손해배상(기) (민사, 서울중앙지방법원)
공포일: 2022.12.07 / 시행일:

【원 고】 주식회사 엠앤제이엔터프라이즈 (소송대리인 법무법인 케이씨엘 담당변호사 윤현수)
【피 고】 삼양건설산업 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 대륙아주 담당변호사 강헌구 외 1인)
【변론종결】2022. 10. 26.
【주 문】
 1. 피고는 원고에게 233,299,000원 및 이에 대하여 2021. 9. 9.부터 2022. 12. 7.까지 연 5%, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용의 1/2는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
 4. 제1항은 가집행할 수 있다.

【청구취지】 피고는 원고에게 466,598,000원 및 이에 대하여 2020. 7. 23.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.
【이 유】1. 기초사실
가. 당사자의 지위
 원고는 산업통산자원부와 한국산업단지공단이 추진하는 2018년도 산업단지환경개선펀드 투자사업을 위하여 인천시 서구 (지번 1 생략) 주안산단내의 토지(인천시 서구 (지번 2 생략) 부지면적 4958.50 평방미터)를 취득하여 그 지상에 지식산업센터(공장), 근린생활시설 등(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 건립 및 분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 목적으로 설립된 회사이다. 피고는 주택건설사업, 토목 및 건축업 등을 목적으로 설립되어, 이 사건 건물의 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 수급한 시공사이다.
나. 이 사건 사업에 관한 신탁계약 및 대출약정
 1) 원고와 피고, 주식회사 하나자산신탁(이하 ‘하나자산신탁’이라 한다), 주식회사 오케이저축은행 외 8개 금융회사(이하 ‘오케이저축은행 등’이라 한다)는 2018. 11. 28. 원고를 위탁자 겸 수익자, 피고를 시공사 겸 제2순위 우선수익자, 하나자산신탁을 수탁자, 오케이저축은행 등을 공동 제1순위 우선수익자로 하여 이 사건 사업에 관해 신탁계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 신탁계약’이라 한다). 이 사건 신탁계약 중 이 사건에 관한 주요 내용은 아래와 같다.
관리형 토지신탁계약서(을 제1호증)[관리형 토지신탁 계약 특약사항]제2조(업무분담 및 협력의무) ① 갑(원고)은 본 사업의 위탁자 또는 수익자로서 다음 각 호의 업무를 수행한다. 17. 본 사업 관련 회계처리 및 제세공과금의 신고, 납부제3-1조(우선수익자의 수익권과 의사표시) ⑤ 갑은 우선수익자와 검토, 협의하여 본 사업과 관련한 세금계산서를 수익자 명의로 발급·수령할 것을 병(하나자산신탁)에게 위임하며 병은 이에 대하여 책임을 부담하지 않는다.제4조(공사도급) ① 병과 을(피고) 간의 공사도급계약은 본 신탁계약 체결 후 체결하며, 본 사업과 관련하여 갑과 을간에 기체결한 공사도급계약이 있는 경우 사업주체의 변경에 따라 관할구청에 필요서류 제출 등을 위하여 병이 갑의 지위를 승계하여 을과 체결하기로 한다. ⑥ 본 사업 관련 공사도급계약상 공사비는 매 1개월 단위로 최초 기준공사비의 누계 90%(VAT 별도)까지 신탁재산의 범위 내에서 을에게 지급하며, 잔여 10%(금액VAT 별도) 및 증액된 공사비 등 나머지 공사비는 정(오케이저축은행 등)의 대출원리금(연체이자 및 수수료 포함) 및 병의 신탁사무 처리비용과 신탁보수의 정산이 완료된 이후 신탁재산의 범위 내에서 을에게 지급하기로 한다.제7조(공사기성 지급방법) ① 을의 공사기성금은 특약사항 제2조 제4항 제1호의 대출 이행금 및 분양수입금 범위 내에서 착공 후 매 1개월 단위로 감리업체의 기성공정보고서 및 병의 기술부서 기성검사결과를 기준으로 매 기성금액을 지급(단, 감리업체의 기성공정보고서와 병의 기술부서 기성검사결과가 불일치할 경우 병의 기술부서 기성검사결과를 기준으로 집행)하며, 전체 공사대금의 90%(VAT별도)가 지급된 경우 10%(VAT별도)의 유보금은 특약사항 제14조 제2항의 자금집행 순서에 따라 지급하기로 한다.제20조(부가가치세 환급청구권 양도) ① 갑은 본 신탁계약 체결과 동시에 본 사업과 관련한 부가가치세 환급청구권 일체를 병에게 양도하고 즉시 관할세무서에 확정일자 있는 증서로 채권양도통지를 하여야 한다.
