개정법 시행전 지출된 외국인투자금액 법인지방소득세 적용 여부 (일반행정, 대구지방법원)
공포일: 2023.02.09 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
지방소득세
【주문】
1. 피고들이 원고에 대하여 한 [별지 1] 2014 사업연도 귀속 부과처분 내역 기재 합계 2,357,451,320원의 법인지방소득세 경정거부처분 및 [별지 2] 2015 사업연도 귀속 부과처분 내역 기재 합계 2,075,192,050원의 법인지방소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고들이 부담한다.
【이유】

▣청 구 취 지

주문과 같다.
▣이 유

1.처분의 경위 및 내용 등

가.원고는 네덜란드 국적 회사인IMC International Metalworking Companies B.V.가 지분의100%를 투자하여 고성능 금속절삭공구(텅스텐 카바이드 공구)의 제조 및 판매 등을 영위하는 외국인투자 촉진법상의 외국인투자기업으로서,구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제121조의4,제121조의2제6항에 따라2008. 11. 24.및2011. 8. 5.기획재정부에 외국인투자(증자)에 관한 세액감면을 신청하여2008. 12. 8.및2011. 8. 22.각 조세감면결정(이하‘이 사건 각 조세감면결정’이라 한다)을 받았다.
나.원고는 이 사건 각 조세감면결정에 따라 승인된 합계192,275,860,000원의 외국인투자금액(이하‘이 사건 외국인투자금액’이라고 한다)에 관해 예정대로2009. 1. 23.부터2013. 4. 30.까지7차례에 걸쳐 유상증자를 하였다.
다.한편,지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서(이하 법률 제12153호로 개정되기 전 지방세법을‘개정 전 지방세법’,개정된 후 지방세법을‘개정 지방세법’이라 한다) ‘법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액’을 과세표준으로 하는 부가세(10%)방식이던 지방소득세 법인세분은‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’(법인세의 과세표준)을 과세표준으로 하여 독자적인 누진세율을 적용한 돈을 법인지방소득세로 하는 독립세 방식으로 개정되었다.
라.원고는 피고들에게 개정 지방세법이 정하는 방식에 따라[별지1]기재와 같이2014사업연도 법인세 과세표준을 과세표준으로 적용하여 산출한 법인지방소득세 합계4,606,898,940원 및[별지2]기재와 같이2015사업연도 법인세 과세표준을 과세표준으로 적용하여 산출한 법인지방소득세 합계4,615,303,620원을 각 신고·납부하면서,이 사건 각 조세감면결정에 따라 법인세액 감면이 예정되어 있던 부분에 관해 개정 전 지방세법에 따른 세액감면을 적용하지 않았다.
마.그 후 원고는2020. 4. 23.피고들에게 구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목 및 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라2014및2015각 사업연도 법인지방소득세에 세액감면을 적용하여2014사업연도의 경우 합계2,357,451,320원, 2015사업연도의 경우 합계2,075,192,050원이 각 환급되어야 한다는 감액경정청구를 하였다.그러나 피고들은 원고에 대하여 위 경정청구를 거부하는 처분을 하거나2개월 이내에 위 경청청구에 관한 심사결과 통지를 하지 않았다(이하 위 경정청구 거부처분 및 심사결과 불통지를 통틀어‘이 사건 각 처분’이라 한다).
바.원고는2020. 8. 4.조세심판원에 이 사건 각 처분에 대한 심판청구를 제기하였으나,그로부터90일 내에 그에 대한 결정의 통지를 받지 못하자 이 사건 소를 제기하였다.
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같다),을마 제1호증,을아 제1내지3호증,을차 제1, 2호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 각 처분의 적법 여부

가.원고의 주장

원고는 지방세법 개정 전에 이 사건 외국인투자금액을 지출함으로써 그 원인행위를 완료하여 법적 지위 또는 법률관계를 형성하였는바,기득권 내지 신뢰보호를 위한 개정 지방세법 부칙 제15조(이하‘이 사건 경과규정’이라 한다)에 따라 그 원인행위 시점에 시행 중이던 구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목,제2항의 세액감면에 관한 규정이 적용되어야 하므로,이에 반하는 이 사건 각 처분은 위법하다.
나.관련 법령

