법인세등부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 1999.06.23 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
기타
【주문】
1. 원고의 갑종근로소득세 363,896,680원의 부과처분에 대한 소를 각하한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 이 사건 부과처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1~3, 갑제2호증의 1~2, 갑제6~7호증, 갑제8호증의 1~2, 갑제11호증, 갑제42~45호증, 갑제46호증의 10, 갑제56호증, 을제1호증의 1~5, 을제2호증의 1~3, 을제3호증의 1~3, 을제4호증의 1~2, 을제5호증의 1~2, 을제6호증, 을제9호증의 1~18, 을제11호증의 1~4, 을제12호증의 1~2, 을제13호증의 1~5의 각 기재를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
가. 원고는 1988. 4. 22.윤종수로부터 서울 관악구신림동 산 28의9임야 1,429㎡,같은 동 산 28의10임야 1,488㎡,같은 동 산 28의32임야 158㎡,같은 동 251의269대지 40㎡,같은 동 251의270대지 169㎡등 합계 3,284㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 매수한 후, 1988. 5. 11.서울특별시장으로부터 이 사건 토지 지상에 110세대의 12층 아파트 1동을 건설하기 위한 민영주택건설사업계획승인을 받았다. 그 후 원고는 1988. 12. 13.신동아종합건설주식회사에 도급을 주어 부지조성을 위한 토목공사에 착수하였다가 1989. 7. 3. 이 사건 토지를한국전기통신공사신림주택조합(이하 ‘주택조합’이라 한다)에 2,283,900,000원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하고 그 대금의 일부만을 지급받은 상태에서 1989. 7. 31. 주택조합 앞으로 소유권이전등기를 하여 주었다. 그러나 주택조합이 약정한 기일까지 매매잔대금을 지급하지 아니하자 1989. 12. 4. 원고는 주택조합과 사이에 같은 달 23.까지 매매잔대금 2,165,000,000원을 지급받지 못하면 주택조합 앞으로 된 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 말소하기로 하는 제소전화해를 하였다.
나. 주택조합이 위 제소전화해에 정한 날짜까지 잔대금 지급의무를 이행하지 아니하자 원고는 1989. 12. 30. 위 제소전화해조서에 기하여 주택조합 앞으로 된 위 소유권이전등기를 말소하였고, 이에 주택조합은 원고의 대표이사 박 철을 사기죄 등으로 고소하는 한편 1990. 5.경 위 말소된 소유권이전등기의 회복등기절차의 이행을 구하는 민사소송을 제기하여 다투다가 1991. 3. 22. 원고가 주택조합의 청구를 인낙함으로서 소송이 종결되고, 그 인낙조서에 기하여 1991. 4. 20. 위 말소된 주택조합 명의의 소유권이전등기의 회복등기가 경료되었다.
다. 이에 원고는 이 사건 토지의 양도시기를 위 청구인낙일인 1991. 3. 22.로 보고 그에 대한 손익의 귀속사업연도를 1991 사업연도로 하여 피고에게 법인세 과세표준 및 세액신고를 하면서 주택조합에 대한 토지양도가액을 익금으로, 장부상의 토지가액 672,857,163원 및 대지조성을 위한 토목공사비 610,915,504원을 손금으로 처리하여 신고하였다. 그러나, 피고는 1994. 8. 3. 위 토목공사비는 가공의 것으로 보고 손금산입을 부인하고 이 사건 토지의 양도로 인한 손익의 귀속연도를 주택조합에 대한 당초의 소유권이전등기일이 속한 1989 사업연도로 보아, 1991 사업연도의 귀속소득에서는 위 토지양도가액 및 토목공사비를 익금손금산입에서 제외하여 소득금액을 조정하고 대신 1989 사업연도의 귀속소득에 위 토지양도가액을 익금산입하여 산출한 소득금액에 대한 법인세 1,472,365,370원 및 그에 대한 방위세 254,277,870원을 부과하기로 결정하고, 아울러 원고가 1991 사업연도의 부가가치세 신고를 하면서 위 토목공사비를 매입세액으로 하여 매출세액에서 공제한 것을 부인하고 1991년 제1기분 부가가치세 추징분 73,309,870원을 부과하기로 결정하고 이를 원고에게 고지하였다(이하에서는 위 부가가치세 부과처분을 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라고 한다)

라. 원고가 위 법인세등 부과처분에 불복하여 심사청구 및 심판청구를 하였고, 이에 국세심판소가 1995. 11. 1. 이 사건 토지의 양도에 따른 손익의 귀속연도를 1991 사업연도로 할 것을 결정하자, 피고는 그 결정에 따라 1995. 11. 7. 원고의 1991 사업연도의 소득을 제조정하여 그에 대한 법인세 495,640,801원 및 이 사건 토지의 양도에 따른 특별부가세 470,680,485원을 합한 966,321,286원을 1991 사업연도의 법인세로 부과고지하였는데, 피고는 이 경정결정을 함에 있어서도 당초 원고가 신고한 토목공사비 610,915,604원은 손금에 산입하지 아니하였다.
