국방·군사시설사업실시계획승인처분무효확인 등 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2010.07.15 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 국방부장관 (소송대리인 정부법무공단외 1인)
【피고보조참가인】 삼성물산 주식회사외 1인 (소송대리인 법무법인 태평양 담당변호사 강용현외 3인)
【변론종결】2010. 5. 27.
【주 문】
1. 피고가 2009. 1. 21. 제주해군기지 건설사업 실시계획에 대하여 한 국방·군사시설사업 실시계획 승인처분은 무효임을 확인한다.
2. 원고들의 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각한다.
3. 소송비용은 보조참가로 인한 비용을 포함하여 40%는 원고들이, 60%는 피고 및 피고보조참가인들이 각 부담한다.

【청구취지】주문 제1항과 예비적으로 제1항 처분을 취소한다 및 피고가 2010. 3. 15. 제주해군기지 건설사업 실시계획에 대하여 한 국방·군사시설사업 실시계획 변경승인처분에 대하여 주위적으로 무효임을 확인하고, 예비적으로 위 변경승인처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 국방부는 제주남방해역과 해상교통로에 대한 효율적인 감시와 보호활동을 위하여 제주도에 기동전단 전력수용을 위한 부두와 지휘·지원시설을 건설하기로 하고 1993. 12.경 국방부 156차 합동참모회의에서 제주해군기지 신규소유결정을 하고 1995. 12.경 ‘1997～2001 국방사업계획’에 제주해군기지 사업계획을 반영하였다. 국방부는 이후 제주도 내 사업부지를 물색하였으나 제주도민들의 거센 반대에 부딪혀 사업을 잠정 중단하였다가 2005. 4.경 제주해군기지 추진기획단을 구성하고, 국방부 산하기관인 방위사업청을 통하여 2006. 5. 제주해군기지 건설방침을 발표하였다.
 나. 제주특별자치도지사(이하 ‘제주도지사’라 한다)는 2006. 6.경 해군기지 실무팀(T/F)을 구성하여 제주도 내 여러 해안지역을 후보지로 선정하여 2006년 말 제주해군기지가 지역사회에 미치는 영향에 대하여 분석을 실시하고, 2007. 1.부터 2007. 4.까지 제주도민대토론회, 사업설명회(3회), 찬반협의체 회의를 개최하였다.
 다. 서귀포시 대천동 강정마을 주민들로 구성된 강정마을회장은 2007. 4. 24. 제주도지사에게 해군기지 유치건의를 하였고, 제주도지사는 이를 받아들여 2007. 5. 14. 최종적으로 서귀포시 대천동 강정마을 해안(이하 ‘강정마을’이라 한다)을 제주 해군기지 건설사업지로 발표하였다.
 라. 국방부는 2007. 6. 8. 제주도지사에게 강정마을 일대 48만㎡(매립 201,231㎡, 매입 282,842㎡)를 사업부지(이하 ‘이 사건 사업부지’라 한다)로 하여 항만시설을 건설하는 내용의 사업계획(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 통보하였고, 사업시행자인 해군참모총장(해군본부)은 2007. 8.부터 2008. 3.까지 4차에 걸쳐 사전환경성검토(환경질, 육상동물상, 식생 및 해양동·식물상)에 착수하였으며, 2008. 4.경 사전환경성검토 초안에 대하여 주민공람을, 같은 해 4. 18. 주민설명회를 각 개최한 후 사전환경성검토서를 피고에게 제출하였다.
 마. 피고는 2008. 6.경 환경부장관에게 사전환경성검토서에 대한 협의요청을 하였고, 그 협의결과를 반영한 후 2008. 12. 26. 항만공사 설계에 대한 입찰공고를 하고 2009. 1. 21.국방·군사시설사업에 관한 법률(이하 ‘국방사업법’이라 한다) 제4조에 따라 국방·군사시설 실시계획 승인(이하 ‘이 사건 승인처분’이라 한다)을 하였으며, 같은 날 국방부고시 제2009-1호로 아래 내용을 고시하였다.
 1. 사업시행자 : 해군참모총장 2. 사업의 명칭 : 국방·군사시설 사업 3. 사업의 개요 : 제주해군기지 건설사업 4. 시행기간 : 2008. 11. 1. ～ 2010. 12. 30. 5. 사업의 집행부대와 그 주소 : (생략) 6. 사업용지로 수용 또는 사용할 토지의 세목 : 제주특별자치도 서귀포시 강정동 (지번 생략)번지 외 200필지 284,217㎡
 바. 피고는 이 사건 승인 처분 직후부터 사업 부지 확보를 위한 협의매수 절차를 진행하여 약 45%의 토지를 협의취득하였고, 어업보상 대상 가구 중 90%에 대하여 보상절차를 완료한 상태이다. 한편, 피고 산하 해군중앙경리단은 일괄입찰방식으로 강정마을 일원에 방파제와 부대공 등을 설치하는 공사의 수급인을 선정하였는데, 피고 보조참가인 삼성물산 주식회사는 제주해군기지 부두건설 1공구에, 피고 보조참가인 대림산업 주식회사는 제주해군기지 부두건설 2공구에 각 시공사로 선정되었다(이하 ‘피고 보조참가인들’이라 한다).
