법인세부과처분취소 (세무, 대전고등법원청주재판부)
공포일: 2015.07.22 / 시행일:

【원고, 피항소인】 유한회사 ○○○ (소송대리인 법무법인 명덕 담당변호사 임재흥)
【피고, 항소인】 동청주세무서장
【제1심판결】 청주지방법원 2014. 8. 14. 선고 2014구합10252 판결 
【변론종결】2015. 6. 24.
【주 문】
 1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 
 피고가 2013. 1. 2. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 법인세부과처분 중 소외 1, 소외 2, 소외 4의 각 퇴직금 관련 법인세 1,916,145,541원에서 1,538,203,521원을 초과하는 부분과 소득금액변동통지처분 중 소외 1을 소득자로 한 1,499,558,383원, 소외 2를 소득자로 한 1,310,656,600원, 소외 4를 소득자로 한 1,327,138,286원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 
 2. 피고의 나머지 항소를 기각한다.
 3. 소송총비용 중 80%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 2013. 1. 2. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 법인세부과처분 중 1,916,145,541원 및 각 소득금액변동통지 등 처분을 취소한다.
 2. 항소취지
 제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결이유 제6면의 자항과 차항을 아래와 같이 바꾸는 외에는 제1심 판결 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 
【바꾸는 부분】 자. 피고는 2013. 1. 2. 합병 전 △△△ 등에게 위와 같이 손금불산입한 퇴직금 등을 반영하여 2009 사업연도 법인세를 각 경정·고지하는 한편, 위 각 초과액을 임원 소외 1 등에 대한 인정상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였는데, 그 중 이 사건에서 원고가 다투는 부분은 아래 ‘법인세 및 소득금액변동통지 내역’ 표 기재와 같다(이하 위 법인세 부과처분과 소득금액변동통지처분 중 이 사건에서 원고가 다투는 부분을 ‘이 사건 쟁점처분’이라 한다). 
 - 법인세 및 소득금액변동통지 내역 - 합병 전 법인 귀속연도 법인세(원) 소득금액변동통지 소득자 소득금액(원) □□□ 2009년 680,205,033 소외 1 1,822,928,384 ○○○ 2009년 614,865,111 소외 2 1,650,195,100 △△△ 2009년 621,075,397 소외 4 1,666,676,786 합계액 1,916,145,541 합계액 5,139,800,270 
 차. 합병 전 △△△ 등은 위 법인세 부과처분과 소득금액변동통지처분에 불복하여 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 조세심판원장은 2013. 12. 12., 2014. 2. 13. 위 심판청구 중 이 사건 쟁점처분에 대한 부분은 모두 기각하였다. 
 2. 이 사건 쟁점처분의 적법 여부 
 가. 당사자의 주장
 (1) 원고의 주장 요지
 합병 전 △△△ 등이 각 정관에 따라 임시사원총회 등을 거쳐 마련한 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정에 의하여 임원 소외 1 등에게 지급한 이 사건 각 퇴직금은 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제19조, 제26조 및 동법 시행령(2009. 12. 31. 대통령령 제21972호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제44조 제4항에 따라 전액 손금에 산입되는 것임에도 불구하고, 피고는 여기에 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정이 적용됨을 전제로 이 사건 각 퇴직금 중 합병 전 △△△ 등의 계열회사인 소외 5 회사의 구 퇴직금 지급기준에 따라 산정한 각 퇴직금 지급한도액을 초과한 금액을 손금불산입하여 이 사건 쟁점처분을 한바, 합병 전 △△△ 등의 임원 소외 1 등에 대한 이 사건 각 퇴직금 지급은 법인세법 제52조 제1항 소정의 ‘거래’라고 볼 수 없고, 퇴직금에 관하여는 같은 조 제2항 소정의 ‘시가’를 정하는 방법도 법정되어 있지 않아 여기에 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없을 뿐만 아니라, 피고가 위 ‘시가’ 내지 임원 소외 1 등의 정당한 퇴직금 산정의 기준으로 삼은 소외 5 회사의 구 퇴직금 지급기준은 아무런 법적 근거 없이 피고가 임의로 정한 것이므로, 이 사건 쟁점처분은 조세법률주의 원칙에 위반된 것으로서 위법하다. 
