양도소득세 부과처분 취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2011.07.26 / 시행일:

【원고, 항소인】 
【피고, 피항소인】 남인천세무서장
【제1심판결】 인천지방법원 2010. 9. 9. 선고 2010구단945 판결
【변론종결】2011. 6. 21.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 피고가 2009. 1. 2. 원고에 대하여 한 2006년도 귀속 양도소득세 249,478,510원의 부과처분을 취소한다
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다(소장 기재의 ‘2009. 1. 5.’은 ‘2009. 1. 2.’의, ‘249,478,160원’은 ‘249,478,510원’의 각 오기로 보인다).
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 1988. 6. 13. 인천 남동구 고잔동(지번 1 생략) 답 2,158㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다. 이 사건 토지는 그 후 같은 동(지번 1 생략),(지번 2 생략),(지번 3 생략)로 분할되었고 그 후 공장용지로 지목이 변경되었다)를 취득하고, 2006. 4. 18. 같은 동(지번 2 생략) 답 189㎡를소외 1에게, 2006. 4. 26. 같은 동(지번 1 생략)과(지번 3 생략) 답 합계 1,969㎡를 주식회사 마르에게 각 양도하면서 2006. 5. 12. 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고·납부하였다.
 나. 피고는 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보아 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2009. 1. 2. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 249,478,510원을 추가로 부과하는 경정처분을 하여 이를 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 4. 6. 이의신청을 거쳐 2009. 7. 24. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나 2009. 10. 30. 심판청구기각 결정을 받았다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 9호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고가 이 사건 토지를 18년간 재촌·자경하다가 양도하고 이농하였으므로, 이 사건 토지는농지법(2007. 4. 11. 법률 제8352호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제2항 제4호에 따라 이농 당시 소유하고 있던 농지에 해당하고, 원고가 2009. 12. 31. 이전인 2006. 4. 이 사건 토지를 양도하였으므로소득세법 시행규칙(2006. 4. 10. 재정경제부령 제503호로 개정된 것, 이하 같다) 제83조의5 제3항 제2호에 따라 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보아서는 아니 된다.
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 1)소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 것, 이하 같다) 제96조 제1항,제2항 제8호는, 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 ‘실지거래가액’이라 한다)에 따르고, 다만 토지 등 자산을 2006. 12. 31.까지 양도하는 경우 그 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 따르되 그 자산이소득세법 제104조의3 규정에 의한 비사업용 토지인 경우에는 실지거래가액에 따르도록 규정하고 있고,소득세법 제104조의3 제1항 제1호,소득세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정된 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호,제168조의8 제2항,제4항은, 당해 농지(전·답 및 과수원)의 소유기간이 5년 이상인 경우 그 소유하고 있는 기간 중 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 동안, ① 농지의 소재지와 동일한 시·군·구(자치구인 구를 말한다) 또는 그와 연접한 시·군·구 안의 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 ‘재촌’이라 한다)하는 자가농지법 제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 ‘자경’이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지나 ② 특별시·광역시·시지역 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다)의 규정에 의한 도시지역(국토계획법에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 제외한다) 안의 농지(이하 ‘도시지역 안의 농지’라 한다)인 경우 그 농지를 비사업용 토지로 보고 있다.
 한편,소득세법 제104조의3 제2항은 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있고,소득세법 시행령 제168조의14 제3항에서는 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우를 열거하고 있는데같은 항 제5호는 ‘그밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당하는 토지’라고 규정하고 있으며, 위 규정의 위임을 받은소득세법 시행규칙 제83조의5 제3항 제2호는 위와 같이 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당하는 토지의 하나로 ‘2006. 12. 31. 이전에 이농한 자가농지법 제6조 제2항 제4호에 따라 이농 당시 소유하고 있는 농지로서 2009. 12. 31.까지 양도하는 토지’를 규정하고 있으며,농지법 제6조 제2항 제4호,농지법 시행령(2007. 6. 29. 대통령령 20316호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조에 의하면, 8년 이상 농업경영을 하던 자가 이농하는 경우 이농 당시 소유하고 있던 농지를 계속 소유할 수 있다고 규정하고 있고,농지법 제2조 제4호에 의하면 ‘농업경영’이라 함은 농업인 또는 농업법인이 자기의 계산과 책임으로 농업을 영위하는 것을 말한다고 규정하고 있으며,농지법 제2조 제2호,농지법 시행령 제3조에 의하면 ‘농업인’이라 함은 1,000㎡ 이상의 농지에서 농작물 또는 다년성 식물을 경작 또는 재배하거나 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 개인 등을 말한다고 규정하고 있다.
