농지조성비등 (민사, 대구고등법원)
공포일: 2003.11.19 / 시행일:

【원고, 항소인】 서울철관공업 주식회사(소송대리인 법무법인 세영 담당변호사 최덕수외 4인)
【피고, 피항소인】 농업기반공사(소송대리인 변호사 김학만)
【제1심판결】 대구지방법원 경주지원 2003. 2. 14. 선고 2001가합390 판결
【변론종결】2003. 9. 17.
【주 문】
1. 원고의 항소를 기각한다. 
2. 항소비용은 원고의 부담으로 한다. 

【청구취지 및 항소취지】제1심판결을 취소한다. 피고는 원고에게 112,426,820원 및 이에 대한 1996. 5. 7.부터 이 사건 소장부본 송달일까지는 연 5%의, 그 다음날부터 완제일까지는 연 25%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라. 
【이 유】1. 인정사실
 다음의 각 사실은 갑 제1 내지 3호증, 제4, 5호증의 각 1, 2, 제6호증, 제7호증의 1 내지 3, 제9호증의 1, 2, 제10호증의 1 내지 32, 을 제1호증, 제2호증의 1 내지 4, 제3호증의 1 내지 5, 제4호증의 1 내지 3, 제5호증, 제7호증의 각 기재에 제1심의 경주시장에 대한 각 사실조회결과 및 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고 반증이 없다. 
 가. 원고는 1991.경 경주군수에게 구 국토이용관리법(1993. 8. 5. 법률 제4558호로 개정되기 전의 것, 이하 국토이용관리법이라 한다.)상 용도지역이 경지지역과 산림보전지역으로 결정되어 있던 경주군 양남면 서동리 산 28-1 일원에 있던 별지 부동산 목록 1기재 토지(이하 이 사건 제1토지라 한다.)에 공장부지를 조성하여, 그 지상에 연면적 27,640㎡의 건축시설과 도로, 주차장 등의 부속시설을 갖춘 공장을 설치하고 주철강관 제조업을 영위하겠다는 사업계획서를 제출하면서 이를 위한 국토이용계획변경 등 절차를 요청하였다. {원고의 사업계획에 의한 공장부지 조성면적이 과다한 관계로중소기업창업지원법(1994. 3. 24. 법률 제4748호로 개정되기 전의 것, 이하 중소기업창업지원법이라 한다.) 제22조 제3항에서 정한 협의절차로서 국토이용계획변경결정이 이루어질 수 없어 국토이용계획변경절차가 선행되었다.}
 나. 경주군수는 1991. 6.경 경상북도지사에게 지역개발과 지역주민의 소득증대에 기여하기 위하여 이 사건 제1토지를 공장용지로 개발하는 개발계획을 수립함이 타당하는 의견을 첨부하여 위 토지를 경지지역과 산림보전지역에서 개발촉진지역(공업용지지구)으로 변경하는 국토이용계획변경을 요청함과 아울러 위 토지에 포함되어 있는 농지 25,949㎡(이하 이 사건 제1농지라 한다.)가 산간지에 산재된 상대농지로서 보전가치가 없으므로 농지전용협의함이 타당하는 의견서와 농지전용협의시 대체 농지조성비를 납부하겠다는 경주군수 명의의 확약서, 원고로부터 농지조성비를 부과, 징수하여 납부하겠다는 경주군수 명의의 확약서를 첨부하여 이 사건 제1농지에 관한 농지전용허가 신청서를 제출하였다. 
 다. 경상북도지사는 1991. 8. 6. 관계부서의 협의를 거쳐 이 사건 제1토지의 용도지역을 경지지역, 산림보전지역에서 개발촉진지역(공업용지지구)으로 변경하는 국토이용계획변경결정을 하면서, 경주군수에게 이 사건 제1농지에 관한 농지조성비 85,686,480원을 납입토록 하고 원고로 하여금국토이용관리법 제27조의 규정에 의한 개발행위신고의무를 이행한 후 농지전용구적표 및 시설배치표에 나타난 시설면적과 일치되게 사업을 준공하도록 하고중소기업창업지원법 제21조의 규정에 의거 중소기업창업사업계획승인신청절차를 거쳐 관계법규의 절차에 의거 처리하라는 조건을 부과하였는데, 경주군수는 1991. 8. 12. 위 국토이용계획변경결정을 고시하고 원고에게 이를 통보하였다.
 라. 경주군수는 1991. 9. 11. 원고로부터 경주군 세입세출외 현금일시보관금 구좌로 농지조성비 85,686,480원을 납부 받은 다음 1991. 9. 18. 경주군수 스스로 납부의무자가 되어 경상북도가 부과한 이 사건 제1농지에 관한 농지조성비를 농어촌진흥공사에 납부하였고, 위 농지조성비는 농지관리기금에 귀속되었다. 
 마. 원고는 1992. 5. 6. 경주군수에게 이 사건 제1토지에 관한 국토이용계획변경결정시 통보된 내용에 따라국토이용관리법 제27조 제3항,구 국토이용관리법시행령(1992. 5. 30. 대통령령 제13654호로 개정되기 전의 것, 이하 국토이용관리법시행령이라 한다.) 제44조의 규정에 의하여 이 사건 제1토지에 관한 개발사업계획서를 첨부하여 개발행위 신고를 하였고, 경주군수는 같은 달 30. 이를 수리하였다.
