지식산업센터의 감면적용 범위 (일반행정, 대법원)
공포일: 2015.05.14 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용은 원고들이 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 모두 살펴보았으나, 상고인들의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 모두 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2015. 1. 21. 선고 2014누55306 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 원고들이 부담한다.
【이 유】

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 설시할 이유는, 원고들이 이 법원에서 특히 강조하거나 되풀이하는 주장에 관한 판단을 아래에서 추가하는 외에는 제1심판결 이유와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
2. 원고들의 주장에 대한 판단

가. 원고들의 주장

이 사건 부칙조항(이하에서 사용하는 약어의 의미는 제1심판결의 그것과 같다.)은 납세의무자를 규정하지 않고 과세물건만을 규정한 조항으로서, ① 이 사건 부칙조항이 ‘제58조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고’라고 표현하지 않고 ‘제58조의2의 개정규정에도 불구하고’라고 표현하고 있는 점, ② 피고의 주장처럼 이 사건 부칙조항을 ‘지식산업센터의 설립승인을 받은 자’가 제3자에게 분양을 하는 경우에만 이 사건 조례에 따라 취득세를 면제하는 것으로 해석하면, 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 직접 점유·사용하거나 제3자에게 임대하는 경우에는 그 취득세를 면제하지 않고 유독 제3자에게 분양을 하는 경우에만 취득세를 면제하는 이유를 합리적으로 설명하지 못하게 되는 점, ③ 지식산업센터를 활성화하기 위하여는 지식산업센터의 설립승인을 받은 자뿐만 아니라 이를 분양받는 수분양자들에게도 조세 혜택을 주는 것이 합당한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부칙조항의 문언적 의미는 지식산업센터의 설립승인을 받은 자뿐만 아니라 구「지방세특례제한법」제58조의2 시행 전에 분양계약이라는 원인행위를 하였던 수분양자들 또는 그로부터 전매한 자들의 취득세도 이 사건 조례에 따라 면제하도록 한 것이라고 보아야 한다.
나. 판단

이 판결이 인용한 제1심판결의 이유에서 채택한 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는바(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조), 이 사건 부칙조항은 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조의2의 규정에도 불구하고 취득세의 면제를 규정한 것으로서 명백히 특혜규정이라 할 것이므로, 이를 엄격하게 해석하는 것이 상당하다고 보이는 점, ② 이 사건 부칙 제5조의2에서는 그 제2항에서 ‘지식산업센터의 설립승인을 받은 자’가 2011년 12월 31일 이전에 취득한 부동산에 대한 재산세 감면에 관하여 규정하고 제3항에서 ‘해당 지식산업센터를 분양받은 입주자’가 2011년 12월 31일 이전에 취득한 부동산에 대한 재산세 감면에 관하여 규정하고 있는바, 이 사건 부칙조항의 문언 형식이 이 사건 부칙 제5조의2와 유사한 점에 비추어 보면, 이 사건 부칙조항은 ‘지식산업센터의 설립승인을 받은 자’가 구 지방세특례제한법 시행 전에 분양한 부동산에 대한 취득세 면제에 관하여만 규정하고 있는 것으로 보이고, 이 사건 부칙조항이 원고의 주장과 같이 단지 과세물건만을 규정한 것으로는 보기 어려운 점, ③ 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 직접 점유·사용하거나 제3자에게 임대하는 경우에 구「지방세특례제한법」제58조의2의 개정규정에도 불구하고 그 취득세를 면제할 것인지의 여부는 입법정책의 문제로서, 구「지방세특례제한법」제58조의2의 시행에 따라 취득세 부담을 지게 되는 지식산업센터의 설립자 중 위 법 시행 전에 지식산업센터를 분양한 경우에만 그 취득세를 면제하는 것은 입법자의 선택에 따른 것으로 보이는 점, ④ 행정안전부는 2012. 1.경 ‘2012년 시행 지방세법령 적용요령’을 인천광역시장을 비롯한 지방자치단체장들에게 시달하였는바, 이에 의하면, 이 사건 부칙조항은 ‘지식산업센터의 설립승인을 받은 자’에 대한 감면 적용특례로서 수분양자는 적용대상이 아닌 것으로 보이는 점,(을 제36호증 제130면) ⑤ 구「지방세특례제한법」제58조의2를 신설한 입법취지는 종전부터 조례로 지방세를 감면받아 오던 지식산업센터에 대하여 지방재정 건전성 강화 차원에서 그 감면 규모를 축소하기 위한 것으로 보이는 점, (갑 제37호증 제4-5면, 제111면) ⑥ 지식산업센터를 분양받은 수분양자가 그에 관한 취득세가 면제될 것이라고 신뢰하고 2011. 12. 31. 이전에 지식산업센터를 최초로 분양받았다고 하더라도, 이 사건 조례에서 분양계약이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지는 않았으므로, 설사 원고들이 이 사건 조례에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도에 이르는 것으로는 볼 수 없는 점 (대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등 참조) 등을 종합하면, 이 사건 부칙조항의 문언적 의미는 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 구「지방세특례제한법」제58조의2 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 그 취득세를 면제하는 것일 뿐, 수분양자 또는 그로부터 전매한 자에 대하여는 적용되지 아니하는 것이라고 보아야 한다. 따라서 원고들의 위 주장은 이유 없다.
3. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 각 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고들의 항소를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-인천지방법원 2014. 6. 12. 선고 2013구합4075 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고들은 000 주식회사로부터 위 회사가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 ‘산업집적활성화법’이라 한다)에 따라 설립승인을 받아 신축한 지식산업센터인 00 00구 00동 000 00스마트밸리를 아래 표와 같이 2011. 12. 31. 이전에 최초로 분양받거나 분양받은 자로부터 전매하여 2011. 12. 31. 이후에 잔금을 지급하였다.
나. 원고들은 피고에게 각 아래표 기재와 같이 취득세의 25%에 상당하는 금액을 납부하였다.
다. 원고들은 2013. 9. 6. 피고에게 분양계약을 2011. 12. 31. 이전에 체결하였으므로 지방세특례제한법 부칙(제11138호, 2011. 12. 31.) 제6조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)에 의하여 취득세가 면제되어야 하므로 위와 같이 납부한 취득세를 반환하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
라. 이에 대하여 피고는 2013. 10. 18. 위 부칙 제6조는 지식산업센터 설립승인을 받은 사업시행자에 대한 감면 적용특례로서 수분양자는 감면대상이 아니라는 이유로 원고들의 위 경정청구를 각 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 36호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 35호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

