법인이 유상증자를 함에 있어 기존 주주들 중 일부가 신주 인수를 포기하고 나머지 주주들이 신주를 인수하여 과점주주가 된 경우 (일반행정, 대법원)
공포일: 2012.06.28 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용은 원고들이 부담한다.
【이유】

상고이유를 판단한다.
1. 제1점에 관하여

원심이 그 판시와 같은 이유로, 과점주주의 간주취득세 제도를 규정한 구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되고 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항이 증자에 의하여 과점주주가 되는 경우에도 적용될 뿐만 아니라 법인이 유상증자를 함에 있어 기존 주주들 중 일부가 신주 인수를 포기하고 나머지 주주들이 신주를 인수하여 과점주주가 된 경우에도 적용된다고 판단한 조치는 정당하고, 거기에 자본주의 시장경제질서 및 이중과세금지 원칙에 관한 합헌적 법률해석의 법리를 오해한 위법이 없다.
2. 제2점에 관하여

2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정된 구「지방세법」제22조제2호는 과점주주의 요건인 ‘보유주식 또는 출자지분의 비율’을 종전의 ‘100분의 51 이상’에서 ‘100분의 50 초과’로 낮추어 규정하면서 그 부칙 제2조 제2항에서 "제22조 제2호의 개정규정의 시행으로 인하여 과점주주가 아니었던 자가 과점주주가 된 경우에는 이 법 시행 후 최초로 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 날에 해당 과점주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 제105조 제6항을 적용한다."고 규정하였다.
원심은, 특수관계에 있는 원고들이 2007. 12. 31. 당시 주식회사 0000000의 주식 합계 50.93%를 보유하고 있다가 2008. 3. 31. 위 회사의 유상증자에 참여하여 주식을 추가로 취득함으로써 주식 합계 88.73%를 보유하게 된 사실 등을 인정한 다음, 원고들과 같이 해당 법인의 주식을 추가로 취득하였기 때문이 아니라 과점주주의 요건을 완화한 법률의 개정에 따라 과점주주가 되었다가 주식을 추가로 취득한 경우와 당초에는 소수주주였다가 주식을 추가로 취득함으로써 그 보유주식의 비율이 100분의 50을 초과하여 과점주주에 해당하게 된 일반적인 경우를 달리 규율하여야 할 본질적인 차이가 있다고 보기 어려우므로, 피고가 위 개정법률 부칙 제2조 제2항을 적용하여 원고들에게 간주취득세를 부과한 이 사건 처분은 헌법상 평등의 원칙에 위배되지 않는다고 판단하였다.
원심의 위와 같은 판단도 위 규정들과 그 취지에 비추어 정당하고, 거기에 헌법상 평등의 원칙에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
3. 제3점에 관하여

원심이 그 판시와 같은 이유로, 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제78조 제3항은 법률에서 정하여야 할 과세요건 등을 새롭게 창설하거나 법률에 규정된 과세요건을 확장하는 내용의 것이 아니라 오히려 구「지방세법」제106조제5항에서 정한 과세대상의 적용범위를 축소하거나 취득으로 보는 대상의 범위를 제한하는 방식으로 그 법률 규정을 구체화하고 있어 조세법률주의 등에 위배되지 않는다고 판단한 것도 정당하고, 거기에 조세법률주의, 조세평등주의, 구「지방세법」제105조제6항의 해석 등에 관한 법리를 오해한 위법은 없다.
4. 결론

그러므로 상고를 모두 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2011. 5. 3. 선고 2010누33353 판결】

【주 문】 처분청일부승소

1. 원고들의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고들이 부담한다.
【이 유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원의 판결이유는, 원고들의 당심에서의 새로운 주장에 대하여 아래와 같이 추가로 판단하는 것 이외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
2. 추가판단 부분

가. 원고들의 새로운 주장의 요지

(1) 평등원칙 위반 주장

주식회사 0000000(이하 0000000이라 한다)의 유상증자 이전에 원고들은 그 보유 주식의 합계가 50.93%(＝47.69%＋3.24%)에 달하여 이미 50%를 초과한 대주주이었는바, 2008. 3. 31. 유상증자로 인하여 그 지분의 합계가 88.73%(＝83.08%＋5.65%)로 되었다고 하여 그 증가된 지분 37.8%(＝88.73%－50.93%)가 아니라 전체 지분인 88.73%에 대하여 간주취득세를 부과한다면, 당초 50%를 초과하지 아니한 소수주주가 과점주주가 되었을 경우와 비교하여 이미 대주주로서 0000000의 자산을 실질적으로 취득하였고 그 운영을 지배하고 있던 원고들을 그렇지 못한 소수주주와 동일하게 취급하는 결과가 되므로, 결국 이 사건 처분으로 합리적인 이유 없이 차별대우를 허용하여 평등원칙에 반하는 위헌적인 결과가 초래된다.
(2) 시행령 제78조 제3항의 무효 주장