 바. 그 후 원고는 1993. 3.경 경주군수에게 위 개발행위 신고시에 한 개발사업계획을 일부 변경하여 개발행위 신고를 하고, 1993. 3. 9. 경주군수에게 중소기업창업지원법에 의하여 이 사건 제1토지와 아울러 진입도로로 사용할 별지 부동산 목록 2 기재 각 토지(이하 이 사건 제2토지라 한다.) 지상에 주철강관 제조업 공장(이하 이 사건 공장이라 한다.) 건립을 위한 사업계획승인 신청을 하였는데, 이에 따라 경주군수는 이 사건 제2토지 중 농업진흥지역 밖에 위치한 농지부분 9,479㎡(이하 이 사건 제2농지라 한다.)의 전용에 관하여 경상북도지사와의 협의를 거쳐 1993. 6. 21. 원고의 중소기업창업지원법에 의한 사업계획(이하 창업계획이라고만 한다.)을 승인하였다. 
 사. 원고는 1993. 8. 21. 창업계획승인시 경주군수가 부과한 조건에 따라 농지조성비 33,866,640원 및 농지전용부담금 3,643,500원 합계 37,510,140원을 농어촌진흥공사에 납부하였고, 위 농지조성비는 농지조성기금에, 농지전용부담금은 농어촌특별회계에 각 귀속되었다.
 아. 그 후 원고가 이 사건 제1, 2 토지상에 공장건물을 신축하고 기계설비를 갖추는 등 공장설립을 진행하던 중 1995.경 부도처분을 받게 되었고, 이에 따라 성업공사에 의하여 1996. 3.경 이 사건 제1토지 및 그 지상에 설치된 공장시설이 주식회사 세진에게 매각되기에 이르자, 경주군수는 1996. 5. 7. 원고에 대한 창업계획승인을 취소하고, 같은 날 주식회사 세진이 신청한 중소기업창업지원법에 의한 사업계획을 승인하였다. 
 자. 그런데 경상북도지사가 1998. 12. 17. 이 사건 제1토지 중 2,993㎡의 용도지역을 준도시지역에서 준농림지역으로 변경하는 국토이용계획변경결정을 하였고, 이에 따라 원고는 1998. 12.경 경주시장의 위임을 받아 이 사건 제1농지에 관한 농지조성비 중 10,774,800원을 환급받았다.
 차. 원고는 2000. 11. 1. 경주시장에게 창업계획의 승인취소를 이유로 이 사건 제1, 2농지에 관하여 납입하였던 나머지 농지조성비 및 농지전용부담금 합계 112,451,820원{ = (85,686,480원 + 33,866,640원 + 3,643,500원) - 10,774,800원, 이하에서는 위 농지조성비와 농지전용부담금을 합하여 ‘농지조성비 등’이라고만 한다.}의 환급을 요청하는 농지조성비, 전용부담금 환급요청서를 제출하였는데, 경주시장은 2000. 11. 21. 이를 거부하는 회시를 하였고, 이에 원고가 경상북도 행정심판위원회에 경주시장의 위 환급거부처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하였으나, 경상북도지사는 2001. 3. 8. 원고의 청구를 기각하는 재결을 하였다. 
 카. 농어촌진흥공사는 1999. 2. 5. 법률 제5759호로 제정된 농업기반공사및농지관리기금법이 2000. 1. 1. 시행되면서같은 법 부칙 제8조에 따라 같은 법에 근거한 피고의 설립과 동시에 해산되고 피고에게 합병된 것으로 간주되었다.
2. 본안전항변에 대한 판단
 피고는, 위 농지조성비 등의 귀속주체는 피고가 아니라 국가라 할 것이므로 피고를 상대로 농지조성비 등의 환급을 구하는 이 사건 소는 피고적격이 없는 자를 상대로 한 부적법한 소라는 취지로 항변한다. 
 그러므로 살피건대, 이행의 소에 있어서는 원고에 의하여 이행의무자로 주장된 자가 피고적격을 가지는 것이어서 피고 주장의 위 사유는 본안에서 청구권 유무로서 판단될 사유일 뿐이고 본안전에 당사자적격 유무로서 판단될 사항은 아니라 할 것이므로 피고의 위 항변은 이유가 없다. 
3. 본안에 관한 판단
 가. 원고의 주장
 원고는, ①중소기업창업지원법 제22조 제1항 제10호,제11호의 규정에 의하여같은 법 제21조에 의하여 창업계획의 승인이 있는 경우에는 국토이용계획변경결정이나 농지전용허가를 받은 것으로 의제된다 할 것이고 국토이용관리법에 국토이용계획변경결정으로 농지전용허가가 의제된다는 아무런 근거규정이 없으므로 이 사건 제1토지에 관한 국토이용계획변경시에 이 사건 제1농지에 관한 농지조성비는 향후 원고에 대한 중소기업창업지원법에 따른 창업계획 승인이 이루어져 위 농지에 관한 전용허가가 의제되는 것을 전제로 하여 이를 조건으로 부과된 것이라 할 것인데, 이 사건 공장에 관한 창업계획승인이 취소된 이상 이 사건 제2농지 뿐만 아니라 제1농지에 관한 전용허가도 취소된 것으로 보아야 하므로 이 사건 공장에 관한 창업계획승인취소로 인하여 이 사건 제1, 2 농지에 관하여 부과된 농지조성비 등의 환급사유가 발생하였다고 할 것이고, ② 창업계획승인취소로 인하여 이 사건 제1, 2 농지에 관한 농지전용허가가 취소된 이상농업기반공사및농지관리기금법 제35조 제2항,같은 법 시행령 제35조 제1항 제2호의 규정에 의하여 농지관리기금을 운용하는 피고로서는농지법 제40조 제2항의 규정에 의하여 원고가 이미 납부한 농지조성비 등을 환급할 의무가 있다고 주장한다.
