취득세등부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2007.01.10 / 시행일:

【원고, 항소인】 군인공제회 (소송대리인 법무법인 을지 담당변호사 박성훈)
【피고, 피항소인】 서울특별시 마포구청장 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 전완규)
【제1심판결】 서울행정법원 2005. 10. 28. 선고 2005구합16512 판결
【변론종결】2006. 10. 19.
【주 문】
1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.
 원고가 피고에게, 2004. 11. 8. 신고납부한 취득세 2,598,666,280원 중 107,619,659원을 초과하는 부분의, 농어촌특별세 114,182,120원 중 10,761,965원을 초과하는 부분의 처분을, 2004. 11. 10. 신고납부한 등록세 1,039,466,510원 중 43,047,863원을 초과하는 부분의, 지방교육세 207,893,300원 중 8,609,572원을 초과하는 부분의 처분을 각 취소한다. 
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용은 이를 20분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 원고가 피고에게, 2004. 11. 8. 신고납부한 취득세 2,598,666,280원, 농어촌특별세 114,182,120원의 처분 및 2004. 11. 10. 신고납부한 등록세 1,039,466,510원, 지방교육세 207,893,300원의 처분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 건설부장관은 1979. 9. 21. 건설부 고시 제345호로 서울 마포구 도화동(지번 1 생략) 외 17필지 12,478.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 도심지 재개발사업구역으로 지정하였다.
 나.소외 1 주식회사는구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 전문개정되기 전의 것) 제33조 제1항의 규정에 의하여 사업시행계획서 및 규약을 작성하여 1987. 11. 30. 서울특별시장으로부터 서울특별시 고시 제832호로 위 사업구역을 시행구역으로 하고 시행기간을 1987. 10.부터 1991. 10. 31.까지로 하여 지하 6층 지상 24층의 업무시설용 건축물을 신축하고자 하는 마포로 제1구역 제4지구 재개발사업(2003. 7. 1. 도시 및 주거환경 정비법의 시행으로 도시환경정비사업으로 변경되었다. 이하 ‘이 사건 재개발사업’이라 한다)의 사업시행인가를 받았고, 1994. 10. 7. 서울특별시장으로부터 서울특별시 고시 1994-328호로 시행기간을 1987. 11. 23.부터 1999. 10. 31.까지로 변경하는 이 사건 재개발사업의 시행변경인가를 받았다. 그 후소외 1 주식회사가소외 2 주식회사로 흡수 합병됨에 따라 이 사건 재개발사업의 사업시행자는 1997. 4. 18. 마포구 고시 제1997-22호로소외 2 주식회사로 변경되었다.
 다. 원고는 2001. 3. 24.소외 2 주식회사로부터 이 사건 토지 중 서울특별시 소유로서 도로 부분인 1,846㎡를 제외한 10,632.4㎡를 금 50,640,000,000원에 취득한 다음, 그 소유자로서 2001. 8. 10. 마포구청장으로부터구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 폐지되기 전의 것. 이하 ‘도시재개발법’이라 한다) 제22조 제1항의 규정에 의하여 마포구 고시 제2001-83호로 사업시행자를 원고로, 사업시행기간을 1987. 11. 23.부터 2003. 12. 31.까지로 변경하는 내용의 이 사건 재개발사업시행변경인가를 받았고, 그 후 사업시행기간은 1987. 11. 23.부터 2004. 10. 31.까지로 변경되었다.
 라. 원고는 사업시행자 외의 토지소유자가 없는 경우 관리처분계획을 작성하지 않도록 되어 있는도시재개발법 제34조 제1항 단서의 규정에 따라 대지 및 건축시설에 관한 관리처분계획을 정하거나 그에 대한 인가를 받지 아니한 채 이 사건 재개발사업을 시행하여 2004. 10. 7.경 지하 6층 지상 37층의 업무시설용 건축물(연면적 120,262.81㎡. 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 완공한 후, 2004. 10. 8. 피고로부터도시 및 주거환경 정비법 제52조,같은 법 시행령 제55조에 의하여 준공인가를 받고, 2004. 11. 16. 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.
 한편 피고는 2004. 11. 5. 마포구 고시 제2004-113호로 이 사건 재개발사업에 대한 공사완료고시를 하였고, 이 사건 토지 중 이 사건 건물의 대지 부분은 서울 마포구 도화동(지번 2 생략) 대 9,526.6㎡(시가표준액 70,211,042,000원)로, 나머지 도로 등 공공용지 부분은 같은 동(지번 3 생략) 등 4필지 2,953.6㎡로 환지되었다.
