2차납세의무자지정및납세고지처분취소[체납법인의 법인세 납세의무 성립 당시 회생절차 진행 중에 있던 과점주주에 대하여 제2차 납세의무자 지정 및 체납법인세 납부 고지를 한 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2025.09.25 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인 율우 담당변호사 김기정 외 1인)
【피고, 상고인】 제주세무서장
【원심판결】 광주고법 2025. 1. 22. 선고 (제주)2024누1698 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심이 인정한 사실관계는 다음과 같다. 
 가. 주식회사 △△△(이하 ‘체납법인’이라 한다)는 빌리지 분양업을 영위하는 주식회사이고, 원고는 체납법인의 지분 100%를 보유한 주식회사이다.
 나. 피고는 2023. 4. 3. 체납법인에 2019 사업연도 법인세 717,120,660원을 지정납부기한(2차 지정납부기한) 2023. 4. 30.으로 정하여 경정·고지하였는데 체납법인이 이를 납부하지 않자, 2023. 7. 31. 원고가 체납법인의 과점주주라는 이유로 원고를 체납법인의 체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고, 749,391,070원을 납부하도록 원고에게 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 다. 원고는 2019. 2. 13. 서울회생법원 2019회합100028호로 회생절차개시신청을 하여, 2019. 3. 18. 법원으로부터 회생절차개시결정을 받았는데, 2020. 3. 11. 회생계획인가결정이 내려지지 아니한 상황에서 회생절차폐지결정을 받았다.
 2. 관련 규정과 법리
 가. 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 본문은 ‘법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.’고 규정하고 있다. 그중 구 국세기본법 제39조 제2호에 의하여 제2차 납세의무를 지는 자는, 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들인 과점주주를 말한다.
 구 국세기본법 제39조에 규정된 제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담하게 하는 제도이다.
 나아가 구 국세기본법 제39조 제2호의 취지는, 회사 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 그 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있다. 그러나 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2019. 5. 16. 선고 2018두36110 판결 등 참조).
 나. 주식회사의 업무집행권은 본래 대표이사에게 부여되고(상법 제389조 제3항, 제209조 제1항) 정관이나 법률이 정한 사항 및 중요한 자산의 처분과 양도 등에 관한 의사결정권은 주주총회 또는 이사회가 가지고 있다(상법 제361조, 제393조 제1항). 그러나 회생절차가 개시되면 채무자인 주식회사의 업무수행권과 재산의 관리처분권은 관리인에게 전속하게 되고, 주식회사의 이사는 관리인의 권한을 침해하거나 부당하게 그 행사에 관여할 수 없다[「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」(이하 ‘채무자회생법’이라 한다) 제56조]. 관리인은 채무자나 그의 기관 또는 대표자의 지위에 있는 것이 아니라, 채권자·주주·지분권자 등으로 구성되는 이른바 이해관계인 단체의 관리자이자 일종의 공적 수탁자로서, 채무자로부터 독립하여 채권자 등 전체의 공동 이익을 위하여 선량한 관리자의 주의로써 직무를 수행하여야 한다(대법원 2024. 5. 30. 선고 2019다47387 판결 참조). 이 과정에서 관리인은 그에게 전속하는 업무수행권과 관리처분권을 바탕으로 이해관계인의 법률관계를 조정하고 채무자 또는 사업의 효율적인 회생을 도모하기 위한 업무 등을 수행하면서, 채무자의 업무와 재산의 관리상태 등을 법원에 보고하고, 재산의 처분이나 금전의 지출 등의 일정한 행위를 하기 위해 미리 법원의 허가를 받아야 하는 등 다양한 방법으로 법원의 감독을 받게 되는바(채무자회생법 제61조, 제81조, 제91조, 제92조, 제93조 등 참조), 이로써 채무자인 주식회사의 경영에는 회생절차 개시 이전과 비교하여 근본적인 변화가 나타나게 된다(대법원 2019. 8. 14. 선고 2019다204463 판결 참조).
