첨, 학교생활기록부의 기록 또는 면접의 방식으로 실시하도록 하되, 중학교 교과성적으로 지원하는 학생의 범위를 제한하지 않도록 함. 면접은 교과성적을 반영하거나 교과지식을 묻는 형태의 구술면접을 실시하지 않을 것
 앞서 본 교육제도의 특징을 고려할 때 소정의 과정을 거쳐 시행되고 있는 자사고 지정제도와 종전 평가기준에 대한 신뢰는 합리적이고 정당한 신뢰로서 공익과의 형량을 거쳐 보호될 수 있다(위 대법원 2014추33 판결 취지 참조). 자사고 지정은 위와 같은 사항을 바탕으로 ‘지정 목적 달성 여부’에 대한 검토를 거쳐 이루어진 것이고, 앞서 보았듯이 지정취소 제도는 종래 행정청이 재량에 따라 자사고 지정 연장 여부를 결정하는 것이 학교 운영의 안정성을 저해한다는 점이 지적되어 도입되었다는 점을 보태어 보면, 이 사건 취소규정에 따라 이 사건 학교가 ‘지정 목적의 달성이 불가능하다고 인정되는 경우’에 해당하는지 여부 또한, 국가가 수립하였던 교육정책적 방향에 따라 이미 시행되고 있는 교육제도에 대한 신뢰와 안정성 등의 측면을 고려할 때 원칙적으로 위 내용을 바탕으로 평가함이 타당하다. 
 (5) 위 인정 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 여러 가지 사정이 인정되기는 한다. 
 (가) 앞서 보았듯이 이 사건 취소규정에 따른 자사고의 지정 및 지정취소는 피고 및 교육부장관의 정책 판단 또는 전문적 판단에 맡겨진 재량행위이고, 행정청이 재량권을 행사하기 위하여 이에 관한 판단 기준을 정하는 것 역시 행정청의 재량에 속하므로(대법원 1999. 5. 25. 선고 98다53134 판결 취지 참조), 원칙적으로 평가지표에 대한 구체적인 등급 기준이나 평가방법 등은 주무관청인 피고의 고유한 판단에 맡겨져 있다. 원고들이 위 1) (라)항에서 다투는 내용 중 지정취소 기준을 70점으로 변경한 것이 부당하다는 주장, 개별 평가지표의 구체적인 등급 부여가 잘못되었다거나 정량평가의 판단에 오류가 있거나 정성평가 요소를 미흡하게 고려한 오류가 있다는 등의 주장은 피고의 폭넓은 재량 범위에 있다고 보이는 사항들이다. 
 (나) 2019년 평가계획에 신설된 지표 중 ‘고교입학전형 영향평가의 충실도’ 및 ‘교실수업 개선 노력 정도’의 평가지표, 배점 변경이 이루어진 평가지표 중 아래 일부 평가지표에 관한 한, 그와 같은 변경이 지나치게 불합리하거나 부당하다고 보기 어렵다. 
 ① ‘고교입학전형 영향평가의 충실도’ 항목은 2014년 교육부 표준안에 포함된 바 있다. 다만 타 시ㆍ도교육청과 달리 서울특별시교육청의 경우, 관할 자사고가 2015학년 이전 입학전형까지는 추첨의 방식으로 입학전형을 실시하여 고교입학전형 영향평가 대상이 되지 않았기 때문에, 서울특별시교육청으로서는 교육부 표준안의 해당 지표를 2014년 평가에 반영하지 않았던 것으로 보인다. 선행교육을 유발하는 행위를 규제하고 교육기본법이 정한 교육목적을 달성하고자 2014. 3. 11. 법률 제12395호로「공교육 정상화 촉진 및 선행교육 규제에 관한 특별법」이 제정되어 2014. 9. 12.부터 시행되고 있었고, 같은 법 제8조는 선행교육 및 선행학습 유발행위를 금지하고 제9조는 입학전형을 실시하는 학교의 입학전형은 그 내용과 방법이 입학단계 이전 교육과정의 범위와 수준을 벗어나지 않아야 하고(제9조 제1항), 학교 밖 경시대회 실적, 각종 인증시험 성적 등을 반영하여서는 아니 되며(같은 조 제3항), 입학전형이 선행학습을 유발하는지에 대한 영향평가를 실시하고 그 결과를 다음 연도 입학전형에 반영하도록 규정하고 있다. 앞서 보았듯이 자사고는 중등교육기관 중 교육제도 법정주의가 적용되지 않는 한 유형이고, 위 평가지표는 초ㆍ중ㆍ고등학교의 교육과정이 정상적으로 운영되도록 하고 교육기본법에서 정한 교육의 목적을 달성하기 위해 설정된 지표로 보이므로, 자사고의 운영 성과를 평가하는 취지에도 부합한다. 다른 신설된 지표인 ‘교실수업 개선 노력 정도’는 질문과 토론 중심의 수업 혁신과 창의적 문제해결력을 키우는 학생평가를 실시하였는지 등을 평가하기 위한 지표이다. 자사고의 도입 목적은 다양한 교육환경을 제공하기 위한 것이었으므로 학생의 자발적 참여를 기반으로 하는 수업이 이루어졌는지를 평가하는 위 지표의 신설 자체는 자사고의 지정 목적에 부합하는 측면이 있다. 위 각 지표는 상위법령의 규정이나 입법 목적 등에 비추어 합리적이라고 수긍할 수 있는 평가지표이다. 
