증여세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2018.08.23 / 시행일:

【원 고】 원고 1 외 1인(소송대리인 법무법인 정향 담당변호사 오치선)
【피 고】 성북세무서장 외 1인
【변론종결】2018. 6. 28.
【주 문】
1. 피고들이 2016. 12. 1. 원고들에 대하여 한 별지 [표 1]의 각 2014년 귀속 증여세(가산세 포함) 부과처분 및 같은 표의 각 2015년 귀속 증여세(가산세 포함) 부과처분 중 별지 [표 2] 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
2. 원고들의 각 나머지 청구를 각 기각한다. 
3. 소송비용 중 2/5는 원고들이, 나머지는 피고들이 각 부담한다. 

【청 구 취 지】피고들이 2016. 12. 1. 원고들에 대하여 한 별지 [표 1] 기재 각 증여세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 주식회사 두양주택(이하 ‘두양주택’이라 한다)과 주식회사 두양엔지니어링(이하 ‘두양엔지니어링’이라 하고, 두양주택과 합하여 ‘이 사건 각 회사’라 한다)은 부동산임대업을 영위하고 있는 법인이고, 원고들과 부 소외인, 모 소외 2가 이 사건 각 회사 발행주식 100%를 소유하고 있는데, 주식의 보유현황은 다음 표 기재와 같다.
주주두양주택두양엔지니어링원고 127,000주(45%)40,500주(25%)원고 227,000주(45%)40,500주(25%)소외인3,000주(5%)56,700주(35%)소외 23,000주(5%)24,300주(15%)합계60,000주(100%)162,000주(100%)
　
 나. 서울지방국세청장은 2016. 9. 5.부터 2016. 10. 23.까지 원고들에 대한 증여세 조사를 실시한 후 원고들의 부 소외인이 2014년과 2015년에 이 사건 각 회사에 다음 표 기재와 같이 금전을 무상으로 대여한 것을 확인하였다.
(단위: 백만 원)회사명사업연도대여금두양주택20149,52920159,529두양엔지니어링20146,62820156,576
　
 다. 이에 서울지방국세청장은 주주인 원고들이 상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제41조의 특정법인과의 거래를 통한 이익을 증여받았다고 보아, 상속세 및 증여세법 시행령[2014년 귀속 증여세와 관련하여서는 상속세 및 증여세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25195호로 개정되기 전의 것)이, 2015년 귀속 증여세와 관련하여서는 상속세 및 증여세법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정되기 전의 것)이 각 적용되는데, 이하 위 각 시행령을 별도로 구분할 필요가 없는 경우 ‘상증세법 시행령’이라고만 하고, 구분할 필요가 있는 경우에는 ‘2014년 개정 전 상증세법 시행령’과 ‘2014년 개정 후 상증세법 시행령’이라 한다] 제31조 제6항(이하 2014년 개정 전 상증세법 시행령 제31조 제6항과 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조 제6항을 합하여 ‘이 사건 상증세법 시행령 조항’이라 한다)에 따라 다음 [표 1] 기재와 같이 이 사건 각 회사의 이익을 산정한 후 다음 [표 2] 기재와 같이 원고들에 대한 증여재산가액을 산정하여 피고들에게 과세자료로 통보하였다.
[표 1]
(단위: 원)연도구분계정과목차입금(연도말)차입금 적수적용이자율거래이익법인세 산출세액각 사업연도 소득금액법인세 상당액회사의 이익2014두양엔지니어링주임종단기채무6,628,958,9342,405,816,369,9628.50%560,258,6069,333,12493,331,2439,333,124550,925,4822015두양엔지니어링주임종단기채무6,576,248,6532,397,104,812,1708.50%558,229,88714,262,721142,627,21114,262,721543,967,1662014두양주택주임종단기채무지급어음 장기차입금14년 소계　3,529,520,000 6,000,000,000　302,824,090,873 1,288,274,800,0002,190,000,000,0003,781,098,890,8738.50%8.50%8.50%8.50%70,520,678300,009,200510,000,000880,529,87813,496,533134,965,33213,496,533867,033,3452015두양주택주임종단기채무지급어음 장기차입금 15년 소계3,529,520,000 6,000,000,000299,456,175,2591,288,274,800,0002,190,000,000,0003,777,730,975,2598.50%8.50%8.50%8.50%69,736,369300,009,200510,000,000879,745,56919,357,940193,579,40519,357,940860,387,629
　
[표 2]
(단위: 원)연도구분주주명지분율주주별증여이익중여재산가액　　　2014　　　　　　두양주택　　　소외인소외 2원고 1원고 2합계5%5% 45%45%100%43,351,66743,351,667390,165,005390,165,005867,033,344-　390,165,005390,165,005780,330,010　　　2015　　　　　두양주택　　소외인소외 2원고 1원고 2합계5%5% 45%45%100%43,019,38143,019381387,174,433387,174,433860,387,628-　387,174,433 387,174,433774,348,866　　2014　　　　두양엔지니어링　　소외인소외 2원고 1원고 2합계35%15%25%25%100%192,823,91882,638,822 137,731,370137,731,370550,925,480-　137,731,370 137,731,370 275,462,740　2015　　　두양엔지니어링　소외인소외 2원고 1원고 2합계35% 15%25%25%100%190,388,508 81,595,074135,991,791135,991,791543,967,164-　135,991,791135,991,791271,983,582
 라. 피고들은 2016. 12. 1. 이에 따라 원고들에 대하여 다음 표 기재와 같이 증여세(가산세 포함)를 각 결정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
원고피고증여세(원)비고1성북세무서장278,956,4602014. 1. 1. 증여분289,055,1702015. 1. 1. 증여분2서초세무서장273,669,1102014. 1. 1. 증여분287,594,9302015. 1. 1. 증여분
 마. 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 2017. 2. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 4. 19. 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 4, 8, 12, 13호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고들의 주장
 다음과 같은 이유로 이 사건 각 처분은 위법하다.
