법인설립허가취소처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2011.09.20 / 시행일:

【원고, 피항소인】 사단법인 한민족세계선교원 (소송대리인 법무법인 (유) 로고스 담당변호사 오세창 외 1인)
【피고, 항소인】 통일부장관 (소송대리인 법무법인 정부법무공단 담당변호사 성승환)
【피고보조참가인, 항소인】 
【제1심판결】 서울행정법원 2009. 9. 2. 선고 2007구합43891 판결
【변론종결】2011. 7. 26.
【주 문】
 1. 제1심 판결 중 피고에 대한 부분을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.
 2. 피고보조참가인의 항소를 기각한다.
 3. 원고와 피고 사이의 소송총비용은 원고가, 원고와 피고보조참가인 사이의 항소비용은 피고보조참가인이 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 2007. 11. 21. 원고에 대하여 한 법인설립허가취소처분을 취소한다.
 2. 항소취지
 제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 1984. 11. 8. 사단법인 북한선교원이라는 명칭으로 문화공보부장관으로부터 민법 제32조에 따라 법인설립허가를 받은 후 1987. 12. 15. 사단법인 북한선교통일훈련원으로, 1994. 3. 14. 사단법인 한민족세계선교통일교원으로, 1999. 4. 26. 현재의 원고 명칭으로 각 개칭하였다(한편 1987. 12. 15. 위 명칭 개칭과 함께 그 주무관청이 피고로 변경되었다). 
 나. 피고는 2007. 11. 21. 원고에 대하여 다음과 같은 이유로 법인설립허가를 취소하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
취소사유 (1) 목적 이외의 사업수행 (민법 제38조) ① 기증재산 매각대금으로 정관변경 허가(2003. 3. 5.) 이전인 2001. 5. 20. 고양시 일산구 (주소 12 생략) 소재 대한예수교장로회 일산선교교회(이하 ‘일산선교교회’라고만 한다) 매입비(30억 원 중 23억 원) 충당 ② 기증재산 근저당설정(총회 의결절차를 무시한 편법)에 의한 대출금으로 영리회사인 주식회사 성로원{남양주시 (주소 1 생략), 이하 ‘성로원’이라고만 한다} 설립 및 기증(5천평, 처분서상의 5천만 원은 오기로 보인다) ③ 기증부동산{광주시 (주소 2 생략) 답 410㎡}으로 차용금(3천만 원) 대물변제 ④ 기증부동산으로 설립 목적과는 무관한 ◇◇대학교 설립부지(논산시 연산면 신양리) 매입 등 부동산 투자 ⑤ 설립목적인 북한선교 및 통일에 기여하는 사업실적 미흡 (2) 공익을 해하는 행위 (민법 제38조) ① 1995. 9.경부터 4개월간 매일 30톤 정도의 산업폐기물을 기증받은 부지{남양주시 (주소 8, 9, 10, 11 생략)} 등지에 불법 매립 ② 건축법 위반으로 벌금 500만 원을 선고받고 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 위반으로 벌금 300만 원을 선고받는 등 수차례에 걸친 벌금형 전력 ③ 2005. 11.경 소외 2 이사장은 세계사이버대학의 교비(1억 5천만 원)를 편법으로 전용한 혐의로 교육부로부터 고발되는 등 사회적 물의를 야기 (3) 편법적인 예산집행 및 사실상의 법인 사유화 등 기타 ① 총회의결절차를 무시한 법인의 재산처분(2004. 1.) 및 기증재산{남양주시 (주소 4 생략) 등}을 소외 2 개인 명의로 소유권 등기 ② 이사장 소외 2의 종신 이사장직을 규정한 내부규정(2003. 2. 17. 개정) 및 측근들로 구성된 이사회 등 법인운영을 독점하는 등 사실상 사유화 ③ 2006년도 사업실적보고서와 자체감사보고서상 결산수치가 불일치하는 등 회계처리에 대한 의혹과 불신을 초래하는 등 법인운영 과정상 문제점 상존 ④ 2007. 10. 29. 청문회 실시 이후 소외 2 명의로 된 법인 부동산{남양주시 (주소 5 생략) 등 5개 필지}에 대한 급작스런 소유권 이전 등기신청(같은 해 11. 19. 의정부지방법원 남양주등기소 접수번호 제129281호) ⑤ 법인운영 과정의 각종 비리혐의 및 투서 등으로 인해 사회적 물의를 야기하는 등 주무관청인 통일부의 이미지 훼손
 [인정근거 : 다툼 없는 사실 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]
2. 이 사건 보조참가신청의 적법 여부
 이 사건 소는 원고에 대한 설립허가를 취소한 이 사건 처분의 취소를 목적으로 제기된 것인데, 피고보조참가인(이하 ‘참가인’이라 한다)은 원고의 중요 재산 기증자이자 원고의 특별이사 내지 평생이사로서 피고의 승소를 위하여 이 사건 소에 참가할 자격이 있다고 주장하는 반면, 원고는 이 사건 보조참가신청이 참가이익이 없어 부적법하거나 참가인의 사망으로 종료되었다고 주장한다.
 을가 제33호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 참가인은 당심 소송계속 중인 2010. 12. 1. 사망한 사실이 인정되나, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제238조, 제233조 제1항에 의하여 참가인의 소송대리인이 있는 이 사건에서 비록 참가인이 사망하였다 하더라도 소송절차 중단의 효과가 생기지 않고 보조참가로 인한 소송관계는 그 상속인 등을 위하여 계속하여 유지된다 할 것인데, 보조참가인은 소송결과에 법률상 이해관계가 있는 제3자라 할 수 있는 것이므로 설령 참가인이 이 사건 소송결과에 제1심 판단과 달리 법률상 이해관계가 있는 것으로 볼 수 있다 하더라도 참가인이 참가이유로 주장하는 중요재산 기증자나 특별이사로서의 지위는 일신전속적이므로, 참가인의 참가신청은 참가인의 사망으로 인하여 그 참가 이익 자체가 소멸하였다고 할 것이다. 따라서 참가인의 이 사건 참가신청은 부적법하다.
3. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 처분사유의 부존재 
 피고는 원고의 사업 중 일부가 설립목적과 부합하지 아니하고, 원고의 법인 운영과정에서 절차상 하자나 비리의 혐의가 있다는 것을 이 사건 처분의 처분사유로 삼고 있으나, 그 대부분은 전혀 사실이 아니고, 일부 잘못이 인정되는 부분(건축 관련 법령 위반으로 인한 벌금형 선고, 법인운영비 전용관련 기소유예 처분, 사업실적보고서상 결산수치의 불일치, 보통재산에 대한 근저당권설정시 총회의결 절차 미준수)도 절차상의 하자나 업무상 발생할 수 있는 사소한 것에 불과하여 이를 ‘법인이 목적사업 이외의 사업을 하는 경우’나 ‘기타 공익을 해하는 행위’라고 볼 수 없어 법인설립허가취소의 사유로 삼을 수는 없으므로, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 그 처분사유를 결한 것으로 위법하다.