 ② ‘교원의 전문성 영역’ 중 교원(수업교사) 1인당 학생 수 비율에 대하여, 연평균 수업교사 1인당 학생 수를 일정 기준에 따라 등급을 나누는 것이 현저히 합리성이나 타당성을 결여하였다고 보기 어렵고, 서울특별시교육청이나 교육부가 자사고 교원의 정원을 통제하고 있다고 보기도 부족하므로, 위 지표가 원고들의 노력과 무관하게 외부적 요소에 의하여 결정된다고 단정할 수 없다. 
 ③ ‘전ㆍ편입학업무 처리의 공정성’, ‘학생충원율’, ‘학생 1인당 교육비의 적정성’, ‘사회통합전형 대상자 1인당 재정 지원현황’ 등 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제1항에 따라 국가 또는 지방자치단체로부터 교직원인건비 및 학교교육과정 운영비를 지급받지 않는 특성상 자사고에 다소 불리할 수 있는 일부 지표 중 오히려 배점이 2019년 평가계획에서 축소된 지표도 있다. 
 (6) 그러나 위 인정 사실과 앞서 든 증거, 갑 제15 내지 50, 59 내지 73호증, 을 제32, 34 내지 48, 53 내지 69호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하면, 2019년 평가계획에서 신설ㆍ변경된 교육청 재량지표, ‘감사 및 지적사례’ 평가지표를 비롯하여 피고가 평가지표와 평가기준에 중대한 변경을 가하였고, 이 사건 평가대상기간이 이미 대부분 도과한 후 그와 같은 기준을 이 사건 학교의 운영 성과에 소급하여 적용한 후, 이 사건 학교가 자사고 지정 목적 달성이 불가능하다고 평가하였음을 인정할 수 있다. 이는 피고가 사후적으로 중대하게 변경된 처분기준에 따라 소급하여 평가를 진행한 것으로서, 자사고 제도 자체를 폐지하거나, 지정된 자사고의 수를 종전보다 현저하게 감축할 수밖에 없도록 만드는 중대한 공익상의 필요가 인정되거나 관계 법령이 제ㆍ개정되었다는 등의 다른 특별한 사정이 없는 한, 처분기준 사전공표제도의 입법 취지에 반하고 재평가를 거친 재지정제도의 본질 및 적법절차원칙에서 도출되는 공정한 심사 요청에 반하므로 재량권을 일탈ㆍ남용한 것에 해당한다(앞서 보았듯이 구 초ㆍ중등교육법 시행령이 2020. 2. 28. 대통령령 제30494호로 개정되어 자사고 제도의 설립 근거가 삭제되었으나, 자사고의 한시적 존치를 전제로 한 같은 시행령 부칙 조항에 비추어 해당 개정은 위 법리에서 ‘특별한 사정’을 판단하는 하나의 사정으로 설시한 ‘관계 법령의 제ㆍ개정’에는 해당하지 않는다). 
 (가) 2019년 운영 성과 평가계획에는 위 ① 고‘고교입학전형 영향평가의 충실도’(4점) ② ‘교실수업 개선 노력 정도’(5점) 외에도, 서울특별시교육청 고유의 재량지표로서 ① ‘학생 참여 및 자치문화 활성화’(3점), ② ‘안전교육 내실화 및 학교폭력 예방ㆍ근절 노력’(3점), ③ ‘학부모 학교교육 참여 확대 및 지역사회와의 협력’(3점), ④ ‘학교업무정상화 및 참여ㆍ소통ㆍ협력의 학교문화 조성’(3점)이 선정되었으며, 감점 평가지표로서 ‘감사 등 지적사례’의 감점 기준이 최대 -12점까지 확대되었다. ○○고는 위 지표로 인하여 -17.2점의 감점, □□고는 -9.9점의 감점을 받았고, ‘고교입학전형 영향평가의 충실도’, ‘교실수업 개선 노력정도’ 지표 2가지를 제외한 나머지 지표로 인한 감점을 보더라도 ○○고는 -13.6점, □□고는 -6.7점으로서, 지정기간 연장을 위한 기준점수(70점)와 이 사건 학교가 받은 각 점수(65.0점 및 67.5점)를 고려할 때, 이 사건 학교에 대한 평가에서 매우 중대한 영향을 미쳤다. 
