법인세등부과처분취소 (세무, 대구고등법원)
공포일: 2013.02.22 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 주식회사 포스코 (소송대리인 변호사 백제흠 외 2인)
【피고, 피항소인 겸 항소인】 포항세무서장
【피고, 항소인】 대구지방국세청장 (소송대리인 법무법인 대구종합법률사무소 담당변호사 박진)
【제1심판결】 대구지방법원 2011. 11. 25. 선고 2009구합2513 판결
【변론종결】2012. 11. 23.
【주 문】
 1. 제1심 판결 중 피고 포항세무서장에 대한 부분을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고 포항세무서장이 별지 1 ‘법인세 및 가산세 부과내역’의 ‘처분일’란 기재 각 처분일자에 원고에 대하여 한, ‘법인세 귀속연도 및 부과세액’란 기재 각 법인세 및 가산세의 부과처분 중 ‘이 법원이 인정한 정당한 세액’란 기재 각 세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
 나. 원고의 피고 포항세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다.
 2. 피고 대구지방국세청장의 항소를 기각한다. 
 3. 원고와 피고 포항세무서장 사이에 생긴 소송총비용은 이를 3등분하여 그 1은 원고가, 그 나머지는 피고 포항세무서장이 각 부담하고, 원고와 피고 대구지방국세청장 사이에 생긴 항소비용은 피고 대구지방국세청장이 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고 포항세무서장이 별지 1 ‘법인세 및 가산세 부과내역’의 ‘처분일’란 기재 각 처분일자에 원고에 대하여 한, ‘법인세 귀속연도 및 부과세액’란 기재 각 법인세 및 가산세의 부과처분(소장의 청구취지에는 이 사건 소송의 대상인 처분이 주문 제1항 기재 부과처분의 세액으로부터 원고의 신고세액을 공제한 나머지 세액의 부과처분인 것처럼 기재되어 있으나 이는 착오이고, 이 사건 소송의 대상인 처분은 주문 제1항 기재 부과처분이다.) 중 ‘원고가 주장하는 정당한 세액’란 기재 각 세액을 초과하는 부분(이 초과부분은 소장의 청구취지에 기재된 원고가 취소를 구한 세액과 같다.)을 모두 취소한다. 피고 대구지방국세청장이 2006. 3. 10. 원고에 대하여 한 별지 2 ‘소득금액변동 통지내역’ 기재 각 소득금액변동통지처분을 취소한다.
 2. 항소취지
 가. 원고
 제1심 판결의 피고 포항세무서장에 대한 부분 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고 포항세무서장이 별지 1 ‘법인세 및 가산세 부과내역’의 ‘처분일’란 기재 각 처분일자에 원고에 대하여 한, ‘법인세 귀속연도 및 부과세액’란 기재 각 법인세 및 가산세의 부과처분 중 ‘항소취지상 취소 세액’란 기재 각 세액 부분을 모두 취소한다.
 나. 피고들 
 제1심 판결의 피고 포항세무서장에 대한 부분 중 위 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 위 피고에 대한 청구를 기각한다. 제1심 판결의 피고 대구지방국세청장에 대한 부분을 취소하고, 원고의 위 피고에 대한 청구를 기각한다. 
【이 유】1. 처분 전체의 경위
 가. 원고는 제선, 제강, 압연재 생산 및 판매업을 하는 법인으로 미국, 호주, 캐나다 등에 원고가 100% 출자한 자회사를 두고 있다.
 나. 원고는 피고 포항세무서장(이하 ‘피고 서장’이라 한다.)에게 2000년도 내지 2004년도 귀속 법인세를 다음과 같이 신고하였다.
(단위 : 원)사업연도2000년2001년2002년2003년2004년과세표준2,260,817,797,2551,053,288,322,7471,748,058,932,1822,684,865,200,3964,833,477,823,250신고세액571,958,906,465233,581,266,821389,066,275,857625,609,968,1281,139,456,620,856
 피고 서장이 2006. 3. 10. 아래 다항과 같이 경정부과처분을 하기 전까지 원고가 당초 신고한 과세표준과 세액은 수정신고, 경정 등으로 인하여 아래 표 기재와 같이 변경되었다.
(단위 : 원)사업연도2000년2001년2002년2003년2004년과세표준2,296,086,092,8031,078,826,251,1841,770,357,082,1222,693,195,823,0404,853,344,735,617세액588,031,273,733249,880,747,538400,934,122,990647,994,197,5921,147,622,510,845
 다. 피고 대구지방국세청장(이하 ‘피고 청장’이라 한다.)은 원고에 대하여 2005년도 정기 세무조사를 실시하였다. 피고 서장은 위 세무조사 결과에 따라 원고의 법인세 신고를 부인하고 2000년도 내지 2004년도 귀속 법인세 및 가산세를 아래 표와 같이 산출한 다음, 2006. 3. 10. 종전의 세액과 비교하여 2000 사업연도 법인세 및 가산세를 184,077,185,904원 증액된 772,108,459,637원으로, 2001 사업연도 법인세 및 가산세를 7,162,923,341원 감액된 244,968,199,638원으로, 2002 사업연도 법인세 및 가산세를 15,711,595,016원 감액된 385,222,527,974원으로, 2003 사업연도 법인세 및 가산세를 4,203,226,229원 감액된 643,790,971,347원으로, 2004사업연도 법인세 및 가산세를 22,291,491,186원 증액된 1,169,914,002,031원으로 각 경정하는 부과처분을 하였다(이하 위 각 부과처분을 통틀어 ‘당초처분’이라 한다. 그 이후 조세심판원에 대한 심판청구 이전에 별지 3-2, 3-3, 3-4 구체적 부과처분 경위 기재와 같이 세액의 일부 변경이 있었다.). 
(단위 : 원)구 분2000년2001년2002년2003년2004년소득조정(익금산입)40,957,443,28235,250,218,38333,445,219,54724,424,364,14167,383,167,741소득조정(손금산입)＆#160;1,469,729,195398,496,3841,204,780,9942,025,582,765차가감소득금액40,957,443,28233,780,489,18833,046,723,16323,219,583,14765,357,584,976기부금한도초과부인(추인)171,374,957,735-53,031,183,917-86,105,140,264-32,238,633,554＆#160;각 사업연도 소득금액212,332,401,017-19,250,694,729-53,058,417,101-9,019,050,40765,357,584,976임시투자세액공제부인-33,982,689,655＆#160;＆#160;＆#160;＆#160;연구인력개발세액공제추가＆#160;＆#160;＆#160;2,000,000,000＆#160;가산세90,588,045,264337,374,993-1,533,413,628116,889,3204,121,028,353감면등추가납부세액53,378,700140,271,631147,591,229115,028,045523,914,889고지(환급)세액184,077,185,904-7,162,929,341-15,711,595,016-4,203,226,22922,291,491,186
 또 피고 청장은 위 세무조사결과에 따라 2006. 3. 10. 원고에게, 원고로부터 사외유출된 익금의 귀속자를 원고의 미국 자회사인 Pohang Steel American Corporation(이하 ‘POSAM’이라 한다.)으로 하여 별지 2 ‘소득금액변동 통지내역’ 기재와 같이 소득금액변동 통지처분을 하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 소득처분’이라 한다.).
 라. 원고는 2006. 6. 5. 당초처분과 이 사건 소득처분에 모두 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 당초처분에 대한 원고의 청구를 일부 인용하는 결정과 당초처분 중 2000사업연도 임시투자세액공제 부인액에 대하여는 생산성향상시설세액공제, 특정설비투자세액공제 요건이 충족되는지를 조사·확인한 후 그 결과에 따라 세액공제를 적용하여 세액을 경정하도록 하는 재조사결정을 하고, 당초처분에 대한 나머지 청구와 이 사건 소득처분에 대한 심판청구는 기각하였다.
 마. 피고 서장은 당초처분에 대한 위 심판결정에 따라 2009. 7. 2. 원고에게 별지 3-1 내지 3-5 각 구체적인 부과처분 경위 기재와 같이 법인세과 가산세를 경정부과하는 처분을 하였는데, 그 결과 별지 1 법인세 및 가산세 부과내역의 ‘법인세 귀속연도 및 부과세액’란 기재와 같이 당초처분에 대한 감액 및 증액이 이루어졌다(다만, 2000년도 귀속 법인세 및 가산세는 피고 서장이 2009. 7. 23. 임시투자세액공제 부인액 중 일부를 생산성향상시설 투자세액공제 및 특정설비 투자세액공제를 적용하여 일부 감액경정한 금액이다.). 당초처분과 비교할 때 2000년도, 2004년도 귀속 각 법인세 및 가산세는 감액되었고, 2001년도, 2002년도 및 2003년도 귀속 각 법인세 및 가산세는 증액되었다. 이 사건 소송의 대상은 별지 3-1 내지 3-5 각 구체적인 부과처분 경위 기재와 같이 당초처분 중 감액되고 남은 2000년도, 2004년도 귀속 각 법인세 및 가산세 부과처분과 2009. 7. 2.자로 증액부과된 2001년도, 2002년도 및 2003년도 귀속 각 법인세 및 가산세 부과처분 및 이 사건 소득처분이다.
 바. 원고는 당초처분보다 증액된 경정부과처분에 대하여 별도의 조세심판청구를 하지 않은 채 2009. 9. 9. 이 사건 소를 제기하였다(원고는 앞서 본 바와 같이 당초처분에 대하여는 이미 전심절차를 거쳤고, 원고가 이 사건 소송에서 주장하는 증액경정처분의 위법사유가 당초처분의 그것과 공통되므로 증액경정처분에 대하여 전심절차를 거치지 않고 이 사건 소송을 제기할 수 있다. 대법원 1992. 8. 14. 선고 91누13229 판결 등 참조). 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함, 이하 같다.)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건의 쟁점 및 관련 세액의 구분
 원고가 주장하는 당초처분과 증액경정처분의 위법사유를 기준으로 이 사건의 쟁점을 다음과 같이 나누기로 한다. 각 쟁점과 관련된 세액과 소득금액은 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’에 기재되어 있는데, 연도별, 쟁점별로 구분된 관련 세액의 액수에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.
 가. 원고는, 원고가 1999 사업연도에 투자한 임시투자액을 2000년도 귀속 법인세에서 공제하지 아니하는 것은 위법하다고 주장한다(이하 이 부분 쟁점을 ‘쟁점 1’이라 한다.). 원고의 위 주장이 인용될 경우 별지 4 쟁점별 세액 및 소득 구분표의 각 연도별 ‘쟁점 1’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다.
 나. 원고는, 원고가 미국의 American Metal ＆ Coal International Inc.(이하 ‘AMCI’라 한다.)로부터 캐나다산 석탄을 매입하면서 시가보다 고가로 매입하여 특수관계자인 POSAM에게 이익을 분여하였다고 인정한 것은 위법하고(이하 이 부분 쟁점을 ‘쟁점 2’라 한다.), 따라서 이와 관련한 익금이 사외유출된 것으로 보아 POSAM의 기타소득으로 처분한 것은 위법하다고 주장한다(이하 이 부분 쟁점을 ‘쟁점 9’라 한다). 원고의 위 주장이 인용될 경우 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ‘쟁점 2’란에 기재된 부과세액 및 위 표의 각 연도별 ‘쟁점 9’란에 기재된 소득금액에 대한 소득금액변동통지처분은 취소되어야 한다.
 다. 원고는, 원고가 특수관계자인 POSAM이 AMCI에 대하여 가지는 미국의 Tanoma Coal Company Inc.(이하 ‘TCC’라 한다.)의 발행주식 매매대금채권을 POSAM으로부터 현물배당조로 받아 포기한 것을 POSAM에게 이익을 분여한 것으로 인정하는 것은 위법하고, 따라서 이와 관련한 익금을 POSAM의 기타소득으로 처분한 것은 위법하다고 주장한다(이하 이 부분 쟁점을 ‘쟁점 10’이라 한다.). 원고의 주장이 인용될 경우 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ‘쟁점 10’란에 기재된 소득금액에 대한 소득금액변동통지처분은 취소되어야 한다.
 라. 원고는, 원고가 건설한 포항 및 광양 LNG 발전소의 각 가스터빈과 증기터빈의 각 전력공급개시일을 각 가스터빈과 증기터빈의 각 감가상각개시일로 인정하지 아니한 것은 위법하다고 주장한다(이하 이 부분 쟁점을 ‘쟁점 3’이라 한다.). 원고의 위 주장을 인용할 경우 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ‘쟁점 3’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다.
 마. 원고는, 원고가 호주 자회사인 Pohang Steel Australia Pty Ltd.(이하 ‘POSA’라 한다.)로부터 호주산 석탄을 매입하면서 정상가격보다 고가로 매입하였다고 인정하는 것은 위법하다고 주장한다(이하 이 부분 쟁점을 ‘쟁점 4’라 한다.). 원고의 위 주장을 인용할 경우 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ‘쟁점 4’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다. 
 바. 원고는, 원고가 캐나다 자회사인 Posco Canada Ltd.(이하 ‘POSCAN’이라 한다.)으로부터 캐나다산 석탄을 매입하면서 정상가격보다 고가로 매입하였다고 인정하는 것은 위법하다고 주장한다(이하 이 부분 쟁점을 ‘쟁점 5’라 한다). 원고의 주장을 인용할 경우 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ‘쟁점 5’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다.
 사. 원고는, 원고가 원고의 국외 특수관계자들과 공동으로 Bank of America 은행의 Hong Kong 지점과의 사이에 체결한 ‘Global Cash Management 계약’에 따라 위 은행에 예금한 금액 중 일부를 원고의 국외 특수관계자들에게 지급한 업무무관 가지급금으로 인정하는 것은 위법하다고 주장한다(이하 이 부분 쟁점을 ‘쟁점 6’이라 한다.). 원고의 위 주장을 인용할 경우 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ‘쟁점 6’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다. 
 아. 원고는, 원고가 원고의 국외특수관계자들과 공동으로 Bank of America 은행의 Hong Kong 지점과의 사이에 체결한 ‘Global Cash Management 계약’에 따라 위 은행에 예금한 금액 중 일부는 원고가 원고의 국외 특수관계자들에게 저리로 대출한 금액이라고 인정하고, 그 금액에 대한 정상이자와 원고의 실제 수입금과의 차액을 원고의 익금으로 인정한 것은 위법하다고 주장한다(이하 이 부분 쟁점을 ‘쟁점 7’이라 한다.). 원고의 위 주장을 인용할 경우 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ‘쟁점 7’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다. 
 자. 원고는, 원고가 해외에서 원재료를 구입하면서 원재료 공급자들로부터 수령한 인센티브는 그 수취 사업연도의 취득원가에서 공제할 ‘매입에누리’임에도 불구하고 그 수취 사업연도의 익금에 가산할 ‘판매장려금’으로 인정하는 것은 위법하다고 주장한다(이하 이 부분 쟁점을 ‘쟁점 8’이라 한다.). 원고의 위 주장을 인용할 경우 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ‘쟁점 8’란에 기재된 부과세액은 위법하므로 취소되어야 한다. 
3. 쟁점 1 부과처분 (1999년도 임시투자세액을 2000년도 법인세에서 공제할 수 있는지 여부)
 가. 쟁점 1 부과처분의 경위
 (1) 원고의 사업연도는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지인데, 원고는 LNG발전소 건설 등 사업용 자산을 취득하기 위하여 1999년도에 총 339,826,896,551원(이하 ‘이 사건 임시투자액’이라 한다.)을 투자하였고, 2000년도에 그 투자를 완료하였다. 
 (2) 원고는 2001. 3.경 피고 서장에게 2000년도 귀속 법인세를 신고하면서 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 7003호로 개정되기 전의 것, 이하 모든 ‘조세특례제한법’을 줄여서 ‘조특법’이라 한다.) 제26조 제1항, 구 조특법 시행령(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘1999. 조특법 시행령’이라 한다.) 제23조에 따라 산출한 임시투자세액 33,982,689,655원(= 이 사건 임시투자액 339,826,896,551원 x 10/100, 이하 ‘이 사건 임시투자세액’이라 한다.)을 2000년도 귀속 법인세에서 공제할 것을 신청하고, 이를 공제한 후의 법인세를 신고·납부하였다.
 (3) 피고 서장은 원고에 대한 세무조사 후인 2006. 3. 10. 2000년도 귀속 법인세에서 이 사건 임시투자액에 대한 임시투자세액공제를 부인하고, 임시투자세액공제 부인으로 인하여 감소된 농어촌특별세액을 차감한 다음 원고에게 당초처분으로 2000년도 귀속 법인세 및 가산세를 부과하는 경정처분을 하였다.