 2) 살피건대, 이 사건 토지는 실제로 경작에 사용되던 농지로서 원고가 취득하기 전인 1965. 10. 19. 건설교통부 고시 제1915호로 공업지역으로 지정된 이래 1975. 5. 16. 건설교통부 고시 제75호로 전용공업지역으로 지정되었고 2006. 11. 13. 인천광역시 고시 제203호로 준공업지역으로 지정되는 등 현재까지 계속해서 국토계획법의 규정에 의한 도시지역 중 공업지역으로 유지되고 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제3호증의 기재에 의하여 이를 인정할 수 있으므로, 이 사건 토지는 일응소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목에서 정한 비사업용 토지에 해당한다.
 그러나소득세법 제104조의3 제2항,소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제5호,소득세법 시행규칙 제83조의5 제3항 제2호에 의하면 ‘2006. 12. 31. 이전에 이농한 자가농지법 제6조 제2항 제4호에 따라 이농 당시 소유하고 있는 농지로서 2009. 12. 31.까지 양도하는 토지’는 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정되어 있을 뿐 당해 토지가 도시지역 안의 농지인 경우를 제외하고 있지 아니하므로, 도시지역 안의 농지인지 여부에 관계없이소득세법 시행규칙 제83조의5 제3항 제2호 소정의 요건이 충족되면 당해 농지는 비사업용 토지로 보지 아니한다고 해석함이 상당하다 할 것이고,소득세법 시행규칙 부칙 제3조는 ‘이 규칙 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 규칙 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있는데,소득세법 시행규칙 부칙 제1조는 ‘이 규칙은 공포한 날부터 시행한다’고 규정하고 있어 그 공포일인 2006. 4. 10. 소득세법 시행규칙이 시행되었고, 이 사건 토지의 양도시기는 소득세법 시행규칙이 시행된 이후인 2006. 4. 18. 및 2006. 4. 26.이므로 개정(신설)된소득세법 시행규칙 제83조의5 제3항 제2호의 규정이 적용된다 할 것인바, 갑 제3호증의 1 내지 4의 각 기재, 제1심 증인소외 2,3의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 8년 이상 농업경영을 하다가 양도한 사실을 인정할 수 있고 이에 반하는 듯한 을 제6호증의 2, 을 제7호증 내지 을 제11호증의 2의 각 기재만으로는 위 인정사실을 뒤집기에 부족하며 달리 반증이 없고, ‘이농(離農)’의 사전적 의미는 ‘농민이 농사일을 그만두고 농촌을 떠남. 또는 그런 현상’을 말하는 것인데, 위 각 규정에서 말하는 ‘이농’의 의미는 당해 농지소재지(그 인접지역 포함)에서 다른 지역으로 거주지를 이전하는 경우에 한하여 적용되는 것이 아니라 농지소재지에서 농업경영을 하지 아니하고 계속 거주하는 경우도 포함되는 것으로 봄이 상당하므로, 비록 원고가 이 사건 토지를 양도한 후에도 거주지를 이전하지 아니하였더라도 더 이상 농업경영을 하지 않았으므로 이농한 경우에 해당한다 할 것이며, 원고는 이 사건 토지의 양도와 동시에 이농을 한 것으로서 그 양도 및 이농의 시기가 2006. 4. 18. 및 2006. 4. 26.이므로소득세법 시행규칙 제83조의5 제3항 제2호 소정의 ‘2006. 12. 31. 이전에 이농한 자가농지법 제6조 제2항 제4호에 따라 이농 당시 소유하고 있는 농지로서 2009. 12. 31.까지 양도하는 토지’의 요건이 모두 충족된다 할 것이므로, 결국 이 사건 토지는 비사업용 토지로 보지 아니하여야 할 것이다.
 따라서 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보아 실지거래가액에 의하여 양도가액을 산정하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 김창석(재판장) 이종림 김정곤