등록세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.08.25 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 보람 담당변호사 채규성)
【피고, 피상고인】 안양시 만안구청장 (소송대리인 법무법인 해우 담당변호사 이성오 외 2인)
【원심판결】 서울고법 2009. 11. 13. 선고 2009누10637 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제109조 제1항 본문은 ‘관계 법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산 등이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산 등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다’고 규정하면서, 그 제1호 (다)목에서 농지 외의 부동산 등에 관하여 "매수·수용·철거된 부동산 등이 소재하는 특별시·광역시·도와 연접한 특별시·광역시·도 내의 지역. 다만 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 따른 지정지역은 제외한다."고 규정하고 있고(위 단서 조항을 이하 ‘이 사건 단서 조항’이라 한다), 구 지방세법 제127조의2 제2항은 "제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산 등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다."고 규정하고 있다.
 그리고 구 소득세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의2 제1항은 "재정경제부장관은 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있다."고 규정하고, 그 위임에 의한 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의3 제1항 전문은 구 소득세법 제104조의2 제1항 소정의 지정지역에 관하여 ‘주택매매가격상승률과 지가상승률이 각 일정수준 이상인 지역으로서 재정경제부장관이 지정하는 지역을 말한다’고 규정하고 있으며, 그에 따라 재정경제부장관은 지정지역을 주택에 관한 지정지역과 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 구분하여 지정하고 있다. 
 2. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거를 종합하여 ① 원고 소유의 서울 마포구 상암동 (지번 1 생략) 대 2,955㎡ 및 그 지상 건물이 에스에이치(SH) 공사가 시행하는 공익사업용 부동산으로 편입됨에 따라 원고가 2007. 6. 29. 에스에이치 공사로부터 수용보상금 6,736,681,280원을 수령한 사실, ② 원고는 위 부동산을 대체하기 위하여 2008. 6. 9. 신우이앤씨 주식회사로부터 안양시 만안구 석수동 (지번 2 생략) 등 2필지 토지 및 그 지상 근린생활시설(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 50억 원에 매수한 후 같은 달 25일 그에 관한 소유권이전등기를 마친 사실, ③ 이에 관하여 원고는 2008. 6. 25. 피고에게 등록세 1억 원 등을, 같은 해 7. 14. 취득세 1억 원 등을 각 신고납부한 사실(구 지방세법 제72조 제1항에 의하면 이러한 신고납부를 처분으로 보므로 이를 이하 ‘이 사건 처분’이라 하고, 위 취득세, 등록세 등을 이하 ‘취득세 등’이라 한다), ④ 재정경제부장관은 구 소득세법 시행령 제168조의3의 위임에 따라 2003. 5. 29. 안양시 전체를 주택에 관한 지정지역으로, 2005. 7. 20. 안양시 동안구를 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 각 지정한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 단서 조항은 구 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 ‘지정지역’을 취득세 비과세지역에서 제외한다고만 규정하고 있을 뿐 ‘지정지역 안의 부동산'을 취득세 비과세대상에서 제외한다고 규정하고 있지는 않으므로, 조세법규에 관한 엄격해석원칙 등에 비추어 원고가 구 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 ‘지정지역'에서 이 사건 부동산을 취득한 이상 이 사건 단서 조항에 의하여 취득세 등의 비과세대상에서 제외되어야 한다고 판단하였다.
 3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다. 
 구 소득세법 시행령 제168조의3은 지정지역의 지정기준을 주택매매가격상승률과 지가상승률로 이원화하고 있고, 그에 따라 재정경제부장관도 지정지역을 주택에 관한 지정지역과 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 구분하여 지정하고 있는 점, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택의 매매가격상승률이 일정수준 이상으로 높아 주택에 대한 투기적 수요가 우려되어 그에 대한 세제상의 불이익을 가할 목적으로 지정된 지역이므로 그와 같은 투기적 수요의 우려가 없는 주택 외의 부동산에 대해서까지 그 지정지역에 소재한다는 이유만으로 주택의 경우와 동일하게 세제상의 불이익을 가하는 것은 지정지역의 취지에 반하는 점 등을 고려하면, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택에 관해서만 지정지역으로서의 법적 효력을 지니며 그 외의 부동산에 관하여는 그와 같은 법적 효력이 없다고 보아야 하고, 이러한 법리는 지방세법에서 인용하고 있는 지정지역에 관하여도 그대로 적용된다고 할 것이므로 주택에 관한 지정지역에서 주택 외의 부동산을 대체취득하는 경우는 이 사건 단서 조항에 해당하지 않는다고 해석함이 타당하다. 
