부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2013.01.25 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○ (소송대리인 변호사 백제흠 외 1인)
【피 고】 역삼세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 문병화)
【변론종결】2012. 11. 2.
【주 문】
 1. 피고가 원고에 대하여 한 별지1 부가가치세 부과처분 내역 기재 각 처분 중 취소세액을 넘는 부분을 모두 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문 기재와 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 이른바 오픈 마켓(Open Market)이라고 불리는 인터넷상 재화 및 용역의 거래공간인 ‘△△△’을 운영하는 회사로, △△△에 가입한 판매회원과 구매회원 사이에 △△△ 시스템을 이용한 재화 및 용역의 매매 등 거래를 지원하고 그 대가로 판매회원으로부터 △△△ 시스템의 이용 대가인 서비스 이용료를 지급받는 수익구조를 가지고 있다.
 나. 원고는 △△△을 통한 재화 또는 용역의 거래를 활성화하기 위한 마케팅 프로모션의 일환으로 2003년 말경부터 ‘아이템 할인’, 2005년 초경부터 ‘바이어 쿠폰’ 제도를 시행하였는데, ‘아이템 할인’은 특정 물품을 구매하려는 모든 구매회원을 대상으로 당해 물품의 판매가격을 일정 금액 할인해 주는 방식이었고, ‘바이어 쿠폰’은 이용실적이 우수하거나 신규 가입한 경우 등 불특정 구매회원에게 전체 또는 일정 범주의 상품에 적용 가능한 일정 금액의 할인 쿠폰을 제공하여 당해 구매회원이 적용 대상 상품을 선택하여 그 쿠폰을 사용하는 경우 당해 물품의 판매가격을 그 쿠폰금액만큼 할인해 주는 방식이었다.
 다. 원고는 아이템 할인이나 바이어 쿠폰의 사용을 통해 상품 거래가 이루어지는 경우 그 할인액만큼을 원고가 판매회원으로부터 지급받아야 할 서비스 이용료에서 공제하여 주었고, 서비스 이용료 중 아이템 할인이나 바이어 쿠폰 할인액 상당의 공제액(이하 ‘이 사건 공제액’이라 한다.)을 「부가가치세법」 제13조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제52조 제2항에서 정한 에누리액으로 보아 부가가치세 과세표준에서 차감하여 부가가치세를 신고·납부하였다.
 라. 감사원은 2010. 6. 16.부터 같은 해 7. 6.까지 세무서 부과징수 특정감사를 실시한 결과 ‘△△△의 구매회원에 대한 상품 판매가격 할인은 그 혜택이 모두 구매회원에게 귀속되고 할인 여부와 관계없이 판매회원이 실제 지급받는 금액은 동일하기 때문에 위 할인거래의 실질은 △△△이 판매회원에게 구매회원을 대신하여 상품 판매대금을 지급하는 것으로서 △△△이 자신의 매출 증대를 위해 부담하는 판매촉진비 성격의 비용에 해당하므로, 이 사건 공제액은 서비스 이용료에 대한 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다.’고 보고, 피고에게 이러한 감사 결과를 통보하면서 이 사건 공제액을 과세표준에서 제외함으로 인해 부족 징수된 부가가치세를 추가 징수하도록 시정을 요구하였다. 
 마. 그에 따라 피고는 전항과 같은 이유로 별지 부가가치세 부과처분 내역 기재의 각 처분을 하였다. 
 바. 이에 불복하여 원고는 조세심판원에, 2010. 10. 22. 별지 부가가치세 부과처분 내역 순번 제1의 부과처분에 대하여, 2011. 4. 22. 같은 내역 순번 제2의 부과처분에 대하여, 2011. 5. 9. 같은 내역 순번 제3 내지 11의 부과처분 중 바이어 쿠폰 관련 부분(2011. 2. 7.자 경정처분으로 증액된 부분)에 대하여, 2011. 7. 19. 같은 내역 순번 제3 내지 10의 부과처분 중 아이템 할인 관련 부분(2011. 5. 11.자 경정처분으로 증액된 부분)과 순번 11의 부과처분에 대하여 각 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2011. 12. 30. 원고의 2010. 10. 22.자, 2011. 4. 22.자, 2011. 5. 9.자 각 신청을 모두 기각하였고, 2012. 6. 20. 원고의 2011. 7. 19.자 신청에 대하여는 ‘각 과세기간의 부가가치세 과세표준에서 원고의 2006. 6. 1.자 △△△ 판매서비스 이용약관 개정(서비스 이용료는 구매자가 결제한 금액에서 회사가 판매자에게 정산해 주어야 할 금액을 공제한 금액으로 산정) 이후의 아이템할인 부분을 제외하는 것으로 그 과세표준과 세액을 경정한다.’는 취지의 일부 인용 결정을 하였다{이하 같은 내역 기재 각 처분 중 위 조세심판원의 결정으로 일부 취소되고 남은 부분(같은 내역 부과세액과 취소세액의 차액 부분)을 ‘이 사건 처분’이라 한다.}.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 8, 9, 10, 12, 13호증(각 가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장 
 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.
