법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2014.06.27 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 박영욱 외 2인)
【피 고】 삼성세무서장 (소송대리인 법무법인 엘케이비앤파트너스 담당변호사 이경진 외 1인)
【변론종결】2014. 5. 14.
【주 문】
 1. 피고가 2013. 3. 12. 원고에게 한 2007 사업연도 귀속 법인세 67,107,749,780원(가산세 27,573,762,764원 포함) 및 농어촌특별세 10,051,044,240원(가산세 4,281,545,221원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다. 
 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지】 주문과 같다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고(변경 전상호 : 주식회사 △△△, 이하 ‘원고’라 한다)는 농약, 비료 등을 생산, 판매하는 상장법인으로, 반도체 및 관련기기 제조판매업을 영위하던 상장법인 소외 1 회사를 흡수합병하기 위하여, 2007. 2. 16. 합병을 위한 이사회결의를 한 후 합병계약을 체결하였고, 2007. 3. 29. 주주총회를 거쳐, 2007. 5. 1. 합병을 한 후, 2007. 5. 3. 합병등기를 경료하였다.
 나. 원고는 구 증권거래법 시행령(2007. 5. 16. 대통령령 제20055호로 개정되기 전의 것) 제84조의7 제1항 및 구 증권거래법 시행규칙(2008. 3. 3. 재정경제부령 제875호로 개정되기 전의 것) 제36조의 12 제1항에 따라 평가기준일(합병을 위한 이사회결의 및 합병계약 체결일 전일인 2007. 2. 15.) 현재의 원고와 소외 1 회사의 주가를 기준으로 합병비율을 산정하였다. 원고는 위 합병비율에 따라 소외 1 회사의 보통주 및 우선주에 대하여 다음과 같이 보통주와 우선주를 각 교부하였다. 
 1) 소외 1 회사의 보통주(액면금액 1,000원) 1주당 원고의 보통주(액면금액 5,000원) 0.1022758주
 2) 소외 1 회사의 제1우선주(액면금액 1,000원) 1주당 원고의 우선주(액면금액 5,000원) 0.0813931주
 3) 소외 1 회사의 제2우선주(액면금액 1,000원) 1주당 원고의 우선주(액면금액 5,000원) 0.1527563주 
 다. 소외 1 회사의 주주들에게 합병대가로 교부된 합병신주의 가액(합병기일 2007. 5. 1.기준으로 한 원고 주식의 거래소 종가인 주당 21,950원 기준)은 보통주 589,756,825,260원(액면금액 136,098,110,000원), 우선주 2,611,952,350원(액면금액 711,705,000원) 합계 592,368,777,610원(액면금액 136,809,815,000원)이었다. 
 라. 한편, 원고와 소외 1 회사는 2007. 2. 16. 합병계약서를 작성하였는데, 그 주요내용은 다음과 같다. 
 원고(이하 "갑"이라 한다)와 소외 1 회사(이하 "을"이라 한다)는 국내의 경영환경 변화에 적극 대처하고 경영효율성 증대 및 시너지 효과의 극대화를 통하여 세계적인 경쟁력을 보유한 BIO 및 IT 회사로 성장하기 위하여 합병하기로 하고 다음과 같이 계약을 체결한다. 제1조(합병의 방법) 갑과 을은 합병하여 갑은 존속하고 을은 해산한다. 제2조(발행할 주식의 총수) 갑은 합병에 의하여 그 발행할 주식의 총수를 27,376,345주 증가하여 37,305,390주로 한다. 제3조(증가할 자본금과 준비금의 총액) 1) 갑은 합병에 의하여 자본금을 136,881,725,000원 증가하여 186,526,950,000원으로 한다. 다만, 본 항이 규정하는 갑의 자본금은 제5조에 따라 증가할 수 있다. 2) 갑이 합병으로 인해 증가할 준비금은 제7조에서 정한 합병기일 현재 을의 자본상태를 기준으로 하여 관계법령 및 기업회계기준에 따라 정한다. 제4조(신주의 발행 및 배정) 1) 갑은 합병을 함에 있어 기명식 보통주식 27,233,010주(1주당 액면가액 5,000원), 기명식 1우선주식 112,316주(1주당 액면가액 5,000원) 및 기명식 2 우선주식 31,019주(1주당 액면가액 5,000원)를 발행하여 합병기일 현재 을의 주주명부에 등재되어 있는 주주에 대하여 교부한다. 다만, 본항에 따라 갑이 발행하는 기명식 보통주식은 제5조에 따라 증가할 수 있다. 2) 갑은 제1항의 신주를 발행함에 있어 을의 기명식 보통주식을 보유한 주주들에 대하여는 그 주식 1주당 0.1022758 주의 비율로 갑의 기명식 보통주식을 배정하여 교부하고, 을의 기명식 1 우선주식을 보유한 주주들에 대하여는 그 주식 1주당 0.0813931 주의 비율로 현재 을의 주주들이 보유하고 있는 주식과 동일한 내용의 갑의 기명식 1 우선주식을 배정하여 교부하며, 을의 기명식 2 우선주식을 보유한 주주들에 대하여는 그 주식 1주당 0.1527563 주의 비율로 현재 을의 주주들이 보유하고 있는 주식과 동일한 내용의 갑의 기명식 2 우선주식을 배정하여 교부한다. 3) 갑은 제2항에서 산정한 합병비율에 따라 을의 주주에게 갑의 주식을 교부하되, 1주 미만의 단주에 대하여는 신주 상장 초일 종가로 계산된 금액을 현금으로 지급한다. 4) 제3항에 따라 지급되는 금전 이외에 갑과 을은 합병으로 인하여 을의 주주에게 어떠한 금전도 지급하지 아니한다. 제7조(합병을 한 날) 갑과 을의 합병을 할 날(이하 ‘합병기일’)은 2007. 5. 1.로 한다. 다만, 합병절차의 진행에 따라 필요한 경우에는 갑과 을의 합의 하에 이를 변경할 수 있다. 
