시정명령등취소청구의소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2012.10.11 / 시행일:

【원 고】 글락소 그룹 리미티드 외 1인 (소송대리인 변호사 원유석 외 2인)
【피 고】 공정거래위원회 (소송대리인 법무법인 케이씨엘 담당변호사 서혜숙 외 2인)
【변론종결】2012. 8. 23.
【주 문】
 1. 원고들의 청구를 모두 기각한다. 
 2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 

【청구취지】 피고가 2011. 12. 23. 원고들에 대하여 의결 제2011-300호로 한 별지 기재 시정명령 및 과징금납부명령을 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 피고는 2011. 12. 23. 의결 제2011-300호로, 원고들과 주식회사 동아제약(이하 ‘동아제약’이라 한다)이 2000. 4. 17. 원고들이 동아제약에게 ‘조프란’ 국내 공동판매권과 ‘발트렉스’ 국내 독점판매권, 통상적인 관행을 넘어서는 높은 수준의 현금 인센티브 등의 경제적 이익을 제공하고, 동아제약은 그 대신에 자신이 개발하여 1998년 출시한 복제약 ‘온다론’의 생산과 판매를 중단함과 아울러 향후 조프란이나 발트렉스와 동일한 성분의 복제약을 개발하지 않고, 더 나아가 조프란이나 발트렉스와 약리유효성분을 달리하는 새로운 경쟁제품의 개발·생산·판매까지도 포기하는 내용의 합의를 함으로써 특허권의 정당한 행사범위를 초과하여 당해 특허 신약 및 복제약 등과 관련된 시장에서 부당하게 경쟁을 제한하는 행위를 하였고, 이는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ’공정거래법‘이라 한다) 제19조 제1항 제4호, 제9호에 해당한다는 이유로, 원고들과 동아제약에 대하여 별지 기재 시정명령 및 과징금납부명령(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다[원고 주식회사 글락소스미스클라인(이하 ‘원고 GSK’라 한다)은 원고 글락소 그룹 리미티드가 100% 출자하여 국내에 설립한 자회사로서 국내 의약품 판매행위와 관련해서는 원고 글락소 그룹 리미티드의 지시와 감독을 받는 경제적으로는 동일한 실체로 볼 수 있다. 따라서 이 사건 담합과 관련하여 한 원고들의 개별행위가 구체적으로는 다르나 이를 특별히 구별할 필요가 있는 경우를 제외는 각 원고의 행위를 통칭하여 원고들의 행위라 한다.]. 
[인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1호증의 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 특허권의 적법한 행사 등 여부
 1) 원고들의 주장
 특허권자와 침해자 사이에 침해자는 침해행위를 중단하고 특허권자는 특허침해의 소를 취하하기로 합의하는 것은 특허권의 적법한 행사이다. 원고들이 특허권자로서 침해자인 동아제약과 체결한, 특허침해행위를 중단시키는 합의를 담합으로 본 이 사건 처분은 공정거래법 제59조에 반하여 위법하다. 
 한편, 특허신약을 보유한 외국계 제약사가 국내 판매망을 갖춘 국내 제약사에게 독점적인 판매권을 주는 대신에 국내 제약사가 그 제품과 경쟁하는 다른 의약품을 취급하지 않기로 약정하는 것은 사업상 합리적인 약정일 뿐만 아니라 거래실무에서 흔히 볼 수 있는 보편적 행위이다. 따라서 원고들이 특허신약인 조프란과 발트렉스의 판매권을 동아제약에게 부여하면서 경쟁제품을 취급할 수 없도록 한 것은 담합에 해당하지 않는다. 
 2) 인정사실
 가) 원고들의 특허 취득과 ‘조프란’의 시판
 원고들은 인체 내에서 항구토작용을 하는 신규 물질인 ‘온단세트론’을 세계 최초로 개발하여 이를 주요성분으로 하는 항구토제인 조프란을 제조·판매하는 신약 제약사이다. 원고들은 국내에서는 1985. 1. 25. 온단세트론의 제조방법에 대한 제법특허(온단세트론은 항구토작용을 하는 신규물질로서 물질특허의 대상이 되나, 원고들이 국내에 온단세트론에 대한 특허를 출원할 당시에는 국내 특허법상 물질특허가 허용되지 않아 제조방법특허를 출원하였다)를 출원하여 1992. 8. 8. 등록하였고(특허 (특허번호 1 생략), 위 제법특허의 특허만료일은 2005. 1. 25.이다. 이하 ‘이 사건 특허’라 한다.), 식품의약품안전청의 신약허가절차를 거쳐 1996년경부터 조프란이라는 상품명으로 국내 판매를 시작하였다.
 1999년~2001년 국내 세로토닌 길항 항구토제 시장에서 조프란은 47.5~48.5%의 시장점유율로 1위를 차지하였고, 온단세트론 성분을 포함하는 항구토제 시장에서는 유일한 독점사업자로서의 지위를 가지고 있었다. 
 나) 동아제약의 특허 출원·등록과 ‘온다론’의 시판
 동아제약은 원고들의 온단세트론 제법과는 다른 2가지의 온단세트론 제조방법(산부가염 사용제법, 촉매부가 사용제법)을 자체 개발하였다면서 1997. 7. 16. 특허를 출원하였고 1999. 5. 29. 그 특허를 등록(특허번호 2, 3 생략)하였다. 동아제약은 위 제법에 따라 온단세트론 성분을 포함하는 항구토제인 ‘온다론’을 개발하여 1998. 7. 9. 식품의약품안전청으로부터 품목제조허가를 취득한 후 같은 해 9월경부터 국내에 판매하였다.
