경정거부처분취소·법인세원천징수처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2014.11.21 / 시행일:

【원 고】 △△△ 에스씨에이 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 3인)
【피 고】 남대문세무서장 (소송대리인 변호사 손호철 외 1인)
【변론종결】2014. 10. 17.
【주 문】
 1. 가. 피고가 2012. 7. 9. 원고 1 회사에게 한 2012. 3. 5.자 원천징수세액 387,645,171,890원의 경정거부처분 중 210,394,417,039원을 초과하는 부분 
 나. 피고가 2013. 2. 1. 원고 2 회사에게 한 2010 사업연도 법인세 4,307,168,570원(가산세 포함)의 원천징수처분 중 2,337,715,744원을 초과하는 부분을 
 각 취소한다. 
 2. 원고들의 나머지 청구를 기각한다. 
 3. 소송비용 중 1/2은 원고들이, 나머지는 피고가 각 부담한다. 

【청구취지】 1. 피고가 2012. 7. 9. 원고 1 회사에게 한 2012. 3. 5.자 원천징수세액 387,645,171,890원의 경정거부처분을 취소한다. 
 2. 피고가 2013. 2. 1. 원고 2 회사에게 한 2010 사업연도 법인세 4,307,168,570원(가산세 포함)의 원천징수처분을 취소한다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고 1 회사는 벨지움국(이하 ‘벨기에’라 한다)에 따라 설립된 법인이다. 원고 1 회사는 2012. 2. 9. 원고 2 회사에게 소외 9 은행 발행주식 329,042,672주(발행주식 총수의 51.02%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 합계 3,915,607,796,800원(이하 ‘이 사건 양도소득’이라 한다)에 양도하였다. 
 나. 서울지방국세청장은 2012. 1. 18. 원고 2 회사에게 "이 사건 양도소득에 대한 원천징수의무가 있다."고 통보하였다. 이에 따라 원고 2 회사는 2012. 3. 5. 피고에게 이 사건 양도소득의 10%에 해당하는 391,560,779,680원을 원천징수·납부하고, 나머지 잔액을 원고 1 회사에게 지급하였다.
 다. (1) 원고 1 회사는 2012. 5. 9. 피고에게 "‘대한민국과 벨기에간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피 및 탈세방지를 위한 협약’(이하 ‘한·벨 조세조약’이라 한다) 제4조, 제13조에 의하면, 주식양도소득에 대하여 과세할 수 없다."는 이유로, 원천징수세액 전부의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 그로부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻의 통지를 하지 않음으로써 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제3항에 따라 경정청구를 거부한 것으로 간주되었다(이하 아래와 같이 원고 2 회사에게 3,915,607,790원이 환급되고 남은 원천징수세액 387,645,171,890원의 경정거부처분을 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다). 
 (2) 피고는 2012. 12. 20. 원고 2 회사에게 "이 사건 주식 매매계약은 2010. 11. 29. 체결되어 그 무렵 선급금으로 39,156,077,968원을 지급하였으므로, 선급금에 대한 원천징수의무는 2010 사업연도에 성립하였다."는 이유로, 선급금의 10%에 해당하는 3,915,607,790원(환급가산금을 제외한 환급금) 부분을 직권취소하여 환급하였다. 그 후 피고는 2013. 2. 1. 원고 2 회사에게 2010 사업연도 법인세 4,307,168,570원(가산세 포함)의 원천징수처분(이하 ‘이 사건 징수처분’이라 하고, 이 사건 경정거부처분과 통틀어, ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
 라. 원고 1 회사는 2012. 8. 17., 원고 2 회사는 2013. 3. 29. 각 심판청구를 하였으나, 2014. 6. 18. 조세심판원으로부터 각 기각결정을 받았다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 36 내지 40호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 소의 적법 여부 
 가. 피고의 주장
 이 사건 양도소득에 대한 원천징수의무자는 원고 2 회사이므로, 원고 1 회사는 경정청구권자가 아니다. 또 원천징수대상자는 실질과세원칙에 따라 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자를 말하는데, 원고 1 회사는 도관회사로서 이 사건 양도소득의 명목상 귀속자에 불과하므로 경정청구를 할 수 있는 원천징수대상자라고 할 수도 없다. 따라서 원고 1 회사는 이 사건 경정거부처분을 다툴 원고적격이 없으므로, 원고 1 회사의 이 사건 소는 부적법하다. 
 나. 판단
 (1) 국세기본법 제45조의2 제4항은 "법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제1호·제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 ‘원천징수대상자’라 한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 관할세무서장에게 경정을 청구할 수 있다."고 규정하면서, 제3호에서 원천징수의무자가 법인세법 제98조에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 제120조에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우를 들고 있다. 
 (2) 돌이켜 이 사건을 보건대, ① 갑 제1, 2호증의 각 기재에 의하면, 원고 1 회사는 소득자(원천납세의무자)임을 전제로 원천징수세액을 납부한 점, ② 법인세법 제120조의 규정에 따른 지급명세서에 소득자로 기재되어 그 명의로 국내원천소득에 대한 법인세가 원천징수된 이상 그 소득자에 대하여 법인세가 자동확정되므로 그 소득자로서는 자신에게 부과된 원천납세의무를 면하기 위하여 그 명의로 경정청구를 할 법률상 이익이 있고, 그와 같이 해석하는 것이 납세의무자 보호를 위한 경정청구제도의 취지에 부합하는 점, ③ 소득의 실질적인 귀속자인지, 명목상 또는 형식상 귀속자인지 여부는 판단하기 쉽지 않을 뿐 아니라 지급명세서상 소득자로 기재되지 않은 자가 소득의 실질적 귀속자임을 전제로 경정청구를 하리라고 기대하기 어려운 점, ④ 원천징수하는 법인세에서 소득금액 또는 수입금액의 수령자가 누구인지는 원칙적으로 납세의무의 단위를 구분하는 본질적인 요소가 아니므로 과세관청으로서는 경정청구를 한 지급명세서상 소득자가 소득의 실질적인 귀속자가 아니라 하더라도 국내원천소득에 대한 원천징수처분이 소득의 실질적 귀속자에 대한 관계에서 적법하다는 주장을 함으로써 당초 신고한 내용과 다른 처분사유를 내세우는 것도 허용되는 점(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두7311 판결 참조) 등을 고려할 때, 지급명세서상 소득자로 기재되어 원천납세의무를 부담하게 되는 자는 소득의 실질적 귀속자가 아니더라도 경정청구권을 가진다고 봄이 타당하므로, 피고의 위 주장은 이유 없다. 