 2) 원고와 피고, 오케이저축은행 등은 2018. 11. 28. 이 사건 사업에 필요한 자금을 대출하기로 하는 약정을 체결하였다(이하 ‘이 사건 대출약정’이라 한다). 이 사건 대출약정 중 이 사건에 관한 주요 내용은 아래와 같다.
사업 및 대출약정서(을 제2호증)제8조 자금의 관리 제6항 일부 공사비 지급제한 및 지급순위 이 약정의 다른 조항에 불구하고, 공사비의 10% 상당액 및 이 약정 체결일 이후 증액된 공사비는 대주의 대출원리금, 수수료 등 금융계약상의 제반 채무가 전액 상환(지급) 완료 이후에 지급하기로 한다.제10조 공사에 관한 사항 제1항 공사비의 결정 및 지급 (2) 본건 건물에 대한 공사비의 10% 상당액 및 공사비를 초과하는 추가 공사비는 이 약정에 따른 대출원리금이 모두 상환된 이후에 지급되어야 한다.
다. 이 사건 공사에 관한 도급계약 체결
 1) 원고는 2018. 11. 28. 피고에게 이 사건 공사를 공사대금 37,116,200,000원(부가세 포함), 준공예정일 2020. 10.로 하여 도급하였다(이하 아래에서 보는 승계, 변경되는 계약을 포함하여 ‘이 사건 도급계약’이라 한다). 이 사건 도급계약 중 이 사건과 관한 주요 내용은 아래와 같다.
민간건설공사 표준도급계약서(갑 제3호증)1. 공사명: 주안지식산업센터 신축공사2. 공사장소: 인천광역시 서구 (지번 1 생략)번지4. 준공예정년월일: 2020. 10.5. 도급금액: 37,116,200,000원 공급가액: 33,742,000,000원 부가가치세: 3,374,200,000원 [민간건설공사 표준도급계약 일반조건]제24조(기성부분금) ① 계약서에 기성부분금에 관하여 명시한 때에는 수급인(피고)은 이에 따라 기성부분에 대한 검사를 요청할 수 있으며, 이때 도급인(원고)은 지체없이 검사를 하고 그 결과를 수급인에게 통지하여야 하며, 7일 이내에 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 본다. ⑤ 기성지급은 감리보고서를 기준으로 신탁사(하나자산신탁) 현장확인 후 합의하에 지급한다.제28조(대금지급) ② 본건 건물에 대한 공사비의 10% 상당액 및 공사비를 초과하는 추가 공사비는 약정에 따른 대출원리금 및 필수사업비(대출약정 또는 신탁계약 참조)가 모두 상환된 이후에 지급되어야 한다. [공사계약 특약조건]제1조(책임준공 및 공사비 확보) ① 수급인은 본 공사를 수행함에 있어 본 계약에서 정한 공사기간 내에 책임준공하며, 수급인은 본 공사가 하나자산신탁의 책임준공보증 공사이고, 금융기관으로부터 사업비를 대출하여 진행하는 사업임을 인지하고 있으며, 금융기관 대출에 하나자산신탁과 함께 책임준공 보증한다.제2조(공사도급금액) ① 본 계약의 공사도급금액은 33,742,000,000원(부가가치세 별도)으로 한다(연면적 11063.18평)제3조(공사비 지급 및 공사기간) ① 공사비 지급은 기성율에 의하여 월 1회 기성으로 하며, 매월 1일부터 말일까지 진행된 공사의 기성부분을 익월 15일까지 지급함을 원칙으로 한다.
