법인세징수처분및증권거래세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2015.03.31 / 시행일:

【원고, 항소인】 ○○○ 게엠베하 (소송대리인 변호사 김앤장법률사무소 조성권)
【피고, 피항소인】 역삼세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2014. 4. 25. 선고 2012구합28711 판결 
【변론종결】2015. 3. 3.
【주 문】
1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고가 2010. 11. 15. 원고에게 한, 
 1) 2005년 사업연도 귀속분 법인세 9,857,100,000원(가산세 포함)의 징수처분 중 가산세 896,100,000원 부분과,
 2) 2005년 11월 귀속분 증권거래세 741,800,280원(가산세 포함)의 부과처분 중 가산세 289,400,280원 부분을, 
 각 취소한다.
 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송총비용은 이를 10분하여 그중 9는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다. 

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소하고, 피고가 2010. 11. 15. 원고에게 한 2005년 사업연도 귀속분 법인세 9,857,100,000원(가산세 포함)의 징수처분과 2005년 11월 귀속분 증권거래세 741,800,280원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다라는 판결. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 독일법에 따라 설립된 외국법인이고, 같은 독일 법인인 Aventis Pharma Holdings(이하 ‘피합병법인’이라 한다)의 지분 100%를 보유하고 있었다. 
 나. 원고는 2005. 11. 7. 피합병법인과 아래와 같이 합병계약을 체결하고, 2005. 11. 22. 피합병법인을 흡수합병하였다(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다). 이에 따라 피합병법인이 보유하던 주식회사 한국약품의 상장주식 5,800,000주(발행주식총수의 50%, 이하 "이 사건 주식"이라 한다)는 원고에게 이전되었는데, 원고는 이와 관련하여 피합병법인 또는 피합병법인의 주주에 대하여 신주를 발행하거나 현금을 지급하는 등 현실적인 대가를 지급하지 않았다. 
 ○ 당사자들 : 흡수합병회사 원고, 피흡수회사법인 : 피합병법인 ○ 제1조 : 피합병법인은 독일 회사구조조정법에 따라 청산 없는 해산의 방식으로 자산 일체와 그에 대한 모든 본질적 권리와 의무를 원고에게 이전한다. ○ 제2조 : 피합병법인의 모든 주식은 흡수합병법인이 보유하므로, 주식부여의 형식상 합병에 대한 대가는 없다. 이러한 사유로 원고의 자본금 증가는 없으며, 독일 회사구조조정법 제29조에 따른 대가제공이 요구되지 않는다. 
 다. (1) 피고는 2010. 11. 15. 원고에게, "이 사건 주식의 이전은 내국법인이 발행하는 유가증권의 양도에 해당한다."는 이유로, 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제92조 제2항 제3호, 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호에 따라 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조, ‘국제조세조정에 관한 법률’(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국제조세법’이라 한다) 제5조 제1항 제4호, 동 시행령(2006. 8. 24. 대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제3호에 따라 합병 당시 한국증권선물거래소(이하 ‘증권거래소’라 한다)의 최종시세가액(1주당 15,450원)을 적용하여 양도가액 89,610,000,000원(5,800,000주 × 15,450원)을 산정한 후 피합병법인의 2005년 사업연도 법인세 9,857,100,000원(신고불성실 가산세 896,100,000원 포함)을 경정·결정하였다(이하 ‘이 사건 법인세 징수처분’이라 한다). 
 (2) 피고는 같은 날 원고에게, 같은 이유로, 증권거래세법(2008. 1. 9. 법률 제8838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제2호 나목, 동 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20629호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제2항 제1호에 따라 이 사건 주식 1주당 가액을 합병일 직전 증권거래소 최종거래가액(1주당 15,600원)을 적용하여 양도가액 90,480,000,000원(5,800,000주 × 15,600원)을 산정한 후 증권거래세 741,800,280원(납부불성실 가산세 289,400,280원 포함)을 결정·고지(이하 ‘이 사건 증권거래세 부과처분’이라 하고, 이 사건 법인세 징수처분과 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
 라. 원고는 이에 불복하여 2011. 2. 11. 심판청구를 제기하였으나, 2012. 5. 31. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 9호증(가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장 
 1) 주식의 양도 해당성 
 다음과 같은 이유로 합병으로 인한 이 사건 주식의 이전은 주식의 양도에 해당하지 아니하므로, 이 사건 처분은 위법하다.
