원천징수법인세환급거부처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2012.02.09 / 시행일:

【원 고】 세미컨닥터 컴퍼넌츠 인더스트리즈 엘엘씨 (소송대리인 변호사 정병문 외 1인)
【피 고】 동수원세무서장
【변론종결】2011. 11. 10.
【주 문】
1. 피고가 2010. 1. 28. 원고에게 한 2009년 3월 귀속 원천징수법인세액 3,245,130,000원에 관한 경정청구 거부처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지】주문과 같다.
【이 유】1. 기초사실
 가. 특허침해소송의 제기
 1) 삼성전자 주식회사(이하 ‘삼성전자’라 한다) 및 그가 미국 내에 두고 있는 4개의 현지법인(이하 삼성전자와 위 현지법인들을 묶어 ‘삼성전자 등’이라 한다)은 2006. 11. 30. 미국의 델라웨어 연방지방법원에 미국법인인 원고 및 그의 미국 내 모회사인 온 세미컨닥터 코퍼레이션(ON Semiconductor Co., 이하 원고와 함께 ‘원고 등’이라 한다)을 상대로 ‘삼성전자 등은 원고 등이 미국에서 등록한 (등록번호 1 생략), (등록번호 2 생략), (등록번호 3 생략) 특허를 침해하지 않았음을 확인하고, 원고 등은 삼성전자 등이 미국에 등록한 (등록번호 4 생략) 특허를 침해함으로써 삼성전자 등이 입은 모든 손해를 배상하라’는 취지의 특허침해소송을 제기하였다.
 2) 이에 대하여 원고 등은 2006. 12. 4. 미국 텍사스 연방지방법원에 삼성전자 등을 상대로 ‘삼성전자 등은 원고 등이 미국에서 등록한 위 특허들을 침해함으로써 원고 등이 입은 모든 손해를 배상하라’는 취지의 특허침해소송을 제기하였으며, 이 사건은 델라웨어 연방지방법원에 제기된 위 사건에 병합되었다(이하 병합된 위 두 사건을 ‘이 사건 특허침해소송’이라 한다). 
 나. 화해계약의 체결 
 1) 원고 등과 삼성전자 등은 2009. 2. 5. 이 사건 특허침해소송의 종료 및 서로에 대한 특허실시권의 허여를 주된 내용으로 하는 화해계약(이하 ‘이 사건 화해계약’이라 한다)을 체결하였고, 이에 따라 이 사건 특허침해소송은 종결되었다. 
 2) 이 사건 화해계약의 주요 내용은 다음과 같다.
2. 소송종료2.2 쌍방 당사자는 제4.1항 기재 지급금의 수령 후 5일 이내에 이 사건 특허침해소송의 확정적 종료에 관한 합의의 승인을 법원에 신청하고, 그 합의의 효력 발생을 위하여 상호 협력한다. 3. 실시권3.1 원고 등은 삼성전자 등에게 원고 등의 특허권에 관하여 제품을 제조, 사용, 판매, 제공, 수입할 수 있고 그 특허권의 방법을 실행할 수 있는 실시권을 전세계적이고 비독점적이며 영구적이고 취소불가능하며 대가가 완납된 실시권으로서 허여한다. 3.2 삼성전자 등은 원고 등에게 삼성전자 등의 특허권에 관하여 제품을 제조, 사용, 판매, 제공, 수입할 수 있고 그 특허권의 방법을 실행할 수 있는 실시권을 전세계적이고 비독점적이며 영구적이고 취소불가능하며 대가가 완납된 실시권으로서 허여한다.4. 지급금4.1 제3항의 특허실시권 교환을 포함한 본 계약의 대가로서, 삼성전자 등은 제4.2항을 전제로 원고 등에게 본 계약의 효력 발생일로부터 30일 내에 미화 1,400만 달러를 지급한다.4.2 삼성전자 등은 제4.1항의 금액에 대하여 대한민국의 과세당국이 요청하는 원천징수세액을 공제하여 적시에 납부한다. 삼성전자 등은 납세증명이나 영수증을 수령하는 즉시 이를 원고 등에게 송부한다. 원고 등이 본 항에 따라 원천징수된 금액에 대하여 조정이나 환급을 신청하는 경우, 삼성전자 등은 원고 등에게 그 절차에 관하여 협조한다.4.3 제4.1항의 현금지급은 원고 등이 특허권을 등록한 개개 국가에서의 제품 제조와 판매에 대하여 비율적으로 배분된다. 그 개개 국가에 대한 비율은 위 현금지급 당시 해당 국가에서 원고 등이 보유하는 특허권의 개수를 전 세계적으로 원고 등이 보유하는 특허권의 총 개수로 나누어 산정한다. 
