법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2014.01.14 / 시행일:

【원 고】 □□□ 엘.피. 외 1인 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 강석훈 외 2인)
【피 고】 역삼세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 손호철 외 1인)
【변론종결】2013. 10. 25.
【주 문】
1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 

【청구취지】피고가 2012. 2. 13. 원고 1 회사에 대하여 한 2004 사업연도 귀속 법인세 64,475,216,970원(가산세 24,781,175,538원 포함) 및 원고 2 회사에 대하여 한 2004 사업연도 귀속 법인세 39,576,704,740원(가산세 14,450,233,570원 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위 
 가. 론스타펀드Ⅲ는 2000. 7. 설정된 국제적인 사모펀드(Private Equity Fund)로서, 원고들과 소외 12 회사로 구성되어 있다(이하 이들을 통틀어 ‘론스타펀드III’라고 한다). 
 나. 원고 1 회사는 미국 델라웨어주 법률에 의하여 설립된 미국의 유한 파트너쉽으로서 미국의 투자자들이 파트너로서 투자한 파트너쉽이고, 원고 2 회사는 버뮤다국 법률에 의하여 설립된 버뮤다국의 유한 파트너쉽으로서 미국 외 투자자들이 파트너로서 투자한 파트너쉽이며, 소외 12 회사는 버뮤다국 법률에 의하여 설립된 버뮤다국의 법인으로서 론스타 펀드의 전세계 임직원의 복지 차원에서 이들에게 투자할 수 있는 기회를 제공하기 위해 설립된 회사이다. 
 다. 론스타펀드Ⅲ는 한국 내의 부동산에 투자할 목적으로 공동으로 자금을 출연하여 상위 지주회사를 설립하고 이를 통하여 벨지움 왕국(이하 ‘벨기에’라고 한다) 법률에 의하여 벨기에 법인 소외 13 회사를 설립하였다. 소외 13 회사는 주식회사 ◇◇◇(인수 후 명칭을 ‘주식회사 ☆☆☆’로 변경하였다. 이하 ‘소외 14 회사’라고 한다)의 주식 전부를 인수한 다음, 소외 14 회사를 통하여 서울 강남구 (주소 생략) 토지 및 그 지상의 ○○○○ 빌딩(이하 ‘△△△△ 빌딩’이라고 한다)을 매수하였다. 그 후 소외 13 회사는 2004. 12. 28. 소외 14 회사 주식 전부(이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)를 싱가폴투자청 산하 법인인 ‘소외 15 회사’ 및 ‘소외 16 회사’에 각 50%씩 나누어 매각하여 양도차익 245,066,185,237원(취득가액 100,049,015,095원, 양도가액 351,091,149,508원, 양도비 5,975,949,178원)을 얻었다. 
 라. 소외 13 회사는 벨기에의 거주자로서「대한민국과 벨기에간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」(이하 ‘한·벨 조세조약’이라고 한다) 제13조에 주식양도로 인한 소득은 양도인의 거주지국에서만 과세되도록 규정되어 있다는 이유로 2005. 1. 10. 피고에게 비과세·면세 신청서를 제출하였다. 
 마. 이에 대하여 피고는 2005. 12. 15. 소외 13 회사는 실질적인 소득, 자산의 지배와 관리권이 없이 조세회피목적을 위해 설립된 도관회사(conduit company)에 불과하여 이 사건 주식의 양도소득에 관하여는 한·벨 조세조약이 적용되지 않고 그 양도소득은 원고들을 포함한 론스타펀드III에게 실질적으로 귀속된다면서, 그 중 ① 미국 거주자인 원고 1 회사에 대하여「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한·미 조세조약’이라 한다)」과 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제119조 제9호, 구 소득세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 개정되기 전의 것) 제158조 제1항 제1호 등에 따라 양도소득세 61,365,637,480원(본세 52,928,788,580원, 가산세 8,436,848,900원)을, ② 원고 2 회사에 대하여 같은 소득세법 및 시행령 조항에 따라 양도소득세 38,846,116,190원(본세 33,505,361,560원, 가산세 5,340,754,630원)을 각 부과하였다. 
 바. 원고들은 위 각 소득세 부과처분에 불복하여 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하였는데, 그 구체적인 소송내역과 판결 선고결과는 아래와 같다. 
 ▷ 원고 1 회사 
 - 제1심 : 서울행정법원 2009. 2. 16. 선고 2007구합37650 판결 
 (선고결과 : 위 원고는 법인세법상 외국법인에 해당하여 소득세 납세의무의 주체가 될 수 없다는 이유로 당초 소득세 부과처분을 취소하고 원고 승소판결을 선고) 
 - 제2심 : 서울고등법원 2010. 2. 12. 선고 2009누8016 판결 
 (선고결과 : 항소기각)
 - 제3심 : 대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두5950 판결 
 (선고결과 : 상고기각) 
 ▷ 원고 2 회사 
 - 제1심 : 서울행정법원 2009. 2. 16. 선고 2007구합37520 판결 
 (선고결과 : 원고 1 회사 소송 결과와 같음) 
 - 제2심 : 서울고등법원 2010. 8. 19. 선고 2009누8009 판결 
 (선고결과 : 항소기각) 
 - 제3심 : 대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두19393 판결 
 (선고결과 : 상고기각) 
 사. 위 각 대법원 판결이 선고된 이후 피고는 2012. 2. 13. 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제7호에 따라 원고 1 회사에게 2004 사업연도 법인세 64,475,216,970원(가산세 24,781,175,538원 포함)을, 원고 2 회사에게 2004 사업연도 법인세 39,576,704,740원(가산세 14,450,233,570원 포함)을 각 부과하였다. 
 아. 원고들은 2012. 3. 26. 각 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 청구는 2012. 7. 23. 기각되었다. 
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 호증을이를 포함한다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 
 가. 원고들의 주장 
 (1) 납세의무자 적격 관련 
 실질과세 원칙을 적용하여 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속자를 원고들로 본 것은 아래와 같은 이유로 위법하다. 
 (가) 한·벨 조세조약은 벨기에 거주자의 주식 양도소득에 대하여 그 거주지국인 벨기에에게만 과세권을 부여한다고 규정하고 있을 뿐, 실질과세 원칙 또는 조약편승방지에 관한 예외규정을 두고 있지 않다. 그러함에도 원천지국 과세당국인 피고가 국내법에 규정된 실질과세 원칙을 적용하여 한·벨 조세조약의 적용을 배제하는 것은 허용되는 조약 해석이 아니다. 
 (나) 이 사건 주식의 양도인과 양도소득의 귀속자에 관하여 실질과세 원칙을 적용할 수 있다고 하더라도, 소외 13 회사는 투자의 효율성 및 사업상의 목적에 따라 설립된 특수목적법인(SPC)으로 정당한 사업목적 없이 조세회피만을 목적으로 설립된 것이 아니고, 인적·물적 요소가 충실한 법정이사에 의하여 관리·운영되었으며, 이 사건 주식의 취득, 처분 및 양도차익에 대한 실질적인 지배·관리권을 행사하였으므로, 소외 13 회사가 이 사건 주식의 실질적인 양도인이고 양도소득의 실질적 귀속자에 해당한다. 
 (다) 만약 소외 13 회사가 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속자가 아니라고 한다면, 유한 파트너쉽인 원고들 또한 도관에 불과하므로, 실질적인 소득의 귀속자는 원고들도 아니고 원고들에 대한 투자자들이라고 보아야 한다. 
 (2) 한·미 조세조약과 쟁점합의 관련(원고 1 회사에 대하여)
 이 사건 주식 양도소득의 실질적인 귀속자를 원고들로 본다고 하더라도, 한·미 조세조약 제16조는 한·벨 조세조약과 마찬가지로 주식 양도소득에 대하여는 거주지국에게만 과세권을 부여하고 있기 때문에 미국 거주자인 원고 1 회사에게 과세하는 것은 위법하다. 
 이에 대하여 피고는, 한미 과세당국 간의 상호합의인 2001. 4. 6.자 Announcement 2001-34 미합중국과 대한민국간 합의(이하 ‘이 사건 쟁점합의’라 한다)에 따르면, 부동산 과다보유법인의 주식 양도로 인한 소득은 부동산 양도소득과 동일하게 취급되므로 이 사건 주식의 양도소득은 부동산 양도소득에 관한 한·미 조세조약 제15조에 따라 피고가 과세권을 행사할 수 있다고 한다. 
