부가가치세및종합소득세부과처분취소(조사행위가 '현지확인' 절차에 따른 것이더라도 재조사가 금지되는 세무조사에 해당된다고 본 사건) (세무, 대법원)
공포일: 2017.03.16 / 시행일:

【원고, 상고인】 
【피고, 피상고인】 춘천세무서장 (소송대리인 법무법인 삼익 담당변호사 김홍철 외 4인)
【원심판결】 서울고법 2014. 4. 30. 선고 (춘천)2013누760 판결
【주 문】
 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”고 규정하면서, 그 각 호에서 예외적으로 재조사가 허용되는 사유로서 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’(제1호), ‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’(제2호), ‘2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’(제3호) 등을 들고 있다.
 한편 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 위반하여 같은 세목 및 과세기간에 대하여 중복하여 실시한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다고 보아야 한다(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결 등 참조).
 2. 원심은, ① 원고가 2005. 4. 16.부터 춘천시 (주소 생략)에서 ‘○○○유통’이라는 상호로 옥제품 도매업체를 운영하면서 고객들에게 옥제품을 판매한 사실, ② 피고 소속 세무공무원은 원고가 현금매출을 누락하는 등의 수법으로 세금을 탈루한다는 제보를 받고는 ‘2008. 12. 18.부터 2008. 12. 26.까지 탈세제보에 관한 현지확인을 하되 그 결과 탈세사실이 확인되면 그 즉시 세무조사로 전환하기로 한다’는 내용의 현지확인 계획을 세워 피고로부터 결재를 받은 사실, ③ 이에 피고 소속 세무공무원 5명은 2008. 12. 18. ‘총 매출금액 누락 여부 확인’이라는 확인 목적이 기재된 ‘현지확인출장증’을 소지하고 원고의 사업장을 방문하여 원고의 직원들로부터 컴퓨터 하드디스크를 임의로 제출받고 노트와 메모를 점검하여 차명계좌로 의심되는 계좌에 관한 정보 등을 얻거나 2008. 12. 26. 원고로부터 일별판매전표 및 지로판매에 의한 2005년 제1기부터 2008년 제1기까지의 매출금액에 관한 확인서를 작성 받는 등의 현장조사(이하 ‘이 사건 1차 조사’라 한다)를 한 사실, ④ 그 결과 피고는 원고가 타인 명의의 계좌로 옥제품 판매대금을 송금받는 방법으로 부가가치세에 관한 매출을 누락하였다고 보아, ‘조세대상세목: 부가가치세, 조사대상기간: 2005. 4. 16.~2008. 6. 30., 조사기간: 2009. 2. 2.~2009. 2. 13.’로 한 세무조사(이하 ‘이 사건 2차 조사’라 한다)에 착수하였다가 금융거래확인을 위하여 조사기간을 연장하고 조사유형을 조세범칙조사로 전환한 후, 2009. 6. 1. 원고에게 2005년 제1기부터 2008년 제1기까지의 부가가치세를 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
 나아가 원심은, 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정(2010. 3. 30. 국세청 훈령 제1838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조가 ‘현지확인’을 ‘자료상혐의자료, 위장가공자료, 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무, 민원처리 등을 위한 현장출장·확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인 업무, 사업자에 대한 사업장현황 확인이나 기장확인 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 등을 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위’로 정하고, ‘세무조사’를 ‘각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권 및 조세범처벌법, 조세범처벌절차법에 의하여 조사공무원이 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 행위로서 조사계획에 의하여 실시하는 일반세무조사와 조세범칙조사’로 정하고 있는데, 이 사건 1차 조사의 경위나 내용 및 범위 등에 비추어 볼 때 이 사건 1차 조사는 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무 또는 사업자에 대한 사업장현황 확인업무 등을 처리하기 위하여 납세자를 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위인 ‘현지확인’에 해당할 뿐이고, 이 사건 2차 조사는 이러한 현지확인 결과를 토대로 한 최초의 세무조사로 보아야 한다는 이유로, 이 사건 1차 조사가 ‘세무조사’에 해당하여 이 사건 2차 조사를 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당하는 것으로 보아야 한다는 원고의 주장을 배척하였다.
 3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다.
 가. 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.
이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다.
 그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다.
 나. 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 피고 소속 세무공무원이 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따라 이 사건 1차 조사를 하였다고 하더라도, 그것은 실질적으로 원고의 총 매출누락 금액을 확인하기 위하여 원고의 사업장에서 원고나 그 직원들을 직접 접촉하여 9일간에 걸쳐 2005년 제1기부터 2008년 제1기까지의 매출사실에 대하여 포괄적으로 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득하는 것이어서, 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 한다. 따라서 이 사건 2차 조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당하므로 그에 기초하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.
 그런데도 원심은 이와 달리 이 사건 1차 조사는 ‘현지확인’에 해당할 뿐이고 이 사건 2차 조사는 이러한 현지확인 결과를 토대로 한 최초의 세무조사로 보아야 한다는 이유로 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 재조사가 금지되는 ‘세무조사’의 범위나 그 해당 여부의 판단 방법 등에 관한 법리를 오해한 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 4. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김창석(재판장) 조희대 박상옥(주심)

[1] 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우, ‘현지확인’의 절차에 따른 것이더라도 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부(적극) / 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부(소극)
[2] 세무공무원의 조사행위가 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지를 판단하는 기준 / 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부 등을 검사·조사하는 경우, 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보는지 여부(원칙적 적극)
[3] 국세청 소속 세무공무원이 옥제품 도매업체를 운영하면서 제품을 판매하는 甲이 현금매출 누락 등의 수법으로 세금을 탈루한다는 제보를 받고 먼저 현장조사를 하고 그 결과 甲이 부가가치세에 관한 매출을 누락하였다고 보아 세무조사를 한 후 부가가치세 부과처분을 한 사안에서, 첫 번째 조사가 실질적으로 포괄적 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득하는 것이어서 재조사가 금지되는 ‘세무조사’이므로, 두 번째 조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사이어서 그에 기초한 처분이 위법하다고 한 사례

[1] 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.
 이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정(2010. 3. 30. 국세청 훈령 제1838호로 개정되기 전의 것)에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다.
[2] 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다.
[3] 국세청 소속 세무공무원이 옥제품 도매업체를 운영하면서 제품을 판매하는 甲이 현금매출 누락 등의 수법으로 세금을 탈루한다는 제보를 받고 먼저 현장조사(이하 ‘제1차 조사’라 한다)를 하고 그 결과 甲이 부가가치세에 관한 매출을 누락하였다고 보아 세무조사(이하 ‘제2차 조사’라 한다)를 한 후 부가가치세 부과처분을 한 사안에서, 세무공무원이 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정(2010. 3. 30. 국세청 훈령 제1838호로 개정되기 전의 것)에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따라 제1차 조사를 하였다고 하더라도, 그것은 실질적으로 甲의 총 매출누락 금액을 확인하기 위하여 甲의 사업장에서 甲이나 직원들을 직접 접촉하여 9일간에 걸쳐 매출사실에 대하여 포괄적으로 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득하는 것이어서 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 하므로, 제2차 조사는 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당하므로 그에 기초하여 이루어진 처분이 위법한데도 이와 달리 제1차 조사는 ‘현지확인’에 해당할 뿐이고 제2차 조사는 현지확인 결과를 토대로 한 최초의 세무조사로 보아야 한다는 이유로 처분이 적법하다고 본 원심판결에 법리 오해의 위법이 있다고 한 사례.