 (4) 이에 원고는 이 사건 임시투자세액을 원고의 2000년도 귀속 법인세에서 공제하지 아니한 것은 위법하다고 주장하면서 당초처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 피고 서장이 이 사건 임시투자세액을 2000년도 귀속 법인세에서 공제하지 아니한 것은 적법하다고 하며 그 부분 청구를 기각하면서, 이 사건 임시투자액의 일부가 구 조특법이 정한 생산성향상시설세액공제, 특정설비투자세액공제에 해당하는지 재조사하여 그 결과에 따라 세액공제를 하라는 재조사결정을 하였다. 피고 서장은 위 결정에 따라 이 사건 임시투자액 중 구 조특법 규정에 의한 세액공제요건을 충족하는 금액을 확인한 다음 2009. 7. 23. 그 부분 세액공제를 반영하여 원고의 2000년도 귀속 법인세 및 가산세를 642,575,363,005원으로 감액하는 경정처분을 하였다(이하 당초처분 중 위 감액경정 후 남은 부분으로서 이 사건 임시투자세액의 공제를 거부한 부과처분을 ‘쟁점 1 부과처분’이라 한다.).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 을 제1, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 나. 당사자의 주장
 (1) 원고의 주장 요지
 ① 1999. 조특법 시행령 제23조 제3항에 의하면, 이 사건 임시투자세액은 ‘투자가 완료된 사업연도’인 2000년도 법인세에서 공제할 수 있고, 법령의 부칙 규정은 본칙 규정에 대한 보충적 효력을 지니거나 본칙과 부칙의 규정은 수권법률과 하위법령의 관계와 유사하므로 1999. 조특법 시행령의 부칙 제2조를 해석함에 있어서 같은 시행령의 본칙 제23조 제3항에 반하는 해석을 할 수 없다. ② 1999. 조특법 시행령 부칙 조항은 1999. 12. 31.까지의 투자분에 대하여만 임시투자세액 공제제도가 허용됨을 전제로 한 규정이므로, 그 후 법령의 개정으로 한시법의 적용기간이 연장된 이상 종전의 부칙규정은 실효되어 적용되지 않는다고 해석함이 합리적이다. ③ 2000. 조특법 시행령 제23조 제4항, 제4조 제3항 제3호의 문언상으로도 이 사건 임시투자세액을 2000년도 법인세에서 공제할 수 있음은 분명하다. ④ 이 사건 임시투자세액의 공제 여부는 세법해석상 의의가 있는 등 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 최소한 가산세의 부과는 위법하다. 
 (2) 피고 서장 주장의 요지
 ① 1999. 조특법 시행령 부칙 제2조가 ‘제23조 제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999. 12. 31. 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999. 12. 31.까지 투자한 분에 대하여는 1999. 12. 31. 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조 제3항의 규정을 적용한다.’고 명시한 이상, 1999. 12. 31. 기준으로 투자가 완료되지 아니한 이 사건 임시투자세액은 원고의 1999 사업연도(1999. 1. 1.~ 12. 31.) 귀속 법인세에서 공제하여야 하고 2000 사업연도 귀속 법인세에서는 공제할 수 없다. ② 2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 구 조특법 시행령(이하 ‘2000. 조특법 시행령’이라 한다.) 부칙 제7조가 ‘2000. 1. 1. 현재 투자가 진행 중에 있는 것으로서 1977. 1. 1. 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2000. 1. 1. 이후의 투자분에 대하여도 적용하되’라고 명시하였으므로, 1999년도에 투자가 완료되지 아니한 임시투자액은 2000. 1. 1. 이후 투자분에 한하여 2000년도 법인세에서 공제할 수 있다. ③ 피고들은 원고에 대하여 2000. 1. 1. 이후에도 임시투자세액공제가 가능하다는 취지의 공적 견해를 표명한 사실이 없고, 1999. 조특법 시행령 부칙 규정은 별도로 해석이 필요하지 않을 정도로 명확하므로, 이 사건 임시투자세액 공제가능시기에 대한 착오는 법령의 부지 또는 오해에 의한 것이다. 따라서 원고의 이로 인한 세법상 의무 해태에 정당한 사유가 있다고 할 수는 없으므로, 가산세 부과는 적법하다. 
 다. 관계법령
 별지 5 ‘쟁점 1 관계법령’ 기재와 같다.
 라. 판단
 (1) 이 사건 임시투자세액을 2000년도 귀속 법인세에서 공제할 수 있는지 여부 
 (가) 구 조특법 제26조 제1항, 1999. 조특법 시행령 제23조 제1항, 제2항의 규정에 의하면, 제조업 등을 영위하는 회사는 1999. 12. 31.까지 재정경제부령이 정하는 사업용 자산을 새로이 취득하기 위하여 투자한 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액을 ‘대통령령이 정하는 과세연도’의 법인세에서 공제받고, 여기서 ‘대통령령이 정하는 과세연도’라 함은 1999. 조특법 시행령 제23조 제3항에 의하면 ‘투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도’를 말하는데, 위 시행령 부칙 제2조에 의하면, 제23조 제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999. 12. 31. 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999. 12. 31.까지 투자한 분에 대하여는 1999. 12. 31. 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조 제3항의 규정을 적용하는 것으로 규정하고 있다. 
 이 사건에서 쟁점은 이 사건 임시투자액과 같이 1999. 12. 31. 이전에 투자가 이루어졌으나 1999. 12. 31. 현재 투자(사업용 자산의 취득)가 완료되지 아니한 경우 1999. 12. 31.까지 지출한 임시투자액 관련 세액을 피고 서장의 주장과 같이 반드시 1999년도 귀속 법인세에서 공제하여야 하는지, 원고의 주장과 같이 납세자의 선택에 따라 ‘1999년도 귀속 법인세’ 또는 ‘투자가 완료된 2000년도 귀속 법인세’ 중 어디에서든 공제할 수 있는지의 문제이다.
 (나) 살피건대, 다음과 같은 점에 비추어 볼 때, 이 사건 임시투자액과 같이 1999. 12. 31. 현재 투자(사업용 자산의 취득)가 완료되지 아니하여 2000.에도 투자금을 지출한 경우 1999. 12. 31.까지 지출한 투자액 관련 세액은 반드시 1999년도 귀속 법인세에서 공제하여야 하고 2000년도 귀속 법인세에서 공제할 수는 없다고 해석되므로, 원고의 이 부분 주장은 이유가 없고, 쟁점 1 부과처분 중 법인세 본세 부분은 적법하다.
 ① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 1995. 9. 26. 선고 95누7857 판결 등 참조), 부칙이란 원래 본칙에 부수하여 그 시행기일, 경과적 조치, 그밖에 관련되는 법령의 개폐 등에 관한 사항을 그 내용으로 하고 있는 것인 만큼 본칙과 독립하여 존재할 수 없고 그 본칙에 대한 부수적, 보충적 효력을 지니고 있다(대법원 1985. 10. 22. 선고 85누500 판결 참조).
 ② 임시투자세액을 법인세에서 공제함에 있어서 어느 과세연도의 법인세에서 공제하는지는 1999. 조특법 시행령에 명시되어 있는데, 위 시행령은 제23조 제1항에서 ‘1999. 12. 31.까지 투자한 금액’에 대하여 세액공제를 하도록 정하면서, 제23조 제3항에서 그것을 공제할 법인세의 과세연도는 ‘투자가 이루어지는 과세연도 또는 투자가 완료된 과세연도’라고 정하고, ‘투자가 완료된 과세연도’의 의미에 관하여 부칙 제2조에서 ‘제23조 제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999. 12. 31. 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999. 12. 31.까지 투자한 분에 대하여는 1999. 12. 31. 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조 제3항의 규정을 적용한다.’라고 규정하였다. 따라서 ‘1999. 12. 31.까지 투자한 금액’ 관련 세액에 한하여 투자가 이루어지는 과세연도 이외에 ‘당해 투자의 완료일이 속하는 과세연도’에 공제할 수 있는데, ‘당해 투자의 완료일이 속하는 과세연도’란 원칙적으로는 ‘당해 투자의 실제 완료일이 속하는 과세연도’를 의미하지만, 예외적으로 ‘1999. 12. 31. 현재 투자가 완료되지 아니한 경우’에 한하여는 위 부칙 조항이 보충적으로 적용되어 ‘투자가 완료된 것으로 보는 과세연도’ 즉 ‘1999. 12. 31.이 속하는 과세연도’를 말한다고 해석할 수밖에 없다. 위와 같은 규정형식은 임시투자세액공제제도는 일시적 경기조절을 위해 미리 기간을 정하여 한시적으로 시행하는 제도인데, 시행기간이 종료될 때까지 투자가 완료되지 않은 경우 실제 투자완료시기에 세액 공제를 할 수 있게 하면 이미 실효된 법령에 의한 세액공제가 장기간 경과 후에 이루어질 수도 있는 관계로 생길 수 있는 세무행정의 혼란 등을 방지하기 위해 법 시행기간 이내에 속하는 과세연도에 세액공제를 마칠 수 있도록 법령 적용시기를 명확히 하는 의미에서 제도 시행기간의 종료일을 투자완료일로 의제하는 것으로 규정한 것으로 보인다. 
 ③ 원고는 위와 같이 해석하게 되면 부칙에 의해 본칙 조항이 사문화된다고 하나, 부칙은 본래 본칙의 적용범위 등을 정하는 것으로 본칙과 결합하여 법령의 내용을 이루는 것이라 할 것이고, 실제로 위와 같이 해석하더라도, 임시투자세액 공제가 허용되는 지출시기 도중에 사업연도가 종료하는 법인인 경우 본칙에서 납세자가 공제시기를 선택하게 한 것은 의미가 있다. 예를 들어 사업연도가 9. 1.부터 다음해 8. 31.까지인 법인의 경우 1999. 7. 투자를 개시하여 그 해 12.에 투자가 완료된 경우, 1999. 8. 31.까지 투자한 금액 관련 세액은 위 본칙 조항에 의하여 납세자의 선택에 따라 투자가 이루어지는 과세연도인 1999. 8. 31.이 속하는 과세연도에 공제받을 수도 있고, 그 투자가 완료되는 시기인 1999. 12.이 속하는 과세연도에 공제받을 수도 있게 된다. 
 ④ 법령은 공포한 날로부터 시행하는 것이 원칙이고 그 시행 이전에 이미 법률요건이 완성된 법률관계에 영향을 미치지 않는 것이 원칙이며, 법령을 개정하면서 종전의 부칙규정을 명시적으로 개정, 삭제하거나 이와 모순·저촉되는 규정을 두어 종전 규정을 사실상 실효시키거나 종전 규정을 갈음할 부칙규정을 새로이 두는 등의 특별한 사정이 없는 한 종전의 부칙이 당연히 실효된다고 볼 수는 없으므로, 법령이 개정되었다 하더라도, 원칙적으로 종전 법령 및 부칙의 규정에 따라 이미 발생한 법률효과에 영향을 미칠 수는 없다고 보아야 할 것이다.
개정된 2000. 조특법 시행령 제23조 제1항은 2000. 6. 30.까지 투자한 금액에 대하여’ 공제를 받도록 개정하면서, 위 시행령 부칙 제1조에 의하면, 위 시행령은 공포한 날로부터 시행하고, 공제할 투자금의 범위에 관하여 부칙 제7조에서 ‘제23조 제1항 및 제2항의 개정규정은 2000. 1. 1. 이후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2000. 1. 1. 현재 투자가 진행 중에 있는 것으로서 1977. 1. 1. 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2000. 1. 1. 이후의 투자분에 대하여도 적용하되’라고 규정함으로써 ‘1999. 12. 31.까지 투자한 금액’에 대하여는 2000. 조특법 시행령에 의하여도 공제할 수 없도록 하였으므로, 2000. 조특법 시행령의 개정으로 임시투자세액 공제제도의 적용기간이 2000. 6. 30.까지 투자한 금액으로 연장되었다 하더라도, 종전 부칙규정에 의하여 이미 투자완료시기가 1999. 12. 31.로 의제된, 1999.에 투자하여 그 후 투자가 완료된 금액 관련 세액은 공제시기가 연장될 수 없다고 보아야 할 것이다. 
2000. 조특법 시행령 제23조 제1, 4항에 의하면, 2000. 6. 30.까지의 투자금액은 위 시행령 제4조 제3항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 하여야 하는데, 위 시행령 제4조 제3항에 의하면, ‘투자금액’은 ‘총투자금액에 법인세법 시행령 제69조 제2항의 규정에 의한 작업진행률에 의하여 계산한 금액’(제1호)과 ‘당해 과세연도까지 실제로 지출한 금액’(제2호) 중 큰 금액으로부터 ‘당해 과세연도 이전에 투자세액공제를 받은 투자금액과 투자세액공제제도를 적용받기 전에 투자한 분에 대하여 제1호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 합한 금액’(제3호)을 차감한 금액으로 한다. 한편 위 시행령 부칙 제7조에 의하면, 제23조 제1항의 개정규정은 2000. 1. 1. 이후 최초로 투자를 개시하는 분 또는 2000. 1. 1. 현재 투자가 진행 중에 있는 것으로서 1977. 1. 1. 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2000. 1. 1. 이후의 투자분에 대하여도 적용하도록 규정되어 있으므로, 위 시행령 제4조 제3항을 ‘준용’함에 있어서 2000. 1. 1. 이전의 투자분이 위 시행령 제4조 제3항 1, 2호의 총투자금액 등에 포함된다고 볼 수는 없다. 투자금액 계산에 관하여 위 시행령 제4조 제3항이 ‘준용’되는 경우는, 위 시행령에 의한 임시투자세액공제제도 시행 도중에 사업연도가 종료하는 법인의 경우, 예컨대 사업연도가 3. 1.부터 2. 말인 법인의 경우 2000. 3. 이후 투자한 금액 관련 세액공제에 있어서 위 조항 1, 2호의 금액은 2000. 3. 전후의 금액을 합한 금액으로 보고 그 금액에서 2000. 3. 전에 투자한 금액 관련 세액공제를 받은 경우의 그 투자금액 등 차감하는 경우를 말한다고 해석할 수 있다. 
 (2) 가산세 부과의 적법 여부
 (가) 법인세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의 의무를 부과하면서 그 확보책으로 그 의무이행을 게을리하였을 경우에 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이다. 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법의 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결 등 참조). 
 (나) 이 사건에서 쟁점 1 부과처분 중 가산세 부분의 적법 여부에 관하여 살피건대, 갑 제62, 63, 66호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 1999. 조특법 시행령 제23조 제3항에 의하면, ‘투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도’에 세액공제가 가능한 것으로 규정하여 이 사건 임시투자세액은 투자가 완료된 사업연도인 2000년도 법인세에서 공제할 수 있는 것으로 해석되고, 위 시행령 제23조 제1항에서 임시투자세액공제가 1999. 12. 31.까지 투자하는 금액에 관하여 가능하도록 규정하였다가 그 후 개정된 2000. 조특법 시행령의 시행으로 2000. 6. 30.까지 투자한 금액으로 임시투자세액공제가 가능한 투자시기를 연장하였는데, 개정된 2000. 조특법 시행령 제23조 제4항, 제4조 제3항 제3호의 문언상으로도 당해 과세연도 이전에 투자세액공제를 받지 않은 금액은 당해 과세연도 투자금액에 포함시켜 공제받을 수 있는 것으로 보아 1999.에 투자한 금액도 관련 세액을 2000년도 법인세에서 공제할 수 있는 것으로 해석할 소지가 있는 점, ② 이러한 견지에서 국세청이 2001. 1. 발간한 ‘법인세 신고안내-세무조정 및 신고서 작성요령’ 책자(갑 제62호증)에는 ‘2000 사업연도에 신고할 임시투자 세액공제의 공제금액은 1999년 투자분의 공제율은 10%이며 2000. 1. 1.~2000. 6. 30. 투자분은 7%’라고 기재되어 있고, 국세청이 2001. 3. 발간한 ‘조세특례제한법 해석편람’에는 ‘1999 사업연도에 수입한 사업용 고정자산을 다른 기계와 결합하여 가동하는 경우 2000 사업연도에 공제받을 수 있는가’라는 질의에 대하여 ‘투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 때에는 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 투자가 완료된 과세연도에 세액공제 가능함’이라는 회신(국세청 법인 ***-****-****, 2000. 7. 28.)이 기재되어 있는바, 이는 과세관청에서도 1999. 12. 31.까지 지출한 투자금을 ‘1999 사업연도’가 아니라 ‘2000 사업연도’에 공제할 수 있다는 입장을 취하였던 것으로 볼 수 있는 점, ③ 국세심판원도 2003. 1. 24.자 국심2002서2942 사건(갑 제66호증)에서, 구 조특법 시행령 제23조 제3항에 의하면 납세자는 시설투자에 대한 임시투자세액공제를 신청함에 있어서 시설투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 시설투자가 완료된 과세연도 중에 선택하여 세액공제를 신청할 수 있도록 규정하고 있다는 이유로, 1998. -1999. 시설투자액과 2000 사업연도 투자액 모두에 대하여 공장이 준공된 2000 사업연도에 임시투자세액 공제를 신청한 것은 적법한 세액공제신청이므로, 공장 시설투자액 전부에 대하여 임시투자세액공제를 적용함이 타당하다고 판단하였던 점, ④ 재정경제부 세제실장 및 국세심판원장을 역임한 이종규가 저술한 2001년판 ‘법인세법 해설’(갑 제63호증)에서도, 1999 사업연도에 투자에 착수하여 2000 사업연도에 투자가 완료된 경우의 투자세액공제는 총 투자금액에 대하여 투자완료시점인 2000 사업연도에 일괄하여 공제받거나, 투자한 사업연도인 1999, 2000 사업연도에 각각 나누어 공제받는 방법을 선택할 수 있다고 해석하고 있는 점, 이 사건은 원고가 1999. 12. 31.까지 투자한 금액에 대하여 임시투자세액공제의 적용요건은 모두 충족하나 오직 그 적용시기만이 문제되는 사안으로, 1999 사업연도에 법인세 180억 원 가량을 공제받을 수 있었음에도 국세청 발간 납세 안내책자, 국세청 예규 등에 나타난 견해에 따라 원고 스스로 1년 늦게 임시투자세액공제를 신청한 것인데, 경정청구 기간이 도과한 탓에 1999. 귀속 법인세에서 공제를 받는 것도 불가능하게 되어 본세 약 180억 원에 대한 임시투자세액 공제 자체가 종국적으로 배제된 상태에서 과세관청이 원고에게 거액의 가산세까지 추가로 부과하는 것은 지나치게 가혹한 점 등의 사정을 종합해 보면, 비록 과세관청이 뒤늦게 종전의 입장을 번복하여 이 사건 임시투자세액을 2000 사업연도 법인세에서 공제할 수 없는 것으로 정리하였다 하더라도, 이 사건 임시투자세액을 2000 사업연도 법인세에서 공제할 수 있는지 여부는 법률의 오해나 부지를 넘어서 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자인 원고가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 봄이 상당하다. 