마. 한편 피고는 위와 같이 손금불산입한 토목공사비 610,915,604원은구 법인세법 제32조및같은법 시행령 제94조의2의 규정에 의하여 원고의 대표이사박 철에게 귀속된 상여라고 인정하여 소득처분을 하고 1994. 8. 3. 그에 따른 소득금액변동통지를 한 다음 1995. 3. 31. 위 인정상여에 의한 소득금액에 대하여 원천징수할 갑종근로소득세 363,896, 680원을 원고에게 부과고지하였다(이하 위 갑종근로소득세 부과처분을 ‘이 사건 갑종근로소득세 부과처분’이라 한다).
바. 또한 피고는 1997. 3. 14. 원고가 위 토목공사비 610,915,604 원 중 일부인 400,000, 000원을 보전받기 위하여 아파트 13세대의 분양권을 취득하였는데 이를 매매대금에 포함하여 익금에 산입하지 아니하였다고 하여 이 사건 토지의 매매대금을 2,683,900,000원(= 2,283,900,000원 + 400,000,000원)으로 산정하고 이에 따라 법인세 246,560,097원과 특별부가세 181,540,000원을 합한 금 428,100,090원을 원고에게 추가로 부과고지하였다[이하에서는 1994. 8. 3. 1989 사업연도분으로 고지하였다가 1995. 11. 7. 1991 사업연도분으로 경정하였고 1997. 3. 14. 증액처분된 법인세 1,394,421,380(= 법인세 742,200,895원 + 특별부가세 652,220,485원)의 부과처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라고 한다].
2. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관련법령을 들어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장한다.
가. 원고는 주택조합 앞으로 된 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 제조전화해조서에 의하여 말소한 후 다시 아파트건설사업을 직접 시행하고자 추진하면서 1990. 9. 4.경 관할구청으로부터 당초의 사업시행인가상 아파트 층수가 12층으로 되어 있던 것을 18층이상으로 높이고 세대별 평수를 확장하는 내용으로 사업계획을 변경할 수 있다는 회신을 받은 다음, 당초의 사업계획에 따른 아파트 규모에 맞추어 이미 시공되어 있던 부지조성공사 부분을 확장하여 1990. 10.부터 1991. 3. 초까지 지하 2층 부분의 확장 굴토 등 토목공사를 시행하면서 610,915,604원의 비용을 지출하였고, 공사업자로부터 그 지출의 근거자료로 장비임대료 및 유류대 등에 관한 세금계산서를 교부받아 이를 첨부하여 1991년도 법인세 및 부가가치세신고를 함에 있어 위 토목공사비를 법인소득 계산상 손금으로 산입하는 한편 부가가치세 매입세액으로 공제하여 신고하였다.
나. 원고는 주택조합으로부터 아파트 13세대의 분양권을 400,000,000원으로 산정하여 양도받은 것은 원고가 시공한 위 토목공사비 상당을 보전받은 것에 불과하며, 한편 최초 매매계약시에는 주택조합으로부터 양도소득세 상당의 400,000,000원을 매매대금 이외에 별도로 지급받기로 약정하였으나 매매계약이 이행될 무렵 주택조합원들의 반대로 위 금원을 지급받지 못하였다.