원고 000000 주식회사(이하 원고 000000이라 한다)는 2000. 12. 31. 당시 과점주주이었다가 유상증자 과정을 거치면서 2001. 12. 31. 당시에는 과점주주가 아니었는데, 2008. 3. 31. 유상증자를 통해 특수관계자인 원고 000000 주식회사(이하 원고 000000이라 한다)의 지분과 합하여 다시 과점주주가 되었는바, 이 사건에 적용될「지방세법」제105조제6항 본문은 "법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다."고 규정하여 간주취득이 인정되는 경우를 ‘과점주주가 된 때’로 한정하고 있을 뿐 이러한 과점주주가 된 시점 자체에 대하여 전혀 제한규정을 두고 있지 않고, 간주취득세 납세의무와 관련하여 대통령령에 위임하는 규정도 두고 있지 아니함에도, 구 지방세법 시행령(2007. 12. 31. 대통령령 제20517호로 개정된 것) 제78조 제3항(이하 이 사건 쟁점 시행령 조항이라 한다)은 "과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 그로부터 5년 이내에 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 의하여 취득세를 부과한다"고 규정하여 그 반대해석상 이미 과점주주가 되었다가 일반주주가 된 이후 5년이 경과한 후에 다시 과점주주가 된 자에게 최초 과점주주가 된 당시 이미 소유하고 있던 주식분에 대하여도 사후에 소급하여 중복하여 간주취득세를 부과하고 있으므로, 이 사건 쟁점 조항의 전부 또는 적어도 그 중 ‘그로부터 5년 이내에’ 부분은 과세대상을 법률의 위임 없이 확장하는 것으로서 조세법률주의 원칙에 위배되어 무효이다.
나. 관계법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

(1) 인정사실

제1심이 채택한 증거에 갑 제9호증의 1, 2, 제10호증의 각 기재를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
(가) 원고들의 시기별 0000000 주식 보유비율은 다음 표 기재와 같다.
(나) 원고 000000이 2000. 12. 31. 당시 과점주주이었지만 그 후 일반주주가 되었고, 그 후 2005년 3월경 0000000이 이 사건 민자역사를 준공하였기 때문에 이 사건 처분은 원고들에 대하여 최초로 부과된 간주취득세 등 부과처분이다.
(2) 평등원칙 위반 주장에 대하여

살피건대, 위 인정사실과 앞서 본 관계법령에 의하면, 원고들은 2007. 12. 31. 당시 0000000의 일반주주였다가「지방세법」제22조제2호가 2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되면서 과점주주의 요건이 당해법인의 발행주식총수의 100분의 51 이상에서 100분의 50 초과로 완화되면서 위 법률의 시행일인 2008. 1. 1. 과점주주가 되었고, 그 후 2008. 3. 31. 유상증자를 통하여 주식을 취득함으로써 그 보유주식 비율이 합계 88.73%가 되었다고 할 것이다.
그런데 원고들이 2008. 1. 1. 과점주주가 된 이유는 당해 법인의 주식을 추가로 취득하였기 때문이 아니라 지방세법이 정한 과점주주의 요건이 완화되었기 때문이므로 그와 같은 법률개정에 따른 과점주주 해당사실만으로는「지방세법」제105조제6항의 간주취득세 과세요건에 해당하지 아니하는바, 과점주주에 해당하지만 간주취득세 과세요건에 해당한 적이 없던 원고들이 추가로 주식을 취득하여 최초로 간주취득세 부과요건에 해당하게 된 이 사건의 경우를 당초에는 소수주주였다가 상당수의 주식을 취득함으로써 그 보유주식의 비율이 100분의 50을 초과하여 최초로 간주취득세 부과요건에 해당하게 된 일반적인 경우와 달리 규율하여야 할 본질적인 차이가 있다고 평가하기 어렵다.
따라서 위 법률 제8835호 부칙 제2조 제2항에서 정한 "제22조 제2호의 개정규정의 시행으로 인하여 과점주주가 아니었던 자가 과점주주가 된 경우에는 이 법 시행 후 최초로 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 날에 해당 과점주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 제105조 제6항을 적용한다"는 경과규정에 따라 원고들이 2008. 3. 31. 0000000 주식을 추가로 취득하자 이 사건 건물을 취득한 것으로 간주하여 최초로 부과된 이 사건 처분이 헌법상 평등원칙에 반하여 무효라고 볼 수 없으므로, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
(3) 시행령 제78조 제3항의 무효 주장에 대하여

