취득 후 3년 내 산업용 건축물에 사용 못한 ‘정당한 사유’ 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2016.04.28 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

원심판결 및 상고이유서와 이 사건 기록을 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-부산고등법원 2016. 1. 6. 선고 2015누11007 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다.
【이 유】

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 해당 부분에 다음과 같은 내용을 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유와 같다. 따라서행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
[추가하는 부분]

피고는, 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 이 사건 사업을 하기 위해서는 약 2,000평의 토지를 더 매수해야 하고 묘지 이장 문제 등으로 인한 민원발생의 여지 등 여러 문제가 있으며 이 사건 사업 구역 내에 있는 공유토지에 대하여 별도의 공유물분할 절차가 필요한 사정 등 이 사건 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유를 잘 알고 있었고, 이 사건 토지를 취득한 이후에 이를 그러한 용도에 사용하지 못한 것도 그러한 법률상, 사실상 장애로 인한 것이므로, 원고가 실제로 그러한 장애의 해소를 위하여 노력하였음에도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 인하여 그러한 용도에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 이 사건의 경우 원고에게 구 지방세법 제276조 제1항 단서에서 정한 ‘정당한 사유’가 있다고 할 수 없다고 주장한다.
살피건대, 부동산을 취득할 당시 3년 내에 구 지방세법 제276조 제1항에서 정한 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 3년 내에 당해 부동산을 위 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 위 산업용 건축물 등의 용도에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 용도에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두1948 판결, 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 등 참조).
이러한 법리를 바탕으로 제1심에서 인정한 사실과 사정들을 종합하여 이 사건에 관하여 살펴보면, 피고 주장의 위와 같은 사정들이 이 사건 토지의 취득 후 3년 내에 이를 구 지방세법 제276조 제1항에서 정한 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유에 해당한다고 볼 수 없고, 달리 위와 같은 법령상의 장애사유가 있었다고 일정할 만한 증거가 없다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.
2. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-창원지방법원 2015. 6. 9. 선고 2014구합1350 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고가 2013. 5. 10. 원고에게 한 취득세 61,485,000원, 농어촌특별세 6,148,500원, 등록세 61,920,000원 및 지방교육세 11,384,000원의 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고(변경 전 상호: 주식회사 ▲▲)는 폐기물처리업 등을 목적으로 하여 설립된 회사로서, 2009. 12. 1. 00지방산업단지관리공단(이하 ‘00공단’이라 한다)과 사이에, 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 00일반지방산업단지(이후 ‘00일반산업단지’로 그 명칭이 변경되었다) 내에 위치한 경남 00군 00이면 00리 219 외 45필지 81,751.6㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 대금 25억 원에 분양받기로 하는 계약을 체결하였고, 2009. 12. 22. 대금을 완납하여 이 사건 토지를 취득하였다.
나. 원고는 이 사건 토지를 취득할 당시 이 사건 토지가 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항 본문에서 정한 ‘산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산’이라는 이유로 그 취득세 및 등록세 등을 감면받았다.
다. 그 후 피고는 00남도의 지방세 비과세·감면 점검 결과에 따라 2013. 4. 8. 원고에게, ‘원고가 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않았으므로, 구 지방세법 제276조 제1항 단서에 따른 추징대상에 해당한다.’는 이유로 감면된 취득세, 등록세 등을 부과할 예정이라는 과세예고를 한 후, 2013. 5. 10. 원고에게 취득세 61,485,000원, 농어촌특별세 6,148,500원, 등록세 61,920,000원 및 지방교육세 11,384,000원을 추징하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 10. 31. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 청구는 2014. 3. 25. 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 토지를 부지로 하여 폐기물처리시설을 설치하기 위해 이 사건 토지를 취득한 것인데, 원고가 위와 같은 폐기물처리시설을 설치하기 위해서는 이 사건 토지 외에도 경남 00군 00이면 00리 221 임야 219㎡, 같은 리 222 임야 225㎡ 및 같은 리 산34-4 임야 1,072㎡ 중 7/45 지분(이하 경남 00군 00이면 00리 소재 토지들은 지번만으로 이를 특정한다)을 새로 매입하고, 산25-4, 산25-5 및 산31 각 토지에 관하여 제3자와의 공유관계를 해소할 필요가 있었다. 이에 따라 원고는 매수협의, 공유물분할청구 소송 제기, 토지수용을 위한 사업시행자 지정승인신청 등의 노력을 다 하였으나, 산34-4 토지 중 서00 명의의 7/45 지분(이하 ‘이 사건 지분’이라 한다)을 취득하는 과정에서 매도인측의 비협조적인 태도와 원고의 00일반산업단지 개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다) 시행자 지정승인신청에 대한 00남도의 부당한 금지·제한으로 인해 이 사건 지분을 취득하지 못하고 결국 이 사건 토지를 취득일부터 3년 내에 페기물처리시설 설치 용도에 직접 사용하지 못하였다. 따라서 원고가 위 기간 내에 이 사건 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 인정사실