 이와 같이 채무자에 대한 회생절차 개시로 말미암아, 공적 수탁자로서 채무자와 구분되는 제3자 지위에 있는 관리인에게 전속하는 업무수행권과 관리처분권에는 채무자가 보유하는 주식에 관한 권리, 즉 주주권에 관한 사항도 포함된다. 이에 따라 회생절차가 개시되기 전까지 채무자가 다른 회사에 대한 주주로서 주주권을 행사하여 그 회사의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 과점주주 지위에 있었다 하더라도, 회생절차개시결정으로 주주권에 관한 권한이 법원의 감독을 받는 관리인에게 전속하게 되는 이상, 그때부터 채무자는 종전과 같은 지위를 유지한다고 보기 어렵다. 따라서 특별한 사정이 없는 한 법원으로부터 회생절차개시결정을 받아 회생절차가 진행되는 동안 채무자는 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주 지위에 있지 않다고 봄이 타당하다. 또한 회생절차폐지결정은 소급효가 인정되지 아니하므로, 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주인지의 판단 시점인 본래 납세의무자의 납세의무 성립일을 기준으로 채무자에 대한 회생절차가 이미 개시되어 진행 중인 이상, 나중에 회생절차가 폐지되었다고 하여 소급하여 채무자가 제2차 납세의무자인 과점주주 지위에 있게 된다고 볼 것도 아니다. 다만 회생절차가 회생계획인가 이전에 폐지되면 관리인 권한이 소멸하고 관리인에게 전속하였던 업무수행권과 관리처분권이 그때부터는 채무자에게 회복하게 되므로, 회생절차가 회생계획인가 이전에 폐지된 후 새로이 도래하는 본래의 납세의무자인 해당 법인의 납세의무 성립일을 기준으로 채무자가 제2차 납세의무자인 과점주주 지위에 있는지의 판단을 별도로 필요로 하게 될 따름이다.
 3. 판단
 원심은, 이 사건 처분은 체납법인의 2019 사업연도 법인세에 대한 제2차 납세의무에 따른 것인데, 법인세 납세의무의 성립일인 2019. 12. 31.을 기준으로 원고는 회생절차개시결정을 받아 회생절차가 진행 중이었고, 이로 인해 원고는 체납법인에 대해 그 보유주식에 기하여 경영상의 영향력을 행사할 수 없었다는 등의 판시와 같은 이유로, 원고는 체납법인의 2019 사업연도 법인세에 대하여 제2차 납세의무를 지는 과점주주에 해당하지 않으므로 이와 다른 전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 앞서 본 관련 규정과 법리 및 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 비추어 살펴보면, 원심이 2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정된 국세기본법 제39조 제2호가 적용됨을 전제로 언급한 부분은 다소 부적절하나, 원고가 체납법인의 2019 사업연도 법인세에 대한 제2차 납세의무자 지위에 있지 않다고 보아 이 사건 처분을 위법하다고 본 원심의 결론은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 원고가 법인임을 간과하거나 과점주주가 제2차 납세의무를 지기 위한 요건인 ‘주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자’에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 
 4. 결론
 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 이흥구(재판장) 오석준 노경필(주심) 이숙연

[1] 과점주주의 제2차 납세의무를 규정한 구 국세기본법 제39조의 취지 및 해석 방법

 [2] 법원으로부터 회생절차개시결정을 받아 채무자에 대한 회생절차가 진행되는 동안 회생절차 개시 전까지 과점주주 지위에 있던 채무자는 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주 지위에 있는지 여부(원칙적 소극) / 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주인지의 판단 시점인 본래 납세의무자의 납세의무 성립일을 기준으로 채무자에 대해 이미 개시된 회생절차가 폐지된 경우, 소급하여 채무자가 제2차 납세의무자인 과점주주 지위에 있게 되는지 여부(소극) 및 이때 채무자가 제2차 납세의무자인 과점주주 지위에 있는지 판단하는 시점(=회생절차가 회생계획인가 이전에 폐지된 후 새로이 도래하는 본래의 납세의무자인 해당 법인의 납세의무 성립일)

[1] 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조에 규정된 제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담하게 하는 제도이다.