 (나) 원고들은 2009년부터 이 사건 학교를 자사고로 운영해 오고 있었고 자사고 지정이 취소되면 더 이상 자사고로서 운영하는 것이 불가능하다. 자사고의 지정취소가 원고들 및 이해관계인에게 갖는 의미를 고려할 때, 중요한 지정취소 요건을 변경하거나 주요 평가지표를 신설ㆍ변경하는 경우 그 내용 등이 사전에 고지되었어야 한다. 지방교육자치제도를 고려한 교육감 역점사업의 반영 필요성이나 교육정책의 변화를 고려하더라도, 자사고 제도가 입법화되어 법령에 도입되고 그에 따라 특정한 지정요건을 검토하여 자사고 지정이 이루어졌으며, 해당 내용을 바탕으로 2009년 지정, 2014년 평가를 거쳐 운영이 지속되고 있었다는 점 또한 고려되어야 한다. 이 사건 취소규정의 취지는 ‘평가대상기간의 운영 성과’를 바탕으로 지정 목적 달성 여부를 평가하려는 것이므로, 원고들이 그러한 평가지표를 인지하고 이를 기반으로 운영할 수 있다는 전제가 충족되었어야 한다. 이는 평가지표에 따른 운영이 가능할 수 있도록 그 기준에 대한 예측가능성이 보장되었어야 함을 의미한다. 그러나 이 사건 평가대상기간은 2015. 3. 1.부터 2020. 2. 29.까지인데, 이러한 평가계획안은 2018. 11. 26. 처음 자사고에 안내되었고 이의제기, 지정ㆍ운영위원회 심의를 거친 후, 2019. 4.부터 2019. 5.까지 진행된 서면평가와 현장평가에서 소급하여 평가대상기간 전체에 대한 운영 성과를 평가하는 데에 적용되었다. 교육부 2015년, 2018년, 2019년 자사고 평가지표 표준안(갑 제11호증, 을 제17, 33호증)은 주무부처인 교육부가 산하 시ㆍ도교육청에 평가지표 개발을 위해 ‘표준안’으로서 시달한 내부 자료로 보이고 피평가자인 원고들에게 통지ㆍ공개되었다고 볼 수 없다. 2014년 평가지표안(을 제32호증)의 경우, 2014년 수정된 지표에 따라 실시된 2014년 수정평가에 대해 교육부장관이 위법하다고 판단하여 직권으로 교육감의 처분을 취소하였고 법원에서도 수정평가의 위법성을 지적한 바 있으므로, 이 사건 평가기준의 예측가능성을 부여하는 사정으로 보기 어렵다. 이 사건 학교는 2009년에 지정되어 2014년, 2019년 평가대상이었고, 2010년에 지정되어 2015년 운영 성과 평가대상이었던 다른 자사고와 관련하여 홈페이지에 게시한 평가지표가 당연히 원고들의 예측가능성을 담보한다고 보기도 어렵다. 서울특별시교육청의 주요업무계획, 학교업무정상화 매뉴얼, 2016년 학생자치활동 활성화 지원계획 등 피고가 주장하는 나머지 자료는, 피고가 지향하는 학교 운영을 위한 정책 실현에 관한 자료이거나 일반적인 학교 운영을 지원하는 업무표준안에 불과하다. 
 (다) 이 사건 평가기준 중 교육청 재량지표는 ‘감사 등 지적사례’에 따른 감점 항목과는 별도로 합계 12점을 차지하여 비중이 클뿐더러, ‘우수 운영사례 등’(배점 7점), ‘감사 등 지적사례’(배점 3점) 평가지표로 구성되어 합계 10점이 배정되어 있던 2014년 1차 평가에 비해 변화된 배점의 폭과 내용에 차이가 크다. 
 ① 구체적으로 재량지표 중 ‘학생 참여 및 자치문화 활성화’ 지표는, 9개 평가요소를 바탕으로 정량평가와 정성평가를 결합하여 평가하는 방식으로 8개 항목 이상에서 실천 정도가 우수해야 S등급(3점)에 해당하고, 5개 항목 미만에서 실천 정도가 우수하면 D등급(0.6점)을 받게 된다.
ㆍ 학생 참여 및 자치문화 활성화평가요소(9개)평가방법 - 학급회의 편성ㆍ운영실천 정도 우수 항목　8개 이상: 3점　7개: 2.4점　6개: 1.8점　5개: 1.2점　5개 미만: 0.6점 - 학생회실 설치 및 운영 - 학교공동체 의견수렴을 통한 학교규칙 제ㆍ개정 - 학생회 건의사항에 대한 환류시스템 구축ㆍ운영 - 학생회 운영비 예산 편성 및 집행의 적절성 - 학급자치 활성화를 위한 학급운영비 확보(학급당 20만 원 이상) - 학생회ㆍ학교장 간담회(학기별 2회 이상 운영) - 학교운영위원회 학생관련 주요 안건에 대한 학생대표 참여 및의견개진 - 학생자치법정 운영
 위 지표는 2015년 평가계획에 반영된 바 있지만, 당시에는 7개 평가요소를 바탕으로 하였고 정성평가가 배제된 정량평가로서 반영되었다. 그런데 이 지표에는 평가요소로서 ‘학급자치 활성화를 위한 학급운영비가 학급당 20만 원 이상’, ‘학생회와 학교장 간담회를 학기별 2회 이상 운영’ 등 자사고 지정 목적과 밀접한 관련이 있다고 보기 어려움에도, 세부적으로 등급을 구분하는 구체적 기준이 포함되어 있고 일부 평가요소는 이 사건 학교가 사전에 기준을 파악하였다면 운영에 반영이 가능하였다고 보이는 측면도 있다. 실제 ○○고의 경우 ‘2018년도에 이르러서야 학급비를 20만 원 이상으로 상향 지원하고 간담회를 연 4회 이상 실시하여, 2015년과 2017년에는 해당 요소를 충족하지 못하였다.’는 점이 감점 요소로 지적되었고, □□고의 경우 ‘2017년부터 학급회의 격주 1회 이상 실시의 원칙을 세웠으나 우수성을 확인할 자료가 없고, 학생자치회 실질 예산이 일부 연도의 경우 적절히 편성되지 못하였다.’는 점이 감점 요소가 되었는데, 이는 평가요소가 소급 적용 되면서 구체적 기준의 인지 여부나 정성평가를 준비하기 위한 자료의 구비 여부 등이 등급을 나누는 데 영향을 미쳤다고 보이는 정황이다. 
