수정신고서및과오납부세액환부청구반려처분취소등 (세무, 부산지방법원)
공포일: 2009.04.10 / 시행일:

【원 고】 사직주공아파트재건축조합 (소송대리인 법무법인 한울 담당변호사 김용대)
【피 고】 부산광역시 동래구청장 외 2인 (소송대리인 변호사 한기춘)
【변론종결】2009. 3. 13.
【주 문】
1. 피고 부산광역시 동래구청장에 대한 원고의 주위적 청구를 기각한다. 
2. 원고에게, 피고 부산광역시는 110,679,660원, 피고 대한민국은 31,181,400원 및 각 이에 대하여 2008. 7. 12.부터 2009. 4. 10까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.
3. 피고 부산광역시, 대한민국에 대한 원고의 각 나머지 예비적 청구를 모두 기각한다.
4. 소송비용 중 원고와 피고 부산광역시 동래구청장과 사이에 생긴 부분은 원고가 부담하고, 원고와 피고 부산광역시 사이에 생긴 부분은 그 4/5는 원고가, 나머지는 피고 부산광역시가 각 부담하며, 원고와 피고 대한민국 사이에 생긴 부분은 그 2/5는 원고가, 나머지는 피고 대한민국이 각 부담한다.
5. 제2항은 가집행할 수 있다.

【청구취지】1. 주위적 청구취지
 피고 부산광역시 동래구청장(이하 ‘동래구청장’이라고만 한다)이 원고에게 한 2008. 4. 22.자 수정신고서 및 과오납부세액 환부청구반려처분은 이를 취소한다.
2. 예비적 청구취지
 원고에게, 피고 부산광역시는 535,462,030원, 피고 대한민국은 53,546,200원 및 각 이에 대하여 이 사건 소장부본 송달 다음날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.
【이 유】1. 기초사실
 가. 원고는 부산 동래구 (지번 1 생략) 외 88필지 지상에 공동주택(아파트) 단지 신축을 목적으로 결성된 재건축조합으로서 2001. 2. 28. 주무관청인 피고 동래구청장으로부터 주택조합설립인가를 받았고, 2003. 7. 24. 법인설립등기를 마쳤다. 
 나. 원고는 2003. 1. 11. 위 재건축부지에 아파트 단지를 신축하는 내용의 주택건설사업계획승인을 받은 후, 조합원들로부터 토지(이하 ‘조합원 신탁토지’라고 한다)를 신탁받아 원고 명의로 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마치고, 그 무렵 조합원 외의 제3자로부터 총 24,187.8㎡ 면적의 토지(이하 ‘조합원외 매입토지’라고 한다. 그 대부분은 부산광역시 동래구로부터 매수한 토지다)를 추가매입하였다. 
 다. 그 후 원고는 사업계획에 따라 아파트 2,947세대(조합원분 2,230세대, 일반분양분 717세대) 및 상가 142세대(조합원분 41세대, 일반분양분 101세대)를 신축하고, 2006. 12. 7.경 준공인가를 받았다. 
 라. 2007. 1. 26.경 공동주택 및 상가에 관하여 소유권보존등기를 경료하면서, 조합원에게 분양한 아파트와 상가는 토지신탁을 해지함과 동시에 대지권등기를 거쳐 조합원들 앞으로 소유권보존등기를 마쳤고, 일반인에게 분양한 아파트와 상가는 대지권등기를 거쳐 원고 앞으로 소유권보존등기를 마친 다음 수분양자들에게 소유권이전등기를 마쳤다. 
