취득세등부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 1997.01.14 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 주위적 청구를 기각한다.
2. 이 사건 소중 예비적 청구에 관한 부분을 각하한다.
3. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 이 사건 처분의 경위

갑제1호증(법인등기부등본), 갑제2호증(정관), 갑제3호증의 1,2(각 등기부등본), 갑제5호증의 1(매매계약서), 2(건축허가서), 갑제8호증의 1내지9(각 납세고지서), 갑제10호증(공사도급계약서), 을제1호증의 1(취득세조사서), 3(착공신고서), 5(고정자산원장), 을제2호증(취득세조사서), 을제3호증의 1(등록세조사결정서), 2,3(각 월세계약서), 4(건설가계정사본), 5(사용검사필증), 을제4호증의 1(등록세조사결정서), 3(소유권이전등기신청서), 을제5,6호증(각 재산세조사결정서), 을제7내지9호증(각 종합토지세조사결정서)의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면 다음의 각 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.
가. 원고는 1974. 3. 19. 조합원의 예탁금, 출자금 및 적금의 수입, 조합원에 대한 자금대출 등을 사업목적으로 하여 신용협동조합법에 의하여 설립된 신용협동조합으로서, 1992. 7. 9. 조합사무실건물을 신축할 목적으로소외 김성자로부터 서울 도봉구도봉동 619의 10대 180㎡(이하 이 사건 토지라 한다)와 그 지상의 벽돌조 시멘트기와지붕 단층 근린생활시설 및 주택 84.50㎡, 지하실 17.62㎡(이하 기존건물이라 한다)를 대금 272,500,000원에 매수하여 같은해 7. 16. 이에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 경료한 다음, 같은해 12. 24. 피고로부터 이 사건 토지상에 철근콘크리트조 스라브3층 근린생활시설 및 주택 지층 108.0㎡, 1층 88.8㎡, 2층 89.58㎡, 3층 72.78㎡(이하 신축건물이라 한다)를 건축하는 내용의 건축허가를 받고 1993. 7. 19. 소외 임인배에게 그 신축공사를 도급주어 같은해 8. 5. 그 건축공사에 착수하여 같은해 12. 9. 완공하여 준공검사를 받고 같은해 12. 13.부터 위 신축건물중 3층부분을 다른 사람에게 임대하여 오고 있는 한편 1994. 1. 12. 이에 관하여 원고 명의의 소유권보존등기를 경료하였다.
나. 피고는, 원고가 이 사건 토지 및 위 신축건물을 그 고유의 업무에 사용할 목적으로 취득하였다고 보아 각 그 취득에 따르는 취득세를 면제하고 이 사건 토지 및 위 기존건물의 소유권이전등기와 위 신축건물의 소유권보존등기에 따르는 각 등록세도 면제하였다가, 1996. 5. 10. 원고에 대하여 원고가 위 취득일인 1992. 7. 9.부터 1년이 경과하도록 정당한 사유없이 이를 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하였고, 특히 이 사건 토지는 법인의 비업무용토지에 해당하게 되었다는 이유로구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조의3및같은법시행령 제84조의4 제1항의 규정에 의하여 이 사건 토지에 대한 취득세 금 49,050,000원(가산세 8,175,000원 포함)을 추징부과하고,같은법 제128조의2 제1항단서의 규정에 의하여 이 사건 토지 및 위 기존건물에 대한 등록세 금 9,810,000원(가산세 1,635,000원 포함) 및 이에 대한 교육세 금 1,798,500원을 추징부과하고, 위 신축건물중 3층 임대부분에 대하여 위 취득일 또는 소유권보존등기일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로같은법 제110조의3 제1항단서 및 위제128조의2 제1항단서의 규정에 의하여 그 취득에 따르는 취득세 금 943,430원(가산세 157,239원 포함)과 그 소유권보존등기에 따르는 등록세 금 377,370원(가산세 62,895원 포함) 및 이에 대한 교육세 금 69,180원을 추징부과하는 한편, 1994년도의 위 신축건물중 3층 임대부분에 관한 재산세 금 31,460원 및 이에 대한 교육세 금 6,290원, 위 건물전체에 관한 도시계획세 금 122,530원, 공동시설세 금 75,020원 등 합계 금 235,300원, 1995년도의 위 신축건물중 3층 임대부분에 관한 재산세 금 32,530원 및 이에 대한 교육세 금 6,500원, 위 건물전체에 관한 도시계획세 금 128,220원, 공동시설세 금 50,570원 등 합계 금 217,820원, 이 사건 토지에 관한 1993년도의 종합토지세 금 84,760원 및 이에 대한 교육세 16,950원 등 합계 금 101,710원, 이 사건 토지중 위 신축건물 전체에 대한 위 3층 임대부분의 면적비율에 해당하는 부분에 관한 1994년도의 종합토지세 금 25,820원 및 이에 대한 교육세 금 5,160원 등 합계 금 30,980원, 1995년도의 종합토지세 금 31,400원 및 이에 대한 교육세 6,280원 등 합계 금 37,680원을 각 부과하는 처분을 하였다.
