이 사건 토지를 매수할 당시의 취득가액을 원고의 건설용지 계정별원장에 기재된 금액으로 보아 이루어진 이 사건 처분이 적법한지 여부 (일반행정, 대구지방법원)
공포일: 2024.09.11 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

▣청 구 취 지

피고가2023. 1. 11.원고에게 한 취득세282,126,210원,지방교육세26,121,850원,농어촌특별세13,025,810원의 부과처분을 모두 취소한다.
▣이 유

1.처분의 경위 등

가.원고는 부동산 개발업 등을 영위하는 회사로서,대구 달서구○○동474-5번지 외5필지(이하‘이 사건 사업 부지’라 한다)일원에 공동주택92세대,오피스텔74세대 및 근린생활시설을 신축하여 분양하는 사업(이하‘이 사건 사업’이라 한다)을 진행하기 위하여, 2016. 4. 28.○○○으로부터 대구 달서구○○동474-1대534.2㎡를 매수하고2019. 7. 16.원고의 대표이사인○○○로부터 대구 달서구○○동474-3대412.1㎡를 매수하는 한편, 2020. 1. 17.원고의 대표이사인○○○로부터 대구 달서구○○동474-5대340.1㎡,같은 동474-6대329.1㎡,같은 동474-7대200㎡,같은 동474-9대1,507.9㎡(이하2020. 1. 17.매수한 토지들을‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하였다.
나.원고는2020. 1. 17.이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마친 뒤,피고에게 이 사건 토지의 취득가액7,428,012,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세·지방교육세·농어촌특별세 합계341,688,540원을 신고·납부하였다.
다. 1)원고는2020. 3. 17.이 사건 사업 시행을 위하여○○○종합금융증권 주식회사,○○○화재해상보험 주식회사,○○○캐피탈 주식회사,○○○○○○○주식회사(이하‘이 사건 사업의 대주’라 한다)와 사이에 원고가 이 사건 사업의 대주로부터 합계60,000,000,000원을 대출받기로 하는 내용의 이 사건 사업 관련 사업 및 대출약정을 체결하였다(이하‘이 사건 사업 대출약정’이라 하고,그 과정에서 작성된 이 사건 사업 관련 사업 및 대출약정서를‘이 사건 사업 대출약정서’라고 한다).
채권자 및 채무자대출금 상환액(원)담보 부동산이 사건 토지(소유자 ○○○)그 외 부동산○○은행[채무자 ○○○, ○○○(○○○의 자녀)]1,002,884,904○○동 474-5, 474-9 ○○신용협동조합(채무자 ○○○)1,701,045,081○○동 474-5, 474-9 국민은행(채무자 ○○○)8,195,899,379○○동 474-5, 474-9○○동 1258(소유자 ○○○)○○신용협동조합(채무자 ○○○1))2,490,845,440 ○○동 474-1(소유자 원고)○○저축은행(채무자 ○○○)1,602,863,217○○동 474-6, 474-7○○동 475-10[소유자 ○○○(○○○의 배우자)]합 계14,993,538,021 

