과세처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2009.02.06 / 시행일:

【원고, 항소인】 
【피고, 피항소인】 부산시 영도구청장
【제1심판결】 부산지법 2008. 6. 12. 선고 2007구합2075 판결
【변론종결】2009. 1. 16.
【주 문】
1. 제1심판결 중 다음에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.
피고가 2006. 8. 16. 원고에 대하여 한 부과처분 중 취득세 4,292,700원, 농어촌특별세 281,290원, 등록세 3,063,480원, 지방교육세 561,630원에 대한 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용은 이를 4분하여 그 3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】제1심 판결을 취소한다. 피고가 2006. 8. 16. 원고에 대하여 한 취득세 18,217,500원, 농어촌특별세 1,557,730원, 등록세 23,950,680원, 지방교육세 4,390,950원의 각 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 제1심판결 이유 기재의 인용
 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문 제6면 라. 판단 중 “(1) 이 사건 제1-1, 2 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부” 및 “(6)”항 이하 부분을 다음과 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
 2. 당심에서 고쳐쓰는 부분
 (1) 이 사건 제1-1, 2 부동산이 종교적 용도에 사용되는지 여부
 (가) 그 용도에 직접 사용하여야만 비과세 대상인지 여부
 1)지방세법 제107조는 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.”는 취지로 규정하고 있다(지방세법 제127조는 등록세에 대하여도 동일한 취지로 규정하고 있으므로 이하에서는 취득세에 대하여만 판단하나 그 내용은 동일하다).
 2) 따라서 위 조항의 본문에만 충실하면 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자(이 사건에서는 교회가 쟁점이 되어 있으므로 이하에서는 이를 줄여서 ‘교회’라고만 표시한다)가 취득하는 부동산은 목적사업에 사용하기만 하면 그 용도에 직접 사용하든지 않든지를 불문하고 취득세를 부과하지 아니한다고 해석하여야 할 것이다.
 3) 그런데 취득 부동산을 교회의 목적사업에 사용하기는 하지만 그 용도에 직접 사용하지 않았을 경우에 본문에 의하여 비과세하였다가 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 과세를 할 수 있다고 한다면, 당초의 비과세처분은 진정한 의미의 비과세가 아니라 단순한 과세유예에 불과한 것으로 되기 때문에 받아들일 수 없다. 따라서 교회의 목적사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 그 용도에 직접 사용하는지 여부를 묻지 않고 취득세를 부과할 수 없다고 해석하여야 할 것이다.
 4) 한편, 위 조항은 1995. 12. 29. 법률 제5109호로 개정되기 전에는 “교회가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다.”고 규정되어 있다가 위 개정 이후에는 “교회가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다.”로 규정되어 본문과 단서에서 ‘직접’이라는 용어가 모두 빠졌다가 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 현재와 같이 개정되는 등 그 본문 또는 단서에서 ‘직접’이라는 용어가 삽입되기도 하고 삭제되기도 하였는바, 1995년 법률 개정에 따라 ‘직접’이라는 용어가 삭제되자 당시 내무부는 종교단체에 대한 부동산의 비과세 범위를 정하면서 “담임목사뿐만 아니라 부목사, 전도사의 주거용으로 사용하기 위한 사택의 목적으로 취득하는 부동산에 대하여도 취득세 또는 등록세를 비과세한다.”는 기준(내무부 세정 13430-58, 1996. 2. 6.)을 설정한 바 있는데, 이는 과세관청 역시 ‘직접’이라는 요건을 요구할 때는 부목사의 사택에 대하여는 취득세를 부과하여야 하지만, 그렇지 않으면 비과세한다는 기준을 설정한 것으로 보이는바, 그 이후 위 조항의 본문은 아무런 변경이 없는데도 부목사의 사택이 교회의 목적사업에 ‘직접’ 사용되지 않는다는 이유로 취득세를 부과하는 것은 그 해석 및 적용에 일관성이 없다는 비난을 면하기 어렵다.