 마. 원고와 소외 1 회사는 2007. 2. 16. 합병신고서를 작성하였는데 그 주요내용은 다음과 같다.
 ※ 합병의 목적 원고와 소외 1 회사는 국내외 경영환경 변화에 적극 대처하고, 경영효율성 증대 및 시너지 효과의 극대화를 통하여 세계적인 경쟁력을 보유한 BIO 및, IT 회사로 성장하기 위하여 합병하기로 한다. ※ 합병의 요령 1. 합병회사의 변경될 사항 (단위 : 원, 주) 구분?합병전합병후 수권주식수보통주20,000,000? ?우선주?? 발행주식수보통주9,929,04537,162,055 ?우선주?143,335 자본금?49,645,225,000186,526,950,000 준비금총액?327,339,939,967? ※ 다만, 합병후 수권주식수는 합병승인을 위한 주주총회일에 변경될 예정이고, 합병후 준비금 총액은 관계법령 및 회계원칙에 따라 합병기일에 결정되므로 기재하지 아니한다. 2. 피합병회사의 주주에 대한 신주배정에 관한 사항 신주배정내역 합병기일(2007. 5. 1.) 현재 소외 1 회사의 주주명부에 기재되어 있는 보통주주에 대하여 소외 1 회사의 보통주식(액면금액 1,000원) 1주당 원고의 보통주식(액면금액 5,000원) 0.1022758주를 교부하고, 우선주주에 대하여 소외 1 회사 우선주식(액면금액 1,000원) 1주당 원고의 우선주식(액면금액 1,000원) 0.0813931주(1우선주) 및 0.1527563주(2우선주)를 교부함. 3. 합병교부금 합병회사가 피합병회사의 주주에게 합병비율에 따른 합병신주의 교부 외에는 별도의 합병 교부금을 지급하지 아니함 4. 합병일정 이사회결의일2007. 2. 16. 합병계약일2007. 2. 16. 합병신고서 제출일2007. 2. 16. 합병승인을 위한 주주총회일2007. 3. 29. 주식매수청구권행사기간2007. 3. 29.~ 2007. 4. 18. 합병기일2007. 5. 1. 합병종료보고총회일2007. 5. 2. 합병종료보고공고일2007. 5. 3. 주주확정공고 및 주주명부 폐쇄공고2007. 2. 17. 합병등기예정일2007. 5. 4. 주권교부예정일2007. 5. 18. 신주상장예정일2007. 5. 21. 
 바. 이 사건 합병으로 원고가 소외 1 회사로부터 승계한 순자산(대차대조표의 총자산으로부터 부채를 뺀 것으로 자기자본이라고도 한다)의 장부가액은 204,660,480,068원, 공정가액(소외 1 회사 순자산 공정가액 328,584,913,147원에서 합병 당사 법인 사이의 내부거래 제거로 인한 순자산 감소분 29,396,439,147원을 차감한 금액)은 299,188,474,000원이었는데, 원고는 소외 1 회사의 순자산을 공정가액으로 승계하면서 순자산 299,188,474,000원과 합병신주의 발행가 592,368,777,610원과의 차이 293,180,303,610원을 영업권으로 회계장부에 계상하였다. 
 사. 그러나 원고는 합병과정에서 회계처리한 영업권 293,180,303,610원은 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제24조 제4항에 의한 영업권에는 해당하지 않는다고 보아 다음과 같이 세무조정 및 소득처분을 하였다. 