2011. 12. 31. 이전에는 인천광역시세 부과·징수 및 감면 조례(이하 ‘이 사건 조례’라 한다)에서 지식산업센터를 분양받은 사람에게 취득세를 면제하여 주고 있었고, 2011. 12. 31. 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다)이 개정되면서 지식산업센터를 분양받은 사람에게 취득세를 75% 감경하는 제58조의2가 신설되었으며, 이 사건 부칙조항으로 ‘제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 산업집적활성화법 제28조의4에 따라 지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제’하는 규정이 들어왔다.
① 위 부칙조항은 ‘이 법 시행 전에 분양한 부동산’에 대한 취득세를 면제한다고 규정하고 달리 분양자의 취득세를 면제한다는 것인지, 수분양자의 취득세를 면제한다는 것인지 구분하고 있지 않으며, ② 구「지방세특례제한법」제58조의2는 설립승인을 받은 자(분양자)와 분양받은 입주자(수분양자)의 취득세와 재산세 경감에 관한 규정을 두고 있고, 부칙(제11138호, 2011. 12. 31.) 제5조의 2로 분양자와 수분양자 모두에 대한 재산세 감면의 경과규정을 두고 있으며, 이 사건 부칙조항 문언의 반대해석상 ‘분양 또는 임대한 경우 중 임대한 부동산’에 대하여는 취득세 면제대상에서 제외시키고 있는데, 이는 임대를 한 임차인은 취득세 납세의무를 부담하지 않기 때문이고, 이 사건 부칙조항에서 ‘제58조의2의 개정규정에도 불구하고’ 부분은 제1항(분양자에 대한 취득세 경감규정)과 제2항(수분양자에 대한 취득세 경감규정) 모두를 포함하는 것이며, ③ 이 사건 부칙조항의 취지는 지식산업센터의 분양을 촉진시켜 지식산업센터의 설립을 활성화하기 위한 것이고, 구「지방세특례제한법」제58조의2 시행 전에 분양계약이라는 원인행위가 있었던 경우 위 원인행위 당시에 발생한 취득세 면제에 관한 신뢰를 보호할 필요성은 분양자와 수분양자 사이에 차이가 없으므로, 이 사건 부칙조항은 수분양자에게도 적용된다고 해석하여야 한다.
따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

■ 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.
제4조(조례에 따른 지방세 감면)

