취득세등부과처분취소 (일반행정, 수원지방법원)
공포일: 2020.08.13 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
피고가 2019. 5. 13. 원고에 대하여 한 취득세 285,119,730원, 지방교육세 16,292,550원, 등록세 20,365,690원의 부과처분 및 취득세 134,400,000원, 지방교육세 7,680,000원, 농어촌특별세 9,600,000원의 부과처분을 각 취소한다.
소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.○○·당진항 항만배후단지 조성사업의 시행 및 자유무역지역 지정

1)해양수산부와 경기도는2005. 12.경○○시△△읍00리 일원의 토지 면적1,420,000㎡(물류용지1,002,000㎡)(이하‘이 사건 사업구역’이라 한다)지상에○○·당진항1종 항만배후단지를 조성하여 이에 따라 조성되는 항만배후단지에 대하여 해양수산부는 소유권을,경기도는 투자금1)회수를 위하여 항만법 제16조에 따른 항만시설관리권(무상사용권)을 취득하는 내용으로‘○○항 배후단지 자유무역지역(1단계)조성사업’을 위한 공동개발MOU를 체결하였다(이하‘이 사건 공동사업’이라 한다).
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각1)이 사건 사업의 사업비는 약877억 원 정도의 규모로서,그 투자금은 경기도52%,○○시13%,여수광양항만공사35%의 비율로 분담한 것으로 되어 있다(을 제4호증 참조).
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2)이 사건 사업구역은2006. 12.경 제1종 항만배후단지로 지정되었고, 2009. 3.경「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」(이하‘자유무역지역법’이라 한다)제4조에 의한 자유무역지역으로 지정되었다.○○시△△읍00리942-2잡종지62,391.3㎡(이하‘이 사건 토지’라 한다)는 이 사건 사업구역 내에 위치한 국유지로서 이 사건 공동사업의 시행에 따라‘○○·당진항 항만배후단지1단계9B구역’으로 지정되었다.
3)○○지방해양항만청은2009. 4. 30.경○○·당진항1단계 배후단지(자유무역지역)(이하‘이 사건 배후단지’라 한다)내 복합물류시설 부지997,835㎡에 대한 입주자 선정 공고를 시행하였는데,그 입주업체 선정안내서(안)에는 다음과 같은 내용이 포함되어

2. 임대부지 현황 (중략)○ 임대방식입주업체로 선정되면 장기토지임대, 시설건립 후 운영건축기초공사는 ○○·당진항 배후단지(1단계)의 건축기초공사 공동시행을 위한 실무협의회에 참여하여야 하며, 협의 결과에 따라 시행함 (중략)3. 협약 주요조건 (중략)○ 입주면적 지정입주업체가 신청한 임대면적 및 위치는 ○○지방해양항만청(이하 ‘항만청’이라 함)에서 가분할한 구역별, 면적별 기준으로 입주업체 선정 순위별로 우선협의 지정 (중략)○ 입주자시설의 소유- 입주자시설은 당해시설의 준공과 함께 사업시행자가 임대기간 동안 소유·운영(연장기간 포함)한 후 항만청에 무상귀속 또는 원상회복○ 기타 세부협약조건에 대해서는 「사업시행에 관한 표준실시협약서」를 기준으로 협상에 의해 정함