다. 그런데 피고는 위 토목공사비를 가공비용이라고 하여 손금 및 매입세액으로 인정하지 아니하고 위 아파트 13세대의 분양권을 위 토목공사와는 별도로 받은 것으로 인정하여 익금에서 누락하였다고 보고 이 사건 부과처분을 하거나 그 처분사유를 변경하였으므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 위 토목공사비를 손금산입할 경우 산출되는 정당한 세액인 414,009,254원을 초과하는 부분 및 이 사건 부가가치세 부과처분과 갑종근로소득세 부과처분은 위법하고, 또한 이 사건 갑종근로소득세 부과처분은법인세법 제32조에 의한 인정상여처분을 전제로 한 것이나 그 근거법령이 헌법재판소에 의하여 위헌으로 결정되었으므로 위법하므로 취소되어야 한다.
3. 이 사건 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분에 관한 판단

가. 관련법령

(1) 법인세법 (1993. 6. 11. 법률 제4561호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다’, 제3항은 ‘제1항에서 손금이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다’고 각 규정하고, 이를 받아 법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제2항은 ‘법 제9조 제3항에서 손비라 함은 법 및 이 영에 규정된 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다’고 하면서 제1호 내지 제15호에서 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’, ‘판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비’, ‘고정자산의 수선비’등을 규정하고 제16호에서 ‘제1호 내지 제15호 이외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액’을 규정하고,

법인세법 제59조의 2, 법시행령 제124조의 2에 의하면, 법인이 토지등에 관한 권리의 양도로 인하여 얻은 양도차익에 대하여는 특별부가세를 부과하는데, 양도차익은 원칙적으로 양도가액에서 취득가액과 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용을 공제한 금액으로 산정하되, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하며,

(2) 부가가치세법(1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항은 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서, 제2항에서는 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 하고, 제1호에서 재화 또는 용역을 공급받으면서 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 예정신고 또는 확정신고시 제출한 세금계산서의 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액을 규정하고 있다.
나. 토목공사비의 손금산입등 주장에 관하여

(1) 위 관련법령에 의하면 원고가 주장하는 토목공사비가 법인세액 계산에 있어서 손금 또는 부가가치세액 계산에 있어서의 공제대상인 매입세액으로 인정되기 위하여는 원고가 1991 사업연도 중에 그 주장과 같이 이 사건 토지에 아파트 건설부지 조성을 위한 토목공사를 하고 610,915,604원을 지출하였다는 사실이 전제되어야 할 것이므로 이에 관하여 살피건대, 이에 부합하는 듯한 갑제13~39호증, 갑제52호증의 1, 갑제65호증의 1의 각 기재와 증인양 경주우섭문평준정경교전상용하풍호박대석의 각 일부증언과 원고 대표이사박 철의 본인신문결과는 뒤에서 보는 사실관계에 비추어 믿기 어렵고, 갑제49호증의 1~8의 영상만으로는 이를 인정하기에 부족하며, 감정인김수보의 공사감정결과는 위 원고 주장 기간 중 그 주장과 같은 공사가 시행된 것을 전제로 하여 그 공사금액을 추산한데 지나지 아니하므로 그 전제사실인 원고의 공사사실을 인정할 증거가 없는 이상 이로서 원고의 주장사실을 인정할 수는 없는 것이고 달리 위 주장사실을 인정할 수 있는 객관적인 증거가 없다.
