종합소득세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1999.10.22 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 광명 담당변호사 김대호 외 1인)
【피고, 피상고인】 마포세무서장
【환송판결】 대법원 1997. 6. 27. 선고 95누16288 판결
【주 문】
 상고를 기각한다.
 상고비용은 원고의 부담으로 한다.

【이 유】 원고 소송대리인의 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제1, 2점에 대하여
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택 증거에 의하여, 원고 및 소외 1, 소외 2, 소외 3은 1987. 2.경 포항시 (주소 1 생략) 및 (주소 2 생략) 임야 2필지를 공동으로 매수하여 1/4 지분씩 보유하던 중, 1989. 7.경 이를 (주소 1, 2, 3 생략) 내지 (주소 9 생략) 등의 9필지로 분할하여 (주소 1 생략) 임야는 소외 4 외 2인에게, (주소 2 생략) 임야는 소외 5에게, (주소 3 생략) 임야는 소외 6 외 1인에게, (주소 4 생략) 임야는 소외 7 외 2인에게, (주소 5 생략) 임야는 소외 8 외 3인에게, (주소 6 생략) 임야는 소외 9 외 3인에게, (주소 7 생략) 임야는 소외 10 외 3인에게, (주소 8 생략) 임야는 소외 11 외 3인에게, (주소 9 생략) 임야는 소외 12에게 각 매도하고 1989. 7. 28. 각 필지별로 위 각 매수인들과의 사이에 소유권이전등기절차의 이행에 관한 제소전 화해를 한 후 이에 기하여 1989. 9. 20.까지 각 소유권이전등기를 경료해 준 사실, 피고는 위 각 토지의 양도가 부동산매매업에 해당한다고 하여 위 각 토지의 필지별로 각 매수인 또는 공동매수인 중의 1인인 위 소외 4, 소외 5, 소외 6, 소외 7, 소외 8, 소외 9, 소외 10, 소외 11, 소외 12에게 각 평당 매수가격을 확인하면서 그 내용이 기재된 거래확인서를 각 제출받아 이를 근거로 위 각 토지의 총 매매가액을 금 1,623,595,000원으로 계산하고, 취득가액 등 필요경비를 공제하여 위 각 토지의 총 매매차익을 금 1,334,497,542원으로 결정한 뒤 그 매매차익 중 원고의 1/4 지분에 해당하는 금 333,624,386원을 기초로 원고에 대한 종합소득세액을 산출한 사실을 인정한 다음, 피고가 위 각 토지의 총 매매가액에 관한 실지거래가액을 필지별로 각 매수인 또는 공동매수인 중의 1인에게 평당 매수가격을 확인하는 방법에 의하여 실지조사하여 이를 근거로 매매차익을 결정한 것은 적법하다고 판단하였는바, 기록에 비추어 살펴보면 위와 같은 원심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 사실오인, 입증책임에 관한 법리오해, 근거과세 및 추계과세에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다. 이에 관한 상고이유는 받아들일 수 없다.
 논지는, 원고가 위 각 토지의 매매대금을 수령한 위 소외 2, 소외 3으로부터 원고의 지분 상당액의 지급에 갈음하여 금 70,000,000원 상당의 토지를 양도받았으니 위 각 토지 중 원고 지분의 매매가액은 위 금 70,000,000원으로 보아야 한다는 것이나, 그와 같은 사정은 공동매도인 사이의 내부적인 대금분배의 문제에 불과하고 위 각 토지의 매매가액이나 소득금액과는 무관하므로 이유 없다.
 2. 상고이유 제3점에 대하여
납세의무자가 부동산 양도에 따른 소득에 관한 양도소득세를 자진납부한 데 대하여 과세관청이 양도소득세를 부과·고지하였다가 그 양도가 부동산매매업에 해당한다는 이유로 양도소득세부과처분을 취소하고 종합소득세부과처분을 한 경우, 위 양도소득세 자진납부세액은 납부 후 그 부과처분의 취소결정으로 인한 국세환급금에 해당하는바, 그 환급청구권은 당초의 양도소득세부과처분의 취소에 의하여 확정되며 그에 따라 국세환급가산금도 국세기본법 제52조 및 같은법시행령 제30조 제2항 소정의 기산일 및 이율에 따라 당연히 확정되는 것이고(대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체 판결 참조), 국세환급금 및 국세환급가산금은 민사소송에 의하여 그 반환을 구할 수 있음은 별론으로 하고 그 환급청구권이 발생하였음을 이유로 들어 그 후의 과세처분이 위법하다고 하거나 그 취소를 구할 수는 없으며(대법원 1994. 10. 25. 선고 94누64 판결 참조), 한편 국세환급금 및 국세환급가산금의 충당은 국세기본법 제51조 제2항 및 같은법시행령 제31조 등에 그 요건과 절차, 방법 등이 따로 정하여져 있고 충당행위가 있을 때 장래에 향하여 국세환급금채무와 조세채권이 대등액에서 소멸될 뿐이므로(대법원 1989. 5. 23. 선고 87다카3223 판결 참조), 과세관청이 종합소득세의 총결정세액에서 납세의무자의 양도소득세 자진납부세액을 기납부세액으로 공제하여 나머지 세액을 징수고지하였다 하더라도 이를 가리켜 국세환급금을 국세기본법 제51조 제2항에 따라 납세고지에 의하여 납부하는 국세 등에 충당한 것이라고 할 수 없고, 이때 양도소득세 자진납부세액에 관한 국세환급가산금 상당의 금액을 종합소득세의 총결정세액에서 기납부세액으로 공제하여 그 나머지 세액을 징수하여야 하는 것도 아니다.
 원심이, 피고가 당초의 양도소득세 및 방위세 부과처분을 취소하고 종합소득세 및 방위세 부과처분을 하면서 원고의 양도소득세 및 방위세 자진납부세액에 관한 국세환급가산금 상당의 금액을 종합소득세 및 방위세의 총결정세액에서 기납부세액으로 공제하지 아니하였다고 하여 이 사건 종합소득세 및 방위세 부과처분이 위법하다고 볼 수 없다는 취지로 판단한 것은 앞서 본 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 환급가산금의 충당에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없다. 이 점에 관한 상고이유도 받아들일 수 없다.
 3. 상고이유 제4점에 대하여
구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제82조 제1항 및 제2항은 부동산매매업자에 대한 종합소득산출세액의 계산방법을 규정하고 있는바, 이는 부동산 등 자산의 양도로 인한 소득 중 수익을 목적으로 하는 계속·반복적인 행위에 의한 소득은 일시적·임시적인 양도소득과는 성격을 달리하기 때문에 과세상으로도 이를 구분하여 취급하는 것이 합리적이라는 데에 근거하고 있고, 그 구별은 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하되, 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 하는 것이므로, 부동산매매업에 따른 사업소득에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서 사후적인 요소를 감안하고, 나아가 부동산매매업자에 대한 종합소득산출세액을 계산함에 있어서 추계과세방식을 허용한다거나, 양도소득의 경우와는 달리 토지 등 매매차익을 원칙적으로 실지거래가액을 기준으로 산정한다고 하여, 법 제82조 제1항 및 제2항이 조세법률주의를 규정한 헌법에 위반된다고 할 수 없다{헌법재판소 1998. 12. 24. 선고 97헌바33·48·72, 98헌바15·16·57(병합) 결정 참조}.
 같은 취지의 원심 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 헌법위반에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없다.
 4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 송진훈(재판장) 이돈희 지창권(주심)

