부가가치세부과처분취소 (세무, 대구고등법원)
공포일: 2012.11.02 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 푸드웰 (소송대리인 법무법인 바른 담당변호사 정인진 외 1인)
【피고, 피항소인】 동대구세무서장
【제1심판결】 대구지방법원 2012. 6. 20. 선고 2012구합562 판결
【변론종결】2012. 10. 19.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 기각한다.
 2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2011. 8. 16. 원고에 대하여 한 2010년 1기분 부가가치세의 가산세 65,883,150원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 대구 동구 방촌동 (지번 생략)에서 음·식료품 제조업을 하는 법인으로 2010년 1기분 부가가치세 과세기간(2010. 1. 1. - 2010. 6. 30.) 동안 매출액 24,252,760,933원 중 21,295,100,980원에 대하여 전자세금계산서를 발행하였고, 그 금액을 전자세금계산서 발행분으로 기재하여 2010년 1기분 부가가치세를 신고·납부하였다.
 나. 원고는 2010년 1기 부가가치세 신고기간 동안 위 전자세금계산서 발행금액 21,295,100,980원 중 일부 금액에 대하여는 부가가치세법 제16조 제3항에 따라 지정된 기한 내에 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하였으나 그 나머지 6,588,542,000원에 대하여는 그 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하지 아니하였고, 매출처별 세금계산서합계표도 제출하지 아니하였다.
 다. 피고는 위와 같은 세금계산서 발급명세의 일부 미전송 등의 사실을 확인하고 2011. 8. 16. 원고에 대하여 매출처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하였다는 이유로 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다.) 제22조 제4항 제1호에 의하여 2010년 1기분 부가가치세의 가산세 65,883,150원을 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 8호증, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1 내지 12, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1 내지 24의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 원고의 주장 요지
 법인사업자와 일정 규모 이상의 개인사업자는 조세법령상 의무적으로 전자세금계산서를 발급하여야 하고 일반 세금계산서를 발급할 수 없는데, 전자세금계산서의 발급명세를 미전송한 경우에도 법인사업자의 경우 2010. 12. 31.까지는 가산세 납부의무가 면제되고, 2012. 12. 31.까지는 가산세율이 0.3%이며, 2013. 1. 1.부터 가산세율이 1%이다. 이러한 사정과 전자세금계산서 제도의 입법취지, 입법의 경위 등에 비추어 볼 때 원고와 같이 전자세금계산서를 발급한 사업자가 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송하지 아니한 경우 구 부가가치세법 제22조 제4항 제1호에 의하여 매출처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우에 대한 가산세는 부과할 수 없고, 다만 구 부가가치세법 제22조 제2항 제2호에 의하여 세금계산서 발급명세 미전송에 대한 가산세를 부과하여야 하지만 같은 항 단서에 의하여 법인사업자의 경우 2010. 12. 31.까지 위 가산세 부과규정을 적용할 수 없다. 따라서 피고는 원고가 2010. 12. 31. 이전에 전자세금계산서 전송의무를 불이행한 사실에 대하여 가산세를 부과할 수 없음에도, 이와 다른 전제에서 원고에게 가산세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
 3. 관계법령
 별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.
4. 판단
 가. 구 부가가치세법 제16조 제2항에 의하면, 법인사업자는 대통령령이 정하는 전자적 방법으로 전자세금계산서를 발급하여야 하는데, 다만 2010. 12. 31.까지는 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있고, 같은 조 제3항에 의하면, 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.
구 부가가치세법 제20조 제1항에 의하면, 사업자는 같은 법 제16조 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급한 경우를 포함하여 세금계산서를 발급하였거나 발급받은 경우 매출처별 세금계산서합계표와 매입처별 세금계산서합계표를 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 하는데, 다만 전자세금계산서를 발급하여 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송한 경우에는 그러하지 아니하다.
구 부가가치세법 제22조 제2항 본문 제2호에 의하면, 전자세금계산서를 발급한 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 말의 다음 달 15일까지 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송하지 아니한 경우 그 공급가액의 100분의 1에 해당하는 금액의 가산세를 부과하는데, 다만 법인사업자에 대하여는 위 규정을 2010. 12. 31.까지 적용하지 아니하고, 2011. 1. 1.부터 2012. 12. 31.까지는 1000분의 3의 가산세율을 적용한다.
 또한 구 부가가치세법 제22조 제4항 제1, 2호에 의하면, 제20조 제1항에 따른 매출처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 일부가 적혀있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀있는 경우 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항이 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 부분의 공급가액의 100분의 1에 해당하는 금액의 가산세를 부과한다.
 한편, 구 부가가치세법 제22조 제8항에 의하면, 같은 조 제4항이 적용되는 부분에 대하여는 같은 조 제2항이 적용되지 아니한다.