 위 아파트 및 상가의 대지면적은 총 117,006㎡(‘부산 동래구 (지번 2 생략)’로 새로운 지번이 부여된 1필지의 토지를 일컫는바, 이하 ‘아파트 대지’라고 한다. 총 사업용 토지 133,243㎡에서 ‘(지번 3 생략)’의 지번이 새롭게 부여된 학교용지, ‘(지번 4 생략), (지번 5 생략), (지번 6 생략), (지번 7 생략)’의 지번이 새롭게 부여된 도로용지 부분을 제외한 부분이다)이고, 그 중 일반분양분에 해당하는 대지면적은 30,773.68㎡[취득 신고 및 자진납부 세액계산서(을가 제2호증, 을다 제1호증)에는 30,807.22㎡로 기재되어 있으나, 이는 오기로 보인다. 이하 ‘일반분양분 토지’라고 한다]인데, 조합원외 매입토지는 모두 아파트 대지에 포함되었고, 일반분양분 토지 중 전용면적 85㎡ 이하의 국민주택에 해당하는 아파트의 대지면적은 총 14,572.392㎡로 일반분양분 토지 중 약 47.35%(14,572.392㎡ ÷ 30,807.22㎡ × 100%)를 차지한다.
 마. 피고 동래구청장 예하 공무원은 2006년 12월경 원고에 대하여 일반분양분 토지에 관하여 원고 명의로 대지권등기를 경료함으로써 원고 조합이 실질적인 소유권을 취득하였다는 이유로 일반분양분 토지 전체(조합원 신탁토지 부분 외에 조합원외 매입토지 부분도 포함되어 있다)에 대한 취득세 및 농어촌특별세 신고납부 안내를 하였고(취득세는 부산광역시세이고, 이에 부수하여 납부하는 농어촌특별세는 국세인데, 위 세금의 징수사무는 피고 동래구청장에게 위임되어 있다), 이에 원고는 2006. 12. 20. 일반분양분 토지 전체에 대하여 그 시가표준액 26,773,101,600원(30,773.68㎡ × 870,000원/㎡)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 535,462,030원(26,773,101,600원 × 2%, 10원 미만 버림. 이하 같다)과 농어촌특별세(이하 ‘농특세’라 한다) 53,546,200원(취득세 535,462,030원 × 10%)을 신고한 다음 2007. 1. 8. 이를 모두 납부하였다(이하 취득세 및 농특세 신고납부행위를 ‘이 사건 선행처분’이라 한다).
 바. 그 후 원고는 이 사건 선행처분에 대하여 행정심판 또는 행정소송 등을 제기하지 않고 있었는데, 2008. 2. 14. ‘조합원으로부터 신탁에 의하여 취득한 토지 중 조합원이 아닌 자에게 처분되는 일반분양분 토지는 취득세 과세대상이 되지 않는다’는 취지의 대법원 판결이 선고되자, 원고는 2008. 4. 14. 피고 동래구청장에게 위 취득세 및 농특세에 대한 산출세액을 각 0원으로 수정한 수정신고서 및 과오납세액환부청구서(이하 ‘이 사건 수정신고서’라고만 한다)를 제출하였고, 이에 대하여 피고 동래구청장은 2008. 4. 22. 지방세법 제71조 제1항 및 같은 법 시행령 제53조 제2호에 규정된 수정신고 사유에 해당되지 않는다는 이유로 이 사건 수정신고서를 반려하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다. 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 26호증, 을가 제1 내지 3호증, 을나 제1 내지 4호증, 을다 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 피고 동래구청장에 대한 청구에 관한 판단(주위적 청구)
 가. 원고의 주장
 지방세법상의 수정신고 사유는 예시적 열거규정으로 납세자의 권리보호 측면에서 과세요건 성립 후의 특별한 사정변경으로 신고납부사항을 변경할 수밖에 없는 사유가 있는 경우를 널리 포함한다고 해석되어야 할 것인바, 지방세법 시행령에는 ‘소송으로 인한 경우에는 법원의 확정판결이 있는 날’로부터 60일 이내에 수정신고를 할 수 있도록 규정하고 있고, 위 확정판결에는 당해 사건뿐만 아니라 동일 사례의 확정판결도 포함된다고 할 것임에도, 위 2008. 2. 14. 대법원 판결이 있은 날로부터 60일 이내인 2008. 4. 14.에 제출한 이 사건 수정신고서를 반려한 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 지방세법상의 수정신고 사유는 납세자의 권리보호 측면에서 과세요건 성립 후의 특별한 사정변경으로 신고납부사항을 변경할 수밖에 없는 사유가 있는 경우를 널리 포함한다고 해석되어야 할 것임은 원고의 주장과 같으나, 그렇다고 하여 지방세법 제71조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제53조 제2호에 규정된 ‘확정판결’을 당해 사건이 아닌 동일 사례의 모든 확정판결까지 포함하는 것으로 해석하는 것은 문언의 해석에도 어긋날 뿐만 아니라 법적 안정성 측면에서 허용될 수 없다고 할 것이므로, 이 사건 수정신고서를 반려한 이 사건 처분은 적법하고, 결국 원고의 주위적 청구는 이유 없다. 