 다) 원고들과 동아제약의 특허 분쟁과 합의
 ⑴ 특허 분쟁
 원고들은 1999. 3. 2. 동아제약의 온다론 제조·판매가 자신의 특허를 침해한 것이므로 침해행위를 중단할 것을 촉구하는 내용의 경고장을 동아제약에 발송하였고, 동아제약은 침해한 사실을 부인하며 1999. 3. 18.과 1999. 5. 21. 특허청에 소극적 권리범위확인심판을 청구하였다. 이후 원고들이 이에 대응하여 1999. 10. 13. 동아제약을 상대로 서울지방법원에 특허침해금지소송을 제기하였다. 
 ⑵ 합의 
 원고들과 동아제약은 분쟁 과정에서 분쟁을 화해로 종결하기 위한 협상을 진행하다가 1999. 12. 17. 의향서를 체결하고, 2000. 4. 17. 화해계약과 조프란, 발트렉스의 각 공급계약을 체결하였다. 
 ㈎ 의향서의 체결
 원고들과 동아제약은 1999. 12. 17. 원고들이 동아제약에게 ‘조프란의 국·공립병원에 대한 판매권’과 미출시 신약인 발트렉스(대상포진과 같은 바이러스성 피부병 치료제로서 당시 국내에 출시되지 않았던 원고들의 신약인데 기존에 출시된 ‘조비락스’의 후신이다. 1996. 8. 13. 대한민국에서 특허등록하였고, 특허기간 만료일은 2011. 2. 27.이다.)의 국내 독점판매권을 부여하는 대신에 동아제약이 기출시한 온다론의 생산·판매를 중단하고, 진행 중인 권리범위확인심판과 특허침해소송을 각각 취하한다는 내용을 담은 의향서(Letter of Intent)를 교환하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다. 
 1. 원고들은 동아제약에게 대한민국 내에서 발트렉스에 대한 배타적 공급판매권을 부여한다. 위와 같은 권리들을 참작하여 원고들은 완전하고 최종적인 합의로서 조비락스 판매에 관하여 원고들이 동아제약에게 환급할 금액과 상계한다. 2. 동아제약은 조프란의 대한민국 국·공립병원에 대한 공급판매권을 부여받는다. 3. 상기 제1, 2항 기재와 같이 원고들이 동아제약에 부여한 권리들을 참작하여 동아제약은 ① 계약체결과 동시에 또는 그 이전에 온다론 및 온단세트론 함유품목의 제조 및 판매를 모두 중지하고, 기출시된 온다론 및 온단세트론을 시장으로부터 철수시키며, ② 본 의향서에 서명하는 즉시 온단세트론 관련 원고들의 특허침해소송 및 동아제약의 권리범위확인심판청구를 취하한다. 4. 발트렉스 및 조프란의 약가 공급약가는 보험약가에서 5%의 도매마진과 10%의 부가세를 제외한 금액의 50%이다. 5. 조프란 및 발트렉스에 대한 프로모션 활동 ⑴ 조프란 원고들은 동아제약에게 원고들의 조프란 순매출액의 25%(1년차), 25%(2년차), 7%(3년차)를 각각 현금으로 지급하고, 3년차부터는 초과매출액의 20%를 추가 인센티브로 지급한다. 동아제약은 위 인센티브를 대한민국 내에서의 조프란 판매 증진을 위하여 투자하여야 한다. ⑵ 발트렉스 원고들은 발트렉스 출시 최초 5년 동안 매년 1억 원을 동아제약에게 제공하여야 하고, 동아제약은 위 금액을 대한민국 내에서의 발트렉스 판매 증진을 위하여 투자하여야 한다. 6. 계약에 조기 해지조항(동아제약의 치유 불가능한 계약 위반, 파산 또는 판매목표량의 70% 미만 달성을 포함하나 이에 제한되지 아니함)을 두는 조건으로, 발트렉스 및 조프란에 대한 계약기간은 5년으로 한다.
 ㈏ 화해계약 및 각 공급계약의 체결
 원고들과 동아제약은 위 의향서를 기초로 추가적인 협상을 진행하여 2000. 4. 17. ‘화해계약’, ‘온단세트론 판매 및 공급계약’, ‘발트렉스 독점판매 및 공급계약’을 체결하였다(이하 이 3개의 계약을 합쳐 ‘이 사건 합의’라 한다). 
 화해계약의 주요 내용은 ① 동아제약이 계약 체결일 또는 그 이전에 온다론 제품의 제조 및 판매를 모두 중지하고 이를 5년간 유지하며, 특허심판원에 계류 중인 권리범위확인심판을 취하하고 원고들의 특허를 상대로 하는 분쟁이나 소송을 제기하지 아니하며, ② 원고들은 서울지방법원에 계속 중이던 특허침해소송을 취하하는 것이었다. 
 위 각 공급계약은 원고들이 동아제약에게 조프란의 국·공립병원 판매권과 발트렉스의 독점판매권을 부여하는 내용의 계약인데, 그 중 위 의향서가 언급된 부분(전문)과 인센티브, 동아제약의 제약사항에 관한 부분은 아래와 같다. 
전문(Heading)
원고들 및 동아제약은 2000. 4. 17.자로 온단세트론에 관한 특허관련 사항에 관하여 화해계약을 체결하였다.
