부가가치세부과처분취소 (세무, 대전지방법원)
공포일: 2016.08.18 / 시행일:

【원 고】 케이티엔 주식회사 (소송대리인 법무법인 (유한) 화우 담당변호사 전오영 외 1인)
【피 고】 천안세무서장
【변론종결】2016. 5. 26.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】 피고가 원고에 대하여 한 별지 부과처분내역 기재 2,305,671,640원의 부가가치세부과처분(가산세포함)을 모두 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 2002. 10. 2.부터 소규모사업자의 생활형 광고대행업을 영위하는 법인사업자로서 전국에 지역별로 38개(직영 32개, 비직영 6개)의 가맹점을 두고 업종·상호별 전화번호부를 발행하여 배포하는 방식으로 사업을 영위하여 오고 있다. 
 나. 원고의 가맹점은 ‘직영 가맹점’과 ‘비직영 가맹점’으로 구분되는데, 직영 가맹점은 원고가 직원을 파견하여 직원 명의로 개인 사업자등록을 하여 운영하는 가맹점(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)이고, 비직영가맹점은 원고가 해당 가맹점 운영자에게 독자적인 운영권을 주고 사업을 영위하도록 하는 대신 원고가 그 가맹점 운영자로부터 수수료를 지급받는 방식으로 운영되는 가맹점이다. 이 사건 사업장의 등록현황은 다음과 같다. 
(사업장 등록현황 생략)
위와 같이 이 사건 사업장에 대하여 원고는 직영가맹점별로 직원 명의의 개인 사업자로 등록을 하고 그 사업자등록에 따라 세금계산서를 수수하여 부가가치세를 신고·납부하였다.
 다. 피고는 2012. 11. 29.부터 2013. 4. 6.에 이르기까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 이 사건 사업장의 실제 사업자가 원고임을 전제로 이 사건 사업장의 각 매출·매입을 원고의 거래로 인정한 후 원고에 대하여 법인세 및 부가가치세를 경정·고지하였다(이하 ‘당초처분’이라 한다). 다만 이 사건 사업장의 매입거래에 대해서는 원고의 매입세액으로 공제를 인정하였다. 
 라. 대전지방국세청장은 2013년 12월경 피고에 대한 업무감사를 실시하여 이 사건 사업장에 대하여 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제22조 제1항 제2호 소정의 명의위장등록가산세를 부과하고, 이 사건 사업장에서 2008년 1기부터 2013년 1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 다른 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 발급받은 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)상 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과하고, 나아가 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제47조의3 제2항 소정의 부당과소신고가산세와 국세기본법 제47조의4 제1항에 따른 납부불성실가산세를 부과하도록 피고에게 시정요구를 하였다. 
 마. 피고는 위 시정요구에 따라 원고에 대하여 [별지 1] 기재와 같이 2014. 3. 10. 당초 처분에 추가하여 명의위장등록가산세 411,880,610원을 부과(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다)하였고, 2014. 8. 19. 당초처분 및 이 사건 제1처분에 추가하여 매입세액 불공제에 따른 부가가치세 본세와 부당과소신고가산세 및 납부불성실가산세 합계 1,893,737,030원을 부과(이하 ‘이 사건 제2처분’이라 하고, 이 사건 제1처분과 이 사건 제2처분을 통틀어 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)하였다. 
 바. 원고는 2014. 9. 29. 이 사건 제1처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 2014. 11. 18. 이 사건 제2처분에 불복하여 2014. 11. 18. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2015. 8. 12. 이 사건 제2처분에 대한 심판청구를, 2015. 8. 26. 이 사건 제1처분에 대한 심판청구를 각 기각하는 결정을 하였다. 
[인정근거] 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 1) 피고가 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액의 공제를 부인한 것은 타인 명의의 사업자등록의 효력에 관한 법리에 반할 뿐만 아니라, ‘공급받는 자의 등록번호’만을 필요적 기재사항으로 규정하고, ‘공급받는 자의 명칭’을 필요적 기재사항으로 규정하지 않은 구 부가가치세법 제16조 제1항 제2호의 입법취지에도 반하여 위법하다.
