법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2006.02.08 / 시행일:

【원고, 항소인】 원고 은행 (소송대리인 변호사 권은민) 
【피고, 피항소인】 종로세무서장 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 임승순외 3인)
【제1심판결】 서울행정법원 2003. 8. 12. 선고 2001구49988 판결
【변론종결】2006. 1. 18.
【주 문】
1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 원고 패소부분을 취소한다. 
 피고가 2000. 4. 1. 원고에 대하여 한 1998년 법인세 869,553,950원의 부과처분 중 87,644,878원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용은 각자 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 별지 과세처분내역 ①항 기재 각 일자에 ②항 기재 세목에 관하여 한 부과처분(③항 기재 금액 중 전심절차에서 취소된 ④항 기재 금액을 제외한 금액에 대한 부과처분) 중 ⑤항 기재 세액에 관한 부분을 각 취소한다.
【이 유】1. 제1심 판결의 인용
 이 법원이 이 사건에서 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 중 지점세와 관련된 부분(제2쪽∼제3쪽의 ②항, 제3쪽∼제4쪽의 ②항, 제5쪽∼제6쪽의 나항, 제13쪽∼제20쪽 나항 부분)을 아래 제2항과 같이 고쳐 쓰는 이외에는 제1심 판결의 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다. 
2. 지점세에 관한 판단
가. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
나. 외국법인 국내지점에 대한 지점세 제도
 위 관계 법령을 기초로 지점세 제도를 살펴보면 아래와 같다. 
 ⑴ 개요 
 ㈎ 어느 국가의 법인이 다른 국가로 진출하여 영업을 하는 형태 중에는 자회사를 설치하는 경우와 지점을 설치하는 경우 등이 있다. 그런데 자회사를 설치할 경우 법인세 납부 후의 소득 중 전부 또는 일부를 주주인 본사에 배당하면 배당소득세를 납부하게 되나, 지점을 설치할 경우 지점의 소득을 본점으로 송금하여도 법인세만 부담하면 되므로 지점을 설치하는 것이 세부담 면에서 유리하다. 
 ㈏ 이에 우리나라를 포함한 일부 국가에서는 조세부담의 형평상 외국과의 조약에 의하여 외국법인 국내지점의 법인세 납부 후 소득 중 국내에 재투자할 것으로 인정되는 금액을 공제한 나머지 소득에 대하여 이를 본점에 송금하였는지 여부에 관계없이 조세를 부과하는 이른바 지점세(branch tax) 제도(다만, 뒤에서 보는 바와 같이 송금결의나 송금 여부에 따라 당해 사업연도 또는 다음 사업연도의 지점세 과세대상 소득금액 및 세액이 좌우된다)나 세후 소득 중 본국에 실제로 송금한 금액에 대하여 조세를 부과하는 지점송금세(branch remittance)제도를 두고 있다. 
 ㈐ 현재 우리나라가 체결한 조세조약상 지점세 제도를 둘 수 있도록 한 국가는 프랑스를 비롯한 몇 개국이고 지점송금세 제도를 둘 수 있도록 한 국가는 필리핀이다. 1995. 12. 29. 법률 제5033호로 구 법인세법이 개정되면서 지점세에 관한 구 법인세법 제57조의2가 신설됨으로써 지점세 제도의 국내법의 근거가 마련되었다{대한민국정부와 불란서공화국정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 ‘한불조세협약’이라 한다) 제10조 제7항} 
 ⑵ 과세대상 소득금액 등
구 법인세법 제57조의2 제1항(1995. 12. 29. 법률 제5033호로 구 법인세법이 개정되면서 신설되어 1996. 1. 1.부터 시행)에 의하면, 지점세는 구 법인세법 제57조의2 제2항에 의한 과세대상 소득금액에 일정한 세율(프랑스 법인의 경우 한불조세협약에 따라 5% 이하인 4.55%)을 적용하여 계산하도록 되어 있고, 같은 법조 제2항에 의하면, 과세대상 소득금액은 당해 국내사업장의 소득금액에서 ① 법인세 및 소득할주민세 등을 공제감하고, ② 당해 국내사업장이 사업을 위하여 재투자할 것으로 인정되는 금액 등을 공제한 금액으로 되어 있다. 
 ⑶ 과세대상 소득금액에서 공제 또는 가산하는 재투자 인정금액 
 ㈎ 구 법인세법 시행령 제123조의 4 제1항, 제2항(1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 구 법인세법 시행령이 개정될 당시에 신설)에 의하면, 재투자할 것으로 인정되는 금액이란 당해 사업연도 종료일 현재의 자본금 상당액(이하 ‘기말자기자본’이라 한다)이 당해 사업연도 개시일 현재의 자본금 상당액(이하 ‘기초자기자본’이라 한다)을 초과하는 금액(이하 ‘자본증가액’ 또는 ‘재투자 인정금액’이라 한다)을 말하며, 기초자본금이 기말자본금을 초과하는 경우에는 그 차액(이하 ‘자본감소액’이라 한다)을 당해 사업연도의 소득금액에 합산하되, 합산하는 금액은 직전 사업연도 종료일 현재의 미과세누적유보소득을 초과하지 못하도록 되어 있다. 