 (2) 재량권의 일탈·남용
 설령 처분사유가 존재한다 하더라도 제반 사정에 비추어 보면, 주무관청의 검사·감독권의 범위 내에서 시정명령이나 과태료부과 등으로 목적 달성이 가능함에도 불구하고 법인설립허가를 취소한 이 사건 처분은 지나치게 무거워 비례의 원칙에 위반되거나 피고의 정관변경 허가를 신뢰하고 부대사업 및 교육기관 설립활동을 진행한 원고의 신뢰에 반하는 것으로서 재량권을 일탈·남용하여 위법하다. 
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 인정사실
 (1) 참가인의 재산 증여 및 반환 합의 
 (가) 참가인은 6·25 전쟁 때 월남한 실향민으로서, 1984. 5. 9. 평생 동안 모은 재산인 남양주시 (주소 1 생략) 외 17필지의 토지 및 그 지상 건물(이하 ‘기증재산’이라 한다)을 북한선교사업에 사용하라는 취지로 원고의 전신인 북한선교원에 증여하였고, 이에 북한선교원은 참가인을 북한선교원의 평생이사 및 부이사장으로 추대하고 그 뜻을 받들어 위 재산을 사용하기로 하고, 더불어 참가인에게 위 부동산에 소재하고 있는 참가인 남편의 묘소를 관리하고 참가인이 사망할 경우에는 위 묘소에 합장한 후 영구히 위 묘소를 관리하여 주기로 약속하였다.
 (나) 그런데 1993. 12. 5. 당초 이사장인 소외 4 목사의 후임으로 원고의 이사장에 취임한 소외 2는 이사회 및 대의원 총회를 소집하면서 평생이사 및 부이사장인 참가인에게는 단 한 차례도 소집 통지를 하지 않고, 철저하게 법인 업무에서 배제시켰으며, 당초 참가인과 소외 4 목사와 사이에 법인의 명칭에서 ‘북한선교원’이라는 부분을 변경하지 않기로 하는 약속이 있었음에도 앞서 본 바와 같이 여러 차례 법인의 명칭을 변경하면서 ‘북한선교원’이라는 용어를 삭제하였고, 정관상의 임기 규정을 들어 참가인의 평생이사의 지위도 인정하지 않았으며 사망 당시까지 명예이사의 지위만 부여하였다.
 (다) 한편 참가인의 아들인 소외 1 등은 1993년경부터 참가인이 기증한 재산의 반환을 요구하였고, 이에 원고는 1999. 7. 28. 참가인과 사이에 다음과 같은 내용의 합의(이하 ‘이 사건 반환합의’라 한다)를 하였다.
 1. 남양주시 (주소 13, 14, 15, 16 생략) 토지는 참가인이 원하는 법인을 설립하여 소유권을 이전해준다.
 2. 상기 토지의 진입로는 원고가 별도로 내어 준다.
 3. 참가인 사택을 1억 5천만 원 상당으로 짓되, 참가인 소천시 원고가 사용함을 원칙으로 한다.
 4. 참가인이 세상을 떠나면 남편 묘소에 합장하고 기념비석을 세워준다. 이에 대한 일체 경비는 원고가 부담한다.
 5. 원고가 묘지관리기금 2억 원을 조성하여 영구관장 하도록 하고, 그 이자는 참가인이 설립한 법인이나 지정한 사람에게 매월 자동이체 하여 그 법인이 묘지관리를 전적으로 책임지도록 한다.
 (2) 일산선교교회 토지 매입비 충당
 (가) 일산선교교회는 1987. 3. 3. 설립되어 초대 담임목사로 소외 2를 선임한 이래 현재까지 소외 2가 교회를 담임하고 있는데, 그 교인은 약 300명 정도에 이른다.
 (나) 일산선교교회는 2001. 5. 20. 한국기독교장로회 일산제일교회로부터 고양시 일산구 (주소 12 생략) 대 2,000.2㎡ 및 그 지상에 신축 중인 건물을 대금 30억 원에 매수하고, 같은 달 29. 위 토지에 관하여 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 마쳤다.
 (다) 원고는 1996. 8. 2. 대상건설 주식회사에게 소외 5 권사가 기증한 서울 용산구 (주소 17 생략) 대 7,709.1㎡ 및 지상 건물 일체를 대금 11,193,600,000원에 매도하기로 하고 1996. 8. 2. 15억 원, 1996. 10. 20. 30억 원, 1996. 12. 20. 55억 원, 1996. 12. 30. 9억원, 2000. 6. 6. 2억 5,000만 원을 지급받았는데, 소외 2는 일산선교교회의 대지 및 건물 매입비 중 23억 원을 위 매매대금으로 수령한 금원으로 충당하였고, 그 후 매매계약이 해제될 경우에 이미 지급한 매매대금의 반환을 담보하기 위하여 일산선교교회 명의로 위 대지에 채권최고액 1,497,600,000원의 근저당권을, 위 건물에 전세보증금 1,360,000,000원의 전세권을 각 설정하였다.
 (라) 일산선교교회는 2005. 5. 10. 위 대화동 토지 지분 2분의 1 및 그 지상 건물 지분 4514.67분의 1587.21에 관하여 원고에게 소유권이전등기를 마쳐주었다. 
 (마) 한편 2003. 2. 17. 개정되기 전의 원고 정관 제4조 제3항은 ‘원고의 목적 수행을 위하여 부대사업으로 교육기관(훈련원, 연구소, 학원, 학교 등)을 설립할 수 있다’고 규정하고 있었으나, 2003. 2. 17. 개정된 원고 정관 제4조 제4항은 ‘목적 수행을 위하여 부대사업으로 교육기관(훈련소, 연구소, 학원, 학교, 병원, 교회 등)을 설립할 수 있다’고 규정함과 동시에 일산선교교회를 그 부속기관 중의 하나로 예시하였다(위 조항 제1호).
 (3) 성로원에 대한 증여 및 자금 지원
 이 사건 반환합의에 따라 원고는 2002. 3. 2. 참가인이 설립한 성로원에게 약속한 토지에 관하여 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐줌과 동시에 그 무렵 사택을 지어 주었고, 대의원 총회의 의결을 거치기도 전인 2006. 11. 23. 남양주시 (주소 4 생략) 등의 토지에 관하여 근저당권을 설정하여 받은 대출금 중 2억 원을 2007. 7.경 참가인의 묘지관리비용으로 지급하였다.