① 지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 3년의 기간 이내에서 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제97조의2에서 "지방세 감면"이라 한다)를 할 수 있다. 이 경우 이 법에서 정한 지방세 감면은 추가로 확대할 수 없다.
1. 서민생활 지원, 농어촌 생활환경 개선, 대중교통 확충 지원 등 공익을 위하여 지방세의 감면이 필요하다고 인정될 때

2. 특정지역의 개발, 특정산업ㆍ특정시설의 지원을 위하여 지방세의 감면이 필요하다고 인정될 때

② 지방자치단체는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지방세 감면을 할 수 없다.
1.「지방세법」제13조및 제28조 제2항에 따른 중과세의 배제를 통한 지방세 감면

2.「지방세법」제106조제1항 각 호에 따른 토지에 대한 재산세 과세대상의 구분 전환을 통한 지방세 감면

3. 과세의 형평을 현저하게 침해하거나 국가의 경제시책에 비추어 합당하지 아니한 지방세 감면 등으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 안전행정부장관이 정하여 고시하는 사항

③ 지방자치단체는 지방세 감면을 하려면「지방세기본법」제141조에 따른 지방세심의위원회의 심의를 거쳐 조례로 정하여야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 지방세 감면을 신설 또는 연장하거나 변경하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 조세 관련 전문기관이나 법인 또는 단체에 의뢰하여 감면의 필요성, 성과 및 효율성 등을 분석ㆍ평가하여 심의자료로 활용하여야 한다.
④ 제1항과 제3항에도 불구하고 지방자치단체의 장은 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 특수한 사유로 지방세 감면이 필요하다고 인정되는 자에 대하여는 해당 지방의회의 의결을 얻어 지방세 감면을 할 수 있다.
⑤ 지방자치단체는 지방세 감면에 관한 사항을 정비하여야 하며, 지방자치단체의 장은 정비 결과를 안전행정부장관에게 제출하여야 한다. 이 경우 안전행정부장관은 그 정비 결과를 지방세 감면에 관한 정책 수립 등에 활용할 수 있다.
⑥ 지방자치단체는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 지방세 감면을 하는 경우에는 전전년도 지방세징수 결산액에 대통령령으로 정하는 일정비율을 곱한 규모(이하 이 조에서 "지방세 감면규모"라 한다) 이내에서 조례로 정하여야 한다.
⑦ 지방자치단체는 제6항의 조례에 따라 감면된 지방세액이 지방세 감면규모를 초과한 경우 그 다음 연도의 지방세 감면은 대통령령으로 정하는 바에 따라 축소ㆍ조정된 지방세 감면규모 이내에서 조례로 정할 수 있다. 다만, 지방세 감면규모를 초과하여 정하려는 경우로서 안전행정부장관의 허가를 받아 조례로 정한 지방세 감면에 대하여는 지방세 감면규모 축소ㆍ조정 대상에서 제외한다.
⑧ 제1항에 따른 지방세 감면을 조례로 정하는 경우 제주특별자치도에 대하여는 제2항ㆍ제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.
제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면)

①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
②「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
부칙(제11138호, 2011. 12. 31)

제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제10조 제1항 및 제57조 제3항의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.
다. 법령 개정 경과

1) 이 사건 조례

제90조(지식산업센터 등에 대한 감면)

① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제13호에 따른 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
② 중소기업자가「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
③ 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지 안에서 「중소기업진흥에 관한 법률」제29조에 따라 협동화실천계획의 승인을 얻은 자(참가업체를 포함한다)가 해당 사업에 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 최초로 취득하는 협동화 공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하는 경우와 그 취득일부터 5년 이내에 공장이외의 용도로 양도하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
2) 2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정된 구 지방세특례제한법의 관련 규정

제58조(벤처기업 등에 대한 과세특례)

④ 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제18조의4에 따른 벤처기업육성촉진지구에서 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다.
2. 과세기준일 현재 제1호에 따른 벤처기업육성촉진지구에서 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면)

①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5제1항제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
②「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
3) 부칙(제11138호, 2011. 12. 31.)