 ㈏ 또한 같은 법조 제3항에 의하면, 미과세 누적유보소득이란 (지점세 제도가 시행된 1996 사업연도부터) 직전 사업연도까지의 소득금액 총액에서 세무회계상의 결손금 총액과 법인세 등 총액, 과세대상 소득금액 총액을 공제한 금액, 즉 지점세제도가 시행된 1996년부터 직전 사업연도까지를 통산하여 1개의 사업연도로 보아 합산한 순소득금액에서 기납부 법인세 등의 총액, 이미 지점세가 과세된 과세대상 소득금액 등을 공제한 금액을 말하는 것으로 되어 있고, 같은 법조 제4항에 의하면, 당해 사업연도에 결손금이 발생한 경우에도 당해 사업연도의 자본금 감소액이 결손금을 초과하는 경우에는 미과세 누적유보소득을 한도로 그 초과금액을 과세대상 소득금액으로 하도록 되어 있다. 
 ㈐ 한편 1997. 12. 30. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 구 법인세법 시행령 제39조 제1항이나 위와 같이 개정된 후의 구 법인세법 시행령 제39조에 의하면, 재투자 인정금액의 산정기준이 되는 자기자본은 당해 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함하고 미지급 법인세를 제외한다)의 합계액을 공제한 금액을 말하는 것으로 되어 있다{1997. 12. 13. 법률 제5418호로 개정되기 전의 구 법인세법상 ‘자기자본’의 정의를 대통령령에 위임하는 근거규정이 제18조 제1항(자기자본금액 등의 일정비율에 해당하는 금액에 한하여 공익성있는 기부금을 손금산입하도록 한 규정)이었는데, 위와 같이 구 법인세법이 개정되면서 제18조 제1항 중 자기자본에 관한 부분이 삭제됨에 따라 자기자본을 대통령령에 위임하는 근거규정이 제22조 제1항 제1호(적정유보소득 초과소득에 관한 법인세 납세의무에 관한 규정)로 변경되었다}. 
 ⑷ 위에서 본 지점세 과세대상 소득금액의 산출방법을 요약하면 아래와 같다.
 ㈎ 자기자본 = 대차대조표상의 자산 - 대차대조표상의 부채
 ㈏ 재투자 인정금액(자본금 증가액)
 기말자기자본 - 기초자기자본(전자가 후자를 초과하는 경우)
 ㈐ 자본금 감소액
 기초자기자본 - 기말자기자본(전자가 후자를 초과하는 경우)
 ㈑ 미과세 누적유보소득 = 직전 사업연도까지의 소득금액 총액 - 직전 사업연도까지의 결손금 총액 - 직전 사업연도까지의 기납부 법인세 등 총액 - 직전 사업연도까지 이미 지점세가 과세된 과세대상금액의 총액
 ㈒ 소득금액이 있는 경우 당해 사업연도의 과세대상 소득금액
 소득금액 - 재투자 인정금액(자본 증가액)
 또는 소득금액 + 미과세 누적유보소득을 한도로 한 자본 감소액 
 ㈓ 결손금이 있는 경우 당해 사업연도의 과세대상 소득금액
 자본금 감소액 - 결손금(다만, 미과세 누적유보소득을 한도로 함)
다. 원고 회사의 지점세 신고내용과 피고의 추가 부과처분
 ⑴ 원고 회사의 지위, 사업연도 등
 ㈎ 원고 회사는 프랑스의 회사법을 준거법으로 설립되어 금융업을 영위하는 외국법인으로서 1974. 7. 5. 한국은행에서 서울지점 신설인가를, 1974. 7. 22. 재무부장관에게서 외국환은행인가를 받아 그 무렵부터 서울지점을 설치하여 금융업을 영위하고 있고, 원고 회사 서울지점은 매년 1. 1.부터 12. 31.까지를 사업연도로 하고 있으며, 원고 회사의 정기 주주총회일은 매년 3월경이다(원고 회사의 상호는 크레디아 그리콜 엥도수에즈였는데 2004. 4. 30. 프랑스국 법인인 크레디리요네은행과 합병하면서 그 상호가 현재와 같이 변경되었다. 이하에서는 원고 회사 전체를 지칭할 때는 ‘원고 회사’, 원고 회사의 본점을 지칭할 때는 ‘원고 본점’, 원고 회사의 서울지점만을 지칭할 때는 ‘서울지점’이라 한다).
 ㈏ 원고 회사는 서울지점의 영업과 관련하여 1994 사업년도부터 1998년 사업년도까지 지점세를 포함한 법인세의 과세표준과 세액을 신고·납부하였는데 그 중 지점세와 관련된 내용은 아래와 같다.
