부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2007.07.24 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 용산세무서장
【변론종결】2007. 6. 26.
【주 문】
1. 피고가 2006. 8. 10. 원고에 대하여 한 별지 경정청구금액란 기재 각 부가가치세의 감액경정청구거부처분을 취소한다. 
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】주문과 같다.
【이 유】 1. 이 사건 처분의 경위
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1 내지 4, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3 내지 5호증, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2, 6호증의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
 가. 원고는 서울 용산구 효창동(지번 생략)에 본점을 두고 건설업 등을 영위하고 있는회사로서 2003년부터 2005년까지 사이에소외 1 주식회사에게 별지 세금계산서 발행 내역 기재와 같이 16회에 걸쳐 공급가액 합계 금 5,500,000,000원 상당의 매출세금계산서 16매(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 허위로 발행하여 주었고, 피고에게 2003년 제2기부터 2005년 제2기 사이에 이 사건 각 세금계산서상의 매출액을 포함하여 합계 금 720,586,330원{334,838,966원(2003년 2기) + 280,842,737원(2004년 1기) + 98,313,936원(2005년 1기) + 6,590,696원(2005년 2기)} 상당의 부가가치세를 신고·납부하였다.
 나. 그런데 수원지방검찰청 성남지청은소외 1 주식회사에 대한 조세포탈혐의를 수사하는 과정에서 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없이 발행된 가공세금계산서인 사실을 확인하고,소외 1 주식회사에 대하여 세금계산서상의 금액을 필요경비에 불산입하고 그 매입세액을 불공제하도록 관할 세무서에 통보함과 아울러 원고의 대표이사인소외 2에 대하여는소외 1 주식회사로부터 8억 원의 대가를 받고 이 사건 각 세금계산서를 허위로 발행하였다는 공소사실로 조세범처벌법 위반죄로 기소하였고, 위소외 2는수원지방법원(2006노459)에서 최종적으로 징역형이 확정되었다.
 다. 그 후, 원고는 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서임을 이유로 2006. 1. 4. 및 같은 해 4. 18. 피고에게 원고가 이미 신고·납부한 부가가치세 중 이 사건 각 세금계산서의 매출에 기초한 별지 경정청구금액란 기재 각 부가가치세 부분(이하 ‘이 사건 각 부가가치세’라 한다)의 환급을 구하는 감액경정청구를 하였고, 이에 대해 피고는 2006. 7. 10.부터 같은 해 8. 4.까지 이 사건 각 부가가치세에 대한 경정조사를 실시한 다음, 가공세금계산서에 의하여 신고·납부한 부가가치세는 환급대상이 아니라는 국세청 예규를 근거로 같은 해 8. 10. 종전에 원고가 신고·납부한 금액 대로 부가가치세를 인정하고 오히려 매출처별 세금계산서 합계표 불성실 가산세 합계금 80,000,000원에 대한 과세예고통지를 하였다(이하 원고의 감액경정청구를 받아들이지 아니하고 종전 신고 금액대로 인정한 부분을 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
 라. 원고는 이에 불복하여 2006. 10. 31. 국세심판원에 심판청구를 하였으나 같은 해 12. 29. 기각되었다.
 2. 원고의 청구에 대한 판단
 가. 원고의 주장
 이 사건 각 부가가치세는 가공세금계산서인 이 사건 각 세금계산서의 매출에 기초한 세액으로서 원인 없이 납부한 것이므로 피고는국세기본법 제51조 제1항 등에 의하여 이를 원고에게 환급하여야 할 것임에도 가공세금계산서에 의하여 신고·납부한 부가가치세는 환급대상이 아니라는 국세청 예규에 근거하여 원고의 감액경정을 거부하는 이 사건 거부처분을 한 것은 조세법률주의에 위배되어 위법하다.
 나. 관계 법령
 [국세기본법]
제14조 (실질과세)
 ① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
 ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
제15조 (신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
제45조의2 (경정 등의 청구)
 ① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 
 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때
제51조 (국세환급금의 충당과 환급)
 ① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다. 
 부칙 〈2005. 7. 13. 제7582호〉
 ② (경정 등의 청구에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 기간이 경과하지 아니한 결정 또는 경정의 청구에 관하여는제45조의2 제1항의 개정규정을 적용한다.
 [부가가치세법]
제21조(결정 및 경정)
 ① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다. 
 2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
 3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때
 ③ 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은제1항과제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.
 다. 판 단
 (1) 살피건대,국세기본법 제14조 제2항은 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정하고 있고,같은 법 제45조의2 제1항 제1호는 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있으며,부가가치세법 제21조 제1항은 사업장 관할 세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정하도록 규정되어 있는 바, 앞서 인정한 사실관계에 의하면, 원고는소외 1 주식회사의 부탁으로 실제거래 없이 이 사건 각 세금계산서를 발행하고 그 세금계산서에 기재된 매출액을 기초로 하여 이 사건 각 부가가치세를 신고·납부하였던 것인바, 이와 같은 가공거래의 경우에는 부가가치세의 부과대상인 재화 또는 용역의 공급이 없어 부가가치세의 부과대상이 아니라고 할 것이다.
 (2) 피고는 원고의 법인세 신고내용 등에 따르면, 2003 사업연도부터 2005 사업연도의 경우 이 사건 각 세금계산서를 포함한 매출에 상응하는 금액의 실제 매출이 발생한 것으로 나타나고 이 사건 각 세금계산서가 이 사건 각 부가가치세 신고분 매출에서 차지하는 비중이 65%인 것으로 나타나 세금계산서에 상응하는 실제 매출이 발생하였고 다만, 실지거래처가 아닌소외 1 주식회사에게 이 사건 각 세금계산서를 발행해 준 것으로 판단된다고 주장하나, 피고의 위와 같은 주장만으로 이 사건 각 세금계산서에 상응하는 실제 매출이 있었다고 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 피고의 이 점에 관한 주장은 이유 없다.
