종합소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1998.05.12 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고
【피고, 상고인】 성동세무서장
【원심판결】 서울고법 1996. 2. 22. 선고 94구19862 판결
【주 문】
 상고를 기각한다.
 상고비용은 피고의 부담으로 한다.

【이 유】 원심은, 원고는 소외 1과 동업으로 1988. 10. 25.부터 1990. 7. 20.까지 서울 중랑구 (주소 1 생략)에서 ○○석유라는 상호로, 소외 2와 동업으로 1990. 2. 1.부터 1992. 5.경까지 의정부시 (주소 2 생략)에서 △△석유라는 상호로 각 석유류도매업을 경영한 사실, 원고와 소외 1은 소외 1 1인 명의로 1988년 및 1989년 귀속분 각 종합소득세 과세표준확정신고를 함에 있어 세무사가 작성한 조정계산서를 첨부하여 각 과세표준과 세액을 신고하고 그 세액을 자진납부하고, 피고는 이에 대하여 구 소득세법(1990. 12. 31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제1항에 의하여 위 각 과세기간의 과세표준과 세액을 서면심리로 결정하되, 원고가 소외 1과 동업으로 ○○석유를 경영하여 온 것을 확인하고 원고에 대하여 1988년 및 1989년 귀속분 종합소득세와 방위세를 원심 판시와 같이 결정하여 부과고지한 사실, 원고는 1990. 1. 1.부터 같은 해 7. 20.까지의 ○○석유의 경영으로 인한 소득에 관하여 1990년 귀속분 종합소득세 과세표준확정신고를 하면서 소득금액으로 금 219,006원을 신고하고, 피고는 이에 대하여 실지조사방법에 의하여 종합소득세와 방위세를 원심 판시와 같이 부과고지함에 따라 원고가 이를 납부한 사실, 원고와 소외 2는 1990. 2. 1.부터 같은 해 12. 31.까지의 △△석유의 경영으로 인한 소득에 관하여는 소외 2 1인의 명의로 세무사가 작성한 조정계산서를 첨부하여 종합소득세 과세표준과 세액을 신고하고 그 세액을 자진납부하고, 피고는 소득세법 제119조 제1항에 의하여 위 과세기간중의 과세표준과 세액을 위 신고내용대로 서면심리로 결정한 사실, 한편 ○○석유에 대한 부가가치세 과세관청인 중랑세무서장은 원고가 과세자료로 제출한 매입세금계산서는 진정하게 작성된 것으로 인정되나, 매출세금계산서는 그 중 약 80% 이상이 허위로 발행된 것으로 인정되고 이를 근거로 기록한 장부와 전표 이외에는 다른 증빙자료가 없다는 이유로, 구 부가가치세법(1995. 12. 29. 법률 제5032호로 개정되기 전의 것) 제21조 제3항, 같은법시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13199호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 제4호 (라)목의 규정에 의하여 매입세금계산서의 합산금액을 매입총액으로 하고 그 매입총액에 1988년도 석유류 개인사업자의 매매총이익률 9.31%를 곱하는 추계결정방법으로 매출총액을 산정하여 총수입금액을 산출하고, 여기에 소득표준율 4%를 곱하는 방식으로 소득금액을 산출하여 1988년 귀속분의 총수입금액을 금 389,683,869원으로, 추계소득금액을 금 15,587,354원으로, 1989년 귀속분의 총수입금액을 금 1,283,858,153원으로, 추계소득을 금 51,354,326원으로 각 기재한 사업장별 수입금액결정상황표를 작성하여 피고에게 통보하였고, 이에 따라 피고는 원고가 위 각 종합소득세 과세표준확정신고시 수입금액에 대한 신고를 누락한 사실이 있다 하여 위 사업장별 수입금액결정상황표에 의하여 그 수입금액을 새로이 산정하기로 하고, 1988년 귀속분과 1989년 귀속분의 경우 위 통보받은 각 총수입금액에서 당초 결정시 인정한 각 수입금액과의 차액을 신고누락한 수입으로 보고, 그에 대응하는 필요경비를 인정할 만한 증빙서류가 없다는 이유로 필요경비를 공제하지 아니한 채 위 신고누락수입을 신고누락된 소득으로 인정하여 당초 서면조사결정시 인정한 소득금액과 합산한 금액을 과세대상인 종합소득금액으로 보아 이를 기초로 1988년 귀속분 종합소득세 금 12,500,330원 및 방위세 금 2,631,020원, 1989년 귀속분 종합소득세 금 57,947,420원 및 방위세 금 11,695,430원을 추가로 부과고지하고, 1990년 귀속분의 경우 중랑세무서장으로부터 