 ⑵ 지점세
 ㈎ 1997 사업연도
 ① 원고 회사의 1997 회계연도의 이익잉여금처분계산서상 전기이월이익잉여금은 9,799,638,985원, 당기순이익은 27,526,775,555원, 서울지점이 스스로 세무조정을 하여 피고에게 신고한 소득금액은 25,092,647,476원이었다. 
 ② 서울지점은 1998. 1.경 원고 본점과 협의를 거쳐 1997 사업연도 이익잉여금처분의 일환으로 원고 본점에 150억 원을 송금하기로 결정하고 이를 1997 사업연도의 대차대조표상 자본(이익잉여금)에서 공제하여 부채항목인 미지급금으로 계상한 다음 은행법 제41조, 제42조 등에 따라 1998. 3.경 금융감독원장(당시는 은행감독원장)의 결산승인을 받았다. 
 ③ 한편 위와 같은 송금결의액을 반영하여 계산한 서울지점의 1997 사업연도 지점세 과세대상소득은 음수(陰數)라서 납부할 지점세액이 없었다.
 ㈏ 1998 사업연도
 ① 서울지점의 1998 사업년도 소득금액은 44,796,841,142원, 당기순이익은 19,672,526,911원, 전기이월 이익잉여금은 19,573,414,540원이었다. 
 ② 서울지점은 원고 본점과 협의를 거쳐 1998. 6.경 금융감독원장의 승인을 받아 위 송금결정을 취소하고 1999. 1.경 1998 사업연도의 이익잉여금처분의 일환으로 175억 원을 원고 본점에 송금하기로 결정한 다음 송금결정 취소액 150억 원은 1998 사업연도의 이익잉여금으로 환입처리하고, 새로운 송금결의액 175억 원은 대차대조표상의 자본(이익잉여금)에서 공제하여 부채항목인 미지급금으로 각 계상한 다음 1999. 3.경 금융감독원장의 결산승인을 받았는데, 위 송금결정 취소액 및 새로운 송금결정액을 모두 반영한 1998 사업연도 대차대조표상 기말자기자본은 69,366,424,708원이었다. 
 ③ 이에 따른 서울지점의 1998 사업연도 지점세 과세대상 소득금액은 19,967,432,255원{법인세액 등을 공제한 소득금액 30,693,980,690원 - 재투자 인정금액 10,726,548,435원(1998년도 기말자기자본 69,366,424,708 - 1998년도 기초자기자본 58,639, 876,273}이었고, 원고 회사는 이를 기초로 계산한 서울지점의 지점세액 907,610,557원을 법인세에 포함하여 신고·납부하였다(이하에서는 송금결의취소를 1998 사업연도에 반영하는 방식을 ‘원고의 방식’이라 한다).
 ⑶ 추가부과처분
 피고는 지점세의 과세표준이나 과세대상 소득금액을 아래와 같이 새로이 계산하여 2000. 4. 1. 원고에 대하여 가산세를 포함한 지점세로 681,818,166원을 추가(원고가 취소를 구하는 1998년 법인세 869,553,950원 중 위 금액 및 가산세 100,090,906원을 합한 781,909,072원이 지점세로 인한 부분이다)로 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
 ㈎ 본점송금결의가 취소된 경우 처음부터 송금결의가 없었던 것과 같이 보아야 한다는 이유로 송금결의가 취소된 150억 원을 대차대조표상 1997 사업연도의 부채에서 제외함으로써 1997 사업년도의 기말자기자본이나 1998 사업년도의 기초자기자본이 150억 원 증가하였다(이하에서는 송금결의취소를 1997 사업연도의 대차대조표에 소급·반영하는 방식을 ‘피고의 방식’이라 한다).
 ㈏ 이에 따라 1997 사업연도의 경우에는 재투자 인정금액(기말자기자본-기초자기자본)이 150억 원 증가하기는 하였으나, 그 증가를 반영하기 전의 재투자 인정금액이 법인세 등을 공제한 소득금액을 초과하여{지점세 과세대상소득 및 지점세액이 음수(陰數)} 재투자 인정금액이 증가하는데도 감소될 지점세 과세대상금액 및 지점세액이 없었다.
 ㈐ 반면, 1998 사업연도의 경우에는 재투자 인정금액이 150억 원 감소되어 지점세 과세대상소득은 150억 원 만큼 증가하였다.
 ㈑ 결국 1997, 1998 사업연도를 통산하여 보면, 피고의 방식에 의할 경우가 원고의 방식에 의할 경우에 비하여 지점세 부과대상 소득금액이 150억 원 증가하는 반면, 그 당연한 결과로서 미과세 누적유보소득이 150억 원 감소하게 된다.