1) 원고는 2010. 1. 25. 221 토지 및 222 토지를 매수하여 그 명의로 소유권이전등기를 마쳤고, 이후 2010. 2. 16. 산25-4, 산25-5 및 산31 각 토지의 공유자들을 상대로 공유물분할을 청구하는 소(창원지방법원 2010가단7655호)를 제기하여 2011. 9. 27. 일부승소 판결을 선고받았으며, 2012. 10. 15. 위 공유자들 중 일부가 제기한 항소심(창원지방법원 2011나13368호)에서 00공단이 분할 후 남게 되는 다른 공유자들의 지분을 2013. 6. 30.까지 매입하는 것을 조건으로 공유관계를 해소한다는 내용의 조정이 성립되었다.
2) 원고는 2010. 5.경부터 여러 차례에 걸쳐 서00측에 이 사건 지분의 매도를 요청하였으나 1936년생의 고령인 서00이 사망하면 묘지 설치에 사용할 것이라는 등의 이유로 완강하게 매도를 거부하자, 서00의 아들을 통하는 등으로 설득을 계속 진행함과 아울러 이 사건 사업의 시행자로 추가지정을 받아 이 사건 지분을 수용하는 방법도 따로 추진하기로 하였다.
3) 이에 원고는 2010. 12. 2.경 00공단을 통해 00남도지사에게 사업시행자 추가지정 등을 위한 환경보전방안검토서를 제출하였고, 이후 00남도 및 낙동강유역환경청의 보완요청에 따라 2011. 10. 4.경, 2011. 12. 23.경, 2012. 5. 29.경 및 2012. 9. 18.경 네 차례에 걸쳐 환경보전방안검토서를 보완·제출하여 2012. 11. 29. 00남도지사로부터 00일반산업단지 개발계획변경 및 실시계획변경 승인을 받아 사업시행자로 추가 지정되었다.
4) 그 후 원고는 이 사건 사업의 시행자로서 이 사건 지분에 대한 감정평가를 의뢰하고 토지수용위원회에 재결신청을 하였는데, 그 과정에서 서00이 사망(2013. 1. 28.)하여 2015. 1. 30. 서00의 상속인들로부터 이 사건 지분을 1,500만 원에 매수하고 그 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.
5) 한편 원고는 2013. 9. 24.경 폐기물설치공사 준비작업(입목벌채 또는 일부 부지의 평탄화 작업)을 진행하기 위하여 피고에게 그 공사의 착공을 알리는 서류를 발송하였으나, 피고는 ‘원고가 사업시행자 지정신청을 하지 않았다.’는 이유로 위 서류를 반송하였고, 이후 00남도지사는 2014. 6. 13.자 00일반산업단지 개발계획 및 실시계획 변경(정정) 고시를 통해 종전의 고시 내용을 변경하여 원고를 이 사건 사업의 시행자에서 제외하였다.
6) 이에 원고는 00공단에 준공인가 전 사용을 신청하여 그 허가를 받고, 피고에게 소나무재선충병 방제계획서를 제출하여 방제조치 명령서를 받은 후 2014. 8. 1.경 입목벌채작업에 착수하였는데, 피고는 2014. 8. 12. 원고에게 ‘산업단지의 개발은 사업시행자로 지정된 자만이 시행할 수 있으므로 사업시행자 외의 자가 개발행위를 하는 것은 위법하다.’는 등의 이유로 입목벌채행위 등에 대한 중지명령을 통보하였다.
7) 원고는 2009. 3. 초순경 주식회사 00이앤씨와 사이에 ‘매립지 안정성 검토 및 설계도면 작성’에 관한 용역계약(계약금액: 2,500만 원)을 체결하였고, 2010. 10. 8. 00환경 주식회사와 사이에 환경보전방안검토에 관한 용역계약(계약금액: 4,000만 원)을 체결하였으며, 그 후 환경보전방안검토 등에 관한 용역비로 2012. 8. 20.경 00환경 주식회사에 1,000만 원을, 2012. 10. 16.경 주식회사 00와환경에 300만 원을 각 지급하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 13, 16, 17, 19, 21, 22, 24, 31, 33, 34, 37, 38, 39, 41, 42호증의 각 기재, 증인 강일영의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 구 지방세법 제276조 제1항 단서에서 말하는 ‘정당한 사유’란 그 취득 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다(대법원 2003. 12. 12. 선고 2003두9978 판결 참조). 나아가 정당한 사유의 유무를 판단할 때는 그 감면의 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 그 용도에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 법령상·사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 토지를 그 용도에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다.