 다. 화해대가의 지급과 이 사건 처분의 경위 
 1) 삼성전자는 이 사건 화해계약에 기하여 2009. 3. 6. 원고에게 그 약정 대가인 미화 1,400만 달러(21,643,200,000원, 이하 ‘이 사건 화해대가’라 한다)를 지급하면서, 그 중 15%인 210만 달러(3,245,130,000원)를 원고의 법인세로, 그 법인세의 10%인 21만 달러(324,513,000원)를 주민세로 원천징수한 후 2009. 4. 10. 그 원천징수한 세금을 피고에게 신고·납부하였다.
 2) 한편 위와 같은 이 사건 화해대가의 지급 당시 원고는 전세계적으로 총 894개의 등록 특허권을 가지고 있었는데, 그 등록 국가별 특허권의 개수와 이 사건 화해계약 제4.3항에 따른 이 사건 화해대가의 국가별 배분액은 아래 표와 같다.
등록 국가등록 개수등록 비율배분액미국710개79.4%17,177,554,800원프랑스 19개 2.1%432,684,000원영국 11개 1.2%259,610,400원대한민국 11개 1.2%259,610,400원타이완, 일본, 독일, 중국 등143개16.1%3,504,740,400원합계894개？21,634,200,000원
 3) 원고는 2009. 11. 16. 피고에게 이 사건 화해대가 21,643,200,000원 중 국내에 등록된 특허권의 사용대가인 259,610,400원만이 국내원천소득이고 그 나머지 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가에 해당하는 21,374,589,600원(= 21,643,200,000원 - 259,610,400원, 이하 ‘이 사건 소득’이라 한다)은 국외원천소득이므로 그 국외원천소득에 대한 원천징수법인세 3,206,188,440원(= 21,374,589,600원 × 15%)을 국세기본법 제45조의2 제3항에 따라 경정·환급하여 줄 것을 청구하였다.
 4) 이에 대하여 피고는 2010. 1. 28. 원고에게 ‘삼성전자가 원고에게 지급한 미화 1,400만 달러는 국내원천소득으로서 원천징수대상에 해당하므로 환급할 수 없다’고 통지함으로써 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 라. 전심절차의 이행
 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 2. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 그 청구는 2010. 12. 28. 기각되었다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 1) ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세와 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한미조세협약’이라 한다) 제6조 제3항 및 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제93조 제9호의 규정에 의하면, 미국법인의 특허권 사용료 소득에 대한 법인세는 이른바 사용지주의에 따라 국내원천소득에 대하여만 과세되는데, 사용지주의에 따른 특허권 사용료 소득의 원천은 해당 특허권이 등록된 국가에 있다.
 2) 따라서 국내에 등록되지 않는 특허권의 사용대가인 이 사건 소득은 국내원천소득에 해당하지 않으므로, 이를 미국법인인 원고에 대한 법인세 과세표준으로 삼은 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판 단
 1) 이 사건의 쟁점은 미국법인인 원고가 국내에 등록하지 않은 특허권의 사용료로 받은 이 사건 소득이 원고에 대한 법인세 과세대상이 되는 국내원천소득에 해당하는가 하는 것인데, 우선 그 적용법령에 관하여 본다.
 대한민국의 법인세를 그 적용대상에 포함하는 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항에 의하면, 특허의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 지급되는 사용료는 어느 체약국 내의 특허의 사용 또는 사용권에 대하여 지급되는 경우에만 그 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다고 규정되어 있는바, 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산·사용·양도·대여·수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치는 것이므로, 위 규정에 따라 미국법인의 특허권 사용료 소득을 대한민국 내에 원천을 둔 소득으로 취급하기 위하여는 미국법인이 대한민국에 특허권을 등록하여 대한민국 내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득이어야 한다(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조).
 한편 외국법인의 국내원천소득을 열거하고 있는 법인세법 제93조는 제9호 가목에서 ‘특허권을 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가’를 그 국내원천소득의 하나로 정하면서 ‘이 경우 해당 특허권이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다’고 규정하고 있는바, 그 문언과 입법취지 등을 종합해 볼 때, 위 규정에 따른 외국법인의 국내원천소득이란 외국법인이 대한민국에 특허권을 등록하여 대한민국 내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득은 물론이고 외국법인이 대한민국 외에서 등록한 특허권이 대한민국 내에서 사실상 사용된 경우에 그 사용의 대가로 지급받는 소득도 포함하는 것으로 해석된다.
 이와 같이 미국법인의 특허권 사용료 소득을 국내원천소득으로 보는 범위에 관하여 한미조세협약 제6조와 법인세법 제93조는 그 규정의 내용과 해석을 달리하고 있는바, 국제조세조정에 관한 법률 제28조에 의하면, 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약을 우선하여 적용하도록 되어 있으므로, 이 사건 소득의 원천에 관하여도 한미조세협약이 법인세법에 우선하여 적용되어야 한다.