[별지3]관련 법령 기재와 같다.
다.판단

1)조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서“이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로,여기서‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나,비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고,이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원1994. 5. 24.선고93누5666전원합의체 판결,대법원2001. 5. 29.선고98두13713판결,대법원2015. 10. 15.선고2015두36652판결 등 참조).
2)개정 전 지방세법 제85조 제1호는‘소득분’이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것이라고 규정하고 있고,같은 조 제2호는‘법인세분’이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세라고 규정하고 있으며,같은 법 제89조 제1항은 법인세분의 표준세율은 법인세액의100분의10으로 한다고 규정하고 있고,구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제55조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 소득의 범위에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 소정의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있다.한편,구 조세특례제한법 제121조의2제1항 제1호 나목은 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 고도의 기술을 수반하는 사업을 하기 위한 외국인투자에 대해서는 같은 법 제121조의2제2항에 따라 법인세를 감면한다고 규정하고 있고,같은 법 제121조의2제2항은 외국인투자기업에 대한 법인세는 같은 조 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되,그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 상당금액에 외국인투자비율을 곱한 금액의 전액을,그 다음2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의100분의50에 상당하는 세액을 각 감면한다고 규정하고 있으며,같은 법 제121조의4제1항은 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 같은 법 제121조의2를 준용한다고 규정하고 있다.
그런데 개정 지방세법 제85조 제2호는‘법인지방소득’이란 법인세법 제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득이라고 규정하고 있고,같은 법 제103조의19는 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액이라고 규정하고 있으며,같은 법 제103조의21제1항은 법인지방소득세는 위 과세표준에 제103조의20에 따른 소정의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하‘법인지방소득세 산출세액’이라 한다)을 그 세액으로 한다고 규정하고 있고,같은 법 제103조의22제1항은 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하되 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있다.한편,개정 지방세법 부칙 제2조 본문에서는“이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 규정하면서도,이 사건 경과규정에서는“이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있다.
이에 의하면,개정 전 지방세법에 의하여 지방소득세 법인세분을 산정할 때에는 법인세 과세표준에 소정의 세율을 적용한 산출세액에 조세특례제한법상의 세액감면,세액공제 등을 한 금액을 그 과세표준으로 하게 되므로 결과적으로 위와 같은 세액감면,세액공제 등이 지방소득세 법인세분 산정에도 적용될 수 있었으나,개정 지방세법은 법인지방소득세 과세표준을‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’으로 규정하여 구 조세특례제한법상의 세액감면,세액공제 등은 법인지방소득세 산정에 더 이상 영향을 미치지 못하게 되었으며,세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하면서 법인지방소득세에 대한 세액 공제·감면 규정을 지방세특례제한법에 따로 두지 않았다.
따라서 납세의무자는 개정 전 지방세법 시행 당시 구 조세특례제한법에 따른 조세감면결정을 받고 이에 따라 개정 지방세법 시행 전 외국인투자금액을 모두 지출하였음에도 개정 지방세법 시행 후에는 외국인투자금액에 대한 법인지방소득세에 관해 더 이상 세액감면을 받지 못하게 되었고,이러한 경우 법령이 지방세의 납세의무자에게 불리하게 변경된 경우라 할 수 있는데,앞서 본 대로 개정 전 지방세법은 지방소득세 법인세분에 관하여 그 과세표준을‘법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액’으로 규정하여 법인세의 부가세 방식을 취하고 있었고,법인세법의 과세표준,구 조세특례제한법상의 세액감면이나 세액공제 규정 등을 유기적으로 결합하여 적용하여야 지방소득세 법인세분의 최종적인 세액을 확정할 수 있었는바,지방소득세 법인세분의 과세표준인 법인세액의 산정에 관한 구 법인세법 제13조,제55조뿐만 아니라 산출세액의 공제에 관한 구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목,제2항 등도 개정 전 지방세법 관련 조항들과 일체로서 지방소득세 법인세분의 부과 또는 감면에 관한 규정에 해당한다고 할 것이므로,위 구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목,제2항 등은 이 사건 경과규정의‘종전 규정’에 해당한다고 봄이 상당하다.
3)나아가 살피건대,앞에서 인정한 사실에 비추어 인정되는 다음의 사정,즉 원고는 지방세법이 개정되기 이전인2009년부터2013년까지 이 사건 외국인투자금액을 지출하였는데 당시 시행 중이던 개정 전 지방세법에 의하면 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하고 있었던 점,납세의무자인 원고로서는 개정 전 지방세법 하에서 위와 같이 이 사건 외국인투자금액을 지출하면서 향후 구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목,제2항에 따라 세액감면을 받을 수 있다고 믿고 이를 지출하였을 것으로 보이는 점,납세의무자가 가지고 있는 세액감면에 관한 신뢰는 법인세에 대한 것인지 지방소득세에 대한 것인지에 따라 본질적으로 다르다고 보이지 않는 점,개정 전 지방세법 시행 중에 이미 법인세액에서 공제할 대상인 이 사건 외국인투자금액의 지출이라는 원인행위가 있었고 향후의 세액감면에 관한 기준이 확정되어 있었다는 점 등을 종합하면,종전 지방소득세 법인세분에 적용되었던 이 사건 외국인투자금액에 관한 세액감면에 대한 원고의 신뢰는 보호할 만한 가치가 있는 신뢰에 해당한다고 봄이 상당하고,이를 단순한 기대 또는 반사이익에 불과하다고 할 수 없다.
따라서 개정 전 법령에 따른 이 사건 외국인투자금액에 관한 세액감면에 대한 원고의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당한다고 봄이 타당하므로,개정 지방세법 시행 이후에 납세의무가 성립한2014및2015각 사업연도 법인지방소득세에 대하여는 종전 규정인 개정 전 지방세법 제85조,제89조,구 법인세법 제13조,제55조,구 조세특례제한법 제121조의4,제121조의2제1항 제1호 나목,제2항에 따라 이 사건 외국인투자금액에 관한 세액감면이 적용되어야 하는바,이에 반하는 이 사건 각 처분은 위법하고,이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
3.결론

