부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2014.04.11 / 시행일:

【원 고】 주식회사 △△△ (소송대리인 법무법인 정안 담당변호사 최지영)
【피 고】 금천세무서장
【변론종결】2013. 12. 13.
【주 문】
 1. 피고가 원고에게 한, ① 2010. 6. 1.자 2005년 제1기 부가가치세 221,821,180원(가산세 포함)의 부과처분 중 158,691,541원, ② 2010. 10. 7.자 2005년 제2기 부가가치세 196,005,210원(가산세 포함)의 부과처분 중 125,210,837원, 2006년 제1기 부가가치세 298,831,070원(가산세 포함)의 부과처분 중 189,095,775원, 2006년 제2기 부가가치세 311,330,660원(가산세 포함)의 부과처분 중 168,675,242원, 2007년 제1기 부가가치세 75,055,760원(가산세 포함)의 부과처분 중 39,462,802원을 각 초과하는 부분을 취소한다. 
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다(‘2010. 10. 13.’은 ‘2010. 6. 1.’, ‘2010. 10. 7.’의 오기이다).
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 부가가치세 면세신고 등
 (1) 원고는 1986. 11. 21. 설립되어 출판업을 주업으로 영위하는 법인인데, 가맹점사업자와 해법공부방 거래약정(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하여 해법공부방 사업을 해 왔다. 이에 따라 원고는 가맹점사업자로 하여금 해법공부방을 운영하면서 회원들에게 교육용역을 제공하게 하고, 가맹점사업자로부터 매월 학습교재비(기본인쇄교재 및 온라인교재를 합한 비용을 의미한다) 등의 명목으로 회비를 받았다. 
 (2) 원고는 해법공부방 사업 중 학습교재비 등에 관하여, "부가가치세법(2005년 제1기부터 2006년 제2기까지의 부가가치세에 관하여는 2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 2007년 제1기 부가가치세에 관하여는 2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제7호의 도서의 공급대금에 해당하여 부가가치세가 면제된다."는 이유로, 피고에게 ‘부가가치세 면제 매출’로 신고하였다. 
 나. 부가가치세 부과처분
 (1) 서울지방국세청은 2010. 3. 4.부터 2010. 5. 28.까지 원고에 대한 법인세제 통합조사를 실시하고, "가맹점사업자로부터 매월 받은 돈은 학습교재비 등 명칭이나 지급형태를 불문하고 가맹비에 해당한다. 다만, 기본인쇄교재의 적정 도매가에 해당하는 부분은 부가가치세 면세대상에 해당하고, 이를 초과하는 5,829,929,407원은 프랜차이즈 가맹비 및 시스템 사용료로 부가가치세 과세대상이다."는 이유로, 피고에게 과세자료를 통보하였다. 
 (2) 이에 따라 피고는 원고에게, ① 2010. 6. 1. 2005년 제1기 부가가치세 249,614,990원(가산세 포함), ② 2010. 10. 7. 2005년 제2기 부가가치세 196,005,210원(가산세 포함), 2006년 제1기 부가가치세 298,831,070원(가산세 포함), 2006년 제2기 부가가치세 311,330,660원(가산세 포함), 2007년 제1기 부가가치세 75,055,760원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다.
그 후 피고는 2010. 10. 25. 원고에게 과세전적부심 결정에 따라 2005년 제1기 부가가치세를 221,821,180원(가산세 포함)으로 감액경정하였다(이하 감액되어 남은 2005년 제1기 부가가치세와 나머지 부가가치세를 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 다. 불복 및 재조사결정
 (1) 원고는 이에 불복하여 2010. 12. 24. 심판청구를 하였는데, 2013. 3. 12. 조세심판원으로부터 "이 사건 부과처분 중 온라인교재 공급가액을 재조사한 뒤 해당 가액을 과세표준에서 차감하여 세액을 경정하라."는 결정을 받았다. 
 (2) 피고는 2013. 3. 28.부터 2013. 4. 15.까지 재조사를 하고, 2013. 4. 19. 원고에게 "조사결과 당초 처분이 정당하다."고 통보하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장
 아래와 같은 사정에 비추어 이 사건 처분 중 학습교재비에 해당하는 세액 부분은 위법하므로, 취소되어야 한다.
 (1) 가맹비와의 구분에 관하여
 이 사건 계약서상 가맹비와 학습교재비가 구분되어 있으므로, 해법공부방 사업에 관하여 가맹점사업자로부터 받는 학습교재비는 가맹비와 달리 부가가치세 면세대상이다.