인센티브 관련 부분
온단세트론(조프란)6.1.1 동아제약이 목표판매량의 80%를 초과달성하는 경우 원고 GSK는 판매대리인에게 최초개시일로부터 3년간 아래와 같이 인센티브를 제공한다. (ⅰ) 1번째 연도내 국공립 병원 부문의 동아제약 총 판매량의 25% (ⅱ) 2번째 연도내 국공립 병원 부문의 동아제약 총 판매량의 25% (ⅲ) 3번째 연도내 국공립 병원 부문의 동아제약 총 판매량의 7%6.2. 개시일로부터 3년째 연도 말일부터 매년 동아제약의 총 판매량이 부록 E에 기재된 목표판매량을 초과하는 경우 원고 GSK는 목표판매량 초과분의 20%를 해당 연도 종료일로부터 60일 이내에 원화로 제공한다.6.3. 동아제약은 위 조항에 따라 원고 GSK로부터 지급받은 모든 금원을 계약지역 내에서의 본건 제품의 판촉을 위하여 사용 및 재투자하기로 하며, 다른 어떠한 목적으로도 이를 사용하지 않는다.발트렉스6.1 원고 GSK는 본 계약이 체결된 날로부터 5년 간 매년 연간 총 일금 일억 원을 제공하며, 이는 분기별로 지급된다. 최초 지급금은 본 계약 체결일로부터 두 번째 달의 1일에 지급된다.6.3 동아제약은 위 조항에 따라 원고 GSK로부터 지급받은 금원을 계약지역 내에서의 본건 제품의 판촉을 위하여 사용 및 재투자하기로 하며, 다른 어떠한 목적으로도 이를 사용하지 않는다.
동아제약의 제약사항 부분
온단세트론(조프란) 11.24 본 계약 기간 동안 동아제약은 직접 또는 자신의 계열회사 및/또는 자회사를 통해 간접적으로, 본인 또는 직원의 대리인으로서를 불문하고, 계약지역에서 본건 제품과 동일한 유효성분을 가지고/가지거나, 본건 제품에 포함된 유효성분에 대한 화학유도체 또는 유사체인 유효성분을 가지고/가지거나, 주요 적응증이 본건 제품의 적응증과 경쟁관계에 있는 제품의 등록, 제조, 판매 또는 공급에 관여하지 아니하며, 원고 GSK의 사전 서면동의 없이 계약지역에서 본건 제품과 비슷하거나 유사하거나, 단독으로 또는 다른 제품과 결합하여 본건 제품과 동일하거나 유사한 기능을 하거나 그러하도록 고안되거나, 기타 본건 제품과 경쟁할 수 있거나 본건 제품의 판매를 방해할 수 있는 제품의 제조, 생산, 수입, 판매 또는 광고에 직접 또는 간접적으로 관여하거나 참여하지 아니한다.발트렉스10.23 동아제약은 본 계약 기간 및 이후 1년 동안 직접 또는 자신의 자회사 및/또는 계열회사를 통해 간접적으로, 본인 또는 직원의 대리인으로서를 불문하고, 계약지역에서 GWE(Glaxo Wellcome Export Limited)의 사전 서면동의 없이 본건 제품과 동일한 유효성분을 가지고/가지거나, 본건 제품에 포함된 유효성분에 대한 화학유도체 또는 유사체인 유효성분을 가지고/가지거나, 주요 적응증이 본건 제품의 적응증과 경쟁관계에 있고/있거나, 본건 제품과 비슷하거나 유사하거나, 단독으로 또는 다른 제품과 결합하여 본건 제품과 동일하거나 유사한 기능을 하거나 그러하도록 고안되거나, 기타 본건 제품과 경쟁할 수 있거나 본건 제품의 판매를 방해할 수 있는 제품의 등록, 생산, 수입, 광고, 제조, 판매 또는 공급에 직접 또는 간접적으로 관여하거나 참여하지 아니한다.
 ⑶ 각 공급계약의 갱신
 이 사건 합의의 당초 기간은 5년이었으나, 원고들과 동아제약은 이 사건 합의의 기간이 만료된 이후에도 아래와 같이 서면 갱신계약을 통해 공급계약의 기간을 연장하여 왔으며, 2000. 4. 17. 이 사건 합의 당시의 계약내용은 갱신계약에서도 그대로 유지되었다.
2005년 이후 조프란 및 발트렉스 계약갱신 상황
제품명계약체결일계약기간비고조프란(온단세트론 특허만료일 2005.1.25.) 2000.4.17. 2000.4.17. ～ 2005.4.16최초 계약 2005.5.13. 2005.4.17. ～ 2005.7.16.amendment 2005.7.17. 2005.7.17. ～ 2006.7.16.amendment 2006.7.17. 2006.7.17. ～ 2007.7.16.amendment 2007.7.17. 2007.7.17. ～ 2007.12.16.amendment 2007.12.17. 2007.12.17.～ 2008.12.17.amendment발트렉스 2000.4.17. 2000.4.17. ～ 2005.4.16.최초 계약 2005.5.13. 2005.4.17. ～ 2005.7.16.amendment 2005.7.17. 2005.7.17. ～ 2005.9.30.amendment 2005.12.20. 2005.12.20.～ 2006.12.19.전면 수정계약 2006.12.20. 2006.12.20.～ 2007.6.17.amendment 2007.6.20. 2007.6.20. ～ 2009.12.31.amendment
* ‘발트렉스 독점판매 및 공급계약’은 2005. 12. 20. 계약갱신을 제외하고는 모두 Amendment 형식으로 갱신하였는데, 2005. 12. 20.자 계약도 새로운 계약을 체결하는 형식으로 취하였지만 이 역시 Amendment 형식의 계약갱신과 마찬가지로 2000. 4. 17.자 계약과 달라진 내용이 거의 없었다. 
