평택당진항매립지일부구간귀속지방자치단체결정취소 (일반행정, 대법원)
공포일: 2021.02.04 / 시행일:

【원 고】 충청남도지사 외 2인 (소송대리인 법무법인(유한) 주원 외 2인)
【피 고】 행정안전부장관 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 서규영 외 11인)
【피고 보조참가인】 평택시장 외 2인 (소송대리인 법무법인 케이씨엘 외 2인)
【변론종결】2020. 12. 10.
【주 문】
원고들의 청구를 모두 기각한다. 소송비용은 보조참가로 인한 부분을 포함하여 원고들이 부담한다.

【청구취지】피고가 2015. 5. 4. 평택ㆍ당진항 매립지에 관하여 한 지방자치단체 관할 귀속 결정 중 충청남도 당진시 (지번 1 생략), (지번 2 생략), (지번 3 생략), (지번 4 생략), (지번 5 생략), (지번 6 생략) 및 미등록 매립지 총 679,589.8㎡ 부분이 속할 지방자치단체를 경기도 평택시로 정한 부분을 취소한다.
【이 유】 이 사건 결정의 경위 및 그 내용의 요지
 아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 1~4, 을 제2호증의 1~3의 각 기재, 현장검증 결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다. 
 가. 평택지방해양수산청장(정부조직법 개정으로 직제와 명칭이 여러 차례 변경되었으나, 이하 ‘평택지방해양수산청장’이라고 한다)은 ‘평택항’의 부두, 지원시설로서 도로, 제방, 잡종지의 조성을 위해 2003. 12. 12.부터 2009. 10. 1.까지 평택시 포승읍 신영리 앞 해상 공유수면에서 평택항 외항 및 내항 매립지 축조 사업을 시행하였고, 그로 인해 별지 기재와 같이 매립지(이하 ‘이 사건 매립지’라고 한다)가 조성되었다.
 나. 헌법재판소는 당진시(2012. 1. 1. 당진군이 당진시로 승격되었다. 이하 시 승격 전후를 구분하지 않고 ‘당진시’라고 한다)와 피고 보조참가인 평택시(이하 ‘평택시’라고 한다) 간의 권한쟁의심판 사건에 관한 2004. 9. 23. 선고 2000헌라2 전원재판부 결정에서, 국립지리원이 간행한 지형도상의 해상경계선은 불문법상의 해상경계가 되며 특정 지방자치단체의 관할구역이었던 공유수면을 매립하여 조성한 매립지는 그 공유수면을 관할하였던 지방자치단체의 관할구역에 자동적으로 귀속되어야 한다는 이유로 별지 순번 ① 매립지(당진시 (지번 7 생략) 제방 32,834.8㎡)에 대한 관할권한은 당진시에 있다고 결정하였다. 그에 따라 2004. 12. 30. 대통령령 제18624호로 항만법 시행령 제2조 [별표 1]이 개정되면서 평택항의 명칭이 ‘평택ㆍ당진항’으로 변경되었다. 
 다. 그 후 당진시는 별지 기재와 같이 순번 ⑨, ⑩을 제외한 나머지 매립지(순번 ②~⑧, ⑪)에 대하여 지적등록을 마쳤다.
 라. 이에 피고 보조참가인 평택시장(이하 ‘평택시장’이라고 한다)은 2010. 2. 9.부터 2010. 8. 24.까지 순차로 피고(정부조직법 개정으로 직제와 명칭이 여러 차례 변경되었으나, 현행 법령에 따라 행정안전부장관으로 표현한다)에게 지방자치법(2021. 1. 12. 법률 제17893호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제4항에 근거하여 별지 순번 ⑤~⑩ 매립지가 속할 지방자치단체를 평택시로 결정해 줄 것을 신청하였다. 그리고 평택지방해양수산청장은 2012. 4. 2. 피고에게 별지 순번 ⑪ 매립지가 속할 지방자치단체를 결정해 줄 것을 신청하였다.
 마. 피고 소속 지방자치단체 중앙분쟁조정위원회(이하 ‘위원회’라고 한다)는 2015. 4. 13. 아래 사정들을 종합하여 별지 순번 ⑤~⑪ 기재 매립지 중 헌법재판소 2004. 9. 23. 선고 2000헌라2 전원재판부 결정으로 당진시에 관할권한이 있다고 결정된 별지 순번 ① 제방의 안쪽에 위치한 매립지 총 282,760.7㎡(당진시 (지번 8 생략), (지번 9 생략), (지번 10 생략), (지번 11 생략), (지번 12 생략), 별지 도면 중 녹색 원 안에 위치한 부분)는 충청남도 당진시의 관할구역으로 정하고, 나머지 매립지 총 679,589.8㎡(당진시 (지번 1 생략), (지번 2 생략), (지번 3 생략), (지번 4 생략), (지번 5 생략), (지번 6 생략) 및 미등록 매립지, 별지 도면 중 빨간색 원 안에 위치한 부분)는 경기도 평택시의 관할구역으로 정하는 의결을 하였다. 
 ① 헌법재판소 2004. 9. 23. 선고 2000헌라2 전원재판부 결정이 제시한 매립지 관할 귀속 판단 기준, 즉 ‘공유수면 매립지가 지형도상의 해상경계선에 따라 특정 지방자치단체의 관할구역에 자동적으로 귀속되어야 한다.’는 기준은 2009. 4. 1. 지방자치법 제4조 개정 이후에는 그대로 적용할 수 없다.
 ② 지형도상의 해상경계선을 기준으로 매립지가 속할 지방자치단체를 결정할 경우 항만과 배후단지가 평택시, 당진시, 아산시로 분할될 것인데, 이는 지리적 연접관계를 고려한 결정이 아니므로 국토이용ㆍ관리의 효율성이 저하될 것이다.
 ③ 헌법재판소 2004. 9. 23. 선고 2000헌라2 전원재판부 결정과 2009. 4. 1. 개정된 지방자치법 제4조의 입법 취지를 종합적으로 고려하면, 헌법재판소가 당진시 관할로 결정한 제방을 경계로 제방 위쪽 부분은 당진시의 관할구역으로, 제방 아래쪽 부분은 평택시의 관할구역으로 귀속시키는 것이 지리적 연접관계와 관할 지방자치단체 귀속의 명확성까지 함께 고려하는 것일 뿐만 아니라, 매립지와 배후지 모두의 효율적 이용을 위하여 타당하다.
 바. 피고는 2015. 5. 4. 위원회의 의결과 같은 내용으로 별지 순번 ⑤~⑪ 매립지가 속할 지방자치단체를 정하는 결정을 하고(이하 ‘이 사건 결정’이라고 한다) 원고들과 평택시장, 평택지방해양수산청장, 피고 보조참가인 경기도지사에게 통보하였다.
