지식산업센터의 설립승인을 받아 이를 분양하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 후 신탁등기 한 경우 매각·증여로 볼 수 있는지 여부 (일반행정, 수원지방법원)
공포일: 2017.05.10 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 2016. 11. 9. 원고에 대하여 한 취득세 본세 536,013,240원의 부과처분 중 268,006,620원을 초과하는 부분을, 취득세 가산세 3,079,470원의 부과처분 중 1,539,735원을 초과하는 부분을, 지방교육세 본세 53,601,320원의 부과처분 중 26,800,660원을 초과하는 부분을, 지방교육세 가산세 161,370원의 부과처분 중 80,685원을 초과하는 부분을, 농어촌특별세 본세 26,800,660원의 부과처분 중 13,400,330원을 초과하는 부분을, 농어촌특별세 가산세 80,680원의 부과처분 중 40,340원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 이 사건 토지 취득 및 지식산업센터 설립승인

원고는 2015. 6. 16. 수○시로부터 수○시 권○구 고○동 32BL 1LT 공장용지 13,278㎡(2016. 6. 21. 토지개발사업시행으로 인하여 ‘수○시 권○구 고○동 1152 공장용지 13,278㎡’로 소유권보존등기가 경료되었다, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매매대금 12,516,094,000원에 매수하고, 수○시에 같은 날 계약금 1,251,609,400원을, 2015. 9. 9. 중도금 및 잔금 11,264,484,600원을 지급하였다.
원고는 2015. 8. 3. 수○시○으로부터 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 ‘산업집적법’이라 한다) 제28조의2 제1항에 따라 이 사건 토지 지상에 도시형공장을 업종으로 하는 지식산업센터의 설립승인을 받았다(이하 위 지식산업센터를 ‘이 사건 지식산업센터’라 하고, 위 설립승인을 ‘이 사건 설립승인’이라 한다).
나. 이 사건 토지 신탁 및 지식산업센터 설립승인 변경

원고는 2015. 9. 8. 한○자○신○ 주○회○(이하 ‘한○자○신○’이라 한다)와 사이에 원고를 위탁자 겸 수익자로 하고 한○자○신○을 수탁자로 하여 이 사건 토지에 신탁법에 따른 신탁을 설정하는 관리형토지신탁계약(이하 ‘이 사건 신탁’이라 한다)을 체결하였다.
한편 한○자○산신○은 2015. 9. 10. 수○시○으로부터 이 사건 설립승인의 설립주체를 한○자○신○으로 변경하는 변경승인을 받아(이하 ‘이 사건 변경승인’이라 한다) 2015. 9. 11. 이 사건 지식산업센터 착공신고를 하였고, 이 사건 지식산업센터는 2016. 6. 7. 준공되었다.
다. 이 사건 토지 취득에 따른 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세 부과처분

원고는 2015. 10. 30. 피고에게 이 사건 토지 취득가액 12,516,094,000원을 기준으로 과세표준을 산정하여 이 사건 토지 취득에 따른 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세(이하 이들을 통틀어 ‘취득세 등’이라 한다)를 신고하면서 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의2 제1항에 따른 취득세 등 50/100의 경감을 신청하였으나, 피고는 같은 날 원고에게 위 경감 적용을 배제하고 취득세 536,556,120원, 지방교육세 53,655,610원, 농어촌특별세 26,827,800원을 부과·고지하였다.
라. 경정청구 및 이의신청 결과

원고는 2015. 11. 5. 위 다. 기재 부과·고지에 따른 취득세 등을 납부한 다음 2015. 11. 13. 피고에게 위 취득세 등의 50/100에 해당하는 세액에 대한 감액경정을 청구하였다. 피고는 2016. 1. 8. 이 사건 신탁을 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘2016. 1. 8.자 경정거부처분’이라 한다).
원고는 2016. 3. 2. 위 경정거부처분에 대하여 이의신청하였으나 경○도○사는 2016. 5. 30. 위 이의신청을 기각하였다.
마. 이 사건 토지 대금 정산에 따른 감액경정결정