 【인정 증거】 갑 1호증의 1∼5, 갑 2호증의 1∼5, 갑 4∼5호증, 갑 6호증의 1∼4, 갑13호증의 1,2, 을 1호증, 을 8,9호증의 각 1∼17의 각 기재, 변론 전체의 취지
라. 지점세에 관한 원고의 주장
 원고는 송금결의 및 그 취소에 따른 서울지점의 회계처리는 감독기관의 승인을 얻어 이루어졌을 뿐만 아니라 기업회계기준에 따른 정당한 처리이고 그 처리를 부인할 법률상 근거가 없으므로, 피고의 지점세에 관한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.
마. 이 법원의 판단
 ⑴ 송금결의 및 그 취소와 기업회계기준
 ㈎ 기업회계기준의 종류
주식회사의외부감사에관한법률 제13조 제4항 등에 의하면, 자산총액이 일정금액 이상인 주식회사의 회계처리기준은 금융감독위원회의 위탁을 받은 한국회계연구원이 회계기준위원회의 심의·결의를 거쳐 제정한 기업회계기준에 따르도록 되어 있는바(1998. 1. 8. 법률 제5497호로 위 법률이 개정되기 전에는 증권관리위원회가 기업회계기준을 제정하도록 되어 있었다), 증권관리위원회 및 한국회계연구원이 위 법률에 기하여 제정한 기업회계기준으로는 1996년까지 시행된 기업회계기준(이하 ‘구회계기준’이라 한다), 1997년부터 2002년까지 시행된 기업회계기준(이하 ‘신회계기준’이라 한다), 2003년 이후에 시행되는 기업회계기준(이하 ‘현회계기준’이라 한다)이 있다(원고의 2004. 1. 14.자 준비서면에 첨부된 참고자료 10∼12, 2004. 12. 3.자 준비서면에 첨부된 참고자료 1, 원고가 2006. 12. 29.자로 제출한 참고자료 1,2 각 참조, 이하 같다). 
 ㈏ 기업회계기준에 따른 배당금의 처리방법
 구회계기준 및 현회계기준에 의하면, 이익잉여금처분계산서상의 미지급 배당금을 대차대조표상의 부채로 계상하지 않도록 되어 있으므로 미지급 배당금은 그것이 실제로 지급된 회계연도의 전기이월이익잉여금에서 단순히 공제되는데 불과하나, 신회계기준에 의하면, 미지급배당금을 대차대조표상의 부채에 계상하도록 되어 있다.
 한편 주식회사의 이사는 매 결산기에 대차대조표, 이익배당을 포함한 이익잉여금처분계산서 등을 작성하여 이사회 및 정기주주총회의 승인을 얻은 다음( 상법 제447조, 제449조 제1항) 배당금을 지급하도록 되어 있는데, 대차대조표일(회계연도 말)을 기준으로 할 경우 아직 법률상 배당금 지급채무가 발생된 상태가 아니라 사실상 발생할 개연성이 높은 상태에 불과하므로 기업회계상의 비용에 관한 발생주의에 의할 경우에도 주주총회 등의 승인을 받지 않은 배당금을 부채항목에 계상하도록 한 신회계기준에 문제가 있다 볼 수 있다. 이와 같은 점과 미지급배당금을 부채로 계상하는 것이 국제 회계기준과 다르다는 이유로 기업회계기준을 1997년 이전과 같이 변경한 것으로 보인다. 다만, 배당은 그 배당승인 결의일이 속하는 회계연도가 아닌 그 직전 회계연도의 이익잉여금 등을 재원으로 하여 이루어지는 점, 이사회 및 주주총회에서 이익잉여금처분계산서의 배당안대로 승인되는 것이 통례인 점 등에 비추어 볼 때, 어느 사업연도에 관한 이익잉여금처분계산서상의 배당금을 당해 회계연도의 부채로 계상하도록 한 신회계기준이 반드시 부적절하다고는 볼 수 없다. 
 ㈐ 기업회계상 본점송금의 회계처리방법 및 재투자 인정금액의 계산방법
 ① 외국법인의 국내지점이 본점에 이익잉여금 중 일부를 송금하는 경우 그 송금은 배당에 준하는 성격을 가진 항목으로서 대차대조표상 배당금에 준하여 회계처리를 하여야 할 것이므로(기록 제400쪽에 편철된 은행회계해설서 참조), 기업회계상 어느 회계연도가 종료한 후 당해 회계연도의 전기이월이익잉여금 및 당기순이익 중 일부에 대한 본점송금결의 및 송금이 순차 이루어진 경우, 1996년 및 2003년 이후에는 구회계기준 및 현회계기준에 따라 송금결의액을 당해 회계연도의 대차대조표상 ‘부채’ 항목에 계상하지 않고 당해 회계연도의 ‘차기이월이익잉여금’에 포함된 상태로 두었다가 그 송금이 실제 이루어진 다음 회계연도의 대차대조표 중 ‘전기의 차기이월이익잉여금’ 항목에서 공제하는 방법으로, 1998년부터 2002년까지는 신회계기준에 따라 당해 회계연도의 차기이월이익잉여금항목에서 공제하여 부채항목에 계상하는 방법으로 회계처리를 하여야 한다.