 마. 원고는 이 사건 건물의 경우지방세법 제109조 제3항에 의하여 지방세 및 취득세 등이 비과세되는 것으로 판단하여 2004. 11. 3. 피고에게 지방세비과세신청을 하였으나, 2004. 11. 4. 피고로부터 비과세대상이 아니라는 회신을 받자, 가산세가 부과되는 것을 피하기 위하여 2004. 11. 8. 취득세 2,598,666,280원, 농어촌특별세 114,182,120원을 각 신고납부하고, 2004. 11. 10. 등록세 1,039,466,510원, 지방교육세 207,893,300원을 각 신고납부하였다(이하지방세법 제72조 제1항에 의하여 원고가 한 위 각 신고, 납부일시에 처분이 있었던 것으로 보고, 이를 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
 바. 원고가 2005. 1. 18.경 아세아감정평가법인과 중앙감정평가법인에 감정평가를 의뢰하여 도출된 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 의하면, 이 사건 건물 중 73.04%에 해당하는 88,116.77/120,641.28 지분은 체비지에 해당하고, 26.96%인 32,524.51/120,641.28 지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 해당한다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 갑 제6호증, 갑 제8 내지 11호증의 각 1, 2, 갑 제12호증, 갑 제13호증, 갑 제14호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 이 사건 재개발사업 시행인가 당시 시행되던 「서울특별시 재개발구역 내 토지 및 건축물에 대한 시세과세면제에 관한 조례」(1986. 12. 31. 제2136호로 개정된 것. 이하 ‘조례 2136호’라 한다)는 이 사건 재개발사업과 같은 도심지 재개발사업의 경우 건축물의 재개발사업 시행자에 대하여 취득세 및 등록세의 감면혜택을 부여하고 있었으나, 1991. 12. 31. 제2843호로 개정된 「서울특별시 도시개발사업에 대한 시세과세면제에 관한 조례」(이하 ‘조례 제2843호’라 한다)는 주택개량재개발사업의 경우에만 위 감면혜택을 부여하되 이미 사업시행인가 등을 받아 사업에 착수한 도시재개발사업자에 대하여는 여전히 취득세 및 등록세 감면혜택을 부여하도록 부칙에 경과규정을 두었고, 그 후 조례가 다시 개정되어 종전의 예와는 달리 사업자의 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과규정을 두지 않았다 하더라도, 이미 기득권 등 보호의 요건이 갖추어져 있는 이상 종전의 경과규정은 그대로 적용되어야 하고, 설령 위 경과규정이 적용되지 않는다 하더라도, 신뢰보호의 원칙상 원고에게는 종전의 조례가 적용되어야 하므로, 이 사건 건물에 대한 취득세 등은 면제되어야 한다.
 (2) 이 사건 건물은 이 사건 재개발사업구역 내의 토지의 소유자인 원고가 재개발사업의 시행으로 인하여 관리처분계획에 의하여 취득하는 건축물에 해당하므로지방세법 제109조 제3항,제127조의2 제2항에 의하여 취득세 등이 면제되어야 한다. 한편,지방세법 제109조 제3항 단서는 관리처분계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하도록 규정하고 있으나, 위 규정은 사업시행자가 아닌 단순 토지 등의 승계취득자에 국한되어 적용되는 규정이고 사업시행자로서 투기이익과 관련이 없는 원고의 경우에는 적용되지 아니한다고 할 것이므로지방세법 제109조 제3항 본문의 규정에 따라 취득세 등이 면제되어야 한다.
 (3) 가사, 원고가지방세법 제109조 제3항 단서 제2호에 해당하는 승계취득자에 해당한다 하더라도, 원고의 이 사건 건물의 취득에는 이 사건 토지의 소유자로서의 취득과 사업시행자로서의 체비지 취득이 포함되어 있고, 체비지는 사업시행자가 사업경비를 충당하기 위하여 정하는 것이며, 원고가 2005. 1. 18.경 적법한 감정평가기관의 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 의하면, 이 사건 건물 중 73.04%에 해당하는 88,116.77/120,641.28 지분은 체비지에 해당하고, 26.96%인 32,524.51/120,641.28 지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 해당되는바, 이 사건 처분의 과세표준은 위 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산가액 56,020,982,960{9,838.66평 x 5,693,962(평당 평균 분양가)}원 중 이 사건 토지의 당초 취득가액인 50,640,000,000원을 공제한 5,380,982,960원이 되어야 하고, 사업시행자의 체비지에 해당하는 이 사건 건물 중 88,116.77/120,641.28 지분은지방세법 제109조 제3항 본문의 규정에 의하여 비과세되어야 한다. 따라서 이 사건 각 처분 중 취득세 107,619,659원(=5,380,982,960원×2%), 농어촌특별세 10,761,965원(=107,619,659원×10%), 등록세 43,047,863원(=5,380,982,960원×0.8%), 지방교육세 8,609,572원(=43,047,863원×20%)을 초과하는 부분은 위법하다(원고는 취득세, 등록세 등의 세율을 모두 합친 3.16%의 세율에 과세표준액을 곱하여 산출한 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하고 있으나, 위와 같이 나누어 주장하는 것으로 선해하여 그 주장의 당부에 관하여 판단하기로 한다).
 (4) 피고 외의 다른 지방자치단체에서는 원고와 마찬가지로 도심지 재개발사업을 완료한 자에 대하여 신축건물과 토지를 환지와 체비지로 구별한 후 환지계획 등에 의해 취득한 부동산 가액의 합계액이 종전 부동산 가액보다 적다는 이유로 비과세하고 있는 점 등에 비추어 이 사건 각 처분은 형평의 원칙에 반하여 위법하다. 
