부가가치세부과처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2012.09.20 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 동수원세무서장
【변론종결】2012. 8. 30.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2010. 1. 14. 원고에 대하여 한 2001년도 1기분 부가가치세 118,329,250원, 2001년도 2기분 부가가치세 73,491,130원(소장 청구취지에 기재된 ‘73,491,000원’은 오기로 보인다)의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 ‘○○○○’이라는 상호로 부동산 신축 및 매매업을 하는 사업자로서 총 연면적이 일정 규모 이상일 경우 종합건설업 면허가 없으면 건축공사를 시행할 수 없는 규제를 피하기 위하여 주식회사 이레종합건설의 명의를 빌려 자신이 직접 수원시 팔달구 인계동 (지번 1, 2 생략) 대지 523.2㎡ 지상에 연면적 1,708.05㎡인 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 하고, 위 대지와 이 사건 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)의 건축공사를 시공하기로 하였다.
 나. 이에 따라 원고는 2001. 5. 28. 소외 회사와 사이에, 원고가 소외 회사에 이 사건 건물을 도급금액 7억 8,100만 원(공급가액 7억 1,000만 원, 부가가치세 7,100만 원)에 신축하되, 착공일은 2001. 6. 5., 준공일은 2001. 12. 10로 정하여 도급주기로 하는 내용의 도급계약서(이하 ‘이 사건 도급계약서’라고 한다)를 작성하였다.
 다. 원고는 이 사건 건물의 신축공사의 대부분을 직접 하도급 공사업체들을 선정하여 시행하였는데, 도급인 명의를 소외 회사로 하여 하도급계약을 체결하고, 공사대금은 소외 회사 명의로 입금하는 방식으로 지급하였다. 
 라. 원고는 2001. 6. 5.부터 2001. 7. 3.까지 소외 회사의 농협 계좌로 6회에 걸쳐 476,007,741원을 송금하였는데, 그 중 421,107,741원은 지급된 직후 또는 1~3일 내에 원고 또는 원고의 처 소외 1의 은행계좌로 이체되거나 수표로 출금되었다.
 마. 원고는 소외 회사로부터 공급가액 합계가 7억 1,000만 원(2001년도 제1기분 432,727,000원, 2001년도 제2기분 277,273,000원)인 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)를 수취하여 2001년도 제1, 2기분 부가가치세 신고시에 위 세금계산서의 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
 바. 피고는 2009. 2. 9.부터 2009. 3. 23.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 원고와 소외 회사 사이의 공사도급계약서가 허위이고, 이 사건 세금계산서 역시 가공세금계산서라는 이유로 2009. 3. 26. 원고에게 그에 따라 2001년도 제1, 2기분 부가가치세를 경정하여 부과하겠다고 통보하였다.
 사. 원고가 2009. 4. 28. 이에 불복하는 내용의 과세전적부심사를 청구하였으나, 피고는 이를 기각하고 2010. 1. 14. 원고에게 2001년도 제1기분 부가가치세 118,329,250원, 2001년도 제2기분 부가가치세 73,491,000원을 각 경정·부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). 
 아. 원고는 이에 불복하여 2010. 1. 21. 이의신청을 제기하였으나 기각되었고, 2010. 8. 13. 조세심판원에 심판청구를 각 제기하였으나 2011. 6. 29. 그 청구가 기각되었다. 
[인정근거] 갑 제1호증, 을 제1, 2, 3 내지 7, 9 내지 30호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 나. 조사 절차상의 위법 주장에 대하여
 (1) 원고의 주장
 원고에 대한 세무조사가 개시될 당시에는 원고와 그로부터 이 사건 부동산을 매수한 소외 2 사이의 양도가액만이 조사대상이었음에도 불구하고, 피고는 이 사건 건물과 관련한 원고의 부가가치세 탈루 혐의가 명백하다고 인정할 아무런 증거가 없는 상태에서 조사대상 전환절차도 거치지 않고 위법하게 조사대상을 이 사건 건물의 부가가치세 신고와 관련한 위법사항에까지 확대하였다. 따라서, 그러한 조사확대를 정당화할만한 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 없는 한 이 사건 처분은 위법하다.
 (2) 인정사실
 ① 원고는 2001. 10. 10.경 소외 2에게 이 사건 부동산을 매도하였고, 소외 2는 이 사건 부동산을 제3자에게 매도하고 2002. 8. 12. 그 양도가액을 18억 원, 취득가액을 17억 원으로 하여 양도소득세를 신고하였다. 