 ② 재량지표 중 ‘안전교육 내실화 및 학교폭력 예방ㆍ근절 노력’ 지표는 8개 평가요소를 바탕으로 정량평가와 정성평가를 결합하여 평가하는 방식으로 8개 항목 이상에서 실천 정도가 우수해야 S등급(3점)에 해당하고, 5개 항목 미만에서 실천 정도가 우수하면 D등급(0.6점)을 받게 된다. ‘학교업무정상화 및 참여ㆍ소통ㆍ협력의 학교문화 조성’ 지표는 7개 평가요소를 바탕으로 정량평가와 정성평가를 결합하여 평가하고, 학교교육계획서, 회의록, 학교 구성원들의 의견수렴 및 협의과정을 알 수 있는 자료 등을 평가방법으로 요구하고 있다. 6개 항목 이상에서 실천 정도가 우수해야 S등급(3점)에 해당하고, 3개 항목 미만에서 실천 정도가 우수하면 D등급(0.6점)에 해당한다.
ㆍ 안전교육 내실화 및 학교폭력 예방ㆍ근절 노력평가요소(8개)평가방법 - 체험중심 안전교육 계획 수립 및 학생 안전교육 실시(안전교육 계획 수립의 충실성, 학생 안전교육 51차시 이상 실시)실천 정도 우수 항목　8개 이상: 3점 　7개: 2.4점　6개: 1.8점　5개: 1.2점　5개 미만: 0.6점 - 교직원의 안전교육ㆍ연수 이수(3년 주기 15시간 안전교육 이수 비율 100% 이상) - 교직원 심폐소생술 교육 이수(모든 교직원 대상 매년 심폐소생술 교육 이수 비율 100% 이상) - 학생 대상 심폐소생술 교육 이수(최소 1개 학년 이상 학생 대상 심폐소생술 교육 이수 비율 100% 이상) - 학교시설의 안전관리 및 점검 - 학교폭력 예방을 위한 교육계획 수립 및 다양한 프로그램 운영 - 평화로운 학교를 만들기 위한 학교공동체의 교육 실적 - Wee 클래스 운영, 전문상담인력 배치 등 학교폭력 가해ㆍ피해학생 교육체계구축ㆍ 학교업무정상화 및 참여ㆍ소통ㆍ협력의 학교문화 조성평가요소(7개)평가방법 - 교무 행정업무 분석 및 교직원 의사를 반영한 업무 배정실천 정도 우수 항목　6개 이상: 3점 　7개: 2.4점　4개: 1.8점　3개: 1.2점　3개 미만: 0.6점 - 인사위원회 구성 및 운영의 적절성 - 담임교사들이 함께 교육활동을 운영하는 학년부 체제의 실질적 운영 - 담임교사의 행정업무 경감을 위한 교육지원팀 구성 및 운영 - 결재선 간소화 및 위임전결 규정 정비 및 이행 - 토론이 있는 교직원회의의 실질적 운영 및 결과 환류 - 각종 회의의 민주적인 운영 시스템 구축 운영(각종 회의 운영 시 안건 사전 공지, 의견수렴, 토의ㆍ토론, 사후 결과 공유 등 민주적 절차 준수)
 그러나 위 지표에서 평가항목으로 삼는 구체적 평가요소들은 교육기관이라면 보편적으로 추구하여야 할 일반적 내용이다. 이 사건 평가기준은 자사고 제도 취지에 보다 밀접하다고 볼 수 있는 ‘인성/진로교육 등 다양한 교과 외 프로그램 편성ㆍ운영의 적절성’ 지표에 3점, ‘건학이념과 지정취지를 반영한 특성화 교육프로그램 운영’ 지표에 4점, ‘교원 전문성 신장을 위한 노력’에 3점, ‘자사고 특성에 맞는 시설 활용도’ 지표에는 2점을 부여하였는데, 위 평가지표가 다른 평가지표와 비교할 때 소급하여 각 3점을 부여하여야 할 정도로 자사고의 목적 달성에 밀접한 관련이 있다고 보기 부족하다. 더구나 위 각 지표 또한 평가요소를 충족하기 위한 구체적인 수치가 평가기준으로 포함되어 있고, 공정한 심사의 측면에서 ‘최소 1개 학년 이상 학생 대상 심폐소생술 교육 이수 비율 100%’, ‘교직원 심폐소생술 교육 이수 비율 100% 이상’ 등을 운영의 미흡요소로 지적하거나 평가방법의 자료로서 ‘학교 구성원들의 의견수렴 및 협의과정을 알 수 있는 자료’ 등을 요구하기 위해서는, 적어도 해당 기준이 사전에 제시되었어야 할 필요성이 크다. ○○고는 ‘교직원 대상 안전교육, 심폐소생술 교육이 미흡하다.’는 이유로, □□고는 ‘교직원 대상 안전교육 이수 비율이 낮고 학생 대상 안전교육 실시가 미흡하다.’는 이유로 각 C등급을 받았는데, 구체적으로 ○○고가 2015년부터 2017년까지 안전교육 운영 실적이 평가기준에 미치지 못하고 2018년에 안전교육을 급격히 늘린 것으로 판단되었고, □□고도 2015년부터 2017년까지 안전교육을 51차시 미만으로 실시한 것이 지적되었음도 이를 뒷받침한다. 