 나. 관련 법령
 별지 관련 법령 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 서울특별시 조례에 의하여 취득세 등을 면제할 수 있는지 여부에 대한 판단
 (가) 관련 조례의 개정 경위
 1) 서울특별시 재개발구역 내 토지 및 건축물에 대한 시세과세면제에 관한 조례
① 조례 제1303호(1979. 1. 9. 제정)
 제2조(과세면제대상) 도시재개발법 또는 주택개량촉진에관한임시조치법의 규정에 의하여 지정된 재개발 구역에서 재개발사업 시행에 따른 다음 각 호의 1에 해당하는 개량건축물 취득자에 대하여는 재개발사업의 시행완료 공고 유무에 불구하고 당해 건축물이 사실상 준공된 날로부터 1년간 취득세, 등록세, 면허세, 재산세 및 도시계획세를 면제한다. 다만 재개발사업 계획에 의한 인가조건에 위반하거나, 법령 또는 그에 의한 조례에 위반하여 건축한 때에는 그러하지 아니하다.
 1. 건축물의 재개발사업 시행자
 2. 사업시행자로부터 최초로 취득하는 사업시행 당시의 토지 소유자
 위 조례는 부칙 제2항을 두어 시행기간을 1979. 12. 31.까지로 한정하였으나, 그 후 매년 위 부칙 제2항을 개정하여 시행기간을 1년씩 연장하여 왔다.
② 조례 제2062호(1985. 12. 30. 개정)
 위 조례 제1303호의 제2조는 다음과 같이 개정되었고, 부칙 제2항의 개정으로 그 시행기간은 1986. 12. 31.까지 연장되었다.
 제2조(과세면제) 다음 각호에 해당하는 자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역내에서 재개발사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세, 등록세 및 면허세를 면제한다. 다만, 재개발사업계획에 의한 사업인가 조건을 위반하거나, 관계법령에 위반하여 건축하는 경우에는 이미 과세면제된 취득세, 등록세 및 면허세를 추징한다.
 1. 도시재개발법의 규정에 의한 시행자(시행자로 지정받은 자를 포함한다)
 2. 도시재개발법의 규정에 의한 시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 시행당시의 토지 및 건축물 소유자
③ 조례 제2136호(1986. 12. 31. 개정) : 이 사건 사업시행인가 당시 적용되던 조례
 이 조례는 부칙 제2항의 개정을 통해 그 시행기간이 1987. 12. 31.까지 연장되었고, 그 후 부칙 제2항의 개정을 통해 그 시행기간이 1988. 12. 31.까지로 연장되었다. 
④ 조례 제2394호(1989. 1. 10. 개정)
 이 조례는 위 제2조 제2호 중 ‘사업시행당시’를 ‘사업시행인가당시’로 개정하여, 재개발사업으로 인하여 취득한 주택에 대한 취득세면제의 대상이 되는 토지 및 건축물의 소유자의 범위를 한정하였으나, 종전의 규정을 개정 조례 시행 이후에도 계속 적용한다는 경과규정을 두지는 않았고{이에 따라 위와 같이 개정된 조례의 규정이 상위법인지방세법(1990. 12. 31. 개정되기 전의 것) 제109조 제2항에 저촉되어 무효라는 판결이 선고되었고(대법원 1994. 4. 26. 선고 93누9170 판결), 이에 1993. 12. 27. 개정된 지방세법에서는 위 조례의 규정과 같이 종전 지방세법의 ‘소유자’를 ‘사업시행인가 당시의 소유자’로 제한하는 내용으로 개정하였다가, 앞서 본 바와 같이 2000. 12. 29. 다시 ‘당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자’로 개정하였다}, 부칙 제2항을 개정하여 그 시행기간을 1989. 12. 31.까지로 연장하였다.
 2) 서울특별시 도시개발사업에 대한 시세과세면제에 관한 조례
① 조례 제2687호(1990. 12. 31. 개정)
 이 조례는 조례의 명칭을 종전의 「서울특별시 재개발구역 내 토지 및 건축물에 대한 시세과세면제에 관한 조례」에서 「서울특별시 도시개발사업에 대한 시세과세면제에 관한 조례」로 변경하고, 제2조 제1항 본문 중 ‘재개발구역내에서 재개발사업’을 ‘재개발구역 및 도시저소득민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의하여 지정된 주거환경개선지구내에서 주거환경개선사업’으로, 제1항 제1호 중 ‘시행자’를 ‘시행자 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 시행자’로, ‘시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 시행인가’를 ‘시행자 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 최초 시행인가 및 주거환경개선계획 최초고시’로 각 개정하여 취득세 등의 감면사업 범위에 주거환경개선사업을 포함시켰으며, 부칙 제2항을 개정하여 시행기간을 1991. 12. 31.까지로 연장하였다.
