법인(원천)세등부과처분취소 (세무, 대전지방법원)
공포일: 2011.11.16 / 시행일:

【원 고】 홈플러스테스코 주식회사 (소송대리인 변호사 정병문 외 1인)
【피 고】 서대전세무서장 외 1인 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 이재락 외 1인)
【변론종결】2011. 9. 26.
【주 문】
 1. 원고에 대하여, 피고 서대전세무서장이 2007. 4. 9. 한 법인(원천)세 86,533,414,920원 및 피고 대전광역시 서구청장이 2008. 7. 31. 한 주민세 9,065,405,370원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
 2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 프랑스 파리에 본점을 둔 까르푸 에스에이(Carrefour S.A., 이하 약칭하여 ‘CSA’라 한다)는 까르푸그룹의 최상위 지주회사로서, 1982. 8. 31. 100% 출자하여 네덜란드 암스테르담에 본점을 둔 까르푸 네덜란드 비브이(Carrefour Nederland B.V., 이하 약칭하여 ‘CNBV’라 한다)를 설립하였고, CNBV는 1994. 3. 8. 100% 출자하여 대한민국 대전 서구 탄방동에 본점을 둔 한국까르푸 주식회사{2006. 9. 26. ‘주식회사 이랜드리테일’로, 2008. 9. 30. ‘홈플러스테스코 주식회사(원고)’로 그 상호가 각 변경되었다, 이하 2006. 9. 26.까지의 행위에 대하여는 ‘한국까르푸’로, 그 이후의 행위에 대하여는 ‘원고’로 각 칭한다}를 설립하였다. 
 나. CSA는 2000년경 대한민국에서 할인점 사업을 영위하던 주식회사 한국콘티낭(이하 ‘한국콘티낭’이라 한다)의 모회사인 프랑스 법인 프로모드(Promodes)를 흡수합병한 다음 한국콘티낭의 주식을 취득하였고, 2001. 9. 29. 한국까르푸가 한국콘티낭을 흡수합병함에 따라 존속법인인 한국까르푸의 지분 20.56%를 취득하게 되었다. 이에 한국까르푸 주식 소유 비율은 CNBV 100%에서 CNBV 79.44%, CSA 20.56%으로 변경되었다. 
 다. CNBV와 CSA는 2006. 9. 26. 한국까르푸 주식 전부를 국내할인점 업체인 이랜드가 설립한 특수목적법인(SPC)인 주식회사 이랜드유통과 케이디에프유통 주식회사(이하 통칭하여 ‘이 사건 주식양수법인’이라 하고, 개별적으로 칭할 때에는 각 ‘주식회사’를 생략한다)에 각 50%씩 합계 약 1조 5,200억 원에 양도하였다. 
 라. 이 사건 주식양수법인은 CSA의 보유 지분 20.56%의 매각으로 인하여 발생한 양도소득에 대하여는 법인세 31,382,299,290원을 대한민국정부와 불란서공화국간 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 ‘한·프 조세조약’이라 한다) 및 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제98조에 따라 CSA로부터 원천징수하여 납부하였고, 법인세할 주민세 3,138,299,930원도 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제179조의3에 따라 특별징수의무자로서 신고 납부하였으나, CNBV의 보유 지분 79.44%(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)의 매각으로 인하여 발생한 양도소득(이하 ‘이 사건 주식 양도소득’이라 한다)에 대하여는 대한민국정부와 네덜란드왕국 정부간 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 ‘한·네 조세조약’이라 한다) 제14조 제4항, 구 법인세법 제98조의 4에 따라 2006. 10. 2. 남인천세무서장과 안산세무서장에게 각각 법인세 비과세·면제신청을 하였다. 
 마. 서울지방국세청은 2006. 4. 28.부터 같은 해 10. 10.까지 CNBV의 법인세 비과세·면제 신청에 대한 부분조사 및 주식이동조사를 실시하여 2006. 11. 9. ‘CNBV는 조세회피를 위해 설립한 도관회사(Conduit Company)이고, CSA가 이 사건 주식 양도소득의 실질귀속자이다’라는 세무조사결과를 남인천세무서장과 안산세무서장에게 각 통보하였다. 이에 남인천세무서장은 2006. 11. 15. 이랜드유통에게, 안산세무서장은 2006. 11. 21. 케이디에프유통에게 각 이 사건 주식 양도소득에 대한 원천징수 무신고·무납부를 이유로 과세예고통지를 하였다.
 바. 이 사건 주식양수법인은 2006. 12. 12. 원고에 흡수합병되었고, 이에 피고 서대전세무서장은 2007. 4. 9. 이 사건 주식양수법인의 납세의무를 승계한 원고에게 이 사건 주식 양도소득의 원천징수의무자로서 2006년도 귀속 법인(원천)세 86,533,414,920원을 결정·고지하였으며(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다), 이 사건 법인세 부과처분에 따라 원고는 2008. 7. 31. 피고 대전광역시 서구청장에게 위 법인세액을 과세표준으로 하여 구 지방세법 제176조 제2항 및 제179조의3에 따라 특별징수분 법인세할 주민세 9,065,405,370원을 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 주민세 부과처분’이라 하고, 앞서의 법인세 부과처분과 통칭하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 
 사. 원고는 이에 불복하여 이 사건 법인세 부과처분에 대하여 2007. 7. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2010. 3. 25. 기각되었고, 이 사건 주민세 부과처분에 대하여 2008. 7. 31. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2010. 5. 31. 기각되었다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 15 내지 17호증, 을 가 제1호증, 을 나 제1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분이 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다. 
 1) 국내법상 법원리에 불과한 실질과세원칙을 근거로 하여 과세관청의 행정편의적 해석에 따라 과세권 배분에 관한 국가간 계약인 조세조약의 혜택을 배제할 수 없으므로, CNBV의 법 형식·명의에도 불구하고 실질과세원칙을 적용하여 이 사건 주식 양도소득의 실질귀속자가 CSA라고 볼 수는 없다. 
 2) 설령 이 사건 주식 양도소득의 귀속에 관하여 실질과세원칙이 적용될 수 있다고 하더라도, CNBV가 도관회사에 불과하다고 볼 수 없고, 이 사건 주식에 대한 거래주체 및 그 양도소득의 실질귀속자는 CSA가 아니라 CNBV이므로, 피고들은 한·네 조세조약 제14조 제4항에 따라 네덜란드 거주자(resident) 및 양도인(alienator)에 해당하는 CNBV의 이 사건 주식 양도소득에 대하여 과세할 권한이 없다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 실질과세원칙이 적용될 수 있는지 여부
 가) 조세조약과 국내 세법의 관계
헌법 제6조 제1항은 “헌법에 의하여 체결·공포된 조약과 일반적으로 승인된 국제법규는 국내법과 같은 효력을 갖는다.”라고 규정하고 있으므로, 국회의 동의를 얻어 체결된 조세조약은 법률에 준하는 효력을 가진다. 
