제주투자진흥지구 지정이 불허된 건축물에 대한 취득세 감면 여부 (일반행정, 제주지방법원)
공포일: 2023.10.17 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.원고(변경 전 상호:주식회사A)는2012. 3. 23.부동산(휴양콘도,리조트,펜션,별장 등 휴양목적 체류시설)투자자 유치업,외국인 투자지역 조성 및 개발업,관광지 및 관광단지 조성 및 운영업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인이다.
나.제주시장은2013. 5. 7.제주시 고시 제2013-000호로 제주시○○동0000일원451,146㎡를 사업시행지로,원고를 사업시행자로,사업기간을2013. 10.부터2017. 12.까지로 한○○○유원지B리조트(B RESORT)조성사업(이하‘이 사건 사업’이라 한다)의 개발사업 시행승인과 함께 도시관리계획의 변경결정(세부시설),도시계획시설사업의 시행자 지정 및 실시계획인가를 고시하였다.
다.원고는 이 사건 사업을 진행하면서2014. 9. 23.숙박시설(휴양콘도미니엄)의 건축을 위한 토목공사에 착수하였고, 2015. 7. 30. 1단계 건축허가를 받아2015. 9. 24.건축공사에 착수하였다.
라.원고는2015. 12. 29.제주특별자치도지사에게 이 사건 사업에 관하여 제주투자진흥지구 지정 신청을 하였는데,제주특별자치도지사는2015. 12. 30.원고에게‘제주투자진흥지구 운영에 관한 지침(2014. 8. 12.시행,이하’이 사건 운영지침‘이라 한다)제4조 제2항에 따라 휴양콘도미니엄 시설 및 테마전시관(종합박물관)을 시설계획에서 제외하는 것으로 제주투자진흥지구 지정계획을 보완하여2016. 1. 22.까지 제출할 것’을 요청하였다.이에 원고는2016. 2. 15.제주특별자치도지사에게‘휴양콘도미니엄 시설을 포함한 이 사건 사업 전체에 관하여 제주투자진흥지구 지정계획을 수립하여 달라’고 회신하였고,제주특별자치도지사는2016. 2. 25.원고에게 아래와 같이 제주투자진흥지구 지정 신청에 대한 검토결과를 통보하였다.
□ 검토결과 : 지정계획 미수립□ 사유 ○ 원고는 휴양콘도미니엄 314실을 포함한 사업 전체를 지정해 줄 것을 요청하고 있으나, 제주특별자치도에서는 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법(이하 ‘제주특별법’이라 한다) 시행령 제22조 제1항에 부합하는 사업이라 하더라도 이 사건 운영지침에 따라 휴양콘도미니엄 등의 시설은 투자진흥지구 지정계획 수립 결정단계에서 제외하고 있음 ○ 따라서 휴양콘도미니엄 시설 등을 제외한 나머지 시설 부분을 검토하였으나, 나머지 시설의 경우 투자 효과가 미흡한 것으로 판단되어 투자진흥지구제도 취지에 부합하지 않아 지정계획을 수립하지 않음

마.원고는2017. 3. 31.이 사건 사업부지 내 제주시○○동0000-0외56필지에 숙박시설(휴양콘도미니엄)건축물21,932.47㎡(연면적 기준)에 대하여 임시사용승인을 받아 이를 취득하였고, 2017. 6. 13.숙박시설(휴양콘도미니엄)건축물5,171.72㎡(연면적 기준)에 대하여 사용승인을 받아 이를 취득하였다(이하 연면적 합계27,104.19㎡의 위 각 건축물을 합하여‘이 사건 건축물’이라 한다).
바.원고는2017. 5. 30.및2017. 6. 27. 2차례에 걸쳐서 아래 표 기재와 같이 이 사건 건축물에 대하여 구 제주특별자치도세 감면 조례(2017. 8. 9.제주특별자치도조례 제1898호로 개정되기 전의 것,이하‘이 사건 감면 조례’라고 한다)제24조의2제1항(이하‘이 사건 감면 조항’이라 한다)에 따라 제주투자진흥지구에 입주하는 기업이 감면목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세의85%감면을 받는 것으로 계산하여 취득세,지방교육세,농어촌특별세(이하‘취득세 등’이라 한다)을 신고·납부하였다.
[표]이 사건 건축물에 대한 취득세 등 신고·납부 내역