 조프란과 발트렉스의 공급계약상 계약기간이 만료된 이후(조프란의 경우는 2008. 12. 18. 이후, 발트렉스의 경우는 2010. 1. 1. 이후)에도 조프란과 발트렉스에 대한 거래를 지속함으로써 이 사건 심의일인 2011. 10. 19.까지도 각 공급계약을 묵시적으로 갱신하여 왔다.
[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제2~8, 11, 12, 18, 56호증, 을 제1~3, 6, 8~11, 14~17, 19, 25, 31, 35호증의 각 기재, 을 제5호증의 일부 기재, 증인 소외인의 일부 증언, 변론 전체의 취지
 3) 판단
 가) 공정거래법 제59조는 ‘이 법의 규정은「저작권법」,「특허법」,「실용신안법」,「디자인보호법」 또는「상표법」에 의한 권리의 정당한 행사라고 인정되는 행위에 대하여는 적용하지 아니한다.’고 규정하고 있다(이 사건 합의 당시 적용되던 구 공정거래법에서는 ‘권리의 행사’라고만 규정되어 있었고 2007. 8. 3. 법률 제8631호로 개정되면서 ‘정당한’의 문구가 삽입되었으나 위 개정 이전에도 지적재산권의 정당한 행사에 대하여만 공정거래법이 적용되지 않는다고 볼 것이어서 위 문구 여부에 불구하고 해석상의 차이는 없다). 따라서 특허권의 정당한 행사에는 공정거래법의 적용이 배제되나 특허권의 행사가 정당하지 않은 경우에는 공정거래법이 적용된다. 여기서 정당한 권리행사인지 여부는 공정거래법 제58조가 ‘다른 법률 또는 그 법률에 의한 명령에 따라 행하는 정당한 행위’라고 규정하고 있는 점에 비추어 공정거래법의 원리에 따라 판단할 것이 아니라 특허법의 원리에 따라 결정하여야 한다. 즉, 산업발전을 촉진하는 수단으로 새로운 발명을 한 자에게 발명을 공개하게 하고 그에 대한 보상으로 특허권이라는 합법적인 독점권을 부여한다는 특허법의 본질에 비추어 그러한 보상을 받기 위한 정상적이고 합리적인 행위는 특허권의 정당한 행사로 보아 공정거래법이 적용되지 않는다고 할 것이고, 이를 넘어 공개된 발명에 대한 정당한 대가 이상의 보상을 받으려 하는 행위에 대하여는 공정거래법이 적용된다고 보아야 한다.
 나) 특허권자와 침해자(엄밀히는 특허권자로부터 특허를 침해하였다고 주장되는 자)는 특허침해에 관하여 소송 등의 법적 절차 이외에도 당사자 간의 합의를 통하여 특허침해 여부(결국은 특허의 효력, 특히 그 범위와 실질적으로 같은 의미이다)에 관한 분쟁을 합의할 수도 있다. 소송이 일반적으로 갖고 있는 시간이나 비용 문제 외에 특허소송 특유의 기술적인 성격에서 오는 예측의 곤란 및 소송의 승패가 당사자의 법률적 지위에 미치는 커다란 영향과 소송의 장기화에 따른 특허권자의 막대한 피해, 이에 더하여 침해자가 특허침해에 대한 우려 없이 특허발명을 실시할 권리를 부여받을 가능성 등을 고려하면, 특허분쟁에서도 당사자 사이의 합의는 특허권자의 권리보장을 위한 효율적 수단이 될 수 있고, 침해자에게도 유리한 점이 있다. 반면, 특허권자와 침해자 사이의 부당한 합의는 무효인 특허의 독점력을 지속시키거나 특허를 침해하지 않은 경쟁사업자의 시장 진입을 방해하여 시장에서 경쟁을 제한하는 결과를 초래할 수 있다. 이러한 사정과 조정이 분쟁에 있어서의 불확실성으로 인한 당사자 사이의 양보를 본질로 하는 점 및 특허 분쟁에 관한 합의 또한 특허권의 행사에 포함되는 점 등을 고려하면, 특허 분쟁에 관한 합의의 내용이 특허권을 정당하게 행사할 경우 나타날 수 있는 결과를 넘어서지 않는 한 그러한 합의는 특허권의 정당한 행사에 속하고 이를 넘어서는 경우에는 특허권의 부당한 행사로서 공정거래법의 적용을 받는다고 봄이 타당하다. 따라서 특허권자의 특허가 무효이거나 경쟁사업자가 특허를 침해한 것이 아님이 명백한 경우가 아닌 한 침해자가 특허를 침해하였음을 인정하고 특허기간 만료 시까지 당해 제품을 생산하지 않거나 당해 제법을 사용하지 않는 등으로 특허를 침해하지 않기로 약정한 경우에는 사후에 특허침해가 아닌 것으로 밝혀졌다고 하더라도 이는 특허권의 정당한 행사로서 공정거래법이 적용되지 않는다고 볼 것이다.
 그러나, ① 특허권자의 특허가 무효이거나 경쟁사업자가 특허를 침해한 것이 아님이 명백함에도 특허권자와 경쟁사업자가 관련시장에서 경쟁을 제한하기 위한 목적으로 합의에 이른 경우, ② 특허기간의 만료 후에도 경쟁사업자가 관련 제품을 시장에 출시하지 않도록 한 경우, ③ 방법의 발명의 경우 제조방법과 상관없이 특허를 이용하여 생산한 제품과 동일한 제품에 관한 연구 또는 제조, 판매 등을 금지하는 경우, ④ 특허기간 만료 시까지 경쟁사업자가 특허권을 침해하지 않고도 할 수 있는 연구 또는 시험을 하지 않기로 함으로써 특허기간이 만료된 이후에도 경쟁사업자가 바로 제품을 출시하지 못하여 실질적으로 특허권자의 독점권이 연장되는 효과가 발생하는 경우, ⑤ 당해 특허와 직접적으로 관련이 없는 다른 특허에 관련된 연구개발, 관련 제품의 출시 등을 금지하는 경우에는 다른 특별한 사정이 없는 한 특허권의 부당한 행사로서 공정거래법의 적용을 받는다고 볼 것이다. 