 사업연도익금산입 및 손금불산입 과목금액(원)처분 2007영업권293,180,303,160기타 2007영업권상각19,545,000,000유보 2008영업권상각151,477,000,000유보 2009영업권상각122,158,000유보 사업연도손금산입 및 익금불산입 과목금액(원)처분 2007영업권293,180,303,160△유보 
 아. 그러나 과세관청은, 원고가 회계처리한 영업권 293,180,303,160원은 세법상 영업권으로 감가상각자산에 해당하므로 위 금액을 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호에 의한 합병평가차익으로 2007 사업연도 익금에 산입한 후 매년 감가상각비로 손금산입하여야 한다고 판단하였다. 이에 따라 피고는 2007 사업연도에 관하여 원고가 손금산입한 영업권 293,180,303,610원을 부인하고, 2007년 사업연도 영업권 상각 부인액 19,545,000,000원을 손금추인하여, 2013. 3. 12. 원고에 대하여 2007 사업연도 귀속 법인세 67,107,749,780원(가산세 27,573,762,764원 포함)을 경정·고지하였다. 또한, 피고는 위 법인세에 임시투자세액공제를 적용함에 따라 발생한 농어촌 특별세 10,713,304,870원(가산세 4,563,655,013원 포함)도 같은 날 과세하였다. 
 자. 피고는 2013. 6. 27. 위 농어촌특별세 10,713,304,670원을 662,260,430원 감액하여 10,051,044,240원(가산세 4,281,545,221원 포함, 이하 감액되고 남은 농어촌특별세와 이 사건 법인세부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)으로 경정하였다. 
 차. 원고는 2013. 4. 18. 이 사건 처분에 대하여 심사청구를 제기하였으나, 국세청장은 2013. 7. 16. 심사청구를 기각하는 결정을 하였다. 
 [인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제 1, 2, 3, 4, 12, 15호증, 을 제1, 2호증(가지번호 모두 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 2. 당사자의 주장 
 가. 원고의 주장 
 1) 회계장부에 계상된 영업권은 구 법인세법 시행령 제24조 제4항에 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 제한적으로 세법상 영업권으로 인정된다. 즉, 영업권이 ① 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치(무형의 재산적 가치)가 있고, ② 당해 영업권을 평가하여 승계한 경우에 한하여만 자산성이 있는 영업권으로 인정된다. 
 2) 이 사건 영업권은 무형의 재산적 가치를 반영한 것이 아니라 법령에서 정한 방법으로 합병비율을 계산하는 과정에서 회계기술적으로 발생한 것일 뿐이다. 원고는 소외 1 회사의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치를 평가하여 승계한 사실이 없다. 
 3) 이 사건 합병대가는 소외 1 회사가 동종의 사업을 영위하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이 있는지 여부를 평가하여 정해진 것이 아니라 주식시장 주가에 의하여 산정된 것인데, 과세관청은 순자산가액을 초과하여 주가가 형성된 경위, 기간, 주가 형성에 인위적인 영향력이 개입되었는지 여부, 증권시장 상황 및 그 밖에 주가에 영향을 미칠 수 있는 제반 요소들을 전체적·종합적으로 고려하여 초과수익력으로 인정될 수 있는 부분만을 영업권으로 과세하여야 할 것이고, 이에 대한 입증책임은 과세관청에 있다. 이 사건의 경우, 피고는 소외 1 회사의 초과수익력 보유 여부 및 이를 평가한 액수에 관하여 아무런 입증을 하지 못하였다. 따라서 원고가 회계장부에 계상한 영업권 293,180,303,610원을 자산으로 보아 합병평가차익으로 익금에 산입하고, 감가상각자산으로 손금 추인한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 
 4) 이 사건 처분은 국세기본법 제18조 제3항에 의한 비과세관행 내지 소급과세금지의 원칙에 위배된다. 
 나. 피고의 주장
 1) 합병법인은 합병시 피합병법인의 순자산가액을 초과한 합병대가를 지급하고 합병계약을 체결하였고, 그 차액으로 계산된 영업권은 합병평가차익 및 감가상각의 대상이 되는 자산에 해당한다. 영업권의 피합병법인의 장부가액은 0원이었으므로, 원고가 소외 1 회사 주주들에게 발행한 합병신주의 시가 합계, 즉 합병대가 592,368,777,610원과 소외 1 회사의 순자산 장부가액 299,188,474,000원의 차액인 영업권 293,180,303,610은 합병평가차익으로 익금에 산입되어야 한다. 
 2) 합병당사법인의 합병비율은 주식시장의 시가에 의하여 결정되고, 결국 피합병법인의 시장가치만큼 합병대가가 지급된 것이므로, 합병대가는 피합병법인의 주가에 의한 기업가치 평가액이고, 원고는 주가에 따라 소외 1 회사를 합병하였으므로, 이는 ‘피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우’에 해당된다. 
