양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1995.12.12 / 시행일:

【원고,상고인】 
【피고,피상고인】 도봉세무서장
【원심판결】 서울고등법원 1994. 5. 24. 선고 93구24256 판결
【주문】
 원심판결을 파기하여 이 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이유】 상고이유를 본다.
 제1점에 대하여
구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되기 이전의 것) 제62조 제1항, 같은법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12881호로 개정되기 이전의 것) 제50조 제3항, 제9항, 제10항의 각 규정에 비추어 보면 원심이 국민주택의 건설용지로 토지를 양도하는 경우 그 양수인이 실수요자에 해당하는지 여부에 따라 당해 양도소득세가 환급대상인지 면제대상인지가 가려지는 등 양도소득세의 환급과 면제는 그 법정요건, 신청서 제출의무자, 신청기한, 그 법률효과가 상이한 점을 들어 원고들이 이 사건 토지들의 양도에 대한 양도차익 예정신고시 제출한 면제신청서만으로 위 법 소정의 환급신청서를 대신할 수 없다 고 한 판단은 정당한 것으로 수긍이 되고, 거기에 환급신청에 관한 법리를 오해한 위법이 있다 할 수 없다. 
 논지는 이유 없다.
 제2점에 대하여
 원심판결 이유에 의하면 원심은 원고들이 각자 소유의 이 사건 토지들을 1989. 5. 31. 소외 제일제당 직장주택조합에게 국민주택 건설용지로 양도한 다음, 같은 해 6. 27. 자산양도차익 예정신고시 위 조세감면규제법 제62조 제1항에 의하여 위 양도에 따른 양도소득세가 국민주택 완공 후 환급되는 것에 불과함에도 면제되는 것으로 착각하고, 방위세만을 납부하면서 양도소득세면제신청서를 제출한 사실, 위 주택조합은 이 사건 토지들 위에 국민주택을 신축하여 1991. 8. 12. 관할 구청으로부터 가사용승인을 받아 조합원들이 입주한 사실, 그런데 피고는 원고들의 위 양도차익 예정신고 후 3년 6개월여 동안 원고들의 위 면제신청에 대하여 아무런 조치를 취하고 있지 아니하다가 1992. 12. 16.에 이르러 원고가 위 시행령 제50조 제9항에 따른 환급신청의 법정기한인 위 가사용 승인일로부터 3월 이내에 양도소득세 환급신청서가 제출되지 않았다는 이유로 원고들에게 그 판시와 같은 양도소득세 부과처분을 한 사실을 인정한 다음, 피고가 원고들의 위 면제신청서를 즉시 반려하는 등 세무지도를 다소 게을리하였다거나 양도소득세 환급신청의 법정기한 내에 원고들에게 양도소득세 과세처분을 하지 아니하는 등의 단순한 과세누락이 있었다는 사실만으로는 과세관청인 피고가 납세자인 원고들에게 양도소득세를 과세하지 않는다는 공적 견해를 대외적으로 표시하였다고 볼 수 없다는 이유로 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되어 위법하다는 원고들의 주장을 배척하였다. 
 그러나 원고들은 이에 대하여 원고들이 위 법 소정의 환급신청절차를 밟을 경우 이 사건 토지들의 양도로 인한 양도소득세를 환급받을 수 있음이 기록상 명백한 이 사건에 있어서 양도소득세는 양도인의 자산양도차익의 예정신고나 확정신고와 관계없이 국세기본법 제22조 제1항, 같은법시행령 제10조의2 제3호에 의하여 그 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때에 비로소 그 세액이 확정되는 점, 환급은 세금의 부과, 납부를 전제로 하는 개념인 점, 환급신청권을 규정하고 있는 위 법 제62조 제1항, 위 시행령 제2항, 제9항의 각 규정 취지 등에 비추어 보면 과세관청인 피고로서는 적어도 원고들의 위 법 소정의 환급신청권을 침해하지 않는 범위 내에서 양도소득세를 부과하여야 할 것임에도 위 양도차익 예정신고일로부터 3년 6개월이나 방치하고 있다가 위 법 규정상의 환급신청기간이 도과된 후에 한 이 사건 부과처분은 원고들의 위 법 소정의 환급신청권을 침해하는 결과가 되어 위법하다고 보아야 하는데도 이와 달리 판단한 원심판결은 파기되어야 한다고 주장한다. 
 그런데 당원은 위와 같은 원고의 상고이유에 대한 판단을 하기에 앞서 먼저 직권으로 과연 원고의 이 사건 면제신청이 잘못된 것이고 따라서 피고가 원심 판시와 같은 이유로 위 면제신청을 묵살하고 이 사건 부과처분을 하는 것이 적법한 것인지 여부를 살펴본다.
조세감면규제법 제62조 제1항은 국민주택용지를 싼값에 공급하려는 데 그 입법취지가 있고, 국가, 지방자치단체, 대한주택공사, 한국토지개발공사 등에게 주택건설촉진법 제6조 제1항의 등록의무가 면제되는 것은 그 등록을 하지 않아도 등록업자와 동일한 지위를 갖게 하려는 취지라 할 것인데, 주택조합도 동일하게 등록의무가 면제될 뿐 아니라, 주택건설촉진법 제44조 제3항은 주택조합을 등록업자와 공동사업주체로 보고 있으므로, 주택조합도 같은 법 제6조 제1항의 주택건설등록업자와 동일한 지위를 갖는다 할 것이다. 
 그렇다면 피고 세무서가 주택조합인 소외 조합은 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의해 등록한 주택건설사업자에 해당하지 아니하므로, 원고가 소외 조합에게 이 사건 토지를 양도함으로써 발생한 양도소득은 양도소득세 등의 면제대상이 되지 않는다고 취급하여 앞서 판시한 바와 같은 경위로 원고의 면제신청을 묵살하고 과세처분을 한 것은 위법한 부과처분이라고 하지 않을 수 없다. 
 그러함에도 불구하고 피고의 위와 같은 부과처분의 위법을 간과하고, 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구를 배척한 원심의 조치는 필경 조세감면규제법상의 감면대상에 관한 법리를 오해하여 판결결과에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이므로, 원고의 나머지 상고이유에 대한 판단을 할 것 없이 원심판결은 파기를 면치 못한다.
 그러므로 원고 패소의 원심판결을 파기하여 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 김석수(재판장) 정귀호 이돈희(주심) 이임수