 다) 한편, 특허실시도 특허권의 행사에 포함되므로 특허발명의 실시허락 시 특허권자가 실시권자에게 부과한 각종의 제약조건이 경쟁을 제한하게 되는 경우에는 그 조건의 부과가 특허권의 정당한 행사라고 볼 수 없다면 공정거래법의 적용을 받는다.
 라) 위 인정사실과 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고들의 이 사건 합의는 특허권의 정당한 행사 범위를 벗어난 것으로서 공정거래법의 적용을 받는다고 봄이 타당하다(원고들은 이 부분에 관하여 화해계약과 각 공급계약이 별개의 계약임을 전제로 판단하여야 한다고 주장하나, 아래 라.의 2) ①항에서 보는 바와 같이 화해계약, 각 공급계약이 함께 하나의 단일한 의사로서 이 사건 합의를 구성하는 것으로 봄이 타당하므로, 원고들의 주장은 받아들일 수 없다).
 ① 먼저 온다론의 제조·금지 측면에서 본다. 피고가 제출한 증거만으로는 원고들의 이 사건 특허가 무효이거나 동아제약의 온다론이 이 사건 특허를 침해하지 않았음이 명백하다는 사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 동아제약의 온다론이 원고들의 이 사건 특허를 침해하였다고 인정하고 그 침해를 배제하기 위하여 온다론의 제조, 판매를 금지하기로 약정한 부분 그 자체로는 특허권의 정당한 행사를 벗어났다고 볼 수 없다(따라서 피고가 위 부분 약정도 특허권의 부당한 행사라고 본 것은 잘못이나, 결과적으로 이 사건 합의가 특허권의 정당한 행사에 속한다고 볼 수 없으므로 위와 같은 잘못은 이 사건 처분의 적법 여부에 아무런 영향이 없다). 
 그러나 원고들과 동아제약의 약정은 아래와 같이 특허권의 정당한 행사 범위를 넘었다. ㈀ 이 사건 특허만료일인 2005. 1. 25.을 넘어 2005. 4. 17.까지 온다론의 제조, 판매 등을 금지하였고 이후에도 위와 같은 제약은 계약갱신을 통하여 이 사건 심의일까지 지속되었다. ㈁ 이 사건 특허는 제법특허로서 그와 다른 방법으로 온단세트론을 생산하는 것에 대해서 까지는 특허의 효력이 미치지 못한다. 그럼에도 원고들과 동아제약은 위 특허에서 인정된 방법과는 다른 방법으로 온단세트론을 생산하는 것까지 금지하였다. 나아가 원고들은 온단세트론과 다른 물질로서 그와 경쟁관계에 놓일 수 있는 제품의 제조, 판매 등까지 금지시켰다. ㈂ 원고들과 동아제약은 이 사건 특허와 아무런 관련이 없는 특허제품인 발트렉스에 관하여도 동아제약으로 하여금 그와 경쟁관계에 놓일 수 있는 제품의 제조, 판매 등을 하지 못하도록 하였다(이는 온단세트론의 특허분쟁과 관련하여 별개의 특허에 관한 생산금지를 약정하였다는 의미이고, 아래와 같이 특허실시허락으로서 발트렉스의 판매를 허용하면서 그와 동일한 물질을 연구개발, 제조 등을 금지한 것과는 다르다). 
 ② 다음으로 각 공급계약을 체결하면서 경쟁제품의 연구개발, 제조 등을 금지한 부분에 관하여 보면, 동아제약이 이 사건 특허와 동일한 방법으로 온단세트론을 제조하거나 여하한 방법으로 발트렉스를 제조하는 것은 원고들의 특허권에 저촉되므로 그 한도에서는 경쟁제품의 취급 금지가 특허권의 범위를 넘어섰다고 볼 수 없다. 
 그러나 원고들이 이를 넘어 조프란, 발트렉스와 경쟁관계에 놓일 수 있는 동종 제품의 연구개발, 제조, 생산, 판매까지 제한한 것은 원고들의 특허권의 범위를 벗어난 것으로서 특허권의 행사로 볼 수 없고 이는 단지 공급계약이라는 일반계약상의 조건일 뿐이므로 그에 대하여는 공정거래법이 적용된다. 원고들이 주장하는 위 제약조건의 필요성, 합리성 등은 구체적으로 그것이 가져오는 경쟁제한성과 효율성을 비교하여 판단하여야 할 사항일 뿐이다. 
