법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2017.06.07 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 인천국제공항공사 (소송대리인 변호사 김의환 외 2인)
【피고, 피항소인 겸 항소인】 인천세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 문병화 외 1인)
【제1심판결】 인천지방법원 2015. 4. 24. 선고 2013구합10971 판결
【변론종결】2017. 3. 8.
【주 문】
 1. 원고가 이 법원에서 확장 및 감축한 청구를 포함하여 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 74,005,253,594원(경정금액)의 부과처분 중 73,710,292,190원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 14,964,692,314원(경정금액)의 부과처분 중 9,762,733,524원을 초과하는 부분, 2006 사업연도 법인세 7,778,325,345원(경정금액)의 부과처분 중 5,239,493,618원을 초과하는 부분, 2007 사업연도 법인세 3,446,030,311원(경정금액)의 부과처분 중 1,300,569,996원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 2. 소송총비용 중 3/5은 원고가, 나머지는 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 74,005,253,594원(경정금액)의 부과처분 중 73,628,841,196원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 14,964,692,314원(경정금액)의 부과처분, 2006 사업연도 법인세 7,778,325,345원(경정금액) 중 690,280,530원을 초과하는 부분, 2007 사업연도 법인세 3,446,030,311원(경정금액)의 부과처분을 각 취소한다(원고는 이 법원에서 항소취지를 통하여 위와 같이 청구취지를 확장 및 감축하였다).
 2. 항소취지
 가. 원고
 제1심판결 중 다음에서 취소를 명하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 74,005,253,594원(경정금액)의 부과처분 중 376,412,398원, 2005 사업연도 법인세 14,964,692,314원(경정금액)의 부과처분 중 14,306,036,990원, 2006 사업연도 법인세 7,778,325,345원(경정금액) 중 7,043,297,625원, 2007 사업연도 법인세 3,446,030,311원(경정금액)의 부과처분을 각 취소한다. 
 나. 피고
 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소한다. 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 제1심판결의 인용 등
 이 법원의 판결 이유는 제1심판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하는 것 외에는 제1심판결의 이유(‘3. 결론’ 부분을 제외하고 별지 1 내지 5를 포함한다) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
2. 수정 부분
 ○ 4면 2행 아래에 “(원고가 쟁점별로 취소를 구하는 세액은 별지 6 기재와 같다)”를 추가
 ○ 5면 1행부터 6행까지를 삭제
 ○ 5면 7, 13, 21행의 각 “다)”, “라)”, “마”를 각 “나)”, “다)”, “라)”로 수정
 ○ 6면 8행의 “용이하기”를 “용이하게 하기”로 수정
 ○ 6면 12행부터 19행까지를 다음과 같이 수정
 『나) 이 사건 건축물들에 대한 토지 사용기간 만료 시점은 각종 법령상에 정한 내용연수가 만료한 후임에도 그때의 시가를 신축가액의 약 37%로 높게 평가한 것은 실제 가치를 반영하지 못한 것으로서 부당하고, 이 사건 건축물들의 가치평가에 사용된 재조달원가법은 당해 건축물을 새로 신축하거나 조성하는 것을 전제로 한 가격산출 방법이므로 이러한 방식에 의하여 평가된 금액을 기준으로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 다) 설령 이 사건 건축물의 소유권을 이전하기로 약정한 것에 임대료의 후불 지급 성격이 있다고 하더라도, 이는 토지임대용역을 공급하고 금전 이외의 대가를 받는 경우에 해당하므로 부가가치세 과세기간에 원고가 실제로 공급한 토지임대용역 중 대가관계 있는 부분의 시가만을 부가가치세의 과세표준으로 삼아야 하므로 임대차계약 기간이 만료되는 시점의 이 사건 건축물들의 시가를 산정하여 이를 임대차계약기간 동안 안분계산하여 과세표준을 산정하여 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다. 