 (가) 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법 제44조가 시행되기 이전에는 합병으로 인한 자산의 이전을 ‘자산의 양도’로 보지 않고, 자산·부채의 포괄적 승계로 보는 것이 세무관행이었다. 또 법인세법상 양도의 개념은 법인세법 제93조 제7호, 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조에 의하여 해석되어야 한다. 그런데 이 사건 주식취득은 ‘인격합일’이라는 합병의 포괄적 승계효과(무상양도)에 따른 것이므로, 매매, 교환 등을 원인으로 한 소유권이전인 ‘주식의 양도’에 해당하지 않는다. 그리고 ‘피합병법인’과 ‘피합병법인의 주주’는 별개의 과세주체이고, 소멸하는 피합병법인은 합병대가의 수령주체가 될 수도 없다. 피합병법인의 주주들이 받는 합병대가는 피합병법인의 주식을 소각하고 합병법인의 주주로 변경되는 절차에 불과하므로, 합병대가가 지급된다고 하여, 피합병법인 보유주식 이전을 양도로 볼 수 없다. 마찬가지로 합병에 의한 주식의 이전은 반대급부가 없으므로, 증권거래세 부과대상인 ‘주권의 양도’로 볼 수 없다. 
 (나) 합병법인인 원고는 피합병법인의 지분 100%를 보유하여 피합병법인 주주에 대한 합병신주 교부 등 어떤 형태의 합병대가를 지급하지 아니하였으므로, 대가성 없는 무상거래로서 양도차익(피합병법인의 국내원천소득)을 산정할 수 없다. 또 원천징수 소득의 경우 소득금액을 지급하는 자의 법인세 납세의무는 ‘그 지급을 할 때’ 성립하므로, 피합병법인에 대한 합병대가 지급이 전혀 없는 이상 양도소득을 전제로 법인세 등을 부과할 수 없다.
 (다) 외국법인은 법인세법 제93조에 열거된 국내원천소득에 관해서만 과세되는데, 외국법인간 합병으로 인한 소득을 유가증권의 양도로 보아 과세할 수 있는 명문 규정이 없다. 이 사건 당시의 법인세법에 의하면 내국법인의 경우 피합병법인이 보유한 미실현이익은 양도소득으로 과세하는 것이 아니라 청산소득으로 과세하였는바, 합병으로 인한 소득을 주식의 양도로 과세할 경우 청산소득과 사업소득이 양립하게 된다. 뿐만 아니라, 내국법인간 합병의 경우 피합병법인 보유주식에 관하여 별도로 과세하지 않고, 특히 합병법인이 발행주식총수를 소유하고 있는 자회사를 합병한 경우에는 청산소득에 관하여도 과세하지 않는바, 그럼에도 외국법인 보유주식에 대하여는 합병법인이 발행주식총수를 소유하고 있는지 여부를 묻지 않고 무조건 과세하는 것이 되므로, ‘대한민국과 독일연방공화국간의 소득과 자본에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정’ 제24조의 ‘무차별 원칙’에 반한다. 
 2) 이 사건 주식의 가액산정 
 다음과 같은 이유로 법인세 및 증권거래세 과세표준 산정에 위법이 있다.
 가) 법인세 과세표준 산정
 국제조세법에 의한 정상가격을 토대로 과세표준 및 세액을 결정함에 있어서는 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 의하여 합리적으로 산정되었다는 점, 쟁점거래와 비교대상거래의 가격에 중대한 영향을 미치는 요소의 차이를 합리적으로 조정하였다는 점을 입증하여야 하는데, 피고는 증권거래소의 최종시세가액이 정상가격에 해당한다고 주장할 뿐 구체적인 정상가격의 산정방법을 제시하지 못하고 있다. 
 또한, 이 사건 주식의 이전은 흡수합병에 의해 무상으로 포괄승계된 것이어서, 증권거래소의 개별적 매매계약과는 거래 원인, 법률적 성격을 달리 하고 있으므로, 증권거래소의 최종시세가액은 국제조세법 제5조 제1항 제1호에서 정한 ‘비교가능 제3자 가격방법’이나 같은 법 제5조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제4조 제3호에서 정한 ‘합리적이라고 인정되는 방법’에 의한 것이라고 볼 수 없어 정상가액으로 삼을 수 없다.