제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제10조제1항 및 제57조제3항의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.
제5조의2(벤처기업 등에 대한 재산세 감면에 관한 경과조치) ① 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업이 같은 법 제18조의4에 따른 벤처기업육성촉진지구에서 그 고유업무에 사용하기 위하여 2011년 12월 31일 이전에 취득한 부동산에 대한 재산세 감면에 관하여는 제58조 제4항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 해당 조례에 따른다.
②「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 과세기준일 현재 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대업무에 직접 사용하는 부동산으로서 2011년 12월 31일 이전에 취득한 부동산에 대한 재산세 감면에 관하여는 제58조의2 제1항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 해당 조례에 따른다.
③「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)가 과세기준일 현재 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하는 부동산으로서 2011년 12월 31일 이전에 취득한 부동산에 대한 재산세 감면에 관하여는 제58조의2 제2항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 해당 조례에 따른다.
[본조신설 2012.3.21]

제6조(지식산업센터 등에 대한 감면 적용특례) 제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다.
4) 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법의 관련 규정

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면)

①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5제1항제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.
②「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.
5) 부칙(제12175호, 2014. 1. 1.)

제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제34조 제7항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제3조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
라. 판단

이 사건의 쟁점은 감면 적용특례인 이 사건 부칙조항이 지식산업센터를 설립한 자로부터 최초로 분양받은 입주자에게도 적용되는지 여부라 할 것이므로 이에 관하여 본다.
1) 먼저 이 사건 부칙조항을 해석함에 있어 구 지방세특례제한법 개정 후 신설된 부칙(제11138호, 2011. 12. 31.) 제5조의2와 동일한 선상에서 해석을 하여야 하는지에 대하여 본다.
위 각 관련규정에 의하면, ① 구 지방세특례제한법이 개정되기 이전 적용된 이 사건 조례에 의하면 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 중소기업자가 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여 취득세를 면제하고 있었으나, 재산세 감면 규정을 두고 있지는 아니하였는데, 구 지방세특례제한법이 개정되면서 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 중소기업자가 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여 취득세는 각 75% 면제하고, 재산세에 대하여 각 50%를 감면하는 규정을 둔 점, ② 위 부칙 제5조의2는 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 직접 사용하거나 분양 또는 임대업무에 직접 사용하는 부동산으로서 2011. 12. 31. 이전에 취득한 부동산과 최초로 지식산업센터를 분양받은 입주자가 직접 사용하는 부동산으로서 2011. 12. 31. 이전에 취득한 부동산에 대한 재산세를 일률적으로 면제하여 주는 것이 아니라 종전의 해당 조례에 따르도록 하고 있는데, 위 부칙 제5조의2는 구「지방세특례제한법」제58조의2가 신설되기 이전에 이미 취득하여 종전 조례에 따라 재산세 감면 여부가 결정되던 부동산에 대하여는 그 후에 과세기준일이 도래하는 재산세도 종전의 조례에 의하도록 하는 것으로서 일반적 경과조치를 규정한 점(따라서 이 사건 조례에 의하면 재산세는 면제받을 수 없다), ③ 벤처기업이 벤처기업육성촉진지구에서 그 고유업무에 사용하는 부동산으로서 2011. 12. 31. 이전에 취득한 부동산에 대하여 재산세는 종전의 해당 조례에 따르도록 하고 있으나, 취득세에 관하여는 경과규정 또는 감면 적용특례규정을 두고 있지 아니한 점 등에 비추어보면, 재산세와 취득세에 관하여 동일하게 감면 적용특례규정 내지 경과조치 규정을 두어야 한다거나 지식산업센터 등에 대한 재산세 감면에 관한 경과조치를 규정한 부칙(제11138호, 2011. 12. 31.) 제5조의2와 취득세 감면에 관한 적용특례인 이 사건 부칙조항을 동일선상에 놓고 해석하여야 한다고 보기는 어렵다.
2) 다음으로 이 사건 부칙조항의 문언에 관하여 본다.
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조).
그런데 이 사건 부칙조항은 위 부칙 제5조의2와는 달리 종전의 조례 규정에 따라 감면되는 것이 아니고 해당 부동산에 대하여 종전의 조례규정과 상관없이 취득세를 면제하는 것으로 표제도 ‘지식산업센터 등에 대한 감면 적용특례’로 되어 있어 이는 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 할 것이어서 이러한 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하고, 법문상 ‘지식산업센타의 승인을 받은 자가’가 ‘이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는’이라고 규정하고 있음에도 이를 수분양자에게까지 확대하거나 유추할 수는 없다고 할 것이어서, 이 사건 부칙조항의 문언 상 취득세를 면제하는 납세의무자는 ‘제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인을 받은 자’, 과세물건은 ‘이 법 시행 전에 분양한 부동산’이라고 해석함이 상당하다(지식산업센터에 대한 지방세 감면규정의 신설 과정에서 입법자는 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 제외하고 분양 또는 임대하는 경우로서 2012. 1. 1. 전에 분양한 부동산에 대하여는 취득세를 면제함으로써, 지식산업센터 설립을 활성화하기 위한 취득세 면제 혜택이 존재하는 상태에서 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 예상치 못하게 과다한 취득세 부담을 지게 되는 것을 일부 경감하여 주고자 이 사건 부칙규정을 둔 것으로 보인다).
3) 한편 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없는바(대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등 참조), 지식산업센터를 분양받은 입주자가 취득세가 면제될 것이라고 신뢰하고 2012. 1. 1. 전에 지식산업센터를 최초로 분양받았다고 하더라도, 이 사건 조례에서 장래의 일정 기간 동안 취득세를 면제한다는 것을 규정하지 아니하였던 이상 원고들의 신뢰는 단순한 기대에 불과한 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 부칙조항은 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 2012. 1. 1. 전에 지식산업센터를 분양한 경우에만 적용된다고 봄이 상당하다.
따라서 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다.
3. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.
제4조(조례에 따른 지방세 감면)

