부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2006.12.28 / 시행일:

【원 고】 부림비엠 주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 소순무외 3인)
【피 고】 삼성세무서장
【변론종결】2006. 12. 14.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2005. 2. 22. 원고에 대하여 한 2002년 2기분 부가가치세 금 1,565,909,000원의 부과처분을 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제5, 6호증의 각 1, 2, 갑 제7 내지 10호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
 가. 원고는 2002. 2. 15. 주식회사 나산유통(이하 ‘나산유통’이라 한다) 소유의 광명시 철산동 261 대지 4,899.3㎡ 및 그 지상 건물 중 나산유통의 지분과 기계설비, 유체동산 등에 관하여수원지방법원 99타경118532호로 진행된 경매절차에서 325억 원에 낙찰을 받은 후 2002. 10. 15. 경락대금을 완납하였다.
 나. 나산유통은 2002. 10. 15. 위 경락대금 중 부가가치세 면세대상인 토지분에 해당하는 경락대금 152억 7,500만 원을 제외한 건물과 기계설비, 유체동산 등(이하 ‘이 사건 재화’라 한다)에 대한 경락대금 172억 2,500만 원을 공급가액 15,659,090,909원과 부가가치세 1,565,909,091원으로 구분하여 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고하였다.
 다. 그 후 원고는 나산유통으로부터 교부받은 세금계산서에 기하여 2002. 11. 25. 부가가치세 조기환급신고를 하여 2002. 12. 9. 이 사건 재화의 취득에 대한 매입세액 1,565,909,091원(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 환급받았다.
 라. 피고는 이 사건 재화의 경락대금에 부가가치세가 포함되지 아니한 것으로 보아 이 사건 매입세액을 원고의 2002년 2기분 부가가치세 과세표준에서 불공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정결정하고, 2002. 12. 14. 원고에 대하여 1,565,909,091원의 부가가치세를 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 경정처분’이라 한다). 이에 원고가 2003. 3. 10. 피고에게 이의신청(이하 ‘이 사건 이의신청’이라 한다)을 하자, 피고는 2003. 3. 12. 직권으로 위 부과처분을 취소하고, 2003. 3. 21. 위 이의신청에 대하여 그 이유가 있다고 하더라도 처분청인 피고의 직권시정으로 당해 처분이 없다는 이유로 각하결정을 하였다(이하 ‘이 사건 각하결정’이라 한다).
 마. 그 후 서울지방국세청이 감사시 이 사건 매입세액을 공제하는 것이 적법하지 않다고 지적하자, 피고는 2005. 2. 22. 원고에게 이 사건 매입세액을 원고의 2002년 2기분 부가가치세 과세표준에서 불공제하여 그 과세표준 및 세액을 재경정결정하고, 그에 따른 부가가치세 1,565,909,000원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 바. 원고는 이에 불복하여 2005. 3. 21. 국세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 국세심판원장은 2006. 4. 12. 원고의 심판청구를 기각하였다.
2. 처분의 적법 여부
 가. 주장
 (1) 이 사건 처분은 이 사건 매입세액을 공제하여 주지 않음으로써 원고가 창출한 부가가치에 한하지 않고 매출액 전부에 대하여 부가가치세를 부담시키는 결과를 가져오고, 거래징수 여부가 매입세액 공제에 영향을 미칠 수 없는 것임에도 거래징수를 매입세액 공제의 요건으로 하는 것으로서 부가가치세의 기본원리에 반하며, 종래의 부가가치세법 시행령이 법원경매 역시 부가가치세법의 적용을 받는 공급임을 분명히 하였음에도 아무런 근거 규정 없이 법원에 의한 경매를 부가가치세법의 규율 범위 밖에 두는 것이어서 조세법률주의에 반한다.
 (2) 과세관청은 2003. 3. 3. 재정경제부의 유권해석(재소비 46015-56)이 변경되기 전까지는 오랜 기간에 걸쳐 일관하여 같은 취지의 예규를 통하여 법원의 경매의 경우에도 경매목적물의 소유자나 경매법원으로부터 경매와 관련된 세금계산서를 교부받은 경우에는 매입세액을 공제받을 수 있다고 유권해석을 해 옴으로써 매입세액 공제에 관한 해석 또는 관행이 정립되었는바, 납세자가 이러한 해석 및 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아닐 정도에 이르게 되었고, 원고 역시 이를 신뢰하여 매입세액 공제가 가능할 것으로 믿고 이 사건 재화를 취득하였으며, 변경된 예규 역시 ‘이 해석의 시행일 이후 경매에 의하여 최초로 공급하거나 공급받는 부분부터 적용한다’고 하여 장래에 한하여 효력이 있는 것으로 명시하여 종래 형성된 납세자의 신뢰를 보호하고 있으므로, 2002. 10. 15. 경매를 통해 취득한 이 사건 재화에 대하여 매입세액을 공제받을 수 없는 것으로 보고서 한 이 사건 처분은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위반된다.
