종합소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2010.08.13 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 강남세무서장
【변론종결】2010. 6. 23.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2008. 4. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 종합소득세 76,208,820원 부과처분, 2005년 귀속 종합소득세 100,867,980원 부과처분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 별지 부동산 목록 기재와 같이 2001. 9. 4.과 2005. 6. 23. 서울특별시 강서구 화곡동 (지번 생략) 내지 9의 5필지 토지 및 그 지상 건물의 소유권을 취득하고 위 각 부동산에 대하여 별도의 부동산임대사업자 사업자등록을 하였다.
 나. 원고는 2004.부터 2005.까지 별지 부동산 목록 순번 1, 4 기재 각 부동산을 임대하고 2005. 5. 31. 2004년 위 각 부동산 임대수입이 25,243,008원이고, 이에 대한 필요경비가 62,534,412원이라는 내용으로 2004년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고를 하였고, 2006. 5. 31. 2005년 위 각 부동산 임대수입이 38,685,687원이고 이에 대한 필요경비가 61,454,364원이라는 내용으로 2005년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고를 하였으나, 강서세무서장은 2007. 11. 20.부터 2008. 2. 28.까지 원고의 사업장에 대한 세무조사결과 원고가 위 각 부동산의 임차인인 소외 5, 6, 7, 8 등 명의 계좌(이하 ‘이 사건 차명계좌’라 한다)로 임대수입금을 입금받거나 조세회피 목적으로 임차인들과 이중계약서를 작성하는 등으로 신고하지 아니한 부동산 임대수입이 2004년 208,230,226원, 2005년 285,209,486원에 달한다는 사실을 밝혀내어 피고에게 이를 과세자료로 통보하였다.
 다. 이에 피고는 위 매출누락액 208,230,226원을 원고의 2004년 수입금액에 합산한 다음 기준경비율로 과세표준을 추계하는 방법으로 2004년 귀속 종합소득세 과세표준을 172,754,741원으로, 위 매출누락액 285,209,486원을 원고의 2005년 수입금액에 합산한 다음 기준경비율로 과세표준을 추계하는 방법으로 2005년 귀속 종합소득세 과세표준을 239,543,780원으로 각 산정하여 2008. 4. 1. 원고에게 2004년 귀속 종합소득세 76,208,820원(신고불성실가산세 10,024,299원 및 납부불성실가산세 15,692,822원 포함), 2005년 귀속 종합소득세 100,867,980원(신고불성실가산세 14,227,455원 및 납부불성실가산세 14,500,204원 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2008. 7. 14. 국세청장에게 심사청구를, 조세심판원에 심판청구를 각 제기하였으나, 불복이유에 관한 주장 및 증거자료의 제출 없이 단지 위 각 청구서만을 제출하였고 위 각 청구서에는 불복의 대상인 과세처분이 종합소득세 부과처분인 것만 표시되어 있고 과세연도, 세액 등은 기재되어 있지 않았다.
 마. 국세청장은 2008. 8. 5. 원고에게 2008. 8. 18.까지 주장내용과 그에 대한 입증서류 일체를 제출할 것을 요구하는 보정요구를 하였으나 원고가 이에 응하지 아니하자, 2008. 8. 20. ‘원고가 심사청구서 제출시 불복이유서를 제출하지 않았기 때문에 심사청구서만으로는 주장내용을 전혀 알 수 없어 원고에게 보정요구를 하였음에도 원고가 보정요구에 응하지 않았다’는 이유로 원고의 위 심사청구를 각하(이하 ‘심사청구 각하결정’이라 한다)하였다.
 바. 그 후 원고는 2008. 8. 말경 조세심판원에 이 사건 처분에 대하여 심판청구를 하는 이유를 기재한 청구이유서와 입증서류를 제출하였으나, 조세심판원은 2008. 10. 8. ‘원고가 국세기본법 제55조 제9항을 위반하여 심사청구와 심판청구를 중복하여 제기하였고, 국세청장이 위 심사청구에 대하여 이미 각하결정을 하였으므로, 원고의 위 심판청구는 조세심판원의 심리의 대상이 되지 않는다’는 이유로 원고의 위 심판청구를 각하(이하 ‘심판청구 각하결정’이라 한다)하였다. 