 1) 두양주택의 결손법인 해당 등
 두양주택은 회계 및 세무상 이월결손금이 존재하는 결손금이 있는 법인에 해당하고, 결손금이 있는 법인에 재산의 무상제공 등이 있었던 경우 이 사건 상증세법 시행령 조항이 무효이므로 두양주택에 대한 증여이익을 산정할 수 없는 경우에 해당한다.
 2) 2014년 귀속 증여세의 위법
 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조 제6항은 2014. 2. 21. 개정되어 시행되었는데 부칙 제2조에 따르면 2014년 개정 후 상증세법 시행령은 그 시행 후 증여받는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로 위와 같은 규정에 근거한 2014. 1. 1. 증여분에 대한 증여세 부과는 소급과세원칙에 어긋난다. 특히 상증세법 제41조 제1항이 규정한 ‘지배주주와 그 친족이 지배하는’의 의미가 추상적이고 불명확하여 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조 제1항에서 그 범위를 규정하고 있는 것인바, 과세요건 명확주의에도 어긋난다. 
 3) 이 사건 상증세법 시행령 조항의 무효
 이 사건 상증세법 시행령 조항은 상증세법 제41조가 주주 등이 보유한 특정법인 주식 등의 가액 증가분의 정당한 계산방법에 관한 사항만을 대통령령에 위임한 규정임에도 불구하고 특정법인에 재산의 무상제공 등이 있으면 그 자체로 주주 등이 이익을 얻은 것으로 간주함으로써 주주등이 실제로 얻은 이익의 유무나 다과와 무관하게 증여세 납세의무를 부담하도록 정하고 있어 모법의 규정취지에 반할 뿐 아니라 그 위임범위를 벗어나 무효이다.
 4) 증여세액 산정 위법
 이 사건 각 회사의 주식 평가를 함에 있어서 보충적 평가방법에 따라 순자산가치로만 계산하여야 할 근거가 없고, 부동산과다보유법인이라고 하더라도 보충적 평가방법에 의할 때 순자산가치 이외에 순손익가치를 고려하여야 하며, 증여재산가액을 주식가액 증가분과 동일하다고 볼 수 없고, 게다가 피고들은 이 사건 각 처분에 있어서 주식가액 증가분에 근거하여 증여세를 산정하지도 않았으므로 증여세액의 산정이 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실
 1) 두양주택은 1991. 3. 25. 주택건설업, 부동산매매 및 임대업 등을 사업목적으로 하여 설립된 법인이고, 두양엔지니어링은 1991. 3. 25. 의장 공사업, 부동산 매매 및 임대업 등을 사업목적으로 하여 설립된 법인이다. 이 사건 각 회사의 임원에 관한 사항 중 원고들과 관련된 주요 내용은 다음 표 기재와 같다.
두양주택이름직책선임사임소외인대표이사1997. 2. 20.2004. 11. 22.이사1997. 2. 20.　감사1994. 3. 25.1997. 3. 5.소외 2이사1994. 3. 25.2012. 3. 25.감사2012. 3. 25.　원고 1대표이사2004. 11. 22.　이사2004. 11. 22.　원고 2대표이사2004. 11. 22.2017. 8. 21.이사 2004. 11. 22.2017. 8. 21.
두양엔지니어링이름직책선임사임소외인대표이사1994. 4. 11.　이사1994. 3. 25.　소외 2이사1994. 3. 25. 2010. 9. 27.감사2013. 9. 27.2016. 3. 3.원고 1이사2008. 7. 30.　원고 2이사 2010. 9. 27.　
 2) 이 사건 각 회사의 주식변동현황은 다음 표 기재와 같다.
(단위: 주)두양주택성명＼기준일1998. 12. 31.1999. 12. 31.2003. 12. 31.소외인24,00018,0003,000소외 3주1)12,0006,0000소외 212,00012,0003,000원고 16,00012,00027,000원고 26,00012,00027,000
소외 3
두양엔지니어링성명＼기준일1997. 12. 31.1999. 12. 31.2005. 12. 31.2007. 12. 31.소외인50,40031,50040,50056,700소외 312,60010,00016,2000소외 225,20015,00024,30024,300원고 118,90031,50040,50040,500원고 218,90031,50040,50040,500
 3) 이 사건 각 회사의 2013. 12. 31. 기준 표준대차대조표의 주요 내용은 다음 표 기재와 같다.