 (1) △△△을 통한 원고, 판매회원, 구매회원 사이의 거래는, 판매회원과 구매회원 사이의 매매 등 거래계약과 원고와 판매회원 사이의 △△△ 시스템 지원 및 이용에 관한 용역계약에 따라 의율되는 것인데, 아이템 할인이나 바이어 쿠폰의 사용으로 판매회원과 구매회원 사이의 매매 등 거래계약에 있어 판매금액이 할인되면, 위 용역의 공급 조건이 성취됨에 따라 원고와 판매회원 사이의 위 용역계약에 있어 위 할인금액만큼 서비스 이용료 또한 할인되는 구조로 보아야 한다.
 (2) ‘△△△ 판매서비스 이용약관(이하 ‘이 사건 약관’이라 한다.)’은 원고와 판매회원 사이의 △△△ 시스템 지원 및 이용에 관한 사항을 규율하여 용역계약의 내용이 되는 것인데, 위 약관의 내용을 종합하면, 원고와 판매회원은, 원고가 원고의 비용으로 아이템 할인이나 바이어 쿠폰의 발행 등 마케팅 프로모션을 시행하는 경우 해당 할인금액을 상품 판매대금에서 할인하고 위 할인금액만큼 서비스 이용료를 차감하기로 위 약관을 통해 명시적·묵시적으로 합의하고 있었고, 원고가 제공하는 GSM(Gmarket Sales Manager의 약자임. 이하 같다.) 프로그램을 통해 할인이나 바이오 쿠폰의 사용내역을 확인할 수 있었을 뿐만 아니라 판매회원과 구매회원 사이의 매매 등 거래에 관한 세금계산서와 원고와 판매회원 사이의 △△△ 시스템 지원 및 이용 용역에 관한 세금계산서도 각 할인된 판매금액과 할인된 서비스 이용료를 공급가액으로 하여 GSM을 통해 발급되어 왔다. 
 (3) 이러한 사정을 고려할 때, 원고와 판매회원 사이의 △△△ 시스템 지원 및 이용에 관한 용역계약에 관한 부가가치세 과세표준은 「부가가치세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 원고가 판매회원으로부터 실제 지급받은 금전적 대가인 ‘할인된 서비스 이용료’라고 보아야 하고, 이 사건 공제액은 「부가가치세법」 제13조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제52조 제2항에서 정한 아이템 할인과 바이어쿠폰의 사용이라는 공급조건의 성취에 따라 약정한 서비스 이용료에서 직접 공제하는 ‘에누리액’에 해당된다.
 (4) 조세심판원은 별지1 부가가치세 부과처분 내역의 각 처분 중 2006. 6. 1.자 이 사건 약관 개정 이후의 아이템할인 부분만을 과세표준에서 제외하는 취지의 결정을 하였으나, 2006. 6. 1. 전후 위 각 처분의 과세기간에 적용된 약관을 살펴보면 원고가 구매회원이 결제한 판매대금에서 판매회원에게 정산할 금액을 공제한 서비스 이용료를 지급받는 정산방법에는 변동이 전혀 없으나 2006. 6. 1. 약관에서 이를 좀 더 구체화하였을 뿐이고, 바이어 쿠폰도 구매회원이 구매할 상품을 선택하여 적용할 경우 아이템 할인의 경우와 마찬가지로 판매금액에서 쿠폰 금액만큼 할인이 이루어지는 것으로, 원고와 판매회원 사이에 2006. 6. 1. 전후 위 각 처분의 과세기간에 적용된 약관을 통해 바이어 쿠폰을 통한 할인 마케팅의 시행 및 물품 판매금액의 할인에 상응하는 서비스 이용료 에누리에 대한 합의가 있었으므로, 마케팅 프로모션이 바이어 쿠폰인지 아이템 할인인지, 과세기간이 2006. 6. 1. 약관 개정 이후인지 이전인지 여부에 따라 달리 볼 근거는 없다.
 나. 관계법령 
 별지2 기재와 같다. 
 다. 인정사실 
 (1) 이 사건 약관의 주요 내용
 2004. 7. 2.경부터 적용된 이 사건 약관은 ‘본 약관에 대한 동의는 원고와 원고가 제공하는 실시간 전자상거래시스템(△△△)을 통해 상품을 판매하는 판매회원간의 계약 체결과 동일한 효력을 가진다.’고 규정하고 있는데, 이 사건 처분의 과세기간 개정 시기별 주요 내용은 다음과 같다.
 ㈎ 2006. 6. 1. 개정 전 약관의 주요 내용
 제2조 (e딜러의 관리의무) 3. e딜러는 △△△을 통하여 매매계약이 성립될 경우 판매자로서 구매자에게 성실하여 매매의 완결을 위하여 노력하여야 합니다. 제3조 (상품의 정산기준가, 판매가격, 서비스 이용료) 1. 상품판매가격은 e딜러가 판매하는 상품의 정산기준가(일상적으로 상거래에서 통용되는 공급원가와 의미가 유사하여 표시를 겸함)와 배송비, △△△ 시스템 이용료 등을 고려하여 e딜러가 스스로 결정합니다. 2. 회사는 상황에 따라 공지를 통하여 △△△ 시스템 이용료를 변경할 수 있습니다. 3. 시스템 이용료는 e딜러 등록이 완료되고, 상품판매가 이루어지기 전에 회사와 e딜러와의 협의를 통하여 별도로 정해질 수 있습니다. 5. 회사는 판매서비스의 일환으로 e딜러의 상품판매와 관련된 온라인 마케팅 프로모션을 자체적으로 진행할 수 있습니다. 다만, 프로모션 진행에 소요되는 비용은 회사가 전적으로 부담하거나 e딜러와 회사가 공동으로 부담할 수 있습니다. 만약, 프로모션 진행에 소요되는 비용 가운데 e딜러가 부담하게 되는 부분이 있는 경우에는 회사는 사전에 e딜러와 협의하여야 합니다. 제13조 (상품대금의 정산)(주8) 1. 회사는 GSM에 나타난 e딜러의 정산 데이터를 기준으로 판매대금을 지급합니다. 5. 구매자가 세금계산서(계산서 포함)나 현금영수증을 요구할 경우, 사업자 e딜러는 △△△을 통해 체결된 금액에 대한 세금계산서(계산서 포함)나 현금영수증을 구매자에게 발행해야 합니다. 6. 회사는 매월 △△△을 통해 판매가 된 내용에 준하여 시스템 이용료에 대한 세금계산서를 e딜러에게 발행합니다. 
