법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1981.10.29 / 시행일:

【원 고】 주식회사 한국수산개발공사(소송대리인 변호사 황해진외 1인)
【피 고】 서대문세무서장
【환송판결】 대법원 1981. 1. 13. 선고 80누51 판결
【변론종결】 1981. 10. 15.
【주 문】
 원고의 청구를 기각한다.
 소송의 총비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1978. 5. 20 원고에게 1978년 수시분 법인세 금 74,713,517원 및 방위세 금 10,822,820원의 부과처분은 이를 취소한다. 소송비용은 피고의 부담으로 한다라는 판결.
【이 유】 피고가 1978. 5. 20 원고법인에게 1978년도 수시분 법인세 금 74,713,517원 및 방위세 금 10,822,820원을 부과한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증(등기부등본), 을 제1호증의 1, 2(각 결의서), 같은호증의 3 내지 5(계산서), 같은호증의 6(보충조서)의 각 기재내용을 종합하면, 원고는 수산업 등을 목적으로 하는 법인으로서 1977사업년도(1977. 1. 1. 부터 같은 해 12. 31까지) 법인세 과세표준액을 신고함에 있어서 당기 사업년도에 도합 금 6,400,172,846원의 결손이 있었던 것으로 신고를 하였으나, 피고가 원고법인을 실지조사한 결과 원고법인이 당기에 금 2,490,014,745원의 결손이 있어 원고법인이 법인세의 과세대상은 되지 아니하나 원고법인이 당기 사업년도 거래금액중 금 2,735,799원을 기한 경과후 보고 하였고, 거래금액 금 345,207,161원에 대하여는 보고하지 아니하여 이에 대한 각 가산세 도합 금 10,364,421원(기한경과 보고분 금 8,207원 2,735,779 × 3/1000 + 미제출보고분 10,356,214원 345,207,161 × 3/100)을 납부할 의무가 있고, 또한 원고법인이 1977. 10. 14 원고법인 소유였던 마산시 신포동 2가 54의 16필지의 토지 도합 4,846평 및 같은동 2가 114의 35의 3필지 도합 252평(이하 이 사건 토지라고 한다)을 매도하였으므로 그 매매차익에 대한 법인세 특별부가세를 납부할 의무가 있다고 하여 이 사건 토지의 매도대금인 금 397,644,000원(총 매매대금 금 480,444,000원에서 건물대금을 공제한 금액)에서 원고법인 소유의 위 마산시 신포동 2가 54의 16필지 도합 4,846평의 토지에 대한 1968. 1. 1 당시의 시가표준액에 의한 금 28,155,260원 및 이에 대한 자본적 지출액 금 1,119,287원을 합한금 29,274,547원(위 토지는 원고법인이 1953.7.31에 금 154,237원에 매수하였으므로 법인세법 부칙 제13조에 의하여 1968. 1. 1. 취득한 것으로 보고 같은 법 시행령 부칙 제7조에 의하여 1968. 1. 1 시가를 알 수 없으므로 그 당시의 시가표준액에 의하여 금 28,155,260원으로 평가한 가액을 장부가격으로 함, 그런데 동조 단서에 의하면 1967. 12. 31 이전의 장부가액에 1967. 12. 31 이전의 취득일로부터 1967. 12. 31까지의 보유기간에 제124조의2 제4항 제2호에 규정하는 연 100분의 10을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1968. 1. 1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다 라고 규정하고 있는바, 이건에 있어서는 위 토지의 취득일시인 1953. 7. 31의 장부가액 금 154,237원에 위 가산율에 의한 가산금액 금 223,642원을 합하면 합계금 377,879원이 되어 위 1968. 1. 1 현재의 시가표준액보다 적으므로 위 시가표준액에 의한다)과, 위 같은동 2가 114의 35외 3필지 도합 252평에 대한 취득가액 금 1,029,991원(1977. 10. 14 취득) 및 이에 대한 자본적 지출액 금 52,920원을 합한 금 1,082,911원을 합산하여 도합 금 30,357,458원을 공제하고, 다시 이 사건 각 토지에 대한 양도소득 특별공제액 합계금 37,125,428원을 공제한 나머지 금 330,161,114원을 양도차익으로 보고, 이를 과세표준금액으로 하여 소정의 세율을 곱한 세액 금 82,540,278원에, 과소신고 및 납기내 미납으로 인한 가산금 합계금 20,455,766원을 합하여 도합 금 102,996,044원을 법인세 특별부가세로 결정하고, 이에 앞에서 본 바와 같이 미제출 보고분 등에 대한 가산세 10,364,421원을 합산한 금 113,360,465원에서 기납부한 법인세에 대한 원천징수세액 금 9,661,448원과 자진납부한 법인세 특별부가세 금 28,985,500원 합계금 38,646,948원을 차감한 금 74,713,517원 및 이에 대한 방위세 금 10,822,820원을 원고법인에 대한 1977년도 법인세 및 방위세로 부과처분한 사실을 각 인정할 수 있고 달리 반증없다. 