 나. 환급사유의 발생여부에 관한 판단
 (1) 관계규정
 (가)국토이용관리법 제7조 제1항은 “국토이용계획은 건설부장관이 입안한다.”,제6항은 “건설부장관이 국토이용계획을 입안한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관계도지사·시장·군수·영림서장의 의견을 들은 후 관계중앙행정기관의 장과 협의하여야 한다.”고 규정하고,제8조 제1항은 “제7조의 규정에 의하여 입안된 국토이용계획은 국토이용계획심의회의 심의를 거쳐 건설부장관이 고시함으로써 결정된다. 결정된 국토이용계획을 변경하고자 할 때에도 또한 같다.”고 규정하고 있으며,제30조의 2 제1항,같은 법 시행령 제58조 제1항 제2호 다.목에 의하여 중소기업창업지원법에 의한 중소기업창업입지를 위한 국토이용계획의 결정·변경에 관한 건설부장관의 권한이 도지사에게 위임되어 있다.
 (나) 또한국토이용관리법 제27조 제1항은 “제7조 및제8조의 규정에 의하여 결정·고시된 다음의 용도지역안에서제14조의 2 제1항 제2호·제5호·제7호 또는제9호의 규정에 따라 행하는 개발행위에 관하여는농지의보전및이용에관한법률 제4조 ……의 규정은 이를 적용하지 아니한다.”라고 규정하면서제4호로 “개발촉진지역”을 들고 있으며,같은 조 제3항은 “제1항 및제2항의 규정에 의한 개발행위를 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할 시장 또는 군수에게 이를 신고하여야 한다. 다만, 다른 법령에 의하여 허가·인가·승인 등을 받았거나 신고한 사항에 관하여는 그러하지 아니한다.”고 규정하고 있으며,제14조의 2 제1항은 “국가 또는 지방자치단체는 국토이용계획으로 정하여진 용도지역의 효율적인 이용·관리를 위하여 다음에 의하여 당해 지역에 관한 개발·정비 및 보전에 필요한 조치를 강구하여야 한다.”라고 규정하면서,제9호로 “개발촉진지역 : 관계행정기관의 장과 지방자치단체의 장은 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 지역의 세부개발계획을 수립하여 이를 시행함으로써 당해 지역의 효율적인 이용증진을 도모하여야 하며, 그 지역 안에 일정한 구획을 획정하여 묘지를 집단화하는 조치를 강구하여야 한다.”고 규정하고 있다.
 (다) 그리고,구 농지의보전및이용에관한법률 (1993. 8. 5. 법률 제4572호로 개정되기 전의 것, 이하 농지보전법이라 한다) 제4조 제1항은 “농지를 전용하고자 하는 자는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 대통령령이 정하는 바에 의하여 농수산부장관의 허가를 받아야 한다.”고 규정하면서,제1호로 ”……국토이용관리법 제6조 제5호,제7호의 규정에 의한 공업지역 및 관광휴양지역 … 안에 있는 농지를 전용하는 경우”를 들고 있으며,같은 조 제2항은 ”주무부장관은제1항 제1호의 도시계획구역 등을 결정 또는 지정할 때에 당해 구역 내에 농지가 포함되어 있는 경우와 녹지지역·개발제한지역 및 도시개발예정구역 안에 농지를 타용도로 변경하거나 형질을 변경할 때에는 농수산부장관과 협의하여야 한다. 다만, 다른 법률의 규정에 의하여 농수산부장관의 협의를 거친 경우에는 그러하지 아니하다.“고 규정하고,제4항은 ”제1항의 규정에 의하여 농지의 전용허가를 받고자 하는 자,제2항의 규정에 의하여 협의를 받아 농지를 전용하고자 하는 자와제5조 제1항의 규정에 의하여 협의·동의 또는 승인을 얻어 농지를 전용하고자 하는 자는 그 전용하고자 하는 농지에 상당하는 농지의 조성에 소요되는 비용을농어촌진흥공사및농지관리기금법 제32조 제1항의 규정에 의한 농지관리기금을 운용·관리하는 자에게 납입하여야 한다.“고 규정하고,제5조 제1항은 ”주무부장관은 공용 또는 공공용 시설을 신설하거나 확장하기 위하여 농지를 다음 각호의 용지로 전용하고자 할 때에는 농수산부장관과 협의하여야 하며, 그 이외의 용지로 전용하고자 할 때에는 국가기관에 있어서는 농수산부장관의 동의를, 지방자치단체에 있어서는 농수산부장관의 승인을 얻어야 한다.“고 규정하고 있으며,농지보전법 제19조,구 농지의보전및이용에관한법률시행령(1994. 4. 9. 대통령령 제14205호로 개정되기 전의 것.) 제20조 제1항 제2호 마목에 의하여국토이용관리법 제6조 제9호의 개발촉진지역안의 농지의 전용허가에 관한 농수산부장관의 권한은 도지사에게 위임되어 있다.