(단위: 원)두양주택계정과목금액계정과목금액Ⅰ. 유동자산71,381,758Ⅱ. 비유동자산11,007,158,765 (1) 당좌자산71,381,758 (1) 투자자산0 1. 현금 및 현금성자산12,278,392 (2) 유형자산10,940,208,765 2. 단기예금193,683 1. 토지10,248,444,435 6. 미수금58,450,000 2. 건물143,093,015 9. 기타459,683 7. 차량운반구21,046,815 (2) 재고자산0 9. 기타527,624,500　　 (3) 무형자산0　　 (4) 기타비유동자산66,950,000　　 4. 보증금66,950,000　　자산총계(Ⅰ+Ⅱ)11,078,540,523　Ⅰ. 유동부채4,799,738,972Ⅲ. 자본금 300,000,000 1. 매입채무3,529,520,000 1. 보통주자본금300,000,000 3. 미지급법인세13,216,829Ⅳ. 자본잉여금0 10. 기타1,257,002,143Ⅴ. 자본조정0 Ⅱ. 비유동부채6,147,241,667Ⅵ. 기타포괄손익누계액0 3. 장기차입금6,000,000,000Ⅶ. 이익잉여금-168,440,116 ③ 기타6,000,000,000 6. 미처분이익잉여금 또는 미처리결손금-168,440,116 5. 퇴직급여충당부채117,241,667　　 12. 기타30,000,000　　부채총계(Ⅰ+Ⅱ)10,946,980,639자본총계(Ⅲ~Ⅷ)131,559,884　　부채와 자본총계11,078,540,523
두양엔지니어링계정과목금액계정과목금액Ⅰ. 유동자산124,077,066Ⅱ. 비유동자산7,427,935,467 (1) 당좌자산124,077,066 (1) 투자자산90,323,280 1. 현금 및 현금성자산64,969,280 (2) 유형자산7,240,407,387 6. 미수금59,107,786 1. 토지6,578,672,180　　 2. 건물65,767,891　　 6. 건설용 장비80,151　　 7. 차량운반구87,130,647　　 9. 기타508,756,518　　 (4) 기타비유동자산97,204,800　　자산총계(Ⅰ+Ⅱ)7,552,012,533　Ⅰ. 유동부채41,900,222Ⅲ. 자본금 810,000,000 3. 미지급법인세695,137 1. 보통주자본금810,000,000 10. 기타41,205,065Ⅳ. 자본잉여금　Ⅱ. 비유동부채6,634,685,934Ⅴ. 자본조정　 3. 장기차입금6,628,958,934Ⅵ. 기타포괄손익누계액-20,261,501 ② 주주ㆍ임원ㆍ종업원 6,628,958,934Ⅶ. 이익잉여금85,687,905　　 6. 미처분이익잉여금 또는 미처리결손금85,687,905부채총계(Ⅰ+Ⅱ)6,676,586,129자본총계(Ⅲ~Ⅷ)875,426,404　　부채와 자본총계7,552,012,533
 또한, 두양주택의 2014. 12. 31. 기준 자산의 총계는 11,044,382,468원이고, 그 중 토지는 10,248,444,435원, 건물은 144,792,860원(감가상각누계액은 5,319,666원)이며, 두양엔지니어링의 자산의 총계는 7,575,236,343원이고, 그 중 토지는 6,578,672,180원 건물은 132,775,010원(감가상각누계액은 67,007,119원)이다.
 4) 두양주택의 2004년부터 2008년까지 자본금과 적립금 조정명세서의 주요 내용은 다음 표 기재와 같다.
2004년(단위: 원)사업연도일반결손금감소내역잔액기공제액당기공제액계기한 내기한 경과계1998. 12.64,525,33350,862,290050,862,290013,663,04313,663,0431999. 12.43,935,285043,935,28543,935,2850002000. 12.48,808,965048,808,96548,808,9650002001. 12.62,263,263032,933,36332,933,36329,329,900029,329,9002002. 12.72,605,36300072,605,363072,605,363계292,138,20950,862,290125,677,613176,539,903101,935,26313,663,043115,598,306
2005년(단위: 원)사업연도일반결손금감소내역잔액기공제액당기공제액계기한 내기한 경과계1998. 12.64,525,33350,862,290050,862,290013,663,04313,663,0432001. 12.62,263,26332,933,36312,662,11845,595,48116,667,782016,667,7822002. 12.72,605,36300072,605,363072,605,363계199,393,95983,795,65312,662,11896,457,77189,273,14513,663,043102,936,188
　
2006년(단위: 원)사업연도일반결손금감소내역잔액기공제액당기공제액계기한 내기한 경과계1998. 12.64,525,33350,862,290050,862,290013,663,04313,663,0432001. 12.62,263,26345,595,48116,667,78262,263,2630002002. 12.72,605,363017,948,97317,948,97354,656,390054,656,390계199,393,95996,457,77134,616,755131,074,52654,656,39013,663,04368,319,433
2007년(단위: 원)사업연도일반결손금감소내역잔액기공제액당기공제액계기한 내기한 경과계1998. 12.64,525,33350,862,290050,862,290013,663,04313,663,0432001. 12.62,263,26362,263,263062,263,2630002002. 12.72,605,36317,948,97354,656,39072,605,3630054,656,390계199,393,959131,074,52654,656,390185,730,916013,663,04368,319,433
2008년(단위: 원)사업연도일반결손금감소내역잔액기공제액당기공제액계기한 내기한 경과계1998. 12.64,525,33350,862,290050,862,290013,663,04313,663,043계64,525,33350,862,290050,862,290013,663,04313,663,043