(가) 헌법 제38조는 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다고 규정하고, 제59조는 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다고 규정함으로써 조세법률주의를 채택하고 있는바, 이러한 조세법률주의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미하므로, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추, 확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배된다(대법원 2000. 3. 16. 선고 98두11731 전원합의체 판결 참조).
(나) 그러나「지방세법」제105조제6항은 간주취득세 부과요건을 "법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때(다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 제외)"라고 규정하여 법인의 주식 취득이라는 행위를 통하여 과점주주가 될 것을 요건으로 하고 있을 뿐이고 그 과점주주가 된 법인 또는 사람이 소수주주이었을 것이나 종전에 과점주주가 아니었을 것 등을 요건으로 하고 있지 아니하여 그 주체에 아무런 제한을 두고 있지 않다.
그런데 이 사건 쟁점 시행령 조항이 포함된 위 구「지방세법 시행령」제78조는, 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과하고(제1항), 이미 과점주주가 된 주주가 당해 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우(다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 당해과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우 제외)에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과하며(제2항), 과점주주이었다가 주식의 양도 등의 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하게 된 주주가 그로부터 5년 이내에 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 취득세를 부과한다(제3항)고 규정하여, 법률에서 정한 과점주주가 된 자의 구체적인 유형에 따라 취득세 부과대상이나 그 취득으로 간주되는 대상의 범위를 제한하고 있다.
따라서 이 사건 쟁점 시행령 조항은 법률에서 정하여야 할 과세요건 등에 관한 사항을 새롭게 창설하거나 법률에 규정된 과세요건을 확장하는 내용의 것이 아니라, 오히려 지방세법에서 정한 부과대상의 적용범위를 축소하거나 그 취득으로 보는 주식지분의 범위를 제한하는 방식으로 그 법률 규정을 구체화하고 있으므로, 이 사건 쟁점 시행령 조항이 조세법률주의 원칙에 위배되어 무효라고 볼 수 없고, 지방세법 시행령이 2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되면서 이 사건 쟁점 시행령 조항 중 "그로부터 5년 이내에" 부분이 삭제됨으로써 과세대상이 종전보다 더 축소되었다고 하여 달리 볼 것이 아니다.
(4) 소결

따라서 원고들의 주장은 모두 이유 없다.
3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 일부 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들의 항소를 기각한다.
○ 관계법령

▣ 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것)

제22조 (출자자의 제2차납세의무)

법인(주식을 「한국증권선물거래소법」제2조제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다(이하 생략)

2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각목의 1에 해당하는 자

제105조 (납세의무자등)

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.
▣ 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정된 것)

제22조 (출자자의 제2차납세의무)

법인(주식을 「한국증권선물거래소법」제2조제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다(이하 생략).
2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

제105조(납세의무자등)

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.
부칙 <제8835호, 2007.12.31>

제1조 (시행일)

이 법은 2008년 1월 1일부터 시행하고, 부칙 제6조는 2008년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례)

① 제22조제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
② 제22조제2호의 개정규정의 시행으로 인하여 과점주주가 아니었던 자가 과점주주가 된 경우에는 이 법 시행 후 최초로 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 날에 해당 과점주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 제105조제6항을 적용한다.
▣ 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)

제78조(과점주주의 취득등)

①법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.
②이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 "주식 또는 지분의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년이내에 당해과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
③과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 그로부터 5년이내에 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 의하여 취득세를 부과한다.
▣ 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정된 것)

제78조(과점주주의 취득등)

③과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 의하여 취득세를 부과한다.
부칙 <제21975호, 2010.1.1>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과하였거나 부과하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 끝.
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【하급심-서울행정법원 2010. 8. 20. 선고 2009구합32680 판결】

【주 문】 처분청일부승소

1. 피고가 2008. 4. 30. (1) 원고 000000 주식회사에 대하여 한 취득세 7,722,723,960원의 부과처분 중 7,126,305,520원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 772,272,390원의 부과처분 중 712,630,552원을 초과하는 부분, (2) 원고 000000 주식회사에 대하여 한 취득세 525,197,280원의 부과처분 중 484,636,810원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 52,519,720원의 부과처분 중 48,463,681원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고들의 각 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 90%는 원고들이, 10%는 피고가 각 부담한다.
【이 유】