 따라서 국제조세법상 ‘정상가격을 산출할 수 없는 경우’에 해당하므로, 법인세법 시행령 제131조 제3항, 소득세법 제99조 제1항 제3호, 같은 법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제165조 제3항 을 적용하여 양도일 이전 1개월의 평균가액인 1주당 14,990원으로 평가하여야 한다.
 나) 증권거래세 과세표준 산정
 증권거래세법 시행령 제4조 제2항 제1호에서 정한 ‘상장법인의 주권 등을 유가증권시장 밖에서 양도하는 경우’는 당사자간의 매매거래 방식에 의한 양도를 의미하고, 이 사건 주식은 합병으로 인한 포괄승계에 해당하므로, 이를 적용할 수 없다. 따라서 이 사건 주식 이전은 같은 항 제4호에서 정한 ‘제1호 내지 제3호 외의 방식으로 주권 등을 양도하는 경우’에 해당하므로, 소득세법 제99조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제165조 제3항에 의하여 양도일 이전 1개월 평균가액인 1주당 14,990원으로 평가하여야 한다.
 3) 가산세 관련 위법사유 
 아래와 같은 점들을 고려하면 적어도 법인세 및 증권거래세에 대한 가산세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.
 가) 피고는 법인세 및 증권거래세에 가산세를 부과하면서 가산세의 종류나 산출근거를 전혀 명시하지 않았으므로, 가산세 부과에 절차적 하자가 있다. 
 나) 종래의 예규 및 하급심판결에서는 합병으로 인한 주식의 소유권 이전을 주식의 양도로 보지 아니하였으며, 합병회사가 피합병회사의 주식을 100% 보유하고 있는 상태에서 피합병회사에 대하여 합병대가로 주식을 교부하지 않고 합병한 경우에는 과세대상에서 제외하여 왔다가, 2010. 10.이후부터 과세관청이 해석을 달리하여 원고에게 법인세 및 증권거래세를 부과하였는바, 원고는 종래의 예규 및 하급심판결에 의한 비과세관행을 믿고 납세의무를 이행하지 아니한 것이므로, 원고에게 법인세 및 증권거래세를 납부하지 않은 것에 대한 정당한 사유가 존재하여 가산세를 부과할 수 없다. 
 나. 관계법령 
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 판단 
 1) 주식의 양도 해당성에 관하여 
 (가) 외국법인의 국내원천소득금액을 산출함에 있어서도 그 준거할 법령 등에 관하여 조약이나 국내법에 별도의 규정이 없는 한 국내의 법령과 회계기준에 따라야 하는데(대법원 2000. 2. 22. 선고 97누3903 판결 참조), 법인세법 제93조 제10호 가목은 외국법인이 ‘내국법인 발행주식의 양도’로 인하여 얻은 소득을 국내원천소득으로 규정하고 있으므로, 외국법인 간의 합병에 따라 소멸하는 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인의 발행주식을 합병법인에게 이전하는 것이 법인세법 제93조 제10호 가목에서 말하는 ‘주식의 양도’에 해당하는지 여부는 국내 법인세법의 해석상 합병에 따른 주식의 이전을 계기로 당해 주식에 내재된 가치증가분이 양도차익으로 실현되었다고 보아 이를 과세대상 소득으로 삼을 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다. 그런데 법인세법 제80조 제1항은 "내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득의 금액은 ‘피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액’으로 한다."고 규정하고, 같은 조 제4항의 위임에 따라 ‘합병대가의 총합계액’의 계산에 관하여 정하고 있는 법인세법 시행령 제122조 제1항은 ‘법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액’(제1호)과 ‘법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액’(제2호) 등을 합한 금액을 ‘합병대가의 총합계액’으로 규정하고 있다. 한편 법인세법 제16조 제1항 제5호, 제2항, 동 시행령 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병대가로 취득하는 재산이 주식인 경우에는 취득 당시의 시가에 의하되, 다만 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 액면가액에 의하도록 규정하고 있는데, 법인세법 제44조 제1항은 제1호에서 ‘합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인 간의 합병일 것’을, 제2호에서 ‘피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 그 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95이상일 것’을 각 규정하고 있다. 