통보받은 수입금액결정상황표에 의하여 추계소득금액을 결정하고, 한편 원고가 소외 2와의 동업으로 △△석유를 경영하여 얻은 1990년 귀속분 소득금액을 따로 결정하고, 이를 ○○석유의 경영으로 인하여 얻은 것으로 인정한 추계소득과 합산하여 종합소득금액을 산정한 다음, 1990년 귀속분 종합소득세 금 69,140,810원 및 방위세 금 13,828,160원을 부과고지한 사실을 인정한 다음, 피고가 중랑세무서장으로부터 원고의 수입신고누락에 대한 통보를 받고, 중랑세무서장이 추계결정방법에 의하여 산출하여 통보한 총수입금액에서 당초 원고가 신고한 총수입금액과의 차액에 대하여 수입금액신고누락이 있은 것으로 보고, 그 신고누락수입금액에 대응하는 필요경비를 인정할 증빙자료가 없다는 이유로 그 신고누락수입금액과 당초 서면조사결정시 인정한 소득금액과의 합산액을 소득세법상 총수입금액으로 하여 과세표준을 산정한 것은 소득세법 제118조 내지 제120조의 어느 한 가지 방법에 의하지 아니하고, 법령상 근거도 없이 부가가치세 과세표준액을 바로 소득세법상의 수입금액으로 인정하였다는 점에서 위법할 뿐 아니라 결과적으로 단일한 과세기간중 단일 사업장의 과세목적물에 대하여 서면조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준을 정한 셈이 되어 위법하다는 이유로 이 사건 각 부과처분을 취소하였다.
 구 소득세법시행령 제159조 제1항 제4호(1977. 12. 31. 대통령령 제8786호에 의하여 삭제되기 전의 것)가 삭제된 이후에는 부가가치세 과세표준액을 바로 소득세법상의 수입금액으로 볼 수 있는 법령상 근거가 없으므로, 부가가치세과세표준이 바로 당해 연도 그 사업자의 수입금액이 될 수는 없고, 그 수입금액은 소득세법상의 일반원칙에 따라 같은 법 제118조 내지 제120조의 어느 한 가지 방법에 의하여 결정하여야 할 것이지만(대법원 1984. 4. 10. 선고 82누211 판결, 1993. 3. 23. 선고 93누340 판결 등 참조), 부가가치세법령에서 매출액을 매매총이익률에 의하여 계산하는 추계방법은 소득세법령에서도 총수입금액에 대한 추계방법의 하나로 들고 있으므로{소득세법시행령 제159조 제6항 제4호 (라)목}, 부가가치세 과세관청이 추계조사하여 통보한 수입금액은 그 추계조사에 있어 적용한 매매총이익률이 그 업종에 있어서의 매매이익의 실액에 가까운 액수를 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 근거에 의하여 산정한 것이라면, 그 결과에 있어 소득세법령에 의하여 총수입금액을 추계한 것과 마찬가지라고 할 것이다.
그러나 과세관청이 법령에서 정한 방법으로 추계과세를 하였다 하더라도 그 추계방법에 의한다면 불합리하게 된다고 볼 만한 특수한 사정이 있는 경우에는, 이러한 특수한 사정을 참작하지 아니하고 행하여진 추계과세는 그 추계방법과 내용에 있어 합리성과 타당성을 인정할 수 없어 위법하다(대법원 1987. 3. 10. 선고 86누328 판결, 1996. 7. 30. 선고 94누15202 판결 등 참조).
 이 사건에서 보면, 국세청장은 도소매업을 영위하는 사업자로서 부가가치세 신고를 하지 아니하거나 수입금액을 누락신고한 사업자에 대하여 실지수입금액 산정에 필요한 장부 기타 증빙자료가 없어 부가가치세법 제21조 제2항의 규정에 의하여 추계경정하는 경우 매입금액에 상응하는 매출누락이 있어 매입금액을 기준으로 매출액을 추계할 때 사용할 기준으로서, 1990. 7.경 업종별 매매총이익률을 정하였는데, 위 업종별 매매총이익률에 의하면, 원고가 ○○석유를 경영한 기간의 개인사업자인 석유류 도소매업자에 대한 매매총이익률은 9.31%이고, 부가가치세 과세관청인 중랑세무서장이 각 과세기간별 과세표준인 매출액을 추계경정함에 있어서 앞서 본 바와 같이 매매총이익률에 의한 방법을 사용하였으며, 한편 원고가 석유류 도소매업을 영위하면서 취한 거래방식은 중간도매업자로부터 보통 대형 탱크로리 1대분 16,000ℓ(80드럼)의 주문을 받은 후, 정유회사의 일반대리점에 그 상당의 대금을 지급하고 출하요청서(일명 오더)를 교부받아 그에 약간의 이윤을 붙여 주문한 위 중간도매업자에게 출하요청서 자체를 판매하는 이른바 오더거래방식에 의한 매출이 대부분이었는데, 이와 같은 오더거래방식에 의한 매출의 경우 거래량은 대규모이나 이익률은 국세청장이 정한 매매총이익률인 9.31%에 훨씬 미치지 못하는 2% 정도에 불과하였다.
