양도소득세및증권거래세경정거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2013.12.06 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 박영욱 외 1인)
【피 고】 강남세무서장
【변론종결】2013. 11. 15.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2011. 12. 5. 원고에게 한 양도소득세 176,861,731원 및 증권거래세 9,875,027원에 대한 감액경정거부처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 2009년 당시 코스닥 상장업체였던 소외 7 회사는 여수시 ○○동에 있는 제1, 2공장(합성수지류의 가공시 첨가원료가 되는 컴파운드를 생산한다, 이하 ‘제1, 2공장’이라 한다) 및 같은 시 △△면에 있는 제3공장(플라스틱류에 특수한 기능을 부여하는 원료인 마스터배치를 생산한다. 이하 ‘제3공장’이라 한다)을 포함하여 합성수지 및 플라스틱 등 화학제품을 생산·판매하는 사업부문(이하 ‘화학부문’이라 한다)과 완전 자회사인 소외 8 회사를 포함하여 신약 물질을 개발하고 그에 관한 라이센스를 등록·관리하는 사업부문(이하 ‘신약부문’이라 한다)으로 구성되어 있었고, 원고는 자신의 명의로 소외 7 회사의 발행주식 2,849,833주를 소유한 대주주이자 대표이사로 근무하고 있었다.
 나. 원고는 2009. 8. 4. 소외 1과 사이에 소외 7 회사 주식 2,455,783주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 12,892,860,750원(주당 5,250원)에 양도하기로 하는 ‘주식 및 경영권 양수도계약’을 체결하고 같은 날 계약금과 중도금으로 합계 7,193,194,750원을 수령한 후 2009. 11. 30. 양도소득세 731,003,510원 및 증권거래세 64,464,300원을 신고·납부하였다.
 다. 원고는 2011. 9. 23. 피고에게 소외 1과의 특별약정과 정산합의 등에 따라 이 사건 주식의 양도가액을 1,975,005,393원 감액하여 10,917,855,357원(주당 4,446원)으로 변경하였다며 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 과다납부한 양도소득세 176,861,731원과 증권거래세 9,875,027원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2011. 12. 1. 원고가 주장하는 변경내용은 이 사건 주식의 양도가 이루어진 후 발생한 별개의 채권채무관계에 불과하다며 경정청구를 받아들이지 아니하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 7호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 원고의 주장과 그에 관한 판단 
 가. 원고의 주장
 원고는 당초 이 사건 주식을 소외 1에게 12,892,860,750원에 양도하기로 하였으나 이후 정산합의를 통하여 양도대금을 10,917,855,357원으로 감액하였으므로 소득세법 제95조 제1항, 제96조, 증권거래세법 제7조 제1항 제1호에 따라 감액된 양도대금을 기준으로 양도소득세 및 증권거래세를 납부할 의무가 있을 뿐이다. 특히 이 사건 주식의 양도대금이 감액된 것은 당초 소외 1이 소외 7 회사의 신약부문만을 인수하고 화학부문은 원고가 다시 인수하는 것으로 약정하되 그 인수대금을 사후에 확정하기로 함에 따라 처음부터 예정된 것이므로, 이는 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 소정의 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’에 해당한다. 따라서 원고의 경정청구는 정당하고 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지와 같다.
 다. 인정사실
 1) 원고와 그 특수관계자들(원고의 어머니인 소외 2, 동생인 소외 3, 소외 3의 남편인 소외 4, 재단법인 우송장학회, 이하 원고와 통틀어 ‘양도인들’이라 한다)은 다음과 같이 2009. 8. 4. 및 같은 달 13일에 걸쳐 소외 1과 명의수탁자들(소외 5와 소외 6, 이하 소외 1과 통틀어 ‘양수인들’이라 한다)에게 이 사건 주식을 포함하여 소외 7 회사 주식 3,605,950주를 18,931,237,500원에 양도하고 계약금과 중도금 합계 10,931,237,500원을 지급받되, 잔금 8,018,000,000원은 다른 합의가 없는 한 2010. 7. 30.까지 지급받기로 약정하였다(이하 통틀어 ‘주식양도계약’이라 한다).
 양도인원고소외 2소외 3소외 4재단법인 우송장학회합 계 원고와의 관계 등본인어머니동생소외 3의 남편이사장 소외 2? 양수인소외 1소외 5(명의수탁자)소외 6(명의수탁자)소외 6(명의수탁자)소외 5(명의수탁자)? 계약일자2009.8.4.2009.8.13.2009.8.13.2009.8.13.2009.8.13.? 양도주식수(주)2,455,783(이사건주식)255,800295,000295,000304,3673,605,950 명의개서일2009.8.4.2009.8.13.2009.8.13.2009.8.13.2009.8.13.? 양도금액(원)12,892,860,7501,342,950,0001,548,750,0001,548,750,0001,597,926,75018,931,237,500 계약금 및 중도금(원)7,193,194,750831,350,000958,750,000958,750,000989,192,75010,931,237,500 수령일자2009.8.4.2009.8.13.2009.8.13.2009.8.13.2009.8.13.? 잔금(원)5,699,666,000511,600,000599,000,000599,000,000608,734,0008,018,000,000 
 2) 이 사건 주식에 관한 주식양도계약 중 양도대금의 지급 등에 관한 내용은 다음과 같다.