(2) 오히려 앞에서 든 증거들과 갑제8호증의 1~2, 갑제12호증의 1~8, 갑제40호증, 갑제58호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 1988. 5. 11.경서울특별시로부터 승인받은 민영주택건설사업의 내용은 세대별 면적 78.41㎡형 88세대, 89.75㎡형 22세대, 합계 110세대용 12층 아파트 1동을 건설하는 것인데, 원고가 이 사건 토지를 주택조합에 양도하기 전까지 위 당초의 사업계획에 따른 건축규모에 상응하여 지하층을 1층으로 한 토지굴착 및 옹벽설치공사까지 마친 상태에 있었던 사실, 그후 원고가 이 사건 토지에 관한 주택조합 명의의 소유권이전등기를 말소하였다가 청구인낙에 의하여 다시 그 회복등기를 하도록 하여 준 1991. 3. 22.까지 위 사업계획의 내용은 변함이 없었고 다만 원고는 주택조합과의 분쟁으로 인하여 사업기간의 종기를 1990. 7.에서 1991. 12.로 연장받았으며 1990. 9.부터서울특별시에 대하여 아파트 용적률에 관한 서울시조례가 개정된 데 맞추어 이 사건 토지상의 아파트건설사업계획도 변경승인을 받을 수 있는지를 문의하고서울특별시로부터 승인될 가능성이 있다는 회신을 받은 사실, 그후 이 사건 토지상의 아파트건설사업계획 내용은 세대수 및 층수가 121.81㎡형 107세대용 18층 아파트로 변경되었으나 이는 주택조합이 원고의 청구인낙에 의하여 이 사건 토지의 소유권을 회복한 때로부터 9개월 이상이 지난 1991. 12. 30.에 이루어진 사실, 위와 같은 아파트 건설규모의 증대에 의하여 지하층 규모도 지하1층에서 2층으로 확대됨에 따라 지하 1층 규모를 전제로 시공해 두었던 기존의 옹벽을 철거하고 지하굴착범위를 확대하여 확장된 깊이와 면적으로 새로 옹벽등 설치하는 등 부지조성공사가 시행된 후 지상 부분의 아파트가 건립된 사실을 각 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 원고가 이 사건 토지에 관한 위 주택조합 명의의 소유권이전등기를 말소하여 소유권을 회복하였다가 다시 주택조합 앞으로 회복등기를 하여 준 때까지는 이 사건 토지상의 아파트건설규모에 변동이 없었으므로 원고가 새삼스럽게 기왕에 설치해 둔 옹벽을 허물거나 지하굴착공사를 추가로 할 필요성은 없었던 것으로 보이고, 위와 같은 추가적인 토목공사는 아파트 건설사업계획의 변경승인을 받은 이후 또는 적어도 그 변경승인을 받을 것이 확실해 진 시점에서 이루어진 것으로 봄이 상당한 바 원고가 위와 같은 추가적인 토목공사를 하였다고 주장하는 기간은 위 건설사업계획 변경승인일로부터 적어도 9개월 이전이었으므로 그와 같은 시기에 더구나 이 사건 토지의 소유권귀속에 관하여 형사고소 및 민사소송등에 의한 분쟁이 계속되고 있는 상황에서 원고가 그 주장과 같이 많은 금액을 투입하여 기존의 옹벽을 철거하고 추가적인 토목공사를 시행한다는 것은 선뜻 납득하기 어렵다.
(3) 뿐만 아니라 앞에서 인정한 바와 같이 원고가 이 사건 토지의 매매잔대금 2,165, 000,000원을 당초의 지급약정일(1989. 12. 23.)로부터 1년 4개월 동안이나 지급받지 못하고 있다가 위 주택조합과 형사고소 및 민사소송을 통한 분쟁과정을 거쳐 1991. 3. 22.에야 청구인낙을 하여 이 사건 토지의 소유권을 다시 위 주택조합 앞으로 넘겨주기로 합의한 경과에 비추어, 만약 원고가 그 주장과 같이 위 분쟁기간 동안에 이 사건 토지의 토목공사비로 610,915,604원을 추가로 지출하였다고 한다면 위 당초 약정한 매매잔대금의 지급지연으로 인한 지연배상은 차치하고라도 위 추가지출한 공사비만큼은 이를 확실하게 상환받을 수 있는 방안을 보장받고 나서 토지 소유권을 다시 환원시켜 주는데 동의하였다고 봄이 상당하다.
위 공사비의 상환방안에 관하여, 원고는 위 주택조합 조합장과 사이에 아파트 30세대의 분양자 지위를 원고가 가지는 것으로 하는 이외에 현금으로 4억원을 지급받기로 약정하였고 위 현금상환부분의 약정은 조합원총회에서 가결되는 것을 조건으로 하였는데 그후 조합원총회에서 그 부분 약정이 인준을 받지 못하여 결과적으로 그 약정금액을 상환받을 수 없었다고 주장하나, 위 상환받기로 하였다는 금액이 이 사건 토지의 전체 매매대금과 비교하여도 20%에 가까운 큰 금액임에 비추어 원고가 실제 위 토목공사비를 지출하였고 그 상환방안에 관하여 위 주택조합 조합장과 합의를 하였다면 조합원총회에서 그 지급이 부결되었다고 하여 이를 쉽게 포기할 수 있는 것으로 보기 어려운 점, 뒤에서 보는 바와 같이 아파트 13세대의 분양권은 위 토목공사와 관련하여 받은 것이 아니라 주택조합이 지급하기로 한 양도소득세 400,000,000원에 갈음하여 받은 것으로 보이는 점등에 비추어 보더라도, 과연 원고가 위 토지소유권에 관한 분쟁기간 동안에 그 주장과 같은 6억여원의 토목공사비를 지출하였는지 의심스럽다.