 (4) 차용금에 관한 대물변제
 (가) 경기 광주군 (주소 2 생략) 답 410㎡(이하 ‘이 사건 대물변제 토지’라 한다)는 원고가 소외 5로부터 기증받은 위 서울 용산구 (주소 17 생략) 대 7,709.1㎡ 및 그 지상 건물을 대상건설 주식회사에 매도하면서 그 대금의 일부로 받은 원고의 보통재산이었는데, 그 소유 명의가 소외 2 앞으로 되어 있었고, 아무런 담보권도 설정되어 있지 않았다.
 (나) 소외 2는 2005. 1. 14. 초등학교 친구인 소외 3의 자녀들인 소외 6, 7에게 위 토지에 관하여 2004. 12. 20. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었는데, 원고는 위 등기가 법인 직원 급여 및 건축비 지급 등에 사용할 목적으로 소외 6, 7로부터 차용한 5,000만 원 중 3,000만 원을 갚지 못하게 되자, 2004. 9. 20. 이사회의 결의를 거쳐 위 토지로써 남은 채무 중 2,000만 원의 채무의 지급에 갈음하여 대물변제한 것이라는 취지로 주장하고 있다.
 (다) 참가인은 소외 2가 위 토지를 소외 6, 7에게 매도하고 그 대금 8억 원을 횡령하였다는 취지로 소외 2를 서울중앙지방검찰청에 고소하였으나, 위 검찰청은 2005. 6. 22. 위 피의사실에 대하여 혐의 없음의 처분을 하였다.
 (라) 참가인은 위 대물변제와 관련하여 다시 소외 2를 업무상 배임으로 고소하였으나, 의정부지방검찰청은 2006. 4. 28. 혐의없음으로 결정된 서울중앙지방검찰청 2005형제13069호 피의사건과 동일한 사건이라는 이유로 2010. 2. 9. 참가인의 고소를 각하하였고, 참가인이 이에 불복하여 서울고등법원 2010초재981호로 재정신청을 하였는데, 위 법원은 2010. 7. 23. 소외 2를 업무상 배임으로 공소제기함이 상당하다는 이유로 공소제기결정을 하였고, 위 공소제기 결정에 따라 현재 의정부지방법원 2010고단2744호로 형사재판이 진행되고 있다.
 (마) 한편 2004. 1. 1.기준으로 이 사건 대물변제 토지의 개별공시지가는 ㎡당 164,000원으로서 위 토지의 개별공시지가는 6,724만 원(164,000원 × 410㎡)이 된다.
 (5) ◇◇대학교 설립부지 매입
 (가) 원고는 1999. 9. 20. 자금을 출자하여 학교법인 성령학원(위 학원은 2000. 12. 8. ‘한민족학원’으로 개칭되었다)을 인수하였고, 1999. 9. 30. 소외 2가 위 학원의 이사장으로 취임하였으며, ▩▩신학교이던 교명을 2000. 12. 21. ◇◇대학교로 개칭하였다.
 (나) 원고는 기증재산 중 일부를 처분한 대금으로, 2001년경 논산시 (주소 3 생략) 토지 등을 ◇◇대학교의 부지 등에 사용하기 위하여 매입하였는데, 그 중 (주소 18 생략) 토지 및 지상 건물에 관하여는 한민족학원 명의로, 나머지인 (주소 19, 3, 20, 21, 22 생략) 토지는 한민족학원의 강제경매신청에 따라 이루어진 경매절차에서 소외 2가 낙찰받아 소유권을 취득하였다.
 (다) 한민족학원 정관 제1조는 ‘이 법인은 대한민국의 교육이념에 입각하여 설립의 건학이념인 성경(3. 16. 복음)과 한민족사를 바탕으로 국가와 온 인류의 행복과 번영을 위하여 이바지할 수 있는 인재 양성을 목적으로 한다’고 규정하고 있고, ◇◇대학교에는 신학부, 사회복지학과, 경찰행정학과, 스포츠경영학과, 한민족학부(전통음식학과, 태권도외교학과), 음악학과가 설치되어 있다.
 (라) 한편 2003. 2. 17. 개정되기 전의 원고 정관 제4조 제3항은 ‘원고의 목적 수행을 위하여 부대사업으로 교육기관(훈련원, 연구소, 학원, 학교 등)을 설립할 수 있다’고 규정하고 있었고, 2003. 2. 17. 개정된 원고 정관 제4조 제4항은 ‘목적 수행을 위하여 부대사업으로 교육기관(훈련소, 연구소, 학원, 학교, 병원, 교회 등)을 설립할 수 있다’고 규정함과 동시에 한민족학원을 그 부속기관 중의 하나로 예시하였다(위 조항 제4호).
 (6) 원고의 사업실적
 원고가 주장하는 연도별 사업실적은 별지 연도별 사업현황의 기재와 같은바, 원고는 매년 제출하도록 되어 있는 사업계획, 예산서 및 사업실적을 피고에게 제출하지 않았고, 탈북청소년 대안학교인 한꿈학교에 남양주시 별내면 덕송리 소재 건물(교실 및 숙소 2동)을 월 100만 원에 임대하여 주다가 2006. 11.경 한꿈학교 측에게 학교 운영에 관한 이견을 이유로 위 건물을 반환하여 줄 것을 요청하여 이를 돌려받았다.
 (7) 산업폐기물 매립 등
 (가) 피고는 참가인의 진정에 따라 원고의 쓰레기 매립사실 여부를 확인하기 위해 남양주시청에 위 사실 확인을 의뢰하였고, 이에 남양주시청 풍양출장소는 2007. 11. 1. 남양주시 (주소 23 생략) 토지를 굴착한 결과 생활폐기물 및 사업장폐기물 등이 혼합된 상태로 다량으로 매립되어 있는 사실을 밝혀내었고, 같은 달 9. 추가적으로 원고가 성로원에 기증한 토지의 일부인 같은 리 (주소 10 생략), (주소 24 생략) 토지를 굴착한 결과 역시 다량의 폐기물이 매립되어 있는 사실을 밝혀내었다.
 (나) 이에 남양주시 풍양출장소는 2007. 12. 11. 위 굴착 결과와 참가인의 진술을 토대로 남양주경찰서장에게 ‘원고가 1995. 9.경부터 같은 해 12.경까지 약 4개월간 원고 소유의 남양주시 별내면 덕송리 (주소 10 생략), (주소 24 생략) 임야 및 당시 대한민국으로부터 점용허가를 받아 일부 점유하고 있던 같은 리 (주소 23 생략) 하천부지에 약 3,600톤의 각종 폐기물 및 3,000톤의 건축폐기물을 트럭 1대당 8,000원씩 받고서 매일 30톤씩 불법 매립하였다’는 취지로 수사를 의뢰하는 한편 성로원에 대하여 폐기물처리조치명령을 하였으나, 남양주경찰서장은 공소시효 도과를 이유로 내사종결하였다.