 나아가 구 국세기본법 제39조 제2호의 취지는, 회사 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 그 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있다. 그러나 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다.

 [2] 주식회사의 업무집행권은 본래 대표이사에게 부여되고(상법 제389조 제3항, 제209조 제1항) 정관이나 법률이 정한 사항 및 중요한 자산의 처분과 양도 등에 관한 의사결정권은 주주총회 또는 이사회가 가지고 있다(상법 제361조, 제393조 제1항). 그러나 회생절차가 개시되면 채무자인 주식회사의 업무수행권과 재산의 관리처분권은 관리인에게 전속하게 되고, 주식회사의 이사는 관리인의 권한을 침해하거나 부당하게 그 행사에 관여할 수 없다[채무자 회생 및 파산에 관한 법률(이하 ‘채무자회생법’이라 한다) 제56조]. 관리인은 채무자나 그의 기관 또는 대표자의 지위에 있는 것이 아니라, 채권자·주주·지분권자 등으로 구성되는 이른바 이해관계인 단체의 관리자이자 일종의 공적 수탁자로서, 채무자로부터 독립하여 채권자 등 전체의 공동 이익을 위하여 선량한 관리자의 주의로써 직무를 수행하여야 한다. 이 과정에서 관리인은 그에게 전속하는 업무수행권과 관리처분권을 바탕으로 이해관계인의 법률관계를 조정하고 채무자 또는 사업의 효율적인 회생을 도모하기 위한 업무 등을 수행하면서, 채무자의 업무와 재산의 관리상태 등을 법원에 보고하고, 재산의 처분이나 금전의 지출 등의 일정한 행위를 하기 위해 미리 법원의 허가를 받아야 하는 등 다양한 방법으로 법원의 감독을 받게 되는바(채무자회생법 제61조, 제81조, 제91조, 제92조, 제93조 등 참조), 이로써 채무자인 주식회사의 경영에는 회생절차 개시 이전과 비교하여 근본적인 변화가 나타나게 된다.
 이와 같이 채무자에 대한 회생절차 개시로 말미암아, 공적 수탁자로서 채무자와 구분되는 제3자 지위에 있는 관리인에게 전속하는 업무수행권과 관리처분권에는 채무자가 보유하는 주식에 관한 권리, 즉 주주권에 관한 사항도 포함된다. 이에 따라 회생절차가 개시되기 전까지 채무자가 다른 회사에 대한 주주로서 주주권을 행사하여 그 회사의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 과점주주 지위에 있었다 하더라도, 회생절차개시결정으로 주주권에 관한 권한이 법원의 감독을 받는 관리인에게 전속하게 되는 이상, 그때부터 채무자는 종전과 같은 지위를 유지한다고 보기 어렵다. 따라서 특별한 사정이 없는 한 법원으로부터 회생절차개시결정을 받아 회생절차가 진행되는 동안 채무자는 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주 지위에 있지 않다고 봄이 타당하다. 또한 회생절차폐지결정은 소급효가 인정되지 아니하므로, 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주인지의 판단 시점인 본래 납세의무자의 납세의무 성립일을 기준으로 채무자에 대한 회생절차가 이미 개시되어 진행 중인 이상, 나중에 회생절차가 폐지되었다고 하여 소급하여 채무자가 제2차 납세의무자인 과점주주 지위에 있게 된다고 볼 것도 아니다. 다만 회생절차가 회생계획인가 이전에 폐지되면 관리인 권한이 소멸하고 관리인에게 전속하였던 업무수행권과 관리처분권이 그때부터는 채무자에게 회복하게 되므로, 회생절차가 회생계획인가 이전에 폐지된 후 새로이 도래하는 본래의 납세의무자인 해당 법인의 납세의무 성립일을 기준으로 채무자가 제2차 납세의무자인 과점주주 지위에 있는지의 판단을 별도로 필요로 하게 될 따름이다.