 라) 피고는 법인세 과세표준 산정 시 각 사업기간 만료 시의 이 사건 건축물들의 시가를 각 과세기간에 안분하여 이 사건 처분을 하였는데 이는 화폐의 시간가치를 고려하지 아니한 처분으로서 위법하다.』
 ○ 7면 2행부터 9면 9행까지를 다음과 같이 수정
 『가) 이 사건 건축물들의 소유권을 이전하는 것이 임대료의 후불 지급에 해당하는지
 갑 제3, 4, 27호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과 사정을 종합적으로 고려하면, 원고가 임대기간 만료 후 소유권을 이전받기로 한 이 사건 건축물들은 원고의 토지 임대에 대한 후불 임대료에 해당한다고 봄이 타당하고, 원고가 이 사건 건축물들의 소유권을 이전받기로 한 것이 이 사건 건축물들의 철거를 용이하게 하기 위한 분쟁해결 수단에 불과하다고 보기 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 ① 원고가 임대기간 만료 후 이 사건 건축물들을 손쉽게 철거할 목적이었다면 이 사건 임차인들로부터 이 사건 건축물들의 소유권을 이전받는 형식이 아니라 이 사건 임차인들에게 이 사건 건축물들을 철거할 의무를 부담시키거나 원고에게 직접 이 사건 건축물들을 철거할 권한을 부여하는 내용으로 이 사건 임차인들과 약정하는 것이 일반적일 터인데, 원고는 임대기간 만료 후 이 사건 임차인들로부터 이 사건 건축물들의 소유권을 이전받기로 약정하면서 다만 원고가 필요한 경우에만 건축물을 철거하기로 하였다.
 ② 이 사건 건축물들은 견고한 건축물로서 5년 내지 50년의 임대기간 만료 후에도 존재할 것으로 예상되고, 이 사건 건축물들에 대한 감정평가 결과에 의하면 임대기간 만료 후의 이 사건 건축물들의 가액의 합계는 무려 177,052,766,330원에 이른다. 
 ③ 인천국제공항 국제업무지역 투자유치시설사업기본계획(갑 제3호증)에 의하면, 사업시행자가 투자하여 건설한 국유지 위의 시설은 토지 전대(임대)기간 만료와 동시에 무상으로 국가에 귀속하고 사업시행자는 소유권 이전의무를 부담하며(제8조 제2항), 소유권 이전 후 시설운영에 특별한 하자가 없는 한 사업시행자가 국가귀속시설을 계속하여 운영할 수 있게 할 수 있다고 규정하여(제8조 제3항), 임대기간이 종료한 이후에도 이 사건 건축물들이 존재하고 있을 것을 전제로 하고 있다. 위 기본계획에 따라 체결된 주식회사 칼(KAL) 호텔 네트워크(이하 ‘KAL'이라 한다)와의 실시협약 제6조에서도 KAL이 시설 소유기간(토지 사용기간) 종료 후 시설을 계속하여 사용·수익하고자 할 경우에는 원고와 협의 후 계속 사용할 수 있다고 규정하고 있다.
 ④ 원고의 이 사건 각 토지 임대의무 외에는 이 사건 임차인들의 이 사건 건축물들 소유권 이전의무와 견련관계에 있는 원고의 의무를 찾아볼 수 없다. 
 나) 이 사건 건축물들에 대한 감정평가의 타당성
 감정평가사와 토지, 건물, 동산 등 재산과 권리의 감정평가에 관한 사항 등을 규정하고 있는 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률은 제31조에서 토지 등의 감정평가에 있어서 그 공정성과 합리성을 보장하기 위하여 감정평가업자가 준수하여야 할 원칙과 기준을 국토교통부령으로 정하도록 하고 있고, 그에 따라 감정평가에 관한 규칙은 감정평가업자가 감정평가를 할 때 준수하여야 할 원칙과 기준을 정하고 있다. 감정평가에 관한 규칙 제11조에서는 감정평가업자는 원가방식, 비교방식, 수익방식에 따라 감정평가를 한다고 규정하고, 제15조에서는 감정평가업자는 건물을 감정평가할 때에 원가법을 적용하여야 하며, 원가법에 따라 건물을 감정평가할 때에는 재조달원가 산정, 감가수정의 순서에 따라야 한다고 규정하고 있다.