 2) 피고의 명의위장등록가산세 부과처분과 관련하여, 원고가 2008년 제1기부터 2013년 제1기까지 본점에 대해서는 원고의 명의로 사업자등록을 하고, 이 사건 사업장에 대하여만 원고 명의가 아닌 소속 종업원 명의로 사업자등록을 한 행위는 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호 소정의 ‘대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제5조에 따른 등록을 한 행위’가 아닌, 2014. 1. 1.자로 개정되어 시행된 개정 부가가치세법에 신설된 제60조 제1항 제2호 소정의 ‘타인 명의의 제8조에 따른 사업자등록을 이용하는 행위’에 해당하므로, 피고의 이 부분 부과처분은 조세법령 불소급원칙을 위반하여 이루어진 위법한 처분이다.
 3) 이 사건 세금계산서상 매입세액을 피고가 공제대상에서 제외한 것 자체가 위법하므로 이를 전제로 이루어진 과소신고가산세 및 납부불성실가산세 부과처분은 위법하지만, 가사 피고가 이 사건 세금계산서상 매입세액을 불공제한 것이 정당하다고 하더라도 원고가 이 사건 사업장을 종업원 명의로 등록한 행위가 부가가치세 과소신고에 관한 부당과소신고가산세의 적용요건인 ‘부당한 방법’ 또는 ‘부정행위‘에 해당한다고 볼 수 없으므로 피고가 부당신고가산세를 부과한 것은 위법하다. 
 4) 피고가 원고에게 명의위장등록가산세를 부과한 것과 관련하여, 2008년 제1기분 부가가치세 20,910,510원, 2008년 제2기분 부가가치세 29,251,990원은 부과제척기간이 경과하여 위법한 처분이고, 매입세액 불공제를 전제로 한 부가가치세 부과처분과 관련하여 2008년 제1기분 부가가치세 106,627,500원, 2008년 제2기분 부가가치세 137,155,920원, 2009년 제1기분 부가가치세 182,810,290원은 부과제척기간이 경과하여 위법한 처분이다. 
나. 관계법령
 [별지 2] 기재와 같다. 
다. 판단
1) 매입세액 불공제에 따른 부가가치세 부과처분의 위법성 여부
 가) 구 부가가치세법 제17조 제1항은 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액을 계산하도록 규정하는 한편, 같은 조 제2항은 매입세액 중 납부세액 계산시 공제대상에서 제외되는 항목을 각 호로 열거하면서 제2호에 ‘발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ’필요적 기재사항‘이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다른 경우의 매입세액’을 규정하고 있고 위 필요적 기재사항과 관련하여 부가가치세법 제16조 제1항 제1호는 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’, 제2호는 ‘공급받는 자의 등록번호’ 제3호는 공급가액과 부가가치세액, 제4호는 ‘작성연월일’을 규정하고 있다. 
 나) 구 부가가치세법 제17조 제1항에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 본문은 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우에 매입세액을 공제하지 않도록 규정하고 있고, 이는 실질과세의 원칙과는 별도로 부가가치세제 운영의 기초가 되는 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위해 일종의 제재장치를 마련한 데 입법취지가 있다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2014두35706 판결, 대법원 2003. 12. 11. 선고 2002두4761 판결 등 참조). 따라서 실질적으로 세금계산서 기재와 같은 재화나 용역의 공급이 있었거나 그러한 세금계산서 발급의무가 없다고 하더라도 매입세액을 매출세액에서 공제할 것은 아니다. 한편 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호에서 규정한 사실과 다르다는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의와 달리 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다. 