 사. 원고들은 2015. 5. 18. 이 사건 결정 중 청구취지 기재와 같이 평택시 관할구역 부분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다. 
 2. 지방자치법 제4조가 위헌이라는 주장에 관하여
 가. 원고들의 주장 요지
지방자치법 제4조 제3항부터 제7항이 종전의 해상경계선 기준을 배제하는 취지라면 이는 아무런 기준 없이 피고가 자의적으로 지방자치단체의 관할구역을 결정할 수 있도록 한 것이어서 헌법상 보장된 지방자치제도의 본질을 침해하고 헌법재판소의 권한쟁의심판 권한을 침해하며 명확성의 원칙과 법률유보원칙에도 반한다. 이 사건 결정은 위헌적인 법률에 근거한 것이므로 위법하다고 보아야 한다.
 나. 판단
 (1) 우리나라 헌법은 지방자치단체는 주민의 복리에 관한 사무를 처리하고 재산을 관리하며, 법령의 범위 안에서 자치에 관한 규정을 제정할 수 있다고 규정하여(제117조 제1항) 지방자치단체에 의한 자치행정을 일반적으로 보장하면서도, 지방자치단체의 종류는 법률로 정하고(제117조 제2항) 지방자치단체의 조직과 운영에 관한 사항을 법률로 정한다고 규정하여(제118조 제2항) 지방자치단체의 관할구역을 법률로 정하도록 위임하고 있다(헌법재판소 2020. 7. 16. 선고 2015헌라3 전원재판부 결정 참조).
 (2) 2009. 4. 1. 법률 제9577호로 개정된 지방자치법은 제4조 제1항에서 “지방자치단체의 명칭과 구역은 종전과 같이하고, 명칭과 구역을 바꾸거나 지방자치단체를 폐지하거나 설치하거나 나누거나 합칠 때에는 법률로 정한다. 다만 지방자치단체의 관할구역 경계변경과 한자 명칭의 변경은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고, 제4조 제3항 제1호에서 ‘제1항에도 불구하고「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」(이하 ‘공유수면법’이라고 한다)에 따른 매립지(이하 ‘매립지’라고 한다)가 속할 지방자치단체는 제4항부터 제7항까지의 규정에 따라 행정안전부장관이 결정한다.’고 규정한 다음, 제4조 제4항부터 제7항에서는 행정안전부장관 및 그 소속 위원회가 매립지 관할 귀속에 관한 의결ㆍ결정을 할 때 준수하여야 할 절차를 규정하고 있을 뿐, 그 의결ㆍ결정의 실체적인 기준이나 고려요소는 구체적으로 규정하지 않고 있다.
 (3)「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」(이하 ‘공간정보관리법’이라고 한다) 제67조, 같은 법 시행령 제58조 제17호, 제18호, 제19호에 의하면, 육상의 공유수면은 물권의 객체인 ‘토지’ 위에 존재하는 수면(水面) 또는 수류(水流)로서 그 토지를 기준으로 관할 지방자치단체가 결정된다. 그러나 해상의 공유수면의 밑바닥(海底, sea bed)은 물권의 객체인 ‘토지’로 보지 않으므로 여기에 매립공사를 시행하여 매립지를 조성하면 종전에 존재하지 않았던 토지가 새로 생겨난 경우에 해당하며, 새로 생겨난 토지는 종전에 어느 지방자치단체에도 속하지 않았으므로 국가가 지방자치법 제4조 제1항 본문에 의하여 법률의 형식으로 또는 지방자치법 제4조 제3항에 의하여 행정안전부장관의 결정의 형식으로 관할 지방자치단체를 정하여야 하며, 그 전까지는 어느 지방자치단체에도 속하지 않는다. 따라서 ‘해상 공유수면’과 그 ‘매립지’는 법적 성질을 전혀 달리하는 것이며, 공유수면의 이용과 매립지의 이용은 그 방법과 내용을 달리하므로, 공유수면의 해상경계기준을 매립지의 관할 귀속 결정에까지 그대로 적용할 수는 없다(헌법재판소 2020. 7. 16. 선고 2015헌라3 전원재판부 결정 참조). 
 (4) ① 지방자치단체의 관할구역은 본래 지방자치제도 보장의 핵심영역, 본질적 부분에 속하는 것이 아니라 입법형성권의 범위에 속하는 점, ② 해상 공유수면 매립지의 경우 국가의 결정에 의하여 비로소 관할 지방자치단체가 정해지는 것인 점, ③ 개정된 지방자치법 제4조는 제1항에서 지방자치단체의 관할구역은 법령으로 정하는 것을 원칙으로 하면서도, 제3항에서 예외적으로 공유수면 매립지의 경우 종전에 헌법재판소의 권한쟁의심판 절차를 통해 해상경계선을 기준으로 관할 지방자치단체가 결정됨에 따라 발생하는 문제들을 해소하기 위하여 특별히 행정안전부장관으로 하여금 일정한 의견청취 절차를 거쳐 신중하게 관할 귀속 결정을 할 수 있는 권한을 위임한 것인 점, ④ 국가는 해상 공유수면 매립지의 관할 지방자치단체를 결정할 때 관련 지방자치단체나 주민들의 이해관계 외에도 국토의 효율적이고 균형 있는 이용ㆍ개발과 보전(헌법 제120조 제2항, 제122조), 지역 간의 균형 있는 발전(헌법 제123조 제2항)까지도 고려하여 비교형량하여야 하는데 이러한 고려요소나 실체적 결정기준을 법률에 더 구체적으로 규정하는 것은 입법기술적으로도 곤란한 측면이 있는 점 등을 종합하면, 지방자치법 제4조 제3항부터 제7항이 행정안전부장관 및 그 소속 위원회의 매립지 관할 귀속에 관한 의결ㆍ결정의 실체적 결정기준이나 고려요소를 구체적으로 규정하지 않았다고 하더라도 지방자치제도의 본질을 침해하였다거나 명확성원칙, 법률유보원칙에 반한다고 볼 수 없다.
 (5) 헌법재판소도 충청남도, 당진시, 아산시가 피고, 평택시, 국토교통부장관을 상대로 제기한 권한쟁의심판 사건에 관한 2020. 7. 16. 선고 2015헌라3 전원재판부 결정에서 2009. 4. 1. 개정된 지방자치법 제4조가 합헌임을 전제로, 개정된 지방자치법 제4조가 시행된 이후로는 공유수면 매립지의 관할 귀속 문제는 헌법재판소가 관장하는 권한쟁의심판의 대상에 속하지 않는다고 판단하였다. 따라서 개정된 지방자치법 제4조가 헌법재판소의 권한쟁의심판 권한을 침해한다고 볼 수 없다.
 (6) 따라서 지방자치법 제4조가 위헌이라는 원고들의 주장은 이유 없다.
