취득세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2009.11.26 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 주식회사 
【피고, 상고인】 서울특별시 영등포구청장 (소송대리인 변호사 허정훈)
【원심판결】 서울고법 2007. 5. 9. 선고 2006누20824 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 대하여
 구 서울특별시세 감면조례(2007. 1. 2. 조례 제4459호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 ‘조례’라 한다) 제19조 제1항 본문은 ‘산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제6호의 규정에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산(이미 아파트형공장용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다’고 규정하고 있고, 그 단서는 ‘취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다’고 규정하고 있다[2003. 12. 30. 조례 제4160호로 전문 개정되기 전의 구 서울특별시세 감면조례(이하 ‘구 조례’라 한다) 제18조 제1항도 같은 내용이다]. 한편, 구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2006. 3. 3. 법률 제7861호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법’이라 한다) 제2조 제6호 및 구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2009. 8. 5. 대통령령 제21665호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제4조의5는 ‘아파트형공장이라 함은 동일 건축물 안에 6 이상의 공장이 동시에 입주할 수 있는 3층 이상의 집합건축물을 말한다’고, 구 법 제28조의5 제1항은 ‘아파트형공장에 입주할 수 있는 시설로서 제조업 기타 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설(제1호, 이하 ‘공장시설’이라 한다), 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 영위하기 위한 시설(제2호, 이하 ‘벤처기업시설’이라 한다) 및 기타 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설(제3호, 이하 ‘지원시설’이라 한다)’을 각 규정하고 있고, 시행령 제36조의4 제2항은 ‘법 제28조의5 제1항 제3호의 규정에 의한 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설로서 건축법 시행령 별표 1 제3호 및 제4호의 규정에 의한 근린생활시설(제3호)’ 등을 규정하고 있으며, 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18039호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제36조의4 제3항은 ‘제2항 각 호의 규정에 의한 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설의 규모는 당해 아파트형공장의 건축연면적의 100분의 30 이내로 하여야 한다’고 규정하고 있다[구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 개정되기 전의 것) 제2조 제6호, 제28조의5 제1항과 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18039호로 개정되기 전의 것) 제4조의3, 제36조의4 제2항도 유사한 내용이다].
 위 각 규정의 내용과 조례 제19조 제1항의 입법 취지 등을 종합하여 볼 때, 조례 제19조 제1항 본문 소정의 아파트형공장에는 공장시설과 벤처기업시설 외에 지원시설도 포함되고, 따라서 구 시행령 제36조의4 제3항 소정의 범위 내에서 공장시설을 지원시설로 그 용도를 변경하여 분양하는 등의 경우는 조례 제19조 제1항 단서 소정의 추징사유에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다. 
 원심판결 이유에 의하면, 이 사건 아파트형공장 중 지원시설인 근린생활시설은 조례 제19조 제1항 본문 소정의 취득세 등의 면제대상에 해당하지 않을 뿐만 아니라 공장시설에서 지원시설인 근린생활시설로 용도변경한 경우는 같은 항 단서 소정의 추징사유에 해당함을 전제로 한 피고의 원심판시 이 사건 제1, 3처분에 대하여, 원심은 조례 제19조 제1항 본문 소정의 취득세 등의 면제대상인 아파트형공장에는 지원시설도 포함되나, 공장시설로 사용하던 부분을 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우에는 같은 항 단서 소정의 추징사유에 해당하는데, 구 시행령 제36조의4 제3항 소정의 범위 내에서 공장시설이 지원시설인 근린생활시설로 용도변경된 이 사건에서, 용도변경된 공장시설 부분이 그 이전에 실제 공장으로 사용되었음을 인정할 자료가 없다는 이유로 원심판시 이 사건 제1, 3처분은 모두 위법하다고 판단하였다.
