취득세 과세대상 해당 여부에 대한 법원의 확정판결이 취득세 수정신고의 요건에 해당되는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2016.08.17 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

원심판결 및 상고이유서와 이 사건 기록을 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-부산고등법원 2016. 5. 11. 선고 2014누23048 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 쓸 판결 이유는, 제1심판결 제7면 제3행 다음에 아래와 같은 "{ }"부분을 추가하는 이외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 따라 이를 그대로 인용한다{원고는 당심에서도 기본적으로 제1심에서와 같은 주장을 반복하고 있는데, 원고가 당심에서 일부 보완한 주장과 사유를 고려하고 새로 제출한 갑 제7 내지 11호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 이 법원의 주식회사 하나은행, 종로세무서에 대한 각 사실조회 결과를 보태어 살펴보더라도, 제1심의 판단은 정당하다}.
[추가하는 부분]

「{이 사건 확정판결은, 원고가 이 사건 부동산 등에 관한 유치권을 주장하는 사람들에게 지급한 돈이 이 사건 부동산 등 지하의 폐기물매립시설의 취득비용으로서 이 사건 부동산 등 중 토지(이하 ‘이 사건 토지’)를 취득하기 위하여 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 비용에 해당하지 않는다는 이유로 이 사건 제2신고납부에 관한 부과처분이 위법하다고 선언한 것에 불과할 뿐, 이 사건 확정판결로 인하여 직접적으로 이 사건 제1신고납부에 관한 과세표준인 이 사건 부동산 등의 낙찰가액 646억 원이 변경되었다고 볼 수도 없다. 그뿐만 아니라, 원고의 주장은 이 사건 토지의 취득가액 속에 지하의 폐기물매립시설의 가액이 당연히 포함되어 있음을 그 전제로 하고 있는데, 이를 인정할 만한 증거가 없다. 오히려, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 이 사건 부동산 등에 관한 공매절차에서의 감정인들은 이 사건 토지의 가격을 산정함에 있어 부산 00구 00동 1684-2 공장용지 6,557.7㎡(공시지가 : 540,000원/㎡)를 비교표준지로 선정한 다음 시점수정을 거쳐 지역요인, 개별요인(가로조건, 접근조건, 환경조건, 획지조건, 행정적조건, 기타조건), 기타요인을 비교하여 이 사건 토지의 단가를 567,000원/㎡(주식회사 써브감정평가법인) 또는 557,000원/㎡(주식회사 고려감정평가법인)으로 결정하고 이 사건 토지 자체의 최종 감정가액을 115,997,427,000원(= 204,581㎡ × 567,000원, 주식회사 써브감정평가법인) 또는 113,951,617,000원(= 204,581㎡ × 557,000원, 주식회사 고려감정평가법인)으로 평가하였고, 이 사건 토지 지하의 폐기물매립시설에 대하여는 별도의 가액조차 산정하지 아니한 사실이 인정되는바, 여기에 원고가 위 각 감정평가 결과에 따라 진행된 공매절차에서 이 사건 토지가 포함된 이 사건 부동산 등을 합계 646억 원에 낙찰받은 점까지 보태어 보면, 위 낙찰가액 속에는 이 사건 토지의 가액만 포함되어 있는 것으로 보일 뿐, 그 지하의 폐기물매립시설의 가액까지 포함되어 있다고 보기는 어렵고, 이는 위 감정인들이 그 감정평가 과정에서 이 사건 토지 지하의 폐기물매립시설이 이 사건 토지에 부합되었음을 전제로 하여 이 사건 토지의 가격을 평가하였다고 하더라도 마찬가지이다}」

2. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.
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【하급심-부산지방법원 2014. 10. 31. 선고 2014구합20514 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 7. 14. 폐기물최종(매립)처리업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2009. 7. 20. 대한00신탁 주식회사로부터 부산 00구 00동 1774 대지 204,581㎡, 건물 269.36㎡, 제시외 건물 924.83㎡, 기계기구 5종(이하 ‘이 사건 부동산 등’이라 한다)을 공매절차에서 낙찰받고, 그 무렵 피고에게 낙찰가액 646억원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 12억 9,200만 원, 농어촌특별세 1억 2,920만 원, 등록세 12억 9,200만 원, 지방교육세 2억 5,840만 원 등 합계 29억 7,160만 원을 신고납부하였다(이하 ‘제1신고납부’라 한다).
나. 원고는 이 사건 부동산 등의 전소유자의 채권자로서 유치권을 주장하는 82명에게 채권액 5,208,455,409원을 지급하고, 그 지급액에 국민주택채권 등 기타 부대비용을 더한 5,745,555,820원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 114,911,110원, 농어촌특별세 11,491,100원, 등록세 114,911,110원, 지방교육세 22,982,210원 등 합계 264,295,530원을 2009. 12. 11. 및 2009. 12. 14. 2회에 걸쳐 수정 신고납부하였고, 이후 나머지 유치권 주장 채권자 23명에게 214,929,678원을 추가로 지급하고 이를 과세표준으로 하여 산출한 취득세 4,298,590원, 농어촌특별세 429,860원, 등록세 4,298,590원, 지방교육세 859,720원 등 합계 9,886,740원을 2010. 1. 29. 수정 신고납부하였다(이하 2009. 12. 11., 2009. 12. 14. 및 2010. 1. 29. 수정 신고납부한 부분을 ‘이 사건 제2신고납부’라 한다)

다. 한편 피고는 이 사건 부동산 등 공매가액 646억 원 중 순수 기계기구 해당가액은 취득세 부과대상이 아니라는 이유로 2010. 1. 13. 원고에게 합계 205,382,948원을 환급하였다.
라. 원고는 2011. 10. 24. 피고를 상대로 이 사건 제2신고납부에 관한 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다. 위 소송의 1심 법원(부산지방법원 2011구합5347)은 원고가 이 사건 부동산 등의 전소유자의 채권자로서 유치권을 주장하는 사람들에게 지급한 돈은 이 사건 부동산 등 지하의 폐기물매립시설에 관한 것이어서 취득세 부과대상인 토지의 취득비용으로 볼 수 없다는 등의 이유로, 2012. 5. 18. 이 사건 제2신고납부에 관한 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였고, 위 판결은 피고의 항소가 2012. 11. 14. 기각되고(부산고등법원 2012누2061), 원고와 피고 쌍방이 상고하지 않음으로써 2012. 12. 5. 그대로 확정되었다(이하 ‘이 사건 확정판결’이라 한다).
마. 원고는 이 사건 확정판결이 이 사건 부동산 등 지하의 폐기물매립시설에 관한 비용은 취득세 부과대상이 아니라고 판단함에 따라 이 사건 제1신고납부에서의 과세표준 및 세액이 변경되거나 비로소 확정되었음을 이유로, 2013. 2. 4. 피고에게 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조에 따라 이 사건 제1신고납부에 관한 납부세액 중 과오납금 합계 1,708,601,730원(취득세 과오납금 817,157,350원 + 등록세 과오납금 891,444,380원)의 환급을 구하는 내용의 수정신고를 하였으나, 피고는 2013. 2. 14. 환급세액이 없음을 통지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
바. 이에 원고는 2013. 5. 7. 부산광역시장에게 이의신청을 하였으나 2013. 7. 4. 각하되었고, 2013. 10. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2013. 12. 24. 각하되었다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전항변에 관한 판단