 5) 두양엔지니어링, 소외인은 1999. 12. 30. 서울 노원구 (주소 생략) 대 19,448㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 중 각 1/2 지분에 관하여 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마쳤고, 두양주택은 2003. 6. 18. 소외인 소유의 위 1/2 지분에 관하여 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마쳤다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증, 을 제4, 5, 11 내지 14, 17, 22호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 1) 두양주택의 결손법인 해당 여부 등
 가) 상증세법 제41조 제1항은 ‘결손금이 있거나 휴업ㆍ폐업 중인 법인 또는 제45조의3 제1항에 따른 지배주주와 그 친족이 지배하는 영리법인의 대통령령으로 정하는 주주 또는 출자자의 특수관계인이 그 특정법인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거래를 하여 그 특정법인의 주주 또는 출자자가 대통령령으로 정하는 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 특정법인의 주주 또는 출자자의 증여재산가액으로 한다’고 규정하고 있고, 제1호에서는 ‘재산이나 용역을 무상으로 제공하는 거래’를 들고 있으며, 상증세법 시행령 제31조 제1항은 ‘법 제41조 제1항에 따른 특정법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로 한다’고 규정하면서 제1호에서 ‘증여일이 속하는 사업연도까지 법인세법 시행령 제18조 제1항 제1호의 규정에 의한 결손금이 있는 법인. 이 경우 결손금은 법 제41조 제1항의 규정에 의하여 재산의 증여등에 의한 결손금 보전전의 것으로 하되, 증여일이 속하는 사업연도의 결손금은 법 제41조 제1항의 규정에 의한 재산의 증여등의 금액을 법인세법의 규정에 의하여 익금에 산입하기 전의 것으로 한다’고 규정하고 있다. 한편, 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제18조 제1항 제1호는 ‘대통령령으로 정하는 이월결손금’을 ‘법 제14조 제2항에 따른 결손금(법 제44조의3 제2항 및 제46조의3 제2항에 따라 승계받은 결손금은 제외한다)으로서 법 제13조 제1호에 따라 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액’이라고 규정하고 있고, 법인세법 제14조 제2항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다’고 규정하고 있으며, 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법‘이라 한다) 제13조는 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액’을 들고 있다.
 나) 위와 같은 규정에다가 위 인정사실에 갑 제5호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 두양주택은 2014. 1. 1. 과 2015. 1. 1. 기준 상증세법 제41조 제1항에 규정된 결손금이 있는 법인에 해당한다고 할 것이다. 
 ① 상증세법 제41조 제1항의 결손금이 있는 법인이란, 상증세법 시행령 제31조 제1항 제1호에서 규정하는 결손금이 있는 법인을 의미하는데, 이와 같은 결손금은 법인세법 제14조 제2항에 따라 해당 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우 그 금액으로서, 2009. 1. 1. 이전에 발생한 결손금의 경우에는 각 사업연도의 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생하여 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액인데, 위 상증세법 제41조 제1항은 결손금의 발생 시기에 대하여 제한을 두고 있지 않다.
 ② 상증세법 제41조 제1항에 결손금이 있는 법인을 규정한 취지는 결손금이 있는 특정법인에게 재산을 증여하여 그 증여가액을 결손금으로 상쇄시킴으로써 증여가액에 대한 법인세를 부담하지 아니하면서 특정법인의 주주 등에게 이익을 주는 변칙증여에 대하여 증여세를 과세하는데 있는바, 법인세법 제18조 제6호는 무상으로 받은 자산의 가액 등 중 공제되지 아니한 이월결손금을 보전하는데 충당된 금액을 익금에 산입하지 않도록 규정하고 있어 공제되지 아니한 결손금이 있는 경우 결손금의 발생기간에 관계없이 무상으로 받은 자산 등을 결손금을 보전하는데 충당한 경우 법인세를 부담하지 않게 된다.
 ③ 원고가 제출한 두양주택의 2013년과 2014년의 자본금과 적립금 조정명세서에 나타난 1998년도의 결손금 잔액은 13,699,043원, 2001년도의 결손금 잔액은 8,063,577원, 2002년도의 결손금 잔액은 64,185,276원이나 2004년부터 2008년까지의 자본금과 적립금 조정명세서에 따르면 2001년도와 2002년도의 결손금을 모두 공제받은 것으로 기재되어 있고, 1998년도의 결손금 잔액 13,699,043원은 공제받지 않은 것으로 되어 있는바, 2001년도와 2002년도의 결손금 잔액이 남아 있다고 볼 수는 없지만, 1998년도의 결손금 잔액이 남아 있다고 할 것이어서 결국 공제받지 아니한 결손금이 남아 있는 경우에 해당한다.
 2) 2014년 귀속 증여세 부과처분의 적법 여부
 가) 살피건대, 2014. 1. 1. 법률 제12168호로 개정된 상증세법 제41조는 개정 전에 특정법인으로 보던 결손금이 있거나 휴ㆍ폐업 중인 법인 외에 ‘제45조의3 제1항에 따른 지배주주와 그 친족이 지배하는 영리법인’을 특정법인에 포함시킴으로써 위 규정이 적용되는 흑자법인의 범위를 확대하고 있고, 2014. 2. 21. 대통령령 제25195호로 개정된 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조는 위 상증세법 규정에서 확대한 특정법인으로 ‘결손법인 및 휴ㆍ폐업 법인에 해당하지 아니하는 법인으로서 법 제45조의3 제1항에 따른 법인의 지배주주와 그 친족의 주식보유비율이 100분의 50 이상인 법인’을 규정하고 있으며, 같은 조 제5항 제2호는 위와 같은 특정법인의 경우 ‘그 특정법인의 지배주주 등과 배우자 또는 직계존비속, 그에 해당하는 자가 최대주주 등으로 있는 법인 중의 하나에 해당하는 관계에 있는 자’를 위 상증세법 규정에서 말하는 ’주주 또는 출자자의 특수관계인‘으로 규정하고 있다. 