 (2) 학습교재비 중 적정 도매가 초과분에 관하여
 (가) 피고는 ‘가맹사업거래의 공정화에 관한 법률’(2007. 8. 3. 법률 제8630호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘가맹사업법’이라 한다) 제2조 제6호, 동 시행령(2008. 1. 31. 대통령령 제20594호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조("가맹점사업자가 가맹본부로부터 공급받는 상품 … 임차료 등에 대하여 가맹본부에 정기적으로 또는 비정기적으로 지급하는 대가 중 적정한 도매가격을 넘는 대가"를 가맹금으로 본다)에 따라 학습교재비 중 적정 도매가 초과 부분을 학습교재비로 보지 아니하였다. 위 규정은 불공정 거래를 막고 상호간 균형 있는 발전을 추구하고자 하는 가맹사업법의 취지에 기한 것인 점, 가맹점사업자를 보호한다고 하여 가맹비에 해당하는 금액만큼 재화 또는 용역의 거래가 있는 것으로 볼 수 없는 점, 부가가치세는 재화의 거래나 용역의 제공 과정에서 얻어지는 부가가치(이윤)에 대하여 부과되는 것이므로, 합당한 가액에 대하여만 부가가치세를 부과할 수 없는 점, 계약기간 중 기본인쇄교재 및 온라인교재 이외에 다른 재화나 용역의 제공이 없었던 점 등을 고려할 때, 적정 도매가와 관계없이 공급된 기본인쇄교재 및 온라인교재 전체에 관하여 부가가치세를 부과하거나 면세되어야 하고, 적정 도매가를 기준으로 면세 여부를 달리할 수 없다.
 (나) 설령 적정 도매가를 초과하는 금액을 부가가치세 과세대상인 가맹비라 하더라도, 적정 도매가로 산정된 5,430원은 기본인쇄교재의 분실시 추가판매가격에 불과하고, 온라인교재 가격이 제외되었으므로, 합리적으로 산정된 시가로 볼 수 없다. 
 (3) 온라인교재 및 재조사결정의 기속력에 관하여
 온라인교재는 부가가치세법상 면세대상인 전자출판물에 해당하여 면세대상이다. 또한 조세심판원도 온라인교재에 관하여 공급가액만을 재조사하여 과세표준에서 차감하도록 결정하였으므로, 피고는 재조사결정의 기속력에 따라 온라인교재 공급가액을 제외하고 재처분하여야 한다. 따라서 재조사결정과 달리 당초 처분을 유지한 이 사건 처분 중 온라인교재에 관한 부분은 위법하다.
 (4) 가산세 납부고지의 하자에 관하여
 피고는 납부고지서에 가산세의 종류별 세액과 세액 산출근거 등을 기재하지 않았으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다. 
 다. 인정사실
 (1) 이 사건 계약의 내용
 원고가 가맹점사업자와 체결한 이 사건 계약의 내용은 아래와 같다. 
 제1조(목적) 원고와 가맹점사업자는 e-해법수학 관련 출판물(이하 ‘교재’라 칭한다) 거래와 관련하여 공정한 유통질서의 확립과 건전한 기업풍토를 조성하며, 신의와 성실로써 원고는 가맹점사업자에게 회원모집과 판매를 위임하고, 가맹점사업자는 원고가 공급한 교재를 판매함으로써 상호발전을 그 목적으로 한다. 제2조(업무의 범위) ① 가맹점사업자는 영업장 개설과 사업장 등록시에 반드시 원고가 지정하는 가맹 공부방(해법공부방)임을 명시하여야 하며, e-해법수학 초·중학교재 영업 외의 용도로 상호 및 상표를 사용할 수 없다. 다만, 원고는 차후 가맹점사업자가 취급하기에 적합하다고 판단되는 제품을 추가로 지정할 수 있다. ③ 가맹점사업자의 영업은 통상적인 학습지 공부방으로서의 회원확보와 관리에 한하며 어떠한 경우에도 학원을 대상으로 영업 및 영업장 내에서의 학원 직영, 학원과 유사한 형태의 영업(강의식 수업, 과외식 운영, 차량운행)은 할 수 없으며, 원고의 학원 대상 관련 사업에 대해서 이의를 제기할 수 없다. 