 2) 원고와 피고, 하나자산신탁은 2018. 12.경 하나자산신탁이 이 사건 도급계약상 도급인 지위를 승계하기로 하는 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 승계계약’이라 한다). 
 3) 원고와 피고는 2020. 1. 10. 설계변경, 별도공사로 인한 추가공사비 등을 반영하여 공사대금을 변경하는 계약을 체결하였고(이하 ‘이 사건 변경계약’이라 한다), 이 사건 변경계약에 따라 이 사건 공사에 관한 총 공사대금은 부가가치세를 포함하여 37,985,640,000원이 되었다. 이 사건 변경계약 중 이 사건에 관한 주요 내용은 아래와 같다.
민간건설공사 설계변경 및 도급공사 외 추가공사 합의서(갑 제4호증)4. 준공예정년월일: 2020. 10. 31.5. 도급금액: 36,505,700,000원 공급가액: 33,187,000,000원 부가가치세: 3,318,700,000원6. 설계변경에 따른 추가공사 공급가액: 949,600,000원 부가가치세: 94,960,000원7. 도급계약 제외 별도공사 공급가액: 395,800,000원 부가가치세: 39,580,000원8. 추가공사비의 지급방법 가. "설계변경에 따른 추가공사비"는 도급인과 수급인 사이에 2018. 11. 28. 기체결된 이 사건 도급계약 및 2018. 11. 28. 위탁자, 수익자 겸 차주인 도급인과 시공사 겸 제2순위 우선수익자인 수급인, 수탁자인 하나자산신탁, 공동 제1순위 우선수익자인 대주단 및 대리금융기관 사이에 체결한 이 사건 신탁계약 특약사항 제3장 제4조 제6항에 따라 대주단의 대출원리금(연체이자 및 수수료 포함) 및 수탁자의 신탁사무 처리비용과 신탁보수 정산이 완료된 이후 신탁재산의 범위 내에서 지급하기로 한다. 나. "도급계약 제외 별도공사비"는 도급인과 수급인 사이에 2018. 11. 28. 기체결된 이 사건 도급계약의 공사계약 특수조건 제5조에 따라 도급인은 이 사건 변경계약 체결후 15영업일 이내에 수급인에게 지급하기로 한다. 단, 수탁자와 대주단의 동의를 득한 후 지급한다.
라. 이 사건 건물의 신축공사 완료 및 사용승인 등
 1) 피고는 2020. 7. 23. 이 사건 건물의 신축공사를 완료하고 사용승인을 받았다.
 2) 피고는 2019. 3. 11.부터 2020. 5. 4.까지 기성고에 따라 당초 공사대금 공급가액 33,742,000,000원의 약 90%에 달하는 합계 33,319,660,000원을 이 사건 공사의 기성금으로 지급받고, 원고에게 위 기성금에 관한 세금계산서를 발급하여 주었다.
마. 이 사건 신탁계약의 정산 및 종료
 원고와 피고, 하나자산신탁은 2021. 3.경 신탁에 관한 권리의무 관계를 정산하고 이 사건 신탁계약을 종료하기로 하는 합의를 하였다(이하 ‘이 사건 정산합의’라 한다). 
바. 원고의 잔금 등 지급 및 피고의 세금계산서 발행
 1) 원고는 2021. 3. 30. 이 사건 도급계약 일반조건 제28조 등에 따라 대출원리금 및 필수사업비 등의 정산을 완료한 다음 피고에게 공사대금 잔금 및 추가공사비 등 합계 4,665,980,000원(이하 ‘이 사건 잔금’이라 한다)을 모두 지급하였다.
 2) 피고는 같은 날 원고에게 공급가액 4,241,800,000원, 부가가치세 424,180,000원으로 기재된 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급하여 주었다.