 ② 중부지방국세청장은 소외 2의 2001년도 귀속 종합소득세신고서의 대차대조표상 이 사건 부동산의 가액은 14억 3,900만 원인데 양도소득세 신고시 취득가액은 17억 원이어서 취득가액 과대계상혐의가 있다는 이유로 2007. 12. 5.부터 같은 달 27.까지 소외 2에 대한 양도소득세 간접조사를 실시하였고, 그 결과 이 사건 부동산의 취득가액이 17억 원으로 조사되어 2007. 12. 27. 수원세무서장에게 과세자료를 통보하였다. 
 ③ 수원세무서장은 2008. 10.경 원고에 대하여 이 사건 부동산의 양도가격에 대한 해명자료를 제출할 것을 요구하였고, 이에 따라 원고가 해명자료를 제출하자, 수원세무서 과세쟁점자문위원회는 2008. 11. 7. ‘소외 2에 대한 조사를 실시한 중부지방국세청에 원고가 제출한 해명자료를 첨부하여 의견을 조회한 후 그 결과에 따라 결정’하기로 하였고, 그에 따라 2008. 11.경 중부지방국세청에 의견조회를 요청하였다. 
 ④ 그에 따라 중부지방국세청은 이 사건 부동산의 매매가격을 확인하기 위하여 원고를 개인사업자 부분 조사 대상자로 선정하여 2009. 2. 9.부터 2009. 3. 23.까지 원고에 대한 세무조사를 한 다음 이 사건 부동산의 매매가격을 17억 원으로 보고 이를 수원세무서장에게 통보하였다.
 ⑤ 수원세무서장은 2009. 3. 26. 원고에게 위 조사결과에 따라 2001년 귀속 종합소득세 및 2001년도 제2기분 부가가치세를 과세하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였다.
 ⑥ 이에 대하여 원고는 2009. 4. 28. 과세전적부심사를 청구하였고, 2009. 12. 28. 이 사건 부동산의 매도가액을 재조사하라는 결정에 따라 2010. 1. 21.부터 2010. 2. 1.까지 재조사를 하였는데, 조사관청은 이 사건 부동산의 양도가액의 적정 여부를 확인할 필요가 있어 원고가 이 사건 건물을 신축하는데 든 취득원가를 검토하게 되었고, 그 과정에서 원고가 사실은 직접 이 사건 건물의 공사를 시행하면서 소외 회사와 허위의 공사도급계약서를 체결하고 가공 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세의 매입세액을 공제받았다고 보고 이 사건 처분을 하기에 이르렀다. 
[인정근거] 갑 제2 내지 9호증, 을 제31, 32호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 (3) 판단
 위 인정사실에 의하면, 원고에 대한 세무조사를 한 중부지방국세청은 최초 이 사건 부동산의 양도가액을 세무조사의 대상으로 하다가 그 양도가액의 적정 여부를 확인하기 위하여 원고가 이 사건 건물을 신축하는데 든 취득원가를 검토하게 되었고, 그 과정에서 원고가 소외 회사에 지급한 금원이 다시 원고나 그의 처 소외 1에게 송금되는 등 원고와 소외 회사 사이의 도급계약이 가공거래인 정황을 포착하고 이 사건 건물의 신축과정에서의 부가가치세 탈루 혐의에 관한 조사를 개시한 사실이 인정되므로, 이는 국세기본법 제81조의9 제1항, 같은 법 시행령 제63조의11 제1항 제1호 ‘구체적인 세금탈루 혐의가 다른 과세기간·세목 또는 항목에도 있어 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우’에 해당하여 세무조사 범위를 확대할 수 있는 경우에 해당한다고 할 것이다. 
 다만, 국세기본법 제81조의9 제2항에 의하면 그에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다고 규정하고 있음에도 불구하고, 위 인정사실에 의하면 중부지방국세청은 그 사유와 범위를 원고에게 문서로 통지하지 아니한 사실이 인정되나, 그와 같은 절차적 위법은 단순히 세무조사의 범위를 확대한다는 사실을 통지하지 아니한 것에 불과하여 그 위법의 정도가 납세자가 용인할 수 없을 정도로 중대하여 그에 근거한 처분이 위법하다고 보아야 할 정도에까지 이르는 것이라고 보기는 어렵다. 