원고는 2016. 6. 21. 수○시로부터 2016. 6. 7.을 기준으로 조성원가 조정에 따라 정산된 이 사건 토지 대금과 기지급 대금의 차액 380,002,000원의 정산금을 환급받은 다음 2016. 6. 23. 피고에게 위 정산금 환급에 따른 과세표준 및 세액의 감액경정을 청구하였고, 피고는 위 경정청구를 받아들여 위 다. 기재 부과·고지 취득세 등을 취득세 521,356,040원, 지방교육세 52,135,600원, 농어촌특별세 26,067,800원으로 감액경정하였다.
바. 세무조사에 따른 증액경정결정

수○시○은 2016. 9. 8.부터 2016. 9. 9.까지 세무조사를 실시하여 2016. 10. 11. 원고에게 이 사건 토지 취득가액에 포함되어야 하는 수수료 366,430,000원이 과세표준에서 누락되어 그에 해당하는 세액을 추징한다는 세무조사 결과를 통지하였고, 피고는 위 세무조사 결과에 따라 2016. 11. 9. 원고에게 취득세 14,657,200원 및 이에 대한 가산세 3,079,470원, 지방교육세 1,465,720원 및 이에 대한 가산세 161,370원, 농어촌특별세 732,860원 및 이에 대한 가산세 80,680원을 부과·고지하였다(이하 ‘2016. 11. 9.자 증액경정처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6 내지 19, 22, 23, 226, 227호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안 전 항변에 관한 판단

가. 피고의 주장

이 사건 소 중 앞의 1.의 바. 기재 증액경정처분으로 증액된 부분의 취소를 구하는 부분은 원고가 이에 대한 제소기간을 도과한 2017. 3. 30. 청구취지를 변경하여 이를 구하였으므로 부적법하다.
나. 판단

1) 당초의 조세부과처분에 대하여 적법한 취소소송이 계속 중에 동일한 과세목적물에 대하여 당초의 부과처분을 증액 변경하는 경정결정 또는 재경정결정이 있는 경우에 당초 부과처분에 존재하고 있다고 주장되는 취소사유(실체상의 위법성)가 경정결정 또는 재경정결정에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초 부과처분이 위법하다고 판단되면 경정결정 또는 재경정결정도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우 원고는 경정결정 또는 재경정결정에 대하여 따로 전심절차를 거칠 필요 없이 청구취지를 변경하여 경정결정 또는 재경정결정의 취소를 구할 수 있고, 이러한 경우 당초의 소송이 적법한 제소기간 내에 제기된 것이라면 경정결정 또는 재경정결정에 대한 청구취지변경의 제소기간 준수 여부는 따로 따질 필요가 없는바(대법원 2012.11.29. 선고 2010두7796 판결참조), 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송이 제기된 후 동일한 과세목적물에 대하여 당초의 부과처분을 증액 변경하는 경정결정 또는 재경정결정이 있는 경우에도 달리 볼 것은 아니라고 할 것이다.
2) 피고가 2015. 10. 30. 원고에게 이 사건 토지 취득에 따른 취득세 등을 부과·고지한 사실, 원고가 2015. 11. 13. 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항에 따라 위 부과·고지에 따른 취득세 등의 50/100에 해당하는 세액에 대한 감액경정을 청구하였으나 피고가 2016. 1. 8. 위 경정청구를 거부한 사실, 피고는 2016. 6.경 이 사건 토지 대금이 380,002,000원 감소한 데에 따라 감액경정처분을 하였고, 이후 원고가 위 경정거부처분에 대하여 적법한 전심절차를 거쳐 ‘피고가 2016. 1. 8. 원고에 대하여 한 취득세 등 617,039,538원의 경정거부처분 중 317,259,818원을 초과하는 부분’의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기한 사실, 피고가 위 소송 계속 중 2016. 11. 9. 수수료 366,430,000원이 과세표준에서 누락된 데에 따른 증액경정처분을 한 사실은 앞의 1.의 다. 내지 바.에서 인정한 것과 같고, 원고가 2017. 3. 30. 주위적으로는 ‘2016. 11. 9.자 증액경정처분 중 50/100을 초과하는 부분의 취소’를, 예비적으로는 ‘2016. 1. 8.자 경정거부처분 중 감액경정처분으로 인하여 취소된 나머지의 50/100을 초과하는 부분의 취소’를 구하는 것으로 청구취지를 변경하였고, 2017. 4. 4. 위 2017. 3. 30.자 청구취지의 예비적 청구취지에 ‘2016. 11. 9.자 증액경정처분으로 증액된 부분의 50/100을 초과하는 부분의 취소’를 추가하는 것으로 청구취지를 변경한 사실은 기록상 명백하다.
그런데 2016. 1. 8.자 경정거부처분과 2016. 11. 9.자 증액경정처분은 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항에 따른 취득세 등 경감 적용을 배제한 점에서 처분사유가 공통되는바, 원고가 위 청구취지 변경신청서 제출 전에는 물론 그 후에도 이 부분 공통된 위법사유의 존재를 계속 주장하고 있으므로, 위 경정거부처분에 대한 당초의 이 사건 소가 적법한 제소기간 내에 제기된 이상 위 증액경정처분으로 인한 청구취지변경의 제소기간 준수 여부는 따로 따질 필요가 없다. 원고의 본안 전 항변은 이유 없다.
3. 심판대상에 관한 판단