 제13조 (상품대금의 정산) 
 ㈏ 2006. 6. 1. 개정 약관의 주요 내용
 제2조 (e딜러의 관리의무) 3. e딜러는 △△△을 통하여 매매계약이 성립될 경우 판매자로서 구매자에게 성실하여 매매의 완결을 위하여 노력하여야 합니다. 제3조 (상품의 정산기준가, 판매가격, 서비스 이용료) 1. 상품판매가격은 e딜러가 판매하는 상품의 정산기준가(일상적으로 상거래에서 통용되는 공급원가와 의미가 유사하여 표시를 겸함)와 배송비, △△△ 시스템 이용료 등을 고려하여 e딜러가 스스로 결정합니다. 2. △△△ 시스템 이용료는 판매자가 회사가 제공하는 실시간 전자상거래 시스템을 이용하여 재화나 용역을 판매함에 있어 시스템 이용에 대한 대가로 판매자가 회사에 지불해야 하는 기본 이용료와 회사가 제공하는 각종 부가서비스(할인쿠폰, G스템프, 프리미엄 전시관 등)을 이용하거나 이용하기 위해서 판매자가 회사에 지불해야 하는 부가서비스 이용료로 구성되며, 회사는 상황에 따라 공지를 통하여 △△△ 시스템 이용료를 변경할 수 있습니다. 3. △△△ 시스템 이용료는 e딜러 등록이 완료되고, 상품판매가 이루어지기 전에 회사와 e딜러간의 협의를 통하여 별도로 정해질 수 있으며, △△△ 시스템 이용료는 구매자가 결제한 금액(구매자 선결제 해외배송비는 제외)에서 회사가 판매자에게 정산해 주어야 할 금액을 공제한 금액으로 산정하여 세금계산서를 발행합니다. 5. 회사는 판매서비스의 일환으로 e딜러의 상품판매와 관련된 온라인 마케팅 프로모션을 자체적으로 진행할 수 있습니다. 다만, 프로모션 진행에 소요되는 비용은 회사가 전적으로 부담하거나 e딜러와 회사가 공동으로 부담할 수 있습니다. 만약, 프로모션 진행에 소요되는 비용 가운데 e딜러가 부담하게 되는 부분이 있는 경우에는 회사는 사전에 e딜러와 협의하여야 합니다. 제15조 (상품대금의 정산) 1. 회사는 GSM에 나타난 e딜러의 정산 데이터를 기준으로 판매대금을 지급합니다. 5. 구매자가 세금계산서(계산서 포함)나 현금영수증을 요구할 경우, 사업자 e딜러는 △△△을 통해 체결된 금액에 대한 세금계산서(계산서 포함)나 현금영수증을 구매자에게 발행해야 합니다.(주9) 6. 회사는 매월 △△△을 통해 판매가 된 내용에 준하여 시스템 이용료에 대한 세금계산서를 e딜러에게 발행합니다.(주10) 
 5. 구매자가 세금계산서(계산서 포함)나 현금영수증을 요구할 경우, 사업자 e딜러는 △△△을 통해 체결된 금액에 대한 세금계산서(계산서 포함)나 현금영수증을 구매자에게 발행해야 합니다. 
 6. 회사는 매월 △△△을 통해 판매가 된 내용에 준하여 시스템 이용료에 대한 세금계산서를 e딜러에게 발행합니다. 