있었다.
나.원고와 경기도 사이의 이 사건 실시협약의 체결

1)경기도는2011. 7.경까지 이 사건 배후단지의 기반시설공사 등이 준공됨에 따라2011. 9.경 경기○○항만공사와 사이에 이 사건 배후단지의 관리운영에 관한 위·수탁협약을 체결하는 한편, 2011. 12.경 해양수산부장관에게 이 사건 배후단지에 관한 항만시설관리권의 등록을 마쳤다.
2)원고[변경 전 상호 주식회사 피엠엘씨(PMLC Co.),이하 변경 전·후를 통틀어‘원고’라고 칭한다]는 이 사건 배후단지 내 입주업체로 선정됨에 따라2013. 8. 30.항만시설관리권자인 경기도와 사이에‘○○·당진항 항만배후단지(1단계)내 입주업체 사업시행에 관한 실시협약’(이하‘이 사건 실시협약’이라 한다)을 체결하고,경기도로부터 이 사건 토지를 임차하였다.
3)이 사건 실시협약의 주요 내용은 다음과 같다.
[○○·당진항 항만배후단지(1단계)내 입주업체 사업시행에 관한 실시협약서]제1조(목적) 본 사업시행에 관한 실시협약(이하 ‘본 협약’이라 한다)은 원고가 자유무역지역 내의 토지를 임차하여 입주자시설을 건설 및 운영함에 있어 경기도와 원고 간에 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다.제2조(용어의 정의) 본 협약에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.2. ‘본 사업’이라 함은 자유무역지역 내에서 원고가 시행하는 입주자시설의 설계, 시공, 운영 및 유지관리 등의 업무를 말한다.4. ‘입주자시설’이라 함은 본 협약에 따라 원고가 설치하는 건축물과 그와 관련된 각종 부속시설 및 유틸리티시설을 말한다.5. 경기도는 자유무역지역 유지관리업무를 수행하는 자(그 적법한 승계인을 포함)를 말한다.6. 원고는 경기도와 본 협약을 체결하고, 본 협약에 따라 토지사용기간 동안 입주자시설을 설치하여 영업행위를 할 수 있는 자를 말한다.7. ‘시설준공일’이라 함은 ‘원고’가 자유무역지역 관리권자로부터 입주자시설에 대한 ‘준공확인필증’을 교부받은 날을 말한다. 입주자시설이 단계별로 준공되는 경우에는 최종 건설된 입주자시설을 기준으로 한다. 제3조(임대토지) 경기도가 본 사업을 위해 원고에게 임대한 토지는 다음과 같다.소재지 : ○○·당진항 항만배후단지 9B′토지면적 : 62,391.3㎡제4조(임대기간 등) ① 임대기간은 본 협약을 체결한 날로부터 30년간을 원칙으로 한다. 다만, 토지임대기간의 연장이 필요한 경우에는 상호 협의하여 20년 범위 내에서 그 기간을 연장할 수 있다.② 협약체결 기간은 2013. 8. 30. ~ 2016. 8. 29.로 하고 매 3년마다 협약을 갱신한다.④ 제1항에도 불구하고 국가의 정책변경 또는 경기도의 사정에 따라 불가피한 경우에는 임대기간을 단축할 수 있다. 다만, 이 경우 원고는 임대토지에 설치한 입주자시설 등에 대하여 경기도에게 매수를 청구할 수 있으며, 경기도는 정당한 사유가 없는 한 이를 거절하지 못한다.(중략)제6조(임대보증금 등 지급보증금) ① 임대보증금 등 지급보증금(이하 “임대보증금”이라 한다)은 다음의 산식으로 산정된 금액으로 하고 현금(자기앞수표 포함), 국채 및 지방채, 이행보증보험증권 또는 금융기관의 지급보증서 등으로 납부하되, 임대기간 개시일 전일까지 납부하여야 한다.임대보증금 = 임대면적(㎡) × 5,000원 ④ 경기도는 다음 각 호에 해당하는 경우에는 해당금액을 원고의 임대보증금에서 우선적으로 충당한다.3. 입주자시설의 귀속 및 철거의무 미 이행시 경기도의 법상, 사실상의 조치에 소요된 비용4. 협약해지 또는 임대기간 만료 후 시설물에 대한 원고의 명도 지연 등으로 발생된 무단점유에 대한 변상금, 각종 제세공과금 및 소송비용 (중략)제7조(임차인의 행위제한) 원고는 경기도의 사전 승인 없이 다음 각 호의 1에 해당하는 행위를 할 수 없다.(중략)입주자시설을 제3자에게 양도 또는 대여하거나 담보로 제공하는 행위제8조(입주자시설) ① 원고는 본 사업을 위하여 사업계획서 내용대로 입주자시설을 설치하여야 한다.② 입주자시설의 규모는 제1항을 기준으로 하되, 상세설계 과정에서 경기도와 협의하여 최종 확정한다.③ 입주자시설의 증축 및 대수선 등이 필요할 경우에는 사전에 경기도의 승인을 받은 후 관련법령에 정한 절차에 따라 시행한다.제9조(입주자시설의 소유, 귀속 및 원상회복의무) ① 원고는 입주자시설에 대해 원고 명의로 소유권보존등기를 할 수 있으며, 경기도의 사전 동의 없이 타인명의로 소유권보존등기 또는 이전등기를 할 수 없다.② 원고는 본 사업과 관련하여 설치한 입주자시설의 소유권을 임대기간이 종료됨과 동시에 경기도에게 무상으로 귀속시켜야 한다. 다만, 경기도가 입주자시설의 철거를 요구할 경우, 원고는 조건없이 원고의 부담으로 철거하여 임대토지를 원상회복하여야 한다.③ 임대기간 종료 후 원고 소유의 입주자시설 등이 방치될 경우 경기도가 이를 임의로 처분할 수 있으며, 입주자시설의 처분시 발생되는 비용은 원고가 예치한 임대보증금에서 충당하고 부족분이 발생할 경우에는 추가로 청구할 수 있다. (중략)제10조(입주자시설의 양도 및 임대) ① 원고는 입주자시설을 제3자에게 양도 또는 임대하고자 할 경우 사전에 경기도의 승인을 받아야 한다. 이 경우 원고는 시설물 전부를 임대(물류관련시설개발업 및 임대업자의 경우 예외)하여서는 아니된다.(중략)③ 경기도는 다음 각호의 경우에는 양도·임대의 승인을 거절할 수 있다.시설준공일 이전에 입주자시설을 양도하고자 하는 경우입주자시설을 분할하여 양도하고자 하는 경우양수·임차 대상자의 사업계획이 자유무역지역의 지정목적에 부합되지 않는 경우(중략)⑤ 경기도가 양도를 승인하였을 경우, 양수도당사자는 양수도협약을 체결하고, 양수자는 양수도협약 체결 후 지체없이 경기도와 본 협약을 체결하여야 한다.⑥ 경기도가 임대를 승인하였을 경우에도 임대한 부분에 대하여는 경기도와 본 협약을 통해 정한 원고의 의무는 변하지 않으며, 당해 임대가 자유무역지역법 제24조 단서 조항에 해당할 경우 임대인인 원고는 경기도의 승인후에 자유무역지역법 시행령 제15조에서 정한 바에 따라 세관장의 허가를 별도로 득하여야 한다.