 이처럼 내국법인의 경우 법인세법 제80조 제1항, 제4항, 동 시행령 제122조 제1항, 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 피합병법인이 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 사실상 양도차익이 산출되지 않도록 하여 합병법인이 당해 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있는 점, 이에 비하여 외국법인의 경우에는 법인세법 제93조 제10호 가목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐, 외국법인간 합병에 따른 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니한 점, 외국법인간 합병에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인간 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유가 없는 점 등을 종합하면, 합병으로 인한 주식의 이전은 법인세법 제93조 제10호 가목에서 말하는 ‘주식의 양도’에 해당한다고 보아야 한다. 
 그리고 증권거래세법 제1조 본문, 제2조 제3항의 문언 내용 및 취지, 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법 제117조 제1항 제14호가 ‘법인세법 제44조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 합병을 위하여 주식을 양도하는 경우’를 증권거래세의 면제 대상으로 새로이 규정한 점 등에 비추어 볼 때, 합병으로 인한 주식의 이전이 위 규정에서 말하는 ‘주권의 양도’에 해당하지 아니한다고 볼 이유도 없다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2010두7208 판결 참조). 
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 앞서 본 법리에 다음과 같은 사정을 보태어 보면, 외국법인간 합병에 따라 소멸하는 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인 발행주식을 합병법인에게 이전하는 것은 법인세법 제93조 제10호 가목 및 증권거래세법 제2조 제3항에서 말하는 ‘주식의 양도’에 해당한다.
 ① 흡수합병이란, 2개 이상의 회사가 상법규정에 의하여 청산절차를 거치지 않고 합쳐져 한 회사가 다른 회사를 흡수하는 조직변경을 말하고, 합병계약의 당사자는 ‘회사’이지 사원이 아니다. 또 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 제523조는 합병계약의 요식주의를 채택하면서 합병조건인 ‘소멸회사의 주주가 받을 주식의 내용 및 배정비율’을 합병계약에 포함하도록 규정하고 있고, 제522조 제1항은 합병을 위해서는 합병계약 후 주주총회의 특별결의로 승인을 받도록 하고 있다. 따라서 흡수합병은 합병법인과 피합병법인을 당사자로 하여 피합병법인이 자산부채 모두를 합병법인에 이전하고 그 대가로 합병법인의 주식 등을 받기로 하는 유상 계약이 있은 후 합병법인의 주식 또는 합병교부금을 피합병법인 주주에게 내어주는 두 단계를 거친다고 봄이 타당하다. 그러므로 피합병법인을 배제한 채 합병법인과 피합병법인 주주 사이에 피합병법인의 주식을 소각하고 합병법인의 주주로 변경되는 거래로만 볼 수 없다.
 ② 대한민국과 독일연방공화국간의 소득과 자본에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정 제24조 제1항은 ‘일방체약국의 국민은 특히 거주와 관련하여 동일한 상황에 있는 타방체약국의 국민이 부담하거나 부담할 수 있는 조세 또는 이와 관련된 요건과 다르거나 더욱 과중한 조세 또는 이와 관련된 요건을 동 타방국에서 부담하지 아니한다. 이 규정은 제1조의 규정에 불구하고 일방 또는 양 체약국의 거주자가 아닌 인에게도 적용한다.’는 이른바 무차별원칙을 규정하고 있는바, 이러한 무차별원칙은 일방 체약국의 국민이 타방 체약국에서 타방 체약국의 국민과 동일한 상황에 있거나 동일한 활동을 수행하는 경우에는 국적이 다르다는 이유만으로 세제상의 차별적인 불이익을 받지 않도록 해야 한다는 것이다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두15179 판결 등 참조). 
