법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2013.04.05 / 시행일:

【원 고】 주식회사 부영 (소송대리인 변호사 조성권 외 2인)
【피 고】 남대문세무서장
【변론종결】2013. 2. 27.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 원고에 대하여 한 별지 1 기재 각 법인세 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 이 사건 1차 처분의 경위
 1) 원고는 부동산 개발업 등을 영위하는 회사로서, 단독출자나 원고의 대표이사인 소외 1(대법원판결의 소외인) 등과의 공동출자로 베트남, 캄보디아, 라오스(이하 ‘이 사건 쟁점 국가’라고 한다)에 아래와 같이 현지법인(이하 ‘이 사건 쟁점 회사’라고 한다)을 설립하였다.
구분회사명설립일업종베트남부영비나2006. 11. 24.건설업캄보디아부영크메르Ⅰ2007. 02. 01.건설업부영크메르Ⅱ2007. 02. 26.건설업부영크메르뱅크2008. 06. 11.은행업라오스부영라오2007. 08. 03.건설업부영라오뱅크2009. 03. 08.은행업
 2) 원고는 이 사건 쟁점 국가와 기부약정을 체결하고 2006. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지 이 사건 쟁점 국가에 교육물품 구입 및 교육시설 건립, 태권도 훈련시설 건립 등을 목적으로 아래와 같이 합계 26,296,013,202원(이하 ‘이 사건 쟁점 비용’이라고 한다)을 기부하였다.
(단위 : 원)구분칠판 설치피아노 구입학교 건립태권도 훈련시설기타합계베트남20067,835,500,000---2,005,400,0009,840,900,00020071,864,800,000----1,864,800,0002009-668,832,000--121,600,690790,432,690합계9,700,300,000668,832,000002,127,000,69012,496,132,690캄보디아2006102,972,648----102,972,64820071,656,114,731-5,000,000,00052,020,172-297,000,0006,411,134,9032008---77,355,000-77,355,0002009-396,050,000--77,355,000-318,695,000합계1,759,087,379396,050,0005,000,000,00052,020,172-297,000,0006,910,157,551라오스200670,286,464----70,286,4642007467,423,883-3,228,951,714276,633,618454,5453,973,463,760200870,231,219----70,231,2192009-538,450,0002,237,291,518--2,775,741,518합계607,941,566538,450,0005,466,243,232276,633,618454,5456,889,722,961
 3) 그 후, 원고는 이 사건 쟁점 국가로부터 기부금 영수증을 수취하고 이 사건 쟁점 비용을 해외시장 개척비로 회계 처리한 다음, 이를 전액 손금 산입하여 해당 사업연도 법인세를 신고하였다.
 4) 서울지방국세청장은 2010. 4. 19.부터 2010. 6. 14.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 쟁점 비용을 비지정 기부금으로 판단하고 피고에게 ‘기부금 한도의 초과액을 손금 불산입하여 해당 사업연도 법인세를 부과하라’는 취지로 통보하였고, 이에 따라 피고는 2010. 9. 12. 원고에 대하여 2006년 법인세를 3,948,056,130원, 2007년 법인세를 4,188,865,090원, 2008년 법인세를 46,427,340원, 2009년 법인세를 981,882,040원 증액 경정하는 처분을 하였다.
 5) 원고는 이에 불복하여 2010. 11. 4. 조세심판원에 심판을 청구하였는데, 조세심판원은 2012. 7. 19. ‘원고가 2009 사업연도에 베트남 하노이 한국 학교 신축자금으로 기부한 115,950,000원을 법정 기부금으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 원고의 나머지 청구를 기각한다’는 취지로 결정하였다.
 6) 서울지방국세청장은 2012. 8. 8. 위 결정에 따라 피고에게 ‘2009년 법인세를 29,305,812원 감액 경정하라’는 취지로 통보하였고, 이에 따라 피고는 2009년 법인세를 29,305,812원 감액 경정하는 처분을 하였다(이하 감액 경정된 2010. 9. 12.자 처분을 ‘이 사건 1차 처분’이라고 한다).