 (나) 부목사가 교회에 필요불가결한 존재인지 여부
 1) 가사 위 조항을 교회의 목적사업에 사용하기 위한 것이기는 하지만 ‘직접’ 사용에 해당하지 않으면 비과세할 수 없다고 해석한다고 하더라도, 교회의 목적사업에 ‘직접’ 사용한다는 의미는 문언 그대로 그 사업자체에 직접 사용되는 것으로 한정할 것은 아니고, 교회의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것인바, 교회의 경우 교회의 본질적 특성인 예배와 전도 등을 위하여 그 부동산을 사용하거나 그 사용이 예배 및 전도 등의 활동에 필수적으로 수반되는 경우라면 교회의 목적사업에 직접 사용된다고 할 수 있을 것이다.
 2) 그러므로 살피건대, 갑6호증, 갑8호증, 갑25호증 내지 31호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 제1심 증인소외 1, 당심 증인소외 2의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 목사는 일정한 신학교육을 받고나서 전도사 및 강도사 등의 단계를 밟은 후 노회에서 목사 안수를 받은 자로서 그리스도의 복음을 전파하고, 성례를 거행하며, 교회를 치리하는 자이고, 그 구체적인 직무는 교인을 위해 기도하는 일, 하나님의 말씀을 봉독하고 설교하는 일, 찬송을 지도하는 일, 성례를 거행하는 일, 하나님의 사자로서 축복하는 일, 교인을 교육하는 일, 교인을 심방하는 일, 장로와 협력하여 치리권을 행사하는 일 등이 있는데, 그 중 설교하는 일, 성례를 거행하는 일, 하나님의 사자로서 축복하는 일은 장로를 포함한 일반 교인은 물론, 전도사나 강도사의 자격으로서도 할 수 없고 반드시 목사의 자격을 구비한 사람만이 할 수 있는 점, 전통적인 농촌사회에서는 마을 단위의 소규모 교회가 대부분이었고 그러한 소규모 교회에서는 담임목사 한 사람이 위와 같은 교회의 제반 업무를 담당할 수 있었지만, 도시화가 급격히 진행됨에 따라 전통적인 사회에서는 상상할 수 없었던 규모인 수천에서 수만 명, 심지어 수십만 명의 교인들이 그 도시 안에서는 물론, 인근 도시에서까지 찾아와 모여 예배를 보는 대형화된 교회가 다수 나타났고, 그와 같은 대형교회에서는 담임목사 혼자서는 목사 자격을 구비하여야만 할 수 있는 설교, 성례, 축복 등의 일을 감당하기에도 버겁게 되었고 나아가 전도, 심방, 교회행정, 교육, 상담, 교회음악 등 목사로서의 제반 업무를 수행하면서 교회를 유지·발전시킨다는 것은 거의 불가능한 실정에 이르렀으며, 그와 같은 사정하에서 담임목사를 보좌하거나 때로는 대행하기 위한 부목사라는 직책이 필연적으로 등장하게 된 점, 부목사는 평상시에는 주일 낮 예배의 설교를 주로 담당하면서 교회의 전반적인 업무를 통할하는 담임목사를 보좌하여 주일예배의 사회 그리고 수요일 예배, 금요철야기도회, 새벽기도회의 사회 및 설교, 주일학교 등 교회 내의 각 기관의 관리·지도, 각 권역별 교구를 맡아 교인들을 관리하고 구역예배를 인도하는 일, 환자나 낙심한 자를 심방하는 일 등을 담당하고 있지만, 담임목사가 다른 교회로 이동하고 새로운 담임목사가 부임하지 못하고 있는 장기간의 공백 기간(그 기간이 때로는 수년이 되는 경우도 있다) 동안은 물론 부흥집회로 인한 출타, 질병으로 인한 입원 등의 단기간 부재 시에도 담임목사의 직무를 대행하는 경우가 있고 또 담임목사와 마찬가지의 신학교육을 받고 노회에서 안수받은 목사로서 교회에 부임하게 되면 목사 직무에만 전임하고 별도의 직업을 겸하여 가질 수 없는 점, 부목사가 노회에서 안수를 받는 것은 목사로서 안수를 받는 것이지 부목사로서 안수를 받는 것이 아니기 때문에 