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사.피고는 세무조사를 통하여2014. 8. 12.시행된 이 사건 운영지침에 따라 휴양콘도미니엄 시설이 투자진흥지구 지정계획에서 제외되었으므로 원고의 이 사건 건축물 취득이 이 사건 감면 조항에서 정한 감면 요건을 갖추지 못하였음에도,원고가 이 사건 감면 조항을 적용하여 이 사건 건축물에 대한 취득세 등을 신고·납부하였다고 판단하였고,이에2019. 11. 27.원고에게 별지 처분 목록[표1], [표2]기재와 같이 취득세 등 합계2,279,174,620원(가산세 포함)을 부과·고지(이하‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
아.원고는 이 사건 처분에 불복하여2020. 2. 25.제주특별자치도지사에게 이의신청을 하였으나, 2020. 4. 13.위 이의신청이 기각되었고,원고는 다시2020. 7. 14.조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2022. 11. 29.위 심판청구도 기각되었다.
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지7호증,제9, 12호증,제16내지19호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장

1)처분사유의 부존재(주위적 주장)

이 사건 감면 조항은‘제주특별법 제162조 제1항에 따라 지정되는 제주투자진흥지구에2018년12월31일까지 최초로 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 감면목적사업(제주특별법 시행령 제22조에 의한 사업을 말한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다’고 정하고 있다.
그런데 이 사건 사업은 관광진흥법 시행령 제2조 제1항 제3호에 따른 종합휴양업 또는 전문휴양업으로서 제주특별법 시행령 제22조에 의한 감면목적사업에 해당함이 분명하고,이 사건 감면 조항에 따라 취득세를 감면받기 위하여 사업용 부동산 취득 당시 해당 구역의 사업장이 제주투자진흥지구로 지정되어 있어야 하는 것은 아니므로(사업용 부동산을 취득한 날부터3년 이내에 불가항력적인 사유 없이 제주투자진흥지구로 지정받지 못한 경우에 비로소 감면된 취득세가 추징되는 것에 불과하다),이 사건 건축물 취득 당시 이 사건 감면 조항에서 정한 감면 요건이 모두 충족되었다.
그런데도 피고는 이 사건 감면 조항의 감면 요건이 충족되지 아니하였다고 보아 원고에게 취득세 등을 부과하는 이 사건 처분을 하였으므로,이는 위법하여 취소되어야 한다.
2)국세기본법상 신의성실의 원칙 위반(예비적 주장)

피고의 상급기관인 제주특별자치도는2012. 4. 24.원고와 투자양해각서를 체결하여‘제주특별자치도는 투자절차 이행에 따라 조속히 인허가를 완료할 수 있도록 적극적으로 지원하고,관련 법령에 따라 제주투자진흥지구 지정을 통한 세제감면 등 인센티브 지원을 적극 검토한다’고 약정하였고, 2014. 4. 24.제주투자진흥지구 인센티브 제도 안내 책자를 발간하여‘종합·전문휴양업이 제주투자진흥지구의 지정기준을 충족한다’는 입장을 표명하였는바,이는 이 사건 건축물 취득에 대하여 취득세 등을 감면하겠다는 공적인 견해표명에 해당한다.
원고는 위와 같은 피고의 공적인 견해표명이 정당하다고 신뢰하여 이에 따라 이 사건 사업을 진행하여 이 사건 건축물을 취득하였고,원고가 피고의 공적인 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 어떠한 귀책사유도 없다.그런데도 피고는 이미 표명한 견해에 반하는 이 사건 처분을 하였고,이로써 원고의 이익이 침해되었다.
따라서 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 어긋나므로,이는 위법하여 취소되어야 한다.
나.관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다.판단