다.원고의 입주자시설 신축 및 피고의 취득세 비과세결정

1)원고는 이 사건 실시협약에 따라2013. 10. 14.부터2014. 6. 13.까지 이 사건 토지 지상에 사무실,창고,공장을 주용도로 하는 창고 건물1개동(1,383.25㎡,이하‘이 사건 창고’라 한다)의 신축공사를 진행하여2014. 3. 16.○○지방해양항만청장으로부터 항만법 제12조에 의한 준공확인을 받고, 2014. 3. 21.경기도지사로부터 건축물 사용승인(건축면적8,328.88㎡,연면적 합계10,565.79㎡)을 받았다.
2)원고는2014. 3. 25.이 사건 창고에 관하여 이 사건 실시협약 제9조 제1항에 따라 원고의 명의로 소유권보존등기를 마치고,피고에게‘기초자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득’하였음을 이유로 위 창고에 대한2013년도 취득세 및 농특세 합계342,143,670원의 감면신청을 하여,같은 날 피고로부터 지방세법 제9조 제2항에 의한 취득세 비과세(감면)결정 통지를 받았다.
3)그 후 원고는2015. 10. 13.○○지방해양수산청장으로부터 항만법 제9조 제3항 및 제10조 제3항에 의하여 이 사건 토지에 대하여 물류센터 증축 등을 위한 항만공사 시행허가 및 실시계획승인을 받고, 2015. 11. 27.경부터2016. 10. 6.까지 이 사건 토지 지상에 창고시설 용도의㈜베어로지○○물류센터1개동(6,119.5㎡,이하‘이 사건 물류센터’라 한다)을 증축하는 공사를 진행한 다음, 2016. 11. 15.○○지방해양수산청장으로부터 그 건축물 사용승인(건축면적14,693,81㎡,연면적 합계18,037,32㎡)을 받았다.
4)원고는2016. 12. 9.피고에게 이 사건 물류센터의 증축과 관련하여‘기초자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득’하였음을 이유로 위 물류센터에 대한2016년도 취득세 합계134,400,000원의 감면신청을 하여,같은 날 피고로부터 지방세법 제9조 제2항에 따라 위 취득세에 대한 비과세(감면)결정 통지를 받았다[이하 위 비과세(감면)결정과 이 사건 창고에 대한 비과세(감면)결정을 통틀어‘종전 비과세결정’이라 한다].
5)원고는2016. 12. 13.이 사건 물류센터에 관하여 이 사건 실시협약 제9조 제1항에 따라 원고의 명의로 소유권보존등기를 마치고, 2016. 12. 19.○○지방해양수산청장으로부터 이 사건 물류센터1개동(6,119㎡)및 이 사건 창고1개동(1,383.25㎡)에 대한 준공확인증명서를 교부받았다(이하 위 물류센터 및 창고를 통틀어‘이 사건 건축물’이라 한다).
라.피고의 종전 비과세결정 철회

1)그 후○○시장은2019. 4. 1.원고에 대한 지방세 세무조사 결과‘건물 기부채납 비과세 철회 및 가설건축물 신고 누락’을 이유로 이 사건 토지 지상 원고 소유 건축물3개동에 대한 취득세 합계474,070,940원과 이에 대한 과소신고 및 납부불성실 가산세 등 추징세액 합계683,374,110원을 부과하는 내용의 통지를 하였다가(아래[표]순번1), 2019. 5. 10.다시 아래[표]순번2기재와 같이 납부불성실 가산세를 감액하여 경정하는 내용의 지방세 세무조사 결과 경정 통지를 하였다.
순번경정결정일과세표준지방세산출세액가산세합계 세액과소신고납부불성실12019. 4. 1.15,010,710,373474,070,940111,450209,191,720683,374,11022019. 5. 10.15,010,710,373474,070,940111,450140,760474,323,150

2)이러한○○시의 세무조사 결과에 따라 피고는2019. 5. 13.원고에게 아래와 같이 이 사건 창고 및 물류센터에 관한 각 취득세 등을 부과하여 고지하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).
순번과세물건취득세지방교육세농특세산출세액 1이 사건 창고 10,565.79㎡285,119,73016,292,55020,365,690321,777,9702이 사건 물류센터 18,037.32㎡134,400,0007,680,0009,600,000151,680,000 합계 473,457,970

[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지7, 9내지11, 13호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같다),을 제1, 3, 4호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.처분의 적법 여부

가.당사자들의 주장요지

1)원고의 주장

가)입주자 선정 공고의 내용 및 이 사건 실시협약서 제9조 제2항 등에 의하면‘입주자 시설은 당해 시설의 준공과 함께 사업시행자가 임대기간 동안 소유·운영한 후 임대기간이 종료됨과 동시에 경기도에 무상으로 귀속시켜야 한다’고 규정하고 있으므로,이 사건 건축물은 지방자치단체인 경기도에 귀속을 조건으로 취득한 부동산에 해당하여2014년 및2016년경 이루어진 피고의 종전 비과세결정은 적법하고,이를 번복하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
나)피고의 종전 비과세결정은 수익적 행정행위에 해당하고,이 사건 처분은 이러한 수익적 행정처분의 취소 또는 철회에 해당한다.피고는 수익적 행정행위를 취소하거나 철회하여야 할 어떠한 중대한 공익상의 사유나 제3자의 이익보호가 필요한 사유가 없음에도 수익적 행정행위의 철회에 관한 법리를 위반하여 종전 비과세결정을 철회하였고,이러한 하자는 이 사건 처분에도 승계되어 위법하다.
다)이 사건 사업구역 내 입주업체의 건축물 취득에 관한 비과세 관행이 존재하였고,피고는 종전 비과세결정을 통하여 원고에게 신뢰를 부여하였는데,그 후 아무런 사정변경이나 법령의 변경,중대한 공익상 필요,제3자의 이익보호 필요성이 없었음에도 이 사건 처분을 하였으므로,이는 신뢰보호의 원칙을 위반하여 위법하다.
2)피고의 주장

