법인세경정거부처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2022.09.21 / 시행일:

【원고, 피항소인】 ○○○구역 주택재개발정비사업조합 (소송대리인 변호사 이강민)
【피고, 항소인】 동래세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 지평 담당변호사 임방조)
【제1심판결】 부산지방법원 2021. 10. 28. 선고 2020구합24470 판결
【변론종결】2022. 8. 24.
【주 문】
 1. 피고의 항소를 기각한다.
 2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2019. 6. 3. 원고에게 한 2013사업연도 법인세 경정청구 거부처분을 취소한다.
2. 항소취지
 제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 처분의 경위
아래의 사실은 이 법원에 현저하거나 당사자 사이에 다툼이 없는 외에 갑 제1, 3 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
가. 원고의 법인세 과세표준 및 세액 신고
1) 원고는 부산 동래구 (주소 생략) 등을 사업시행구역으로 하여 위 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함을 목적으로 2005. 3. 10. 관할관청으로부터 조합설립인가를 받고 2005. 3. 14. 법인으로 성립한 다음, 관할관청으로부터 사업시행계획인가, 관리처분계획인가 등을 받아 위 목적 사업을 시행하고 2013년 12월 무렵 새로운 건축물에 관한 준공인가를 받은 뒤 2016. 2. 24. 조합원총회의 결의로 해산하였다.
2) 원고는 2014. 3. 31. 피고에게 2013사업연도 법인세의 과세표준 및 세액을 신고하고 납부하면서, 그 과세표준신고서에 원고가 조합원들의 현물출자에 따라 취득한 토지 및 건물에 대하여 사업시행계획인가일(2006. 6. 28.) 당시 가액을 감정평가한 금액인 46,440,094,077원을 분양원가에 포함되는 부동산 취득비용으로 손금에 산입하고 그에 따른 과세표준 및 세액(3,320,459,111원)을 기재한 다음 위 세액 상당을 납부하였다.
나. 원고의 과세표준 및 세액 경정 청구에 대한 피고의 거부처분
1) 원고는 2019. 4. 2. 피고에게, 2013사업연도 법인세의 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이, 원고가 조합원들의 현물출자에 따라 취득한 토지 및 건물에 대하여 법인세법에 의해 관리처분계획인가일(2007. 12. 27.) 당시 가액을 감정평가한 금액인 57,743,357,440원을 손금에 산입하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액(1,311,223,614원)을 초과한다는 취지로 당해 법인세의 과세표준 및 세액 경정을 청구하였다.
2) 피고는 2019. 6. 3. 원고에게 "부동산의 취득가액은 신고할 때의 감정가액이 적정하고, 원고가 경정청구할 때 제시한 감정가액은 합리성, 객관성이 결여된 소급감정가액에 해당한다"라는 취지의 이유로 경정을 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다)을 하였다.
다. 원고의 심판청구 및 조세심판원의 재조사 결정
1) 원고는 2019. 9. 2. 조세심판원에 이 사건 경정거부처분에 대한 심판청구(조심 2019부3460호)를 하였고, 조세심판원은 2020. 5. 15. "이 사건 경정거부처분은 원고가 조합원들의 현물출자에 따라 취득한 토지 및 건물의 취득가액을 관리처분계획인가일(2007. 12. 27.) 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다."라는 주문의 결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라 한다)을 하였다.
라. 부산지방국세청장의 처리결과통지 및 원고의 이 사건 소 제기
1) 부산지방국세청장은 2020. 7. 9. 원고에게 이 사건 재조사 결정에 따른 처리결과를 통지하면서 경정결정에 따른 과세표준 및 세액이 원고의 해당 과세표준신고서에 기재된 것과 같고 감액된 과세표준 및 세액은 없다는 취지로 고지하였다(이하 ‘이 사건 처리결과통지’라 한다).
2) 원고는 2020. 10. 6. 피고를 상대로 이 사건 소를 제기하였다.
2. 관련 법령
별지 관련 법령 기재와 같다.
3. 본안 전 항변에 관한 판단
피고는, 부산지방국세청장의 이 사건 처리결과통지는 피고의 이 사건 경정거부처분과 처분사유를 달리하는 별도의 처분이고, 원고가 이 사건 처리결과통지는 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반한다고 주장하므로, 실질적인 분쟁의 대상으로서 불복의 대상은 이 사건 경정거부처분이 아니라 이 사건 처리결과통지가 되어야 함에도, 이 사건 소는 피고를 상대로 하여 이 사건 경정거부처분을 대상으로 제기한 것이어서 부적법하다는 취지로 주장한다.