[1] 납세의무자가 부동산 양도에 따른 소득에 대하여 양도소득세를 자진납부한 데 대하여 과세관청이 양도소득세를 부과·고지하였다가 이를 취소한 후 위 자진납부세액을 공제하여 종합소득세부과처분을 한 경우, 자진납부세액 상당의 국세환급금을 국세에 충당한 것으로 볼 수 있는지 여부(소극) 및 자진납부세액에 관한 국세환급가산금 상당의 금액을 공제한 나머지 세액을 징수하여야 하는지 여부(소극) 
[2] 구 소득세법 제82조 제1항 및 제2항의 위헌 여부(소극)

[1] 납세의무자가 부동산 양도에 따른 소득에 관한 양도소득세를 자진납부한 데 대하여 과세관청이 양도소득세를 부과·고지하였다가 그 양도가 부동산매매업에 해당한다는 이유로 양도소득세부과처분을 취소하고 종합소득세부과처분을 한 경우, 위 양도소득세 자진납부세액은 납부 후 그 부과처분의 취소결정으로 인한 국세환급금에 해당하는바, 그 환급청구권은 당초의 양도소득세부과처분의 취소에 의하여 확정되며 그에 따라 국세환급가산금도 구 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제52조 및 같은법시행령 제30조 제2항 소정의 기산일 및 이율에 따라 당연히 확정되는 것이고, 국세환급금 및 국세환급가산금은 민사소송에 의하여 그 반환을 구할 수 있음은 별론으로 하고 그 환급청구권이 발생하였음을 이유로 들어 그 후의 과세처분이 위법하다고 하거나 그 취소를 구할 수는 없으며, 한편 국세환급금 및 국세환급가산금의 충당은 같은 법 제51조 제2항 및 같은법시행령 제31조 등에 그 요건과 절차, 방법 등이 따로 정하여져 있고 충당행위가 있을 때 장래에 향하여 국세환급금채무와 조세채권이 대등액에서 소멸될 뿐이므로, 과세관청이 종합소득세의 총결정세액에서 납세의무자의 양도소득세 자진납부세액을 기납부세액으로 공제하여 나머지 세액을 징수고지하였다 하더라도 이를 가리켜 국세환급금을 같은 법 제51조 제2항에 따라 납세고지에 의하여 납부하는 국세 등에 충당한 것이라고 할 수 없고, 이때 양도소득세 자진납부세액에 관한 국세환급가산금 상당의 금액을 종합소득세의 총결정세액에서 기납부세액으로 공제하여 그 나머지 세액을 징수하여야 하는 것도 아니다.
 [2] 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제82조 제1항 및 제2항은 부동산매매업자에 대한 종합소득산출세액의 계산방법을 규정하고 있는바, 이는 부동산 등 자산의 양도로 인한 소득 중 수익을 목적으로 하는 계속·반복적인 행위에 의한 소득은 일시적·임시적인 양도소득과는 성격을 달리하기 때문에 과세상으로도 이를 구분하여 취급하는 것이 합리적이라는 데에 근거하고 있고, 그 구별은 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하되, 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 하는 것이므로, 부동산매매업에 따른 사업소득에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서 사후적인 요소를 감안하고, 나아가 부동산매매업자에 대한 종합소득산출세액을 계산함에 있어서 추계과세방식을 허용한다거나, 양도소득의 경우와는 달리 토지 등 매매차익을 원칙적으로 실지거래가액을 기준으로 산정한다고 하여, 같은 법 제82조 제1항 및 제2항이 조세법률주의를 규정한 헌법에 위반된다고 할 수 없다.