제3조(비치서류) 가맹점사업자는 영업장소에 다음의 장부를 비치하고, 원고 또는 원고 직원, 원고가 지정한 대리인의 요구가 있을 경우 이를 제시하여야 한다. 1. 회원명부 2. 교재 배본 및 거래장부 3. 공부방 운영 현황 4. 기타 원고가 요구하는 제반자료 제4조(판매목표) 원고는 가맹점사업자에 대하여 월간 또는 연간 판매목표를 설정할 수 있으며, 가맹점사업자는 최선을 다하여 목표 달성에 노력하여야 한다. 제6조(가맹비) 가맹점사업자는 계약과 동시에 1,400,000원의 가맹비를 원고에게 납부하여야 한다. 가맹비는 소멸성이다. 제8조(교재대금 입금) ① 가맹점사업자는 회원 수 대비 본사 입금액을 매달 말일 마감하여 익월 5일까지 전액 현금으로 입금하여야 한다. 위 기간까지 입금이 이루어지지 않을 경우, 교재의 출력(출고)이 중단되어도 가맹점사업자는 이의를 제기할 수 없다. ② 원고는 가맹점사업자로부터 회원 수에 맞는 금액의 회비가 본사에 입금되지 않을 경우, 가맹점사업자의 계약보증금을 가맹점사업자의 동의 없이 임의처분할 수 있다. 제12조(거래약정기간 중 가맹점사업자의 의무) ① 가맹점사업자는 원고가 인정하고 사용하는 판매방식 및 회원관리규정(지침)을 준수하여야 하며 원고의 명예와 신용을 실추시키거나 훼손하는 행위를 하여서는 안된다. ② 가맹점사업자는 가맹점사업자 소속 관리교사의 교육, 관리, 감독의 책임을 다하여야 하며 회원관리지침(규정)에 배치되는 모든 행위에 대해서는 가맹점사업자의 책임으로 한다. 제13조(교육 및 교육 협조 의무) 가맹점사업자는 가맹점사업자 소속 관리교사와 직원을 교육해야 할 의무가 있으며, 원고와 원고가 지정한 대리인이 가맹점사업자와 가맹점사업자 소속 관리교사와 직원을 교육하고자 할 때는 최대한 협조하여야 한다. 제17조(상호의 사용) 가맹점사업자의 필요에 따라 제작, 사용하는 전단지 및 간판 기타 홍보물에 사용하는 상호는 원고가 인정하는 상호만을 사용하여야 한다. 
 (2) 해법공부방의 운영방식
 (가) 가맹점사업자 모집 등
 ① 원고는 지사를 통하여 가맹점사업자를 모집하여 이 사건 계약을 체결한다. 가맹점사업자는 회원을 모집한 뒤 원고로부터 받은 e-해법수학시스템 및 운영 노하우를 이용하여 회원들에게 학습교재를 제공하고 문제풀이를 도와준다.
 
 ② 가맹점사업자는 원고에게 매월 회원 1인당 약 9만 원 정도 받은 회비 중 일정액(16% ~ 30% 사이에서 회원 수에 따라 비례하여 차감한 금액)을 교재비 명목으로, 그 외 홍보 및 판촉활동비, 교사양성 및 수업관리를 위한 교육비, 물품비 명목으로 각 송금하였다. 
 (나) 학습교재의 구성
 학습교재는 기본인쇄교재와 온라인교재로 구성된다. 기본인쇄교재는 매월 1권씩 제공되는 월 교재, 매 분기 1권 공급하는 분기교재로 이루어져 있다. 한편 온라인교재는 원고가 회원별 수준에 맞추어 선별한 문제들을 문제지 형태로 e-해법수학시스템에 입력하면, 가맹점사업자는 매일(주5일) 프린터로 출력하여 회원에게 온라인교재(1일 3쪽)의 형태로 공급한다.
 (다) e-해법수학시스템을 이용한 평가 등
 ① 학생이 가맹점사업자에게 입회신청을 하면, 1개의 ID가 부여되고, 최초 가입시 진단평가를 실시하여 학습수준을 파악한다. 원고가 매주 학생의 수준에 맞는 문제를 구성하여 전산파일 형태로 e-해법수학시스템에 올리면, 가맹점사업자 또는 가맹점사업자 소속 관리교사는 이를 출력하여 학생들에게 풀게 한 뒤 채점, 지도 과정을 거쳐 e-해법수학시스템에 성적을 입력한다. 원고는 이를 활용하여 다시 가맹점사업자에게 각 회원 수준에 맞춘 1:1 문제들로 구성된 온라인교재를 제공하였다. 가맹점사업자는 한 달 단위로 회원들이 푼 온라인교재를 묶어 책 형태로 돌려주었다.