 ② 한편 기업회계상 자기자본은 자본금, 자본잉여금, 이익잉여금으로, 이익잉여금은 법정준비금 등의 각종 준비금과 차기이월이익잉여금으로, 차기이월이익잉여금은 전기이월이익잉여금과 당기 순이익(또는 당기 순손실)으로 구성되므로 구회계기준에 의할 경우 기말자기자본은 기초자기자본에서 당기순이익을 가산하거나 당기순손실을 공제함과 아울러 직전 회계연도의 이익잉여금에 대한 송금결의액(당해 회계연도에 실제 송금한 금액) 등을 공제한 금액이 되고, 신회계기준에 의할 경우 기초자기자본에서 당기순이익을 가산하거나 당기 순손실을 공제함과 아울러 당해 회계 연도의 이익잉여금 등에 대한 송금 결의액을 추가로 공제한 금액이 된다 할 것이다. 이를 요약하면 아래와 같다(계산결과가 양수이면 재투자 인정금액, 음수(陰數)이면 자본금 감소액이 된다. 외국법인의 본점이 국내지점에 송금한 금액이 있을 경우에는 이를 기말자기자본에 합산하여야 할 것이다).
 ㉮ 구회계기준에 의할 경우 : 재투자 인정금액(자본 증가액) 또는 자본 감소액(음수) = 당기 순이익 또는 당기 순손실(당기 순손실은 음수) - 직전 회계연도의 이익잉여금에 대한 당해 회계연도의 송금액
 ㉯ 신회계기준에 의할 경우 : 재투자 인정금액(자본 증가액) 또는 자본 감소액(음수) = 당기 순이익 또는 당기 순손실(당기 순손실은 음수) - 당해 회계연도의 이익잉여금에 대한 송금결의액
 ㉰ 1997 회계연도의 경우 : 재투자 인정금액(자본 증가액) 또는 자본 감소액 = 당기 순이익 또는 당기 순손실(당기 순손실은 음수) - 1996 회계연도의 이익잉여금에 대한 1997 회계연도의 송금액 - 1997 회계연도의 이익잉여금에 대한 송금 결의액
 ㈑ 송금결의가 취소된 경우의 회계처리방법
 ① 구회계기준 및 현회계기준에 의하면, 어느 사업연도의 이익잉여금처분계산서에 따른 배당이 주주총회에서 승인되어도 당해 사업연도의 대차대조표에 반영되지 않도록 되어 있으므로, 배당승인에 관한 주주총회의 결의가 어떤 사유로 취소되거나 배당을 철회하는 결의가 이루어진 경우에도, 당해 회계연도의 대차대조표를 수정할 것인가의 문제는 발생할 여지가 없다(배당금을 지급하였다가 주주총회의 결의에 따라 회수한 경우는 논외로 한다).
 ② 그러나 신회계기준에 의하면, 어느 회계연도의 이익잉여금처분계산서에 따른 미지급 배당금액을 당해 회계연도의 대차대조표에 부채로 계상하도록 되어 있으므로, 배당승인에 관한 주주총회의 결의가 취소되거나 배당을 철회하는 결의가 이루어진 경우 등에는, 이를 당해 회계연도의 대차대조표에 소급하여 반영할 것인지, 아니면 장래를 향하여 취소된 날이 속하는 회계연도의 대차대조표에 반영할 것인지의 문제가 생기고, 이 사건과 같이 배당에 준하는 본점송금결의에 관하여도 같은 문제가 생긴다 할 것이다.
 ③ 그런데 일반적으로 회계에 영향을 미치는 어떤 사건이 발생한 경우, 기업회계기준에 특별한 규정이 없는 한 그 발생시점이 속하는 회계연도의 대차대조표에 이를 반영하여야 할 것이므로, 송금결의취소라는 사건의 경우에도 그것이 송금결의 자체의 하자로 인한 것이 아닌 한, 기업회계상 그 취소일이 속하는 회계연도, 즉 이 사건의 경우 1997년의 대차대조표가 아니라 1998년의 대차대조표에 반영하여야 한다고 봄이 상당하다(당원의 안진회계법인 및 한국회계연구원에 대한 각 사실조회결과).
 ㈒ 송금결의취소의 회계처리방법에 관한 피고의 주장에 대한 판단
 ① 이에 대하여 피고는, 기업회계기준 자체에 의하여도 배당 또는 송금결의취소를 소급·반영하도록 되어 있다는 취지의 주장을 한다.