1)원고의 주위적 주장에 대하여

가)이 사건 감면 조항에 따라 사업용 부동산에 대한 취득세를 감면받기 위해서는‘제주특별법 제162조 제1항에 따라 지정되는 제주투자진흥지구에2018년12월31일까지 최초로 입주하는 기업’이 해당 구역의 사업장에서 하는 감면목적사업에 직접 사용하기 위한 부동산을 취득하여야 한다.그런데 이 사건 감면 조례 제24조의3제1항 제3호가 사업용 부동산 취득일로부터3년 이내에 천재·지변·화재 그 밖에 이에 준하는 불가항력적인 사유 없이 제주투자진흥지구로 지정받지 못한 경우에는 이 사건 감면 조항에 따라 감면된 취득세를 추징하는 규정을 두고 있는 점에 비추어 보면,이 사건 감면 조항의 적용을 받기 위하여 사업용 부동산의 취득 시점 당시 해당 구역의 사업장이 반드시 제주투자진흥지구로 지정되어 있어야 한다고 보기는 어렵고,사업용 부동산 취득일로부터3년 이내에 해당 구역의 사업장이 제주투자진흥지구로 지정되면 족하다고 할 것이다.
다만,사업용 부동산 취득 당시 제주투자진흥지구 지정의 가능성 자체가 존재하지 않는 경우에는 이 사건 감면 조항이 적용될 여지가 없으므로,부동산 취득 이후 제주투자진흥지구 지정 여부를 기다릴 필요 없이 바로 본래의 과세처분을 할 수 있다고 봄이 타당하다.그렇지 않다면 취득세를 감면받을 가능성이 없는 기업의 경우에도 일단 이 사건 감면 조항을 적용하여 취득세를 감면하였다가 사업용 부동산 취득일로부터3년이 지날 때까지 기다린 후에 감면된 취득세를 추징하여야 한다는 결론에 이르게 되어 불합리하다.
나)이 사건의 경우,앞서 인정한 사실에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들,즉①원고가2015. 9. 24.이 사건 건축물의 건축공사에 착수한 후2015. 12. 29.제주특별자치도지사에게 이 사건 사업에 관하여 제주투자진흥지구 지정 신청을 하였는데,제주특별자치도지사는2016. 2. 25.원고에게‘제주특별법 시행령 제22조 제1항에 부합하는 사업이라고 하더라도 이 사건 운영지침에 따라 휴양콘도미니엄 등의 시설은 투자진흥지구 지정계획 수립 결정단계에서 제외하고 있는데,휴양콘도미니엄 시설 등을 제외한 나머지 시설의 경우에는 투자 효과가 미흡하여 투자진흥지구제도 취지에 부합하지 않는다’는 이유로 위 지정 신청에 대한 거부처분(이하‘이 사건 거부처분’이라 한다)을 하였던 점,②구 제주특별자치도 제주투자진흥지구의 지정 및 해제에 관한 조례(2016. 6. 22.제주특별자치도조례 제1639호로 전부개정되기 전의 것,이하‘제주투자진흥지구 지정 조례’라고 한다)제3조 제2항은‘투자자는 제주투자진흥지구 지정 신청을 공사 착수일부터6개월 이내에 도지사에게 하여야 한다’는 규정을 두고 있으므로,이 사건 건축물 취득 당시 원고로서는 제주투자진흥지구 지정 신청을 할 수 있는 기간이 경과하여 다시 그 지정 신청을 할 수 없는 상태였던 점,③이 사건 건축물 취득 당시 이 사건 운영지침이 유지되고 있었고,달리 제주특별자치도지사가 이 사건 거부처분을 변경할 만한 사정은 없었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면,원고가 이 사건 건축물을 취득할 당시 해당 사업장이 제주투자진흥지구로 지정될 가능성은 없었다고 봄이 타당하다.
따라서 원고의 이 사건 건축물 취득과 관련하여 이 사건 감면 조항이 적용될 여지가 없었다고 할 것인데,원고가 이 사건 감면 조항을 적용하여 이 사건 건축물에 대한 취득세 등을 신고·납부하였으므로,피고가 이 사건 감면 조항이 잘못 적용되었다고 보아 본래의 취득세 등을 과세하는 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.
