법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2017.04.27 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 센트럴시티 (소송대리인 변호사 안병민)
【피고, 상고인】 반포세무서장
【원심판결】 서울고법 2014. 4. 9. 선고 2013누23852 판결
【주 문】
 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제1항은 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.”라고 규정하고, 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”라고 규정하면서, 제3호에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우 중 하나로 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’를 들고 있다.
구 국세기본법 제81조의4 제1항은 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 함을 규정한 것이고, 제2항은 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 재조사를 원칙적으로 금지하는 한편, 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 등의 예외적인 경우에는 재조사를 할 수 있도록 규정한 것이다. 이러한 관련 규정들의 문언과 체계 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다고 해석함이 타당하다. 따라서 다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우는 물론, 하나의 행위가 그 자체로 완결적이지는 아니하더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 그 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는, 이러한 후속조치는 그 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다고 볼 수 있다. 그리고 위법한 세무조사를 금지하고 세무조사권의 남용을 방지하고자 하는 구 국세기본법 제81조의4의 규정 취지에 비추어 보면, 재조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시 당시에 구비되어야 할 것이므로, 과세관청이 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시한 경우에 비로소 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 적법한 재조사에 해당한다고 할 것이다.
 2. 가. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택 증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
 (1) 원고는 2006 사업연도부터 2010 사업연도까지 원고의 등기이사 겸 이사회의장이자 원고의 주식 38.10%를 보유한 소외인에게 성과상여금 명목으로 각 9억 원, 15억 원, 18억 원, 19억 원, 19억 원(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 성과상여금’이라 한다)을 각 지급하였다.
 (2) 서울지방국세청장은 2008. 7. 14.부터 2008. 8. 8.까지 원고에 대한 2005 사업연도 법인사업자통합조사(이하 ‘제1차 세무조사’라 한다)를 하였는데, 당시 원고가 작성한 ‘세무조사반 요청서류’에 의하면 임원보수와 관련하여 2005 사업연도부터 2008 사업연도까지의 이사회회의록, 임원성과급규정 등이 제출된 것으로 기재되어 있다.
 (3) 이후 서울지방국세청장은 2008. 8. 4. 원고에게 2003 내지 2007 사업연도 법인세 항목이 적출된 제1차 세무조사 결과를 통지하였으나, 소외인에게 지급된 성과상여금에 대해서는 별다른 조치를 취하지 아니하였다.
 (4) 서울지방국세청장은 2011. 11. 8. 원고에 대한 2007 내지 2010 사업연도 법인제세 통합조사를 개시한 다음, 2012. 2. 14. 원고에게 그 조사범위에 2006 사업연도 중 일부를 포함하는 내용의 조사범위확대통지를 하고 2006 사업연도 법인제세 부분조사를 개시하였다(이하 위와 같이 이루어진 세무조사 가운데 2006, 2007 각 사업연도에 대한 세무조사 중 소외인에게 지급된 성과상여금에 관한 조사 부분을 ‘제2차 세무조사’라 한다).
 (5) 서울지방국세청장은 2012. 3. 14. 원고에게, 이 사건 각 성과상여금은 지급기준 없이 지급된 잉여금 처분이므로 손금에 산입될 수 없다는 내용이 포함된 조사결과를 통지하였고, 이에 피고는 이 사건 성과상여금을 손금에 불산입하는 등 그 조사결과에 따른 내용을 반영하여 원고의 2006 내지 2010 사업연도의 법인세를 각 증액경정하였다.
 나. 그런 다음 원심은, ① 제1차 세무조사에서 2003 사업연도 이후의 주주명부 등이 이미 제출된 바 있고, 원고가 제출한 ‘세무조사반 요청서류’에 따르면 임원보수와 관련하여 2005 사업연도부터 2008 사업연도까지의 이사회의사록, 임원성과급규정이 제출된 것으로 기재되어 있는 점, ② 제1차 세무조사에서 원고의 2006, 2007 사업연도 법인세 항목이 적출된 바 있는데, 제2차 세무조사에서 다시 2006 사업연도 부분조사 및 2007 사업연도 전부조사가 실시된 점 등을 고려하면, 제2차 세무조사는 재조사에 해당한다고 판단하였다.
