사업소세가 비과세되는 대통령령이 정하는 비영리사업자에 해당하는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2010.04.15 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
주민세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보아도, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에관한특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2009. 12. 8. 선고 2009누12442 판결】

【주문】 처분청패소

피고의 항소를 기각한다.
항소비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 학교법인으로서 1970. 3. 16. ○○대학교(이하 ‘○○대’라 한다)를 설립한 이후 1990. 3. 1. 의과대학을 개설하여 운영해 오고 있다.
나. 원고는 1988. 8. 1. ○○사회복지재단(이하 ‘○○재단’이라 한다)과 사이에, 원고가 의학교육시설을 갖춘 부속병원을 건립할 때까지 ○○대 의대 학생의 교육 및 임상실습을 ○○재단이 운영하는 서울△△병원(그 후 ‘서울○○병원’으로 명칭이 변경되었다)에 위탁하기로 하는 내용의 협약을 체결하였고, 그 후 ○○대는 2002. 3. 1. 서울○○병원과 사이에, ○○대는 위 병원에 위 대학 소속 교원을 파견하여 위 병원에 내원하는 환자를 진료하도록 함과 동시에 위 병원 소속 전공의들에 대한 교육을 담당하도록 하고, 이에 대하여 위 병원은 위 대학에 교원의 파견에 따른 비용을 부담하는 외에 진료 또는 의대 의학과 학생의 교육 및 임상실습에 필요한 시설과 인력을 지원하기로 하는 내용의 의료보건용역계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
다. ○○대는 이 사건 계약에 따라 의대 교원들을 파견하여 서울○○병원 진료실에서 내원 환자들을 진료하도록 하는 한편, 1997. 1. 1.부터 위 병원 내에 있는 연구동 1개 건물을 임차하여 의대 강의실, 강당, 교학행정실 등 위 대학교 소속 파견교원들의 사무실로 사용하였고, 2005. 1. 1.부터는 위 병원 내에 있는 교육연구관 일부(지하 2층부터 지상 3층까지)를 임차하여 위와 같은 목적으로 사용하고 있다.
라. 피고는, 원고가 2002. 3.부터 2007. 1.까지 서울○○병원 진료실과 교육연구관 등(이하 ‘이 사건 사업소’라 한다)에서 근무한 교원들에게 급여를 지급하였음에도, 위 기간 동안의 종업원할 사업소세를 신고·납부하지 아니하였다는 이유로, 원고에 대하여 2007. 3. 14. 2002년 3월분부터 5월분까지의 종업원할 사업소세를 부과·고지하였다가 2007. 4. 27. 별지 과세내역표Ⅰ 기재와 같이 합계 19,537,780원(가산세 포함)으로 감액경정하였고(종업원할 사업소세의 과세표준인 종업원의 급여총액에서 연구보조비, 식비를 제외한 결과이다), 2007. 5. 10. 별지 과세내역표Ⅱ 기재와 같이 2002년 6월분부터 2007년 1월분까지의 종업원할 사업소세 합계 579,100,300원(가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 4호증, 갑 제10호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 사업소세란 도시 등의 환경개선 및 정비에 필요한 비용을 마련하기 위하여 일정한 지역 내에 사업소를 둔 자(사업주)에게 부과하는 조세를 말하고, 여기서 ‘사업소’라 함은 ‘사업 또는 사무를 수행하기 위하여 설치한 인적 및 물적 설비로서 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소’를 말하는 것인바( 지방세법 제243조 제2호), 이 사건 사업소 중 진료실에는 원고의 인적시설인 교원만이 파견되었을 뿐이고, 물적 시설은 원고가 구비한 것이 아니므로, 위 진료실은 원고의 사업소에 해당하지 아니한다.
(2) 원고는 지방세법 제245조의2 제1항 제1호가 정한 비영리사업자로서 원고가 이 사건 사업소에 소속 교원들을 파견하여 의대 학생 및 서울○○병원 소속 전공의들을 상대로 한 강의, 교육 및 임상실습, 학술 연구 등에 종사하게 한 것은 고등교육법에 의한 학교경영사업의 일환일 뿐만 아니라, 위 교원들의 진료행위는 위와 같은 교육 및 임상실습에 수반하여 이루어진 것이어서 그 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 하는 것이 아니므로, 원고의 이 사건 교원파견은 수익사업으로 볼 수 없고, 따라서 지방세법 제245조의2 제1항 제1호에 의하여 원고에 대하여는 사업소세가 부과될 수 없다.
(3) 가사 파견교원들의 진료행위가 수익사업에 해당한다고 하더라도, 원고의 파견교원들은 수익사업에만 직접 제공된 것이 아니라, ○○대 의과대학 학생 및 서울○○병원 소속 전공의를 상대로 한 교육과 학술연구행위(비과세대상사업)도 겸직하였고, 전자보다는 주로 후자에 종사하였으므로, 지방세법 시행령 제208조 제1항 단서에 의하여 주된 직무인 비과세대상사업에 따라 사업소세의 과세대상이 아니다.
(4) 본세의 부과처분이 모두 적법하다고 하더라도, 이 사건의 경우 원고에게 납세의무의 이행을 기대하기 어려운 사정이 있었으므로, 적어도 이 사건 각 가산세 부과처분은 위법하다.
나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.
다. 인정사실