 그러므로 보건대, 법인세법은 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 피합병법인에 대하여는 청산소득금액에 대한 법인세를 부과하고 있고, 합병법인에 대하여는 합병차익에 대한 법인세를 과세하고 있다. 이는 그동안 피합병법인에게 축적된 미실현 이익에 대한 과세의 성격을 갖는다. 또한 피합병법인 주주에게 이익이 발생한 경우에는 이를 배당으로 간주하여 과세하고 있는바, 이는 보유주식 처분의 이익실현이 있는 것이 아니고, 합병시 발생하는 효과가 일반적으로 피합병회사의 이익잉여금을 자본으로 전입하는 주식배당과 비슷하므로 의제배당으로 과세하는 것이다. 그러므로 합병에 의한 주식의 이전을 주식의 양도로 보아 과세하더라도, 자산이전에 따른 미실현 이익에 과세한다는 점에서 차이가 없다. 그리고 소득금액 계산방식에 관하여, 양도가액에서 취득가액을 공제한 차액으로 계산하느냐, 법인이 보유한 모든 자산의 양도가액에서 자기자본의 총액을 공제한 차액으로 계산하느냐에 차이가 있을 뿐 양도소득과 청산소득간에 근본적인 차이가 없다. 이 사건 당시에 적용되던 독일 기업전환세법(German Transformation Tax Act) 제11조(제3부 ‘다른 법인으로의 재산양도 또는 합병’ 중 ‘양도법인의 이윤에 대한 영향’ 부분)도 조문의 체계, 소득의 계산방법 등을 감안하면 합병을 재산양도의 일종으로 보는 것으로 해석된다. 따라서 내국법인간 합병에 청산소득 등에 관한 과세를 인정한 이상, 외국법인간 합병에 따른 국내 자산의 이전을 자산의 양도로 보아 외국법인에 대하여 과세하였다고 하여, ‘무차별 원칙’에 반한다고 볼 수 없다. 
 ③ 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법 제44조는 "피합병법인이 합병으로 해산한 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다."고 규정하였고, 신구조문은 아래와 같다.
 2009. 12. 31. 개정 전2009. 12. 31. 개정 후 제44조 (합병평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. 1. 합병등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액 2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액중 주식등의 가액이 100분의 95이상일 것2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산장부가액"이라 한다) 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것? 제80조 (합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 "합병에 의한 청산소득"이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.제80조 삭제 
 개정전 법인세법 제80조 제1항은 ‘피합병법인’에 대하여 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 자기자본 총액을 공제한 금액을 ‘청산소득’으로 과세하고, ‘합병법인’에 대하여 제44조 제1항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에는 합병평가차익 산정시 합병기일이 속하는 사업연도 소득금액 계산에서 손금에 산입할 수 있도록 규정하였다. 반면, 개정된 법인세법은 청산소득금액 규정(제80조)을 삭제하면서, "피합병법인이 합병으로 해산한 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도손익은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 ‘사업연도의 소득금액’을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다."고 규정하였다. 상법상 합병의 성격과 별개로 개정전 법인세법은 청산소득 및 합병평가차익을 과세함으로서 현물출자설의 입장에 있다고 보면서도, 합병법인으로 하여금 피합병법인의 장부가액을 이어받는 것을 허용하여 ‘인격합일설’의 성격도 있다고 평가된 반면, 개정법은 자산을 양도하는 것으로 규정하여 ‘현물출자설’의 입장이라고 평가되고 있다. 그러나 이와 같이 개정전 법인세법이 합병에 관하여 인격합일설의 입장을 취하였다고 평가된 것은 ‘합병법인’이 피합병법인의 장부가액을 이어받는다는 점 때문이며, ‘피합병법인’에 대한 과세에 있어서 합병대가에서 자본(자기자본 총액 내지 순자산장부가액)을 공제한 금액을 과세대상으로 한다는 점에서는 차이가 없다. 그러므로 합병의 성격을 개정된 법인세법에 의하여 비로소 피합병법인의 자산양도로 보게 된 것이 아니고, 피합병법인이 합병으로 얻은 소득을 사업소득과 별개로 구분하여 과세하던 것을 사업연도 소득 과세방식으로 변경한 것에 불과하므로, 이 사건 주식의 이전이 개정된 법인세법 시행 이전이라 하여 달리 볼 이유가 없다. 