 그런데, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하면, 두양엔지니어링의 경우 두양주택과는 달리 결손금이 존재하지 아니하고 휴ㆍ폐업 법인에도 해당하지 않는다. 따라서 두양엔지니어링은 지배주주와 그 친족의 주식보유비율이 50/100 이상인 법인으로, 상증세법 제41조 및 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조에 의해 확대된 특정법인에 해당하고, 원고들의 부(父)이자 두양엔지니어링의 대표이사인 소외인이 이 사건 회사에 대하여 금원을 무상으로 대여한 것은 상증세법 제41조 및 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조에서 말하는 특정법인의 주주 또는 출자자의 특수관계인이 특정법인에게 재산을 무상으로 제공하는 거래를 한 경우에 해당한다고 할 것이다. 
 나) 우선, 이 사건 각 처분 중 두양엔지니어링과 관련한 2014년 귀속 증여세 부분에 관하여 보건대, 2014. 1. 1. 법률 제12168호로 개정된 상증세법 제41조 제1항은 개정 전에 특정법인으로 보던 결손금이 있거나 휴업ㆍ폐업 중인 법인 외에 제45조의3 제1항에 따른 지배주주와 그 친족이 지배하는 영리법인을 특정법인에 포함시키면서 법 자체에서 ‘지배주주와 그 친족이 지배하는 영리법인’ 및 ‘그 주주 또는 출자자의 특수관계인’의 기준과 범위를 구체적으로 확정하지 않은 채 대통령령에서 정하도록 위임하고 있는데, 위 개정 상증세법 규정에서 위임한 ‘지배주주와 그 친족이 지배하는 영리법인’ 및 ‘그 주주 또는 출자자의 특수관계인’의 기준과 범위에 대하여 규정한 2014년 개정 후 상증세법 시행령은 2014. 2. 21.에서야 비로소 마련되어 시행되었고, 2014년 개정 후 상증세법 시행령 부칙 제2조는 위 시행령은 그 시행 후 상속이 개시되거나 증여받은 분부터 적용하도록 하고 있을 뿐이다. 
 그런데, 이 사건 각 처분 중 두양엔지니어링과 관련한 2014년 귀속 증여세 부분은 소외인의 무상대여로 2014. 1. 1. 원고들에 대한 이익의 증여가 있는 것으로 보아 이루어진 것인데, 위 증여일 당시에는 상증세법 제41조에서 대통령령에서 정하도록 위임한 ‘지배주주와 그 친족이 지배하는 영리법인의 범위’ 및 ‘그 주주 또는 출자자의 특수관계인’의 기준과 범위에 대해 전혀 규정하고 있지 않은 2014년 개정 전 상증세법 시행령이 시행되고 있을 뿐이다. 결국 이 사건 각 처분 중 두양엔지니어링과 관련한 2014년 귀속 증여세 부분은 상증세법 제41조에서 확장한 특정법인과 관련한 과세를 위한 시행령이 마련되지 않은 상태에서 과세를 위한 요건을 시행령에 위임한 위 법 규정만을 근거로 이루어진 것으로, 조세법률주의원칙이나 소급과세금지원칙 등에 비추어 위법하다고 하지 않을 수 없다. 따라서 이 사건 각 처분 중 두양엔지니어링과 관련한 2014년 귀속 증여세 부분은 원고들의 나머지 주장에 관하여 살펴볼 필요 없이 위법하다. 
 다) 다음으로, 이 사건 각 처분 중 두양주택과 관련한 2014년 귀속 증여세 부분에 관하여 보건대, 2014. 1. 1. 법률 제12168호로 개정되기 전의 상증세법 제41조 제1항은 ‘결손금이 있거나 휴업 또는 폐업 중인 법인의 주주 또는 출자자의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 그 특정법인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거래를 하여 그 특정법인의 주주 또는 출자자가 대통령령으로 정하는 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 특정법인의 주주 또는 출자자의 증여재산가액으로 한다’고 규정하고 있어 그 결손금이 있는 법인을 대상에 포함하고 있었고, 상증세법 시행령 제31조 제1항 제1호는 위 상증세법 제41조 제1항의 ‘결손금이 있는 법인’에 대하여 ‘증여일이 속하는 사업연도까지 법인세법 시행령 제18조 제1항 제1호의 규정에 의한 결손금이 있는 법인. 이 경우 결손금은 법 제41조 제1항의 규정에 의하여 재산의 증여 등에 의한 결손금 보전전의 것으로 하되, 증여일이 속하는 사업연도의 결손금은 법 제41조 제1항의 규정에 의한 재산의 증여 등의 금액을 법인세법의 규정에 의하여 익금에 산입하기 전의 것으로 한다’고 규정하고 있었다.