[1] 국민주택의 건설용지로 토지를 양도하는 경우, 양도차익 예정신고시 제출한 면제신청서만으로 구 조세감면규제법 소정의 환급신청서를 대신할 수 있는지 여부
[2] 주택조합이 주택건설촉진법 제6조 제1항 소정의 주택건설등록업자와 동일한 지위를 갖는지 여부

[1] 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것) 제62조 제1항, 같은법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12881호로 개정되기 전의 것) 제50조 제3항, 제9항, 제10항의 각 규정에 비추어 보면 국민주택의 건설용지로 토지를 양도하는 경우 그 양수인이 실수요자에 해당하는지 여부에 따라 당해 양도소득세가 환급대상인지 면제대상인지가 가려지는 등 양도소득세의 환급과 면제는 그 법정요건, 신청서 제출의무자, 신청기한, 그 법률효과가 상이하므로 토지들의 양도에 대한 양도차익 예정신고시 제출한 면제신청서만으로 위 법 소정의 환급신청서를 대신할 수 없다. 
 [2] 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것) 제62조 제1항은 국민주택용지를 싼값에 공급하려는 데 그 입법취지가 있고, 국가, 지방자치단체, 대한주택공사, 한국토지개발공사 등에게 주택건설촉진법 제6조 제1항의 등록의무가 면제되는 것은 그 등록을 하지 않아도 등록업자와 동일한 지위를 갖게 하려는 취지라 할 것인데, 주택조합도 동일하게 등록의무가 면제될 뿐 아니라, 주택건설촉진법 제44조 제3항은 주택조합을 등록업자와 공동사업주체로 보고 있으므로, 주택조합도 같은 법 제6조 제1항의 주택건설등록업자와 동일한 지위를 갖는다.