 ③ 특허분쟁에 관한 합의에 특허권자가 침해자에게 경제적 이익을 부여하는 내용이 포함되었다는 사정만으로는 그 합의가 특허권의 정당한 행사가 아니라고 단정할 수는 없다. 그러나 특허권자가 침해배제를 약정하면서 침해자에게 역으로 상당한 경제적 이익을 부여한 사정은 다른 사정들과의 종합적인 고려 하에 그 합의를 함에 있어 당사자에게 반경쟁적인 의사 또는 목적이 있었다고 추단할 수 있는 근거가 된다. 그런데 원고들은 이 사건 합의를 통하여 동아제약에게, 이전에 원고들이 직접 담당하던 조프란의 국·공립병원에 대한 판매권과 이 사건 특허와 전혀 관련이 없는 신약인 발트렉스의 독점판매권(을 제32, 33호증의 각 기재에 의하면, 이전 의약품인 조비락스에 대한 판매권은 비독점적인 것이었다)을 부여하였는바, 신약의 판매권은 당시 국내 제약업계의 상황에 비추어 그 자체로 커다란 경제적 이익에 해당하는 것으로 보이고, 원고들은 그에 더하여 조프란과 발트렉스의 각 공급계약에서 상당한 수준의 인센티브까지 제공하였다[조프란의 경우 목표판매량 보다 적은 그 80% 판매량이 기준인 점, 초과분이 아닌 동아제약 판매량의 25%의 인센티브는 원고들이 주장하는 사정을 고려하더라도 적지 아니하고(원고들이 동아제약에게 제공하는 최종판매가 대비 판매마진이 50%이므로 실제 동아제약에게 귀속되는 부분은 판매액의 75%에 이르게 된다), 발트렉스의 경우에도 실적에 상관없이 5년 간 매년 1억 원의 인센티브는 통상적인 수준을 넘는 것으로 보인다]. 원고들이 동아제약에게 제공한 위와 같은 경제적 이익과 앞서 본 사정, 특히 이미 개발된 온다론을 이 사건 특허기간 만료 후에도 출시를 금지한 사정을 함께 고려하면, 이 사건 합의를 함에 있어 원고들과 동아제약에게 담합의사가 있었음을 추단할 수 있다. 
나. 동아제약의 경쟁사업자 여부
 1) 원고들의 주장
공정거래법 제19조 제1항 본문 전단이 규정하는 부당한 공동행위는 사업자 상호간의 경쟁을 제한하는 수평적 합의를 의미하는데, 동아제약은 이 사건 특허의 침해자에 불과하므로 조프란에 대하여 경쟁사업자라 할 수 없고, 한편 이 사건 각 공급계약은 독점적으로 공급할 수 있는 특허권을 가진 원고들이 동아제약에게 특허제품 판매권을 부여한, 특허권자와 실시권자 사이의 수직적 계약이므로 동아제약이 원고들에 대하여 수평적이고 대등한 경쟁사업자가 될 수 없다. 따라서 원고들과 동아제약 사이에 부당한 공동행위가 성립할 수 없다. 
 2) 판단
 동아제약이 이 사건 특허의 침해자라는 원고들의 주장은 결국 이 사건 합의가 특허권의 정당한 행사임을 전제로 하는 것인데, 원고들과 동아제약의 이 사건 합의가 특허권의 정당한 행사 범위를 벗어났음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고들의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. 
공정거래법 제19조 제1항 본문 전단은 사업자가 ‘다른 사업자’와 공동으로 부당하게 경쟁을 제한하는 행위를 할 것을 합의하여서는 아니 된다고 규정할 뿐, 그들 사이에 수평적 경쟁관계가 있을 것을 요건으로 하지 않고 있다. 또한 수평적 경쟁관계에 있지 않은 사업자들의 공동행위라 할지라도 그것이 시장에서 부당하게 경쟁을 제한하거나 제한할 우려가 있다면 규제의 필요성이 인정된다. 따라서 공정거래법상 부당한 공동행위가 성립하기 위해 반드시 공동행위 참여자들 사이에 수평적 경쟁관계가 있어야 한다고 볼 수는 없다. 한편, 원고들과 동아제약은 모두 국내시장에서 각종 의약품의 개발·제조·판매 및 그에 관련된 각종 사업을 수행하고 있으므로, 동아제약이 비록 원고들이 생산하는 의약품을 실제 개발 중이라거나 판매하고 있지 않더라도 원고들과 잠재적으로나마 경쟁관계에 놓여 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 이유 없다. 
 이와 관련하여 원고들은 이 사건 공급계약의 경쟁제품 취급 제한 규정은 동아제약에 대하여 일방적으로 적용될 뿐이고 원고들의 사업활동에는 전혀 적용되지 않으므로, 경쟁제품 취급 제한은 법리상 부당한 공동행위가 될 수 없다고 주장하나, 공정거래법 제19조 제1항 제19호는 ‘다른 사업자(그 행위를 한 사업자를 포함한다)’라고 규정하여 공동행위에 참여한 사업자 자신의 사업활동을 제한하는 경우에도 부당한 공동행위가 성립되고, 사업활동이 제한되는 사업자가 공동행위자 중 일부라 하더라도 그 적용이 배제될 이유가 없으므로, 원고들의 위 주장은 이유 없다. 
다. 경쟁제한성과 부당성 여부
 1) 원고들의 주장 
 ① 다수의 조프란 복제약이 이 사건 특허의 만료 이전부터 제한 없이 관련시장에 진입하여 소비자들이 복제약을 선택할 수 있었으므로 이 사건 합의는 경쟁제한성이 없다. 
 ② 이 사건 각 판매계약에 따라 동아제약에게 경쟁제품에 대한 개발, 생산, 판매를 제한한 것은 독점적 판매권 부여와의 균형, 신약에 대한 영업비밀의 보호와 부당한 이용 방지, 충실한 판촉활동의 독려, 환자의 생명과 건강에 대한 위해의 사전예방 등을 위하여 필요하다. 또한 경쟁제품 취급제한으로 동아제약의 사업활동이 부당하게 방해되지 않았다. 