3. 원고의 피고 부산광역시, 대한민국에 대한 청구에 관한 판단(예비적 청구)
 가. 피고 대한민국의 본안전 항변에 관한 판단
 (1) 피고 대한민국의 주장
 (가) 행정소송을 주위적 청구로 하고, 이에 민사소송을 예비적 청구로 병합하여 제기하는 것은 허용되지 않는다.
 (나) 피고 동래구청장을 상대로 이 사건 처분의 취소 또는 무효를 구하는 것으로 원고의 목적을 달성할 수 있으므로 피고 대한민국 등을 상대로 한 예비적 청구에 관한 소는 소의 이익이 없다.
 (다) 피고 대한민국은 원고에게 행정처분을 한 적이 없으므로 피고 대한민국을 상대로 한 소는 당사자적격이 인정되지 않는다.
 (2) 판단
 (가) 행정소송법 제10조 제2항은 ‘취소소송에는 사실심의 변론종결시까지 관련 청구소송을 병합하거나 피고 외의 자를 상대로 한 관련 청구소송을 취소소송이 계속된 법원에 병합하여 제기할 수 있다’고 규정하고 있고, 제15조는 ‘수인에 대한 청구가 처분 등의 취소청구와 관련되는 청구인 경우에 한하여 그 수인은 공동소송인이 될 수 있다’고 규정하고 있는 점을 종합하여 볼 때, 행정소송에서 관련 민사소송을 예비적으로 병합하여 제기하는 것이 허용된다고 할 것이므로, 피고 대한민국의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (나) 원고가 피고 동래구청장을 상대로 이 사건 처분의 취소 또는 무효를 구하는 것과는 별개로 원고가 피고 대한민국 등을 상대로 한 부당이득반환청구의 소를 제기할 법률상 이익이 있으므로, 피고 대한민국의 이 부분 주장도 이유 없다.
 (다) 원고는 피고 대한민국을 상대로 부당이득반환을 구하는 민사소송을 제기한 것이고, 피고 대한민국이 원고에게 직접 행정처분을 한 것은 아니지만 앞서 본 농특세는 국세로서 피고 대한민국에게 귀속되는 것이므로 원고는 이 사건 선행처분이 당연무효임을 전제로 그 이익의 귀속주체인 피고 대한민국을 상대로 부당이득반환을 구할 수 있다고 할 것이므로, 피고 대한민국의 이 부분 주장도 이유 없다.
 나. 본안에 관한 판단
 (1) 일반분양분 토지 중 조합원 신탁토지에 상응하는 부분
 (가) 원고의 주장
 원고는, 일반분양분 토지 중 조합원 신탁토지에 상응하는 부분은 원고가 조합원으로부터 신탁을 원인으로 소유권을 이전받은 것으로서 취득세 과세대상이 되지 않음에도, 피고 동래구청장은 원고에게 취득세 및 농특세 신고납부 안내를 하고 미신고의 경우에 가산세를 부담하게 될 것을 고지함으로써 원고로서는 부득이하게 이 사건 취득세 및 농특세를 신고·납부하게 되었는바, 이 사건 선행처분은 조세채무의 확정력을 인정할 여지가 없는 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효에 해당한다고 주장하면서, 피고 부산광역시, 대한민국을 상대로 그 부당이득의 반환을 구한다.
