법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2010.01.28 / 시행일:

【원고, 항소인】 한국기술투자 주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 소순무 외 3인)
【피고, 피항소인】 삼성세무서장 (소송대리인 변호사 한강현 외 1인)
【제1심판결】 서울행정법원 2005. 4. 2. 선고 2003구합29057 판결
【변론종결】2009. 11. 19.
【주 문】
1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고가 2009. 7. 13.에 원고에 대하여 한 2000 사업연도 귀속 법인세 23,783,885,984원의 부과처분 중 22,784,506,224원을 초과하는 부분을 취소한다.
 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송비용의 10분의 9는 원고가, 나머지는 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2009. 7. 13.에 원고에 대하여 한 2000 사업연도 귀속 법인세 23,783,885,984원의 부과처분 중 19,478,368,776원을 초과하는 부분을 취소한다(원고는 당심에서 청구를 변경하였다).
【이 유】1. 처분의 경위 및 사건의 경과 
 가. 원고와 관계사들의 관계 등
 ○원고는 중소벤처기업에 대한 투자 및 자금대여를 주업으로 하는 회사로서, 조세회피지역인 말레이시아 라부안에 1996. 5. 7. 역외펀드인 아시아 퍼시픽 앨리언스 인베스트먼트(Asia Pacific Alliance Investment Ltd., 이하 APAI라고 한다)를, 2000. 2. 28. 역외펀드인 이노베스트 인베스트먼트(Innovest Investment Ltd., 이하 IIL이라고 한다)를 각 설립하였다. 
 ○한편, 원고 및 소외 1, 소외 2 등이 공동 출자하여 1999. 6. 21. 주송주식회사{이하 주송(주)라고 한다}를 설립하였다.
 나. IIL의 실권주 고가인수에 따른 부당행위계산부인
 ○IIL은 2000. 3. 20. 주송(주)의 유상증자에 참여하여 실권주 70,000주를 1주당 158,000원에 인수하였는데, 실권주 70,000주 중 63,333.333주의 주주인 소외 1 등 7인이 원고와 법인세법 제52조, 법인세법시행령 제87조가 규정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라고 한다)의 지위에 있다. 
 ○피고는 2002. 1. 18. IIL이 원고가 조세부담을 회피하기 위하여 설립한 페이퍼 컴퍼니에 불과하므로 원고가 위와 같은 실권주를 인수한 것으로 보고 위 실권주의 1주당 가액을 43,200원으로 평가한 뒤, 원고가 위 실권주 70,000주를 인수한 것은 위 특수관계자에게 그 인수가액과 위 평가액의 차액 상당인 8,032,500,000원{=(158,000원－43,250원×70,000주}의 이익을 분여한 것으로서 법인세법시행령 제88조 제1항 제8호 나목의 부당행위이므로 부인대상에 해당한다고 보아 그 차액 상당을 익금산입하고 기타사외유출 처분하여 법인세를 증액하였다가, 2002. 5. 2. 위 실권주 70,000주 중 원고와 특수관계자의 지위에 있지 아니한 주주인 소외 3의 실권주 6,666.666주를 제외한 나머지 63,333.333주에 대한 평가액의 차액 상당인 7,267,500,000원{=(158,000원－43,250원)×63,333.333주}으로 부당행위계산 부인대상액을 감액하여 2000 사업연도 귀속분 법인세 총결정세액을 19,552,324,342원(=산출세액 18,375,047,063원＋가산세액 1,177,277,279원)으로 경정하였다.
 다. 주식의 저가인수에 따른 의제배당 등
 ○한편, APAI는 1999. 7. 21. 아시아 넷 주식회사(Asia Net Corporation Ltd., 이하 ‘아시아넷’이라 한다)의 주식 1,333,333주를 2,390,200,000원에 취득하였고, 1999. 12. 20. 위 주식이 1/2로 액면분할 되어 보유주식수가 2,666,666주로 되었는데, 2000. 2. 28. 그중 2,000,000주를 IIL에게 무상양도하고, IIL이 다시 이를 2000. 3. 7. 원고에게 11,256,198,145원에 양도하였다(나머지 666,666주는 APAI가 그대로 보유하였다). 아시아넷은 2000. 7. 21. 리타워 테크놀러지스 주식회사(이하 ‘리타워테크’라 한다)의 유상증자에 참여하여 리타워테크의 신주 8,680,324주를 교부받은 뒤 2000. 7. 22. 아시아 넷의 모든 주주로부터 아시아넷 주식을 전량인 60,762,265주를 회수하여 이를 강제소각하기로 결의하고 주주들에게 그 대가로 아시아넷 주식 7주당 리타워테크 주식 1주의 비율로 교부함에 따라 원고는 리타워테크 주식 285,714주(=2,000,000주×1/7)를, APAI는 95,238주(=666,666주×1/7)를 각 교부받았다.