 (라) 또한,중소기업창업지원법 제21조 제1항은 “대통령령이 정하는 기술집약형중소기업 및 농어촌지역의 중소기업의 창업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업계획서를 작성하고, 이에 대한 시장, 군수, 구청장의 승인을 얻어 사업을 개시할 수 있다.”고 규정하고,제22조 제1항은 “창업자가제21조의 규정에 의한 사업계획의 승인을 얻은 때에는 다음 각호의 신고·허가·해제·인가·면허·동의 또는 결정 등의 처분을 받은 것으로 본다.”고 규정하면서,제10호로 “국토이용관리법 제8조의 규정에 의한 국토이용계획의 변경결정,동 법 제21조의 3의 규정에 의한 토지 등의 거래계약의 허가 및동 법 제21조의 7의 규정에 의한 토지 등의 거래계약의 신고”를,제11호로 “농지의보전및이용에관한법률 제4조의 규정에 의한 농지전용의 허가”를 각 들고 있으며,제3항은 “제1항 또는제2항 각호의 1에 해당하는 사항이 당해 시장, 군수, 구청장 외의 다른 행정기관의 권한에 속하는 경우에는 당해 시장, 군수, 구청장은 그 다른 행정기관과 협의를 거쳐야 하며 협의가 이루어지지 않은 경우에는 창업심의회의 심의를 거쳐 그 승인여부를 결정한다.”고 규정하고 있다.
 (2) 판단
 (가) 먼저 이 사건 공장에 관한 창업계획승인취소로 인하여 이 사건 제1농지에 관한 농지전용허가가 취소된 것으로 볼 수 있는지 여부에 관하여 보건대, 위 관계규정에 의하면 국토이용계획상의 용도지역을 개발촉진지역(공업용지지구)으로 변경하면서 이루어진국토이용관리법 제7조 제6항에 의한 관계부서와의 협의를 농지보전법에서 정한 농지전용협의로 볼 아무런 근거규정이 없고, 국토이용계획상 개발촉진지역이농지보전법 제4조 제1항 제1호에서 정한 용도지역으로서 그 용도지역 변경시에농지보전법 제4조 제2항에서 농림수산부장관과의 협의를 거치도록 규정되어 있는 것도 아니어서 이 사건 국토이용계획변경결정시에 이루어진 농지전용협의를농지보전법 제4조 제2항에 의해 이루어진 것으로 볼 수 없다고 할 것인바, 앞서제1항에서 인정한 사실과 관계규정의 취지에 비추어 볼 때, 이 사건 제1토지에 관한 개발촉진지역(공업용지지구)으로의 용도지역변경결정시에 이루어진 이 사건 제1농지의 농지전용협의는 결국 이 사건 제1토지를 개발촉진지역(공업용지지구)의 용도에 맞게 개발하는 원고의 사업계획을 경주군수가국토이용관리법 제14조의 2 제1항 제9호에서 정한 세부개발계획으로 수립하기로 하여 국토이용계획변경결정 권한을 가지고 있던 경상북도지사에게 국토이용계획변경을 요청하면서 그와 같은 세부개발계획의 수립, 시행을 위하여 경주군수가 그 스스로 이 사건 제1농지에 관한 농지전용허가 신청을 하였다고 할 것이어서, 결국 이 사건 제1토지에 관한 국토이용계획변경결정시 이루어진 농지전용협의는 경주군수의농지보전법 제4조 제1항 또는제5조 제1항에 의한 허가신청에 의하여 이루어진 것으로서 위 농지전용협의의 효력이 농지보전법 관계규정에 의하여 원고에게 바로 미치는 것으로 볼 수 없으므로, 위 농지전용 협의에 따른 농지조성비의 납부의무자는 경주군수라 할 것이다. (앞서 제1항에서 본 바와 같이 경상북도지사도 위와 같은 취지에서 경주군수에게 농지조성비를 부과하였고, 경주군수도 그 스스로 납입의무자가 되어 농어촌진흥공사에게 농지조성비를 납부하였다.)