 3) 1998년 전 법인세법에서는 영업권을 감가상각자산으로 열거만 하고 그 내용을 규정하고 있지 않다가, 1998. 12. 31. 개정된 법인세법 및 동법 시행령은 영업권을 "피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것"으로 규정하게 되었다. 1998년 법인세법 개정 전에는 이월결손금이 있는 피합병법인의 자산과 부채를 장부가액으로 합병하면서 결손금 소멸시효가 도래되는 이월결손금이 향후 감가상각비로 처리되는 조세회피수단으로 이용되었는데, 피합병법인의 가치를 적정한 가액으로 평가하고, 장부가액 합병이 아닌 시가합병으로 발생한 영업권만을 감가상각자산으로 인정하겠다는 취지에서 위 조항을 신설한 것이다. 따라서 합병평가차익을 규정한 구 법인세법 시행령 제12조 제1항과 영업권을 규정한 구 법인세법 시행령 제24조 제4항에서 "자산을 평가하여 승계하는 경우"는 자산을 장부가액이 아닌 현재의 시가의 범위 내에서 평가하여 승계하는 경우인, 시가합병, 즉 매수법에 따른 합병을 의미하는 것이지, 영업권을 그 자체로 개별 평가하여야 하는 것은 아니다.
 4) 영업권은 피합병법인의 허가권, 거래관계, 기타 영업상의 비밀 등으로 구성되는데, 영업권을 객관적으로 평가할 수 있는 개별적인 평가방식은 존재하지 않는다. 따라서 상장법인들이 주식의 시가를 기초로 하여 합병대가에서 피합병법인의 순자산가액을 공제한 금액으로 영업권을 평가하는 것은 시장경제하에서의 영업권을 가장 객관적으로 평가한 것이다. 
 5) 이미 피합병법인의 순자산가액을 초과하여 합병대가를 지급하기로 결정한 합병법인의 의사에는 피합병법인의 영업권이 그 초과금액 만큼의 가치가 있다는 판단이 있었다고 할 것이므로 회계상 영업권은 전부 자산성이 있는 영업권으로 인정되어야 한다. 
 3. 관계 법령 
 별지와 같다. 
 4. 판단 
 가. 원고의 합병 전후의 손익 상황 
 1) □□그룹은 소외 1 회사의 자본잠식 상태가 계속되자, 상대적으로 재무구조가 건전한 원고와의 합병을 추진하였는데, 소외 1 회사의 2001년부터 2006년까지의 손실규모는 〈표1〉과 같고, 같은 기간 동안의 소외 2 회사(반도체총괄 부문에 한함)와 소외 3 회사의 영업손익은 〈표2〉와 같다.
 〈표1〉 2001년부터 2006년까지의 소외 1 회사의 영업손실 (단위: 억 원) 사업연도200120022003200420052006합계 영업손실-1,635-1,675-552-1,019-2,136-1,909-8,926 당기순손실-2,285-1,219-950-2,280-3,197-3,330-13,261 
 〈표2〉 같은 기간 소외 2 회사 및 소외 3 회사의 영업손익 (단위 : 억 원) 회사명200120022003200420052006합계 소외 2 회사6,98438,17436,13974,74854,57750,320260,942 소외 3 회사-12,921-9,403-2,59418,45914,30018,72526,564 
 2) 소외 1 회사의 2006 사업연도 재무제표에 대한 감사보고서에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다. 
 회사의 재무제표는 회사가 계속기업으로서 존속할 것이라는 가정을 전제로 작성되었으므로 회사의 자산과 부채가 정상적인 사업활동과정을 통하여 장부가액이 회수되거나 상환될 수 있다는 가정하에 회계처리되었다. 그러나 회사는 당기에 경상손실이 332,972,000,000원이 발생하였고, 당기말 현재 누적결손금은 343,862,000,000원이며, 유동부채가 유동자산을 169,778,000,000원 초과하고 있어 재무구조 개선이 필요하다. 
 3) 그러나 합병 이후 반도체 부문의 계속적인 결손으로 인하여 원고의 손익은 다음 〈표3〉과 같고, 2012 사업연도 누적결손금은 5,626억 원, 부채비율 및 차입금 의존도는 각 318.52%와 59.17%에 이르게 되었다.
 〈표3〉 합병 이후 원고의 손익 (단위: 억 원) 구분200720082009201020112012합계 영업손익-153-885-1,579-2,813-354-144-5,928 당기순손익-169-2,816-1,764-661-931-321-6,662 
 [인정근거] 앞서 채택한 증거들, 갑 제6 내지 10호증, 갑 제13호증의 각 기재
 나. 합병차익과 합병차손 
 1) 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제17조 제1항 제3호는 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액(합병교부금)과 합병 후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과하는 경우의 그 초과금액을 합병차익으로 정의하면서, 이는 자본거래로 인한 수익이므로 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 즉, 합병차익은 피합병법인 순자산가액 중 자본금으로 이입되지 않은 그 잔액을 의미하므로 그 산식은 다음과 같고, 본질은 주식발행액면초과금이다. 