 ② 해법공부방 학습지도 사진(갑 제16호증)에 의하면, 공부방에는 수 개의 1인용 칸막이 책상과 테이블이 비치되어 있고, 회원들은 1인용 칸막이 책상에서 온라인교재를 풀게 된다. 
 (라) 해법수학 공부방의 일일 학습시간 및 사용교재의 예는 아래와 같다.
 
 (3) e-해법수학시스템의 내용
 원고는 홈페이지에서 아래와 같이 e-해법수학시스템을 소개하였다.
 ○ e-해법수학 온·오프라인 통합형 학습모델 On-Line 학습관리 - 개인별 맞춤 진도 결정Off-Line 학습관리 - 오답 모음- 전문 관리교사의 1:1 관리·상담 - 각종 평가와 분석표- 주5회 학습확인 - 제공으로 체계적 학습관리 "1:1 개별 맞춤관리에서 시험대비까지 철저한 학습관리 시스템" 01 주 3-5일 전담교사를 통한 1:1 관리 주 3-5일 전담 관리교사의 1:1 관리를 통해 학원이나 과외가 줄 수 없는 집중력과 자기주도 학습의 과제 수행력 강화 02 오직 나만을 위한 1:1 맞춤문제 학습 학생 개개인의 실력 측정 후 국내 최대 수학 문제를 보유한 △△△의 수학문제 활용 개개인의 수준에 맞는 온라인 문제 출제 03 철저한 오답확인 및 약점보강 한번 틀린 문제는 오답관리 시스템에 자동 축적되어 완벽하게 이해할 때까지 반복·완전학습 04 시작부터 현재까지의 모든 학습 이력 완벽 관리 학습 이력 및 오답 이력 등 개인별 철저한 이력관리 학습 외에 출결 상황, 학습태도 관리 → 학부모 온라인을 통해 한눈에 파악 가능 05 온라인을 통한 자녀 학습 이력관리 파악 용이 온라인을 통한 자녀 학습 이력관리를 통해 자녀 학습상태 수시 확인 및 부족한 부분에 대한 즉각적인 대응 가능 
 (4) 재조사의 판단 내용
 피고는 조세심판원의 재조사결정에 따라 실시한 재조사에서 아래와 같이 판단하였다.
 ○ 온라인교재는 주된 거래인 과세용역공급에 부수된 재화 또는 용역이므로, 온라인교재의 과·면세와 관계없이 과세대상임. - 원고가 공부방에 제공하는 재화 및 용역 중 면세재화는 기본인쇄교재(월간문제집 1권, 분기별 이론서 1권)이고, 이를 제외한 부분은 크게 보아 서비스(상호, 운영 노하우, e-해법수학시스템)의 제공으로 판단되며, 교육용역의 제공이 아니므로 부가세 과세대상에 해당함. - 쟁점 온라인교재의 제공은 오프라인으로 제공되는 기본인쇄교재와 달리 원고 등과 공부방 사업자가 상호작용을 통하여 e-해법수학시스템에서 제공하는 회원관리, 오답관리, 회원에게 수준별 1:1 문제를 제공하기 위한 공부방 서비스의 핵심 중 하나로, - 온라인교재의 공급은 독립된 재화의 공급으로 보기 어렵고 부가가치세법 시행령 제3조 제2호에 따라 거래관행상 공부방 서비스의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 보는 것이 타당함 - 따라서 부가가치세법 제1조 제4항에 따라 온라인교재가 면세재화 또는 면세용역인지 여부와 관계 없이 주된 용역인 공부방 서비스에 포함되는 것으로 보아 부가가치세 과세대상으로 보는 것이 타당함 ○ 회사 측도 온라인교재의 시가를 산정할 합리적인 기준을 제시하지 못하고 있음 - 온라인교재만을 별도 제공하고 대가를 받는 경우가 없고, 회사 측은 오프라인 기본교재 시가를 온라인 일일평가지의 비교 대상으로 보아야 한다고 주장하나, 그 성격이 달라 합리적인 기준으로 보기 어렵고 - 또한 회사 측이 온라인교재와 오프라인 기본인쇄교재 난이도 차이에 따른 가격 차이를 구분할 기준을 제시하지 못하고 있음 - 회사 측이 시가를 산정할 합리적인 기준을 제시하지 못하는 근본 이유는 온라인교재가 공부방 서비스로 제공되는 전체 용역의 한 부분으로서 부수재화에 해당하는 것으로 보는 것이 타당함 
[인정근거] 갑 제1호증, 제3호증의 2, 제6 내지 9, 12 내지 15호증, 을 제7, 8호증의 각 기재, 갑 제16호증의 영상, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 (1) 해법공부방의 사업형태에 관하여
 (가) 프랜차이즈는 내용상, ① 상품유통 프랜차이즈(Product Distributorship Franchise: 가맹본부가 가맹사업자에게 개발한 상품을 독점적으로 판매할 권한을 부여한다), ② 사업형 프랜차이즈(Business Format Franchise: 가맹본부가 지정한 경영방법에 따라 지정된 틀에 따라 표준화된 영업시간, 구입선, 설비, 상품에 사용하는 원자재, 직원의 자격 등에 대한 통제를 받는다), ③ 제조 또는 가공 프랜차이즈(가맹본부가 가맹사업자에게 필수원료 또는 특별한 상품을 생산하는데 필요한 기술을 이전하여, 일정한 품질기준에 따라 사실상 제품을 생산하여 판매한다), ④ 프랜차이즈 판매 프랜차이즈(상품이나 서비스에 대한 프랜차이즈가 아니라 프랜차이즈 판매만을 한다)로 분류할 수 있다. 