 (2) 피고의 주장 요지
 이 사건 각 퇴직금이 각 정관에 따라 임시사원총회 등을 거쳐 마련한 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정에 의하여 지급된 것이라고는 하나, 사회통념상 과다하므로 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 임원 소외 1 등의 정당한 퇴직금을 재계산하여야 하는바, 과다한 퇴직금 지급기준을 정한 임시사원총회 등의 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정 결의는 무효이므로 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정은 없는 것으로 보아 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호의 기준을 적용해야 하지만, 소외 5 회사의 구 퇴직금 기준을 적용하는 것이 원고에게 보다 유리하므로 이를 적용하여 임원 소외 1 등의 정당한 퇴직금을 재계산하고, 이를 초과하는 금액을 손금불산입하여 이루어진 이 사건 쟁점처분은 적법하다.
 설령 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정{퇴직 직전 3월의 평균임금 × 재임연수 × 지급율(20배)}에 따라 퇴직금을 산정하는 것이 옳다 하더라도, ‘퇴직 직전 3월의 평균임금’에서 그 3개월 동안 과다 지급된 상여금은 제외하여야 하므로, 이 사건 쟁점처분 중 일부만 취소 대상이 될 수 있을 뿐이다.
 나. 관계 법령
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 
 다. 판단
 (1) 정관 등에 정해진 퇴직금의 손금산입
 (가) 법인세법 제19조 제1항, 법인세법 시행령 제19조 제3호는 인건비를 손비로 규정하고 있고, 법인세법 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국 법인의 각 사업연도 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있으며, 법인세법 시행령 제44조는 퇴직급여의 손금불산입에 관하여 제4항 제1호 및 제5항에서 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 정관이나 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 정해진 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다.
 (나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 합병 전 △△△ 등은 각 정관에 따라 임시사원총회 또는 주주총회의 결의를 거친 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정에 의하여 임원 소외 1 등에게 이 사건 각 퇴직금을 지급하였으므로, 이 사건 각 퇴직금은 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호에 따라 원칙적으로 합병 전 △△△ 등의 2009 사업연도 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입되어야 한다(피고는 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정은 임원 소외 1 등의 퇴직 직전에 급조되었고, 합병 전 △△△ 등의 사원이나 주주가 친인척 및 계열법인으로 구성되어 있어서 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정을 결의한 임시사원총회나 주주총회를 문제 삼을 자가 없다는 점 등을 들어 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정이 무효라고 주장하나, 그러한 사정만으로는 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정이 무효라고 단정할 수 없다).
 (다) 그런데 법인이 정관 등에 정해진 임원 퇴직금을 지급한 경우라면, 언제나 해당 금액 전부를 법인의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입해야 하고, 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정에 따른 과세관청의 조정이 허용될 수 없는지는 더 살펴보아야 한다.
 (2) 이 사건 각 퇴직금 지급과 부당행위계산부인 
 (가) 법인세법 제52조 제1항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.’, 제2항은 ‘제1항을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.’, 제4항은 ‘제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.’라고 각 규정하고 있고, 그 위임을 받은 법인세법 시행령은 제88조에서 ‘부당행위계산부인의 유형 등’을 규정하면서 제1항 제9호에서 ‘그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정하는 경우’를 규정하고 있다. 
 (나) 합병 전 △△△ 등의 임원 소외 1 등에 대한 이 사건 각 퇴직금 지급행위가 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 대상이 될 수 있는지에 관하여 보건대, 위와 같은 법령의 규정에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 임원 소외 1 등은 합병 전 △△△ 등의 주주 내지 임원(법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호 내지 제3호)으로서 법인세법 제52조 제1항이 정한 ‘특수관계인’에 해당하는 점, ② 부당행위계산부인의 유형을 정한 위 법인세법 시행령 제88조 제1항은 예시적인 규정인 점(대법원 1992. 10. 13. 