또한 갑제50호증, 갑제51호증의 1~2의 각 기재와서대전세무서의 사실조회회보결과에 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 부과처분전에 과세관청이 조사를 하는 과정에서 이 사건 토지상의 기존의 옹벽을 제거하고 지하층 확장을 위한 재공사를 시행한 주우섭이 위 공사는 주택조합이 원고로부터 청구인낙을 받아 소유권을 다시 회복한 이후에 이루어진 것이라고 진술한 바 있고, 원고가 법인세신고를 하면서 토목공사에 관한 지출비용의 근거로 첨부하여 제출한 세금계산서 중 일부는 위와 같은 공사에 참여한 바가 전혀 없는 자가 허위로 작성하여 교부한 서류로 밝혀진 사실을 각 인정할 수 있으므로, 위와 같은 여러 사정에 비추어 원고가 1990. 10.부터 1991. 3.초까지 위 주장과 같은 공사비를 지출하여 이 사건 토지의 아파트건설부지 조성을 위한 토목공사를 시행하였다고 인정하기는 어렵다고 할 것이다.
(4) 그렇다면 위와 같이 원고가 그 주장과 같은 토목공사비를 지출한 사실을 인정하기 어려운 이 사건에서, 피고가 법인소득을 계산하면서 위 원고 주장의 공사비 610,915,604원을 손금에 산입하지 아니하고 부가가치세액을 계산하면서 매입세액으로 공제해 주지 아니한 것은 정당하다고 할 것이다.
다. 아파트분양권의 익금산입 주장에 관하여

(1) 갑제11호증, 갑제55호증의 1, 갑제64호증의 1~3, 을제7호증의 1~4, 을제8호증의 1~3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 주택조합과 사이에 1989. 7. 3. 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하면서 원고가 납부하여야 할 양도소득세를 주택조합이 부담하되 아파트를 준공한 후 세금을 환급받을 때에는 주택조합에게 귀속하되 원고는 환급절차에 협력하기로 약정한 사실, 이에 따라 주택조합은 1989. 11. 11. 조합원총회를 개최하고 이 사건 토지에 대한 잔금지급시 양도소득세 대금으로 4억원을 예치하고 차액이 발생할 시에는 5세대 분양 건축비에서 공제하기로 결의하고 이를 총회의사록의 별지 매입대금지불계획명세서에 기재하고 공증까지 한 사실, 그후 1991. 3. 22.경 원고가 주택조합의 위 청구를 인낙하자 주택조합은 조합원총회를 개최하였는데 위 양도소득세를 현금으로 지급하는 것이 부결되자 원고에게 지급하여야 할 이 사건 토지의 잔대금과 양도소득세에 갈음하여 추후에 완공하는 아파트 일부를 양도하기로 한 사실, 그후 원고는 주택조합으로부터 이 사건 토지의 잔대금 지급에 갈음하여 아파트 17세대를 양도받아 직원인 성광호 명의로 신탁하여 두었고, 이 사건 토지의 양도소득세 지급에 갈음하여 아파트 13세대의 분양권을 양도받아 직원들을 조합원으로 가입시켰고 그들이 주택조합에게 건축비등을 납입한 사실을 각 인정할 수 있고, 이에 반하는 증인양 경주우섭정경교박대석의 각 증언과 원고 대표이사박 철의 본인신문결과는 믿지 아니한다.