다)이에 대하여 원고는, 2014. 8. 12.제정·시행된 이 사건 운영지침은 대외적 구속력이 없는 지방자치단체의 내부적 사무처리지침에 불과할 뿐만 아니라 이 사건 운영지침 중 제4조 제2항의 규정은 상위법령인 제주특별법 시행령 제22조 제1항 제1호 나목에 위반되어 당연무효이므로,당연무효인 이 사건 운영지침 제4조 제2항에 근거한 제주특별자치도지사의 이 사건 거부처분도 그 하자가 중대·명백하여 당연무효이고,따라서 원고가 이 사건 건축물을 취득할 당시 해당 사업장이 제주투자진흥지구로 지정될 가능성이 있었다는 취지로 주장한다.
살피건대,제주투자진흥지구의 지정에 관한 제주특별법 제162조 등 관련 규정의 형식과 문언,제주특별자치도가 핵심 산업 육성과 투자 유치를 위해 투자진흥지구로 지정되는 사업에 관하여 세제감면 등의 혜택을 부여하는 제주투자진흥지구 제도의 목적과 취지,제주특별법 시행령 제22조 제3항,제주투자진흥지구 지정 조례 제6조 제2항이 제주투자진흥지구 지정에 있어 토지의 효율적 이용 및 고용 증대 등 지역경제에 미치는 영향 등을 고려하도록 규정하고 있는 점 등을 고려하면,제주특별법에 따른 제주투자진흥지구의 지정은 투자를 유치하여 제주특별자치도의 핵심 산업을 육성하는 한편,이를 통한 지역 경제 활성화,고용 창출 등을 도모하기 위한 수익적 행정행위로서 그 제도의 본질이나 근거가 되는 법령의 취지상 행정청에게 폭 넓은 재량이 인정되는 행위라고 할 것이고,이 사건 운영지침은 제주특별법에 따른 제주투자진흥지구 지정에 관한 재량권 행사의 기준으로 마련된 행정청 내부의 사무처리준칙,즉 재량준칙에 해당하므로,이러한 제주투자진흥지구 지정에 관한 기준을 정하는 것은 제주특별자치도의 재량에 속하고,그 기준이 헌법 또는 법률에 합치되지 않거나 객관적으로 합리적이라고 볼 수 없어 재량권을 남용한 것이라고 인정되지 않는 이상 제주특별자치도의 의사는 가능한 한 존중되어야 한다.따라서 제주특별자치도지사는 제주특별법 시행령 제22조 제1항에서 정하는 기준에 해당하는 투자라고 하여 반드시 그 투자 유치를 위해 제주투자진흥지구 지정을 하여야 하는 것은 아니고,해당 투자를 유치함으로써 제주특별자치도의 핵심 산업 육성과 이를 통한 지역 경제 활성화,고용 창출 등의 목적을 달성할 수 있는지를 심사하여 제주투자진흥지구 지정 여부를 결정할 폭 넓은 재량권을 가지므로,그 재량권 행사의 기준으로 마련된 이 사건 운영지침에 따라 제주투자진흥지구 지정을 하지 않을 수 있다.
그런데 이 사건 운영지침 제4조 제2항은 제주특별법 시행령 제22조 제1항 제1호에서 정한 사업 중①관광진흥법 시행령 제2조 제1항의 전문휴양업 및 종합휴양업 사업계획 내에 포함된 관광진흥법 제3조 제1항 제2호 나목의 휴양콘도미니엄 시설,②관광진흥법 제3조 제1항에 따른 카지노업,③관세법 제196조에 따른 보세판매장,④박물관 및 미술관 진흥법 제2조에 따른 시설은 제주투자진흥지구 지정계획에서 제외하도록 정하고 있는바,위 규정은 제주특별법 시행령 제22조 제1항 제1호에서 정하는 기준에 부합하는 사업이라고 하더라도 앞서 본 제주투자진흥지구 제도의 목적과 취지 등을 고려하여 일부 사업의 경우에는 제주투자진흥지구 지정계획에서 제외하도록 제주투자진흥지구 지정에 관한 재량권 행사의 기준을 정한 것으로서,위와 같은 제주특별자치도의 정책 방향은 고도의 정책적 판단에 따른 것으로 존중되어야 하고,위 규정이 제주특별법 시행령 제22조 제1항 제1호에서 정한 사업 중 일부 사업을 배제하고 있다는 사정만으로 위 시행령에 위반된다고 보기는 어려우며,달리 위 규정이 헌법 또는 법률에 합치되지 않거나 객관적으로 합리적이지 않다고 볼 만한 사정이 없다.따라서 이 사건 운영지침 제4조 제2항이 당연무효라고 볼 수 없고,이에 근거한 제주특별자치도지사의 이 사건 거부처분도 당연무효라고 볼 수 없다.
라)결국 이 사건 처분은 그 처분사유가 존재한다고 할 것이므로,원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.
2)원고의 예비적 주장에 대하여