 3. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고들의 주장
 (1) 한·벨 조세조약의 적용에 관하여
 원고 1 회사는 벨기에 거주자로서 벨기에에 과세대상 소득을 신고하였고, 벨기에 과세당국도 원고 1 회사를 거주자로 명시적으로 확인해주었다. 투자자금의 집합체인 유한파트너십은 고유의 사업활동을 하는 영리목적의 단체로서 독자적 존재이므로, 소득의 실질귀속자로 보아야 한다. 또 원고 1 회사를 도관회사로 보기 위해서는 형식상 거래당사자의 역할만을 수행하였을 뿐 그 실질적으로 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 이러한 형식과 실질의 괴리는 오로지 조세회피의 목적에서 비롯되고, 독립적인 경제적 이익이 인정되지 않아야 하는데, 원고 1 회사는 소외 10 회사를 통하여 활동하였으므로, 충분한 인적·물적 요소를 갖추고 있었다. 한편 원고 1 회사가 도관회사라는 점과 실질적인 소득의 귀속자의 존재에 대한 입증책임은 피고에게 있는데, 피고는 "원고 1 회사가 도관회사이고, 다른 실질귀속자가 있다."는 점에 관한 주장·입증을 하지 못하고 있다.
 따라서 이 사건 양도소득은 원고 1 회사에게 귀속되었으므로, 한·벨 조세조약을 적용하여야 한다.
 (2) 한·미 조세조약 등의 적용에 관하여
 이 사건 양도소득은 최종투자자들에게 귀속되었고, 최종투자자들의 거주지국과 대한민국은 아래 표 기재와 같이 ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한·미 조세조약’이라 한다, 이하 다른 외국과의 조세조약은 ‘조세조약’이라고만 한다.), 한·영 조세조약, 한·캐나다 조세조약, 한·아일랜드 조세조약, 국제연합의 특권과 면제에 관한 협약, 국제통화기금협정(IMF) 2차 개정안을 체결하였으므로, 한·미 조세조약 등을 적용하여야 한다.
 
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 인정사실
 이 사건 주식 투자에 관한 투자구조는 별지 ‘이 사건 주식에 대한 투자구조도’ 기재와 같고, 투자지분, 구조 등은 아래와 같다. 
 (1) 원고 1 회사에 대한 투자 개관 
 (가) 소외 11 회사는 미국 델라웨어(Delaware)주 법률에 의하여 설립되어 미국의 투자자들이 유한책임사원으로 투자한 합자회사{General partner(이하 ‘GP’라 한다)만 무한책임을 지고, 나머지 Limited partner(이하 ‘LP’라 한다)들은 지분범위 내에서만 유한책임을 지는 형태의 영미 법제상의 단체개념이다. 일반적으로 무한책임사원은 펀드를 운영할 전문성을 보유하고 펀드의 일상업무를 집행하고, 파트너십 활동에 대하여 무한책임을 지는 반면, 유한책임사원은 그 운영에 적극적인 관여를 하지 않는 소극적 투자자로 파트너십의 투자활동에서 발생하는 투자위험에 대하여 투자한도 내에서만 책임을 지게 된다.}이다.
 소외 12 회사는 론스타펀드의 대한민국 내 자회사 임직원들에게 투자 기회를 제공하기 위하여 버뮤다국 법률에 의하여 설립된 버뮤다국 법인이다.
 소외 13 회사, 소외 14 회사, 소외 15 회사, 소외 16 회사, 소외 17 회사, 소외 18 회사는 소외 9 은행의 발행주식에 투자하기 위하여 버뮤다국 법률에 의하여 설립된 합자회사이다(이하 ① 소외 11 회사, ② 소외 12 회사, ③ 소외 13 회사, ④ 소외 14 회사, ⑤ 소외 15 회사, ⑥ 소외 16 회사, ⑦ 소외 17 회사, ⑧ 소외 18 회사를 통틀어 ‘상위투자자들’이라 한다). 
 상위투자자들의 GP는 소외 19 회사이고, 소외 11 회사에 대한 지분율은 1.00%이며, 소외 19 회사의 GP는 소외 1 (영문 성명 생략)이 100% 지분을 소유한 소외 20 회사이다.
 (나) 상위투자자들은 소외 9 은행의 발행주식에 투자할 목적으로 자금을 출연하여 버뮤다국에 소외 21 회사를 설립하고, 2003. 8. 21. 벨기에 법에 따라 원고 1 회사를 설립하였다. 
 (다) 소외 11 회사, 소외 12 회사, 소외 13 회사는 순차로 버뮤다국 법인인 소외 22 회사와 소외 21 회사를 통하여, 나머지 상위투자자들은 순차로 버뮤다국에 설립된 합자회사인 소외 23 회사와 룩셈부르크법에 의해 설립된 법인인 소외 24 회사의 지분을 취득하였다. 원고 1 회사의 지분 중 99.9%는 소외 24 회사가, 나머지 0.1%는 원고 1 회사의 법정이사인 벨기에 법인 소외 10 회사가 각 보유하였다. 
 (라) ① 원고 1 회사에 대한 상위투자자들의 지분비율은 아래와 같다.
 순번상위투자자들지분비율(%)순번상위투자자들지분비율(%) ①소외 11 회사46.187⑤소외 23 회사8.21 ②소외 12 회사1.55⑥소외 16 회사3.86 ③소외 13 회사11.65⑦소외 17 회사3.78 ④소외 14 회사20.32⑧소외 18 회사4.44 
 ② 소외 11 회사는 상위투자자(LP)로 하워드 휴스 의료재단, 캘리포니아주 퇴직교원 연금 등을 비롯한 38명의 다수 투자자가 출자하였고, 이 사건 주식 외에도 소외 25 회사 등 다른 한국 투자자산과 일본, 타이완, 독일, 프랑스, 미국 등에 간접적으로 투자하였다. 한편 소외 12 회사는 미국, 아일랜드, 한국 3개국의 론스타 관계 회사 임직원들의 성과보상을 위한 공동투자 프로그램에 따라 설립되었다. 
 소외 11 회사의 상위투자자(GP인 소외 19 회사를 제외한 LP) 현황은 아래와 같다.