 한편, 조세조약은 체약국 사이의 과세권이 문제될 때 이를 조정함으로써 이중과세와 조세회피를 방지함을 목적으로 체결되는 것이므로, 원칙적으로 독자적인 과세권을 창설하는 것이 아니라 체약국의 세법에 의하여 이미 창설된 과세권을 배분하거나 제약하는 기능을 하는바, 과세권의 발생에 관한 사항은 일차적으로 각국의 세법에 의하여 규율되고, 조세조약은 국내 세법과 달리 정하는 사항에 대하여 최종적인 과세권의 소재를 정하게 되는 것이다. 결국, 조세조약에서 규율하고 있는 법률관계에 있어서는 당해 조약이 국내법의 특별법적인 지위에 있으므로 국내법보다 우선하여 적용된다고 볼 수 있다. 
 나) 조세법률주의와 조세조약 엄격해석의 원칙
헌법 제38조는 “모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다.”라고 규정하고, 제59조는 “조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.”라고 규정함으로써 조세법률주의를 천명하고 있는바, 이러한 조세법률주의에 따라 과세요건이나 면세요건 등을 정함에 있어서는 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 한다. 나아가 대한민국이 가입한 조약에 관한 비엔나 협약 제26조, 제27조, 제31조는 “조약은 반드시 준수되어야 하고, 조약 불이행을 정당화하는 방법으로 국내법 규정을 원용할 수 없으며, 조약의 문구는 그 통상적 의미에 따라 성실하게 해석되어야 한다.”라고 각 규정하고 있으므로, 법률에 준하는 효력을 가지는 조세조약에 있어서도 조세법률주의에 따라 행정편의적인 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다고 할 것이다.
 다) 실질과세원칙과 조세조약의 해석
 (1) 헌법 제11조 제1항은 “모든 국민은 법 앞에 평등하다. 누구든지 성별·종교 또는 사회적 신분에 의하여 정치적·경제적·사회적·문화적 생활의 모든 영역에 있어서 차별을 받지 아니한다.”라고 규정하고 있는바, 조세평등주의는 위 헌법규정에 의한 평등의 원칙 또는 차별금지의 원칙의 조세법적 표현이라고 할 수 있다. 따라서 국가는 조세입법을 함에 있어서 조세의 부담이 국민들 사이에 공평하게 배분되도록 법을 제정하여야 할 뿐만 아니라, 조세법의 해석·적용에 있어서도 모든 국민을 평등하게 취급하여야 할 의무를 진다. 이러한 조세평등주의의 이념을 실현하기 위한 법 제도의 하나가 바로 국세기본법 제14조, 법인세법 제4조에서 규정한 실질과세원칙으로서, 이는 정의의 이념에 따라 ‘같은 것은 같게’, 그리고 ‘다른 것은 다르게’ 취급함으로써 조세법의 입법과정이나 집행과정에서 조세정의를 실현하려는 원칙이라고 할 수 있다(헌법재판소 1989. 7. 21. 선고 89헌마38 결정 참조). 결국 실질과세원칙은 헌법상 근거를 가지는 원칙으로서, 국세기본법 등 국내법상 이를 규정하고 있지 않더라도 헌법상 조세평등주의의 이념에 따라 조세법의 해석에 있어 당연히 적용될 수 있는 것이고, 이는 법률에 준하는 효력을 갖는 조세조약의 적용에 있어서도 예외일 수 없다. 
 (2) 한편, OECD는 1999년부터 시작된 유해조세경쟁포럼에서의 국제적 논의를 통하여 조세피난처를 이용한 조세회피 행위에 대한 각종 규제방안을 강구하게 되었고, 이에 따라 2003년 개정 조세조약 모델협약의 해석 기준이 되는 주석서(Commentaries on the Articles of Model Tax Convention)에서 조세회피행위의 유형과 방지방법, 조약 관련 해석사항 등을 폭넓게 다루어 조세회피행위의 방지를 위한 근거를 마련하고 있는바, 모델협약 제1조 ‘거주자’ 규정에 대한 주석 제7항에서는 “이중과세 방지협약의 근본목적은 국제적 이중과세를 방지함으로써 재화와 용역, 자본과 인적교류를 촉진하는 것이다. 이중과세 방지협약은 또한 조세의 회피 및 탈세방지를 목적으로 한다.”라고 규정하고, 같은 주석 제22항 내지 제24항에서는 “각국의 자국법에 규정하고 있는 실질과세원칙(general anti-abuse rule), 지배회사에 관한 법률(controlled foreign companies rule) 등 조세조약 남용방지규정은 조세조약과 서로 상치되지 않는 것으로서, 자국법상의 조세회피 방지규정은 어떤 조세부담을 결정하기 위한 자국세법에 의해 규정된 근본적인 자국의 법률의 일부이며 이러한 조항은 조세조약에 의하여 영향을 받지 않는다.”, “일반적인 조약남용방지규정은 각 조세조약에 특별규정으로 규정할 필요도 없다.”라고 각 규정하고 있다. 이와 같은 OECD 모델협약의 주석은 헌법 제6조 제1항에 의해 체결·공포된 조약이 아니고 일반적으로 승인된 국제법규라고 볼 수 없으므로 법적인 구속력이 인정될 수는 없는 것이지만, 이는 대한민국과 네덜란드 등을 비롯한 OECD 회원 국가 사이에 체결된 조세조약의 올바른 해석을 위한 국제적으로 권위를 인정받는 기준으로서 OECD 회원 국가 사이의 조약 해석에 있어서 국내법상의 실질과세원칙을 적용할 수 있는지 여부를 판단함에 있어 하나의 참고자료가 될 수 있다.
 (3) 이처럼 헌법상 조세평등주의의 이념은 법률에 준하는 효력을 갖는 조세조약의 적용에 있어서도 관철되어야 하는 점, OECD 주석서에 실질과세원칙에 관한 내용이 포함되게 된 취지 등에 비추어 보면, 조세조약을 해석함에 있어, 조세법률주의에 따른 엄격 해석의 원칙과 비엔나 협약에서 정한 통상적인 의미에 따른 성실한 해석의 원칙을 준수하되, 실질과세원칙에 따라 가능한 문언의 의미 내에서 당해 규정의 입법 취지와 목적 등을 고려한 법률 체계적 연관성에 따라 그 실질에 따라 해석하는 것은 그 문언의 통상적·논리적 의미를 분명히 밝히는 체계적·논리적 해석이자 그 규정의 본질적 내용에 가장 접근한 해석으로서 엄격 해석의 원칙에 반한다고 할 수 없다. 결국, 조세조약의 개별 규정을 해석함에 있어서 문언 자체의 의미를 부당하게 유추·확장하거나 문언에 반하는 것이 아닌 한 실질과세원칙을 그 해석의 기준으로 삼을 수 있다고 봄이 상당하다. 또한 당해 조세조약에서 실질과세원칙에 관한 규정을 별도로 두고 있지 않다고 하더라도 실질과세원칙에 따라 이를 해석할 수 있다고 할 것이다. 