 그러나 이 사건 쟁점합의는 과세권을 조정한 것이 아니라, 미국 국세청이 한국 세법상 ‘부동산’이라는 개념에 ‘부동산 주식’이 포함되어 부동산 주식도 부동산 소득으로서 한·미 조세조약 제15조 제1항에 따라 원천지국인 한국이 과세권을 행사할 수 있다고 오인한 상태에서 그 ‘원천’만을 확정한 것에 불과하다. 미국 세법상 외국납부세액공제를 위해서는 해당 소득이 국외원천소득이어야 하기 때문에 한국이 과세할 것으로 오인한 미국으로서는 미국 거주자가 이중과세를 당하는 위험을 제거하기 위하여, 즉 세액공제를 허용하기 위하여 그 원천이 한국에 있는 것으로 간주할 근거가 필요했기 때문이다. 
 설령 피고 주장대로 이 사건 쟁점합의가 부동산 주식양도소득에 대하여 부동산 소재지국이 과세권을 행사한다는 점을 합의한 것이라 하더라도, 이는 한·미 조세조약 제16조의 문언과 정면 배치되어 조약의 내용을 실질적으로 변경하는 것인데 한·미 조세조약 제27조에 따른 이 사건 쟁점합의는 조세조약의 실시상 문제를 해결하기 위한 협의절차에 불과하여 조세조약의 내용과 다른 과세를 허용하는 근거가 될 수 없고, 만약 그러하다고 본다면 이는 실질적인 조약의 개정에 해당하여 이 사건 쟁점합의 역시 조약의 한 부분이 되므로 헌법 제60조 제1항에 따라 그 체결, 비준에 대하여 국회의 동의가 필요함에도 이러한 절차가 전혀 진행된 바 없으므로 위헌적인 조약이라 할 것이다. 
 따라서 이 사건 주식 양도소득의 귀속자가 원고 1 회사라고 하더라도 한·미 조세조약 제16조에 의하여 한국 내에서의 과세가 면제된다.
 (3) 구 법인세법 제93조 제7호의 위헌성 관련
 이 사건 처분의 근거법률인 위 법률조항은 양도소득의 과세대상을 규정하면서 과세요건을 이루는 본질적인 사항을 규정함이 없이 소득세법 제94조만을 언급함으로써, 납세의무자로 하여금 소득세법 제94조 제1항 제4호의 ‘기타자산’ 중 과세대상이 되는 범위를 전혀 예측할 수 없게 하였고, 하위법령인 대통령령으로 하여금 아무런 제한 없이 과세대상의 범위를 자의적으로 행정입법할 여지를 주었다. 따라서 구 법인세법 제93조 제7호는 조세법률주의를 규정한 헌법 제59조와 포괄위임입법을 금지한 헌법 제75조를 위반한 법률조항에 해당하므로, 위 법률조항을 근거로 하여 행해진 이 사건 각 처분은 위법하다. 
 (4) 가산세 부과처분의 위법성 관련 
 (가) 원고들은 기존 소득세 부과처분 취소소송에서 자신들은 외국법인이므로 ‘소득세’ 부과처분이 위법하다는 주장을 하였고 위 소송의 제1심부터 위와 같은 주장이 받아들여져 승소판결이 선고되었으나 피고가 이에 불복하여 약 6년의 시간이 소요된 끝에 대법원에서 위와 같은 판결이 확정되었다. 이에 따라 세율이 36%인 소득세가 아닌, 세율이 27%인 법인세가 재부과되었으나, 30%나 되는 구 법인세법 제76조 제1항 제1호 소정의 무신고가산세 때문에 결과적으로 원고들은 당초보다 더 많은 세액을 부담하게 되었다{구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제115조 소정의 무신고가산세의 세율은 10%에 불과하였다}. 
 (나) 세법해석상 이의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 의무불이행에 따른 가산세를 부과할 수 없다. 그런데 주식의 법적 소유자에 대하여 조세조약의 혜택을 배제할 수 있는지, 외국자본의 국내투자에 있어 누구를 실질적 귀속자로 볼 것인지, 원고들과 같은 유한 파트너쉽을 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있는지 등에 관하여 적어도 앞서 본 대법원 판결이 선고되기 전까지는 세법해석상 이의로 인한 대립이 있었으므로, 원고들이 스스로 소외 13 회사의 법적 실체를 부인하고, 자신들이 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속자라고 판단한 후, 한국 국내법상 ‘소득세’가 아닌 ‘법인세’를 신고할 것을 기대할 수는 없었다고 보아야 하므로, 원고들에게는 법인세 신고의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하여 법인세 무신고가산세를 부과할 수 없거나 적어도 피고가 당초 부과하였던 소득세 무신고가산세율 10%에 따른 가산세만을 부과할 수 있다고 봄이 상당하다. 
 (다) 구 법인세법 제76조 제1항 제1호 소정의 무신고가산세는 납세자가 무신고에 이르게 된 경위나 책임의 정도에 대한 고려 없이 일률적으로 30%라는 높은 세율을 적용하고 있어 헌법상 과잉금지 원칙에 반하는 위헌적인 규정이어서 이에 근거한 가산세 부과처분 또한 위법하다. 아울러 위 위헌여부와 무관하게 앞서 주장한 바와 같이 원고들이 법인세를 신고하지 아니한 의무위반을 원고들에게 탓할 수 없음에도 불구하고 30%나 되는 세율이 적용된 가산세 부과처분은 비례의 원칙에도 반하여 위법하다. 
 (라) 행정소송법 제8조가 불이익변경금지 원칙을 규정하고 있는 민사소송법 제415조를 준용하고 있고, 조세심판단계에서 불이익변경금지 원칙을 규정하고 있는 국세기본법 제79조의 내용까지 더하여 보면, 조세불복절차에 있어서도 납세자가 불복을 제기한 결과 불복 제기 이전과 비교하여 추가적인 불이익을 받지 않을 것을 제도적으로 보장하는 내용의 ‘불이익변경금지 원칙’이 적용된다고 보아야 한다. 특히 가산세는 행정벌적 성격을 가지고 납세자에 대한 제재의 목적으로 사용되므로 가산세 부과에는 불이익변경금지 원칙을 통한 통제가 반드시 수반되어야 한다. 그런데 원고들은 당초 소득세 부과처분에 대하여 약 6년의 불복절차를 진행하여 승소확정 판결을 선고받았음에도, 피고는 무신고가산세로 인하여 당초 소득세보다 더 불리한 내용의 이 사건 법인세를 새로 부과하였는바, 원고들에게 부과된 법인세 무신고가산세 중 당초 소득세법에 따라 부과된 가산세를 초과하는 부분은 조세불복 이후 더 불이익해진 부분이므로 위 불이익변경금지 원칙에 반하여 위법하다. 
 나. 관계 법령 
 별지 기재와 같다. 
 다. 납세의무자 적격에 대한 판단
 (1) 조세조약과 실질과세 원칙의 적용 여부 
 (가) 조세조약과 국내 세법의 관계
 헌법 제6조 제1항은 "헌법에 의하여 체결·공포된 조약과 일반적으로 승인된 국제법규는 국내법과 같은 효력을 갖는다"고 규정하고 있으므로, 국회의 동의를 얻어 체결된 조세조약은 법률에 준하는 효력을 가지고, 나아가 조세조약에서 규율하고 있는 법률관계에 있어서는 당해 조약이 국내법의 특별법적인 지위에 있으므로 국내법보다 우선하여 적용된다. 
 한편, 조세조약은 체약국 사이의 과세권이 문제될 때 이를 조정함으로써 이중과세와 조세회피를 방지함을 목적으로 체결되는 것이므로, 원칙적으로 조세조약은 독자적인 과세권을 창설하는 것이 아니라 체약국의 세법에 의하여 이미 창설된 과세권을 배분하거나 제약하는 기능을 하는바, 과세권의 발생에 관한 사항은 일차적으로 각국의 세법에 의하여 규율되고, 조세조약이 국내 세법과 달리 정하는 사항에 대하여 조세조약이 최종적인 과세권의 소재를 정하게 되며, 조세조약을 적용함에 있어서는 조세조약에서 달리 정의하지 않은 용어는 문맥상 달리 해석하여야 하는 경우가 아닌 한 원칙적으로 그 국가의 과세권의 근거가 되는 국내 세법의 규정에 내포된 의미에 따라 해석하여야 할 것이다.
 (나) 조세법률주의와 조약 엄격해석의 원칙
 헌법 제38조는 "모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다"고 규정하고, 제59조는 "조세의 종목과 세율은 법률로 정한다"고 규정함으로써 조세법률주의의 원칙을 천명하고 있는바, 이러한 조세법률주의 원칙에 따라 과세요건이나 면세요건 등을 정함에 있어서 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 한다. 나아가 우리나라가 가입한 조약법에 관한 비엔나 협약 제26조, 제27조, 제31조는 "조약은 반드시 준수되어야 하고, 조약 불이행을 정당화하는 방법으로 국내법 규정을 원용해서는 안 되며, 조약의 문구는 그 ‘통상적 의미’에 따라 성실하게 해석되어야 한다"고 규정하고 있으므로, 조세법률의 일종인 조세조약에 있어서도 행정편의적인 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다. 