 갑 제27호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 건축물들에 대한 감정평가를 의뢰한 사실, 한국감정원의 감정평가사 소외 1은 조사 시점의 이 사건 건축물들에 대한 재조달원가를 기준으로 생산자물가상승률, 건설공사비상승률 등을 고려하여 토지 사용기간 만료 시점의 재조달원가를 산정한 후 감가수정을 하는 방법으로 이 사건 건축물들의 토지 사용기간 만료 시점의 가치를 177,052,766,330원으로 평가한 사실, 위 감정인은 평가액의 결정방법에 관하여 감정평가에 관한 규칙 제15조에서 정한 건물의 평가방법인 원가방식에 따라 이 사건 건축물들의 가치를 평가하였고, 일반적인 집합건물에 대한 감정평가와는 달리 토지를 제외한 건물만을 평가하여야 하는 점과 장기간이 경과한 후의 유사 사례, 순수익을 산정하기 어려운 점을 고려하여 비교방식, 수익방식의 평가방법을 취하지 아니하였다는 의견을 밝힌 사실을 인정할 수 있다.
 감정평가방법에 관한 위 법규의 규정에 비추어 볼 때 이 사건 건축물들에 대한 위와 같은 가치산정에 잘못이 있다고 보이지 아니한다. 또한, 원고가 주장하는 건물의 내용연수는 보수주의 회계원칙하에 건물에 대한 감가상각 등을 조기에 비용으로 계상하기 위한 목적의 수치로서 실제 건물의 수명을 제대로 반영하는 것은 아니므로 위 내용연수의 만료를 이유로 이 사건 건축물들에 대한 감정평가액이 과다하다는 취지의 원고 주장도 받아들이지 아니한다.
 다) 이 사건 부가가치세 부과처분의 위법 여부
 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건에서 임대인인 원고가 토지를 임대하면서 이 사건 임차인들로 하여금 그 토지 위에 건축물을 신축하여 일정 기간 사용하게 한 다음 이 사건 건축물들의 소유권을 무상으로 이전받기로 한 경우, 그 건축물은 토지임대에 따른 금전 외의 대가에 해당하므로 임대료 수입금액에 포함된다.
구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 본문은 ‘재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액으로 한다.’고 규정하면서, 제1호에서 ‘금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가’를, 제2호에서 ‘금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가’를 각 규정하고 있으므로 2008년 제1기의 부가가치세 과세표준을 산정함에는 구 부가가치세법 제13조 제1항 제2호에 의하여 당해 과세기간에 원고가 실제로 공급한 토지 임대용역 중 이 사건 건축물들과 대가관계 있는 부분의 시가를 합산하여야 한다(대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조). 
 그런데 피고는 단순히 이 사건 건축물들의 사업기간 만료 시의 시가를 계약기간의 월수로 나눈 금액의 과세대상기간 합계액을 과세표준에 포함하여 부가가치세 부과처분을 하였으므로 피고의 2008년 제1기 부가가치세 부과처분은 위법하다.
 이에 대하여 피고는, ‘과세기간에 원고가 실제로 공급한 토지 임대용역의 시가 중 이 사건 건축물들과 대가관계에 있는 부분의 시가’는 결국 ‘사업기간 만료 시의 이 사건 건축물들의 시가를 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액’이라고 주장한다. 그러나 부가가치세법 시행령 제49조의2는 “사업자가 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 ‘당해 금액’을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다”고 규정하고 있는데, 위 규정은 ‘대가로 받은 금액’이 과세표준이 되는 경우, 즉 ‘대가를 금전으로 받는 경우를’ 전제로 하고 있으므로 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 금전 및 금전 이외의 것으로 받는 이 사안의 경우에는 위 규정이 적용될 여지가 없다고 할 것이다. 따라서 위 규정에 따라 산정한 금액이 ‘과세기간에 원고가 실제로 공급한 토지 임대용역의 시가’라는 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 과세처분취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다. 