 3. 평택시장의 관할 귀속 결정 신청이 부적법하다는 주장에 관하여
 가. 원고들의 주장 요지 
 (1) 평택시장이 여러 차례에 걸쳐 피고에게 관할 귀속 결정을 신청한 별지 순번 ⑤~⑩ 매립지 중에서 순번 ⑤~⑧ 매립지의 경우 준공검사 후에 관할 귀속 결정의 신청이 이루어졌으므로, 그 부분 신청은 지방자치법 제4조 제4항에서 정한 신청기간을 도과하여 이루어진 것이어서 부적법하고, 그에 따라 이루어진 이 사건 결정 중 순번 ⑤~⑧ 매립지 부분은 위법하다. 
 (2) 지방자치법 제4조 제4항에서 매립지 관할 귀속 결정의 신청권자로 규정한 ‘관련 지방자치단체의 장’은 ‘시ㆍ도지사’만을 의미하는 것으로 보아야 하고, 기초 지방자치단체의 장인 평택시장은 이에 포함되지 않아 매립지 관할 귀속 결정의 신청권자가 아니다. 평택시장의 신청에 따라 이루어진 이 사건 결정 중 별지 순번 ⑤~⑩ 매립지 부분은 위법하다. 
 나. 신청기간 도과 주장에 관한 판단
 (1) 지방자치법 제4조 제4항은 ‘제3항 제1호의 경우에는 공유수면법 제28조에 따른 매립면허관청 또는 관련 지방자치단체의 장이 공유수면법 제45조에 따른 준공검사 전에 행정안전부장관에게 해당 지역이 속할 지방자치단체의 결정을 신청하여야 한다.’고 규정하고 있다. 공유수면법 제45조에 의하면, 매립면허취득자는 매립공사를 완료하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매립지의 위치와 지목(공간정보관리법 제67조)을 정하여 매립면허관청에 준공검사를 신청하여야 하고, 준공검사를 신청받은 매립면허관청은 대통령령으로 정하는 바에 따라 준공검사를 한 후 그 공사가 매립실시계획의 승인된 내용대로 시행되었다고 인정하면 해양수산부령으로 정하는 준공검사확인증을 내주고 그 사실을 고시하여야 한다. 이 경우 토지소유자 또는 매립면허취득자는 그날부터 60일 이내에 지적소관청에 준공검사확인증 사본을 첨부하여 토지의 신규등록을 신청하여야 한다(공간정보관리법 제2조 제29호, 제77조, 제87조, 같은 법 시행령 제63조, 같은 법 시행규칙 제81조 제1항 제2호). 
 (2) 앞서 본 바와 같이 해상 공유수면에 매립공사를 시행하여 조성한 매립지의 경우 새로 생겨난 토지로서 국가가 지방자치법 제4조 제1항 본문에 의하여 법률의 형식으로 또는 지방자치법 제4조 제3항에 의하여 행정안전부장관의 결정의 형식으로 관할 지방자치단체를 정하는 것이 필요하며, 그 전까지는 어느 지방자치단체에도 속하지 않는 것이므로 토지 신규등록을 하여 지적공부를 관리할 ‘지적소관청’(공간정보관리법 제2조 제18호)도 존재하지 않는다. 따라서 국가가 매립지가 속할 지방자치단체를 결정하지 않은 상태에서, 토지소유자 또는 매립면허취득자가 임의로 특정 지방자치단체의 장에게 토지 신규등록을 신청하여 지적공부 등록을 마쳤더라도 이는 권한 없는 행정청에 의한 처분으로서 당연무효라고 보아야 한다. 
 (3) 이와 같은 관련 규정들과 법리를 종합하면, 지방자치법 제4조 제4항은 매립지 관할 귀속에 관하여 이해관계가 있는 매립면허관청이나 관련 지방자치단체의 장이 준공검사 전까지 행정안전부장관에게 관할 귀속 결정을 신청하도록 함으로써 행정안전부장관으로 하여금 가급적 신속하고 적절한 시점에 매립지 관할 귀속 결정을 하도록 촉구하고, 이를 통해 행정안전부장관의 매립지 관할 귀속 결정 전에 토지소유자 또는 매립면허취득자가 임의로 특정 지방자치단체의 장에게 토지 신규등록을 신청하여 당연무효인 지적공부 등록이 이루어지는 상황을 예방하려는 데에 그 입법 취지가 있다고 볼 수 있다. 해상 공유수면 매립지의 경우 지방자치법 제4조 제1항 본문에 의하여 법률의 형식으로 관할 지방자치단체를 정하지 않는 이상 지방자치법 제4조 제3항에 의하여 행정안전부장관의 관할 귀속 결정이 반드시 있어야 하므로, 지방자치법 제4조 제4항이 정한 대로 신청이 이루어지지 않았다고 하더라도 해당 매립지에 관하여 관할 귀속 결정을 하여야 할 행정안전부장관의 권한ㆍ의무에 어떤 영향을 미친다고 볼 수 없다. 매립면허관청이나 관련 지방자치단체의 장이 준공검사 전까지 관할 귀속 결정을 신청하지 않았다고 하더라도 그것이 행정안전부장관의 관할 귀속 결정을 취소하여야 할 위법사유는 아니라고 보아야 한다. 
 (4) 따라서 평택시장이 신청기간을 도과함으로써 이 사건 결정이 위법하다는 취지의 원고들의 주장은 이유 없다.
 다. 신청권한 흠결 주장에 관한 판단
 (1) ① 앞서 본 바와 같이 2009. 4. 1. 지방자치법 제4조 개정 전에는 공유수면 매립지의 관할 귀속이 주로 ‘기초 지방자치단체들 상호 간’의 권한쟁의심판 절차를 통해 결정되었고(헌법재판소 2004. 9. 23. 선고 2000헌라2 전원재판부 결정 참조), 그에 따른 문제점을 해소하기 위하여 2009. 4. 1. 지방자치법 제4조가 개정되어 행정안전부장관의 매립지 관할 귀속 결정 절차가 신설된 점, ② 우리나라에서는 지방자치단체를 두 가지 종류로 구분하여 특별시, 광역시, 특별자치시, 도, 특별자치도(통틀어 ‘시ㆍ도’라고 한다)와 같은 광역 지방자치단체 안에 시ㆍ군ㆍ구와 같은 기초 지방자치단체를 두고 있으므로(지방자치법 제2조 제1항, 제3조 제2항, 어떤 매립지가 특정 기초 지방자치단체의 관할구역으로 결정되면 그와 동시에 그 기초 지방자치단체가 속한 광역 지방자치단체의 관할구역에도 포함되는 것으로 보아야 하는 점 등을 고려하면, 지방자치법 제4조 제4항에서 매립지 관할 귀속 결정의 신청권자로 규정한 ‘관련 지방자치단체의 장’에는 해당 매립지와 인접해 있어 그 매립지를 관할하는 지방자치단체로 결정될 가능성이 있는 ‘기초 및 광역 지방자치단체의 장’을 모두 포함한다고 보아야 한다. 