 (다) 실질과세 원칙의 국내법적 근거
 헌법 제11조 제1항은 "모든 국민은 법 앞에 평등하다. 누구든지 성별·종교 또는 사회적 신분에 의하여 정치적·경제적·사회적·문화적 생활의 모든 영역에 있어서 차별을 받지 아니한다"라고 규정하고 있는바, 조세평등주의는 위 헌법규정에 의한 평등의 원칙 또는 차별금지의 원칙의 조세법적 표현이라고 할 수 있다. 따라서 국가는 조세입법을 함에 있어서 조세의 부담이 공평하게 국민들 사이에 배분되도록 법을 제정하여야 할 뿐만 아니라, 조세법의 해석·적용에 있어서도 모든 국민을 평등하게 취급하여야 할 의무를 진다. 이러한 조세평등주의의 이념을 실현하기 위한 법 제도의 하나가 바로 국세기본법 제14조에서 규정한 실질과세 원칙이라고 할 수 있고, 또한 이러한 조세평등주의는 정의의 이념에 따라 ‘평등한 것은 평등하게’, 그리고 ‘불평등한 것은 불평등하게’ 취급함으로써 조세법의 입법과정이나 집행과정에서 조세정의를 실현하려는 원칙이라고 할 수 있다(헌법재판소 1989. 7. 21. 선고 89헌마38 결정 참조). 따라서 헌법상 조세평등주의의 이념은 조세조약의 적용에 있어서도 예외일 수는 없고 또한 그러한 원칙의 적용이 조약 엄격해석의 원칙에 위배된다고 볼 수도 없다.
 (라) 경제개발협력기구(Organization for Economic Cooperation and Development, 이하 ‘OECD’라고 한다) 모델협약 주석에 관하여
 OECD는 국제거래의 증가를 틈타 조세조약의 변칙이용을 통한 조세회피 목적으로 실질거래와는 상관없는 조세피난처에 서류상의 회사(paper company)를 설립하고 형식상 거래를 통하여 이자·배당·주식양도차익 등 자본거래 소득에 대한 조세를 회피하는 사례가 증가함에 따라 1999년부터 시작된 OECD의 유해조세경쟁포럼에서의 국제적 논의를 통하여 조세피난처를 이용한 조세회피 행위에 대한 각종 규제방안을 강구하게 되었다. 
 이에 따라 OECD는 2003년 개정 조세조약 모델협약의 해석 기준이 되는 주석서(Commentaries on the Articles of Model Tax Convention)에서 조세회피행위의 유형과 방지방법, 조약관련 해석사항 등을 폭넓게 다루어 조세회피행위의 방지를 위한 근거를 마련하였다. 그 대표적인 예로 모델협약 제1조 ‘거주자’ 규정에 대한 주석 제7항에서는 "이중과세 방지협약의 근본목적은 국제적 이중과세를 방지함으로써 재화와 용역, 자본과 인적교류를 촉진하는 것이다. 이중과세 방지협약은 또한 조세의 회피 및 탈세방지를 목적으로 한다."고 규정하고, 같은 주석 제22항 내지 제24항에서는 각국의 자국법에 규정하고 있는 실질과세 원칙(general anti-abuse rule), 지배회사에 관한 법률(controlled foreign companies rule) 등 조세조약 남용방지규정은 조세조약과 서로 상치되지 않는 것으로서 자국법상의 조세회피 방지규정은 어떤 조세부담을 결정하기 위한 자국세법에 의해 규정된 근본적인 자국의 법률의 일부이며 이러한 조항은 조세조약에 의하여 영향을 받지 않는다고 천명하고, 일반적인 조약남용방지규정은 각 조세조약에 특별규정으로 규정할 필요도 없다고 규정하고 있으며, 제4조 주석 제8항에서는 일방체약국의 거주자의 정의는 자국법의 거주자 개념을 따르되 실질적인 통제 및 관리장소가 거주지를 판단하는 중요 요소라고 규정하고 있다.
 위와 같은 OECD 모델협약의 주석은 헌법 제6조 제1항에 의해 체결·공포된 조약이 아니고 일반적으로 승인된 국제법규라고 볼 수 없으므로 법적인 구속력이 인정될 수는 없는 것이지만, 이는 우리나라와 벨기에 등을 비롯한 OECD 회원 국가간에 체결된 조세조약의 올바른 해석을 위한 국제적으로 권위를 인정받는 기준으로서 국내법상의 실질과세 원칙 등과 관련한 OECD 회원 국가간 조약 해석에 있어서 하나의 참고자료가 될 수 있다. 
 (마) 한·벨 조세조약의 규정 및 해석 방법
 한·벨 조세조약은 그 서문에서 대한민국 정부와 벨기에 정부가 소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세 방지를 위하여 조약을 체결하였다고 밝힘으로써 이중과세의 회피뿐만 아니라 탈세의 방지 또한 조약의 목적임을 명시하고 있다. 이 사건에서 문제가 되는 양도소득에 대한 과세권 배분을 정하고 있는 것은 조약 제13조인데, 같은 조 제3항은 "상기 1항과 2항에 규정된 재산 이외의 재산의 양도로부터 발생하는 이득은 그 양도인이 거주자로 되어 있는 체약국에서만이 과세된다"고 규정하고 있다. 한편, 조약 제3조 제2항은 "일방체약국이 이 협약을 적용함에 있어서 달리 정의되지 아니한 용어는 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 이 협약의 대상 조세에 관련된 동 체약국의 법에 내포하는 의미를 가진다"고 규정하고 있고, 양도소득과 관련하여 국세기본법 제14조와 같은 규정을 따로 두고 있지는 않다.
 위에서 본 한·벨 조세조약 제13조 제3항의 ‘양도인’의 규범적 의미를 확정함에 있어서는, 우선 조세법률주의 원칙에 따른 엄격해석의 원칙과, 비엔나 협약에서 정한 통상적인 의미에 따른 성실한 해석의 원칙을 준수하여야 할 것이다. 그러나 가능한 문언의 의미 내에서 당해 규정의 입법 취지와 목적 등을 고려한 법률체계적 연관성에 따라 그 문언의 통상적·논리적 의미를 분명히 밝히는 체계적·논리적 해석방법은 그 규정의 본질적 내용에 가장 접근한 해석을 위한 것이므로 엄격해석의 원칙에 반한다고 할 수 없고, 조세평등주의의 파생원칙인 실질과세 원칙은 조세법의 해석·적용 등에 관한 일반원칙의 하나일 뿐만 아니라, 국세기본법 제14조가 이를 명문으로 규정하지 않더라도 헌법상의 원칙으로부터 도출되는 것이어서 국내 세법의 특별법인 조세조약에 적용되지 않는다고 볼 수도 없으며, 비엔나 협약 제31조 제1항이 "조약은 조약문의 문맥 및 조약의 대상과 목적으로 보아 그 조약의 문면에 부여되는 통상적 의미에 따라 성실하게 해석되어야 한다"고 규정하여 조약의 ‘성실’한 해석을 위하여 ‘조약문의 문맥 및 조약의 대상과 목적’을 고려할 수 있음을 명시하고 있으므로 위와 같은 해석 기준이 비엔나 협약에 반한다고 볼 수도 없다.
 더욱이, 조세조약은 독자적인 과세권을 창설하는 것이 아니라 일방체약국의 세법에 의하여 창설된 과세권을 배분하거나 제약하는 기능을 하는 것이므로, 조세조약 적용의 전제로서 타방체약국의 과세권이 발생하였는지 여부는 결국 일방체약국의 국내 세법에 따라 정하여질 수밖에 없는 것이고, 한·벨 조세조약도 제3조 제2항에서 "일방체약국이 이 협약을 적용함에 있어서 달리 정의되지 않은 용어는 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 이 협약의 대상 조세에 관련된 동 체약국의 법에 내포하는 의미를 가진다"고 규정하고 있으므로, 한·벨 조세조약 제13조 제3항에서 정한 양도인의 규범적인 의미를 확정함에 있어 실질과세 원칙을 적용하는 것이 한·벨 조세조약을 위반하는 것이라고 보기 어렵다.