 따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 다. 부과제척기간 도과 주장에 대하여
 (1) 원고의 주장
대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두16974 판결에 따르면, 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 하였다고 하더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급·공제를 받지 아니하는 경우, 즉 매입세액과 함께 매출세액도 가공되었거나 매입세액에 갈음하는 실제 비용 지출이 있는 경우에는 부당하게 매입세액을 공제받은 것이 아니므로 부과제척기간은 5년이 된다. 
 원고의 경우 소외 회사와 형식상의 도급계약서를 작성하고 공사대금을 입금한 후, 소외 회사가 실제로 공사를 시공한 부분을 제외한 나머지 대금을 돌려받은 것은 사실이나, 원고는 실제로 나머지 공사대금을 자신이 직접 하도급 업체에 공사대금으로 지급하였다. 즉, 원고는 자신이 실제로 지출한 자금에 대해 매입세액 공제를 받은 것일 뿐 없는 비용을 있는 것처럼 가장하여 부당하게 세액을 공제받은 것이 아니므로 국세를 포탈하거나 환급·공제를 받지 아니한 경우에 해당하여 그 부과제척기간은 5년이다.
 따라서, 이 사건 처분은 부과제척기간을 지나서 한 것이어서 무효이다.
 (2) 판단
 (가) 살피건대, 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 위 대법원 판결과 같은 법리에 따라 부과제척기간이 5년이라는 취지의 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 ① 원고가 들고 있는 위 대법원 판결은 ‘재화나 용역을 공급하는 사업자가 가공의 매출세금계산서와 함께 가공의 매입세금계산서를 기초로 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 신고한 경우에는 그 가공의 매출세금계산서상 공급가액에 대하여는 부가가치세의 과세대상인 재화나 용역의 공급이 없는 부분으로서 이에 대한 추상적인 납세의무가 성립하였다고 볼 수 없으므로, 비록 공제되는 매입세액이 가공이라고 하더라도 이러한 경우에는 가공의 매출세액을 초과하는 부분에 한하여 그 가공거래와 관련된 부가가치세의 포탈이나 부정 환급·공제가 있었다고 보아야 한다’는 취지의 판례로서 부가가치세를 계산함에 있어 형식적으로도 포탈세액이 ‘0’이 되는 경우에는 부가가치세의 포탈이나 부정 환급·공제가 있었다고 볼 수 없다는 것일 뿐, 원고가 주장하는 바와 같이 실제로 매출세액에 해당하는 비용지출이 있었던 경우까지 부가가치세의 포탈이나 부정 환급·공제가 없었다고 보아야 한다는 취지로 보이지 않는다.
 ② 원고의 주장과 같이 매입세액에 갈음하는 비용이 실제로 제출된 경우에는 부당하게 매입세액을 공제받은 것이 아니라고 볼 경우 부가가치세법상 매입세액 공제를 받기 위해서는 법정의 요건을 갖춘 세금계산서를 수수하도록 요구하는 취지, 즉 과세행정에 대한 협력의무 이행을 강제하고 그 해태를 제재하고자 하는 취지를 몰각하고, 과세관청으로 하여금 실제로 지출된 비용을 일일이 조사하여야 하는 부담을 지우게 되는 부당한 결과가 된다.
 ③ 원고 스스로도 이 사건 건물을 건축하는데 이 사건 도급계약서에서 정한 도급금액보다 적은 금액의 비용이 들었음을 인정하고 있으므로, 이 사건 건물의 신축과 관련한 부가가치세의 포탈이 없었다고 볼 수도 없다(을 제10호증).
 (나) 나아가 이 사건에 있어서의 부과제척기간에 관하여 보건대, 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 의하면 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 부과할 수 있고, 조세범처벌법 제3조 제6항 제2호에 따르면 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하는바, 원고가 실제로는 이 사건 건물의 공사 대부분을 자신이 직접 하도급하여 시행하였음에도 불구하고 소외 회사와 합의하에 실제 계약내용과 다른 허위의 도급계약서를 작성하고, 그에 따른 허위의 세금계산서를 발급받아 부가가치세 신고시에 이를 증빙서류로 제출한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이러한 원고의 행위는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세를 환급·공제받은 경우에 해당한다. 
 (다) 따라서, 원고에 대한 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따라 10년이라 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다. 
 3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 연운희(재판장) 박재우 박나리