 라) 이 사건의 경우
 살피건대, 앞서 본 법리에 더하여 다음과 같은 제반 사정, 즉 ① 한·네 조세조약의 서문에서 ‘조세의 이중과세 회피’와 더불어 ‘탈세방지’에 조약의 목적이 있음을 밝히고 있으므로, 위 조세조약의 목적이 단순히 국제적 이중과세를 방지함으로써 재화와 용역 등의 교류를 촉진하는 것에 한정된다고 볼 수 없고, ‘탈세방지’ 역시 이중과세의 회피와 마찬가지로 위 조세조약의 중요한 목적을 이룬다고 할 수 있는 점, ② 한·네 조세조약 제3조 제1항에서도 “일방체약국이 이 협약을 적용함에 있어서 달리 정의되지 않은 용어는 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 이 협약의 대상 조세에 관련된 동 체약국의 법에 내포하는 의미를 가진다.”라고 규정하고 있는 점, ③ 조세조약은 독자적인 과세권을 창설하는 것이 아니라 일방 체약국의 세법에 의하여 창설된 과세권을 배분하거나 제약하는 기능을 하는 것이므로, 특정 조세조약이 적용되는 사안인지 여부에 대한 최초 판단은 결국 일방 체약국의 국내 세법에 따라 정하여질 수밖에 없는바, 이에 비추어 볼 때 개별 조세조약에서 실질과세원칙에 관한 구체적인 규정을 두고 있는 경우에만 실질과세원칙을 그 조세조약 규정의 해석 기준으로 삼을 수 있는 것이라고 볼 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, 비록 한·네 조세조약 제1조에서 “이 협약은 일방 또는 양국의 거주자인 인에게 적용된다.”라고, 제14조에서 “주식의 양도로 인하여 발생하는 이득은 그 양도인이 거주자로 되어 있는 체약국에서만 과세된다.”라고 각 규정하고 있을 뿐 양도소득과 관련하여 국세기본법 제14조, 법인세법 제4조와 같이 실질과세원칙에 관한 규정을 따로 두고 있지는 않다고 하더라도, 위 한·네 조세조약상 양도소득과 관련한 개념인 ‘거주자’, ‘양도인’의 규범적 의미를 확정함에 있어서 실질과세원칙을 적용할 수 있다고 봄이 상당하다. 
 따라서, 과세관청인 피고들로서는 조세조약의 적용이 예정되는 이 사건 주식 양도소득의 귀속에 대하여 그 실질적 거래행위자 및 소득의 실질귀속자를 네덜란드 거주자인 CNBV로 인정하여 그 과세권을 행사할 것인지, 아니면 CNBV의 상위 지주회사로서 프랑스 거주자인 CSA로 인정하여 그 과세권을 행사할 것인지 여부를 실질과세원칙에 따라 결정할 수 있다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 2) 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속자
 가) 법리
 앞서 본 바와 같은 헌법상의 조세법률주의와 조세조약의 해석기준, 국세기본법 제14조, 법인세법 제4조의 실질과세원칙의 취지와 내용, 한·네 조세조약의 목적과 조약 제14조의 규정취지 등을 종합하여 보면, 한·네 조세조약 제14조 제4항에서의 ‘양도인’의 의미를 정함에 있어서는 이중과세 및 조세회피 방지의 취지에 부합하고 그 조세조약의 문언에 배치되지 않는 범위 내에서 실질과세원칙에 따른 해석상의 제한이 따라야 할 것이다.
 그러므로 보건대, 네덜란드 거주자가 아닌 자가 한·네 조세조약의 혜택을 취할 목적만으로 네덜란드에 법인을 설립하고 그 법인의 이름으로 대한민국 내에서 법률행위를 함에 있어, 그 법인이 거주지인 네덜란드에서는 정상적인 사업 활동이 없고 대한민국 내에서의 법률행위도 독자적인 경제적 이익과 사업 목적 없이 네덜란드 거주자가 아닌 자를 위한 형식상 거래당사자의 역할만 수행한 것일 뿐 그 실질적인 거래주체는 네덜란드 거주자가 아닌 자이며, 그 법인의 네덜란드 거주자로서의 지위는 오로지 네덜란드 거주자가 아닌 자의 조세회피만을 목적으로 한 것임이 인정되는 경우에는, 그 법인은 한·네 조세조약상의 ‘양도인’에 해당한다고 볼 수 없고, 그러한 경우에는 네덜란드 거주자가 아닌 자가 그러한 거래형식이나 외관만을 내세워 네덜란드 법인이 거래행위의 주체임을 이유로 한·네 조세조약의 조세혜택규정을 원용할 수 없다고 할 것이다. 따라서 이 경우에는 실질과세원칙에 따라 그 거래의 실질적 당사자 및 소득의 실질적인 귀속자로 인정되는 자가 국내법상의 납세의무자가 되어 대한민국의 법인세법 및 대한민국과 그 실질귀속자의 거주지국간의 조세협약에 따른 납세의무를 부담하게 된다. 
 이와 같은 법리를 전제로 하여, 아래에서 이 사건 주식 양도의 거래주체 및 이로 인한 양도소득의 실질적 귀속주체가 누구인지에 관하여 본다. 나) 입증책임
 우선, 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속자에 관한 입증책임이 누구에게 있는지에 관하여 보건대, 소득의 귀속이 명목 뿐이고 사실상 그 소득을 얻은 자가 따로 있다는 점은 이를 주장하는 자에게 입증책임이 있는 것이므로(대법원 1984. 12. 11. 선고 84누505 판결 참조), CNBV 명의의 법형식에도 불구하고 실질적으로 이 사건 주식 양도소득을 얻은 자가 따로 있다는 점, 따라서 CNBV가 한·네 조세조약 제14조 제4항에서의 ‘양도인’에 해당하지 않는다는 점에 대하여는 이를 주장하는 피고들에게 그 입증책임이 있다고 봄이 상당하다. 따라서 피고들로서는 네덜란드 법인인 CNBV가 이 사건 주식을 양도하였음에도 그 양도로 인한 소득이 실질적으로는 CSA에 귀속된다는 점에 대한 입증책임을 부담한다{이에 대하여 피고 서대전세무서장은, CNBV가 네덜란드 ‘거주자’이자 양도소득의 ‘실질적 귀속자’로서, 한·네 조세조약의 적용의 혜택을 받아 그 양도소득에 대한 과세권이 네덜란드에만 있다고 하는 점에 대하여 원고에게 그 입증책임이 있다고 주장한다. 그러나, 구 법인세법 제93조 제10호 가목, 제98조 제1항에 의하면 과세관청으로서는 외국법인의 내국법인 주식 양도로 인한 법인세의 과세요건 사실로 주식양도자가 외국법인, 즉 국내에 본점 또는 주사무소를 두지 아니한 법인이라는 점을 주장·입증함으로써 족하고, 더 나아가 그 외국법인의 주된 사무소가 구체적으로 어느 곳인지의 점까지 확정하여야 하는 것은 아니므로, CNBV가 네덜란드의 거주자로서 한·네 조세조약이 적용된다는 점에 관하여는 원고가 이를 적극적으로 입증해야 한다고 할 것이지만(대법원 1994. 4. 15. 선고 93누13162 판결 참조), 아래 2. 다. 2) 다) (2) (다)의 ②항 사실에 비추어 보면 CNBV가 네덜란드의 ‘거주자’라는 점에 관하여 원고의 입증이 충분히 이루어졌다고 볼 수 있으므로, 그럼에도 CNBV의 네덜란드 거주자로서의 지위는 오로지 CSA의 조세회피만을 목적으로 한 것이어서 CNBV를 이 사건 주식의 실질적인 ‘양도인’이라고 볼 수 없다는 점에 대하여는 그러한 특별한 사정을 주장하는 피고들에게 입증책임이 있다고 봄이 상당하다. 따라서 위 피고의 이 부분 주장은 이유 없다}. 