(1) ○○대는 이 사건 계약에 따라 2002. 3.부터 2007. 1.까지 사이에 별지 급여내역표1 ‘파견교원 인원’열 기재와 같이 매월 269명 내지 320명 가량의 교원들을 서울○○병원에 파견하였고(위 기간 동안 비파견교원들의 수는 매월 28명 내지 39명 가량에 불과하므로 대부분의 교원이 파견된 셈이다), 그에 따라 서울○○병원으로부터 위 기간 동안 별지 급여내역표1 ‘병원으로부터 받은 용역비’열 기재와 같이 매월 811,323,271원 내지 2,379,532,075원 가량을 지급받아 합계 99,230,040,690원을 지급받았다.
(2) ○○대는 교원파견으로 인하여 2002. 3.에 파견교원들의 급여 1,291,247,053원과 기타 운영경비(임차료, 실습비용, 차량유지비, 사무용품비 등) 13,991,922원(2005년 이전의 의대시설인 병원 연구동의 월임대료는 35,500,000원이었고, 2005년 이후의 의대시설인 교육연구관의 월임대료는 57,880,000원이다) 등 합계 1,305,238,975원의 비용이 소요된 것을 비롯하여 2007. 1.까지 별지 급여내역표1 ‘파견교원 금액’ 및 별지 급여내역표2 ‘기타 의대운영경비’열 기재와 같이 파견교원들의 급여 89,398,629,514원과 기타 의대운영경비 19,169,695,337원을 합한 108,568,324,851원의 비용이 소요되었다.
(3) 원고는 서울○○병원으로부터 매달 지급받은 위 (1)항 기재 금원을 학교의 고유목적사업부문인 교비회계 수입으로 처리한 다음, 별지 급여내역표1 ‘파견교원 금액’ 및 별지 급여내역표2 ‘기타 의대운영경비’열 기재와 같이 그 대부분을 매달 파견교원들의 급여로 지급하였고, 나머지는 의대 운영경비에 충당하였다.
(4) 파견교원들은 파견기간 동안 이 사건 사업소에서 서울○○병원 내원환자들을 진료함과 아울러 위 병원에 소속된 약 680명의 전공의들을 위하여 전공의 수련계획서에 따른 교육 및 실제 임상과정에서의 개별적인 실습교육을 실시하는 한편, ○○대 의과대학의 학부생 약 250명과 대학원생 약 400명에 대한 강의교육, 석·박사학위 논문지도, 다양한 수업방식과 시험문항개발 및 임상실습교육, 임상수행평가 등을 담당하였다.
(5) 파견교원들은 파견기간 동안 내원환자의 진료를 통하여 축적된 임상자료들을 학술적으로 연구하여 얻어낸 결과를 다시 내원환자들의 치료에 적용함으로써 연구결과를 검증하는 과정을 거쳐 이를 바탕으로 2005년, 2006년에 각 2,000편 이상의 학술논문을 작성·발표하였다.
[인정근거] 위에서 든 각 증거, 갑 제7, 8, 20, 21, 23, 24호증, 을 제4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 진료실은 원고의 사업소가 아니라는 주장에 대하여

