부가가치세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1982.03.04 / 시행일:

【원 고】 인천시 축산업협동조합 (소송대리인 변호사 안명기외 1인)
【피 고】 인천세무서장
【변론종결】 1982. 2. 18.
【주 문】
 1. 피고가 1980. 7. 23 자로 원고에게 각 부과한, 
 (가) 1978년 1기분 부가가치세 금 4,296,864원중 금 607,432원을 초과하는 부분,
 (나) 1979년 1기분 부가가치세 금 6,142,643원중 금 2,746,099원을 초과하는 부분,
 (다) 1979년 2기분 부가가치세 금 3,662,188원중 금 1,735,846원을 초과하는 부분의 각 부과처분을 각 취소한다.
 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】 주문기재와 같은 판결.
【이 유】
 원고는 축산업협동조합법에 의하여 설립된 법인으로서 식품의 제조, 가공사업 및 구매, 판매등의 사업을 목적으로 하고 있고 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 및 그 시행령 제38조 제12호의 규정에 의하여 그 사업부문중 식품가공사업부문에 한하여 과세사업에 해당되어 면세사업인 사료구매사업, 원유판매사업, 원유가공판매(시유)사업과 과세사업인 원유가공판매(유산균음료, 쵸코우유등) 사업을 겸영하고 있는 사업자인 사실, 피고는 1980. 7. 23자 원고에 대하여 각 해당과세기간의 면세사업에 관련된 공통매입세액을 안분계산함에 있어 원고사업장에서의 총공급가액과 총면세공급가액을 근거로 이를 계산하여 부가가치세로 1979년 1기분 금 6,714,052원, 1979년 2기분 금 3,852,394원, 1978년 1기분 금 4,592,641원, 1978년 2기분 금 3,552,363원을 부과한 사실, 감사원은 1981. 1. 21 원고의 심사청구에 대하여 공통매입 세액안분 계산시의 총공급가액에 1978년 1기분에는 특별소비세를, 1978년 2기분 및 1979년에는 특별소비세 및 그 방위세를 포함하여 공제되지 아니하는 매입세액을 계산하도록 일부 인용하는 경정을 하고 피고는 이에따라 그후 각 과세기간의 부가가치세를 1978년 1기분 금 4,296,864원, 1978년 2기분 금 3,024,864원, 1979년 1기분 금 6,142,643원, 1979년 2기분 금 3,662,188원으로 각 경정결정한 사실은 당사자간에 다툼이 없다. 
 원고는 법인의 사업내용을 대별하여 면세업종인 구매사업, 판매사업과 과세업종인 가공사업의 3종류로 구분하고 과세대상인 가공사업은 다시 시유(흰색 보통우유)와 요굴사와등 가공유로 구분하여 전자는 부가가치세법시행령 제28조 제1항 제8호 소정의 유란류에 해당하는 면세품이고, 후자는 과세품목이어서 과세사업중에도 면세품과 과세품이 같이 포함되어 있어 부가가치세의 산출에 있어서 부가가치세법 제17조의 규정에 따라 매출세액에서 매입세액을 공제한 나머지가 납부세액으로 될 것인데 예컨대 우유병, 비닐뚜껑, 기계수리비등 과세품과 면세품에 공통으로 사용되는 매입세액의 안분계산 방법은 부가가치세법시행령 제61조의 규정에 의하여 (가) 면세사업에 관련된 매입세액(불공제매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총 공급가액 ....의 산식에 의하여 (나) 불공제매입세액 = 가공사업관련공통 매입세액 × 가공사업총면세공급가액/가공사업총공급가액 ....의 방법으로 하여 원고법인의 과세사업인 가공사업부문에 한하여 공통매입세액의 안분계산 즉 납부할 부가가치세가 산출되어야 하므로 이에 따라 산출된 세액(다만 1978년 2기분 부가가치세는 원고가 승복한다)을 초과하는 본건 부과처분의 부분은 세액을 부당히 과대계산한 것으로 위법하다는 취지로 주장함에 대하여 피고는 원고의 사업을 가공사업, 우유판매사업, 사료판매사업등은 모두 공통매입세액과 관련이 있으므로 이를 구분할 것이 아니라 과세주체별로 이를 계산하여 위 (가)의 산식을 (다) 불공제 매입세액 = 구매, 판매, 가공사업관련 공통매입세액 × 구매, 판매, 가공등 면세공급가액/구매, 판매, 가공사업 총공급가액 ...의 방법에 따라야 하고 이에 의거한 본건 처분은 정당하다고 다툰다. 
 그러므로 살피건대 부가가치세법 제17조 제1항, 그 시행령 제61조 제1항, 그 시행규칙 제18조의2의 각 규정에 의하면 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라하되 과세사업과 면세사업에 공동으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 위 (가)의 산식에 의하여 계산하며, 위 (가)의 산식의 총공급가액 또는 면세공급가액이라 함은 당해 과세기간의 총공급가액 또는 면세공급가액의 합계액을 말한다고 되어 있고, 원고법인이 영위하고 있는 구매, 판매 및 가공사업부문중 앞서 본 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 그 시행령 제38조 제12호의 규정에 의하여 전면적인 면세사업인 구매사업과 판매사업은 사업성질상 일종의 도,소매업의 부류에 속하고 과세사업인 식품가공사업부문은 제조업에 속하여 그 기장상의 구분도 확연하나 다만, 가공사업부문중 과세식품제조사업과 면세식품제조( 같은법 시행령 제28조 제1항 소정의 단순 가공식품류인 유란유)사업간의 공통매입 세액의 실지귀속만이 구분하기 어렵다 하겠는바, 원고법인의 경우 이와같이 식품가공사업부문을 제외한 나머지 사업을 전면적인 면세사업으로 규정하는 입법취지 및 면세사업과 과세사업을 겸영하는 사업자의 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙으로 실지귀속을 구분하여 계산하도록 한 규정취지에 따라 실지귀속불명한 공통매입세액을 안분계산함에 있어서도 그 실지귀속에 가깝도록 사업단위별로 구분하여 계산할 것으로 풀이되고, 따라서 위 (가)의 산식의 경우 공통매입세액, 총공급가액 및 면세공급가액도 사업주체별로 사업장의 당해 과세기간중의 총공급가액 및 총면세공급가격으로 볼것이 아니라 가공사업부분에 관련된 공통매입세액과 이 사업부분에 대한 총공급가액과 면세공급가액으로 풀이하여 위 (나)의 산식에 따라 이를 계산함이 타당하다 할 것이다. 
 그리고 이에따라 계산한 이 사건 불공제매입세액으로서 1978년 1기분 부가가치세가 금 607,432원, 1979년 1기분 부가가치세가 금 2,746,099원, 1979년 2기분 부가가치세가 금 1,735,846원이 됨은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 이 금액을 초과하는 본건 부과처분은 위법하다 할 것이어서, 원고의 주장은 그 이유있다.
 그렇다면 피고의 과세처분중 위 (나)의 산식에 의하여 계산한 세액을 초과하는 부분은 모두 위법하여 취소를 면치 못한다 할 것이므로 원고의 본소 청구는 이유있어 이를 인용하고, 소송비용은 패소한 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.
1982. 3. 4. 

판사 장상재(재판장) 김중곤 김성룡