나. 이 사건 2차 처분의 경위
 1) 원고는 2003. 6. 1. 특수관계자인 남광건설산업 주식회사(이하 ‘남광건설’이라고 한다)와 김해 (주소 1 생략)☆☆아파트 신축공사를 계약 금액 9,960,000,000원에 도급받기로 하는 내용의 도급계약(이하 ’김해 1차 도급계약‘이라고 한다)을 체결하였고, 2005. 2. 28. 김해 1차 도급계약의 계약 금액을 10,498,335,800원으로 변경하기로 하는 내용의 도급계약(이하 ’김해 2차 도급계약‘이라고 한다)을 체결하였다. 원고는 위 도급계약에 따라 2003. 7. 31.부터 2005. 2. 28.까지 남광건설에게 기성금을 청구하였는데, 기성금 중에서 401,859,000원은 2008. 3. 17.에, 3,730,476,800원은 2008. 5. 2.에 각 지급받았다.
 2) 원고는 2004. 12. 17. 남광건설과 제주 ○○ 골프장 시설공사(27홀)를 계약금액 45,430,000,000원에 도급받기로 하는 내용의 도급계약(이하 ‘제주 1차 도급계약’이라고 한다)을 체결하였고, 2005. 12. 5. 제주 1차 도급계약의 공사 범위를 제주 ○○ 골프장 시설공사(9홀)로, 계약 금액을 14,805,000,000원으로 변경하기로 하는 내용의 도급계약(이하 ‘제주 2차 도급계약’이라고 한다)을 체결하였다. 원고는 위 도급계약에 따라 2005. 4. 30.부터 2006. 3. 31.까지 남광건설에게 기성금을 청구하였는데, 기성금 중에서 126,038,500원은 2008. 2. 15.에, 14,678,961,500원은 2008. 5. 2. 지급받았다.
 3) 원고는 2007. 1. 2. 특수관계자인 남광건설, 주식회사 광영토건, 주식회사 남양개발(이하 ‘남광건설 등’이라고 한다)과 상호 부족한 자금을 대여·융통하되, 차입금에 적용되는 이자율은 국세청 고시 당좌대월 이자율로 하기로 하는 내용의 계약(이하 ‘최초 융통계약’이라고 한다)을 체결하였고, 2007. 3. 2. 남광건설 등과 상호 부족한 자금을 대여·융통하되, 차입금에 적용되는 이자율은 ① 2007. 2. 28. 이전 금전 소비대차 거래분에 대하여는 국세청장이 고시하는 당좌대월 이자율로, ② 2007. 3. 1. 이후 금전 소비대차 거래분에 대하여는 시중은행 1년 만기 정기예금 이자율(단, 적용이 곤란한 경우에는 국세청장이 고시하는 당좌대월 이자율을 적용할 수 있음)로 하기로 하는 내용의 계약(이하 ‘1차 변경계약’이라고 한다)을 체결하였으며, 2007. 7. 24. 남광건설 등과 상호 부족한 자금을 대여·융통하되, 차입금에 적용되는 이자율은 5.5%로 하기로 하는 내용의 계약(이하 ‘2차 변경계약’이라고 한다)을 체결하였다. 원고는 위 각 계약에 따라 남광건설 등에게 대여한 금원에 적용되는 이자율을 2007. 2. 28.까지는 당좌대월 이자율을 기준으로 정한 9%로, 2007. 3. 1.부터는 원고의 가중평균차입이자율을 고려한 5.5%로 각 계산하여 해당 사업연도 법인세를 신고하였다.