2. 먼저 주위적 청구에 관하여 본다.
가. 당사자의 주장

원고는, 원고조합은 천주교도봉동교회의 신자 및 예비신자들을 조합원으로 하여 구성되어 위 교회내에서 조합업무를 수행하여 오던 중 조합사무실을 분리하기로 하여 이 사건 토지와 그 지상의 기존건물을 매수한 후 위 기존건물을 헐고 새로운 조합건물을 건축하기 위하여 1992. 12. 12. 건축추진위원회를 구성하고, 같은해 12. 24. 건축허가를 받고, 조합원들이 이 사건 토지와 위 기존건물에 드나들면서 1993. 5.경까지소외 김용범등 세입자 3인을 퇴거시키고, 같은해 6.경 위 기존건물을 새 조합건물의 건축준비를 위한 임시사무소로 정하고, 같은해 7. 19.소외 임인배와 공사도급계약을 체결하고, 같은해 8. 5. 신축건물의 건축에 착공하여 같은해 12. 9. 준공검사를 마치고 그중 지하층과 1,2층을 조합의 사무실과 회의실로 사용하는 등 이 사건 토지를 조합의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하여 실질적으로 그 고유업무에 직접 사용하여 오고 있는데, 피고는 원고조합이 이 사건 토지를 매수한 1992. 7. 9.부터 1년이 경과한 이후인 1993. 8. 5.에야 그 지상에 신축건물의 건축에 착공하였다 하여구 지방세법 제112조의3및같은법시행령 제84조의4 제1항을 적용하여 이 사건 토지에 대한 취득세를 추징부과하고같은법 제128조의2 제1항을 적용하여 위 토지 및 기존건물의 소유권이전등기에 따르는 등록세를 추징부과하였는 바, 이 사건 과세처분당시인 1996. 5. 10.에는 법체계에 맞지 않는 종전의 비과세대상을 정리하고 각 세목별로 산재되어 있던 감면규정을 통합한 「제5장 과세면제 및 감경」의 규정이 1994. 12. 22.자 법률개정으로 신설되어 시행되고 있었으므로 원고에 대하여 위와 같이 취득세 또는 등록세를 추징하려면 신법우선의 원칙에 의하여 지방세법 제5장 제6절의 공공법인지원을 위한 감면의 규정을 적용하여야 하는데도 피고는 위와 같이 구 지방세법의 규정을 적용하였을 뿐 아니라, 위구 지방세법 제112조의3의 규정은 법인이 토지를 업무용으로 취득하여 사용하여 오다가 어떤 사유로 5년이내에 비업무용으로 전환된 경우나 위장취득의 경우에 적용되는 것이지 법인이 처음부터 업무용으로 취득하여 과세기간에 이르기까지 계속하여 고유업무에 사용하여 오고 있는 경우에는 적용될 수 없는 것이며,같은법시행령 제84조의4 제1항에서 말하는 “1년이내”라 함은 정당한 사유없이 법인이 1년이내에 그 고유업무에 직접 사용하지 않는 기간을 뜻하는 것이어서 위와 같이 원고가 이 사건 토지를 고유업무에 사용할 목적으로 취득한 후 계속하여 고유업무에 직접 사용하여 오고 있는 경우에는 위 조항을 적용할 수 없는 것이므로 이 사건 토지에 대하여 위의 구 지방세법 및 그 시행령의 조항을 들어 취득세를 추징, 중과세한 것은 그 하자가 중대하고도 명백하고, 또 피고가 이 사건 토지 및 그 지상의 기존건물에 대하여 등록세를 추징함에 있어 적용한 앞의구 지방세법 제128조의2 제1항과 위 조항의 적용대상을 정하고 있는같은법 제110조의3은 1994. 12. 31.까지만 효력을 갖는 한시법으로서 이 사건 과세처분당시 이미 실효된 조항인 데다가 위에서 본 바와 같이 원고조합이 고유목적에 사용하기 위하여 취득한 후 계속하여 고유업무에 직접 사용하여 오고 있었으므로 위 조항을 적용하여 한 위 등록세추징 또한 그 하자가 중대하고도 명백하며, 또한 종합토지세에 관하여도 위의 개정된지방세법 제290조 제3항에 “다음 각호의 법인이 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다”고 하면서 그중 하나로 신용협동조합법에 의하여 설립된 신용협동조합을 들고 있을 뿐 면제된 세액을 추징하는 규정은 없고, 구 지방세법에도 종합토지세의 부과, 비과세, 과세면제, 세액감면 등에 관한 규정만 있을 뿐 면제된 종합토지세를 추징하는 규정은 두고 있지 아니함에도 불구하고 피고가 앞에서 본 바와 같이 위 종합토지세의 각 과세기준일 현재 이 사건 토지를 그 고유업무에 직접 사용하여 오고 있는 원고조합에 대하여 종합토지세를 추징한 것이어서 그 하자가 중대하고도 명백하므로 주위적 청구취지기재 각 과세처분의 무효확인을 구한다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 앞의 처분사유 및 적용법조를 들어 위 각 과세처분은 적법하다고 주장한다.