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주1)○○동474-1토지의 등기사항전부증명서에는○○○이2016. 5. 18.A신용협동조합으로부터 채권최고액1,300,000,000원의 근저당권을 설정한 뒤에2017. 9. 20.위 근저당권을 해지하고 같은 날 채무자를 甲으로하는 채권최고액1,651,000,000원의 근저당권이 설정된 것으로 기재되어 있으나,A신용협동조합 이사장 乙이2020. 3. 24.작성한○○○관련 부채확인서(갑 제15호증)에는 채무자가○○○,대출잔액이2,480,000,000원으로 기재되어 있는 점,상환계좌도○○○명의 신협계좌인 점,원고가 주장하는 대출금 상환액이 위 부채확인서에 기재된2,480,000,000원에2020. 3. 25.기준 이자10,845,440원을 더한 금액인 점 등을 참작하면,○○동474-1토지에 설정된 근저당권의 채무자를○○○로 본다.
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2)원고는 이 사건 사업 대출약정서에 따라 이 사건 사업의 대주에게 토지잔금(대출상환)명목으로14,993,538,021원의 자금집행을 요청하였고, 2020. 3. 25.승인·집행된15,000,000,000원으로 아래 표 기재와 같이 이 사건 사업 부지 및 대구 달서구○○동1258대18,214.6㎡,대구 달서구○○동475-10대216.2㎡(이하‘이 사건 사업부지 외 토지’라 하고,각 토지는 동 이하 주소로 특정한다)에 설정된 근저당권의 채권자인 각 금융기관에 대출금을 상환하고 이 사건 사업 부지 및○○동475-10토지에 설정된 근저당권설정등기를 말소하였다.
라.대구광역시장은2022. 9. 15.부터2022. 10. 4.까지 원고에 대한 지방세 세무조사를 한 후,원고가 이 사건 토지를14,993,538,021원에 취득하였으나7,428,012,000원에 취득한 것으로 과소신고·납부하였다는 세무조사결과를 원고에게 통지하였고,위 조사결과에 따라 피고는2023. 1. 11.원고에게 그 차액7,565,526,021원(= 14,993,538,021원-7,428,012,000원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세408,353,800원,지방교육세37,809,160원,농어촌특별세18,853,740원 합계465,016,700원을 부과·고지하였다(이하‘당초 처분’이라 한다).
마. 1)원고는 당초 처분에 불복하여2023. 4. 7.조세심판원에 심판청구를 하였고,조세심판원은2023. 10. 10.당초 처분의 과세표준7,565,527,021원에서 이 사건 토지 취득과 무관한 부분인 이 사건 사업 부지 중○○동474-1토지에 설정된 근저당권의 피담보채무액인2,490,845,440원을 제외하는 것으로 세액을 경정하고,나머지 당초 처분에 대한 원고의 심판청구를 기각한다는 내용의 결정을 하였다.
2)피고는2023. 10. 18.원고에게 조세심판원의 결정에 따라 이 사건 토지에 관한 취득세138,478,200원,지방교육세12,821,580원,농업촌특별세6,393,540원 합계157,693,320원을 환급하였다(이하 당초 처분 중 위와 같이 환급되고 남은 취득세 등 부과 부분을‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지5, 8내지17호증,을 제1내지5호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장

피고는 원고가 이 사건 사업의 대주에게 요청하여 집행한 자금인14,993,538,021원을 원고의 건설용지 계정 원장에 전액 계상한 점을 근거로 이 사건 처분을 하였으나,위 원장 기재는 세무회계사무소 직원의 착오로 발생한 것에 불과하다.원고가 원고의 특수관계인인 대표이사○○○로부터 이 사건 토지를 매수하면서 객관적인 가치평가를 위하여 실시한 감정평가액7,428,012,000원이 이 사건 토지의 실제 취득가격이다.집행 자금의 나머지7,565,526,021원은 원고가○○동474-1토지 및 이 사건 사업 부지 외 토지를 담보로○○○이 대출받은 금액을 대신 변제한 뒤○○○에 대하여 가지는 구상금 채권으로,그 중3,228,379,145원은 원고의○○○에 대한 채무와 상계하였고,나머지4,337,146,876원은○○○에 대한 구상채권으로 가지급금 계정별원장에 반영하였다.그러므로 이 사건 토지의 취득가액이12,502,692,581원(=피고가 산정한 이 사건 토지 취득가액14,993,538,021원-조세심판원에서 제외한○○동474-1토지에 설정된 근저당권의 피담보채무액2,490,845,440원)임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
나.관계 법령

별지‘관계 법령’기재와 같다.
다.판단

1)관련 법리

지방세법령이 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이다.따라서 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니지만(대법원1993. 4. 27.선고92누15895판결 등 참조),법인의 장부가액이 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 신빙성이 있는 경우에는 이를 기준으로 과세표준을 산정하여야 한다(대법원2017. 1. 12.선고2015두45380판결 등 참조).
2)구체적 판단