 이 사건과 같이 토지 임대용역 일부의 대가로 금전을, 나머지 부분의 대가로 금전 아닌 이 사건 건축물들을 수취한 경우, 구 부가가치세법 제13조 제1항 제1, 2호의 규정 취지상 부가가치세의 과세표준은 원고가 실제 지급받은 금전 임대료에 원고가 공급한 토지 임대용역 중 이 사건 건축물들과 대가관계에 있는 부분의 시가를 합한 금액이 될 것이다. 그런데 이 사건 건축물들과 대가관계에 있는 부분에 해당하는 원고가 공급한 토지 임대용역의 시가 산정과 관련하여, 원고가 실제로 이 사건 건축물들의 소유권을 취득하여 임대료를 취득하는 시점은 토지 사용기간이 만료된 때이고, 토지 사용기간 만료 시의 이 사건 건축물들의 시가로 산정한 177,052,766,330원은 미래의 화폐가치를 반영한 미래시점의 명목상 가격이므로 과세목적에 적정한 건축물 가격 추정을 위해서는 화폐의 시간가치(time value of money)를 반영하여 과세시점에서의 추정 가격을 산정할 필요가 있다는 점에서 그 가액을 산정하기가 쉽지 아니하다. 다만 원칙으로 돌아가 원고가 이 사건 임차인들과 체결한 실시협약상의 토지 사용대가가 과대하거나 과소하게 책정되었다고 볼 특별한 사정이 없는 이상, 원고가 공급한 토지 임대용역의 시가인 원고가 실제 지급받은 금전 임대료와 이 사건 건축물들과 대가관계에 있는 부분의 합산액은 일응 원고가 제공한 토지 임대용역의 감정가로 추정함이 상당하다.
 따라서 그 액수에 관하여 보건대, 이 법원의 감정인 소외 3의 감정 결과 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 토지들의 2008년 제1기분 적정 임대료는 합계 2,077,590,500원이므로 이를 과세표준으로 하여 산정한 81,450,994원이 2008년 제1기분 부가가치세 중 원고의 토지임대용역에 관한 정당한 세액이라고 할 것이다. 따라서 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 부과처분 74,005,253,594원(경정금액) 중 236,493,419원(=이 사건 부과처분 중 원고의 토지 임대용역에 관한 317,944,413원－원고의 토지 임대용역에 관한 정당한 세액 81,450,994원)은 위법하여 취소하여야 한다.
 라) 이 사건 법인세 부과처분의 위법 여부
구 법인세법 제40조 제2항의 위임에 의한 구 법인세법 시행령 제71조 제1항은 ‘자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우에는 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다’라고 규정하고 있는데 이는 1년 이상 장기간의 임대료를 임대 개시 후 1년 이상 경과하여 수수하기로 한 경우 손비만 계상되고 수익이 계상되지 아니하여 과세가 이연되는 문제점을 해결함으로써 과세기간별 손익의 적정화를 도모하기 위한 데에 그 입법 취지가 있다(대법원 2011. 10. 13. 선고 2008두21713 판결 참조). 
 한편 구 법인세법 제41조 제1항의 위임에 의한 구 법인세법 시행령 제72조 제1항은 제1호 내지 제4호에서 매입자산, 자가 제조·생산·건설 자산, 현물출자에 의한 자산·주식 등의 취득가액 산정방법을 규정한 다음, 제5호에서 앞 호에서 규정한 외의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 ‘취득 당시의 시가’로 한다고 규정하고 있다.
 원고가 사업 기간 만료 후에 이 사건 건축물들의 소유권을 취득하는 것이 이 사건 건물의 부지에 대한 토지 임대료의 후불 지급에 해당한다는 점은 앞에서 본 바와 같고, 앞서 본 규정에 의하면 이 사건 처분의 대상이 된 2005, 2006, 2007 사업연도 각 법인세의 과세표준을 산정함에는 구 법인세법 시행령 제71조 제1항 단서 및 제72조 제1항 제5호에 의하여 토지 사용기간 만료 시의 이 사건 건축물들의 시가 중 그 사업연도에 대응하는 부분을 익금에 산입하여야 한다(대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조). 