 (나) 지방세법 제110조의 개정 경과 및 지방세법 개정 후 취득세 과세에 대한 쟁송의 진행 경과
 (1) 취득세 부과대상이 되는 취득이라 함은 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상, 무상을 불문한 일체의 취득을 말하는데(지방세법 제104조 제8호), 그에 대한 예외의 하나로서 1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 구 지방세법(이하 ‘개정 전 지방세법’이라 한다) 제110조 제1호는 “신탁(신탁법에 의한 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것에 한한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서, 가. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득, 나. 신탁의 종료 또는 해지로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득, 다. 수탁자의 경질로 인하여 신수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득”에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있었다. 
 (2) 그런데 1997. 8. 30.의 지방세법 개정(이하 이 개정된 법을 ‘개정 후 지방세법’이라 한다)에 의하여 제105조 제10항으로 “주택건설촉진법 제44조의 규정에 의한 주택조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대·복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다”라는 규정이 신설됨과 동시에 제110조 제1호에 “다만 주택건설촉진법 제44조의 규정에 의한 주택조합과 조합원 간의 신탁재산 취득을 제외한다”라는 단서 규정도 신설됨으로써 그 단서 규정에 해당하는 신탁재산 취득에 대하여는 제110조 제1호 본문의 적용이 배제되게 되었다.
 (3) 지방세법이 1997. 8. 30. 개정된 후에도 서울의 경우, 서울특별시 및 피고 대한민국은 재건축조합의 일반분양용 토지의 취득에 대하여 과세를 하지 아니하여 오다가 2002년경부터 일반분양용 토지에 대하여 비로소 과세를 하기 시작하였고, 이에 대한 재건축조합의 심사청구 사건에서 행정자치부장관은 2004. 12. 29.자 심사결정 등을 통하여 재건축조합의 일반분양용 토지는 취득세 과세대상이 된다고 하여 과세의사를 명백히 하였으며, 서울특별시의 위임을 받은 산하 구청장들은 현재까지 재건축조합의 일반분양용 토지에 대하여 수백억 원에 이르는 취득세를 재건축조합들로부터 신고·납부의 형식으로 징수하였다.
 (4) 한편, 법제처는 개정 후 지방세법의 해석에 관하여 “지방세법 제110조 제1호 단서에서 주택재건축조합과 조합원간의 신탁재산 취득을 비과세 대상에서 제외하고 있고, 같은 법 제105조 제10항에서 주택재건축조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대·복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 규정하고 있는바, 이를 반대해석하면, 일반분양용 토지의 경우에는 재건축조합이 이를 취득하고 이에 대하여 취득세 납부의무가 발생하고, 취득세 납세의무가 있는 일반분양용 토지의 취득세 납세의무의 성립시기는 재건축사업에 관한 공사를 완료하여 준공인가를 받은 날로 보아야 한다”는 취지의 유권해석을 하였다. 
 (5) 서울특별시 및 피고 대한민국의 위와 같은 취득세 등 징수에 대하여 여러 재건축조합들이 수십 건의 취득세 등부과처분 취소소송이 제기되었는데, 그 소송에서 일부 하급심 판결은 재건축조합이 일반분양용 토지를 신탁으로 취득하는 경우 취득세를 부과하여야 한다는 입장(과세설)에서 취득세 등 징수가 적법하다고 판시하였고, 다른 하급심 판결은 재건축조합이 조합원으로부터 취득하는 토지는 조합원용과 일반분양용을 가리지 아니하고 과세대상이 되지 않는다는 입장(비과세설)에서 취득세 등 징수가 위법하다고 판시하는 등 견해가 나뉘어 왔다. 
 (6) 그러던 중, 대법원은 2008. 2. 14. “주택조합이 조합원 소유의 토지를 조합주택용 부동산으로 취득하면서 신탁등기를 경료하는 경우 조합원용에 해당하는 부분은 개정 후 지방세법 제105조 제10항에 의하여 조합원이 취득한 것으로 간주되어 주택조합에 대한 취득세 과세대상이 되지 않고, 조합원용에 해당하지 않는 부분은 제110조 제1호 단서가 적용되지 않고 제110조 제1호 본문이 적용되어 이 또한 주택조합에 대한 취득세 과세대상이 되지 않는다.”고 판시하여 비과세설의 입장을 취하였다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2006두15929 판결, 대법원 2008. 2. 14. 선고 2006두9320 판결 등 참조).
