법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2001.05.29 / 시행일:

【원고, 피상고인】 한국수자원공사 (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 박우동 외 4인)
【피고, 상고인】 대전세무서장 (변경 전 명칭 : 동대전세무서장) (소송대리인 변호사 이석연)
【원심판결】 대전고법 1998. 7. 3. 선고 97구70 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고 사건을 대전고등법원에 환송한다.

【이 유】상고이유(기간경과 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 이를 보충하는 한도 내에서)를 판단한다. 
 1. 법인세법중개정법률(1988. 12. 26. 법률 제4020호)은 '산업기지개발촉진법 …의 규정에 의하여 지정된 지역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득'에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니한다는 구 법인세법(위 법률로 개정되기 전의 것) 제59조의3 제1항 제14호(편의상‘법인세법 비과세규정'이라 한다)를 삭제하고, 법인세법에 '산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득'에 대하여는 특별부가세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 면제한다는 규정(제59조의3 제2항 제4호, 편의상‘법인세법 감면규정'이라 한다)을 신설하여 그 시행일인 1989. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하게 하면서(부칙 제12조 제1항), '이 법 시행 당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 종전의 제59조의3 제1항 제14호의 규정('법인세법 비과세규정')에 의한다.'는 경과규정(부칙 제16조, 편의상 '비과세 경과규정'이라 한다)을 두었다. 
 그 후, 공공사업의 원활한 수행 등 각종 정책에 대한 세제지원을 위하여 양도소득세 및 특별부가세의 과세에 있어서 인정되어 온 각종 감면제도를 정비하여 감면대상과 그 감면폭을 축소하고 감면요건을 강화하는 한편, 소득세법 또는 법인세법에 산재되어 규정된 각종 정책지원 목적의 양도소득세 또는 특별부가세의 감면에 관한 규정들을 조세감면규제법에 흡수하여 규정함으로써 세제를 단순화하고 조세감면정책의 통일성을 도모하기 위하여 개정된 조세감면규제법중개정법률(1989. 12. 30. 법률 제4165호)은 '법인세법 감면규정'을 삭제하고, 조세감면규제법에 '산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득'에 대하여는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다는 규정(제59조 제5호, 편의상 '조감법 감면규정'이라 한다)을 신설하여 그 시행일인 1990. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용(부칙 제5조 제1항)하게 하면서, 부칙 제5조 제3항에서 "이 법 시행 당시 종전의 … 법인세법 …의 규정에 의하여 부과(…)하였거나 부과할 …특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다."는 경과규정을 두었다.
 2. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 세법이 개정된 경우에 개정된 세법부칙이 "이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 …세에 관하여는 종전의 규정에 의한다."라는 경과규정을 두고 있다면, 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이라 할 것이므로 구법을 적용하여야 할 것이라고 전제한 다음, 납세의무자에게 불리하게 구 조세감면규제법이 개정된 이 사건에 있어서는 위 조감법 부칙 제5조 제3항에 의하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정인 '비과세 경과규정'과 '법인세법 비과세규정'을 적용하여 특별부가세를 면제하여야 할 것이므로, 1988. 12. 31. 이전에 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지구지정을 받은 이 사건 사업지구의 사업시행자인 원고가 조성한 토지를 1990. 1. 1. 이후에 양도함으로 인하여 발생한 소득에 대하여 50%의 특별부가세를 부과한 이 사건 각 부과처분 및 이미 납부한 특별부가세의 환급을 거부하는 이 사건 경정거부처분은 위법하다고 판단하였다.
 3. 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 원심이 들고 있는 것과 같은 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다.
 그런데 이 사건에서의 종전 규정인 앞에서 본 '비과세 경과규정'은 장래 과세요건을 충족하는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세한다는 취지로 규정되어 있지 않으므로, 원고가 종전 규정인 '비과세 경과규정'으로 인하여 기득권에 갈음하는 신뢰를 가졌다고 보기는 어렵다고 할 것이다.
 그럼에도 원심은 달리 특별한 사정도 없이 원고의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 위 부칙조항에 의하여 원고에게 유리한 종전 규정인 '비과세 경과규정'과 '법인세법 비과세규정'을 적용하여 특별부가세를 면제하여야 할 것이라고 판단하고 말았으니, 여기에는 신뢰보호에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 것이고, 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 4. 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이강국(재판장) 조무제 이용우(주심) 강신욱

조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 "이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 …세에 관하여는 종전의 규정에 의한다."와 같은 개정된 세법 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다.