 ● 합병차익 = 피합병법인의 순자산가액(승계한 자산의 총액 - 승계한 부채의 총액) -(주주에게 교부한 주식의 액면총액 + 합병교부금총액) 
 2) 이에 대하여 합병차손은 상법은 물론이고 법인세법 및 기업회계기준에서도 규정되고 있지 않으나, 일반적으로 합병차익과 반대되는 개념으로, 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액이 피합병법인의 주주에게 지급한 합병교부금과 교부한 합병신주의 액면가액의 합계액(즉, 합병대가)보다 적은 경우 그 차액을 의미하는 것으로 설명되고 있다. 즉, 이에 대한 산식은 다음과 같고, 그 본질은 역시 주식발행액면할인금이다. 
 ● 합병차손 = 합병대가(합병교부금 + 합병신주의 액면총액)-피합병법인으로부터 승계한 순자산가액 
 다. 합병차손과 영업권 
 「기업인수·합병 등에 대한 회계준칙」(이하 ‘결합회계준칙’이라 한다)은 영업권은 매수원가 중 순자산의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분이라고 규정하고 있고, 매수원가의 일부로 발행한 시장성 있는 주식의 공정가액은 발행일의 종가로 한다고 규정하고 있었다[결합회계준칙 §6.(6-3), 2009. 8. 28. 개정되어 매수일의 종가로 한다고 변경되었다]. 위 결합회계준칙상의 영업권은 합병대가를 합병신주의 액면총액으로 보는 합병차손과는 개념에 있어서 차이가 있을 뿐만 아니라, 결합회계준칙의 영업권은 자산을 평가하여 승계하는 매수법(기업합병에 대한 회계처리를 위하여 합병법인에 승계되는 피합병법인의 순자산을 어떻게 평가할 것인가 하는 논의가 있다. 합병을 합병당사회사의 지분의 결합으로 보아 소멸회사의 순자산의 장부가액을 존속회사가 그대로 승계하여야 한다는 지분풀링법, 합병을 소멸회사의 순자산을 매수하는 거래로 인식하는 입장에서 소멸회사의 순자산을 매수시점의 시가로 평가하여 승계하여야 한다는 매수법의 두 가지 견해로 나뉜다)에만 인정되는 반면, 합병차손은 자산을 장부가액으로 승계하는 경우(지분풀링법)에도 인정된다는 점에서 차이가 있으므로 이하에서는 합병차손과 합병대가가 피합병법인의 순자산의 공정가액을 초과하는 부분을 의미하는 결합회계준칙의 영업권(이하 ‘회계상 영업권’이라 한다) 및 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 영업권(이하 ‘세법상 영업권’이라 한다)을 구분한다. 
 라. 구 법인세법상의 합병법인에 대한 합병평가차익에 대한 과세 
 구 법인세법 시행령 제12조 제1항은 피합병법인으로부터 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(합병차익)에 달할 때까지 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 금액을 합병평가차익으로 규정하고 있다. 합병평가차익은 앞서 본 바와 같이 피합병법인로부터 승계한 순자산의 가액에서 자본금증가액을 공제한 액수를 의미하는 합병차익과는 구별되는 개념이다. 
 ● 합병평가차익 = 승계한 자산의 평가가액(시가) - 승계한 자산의 장부가액 
 구 법인세법 제17조 제1항 제5호는 합병차익은 자본거래로 인한 수익으로 보아 익금에 산입하지 않으면서도, 단서 규정에 의하여 합병평가차익을 익금에 산입하고 있는데, 이는 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가증하여 승계한 후 감가상각비 또는 자산처분손실 처리를 하는 경우 소득금액이 감소하게 되므로, 합병시점에서 과세하도록 한 것이다. 다만, 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제1호에 따르면, 합병평가차익은 구 상법 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 합병차익을 초과할 수 없고, 합병에 따른 구 법인세법 80조 제1항에 의한 청산소득의 과세가 있는 경우 이를 공제하도록 되어 있다. 즉, 합병평가차익은 합병차익의 범위 내에서 청산소득을 공제하여 과세한다.
 마. 영업권에 관한 규정 
 1) 결합회계준칙에 따르면 영업권은 매수법에 의한 기업결합의 경우에만 인식되는데, 매수원가(결합회계준칙 §6 가. 매수원가는 다른 회사의 순자산 및 영업활동을 지배하기 위하여 지급하는 현금이나 현금등가물 또는 기타 매수대가의 공정가액을 말한다) 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 순자산의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분이다. 이러한 영업권은 미래에 경제적 효익이 유입될 것으로 기대되는 기간으로 내용연수를 정하여 정액법으로 상각하되, 20년을 초과하지 못한다(결합회계준칙 §9). 즉, 결합회계준칙 상의 영업권은 합병법인이 합병시 피합병법인의 주주에게 합병대가로서 교부하는 합병신주의 발행일 또는 합병기일의 시가(합병교부금이 있는 경우 포함)에서 피합병법인으로부터 승계하는 순자산가액을 공제하는 금액으로 규정하여 차액개념에 의하여 인식하고 있다. 