나. 판단

구 지방세법 제110조의3 제1항 제10호및 같은항 단서는 “신용협동조합법에 의하여 설립된 신용협동조합이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하되, 다만 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”고 규정하고 있고,제112조 제2항은 대통령령으로 정하는 법인의 비업무용토지를 취득할 경우의 취득세율은 제1항의 세율(1,000분의 20)의 100분의 750으로 한다고 규정하는 한편같은법시행령 제84조의4 제1항은 “법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”고 규정하고 있으며,제112조의3은 “법인이 토지를 취득한 후 5년이내에 당해 토지가 그 법인의 비업무용토지가 된 경우에는제112조 제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다”고 규정하고 있고,같은법 제128조의2 제1항은 “제110조의3 제1항각호의 법인의 부동산에 관한 등기 또는 등록(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 등기 또는 등록하는 경우를 제외한다)에 대하여는 등록세를 면제하되, 다만 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”고 규정하고 있으며,같은법 제234조의8은 “종합토지세의 과세대상은 지적법에 의한 모든 토지로 한다”고 하는 한편제234조의13 제1항은 “제110조의3 제1항각호의 법인이 종합토지세의 과세기준일 현재 그 고유의 업무에 직접 사용하는 토지(이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 때의 건축물의 부속토지는 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보되,제112조 제2항의 규정에 의한 토지를 제외한다)에 대하여는 종합토지세를 면제한다”, 그후 개정된지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되어 1995. 1. 1.부터 시행된 것) 제234조의8은 “종합토지세의 과세대상은 모든 토지로 한다”고 하는 한편제290조 제3항 제5호는 “신용협동조합법에 의하여 설립된 신용협동조합이 과세기준일 현재 그 고유의 업무에 직접 사용하는 토지에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다”고 각 규정하고 있고, 한편 위구 지방세법 부칙(1991. 12. 14.) 제2조는제110조의3,제128조의2,제234조의13의 개정규정은 1994. 12. 31.까지 적용한다고 규정하고, 위의 개정된지방세법은 제290조 제2항 제9호및 같은항 단서에서 신용협동조합이 그 고유의 업무에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 및 등록세의 면제와 그 추징에 관하여 규정하면서 그 부칙 제6조에서 “이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나, 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 관하여는 종전의 예에 의한다”고 규정하고 있다.
