부가가치세환급청구거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2012.01.12 / 시행일:

【원 고】 왕십리뉴타운1구역주택재개발정비사업조합 (소송대리인 변호사 안병민)
【피 고】 성동세무서장
【변론종결】2011. 11. 29.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2009. 2. 25. 원고에 대하여 한 2008년 제2기분 부가가치세 158,550,833원의 환급청구거부처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 서울특별시 성동구청장으로부터 2006. 12. 22. 조합설립인가를, 2007. 8. 10. 사업시행인가를, 2008. 9. 10. 관리처분계획인가를 각 받은 도시 및 주거환경정비법상 주택재개발정비사업조합으로 서울 성동구 하왕십리 일대를 사업시행구역으로 하여 주택재개발정비사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진 중에 있다. 
 나. 원고는 2008년 제2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 이 사건 사업의 시행에 따른 총 매입세액 752,129,461원 중 토지 관련 매입세액 15,726,075원(소유권이전 및 대지조성 비용)을 제외한 시공사 등(설계회사 및 철거회사 포함)의 매출로 인한 공통매입세액 309,099,598원 및 기타 공통매입세액 427,303,788원에 대하여 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항, 제4항, 제61조의2 제2호에 따라 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 매입세액을 안분계산하여 공제되는 매입세액을 산정한 후 180,848,548원을 환급세액으로 신고하였다.
 다. 그러나 피고는 위 토지 관련 매입세액 외에도 원고가 공통매입세액으로 신고한 철거비용, 감정평가수수료, 교통·환경영향평가비용, 측량비용, 소송비용 등(이하 ‘이 사건 철거비 등’이라 한다)이 매입세액이 불공제되는 토지 관련 매입세액이라고 보아 매입세액을 경정 분류하여 토지 관련 매입세액을 553,828,393원으로 확정한 후 이를 매입세액 공제대상에서 제외하고, 나머지 매입세액을 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분계산하여 공제되는 매입세액을 36,711,427원으로 산정한 다음, 여기에서 신고불성실가산세 14,413,712원을 공제하여 2009. 2. 25. 원고에 대한 2008년 제2기분 환급세액을 22,297,715원으로 결정하였다[이하 위 환급세액 결정에 따른 158,550,833원(= 180,848,548원 - 22,297,715원)의 환급거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다]. 
 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2010. 10. 29. 원고의 심판청구를 기각하였다.
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1호증, 을 1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 1) 피고는, 원고가 주택 및 상가를 건설하기 위하여 조합원들로부터 토지 및 그 지상의 기존 건축물을 취득함을 전제로 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항에 근거하여 이 사건 철거비 등을 매입세액이 불공제되는 토지 관련 매입세액이라고 보았다. 그러나 원고가 조합원들로부터 그 소유의 토지 및 그 지상의 기존 건축물을 현물출자받아 기존 건축물을 철거하고 주택 및 상가를 신축한다고 하더라도, 실질적으로는 원고의 조합원들이 그 소유의 토지 위에 있는 기존 건축물을 철거하고 주택 또는 상가를 재건축하는 것이지, 원고가 조합원들로부터 건축물이 있는 토지를 취득한 것으로 볼 수는 없으므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 철거비 등을 토지 관련 매입세액으로 보아 원고의 환급청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
 2) 설령 그렇지 않다고 하더라도, 기존 건축물의 철거비용은 토지 관련 매입세액으로 볼 수 있으나, 나머지 매입세액인 감정평가수수료, 환경·교통영향평가비용, 측량비용, 소송비용, 정비기반시설 토목설계비, 정비기반시설 설치비는 원고의 사업비에 해당할 뿐 토지 관련 매입세액으로 볼 수는 없으므로, 피고가 위 각 비용을 토지 관련 매입세액으로 보아 위 각 비용과 관련한 매입세액을 불공제한 것은 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실
 1) 이 사건 사업의 시행에 따라 건축이 예정된 주택 및 상가의 면적과 그와 관련한 부가가치세 매출구조는 아래 표와 같다.
 (단위 : ㎡, 소수점 이하 면적은 버림) 구분 조합원 분양분 일반분양분 등 국민주택 규모 이하 주택 비과세 91,849 면세 95,595 국민주택 규모 초과 주택 비과세 47,263 과세 37,820 상가 비과세 9,540 과세 - 
 2) 이 사건에서 문제되는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항, 제61조의2 제2호에 따른 매입세액 안분계산에 관한 원고의 신고내역과 피고의 경정내역은 아래 표와 같다(아래 표 기재의 공제율에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다).
 (단위 : 원) 구분 신고내역 경정내역 공제율 공제세액 토지 관련 매입세액 합계 15,726,075 553,828,393 0% 0 철거비용 362,730,543 = ① + ② - 감정평가수수료 122,379,400 = ③ 환경영향평가비용 3,700,000 = ④ 교통영향평가비용 10,727,273 = ⑤ 정비기반시설 토목설계비용 818,182 = ⑥ 측량비용 12,365,100 = ⑦ 소송비용 23,181,820 = ⑧ 정비기반시설 설치비용 2,200,000 = ⑨ 소유권이전 및 대지조성비용 15,726,075 15,726,075 시공사 등 매입세액 합계 309,099,589 38,099,600 39.97% 15,228,410 ① 철거비용 270,999,998 0 - 기타 38,099,600 38,099,600 기타 공통매입세액 합계 427,303,788 160,201,468 13.41% 21,483,017 ② 철거비용 91,730,545 0 - ③ 감정평가수수료 122,379,400 0 ④ 환경영향평가비용 3,700,000 0 ⑤ 교통영향평가비용 10,727,273 0 ⑥ 정비기반시설 토목설계비용 818,182 0 ⑦ 측량비용 12,365,100 0 ⑧ 소송비용 23,181,820 0 ⑨ 정비기반시설 설치비용 2,200,000 0 기타 160,201,468 160,201,468 합계 752,129,461 752,129,461 36,711,427 
 3) 원고는 이 사건 사업에 관한 관리처분계획에 대하여 인가를 받은 후 사업시행구역 내의 기존 건축물을 철거하는 등 토지 조성을 완료한 상태이나 주택 및 상가의 신축에 착공하지 못한 상태이다. 