 ㈐ 2007. 7. 1. 개정 약관의 주요 내용
 제3조 (효력) 1. 회사는 이 약관에서 규정되지 않은 세부적인 내용을 판매서비스이용정책에 규정할 수 있으며, 이를 판매자거래관리시스템(이하 ‘GSM’이라 함)을 통하여 공지하고 e딜러가 이에 동의한 경우 이용정책은 이 약관과 더불어 판매서비스 이용계약(이하 ‘이용계약’이라 함)의 일부를 구성합니다. 제4조 (서비스 이용료) 1. 서비스 이용료는 서비스를 이용함에 따른 대가로 e딜러가 회사에 지불하여야 하는 금액을 의미하며, 매월 1일부터 말일까지 회사가 구매회원으로부터 예치한 금액(구매회원이 선결제한 해외배송비는 제외)에서 e딜러에게 정산해 주어야 할 금액을 공제한 금액의 합계로 계산됩니다. 2. 서비스이용료는 판매대금에서의 공제, G캐시의 사용 등으로 결제할 수 있으며, 회사와 e딜러간의 협의 또는 회사의 내부 사정에 따라 요율, 결제방법 등이 변경될 수 있습니다. 제5조 (e딜러의 관리의무) 1. △△△에서의 상품 및 용역의 판매는 e딜러 등록이 완료됨과 동시에 가능하며, 이를 위해서 e딜러는 상품 및 용역에 관한 정보를 GSM을 통하여 직접 등록, 관리하여야 합니다. 이때 상품 및 용역의 판매가격은 배송비, 서비스 이용료 등을 고려하여 e딜러가 스스로 결정합니다. 6. e딜러는 판매된 상품 및 용역에 대한 보증 서비스를 자신의 책임과 비용으로 실시하여야 합니다. 7. e딜러는 구매자로부터의 세금계산서 등의 발급 요구에 응하여야 합니다. 제14조 (회사의 면책) 1. 회사는 △△△을 기반으로 한 거래시스템만을 제공할 뿐, e딜러가 등록한 상품 및 용역 등에 관한 정보 또는 구매자와의 거래에 관하여 분쟁이 발생한 경우 회사는 그 분쟁에 개입하지 않으며 그 분쟁의 결과로 인한 모든 책임은 e딜러가 부담합니다. (생략) 
 ㈑ 2009. 5. 11. 개정 약관의 주요 내용
 제5조 (대리행위의 부인) 회사는 효율적인 서비스를 위한 시스템 운영 및 관리 책임만을 부담하며, 재화 또는 용역의 거래와 관련하여 구매자 또는 판매자를 대리하지 아니하고, 회원 사이에 성립된 거래 및 회원이 제공하고 등록한 정보에 대해서는 해당 회원이 그에 대한 직접적인 책임을 부담하여야 합니다. 제12조 (전자상거래 시스템(플랫폼) 제공 서비스) 1. 회사는 전자상거래 시스템(플랫폼) 제공을 통해 △△△에서 판매회원이 다양한 형태로 상품을 판매할 수 있도록 지원합니다. 2. 회사는 판매자가 등록한 상품을 판매촉진을 위해 포털, 가격비교 사이트 및 △△△이 운영하는 국내외 사이트 등에 노출할 수 있으며, 할인행사 등을 시실할 경우에 등록된 상품을 할인된 가격으로 노출할 수 있습니다. 제13조 (판매회원의 판매활동) 1. △△△에서의 상품 및 용역의 판매는 판매회원 등록이 완료됨과 동시에 가능하며, 이를 위해서 판매회원은 상품 및 용역에 관한 정보를 GSM을 통하여 직접 등록, 관리하여야 합니다. 이때 상품 및 용역의 판매가격은 표준마진율, 배송비, 서비스 이용료 등을 고려하여 판매회원이 스스로 결정합니다. 7. 판매회원은 판매된 상품 및 용역에 대한 보증 서비스를 자신의 책임과 비용으로 실시하여야 합니다. 8. 판매회원은 구매자로부터의 세금계산서 등의 발급 요구에 응하여야 합니다. 제14조 (서비스 이용료) 1. 서비스이용료는 회원이 △△△ 전자상거래 플랫폼 제공서비스 및 판매서비스를 이용함에 따른 대가로 판매회원이 회사에 지불하여야 하는 금액을 의미하며, 매월 1일부터 말일까지 회사가 구매회원으로부터 예치한 금액(구매회원이 선결제한 해외배송비 제외)에서 판매회원에게 정산해 주어야 할 금액을 공제한 금액의 합계로 계산됩니다. 2. 서비스이용료는 판매대금에서의 공제, G캐시의 사용 등으로 결제할 수 있으며, 회사와 판매회원간의 협의 또는 회사의 내부사정에 따라 요율, 결제방법 등이 변경될 수 있습니다. 3. 회사는 매월 초에, 전월에 발생한 1항의 서비스 이용료에 대한 세금계산서를 발행합니다. 제20조 (판매대금의 정산) 1. 상품판매대금에 대한 정산은 상품 판매가격에서 기본이용료(표준마진율) 및 판매회원 부담 할인쿠폰 등을 제외한 금액을 기준으로 산정되며, 판매회원은 기본이용료(표준마진율), 배송비 및 서비스 이용료 등을 고려하여 상품의 판매대금을 자유롭게 정할 수 있습니다. 제37조 (회사의 면책) 1. 회사는 △△△을 기반으로 한 거래시스템만을 제공할 뿐, 판매회원이 등록한 상품 및 용역 등에 관한 정보 또는 구매자와의 거래에 관하여 분쟁이 발생한 경우 회사는 그 분쟁에 개입하지 않으며 그 분쟁의 결과로 인한 모든 책임은 판매회원이 부담합니다. (생략) 
 ㈒ 2010. 6. 1. 개정 약관의 주요 내용
 (제5, 12, 20조는 개정 전과 동일함.) 제14조 (판매회원의 판매활동) 1. 서비스이용료는 회원이 △△△ 전자상거래 플랫폼 제공서비스 및 판매서비스를 이용함에 따른 대가로 판매회원이 회사에 지불하여야 하는 금액을 의미하며, 기본이용료(표준마진율)와 판매회원 공제금 수수료(판매회원 부담 할인쿠폰 등)를 가각 산정하여 합산합니다. (생략) 2. 회사는 필요한 경우 서비스 이용료를 신설, 변경할 수 있으며, 신설 또는 변경사항은 회사가 제공하는 서비스화면을 통하여 공지합니다. 3. 회사는 판매 활성화 등을 위하여 기본이용료 범위 내에서 특정물품에 대한 기본이용료를 할인할 수 있습니다. 특정물품의 판매가격이 할인된 경우(단, 판매회원이 회사와 사전 협의 없이 판매가격을 할인한 경우를 제외함) 해당 물품에 대한 서비스 이용료는 할인 전 물품가액을 기준으로 한 기본 이용료 금액에서 그 할인액을 차감하여 산정합니다. 4. 서비스이용료는 판매대금에서의 공제, G캐시의 사용 등으로 결제할 수 있으며, 회사와 판매회원간의 협의 또는 회사의 내부사정에 따라 요율, 결제방법 등이 변경될 수 있습니다. 5. 회사는 매월 초에, 전월에 발생한 1항의 서비스 이용료에 대한 세금계산서를 발행합니다. 
