등록세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2011.10.19 / 시행일:

【원 고】 주식회사 알이앤에프
【피 고】 서울특별시 강동구청장
【변론종결】2011. 9. 23.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2010. 6. 10. 원고에 대하여 한 등록세 33,508,530원 부과처분 및 지방교육세 6,162,490원 부과처분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 주식회사 서울탑엔터프라이즈(이하 ‘서울탑엔터프라이즈’라 한다)는 1999. 9. 27. 목적을 종합무역업, 잡화 도소매 및 수출입업으로, 본점 소재지를 서울 동대문구 신설동 (지번 1 생략)로, 임원을 소외 1 외 3인으로 하여 설립되었으나 2000. 7. 25. 관할 세무관서에 폐업신고를 하였다.
 나. 소외 2, 3, 4는 2005. 2. 24. 서울탑엔터프라이즈의 주식 전부를 양수하고 같은 날 상호를 주식회사 알이앤에프(이하 ‘원고회사’라 한다)로, 목적을 부동산개발, 임대 및 자문서비스 제공업, 부동산분양 및 매매업 등으로, 본점 소재지를 서울 강남구 대치동 (이하 주소 생략)빌딩으로, 임원을 소외 2 외 2인으로 각 변경한 다음 같은 해 10. 19. 사업자등록을 하였다.
 다. 원고회사는 서울동부지방법원 2007타경11105호 강제경매절차에서 서울 강동구 암사동 (지번 2 생략) 대 2,319㎡ 중 6분의 1 지분(이하 ‘이 사건 지분’이라 한다)을 낙찰받고 2009. 11. 24. 그 대금을 완납한 다음 피고에게 일반세율을 적용한 등록세 13,479,980원과 지방교육세 2,695,990원을 각 신고·납부하였다.
 라. 원고회사는 2010. 1. 14. 서울동부지방법원에 이 사건 지분에 관한 소유권이전등기신청서를 접수하였고, 이에 따라 2010. 1. 18. 이 사건 지분에 관하여 자신의 명의로 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 이전등기’라 한다)가 경료되었다.
 마. 피고는 이 사건 이전등기는 소외 2 등이 휴면법인이던 서울탑엔터프라이즈를 인수한 2005. 2. 24.로부터 5년 이내에 취득한 부동산에 관한 등기로서 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호, 동법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항이 정한 등록세 중과요건에 해당한다는 이유로, 2010. 6. 10. 원고에 대하여 이미 신고·납부받은 세액을 공제한 등록세 33,508,530원(가산세 6,548,570원 포함) 및 지방교육세 6,162,490원(가산세 770,500원 포함) 각 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 바. 원고는 2010. 8. 31. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나 2011. 6. 23. 기각결정을 받았다.
[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제1, 3호증, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고회사의 주장
 다음과 같은 이유로 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
 1) 지방세법 제138조 제1항 제3호가 2010. 1. 1. 대도시에서의 법인의 설립에 휴면법인을 인수하는 경우도 포함하는 것으로 납세자인 원고회사에 불리하게 개정되었으나 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 규정된 부칙 제6조에 의하면 이 사건 이전등기에 대하여는 2010. 1. 1. 개정되기 전의 지방세법 제138조 제1항 제3호가 적용되므로, 2010. 1. 1. 개정된 지방세법 제138조 제1항 제3호에 기하여 이 사건 이전등기에 대하여 등록세와 지방교육세를 중과할 수 없다.
 2) 원고회사는 2010. 1. 1. 지방세법이 개정되기 이전에 이 사건 이전등기에 대하여 일반세율에 따른 등록세를 납부하였을 뿐만 아니라 피고가 과세예고통지를 함으로써 고의로 가산세 세액이 증액되게 한 것은 신의성실의 원칙에 반하는 것이므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다. 