 (2) 따라서 평택시장에게 매립지 관할 귀속 결정을 신청할 권한이 없어 이 사건 결정이 위법하다는 취지의 원고들의 주장도 이유 없다.
 4. 절차적 하자 주장에 관하여
 가. 원고들의 주장 요지 
 (1) 이 사건 결정을 위한 위원회 심의ㆍ의결 당시 관련 지방자치단체인 충청남도 소속 공무원을 퇴장시켜 의견진술 기회를 박탈함으로써 지방자치법 제4조 제7항을 위반하였다. 
 (2) 피고는 원고들의 사전 동의 없이 전자문서로 이 사건 결정을 통보하였고, 불복방법을 고지하지 않아 행정절차법 제24조, 제26조를 위반하였다. 따라서 이 사건 결정은 이러한 절차적 하자가 있어 위법하므로 취소하여야 한다.
 나. 판단
 (1) 행정청이 처분절차에서 관계 법령의 절차 규정을 위반하여 절차적 정당성이 상실된 경우에는 해당 처분은 위법하고 원칙적으로 취소하여야 한다. 다만 처분상대방이나 관계인의 의견진술권이나 방어권 행사에 실질적으로 지장이 초래되었다고 볼 수 없는 특별한 사정이 있는 경우에는, 절차 규정 위반으로 인하여 처분절차의 절차적 정당성이 상실되었다고 볼 수 없으므로 해당 처분을 취소할 것은 아니다(대법원 2018. 3. 13. 선고 2016두33339 판결 등 참조).
 (2) 지방자치법 제4조에 의하면, 행정안전부장관은 제4항에 따른 매립지 관할 귀속 결정 신청을 받은 후 지체 없이 그 사실을 20일 이상 관보나 인터넷 등의 방법으로 널리 알려야 하고 이 경우 알리는 방법, 의견의 제출 등에 관하여는 행정절차법 제42조, 제44조, 제45조를 준용하며(제5항), 행정안전부장관은 제5항에 따른 기간이 끝난 후 위원회의 심의ㆍ의결에 따라 매립지가 속할 지방자치단체를 결정하고, 그 결과를 면허관청이나 지적소관청, 관계 지방자치단체의 장 등에게 통보하고 공고하여야 하며(제6항), 위원회의 위원장은 제6항에 따른 심의과정에서 필요하다고 인정되면 관계 중앙행정기관 및 지방자치단체의 공무원 또는 관련 전문가를 출석시켜 의견을 듣거나 관계 기관이나 단체에 자료 및 의견 제출 등을 요구할 수 있고, 이 경우 관계 지방자치단체의 장에게는 의견을 진술할 기회를 주어야 한다(제7항).
 갑 제1, 2호증, 을 제2호증의 2, 3, 을 제3호증, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6호증의 1, 2, 을 제9호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 충청남도지사는 2010. 4. 1. 피고에게 이 사건 매립지의 관할 결정에 관한 의견서를 제출한 사실, 피고는 2010. 12. 8. 평택시장이 매립지의 면적을 변경하는 내용의 변경신청을 하였다는 점과 함께 누구든지 20일 이내에 이에 대하여 의견을 제출할 수 있음을 공고한 사실, 원고 충청남도지사는 2010. 12. 28. 의견서를 제출한 사실, 위원회는 2014. 1.경부터 2015. 4. 1.경까지 여러 차례 심의를 하였고 현장방문과 실무조정회의 등을 거쳐 2015. 4. 13. 앞서 본 것과 같은 내용의 의결을 한 사실을 인정할 수 있다.
 위 인정 사실에 의하면, 이 사건 결정을 위한 위원회의 심의ㆍ의결 과정에서 공고 및 의견제출 절차를 통해 이해관계인의 의견제출 기회가 부여되었고 그에 따라 원고 충청남도지사가 실제로 여러 차례 서면으로 의견을 제출하였으므로, 단지 최종 심의ㆍ의결 단계에서 위원회가 충청남도 소속 공무원에게 구두로 의견을 진술할 기회를 부여하지 않았다는 사정만으로 지방자치법 제4조 제7항을 위반하였다거나 그로 인하여 위원회의 심의ㆍ의결에 절차적 정당성이 상실되었다고 볼 수 없다. 
 (3) 행정절차법은 행정절차에 관한 공통적인 사항을 규정하고 국민의 행정 참여를 도모함으로써 행정의 공정성ㆍ투명성ㆍ신뢰성을 확보하고 국민의 권익을 보호함을 목적으로 한다(제1조). 행정절차법 제24조 제1항은 행정청이 처분을 할 때에는 다른 법령 등에 특별한 규정이 있는 경우, 즉 신속히 처리할 필요가 있거나 사안이 경미한 경우를 제외하고는 원칙적으로 문서로 하여야 하며, 전자문서로 하는 경우에는 당사자 등의 동의가 있어야 한다고 규정하고 있다. 이는 처분 내용의 명확성을 확보하고 처분의 존부에 관한 다툼을 방지하여 처분상대방의 권익을 보호하기 위한 것이다. 행정절차법 제26조는 행정청이 처분을 할 때에는 당사자에게 그 처분에 관하여 행정심판 및 행정소송을 제기할 수 있는지 여부, 그 밖에 불복을 할 수 있는지 여부, 청구절차 및 청구기간, 그 밖에 필요한 사항을 알려야 한다고 규정하고 있다. 이는 일반적으로 행정처분은 행정심판법이나 행정소송법 외에도 그 밖의 처분의 근거 법령에서 단기의 쟁송기간을 규정하고 있는 경우가 많으므로 행정청으로 하여금 처분을 할 때에 해당 처분의 정확한 불복방법을 고지하여 처분상대방의 권익을 보호하기 위한 것이다.
 위와 같은 행정절차법의 입법 목적과 제24조 제1항, 제26조의 입법 취지에다가 ① 원고들은 일반적으로 처분의 상대방이 되는 ‘일반 국민’이 아니라 ‘관계 지방자치단체의 장’으로서 행정기관인 점, ② 원고들은 단지 종이문서 형태로 결정문을 받지 못했을 뿐 전자문서 형태로 결정문을 받아 이 사건 결정의 실질적인 내용을 파악하였기 때문에 불복 여부의 결정이나 방어권 행사에 실질적인 지장이 초래되지 않았던 점, ③ 원고들은 이 사건 결정을 통보받은 후 15일 이내에 대법원에 이 사건 소를 제기하여 제소기간을 준수하였던 점을 종합하면, 피고가 원고들의 사전 동의 없이 이 사건 결정을 전자문서로 통보하였다거나 불복방법을 고지하지 않았다고 하더라도 그것이 이 사건 결정을 취소하여야 할 정도의 절차상 하자로 보기는 어렵다.