 (3) 이 사건 각하결정은 처분청인 피고가 이 사건 경정처분을 직권으로 취소함에 따라 ‘불복청구의 대상이 된 처분이 존재하지 않을 때’에 해당하여 행하여진 것이고, 이 사건 경정처분이 직권으로 취소된 것은 이 사건 이의신청이 ‘이유 있다’는 피고의 판단에 따른 것이어서, 이 사건 각하결정은 형식에 불과하고 실질적으로는 ‘청구의 대상이 된 처분의 취소결정’, 즉 인용결정이라고 할 수 있고, 한편 재결은 피청구인인 행정청을 비롯한 관계행정청을 기속하고 당해 행정청은 청구를 인용하는 재결청의 결정에 어긋나는 처분을 할 수 없는바, 피고는 이 사건 각하결정의 기속력에 의하여 이 사건 매입세액의 공제를 부인할 수 없음에도 그에 반하여서 행해진 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 첫째 주장에 관하여
민사소송법 제615조,제631조,제728조의 각 규정에 의하면, 집행법원이 부동산을 경매에 부치고자 할 때에는 반드시 감정인에게 이를 평가하게 하고 그 평가액을 참작하여 최저경매가격을 정하여야 하며 이와 같이 결정된 최저경매가격은 경매 부동산의 매수대금 최저액을 결정하는 기준이 되는 것이므로, 경락대금에 그 부동산의 경락에 대한 부가가치세가 포함되어 있는지의 여부는 그 평가서 등의 내용을 살펴보면 바로 알 수 있는 것인바, 그 결과 경락대금에 그 부동산의 경락에 대한 부가가치세가 포함되어 있지 아니한 경우에는 경락인이 거래징수를 당하는 매입세액 자체가 없으므로 경락인이 경락대금에 부가가치세가 포함되어 있다는 전제 아래 경매 부동산의 소유자로부터 세금계산서를 받아 제출하였다고 하더라도 부가가치세의 원리상 이를 매입세액으로 공제할 여지가 없는 것이며, 이러한 법리는 경매 부동산의 소유자가 부가가치세법상의 사업자인 경우에 위 경매와 관련하여 부가가치세를 납부할 의무를 부담하게 된다고 하여 달리 볼 것이 아니다(대법원 2002. 5. 14. 선고 2002두1328 판결 등 참조).
 그러므로 먼저, 이 사건 재화에 대한 경락대금에 위 경락에 대한 부가가치세가 포함되어 있는지의 여부에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면 이 사건 재화의 감정평가서에는 감정평가액에 그 경락에 대한 부가가치세가 포함되어 있지 아니한 사실을 인정할 수 있어 결국 이 사건 경매에서 경락인이 거래징수 당하는 매입세액 자체가 없으므로 이 사건 재화의 경락과 관련한 세금계산서를 교부받은 경락인이어서 그 매입세액을 공제받을 수 있다는 전제에서 한 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (2) 둘째 주장에 관하여
 (가) 먼저, 소급과세금지의 원칙에 관하여 본다.
 소급과세금지의 원칙을 규정한국세기본법 제18조 제3항의 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것이라고 함은 비록 잘못된 해석 또는 관행이라고 하더라도 특정한 납세자가 아닌 불특정의 일반 납세자에게 그와 같은 해석 또는 관행이 이의 없이 받아들여지고 납세자가 그 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고(대법원 1993. 5. 25. 선고 91누9893 판결 등 참조), 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었거나, 과세관청의 예규나 해석, 기본통칙 등에 규정되어 있다는 점만으로 그러한 해석 또는 관행이 존재한다고 볼 수 없으며(대법원 1987. 5. 26. 선고 86누96 판결 등 참조), 이와 같은 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사를 가지고 있어야 하고(대법원 2003. 5. 30. 선고 2001두4795 판결 등), 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못 알고 일단 비과세결정을 하였으나 그 후 과세표준과 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 이를 조사하여 결정할 수 있다 할 것이다(대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체판결 참조).