 첫째, 원고는 주위적 주장으로 원고법인은 경제의안정과성장에관한대통령긴급명령 제50조에 의한 산업합리화 지정산업이므로 같은 긴급명령 제59조에 의하여 지정산업이 합리화 기준에 따라 자산의 양도를 할 때에는 그 양도차익에 대한 법인세 및 투기업제세를 부과하지 아니한다 라고 규정하고 있고, 1974. 12. 21 부동산 투기업제세법이 폐지되면서 법인세법 부칙 제15조 제2항(1974. 12. 21 개정 법률 제2686호)에 의하여 이법 시행당시 다른 법령에 규정된 부동산투기억제세 면제에 관한 규정은 이법에 의한 특별부가세 면제에 관한 규정으로 본다 라고 규정하고 있는바, 이 사건 토지는 원래 소외 재동산업 소유였는데 원고법인이 1976. 4. 15 위 소외회사를 흡수합병하여 그 소유권을 취득하고 1977. 10. 14 정부의 산업합리화 기준에 따라 원고법인의 재무구조를 개선하기 위하여 이 사건 토지를 매각하여 그 대금으로 원고법인의 채무변제에 충당하였으므로 위 각 법조에 의하여 원고법인에 대한 법인세 특별부가세는 면제대상이므로 피고의 위 부과처분은 위법하다고 주장하므로 살피건대, 위 긴급명령 제정당시(1972. 8. 2)에는 위 각 법조에 의하여 산업합리화 지정산업이 합리화 기준에 따라 자산을 양도할 때에는 그 양도차익에 대한 법인세 특별부가세가 면제된다고 규정하였고, 이를 뒷받침하기 위하여 위 긴급명령 제70조 제2항에서 이령의 조세에 관한 규정은 이를 조세감면규제법 제2조에 게기하는 법률로 본다고 규정하였으며, 조세감면규제법 제2조 제1항에 이법 및 조약과 다음에 게기하는 법률에 의하지 아니하고는 조세의 감면을 할 수 없다고 규정하여 위 법인세 특별부가세가 면세의 대상이 되었으나, 1974. 12. 19 조세감면규제법 제2조 제2항을 신설하고 이법 및 조약과 제1항 각호에서 감면되는 조세중 법인세법 제59조의2의 규정에 의한 특별부가세는 포함되지 아니하는 것으로 한다 라고 규정하였으므로(1974. 12. 19 법 제2678호, 1975. 1. 1.부터 시행) 가사 원고법인이 위 긴급명령 제50조 소정의 합리화 지정산업이고 합리화 기준에 따라 이 사건 토지를 양도하였다고 할지라도 1977. 10.에 양도한 이건 양도차익에 대한 법인세 특별부가세는 위 조세감면법의 개정에 의하여 면세대상에서 제외되었으니 원고의 위 주장은 이유없고, 원고는 또한 위 긴급명령 제70조 제1항에 의하면 다른 법률중에서 이영에 저촉되는 규정이 있을 때에는 이영의 규정에 의한다 라고 규정하고 있어, 위 긴급명령중 조세감면에 관한 규정은 조세감면에 관한 일반법인 조세감면규제법에 대하여 특별법인 관계에 있다 할 것이고, 따라서 조세감면규제법 보다 우선적인 효력이 있으므로 원고법인에 대한 위 과세처분은 위법하다고 주장하므로 살피건대, 위 긴급명령 제70조 제1항에서 이영에 저촉되는 규정이 있을 때에는 이영의 규정에 의한다 라고 규정하고 있고, 동조 제2항에서 위 령의 조세에 