사업 등을 수행하기 위한 물적 설비는 반드시 사업주인 원고가 그 소유권을 취득하거나 임차하는 등으로 이를 구비할 것이 요구되는 것은 아니고, 앞서 본 바와 같이 ○○재단 측에서 제공하는 시설을 그대로 이용하더라도 물적 설비를 설치한 경우에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(2) 파견교원들의 진료행위는 수익사업에 해당하지 아니하고, 가사 수익사업에 해당한다고 하더라도 주된 직무가 아니라는 주장에 대하여

(가) 관계규정 및 법리

지방세법(이하 ‘법’이라 한다) 제245조의2 제1항 제1호, 법 시행령 제208조 제1항, 제78조의2 제1항, 법인세법 제3조 제2항, 법인세법 시행령 제2조 제1항에 의하면, 학술 등 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자에 대하여는 사업소세를 부과하지 아니하되, 비영리사업자라고 하더라도 제조업 등 수익이 발생하는 사업으로서 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 수익사업에 관계되는 종업원할(수익사업에만 직접 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 종업원할을 말한다) 사업소세는 비과세대상에서 제외되고, 다만, 이 경우 비과세대상사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 때에는 주된 직무에 따라 과세하는 것인바, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나, 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것이다( 대법원 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결 참조).
(나) 파견교원들의 진료행위가 수익사업에 해당하는지 여부

파견교원들이 이 사건 사업소에서 담당한 직무는 앞서 본 바와 같이 진료·전공의 교육과 의대학생 교육·연구의 2가지로 나눌 수 있는데, 후자가 법 소정의 비과세대상사업에 해당함은 의문의 여지가 없으므로( 법 제245조의2 제1항 제1호 본문 참조, 이에 관하여는 피고도 전혀 다투지 아니한다), 전자가 수익사업에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, ○○재단은 파견교원들의 진료 및 전공의 교육[원고는, 위 전공의 교육 부분을 비과세대상사업으로 보고 있는 듯하나, 전공의들은 ○○대 의대학생이 아닌(○○대 의대학생에 대한 교육은 물론 비과세대상사업에 해당한다) 서울○○병원 소속임에 비추어 이들에 대한 교육 역시 ○○재단으로부터 대가를 받고 하는 것으로서 수익사업이라고 보아야 할 것이다]에 대한 대가로 원고에게 이 사건 용역비를 지급하였다고 보아야 할 것인 점(원고는, 위 용역비가 실질적으로 파견교원의 의대학생 교육과정에서 발생하는 기회비용 및 임상의학연구 등에 대한 대가이므로 그 자체로 수익성이 없거나 수익을 목적으로 한 것이 아니라는 취지로 주장하나, ○○재단이 위와 같은 기회비용을 보전해주어야 할 아무런 이유가 없고, 파견교원들의 임상의학연구를 통하여 병원의 진료수준 향상에 도움이 되는 것이라면 ○○재단은 이 부분에 대하여 대가를 지급한 것이라고 볼 것이어서 수익성이 없다고 할 수 없으므로, 위 주장은 받아들일 수 없다), 원고가 ○○재단으로부터 받은 위 용역비는 파견교원들에 대한 급여 전액과 원고의 기타 의대운영비용의 일부를 충당할 수 있었을 정도로 적지 않은 금액으로서 단순히 실비변상적 성격(파견교원들에 대한 급여는 이 사건 계약이 없었다고 하더라도 어차피 원고가 부담하여야 하는 비용이므로, 이 사건 교원파견과 관련하여 원고가 특별히 추가적인 비용을 부담하지도 않은 것으로 보인다)의 금원이라고 하기 어려운 점 등을 종합하면, 전자의 사업(진료·전공의 교육)은 그 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것으로서 수익사업에 해당한다고 할 것이고, 그 사업에서 얻는 수익이 종국적으로 원고의 고유목적사업인 의과대학운영 재원조달에 충당된다거나( 대법원 1991. 5. 10. 선고 90누4327 판결 참조), 원고가 ○○재단으로부터 지급받은 금원을 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없는 교비회계로 처리하여 관할관청의 지도·감독을 받았다고 하여 그 수익성을 부정할 것은 아니라고 할 것이다.
(다) 비과세대상사업과 수익사업 중 어느 것이 주된 직무인지에 대하여