선고 92누114 판결 등 참조), ③ 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호를 문언 그대로 해석하면, ‘그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산’에 해당하는지 여부와 관계없이 ‘그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정하는 경우’ 또한 부당행위계산부인의 유형에 해당하는 점, ④ 원고는 소득세법이 제41조에 부당행위계산부인 규정을 두면서도 제22조 제3항에서 임원 퇴직금의 한도를 규정한 반면, 법인세법에서는 임원 퇴직금의 한도를 정한 바 없다는 점을 들어, 법인의 임원에 대한 퇴직금 지급행위는 부당행위계산부인의 대상이 아니라고 주장하나, 소득세법 제22조 제3항은 2012. 1. 1. 소득세법 개정으로 신설된 규정으로서 그 입법 취지는 법인세법상 손금산입된 임원의 퇴직소득이 일정 금액을 초과하면 그 초과금액은 퇴직소득이 아닌 근로소득으로 보아 과세함으로써 퇴직소득의 과세형평성을 제고하겠다는 것(종전에는 법인세법상 손금산입된 임원의 퇴직소득에 대하여는 모두 퇴직소득으로 과세하고, 손금불산입된 임원의 퇴직소득에 대하여는 해당 임원에 대한 인정상여로 근로소득세를 과세함)이어서, 법인세법과 소득세법의 위와 같은 규정의 차이를 들어 이 사건 각 퇴직금 지급행위가 부당행위계산부인의 대상이 아니라고 할 수 없는 점, ⑤ 원고는 임원 퇴직금의 경우 법인세법 제52조 제2항 소정의 ‘시가’를 정하는 방법이 법정되어 있지 않다는 점에서도 부당행위계산부인의 대상이 될 수 없다고 주장하나, 여기서 ‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있는 것이고, 그렇게 하여서도 ‘시가’의 산정이 어려운 경우에는 보충적으로 그 ‘시가’에 갈음하여 객관적이고 합리적인 방법을 택하여 그 가액을 평가할 수 있는 것이며(대법원 2003. 5. 27. 선고 2001두5903 판결 등 참조), 다만 사안에 따라서는 그 ‘시가’를 정하기 어려운 경우도 있을 수 있으나, 이는 어디까지나 ‘시가’에 관한 과세관청의 주장·증명책임의 문제일 뿐인 점 등에 비추어 보면, 합병 전 △△△ 등이 이 사건 각 퇴직금 지급행위로 인하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 부당행위계산부인 대상이 될 수 있다고 봄이 상당하다.
 (다) 한편, 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조). 
 이 사건에 관하여 보건대, 당사자 사이에 다툼 없는 사실 및 갑 제1호증, 을 제10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 합병 전 △△△ 등의 주요 주주가 계열회사인 소외 5 회사 회장 소외 3의 가족, 친인척들로 구성되어 있어 소외 5 회사는 합병 전 △△△ 등이나 원고의 경영에 대하여 사실상 영향력이 있는 것으로 보이고, 임원 소외 1, 소외 2는 소외 5 회사 회장 소외 3의 자녀들이며, 임원 소외 4는 소외 3의 사위인 점, ② 합병 전 △△△ 등은 2009 사업연도 당기순손실이 총 9,022,265,897원(합병 전 □□□ △3,265,951,046원, 합병 전 ○○○ △2,433,690,837원, 합병 전 △△△ △3,322,624,014원)에 이름에도 불구하고(원고의 2010 사업연도 당기순손실도 △14,155,771,843원에 이른다), 근무 기간이 각 4년 남짓에 불과한 임원 소외 1 등에게 각 약 18억 원 내지 19억 원에 이르는 퇴직금을 지급한 점, ③ 합병 전 △△△ 등이 임원 소외 1 등에게 위와 같이 고액의 퇴직금을 지급할 만큼 임원 소외 1 등이 위 각 회사에 기여한 성과나 특별한 공로가 있었는지에 관하여 보건대, 갑 제8 내지 10호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 뚜렷한 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 퇴직금 지급행위는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것으로서, 합병 전 △△△ 등의 계열회사인 소외 5 회사 회장 소외 3의 자녀들 및 사위인 임원 소외 1 등에게 합병 전 △△△ 등의 이익을 분여하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 행위로 봄이 상당하고, 따라서 피고는 이 사건 각 퇴직금 지급행위를 부인할 수 있다고 봄이 타당하다. 
 (라) 그런데 이 사건 각 퇴직금 지급행위를 부당행위계산부인의 대상으로 삼을 경우 손금불산입되는 퇴직금의 범위를 정하기 위한 기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에 있는바(2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결, 대법원 1987. 4. 14. 선고 86누378 판결 등 참조), 피고는 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정이 무효이므로 이 사건 쟁점처분을 함에 있어 임원 소외 1 등의 ‘적정한 퇴직금’은 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호가 정한 기준{퇴직 전 1년 간 총급여액(과다 지급된 급여는 제외)의 1/10 × 근속연수}에 따라 계산된 금액으로 정함이 마땅하지만, 원고의 이익을 위해 합병 전 △△△ 등의 계열회사인 소외 5 회사가 2004 사업연도에 적용한 구 퇴직금 지급기준{1년간 급여 × 1/10 × 근속연수 × 지급율(5배)}에 따라 계산된 금액으로 정했다고 주장할 뿐, 어떠한 근거로 구 퇴직금 지급기준이 2009 사업연도에 합병 전 △△△ 등에서 퇴직한 임원 소외 1 등에게 지급할 퇴직금의 ‘시가’ 내지 ‘적정한 퇴직금’의 기준이 되는지에 관하여 납득할 만한 증명을 하지 못하였고, 따라서 단지 합병 전 △△△ 등의 계열회사라는 이유만으로 소외 5 회사가 2004 사업연도에 적용한 구 퇴직금 지급기준을 이 사건 각 퇴직금 지급행위에 부당행위계산부인 규정을 적용할 경우 손금불산입되는 퇴직금의 범위를 정하기 위한 ‘시가’의 기준으로 내세우기는 어렵다(피고가 구 퇴직금 지급기준을 임원 소외 1 등에 대한 퇴직금의 ‘시가’ 내지 ‘적정한 퇴직금’의 기준으로 제시하려면, 적어도 2004 사업연도 및 2009 사업연도의 소외 5 회사 매출규모, 시장점유율, 재무상황 및 퇴직 임원의 경력이나 능력 등과 2009 사업연도의 합병 전 △△△ 등의 그것이 동일·유사하다는 점에 관한 주장·증명 정도는 하였어야 할 것이다). 
