지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 법률조항의 입법 취지 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.02.13 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
【이유】

상고이유를 판단한다.
1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어 원고가 2008. 3. 27. 이 사건 주식을 취득함으로써 이 사건 법인의 과점주주가 됨과 동시에 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다)에 의한 지주회사의 요건을 갖추게 되었으므로, 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제6항 제8호(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)에 따라 과점주주에게 부과되는 취득세가 면제되고, 취득세 납부의무를 전제로 하는 농어촌특별세 역시 부담하지 않는다고 판단하고, 나아가 투자목적회사인 원고에게는 구 간접투자자산 운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 제정되어 2009. 2. 4.부터 시행된 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 부칙 제2조로 폐지된 것, 이하 ‘구 간접투자법’이라 한다) 제144조의17 제1항에 따라 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하므로 공정거래법에 의한 지주회사에 대하여 간주취득세를 면제하도록 하고 있는 이 사건 법률조항이 적용될 여지가 없다는 피고의 주장을 배척하였다.
2. 그러나 위와 같은 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
가. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).
나. 이 사건 법률조항은 ‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써「지방세법」제22조제2호의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우 당해 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한「지방세법」제105조제6항의 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는데, 공정거래법 제2조 제1호의2, 같은 법 시행령 제2조 제1항, 제2항은 지주회사를 ‘주식(지분을 포함한다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 등 현재의 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사’로 정의하면서, 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지는 ‘회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인지’를 기준으로 판단하도록 규정하고 있다.
한편 구 간접투자법 제144조의17 제1항은 ‘사모투자전문회사 또는 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있고, 여기에서 사모투자전문회사란 ‘회사의 재산을 주식 또는 지분 등에 투자하여 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등의 방법으로 투자한 기업의 가치를 높여 그 수익을 사원에게 배분하는 목적으로 설립된 합자회사로서 일정한 요건을 갖춘 회사’를 말하고( 제2조 제4호의2, 제144조의2 제1항, 제2항), 투자목적회사란 ‘그 주주 또는 사원의 전부가 사모투자전문회사이고 사모투자전문회사 재산의 운용방법과 동일하게 투자하는 주식회사 또는 유한회사’를 말한다( 제144조의9 제1항, 제144조의7 제1항 제1호 내지 제5호, 제7호).
지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다. 그런데 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사는 투자한 회사의 기업가치를 높여 창출한 수익을 투자자에게 배분하는 것을 주된 목적으로 하여 설립된 회사로서, 수직적 출자구조를 통하여 자회사의 사업을 지속적으로 지배함으로써 소유와 경영의 합리화를 도모하려는 목적으로 설립된 공정거래법상의 지주회사와는 설립목적이나 기능 등이 전혀 다르다. 이러한 이유로 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사의 경우에는 공정거래법 제2조 제1호의2 등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었다고 하여 이를 모두 지주회사로 취급하여 공정거래법상의 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것이 적절하지 아니하므로, 구 간접투자법 제144조의17 제1항은 위에서 본 바와 같이 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 10년간 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다. 이는 결국 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사는 공정거래법상의 지주회사로 보지 아니하겠다는 취지라 할 것이다.
그리고 구 간접투자법 제144조의17 제3항 본문은 ‘사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있고, 그 문언 내용과 이 사건 법률조항의 입법 취지 등에 비추어 보면 위 규정에 따라 금융지주회사로 보지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한데, 사모투자전문회사나 투자목적회사가 일반 지주회사인지 아니면 금융지주회사인지에 따라 이 사건 법률조항의 적용을 달리할 합리적 이유도 없다.
또한, 공정거래법상의 지주회사에 대하여는 이 사건 법률조항 외에, 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례( 구 조세특례제한법 제38조의2), 수입배당금액의 익금불산입제도( 법인세법 제18조의2) 등이 마련되어 있는 반면, 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도( 법인세법 제51조의2 제1항 제2호)나 등록세 중과배제제도( 구 조세특례제한법 제119조 제7항) 등이 규정되어 있는 등 세법상의 규율에도 차이가 있다.
다. 위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법이 이 사건 법률조항(당시에는 제120조 제5항 제8호)을 신설할 당시에는 구 간접투자법에 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 도입되지 아니하였던 점 등을 종합하면, 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.