 소외 11 회사 투자자(거주지국 : 미국) 1Howard Hughes Medical Institute20Fresno County Employees’ Retirement Association 2Washington State Investment Board21Trustees of Columbia University in the City of New York 3Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University22Dallas Police ＆ Fire Pension System 4State of Oregon Public Employees' Retirement Fund23Houston Municipal Employees Pension System 5New York State Teachers' Retirement System24Kresge Foundation (philanthropic foundation) 6William ＆ Flora Hewlett Foundation25University of Louisville Foundation, Inc. 7California State Teachers’ Retirement System26Surdna Foundation, Inc. (foundation fostering U.S. sustainable communities) 8Bullshead Limited Liability Company (affiliateofIBMPensionFund)27PNC Investment Corp. (affiliate of PNC Bank) 9State of Wisconsin Investment Board: Real Estate Division28Scripps College 10State of Wisconsin Investment Board: Opportunity Fund29BMO Private Equity (U.S.), Inc. (affiliate of Bank of Montreal) 11Massachusetts Institute of Technology; MIT30Northern Trust Company (GuideStone Financial Resources of the Southern BaptistConvention) 12Massachusetts Institute of Technology; Basic Retirement Plan31WFC Holdings Corporation (affiliate of Wells Fargo Bank) 13University of Notre Dame du Lac32소외 5 14Mandel Family Investors: Manbro R.E. I, L.P.33Henry E. Huntington Library and Art Gallery 15Mandel Family Investors: MAF Investments, Ltd.34Walter ＆ Elise Haas Fund (philanthropic foundation) 16Mandel Family Investors: Foundation Investments of Ohio, Ltd.35Vaucluse LLC (investment by U.S. individuals) 17Weyerhaeuser Company Master Retirement Trust36Louisville Presbyterian Theological Seminary 18Houston Firefighters' Relief and Retirement Fund37Lucile Packard Foundation for Children’s Health 19Boston Safe Deposit and Trust Company (John Deere Pension Trust)38Claude Worthington Benedum Foundation (philanthropicfoundation) 
 ③ 소외 11 회사와 소외 12 회사를 제외한 6개 상위투자자들의 투자자 현황은 아래와 같다. 6개의 상위투자자들은 수동적 지분을 가진 최종투자자와 경영에 대한 책임을 부담하는 무한책임조합원(소외 19 회사)으로 구성되고, 버뮤다국의 인가를 받아 외환규제법령의 제한 없이 해외은행계좌를 개설·유지할 수 있는 파트너십(Bermuda exempted limited partnership)이다. 
 상위투자자들파트너십 설립지국투자자산의 수최종투자자 지분무한책임조합원 지분투자자 거주지국 소외 13 회사버뮤다199.0%1.0%싱가포르,버진아일랜드,케이먼아일랜드 등 소외 14 회사버뮤다199.1%0.1%캐나다 소외 23 회사버뮤다199.99%0.01%영국 소외 16 회사버뮤다199.99%0.01%미국, 영국 소외 17 회사버뮤다199.99%0.01%미국 소외 18 회사버뮤다199.99%0.01%미국 
 상위투자자들투자자수투자자 소외 13 회사10Reco Vista III Pte Ltd.Firstag Management Corp United Nations Joint Staff Pension Fund.Safra Family Investors (Brazilian family) International Monetary FundBravo Holdings Limited IMF, as Trustee for the IMFSRPStar Shine Resources Limited Sailorpier ＆ Co. FBO Aurora Cayman LimitedRose Nominees Limited A/C 29977 소외 14 회사1Cadim Fonds, Inc. 소외 23 회사1ABN Amro 소외 16 회사3Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Lone Star Employees / ConsultantsPNC Investment Corp 소외 17 회사1ML Knight 2003 Holding Corp. 소외 18 회사1ML Knight 2003 Holding Corp. * 피고는 ABN Amro은 네덜란드, ML Knight는 케이만 소재 법인이라고 각 주장한다. 
 (마) 원고 1 회사는 소속 직원이 없고, 사업활동에 필수적으로 수반되는 급여, 임차료, 비품 등을 지출하지 아니하였다. 총자산의 99%는 소외 9 은행 주식으로 구성되었고, 나머지는 투자회사와 관련한 외상매입금 및 현금 일부로 구성되어 있다. 한편 원고 1 회사의 주소지는 론스타 펀드의 다른 벨기에 관계사인 소외 26 회사와 소외 10 회사의 소재지와 같다.
 (바) 소외 10 회사는 2003. 3. 5. 벨기에에 설립되어, 법정이사 겸 주주로 원고 1 회사를 경영하였다. 소외 10 회사는 원고 1 회사 이외에 일본 등 전 세계 투자지주회사를 관리하였다. 그 후 소외 27 회사가 2009년경 벨기에에 설립되어 소외 10 회사의 임직원 및 사업 전체를 승계하였다. 
 (2) Lone Star Fund Ⅳ의 투자형태
 (가) 론스타펀드는 사모방식으로 자금을 모집하여 주로 자산가치가 저평가된 금융기관이나 일반기업의 인수합병, 부실채권 매입, 부동산 투자를 통하여 수익을 창출하는 파트너십 형태의 사모펀드로서, 1990년대 중반 소외 1에 의하여 성립되었다. 매번 투자가 완료되면 다시 새로운 펀드를 구성하는 식으로 Lone Star Fund Ⅰ부터 Lone Star Fund Ⅳ까지 결성되었다(이하 ‘LSF’라 하고, 그 중 특정 펀드를 ‘LSF ○’라 한다).
 (나) LSF Ⅳ는 GP인 소외 19 회사와 LP인 소외 11 회사 및 그 외 상위투자자들로 구성된다. GP는 LP로부터 운영권을 위임받아 투자 여부, 자산의 매각 시기, 관리방법 등을 결정하고, LP는 GP의 운영실적에 따라 수익을 배당받을 뿐 GP의 운영을 통제하거나 관여할 수는 없다. 소외 19 회사는 GP인 소외 20 회사와 LP인 25개로 구성되는데, 소외 1, 소외 2, 소외 3, 소외 6이 1인 주주로 있는 법인들이 그에 포함되어 있다. 