 3) 원고는 이 사건 세금계산서를 2021. 제1기 부가가치세 매입세액에 반영하여 신고하였다(이하 ‘이 사건 부가가치세 신고’라 한다).
사. 관할 세무관청의 매입세액 감경 통지 및 가산세 부과
 이 사건 부가가치세 신고의 관할 세무관청인 서인천세무서는 2021. 9. 9.경 이 사건 잔금에 대해서 이 사건 건물의 사용승인일인 2020. 7. 23. 세금계산서가 발급되었어야 하는데 이 사건 세금계산서가 그 이후에 발급되어 사실과 다르게 발급되었으므로 2021. 제1기 매입세액 공제 대상이 아니라는 취지로 원고의 2021. 제1기 환급신고세액 490,733,747원에서 이 사건 부가가치세 신고액 424,180,000원 및 그 10%에 해당하는 가산세 42,418,000원을 합한 466,598,000원을 감액 후 경정하여 환급하였다(이하 ‘이 사건 감액처분’이라 하고, 감액된 위 466,598,000원을 ‘이 사건 감액처분액’이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 3, 6, 7호증의 각 기재(가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지
2. 당사자 주장의 요지
가. 원고의 주장
 피고는 부가가치세법 제16조 등에 따라 용역의 공급자로서 이 사건 잔금에 대한 적법한 공급시기인 이 사건 건물의 사용승인일 2020. 7. 23.에 세금계산서를 발급할 의무가 있음에도, 이를 위반하여 적법한 공급시기 이후에 이 사건 세금계산설를 발급함으로써 원고에게 해당 부가가치세 등을 매입세액으로 환급받지 못하고 감액 경정되는 손해를 입혔다. 따라서 피고는 원고에게 이 사건 감액처분액 466,598,000원 상당의 손해를 배상하여야 한다.
나. 피고의 주장
 1) 이 사건 신탁계약 제20조에 따라 부가가치세 환급청구권이 원고로부터 하나자산신탁에게 양도되었고, 이 사건 승계계약에 따라 건물 신축공사의 용역을 제공받는 자도 하나자산신탁인데, 원고가 하나자산신탁으로부터 부가가치세 환급청구권 관련 손해배상채권을 양수한 사실이 없으므로, 원고는 이 사건 감액처분액에 관한 손해배상채권을 가지고 있다고 볼 수 없다.
 2) 이 사건 신탁계약, 대출약정, 도급계약은 공사대금을 기성고에 따라 지급함을 원칙으로 정하고 있기 때문에 이 사건 잔금도 기성고에 따라 곧바로 지급되어야 하지만, 이 사건 신탁계약 특약사항 제4조 제6항, 제7조 제1항, 대출약정 제10조 제1항 제2호, 이 사건 도급계약 제28조 제2항이 총 공사대금의 10%에 해당하는 돈을 대출원리금 등이 모두 상환된 이후에 지급하기로 정하면서 특히 위 신탁계약 조항이 "잔여 10%"에 "(금액VAT 별도)"라고 덧붙여 표기하였는바, 위와 같은 계약조항에 의해 총 공사대금의 10%에 상응하는 이 사건 잔금 등을 대출원리금 등의 정산이 완료된 이후에 지급받되 세금계산서도 그 지급시점에 발급하기로 하는 합의가 성립하였다. 따라서 피고가 이 사건 잔금을 지급받고 이 사건 세금계산서를 발급한 것에 위법이 있다고 할 수 없다.
 3) 원고는 스스로 부가가치세법 제34조의2에 따라 매입자발행세금계산서를 발행받아 매입세액을 공제받을 수 있었으므로 피고에게 환급금의 감액 경정으로 인한 손해배상을 구할 수 없다.
 4) 설령 피고의 손해배상책임이 인정되더라도, 원고가 계약기간 내내 피고의 공사대금 청구 및 세금계산서 발급에 관해 아무런 이의를 제기하지 않고, 매입자발행세금계산서 제도가 있음에도 이를 이용하지 않는 등 과실이 존재하므로, 원고의 위 과실을 참작하여 손해배상액수를 산정하여야 한다.