 다) 원고는, 이 사건 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자의 등록번호’가 실제 공급받는 자인 원고가 아닌 타인명의로 등록된 사업자등록상 등록번호라는 이유로 피고가 이 사건 세금계산서를 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 소정의 필요적 기재사항인 ‘공급받는 자의 등록번호’가 사실과 다르게 기재된 세금계산서라고 보아 매입세액을 불공제한 것에 대하여, 피고의 부가가치세 부과처분이 적법하려면 타인명의 사업자등록이 실제 사업자의 사업자등록으로서의 효력이 없어 그 사업자등록상 등록번호를 실제 사업자의 사업자등록번호로 볼 수 없음이 전제되어야 하는데, 사업자가 그 사업자등록과 관련하여 타인명의를 이용하였다고 하더라도 그것이 명의자가 아닌 실제 사업자의 사업장을 구성하는 효력을 갖는다는 점에서는 차이가 없고, 타인 명의의 사업자등록 역시 실제 사업자등록으로써 효력을 갖기 때문에 미등록가산세를 부과할 수 없는 이상, 실제 사업자가 타인명의로 사업자등록을 한 사업장에 관하여 거래상대방으로부터 세금계산서를 교부받고 법정기한 내에 부가가치세를 신고, 납부한다면 이와 관련한 매입세액은 공제받을 수 있다고 봄이 상당하다고 주장한다. 
 이에 따라 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 실제 사업자인 원고의 매입세액으로서 공제하여야 하는지의 여부에 관하여 살피건대, 앞서 살펴본 바와 같이 부가가치세법 제17조 제2항 제1호는 사업자가 교부받은 세금계산서의 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 제16조 제1항 제2호는 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로서 ‘공급받는 자의 등록번호’를 규정하고 있다. 다만 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다)제60조 제2항 제2호에서는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 예외적으로 매입세액을 공제할 수 있도록 규정하고 있는바, 이와 같은 규정은 부가가치세가 내국세 수입의 막대한 부분을 차지하고 있을 정도로 국가재정수입의 기초를 이루고 있는 상황에서 이른바 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계상 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 세금계산서의 정확성과 진실성을 담보할 목적 아래 마련된 일종의 제재규정이라 할 것이다.
 한편 갑 제1 내지 4호증, 을 제4 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 사업장에 대하여 의도적으로 지점장으로 발령한 직원 명의를 차용하여 그 직원들 명의로 형식적인 개인사업자 등록을 마친 뒤, 실제로는 원고가 공급받는 것임에도 형식상으로는 원고와 전혀 별개의 사업자인 위 직원들 명의의 개인사업자를 공급받는 자로 한 매입세금계산서를 교부받은 사실을 인정할 수 있으므로, 위 매입세금계산서는 구 부가가치세법 제16조 제1항 제2호 및 제17조 제2항 제2호 소정의 필요적 기재사항 중 하나인 ‘공급받는 자의 등록번호’를 사실과 다르게 기재한 세금계산서에 해당하고, 그와 같이 사실과 다르게 기재한 것이 동법 시행령 제60조 제2항 제2호 소정의 착오에 의한 것이라고 볼 수도 없다. 
 라) 나아가 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 부가가치세법이 거래당사자 사이에 서로 세금계산서를 주고받고 위 세금계산서에 기재된 매입세액을 공제하도록 규정한 것은, 공급받는 자가 매입세액의 지출사실을 세금계산서로 증명하여 거래징수를 당한 매입세액을 환급하여 준다는 의미도 있지만, 거래당사자 사이에서 특정 과세기간에 상호 거래가 있었다는 사실이 노출되도록 함에도 중요한 의의가 있는바, 원고 스스로의 선택에 의하여 ‘원고를 공급받는 자’로 하는 적법한 세금계산서를 발급받지 못한 것이므로, 그러한 원고가 매입세액을 공제받지 못한다고 하여 이것이 실질과세 원칙에 반한다고 할 수 없다. 
 마) 또한 ① 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호에 의하면, 사업자가 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니하는 경우, 즉 타인의 명의로 사업자등록을 하고 실제 사업을 영위하는 경우에는 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하도록 함으로써 행정상 제재를 가하고 있는 점, ② 구 조세범처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세범처벌법’이라 한다) 제11조 제1항은 조세의 회피 또는 강제집행의 면탈을 목적으로 타인의 성명을 사용하여 사업자등록을 한 자를 2년 이하의 징역 또는 2천만 원 이하의 벌금에 처하도록 함으로써 형사처벌의 대상으로 삼고 있는 점, ③ 실질적 사업자가 타인 명의로 사업자등록을 하고 재화 또는 용역을 공급받아 세금계산서상 공급받는 자의 등록번호를 그 등록명의자의 것으로 기재하여 세금계산서를 발급받는 것은 실제 거래의 주체가 거래단계를 증명하는 세금계산서에 드러나지 아니하여 객관적 거래질서를 해하고 전단계 세액공제방식을 취하여 과세자료를 양성화시키려는 부가가치세법의 취지에 배치되는 점 등을 종합하면, 피고가 이 사건 매입세금계산서에 대하여 매입세액을 불공제하여 부가가치세 부가처분을 한 것을 위법하다고 보기 어렵다. 