가)이 사건 토지는 국가 소유의 토지로서 경기도와 원고 사이에 있었던 이 사건 실시협약의 체결만으로는 그 지상 건축물에 대하여 국가 등 귀속이 확정되었다고 볼 수 없다.
나)이 사건 건축물은 비관리청이 전용할 목적으로 설치한 화물의 유통시설로서 항만법 제15조 제1항 단서 및 항만법 시행령 제18조 제1항 제3호 등 규정에 따라‘국가에 귀속되지 아니하는 항만시설’에 해당한다.
다)이에 따라 관리청인○○지방해양수산청도 이 사건 건축물에 대한 준공확인증명서에‘국가 비귀속’임을 명시하였으며,결국 그 취득 및 등기 시에 국가귀속 여부가 확정된 것으로 볼 수 없어 지방세법 제9조 제2항에 따른 비과세 요건을 충족하지 못하였으므로,이 사건 처분은 적법하다.
나.관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다.지방세법 제9조 제2항의 비과세 요건에 대한 판단

1)관련 법리

가)지방세법 제9조 제2항은 본문에서“국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하’국가 등‘이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다,이하’귀속 등‘이라 한다]을 조건으로 취득하는 부동산 및 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있다.이는 국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산 및 그 등기를 취득세 등의 비과세 대상으로 규정한 것으로서,국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그러한 경우 취득세 등을 과세하지 않는다는 입법취지를 반영한 것이다(대법원2011. 7. 28.선고2010두6977판결 등 참조).
나)지방세법 제9조 제2항에서 말하는‘귀속’이라 함은 과세물건인 부동산의 소유권을 국가 등이 취득하게 하는 것으로서,당사자 사이의 합의나 법률규정에 의해 발생한다(헌법재판소2011. 12. 29.선고2010헌바191결정 참조).이에 더하여 앞서 본 지방세법 제9조 제2항 규정의 입법취지 및 취득세 등이 비과세 대상인지 여부는 납세의무가 성립한 날을 기준으로 판단하여야 한다는 점 등을 체계적으로 종합해 보면,위 법률 규정에서 정한‘국가 등에 귀속을 조건으로 취득한 부동산 및 그 등기’에 해당하여 취득세 등이 비과세되기 위해서는,부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시 그 취득자가 당해 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 하는 것으로 그 의미 및 그 적용범위를 파악할 수 있다(대법원2011. 7. 28.선고2010두6977판결,헌법재판소2011. 12. 29.선고2010헌바191결정 등 참조).
다)구 사회기반시설에 대한 민간투자법(2020. 3. 31.법률 제17148호로 개정되기 전의 것,이하’구 민간투자법‘이라 한다)제4조 제3호는 민간투자사업의 추진방식 중 하나로’사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식‘,즉BOT(Built-Operate-Transfer,건설·운영 후 양도)방식을 규정하고 있다.이처럼 지방세법 제9조 제2항은 사회기반시설에 대한 민간자본의 유치촉진을 위하여 위와 같이’후귀속 방식‘으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속시키거나 기부채납하는 부동산도 비과세대상으로 포함하고 있는 것으로 볼 수 있다.
한편,지방세법 제9조 제2항 단서에서는“국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우(제1호)”, “국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우(제2호)”중 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.당초 구 지방세법(2015. 12. 29.법률 제13636호로 개정되기 전의 것)제9조 제2항에서는 위 제1호에 해당하는 경우만을 규정하고 있었으나,반대급부를 조건으로 귀속 또는 기부채납하는 경우에도 비과세 대상에서 제외하여 취득세를 부과할 수 있도록2015. 12. 29.개정 지방세법에서는 위 제2호 규정을 신설하였다.
2)이 사건 건축물이 비과세 대상인지 여부