 (다) 남양주군(1995. 1. 남양주시로 승격되기 이전의 행정구역 명칭)은 1994. 9. 원고에게 남양주군 (주소 1 생략) 임야 920평에 대하여 쓰레기 매립을 위한 토지사용을 요청하였고, 원고는 이에 응하였다(원고는 남양주군이 남양주군 (주소 23 생략) 하천부지를 남양주군 (주소 1 생략)로 잘못 알고 토지사용을 요청한 후 위 하천부지에 쓰레기를 매립한 것일 뿐, 원고 스스로 쓰레기를 매립한 적은 없다고 주장하고 있다).
 (라) 한편 남양주시는 2007. 11. 12. 피고에게 남양주군이 원고에 대하여 위와 같이 토지사용을 요청한 사실은 있으나, 매립 쓰레기가 발견된 남양주시 별내면 덕송리 (주소 10 생략), (주소 24 생략) 임야 및 같은 리 (주소 23 생략) 하천부지가 매립종료 후 사후관리지역이 아닌 점에 비추어 남양주시에서 쓰레기 매립장으로 지정·사용한 바는 없다고 회신하였다.
 (마) 성로원의 후신인 주식회사 그린필드는 의정부지방법원 2009가합3835호로 ‘원고가 위 그린필드 소유의 토지에 산업폐기물을 매립하여 폐기물처리비용 상당의 손해를 입었다’는 이유로 원고에 대하여 손해배상청구의 소를 제기하였는데, 위 법원은 2010. 2. 12. ‘위 토지상에 산업폐기물이 매립된 사실은 인정되나, 원고가 위 산업폐기물을 매립하였음을 인정할 증거가 없다’는 이유로 성로원의 청구를 기각하였고, 위 판결은 2010. 3. 6. 확정되었다.
 (8) 건축법 등 위반행위
 원고의 이사장 소외 2는 의정부지방법원 2005고약7901호로 ‘2001. 8. 27. 남양주시 (주소 6 생략) 외 1필지상 건축허가를 받은 면적 외에 변경 허가 없이 증가하여 건축하였다’ 등의 범죄사실에 관하여 건축법위반죄로 벌금 500만 원을 선고받아 그 무렵 확정되었고, 같은 법원 2004고약19740호로 ‘관할관청의 허가를 받지 않고 2001. 8. 31. 개발제한구역 내인 남양주시 (주소 7 생략) 임야 660㎡에 아스콘포장을 함으로써 위 토지의 형질을 변경하였다’는 범죄사실에 관하여 개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법위반죄로 벌금 300만 원을 선고받아 그 무렵 확정되었다.
 (9) 소외 2의 교비 횡령 
 교육인적자원부는 2005. 11. 경 ‘소외 2가 세계사이버대학의 교비 약 1억 5천만 원을 원고 법인의 운영비로 전용하였다’는 혐의로 수원지방검찰청에 고발하였는데, 위 검찰청은 2006. 7. 28. 위 피의사실을 인정하면서도 ‘소외 2가 위 금원을 개인적으로 착복한 것은 아니며, 단지 세계사이버대학과 건학 이념을 같이하는 원고를 지원하기 위해 사용한 점 등 그 동기에 참작할 점이 있다’는 이유로 기소유예처분을 하였다.
 (10) 위법한 재산처분 등 
 (가) 원고는 2004. 1.경 원고의 재산인 남양주시 (주소 4 생략) 외 5필지를 별내농업협동조합에 담보로 제공하면서 5억 원을 대출받아 원고 산하 기관의 공사비 등에 충당하였는데, 위 근저당권을 설정함에 있어 원고 정관 제26조 제4호에 따르면 ‘보통재산은 이사회 결의를 거쳐 대의원 총회 의결하여 처리하도록’ 규정되어 있었음에도 불구하고 이사회결의만을 거쳤을 뿐, 대의원 총회 의결을 거치지 아니하였다.
 (나) 소외 2는 1985. 6. 18. 원고의 기증재산 중 일부인 남양주시 (주소 4 생략) 전 9,594㎡ 외 4필지의 토지에 관하여 그 명의로 소유권이전등기를 마쳤는데, 위 각 토지는 모두 원고의 재산목록에 기재되어 있으나, 그 후 2004. 4. 19. 같은 리 (주소 4 생략) 토지에서 (주소 25 생략) 도로 126㎡, (주소 26 생략) 도로 29㎡가 분할되었는데 위 각 토지는 원고의 재산목록에서 누락되어 있다.
 (11) 대의원 총회 내부규정 개정 및 이사회 독점 등
 (가) 원고의 대의원 총회 내부규정 제2조 Ⅰ ①항은 ‘대의원 총회임원(의장 1인, 서기 1인)은 총회에서 선출하되 원고에서 20년 이상 근무 종사한 자 중에서 신앙과 인격과 통솔력 있는 자 중에 3명 이상 추천하여 선출한다. 단 초대의장은 원고의 창시자 소외 2 목사로 하되 종신직으로 한다’고 규정하고 있다.
 (나) 한편 원고 정관 제11조는 ‘임원(이사, 감사)은 이사장이 2배수 추천하여 총회에서 선출하도록’ 규정하고 있고, 제12조는 이사 임원 임기를 4년으로 하고 있으며, 대의원 총회 내부규정 제2조 Ⅱ ①항은 임원 선출에 대하여 ‘3. 16. 복음과 한민족사를 이수한 자로 한민족세계선교에 투철한 사명을 가진 자로서 10년 이상 근무한 자로 인격과 통솔력 있는 자 중에 대의원 총회 의장이 2배수 공천하여 총회 인준을 거친 자 중에서 선출하도록’ 규정하고 있다.
 (다) 원고의 현재 이사는 소외 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16으로 구성되어 있고, 이 중 소외 8, 9는 소외 2가 이사장으로 있던 학교법인 선교학원(이하 ‘선교학원’이라고만 한다)의 이사 등으로 재직했던 자이며, 소외 14, 15는 소외 2의 친인척들이고, 소외 2와 나머지 이사들은 이사장과 원고 회원의 관계로 오랫동안 함께 활동하여 왔다. 
 (12) 사업실적보고서와 자체감사보고서상 결산수치 불일치
 원고가 피고에게 제출한 2006년도 사업실적보고서상의 운영현황과 2006년도 자체감사보고서 결산수치는 다음과 같이 불일치한다.