1. 기초사실 및 처분의 경위

가. 원고 000000 주식회사(이하 ‘원고 0000’이라고 한다)와 00개발산업 주식회사는 1998. 11. 18. 대한민국 산하 철도청장과 사이에 서울 00구 00로3가 40-1 등 토지 280,000㎡ 지상에 역무시설과 이에 부대되는 시설을 구비한 종합역사시설을 건설·관리·운영을 목적으로 하는 00역세권개발 1단계(민자역사) 사업추진협약(이하 ‘이 사건 협약’이라고 한다)을 체결하였다.
나. 이 사건 협약의 주요 내용은 아래와 같다.
○ 이 사건 협약의 당사자는 공동출자하여 회사를 설립하고, 그 회사로 하여금 사업을 추진하게 한다.
○ 위 공동출자회사가 설치하는 시설물 중 역무시설과 국유철도사업에 직접 필요로 하는 시설은 준공과 동시에 철도청의 소유로 무상귀속시키고, 나머지 시설은 출자회사의 소유로 한다.
○ 점용허가기간(30년 이내, 공사기간 제외)이 경과한 후 철도청장이 원상회복의무를 면제한 때에는 출자회사 소유의 시설은 철도청의 소유로 무상귀속된다.
다. 이 사건 협약의 당사자들이 1999. 1. 16. 자본금 20억 원을 공동으로 출자하여 설립한 주식회사 0000000(이하 ‘0000000’이라 한다)은 2001. 1.경부터 서울 00구 한강로 2가 40-999 외 4필지 지상에 경부고속철도 00민자역사 건설공사를 시작하여 2005. 3.경 지하 3층, 지상 9층의 연면적 합계 262,184.08㎡{역무시설(용도: 철도역사) 연면적 합계 26,427.99㎡, 상업시설(용도: 판매 및 영업시설, 문화집회시설, 업무시설, 근린생활시설) 연면적 합계 235,756.09㎡}의 민자역사(이하 ‘이 사건 민자역사’라고 한다)를 완공하였다.
라. 0000000은 이 사건 민자역사 공사와 관련하여,

(1) 2001. 4. 30.경 현장사무소로 사용할 가설건축물(경량철골조 스라브 지붕 사무실 합계 1,063㎡)을 건축하여 그 무렵 사용하였고, 이에 대하여 2001. 5. 30. 피고에게 과세표준액을 103,939,822원으로 하여 취득세 2,078,790원, 농어촌특별세 208,870원을 신고납부하였고,

(2) 2001. 9. 20.경 가설건축물을 건축하여 그 무렵 사용하였고, 이에 대하여 2001. 10. 20. 피고에게 과세표준액을 39,695,259원으로 하여 취득세 793,900원, 농어촌특별세 79,390원을 신고납부하였으며,

(3) 2003. 1. 17. 00역 임시 역사로 사용할 가설건축물 1,790.84㎡를 건축 또는 취득하여 그 무렵 사용하였고, 이에 대하여 2003. 2. 14. 피고에게 과세표준액을 301,472,244원으로 하여 취득세 6,029,440원, 농어촌특별세 602,940원을 신고납부하였고(2003. 12. 24. 역무시설 지하 3층, 지상 5층 25,910.83㎡를 신축하여 준공전 사용허가를 받았다),

(4) 2004. 4. 2.경 민자역사 북측 주차장 연면적 14,025.39㎡를 신축하여 준공전 사용허가를 받았고, 이에 대하여 2004. 5. 3. 피고에게 과세표준액을 25,456,700,524원으로 하여 취득세 509,134,010원, 농어촌특별세 50,913,400원을 신고납부하였으며,

(5) 2004. 9. 21. 역무시설 517.16㎡, 판매 및 영업시설, 영화관 192,230.36㎡를 신축하여 준공전 사용허가를 받았고, 2004. 10. 21. 피고에게 위 판매 및 영업시설, 영화관에 대하여 과세표준액을 328,037,538,303원으로 하여 취득세 6,640,598,770원, 농어촌특별세 664,059,870원을 신고납부하였고,