가)행정상의 법률관계에서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는,첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고,둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며,셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고,넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며,마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원2006. 2. 24.선고2004두13592판결 참조).
나)위 법리에 비추어 보건대,앞서 인정한 사실에 갑 제11, 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정들을 고려하면,이 사건 처분이 국세기본법상 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙을 위반한 것이라고 할 수 없으므로,원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.
①원고가2012. 4. 24.제주특별자치도와‘원고는 이 사건 사업부지에 향후5년에 걸쳐 미화3억 달러를 투자하고,제주특별자치도는 투자절차 이행에 따라 조속히 인허가를 완료할 수 있도록 적극적으로 지원하며,관련 법령에 따라 제주투자진흥지구 지정을 통한 세제감면 등 인센티브 지원을 적극 검토한다.’는 내용의 투자 양해각서를 체결한 사실은 인정되나,이는 양해각서(Memorandum Of Understanding)로서 법적인 구속력이 있다고 보기 어렵고,그 내용도‘제주특별자치도가 관련 법령에 따라 제주투자진흥지구 지정을 통한 지원을 적극 검토한다’는 것에 불과하여,위와 같은 사실만으로 제주특별자치도가 원고에게 제주투자진흥지구 지정을 해주겠다거나 이를 통하여 이 사건 건축물 취득에 대하여 취득세 등을 감면해주겠다는 공적인 견해표명을 한 것이라고 보기 어렵다.
②제주특별자치도가2014. 4. 24.발간한 제주투자진흥지구 인센티브 제도 안내 책자에 제주투자진흥지구 지정 대상업종으로 종합·전문휴양업이 기재되어 있는 사실은 인정되나,위 안내 책자는 관련 법령에서 정한 제주투자진흥지구 제도의 일반적인 내용을 알리는 내용에 불과할 뿐만 아니라,위와 같이 제주투자진흥지구 지정 대상업종에 종합·전문휴양업이 기재되어 있다는 사실만으로 제주특별자치도가 원고에게 종합·전문휴양업에 대하여 제주투자진흥지구 지정을 신청하면 해당 신청을 받아주겠다거나 이를 통하여 이 사건 건축물 취득에 대하여 취득세 등을 감면해주겠다는 공적인 견해표명을 한 것이라고 보기 어렵다.
③위와 같이 피고 내지 제주특별자치도가 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 보기 어렵고,오히려 제주특별자치도지사는 원고의2015. 12. 29.자 제주투자진흥지구 지정 신청에 대하여2016. 2. 25.이 사건 거부처분을 하였는바,원고로서는 이 사건 건축물을 완공하더라도 제주투자진흥지구 지정에 따른 취득세 등의 감면혜택을 받을 수 없다는 점을 알면서도 이 사건 건축물을 취득하였다고 볼 수 있으므로,원고에게 제주투자진흥지구 지정 내지 이에 따른 취득세 등의 감면에 대한 보호가치 있는 신뢰가 형성되었다고 보기 어렵다.
3.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여,주문과 같이 판결한다.
처 분 목 록

［표1］취득세 등 부과처분

(단위:원)

연번과세 물건취득세지방교육세농어촌특별세1○○동 0000-0번지 외 61필지 97,511㎡ 3,433,060-343,3002○○동 0000-0번지 건물 27,104.19㎡ 69,708,8003,983,3604,979,2003○○동 0000-0번지 건물 21,932.47㎡ 감면1,545,796,51088,331,230-4○○동 0000-0번지외 56필지 97,511㎡ 감면135,151,060--5○○동 0000-0번지 건물 27,104.19㎡ 감면355,346,33020,305,500-합계 2,109,435,760112,620,0905,322,500

［표2］가산세 부과처분

(단위:원)