그렇다면, 파견교원들은 비과세대상사업과 수익사업에 겸직하고 있었다고 할 것이어서, 파견교원들의 주된 직무가 어느 것인지에 따라 과세 여부가 판가름날 것이므로 이에 관하여 살피건대, 이 사건 각 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 ○○대 교원보수규정이 정한 범위 내에서 파견교원들에게 급여를 지급하였고, ○○재단은 파견교원들이 환자들을 진료한 업무에 관한 보수를 원고에게 지급한 급여와는 별도로 그 교원들에게 직접 지급한 점, ② 원고가 파견교원들에게 지급한 급여에는 진료·전공의 교육에 대한 대가와 교육·연구에 대한 대가가 혼재하고 있다고 보아야 할 것인 점(이를 오로지 진료·전공의 교육의 대가로만 본다면, 원고는 의대학생 교육·연구에 대하여는 파견교원들에게 대가를 전혀 지급하지 아니한 셈이 되고, 반대로 파견교원들이 엄연히 진료·전공의 교육도 담당하였음에 비추어 이를 순전히 교육·연구에 대한 대가로만 볼 수도 없다), ③ 원고는 고등교육법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 그 산하 ○○대 의과대학의 학생들의 교과과정에 환자의 진료, 처치, 치료 등의 임상실습이 필수적임에도 그 부속병원이 없어 의과대학생들의 임상실습을 할 수 없게 되자, 부득이 이 사건 계약을 체결하게 된 것이고, 파견교원들의 진료과정에 의대학생들이 참여하여 임상실습교육이 동시에 병행하여 이루어졌던 것으로 보이는 점, ④ 파견교원들은 이 사건 사업소에서 진료·전공의 교육보다는 의과대학생 교육 및 연구활동에 더 많은 시간과 노력을 기울였던 것으로 보이는 점(의대교수의 경우 임상에서의 실무경험이 학생교육에 필수적이므로, 진료행위조차도 학생교육을 위한 임상경험축적 및 연구행위의 일환으로 볼 여지가 충분하다), ⑤ 급여지급재원이 무엇인가 하는 것과 급여의 성격이 어떤 것인가는 별개의 문제라고 할 것이고, 법은 사업소세를 부과함에 있어 종업원들에 대한 급여지급의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것이냐를 문제 삼는 것이 아니라, 종업원들의 주된 직무가 무엇인지를 묻고 있을 뿐이므로, 위와 같은 수익사업을 통하여 마련된 재원으로 파견교원들에게 급여를 지급한 것이라 하여 위 수익사업이 파견교원들의 주된 직무(주로 이에 종사한 대가로서 급여가 지급되는 직무)라고 할 수는 없는 점(이와 달리 급여지급의 재원이 되는 수익의 출처만을 따져 이를 주된 직무라고 하게 되면, 대부분의 경우 수익사업에서 재원이 마련되고 비과세대상사업에서는 일반적으로 수익이 거의 발생하지 않을 것이어서 종업원이 비과세대상사업과 수익사업을 겸직하는 경우에는 사업소세의 과세를 피하기가 거의 불가능하게 되는 결과가 초래될 것이다), ⑥ 피고는, ○○재단이 파견교원들에게 직접 지급한 금원 부분에 대하여는 ○○재단이 사업소세를 신고·납부한 반면, 원고가 파견교원들에게 지급한 금원 부분은 사업소세를 신고·납부하지 않아도 된다고 하면, 동일한 수익사업인 파견교원들의 진료 등 행위에 대하여 과세 여부가 달라지게 되어 불합리하다는 취지로 주장하나, 이는 급여의 지급주체 및 성격이 달라짐으로 인하여 자연스럽게 발생하는 결과에 불과하여 서로 모순된다고 볼 수 없는 점, ⑦ 고등교육법 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학 등의 부속병원에 대하여는 법 제209조에서 사업소세 비과세사업자로 정하는 한편, 법 시행령 78조의2 제2항, 제93조의2에서는 취득세·등록세와 관련하여 위와 같은 부속병원이 경영하는 의료업의 경우 수익사업으로 보지 아니하도록 규정하고 있는바(물론 서울○○병원은 원고의 부속병원이 아니므로 원고에 대하여 위 각 규정이 직접 적용되지는 아니한다), 위와 같은 관계 세법의 입법취지는 실질적으로 동일한 기능적 구조를 이루고 있는 원고의 경우에도 반영되어야 할 필요가 있는 점 등을 종합해 보면, 원고에 관하여 파견교원들의 주된 직무는 비과세대상사업인 의대학생 교육·연구였고, 원고 역시 주로 이에 대한 대가로 파견교원들에게 급여를 지급하였다고 봄이 상당하며, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 사업소에서 이루어진 파견교원들의 주된 직무가 수익사업인 진료·전공의 교육이라는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
(3) 소결론