(6) 2005. 4. 26. 건설교통부장관으로부터 이 사건 민자역사에 대한 준공확인필증을 교부받았고, 2005. 5. 26. 이 사건 민자역사 중 역무시설을 제외한 시설(이 사건 민자역사 중 역무시설은 비과세처리되었으며, 나머지 상업시설에 대하여만 취득세 등이 부과되었다. 이하 이 사건 민자역사 중 취득세가 부과된 부분만을 ‘이 사건 건물’이라고 한다)에 대한 총공사비를 479,832,449,873원으로 정산하여 취득세 9,691,486,863원 등을 산정하고 이미 납부한 취득세 7,158,634,910원과 농어촌특별세 715,863,470원을 공제한 다음 취득세 2,532,851,950원 및 농어촌특별세 253,285,190원을 신고납부하였다{한편, 0000000은 이 사건 협약에 따라 이 사건 민자역사의 공사기간 중 사용할 임시 역사(역 대합실 및 승강장), 임시 변경철도선 및 신호체계시스템 등(이하 ‘이 사건 임시시설물’이라고 한다)을 임시로 가설하였다가, 이 사건 민자역사의 완공 이후 철거하였는데, 이 사건 임시시설물의 공사비로 40,398,518,880원이 소요되었고, 이는 이 사건 건물의 공사비에 포함되어 취득세 및 농어촌특별세의 신고·납부가 이루어졌다}.
마. 0000000은 2004. 11. 9. 철도청장으로부터 점용허가기간 2004. 9. 22.부터 2034. 9. 21.까지 30년으로 정하여 국유철도재산(이 사건 민자역사의 부지 등)에 대한 점용허가를 받았는데, 위 점용허가조건 제24조에 의하면 0000000은 점용허가기간이 경과하면 위 철도재산을 원상회복하되, 다만 철도청장은 원상회복이 불가능하거나 부적당하다고 인정되는 경우에 점용권자의 신청 또는 직권으로 원상회복의무를 면제할 수 있고, 이 경우 당해 시설물은 국가에 무상으로 귀속되는 것으로 규정되어 있다.
바. 한편, 0000000은 이 사건 건물에 대한 2005. 5. 26.자 취득세 2,532,851,950원 및 농어촌특별세 253,285,190원의 신고·납부에 불복하여 서울행정법원 2006구합20167호로 그 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 이에 대하여 위 법원은 "이 사건 임시시설물은 이 사건 민자역사의 공사기간 중에 역무시설 등을 대체하기 위하여 임시로 건설된 시설이라고 할 것이므로, 그 설치비용은 원고가 취득하지 아니한 역무시설과 관련하여 발생한 비용일 뿐 이 사건 건물 자체를 취득하기 위하여 지출한 비용이라고 볼 수는 없으므로, 피고의 위 각 과세처분 중 이 사건 임시시설의 설치비용을 취득가액에 포함하여 취득세 및 농어촌특별세를 부과한 부분은 위법하다"는 이유로 위 취득세 중 807,970,370원, 농어촌특별세 중 80,797,030원에 해당하는 부분을 취소하는 판결을 선고하였으며, 위 판결은 항소심, 상고심을 거쳐 확정되었다.
사. 2007. 12. 31. 당시 원고 현대산업은 0000000 발행주식의 47.69%를, 원고 현대산업과 특수관계에 있는 원고 000000 주식회사(이하 ‘원고 000000’라고 한다)는 0000000 발행주식의 3.24%를 각 보유하고 있었는데, 0000000이 2008. 3. 31. 주주배정 방식의 유상증자결의를 통하여 신주를 발행함에 따라 원고들은 각각 자신이 보유하는 주식 비율에 따라 배정된 신주를 인수하였으나, 한국철도공사, 현대해상화재보험 주식회사 등 0000000의 나머지 주주들은 배정된 신주의 인수를 포기하였다. 그에 따라 원고 현대산업의 보유주식비율은 83.08%, 원고 000000의 보유주식비율은 5.65%로 상승하였다.
아. 원고들은 2008. 4. 30. 0000000의 대차대조표에 계상된 건물, 구축물, 기타 유형자산의 가액 519,065,438,384원 중 원고들의 지분 비율에 따른 가액을 각각 산정하여 이를 기초로「지방세법」제105조제6항에 따라 피고에게, 원고 현대산업은 취득세 8,624,791,320원 및 농어촌특별세 862,479,130원을, 원고 000000은 취득세 586,543,940원 및 농어촌특별세 58,653,390원을 각 신고·납부하였다.
