법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2018.05.11 / 시행일:

【원고, 피상고인】 한미메디케어 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 조일영 외 3인)
【피고, 상고인】 평택세무서장
【원심판결】 서울고법 2017. 4. 13. 선고 2016누53939 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 가. 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세한다[제17조 제1항 제3호 단서, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호]. 그리고 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 ‘상호 등’이라고 한다)으로 사업상의 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 감가상각재산으로 한다(구 법인세법 시행령 제24조 제4항).
 나. 이러한 관계 법령 규정에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다. 그 상세한 이유는 다음과 같다.
 (1) 합병법인의 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 논리적으로 먼저 합병법인의 자산으로 인정되어야 한다. 법인이 내부의 사업 활동으로 무형의 가치가 있는 영업권을 창출하였다고 하더라도 세법상 자산으로 인식되는 것은 아니며, 합병으로 피합병법인의 영업권을 취득하는 때에는 위 구 법인세법 시행령에서 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 세법상 합병법인의 자산으로 인정된다.
 세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 달라 법인세법령에서 별도로 규정을 두는 경우가 있는데, 합병 시 영업권의 인식 요건도 그러한 경우에 속한다. 시행령에서 정한 ‘영업권에 관한 사업상 가치 평가 요건’은 1998. 12. 31. 법인세법 시행령 개정 시에 세법상 영업권을 제한적으로 인정하기 위해 도입된 것으로서, 합병 과세의 틀이 정비된 2010. 6. 8. 개정 법인세법 시행령에서도 제80조의3 제2항으로 옮겨 현재까지 유지되고 있다.
 (2) 합병의 경우 영업권을 세법상 자산으로 인정하기 위한 요건 문제는, 구체적 평가방법의 적절성을 판단할 때 영업권 가액을 합병대가 중 순자산가액을 초과한 차액으로 계산하는 것이 적절한지라는 문제와는 논의 단계를 달리한다. 따라서 상호 등에 대한 사업상 가치 평가를 요구하는 것이 차액설에 따른 영업권 평가의 적절성을 수긍한 판례와 모순되는 것이 아니다.
 (3) 합병평가차익 과세는 피합병법인이 합병 전까지 보유하던 유·무형의 자산에서 발생한 이득을 합병을 계기로 일정한 요건에 따라 과세하는 것으로서, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항이 그 계산법으로 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호를 인용하고 있을 뿐, 개념상 자본준비금[구 법인세법 제16조 제1항 제2호 (가)목] 등과는 아무런 관련이 없다. 합병법인이 피합병법인으로부터 인계받은 순자산가액과 합병신주 액면가액 사이의 단순 차액인 합병차익은 합병평가차익 과세의 요건이 될 수 없다.
 2. 가. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 (1) 원고는 2008. 9. 30. 동일 그룹 내의 계열사인 두유 제조 및 판매업을 영위하던 한미에프티 주식회사(이하 ‘한미에프티’라고만 한다)를 흡수합병하는 합병계약을 체결하고 2008. 12. 1. 합병등기를 마쳤다. 한미에프티 보통주식(주당 액면가 5,000원) 14주당 원고의 보통주식(주당 액면가 500원) 1주의 비율로 신주를 배정하였고 합병교부금은 따로 지급되지 않았다.
 (2) 한미에프티는 합병 당시 결손이 누적되어 자본잠식 상태에 있었고(자산 약 337억 원, 부채 약 592억 원), 원고는 기업회계기준에 따라 결손금 약 254억 원을 영업권으로 회계장부에 계상하였으나, 2008 사업연도 법인세를 신고할 때에는 위 차액이 세법상 영업권에는 해당하지 않는다고 보아 스스로 영업권 감가상각 부인 등 세무조정을 하였다.
 (3) 그런데 피고는 위 금액이 세법상 영업권에도 해당한다는 전제에서 합병평가차익으로 익금에 산입하고 감가상각을 해야 한다고 보아, 2014. 3. 14. 원고에게 2008 사업연도 법인세 약 94억 원(가산세 포함) 등을 부과하였다.
 나. 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 회계장부에 영업권으로 계상한 위 금액은 관련 기업회계기준에 따른 것으로 보일 뿐이고, 피합병법인인 한미에프티의 상호·거래관계 그 밖에 영업상의 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기 어려워서 세법상 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다. 이처럼 법인 합병의 경우 법령에서 정한 영업권의 자산 인정 요건을 갖추지 못하였으므로, 영업권에 관한 회계상의 금액을 합병평가차익으로 보아 과세하는 것은 허용되지 않는다. 상고이유에서 들고 있는 판례는 영업권의 평가방법의 적절성에 관한 것으로서 이 사건 쟁점과 직접적인 연관이 없다.
 이와 결론이 같은 원심의 판단은 그 이유 설시에 일부 부적절한 점이 있으나 거기에 상고이유 주장과 같이 세법상 영업권에 관한 법리오해 등 판결의 결론에 영향을 미친 위법은 없다.
 3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김재형(재판장) 김창석(주심) 조희대 민유숙

[1] 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위한 요건
[2] 甲 주식회사가 동일 그룹 내의 계열사 乙 주식회사를 흡수합병하고 기업회계기준에 따라 乙 회사의 결손금을 영업권으로 회계장부에 계상하였으나 법인세 신고 시에는 세법상 영업권에는 해당하지 않는다고 보아 스스로 영업권 감가상각 부인 등 세무조정을 하였는데, 과세관청이 위 금액은 세법상 영업권에도 해당한다는 전제에서 합병평가차익으로 익금에 산입하고 감가상각을 해야 한다고 보아 甲 회사에 법인세 부과처분을 한 사안에서, 甲 회사가 회계장부에 계상한 영업권은 세법상 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다고 한 사례