 2) 판단
 가) 온다론의 제조·판매 금지 부분
 이 사건과 같이 특허등록한 신약과 그 복제약이 문제되는 담합에서는 신약과 복제약을 기준으로 관련 시장을 획정하는 것이 타당하고, 한편 약리유효성분(ATI, Active Pharmaceutical Ingredients)를 달리하는 경우 효능·용법에 차이가 있어 대체투여에 일정한 한계가 있고 의료기관에서도 약리유효성분별로 처방약제를 관리하는 것으로 보이는바, 온단세트론 성분 항구토제와 이를 제외한 세로토닌 길항체 계열의 다른 항구토제는 약리유효성분을 달리하고 있으므로, 이 사건 관련시장은 ATC(Anatomical Therapeutic Chemical) 분류 체계 5단계 수준의 온단세트론 성분 항구토제 시장으로 봄이 타당하다(이와 달리 관련시장을 ATC 4단계 수준의 세로토닌 길항 항구토제 시장으로 보더라도 다음과 같은 사정 아래에서는 경쟁제한성과 부당성에 관한 결론이 달라지지는 않는다). 
 원고들과 동아제약이 이 사건 특허기간의 만료일 이후까지 경쟁제품인 온다론의 제조·판매를 제한한 것은 공정거래법 제19조 제1항 제4호에서 규정하는 ‘거래지역을 제한’하는 합의로서 온단세트론 성분 항구토제의 산출량을 감소시켜 그 자체로 경쟁을 제한하는 것이 명백하다. 실제 을 제1, 19호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 합의 당시 원고들의 시장점유율은 온단세트론 성분 항구토제 시장에서는 100%로서 독점적 지위를, ATC-4 수준의 세로토닌 길항 항구토제 시장에서도 47.5%로 1위를 차지하고 있다가, 조프란의 복제약이 출시된 2003년 이후 경쟁이 강화되어 조프란의 시장점유율이 2003년 97.8%에서 2009년 41.7%로 지속적으로 하락한 사실(온단세트론 성분 항구토제 시장 기준, 세로토닌 길항 항구토제 시장 기준으로는 46.2%에서 14.1%로 하락)을 인정할 수 있는 바, 과점시장으로 보이는 온단세트론 성분 항구토제 시장 또는 세로토닌 길항 항구토제 시장에 국내 1위의 제약사로 상당한 영업력을 보유하고 있고 이미 온다론을 개발한 동아제약이 다른 제약사와 같이 조프란 관련 시장에 진입하였다면 원고들의 시장점유율은 더욱 하락하고 조프란의 가격 또한 보다 치열한 경쟁 속에 인하되었을 것이므로, 동아제약의 시장 진입은 경쟁을 더욱 촉진시키는 효과가 있었을 것이다. 따라서 다른 제약사의 복제약 출시를 이유로 이 사건 합의에 경쟁제한성이 없다는 원고들의 주장은 받아들일 수 없다. 
 한편, 거래지역 제한의 합의는 특별한 사정이 없는 한 부당하다고 봄이 타당한바, 온다론의 제조·판매금지에 효율성을 인정할 만한 사정을 찾기 어려우므로 그 부당성도 인정된다. 
 원고들은 이에 관하여 동아제약이 경영상의 선택에 의하여 온다론의 제조·판매를 포기하고 원고들로부터 조프란을 공급받아 판매하기로 결정한 것이었다고 주장하기도 하나, 그러한 경영상의 선택은 경쟁제한으로 발생한 원고들의 이윤 중 일부를 취득하는 것이 독자적인 제조·판매로 인한 이득보다 많고 복제약 개발에 따른 위험을 회피할 수 있어 이 사건 경쟁제한의 합의에 이르게 되었다는 것으로서 이 사건 합의의 동기에 지나지 않으므로, 이를 경쟁제한성을 부정하는 사유로 삼을 수는 없다. 
 나) 공급계약에 의하여 부과된 경쟁제품의 개발·제조·생산 등의 금지 부분
 의약품의 독점판매권을 부여하는 등으로 제약사들 사이에 공동마케팅을 하는 경우, 개발신약이 시장에서 효과적으로 저비용에 판매될 수 있고, 높은 이윤 창출 또는 공동 연구개발 등을 통하여 신약 개발이 촉진되며, 다국적 제약사의 경우 국내시장 마케팅의 불확실성을 줄여 새로운 의약품의 국내 진입을 촉진하는 등의 친경쟁적인 효과가 있다. 그러나 위와 같은 효과는 제3자가 생산하는 경쟁제품(동아제약이 제3자의 기술을 이용하여 생산하는 제품도 실질에 있어서는 같다)의 판매 등의 금지를 통하여 충분히 달성할 수 있고 이를 넘어 동아제약에게 조프란, 발트렉스와 경쟁관계에 놓일 수 있는 제품의 연구개발, 제조, 생산까지 제한할 필요가 없으며(제3자가 생산한 경쟁제품의 취급 금지는 경쟁사업자가 관련시장에 새로이 진입하는 것을 제한하는 것이 아니나, 반면 동아제약으로 하여금 경쟁제품을 제조, 생산하지 못하도록 한 것은 동아제약이 관련시장에 새로이 진입하지 못하게 하는 결과를 초래한다), 그러한 제한이 위와 같은 친경쟁적 효과에 기여하는 정도도 매우 미약해 보이고, 실제 원고들은 2001. 10. 26.경 미국 제약사인 바이오베일(Biovail)과 체결한 조비락스 판매계약에서 위 바이오베일에게 조비락스와 다른 약리유효성분을 지닌 경쟁제품의 취급 및 조비락스에 포함된 성분을 가진 경쟁제품의 개발을 허용한 바 있다(을 제25호증). 이와 함께 원고들의 시장점유율과 이 사건 합의의 지속기간 등 위 가)항에서 본 사정을 종합해 보면, 이 부분 금지의 합의에도 경쟁제한성과 부당성이 인정된다. 