② 조례 제2843호(1991. 12. 31. 개정)
 이 조례는 제2조 제1항 본문 중 ‘재개발구역’을 ‘재개발구역(도시재개발법 제2조 제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한한다. 이하 같다)’으로, 같은 항 제2호 중 ‘도시재개발법의 규정에 의한 시행자 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 시행자로부터’를 ‘제1호의 규정에 의한 사업시행자로부터‘로 각 개정하여, 시세 면제의 혜택을 받는 대상 사업을 도시재개발사업 중 주택개량재개발사업에 한정하였는바, 이 조례 본문에 의할 경우 원고가 시행하던 도심지 도시재개발사업은 위 감면대상 사업에서 제외되게 되었다.
 그런데 위 조례는 부칙 제2항에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 경과규정(이하 ‘이 사건 경과규정’이라 한다)을 두었고, 종전 조례 부칙 제2항을 개정하여 이 조례의 적용시한을 1994. 12. 31.까지로 정하였다(종전에 1년 단위로 시행기간을 연장하던 예에 의하지 아니하고 시행기간을 3년으로 정하였다).
③ 조례 3007호(1993. 7. 3. 개정)
 이 조례는 제2조 제1항 제1호를 다음과 같이 개정하였으나, 도심지재개발사업으로 인하여 취득한 이 사건 건물과 같은 건축물의 면세범위에 관한 사항은 포함되지 않았고, 이 사건 경과규정과 같은 별도의 규정을 두지도 않았으며, 그 시행기간을 여전히 1994. 12. 31.까지로 규정하였다.
 1. 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자(도시재개발법의 규정에 의하여 사업시행자로 지정받은 자를 포함한다) 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 사업시행자(도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의규정에의하여주민이 사업을 시행하는 경우에는 그 주민을 포함한다).
3) 서울특별시세 감면조례
① 조례 제3145호(1994. 12. 31. 제정)
 위 「서울특별시 도시개발사업에 대한 시세과세면제에 관한 조례」는 1994. 12. 31.로 그 시행기간이 경과하였고, 위 조례에서 규정하고 있던 도시재개발법에 의한 주택개량재개발사업에 대한 시세 감면에 관한 규정은,지방세법 제9조의 규정에 의하여 서울특별시세의 과세면제 및 불균일과세에 관한 사항을 통합적으로 규정하여 과세의 공평을 기하고 지방세정책을 효율적으로 수행하기 위하여 제정된 「서울특별시세 감면조례」 제19조로 편입되어 다음과 같이 규정되었다.
 제19조(주택개량사업에 대한 감면) 도시재개발법에 의한 주택개량재개발사업으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호의 1에 정하는 바에 의하여 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일부터 5년 이내에지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 세율의 적용대상이 되거나 관계법령을 위반하여 건축한 때에는 그러하지 아니하며,지방세법 제120조 및제150조의2의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 신고납부하여야 한다.
 1. 도시재개발법에 의한 사업시행자가동법 제2조 제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업의 시행과 관련하여 취득하는 부동산 중지방세법 제109조 제3항의 규정에 의한 체비지 또는 보류지 이외의 부동산
 2. 재개발사업계획의 최초고시일 현재 부동산을 소유한 자가 당해 사업의 시행으로 인하여 취득하는 전용면적 85제곱미터 이하의 주거용 부동산으로서지방세법 제109조 제3항 단서의 규정에 의한 청산금에 상당하는 부동산
 이 조례 역시 도심지 도시재개발사업에 의한 토지, 건물의 취득은 취득세 및 등록세 등의 면제대상에 포함시키지 않았고, 그 부칙에서도 이 사건 경과규정과 같은 경과규정을 별도로 두지 않았다.
② 조례 제4160호(2003. 12. 30. 전문개정)
 위 조례의 규정이 다음과 같이 개정되어 이 사건 건물의 사용승인을 받을 당시인 2004. 10. 8. 현재 시행되고 있는데, 도심지 재개발사업자에 대한 취득세 및 등록세 면제 규정이 없고, 다른 특별한 경과규정도 없다.
 제16조(주택재개발사업 등에 대한 감면) 도시및주거환경정비법에 의한 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행으로 인하여 취득하는 부동산으로서 다음 각호에 정하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에지방세법 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상이 되거나 관계법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
 1. 도시및주거환경정비법에 의하여 사업시행자로 지정받은 자가동법 제2조제2호나목의 규정에 의한 주택재개발사업의 대지조성을 위하여 취득하는 부동산
 2. 제1호의 규정에 의한 사업시행자가 당해 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산 〈제3호 내지 제6호 생략〉
 (나) 조례 제2843호의 부칙 제2조의 적용 여부
 1) 취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 세목이고, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득 등에 관한 사항을 공부에 등기하는 행위에 대하여 세금을 부과하는 세목이므로, 그 과세요건(취득 또는 등기)의 성립시기에 납세의무가 성립되고, 따라서 그 때의 유효한 법령이 적용되는 것이 원칙이다.
 따라서 원고의 이 사건 건물 취득과 관련하여, 취득세 등의 과세요건 성립시기로 판단되는 2004. 10. 내지 11.경 시행되고 있는 조례 제4160호가 아니라, 당시를 기준으로는 이미 실효된 조례 제2136호가 적용되기 위하여는 이에 관한 명백한 근거가 있어야 할 것이므로, 이 점에 관하여 살펴본다.