 다) 판단
 (1) 살피건대, 피고들이 제출하고 있는 증거들만으로는 이 사건 주식의 양도의 거래주체 및 이로 인한 양도소득의 실질적 귀속주체가 CNBV가 아니라 CSA라는 점, 그 결과 CNBV가 한·네 조세조약 제14조 제4항에서의 ‘양도인’에 해당하지 않는다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 
 (2) 오히려, 갑 제6, 7, 10, 11, 13, 22, 26, 28 내지 36, 40, 42 내지 55, 63, 66 내지 68호증, 을 가 제3, 4, 15, 20, 21, 24호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다. 
 (가) CNBV의 설립 경위 및 경과
 ① CSA는 까르푸그룹의 최상위 지주회사로서 1982. 7. 12. 프랑스 재정경제부(Ministry of Finance and Economy)로부터 해외투자계획을 승인받아 스페인·브라질·아르헨티나·영국 및 스위스에 소재한 자회사의 주식과 현금 10,000,000 프랑스프랑 합계 약 170,000,000 길더를 출자하여 1982. 8. 31. 네덜란드법에 의하여 민간유한책임회사(Besloten Vennootschap)의 형태로 해외사업투자를 위한 중간지주회사인 CNBV를 설립하였다.
 ② CNBV는 2005년 말을 기준으로 자본금이 약 46억 유로(자기자본 약 83억 유로)에 달하며, 설립 이래 자회사 등에 대한 투자회수금(배당, 주식처분대금) 및 계열사로부터의 차입금 등을 재원으로 하여 사업을 확장하여, 현재 전 세계 약 25개국에 합계 52개의 자회사 지분을 보유한 일반 지주회사로 존속중이다. 
 (나) CNBV의 사업 활동
 ① CNBV의 1994년부터 2006년까지의 각 연례보고서(annual report)에 의하면 CNBV는 매년 소비재상품의 소매업을 영위하는 회사들에 대한 지분보유(Holding) 투자와 투자를 위한 자금조달(Financing)을 주요 사업 활동으로 하고 있고, CNBV의 고정재무자산은 자회사 투자주식, 지분참여 투자주식 및 자회사 대여금으로 구성되어 있으며, 매년 당기순이익은 이익잉여금으로 가산하여 차기로 이월되고 있다. 또한 CNBV는 네덜란드 회계감독규정에 따라 회사의 영업결과를 회사의 장부에 기재하여 1994년부터 2006년에 이르기까지 CNBV 감독위원회(Supervisory Board) 및 네덜란드 상업등기소에 당기손실금, 수입이자, 수입배당금 등의 꾸준한 경영성과를 매년 보고하였고, 1996년에는 1,759,815,000 프랑스프랑, 1997년에는 3,353,608,000 프랑스프랑, 1998년에는 5,221,552,000 프랑스프랑, 1999년에는 7,033,024,000 프랑스프랑, 2000년에는 1,418,551,000 유로, 2001년에는 632,967,000 유로, 2002년에는 287,869,000 유로, 2003년에는 2,552,061,000 유로, 2004년에는 4,572,446,000 유로, 2005년에는 220,532,000 유로, 2006년에는 435,806,000 유로를 각 자회사 및 지분참여(Participation Interest)에 투자한 사실 또한 매년 연례보고서를 통하여 보고하였으며, 회계법인의 회계감사를 받아왔다. 
 ② CNBV는 설립 이래 대만, 그리스, 인도네시아, 스위스, 이태리 등 해당 국가에서 할인점 사업이 성공적으로 진행됨에 따라 재투자 자금을 초과하는 상당한 이익을 얻는 경우에는 이를 배당금으로 지급받아 투자수익을 회수하여 왔는바, 그 배당소득에 대한 원천징수세액은 1995년경부터 2006년경에 이르기까지 합계 약 3,115만 유로에 달한다.
 ③ CNBV는 2001년 Soca B.V., Fracofin B.V. 및 Carrefour Slovakia Investments B.V. 등 3개 회사와 합병하였고, 2003년 Norfin B.V., PMD International B.V. 및 Haxtun Holding B.V.와 합병하였으며, 2003. 5.경 Carrefour Italy가 BNP-Parisbas S.A.라는 은행으로부터 약 5억 유로의 금원을 차입하고 이 차입에 대하여 BNP Paribas Luxemburg라는 은행이 지급보증을 제공하는 거래에 있어서 위 보증은행인 BNP Paribas Luxemburg에 대하여 지급보증 및 동 보증은행에 예치된 CNBV의 예금에 대하여 질권을 설정해주었고, 2003. 7. 23.에는 Carrefour Italy가 발행한 4억 8,000만 유로 상당의 전환사채와 관련하여 그 투자자인 프랑스의 BNP Paribas 은행에 대해 Carrefour Italy의 원리금채무의 지급을 보증하는 등, 필요한 경우 자회사의 사업자금 차입에 대하여 자신의 자산을 담보로 제공하기도 하였다. 또한 CNBV는 그 명의와 계산으로 1997년 룩셈부르크 유가증권 시장에서 52,970,000 프랑스프랑 상당의 채권을 구매하였고, 2005년까지 119,396,000 유로 상당의 시장성 유가증권을 보유하는 등 유가증권에 투자하였으며, 자회사의 관리 및 감독을 위한 컨설팅 비용 및 법률 비용 등이 발생하는 경우 주주로서 그 해당 비용을 부담하기도 하였는바, 이와 같은 CNBV의 활동은 매년 개최된 주주총회에서 결정되었으며, CNBV 감독위원회에 보고되었다. 