관한 규정은 조세감면규제법 제2조 제1항에 게기하는 법률로 본다고 하고 있어 위 명령중 조세이외 사항에 관한 규정은 다른 규정에 우선하는 효력이 있다고 할지라도 조세에 관한 규정은 조세감면규제법 제2조에 게기하는 법률로 본다고 하여 조세감면규제법과 동등한 법적효력을 부여하였으니 위 명령이 조세감면규제법에 우선하는 특별법이라고 볼 수 없고, 또한 앞에서 본 바와 같이 법인세 특별부가세는 조세감면 대상이 되지 않으니 원고의 위 주장은 어느모로 보나 이유없다. 
 둘째, 원고는 예비적 주장으로 가사 이 사건 토지에 대한 양도차익이 법인세 특별부가세의 면제대상이 되지 아니한다고 할지라도 원고법인은 1976. 4. 15 이 사건 토지를 소외 제동산업주식회사를 흡수 합병하면서 그 당시의 장부가격인 금 203,640,000원에 인수 취득하였으므로 원고의 취득시기는 위 합병시이고 그 취득가액도 위 금액임에도 불구하고, 피고는 위 소외회사가 이 사건 토지를 취득할 당시에 원고법인이 이를 취득하였고 그 취득가액도 그 당시의 취득가액을 기준으로하여 1968. 1. 1 현재의 시가표준액을 취득가액으로 산정하였으니 피고의 이건 법인세 특별부가세 세액 상정방법은 위법하다는 취지의 주장을 하므로 살피건대, 원고가 이 사건 토지를 매도할 당시 시행된 법인세법(1976. 12. 22 법 제2931호) 제59조의2, 제1항, 제3항에 의하면 특별부가세의 과세표준이 되는 토지의 양도차액은 양도가액에서 취득가액과 대통령령이 정하는 비율을 공제한 금액으로 하고, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 양도당시의 시가표준액에 의한 금액과 취득 당시의 시가표준액에 의한 금액을 각 양도가액, 취득가액으로 한다라고 규정하였고, 같은조 제2항 단서에 의하면 법인의 합병 또는 조직변경으로 인하여 소유권이 이전되는 경우에는 양도로 보지 아니한다라고 규정하고 있으므로, 원고법인이 합병으로 인수한 토지는 합병전 법인이 취득한 때를 취득시기로 보고 그 양도차익에 대한 특별부가세 산정에 있어서 기준이 되는 취득가액도 합병전 법인의 당초 취득가액으로 하여야 할 것인바, 앞에서 본 바와 같이 피고는 이 사건 토지를 합병전 재동산업이 취득한 시기를 원고법인이 취득한 시기로 보고 이 사건 토지의 양도가액에서 그 당시의 취득가액을 공제하여 양도차익을 산정하였으므로(다만 앞에서 본 바와 같이 이 사건 토지중 4,846평은 1953. 7. 31 취득하였으므로 1968. 1. 1 당시의 시가표준액으로 산정하였음), 피고의 이건 법인세 특별부가세 부과처분은 적법하다 할 것이다. 
 그렇다면 이 사건 과세처분이 위법함을 전제로 하여 그 취소를 구하는 원고의 본소 청구는 이유없으므로 기각하고, 소송의 총비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.
1981. 10. 29.

판사 장상재(재판장) 김중곤 김성룡