법인세등부과처분취소 (세무, 청주지방법원)
공포일: 2005.12.16 / 시행일:

【원 고】 원고 주식회사 (소송대리인 변호사 최정수외 4인) 
【피 고】 충주세무서장
【변론종결】2005. 10. 28.
【주 문】
1. 피고가 원고에 대하여 2001. 12. 29. 한 1997 사업연도 법인세의 부과처분 중 5억 74,245,001원을 초과하는 부분 및 2002. 10. 1. 한 1998 사업연도 법인세의 부과처분 중 19억 80,052,373원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 
3. 소송비용 중 3/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】피고가 원고에 대하여 2001. 12. 29. 한 1997 사업연도 법인세 7억 77,029,050원 및 2002. 10. 1. 한 1998 사업연도 법인세 36억 81,721,931원의 각 부과처분과 2001. 12. 29. 한 1997년도 1기분 부가가치세 60,845,040원 및 1997년도 2기분 부가가치세 16,532,570원, 1998년도 1기분 부가가치세 1억 48,715,990원의 각 부과처분을 각 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고의 설립 및 소외 3 주식회사· 미국법인인 소외 1 주식회사와의 거래 
 (1) 국내법인인 소외 3 주식회사와 미국법인인 소외 4 주식회사는 1995. 8. 24.경 49:51의 비율로 출자하여 회사를 설립·운영하기로 하는 내용의 합작투자계약을 체결한 후 1995. 12. 13. 무선통신망의 개발·제조·마케팅 및 판매 등을 목적으로 하고 충북 음성군 (이하 소재지 생략)을 주사무소로 하는 원고회사를 설립하고, 소외 3 주식회사의 대표이사이던 소외 2와 소외 4 주식회사측의 미합중국인 소외 5가 각 원고의 대표이사로 취임하였는데, 원고는 그 무렵부터 고성능 무선랜에 사용되는 PC Card, Access Point, ISA Card 등을 생산하여 소외 3 주식회사 및 소외 4 주식회사 등에 판매하여 왔다. 
 (2) 한편 소외 2는 소외 3 주식회사의 발행주식 중 73%를 보유하고 있었고 소외 3 주식회사는 다시 소외 1 주식회사의 발행주식 중 20.8%를 보유하고 있었는데, 소외 3 주식회사는 1996.경 보유하고 있던 원고의 주식 117,600주(발행주식 중 49%)를 소외 1 주식회사에게 양도하였다가, 원고의 총 발행주식이 660,000주로 증자된 후인 1997. 3. 3. 소외 1 주식회사로부터 원고의 주식 323,400주(발행주식 중 49%)를 양수하였고, 원고의 총 발행주식이 1,283,000주로 증자된 후인 1998. 7. 2. 원고의 주식 628,670주(발행주식 중 49%)를 소외 1 주식회사에게 양도한 반면, 소외 4 주식회사는 원고의 총 발행주식 중 51%를 계속 보유하였다. 
 (3) 소외 3 주식회사와 소외 4 주식회사는 당초 원고가 생산한 제품을 소외 3 주식회사는 국내시장 및 미국 외의 해외시장에, 소외 4 주식회사는 미국시장에 각 판매하기로 하였다가, 1997. 8. 6.경 소외 3 주식회사가 미국시장에도 판매할 수 있도록 하는 내용으로 당초의 약정을 변경하였고, 이에 따라 원고는 그 무렵 소외 3 주식회사와 사이에 물품대금을 미 달러화로 표시하되 미화 1달러 당 900원의 고정환율을 적용하기로 하는 내용의 매매계약을 체결한 후 1997. 10. 15.부터 1998. 3. 31.까지 소외 3 주식회사에게 고정환율을 적용하여 72억 49,082,250원 상당의 제품을 판매하였으며(이하 ‘고정환율조건부 매매’라 한다), 소외 3 주식회사는 다시 소외 3 주식회사가 100% 출자하여 미국현지에 설립한 PICO사 등에 이를 수출하였고, 원고는 이와는 별도로 생산 제품의 일부를 소외 2가 대표이사로 있던 소외 1 주식회사 등에게도 판매하였는데, 1997. 1. 15.부터 1998. 7. 30.까지 소외 1 주식회사를 통하여 미국에 PC Card 하우징 1,000개, 안테나 50개, PC Card 73,557개, Access Point 3,000개, ISA Card 34,781개를 수출한 이후 관세환율(840원, 845원)에 의하여 매출액을 산정하였다. 
 (4) 한편 원고는 소외 4 주식회사의 지급보증 하에 1998. 4. 21.부터 1998. 7. 6.까지 국내외 은행으로부터 787억 51,036,173원을 원화로 차입하고 미국 보스턴(Boston)은행으로부터 미화 142,620달러를 달러화로 차입하여(Usance Loan) 그 중 일부를 금융기관에 예금으로 예치·보관하던 중, 자금압박을 받고 있던 소외 3 주식회사 및 소외 1 주식회사가 금융기관으로부터 대출받는 데 필요한 담보로 제공하거나 대출금에 대하여 보증을 하였다가 1998. 7.경 소외 3 주식회사와 소외 1 주식회사의 부도로 원고의 예금에 대한 담보권이 실행되는 일방 보증책임을 추궁당하게 되었고, 이에 소외 4 주식회사가 위 지급보증에 따라 원고의 원화차입금 원리금 803억 61,983,277원 및 보스턴은행에 대한 미화차입금 142,620달러를 대위 변제하였다(이하 대위변제 중 원화차입금에 대한 것을 ‘원화차입금 대위변제’, 미화 차입금에 대한 것을 ‘외화차입금 대위변제’라 한다). 