 2) 그런데 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항에 의하면, 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만이 미국법인의 국내원천소득으로 취급되고, 미국법인이 국내에 등록하지 않은 특허권의 사용대가로 지급받는 소득은 국내원천소득이라고 볼 수 없으므로, 후자에 해당하는 이 사건 소득은 법인세법 제93조의 규정에도 불구하고 결국 국내원천소득이 아닌 것으로 취급되고, 따라서 이를 원고에 대한 법인세 과세대상으로 삼을 수 없다.
 3) 한편으로 앞서 인정한 이 사건 화해계약의 체결 경위와 그 내용 및 이행 경과에 비추어 보면, 이 사건 화해대가의 실질은 원고가 보유한 특허권의 사용료로서 그 특허실시권의 허여에 대한 대가라 할 것인데, 여기에 ① 특허권의 속지주의 원칙상 특허실시권은 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치는 점, ② 이 사건 화해계약 제4.3항은 위와 같은 특허실시권 허여에 대한 대가인 이 사건 화해대가를 ‘특허권이 등록된 개개 국가에서의 제품의 제조 및 판매’에 대하여 국가별로 등록된 특허권의 개수 비율에 따라 배분한다고 정함으로써 특허의 실시에 따른 제품의 제조 및 판매의 영역적 범위를 특허권이 등록된 개개 국가로 한정하고 있는 점, ③ 사인 간에 체결되는 특허권 사용에 관한 계약에 대하여는 계약자유의 원칙이 적용되어야 하므로, 그 사용료 지급의 대상이 되는 특허권 사용의 범위(예를 들어 사용료 지급의 대상을 특허권이 등록된 국가에서의 사용으로 한정할 것인가 아니면 특허권이 등록되지 아니한 국가에서의 사용도 그 대상에 포함시킬 것인가 등의 문제)나 사용료 책정의 기준도 계약의 당사자가 자유로이 합의할 수 있고 그러한 합의는 그 내용이 사회질서에 반한다는 등의 특별한 사정이 없는 한 유효하게 취급되어야 하는 점 등을 모아보면, 이 사건 화해계약의 당사자는 이 사건 화해대가를 원고 등의 특허권이 등록된 개개 국가에서 그 등록 특허권에 기한 특허실시권을 허여함에 따른 당해 국가 내에서의 제품의 제조·판매 등 사용에 대한 대가로서 이 사건 화해대가를 정한 것이라고 그 의사를 해석함이 상당하고, 그러한 합의는 특별한 사정이 없는 한 유효한 것이므로, 이 사건 화해대가에는 특허권이 등록되지 않은 국가에서 그 특허권이 사용되는 데 대한 대가는 포함되지 않았다고 보아야 하며, 이는 이 사건 화해대가의 일부인 이 사건 소득에 대하여도 마찬가지이다.
 따라서 국외 등록 특허권의 사용대가인 이 사건 소득은 그 사용의 영역적 범위가 해당 특허권의 등록 국가로 한정되므로, 그 국내 사용에 대한 대가는 이 사건 소득에 포함될 여지가 없다. 
 이러한 관점에서 보면, 설령 이 사건 소득의 원천을 구분하는 데 있어 법인세법 제93조가 한미조세협약에 우선하여 적용된다거나 한미조세협약 제6조 제3항이 법인세법 제93조의 규정 내용과 같이 해석된다고 가정하더라도, 이 사건 소득에 국외 등록 특허권의 국내 사용에 대한 대가가 포함되지 않은 이상 이 사건 소득을 미국법인의 국내원천소득이라고 볼 수는 없어, 이를 원고에 대한 법인세 과세대상으로 삼을 수 없는 데에는 변함이 없다. 
 이에 대하여 피고는, 삼성전자가 이 사건 화해대가를 전부 부담하고 이를 삼성전자의 손금으로 세무처리하였으며 이 사건 화해계약의 당사자인 삼성전자가 이 사건 화해대가를 특허권의 국내 등록 여부와 관계없이 그 국내에서의 사용에 대한 대가라고 밝히고 있는 점에 비추어 이 사건 소득도 국내원천소득이라고 주장하나, 위 주장의 사정만로 앞서와 달리 판단하기는 어렵다. 
 4) 이상에서 본 바와 같이 이 사건 소득은 어느 모로 보나 미국법인의 국내원천소득에 해당하지 아니하므로, 그에 관하여 삼성전자가 신고·납부한 원천징수법인세는 원고에게 환급되어야 한다. 그런데도 피고는 이 사건 소득을 국내원천소득으로 보아 그에 관한 원고의 경정청구를 거부한 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다. 
3. 결 론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계법령 생략]

판사 장준현(재판장) 이영남 위지현