법인세경정거부처분취소 (세무, 대전지방법원)
공포일: 2022.11.17 / 시행일:

【원 고】 주식회사 대한전설 (소송대리인 변호사 최정윤)
【피 고】 아산세무서장
【변론종결】2022. 9. 8.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2020. 12. 3. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 법인세 5,353,960원, 2018 사업연도 법인세 2,638,870원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고는 1987. 8. 3. 설립되어 소방설비 공사업, 통신공사업, 전기자재 납품업 등을 영위하는 법인이다. 
나. 원고는 2010 내지 2018 각 사업연도에 관한 법인세 신고를 하면서 특수관계인인 대표이사 소외인에게 제공한 가지급금에 관하여 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산의 부인에 따른 시가(특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격) 산정을 위한 법인세법 시행령 제89조 제3항에 따라 아래 표와 같이 이자율을 선택하여 가지급금 인정이자(시가)를 계산한 법인세를 신고·납부하였다.
원고가 각 사업연도 법인세 신고 시에 선택한 가지급금의 인정이자율사업연도2010년2011년2012년2013년2014년2015년2016년2017년2018년이자율당좌대출이자율가중평균차입이자율
다. 피고는 원고에게 2016 사업연도에 가지급금 인정이자 계산 시 당좌대출이자율을 적용하였으므로 법인세법 시행령 제89조 제3항 제2호에 따라 이후 2개 사업연도인 2017년 및 2018년 사업연도에도 당좌대출이자율을 적용해야 한다고 수정신고를 안내하였고, 이에 따라 원고는 2019. 11. 19. 2017년 가지급금 3,407,920,784원 및 2018년 가지급금 3,479,534,234원에 대하여 당좌대출이자율을 적용하여 당초 신고액과의 차액인 2017년 42,220,344원, 2018년 22,729,330원을 각 익금산입하여 2017 사업연도 법인세 5,353,960원, 2018 사업연도 법인세 2,638,870원을 수정신고하고 이를 납부하였다. 
라. 이에 원고의 법인세 신고 시 사업연도별 인정이자 산정내역은 다음과 같다. 

마. 원고는 2020. 10. 6. 피고에게 매년 이자율을 선택하였고 2014 사업연도에 선택한 당좌대출이자율을 2016 사업연도까지 3년 동안 적용하였다면 2017 및 2018 사업연도 법인세 신고 시 대표이사 가지급금 인정이자는 당초대로 가중평균차입이자율을 적용하는 것이 타당하다고 주장하면서 다음과 같이 가지급금 인정이자를 계산하여 수정신고한 2017 사업연도 법인세 5,353,960원, 2018 사업연도 법인세 2,638,870원에 대하여 각 경정청구를 하였다. 