 (3) 피고는 원고의 이 사건 각 부가가치세 신고·납부행위는민법 제742조의 비채변제 또는민법 제746조의 불법원인급여에 해당하여 그 환급을 구할 수 없다고 주장하나, 납세의무자와 과세관청 사이의 조세법률관계에서 발생한 부당이득에 대하여서는 민법상의 비채변제의 규정이 적용되지 아니하고(대법원 1995. 2. 28. 선고 94다31419 판결 참조), 원고가 허위의 세금계산서에 터잡아 부가가치세를 신고·납부한 행위를민법 제746조가 규정하고 있는 ‘불법의 원인으로 인하여 재산을 급여한 때’에 해당한다고 보기도 어려우므로 피고의 이 점에 관한 주장도 이유 없다.
 (4) 피고는 원고가 실제거래 없이 이 사건 각 세금계산서를 발행하고 이에 기초하여 이 사건 부가가치세를 납부한 후 납부한 부가가치세를 오납액으로 환급을 구하는 행위는 납세의무자가 지켜야 할 신의·성실의무에 반하는 것으로서 허용될 수 없다고 주장한다.
 살피건대, 조세소송에서의 신의성실의 원칙의 적용은 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세 실체법과 관련하여서는 사적자치의 원칙이 지배하는 사법에서보다는 제약을 받으며 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것이고, 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거의 언동에 반하는 행위를 하였을 경우에는 세법상 조세감면 등 혜택의 박탈, 신고불성실·기장불성실·자료불제출가산세 등 가산세에 의한 제재, 각종 세법상의 벌칙 등 불이익처분을 받게 될 것이며, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있는 등 세법상 우월한 지위에서 조세과징권을 행사하고 있고, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 점 등을 고려한다면, 납세의무자에 대한 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 된다고 할 것이다(대법원 1997. 3. 20. 선고 95누18383 전원합의체 판결 등 참조).
 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 각 세금계산서를 허위로 발행하고 세금계산서상의 매출액에 근거하여 이 사건 각 부가가치세를 신고·납부하였다가 그 후 그 세금계산서의 허위발행 사실이 밝혀져 이 사건 각 세금계산서를 원고로부터 발행·교부받은소외 1 주식회사가 그에 따른 매입세액 공제 및 손금처리 등을 받지 못하게 되자 이 사건 각 부가가치세에 대하여 감액경정 및 환급을 청구하고, 그 경정거부처분에 대하여 취소를 구하고 있는바, 이와 같은 원고의 행위는 명백히 자기의 과거의 언동에 반하는 행위라고 할 수 있으나, 반면 허위의 세금계산서를 발행하는 행위에 대하여는 별도로 조세범처벌법 등에서 이를 처벌하는 규정을 두고 있고, 허위의 세금계산서를 발행·교부받은 자가 그에 기초하여 매입세액 등의 공제를 받는 경우 신고불성실 등에 따른 가산세의 제재 등 세법상 불이익 처분을 받게 되는 점, 광범위한 실지조사권을 가지고 조세과징권을 행사하는 과세관청인 피고는 납세의무자인 원고에 비하여 세법상 우월한 지위에 있고 만약 납세의무자가 매출을 누락하여 부가가치세를 과소신고·납부하였다는 의심이 드는 경우에는 실지조사권을 행사하여 매출누락을 적발하여 납세의무자에게 부가가치세를 증액경정하고 가산세 등을 부과하는 점 및 이 사건 각 세금계산서를 교부받은소외 1 주식회사가 결국 이 사건 각 세금계산서에 기한 매입세액 공제 등을 받지 못하였고 이에 따라 아무런 조세포탈도 발생하지 않은 점 등에 비추어 보면, 과거의 언동에 반하는 원고의 이 사건 청구가국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 위반될 정도로 심한 배신행위를 하였다고 할 수 없고, 과세관청이 이 사건 각 세금계산서에 따른 이 사건 각 부가가치세 신고·납부를 그대로 믿었다고 하더라도 이를 보호받을 가치가 있는 신뢰라고 할 수도 없다.
 따라서 피고의 이 점에 관한 주장도 이유 없다. 
 (5) 따라서 원고가 재화나 용역의 공급 없이 허위 매출세금계산서의 매출을 근거로 이 사건 각 부가가치세를 신고·납부한 것은국세기본법 제45조의2 제1항 제1호,제2호에 정한 경정청구사유에 해당하므로, 원고의 부가가치세경정청구를 거부한 이 사건 거부처분은 위법하다.
 3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 정형식(재판장) 김선희 장찬

재화나 용역의 공급 없이 발행한 허위의 세금계산서에 기초하여 부가가치세를 신고·납부한 행위는 부가가치세의 부과대상이 아니고 민법상의 비채변제 또는 불법원인급여에 해당하는 것도 아니며, 세금계산서를 발행·교부받은 거래처가 매입세액공제 등을 받지 못하는 등 결과적으로 아무런 조세포탈도 발생하지 않았다면 위 신고·납부한 부가가치세에 대하여 감액경정 및 환급을 청구하는 것이 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수도 없으므로, 이에 해당하는 부가가치세 경정청구는 적법하다고 한 사례.