 ② 신회계기준 제75조에 의하면, 대차대조표일 이후에 발생한 사건이 대차대조표일 현재 이미 존재하였던 사실에 대하여 추가 정보를 제공함으로써 재무제표의 작성에 사용된 추정치에 영향을 주는 경우에는, 당해 사건의 영향을 자산, 부채에 적절히 반영하도록 되어 있으나, 대차대조표는 주주총회의 승인결의에 의하여 확정되는 점, 현회계기준에 의하면 대차대조표일부터 대차대조표 등에 대한 주주총회의 승인결의일까지 발생한 사건에 한하여 당해 회계연도의 대차대조표 등을 수정할 수 있도록 되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 위 규정은 대차대조표일부터 대차대조표일 확정일 사이에 발생한 사건에 관한 규정으로서 이 사건 송금결의취소와 같이 대차대조표 확정일 이후에 발생한 사건에 관하여 적용될 수는 없다 할 것이다(서울지점이 원고 본점과의 협의를 거쳐 송금결의를 하고, 이를 기초로 한 대차대조표 등 재무제표에 관하여 금융감독원장의 승인을 얻었고, 원고 본점에서도 1998. 3.경 원고 회사의 대차대조표 등 재무제표에 대하여 주주총회의 승인을 얻은 이상, 그것으로써 송금 결의내용이 포함된 재무제표는 확정되었다 할 것이다).
 ③ 또한 현기업회계기준서 제1호에 의하면, 기업회계기준의 잘못된 적용, 사실판단의 잘못, 부정, 과실 또는 사실의 누락 등으로 인하여 전기 또는 그 이전 기간의 재무제표를 작성할 때 발생하였던 중대한 오류가 당기에 발견되는 경우, 그 영향을 받은 회계기간의 재무제표항목은 재작성하도록 되어 있고, 이와 같은 회계 원칙은 그 합리성에 비추어 기업회계기준서 제1호가 제정되기 이전의 기간에도 적용될 수 있다 할 것이므로, 서울지점이 처음부터 송금결의를 취소할 의도로 송금결의를 하였다가 취소한 것이라면, 위 회계원칙에 따라 송금결의취소를 소급·반영하여야 할 것이기는 하나, 서울지점이 위와 같이 의도적으로 송금결의를 하였다가 취소하였다고 볼 만한 증거가 없다.
 ④ 오히려, 갑16호증의 기재, 당심 증인 소외 1의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 본점은 1998년 초경 원화의 환율이 계속 상승하자 환차손을 피하기 위하여 서울지점에 이익잉여금의 조기송금을 요구하여 위와 같은 송금결의가 이루어진 사실, 그런데 당시 환율상승으로 인하여 서울지점의 외화표시 대출금의 원화 표시 금액이 급상승하여 자기자본을 기준으로 정해진 동일인 대출한도 금액을 초과할 형편에 이르게 되었고, 이에 서울지점은 기존의 외화 표시 대출금을 회수하거나 자기자본을 늘릴 수 밖에 없었던 사실, 그런데 서울지점은 대출금을 회수할 경우 해당기업의 도산이 우려된다는 이유로 정부의 권유 및 자신의 경영판단에 따라 원고 본점과 협의하여 송금결의를 취소하는 방법으로 자본금을 늘리기로 결정하고 위와 같이 송금결의를 취소하게 된 사실을 인정할 수 있다. 
 ⑤ 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.
 ㈓ 기업회계기준과 법인세법상의 소득금액에 관한 피고의 주장
 ① 피고는 다시, 기업회계기준과 세법은 그 기준이 다르므로 법인세법인세의 과세표준이 되는 ‘소득금액’은 법인세법에 따라 해석하여야 한다고 주장한다. 
 ② 살피건대, 구 법인세법에서 법인세의 과세표준이 되는 ‘소득금액’에 관한 상세한 규정을 두고 있으므로, 지점세에 관한 구 법인세법 제57조의2 제1항, 제2항, 제123조의4에서 말하는 과세대상 소득금액의 산정기초가 되는 ‘소득금액, 자기자본, 자산, 부채’ 중 ‘소득금액’은 기업회계기준에 따른 당기순이익이 아니라 구 법인세법이 정하는 바에 따라 수정된 소득금액을 말하는 것으로 보아야 하는 것이 당연하다. 그러나 구 법인세법상 ‘대차대조표, 자산, 부채’라는 용어는 기업회계기준에서 차용한 개념으로서 구 법인세법상 그 내용을 정의하는 규정이 따로 없으므로, 이는 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준, 즉 회계연구원 또는 증권관리위원회에서 주식회사의외부감사에관한법률에 기하여 제정한 기업회계기준에 따른 ‘대차대조표, 자산, 부채’의 개념에 따라야 한다고 봄이 상당하다. 