 원고들이 주장하는 경쟁제품 취급 제한의 필요성에 관하여 보면, ㈀ 원고들 주장의 목적은 경쟁제품의 취급 금지를 통하여 충분히 달성할 수 있는 점, ㈁ 제품 관련 정보 등의 영업비밀이 경쟁제품의 연구개발에 영향을 미치기는 어렵고, 위와 같은 영업비밀은 의료기관 등을 통하여 의약품시장에서 어느 정도 얻을 수 있어 경쟁제품 취급제한은 영업비밀보호라는 목적 달성에 적절한 수단으로 보이지 않으며, 조프란과 발트렉스의 판매권을 부여하는 것은 경쟁제품인 온다론을 출시할 정도의 잠재적 경쟁자인 동아제약에게 결과적으로 위 의약품의 영업비밀을 제공하게 되는 것인 점, ㈂ 판매대리인의 소홀한 판매활동의 우려와 취급약품의 혼동에서 야기될 수 있는 위험성은 경쟁제품이 개발된 이후에 발생할 여지가 있을 뿐 개발연구단계에서 문제될 소지는 없어 보이는 점, ㈃ 발트렉스의 경우 판매계약 종료 후에도 1년 동안 위와 같은 제한을 약정한 점, ㈄ 특허권자가 판매권을 빌미로 경쟁사업자를 시장에서 배제하고 독점적인 지위를 유지·강화할 실제적인 위험성이 존재하고, 경쟁제한이 합리적이라고 인정되어 사업자의 독점적 지위가 보장되는 예외적 경우는 필요·최소한의 범위 내에서 법령에 근거하여 인정되어야 하므로 경쟁사업자에 대한 사업제약의 허용성 여부는 엄격히 판단해야 할 것인 점 등을 고려하면, 원고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
라. 처분시효의 완성
 1) 원고들의 주장
 ① 이 사건 화해계약과 각 판매계약은 2005. 4. 17. 기간만료로 효력을 상실하였고, 그 이후에 화해계약은 갱신된 바 없으며, 2005년 이후에 체결된 판매계약은 당초의 판매계약과는 구별되는 새로운 의사결정에 기초한 별개의 행위이므로, 결국 이 사건 합의에 관하여 처분시효가 완성되었다. 
 ② 2003년경부터 다수의 조프란 복제약이 출시되어 적어도 2005년 이후에는 소비자들의 복제약 선택권이 제한되지 않았고 이로써 경쟁제한성이 없게 되어 이 사건 합의에 관한 처분시효가 완성되었다.
 2) 판단
 위 인정사실 및 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합해 보면, 이 사건 합의는 이 사건 심의일까지 지속되었다고 봄이 타당하므로, 원고들의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. 
 ① ㈀ 동일한 의향서에 기초하여 같은 날 화해계약과 각 공급계약이 체결된 점, ㈁ 의향서 자체에도 ‘원고들이 동아제약에게 부여한 조프란과 발트렉스의 판매권을 참작하여 동아제약이 온다론 및 온단세트론 함유 품목의 제조, 판매를 중지하고 기출시된 온다론 및 온단세트론을 시장으로부터 철수시킨다.’고 기재되어 있는 점, ㈂ 각 공급계약의 전문에 화해계약 체결사실이 기재되어 있는 점, ㈃ 동아제약의 직원들도 이 사건 합의가 하나로 체결되었다는 취지로 진술하였고, 원고들의 입장에서도 이 사건 화해계약과 각 공급계약이 각각 별개로 검토된 것이 아니라 전체적인 고려 하에 이루어진 것으로 보이는 점, ㈄ 이 사건 특허의 침해에 관한 화해계약이 아니었다면 이전에 원고들이 담당하던 조프란의 국·공립병원에 대한 판매권을 동아제약에게 줄 이유가 없어 보이는 점 등을 고려하면, 화해계약, 각 공급계약이 함께 하나의 단일한 의사로서 이 사건 합의를 구성하는 것으로 봄이 타당하다. 
 ② 각 공급계약은 2000. 4. 17. 체결된 이후에도 계속 갱신되어 왔는데, 갱신계약에서도 경쟁제품의 개발, 제조 등의 금지 조항은 이 사건 심의일까지 그대로 유지되어 화해계약의 기간만료에도 불구하고 여전히 동일한 경쟁제한 효과가 지속되었다. 비록 계약 갱신시 다른 일부 계약조건에 변경이 있었고, 발트렉스 공급계약의 경우 2005. 9. 30. 계약 종료 후 약 3개월의 공백기를 두고 2005. 12. 20. 새로운 계약을 체결하는 형식을 취한 바 있으나, 2000. 4. 17.자 계약에 따른 원고들과 동아제약의 권리·의무는 그 이후의 계약에서도 대체적으로 유지되었으므로, 위와 같은 사정을 들어 갱신계약이 별개의 계약이고 그에 따라 이 사건 합의가 지속되지 않았다고 볼 수는 없다. 
 ③ 앞서 본 바와 같이 조프란의 복제약 출시로 인하여 경쟁제한성이 소멸되었다고 볼 수는 없으므로, 경쟁제한성 소멸을 전제로 한 처분시효 완성의 주장은 받아들일 수 없다. 
3. 결론
 따라서 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각한다. 

판사 조용호(재판장) 이원신 신동훈