가. 과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 오직 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 된다(대법원 1992.5.26. 선고 91누9596 판결,대법원 1999.5.11. 선고 97누13139 판결,대법원 2009.5.14. 선고 2006두17390 판결,대법원 2012.3.29. 선고 2011두4855 판결등 참조). 그러나 납세자의 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송이 제기된 후 과세관청의 증액경정처분이 이루어진 경우에는 당초신고나 감액경정청구, 감액경정청구에 대한 거부처분은 그 후에 이루어진 과세관청의 증액경정처분에 흡수·소멸되지 아니한다(대법원 1987.1.20. 선고 83누571 판결참조). 다만 납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어져서 그 증액경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위하여 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다(대법원 2005.10.14. 선고 2004두8972 판결).
나. 원고는 당초 소장에서 ‘2016. 1. 8.자 경정거부처분 중 50/100을 초과하는 부분의 취소‘를 구하였다가, 피고의 감액경정처분과 증액경정처분으로 인하여 최종적으로 주위적으로는 ‘2016. 11. 9.자 증액경정처분 중 50/100을 초과하는 부분의 취소’를, 예비적으로는 ‘2016. 1. 8.자 경정거부처분 중 감액경정처분으로 인하여 취소된 나머지의 50/100을 초과하는 부분의 취소와 2016. 11. 9.자 증액경정처분으로 증액된 부분의 50/100을 초과하는 부분의 취소’를 구하는 것으로 청구취지를 변경하였는바, 위와 같은 소의 변경은 청구의 기초에 변경이 없으며 상당성이 있다고 인정되므로 적법하고, 덧붙여 위 가.에서 살펴본 법리에 비추어 보면, 원고가 주위적 청구로 ‘2016. 11. 9.자 증액경정처분 중 50/100을 초과한 부분에 대한 취소’를 구하고 있는 이상, ‘2016. 1. 8.자 경정거부처분 중 감액경정처분으로 인하여 취소된 나머지의 50/100을 초과하는 부분의 취소와 2016. 11. 9.자 증액경정처분으로 증액된 부분의 50/100을 초과하는 부분의 취소’를 구하는 예비적 청구는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없다.
4. 본안에 관한 판단

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

원고는 이 사건 지식산업센터의 설립승인을 받아 이를 분양하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였으므로 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항 제1호 본문의 경감요건을 충족하였고, 이 사건 신탁이 같은 호 단서 나.목의 "매각·증여"라고 볼 수 없어 경감 적용을 배제할 추징사유에도 해당하지 아니한다. 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항에 따른 취득세 등 50/100의 경감 적용을 배제한 2016. 11. 9.자 증액경정처분은 위법하다.
2) 피고의 주장

가) 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항에 의한 경감은 "설립승인을 받은 자"를 대상으로 하는 것인데, 원고가 이 사건 변경승인으로 말미암아 이 사건 지식산업센터 설립승인을 받은 자의 지위에 있지 않게 된 이상 위 경감을 청구할 수 있는 지위에 있다고 볼 수 없다.
나) 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항 제1호 본문의 "직접 사용하거나 분양하기 위하여"에서 ‘직접’은 사용에 있어서 뿐만 아니라 분양에 있어서도 적용되는 것이므로, 원고가 이 사건 토지를 직접 사용하거나 직접 분양하지 아니하고 신탁한 이상 위 경감요건을 충족한다고 볼 수 없다.
다) 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항 제1호 단서 나.목의 추징사유인 "매각·증여"는 유상 또는 무상을 불문하고 소유권이 이전되는 경우를 의미하는 것이므로, 이 사건 신탁을 원인으로 이 사건 토지의 소유권이 이전된 이상 위 추징사유에 해당한다.
나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.
다. 판단