 이어 원심은, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 어떠한 잘못이 2개 이상의 사업연도와 모두 관련되어 있으면서 그와 같은 잘못이 하나의 원인행위에서 비롯하여 2개 이상의 사업연도에 계속되는 경우를 의미한다고 전제한 다음, ① 비록 원고의 이사회가 2005. 11. 8. ‘당기순이익이 발생하는 경우 소외인에게 매년 백화점 및 호텔 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급하되, 그 지급시기 및 금액 등은 매년 이사회에서 정한다’고 결의하기는 하였으나, 위 결의만으로는 소외인에게 매년 지급될 성과상여금의 구체적인 액수 및 그 지급 여부에 관한 의사결정이 이루어졌다고 보기 어려운 점, ② 원고가 2006, 2007 각 사업연도에 소외인에게 지급한 각 성과상여금은 각 해당 연도에 개최된 주주총회 및 이사회에서 그 지급 여부와 구체적인 지급액수가 정하여진 점 등에 비추어 보면, 이 사건 성과상여금을 손금에 산입한 것은 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당하지 아니한다는 이유로, 제2차 세무조사에 재조사의 예외적 허용사유가 있다는 피고의 주장을 배척하였다.
 3. 가. 이러한 원심의 판단 중 제2차 세무조사가 재조사에 해당하지 아니한다는 취지의 피고의 상고이유 주장은, 결국 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택이나 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유가 될 수 없고, 나아가 원심의 판단을 기록에 비추어 살펴보더라도 거기에 상고이유 주장과 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나는 등의 위법이 없다.
 나. 그러나 제2차 세무조사가 예외적으로 허용되는 재조사에 해당하지 아니하여 위법하다는 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거들에 의하면, ① 원고는 부동산임대업 등을 영위하는 법인으로 원고 발행 주식 대부분을 원래는 소외인이 보유하고 있었지만, 원고의 자금사정 악화로 인하여 그 주식 일부가 매각되어 2006년 무렵부터 2010년 무렵까지 통일교 관련 단체인 Meteor Limited, Winova JV Ltd, Great River Technology Ltd, Intersian Digital Technology Ltd 등 4개 법인이 원고 발행 주식의 60.02%를, 소외인이 38.10%를 각 보유하고 있었던 사실, ② 원고는 2003 사업연도까지 순손실이 발생하였으나 신세계백화점과 메리어트호텔 등을 임차인으로 유치하는 등 그 영업이 정상화됨에 따라 2005 사업연도의 당기순이익이 260억 9,200만 원으로 급증한 사실, ③ 2005. 11. 8. 개최된 원고의 이사회에서 ‘소외인이 창업주로서 건물을 분양하지 않고 임대시설로 유지하여 지속적인 수익가능모델을 만드는 데 일익하였고, 대형 임차인의 유치와 수수료율 인상 등 수익구조 개선에 크게 기여하였으며, 이사회의장으로서 조달자금의 금리인하와 절세방안을 제시하는 등 경영상 업적이 지대한 점을 감안하여, 향후 당기순이익이 발생하는 경우에 한하여 매년 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급한다. 지급시기 및 금액 등은 원고의 여건, 자금사정 등을 고려하여 매년 이사회에서 정한다’는 내용의 이사회결의가 이루어진 사실, ④ 2006 내지 2010 각 사업연도에 원고의 당기순이익으로 각 243억 5,600만 원, 213억 200만 원, 243억 5,700만 원, 282억 8,600만 원, 373억 2,100만 원이 발생하자, 원고는 해당 사업연도에 소외인에게 백화점 및 호텔의 임대수입의 10% 이내의 범위에서 각 9억 원, 15억 원, 18억 원, 19억 원, 19억 원의 이 사건 성과상여금을 지급하는 한편, 다른 대주주인 통일교 관련 단체에는 각 해당 사업연도 기간 동안 그 관련 단체에 기부금 및 광고선전비 명목으로 17억 3,300만 원, 28억 원, 30억 원, 36억 원, 38억 2,900만 원을 각 지급한 사실, ⑤ 이러한 성과상여금과 기부금 등은 당시 원고의 지분율에 따라 배분된 것으로, 원고는 임원 상여금의 지급기준과 산정근거에 관한 규정을 별도로 두고 있지 않아 대표이사가 임의로 판단하여 상여금을 책정하였으며, 소외인에게는 다른 임원들과도 차등을 두어 성과상여금을 지급한 사실 등을 알 수 있다.