 (다) 판단
 (1) 취득세와 등록세는 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없다.
 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 1995. 2. 28. 선고 94다31419 판결, 대법원 2001. 4. 27. 선고 99다11618 판결 등 참조).
 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법규를 적용하거나 그 적용을 배제하여 행정처분(처분성이 인정되는 신고·납부행위를 포함한다)을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법규의 적용 여부에 관한 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 행정청이 위 법규를 적용하거나 그 적용을 배제하여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법규의 적용 여부에 관한 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 1997. 5. 9. 선고 95다46722 판결, 대법원 2004. 10. 15. 선고 2002다68485 판결 등 참조).
 (2) 이 사건으로 돌아와 보건대, 이 사건 선행처분에 대한 행정소송을 제기할 수 있는 불복기간이 도과된 사실은 역수상 명백한바, 피고 부산광역시, 대한민국이 원고로부터 징수한 취득세 또는 농특세에 대한 부당이득반환의무 발생의 전제로서 이 사건 선행처분의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효인지 여부에 관하여 살핀다.
 앞서 인정한 사실들에 의하여 알 수 있는 다음 사정들, 즉 ① 개정 후 지방세법 시행 이후 피고 대한민국 등은 2002년경 이후부터 과세설의 입장에서 재건축조합의 일반분양분 토지에 대하여 과세를 하기 시작하였고, 그 후로는 서울특별시뿐만 아니라 행정자치부, 법제처 등 관계 공무원들이 일치하여 과세설을 취하여 취득세 등 신고·납부 업무처리를 하여 온 점, ② 개정 후 지방세법은 제105조 제10항의 ‘조합원용’의 의미를 ‘일반분양용’에 대비되는 의미로 해석하는 전제에서 조합이 조합원으로부터 일반분양용 토지를 취득하는 것은 조합이 취득하는 것이 되고, 같은 법 제110조 제1호 단서에 의하여 조합과 조합원 사이의 신탁도 취득세 과세대상이 되는 이상 조합이 일반분양용 토지를 신탁으로 취득하는 경우 취득세를 부과하여야 한다고 해석할 여지도 있었던 점, ③ 이와 관련한 사건에서 하급심 판결례 또한 과세설과 비과세설의 입장이 혼재되어 오다가 앞서 본 대법원판결에 의하여 비로소 비과세설로 귀일되게 된 점 등에다가 앞서 살펴본 법리를 종합하여 보면, 위 피고들로부터 조세징수의 사무를 위임받은 피고 동래구청장이 과세설의 입장에서 원고에게 취득세 등 신고납부 안내를 함에 따라 원고가 신고·납부방식에 의해 앞서 본 바와 같은 취득세, 농특세를 신고·납부한 후, 피고 동래구청장이 한 지방세법 조항에 대한 해석이 대법원판결에 의해 잘못된 해석으로 밝혀졌다고 하더라도 그러한 사정만으로는 이 사건 선행처분의 하자가 명백한 것이었다고는 보기 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 이 사건 선행처분이 당연무효임을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다(위에서 본 여러 가지 사정을 종합하여 인정되는, 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하면, 납세의무자에게 그 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있다고도 볼 수 없다. ; 대법원 2009. 2. 12. 선고 2008두11716 판결 취지 참조) 
 (2) 일반분양분 토지 중 조합원외 매입토지에 상응하는 부분
 (가) 당사자의 주장
 1) 원고는, 조합원외 매입토지 24,187.8㎡를 취득할 당시 이미 취득세와 농특세(이하 ‘취득세 등’이라고 한다)를 납부하였기 때문에 이 부분에 대하여 추가적인 취득세 등의 납부의무가 없음이 명백함에도, 피고 동래구청장의 잘못된 행정지도로 인하여 이 사건 선행처분을 통하여 일반분양분 토지의 일부로 매입한 조합원외 매입토지 전체에 대하여 다시 취득세 등을 납부하게 되었는바, 이와 같은 이중납세는 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하므로, 피고 부산광역시, 대한민국은 이로 인한 부당이득 합계 462,954,480원(취득세 420,867,720원 + 농특세 42,086,760원)을 반환하여야 한다고 주장한다. 