 (다) 따라서 피고서장의 쟁점 1 부과처분 중 가산세 부분은 위법하다.
4. 쟁점 2 부과처분 및 쟁점 9 소득처분(AMCI로부터 캐나다탄을 구입한 거래), 쟁점 10 소득처분(TCC 주식대금채권을 현물배당조로 취득한 후 포기한 거래)
 가. 기초사실
 (1) POSAM은 원고가 100% 출자하여 미국에서 설립한 회사이고, Posco California Corporation(이하 ‘POSCAL’이라 한다.)은 POSAM이 100% 출자한 미국 자회사(원고의 손자회사)이다.
 (2) 원고는 석탄의 안정적인 확보를 위하여 미국 펜실베니아주 소재 타노마 탄광을 개발하려고 1979. POSCAL을 통해 타노마 탄광 개발회사인 Tanoma Coal Company, Inc(이하 ‘TCC’라 한다.)를 설립하였는데 POSCAL이 TCC 발행주식의 100%를 소유하였다.
 (3) POSCAL은 타노마 탄광 개발 후 운영과정에서 자회사인 TCC의 적자가 계속 늘어나자 1988. 5. 31. 미국의 석탄중개회사인 AMCI와의 사이에, POSCAL은 그 소유 TCC 발행주식의 100%를 AMCI에게 미화 4,900만 달러에 양도하고 AMCI는 그 대금을 POSCAL의 모회사인 POSAM에게 20년간 분할하여 지급하기로 하는 주식매도계약(이하 POSAM이 AMCI에 대하여 가지는 위 주식대금 채권을 ‘TCC 주식대금채권’이라 한다.)을 체결하고(갑 제7호증), 그 무렵 TCC 발행주식의 100%를 AMCI에게 인도하였다. 이와 별도로 원고는 그 날 AMCI와의 사이에, 원고가 AMCI로부터 1988.부터 1997.까지는 매년 75만 내지 125만 톤의 미국산 석탄(이하 ‘미국탄’이라 한다.)과 49만 톤의 캐나다산 석탄(이하 이 항에서 ‘캐나다탄’이라 한다.)을 구입하고, 1998.부터 2007.까지는 매년 125만 톤의 미국탄과 45만 톤의 캐나다탄을 구입하기로 하는 20년간의 장기 석탄구매계약을 체결하였는데, 위 계약에 의하면 원고가 구입하는 미국탄의 가격은 일본철강업체 구입가격 또는 원고가 유사한 품질의 미국탄을 AMCI 외 다른 공급사로부터 구입하였을 때 지급하는 가격을 기준으로 하여 쌍방이 협상하여 정하도록 하되, 합의가 이루어지지 않는 경우 중재에 의하여 정하기로 하고, 원고가 구입하는 캐나다탄의 가격은 일본철강업계가 Fording Coal Limited(이하 ‘Fording’이라 한다. Fording은 2003.부터 2008.까지 ‘Elk Valley Coal Partnership’의 지분 60%를 소유하고 위 회사를 지배하였는데 이하 ‘Elk Valley Coal Partnership’도 편의상 ‘Fording’이라 부른다.)로부터 구입하는 석탄의 가격을 기준으로 쌍방이 합의하여 정하기로 하고, 쌍방이 가격을 합의하지 못하는 경우 중재에 의하여 정하기로 약정하였다(갑 제11호증의 1, 2). 
 (4) 원고는 위 석탄구매계약에 따라 AMCI로부터 미국탄과 캐나다탄을 구입하던 중 철강생산 기술의 발달로 고가의 미국탄 대신 저가의 호주산 석탄을 사용하는 것이 가능하게 되자 2001. 더 이상 미국탄을 구입하지 않기 위하여 AMCI와 협상을 시작하였다. 위 협상 도중 AMCI가 TCC 주식대금 중 3차 분할금을 채권자인 POSAM에게 지급하지 않자, POSCAL은 위 주식매도계약을 해지하였다. 이를 계기로 원고, POSAM, POSCAL과 AMCI는 미국법원에 서로를 상대로 소송을 제기하였는데, 그 소송이 진행되던 도중인 2003. 2. 7.경 원고, POSAM, POSCAL과 AMCI와의 사이에 합의(이하 ‘이 사건 소송종결 합의’라 한다.)가 성립되었다. 
 POSAM, POSCAL과 AMCI사이의 합의의 요지는, AMCI는 원고, POSAM 또는 POSCAL에 대하여 TCC 주식대금의 잔금(미화 약 1665만 달러 상당) 지급채무를 면한다는 것으로 구체적인 내용은 다음과 같다.
 POSAM, POSCAL과 AMCI사이의 합의서(갑 제51호증) 제5조 : POSCAL은 본 건 어음(갑 제10호증, AMCI가 TCC 주식대금의 지급을 위해 POSAM에게 작성·교부한 것이다.)을 POSAM에게 양도하였고, POSAM은 원고에게 이를 다시 양도하였으며, 원고는 본 건 어음의 소유자이다. POSAM이나 POSCAL은 본 건 어음상의 AMCI의 채무이행에 대해 어떠한 추가 권리도 갖지 아니하며, AMCI는 원고, POSCAL 또는 POSAM에 본건 어음에 따른 어떠한 추가의무도 부담하지 아니한다.
 원고와 AMCI 사이의 합의의 요지는 ① 원고는 AMCI로부터 캐나다탄을 구입할 의무는 그대로 유지하되, 미국탄을 구입할 의무를 면하고 ② AMCI는 TCC 주식대금의 잔금 지급채무를 면한다는 것으로 구체적인 내용은 다음과 같다.
 원고와 AMCI사이의 합의서(갑 제20호증) 제6조 : 원고는 본 계약 체결에 따라 Nova Coal A.G.(AMCI의 스위스 자회사)에게 원고가 미국탄 판매계약에 따라 소유하는 일체의 권리, 소유권 및 이권을 양도한다. 단, 이는 Nova Coal A.G.가 이러한 양도와 동시에 원고를 미국탄 판매계약상의 일체의 책임으로부터 면제하는 것을 조건으로 한다. 이러한 양도에 따라, 원고는 미국탄 판매계약에 따른 어떠한 추가 의무도 부담하지 아니하며, POSAM이나 POSCAL은 본 건 어음(갑 제10호증) 상의 AMCI의 채무이행에 대한 어떠한 추가 권리도 가지지 아니한다. 
 (5) 이 사건 소송종결 합의의 이행으로, POSCAL은 2003. 2. 12. POSAM에게 TCC 주식대금채권을 양도하였고(갑 제52호증의 1), POSAM은 그 날 원고에게 위 채권을 현물배당 형식으로 양도하였으며(갑 제52호증의 2), 그 후 원고는 그 해 일자불상경 TCC 주식대금채권을 AMCI의 스위스 자회사인 Nova Coal A.G.에게 양도하고, 이를 원고의 대손상각비로 계상하였다가 법인세를 신고하면서 위 대손상각비를 부인함으로써 이에 대한 법인세를 신고납부하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 24, 29, 30, 51, 52, 53, 58, 59호증, 을 제7 내지 24, 50호증의 각 기재, 제1심 증인 소외 1의 증언, 변론 전체의 취지
 나. 처분의 경위
 (1) 쟁점 2 부과처분, 쟁점 9 소득처분
 피고 서장은, AMCI는 아무런 자산가치가 없는 TCC 주식을 원고의 자회사인 POSAM에게 대금을 20년간 분할지급하는 조건으로 매수하였고, 원고는 그 대가로 AMCI로부터 시가보다 높은 가격으로 20년간 석탄을 매수하기로 약정한 것으로 보고, 원고가 2000.부터 2004.까지 직접 Fording으로부터 캐나다탄을 구입하였다면 AMCI가 Fording으로부터 구입한 석탄가격과 동일한 가격으로 구입할 수 있었음에도 불구하고, AMCI가 Fording으로부터 구입한 가격보다 톤당 미화 6달러씩 고가로 AMCI로부터 캐나다탄을 구입함으로써, 위 두 거래가격의 차액 상당의 이익을 특수관계자인 POSAM에게 분여한 것으로 판단하여, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조 부당행위계산부인 규정을 적용하여 위 가격간의 차액 상당을 익금에 산입하여 원고에게 2000년도 내지 2004년도 귀속 법인세 및 가산세를 경정부과하는 처분(이하 ‘쟁점 2 부과처분’이라 한다.)을 하였다. 그 후속처분으로 피고 청장은 원고의 익금 17,229,467,809원(2000년도 3,877,286,268원, 2001년도 2,941,103,738원, 2002년도 4,032,374,192원, 2003년도 2,339,323,348원, 2004년도 4,039,380,263원)이 사외유출되어 특수관계자인 POSAM에게 귀속된 것으로 보아 기타소득으로 처분하고 2006. 3. 10. 원고에게 소득금액변동통지(이하 ‘쟁점 9 소득처분’이라 한다.)를 하였는데, 그 소득금액은 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 연도별 ‘쟁점 9’란에 기재된 금액이다.
 (2) 쟁점 10 소득처분
 피고 청장은, 원고가 AMCI로부터 미국탄을 구입할 의무를 면하는 대가로 POSAM이 AMCI에 대하여 TCC 주식대금 잔금 지급채무를 면제하여 주기로 합의하였으므로 그 무렵 TCC 주식대금채권은 아무런 가치가 없게 되었음에도 불구하고, 원고는 POSAM으로부터 유상(현물배당)으로 TCC 주식대금채권을 이전받아 포기함으로써 특수관계자인 POSAM에게 그 채권액 상당의 이익을 분여한 것으로 판단하고, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2003년도 귀속 익금 19,988,976,772원으로 산입한 다음 위 익금이 원고의 특수관계자인 POSAM에게 귀속된 것으로 보아 기타소득으로 처분하고 2006. 3. 10. 원고에게 소득금액변동통지(이하 ‘쟁점 10 소득처분’이라 한다.)를 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 을 제1 내지 5, 61, 62호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 다. 쟁점 2 부과처분 및 쟁점 9 소득처분의 위법 여부
 (1) 당사자의 주장
 (가) 원고의 주장 요지
 ① 원고와 AMCI와의 석탄구입거래는 국제거래로서 국제조세조정에 관한 법률(이하 ‘국조법’이라 한다.)상 이전가격세제의 적용 여부만이 문제되고, 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 없으며, 법인세법상 부당행위계산부인 규정이 적용된다 하더라도, 법인세법 시행령 제88조 제2항의 제3자를 통한 간접거래가 아니며, 제1항 각 호에서 열거한 유형의 거래 어디에도 해당하지 않는다. ② 원고는 AMCI로부터 시가로 캐나다탄을 공급받았으므로, 원고가 POSAM에 이익을 분여한 바가 없다.
 (나) 피고들의 주장 요지
 ① POSCAL은 자회사인 TCC를 통하여 타노마 탄광에 투자하여 수백억 원의 손실이 발생하였고 탄광폐쇄에 소요되는 비용의 과다로 탄광폐쇄조차 불가능한 상황에서 경제적 가치가 전혀 없는 TCC 주식을 POSCAL의 모회사인 POSAM이 20년간 거액의 대금을 분할지급받는 조건으로 AMCI에게 매도하였다. 위 매매는 AMCI에게 불리한 것이지만, 원고는 석탄 구입과정에서 Fording으로부터 아무런 역할을 하지 않는 AMCI를 경유하여 석탄을 구매하는 외관을 취함으로써 AMCI에게 캐나다탄을 시가보다 톤당 6달러씩 고가로 20년간 구입하기로 하였으므로, 결국 원고는 비특수관계자인 AMCI를 통하여 자회사인 POSAM에게 이익을 분여한 것이다. 따라서 실질과세원칙, 부당행위계산 부인 규정에 의하여 그 이익을 익금에 산입하여 원고에 대한 법인세를 부과하고, POSAM에 대한 기타소득으로 처분한 것은 정당하다. ② 원고와 AMCI의 거래는 2002. 12. 18. 국조법이 개정되어 2003. 1. 1. 시행되기 전인 2000년도 내지 2002년도 귀속 법인세에 대하여는 국조법상 이전가격세제가 적용되지 않는 제3자를 통한 우회적인 자산의 증여에 해당하여 법인세법상 부당행위계산의 부인규정인 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호·제9호, 제2항이 적용되고, 2002. 12. 18. 국조법 이 개정되어 시행된 이후인 2003년도 및 2004년도 귀속 법인세에 대하여는 국조법상 이전가격세제가 적용되지 않는, 대통령령이 정하는 ‘자산의 증여 등’에 해당하여 국조법 제3조 제2항, 구 국조법 시행령 제3조의2 제1호에 따라 법인세법상 부당행위계산의 부인규정인 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호, 제9호, 제2항이 적용된다. 쟁점 9 소득처분에 대하여는 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 1항이 적용된다. 
 (2) 관계법령
 별지 7 ‘쟁점 2, 9, 10 관계법령’ 기재와 같다.
 (3) 판단
 (가) 구 국조법 제3조(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것) 및 현행 국조법 제3조 제1항(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되어 2003. 1. 1. 시행된 것)에 의하면, 국조법은 국세 및 지방세에 관하여 정하고 있는 다른 법률에 우선하여 적용하고, 구 국조법 제4조(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것) 또는 구 국조법 제4조 제1항(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되어 2008. 12. 26 법률 제9266호로 개정되기 전의 것)에 의하면, 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다. 
 한편 국조법 제3조 제2항(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정된 것)이 2003. 1. 1. 시행된 후부터, 국제거래에 대하여는 소득세법 제41조 및 법인세법 제52조의 규정은 이를 적용하지 아니하되, ‘대통령령이 정하는 자산의 증여 등’에 대하여는 그러하지 아니하다. 여기서 ‘대통령령이 정하는 자산의 증여 등’이라 함은 구 국조법 시행령(2006. 8. 24. 대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것) 제3조의2에 의하면, ‘자산의 증여나 채무면제가 있는 경우, 업무와 관련 없는 비용의 지출이 있는 경우, 수익이 없는 자산의 매입 또는 현물출자를 받았거나 당해 자산에 대한 비용을 부담한 경우, 출연금을 대신 부담한 경우, 그 밖의 자본거래로서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각목의 1에 해당하는 경우’를 말한다.
 또한 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 이 항에서 ‘구 법인세법’이라 한다.) 제52조에 의하면, 관할세무서장 등은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(부당행위계산)에 관계없이 ‘시가’를 기준으로 하여 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있고, 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것, 이하 이 항에서 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다.) 제88조 제1항에 의하면, 부당행위계산의 유형으로, 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우(제1호), 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우(제3호), 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우(제9호) 등을 들고 있으며, 같은 조 제2항에 의하면, 제1항의 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다.)에 대하여 적용한다.
 (나) 위 각 관계법령의 규정을 종합해 보면, 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에 있어서 과세당국은 2002. 12. 31.까지는 구 국조법(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것)을 법인세법 등 다른 법률에 우선하여 적용하되, 구 국조법이 적용되지 않는 경우에는 구 법인세법 제52조를 적용하여 특수관계자에 대한 ‘이익분여’ 등을 이유로 ‘시가’를 기준으로 하여 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있고, 국조법 제3조 제2항(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정된 것)이 시행되는 2003. 1. 1.부터는 구 국조법 시행령(2006. 8. 24. 대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것) 제3조의2가 정한 일정한 거래(자산의 증여 등)에 해당하지 아니하는 ‘이익분여’ 등의 행위에 대하여는 구 법인세법 제52조를 적용할 수 없고, 구 국조법 제4조 제1항(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되어 2008. 12. 26 법률 제9266호로 개정되기 전의 것)을 적용하여 ‘정상가격’을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하여야 한다. 
 (다) 위에서 본 바를 바탕으로 우선 2000. 1. 1.부터 2002. 12. 31.까지의 원고의 캐나다탄 구입거래 부분에 관하여 본다.
 피고들은, "원고는 AMCI를 통하여 특수관계자인 POSAM과 거래하였으므로, 이는 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제88조(부당행위계산의 유형 등) 제2항의 ‘특수관계자간의 거래(특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)’에 해당하고, 원고가 AMCI로부터 구입한 캐나다탄의 가격과 시가와의 차액이 원고의 특수관계자인 POSAM에게 지급되도록 함으로써 POSAM에게 이익을 분여하였으므로, 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 및 제9호의 부당행위계산의 유형에 해당한다."는 취지의 주장을 한다.