 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 2006 내지 2010 각 사업연도에 이 사건 성과상여금을 지급한 것은 원고의 창업주이자 이사회의장의 지위에 있었던 소외인에게 매년 임대수입의 10% 이내에서 상여금을 지급하기로 한 2005. 11. 8.자 이사회결의에 기초한 것이고, 이러한 이사회결의는 그 내용 및 전후 경과에 비추어 보면 별다른 지급기준도 없이 실질적으로 잉여금 처분을 위한 분배금을 매년 소외인에게 지급하면서도 명목상으로만 손금산입대상이 되는 상여금의 형식을 갖추기로 한 것으로 볼 수 있으며, 비록 소외인에게 지급될 구체적인 성과상여금의 액수 등은 해당 사업연도별로 개최되었던 주주총회와 이사회 등에서 확정되었다고 하더라도 이는 소외인과 통일교 관련 단체가 원고 지분의 98% 이상을 차지하고 있는 상황 등을 감안할 때 앞서 2005. 11. 8.자 이사회결의에서 성과상여금을 지급하기로 결정한 후 그 당시 예정한 바대로 각 사업연도별로 후속절차로서 이루어진 것으로서 그와 함께 이 사건 성과상여금의 지급원인이 되었다고 봄이 상당하므로, 이러한 사정에 근거하여 이루어진 재조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 예외적으로 허용하고 있는 재조사에 해당한다고 볼 여지가 있다.
 다. 그렇다면 원심으로서는 서울지방국세청장이 위와 같은 사정을 뒷받침할 만한 구체적 자료에 의하여 제2차 세무조사를 개시한 것인지 또는 그와 무관하게 아무런 예외적인 허용사유 없이 재조사를 개시한 것은 아닌지 등에 관하여 나아가 심리한 후 제2차 세무조사가 위법한지 여부를 판단하였어야 했다. 그런데도 원심은 그 판시와 같은 사정만을 들어 제2차 세무조사가 예외적으로 허용되는 재조사에 해당하지 아니한다고 단정하고 그에 따른 과세처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 정한 ‘2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’의 해석 등에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다.
 4. 그러므로 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 조희대(재판장) 김창석(주심) 박상옥

[1] 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’의 의미 및 완결적이지 않은 하나의 행위로 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어진 경우가 이에 해당하는지 여부(적극) / 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 적법한 재조사에 해당하기 위하여 과세관청이 예외적인 허용사유를 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시하여야 하는지 여부(적극)
[2] 甲 주식회사가 창업주이자 이사회의장의 지위에 있었던 乙에게 매년 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급하기로 하는 이사회결의 후 이에 기초하여 5년에 걸쳐 해당 사업연도별로 개최되었던 주주총회와 이사회 등에서 구체적인 액수를 확정하여 乙에게 성과상여금을 지급한 사안에서, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다고 한 사례

[1] 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제1항은 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 함을 규정한 것이고, 제2항은 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 재조사를 원칙적으로 금지하는 한편, 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 등의 예외적인 경우에는 재조사를 할 수 있도록 규정한 것이다. 이러한 관련 규정들의 문언과 체계 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다. 따라서 다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우는 물론, 하나의 행위가 자체로 완결적이지는 아니하더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는, 이러한 후속조치는 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다. 그리고 위법한 세무조사를 금지하고 세무조사권의 남용을 방지하고자 하는 구 국세기본법 제81조의4의 규정 취지에 비추어 보면, 재조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시 당시에 구비되어야 하므로, 과세관청이 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시한 경우에 비로소 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 따른 적법한 재조사에 해당한다.
[2] 甲 주식회사가 창업주이자 이사회의장의 지위에 있었던 乙에게 매년 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급하기로 하는 이사회결의 후 이에 기초하여 5년에 걸쳐 해당 사업연도별로 개최되었던 주주총회와 이사회 등에서 구체적인 액수를 확정하여 乙에게 성과상여금을 지급한 사안에서, 위 이사회결의는 내용 및 전후 경과에 비추어 보면 별다른 지급기준도 없이 실질적으로 잉여금 처분을 위한 분배금을 매년 乙에게 지급하면서도 명목상으로만 손금산입대상이 되는 상여금의 형식을 갖추기로 한 것이고, 구체적인 성과상여금의 액수 등이 해당 사업연도별로 개최되었던 주주총회와 이사회 등에서 확정되었더라도 이는 이사회결의에서 성과상여금을 지급하기로 결정한 후 당시 예정한 바대로 각 사업연도별로 후속절차로서 이루어진 것으로서 그와 함께 성과상여금의 지급원인이 되었으므로, 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다고 한 사례.