 (바) 소결
 이상에서 본 바와 같은 헌법상의 조세법률주의와 조약의 해석에 관한 기본원칙, 실질과세 원칙의 근거와 내용, 한·벨 조세조약의 목적과 한·벨 조세조약 제13조의 규정취지 등과 함께 국세기본법 제14조 제1항의 실질과세 원칙은 과세부담의 공평과 응능부담의 원칙을 구현하기 위한 것으로서 국내법상의 납세의무자인 거주자와 비거주자 모두에게 공평하게 적용되는 것인 점을 종합하여 보면, ① 실질과세 원칙은 국가간의 조세조약의 규정을 해석함에 있어서 문언 자체의 의미를 유추 확장하거나 문언에 반하는 것이 아닌 한 그 해석의 기준으로 삼을 수 있는 것이고, ② 과세관청인 피고로서는 이 사건 주식양도 및 그 양도차익의 귀속에 대하여 그 실질적인 행위자 및 소득의 귀속자를 한·벨 조세조약상의 벨기에 거주자인 소외 13 회사로 인정하여 그 과세를 면제할 것인지, 아니면 한·벨 조세조약의 적용범위 외에 있는 원고들 등 론스타펀드Ⅲ로 인정하여 국내법에 따라 소득세를 부과할 것인지의 여부를 실질과세 원칙에 따라 판단할 수 있다고 할 것이다.
 (2) 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속자 
 (가) 실질과세 원칙과 양도소득의 실질적 귀속자
 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서 여러 가지의 적법·유효한 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 경우에 어느 방식을 취할 것인가의 문제는 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이므로, 그 중 어느 한 가지 방식을 선택하여 법률관계를 형성하였다면 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정되어야 하고(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 등 참조), 납세자의 당해 거래에 대하여 이를 조세회피행위라고 하여 그 법형식에도 불구하고 경제적 관찰방법 또는 실질과세 원칙에 따라 과세를 하기 위하여는 조세법률주의의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 규정이 있어야 함이 원칙이다(대법원 1996. 5. 10. 선고 95누5301 판결 등 참조). 이 사건에 있어서 이 사건 주식의 형식상 양도인은 벨기에 거주자인 소외 13 회사인바, 한·벨 조세조약 제13조 제3항을 적용할 경우 이 사건 주식 양도소득에 대하여는 거주지국인 벨기에가 과세권을 가지므로 피고는 이에 대하여 과세할 수 없게 된다. 
 그러나 앞서 본 바와 같은 헌법상의 조세법률주의와 조세조약의 해석기준, 국세기본법 제14조의 실질과세 원칙의 취지와 내용, 한·벨 조세조약의 목적과 비거주자에 대한 면세규정의 취지 등을 종합하여 보면, 한·벨 조세조약 제13조 제3항의 ‘양도인’의 의미를 정함에 있어서 이중과세 방지 또는 조세회피 방지의 취지에 부합하고 조약의 문언에 배치되지 않는 범위 내에서 실질과세 원칙에 따른 해석상의 제한이 따라야 할 것인바, 벨기에 거주자가 아닌 자가 한국 내에 투자를 할 목적으로 벨기에에 법인을 설립하고 그 법인의 이름으로 한국 내에서 자본이득을 취득하는 사업을 영위함에 있어 그 법인이 거주지인 벨기에에서는 정상적인 사업활동이 없고 한국 내에서의 거래행위도 독자적인 경제적 이익과 사업목적 없이 원투자자를 위한 형식상 거래당사자의 역할만 수행한 것일 뿐 그 실질적인 거래주체는 원투자자이고 그 법인의 벨기에 거주자로서의 지위는 오로지 원투자자의 조세회피만을 목적으로 한 것임이 인정되는 경우에는 그 법인은 한·벨 조세조약상의 양도인에 해당한다고 볼 수 없고, 그러한 경우 원투자자가 그러한 거래형식이나 외관만을 내세워 벨기에 법인이 거래행위의 주체임을 이유로 한·벨 조세조약의 조세면제 규정을 원용할 수는 없다. 따라서 이 경우에는 실질과세 원칙에 따라 그 거래의 실질적 당사자 및 소득의 실질적인 귀속자로 인정되는 원투자자가 국내법상의 납세의무자가 되어 법인세법 또는 소득세법과 한국과 원투자자 거주지국간의 조세협약에 따른 납세의무를 부담한다. 
 위와 같은 법리를 전제로 하여 아래에서 이 사건 주식의 실질적인 양도인 또는 이로 인한 양도소득의 실질적 귀속자가 누구인지에 관하여 본다.
 (나) 인정사실
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다. 
 1) 국제적인 사모펀드인 론스타펀드는 1995년 활동을 시작한 이래 전세계적으로 700여 건, 한화 약 50조 원의 투자활동을 하여 왔고, 한국에서도 1999년부터 투자활동을 하여 오던 중 2000. 7.경 론스타펀드Ⅲ를 설정하였다. 론스타펀드Ⅲ는 2000. 9. 26.경부터 한국을 비롯한 각국의 조세제도 및 회사법상의 각종 투자혜택과 한국이 체결하고 있는 조세조약에 대한 검토 등을 통하여 한국 내 부동산에 대한 투자시 양도소득세 등을 회피할 수 있는 방법을 구체적으로 모색하였는데, 그 주된 내용은 해외의 특수목적회사를 이용한 최적의 투자구조를 설계하는 것 등이었다.
 2) 론스타펀드Ⅲ는 설정 직후인 2000. 7. 20. 그 자금을 함께 투자관리하기 위하여 원고 1 회사가 96.674%를 출자한 버뮤다국 회사인 소외 17 회사가 62%, 원고 2 회사가 38%를 출자하여 버뮤다국 회사인 소외 18 회사를 설립하여 론스타펀드Ⅲ 단계에서 이루어지는 투자를 위한 상위 지주회사의 역할을 하도록 하였다. 
 3) 소외 18 회사는 2001. 6. 14. 하위 투자지주회사로서 소외 13 회사를 벨기에에 설립하였다. 소외 13 회사 설립 당시 소외 18 회사가 발행 주식 999주를 미화 299,700달러에 취득하였고, 미국 델라웨어 주 회사인 소외 19 회사가 1주를 미화 300달러에 취득하였다. 한편, 소외 13 회사의 설립 당시 등기이사로 소외 1, 소외 2, 소외 3 등이 선임되었는데, 이들은 모두 벨기에 거주자가 아닌 론스타펀드의 관계자들이다. 
 4) 소외 13 회사는 설립 당시 불입된 자본금으로 2001. 6. 15.경 한국의 휴면 회사인 소외 14 회사의 발행 주식 2만 주를 313,665,095원(미화 245,000달러)에 매입하여 위 회사를 인수하였고, 인수 후 대표이사로 소외 2가 선임되었다. 위 주식 매입일 전날인 2001. 6. 14. 론스타펀드가 국내에 설립한 ▽▽▽ 주식회사(론스타펀드가 설립한 특수목적회사의 자산관리 및 수탁업무 등을 수행한 회사로, 소외 13 회사의 자산관리업무 또한 수행하였다. 이하 ‘소외 20 회사’라고 한다)의 소외 4는 원고 1 회사에게 위 주식양수대금 중 242,850달러를 소외 13 회사 명의로 송금하여 줄 것을 요청하였고, 원고 1 회사가 위 매입일에 같은 금액을 위 원고의 계좌와 소외 20 회사 계좌를 거쳐 송금함으로써 대금지급이 완료되었다.
 5) 원고 1 회사는 2001. 6. 18. 소외 21 회사로부터 당시 신축 중이던 △△△△ 빌딩을 매수하였는데(소외 3이 원고 1 회사를 위하여 매매계약서에 서명하였다), 계약 당시 매수인의 지위를 양도할 수 있도록 정하였는바, 그 후 소외 14 회사가 매수인의 지위를 원고 1 회사로부터 양수한 다음 소외 14 회사의 이름으로 매매대금 약 5,300억 원 정도를 2001. 6. 21. 및 2001. 7. 9.경 2차례에 걸쳐 지급하고, 공사비를 추가 투입하여 2001. 8. 16.경 위 빌딩을 완공하고, 소유권을 취득하였다. 
 6) 소외 18 회사는 2001. 6. 20. 소외 13 회사의 유상증자를 실시하여 주식 132,560주를 미화 39,760,000달러(46,648,000유로)에 추가로 취득하였다. 한편, 소외 13 회사는 △△△△ 빌딩 매수대금으로 사용하기 위하여 2001. 6. 21. 소외 14 회사 주식 516,875주(1주당 액면 1만 원)를 주당 10만 원에 발행하는 유상증자를 실시하여 그 1인 주주로서 신주를 전부 인수하고 론스타펀드Ⅲ의 자금으로 신주인수대금 516억 8,750만 원을 납입하였다. 소외 13 회사는 위 증자대금과 그 밖에 3차례에 걸친 사채 발행대금 미화 약 1억 8,991만 달러, 국내 금융기관으로부터 차입한 약 3,960억 원을 재원으로 하여 △△△△ 빌딩 매입대금 및 필요경비로 사용하였다.