라. 그럼에도 원심은 위와 달리 투자목적회사인 원고에게도 공정거래법의 지주회사에 관한 규정 및 이 사건 법률조항이 적용된다고 보아 피고의 이 사건 간주취득세 부과처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 조세법률주의 원칙, 조세법규의 엄격해석에 관한 법리 등을 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-서울고등법원 2011. 8. 17. 선고 2010누820 판결】

【주문】 처분청패소

1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2010. 2. 17. 원고에 대하여 한 취득세 13,893,380원, 농어촌특별세 1,389,330원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유 중 결론을 제외한 부분은 제1심 판결문 제2의 다.항을 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결의 이유 부분 제1, 2항 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 이 법원이 고쳐 쓰는 부분

다. 판단

1) 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제105조 제6항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 과점주주가 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하여 과점주주에게 취득세 납부의무를 부과하고 있다. 한편, 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사 주식을 취득하는 경우에는 과점주주에 대하여 구「지방세법」제105조제6항을 적용하지 아니한다고 규정하여 공정거래법에 따른 지주회사에 대하여 취득세 감면 혜택을 주고 있다.
공정거래법 제2조 제1의2호, 공정거래법 시행령 제2조 제1항, 제2항에 의하면, ‘지주회사’란 주식(지분을 포함)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사를 말하고, 주된 사업이 되는 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함) 가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 것으로 한다.
앞서 본 바와 같이, 원고는 2008. 3. 27. 이 사건 주식을 추가로 취득하여 이 사건 법인의 발행주식 총수 중 약 92.62%의 주식을 보유하게 되었다. 당시 원고 자산은 1,955,492,421,912원으로 1,000억 원을 훨씬 상회하고 있었고, 그 주식 가액은 자산총액의 약 99.81%를 차지하였다. 따라서 원고는 이 사건 주식의 취득으로 인하여 이 사건 법인의 과점주주가 되었고, 동시에 공정거래법에 따른 지주회사의 요건을 갖추게 되었으므로, 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 따라 과점주주에 부과되는 취득세가 면제되고, 취득세 납부의무를 전제로 하는 농어촌특별세 역시 부담하지 않는다.
2) 피고는, 간접투자법 제144조의17 제1항은 ‘사모투자전문회사 또는 투자목적회사(이하 ’투자전문회사 등‘이라 한다)에 대하여는 일정한 요건을 충족하는 투자를 하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하여 투자목적회사인 원고에 대하여 지주회사에 관한 규정이 적용되는 것을 배제하고 있으므로, 원고에게는 지주회사에 대한 취득세 면제 조항이 적용될 여지가 없다는 취지로 주장한다.
법령이 다른 법령을 인용하고 있는 등으로 서로 다른 법령 간에 같이 해석·적용하여야 하는 것이 당연한 경우가 아니라면 원칙적으로 한 법령에서 사용하는 용어 등을 해석·적용하는 것은 그 법령에 내재하는 체계에 따라야 하고, 다른 법령에서 적용을 배제하고 있다고 하여 해석을 요하는 당해 법령에서도 적용을 배제하여야 하는 것은 아니다. 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사 주식을 취득하는 경우를 취득세 면제사유로 들고 있을 뿐이고, 공정거래법에 의한 지주회사는 공정거래법 제2조 제1의2호에서 ‘주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사’라고 정의하면서 그 ‘주된 사업’의 기준도 대통령령에 위임하고 있다. 그러므로 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 규정하는 지주회사는 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호, 공정거래법 제2조 제1의2호 및 그 시행령 제2조 제1항, 제2항에 따라 지주회사 요건을 충족하는지 여부를 해석하면 충분하다. 간접투자법 제144조의17 제1항은 ‘투자전문회사 등에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있으나, 이는 투자전문회사 등이 공정거래법 제2조 제1의2호가 정한 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 그에 대하여 공정거래법상 각종 규제규정을 적용하지 않겠다는 취지에 불과하고, 그와 다른 법령인 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 규정하고 있는 지주회사로도 보지 않겠다는 것으로 해석될 수는 없다(더구나 간접투자법 제14조의17 제1항은 공정거래법상 지주회사로 보지 않는다는 것이 아니고, 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 할 뿐이다).
나아가 구 조세특례제한법의 입법취지 등에 비추어 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호를 합목적적으로 해석한다고 하더라도, 아래에서 보는 이유들에 비추어 보면, 투자전문회사 등이 지주회사에 해당되지 않는다고 해석할 수는 없다.