 (다) CNBV의 사업소 및 고용 내역
 ① CNBV는 1993년경에는 법정이사(Statutory Director)와 감독이사(Supervisory Directors) 외에 별도로 직원을 고용하지 않다가, 1994년 1명, 1995년 1명, 1996년 1명, 2001년 2명, 2003년 1명의 직원을 각 추가로 고용하였다.
 ② CNBV는 네덜란드 소재 법인인 Spring Property B.V.으로부터 (주소 생략) 244㎡ 건물(6대의 주차공간 포함)을 임대차기간 2000. 11. 1.부터 5년간(임대차기간 종료 후 임차인의 선택에 의하여 5년 연장 가능), 기준임대료 109,700 길더, 3개월 단위 지급임대료 32,212.80 길더로 정하여 임대하는 내용의 임대차계약을 체결하고, 위 건물에 그 사무소를 마련하여 두고 있다. 이에 대하여 네덜란드 로테르담 리지몬드 세무서에서 2006. 4. 3. CNBV가 한·네 조세조약 제4조에서의 거주자(resident)에 해당한다는 취지로 증명서를 발급해주었고, 네덜란드 재무부 국제조세정책 및 입법국 부국장인 소외 1이 2011. 3. 23. CNBV가 네덜란드 암스테르담에 사무실을 두고 여섯 내지 일곱 명의 재무전문가로 구성된 임직원을 두고 있다는 점, 대표이사를 제외한 모든 임직원은 네덜란드 거주자라는 점, CNBV를 도관회사 또는 기지회사로 여기고 있지 않다는 내용으로 서신을 작성하여 대한민국 국세청 국제협력담당관 앞으로 발송하기도 하였다. 
 ③ CNBV가 매년 작성한 손익계산서에 위 직원 급료나 임대료, 관리비 등 비용이 계상되어 있다. 
 (라) 까르푸그룹의 구조 및 운영실태 
 ① 까르푸그룹은 1969년 벨기에 할인점 개점을 시작으로 국제시장에 진출하여 1973년 스페인, 1975년 브라질, 1982년 아르헨티나에서 할인점 사업을 시작하였고, 2005. 12. 31. 현재 각 국가에서 할인점 사업을 계속적으로 운영할 목적으로 200여개의 프랑스 내 계열사와 전세계 25개국에 소재한 200여개의 해외 계열사를 구성하고 있다. 까르푸그룹의 가장 기초가 되는 기능적 단위는 사업부단위(Business Unit, 이하 ‘BU’라 한다)이고, BU의 상위개념으로 각 대륙별 지역본부가 있는데, 아시아에 소속된 한국까르푸의 지역본부는 홍콩에 있는 Carrefour Asia Hong-Kong Limited(이하 ‘CAHK’라 한다)이다. 까르푸그룹은 그룹 내 각종 위원회에서 주요 의사결정에 대한 권고를 하는 집단 협의 체제를 구축하고 있으며, 원칙적으로 BU 또는 지역본부에서 사업에 대한 의사결정을 한 다음, 새로운 매장의 개설과 같은 투자와 관련된 사안은 투자위원회(Investment Committee)에서, 증자나 차입과 같은 재무적 측면의 의사결정은 재무위원회(Financial Committee)에서 각 협의를 하게 되고, 그 중 주요 전략 및 의사결정에 대하여 집행위원회(Executive Committee)에서 다시 협의를 한다. 또한 2006년 이후로는 경영위원회(Management Committee)가 신설되어 집행위원회와 같은 역할을 분담하고 있다. 한편, 까르푸그룹의 이사회는 까르푸그룹의 계열사의 일상적인 관리운영에는 관여하지 않으나, 집행위원회 또는 경영위원회가 제출한 투자계획안과 그룹의 전 세계적인 전략에 관한 승인을 담당한다. 까르푸그룹 내 계열사의 주요 임직원들이 앞서 본 각 위원회의 구성원으로서 참여하게 되지만, 그들이 해당 위원회의 구성원으로서 하는 행위는 그들이 속한 회사의 임직원으로서가 아니라 까르푸그룹의 각 해당위원회 구성원으로서의 행위일 뿐이며, 이들 위원회에서 협의된 사항은 그 자체로는 법률적 효력을 가지지 못한다. 이들 각 위원회에서 협의된 사항을 법률상 처분권한을 가진 BU나 지역본부에서 이를 받아들여 적법한 절차에 따라 확정적인 의사결정을 하는 때에 그 행위는 비로소 법률적인 효력을 가지게 된다. 
 ② 까르푸그룹의 자금관리센터인 Le Centre de Coordination Carrefour(이하 약칭하여 ‘CCC’라 한다)에서는 물리적인 자금 이동 및 환율과 관련된 세계 각국 은행과의 협상 업무를 수행한다. 까르푸그룹의 계열사들은 CCC와 재무관리를 위한 일반약정을 체결하고, CCC를 통하여 당좌계정을 개설하여, CCC가 위 약정에 따라 운영하는 자금통합관리제도(Cash Pooling Management)를 이용하여 여유자금을 다른 계열사 또는 CCC에 대여하거나 일시적인 부족자금을 다른 계열사 또는 CCC로부터 차입한다. 다만 CCC가 관리하고 있는 계열사의 당좌계정은 어디까지나 그 계열사에 속한 것이므로, CCC가 정기적으로 당좌계정에 대한 거래내역서를 계열사에 발송하면 그 계열사의 재무담당 직원은 매월 경영성과를 토대로 당좌계정, 은행계정, 대여금 및 차입금 별로 기재되어 있는 자금보고서를 작성한 다음 그 자금보고서와 거래내역서를 비교·검토하여 차이점이 있는 경우 이를 CCC에 통보하여 수정하도록 한다. 이에 따라 CNBV도 2001. 1. 1.경 CCC와 재무관리를 위한 일반약정을 체결하여 CCC를 통해 자금거래를 하되, CNBV 당좌계정의 자금으로 집행되는 모든 투자활동(한국까르푸에 대한 투자활동을 포함한다)은 CNBV의 대표이사의 승인 및 지시를 통해 이루어졌는바, 구체적으로 CNBV 대표이사는 자신이 서명한 송금지시서에 의하여 CCC에 송금을 요청하고, CCC와 송금 요청 금액 상당의 외환매입계약을 체결한 후 그 금액 상당을 차입하였으며, 이러한 거래내역은 CNBV의 당좌계정에 모두 기재되어 관리되었다. 
 (마) 한국까르푸 설립 경위 및 사업 경과, 이 사건 주식 매각 과정 및 매각 이후 경과 
 ① CNBV는 1993. 9. 12. 한국까르푸 투자에 관하여 최초의 이사회결의를 하였고, 한국까르푸는 그로부터 약 6개월이 경과한 1994. 3. 8. 설립되었다.