가)앞서 본 인정사실 및 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면,원고가 신축한 이 사건 건축물은 이미 그 취득 및 등기시에 민간투자법 제4조 제3호에서 정한BOT방식으로 지방자치단체인 경기도에 귀속될 것이 사실상 확정되어 있었던 경우로서 지방세법 제9조 제2항에서 정한 비과세 대상인’지방자치단체에 귀속을 조건으로 하는 사회기반시설의 취득‘에 해당한다고 봄이 타당하다.
①민간투자법상“사회기반시설"이란 각종 생산활동의 기반이 되는 시설,해당 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서,항만법 제2조 제5호에 따른 항만시설을 포함한다(제2조 제1호 라.목).이 사건 건축물은 항만배후단지 내의 물류센터 및 창고 등으로 항만법 제2조 제5호 나.목에서 정한 기능시설인 화물의 유통시설로서 항만시설에 해당한다.
②자유무역지역법 제17조는“관리권자는 자유무역지역 및 예정지역에 있는 국가가 소유하는 토지 또는 공장 등에 대하여 그 중앙관서의 장으로부터 관리전환을 받거나 기획재정부장관의 관리ㆍ처분에 관한 지정을 받아 대통령령으로 정하는 바에 따라 입주기업체등에 임대하거나 매각할 수 있다.”고 정하고 있다.한편,해양수산부장관은 항만시설을 유지ㆍ관리하고 그 항만시설의 사용자로부터 사용료를 받을 수 있는 권리,즉 항만시설관리권을 설정할 수 있고(항만법 제16조),이 사건 배후단지는 자유무역지역으로 지정된 항만법 제2조 제1호의 항만 및 배후지로서(자유무역지역법 제5조 제1호 라.목,제8조 제1항 제4호),경기도는 이 사건 배후단지에 관하여 그 관리권자인 해양수산부장관으로부터 항만시설관리권을 설정받은 지방자치단체에 해당한다(자유무역지역법 제55조 제3항,항만법 제16조).따라서 이 사건 배후단지에 관한 관리업무를 비롯하여 입주계약의 체결 및 변경,해지에 관한 권한 등은 모두 그 지방자치단체의 장인 경기도지사에게 법령상 위임되어 있다(자유무역법 시행령 제40조 제11항).
③이러한 경기도의 항만시설관리권은 물권으로서 민법상 부동산에 관한 규정이 준용되므로(항만법 제17조),경기도의 항만시설관리권은 국가 또는 해양수산부의 권리에 우선하며,경기도와 해양수산부 사이에 체결된MOU의 내용에서 정한 바와 같이 경기도는 투자비를 회수하기 위하여 이 사건 토지를 임대,처분할 권한뿐만 아니라 당연히 그 지상 건축물에 대한 처분권한 또한 갖는 것으로 볼 수 있다.
④이 사건 실시협약에 의하면 원고는 경기도로부터 항만단지 내의 이 사건 토지를 임차하여 그 지상에 사업계획서 내용대로의 입주자시설,즉 항만법상 항만시설인 이 사건 물류센터 등을 건축하되 그 규모 등은 경기도와의 협의하고,신축 후에는 원고 앞으로 소유권보존등기를 경료할 수 있으나,임대기간이 종료됨과 동시에 지방자치단체인 경기도에 무상으로 귀속시키는 것을 내용으로 하고 있다(제4조 제1항,제8조 제2항,제9조 제2항 등).이처럼 이 사건 토지의 적법한 처분권자인 경기도와 원고 사이에 체결된 이 사건 실시협약은 자유무역지역법 제11조 소정의 입주계약으로 볼 수 있고,경기도는 자유무역지역법 제15조 제2항 등 규정에 따라 원고가 입주계약상 부여된 조건을 이행하지 않는 경우 등에는 입주계약을 해지할 수 있다.
⑤원고는 이 사건 건축물을 건축한 다음○○지방해양항만청장으로부터 준공확인증명서를 교부받았으며,소유권보존등기를 경료하였는데,이는 이 사건 실시협약 제2조 등에서 정한 바에 따른 것으로서 결국 이러한 내용은 원고와 경기도 사이에 이 사건 토지상에 설치할 시설물에 관하여’민간투자법 제4조 제3호에서 정한BOT방식에 의한 귀속‘을 합의한 것으로 볼 수 있다(○○지방해양수산청장의2016. 11. 15.자’자유무역지역 건축물 사용승인 알림‘에 의하면 이 사건 물류센터에 대한 사용승인서를 교부 당시’이 사건 실시협약의 조건을 준수하라‘는 취지가 기재되어 있기도 하다).
⑥또한 이 사건 실시협약에 의하면 원고는 경기도의 사전 승인 없이는 입주자시설을 제3자에게 양도 또는 대여하거나 담보로 제공할 수 없고(제7조 제2호),증축 및 대수선 등이 필요할 경우 사전에 경기도의 승인을 받아야 하며(제8조 제3항),임대기간 종료 후에는 경기도가 임의로 처분할 수 있고(제9조 제3항),경기도는 입주자시설의 귀속 및 철거의무 미이행시 그 법률상 사실상의 조치에 소요된 비용 뿐 아니라 협약해지 또는 임대기간 만료 후 시설물의 명도를 지연할 경우에는 각종 변상금 등을 임대보증금에서 공제할 수도 있다(제6조 제4항).이처럼 원고가 이 사건 건축물의 원시취득자로서 그 소유권보존등기를 경료하였다고 하더라도 이 사건 실시협약 및 관계 법령에 따라 경기도에 의하여 그 소유권의 행사에 제약을 받도록 되어 있다.
⑦이처럼 이 사건 건축물의 소유 및 사용 등 권리관계에 대하여 매우 구체적으로 규정되어 있는 이 사건 실시협약의 내용 및 자유무역지역법의 규정 등에 비추어 보면,이 사건 건축물의 경우 해당 취득세의 납세의무 성립일인 건축물 사용승인일 또는 등기일 이전에 이미 지방자치단체인 경기도로의 사실상 귀속이 확정되어 있었다고 볼 수 있다.
⑧한편,피고의 주장과 같이 원고가 설령 이 사건 건축물에 관하여 제3자에게 저당권 등을 설정하여 담보로 제공하거나 양도할 여지가 있다하더라도,이 사건 실시협약에 따라 경기도의 사전 동의가 필요할 뿐 아니라,이 사건 토지의 처분권자인 경기도가 이 사건 실시협약에 의하여 임대기간이 종료하기 전까지는 원고의 형식적인 소유권 및 사용·수익권을 보장한 것으로 볼 수 있어 그러한 사정만으로 원고가 이 사건 실시협약을 위반한 것이라거나 귀속 조건을 불이행하였다고 단정할 수 없다.
나)따라서 지방세법 제9조 제2항 단서 각 호 소정의 사유가 발생하지 않는 이상 이 사건 건축물에 대한 종전 비과세결정은 유지되어야 할 것인바,현재까지 위와 같은BOT방식에 의한 귀속 조건이 변경되었다는 사정을 찾아볼 수 없다.한편 이 사건 실시협약은 유상의 임대차계약에 해당하므로,원고가 경기도로부터 이 사건 건축물의 귀속에 대한 반대급부로서 국유재산 등의 무상사용권을 제공받은 경우에도 해당하지 않는다.
다)결국 종전 비과세결정을 철회한 피고의 처분사유는 인정되지 않으므로,이 사건 처분은 위법하여 전부 취소를 면할 수 없다(위와 같이 이 사건 처분을 전부 취소하는 이상 원고의 나머지 주장에 관하여는 나아가 판단하지 않는다).
3.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로,이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지]