사정이 이와 같다면, 위 매매총이익률 9.31%는 국세청장이 조사한 자료를 기초로 업종별로 정한 평균적 이익률로서 법령에서 정한 추계방법의 하나이기는 하나, 이를 적용하여 원고의 매출액을 추계한다면 불합리하게 된다고 볼 만한 특수한 사정이 있다고 봄이 상당하므로, 이와 같은 특수한 사정이 있음을 고려하지 아니하고 위 매매총이익률을 적용하여 행하여진 이 사건 각 부과처분은 그 추계방법과 내용에 있어 합리성과 타당성을 인정할 수 없어 위법하다.
 따라서 원심판결 이유에는 다소 부적절한 점이 있으나 피고가 채택한 추계방법이 합리성이 없어 이 사건 부과처분이 위법하다고 한 결론은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 추계과세의 요건에 관한 법리를 오해한 위법이 없다. 이 점에 관한 상고이유는 받아들이지 아니한다.
 그리고 피고의 나머지 상고이유에 관한 주장은, 피고가 적용한 매매총이익률이 합리적이라는 것이거나, 소득세법상의 총수입금액에 관하여 피고가 채택한 추계방법이 합리성과 타당성이 있음을 전제로 하는 것이므로, 이미 피고가 총수입금액을 추계한 것이 위법하다고 판단한 이상, 더 나아가 판단할 필요가 없다.
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

대법관 이돈희(재판장) 최종영 이임수 서성(주심)

[1] 부가가치세 과세관청이 추계조사하여 통보한 수입금액결정상황표에 따라 소득세법상 총수입금액을 추계한 경우, 추계방법의 합리성 여부(한정 적극)
[2] 법령에서 정한 추계방법에 의한다 하더라도 그 추계방법과 내용에 있어 합리성과 타당성을 인정할 수 없다고 볼 만한 특수한 사정이 있는 경우에 해당한다고 본 사례

[1] 부가가치세 과세관청이 추계조사하여 통보한 수입금액결정상황표에 따라 소득세법상 총수입금액을 추계한 경우, 소득세법시행령 제159조 제6항 제4호 (라)목에 의하면, 매출액을 매매총이익률에 의하여 계산하는 추계방법은 소득세법령에서도 총수입금액에 대한 추계방법의 하나로 들고 있으므로, 부가가치세 과세관청이 추계조사하여 통보한 수입금액은 그 추계조사에 있어 적용한 매매총이익률이 그 업종에 있어서의 매매이익의 실액에 가까운 액수를 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 근거에 의하여 산정한 것이라면, 그 결과에 있어 소득세법령에 의하여 총수입금액을 추계한 것과 마찬가지라고 할 것이나, 과세관청이 법령에서 정한 방법으로 추계과세를 하였다 하더라도 그 추계방법에 의한다면 불합리하게 된다고 볼 만한 특수한 사정이 있는 경우에는, 이러한 특수한 사정을 참작하지 아니하고 행하여진 추계과세는 그 추계방법과 내용에 있어 합리성과 타당성을 인정할 수 없어 위법하다.
 [2] 매출액 추계의 기준이 되는 업종별 매매총이익률에 의하면, 개인사업자인 석유류 도소매업자에 대한 당해 과세기간의 매매총이익률은 9.31%인 한편, 납세의무자인 당해인이 석유류 도소매업을 영위하면서 취한 거래방식은 이른바 오더거래방식에 의한 매출이 대부분이었는데, 이와 같은 오더거래방식에 의한 매출의 경우 거래량은 대규모이나 이익률은 국세청장이 정한 매매총이익률인 9.31%에 훨씬 미치지 못하는 2% 정도에 불과하였다면, 위 매매총이익률 9.31%는 국세청장이 조사한 자료를 기초로 업종별로 정한 평균적 이익률로서 법령에서 정한 추계방법의 하나이기는 하나, 이를 적용하여 당해인의 매출액을 추계한다면 불합리하게 된다고 볼 만한 특수한 사정이 있다고 봄이 상당하므로, 이와 같은 특수한 사정이 있음을 고려하지 아니하고 위 매매총이익률을 적용하여 행하여진 과세처분은 그 추계방법과 내용에 있어 합리성과 타당성을 인정할 수 없다고 한 사례.