 (2) GSM 프로그램의 활용
 판매회원은 △△△ 웹페이지 상단 우측의 ‘판매관리’ 항목을 통해 GSM 프로그램에 접속하여 판매활동 관한 전반적인 사항을 수행·관리할 수 있었는데, 위 프로그램은 상품/가격/수량/상세, 혜택/이벤트/기획전/후원, 광고/프로모션, 배송현황/배송비, 취소/반품/교환관리, 판매대금, 고객문의/응대, 경매/여행/예약/항공/e쿠폰, 전문샵/기타 등의 항목으로 구성되어 있었고, 판매대금 항목은 판매진행내역, 추가비용/공제환급금내역, 정산내역, G캐시충전/거래내역, 고객 세금계산서 발급, 세금계산서 수신, 부가가치세 신고금액 내역 등의 세부항목으로 구성되어 있었다. 판매회원은 위 프로그램의 ‘판매대금-판매진행내역’ 항목을 통해 판매한 상품의 체결건수, 판매대금, 배송비, 할인쿠폰, 정산대상, 서비스이용료 등 판매에 관한 상세내역을 확인할 수 있었고, ‘판매대금-고객세금계산서 발급’ 항목을 통해 구매회원에게 판매회원과 구매회원 사이의 매매 등 거래에 관하여 세금계산서를 발급할 수 있었으며, ‘판매대금-세금계산서 수신’ 항목을 통해 원고로부터 판매회원과 원고 사이의 △△△ 시스템 지원 및 이용 등 거래에 관하여 세금계산서를 발급받아 수신할 수 있었는데, 이때 판매회원의 구매회원에 대한 세금계산서 발급에 관하여는 바이어 쿠폰, 아이템 할인 등의 적용으로 할인된 판매가격을, 원고의 판매회원에 대한 세금계산서 수신에 관하여는 이 사건 공제액이 차감된 서비스 이용료를 각 공급가액으로 하도록 기본설정이 되어 위 각 세금계산서의 발급 및 수신 업무가 이루어졌고, 세금계산서상의 공급가액에 대한 이의제기 및 수정도 일응 가능하도록 되어 있었다.
 (3) 아이템 할인과 바이어 쿠폰의 적용 방법
 ㈎ 아이템 할인은 특정 상품에 대하여 일정기간 동안 판매가격을 일정액 할인하는 것으로 이 상품을 구매하려는 모든 구매회원을 대상으로 적용되는 프로모션 방식인데, 이 경우 구매회원이 △△△ 웹사이트에서 구매하려는 상품 정보를 확인하면 할인 혜택에 관한 광고문안과 함께 당초의 ‘판매가’, 아이템 할인에 따른 ‘할인액’, 최종적인 ‘고객할인구매가’가 표시된다.
 ㈏ 바이어 쿠폰은 일정 범위의 불특정 구매회원에게 일정액의 쿠폰을 발행해 주고 쿠폰을 보유한 구매회원이 적용 대상 상품을 구매할 때 이를 사용하면 쿠폰금액만큼의 할인 혜택을 부여하는 프로모션 방식인데, 이 경우 구매회원이 △△△ 웹사이트에서 구매하려는 상품에 대한 결제과정을 진행하여 쿠폰을 적용하면 당초의 ‘판매가’, 쿠폰 적용에 따른 ‘할인액’, 최종적인 ‘할인적용금액’이 표시된다.
 (4) 아이템 할인 및 바이어 쿠폰에 관한 거래 관행
 ㈎ △△△에서 상품에 대한 매매 등 거래가 이루어지면 원고는 판매회원 대신 구매회원으로부터 판매대금을 지급받아 GSM상의 정산 내역을 기준으로 서비스 이용료 등을 차감하는 정산과정을 거친 후 판매회원에게 정산금을 지급하였다. 
 ㈏ 아이템 할인이나 바이어 쿠폰의 발급은 △△△에서 빈번하게 진행되어 온 프로모션 방식으로, 원고가 이러한 프로모션을 결정·진행할 때에는 판매회원들과 협의를 하거나(주로 소규모의 프로모션) 원고가 자체적으로 결정하여(주로 대규모의 프로모션) 이를 △△△ 웹페이지 및 GSM, 전화, 문자 등을 통해 홍보·공지한 후 실시하였고, 이를 통해서 상품 판매가격의 할인이 이루어지면 그 할인금액만큼 원고가 판매회원으로부터 지급받을 서비스 이용료의 할인이 이루어지기 때문에, 판매회원이 원고로부터 지급받는 정산금에는 차이가 없었다. 