 7) 원고 1 회사가 △△△△ 빌딩에 관한 매매계약을 체결한 다음날인 2001. 6. 19. 소외 20 회사의 소외 4는 론스타펀드와 론스타펀드의 미국 내 자산관리회사인 미국 ◎◎◎ 등의 관계인에게 내부펀딩메모를 통하여 "소외 14 회사가 2001. 6. 21. △△△△ 빌딩 매수권을 원고 1 회사로부터 양수할 것이며 그 날 지급하기로 된 1차 중도금을 위하여 원고 1 회사가 소외 13 회사의 증자대금 명목으로 미화 39,759,615달러, 사채발행 조달자금 명목으로 119,278,846달러를 각기 소외 14 회사 계좌에 송금자 소외 13 회사로 하여 2001. 6. 20.까지 보내달라"고 요청하였고, 원고 1 회사는 이에 따라 벨기에를 거치지 않고 미국에서 직접 소외 14 회사의 계좌로 자본금 증자대금 명목으로 송금인을 소외 13 회사로 하여 39,613,649달러, 사채인수대금 명목으로 송금인을 론스타펀드로 하여 118,840,912달러를 각 송금하였다.
 8) 그 후 원고 1 회사가 60%, 원고 2 회사가 38%, 소외 12 회사가 2%를 출자하여 설립한 버뮤다 회사인 소외 22 회사가 2001. 8. 2. 소외 18 회사로부터 소외 13 회사의 주식 133,559주(999주 + 132,560주)를 양수함으로써 소외 18 회사를 대신하여 최상위 지주회사의 역할을 하게 되었다.
 9) 소외 13 회사는 2002. 12. 5.경 소외 14 회사 주식 48만 주(1주당 액면 1만 원)를 주당 10만 원에 발행하는 유상증자를 실시하여 위 사채 및 차입금 상환에 사용하였다. 소외 14 회사가 발행한 사채의 상환시에 원금 및 이자 전액이 Lone Star International Finance Ltd(아일랜드)를 거쳐 원고들에게 당초 투자지분만큼 배분되었다.
 10) 론스타펀드Ⅲ는 장차 소외 14 회사와 관련한 투자금 회수시 세금을 회피하기 위한 방안의 하나로 소외 13 회사의 구조를 벨기에법상 SA(societe anonyme)에서 SCA(societe en commandite par actions)로 변경하기로 하고, 2003. 3. 5. 벨기에 법인인 소외 23 회사를 설립하여 그 영속대표로 소외 1을 임명하였고, 위 소외 23 회사로 하여금 소외 13 회사의 지분 일부를 매입하여 그 무한책임 주주(경영담당 주주)가 되게 함과 아울러 소외 13 회사의 법정이사로 선임되게 하였다. 또한 2003. 2. 14. 룩셈부르크 회사인 소외 24 회사를 설립하여 SCA로 전환된 소외 13 회사의 지분 대부분을 인수하도록 하여 소외 13 회사의 유한책임 주주가 되게 하였다. 한편 소외 22 회사 등이 소유하고 있는 버뮤다 법인인 소외 25 회사(소외 23 회사의 지분 전부를 소유하고 있다)가 소외 24 회사의 상위 주주가 되도록 지배구조를 변경하였다. 
 11) 벨기에에서는 주식양도차익에 대하여 비과세되나 배당소득에 대하여는 과세되는 반면에 룩셈부르크에서는 그 반대이고, 룩셈부르크 모회사가 벨기에 자회사를 12개월 이상 보유한 경우 벨기에 법인으로부터의 배당소득에 대한 과세를 면제받을 수 있는바, 이와 관련하여 소외 20 회사 소외 5 사장의 2002. 11. 26.자 수기메모 및 소외 3, 소외 1, 소외 6(론스타펀드가 국내에 설립한 소외 26 회사의 임원이다)과의 회의내용을 기록한 2003. 1. 17.자 수기메모에는 "벨기에 회사를 벨기에에 그대로 유지하고 소외 13 회사 회사구조를 (벨기에법상) SA→SCA로 변경하면 양도소득세를 회피할 수 있음"이라는 내용 등 소외 13 회사의 회사구조 변경을 통한 △△△△ 빌딩과 관련한 양도소득세 회피방안이 기재되어 있다.
 12) 론스타펀드Ⅲ가 위와 같이 소외 13 회사의 지배구조를 변경하는 등 소외 14 회사의 매각에 대비하여 투자수익 극대화를 계획하던 중 2003. 6. 10. 미국 달라스에서는 론스타펀드Ⅲ 자문위원회(Advisory Committee)가 개최되었는데, 당시 론스타펀드의 임원인 소외 7은 투자자의 질문에 2004년 말경 △△△△ 빌딩을 매각할 계획임을 보고하였다. 또한, 소외 3이 2004. 7. 16. 소외 5에게 보낸 이메일에는 △△△△ 빌딩 매각가격은 9,400억 원 정도 될 것이고 세금으로 인한 누출(leakage)이 발생하지 않도록 매수자를 설득해 빌딩매각 방식이 아니라 소외 14 회사의 주식을 거래하는 형식을 취하는 것이 중요하다는 취지의 내용이 기재되어 있다. 
 13) 소외 1은 앞서 본 이 사건 주식 양도와 관련한 소외 13 회사의 계좌개설 등 한국 내에서의 실무적 업무의 대부분을 소외 20 회사의 관계자 등인 소외 3(소외 26 회사의 대표이며, 원고 1 회사의 무한책임사원인 소외 27 회사의 유한책임사원이다), 소외 5, 소외 11에게 위임하여 처리하였을 뿐만 아니라, 소외 20 회사는 소외 14 회사의 자산관리 및 일반 업무처리를 담당하였던바, 소외 14 회사 주식 처분과 관련한 의사결정과 이후 협상 등은 주로 론스타펀드와 그 자회사 임원들에 의하여 수행되었다. 
 14) 소외 13 회사는 2004. 12. 17. 이 사건 주식 전부를 싱가폴 법인에게 잠정적인 대금 합계 3,387억 원으로 정하여 양도한 후 2004. 12. 28. 주식매각대금 전액을 소외 13 회사의 원화 계좌로 수령하고 이를 같은 날 미화로 환전하여 소외 13 회사의 해외계좌로 송금하였고, 싱가폴 법인과의 매매계약에서 정한 소외 14 회사의 재무제표 확정에 따라 2005. 2. 24. 추가 정산금 12,391,149,508원을 소외 13 회사의 원화계좌로 수령하고 이를 같은 날 미화로 환전하여 소외 13 회사의 해외계좌로 송금하였다. 
 15) 2004. 12. 29.경 소외 20 회사의 소외 8, 소외 9 등과 소외 23 회사의 소외 10 등 론스타펀드 관계인 간의 매각대금 관련 이메일에는 이 사건 주식 양도대금의 대부분이 소외 25 회사를 거쳐 곧 펀드 실체(fund entities)로 이동할 것이라는 취지가 기재되어 있다.
 16) 이 사건 주식 양도와 관련한 성공보수는 론스타펀드 본사의 임원들과 소외 3 등이 수취하였을 뿐, 소외 13 회사 및 소외 23 회사의 대표자인 소외 1 및 소외 23 회사의 이사 등은 성공보수를 따로 받지 않았다.
 17) 이 사건 주식 양도 당시 소외 13 회사는 소외 14 회사 주식의 취득 및 양도 이외의 다른 사업활동을 한 사실은 없으며, 2003년 1명의 고용직원이 근무하였던 것이 전부이고, 소외 23 회사는 4명(2004년에는 3명이 추가로 채용됨)의 고용직원이 근무하였을 뿐이다.
 18) 소외 13 회사는 △△△△ 빌딩에 대한 투자 목적으로 설립된 투자지주회사로서 그 투자가 종료되면 곧바로 청산하게 되어 있었고, 조성된 자금을 투자하여 얻은 소득은 청산과 함께 청산분배금 형태로 투자자에게 분배되도록 되어 있었는데, 이사회 결의를 거쳐 2004. 12. 29. 위 양도대금 중 약 2억 유로를 소외 25 회사에 연 6%의 이율로 대여하고, 나머지는 차입금을 변제하거나 현금으로 보유하고 있다가 2005. 3. 31. 투자목적달성을 이유로 청산되었다(소외 13 회사의 소외 14 회사 주식의 취득 및 이 사건 주식 양도시의 출자관계는 별표 1, 2와 같다). 