 사. 해군본부는 2008. 11.부터 2009. 3.까지 이 사건 사업시행을 반대하는 주민 측과 해군 측에서 각각 선정한 환경영향평가업체들로 하여금 공동으로 생태계 조사를 시행하도록 하였고, 이와는 별도로 2009년 상반기 이 사건 사업부지에 대하여 환경영향평가법에 따른 환경영향평가를 실시하고 2009. 4. 7. 피고, 제주도지사, 서귀포시장에게 환경영향평가서 초안(을 18호증의 1)을 각 제출하고 2009. 4. 24. 환경영향평가서 초안에 대한 주민공람과 주민설명회를 개최하였으며, 2009. 6. 24. 주민 공청회를 개최하였다.
 아. 해군본부는 환경영향평가서 초안 의견수렴과정에서 제시된 현황조사 관련 의견[해양생태계 추가 조사, 흑비둘기 서식지(범섬)조사, 부지기상조사, 토양환경질조사, 해수유동특성파악 등]을 반영하여 보완·작성한 환경영향평가서(을 18호증의 2)를 2009. 7. 7. 피고에게 제출하였고, 피고는제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제299조에 따라 2009. 7. 8. 제주도지사에게 제주해군기지사업에 대한 환경영향평가 협의요청을 하였다.
 자. 제주도지사는 피고의 협의요청에 대하여 2009. 12. 21. 대기질, 수질, 해양환경, 토양, 지형·지질, 동·식물상, 친환경적자원순환, 경관, 산업 등 9개 항목의 미비점에 대한 보완 요청을 하였고(을 24호증), 피고는 제주도지사와의 협의내용을 반영하여 환경영향평가서를 보완·작성한 후(을 18호증의 3, 4), 시공사인 피고보조참가인들로 하여금 실시설계에 환경영향평가서의 내용을 반영하도록 하였다(을 26호증).
 차. 해군참모총장은 2009. 12. 말경 환경영향평가 협의절차가 종료되자, ① 환경영향평가결과와 환경영향평가를 반영한 항만공사설계관련사항을 실시계획의 내용으로 추가하고, ② 사업시행 만료시점을 연장하며, ③ 보상대상 권리를 변경, 추가하는 내용으로 2010. 1. 27. 피고에게 이 사건 실시계획의 변경승인을 신청하였고, 피고는 2010. 3. 15. 이 사건 실시계획에 대한 변경승인(이하 ‘이 사건 변경승인 처분’이라 한다)을 하고, 같은 달 17. 국방부고시 제 2010-10호로 아래 내용을 고시하였다.
 4. 변경내용 가. 환경영향평가 협의결과를 설계도면에 반영 나. 사업시행기간의 변경 * 당초 : 2008. 11. 1.～ 2010. 12. 30. =〉 변경 : 2008. 11. 1.～ 2014. 12. 30. 다. 해군기지편입지역 토지세목조서 및 물건조서 변경, 면허·허가 어업물건조서
 [인정 근거 : 갑 1호증의 1, 갑 2호증의 1, 2, 갑 4호증, 갑 5호증, 갑 9호증, 갑 10호증의 1, 2, 을가 1호증, 을가 3호증, 을가 4호증의 1, 2, 을가 5호증의 1 내지 11, 을가 6호증, 을가 7호증의 1 내지 10, 을가 8호증, 을가 11호증, 을가 14호증의 1, 2, 을가 16호증의 1, 2, 3, 을가 17호증의 1, 2, 을가 18호증의 1 내지 4, 을가 24호증, 을가 26호증, 을가 31호증, 을나 3호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지]
 2. 관련 법령
 별지와 같다.
 3. 본안전 항변 및 판단(이 사건 승인처분에 대하여)
 가. 본안전 항변
 피고 및 피고 참가인들은, 이 사건 승인처분 이후 해군본부에서 환경영향평가서를 작성하여 피고에게 제출하였고, 피고는 제주도지사와 수차례에 걸쳐 환경영향평가협의를 한 후 이러한 협의내용을 반영하여 새롭게 이 사건 변경승인 처분을 하였으므로, 원고들이 피고를 상대로 이 사건 승인처분의 무효 확인을 구하는 것은 과거의 법률관계에 관한 것에 해당하여 법률상 이익이 없어 부적법하다고 주장한다.