 원고가 실제로 이 사건 건축물들의 소유권을 취득하여 임대료를 취득하는 시점은 토지 사용기간이 만료된 때이므로 앞서 본 바와 같이 과세목적에 적정한 건축물 가격 추정을 위해서는 화폐의 시간가치를 반영하여 과세시점에서의 추정 가격을 산정할 필요가 있다. 따라서 해당 사업연도에 원고가 임대료의 일부로 받은 것으로 의제되는 이 사건 건축물들의 시가는 토지 사용기간 만료 시의 이 사건 건축물들의 시가를 상당한 이율에 의한 중간이자 공제를 통하여 각 해당 사업연도의 현재가치로 할인하여 토지 사용기간 동안 안분한 금액으로 봄이 타당하다. 
 그런데 피고는 ‘이 사건 건축물들의 시가 중 그 사업연도에 대응하는 부분‘을 산정함에 있어 화폐의 시간가치를 고려하지 아니하여 중간이자 공제를 하지 아니한 채 이 사건 건축물들의 각 감정평가금액을 토지 임대차 계약기간으로 단순히 안분하고, 그 안분한 금액에 원고가 실제 수령한 금전 임대료를 합산하는 방법으로 각 해당 사업연도의 임대료를 산정하였는데, 이는 원고에게 실제로 수취한 임대료(이 사건 건축물들의 시가를 중간이자 공제로 할인하여 토지 사용기간 동안 안분한 금액과 금전 임대료를 합산한 임대료)보다 과다한 납세의무를 부과하는 것으로서 응능부담(應能負擔) 및 공평과세 원칙에 반한다(피고의 주장처럼 단순히 안분할 경우 중간이자를 연 4%로 가정하면 50년 동안 과세표준이 되는 금액은 토지 임대차기간 만료 시의 이 사건 건축물들 시가의 3배를 넘는다).
 따라서 이 사건 처분 중 피고가 중간이자 공제를 하지 아니한 채 이 사건 건축물들의 시가를 단순히 안분하여 각 사업연도에 익금으로 산입한 부분은 위법하다. 피고가 제출한 자료들만으로는 이 사건 처분 중 원고가 제공한 토지 임대용역에 관한 정당한 세액을 산출할 수 없고, 이 법원으로서도 원고와 피고가 중간이자 공제를 위한 상당한 이자율에 관하여 다투면서도 이를 확정할 아무런 자료도 제출하지 아니하고 있어 정당한 세액을 계산할 수 없으므로 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 부과처분 중 3,416,849,108원, 2006 사업연도 법인세 부과처분 중 1,895,094,456원, 2007 사업연도 법인세 부과처분 중 1,617,986,824원(이상 쟁점 1 관련 부분)은 각 취소되어야 한다.』 
 ○ 10면 7행의 “기재와 같이” 다음에 “‘육지부지조성공사’ 및 ‘골프코스 및 시설조성공사’ 비용으로”를 추가하고 “1,331억 원”을 “1,222억 원”으로 수정 
 ○ 10면 표 아래 2행의 “스카이72가 위 골프장 조성을 위하여 지출한 금액 중”을 “원고가 지출한”으로 수정
 ○ 12면 11행부터 13면 14행까지를 다음과 같이 수정
 『갑 제6, 7, 35호증의 각 기재, 이 법원의 국토교통부에 대한 사실조회 결과와 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과 사정을 종합적으로 고려하면, 원고가 이 사건 골프장 공사 완료 시 이 사건 골프장 조성비를 선수임대료로 받았다고 볼 수 없다. 따라서 피고의 이 사건 처분 중 이 사건 골프장 조성비를 선수임대료로 보아 법인세 및 부가가치세 과세표준을 산정한 부분은 위법하고, 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 부과처분 중 199,840,393원, 2006 사업연도 법인세 부과처분 중 348,496,185원, 2007 사업연도 법인세 부과처분 중 297,537,685원, 2008년 제1기 부가가치세 부과처분 중 58,467,985원(이상 쟁점 2 관련 부분)은 취소되어야 한다.