 ④ 한편, 소득세법 제88조 제1항 본문은 양도소득에 있어 ‘양도’의 개념을 ‘자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것’으로 규정하였는데, 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자를 원인으로 하여 자산이 이전된 경우에 한하여 이를 양도소득에 있어 ‘양도’로 본다는 취지는 아니므로, 그 외의 사유로 인한 것이라 할지라도 자산이 사실상 유상으로 이전된 때에는 양도소득세의 과세원인인 양도가 이루어졌다고 보아야 한다(대법원 2010. 12. 9. 선고 2010두15452 판결 참조). 결국, 법인세법상 양도의 개념을 소득세법의 그것과 같이 본다고 하더라도, 이 사건 주식이 유상계약인 합병계약에 의하여 사실상 이전된 이상 자산의 양도로 볼 수 있는 것은 마찬가지이다.
 2) 합병대가 없는 합병에 관하여 
 피합병법인의 지분 100%를 보유한 원고는 피합병법인에게 합병 당시 현실적인 합병대가를 지급하지 아니하였다. 
 그런데 ① 합병으로 인한 자산의 이전을 양도로 보는 것은 미실현 이익에 대한 과세에 목적이 있으므로, 현실적인 합병대가의 수수를 전제로 한다고 볼 수 없는 점, ② 피합병법인의 주식 100% 보유한 경우를 과세에서 제외하면 우선 피합병법인 주식을 취득 후 합병하는 등 탈법이 발생하고, 100% 보유하지 아니한 합병과 과세형평에 반하는 점, ③ 이러한 탈법을 방지하고 과세상의 적정을 기하기 위하여 법인세법 제80조 제2항에서는 내국법인의 합병이 적격합병에 해당하지 아니하고, 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 피합병법인의 주식 또는 출자(이하 ‘포합주식’이라 한다)가 있는 경우 합병대가에 포합주식의 취득가액을 가산하도록 하였던 점, ④ 이러한 내국법인에 대한 법인세법의 규정 취지에 비추어 외국법인의 경우에도 포합주식의 취득시에 이미 대가가 지급된 것으로 평가할 수 있어, 합병 당시 현실적인 합병대가의 지급이 없었다 하더라도 유상성이 부정된다고 보기 어려운 점, ⑤ 한편 원천징수 법인세의 성립시기인 ‘소득금액을 지급하는 때’가 반드시 실제로 소득금액을 지급한 때를 의미하는 것은 아니고, 이자소득 및 배당소득에 관한 소득세법 제131조 제1, 2항, 근로소득에 관한 소득세법 제135조 제1항 내지 3항의 경우와 같이 실제로 지급하지 않았지만 지급한 것으로 보아 원천징수하는 경우도 있을 수 있으므로, 이 사건 합병의 경우에도 합병대가의 지급과 대가관계에 있는 피합병법인의 자산 이전시점인 ‘주식을 이전받은 때’를 원천징수 법인세의 성립시기로 볼 수 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 주식의 이전이 무상거래이거나 현실적인 소득금액의 지급이 없다고 볼 수 없으므로, 피합병법인의 법인세 납세의무가 성립된다.
 3) 이 사건 주식의 가액산정에 관하여 
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 이유의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 
 4) 가산세 부과의 위법성에 관하여 
 가) 절차상 하자 여부
 (1) 관련 법리
 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 등 참조). 
 (2) 가산세의 종류와 세액의 산출근거를 밝히지 않은 위법이 있는지 여부
 위 법리에 비추어 이 사건에서 보건대, 갑 제2, 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 이 사건 법인세의 납세고지서에는 본세가 8,961,000,000원, 가산세가 896,100,000원으로 기재되어 있고, 본세에 대하여 ‘양도소득에 대한 원천징수 누락분 경정’이라고 기재되어 있을 뿐 가산세의 종류와 그 산출근거는 전혀 기재되어 있지 않은 사실, 이 사건 증권거래세의 납세고지서에도 본세가 452,400,000원, 가산세가 289,400,280원으로 기재되어 있고, 본세에 대하여 ‘580만 주 양도에 대한 증권거래세’라고 하면서 가산세의 종류에 대하여 ‘2010. 11. 15. 기준 납부불성실가산세’로 기재되어 있을 뿐, 그 산출근거는 기재되어 있지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 법인세 및 증권거래세 가산세 부분의 납세고지는 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락하는 등의 하자가 있고, 달리 그 하자가 보완되거나 치유되었다고 볼 사정이 없다. 