 2) 시세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과 규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우(이후 다시 당해 조례가 개정되고 그 개정에 대하여 종전의 예와는 달리 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과 규정을 따로 두지 아니한 경우 포함) 종전 조례를 적용해야 하는 것은 원고의 주장과 같다. 그러나 해당 조례 자체가 실효되고 이를 대체한 새로운 조례가 그 부칙 등에서 “종전의 규정을 새로운 조례 시행 후에도 계속 적용한다”는 경과규정을 두지 아니한 이상, 다른 특별한 사정이 없는 한 법률불소급의 원칙상 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 새로운 조례를 적용하여야 할 것이다(대법원 1999. 9. 3. 선고 98두15788 판결).
 살피건대, 조례 제2843호가 취득세 및 등록세 면제 대상을 ‘도시재개발법의 규정에 의한 사업’에서 ‘도시재개발법 제2조 제2호 소정의 주택개량재개발사업’으로 축소하는 한편, 원고와 같은 재개발사업자에게 유리한 종전의 규정을 적용하도록 부칙 제2항에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 이 사건 경과 규정을 두었음은 앞서 본 바와 같다.
 그러나 조례 제2843호는 시행기간이 1994. 12. 31.로 만료되었고, 그 이후 위 시행기간이 연장되지 않았으며, 이를 대체하기 위하여 1994. 12. 31. 새로이 제정되어 그 다음날부터 시행된 「서울특별시세 감면조례」에는 조례 제2136호와 같은 주택개량재개발사업자 이외의 재개발사업자를 위한 취득세 등의 면제규정이 없고 조례 제2843호 부칙 제2조와 같은 특별한 경과규정도 찾아볼 수 없는 이상, 다른 특별한 사정이 없는 한 납세의무성립시, 즉 이 사건 건물의 사용승인 당시 시행되는 개정 조례가 적용되어야 할 것이므로, 이 사건 건물에 관하여 여전히 이 사건 경과규정 및 조례 제2136호의 취득세 등 면제 규정이 적용되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.
 (다) 신뢰보호원칙의 적용 여부
 앞서 본 바와 같이 원고의 경우 이 사건 경과규정이 적용되지 않는다고 하더라도 일반적인 신뢰보호의 원칙에 의하여 종전의 조례 제2136호를 적용하여야 하는지 살피건대, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 참조).
 그런데 원고가 사업시행자의 지위를 취득한 2001. 8. 10.에는 도심지 재개발사업자를 위한 취득세 등을 면제하는 내용의 조례나 이 사건 경과규정이 규정되어 있지 아니하였으므로 종전 사업시행자가 조례 2136호를 적용받을 수 있다고 하더라도 그러한 지위까지 당연히 원고에게 승계된다고 보기 어려운 점, 이 사건에서 종전 규정인 이 사건 경과규정은 장래 과세요건을 충족하는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 면제한다는 취지로 규정되어 있지 않고, 오히려 위 경과규정을 규정한 조례의 시행기간은 1994. 12. 31.까지로 정해져 있어 그 이후에는 원고나 변경전 사업시행자가 위 경과규정에 의한 시세 면제의 기득권을 가지고 있다고 보기 어려운 점, 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 예외적으로 납세의무자에게 유리한 종전의 법령을 적용하는 경우에도 그 기간이 무한정 연장될 수는 없는 것인바, 이 사건의 경우 변경전 사업시행자의 사업시행기간은 1999. 10. 31.이었고, 원고의 사업시행기간도 사업시행변경인가 당시에는 2003. 12. 31.이었다가 그 후 2004. 10. 31.로 변경된 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 건물의 취득시에 종전 규정인 이 사건 경과규정으로 인하여 기득권에 갈음하는 신뢰를 가졌다고 보기는 어렵다고 할 것이다. 
 (2)지방세법 제109조 제3항 단서의 적용 여부에 관한 판단
 (가)지방세법 제109조 제3항 단서가 적용되기 위한 전제로서 이 사건에 있어서 위 조항 본문이 적용될 수 있는지에 관하여 본다.
 먼저,지방세법 제109조 제3항이 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시정비법에 의한 도시환경정비사업 및 주택재개발사업의 시행으로 인하여 당해 사업 구역 내의 부동산 소유자가 환지계획(도시개발법상 환지방식에 의한 사업시행의 경우와 이를 준용하는 도시정비법상 사업), 토지상환채권(도시개발법상 수용방식에 의한 사업시행의 경우), 관리처분계획(도시정비법상 사업)에 의하여 대지 및 건축물을 취득하는 경우에 취득세를 부과하지 않는 이유를 보면, ① 위와 같은 취득은 종전의 토지 또는 건축시설에 대한 권리변환으로 종전의 권리와 동일성이 있는 것으로 취급될 수 있다는 법적 성질과 ② 계획적이고 체계적인 도시개발과 도시환경의 정비를 위한 위 각종 사업의 원활한 수행을 세제적으로 뒷받침하고자 하는 정책 목적을 함께 고려한 데에 있다 할 것이다(대법원 1994. 4. 26. 선고 93누9170 판결 참조).