따라서, 파견교원들의 주된 직무가 수익사업임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울행정법원 2009. 4. 10. 선고 2008구합39509 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 원고에 대하여 2007. 3. 14. 한 별지 과세내역표Ⅰ 기재 2002년 3월부터 5월분까지의 종업원할 사업소세 합계 금 19,537,780원(가산세 포함) 및 2007. 5. 10. 한 별지 과세내역표Ⅱ 기재 2002년 6월부터 2007년 1월분까지의 종업원할 사업소세 합계 금 579,100,300원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 학교법인으로서 1970. 3. 16. ○○대학교를 설립한 이후 1990. 3. 1. ○○대학교 의과대학을 개설하여 운영해 오고 있다.
나. 원고는 1988. 8. 1. ○○사회복지재단과 사이에, 원고가 의학교육시설을 갖춘 부속병원을 건립할 때까지 ○○대학교 의과대학 학생의 교육 및 임상실습을 ○○사회복지재단이 운영하는 서울△△병원(그 후 서울○○병원으로 명칭 변경됨)에 위탁하기로 하는 내용의 협약을 체결하였고, 그 후 ○○대학교는 2002. 3. 1. 서울○○병원과 사이에 ○○대학교는 위 병원에 위 대학교 소속 교원을 파견하여 위 병원에 내원하는 환자를 진료하도록 함과 동시에 위 병원 소속 전공의들에 대한 교육을 담당하도록 하고, 이에 대하여 위 병원은 위 대학교에게 교원의 파견에 따른 비용을 부담하는 외에 진료 또는 의학과 학생의 교육 및 임상실습에 필요한 시설과 인력을 지원하기로 하는 내용의 의료보건용역계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
다. ○○대학교는 이 사건 계약에 따라 의대 교원들을 파견하여 서울○○병원 진료실에서 내원 환자들을 진료하도록 하는 한편, 1997. 1. 1.부터 위 병원 내에 있는 연구동 1개 건물을 임차하여 의과대학 강의실, 강당, 교학행정실 등 위 대학교 소속 파견교원들의 사무실로 사용하였고, 2005. 1. 1.부터는 위 병원 내에 있는 교육연구관 일부를 임차하여 위 목적으로 사용하고 있다.
라. 피고는, 원고가 2002. 3.부터 2007. 1.까지 서울○○병원 진료실 또는 교육연구관 등(이하 ‘이 사건 사무소’라 한다)에서 근무한 교원들에 대하여 급여를 지급하였음에도 지방세법 제243조 이하에서 정한 위 기간 동안의 종업원할 사업소세를 신고납부하지 아니하였다는 이유로, 원고에 대하여 2007. 3. 14. 2002년 3월부터 5월분까지의 종업원할 사업소세를 부과고지하였다가 2007. 4. 27. 이를 별지 과세내역표Ⅰ 기재와 같이 위 기간분 종업원할 사업소세 합계 금 19,537,780원(가산세 포함)으로 감액경정하였고, 2007. 5. 10. 별지 과세내역표Ⅱ 기재와 같이 2002년 6월부터 2007년 1월분까지의 종업원할 사업소세 합계 금 579,100,300원(가산세 포함)을 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 4, 10호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 지방세법 제245조의2 제1항 제1호가 정한 비영리사업자로서 이 사건 사무소에 교원들을 파견하여 의과대학 학생 및 서울○○병원 소속 전공의들을 상대로 한 강의, 교육 및 임상실습, 학술 연구에 종사하게 한 것은 고등교육법에 의한 학교경영사업의 일환일 뿐만 아니라, 위 교원들의 내원 환자 진료행위는 위 교육 및 임상실습에 수반되어 이루어진 것이므로 수익성을 목적으로 하는 것이 아니어서, 결국 원고의 이 사건 교원파견은 수익사업이라 볼 수 없고, 따라서 지방세법 제245조의2 제1항 제1호에 의하여 원고에 대하여는 사업소세가 부과될 수 없다.
(2) 만약 원고의 이 사건 교원파견이 수익사업에 해당한다 하더라도, 원고의 파견교원들은 내원 환자 진료행위보다는 주로 의과대학 학생 및 서울○○병원 소속 전공의를 상대로 한 교육 및 학술연구행위에 종사하였으므로, 이 사건 교원파견은 지방세법 시행령 제208조 제1항에 의하여 종업원할 사업소세의 부과대상이 아니다.
(3) 이 사건의 경우 원고에게 납세의무의 이행을 기대하기 어려운 사정이 있으므로, 피고가 가산세까지 부과한 것은 부당하다.
나. 관련 법령