 따라서 법인세 및 증권거래세 가산세 부과처분은 절차상 하자가 있어 위법하다고 할 것이므로 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
 나) 납세자가 의무를 불이행 한 것에 대하여 정당한 사유가 존재하는지 여부 
 한편, 납세자가 과세표준의 신고 및 세액의 납부의 의무를 게을리하였다고 하더라도 그 의무를 불이행한 것에 대하여 ‘정당한 사유’가 있는 때에는 가산세를 부과할 수 없는데(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 2006. 12. 30. 개정된 국세기본법 제48조 제1항), 이 사건에 있어 원고의 법인세 및 증권거래세 미신고 또는 미납에 ‘정당한 사유’가 있어 가산세를 부과할 수 없음에도 불구하고 이 사건 가산세 부과처분이 이루어졌는지에 관하여 나아가 살펴볼 때, ① 과세관청이 2007. 10.경 스페인 법인의 합병에 의한 내국법인의 비상장 주식 이전에 관하여 법인세 및 증권거래세를 부과하자 이에 대하여 납세의무자가 취소소송을 제기한 사건에서, 제1심에서는 그러한 경우 법인세 및 증권거래세를 부과할 수 없다는 취지로 납세의무자에 대한 승소판결이 선고되었고(서울행정법원 2009. 8. 20. 선고 2008구합42666 판결), 이에 대한 과세관청의 항소도 기각되었으나(서울고등법원 2010. 4. 1. 선고 2009누27796 판결), 상고심에서 이르러서야 외국법인에게 법인세 및 증권거래세를 과세함이 타당하다는 취지의 파기환송판결(대법원 2013. 11. 28. 선고 2014두12321 판결)이 선고되는 등 외국법인의 합병에 의한 주식의 이전에 대하여 법인세 및 증권거래세를 부과할 것인지 여부를 두고 하급심 판례와 대법원 판례가 달리 판단할 만큼 세법 해석상 논란이 있었으며, 피고로서는 이 사건 주식이 상장주식이므로 이 사건 주식의 소유자가 변경되었음을 쉽게 알 수 있었음에도 불구하고 원고에 대하여 5년의 부과제척기간이 완성되기 직전에 임박해서야 이 사건 법인세 및 증권거래세를 부과한 것은 한 것은 피고 스스로도 원고에게 법인세 및 증권거래세를 부과할 수 있다는 사실을 인지하지 못하였기 때문으로 보이는 점, ② 특히, 증권거래세에 관하여는 과세관청이 상법상 합병으로 인한 주식의 이전이 증권거래세 과세대상이 아니라고 수차례 예규를 통해 의견을 제시하였는바(기획재정부 2004. 2. 25. 재산-250, 국세청 2006. 1. 23. 서면3팀-152, 국세청 2008. 3. 7. 서면3팀-505 등 다수), 원고로서는 위 예규가 외국법인의 합병에 대하여도 적용된다고 생각할 여지가 있다고 보이는 점(조심20143772. 2015. 1. 2. 참조), ③ 피고도 법령의 해석에 논란의 여지가 있어 5년의 부과제척기간이 완성되기 직전에 비로소 이 사건 증권거래세를 부과하였는데 납부를 해태한 기간 전부에 대한 고율의 납부불성실가산세를 부과하는 것은 원고에게 지나치게 가혹한 점 등을 고려하면, 원고가 그 의무를 게을리한 데에 정당한 사유가 있었다고 볼 여지가 많다. 
 5) 소결론 
 따라서, 이 사건 법인세 징수처분 중 가산세 896,100,000원 부분과, 이 사건 증권거래세 부과처분 중 가산세 289,400,280원 부분은 위에서 본 바와 같이 하자가 존재하여 위법하다. 
 3. 결론 
 그렇다면, 피고가 2010. 11. 15. 원고에게 한 이 사건 법인세 9,857,100,000원(가산세 포함)의 징수처분 중 가산세 896,100,000원 부분과, 이 사건 증권거래세 741,800,280원(가산세 포함)의 부과처분 중 가산세 289,400,280원 부분은 위법하므로 이를 각 취소할 것인데, 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심판결을 이 사건 처분 중 위 각 가산세 부분만을 취소하는 것으로 변경하고, 원고의 나머지 청구를 기각하고, 피고의 나머지 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 곽종훈(재판장) 서현석 임창훈