 ① 2008. 12. 22. 작성된 인천국제공항 건설 마스터플랜(2단계 이후) 재정비 용역 평면배치 보고서(갑 제35호증)에는 이 사건 골프장 부지는 향후 제3터미널 개발계획과 연계되어 추가로 개발될 수 있는 전략적 유보지라고 기재되어 있고, 2009. 3.자 인천국제공항 건설기본계획도(갑 제7호증)에도 이 사건 골프장 부지 인근 토지를 제3터미널 건설공사 부지로 지정하고 있다.
 ② 국토교통부는 인천공항 항공수요 증가 추이에 따라 공항 확장 필요성을 검토 중으로 이 사건 골프장 부지를 포함하여 활용계획을 검토할 예정이라고 회신하였다.
 ③ 원고와 스카이72 사이에 체결된 실시협약(갑 제6호증)은 토지 사용기간이 종료될 경우 사업시행자의 시설 인계의무 또는 철거의무를 병렬적으로 규정하고 있고(제10조), 사업종료 시 사업시행자의 시설물 철거이행보증금 납부 의무를 규정하고 있는데(제25조 제1항), 실시협약 체결 단계에서 원고가 앞으로 이 사건 골프장 부지를 인도받아 그대로 골프장 용도로 사용할 것이 확정되었다고 볼 수 없다.
 ④ 이 사건 골프장 부지 조성 공사로 인하여 원고 소유 토지인 이 사건 골프장 부지의 시가가 상승하였다는 점에 관한 증거가 달리 제출되지 아니하였고, 설령 이러한 시가 상승이 있었다고 할지라도 원고가 앞으로 이 사건 골프장 부지를 제3터미널 부지로 이용하기 위하여 스카이72에 원상회복할 것을 요구할 경우 원고가 이 사건 골프장 조성비 상당액의 이익을 보유하게 된다고 볼 수 없으므로 골프장 부지의 원상회복 여부가 확정되지 아니한 이 사건 골프장 공사 완료 시점에서 원고가 이 사건 골프장 조성비를 선수임대료로 받았다고 평가하기 어렵다.』
 ○ 22면 5행부터 11행까지를 삭제하고, 12행 “라)”를 “다)”로 수정
 ○ 23면 4행부터 24면 18행까지를 다음과 같이 수정
 『갑 제18 내지 21호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고는 인천국제공항을 건설하기 위한 공유수면매립허가 조건으로 이 사건 도로를 건설하고, 공항지역 내 도로는 국유로, 배후자원단지 내 도시계획시설인 도로는 도시계획시설 결정 후 준공과 동시에 인천광역시에 귀속하기로 한 사실, ② 이에 원고는 2000년 무렵 이 사건 도로를 준공한 후 인천지방법원 2001. 11. 9. 접수 제39128호로 소유권보존등기를 마친 사실, ③ 원고는 이 사건 도로를 건설한 이후 인천광역시에 이 사건 도로를 인수할 것을 요청하였으나, 인천광역시는 이 사건 도로는 국가 또는 원고가 유지·관리하여야 한다는 이유로 도로 인수를 거부한 사실, ④ 이 사건 도로의 인수와 관련하여 원고와 인천광역시 사이에 분쟁이 생기자, 건설교통부 주재 하 건설교통부, 항공안전본부, 원고, 인천광역시 사이에 2003. 3. 27. 이 사건 도로 등의 관리 주체 및 소유 주체에 관한 회의가 개최되었고, 위 회의에서 이 사건 도로를 2006. 3. 31.까지는 원고가 유지·관리하되, 2006. 4. 1.부터 인천광역시에서 유지·관리하기로 협의한 사실, ⑤ 그러나 인천광역시는 그 이후에도 이 사건 도로를 인수하지 아니하였고, 오히려 원고의 거듭된 도로 인수 요청에 대하여 2006. 1. 13. 원고에게 ‘이 사건 도로는 인천광역시가 인수할 시설물이 아니다’라는 취지의 회신을 보낸 사실, ⑥ 2006. 12. 5. 건설교통부 주재로 개최된 회의 결과 이 사건 도로는 인천광역시로 이관하는 것이 타당하다는 2003. 3. 27.자 회의 결과를 재확인하였으나, 그런데도 인천광역시는 위 협의를 이행하지 아니한 사실, ⑦ 이에 원고가 건설교통부에 이 사건 도로의 소유 및 관리 근거에 관하여 다시 질의하자, 건설교통부는 2007. 1. 3. 원고에게 ‘이 사건 도로는 공항운영주체인 원고가 관리 및 운영하는 것이 효율성 및 행정의 지속성·일관성 측면에서 타당하다’는 취지의 공문을 보낸 사실, ⑧ 원고는 이 법원 변론종결일까지 이 사건 도로를 계속 소유·유지·관리하여오고 있는 사실을 인정할 수 있다.