구분통일부 보고자체 감사보고원고 주장의 차액발생사유일반재정250,495,974420,495,974◇◇대학 대여금 환급금 1억7천만 원 공제건축재정1,242,204,8042,382,204,804임대료 및 용산토지매매대금 합계 11억 4천만 원 공제세계선교28,070,19831,732,301전년 이월금 3,662,103원 공제국내선교10,981,27115,891,337전년 이월금 4,905,066원 공제북한선교11,652,88229,738,653용산토지매매잔금 18,085,771원 공제할렐루피아63,579,00063,579,000？
 (13) 원고 정관상 목적사업
 1994. 7. 5. 개정된 원고 정관 및 2003. 2. 17. 개정된 원고 정관의 목적과 사업은 별지 정관 내역 기재와 같다.
 (14) 특별검사 실시 경위·내용 등
 (가) 피고는 2007. 참가인으로부터 ‘참가인은 1984. 5. 12. 북한선교와 통일을 대비한 공익사업에 사용해 달라며 원고의 전신인 사단법인 북한선교통일훈련원에 남양주시 (주소 1 생략) 외 17필지의 토지를 기증하였는데, 원고의 현재 이사장인 소외 2는 전 이사장인 소외 4를 음모로 몰아내고 강제로 이사장직을 강탈한 후 원고의 목적사업인 평화통일을 위한 북한선교와는 전혀 무관한 부동산 거래 및 건축사업에만 몰두하고 공금을 유용하는 등 사실상 원고의 재산을 사유화하고, 원고 소유의 부동산에 폐기물을 불법 매립하는 등 공익에 현저히 반하는 행위를 하고 있다’는 취지의 진정을 받았다.
 (나) 이에 피고는 위 진정내용이 사실인지 여부를 확인하기 위해 원고에 대하여 2007. 7. 20.부터 2007. 9. 28.까지 5차례에 걸쳐 특별검사를 실시하여, 이 사건 처분사유와 같은 사실을 밝혀낸 후 2007. 10. 29. 위 사실관계를 확인하기 위해 원고에 대한 청문을 실시하였고, 이어 원고의 정상화를 위해 ‘객관적인 인선을 통한 이사장 교체, 원고의 현 이사장인 소외 2 개인 명의로 되어 있는 원고 소유의 부동산에 대한 원고 명의로의 등기 이전, 북한선교 등 목적사업 수행을 위한 계획서 제출, 불합리한 정관의 변경 등’을 주요 내용으로 하는 시정명령을 하여 만약 원고가 정당한 사유 없이 2개월 내에 시정명령을 이행하지 않을 경우 설립허가를 취소하기로 내부방침을 정하였다.
 (다) 그런데 원고는 청문 개최 전인 2007. 10. 24. 소외 2의 주도 하에 대의원총회를 개최하여 ‘원고의 주무부서를 이전하고 그것이 불가능할 경우 원고의 재산을 학교법인 한민족학원(이하 ‘한민족학원’이라 한다)에 기증한다’는 내용의 결의를 참석자 만장일치로 통과시킨 후 이 사건 처분 전인 2007. 11. 16. 남양주시 (주소 27 생략) 외 6필지 등을 비롯한 원고 소유의 부동산에 관하여 소외 2가 대표자로 있는 일산선교교회 앞으로 같은 달 12. 증여를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었고, 같은 달 20. 남양주시 (주소 1 생략) 임야 및 그 지상건물에 관하여 채권최고액 40억 원, 근저당권자 일산선교교회로 하는 근저당권을 설정해 주었다.
 (라) 이에 피고는 원고가 청문을 실시하기도 전에 이미 위와 같이 원고의 재산을 빼돌리는 등 시정명령에 응할 의사가 없다고 판단하여, 위와 같이 이 사건 처분을 하였다. 
 (15) 이 사건 처분 후의 사정 등
 (가) 이 사건 처분 후 소외 2는 2007. 12. 7. 소외 9를 통하여 문화관광부장관에게 명칭을 ‘사단법인 한민족세계선교회’로, 소재지를 ‘남양주시 (주소 28 생략)‘으로, 발기인 및 임원취임예정자를 ’소외 9, 2, 8, 10, 16, 15, 14, 12, 11‘로 하는 내용의 새로운 법인설립허가신청을 하였다. 
 (나) 이 사건 처분 당시 원고 명의로 남아 있는 부동산은 위 (주소 7 생략) 토지 및 지상건물, (주소 29, 30 생략) 토지와 광주시 (주소 31, 32 생략) 토지, 서울 중랑구 (주소 33 생략) 토지이며, 원고의 재산 중 소외 2 명의로 되어 있는 부동산은 위 (주소 4, 25, 26, 34, 35, 36, 37 생략) 토지와 논산시 연산면 (주소 19, 3, 20, 21, 22 생략) 토지이고, 일산선교교회 명의로 되어 있는 부동산은 위 (주소 38, 39, 40, 27, 41, 42, 5, 43, 44, 45, 46 생략) 및 위 (주소 45 생략) 외 1필지 지상 건물, 위 (주소 46 생략) 외 2필지 지상 건물, 고양시 일산서구 (주소 12 생략) 토지 및 지상 건물이며, 이 사건 처분 당시까지의 원고 재산과 관련된 소유권 등 권리 내역은 별지 원고 부동산 목록과 같다. 
 [인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 3, 갑 제4호증의 1 내지 5, 갑 제5호증의 1 내지 6, 갑 제6호증의 1 내지 7, 갑 제7호증의 1, 2, 3, 갑 제8, 10, 11, 12호증, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제14호증, 갑 제15호증의 1, 2, 갑 제16, 17호증, 갑 제18호증의 3, 갑 제19호증의 1, 2, 3, 갑 제20호증, 갑 제28증의 1, 2, 갑 제33호증의 1, 갑 제34호증의 1, 2, 갑 제35호증의 1, 3, 4, 갑 제40, 50, 51호증, 갑 제52호증의 1, 2, 갑 제53호증의 5, 6, 7, 갑 제55호증의 2, 갑 제57호증의 1 내지 33, 갑 제59호증의 1 내지 11, 갑 제61호증, 갑 제63, 64호증의 각 1 내지 5, 갑 제65호증의 1 내지 4, 갑 제66호증의 1 내지 5, 갑 제92, 95, 97호증, 을가 제4호증, 을가 제8호증의 1 내지 4, 을가 제9호증의 1, 2, 을가 제11호증의 1 내지 19, 을가 제12호증의 1 내지 20, 을가 제13호증의 4, 14, 을가 제14호증의 1 내지 7, 을가 제15호증의 1 내지 4, 을가 제16호증의 1, 2, 을가 제17호증의 2, 을가 제18호증의 1 내지 5, 을가 제19호증의 1, 2, 을가 제20호증의 3, 4, 9, 10, 11, 15, 을 가 제21호증, 을가 제22호증의 6 내지 9, 을가 제23호증의 1, 2, 을가 제24호증의 1, 2, 3, 을가 제25호증의 1 내지 16, 을가 제26, 27, 28, 31호증의 각 기재, 제1심 증인 소외 17, 9와 당심 증인 소외 18의 각 (일부) 증언 및 변론 전체의 취지]
 라. 판단
 (1) 원고 법인에의 적용법령 
 민법은 법인을 영리법인·비영리법인으로 나눌 뿐, 공익법인·영리법인으로 구분하고 있지는 않고 있으나, 공익법인의 설립·운영에 관한 법률(이하 ‘공익법인법’이라 한다)은 비영리법인 중 일정 사업을 목적으로 하는 법인을 특히 공익법인이라 하여 그에 관한 특별한 규정을 두고 있는바, 결국 이러한 공익법인법은 민법에 대하여 특별법의 관계에 있으므로 공익법인에 대하여는 민법에 우선하여 적용된다.