연번과세 물건과소신고납부불성실(납부지연)취 득 세취득세지방교육세농어촌특별세1○○동 0000-0번지 외 61필지 97,511㎡ 343,300802,300-80,9502○○동 0000-0번지 건물 27,104.19㎡ 6,970,88016,209,940930,9101,174,0903○○동 0000-0번지 건물 21,932.47㎡ 감면-18,163,1001,037,890-4○○동 0000-0번지외 56필지 97,511㎡ 감면-1,588,020--5○○동 0000-0번지 건물 27,104.19㎡ 감면-,175,310238,580-합계 7,314,18041,019,6702,207,3801,255,040

관계 법령

▣구 제주특별자치도세 감면 조례(2017. 8. 9.조례 제1898호로 개정되기 전의 것)

제24조의2(제주국제자유도시 종합계획 사업을 위한 감면)

①특별법 제162조 제1항에 따라 지정되는 제주투자진흥지구(이하"제주투자진흥지구"라 한다)에2018년12월31일까지 최초로 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 감면목적사업(특별법 시행령 제22조에 의한 사업을 말한다.이하 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(건축물은 새로이 건축하는 시설에 한하며,「지방세법」제6조 제6호와 승계취득한 경우를 제외한다)과 선박에 대해서는 취득세와 재산세를 각각 면제하며,그 기산일은 다음 각호에 따른다.
1.특별법 제162조 제1항 제1호:제주투자진흥지구 지정일

2.특별법 제162조 제1항 제2호:제주투자진흥지구 지정일 이후 입주하는 기업인 경우에는 최초의 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날

②제1항에 따른 취득세 면제는 기산일부터5년 이내에 취득한 경우에 한정하며,제주투자진흥지구의 사업장내에서 감면목적사업과 그외의 사업을 병행하는 경우의 부속토지를 감면목적사업에 해당하는 건축물과 그 외에 사용하려는 건축물의 면적 비율에 따라 각각 안분하여 적용한다.다만,건축물이 사용승인되어 부속토지의 면적이 증감이 있는 경우에는 건축물 취득세 신고·납부기한까지 이를 신고·납부하여야 한다.
제24조의3(제주투자진흥지구 입주기업에 대한 면제세액의 추징)

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제24조의2에 따라 면제된 취득세 및 재산세를 추징한다.다만,제3호부터 제5호까지는 취득세를 추징하는 경우에만 적용한다.
3.사업용 부동산 및 선박을 취득한 날부터3년 이내에 천재ㆍ지변ㆍ화재 그 밖에 이에 준하는 불가항력적인 사유 없이 제주투자진흥지구로 지정받지 못한 경우(제주투자진흥지구 지정전에 사업용 재산을 매각ㆍ증여한 경우에는 매각ㆍ증여일을 지정받지 못한 날로 본다)

②제1항의 취득세와 재산세의 추징은 다음 각 호의 기준에 따른다.
2.제1항 제3호부터 제5호까지의 경우:해당 사업용 재산에 대하여 감면된 취득세액 추징

▣제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법

제162조(제주투자진흥지구의 지정)

①도지사는 제주자치도에 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자를 유치하기 위하여 필요하면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 종합계획심의회의 심의를 마친 후 제주투자진흥지구(이하“투자진흥지구”라 한다)로 지정할 수 있다.
1.투자자가 희망하는 지역

2.투자유치를 촉진하는 데 유리한 지역으로서 대통령령으로 정하는 조건을 갖춘 지역

⑥투자진흥지구의 지정 절차ㆍ방법 및 관리에 필요한 사항은 도조례로 정한다.
▣제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 시행령(2020. 6. 9.대통령령 제30762호로 개정되기 전의 것)

제22조(제주투자진흥지구의 지정)

①법 제162조 제1항 각 호 외의 부분에서“대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 투자를 말한다.
1.투자금액이 미합중국화폐2천만달러 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 경영하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우

