관세등처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2019.01.31 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 엘에스네트웍스 (소송대리인 변호사 이재홍 외 7인)
【피고, 피상고인】 서울세관장
【원심판결】 서울고법 2016. 9. 8. 선고 2015누71626 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요와 쟁점
 (1) 원고는 2011. 8. 13.부터 2013. 4. 2.까지 중국에서 생산된 신발 등(이하 ‘이 사건 물품’이라고 한다)을 홍콩을 경유하여 수입하면서 「아시아·태평양 경제사회위원회의 개발도상회원국 간 무역협정에 관한 1차 협정(방콕협정)에 대한 개정으로서 아시아·태평양 무역협정」(이하 ‘아태무역협정’이라고 한다)에 따른 협정세율을 적용하여 수입신고를 하고 관세와 부가가치세를 납부하였다.
 (2) 피고는 기획재정부령인 「아시아·태평양 무역협정 원산지 확인 기준 등에 관한 규칙」(이하 ‘이 사건 규칙’이라고 한다) 제8조 제3항 제1호의 ‘수출참가국에서 발행된 통과 선하증권’이 제출되지 않았다는 등의 이유로, 2013. 8. 1. 및 2013. 9. 5. 협정세율 적용을 부인하여 원고에게 관세와 부가가치세를 경정·고지하였고, 이후 원고의 심판청구에 따라 개시된 조세심판 과정에서 각 가산세 부분이 취소되었다(남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 (3) 원심은 아태무역협정에 따른 협정세율을 적용받기 위해서는 ‘통과 선하증권’이 반드시 제출되어야 한다고 본 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이 사건 규칙은 구 관세법(2014. 1. 1. 법률 제12159호로 개정되기 전의 것) 제229조 제3항의 위임에 따른 것으로서 법규적 효력이 있고, ‘모두 제출되어야 한다’라는 그 문언상 필수서류로 볼 수밖에 없다는 것이다.
 (4) 이 사건의 주된 쟁점은 이 사건 규칙 제8조 제3항 제1호의 ‘통과 선하증권’이 제출되지 않은 경우에는 아태무역협정에 따른 협정세율의 적용이 일률적으로 배제되는가 하는 데에 있다.
 2. 상고이유 제1점, 제2점에 관하여
 (1) 2006. 6. 30. 국회 동의를 거쳐 2006. 9. 1. 발효된 아태무역협정의 부속서 II(아태무역협정 원산지 규정) 제1조는 다른 참가국으로부터 일방 참가국의 영역으로 직접 운송된 상품으로서 원산지 요건을 충족하는 경우를 협정에 따른 특혜 양허의 대상으로 정하고 있다. 제5조는 ‘직접운송’이라는 표제 아래 직접운송으로 보는 경우를 ‘상품이 비참가국의 영역을 통과하지 않고 운송되는 경우’(가항) 외에도 ‘환적 또는 일시 보관 여부에 관계없이 하나 또는 그 이상의 비참가 중계국을 경유하여 운송된 상품으로서 다음 각호의 요건을 충족하는 경우’(나항)를 명시하고 있다. 위 나항의 요건은 ‘지리적 이유 또는 전적으로 운송상의 이유로 통과를 위한 반입은 정당화된다’(1호), ‘경유국에서 교역이나 소비되지 않은 상품’(2호), ‘경유국에서 하역, 재선적 기타 정상의 상태를 유지하기 위해 요구되는 작업 이외의 어떤 작업도 행하지 않은 상품’(3호)으로 규정되어 있다.