 나. 판단
 살피건대, 피고는 이 사건 변경승인 처분으로써 이 사건 승인처분에 하자가 있더라도 그 하자를 제거하고, 피고가 행한 기존의 일련의 절차를 유효하게 존속시킨다는 전제 아래 이 사건 변경승인 처분에 이르게 된 것으로 보이는바, 이 사건 변경승인 처분은 이 사건 승인처분을 소멸시키는 처분이 아니라 이 사건 승인처분을 유지하면서 그 내용 중 일부를 변경한 것이라고 봄이 상당한 점, 게다가 일반적으로 과거의 법률관계는 확인의 소의 대상이 될 수 없으나, 행정처분과 같은 행정관계에서 보듯이 그것을 전제로 하여 수많은 법률관계가 발생하고 그에 관하여 일일이 개별적으로 확인을 구하는 번잡한 절차를 반복하는 것보다 과거의 법률관계 그 자체의 확인을 구하는 편이 관련된 분쟁을 일거에 해결하는 유효·적절한 수단일 수 있는 경우에는 예외적으로 확인의 이익이 인정되는 점(대법원 1995. 3. 28. 선고 94므1447 판결 참조), 피고가 국방사업법 및 시행령에 근거하여 행하는 실시계획의 승인처분은 사업시행자로 하여금 실시계획의 고시구역 안에서 국방·군사시설사업에 필요한 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 권한을 갖는 행정주체로서의 지위를 부여하는 일종의 설권적 처분의 성격을 갖고(국방사업법 제3조,제6조), 위 처분 자체로 그 처분의 목적이 종료되는 것이 아니고 위 처분이 유효하게 존재하는 것을 전제로 하여 당해 국방·군사시설사업에 따른 일련의 절차 및 처분이 행해지기 때문에 위 처분이 취소되거나 무효로 확인된다면 그것이 유효하게 존재하는 것을 전제로 하여 이루어진 각종의 처분에 관한 법적 효력은 영향을 받게 될 것인 점(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두5402, 5419 판결 등 참조), 이 사건에 있어 피고는 이 사건 승인처분이 유효함을 전제로 이 사건 사업부지의 상당부분을 협의매수하고, 어업보상절차를 대부분 완료하였음은 앞서 본 바와 같은데, 이 사건 승인처분에 대한 확인의 이익을 부인함으로써 본안 판단으로 나아가지 않을 경우 사업부지 내 주민들은 이 사건 승인처분을 전제로 한 후속절차에 대하여 개별적으로 소송을 제기하여 이 사건 승인처분의 위법 여부를 다투어야 하는 상황에 직면하게 되는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 변경승인 처분에도 불구하고 이 사건 승인처분의 무효 확인을 구할 이익이 있다고 봄이 상당하다. 피고 및 피고보조참가인의 본안전 항변은 이유 없다.
 4. 이 사건 승인처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장
 (1) 원고들의 주장
 원고들은 다음과 같은 사유로 이 사건 승인처분은 중대하고 명백한 하자가 존재하므로 무효에 해당한다고 주장한다.
 (가) 이 사건 사업은 환경영향평가법상의 환경영향평가 대상사업에 해당함에도 불구하고, 피고는 사전환경성검토서만 제출되었을 뿐 환경영향평가서가 제출되지 않았고 제주도지사와 협의가 이루어지지 않은 상태에서 이 사건 승인처분을 하였다.
 (나) 피고는 이 사건 승인처분을 하는 과정에서 이 사건 사업에 관하여 중대한 이해관계를 가지고 있는 강정마을 주민들의 충분한 의견수렴절차를 거치지 않았을 뿐만 아니라,제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법(이하 ‘제주특별자치도 특별법’이라 한다) 제299조 제1항에 따른 제주도지사와의 협의절차를 형식적으로 이행함으로써,국방사업법 제4조 제2항에서 규정하고 있는 ‘사업의 공익성, 위치의 적정성 및 실시계획의 타당성’을 제대로 고려하지 않는 등 재량권을 일탈, 남용하였다.
 (다) 사전환경성검토서에 필수적으로 포함되어야 할 대안선정 및 이에 대한 환경검토결과, 입지타당성, 계획적정성에 대한 내용이 누락되어 있는 등 사전환경검토절차를 부실하게 이행하였다.
 (라) 이 사건 사업의 대상지역인 강정마을은제주특별자치도 특별법 제292조에 의하여 절대보전지역으로 지정되어 있기 때문에같은 조 제3항 각 호의 예외사유에 해당하지 않는 한 위 지역에서의 건축물의 건축 등의 행위가 제한되어 있음에도 불구하고, 피고는 이 사건 강정마을 해역에 대한 절대보전지역 지정 해제가 이루어지기도 전에 이 사건 승인처분을 하였으므로, 이는 위법하다.
 (2) 피고 및 피고보조참가인들의 주장
 (가) 이 사건 승인처분은 아래와 같은 이유에서 적법하다.
 1) 이 사건 사업부지 면적은 약 48만㎡로 되어 있기는 하나 그 중 20만㎡는 해수면을 매립하여 부지를 확보하는 것이고, 나머지 28만㎡를 협의매수절차를 통하여 매입하는 것이 이 사건 사업의 실제 내용이므로,환경영향평가법 제4조 제3항,같은 법 시행령 제3조 제2항 [별표 1] 제16호 (가)목에서 요구하는 ‘사업면적이 33만㎡ 이상인 경우’에 해당하지 않는다.
 2) 환경영향평가 대상 사업에 해당한다고 하더라도,환경영향평가법 제16조 제1항,제28조 제2항,같은 법 시행령 제23조 [별표 1] 16호 등 관련 법령의 입법 취지로 미루어 볼 때, 환경영향평가서의 제출시기는 각 대상사업의 특징별로 달리 해석하여야 하는 것인데, 국방·군사시설 설치사업에 있어서 실시계획 승인처분은 사업자를 확정하고 사업부지를 확보하기 위한 절차에 불과하여 실질적인 환경영향평가를 수행할 수 없고, 건설기술관리법령에 기한 기본설계가 수립된 이후에야 사업의 실제 시행을 위한 공사 설계나 자금조달 계획 등이 정해지는 점 등을 감안하여 보면, 환경영향평가서의 제출시기를 실시계획 승인 전이 아니라 기본설계 승인 전까지로 보아야 한다.