 4) 서울지방국세청장은 2010. 4. 19.부터 2010. 6. 14.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 ① 원고가 아래와 같이 ㉮ □□ 아파트 공사와 관련하여 세금계산서 발급 후 120일이 되는 날까지 지급받지 아니한 미수금(이하 ‘□□ 아파트 공사 미수금’이라고 한다)과 ㉯ 제주 골프장 공사와 관련하여 2005. 12. 3. 이전에 기성금을 청구한 부분에 대하여는 세금계산서 발급 후 1개월이 되는 날까지, 2005. 12. 5. 이후에 기성금을 청구한 부분에 대하여는 원고가 공사를 완료한 2006. 3. 31.부터 30일이 되는 날까지 각 지급받지 아니한 미수금(이하 ‘제주 골프장 공사 미수금’이라고 한다)은 원고가 정당한 사유 없이 회수를 지연한 미수금으로서 업무와 관련 없이 지출한 가지급금(이하 ‘이 사건 가지급금’이라고 한다)에 해당하고, ② 원고가 2007. 2. 28. 이전에 남광건설 등에게 대여한 금원(이하 ‘이 사건 대여금’이라고 한다)에 대하여는 2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정된 법인세법 시행령(이하 ‘이 사건 시행령’이라고 한다) 제89조 제3항이 적용되지 않는다고 판단하고, 피고에게 ‘① 이 사건 가지급금에 대한 인정 이자를 익금 산입하고 관련 차입금에 대한 지급 이자를 손금 불산입하며 이 사건 가지급금을 대손충당금 설정 대상 채권에서 제외하여 대손충당금 한도의 초과액을 손금 불산입하고, ② 이 사건 대여금에 대하여는 2007. 3. 1. 이후에도 당좌대월 이자율이 적용되는 것으로 보아 인정 이자를 계산하라’는 취지로 통보하였다.
(단위 : 원)구분2005년2006년2007년□□ 아파트 공사4,132,335,8004,132,335,8004,132,335,800제주 골프장 공사13,147,800,00014,805,000,00014,805,000,000합계17,280,135,80018,937,335,80018,937,335,800
 5) 이에 따라 피고는 2010. 11. 2. 원고에 대하여 2005년 법인세를 389,503,610원, 2006년 법인세를 924,062,730원, 2007년 법인세를 1,481,156,360원, 2008년 법인세를 567,151,890원, 2009년 법인세를 136,501,140원 증액 경정하는 처분(이하 ‘이 사건 2차 처분’이라고 한다)을 하였다.
 6) 원고는 이에 불복하여 2010. 11. 16. 조세심판원에 심판을 청구하였는데, 조세심판원은 2012. 7. 2. 원고의 청구를 기각한다는 취지로 결정하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 10, 12, 14호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 증인 소외 2의 증언, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 1차 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 이 사건 쟁점 비용은 원고가 이 사건 쟁점 국가에 진출하는 과정에서 이 사건 쟁점 국가와 원만한 관계를 유지하고 원고의 이미지를 제고하기 위하여 지출된 것으로서 광고선전비 또는 업무 관련 비용에 해당한다.
 또한 법인세법 시행규칙 제12조 제1항 제2호는 ‘설립 인가, 특정 사업의 면허, 사업의 개시 등과 관련하여 부담한 기금·입회금 등으로서 반환 청구를 할 수 없는 금액과 기부금 등’을 영업권으로 인정하는바, 이 사건 쟁점 비용은 투자등록증 발급과 관련하여 지출된 것으로서 적어도 영업권에는 해당하므로 감가상각 범위 내의 금액은 비용으로 인정되어야 한다.
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
다. 인정 사실
 1) 이 사건 쟁점 회사의 주주 현황은 다음과 같다.
구분회사명2006년2007년2008년2009년베트남부영비나원고(100%)원고(10%)원고(10%)소외 1(90%)소외 1(90%)캄보디아부영크메르Ⅰ-원고(10%)원고(10%)원고(10%)소외 1(90%)소외 1(90%)소외 1(90%)부영크메르Ⅱ-원고(10%)원고(10%)원고(10%)소외 1(39%)소외 1(39%)소외 1(39%)소외 3(51%)소외 3(51%)소외 3(51%)부영크메르뱅크--원고(100%)원고(100%)라오스부영라오-원고(10%)원고(10%)원고(4%)소외 1(90%)소외 1(90%)소외 1(96%)부영라오뱅크---원고(100%)
 2) 원고가 베트남의 교육부와 체결한 약정의 주요 내용은 다음과 같다.