이에 우선 이 사건 토지의 취득에 따른 취득세와 위 토지 및 그 지상의 기존건물의 소유권이전등기에 따른 등록세(교육세 포함, 이하 같다)의 추징의 적법 여부에 관하여 보건대, 위 개정된지방세법 부칙 제6조에 의하면 위 취득세와 등록세의 추징에 있어서는 그 취득 및 소유권이전등기 당시의 지방세법의 규정에 의하여야 할 것임이 명백하므로 피고가 그 추징에 관하여 위의 개정된 지방세법의 규정에 의하지 아니하고 위 구 지방세법의 규정에 의한 데에 어떠한 잘못이 있다고 할 수 없고, 앞에서 본 바와 같이 조합원의 예탁금, 출자금 및 적금의 수입, 조합원에 대한 자금대출 등을 사업목적으로 하는 원고조합이 조합사무실건물을 신축하여 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 후 그 지상에 신축건물에 관한 건축허가를 받거나 기존건물을 철거하기 위하여 그 세입자를 퇴거시키거나, 건축업자와 공사도급계약을 체결하거나 하는 것은 위 토지를 고유의 업무에 사용하기 위한 준비작업에 불과할 뿐이어서 원고조합이 이 사건 토지를 취득한 후 1년이 경과할 때까지 신축건물의 건축공사에 착공조차 하지 아니하였다면 취득후 1년이내에 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당하고, 설령 그 세입자가 기존건물에서 일찍 퇴거하지 아니하는 바람에 1년이내에 건축공사에 착공하지 못하였다 하더라도 이로써 위 토지를 고유의 업무에 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 할 수 없어 이 사건 토지는 당초 원고조합이 그 고유업무에 사용하기 위하여 취득하였다가 비업무용 토지에 해당하게 된 것이라 할 것이므로 피고가 앞의 구 지방세법의 조항에 의하여 위의 취득세와 등록세를 추징한 것은 적법하다 할 것이고, 다음으로 이 사건 토지에 대한 각 종합토지세(교육세 포함, 이하 같다)의 부과의 적법 여부에 관하여 보건대, 앞에서 인정한 사실에 의하면 피고는 위 각 종합토지세의 면제사유가 있어 이를 면제하였다가 추징한 것이 아니라, 1993년도의 종합토지세의 부과기준일인 같은해 6. 1. 현재는 이 사건 토지 전부가 고유업무에 직접 사용되지 아니하고 있었고, 1994년도 및 1995년도의 종합토지세의 각 부과기준일인 각 같은해 6. 1. 현재는 앞의 신축건물중 3층을 임대하고 있음으로써 위 토지중 위 신축건물 전체에 대한 3층 임대부분의 면적비율에 해당하는 부분이 고유업무에 직접 사용되지 않고 있었기 때문에 이를 이유로 각 그에 대한 종합토지세를 부과한 것에 지나지 않음을 알 수 있어 위 부과처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없으므로 원고의 위 주장은 모두 이유없다 할 것이다.
3. 다음으로 이 사건 소중 예비적 청구에 관한 부분의 적법 여부에 관하여 본다.