 (4) 따라서 이 사건 결정에 이를 취소하여야 할 정도의 절차상 하자가 있다는 원고들의 주장도 이유 없다. 
 5. 실체적 하자 주장에 관하여
 가. 원고들의 주장 요지
 (1) 헌법재판소 2004. 9. 23. 선고 2000헌라2 전원재판부 결정에 의하여 이 사건 매립지는 당진시의 관할구역으로 확인되었다. 이 사건 결정은 위 헌법재판소 결정의 기속력에 반하므로 위법하다고 보아야 한다.
 (2) 2011. 8. 4. 법률 제10993호로 제정된「충청남도 당진시 도농복합형태의 시 설치 등에 관한 법률」(이하 ‘당진시설치법’이라고 한다)은 당진시 관할구역을 ‘당진군 일원’으로 명시하고 있는데, 위 법 시행 당시 이미 이 사건 매립지 대부분이 당진군에 지적등록된 상태였으므로 위 매립지는 이 법에 의해 이미 당진시 관할로 결정된 것이라고 보아야 한다. 이 사건 결정은 당진시설치법에 반하므로 위법하다고 보아야 한다.
 (3) 평택시장의 신청 이후 이 사건 결정이 이루어지기까지 약 5년 5개월 동안 이미 이 사건 매립지의 준공검사 및 지적공부에의 등록이 이루어졌고, 피고나 다른 국가기관의 이의 제기가 없었다. 이 사건 결정은 수년간 이 사건 매립지에 관하여 관할권한을 행사해 온 당진시와 충청남도의 신뢰를 깨뜨리는 것이어서 신뢰보호원칙에 반하므로 위법하다고 보아야 한다. 
 (4) 피고가 매립지 관할 귀속 결정의 재량권을 행사할 때에는 관련 지방자치단체와 그 주민들의 이익 등을 적절히 형량하여야 한다. 그런데 이 사건 결정은 다음과 같은 점에서 중요한 요소들의 고려가 흠결ㆍ누락되었거나 고려요소들의 이익형량에 정당성ㆍ객관성이 결여됨으로써 재량권을 일탈ㆍ남용한 것이므로 위법하다고 보아야 한다.
 ①「동ㆍ서 남해안 및 내륙권 발전 특별법」에 따른 서해안권 발전 종합계획, 제3차 전국항만기본계획 등은 당진시 관할을 전제로 마련되었다.
 ② 서부두 전체가 하나의 공업단지(산화물 특화부두)로 운영될 예정이므로 하나의 지방자치단체가 관할하여야 한다.
 ③ 별지 순번 ① 제방과 그 주변 매립지가 이미 당진시 관할로 결정되었고, 이 사건 매립지에는 당진시와의 연결도로(신평ㆍ내항 간 연결도로)가 건설될 예정이다. 해상경계선 부근인 서해대교의 주탑 부분에 도계표지판이 설치되어 있다.
 ④ 가스, 전기, 공업용수 등을 당진시 소속 업체가 서해대교를 통해 공급하고 있다.
 ⑤ 이 사건 매립지에 입주한 기업들은 수도권 규제가 미치지 않는 당진시 관할을 원하고 있다.
 ⑥ 이 사건 매립지가 위치한 곳은 역사적으로 당진시가 어업면허 등을 관할해 왔고 헌법재판소 결정으로 해상경계선의 관습법적 효력이 확인되었다. 당진시가 유치한 기업들에 대한 관할을 잃게 되면 세수 측면에서 막대한 손해를 입게 된다.
 나. 이익형량 하자 주장을 제외한 나머지 주장에 관한 판단
 (1) 2009. 4. 1. 지방자치법 제4조의 개정으로 매립지의 관할 귀속 결정 절차가 신설됨으로써 종래 매립지의 관할 귀속에 관하여 ‘해상경계선 기준’이 가지던 관습법적 효력은 더 이상 인정될 수 없게 되었다(헌법재판소 2020. 7. 16. 선고 2015헌라3 전원재판부 결정 참조). 따라서 헌법재판소 2004. 9. 23. 선고 2000헌라2 전원재판부 결정의 기속력은 그 주문에서 당진시에 관할권이 있음을 확인한 별지 순번 ① 기재 제방에 한하여 미친다고 보아야 한다. 
 (2) 앞서 본 바와 같이 2009. 4. 1. 지방자치법 제4조 개정 이후로는 해상 공유수면 매립지의 경우 국가가 지방자치법 제4조 제1항 본문에 의하여 법률의 형식으로 또는 지방자치법 제4조 제3항에 의하여 행정안전부장관의 결정의 형식으로 관할 지방자치단체를 정하는 것이 필요하며, 그 전까지는 어느 지방자치단체에도 속하지 않는 것이므로 토지소유자 또는 매립면허취득자가 임의로 특정 지방자치단체의 장에게 토지 신규등록을 신청하여 지적공부 등록을 마쳤더라도 이는 권한 없는 행정청에 의한 처분으로서 당연무효이다. 2011. 8. 4. 제정된 당진시설치법은 종래 당진군의 관할구역이 그대로 당진시의 관할구역으로 된다는 의미일 뿐, 새로운 매립지에 관하여 지방자치법 제4조에 따른 관할 귀속 결정 없이 당연무효인 지적공부 등록이 이루어진 부분까지도 당진시의 관할구역으로 편입한다는 의미로는 볼 수 없다. 
 (3) 2009. 4. 1. 지방자치법 제4조의 개정으로 매립지의 관할 귀속 결정 절차가 신설되었으므로, ‘관련 지방자치단체의 장’인 원고들로서는 앞으로 이 사건 매립지에 관하여 신설된 관할 귀속 결정 절차를 따라야 한다는 점을 알았다고 보아야 하고, 설령 알지 못하였더라도 중대한 과실이 있다고 보아야 한다. 이 사건 결정을 통해 관할 지방자치단체가 정해지기 전에 원고 당진시장이 별지 순번 ⑤~⑧ 기재 매립지에 관하여 토지 신규등록을 한 것은 당연무효이므로, 이것이 유효함을 전제로 하는 원고들의 신뢰는 보호가치가 없다. 
 (4) 따라서 이 사건 결정이 헌법재판소 2000헌라2 결정의 기속력, 당진시설치법, 신뢰보호원칙에 반한다는 원고들의 주장은 모두 이유 없다.
 다. 이익형량의 하자 주장에 관한 판단
 (1) 2009. 4. 1. 법률 제9577호로 지방자치법 제4조를 개정하여 행정안전부장관이 매립지가 속할 지방자치단체를 결정하는 제도를 신설한 입법 취지에 비추어 보면, 행정안전부장관 및 그 소속 위원회는 매립지가 속할 지방자치단체를 정할 때 폭넓은 형성의 재량을 가진다고 보아야 한다. 다만 그 형성의 재량은 무제한적인 것이 아니라, 관련되는 제반 이익을 종합적으로 고려하여 비교ㆍ형량하여야 하는 제한이 있다. 행정안전부장관 및 그 소속 위원회가 그러한 이익형량을 전혀 하지 않았거나 이익형량의 고려 대상에 마땅히 포함시켜야 할 사항을 누락한 경우 또는 이익형량을 하였으나 정당성ㆍ객관성이 결여된 경우에는 그 관할 귀속 결정은 재량권을 일탈ㆍ남용한 것으로 위법하다고 보아야 한다.