1. 원고는 베트남 사회주의 공화국의 교육 여건 개선을 위하여 베트남(하떠이성 제외) 내의 초등학교에 약 20만 개의 교육용 칠판 설치비용 미화 1,000만불을 베트남 사회주의 공화국에 기부한다.2. 각 측의 책임 - 베트남 교육부 a. 기부금액은 초등학교의 칠판 지원 용도로만 사용하며, 기증되는 칠판의 좌측 상단에 원고의 기증 표식(9.4㎝ × 3.1㎝)을 부착하고 (이하 생략)
 3) 원고가 캄보디아의 교육청소년체육부와 체결한 약정의 주요 내용은 다음과 같다.
1.1 캄보디아 교육청소년체육부와 원고는 캄보디아의 교육 문화 여건 개선을 위해 캄보디아 초등학교에 보급될 디지털 피아노 1,000대를 1차 기증한 데 이어 2,000대를 추가 기증하는 것을 목적으로 다음과 같이 약정한다.1.2 이 프로젝트는 2009. 6.에 시작하여 2010. 12.까지 계속된다.2.1 원고는 캄보디아 각 초등학교 교육용 디지털 피아노(1,000대)를 무상으로 기증한 데 이어 2,000대를 추가하여 합계 3,000대를 기증한다.2.2 원고는 기증자 표식을 한 디지털 피아노를 프놈펜 항에 도착시키며, 도착된 피아노는 교육청소년체육부가 인수하여 각 초등학교까지 수송하는 것을 조건으로 한다.2.3 원고가 지원하여 건립된 초등학교에 우선 배정한 후 기타 초등학교로 배정하도록 하며, 교육청소년체육부의 추천 하에 일부 디지털 피아노를 원고의 회장 명의로 기증한다.
 4) 원고가 라오스의 교육부와 체결한 약정의 주요 내용은 다음과 같다.
제1조) 목적 본 약정서는 원고가 라오스의 교육 문화 여건 개선을 위해 라오스 초등학교에 보급될 교육용 전자오르간을 기증하는 것을 목적으로 한다.제2조) 기부의 내용 ① 원고는 라오스 각 초등학교 교육용 전자오르간(1,000대)을 무상으로 기증한다. ② 원고는 기증자 표식을 한 교육용 전자오르간을 비엔티엔에서 인도 조건으로 한다. ③ 원고가 지원하여 건립된 초등학교에 우선 배정한 후 기타 초등학교로 배정하도록 한다.
 5) 원고의 대표이사인 소외 1은 ◇◇뉴스와의 인터뷰에서 ‘한국에서는 기업 이익의 사회 환원 차원에서 지금까지 기숙사 등 81개 교육 시설을 지어 기증했지만 베트남에서는 아직 사업을 본격적으로 전개하지 않았다’면서 ‘전쟁의 참화를 직접 경험해 보고 그 과정에서 배우고 싶어도 제대로 배우지 못한 기성세대의 한 사람으로 비슷한 과정을 겪은 베트남에 순수한 마음으로 지원을 확대할 계획’이라고 말했다.
 6) 원고는 태국, 말레이시아, 동티모르 등에도 초등학교를 지어 기증하였고 태국에 디지털 피아노 6,300대, 말레이시아에 디지털 피아노 3,000대, 인도네시아에 디지털 피아노 1만 대와 교육용 칠판 3만 개 등을 기부하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 8, 9, 17, 18, 22호증, 을 제8 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
라. 판단
 1) 법인세법은 제19조 제1항에서 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제2항에서 ‘제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있다.
 여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적’인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 참조).