자. 원고들은 위 취득세 및 농어촌특별세 신고·납부에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2009. 6. 12. "0000000의 대차대조표에 계상된 건물, 구축물, 기타 유형자산의 가액 519,065,438,384원 중 민자역사 역무시설은 0000000이 이 사건 협약에 따라 2006. 8. 18. 국가에 기부채납하여 국가에게 소유권이 이전되었고, 역무시설과 연결된 후면진입도로 및 부속시설은 0000000이 국가소유의 철도부지 위에 설치한 것으로서 완공시부터 그 부지 소유자인 국가소유로 귀속되었다"는 이유로 위 시설물의 가액은 원고들에 대한 취득세의 과세표준에서 제외되어야 한다고 판단하여, 원고 현대산업의 취득세 8,624,791,320원 중 7,722,723,960원을, 농어촌특별세 862,479,130원 중 772,272,390원을 각 초과하는 부분과 원고 000000의 취득세 586,543,940원 중 525,197,280원을, 농어촌특별세 58,653,390원 중 52,519,720원을 각 초과하는 부분을 취소하는 결정을 하였다(이하 원고들에 대한 취득세 및 농어촌특별세 중 조세심판원의 결정으로 감액경정된 부분을 제외한 나머지 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 갑 제1, 2, 4, 5, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고들의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.
(1)「지방세법」제105조제6항이 법인의 주주가 주식을 취득한 경위를 묻지 않고 과점주주가 되는 경우에는 무조건적으로 취득세 납세의무를 부담한다고 해석될 수는 없고, 법인이 운영자금을 조달하기 위하여 기존 주주에게 균등하게 신주를 배정하였음에도 기존 주주들 중 일부가 신주 인수를 포기하고 일부 주주들은 회사의 회생을 위한 운영자금을 공급하기 위한 방편으로 부득이하게 신주를 인수하여 과점주주가 된 경우에까지 위 규정이 적용된다고 해석할 경우 위 법 조항은 헌법상 자본주의 시장경제질서의 기본원리에 반하고, 이중과세 금지원칙에도 반하여 위헌이다. 따라서, 원고들이 0000000의 운영자금을 조달하기 위하여 신주를 인수한 반면 나머지 주주들이 신주인수를 포기함에 따라 원고들이 과점주주가 된 이 사건의 경우에는「지방세법」제105조제6항에 의한 취득세 납부의무가 없다고 보아야 한다.
(2)「지방세법 시행령」제78조제1항은 과점주주가 아닌 주주가 주식을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하도록 규정하고 있는바, 이는 납세의무의 성립과 관련된 사항임에도 법률의 위임 없이 제정된 규정이므로 무효이고, 과점주주에 대한 취득세 부과제도의 취지에 비추어「지방세법」제105조제6항이, 이미 법인 주식지분의 50% 이상을 보유하여 실질적으로 당해 법인의 자산에 대한 관리·처분권을 보유하고 있던 주주들이 당해 법인의 회생을 도모하기 위하여 부득이하게 신주를 인수하고, 다른 주주들이 신주인수를 포기함으로써 과점주주가 된 경우에 이미 보유하고 있던 (50% 이상의) 주식지분에 대하여까지 취득세를 납부하도록 규정하는 것으로 해석될 수는 없고, 법인 주식지분의 50% 이상을 보유한 주주가 추가로 취득한 주식지분만큼만 취득세 납부의무를 부담하도록 규정하는 것으로 해석되어야 한다. 만약 이와 달리 위 법률규정이 과점주주가 이미 보유하고 있던 (50% 이상의) 주식지분에 대하여도 취득세를 납부하도록 한 것이라고 해석하는 것은 헌법상 자본주의 시장경제질서의 기본원리에 반하고, 이중과세 금지원칙에도 반하여 위헌이다. 따라서, 원고들이 유상증자로 인한 신주를 인수하기 이전에 이미 0000000의 주식 중 50.93%를 보유하고 있었으므로, 원고 현대산업은 신주를 인수함으로써 추가로 취득한 35.39% 지분, 원고 000000은 추가로 취득한 2.41% 지분에 해당하는 만큼만 취득세 납부의무를 부담한다.
(3)「지방세법」제106조제2항에서 "국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다."라고 규정하고 있는 것은 선운영·후기부 방식에 대한 일반적인 비과세를 예시적으로 규정한 것이라고 해석하여야 할 것인데, 이 사건 건물은 역무시설과 하나의 건물로 구성되어 있어, 0000000의 점용허가기간이 끝난다고 하더라도 이를 역무시설과 분리 철거하여 원상회복하는 것은 불가능하다 할 것이고, 0000000의 점용허가기간이 경과한 후에는 기부채납이 예정되어 있는 것이므로, 0000000이 이 사건 건물을 취득할 당시 취득세의 비과세요건인 기부채납의 조건은 성취되었다. 따라서, 이 사건 건물은 위 지방세법 조항에 의하여 취득세 등이 비과세되는 대상에 해당함에도 이 사건 과세처분 중 이 사건 건물이 0000000의 취득재산이라는 전제에서 그 가액을 과세표준에 포함하여 한 부분은 위법하다.
(4) 설령 이 사건 건물이 취득세 등의 과세대상이라고 하더라도, 이 사건 임시시설물의 공사비용은 이 사건 건물의 취득을 위하여 소요된 비용이 아니라 이 사건 민자역사 중 역무시설과 관련하여 발생한 비용이므로, 이 사건 과세처분 중 이 사건 임시시설물의 공사비용을 이 사건 건물의 취득가액에 포함하여 한 부분은 위법하다.
나. 관계법령