 ② CNBV는 누적이자, 배당수익 및 일부 투자자산의 매각금액 등으로 축적되어 있는 자금으로 1994. 3. 8.부터 2001. 11. 12.까지 총 51회의 증자를 통하여 한국까르푸에 합계 약 8,772억 원을 지속적으로 투자하였고, 투자로 인한 수익을 CSA에 배당하지 않고 CNBV의 사업에 재투자하였는데, 이는 모두 CNBV의 이사회결의 및 CNBV 대표이사의 결정에 의하여 실행되었고, 사후적으로 영업 활동으로 보고되었다. 
 ③ 한국까르푸 주식의 양도는 까르푸그룹 내의 M＆A팀 중 아시아팀이 주도하였고, 당시 한국까르푸의 주주이던 CSA와 CNBV는 주식 양도에 대한 권한을 까르푸그룹의 임원진이자 위 M＆A팀 구성원에게 각 위임하였는데, CSA는 소외 2, 3, 4, 5에게, CNBV는 소외 6, 7, 8, 9에게 각 개별적으로 위임하여 그 양도와 관련된 업무를 처리하도록 하였다. 
 ④ 2006. 4. 13.경 한국까르푸 주식의 우선협상대상자로 이랜드가 선정되었고, 2006. 4. 20.부터 CNBV의 수임인이자 CAHK 소속의 소외 9와 CSA의 수임인이자 한국까르푸의 대표이사인 소외 3이 주로 협상과정을 주도하여 협상이 진행되었다. 협상은 CNBV와 CSA 각 이사회 및 대표이사의 승인을 거쳐 마무리되었고, 소외 9가 최종 매각결정을 이랜드에 통보함으로써 본격적인 매매계약이 진행되었다. 즉, 2006. 4. 28.경 한국까르푸 주식의 소유자인 CNBV와 CSA가 각 지분별로 이랜드의 SPC인 이 사건 주식양수법인과 주식매매계약을 체결하였고(CNBV 보유 지분에 대하여는 그 수임인인 소외 9가 CNBV를 대리하여, CSA 보유 지분에 대하여는 그 수임인인 소외 3이 CSA를 대리하여 각각 매매계약서에 서명하였다), 2006. 7. 10. 수정매매계약서가 작성되기도 하였다. 
 ⑤ CNBV는 2006. 9. 26. 이 사건 주식양수법인으로부터 이 사건 주식인 한국까르푸 주식 71,049,464주의 매각대금으로 약 10억 유로를 수령하였고, 그 후 매각대금 전액을 CNBV의 CCC 당좌계정에 일시 예치하였다가 그 중 약 80%인 797,379,000 유로를 2007. 1.부터 같은 해 4.까지 콜럼비아, 브라질, 스페인 및 중국에 소재한 자회사에 대한 투자를 하는데 사용하였다. 
 ⑥ 네덜란드 로펌인 Loyens＆Loeff N.V.와 한국 로펌인 김앤장 법률사무소, 한국 회계법인 Ernst＆Young 등은 이 사건 주식 양도와 관련한 법적 자문비용 등을 CNBV에게 직접 청구하였고, CNBV는 이를 직접 부담하였다. 
 (바) CSA와 CNBV와의 공통점 및 차이점
 ① CSA와 CNBV는 모두 까르푸그룹에 포함되는 지주회사로서, 지분참여 외에 인적시설을 통해 자회사의 사업운영에 직접 관여하지는 않는 점은 양 회사가 동일하나, 다만 CNBV는 CSA의 하위 지주회사이다. 
 ② CSA와 CNBV는 2005. 12. 31.를 기준으로 이사를 제외한 직원을 각 6명씩 고용하였다. 
 ③ CSA와 CNBV에 각각 법률기구로서 감독이사회(Supervisory Board)와 경영이사회(Management Board)가 구성되어 있는 점은 동일하나, 다만 CNBV는 경영이사회의 단일 구성원인 대표이사(Managing Director)가 모든 사업과 관련된 사안을 단독으로 결정하고 진행할 수 있는 권한을 행사한다는 점이 CSA와 다르다.
 (3) 위 인정사실을 바탕으로 이 사건 주식 양도소득의 실질적인 귀속주체가 누구인지에 관하여 보도록 한다. 
 (가) CNBV가 도관회사(Conduit Company)에 불과한지 여부
 다국적기업이 특정국가에 설립한 회사가 도관회사에 불과하다고 하기 위해서는, 그 회사가 소재한 국가가 해외원천소득에 대하여 저율과세 또는 비과세하는 등 그 국가에 조세피난처(Tax Heaven)적 요소가 있다는 점만으로는 부족하고, 그 회사가 오로지 조약편승(Treaty Shopping)을 통한 조세회피의 목적으로 미리 설계한 투자구조 및 지배구조에 따라 형식적으로 만들어졌다는 사정이 인정되어야 한다. 그리고 이와 같이 어떠한 회사가 오로지 조세회피만을 목적으로 설립되어 조약상의 혜택을 투리기 위한 중간매체(Conduit)에 불과한지 여부는 그 회사의 사업목적이나 활동 내역, 자금의 조달 및 회수 주체, 수익 배분 내역, 회사의 존속기간 등 제반 간접사실을 통하여 판단할 수 있을 것이다. 