① 공정거래법상 지주회사 관련 규정 체계를 보면, 제2조에서 지주회사 및 자회사라는 용어에 대하여 정의한 다음 제8조에서는 지주회사를 설립한 경우 공정거래위원회에 신고하도록 하고 있고, 제8조의2 제2항 내지 제5항에서는 부채비율, 자회사 주식 보유비율, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있으며, 제66조, 제68조에서는 신고의무를 위반하거나 행위제한 규정을 위반한 자에 대하여 벌칙을 부과하고 있다. 입법자는 1990년대 말 외환위기를 맞아 외자유치 및 신속한 기업구조조정 필요성 때문에 1999. 2. 5. 공정거래법을 개정하여 그 동안 금지하여 오던 지주회사제도를 허용하면서 지주회사가 초래할 수 있는 경제력 집중 폐해를 방지하기 위하여 부채비율 제한 등 각종 규제규정을 마련한 것이다.
이에 대하여 간접투자법 제144조의17 제1항은 투자전문회사 등이 투자를 수행하는 과정에서 그 본질상 지주회사가 될 가능성이 큰 점을 고려하여 이들이 공정거래법 제2조에서 정한 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 원활한 투자활동을 보장해 주기 위하여 지주회사에 대한 각종 규제규정을 일정 기간 배제해 주겠다는 취지로 마련된 것이다. 이는 위 법조문 표제가 ‘지주회사 규제의 특례’인 점, 투자전문회사 등에 대하여 공정거래법 등에 의한 지주회사에 관한 규정을 제한적으로 적용하는 등 관련규제를 대폭 완화하기 위하여 간접투자법을 제정한 것으로 보이는 점 등에 비추어도 분명하다.
② 간접투자법 제144조의17 제3항 본문은 ‘투자전문회사 등에 대하여는 일정한 요건을 충족하는 투자를 하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있다. 투자전문회사 등이 금융업 등을 하는 회사에 투자한 경우에는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 않는다는 취지를 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 규정하는 공정거래법에 의한 지주회사가 아니라는 것으로 해석하게 되면, 지주회사와 금융지주회사를 구분하지 아니하고 취득세 면제대상으로 규정한 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호와 달리 투자전문회사 등이 투자하는 대상 기업에 따라 취득세 면제 여부가 달라지는 부당한 결과가 초래된다.
공정거래법에 따른 지주회사는 법에서 정한 일정한 요건, 즉 자산총액과 주식요건을 충족함으로써 자유롭게 성립되나, 금융지주회사법은 금융의 공공성 등을 고려하여 금융지주회사가 성립하기 위하여는 미리 금융위원회로부터 인가를 받도록 요구함으로써( 금융지주회사법 제2조 제1항 제1호, 제3조, 제4조, 제5조의2 참조) 그 성립 자체를 사전에 규제하고 있다. 여기에 금융지주회사법은 오로지 금융지주회사 관련 정의 규정과 행위제한 규정만으로 구성되어 있다는 특성을 보태어 보면, 간접투자법 제144조의17 제3항 본문에서 ‘금융지주회사로 보지 아니한다’는 문구는 금융업을 영위하는 회사 등 주식을 취득하여 금융지주회사로 성립하는 과정에서 금융지주회사법에서 요구하는 금융위원회 인가를 받지 않아도 되고, 그 후 활동 시에도 법에서 정한 각종 규제 규정을 적용하지 않겠다는 취지일 뿐, 금융지주회사로 성립하는 것 자체를 부정하는 것은 아니라고 보아야 한다. 간접투자법 제144조의17 제3항 본문에도 불구하고 금융지주회사 역시 공정거래법에 따른 지주회사와 마찬가지로 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 의하여 취득세를 면제받는다고 보아야 한다.
③ 공정거래법상 지주회사에 대하여 과점주주에 부과되는 취득세를 면제하는 특례 규정은 외환위기 조기 극복을 위하여 1999. 2. 5. 구 공정거래법 개정으로 도입된 지주회사 제도를 뒷받침하기 위한 것이다. 투자전문회사 등은 투자한 회사의 기업 가치를 높여 그 수익을 사원들에게 배분하는 것을 목적으로 하여 간접투자를 활성화하고 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하며 회사 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급하여 자산운용산업이 발전할 수 있는 계기를 만들고 궁극적으로 투자산업을 발전시키기 위해 2004. 10. 5. 간접투자법에 처음 도입된 제도이다. 그 당시 지주회사의 일종인 투자전문회사 등에 대하여 취득세를 부과하고자 했다면 당연히 취득세 특례 규정을 배제하는 입법조치를 했어야 마땅하다. 그렇지 않은 채 오히려 간접투자법에서 일정 기간 공정거래법상 지주회사 규제를 배제하는 우호적인 입법을 한 것은 투자전문회사 등을 발전시켜 구조조정 등에 필요한 자본 등을 육성시키려는 입법자의 의도를 반영한 것으로 볼 수 있다. 기업의 원활한 구조조정을 위하여 도입된 투자목적회사의 경우에도 다른 지주회사와 마찬가지로 취득세를 감면하여 줌으로써 그 설립을 장려할 필요가 있고, 법령상 이와 다르게 해석할 만한 법적 근거가 없다. 만약 이와 달리 본다면 투자전문회사 등으로서는 단기간에 과도한 취득세를 부담하게 되면서 그 설립 및 활동 과정에서 상당한 제약을 받을 수밖에 없을 것이다. 이는 공정거래법상 지주회사에 대한 규제를 배제시키면서까지 구조조정 등에 필요한 자본을 육성하려고 한 간접투자법의 입법취지에 명백히 어긋나는 것으로 보인다.