 ㈐ 판매회원들은 대부분 △△△ 회원가입·등록시의 설명, GSM의 공지 등을 통해 아이템 할인이나 바이어 쿠폰 등 프로모션이 빈번히 시행되는 점, 이를 통해 할인되는 판매금액만큼 서비스 이용료에서 공제가 이루어져 결과적으로 판매회원이 지급받는 정산금에는 차이가 없다는 점 등에 대하여 잘 알고 있었고, △△△을 통한 상품 거래 과정에서 GSM 판매진행내역의 확인을 통해 자신의 상품에 대한 개별 거래에서 아이템 할인이나 바이어 쿠폰의 적용이 이루어졌는지 여부를 언제든지 확인할 수 있었다.
 ㈑ 판매회원들은 대부분 GSM ‘판매대금-고객세금계산서 발급’ 항목을 통해 구매회원에게 판매회원과 구매회원 사이의 매매 등 거래에 관하여 바이어 쿠폰, 아이템 할인 등의 적용으로 할인된 판매가격을 공급가액으로 한 세금계산서를 발급하고, GSM ‘판매대금-세금계산서 수신’ 항목을 통해 원고로부터 판매회원과 원고 사이의 △△△ 시스템 지원 및 이용 등 거래에 관하여 이 사건 공제액이 차감된 서비스 이용료를 공급가액으로 한 세금계산서를 발급받아 수신하는 방법으로 세금계산서를 수수하여 부가가치세 등 세무 신고를 하였다.
 ㈒ 이 사건 처분의 과세기간 동안 위와 같은 아이템 할인이나 바이어 쿠폰 등 프로모션의 결정·진행, 아이템 할인이나 바이어 쿠폰의 발급에 따른 서비스 이용료의 차감, 이를 포함한 정산의 내용 및 방법, 세금계산서의 수수 등의 거래 관행에 달라진 내용은 없었다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5, 6, 7, 11, 14호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 소외 1, 소외 2의 각 증언, 변론 전체의 취지
 라. 판단 
 (1) 「부가가치세법」 제13조 제2항은 ‘다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.’고 규정하면서 제1호로 ‘에누리액’을 들고 있고, 같은 법 시행령 제52조 제2항은 ‘법 제13조 제2항 제1호에 규정하는 에누리액은 재화 또는 용역의 공급에 있어서 그 품질·수량 및 인도·공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 그 재화 또는 용역의 공급 당시의 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액으로 한다.’고 규정하고 있는바, 그 밖에 에누리액으로 인정되기 위한 추가적인 요건이나 에누리액으로 볼 수 없는 소극적인 요건에 관하여 아무런 규정이 없는 이상, 조세법률주의의 원칙에 따라 위 규정에서 정한 ① ‘그 품질·수량 및 인도·공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라’ 정해지고, ② ‘통상의 공급가액에서 직접 공제’하는 일정액의 금원이라는 요건이 충족되면, 해당 금원은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 에누리액에 해당한다고 보아야 한다(대법원 2003. 4. 25. 선고 2001두6586 판결 등 참조).
 (2) 살피건대, 앞에서 든 증거, 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 공제액은 원고와 판매회원 사이 △△△ 시스템 지원 및 이용에 관한 용역계약상 ‘판매회원은, 원고가 시행하는 아이템 할인이나 바이어 쿠폰 등의 프로모션에 동의하고 아이템 할인이나 바이어 쿠폰이 적용된 구매회원과의 매매 등 거래시 그 할인금액만큼 상품판매 가격을 인하한다.’는 용역제공의 조건의 성취에 따라 원고의 위 용역 제공 대가인 서비스 이용료에서 직접 공제되는 금원으로서, 「부가가치세법」 제13조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제52조 제2항 소정의 과세표준에 포함되지 않는 에누리액에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.
 ㈎ △△△을 통한 판매회원, 구매회원, 원고 사이의 거래구조는 판매회원과 구매회원 사이 판매회원이 등록한 상품에 관한 매매 등 거래계약과 원고와 판매회원 사이의 △△△ 시스템 지원 및 이용에 관한 용역계약의 두 가지 법률관계에 따라 형성되어 있는데, 판매회원은 원고에게 자신의 상품 판매를 위탁하거나 기타 판매에 관한 어떠한 사항도 위임하지 않은 채 판매할 상품 및 판매가격, 판매된 상품의 배송 등 상품 판매에 관한 전 과정을 직접 결정·수행하는 독립적인 판매행위를 하였고, 오픈 마켓의 운영자인 원고는 △△△이라는 온라인 거래공간과 회원간 거래의 신뢰성, 안전성 등을 확보하는 지원 장치를 제공하고 그 대가로 서비스 수수료를 받았을 뿐이므로, 위 두 가지 법률관계는 경제적 이해관계가 중첩되는 최소한의 영역을 제외하면 각 계약 당사자의 의사에 따라 자율적으로 규율되는 것으로 보아야 한다. 따라서 이러한 거래구조의 특수성을 기초로 살펴볼 때 아이템 할인이나 바이어 쿠폰의 사용에 따른 거래의 실질은 판매의 증진을 통한 수익의 증대라는 원고와 판매회원 공통의 이해관계를 연결고리로 하여 아래에서 보듯 판매회원의 동의 아래 아이템 할인이나 바이어 쿠폰 등의 프로모션이 원고에 의해 기획·시행되어 판매회원과 구매회원 사이 매매 등 거래계약에 있어 상품가격의 할인이 이루어지면, 그와 연동되어 같은 금액만큼 원고와 판매회원 사이 △△△ 시스템 지원 및 이용에 관한 용역계약에 있어 서비스 이용료의 할인이 이루어진 것이라고 봄이 상당하다. 