 한편,국토이용관리법 제27조 제1항의 규정은 국토이용계획상의 용도지역으로서 개발촉진지역(공업용지지구)을 지정할 당시에 이미 건설부장관과 농림수산부장관 등 사이에 협의를 거쳤으므로,같은 법 제14조의 2 제1항 제9호에 의하여 수립·시행된 개발촉진지역개발계획에 따른 개발행위로서 농지를 전용하고자 하는 자는농지보전법 제4조 제1항 및제5조에 규정된 농림수산부장관의 허가나 협의 등을 요하지 아니하고국토이용관리법 제27조 제3항에 의하여 신고함으로써 족하다는 취지로서 그 규정이농지보전법 제4조 제4항에 규정된 농지조성비의 납입의무까지 면하게 하는 취지로 볼 수 없다(대법원 1996. 12. 23. 선고 95누12200 판결 참조)고 할 것인바, 위와 같은 법리에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 제1토지에 관한 용도지역변경결정이 있는 경우 앞서 본 바와 같은 경주군수의 세부개발계획(결국 원고의 사업계획이 된다.)에 따라 이 사건 제1토지를 공장용지로 개발하고자 하는 자에 해당한다 할 것이어서 이 사건 국토이용계획변경결정시에 이루어진 농지전용협의 외에 따로 농지보전법 관계규정에 의한 농림수산부장관의 허가나 협의 등을 받을 필요는 없었다 할 것이나농지보전법 제4조 제4항에서 규정한 바에 따른 농지조성비 납부의무는 있었다 할 것이고, 한편국토이용관리법 제27조 제1항의 규정에 따라 개발행위로서 농지를 전용하고자 하는 경우 통상같은 법 제27조 제3항의 규정에 따라 개발행위 신고의무를 이행하였을 경우 개발행위자의 전용의사나 전용대상이 되는 농지의 범위가 특정되는 관계로 개발행위 신고시에 개발행위자의 농지조성비 납부의무가 성립하는 것이나 이 사건에 있어서는 경상북도지사의 국토이용계획변경결정이 있었을 당시 이미 원고가 개발촉진지역(공업용지지구)으로 변경될 이 사건 제1토지 중 농지전용허가가 필요한 이 사건 제1농지 부분을 특정하여 그 전용의사를 명확히 밝히는 사업계획서를 제출하여 농지조성비의 납입의무자나 부과대상이 특정되어 있었던 관계로 그때 이미 원고의 이 사건 제1농지에 관한 농지조성비 납입의무가 성립되어 있었다 할 것이고, 이에 따라 경주군수가 실제로 농지를 전용하고자 하는 개발행위자인 원고로부터 이 사건 제1농지에 관한 농지조성비를 납입받은 것이라 할 것이다.
 결국, 원고에 대한 이 사건 제1농지에 관한 농지조성비는 경주군수의 농지전용허가 신청에 따라 이루어진 이 사건 국토이용계획변경결정 과정에서의 농지전용협의에 따른 것이 아니고국토이용관리법 제27조 제1항,농지보전법 제4조 제4항의 규정에 의하여 부과된 것이므로 그 농지전용협의의 효력 유무에 따라 곧바로 원고가 납부한 농지조성비의 부과원인이 소멸되는지 여부가 정해지는 것이 아니라 농지전용을 수반한국토이용관리법 제27조 제1항에 의한 개발행위사업의 효력 유무에 따라 정해지는 것이라 할 것인바, 앞서 제1의 마, 바항에서 본 바와 같이 원고가 이 사건 국토이용계획변경결정이 있고 난 다음 1992. 5. 6. 경주군수에게 개발행위 신고를 하고, 1993. 3.경 사업계획을 일부 변경하여 개발행위 변경신고를 하였으며, 이에 경주군수가 1993. 6. 21. 창업계획을 승인함으로써국토이용관리법 제27조 제3항 단서규정에 의하여 원고의 개발행위 변경신고가 수리된 것이라 할 것인데, 그 후 위 창업계획승인이 취소되었으므로 위 창업계획승인으로 수리된 원고의 개발행위 신고가 그 효력을 잃게 되었고, 이에 따라 원고가 신고된 내용에 따른 개발행위를 할 수 없게 된 이상 이 사건 제1농지에 관한 농지조성비의 부과근거는 소멸하였다고 봄이 타당하다.
 나아가, 이 사건 제2농지에 대한 농지전용허가가중소기업창업지원법 제22조 제1항 제11호의 규정에 따라 이 사건 공장에 관한 창업계획승인으로 인하여 그 허가를 받은 것으로 의제되었고, 창업계획승인취소로 인하여 의제처리 되었던 이 사건 제2농지에 관한 농지전용허가 또한 취소된 것으로 보아야 함은 명백하다 할 것이므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 공장에 관한 창업계획 승인취소로 인하여 이 사건 제1, 2농지에 대한 농지조성비 등에 관하여 환급사유가 발생하였다고 할 것이다.
 (나) 이에 대하여 피고는, 원고가 이 사건 제1, 2 농지 지상에 이 사건 공장의 건립을 위한 사업계획승인 신청을 하여 경주군수로부터 중소기업창업지원법에 의한 창업계획승인을 받은 후 공장과 그 부지에 대한 공사가 거의 완공되기 직전에 부도에 이르게 되자 성업공사에 의하여 이 사건 제1토지 및 그 지상에 설치된 공장시설이 소외 주식회사 세진에게 매각되어 그 소유권이 이전되었으므로, 비록 원고에 대한 창업계획승인이 취소되어 농지전용허가가 취소된 것으로 의제된다고 하더라도 이 사건 제1, 2 농지는 이미 농지성을 상실하여 원상회복이 불가능하게 되었으므로 이미 납부된 농지조성비 등의 환급이 불가능하다고 주장한다. 