 ??? 제3조 양도대금에 관한 사항 ?1. 양도대금 : 이 사건 주식 및 경영권의 양도대금은 12,892,860,750원이고, 주당 양도단가는 5,250원이다. ?2. 지급방법 : […] ??2) 잔금 : 원고와 소외 1이 별도로 합의하는 날(단, 2010. 7. 30.을 초과할 수 없으나 합의하에 1년 연장 가능하며, 잔금 지급일에 관한 당사자의 합의가 없는 경우에는 2010. 7. 30.을 잔금 지급일로 한다)에 잔금 5,699,666,000원을 지급한다. ??? 제10조 특별약정 ?당사자는 필요하다고 판단되는 경우에 본 계약에 부수하여 특별약정을 정할 수 있다. 이때 특별약정은 본 계약의 일부를 구성하며 특별약정과 본 계약의 내용 간에 상충하는 경우에는 특별약정이 우선한다. 
 3) 양도인들과 양수인들은 2009. 8. 10. 다음과 같이 특별약정을 통하여 양도인들이 주식양도계약에 따른 잔금을 지급받으면 2010. 7. 31.까지 소외 7 회사에 80억 원을 지급하고 주된 사업부문인 화학부문을 매수하여 제1, 2, 3공장 전부를 인수하기로 합의하였다(이하 ‘특별약정’이라 한다).
 ?? 제2조 주된 사업부문의 구조조정 등 ?1. 양수인들은 늦어도 2010. 7. 31.까지 자회사 소외 8 회사를 제외한 회사의 본 약정서 체결일 현재의 주된 사업부문 전부가 물적분할, 영업양수도, 자산양수도 등 당사자가 추후 정하는 방법으로 양도인들에게 매각되도록 보장한다. […] ?이 경우 주된 사업부문의 매각대금은 80억 원으로 하되 회계법인의 평가금액이 80억 원의 상하 5%를 초과할 경우에는 당사자간 합의하여 회계법인의 평가금액으로 그 금액을 변경하기로 하며, 이 경우 주식양도계약의 잔금 80억 원은 합의한 금액으로 자동 수정되는 것으로 한다. ?2. 양수인들은 제1항에 따른 양도인들의 주된 사업부문 매수 대금 납입일 하루 전에 주식양도계약에 따른 잔금을 양도인들에게 지급함으로써, 양도인들의 주된 사업부문 매수 대금의 납입이 원활히 이루어지도록 한다. ?3. 제1, 2항을 위반하는 경우 주식양도계약의 해제사유로 간주한다. […] ? 
 4) 한편, 양도인들과 양수인들 및 소외 7 회사는 2010. 12. 6. 다음과 같이 ① 주식양도계약의 잔금을 51억 원으로 변경하되, ② 양수인들이 잔금 중 28억 원을 2010. 12. 8.까지 지급하면 같은 액수로 양도인들이 소외 7 회사로부터 제2공장을 인수하고, ③ 양수인들이 나머지 잔금 23억 원을 2010. 12. 30.까지 지급하면 같은 액수로 양도인들이 소외 7 회사로부터 제1공장을 인수하기로 합의하였다(이하 ‘정산합의’라 한다).
 ?? 제1조 주식매매대금의 지급 ?① 양도인들과 양수인들은 잔금을 51억 원으로 변경하고, 양도인들은 위 잔금 중 28억 원을 2010. 12. 8.까지, 나머지 23억 원을 2010. 12. 30.까지 양수인들에게 연대하여 지급한다. […] 제2조 자산양수도 및 대금지급 ?① 양도인들이 양수인들로부터 잔금을 지급받으면 양도인들 또는 양도인들이 지정하는 자는 소외 7 회사로로부터 제1, 2공장의 자산을 양수하기로 한다. 양도인들이 2010. 12. 8.까지 28억 원을 지급받으면 양도인들 또는 양도인들이 지정하는 자는 당일 그 금액으로 제2공장 자산을, 양도인들이 2010. 12. 30.까지 23억 원을 지급받으면 양도인들 또는 양도인들이 지정하는 자는 당일 그 금액으로 제1공장 자산을 양수한다. […] ?⑥ 제1, 2공장 자산의 양수도가 완전히 이행되기 전까지 제1, 2, 3공장에서 발생한 인건비, 퇴직금, 전기료 기타 제반 비용은 소외 7 회사가, 완료된 이후에 발생한 제1, 2공장 비용은 양도인들이 부담한다. […] 제6조 주식양도계약 및 특별약정과의 관계 ?주식양도계약 및 특별약정은 본 합의서와 저촉되지 않는 범위 내에서 그 효력을 계속 유지하며, […] 
 5) 양도인들은 정산합의에 따라 양수인들로부터 51억 원(그중 원고가 이 사건 주식의 대가로 지급받은 금액은 3,724,660,607원으로 당초 주식양도계약에 따른 잔금과 비교하면 1,975,005,393원이 감액되었다)을 지급받아 이를 소외 7 회사에 지급하고 제1, 2공장을 인수하였다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 10, 11, 14호증, 을 제6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 1) 조세채무의 확정과 경정청구
 주식을 양도한 사람은 소득세법 제110조와 증권거래세법 제10조에 따라 관할 세무서장에게 양도소득세 및 증권거래세의 과세표준 등을 신고할 의무가 있고, 납세의무자가 그와 같이 신고를 마친 때에는 국세기본법 제22조 제1항, 같은 법 시행령 제1호에 따라 양도소득세 및 증권거래세의 세액이 확정된다. 나아가 이와 같이 조세채무가 확정되면 납세의무자는 수정신고나 경정청구 또는 조세쟁송절차를 거치지 않는한 확정된 조세채무의 집행을 막을 수 없다.