 ㈏ 이 사건 처분의 과세기간 중 적용된 이 사건 약관의 내용 및 원고와 판매회원 사이의 지속된 거래 관행 등에 비추어 알 수 있는 아래의 점들 및 앞서 살펴본 사정 등에 비추어 보면, 판매회원들은, △△△의 가입·등록 즉, 이 사건 약관에 대한 동의 및 △△△ 시스템 지원 및 이용에 관한 용역계약의 체결과 GSM의 활용을 통한 거래 등의 과정에서 원고가 아이템 할인이나 바이어 쿠폰 등의 프로모션을 시행할 수 있고, 아이템 할인이나 바이어 쿠폰이 적용되는 구매회원과의 매매 등 거래에서 그 할인금액만큼 자신의 상품 판매가격이 인하되는 것이며, 위 할인금액에 상응하는 이 사건 공제액이 원고에게 지급하여야 할 서비스 이용료에서 차감된다는 데에 명시적 또는 묵시적으로 동의하여, 원고와 판매회원 사이에 이 사건 공제액의 발생 근거, 적용 사유, 공제 금액 등 용역 제공의 조건에 관한 사전적 합의가 있었던 것으로 봄이 상당하고, 이는 2006. 6. 1. 약관의 개정 여부와 관계없이 이 사건 처분의 과세기간 전부에 있어 동일하다.
 1) 2006. 6. 1. 개정 전의 약관에도 이미 판매회원은 정산기준가 내지 공급원가, 배송비, 서비스 이용료 등의 가격형성 요인을 고려하여 스스로 판매가격을 결정하고(제3조 제1호), 원고는 상황에 따라 공지를 또는 판매회원과의 협의를 통해 시스템 이용료를 변경하거나 별도로 정할 수 있으며(제3조 제2, 3호), 원고는 판매회원의 상품 판매와 관련하여 온라인 마케팅 프로모션을 자체적으로 진행할 수 있는데 그 비용은 판매회원과 사전에 협의하여 판매회원에게 전부 또는 일부 부담시키는 경우가 아니면 원고가 부담하며(제3조 제5호), 상품대금의 정산은 GSM상 정산 데이터를 기준으로 지급된다(제13조 제1호)는 등의 규정이 있었고, 이러한 규정은 과세기간 적용된 약관에 계속 포함되어 있었다.
 2) 2006. 6. 1. 개정된 약관은 전항의 규정을 모두 포함하는 외에 이 사건 약관 제3조 제3호 후문에 서비스 이용료는 구매회원의 결제금액에서 원고가 판매회원에게 정산해 주어야 할 금액을 공제한 금액으로 선정하여 세금계산서를 발행한다는 부분이 추가되었을 뿐인데, 이는 판매가격, 서비스 이용료, 정산금액 등을 계산하는 기존의 산식에 따라 서비스 이용료를 정의한 것에 불과하고, 기존 GSM 정산 데이터의 산출 과정과도 일치하는 것이며, 이 사건 공제액을 차감한 서비스 이용료를 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급·수취하는 거래의 실제에도 변화가 없었으므로, 위 약관 개정 이후 위 개정 약관에서 추가된 부분에 근거하여 아이템 할인이나 바이어 쿠폰이 적용되는 경우 서비스 이용료의 산정방법이나 금액 등이 달라졌다고 보기는 어렵다. 
 3) 2006. 6. 1. 이후 개정된 약관을 보면, 2007. 7. 1. 개정 약관에서는 서비스 이용료의 의미와 산출방법에 관한 별도의 규정(제4조), 판매서비스 이용계약의 일부로 편입되는 약관의 효력(제3조) 및 원고는 △△△ 거래시스템만을 제공할 뿐이므로 판매회원과 구매회원 사이 거래에 관한 분쟁에 개입하지 않고 그에 관한 책임을 부담하지 않는다는 회사의 면책(제14조)에 관한 규정 등이 추가되었고, 2009. 5. 11. 개정 이후의 약관에서 원고는 △△△ 시스템의 운영 및 관리 책임만을 부담할 뿐 상품의 거래에 관련하여 판매회원이나 구매회원을 대리하지 않는다는 대리행위의 부인(제5조) 등의 규정이 추가되고, 기존의 관련 규정이 수정·보완되었는데, 이러한 개정 내용 또한 기존의 거래 구조나 관행을 확인 내지 명확화하는 취지의 개정에 불과하다.
 4) 판매회원은 △△△ 회원 가입·등록시 앞서 살펴본 이 사건 약관에 동의하여 이를 △△△ 서비스의 지원 및 이용에 관한 용역계약의 내용에 편입시킴으로써 원고가 아이템 할인이나 바이어 쿠폰 등의 프로모션을 자체적으로 진행할 수 있고, 그 비용은 판매회원과 협의하여 판매회원의 부담분을 별도로 정하지 않는 한 원고가 부담하는 것이며, 자신이 당초 결정한 판매가격이 프로모션의 적용으로 할인되는 경우 서비스 이용료가 연동되어 할인되는 방식으로 원고가 위 프로모션 비용을 부담하는 것임을 충분히 알 수 있었고, 서비스 이용료의 할인액이 프로모션으로 인한 판매대금의 할인액과 일치하여 정산받는 금액에 차이가 없었기 때문에 지속적인 거래관계에 있어 어러한 방식의 프로모션을 통한 판매대금의 할인에 대하여 아무런 이의를 제기하지 않았던 것으로 보이며, 실제 GSM을 통한 판매내역 확인, 할인 후의 판매가격 및 서비스 이용료를 공급가액으로 한 세금계산서의 발급 및 수취 등을 통해 이러한 거래 관행을 수용·확인해 왔던 것으로 보인다.