2) 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 앞서 인정한 사실관계, 앞서 든 각 증거와 갑 제25, 27호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 이 사건 토지를 부지로 하여 폐기물처리시설을 설치하기 위해서는, 이 사건 토지 외에도 그 전체가 사업부지 내에 위치한 221 토지, 222 토지 및 산34-4 토지를 전부 또는 일부(이 사건 지분) 매수하고, 그 일부만이 사업부지 내에 위치한 산25-4, 산25-5 및 산31 각 토지에 관하여 제3자와의 공유관계를 해소해 사업부지 내의 특정 부분을 취득할 필요가 있었던 점, ② 그에 따라 원고는 2009. 12. 22. 이 사건 토지를 취득한 후 2010. 1. 25. 221 토지와 222 토지를 매수하고, 2010. 2. 16. 산25-4, 산25-5 및 산31 각 토지에 관하여 공유물분할소송을 제기한 점, ③ 원고는 이 사건 토지를 부지로 하는 폐기물매립시설을 1-1공구, 1-2공구, 1-3공구 및 2공구로 나누어 단계별로 설치할 예정이었는데, 산34-4 토지는 가장 먼저 공사가 진행될 1-1공구 매립시설의 부지일 뿐만 아니라 1-1공구 매립시설 중에서도 공사 초기에 설치되어야 할 사면옹벽 지점에 위치하고 있어 원고가 이 사건 지분을 취득하여 산34-4 토지에 대한 공사를 시행하지 않고서는 폐기물처리시설 설치공사 자체를 진행하기 어려웠던 것으로 보이는 점, ④ 원고는 이 사건 토지를 취득한지 약 1개월 만에 221 토지와 222 토지를 대금 1,900만 원에 매수한 점, 이미 이 사건 토지를 25억 원에 취득하는 등 상당한 자금을 투자한 원고로서는 이 사건 지분을 취득하지 못하여 폐기물처리시설 설치공사의 착공이 늦어질수록 경제적 손실을 입게 되는 데 반하여, 이 사건 지분의 감정평가액은 5,086,040원에 불과한 점(원고와 서00의 상속인들 사이에 체결된 매매계약상 가액도 1,500만 원에 불과하다)을 감안하면, 원고는 이 사건 토지를 취득한 직후부터 221 토지와 222 토지뿐만 아니라 이 사건 지분을 취득하기 위해 노력을 할 수밖에 없는 상황이었던 점, ⑤ 원고는 여러 차례 서00측으로부터 이 사건 지분을 매수하기 위한 노력을 하였으나, 서00의 거부로 협의가 이루어지지 않았고, 이에 수용절차를 통해 이 사건 지분을 취득하고자 수차례에 걸쳐 00남도에 환경보전방안검토서를 제출한 끝에 이 사건 사업의 시행자로 지정받았으며, 한편 서00이 사망한 후에도 주식회사 한국자연환경을 통해 서00의 상속인들과 매수협의를 지속적으로 시도하여 결국 이 사건 지분을 매수한 점, ⑥ 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 토지의 취득일부터 3년 내에 이 사건 지분을 취득하지 못한 것은 원고의 자금사정이나 수익상의 문제에 기인한 것이 아니라, 원고의 협의매수 또는 수용을 위한 노력에도 매도인의 비협조적인 태도나 사업시행자 지정 과정에서의 절차상 문제로 시간적인 여유가 부족하여 부득이 이를 취득하지 못하였던 것으로 보이는 점, ⑦ 원고는 이 사건 지분을 취득하기 전 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령 제37조 제1항, 제3항에 따라 사업시행자인 00공단으로부터 준공인가 전 사용허가를 받아 폐기물처리시설 설치공사를 위한 준비로서 입목벌채작업 등에 착수하려고 하였으나, 피고와 00남도의 제재로 인하여 이를 제대로 진행하지 못한 점, ⑧ 그 밖에 원고는 이 사건 토지를 취득한 직후 피고에게 폐기물처리사업계획서를 제출하였고, 주식회사 00이앤씨와 사이에 매립지 안정성 검토 및 설계도면 작성에 관한 용역계약을 체결하였으며, 또한 이 사건 사업의 시행자로 지정받기 위해 환경보전방안검토 용역비와 같은 비용을 지출하는 등 이 사건 토지에 폐기물처리시설을 설치하기 위하여 정상적인 노력을 다 하였던 것으로 보이는 점 등을 종합해 보면, 원고가 이 사건 토지를 그 취득일부터 3년 내에 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
----------------------------------------------------------------------------