 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심판결은 그 이유 설시에 다소 부적절한 점이 있으나, 결과적으로 피고의 원심판시 이 사건 제1, 3처분이 모두 위법하다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 조례 제19조 제1항 소정의 취득세 등의 면제대상 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 2. 상고이유 제2점에 대하여
 원심판결 및 원심이 채택한 증거 등에 의하면, ① 원고는 2002. 4. 9. 아파트형공장을 설립할 목적으로 이 사건 토지와 그 지상건물(이하 ‘이 사건 토지’라고만 한다)을 취득하여 피고로부터 구 조례 제18조 제1항에 따라 취득세 등을 면제받은 사실, ② 원고는 이 사건 토지 위에 연면적 49,613.74㎡인 이 사건 아파트형공장을 신축하여 2004. 4. 21. 사용승인을 받은 다음 2004. 5. 12. 그 가운데 공장시설을 사용승인받은 39,225.97㎡보다 많은 39,800.87㎡[원고 본점으로 사용하는 부분 231.9㎡ 포함(이하 ‘이 사건 본점’이라 한다)]로 신고하여 조례 제19조 제1항에 따라 취득세 등을 면제받고, 창고 및 근린생활시설 합계 9,812.87㎡[창고 9,047.77㎡ + 근린생활시설 765.1㎡(사용승인면적)]는 과세대상으로 보아 그 건물분에 대해서만 취득세 138,944,190원 등을 신고·납부한 사실, ③ 그 후 원고는 2004. 6. 15. 이 사건 아파트형공장의 공장시설 중 합계 7,992.93㎡(이 사건 본점 포함)를 근린생활시설로 용도변경하고, 이 사건 본점을 계속 본점으로 사용한 사실, ④ 그런데 피고는 2005. 6. 13. 과세대상면적이 11,404.44㎡[이 사건 본점 231.9㎡ + 창고 9,390.77㎡(사용승인면적) + 근린생활시설 1,781.77㎡(피고 착오로 잘못 안 면적)]임을 전제로, 과소신고된 건물분 면적 1,591.57㎡에 대하여는 원심판시 별지 세액 내역표(이하 ‘세액 내역표’라 한다) 순번 1, 2의 ‘부과세액’란 기재와 같이, 당초 신고·납부하지 않은 이 사건 토지분에 대해서는 과세대상면적 11,404.44㎡ 전부에 대하여 세액 내역표 순번 3, 4의 ‘부과세액’란 기재와 같이 각 취득세 등을 증액결정·고지(이하 신고·납부누락 부분과 관련하여 증액된 부분을 ‘이 사건 감액 전 제1처분’이라 한다)하고, 이 사건 본점에 대하여는 구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제3항 소정의 취득세 중과대상이나 표준세율에 해당하는 세액은 이미 신고·납부누락 부분으로 과세하였다는 이유로 표준세율의 2배 해당 세액만을 계산하여 세액 내역표 순번 5, 6 기재와 같이 각 취득세 등을 증액결정·고지(이하 본점 부분과 관련하여 증액된 부분을 원심판시와 같이 ‘이 사건 제2처분’이라 한다)한 사실, ⑤ 원고의 심사청구에 대하여 행정자치부장관이 2005. 10. 31. 이 사건 감액 전 제1처분 중 창고 부분에 대한 부과처분은 실질적으로 공장시설 용도에 제공되었다는 이유로 위법하다고 보아 세액을 재계산하면서 이 사건 본점을 제외한 근린생활시설 1,781.77㎡만을 과세대상으로 보아 취득세 등을 감액하고, 그 나머지 청구는 기각하는 결정을 하자, 피고도 그에 따라 이 사건 감액 전 제1처분 중 건물분에 대해서는 전부 취소하고, 이 사건 토지분에 대해서만 세액 내역표 순번 1, 2의 ‘잔존세액’란 기재와 같이 감액경정·고지(이하 이 사건 감액 전 제1처분 중 위와 같이 감액되어 존재하는 부분을 원심판시와 같이 ‘이 사건 제1처분’이라 한다)한 사실, ⑥ 한편, 피고는 행정자치부장관의 심사결정 취지에 따르되 이 사건 본점 부분은 과세대상에 포함시켜 원고가 당초 신고·납부하였으나 그 취소를 구하지 않은 건물분 취득세 138,944,190원을 28,512,320원으로 감액하는 경정을 한 사실을 알 수 있고, 원심이 이 사건 본점은 구 지방세법 제112조 제3항 소정의 취득세 중과대상에 해당한다고 보아 이 사건 제2처분은 모두 적법하다고 판단하면서 이 사건 제1처분은 앞서 본 바와 같은 이유로 모두 위법하다고 판단한 사실은 기록상 명백하다.
 사실관계가 이와 같다면 이 사건 제1처분은 피고가 당초 이 사건 본점이 구 지방세법 제112조 제3항 소정의 취득세 중과대상에 해당한다는 전제에서 한 이 사건 감액 전 제1처분 가운데 행정자치부장관의 심사결정에 따라 이 사건 본점에 상당하는 취득세 등을 취소하고 남은 것에 불과하므로, 원심이 이 사건 제2처분을 모두 적법하다고 판단하면서 이 사건 제1처분은 모두 위법하다고 판단하였다 하더라도 상고이유에서 주장하는 바와 같은 이유모순의 위법은 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 안대희(재판장) 박시환(주심) 신영철

구 서울특별시세 감면조례 제19조 제1항 본문에서 정한 ‘아파트형 공장’에 공장시설과 벤처기업시설 외에 지원시설이 포함되는지 여부(적극) 및 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제36조의4 제3항에서 정한 범위 내에서 공장시설을 지원시설로 그 용도를 변경하여 분양하는 등의 경우, 위 조례 규정 단서에서 정한 추징사유에 해당하는지 여부(소극)

구 서울특별시세 감면조례(2007. 1. 2. 조례 제4459호로 전부 개정되기 전의 것) 제19조 제1항, 구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2006. 3. 3. 법률 제7861호로 개정되기 전의 것) 제2조 제6호, 제28조의5 제1항, 구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2009. 8. 5. 대통령령 제21665호로 개정되기 전의 것) 제4조의5, 제36조의4 제2항, 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18039호로 개정되기 전의 것) 제36조의4 제3항 각 규정의 내용과 위 조례 제19조 제1항의 입법 취지 등을 종합하여 볼 때, 위 조례 제19조 제1항 본문에서 정한 ‘아파트형공장’에는 공장시설과 벤처기업시설 외에 지원시설도 포함된다. 따라서 위 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 시행령 규정에서 정한 범위 내에서 공장시설을 지원시설로 그 용도를 변경하여 분양하는 등의 경우는 위 조례 제19조 제1항 단서에서 정한 추징사유에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.