 이에 대하여 위 피고들은, 설령 원고의 주장과 같은 이중과세가 문제된다고 하더라도 그 면적은 전체 일반분양분 토지 면적 30,773.68㎡에서, 전체 사업용 토지 면적 133,243㎡ 중 조합원외 매입토지 면적 24,187.8㎡이 차지하는 비율(약 18.15%)로 안분된 면적 약 5585.96㎡(≒ 30,773.68㎡ × 18.15%)뿐이고, 원고가 납부한 취득세 등은 원고 스스로 계산하여 신고납부한 것이므로 설령 그 계산에 착오가 있었다고 하여도 그 하자가 명백한 것이라고 보기는 어렵다 할 것이므로 당연무효는 아니라고 다툰다. 
 2) 원고는, 농특세는 전용면적 85㎡ 이하인 국민주택에는 과세되지 않음이 법률의 규정에 의하여 명백함에도, 전체 일반분양분 토지 중 약 47.35%에 해당하는 국민주택 해당분 토지 14,572.392㎡에 대하여도 피고 동래구청장의 잘못된 행정지도로 인하여 농특세를 납부하게 되었는바, 이러한 법률의 규정에 정면으로 배치되는 납세는 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하므로, 피고 대한민국은 이로 인한 부당이득(원고가 납부한 농특세에서, 일반분양분 토지 중 조합원외 매입토지에 상응하는 농특세를 제외한 나머지 농특세 중 47.35% 비율에 해당하는 금액)을 반환하여야 한다고 주장한다.
 3) 원고는, 이 사건 재건축 과정에서 지방자치단체에 기부채납한 도로 6,487㎡는 취득세 및 등록세 비과세 대상임이 법률의 규정에 의하여 명백함에도, 원고가 부산광역시 동래구로부터 위 기부채납한 도로부분을 포함한 토지를 취득할 때 취득세 및 등록세를 납부하였으므로, 위 기부채납 도로에 해당하는 부분에 대한 취득세 및 등록세의 신고납부도 이중과세에 해당한다고 주장한다.
 (나) 판단
 1) 첫 번째 주장에 대한 판단
 가) 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제9 내지 22호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 조합원외 매입토지를 취득할 때 취득세 등을 납부한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 선행처분에서 일반분양분 토지 중 조합원외 매입토지에 상응하는 부분까지 취득세 등을 신고납부한 것은 이중과세에 해당한다.
 나) 다음으로 이중과세에 해당하는, 일반분양분 토지 중 조합원외 매입토지 에 상응하는 면적에 관하여 살피건대, 원고는 조합원외 매입토지 전부가 일반분양분 토지로 되었다고 주장하고, 이에 대하여 피고 부산광역시, 대한민국은 전체 사업용 토지 면적 중 조합원외 매입토지 면적이 차지하는 비율로 안분된 면적만 이에 해당한다고 주장하고 있다. 
 그러나 위에서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 원고가 재건축사업을 시행한 전체 사업용 토지 면적 133,243㎡에는 조합원 신탁토지와 조합원외 매입토지가 포함되어 있는데, 위 각 토지는 일단의 토지를 구성한 후 재건축사업이 추진되었고, 이후 아파트 및 상가 부분, 도로 및 학교용지 등으로 구획정리가 되었을 뿐만 아니라, 아파트 대지 전체가 1필지의 토지로 환지된 점, 조합원외 매입토지는 여러 군데 흩어져 있었고, 구획정리 후 아파트 대지는 1필지의 토지로 환지되어 그 위에 아파트 및 상가가 건립되어 있으며 아파트 및 상가는 조합원용 건물과 일반분양용 건물이 별도로 건축되어 있는 것도 아닌 점에 비추어 볼 때, 원고의 주장처럼 조합원외 매입토지 전부가 일반분양분 토지로 되었다고 보기는 어렵다(갑 제27호증의 기재만으로는 원고의 주장 사실을 인정하기에 부족하다).