 바) 또한 원고가 원용하는 사업자가 타인명의의 사업자등록을 이용하여 사업을 하는 경우에 그 사업장도 실제 사업자의 사업장으로 볼 수 있다는 판례는 타인명의의 사업자등록이 이루어진 사업장에 대하여도 사업장의 관할세무서장이 실제사업자에 대한 부가가치세의 과세권한을 가지고, 사업자가 거래 상대방으로부터 세금계산서를 교부받고 법정기한 내에 이를 정부에 제출하지 아니하였다면 이에 관한 매입세액은 공제받을 수 없다는 것으로서(대법원 1988. 2. 23. 선고 87누131 판결), 사업자가 타인 명의의 사업자등록번호를 기재하여 세금계산서를 발급받은 경우 매입세액을 공제할지 여부에 관한 이 사건의 쟁점과는 그 논의의 차원을 달리하는 것이다. 한편 원고가 원용하고 있는 대법원 2016. 2. 18. 선고 2014두35706 판결은, 사업자가 부가가치세를 부담하지 아니한 채 매입세액을 조기환급받을 의도로 공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급받는 등의 특별한 사정이 없는 한, ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’이더라도 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하고 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실도 진정한 것으로 확인되는 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 거래에 대한 매입세액은 공제되어야 한다는 취지이다. 즉 위 판례는 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에는 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 작성연월일이 거래사실과 다르더라도 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 한다는 것으로서(따라서 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다고 하더라도 ‘필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서’에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니된다, 대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결), 이는 원고가 수입분산 등 탈세목적으로 의도적으로 직영점의 사업자등록을 자신이 아닌 소속직원들 명의로 등록한 후 세금계산서를 발급받은 이 사건과는 사안을 달리하는 것이다. 따라서 위 판시가 원고 주장과 같이 ‘부가가치세 포탈이 발생하지 아니하고 거래의 진정성이 확인되는 이상 세금계산서상의 사실과 다른 기재가 의도적인 것인지를 불문하고 매입세액의 공제가 허용된다는 일반적인 법리를 확립한 것’이라고 볼 수 없다. 
 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
2) 명의위장등록가산세 부과처분의 위법 여부
 가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 반면 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조). 
 나) 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호는 다음과 같이 규정하고 있다. 
제22조(가산세)① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.2. 사업자가 대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제5조에 따른 등록을 하고 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액
원고는 이에 대하여, 2014. 1. 1.자로 개정된 부가가치세법(2014. 1. 1. 법률 제12167호로 개정된 것, 이하 ‘개정 부가가치세법’이라 한다) 제60조 제1항 제2호의 규정은 ‘대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제8조에 따른 사업자등록을 하거나 그 타인 명의의 제8조에 따른 사업자등록을 이용하여 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 그 타인 명의의 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액의 합계액에 1퍼센트를 곱한 금액’을 규정하여 구 부가가치세법상 규제의 대상에 ‘타인의 명의로 제8조에 따른 사업자등록을 한 행위’와 더불어 ‘타인명의의 제8조에 따른 사업자등록의 이용행위’를 새로이 포함시켰고, 원고가 2008년 1기부터 2013년 1기까지 본점에 대하여는 원고 명의로 사업자등록을 하고 이 사건 사업장에 대하여만 원고 명의가 아닌 소속 종업원 명의로 사업자등록을 한 행위는 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호 소정의 ‘대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제5조에 따른 등록을 한 행위’가 아닌, 개정 부가가치세법 신설된 제60조 제1항 제2호 후단 소정의 ‘타인 명의의 제8조에 따른 사업자등록을 이용하는 행위’에 해당하므로 피고의 명의위장등록가산세 부과처분은 조세법령 불소급원칙을 위반하여 이루어진 위법한 처분으로서 취소되어야 한다고 주장한다.
