법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2015.08.27 / 시행일:

【원고, 피상고인 겸 상고인】 농업협동조합중앙회 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 소순무 외 4인)
【피고, 상고인 겸 피상고인】 남대문세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 손호철 외 6인)
【원심판결】 서울고법 2012. 6. 13. 선고 2012누463 판결
【주 문】
 원심판결의 원고 패소 부분 중 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기하고 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원심판결의 피고 패소 부분 중 법인세 부과처분 및 교육세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분에 관한 제1심판결을 취소하며, 이 부분 소를 각하한다. 원고와 피고의 나머지 상고를 모두 기각한다.

【이 유】 1. 직권 판단
 기록에 의하면, 피고는 이 사건 상고를 제기한 후인 2014. 6.경 원심판결의 취지에 따라 원심판결의 피고 패소 부분 중 법인세 부과처분 및 교육세 부과처분을 직권으로 취소하는 내용의 경정결정을 한 사실을 알 수 있으므로, 결국 원고의 이 부분 소는 이미 소멸하고 없는 처분에 대하여 취소를 구하는 것이 되어 그 소의 이익이 없어 부적법하게 되었다. 이 부분은 대법원에서 직접 재판하기에 충분하므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제437조에 따라 자판하기로 한다.
 2. 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서 등 서면들의 기재는 각 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 가. 원고의 상고이유 제1점에 대하여
법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항 제3호는 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산 중 ‘타인으로부터 매입한 자산(제1호), 자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산(제2호)’ 외의 자산의 취득가액은 취득 당시의 대통령령이 정하는 금액이라고 규정하고 있다.
 그리고 그 위임에 따른 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제72조 제1항 제5호는 법인세법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액에 관하여 ‘타인으로부터 매입한 자산(제1호), 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산(제2호), 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산(제3호), 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등(제4호)’ 외의 방법으로 취득한 자산은 취득 당시의 ‘시가’를 취득가액으로 하도록 규정하고 있다. 위 규정에서 정한 ‘시가’는 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미하며, 상장주식의 경우에는 특별한 사정이 없는 한 평가기준일 당일의 한국증권거래소(이하 ‘거래소’라고 한다) 종가에 의하여 정해진다고 해석된다(대법원 2002. 5. 31. 선고 2001두6715 판결 참조).
 원심은 제1심 판결이유를 일부 고쳐 인용하여, 원고가 채권금융기관 약정에 따라 기존 채권을 출자전환하여 LG 카드 주식회사(이하 ‘LG 카드’라고 한다)의 신주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 취득한 사실을 비롯하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, ① 이 사건 각 출자전환일을 전후하여 LG 카드 주식의 거래량이 객관적 가치를 반영하지 못할 만큼 비정상적으로 적다고 볼 수 없고, ② LG 카드 주식은 자본잠식을 이유로 매매거래가 3차례에 걸쳐 정지되고 2차·3차 각 출자전환일 무렵에 관리종목으로 지정되기도 하였으나, 각 출자전환 당시에는 매매거래가 정지되지 아니하였고 꾸준히 거래되면서 시세를 형성하였으며, ③ 상장주식은 거래소에서 기업에 대한 현재 가치뿐만 아니라 미래 가치도 함께 평가되어 거래되는 등의 판시 사정들에 비추어 보면, 이 사건 주식에 관한 각 출자전환 당일의 거래소 종가를 이 사건 주식의 시가로 보아 법인세를 산정한 피고의 처분이 적법하다는 취지로 판단하였다.
 원심판결 이유를 살펴보면, 원고가 상고이유로 주장하는 채권단들의 약정에 따른 이 사건 주식의 처분 제한에 관한 사정을 참작하더라도 원심의 이러한 판단은 앞서 본 규정과 법리에 따른 것으로 볼 수 있고, 거기에 상고이유 주장과 같이 상장주식의 가액평가에 관한 법리 등을 오해하거나 필요한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.
 나. 원고의 상고이유 제2점에 대하여
 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).