 그러나, 앞서 본 바와 같이 상증세법 제41조 제1항에 결손금이 있는 법인을 규정한 취지는 결손금이 있는 특정법인에게 재산을 증여하여 그 증여가액을 결손금으로 상쇄시킴으로써 증여가액에 대한 법인세를 부담하지 아니하면서 특정법인의 주주 등에게 이익을 주는 변칙증여에 대하여 증여세를 과세하는데 있는바, 뒤에서 보는 바와 같이 2014년 개정 전 상증세법 시행령 제31조 제6항이 모법의 위임범위를 벗어나 무효라고 하더라도 2014년 개정 전 상증세법 시행령 제31조 제6항은 ‘법 제41조 제1항의 규정에 의한 이익은 다음 각 호의 1에 해당하는 이익(제1항 제1호의 규정에 해당하는 법인의 경우에는 당해 결손금을 한도로 한다)에 제5항에 규정된 자의 주식 또는 출자지분의 비율을 곱하여 계산한 금액(당해 금액이 1억 원 이상인 경우에 한한다)으로 한다’라고 규정하여 결손금이 있는 법인의 경우에는 결손금을 이익의 한도로 한 점, 피고들은 두양주택을 지배주주와 그 친족이 지배하는 영리법인으로 보아 증여재산가액을 산정하였으나, 두양주택이 위와 같이 결손법인에 해당하는 이상, 두양주택의 결손금은 13,663,043원에 불과하므로 위 결손금에 원고들의 두양주택의 지분율을 곱한 금액이 1억 원에 미치지 못하게 되어 2014년 개정 전 상증세법 시행령 제31조 제6항에 따른 과세대상도 아니게 된 점, 앞서 본 바와 같이 지배주주와 그 친족이 지배하는 영리법인의 주주등에게 2014. 1. 1.을 기준으로 한 증여세 부과처분은 상증세법 제41조에서 확장한 특정법인과 관련한 과세를 위한 시행령이 마련되지 않은 상태에서 과세를 위한 요건을 시행령에 위임한 위 법 규정만을 근거로 이루어진 것으로 조세법률주의원칙이나 소급과세금지원칙 등에 비추어 위법한 점 등을 종합하면 보면, 두양주택과 관련한 2014년 귀속 증여세 부분도 위법하다고 하지 않을 수 없다. 따라서 이 사건 각 처분 중 두양주택과 관련한 2014년 귀속 증여세 부분도 원고들의 나머지 주장에 관하여 살펴볼 필요 없이 위법하다. 
 라) 따라서 소외인이 2014. 1. 1. 기준 두양엔지니어링, 두양주택에 무상으로 금전을 대여하였음을 이유로 한 2014년 귀속 증여세 부과처분은 모두 위법하다.
 3) 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조 제6항의 무효 여부
 가) 상속세 및 증여세법(2003. 12. 30. 법률 제7010호로 개정되어 2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항(이하 ‘2003년 개정 법률 조항’이라 한다)은 결손금이 있거나 휴업 또는 폐업 중인 법인(특정법인)의 주주 또는 출자자와 특수관계에 있는 자가 당해 특정법인과 다음 각 호의 1에 해당하는 거래를 통하여 당해 특정법인의 주주 또는 출자자가 ‘이익을 얻은 경우’에는 그 이익에 상당하는 금액을 당해 특정법인의 주주 또는 출자자의 증여재산가액으로 한다고 규정하고, 제2항은 그 이익의 계산방법을 대통령령에 위임하였다. 한편 2014년 개정 전 상증세법 시행령 제31조 제6항은 ‘2003년 개정 법률 조항에 의한 이익은 증여재산가액 등(결손금이 있는 법인의 경우에는 당해 결손금을 한도로 한다)에 그 최대주주 등의 주식 등의 비율을 곱하여 계산한 금액(당해 금액이 1억 원 이상인 경우에 한한다)으로 한다’고 규정하고 있다.
 2003년 개정 법률 조항은 특정법인과의 일정한 거래를 통하여 최대주주 등이 ‘이익을 얻은 경우’에 이를 전제로 그 ‘이익의 계산’만을 시행령에 위임하고 있음에도 2014년 개정 전 상증세법 시행령 제31조 제6항은 특정법인이 얻은 이익이 바로 ‘주주 등이 얻은 이익’이 된다고 보아 증여재산가액을 계산하도록 하였다. 또한 2003년 개정 법률 조항에 의하면 특정법인에 대한 재산의 무상제공 등이 있더라도 주주 등이 ‘실제로 얻은 이익이 없다면’ 증여세 부과대상에서 제외될 수 있으나, 2014년 개정 전 상증세법 시행령 제31조 제6항에 의하면 특정법인에 재산의 무상제공 등이 있는 경우 그 자체로 주주 등이 이익을 얻은 것으로 간주되어 증여세 납세의무를 부담하게 된다. 결국 2014년 개정 전 상증세법 시행령 제31조 제6항은 모법인 2003년 개정 법률 조항의 규정 취지에 반할 뿐만 아니라 그 위임범위를 벗어난 것이다(대법원 2009. 3. 19. 선고 2006두19693 전원합의체 판결 참조).