지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것)

제22조 (출자자의 제2차납세의무)

법인(주식을 「한국증권선물거래소법」제2조제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다(이하 생략)

2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각목의 1에 해당하는 자

제105조 (납세의무자등)

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.
지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정된 것)

제22조 (출자자의 제2차납세의무)

법인(주식을 「한국증권선물거래소법」제2조제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다(이하 생략).
2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

제105조(납세의무자등)

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.
부칙

제1조 (시행일)

이 법은 2008년 1월 1일부터 시행하고, 부칙 제6조는 2008년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례)

① 제22조제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
② 제22조제2호의 개정규정의 시행으로 인하여 과점주주가 아니었던 자가 과점주주가 된 경우에는 이 법 시행 후 최초로 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 날에 해당 과점주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 제105조제6항을 적용한다.
지방세법 시행령(2007. 12. 31. 대통령령 제20517호로 개정된 것)

제78조 (과점주주의 취득등)

① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.
② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 "주식 또는 지분의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
다. 판단

(1) 원고들의 가(1)항 기재 주장에 대한 판단

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2008. 3. 14. 선고 2006두13008 판결 등 참조).
(나)「지방세법」제105조제6항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 위 규정은 과점주주가 된 자가 당해 법인의 부동산 등 과세대상물건을 직접 취득하는 것은 아니지만 주주가 주식을 일정비율 이상 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 비상장법인의 과점주주가 될 경우 당해 법인의 자산에 대한 관리·처분권을 취득하게 되므로 실질적으로 당해 법인의 자산을 취득한 것이나 다름없게 되어 그에 대하여 취득세를 부과하고자 하는 취지이고, 위 규정의 문리해석 및 엄격해석의 원칙상 주식을 취득하게 된 방법·경위를 일정한 경우로 제한하고 있지 아니하므로 증자에 의하여 과점주주가 되는 경우도 당연히 포함되며, 법인이 유상증자를 함에 있어 기존 주주들 중 일부가 신주 인수를 포기하고 일부 주주들은 신주를 인수하여 과점주주가 된 경우도 위 규정이 적용이 배제된다고 볼 수 없다.
따라서, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
(2) 원고들의 가(2)항 기재 주장에 대한 판단

(가) 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것) 제22조는 과점주주를 법인의 주주 및 그와 특수관계에 있는 자들 소유주식의 합계가 당해 법인 발행주식총수의 51/100 이상인 자들을 말한다고 규정하고 있었는데, 2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정된 지방세법은 제22조에서 주주 및 그와 특수관계에 있는 자들 소유주식의 합계가 당해 법인 발행주식총수의 50/100 이상인 자들을 과점주주라고 규정하면서 부칙 제1조, 제2조에서 위 개정규정은 2008. 1. 1.부터 시행하되, 위 규정의 시행으로 인하여 과점주주가 아니었던 자가 과점주주가 된 경우에는 개정규정 시행 이후 최초로 법인의 주식을 취득하는 날에 해당 과점주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식을 모두 취득한 것으로 보아「지방세법」제105조제6항을 적용하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.
따라서,「지방세법 시행령」제78조제1항이 과점주주가 아닌 주주가 주식을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하도록 한 것은 위 법률의 위임에 따른 것일 뿐 아니라,「지방세법」제105조제6항을 해석함에 있어서 이미 법인 주식지분의 50% 이상을 보유하여 실질적으로 당해 법인의 자산에 대한 관리·처분권을 보유하고 있던 주주들이 추가로 당해 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 이미 보유하고 있던 (50% 이상의) 주식지분에 대하여 취득세 과세대상에서 제외토록 한 취지로 해석될 수도 없다.
(나) 또한 위 (1)항에서 살펴본 바와 같은 이유에 비상장법인 설립시의 과점주주는 설립시에 법인 자산에 대한 사실상 지배력을 취득하게 되어 경제적, 사실적으로 법인과 과점주주는 구분되지 아니하여 법인에 의한 1회의 취득세 납부로 족하며 만일 법인설립시의 과점주주에게 취득세를 부과한다면, 법인의 설립주체로서 사실상 지배력의 관점에서 당해 법인과 실질적으로 동일시 할 수 있는 과점주주에게 당해 법인이 자산 취득시 이미 납부한 취득세를 다시 납부케 하여 합리적 이유 없이 중복 부담을 과하게 될 소지가 있으나, 비상장법인 설립시 과점주주가 아닌 주주가 그 후 법인의 주식을 취득하여 비상장법인의 과점주주가 될 경우 그 때 비로소 과점주주가 당해 법인의 자산에 대한 관리·처분권을 취득하게 되어 실질적으로 당해 법인의 자산을 취득한 것이나 다름없게 되므로 과점주주에게 법인 보유주식 전부에 대하여 취득세를 납부하게 하는 것은, 법인이 취득한 재산에 대하여 납부하는 취득세와는 별개의 새로운 과세사실에 대한 취득세의 부과로서 이중과세라고 보기 어렵고, 취득세가 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하여 부과하는 세금이라는 면에 부합하는 점(헌법재판소 2006. 6. 29. 선고 2005헌바45 결정 참조), 이미 과점주주가 된 주주가 당해 법인의 주식을 취득함으로써 당해 법인에 대한 주식비율이 증가된 경우에 그 증가분만큼 실질적으로 당해 법인의 자산을 취득한 것으로 보는데(「지방세법 시행령」제78조제2항), 과점주주가 되기 이전에 보유하고 있던 당해 법인의 주식비율에 해당하는 당해 법인의 자산에 관하여는 취득하지 않은 것으로 보아 취득세가 부과될 수 없다고 해석하는 것은 모순인 점 등을 더하여 보면,「지방세법」제105조제6항에 관하여 과점주주로 된 자가 기왕에 보유하고 있던 주식지분에 대하여 취득세를 부담하도록 해석하는 것이 헌법에 위반된다고 할 수도 없다.
(다) 위 법령의 해석을 전제로 하여 위 인정사실에 의하면, 원고들은 2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정된 지방세법에 의하여 2008. 1. 1. 0000000의 과점주주가 되었다 할 것이고, 2008. 3. 31. 신주를 인수함으로써 그 날 원고들이 소유하고 있는 0000000의 주식을 모두 취득한 것으로 보아 그에 대한 취득세를 부담하여야 할 것이므로, 결국 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
(3) 원고들의 가(3)항 기재 주장에 대한 판단