[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 3, 8, 9, 37, 39호증, 갑 제4호증의 1 내지 16, 을 제1, 3, 4호증, 갑 제12호증의 1 내지 3, 을 제1, 3, 4, 6, 7호증, 제5호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지]
2. 피고의 본안전 항변에 대하여
 가. 피고의 주장
 원고의 이 사건 처분과 관련한 국세청에 대한 심사청구 및 조세심판원에 대한 심판청구는 모두 그 본안심리요건을 갖추지 못하여 각하되었으므로 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 국세기본법 제56조 제2항이 정한 필요적 전치절차를 거치지 아니하고 제기한 것으로서 그 소송요건을 갖추지 못하여 부적법하다.
 나. 판단
 살피건대, 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제2항에 의하면 이 사건 처분에 대하여 이 사건 소를 제기하려면 국세청장에 대한 심사청구 또는 조세심판원에 대한 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없고, 동법 제55조 제9항에 의하면 이 사건 처분에 대해서는 심사청구와 심판청구를 중복하여 제기할 수 없다 할 것이나, 앞에서 본 바와 같이 국세청장이 원고가 국세기본법 제63조 제1항에 기한 정당한 보정요구에 대하여 응하지 아니하였다는 이유로 심사청구를 각하함으로써 국세청장에 대한 심사청구와 조세심판원에 대한 심판청구가 중복하여 계속 중인 상태는 심판청구 각하결정 전에 이미 해소되었고, 원고는 앞에서 본 바와 같이 심판청구 각하결정 이전에 이미 불복의 대상과 불복의 이유가 기재된 청구이유서 등을 조세심판원에 제출하였으므로, 심판청구 각하결정 당시 원고의 심판청구는 그 본안심리요건을 갖추었다고 할 것이다. 그런데도, 조세심판원은 앞에서 본 바와 같이 이 사건 처분에 대한 심사청구가 이미 각하되어 심판청구의 대상이 되지 않는다는 이유로 심판청구 각하결정을 하였으므로 원고는 이 사건 처분에 대하여 적법하게 국세기본법 제56조 제2항이 규정한 심판청구절차를 거친 것으로 보아야 할 것이다. 따라서, 피고의 위 본안전 항변은 이유 없다.
3. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
 1) 원고는 2005. 별지 부동산 목록 순번 1, 4 기재 부동산 외에 위 목록 순번 2 기재 부동산을 소외 9 등에게, 위 목록 순번 3 기재 부동산을 주식회사 유어리빙에 각 임대하고 차임을 지급받았으므로, 위 목록 순번 2, 3 기재 부동산의 임대와 관련한 수입과 비용을 원고의 2004년과 2005년 총소득금액 계산시 반영하여야 함에도 피고는 이를 반영하지 않았다.
 2) 별지 부동산 목록 기재 부동산 중에는 건축법에 위반한 건축물이 있어 원고가 위 부동산을 임대할 당시 임차인들이 위 건축물에 대하여 원고 앞으로 부과된 이행강제금을 부담하기로 약정하였기 때문에 원고는 위 임차인들로부터 이행강제금 명목으로 521,406,010원을 지급받아 이행강제금을 납부하였고, 원고가 위 목록 순번 1, 4 기재 부동산을 임대하면서 임차인 소외 5, 7, 10 등으로부터 임대보증금을 한꺼번에 받지 않고 매월 일정액씩 분할하여 지급받았는바, 원고가 위와 같이 이행강제금을 납부하기 위하여 지급받은 521,406,010원과 임대보증금 명목으로 지급받은 돈은 부동산 임대소득이라고 할 수 없으므로 원고의 2004년과 2005년 총수입금액에서 공제하여야 함에도 피고는 이를 공제하지 아니하고 수입금액을 결정하였다.