위와 같은 지방자치법의 개정 취지 등을 고려하면, 행정안전부장관 및 그 소속 위원회가 매립지가 속할 지방자치단체를 결정할 때에는 일반적으로 다음과 같은 사항을 포함하여 고려하여야 한다. 특히 하나의 계획으로 전체적인 매립사업계획이 수립되고 그 구도하에서 사업내용이나 지구별로 단계적ㆍ순차적으로 진행되는 매립사업에서는 매립이 완료된 부분에 대한 행정적 지원의 필요 등으로 인하여 전체 매립대상지역이 아니라 매립이 완료된 일부 지역에 대한 관할 귀속 결정을 먼저 할 수밖에 없는 경우에도 그 부분의 관할 귀속 결정은 나머지 매립 예정 지역의 관할 결정에 상당한 영향을 미칠 수 있다. 따라서 일부 구역에 대해서만 관할 귀속 결정을 할 경우에도 해당 매립사업의 전체적 추진계획, 매립지의 구역별 토지이용계획 및 용도, 항만의 조성과 이용계획 등을 종합적으로 고려하여 매립예정지역의 전체적인 관할 구도의 틀을 감안한 관할 귀속 결정이 이루어지도록 하여야 한다. 만일 전체적인 관할 구도에 비추어 부적절한 관할 귀속 결정이 부분적으로 이루어지게 되면, 해당 매립사업의 전체적 추진계획 및 매립지의 세부 토지이용계획 등이 반영되지 못하게 될 위험이 있을 뿐만 아니라, 관할 귀속 결정이 이루어질 때마다 지방자치단체 사이에 분쟁이 생길 수 있고, 이로 인하여 국가 및 그 지역사회 차원에서 사회적ㆍ경제적 비용이 늘어나게 되며, 사회통합에도 장애가 되어 바람직하지 못하다. 게다가 특정 매립완료지역에 대하여 일단 분리 결정이 되면 그 부분의 관할권을 가지게 된 지방자치단체의 기득권처럼 인식되어 각 단계마다 새로이 이해관계 조정이 이루어지게 됨으로써 전체적인 이익형량을 그르치거나 불필요한 소모적 다툼이 연장될 우려도 배제할 수 없다. 이와 같은 제반 사정에 비추어 매립대상지역 중 완공이 된 일부 지역에 대하여 관할 귀속 결정을 할 경우에도 전체 매립대상지역의 관할 구분 구도에 어긋나지 않게 관할 귀속 결정이 이루어져야 한다(대법원 2013. 11. 14. 선고 2010추73 판결 참조). 
 ① 매립지 내 각 지역의 세부 토지이용계획 및 인접 지역과의 유기적 이용관계 등을 고려하여 관할구역을 결정하여 효율적인 신규토지의 이용이 가능하도록 하여야 한다.
 ② 공유수면이 매립되어 육지화된 이상 더는 해상경계선만을 기준으로 관할 귀속 결정을 할 것은 아니고, 매립지와 인근 지방자치단체 관할구역의 연결 형상, 연접관계 및 거리, 관할의 경계로 쉽게 인식될 수 있는 도로, 하천, 운하 등 자연지형 및 인공구조물의 위치 등을 고려하여 매립지가 토지로 이용되는 상황을 전제로 합리적인 관할구역 경계를 설정하여야 한다.
 ③ 매립지와 인근 지방자치단체의 연접관계 및 거리, 도로, 항만, 전기, 수도, 통신 등 기반시설의 설치ㆍ관리, 행정서비스의 신속한 제공, 긴급상황 시 대처능력 등 여러 요소를 고려하여 행정의 효율성이 현저히 저해되지 않아야 한다.
 ④ 매립지와 인근 지방자치단체의 교통관계, 외부로부터의 접근성 등을 고려하여 매립지 거주 주민들의 입장에서 어느 지방자치단체의 관할구역에 편입되는 것이 주거생활 및 생업에 편리할 것인지를 고려하여야 한다.
 ⑤ 매립공사의 시행으로 인근 지방자치단체와 주민들이 인접 공유수면을 상실하게 되므로 이로 인하여 잃게 되는 지방자치단체들의 해양 접근성에 대한 연혁적ㆍ현실적 이익 및 그 주민들의 생활기반과 경제적 이익을 감안하여야 한다.
 (2) 갑 제1, 2호증, 갑 제5호증의 1~3, 을 제1호증의 1~4, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1, 2, 을 제7호증의 1, 2, 을 제8호증의 1, 2, 을 제9호증의 1, 2, 을 제10호증의 1~6, 을 제11호증의 1, 2, 을 제13호증의 1, 2, 을나 제1호증, 을나 제2호증의 1, 2, 을나 제6, 7, 13호증, 을나 제14호증의 1, 2, 을나 제15~31호증, 을나 제43호증의 1~4, 을나 제44호증의 1, 2, 을라 제2호증의 각 기재, 현장검증 결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 사실 및 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 피고가 이 사건 결정을 하면서 관련된 제반 이익의 비교ㆍ형량을 전혀 하지 않았거나 이익형량의 고려 대상에 마땅히 포함시켜야 할 사항을 누락한 경우 또는 이익형량을 하였으나 정당성ㆍ객관성이 결여된 경우에 해당한다고 보기 어려우므로, 이 사건 결정이 재량권을 일탈ㆍ남용한 위법한 처분이라고 할 수 없다.
 ① 1995년 최초 아산항종합개발기본계획상 이 사건 매립지는 평택항 포승지구에 속하는 것으로 보이고, 완성 후의 모습을 보면 평택시와는 육지로 연결되고 당진시, 아산시와는 바다를 건너거나 연륙교를 건설하여야만 연결될 수 있었다. 위 계획들이 이 사건 매립지가 당진시 관할로 귀속될 것을 전제로 마련되었다고 볼 만한 근거는 찾을 수 없다. 또한 평택ㆍ당진항 자체는 ‘국가관리무역항’으로서 해양수산부장관에게 관리권한이 있으며(항만법 제3조 제2항 제1호, 제20조 제1항, 같은 법 시행령 제3조 제1항 [별표 1], 제2항 [별표 2]), 해양수산부장관의 위임을 받아 해양수산부 소속 전문행정기관인 ‘평택지방해양수산청장’이 항만관리를 하고 있다. 
