법인세경정거부처분취소 (세무, 의정부지방법원)
공포일: 2016.01.19 / 시행일:

【원 고】 대양산업개발 주식회사 (소송대리인 법무법인 해자현 담당변호사 정태수)
【피 고】 고양세무서장
【변론종결】2015. 12. 15.
【주 문】
 1. 피고가 2013. 5. 8. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 109,387,336원의 경정청구 거부처분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 2008. 1.경부터 고양시 일산동구 식사동 334 일원의 고양식사 도시개발사업구역 중 A3블럭, A4블럭, A5블럭 및 E4블럭에서 아파트 및 상가(이하 ‘이 사건 아파트 등’이라 한다)를 신축·분양하는 사업의 시행자이다.
 나. 원고는 이 사건 아파트 등 신축·분양에 관하여 작업진행률과 분양률을 기준으로 수입금액을 산정하여 2009 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
 다. 이 사건 아파트 등의 수분양자들 중 일부가 잔금을 납부하지 않은데다가 벽산건설(주)의 부도로 인하여 2011년경에는 635세대(17.47%)가, 2012년경에는 합계 231세대(6.06%)가, 2013년경에는 합계 426세대(11.80%)가 해당 분양계약을 해제하였다.
 라. 원고는 이러한 분양계약의 해제는 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호의 경정청구 사유에 해당된다고 보아 2013. 3. 29. 피고에게 2009 사업연도 법인세 4,179,105,019원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다.
 마. 피고는 예약매출에 대한 분양수입금액을 작업진행률에 의하여 신고·납부한 이후 분양계약 해약분이 발생된 경우 분양계약일이 속하는 사업연도의 분양률을 재산정하여 분양수입금액과 원가를 경정할 수 없다는 이유로 2013. 5. 8. 원고에게 경정청구 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
 바. 이에 불복하여 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2015. 1. 12. “이 사건 아파트 등에 대한 분양계약 중 2012. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 전까지 해제된 분양계약에 대하여는 당초부터 분양계약이 없었던 것으로 하여 2009 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다”는 결정을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 분양계약이 해제된 경우에는 처음부터 거래 등을 행하지 않았던 것과 같은 상태로 돌아가게 되고, 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 및 같은 법 시행령 제25조의2에서도 이러한 사정을 후발적 경정청구 사유로 정하고 있다. 피고는 분양계약 후인 2012. 2. 2. 신설된 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 시행령’이라 한다) 제69조 제3항에 근거하여 이 사건 처분을 하였으나, 원고는 2009 사업연도 법인세의 경정을 구하고 있는 것이므로 위 규정은 적용될 여지가 없다.
 그럼에도 불구하고 개정 시행령 제69조 제3항을 근거로 하여 내려진 이 사건 처분은 소급과세금지의 원칙 및 조세법률주의를 위반한 것으로서 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 관련 법리
구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임을 받은 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호는 후발적 경정청구사유의 하나로 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때’를 들고 있다. 이러한 후발적 경정청구제도는 납세의무 성립 후 일정한 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 그 취지가 있는 것으로, 개별 세법에 다른 규정이 없는 한 그 적용범위를 제한할 수 없다. 
한편 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아니라 권리가 확정적으로 발생한 때에 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 그 수취가 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 않는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다.
 따라서 법인세에서도 구 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 ‘해제권의 행사나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제’는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 된다.
 2) 이 사건의 경우
 위 법리 및 관련 규정에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정된 법인세법 시행령은 제69조 제3항을 신설하여 “작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다”고 규정하였으나, 위 개정 시행령 부칙 제1조 및 제2조에 의하면 위 제69조 제3항의 규정은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용되는 점, ② 그러나 원고의 법인세 경정청구는 2009 사업연도 법인세의 환급을 구하는 것으로서 위 부칙규정에 따라 개정된 법인세법 시행령 제69조 제3항을 적용할 수는 없는 점, ③ 따라서 이 사건 아파트 등 분양계약의 해제는 구 국세기본법 제45조의2, 국세기본법 시행령 제25조의2에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당하고, 원고는 위 규정에 근거하여 피고에게 법인세의 경정을 청구할 수 있다고 봄이 상당한 점, ④ 만약 피고의 주장과 같이 개정 시행령 부칙 제2조의 ‘2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도’가 납세자가 신고했던 법인세의 당초 사업연도가 아니라 공사계약의 해약일이 있었던 사업연도에만 적용되는 기준이라면, 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 후발적 경정청구제도의 취지를 무시하는 것일 뿐만 아니라, 이미 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립했던 법인세의 해당 사업연도 및 그 해당 사업연도의 수익과 비용의 산정방식이 같았음에도 불구하고 그 이후의 입법에 의하여 공사계약의 해약일이 언제 있었느냐에 따라 후발적 경정청구 사유를 인정하는 범위를 다르게 정함으로써 법인세의 환급에 관하여 불공평한 결과를 초래할 수도 있다는 점에서 사실상 소급과세금지의 원칙을 위반한다고 보이는 점 등을 종합하면, 개정 시행령 제69조 제3항을 근거로 하여 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 박남천(재판장) 김윤희 김윤석