「지방세법」제106조제2항, 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호에 의하면, 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식의 민간투자사업에 대하여 취득세 등이 비과세되는 것으로 규정되어 있는바, 위 지방세법의 규정을 예시적 규정으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 설사 이를 예시적 규정으로 본다 하더라도 앞서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 건물은 원고의 점용기간이 만료된 이후 바로 국가에 귀속되는 것이 아니라, 원칙적으로 원상회복하되 예외적으로 원상회복이 불가능하거나 부적당하여 철도청장의 원상회복의무 면제결정에 의하여 비로소 국가의 소유로 될 수 있을 뿐인데 0000000의 이 사건 건물 취득시점에 이 사건 건물의 원상회복이 불가능하다고 단정할 수 없으므로 이 사건 건물은「지방세법」제106조제2항이 정한 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하지 아니한다고 할 것이다.
따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다.
(4) 원고들의 가(4)항 기재 주장에 대한 판단

「지방세법 시행령」제82조의3에 정한 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세과세표준으로 삼을 수 없다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 참조).
위 인정사실에 의하면, 이 사건 임시시설물은 이 사건 민자역사 공사기간 중에 역무시설 등을 대체하기 위하여 임시로 건설된 시설이라고 할 것이므로, 그 설치비용은 0000000이 취득하지 아니한 역무시설과 관련하여 발생한 비용일 뿐 이 사건 건물 자체를 취득하기 위하여 지출한 비용이라고 볼 수는 없다고 할 것이다.
따라서 피고의 이 사건 과세처분 중 이 사건 임시시설의 설치비용 40,398,518,880원의 장부가액을 0000000의 건물 또는 기타 유형자산의 취득가액에 포함하여 원고들에게 취득세 등을 부과한 부분은 위법하다고 할 것이고, 이를 지적하는 원고들의 주장은 이유 있다.
(5) 취소의 범위

그러므로 이 사건 과세처분 중 아래 정당한 취득세 및 농어촌특별세를 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다.
(가) 원고 현대산업

○ 정당한 취득세: 7,126,305,520원{= 부과 취득세 7,722,723,960원 - 취소세액 596,418,440원(= 이 사건 임시시설물 설치비용 40,398,518,880원 × 이 사건 건물 장부가액 511,604,159,590/ 이 사건 건물 감가상각누계액 차감전 장부가액 575,804,330,664원 × 주식비율 0.8308 × 세율 0.02)}

○ 정당한 농어촌특별세: 712,630,552원(= 정당한 취득세 7,126,305,520원 × 세율 0.1)

(나) 원고 000000

○ 정당한 취득세: 484,636,810원{= 부과 취득세 525,197,280원 - 취소세액 40,560,470원(= 이 사건 임시시설물 설치비용 40,398,518,880원 × 이 사건 건물 장부가액 511,604,159,590/ 이 사건 건물 감가상각누계액 차감전 장부가액 575,804,330,664원 × 주식비율 0.0565 × 세율 0.02)}

○ 정당한 농어촌특별세: 48,463,681원(= 정당한 취득세 484,636,810원 × 세율 0.1)

3. 결론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 각 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.

증자에 의하여 과점주주가 되는 경우에도 적용될 뿐만 아니라 법인이 유상증자를 함에 있어 기존 주주들 중 일부가 신주 인수를 포기하고 나머지 주주들이 신주를 인수하여 과점주주가 된 경우에도 적용된다.