앞서 든 증거,갑 제18내지21호증,을 제6내지12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면,원고가○○○로부터 이 사건 토지를 매수할 당시의 취득가액은 원고의 건설용지 계정별원장에 기재된 금액으로 보는 것이 타당하므로,이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하고 원고의 주장은 이유 없다.
①이 사건 사업 대출약정서의 별지1최초분양가격 및 별지2사업수지 분석표(필수사업비)에는 이 사건 사업의 토지비용과 관련된 토지의 면적,비용이 기재되어 있는데,이는 아래 표 기재와 같이 이 사건 토지의 면적 및 원고가 건설용지 계정별원장에 토지대금(대출금상환)으로 계상한 비용과 사실상 일치한다.원고는 이 사건 사업의 대주에게 이 사건 토지를14,993,538,021원에 취득하였다고 고지하였거나 이를 전제로 이 사건 사업 대출약정을 체결하였을 가능성이 높고,위 금액을 이 사건 토지의 실제 거래가액으로 봄이 합리적이다.
②원고는2020. 1. 17.○○○과 사이에 이 사건 토지의 매매대금을7,428,012,000원,매매대금 지급일을2020. 1. 17.로 하는 부동산매매계약서를 작성하고 같은 날 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤으나○○○에게 위 매매대금을 지급하지 않았다.이후 원고는2020. 3. 25.이 사건 사업의 대주에게‘토지대금(대출상환)’명목으로 합계14,993,538,021원의 자금집행을 요청하여,이 사건 사업 부지 및○○동475-10토지에 설정된 채무자○○○,○○○,○○○의 근저당권 피담보채무를 모두 변제하였다.○○○,○○○은○○○의 자녀로서 원고의 임·직원이 아니고 이 사건 사업 부지 및○○동475-10토지의 소유자도 아니므로○○○이 실질적으로 위 채무를 부담한 것으로 볼 수 있다.원고는○○○이 부담하는 위 채무를 모두 변제함으로써○○○에게 이 사건 토지의 대금을 실질적으로 지급한 것이다.결국 이 사건 사업의 대주가○○○,○○○,○○○의 대출금 채무를‘토지잔금(대출상환)’명목으로 각 금융기관에 지급한14,993,538,021원은 이 사건 토지에 대한 대가로 평가할 수 있다.
③원고는 이 사건 토지를○○○로부터 매수하는 과정에서 실시한 주식회사○○감정평가법인 대구경북지사의 이 사건 토지에 대한 감정평가액7,428,012,000원이 이 사건 토지의 실제가액이라고 주장한다.그러나 이 사건 토지에 대한 감정평가액은 이 사건 토지의 시가표준액인7,647,649,800원에 미달하는데 반해,이 사건 토지가 위치한 대구 달서구 관내 집합건물을 신축하여 분양할 목적으로 시행사 등이2019. 1. 1.부터2020. 12. 31.까지 취득한 부동산 중5,000,000,000원을 초과하는 거래내역에서 취득신고가액이 시가표준액에 미달하는 경우는 이 사건 토지 거래가 유일한 점,법인세법 제52조 및 같은 법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 원고가 특수관계인인○○○로부터 이 사건 토지를 매수할 경우 감정평가를 거칠 필요가 있다고 하더라도 그 감정평가액을 반드시 지방세법상 실제 거래가액으로 인정하여야 하는 것은 아닌 점 등을 고려하면,원고가 이 사건 토지에 대한 감정평가를 거쳤다는 사실만으로 그 감정평가액을 이 사건 토지의 실제 거래가액으로 평가할 수는 없다.
④원고는 이 사건 사업 대출약정을 하면서 이 사건 사업의 대주에게 이 사건 토지의 매매계약서를 제공하였고,위 매매계약서는 처분문서로서 피고가 임의로 그 내용을 부인할 수 없다고 주장한다.그러나 이 사건 사업 대출약정서의 별지1최초분양가격 및 별지2사업수지 분석표(필수사업비)의 토지비 비고란에 토지의 평당단가는‘계약서 기준\ 20,860,000’이라고 기재되어 있는 점에 비추어 보면,이 사건 토지의 매매대금이7,428,012,000원으로 기재된 계약서가 아니라 이 사건 사업의 토지비용을‘토지면적719.07평,평당 가격20,860,000원’으로 기재된 계약서를 이 사건 사업의 대주에게 제출하였을 가능성이 높다.즉 원고가 이 사건 토지를○○○로부터 매수하면서 작성한 실제 매매대금이14,999,800,200원(= 719.07평×평당 가격20,860,000원)또는15,000,000,000원으로 기재된 별도의 계약서가 존재할 가능성을 배제하기 어렵다.