이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구에 대하여, 피고는 이 사건 확정판결이 이 사건 제2신고납부에 관한 것이어서 이 사건 제1신고납부에 관한 수정신고의 사유가 될 수 없으므로 결국 원고의 주장은 이 사건 제1수정·납부에 대한 불복으로 귀결되고, 이 사건 제1신고납부일인 2009. 7. 20.경부터 90일의 제소기간이 도과하였으므로, 이 사건 소는 부적법하다고 항변한다.
살피건대, 원고가 취소를 구하는 처분이 이 사건 제1신고납부가 아니라 이 사건 처분인 이상, 설령 피고의 주장처럼 이 사건 확정판결이 선고되어 확정된 사정이 이 사건 제1신고납부에 관하여 구「지방세법」제71조제1항의 수정신고 사유가 되지 않는다고 하더라도 이는 수정신고의 수리를 거부하는 내용의 이 사건 처분의 적법성의 근거(즉, 이 사건 소의 본안에 관하여 원고의 청구가 이유 없다는 근거)가 될 뿐, 원고가 이 사건 처분에 관하여 적법한 기간 내에 이의신청 및 심판청구를 거쳐 심판청구가 각하된 2013. 12. 24.부터 90일의 제소기간 내에 이 사건 소를 제기한 이상, 이 사건 소가 제소기간의 경과로 부적법하다고 볼 수는 없다.
따라서 피고의 본안전 항변은 이유 없다.
3. 본안에 관한 판단

가. 원고의 주장

1) 원고가 제1신고납부에서 이 사건 부동산 등의 취득가액으로 신고한 646억 원에는 그 지하의 폐기물매립시설의 가액도 포함되어 있는데, 이 사건 확정판결에 의해 폐기물매립시설의 가액은 취득세 등의 부과대상이 아님이 확인되었다. 따라서 이 사건 부동산 등의 취득가액 646억 원을 전소유자인 부산자원의 장부상 취득가액을 기준으로 안분하여 산출한 폐기물매립시설의 가액 37,143,516,000원은 이 사건 제1신고납부의 과세표준에서 제외되어야 하고, 이 사건 확정판결은 구「지방세법」제71조제1항 제1호의 확정판결에 해당함에도, 원고의 수정신고의 수리를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
2) 게다가 원고로서는 이 사건 확정판결 이전에는 폐기물매립시설이 취득세 등의 과세대상이 아님을 알지 못한 것에 부득이한 사유가 있다고 할 것이므로, 원고의 수정신고는 구「지방세법」제71조제1항 제2호에 의해서도 가능한 것임에도, 그 수리를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 대하여

구「지방세법」제71조제1항은 ‘이 법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 ① 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우(제1호), ② 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우(제2호)에는 대통령령으로 정하는 날부터 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다’고 규정하고 있고, 구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조는 수정신고의 기산일을 ‘공사비의 정산 및 건설자금의 이자계산으로 인한 경우에는 기업회계기준에 따라 장부에 기장한 날(1호), 소송으로 인한 경우에는 법원의 확정판결이 있는 날(2호), 증빙서류의 압수 등으로 인한 경우에는 압수 또는 영치되었던 증빙서류를 되돌려 받는 날(3호), 법인의 청산 등 기타 사유로 인한 경우에는 법인의 청산절차 등이 진행되어 세액의 계산이 가능하게 된 날(4호)’로 규정하고 있다.
구「지방세법」제71조제1항의 수정신고제도는 신고납부 자체를 대상으로 한 불복절차와는 별도로 일정한 경우 과세표준액 등을 변경할 수 있도록 하는 구제수단이고, 구「지방세법」제71조제1항 제1호에서 규정하고 있는 수정신고의 사유는 이미 신고납부를 한 이후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등과 관련된 사실관계가 사후적으로 변경되거나 확정된 경우를 의미하는 것이므로, 구「지방세법」제71조제1항 제1호의 확정판결이 있었음을 이유로 수정신고를 하려면 해당 확정판결이 과세대상과 관련한 사실관계를 신고납부의 전제가 된 사실관계와 다른 내용으로 변경·확정시키는 내용이어야 하고, 기존의 신고납부 당시의 사실관계를 바탕으로 하여 단지 과세대상인지 여부의 판단만을 달리하는 내용의 확정판결은 구「지방세법」제71조제1항 제1호의 확정판결에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두10023판결 등 참조).
이 사건에 관하여 보건대, 원고의 주장에 의하더라도 원고가 이 사건 부동산 등을 공매로 취득하였고 그 취득대상에 지하의 폐기물매립시설이 포함되어 있다는 사실관계 자체는 이 사건 제1신고납부 당시부터 아무런 변경이 없고, 다만 폐기물매립시설이 취득세 및 등록세의 부과대상인지 여부만이 이 사건 확정판결에 의하여 명확하게 확인되었다는 것인바, 달리 이 사건 확정판결에 의하여 이 사건 제2신고납부가 취소됨으로써 이 사건 제1신고납부의 과세표준 및 세액의 계산에 직접 영향을 미친다는 등의 특별한 사정이 없는 이상, 이 사건과 유사한 쟁점의 이 사건 확정판결이 선고되어 확정되었다는 사정만으로는 ‘신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 확정판결에 의하여 변경되거나 확정된 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.
따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2) 원고의 두 번째 주장에 대하여

