방위사업청 - 국가연구개발사업이면서 국방연구개발사업인 경우 제재처분 시 적용 법률(「국가연구개발혁신법」 제32조제1항 등 관련) (법령해석례, 법제처)
공포일: 2025.11.21 / 시행일:

「국가연구개발혁신법」 제4조 본문에서는 이 법은 국가연구개발사업의 추진에 관하여 다른 법률에 우선하여 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제32조제1항에서는 중앙행정기관의 장은 같은 법 제12조제2항에 따른 평가 결과 연구개발과제의 수행과정과 결과가 극히 불량한 경우(제1호) 등에 해당하는 경우에는 해당 연구개발기관, 연구책임자, 연구자, 연구지원인력 또는 연구개발기관 소속 임직원에 대하여 10년 이내의 범위에서 국가연구개발활동(연구지원은 제외함)에 대한 참여를 제한하거나 이미 지급한 정부 연구개발비의 5배의 범위에서 제재부가금을 부과할 수 있다고 규정하고 있는 한편,「국방과학기술혁신 촉진법」(이하 “국방과학기술혁신법”이라 함) 제5조에서는 국방과학기술혁신에 관하여 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 법에서 정하는 바에 따른다고 규정하고 있고, 같은 법 제9조제1항 본문에서는 방위사업청장은 같은 법 제8조에 따라 협약을 체결하는 국방연구개발사업(이하 “국방연구개발사업”이라 함)에 참여한 연구기관등·연구책임자·연구원 또는 소속 임직원이 같은 법 제2조제5호가목·나목·라목·마목의 어느 하나에 해당하는 연구개발로서 그 연구개발의 결과가 극히 불량하여 국방부장관 및 방위사업청장이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 연구개발과제로 결정된 경우(제1호) 등에 해당하는 경우에는 2년(과거에 이미 동일한 사유로 다른 국방연구개발사업 과제에서 참여를 제한받은 자에 대하여는 5년)의 범위에서 국방연구개발사업 참여를 제한할 수 있으며, 이미 출연한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있다고 규정하고 있는바,국가연구개발사업이면서 국방연구개발사업에 해당하는 연구개발을 수행하는 자가 「국가연구개발혁신법」 제32조제1항 각 호의 어느 하나 및 국방과학기술혁신법 제9조제1항 각 호의 어느 하나에 모두 해당하는 경우, 방위사업청장은 「국가연구개발혁신법」 제32조에 따라 제재처분등1)1) 국가연구개발활동·국방연구개발사업의 참여 제한, 제재부가금 부과 및 연구개발비·사업비 환수를 말하며, 이하 같음을 하여야 하는지 아니면 국방과학기술혁신법 제9조에 따라 제재처분등을 하여야 하는지?

이 사안의 경우, 방위사업청장은 「국가연구개발혁신법」 제32조에 따라 제재처분등을 하여야 합니다.

먼저 「국가연구개발혁신법」은 중앙행정기관별로 다르게 운용되고 있는 국가연구개발사업이 통합적·체계적으로 운영될 수 있게 하고, 자율적이고 책임 있는 연구개발 환경을 조성하기 위한 범부처 공통규범 마련이 필요한 상황에서 각 부처별로 산재된 연구개발사업 관련 규정을 「국가연구개발혁신법」으로 일원화하여 모든 정부의 연구개발사업에 적용되는 원칙과 기준을 확립하기 위한 목적1)1) 2020. 6. 9. 법률 제17343호로 제정되어 2021. 1. 1. 시행된 「국가연구개발혁신법」 제정이유, 2018. 12. 17. 의안번호 2017585호로 발의된 국가연구개발 혁신을 위한 특별법안에 대한 국회 과학기술정보방송통신위원회 심사보고서 참조에서 제정된 법률로, 같은 법 제4조 본문에서는 이 법은 국가연구개발사업의 추진에 관하여 다른 법률에 우선하여 적용한다고 규정하고 있고, 같은 조 단서에서는 국가연구개발사업 중 다른 법률에 따라 직접 설립된 기관의 기본사업2)2) 정관에 따른 설립목적을 달성하기 위하여 정부가 직접 출연한 예산으로 수행하는 연구개발사업을 말함의 경우에 같은 법 제9조부터 제12조까지, 제14조 및 제15조에서 규정하고 있는 사항을 다른 법률에서 따로 정하는 경우에는 그 법률을 적용한다고 규정하고 있는바, 「국가연구개발혁신법」은 국가연구개발사업의 추진에 관하여 다른 법률보다 우선 적용되는 특별법적 성격을 갖고 있다고 보아야 합니다.