바. 그러나 피고는 2020. 12. 3. 원고가 2016 사업연도 법인세 신고 시 당좌대출이자율을 선택하였으므로 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3항 제2호에 따라 2017 및 2018 사업연도에도 이와 동일하게 적용해야 함을 이유로 원고의 경정청구에 대하여 기각(거부)처분을 하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다).
사. 원고는 이에 불복하여 2021. 1. 15. 이의신청을 거쳐, 2021. 5. 31. 조세심판원에 조심 2021전3687호로 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 9. 23. 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 경정거부처분이 적법하다고 보아 원고의 심판청구를 기각하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제3호증, 갑 제5호증, 갑 제6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 경정거부처분의 적법 여부에 관한 판단
가. 원고의 주장
1) 법인세법 시행령 제89조 제3항 제2호는 법인세 산정과 관련하여 특수관계인인 대표이사에게 제공한 대여금의 인정이자율 적용에 관하여 “당좌대출이자율 선택 후 선택연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.”고만 규정하고 있을 뿐 3개 사업연도 이후의 사업연도에 대한 명시적인 규정이 없고, 세법의 해석상 그 공백이 있는 경우 납세의무자에게 유리하게 해석하는 것이 조세법률주의에 부합하므로, 위 조항을 해석함에 있어서 법인이 특수관계인에 대한 대여금에 대한 인정이자율을 당좌대출이자율로 선택한 경우에는 그 선택연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 당연히 적용하여야 하나, 위 3개 사업연도 이후의 사업연도에서는 기간의 제한 없이 계속하여 인정이자율로 당좌대출이자율을 적용할 수 있거나 임의의 사업연도에 가중평균차입이자율을 선택하여 적용할 수 있는 것으로 해석하여야 한다. 
2) 원고는 2010 내지 2016 사업연도에 인정이자율을 당좌대출이자율로 선택하여 법인세를 신고하였고, 2014 사업연도에 당좌대출이자율로 선택한 후 이어진 의무적용기간인 2개 사업연도(2015 및 2016 사업연도)에 당좌대출이자율을 적용한 이상 그 이후의 사업연도는 기간의 제한 없이 당좌대출이자율을 적용할 수 있다고 할 것이므로, 2017 및 2018 사업연도에 가중평균차입이자율을 적용함에 위법이 있다고 볼 수 없다. 특히 원고는 2017 및 2018 사업연도에 당좌대출이자율을 적용하는 경우 가중평균이자율을 적용하는 경우보다 더 많은 세금을 납부하게 되므로 이는 세법 해석· 적용을 할 때 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정한 국세기본법 제18조 제1항에도 반한다. 
3) 나아가 법인세법 시행규칙 제43조 [별지 제19호 서식] 가지급금 등의 인정이자 조정명세서(갑)의 내용 등에 비추어 보면, 원고가 전자신고를 하면서 2010년부터 2016년까지 매년 인정이자율을 새로 선택하였으므로 원고가 전자신고 시 그 연도를 기준으로 소급하여 3년간 당좌대출이자율을 적용하였다면 당해 연도에는 인정이자율을 변경하여 원칙적인 가중평균이자율을 적용할 수 있다고 해석하여야 하는 것이 타당하고, 그렇지 않으면 납세자는 영원히 인정이자율을 변경할 수 없게 되어 국세기본법 제5조의2에 따른 전자신고를 할 수 없게 된다. 
4) 그럼에도 피고는 원고의 경정청구에 대하여 이 사건 경정거부처분을 하였는바, 이는 위법하므로 취소되어야 한다. 
나. 관계 법령
 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다. 
다. 판 단
1) 관련 법리
가) 세법 규정의 명확성의 요청은 조세법률주의의 핵심적 내용이고, 세법은 문언 그대로 엄격하게 해석하여야 함이 조세법의 기본원칙이다(대법원 1996. 6. 11. 선고 94다34968 판결 등 참조). 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 등 참조).
나) 부당행위계산 부인에 따른 인정이자 익금산입제도는 법인과 특수관계에 있는 자와의 거래가 경제적 합리성을 무시하여 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써, 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 입법목적을 가지고 있다[헌법재판소 2007. 1. 17. 선고 2005헌바75, 2006헌바7, 8(병합) 전원재판부 결정 참조].
2) 구체적 판단
 위 법리에 비추어 앞서 인정한 사실들에 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고는 2016 사업연도에 당좌대출이자율을 선택하였으므로 2017 및 2018 사업연도는 당좌대출이자율을 의무적으로 적용하여야 하는 것이고 이와 다른 전제의 원고의 경정청구는 받아들일 수 없으므로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 경정청부거부분에 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다. 
가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(부당행위계산)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 제2항은 부당행위계산 부인은 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격인 ‘시가’를 기준으로 한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되고, 2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제3항 제2호(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)는 ‘특수관계인 사이의 금전 대여에 관하여 가중평균차입이자율을 시가로 하되, 해당 법인이 법인세법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.’고 규정하고 있다. 
나) 부당행위계산 부인의 적용기준인 ‘시가’에 관한 이 사건 조항은 문언에 따라 엄격하게 해석될 필요가 있고, 이 사건 조항에서 당좌대출이자율을 적용한 이후 2개 사업연도도 당좌대출이자율을 시가로 하도록 정한 이유는 법인의 선택에 따른 인정이자율을 일정기간 의무적으로 강제함으로써 조세회피행위를 방지하기 위한 것으로 보인다. 
다) 이 사건 조항은 당좌대출이자율을 선택한 경우 의무선택 기간을 ‘당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도 이상’이 아니라 ‘당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도’라고만 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제89조 제3항은 인정이자 계산 시 가중평균차입이자율을 원칙으로 하되 예외적으로 법인이 당좌대출이자율을 선택할 경우 이후 2개 사업연도에 당좌대출이자율을 적용하도록 하고 있으므로, 문언 그대로 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도가 지나면 다시 원칙인 가중평균차입이자율을 적용하여야 하며, 다시 당좌대출이자율을 시가로 선택하면 위 의무기간이 다시 적용되어야 하는 것으로 해석함이 상당하다.
라) 따라서 원고는 이 사건 조항이 시행된 후인 2011년 무렵 2010 사업연도 귀속 법인세 신고 당시 당좌대출이자율을 선택하였으므로 이후 2개 사업연도(2011 및 2012 사업연도)에 당좌대출이자율을 적용하여야 하는 것이고, 다시 원고가 2013 사업연도에 가중평균차입이자율이 아닌 당좌대출이자율을 선택하여 적용하였으므로 이에 따라 이후 2개 사업연도(2014 및 2015 사업연도)에도 당좌대출이자율을 적용하여 법인세를 신고하여야 하는 것이며, 그 다음 2016 사업연도에 또 다시 당좌대출이자율을 선택한 이상, 2017 및 2018 사업연도는 당좌대출이자율을 의무적으로 적용하여 법인세를 신고·납부하여야만 한다. 
마) 또한 법인세법 시행규칙 제43조 제5항은 법인이 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우 별지 제19호 서식을 제출하도록 규정하고 있을 뿐 매년 이를 선택하여 제출하도록 규정하고 있지 아니하므로, 원고가 의무적으로 당좌대출이자율을 적용하여 법인세를 신고하여야 했던 2011, 2012, 2014, 2015 사업연도에 위 서식에 당좌대출이자율에 체크하여 법인세를 신고한 것은 2010 및 2013 사업연도에 선택한 당좌대출이자율에 따라 수반되는 표시에 불과할 뿐 원고가 당좌대출이자율을 새로이 선택하였다고 볼 수 없다. 이에 법인이 매년 인정이자율을 새로이 선택할 수 있음을 전제로 당해 연도를 소급하여 3년간 당좌대출이자율을 적용하였다면 그 후에 언제든지 인정이자율을 당연히 변경할 수 있다고 보기는 어렵다. 
3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 최병준(재판장) 장민주 신은경