1) 관련법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 참조). 그러나 조세법규의 문언 자체에 의하더라도 그 의미가 분명하지 아니하거나 외견상 법규 상호 간에 배치되거나 충돌하는 것처럼 보이는 경우 법원으로서는 당연히 법규 상호 간의 조화로운 해석을 통하여 문제가 되고 있는 문언의 진정한 의미를 밝혀내야 한다. 이 경우 법관은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 법규의 합목적적 해석을 할 수 있음은 물론이다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결,대법원 2015.4.16. 선고 2011두5551 판결등 참조).
2) 원고가 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항의 경감 대상에 해당하는지 여부[피고의 위 가) 주장 관련]

가) 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항은 ‘산업집적법 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서 지방세를 경감한다’고 규정하고 있으나(이하 ‘이 사건 대상규정’이라 한다) 이 사건 대상규정이 적용되는 경감 대상 해당 여부를 판단하는 기준시에 대한 규정을 별도로 두고 있지는 않다. 나) 위 규정 형식과 내용에 더하여, 갑 제22호증, 55 내지 224호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 사정들, 즉 법률에 별도의 규정이 없는 한 납세의무의 감면요건 충족 여부도 원칙적으로 그 납세의무가 성립하는 때를 기준으로 판단하여야 하므로 이 사건 대상규정이 적용되는 경감 대상 해당 여부 역시 취득세 납세의무가 성립하는 과세물건을 취득한 때를 기준으로 판단하여야 하는 점, 이 사건 대상규정은 2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되면서 "지식산업센터의 설립승인을 받은 자"가 "지식산업센터를 설립하는 자"로 개정되었으므로, 개정 전 이 사건 대상규정도 위 개정내용을 고려하여 합목적적으로 해석할 필요가 있는바, 산업집적법에 따른 적법한 설립절차를 거쳐 지식산업센터를 설립하는 자를 설립의 실질을 고려하지 않은 채 형식적으로 설립주체 명의가 사후에 변경되었다는 이유로 이 사건 대상규정의 적용 대상에서 배제하는 것은 위 개정내용 및 취지에 비추어 부당한 점, 이 사건 신탁은 종국적으로 이 사건 토지를 처분하거나 설립주체를 이전하는 것이 아니라 이 사건 지식산업센터 분양 등 운용을 위임하는 것에 그 목적이 있는 것으로 보이고, 이 사건 신탁이나 이 사건 변경승인 후에도 이 사건 지식산업센터 설립사업의 자금 조달을 책임지고 이를 구체적으로 수행한 원고가 여전히 이 사건 지식산업센터의 실질적 설립주체인 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고가 2015. 8. 3. 이 사건 설립승인을 받고 이 사건 변경승인 전인 2015. 9. 9. 이 사건 토지를 취득한 이상(앞의 1.의 가.), 이 사건 변경승인에도 불구하고 원고가 이 사건 대상규정이 적용되는 "설립승인을 받은 자"로서 경감 대상에 해당한다고 봄이 타당하다.
3) 원고가 매수한 이 사건 토지가 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항 제1호 본문의 "직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산"에 해당하는지 여부[피고의 위 나) 주장 관련]