 3) 국방사업법은 국방부장관에게 실시계획을 승인하고자 할 때 관계중앙행정기관의 장 및 지방자치단체의 장과 협의하고, 실시계획을 승인한 때에는 지체없이 이를 고시하고 그 내용을 이해관계인이 열람할 수 있게 하여야 할 의무를 부여하고 있을 뿐(국방사업법 제5조 제1항,제2항,제4항), 실시계획 승인 자체에 대하여 별도로 주민여론을 청취하여 반영하여야 할 의무를 규정하고 있지 않다. 그럼에도 불구하고 피고는 제주도민들과의 화합하에 원만하게 사업을 진행하기 위하여 이 사건 해군기지 설치에 대하여 2007. 1. 30.부터 2차례에 걸쳐 제주도민 대토론회 및 제주도민 설명회를 개최하였고, 2007. 5. 11.과 5. 12. 양일간에 걸쳐 제주도민뿐만 아니라 강정마을 주민들을 대상으로 여론조사를 실시하는 등 충분한 여론수렴절차를 거친 후 이 사건 승인 처분을 하였으므로, 그 과정에 재량권을 일탈, 남용한 하자가 없다.
 4) 해군본부는 2008. 6.경부터 10.경까지 사전환경성검토를 시행하면서, 강정마을, 위미마을, 화순마을을 선정하여, 위 3곳 모두 천연기념물 혹은 문화재로 보호되는 연산호의 서식지라는 문제점을 공통적으로 가지고 있음을 적시하고, 그 영향성을 비교, 검토하였으므로, 사전환경성검토가 부실하게 이행되었다고 볼 수 없다.
 5) 이 사건 승인처분의 대상이 되는 사업 내용은 토지의 취득과 지장물, 어업보상에 한정되는 것인데, 이와 같은 사업내용은 제주도특별자치법상 절대보전지역 내에서 금지하고 있는 행위나 법률효과에 해당하지 않는다.
 나. 판단
 (1) 먼저 이 사건 사업이 환경영향평가 대상사업에 해당하는지 여부를 살피건대,환경영향평가법 제4조 제3항,같은 법 시행령 제3조 제2항 [별표 1] 제16호 (가)목에 의하면,국방사업법 제2조 제2항에 따른 국방·군사시설사업 중 사업면적이 33만㎡ 이상인 사업을 환경영향평가 대상사업으로 규정하고 있는바, 이 사건 사업은 478,550㎡를 사업면적으로 하여 그 사업부지에 항만시설을 건설하는 것을 주된 내용으로 하고 있음은 앞서 본 바와 같으므로 위 환경영향평가법상의 환경영향평가 대상사업에 해당됨은 관련 규정 해석상 명백하다(피고 및 피고보조참가인들은 이 사건 승인처분 이후의 주된 절차가 위 사업면적 중 약 28만㎡를 협의매수하는 것이라는 이유로 이 부분만을 실제 사업면적으로 보아야 한다는 취지로 주장하나, 이 사건 사업은 약 20만㎡의 해수면을 매립하고, 약 28만㎡를 협의매수하는 등 총 48만㎡의 사업부지를 확보한 후 결국 위 사업부지 전체에 항만시설을 건설하는 것을 목적으로 하는 것이므로, 이와 같은 주장은 이유 없다). (2) 다음으로, 피고가 환경영향평가 대상사업에 해당하는 이 사건 사업에 관하여 환경영향평가가 실시되지 않은 상태에서 이 사건 사업의 실시계획을 승인하는 이 사건 승인 처분을 함으로써 이 사건 승인처분에 하자가 존재하는지 여부에 관하여 살펴보기로 한다.
 (가)환경영향평가법 제1조,제3조,제6조,제14조,제16조,제28조 등의 규정 취지는 환경영향평가를 실시하여야 할 사업이 환경을 해치지 아니하는 방법으로 시행되도록 함으로써 당해 사업과 관련된 환경공익을 보호하려는 데 그치는 것이 아니라, 당해 사업으로 인하여 직접적이고 중대한 환경피해를 입으리라고 예상되는 환경영향평가 대상지역 안의 주민들이 전과 비교하여 수인한도를 넘는 환경침해를 받지 아니하고 쾌적한 환경에서 생활할 수 있는 개별적 이익까지도 보호하려는 데에 있는 것이다. 그런데 환경영향평가를 거쳐야 할 대상사업에 대하여 환경영향평가를 거치지 아니하였음에도 불구하고 승인 등 처분이 이루어진다면, 사전에 환경영향평가를 함에 있어 평가대상지역 주민들의 의견을 수렴하고 그 결과를 토대로 하여 환경부장관과의 협의내용을 사업계획에 미리 반영시키는 것 자체가 원천적으로 봉쇄되는바, 이렇게 되면 환경파괴를 미연에 방지하고 쾌적한 환경을 유지·조성하기 위하여 환경영향평가제도를 둔 입법 취지를 달성할 수 없게 되는 결과를 초래할 뿐만 아니라 환경영향평가 대상지역 안의 주민들의 직접적이고 개별적인 이익을 근본적으로 침해하게 되므로, 이러한 행정처분의 하자는 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것이고 객관적으로도 명백한 것이라고 하지 않을 수 없어, 이와 같은 행정처분은 당연무효이다(대법원 2006. 6. 30. 선고 2005두14363 판결 참조).