 피고의 주장과 같이 안전교육을 철저히 시행하고, 학교폭력을 예방하기 위해 체계를 구축하는 것이 바람직한 학교 운영에 필요한 요소라고 하더라도, 한정된 인적ㆍ물적 자원을 바탕으로 학교를 운영하는 원고들로서는 자사고 지정 목적에 부합하는 운영을 위해 우선순위를 평가하고 합리적으로 예측가능한 평가기준을 바탕으로 학교를 운영할 것으로 보인다. 자사고 재지정을 원하는 원고들로서는 우선순위 평가에 가장 큰 영향을 미치는 요소가 피고의 평가계획안이라고 할 것이다. 구체적 평가계획안을 사전에 알지 못한 원고들에 대하여, 피고의 일반적 교육 정책안, 업무 가이드라인 등을 통해 바람직한 학교 운영에 필요한 요소들을 스스로 검토하고 이를 자사고 운영에 반영하도록 기대하기는 어렵다. 피고가 안전교육 실시 등의 근거로 제시하는「학교안전교육 실시 기준 등에 관한 고시」(교육부고시 제2016-90호)는 2016. 3. 15. 제정되어 같은 날부터 시행되었으며, 학교안전사고 예방 및 보상에 관한 법률의 위임에 따라 학교안전교육의 구체적 실시 기준 등을 정한 것으로서, 자사고 지정과는 목적을 달리할뿐더러, 예측가능성이 보장되어야 한다는 점을 달리 볼 사정이 될 수 없다. 
 ③ 재량지표 중 ‘학부모 학교교육 참여 확대 및 지역사회와의 협력’ 지표는 7개 평가요소를 바탕으로 정량평가와 정성평가를 결합하여 평가하는 방식으로 6개 항목 이상에서 실천 정도가 우수해야 S등급(3점)에 해당하고, 3개 항목 미만에서 실천 정도가 우수하면 D등급(0.6점)을 받게 된다.
ㆍ 학부모 학교교육 참여 확대 및 지역사회와의 협력평가요소(7개)평가방법 - 학부모의 학교교육활동 참여를 위한 기반 조성 실천 정도 우수 항목　6개 이상: 3점　5개: 2.4점　4개: 1.8점　3개: 1.2점　3개 미만: 0.6점 - 학부모회 활동 지원예산 편성 및 집행의 적절성 - 각종 위원회(법정위원회 제외) 학부모 참여 보장 및 운영의 적절성 - 학부모의 요구를 반영한 맞춤형 학부모교육 실시 - 학부모 동아리 활성화 - 교사, 학부모 및 지역주민이 함께하는 학교평생교육 프로그램 운영 - 지역사회의 인적ㆍ물적 인프라를 활용한 다양한 교육프로그램 운영
○○고는 ‘학부모회 전용공간 확보와 학부모회 예산의 적정한 책정, 학부모 동아리 활성화 노력이 필요하다.’는 점, □□고는 ‘학부모회 활성화를 위한 자율활동 예산 책정, 지역주민 대상 교육프로그램의 활성화가 필요하다.’는 점이 지적되었다. 그러나 상시적이고 안정적인 학부모 참여 보장을 위한 별도의 전용공간으로서 학부모 회의실을 구비하여야 한다는 점, 학부모회 활동 지원예산을 일정 금액 이상으로 편성하여야 한다는 점, 학부모 동아리의 다양성, 지속성 및 충실성을 갖추어야 한다는 점 등은 자사고 지정 목적 달성 여부와 관련성이 높다고 보기 어려울뿐더러, 오히려 피고가 추진하는 ‘2019년 서울형 혁신학교 운영 기본계획’과 흡사한 내용이다. 이러한 지표는 특정한 정책적 목표를 담고 있어 일반적으로 예측하기 어렵고, 학교가 사전에 계획을 세워 집행해야 할 내용이므로, 이를 소급하여 평가요소에 포함하면서 3점을 배점하는 것은 사전에 예측하지 못한 불이익을 가중시키는 것이다. 