 3) 원고가 비치한 장부, 대출관련 서류, 통장거래내역, 등기부등본 등의 자료에 의하여 별지 부동산 목록 기재 부동산의 임대와 관련하여 지출된 대출금 이자, 인건비 등 경비의 액수를 계산할 수 있으므로 추계과세의 보충성 원칙에 따라 피고는 위 증빙서류에 기하여 원고의 부동산 임대수입금액 신고누락액에 대응하는 실제의 지출된 경비를 필요경비로 인정하여 원고의 2004년과 2005년 총소득금액을 산출하여야 함에도, 피고는 기준경비율 적용하여 원고의 2004년과 2005년 총소득금액을 산출하였고, 위 증빙서류와 원고가 이 사건 소송과정에서 제출한 증빙서류에 기하여 실제의 지출된 경비를 산출하면, 2004년 수입금액에 대응하는 필요경비는 합계 210,532,568원(별지 부동산 목록 순번 1, 4기재 부동산 취득을 위하여 대출받은 대출금 1,970,000,000원에 대한 2004년분 이자 120,532,568원 + 위 부동산의 관리를 위하여 지출한 인건비 90,000,000원)이고, 2005년 수입금액에 대응하는 필요경비는 합계 487,387,016원(위 1,970,000,000원에 대한 2005년분 이자 2005년 116,665,016원 + 위 목록 순번 2, 3 기재 부동산 취득을 위하여 대출받은 대출금 9,820,000,000원에 대한 2005년분 이자 307,222,000원 + 별지 부동산 목록 기재 부동산의 관리를 위하여 지출한 인건비 63,500,000원)이므로 이를 원고의 2004년과 2005년 수입금액에서 공제하여야 함에도 피고는 이를 공제하지 않았다.
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 첫 번째 주장에 대하여
 갑 제4호증의 1 내지 9, 14 내지 16, 갑 제26호증의 1, 2, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6, 7호증의 각 기재, 증인 소외 1의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 별지 부동산 목록 기재 부동산 중 순번 2, 3 기재 부동산에 대하여는 2006. 6. 1. 부동산 임대업을 시작한 것으로 사업자등록을 한 사실, 원고는 2004년 및 2005년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고를 하면서 위 순번 2, 3 기재 부동산에 대한 임대수입은 신고하지 아니한 사실, 원고가 이 사건 처분 이후에 강서세무서로부터 조세범칙조사를 받으면서 2008. 12. 14. 작성하여 제출한 확인서에는 원고가 위 종합소득세 과세표준확정신고 당시 위 순번 2, 3 기재 부동산에 대한 임대수입을 누락한 점은 기재되지 않았던 사실 등을 인정할 수 있고, 이러한 사실에 비추어 보면, 원고가 2004년과 2005년에는 위 순번 2, 3 기재 부동산을 임대하여 임대수입을 얻은 사실이 없었다고 봄이 상당하고, 이러한 경우 소득세법상 수익·비용대응의 원칙상 위 순번 2, 3 기재 부동산의 임대와 관련한 비용은 원고의 2004년과 2005년 총소득금액 산정시 필요경비로 인정할 수 없으므로(대법원 1994. 9. 30. 선고 94누7980 판결 등 참조), 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다(따라서 아래에서는 위 목록 순번 1, 4 기재 각 부동산과 관련한 주장에 대하여만 살펴 보기로 한다).
 2) 두 번째 주장에 대하여
 을 제4, 5, 6, 7호증, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 강서세무서장은 2007. 11. 20.부터 2008. 2. 28.까지 원고의 사업장에 대한 세무조사를 하면서 원고가 제출한 별지 부동산 목록 순번 1, 4 기재 부동산에 대한 임대차계약서, 이 사건 차명계좌에 대한 입출금 통장 등을 근거로 2004년 및 2005년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고 당시 누락한 위 순번 1, 4 기재 부동산의 임대수입을 산출한 사실, 원고가 이 사건 처분 이후에 강서세무서로부터 조세범칙조사를 받으면서 작성·제출한 확인서에도 위 세무조사 당시 산출한 신고누락액이 사실임을 확인하는 내용이 기재되어 있는 사실, 원고는 이 사건 차명계좌의 입금내역에서 이행강제금을 납부하기 위하여 지급받은 부분 및 임대보증금 명목으로 지급받은 부분을 특정하지 못하고 있는 사실 등을 인정할 수 있고, 이러한 사실에 비추어 보면, 피고가 이 사건 처분 당시 원고가 2004년 및 2005년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고 당시 누락한 위 순번 1, 4 기재 부동산의 임대수입을 208,230,226원(2004년)과 285,209,486원(2005년)으로 인정한 것은 객관성이 있는 방법으로서 적법한 실지조사방법에 의한 것이라고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장도 결국 이유 없다. 