그러나 피고의 주장에 의하더라도 이 사건 경정거부처분과 이 사건 처리결과통지가 처분사유를 달리하는 별도의 처분이라는 것일 뿐이고, 이 사건 처리결과통지의 내용만으로는 이 사건 경정거부처분을 유지한다는 취지를 넘어 이 사건 경정거부처분을 취소하였거나 취소한다는 취지의 통지, 또는 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 증액경정처분이라고 볼 수는 없으며, 달리 이 사건 처리결과통지에 앞서 또는 이 사건 처리결과통지에 따라 피고가 이 사건 경정거부처분을 취소하였다거나 증액경정처분을 하였다고 볼 만한 사정이 전혀 없는 이상, 만약 피고의 주장과 같이 이 사건 처리결과통지가 이 사건 경정거부처분과 다른 별도의 처분이라 하더라도, 원고로서는 여전히 피고를 상대로 이 사건 경정거부처분의 취소를 소로써 구할 수 있고, 비록 원고가 이 사건 처리결과통지는 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반한다는 취지의 주장을 하였다 하더라도 이를 달리 볼 것은 아니다.
또한, 재조사 결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생하고(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 등 참조), 이 사건 처리결과통지가 후속 처분의 통지로서 효력이 있으며, 이러한 경우 원고가 이 사건 처리결과통지에 대하여 재결청인 조세심판원을 상대로 심판청구를 제기할 수 있고(국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호, 제55조 제5항 단서), 더 나아가 행정소송법 제19조 단서에 따라 그 취소소송을 제기할 수 있다 하더라도 역시 이를 달리 볼 것은 아니다. 
결국 피고의 본안 전 항변은 어느 면으로 보나 그 주장 자체로도 이를 받아들일 수 없다.
4. 이 사건 경정거부처분의 적법 여부에 관한 판단
가. 원고의 주장
이 사건 재조사 결정에도 불구하고 피고가 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지하는 것은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법하므로, 이 사건 경정거부처분은 취소되어야 한다.
나. 판단
당사자가 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출하지 아니하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 납세의무자에게 귀속될 세액을 찾아내어 부과될 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두44084 판결 등 참조).
처분의 경위에서 본 사실관계와 함께 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하면, 이 사건 경정거부처분은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 저촉된 상태로 유지되어 위법하고, 그 전부를 취소할 수밖에 없다.
1) 우선 피고는, 원고가 조합원들의 현물출자에 따라 취득한 토지 및 건물에 관하여 관리처분계획인가일(2007. 12. 27.)을 기준으로 매매거래사례가 없고 신빙성 있는 객관적이고 합리적인 감정평가 가액도 불분명하여 법인세법상 시가적용 원칙에 따라 「상속세 및 증여세법」에 의한 평가를 하여 이 사건 처리결과통지가 이루어졌으므로, 피고는 이 사건 재조사 결정의 주문에 기재된 범위에 한정하여 재조사를 하였다는 취지로 주장한다.
시가라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있는 것이고, 그렇게 하여서도 그 시가의 산정이 어려운 경우에는 보충적으로 그 시가에 갈음하여 객관적이고 합리적인 방법을 택하여 그 가액을 평가하여야 할 것이다(대법원 2000. 2. 11. 선고 98두14303 판결, 대법원 2003. 5. 27. 선고 2001두5903 판결 등 참조). 또한, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다(대법원 2008. 2. 1. 선고 2004두1834 판결 등 참조).
마찬가지로, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 및 같은 법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것)에 의하면, 내국법인이 현물출자에 따라 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 해당 자산의 시가로 하고(법 제41조 제1항 제3호, 시행령 제72조 제2항 제3호 나목), 위 시가는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함)을 기준으로 하며(시행령 제14조 제1항 제1호 라목, 법 제52조 제2항, 제2조 제12호), 시가가 불분명한 경우에는 먼저 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)을, 그 다음으로 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조를 준용하여 평가한 가액을 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다(시행령 제89조 제2항).
따라서 비록 원고가 조합원들의 현물출자에 따라 취득한 토지 및 건물에 관하여 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격이 없다 하더라도, 피고의 주장과 같은 사정만으로는 공신력 있는 감정기관에 의하더라도 그 시가의 산정이 어렵다고 인정할 수 없고, 달리 이를 인정할 만한 추가적인 주장이나 증거가 없으므로, 피고의 위 주장에 의하더라도 부산지방국세청장 또는 피고가 이 사건 재조사 결정에 따른 재조사를 하였다고 볼 수 없다.