 살피건대, 피고들의 주장대로 2000. 1. 1.부터 2002. 12. 31.까지의 기간의 거래에는 구 국조법을 적용하지 않고 구 법인세법의 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 있다 하더라도, AMCI가 원고의 특수관계자인 POSAM, POSCAL과의 사이에 POSCAL로부터 TCC 주식을 매수하되 그 대금은 POSAM에게 지급하기로 하는 계약을 체결함과 동시에 원고와의 사이에 원고에게 석탄을 장기간 공급하는 계약을 체결한 사실은 앞서 본 바와 같지만, ① 갑 제5 내지 9호증에 의하면, 위 계약들의 내용은 원고와 POSAM, POSCAL 사이에서 일방적으로 정한 것이 아니라 원고가 AMCI를 포함한 여러 업체와 교섭 후 석탄 대금과 TCC 주식매도대금 등에서 가장 유리한 조건을 제시한 AMCI를 계약대상자로 선정하여 AMCI와 협상을 거쳐 최종 계약조건을 정한 것으로 보이는 점, ② 앞서 본 바와 같이 위 계약들 당시 TCC 주식대금은 확정되었으나 20년간 분할공급받을 석탄의 가격은 향후 공급시마다 별도로 협의하여 정하되 쌍방이 합의에 이르지 못하는 경우 중재에 의하여 정하기로 약정한 점(갑 제11호증의 1, 2) 등에 비추어 볼 때, 원고가 특수관계 없는 AMCI와 실질적 협상을 거쳐 석탄구입거래를 한 것을 가지고 원고가 특수관계 없는 AMCI와의 가장거래를 통하여 특수관계자인 POSAM과 거래한 것으로 볼 수는 없으므로, 위 거래에 대하여 피고들이 구 법인세법 시행령 제88조 제2항을 적용하여 특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 특수관계자 간의 거래라고 본 것은 위법하다고 할 것이다.
 그 뿐만 아니라, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 '시가'에 대한 주장·입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있는 것이므로(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조), 원고가 AMCI로부터 구입한 캐나다탄의 가격이 시가를 초과하였다는 점은 피고들이 입증하여야 할 것인데, ① 을 제10, 11호증에 의하면, 원고가 2003. Fording으로부터 직접 구입한 캐나다탄 중 추가물량 50만 톤의 가격이 같은 연도에 AMCI가 Fording으로부터 구입하여 원고에게 공급한 캐나다탄 45만 톤의 가격보다 톤당 미화 6달러씩 낮은 적이 있었지만, 이는 2003년에 한하여 일부 추가 물량에 대하여 기본가격보다 6달러씩 할인한 가격이고, 위 추가물량 50만 톤 이외에 Fording과의 장기 직계약분 63만 톤 등은 할인 없이 원고가 AMCI로부터 구입한 가격과 같으므로, 위 추가물량 50만 톤에 대한 할인가격이 당시의 캐나다탄 시가라고 단정할 수는 없는 점, ② 갑 제29호증에 의하면, 원고가 Fordindg으로부터 AMCI를 경유하여 공급받은 캐나다탄 가격은 대체로 원고와 Fording과의 직거래분 뿐만 아니라, Balmer, Luscar, L. Creek과의 거래가격과도 동일한 점, ③ 석탄중개회사인 AMCI는 제철회사로서 석탄의 최종 소비자인 원고에 비하여 가격협상력이 우세하므로, AMCI가 Fording으로부터의 구입한 석탄의 가격이 원고가 AMCI로부터 구입한 석탄의 가격보다 낮을 수 있고(갑 제9, 12호증에 의하면, AMCI는 일본의 Nippon Steel, 미국의 USX, LTV, Acme Steel, 한국의 원고 등 전 세계의 주요 철강회사들을 주요 고객으로 두고 있었고, 원고가 1994. Fording으로부터 공급받은 석탄의 가격은 일본철강업체가 공급받은 가격과 동일하였는데, Fording이 당시 AMCI에 공급하는 가격은 이보다 톤당 6달러가 저렴하였다.), 원고가 장기간 Fording으로부터 Fording이 AMCI에 공급한 가격과 같이 Fording과 원고와의 직거래분보다 6달러 할인된 가격으로 석탄을 직접 공급받을 수 있었음을 인정할 만한 자료가 없는 점, ④ 원고는 AMCI와의 계약시 캐나다탄의 가격을 일본철강업계가 Fording으로부터 구입하는 석탄의 가격을 기준으로 쌍방이 합의하여 정하기로 하고, 쌍방이 가격을 합의하지 못하는 경우 중재에 의하여 정하기로 약정하였는데, 갑 제13, 14호증에 의하면, 원고와 Fording과의 1981. 및 1997. 석탄공급계약에서도 일본철강업계에 적용되는 가격을 기준으로 하였던 점, POSCAL이 TCC를 운영할 당시 적자 상태였다고 하더라도 AMCI가 TCC를 인수한 후 2000년까지 타노마 광산을 운영한 사실(갑 제5호증)과 TCC가 보유하고 있었을 광대한 타노마 광산 부지 등을 고려하면, 타노마 광산을 보유한 TCC의 주식이 AMCI에게 전혀 무가치한 자산이라고 단정하기는 어렵고, 을 제7호증에 변론 전체의 취지를 모아 보면, AMCI는 TCC 주식을 매입하는데 발생할 수 있는 손실을 시가보다 6달러 높은 가격에 석탄을 공급함으로써 보전하려 하였다기보다는, TCC 주식을 매입하면서 원고에게 석탄을 시가에 장기적으로 대량 공급함으로써 발생하는 정상적 마진을 기대한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 AMCI로부터 구입한 캐나다탄의 가격이 시가보다 톤당 6달러씩 높다는 점이 입증되었다고 할 수도 없다. 
 따라서 원고가 2000. 1. 1.부터 2002. 12. 31.까지 AMCI로부터의 석탄을 구입한 거래에 구 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인 규정을 적용한다 하더라도, 위 거래는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항의 어느 유형에도 해당하지 아니하므로, 피고들이 위 기간 동안의 거래를 원고가 POSAM에게 ‘이익을 분여’한 것으로 인정한 것은 위법하다.
 (라) 다음으로 2003. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지의 원고의 캐나다탄 구입 거래 부분에 관하여 본다.
 피고들은, "원고가 AMCI로부터 캐나다탄을 고가로 구입하여 AMCI로 하여금 정상가격과의 차액을 원고의 특수관계자인 POSAM에게 지급하도록 함으로써 특수관계자에게 ‘자산을 증여’한 것이므로, 위 거래는 구 국조법 시행령(2006. 8. 24. 대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것) 제3조의2 제1호의 ‘자산의 증여’에 해당한다. 따라서 2003. 1. 1. 이후의 거래에 대하여도 구 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호, 제9호를 적용하였다."는 취지로 주장한다.
 살피건대, 국조법 제3조 제2항이 2003. 1. 1. 시행된 후부터, 국제거래에 대하여는 대통령령이 정하는 자산의 증여 등을 제외하고는 구 법인세법 제52조의 규정은 이를 적용하지 아니하는데, 여기서 ‘자산의 증여 등’이라 함은 구 국조법 시행령(2006. 8. 24. 대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것) 제3조의2에 의하면, ‘자산의 증여나 채무면제가 있는 경우, 업무와 관련 없는 비용의 지출이 있는 경우, 수익이 없는 자산의 매입 또는 현물출자를 받았거나 당해 자산에 대한 비용을 부담한 경우, 출연금을 대신 부담한 경우, 그 밖의 자본거래로서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각목의 1에 해당하는 경우’를 말하므로, 구 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) 제1항 제1호의 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우’, 제3호 중 자산의 무상양도를 제외한 ‘자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우’, 제9호의 ‘그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’는 여기에 해당한다고 할 수 없다(이와 달리 피고들의 주장과 같이 자산을 고가 매입하는 경우까지 시가와의 차액을 ‘증여’하는 것으로 확대해석한다면, 위 시행령 제88조 제1항 각호의 경우를 모두 ‘자산의 증여’로 볼 소지가 있어 위와 같이 국조법 시행령 제3조의2에 규정된 경우 이외에는 법인세법 제52조를 적용하지 않는다는 국조법 제3조 제2항은 아무런 의미가 없게 되므로, 그와 같이 해석할 수는 없다.).
 그러므로 피고들의 주장대로 원고가 AMCI로부터 캐나다탄을 고가로 구입하여 AMCI로 하여금 정상가격과의 차액을 원고의 특수관계자인 POSAM에게 지급하도록 하였다고 하더라도, 이를 ‘자산의 증여 등’으로 볼 수는 없으므로, 이에 대하여 구 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인의 규정을 적용할 수는 없다. 따라서 2003년 이후의 원고와 AMCI 사이의 거래에도 구 법인세법 제52조를 적용할 수 있다는 피고들의 주장은 이유가 없고, 이를 처분의 근거법령으로 한 피고들의 처분은 그 자체로 위법하다.
 그 뿐만 아니라, 가사 위 기간 동안의 거래에 구 법인세법 제52조를 적용할 수 있다고 가정하더라도, 앞서 본 바와 같이 원고와 AMCI와의 거래를 특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 특수관계자간의 거래로 볼 수도 없고, 원고가 캐나다탄을 공급받으면서 AMCI에게 시가를 넘는 금액을 지급함으로써 POSAM에게 ‘이익을 분여’하였다고 볼 수도 없으므로, 피고들이 위 기간 동안의 거래를 원고가 POSAM에게 ‘이익을 분여’한 것으로 인정한 것은 역시 위법하다(이러한 결론은 위 거래에 관하여 국조법을 적용하더라도, AMCI와의 거래조건을 원고와 POSAM이 실질적으로 결정하지 않은 이상 국조법 제7조의 제3자 개입거래에 해당한다고 볼 수 없고, 거래가격이 정상가격을 초과한다고 볼 수도 없으므로 동일하다.). 
 (마) 따라서 쟁점 2 부과처분은 위법하고, 쟁점 2 부과처분이 적법함을 전제로 한 쟁점 9 소득처분 역시 위법하다. 
 라. 쟁점 10 소득처분의 적법 여부
 (1) 당사자의 주장
 (가) 원고의 주장 요지
 ① 원고가 TCC 주식대금채권을 이전받아 포기할 당시에 시행되던 구 국조법 제3조 제2항에 의하면, 위 행위에 대하여는 구 법인세법 제52조 부당행위계산 규정을 적용할 수 없다. ② 원고는 TCC 주식대금채권을 현물배당받아 포기하였지만, 이는 원고에게 이익이 되는 행위이므로 TCC 주식대금채권은 무가치한 것이 아니고, 그 행위로 인하여 원고가 POSAM에게 이익을 분여한 것이 아니다. ③ 원고의 익금에 산입될 금액이 있다 하더라도 국조법상 그 금액은 POSAM에 대한 출자의 증가로서 사내유보되는 것이다. 
 (나) 피고 청장의 주장 요지
 ① POSAM이 TCC 주식대금채권을 포기하기로 합의함으로써 위 채권은 아무런 가치가 없게 되었음에도 불구하고 그 후 원고가 이를 POSAM으로부터 유상(현물배당)으로 이전받아 포기한 것은 특수관계자인 POSAM에게 이익을 분여한 것이므로, TCC 주식대금채권액 상당의 익금을 POSAM에 대한 기타소득으로 처분한 것은 정당하다. ② 원고는 무가치한 채권인 TCC 주식대금채권을 현물배당받아 포기함으로써, 특수관계자인 POSAM에게 이익을 분여하였으므로, 쟁점 10 소득처분의 근거법령은 구 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호, 제9호, 제2항과 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항이다. 
 (2) 관계법령
 별지 7 ‘쟁점 2, 9, 10 관계법령’ 기재와 같다.
 (3) 판단
 앞서 본 바와 같이 2003. 1. 1.부터는 국제거래에 대하여 구 국조법 시행령(2006. 8. 24. 대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것) 제3조의2가 정한 자산의 증여 등의 일정한 거래에 해당하지 아니하는 이익분여 행위에 대하여는 구 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없는데, 원고가 해외 자회사인 POSAM으로부터 TCC 주식대금채권을 현물배당으로 취득하여 이를 AMCI의 자회사에게 양도한 시기는 2003. 이후이고, 이를 위 시행령 제3조의2가 정한 자산의 증여 등에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 이에 대하여 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 원고가 POSAM에게 TCC 주식대금채권 상당액의 이익을 분여하였음을 전제로, 그 금액 상당액의 익금을 POSAM에 대한 기타소득으로 처분한 쟁점 10 소득처분은 그 자체로 위법하다(피고 청장의 주장대로 원고의 POSAM에 대한 이익의 분여가 있고, 그것이 구 국조법 제4조 제1항의 정상가격에 의한 과세조정 대상이 된다고 하더라도, 구 국조법 제9조 제1항과 구 국조법 시행령 제15조 제2호에 의하면, POSAM과 같이 국외 특수관계자가 내국법인인 원고가 출자한 법인에 해당하는 경우에는 내국법인의 익금에 산입되는 금액 중 내국법인에게 반환되지 아니하는 금액은 당해 국외 특수관계자에 대한 출자의 증가로 간주하여 사내유보로 하도록 규정되어 있으므로, 원고의 익금에 산입될 금액은 출자의 증가로서 사내유보되는 것이지 원고에게 원천징수의무가 있는 기타소득으로 처분할 수는 없다.).
 그 뿐만 아니라, 피고 청장의 주장대로 원고가 TCC 주식대금채권을 현물배당받아 포기한 행위에 구 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있다고 가정하더라도, 구 법인세법상 부당행위계산부인은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것인데(대법원 2004. 10. 27. 선고 2003두9893 판결 참조), 앞서 인정한 사실 등에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 수익성이 떨어지는 미국탄을 호주산 석탄으로 대체하기 위하여 AMCI와 협상을 거쳐, 원고가 AMCI로부터 미국탄을 구입할 의무를 면하는 대신, AMCI는 원고, POSAM 및 POSCAL에 대하여 TCC 주식대금 잔금의 지급채무를 면한다는 내용의 이 사건 소송종결 합의에 이르렀고, 원고는 이 사건 소송종결 합의에 따라 POSAM으로부터 TCC 주식대금 채권을 현물배당 받아 AMCI의 자회사 Nova Coal A.G.에게 무상으로 이전한 것인 점, ② 원고와 POSAM은 이 사건 소송종결합의에 의하여 AMCI의 POSAM에 대한 TCC 주식대금 잔금의 지급채무를 면제하여 주기로 약정하였지만, 원고는 TCC 주식대금 채권을 현물배당으로 받아 AMCI의 자회사 Nova Coal A.G.에 양도하는 대가로 AMCI에 대한 미국탄 판매계약상의 일체의 책임을 면제받는 막대한 더 큰 이익을 얻을 수 있었고, 이 사건 소송종결 합의에 따라 TCC 주식대금 채권을 Nova Coal A.G.에 양도할 의무가 있는 원고가 이를 불이행할 경우 AMCI에 손해배상책임을 부담하게 될 것이므로, 원고에게 TCC 주식대금채권이 경제적 가치가 없다고 할 수 없는 점 등을 감안할 때, 원고가 POSAM으로부터 TCC 주식대금채권을 현물배당 형식으로 양수하였다 하더라도 무가치한 재산을 유상으로 취득하였다고 볼 수는 없는 점, ③ 이 사건 소송종결 합의에 의하면, AMCI에 대하여 TCC 주식대금의 지급채무를 면제하여 줄 의무는 POSAM 뿐만 아니라 원고에게도 있으므로, 원고가 TCC 주식대금채권을 포기한 것은 POSAM의 의무를 대신 이행한 것이 아니라 원고 자신의 의무를 이행한 것인 점 등에 비추어 보면, 원고가 POSAM으로부터 TCC 주식대금채권을 현물배당으로 받아 포기한 행위는 원고 자신의 이익을 위한 것으로 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 있는 행위라 할 것이다. 
 따라서 이를 구 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상이 되는 이익 분여 행위라 할 수는 없고, 달리 POSAM이 원고로부터 이익을 분여받았다고 볼 만한 자료도 없으므로, 쟁점 10 소득처분은 위법하다. 
5. 쟁점 3 부과처분 (발전소의 감가상각개시일이 언제인지)
 가. 쟁점 3 부과처분의 경위
 (1) 원고는 자신의 포항공장 및 광양공장에 각 자가전력 생산용 LNG 복합발전소(이하 통틀어 ‘이 사건 발전소들’이라고 하고, 포항공장에 설치된 발전소는 ‘포항발전소’, 광양공장에 설치된 발전소는 ‘광양발전소’라 한다.)를 건설하기로 하고, 주식회사 포스코건설(이하 ‘포스코건설’이라 한다.)에 그 각 건설공사를 도급주어 이 사건 발전소들을 완공하였는데, 착공시부터 최종검사증(Final Acceptance Certificate, 도급인인 원고가 최종검사를 마치고 수급인인 포스코건설에게 교부하는 증서) 교부시까지 소요된 기간은 포항공장의 경우 1999. 2. 21.부터 2003. 9. 19.까지이고, 광양공장의 경우 1997. 3. 15.부터 2001. 12. 5.까지였다. 
 (2) 이 사건 발전소들은 ① 발전소당 각 가스터빈 2기와 증기터빈 1기로 구성되어 있고, ② LNG를 주 연료로 하여 가스터빈에서 1차로 전기를 생산하고(1차 발전), ③ 열효율 향상을 위해 가스터빈에서 배출되는 폐열을 이용하여 배기열(폐열)회수보일러(Heat Recovery Steam Generator) 및 보조기기를 가열하고, 여기에서 발생되는 증기를 증기터빈에 공급하여 추가적으로 전기를 생산(2차 발전)하는 복합발전설비이다. 
 (3) 원고와 포스코건설 사이의 도급계약에 의하여, 원고는 각 터빈별로 예비승인시험(Preliminary Acceptance Test, 이하 ‘PAT’라 한다.)을 완료한 후 포스코건설에게 발전소별로 예비승인증(Preliminary Acceptance Certificate, PAC)을 발급하였다. 원고는 그 후 이 사건 발전소들을 사용하기 위하여 전기사업법에 의하여 관할관청으로부터 사용전 검사를 받았고, 포스코건설에게 발전소별로 최종검사증(Final Acceptance Certificate, 이하 ‘FAC’라고 한다)을 교부하였다. 위 과정을 요약하면 아래 ‘발전소 건설과정표’와 같다.