 또한 조합원외 매입토지는 모두 아파트 대지에 포함되어 있음은 앞서 본 바와 같고 전체 사업용 토지는 아파트 대지뿐만 아니라 학교용지, 도로용지로 구분되므로, 위 피고들의 주장과 같이 전체 사업용 토지 면적 중 조합원외 매입토지 면적이 차지하는 비율을 일반분양분 토지에 곱하여 이중과세에 해당하는 면적을 산출하는 것도 적절하지 않다.
 따라서 이중과세에 해당하는 부분의 면적은 일반분양분 토지 30,773.68㎡에서, 아파트 대지 면적 117,006㎡ 중 조합원외 매입토지 면적 24,187.8㎡이 차지하는 비율(약 20.67%)로 안분된 면적 약 6360.9㎡(≒ 30,773.68㎡ × 20.67%)로 봄이 상당하다.
 다) 다음으로 위와 같은 이중과세 하자의 명백성 여부에 관하여 보건대, 위 피고들의 주장과 같이 원고가 신고납세방식의 취득세 등을 스스로 신고납부한 것이라고 하더라도, 갑 제16호증의 1, 2, 갑 제17호증의 1 내지 26의 각 기재, 증인 소외인의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 위 취득세 등의 신고세액을 결정할 때 원고측과 피고 동래구청장 예하 공무원 사이에 의견교환이 있었던 사실, 원고가 그 이전에 제3자로부터 토지를 취득할 때(대부분이 부산광역시 동래구 소유였다) 취득세 및 농특세를 납부하였고, 제3자로부터 매수한 토지가 아파트 대지로 되었음은, 원고가 시행한 재건축사업의 주무관청이자 취득세 및 농특세를 징수한 피고 동래구청장에게는 명백한 사실을 인정할 수 있는바, 피고 동래구청장은 이미 취득세 등을 납부하였음이 명백한 조합원외 매입토지 중 일반분양분에 상응하는 토지에 대하여도 다시금 취득세 등을 납부하도록 안내함에 따라 원고가 가산세의 부과 회피 등을 위하여 이 부분까지 포함하여 취득세 등을 신고납부하게 된 것이므로, 일반분양분 토지 중 조합원외 매입토지에 상응하는 부분에 관한 신고행위는 조세채무의 확정력을 인정할 여지가 없는 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효에 해당한다.
 라) 한편, 취득세 신고행위는 납세의무자와 과세관청 사이에 이루어지는 것으로서 취득세 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 반면, 과세요건 등에 관한 중대한 하자가 있고 그 법적 구제수단이 국세에 비하여 상대적으로 미비함에도 위법한 결과를 시정하지 않고 납세의무자에게 그 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하더라도 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 이와 같은 하자 있는 신고행위가 당연무효라고 함이 타당하다(대법원 2009. 2. 12. 선고 2008두11716 판결 참조).
 이 사건에서 보면, 설령 위와 같은 이중과세의 하자가 명백하지 않다고 가정하더라도, 앞서 든 증거들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 조합원외 매입토지 중 일반분양분 토지에 상응하는 취득세 등에 관한 신고행위에는 그 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 것으로 보이는 점, 원고가 조합원외 매입토지를 취득할 때 이미 취득세 등을 납부하였기 때문에 위 신고납부는 이중과세에 해당함이 명백한 점, 이와 같이 이중과세의 중대한 하자가 있고, 그 법적 구제수단이 국세에 비하여 상대적으로 미비함에도 불구하고, 위 신고행위로 인한 불이익을 원고에게 그대로 감수시키는 것이 원고의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 보이는 점, 위 신고행위를 당연무효로 보더라도 과세행정의 원활한 운영에 지장이 있다고 단정하기 어려운 점 등을 종합하면, 그 하자가 중대한 위 신고행위의 경우에는 이를 당연무효라고 볼 만한 특별한 사정이 있다고 할 것이다.