 아태무역협정은 그 이행을 감독, 조정, 검토하기 위하여 각 참가국의 경제관련 부처의 각료로 구성된 각료회의를 설치하였는데(제23조), 2007. 10. 26. 제2차 각료회의에서 채택되어 2008. 1. 1. 시행된 「아태무역협정에 의한 물품의 원산지 증명 및 검증 운영절차」(이하 ‘이 사건 운영절차’라고 한다)는 제9조에서 ‘직접운송의 증명서류(Supporting Documents of Direct Transportation)’라는 제목으로 위 협정 원산지 규정 제5조 나항에 따라 물품이 참가국의 영역 외의 지역을 통해 운송되는 경우 수입참가국의 세관당국에 제출되어야 하는 서류로서, ‘수출참가국에서 발행된 통과 선하증권’(the through Bill of Lading issued in the exporting Participating State)(1호), ‘수출참가국의 발행당국이 발행한 원산지증명서’(2호), ‘해당 물품과 관련된 상업 송품장 원본’(3호), ‘아태무역협정 부속서 II의 원산지 규정 제5조 나항을 준수하였음을 증명하는 서류(supporting documents which prove the compliance with Rule 5(b) of Annex II to APTA)’(4호)의 4가지를 정하였다
 이 사건 운영절차를 국내법 체계에 수용하기 위해 구 관세법 제229조 제3항에 근거한 기획재정부령으로 2011. 8. 4. 이 사건 규칙이 제정되었다. 이 사건 규칙 제8조는 ‘직접운송의 원칙’이라는 표제 아래 제2항에서 제3국을 경유하여 운송된 물품에 대해 직접운송으로 간주하기 위한 실체적 요건을 규정하는 한편, 제3항에서 “제2항을 적용받으려면 다음 각호의 서류를 모두 제출하여야 한다.”라고 하면서 ‘수출참가국에서 발행된 통과 선하증권’(1호), ‘수출참가국의 발행당국이 발행한 원산지증명서’(2호), ‘해당 물품과 관련된 상업 송품장 원본’(3호), ‘제2항을 준수하였음을 증명하는 보충 서류’(4호)를 들고 있다.
 (2) 위와 같은 문언, 체계, 제정 경위, 아태무역협정과 그 부속서를 비롯한 관련 법령의 직접운송에 관한 규정들의 취지와 목적 등을 모두 종합할 때, 이 사건 규칙 제8조 제3항은 아태무역협정 부속서에서 정한 직접운송 규정을 원활히 실시·집행하기 위하여 관세당국에 제출할 증명서류에 관하여 일반적으로 신빙성을 높게 보는 대표적인 증빙서류들을 정하고 있는 것이므로, 이를 제출하기 어려운 사정이 있는 경우에는 다른 신빙성 있는 자료로 대체할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 제1호의 ‘수출참가국에서 발행된 통과 선하증권’을 발급받기 어려운 사정이 있는 경우에는 같은 항 제4호에 따라 다른 신빙성 있는 증명서류를 제출하여 직접운송 간주 요건의 충족을 증명할 수 있고, 단지 위 ‘통과 선하증권’이 제출되지 않았다는 형식적인 이유만으로 아태무역협정의 직접운송의 요건을 충족하지 못한다고 단정하여 협정세율의 적용을 부정할 수는 없다(대법원 2019. 1. 17. 선고 2016두45813 판결 참조).
 (3) 따라서 이 사건 물품의 수입신고 시 이 사건 규칙 제8조 제3항 제1호의 ‘통과 선하증권’이 제출되지 않았다고 하더라도, 이러한 사정만으로 곧바로 아태무역협정에 따른 특혜관세가 배제된다고 볼 수 없고, 원심으로서는 이를 제출하기 어려운 사정이 있어서 ‘통과 선하증권’ 이외의 다른 증명서류에 의하여 아태무역협정 부속서Ⅱ 제5조 나항 내지 이 사건 규칙 제8조 제2항의 요건이 충족되었는지를 심리하여 이 사건 처분의 적법 여부를 판단하였어야 할 것이다.
 그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 처분이 적법하다고 단정하고 말았다. 이러한 원심의 판단에는 아태무역협정에서 직접운송으로 간주하기 위한 요건 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.
 3. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 민유숙(재판장) 조희대(주심) 김재형 이동원

아시아·태평양 무역협정 원산지 확인 기준 등에 관한 규칙 제8조 제3항에서 정한 증빙서류를 제출하는 것이 어려운 사정이 있는 경우, 다른 신빙성 있는 자료로 대체할 수 있다고 보아야 하는지 여부(적극) 및 위 조항 제1호에서 정한 ‘수출참가국에서 발행된 통과 선하증권’이 제출되지 않았다는 이유만으로 ‘아시아·태평양 경제사회위원회의 개발도상회원국 간 무역협정에 관한 1차 협정(방콕협정)에 대한 개정으로서 아시아·태평양 무역협정’의 직접운송의 요건을 충족하지 못한다고 단정하여 위 협정에 따른 협정세율 적용을 부인할 수 있는지 여부(소극)