 다) 살피건대, 을 제 3 내지 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 성과가 우수한 직원을 직영점의 지점장으로 발령한 후 지점장 명의로 사업자등록을 개설하고 개인사업장으로 부가가치세 신고를 해 온 사실, 직영점의 승진대상자 추천이나 예산안 집행 등 주요사안에 대한 의사결정은 원고회사의 경영진의 최종승인을 받아 집행되어 온 사실, 원고의 대표이사로 근무하였던 소외 1은 이 사건 사업장에 대하여 수입금액관리, 예산안(지출)관리, 인사관리 등 사업전반에 대하여 본점인 원고회사의 통제를 받는 사실상의 지점(위장계열사)이고, 원고가 이 사건 사업장을 개인사업자 명의로 사업자등록을 한 이유는 매출액이 일정금액을 상회하면 외부감사 대상으로 회계처리상 일정한 통제를 받게 되기 때문에 여러 사업자 명의로 수입금액, 소득금액 등을 분산하려는 목적이었으며 부가가치세 신고에 있어서 직영점의 수입금액은 70% 전후를 신고하고 나머지는 누락한 것으로 알고 있다고 진술한 사실, 원고의 인사발령에 의해 지점장으로 근무하였던 소외 2, 소외 3은 본사의 요청에 따라 본인 명의로 사업자 등록을 한 후 지점장으로 근무해 왔을 뿐 본인의 사업을 위하여 사업자등록을 한 것은 아니었고, 본인의 급여는 본사의 지급규정에 의거하여 책정된 금액을 본인 명의의 사업장에서 발생한 수입금액에서 지급받아 왔으나 본인 명의로 사업자등록이 되어 있어 비용으로 처리해 오지 못하였다는 내용의 확인서를 작성한 사실, 원고의 실질적인 대표자인 소외 4는 원고가 관리상의 편의를 위하여 관행적으로 지점장으로 임명된 직원의 개인 명의로 사업자등록을 하고 세무신고를 해 왔으며 각 지점장들은 실제 본사로부터 급여를 받았고 각 지점장들이 개인사업자 명의로 소득세 신고시 비용처리하지 못한 내역은 2008년부터 2011년에 이르기까지 합계 1,781,713,388원이라는 취지의 확인서를 작성한 사실, 원고는 원고의 부장 겸 ○○지점장의 지위를 대행하고 있는 소외 5의 사업자등록을 위하여 소외 5와 사이에 2007. 10. 1.자로 케이티엔(주) △△지점 계약서를 작성한 사실이 인정된다. 위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 사업장에 대하여 수입금액, 소득금액을 분산시키고 이 사건 사업장의 수입금액 일부를 누락하여 과소신고할 의도로 원고의 직원 명의로 사업자등록을 하여 운영하여 왔던 점을 알 수 있다. 
 라) 또한 원고는 ‘타인 명의로 사업자등록을 한 행위’는 실제 사업자가 개설한 사업장마다 타인 명의로 사업자등록을 한 경우를 의미하고, ‘타인 명의의 사업자등록을 이용하는 행위’는 사업자가 일부 사업장에 대하여 단일 또는 다수의 명의를 이용하여 사업자등록을 한 경우를 의미하므로 이 사안의 경우 원고의 행위는 ‘타인 명의의 사업자등록을 이용하는 행위’에 해당한다고 주장하지만, ‘타인명의의 사업자 등록을 이용하는 행위’는 이미 등록되어 있는 타인명의의 사업자등록을 그대로 이용하여 사업을 하는 경우를 의미한다고 봄이 상당하고, 특히 이 사안과 같이 원고가 본점에 대하여는 원고 명의로 사업자등록을 하였으면서도 이 사건 사업장에 대하여는 직원들의 명의로 사업자등록을 하여 사업을 영위하는 경우, 실질적으로 원고가 자신 소유의 사업장에서 사업을 하면서 단지 사업자등록의 명의만을 직원들의 명의로 해 놓은 것에 불과하기 때문에 사업자등록의 주체는 원고이고, 이는 ‘타인의 명의로 사업자등록을 한 행위’에 해당함이 명백하므로, 피고의 원고에 대한 명의위장등록가산세 부과처분은 정당하다. 