부목사로 시무하다가 다른 교회의 담임목사로 이동하기도 하고, 담임목사로 시무하다가 다른 교회의 부목사로 이동할 수도 있고, 담임목사의 경우에는 세례교인 전체로 구성된 공동의회의 결의로 청빙(본 교회에서 시무하여 달라고 요청하는 것을 뜻한다)하지만 부목사는 목사 및 장로로 구성된 당회 또는 교회 제직으로 구성된 제직회의 결의로 청빙하는 점에 차이가 있기는 하나 담임목사가 부목사를 마음대로 청빙할 수 있는 것은 아니고, 담임목사나 부목사를 청빙하기 위해서는 어느 경우나 노회의 허락을 받아야 하는 점, 담임목사 중에는 조직교회의 청빙을 받아 위임받은 목사도 있지만(위임이라 함은 목사를 정년까지 시무하도록 허락한다는 교회의 공식적인 약속을 의미한다), 당회가 조직되어 있지 않은 미조직교회의 청빙을 받았거나 조직교회에서 청빙을 받았으나 사정상 위임을 받지 못한 임시목사(임시목사라고 할 때 ‘임시’라는 것은 임기의 정함도 없이 일시적으로 잠깐 혹은 잠정적으로 근무한다는 취지가 아니라 정년이 보장되지 않는다는 정도의 의미이다. 그렇기에 임시목사의 임기는 잠깐이 아니라 1년으로 교회헌법상 규정되어 있는 것이다) 등 두 종류가 있는데, 위임목사는 정년인 70세 또는 75세까지 시무할 수 있지만, 임시목사는 교회헌법상 임기는 1년이지만 실제로는 교회헌법의 규정과는 달리 위임목사와 마찬가지로 별다른 절차 없이 정년까지 시무하는 경우가 대부분이고, 부목사도 위임받지 못한 임시목사이기 때문에 임기가 1년이지만 실제로는 교회를 이동할 때까지는 노회의 연임허락을 받지 않고 계속 시무할 수 있는 경우가 대부분인 점(따라서 부목사도 다른 교회로 이동하지 않는 한 정년까지 시무할 수 있고, 또한 다른 교회로 이동할 때 노회의 허락을 받아야 하는 것은 위임목사인 담임목사도 마찬가지이다), 원고 교회는 교인수가 2008년 현재 4,700여 명이고, 담임목사 이외에 24명의 부목사가 있으며, 원고 교회는 지역별로 7개의 교구가 있고, 원고 주소지 소재 본부 이외에도 17개의 지교회(그 중 해외에 9개)를 두고 있으며, 각 교구 또는 지교회에는 대체로 부목사를 책임자로 세워 운영하고 있고, 담임목사인소외 3은 다락방전도운동이라는 활동을 활발히 전개하여 국내 220여 곳에서 다락방 전도학교를 개설 운영하고 있으며, 또한 대한예수교장로회 소속 전도총회교단을 창립하여 교단을 주도적으로 이끌고 있어서 원고 교회의 업무에만 전념하지 못하고 출타하는 일이 잦아서 많은 업무를 부목사에게 분담시키고 있는 점, 원고 교회 목사들의 거주 현황을 보면 원고 교회의 담임목사인소외 3은 본인 소유의 집에서 거주하고 있으며, 부목사 중 8명에게는 원고 교회 소유의 사택을 제공하고, 10명에게는 전세금을 지원하며, 6명은 본인 소유의 집에서 거주하고 있는 점 등에 비추어 보면, 부목사는 담임목사를 보좌하는 업무를 주로 수행하고 있다고 하더라도 원고 교회와 같이 대형화된 현대 교회에서는 부목사라는 존재의 도움이 없이 담임목사 혼자서는 교회의 본질적 사업인 예배와 전도 등을 감당하며 교회를 유지·발전시켜 나간다는 것은 불가능한 현실이고 따라서 원고 교회에서도 부목사는 원고 교회의 종교사업에 필요불가결한 존재라고 인정하지 않을 수 없으며, 그와 같은 사정하에서 부목사에게 사택을 제공하는 것은 원고의 목적사업인 예배와 포교에 필수적으로 수반되는 것으로서 그 목적사업에 직접 사용하는 것이라 봄이 상당하다(피고는 부목사가 수시로 노회의 승낙을 받아 임명되어 임의로 시무하는 목사라고 표현하고 있으나 그 의미가 무엇인지 이해하기 어렵다. 