 ○피고는, APAI 역시 원고가 조세부담을 회피하기 위하여 설립한 페이퍼 컴퍼니에 불과하므로 원고가 2000. 7. 22. 위 주식 2,666,666주를 소각시키는 대신 아시아넷으로부터 리타워테크 주식 380,952주(=285,714주+95,238주)를 교부받았는데 리타워테크 주식의 2000. 7. 21. 당시 시가는 1주당 108,500원이어서 원고는 아시아넷으로부터 38,943,092,000원(=리타워테크 주식 380,952주의 평가액 41,333,292,000원－원고의 아시아넷 주식 2,666,666주의 취득가액 2,390,200,000원) 상당을 아시아넷으로부터 배당받은 것으로 보고, 위 의제배당액 38,943,092,000원을 익금 산입하되, 원고가 2000 사업연도에 제3자에게 양도한 리타워테크 주식에 대응하는 14,222,767,844원을 손금산입하여 2003. 4. 1. 원고에 대하여 2000 사업연도 귀속분 법인세를 26,689,370,612원(=산출세액 21,083,095,688원＋가산세액 5,606,274,925원)으로 증액경정하였다. 그 후 2003. 6. 30. 피고의 2002. 5. 2.자 부과처분에 대한 심사에서 원고의 이의 중 일부가 받아들여지자 피고는 원고에 대한 2000 사업연도 귀속분 법인세 총결정세액을 25,722,088,682원(=산출세액 21,065,775,085원＋4,656,313,597원)으로 경정하였다(이하 2003. 4. 1.자 증액경정처분 중 감액경정되고 남은 부분을 ’이 사건 처분‘이라 한다).
 라. 소송의 경과
 원고는 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 서울행정법원 2003구합29057호로 제기하여 원고 패소판결을 선고받고, 이 법원 2005누10349호로 항소하여 항소기각판결을 선고받았으며, 대법원 2006두3711호로 상고하였는바, 대법원은, 의제배당에 관하여 리타워테크의 주식을 취득당시를 기준으로 가액을 평가하고, APAI가 취득한 리타워테크 주식의 실질적 귀속자를 원고로 본 원심의 판단은 정당하나, 부당행위계산 부인에 관하여 실권주 고가인수의 경우에도 취득가액 중 부인 대상인 시가초과액은 당해 사업연도 법인의 과세표준에는 아무런 영향을 미치지 못함에도 그 사업연도에 전부 귀속됨을 전제로 한 이 사건 처분이 적법하다고 본 원심의 판단은 위법하다는 이유로 원심판결을 파기하고 이 사건을 이 법원으로 환송하였다.
 마. 피고의 직권경정 등
 ○피고는 환송후 당심 재판 계속 중인 2009. 6. 18. 원고의 2000 사업연도 익금에 위법하게 산입하였던 주송(주)의 실권주 고가 인수에 따른 시가초과액 72억 6,750만 원을 손금에 산입한 다음, 이 사건 처분 중 3,057,280,167원 {=산출세액 취소액1,090,124,999원(21,065,775,085원－19,975,650,086원)＋가산세액 취소액 1,967,155,168원}을 직권 취소하였다.
 ○원고는 2009. 6. 26. 피고의 요구에 응해 과소신고가산세 및 미납부가산세가 3,444,018,868원이 아닌 3,463,716,577원(그 차액이 119,697,709원)이고 환급가산금이 28,957,269원이라는 수정신고를 하면서, 합계 148,654,970원을 자진납부하였다.
 ○피고는 2009. 7. 13. 가산세 999,379,760원을 부과·고지함으로써 원고의 2000 사업연도 귀속 법인세는 합계 23,783,885,984원(이 사건 처분액 25,722,088,682원－3,057,280,167원＋자진납부 가산세액 119,697,709원＋999,379,760원)이 되었다(이하 이 사건 처분이 위와 같은 감액경정을 거쳐 추가로 증액된 것을 ‘이 사건 최종부과처분’이라 한다).