별지

【관계법령】

■ 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정된 것)

부칙 <법률 제10221호, 2010. 3. 31.>

제2조(일반적 적용례)

이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제5조(일반적 경과조치)

이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
■ 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)

제276조(산업단지 등에 대한 감면)

① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.
■ 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령

제37조(준공인가전 토지등의 사용)

① 산업시설용지(복합용지 내에 산업시설을 설치하기 위한 용지를 포함한다) 등의 분양을 받은 자는 법 제37조제7항 단서의 규정에 의하여 준공인가전에 용지 또는 시설물을 사용하고자 하는 때에는 그 범위를 정하여 국토교통부령이 정하는 바에 따라 준공인가전사용신청서를 사업시행자에게 제출하여야 한다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 준공인가전 사용신청을 받은 사업시행자 및 실시계획승인권자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고 지체 없이 그 용지 또는 시설물을 사용할 수 있게 하여야 한다. 이 경우 준공인가전 사용의 대상이 되는 용지 또는 시설물중 국·공유재산이 포함되어 있는 경우에는 해당 재산(법 제26조에 따라 사업시행자에게 무상으로 귀속·양도되는 국·공유재산으로서 무상 귀속·양도에 관하여 미리 관리청과 협의를 완료한 경우는 제외한다)의 소유권을 미리 취득하게 하여야 한다.
1. 전기·통신 또는 가스 등의 공급업자가 신청인의 입주 또는 공장 등의 가동시기(이하 "입주시점"이라 한다)에 맞추어 전기·통신 또는 가스 등의 공급이 불가능하다고 확인하는 경우

2. 관할 시장·군수가 입주시점까지 도로의 소통 및 상수원공급이 불가능하다고 통보한 경우

3. 공해배출업체가 입주하는 경우로서 하수·폐수 또는 폐기물처리시설의 가동이 입주시점까지 곤란하고 대체처리 계획의 수립이 불가능한 경우

4. 그 밖에 조성된 용지나 설치된 시설물의 사용이 불가능한 특별한 사유가 있는 경우. 끝.