 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 이 사건 출자전환 당시의 법인세법령의 관련 규정 및 대법원판례, 행정기관의 해석 사례 등을 참고하여 상장주식의 취득 당시의 시가를 거래소 종가를 기준으로 평가하여야 함을 충분히 알 수 있었을 것으로 보이므로, 이 사건의 경우에 ‘해석상의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립’이 있다고 보기 어려워 법인세에 대한 가산세를 면책할 만한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없고, 위 법인세에 대하여 가산세를 부과한 피고의 처분이 적법하다는 취지로 판단하였다.
 원심판결 이유를 적법하게 채택된 증거들과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 위 법리에 기초한 것으로 보이고, 거기에 상고이유 주장과 같이 가산세를 면할 정당한 사유에 관한 법리를 오해하고 필요한 심리를 다하지 아니하는 등의 위법이 없다.
 다. 원고의 상고이유 제3점, 제4점에 대하여
 (1) 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제6호, 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것 및 2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제106조 제7항 제5호, 제8항 본문, 조세특례제한법 시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것) 제48조 제1항 및 [별표 10] 제5호에 의하면, 정부업무를 대행하는 단체인 ‘농업협동조합법(2009. 6. 9. 법률 제9761호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의한 조합의 중앙회’가 그 고유의 목적사업으로서 농업협동조합법 제134조에 규정된 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세 면제 대상이 되며, 다만 부가가치세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것 및 2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조 제4항 제1호 내지 제4호에 따른 용역을 제공하는 사업은 면세사업에서 제외된다.
 그런데 부가가치세법 시행령 제33조 제4항 제1호는 ‘복권·입장권·상품권·지금형주화 또는 금지금에 관한 대행용역’을, 제4호는 ‘제1호 및 제2호에 규정된 것과 유사한 용역 및 그 밖에 시행규칙으로 정하는 용역’을 규정하고 있다.
 따라서 농업협동조합법에 의한 조합의 중앙회가 고유의 목적사업으로서 농업협동조합법 제134조에 규정된 바에 따라 상품권에 관한 사업을 하는 경우에, 대행용역이나 이와 유사한 용역을 제공하는 사업이 아니라면 부가가치세법에서 정한 면세사업에 해당한다.
 (2) 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면 아래와 같은 사실 및 사정들을 알 수 있다.
 원고는 조세특례제한법에서 정한 정부업무 대행 단체로서, 농협계열판매점으로 하여금 원고가 발행·판매한 ‘농촌사랑 상품권’이라는 이름의 상품권(이하 ‘이 사건 상품권’이라 한다)을 사용할 수 있도록 하고 농협계열판매점들의 매출 증대에 필요한 상품권 판매촉진을 위한 홍보 등 가맹점 사업운영과 관련하여 지원하는 용역(이하 위 용역들을 통틀어 ‘이 사건 상품권 발행 등 용역’이라 한다)을 제공하고, 이에 대한 대가로 수수료를 받았다.
 이 사건 상품권 발행 등 용역은 원고가 농업협동조합법 제134조 제1항 제2호 (가)목의 농업경제사업 중 회원을 위한 판매사업의 일환으로 제공한 것으로서, 이 사건 상품권이 원고의 명의로 발행되었을 뿐만 아니라 상품권 거래로 인한 손익이 원고 자신에게 귀속된다.
 이와 같이 원고가 고유의 업무로서 농업협동조합법 제134조에 규정된 바에 따라 자신의 명의와 계산으로 이 사건 상품권 발행 등 용역을 제공한 것이라면, 이는 단지 타인으로부터 위탁을 받아 그 타인을 위하여 상품권을 발행·판매하고 그에 따른 대가를 받는 관계에 불과한 대행업무와는 개념상 구별되므로, 부가가치세법 시행령 제33조 제4항 제1호 또는 제4호의 상품권에 관한 대행용역이나 이와 유사한 용역에 해당한다고 볼 수 없다.
