경정청구거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2014.12.11 / 시행일:

【원고, 피상고인】 
【피고, 상고인】 성동세무서장 (소송대리인 법무법인 디카이온 담당변호사 서정호)
【원심판결】 서울고법 2013. 5. 31. 선고 2012누8931 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 본문(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)은 “거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고(이하 ‘전단’이라 한다), 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다(이하 ‘후단’이라 한다).”고 규정하면서, 제1호에서 ‘주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택을 포함한다)’을, 제2호에서 ‘자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)’을 각각 들고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 제99조의3 제4항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항은 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 ‘양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 － 취득 당시의 기준시가)’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)에 의하여 계산한 금액으로 하도록 정하고 있다.
 2. 원심은, ① 원고가 1999. 10. 15. 이 사건 구주택을 취득하였다가 재건축이 이루어지자 그 주택조합의 조합원으로서 청산금을 납부하고 2004. 12. 14. 이 사건 신축주택을 취득한 사실, ② 원고는 2007. 12. 14. 이 사건 신축주택을 양도하고 그에 관한 양도소득세를 신고·납부하였다가, 2010. 6. 11. 피고에게 이 사건 특례조항 전단에 따라 이 사건 신축주택에 관한 양도소득세가 전액 감면됨을 전제로 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 한 사실, ③ 이에 피고는 이 사건 구주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득에 관한 양도소득세는 감면되지 않고 이 사건 신축주택의 취득일부터 그 양도일까지의 양도소득에 관한 양도소득세만 감면된다는 이유로, 이 사건 산식을 변형한 다음의 산식, 즉 ‘전체 양도소득금액 × (양도 당시의 기준시가 － 신축주택 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 － 구주택 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 의하여 신축주택 취득 후 발생한 감면대상 양도소득금액을 산정한 다음, 전체 산출세액 중 그에 해당하는 금액만이 감면되는 세액에 해당한다고 보아 원고의 경정청구를 일부 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
 그런 다음 원심은, 이 사건 특례조항 전단이 감면대상으로 삼은 양도소득의 발생 기산일은 ‘신축주택의 취득일’이므로 재건축·재개발의 경우 이 사건 특례조항 전단이 규정한 감면대상은 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’에 관한 양도소득세에 한정되고 ‘구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’에 관한 양도소득세는 그 감면대상이 되지 않지만, 이 사건 산식은 이 사건 특례조항 후단에 따라 감면되는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하기 위한 것으로서 이를 이 사건 특례조항 전단에 따라 감면되는 ‘양도소득세액’을 계산하는 경우에 준용할 법적 근거가 없을 뿐만 아니라, 이 사건 산식은 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득이 문제되지 않는 경우를 전제로 한 것이어서 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득이 문제되는 재건축·재개발의 경우에는 이를 준용할 수 없다는 이유로, 이 사건 산식을 위와 같은 방법으로 준용하여 감면되는 양도소득세액을 계산한 이 사건 처분은 위법하여 전부 취소되어야 한다고 판단하였다.
 3. 가. 이 사건 특례조항은 ‘취득일부터 5년 이내’에 신축주택을 양도하였는지를 기준으로 전단과 후단으로 나누어 과세특례의 내용을 다르게 규정하면서 그 전단에서는 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 특별히 명시하고 있지 않다. 또한 이 사건 특례조항은 재건축·재개발을 통하여 취득한 신축주택의 양도와 같이 ‘신축주택 취득일 전의 양도소득’이 양도소득세의 과세대상에 포함되는 경우를 감면대상으로 정하면서도 그 전단에서는 후단과 달리 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 채 양도소득세를 전액 감면한다고 규정하고 있을 뿐이다. 이러한 이 사건 특례조항의 문언과 체계, 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 특례조항은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다. 따라서 이 사건 특례조항 전단의 감면대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다.
 나. 원심이 인정한 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 신축주택의 양도는 이 사건 특례조항 전단의 감면대상에 해당하여 그 양도소득세가 전액 감면되어야 하므로 원고의 경정청구를 일부 거부한 이 사건 처분은 위법하다. 이 사건 특례조항 전단에 따른 감면대상이 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’에 관한 양도소득세에 한정된다고 본 원심의 판단에는 이 사건 특례조항 전단이 정한 과세특례의 범위와 효과에 관한 법리를 오해한 잘못이 있지만, 이 사건 처분이 위법하다고 본 결론은 정당하므로 원심의 위와 같은 잘못은 판결 결과에 아무런 영향이 없다. 그리고 이 사건 처분이 위법하여 전부 취소되어야 하는 이상, 원심이 이 사건 처분 중 원고가 신고한 세액에서 정당한 세액을 차감한 부분만을 취소하지 아니한 것이 위법하다는 상고이유의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
 4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김창석(재판장) 신영철(주심) 이상훈 조희대

[1] 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문의 의미 / 위 본문 전단의 양도소득세 감면대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우, 감면되는 세액의 범위
[2] 甲이 자신의 구주택에 대하여 재건축이 이루어지자 주택조합의 조합원으로서 신축주택을 취득한 후 신축주택을 5년 이내에 양도하면서 양도소득세를 신고·납부하였다가 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 전단에 따라 양도소득세 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 과세관청이 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득에 관한 양도소득세는 감면되지 않고 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득에 관한 양도소득세만 감면된다는 이유로 甲의 경정청구 중 일부에 대한 거부처분을 한 사안에서, 위 처분은 위법하다고 한 사례