3) 부당가산과소신고세 부과처분의 위법성 여부
 가) 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제2항은 부당한 방법에 따른 과소신고가 있는 경우 그 과소신고된 부분의 세액에 대하여 40%의 부당과소신고가산세를 부과하도록 규정하고 있다. 구 국세기본법 제47조의3 제2항의 위임에 따라 구 국세기본법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 개정되기 전의 것) 제27조 제2항은 ‘부당한 방법’을 ‘납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 시설의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 국세의 과세표준 또는 세액신고의무를 위반하는 것으로서 ① 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기록, ② 거짓 증명 또는 거짓 문서의 작성, ③ 거짓 증명 등의 수취, ④ 장부와 기록의 파기, ⑤ 재산의 은닉이나 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐, ⑥ 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급·공제받기 위한 사기 그 밖의 부정한 행위로 정의하고 있다. 
 이러한 구 국세기본법 제47조의3의 규정 체계, 구 국세기본법 시행령 제27조 제2항 각 호의 문언 내용, 과소신고가산세의 법적 성질 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제47조의3 제2항이 부당과소신고의 경우에 가산세를 중과하는 이유는 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 경우에는 조세의 부과와 징수가 불가능하거나 현저히 곤란하므로 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위하여 ‘부당한 방법’에 의하지 아니한 일반과소신고의 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과하는 제재를 가하려는 것이다. 그리고 ‘부당한 방법’으로 볼 수 있는 경우를 예시적으로 규정하고 있는 구 국세기본법 시행령 제27조 제2항은 그 일반조항이라고 할 수 있는 제6호에서 ‘부당한 방법’에 해당하기 위하여는 국세포탈 등의 목적이 필요하다는 취지로 규정하고 있다. 따라서 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호가 규정하는 부당과소신고가산세의 요건인 ‘부당한 방법으로 한 과세표준의 과소신고’란 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우로서 그 과소신고가 누진세율의 회피, 이월결손금 규정의 적용 등과 같은 조세포탈의 목적에서 비롯된 것을 의미한다고 보아야 할 것이다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결 참조). 
 나) 구 조세범 처벌법 제3조가 규정하는 조세포탈죄에서 ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 포탈을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위, 즉 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는데, 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순한 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 하는 데에 그치는 것은 이에 해당하지 않으나, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 수표 등 지급수단의 교환반복 행위, 여러 개의 차명계좌를 반복적으로 이용하는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 인정할 수 있다. 그리고 부가가치세를 포탈할 의도로 세금계산서를 교부하지 않은 다음 부가가치세 확정신고를 하면서 고의로 매출액을 신고에서 누락하거나 다른 사람들의 명의를 빌려 위장 사업체를 설립하여 매출을 분산하는 것도 적극적 은닉의도가 나타나는 사정으로 볼 수 있다(대법원 2011. 3. 24. 선고 2010도13345 판결 참조). 