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 9, 10호증, 을 제4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 최종부과처분의 적법 여부
 가. 산출세액에 관하여
 (1) 원고의 주장
 피고가 APAI를 원고의 페이퍼 컴퍼니에 불과하다고 보아 APAI의 2000 사업연도 당기순손익을 원고의 익금이나 손금에 가산하고, 이로 인하여 중복과세된 내역을 손금산입하였으므로, 이와 동일하게 IIL의 2000 사업연도 당기순손익에 대하여도 동일한 방식으로 소득조정을 하여야 하는바, 다음과 같은 내역에 따라 원고의 2000 사업연도 과세표준은 1,776,004,678원(1,789,827,086원－13,822,408원)으로 감액되어야 한다.
 ○IIL은 2000 사업연도 당기순이익을 8,591,699달러로 확정시 APAI로부터 무상취득하였던 아시아넷 주식 2,000,000주를 원고에 양도하고 얻은 양도차익 10,000,000달러를 산입하여 산정하였으나, 이는 원고와의 내부 거래에 불과해 실제 발생하지 아니한 이익이어서 위 당기순이익에서 차감하고 나면 실제로는 1,408,300달러{1,774,459,60원=1,408,310달러×1,260원/달러(2000. 12. 31.자 매매기준환율)}의 순손실이 발생한 것이므로, 원고의 손금에 산입하여야 한다.
 ○IIL의 계좌에서 발생한 이자 2,540,539원{2,176.64달러×1,260원/달러)}원을 원고의 익금에 산입한 만큼 중복과세를 피하기 위해 원고의 손금에 산입하여야 한다.
 ○IIL이 2000. 11. 14. ITCM에 지급한 거래수수료 13,822,408원을 원고의 손금에 산입한 만큼 중복과세를 피하기 위해 원고의 익금에 산입하여야 한다.
 (2) 판단
 갑 제2, 5, 6호증, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, IIL은 2000. 2. 28. 아시아넷 주식 2,000,000주를 무상양도받아 이를 2000. 3. 7.에 10,000,000달러에 원고에게 양도한 사실, 위 양도대금으로 주송(주) 70,000주를 위와 같이 고가에 인수하고, 나머지 금액은 IIL 명의의 신한은행 삼성중앙지점계좌에 예치하였는데, 그 예금에서 발생한 이자나 지출한 거래수수료가 바로 원고가 주장하는 위 금액인 사실, IIL은 원고가 조세부담을 회피하기 위하여 설립한 페이퍼 컴퍼니인 사실을 인정할 수 있다.
 위와 같은 원고와 IIL의 관계, 주송(주) 인수대금 및 위 예금은 원고로부터 지출된 자금이 그 출처인 점, 앞서 피고는 IIL이 주송(주) 실권주를 고가 인수한 것을 실제 원고가 인수한 것으로 보고 그 시가초과액을 부당행위계산부인하였던 사정에 비추어 보면, 피고는 IIL의 법인격을 부인하여 원고와 동일시 한 것이 아니라 원고가 특수관계자와의 거래에 있어 IIL과의 위와 같은 거래를 이용하여 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 것으로 인정하여 IIL과의 거래에 있어서도 원고에게 합리적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하였던 것으로 보이고, 위와 같이 보는 것이 부당행위계산의 법리에 비추어 위법하다고 보이지는 아니하므로, 원고의 2000 사업연도 과세표준에서 원고가 주장하는 익금이나 손금을 추가로 조정할 것은 아니어서 위 주장은 받아들이지 아니한다.
 나. 가산세에 관하여
 (1) 부과 제척기간 도과 후의 가산세 증액경정
 (가) 원고의 주장
 피고가 2009. 7. 13.에 가산세 999,379,760원을 증액하는 경정처분을 하였으나, 이는 국세기본법상의 부과 제척기간을 도과한 것으로 무효이다.
 (나) 판단
 원고의 위 주장에 대하여 피고는, 위 경정처분은 과다하게 환급된 금액을 다시 정정하는 것이어서 부과 제척기간과는 무관하다는 취지로 주장한다.
 살피건대, 항고소송 등 불복절차가 계속 중일 경우 부과 제척기간이 만료된 이후라도 관세관청은 당초의 과세처분을 증액할 수는 없으나 감액경정하거나 취소할 수는 있으므로(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결 참조), 피고가 2009. 6. 18.에 한 처분은 당초의 이 사건 처분을 일부 취소하는 것으로 그 효력이 있으나, 2009. 7. 13.에 한 부과처분은 설사 위 취소가 정당세액을 벗어나 과다하게 행하여진 것을 환급받은 의미라 해도 그 실질이 엄연히 증액처분인 이상 원고에 대한 2000 사업연도 귀속 법인세를 부과할 수 있는 시점으로부터 부과 제척기간 5년을 도과한 이후에 이루어져 무효라고 볼 수밖에 없으므로, 이 사건 최종 부과처분의 가산세 중 999,379,760원 부분은 무효이다.