 그런데 공익법인법(2008. 3. 14. 법률 제8895호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조는 ‘이 법은 재단법인 또는 사단법인으로서 사회일반의 이익에 공여하기 위하여 학자금·장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인(이하 ‘공익법인’이라 한다)에 대하여 적용한다’고 규정하고 있고 같은 법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20674호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항은 공익법인이라 함은 다음의 각 호의 사업을 목적으로 하는 법인을 말한다고 하면서 각 호에서 ① 학자금·장학금 기타 명칭에 관계없이 학생 등의 장학을 목적으로 금전을 지급하거나 지원하는 사업(금전에 갈음한 물건·용역 또는 시설을 설치·운영 또는 제공하거나 지원하는 사업을 포함한다), ② 연구비·연구조성비·장려금 기타 명칭에 관계없이 학문·과학기술의 연구·조사·개발·보급을 목적으로 금전을 지급하거나 지원하는 사업(금전에 갈음한 물건·용역 또는 시설을 제공하는 사업을 포함한다), ③ 학문 또는 과학기술의 연구·조사·개발·보급을 목적으로 하는 사업 및 이들 사업을 지원하는 도서관·박물관·과학관 기타 이와 유사한 시설을 설치·운영하는 사업, ④ 불행·재해 기타 사정으로 자활할 수 없는 자를 돕기 위한 모든 자선사업, ⑤ 제1호 내지 제4호에 해당하는 사업의 유공자에 대한 시상을 행하는 사업을 들고 있다.
 살피건대 원고는 위 시행령 조항에 정한 사업, 즉, 장학사업, 연구지원사업, 학문 또는 과학기술의 연구 등 사업, 도서관 등 유사시설 설치·운영사업, 자선사업 등을 목적으로 하고 있지 아니하여 공익법인법에 정한 공익법인이라 볼 수 없고, 단지 민법에 정한 비영리법인이라고 할 것이므로 그 설립허가 및 취소에 관하여 공익법인법이 아닌 민법의 규정이 적용된다.
 (2) 법인의 설립허가취소사유
민법 제38조는 ‘비영리법인이 목적 이외의 사업을 하거나 설립허가의 조건에 위반하거나 기타 공익을 해하는 행위를 한 때에는 주무관청은 그 허가를 취소할 수 있다’고 규정하여 그 설립허가취소사유를 정하여 두고 있는바, 민법 제38조에서 말하는 비영리법인이 ‘목적이외의 사업을 한 때’라 함은 목적사업을 수행하는 데 있어 직접 또는 간접으로 필요하지 아니한 사업을 한 때를 말한다고 봄이 상당하고(대법원 2005. 5. 27. 선고 2005다480 판결), ‘공익을 해하는 행위를 한 때’라 함은 법인의 기관이 그 직무의 집행으로서 공익을 침해하는 사업·행위를 하거나 그 사원총회가 그러한 결의를 한 경우를 의미한다(대법원 1982. 10. 26. 선고 81누363 판결 참조).
 (3) 원고의 정관상의 목적
 2007. 1. 22. 개정되기 전의 원고 정관에 의하면, 원고는 ‘온 세계에 흩어진 한민족을 하나로 뭉쳐 민족의 숙원인 자주적 평화통일을 이루며 나아가서 전 세계 인류평화와 복지증진에 기여하기 위하여 철저한 성경적인 애국관과 민족애를 고취시키며 교육시키고 선교하는 데 그 목적이 있다’고 규정하고 있고, 2007. 1. 22. 개정된 현행 원고 정관에 의하면, ‘온 세계에 흩어진 한민족을 하나로 뭉쳐 민족의 숙원인 자주적 평화통일을 이루며 북한선교를 마무리하는 동시에 나아가서 전 세계인류 평화와 복지증진에 한민족이 기여해야 할 부분을 사명감당하기 위하여 철저한 성경적인 애국관과 민족애와 인류애를 고취시키며 교육시키고 선교하는 데 그 목적이 있다‘고 규정하고 있다. 결국 원고의 목적 사업은 한민족의 단결, 평화통일, 북한선교 등을 달성하기 위한 교육 및 선교 사업이라고 봄이 상당하므로 원고의 직접적이고 종국적인 사업목적은 재외동포 간 교류, 남북통일, 북한선교라 할 것이고, 이를 달성하기 위한 수단으로 교육·선교 사업을 예정하고 있는 것이다.
 (4) 판단
 (가) 처분사유의 존재 여부
 아래에서 살펴보는 바와 같이, 이 사건 처분사유 중 산업폐기물 불법 매립과 관련된 처분사유는 인정되지 않으나, 나머지 처분사유는 모두 인정된다{위 1. 나.의 이 사건 처분사유 중 (3)항의 사유들은 피고가 이를 법인설립허가 취소사유인 목적 이외의 사업수행이나 공익을 해하는 행위에 포함시키지 않고 있으나, 그 처분사유인 사실관계가 모두 인정되고, 그 처분사유는 결국 민법상 법인설립허가 취소사유인 기타 공익을 해하는 행위에 포함된다고 할 것이다}.
 인정되는 처분사유들에 비추어 볼 때, 원고는 실질적으로 정관상의 목적 이외의 사업을 수행하였을 뿐만 아니라, 나아가 공익을 해하는 행위를 하였다고 봄이 상당하다. 
 ① 일산선교교회에 대한 자금지원과 관련하여, 2001. 5. 20. 당시에는 정관상의 목적인 북한선교를 위하여 부대사업으로 교육기관만을 설립할 수 있음에도 소외 2는 자신이 담임목사로 있는 일산선교교회가 토지를 매입하는 데에 원고가 기증받은 재산으로 23억 원에 이르는 대부분의 자금을 지원하여 원고 재산을 임의로 자신의 선교행위에 사용하였을 뿐만 아니라, 그 자금 집행을 정당화하기 위하여 곧바로 정관변경을 통하여 원고의 부대사업으로 선교교회 설립을 추가한 것은 이와 같은 원고 재산의 사유화를 정당화하려는 의도에서 비롯되었다고 판단된다.
