부가가치세부과처분취소청구 (일반행정, 대법원)
공포일: 2025.04.03 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 ○○○ (소송대리인 변호사 김용덕 외 5인)
【피고, 피상고인】 연수세무서장 (소송대리인 법무법인 위즈 담당변호사 서정호 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2023. 9. 1. 선고 2022누69249 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 각 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 가. 원고는 2001. 4.경 독일 제약회사 △△△ GmbH ＆ Co(변경 후 상호: □□□ GmbH) 및 이탈리아 제약회사 ◇◇◇ S.p.A.(변경 후 상호: □□□ S.r.l., 이하 위 두 회사를 통틀어 ‘소외 회사들’이라 한다)와 5대 소아질병에 대한 액상 형태의 백신인 (제품명 생략) 공동 개발·제조를 위한 협력계약(Collaboration Agreement, 이하 ‘이 사건 협력계약’이라 한다)을 체결하였다.
 나. 원고는 이 사건 협력계약에 따라 소외 회사들로부터 (제품명 생략) 원재료인 4가 백신물질(디프테리아, 파상풍, 백일해, B형 헤모필루스 인플루엔자 관련 백신물질)을 수입하고 여기에 원고가 생산한 1가 백신물질(B형 간염 관련 백신물질)을 혼합하여 5가 백신인 (제품명 생략)을 제조·판매하였다.
 다. 중부지방국세청장은 2015~2017년경 원고에 대한 세무조사, 국세청 종합감사 등을 거친 다음, ‘원고가 소외 회사들과 (제품명 생략)을 공동개발하여 판매하는 사업[이하 ‘(제품명 생략) 공동사업’이라 한다]을 영위하였으므로, 원고와 소외 회사들 중 1인을 대표자로 한 공동사업자를 직권등록하고, (제품명 생략) 공동사업자를 거래당사자로 보아 부가가치세를 부과하여야 한다.’는 전제에서, ① 원고의 2013년 제1기부터 2015년 제2기까지 각 매입세액 중 4가 백신물질 수입과 관련한 매입세액을 불공제하고, ② 같은 기간에 원고가 1가 백신물질을 (제품명 생략) 공동사업자에게 공급한 것으로 보아 그 거래금액을 공급가액에 산입하며, ③ 2012년 제1기부터 2015년 제2기까지 (제품명 생략) 공동사업자의 영세율과세표준 무신고 및 공동사업자 미등록에 대한 각 가산세를 부과할 것을 피고에게 통보하였다.
 라. 그에 따라 피고는 원고에게, 2013년 제1기~2015년 제2기 각 부가가치세(가산세 포함)를 경정·고지하고, 2012년 제1기~2015년 제2기 영세율과세표준 신고불성실가산세 및 사업자미등록가산세를 결정·고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
 2. 원심의 판단
 원심은 판시와 같은 이유로, 원고와 소외 회사들의 (제품명 생략) 공동사업자가 (제품명 생략)을 제조·판매하고 소외 회사들로부터 4가 백신물질을 수입한 것이므로, 이 사건 협력계약에 따른 원고와 소외 회사들의 (제품명 생략) 공동사업자가 구 부가가치세법(2015. 12. 15. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 납세의무자에 해당한다고 보아 이 사건 각 처분이 적법하다고 판단하였다. 
 3. 대법원의 판단
 가. 부가가치세는 재화나 용역이 생산·제공되거나 유통되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하고 소비행위에 담세력을 인정하여 과세하는 소비세로서의 성격을 가지고 있지만, 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다. 그리고 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서 인도 또는 양도는 재화를 사용·소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, ‘재화를 공급하는 자’는 위탁매매나 대리와 같이 부가가치세법에서 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 등 참조). 그리고 부가가치세법상 ‘재화를 공급받는 자’는 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도·양도받는 자를 의미하므로, 계약상 원인에 의하여 ‘재화를 공급받는 자’가 누구인가를 결정할 때에는 재화공급의 원인이 되는 계약의 당사자 및 내용, 재화의 공급은 누구를 위하여 이루어지는 것이며 대가의 지급관계는 어떠한지 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여야 한다(대법원 2016. 5. 12. 선고 2016두30187 판결 등 참조). 한편 구 부가가치세법 제35조 제1항에 따라 수입되는 재화에 대하여 세금계산서를 발급받아야 할 ‘수입하는 자’는 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자를 의미한다(대법원 2013. 11. 14. 선고 2013두11796 판결 등 참조).