 (마) 결국 이 사건 각 퇴직금 지급행위는 부당행위계산부인의 대상이 되지만, 임원 소외 1 등에 대한 퇴직금의 ‘시가’ 내지 ‘적정한 퇴직금’의 범위를 정할 기준에 관한 피고의 주장·증명이 있다고 보기 어려운 이 사건에서는, 유효한 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정을 배제한 채, 만연히 구 퇴직금 지급기준에 따라 임원 소외 1 등의 퇴직금을 재산정한 다음, 이를 초과하는 퇴직금을 손금불산입하는 것은 허용될 수 없다.
 (3) 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정에 따른 퇴직금의 재산정
 (가) 법인세법 제19조 제1항, 법인세법 시행령 제19조 제3호는 인건비를 손비로 규정하고 있고, 법인세법 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국 법인의 각 사업연도 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있으며, 법인세법 시행령 제43조는 제2항에서 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의로 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다.
 (나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 합병 전 △△△ 등은 임원 소외 1 등에게 2008. 1.부터 2009. 7. 또는 2009. 8.까지 19개월 내지 20개월 동안은 각 월 5,389,500원의 급여만을 지급하다가, 임원 소외 1 등의 퇴직 직전 2~4개월 동안은 그 이전보다 약 4~6배 많은 월 2천만 원 내지 3천만 원의 급여(이하 ‘이 사건 각 퇴직 직전 급여’라 한다)를 지급하였는데, 합병 전 △△△ 등이 이처럼 급격하게 상승된 이 사건 각 퇴직 직전 급여(법인이 근로의 제공을 받고 월정 급여 이외의 대가로 지급하는 정기 또는 부정기적인 급여를 ‘상여금’이라고 하는바, 이 사건 각 퇴직 직전 급여 중 각 월 5,389,500원을 초과하는 금액은 임원 소외 1 등에 대한 상여금으로 볼 것이다)를 지급함에 있어 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의로 결정된 급여지급기준에 따랐다고 인정할 만한 자료가 없는 점, ② 설령 합병 전 △△△ 등에 정관 등의 결의로 결정된 급여지급기준이 있어 그에 따라 이 사건 각 퇴직 직전 급여가 지급되었다고 하더라도, 법인이 특수관계인에게 과다한 상여금을 지급하는 행위 역시 위 (2)의 (나)에서 본 바와 같은 이유로 부당행위계산부인의 대상이 될 수 있고, 이 사건에서는 위 (2)의 (다) ① 내지 ③의 사정 등에 비추어 보면, 합병 전 △△△ 등이 임원 소외 1 등에게 이 사건 각 퇴직 직전 급여를 지급한 행위는 특수관계자에게 고액의 퇴직금을 지급하기 위한 것으로서 합병 전 △△△ 등의 이익을 분여하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 행위로 봄이 상당하고, 따라서 피고는 이를 부인할 수 있다고 봄이 타당한 점 등을 보태어 보면, 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정{퇴직 직전 3월의 평균임금 × 재임연수 × 지급율(20배)}에 따라 임원 소외 1 등의 퇴직금을 산정할 경우에도 ‘퇴직 직전 3개월의 평균 임금’에서 그 기간 동안 과다 지급된 급여를 제외하여야 한다.