3. 손해배상책임의 발생
가. 청구원인에 관한 판단
 1) 재화 또는 용역을 공급한 사업자는 그 공급을 받는 자로부터 부가가치세 상당액을 거래징수하고 거래징수내용을 확인하는 증빙서류인 세금계산서를 교부하여야 하는바, 세금계산서는 거래당사자들에 대한 과세자료가 되는 한편 공급받는 사업자로 하여금 매입세액을 공제받을 수 있게 하여 부가가치세를 중복과세 없이 최종소비자에게 전가시키는 것이어서, 공급한 사업자는 공급을 받는 자로 하여금 매입세액을 공제받는데 지장이 없도록 적법한 세금계산서를 발급하여 줄 의무가 있다할 것이므로, 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 정당한 사유 없이 세금계산서를 발급하지 않는 바람에 공급을 받은 자가 매입세액을 공제받지 못하였다면, 공급자는 원칙적으로 공급받은 자에 대하여 공제받지 못한 매입세액 상당의 손해를 배상할 책임이 있다(대법원 2017. 12. 28. 선고 2017다265266 판결 등 참조).
 2) 앞서 본 사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정, 즉 ① 부가가치세법 제34조는 용역을 공급하는 사업자에게 용역의 공급시기에 세금계산서를 발급할 의무를 부여하고 있고, 같은 법 제16조 및 같은 법 시행령 제29조는 위 세금계산서 발급 시기의 기준이 되는 ‘용역의 공급시기’를 기본적으로 "역무의 제공이 완료되는 때"로 정하고, 기성금 등 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우에도 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 "역무의 제공이 완료되는 날"을 용역의 공급시기로 정하고 있는데, 이 사건 잔금과 관련한 잔여 공사 및 추가공사(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)의 경우 조건부로 공급되는 용역이 아니거나 완성도기준지급조건부로 공급된다고 보더라도 역무의 제공이 완료된 이후 대가를 지급받기로 하는 경우에 해당하므로 그 공급시기는 역무의 제공이 완료된 때라고 봄이 상당한 점, ② 이 사건 용역은 이 사건 건물의 사용승인으로 그 역무의 제공이 완료된 것으로 보이는 점, ③ 피고는 위 용역의 공급시기가 아닌 2021. 3. 30.에 이르러서야 이 사건 세금계산서를 발급하여 준 점, ④ 서인천세무서가 이 사건 세금계산서가 이 사건 건물의 사용승인일 이후 발급되어 사실과 다르게 발급되었다는 이유로 이 사건 감액처분액 상당의 환급금을 감액한 사실 등을 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 피고는 특별한 사정이 없는 한 용역의 공급시기인 2020. 7. 23.를 경과하여 이 사건 세금계산서를 발급한 행위로 인해 원고가 환급받지 못하게 된 이 사건 감액처분액 상당의 손해를 배상할 책임이 있다.