 나. 원심판결 이유와 기록에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 4가 백신물질 수입거래, (제품명 생략) 완제품 수출거래 등 이 사건 각 처분의 과세대상 거래행위에 대한 구 부가가치세법상 납세의무자는 원고로 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 각 처분이 적법하다고 본 원심판단은 그대로 수긍하기 어렵다.
 1) 이 사건 각 처분은 원고와 소외 회사들의 (제품명 생략) 공동사업자가 실질적 거래주체로서 구 부가가치세법상 납세의무자에 해당함을 전제로 하나, 원고와 소외 회사들이 공동의 목적 달성을 위하여 상호 협력한 정도를 넘어 공동사업관계를 형성하고 그러한 공동사업자에게 이 사건 각 처분의 과세대상 거래행위에 따른 권리의무와 그 법률효과가 종국적으로 귀속된다고 보기 어렵다.
 2) 원고는 소외 회사들과 사이에 4가 백신물질 수입을 위한 대량공급계약을 체결하고 자신의 계산과 책임 아래 소외 회사들에 대금을 지급하여 이를 수입하였으므로, 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자에 해당한다. 이처럼 원고는 계약상 원인에 의하여 소외 회사들로부터 4가 백신물질을 공급받는 자로서 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받아야 할 ‘재화를 수입하는 자’에 해당하므로, 수입세금계산서의 필요적 기재사항 중 하나인 ‘수입자의 등록번호’가 사실과 다르게 적힌 경우라고 볼 수 없다. 이와 달리 원고와 소외 회사들이 4가 백신물질의 공급가액을 책정하면서 예상 총마진에 대한 (제품명 생략) 연구개발비용 분담비율을 고려한 이익분할방법을 활용하였음을 들어 4가 백신물질의 수입자를 (제품명 생략) 공동사업자로 보게 되면, 거래행위가 아니라 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속을 기준으로 부가가치세 납세의무자를 판단하는 결과가 되어 부가가치세의 거래세로서의 성격에 반한다. 
 3) 원고는 단독으로 세계보건기구(WHO), 유엔아동기금(UNICEF) 등 해외 국제기구와 사이에 (제품명 생략) 공급계약을 체결하고 (제품명 생략)을 수출하였으며 수출대금도 직접 지급받았다. 그에 따른 권리의무와 그 법률효과가 종국적으로 귀속된 거래주체로서 계약상 원인에 의하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 구 부가가치세법상 납세의무자인 사업자는 원고이므로, 원고 명의의 영세율과세표준 신고는 적법하다. 
 4) 원고는 자신의 사업장에서 생산한 1가 백신물질을 자신의 (제품명 생략) 제조에 직접 사용·소비한 것이고, 이는 부가가치세 과세대상에서 제외되는 재화의 자가공급에 해당할 뿐이며, 이를 두고 1가 백신물질에 관하여 (제품명 생략) 공동사업자를 ‘공급받는 자’로 하는 부가가치세 과세대상인 재화의 공급거래가 있었다고 인정하기는 어렵다.
 다. 그런데도 원심은 이와 달리 판시와 같은 이유만으로 (제품명 생략) 공동사업자가 구 부가가치세법상 납세의무자에 해당한다는 잘못된 전제에서 이 사건 각 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 구 부가가치세법상 납세의무자의 요건과 판단 기준 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.
 4. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 엄상필(재판장) 이흥구(주심) 오석준 이숙연

부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 판단하는 기준(=재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위) / ‘재화를 공급하는 자’와 ‘재화를 공급받는 자’의 의미 및 계약상 원인에 의하여 ‘재화를 공급받는 자’가 누구인지 결정하는 기준 / 구 부가가치세법 제35조 제1항에 따라 수입되는 재화에 대하여 세금계산서를 발급받아야 할 ‘수입하는 자’의 의미