 ● 회계상 영업권 = 매수원가 - 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산·부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분 
 한편, 이와 반대의 경우, 즉 매수일에 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산·부채의 공정가액 중 매수회사의 지분이 매수원가를 초과하는 경우에는 그 초과액을 부의 영업권으로 계상한다(결합회계준칙 §10). 
 2) 한편, 구 법인세법 시행령 제24조 제1항은 감가상각자산을 규정하면서 제2호 가목에서 영업권을 열거하고 있고, 제4항은 "제1항 제2호 가목의 영업권 중 합병 또는 분할의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다"고, 구 법인세법 시행규칙 제12조는 "위 영업권에는 ① 사업의 양도·양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액, ② 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시등과 관련하여 부담한 기금·입회금등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금등의 금액을 포함하는 것으로 한다"고 규정하고 있다. 
 3) 위와 같은 관련규정들을 종합하면, 기업합병에 있어서 구 법인세법상 영업권으로 인정되는 것은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한정되고 그러한 자산성 있는 영업권에 한하여 이를 감가상각자산으로 보고 있다. 여기서 사업상 가치가 있는 영업권으로 평가받기 위해서는 어떤 기업이 특수한 기술과 사회적 신용 및 거래관계 등 영업상의 기능 내지 특성으로 인하여 동종의 사업을 경영하는 다른 기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치가 있어야 할 것이고, 한 회사가 다른 회사를 흡수합병하여 그 영업상 기능 내지 특성을 흡수함으로써 합병 전의 통상수익보다 높은 초과수익을 갖게 된다면 합병 후 높은 수익률을 가져올 수 있는 피흡수회사의 무형적 가치는 영업권이라 보아 무방하다(대법원 1986. 2. 11. 선고 85누592 판결 등 참조). 
 4) 한편, 자산을 평가하여 승계함으로 인하여 발생한 합병평가차익은 합병 당해 사업연도 익금에 산입되는데, 여기서의 자산은 유형자산뿐만 아니라 무형자산도 해당할 수 있는 것이어서 피합병법인에 무형의 사업상 가치(초과수익력)가 존재하는 경우 합병법인이 그것을 평가하여 승계하였다면 영업권이라는 자산이 평가증되어(피합병법인의 영업권 장부가액은 0원이었으므로) 합병법인에게 승계된 것이므로, 영업권은 동시에 합병평가차익이 된다. 
 바. 판단 
 이러한 법리에 따라 앞서 인정한 사실과 이 사건 변론에 나타난 아래의 제반사정에 비추어 보면, 원고가 합병과정에서 회계장부에 계상한 회계상 영업권 293,180,303,610원은 자산을 평가하여 승계한 세법상 영업권이라고 보기 어렵다. 따라서 원고가 계상한 회계상 영업권 293,180,303,610원의 자산성이 인정됨을 전제로 위 금액을 합병평가차익으로 익금에 산입한 후 감가상각자산으로 손금추인한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 
 1) 상장법인 사이에 합병을 하는 경우에는 상장법인의 합병가액을 당사자가 임의로 정할 수 없고 구 증권거래법 제190조의2, 동 시행령 제84조의7 제1항, 동 시행규칙 제36조의12 제1항에 의하여 합병당사법인의 거래소 주가를 기준으로 합병가액을 산정한 후 그 가액으로 합병비율을 정하도록 강제하고 있어, 합병 당사법인들은 위 법령에 따라 산정된 합병비율로 합병계약을 체결하고, 그에 따라 합병대가를 교부하여야 한다. 
 이와 같이 구 증권거래법 관계법령에서 주권상장법인간 합병의 경우 거래소에서의 주가를 기준으로 합병비율을 정하도록 강제하고 있는 취지는 합병비율이 합병할 각 회사의 일방에게 불리하게 정해지는 경우 그 회사의 주주가 합병 전 회사의 재산에 대하여 가지고 있던 지분비율을 합병 후에 유지할 수 없게 되어 실질적으로 주식의 일부를 상실하게 되는 부당한 결과가 초래되므로, 시장가치가 반영된 거래소 주가를 기준으로 합병비율을 산정토록 함으로써 합병비율의 객관성, 적정성을 보장하여 불공정한 합병을 방지하기 위한 것이지, 피합병법인의 자산가치를 공정하게 평가한 후 이를 반영하여 합병가액을 정하기 위한 것은 아니라 할 것이다. 