 ② 이 사건 매립지에 조성되는 항만은 배후의 포승산업단지와 연접해 있고 거미줄 같은 교통망으로 연결되어 있다. 또한 중국발 화물 대부분은 평택시를 통해 수도권으로 운송되고 있다.
 ③ 현재 이 사건 매립지는 평택시 쪽 육지로만 접하고 있고 당진시와 아산시는 바다로 분리되어 있으며, 거리상으로도 평택시와 훨씬 가깝다.
 ④ 지형여건상 전기, 통신, 상하수도, 가스 등을 평택시 쪽에서 공급하는 것이 효율적이고 관공서 등의 거리도 평택시 쪽이 더 가깝다.
 ⑤ 이 사건 매립지에 입주한 기업들 중에 이 사건 결정으로 관할이 평택시로 결정된 주식회사 태영그레인터미널과 주식회사 카길애그리퓨리나는 관할이 조속히 정해지기를 바라고 있을 뿐이고 당진시 관할로 결정되기를 원하는 입장은 아니다.
 ⑥ 이 사건 매립지는 본래 ‘평택항’을 국가가 관리하는 무역항으로 개발하는 항만개발사업의 일환으로 조성되었다. 평택항은 종전에는 평택 어민들의 어항이었는데 국가의 항만개발사업으로 어항으로서의 기능을 거의 상실한 반면, 당진시, 아산시 어민들은 일부 어장을 상실한 피해는 있으나 어업을 지속할 수 있을 것으로 보인다.
 (3) 따라서 이 사건 결정의 이익형량에 하자가 있다는 원고들의 주장도 이유 없다.
 6. 결론
 그러므로 원고들의 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하고, 소송비용은 보조참가로 인한 부분을 포함하여 패소자들이 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김선수(재판장) 이기택(주심) 박정화 이흥구

[1] 지방자치법 제4조 제3항부터 제7항에서 행정안전부장관 및 소속 위원회의 매립지 관할 귀속에 관한 의결ㆍ결정의 실체적 결정기준이나 고려요소를 구체적으로 규정하지 않은 것이 헌법상 보장된 지방자치제도의 본질을 침해하거나 명확성원칙, 법률유보원칙에 반하는지 여부(소극)
[2] 매립지 관할 귀속에 관하여 이해관계가 있는 매립면허관청이나 관련 지방자치단체의 장이 준공검사 전까지 행정안전부장관에게 관할 귀속 결정을 신청하도록 한 지방자치법 제4조 제4항의 입법 취지 및 위 규정에서 정한 대로 매립면허관청이나 관련 지방자치단체의 장이 준공검사 전까지 관할 귀속 결정을 신청하지 않은 것이 행정안전부장관의 관할 귀속 결정을 취소해야 할 위법사유인지 여부(소극)
[3] 지방자치법 제4조 제4항에서 매립지 관할 귀속 결정의 신청권자로 규정한 ‘관련 지방자치단체의 장’에 기초 지방자치단체의 장이 포함되는지 여부(적극)
[4] 행정안전부장관 및 소속 위원회가 매립지가 속할 지방자치단체를 정할 때 폭넓은 형성의 재량을 가지는지 여부(적극) 및 그 재량의 한계 / 행정안전부장관 및 소속 위원회가 매립지가 속할 지방자치단체를 결정할 때 고려할 사항

[1] 지방자치단체의 관할구역은 본래 지방자치제도 보장의 핵심영역, 본질적 부분에 속하는 것이 아니라 입법형성권의 범위에 속하는 점, 해상 공유수면 매립지의 경우 국가의 결정에 의하여 비로소 관할 지방자치단체가 정해지는 것인 점, 2009. 4. 1. 법률 제9577호로 개정된 지방자치법 제4조는 제1항에서 지방자치단체의 관할구역은 법령으로 정하는 것을 원칙으로 하면서도, 제3항에서 예외적으로 공유수면 매립지의 경우 종전에 헌법재판소의 권한쟁의심판 절차를 통해 해상경계선을 기준으로 관할 지방자치단체가 결정됨에 따라 발생하는 문제들을 해소하기 위하여 특별히 행정안전부장관으로 하여금 일정한 의견청취 절차를 거쳐 신중하게 관할 귀속 결정을 할 수 있는 권한을 위임한 것인 점, 국가는 해상 공유수면 매립지의 관할 지방자치단체를 결정할 때 관련 지방자치단체나 주민들의 이해관계 외에도 국토의 효율적이고 균형 있는 이용ㆍ개발과 보전(헌법 제120조 제2항, 제122조), 지역 간의 균형 있는 발전(헌법 제123조 제2항)까지도 고려하여 비교형량하여야 하는데 이러한 고려요소나 실체적 결정기준을 법률에 더 구체적으로 규정하는 것은 입법기술적으로도 곤란한 측면이 있는 점 등을 종합하면, 지방자치법 제4조 제3항부터 제7항이 행정안전부장관 및 그 소속 위원회의 매립지 관할 귀속에 관한 의결ㆍ결정의 실체적 결정기준이나 고려요소를 구체적으로 규정하지 않았다고 하더라도 지방자치제도의 본질을 침해하였다거나 명확성원칙, 법률유보원칙에 반한다고 볼 수 없다.
[2] 지방자치법 제4조 제4항, 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제45조, 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제2조 제29호, 제77조, 제87조, 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령 제63조, 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행규칙 제81조 제1항 제2호와 국가가 매립지가 속할 지방자치단체를 결정하지 않은 상태에서, 토지소유자 또는 매립면허취득자가 임의로 특정 지방자치단체의 장에게 토지 신규등록을 신청하여 마친 지적공부 등록의 효력(당연무효)에 관한 법리를 종합하면, 지방자치법 제4조 제4항은 매립지 관할 귀속에 관하여 이해관계가 있는 매립면허관청이나 관련 지방자치단체의 장이 준공검사 전까지 행정안전부장관에게 관할 귀속 결정을 신청하도록 함으로써 행정안전부장관으로 하여금 가급적 신속하고 적절한 시점에 매립지 관할 귀속 결정을 하도록 촉구하고, 이를 통해 행정안전부장관의 매립지 관할 귀속 결정 전에 토지소유자 또는 매립면허취득자가 임의로 특정 지방자치단체의 장에게 토지 신규등록을 신청하여 당연무효인 지적공부 등록이 이루어지는 상황을 예방하려는 데에 입법 취지가 있다. 해상 공유수면 매립지의 경우 지방자치법 제4조 제1항 본문에 의하여 법률의 형식으로 관할 지방자치단체를 정하지 않는 이상 지방자치법 제4조 제3항에 의하여 행정안전부장관의 관할 귀속 결정이 반드시 있어야 하므로, 지방자치법 제4조 제4항이 정한 대로 신청이 이루어지지 않았다고 하더라도 해당 매립지에 관하여 관할 귀속 결정을 하여야 할 행정안전부장관의 권한ㆍ의무에 어떤 영향을 미친다고 볼 수 없다. 매립면허관청이나 관련 지방자치단체의 장이 준공검사 전까지 관할 귀속 결정을 신청하지 않았다고 하더라도 그것이 행정안전부장관의 관할 귀속 결정을 취소하여야 할 위법사유는 아니라고 보아야 한다.
