부가가치세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2009.06.25 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 주식회사 (소송대리인 변호사 김재훈)
【피고, 상고인】 수원세무서장 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 소순무외 2인)
【원심판결】 서울고법 2007. 6. 20. 선고 2006누25720 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원으로 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조 제2항 제1호의2는 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고, 법 제16조 제1항 제1호는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭을 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로 규정하고 있으므로, 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우에 있어서의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 공제받을 수 없다.
 한편, 화물자동차운송사업면허를 가진 운송사업자와 실질적으로 자동차를 소유하고 있는 차주 간의 계약으로 외부적으로는 자동차를 운송사업자 명의로 등록하여 운송사업자에게 귀속시키고 내부적으로는 각 차주들이 독립된 관리 및 계산으로 영업을 하면서 운송사업자에 대하여는 지입료를 지불하는 운송사업형태인 이른바 지입제에 있어, 그 지입차주가 지입된 차량을 직접 운행·관리하면서 그 명의로 화물운송계약을 체결하였다고 하더라도, 대외적으로는 그 차량의 소유자인 지입회사의 위임을 받아 운행·관리를 대행하는 지위에 있는 지입차주가 지입회사를 대리한 행위로서 그 법률효과는 지입회사에 귀속되는 것이므로(대법원 2000. 10. 13. 선고 2000다20069 판결 참조), 이 경우 거래상대방이 교부받은 지입회사 명의의 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없으나, 지입차주에게 지입회사를 대리할 의사가 없었고 거래상대방도 지입회사와 거래하려는 의사가 아니었다고 볼 수 있는 때에는 그 법률효과는 지입회사에 귀속되는 것이 아니므로(대법원 1993. 5. 27. 선고 93다7341 판결 참조), 이 경우 지입회사 명의의 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고 회사가 1998. 6. 1. 소외 1 주식회사와 사이에 소외 1 주식회사의 제품을 운송하기로 하는 운송계약을 체결하고 해마다 위 계약을 갱신하여 온 사실, 소외 2 주식회사 소속 지입차주들인 소외 3 등(이하 ‘이 사건 지입차주들’이라 한다)은 원고 회사와 사이에 개별운송계약을 체결한 후 원고 회사로부터 수주받은 물량에 대한 배차계획을 세워 소외 1 주식회사의 제품을 운송한 사실, 이 사건 지입차주들은 원고 회사로부터 직접 수령한 운송료 중 일부를 소외 2 주식회사에게 관리비, 보험료, 유류대 등의 명목으로 지급한 다음 나머지 금액을 분배하여 가져간 사실, 이 사건 지입차주들은 원고 회사로부터 부가가치세를 송금받아 소외 2 주식회사에게 지급하였고, 소외 2 주식회사는 원고 회사에게 그 명의의 이 사건 세금계산서를 발행·교부한 사실 등을 인정한 후, 지입차주가 지입된 차량을 직접 운행·관리하면서 그 명의로 화물운송계약을 체결하였다고 하더라도 대외적으로는 지입차주가 지입회사를 대리한 행위로서 그 법률효과는 지입회사에 귀속되는 것이므로, 원고 회사와 이 사건 지입차주들 사이에 체결된 화물운송계약의 대외적 법률효과 역시 원고 회사와 소외 2 주식회사 사이에 발생하는 것으로 보아야 한다는 이유로, 이 사건 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 판단하였다.
 그런데 원심이 인정한 사실관계에 덧붙여 기록에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 소외 2 주식회사는 이 사건 지입차주들에 대하여 지입회사로서의 일반적인 지시감독을 전혀 하지 아니한 점, 오히려 이 사건 지입차주들 중 1인이자 원고 회사의 감사인 소외 3이 차량관리대장을 작성하는 등 이 사건 지입차주들을 관리하면서 구체적인 배차계획을 세운 후 동인들로 하여금 소외 1 주식회사의 제품을 운송하도록 한 점, 원고 회사의 대표이사 소외 4는 이 사건 지입차주들이 사업자등록을 하지 아니하여 세금계산서를 교부할 수 없었기 때문에 소외 2 주식회사 명의로 이 사건 세금계산서를 교부받았다는 내용의 확인서(을 제4호증)를 과세관청에 제출한 점, 더욱이 이 사건 세금계산서에는 이 사건 지입차주들이 아닌 소외 3이 개별적으로 모집하여 운송을 의뢰한 다른 개인차주들의 운송용역도 포함되어 있는 점 등을 고려하여 보면, 이 사건 지입차주들은 지입회사인 소외 2 주식회사를 대리할 의사가 없었고 원고 회사 또한 소외 2 주식회사와 거래할 의사가 아니었다고 볼 여지가 있는바, 사정이 이러하다면 이 사건 화물운송계약의 법률효과가 소외 2 주식회사에 귀속되는 것으로 단정하기는 어렵다고 할 것이다.
 그럼에도 원심은, 이 사건 지입차주들에게 소외 2 주식회사를 대리할 의사가 없었는지, 나아가 원고 회사도 소외 2 주식회사와 거래할 의사가 아니었다고 볼 사정이 있는지 여부에 대하여는 심리·판단하지 아니한 채, 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 화물운송계약의 법률효과가 소외 2 주식회사에 귀속된다고 단정한 나머지 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 부가가치세법상 ‘사실과 다른 세금계산서’에 관한 법리오해 등의 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 2. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김지형(재판장) 양승태(주심) 전수안

[1] 이른바 지입제의 경우 지입회사 명의의 세금계산서를 공급자가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 볼 수 있는 경우
[2] 지입회사가 지입차주들에 대하여 일반적인 지시·감독을 전혀 하지 않고 지입차주들 중 1인이 지입차주들을 관리한 사안에서, 지입차주가 자신의 명의로 거래상대방과 체결한 화물운송계약의 법률효과가 지입회사에 귀속되는 것으로 단정하기는 어렵고 이 경우 지입회사 명의의 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당할 수 있다고 한 사례

[1] 화물자동차운송사업면허를 가진 운송사업자와 실질적으로 자동차를 소유하고 있는 차주 간의 계약으로 외부적으로는 자동차를 운송사업자 명의로 등록하여 운송사업자에게 귀속시키고 내부적으로는 각 차주들이 독립된 관리 및 계산으로 영업을 하면서 운송사업자에 대하여는 지입료를 지불하는 운송사업형태인 이른바 지입제에 있어, 그 지입차주가 지입된 차량을 직접 운행·관리하면서 그 명의로 화물운송계약을 체결하였다고 하더라도, 대외적으로는 그 차량의 소유자인 지입회사의 위임을 받아 운행·관리를 대행하는 지위에 있는 지입차주가 지입회사를 대리한 행위로서 그 법률효과는 지입회사에 귀속되는 것이므로, 이 경우 거래상대방이 교부받은 지입회사 명의의 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없다. 그러나 지입차주에게 지입회사를 대리할 의사가 없었고 거래상대방도 지입회사와 거래하려는 의사가 아니었다고 볼 수 있는 때에는 그 법률효과는 지입회사에 귀속되는 것이 아니므로, 이 경우 지입회사 명의의 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.
[2] 지입회사가 지입차주들에 대하여 일반적인 지시·감독을 전혀 하지 않고 지입차주들 중 1인이 지입차주들을 관리한 사안에서, 지입차주가 자신의 명의로 거래상대방과 체결한 화물운송계약의 법률효과가 지입회사에 귀속되는 것으로 단정하기는 어렵고 이 경우 지입회사 명의의 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당할 수 있다고 한 사례.