 살피건대, 이 사건의 경우와 같이 사업시행자 이외의 토지 등의 소유자가 없어구 도시재개발법 제34조 제1항 단서에 따라 관리처분계획을 작성하지 않고서 사업시행자이자 토지 등의 소유자가 소유권 취득의 일반 법리에 따라 원시취득하는 경우, 비록 관리처분계획이 작성된 바 없어 ‘환지계획’, ‘토지상환채권’, ‘관리처분계획’에 의하여 취득한다는지방세법 제109조 제3항 본문의 문언에 그대로 부합하는 것은 아니지만, 위와 같은 입법 목적에 비추어 보거나 위와 같은 토지 등의 소유자를 굳이 다른 토지 등의 소유자와 달리 취급할 합리적 이유가 없다는 점을 고려하면,지방세법 제109조 제3항 본문의 적용을 받는다고 보아야 할 것이다.
 (나)지방세법 제109조 제3항 단서 제2호의 적용 여부
 살피건대,지방세법 제109조 제3항 단서 제2호의 규정에 의하면, 사업시행인가 이후 이전고시(도시개발법상 환지처분 등) 이전에 부동산을 승계취득한 자에 대하여는 관리처분계획(도시개발법상 환지계획 등)에 의하여 취득한 부동산 가액의 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여 취득세를 부과하도록 규정하고 있는바, 위 규정의 취지는 사업시행인가 이후에 사업구역 내의 부동산을 승계취득하는 자도 사업시행인가 당시의 소유자와 마찬가지로 비과세 혜택을 부여하되, 이러한 자는 기존의 부동산보다는 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가될 새로운 부동산의 취득에 그 목적이 있으므로 사업시행자의 청산금 부과처분이 없다 하더라도 실질적으로 취득하게 되는 부동산의 가액 중 기존 부동산보다 증가된 재산적 가치에 대하여는 조세평등의 원칙에 따라 취득세를 과세하는데 있는 것이고, 투기목적의 존부와는 무관하다.
 따라서 앞서 본 바와 같이, 원고가 이 사건 재개발사업 시행인가 이후 이 사건 건물 준공 이전인 2001. 3. 24.경 이 사건 토지를소외 2 주식회사로부터 승계취득한 이상, 위 규정 소정의 승계취득자에 해당하므로, 사업시행자 겸 토지소유자로서 투기 목적이 없는 이상위 조항 단서 제2호에 해당되지 않는다는 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (3)지방세법 제109조 제3항 본문의 ‘체비지 또는 보류지’ 해당 여부
 (가)지방세법 제109조 제3항 본문은 “도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 ... 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여 취득세를 과세하지 아니한다.”라고 규정하면서 ‘체비지 또는 보류지’에 대한 별도의 정의 규정을 두고 있지 않으므로, 우선 도시개발법 등에 의하여 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여 살펴보기로 한다.
 ① 도시개발법상 체비지 또는 보류지 
 도시개발법상 도시개발사업은 시행자가 도시개발구역 안의 토지 등을 수용 또는 사용하는 방식이나 환지방식 또는 이를 혼용하는 방식으로 시행할 수 있는데(도시개발법 제20조), 환지방식으로 사업을 시행하는 경우, 시행자는 환지계획을 작성함에 있어 조성된 일정한 토지를 환지하지 아니하고 도시개발사업에 필요한 경비에 충당할 목적으로 체비지로 정하거나 규약·정관·시행규정 또는 실시계획이 정하는 목적을 위하여 보류지로 정할 수 있고(도시개발법 제33조), 위와 같이 환지계획에 체비지 또는 보류지로 정해진 토지는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날에 체비지는 시행자가, 보류지는 환지계획에서 정하는 자가 소유권을 취득하게 된다(도시개발법 제41조 제5항).
 ② 도시정비법상 체비지 또는 보류지 
 도시정비법상 도시환경정비사업은 정비구역 안에서 인가받은 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는 방법 또는 환지로 공급하는 방법이 있는데(도시정비법 제6조), 우선 환지로 공급하는 방법의 경우에는 도시개발법상 환지절차를 준용하고 있으므로(도시정비법 제43조 제2항), 위에서 본 바와 같이 사업시행자는 인가된 환지계획에 따른 환지처분에 의하여 체비지 또는 보류지를 취득하게 된다. 한편 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는 방법의 경우에는, 사업시행자는 사업시행인가의 고시가 있은 날부터 21일 이내에 분양신청기간을 정하여 분양 공고를 하여야 하고, 분양신청기간이 종료된 때에는 기존의 건축물을 철거하기 전에 분양신청을 기초로 관리처분계획을 작성하여야 하는데(주거환경개선사업은 제외한다), 분양신청 후 잔여분이 있는 경우 정관 등 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나, 조합원 외의 자에게 분양할 수 있고(도시정비법 제48조 제3항), 보류지 또는 조합원 외의 자에게 분양할 것(이하 일반 분양분이라 한다)을 정한 경우 보류지 또는 일반 분양분의 명세와 추산가액 및 처분방법을 관리처분계획에 포함시켜 인가를 받아야 하며(도시정비법 시행령 제50조 제3호), 사업시행자는 정비사업(주거환경개선사업은 제외한다)의 시행으로 건설된 건축물을 인가된 관리처분계획에 따라 토지 등 소유자에게 공급하여야 하는데, 위와 같은 관리처분계획은 이전고시가 있기 전까지는 변경이 가능하므로 사업자는 이전고시가 있기 전까지 관리처분계획변경을 통하여 보류지 또는 일반 분양분을 정할 수 있으며, 한편 위와 같이 인가된 관리처분계획에 보류지 또는 일반 분양분으로 정해진 대지 또는 건축물은 이전고시에 의하여 보류지는 관리처분계획에서 정하는 자가, 일반 분양분은 사업시행자가 각 소유권을 취득하게 되고, 위 보류지 또는 일반 분양분은 도시개발법상 보류지 또는 체비지로 간주 된다(도시정비법 제55조 제2항).