관계 법령

■지방세법

제9조(비과세)

②국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서"국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다.이하 이 항에서"귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.
1.국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2.국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

■구 사회기반시설에 대한 민간투자법(2020. 3. 31.법률 제17148호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "사회기반시설"이란 각종 생산활동의 기반이 되는 시설,해당 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서,다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.
라.「항만법」제2조 제5호에 따른 항만시설

제4조(민간투자사업의 추진방식)

민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.
1.사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며,사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우는 제외한다)

2.사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며,사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되,그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간 동안 임차하여 사용ㆍ수익하는 방식

3.사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

4.사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되는 방식

5.민간부문이 제9조에 따라 사업을 제안하거나 제12조에 따라 변경을 제안하는 경우에 해당 사업의 추진을 위하여 제1호부터 제4호까지 외의 방식을 제시하여 주무관청이 타당하다고 인정하여 채택한 방식

6.그 밖에 주무관청이 제10조에 따라 수립한 민간투자시설사업기본계획에 제시한 방식

■구 항만법(2017. 6. 21.법률 제124452호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
5. "항만시설"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 항만구역 안의 시설과,다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 항만구역 밖의 시설로서 해양수산부장관이 지정ㆍ고시한 것을 말한다.
나.기능시설

(4)창고,야적장,컨테이너 장치장 및 컨테이너 조작장,사일로,저유시설(貯油施設),가스저장시설,화물터미널 등 화물의 유통시설과 판매시설

다.지원시설

(1)보관창고,집배송장,복합화물터미널,정비고 등 배후유통시설

(3)화물의 조립ㆍ가공ㆍ포장ㆍ제조 등을 위한 시설

(8)그 밖에 항만기능을 지원하기 위한 시설로서 해양수산부령으로 정하는 것

7. "항만배후단지"란 항만구역에 지원시설 및 항만친수시설을 집단적으로 설치하고 이들 시설의 기능 제고를 위하여 일반업무시설ㆍ판매시설ㆍ주거시설 등 대통령령으로 정하는 시설을 설치함으로써 항만의 부가가치와 항만 관련 산업의 활성화를 도모하며,항만을 이용하는 사람의 편익을 꾀하기 위하여 제42조에 따라 지정ㆍ개발하는 일단(一團)의 토지로서 다음 각 목의 것을 말한다.
가. 1종 항만배후단지:무역항의 항만구역에 지원시설과 항만친수시설을 집단적으로 설치ㆍ육성함으로써 항만의 부가가치와 항만 관련 산업의 활성화를 도모하기 위한 항만배후단지

나. 2종 항만배후단지:항만구역(1종 항만배후단지로 지정한 항만구역을 제외한다)에 일반업무시설ㆍ판매시설ㆍ주거시설 등 대통령령으로 정하는 시설을 설치함으로써 항만 및1종 항만배후단지의 기능을 제고하고 항만을 이용하는 사람의 편익을 꾀하기 위한 항만배후단지

제9조(항만공사의 시행자 등)

①항만시설(항만구역 밖에 설치하려는 제2조제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설로서 장래에 해양수산부장관이 항만시설로 지정ㆍ고시할 예정인 시설을 포함한다)의 신설ㆍ개축ㆍ유지ㆍ보수ㆍ준설(浚渫)등에 관한 공사(이하"항만공사"라 한다)는 해양수산부장관이 시행한다.다만,항만공사에 관하여 이 법 또는 다른 법률에 특별한 규정이 있으면 그 규정에 따른다.
②해양수산부장관이 아닌 자(이하"비관리청"이라 한다)가 항만공사를 시행하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 항만공사계획(이하"항만공사계획"이라 한다)을 작성하여 해양수산부장관의 허가를 받아야 한다.다만,제15조제1항 단서에 따라 국가에 귀속되지 아니하는 항만시설의 유지ㆍ보수 공사는 그러하지 아니하다.
제15조(항만시설의 귀속 등)

