법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2004.06.11 / 시행일:

【원고,상고인겸피상고인】 주식회사 삼양금속 (소송대리인 변호사 진행섭)
【피고,피상고인겸상고인】 강서세무서장 (소송대리인 변호사 최선집 외 2인)
【환송판결】대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결
【주문】
 원심판결 중 원고패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 상고를 기각한다.

【이유】 1. 피고의 상고이유를 판단한다.
 원심은, 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니어서 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있고, 또 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사·결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니므로 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다고 판단하였는바, 이는 환송판결의 취지에 따른 것으로서 정당하고 거기에 피고가 상고이유에서 주장하는 바와 같은 과세처분의 확정력이나 과세표준결정의 법적 성질 또는 신고납세에 관한 법리오해 등의 위법이 없으며, 조세법률관계의 안정성이나 예측가능성 및 재산권 보호에 반하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다고 할 수도 없다. 
 2. 원고의 상고이유를 판단한다.
 원심은, 그 채택증거에 의하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 비록 원고의 1995 사업연도 법인세 과세표준 및 세액이 확정되었더라도 당초 손금산입이 부인된 1988년 이후부터의 이 사건 부동산 관련 손금 상당액이 과세소득에 제대로 반영되어 정당한 이월결손금이 순차로 공제되었음을 전제로 1996년 및 1997 사업연도의 법인세액을 다시 산출하면, 1996 사업연도의 경우는 과세표준이 없게 되고 1997년의 경우에도 추가로 공제할 이월결손금이 남아 그 과세표준 및 세액이 감소되어야 하므로 1996년 및 1997년도에 대한 이 사건 각 부과처분은 위법하다는 원고의 주장에 대하여, 특정한 사업연도의 법인세 부과처분이 확정된 후 그 뒤 사업연도에 대한 부과처분의 효력을 다툼에 있어서 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 더 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다 하더라도, 그 잘못 산정된 부과처분이 확정되어 이미 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 된 경우에는 이를 다투지 않는 범위 내에서 잘못을 시정하여야 한다고 보고, 이 사건 1995 사업연도의 과세표준 및 세액이 확정됨으로써 이를 산정할 때에 피고가 실제로 공제한 내역에 따른 이월결손금 역시 확정되어 더 이상 다툴 수 없게 되었음을 전제로 1996년 및 1997 사업연도의 과세표준 및 세액을 산출한 결과 1996년도의 경우는 이월결손금으로 인하여 원고의 주장과 같이 과세표준이 발생하지 아니하나 1997년도는 추가로 공제할 이월결손금이 없어 이에 대한 피고의 부과처분이 적법하다고 판단하였다.
 그러나 환송판결의 취지와 같이법인세법상 결손금은 반드시 법인의 과세표준 확정신고나 정부의 조사·결정에 의한 과세표준 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 아니라 어느 사업연도의 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 경우 그 금액은 당연히 결손금에 해당한다고 보아야 하는 것이고, 또한, 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 하는 것인 데다가 어느 사업연도에 이월결손금을 공제할 것인지 여부를 납세자의 선택에 맡길 경우 소득발생여부에 따라 자의로 각 사업연도의 과세표준 및 세액을 왜곡시킬 가능성이 있어 객관적으로 존재하는 이월결손금의 액수를 산정하는 것이 상당하다는 점 등을 감안하면, 비록 원고의 1995 사업연도의 과세표준 및 세액이 확정되었더라도 그 후 사업연도의 과세표준 등을 산출함에 있어서는 전의 사업연도에 공제가능하였던 정당한 이월결손금이 순차로 공제되었음을 전제로 당해 연도에 공제할 결손금을 계산하여야 하는 것이다.
 따라서 원심이 확정한 사실관계를 토대로 위와 같은 방법에 의하여 5년의 공제기간 범위내에서 공제가능한 원고의 각 사업연도 이월결손금을 계산하면, 1993 사업연도의 경우 1988
년부터 1992년까지의 누적된 이월결손금 잔액이 24,725,998,023원인데 여기에서 당해연도 소득금액 15,262,737,394원을 공제하면 1994년도에 공제가능한 이월결손금은 9,463,260,629원이 되고, 여기에서 1994년도 소득금액 309,154,851원을 공제하면 1995년도 공제가능 이월결손금은 9,154,105,778원인데 다시 1995년도 소득금액 7,689,870,502원을 공제하면 1996년도 공제가능 이월결손금이 1,464,235,276원으로 산출되고, 여기에서 1996년도 소득금액 934,897,175원을 공제하면 1997년도 공제가능 이월결손금으로 529,338,101원이 남게 되어(1996년도까지는 정당한 이월결손금을 감안할 경우 과세표준이 발생하지 아니하게 된다) 결국 1997년도 법인세 과세표준도 그만큼 감소하게 된다.
 그럼에도 불구하고, 원심은 1995년 사업연도에 잔존하고 있던 원고의 공제가능한 이월결손금 9,154,105,778원 전부를 감안하지 아니하고 그 중 피고가 실제로 인정한 6,193,573,812원만이 1995년도 이월결손금으로 확정된 것으로 보아 그 차액 2,960,531,966원(이는 1990년도 결손금 1,755,452,460원과 1991년도 결손금 1,205,079,506원으로 구성되어 있다)이 다음해로 이월된 것으로 봄으로써 그 중 1990년분은 1996년에 이르러 5년의 공제기간이 경과하여 더 이상 공제될 수 없게 되었고 나머지 1991년도 결손금만을 감안하여 1996년도 과세표준을 계산한 결과 산출된 과세표준이 없다고 하는 한편(1996년의 소득금액은 934,897,175원으로서 위 1991년도 결손금이 이를 초과한다), 1997년도의 경우 이미 5년의 공제기간이 모두 지나서 전년도로부터 이월된 1991년도 결손금을 더 이상 공제할 수 없게 되었다고 판단하였는바, 이러한 원심판결에는 과세처분의 확정력이나 이월결손금의 공제방법에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이므로 이 점을 지적하는 원고의 상고이유의 주장은 정당하다.
 3. 결 론
 그러므로 원심판결 중 원고패소부분을 파기하고, 그 부분 사건을 원심법원에 환송하고 피고의 상고는 기각하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 변재승(재판장) 윤재식 강신욱(주심) 고현철