 살피건대,중소기업창업지원법 제23조 제1항은 “사업계획의 승인을 받은 자가 그 사업계획승인 내용과 현저하게 다르게 사업을 영위하거나 사업계획승인 후 2년이 지나도록 공장을 건설하지 않음으로써 사업계획승인의 효과를 기대하기 어렵다고 인정되는 경우에는 시장, 군수, 구청장은 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 사업계획승인 및 공장건축허가를 취소할 수 있으며, 당해 토지의 원상회복을 명할 수 있다.”고 규정하고 있고,같은 조 제2항은 “제1항의 원상회복의 경우에는농지의보전및이용에관한법률 제15조의 규정을 준용한다.”고 규정하고 있으며,농지보전법 제15조 제1항은 “농수산부장관·도지사 또는 군수는제4조 제1항의 규정에 의한 허가를 받지 아니하고 농지를 전용한 경우제6조 제1항의 규정에 의하여 허가가 취소되거나 허가 받은 사항이 변경된 경우 및제12조의 규정에 위반하여 다년성식물·목초 또는 관상수를 재배하거나 식재한 경우에는 일정한 기간을 정하여 원상회복할 것을 명할 수 있다.”고 규정하고,같은 조 제2항은 “농수산부장관·도지사 또는 군수는제1항의 규정에 의한 원상회복명령에 위반하여 원상회복을 하지 아니할 때에는 대집행에 의하여 원상회복을 할 수 있다.”고 규정하고,같은 조 제3항은 “제2항의 대집행절차에 관하여는 행정대집행법을 준용한다.”고 규정하고 있으므로, 이 사건에 있어서와 같이 당초 경지지역과 산림보전지역으로 지정되어 있던 이 사건 제1, 2 토지 위에 이 사건 공장을 설립하기 위하여 위 각 토지 중 농지부분을 전용하여 공장건물을 신축하고 도로를 개설하는 등으로 공장을 설립하다가 그 준공 직전에 경매에 의하여 제3자에게로 소유권이 변동되고 새로이 제3자에 대하여 창업계획이 승인된 경우, 자신의 창업계획승인이 취소되었음을 이유로 이미 납부한 농지조성비 등의 반환을 구하는 자는 원칙적으로 당해 토지를 농지로 원상회복하여야 하나, 위 각 규정은 토지의 원상회복에 관한 것일 뿐 농지조성비 등의 환급에 관한 내용이 없는 점 등에 비추어 농지전용허가가 취소된 후 훼손된 농지가 원상회복이 되지 아니하였다 하여 반드시 농지조성비 등을 환급할 수 없는 것은 아니라 할 것이어서(대법원 1998. 3. 24. 선고 97다51001 판결 참조), 피고의 위 주장은 이유 없다.
 다. 환급금지급청구권의 성립여부에 관한 판단
 (1) 관련규정
 (가)구 농지법(1994. 12. 22. 법률 제4817호로 제정되어 1996. 1. 1.부터 시행된 것, 이하 농지법이라 한다.) 제40조 제1항은 “다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 전용하고자 하는 농지에 상당하는 농지의 조성에 소요되는 비용을 농지관리기금을 운용·관리하는 자에게 납입하여야 한다.”고 규정하고,제2항은 “농지관리기금을 운용·관리하는 자는 농지조성비를 납입한 자가제41조의 규정에 의하여 허가가 취소되거나 사업계획의 변경 기타 이에 준하는 사유로 인하여 전용하고자 하는 농지의 면적이 당초보다 감소한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그에 상당하는 농지조성비를 환급하여야 한다.”고 규정하고,같은 법 부칙 제9조 제1항은 “이 법 시행 당시종전의 농지의보전및이용에관한법률 제4조 제4항의 규정에 의한 농지의 조성에 소요되는 비용 … 을 납입한 자는 이 법에 의하여 농지조성비를 납입한 것으로 본다.”고 규정한다.
 (나)구 농지법시행령(1995. 12. 12. 대통령령 제14835호로 제정되어 1996. 1. 1.부터 시행된 것.) 제56조 제1항은 “농림부장관은 납입의무자가 농지조성비로 납입한 금액 중 과오납입한 금액이 있거나법 제40조 제2항의 규정에 의하여 환급하여야 할 금액이 있는 때에는 지체 없이 그 과오납액 또는 환급금액을 농지조성비환급금으로 결정하고 이를 농지조성비납입자와 농어촌진흥공사에 각각 통지하여야 한다.”고 규정하고,제3항은 “제1항의 규정에 의한 농지조성비환급금과제2항의 규정에 의한 환급가산금은 농어촌진흥공사및농지관리기금법에 의한 농지관리기금에서 이를 지급한다”고 규정한다.