 2) 살피건대, 앞서 거시한 증거와 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 부영비나, 부영크메르Ⅰ, 부영크메르Ⅱ, 부영라오의 2007년부터 2009년까지의 주주 현황에 의하면 원고의 지분이 10%에 불과하여 위 회사들을 설립하거나 위 회사들의 사업을 진행하기 위하여 지출하는 비용이 원고의 수익과 직접 관련된 것이라고 단정할 수 없는 점, ② 이 사건 쟁점 국가에 원고의 로고가 부착되어 있는 칠판이나 디지털 피아노 등을 기증하는 것이 원고가 이 사건 쟁점 국가에 회사와 은행을 설립하거나 이 사건 쟁점 회사가 아파트를 신축하고 분양하는 것과 직접적인 관련이 있다고 판단할 만한 특별한 사정을 찾아볼 수 없는 점, ③ 이 사건 쟁점 국가에 진출한 다른 내국법인도 건설업과 금융업을 영위하기 위한 목적으로 이 사건 쟁점 비용과 유사한 비용을 지출하였다고 인정할 증거가 없는 점, ④ 원고는 해외 기부금 송금 절차에 따라 이 사건 쟁점 비용을 송금한 점, ⑤ 원고는 국내에서도 학교 기숙사나 역사관을 신축하여 주고 장학금을 지급하고 있는데 이러한 비용을 기부금으로 회계처리하고 있는 점, ⑥ 원고의 대표이사인 소외 1이 언론과의 인터뷰에서 ‘한국에서는 기업 이익의 사회 환원 차원에서 지금까지 기숙사 등 교육 시설을 지어 기증했지만 베트남에서는 아직 사업을 본격적으로 전개하지 않았다’고 하면서 ‘베트남에 순수한 마음으로 지원을 확대할 계획’이라고 밝힌 점, ⑦ 갑 제20호증의 기재와 증인 소외 2의 증언만으로는 이 사건 쟁점 국가에 칠판이나 디지털 피아노 등을 기증하는 것이 투자등록증의 발급 조건이라거나 이 사건 쟁점 비용이 투자등록증의 발급을 위하여 지출할 수밖에 없었던 비용이라고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 이 사건 쟁점 비용이 영업권에 해당한다고 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 쟁점 비용은 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라고 볼 수 없고 법인세법상 비지정 기부금에 해당한다고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
3. 이 사건 2차 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 1) 업무 무관 가지급금 해당 여부
 남광건설은 ① 2005년에 당기순이익이 2,500만 원이었던 점, ② 2006년부터 2008년까지 당기순손실이 발생하였던 점, ③ 2005년부터 2009년까지 보유 현금 등이 10억 원 이하였던 점, ④ 제주 골프장이 완공된 이후에 이를 담보로 대출을 받아 공사 미수금을 변제할 정도로 자금 사정이 악화되어 있었던 점 등에 비추어 보면, 원고가 미수금 회수를 지연하게 된 데에는 정당한 사유가 있다.
 가사 정당한 사유가 인정되지 않는다고 하더라도, ① 원고가 2005. 12. 5. 남광건설과 제주 2차 도급계약을 체결하면서 기성금을 준공검사 완료 후 30일 내에 지급받기로 합의한 점, ② 특수관계가 없는 자와의 도급계약의 경우에도 공사대금의 회수를 연기하여 주거나 감액하여 줄 수 있는 점 등에 비추어 보면, 지연 회수한 미수금 전액을 지연 회수 기간 동안 업무 무관 가지급금으로 보는 것은 부당하다.
 2) 이 사건 시행령 적용 여부
 1차 변경계약과 2차 변경계약은 최초 융통계약의 내용을 변경한 계약이 아니라 원고가 남광건설 등과 새로이 체결한 계약으로 보아야 한다.
 또한 이 사건 시행령 제89조 제3항의 개정 취지, 이 사건 시행령 부칙 제18조 제2항의 규정 취지, 국세청의 아래와 같은 유권 해석(이하 ‘이 사건 유권 해석’이라고 한다) 등에 비추어 보면, 이 사건 시행령 부칙 제18조 제2항의 규정 취지가 당사자들이 이 사건 시행령 제89조 제3항의 규정에 따라 시가를 정하는 것을 금지하는 것은 아니라고 보아야 한다.