 3) 세 번째 주장에 대하여
 가) 종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이고(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조), 총수입금액과 과세표준은 모두 세액산출의 근거가 되는 수액이나, 양자는 그 산출의 근거와 단계를 달리하므로 이를 어떠한 방법으로 조사결정할 것인가 하는 문제는 각각 그 조사결정방법에 관한 법정사유 중 어느 것에 해당하는가에 따라 각별로 결정되어야 할 것이고 그 두 가지가 반드시 같은 방법에 의하여 조사결정되어야 하는 것은 아니라 할 것이며(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 등 참조), 추계조사 결정의 필요성에 관한 입증책임은 과세관청에 있다(대법원 1985. 12. 10. 선고 84누49 판결 등 참조).
 나) 위와 같은 법리를 기초로 아래에서는 장부나 증빙서류 등으로 원고가 주장하는 대출금 이자, 인건비 등 원고의 2004년과 2005년 총수입금액에 대응한 비용을 밝힐 수 있는 방법이 있는지 여부에 관하여 본다. 
 ⑴ 대출금 이자
 갑 제4호증의 19 내지 23, 29 내지 37, 갑 제5 내지 7, 39호증, 갑 제12, 28, 32, 38, 42, 47호증의 각 1 내지 3, 갑 제29 내지 31, 33, 34, 41호증의 각 1, 2, 갑 제35호증의 1 내지 6, 갑 제36, 43, 44호증의 각 1 내지 8, 갑 제45호증의 1 내지 4, 갑 제46호증의 1 내지 7의 각 기재, 증인 소외 1의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 원고는 앞에서 본 바와 같이 2004년과 2005년에는 별지 부동산 목록 순번 1, 4 기재 부동산에 관한 임대수입만을 취득하였고 위 목록 순번 2, 3 기재 부동산에 관한 임대사업을 시작하여 그 임대수입을 취득한 사실은 없었기 때문에, 피고는 위 순번 1, 4 기재 부동산에 관한 임대수입에 대하여만 이 사건 처분을 하였으므로 수익·비용대응의 원칙상 위 목록 순번 2, 3 기재 부동산을 취득하기 위하여 대출받은 대출금에 대한 이자는 이 사건 처분과 관련한 과세표준을 산정함에 있어 공제할 수 없는 점, ② 원고는 2008. 8. 말경 조세심판원에 제출한 청구이유서, 취득경위 및 자금흐름도와 2009. 1. 22.자 준비서면에서는 원고가 케이에스오유동화전문유한회사의 신청으로 진행된 임의경매절차에서 합계 2,506,500,000원(931,000,000원 + 1,575,500,000원)에 소외 11, 12에게 낙찰되었으나 그 대금이 납부되지 않았던 위 목록 순번 1, 4 기재 부동산을 소유자 소외 13으로부터 경락대금 상당액인 합계 2,506,500,000원에 매수하였다고 주장하였으나, 2009. 9. 21.자 준비서면에서는 위 순번 1, 4 기재 부동산을 매수하기 위하여 2,506,500,000원 외에 소외 13에게 500,000,000원, 케이에스오유동화전문유한회사에 200,000,000원을 추가로 지급하였다고 주장하였고, 2009. 9. 21.자 준비서면에서는 위 순번 1 기재 부동산이 201평, 순번 4 기재 부동산이 425평이라고 주장하였으나, 2009. 11. 6.자 준비서면에서는 위 순번 1, 4 기재 부동산의 면적이 합계 606평이라고 주장하는 등 위 순번 1, 4 기재 부동산의 매매대금 액수 등에 관한 주장에 일관성이 없는 점, ③ 원고는 위 순번 1, 4 기재 부동산 세입자 등의 유치권 행사로 인하여 위 부동산을 담보로 대출을 받을 수 없었기 때문에 공동매수인인 소외 14, 15로부터 각 300,000,000원, 소외 16으로부터 150,000,000원을 각 지급받고, 소외 17, 18로부터 각 200,000,000원, 소외 19, 20으로부터 450,000,000원을 차용한 다음 원고, 소외 21, 16의 남편인 소외 22 명의로 금융기관으로부터 대출을 받은 돈 등을 합하여 2001. 8. 9. 