 ③ 구 도시재개발법상 체비지 또는 보류지
 이 사건 재개발사업은, 구 도시재개발법상 도심재개발사업으로 사업시행인가를 받아 시행하던 중 구 도시재개발이 폐지되고 도시정비법이 제정됨에 따라도시정비법 부칙 제3조의 종전 법률에 의하여 행하여진 처분·절차 그 밖의 행위는 이 법의 규정에 의하여 행하여진 것으로 본다는 규정과같은 부칙 제6조의 종전 법률에 의하여 사업계획승인이나 사업시행인가를 받아 시행중인 도심재개발사업은 이 법에 의한 도시환경정비사업으로 본다라는 규정에 의하여 도시정비법 규정에 따라 준공인가를 받은 것이므로, 구 도시재개발법상 체비지 또는 보류지를 살펴 볼 필요가 있다.
 구 도시재개발법상 사업시행자는 분양신청기간이 종료된 때에는 관리처분계획을 작성하여 인가를 받아야 하는데(다만, 사업시행자 외의 토지 등의 소유자가 없는 경우에는 그러하지 아니하다), 분양신청 후 잔여분이 있는 경우 정관 등 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나, 일반에게 분양할 수 있고(구 도시재개발법 제34조 제9항), 보류지 또는 일반에게 분양할 것(이하 일반 분양분이라 한다)을 정한 경우 보류지 또는 일반 분양분의 명세와 추산가액 및 처분방법을 관리처분계획에 포함시켜 인가를 받아야 하며(구 도시재개발법 시행령 제41조), 위와 같은 관리처분계획은 분양처분이 있기 전까지는 변경이 가능하므로 사업자는 분양처분이 있기 전까지 관리처분계획변경을 통하여 보류지 또는 일반 분양분을 정하고, 위와 같이 인가된 관리처분계획에 보류지 또는 일반 분양분으로 정해진 대지 또는 건축물은 분양처분에 의하여 보류지는 관리처분계획에서 정하는 자가, 일반 분양분은 사업시행자가 각 소유권을 취득하게 되며, 위 보류지 또는 일반 분양분은 구 토지구획정리사업법(2000. 1. 28. 법률 제6252호로 폐지되기 전의 것)상 보류지 또는 체비지로 간주 된다(구 도시재개발법 제39조 제2항).
 (나) 이상의 도시개발법 등 관련 법 규정에 의하여 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우를 종합하여 보면, ① 도시개발법의 사업시행자는 환지방식으로 도시개발사업을 시행하는 경우에 한하여 인가된 환지계획에 따른 환지처분에 의하여 체비지 또는 보류지를 취득하고, ② 도시정비법의 사업시행자는 사업시행방식을 환지방식에 의할 경우는 위 도시개발법의 경우와 동일하게 체비지 또는 보류지를 취득할 수 있고, 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는 방식에 의할 경우는 인가된 관리처분계획에 따른 이전고시에 의하여 보류지 또는 일반 분양분(보류지 또는 체비지)을 취득하며, ③ 구 도시재개발법의 사업시행자는 인가된 관리처분계획에 따른 분양처분에 의하여 보류지 또는 일반 분양분(보류지 또는 체비지)을 취득할 수 있다. 사업시행자가 위와 같은 방법으로 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에 있어서지방세법 제109조 제3항 본문의 규정에 의하여 취득세 등이 비과세된다는 점에 대해서는 이론의 여지가 없다.
