부가가치세등부과처분취소 (세무, 대구지방법원)
공포일: 2007.08.22 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 동대구세무서장외 1인
【변론종결】2007. 5. 9.
【주 문】
1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 

【청구취지】 피고 동대구세무서장이 2004. 9. 2. 원고에 대하여 한 2001년 2기분 부가가치세 15,310,280원, 2002년 1기분 부가가치세 33,447,400원, 2002년 2기분 부가가치세 51,132,730원, 2003년 1기분 부가가치세 47,774,010원, 2003년 2기분 부가가치세 46,757,200원의 각 부과처분 및 피고 포항세무서장이 2004. 9. 1. 원고에 대하여 한 2001년 귀속 종합소득세 86,088,230원, 2002년 귀속 종합소득세 280,248,410원, 2003년 귀속 종합소득세 102,282,140원의 각 부과처분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 다음 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1 내지 8, 갑 제2호증의 1 내지 5, 갑 제3호증의 1 내지 7, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2호증의 1, 2, 3, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증, 을 제6호증의 1, 2, 을 제7호증, 을 제8호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.
 가.○○식당은 대구 수성구 두산동(이하 2 생략)에 소재하는 음식점으로서 돼지갈비를 전문적으로 판매하고 있는데, 그 사업자등록이 1991. 1. 15.부터 1996. 3. 31.까지는 원고 명의로 되어 있었고, 그 다음날부터 1997. 6. 30.까지는소외 1 명의로 되어 있었으며, 그 다음날부터 2001. 4. 20.까지는소외 3 명의로 되어 있었고, 그 다음날부터 현재까지는 다시소외 1 명의로 되어 있다.
 나. 피고 동대구세무서장은 2004. 5. 20.부터 그 해 7. 31.까지 사이에○○식당에 대하여 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다.)를 실시하였고, 그 결과 종업원들의 진술 및 그 사업자등록명의자인소외 1의 자력 여부,○○식당의 운영실태 등을 토대로○○식당의 실사업자를 원고로 확정하였다.
 한편○○식당의 카운터에 설치된 컴퓨터에 들어있는 포스시스템(Point Of Sales Management System)의 수록내용에 따라 2003. 10. 19.부터 2004. 5. 19.까지 사이의 실 매출가액이 1,052,425,842원(공급가액)이고, 매입가액은 같은 기간 동안에 신고된 원·부재료의 매입금액 153,716,600원(공급가액)임을 확인한 후 이를 기초로부가가치세법 제69조 제1항 제4호 나목의 규정에 의한 수입금액과 비용관계비율을 6.847(1,052,425,842원 ÷ 153,716,600원)로 산정한 다음, 장부 및 포스시스템상 기록이 없는 기간인 2001. 4. 20.부터 2003. 10. 18.까지의 매출가액(수입금액, 공급가액)은 위 기간 동안에 신고된 원·부재료 금액에 비용관계비율(6.847)을 적용하여 공급가액을 산정하는부가가치세법 시행령 제69조 제1항 제4호의 나목 및제5호 소정의 비용관계비율에 의한 추계방법으로 3,382,054,574원으로 산정하여 매출누락금액을 1,482,033,919원으로 산출하였으며, 또한 2001년 및 2002년 귀속 총계정원장을 검토한 결과 가공경비(재료비 및 인건비) 중 그 증빙서류가 없음에도 불구하고 필요경비로 산입되어 신고된 148,201,710원은 필요경비에서 부인되어야 할 것으로 판단하였고, 이러한 세무조사 결과에 따른 과세자료를 피고 포항세무서장에게 통보하였다.
 다. 피고 포항세무서장은 2004. 9. 1. 별지 종합소득세 산출세액 내역표 기재와 같이 2001년 귀속 종합소득세를 86,088,230원으로, 2002년 귀속 종합소득세를 280,248,410원으로, 2003년 귀속 종합소득세를 102,282,140원으로 각 산출한 다음, 원고에게 위 각 종합소득세를 부과하기로 하는 처분(이하 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 한다.)을 하였고, 피고 동대구세무서장은 그 달 2. 별지 부가가치세 산출세액 내역표 기재와 같이 2001년 2기분 부가가치세를 15,310,280원으로, 2002년 1기분 부가가치세를 33,447,400원으로, 2002년 2기분 부가가치세를 51,132,730원으로, 2003년 1기분 부가가치세를 47,774,010원으로, 2003년 2기분 부가가치세를 46,757,200원으로 각 산출한 다음, 원고에게 위 각 부가가치세를 부과하기로 하는 처분(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다.)을 하였는데, 원고는 그 달 9. 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분을 고지받았다.