 나) 한편 2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정된 상속세 및 증여세법 제41조 제1항(이하 ‘2010년 개정 법률 조항’이라 한다)은 종전에 특정법인의 주주 등이 ‘이익을 얻은 경우’라고만 하던 것을 ‘대통령령으로 정하는 이익을 얻은 경우’로 그 문언이 일부 변경되었으나, 2014년 개정 전 상증세법 시행령 제31조 제6항은 2014. 2. 21. 대통령령 제25195호로 개정되기 전까지 그대로 존치되어 왔다. 그런데 증여세의 과세체계와 증여 및 증여재산의 개념 등에 비추어 볼 때 이는 여전히 특정법인에 대한 재산의 무상제공 등으로 인하여 그 주주 등이 상증세법상 증여재산에 해당하는 이익을 얻었음을 전제로 하는 규정으로 보아야 하고, 재산의 무상제공 등의 상대방이 특정법인인 이상 그로 인하여 주주 등이 얻을 수 있는 ‘이익’은 그가 보유하고 있는 특정법인 주식 등의 가액 증가분 외에 다른 것을 상정하기 어렵다. 따라서 2010년 개정 법률 조항은 그 문언의 일부 개정에도 불구하고 2003년 개정 법률 조항과 마찬가지로 재산의 무상제공 등 특정법인과의 거래를 통하여 특정법인의 주주 등이 이익을 얻었음을 전제로 하여 그 이익, 즉 ‘주주 등이 보유한 특정법인 주식 등의 가액 증가분’의 정당한 계산방법에 관한 사항만을 대통령령에 위임한 규정이라고 볼 것이다. 그런데 2014년 개정 전 상증세법 시행령 제31조 제6항은 특정법인에 재산의 무상제공 등이 있으면 그 자체로 주주 등이 이익을 얻은 것으로 간주함으로써, 주주 등이 실제로 얻은 이익의 유무나 다과와 무관하게 증여세 납세의무를 부담하도록 정하고 있으므로, 결국 2014년 개정 전 상증세법 시행령 제31조 제6항은 모법인 개정 법률 조항의 규정 취지에 반할 뿐만 아니라 그 위임범위를 벗어난 것으로서 2010. 1. 1. 상증세법 개정에도 불구하고 여전히 무효라고 봄이 타당하다(대법원 2017. 4. 20. 선고 2015두45700 전원합의체 판결 참조).
 다) 나아가 2014. 1. 1. 법률 제12168호로 개정된 상증세법 제41조는 지배주주와 그 친족이 지배하는 일부 영리법인도 과세대상에 포함시킴으로써 위 규정이 적용되는 흑자법인의 범위를 확대하고 있고, 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조 제6항은 위 상증세법 규정에 의한 이익을 ‘증여재산가액 등에서 납부 법인세액에 대한 소득금액 중 증여재산가액 비율 상당액을 공제한 금액에 그 최대주주 등의 주식 등의 비율을 곱하여 계산한 금액(당해 금액이 1억 원 이상인 경우에 한한다)’으로 규정하고 있다. 그런데 위 상증세법 규정은 특정법인의 범위를 확대하고 있을 뿐, 나머지 과세요건에 대하여는 2010년 개정 법률 조항과 동일하게 규정하고 있으므로, 여전히 특정법인에 대한 재산의 무상제공 등으로 인하여 그 주주 등이 상증세법상 증여재산에 해당하는 이익을 얻었음을 전제로 하는 규정으로 보아야 하고, 재산의 무상제공 등의 상대방이 특정법인인 이상 그로 인하여 주주 등이 얻을 수 있는 ‘이익’은 그가 보유하고 있는 특정법인 주식 등의 가액 증가분 외에 다른 것을 상정하기 어렵다. 따라서 상증세법 제41조는 그 문언의 일부 개정에도 불구하고 2003년 및 2010년 개정 법률 조항과 마찬가지로 재산의 무상제공 등 특정법인과의 거래를 통하여 특정법인의 주주 등이 이익을 얻었음을 전제로 하여 그 이익, 즉 ‘주주 등이 보유한 특정법인 주식 등의 가액 증가분’의 정당한 계산방법에 관한 사항만을 대통령령에 위임한 규정이라고 볼 것이다. 그런데 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조 제6항은 상증세법 제41조에서 특정법인을 확대하여 규정한 데에 따른 이중과세의 문제를 고려하여 수증자의 증여이익을 산출함에 있어 특정법인과의 거래와 관련하여 특정법인이 부담한 법인세를 공제하는 것으로 그 내용이 일부 변경되었으나, 특정법인에 재산의 무상제공 등이 있으면 그 자체로 주주 등이 이익을 얻은 것으로 간주함으로써, 주주 등이 실제로 얻은 이익의 유무나 다과와 무관하게 증여세 납세의무를 부담하도록 정하고 있는 것은 2014년 개정 전 상증세법 시행령 조항과 동일하다고 할 것이므로, 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조 제6항 역시 모법인 상증세법 제41조의 규정 취지에 반할 뿐만 아니라 그 위임범위를 벗어난 것으로서 무효라고 봄이 타당하다. 