 ④ 이처럼 이 사건 평가기준의 교육청 재량지표(합계 12점)는 자사고 지정 시의 검토사항이나 2014년도 평가기준을 바탕으로 할 때 예측가능성이 낮고, 자사고의 지정 목적과도 비교적 관련성이 떨어진다고 보이므로, 합리적인 범위 내의 평가기준 변경으로 볼 수 없다. 
 (라) ‘감사 및 지적사례’ 지표로 인한 감점 한도는 2014년도 수정평가 당시 반영되어, 2019년 평가계획에서는 최대 -12점으로 크게 확대되었다. 위 지표의 감점한도 등이 결정될 무렵에는 이미 이 사건 학교의 감사 및 지적사례의 내용과 빈도가 결정된 상태였고, 원고들이 그러한 내용을 운영에 반영하거나 고려할 기회가 부여되지 않았다. 교육부 행정감사기준에 따른 ‘주의’ 또는 ‘경고’는 그 자체로 위반행위가 위법ㆍ부당하나 징계에 이르지 않을 정도의 사항이고, 문제 된 사실관계는 일반적인 학교 운영과 관련되는 사안도 많다. 일률적으로 모든 주의 및 경고 이력에 대해 학교의 경우 -1점 또는 -2점, 교직원 징계의 경우 -0.5점 내지 -1점을 최대 12점의 감점에 반영한다는 것은, 사실상 평가영역을 구분하여 평가지표를 바탕으로 점수를 산정하고, 총점을 합산하여 일정한 기준에 도달하였는지에 따라(70점) 지정 목적 달성 여부를 평가하도록 하는 처분기준에 중대한 차이를 가져오는 변화이다. 피고가 ‘동일 사안에 여러 교직원이 관련된 경우, 주의ㆍ경고를 1회만 인정하여 감점에 반영하기로 보완하였다.’는 점의 사정만으로 이러한 문제점이 보완된다고 볼 수도 없다. 
 실제 이 사건 학교에 대한 지적사항 내역에는 ‘급식 식재료 특성상품 단수지정’, ‘학교운영위원회 공고절차 미흡’, ‘휴직의 목적 외 사용 및 휴직자 복무관리 부적정’ 등 일반적인 학교 행정에 관한 사항들도 포함되어 있고, 이는 초ㆍ중등교육법 제91조의3 제4항 제1호 내지 제3호가 자사고 지정취소 사유로 규정하는 내용, 즉 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 회계를 집행하거나, 부정한 방법으로 학생을 선발하거나, 교육과정을 부당하게 운영하는 등의 사유와는 사유의 내용, 중대성 등에 현격한 차이가 있다. 이러한 사항은 감사 관련 규정 등에서 정한 바에 따라 위법ㆍ부당한 정도를 구분하여 별도로 엄정한 조치를 가할 사안이고, 자사고 지정 목적이라는 구체적 사안을 평가하며 최대 12점의 감점에 반영한다는 것은 예측하지 못할 불이익을 가하는 것이다. ○○고는 -8.5점, □□고는 -1점의 감점을 적용받았고, 해당 지표로 인한 불이익의 정도가 작다고 볼 수 없다. 
 (마) 공통지표 중 ‘교원의 전문성 신장을 위한 노력’(배점 3점)은 2014년에는 정량평가 영역(당시 배점 4점)이었고 교원 1인당 평균 연수시간이 40시간 이상인 경우 만점(S등급)인 4점을 받았다. 그러나 2019년 평가계획은 교원 연수 이수 시간 중 NEIS에 등재한 연수 중 직무연수 시간만 평가하도록 변경되었고, 직무연수 시간이 연평균 60시간 이상이어야 만점(S등급)인 3점을 받는 것으로 변경되었으며, 해당 기준에 의하면 교원 1인의 직무연수가 연평균 42시간 미만인 경우, 최하점인 0.6점만 받게 된다(D등급). 종전에 최고 등급을 받을 수 있는 기준을 갑작스럽게 최저 등급을 받을 정도로 변경하여 이미 지나간 평가대상기간의 운영 성과에 소급하여 적용하는 것은 예측가능한 평가기준 강화의 범위를 넘는 것이다. 또한 특히 ‘학교 만족도’ 평가영역은 종전 평가 당시 이 사건 학교가 높은 점수를 받은 평가영역이었지만 특별한 사정 없이 15점에서 8점으로 배점이 크게 축소되었고, 이러한 평가기준의 강화, 변동은 실질적으로 교육청 재량평가와 ‘감사 등 지적사례’의 영향이 더 크게 작용하는 결과를 초래하였다. 