[발전소 건설과정표]구 분공사착공예비승인시험(PAT) 완료전력공급개시일예비승인증(PAC)발급사용전검사필증수령일최종검사증(FAC) 발급포항LNG 발전소가스터빈 1호기1999.2.21.2000.10.10.2000.10. 1.2001.1.27.2001.7.6.2003.9.19.가스터빈 2호기2000.11.8.2000.11. 1.증기터빈2001. 1.9.2000.12. 1.광양LNG 발전소가스터빈 1호기1997.3.15.2000.1.10.2000.3. 2.2000.11.8.2000.9.5.2001.12.5.가스터빈 2호기2000.1.9.2000.3. 2.증기터빈2000.7.24.2000.3. 2.
 (4) 원고는 2000년도 귀속 법인세 신고를 하면서 감가상각방법으로 반년법을 적용하고 이 사건 발전소들의 각 터빈에서 생산된 전력을 원고의 제철 생산공정에 투입한 전력공급개시일을 각 터빈기의 감가상각개시일로 인정하였는데, 그 개시일은 위 표 기재와 같이 포항발전소의 경우 가스터빈 1호기는 2000. 10., 가스터빈 2호기는 2000. 11., 증기터빈은 2000. 12.이고, 광양발전소의 경우 가스터빈 1, 2호기 및 증기터빈 모두 2000. 3.이다.
 (5) 이에 대하여 피고 서장은 원고와 달리 이 사건 발전소들의 각 터빈별로 감가상각개시일을 인정하지 아니하고, 발전소별로 각 터빈의 예비승인시험인 PAT가 최종적으로 완료된 날을 감가상각개시일로 인정하여(포항발전소의 경우 2001. 1., 광양발전소의 경우 2000. 7.이다.), 원고가 신고한 2000년도 이 사건 발전소들의 감가상각비 중 일부에 해당하는 27,171,083,195원을 부인하고, 이를 전제로 2000년도 귀속 법인세 15,234,813,349원을 부과하였다(이하 ‘쟁점 3 부과처분’이라 한다.).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 35 내지 제40, 46, 60, 67호증, 을 제1, 25 내지 32호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 나. 당사자의 주장
 (1) 원고의 주장 요지
 이 사건 발전소들의 각 터빈은 독립적으로 설치되고 구분이 가능하므로 각 터빈별로 감가상각을 개시할 수 있고, 각 터빈이 안정적인 전력을 생산하여 철강생산설비에 공급하였을 때 발전소의 일부가 완성되어 사업에 사용되었다고 보아야 하므로, 각 터빈의 감가상각개시일은 터빈별로 각 터빈의 전력공급개시일이다.
 (2) 피고 서장의 주장 요지
 이 사건 발전소들은 복합발전설비로 그 곳에 설치된 가스터빈과 증기터빈은 하나의 발전설비이므로 발전소별로 감가상각을 개시하여야 한다. 관계법령에 의하면, 시운전기간에 있는 자산은 건설 중의 자산으로 감가상각재산에 포함되지 아니하고, 이 사건 발전소들의 시운전 기간 중에 일부 터빈이 전력을 생산하였다 하여 발전소의 일부가 완성되었다고 볼 수는 없다. 또한 발전소의 터빈들의 예비승인시험인 PAT가 모두 완료되어야 발전소를 정상적으로 사용할 수 있고 전기사업법에 의하여 발전소에 대한 사용전 검사를 받을 수도 있으므로, 이 사건 발전소별로 각 터빈의 PAT가 최종적으로 완료된 날을 각 터빈의 감가상각개시일로 보아야 한다. 
 다. 관계법령
 별지 8 ‘쟁점 3 관계법령’ 기재와 같다.
 라. 판단
 (1) 인정사실
 (가) 복합발전설비인 이 사건 발전소들의 전력 생산과정은 대체로, LNG 연소 → 가스터빈 기동 → 가스터빈 전력생산 → 폐열 회수 → 증기 생산 → 증기터빈 기동 → 증기터빈 전력생산의 과정을 거친다.
 (나) 일반적인 LNG 발전설비의 PAT 진행과정은, (ㄱ) Firing(점화, 가스터빈을 기동하기 위해 연소기 내에서 연소용 용기와 버너에 LNG를 통입하여 불꽃을 붙이는 것), (ㄴ) Speed-Up {점화 후 전력 생산을 위해 필요한 회전수(약 3,600rpm)까지 속도를 올리기 위해 기동 모터와 함께 속도를 올리는 단계}, (ㄷ) Over Speed Test {발전기가 출력을 내지 않는 상태에서 터빈 보호를 위한 보안장치의 제어 및 전기장치 성능이 터빈 정격회전수(3,600rpm)를 초과한 110% 정도까지 안정적으로 견디는지 확인하고, 이후 터빈 최대회전수가 설비의 안전한계치인 110%를 초과할 경우 터빈보호를 위해 정상적으로 설비가 제대로 정지(trip)되는지 확인하는 단계}, (ㄹ) Syncro Test {계통병입, 발전기가 일정한 조건(속도, 주파수 등)에 이르면 전력계통(발전소 ·변전소 ·송전선을 포함하여 넓은 지역에 걸쳐 있는 전기적인 연계)에 연결되어 생산되는 전력을 사용공장에 송전하여 공급하는 단계}, (ㅁ) Load Swing Test (부하변동시험, 발전기가 출력을 내고 있고 전력계통에 병입되어 있는 상태에서 터빈 및 발전기 출력이 소내 계통의 외란적인 요소에 추종되어 제어되는지를 확인하기 위해 임의의 발전출력 상태에서 발전기 및 터빈추종능력을 발전기가 최대 추종가능한 범위 내에서 변동시켜 안정적인 추종능력 상태를 확인하는 시험), (ㅂ) Load Rejection Test (부하차단시험, 제철소 내 전력계통에 연결된 발전기의 차단기를 정격부하에서 임의적으로 차단기를 동작시켜 제철소 내 전력계통과 분리되어 발전소내 자체 보기전력이 유지되어 안정적으로 가동되어 운전되는지 확인하는 시험), (ㅅ) Base Load Test (정격부하 운전시험, 발전기의 출력을 단계적으로 상승시켜 정격부하 상태에서 연속적으로 24시간 동안 안정적으로 출력이 유지되는지 확인하는 시험)으로 구분된다.
 (다) 일반적으로 전력계통에의 병입단계가 완료되고, 부하변동시험(Load Swing Test) 개시 단계에서 일정 수준의 부하에서도 발전기가 정상적으로 작동됨이 확인되면 100% 부하가 걸리기 이전이라도 그 시점부터 정상적인 전력 공급이 가능하다.
 (라) 포항발전소는 발전소 건설과정표 기재와 같이 1999. 2. 21. 공사에 착공한 후 PAT 중 각 가스터빈별로 부하변동시험이 시작된 2000. 10. 1. 및 그 해 11. 1.부터 원고의 생산설비에 전력을 공급하기 시작하였고, 그 후 가스터빈 기동시 발생하는 폐열을 이용하여 증기를 생산한 후 증기터빈을 기동하여 그 부하변동시험을 2000. 12. 1.부터 시작하면서 그 무렵부터 증기터빈으로도 원고의 생산설비에 전력을 공급하기 시작하였다. 그 이후의 경과는 위 발전소 건설과정표 기재와 같다.
 (마) 광양발전소는 1997. 3. 15. 공사에 착공하였는데, 광양의 LNG 공급망이 발전소 준공시기보다 3년 늦게 설치될 예정인 관계로 그 동안 대체연료인 경유를 사용하여 가스터빈에 대한 PAT를 시행하여 1999. 7.말경 가스터빈 1, 2호기의 PAT를 마치고 1999. 8. 9. 최종검사의 일환인 효율측정시험을 완료하였으며, 증기터빈의 경우 1999. 11.말까지 계통병입을 완료하였다. 그 후 1999. 12. 5. 한국가스공사로부터 LNG를 공급받아 가스터빈의 PAT를 시행하여 2000. 1. 10. 경유에서 LNG로의 연료사용 전환 테스트 및 가스터빈 1, 2호기의 PAT를 완료하고 2000. 1. 15. 준공처리하였고, 증기터빈은 2000. 1. 11. 50% - 70%의 부하변동시험을 통과하였다. 광양발전소는 그 후 바로 전력생산을 개시하려 하였으나, 가스터빈 1, 2호기의 LNG 연소 노즐 등의 손상이 발견되어 그 수리를 완료한 다음 2000. 3. 2. 가스터빈 1, 2호기 및 증기터빈의 전력공급을 개시하였다. 원고는 2000. 7. 24. 증기터빈의 PAT를 완료하고 발전소 건설과정표 기재와 같이 후속절차를 진행하였다. 
 (바) 광양발전소의 전력공급개시일인 2000. 3. 2.부터 그 해 8. 19.까지의 기간 중의 광양발전소의 전력공급 현황에 의하면, 가스터빈 1호기의 운전시간은 운전가능시간의 26.8%, 가스터빈 2호기의 운전시간은 운전가능시간의 28.1%, 증기터빈의 운전시간은 운전가능시간의 31.3%에 해당하고, 위 기간 동안 발전설비 결함 등의 이유로 1 -2개월 정도 가동중지 상태에 있었던 적이 있다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 35 내지 40호증, 을 제25 내지 32호증, 변론 전체의 취지
 (2) 판단
 (가) 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제23조에 의하면, 고정자산에 대한 감가상각비는 상각범위액의 범위 안에서 당해사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하는데, 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) 제24조 제2항에 의하면, 사업에 사용하지 아니하는 자산(유휴설비를 제외한다.), 건설 중인 자산의 경우 감가상각자산에 포함하지 않고, 제26조 제9항에 의하면, 사업연도 중에 취득하여 사업에 사용한 감가상각자산에 대한 상각범위액은 사업에 사용한 날부터 당해 사업연도종료일까지의 월수에 따라 계산하며, 구 법인세법 시행규칙(2011. 2. 28. 기획재정부령 제187호로 개정되기 전의 것, 이하 이 항에서 ‘구 법인세법 시행규칙’이라 한다.) 제12조 제3항에 의하면, 설치중인 자산 또는 그 성능을 시험하기 위한 시운전기간에 있는 자산은 감가상각자산에서 제외되지만, 건설 중인 자산의 일부가 완성되어 당해 부분이 사업에 사용되는 경우에는 그 부분은 감가상각자산에 해당하는 것으로 한다.
 (나) 살피건대, ① 위와 같은 관계법령의 규정 취지와 유형자산의 감가상각제도가 당해 유형자산의 사용 및 시간 경과에 따른 경제적 효익의 소멸을 반영하는 것으로 사실상의 상태에 착안한 것인 점 등을 감안하면, 유형자산의 경우 그 감가상각개시일은 그 유형자산의 실제 사용을 개시한 날로 보아야 할 것이며, 행정법규상 사용승인일이나 사용전 검사일, 허가일 등에 따라 결정되는 것으로 볼 것은 아니므로(원고가 제출한 참고자료 49, 53에 의하면, 국세청의 유권해석도 행정법규상 사용승인일 등이 아니라 그 자산을 ‘실제 사업에 사용한 날’을 감가상각개시일로 보고 있는 것으로 보인다.), 이 사건 발전소들의 각 터빈이 그 설치목적에 따라 전력 공급을 개시하였다면, 전기사업법상 요구되는 전기설비의 사용전 검사 여부와 관계없이 전력공급 개시시점을 각 터빈의 감가상각개시일로 보아야 할 것인 점, ② 구 법인세법 시행규칙 제12조 제3항은, 시운전기간에 있는 자산을 감가상각에 제외되는 ‘건설 중인 자산’에 포함시키면서도 그 단서에서 위와 같은 건설 중인 자산도 그 일부가 완성되어 그 부분이 사업에 사용되는 경우에는 그 부분은 감가상각자산에 해당한다는 점을 명백히 하고 있는 점, ③ 따라서 원고가 이 사건 발전소들의 전력공급개시 초기에 시운전의 목적이 있었다고 하더라도, 원고는 각 터빈의 부하변동시험 개시 단계에서 각 터빈이 정상적으로 작동되어 정상적인 전력 공급이 가능한 시점부터 그 단계에서 생산된 전력을 원고의 제철 생산공정에 정상적으로 투입하였으므로(다만, 광양발전소의 가스터빈의 경우에는 PAT 완료 이후에 전력공급을 개시하였다.), 이 사건 발전소들의 각 터빈에 대하여는 PAT의 완료 여부와 관계없이 구 법인세법 시행규칙 제12조 제3항 단서에 따라 발전소 설비의 일부가 완성되어 원고의 사업에 사용된 날로 볼 수 있는 각 터빈별 전력공급개시일부터 각 터빈별로 감가상각을 개시할 수 있는 점, ④ 위와 같이 각 터빈별로 전력공급을 개시하여 그것이 원고의 사업에 사용된 이상 앞서 본 바와 같이 그 때까지 이 사건 발전소들이 전기사업법상 전기설비의 사용에 요구되는 사용전 검사를 받지 아니하였다 하더라도, 이는 각 터빈의 감가상각 개시에 장애가 될 수는 없는 점, 광양발전소의 각 터빈의 전력공급 개시 초기 가동률은 26.8%에서 31.3% 정도이지만(다만, 전력회사로부터 공급받는 전력 단가가 이 사건 발전소들이 생산한 전력 단가보다 저렴한 평일 심야시간과 휴일에 전력비용 절감을 위해 이 사건 발전소들의 가동을 중단한 점 등을 감안하면, 실질적 정상운전가능시간 대비 가동률은 이보다 높다고 보아야 할 것이다.), 가동률이 낮았다고 하더라도 해당 터빈들의 감가상각이 시작되었다는 객관적인 사실을 부인할 수는 없고, 그 정도의 가동률이라면 오히려 그 시점부터 객관적으로 감가상각이 시작되었다고 보는 것이 타당한 점, 발전설비 등의 손상은 PAT 완료 여부와는 무관하게 언제라도 발생할 수 있는 것이므로, 전력생산개시시점 이후 발전설비 등의 손상으로 인한 가동중지기간이 일부 있었다고 하여 전력생산·공급개시 사실 자체를 부정할 수는 없는 점, 피고 서장은 각 터빈의 PAT 완료일이 감가상각개시일이라고 하나, PAT 완료는 원고와 포스코건설 사이의 공사도급계약상 정해진 절차일 뿐 각 터빈의 사용 개시 여부와는 직접 관계가 없으므로(특히 광양발전소의 가스터빈의 경우 PAT 완료일보다 전력공급개시일이 더 늦다.), PAT 완료일을 각 터빈을 ‘사업에 사용한 날’로 볼 근거가 명확하지 않은 점, 감가상각의 시부인은 개별자산별로 이루어져야 하는데, 가스터빈과 증기터빈은 복합발전설비라는 용도에 따라 하나의 발전소에서 사용되지만 원래 독립된 기계장치로 별개의 유형자산이므로 각각 감가상각개시 시점을 달리 보아야 할 것이고, 가사 가스터빈과 증기터빈을 하나의 유형자산으로 본다 하더라도, 가스터빈이 먼저 건설되어 발전사업에 사용되는 경우에는 앞서 본 구 법인세법 시행규칙 제12조 제3항 단서의 ‘건설 중인 자산의 일부를 사업에 사용하는 경우’에 해당하여 가스터빈을 먼저 감가상각하여야 할 것임에도, 피고 서장이 이와 달리 이 사건 발전소별로 가스터빈, 증기터빈의 PAT가 최종 완료된 날을 각 터빈 전체의 감가상각 개시일로 본 것은 이 점에서도 부당한 점 등의 사정에 비추어 보면, 이 사건 발전소들에 설치된 각 터빈의 감가상각개시일은 각 터빈별로 전력공급을 개시한 날이라고 봄이 상당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고 서장의 쟁점 3 처분은 위법하다.
6. 쟁점 4 부과처분 (원고가 POSA로부터 호주산 석탄을 구입한 거래)
 가. 사실관계 및 쟁점 4 부과처분의 경위 
 (1) 원고는 1981. 1. 14. 호주 탄광을 개발하기 위하여 지분 100%를 출자해서 호주 현지법인인 POSA를 설립하였는데, POSA는 호주에서 인적·물적 시설을 갖추고, 철광석, 석탄 광산 합작을 통한 중장기 소요 원료의 확보, 석탄 구매협상, 합작투자 광산의 경영관리, 비철·부원료 무역, 철강제품 판매 등의 사업활동을 하였다. POSA는 그 무렵 호주 회사인 Coal And Allied(이하 ‘C＆A’라 한다.)와 2:8의 지분비율로 Thorley 석탄광산에 투자하였다. POSA는 C＆A와의 사이에, 위 광산에서 채굴한 석탄(이하 위 광산에서 채굴한 석탄 중 POSA의 지분에 해당하는 부분을 ‘POSA 지분탄’ C＆A의 지분에 해당하는 부분을 ‘C＆A 지분탄’이라 한다.)을 POSA와 C＆A가 2:8의 비율로 투자하여 설립한 호주 판매법인인 Miller Pohang Coal Co. Pty. Ltd.(이하 ‘MPCC’라 한다.)를 통하여 판매하고 그 대금을 투자지분 비율에 따라 분배하기로 약정하였다. 