 그렇다면 일반분양분 토지 중 조합원외 매입토지에 상응하는 취득세 및 농특세 신고행위는 어느 모로 보나 당연무효에 해당한다고 할 것이다.
 마) 따라서 피고 부산광역시는 취득세 과오납금 110,679,660원[과세표준 5,533,983,000원(6360.9㎡ × 870,000원/㎡) × 2%], 피고 대한민국은 농특세 과오납금 11,067,960원(취득세 110,679,660원 × 10%)을 부당이득으로서 원고에게 각 반환할 의무가 있다고 할 것이다.
 2) 두 번째 주장에 대한 판단
 가) 별지 기재 농어촌특별세, 농어촌특별세법시행령, 주택법 등의 관련규정을 종합하여 보면, 주거전용면적 기준으로 1세대당 85㎡ 이하인 국민주택과 이에 부수하는 토지에 대하여는 농특세를 비과세하도록 규정되어 있고, 을가 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 농특세 신고를 할 때 평형 및 대지면적을 기재한 사실을 인정할 수 있고, 평형에 대지면적을 공제하면 주거전용면적이 산출됨은 계산상 명백하다(을가 제1호증 중 32평, 24평으로 기재되어 있는 부분이 국민주택규모에 해당한다).
 따라서 법률의 규정에 의하여 농특세의 면제대상이 됨이 명백함에도, 앞서 살펴본 바와 같이 피고 동래구청장 예하 공무원이 국민주택 규모에 해당하는 부분까지 포함한 일반분양분 토지 전체에 대하여 농특세를 납부하도록 안내함에 따라 원고가 가산세의 부과 회피 등을 위하여 이 부분까지 포함하여 농특세를 신고납부하게 되었다면, 일반분양분 토지의 조합원 신탁토지 중 국민주택 규모에 상응하는 농특세 신고행위는 조세채무의 확정력을 인정할 여지가 없는 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효에 해당한다.
 나) 따라서 피고 대한민국은 농특세 과오납금 20,113,440원[(원고가 납부한 농특세 53,546,200원 - 앞서 반환의무가 인정된 농특세 11,067,960원) × 위 국민주택 해당분 비율 47.35%]을 부당이득으로서 추가로 원고에게 반환할 의무가 있다고 할 것이다.
 3) 세 번째 주장에 대한 판단 
 부산광역시 동래구에 기부채납한 도로 6,487㎡가 취득세 및 등록세 비과세 대상인지 여부는 별론으로 하고, 원고가 무효라고 주장하는 이 사건 선행처분은 ‘부산 동래구 (지번 2 생략)’에 위치하는 아파트 대지 중 일반분양분 토지와 관련된 것임은 원고도 이를 인정하고 있는바, 기부채납된 도로부분이 아파트 대지에 포함되지 않음은 앞서 본 바와 같으므로, 기부채납된 도로부분에 대한 이중과세 여부가 이 사건의 결론에 어떠한 영향을 미친다 할 수 없고, 이러한 사정 때문에 일반분양분 토지 중 조합원외 매입토지 전부에 상응하는 부분에 관하여 이중과세에 해당한다고 논할 수도 없어서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (다) 소결론
 결론적으로, 원고에게, 피고 부산광역시는 110,679,660원, 피고 대한민국은 31,181,400원(11,067,960원 + 20,113,440원) 및 각 이에 대하여 이 사건 소장 송달 다음날인 2008. 7. 12.부터 이 판결 선고일인 2009. 4. 10.까지는 민법에 정한 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법에 정한 연 20%의 각 비율에 의한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
4. 결론
 그렇다면, 피고 동래구청장에 대한 원고의 주위적 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 피고 부산광역시, 대한민국에 대한 원고의 예비적 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 각 인용하고, 각 나머지 예비적 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 문형배(재판장) 문성준 김연수