 (다) 한편, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 합병 전 △△△ 등은 2009 사업연도 당기순손실이 총 9,022,265,897원에 이르는 상황에서 정관 등의 결의로 결정된 급여지급기준도 없이 임원 소외 1 등에게 그 이전 19개월 내지 20개월 동안 지급되던 급여인 각 월 5,389,500원의 약 4~6배에 이르는 이 사건 각 퇴직 직전 급여를 지급한 점, ② 임원 소외 1 등이 위와 같이 급격하게 상승된 이 사건 각 퇴직 직전 급여를 지급받아 마땅했다고 볼 만한 자료도 없는 점, ③ 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정은 ‘퇴직 직전 3월의 평균임금’을 퇴직금 산정에 반영하고 있고, 임원 소외 1 등은 공교롭게도 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정을 결의한 임시사원총회나 주주총회 전후로 2~4개월 동안 이 사건 각 퇴직 직전 급여를 지급받은 후에 퇴직한바, 이로써 임원 소외 1 등이 이 사건 각 퇴직 직전 급여를 지급받기 이전에 장기간 지급된 급여인 각 월 5,389,500원은 퇴직금 산정에 있어 무의미하게 되어버린 점, ④ 피고는 이 사건 각 퇴직 직전 급여 중 각 월 5,389,500원을 초과하는 금액은 합병 전 △△△ 등이 임원 소외 1 등에게 과다 지급한 급여로 보아 이 부분을 포함하여 원고에게 법인세를 경정·고지하고, 위 각 초과액을 임원 소외 1 등에 대한 인정상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였는데, 원고는 이 부분에 관하여는 따로 다투지 아니하였고, 이 사건 각 퇴직금이 과다함을 전제로 한 이 사건 쟁점처분만을 이 사건 소송을 통해 다투고 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 각 퇴직 직전 급여 중 과다 지급된 급여액 내지 손금에 불산입되어야 할 금액은 각 월 5,389,500원을 초과하는 금액으로 봄이 상당하다(또는 이 사건 각 퇴직 직전 급여의 정당한 ‘시가’는 각 월 5,389,500원임이 증명되었다고 봄이 상당하다).
 (라) 결국 피고가 이 사건 쟁점처분을 함에 있어서 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정을 배제한 채 구 퇴직금 지급기준{1년간 급여 × 1/10 × 근속연수 × 지급율(5배)}을 적용하여 임원 소외 1 등의 퇴직금을 재산정한 것은 잘못이나, 이 사건 각 퇴직 직전 급여 중 각 월 5,389,500원을 초과하는 금액은 과다 지급 급여로 보아 위 ‘1년간 급여’에 과다 지급 급여로 인정되는 금액을 제외한 각 64,674,400원(= 5,389,500원 × 12개월)을 대입하여 임원 소외 1 등의 퇴직금을 재산정한 방식 자체는 정당하다.
 따라서 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정{퇴직 직전 3월의 평균임금 × 재임연수 × 지급율(20배)}에 따라 임원 소외 1 등의 퇴직금을 산정할 경우에도 ‘퇴직 직전 3개월의 평균 임금’에는 그 기간 동안 과다 지급된 급여(각 월 5,389,500원을 초과하는 금액)를 제외한 금액을 평균한 값, 즉 각 월 5,389,500원{= 16,168,500원(= 5,389,500원 × 3개월) ÷ 3}을 대입하여야 하고, 한편 이러한 산식에 따라 계산되는 임원 소외 1 등의 퇴직금을 초과하는 금액을 손금불산입함으로써 재산정되는 법인세액 및 각 소득금액변동통지액은 별지 ‘이 사건 각 임원퇴직금 지급규정에 따른 법인세 등의 재산정’ 표의 각 ‘재산정액’란 기재와 같다.
 (4) 처분의 일부취소
 (가) 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 참조).
 (나) 결국 이 사건 쟁점처분 중 취소되어야 할 부분은 별지 표의 법인세액 ‘재산정액 합계’란에 기재된 금액 및 소득금액변동통지액 각 ‘재산정액’란에 기재된 금액을 초과하는 부분이다. 
 3. 결론 
 그렇다면, 피고가 2013. 1. 2. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 법인세부과처분 중 원고가 다투는 임원 소외 1 등의 이 사건 각 퇴직금 관련 법인세 1,916,145,541원에서 1,538,203,521원을 초과하는 부분과 소득금액변동통지처분 중 소외 1을 소득자로 한 1,499,558,383원, 소외 2를 소득자로 한 1,310,656,600원, 소외 4를 소득자로 한 1,327,138,286원을 초과하는 부분은 위법하므로 이를 각 취소하여야 하는바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 위 취소 부분을 초과하는 피고 패소 부분을 취소하고, 그에 대한 원고의 청구를 기각하며, 피고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 조경란(재판장) 방태경 박준범