 ③ 아울러, 지점세 제도는 배당세와의 형평을 이유로 도입된 제도이고 기업의 배당 여부 및 본점 송금여부에 관한 결정은 세무회계상의 소득금액 등을 기초로 이루어지는 것이 아니라, 기업회계에 따른 당기 순이익 및 전기 이월이익잉여금을 재투자할 것인지 아니면 주주에게 배당하거나 본점에 송금할 것인지 여부를 고려한 경영판단에 기하여 이루어지는 것이므로, 지점세의 과세대상 소득금액의 산정기초가 되는 자산, 부채 등의 개념을 기업회계기준에 따라야 해석하여야 하는 것은 지점세제도의 취지 자체에 따른 당연한 결과이기도 하다. 
 설령 구 법인세법상 손금, 익금의 개념과 같이 지점세의 산정기초가 되는 자산, 부채의 개념을 법인세법의 관점에 따라 해석하여야 한다 하여도, 구 법인세법 제17조 제3항에 의하면, 기업이 손익의 귀속시기 등에 관하여 일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 법인세법 등에서 달리 정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계기준 또는 관행에 따르도록 규정되어 있고, 위에서 본 바와 같이 원고 회사가 서울지점의 기업회계에 적용하여 온 회계기준이 바로 그와 같은 기업회계기준에 해당할 뿐만 아니라 구 법인세법상 그 적용을 배제하는 규정을 두고 있지 아니하므로 결국 지점세 과세대상 소득금액 산정의 기초가 되는 자기자본, 자산, 부채의 개념을 기업회계기준에 따라야 하는 것은 마찬가지이므로, 피고의 위 주장도 이유 없다. 
 ㈔ 소결론
 따라서 서울지점이 1998. 3.경 1997 회계연도의 이익잉여금(전기이월이익잉여금과 당기순이익) 중 일부를 본점에 송금하기로 결의하면서 그 본점송금결의액을 1997 회계연도의 부채항목에 계상하였다가 1998. 6.경 그 결의를 취소한 후 그 송금결의액을 1998 회계연도의 이익잉여금계정에 환입처리한 것은, 당시 시행되던 신회계기준에 따른 회계처리로서 정당하다.
 ⑵ 원고의 방식에 따른 지점세의 면탈 여부
 ① 피고는 원고의 방식에 의할 경우 송금취소액 150억 원에 상당하는 지점세액이 원고의 의사에 따라 그 납부 여부가 결정되어 부당하다고 주장한다. 
 ② 그러므로 살피건대, 원고 회사가 송금결의를 하였다가 취소함으로써 1997 사업연도 및 1998년 사업연도의 지점세 과세대상 소득 및 지점세액의 합계액이 줄어들기는 하였으나, 지점세의 세율은 과세대상소득금액의 다과에 관계없이 일정비율로 정해져 있고, 어느 사업연도의 소득금액에서 재투자 인정금액이 공제되는 등의 사유로 일부 또는 전부의 소득금액에 대하여 지점세가 과세되지 않은 경우 그 차액은 미과세 누적유보소득으로 순차 이월되어 그 후 자본감소액이 발생할 경우 그 미과세 누적유보소득에 상당하는 자본감소액이 과세대상소득금액에 가산되거나 지점을 철수할 때 그 동안의 미과세 누적유보소득 전체에 대하여 지점세가 부과되므로 원고 회사가 송금을 하지 않거나 송금결의를 하였다가 취소하여도 그에 상당하는 소득금액에 대한 지점세액의 차액을 영구히 면하는 것이 아니라 그 부과시기가 뒤로 미루어지는 데 불과하다.
 ③ 이 사건의 경우 피고의 방식에 의하면 1997 및 1998 사업연도의 과세대상소득금액이 원고의 방식에 의하는 경우에 비하여 150억 원 늘어나게 되나, 그 반면 1998 사업연도말을 기준으로 한 미과세 유보소득은 원고의 방식에 의하는 경우에 비하여 150억원 만큼 감소하게 되고, 그 차액 150억원은 장차 자본감소액이 발생하는 사업연도의 과세대상 소득금액에 가산됨으로써 결국 그때까지의 과세대상금액 총액은 원고의 방식에 의할 경우나 피고의 방식에 의할 경우나 동일한 금액이 된다. 다만, 원고 회사의 경우 현재에 이르기까지 세무조정에 따른 법인세법상의 소득금액과 기업회계상의 당기순이익 사이의 괴리 및 1999 회계연도 이후의 당기순손실에 따라 미과세 누적유보소득이 음수(陰數)의 수치로 되는 바람에 그 조정이 이루어지지 않고 있는 데 불과하다(한편, 내국법인이 전혀 배당을 실시하지 아니한 경우에도 청산시에 그 동안의 유보소득 등에 대하여 한꺼번에 법인세를 납부하여야 한다).