 (나) 한편, 환경영향평가 실시대상에 해당하는 국방·군사시설 사업의 환경영향평가서 제출시기에 관하여 보건대, ①국방사업법 시행령 제3조 제1항 제2호가 사업시행자에게 국방·군사시설 사업의 실시계획에 대한 승인신청 시 그 신청서에 ‘사업계획을 표시하는 도면’을 첨부하여 제출하도록 규정하고 있는 점, ② 환경영향평가법 시행령 [별표 1] 16. (가)목에서 환경영향평가 대상사업에 해당하는 ‘국방사업법 제2조 제2항의 규정에 의한 국방·군사시설 사업 중 면적이 33만㎡ 이상인 것’에 관하여 그 평가서의 제출시기 및 협의요청시기를 국방사업법령상에 규정되어 있지 않은 ‘기본설계의 승인 전’으로 규정하고 있는 것은 단지 국방사업법령상 피고의 실시계획승인 대상사업에 해당하지 않는 ‘체육시설의 설치·이용에 관한 법률 제2조 제1호의 규정에 따른 체육시설 중 면적이 26만㎡ 이상 33만㎡ 미만인 골프장의 설치·이전 및 변경에 관한 사업’이 국방사업법령상 피고의 실시계획승인 대상사업에 해당하는 위 ‘국방사업법 제2조 제2항의 규정에 의한 국방·군사시설 사업 중 면적이 33만㎡ 이상인 것’과 동일한 항목에 함께 규정된 것에서 비롯된 것으로 보이고, 특별히 위 ‘국방사업법 제2조 제2항의 규정에 의한 국방·군사시설 사업 중 면적이 33만㎡ 이상인 것’에 관한 평가서의 제출시기 및 협의요청시기를 대부분의 다른 법률 규정에 의하여 시행되는 환경영향평가 대상사업에 관한 평가서의 제출시기 및 협의요청시기인 ‘실시계획의 승인 전’보다 이후의 시점으로 정하여야 할 합리적인 사유를 발견할 수 없는 점, ③ 이 사건 사업의 실시계획을 승인하는 이 사건 처분이 이루어지게 되면 이 사건 사업의 시행자는국방사업법 제6조에 따라 이 사건 사업에 필요한 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있게 되므로, 이 사건 처분 이전에 이 사건 사업부지에서 거주하고 있는 원고들에게 이 사건 사업의 시행과 관련된 의견제출의 기회가 보장되어 그 과정에서 제출된 원고들의 의견이 이 사건 사업에 관한 환경영향평가서에 포함되어야 하는 점, ④ 만일 피고 측이 주장하는 바와 같이 환경영향평가법 시행령 [별표 1] 16. (가)목에서 환경영향평가 대상사업에 해당하는 이 사건 사업에 관한 평가서의 제출시기 및 협의요청시기로 규정하고 있는 ‘기본설계의 승인 전’을 이 사건 승인처분이 아닌 건설기술관리법 시행령상의 실시설계 이후의 시점으로 해석하게 되면, 기본설계의 승인 자체가 국방사업법령상의 개념규정이 아니게 되어서 원고들의 권리의무에 직접 영향이 있는 구체적 사실에 관한 법집행행위로서의 행정처분이라고 볼 수 없는 등 원고들의 권리구제에 공백이 발생하는 점 등에 비추어 보면, 환경영향평가법 시행령 [별표 1] 16. (가)목에서 환경영향평가 대상사업에 해당하는 이 사건 사업에 관한 평가서의 제출시기 및 협의요청시기로 규정하고 있는 ‘기본설계의 승인 전’은 이 사건 사업의 실시계획승인 이전의 시점을 가리키는 것으로 봄이 상당하다.
 (다) 이에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 해군본부는 이 사건 승인처분 이전에 피고에게 사전환경성검토서만 제출하였을 뿐 환경영향평가 대상사업에 해당하는 이 사건 사업에 관한 환경영향평가서를 제출하여 피고가 제주도지사에게 그 평가서에 대한 협의를 요청할 수 있도록 하는 등의 환경영향평가를 전혀 실시한 바 없고, 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 승인처분을 하기에 이르렀음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 승인처분은 환경영향평가 대상사업에 관하여 환경영향평가를 거치지 아니한 중대하고 명백한 하자가 존재하여 무효에 해당한다 할 것이다.
 (라) 이에 대하여 피고 측은, 이 사건 승인처분 이후 이 사건 사업에 관한 환경영향평가서가 제출되고, 피고와 제주도지사 간에 협의절차가 완료되어 협의내용이 평가서에 반영되었으므로, 이 사건 승인처분의 하자는 치유되었다는 취지로 주장하나, 피고가 사전에 환경영향평가서에 대한 제주도지사 등과의 협의절차를 거치지 아니한 채 이 사건 승인처분을 함으로써 제주도지사 등과의 협의내용을 사업계획에 반영시키는 것 자체가 원천적으로 봉쇄되었고, 원고들을 포함한 인근주민들의 직접적이고 개별적인 이익 또한 근본적으로 침해되었다고 보아야 할 것이므로, 이 사건 사업계획으로 달성하려는 제주남방해역과 해상교통로에 대한 효율적인 감시와 보호활동 등 행정목적을 감안한다고 하더라도, 이 사건 승인처분의 하자는 법규의 중대한 부분을 위반한 중대한 것이고 객관적으로도 명백한 것이라고 하지 않을 수 없다. 따라서 피고가 이 사건 승인처분 이후인 2009. 7. 8. 환경부장관에게 환경영향평가서에 대한 협의를 요청하여 2009. 12. 말경 이에 대한 협의를 완료하였다고 하더라도 그러한 사정만으로 위와 같은 하자가 치유될 수는 없다.
 (3) 소결
 따라서 이 사건 승인처분은 원고들의 나머지 주장에 관하여 더 살펴볼 필요 없이 무효에 해당하고, 원고들의 주장은 이유 있다.