2. 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분의 적법 여부
 가. 당사자들의 주장
 피고들은 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분이 관련 법령에 따른 처분으로서 모두 적법하다고 주장한다.
 이에 대하여 원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분은 위법하므로 모두 취소되어야 한다고 주장한다.
 즉, ⑴ 원고는 1991. 1. 15.경부터○○식당을 운영하다 1996. 3. 31. 건강문제로 폐업을 하고,소외 2,1,3에게 순차로○○식당을 임대하였다가 2001. 4. 20.경부터 현재○○식당의 사업자등록명의자인소외 1에게 다시 임대하고소외 1로부터 임대료를 받아 오고 있을 뿐, 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분의 과세기간 동안에○○식당을 운영한 사실이 없음에도 불구하고, 피고들이 원고를○○식당의 실사업자로 보고 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분을 하였으므로, 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분은 적법한 과세원인이 없어 위법하다.
 ⑵ 설령 피고들이 원고를○○식당의 실사업자로 본 것이 정당하다고 하더라도,부가가치세법 제21조 제2항 단서 및그 시행령 제68조 제3항에 의하면 음식점 영업을 영위하는 사업자의 경우 동일한 장소에서 연속하여 5년 이상 사업을 영위한 경우에는 객관적인 증빙자료에 의하여 과소 신고를 한 것이 명백한 경우에 한하여 추계과세를 할 수 있는데, 피고들이 추계과세를 하게 된 근거자료인○○식당의 포스시스템상의 매출 자료는부가가치세법 시행령 제68조 제3항 소정의 객관적인 증빙자료가 아니므로, 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분은 적법한 추계과세사유가 없음에도 불구하고 추계과세를 한 것이어서 위법하다.
 ⑶ 만일 추계사유가 존재한다고 하더라도, 음식점 영업에 대한 추계조사결정은부가가치세법 시행령 제69조 제1항 제6호에 따라 입회조사의 기준에 의하여 추계결정을 해야 하는 것이지,같은 조 제4호 나목의 비용관계비율로 추계할 수는 없고, 비용관계비율로 하더라도 돼지고기식당의 전국 평균 비용관계비율 정도에 상응하는 비율로 결정하여야 함에도 불구하고, 피고들이 전국 평균치를 훨씬 웃도는 6.847의 비용관계비율로 추계경정·결정을 한 것은 합리성 및 타당성이 없다.
 ⑷ 그리고 피고들이 필요경비에 산입할 수 없다고 한 가공경비는 실제 거래처로부터 매입한 것이므로, 당연히 필요경비에 산입되어야 한다.
 ⑸ 따라서 피고 동대구세무서장의 원고에 대한 이 사건 부가가치세 부과처분 및 피고 포항세무서장의 원고에 대한 이 사건 종합소득세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다.)은 모두 위법하여 취소되어야 한다.
 나.○○식당의 실사업자
 ⑴국세기본법 제14조 제1항은 “과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”고 규정하고 있다.
 ⑵ 다음 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나 갑 제4호증의 1 내지 5, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1, 2, 3, 갑 제7호증의 3, 갑 제30호증의 1 내지 32, 갑 제31호증의 1 내지 6, 을 제4호증, 을 제6호증의 1, 2, 을 제7호증의 각 기재, 증인소외 1,4의 각 일부 증언 및 이 법원의 문서검증결과에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 이에 반하는 듯한 갑 제7호증의 1, 갑 제10호증의 1, 2, 3, 갑 제32호증, 을 제12호증의 1 내지 4의 각 기재 및 증인소외 1,4의 각 다른 일부 증언은 이를 믿기 어려우며, 갑 제6호증의 4, 갑 제7호증의 2, 갑 제8호증의 1 내지 7, 갑 제9, 11호증의 각 1, 2, 갑 제12호증의 6 내지 9, 갑 제13호증의 1, 2, 3, 갑 제14호증의 1 내지 9, 갑 제15호증의 1, 갑 제16, 17호증의 각 1, 2, 갑 제18호증의 1, 2, 3, 갑 제19호증의 각 기재 및 갑 제12호증의 1 내지 5, 갑 제15호증의 2 내지 16의 각 영상만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하고, 그 밖에 달리 반증이 없다.