 (2) 원고는 1981.경 MPCC와의 사이에, POSA 지분탄을 매년 50만 톤씩 20년간 구입하는 장기기본계약(이하 ‘MPCC와의 기본계약’이라 한다.)을 체결하였는데, 매매가격은 ‘비교가능한 품질의 석탄이 뉴캐슬항으로부터 본선 인도가격 조건으로 일본에 있는 일본 철강업계 회사(NSC, SMI, KSC, NKK, Kobe, Nisshin, Godo 및 Nakayama)에게 수시로 공급되는 가격’으로 하기로 약정하였다(갑 제4호증). 원고는 MPCC와의 기본계약에 따라 MPCC로부터 1981.부터 2000.까지 POSA 지분탄을 구입하였다. 원고는 2000.에는 MPCC의 C＆A지분에 해당하는 잉여물량 가운데 원고가 MPCC로부터 직접 매입한 50만톤 및 아래 (4)항의 POSA와의 쟁점거래를 통해 매입한 130만톤 합계 180만톤을 초과하여 구입하는 SPOT 물량(Mount Thorley Semi Soft/PCI Coal)에 대해서는 톤당 1.98 달러의 수량할인(volume discount)을 받은 적이 있다.
 (3) 원고는 2001.경 MPCC와의 기본계약을 2011. 3.까지 10년간 연장하여 매년 50만 톤씩 구입하기로 하면서 2001.의 경우 톤당 35달러에 50만 톤을 구입하였다(갑 제23호증). 원고는 MPCC와의 사이에 MPCC와의 기본계약과 별도로 위 기본계약상 물량 50만 톤을 초과하는 물량에 관하여 추가계약을 체결하여 2001. 4. 1.부터 2003.까지 위 석탄 추가계약분 약 50만 톤씩(원고의 선택으로 ±20% 차감 가능)을 위 MPCC와의 기본계약상의 가격에서 톤당 미화 1.5달러 할인된 가격으로 공급받았다(갑 제24호증).
 (4) 한편 POSA는 C＆A가 C＆A 지분탄 중 잉여물량에 대한 판매처를 찾지 못하자 위 잉여물량을 처리하여 주기로 하고 1998.경 MPCC와의 사이에, POSA는 1998.부터 2000.까지의 기간 동안 매년 C＆A 지분탄 중 130만 톤씩을 MPCC와의 기본계약상의 가격보다 톤당 1.5달러 싼 가격에 구입한 다음 이를 MPCC와의 기본계약상의 가격과 동일한 가격으로 원고에게 판매하였고, 2001.부터 2004.까지의 기간 동안에는 매년 석탄 60만 톤을 MPCC로부터 MPCC와의 기본계약상의 가격보다 1.5달러 싼 가격에 매입한 다음 이를 MPCC와의 기본계약상의 가격으로 원고에게 판매하였다(이하 2000.부터 2004.까지의 기간 동안 있었던 POSA가 MPCC로부터 석탄을 구입한 거래를 ‘MPCC와POSA와의 거래’라 하고, POSA가 MPCC로부터 구입한 석탄을 원고에게 판매한 거래를 ‘POSA와의 쟁점거래’라 한다.).
 (5) 원고가 2000.부터 2004년까지 MPCC 및 POSA로부터 구입한 석탄의 물량과 가격은 다음과 같다.
(단위: 미화 달러/톤)사업연도MPCC로부터 구입POSA로부터 구입기본계약분추가분200029.48불(50만 톤)27.50(20만 톤)29.48(130만 톤)200135.00불(50만 톤)33.50(50만 톤)35.00(60만 톤)200232.29(50만 톤)30.79(50만 톤)32.29(60만 톤)200330.19(50만 톤)28.69(50만 톤)30.19(60만 톤)200446.80-46.80
 (6) 원고는 2000.부터 2003.까지 특수관계 없는 호주의 석탄판매회사인 United Collieries Pty Limited 및 Moura Sales Pty Limited로부터 석탄을 공급받았는데, 그 가격은 다음과 같다.
(단위: 미화 달러/톤)사업연도UnitedMoura200029.4827.81200135.0835.00200232.3432.20200330.3430.20
 (7) 한편, 호주산 석탄의 일본철강업계에 대한 공급가격은 2000.에 30.6 달러, 2001.에 36.75 달러, 2002.에 33.5 달러, 2003.에 30 달러였다.
 (8) 피고 서장은, 원고가 2000.부터 2004.까지의 기간 동안 국외 특수관계자인 POSA로부터 정상가격인 MPCC가 POSA에 판매한 석탄가격보다 톤당 1.5달러 높은 가격으로 석탄을 구입하였다고 판단하고, 구 국조법(2008. 12. 26. 법률 제9266호로 개정되기 전의 것, 이하 이 항에서 ‘구 국조법’이라 한다.) 제4조, 제5조의 이전가격세제를 적용해서 정상가격과의 차액을 손금불산입하여 원고에게 2000년도 내지 2004년도 귀속 법인세 및 가산세를 부과하였다(이하 ‘쟁점 4 부과처분’이라 한다.).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 22 내지 26, 30 내지 33호증, 을 제1 내지 5, 33 내지 38호증의 각 기재, 제1심 증인 소외 1의 증언, 변론 전체의 취지
 나. 당사자의 주장
 (1) 원고의 주장 요지
 '비교가능 제3자 가격방법'은 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법인바, 원고가 MPCC와의 기본계약에서 정한 가격이 정상가격으로 이는 POSA와의 쟁점거래의 가격과 동일하다. 또 POSA와의 쟁점거래의 가격은 일본의 제철소들이 공동구매 시스템을 이용하여 공급회사와 협상하여 결정하는 장기공급가격(Japanese Steel Industry long-term contract price)보다 저렴하므로 정상가격 이하이거나 정상가격의 범위 내에 있다. POSA가 MPCC로부터 가격할인을 받은 것은 POSA 자신의 노력으로 인한 것이다.
 (2) 피고 서장의 주장 요지
 원고는 특수관계자인 POSA를 대신하여 POSA가 MPCC로부터 대량으로 구입하는 석탄의 가격을 협상하여 정한 후, 거래형식만 특수관계자인 POSA를 거쳐 석탄을 공급받는 외관을 취함으로써 POSA로부터 그 협상가격보다 더 높은 가격으로 석탄을 공급받아 대량구매에 따른 가격 할인 상당액을 POSA에게 이전하였다. 따라서 피고 서장이 원고의 협상에 따라 MPCC가 POSA에 공급한 할인가격을 정상가격으로 보아 원고가 POSA로부터 구입한 가격과 정상가격과의 차액을 손금불산입하여 과세한 것은 실질과세의 원칙상 정당하다. 처분의 근거법령은 구 국조법 제4조, 제5조 제1항 제1호(비교가능 제3자 가격방법)이다.
 다. 관계법령
 별지 9 ‘쟁점 4, 5, 7 관계법령’ 기재와 같다.
 라. 판단
 (1) 구 국조법 제2조 제1항 제1호에 의하면, ‘국제거래’라 함은 거래당사자의 일방 또는 쌍방이 비거주자 또는 외국법인인 거래로서 유형자산 매매 등 자산에 관련된 모든 거래를 말하고, 제4조 제1항에 의하면, 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다. 위 법 제5조 제1항 제1호는 정상가격을 산정하는 방법의 하나로서 ‘비교가능 제3자 가격방법’ 즉 ‘거주자와 국외 특수관계자간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법’을 규정하고, 구 국조법 시행령(2006. 8. 24. 대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항은 ‘법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에 고려하여야 하는 기준’으로 ‘특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래 사이에 비교가능성이 높을 것’(제1호), ‘특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래를 비교하기 위하여 설정된 경제여건·경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것’(제3호) 등을 규정하고 있다.
 한편, 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 국조법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조)
 (2) 살피건대, 앞서 인정한 사실과 가항에서 든 각 증거 등을 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, MPCC가 POSA에 공급한 석탄의 할인된 가격이 비교되는 상황 간의 차이를 합리적으로 조정한 정상가격이라고 단정하기는 부족하고, 원고와 POSA와의 쟁점거래의 가격은 정상가격이거나 그 범위 내에 있다 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 쟁점 4 부과처분은 위법하다.
 ① 원고가 2000.에서 2003.까지 POSA로부터 공급받은 석탄의 가격은 당시 원고와 특수관계가 없는 United Collieries Pty Limited 및 Moura Sales Pty Limited로부터 원고가 공급받은 석탄의 가격에 비하여 더 높은 편이 아니었고, 일본 철강업계에 대한 호주산 석탄의 공급가격에 비하여도 2003.에 0.19달러 정도 근소하게 더 높았던 외에는 대체로 더 낮은 편이었다.
 ② 피고 서장은 MPCC와 POSA와의 거래에서의 가격이 정상가격이라고 하나, 구 국조법 제5조 제1항은 동일한 거래대상에 대해서 유통단계를 달리하는 경우의 정상가격 산출방법에 관하여 판매자의 통상의 이윤을 가감하는 것을 전제로 하고 있고(같은 항 제2호 재판매가격방법 및 제3호 원가가산방법 참조), 구 국조법 기본통칙 5-5…1은 ‘거래단계(소매 또는 도매, 1차 도매상 또는 2차 도매상 등의 단계를 말함)’를 비교대상거래 선정에 있어서 검토해야 할 요소로 규정하고 있는바, POSA와 MPCC와의 거래는 원 판매자인 MPCC와 중간 판매자인 POSA와의 거래이고, P0SA와의 쟁점거래는 중간판매자인 POSA와 최종 소비자인 원고와의 거래로서 거래단계를 달리 하고 있으므로, MPCC와 POSA와의 거래는 POSA와의 쟁점거래와 비교대상거래로서 부적절하고, 이에 대하여 중간판매자인 POSA의 통상의 이윤을 가산하는 등 거래단계의 차이로 인한 영향을 제거할 수 있는 합리적 조정을 거친 바도 없으므로, 그 거래에서의 가격을 정상가격이라고 할 수는 없다. 또 POSA와 MPCC와의 거래는 호주 국내거래이고 POSA가 MPCC에 20%를 투자한 출자자라는 특수한 관계에 있다는 점에서도 그러한 사정으로 인한 영향을 합리적으로 조정하지 않는 한 그 가격을 바로 비교가능 제3자의 정상가격으로 보기는 어렵다.
 ③ 또한, 피고 서장은 원고가 직접 MPCC로부터 할인가격을 적용받을 수 있었다고 주장하나, POSA는 C＆A가 80%의 지분을 가진 MPCC에 20%의 지분을 합작투자한 출자자이고 호주에서 장기간 C＆A와 MPCC에 대한 영업 활동을 해오는 등 긴밀한 관계를 유지해왔을 것으로 보이는 점, 원고가 POSA와 MPCC 사이의 가격협상에 관여하였다고 하더라도 중간판매자인 POSA에 대한 공급가격의 협상과 최종 소비자인 원고에 대한 공급가격의 협상을 같은 차원에서 볼 수는 없는 점 등에 비추어 원고가 POSA와 같은 가격조건으로 계약할 수 있었으리라고 단정하기는 어렵고, 또한 원고가 직접 MPCC로부터 석탄을 구매하였음에도 거래형식만 MPCC로부터 POSA를 거쳐 석탄을 구매하는 외관을 취하였다고 인정할 만한 증거도 없다. 뿐만 아니라, 가사 원고가 POSA와 같은 가격할인을 받을 수 있었다 가정하더라도, 이는 단순한 가정적 가격에 불과할 뿐이어서 실제로 존재하지도 않았던 가격을 POSA와의 쟁점거래와 비교가능한 제3자 가격으로 볼 수는 없다. 
 ④ 원고는 MPCC로부터 직접 석탄을 공급받으면서 일정 물량을 초과한 추가물량에 관하여 MPCC와 POSA와의 거래의 가격과 같은 수준으로 할인받은 적이 있지만, 이는 해외 석탄시장 가격결정구조의 완화로 인하여 기본계약상 물량 이외의 추가물량에 한하여 치열한 협상 끝에 얻어낸 예외적 가격할인으로(2004.에는 그러한 가격할인도 얻어내지 못하였다.), 기본계약물량에 따른 공급가격이 있는 이상 추가분에 대하여만 적용되는 예외적 할인가격이 아닌 기본물량에 대한 가격이 정상가격이라 할 것이고, 그렇지 않고 추가분에 적용되는 할인가격도 정상가격으로 본다 하더라도, 과세관청은 특수관계 없는 자간에 행한 2 이상의 거래를 토대로 정상가격 범위를 산정하여 정상가격 범위를 벗어난 경우에 한하여 그 거래가격을 부인 할 수 있는데(국조법 시행령 6조 4항 참조), 기본물량에 대하여 가격할인을 받지 못한 가격을 정상가격의 범위를 벗어났다고 할 수는 없다.
7. 쟁점 5 부과처분 (원고가 POSCAN으로부터 캐나다산 석탄을 구입한 거래)
 가. 사실관계 및 쟁점 5 부과처분의 경위
 (1) 원고는 1982. 3. 9. 지분 100%를 출자하여 캐나다 법인인 POSCAN을 설립하였는데, POSCAN은 캐나다에서 인적·물적 시설을 갖추고, 현지 선적계획 수립 및 선적시 Agent 역할, 수량 및 품질 분석·검증, 공급사 생산 및 판매동향 파악과 합작투자 광산에 대한 생산 등 조업 현황 관리 및 석탄 판매, 구매협상 등의 사업활동을 해왔다. POSCAN은 Fording과 캐나다 Green Hills의 석탄광산을 2:8의 비율로 공동소유하고 있었는데, 원고는 POSCAN과 Fording으로부터 위 광산에서 채굴된 석탄(이하 이 항에서 ‘캐나다탄’이라 한다.)을 구입해 왔다.
 (2) 원고는 Fording으로부터 직접 캐나다탄을 구입하면서 2000.까지는 일본 철강업계가 구입할 때 적용되는 Greenhills Medium Volatile Coal의 장기공급가격에 따라 구입하였는데, 일본철강업계에 의한 석탄가격 결정구조가 약화되자 Fording과의 수차례의 협상 끝에 2001. 4.부터는 장기공급계약상의 공급물량 이외에 추가로 구매하는 잉여물량에 대하여 톤당 미화 2.8달러를 할인받기로 하여 추가구매물량에 대해 톤당 2.8달러 싼 가격으로 구입하였다.
 (3) POSCAN은 1992. 12. 4. Fording과의 사이에, 그 때부터 2003. 3. 31.까지 캐나다탄을 당시 일본 철강업계가 구입할 때 적용되던 Greenhills Medium Volatile Coal의 장기공급가격보다 톤당 2.8달러 싼 가격에 매입하기로 약정하고(갑 제27호증), 이에 따라 2000. 1.부터 2001. 3.까지 캐나다탄 총 461,524톤을 Fording로부터 위 약정가격으로 구입한 다음(이하 ‘POSCAN과 Fording과의 거래’라 한다.) 같은 석탄을 원고에게 공급하면서 그 가격을 Fordidng이 원고에게 공급한 가격과 동일한 가격(2001.에는 Fording 직계약분 기본물량, Fording 직계약분 추가물량 할인분, AMCI 공급분의 가격을 평균한 가격)으로 정하여 판매하였다(이하 ‘POSCAN과의 쟁점거래’라 한다.).
 (4) 피고 서장은, POSCAN과의 쟁점거래의 가격은 정상가격보다 높고 그 정상가격은 POSCAN과 Fording과의 거래의 가격인데, 원고가 2000년 277,110톤, 2001년 184,413톤의 캐나다탄을 국외 특수관계자 POSCAN으로부터 정상가격보다 톤당 2.8달러 높은 가격으로 구입하였다고 판단하고, 구 국조법(2008. 12. 26. 법률 제9266호로 개정되기 전의 것, 이하 이 항에서 ‘구 국조법’이라 한다.) 제4조, 제5조의 이전가격세제를 적용하여 정상가격과의 가격 차액을 손금불산입하여 원고에게 2000년도 및 2001년도 귀속 법인세 및 가산세를 부과하였다(이하 ‘쟁점 5 부과처분’이라 한다.).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 13, 14, 27, 28, 34, 59호증(가지번호 포함), 을 제10 내지 16, 39, 40호증의 각 기재, 제1심 증인 소외 1의 증언, 변론 전체의 취지
 나. 당사자의 주장
 (1) 원고의 주장 요지
 ‘비교가능 제3자 가격방법’은 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법인바, 원고가 Fording으로부터 구입한 캐나다탄의 가격이 정상가격이고 POSCAN과의 쟁점거래의 가격은 위 정상가격과 동일하다. POSCAN과 Fording과 거래의 가격은 POSCAN이 자신의 노력으로 정상가격에서 할인받은 것이다. 
 (2) 피고 서장의 주장 요지
 원고는 특수관계자인 POSCAN을 대신하여 POSCAN이 Fording으로부터 대량으로 구입하는 석탄의 가격을 협상하여 정한 후, 거래형식만 특수관계자인 POSCAN을 거쳐 석탄을 공급받는 외관을 취함으로써 POSCAN과의 쟁점거래에서는 그 협상가격보다 더 높은 가격으로 석탄을 공급받아 대량구매에 따른 가격 할인 상당액을 POSCAN에게 이전하였다. 따라서 피고 서장이 원고의 협상에 따라 Fording이 POSCAN에 공급한 할인가격을 정상가격으로 보아 원고가 POSCAN으로부터 구입한 가격과 정상가격과의 차액을 손금불산입하여 과세한 것은 실질과세의 원칙상 정당하다. 처분의 근거법령은 구 국조법 제4조, 제5조 제1항 제1호(비교가능 제3자 가격방법)이다. 
 다. 관계법령
 별지 9 ‘쟁점 4, 5, 7 관계법령’ 기재와 같다.