반면 국방과학기술혁신법은 국방연구개발 및 국방과학기술 진흥과 관련된 부분을 「방위사업법」에서 분리하여 국방연구개발 범위에 미래도전기술의 연구개발 등을 포함하고 혁신적인 국방연구개발 체계로 전환하기 위한 목적에서 제정된 법률3)3) 2020. 3. 31. 법률 제17163호로 제정되어 2021. 4. 1. 시행된 국방과학기술혁신법 제정이유 및 주요내용, 2018. 10. 1. 의안번호 제2015808호로 발의된 국방과학기술혁신 촉진법안에 대한 국회 국방위원회 심사보고서 참조로, 같은 법 제5조에서는 국방과학기술혁신에 관하여 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 법에서 정하는 바에 따른다고 규정하고 있는데, 이는 통상 해당 법률이 일반법적 성격을 가지고 있어 특별법에서 규정하고 있는 사항을 우선 적용하고, 특별법에서 정하고 있지 않는 사항에 대해 일반적으로 적용하기 위하여 규정하는 것인바4)4) 법제처 법령입안·심사기준(2024) p. 78 참조, 이를 종합하여 보면 「국가연구개발혁신법」은 국가연구개발사업의 추진에 관하여 국방과학기술혁신법보다 우선 적용되는 법률로서, 「국가연구개발혁신법」 제4조 단서에 따라 예외적으로 다른 법률을 적용하도록 한 경우에 해당하지 않는 한, 이 사안과 같이 국방연구개발사업이라고 하더라도 국가연구개발사업에 해당한다면 「국가연구개발혁신법」이 우선 적용되므로, 방위사업청장은 「국가연구개발혁신법」 제32조제1항 각 호의 어느 하나 및 국방과학기술혁신법 제9조제1항 각 호의 어느 하나에 모두 해당하는 경우에는 「국가연구개발혁신법」 제32조에 따라 제재처분등을 하여야 한다고 해석하는 것이 타당합니다.그리고 「국가연구개발혁신법」 제3조제3호에 따르면 같은 법 제21조제2항에 따른 보안과제로 구성된 국방 분야의 사업에 해당하는 국가연구개발사업에 관하여는 같은 법 제9조부터 제18조까지의 규정을 적용하지 않는다고 하고 있는데, 이러한 「국가연구개발혁신법」 제3조의 적용범위는 국가안보 등을 위해 보안이 필요한 연구개발과제 등 일정한 국가연구개발사업에 관하여는 그 특성을 고려하여 같은 법 제2장(국가연구개발사업의 추진)의 규정을 적용하지 않도록 한 취지로서, 「국가연구개발혁신법」 제3조제3호에 해당하는 국방연구개발사업의 경우 같은 법 제9조부터 제18조까지의 국가연구개발사업의 추진에 관한 규정이 적용되지 않는다는 점은 명확한 반면, 같은 법 제32조의 제재처분등 규정은 같은 법 제3조의 적용제외 규정에 포함되어 있지 않으므로 같은 조 제3호에 해당하는 국방연구개발사업이라 할지라도 일관되게 같은 법 제32조의 제재처분등 규정이 적용되는 점에 비추어 보면, 이 사안의 경우 「국가연구개발혁신법」 제32조에 따라 제재처분등을 해야 한다고 보아야 할 것입니다.아울러 「국가연구개발혁신법」 제32조제1항에서는 제재처분등에 관하여 10년 이내의 범위에서 국가연구개발활동(연구지원은 제외함)에 대한 참여를 제한할 수 있다고 규정하여 참여제한 기간의 상한을 정하면서, 같은 법 시행령 별표 6 제1호에서는 부정행위를 한 자의 위반행위의 정도, 위반행위의 동기 등을 고려하여 같은 표 제2호의 개별기준에서 정한 참여제한 기간을 2분의 1 범위에서 감경하거나 가중할 수 있도록 처분권자에게 재량을 부여하고 있는바, 각 국가연구개발사업의 특성과 위반행위의 정도·결과 등 구체적 사정을 종합적으로 고려하여 제재처분등을 할 수 있으므로, 「국가연구개발혁신법」 제32조에 따라 제재처분등을 하는 것이 다른 국가연구개발사업과 구별되는 국방연구개발사업의 특수성과 이에 기반한 별도의 제재 절차·정도를 규정한 국방과학기술혁신법의 취지에 어긋난다고 보기 어렵다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려할 필요가 있습니다.