부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1989.06.27 / 시행일:

【원고, 피상고인】 강원석유 주식회사 소송대리인 변호사 이영수
【피고, 상고인】 인천세무서장
【원심판결】 서울고등법원 1988.7.15. 선고 88구959 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 본다.
 1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고는 주사업장을 서울에 두고, 인천에 인천가스충전소(이하 인천사업장이라 한다)등 7개의 종사업장을 두어 석유가스판매업 등을 영위하는 법인으로서 주사업장 관할 마포세무서장으로부터부가가치세법 제4조 제3항에 따른 총괄납부승인을 받은 뒤 1987년 제1기 부가가치세예정신고분 과세기간동안 주사업장에서 인천사업장으로 3회에 걸쳐 합계금 1,131,040,509원 상당의 석유가스를 반출하면서 이에 대한 세금계산서를 발행교부하였고 그 후 인천사업장에서 피고에게 1987년 제1기분 부가가치세예정신고를 하면서 위 반출에 대한 부가가치세를 매입세액으로 공제하여 신고한 사실, 이에 피고는 위와 같은 내부적 재화반출은 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하지 아니하므로 주사업장에서 종사업장으로 세금계산서를 발행할 수 없고 인천사업장에서는 위 세금계산서에 기하여 매입세액을 공제하여서는 아니된다는 이유로 인천사업장에 대하여 위 매입세액의 공제를 부인하고 그에 대한 신고불성실가산세를 가산하여 이 사건 갱정처분을 한 사실을 확정한 다음, 그 거시증거에 의하여 위와 같은 세무처리는 원고의 경리담당직원이 내부적 재화반출이 재화의 공급에 해당하지 않는것을 모르고 위 반출에 대하여 세금계산서를 발행한 사실을 인정하고, 이에 의하면 총괄납부승인을 받은 사업자가 과실로 내부적 재화반출에 대하여 세금계산서를 교부하고 반출한 사업장에서는 매출세액으로, 반출받은 사업장에서는 매입세액으로 각 신고하였다 하여도 그 사업자가 납부하는 세액자체에는 아무런 변동이 없으므로 이 경우 만약 위 매입세액공제만을 부인하고 신고불성실가산세까지 부과한다면 같은 사업자가 총괄납부승인을 받지 아니한 경우보다 더 불리하게 되므로 결국 피고의 이 사건 갱정처분은 실질과세의 원칙에 위배하여 위법한 것이라고 판시하고 있다.
 2.부가가치세법시행령 제5조에 의하여 주사업장 총괄납부승인을 받은 사업자라 하더라도 부가가치세는 사업장 마다 납부하여야 한다는 기본원칙에 따라그 과세표준 및 세액의 신고는 각 사업장에서 소관 세무서장에게 하여야 하며(같은법시행령 제65조,제64조) 위 총괄납부승인제도는 단지 그 세액의 납부 또는 환급만을 주된 사업장에서 총괄 처리케 함으로써 사업자의 자금관리 등 편의와 세무관서의 행정능률을 재고하려는 것에 불과하므로 어느 사업장에서 한 과세표준 및 세액의 신고에 오류나 탈루가 있을 때에는 그 소관 세무서장이 이를 조사하여 갱정처분은 하는 것이며(같은법시행령 제70조 제1항), 한편 총괄납부승인을 받은 사업자가 한 사업장에서 다른 사업장으로 재화를 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니하므로 이에 대하여 교부한 세금계산서는 사실과 다른 것이므로 반출받은 사업장에서 이 세금계산서를 근거로 매입세액공제를 신고 할 수는 없다 할 것이다(같은법시행령 제15조 제2항 단서).
 따라서 원고의 인천사업장에서 이 사건 부가가치세의 예정신고를 함에 있어서 그 기간동안 주된 사업장으로부터의 재화반출을 과세대상거래로 보고 이를 매입세액으로 공제하여 신고한 것은 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에 해당하므로 피고가 위 매입세액의 공제를 부인하고, 다시 그 세액을 조사하여 한 이 사건 갱정처분에는 아무런 위법이 없다 할 것이다.
 그리고부가가치세법시행령 제70조 제2항은 총괄납부승인이 있는 경우에 각 사업장 소관 세무서장이 과세표준과 세액을 갱정한 때에는 이를 지체없이 주된 사업장 소관 세부서장에게 통지하여야 한다고 규정하고 있고,같은법시행령 제72조 제2항은 소관 세무서장은 갱정에 의하여 추가로 발생한 환급세액을 지체없이 사업자에게 환급하여야 한다고 규정하고 있는 점등에 미루어 보면, 원고로서는 주된 사업장에서 그 소관 세무서장으로부터 위 매입세액공제가 부인된 금액만큼의 매출세액이 잘못하여 초과신고납부되었음을 이유로 이를 환급받을 수 있을 터이므로 원고가 이 사건 갱정처분으로 인하여 부가가치세를 2중 납부하는 부당한 경우가 생긴다고 말할 수 없다.
 원심이 위와 같은 경우 총괄납부승인제도의 입법취지에 비추어 불합리한 결과가 되며 실질과세의 원칙에 위배된다고 판단한 것은 결국 총괄납부승인제도 및 실질과세의 원칙에 관한 법리를 오해하였거나 심리를 다하지 아니한 위법이 있다 할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유있다.
 3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 윤관(재판장) 배만운 안우만

가.부가가치세법시행령 제5조 소정의 주사업장 총괄납부승인을 받은 사업자가 다른 사업장에서 한 과세표준 및 세액신고에 오류나 탈루가 있는 경우 그 갱정기관
나. 전항의 사업자가 한 사업장에서 다른업장으로 재화를 반출하고 교부한 세금계산서를 근거로 매입세액공제를 신고한 경우 과세관청이 한 갱정처분의 적부(적극)

가.부가가치세법시행령 제5조에 의하여 주사업장 총괄납부승인을 받은 사업자라 하더라도 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다는 기본원칙에 따라 그 과세표준 및 세액의 신고는 각 사업장에서 소관세무서장에게 하여야 하며(같은법시행령 제64조,제65조), 총괄납부승인제도는 단지 그 세액의 납부 또는 환급만을 주된 사업장에서 총괄 처리케 함으로써 사업자의 자금관리 등 편의와 세무관서의 행정능률을 제고하려는 것에 불과하므로 어느 사업장에서 한 과세표준 및 세액의 신고에 오류나 탈루가 있을 때에는 그 소관세무서장이 이를 조사하여 갱정처분을 한다.(같은법시행령 제70조 제1항)
나. 전항의 사업자가 한 사업장에서 다른사업장으로 재화를 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니하므로 (같은법시행령 제15조 제2항 단서) 이에 대하여 교부한 세금계산서는 사실과 다른 것으로서 반출받은 사업장에서 이 세금계산서를 근거로 매입세액을 공제하여 신고한 경우 과세관청이 이를 부인하고 다시 세액을 조사하여 한 갱정처분에는 아무런 위법이 없고같은법시행령 제70조 제2항,제72조 제2항 등에 미루어 보면 사업자로서는 주된 사업장의 소관 세무서장으로부터 매입세액공제가 부인된 금액 만큼의 매출세액이 초과신고납부되었음을 이유로 이를 환급받을 수 있을 터이므로 그 갱정처분으로 인하여 부가가치세를 2중 납부하는 부당한 경우가 생긴다고 할 수 없다.