 라. 판단
 살피건대, 앞서 인정한 사실과 가항에서 든 각 증거 등을 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 위 쟁점 4 부과처분에서 살펴본 법령과 법리에 비추어 볼 때, Fording이 POSCAN에 공급한 석탄의 할인된 가격이 비교되는 상황 간의 차이를 합리적으로 조정한 정상가격이라고 단정하기는 부족하고, 원고와 POSCAN과의 쟁점거래가격은 정상가격이거나 그 범위 내에 있다 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 쟁점 5 부과처분은 위법하다.
 ① 원고가 POSCAN으로부터 공급받은 캐나다탄의 가격은 원고가 2000. 당시 Fording, AMCI 등 특수관계자 아닌 자로부터 공급받은 가격, Fording이 일본철강업계에 공급한 가격인 39.85달러와 동일하였고, 2001.에는 Fordidng이 원고에게 공급한 직계약분 기본물량, 직계약분 추가물량 할인분, AMCI 공급분의 가격을 평균한 가격인 42.3달러와 동일하였다.
 ② 피고 서장은 POSCAN과 Fording과의 거래에서의 가격이 정상가격이라고 하나, 구 국조법 제5조 제1항은 동일한 거래대상에 대해서 유통단계를 달리하는 경우의 정상가격 산출방법에 관하여 판매자의 통상의 이윤을 가감하는 것을 전제로 하고 있고(같은 항 제2호 재판매가격방법 및 제3호 원가가산방법), 구 국조법 기본통칙 5-5…1은 ‘거래단계(소매 또는 도매, 1차 도매상 또는 2차 도매상 등의 단계를 말함)’를 비교대상거래 선정에 있어서 검토해야 할 요소로 규정하고 있는바, POSCAN과 Fording과의 거래는 원 판매자인 Fording과 중간 판매자인 POSCAN과의 거래이고, P0SCAN의 쟁점거래는 중간판매자인 POSCAN과 최종 소비자인 원고와의 거래로서 거래단계를 달리 하고 있으므로, POSCAN과 Fording과의 거래는 POSCAN과의 쟁점거래와 비교대상거래로서 부적절하고, 이에 대하여 중간판매자인 POSCAN의 통상의 이윤을 가산하는 등 거래단계의 차이로 인한 영향을 제거할 수 있는 합리적 조정을 거친 바도 없으므로, 그 거래에서의 가격을 정상가격이라고 할 수는 없다. 또 POSCAN과 Fording과의 거래는 캐나다 국내거래이고 POSCAN은 Fording과 Fording이 80% 지분을 투자한 Green Hills의 석탄광산에 20%의 지분을 투자한 합작투자자라는 특수한 관계에 있다는 점에서도 그러한 사정으로 인한 영향을 합리적으로 조정하지 않는 한 그 가격을 바로 비교가능 제3자의 정상가격으로 보기는 어렵다.
 ③ 또한, 피고 서장은 원고가 직접 Fording으로부터 할인가격을 적용받을 수 있었다고 주장하나, POSCAN은 Green Hills의 석탄광산에 Fording과 지분을 합작투자한 관계로, 합작투자 초기부터 Fording으로부터 캐나다탄을 구입하여 원고에게 공급하는 등 장기간 Fording과 긴밀한 관계를 유지해왔을 것으로 보이는 점, 원고가 POSCAN과 Fording 사이의 가격협상에 관여하였다고 하더라도 중간판매자인 POSCAN에 대한 공급가격의 협상과 최종 소비자인 원고에 대한 공급가격의 협상을 같은 차원에서 볼 수는 없는 점 등에 비추어 원고가 POSCAN과 같은 가격조건으로 계약할 수 있었으리라고 단정하기는 어렵고, 또한 원고가 직접 Foring으로부터 석탄을 구매하였음에도 거래형식만 Fording으로부터 POSCAN을 거쳐 석탄을 구매하는 외관을 취하였다고 인정할 만한 증거도 없다. 뿐만 아니라, 가사 원고가 POSCAN과 같은 가격할인을 받을 수 있었다 가정하더라도, 이는 단순한 가정적 가격에 불과할 뿐이어서 실제로 존재하지도 않았던 가격을 POSCAN과의 쟁점거래와 비교가능한 제3자 가격으로 볼 수는 없다. 
 ④ 원고는 Fording으로부터 직접 석탄을 공급받으면서 2001. 4.부터 장기공급계약상 기본물량을 초과한 추가물량에 관하여 POSCAN과 Fording과의 거래의 가격과 같은 수준으로 할인받은 적이 있지만, 이는 석탄시장 가격결정구조의 완화로 인하여 추가물량에 한하여 치열한 협상 끝에 얻어낸 가격할인으로, 기본계약물량에 따른 공급가격이 있는 이상 추가분에 대하여만 적용되는 할인가격이 아니라 기본물량에 대한 가격이 정상가격이라 할 것이고, 그렇지 않고 추가분에 적용되는 할인가격도 정상가격으로 본다 하더라도, 과세관청은 특수관계 없는 자간에 행한 2 이상의 거래를 토대로 정상가격 범위를 산정하여 정상가격 범위를 벗어난 경우에 한하여 그 거래가격을 부인 할 수 있는데(국조법 시행령 6조 4항 참조), 기본물량에 대하여 가격할인을 받지 못한 가격을 정상가격의 범위를 벗어났다고 할 수는 없다. 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 2001.에는 POSCAN은 원고에게, Fording이 원고에게 직접 공급한 위 추가분에 대한 할인가격까지 감안한 Fording의 원고에 대한 평균가격과 동일한 가격인 톤당 42.3달러로 캐나다탄을 공급하였는바, 이는 Fording이 원고에게 직접 공급한 기본물량에 대한 가격인 톤당 42.85달러보다 저렴한 가격이다.
8. 쟁점 6, 7 부과처분 (GCM계약)
 가. 사실관계 및 쟁점 6, 7 부과처분의 경위 등
 (1) 원고의 6개 해외 자회사들인 POSAM, POSCO Japan, POSCO Asia, POSCAN, POSA, POSCO-Investment와 원고(원고와 위 회사들을 통틀어 ‘GCM 참가회사들’이라 한다.)는 2001. 9.경(다만, POSCO Japan은 2004. 10.경 가입하였다.), Bank of America 은행의 Hong Kong 지점(이하 ‘BOA'라 한다.)의 가입 권유에 따라 금융비용 절감 등의 목적으로 BOA와의 사이에 ‘Global Cash Management’라는 다수당사자 계좌통합 계약(이하 ’이 사건 GCM계약‘이라 한다)을 체결하였다(갑 제41호증). 
 (2) 이 사건 GCM계약에 의하면, GCM 참가회사들이 BOA에 독립된 각자의 계좌를 개설하고 그 계좌를 통합하여 공동으로 이용하는 자금 원천(pool)을 조성한 다음 각자의 계좌를 이용하여 BOA에 예금을 하거나 BOA로부터 당좌대출(overdraft)을 받되, 각 GCM 참가회사들이 자금을 예치 또는 차입한 기간에 대하여 BOA로부터 수수할 이자 등은 전체 GCM 참가회사들의 공동의 풀(pool)에 남아있는 일별 잔고를 기초로 계산하며, 각 GCM 참가회사들은 BOA에 대한 대출채무를 상호간에 연대보증하고, 예대마진[=대출이자(영업수익) - 예금이자(영업비용)]은 BOA가 전부 수취하는 것이 아니라, BOA는 그 중 미리 약정한 일정한 관리수수료, 이자만 수취하고, 그 나머지 수입(pooling benefit)는 BOA의 관여 없이 GCM 참가회사들이 자체적으로 결정한 배분비율에 따라 GCM 참가회사들 각자의 예금기간 또는 대출기간 동안 자금원천(pool)에 남아 있던 일별 잔고를 기초로 계산하여 GCM 참가회사들 사이에 배분되었는데, 그 배분비율은 일별 잔고가 양수(positive)였던 회사에게 70%를 배분하고, 일별 잔고가 음수(negative)였던 회사에게 30%를 배분하는 것이었다. 이 사건 GCM계약에 의하면, BOA가 각 계좌에 적용할 차변(대출) 및 대변(예금) 이자율을 결정하도록 되어 있고(다수 당사자 계좌 통합계약서 5.2조), 원고와 각 GCM 참가회사들은 특정 계좌의 잔고를 불문하고 자신의 계좌에서 약정당좌대출한도를 초과하지 않는 한도 내에서 금원을 출금할 자격을 가진다(다수당사자 계좌통합계약서 5.3조). 
 (3) 원고는 이 사건 GCM계약에 따라 원고의 BOA 계좌에 2001. 9. 미화 2,000만 달러, 2002. 2. 미화 1,200만 달러를 각 예금하고 2004. 말까지 BOA로부터 일정한 수입금을 수령하였고 대출은 받지 않았다. 원고는 이 사건 GCM 계좌에 예금을 송금할 때 ‘법인의 해외예금 및 신탁계정 예치’에 해당하는 송금코드 822를 사용하였다. 원고를 제외한 GCM 참가회사들은 각자의 계좌를 이용하여 예금을 하거나 대출을 받았는데, 2001.에서 2004.까지 원고 외에 POSA, POSCAN 등의 일부 회사는 연도별 순 투자액이 양수(+)였다.
 (4) 원고가 2001.부터 2004.까지 이 사건 GCM계약의 예금으로 인한 평균 수입금은 예금액의 연 1.63%로 당시의 US당좌예금 이자율 0.45%, US정기예금 평균이자율 1.28%보다 높았다. 
 (5) 원고가 2001.부터 2005.까지의 기간 중에 해외로부터 조달한 장기차입금의 이자율은 ‘Libor(런던 은행간 거래 금리) + 0.6%’ 내지 ‘Libor + 0.8%’였다.
 (6) 피고 서장은, 원고가 이 사건 GCM계약에 따라 BOA에 예치한 금액 중 나머지 GCM 참가회사들이 대출받은 금액에 상당한 부분은 원고가 특수관계자들에게 지급한 업무무관 가지급금에 해당한다고 인정하고, 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 이 항에서 ‘구 법인세법’이라 한다.) 제28조 제1항 제4호 나목, 구 법인세법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19815호로 개정되기 전의 것, 이하 이 항에서 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다.) 제53조(업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입)를 적용하여 원고의 그에 상당하는 차입금의 지급이자 상당액을 손금부인하고 원고에게 2001년도 내지 2004년도 귀속 법인세 및 가산세를 부과하였다(이하 ‘쟁점 6 부과처분’이라 한다.).
 (7) 또한, 피고 서장은, 원고가 이 사건 GCM계약에 따라 BOA에 예치한 금액 중 나머지 GCM 참가회사들이 대출받은 금액에 상당한 금액은 실질적으로 원고가 저리의 이율로 국외 특수관계자들에게 대출한 것이고, 그 정상이자율은 ‘Libor + 0.6%’이라고 인정하여, 원고가 위 대출금 상당 예금액에 대하여 BOA로부터 지급받은 수입금(예금이자와 pooling benefit의 배분액의 합계)과 위 정상이자율에 의한 이자와의 차액을 산출한 다음, 구 국조법(2008. 12. 26. 법률 제9266호로 개정되기 전의 것) 제4조, 제5조의 이전가격세제를 적용하여 그 차액을 원고의 익금에 가산하여 원고에게 2001년도 내지 2004년도 법인세 및 가산세를 부과하였다(이하 ‘쟁점 7 부과처분’이라 한다.). 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 41 내지 44, 47, 49, 50, 57호증, 을 제2 내지 제5, 41 내지 46호증, 51, 54 내지 59, 64호증의 각 기재, 제1심 법원의 BOA 서울지점에 대한 금융정보제출명령에 대한 회신, 제1심 증인 소외 2의 증언, 변론 전체의 취지
 나. 쟁점 6 부과처분의 적법 여부
 (1) 당사자의 주장
 (가) 원고의 주장 요지
 원고의 예금과 GCM 참가자들의 대출은 별개의 법률행위이고, 이 사건 GCM계약은 원고의 업무(해외 계열사들의 효율적인 자금운용 및 관리)와 직접적인 관련이 있으므로 원고의 예금은 업무무관 가지급금이 아니다. 
 (나) 피고 서장의 주장 요지
 원고의 예금과 나머지 GCM 참가회사들의 대출은 이 사건 GCM계약에 따른 것으로서 별도의 법률행위가 아니고, 실질과세의 원칙상 BOA의 각각의 계좌에서 예금과 대출의 형식을 통해 원고의 예금이 사용된 것은 형식에 불과하므로, GCM 참가회사들에 대한 대출은 원고가 특수관계자인 GCM 참가회사들에게 직접 대출한 것으로 보아야 하고, 위 대출은 원고의 사업목적과 직접적 관련성이 없으므로 업무무관 가지급금에 해당한다. 따라서 그에 상당하는 차입금의 지급이자 상당액을 손금부인하여 과세한 것은 정당하다.
 (2) 관계법령 
 별지 9 ‘쟁점 6 관계법령’ 기재와 같다.
 (3) 판단
 (가) 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목과 구 법인세법 시행령 제53조 제1, 2항에 의하면, 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등에 상당하는 차입금의 지급이자는 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 위와 같은 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 그와 같은 금원이 업무와 관련 없이 지급된 이상 적정한 이자율에 의한 이자를 받았다고 하더라도 그에 해당하며, 이 때 업무와 관련이 있는지 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두15530 판결 등 참조). 회사가 특수관계 법인들에 대한 은행 대출을 위해 정기예금을 예치하여 담보로 제공한 경우, 회사의 정기예금 예치와 은행의 특수관계 법인들에 대한 대출은 별개로 이루어진 법률행위인 이상, 회사의 은행에 대한 담보 제공행위가 특수관계 법인들에 대한 직접적인 대여행위에 해당한다거나 그에 준하는 행위라고 볼 수는 없고, 이는 회사가 정기예금을 담보로 제공함으로써 특수관계 법인들이 대출받는 편익을 누렸더라도 마찬가지라고 할 것이므로, 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목에서 정한 ‘업무무관 가지급금’에 해당하지 않는다(대법원 2009.4.23. 선고 2006두19037 판결 참조).
 (나) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 GCM 참가회사들은 공동으로 BOA와의 사이에 이 사건 GCM계약을 체결하였고 BOA와의 이자 계산 목적으로 전체 참가회사들의 계좌를 하나의 공동의 풀로 보아 관리하였으며, 예대마진의 일부를 참가회사들이 나누어 가졌으나, 이 사건 GCM계약을 기본으로 하여 BOA에 각자의 계좌를 개설하여 예금과 대출을 개별적으로 하였고, 예금과 대출 이자율은 BOA가 정하였으므로, 원고의 BOA에 대한 외화자금 예치는 BOA의 다른 GCM 참가회사들에 대한 대출과는 별개로 이루어진 법률행위인 점, 이 사건 GCM계약의 내용을 규정하고 있는 다수당사자 계좌통합계약서 5.3조에 의하면, 원고는 약정 당좌대출한도를 초과하지 않는 범위 내에서는 다른 참가회사들의 자금 인출 여부와 관계없이 언제든지 자신의 계좌에서 자신이 예치한 금액의 전부를 인출할 수 있는 점 등에 비추어 보면, 원고의 BOA에 대한 예금과 BOA의 GCM 참가회사들에 대한 대출을 들어 원고가 해외 계열회사에 직접적으로 자금을 대여한 것이거나 그에 준하는 것으로 볼 수는 없으므로{가사 이를 원고의 자금대출로 볼 소지가 있다 하더라도, 2001.에서 2004.까지 원고 외에 POSA, POSCAN 등의 일부 회사도 연도별 순 투자액이 양수(+)였으므로, 대출을 받은 계열사들이 그 금액을 제외하고 유독 원고의 자금만을 대출받았다고 단정할 수도 없다.}, 이는 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목에서 정한 ‘업무무관 가지급금’에 해당하지 않는다고 볼 것이다. 따라서 이와 견해를 달리 한 쟁점 6 부과처분은 위법하다.
 다. 쟁점 7 부과처분의 위법 여부
 (1) 당사자의 주장
 (가) 원고의 주장 요지
 ① 이 사건 GCM계약은 BOA의 권유에 따라 가입한 것이고, BOA가 주도적으로 거래조건을 정하였으며, BOA는 고객유치 목적으로 자신에게 귀속될 예대마진 일부를 GCM 참가자들에게 지급하였으므로, 이 사건 GCM계약은 구 국조법(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되어 2006. 5. 24. 법률 7956호로 개정되기 전의 것) 제7조(제3자 개입거래)에 해당하지 않아서 제4조의 ‘정상가격에 의한 과세조정’을 할 수 없다. 
 ② 피고 서장이 적용한 정상가격은 국조법상 정상가격 산출방식을 전혀 따르지 않은 자의적인 수치로서 원고의 정상대출이자율은 Libor + 0.6%가 아니다. 
 (나) 피고 서장의 주장 요지
 이 사건 GCM계약에 따라 원고는 예금을 하였고 BOA는 그 예금을 자금원으로 하여 GCM 참가회사들에게 정상이자율보다 낮은 이자율로 대출하였으므로, 이는 원고가 제3자인 BOA를 통하여 GCM 참가회사들에게 대출한 것으로 보아야 하고, 그 대출의 대가로 원고가 BOA로부터 수령한 금액(예금이자와 pooling benefit의 배분금의 합계)은 원고의 당시 외화 차입시 최저 이자율인 Libor + 0.6%에 의한 이자보다 적었으므로, 피고 서장이 원고가 특수관계 없는 자에게 대여할 경우의 정상이자율을 ‘Libor + 0.6%’로 보아 ‘Libor + 0.6%’를 적용한 정상이자수입과 원고의 실제 수입의 차액을 원고의 익금에 산입한 것은 적법하다.