④ 지주회사는 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지는 반면, 원고와 같은 투자전문회사 등은 처음부터 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사로서 실체를 가지지 않는 투자기구(paper company)에 불과하며, 그밖에 앞서 본 도입 시기, 목적 등에서 서로 차이가 있기는 하나, 기업 구조조정을 원활히 한다는 측면에서 양자의 성격은 크게 다르지 않다. 이러한 점에 비추어 투자전문회사 등이 공정거래법상 지주회사 요건을 갖추었다면, 이를 지주회사로 보아 같이 취득세 면제규정을 적용하는 것이 타당하다.
피고는 공정거래법 제2조 제1호의2가 ‘지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업내용으로 하는 회사’라고 정의하고 있듯이 지주회사는 자회사 지배를 목적으로 하는 반면 투자전문회사 등이 하는 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익 창출이라는 주된 목적을 위한 수단에 불과하여, 양자 간에는 본질적인 차이가 있다는 취지로 주장한다. 그러나 지주회사에 관한 정의규정에서 말하는 ‘주된 사업’이란 기실 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식 가액의 합계액이 해당 회사 자산총액에서 차지하는 비중이 50% 이상일 것을 요한다는 의미일 뿐이므로, 지주회사는 오로지 자산총액과 자산총액 대비 일정한 자회사 주식보유라는 객관적 사실만으로 판정되는 것이고, 자회사 지배기간 역시 지주회사 인정에 아무런 영향을 미치지 못한다. 따라서 공정거래법상 지주회사 요건을 충족하는 이상 모두 동일한 지주회사일 뿐임에도, 아무런 법적 근거도 없이 그 추구하는 목적 등을 이유로 취득세의 면제 여부를 달리 취급하는 것은 엄격해석의 원칙 등을 내용으로 하는 조세법률주의에 명백히 위배되는 것으로 볼 수밖에 없다.
3) 그런데 피고는 투자전문회사 등이 공정거래법에 따른 지주회사가 아니라는 전제에서 이 사건 처분을 하였으므로, 결국 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-춘천지방법원 2010. 11. 11. 선고 2010구합816 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 8. 8. 구 간접투자자산 운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 부칙 제2조 제3호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘간접투자법’이라고 한다)에 의한 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하고 있다.
나. 원고는 2008. 3. 27. 주식회사 씨앤엠(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 개인주주들로부터 주식 16,176,304주(발행주식 총수의 65.14%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 취득함으로써 이 사건 법인의 주식 92.62%를 보유하게 되었는데, 2008. 12. 31. 기준 원고의 자산 1,955,492,421,912원 중 주식이 1,951,864,800,050원으로 자산총액의 99.81%를 차지하였다.
다. 원고는 2008. 4. 25. 피고에게 이 사건 법인의 과점주주가 되었음을 이유로「지방세법」제105조제6항에 따라 이 사건 법인 소유의 용평버치힐 콘도회원권에 대한 취득세를 신고ㆍ납부하였다가, 2009. 9.경 피고에게 원고의 경우 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라고 한다)에 의한 지주회사에 해당하므로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 취득세 면제규정이 적용된다고 주장하면서 환급신청을 하여 피고로부터 납부한 취득세를 환급받았다.
라. 그런데 그 후 행정안전부장관이 2009. 12. 16. 각 시ㆍ군에 "자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라고 한다)상 사모투자전문회사 또는 투자목적회사(이하 ‘투자전문회사 등’이라고 한다)는 일반 지주회사와는 그 성격이 다르고, 공정거래법상 각종 규제 등이 적용되지 않아 공정거래법상 지주회사로 볼 수 없다는 이유로 투자전문회사 등은 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 의한 과점주주 취득세 면제대상에 해당하지 않는다"는 내용의 세정운영기준을 통보하자, 피고는 2010. 2. 17. 원고에게 다시 위 콘도회원권에 대한 취득세 13,893,380원, 농어촌특별세 1,389,330원을 각 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.