 4) 위 2)항 표 기재의 철거비용은 원고의 사업시행구역 내 기존 건축물을 철거하는 데 소요된 비용, 감정평가수수료는 관리처분계획 수립을 위하여 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격을 평가함에 소요된 비용, 환경·교통영향평가비용은 이 사건 사업에 관한 사업계획을 수립함에 있어 실시하여야 할 환경·교통영향평가를 위하여 소요된 비용, 정비기반시설 토목설계비용과 정비기반시설 설치비용은 원고의 사업시행구역 내에 정비기반시설을 설치하기 위하여 소요된 비용, 측량비용은 원고의 사업시행구역 내 지적현황과 건물 및 도로현황에 대한 측량에 소요된 비용, 소송비용은 원고가 조합원들과 사이의 소송들(주거이전비지급채무부존재확인의 소, 주택재개발정비사업시행인가일부취소의 소, 관리처분계획취소의 소, 조합원지위확인의 소, 분양거부처분취소의 소, 분양대상자지위확인의 소, 건물인도의 소)과 관련하여 원고의 소송대리인인 변호사에게 수임료로 지출한 비용에 관한 각 매입세액이다.
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1 내지 20호증, 을 2 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 1) 첫 번째 주장에 대한 판단
 가) 먼저, 이 사건 사업의 시행에 따라 건축이 예정된 주택 및 상가 중 원고의 조합원들에게 공급이 예정된 주택 및 상가의 면적에 관련된 매입세액의 공제 주장에 대하여 본다.
 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액이므로[구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의것, 이하 같다) 제17조 제1항 제1호], 공제될 수 있는 매입세액이란 ‘재화의 공급’에 대한 것이어야 한다. 그런데 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의7 제3항에 의하면, 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다) 제18조의 규정에 의하여 설립된 정비사업조합이 도시정비법에 의하여 당해 정비사업에 관한 공사를 완료한 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원들에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(당해 정비사업의 시행으로 건설된 것에 한한다)은 부가가치세법 제6조의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로, 원고가 조합원들에게 분양할 주택 및 상가의 면적과 관련된 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항에 따라 불공제되는 토지 관련 매입세액으로서가 아니라, 구 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 및 구 조세특례제한법 제104조의7 제3항 규정에 따라 공제될 매입세액에서 제외되는 것이다(비록 피고가 위 조합원 분양분에 상응하는 금액을 매입세액으로 공제하지 아니하면서 그 불공제의 근거규정을 잘못 적용하였다 하더라도, 과세처분 취소소송의 심판대상은 과세처분에 의하여 확인된 조세채무인 과세표준 및 세액의 객관적 존부이므로 그 과세표준 및 세액에 오류가 없는 이상 피고의 부과처분에는 아무런 위법이 없다 할 것이다). 
 따라서 이 부분 매입세액은, 원고가 조합원들로부터 조합원 분양분 주택 및 상가가 신축될 토지를 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부와 관계없이, 공제 내지 환급의 대상이 될 수 없다 할 것이다. 
 나) 다음으로, 이 사건 사업의 시행에 따라 건축이 예정된 국민주택 규모 초과 주택 중 부가가치세 과세대상인 일반분양분 주택(이하 ‘일반분양분 주택’이라 한다)의 면적에 관련된 매입세액 공제 주장에 대하여 보건대, 이 사건 사업의 시행에 따라 일반분양분 주택이 건축되는 토지는 도시정비법상 법인으로 설립된 원고가 그 목적 사업인 주택재개발정비사업을 수행함에 따른 사업비용에 충당하기 위하여 조합원들로부터 출자받아 이를 취득한 것으로 봄이 상당하다.
 다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 2) 두 번째 주장에 대한 판단
구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 의하면, 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제1호 내지 제3호에 의하면, ‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’(제1호), ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우 철거한 건축물의 철거비용에 관련된 매입세액’(제2호), ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’(제3호)을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 불공제 대상 매입세액으로 규정하고 있는바, 원고가 공제되어야 한다고 주장하는 이 사건 철거비 등은 위 인정사실에서 본 바와 같이 궁극적으로 일반분양분 주택이 건축될 토지를 취득·조성·사용하거나 위 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용으로서 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 각 호에 해당하는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라 할 것이고(원고가 조합원들과 사이의 소송들과 관련하여 지출한 변호사 수임료는 이 사건 사업의 속행을 위한 비용이므로 그와 관련한 매입세액은 결국 일반분양분 주택이 건축될 토지의 취득과 관련된 매입세액으로 볼 수 있다), 이를 원고의 사업비로 볼 수는 없으므로, 이와 다른 전제에서 한 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
3. 결 론
 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 조일영(재판장) 김강산 김용태