 4) 2015년 귀속 증여세 부과처분의 적법 여부
 가) 살피건대, 이 사건 각 처분 중 2015년 귀속 증여세 부과처분은 2015. 1. 1. 원고들에 대한 이익의 증여가 있는 것으로 보아 이루어진 것인데, 위에서 본 바와 같이 당시 시행 중이던 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조 제6항은 무효이므로, 위 시행령 조항을 적용하여 증여세를 과세할 수 없다고 할 것이나, ① 상증세법 제41조는 특정법인에 대한 증여를 통하여 증여자와 특수관계에 있는 특정법인의 주주가 조세의 부담 없이 또는 조세의 부담을 완화하여 이익을 얻는 것을 방지하기 위한 데 그 입법취지가 있는 점, ② 상증세법 제41조 제1항은 특정법인의 주주 또는 출자자의 특수관계인이 그 특정법인에게 재산 등을 무상으로 제공하는 거래 등을 통해 특정법인의 주주 등이 이익을 얻었음을 전제로 하여 그 특정법인의 주주 또는 출자자가 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 특정법인의 주주 또는 출자자의 증여재산가액으로 하여 증여세를 과세하도록 규정하고 있는 점, ③ 재산의 무상제공 등의 상대방이 특정법인인 이상 그로 인하여 주주 등이 얻을 수 있는 이익은 그가 보유하고 있는 특정법인 주식 등의 가액 증가분 외에 다른 것을 상정하기 어려운 점 등을 고려할 때, 이 사건 각 처분 중 2015년 귀속 증여세 부과처분은 위와 같이 2014년 개정 후 상증세법 시행령 제31조 제6항이 무효라고 하여 곧바로 위법하다고 할 수는 없고, 무상대여로 인하여 원고들이 보유한 이 사건 각 회사의 주식가치 증가가 있는지 여부를 살펴서 그 적법 여부를 판단하여야 할 것이다. 
 나) 나아가 원고들이 보유한 이 사건 각 회사 주식은 비상장주식으로 그에 관한 객관적인 교환가치를 적정하게 반영할 매매실례가 있는 것으로 보이지 않고, 다른 방법으로 그 시가를 산정하기도 어려우므로, 위 주식의 가액은 상증세법 시행령 제54조에 따른 보충적 평가방법에 의해 산정하여야 할 것인데, 2014년도 말 기준으로 두양주택의 경우 자산 총액 대비 부동산 보유비율이 94%, 두양엔지니어링은 88%에 달하므로 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목 및 상속세 및 증여세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26069호로 개정되기 전의 것) 제54조 제4항 제4호의 규정에 따라 순자산가치만을 기준으로 산정하여야 하고, 2015. 1. 1. 기준 두양주택 주식의 1주당 가액은 274,392원, 두양엔지니어링 주식 1주당 가액은 130,505원인 반면, 소외인의 무상대여를 고려하여 산정한 2015. 1. 1. 기준 두양주택 주식의 1주당 가액은 259,730원, 두양엔지니어링 주식 1주당 가액은 127,059원이고 원고들은 각 두양주택 주식 27,000주와 두양엔지니어링 주식 40,500주를 보유하고 있으므로 원고들의 주식가치 증가이익은 각 535,437,000원(두양주택 395,874,000원 + 두양엔지니어링 139,563,000원) 상당이라고 할 것이고, 구체적인 산정 내역은 다음 표 기재와 같다.
(단위: 원)기준구분이자상당액(차입금적수*8.5%)주당평가액1주당 차액(③=②-①)④ 주식수증여재산가액（=③×④）① 이자지급② 이자미지급2015. 1. 1.두양주택879,745,569259,730274,392(+)14,66227,000주395,874,000두양엔지니어링558,229,887127,059130,505(+) 3,44640,500주139,563,000합계535,437,000
 다) 이에 대하여 원고들은 이 사건 각 회사의 주식의 평가를 상증세법상 보충적 평가방법에 의하여 산정할 수는 없다고 주장하나, 이 사건 각 회사의 주식변동현황 등에 따르면 이 사건 각 회사는 원고들과 소외인, 소외 2가 지배하는 가족회사일 뿐만 아니라 이 사건 각 회사 주식에 대하여 객관적인 교환가치에 의한 매매 등이 이루어졌다는 자료도 없으므로 원고들의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
 라) 그런데 앞서 본 바와 같이 원고들에 대한 2014년 귀속 증여세 부과처분이 위법하여 2014. 1. 1. 기준 증여재산가액이 있다고 볼 수 없으므로, 2015. 1. 1. 기준 증여재산가액만을 기준으로 2015년 귀속 증여세를 산정할 경우 원고들에 대한 정당한 세액은 아래 표 기재와 같으므로, 2015년 귀속 증여세 부과처분 중 아래 표 ‘정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.
(단위: 원)구분원고 1원고 2증여세 과세가액535,437,000 535,437,000 재차증여가산액918,820,391 829,300,019 증여재산공제50,000,000 50,000,000 과세표준1,404,257,391 1,314,737,019 산출세액401,702,956 365,894,808 기납부세액공제212,644,224 178,440,552 결정세액189,058,732 187,454,256 신고불성실가산세37,811,746 37,490,851 납부불성실가산세33,009,655 32,729,513 정당한 세액주6)259,880,130 257,674,620 
정당한 세액
 5) 소결
 결국 피고들의 이 사건 각 처분 중 2014년 귀속 증여세 부과처분은 모두 위법하므로 취소되어야 하고, 2015년 귀속 증여세 부과처분 중 원고 1에 대한 289,055,170원 중 위 259,880,130원을 초과하는 부분과 원고 2에 대한 287,594,930원 중 위 257,674,620원을 초과하는 부분은 모두 위법하므로 취소되어야 한다.
3. 결론
 그렇다면 원고들의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
 (별지 생략)

판사 윤경아(재판장) 강동훈 김주성