산업집적법은 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설을 일정한 사업시설(이하 ‘사업시설용’이라 한다)로 제한하는바(제28조의5 제1항), 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항 제1호는 본문에서 ‘지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세를 경감한다’고 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 경감규정’이라 한다). 그런데 이 사건 경감규정의 "직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여"에서 앞부분의 ‘사용’은 곧바로 접미사로 이어지고 있는 것과 달리 뒷부분의 ‘분양’과 ‘임대’는 ‘또는’이라는 부사에 의하여 병렬적으로 접속된 다음 접미사로 이어지는바, 법문상 ‘직접’이라는 부사가 ‘사용’ 부분뿐만 아니라 ‘분양 또는 임대’ 부분까지 수식한다고 보기 어려운 점, 2016. 12. 27. 법률 제14477호로 이 부분(직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터)이 "직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산과 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산"으로 개정되었는바, 개정된 현행「지방세특례제한법」제58조의2제1항 제1호 본문은 개정 전 이 사건 경감규정의 의미를 재확인하면서 다만 논란의 여지가 없도록 그 법문상 표현을 보다 명확하게 가다듬은 것으로 보이는 점, 산업집적법이 지식산업센터의 분양 방식에 관하여 오로지 그 설립자만이 직접 분양에 관한 법률관계의 당사자가 되어야 한다거나 달리 분양 방식을 제한하는 규정을 두고 있지도 않고, 사업시설용으로 분양되는 이상 그 분양 방식과 관계없이 본래의 용도로의 사용 촉진이라는 이 사건 경감규정의 취지는 달성되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 경감규정의 ‘분양’의 의미를 ‘직접 분양’한 경우만으로 제한해석하는 것은 타당하지 않다.
4) 이 사건 신탁이 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항 제1호 단서 나.목의 "매각·증여"에 해당한다고 볼 수 있는지 여부[피고의 위 다) 주장 관련]

가) 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항 제1호 단서 나.목은 ‘취득일로부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우 경감된 취득세를 추징한다’고 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 추징규정’이라 한다).
그런데「지방세특례제한법」제2조본문은 ‘이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 지방세기본법과 지방세법에서 정하는 바에 따른다’고 규정하고 있으나, 이 사건 추징규정에 의한 추징사유인 ‘매각’이나 ‘증여’의 의미에 대하여 지방세특례제한법은 물론 지방세기본법, 지방세법에도 달리 정함이 없고, 다만 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1호에서 취득세에서 사용하는 용어인 취득의 뜻으로 ‘매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득’을 규정하는 한편, 같은 법 제9조 제3항에서 취득세를 부과하지 아니하는 경우로 ‘신탁(신탁법에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득’을 규정하고 있다. 또한 민법은 매매에 대하여 ‘당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다’고 규정하고 있고(제563조), 증여에 대하여 ‘당사자 일방이 무상으로 재산을 상대방에 수여하는 의사를 표시하고 상대방이 이를 승낙함으로써 그 효력이 생긴다’고 규정하고 있으면서도(제554조), 신탁에 대하여는 따로 규정을 두지 않고 있으나, 신탁법은 신탁의 정의를 ‘위탁자와 수탁자 간의 신임관계에 기하여 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 수익자의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계’로 규정하고 있다.
나) 위 각 규정 형식과 내용, 산업집적법의 입법취지에 비추어 보건대, 이 사건 경감규정은 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설을 사업시설로 제한하는 산업집적법 제28조의5 제1항의 실효성을 확보하고 그 용도에 따른 사용을 촉진하기 위하여 사업시설용으로 직접 사용하는 경우나 제3자로 하여금 사업시설용으로 사용하도록 분양 또는 임대하는 경우에 한하여 취득세 경감의 혜택을 주는데 그 취지가 있다고 할 것이고, 이 사건 추징규정은 위와 같은 이 사건 경감규정의 취지에 반하여 지식산업센터 설립 후 단기간 내에 그 소유권이 이전되거나 다른 용도로 분양·임대됨으로써 원래의 용도인 사업시설로 사용되지 않게 되는 경우에 대하여 위와 같은 혜택을 박탈하는데 그 취지가 있다고 할 것이므로, 이 사건 추징규정의 추징사유인 ‘매각·증여’가 비록 유·무상으로 소유권이 이전되는 대표적인 거래유형이라고 하더라도 위 법문 자체로 곧 유상 또는 무상을 불문한 소유권이 이전되는 거래유형 전부를 포괄적으로 의미한다고 볼 수는 없고, 그 의미를 사업시설 외의 용도로 사용될 위험이 없는 거래유형에 의한 소유권 이전으로까지 함부로 확장해석할 합리적 근거도 달리 없으므로, 이 사건 추징규정에서의 "매각·증여"의 의미는 ‘신탁’과는 구별되는 별도의 거래유형으로서 ‘신탁’을 포함하는 것은 아니라고 해석함이 타당하다. 이 사건 신탁이 이 사건 추징규정의 "매각·증여"에 해당한다고 볼 수는 없다.
5) 소결론