별지 ‘관련 법령’ 기재와 같다.
다. 인정사실

아래 사실은 앞서 든 증거들 외에 갑 제7, 8, 20, 21, 23, 24호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함) 및 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.
(1) ○○대학교는 이 사건 계약에 따라 2002. 3.부터 2007. 1.까지 사이에 별지 급여내역표1 ‘파견교원 인원’열 기재와 같이 매월 269 내지 320명 가량의 교원들을 서울○○병원에 파견하였고(위 기간 동안 비파견교원들의 수는 매월 28 내지 39명 가량에 불과하다), 그에 따라 서울○○병원으로부터 위 기간 동안 별지 급여내역표1 ‘병원으로부터 받은 용역비’열 기재와 같이 매월 811,323,271원 내지 2,379,532,075원 가량을 지급받아 합계 99,230,040,690원을 지급받았다.
(2) ○○대학교는 이 사건 교원파견으로 인하여 2002. 3.에 파견교원들의 급여 1,291,247,053원과 기타 운영경비 13,991,922원(○○대학교는 이 사건 사무소를 2005년 이전까지는 원 35,500,000원에, 2005년부터는 월 57,880,000원에 임차하여 오고 있다) 등 합계 1,305,238,975원의 비용이 소요된 것을 비롯하여 그 때부터 2007. 1.까지 별지 급여내역표1 ‘파견교원 금액’ 및 별지 급여내역표2 ‘기타 의대운영경비’열 기재와 같이 파견교원들의 급여 89,398,629,514원과 기타 운영경비 19,169,695,337원을 합한 108,568,324,851원의 비용이 소요되었다.
(3) 원고는 서울○○병원으로부터 매달 지급받은 (1)항 기재 금원을 학교의 고유목적사업부문인 교비회계 수입으로 처리한 다음, 별지 급여내역표1 ‘파견교원 금액’ 및 별지 급여내역표2 ‘기타 의대운영경비’열 기재와 같이 그 대부분을 매달 파견교원들의 급여로 지급하였고, 나머지는 학교 운영경비에 충당하였다.
(4) 원고 소속 파견교원들은 파견기간 동안 이 사건 사무소에서 서울○○병원 내원환자들을 진료하는 외에 ○○대학교 의과대학의 학부생 약 250명과 대학원생 약 400명에 대한 강의교육, 석박사학위 논문지도, 다양한 수업방식과 시험문항개발 및 임상실습이 필요한 학생들을 상대로 한 임상실습교육, 임상수행평가 등을 담당하였고, 서울○○병원에 소속된 약 680명의 전공의들을 위하여 전공의 수련계획서에 따른 교육 및 실제 임상과정에서의 개별적인 실습교육을 실시하였다(그 결과 2006년 파견교원들의 강의시간은 주당 680시간에 이르는 반면, 환자 진료시간은 주당 226시간이었다).
(5) 원고 소속 파견교원들은 파견기간 동안 내원환자의 진료를 통하여 축적된 임상자료들을 학술적으로 연구하여 얻어낸 결과를 다시 내원환자들의 치료에 적용함으로써 연구결과를 검증하는 과정을 거쳐 이를 바탕으로 2005년, 2006년에 각 2,000편 이상의 학술논문을 작성발표하였다.
라. 판단