 (다) 판단
 위 인정사실들과 앞서 든 증거들을 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 론스타펀드Ⅲ는 그 설정 당시부터 장래의 한국 내 부동산 투자로 인한 수익에 관한 양도소득세 등 조세회피 방안을 모색하고 이를 실현하기 위하여 한국을 비롯한 각국의 조세제도, 투자혜택 및 조세조약 등을 연구·검토하였고, 조세회피가 가능한 국가인 벨기에 등과 한국과의 조세조약상 조세면제의 혜택을 받기 위한 최적의 투자구조를 설계하기 위하여 한국과 벨기에 등 투자거점 국가의 법률과 제도를 집중분석한 점, ② 론스타펀드Ⅲ는 이러한 연구·분석결과 한·벨 조세조약에 따라 벨기에 법인의 한국 내 주식양도소득에 대한 한국 과세당국의 과세면제 적용을 받을 목적으로 벨기에에 소외 13 회사를 설립하여 이를 내세워 소외 14 회사를 인수하고 △△△△ 빌딩을 매수하였으며, 그 후에도 소외 13 회사의 거주지국인 벨기에 과세당국으로부터 면세 등의 혜택을 받아 그 투자수익을 극대화할 목적으로 소외 23 회사, 소외 24 회사 등 상위지주회사를 설립하여 소외 13 회사에 대한 투자주체를 교체하는 등 조세 회피를 위하여 론스타펀드Ⅲ로부터 △△△△ 빌딩에 대한 투자에 이르기까지의 투자지배구조를 수시로 변경한 점, ③ 소외 14 회사의 인수와 증자대금, △△△△ 빌딩에 대한 매수와 그 매수자금, 이 사건 주식양도는 모두 형식상 소외 13 회사가 주체이고, 소외 13 회사에 대한 투자주체 또한 그 상위지주회사들인 소외 24 회사 등이기는 하나, 이는 앞서 본 바와 같은 조세 회피를 목적으로 설계된 투자구조 및 지배구조에 따라 형식적으로 이루어진 것이고, 실질적으로는 소외 14 회사의 주식 및 증자대금을 비롯하여 소외 14 회사빌딩 매수대금 등 한국 내에 투자된 자금은 론스타펀드Ⅲ의 자금이고, 소외 14 회사 주식매수와 빌딩의 매매계약, 그 대금의 지급, 소외 14 회사빌딩 취득 이후의 관리, 소외 14 회사의 주식양도에 이르기까지 전 과정을 사실상 론스타펀드Ⅲ의 임원이나 론스타펀드Ⅲ의 지배관리 하에 있던 한국 내 자산관리회사의 임원 등이 주도적으로 담당한 점, ④ 소외 13 회사와 그 상위지주회사들은 론스타펀드Ⅲ가 지배하는 법인들로서 앞서 본 조세 회피를 위하여 설계된 최적의 투자지배구조 형성에 이용된 법인들로서, 론스타펀드Ⅲ의 투자에 대한 지주회사로서의 형식적인 역할 외에 그 거주지국 내에서 별개의 사업목적이나 활동이 있었다고 볼 수 없고, △△△△ 빌딩의 투자에 대하여도 독립적인 경제적 이익이 없었으며, 이 사건 주식양도가 이루어진 후 그 투자수익을 포함한 양도대금 또한 단시간 내에 그 비용을 제외한 전액이 론스타펀드Ⅲ에 의하여 청산되고 론스타펀드Ⅲ의 개별투자자들에게 분배된 점, ⑤ 펀드를 운용함에 있어 투자자금 및 투자자산의 효율적인 관리·운용을 위하여 소외 13 회사와 같은 특수목적법인인 투자지주회사의 필요성을 부인할 수 없고, 투자지주회사를 통한 투자에 있어서 실질적인 자금의 출처, 투자 및 자산관리 행위의 실제 담당자, 투자 수익의 종국적인 귀속을 문제삼아 함부로 거래관계를 재구성할 수는 없다고 할 것이지만, 투자 대상국인 우리나라나 론스타펀드Ⅲ 투자자들의 실제 거주지국과는 무관한 벨기에에 소외 13 회사를 설립하고 여러 단계의 지주회사를 개입시켜 투자지배구조를 수시로 변경한 것은 이러한 투자의 효율적인 관리·운용을 위하여라기보다는 론스타펀드Ⅲ가 설정 당시부터 주도면밀하게 계획한 조세회피 방안에 따른 것이라고 할 것이어서 위와 같은 투자지주회사의 필요성에도 불구하고 소외 13 회사를 조세회피를 위하여 사용된 명목상의 회사라고 볼 수밖에 없는 점 등을 종합하여 보면, 소외 13 회사는 오로지 한·벨 조세조약을 적용받음으로써 이 사건 주식의 양도소득에 대한 과세를 회피하기 위하여 벨기에 거주자 자격을 취득하고자 설립된 도관회사에 불과하므로, 앞서 본 실질과세 원칙에 비추어 볼 때 소외 13 회사가 이 사건 주식의 실질적인 양도인 또는 이로 인한 양도소득의 실질적인 귀속자에 해당한다고 볼 수 없어 한·벨 조세조약 제13조는 이 사건 주식 양도소득에 관하여 적용될 수 없다. 
 이에 반하여 원고들은 고유한 투자목적을 가지고 자금을 운용하면서 구성원들과는 별개의 재산을 보유하고 고유의 사업활동을 하는 영리 목적의 단체로서 구성원의 개성이 강하게 드러나는 인적 결합체라기보다는 구성원들과는 별개로 권리·의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 성격을 가지고 있어 우리 법인세법상 외국법인으로 봄이 상당하므로, 원고들에 대한 개별 투자자들이 아닌 원고들 자체가 이 사건 주식의 양도소득의 실질적인 귀속자로서 이 사건 법인세의 납세의무자에 해당한다. 
 따라서 이에 반하는 원고들 주장은 모두 받아들일 수 없고, 따라서 아래에서는 원고들에 대한 피고의 과세권 여부와 과세 방법 등이 문제될 수 있을 뿐이다. 
 라. 한·미 조세조약 및 쟁점합의의 효력 등에 대한 판단(원고 1 회사 관련) 
 (1) 한·미 조세조약 제15조, 제16조의 규정
 원고 1 회사는 미국의 유한 파트너쉽으로 미국 거주자에 해당하는바, 이 사건 주식 양도로 인한 위 원고의 양도소득에 관하여는 한·미 조세조약이 적용된다. 
 한·미 조세조약 제15조는 "부동산의 처분으로부터 발생하는 이득은 부동산이 소재하는 체약국에 의하여 과세될 수 있다"고 규정하고 있고, 제16조는 "부동산, 고정사업장 및 고정시설 관련 재산의 양도 외에, 주식을 비롯한 나머지 재산의 양도에 대하여는 일방체약국의 거주자는 타방체약국에 의한 과세로부터 면제된다"고 규정하고 있다. 따라서 이 사건의 경우처럼 과세대상 소득이 주식양도로 인한 것인 때에는 위 규정에 의하여 특별한 사정이 없는 한 원천지국인 한국의 과세권이 배제된다. 
 (2) 한·미 조세조약 제27조 및 이 사건 쟁점합의
 한·미 조세조약 제27조는 양 체약국의 권한 있는 당국은 조약의 적용에 관하여 발생하는 곤란 또는 의문을 상호합의에 의하여 해결하도록 노력하며, 이를 위하여 특정소득항목의 원천을 동일하게 결정하는 것에 관하여 상호합의를 할 수 있고, 권한 있는 당국이 그러한 합의에 도달하는 경우에는, 동 합의에 따라 양 체약국이 동 소득에 대하여 과세하며 또한 조세의 환부 또는 세액공제를 허용한다고 규정하고 있다. 
 한편 미국 정부에 의하여 2001. 4. 6. 발표된 이 사건 쟁점합의는 위 조약 규정에 따른 것으로서 그 내용은, 한국의 소득세법과 법인세법 하에서는 법인의 주식양도소득이 세 가지 조건 즉, ① 당해 법인의 부동산 가액이 총자산가액의 50% 이상이고, ② 주주와 특수관계자가 당해 법인의 주식의 50% 이상을 소유하며, ③ 그 주주가 당해 법인의 주식의 50% 이상을 양도하는 경우를 충족하면 이를 부동산 양도소득으로 다루고 있는데, 이러한 경우 한국은 그러한 주식 양도소득을 비거주자와 외국법인 모두에 대하여 한국원천소득으로 다룬다는 것이고, 한국과 미국은 조약 제6조 제9항과 제27조 제2항 제c호의 목적상의 이중과세를 방지하기 위하여 그러한 한국 법인의 주식 양도소득은 부동산 소재지에 원천이 있음을 합의하였다는 것이다. 