 원심이 인정한 바와 같이 재정경제부장관은 2003. 5. 29. 안양시를 주택에 관한 지정지역으로, 2005. 7. 20. 안양시 동안구를 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 각 지정하였고, 원고는 2008. 6. 25. 안양시 만안구에 소재하는 주택 외의 부동산인 이 사건 부동산을 대체취득하였는바, 이러한 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면 이 사건 부동산이 소재하는 안양시 만안구는 주택에 관한 지정지역으로 지정되었을 뿐 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 지정된 적은 없으므로 이 사건 부동산의 취득과 그에 관한 등기는 이 사건 단서 조항의 적용대상이 될 수 없다고 할 것이다. 
 그럼에도 이와 달리 원심은 이 사건 부동산의 취득과 그에 관한 등기는 이 사건 단서 조항에 의하여 취득세 등의 비과세대상에서 제외된다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 단서 조항에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 안대희(재판장) 김능환(주심) 이인복

[1] 구 소득세법 시행령 제168조의3 제1항에 따른 주택에 관한 지정지역이 그 지역에 있는 주택 외의 부동산에 관하여 법적 효력을 지니는지 여부(소극) 및 주택에 관한 지정지역에서 주택 외의 부동산을 대체취득하는 경우 구 지방세법 제109조 제1항 제1호 (다)목 단서 조항이 적용되는지 여부(소극)
[2] 재정경제부장관이 구 소득세법 시행령 제168조의3의 위임에 따라 주택에 한하여 안양시를 지정지역으로 지정하였는데, 甲이 자신 소유의 토지 등이 공익사업용 부동산으로 편입됨에 따라 이를 대체하기 위해 안양시 만안구에 있는 주택 외의 부동산을 취득하고 등록세 및 취득세를 신고납부한 사안에서, 위 부동산의 취득과 그에 관한 등기는 구 지방세법 제109조 제1항 제1호 (다)목 단서 조항의 적용대상이 될 수 없다고 한 사례

[1] 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제168조의3은 지정지역의 지정기준을 주택매매가격상승률과 지가상승률로 이원화하고 있고, 그에 따라 재정경제부장관도 지정지역을 주택에 관한 지정지역과 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 구분하여 지정하고 있는 점, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 있는 주택의 매매가격상승률이 일정수준 이상으로 높아 주택에 대한 투기적 수요가 우려되어 그에 대한 세제상의 불이익을 가할 목적으로 지정된 지역이므로 그와 같은 투기적 수요의 우려가 없는 주택 외의 부동산에 대해서까지 지정지역에 있다는 이유만으로 주택의 경우와 동일하게 세제상의 불이익을 가하는 것은 지정지역의 취지에 반하는 점 등을 고려하면, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택에 관해서만 지정지역으로서 법적 효력을 지니고 그 외의 부동산에 관하여는 그와 같은 법적 효력이 없다고 보아야 하며, 이러한 법리는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다)에서 인용하고 있는 지정지역에 관하여도 그대로 적용된다고 할 것이므로, 주택에 관한 지정지역에서 주택 외의 부동산을 대체취득하는 경우는 구 지방세법 제109조 제1항 제1호 (다)목 단서 조항에 해당하지 않는다고 해석하는 것이 타당하다.
[2] 재정경제부장관이 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제168조의3의 위임에 따라 주택에 한하여 안양시 전체를 지정지역으로 지정하였고 주택 외의 부동산에 대하여는 안양시 동안구를 지정지역으로 지정하였을 뿐인데, 甲이 자신 소유의 토지 및 지상 건물이 공익사업용 부동산으로 편입됨에 따라 이를 대체하기 위해 안양시 만안구에 있는 주택 외의 부동산을 취득하고 등록세 및 취득세를 신고납부한 사안에서, 안양시 만안구는 주택에 관한 지정지역으로 지정되었을 뿐 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 지정된 적은 없으므로 甲의 부동산 취득과 그에 관한 등기는 대체취득 부동산에 관한 취득세 및 등록세 비과세대상 제외를 규정하고 있는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제109조 제1항 제1호 (다)목 단서 조항의 적용대상이 될 수 없는데도, 甲이 ‘지정지역’에서 부동산을 취득한 이상 부동산 종류에 관계없이 위 단서 조항이 적용되어 등록세 및 취득세의 비과세대상에서 제외되어야 한다고 본 원심판결에 법리오해의 위법이 있다고 한 사례.