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, ① 이 사건 계약의 내용: 이 사건 계약 제1조는 "원고와 가맹점사업자는 e-해법수학 관련 출판물 거래와 관련하여 … 원고는 가맹점사업자에게 회원모집과 판매를 위임하고, 가맹점사업자는 원고가 공급한 교재를 판매함으로써 상호발전을 그 목적으로 한다."고, 제2조 제3항은 "가맹점사업자의 영업은 통상적인 학습지 공부방으로서의 회원확보와 관리에 한하고, 어떠한 경우에도 … 영업장 내에서의 학원 직영, 학원과 유사한 형태의 영업(강의식 수업, 과외식 운영, 차량 운행)은 할 수 없다."고 각 규정하고 있는 점, ② 공부방 운영방식: 가맹점사업자는 해법공부방임을 명시하여 공부방을 개설하고, e-해법수학시스템 및 운영 노하우를 이용하여 이를 운영하면서, 회원들에게 원고 제공의 학습교재를 풀게 한 점, 가맹점사업자는 원고로부터 부여받은 ID를 이용하여 원고의 홈페이지에 접속한 뒤 e-해법수학시스템에 채점정보를 입력하였고, 원고는 이를 분석하여 각 회원들의 수준에 맞는 문제들로 구성된 온라인교재를 제공한 점, 원고의 홈페이지에 의하면, 회원들의 학습 이력, 오답 이력, 출결 상황, 학습 태도 등도 e-해법수학시스템에 저장되어 관리되었고, 회원들도 원고로부터 ID를 부여받아 이를 확인할 수 있었던 점, ③ 기타: 원고는 공부방 신입교사들에 대한 교육을 실시한 점 등을 고려할 때, 이 사건 계약은 가맹본부가 가맹점사업자로 하여금 자신의 ‘해법공부방, e-해법수학’ 등의 영업표지를 사용하여 공부방을 운영하게 하고, 이에 필요한 경영 및 영업활동 등을 지원·교육하며, 그 대가로 가맹비를 수령하는 가맹계약이다. 따라서 가맹본부인 원고가 제공하는 학습교재의 독점적 판매를 위한 ‘상품유통 프랜차이즈(Product Distributorship Franchise)’와 공부방 운영을 위하여 e-해법수학시스템 이용 및 성적 분석을 통한 1:1 맞춤 문제지 제공 등 해법공부방 고유의 운영노하우를 제공하는 ‘사업형 프랜차이즈(Business Format Franchises)’가 결합된 형태에 해당한다.
 (2) 기본인쇄교재에 관하여
 (가) 부가가치세 면세대상
 기본인쇄교재는 월 교재와 분기별 교재로 나뉘어져 있고, 원고에 의하여 제작되어 공급되는 점, 가맹점사업자만이 기본인쇄교재를 사용할 수 있고, 기본인쇄교재는 시중 서점에 판매되지 아니하는 점, 가맹점사업자는 e-해법수학시스템으로 제공되는 온라인교재와 함께 기본인쇄교재를 이용하여 학생들을 교육한 점 등을 고려할 때, 기본인쇄교재는 ‘상품유통 프랜차이즈’에 따른 상품공급에 불과하고, 프랜차이즈 용역공급에 부수하는 재화나 용역에 해당하지 아니하므로, 부가가치세법 제12조 제1항 제7호에 따라 부가가치세 면세대상이 된다. 