(1) 지방세법(이하 ‘법’이라 한다) 제245조의2 제1항 제1호, 법 시행령 제208조 제1항 본문, 제78조의2 제1항, 법인세법 제3조 제2항, 시행령 제2조 제1항에 의하면, 제사···학술···기타 공익사업을 목적으로 하는 고등교육법 제14조의 규정에 의하여 설립된 의과대학의 부속병원 등 대통령령이 정하는 비영리사업자에 대하여는 사업소세를 부과하지 아니하되, 다만, 비영리사업자라도 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 수익사업에 관계되는 종업원할(수익사업에만 직접 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 종업원할을 말한다) 사업소세는 과세대상에서 제외되지 아니하는 것인바, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어서는 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니지만, 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 그 사업이 수익사업에 해당한다( 대법원 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결 참조).
살피건대, 위 인정사실들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, 원고는 고등교육법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 원고 법인 산하 ○○대학교 의과대학의 학생들 교과과정에 환자들의 진료, 처치, 치료 등의 임상실습이 필수적인 반면에 그 부속병원이 없어 의과대학생들의 임상실습을 할 수 없게 되자 부득이하게 이 사건 계약을 체결하게 된 점, 서울○○병원은 원고 소속 교원들을 파견받아 내원환자들의 진료를 담당하게 하는 이외에 병원에 축적된 임상자료를 학술적으로 연구하게 함으로써 병원의 의료수준을 향상시키려는 목적으로 이 사건 계약을 체결한 사정도 있는 점, 원고는 이 사건 교원파견에 소요된 비용을 넘지 않는 범위에서 서울○○재단으로부터 교원파견에 대한 대가를 지급받은 점, 원고는 지급받은 대가를 파견교원들의 급여나 학교 운영경비 등 학교고유목적사업인 학교경영에 사용하였고, 그에 관하여 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없는 교비회계로 처리하여 관할관청의 지도감독을 받은 점, 서울○○병원은 파견교원들이 환자들을 진료한 업무에 관한 보수를 원고에게 지급한 급여와는 별도로 그 교원들에게 직접 지급한 점 등을 종합하여 보면, 원고가 서울○○재단으로부터 이 사건 교원파견의 대가로 지급받은 돈은 의과대학의 학술 등을 목적으로 하는 활동이나 사업에 대한 실비변상적 성격의 금원이라고 봄이 상당하고, 원고가 서울○○병원에 소속 교원들을 파견하는 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 하는 것이라고 보기 어렵다.
(2) 만약 이 사건 교원파견이 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 한 것이라 하더라도, 법 시행령 제208조 제1항 단서는 비과세대상사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 때에는 주된 용도 또는 직무에 따라 과세한다고 규정하고 있는바, 앞서 인정한 바와 같이 원고 소속 파견교원들은 이 사건 사무소에서 진료행위보다는 학생교육 및 연구활동에 주된 시간과 노력을 기울였음을 알 수 있고, 달리 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 사무소에서 이루어진 파견교원들의 주된 직무가 수익사업인 진료행위라는 점을 인정하기에 부족하다.
(3) 따라서, 이 사건 교원파견이 수익사업에 해당한다거나 파견교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당함을 전제로 한 이 사건 각 처분은 모두 위법하다.
3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

제공하는 시설을 그대로 이용하더라도 물적 설비를 설치한 경우에 해당한다고 보아야 할 것이므로 병원 측에서 제공받은 진료실은 사업소에 해당하며, 교원파견과 관련한 진료 및 전공의 교육은 수익사업에 해당한다고 할 것이다. 그러나 파견교원들의 주된 직무는 비과세대상사업인 의대학생 교육, 연구이며, 원고 역시 주로 이에 대한 대가로 파견교원들에게 급여를 지급하였다고 봄이 상당하다. 따라서 파견교원들의 주된 직무가 수익사업임을 전제로 하여 부과된 사업소득세는 취소되어야 하므로 제1심 판결은 정당하다.