나. 피고의 주장에 관한 판단
1) 손해배상채권의 귀속에 관한 주장 부분
 살피건대, 앞서 본 사실과 앞서 든 증거, 이 법원의 하나자산신탁에 대한 사실조회회신 결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 신탁계약 특약사항 제2조, 제3조의1 등은 이 사건 신탁계약에도 불구하고 세금에 관한 신고, 납부 등의 업무는 원고가 부담하는 것으로 정하고 있고, 특히 제3조의1 제5항은 원고가 그 명의로 세금계산서를 발급·수령할 것을 정하고 있는 점, ② 피고도 공사대금에 관한 세금계산서 전부를 하나자산신탁이 아닌 원고에게 발급하여 준 점, ③ 세금계산서가 원고 명의로 발급된 이상 별도의 채권양도가 이루어지는 경우가 아니라면 과세관청에 대한 매입세액 환급청구권은 매입세액 부가가치세를 신고하는 원고에게 귀속되는 점, ④ 매입세액 환급청구권에 관해 원고와 하나자산신탁 사이에 이 사건 신탁계약 제20조에 따른 채권양도의 합의가 있었다고 하더라도, 이 사건 세금계산서는 이 사건 신탁계약이 정산을 마치고 종료될 무렵 발급된 것이어서 그에 관한 환급금 내지 손해배상채권은 더 이상 신탁재산으로 귀속되지 않을 것으로 보이는 점, ⑤ 이 사건 승계계약은 제5조에서 "하나자산신탁과 원고간의 신탁계약 해지 또는 종료시에 이 사건 도급계약에 기한 하나자산신탁의 모든 행위 및 권리·의무는 원고에게 면책적으로 포괄 승계되며, 이 사건 도급계약에 기한 건축주(사업주체)의 시공자에 대한 모든 권리·의무도 계약변경 등 별도의 조치 없이 원고에게 면책적으로 포괄 승계한다"라고 정하고 있고, 이 사건 신탁계약을 종료시킨 이 사건 정산합의도 제7조 제1항에서 "본 사업의 종료와 동시에 본 사업과 관련하여 사업시행자로서 하나자산신탁의 권리 및 의무(분양계약서상 매도인의 지위, 인허가상 건축주로서의 지위, 소송당사자의 지위, 사업관련 손해배상책임, 분양대금반환, 하자보수책임 등을 포함하며 이에 한하지 않음)는 원고에게 면책적으로 포괄승계 되었음을 확인한다"라고 정하고 있는바, 특히 이 사건 정산합의는 원고 및 하나자산신탁과 더불어 피고를 당사자로 하여 성립된 합의로서 피고도 이 사건 신탁계약의 종료에 따른 위 권리의무 포괄승계 사실을 충분히 인지하고 동의하였다고 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 원고는 이 사건 부가가치세 신고와 관련한 매입세액 환급청구권에 관해 직접적인 법률상 이해관계를 가지는 당사자로서 이 사건 감액처분으로 인한 손해의 배상을 구할 권리를 가진다고 봄이 상당하다. 따라서 이 부분에 관한 피고의 주장은 받아들이지 않는다.
2) 세금계산서 지급 시기의 합의 주장 부분
 살피건대, 앞서 본 사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 신탁계약 특약사항 제4조 제6항, 제7조 제1항 등이 총 공사대금의 10%에 해당하는 돈을 대출원리금 등이 모두 상환된 이후에 지급하도록 정한 것은 그 문언상 공사대금의 지급 시기에 관한 사항으로 보일 뿐 달리 세금계산서의 발급 시기에 관해 정하는 내용으로 보이지 않고, 계약 당사자의 의사도 신탁계약 정산 순위 등을 고려하여 대출원리금 등을 먼저 정산한 후에 공사대금 잔금이 지급되도록 하기 위한 의사에서 위와 같은 조항을 둔 것으로 보이고 세금계산서 발급 시기에 관해서까지 부가가치세법과 달리 정하려는 의사가 있었던 것으로 볼만한 사정은 보이지 않는 점, ② 위 신탁계약 조항이 "잔여 10%"에 "(금액VAT 별도)"라고 덧붙여 표기한 것은 위 잔여 10%의 금액에 부가가치세 상당액을 포함하여 지급한다는 의미일 뿐, 위 문언만으로 세금계산서의 발급 시기까지 달리 정하였다고 보기는 어려운 점, ③ 세금계산서는 부가가치세에서 영수증의 기능을 겸하는 경우가 많지만 부가가치세법상 대가의 영수와는 무관하게 그 작성·교부가 의무화되어 있어 동시이행의 항변권이 인정되는 민법 제474조의 영수증과는 동일하게 취급할 수는 없으므로 특별한 사정이 없는 한 세금계산서 발급의무는 재화 및 용역에 대한 대금지급의무와 서로 대가적 의미를 갖는 채무로 볼 수 없고, 세금계산서는 영수용 세금계산서와 청구용 세금계산서로 작성방법에 따라 나눌 수 있어 공급자는 재화 및 용역에 대한 대가를 지급받기 전에는 청구용 세금계산서를 발급하여 줌으로써 세금계산서 발급 의무를 다할 수 있는바, 이 사건 신탁계약 등이 부가가치세법에 따른 세금계산서 발급 시기 이후의 시기를 이 사건 잔금 지급 시기로 정하여 양자의 이행 시기가 달라진다고 하더라도 부당하다고 단정할 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 피고의 주장 및 제출 증거만으로는 이 사건 잔금 지급시점에 세금계산서를 발급하기로 하는 합의가 성립하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 이 부분에 관한 피고의 주장도 받아들일 수 없다.