법인-431, 2012. 06. 28.[질의](사실 관계) ○ 2004. 12. 질의 법인은 법인세법상 특수관계자에 해당하는 내국법인으로부터 차입 기간 15년, 차입 이자율 7.85%, 3개월마다 이자 지급 조건으로 0,000억 원을 차입하는 계약 체결(“쟁점 차입거래”) ○ 2009. 3. 30. 법인세법 시행규칙 제43조의 개정으로 당좌대출 이자율이 연 9%에서 8.5%로 변경, 2012. 2. 28. 8.5%에서 6.9%로 변경(질의 요지) ○ 당좌대출 이자율 변경 전 계약한 차입 거래의 시가[회신] ○ 가중평균차입이자율을 적용할 수 없는 법인이 당좌대출 이자율을 기준으로 하여 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호에 따른 부당행위계산 부인 대상이 되지 않도록 금전대차거래 약정을 체결하였으나, 이후 같은 법 시행규칙(2012. 2. 28. 기획재정부령 제266호로 개정된 것) 제43조 제2항의 당좌대출 이자율이 변경된 경우 ○ 변경된 당좌대출 이자율이 시행된 후에 발생하는 이자에 대해서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호에 따른 부당행위계산 부인 대상이 되는지를 판단함에 있어서는 변경된 당좌대출 이자율을 기준으로 하는 것임(법규과-666, 2012. 6. 15.)
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
다. 인정 사실
 1) □□ 아파트 공사와 관련된 도급계약의 주요 내용은 다음과 같다.
[김해 1차 도급계약]1. 발주자 : 남광건설2. 도급공사명 : 김해 (주소 1 생략) ☆☆아파트 신축공사 중 도급공사3. 공사장소 : 경남 김해시 (주소 1 생략)4. 공사기간 : 착공 2003년 6월 1일준공 2005년 2월 28일5. 계약금액 : 일금 구십구억육천만 원정 (\ 9,960,000,000) 공급가액 : 일금 구십오억칠천이백만 원정 (\ 9,572,000,000) 부가가치세 : 일금 삼억팔천팔백만 원정 (\ 388,000,000)6. 대금의 지급 나. 기성 부분금 : (1) 월 1회(2) 목적물 수령일로부터 60일 이내(3) 지급방법 : 현금 0%, 어음 100% (이하 생략)[김해 2차 도급계약]1. 발주자 : 남광건설2. 도급공사명 : 김해 (주소 1 생략) ☆☆아파트 신축공사 중 도급공사3. 공사장소 : 경남 김해시 (주소 1 생략)4. 공사기간 : 착공 2003년 6월 1일 준공 2005년 2월 28일5. 계약금액 : 일금 일백사억구천팔백삼삽삼만오철팔백 원정 (\ 10,498,335,800) 공급가액 : 일금 일백사억팔천일백일십칠만구천육백칠십팔 원정 (\ 10,481,179,678) 부가가치세 : 일금 일천칠백일십오만육천일백이십이 원정 (\ 17,156,122)6. 대금의 지급 나. 기성 부분금 : (1) 월 1회(2) 목적물 수령일로부터 60일 이내(3) 지급방법 : 현금 0%, 어음 100% (이하 생략)
 2) 제주 골프장 공사와 관련된 도급계약의 주요 내용은 다음과 같다.
[제주 1차 도급계약]1. 공사명 : ○○관광지구 개발사업(골프장 시설공사)2. 공사장소 : 제주시 남제주군 (주소 2 생략) 외 98필지3. 착공년월일 : 2004년 12월4. 준공예정년월일 : 2007년 5월 30일5. 계약금액 : 일금 사백오십사억삼천만 원정 (\ 45,430,000,000) (VAT 포함) (중략)8. 기성 부분금 : 매월 1회 지급급 (이하 생략)[제주 2차 도급계약]1. 공사명 : ○○관광지구 개발사업(골프장 시설공사)2. 공사장소 : 제주시 남제주군 (주소 2 생략) 외 98필지3. 착공년월일 : 2005년 1월 1일4. 준공예정년월일 : 2006년 5월 30일5. 계약금액 : 일금 일백사십팔억오백만 원정 (\ 14,805,000,000) (VAT 포함) (중략)8. 기성 부분금 : 준공검사 완료 후 30일 내 지급 (이하 생략)
 3) 원고의 2004년부터 2007년까지의 남광건설에 대한 채권은 다음과 같다.