 (2) 관계법령
 별지 9 ‘쟁점 4, 5, 7 관계법령’ 기재와 같다.
 (3) 판단
 (가) 피고 서장은 원고의 BOA에 대한 예금과 BOA의 GCM 참가회사들에 대한 대출을 원고가 제3자인 BOA를 통하여 해외 계열회사들에게 저리로 대출한 것으로 보는 것을 전제로 쟁점 7 부과처분을 하였으나, 앞서 본 바와 같이 원고의 BOA에 대한 예금과 BOA의 GCM 참가회사들에 대한 대출을 들어 원고가 해외 계열회사에 직접적으로 자금을 대여한 것이거나 이에 준하는 것으로 볼 수는 없으므로(또한, 앞서 본 바와 같이 원고 외의 일부 계열회사도 BOA에 예금을 예치하였으므로, 대출받은 계열회사의 대출금 전부가 원고의 자금에서 대출이 이루어졌다고 단정할 수도 없다.), 원고가 해외 계열회사들에 대하여 대출을 하였음을 전제로 한 쟁점 7 부과처분은 더 나아가 살필 것 없이 위법하다 할 것이다. 또한 앞서 본 바와 같이 원고는 약정 당좌대출한도를 초과하지 않는 범위 내에서는 다른 GCM 참가회사들의 자금 인출 여부와 관계없이 언제든지 자신의 계좌에서 자신이 예치한 금액의 전부를 인출할 수 있는 점에 비추어 원고가 해외 계열회사들을 위하여 자신의 예금을 담보로 제공하였다고 보기도 어렵다 할 것이다.
 (나) 그 뿐만 아니라, 구 국조법 제7조(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것) 및 구 국조법 제7조(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되어 2008. 12. 26 법률 제9266호로 개정되기 전의 것)에 의하면, 거주자가 국외특수관계자가 아닌 자와 국제거래를 하는 경우에도 그 거래가 ① 거주자와 국외 특수관계자간에 당해 거래에 대한 사전계약이 있을 것, ② 거래조건이 당해 거주자와 국외 특수관계자간에 실질적으로 결정될 것을 충족하는 경우에는 국외특수관계자와 국제거래를 한 것으로 보아 그 거래에 대하여 ‘정상가격에 의한 과세조정’(제4조 및 제5조)을 할 수 있는데, 이 사건 GCM계약에 의하면 예대마진의 배분에 관하여 BOA가 자신이 정한 일정한 관리수수료, 당좌대출이자만 수취하기로 하고, 그것을 제외한 나머지 수입(pooling benefit)의 배분비율은 GCM 참가회사들이 자체적으로 결정하도록 하였지만, 원고는 BOA의 권유로 금융상품의 하나인 이 사건 GCM계약을 체결하였고, 위 pooling benefit의 배분비율 이외에, 이 사건 GCM 계약의 주요 거래조건인 상품 설계방식과 BOA가 수취하는 수수료, 순 잔고에 대한 예치이자, BOA의 대출이자 등 다른 거래조건은 BOA가 결정한 점 등에 비추어 볼 때, 국제거래의 거래조건이 거주자와 국외 특수관계자 사이에 실질적으로 결정되었다고 보기는 어려우므로, 이를 구 국조법 제7조의 제3자 개입거래로 볼 수도 없다. 따라서 쟁점 7 부과처분은 위법하다.
9. 쟁점 8 부과처분 (원재료구입 인센티브의 매입에누리 여부)
 가. 사실관계 및 쟁점 8 부과처분의 경위
 (1) 원고는 원재료 공급회사인 호주의 BHP, HAMERSLEY, ROBE RIVER 및 ABM, 브라질의 CVRD, 중국의 CNCIEC, 미국의 AMCI(이하 ‘원재료 공급자들’이라 한다.)와의 사이에, 매 1년(매년 4. 1.부터 다음해 3. 31.까지) 단위로 원재료 구입계약을 체결하여 철광석, 원료탄 등 원재료를 공급받아 왔는데, 원재료 공급자들과의 사이에 연간 일정 구매물량 등의 조건이 충족되면 그에 따라 산출되는 일정한 금액을 인센티브(이하 ‘이 사건 인센티브’라 한다.)로 지급받기로 사전에 약정하고 매 1년의 계약기간 종료 후 이를 지급받아 왔다. 
 (2) 이 사건 인센티브의 산출방법, 수령시기, 수령액 등은 다음 표와 같다(금액의 단위는 미화는 달러, 원화는 원이다).
[1999. 4. 1. ~ 2000. 3. 31. 구입분]공급자산출방법인센티브 금액수령일국가공급사미화원화철광석호주BHP860만 톤까지 미화 2.5백만 달러, 초과시 톤당 미화 0.35달러2,613,6222,913,665,8022000.6.30.HAMER-SLEY800만 톤 초과시 구매전량에 대해 톤당 미화 0.75달러6,463,2997,205,285,7222000.6.30.합 계9,076,92110,118,951,524
[2000. 4. 1. ~ 2001. 3. 31. 구입분]?공급자산출방법인센티브 금액수령일국가공급사미화원화석탄호주BHP강점탄 3.8백만 톤까지 구매시 연도종료 후 미화500,000달러 수취500,000651,443,4862001.5.25.중국CNCIEC수량 인센티브: 인센티브 기준량 1,890천 톤 초과 418,043.01톤에 대해 톤당 미화 2~3달러 지급1,044,129.031,359,664,8222001.7.27.철광석호주BHP9.4백만 톤 구매시 미화 1.5백만 달러1,500,0001,948,349,9992001.6.27.HAMER-SLEY1.5백만 톤까지 톤당 미화 0.3달러, 1.5백만 톤 초과분 톤당 미화 2달러2,045,8842,657,398,7272001.6.27.브라질CVRD180만 톤~210만 톤 : 전체의 4.5%, 210만~240만 톤 : 전체의 5%1,376,592.251,788,055,6732001.6.27.합 계4,922,476.258,404,912,707?
[2001. 4. 1. ~ 2002. 3. 31. 구입분]?공급자산출방법인센티브 금액수령일국가공급사미화원화석탄미국AMCI호주강점탄 650천 톤 이상 구매수량 톤당 미화 2.8달러 할인, 연도종료후 수취437,829.30523,806,8912002.2.21.중국CNCIEC수량인센티브:계약량 구매완료조건 정액 미화500,000달러 지급449,999.78623,822,5522002.5.24.철광석호주BHP10.4백만 톤 이상 구매시 미화 2.6백만 달러2,841,4823,403,242,9912002.8.29.HAMER-SLEY1.5백만 톤까지 톤당 미화 0.3달러, 1.5백만 톤 초과분 톤당 미화 2달러2,600,0003,187,080,0002002.9.25.브라질CVRD1,830천 톤~2,140천 톤 : 전체의 4.5%,1,409,282.411,777,246,0472002.10.14.2,140천 톤~2,440천 톤 : 전체의 5%합 계6,850,764.419,515,198,482?
[2002. 4. 1.~ 2003. 3. 31. 구입분]공급자산출방법인센티브 금액수령일국가공급사미화원화철광석호주BHP1천만 톤 이상 구매시 미화 2.8백만 달러, 초과 톤당 미화 1달러3,996,1554,677,899,0432003.8.25.HAMER-SLEY1천 톤 이상 구매시 미화 1.5백만 달러, L+F 4백만 톤 구매시 미화 1.25백만 달러, Yandi 6백만 톤 초과분 톤당 미화 1.5달러3,269,191.503,826,915,5702003.8.25.ROBE RIVER1.7백만 톤 이상 구매시 미화 75만 달러717,316839,690,1102003.8.25.브라질CVRD4,570천 톤 구매시 전량 4.5%(CAR.F), 1,830천 톤 구매시 전량 4.5%(RIO.F)2,885,801.173,418,231,4862003.12.16.합 계10,868,463.6712,762,736,208?
[2003. 4. 1.~ 2004. 3. 31. 구입분]?공급자산출방법인센티브 금액수령일국가공급사미화원화철광석호주BHP10.3백만 톤 이상 구매시 미화 2.8백만 달러, 초과 톤당 미화 1달러 등4,968,324.385,756,797,4592004.7.16.HAMER-SLEYYandi 광산분 JS Mill의 91.4% 가격 적용2,821,392.093,017,478,8402004.11.19.ROBE RIVER2백만 톤 까지는 미화 1백만 달러, 2.25백만 톤이면 미화 1.25백만 달러, 2.5백만톤이면 미화 1.5백만 달러1,250,0001,447,125,0002004.8.19.ABM전체 구매량의 1.5% 인하283,752.35328,159,7082004.6.25.브라질CVRD전년과 동일3,086,620.301,653,071,0702004.12.31.합 계12,410,089.2212,202,632,078?
 (3) 원고는 2000 사업연도부터 2004 사업연도까지의 기간 동안 수령한 이 사건 인센티브 합계 53,004,430,999원을 ‘매입에누리’로 보아 이를 수령한 사업연도에 발생한 원재료의 취득원가에서 차감하여 회계처리를 하고 마찬가지로 법인세 신고를 하였다.
 (4) 이에 대하여 피고 서장은, 이 사건 인센티브는 매입에누리가 아니라 ‘판매장려금’ 등 영업외 수익에 해당하는 것으로 보아 그 수령일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 2000년도 내지 2004년도 귀속 법인세 및 가산세를 부과하였다(이하 ‘쟁점 8 부과처분’이라 한다.).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 45호증, 을 제1 내지 5, 47, 48, 49호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 나. 당사자의 주장
 (1) 원고의 주장 요지
 원고가 수령한 이 사건 인센티브는 원재료 구입계약에서 그 산출방법이 미리 약정되어 있고 구입계약이 종료되면 사전약정에 따라 액수가 산출되므로, 법인세법 및 기업회계기준상 인센티브의 발생이 확정되는 시기가 속하는 사업연도에 귀속되는 원재료의 취득원가에서 차감하여야 하는 ‘매입에누리’에 해당하고, 판매장려금이 아니다. 
 (2) 피고 서장의 주장 요지
 이 사건 인센티브는 원재료 구입기간이 종료되기 전까지는 금액이 확정될 수 없고, 그렇다고 해서 이 사건 인센티브가 직전 사업연도 4. 1.부터 당해 사업연도 3. 31.까지 구입분에 대한 것임에도 그 원가를 당해 사업연도 구입분에 배분하는 것은 비합리적이므로, 이는 매입에누리가 아니라 판매장려금(영업외 수익)으로 보아 그 수취일이 속하는 사업연도의 익금에 산입해야 한다. 
 다. 관계법령
 별지 11 ‘쟁점 8 관계법령’ 기재와 같다.
 라. 판단
 (1) 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제19조에 의하면 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 하고, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제19조에 의하면, 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액은 손비에 해당하지만 기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액은 위 원료의 매입가액에서 제외한다. 한편 이 사건 당시에 시행되던 구 기업회계기준(2006. 2. 6. 기업회계기준서 제21호로 대체되기 전의 것) 제39조 제2항에 의하면, 당기 상품매입액은 상품의 총매입액에서 매입에누리와 환출 및 매입할인을 차감한 금액으로 하고, 이 경우에 일정기간의 거래수량이나 거래금액에 따라 매입액을 감액하는 것은 매입에누리에 포함한다.
 (2) 살피건대, 원고는 원재료 공급자들과의 사이에 1년 단위로 원재료 구입계약을 체결하고 그 구입약정에서 미리 정한 조건이 성취되는 경우에 그 구입약정에서 정한 산출방법에 따라 자동으로 산출되는 일정한 금액을 이 사건 인센티브로 지급받은 사실은 앞서 본 바와 같고, 그와 같은 사실관계에 아래와 같은 점을 보태어 보면, 이 사건 인센티브는 ‘매입에누리’에 해당하고, 그에 따른 원고의 회계처리와 법인세 신고는 적법하다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 쟁점 8 부과처분은 위법하다.
 ① 기업회계용어인 ‘매입에누리’(allowance on purchases)는 물품의 매입에 있어서 그 품질 · 수량 · 인도 · 판매대금결제 기타 거래조건에 따라 그 물품의 매입 당시에 통상의 매입가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액과 매입한 상품 또는 제품에 대한 부분적인 감량 · 변질 · 파손 등에 의하여 매입가액에서 직접 공제하는 금액을 말하는데, 매입에누리 금액은 매입가액에 포함되지 아니한다. 
 ② 이 사건 인센티브는 원재료 구입계약이 정한 조건이 성취된 경우에 한하여 원재료 구입대금의 일부를 반환받은 것이므로 법인세 법령 및 기업회계기준상 ‘매입에누리’에 해당하고, 따라서 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제43조(기업회계기준과 관행의 적용), 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제19조(손비의 범위) 제1호, 구 기업회계기준(2006. 2. 6. 기업회계기준서 제21호로 대체되기 전의 것) 제39조 제2항에 의하여 ‘판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액’에서 직접 차감하여야 한다. 
 ③ 원고의 질의에 대한 한국회계기준원의 2006. 7. 10.자 회신문(갑 제48호증)에서도 "일정 기간의 거래수량에 따라 원고가 공급회사로부터 수취하는 대가는 매입에누리로 보는 것이 타당하고, 매입에누리는 계약상의 일정 구매량을 초과하여 구매할 가능성이 매우 높고 신뢰성 있게 측정할 수 있다면, 당해 일정 구매량을 초과하여 구매하기 전에라도 매입원가에서 차감하여 인식하며, 당해 매입에누리는 재고자산(아직 판매되지 않은 부분)과 매출원가(이미 판매된 부분)에 배분하여야 한다. 한편, 인식한 매입에누리는 최종적인 추정구매량에 근거하여 측정한 후 당해 추정 매입에누리를 합리적이고 체계적인 방법을 사용하여 각 구매량에 배분하는 것이 타당하다."고 회신하고 있어, 이 사건 인센티브가 매입에누리에 해당함을 전제로, 이를 어느 사업연도의 매입원가에서 차감하여 인식하여야 하는 것인지에 관하여 구체적으로 해설하고 있다. 
 ④ 이 사건 인센티브가 법인세 법령과 기업회계기준상 메입에누리의 개념에 해당하는 이상 사업연도말 현재 이 사건 인센티브 금액을 합리적으로 추정할 수 없어 그 사업연도의 매입가액에서 차감할 수 없다 하더라도, 그로 인하여 이 사건 인센티브가 매입에누리가 아닌 것으로 성질이 변한다고 볼 수는 없다.
 이 사건 인센티브는 원재료 구입계약에서 미리 정한 조건이 성취되었을 때 발생하고, 그 발생이 인식된 후에도 원재료 구입량에 따라 그 액수가 증가되는 것으로 약정한 경우에는 계약기간 종료일까지의 실제 구입량이 확정된 후에 구체적인 인센티브 액수가 인식된다. 따라서 사업연도 종료일과 원재료 구입계약 종료일이 일치하는 경우에는 그 사업연도 말에 인센티브 액수가 확정되므로 그 액수를 그 사업연도에 발생한 매입에누리로 인정하여 그 사업연도의 매입가액에서 직접 차감할 수 있다. 
 그러나 원고와 같이 사업연도(1. 1.부터 12. 31.까지)와 원재료 구입기간(4. 1.부터 다음 해 3. 31.까지)이 다를 경우에는 사업연도 종료일(12. 31.) 현재로서는 인센티브의 발생 여부 즉 인센티브 발생조건인 일정 구입량을 초과하여 구입할 것인지 여부와 인센티브의 구체적 액수를 인식할 수 없는데, 그 경우 아직 인식이 불가능한 인센티브를 일정한 금액의 발생이 확실한 것으로 가정하여 당해 사업연도의 매입가액에서 차감할 수는 없고, 그 인센티브의 발생과 구체적 액수가 확정된 후에 비로소 그 확정된 시기가 속하는 사업연도의 매입가액에서 차감할 수밖에 없다.
10. 위법한 처분의 취소범위
 가. 위에서 본 바를 종합하면, 쟁점 1 부과처분 중 가산세를 제외한 본세 부분의 부과처분만이 적법하고, 나머지 각 쟁점 부과처분은 모두 위법하다. 따라서 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 ‘쟁점 1’에 기재된 세액 중 ‘본세액’란 기재 세액을 초과한 부분의 세액과 나머지 각 쟁점란에 기재된 세액은 모두 취소되어야 하는데, 이를 각 사업연도별 법인세 및 가산세의 부과처분 내역에 비추어 보면, 별지 1 ‘법인세 및 가산세 부과내역’의 각 처분일자 기재 법인세 및 가산세의 부과처분 중 ‘이 법원이 인정한 정당한 세액’란 기재 각 세액을 초과한 부분은 모두 취소되어야 한다. 
 나. 또한, 쟁점 9, 10 소득처분은 전부 위법하므로, 별지 4 ‘쟁점별 세액 및 소득 구분표’의 각 ‘쟁점 9, 10’란에 기재된 소득금액에 대한 소득금액변동통지처분 즉 이 사건 소득처분은 모두 취소되어야 한다. 
11. 결론
 그렇다면, 원고의 피고 서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유가 있어 이를 인용하고, 그 나머지 청구는 이유가 없어 이를 기각하기로 하며, 원고의 피고 청장에 대한 청구는 이유가 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결 중 피고 서장에 대한 부분은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 피고 서장에 대한 부분을 위와 같이 변경하기로 하고, 제1심 판결 중 피고 청장에 대한 부분은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 피고 청장의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 이기광(재판장) 신안재 정성욱