앞의 1.에서 인정한 사실에 위에서 살펴본 바를 더하여 보면, 원고는 산업집적법 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자로서 지식산업센터를 신축하여 사업시설용으로 분양하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였고, 원고가 한○자○신○과 사이에 이 사건 신탁을 체결하였다고 하더라도 원고가 이 사건 토지를 "매각·증여"하였다고 볼 수는 없다.
따라서 2016. 11. 9.자 증액경정처분 중 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항 제1호 본문에 따라 취득세 등의 50/100을 경감하여 산정한 세액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 하는바, 앞의 1.의 마. 기재 감액경정과 1.의 바. 기재 증액경정을 거쳐 최종적으로 원고에게 부과·고지된 취득세 등의 세액은 취득세 본세 536,013,240원 및 이에 대한 가산세 3,079,470원, 지방교육세 본세 53,601,320원 및 이에 대한 가산세 161,370원, 농어촌특별세 본세 26,800,660원 및 이에 대한 가산세 80,680원임이 계산상 명백하므로, 2016. 11. 9.자 증액경정처분 중 ① 취득세 본세의 경우 구「지방세특례제한법」제58조의2제1항 제1호 본문에 따라 취득세의 50/100을 경감하여 산정한 268,006,620원(= 536,013,240원 × 50/100)을 초과하는 부분, ② 취득세 가산세의 경우 위 경감된 취득세를 과세표준으로 하여 산정한 1,539,735원(= 3,079,470원 × 50/100)을 초과하는 부분, ③ 지방교육세 본세의 경우 위 경감된 취득세를 과세표준으로 하여 산정한 26,800,660원(= 53,601,320원 × 50/100)을 초과하는 부분, ④ 지방교육세 가산세의 경우 위 경감된 취득세를 과세표준으로 하여 산정한 80,685원(= 161,370원 × 50/100)을 초과하는 부분, ⑤ 농어촌특별세 본세의 경우 위 경감된 취득세를 과세표준으로 하여 산정한 13,400,330원(= 26,800,660원 × 50/100)을 초과하는 부분, ⑥ 농어촌특별세 가산세의 경우 위 경감된 취득세를 과세표준으로 하여 산정한 40,340원(= 80,680원 × 50/100)을 초과하는 부분을 각 취소한다.
5. 결 론

원고의 주위적 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것)

58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면)

①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5제1항제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.
■ 지방세특례제한법

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면)

①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5제1항제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.
■ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제22조의2

⑦ 지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 「지방세특례제한법」및 조례로 정하는 바에 따라 지방세를 감면할 수 있다.
1. 지식기반산업집적지구 내에 산업집적기반시설을 확충하는 자

2. 지식기반산업집적지구 내에 지식산업센터를 설립하는 자

3. 지식기반산업집적지구 내의 지식산업센터를 분양받는 입주기업체 또는 지원기관

제28조의2(지식산업센터의 설립 등)

① 지식산업센터의 설립승인, 인ㆍ허가등의 의제, 설립등의 승인에 대한 특례, 처리기준의 고시등, 설립등의 승인취소, 건축허가, 사용승인, 제조시설설치승인, 제조시설설치승인의 취소 및 협의에 관하여는 제13조, 제13조의2부터 제13조의5까지, 제14조, 제14조의2부터 제14조의4까지 및 제18조를 준용한다.
■ 지방세법

제6조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(개수), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.
제9조

③ 신탁(「신탁법」에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다.
1. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

2. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

3. 수탁자가 변경되어 신수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

■ 지방세기본법

제34조(납세의무의 성립시기)

① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.
1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때

제35조(납세의무의 확정)

① 지방세는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 그 세액이 확정된다.
1. 납세의무자가 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고·납부하는 지방세: 신고하는 때

산업집적법 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자로서 지식산업센터를 신축하여 사업시설용으로 분양하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였고, 원고가 신탁회사와 신탁을 체결하였다고 하더라도 이 사건 토지를 "매각·증여"하였다고 볼 수는 없다.