위 순번 1, 4 기재 부동산의 매매대금 중 2,506,500,000원을 지급하고 위 순번 1, 4 기재 부동산의 소유권을 취득한 다음 이를 담보로 합계 1,970,000,000원을 대출받아 위 차용금을 변제하고 소외 13에게 500,000,000원, 케이에스오유동화전문유한회사에 200,000,000원을 지급하였다고 주장하나, 원고가 2001. 11. 23. 위 순번 1 기재 부동산을 담보로 주식회사 국민은행(이하 ‘국민은행’이라 한다)으로부터 합계 500,000,000원, 2002. 4. 6. 위 순번 4 기재 부동산을 담보로 국민은행으로부터 970,000,000원을 각 대출받았고, 소외 21이 2001. 11. 23. 위 순번 1 기재 부동산을 담보로 국민은행으로부터 500,000,000원을 대출받아 합계 1,970,000,000원을 대출받았음에도 원고가 2001. 8. 9. 국민은행으로부터 대출받은 합계 623,000,000원, 소외 21이 2001. 8. 9. 국민은행으로부터 대출받은 46,000,000원, 소외 22가 2001. 8. 9. 국민은행으로부터 대출받은 20,000,000원 등은 2002. 6. 26.경 이후까지도 변제되지 않았던 점, 원고는 위 1,970,000,000원의 사용처에 대하여 구체적으로 밝히지 못하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 자료에 의하더라도 위 1,970,000,000원이 직접 위 목록 순번 1, 4 기재 부동산의 구입자금으로 사용되었다고 볼 수는 없다 할 것이므로 그 이자를 과세표준산정시 수입금액에서 공제할 수 없다.
 ⑵ 인건비
 원고는 별지 부동산 목록 기재 각 부동산의 관리 등을 위하여 소외 1, 2, 3 등을 고용하여 그 인건비로 2004년 60,000,000원(소외 1 30,000,000원 + 소외 2 30,000,000원), 2005년 63,500,000원(소외 1 30,000,000원 + 소외 2 5,000,000원 + 소외 3 28,500,000원)을 지출하였다고 주장하나, 갑 제4호증의 17, 18, 24 내지 28, 갑 제14호증의 1 내지 5, 갑 제15, 16호증의 각 1 내지 3, 갑 제17호증, 갑 제40호증의 1 내지 84의 각 기재, 증인 소외 1의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, 소외 1과 소외 2는 원고의 매제이고, 소외 3은 소외 1의 처이자 원고의 동생인 사실, 원고는 위 목록 순번 1, 4 기재 부동산을 취득하기 전인 2000. 3.경부터 이미 소외 1에게 돈을 송금하고 있었던 사실, 원고가 위 목록 순번 1, 4 기재 부동산을 취득한 것은 2001. 9. 4. 임에도 소외 2 또는 소외 3에게 돈을 송금한 것은 2004. 2.경부터인 사실, 원고는 소외 1, 2, 3이 근로소득세를 납부한 자료 등 이들이 실제 위 부동산을 관리하였다는 점에 관하여 아무런 자료도 제출하지 않은 사실, 위 부동산의 임차인들은 직접 임차한 부동산을 관리하였기 때문에 원고는 임차인들로부터 별도로 관리비를 지급받지 않았던 사실 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 자료에 의하더라도 위 부동산을 관리하기 위하여 소외 1 등을 고용하여 위와 같이 인건비를 지출하였다고 볼 수는 없다 할 것이므로 이들에게 지급된 돈을 과세표준 산정시 수입금액에서 공제할 수는 없다. 
 다) 따라서 원고가 제출한 증빙서류 등으로 원고가 주장하는 대출금 이자, 인건비 등 원고의 2004년과 2005년 총수입금액에 대응하여 실제로 지출한 비용을 밝힐 수 없고 달리 이를 밝힐 수 있는 방법이 없으며 그 추계과세방법의 합리성도 인정되는 이상, 추계조사의 방법으로 산정한 과세표준금액을 기초로 한 이 사건 처분은 적법하다 할 것이므로, 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다. 
4. 결 론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 서태환(재판장) 이춘근 김선아