 (다) 론스타펀드는 관계회사로 투자대상의 발굴과 가치평가 업무를 위하여 버뮤다국법에 의하여 설립된 소외 28 회사를 두고 있는데, 소외 1이 지분을 모두 소유하고 있다. 또한 각국에 투자한 자산 관리를 위하여 미국 텍사스주법에 의하여 설립된 소외 29 회사를 두고 있는데, 그 지분 중 99.9%는 소외 1이, 나머지 0.1%는 소외 1이 모든 지분을 보유한 법인(Advisors GenPar, Inc)이 각 소유하고 있다. 론스타펀드는 소외 28 회사, 소외 29 회사와 투자대상의 발굴 및 자산관리에 관한 계약을 체결하여 용역업무를 위임하고 그 수수료를 지급하며, 소외 28 회사, 소외 29 회사는 각국에 대한 투자 및 자산관리를 위하여 자회사를 설립하여 보유하고 있다. 
 (3) LSF Ⅳ 관련 법인들의 국내 구조
 (가) 소외 28 회사의 국내 자회사는 1999. 2. 10. 설립된 소외 30 회사인데, 론스타 펀드의 한국 내 투자를 조력하는 업무를 담당하였다. 소외 30 회사는 투자금융전문가, 공인회계사, 금융기관 출신 등 각 분야의 전문가 등으로 구성되어 부실채권 등 투자대상이 되는 자산을 물색하고, 본사의 투자가 결정되면 입찰에 참가하여 투자의향서를 접수하며, 자산의 양수도계약을 체결하는 업무를 하였다. 
 소외 29 회사의 국내 자회사는 같은 날 설립된 소외 31 회사인데, 론스타 펀드가 국내에 투자한 자산을 관리하는 자산관리회사이다. 자산유동화법에 의거하여 설립된 자산관리회사로서 공인회계사, 감정평가사, 부동산개발전문가들로 구성되어 있다. 
 소외 30 회사, 소외 31 회사는 2001. 12. 12. 소외 28 회사, 소외 29 회사와 국내 투자 대상 발굴 및 자산 관리에 관하여 업무수탁계약을 체결하고, 그 대가로 소정의 수수료를 지급받기로 하였다. 
 (나) 부실채권 인수는 소외 30 회사의 소외 3 등에 의하여 투자대상 자산이 발굴되고, 소외 2를 통해 미국 텍사스주 달라스에 있는 본사에 보고 되었으며, 본사에 있는 투자위원회에 의하여 투자 여부가 최종 결정되었다. 다만 부실채권 매각은 소외 31 회사 자산관리팀의 의사에 의하여 이루어졌다. 
 (다) LSF Ⅳ의 국내 관리자(Country Manager)는 소외 2이다. 소외 2는 사실상 소외 31 회사, 소외 30 회사의 업무를 총괄하고, 본사 자문위원회 회의에 한국지역 관리자로 참석하였으며, 2003. 7. 22.까지 소외 30 회사의 대표이사로 재직하였다. 
 (라) 소외 3은 2000. 10.부터 같은 해 12.까지 소외 31 회사의 전무로 근무하다가 2001. 1.부터 같은 해 12.까지 그 대표이사가 되었고, 2003. 7. 23.부터 2009. 6. 30.까지 소외 30 회사의 대표이사로 근무하면서 소외 31 회사의 업무에도 사실상 관여하였다. 한편, 소외 3은 원고 1 회사를 설립하여 소외 9 은행을 인수하는 과정에서 인수팀 업무를 관장하였다가, 위 은행을 인수한 직후 소외 9 은행의 등기이사로 임명되어 재직하였다. 
 (마) 소외 6은 1999. 8.경 소외 31 회사에 입사하여 재무담당 전무로 근무하다가 2002. 3.경 대표이사가 되었다.
 (4) LSF Ⅳ의 소외 9 은행 주식 취득 및 매각
 (가) LSF Ⅳ의 소외 9 은행 주식 취득은 소외 2의 제안으로 이루어졌다. 소외 2는 소외 30 회사의 대표자 자격으로 높은 수익을 위한 절호의 기회라며 국내 은행을 매수할 것을 소외 28 회사, 소외 19 회사에 강력히 건의하고, 2002. 10.경 소외 3과 함께 당시 소외 9 은행장인 소외 7을 방문하여 론스타펀드의 투자의향을 공식적으로 표명하기도 하였다. 이후 소외 3은 2003. 2. 10. 소외 30 회사의 대표이사로서 소외 9 은행장에게 소외 9 은행 인수를 위한 예비제안서를 제출하는 등 공식적으로 소외 9 은행 인수 작업을 시작하였고, 소외 2와 함께 소외 30 회사의 대표자 자격으로 소외 9 은행 인수를 위한 협상을 하는 등 실무 작업을 하였다.
 (나) 소외 2는 소외 30 회사의 대표이사 자격으로 2003. 4. 3. 소외 9 은행과 6,000억 원 상당의 신주를 인수하는 것과 관련한 협상을 하였다. 또한 소외 2는 2004. 6. 8. 소외 11 회사가 개최한 회의에 참석하여 소외 1, 소외 8, 그 외 소외 11 회사의 LP 등 참석자들에게 소외 9 은행 투자의 조건, 가능성, 상태 등을 설명했다.
 (다) 소외 3은 2003. 8. 27. 소외 30 회사를 대표하여 소외 9 은행 인수계약 사인회에 참석하고, 소외 9 은행 인수팀을 관장하였다. 
 (라) 소외 9 은행 주식의 매각작업은 소외 1의 주도 하에 □□□증권을 통하여 이루어졌다. 
 (마) 소외 3, 소외 1, 소외 8, 소외 4, 소외 2는 소외 9 은행 주식인수 이후 소외 9 은행의 사외이사로 재직하였다. 
 (5) 상위투자자들의 고정사업장 과세처분에 대한 취소소송 
 (가) 서울지방국세청장은 2007. 8. 22.부터 2008. 5. 23.까지 상위투자자들에 대한 세무조사를 한 후, 피고에게 "주식양도소득의 실질귀속자는 벨기에 국적의 원고 1 회사가 아니라 그 상위투자자들로서, 그들이 국내에 고정사업장을 두고 사업활동을 수행하여 주식양도소득을 취득한 것이므로, 그들에게 주식양도소득에 대한 과세를 하라."는 통지를 하였다. 