3) 매입자발행세금계산서 제도로 인한 손해배상채무 불성립 주장 부분
 가) 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 세금계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 하고(부가가치세법 제32조 제1항), 부가가치세법에 따라 세금계산서를 작성하여 발급하여야 할 자가 세금계산서를 발급하지 아니하는 경우 형사처벌을 받게 되는바(조세범 처벌법 제10조 제1항 제1호), 재화 또는 용역의 공급자는 공급받는 자에게 부가가치세의 세금계산서를 의무적으로 발급하여야 하는 점, 부가가치세법 제34조의2 및 구 부가가치세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31445호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제71조의2의 매입자발행세금계산서 제도는 재화 또는 용역의 공급자가 세금계산서를 그 공급을 받는 자에게 교부하지 않는 경우 그 공급받는 자가 관할세무서로부터 거래사실 확인을 받아 세금계산서를 직접 발행할 수 있도록 한 것으로서, 공급자로부터 부가가치세 상당액을 거래징수받고 이를 환급받기 위해서는 공급자가 세금계산서를 발행하여 줄 것을 기다릴 수밖에 없는 재화 또는 용역의 공급을 받는 자로 하여금 공급자의 조력 없이도 매입세액 공제를 받을 수 있는 특례를 규정한 것인 점, 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자는 이 사건 당시 적용되던 부가가치세법령에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 3개월 이내에 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청해야 하는 시간적 제한이 있는 점 등에 비추어 공급받는 자가 매입자발행세금계산서 발행 절차를 통하여 매입세액을 공제받지 않았다고 하더라도 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 정당한 사유 없이 세금계산서를 발급하지 않는 바람에 공급을 받은 자가 매입세액을 공제받지 못하였다면, 특별한 사정이 없는 한 공급자는 원칙적으로 공급받은 자에 대하여 공제받지 못한 매입세액 상당의 손해를 배상할 책임이 있다고 봄이 상당하다.
 나) 살피건대, 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 피고는 이 사건 용역의 공급자로서 원고에게 그 역무 제공이 완료된 날인 이 사건 건물 사용승인일에 세금계산서를 발급하여 줄 의무가 있는 점, ② 피고가 이 사건 건물 사용승인일에 세금계산서를 발급하지 않고 위 사용승인일이 포함된 과세기간이 지난 후에야 이 사건 세금계산서를 발급하여 이에 기초한 원고의 이 사건 부가가치세 신고가 사실과 다른 신고로 과세관청에 의해 배척된 점, ③ 부가가치세의 세금계산서는 대가의 영수와는 무관하게 그 작성·교부가 의무화되어 있고, 세금계산서는 영수용 세금계산서와 청구용 세금계산서로 작성방법에 따라 나눌 수 있어 공급자는 재화 및 용역에 대한 대가를 지급받기 전에는 청구용 세금계산서를 발급하여 줌으로써 세금계산서 발급 의무를 다할 수 있는바, 피고가 원고로부터 이 사건 잔금을 지급받기 전이더라도 이 사건 용역에 대해 그 역무 제공이 완료된 이 사건 건물 사용승인일에 세금계산서를 발급하는 데 별다른 장애가 존재하지 않는 점, ④ 원고가 매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제를 받기 위해서는 피고가 이 사건 공사를 마친 시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 3개월이 도과할 때까지 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하였어야 하는데 위 시기가 도과하여 위 제도를 이용할 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 원고가 매입자발행세금계산서 제도를 이용하지 않았다는 사정만으로는 피고의 매입세액 상당 손해배상책임의 성립을 방해하는 특별한 사정이 존재한다고 인정하기 부족하므로, 이와 다른 전제에서 원고의 손해배상청구가 인정될 수 없다고 다투는 피고의 이 부분 주장은 이유 없어 받아들이지 않는다.