(단위 : 백만 원)구분2004년 말2005년 말2006년 말2007년 말대여금14,00031,30049,95878,562□□ 아파트8,5764,1324,1324,132공사 미수금제주 골프장-12,43114,80514,805공사 미수금합계22,57647,86368,89597,499
 4) 원고의 2004년부터 2007년까지의 남광건설에 대한 채무는 다음과 같다.
(단위 : 백만 원)구분2004년 말2005년 말2006년 말2007년 말지급어음--2,2541,983공사 미지급금9024,5772,0535,283합계9024,5774,3077,266
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5, 10, 12, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
라. 판단
 1) 업무 무관 가지급금 해당 여부
 가) 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 공사대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 공사대금이 계약상의 의무이행 기한 내에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 미회수 공사대금 상당액은 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목이 규정하는 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당하여 그에 상당하는 차입금의 지급이자가 손금에 산입되지 않는다. 또한 그와 같은 공사대금의 회수지연이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여되어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제6호의 규정에 의한 부당행위계산 부인에 의하여 그에 대한 인정이자가 익금에 산입된다(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두5646 판결, 대법원 1995. 12. 26. 선고 95누3589 판결 등 참조).
 살피건대, 앞서 거시한 증거와 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 2005년에 약 1,121억 원, 2006년에 약 1,144억 원, 2007년에 약 1,086억 원의 이자 비용을 지출하였음에도 약 41억 원에 달하는 □□ 아파트 공사 미수금과 약 148억 원에 달하는 제주 골프장 공사 미수금을 2년 이상이나 회수하지 않은 점, ② 원고는 □□ 아파트 공사 미수금과 제주 골프장 공사 미수금을 회수하기 위하여 적극적인 조치를 취하지 않은 것으로 보이고[원고가 제출한 대물변제 계약서(갑 제21호증)는 원고의 대여금 채권에 대한 일부 변제조로 이루어진 것으로서, 이 사건 공사대금 채권과는 무관한 것으로 보인다] 이에 대한 지연 이자도 지급받지 않은 점, ③ 원고는 위 미수금 채권과 남광건설의 원고에 대한 공사대금 채권을 상계하지 아니한 채 남광건설의 원고에 대한 채권은 대부분 지급기일에 지급한 것으로 보이는 점, ④ 남광건설은 원고와 함께 제주 ○○ 골프장 시설공사(18홀)를 도급받은 △△△△△에게는 매월 1회 기성금을 지급하였던 점 등을 종합하면, 원고가 남광건설로부터 지급받아야 할 공사대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연시켰다고 봄이 상당하다. 따라서 □□ 아파트 공사 미수금과 제주 골프장 공사 미수금 상당액은 업무 무관 가지급금에 해당한다고 보아야 하므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 나) 원고는 2005. 12. 5. 남광건설과 제주 2차 도급계약을 체결하면서 기성금을 준공검사 완료 후 30일 내에 지급받기로 합의하였으므로 제주 1차 도급계약에 따라 청구하였던 기성금도 그 지급시기가 준공검사 완료 후 30일이 되는 날로 연기되었다는 취지로 주장한다.
 살피건대, 원고와 남광건설이 제주 2차 도급계약을 체결하면서 기성 부분금을 준공검사 완료 후 30일 내 지급하기로 약정한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 2005. 12. 3. 이전에 기성금을 청구한 부분에 대하여는 제주 1차 도급계약에 따라 이미 확정적으로 채권이 발생한 점, ② 원고는 제주 2차 도급계약을 체결한 후에도 남광건설에게 매월 1회 세금계산서를 발행하였던 점, ③ 모든 공사대금을 준공검사가 완료된 이후에야 지급하기로 하는 도급계약은 건설업계의 현실, 건설공사의 진행 절차 등에 비추어 상당히 이례적이라고 보이는 점, ④ 남광건설이 △△△△△에게는 매월 1회 기성금을 지급하였던 점, ⑤ 원고는 지급시기를 늦추는 대신 이자를 고려하여 계약금액을 높여 약정하였다고 주장하나 이를 인정할 증거가 없는 점 등을 종합하면, 2005. 12. 3. 이전에 기성금을 청구한 부분에 대하여는 제주 1차 도급계약에 따라 그 지급시기가 세금계산서 발급 후 1개월이 되는 날에 도래하였다고 봄이 상당하므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 다) 또한 원고는 특수관계가 없는 자와의 도급계약의 경우에도 공사대금의 회수를 연기하여 주거나 감액하여 줄 수 있는 점에 비추어 회수를 지연한 미수금 전액을 회수를 지연한 전 기간 동안 업무 무관 가지급금으로 보는 것은 부당하다고 주장한다.