 나. 살피건대, 앞서 본 구 부가가치세법의 각 조항의 취지 등을 종합해 보면, ① 구 부가가치세법 제20조 제1항 본문에 의하면, 사업자가 제16조 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급한 경우에도 세금계산서합계표를 제출하도록 규정되어 있고, 다만 같은 조항 단서에 의하여, 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송한 경우에 한하여 세금계산서합계표의 제출의무가 면제되도록 규정되어 있으므로, 전자세금계산서를 발급한 사업자라도 세금계산서 발급명세를 미전송한 경우에는 세금계산서합계표 제출의무가 있음이 위 조항의 문언상 명백하고, 이와 달리 원고의 주장과 같이 전자세금계산서를 발급한 사업자의 경우는 세금계산서합계표 제출의무가 없다고 해석하여야 할 아무런 근거를 찾을 수 없는 점, ② 법인사업자인 원고는 2010. 1기분 부가가치세 과세기간 동안 전자세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 일부의 발급명세를 국세청장에게 전송하지 아니하여 그 부분의 세금계산서합계표의 제출의무는 면제되지 아니하는데도 세금계산서합계표도 제출하지 아니하였는바, 구 부가가치세법 제22조 제2항에 따라 전자세금계산서 발급자가 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송하지 아니한 경우의 가산세 규정은 2010. 12. 31.까지는 적용되지 아니하므로, 원고에게 위 조항에 따른 가산세는 부과할 수 없다 할 것이지만, 같은 조 제4항의 세금계산서합계표 미제출로 인한 가산세는 부과할 수밖에 없는 점, ③ 원고는 전자세금계산서를 발급한 자도 세금계산서합계표 미제출에 따른 가산세를 부과받는다면 2010. 12. 31. 또는 2012. 12. 31.까지 전자세금계산서를 발급한 자가 세금계산서 발급명세를 전송하지 아니한 경우 가산세를 면제하거나 감경하도록 한 규정의 의미가 없다고 하나, 위 규정은 2010. 12. 31. 또는 2012. 12. 31.까지 전자계산서를 발급한 자로서 세금계산서합계표는 제출하였으나 세금계산서 발급명세를 전송하지 아니한 경우에는 제22조 제2항에 의하여 부과되어야 할 가산세가 한시적으로 면제 또는 감경된다는 점에서 그 의미가 있는 점(구 부가가치세법의 문리해석상 가산세 감면 시기가 종료된 후에는, 전자세금계산서를 발급한 자는 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송하면 제20조 제1항 단서에 의하여 세금계산서합계표 제출의무도 이행한 것이 되어 아무런 가산세의 제재를 받지 않게 되나, 만약 세금계산서합계표만 제출하고 세금계산서 발급명세를 전송하지 아니하면, 세금계산서합계표 미제출로 인한 제22조 제4항에 따른 가산세의 제재는 받지 않지만, 제22조 제2항에 따른 세금계산서 발급명세 미전송으로 인한 가산세의 제재를 받게 되고, 세금계산서합계표도 제출하지 않고 세금계산서 발급명세도 전송하지 않는 경우에는 제22조 제2항과 제4항의 가산세 조항이 모두 적용될 수 있으나, 같은 조 제8항에 의하여 제2항이 적용되지 않고 제4항만 적용되어 세금계산서합계표 미제출로 인한 가산세만 부과할 수 있다고 봄이 상당하고, 이러한 해석은 전자세금계산서제도의 조기 정착이라는 입법취지에도 부합한다. 다만 이와 같이 해석할 경우, 세금계산서 발급명세 전송의무 불이행에 관한 가산세의 한시적 감면기간이 종료된 이후에는 사업자가 세금계산서 발급명세 전송의무를 이행하였다면, 세금계산서합계표를 제출하지 아니하여도 가산세 납부의무를 부담하지 않게 되고, 그와는 반대로 사업자가 세금계산서 발급명세 전송의무를 이행하지 않았다면, 세금계산서합계표를 제출하였더라도 같은 금액 상당의 가산세 납부의무를 부담하게 된다. 그 결과 위 감면기간 종료 후에는 세금계산서 발급명세 미전송 또는 세금계산서합계표 미제출과 관련한 사업자의 가산세 납부의무 부담 여부는 세금계산서 발급명세의 전송 여부에 따라 결정되고 세금계산서합계표의 제출 여부와는 아무런 관련이 없게 되므로, 전자세금계산서를 발급한 법인 등 사업자의 세금계산서합계표의 제출의무를 규정한 구 부가가치세법 제20조 제1항 및 그 의무 불이행으로 한 가산세 납부의무를 규정한 같은 법 제22조 제4항은 전자세금계산서를 발급하여야 하는 법인 등 사업자에 관하여는 결과적으로 아무런 의미가 없게 되지만, 이는 법률조문의 정리에 관한 표현상의 불비에 기인한 것으로 위와 같은 해석을 배척할 사유가 될 수 없다.), ④ 원고의 주장과 같이 해석하게 되면, 법인사업자의 경우 세금계산서 발급명세를 전송하지 아니하고 세금계산서합계표도 제출하지 아니하는 경우 국세청은 그 거래내역 확인을 위해서 상당한 행정력의 낭비를 초래할 뿐 아니라 세금신고 자체를 축소하여 할 우려가 있음에도, 2010. 12. 31.까지는 그 제재로서 가산세를 전혀 부과할 수 없는 입법의 공백이 생기는 점 등의 사정을 알 수 있으므로, 2010. 12. 31. 이전에 법인사업자로서 전자세금계산서를 발급한 자라 하더라도, 법령상 기한 내에 그 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하지 아니하고 매출처별 세금계산서합계표도 제출하지 아니하는 경우에는 구 부가가치세법 제22조 제4항 제1호에 의한 가산세를 부과할 수 있다고 해석하여야 할 것이다. 
 따라서 원고는 2010. 12. 31. 이전에 전자세금계산서를 발급하였더라도, 그 일부 공급가액에 대한 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하지 아니하고 그 부분의 매출처별 세금계산서합계표도 제출하지 아니한 이상 그 부분에 해당하는 매출처별 세금계산서합계표 미제출에 대한 가산세를 면할 수 없으므로, 같은 취지에서 한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유가 없다.
5. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유가 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고 원고의 항소는 이유가 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 관계 법령 생략]

판사 이기광(재판장) 신안재 정성욱