 ㈎ 원고는 1990. 12. 5. 대구 수성구 두산동(이하 2 생략) 대 529㎡에 지하 1층, 지상 2층의○○식당건물을 건축한 다음, 그 옥상의 옥탑방(면적 : 13.22㎡)에서 처소외 4와 함께 생활하였다.
 ㈏ 원고는 1991. 1. 15.○○식당에 관한 사업자등록을 하고 그 영업을 시작하였는데,소외 5로부터○○식당과 그 서쪽의 왕복 6차선 도로 사이에 위치한소외 5 소유의 같은 동(이하 1 생략) 대 474.1㎡를 임차보증금 5,000만 원, 월임료 140만 원에 임차하여 이를○○식당의 주차장으로 사용하였다.
 ㈐ 원고는 1996. 3. 31.○○식당에 관한 폐업신고를 한 후 포항으로 주민등록을 이전하였는데,○○식당에서는 여전히 기존의 영업이 계속되고 있었고, 원고의 처소외 4는○○식당의 카운터를 보았다.
 한편소외 4는 원고의○○식당에 관한 폐업신고 이후에도○○식당건물 옥탑방에서 계속 거주하다가 2000. 7. 14. 이사하였는데, 그 사이에 1991년 생 딸은 서울의 지인에게 부탁하여 양육하고 있었고, 1998년 생 아들은소외 4의 친정어머니(원고의 장모)에게 맡겨서 양육하였다.
 ㈑ 원고는 1997. 11. 21.경소외 5가 대구 수성구 두산동(이하 1 생략) 대 474.1㎡ 지상에 1층 건물을 건축하자소외 5에게 그 건물을 철거하여 달라고 부탁한 결과, 1998. 9. 25.경소외 5에게 위 대지에 관한 기존의 임차보증금 5,000만 원 외에 추가로 건물철거비 명목으로 5,000만 원을 지급하는 것과 임료를 월 180만 원으로 인상하는 것을 조건으로 하여소외 5로부터 다시 위 대지를 임차하고, 위 건물을 철거한 다음, 위 대지를 종전처럼○○식당의 주차장으로 사용하게 하였다.
 ㈒ 한편 동대구세무서 소속 세무공무원들은 2004. 5. 20.부터 그 해 7. 31.까지 사이에○○식당에 대하여 이 사건 세무조사를 실시하였는데, 당시○○식당의 종업원들은○○식당의 사업자등록명의자인소외 1을 지배인이라고 불렀고,○○식당 거래처직원들도 원고가○○식당의 실사업자라고 하였다.
 ㈓ 원고의 처소외 4는 2004. 6. 28. 19:50경○○식당에서 카운터를 보고 있다가 세무조사를 나온 세무공무원들에게 발각되자 그 세무공무원들에 자신의 신원을소외 6(소외 4의 동생)이라고 밝힌 후 세무공무원들의 요구로 확인서를 작성하다가 그만두고 화장실로 도피하였다가 행방을 감추고 말았다.