 이를 바탕으로 이 사건에 관하여 보건대, 앞서의 인정사실을 바탕으로 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① CNBV는 소비재상품의 소매업을 영위하는 회사들에 대한 지분보유, 투자를 위한 자금조달 등을 주요 사업활동으로 하면서, 네덜란드의 회계감독규정에 따라 회사의 영업결과를 회사의 장부에 기재하고, 회계법인의 회계감사를 받고 있으며, 네덜란드 세법에 따라 네덜란드 당국에 세무신고를 하는 등 독립된 회계처리 및 세무신고를 하여왔고, 네덜란드 회사법에 따라 이사회, 감독위원회, 주주총회를 개최하며, 매년 손익계산서에 직원 급여나 임대료, 관리비 등 비용을 계상하는 등 1982. 8. 31.경 설립된 이래 현재까지 약 30년 간 전세계 각국에 합계 50여개의 자회사 지분을 보유하면서 네덜란드에서 독립한 법인으로서 활동하고 있는 점, ② CNBV가 그 설립일로부터 12년 후인 1994년경 대한민국에 한국까르푸를 설립하여 할인점업을 시작하고, 그로부터 약 12년간 수천억 원을 투자하여 사업을 확장하다가 2006년경에서야 대한민국에서 철수한 점에 비추어 볼 때, 한국까르푸는 설립 당시 할인점업을 통한 사업 이익 창출 내지 그로 인한 배당 이익 실현 등을 주된 목적으로 하고 있었을 뿐 오로지 주식양도차익을 실현하는데 그 목적을 두고 있었다고 볼 수 없고, 따라서 CNBV가 오로지 대한민국에서의 조세부담을 회피할 목적으로 치밀한 투자구조설계에 따라 설립된 법인인 것으로 보이지 아니하는 점, ③ CNBV는 CSA로부터 차입하거나 지원받은 자금이 아니라 자신이 설립 이래 축적한 유보자금으로 한국까르푸에 투자하였고, 이 사건 주식의 양도대금도 직접 수령하여 이를 CSA에게 송금하거나 배당 등 어떠한 형태로도 분배하지 아니하고 CNBV 자신이 유보하여 두었다가 그 명의로 수행하는 사업에 재투자 한 점, ④ 까르푸그룹의 구조 및 운영실태, 이 사건에서 CNBV의 투자회수기간 등에 비추어 볼 때, CSA를 포함한 까르푸그룹 및 그 계열사는 할인점업을 위한 장기적인 산업적 투자자로 볼 수 있을 뿐 단기투자수익을 노린 단순한 재무적 투자자로 볼 수 없는 점, ⑤ CSA와 CNBV는 개별 투자를 위하여 설립된 특수목적법인이 아니라, 수십 년간 존속하면서 인적·물적 요소를 갖추고 있는 법인으로서, 자회사들의 주식 소유 및 관리를 주된 목적으로 하되 자회사에 대한 직접적인 경영통제를 하지는 않고, 그 조직 자체가 간소하며 자회사의 지분보유 및 관리라는 기능에 상응하는 소수의 직원만을 고용하면서 대부분의 업무를 외부 및 계열사에 위임하여 처리하는 등의 공통 요소를 가지고 있는 지주회사라 할 것인바, CSA는 최상위 지주회사이고 CNBV는 중간 지주회사라는 사정 이외에 양자는 기본적으로 그 성격이 동일하다고 볼 수 있는 점, ⑥ 네덜란드는 국내법상 지분면제(Participation Exemption) 규정에 따라 자회사로부터 배당 및 자회사 주식의 양도소득에 대하여 모회사 단계에서 과세가 면제되고, 대부분의 국가와 체결한 조세조약에서도 주식의 양도소득에 대하여 거주지국 과세원칙을 채택하고 있어, 네덜란드를 통한 지분투자의 경우 어느 곳에서도 세금을 납부하지 않게 되는 결과가 초래될 수는 있으나, 이처럼 네덜란드에 조세피난처적 요소가 있다는 사정이 곧 그곳에 설립된 회사가 도관회사에 해당한다는 것으로 비약될 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, CNBV가 단지 CSA의 투자자금의 중간통로 역할만을 수행한 CSA의 도관회사에 불과하다고 볼 수 없다. 
 (나) CSA가 이른바 수익적 소유자(beneficial owner)에 해당하는지 여부
 ① 의사결정에 대한 영향력과 소득의 지배·관리·처분권 귀속의 구별
 ㉮ 실질적으로 법률행위로 인한 소득의 지배·관리·처분권이 귀속되는 자, 즉 수익적 소유자(beneficial owner)가 누구인지 여부는 소득발생의 원인이 되는 법률행위의 명의자를 누구로 할 것인지, 그 명의자와 법률행위로 인한 효과의 귀속자를 누가 어떤 과정을 거쳐 결정하는지 및 그 결정에 영향력을 행사하는 자가 별도로 존재하는지, 법률행위에 자금의 이동이 수반되는 경우 그 자금 이동 및 관리의 주체가 누구인지, 법률행위의 명의자 및 그 효과의 귀속자가 법인인 경우에 각 법인의 영업활동 유무 및 그 내용 등 여러 요소를 참작하여 이를 결정할 수 있는 것이다. 여기서 법률행위 효과와 그에 따른 ‘소득의 귀속자를 누구로 할 것인지’에 대한 의사결정 또는 그에 대한 영향력 행사의 문제는 소득 귀속자의 결정에 따라 그 소득의 지배·관리·처분권이 누구에게 귀속되는지, 즉 ‘소득의 지배·관리·처분권이 누구에게 있는지’의 문제와는 구별되는 것으로서, 소득의 지배·관리·처분권자를 결정하는 과정 또는 그 전단계에서 논의될 수 있을 뿐이므로, 법률행위에 이르게 된 의사결정에 대한 영향력을 행사하는 자라고 하여 곧 그 법률행위로 인한 소득의 지배·관리·처분권을 가지는 자라고 비약할 수는 없다. 다시 말하면, 소득을 발생시키는 법률행위에 이르는 과정에서 의사결정에 영향력을 행사하는 자는 그 법률행위의 효과 및 소득의 귀속자를 제3자로 결정할 수 있는 것이고, 그와 같은 영향력의 행사에 따라 소득의 귀속자가 결정되면 그 법률행위의 효과와 소득은 당초부터 제3자에게 귀속되어 그 소득에 대한 지배·관리·처분권을 제3자가 갖게 되는 것이지, 의사결정에 영향력을 행사한 자를 소득의 귀속자로 볼 수는 없는 것이다.
 ㉯ 같은 맥락에서, 주주가 당해 법인의 이사·감사 등의 선임 및 해임, 경영진의 감독에 관한 사항, 이익 배당, 회사의 분할·합병, 주식의 이전, 영업 양도 및 양수 등에 관하여 주주로서 영향력을 행사하고, 그 영향력에 근거하여 당해 법인의 의사결정이 이루어졌다고 하더라도, 그 의사결정에 따른 당해 법인의 법률행위의 효과는 여전히 법률상 독립된 실체로 인정되는 당해 법인에게 귀속하는 것이고 그 거래에 따른 소득도 모두 소득을 계산하는 주관적 단위에 해당하는 당해 법인에게 귀속하는 것일 뿐 주주에게 귀속하는 것이라고 볼 수는 없는바, 이는 그 주주가 개인이 아니라 법인이라고 하더라도 마찬가지이다. 
 ② 지주(持株)회사의 특징 및 이익·손실의 귀속
 ㉮ 한편, 지주회사(Holding Company)는 다른 회사를 지배할 정도의 비율의 주식을 보유함으로써 그 회사에 대하여 실질적인 지배권을 취득하는 것을 목적으로 하는 회사로서, 자회사에 주주로서의 영향력을 행사하는 것을 그 본질적인 요소로 한다. ‘주식 보유를 통한 실질적인 지배권 취득’이라는 지주회사의 존재 목적이 곧 자회사의 경영에 대한 직접적인 경영통제로 연결되는 것은 아니며, 오히려 자회사에 경영상 책임을 분배함으로써 영업실적 등의 악화로 인한 위험을 절단하기 위한 목적으로 지주회사제도가 이용되기도 한다. 지주회사는 자회사의 지배주주로서 자회사의 의사결정에 영향력을 행사하는데 필요한 정도의 인적·물적 조직을 갖추고, 통합적이고 장기적인 관점에서 자회사를 지배하는 역할을 수행하는 것을 그 특징으로 한다. 결국, 지주회사는 자회사가 법률행위를 함에 있어 그 법률행위에 이르게 된 의사결정에 영향력을 행사하는 지위를 갖는다. 