 (나) 면세 범위
 피고는 가맹사업법에 따라 기본인쇄교재비 중 적정 도매가를 초과하는 부분은 가맹비로 보아 부가가가치세 면세대상이 아니라고 주장한다. 그러므로 살피건대, 가맹사업법 제2조 제6호는 "명칭이나 지급형태 여하를 불구하고, 영업표지의 사용허가와 영업활동에 관한 지원·교육 등의 대가로 가맹본부에 지급하는 금전, 채무액 또는 손해배상액의 지급을 담보하기 위하여 가맹본부에 지급하는 금전, 승낙 받은 영업표지의 사용과 영업활동에 관한 지원·교육 등의 대가로 가맹본부에 정기적으로 지급하는 금전"이라고, 동 시행령 제3조 제1항은 "영업표지의 사용허가와 영업활동에 관한 지원·교육 등의 대가로 가맹본부에 지급하는 금전(개시지급금, 사업에 착수하기 위해 가맹본부로부터 공급받는 정착물, 설비, 원자재 또는 최초로 인도되는 물품의 가격 또는 부동산의 임차료 명목으로 가맹본부에 지급하는 금전 중 적정한 도매가격을 초과하는 금전), 계약이행보증금, 가맹본부에 정기적으로 지급하는 금전(정기지급금, 가맹본부로부터 공급받는 상품·원재료·부재료·정착물·설비·자재의 가격 또는 부동산의 임차료에 대하여 가맹본부에 정기적으로 지급하는 금전 중 적정한 도매가격을 초과하는 금전)"이라고 각 규정하고 있다.
돌이켜 이 사건을 보건대, 이 사건 계약에 의하면 원고는 가맹점사업자로부터 계약과 동시에 가맹비 1,400,000원을 받고, 그 이외에 매달 교재대금을 받기로 되어 있는 점, 원고는 가맹점사업자에게 기본인쇄교재와 온라인교재를 공급하고, 그 대가로 매월 교재비 명목의 돈을 수령한 점, 가맹사업법 시행령 제3조 제1항 제3호 나목에 의하면 "가맹본부로부터 공급받은 상품에 대하여 가맹본부에 정기적으로 지급하는 금전 중 적정한 도매가격을 초과하는 금전"을 가맹금으로 보고 있는 점 등을 고려할 때, 원고가 기본인쇄교재를 공급하고 받은 돈 중 적정 도매가를 초과하는 부분은 가맹사업법상 가맹금에 해당한다. 그러나 가맹사업법은 ‘가맹사업의 공정한 거래질서를 확립하고 가맹본부와 가맹점사업자가 대등한 지위에서 상호보완적으로 균형 있게 발전하도록 하는 것’을 목적으로 하는 점(제1조), 이에 따라 적정 도매가를 초과하는 금전을 가맹금으로 보아 반환(제10조) 등의 대상으로 삼아 가맹본부의 권리를 제한하고 있는 점, 부가가치세법에서 정하는 재화나 용역의 공급은 세법 고유의 개념으로서 반드시 가맹사업법의 규정에 구속되어 판단되어야 할 것은 아니고 세법의 독자적인 입장에서 그 입법 취지에 비추어 판단되어야 하는 점, 부가가치세법 제1조 제1항 제1호, 제4항에 의하면 "부가가치세는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부과하고, 다만 주된 거래인 재화나 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화나 용역의 공급에 포함된다."고 규정하고 있으므로, 이러한 기준에 따라 부가가치세 부과 대상을 정하여야 하는 점 등을 고려할 때, 가맹사업법상 ‘가맹금’에 해당한다 하더라도, 부가가치세법에 의하여 부수되는 재화 또는 용역의 공급에 해당하지 아니하면 부가가치세 면세대상이 되므로, 기본인쇄교재 대금 중 적정 도매가를 초과하는 부분에는 부가가치세를 부과할 수 없다. 
 (다) 소결론
 따라서 기본인쇄교재비 중 적정 도매가를 초과하는 부분에 관하여 이루어진 부가가치세 부과처분은 위법하다. 
 (3) 온라인교재에 관하여
 (가) 전자출판물 해당성
 부가가치세법 제12조 제1항 제7호, 동 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 "도서와 재정경제부령이 정하는 전자출판물의 공급에 대하여는 부가가치세를 면세한다."고 규정하고, 동 시행규칙(2008. 4. 22. 기획재정부령 제12호로 개정되기 전의 것) 제11조는 "음향이나 영상과 함께 전자적 매체에 수록되어 컴퓨터 등 전자장치를 이용하여 그 내용을 보고 듣고 읽을 수 있는 것(전체 면수 중 100분의 70 이상의 면수가 문자나 그림으로 구성되어 있는 것에 한한다)으로서 문화관광부장관이 정하는 기준에 적합한 전자출판물을 말한다."고 규정하고 있다.