 ② 성로원에 대한 증여 및 자금지원과 관련하여, 비록 위 증여 및 자금지원이 참가인과 사이의 이 사건 반환약정에 따른 것이기는 하나, 적법한 대의원 총회의 의결도 거치지 않고 임의로 기증받은 재산을 담보로 제공하여 그 대출금으로 자금 집행을 한 것은 원고 재산의 정당한 처분·집행이라 할 수 없다. 
 ③ 차용금 대물변제와 관련하여, 원고는 법인의 직원 급여 등에 사용할 목적으로 차용한 5,000만 원 중 3,000만 원을 갚지 못하여 위 토지로써 남은 채무 중 2,000만원의 지급에 갈음하여 대물변제한 것이라고 주장하나, 비영리법인인 원고가 직원 급여 등이 필요하다고 해서 이사장 친구의 자녀들로부터 차용금을 빌렸다는 것 자체가 수긍하기 어렵고, 원고가 보유하고 있는 기본 및 보통재산의 규모에 비추어 불과 3,000만 원을 갚지 못하여 원고의 재산을 이사장 친구의 자녀들에게 대물변제 한다는 것도 납득하기 어렵다. 뿐만 아니라 차용금을 갚아야 할 상황이었다면 위 토지를 담보로 제공하여 대출을 받아 차용금을 갚을 수도 있는 것이고, 근저당권 등도 설정되어 있지 아니한 토지를 공시지가에도 미치지 못한 가격으로 서둘러 대물변제하면서도 잔존 채무액 중 2,000만 원을 초과하는 나머지 금액에 대하여는 왜 변제하지 않고 남겨두었는지에 관하여도 의문이 든다. 이는 원고 재산의 부당한 처분으로 밖에 볼 수 없고, 이러한 이유로 이 부분 고소사건에 관하여 공소제기 결정이 내려진 것으로 판단된다. 
 ④ ◇◇대학교 설립부지 매입과 관련하여, ◇◇대학교의 전신인 한민족학원이 설립될 당시에는 원고의 정관에 위 한민족학원이 그 부대사업을 위한 부속기관의 하나로 규정되어 있지 않았고, 한민족학원의 설립 후 정관 변경을 통하여 그 부속기관의 하나로 되었을 뿐만 아니라, 정관상으로 성경과 한민족사를 바탕으로 국가와 온 인류의 번영을 위한 인재 양성을 목적으로 하고 있고, 개설된 학과도 신학부, 사회복지학과, 경찰행정학과, 스포츠경영학과, 한민족학부, 음악학과로 당초 참가인의 재산 기증의 목적인 북한선교와 직접적인 관계가 있다고 보기 어려우므로, 원고가 위 학교 부지를 매입한 것은 법인의 설립 목적과 무관한 법인의 재산 증식 행위에 불과하고, 더욱이 그 부지 등의 대부분을 한민족학원이 아닌 소외 2 명의로 취득하였다는 것은 소외 2가 원고 부속기관의 재산마저 사유화한 것으로 볼 수밖에 없다(원고는 피고가 위 정관변경을 허가하였으므로 위 자금지원과 학원 설립 등에 어떠한 하자가 있다고 할 수 없다고 주장하나, 위 정관변경에 대하여 허가권자의 허가가 있었다고 하더라도 그러한 허가가 원고의 행위를 종국적으로 정당화시켜주는 것은 아니다. 위 ①의 경우에도 마찬가지이다.).
 ⑤ 원고의 사업실적과 관련하여, 원고는 원고의 구체적 활동내역으로 별지 연도별 사업현황을 제시하고 있으나, 매년 피고에게 제출하여야 할 사업계획, 예산서 및 사업실적을 제출하지 않았고, 제1심에서 채택된 갑 제6호증의 1 내지 7(사업결산 및 사업계획 보고서)는 원고가 이 사건이 문제된 후 비로소 제출한 것으로 활동내역에 관한 간략한 기재만 되어 있을 뿐, 실제로 그러한 사업을 수행하였음을 인정할 자료는 전혀 없다. 그리고 원고는 북한선교사업의 실적에 관한 증거로 갑 제4, 5, 57, 62 내지 67호증을 들고 있으나, 이는 소외 4 목사가 주도한 북한선교원 당시의 활동내용일 뿐이고, 또한 2000년부터 2005년도에는 사업계획은 있으나 그 내용을 확인할 수 있는 결산보고서가 없으며, 원고가 2000년부터 2003년까지 수행하였다고 주장하는 사업들은 대부분 정기적으로 반복되는 일반적인 종교활동 및 교육활동(매일 예배 및 기도모임, 송구영신 축복성회, 3·1절 구국성회, 8·15 구국성회, 일천번제 기도, 신앙훈련, 청소년 훈련, ◇◇대학교 강좌, 세계사이버대학 강좌 등)에 불과하고, 원고의 주된 설립 목적인 북한선교와 관련된 사업 실적은 거의 없는 형편이다. 뿐만 아니라 원고는 그나마 탈북자 자녀들을 위한 대안학교인 한꿈학교에 대한 지원마저 중단한 상태에 있으므로 북한선교 및 통일에 기여하는 사업실적이 미흡하다고 할 수밖에 없다. 
 ⑥ 산업폐기물 불법 매립과 관련하여, 확정된 관련 민사판결과 달리 원고가 산업폐기물을 불법 매립하였다고 볼 자료가 없는 이상, 원고가 산업폐기물을 불법 매립하였다고 보기 어려우므로 이 부분 처분 사유는 존재하지 않는다.
 ⑦ 무단 증축 및 무단 형질변경과 관련하여, 비록 원고의 이사장 소외 2 개인에 대하여 벌금형이 선고되어 확정되었지만, 위 범죄의 대상이 된 토지 및 건축물이 모두 원고의 재산일 뿐만 아니라, 소외 2는 원고의 이사장으로서 그 직무 집행의 일환으로서 위와 같은 범죄를 저질렀다고 보이므로, 원고와 무관한 범죄라 보기 어렵고, 위 범죄로 인하여 침해되는 공익이 가볍다고 할 수도 없다.