 ⑶ 살피건대, 전항의 인정 사실에서 볼 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 만일 원고가 1996. 3. 31.○○식당을 폐업하였다면 원고의 처소외 4가○○식당의 카운터를 볼 이유가 전혀 없음에도 불구하고,소외 4는○○식당건물의 옥탑방에 거주하면서 어린 딸, 아들의 양육을 타인에 맡기면서까지○○식당의 카운터를 보고 있었던 점, ② 원고가 그의 주장과 같이 건강이 좋지 아니하여○○식당 영업을 폐업하고 포항으로 이사하여 요양을 한 것이 사실이라면,소외 4는 남편인 원고를 따라 포항으로 이사하여 원고의 건강을 돌보아야 할 것임에도 불구하고,소외 4는 앞서 본 바와 같이○○식당에 남아서 카운터를 보고 있었던 점, ③소외 4는 2004. 6. 28. 19:50경○○식당에서 카운터를 보고 있다가 세무조사를 나온 세무공무원에 발각되자 자신의 신원을 거짓으로 알려 주고 세무공무원의 요구로 확인서를 작성하다가 그만 두고 도망간 점, ④ 원고와소외 4는, “소외 4가 세무공무원들이 원고를○○식당의 실사업자로 보고○○식당에 대한 세무조사를 하고 있다는 사실을 알면서도○○식당의 사업자등록명의자인소외 1의 연락을 받고○○식당으로 나가서 카운터를 보게 되었다.”고 주장하고 있는바, 만일 원고가 그 당시○○식당을 운영하지 않았다면, 그의 처소외 4가 원고가○○식당의 실사업자라는 오해를 받을 수 있는 상황에서소외 1의 연락을 받고○○식당에 나가서 카운터를 보았다는 것은 있을 수 없는 일로 여겨지는 점, ⑤ 원고는 1996. 3. 31.○○식당에 관한 폐업신고를 한 이후에도소외 5로부터○○식당 옆에 있는 대구 수성구 두산동(이하 1 생략) 대 474.1㎡를 임대차보증금 5,000만 원, 차임 월 180만 원에 임차하여○○식당의 주차장으로 제공하였을 뿐만 아니라소외 5가 위 토지에 건물을 건축하자소외 5에게 철거대가로 5,000만 원을 지급하고 그 건물을 철거한 점, ⑥ 원고는 소장 등에서 1996. 3. 31.○○식당을 폐업한 후소외 2,3,1에게○○식당을 임대차보증금 5,000만 원, 차임 월 50만 원에 임대하였다고 주장하고 있는바,○○식당의 영업실적과 시설규모 등에 비추어 볼 때, 원고가 주장하는○○식당의 임대차보증금과 그 차임이 턱없이 적은 금액인 점, ⑦○○식당 종업원들은○○식당의 사업자등록명의자인소외 1을 지배인 또는 오빠라고 부르고 있었던 점(이는 원고도 인정하고 있음) 등을 종합하여 보면,○○식당의 실사업자는 그 사업자등록명의자인소외 1이 아니라 원고라고 봄이 상당하다.
 따라서 “○○식당의 실사업자가 자신이 아니고소외 1임에도 불구하고, 원고를○○식당의 실사업자로 보고 한 피고들의 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.”는 원고의 주장은 이를 받아들일 수 없다.
 다. 추계경정·결정사유의 존부 
 ⑴구 부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제21조 제2항은 “사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만, 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서·장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때(제1호), 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모·종업원수와 원자재·상품·제품 또는 각종요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때(제2호)에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계경정할 수 있다.”고 규정하고 있고,구 소득세법 제80조 제3항 단서 및그 시행령 제143조 제1항도 같은 취지로 규정되어 있다.
 ⑵ 다음 사실은 을 제4호증, 을 제9호증의 1 내지 12의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 갑 제20, 21호증, 갑 제26호증의 1, 2, 3, 갑 제27호증의 1 내지 6, 갑 제28호증의 1, 2, 갑 제29호증의 각 기재와 갑 제25호증의 1 내지 10의 각 영상 및 이 법원의 사실조회에 대한 거인식품의 회보만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하며, 그 밖에 달리 반증이 없다. 
 ㈎소외 1이 그 사업자등록일인 2001. 4. 20.부터 2003. 12. 31.까지의 과세기간 동안 피고 동대구세무서장에게 신고한 부가가치세의 과세표준 및 이 사건 세무조사를 통해○○식당 카운터에 설치된 컴퓨터에 들어있는 포스시스템상 매출가액 중 2003. 10. 19.부터 그 해 12. 31.까지의 매출가액은 아래 표의 기재와 같다.
부가가치세 과세기간신고과표포스시스템상실매출액매출누락2001. 4. 20. 내지 그 해 6. 30.87,990,813원？？2001. 2기294,800,205원2002. 1기305,781,818원2002. 2기374,149,728원2003. 1기385,474,091원2003. 7. 1. 내지 그 해 10. 18.262,966,349원2003. 10. 19. 내지 그 해 12.31. (포스시스템상 실매출액)188,857,651원317,070,455원128,212,804원
 ㈏ 한편 이 사건 세무조사 당시 세무공무원들이 실매출액의 증빙자료로 삼은 포스시스템은 2003. 10. 19.부터○○식당 내 컴퓨터에 설치된 프로그램으로서 매장에서 판매와 동시에 품목, 가격, 수량 등의 유통정보를 입력시켜 정보를 분석·활용하는 관리시스템인데, 세무공무원들이 포스시스템상의 실매출액을 증빙자료로 삼은 이유는 포스시스템에 수록된 내용이 영업시간, 결재시간, 계산서 등과 대조하였을 때 신빙할 수 있었기 때문이었다.