노회의 승낙 또는 허락을 받아야 시무할 수 있는 것은 부목사뿐 아니라 담임목사의 경우도 마찬가지이기 때문에 부목사에게만 해당되는 특수한 사정이라 보기 어렵고, 또한 임의로 시무한다는 표현 역시 임시목사를 달리 표현한 것이 아닌가 짐작되지만, 위에서 본 바와 같이 임시목사라는 의미가 일시적으로 잠깐 혹은 잠정적으로 근무한다는 의미가 아니라 정년이 보장되지 않는다는 의미라고 파악하는 이상 그 지위를 임의로 시무한다거나 임시로 시무한다고 표현하는 것 역시 부목사에 대한 표현으로는 적합하지 않고, 설사 부목사 개인의 임기가 1년이라는 사실 때문에 그 신분에 불안정한 면이 있다고 하더라도 특정 부목사가 아니라 부목사라는 직책 자체가 교회의 종교사업에 필요불가결하다는 사실에는 변함이 없기에 그 표현 역시 적합하다고 볼 수 없다).
 3) 대법원은 일찍이 “의료법인이 설치·운영하는 병원에서 근무하는 간호사 및 일반사무직원을 위한 기숙사로 사용하기 위하여 취득한 아파트는 그 의료법인의 목적사업에 직접 사용하는 재산에 해당하므로 취득세의 비과세 대상에 해당한다”는 판결을 선고한 바 있는데(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누7351 판결 참조), 그 판결의 취지에 비추어보더라도 부목사의 사택으로 사용하기 위한 부동산의 취득을 교회의 목적사업에 직접 사용되는 부동산의 취득에 해당한다고 보는 것이 균형에 맞을 것이다.
 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 제1-1, 2 부동산에 부과한 취득세 4,292,700원, 농어촌특별세 281,290원, 등록세 3,063,480원, 지방교육세 561,630원에 관한 처분은 위법하고, 나머지 제2, 제3, 4, 제5 부동산에 부과한 처분은 적법하다.
 3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이 사건 제1-1, 2 부동산에 부과한 취득세 4,292,700원, 농어촌특별세 281,290원, 등록세 3,063,480원, 지방교육세 561,630원에 대한 부분만 이유 있어 이를 인용하고 나머지는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 제1심판결 중 위에서 인용한 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 피고의 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 김신(재판장) 강석규 김원수

[1] 비영리사업자에 대한 취득세 면제 규정인지방세법 제107조 단서에 정한 교회 목적사업용도에 ‘직접’ 사용한다는 규정의 의미
[2] 부목사의 사택으로 사용하기 위한 교회의 부동산의 취득은지방세법 제107조 단서에 정한 교회의 목적사업에 직접 사용되는 부동산의 취득에 해당한다고 한 사례

[1] 비영리사업자에 대한 취득세 면제 규정인지방세법 제107조 단서에 정한 교회 목적사업용도에 ‘직접’ 사용한다는 의미는 문언 그대로 그 사업 자체에 직접 사용되는 것으로 한정할 것은 아니고, 교회의 사업 목적과 취득 목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하므로, 교회의 경우 교회의 본질적 특성인 예배와 전도 등을 위하여 그 부동산을 사용하거나 그 사용이 예배 및 전도 등의 활동에 필수적으로 수반되는 경우라면 교회의 목적사업에 직접 사용된다고 할 수 있다.
[2] 부목사에게 사택을 제공하는 것은 교회의 목적사업인 예배와 포교에 필수적으로 수반되는 것이므로, 부목사의 사택으로 사용하기 위한 교회의 부동산의 취득은지방세법 제107조 단서에 정한 교회의 목적사업에 직접 사용되는 부동산의 취득에 해당하여 취득세가 면제된다고 한 사례.