[인정근거] 갑 1 내지 5호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

간접투자법 제144조의17 제1항(현행 자본시장법 제276조 제1항과 동일)이 "투자전문회사 등이 다른 회사의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상이 되도록 하는 투자 방법으로 재산을 운용하는 등의 요건을 충족하는 경우에는 이러한 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다"고 규정한 의미는 투자전문회사 등을 공정거래법상 지주회사로 보지 않겠다는 것이 아니라 공정거래법상 지주회사에 대한 행위제한규정에 대한 예외를 인정하여 간접투자법에서 별도로 규제하겠다는 것에 불과하므로, 원고와 같이 공정거래법 제2조 제1호의2가 정한 지주회사의 정의규정을 충족하는 투자전문회사 등에 대하여는 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 취득세 면제규정이 적용되어야 함에도 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

(1)「지방세법」제105조제6항 본문은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주에게 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세 납부의무를 부과하고 있고, 조세특례제한법 제120조 제6항 8호는 공정거래법에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득함으로써「지방세법」제22조제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대해서는 같은 법 제105조 제6항에 따른 취득세 납부의무를 면제하는 특례규정을 두고 있으며, 한편 간접투자법 제144조의17 제1항은 투자전문회사 등이 그 재산을 다른 회사의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상이 되도록 투자하거나 임원의 임면 등 투자하는 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 하는 방법으로 투자한 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.
(2) 그런데 공정거래법이 1999. 2. 5. 그동안 금지하였던 지주회사를 도입하게 된 배경은 1990년대 말 외환위기를 맞아 기존의 대규모 기업집단의 계열기업 간 상호출자나 상호보증으로 인해 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어지는 위험성이 현실화되기 시작하자 투명경영이 가능한 수직적인 출자구조와 출자금 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄도산의 위험을 차단할 수 있고, 지주회사와 자회사의 특성을 통해 전략적인 의사결정과 일상적인 의사결정을 분리함으로써 경영의 효율성을 제고하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지할 수 있는 지주회사의 장점이 부각된 데 있고, 조세특례제한법은 1999. 12. 28. 공정거래법상 규제를 받는 지주회사로의 전환이나 설립을 촉진하기 위한 세제지원책으로 지주회사에 대하여는 과점주주라도 취득세를 면제하는 규정을 신설하였다.
(3) 한편 간접투자법은 2004. 10. 5. 간접투자의 활성화, 투자자들에게 다양한 투자기회 제공, 회사의 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본의 효율적 공급을 위해 투자전문회사 등을 도입하면서, 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사의 실체를 가지지 아니하는 투자기구(paper company)로서 회사의 경영권을 한시적으로 확보한 후 기업가치를 최대한 높여 투자자들의 이익을 극대화시키는 것을 목적으로 설립되는 투자전문회사 등이 투자활동 과정에서 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖추었다고 하여 공정거래법에 의한 지주회사로 보아 지주회사에 관한 각종 규제가 그대로 적용될 경우 그 자산운용을 제약하여 활성화가 어려워지는 것을 방지하기 위해 같은 법 제144조의17 제1항과 같은 규제 특례 조항을 신설하였다.
(4) 위와 같은 조세특례제한법의 취득세 면제조항과 간접투자법의 규제특례조항의 입법 취지 및 목적 등을 종합적으로 고려하여 보면, 간접투자법 제144조의17 제1항의"투자전문회사 등에 대하여는 …. 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다"는 의미는 "투자전문회사 등에 대하여는 ... 공정거래법에 의한 지주회사로 보지 않는다"는 의미로 해석하는 것이 상당하므로, 결국 투자전문회사 등에는 조세특례제한법 제120조 제6항 8호의 취득세 면제규정이 적용되지 아니한다고 봄이 타당하다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 청구를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있는 것이다. 따라서 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회 사나 투자목적회사에 대하여는 이러한 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당한 것인데도 불구하고 이와 달리, 원심은 구 간접투자법 제144조의17 제1항에 따라 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 투자목적회사인 원고에게도 법률조항이 적용된다고 잘못 해석하여 간주취득세 부과처분이 위법하다고 판단하였으므로 파기 환송한다.