 ㈐○○식당은 주로 돼지갈비를 판매하는 식당으로서 대구 지역에서 상당히 유명한 식당이다.
 ⑶ 살피건대, 전항의 인정 사실에서 볼 수 있는 다음과 같은 사정, 즉○○식당 카운터에 있는 컴퓨터에 설치된 포스시스템은 판매와 동시에 품목, 가격, 수량 등의 유통정보가 입력되는 프로그램인데, 포스시스템에 저장된 정보는 이 사건 세무조사 당시 다른 자료들과 비교하여 볼 때 신빙성이 높은 것이었고, 또소외 1 또는 원고는 이 사건 세무조사 당시 포스시스템에 저장된 자료 외에는 달리 실매출액을 확인할 수 있는 자료를 전혀 제출하지 않았기 때문에 포스시스템에 저장된 자료는 거래장부를 대신할 수 있는 객관적인 증빙자료라고 볼 수 있는 점, 원고가 운영하는○○식당은 돼지고기를 주로 판매하는 식당으로 대구에서 유명한 곳인데, 매출을 관리하는 포스시스템에 의한 매출액 317,070,455원과 신고 매출액 188,857,651원 사이에 현저한 차이(128,212,804원)가 있는 점 등의 사정은 원고의 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 산출을 위한 각 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부나 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우이거나 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재, 상품 또는 제품의 시가, 각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우에 해당되므로, 피고 동대구세무서장이 부가가치세법 소정의 규정에 따라 추계경정을 하고, 피고 포항세무서장이 소득세법 소정의 규정에 따라 추계결정을 한 것은 적법하다고 할 것이다.
 따라서 “추계사유가 존재하지 아니함에도 불구하고 추계경정·결정을 한 피고들의 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.”는 원고의 주장도 이를 받아들일 수 없다.
 ⑷ 다만, 원고는, 수기장부 50권을 토대로 하여○○식당의 이 사건 부가가치세 및 이 사건 종합소득세 과세기간인 2001. 4. 20.부터 2003. 12. 31.까지의 거래내역을 정리한○○식당 용역보고서(갑 제32호증)를 제시하면서 이를 증빙자료로 하여○○식당의 위 기간 동안의 매출액을 산출하여야 한다고 주장하고 있으나 위 수기장부 50권은 원고 또는소외 1이 약 2개월 동안 세무조사를 받을 당시에 제출하지 않고 있다가 세무조사를 한 때로부터 약 2년이 가량 경과한 후 이 사건 소송의 진행 중에 2006. 7. 11.자 준비서면에서 비로소 위 수기장부가 있다고 밝히면서 회계감정을 신청한 점, 위 수기장부 50권은 스테플러로 제본되어 있는데, 그 스테플러의 철심이 형태와 녹슨 정도가 비슷하고, 그 철심 주위의 종이가 헤지거나 미진 흔적이 없는 점, 위 수기장부 50권의 지질 변색 정도가 비슷하고, 하단부의 모서리가 닳거나 헤지지 아니한 점, 위 수기장부 50권의 작성상태를 살펴보면, 줄의 시작 지점과 끝 지점 및 줄 간격이 규칙적이고 가지런하며 글자의 형태도 비교적 균일한 점(을 제12호증의 1 내지 4의 각 기재, 을 제11호증의 1 내지 12의 각 영상 및 이 법원의 검증결과 참조) 등을 종합하여 볼 때, 위 수기장부 50권은 사후에 이 사건 소송에 대비하여 한꺼번에 작성한 것으로 보이기 때문에 위 수기장부를 토대로 하여 작성된○○식당 용역보고서(갑 제32호증)의 기재는 이를 믿을 수 없어서 이를 근거로 하여 이 사건 부가가치세와 이 사건 종합소득세에 관한 과세표준과 납부세액을 산출할 수 없다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이를 받아들일 수 없다.