 (3) 그럼에도 이와 달리 원심은 이 사건 상품권 발행 등 용역이 부가가치세법 시행령 제33조 제4항 제1호 또는 제4호의 상품권에 관한 대행용역이나 이와 유사한 용역에 해당하여 부가가치세 면제 대상에서 제외된다고 잘못 인정하고, 위 수수료를 과세대상으로 삼은 피고의 부가가치세 처분이 적법하다고 판단하였다.
 따라서 원심의 판단에는 정부업무 대행 단체의 면세사업의 범위, 상품권에 관한 대행용역 및 그 유사 용역 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유는 이유 있다.
 라. 피고의 상고이유에 대하여
 법원은 변론 전체의 취지와 증거조사의 결과를 참작하여 사회정의와 형평의 이념에 입각하여 논리와 경험의 법칙에 따라 자유로운 심증으로 사실주장을 판단하므로, 자유심증주의의 한계를 벗어나지 아니하는 한 증거의 가치 판단 및 사실인정은 사실심 법원의 재량에 속하고, 사실심 법원이 적법하게 확정한 사실은 상고법원을 기속한다(행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제202조, 제432조).
 원심은, (1) 적법하게 채택한 증거들에 의하여, ① 원고가 주식회사 영일케미컬 등 농약제조사와 구매납품계약을 체결하여 농약제조사로부터 농약을 대량으로 공급받은 후 그 대가를 지급하였고, 농약제조사는 2004년 제2기부터 2008년 제2기까지 원고에게 농약대금의 2% 상당액을 농약취급관리비 명목으로 지급한 사실, ② 원고와 주식회사 영일케미컬 사이에 작성된 농약 구매납품계약서에는 농약취급관리비에 관한 내용이 있기는 하나 원고가 그에 대한 대가로 어떠한 용역을 제공한다는 내용이 없는 사실을 인정한 다음, (2) 위 농약취급관리비를 원고가 농약제조사에 제공한 용역의 대가라고 볼 증거가 없으며, 이와 다른 피고의 주장들을 받아들일 수 없으므로, (3) 위 농약취급관리비를 용역제공의 대가로 본 피고의 부가가치세 부과처분은 위법하다고 판단하였다.
 이러한 원심의 판단을 다투는 취지의 상고이유 주장은 실질적으로 사실심 법원의 자유심증에 속하는 증거의 취사선택과 증거가치의 판단 및 이에 기초한 사실인정을 탓하는 것에 불과하다. 그리고 원심판결 이유를 적법하게 채택된 증거들에 비추어 살펴보아도, 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 과세대상인 용역의 공급 및 그에 대한 증명책임에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결의 원고 패소 부분 중 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기하고 이 부분 사건을 원심법원에 환송하며, 원심판결의 피고 패소 부분 중 법인세 처분 및 교육세 처분에 관한 부분을 파기하고 이에 해당하는 제1심판결을 취소하며 이 부분 소를 각하하고, 원고와 피고의 나머지 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김소영(재판장) 이인복 김용덕(주심) 고영한

[1] 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제5호에서 정한 ‘시가’의 의미 및 상장주식의 시가 결정 방법
[2] 농업협동조합중앙회가 고유의 목적사업으로 구 농업협동조합법 제134조에 규정된 바에 따라 상품권에 관한 사업을 하는 경우, 부가가치세법에서 정한 면세사업에 해당하는지 여부(한정 적극)

[1] 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제72조 제1항 제5호에서 정한 ‘시가’는 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미하며, 상장주식의 경우에는 특별한 사정이 없는 한 평가기준일 당일의 한국증권거래소 종가에 의하여 정해진다.
[2] 구 농업협동조합법(2009. 6. 9. 법률 제9761호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의한 조합의 중앙회가 고유의 목적사업으로 구 농업협동조합법 제134조에 규정된 바에 따라 상품권에 관한 사업을 하는 경우에, 대행용역이나 이와 유사한 용역을 제공하는 사업이 아니라면 부가가치세법에서 정한 면세사업에 해당한다.