 (나) 이에 따라 피고는 2008. 7. 7. 주식양도소득의 실질귀속자가 상위투자자들이고, 상위투자자들이 국내에 고정사업장을 가지고 있음을 전제로 주식양도소득을 상위투자자들에게 안분하여 소외 12 회사에 대하여 법인세를, 나머지 상위투자자들에게는 소득세를 각 부과하였다. 그 후 피고는 2012. 1. 27. 대법원(2010두5950)으로부터 "외국의 합자회사는 법인세법상 외국법인에 해당하므로 소득세가 아니라 법인세를 부과하여야 한다."는 판결을 받고, 나머지 상위투자자들에게 소득세 부과처분을 직권취소한 후 법인세를 부과처분하였다(이하 ‘고정사업장 과세처분’라 한다).
 (다) 이에 상위투자자들은 고정사업장 과세처분에 관하여 취소소송을 제기하여{서울행정법원 2010구합36824, 2012구합13672(병합)}, 2013. 2. 8. "① 원고 1 회사는 조세회피의 목적으로 설립한 도관회사(Conduit Company)에 불과하여 주식양도소득을 지배·관리한다고 할 수 없으므로 주식양도소득이 실질적으로 귀속되는 자라 할 수 없고, ② 상위투자자들이 국내에 고정사업장을 가지고 있다고 보기 어렵다."는 근거로 전부승소판결을 선고받았다. 
 (라) 그 후 위 사건은 2014. 1. 10. 서울고등법원(2013누8792)에서 피고의 항소기각판결이 선고되었고, 현재 대법원(2014두3044)에서 계속 중이다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제29 내지 36, 44 내지 47호증(가지번호 포함), 을 제1, 2, 3, 8호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단 
 (1) 한·벨 조세조약의 적용에 관하여 
 (가) 과세조약은 체약국 사이 과세권이 문제될 때 이를 조정함으로써 이중과세회피와 탈세방지를 목적으로 체결하는 것이므로 과세권을 창설하는 것이 아니고, 일방 체약국의 세법에 의하여 이미 창설된 과세권을 배분하거나 제약하는 기능을 한다. 따라서 조세조약을 적용하기 위해서는 그 전제로 그 소득의 귀속자가 조세조약 체약국의 거주자로 판명되어야 하는데, 소득귀속자의 판정은 소득원천지국 세법의 해석에 의해야 한다. 
 국세기본법 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이다. 따라서 재산의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우 그 재산에 관한 소득은 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 할 것이다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008누8499 전원합의체 판결 참조). 이러한 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다(대법원 2013. 9. 26. 선고 2011두12917 판결 참조). 
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 다음과 같은 사정에 비추어 원고 1 회사는 이 사건 양도소득에 대한 과세를 회피하기 위하여 벨기에 거주자 자격을 취득하고자 설립된 도관회사에 불과하다. 따라서 이 사건 양도소득은 원고 1 회사에게 귀속되지 아니하였으므로, 한·벨 조세조약을 적용할 수 없다.
 ① 벨기에는 소외 9 은행 취득 당시 지분면제제도(participation exemption, 이중과세를 방지하기 위하여 일정한 요건 하에 주주의 배당소득을 비과세하는 제도)와 자본이득(Capital gains)에 대한 비과세 및 한·벨 조세조약에 의하여 조세절감 수단국으로 다국적 투자기관들에 의하여 이용되었고, OECD로부터 국제조세기준을 준수하겠다고 다짐한 회색국가군으로 분류되었다.
 ② LSF Ⅳ는 설정 당시부터 장래의 한국 내 자산 투자로 인한 수익의 극대화를 모색하기 위하여, 조세회피 방안으로 한국을 비롯한 각국의 조세제도, 투자혜택 및 조세조약 등을 연구·검토하였고, 한·벨 조세조약상 조세면제의 혜택을 받기 위한 최적의 투자구조를 설계하기 위하여 한국과 벨기에 등 투자거점 국가의 법률과 제도를 집중분석하였다.
 ③ LSF Ⅳ는 한·벨 조세조약에 따라 주식양도소득에 대한 대한민국 과세당국의 과세면제 적용을 받을 목적으로, 소외 9 은행 주식인수계약을 체결하기 직전인 2003. 8. 21. 원고 1 회사를 설립한 후 2003. 8. 27. 소외 9 은행의 주식을 인수하였다.
 ④ 소외 9 은행의 매수 및 매도계약상 원고 1 회사 명의로 되어 있으나, 앞서 본 바와 같은 투자구조 및 지배구조에 따라 이루어졌고, 국내에 투자된 상위투자자들의 자금으로 소외 9 은행 주식을 매수하였다. 또 LSF Ⅳ의 지배관리 하에 있던 국내 자산관리회사 소외 30 회사, 소외 31 회사 임원들인 소외 2, 소외 3 등은 주식양도에 이르기까지 전 과정을 주도하였다.
 ⑤ 원고 1 회사는 상위투자자들에 의하여 최적의 투자구조에 이용되었고, LSF Ⅳ의 투자에 대한 지주회사로서의 형식적인 역할 외에 그 거주지국 내에서 다른 사업목적이나 활동을 한 정황이 없다. 또한 이 사건 주식 매매에 관하여 상위투자자들에 대한 배당 이외에 독립적인 경제적 이익을 가지고 있지 아니한다.
 ⑥ 펀드를 운용함에 있어 투자자금 및 투자자산의 효율적인 관리·운용을 위하여 원고 1 회사와 같은 특수목적법인인 투자지주회사의 필요성을 부인할 수 없고, 투자지주회사를 통한 투자에 있어서 실질적인 자금의 출처, 투자 및 자산관리 행위의 실제 담당자, 투자 수익의 종국적인 귀속을 문제삼아 함부로 거래관계를 재구성할 수 없다. 하지만 투자 대상국인 대한민국이나 LSF Ⅳ 투자자들의 실제 거주지국과는 무관한 벨기에에 원고 1 회사를 설립하고, 여러 단계의 지주회사를 통해 투자구조를 구성한 것은 조세조약상 혜택을 보기 위한 행위로 보인다.