 살피건대, 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 위에서 살펴본 바와 같이 원고가 미수금 회수를 지연하게 된 데에는 정당한 사유가 없는 점, ② 원고가 특수관계가 없는 자에게도 공사대금의 회수를 연기하여 주거나 감액하여 주었다고 인정할 증거가 없는 점, ③ 남광건설이 △△△△△에게는 매월 1회 기성금을 지급하였던 점 등을 종합하면, 지연 회수한 미수금 전액을 지연 회수 기간 동안 업무 무관 가지급금으로 보는 것이 부당하다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 2) 이 사건 시행령 적용 여부
 가) 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3항은 ‘금전을 시가보다 낮은 이율로 대부한 경우에 있어서의 “시가”란 재정경제부령이 정하는 당좌대출이자율을 의미한다’고 규정하고 있었는데, 2007. 2. 28.부터 시행된 이 사건 시행령 제89조 제3항은 ‘금전을 시가보다 낮은 이율로 대부한 경우에 있어서의 “시가”란 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 계산한 가중평균차입이자율을 의미한다’고 규정하였고, 이 사건 시행령 부칙 제18조 제2항은 ‘제89조 제3항의 개정 규정은 이 영 시행 후 최초로 대여 또는 차용하는 분부터 적용한다’고 규정하였다.
 살피건대, 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 최초 융통계약과 1차 및 2차 변경계약의 당사자가 동일한 점, ② 1차 및 2차 변경계약은 차입금에 적용되는 이자율을 제외한 나머지 부분에 있어서 최초 융통계약과 그 내용이 거의 동일한 점, ③ 1차 변경계약은 2007. 2. 28. 이전 금전 소비대차 거래분에 대하여도 규율하고 있는 점 등을 종합하면, 1차 및 2차 변경계약은 최초 융통계약의 내용을 변경한 계약이라고 보아야 한다.
 또한 이 사건 시행령 부칙이 이 사건 시행령 제89조 제3항의 개정 규정은 이 영 시행 후 최초로 대여 또는 차용하는 분부터 적용한다고 규정하고 있어 위 규정의 적용 범위를 명백하게 규정하고 있고, 1차 변경계약도 2007. 2. 28. 이전 금전 소비대차 거래분에 대하여는 최초 융통계약과 마찬가지로 ‘국세청장이 고시하는 당좌대월 이자율’을 적용한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 대여금에 대하여는 당자대월 이자율이 적용된다고 봄이 상당하다.
 나) 원고는 이 사건 유권 해석에 따라 이 사건 대여금에 대하여도 가중평균차입이자율이 적용될 수 있다고 주장한다. 살피건대, ① 2009. 3. 30. 기획재정부령 제66호로 개정된 법인세법 시행규칙 부칙 제1조와 2012. 2. 28. 기획재정부령 제266호로 개정된 법인세법 시행규칙 부칙 제1조는 ‘이 규칙은 공포한 날부터 시행한다’고 규정하고 있는 점, ② 위 시행규칙들은 시가의 산정 기준을 변경한 것이 아니라 단지 당좌대월이자율을 변경한 것인 점, ③ 이 사건 유권 해석은 가중평균차입이자율을 적용할 수 없는 법인이 변경된 당좌대출 이자율을 기준으로 시가를 산정할 수 있는지 여부에 관한 해석인 점 등을 종합하면, 이 사건 유권 해석은 본 사안에 적용될 수 있는 해석이 아니므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
4. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 함상훈(재판장) 강희경 주대성