 (3) 이 사건 쟁점합의의 진행 경과
 ○ 1980년 미국측 세법 개정 : 자산의 50% 이상이 미국 소재 부동산인 법인의 주식 양도시 미국에서 과세할 수 있도록 하여 조세조약상 주식양도소득 규정의 적용을 배제함(미국은 신법 우선 원칙에 따라 위 국내법이 조약에 우선 적용). 
 ○ 1997. 4. 21. 우리 정부는 "한국 소득세법 및 동법 시행령에 따르면 만일 어느 법인의 부동산 가치가 총 자산 가치의 50% 이상인 경우, 그리고 주주 및 관계 당사자가 그 법인의 주식의 50% 이상을 보유하고 그 주식의 전체 또는 대부분을 양도할 경우, 그러한 주식을 양도함으로써 발생한 소득은 부동산 양도소득으로 취급되어 그에 따라 과세된다"는 내용을 포함하여 미국에 위 조세조약 제15조 "부동산"의 정의에 "부동산과다보유 법인의 주식"을 포함하도록 상호합의하자는 내용의 제안서 송부 
 ○ 1997. 12. 30. 법인세법 시행령의 개정으로, 조세조약에서 부동산 과다보유 법인의 주식양도를 규정한 경우에는 자산비율요건 충족시 법인세를 과세하도록 함. 
 ○ 1998. 3. 9. 미국측에서 "우리는 미국 부동산보유법인 주식을 부동산의 정의에 포함하는 내용의 권한있는 당국간 합의를 체결할 필요가 없고 적절하지도 않다고 생각한다. 그러나 조약은 한국이 국내법에 따라 부동산 과다보유법인의 주식 양도소득에 대하여 과세하는 것을 금지하지 않는 데 동의한다. 따라서 미국은 한국 국내법에 따라 부동산보유법인 주식처분에 대한 한국의 과세권을 승인하며, 그러한 과세는 조약에 의하여 금지되지 않음을 인정한다"라는 내용을 포함하여, 한·미 조세조약 제27조에 따라 부동산 과다보유 법인의 주식 양도소득이 부동산소재지에 소득원천이 있다는 데 상호합의할 것을 제안하는 문서 송부[첨부된 메모에는 한국은 자산비율, 지분비율, 양도비율 세 가지 요건을 충족하는 경우(개정 전 법인세법 시행령에 따른 부동산 과다보유 법인의 주식 양도소득의 과세요건임) 그 주식 양도소득을 부동산 양도소득으로 취급한다고 알고 있다고 기재됨]
 ○ 1999. 6. 23. 우리측 회신 : 미국측 제안에 동의, 조세조약 제16조에도 불구하고 부동산 과다보유 법인의 주식 처분에 대하여는 조세조약 제16조가 효력을 발생하지 않는 것처럼 하여 한국이 국내법에 따라 부동산 과다보유 법인의 주식 양도소득에 대하여 과세할 수 있다는 점 재확인. 또한, 한국의 부동산 과다보유 법인의 주식 양도소득은 자산비율이 50% 이상인 경우 과세된다는 점을 명시함. 
 ○ 2000. 12. 29. 국내 법인세법 시행령 개정으로 조세조약이 체결되지 않은 법인에 대하여도 자산비율을 충족한 부동산 과다보유 법인의 주식 양도소득을 법인세법 시행령에 따라 과세하게 됨. 
 ○ 2001. 4. 3. 미국 국세청은 위 상호합의 내용을 국세청 공고 형식으로 다음과 같은 내용을 등재함.
 - 1999. 6. 23. 조세조약 제27조에 따라 상호합의를 체결하였으며, 
 - 한국 소득세법 및 법인세법에 따르면 자산비율, 주식양도비율, 주식소유비율 요건을 모두 갖춘 법인의 주식 양도소득은 부동산 양도소득으로 보아 국내 원천소득으로 취급하며,
 - 미국과 한국은 조세조약 제6조 제9항과 제27조 제2항 제c호의 목적상 이중과세 방지를 위해 위 한국법인의 주식 양도소득의 원천이 부동산 소재지국에 있다는 점에 합의한다는 것임. 
 【인정근거】앞서 든 증거들, 갑 제16 내지 18호증의 각 기재
 (4) 이 사건 쟁점합의의 효력 
 한·미 조세조약 제4조 제1항은 "일방체약국의 거주자는, 이 협약에서 정한 제한에 따를 것으로 하여, 타방체약국 내에 원천을 둔 소득에 대하여 또한 그러한 소득에 대해서만 동 타방체약국에 의하여 과세될 수 있다. 동 목적상 제6조에 정한 제 규칙(소득의 원천)은 소득의 원천을 결정하기 위하여 적용된다"고 규정하고 있고, 한·미 조세조약 제27조는 "조약의 적용과 관련하여 특정소득항목의 원천을 동일하게 결정하는 것에 관하여 상호합의할 수 있으며, 그러한 합의가 성립하였을 때에는 그에 따라 양체약국이 합의한 소득에 대하여 과세한다"고 규정하고 있는바, 위와 같은 조세조약의 규정을 보더라도 어떠한 소득의 원천을 결정하는 것은 그 소득에 대한 과세권 유무를 결정짓는 중요한 요소이다. 
 그런데 이 사건 쟁점합의는 한국 부동산 과다보유 법인의 주식 양도소득에 대한 과세권이 부동산 소재지국에 있다고 직접적으로 확인하고 있지는 않지만, 한국 세법상 부동산 과다보유 법인의 주식 양도소득이 부동산 양도소득과 마찬가지로 보아 과세되고 있다는 점을 전제하면서 그로 인한 이중과세를 방지하기 위하여 그러한 주식의 양도소득이 부동산 소재지에 원천이 있음을 합의한다는 것이므로, 이는 부동산 과다보유 법인의 주식 양도소득을 우리 세법과 마찬가지로 부동산 양도소득과 동일하게 취급함으로써 부동산 소재지국이 그에 대한 과세권을 행사한다는 점이 내포된 합의라고 봄이 타당하다. 
 한편, 한·미 조세조약 제28조 제6항에 따르면 양 체약국의 권한있는 당국은 소득세·법인세의 개정법령을 상호통보하도록 되어 있고, 위와 같은 합의도출 과정에서도 한국의 관련 국내법령이 미국에 제공된 것으로 보이는바, 앞서 본 서한들(갑 제16 내지 18호증)의 내용이나 위 원고 주장의 사정만으로, 미국 국세청이 한국 국내법상으로는 ‘부동산’에 ‘부동산 주식’이 개념상 포함되는 것으로 오인하여 한국이 위 소득에 대하여 과세권을 행사할 수 있는 것으로 착오하였다고 보기 부족하고, 설령 착오가 있었다고 하더라도 그것이 기망이나 강박에 의한 것이 아닌 이상, 그와 같은 일종의 동기의 착오가 조약에서 정한 합의절차에 의하여 체약국들 사이에 이루어진 합의의 효력에 당연히 영향을 미친다고 볼 수는 없으므로, 이에 반하는 원고 1 회사의 주장은 이유 없다. 
 나아가 한·미 양국의 각 내국세법상 부동산 과다보유법인의 주식 양도의 경우 부동산의 양도와 똑같이 취급을 받고 있으므로, 그에 따른 소득을 그 실질에 따라 부동산 소득에 대한 한·미 조세조약 제15조를 적용할 수 있는지 의문이 있을 수 있는바, 이러한 의문은 한·미 조세조약 제27조 제2항 소정의 상호합의의 대상이 되는 "이 협약의 적용에 관하여 발생하는 곤란 또는 의문"에 해당하고, "양 체약국의 권한 있는 당국은 이중과세를 회피하기 위하여 또는 이 협약의 기타 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적을 위한 항목의 소득에 대한 공동의 원천을 확정할 수 있다"고 규정된 조약 제6조 제9항과 합의가 성립하였을 때 그에 따라 양 체약국이 합의한 소득에 대하여 과세할 수 있음을 전제로 ‘특정소득항목의 원천을 동일하게 결정’하는 것을 합의할 수 있도록 규정한 조약 제27조 제2항 제c호의 내용에 비추어 보면, 이 사건 쟁점합의는 위와 같은 한·미 조세조약의 일부 조항들이 이미 예정하고 있는 절차를 거친 것에 불과할 뿐, 기존 조약의 내용 범위와 한계를 벗어나 이를 실질적으로 변경하는 ‘조약 개정’이라고 볼 수는 없으므로, 위 원고의 위헌 주장 등 이를 전제로 한 주장들은 모두 받아들일 수 없다. 