 한편, 거래소 주가를 기준으로 합병비율을 정한 후 합병법인이 그 합병비율에 따라 피합병법인의 주주에게 신주를 교부하는 경우 합병법인으로서는 피합병법인의 시장가치에 합당한 합병대가를 모두 지급하는 결과가 되어 사실상 합병법인에게 합병을 통한 손익이 발생할 여지가 없게 된다. 
 그러나 결합회계준칙에 따르면 합병대가를 합병법인의 주식으로 교부하는 경우 그 주식 발행일 또는 합병기일의 종가를 기준으로 합병대가를 산정하여야 하므로 그와 같이 산정된 합병대가가 식별가능한 순자산의 공정가액을 초과한다면 합병에 따른 차손이 발생하여 반드시 그 초과 금액을 회계상 영업권으로 인식하여야 한다. 반면에, 구 법인세법 제17조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제12조 제1항, 구 상법 제459조 제1항 제3호에 의하면 합병차익을 계산함에 있어서 피합병법인의 순자산가액에서 공제할 합병대가를 주주에게 교부한 주식의 시가가 아니라 자본 증가액, 즉 주식의 액면가로 산정하여야 하므로, 실제 피합병법인의 시장가치에 합당한 신주가 교부되었음에도 합병대가로 교부한 주식의 시가가 액면가보다 높을수록 합병차익이 커지게 된다. 또한 주식의 시가가 액면가보다 높은 경우, 합병법인이 합병대가로 피합병법인의 주주들에게 합병법인의 주식을 교부하는 대신에 신주를 시가로 발행한 후 그 대금으로 합병대가를 지급한다면 합병차익이 발생하지 않을 수도 있다. 즉, 익금에 산입되는 합병평가차익은 합병차익의 범위 내에서만 인정되는데, 합병대가의 지급방식(주식 또는 현금으로 교부하는지) 및 합병대가를 주식으로 교부하는 경우 주식의 시가와 액면가의 차이라는 우연한 사정에 따라 합병차익 및 합병평가차익이 결정되므로 부당한 결과를 가져올 수 있다. 이러한 점에 비추어 보면, 구 증권거래법 관계법령에 따라 합병비율을 정한 후 신주를 교부하는 방법으로 상장법인간의 합병이 이루어지는 경우 합병대가에서 순자산의 공정가액을 공제한 금액을 회계상 영업권으로 인식하였다고 하여 이를 곧바로 합병평가차익에 해당한다고 볼 것이 아니라, 합병법인이 그 영업권을 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치로 인정한 후 이를 평가하여 승계하였는지 여부를 엄격히 따져서 합병평가차익에 해당하는지 여부를 판단하여야 할 것이다.
 이 사건의 경우, 합병을 위한 이사회결의일 전일인 2007. 2. 15.을 기준으로 하여 최근 1월간의 평균종가, 최근 1주일간의 평균종가, 최근일의 종가를 산술평균한 가액과 최근일의 종가 중 낮은 금액으로 산정한 금액으로 합병비율 및 그에 따른 합병대가를 정하였다. 따라서 주식시장에서의 시가를 기준으로 결정된 합병대가와의 차액으로 계산된 회계상 영업권 293,180,303,610원은 단순히 회계처리의 기술적 과정에서 발생한 금액에 불과하다.
 2) 또한, 피고의 주장과 같이 ‘피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우’는 매수법에 의한 합병을 의미하므로 영업권을 별도로 평가할 필요는 없다고 본다면, 구 증권거래법 관련규정에 의하여 주가로 평가된 합병대가가 피합병법인의 순자산가액보다 큰 경우에는 항상 과세되어야 하고, 이는 구 법인세법 시행령 제24조 제4항이 "피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다"고 규정하여 영업권의 개념을 제한적으로 규정한 취지에 반한다. 피고가 들고 있는 대법원 2007. 10. 16. 선고 2007두12316 판결 및 대법원 2012. 5. 9. 선고 2012두1044 판결이 결과적으로 합병가액에서 피합병법인의 순자산가액의 공정가액을 공제한 금액을 영업권으로 인정하기는 하였으나, 위 각 판결은 모두 피합병법인이 가지고 있던 허가권, 기술력, 거래 관계 등을 장차 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정한 후 이를 합병 후 얻게 될 수익가치로 환산하거나 자산가치와 수익가치를 가중평균하는 등의 평가를 거쳐 합병대가를 정한 것으로서 그러한 과정을 거침이 없이 오로지 구 증권거래법 관련법령에 따라 정해진 합병비율만으로 합병가액을 산정한 이 사건에 그대로 적용할 수는 없다. 