①제9조제2항 본문에 따른 비관리청의 항만공사로 조성되거나 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가에 귀속된다.다만,대통령령으로 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다.
④비관리청은 제1항 본문에 따라 국가에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다.
⑤제4항에 따라 국가에 귀속된 항만시설을 무상으로 사용하는 자는 타인에게 그 시설을 사용하게 할 수 있다.
제16조(항만시설관리권)

①해양수산부장관은 항만시설을 유지ㆍ관리하고 그 항만시설의 사용자로부터 사용료를 받을 수 있는 권리(이하"항만시설관리권"이라 한다)를 설정할 수 있다. <개정2013. 3. 23.>

②제1항에 따라 항만시설관리권을 설정받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 등록하여야 한다.등록한 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.
제17조(항만시설관리권의 성질)

항만시설관리권은 물권으로 보며,이 법에 특별한 규정이 없으면「민법」중 부동산에 관한 규정을 준용한다.
■구 항만법 시행령

제18조(국가에 귀속되지 아니하는 항만시설 및 토지)

①법 제15조제1항 단서에 따라 국가에 귀속되지 아니하는 항만시설은 다음 각 호와 같다.
1.하역시설(고정식 하역장비의 운영에 필요한 레일시설은 제외한다)및 무게 측정시설

2.사일로(국가의 소유인 사일로를 비관리청이 증축하는 경우는 제외한다),저유시설(貯油施設),가스저장시설 및 위판장시설

3.비관리청이 전용(專用)할 목적으로 설치한 계류시설,항행 보조시설,화물의 유통시설ㆍ판매시설,선박보급시설 및 항만의 관제(管制)ㆍ정보통신ㆍ홍보ㆍ보안시설로서 해양수산부령으로 정하는 시설.이 경우 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 해양수산부령으로 정하는 시설을 설치하여 사용할 목적으로 전단에 따라 비관리청에 귀속된 시설을 임차하여 사용하는 경우에는 비관리청이 전단에 따른 시설을 전용하는 것으로 본다.
가.비관리청의 자회사(「상법」제342조의2에 따른 자회사를 말한다)

나.비관리청의 계열회사(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제2조제3호에 따른 계열회사를 말한다)

4.공해방지시설 중 이동식 시설 및 소모성 설비

5.지원시설(항만 관련 업무용 시설 중 공공서비스 업무용 시설은 제외한다)

6.항만친수시설(港灣親水施設)중 해양레저용 시설 및 해양 문화ㆍ교육 시설

7.제1호부터 제6호까지에서 규정한 시설 외에 비관리청의 전용 목적이 강하여 국가에 귀속시킬 필요가 없다고 해양수산부장관이 인정하는 시설

■자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률

제5조(자유무역지역의 지정 요건)자유무역지역은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 지역에 대하여 지정한다.
1.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역으로서 화물 처리능력 등 대통령령으로 정하는 기준에 적합할 것

라.「항만법」제2조제1호에 따른 항만 및 배후지

2.도로 등 사회간접자본시설이 충분히 확보되어 있거나 확보될 수 있을 것

3.물품의 반입ㆍ반출을 효율적으로 관리하기 위하여 필요한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하"통제시설"이라 한다)이 설치되어 있거나 통제시설의 설치계획이 확정되어 있을 것

제8조(관리권자)

①자유무역지역의 구분별 관리권자(이하"관리권자"라 한다)는 다음 각 호와 같다.
4.제5조제1호라목에 따른 항만 및 배후지:해양수산부장관

②관리권자는 자유무역지역의 관리에 관한 다음 각 호의 업무를 수행한다.
1.입주기업체 및 지원업체의 사업활동 지원

2.공공시설의 유지 및 관리

3.각종 지원시설의 설치 및 운영

4.그 밖에 자유무역지역의 관리 또는 운영에 관한 업무

제11조(입주계약)

①자유무역지역에 입주하여 사업을 하려는 자는 관리권자와 그 입주에 관한 계약(이하"입주계약"이라 한다)을 체결하여야 한다.입주계약을 변경하려는 경우에도 또한 같다. <개정2016. 1. 27.>

③관리권자는 제1항에 따라 입주계약을 체결하는 경우에는 입주 목적 달성을 위하여 필요한 조건을 붙일 수 있다.그 조건은 공공의 이익을 증진하기 위하여 필요한 최소한도에 한하여야 하며,부당한 의무를 부과하여서는 아니 된다. <개정2016. 1. 27.>

④제1항에 따른 입주계약 및 계약의 변경에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제15조(입주계약의 해지 등)

②관리권자는 입주기업체등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 입주계약을 해지할 수 있다.다만,제1호 및 제3호의 경우 관리권자가 시정을 명한 후 산업통상자원부령으로 정하는 기간 이내에 입주기업체등이 이를 이행하는 때에는 그러하지 아니하다.
1.제10조에 따른 입주 자격을 상실한 경우

2.제11조제1항에 따른 입주계약을 체결한 사업 외의 사업을 한 경우

3.제11조제3항에 따른 입주계약을 체결할 때 부여된 조건을 이행하지 아니한 경우

4.제12조에 따른 결격사유에 해당하게 된 경우(법인의 임원 중 제12조제1호ㆍ제3호부터 제6호까지의 규정에 해당하는 사람이 있는 경우3개월 이내에 교체하여 임명하는 경우는 제외한다)