2) 나아가 국세기본법에 따르면, 조세심판원은 심판청구가 이유 있다고 인정될 때 처분청으로 하여금 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있고(제81조, 제65조 제1항 제3호), 재조사 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못하므로(제79조 제2항), 조세심판원의 증액경정 결정은 물론 재조사 결정에 따른 처분청의 증액경정 역시 위 법률 규정에 반하게 된다. 그렇다면 이 사건 재조사 결정은 원고의 심판청구가 이유 있어 이루어진 것으로서 그 주문의 "과세표준과 세액을 경정한다"라는 부분은 "필요한 처분이나 증액경정을 한다"라는 의미가 아니라 "과세표준과 세액을 감액하여 경정한다"라는 의미로 볼 수밖에 없다.
만약 그렇지 않다고 하더라도, 이 사건 재조사 결정의 이유에서 "재개발 사업에 출자된 부동산의 시가는 사업이 시행된다는 것을 전제로 한 개발이익이 포함된 가격으로 평가하여야 할 것인데, 원고가 과세표준신고서에 기재한 감정가액은 관리처분계획인가일 현재의 개발이익이 포함되어 있다고 볼 수는 없으므로 시가로 보기 어렵다"라는 취지로 판단하고 있으며, 재결은 당해 처분에 관하여 재결주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단에 대하여 처분청을 기속하므로(대법원 2003. 4. 25. 선고 2002두3201 판결 등 참조), 특별한 사정이 없는 한 위와 같은 개발이익을 포함하여 과세표준 및 세액을 재산정하면 결국 감액될 수밖에 없다(국세기본법 제65조 제5항이 "재조사 결정이 있는 경우 처분청은 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다"라는 취지로 규정하고 있는데, 위 규정이 처분청의 재조사 의무를 주문에 기재된 범위로 한정한 것을 넘어 기속력의 범위까지 제한하는 것으로 볼 수는 없다).
이러한 점에서도 피고가 이 사건 재조사 결정에 따른 후속 처분을 하였다고 볼 수 없다.
3) 피고가 부산지방국세청장과 함께 이 사건 재조사 결정에 따른 후속 처분에 관하여 검토하였고 그 결과에 따라 이 사건 처분결과통지가 이루어진 사실을 인정하고 있으며, 국세기본법에 따른 재조사 및 처분의 기한인 ‘재조사 결정일로부터 60일’(제65조 제5항 전문)이 지났을 뿐만 아니라, 피고가 이 법원에 이르기까지 이 사건 재조사 결정의 이유와 결론 전반에 대하여 잘못되었다는 취지로 다투면서 이 사건 경정거부처분이 정당하다고 주장하고 있으므로, 이 사건 처리결과통지에 피고가 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지하기로 하였다는 내용의 고지도 포함된 것으로 보기에 충분하다.
4) 이 사건 재조사 결정은 원고의 심판청구가 이유 있으나 피고의 적법한 후속 처분을 조건으로 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지한 것이고, 그럼에도 피고는 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반하여 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지하는 후속 처분을 하였으므로, 이러한 경우 재조사 결정의 기속력 등에 관한 법률 규정의 내용 및 취지 등에 비추어 이 사건 경정거부처분 역시 위법하다고 볼 수밖에 없다(만약 이러한 경우 후속 처분이나 후속 처분을 포함한 재조사 결정에만 기속력에 저촉되는 위법이 있고 재결의 대상이 된 처분에는 아무런 영향을 미치지 않는다고 한다면, 사실상 처분청으로 하여금 재결의 기속력을 부정하고 재결에 이의할 수 있는 권한을 부여하게 되어 재결의 기속력에 관한 법령의 취지에 반하는 결과에 이른다. 그러한 점에서 "원고가 조합원들의 현물출자에 따라 취득한 토지 및 건물에 대하여 관리처분계획인가일 당시의 시가를 취득가액으로 볼 수 없다"라는 등 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반하는 피고의 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 살펴 볼 필요도 없이 이를 받아들일 수 없다).
대법원도 "처분청의 후속 처분이 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 하여 심판청구 대상 처분이 위법하게 되는 것은 아니다"라는 취지의 원심 판단을 잘못이라고 판시한 바 있다(대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두44455 판결 참조).
5) 만약 피고의 주장과 같이 이 사건 재조사 결정과 다른 취지의 조세심판원 결정이나 법원의 판결 등이 있다 하더라도, 위 결정이나 판결이 이 사건 경정거부처분을 직접적인 심판 또는 판단의 대상으로 하지 않은 이상, 그러한 사정만으로 법률에 따른 재조사 결정의 기속력을 배척할 수는 없으므로, 이를 달리 볼 것이 아니다.
6) 이처럼 이 사건 재조사 결정에 따른 재조사가 이루어지지 않은 이상 당심 변론종결 시까지 제출된 자료만으로 원고에게 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없다.
5. 결론
그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김문관(재판장) 박진웅 배동한