 (2) 정당한 가산세 산정의 불가
 (가) 원고의 주장
 가산세에 관한 법인세의 관련법령에 의할 때, 이 사건 최종 부과처분을 함에 있어 피고와 같이 가산세 산정에 30%의 가산세율을 적용하려면 원고가 2000 사업연도에 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 부당과소신고금액이 50억 원을 초과하는 경우이어야 하는데, 미달신고금액은 과세표준의 3분의 1 미만인 15,553,620,698원(=2009. 6. 8. 감액된 과세표준 71,384,464,593원－당초 신고 과세표준 55,830,843,895원)이고, 부당과소신고금액이 50억 원을 초과한다는 입증도 없으며, 피고의 가산세 산정근거 및 내역도 객관적으로 알 수 없어 정당한 가산세를 산정할 수 없으므로, 이 사건 최종 부과처분의 가산세 중 위 무효부분을 제외한 것도 모두 취소되어야 한다.
 (나) 관계법령 
[구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것)]
제76조(가산세) 
① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.
 1. 제60조의 규정에 의한 신고가 없거나 제112조의 규정에 의한 장부의 비치·기장의무를 이행 하지 아니한 경우에는 납세지 관할세무서장이 결정한 산출세액(적정유보초과소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 100분의 20에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 7에 미달하거나 산출세액이 없는 때에는 그 수입금액의 1만분의 7에 상당하는 금액). 다만, 신고하지 아니한 소득금액이 50억원을 초과하는 경우에는 그 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 10에 미달하거나 산출세액이 없는 경우에는 그 수입금액의 1만분의 10에 상당하는 금액)으로 한다.
 2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액
 가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 "부당과소신고금액"이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.
 나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.
[구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것)]
제118조(과소신고금액의 계산 등) 
④ 법 제76조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 부당과소신고금액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.
 1. 법 제52조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액
 2. 법 제26조(동조 제4호를 제외한다)·법 제27조 및 법 제28조 제1항 제1호·제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액
 3. 법 또는 조세특례제한법에 의한 준비금·충당금의 손금산입, 비과세 또는 소득공제의 적용대상이 되지 아니하는 법인이 이를 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 손금산입한도액을 초과하는 금액을 제외한다.
 4. 손익의 귀속사업연도를 법 또는 조세특례제한법과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로서 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다.
 5. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소계상함에 따라 익금에 산입한 금액
 6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액
 (다) 판단
 을 제1, 2, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 위와 같이 원고의 소득누락 등이 발견되자 당초 원고가 신고한 최저한세 적용대상 익금 불산입액 익금 항목을 소득금액 조정을 통해 2002. 1. 10.에 43,749,846,127원으로, 2002. 5. 2.에 38,498,239,004원으로, 2003. 4. 1.에 27,020,945,647원, 2003. 6. 30.에 27,074,557,032원으로 각 조정을 한 사실, 그 결과 당초 원고가 신고한 과세표준에서 제외하여야 하는 금액이 발생하였고 이를 감안한 미달신고금액은 2009. 6. 8.자로 감액된 과세표준 71,384,464,593원의 3분의 1을 초과하는 것으로 산정되며, 부당과소신고금액이 50억 원을 초과하는 사실은 앞서 인정한 사실에 비추어 명백하다.
 따라서 이 사건 최종 부과처분 중 미납부가산세와 과소신고가산세를 합한 3,808,235,898원(=23,783,885,984원－19,975,650,086원)에서 부과제척기간 경과 후의 증액경정으로서 효력이 없는 999,379,760원을 제외하고 남는 금액인 2,808,856,138원2,808,856,138원(=3,808,235,898원－999,379,760원)은 정당세액의 범위 내임이 계산상 명백하므로(정당한 미납부가산세액에 대한 구체적인 산정근거는 별표 참조), 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
3. 결론
 그렇다면 이 사건 최종부과 처분 중 22,784,506,224원(=23,783,885,984원-999,379,760원)을 초과하는 부분이 위법하므로, 이를 취소하고, 원고의 나머지 청구는 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 이인복(재판장) 이영한 김용한