 라. 추계방법의 합리성 및 타당성 여부
 ⑴구 부가가치세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18175호호 개정되기 전의 것) 제69조 제1항은 “부가가치세법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계경정은 국세청장이 사업의 종류별·지역별로 정한 인건비·임차료·재료비·수도광열비 기타 영업비용 중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율(제4호 나목), 또는 주로 최종소비자를 대상으로 거래하는 음식 및 숙박업과 서비스업에 대하여는 국세청장이 정하는 입회조사기준에 의하여 계산하는 방법(제6호) 등에 의하여 추계경정을 한다.”고 규정하고 있고,구 소득세법 시행령 제144조 제1항 4호 나목 및제6호도 같은 취지로 규정되어 있다.
 ⑵ 다음 사실은 갑 제2호증의 1, 2, 을 제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있다.
 ㈎ 동대구세무서 소속 세무공무원들은 2004. 5.경○○식당에 관한 명의사업자인소외 1에게 이 사건 세무조사를 하는 과정에서○○식당에 보관된 컴퓨터에 설치된 포스시스템에 수록된 2003. 10. 19.부터 2004. 5. 19.까지의 실매출액 1,052,425,842원(공급가액)에 대한 확인을 요구하였으나소외 1이 그 확인을 거부하자 포스시스템에 수록된 내용의 검증 및 추계수입금액산정을 위하여 2004. 6. 4.과 그 달 9. 및 그 달 12.과 그 달 13. 모두 4회에 걸쳐 입회조사를 실시하였다.
 ㈏ 그런데 동대구세무서 소속 세무공무원들이 입회조사를 실시하기 3주 전의 포스시스템에 수록된 수치자료와 입회조사를 통해 조사된 수치자료는 아래 표의 기재와 같이 상당한 차이를 나타내었다. 
(단위 : 천원, 공급가액)
비고평균건수평균매출계현금신용카드현금비율최종결재 시간건당평균 이용금액컴퓨터 자료①1775,81169,73539,15630,57956.124:5032입회조사 ②1314,21416,9656,65310,31239.223:2432비율 ③ (②/①)74.072.5？？？69.91:26 단축？신고 2001. 4. 20. ~ 2003. 12. 31.？1,9521,900,018282,0721,617,94614.8？？
 ㈐ 한편○○식당은 주재료인 돼지고기를 거인식품으로부터, 부재료인 음료를 코카콜라로부터, 역시 부재료인 주류를◎◎◎주류로부터 오래전부터 매입해 오고 있었다.
 ㈑ 이에 피고 동대구세무서장은 2004. 7.경○○식당의 포스시스템에 수록된 2003. 10. 19.부터 2004. 5. 19.까지의 실제수입금액(실매출액)인 1,052,425,842원과 같은 기간 동안의 주·부재료 비용의 합계액 153,716,600원(거인식품 116,949,310원 + 코카콜라 6,150,979원 +◎◎◎주류 21,611,290원) 사이의 비용관계비율을 6.847(실제수입금액 ÷ 주·부재료 비용합계액)로 산정한 다음, 장부 및 포스시스템상 기록이 없는 기간인 2001. 4. 20.부터 2003. 10. 18.까지의 수입금액은 위 기간 동안에 신고된 원·부재료 금액에 비용관계비율(6.847)을 적용하여 수입금액을 산출하는 추계방법으로 산출한 후 2004. 9. 2. 원고에게 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였고, 피고 포항세무서장은 피고 동대구세무서장으로부터 통보받은 과세자료를 토대로 추계결정을 한 후 그 달 1. 원고에게 이 사건 종합소득세 부과처분을 하였다.
 ⑶ 추계과세를 하려면 그 추계의 방법과 내용이 가장 진실에 가까운 실액을 반영할 수 있는 합리성과 타당성이 있어야 하는바(대법원 1996. 7. 30. 선고 94누15202 판결,1997. 6. 27. 선고 96누15756 판결 등 참조), 따라서구 부가가치세법 시행령 제69조 제1항 소정의 각 추계경정방법 중 가장 진실에 가까운 실액을 반영할 수 있는 합리성과 타당성이 있는 추계경정방법을 선택하면 되는 것이고, 음식점영업이라 하여 원고의 주장과 같이 반드시같은 조항 제6호 소정의 ‘국세청장이 정하는 입회조사기준에 의하여 계산하는 방법’에 따라 추계경정을 하여야 하는 것은 아니라고 할 것이다.