 (바) 한편 피고는, 교육기본법이 교육이념으로서 ‘인격도야, 자주적 생활능력, 민주시민으로서 필요한 자질을 갖추게 하는 것’을 천명하고 있고(제2조), 학교교육의 방향으로서 “학교는 공공성을 가지며 학생의 교육 외에 학술 및 문화적 전통의 유지ㆍ발전과 주민의 평생교육을 위하여 노력하여야 한다.”(제9조 제2항), “학생의 창의력 계발 및 인성 함양을 포함한 전인적 교육을 중시하여 이루어져야 한다.”(제9조 제3항), “국가와 지방자치단체는 학생 및 교직원의 안전을 보장하고 사고를 예방할 수 있도록 필요한 시책을 수립ㆍ실시하여야 한다.”(제17조의5) 등을 제시하고 있으며 피고의 재량지표, 감사 및 지적사항, 평가배점의 조절 모두 이에 부합하므로 자사고 운영 평가에 대한 피고의 재량범위 내에 있다는 취지로 주장한다. 그러나 국가교육의 정책 방향을 바탕으로 교육감으로서의 재량을 발휘하여 운영 성과를 평가할 기준을 수립ㆍ설정하는 권한은 피고에게 있고, 원고들은 교육현장에서 피고가 기존에 결정ㆍ수립한 평가기준을 바탕으로 운영 성과를 평가받으며 재지정을 받기 위해 실질적으로 종전 평가기준을 참조하여 자사고를 운영할 지위에 있는 상대방이므로, 아직 피고가 공표하지 않은 평가기준에 대해 교육기본법이 표명한 교육이념 등 관련 법령을 바탕으로 평가기준을 예측하여 운영할 것까지 기대할 수는 없다. 위 지표들은 해당 기준에 대한 예측가능성이 부여되지 않았음에도 피고가 소급하여 ‘운영 성과’를 평가하는 지표로 삼았다는 점에서, 자의적으로 평가기준을 수립한 것과 본질적으로 다르지 않다. 일부 평가지표가 사후적으로 보았을 때 그 자체로는 나름 합리적이라는 이유로 정당성이 상실되지 않았다고 하는 것은, 사실상 자의적 심사를 용인하는 셈이 된다는 점에서 그대로 수긍할 수 없다. 
 (사) 교육과 학교 제도에 관하여 어떠한 제도를 도입하여 시행하여 왔다 하더라도 정책 변경이 필요하다면 이를 시정하여야 하고 기존 정책을 신뢰한 당사자들의 신뢰보호를 위하여 정책을 반드시 유지하여야 한다고 할 수는 없을 것이다(헌법재판소 2019. 4. 11. 선고 2018헌마221 전원재판부 결정 취지 참조). 그러나 법령에 따른 개인의 행위가 단지 법령이 반사적으로 부여하는 기회의 활용을 넘어서 국가에 의하여 일정 방향으로 유인된 것이라면 더욱 보호가치가 인정될 수 있으므로(헌법재판소 2007. 4. 26. 선고 2003헌마947 전원재판부 결정 등 참조), 교육제도에 대한 신뢰를 바탕으로 형성된 사익은 보호가치를 높게 인정할 수 있고 공익과의 형량에도 고려함이 타당하다. 앞서 보았듯이 자사고 제도는 1995년 무렵부터 교육정책의 한 방향으로 제시되었고 원고들은 2009. 3. 25. 시행령 개정에 따라 자사고가 법제화된 이후 2009. 7. 17. 자사고 지정을 받아 그때부터 국가나 지방자치단체로부터 재정적으로 독립하고(구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제1항 제1호), 법인전입금 비율을 유지하면서(같은 법 시행규칙 제77조) 이 사건 학교를 운영하여 왔으므로, 이 사건 처분으로 더 이상 이 사건 학교를 자사고로 운영하지 못하게 되는 원고들의 사익은 장기간 국가의 정책 방향에 따라 유인ㆍ권장된 측면이 있음이 충분히 고려되어야 한다. 자사고에 대한 정책결정은 국가교육의 철학과 방향의 문제이므로, 피고의 주장과 같이 자사고가 실제 일반고와 교육과정에서 큰 차이가 없이 운영되고 우수 학생 선점에 기반하여 고교서열화 현상의 원인으로 지목받는 등 부작용이 드러났다면, 행정의 영역에서는 변경된 교육정책 방향하에 평가기준을 수정ㆍ설계하여 학교법인에 그러한 운영을 유도할 사유로 봄이 타당하고(해당 기준이 재지정제도의 본질 및 적법절차의 원칙에서 도출되는 합리적인 기준인지 여부 및 입법적 영역에서의 변경은 별론으로 한다), 이를 종전의 평가기준을 신뢰하고 운영한 원고들에게 행정처분을 통해 이 사건 평가기준을 소급 적용함으로써, 예측하지 못한 침익적 효과를 가할 중대한 공익상 필요를 뒷받침할 사정으로는 인정하기 어렵다. 