5.삭제<2016. 1. 27.>

6.폐업한 경우

⑤제1항이나 제2항에 따라 입주계약이 해지된 자는 자유무역지역에 소유하는 토지나 공장ㆍ건축물 또는 그 밖의 시설(이하"공장등"이라 한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다른 입주기업체나 입주 자격이 있는 제3자에게 양도하여야 한다.
⑥다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제25조제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제5항에 따라 해당 토지 또는 공장등을 처분하여야 한다.
1.제5항에 따라 양도되지 아니한 토지 또는 공장등을 처분하는 경우

2.제14조제2항에 따른 공장설립등의 완료신고 전에 입주계약이 해지된 경우

3.제14조제4항 전단에 따른 사업개시의 신고 전에 입주계약이 해지된 경우

제17조(국유의 토지 또는 공장등의 임대 및 매각)

①관리권자는 자유무역지역 및 예정지역에 있는 국가가 소유하는 토지 또는 공장등에 대하여 그 중앙관서의 장으로부터 관리전환을 받거나 기획재정부장관의 관리ㆍ처분에 관한 지정을 받아 대통령령으로 정하는 바에 따라 입주기업체등에 임대하거나 매각할 수 있다.
제22조(영구시설물등의 축조)

①제17조제1항에 따라 국가가 소유하는 토지를 임차한 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조건으로 토지를 임차한 자는「국유재산법」제18조에도 불구하고 그 토지 위에 공장이나 그 밖의 영구시설물(이하 이 조에서"영구시설물등"이라 한다)을 축조할 수 있다.
1.임대기간이 끝나는 때에 영구시설물등을 국가에 기부하는 조건으로 토지를 임차한 자

2.임대기간이 끝나는 때에 원상으로 회복하여 반환하는 조건으로 토지를 임차한 자

②제18조제1항에 따라 지방자치단체가 소유하는 토지를 임차한 자로서 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 조건으로 토지를 임차한 자는「공유재산 및 물품 관리법」제13조에도 불구하고 그 토지 위에 영구시설물 등을 축조할 수 있다.
■자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령

제9조(입주계약이 해지된 토지 또는 공장등의 처분)

①법 제15조제1항 또는 제2항에 따라 입주계약이 해지된 자(이하 이 조에서"입주계약해지자"라 한다)가 자유무역지역 안에 소유하는 토지나 공장ㆍ건축물 또는 그 밖의 시설(이하"공장등"이라 한다)을 법 제15조제5항에 따라 처분하려면 처분계획서에 산업통상자원부령으로 정하는 서류를 첨부하여 관리권자에게 제출하여야 한다. <개정2013. 3. 23., 2016. 7. 26.>

②입주계약해지자는 그 입주계약이 해지된 날부터6개월 이내에 토지 또는 공장등을 입주 자격이 있는 자에게 처분하여야 한다.다만,토지 또는 공장등에 대하여 경매나 그 밖에 법률에 따른 절차가 진행 중인 경우에는 그 절차의 진행기간을 산입(算入)하지 아니한다. <개정2016. 7. 26.>

⑥제2항과 제5항에 따라 토지 또는 공장등을 양도받은 자는 그 양도받은 날부터3개월 이내에 입주계약 또는 변경계약을 체결하여야 한다. <개정2016. 7. 26.>

제11조(국유의 토지 또는 공장등의 임대 및 매각)

①관리권자는 법 제17조제1항에 따라 국유의 토지 또는 공장등을 입주기업체 등에 매각하거나 임대하는 경우에는 법 제11조제2항에 따라 입주계약을 체결한 자에게 우선적으로 매각하거나 임대하여야 한다.
②관리권자는 제1항에 따라 토지 또는 공장등을 임대하거나 매각할 때 필요하면 계약의 이행을 보증하기 위하여 필요한 조건을 붙일 수 있다.
제40조(권한의 위임·위탁)

⑪해양수산부장관은 법 제55조제3항에 따라 법 제8조제1항제4호에 따른 항만 및 배후지의 국유재산 중「항만법」제16조에 따라 지방자치단체에 항만시설관리권이 설정된 재산에 대한 다음 각 호의 권한을 해당 재산의 관리권을 설정받은 지방자치단체의 장에게 위임한다. <신설2016.7.26>

1.법 제8조제2항에 따른 자유무역지역의 관리업무

2.법 제11조에 따른 입주계약 및 계약의 변경

3.법 제15조에 따른 입주계약의 해지

4.법 제16조에 따른 입주계약 등의 통보

5.법 제27조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 통제시설의 설치 및 유지·관리 등

6.법 제27조제4항에 따른 자유무역지역을 출입하는 사람 및 자동차의 기록 관리

7.법 제28조에 따른 공동시설의 유지비 징수 등

8.법 제39조제5항에 따른 입주기업체의 물품 반입·반출실적에 대한 자료 제공 요청

9.법 제54조제1항에 따른 청문의 실시.끝.

이 사건 건축물의 소유 및 사용 등 권리관계에 대하여 매우 구체적으로 규정되어 있는 이 사건 실시협약의 내용 및 자유무역지역법의 규정 등에 비추어 보면, 이 사건 건축물의 경우 해당 취득세의 납세의무 성립일인 건축물 사용승인일 또는 등기일 이전에 이미 지방자치단체인 경기도로의 사실상 귀속이 확정되어 있었다고 볼 수 있으므로 종전 비과세결정을 철회 처분은 위법하다.