나.「관광진흥법 시행령」제2조 제1항 제3호에 따른 전문휴양업ㆍ종합휴양업ㆍ관광유람선업ㆍ관광공연장업.다만,전문휴양업과 종합휴양업 중「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」제10조제1항제1호에 따른 골프장업은 제외한다.
③법 제144조에 따른 제주국제자유도시 종합계획 심의회(이하“종합계획심의회”라 한다)는 법 제162조에 따라 투자진흥지구 지정에 대한 심의를 할 경우에는 투자의 실행 가능성,토지의 효율적 이용 및 고용 증대 등 지역경제에 미치는 영향 등을 종합적으로 고려하여야 한다.
④제3항에 따른 심의에 필요한 세부 사항은 종합계획심의회가 정하며,도지사는 종합계획심의회가 정한 사항을 고시하여야 한다.
▣구 제주특별자치도세 감면 조례(2017. 8. 9.제주특별자치도조례 제1898호로 개정되기 전의 것)

제24조의2(제주국제자유도시 종합계획 사업을 위한 감면)

①특별법 제162조제1항에 따라 지정되는 제주투자진흥지구(이하"제주투자진흥지구"라 한다)에2018년12월31일까지 최초로 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 감면목적사업(특별법 시행령 제22조에 의한 사업을 말한다.이하 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(건축물은 새로이 건축하는 시설에 한하며,「지방세법」제6조제6호와 승계취득한 경우를 제외한다)과 선박에 대해서는 취득세와 재산세를 각각 면제하며,그 기산일은 다음 각호에 따른다.
1.특별법 제162조 제1항 제1호:제주투자진흥지구 지정일

2.특별법 제162조 제1항 제2호:제주투자진흥지구 지정일 이후 입주하는 기업인 경우에는 최초의 부동산 취득일 또는 입주일 중 빠른 날

②제1항에 따른 취득세 면제는 기산일부터5년 이내에 취득한 경우에 한정하며,제주투자진흥지구의 사업장내에서 감면목적사업과 그외의 사업을 병행하는 경우의 부속토지를 감면목적사업에 해당하는 건축물과 그 외에 사용하려는 건축물의 면적 비율에 따라 각각 안분하여 적용한다.다만,건축물이 사용승인되어 부속토지의 면적이 증감이 있는 경우에는 건축물 취득세 신고·납부기한까지 이를 신고·납부하여야 한다.
제24조의3(제주투자진흥지구 입주기업에 대한 면제세액의 추징)

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제24조의2에 따라 면제된 취득세 및 재산세를 추징한다.다만,제3호부터 제5호까지는 취득세를 추징하는 경우에만 적용한다.
3.사업용 부동산 및 선박을 취득한 날부터3년 이내에 천재ㆍ지변ㆍ화재 그 밖에 이에 준하는 불가항력적인 사유 없이 제주투자진흥지구로 지정받지 못한 경우(제주투자진흥지구 지정전에 사업용 재산을 매각ㆍ증여한 경우에는 매각ㆍ증여일을 지정받지 못한 날로 본다)

▣구 제주특별자치도 제주투자진흥지구의 지정 및 해제에 관한 조례(2016. 6. 22.제주특별자치도조례 제1639호로 전부개정되기 전의 것)

제3조(투자진흥지구 지정신청)

①특별법 제217조 제1항에 해당하는 투자자는 제2조의 요건을 갖춘 지역에 대하여 제5조에 따른 투자진흥지구 지정계획에 관한 사항을 작성하여 도지사에게 투자진흥지구의 지정을 신청할 수 있다.
②투자자는 제1항에 따른 제주투자진흥지구 지정 신청을 공사 착수일부터6개월 이내에 도지사에게 하여야 한다.
제6조(투자진흥지구 지정)

①도지사는 특별법 제217조 제1항에 따라 투자진흥지구를 지정하고자 하는 경우에는 제5조에 따른 투자진흥지구 지정계획을 수립하여 특별법 제226조에 따른 제주국제자유도시종합계획심의회(이하“종합계획심의회”라 한다)의 심의를 거쳐야 한다.
②종합계획심의회가 제1항에 따른 심의를 하는 경우에는 투자진흥지구 지정계획을 기초로 하여 해당 유치대상 투자의 실행가능성,토지의 효율적 이용 및 고용증대 등 지역경제에 미치는 영향 등을 종합적으로 고려하여 지정여부를 검토하여야 한다.
끝.