원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여,주문과 같이 판결한다.
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[별지3]

관련 법령

▣구 지방세법(2020. 12. 29.법률 제17769호로 개정되기 전의 것)

제85조(정의)

①지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "법인지방소득"이란「법인세법」제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다.
제94조(세액공제 및 세액감면)

종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다.다만,종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
제103조의19(과세표준)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.
제103조의20(세율)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.
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제103조의21(세액계산)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액,「조세특례제한법」제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인지방소득세 세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다.이하“법인지방소득세 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.
제103조의22(세액공제 및 세액감면)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다.이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득,「조세특례제한법」제100조의32제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다.이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.
부칙(제12153호, 2014. 1. 1.)

제1조(시행일)

이 법은2014년1월1일부터 시행한다.다만,제92조제2항,제103조의3제4항 및 제103조의20제2항의 개정규정은2017년1월1일부터 시행하고 제123조의 개정규정은 공포 후3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)

이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.다만,제8장 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제15조(일반적 경과조치)

이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
▣구 지방세법(2014. 1. 1.법률 제12153호로 전부 개정되기 전의 것)

제85조(정의)지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다.
3. "소득세분"이란「소득세법」에 따라 납부하여야 하는 소득세액(소득세 과세표준 예정신고자 또는 확정신고자로서 해당 신고세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 데 대한 납부불성실가산세는 제외한다)을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
4. "법인세분"이란「법인세법」에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
제89조(세율)

①소득분의 표준세율은 다음과 같다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025126"></img>

제94조(소득분의 계산방법)

①소득분은「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조제1항의 세율을 적용하여 계산한다.다만,제87조제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.
▣구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것)

제13조(과세표준)

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.
1.각 사업연도의 개시일 전10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액.이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나,「국세기본법」제45조에 따라 수정 신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
2.이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3.이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

제55조(세율)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 표의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다.이하"산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025128"></img>

▣구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면)

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다.이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세,소득세,취득세 및 재산세를 각각 감면한다.
1.국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서「외국인투자 촉진법」제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

나.고도의 기술을 수반하는 사업:국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업

② 「외국인투자촉진법」제2조제1항제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서“외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되,그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다.이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항,제12항제1호ㆍ제2호 및 제121조의4제4항에서“감면대상세액”이라 한다)의 전액을,그 다음2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의100분의50에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 이하 모두 생략)

⑥외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. (단서 생략)

⑧기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. (단서 생략)

제121조의4(증자의 조세감면)

①외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2및 제121조의3을 준용한다. (단서 생략)

▣지방세특례제한법

제153조(외국인투자에 대한 개인지방소득세 등의 감면)

① 「조세특례제한법」제121조의2제1항각호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다.이하 이 조에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 개인지방소득세를 각각 감면한다.
끝.

개정 전 법령에 따른 이 사건 외국인투자금액에 관한 세액감면에 대한 원고의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당한다고 봄이 타당하므로, 개정 지방세법 시행 이후에 납세의무가 성립한 2014 및 2015 각 사업연도 법인지방소득세에 대하여는 종전 규정인 개정 전 지방세법 제85조, 제89조, 구 법인세법 제13조, 제55조, 구 조세특례제한법 제121조의4, 제121조의2 제1항 제1호 나목, 제2항에 따라 이 사건 외국인투자금액에 관한 세액감면이 적용되어야 하는바, 이에 반하는 이 사건 각 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.