 살피건대, 비록 당초 이 사건 도로가 국가 또는 인천광역시 중 어느 한 곳으로 기부채납되는 것이 예정되어 있었다고 하더라도 원고가 2000년 무렵 이 사건 도로를 준공한 이후 원고 앞으로 소유권보존등기를 마치고 이 법원 변론종결일까지 16년 이상 소유·유지·관리를 계속하고 있을 뿐만 아니라 이 사건 도로의 기부채납이 사실상 불가능하게 된 것으로 보이므로 이 사건 도로는 원고의 사업용 고정자산(구축물)에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 피고의 이 사건 처분 중 이 사건 도로를 토지에 대한 자본적 지출로 보아 법인세 과세표준 산정 시 이 사건 도로에 대한 감가상각비(각 753,063,321원)을 손금불산입한 부분은 위법하므로 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2005 사업연도 법인세 부과처분 중 926,613,965원, 2006 사업연도 법인세 부과처분 중 250,493,896원, 2007 사업연도 법인세 부과처분 중 229,935,806원(이상 쟁점 6 관련 부분)은 취소되어야 한다.』
 ○ 27면 9행의 “검색장비는”을 “공항시설은”으로 수정
 ○ 30면 3행 아래에 다음을 추가
 『차. 소결
 따라서 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 74,005,253,594원(경정금액)의 부과처분 중 위법한 294,961,404원(쟁점1 관련 236,493,419원＋쟁점2 관련 58,467,985원)을 공제한 73,710,292,190원(=74,005,253,594원－294,961,404원)을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 14,964,692,314원(경정금액)의 부과처분 중 위법한 5,201,958,790원(=쟁점1 관련 3,416,849,108원＋쟁점2 관련 199,840,393원＋쟁점3 관련 658,655,324원＋쟁점6 관련 926,613,965원)을 공제한 9,762,733,524원(=14,964,692,314원－5,201,958,790원)을 초과하는 부분, 2006 사업연도 법인세 7,778,325,345원(경정금액)의 부과처분 중 위법한 2,538,831,727원(=쟁점1 관련 1,895,094,456원＋쟁점2 관련 348,496,185원＋쟁점3 관련 44,747,190원＋쟁점6 관련 250,493,896원)을 공제한 5,239,493,618원(=7,778,325,345원－2,538,831,727원)을 초과하는 부분, 2007 사업연도 법인세 3,446,030,311원의 부과처분 중 위법한 2,145,460,315원(=쟁점1 관련 1,617,986,824원＋쟁점2 관련 297,537,685원＋쟁점6 관련 229,935,806원)을 공제한 1,300,569,996원(=3,446,030,311원－2,145,460,315원)을 초과하는 부분은 각각 취소되어야 한다.』
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 받아들이고, 나머지는 이유 없어 이를 기각할 것이다. 이와 결론을 일부 달리한 제1심판결은 부당하므로 원고가 이 법원에서 확장 및 감축한 청구를 포함하여 제1심판결을 주문 제1의 가, 나항과 같이 변경한다.
[별지 생략]

판사 김용빈(재판장) 박재우 정승규