 결국 미국 거주자가 얻은 이 사건 주식의 양도소득에 관하여는 한·미 조세조약 제15조, 제16조 제1항 제a호 및 이 사건 쟁점합의에 따라 부동산 소재지국인 한국이 양도소득세 또는 법인세를 과세할 수 있다.
 마. 구 법인세법 제93조 제7호의 위헌 여부에 대한 판단 
 살피건대, 구 법인세법 제93조 제7호는 ‘구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조에 규정하는 양도소득(동조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득을 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 소득’이라고 규정함으로써 과세대상이 되는 양도소득의 범위를 구 소득세법 제94조 제1항 제1호, 제2호, 제4호에 해당하는 양도소득으로 특정하고 있음을 알 수 있다{원고들이 주장하는 바와 같이 ‘구 소득세법 제94조와 그 위임에 의한 구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제158조 제1항에 규정하는 양도소득‘으로 특정하고 있는 것이 아니다}. 다만, 구 소득세법 제94조 제1항 제1호, 제2호, 제4호에 해당하는 양도소득 중 대통령령으로 정하는 소득의 구체적 범위에 관하여는 독자적으로 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제132조 제10항에 이를 위임하고 있을 뿐이다. 따라서 특정주식에 관한 한 구 법인세법 제93조 제7호는 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목에서 규정하고 있는 ‘주식 등을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산’ 중 ‘대통령령이 정하는 자산’ 부분을 독자적으로 구 법인세법 시행령 제132조 제10항 제2호에 위임한 것으로 해석해야 한다. 
 앞서 본 바와 같은 구 법인세법 제93조 제7호의 내용 및 그에 대한 해석 등에 의하면, 구 법인세법 제93조 제7호는 과세대상이 되는 양도소득의 범위를 구체적으로 특정하고 있고, 구 법인세법 제93조 제7호 등을 통해 이 사건 주식 양도소득이 과세대상이 되는 양도소득에 해당하는지 여부를 합리적으로 판단할 수 있는 예측가능성을 부여하고 있다고 봄이 상당하다. 따라서 구 법인세법 제93조 제7호가 과세대상이 되는 양도소득의 범위를 예측할 수 없게 하고 대통령령으로 하여금 과세대상의 범위를 자의적으로 행정입법할 여지를 주었음을 전제로 한 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 바. 가산세 부과처분의 위법 여부에 대한 판단 
 (1) 정당한 사유 유무
 세법상의 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이고, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 납세의무자에게 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 1998. 7. 24. 선고 96누18076 판결, 대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2010. 5. 13. 선고 2009두23747 판결 등 참조).
 그런데 원고들, 즉 론스타펀드Ⅲ는 오로지 한·벨 조세조약을 적용받아 이 사건 주식의 양도소득에 대한 과세를 회피하기 위하여 벨기에 거주자 자격을 취득하고자 소외 13 회사를 설립하였음은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 주식 양도소득에 대한 실질적 귀속자, 즉 납세의무자의 확정을 어렵게 한 당사자는, 그 세목이 ‘소득세’든 ‘법인세’든 이 사건 주식의 양도소득에 대한 납세의무 자체를 이행할 의도가 없었던 원고들인 점을 감안하면, 원고들에게 법인세 신고의무 이행에 대한 기대가능성이 없었다고 할 수는 없으므로, 원고들에게 위 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 이에 반하는 원고들 주장은 받아들일 수 없다. 
 (2) 과잉금지 원칙 내지 비례의 원칙 위반 여부
 우선, 30% 세율의 무신고가산세를 규정하고 있는 구 법인세법 제76조 제1항 제1호가 헌법상 과잉금지 원칙에 위반되는지 본다. 우선 무신고가산세를 부과하는 것은 신고납세제도를 채택하고 있는 법인세에 있어서 납세의무자의 성실한 신고를 독려하고 납세제도의 실효성을 확보하기 위한 것으로서 그 입법목적이 정당하고, 의무위반자에 대하여 납세자가 납부하여야 할 세액의 일정 비율에 상당하는 금액을 추가하여 납부하도록 하는 제재방법은 위 입법목적을 달성하기 위한 수단으로 적합하다. 나아가 비록 위 법률조항이 고의나 과실 여부를 불문하고 30%의 가산세율을 적용하도록 하고 있더라도, 위 법률조항은 무신고로 인하여 탈루가능성이 있었던 산출세액에 위 세율을 곱하여 가산세액을 산정하고 있고, 더욱이 일반 무신고가산세율이 20%임에 반하여 이 사건과 같이 신고하지 아니한 소득금액이 50억 원을 초과하는 경우 그 세율을 30%로 가중하여 규정하고 있는 점, 위 법률조항에 의한 가산세 부과는 납세의무자의 성실하고 정확한 신고를 독려하는 데 결정적으로 기여함으로써 신고납세제도의 실효성 확보라는 공익을 실현하는 중요한 역할을 수행하는데 비해 납세의무자가 입게 되는 불이익은 이러한 공익 목적을 침해한 한도에서 그에 대한 책임을 부담하는 정도에 그치는 점을 고려하면, 납세의무자의 의무위반의 정도에 비례하여 가산세를 부과하고 있으므로 의무위반의 정도와 제재 사이에 적정한 균형을 이루고 있으며, 여기에 관계 법령이나 법원의 판결을 통하여 가산세 감면의 가능성이 어느 정도 열려있는 점까지 더하여 보면, 위 세율이 지나치게 높아 부당하다고 보이지도 않는다. 그리고 위와 같은 판단은 2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정된 국세기본법이 개별 세법의 가산세의 기본적인 내용을 통일적으로 규율하는 것으로 개정되면서 제47조의2 제1항에서 법인세 무신고가산세율을 20%로 낮추어 규정하였다는 사정이나, 제47조의2 제2항에서 은폐, 가장 등의 방법으로 무신고한 경우 40%의 세율을 정하고 있다는 사정만으로 달라진다고 볼 수 없다. 따라서 위 법률조항은 의무위반의 정도와 부과되는 제재 사이에 적정한 비례관계를 유지하고 있어 헌법상 과잉금지 원칙 내지 비례의 원칙에 반한다고 할 수 없다. 
 아울러 원고들에게 법인세 신고의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같으므로, 이와 반대의 전제에서 가산세 부과처분이 비례의 원칙에 반한다는 원고들 주장도 받아들일 수 없다. 
 (3) 불이익변경금지원칙 적용 및 위반 여부
 우선 국세기본법 제79조 제2항은 "조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다"고 규정하고 있으므로, 이는 심판청구절차(내지 이를 준용하는 심사청구절차)에 한정하여 적용되는 것이고, 그 내용 또한 심판결정의 주문 내용이 심판청구 대상인 과세처분보다 청구인에게 불이익한 경우에 적용될 뿐, 과세관청이 심판결정의 이유에서 밝혀진 내용에 근거하여 탈루 또는 오류가 있는 과세표준이나 세액을 경정결정하는 경우에는 적용된다는 것이 아니다(대법원 2007. 11. 16. 선고 2005두10675 판결 참조). 
 아울러 원고들이 들고 있는 행정소송법 제8조가 준용하는 민사소송법 제415조 또한 같은 재판절차의 상급심이 당사자가 불복을 제기한 범위를 넘어서 하급심 판결을 변경할 수 없다는 내용일 뿐, 법원의 판결에 따라 하는 새로운 처분이 당초 처분보다 불리하면 안 된다는 내용이 아니다. 
 따라서 조세불복절차에서 원고들이 상정하고 있는 ‘불이익변경금지 원칙’이 적용된다고 해석할 아무런 근거가 없고, 오히려 과세관청이 오류나 탈루를 시정하는 것은 공평과세의 이념에 의하여 부득이한 것으로 부과권의 제척기간 내에서는 횟수에 제한 없이 경정처분을 할 수 있고, 확정판결에 나온 위법사유를 보완하여 한 새로운 과세처분은 확정판결에 의하여 취소된 종전의 과세처분과는 별개의 처분인 점, 과세관청이 납세자에게 유리한 재처분만 할 수 있을 뿐 납세자에게 불리한 재처분을 할 수 없다는 국세행정관행이 존재한다고 볼 수도 없는 점 등을 더하여 보면, 종전 소득세에 대한 판결에서의 위법사유를 보완하여 한 이 사건 각 처분에 원고들 주장과 같은 하자가 있다고 할 수 없다. 
3. 결론
 그렇다면 원고들의 이 사건 각 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 최주영(재판장) 박필종 허익수