① 지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 3년의 기간 이내에서 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제97조의2에서 "지방세 감면"이라 한다)를 할 수 있다. 이 경우 이 법에서 정한 지방세 감면은 추가로 확대할 수 없다.
1. 서민생활 지원, 농어촌 생활환경 개선, 대중교통 확충 지원 등 공익을 위하여 지방세의 감면이 필요하다고 인정될 때

2. 특정지역의 개발, 특정산업ㆍ특정시설의 지원을 위하여 지방세의 감면이 필요하다고 인정될 때

② 지방자치단체는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지방세 감면을 할 수 없다.
1.「지방세법」제13조및 제28조 제2항에 따른 중과세의 배제를 통한 지방세 감면

2.「지방세법」제106조제1항 각 호에 따른 토지에 대한 재산세 과세대상의 구분 전환을 통한 지방세 감면

3. 과세의 형평을 현저하게 침해하거나 국가의 경제시책에 비추어 합당하지 아니한 지방세 감면 등으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 안전행정부장관이 정하여 고시하는 사항

③ 지방자치단체는 지방세 감면을 하려면「지방세기본법」제141조에 따른 지방세심의위원회의 심의를 거쳐 조례로 정하여야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 지방세 감면을 신설 또는 연장하거나 변경하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 조세 관련 전문기관이나 법인 또는 단체에 의뢰하여 감면의 필요성, 성과 및 효율성 등을 분석ㆍ평가하여 심의자료로 활용하여야 한다.
④ 제1항과 제3항에도 불구하고 지방자치단체의 장은 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 특수한 사유로 지방세 감면이 필요하다고 인정되는 자에 대하여는 해당 지방의회의 의결을 얻어 지방세 감면을 할 수 있다.
⑤ 지방자치단체는 지방세 감면에 관한 사항을 정비하여야 하며, 지방자치단체의 장은 정비 결과를 안전행정부장관에게 제출하여야 한다. 이 경우 안전행정부장관은 그 정비 결과를 지방세 감면에 관한 정책 수립 등에 활용할 수 있다.
⑥ 지방자치단체는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 지방세 감면을 하는 경우에는 전전년도 지방세징수 결산액에 대통령령으로 정하는 일정비율을 곱한 규모(이하 이 조에서 "지방세 감면규모"라 한다) 이내에서 조례로 정하여야 한다.
⑦ 지방자치단체는 제6항의 조례에 따라 감면된 지방세액이 지방세 감면규모를 초과한 경우 그 다음 연도의 지방세 감면은 대통령령으로 정하는 바에 따라 축소ㆍ조정된 지방세 감면규모 이내에서 조례로 정할 수 있다. 다만, 지방세 감면규모를 초과하여 정하려는 경우로서 안전행정부장관의 허가를 받아 조례로 정한 지방세 감면에 대하여는 지방세 감면규모 축소ㆍ조정 대상에서 제외한다.
⑧ 제1항에 따른 지방세 감면을 조례로 정하는 경우 제주특별자치도에 대하여는 제2항ㆍ제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.
제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면)

①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
②「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
부칙(제11138호, 2011. 12. 31)

제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제10조 제1항 및 제57조 제3항의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. 끝.

이 사건 조례에서 분양계약이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지는 않았으므로 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도에 이르는 것으로는 볼 수 없고, 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 분양한 부동산에 대하여는 그 취득세를 면제하는 것일 뿐, 수분양자 또는 그로부터 전매한 자에 대하여는 적용되지 않는다.