위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 토지를 양도하면서 주택조합으로부터 그 매매대금 이외에 자신이 납부하여야 할 양도소득세(법인이므로 특별부가세임)도 별도로 지급받기로 약정하였으므로 그 금액도 이 사건 토지의 매매대금에 포함된다고 할 것인데, 그후 위 양도소득세에 갈음하여 아파트 13세대의 분양권을 양도받았으므로 원고는 그 분양권이 확정된 시점 즉 1991 사업연도에 4억원상당의 분양권을 이 사건 토지의 양도대금에 포함시켜 익금으로 신고하여야 함에도 불구하고 이를 하지 아니하였으므로 피고가 1997. 3. 14. 4억원상당의 분양권을 1991 사업연도의 익금에 산입하고 이에 따라 원고에게 법인세와 특별부가세를 추가로 부과한 것은 정당하다고 할 것이다.
(2) 이에 대하여 원고는, 피고는 원고가 위 토목공사비 610,915,604원을 보전받기 위하여 아파트 13세대의 분양권을 취득하였는데 이를 익금에서 누락하였다고 하여 이 사건 법인세 부과처분을 하였다가 이 사건 소송에서는 양도소득세 4억여원에 갈음하여 아파트 13세대의 분양권을 취득하였는데 이를 익금에서 누락하였다고 주장하여 처분사유를 변경하였는데 이는 위법한 처분사유의 변경에 해당한다고 주장한다.
살피건대, 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환변경할 수 있는 것이고 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니므로,

원고가 양도소득세 4억여원 상당에 갈음하여 위 아파트 13세대의 분양권을 취득하였음이 인정되는 이 사건에서 이를 정당한 처분사유라고 변경하여 주장하는 것은 적법하다.
라. 결국, 원고의 주장과 같은 토목공사비를 손금으로 산입하지 아니하고 양도소득세에 갈음하여 취득한 아파트 분양권을 익금으로 산입한 것이 위법임을 전제로 이 사건 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분의 효력을 다투는 원고의 주장은 이유 없다.
4. 이 사건 갑종근로소득세 부과처분에 관한 판단

가.국세기본법 제55조56조에 의하면 세법에 의한 처분이 위법한 것이라고 주장하여 그 취소를 구하는 행정소송은 원칙적으로 같은 법 소정의 심사청구 및 심판청구등 2단계의 전심절차를 모두 거치지 아니하면 제기할 수 없으며, 한편 법인세와 갑종근로소득세의 과세처분이 회사의 가공손금을 사유로 부과된 경우에도 이러한 과세처분은 독립된 별개의 처분이므로 각 과세처분에 대한 행정소송의 요건인 심사청구등의 제기여부는 당해 과세처분마다 별도로 결정하여야 할 것이다(대법원 1984. 12. 26. 선고 82누195 판결등 참조).
나. 이 사건에서 살피건대, 원고가 이 사건 갑종근로소득세 부과처분에 대하여 위와 같은 전심절차를 거치지 아니하였음은 명백하고 나아가 이 사건 법인세부과처분에 대하여 전심절차(갑제3호증, 갑제4호증의 1~2, 갑제5호증 참조)를 거쳐서 소를 제기하였다고 하더라도 그 절차에서 이 사건 갑종근로소득세 부과처분이나 그에 앞선 인정상여처분 또는 소득금액변동통지에 대하여 위법을 주장하지 아니하였으므로 이로서 그와 독립된 세목인 이 사건 갑종근로소득세 부과처분에 대하여도 전심절차를 거쳤다고 볼 수 없음은 앞에서 본 바이므로, 결국 이 사건 갑종근로소득세 부과처분에 대한 취소소송은 적법한 전심절차를 거치지 아니하고 제기된 것으로서 부적법하다고 할 것이다.
5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 갑종근로소득세 부과처분에 대한 소는 부적법하므로 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

건설회사가 아파트건설사업의 토목공사를 시행하면서 토목공사비를 손금산입하여 부가가치세 매입세액으로 공제해야 한다고 주장했다. 그러나 토목공사비가 아파트 건설부지 조성을 위한 공사로 지출되었다는 입증이 없고, 양도받은 분양권을 양도대금에 포함시켜 익금으로 신고하지 않아 과세관청이 직접산입한 점 등에 비추어 과세관청의 법인세, 부가가치세 부과처분은 정당하다. 다만, 갑종근로소득세 부과처분에 대한 취소소송은 적법한 전심절차를 거치지 않았으므로 각하한다.