 ⑦ 조세조약은 과세권을 창설하는 것이 아니라 일방 체약국의 세법에 의하여 이미 창설된 과세권을 배분하거나 제약하는 기능을 하므로, 조세조약의 적용은 곧 국내세법에 따른 과세권의 비과세·감면요건으로 작용하는데, 소송에 있어서 비과세요건, 면세요건에 대한 입증책임은 납세자 측에게 있는 점(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 참조), 국내원천배당소득을 지급하는 자는 특별한 사정이 없는 한 그 소득에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는지를 조사하여 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있는 점(대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두3159 판결 참조), 2011. 12. 31. 법률 제11128호로 신설된 법인세법 제98조의6은 "국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 외국법인이 국내원천소득에 대하여 조세조약상 제한세율을 적용받으려는 경우에는 제한세율 적용신청서를 원천징수의무자 등에게 제출하여야 한다. 원천징수의무자는 실질귀속자로부터 제한세율 적용신고서 등을 제출받지 못하거나 실질귀속자를 파악할 수 없는 경우에는 제한세율을 적용하지 않고 원천징수하여야 한다."고 규정하여 원천납세의무자는 실질귀속자를 밝힐 의무가 있는 점(다만 과세당국이 원천납세의무자가 특정한 실질귀속자 명의에 구속된다고 볼 수 없다), 원천징수의무자가 원천징수금을 납부하여야 할 의무는 세법상 원천징수의무자로서의 납부의무를 근거로 하여 성립하는 것이므로, 그와 같은 의무를 다하지 못한 원천징수의무자에게 부족하게 징수한 세액상당금에 대한 징수처분을 하는 것이 실질과세의 원칙 및 형평과세의 원칙에 위반되지 않는 점(대법원 1997. 7. 22. 선고 96누8161 판결 참조), 소득의 발생원천에서 그 지급시점에 원천징수를 함으로써 과세편의와 세수확보를 위한 원천징수제도의 본질 등을 고려할 때, 조세조약에 따른 비과세를 주장하는 원고들은 벨기에 거주자로 이 사건 양도소득의 실질귀속을 입증할 책임을 부담한다. 그런데 원고들이 제출한 증거들만으로는 원고 1 회사가 이 사건 양도소득의 실질귀속자라는 사실을 인정하기 부족하다. 
 ⑧ 거주자에 대한 입증은 외국에 주된 사무소를 둔 것 외에 실질적 영업수행 사실을 입증하여야 한다(대법원 1994. 4. 15. 선고 93누13162 판결 참조).
 그런데 갑 제10 내지 23호증(가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 원고 1 회사가 벨기에에 법인으로 등록되어 있을 뿐 소외 10 회사의 활동 내역만을 인정할 수 있고, 소외 10 회사는 소외 11 회사, 소외 12 회사가 지배하는 소외 28 회사가 소외 24 회사를 통해 지배하는 회사이므로, 이것만으로는 원고 1 회사의 실질적 영업수행 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 
 ⑨ 원고들은 "소외 10 회사와 소외 27 회사가 원고 1 회사를 운영하였으므로, 원고 1 회사는 인적, 물적 요소를 갖추고 있었다."고 주장한다. 그러나 소외 10 회사와 소외 27 회사는 원고 1 회사의 발행주식 1%만을 소유하면서도 모든 활동을 대신한 점, 이들은 원고 1 회사 뿐만 아니라 전세계 투자지주회사를 관리하고 있는 점 등을 고려할 때, 소외 10 회사와 소외 27 회사의 활동은 론스타의 전세계 투자를 관리하는 회사에 불과하고, 이들의 인적, 물적 요소를 원고 1 회사의 것으로 볼 수 없다. 
 ⑩ 원고 1 회사는 "은행 차입금 및 선순위 사채 상환, 이 사건 법인세 납부 등에 우선 사용하고, 2012. 11. 8. 주주총회결의를 거쳐 상위투자자들에게 배당하거나 세금신고를 하는 등 이 사건 양도소득에 관한 실질귀속자로서 권리를 행사하였다."고 주장한다. 그러나 원고 1 회사는 소외 10 회사와 소외 27 회사에 의하여 운영되고, 별지 ‘이 사건 주식에 대한 투자구조도’ 기재와 같이 상위투자자들에게 배분되는 과정을 거치게 되는 중간 역할밖에 수행하지 아니하므로, 이 사건 양도소득의 실질귀속자에 해당하지 아니한다.
 ⑪ 상위투자자들 중에는 조세조약의 혜택을 받을 수 있는 자도 있으나, 조세조약의 혜택을 받지 못하는 자들도 있는 점, 조세 부담이 없는 버뮤다국에 상위투자자들을 설립한 점, 주식양도소득에 대한 조세조약상 혜택을 확인한 후 벨기에에 원고 1 회사를 설립한 점 등을 고려할 때, 일부 상위투자자들 중 조세조약 혜택을 이유로 조세조약에 따른 조세회피 목적이 없었다고 보기 어렵다.
 (2) 한·미 조세조약 등의 적용에 관하여
 (가) 상위투자자들의 원천납세의무 해당성
 원천징수하는 법인세는 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때에 납세의무가 성립함과 동시에 자동적으로 확정되는 조세(국세기본법 제21조 제2항 제1호, 제22조 제2항 제3호)로서, 과세관청의 원천징수의무자에 대한 징수처분 그 자체는 소득금액 또는 수입금액의 지급사실에 의하여 이미 확정된 납세의무에 대한 이행을 청구하는 것에 불과하여 소득금액 또는 수입금액의 수령자가 부담하는 원천납세의무의 존부나 범위에는 아무런 영향을 미치지 아니하고, 국세징수법(2013. 1. 1. 법률 제11605호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항은 국세의 징수를 위한 납세고지서에 ‘세액의 산출근거’를 명시하도록 규정하고 있으나, 여기에서 말하는 ‘산출근거’에 소득금액 또는 수입금액의 수령자가 포함된다고 보기도 어려운 점 등을 고려할 때, 원천징수하는 법인세에서 소득금액 또는 수입금액의 수령자가 누구인지는 원칙적으로 납세의무의 단위를 구분하는 본질적인 요소가 아니라고 봄이 타당하다. 따라서 원천징수하는 법인세에 대한 징수처분 취소소송에서 과세관청이 소득금액 또는 수입금액의 수령자를 변경하여 주장하더라도 그로 인하여 소득금액 또는 수입금액 지급의 기초 사실이 달라지는 것이 아니라면 처분의 동일성이 유지되는 범위 내의 처분사유 변경으로서 허용되므로(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두7311 판결 참조), 실질귀속자를 판단하여 원천징수의무자를 확정할 수 있다. 