 다) 원고는, 종업원 명의로 등록한 사업자등록번호가 공급받는 자의 등록번호로 기재된 이 사건 세금계산서를 발급받은 것은 원고가 이 사건 사업장 중 직영점을 종업원 명의로 사업자등록함에 따라 이루어진 소극적 행위로서 그 자체로 부당한 방법에 의한 과소신고라고 할 수 없고, 원고가 이 사건 사업장을 기준으로 부가가치세를 적법하게 신고·납부한 이상 이 사건 사업장의 과세거래로 성립한 부가가치세에 관한 과세관청의 부과징수권 행사에 지장을 초래한 바 없다고 주장한다. 그러나 앞서 2).가)항에서 살펴본 바와 같이 원고가 성과가 우수한 직원을 직영점의 지점장으로 발령한 후 직원 개인 명의로 사업자등록을 하고 명의를 위장하여 등록한 사업자와 사이에 마치 정상적인 계약거래가 있는 것처럼 계약서를 작성하였던 점, 위와 같이 명의위장된 개인사업자 명의로 세무신고를 하였던 점, 부가가치세 신고시 필수서식으로 제출되는 세금계산서 합계표에 원고의 거래를 개인사업자의 거래인 것처럼 기재하여 세금계산서 합계표를 제출하였던 점, 부가가치세를 비롯한 기타 법인세, 종합소득세 등 각종 세무신고시 원고의 거래가 개인사업자의 거래인 것처럼 장부를 작성하여 위 세무서 신고용 장부와 별도로 이 사건 사업장의 수입이 원고의 수입으로 계상된 장부를 보관하는 등 이중장부를 작성하여 관리하였던 점을 종합하면 원고가 적극적인 은닉의도를 가지고 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만들었다고 봄이 상당하다. 
 라) 나아가 을 제10, 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 2013. 5. 2. 대전지방국세청 조세범칙 조사심의위원회는 심의결과 “원고의 실질적인 대표 소외 4가 지점사업장에 대하여 소속직원 명의의 개인사업자로 등록한 후 본점의 회계프로그램에 의해 월별, 지점별 손익계산서를 작성하여 실제 수입금액을 파악해 왔음에도 4,704만 원의 수입금액을 누락하여 부가가치세를 포탈하였고, 이는 조세범처벌법상의 사기나 그 밖의 부정한 행위에 의한 조세포탈에 해당한다”는 이유로 통고처분을 할 것을 피고에게 통보하였고, 이에 따라 이루어진 통고처분에 대하여 원고는 별다른 이의를 제기함이 없이 벌과금 235,113,000원을 2013. 5. 22. 납부한 사실이 인정된다. 이와 같이 원고가 실제로는 스스로 이 사건 사업장을 운영하면서 수입금액을 분산시키고 직영점 수입금액의 일부를 누락하여 신고할 의도로 직원 명의로 위장하여 사업자등록을 하면서 이중장부를 작성하고 매출을 분산하여 소득, 수익, 거래 등을 조작하거나 은폐한 행위는 세금계산서상의 부가가치세 등 조세납부의무를 면탈함으로써 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식 하에 이루어진 부당한 방법에 의한 과소신고라고 봄이 상당하다. 따라서 이 부분을 다투는 원고의 주장도 이유 없다. 
4) 부과제척기간 도과 여부
 가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항은 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우 부과제척기간을 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 규정하는 한편(제1호), 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(제2호), 위 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년을 각 부과제척기간으로 규정하고 있다. 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있으므로, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말한다. 따라서 명의를 위장하여 소득을 얻더라도 그것이 조세포탈과 관련이 없는 행위인 때에는 명의위장 사실만으로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 할 수 없으나, 그것이 누진세율 회피, 수입의 분산, 감면특례의 적용, 세금 납부를 하지 아니할 무자력자의 명의사용 등과 같이 명의위장이 조세회피의 목적에서 비롯되고, 나아가 여기에 허위 매매계약서의 작성과 대금의 허위지급, 허위의 양도소득세 신고, 허위의 등기·등록, 허위의 회계장부 작성·비치 등과 같은 적극적인 행위까지 부가된다면 이는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 할 것이다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결 등 참조)
 나) 앞서 든 각 증거에 의하여 인정되는 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 각 사정, 즉 원고가 이 사건 사업장에 대한 사업자등록을 지점장으로 발령한 직원들 명의로 한 것은 앞서 본 바와 같이 조세를 회피하기 위한 목적에서 이루어진 것이고, 나아가 그 사실이 발각되지 않도록 허위 프랜차이즈사업 계약서 등 작성, 이중장부에 의한 부가가치세, 소득세, 법인세 신고와 같은 적극적인 행위를 하였던 점에 비추어 보면, 이는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 할 것이므로, 부가가치세의 부과제척기간은 10년이 된다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 심준보(재판장) 조형목 김선화