 ㈐ 한편 부가가치세법 기본통칙 6-16-3에 의하면, 부가가치세 과세표준에서 공제되지 아니하는 판매장려금에 대하여 ‘사업자가 판매촉진을 위하여 거래상대자의 판매실적에 따라 일정률의 장려금품을 지급 또는 공급하는 경우’라고 규정하고 있는데, 판매장려금 지급도 에누리액처럼 사실상 공급가액을 낮추는 효과가 있고, 에누리액의 지급도 매출 증대를 목적으로 하는 경우가 대부분이기 때문에, 이 사건 공제액을 판매장려금으로 볼 수 있는 여지가 없지는 않으나, 앞서 본 바와 같이 ① 원고는 오픈 마켓의 운영자로서 △△△ 시스템의 운영 및 관리에 관한 책임만을 부담할 뿐이므로 자신의 책임과 계산 아래 독자적으로 판매회원이 게시한 상품에 관하여 할인판매를 실시할 아무런 권한이 없었던 점, ② 이 사건 공제액은 판매회원의 서비스 이용료 납부실적을 기준으로 직접 판매회원에게 제공된 것이 아니라, 원고가 판매회원의 동의 아래 시행한 프로모션에 따라 판매회원과 구매회원 사이의 거래에 있어 개별 상품의 판매가격이 할인됨으로써 그와 연동되어 간접적으로 해당 판매회원에 대한 서비스 이용료가 같은 금액만큼 할인된 것에 불과한 점, ③ 원고와 판매회원 사이에는 이 사건 공제액의 발생 근거, 적용 사유, 공제 금액 등 용역 제공의 조건에 관한 사전적 합의가 있었다고 할 것인 점 등에 비추어 보면, 이 사건 공제액은 부가가치세 과세표준에 포함되는 판매장려금과는 성격을 달리하고, 용역 제공의 조건에 따라 정하여져 원고의 위 용역 제공 대가인 서비스 이용료에서 직접 공제되는 금원으로서 관계법령에서 정한 에누리액에 해당한다고 봄이 상당하다.
 ㈑ 또한 조세심판원은 바이어 쿠폰의 경우 판매 전 할인된 판매가격이 △△△ 시스템에 공시되지 않았고, 원고가 판매회원의 동의 없이 자기의 책임과 계산으로 불특정한 일부 구매회원을 대상으로 제공한 것이라는 등의 이유로 아이템 할인과는 달리 판매장려금에 해당한다고 보았고, 피고도 그러한 취지의 주장을 하나, ① △△△의 거래 구조에 비추어 △△△에 게시된 상품에 대한 판매가격은 판매회원과 구매회원 사이에서 결정되는 것이고, 양자 사이의 매매 등 거래계약은 판매회원이 최초 판매가를 시스템을 통해 게시한 후, 이에 대한 할인 혜택의 제공 등 금액 조율 과정을 거쳐, 최종적으로 구매회원이 할인된 판매가격을 결제함으로써 체결되는 것인바, 아이템 할인이나 바이어 쿠폰의 경우 모두 결제 전의 가격 조율 단계에서 할인이 적용됨은 동일하고, 판매회원과 구매회원 사이에서 할인된 판매대금이 △△△ 시스템상 ‘고객할인구매가’ 또는 ‘할인적용금액’으로 표시되어 이를 기초로 최종적으로 계약의 체결 여부가 결정됨도 동일한 점, ② 아이템 할인이나 바이어 쿠폰의 경우 모두 그에 따라 직접적으로 상품의 판매대금의 할인 효과가 발생하고, 그와 연동되어 간접적으로 이 사건 공제액에 해당하는 서비스 이용료의 할인 효과가 발생하는 것인 점, ③ 바이어 쿠폰에 관하여도 △△△ 시스템의 운영 및 관리에 관한 책임만을 부담하는 원고가 자신의 책임과 계산 아래 구매회원에게 이를 제공함으로써 판매회원이 게시한 상품에 관하여 독자적으로 할인판매를 실시할 아무런 권한이 없었음은 앞서 본 바와 같은 점, ④ 그 밖에 바이어 쿠폰에 관하여도 아이템 할인과 마찬가지로 △△△의 가입·등록시 이 사건 약관에 대한 동의 및 △△△ 시스템 지원 및 이용에 관한 용역계약의 체결과 GSM의 활용을 통한 거래 등의 과정에서 이 사건 공제액과 관련된 용역 제공의 조건에 관한 사전적 합의가 있었음은 앞서 본 바와 같은 점 등에 비추어 보면, 아이템 할인의 경우와 달리 바이어 쿠폰에 관한 이 사건 공제액만을 판매장려금으로 볼 근거는 없다.
 3. 결론 
 따라서, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 부가세 부과처분 내역 등 생략]

판사 함상훈(재판장) 임광호 김태희