 (나) 원천납세의무자의 확정
 외국의 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제119조 또는 법인세법 제93조에서 규정한 국내원천소득을 얻어 이를 구성원인 개인들에게 분배하는 영리단체에 해당하는 경우, 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있다면 그 단체를 납세의무자로 하여 국내원천소득에 대하여 법인세를 과세하여야 하고, 법인세법상 외국법인으로 볼 수 없다면 거주자의 경우와 동일하게 단체의 구성원들을 납세의무자로 하여 그들 각자에게 분배되는 소득금액에 대하여 소득세를 과세하여야 한다. 그리고 여기서 그 단체를 외국법인으로 볼 수 있는지 여부에 관하여는 법인세법상 외국법인의 구체적 요건에 관하여 본점 또는 주사무소의 소재지 외에 별다른 규정이 없는 이상 단체가 설립된 국가의 법령 내용과 단체의 실질에 비추어 우리나라의 사법(私法)상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리·의무의 귀속주체로 볼 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두5950 판결, 대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두25466 판결, 대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두3159 판결, 대법원 2013. 7. 11. 선고 2010두20966 판결 참조). 
 돌이켜 이 사건을 보건대, ① 별지 ‘이 사건 주식에 대한 투자구조도’ 기재와 같이 최종투자자 다음에 위치하는 8개의 상위투자자들을 제외한 나머지 법인들은 상위투자자들에 의하여 설립된 점, 인적, 물적 시설을 갖추고 운영된 사실에 관한 입증책임은 앞서 본 바와 같은데, 갑 제5, 10 내지 23호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로 이를 인정하기 어려운 점, ② 한편 상위투자자들도 무한책임사원인 소외 19 회사(지분율이 1% 내지 0.01%에 불과한 GP)에 의하여 운영되었는데, 최종투자자 모집 및 배분 등의 역할을 한 점(버뮤다국에 설립된 6개 상위투자자들은 외환규제의 제약없이 해외은행계좌를 개설·운영하기 위한 고유한 목적을 가지고 설립되었고, 하위 버뮤다 법인을 거쳐 최종투자자가 있는 미국 등 격지간 배분역할을 하였다), ③ 상위투자자들은 공동사업을 통한 이익의 분배를 목적으로 설립된 단체로서 일상업무를 집행하며 무한책임을 지는 GP와 투자한도 내에서만 책임을 지는 LP로 구성되어 있는 점, ④ 원고들은 "최종투자자 1인으로 구성된 일부 상위투자자들이 있다."고 주장하나, 지분비율 0.1% 내지 1.0%인 GP와 그 외 LP로 구성되어 있으므로, 최종투자자 1인으로 구성되었다고 볼 수 없는 점, LP가 1인으로 구성된 파트너십은 당해 파트너십을 거치지 않고 바로 하위 파트너십에 투자할 수 있음에도 당해 파트너십을 거치도록 한 투자구조를 설정한 점, LP가 1인인 파트너십은 투자단계상 복수 투자자로 구성된 다른 파트너십과 동일한 목적으로 설립되어 투자구조도상 같은 단계를 구성하는바, 이런 상황 하에서 ‘모집된 투자자’의 수라는 우연한 사정에 따라 권리·의무 귀속 주체인지 여부를 달리 볼 수 없는 점 등을 고려할 때, 상위투자자들은 투자자의 수를 불문하고, 이 사건 주식을 매수하여 소외 9 은행의 경영에 참가하는 등 그 가치를 증대시킨 다음 이 사건 주식을 양도하는 방법으로 높은 수익을 얻으려는 사업목적을 가지고 설립된 영리단체이고, 법령 내용과 단체의 실질에 비추어 법인세법상 외국법인에 해당한다. 
 (다) 조세조약의 적용
 ① 파트너십에 관해서는, 우리나라의 사법상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리·의무의 귀속주체로 볼 수 있는지, 즉 법인세법상 독립된 납세의무자인 외국법인이나 외국법인으로 볼 수 있는 영리단체에 해당한지 여부를 먼저 가리고, 만약 이에 해당하면 파트너십의 구성원인 투자자들을 납세의무자로 볼 수 없는바(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두4411 판결 참조), 앞서 본 바와 같이 상위투자자들이 법인세법상 외국법인에 해당한다고 보는 이상 상위투자자들을 과세도관체로 취급하여 최종투자자의 거주지를 기준으로 조세조약을 적용할 수 없다. 
 ② 소외 11 회사를 제외한 나머지 상위투자자들의 거주지는 모두 버뮤다국이고, 버뮤다국과 대한민국간에 조세조약이 체결되어 있지 아니하므로, 이 사건 양도소득에 관한 원천징수를 면한 수 없다.
 ③ 소외 11 회사의 거주지는 미국이고, 미국과 대한민국간에는 한·미 조세조약이 체결되어 있으므로, 이 사건 양도소득에 관한 원천징수를 면할 수 있다. 