 그런데 전항의 인정 사실에서 볼 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 세무조사 기간 중에 실시된 입회조사기간 동안 영업시간이 평소보다 약 1시간 26분 단축된 점, 입회조사에서 나타난 수치가○○식당의 명의사업자인소외 1이 2001. 4. 20.부터 2003. 12. 31.까지의 과세기간 동안 신고한 금액이나 현금판매비율과 현저한 차이를 보이고 있었던 점,○○식당의 주된 판매재료는 돼지고기와 음료수, 주류로서 이들은○○식당의 매출과 직접적인 관련성이 있는 재료들인데다 특정업체들로부터 상당기간 동안에 걸쳐 지속적으로 납품받아 온 점, 원고에게 돼지고기, 음료수와 주류를 공급한 업체들은 모두 대규모의 업체로 그 거래에 관하여 세금계산서 등을 발행하기 때문에 그 거래금액을 비교적 정확하게 확인할 수 있는 점, 다른 한편으로 앞서 본 바와 같이 포스시스템에 저장된 자료는 거래장부를 대신할 수 있는 객관적인 증빙자료라고 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 돼지갈비를 판매하는 업소에 대하여 가장 매출과 직접적인 관련성이 있는 주원재료 돼지고기 매입액과 부재료인 음료수, 주류의 매입액을 기초로 실매출액 기간 동안(포스시스템 자료에 의한 기간)의 매출액과의 비용관계비율을 적용하여 산정한 수입금액의 추계는 가장 합리적인 실액을 반영한다고 볼 수 있고(대법원 1998. 12. 11. 선고 96누17813 판결 참조), 나아가 이 사건에 적용된 비용관계비율인 6.847은 특별한 사정이 없는 한 재료비나 음식 요금의 변동이 있더라도 상당한 기간 동안은 그대로 유지된다고 봄이 상당하므로 이를 그로부터 약 2년 전까지의 기간에 대하여 적용하는 것이 불합리하다거나 부적절하다고 보이지도 않는다.
 따라서 “음식점 영업에 대한 추계조사결정은구 부가가치세법 시행령 제69조 제1항 제6호에 따라 입회조사의 기준에 의하여 추계경정·결정을 해야 하고, 또같은 조 제4호 나목의 비용관계비율로 추계경정·결정을 하더라도 돼지고기식당의 전국 평균 비용관계비율 정도에 상응하는 비율로 추계경정·결정을 하여야 함에도 불구하고, 전국 평균치를 훨씬 웃돌아서 합리성과 타당성이 없는 6.847의 비용관계비율로 추계경정·결정을 한 피고들의 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.”는 원고의 주장 또한 이를 받아들일 수 없다.
 마. 가공경비(재료비 및 부재료비)의 필요경비 불산입의 적법 여부
 ⑴ 살피건대 갑 제2호증의 1, 2, 을 제4호증의 각 기재에 의하면, 동대구세무서 소속 세무공무원들은 이 사건 세무조사 당시 2001년, 2002년 귀속 총계정원장을 검토하였는데, 그 결과 가공경비 중 다른 경비에 관하여는 증빙을 첨부하여 일자별로 기장이 되어 있으나 명의사업자인소외 1이 필요경비에 산입하여 기장신고를 한 148,201,710원에 대한 가공경비는 재료비 등으로서 월말에 적요(거래처 기재 등)의 기재가 없이 금액만 기장된 사실을 인정할 수 있고, 원고는 현재까지도 그 기장사항에 대한 어떠한 근거도 제출하지 않고 있으므로, 피고들이 해당 가공경비를 필요경비에 산입하지 아니한 것은 적법하다고 할 것이다.
 따라서 “가공경비 148,201,710원은 실제 거래처로부터 매입한 것이므로, 당연히 필요경비에 산입되어야 한다.”는 원고의 주장 역시 이를 받아들일 수 없다. 
 바. 소결 
 따라서 피고들이 원고를○○식당의 실사업자로 보고, 비용관계비율에 의한 추계경정·결정을 통해 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분을 한 것은 적법하다고 할 것이다.
3. 결론
 그렇다면 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 종합소득세 부과처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 피고들에 대한 이 사건 각 청구는 이유가 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 이기광(재판장) 김태균 박정대