 3) 특히, 소외 1 회사에게 반도체 제조기술, 설계능력 및 거래선 등의 무형자산이 있었다고 하더라도 주식의 시가를 기준으로 산술적으로 계산된 회계상 영업권이 소외 1 회사의 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치에 대하여 객관적이고 공정한 평가를 거쳐 산정되었다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 소외 1 회사는 이 사건 합병 당시 2001년부터 2006년까지 누적 영업손실이 합계 8,926억 원, 누적 당기순손실이 합계 13,261억 원에 이르는 반면 동종의 사업을 영위하는 다른 기업들은 같은 기간 동안 수익을 올리고 있었던 점 등에 비추어 소외 1 회사에게 영업권으로 인정할 만한 초과수익력이 존재한다고 보기 어렵다. 
 4) 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 문언적 해석상, 피합병법인의 순자산의 공정가액을 초과하는 합병대가 전부가 아니라 그중 자산적 가치가 있는 부분만이 영업권으로 인정되므로, 자산적 가치가 있는 부분이 얼마인지 확인되어야 비로소 그 금액을 세법상 영업권으로 인정하고 동시에 합병평가차익으로 과세할 수 있는데 이 사건의 경우 영업권에 관한 직접적인 인식이나 평가가 없었다. 
 5) 합병비율은 구 증권거래법이 정하는 바에 따라 평가기준일의 기준주가로 산정되는 반면, 회계상 영업권의 합병대가는 합병기일의 시가를 기준으로 산정된다. 반면, 구 법인세법 시행령 제12조 제1항은 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 금액을 합병평가차익으로 규정하고 있는데, 이는 평가기준일을 기준으로 하여 합병평가차익이 산정됨을 전제로 한다. 앞서 채택한 증거들에 의하면, 평가기준일인 2007. 2. 15.부터 합병기일인 2007. 5. 1. 사이에 합병법인인 원고의 주가 상승으로 인하여 합병대가가 약 808억 원 상승한 사실을 인정할 수 있는데, 위 기간 동안의 주가상승액이 소외 1 회사의 평가증된 자산을 구성한다고 보기 어렵다. 
 6) 또한, 상장주식의 가격은 당해 주식 발행법인의 수익 외에도 시장 및 경제 상황, 당해 주식에 대한 수급, 테마 등 주식시장의 일시적인 선호도 등 여러 사유에 의하여 결정된다. 따라서 순자산가액을 초과하여 지급한 합병대가 전부가 초과수익력을 반영하는 영업권이라고 단정하기 어렵다.
 7) 2003년 9월 국세청은 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 규정에 의하여 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등 사업상 가치를 평가하여 감가상각자산으로 계상한 영업권은 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호에서 규정하는 합병평가차익에 포함된다는 유권해석을 처음으로 공표하였다(2003. 9. 27. 서이46012-11717, 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계함에 있어, 구 법인세법시행령 제24조 제4항의 규정에 의하여 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등 사업상 가치를 평가하여 감가상각자산으로 계상한 영업권은 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호에서 규정하는 합병평가차익에 포함된다). 그와 같은 해석 이전에는 영업권이 발생하는 경우에도 합병평가차익으로서 익금에 산입하지 않았을 뿐만 아니라, 그와 같은 유권해석 이후에도 단순히 피합병법인의 순자산가액과 신주교부가액의 차액을 영업권으로 계상한 경우에는 영업권으로 보지 아니한다는 유권해석을 지속적으로 하여 왔다(2005. 11. 15. 서면2팀-1834, "합병법인이 피합병법인의 자산과 부채를 평가하여 승계받은 경우로서 그 자산가액을 초과하는 부채의 가액을 결합회계준칙에 따라 영업권으로 계상한 경우 그 가액은 법인세법 시행령 제24조에 규정된 감가상각자산에 해당되지 아니하는 것으로 합병법인의 합병평가차익을 구성하지 아니하는 것임", 2009. 5. 4.자 법인세과-511, 2009. 3. 12. 법인세과-1020, 2008. 12. 16. 법인세과-4006, "합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계함에 있어서 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 규정에 의하여 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등 사업상가치를 평가하여 대가를 지급하고 감가상각자산으로 계상한 경우에만 영업권에 해당되는 것이며, 단순히 피합병법인의 순자산가액과 신주교부가액의 차액을 영업권으로 계상한 경우에는 이를 영업권으로 보지 아니하는 것임" 등) 
 8) 또한, □□그룹의 계열사인 소외 1 회사가 2006 사업연도에 3,330억 원의 당기순손실을 기록하는 등 자본잠식상태가 되자, 소외 1 회사의 재무구조개선을 위하여 비교적 재무상태가 좋았던 같은 계열사인 원고와 합병을 하였는데, 위와 같은 합병 경위에 비추어 보면, 피합병법인의 순자산가액을 초과하여 합병대가를 지급하기로 결정한 합병법인 원고의 의사에 소외 1 회사의 영업권에 그 만큼의 가치가 있다고 판단하여 그 대가를 지급하였다고 단정하기도 어렵다. 
 5. 결 론 
 원고의 청구는 이유 있어 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 김병수(재판장) 김재령 김정환