 돌이켜 이 사건을 보건대, 원고는 이 사건 계약에 따라 가맹점사업자에게 기본인쇄교재와 온라인교재를 공급해 온 점, 기본인쇄교재는 월 또는 분기별로 인쇄하여 공급되는 점, 이에 반하여 온라인교재는 전산파일 형태로 e-해법수학시스템에 등재되고, 가맹점사업자는 이를 출력하여 학생들에게 사용한 점 등을 고려할 때, 온라인교재는 부가가치세법 면세대상인 전자출판물에 해당한다.
 (나) 부수적 재화나 용역 해당성
 1) 온라인교재는 e-해법수학시스템에 의하여 제공되고, e-해법수학시스템은 회원관리, 오답관리, 수준별 문제 제공 등을 하는 등 해법공부방 서비스의 핵심이므로, 온라인교재가 전자출판물에 해당하더라도 프랜차이즈인 해법공부방 사업에 의하여 부수적으로 제공되는 것인지 문제가 된다. 
 2) 부가가치세법 제1조 제4항은 "주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래의 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다."고 규정하고, 동 시행령 제3조는 ‘주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역’을 구체적으로 규정하고 있는데, 제1호는 ‘당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역’을, 제2호는 ‘거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역’을 규정하고 있다. 이때 주된 재화나 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 것에 해당하는지 여부는 부가가치세법 제1조 제4항 및 동 시행령 제3조에 주의적으로 규정된 구체적 재화나 용역의 유형을 참고하되, 궁극적으로는 구체적 사실관계에 따라 거래내용, 생산과정 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2008다29895 판결 참조).
 3) 돌이켜 이 사건을 보건대, 가맹점사업자가 입력한 회원들의 채점정보를 바탕으로 회원의 학습수준을 분석하고, 원고가 데이터베이스 서버에 보유한 문제 중 회원별 수준에 맞는 문제를 선별하여 온라인교재의 형태로 구성하는 행위는 재화나 용역의 공급에 해당한다. 또한 이는 아래와 같은 사정에 비추어 해법공부방의 주된 용역인 e-해법수학시스템 제공에 부수되어 이루어지므로, 부가가치세 과세대상에 해당한다.
① 온라인교재의 제공 방법: 원고는 가맹점사업자에 의하여 e-해법수학시스템에 입력된 채점정보를 기준으로 각 회원의 학습수준을 분석한 뒤 각 회원의 수준에 맞는 문제들을 선별하였고, 이를 모아 온라인교재의 형태로 가맹점사업자에게 제공한 점, 원고는 "학생 개개인의 수준에 맞는 온라인 문제를 제공한다."는 점을 중점적으로 홍보하였고, 해법공부방에 가입한 회원들의 주된 목적 역시 학습수준별 문제지 학습을 통한 실력 향상이었던 점, 이를 위해 각 학생의 학습수준을 측정하여 이에 적합한 문제를 선별하고 문제지의 형태로 재구성하는 과정이 필요하므로, 데이터베이스 서버 접속, 채점정보 입력, 제공된 온라인교재 출력 등 e-해법수학시스템의 사용은 필수적인 점 등을 고려할 때, 온라인교재는 e-해법수학시스템 제공과 밀접한 관련성이 있다.
② 이 사건 계약 내용: 이 사건 계약 제1조는 원고의 위임에 따른 회원모집 및 교재판매를 목적으로 하고 있는 점, 제2조 제3항은 영업장 내에서의 학원 직영, 강의식 수업, 과외식 운영, 차량운행 등 학원과 유사한 형태의 영업을 금지하고 있는 점, 제4조는 가맹점사업자에게 설정된 연간 교재판매목표 달성의무를 지우고 있는 점, 제6조, 제8조에 의하면 가맹사업주는 계약과 동시에 지급하는 가맹비와 회원 수에 따른 교재비를 납부하므로, e-해법수학시스템 제공에 따른 비용은 가맹비 이외에 없게 되는 점 등을 고려할 때, 최초 가맹계약 체결시 지급하는 가맹비 이외에 e-해법수학시스템 사용에 따른 비용은 존재하지 아니하고, 해법공부방 사업에 따른 수입은 교재비만 존재한다.