 (다)농지법 제53조 제1항은, ”이 법에 의한 농림부장관의 권한은 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 일부를 시·도지사 또는 시장·군수·구청장에게 위임할 수 있다.”고 규정하고 있으며,농지법시행령 제72조 제1항은 “농림부장관은법 제53조 제1항의 규정에 의하여 다음 각호의 권한을 시·도지사에게 위임한다.”고 규정하면서,제1호로 “법 제36조 제1항 및제2항의 규정에 의한 농지전용에 대한 허가(변경허가를 포함한다) 및 협의에 관한 권한 중 다음 각목에 해당하는 권한 : 가. 농업진흥지역 안의 3천제곱미터 이상의 농지의 전용, 나. 농업진흥지역 밖의 1만제곱미터 이상의 농지의 전용,제4호로 ”다음 각목의 1에 해당하는 경우의법 제40조의 규정에 의한 농지조성비의 부과·징수 등에 관한 권한 : 가.제1호 및제2항 단서의 규정에 의하여 시·도지사에게 권한이 위임된 경우, 나.법 제40조 제1항 제4호에 규정된 다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제 되는 협의를 거친 농지를 전용하고자 하는 자 중가목의 규정에 의한 농지전용면적규모에 해당하는 농지를 전용하고자 하는 자의 경우“를 들고 있으며,농지법시행령 제72조 제2항은 ”농림부장관은법 제53조 제1항의 규정에 의하여 다음 각호의 권한을 시장·군수 또는 자치구 구청장에게 위임한다. 다만, 대상농지가 동일 특별시·광역시 또는 도의 관할구역 안의 2이상의 시·군 또는 자치구에 걸치는 경우에는제1호 및제2호의 권한은 이를 시·도지사에게 위임한다.“고 규정하면서,제1호로 ”법 제36조 제1항 및제2항의 규정에 의한 농지전용에 대한 허가(변경허가를 포함한다) 및 협의에 관한 권한 중 다음 각목에 해당하는 권한 : 가. 농업진흥지역 안의 3천제곱미터 미만의 농지의 전용, 나. 농업진흥지역 밖의 1만제곱미터 미만의 농지의 전용“을 들고 있고,제5호로 ”다음 각목의 1에 해당하는 경우의법 제40조의 규정에 의한 농지조성비의 부과·징수 등에 관한 권한 : 가.제1호의 규정에 의하여 시장·군수 또는 자치구구청장에게 권한이 위임된 경우, 나.법 제40조 제1항 제2호,5호에 규정된 자의 경우, 다.법 제40조 제1항 제4호에 규정된 다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제 되는 협의를 거친 농지를 전용하고자 하는 자중가목의 규정에 의한 농지전용면적규모에 해당하는 농지를 전용하고자 하는 자의 경우“를 규정하고 있다.
 (라) 또한농어촌발전특별조치법(1995. 12. 29. 법률 제5108호로 개정되기 전의 것, 이하 농어촌발전특별조치법이라 한다.) 제45조의2 제1항은 “농림수산부장관은 농어촌구조개선사업에 대한 투자재원을 확보하기 위하여 다음 각호의 1에 해당하는 자에 대하여 전용부담금을 부과·징수하여야 한다.”고 규정하고,같은 항 제1호는 “농지법 제40조 제1항의 규정에 의하여 농지의 조성에 소요되는 비용을 납입하여야 하는 자”라고 규정하고,같은 조 제7항은 “제1항의 규정에 의한 전용부담금의 부과·징수 및 과오납금반환방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고,같은 법 시행령(1995. 12. 22. 대통령령 제14835호로 개정되었다가 1999. 12. 28 대통령령 제16646호로 개정되기 전의 것.) 제52조의8 제1항은 “전용부담금의 과오납금 등의 반환에 관하여는농지법시행령 제56조 제1항·제2항의 규정을 준용한다.”고 규정하고,제2항은 ”전용부담금의 과오납금 등은 농어촌진흥공사가 수납한 전용부담금 중에서 이를 환급한다.“고 규정하고 있다.
 (마) 한편,구 농어촌진흥공사및농지관리기금법(1996. 8. 8. 법률 제5153호로 개정되기 전의 것.) 제27조는 “정부는 영농규모적정화, 농지의 집단화와 농지조성사업에 필요한 자금을 조달·공급하기 위하여 농지관리기금을 설치한다.”고 규정하고,제32조 제1항은 “기금은 농림수산부장관이 운용·관리한다.”고 규정하고,제2항은 “농림수산부장관은 대통령령이 정하는 바에 의하여 기금의 운용·관리에 관한 업무의 일부를 공사에 위탁할 수 있다.”고 규정하고 있으며,구 농어촌진흥공사및농지기금관리법시행령(1996. 8. 8. 대통령령 15135호로 개정되기 전의 것.) 제36조 제1항은 “농림수산부장관은법 제32조 제2항의 규정에 의하여 다음 각호의 업무를 공사에 위탁한다.”고 규정하면서,제2호로 ”법 제28조 제4호의 규정에 의한 농지조성납입금의 징수 및 관리에 관한 업무“를 들고 있으며,농업기반공사및농지관리기금법(1999.2.5. 법률 제5759호로 제정되어 2000. 1. 1.부터 시행된 것) 부칙 제9조 제1항은 ”공사는 농어촌진흥공사, 농지개량조합 및 농지개량조합연합회의 재산과 채권·채무 기타 권리·의무를 포괄적으로 승계한다.“고 규정하고 있다.