 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 소외 1에게 이 사건 주식을 12,892,860,750원에 양도한 다음 2009. 11. 30. 그에 대한 양도소득세와 증권거래세의 신고·납부를 마쳤으므로, 이로써 양도소득세와 증권거래세는 확정되었다고 할 것이고, 이후 설령 원고가 주장하는 바와 같이 소득세법 제95조, 제96조 및 증권거래세법 제7조 제1항 제1호 소정의 과세표준에 영향을 미치는 사정이 생겼다고 하더라도 경정청구 등을 거치지 않는한 이미 확정된 조세채무가 당연히 변경되는 것은 아니다.
 2) 경정사유의 존부
 가) 원고는 주식양도계약과 특별약정에서 이 사건 주식에 대한 잔금을 확정적으로 정한 것이 아니므로 정산합의를 통하여 잔금을 감액한 것은 처음부터 예정되어 있었던 것이라고 주장한다. 그러나 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 주식양도계약 및 특별약정에 따르면 원고를 포함한 양도인들은 주식 및 경영권 양도가 완결되면 소외 7 회사로부터 제1, 2, 3공장을 포함한 화학부문 전체를 인수하기로 약정하였던 점, ② 이를 토대로 당사자들은 주식양도계약에서 양도인들이 매도하는 소외 7 회사 주식의 잔금을 8,018,000,000원(그중 이 사건 주식에 대한 잔금은 5,699,666,000원)으로 명기한 점, ③ 특별약정에서도 화학부문에 대한 인수대금을 주식양도계약에서 정한 잔금과 연계하여 80억 원으로 정하되, 다만 회계법인의 평가금액이 80억 원의 상하 5%를 초과할 경우에만 당사자간의 합의로 해당 평가금액에 따라 화학부문에 대한 인수대금 및 주식양도계약의 잔금을 변경하기로 합의한 점, ④ 그런데 당사자들이 정산합의를 한 것은 회계법인이 제1, 2, 3공장을 포함한 화학부문의 가치를 80억 원을 기준으로 달리 보았기 때문이 아니라 양도인들이 소외 7 회사로부터 인수하는 화학부문의 범위 자체를 제1, 2공장으로 변경하였기 때문인 점 등을 종합하여 보면, 원고를 포함한 양도인들과 소외 1을 포함한 양수인들은 당초 주식양도계약과 특별약정에서 예정한 잔금의 변경조건에 따라 정산합의를 체결한 것이 아니고 사후에 별도의 약정으로써 화학부문의 인수범위와 인수대금을 조정한 것에 불과하다고 할 것이므로 이를 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호가 정한 경정사유에 해당한다고 보기는 어렵다.
 나) 가사 원고의 주장을 선해하여 정산합의가 후발적 경정청구사유에 해당하는지에 관하여 보더라도, 국세기본법 제45조의2 제2항, 같은 법 시행령 제25조의2 제2호, 제4호는 ‘신고 당시 과세표준과 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위의 효력과 관계되는 계약이 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우’ 또는 그에 준하는 경우에 한하여 경정을 허용하고 있을 뿐이다. 특히 이 사건과 같이 조세채무가 이미 확정된 경우에 있어서는 국가의 과세에 대한 기대권이 구체화된 점 및 당사자간에 사후적인 합의를 통하여 조세를 경감하고자 하는 유인이 있을 수 있는 점 등을 감안할 때 후발적 경정청구의 사유를 넓게 인정할 수는 없으므로, 여기서 ‘부득이한 사유’라 함은 종전의 계약내용에 구속력을 인정하는 것이 부당하다고 볼 만한 객관적인 사정이 있는 경우로 국한하여 새겨야 한다. 그런데 이 사건의 경우 그와 같은 부득이한 사유에 관한 주장·입증이 명확하지 않을 뿐 아니라 이 사건 주식을 포함하여 주식양도계약의 대상이 된 소외 7 회사의 주식 전부가 양수인들에게 이전된 채 남아있고 달리 주식양도계약에 따라 조세를 부과하는 것이 부당하다고 볼 다른 사정이나 증거도 없으므로, 정산합의를 부득이한 계약의 사후변경에 해당한다고 보기도 어렵다.
 3) 소결
 따라서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 정당하고 거기에 원고가 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 할 수 없다.
 3. 결론 
 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고가 부담하게 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김병수(재판장) 김재령 김태균