 ④ 나아가, 배당소득세의 경우 주주 또는 출자자가 납부할 세액은 배당액에 의하여 좌우되는 것이 당연하고, 외국법인의 국내지점이 어떤 특정 사업연도의 세후 소득에 대하여 납부할 지점세액도 직전 사업연도의 송금결의액(구회계기준에 의할 경우) 또는 당해 사업연도 송금결의액이나 송금결의의 취소 여부(신회계기준에 의할 경우)에 의하여 영향을 받게 되고, 이는 지점세가 배당소득세와의 형평을 이유로 도입된 제도라는 특성 자체에서 연유하는 당연한 결과이다. 
 그런데 국내법인 또는 외국법인의 국내지점이 이익잉여금을 재투자할 것인지, 아니면 주주에게 배당하거나 본점에 송금할 것인지 여부를 결정하거나 그 결정을 취소하는 것은 기업의 경영판단에 속하는 사항이므로, 원고 회사가 서울지점의 이익잉여금에 대하여 송금결의를 하였다가 그 결의를 취소함으로써 당해 사업연도 또는 다음 사업연도에 납부할 지점세액에 영향을 미쳤다고 하여도, 그 결의가 처음부터 취소를 예정하고 있는 허위의 결의였다거나 구 법인세법상의 부당행위 계산부인에 관한 규정에 저촉된다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청에서 기업의 의사결정을 함부로 부인할 수 없을 뿐만 아니라 이 사건의 경우 서울지점이 처음부터 송금결의를 취소할 의도를 가지고 송금결의를 하였다고 볼 자료가 없는 점은 앞서 본 바와 같다.
 ⑤ 더구나, 피고의 방식에 따라 송금결의 취소를 소급·반영할 경우 일반적으로 당해 사업연도에 납부할 지점세액이 감소하게 되는데(다만, 이 사건의 경우 1997 사업연도에는 소득금액이 당기순이익을 훨씬 하회하는 우연한 사정 때문에 송금결의액을 공제한 재투자인정금액이 소득금액을 초과하는 결과 송금결의나 송금결의취소의 소급·적용 여부에 관계없이 납부할 지점세액이 0이었다), 위 송금결의 취소는 취소라는 용어를 썼지만 장래를 향하여 자기자본을 늘리기 위한 새로운 결의로서 그에 따른 지점세액 감액분을 국세기본법 제45조의2의 규정에 따른 경정청구의 방법으로 환급받을 수도 없다. 
 ⑥ 따라서 피고의 위 주장도 이유 없다. 
 ⑶ 이 사건 처분의 적법 여부
 위와 같은 점에 비추어 볼 때, 1998년도에 이루어진 송금결의 취소는 1997 회계연도의 대차대조표가 아니라 취소일이 속하는 1998 회계연도의 대차대조표에 반영하는 것이 정당하다. 따라서 이 사건 처분 중 1998 사업연도의 지점세에 관한 부분은 위법하다.
 다만, 피고의 방식과 같이 1998년의 송금결의 취소를 1997 사업연도의 대차대조표에 소급하여 반영할 경우 외국법인의 국내지점이 실제로는 본점송금을 할 의사가 없으면서도 송금결의를 하였다가 취소하는 방법으로 특정 사업연도의 지점세액 중 일부를 편법으로 연기받는 것을 봉쇄할 수는 있으므로 피고의 방식에 합리성이 없다고는 볼 수 없으나, 위에서 본 바와 같이 원고의 방식도 기업회계기준 및 법인세법의 규정에 따른 것으로 이를 부당하다거나 위법하여 구 법인세법상 허용되어서는 안 된다고 단정할 수 없다. 그런데 구 법인세법 제58조 제1항에 의하여 준용되는 구 법인세법 제32조 제1항, 제2항 제1호에 의하면, 관할세무서장은 법인이 법인세 과세표준 및 세액을 신고하지 않거나 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우 등에 한하여 법인세의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있도록 되어 있으므로, 원고의 방식에 합리성이 있는 이상 원고 회사의 지점세 신고에 오류 또는 탈루가 있다고 볼 수 없고, 따라서 원고 회사의 지점세 신고내용이 경정의 대상이 된다고도 볼 수 없으므로, 이 사건 처분 중 1998 사업연도의 지점세에 관한 부분은 이 점에서도 위법하다. 
바. 정당한 지점세액
 원고 회사가 납부할 1998 사업연도의 정당한 지점세액은 별지 지점세 계산내역표의 정당한 세액란 기재와 같이 당초처분시보다 681,818,166원이 감소한 914,288,498원이 되고, 한편 위 감소한 금원에 해당하는 미납부 가산세는 100,090,906원이 되므로 1998년도 법인세 잔존금액 869,553,950원 중 지점세로 인하여 취소를 할 부분은 781,909,072원(681,818,166원 + 100,090,906원)이 된다.
3. 결론
 그렇다면 1998 사업연도의 법인세 869,553,950원의 부과처분 중 87,644,878원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이므로 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결 중 원고 패소부분은 이와 결론이 일부 달라 부당하므로 이를 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 이성룡(재판장) 이상윤 이규철