 5. 이 사건 변경승인 처분의 적법 여부에 대한 판단
 가. 당사자들의 주장
 (1) 원고들의 주장
 이 사건 승인처분의 위 4의 가.(1)항의 각 하자는 이 사건 변경승인 처분에 그대로 승계되고, 따라서 이 사건 변경승인 처분 역시 같은 이유로 위법하다.
 (2) 피고 및 피고보조참가인의 주장
 (가) 이 사건 변경승인 처분으로 인하여 이 사건 승인처분의 효력이 상실된 이상 선행처분과 후행처분의 독립적 존재를 전제로 하는 하자 승계의 문제가 이 사건 변경승인 처분에 적용될 여지가 없다.
 (나) 원고들의 주장을 이 사건 승인처분과 동일한 내용의 하자가 이 사건 변경승인 처분에도 존재한다는 주장으로 선해한다고 하더라도, 환경영향평가 절차가 완료되어 환경영향평가서가 제출되고, 절대보전지역 지정이 해제된 이후에 이루어진 이 사건 변경승인 처분에는 더 이상 원고들이 주장하는 바와 같은 하자가 존재하지 않는다.
 나. 판단
 (1) 하자의 승계 여부
 원고들은 이 사건 승인처분에 존재하는 하자가 이 사건 변경승인 처분에 승계됨을 전제로 이 사건 변경승인 처분의 위법성을 다투고 있으나, 행정상의 법률관계는 가능한 한 조속히 확정되고 안정되어야 하는 것으로 행정처분의 하자는 원칙적으로 각각 독립적으로 판단되어야 하며, 행정처분 상호간의 하자의 승계는 인정되지 않음이 원칙이고, 다만 동일한 행정목적을 달성하기 위하여 단계적인 일련의 절차로 연속하여 행하여지는 선행처분과 후행처분이 서로 결합하여 하나의 법률효과를 발생시키는 경우, 선행처분이 하자가 있는 위법한 처분이라면, 비록 하자가 중대하고도 명백한 것이 아니어서 선행처분을 당연무효의 처분이라고 볼 수 없고 행정쟁송으로 효력이 다투어지지도 아니하여 이미 불가쟁력이 생겼으며 후행처분 자체에는 아무런 하자가 없다고 하더라도, 선행처분을 전제로 하여 행하여진 후행처분도 선행처분과 같은 하자가 있는 위법한 처분으로 보아 항고소송으로 취소를 청구할 수 있을 뿐이다(대법원 1993. 2. 9. 선고 92누4567 판결).
 살피건대, 이 사건 변경승인 처분은 이 사건 승인처분에 존재하는 하자를 보완하고, 피고가 행한 기존의 일련의 절차를 유효하게 존속시킨다는 전제 아래 이 사건 승인처분의 내용을 일부 변경하여 새롭게 행하여진 처분으로써 이 사건 승인처분과는 별개의 독립된 처분이므로, 이 사건 승인처분의 하자가 이 사건 변경승인 처분에 승계된다고 볼 수는 없다.
 다만, 원고들의 주장은 이 사건 승인처분이 무효인 이상 그 내용의 일부를 변경한 것에 불과한 이 사건 변경승인 처분에도 이 사건 승인처분과 동일한 하자가 존재한다는 취지로 선해할 수 있으므로, 아래에서는 그에 관하여 판단하기로 한다.
 (2) 환경영향평가 미실시의 하자
 살피건대, 위 인정사실에 의하면 사업시행자인 해군본부는 이 사건 승인처분 직후 이 사건 사업부지에 대하여 환경영향평가를 시작하여 환경영향평가서 초안에 대한 주민공람과 주민설명회 등을 개최한 후 의견수렴과정에서 제시된 의견을 반영한 환경영향평가서를 피고에게 제출하였고, 피고는 이를 토대로 제주도지사와 환경영향평가협의절차를 완료한 후 이 사건 변경승인 처분을 하기에 이르렀음은 앞서 본 바와 같으므로, 사정이 이와 같다면 이 사건 변경승인 처분에는 환경영향평가 미실시의 하자가 존재한다고 볼 수 없다. 이 부분 원고들의 주장은 이유 없다.
 (3) 제주도지사와 협의절차 및 주민의견수렴절차에 있어서의 하자
 원고들은 피고가 제주도지사와의 협의절차, 주민의견수렴절차를 형식적으로 거친 결과 이 사건 사업의 공익성, 위치의 적정성 및 실시계획의 타당성 등을 제대로 고려하지 못하는 등 재량권을 일탈, 남용하였다는 취지로 주장한다.
 살피건대, 피고는 해군본부로부터 환경영향평가서가 제출되자 2009. 7. 8. 제주도지사에게제주특별자치도 특별법 제299조에 근거하여 이 사건 사업에 대한 환경영향평가 협의요청을 하였고, 제주도지사는 피고의 협의요청에 대하여 2009. 12. 21. 대기질, 수질 등 9개 항목의 미비점을 지적하고 주요 환경영향저감대책 보완 등을 요청하였으며(을 24호증), 피고는 이러한 협의내용을 반영하여 환경영향평가서를 수차례에 걸쳐 심의·보완한 끝에 2009. 12. 말 환경영향평가서에 대한 협의절차를 완료한 사실, 한편 해군참모총장은 2008. 4.경 사전환경성검토 초안을 주민공람하고 같은 해 4. 18. 주민설명회를 개최하였으며, 2009. 4. 7. 환경영향평가서 초안을 주민공람하고 주민설명회를 개최하고, 같은 해 6. 24. 주민 공청회를 개최하였고, 주민의견수렴과정에서 제시된 현황조사 관련의견을 반영하여 환경영향평가서를 심의·보완하여 작성한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이와 같이 피고가 관련 규정에 따른 협의절차 및 주민의견수렴절차를 거친 이상 제주도지사와의 협의절차 기간이 단기간이라거나 반대주민들의 여론에 반하는 처분을 하였다고 하여 재량권을 일탈, 남용하였다고 볼 수는 없다. 이 부분 원고들의 주장은 이유 없다.