 한편, 한·미 조세조약 제3조 제1항 (b)호는 "‘미국의 거주자’라 함은 다음의 것을 의미한다."라고 규정하면서, (i)목에서 ‘미국법인’을, (ii)목에서 "미국의 조세 목적상 미국에 거주하는 기타의 인(법인 또는 미국의 법에 따라 법인으로 취급되는 단체를 제외함), 다만 조합원 또는 수탁자로서 행동하는 인의 경우에, 그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 미국의 조세에 따라야 하는 범위에 한한다."를 들고 있는데, 한·미 조세조약 제2조 제1항 (e)호 (ii)목은 "‘미국법인’ 또는 ‘미국의 법인’이라 함은 미국 또는 미국의 제 주 또는 콜럼비아 특별구의 법에 따라 설립되거나 또는 조직되는 법인, 또는 미국의 조세 목적상 미국법인으로 취급되는 법인격 없는 단체를 의미한다."라고 규정하고 있다. 한·미 조세조약 제3조 제1항 (b)호 (ii)목 단서는 문언과 체계상 미국의 거주자 중 조합과 같이 미국법인에 이르지 아니하는 단체 등과 관련된 규정으로 보이는 점, 위 단서는 조약의 문맥에 비추어 볼 때 미국 세법에 따라 어떠한 단체의 활동으로 얻은 소득에 관하여 단체가 아니라 구성원이 납세의무를 부담하는 이른바 투과과세 단체(Fiscally Transparent Entity)의 경우 원칙적으로 한·미 조세조약의 적용을 받을 수 있는 미국의 거주자가 될 수 없으나, 구성원이 미국에서 납세의무를 지는 경우 예외적으로 단체에게 조세조약의 혜택을 부여하려는 특별규정으로 이해할 수 있는 점, 조합과 유한책임회사 등 조합의 형식을 취하지 아니한 단체가 미국 세법상 투과과세 단체로서 취급이 같은 이상 조합의 형식을 취하지 아니한 단체를 위 단서 규정의 적용대상에서 배제할 만한 뚜렷한 이유를 찾기 어려운 점, 그 밖에 한·미 조세조약의 체결목적이 소득에 대한 이중과세의 방지라는 점 등을 종합하여 보면, 위 단서가 규정한 ‘미국의 조세 목적상 미국에 거주하는 기타의 인’ 중 ‘조합원으로서 행동하는 인’이란 미국 세법상 조합원 등의 구성원으로 이루어진 단체의 활동으로 얻은 소득에 대하여 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 단체를 뜻한다고 보아야 하고, "그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 미국의 조세에 따라야 하는 범위에 한한다."는 의미는 그러한 단체의 소득에 대하여 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 범위에서 단체를 한·미 조세조약상 미국의 거주자로 취급한다는 뜻으로 해석함이 옳다. 따라서 우리나라의 사법상 외국법인에 해당하는 미국의 어떠한 단체가 우리나라에서 소득을 얻었음에도 미국에서 납세의무를 부담하지 않는 경우 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 범위에서만 한·미 조세조약상 미국의 거주자에 해당하여 조세조약을 적용받을 수 있고, 단체가 원천지국인 우리나라에서 얻은 소득 중 구성원이 미국의 거주자로 취급되지 아니하는 범위에 대하여는 한·미 조세조약을 적용할 수 없다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두11836 판결 참조).
 돌이켜 이 사건을 보건대, 소외 11 회사는 GP(지분 1%)인 소외 19 회사와 LP인 38개 최종투자자들로 구성되어 있는데, LP인 38개 최종투자자들은 미국 거주자인 점{피고는 "인터넷 자료만으로 미국 거주자를 인정할 수 없다."고 주장하나, 소외 11 회사의 파트너십 계약서(갑 제30호증)에 기재된 최종투자자들과 인터넷에 기재된 최종투자자들의 명칭, 주소, 영업 내용 등을 더하여 보면 미국 거주자임을 인정하기에 충분하다}, 소외 11 회사의 파트너십 계약서(갑 제30호증)에 의하면 LP와 GP의 투자지분이 기재되어 있으므로, 소득은 투자지분에 따라 배분될 것이 분명한 점{피고는 "투자지분에 따라 소득이 분배되었다."는 객관적 증빙(배분내역, 최종 지분비율, 거주자 증명서 등)이 부족하다고 주장하나, 파트너십 계약서에 기재된 투자지분은 소득분배에 대한 객관적인 증빙에 해당하는 점, 만일 소득이 파트너십 계약서대로 이루어지지 아니하였다면 최종투자자들 상호간의 반환이 문제될 뿐인 점, 최종투자자들이 미국 거주자인 이상 미국 과세당국에 의하여 소득의 귀속에 따라 과세가 이루어져야 하는 점 등을 고려할 때, 피고가 주장하는 증빙이 없다 하더라도 파트너십 계약서에 의하여 소득의 귀속을 인정할 수 있다} 등을 고려할 때, LP인 38개 최종투자자들은 미국 거주자로서 미국에서 납세의무를 부담한다고 봄이 타당하다. 한편, GP인 소외 19 회사는 그 구성인 GP인 소외 20 회사(버뮤다국 법인, 0.1% 지분)와 25개의 LP(99.9% 지분)로 구성되어 미국의 거주자인지, 미국에서 납세의무를 부담하는지가 불분명하고, 이에 대한 원고들의 입증이 부족하므로, 미국 거주자로서 미국에서 납세의무를 부담한다고 보기 어렵다.
 따라서 이 사건 양도소득 중 소외 11 회사의 LP에게 귀속되는 부분(GP인 소외 19 회사의 지분 1%를 제외한 99%)은 한·미 조세조약의 적용을 받는다. 
 (3) 정당한 세액
 (가) 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 참조). 
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 이 사건 양도소득 중 소외 11 회사의 LP에 귀속된 부분은 한·미 조세조약 제16조에 따라 주식의 양도에 대한 과세를 면제되므로, 피고는 원고 1 회사에 대한 지분 45.725%{= 46.187% × 99%(100% - 소외 19 회사 지분 1.0%), 소수점 네자리 이하 버림} 만큼 원천징수를 할 수 없다.
 정당한 원천징수세액과 징수처분세액을 계산하면 아래와 같다. 
 ① 정당한 원천징수세액은 양도가액 3,876,451,718,832원(3,915,607,796,800원 - 선급금 39,156,077,968원)에 54.275%(= 100% - 45.725%)를 적용한 210,394,417,039원(원 미만 버림, 이하 같다)이 되므로, 이 사건 경정거부처분 중 210,394,417,039원을 초과하는 부분은 위법하다.
 순번항 목이 사건 원천징수정당한 세액 ①양도가액3,876,451,718,832원3,876,451,718,832원 ②양도가액 중 과세대상 비율100%54.275% ③과세표준3,876,451,718,832원2,103,944,170,396원 ④원천징수 세액(③×10%)387,645,171,890원210,394,417,039원 
 ② 정당한 징수처분 세액은 선급금 39,156,077,968원에 54.275%(= 100% - 45.725%)를 적용한 2,337,715,744원이 되므로, 이 사건 징수처분 중 2,337,715,744원을 초과하는 부분은 위법하다. 
 순번항 목이 사건 징수처분정당한 세액 ①양도가액39,156,077,968원39,156,077,968원 ②양도가액 중 과세대상 비율100%54.275% ③과세표준39,156,077,968원21,251,961,317원 ④법인세(원천세)(③×10%)3,915,607,796원2,125,196,131원 ⑤가산세(④×10%)391,560,779원212,519,613원 ⑥세액 합계(④+⑤)4,307,168,570원2,337,715,744원 
 4. 결론 
 그렇다면 원고들의 청구는 위 각 인정범위 내에서 이유 있어 이를 각 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 문준필(재판장) 김형원 손화정