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 첫 번째 주장에 대하여
 가) 2010. 1. 1. 개정되기 전의 지방세법 제138조 제1항 제3호는 대도시에서의 법인의 설립에 휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다는 규정이 없었으나 2010. 1. 1. 개정된 지방세법 제138조 제1항 제3호는 대도시에서의 법인의 설립에 휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다는 부분을 신설하고, 부칙에서 ‘이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다’는 규정을(제1조), ‘이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다’는 규정을(제2조), ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 의한다’는 규정을(제6조) 각 두었다.
 위 관계규정을 종합하면, 지방세법 부칙 제1조, 제2조는 납세의무가 성립될 당시의 세법이 적용되어야 한다는 일반원칙에 서서 그 적용시기를 규정하고 있는 것이고 위 부칙 제6조는 이와 같은 법률불소급의 원칙에 대한 예외로서 납세의무자에게 불리하게 세법이 개정된 경우에는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 예외적으로 납세의무자에게 유리한 종전의 법률을 적용한다는 특별규정이므로, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전의 법률에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있는 경우에 한하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위한 특별규정인 위 부칙 제6조를 근거로 납세의무자에게 유리한 종전의 법률을 적용할 수 있다 할 것이다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 등 참조).
 나) 그런데 2010. 1. 1. 개정되기 전의 지방세법 제138조 제1항 제3호는 위 규정이 개정되더라도 휴면법인의 인수에 대하여는 장래 일정한 기간 동안 등록세를 중과세하지 않겠다는 것을 명시적으로 규정하지 않고 있고, 따라서 위 규정이 명시적으로 휴면법인을 인수한 경우를 대도시에서의 법인의 설립에 포함한다는 규정을 두지 않아 납세의무자가 2010. 1. 1. 이전에 취득한 재산권 기타 권리에 관한 등기 또는 등록에 대하여는 비록 그 등기 또는 등록이 2010. 1. 1. 이후에 이루어졌다 하더라도 2010. 1. 1. 개정되기 전의 지방세법 제138조 제1항 제3호에 따라 중과세되지 않는다고 신뢰하였다고 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없으므로, 2010. 1. 1. 개정된 지방세법 제138조 제1항 제3호가 시행된 이후에 비로소 등록세의 과세요건사실이 발생한 경우에는 위 부칙 제6조를 근거로 2010. 1. 1. 개정되기 전의 지방세법 제138조 제1항 제3호의 규정을 적용할 수 없다고 봄이 상당하다.
 다) 이 사건에 돌아와 보건대, 앞에서 본 바와 같이 휴면법인을 인수한 원고회사가 2009. 11. 24. 이 사건 지분을 취득하였으나 이 사건 이전등기는 2010. 1. 18. 경료되었으므로 2010. 1. 1. 개정된 지방세법 제29조 제1항 제2호, 제138조 제1항 제3호, 제260조의2에 따라 등록세 등의 중과대상이라 할 것이므로, 원고회사의 위 주장은 이유 없다.
 2) 두 번째 주장에 대하여
 가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2007. 4. 26. 선고 2005두10545 판결, 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조). 
 나) 이 사건에 돌아와 보건대, 원고회사가 지방세법이 2010. 1. 1. 개정된 것을 몰랐던 것은 등록세 등의 납부의무를 위반한 것에 대하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않고, 가산세의 세액은 가산세 부과 당시를 기준으로 산정하여야 할 뿐만 아니라 갑 제3호증의 기재에 의하면 피고는 2010. 4. 6. 원고회사에게 지방세 과세예고통지를 하면서 신고불성실가산세 외에 납부불성실가산세가 별도로 부과될 수 있음을 통지한 사실을 인정할 수 있어 이 사건 처분 당시를 기준으로 가산세액을 산정한 것이 신의성실의 원칙에 반하는 것이라고 할 수도 없으므로, 원고회사의 위 주장도 이유 없다.
3. 결 론
 그렇다면, 원고회사의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 서태환(재판장) 이춘근 이창은