 이 사건에서 원고가 들고 있는 재정경제부의 예규 및 해석이 2002. 3. 3. 이전의 과세관청에 의한 해석으로서 경락대금에 부가가치세가 포함되어 있으므로 소유자로부터 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받을 수 있다는 취지의 것들이기는 하나, 변론 전체의 취지에 의하면, 감사원은 2000. 9. 26. ‘감심 2000-281’의 심사청구 사건에서, 국세심판원은 2002. 3. 5. ‘국심 2001서3116’의 심판청구 사건에서, 대법원은 2002. 5. 14. 부가가치세부과처분 취소사건(2002두1328호)에서 경락대금에 그 경락에 대한 부가가치세가 포함되어 있지 아니한 경우에는 부가가치세의 원리상 이를 매입세액으로 공제할 여지가 없다는 취지로 결정 또는 판결을 한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 일부 과세관청은 앞서 본 예규 및 해석과 달리 감정평가서의 감정평가액에 그 경락에 대한 부가가치세가 포함되어 있지 않은 경우에는 경락대금에 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 보지 않고 매입세액 공제를 하지 아니하였다 할 것이어서 원고가 내세우는 예규 및 해석이 있다는 사정만으로는 과세관청이 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 않은 객관적 사실이 존재하여 비과세관행이 성립되었다고 보기 부족할 뿐만 아니라, 오히려 종전에 유사사례에서 일부 과세관청이 관계 법령에 대한 해석착오로 잘못 판단하였다가 2003. 3.경 이를 시정하였던 것으로 봄이 상당하므로, 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 과세하지 아니한 것으로 볼 수는 없다.
 따라서 피고가 이 사건에 대하여 일부 유사 선례와 달리 관련법령을 적절히 해석하여 과세한 것이므로 이 사건 처분이 소급과세금지원칙에 위배된다고 할 수 없다.
 (나) 다음으로, 신뢰보호의 원칙에 관하여 본다. 
 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다(대법원 2000. 8. 18. 선고 98두2713 판결 등 참조).
 그러므로 과세관청이 원고 주장과 같이 공적인 견해를 표명한 바 있다고 하더라도, 원고가 그와 같은 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 원고에게 귀책사유가 없어야 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 일부 과세관청이 원고가 내세우는 공적인 견해와 달리 유사사례에서 과세를 하여 온 바 있고, 일부 과세관청에서 관계 법령의 그릇된 해석을 한 것에 불과하므로 원고에게 보호받을 만한 신뢰가 형성되었다고 볼 수 없고, 원고가 그와 같은 공적인 견해의 표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 귀책사유가 없다고 할 수도 없으므로 원고의 이 부분 주장은 다른 점에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
 (3) 셋째 주장에 관하여
 먼저, 이 사건 각하결정이 피고를 기속하는 효력이 있는지에 관하여 본다. 
 국세기본법은 심사청구나 이의신청에 관하여는 그 결정의 효력에 대하여 아무런 규정을 두지 않고,제80조 제1항에서 ‘제81조에서 준용하는제65조의 규정에 의한 결정은 관계행정청을 기속한다’는 규정만을 두고 있는바, 이와 같이 심사청구에 관한 결정에 대하여는 그 효력 규정을 두지 않은 채 심판청구에 관한 조항에서 심사청구에 관한 결정을 준용하면서 그 결정의 효력규정을 둔 점에 비추어 보면 독립적 심판기관에 해당하는 심판청구에 관한 결정에 대해서만 관계행정청을 기속하는 효력을 부여한 것이고, 당해 세무서장이나 소관 지방국세청장의 이의신청에 관한 결정 또는 국세청장의 심사청구에 관한 결정에 관하여는 기속력을 부여하지 않은 것이라고 할 것이므로(국세기본법이 심사청구에 관한 결정 또는 이의신청에 관한 결정에 대해서도 이와 같은 효력을 부여하려고 하였으면, 심사청구에 관한 결정에 관하여 그에 관한 규정을 두고 이의신청에 관한 결정 및 심판청구에 관한 결정에 관련된 조문에서 이를 준용하는 형태를 취했을 것으로 보인다) 원고의 이의신청에 대한 결정인 이 사건 각하결정이 실질적으로 인용결정에 해당한다고 하더라도 이 사건 각하결정은 관계행정청을 기속하는 효력이 없는 것이어서 피고에 대한 기속력이 있다고 할 수 없고, 한편,행정심판법 제37조 제1항은 ‘재결은 피청구인인 행정청과 그 밖의 관계행정청을 기속한다’고 규정하고 있는바, 이 사건 각하결정은 이의신청의 대상인 당해 처분을 한 바 있는 피고가 원고의 이의신청에 대하여 한 것으로서행정심판법 제2조 제3호 소정의 재결이라고 할 수 없으므로 행정심판법에 의하더라도 이 사건 각하결정이 피고를 기속하는 효력이 있다고 할 수도 없다.
 따라서 이 사건 각하결정이 피고를 기속하는 효력이 있음을 전제로 한 원고의 위 주장 역시 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
 (4) 결국, 이와 결론을 같이한 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 정종관(재판장) 정승규 홍성욱