 (2) 판단
 (가) 앞서 든 관계규정들에 의하면, 농지조성비의 부과·징수권 내지 신고납입 수령권한은 농지관리기금을 운용·관리하는 농림부장관에게 있고 이 권한은 농어촌진흥공사에 위탁되고 다시 시·도지사 등 지방자치단체장에게 위임되어 있으며, 이러한 위임·위탁에 따라 부과·징수되거나 신고납입 받은 농지조성비는 최종적으로 농지관리기금에 납입되도록 규정되어 있고,농어촌발전특별조치법 제45조의 2,제74조,같은 법 시행령 제52조의 2,3,4,6,제83조 등의 여러 규정들에 의하면, 농지전용부담금의 부과·징수권 내지 신고납입 수령권한은 농림부장관에게 있고(그 수납 등에 관한 업무는 농어촌진흥공사가 대행한다.) 이 권한은 시·도지사 등 지방자치단체장 등에게 위임되어 있으며, 이러한 위임 등에 따라 부과·징수되거나 신고납입 받은 농지전용부담금은 최종적으로 농어촌구조개선특별회계법에 의한 농어촌구조개선특별회계에 납입되도록 규정되어 있는바, 위 관계규정에 비추어 볼 때, 이 사건 제1, 2 농지의 농지전용허가와 관련하여 경상북도지사나 경주군수가 농지조성비 등을 납부 받은 행위, 피고가 경주군수로부터 농지조성비 등을 송금 받은 행위는 모두 위 위임 등에 의한 국가사무의 처리에 불과하다 할 것이고, 나아가 이 사건 농지조성비 등도 경상북도지사나 경주군수, 피고 공사 측을 거쳐 최종적으로 국고, 즉 농지관리기금 내지 농어촌구조개선특별회계에 납입·귀속되었다 할 것이다. (대법원 2002. 4. 24. 선고 2002다13294 판결,1998. 2. 10. 선고 95다20256 판결 등 참조)
 (나) 나아가 살피건대, 국고에 귀속된 농지조성비 등의 환급에 관한 농지법 등 관계규정에서농어촌진흥공사및농지관리기금법시행령 제36조 제1항 제2호의 규정에 의하여 농림부장관으로부터 농지조성납입금의 징수 및 관리에 관한 업무를 위탁받은 피고로서는, 농림부장관으로부터 농지조성비환급결정권한을 위임받은 경상북도지사나 경주군수의농지법 제40조 제2항,농지법 시행령 제56조 제1항의 규정에 의한 농지조성비환급결정이 있고 그에 따른 통지가 이루어진 경우에야 비로소 농지조성비 납입자에게 위 결정에 의한 농지조성비, 농지전용부담금 및 이에 대한 가산금을 지급할 의무가 있다 할 것인바, 농지전용허가 등의 사유가 발생하였다 하더라도 위와 같은 규정에 의한 농지조성비환급결정과 이에 대한 통지가 이루어지지 아니한 이상 피고로서는 농지조성비 등을 납부한 자에게 환급금을 지급할 의무가 있다고 볼 수 없다 할 것인데(대법원 1998. 3. 24. 선고 97다51001 판결 등 참조), 경상북도지사나 경주군수의 농지조성비환급결정과 통지가 이루어지지 아니하였음이 명백한 이 사건에서 원고가농지법 제40조 제2항 등의 규정을 들어 피고에게 농지조성비 등 환급금의 지급을 바로 구할 수는 없다 할 것이므로, 이에 대한 원고의 주장은 이유 없다.
 (다) 원고는, 위에서 인용한 법령을 모두 살펴보아도 농지조성비 등의 환급결정에 관한 권한이 시·도지사 등에게 위임되었다고 볼 아무런 근거가 없으므로, 농지조성비의 환급사유가 발생한 경우라도 환급결정이 있은 후에야 피고에게 환급의무가 발생한다고 볼 수 없고, 가사 농림부장관으로부터 위임을 받은 경상북도지사 또는 경주시장의 농지조성비의 환급결정에 관한 규정이 있다 하더라도 그것은 환급에 관한 절차를 규정한 것에 불과하여 그러한 절차가 생략되었다 하여 법률상의 환급사유가 없어지는 것은 아니라고 주장한다. 
 살피건대,농지법 제40조 제1,2항,같은 법 시행령 제56조 제1항이 농림부장관의 농지조성비환급결정 및 그 통지의무를 규정하고 있고,농지법 제53조 제1항,같은 법 시행령 제72조 제1,2항에 따라 농림부장관의 농지의 전용허가 및 농지조성비 부과·징수에 관한 권한이 시·도지사 또는 시장·군수 등에게 위임되었을 뿐 농지조성비환급결정 및 그 통지의무의 하부 행정기관에 대한 위임규정이 별도로 없음은 원고의 주장과 같으나, 농지조성비의 부과·징수에 관한 권한이 하부 행정기관에 위임된 법규정의 취지에 비추어 볼 때 환급결정 및 그 통지의무도 동시에 위임되었다고 봄이 상당하고, 원고의 주장과 같이 그러한 위임규정의 미비가 있다 하더라도 그에 관계없이 농수산부장관으로부터 농지조성비의 징수 및 관리에 관한 업무를 위탁받은 피고로서는 농림부장관 등의 관계 행정청으로부터 농지조성비환급결정 및 이에 따른 통지가 없는 이상 바로 농지조성비 등을 지급할 의무를 부담하지 않는다 할 것이므로 원고의 첫째 주장은 이유 없고,농지법 시행령 제56조 제1항에서 농림부장관의 농지조성비환급결정 및 농지조성비납입자와 농업기반공사에 대한 통지의무를 명백히 규정하고 있으므로 그러한 절차가 이행되지 아니한 이상 피고로서는 환급금을 지급할 수 없고, 그것이 절차에 관한 규정이고 법률상의 환급사유가 발생하였다는 사유만으로 환급결정 및 통지가 생략된 채 바로 피고에게 지급을 구할 수는 없다 할 것이므로, 원고의 둘째 주장도 이유 없다 할 것이다.
4. 결 론 
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 부동산 목록 생략]

판사 김수학(재판장) 이윤직 박재형