 (4) 환경영향평가의 부실의 하자
 원고들은 이 사건 환경영향평가는 사전환경검토서에 필수적으로 포함되어야 할 대안선정 및 이에 대한 환경검토결과, 입지타당성, 계획적정성에 대한 내용이 누락되어 있고, 환경영향평가 초안에는 검토되지 않았던 붉은발말똥게 등 멸종위기종이 사업지역 내에서 확인되었으며, 반대주민들의 여론을 무시한 채 주민의견수렴절차가 진행되는 등 전반적으로 부실하게 이행되었으므로 이를 기초로 한 이 사건 변경승인 처분은 위법하다는 취지로 주장한다.
 환경영향평가법령에서 정한 환경영향평가를 거쳐야 할 대상사업에 대하여 그러한 환경영향평가를 거치지 아니하였음에도 승인 등 처분을 하였다면 그 처분은 위법하다 할 것이나, 그러한 절차를 거쳤다면, 비록 그 환경영향평가의 내용이 다소 부실하다 하더라도, 그 부실의 정도가 환경영향평가 제도를 둔 입법 취지를 달성할 수 없을 정도이어서 환경영향평가를 하지 아니한 것과 다를 바 없는 정도의 것이 아닌 이상, 그 부실은 당해 승인 등 처분에 재량권 일탈·남용의 위법이 있는지 여부를 판단하는 하나의 요소로 됨에 그칠 뿐, 그 부실로 인하여 당연히 당해 승인 등 처분이 위법하게 되는 것이 아니라 할 것이다(2006. 3. 16. 선고 2006두330 전원합의체 판결 참조).
 이 사건에 관하여 살피건대, 해군본부가 이 사건 사업에 관한 환경영향평가를 실시하여, 환경영향평가서 초안에 대하여 주민들의 의견을 수렴하고 그 중 일부를 반영하여 환경영향평가서를 작성한 후 피고에게 제출하였으며, 위 평가서에 관한 피고의 협의요청에 대하여 제주도지사는 지형·지질 등 9개 항목의 미비점에 대한 보완을 요청하였고, 해군본부가 그에 따라 보완된 평가서를 제출하자, 피고는 그에 따라 제주도지사와 협의를 마친 후 이 사건 사업의 실시계획을 승인하는 이 사건 변경승인 처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 18호증의 2, 3, 4, 을 23호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 사전환경성검토서는 제주도 내 3개 후보지[서귀포시 남원읍 위미리, 서귀포시 대천동(강정), 서귀포시 안덕면 화순리(화순항)]를 대상으로 입지적 대안을 간략히 비교, 검토하고 있는 반면, 보완된 환경영향평가서(을 18호증의 2, 1197～1203쪽)는 사업입지 대안에 관하여 제주도 내 8개 후보지[서귀포시 남원읍 위미리, 서귀포시 대천동(강정), 서귀포시 월평동, 서귀포시 안덕면 화순리(화순항), 제주시 한경면 고산리, 제주시 애월읍 고내/신엄리, 서귀포시 성산읍 온평리, 서귀포시 표선면 토산리]를 대상으로 항만으로서의 입지, 배후여건, 어업권 및 문화재현황 등 제약조건을 구체적으로 비교·검토하고 있고, 보완된 평가서(을 18호증의 3, 620쪽)는 기차바위 지역과 강정등대의 연산호 서식처의 생태학적 의미와 현황에 대한 조사결과를 명시하고 있는 사실, 환경영향평가서 작성과정에서 수행한 현장조사 시에 붉은발말똥게의 서식에 대하여 파악되지 못하였다가 그 후 2009. 9. 하순경 비로소 그 존재 여부가 밝혀진 것은 사실이나, 이후 제주도 환경영향평가심의위원회는 당초 2009. 9. 24.로 예정되어 있었던 환경영향평가서 심의를 보류하고 위 붉은발말똥게의 서식에 대한 보완자료를 요구하였고, 2009. 9. 26. 재심의기일에서 붉은발말똥게의 서식지에 대한 정밀조사 후 ‘서식지 보존 또는 대체서식지를 조성할 것’ 등을 조건으로 보완동의 의결을 한 사실, 그 후 해군본부는 2009. 10. 붉은발말똥게 서식지 보존대책 등 위 심의의결에서 보완요구된 사항을 보완하여 보완된 환경영향평가서(을 18호증의 4, 43～44쪽)를 제주도지사에게 제출한 사실을 각 인정할 수 있는바, 사실관계가 이와 같다면 비록 사전환경성검토 단계에서 사업입지 관련 대안을 자세히 검토하지 않았고, 계획적정성에 대한 내용이 누락되었으며, 환경영향평가단계에서 멸종위기종의 존재를 누락하는 등 위 환경영향평가가 다소 미흡한 부분이 있었다고 하더라도 그 부실의 정도가 환경영향평가제도를 둔 입법 취지를 달성할 수 없을 정도이어서 환경영향평가를 하지 아니한 것과 다를 바 없는 정도의 것이라고 할 수는 없다 할 것이다. 이 부분 원고들의 주장 역시 이유 없다.