 (다) 그런데 이 사건의 경우와 같이 사업시행자 이외의 토지소유자가 없어서구 도시재개발법 제34조 제1항 단서의 규정에 따라 관리처분계획의 작성이나 그 인가받는 절차가 면제된 채 이 사건 재개발사업을 시행한 경우에지방세법 제109조 제3항 본문의 규정에 의하여 취득세 등이 면제되는 체비지 또는 보류지를 인정할 수 있는지에 관하여 보건대, ① 원고가 관리처분계획을 작성하여 그 인가를 받지 않은 이유는 사업시행자 이외의 토지 등 소유자가 없는 경우에는 재개발사업의 시행 결과 건립될 건축물에 대한 이해관계인을 남기지 않아 개발사업의 결과에 이해관계를 갖는 자의 권리배분에 관한 사항을 구속적으로 확정하는 관리처분계획이 불필요하다는 점을 감안한 위 도시재개발법의 규정에 따른 것이고, 달리 여타 법령에서 원고가 사전에 체비지를 지정하는 절차나 그 방법에 관하여 규정하고 있지 않음에도, 법령의 규정에 따라 제반절차를 진행한 원고를 사업시행자 이외의 토지 등의 다른 소유자가 있어 역시 법령의 규정에 따라 관리처분계획의 작성 및 그 인가를 받은 사업시행자와 구분하여 별도로 그가 취득한 체비지 등에 대하여 과세를 하는 것은 형평에 반하여 부당하다고 보이는 점, ② 굳이 1인 사업시행자의 사업경비에 해당하는 체비지에 과세한다면 이는 재개발사업에 착수하고 이를 원활하게 진행함에 있어 세제상 혜택을 주고자하는지방세법 제109조 제3항의 입법취지에도 반하는 점, ③지방세법 제109조 제3항은 ‘사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 않는다’라고만 규정하고 있을 뿐 ‘관리처분계획을 작성한 사업시행자라’든가 ‘사업시행자가 관리처분계획에 의하여 취득한 체비지’라고 특정하고 있지 않아 그에 따른 과세 등의 법적 효력을 달리할 특별한 이유가 없다고 보이는 점, ④ 만약 피고의 주장과 같이 1인 사업사행자가 취득한 체비지 등에 대하여 과세하여야 한다면, 사업시행자로서는 사업 초기에 가상의 토지소유자를 만들어 내어 다른 이해관계인이 있는 것처럼 외관을 조작하는 등 무용한 절차를 반복하게 하여 오히려 탈법을 조장할 우려가 있는 점 ⑤ 사업시행자가 재개발사업에 지출한 비용에 충당하기 위해 법상 인정된 체비지의 존재가 관리처분계획의 작성 여부에 따라 좌우된다고 보기에는 곤란한 점, ⑥ 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다 할 것이나, 앞서 본 바와 같이 합리적 이유가 있는 경우에는 이 원칙의 적용에 있어서의 예외가 허용될 수 있는 점 등의 제반사정을 감안하면, 1인 사업시행자가 취득한 체비지 등에 대하여도 비과세는 인정되어야 할 것이다.
 (라) 나아가 이 사건에 있어서 과세범위에 관하여 살피건대, 원고는 사업시행인가 이후에 사업구역 내의 부동산을 승계취득하는 자로서 사업시행인가 당시의 소유자와 마찬가지로 비과세 혜택을 부여받되, 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가될 새로운 부동산의 취득에는 취득세를 납부하여야 하는지방세법 제109조 제3항 단서 제2호의 입법취지와 이 사건 건물 중 73.04%에 해당하는 88,116.77/120,641.28 지분에 한하여 자신이 지출한 사업경비에 상응한 체비지로 원고가 자인하고 있는 점에 비추어 볼 때, 원고는 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가된 부동산 중 사업비에 해당하는 체비지를 제외한 나머지 부분에 대한 취득세 및 농어촌특별세와 그 소유권보존등기와 관련된 등록세와 지방교육세를 납부하여야 할 것이다.
 그런데 앞서 본 바와 같이 원고가 2004. 10.경 적법한 감정평가기관의 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 의하면, 이 사건 건물 중 73.04%에 해당하는 88,116.77/120,641.28 지분은 체비지에 해당하고, 26.96%인 32,524.51/120,641.28 지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 해당되므로, 이 사건 각 처분의 과세표준은 위 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산가액 56,020,982,960원(원래 원고가 분양한 9,838.66평에 평당 평균 분양가 5,693,962원을 곱하면 56,020,956,170원이 되나 이를 기준으로 하여 각종 세액을 계산하면 오히려 원고에게 유리한 세액이 산출되므로 원고가 주장하는 바에 따르기로 한다) 중 이 사건 토지의 당초 취득가액인 50,640,000,000원을 공제한 5,380,982,960원이 되어야 하고, 사업시행자의 체비지에 해당하는 이 사건 건물 중 88,116.77/120,641.28 지분은지방세법 제109조 제3항 본문의 규정에 의하여 비과세되어야 한다. 따라서 이 사건 각 처분 중 취득세 107,619,659원(=5,380,982,960원×2%), 농어촌특별세 10,761,965원(=107,619,659원×10%), 등록세 43,047,863원(=5,380,982,960원×0.8%), 지방교육세 8,609,572원(=43,047,863원×20%)을 초과하는 부분은 위법하다.
3. 결론
 그렇다면 제1심 판결 중 원고가 피고에게, 2004. 11. 8. 신고납부한 취득세 2,598,666,280원 중 107,619,659원을 초과하는 부분의, 농어촌특별세 114,182,120원 중 10,761,965원을 초과하는 부분의 처분과 2004. 11. 10. 신고납부한 등록세 1,039,466,510원 중 43,047,863원을 초과하는 부분의, 지방교육세 207,893,300원 중 8,609,572원을 초과하는 부분의 처분은 각 취소되어야 할 것이므로, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로, 제1심 판결 중 위에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고 원고의 나머지 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 조용호(재판장) 안승호 이정호