원고는 이 사건 예비적 청구원인으로서, 원고조합은 앞의 개정된지방세법 제290조 제1항에 신용협동조합이 규정되어 있지 아니하여 위 법조 소정의 법인에 해당하지 않는데도 피고가 위 조항에 의거하여 예비적 청구취지기재 취득세와 등록세의 과세처분을 한 것이어서 이는 위법하고, 설령 위 각 과세처분이 위같은법 제290조 제2항의 추징규정에 근거한 것이라 하더라도 거기에 규정된 “취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니한 경우”에 해당하는지의 여부를 판단함에 있어서는 단순히 월력에 의하여 1년이내인지의 여부만을 따질 것이 아니라 실제 고유업무에 사용하려고 한 것인지 등을 따져 보아야 하는 것인데, 원고조합은 앞의 기존건물의 세입자중 1가구가 명도를 지체하는 바람에 이 사건 토지의 취득일로부터 기산하여 1년에서 19일을 넘겨 신축건물의 공사에 착수하게 된 것일 뿐 당초 고유업무에 사용할 목적을 갖고 있었던 것이어서 위 취득세 및 등록세를 추징하여서는 아니되는데도 피고는 정부의 조세면제의 취지에도 어긋나게 위 취득세와 등록세를 추징한 것이므로 이는 재량권을 일탈한 것으로서 위법하며, 또 위같은법 제290조 제3항은 재산세 및 종합토지세의 면제규정일 뿐 추징규정이 아닌 데다가 원고조합이 위 각 재산세 및 종합토지세의 과세기준일 현재 이 사건 토지를 고유업무에 직접 사용하고 있던 중이어서 예비적 청구취지기재 각 재산세와 종합토지세 및 각 이에 부수되는 도시계획세, 공동시설세, 교육세 등의 과세처분은 위법하므로 위 각 과세처분은 모두 취소되어야 한다고 주장한다.
그러나 원고의 위 주장을 판단하기에 앞서 직권으로 살피건대,행정소송법 제18조 제1항은 행정처분에 대한 취소소송은 법률의 규정에 의하여 당해 처분에 대한 행정심판을 제기할 수 있는 경우에는 이에 대한 재결을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없다고 규정하고 있고,지방세법 제58조 제1항본문 및제3항,제5항은 이 법에 의한 위법 또는 부당한 처분을 받음으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 60일이내에 대통령령으로 정하는 바에 의한 불복의 사유를 구비하여 도세(도세중 공동시설세와 특별시세 및 광역시세중 도시계획세 및 공동시설세를 제외한다)에 있어서는 도지사에게, 시·군세(도세중 공동시설세와 특별시세 및 광역시세중 도시계획세 및 공동시설세를 포함한다)에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 할 수 있고, 위 이의신청에 대한 결정에 불복이 있을 때에는 그 결정의 통지를 받은 날부터 60일이내에 도지사의 결정에 대하여는 내무부장관에게, 시장·군수의 결정에 대하여는 도지사에게 위 이의신청에 준하여 심사의 청구를 할 수 있으며, 도지사의 심사결정에 대하여 불복이 있을 때에는 그가 원하는 경우 행정소송을 제기하기 전에 그 결정의 통지를 받은 날부터 60일이내에 내무부장관에게 다시 그 심사의 청구를 할 수 있다고 규정하고 있고,교육세법시행령 제9조본문은 지방세액에 부과되는 교육세에 대한 이의신청 및 심사청구에 관하여는 지방세법의 예에 의한다고 규정하고 있는데, 원고는 위 각 과세처분고지서를 그무렵 송달받고도 위 이의신청기간이 훨씬 지난 이 사건 변론종결일까지 위 각 과세처분에 대하여 이의신청등 전심절차를 전혀 거치지 아니하였음을 자인하고 있으므로 이 사건 소중 예비적 청구에 관한 부분은 부적법함을 면할 수 없다 할 것이다.
4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 주위적 청구는 이유없어 이를 기각하고, 이 사건 소중 예비적 청구에 관한 부분은 부적법하여 이를 각하하며, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 토지 중 신축건물 전체에 대한 3층 임대부분의 면적비율에 해당하는 부분이 고유업무에 직접 사용되지 않고 있었기에 종합토지세를 부과한 것으로, 부과처분에 어떠한 위법이 없다.2) 예비적 청구는 각 과세처분고지서를 송달받고도 이의신청기간이 훨씬 지난 변론종결일까지 각 과세처분에 대하여 이의신청등 전심절차를 전혀 거치지 아니하였으므로, 예비적 청구에 관한 부분은 부적법함을 면할 수 없다.