 마. 소결론 
 이처럼 구 초ㆍ중등교육법 시행령이 적용되는 이 사건 학교에 대해 자사고 재지정 제도 자체를 폐지하거나 자사고 운영기준을 현저하게 다른 형태로 운용할 수밖에 없도록 만드는 중대한 공익상 필요가 인정되지 않는데도, 피고가 중대하게 변경된 평가기준을 이 사건 평가대상기간에 소급 적용하여 평가를 진행하고 이 사건 학교가 지정 목적을 달성하지 못하였다고 평가한 것은, 처분기준 사전공표제도의 입법 취지에 반하고 재지정제도의 본질 및 공정한 심사 요청에 반하므로 재량권을 일탈ㆍ남용한 것이다. 이 사건 처분이 위와 같은 이유로 위법하다고 판단하는 이상, 나머지 공통지표의 평가 위법 등을 근거로 재량권 일탈ㆍ남용을 다투는 등의 원고들의 나머지 주장은 나아가 판단하지 않는다. 
 3. 결론 
 원고들의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
　
[별 지] 관련 법령: 생략

판사 이상훈(재판장) 이강호 김효진

甲 학교법인이 운영하는 乙 고등학교는 2010학년도부터 자율형 사립고등학교로 지정되어 2019년까지 운영되었는데, 자율학교 등 지정ㆍ운영위원회가 ‘2019년 자율형 사립고 운영 성과 평가 기본계획’에 따라 진행된 평가 결과를 심의한 후 乙 고등학교에 대해 지정취소 절차를 진행할 것을 의결함에 따라 서울특별시교육감이 ‘2019년 운영 성과 평가 결과 乙 고등학교가 자사고 지정취소 점수 기준 70점에 미달되었고, 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제4항 제5호의 지정 목적의 달성이 불가능하다고 인정되는 경우에 해당한다.’는 이유로 ‘乙 고등학교에 대해 자사고 지정을 취소한다.’고 통보한 사안에서, 위 처분이 재량권을 일탈ㆍ남용한 것에 해당한다고 한 사례

甲 학교법인이 운영하는 乙 고등학교는 2010학년도부터 자율형 사립고등학교(이하 ‘자사고’라 한다)로 지정되어 2019년까지 운영되었는데, 자율학교 등 지정ㆍ운영위원회가 ‘2019년 자율형 사립고 운영 성과 평가 기본계획’(이하 ‘2019년 평가계획’이라 한다)에 따라 진행된 평가 결과를 심의한 후 乙 고등학교에 대해 자사고 지정취소 절차를 진행할 것을 의결함에 따라 서울특별시교육감이 ‘2019년 운영 성과 평가 결과 乙 고등학교가 자사고 지정취소 점수 기준 70점에 미달되었고, 구 초ㆍ중등교육법 시행령(2020. 2. 28. 대통령령 제30494호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제91조의3 제4항 제5호의 지정 목적의 달성이 불가능하다고 인정되는 경우에 해당한다.’는 이유로 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제4항에 근거하여 ‘乙 고등학교에 대해 자사고 지정을 취소한다.’고 통보한 사안이다.
자사고 지정취소에 관한 구 초ㆍ중등교육법 시행령 제91조의3 제4항 제5호의 취지는 ‘평가대상기간의 운영 성과’를 바탕으로 지정 목적 달성 여부를 평가하려는 것이므로 甲 학교법인이 평가지표를 인지하고 그에 따른 운영이 가능할 수 있도록 그 기준에 대한 예측가능성이 보장되어야 하는데, 평가계획안이 2018. 11. 26. 처음 자사고에 안내되었고 이의제기, 자율학교 등 지정ㆍ운영위원회 심의를 거친 후, 2019. 4.부터 2019. 5.까지 진행된 서면평가와 현장평가에서 소급하여 평가대상기간(2015. 3. 1.부터 2020. 2. 29.까지) 전체에 대한 운영 성과를 평가하는 데에 적용된 점, 평가기준 중 교육청 재량지표가 2014년 1차 평가와 비교하면 변화된 배점의 폭과 내용에 차이가 큰데, 자사고 지정 시의 검토사항이나 2014년도 평가기준을 바탕으로 할 때 예측가능성이 낮고, 자사고의 지정 목적과도 비교적 관련성이 떨어진다고 보여 합리적인 범위 내의 평가기준 변경으로 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 2019년 평가계획에서 신설ㆍ변경된 교육청 재량지표, ‘감사 및 지적사례’ 평가지표를 비롯하여 평가지표와 평가기준에 중대한 변경을 가하고, 평가대상기간이 이미 대부분 지난 후 그와 같은 기준을 乙 고등학교의 운영 성과에 소급하여 적용한 후, 乙 고등학교가 자사고 지정 목적 달성이 불가능하다고 평가한 것은 서울특별시교육감이 사후적으로 중대하게 변경된 처분기준에 따라 소급하여 평가를 진행한 것으로서, 자사고 제도 자체를 폐지하거나, 지정된 자사고의 수를 종전보다 현저하게 감축할 수밖에 없도록 만드는 중대한 공익상의 필요가 인정되거나 관계 법령이 제ㆍ개정되었다는 등의 다른 특별한 사정이 없는 한, 처분기준 사전공표제도의 입법 취지에 반하고 재평가를 거친 재지정제도의 본질 및 적법절차원칙에서 도출되는 공정한 심사 요청에 반하므로 재량권을 일탈ㆍ남용한 것에 해당한다고 한 사례이다.