 ㉯ 다만, 지배주주인 지주회사가 자회사를 설립하여 그 자회사가 독립한 법인격을 가지면서 독립적인 사업 활동을 하고 있는 이상, 그 자회사의 사업 활동으로 인한 이익 및 손실은 원칙적으로 그 자회사에 귀속되는 것이고, 지주회사가 그 자회사의 주주로서 배당을 받는 등 이익을 분배받는 경우에 비로소 그 지주회사의 이익으로 귀속될 수 있는 것이다. 손실의 경우에도 마찬가지로, 자회사의 사업 활동으로 인한 손실이 발생한다고 하여 곧바로 지주회사의 손실로 연결되는 것은 아니다. 즉 지주회사는 자회사의 이익 및 손실로부터 1차적으로는 차단되므로, 지주회사가 자회사의 의사결정에 영향력을 행사하고 있다는 지주회사제도의 특징을 근거로 자회사의 소득이 곧바로 지주회사에게 귀속된다고 볼 수는 없다. 지주회사가 법률행위를 함에 있어 지배주주인 지주회사의 의사에 종속되는 측면이 있다고 하여 별다른 근거 없이 자회사가 법률행위의 주체 또는 소득의 귀속주체가 아니라고 보는 것은 지주회사제도를 부인하는 것에 다름 아니다. 
 ③ 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속자
 위 각 법리를 전제로 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실에 비추어 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 주식의 양도와 관련하여 CSA가 실질적으로 CNBV를 배제하고 이 사건 주식의 매각결정, 자금이동 등 모든 측면에서 거래를 주도함으로써 그 양도소득의 지배·관리·처분권을 가지고 있었던 이른바 ‘수익적 소유자’에 해당한다고 볼 수 없고, 한편 CNBV가 CSA로부터 구조적으로 독립한 지주회사일 뿐 도관회사가 아니라는 점은 앞서 본 바와 같으므로, 결국 이 사건 주식의 양도의 거래주체 및 이로 인한 양도소득의 실질적 귀속주체로서 그 양도소득의 지배·관리·처분권을 보유한 자는 CNBV라고 봄이 상당하다.
 ㉮ 한국까르푸 주식의 양도와 관련하여 CSA뿐만 아니라 CNBV도 스스로 그 업무를 수행할 자를 선정하여 그들에게 개별적으로 업무를 위임하였고, 이 사건 주식에 관하여는 CNBV의 대표이사 및 이사회의 승인을 거쳐 협상이 완료되었던 점, CNBV와 CSA가 한국까르푸 주식의 양도와 관련하여 그 협상 및 계약체결권한 등을 위임한 자들은 모두 까르푸그룹의 임원진 및 M＆A팀을 구성하는 자들로서 CSA에만 소속된 자라고 볼 수 없었던 점, 이 사건 주식 양도와 관련한 법률 자문 비용을 CNBV가 스스로 부담하였던 점 등에 비추어 볼 때, CSA가 CNBV를 배제하고 이 사건 주식의 매각결정이나 협상 등을 전적으로 주도하였다고 볼 수 없다. 
 ㉯ 까르푸그룹의 운영 실태에 비추어 볼 때, 한국까르푸의 주식 양도와 관련하여 까르푸그룹 차원의 투자위원회, 집행위원회, 경영위원회 및 그 구성원인 까르푸그룹 임원진들의 영향력 행사가 있었던 것으로 보이기는 하나, 그 영향력 행사가 그 자체로 어떠한 법률적 효력을 가지는 것은 아니었던 것으로 보일 뿐만 아니라, 까르푸그룹 임원진 및 위원회가 CSA에 종속되는 기관으로서 CSA의 의사를 전적으로 반영하여 제반 행위를 하였다고 볼 수도 없다. 
 ㉰ 이 사건 주식 양도로 인하여 수령한 매매대금은 CNBV에 유보되었다가(CCC를 통한 CNBV의 자금이체는 까르푸그룹의 자금통합관리제도의 운영에 따라 이루어진 것으로서, CNBV가 보유한 자산의 소유권, 그 처분에 관한 의사결정권한 자체에 아무런 영향을 줄 수 없는 것이므로, 이 사건 주식 양도와 관련하여 그 자금의 흐름이 CCC를 통하여 이루어졌다고 하여 그 매매대금이 CNBV에게 유보되었던 것이 아니라고 볼 수 없다) CNBV의 사업 활동에 재투자 되었을 뿐, 그 매매대금에 관하여 CSA와 CNBV간 자금 이동이 있었다는 사정이 없고, CSA에게 배당 등 어떠한 형태로도 그 이익이 분배된 바도 없다. 
 ㉱ 이 사건 주식의 양도 이전에도 CNBV는 스스로 이사회결의를 거친 다음 약 6개월이 경과된 후에 한국까르푸를 설립하였고, 설립 이후에도 스스로 축적한 자금으로 한국까르푸에 약 51회 증자하여 합계 약 8,772억 원을 스스로 투자하였으며, 그 투자로 인한 수익은 CSA에 배당되지 않고 CNBV의 지주회사로서의 사업에 재투자되었는바, CNBV의 지배주주로서 그 의사결정에 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있는 CSA는 한국까르푸의 설립 이래 한국까르푸의 사업 수행과 관련하여 그 소득의 귀속자를 CSA가 아닌 CNBV로 이미 결정하였던 것으로 보인다. 그 결과 CSA는 CNBV가 한국까르푸와 관련하여 얻은 소득으로부터 1차적으로 차단되어 있었고, 그 소득의 지배·관리·처분권을 행사할 여지가 없었다. 따라서 CNBV가 보유하고 있던 한국까르푸의 주식, 즉 이 사건 주식을 양도함으로써 얻게 되는 소득의 귀속자는 당초부터 CNBV일 뿐 CSA라고 볼 수 없다. 
 ㉲ 달리 CSA와 CNBV 사이에 한국까르푸의 사업으로 발생하는 이익 및 그 양도로 인하여 발생하는 소득 등에 관하여 이를 CSA가 CNBV로부터 회수하는 내용의 별도의 약정을 체결한 바도 없는 것으로 보인다. 
 (4) 결국, 실질과세원칙을 적용하여 보더라도, 이 사건 주식의 양도와 관련한 거래행위의 주체 및 그 양도소득의 실질적 귀속 주체는 CNBV라고 봄이 상당하므로, 이와 달리 이 사건 주식의 양도소득의 실질적 귀속주체가 CSA라는 전제 아래 한 이 사건 각 처분은 위법하여 모두 취소되어야 한다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로, 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계법령 생략]

판사 어수용(재판장) 이유진 이보람