4. 손해배상책임의 범위
가. 판례
 채무자가 채권자에 대하여 채무불이행으로 인한 손해배상책임을 지는 경우에 있어서 채권자에게 과실이 있거나 손해부담의 공평을 기하기 위한 필요가 있는 때에는 채무자의 책임을 제한할 수 있고, 이는 불법행위로 인한 손해배상책임의 경우에도 같다(민법 제396조, 제763조 참조). 한편 고의로 불법행위를 저지른 자가 바로 그 피해자의 부주의를 이유로 자신의 책임을 감경하여 달라고 주장하는 것이 허용되지 않는 것은, 그와 같은 고의적 불법행위가 영득행위에 해당하는 경우 과실상계와 같은 책임의 제한을 인정하게 되면 가해자로 하여금 불법행위로 인한 이익을 최종적으로 보유하게 하여 공평의 이념이나 신의칙에 반하는 결과를 가져오기 때문이므로, 고의에 의한 불법행위의 경우에도 위와 같은 결과가 초래되지 않는 경우에는 과실상계나 공평의 원칙에 기한 책임의 제한은 얼마든지 가능하다(대법원 2007. 10. 25. 선고 2006다16758, 16765 판결 등 참조).
나. 구체적 판단
 살피건대, 앞서 본 사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 이 사건 건물 사용승인 당시 이 사건 용역에 관한 세금계산서의 발급을 피고에게 요구하지 않았고, 피고가 이 사건 잔금 수령 이후 이 사건 세금계산서를 발급하였을 때도 이에 대해 이의를 제기하거나 다투지 않은 점, ② 피고는 이 사건 신탁계약상 정산 절차가 종결된 후 이 사건 잔금을 지급하기로 예정되어 있었기 때문에 위와 같은 잔금 지급을 기다려 사용승인일 이후에 이 사건 세금계산서를 발급하였던 것이고, 세금계산서 발급을 적극적으로 거절하려는 의사는 아니었던 점, ③ 원고는 매입자발행세금계산서를 발행받아 매입세액의 공제를 받을 수 있었고, 원고가 매입자발행세금계산서 발행 제도를 이용할 경우 피고가 이에 대해 협조하는 것을 거절하지 않았을 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 피고의 원고에 대한 손해배상책임은 원고에게 발생한 손해의 50%로 제한함이 타당하다.
다. 소결론
 따라서 피고는 원고에게 233,299,000원(= 466,598,000원 × 50%) 및 이에 대하여 그 손해가 발생한 이 사건 감액처분일인 2021. 9. 9.부터 피고가 그 이행의무의 존부나 범위에 관하여 항쟁함이 타당하다고 인정되는 이 법원의 판결선고일인 2022. 12. 7.까지는 민법이 정한 연 5%, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다[원고는 피고의 세금계산서 발급 의무가 발생한 2020. 7. 23.부터의 지연손해금의 지급을 구하나, 불법행위에 있어 위법행위 시점과 손해발생 시점 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 손해발생 시점이 기산일이 되고(대법원 2012. 2. 23. 선고 2010다97426 판결 등 참고), 피고의 세금계산서 발급 의무 위반으로 인한 이 사건 감액경정액 상당의 손해는 서인천세무서가 이 사건 감액처분을 한 시점에 발생하였다고 봄이 상당하므로, 이를 초과하는 원고의 주장은 받아들이지 않는다].
5. 결 론
 그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 이민수(재판장) 백현민 장동규