[3] 2009. 4. 1. 지방자치법 제4조 개정 전에는 공유수면 매립지의 관할 귀속이 주로 ‘기초 지방자치단체들 상호 간’의 권한쟁의심판 절차를 통해 결정되었고, 그에 따른 문제점을 해소하기 위하여 2009. 4. 1. 지방자치법 제4조가 개정되어 행정안전부장관의 매립지 관할 귀속 결정 절차가 신설된 점, 우리나라에서는 지방자치단체를 두 가지 종류로 구분하여 특별시, 광역시, 특별자치시, 도, 특별자치도와 같은 광역 지방자치단체 안에 시ㆍ군ㆍ구와 같은 기초 지방자치단체를 두고 있으므로(지방자치법 제2조 제1항, 제3조 제2항), 어떤 매립지가 특정 기초 지방자치단체의 관할구역으로 결정되면 그와 동시에 그 기초 지방자치단체가 속한 광역 지방자치단체의 관할구역에도 포함되는 것으로 보아야 하는 점 등을 고려하면, 지방자치법 제4조 제4항에서 매립지 관할 귀속 결정의 신청권자로 규정한 ‘관련 지방자치단체의 장’에는 해당 매립지와 인접해 있어 그 매립지를 관할하는 지방자치단체로 결정될 가능성이 있는 ‘기초 및 광역 지방자치단체의 장’을 모두 포함한다.
[4] 2009. 4. 1. 법률 제9577호로 지방자치법 제4조를 개정하여 행정안전부장관이 매립지가 속할 지방자치단체를 결정하는 제도를 신설한 입법 취지에 비추어 보면, 행정안전부장관 및 소속 위원회는 매립지가 속할 지방자치단체를 정할 때 폭넓은 형성의 재량을 가진다. 다만 그 형성의 재량은 무제한적인 것이 아니라, 관련되는 제반 이익을 종합적으로 고려하여 비교ㆍ형량하여야 하는 제한이 있다. 행정안전부장관 및 소속 위원회가 그러한 이익형량을 전혀 하지 않았거나 이익형량의 고려 대상에 마땅히 포함해야 할 사항을 누락한 경우 또는 이익형량을 하였으나 정당성ㆍ객관성이 결여된 경우에는 그 관할 귀속 결정은 재량권을 일탈ㆍ남용한 것으로 위법하다.
위와 같은 지방자치법의 개정 취지 등을 고려하면, 행정안전부장관 및 소속 위원회가 매립지가 속할 지방자치단체를 결정할 때에는 일반적으로 다음과 같은 사항을 포함하여 고려하여야 한다. 특히 하나의 계획으로 전체적인 매립사업계획이 수립되고 그 구도하에서 사업내용이나 지구별로 단계적ㆍ순차적으로 진행되는 매립사업에서는 매립이 완료된 부분에 대한 행정적 지원의 필요 등으로 전체 매립대상지역이 아니라 매립이 완료된 일부 지역에 대한 관할 귀속 결정을 먼저 할 수밖에 없는 경우에도 그 부분의 관할 귀속 결정은 나머지 매립 예정 지역의 관할 결정에 상당한 영향을 미칠 수 있다. 따라서 일부 구역에 대해서만 관할 귀속 결정을 할 경우에도 해당 매립사업의 전체적 추진계획, 매립지의 구역별 토지이용계획 및 용도, 항만의 조성과 이용계획 등을 종합적으로 고려하여 매립예정지역의 전체적인 관할 구도의 틀을 감안한 관할 귀속 결정이 이루어지도록 하여야 한다. 만일 전체적인 관할 구도에 비추어 부적절한 관할 귀속 결정이 부분적으로 이루어지게 되면, 해당 매립사업의 전체적 추진계획 및 매립지의 세부 토지이용계획 등이 반영되지 못하게 될 위험이 있을 뿐만 아니라, 관할 귀속 결정이 이루어질 때마다 지방자치단체 사이에 분쟁이 생길 수 있고, 이로 인하여 국가 및 그 지역사회 차원에서 사회적ㆍ경제적 비용이 늘어나게 되며, 사회통합에도 장애가 되어 바람직하지 못하다. 게다가 특정 매립완료지역에 대하여 일단 분리 결정이 되면 그 부분의 관할권을 가지게 된 지방자치단체의 기득권처럼 인식되어 각 단계마다 새로이 이해관계 조정이 이루어지게 됨으로써 전체적인 이익형량을 그르치거나 불필요한 소모적 다툼이 연장될 우려도 배제할 수 없다. 이와 같은 제반 사정에 비추어 매립대상지역 중 완공이 된 일부 지역에 대하여 관할 귀속 결정을 할 경우에도 전체 매립대상지역의 관할 구분 구도에 어긋나지 않게 관할 귀속 결정이 이루어져야 한다.
① 매립지 내 각 지역의 세부 토지이용계획 및 인접 지역과의 유기적 이용관계 등을 고려하여 관할구역을 결정하여 효율적인 신규토지의 이용이 가능하도록 하여야 한다.
② 공유수면이 매립되어 육지화된 이상 더는 해상경계선만을 기준으로 관할 귀속 결정을 할 것은 아니고, 매립지와 인근 지방자치단체 관할구역의 연결 형상, 연접관계 및 거리, 관할의 경계로 쉽게 인식될 수 있는 도로, 하천, 운하 등 자연지형 및 인공구조물의 위치 등을 고려하여 매립지가 토지로 이용되는 상황을 전제로 합리적인 관할구역 경계를 설정하여야 한다.
③ 매립지와 인근 지방자치단체의 연접관계 및 거리, 도로, 항만, 전기, 수도, 통신 등 기반시설의 설치ㆍ관리, 행정서비스의 신속한 제공, 긴급상황 시 대처능력 등 여러 요소를 고려하여 행정의 효율성이 현저히 저해되지 않아야 한다.
④ 매립지와 인근 지방자치단체의 교통관계, 외부로부터의 접근성 등을 고려하여 매립지 거주 주민들의 입장에서 어느 지방자치단체의 관할구역에 편입되는 것이 주거생활 및 생업에 편리할 것인지를 고려하여야 한다.
⑤ 매립공사의 시행으로 인근 지방자치단체와 주민들이 인접 공유수면을 상실하게 되므로 이로 인하여 잃게 되는 지방자치단체들의 해양 접근성에 대한 연혁적ㆍ현실적 이익 및 주민들의 생활기반과 경제적 이익을 감안하여야 한다.