 ⑧ 소외 2의 교비 횡령과 관련하여, 비록 소외 2가 위 비위와 관련하여 원고를 지원하기 위하여 사용하였다는 이유로 기소유예처분을 받았지만 그 혐의가 부정된 것이 아닐 뿐만 아니라, 소외 2가 유용한 교비의 액수가 1억 5,000만 원에 이르고, 소외 2가 원고 정관상 부속 교육기관의 하나인 세계사이버대학의 교비를 무단으로 전용하고, 원고가 그 자금을 지원받았다는 것은 소외 2 개인의 비위에 그치는 것이 아니라 원고의 탈법적인 자금집행으로써 공익에 해가 되는 행위라고 판단된다.
 ⑨ 원고의 위법한 재산처분과 관련하여, 원고가 이사회 결의를 거치지 않고 원고 재산인 남양주시 (주소 4 생략) 외 5필지를 금융기관에 담보로 제공하여 원고 산하 기관의 공사비 등에 충당한 것은 정당한 재산 집행이라 할 수 없고, 소외 2가 위 덕송리 (주소 4 생략) 외 5필지가 원고 재산임에도 불구하고 그 명의로 소유권이전등기를 경료함으로써 재산을 사유화하였다고 할 것이다.
 ⑩ 대의원 총회 내부규정과 관련하여, 원고가 위 내부규정상 소외 2를 대의원 의장으로 하면서 종신직으로 하며 소외 2에게 2배수의 이사 공천권을 부여한 결과 지속적으로 소외 2와 우호적인 인사로 이사회를 구성하여 운영하여 온 상황이므로 결과적으로 원고는 이러한 이사회 구성을 통하여 소외 2와 그 우호세력에 의하여 독단적으로 운영되어 왔다 할 것이고 원고의 사업활동이 공정하고 투명하게 이루어지기를 기대하기는 거의 불가능하다고 보인다(소외 2는 이러한 권한에 터 잡아 자신의 운영방식에 협조적인 이사들로만 구성된 이사회를 통하여 영구적으로 원고의 경영과 사업에 있어서 전권을 행사할 수 있는 지위에 있다).
 ⑪ 2006년도 사업실적보고서와 관련하여, 원고가 제외하여 발생한 금액만도 약 13억 원에 이르고, 반면 원고가 피고에게 보고한 2006년도 결산 수치는 약 16억 원에 이르므로, 실제 2006년 결산수치(약 29억 원)의 거의 절반에 가까운 특별수입(약 13억 원)을 제외하여 한 결산보고를 정상적인 결산보고라 할 수 없고, 원고가 2006년도 이전의 것은 보고하지 않아 어떻게 결산이 이루어졌는지 확인할 방법이 없으므로, 원고의 회계처리에 대한 의혹과 불신이 생길 수밖에 없다.
 ⑫ 청문절차 진행 중 재산처분과 관련하여, 앞서 본 바와 같이 이사장 소외 2의 주도 하에 원고의 대의원 총회가 급기야 특별검사 결과 개최될 예정인 청문절차 개최 전에 만장일치로 원고의 재산을 한민족학원에 기증한다는 결의를 한 후 이 사건 처분 전에 원고 소유의 여러 부동산을 소외 2가 대표자로 있는 일산선교교회 앞으로 증여에 기한 소유권이전등기를 경료하고, 일산선교교회에게 그 일부 부동산에 관하여 채권최고액 40억 원의 근저당권을 설정하여 준 것은 원고의 재산을 이 사건 처분에 앞서 미리 빼돌리기 위한 것이라고 여겨지는데, 이러한 상황에서 원고가 피고의 시정명령에 순순히 응한다고 기대하기는 어려우므로, 피고가 청문절차를 거치지 않고 이 사건 처분을 한 것은 합리적인 이유가 있는 것으로 충분히 수긍할 만한 조치였다고 판단된다(위에서 살펴 본 바와 같이 원고에게 기증된 재산의 대부분이 소외 2와 그가 주도하는 일산선교교회 등의 소유로 이전되어 결국 원고는 실질적으로 그 목적사업을 위하여 반드시 필요한 재산의 대부분을 상실한 상태에 있게 되었다).
 ⑬ 그 밖에 소외 2는 법인 운영과정에서 참가인을 비롯한 여러 사람들로부터 고소되는 등 원고의 감독청인 피고에 대한 국민들의 신뢰를 심하게 훼손시켰고, 이 사건 처분 후에도 소외 9를 내세워 명칭뿐만 아니라 그 임원도 원고와 거의 동일한 단체에 속한다고 할 수 있는 사단법인 한민족세계선교회를 설립하려고 함으로써 원고 재산을 다시 제3의 단체로 분산시키거나 은닉하려는 의도를 드러내었으며, 현재 원고 재산의 상당 부분이 소외 2 개인 또는 일산선교교회 소유로 되어 있다.
 (나) 재량권의 일탈·남용 여부
 다음과 같은 사정 즉, ① 피고가 이 사건 처분의 주된 근거로 삼은 목적 이외의 사업 수행이나 공익을 해하는 행위에 포함되는 처분사유가 대부분 인정되는 점, ② 소외 2에게 문제되는 원고 재산의 유용 또는 횡령 등의 행위는 소외 2 개인의 비리에 그치는 것이 아니라, 소외 2에 우호적인 원고의 이사진들을 중심으로 이루어진 원고 법인 자체의 문제로 보아야 하는 점, ③ 참가인이 기증한 재산으로 이루어진 원고의 재산 중 많은 부분이 소외 2 또는 일산선교교회 명의로 되어 있고, 다른 부속기관인 한민족학원 역시 소외 2의 사실상 재산증식의 도구로 사용된 것으로 보이며, 원고의 정관상 목적은 대외적인 활동의 명분으로만 사용된 것으로 보이는 점, ④ 특히 소외 2가 이 사건 처분에 앞서 원고 재산 중 상당 부분을 자신이 지도하는 일산선교교회로 증여하는 등 원고 재산의 도피를 노골적으로 행한 점 등에 비추어 볼 때, 더 이상 이사진의 교체, 과태료 부과 등을 통한 간접적이고 소극적인 감독권 행사와 시정방법으로는 원고가 당초 설립목적인 북한선교, 한민족의 단결, 평화통일에 부합하는 활동을 할 수 있으리라 기대하기 어려울 뿐만 아니라, 앞으로 정상적인 법인 활동을 계속할 수 있다고 보이지 않는 점 등을 종합하면, 법인설립허가가 취소됨으로써 원고가 입게 되는 불이익보다 그 취소를 통하여 달성하게 되는 공익이 훨씬 크다고 할 것이므로 이 사건 처분이 재량권을 일탈하거나 남용하였다고 보기도 어렵다.
4. 결론
 그렇다면 피고보조참가인의 참가신청은 부적법하므로 각하하고, 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결 중 피고에 대한 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 기각하며, 피고보조참가인의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김창석(재판장) 이종림 김정곤