나아가 구「지방세법」제71조제1항 제2호에 의한 수정신고는 증빙서류의 압수 등 부득이한 사유로 과세표준액 및 세액을 계산할 수 없었던 경우에 할 수 있는 것이고, 폐기물매립시설이 취득세 등의 과세대상인지 여부는 판단의 문제로서 원고가 제1신고납부 자체에 대하여 불복하면서 주장하였어야 할 사유일 뿐, 그로 인하여 과세표준액 및 세액의 계산이 불가능하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 유사한 쟁점의 이 사건 확정판결이 선고되어 확정되기 전에는 과세표준액 및 세액을 계산할 수 없었던 데에 부득이한 사유가 있다고 볼 수도 없다.
따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것)

제71조(수정신고)

① 이 법에 의한 신고납부기한내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일이내에 수정신고를 할 수 있다.
1. 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결등에 의하여 변경되거나 확정된 경우

2. 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우

② 제1항의 규정에 의한 수정신고로 인하여 추가납부세액이 발생한 경우에는 그 수정신고를 한 자는 수정신고와 동시에 이를 납부하여야 하며, 초과납부세액이 발생한 경우에는 당해 지방자치단체의 장은 이를 즉시 환부하여야 한다. 이 경우 과소신고납부로 인한 가산세와 제46조의 규정에 의한 환부이자를 적용하지 아니한다.
③ 수정신고납부절차등 필요한 사항은 행정안전부령으로 정한다.
■ 구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것)

제53조(수정신고)

법 제71조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 날"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 날을 말한다.
1. 공사비의 정산 및 건설자금의 이자계산으로 인한 경우에는 기업회계기준에 따라 장부에 기장한 날

2. 소송으로 인한 경우에는 법원의 확정판결이 있는 날

3. 증빙서류의 압수 등으로 인한 경우에는 압수 또는 영치되었던 증빙서류를 되돌려 받는 날

4. 법인의 청산 등 기타 사유로 인한 경우에는 법인의 청산절차 등이 진행되어 세액의 계산이 가능하게 된 날

■ 구 지방세법 시행규칙(2010. 12. 23. 행정안전부령 제177호로 개정되기 전의 것)

제37조(수정신고납부절차등)

① 법 제71조의 규정에 의하여 수정신고납부를 하고자 하는 자는 당초에 신고납부한 시ㆍ군에 별지 제41호의3서식에 의한 수정신고서를 제출하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의한 수정신고서를 제출하는 때에는 수정신고의 사유를 증명할 수 있는 서류를 함께 제출하여야 한다.
③ 제1항의 규정에 의한 수정신고가 과오납부세액의 환부를 요구하는 신고로서 과오납부세액이 있는 때에는 수정신고를 한 날의 다음 날부터 환부이자를 계산하여야 하며, 과오납부세액이 없는 때에는 과오납부세액이 없다는 뜻을 신고인에게 통지하여야 한다. 끝.