③ 기타: 원고는 교재비와 e-해법수학시스템 사용료를 구분하여 받지 않은 점, 온라인교재는 기본인쇄교재와 달리 회원 수준에 맞춘 1:1 문제로 구성되어 있으므로, 당해 회원 이외에 판매가 불가능한 점, 해법공부방 사업은 상호, 운영 노하우, e-해법수학시스템 제공에 있고, e-해법수학시스템에서 제공하는 회원관리, 오답관리, 회원 수준에 맞춘 1:1 문제 제공이 핵심인 점, 온라인교재는 e-해법수학시스템에 의하여 분석된 후 회원 수준에 맞추어 제작되는 점 등을 고려할 때, 온라인교재는 ‘사업형 프랜차이즈(Business Format Franchises)’에 따라 제공된다고 봄이 타당하다.
 (다) 재조사결정의 기속력 위반 여부
 조세심판원은 온라인교재에 관하여 "온라인교재의 공급가액을 재조사하여 과세표준에서 차감하여 세액을 경정하라."는 결정을 하였는데, 이 사건 처분은 아래와 같은 사정에 비추어 재조사결정에 반한다고 볼 수 없다. 
 ① 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조는 조세심판원의 각하, 기각, 인용결정에 대한 기속력만을 규정하고 있고, 재조사결정에 관한 규정을 두고 있지 않고 있다.
 ② 재조사결정은 처분청에게 특정사항을 재조사하라는 결정이고, 전문성과 기술성을 요하는 조세사건에만 존재하는 특이한 유형의 결정이다. 대부분 "…재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 결정한다."는 형식의 결정이 이루어지는데, 재조사에 대한 기준 혹은 범위만을 제시하고, 후속처분의 내용은 전적으로 처분청에 유보하고 있다. 심판결정의 기속력은 심판결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분 등의 구체적 위법사유에 관한 판단에만 미치므로, 처분청은 재조사 결정의 기준에 따라 재조사를 할 법적 의무가 있을 뿐이고, 처분청이 재조사 취지에 따른 재조사 후에도 당초 처분을 유지하거나, 새로운 과세요건에 기하여 처분을 하더라도 이를 기속력에 반한다고 볼 수 없다(다만, 국세기본법 제79조 제2항은 심판결정시 원처분보다 청구인에게 불이익한 결정을 할 수 없다고 규정하고 있고, 재조사결정은 후속 처분을 그 내용의 일부분으로 하는 변형결정이므로, 당초 과세처분을 기준으로 후속처분이 청구인에게 불리하게 되었다면 재조사결정 역시 사후적으로 청구인에게 불이익한 것으로서 불이익변경금지원칙에 반하여 위법해질 뿐이다).
 ③ 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다. 따라서 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 심판청구 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생하므로(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 참조), 재조사결정만으로 어떤 효력이 발생한다고 볼 수 없다.
 (라) 소결론
 따라서 온라인교재에 관한 부가가치세 부과처분은 위법하다.
 (4) 가산세 납부고지의 하자에 관하여
 (가) 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하고, 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법하다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 판결 참조).
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 위 인정사실에 의하면 납세고지서에 가산세가산세가 종류별로 구분되지 아니한 채 그 합계액만이 기재되어 있고, 각 가산세의 산출근거도 기재되어 있지 아니한 사실을 인정할 수 있다. 
따라서 가산세 부과처분의 납세고지는 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락하는 등의 하자가 있고, 달리 그 하자가 보완되거나 치유되었다고 볼 사정도 없으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다. 
 (5) 취소범위에 관하여
 (가) 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는지 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 참조).
 (나) 그러나 기본인쇄교재비 중 적정 도매가를 초과하는 부분은 부가가치세 면세대상이고, 온라인교재비는 부가가치세 부과 대상인데, 학습교재비에 기본인쇄교재비와 온라인교재비가 함께 혼용되어 있는 점, 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있는 점, 조세심판원도 온라인교재비를 산출하여 과세표준 및 세액을 경정하라는 결정을 하였는데, 피고는 2013. 12. 12.자 준비서면에서 "온라인교재비만을 산출하는 것은 불가능하다."고 답변하고 있는 점 등을 고려할 때, 이 사건 처분 중 온라인교재비 부분만을 산출할 수 없으므로, 결국 이 사건 처분은 모두 취소할 수밖에 없다.
 3. 결론 
 그렇다면 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 문준필(재판장) 장승혁 손화정