따라서 이 사안의 경우, 방위사업청장은 「국가연구개발혁신법」 제32조에 따라 제재처분등을 하여야 합니다.국가연구개발혁신법제3조(적용 범위) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국가연구개발사업에 관하여는 제9조부터 제18조까지의 규정을 적용하지 아니한다.1. 중앙행정기관(그 소속 기관을 포함한다)이 소관 업무를 위하여 직접 수행하는 사업2. 정부가 국제기구, 외국의 정부·기관·단체와 체결한 협정·조약 등에 따라 정해진 금액을 납부하여 추진하는 사업3. 제21조제2항에 따른 보안과제로 구성된 국방 분야의 사업4. ∼ 7. (생 략)제4조(다른 법률과의 관계) 이 법은 국가연구개발사업의 추진에 관하여 다른 법률에 우선하여 적용한다. 다만, 국가연구개발사업 중 다른 법률에 따라 직접 설립된 기관의 기본사업(정관에 따른 설립목적을 달성하기 위하여 정부가 직접 출연한 예산으로 수행하는 연구개발사업을 말한다)의 경우에 제9조부터 제12조까지, 제14조 및 제15조에서 규정하고 있는 사항을 다른 법률에서 따로 정하는 경우에는 그 법률을 적용한다.제32조(부정행위 등에 대한 제재처분) ① 중앙행정기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 연구개발기관, 연구책임자, 연구자, 연구지원인력 또는 연구개발기관 소속 임직원에 대하여 10년 이내의 범위에서 국가연구개발활동(연구지원은 제외한다)에 대한 참여를 제한하거나 이미 지급한 정부 연구개발비의 5배의 범위에서 제재부가금을 부과할 수 있다.1. 제12조제2항에 따른 평가 결과 연구개발과제의 수행과정과 결과가 극히 불량한 경우2. 연구자 또는 연구개발기관이 이 법 또는 협약에 따른 의무를 고의로 이행하지 아니하여 제15조제1항에 따라 연구개발과제가 변경 또는 중단된 경우3. ∼ 6. (생 략)② ∼ ⑥ (생 략)국방과학기술혁신 촉진법제5조(다른 법률과의 관계) 국방과학기술혁신에 관하여 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 법에서 정하는 바에 따른다.제9조(국방연구개발사업에 대한 참여제한 등) ① 방위사업청장은 제8조에 따라 협약을 체결하는 국방연구개발사업에 참여한 연구기관등·연구책임자·연구원 또는 소속 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 2년(과거에 이미 동일한 사유로 다른 국방연구개발사업 과제에서 참여를 제한받은 자에 대하여는 5년)의 범위에서 국방연구개발사업 참여를 제한할 수 있으며, 이미 출연한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우로서 연구개발을 성실하게 수행한 사실이 인정되는 경우에는 참여제한 기간과 사업비 환수액을 감면할 수 있다.1. 제2조제5호가목·나목·라목·마목의 어느 하나에 해당하는 연구개발로서 그 연구개발의 결과가 극히 불량하여 국방부장관 및 방위사업청장이 실시하는 평가에 따라 중단되거나 실패한 연구개발과제로 결정된 경우2. 제2조제5호다목에 따른 미래도전국방기술의 연구개발로서 방위사업청장이 실시하는 평가에서 그 연구개발과제의 수행 과정과 결과가 극히 불량한 것으로 판정된 경우3. ∼ 9. (생 략)② ∼ ⑧ (생 략)<관계 법령>