 (5) 절대보전지역 지정 해제
 살피건대, 을 25호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 제주 서귀포시 강정동 826,194㎡은제주특별자치도 특별법 제292조의 규정에 따라 절대보전지역으로 지정되어 있었고, 그 중 하천변과 해안변 지역 105,295㎡은 이 사건 사업부지에 속해 있었던 사실, 이에 해군참모총장은 이 사건 사업 시행을 위하여 제주도지사에게 절대보전지역의 해제를 요청하였고, 제주도지사는 제주도의회의 동의를 얻어 이 사건 사업부지에 포함되어 있던 위 105,295㎡를 절대보전지역에서 해제하는 것으로 절대보전지역변경 결정을 하였고 2009. 12. 23. 제주특별자치도 고시 제2009-157호로 이를 고시한 사실, 그 후 피고는 이 사건 변경승인 처분을 하기에 이른 사실을 인정할 수 있는바, 사실관계가 이와 같다면 이 사건 변경승인 처분에는 절대보전지역 지정과 관련한 하자가 존재한다고 볼 수 없다. 이 부분 원고들의 주장은 이유 없다.
 (6) 소결론
 따라서 이 사건 변경승인 처분은 적법하다.
 5. 결론
 그렇다면 원고들의 이 사건 승인처분에 대한 주위적 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 이 사건 변경승인 처분에 대한 주위적, 예비적 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 박정화(재판장) 이예슬 이승원

[1] 국방부장관이 제주해군기지 건설에 대하여 국방·군사시설 실시계획 승인을 한 후, 환경영향평가를 실시하고 그 결과 등을 반영하여 위 실시계획에 대한 변경승인을 한 사안에서, 변경승인 처분이 있었더라도 최초의 승인처분의 무효확인을 구할 법률상 이익이 있다고 한 사례
[2] 국방부장관이 제주해군기지 건설에 대하여 국방·군사시설 실시계획 승인을 한 후, 환경영향평가 결과 등을 반영하여 위 실시계획에 대한 변경승인을 한 사안에서, 최초의 승인처분은 환경영향평가 대상사업에 관하여 환경영향평가를 거치지 아니한 중대하고 명백한 하자가 존재하여 무효이지만, 위 변경승인 처분은 최초의 승인처분과는 독립된 것으로 최초 승인처분의 하자가 위 변경승인 처분에 승계된다고 볼 수 없고, 환경영향평가 미실시 등의 하자가 존재한다고 볼 수 없어 적법하다고 한 사례

[1] 국방부장관이 제주해군기지 건설에 대하여 국방·군사시설 실시계획 승인을 한 후, 환경영향평가를 실시하고 그 결과 등을 반영하여 위 실시계획에 대한 변경승인을 한 사안에서, 위 변경승인 처분은 최초의 승인처분을 소멸시키는 처분이 아니라 그 승인처분을 유지하면서 그 내용 중 일부를 변경한 것으로 보아야 하는 점, 국방부장관이 국방·군사시설사업에 관한 법률 및 같은 법 시행령에 근거하여 행하는 실시계획의 승인처분은 일종의 설권적 처분의 성격을 갖고, 위 처분 자체로 그 처분의 목적이 종료되는 것이 아니고 위 처분이 유효하게 존재하는 것을 전제로 하여 당해 국방·군사시설사업에 따른 일련의 절차 및 처분이 행해지기 때문에 위 처분이 취소되거나 무효로 확인된다면 그것이 유효하게 존재하는 것을 전제로 하여 이루어진 각종의 처분에 관한 법적 효력은 영향을 받게 될 것인 점 등에 비추어, 변경승인 처분에도 불구하고 최초의 승인처분의 무효확인을 구할 법률상 이익이 있다고 한 사례.
[2] 국방부장관이 제주해군기지 건설에 대하여 국방·군사시설 실시계획 승인을 한 후, 환경영향평가를 실시하고 그 결과 등을 반영하여 위 실시계획에 대한 변경승인을 한 사안에서, 최초의 승인처분은 환경영향평가 대상사업에 관하여 환경영향평가를 거치지 아니한 중대하고 명백한 하자가 존재하여 무효에 해당하지만, 위 변경승인 처분은 최초의 승인처분에 존재하는 하자를 보완하고, 국방부장관이 행한 일련의 절차를 유효하게 존속시킨다는 전제 아래 최초 승인처분의 내용을 일부변경하여 새롭게 행하여진 처분으로써 최초의 승인처분과는 독립된 것으로 최초 승인처분의 하자가 위 변경승인 처분에 승계된다고 볼 수 없고, 해군본부가 최초 승인처분 직후 위 사업부지에 대하여 환경영향평가를 시작하여 환경영향평가서 초안에 대한 주민공람과 주민설명회 등을 개최한 후 의견수렴과정에서 제시된 의견을 반영한 환경영향평가서를 국방부장관에게 제출하였고, 국방부장관이 이를 토대로 제주도지사와 환경영향평가협의절차를 완료한 후 위 변경승인 처분을 하였으므로, 위 변경승인 처분에는 환경영향평가 미실시 등의 하자가 존재한다고 볼 수 없어 적법하다고 한 사례.