⑤원고는,이 사건 토지의 매매대금은7,428,012,000원이고,나머지7,565,526,021원은 원고가○○○에게 가지는 구상금 채권인데,업무담당자의 착오로 건설용지 계정별원장에14,993,538,021원이 계상되었다고 주장한다.그러나 원고가 주장하는 이 사건 토지의 매매가액과 계정별원장의 이 사건 토지 매매대금 사이에7,565,526,021원이나 차이가 나는 점,원고가 작은 회사로 회계를 담당하는 직원이 없었다고 하더라도 원고도 관련 자료를 세무회계사무소에 넘겼다는 사실은 인정하고 있는 이상 원고의 규모 대소를 불문하고 원고가 세무회계사무소에 제출한 자료는 전문가인 세무회계사무소 직원에 의해 처리가 이루어진 점,원고는2021년부터 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 따라 외부감사를 받았는데 이때에도 이 사건 토지의 취득가액을14,993,538,021원으로 본 점,원고의 건설용지 계정별원장은 대구광역시의 세무조사로 인하여 수정된 점 등을 고려하면,업무담당자의 단순착오로 인하여 건설용지 계정별원장에 이 사건 토지 매매대금으로14,993,538,021원이 계상되었다고 보기도 어렵다.
⑥원고는 원고 명의의 이 사건 토지의 소유권이전등기가2020. 1. 17.마쳐졌고,구 지방세법(2021. 12. 28.법률 제18655호로 개정되기 전의 것)제10조 제1항 및 같은 법 시행령(2021. 12. 31.대통령령 제32293호로 개정되기 전의 것)제20조 제13항에 의하면 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우 등기일에 취득한 것으로 보기 때문에,이 사건 토지의 취득가액은 이 사건 토지에 대하여2020. 1. 17.작성된 매매계약서와 등기사항전부증명서상 매매대금인7,428,012,000원이 될 수밖에 없다고 주장한다.그러나 앞서 본 바와 같이 원고의 건설용지 계정별원장 기재와 이에 부합하는 여러 사정에도 불구하고 오로지 원고가 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 마친 날짜가 원고가 실제로 이 사건 토지 매매대금을 지급한 날보다 앞선다는 이유만으로 원고의 건설용지 계정별원장에 기재된 금액의 내용을 부인하기 어렵다.
⑦원고는 추후의 세무조사 등을 고려하면,○○○이 원고의 건설용지 계정별원장에 이 사건 토지 매매대금이14,993,538,021원으로 기재되어 있다는 사실을 알면서도 양도소득세 신고가액을7,428,012,000원으로 기재할 이유가 없고,오히려 원고에게 취득세 탈루 의도가 있었다면 원고의 건설용지 계정별원장에 이 사건 토지 매매대금을7,428,012,000원으로 계상하였을 것이라고 주장한다.그러나 지방세와 국세는 동일한 부동산에 부과되는 것이더라도 과세주체와 과세목적,과세근거,과세대상,세목의 성격,시가표준액의 산정 방식과 근거법령 등이 모두 상이한 점,원고가 세무회계사무소에 관련 서류를 전달하면 세무회계사무소 담당직원이 회계업무를 처리하기 때문에 담당직원은 추후○○○개인의 양도소득세 신고를 별도로 대비하지 않고 원고로부터 전달받은 서류에 따라 기계적으로 회계업무를 처리하였을 것으로 보이는 점,○○○의 이 사건 토지 매매에 대한 양도소득세 신고서에 세무대리인에 대한 기재가 없어 원고의 세무대리인이 아니라○○○이 스스로 양도소득세 신고를 한 것으로 보이므로 원고의 취득세 신고 주체와○○○의 양도소득세 신고 주체가 다른 점,○○○은 이 사건 토지의 소유권이 원고에게 이전된2020. 1. 17.로부터 두 달 이상이 경과한2020. 3. 31.에 양도소득세를 신고하였는데 위 양도득세 신고 날짜는 이 사건 사업의 대주가 토지잔금(대출상환)명목으로 실질적으로○○○이 채무자인 대출금을 모두 상환한2020. 3. 25.과 근접한 점 등을 고려하면,○○○이 이 사건 토지의 양도소득세를 신고하면서 양도가액을7,428,012,000원으로 기재하였다는 사실만으로 이 사건 토지의 매매대금의14,993,538,021원이 아니라7,428,012,000원이라고 할 수 없다.
3.결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.