 (5) 원고는 1996. 11. 8.부터 1997. 10. 1.까지 수차례에 걸쳐 소외 1 주식회사로부터 위 회사가 한일리스금융 주식회사(이하 ‘한일리스금융’이라 한다)·한국개발리스 주식회사(이하 ‘한국개발리스’라 한다) 등 리스회사(이하 ‘이 사건 리스회사’라 한다)로부터 금융리스계약(이하 ‘이 사건 리스계약’이라 한다)에 따라 인도받은 기계장치 및 차량운반구(이하 ‘이 사건 리스물건’이라 한다)를 합계 63억 73,513,593원(기계장치 63억 41,125,257원 + 차량운반구 32,388,336원, 이하 ‘이 사건 매매대금’이라 하고, 관련 매매계약을 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)에 현금으로 매입하여 제품 생산 등에 사용하면서 1997 사업연도에는 14억 7,204,254원, 1998 사업연도에는 14억 63,201,508원을 각 감가상각비로 계상하였다가, 1998. 7.경 소외 1 주식회사의 부도에 이어 1998. 8. 18. 원고까지 부도를 낸 이후 이 사건 리스회사로부터 위 리스물건의 반환을 요구받아 1998. 말경부터 이를 반환하게 되자 1998. 12. 31. 위 리스물건의 취득가액 중 미상각 잔액인 35억 3,107,831원을 고정자산제각손실로 손금계상하였는데, 이후 1999년에서 2000년 사이에 위 리스물건이 공매처분되었고, 원고는 2002. 2. 28.경 폐업하였다. 
 (6) 한편 원고는 1997년도 1기분 부가가치세에 관하여 매출세액 17억 53,508,656원, 매입세액 34억 70,057,991원, 환급세액 17억 16,549,335원으로, 1997년도 2기분 부가가치세에 관하여 매출세액 0원, 매입세액 39억 71,334,973원, 환급세액 39억 71,334,973원으로 각 신고한 후 1998. 3. 31. 1997 사업연도 법인세에 관하여 과세표준 81억 52,453,810원, 세액 9억 69,297,099원으로 신고하였고, 1998년도 1기분 부가가치세에 관하여 매출세액 636,363원, 매입세액 26억 52,668,377원, 환급세액 26억 52,032,014원으로 신고한 후 1999. 3. 31. 1998 사업연도 법인세에 관하여 과세표준을 - 5,436,352,143원, 세액을 0원으로 신고하였다.
나. 피고의 세무조사 및 과세처분
 피고는 2001. 9. 20.경 원고에 대한 법인세 일반조사를 거쳐 ① 원고가 특수관계자인 소외 3 주식회사와 사이에 고정환율조건부 매매를 통하여 부당하게 조세부담을 감소시켰다고 하여 선적일자의 환율을 적용한 매매대금과 고정환율조건부 매매대금과의 차액을 익금에 산입하고, ② 원고가 소외 3 주식회사 및 소외 1 주식회사에게 차입금 대위변제 및 외상매입금 지급을 가장한 자금지원을 통하여 실질적으로 자금을 대여하고도 이자를 지급받은 바 없다고 하여 대여금에 대한 가지급금 인정이자를 익금에 산입하는 일방 지급이자를 손금에 불산입하며, ③ 원고가 이 사건 리스회사로부터 리스물건 반환을 요청받자 매도인인 소외 1 주식회사에 대하여 매매대금반환청구 등을 함이 없이 리스물건을 리스회사에 반환하면서 결산시 감가상각이 되지 않은 잔액을 손금처리한 것이 채권을 임의로 포기한 것에 해당하여 접대비로 보아야 한다고 하여 접대비의 손금인정 범위를 초과하는 부분을 손금에 불산입하고, ④ 소외 4 주식회사의 차입금 대위변제로 인하여 발생한 원고의 소외 4 주식회사에 대한 구상채무가 외화채무라고 하여 외화환산 이익을 익금에 산입하며, ⑤ 원고가 외국법인 소외 4 주식회사의 투자를 이유로 외자도입법에 따라 1997 사업연도에 관하여 법인세액 11억 50,037,609원을 감면받았다가 폐업을 하였으므로 위 감면세액이 추징되어야 한다는 등의 이유로, 2001. 12. 29. 원고에게 1997 사업연도 법인세로 93억 71,903,660원(원래 93억 71,903,668원이나 10원 미만 버림, 이하 같다), 1998 사업연도 법인세로 182억 60,950,920원, 1997년도 1기분 부가가치세로 60,845,040원, 1997년도 2기분 부가가치세로 5억 85,016,050원, 1998년도 1기분 부가가치세로 7억 99,831,480원을 각 부과하는 내용의 과세처분을 하였다(이하 위 각 과세처분 중 1998 사업연도 법인세 부과처분을 제외한 부분을 ‘이 사건 당초 처분’이라 한다). 
다. 원고의 이의신청 및 피고의 경정처분
 (1) 그 후 원고가 2002. 4. 1. 대전지방국세청장에게 이의신청을 하자 피고는 이의신청절차가 진행 중인 2002. 6. 11. 별지 Ⅰ 경정처분 내역과 같이 1997 사업연도 및 1998 사업연도의 각 법인세액을 감액 경정하는 내용의 처분을 하였고, 대전지방국세청장은 2002. 7. 23. 원고의 이의신청을 일부 받아들이는 결정을 하였는데, 그 내용은 ① 소외 1 주식회사를 통한 수출액을 선적환율이 아니라 관세환율로 산정함에 따라 발생하는 차액인 4억 67,899,950원을 매출누락으로 보고, ② 이 사건 리스물건의 1998년도 장부가액에 대하여 제각손실로 처리한 것을 접대비로 간주하지 아니하고 그것이 이 사건 리스회사에 반환된 후 1999년 및 2000년 사이에 공매처리되었으므로 제각손실액은 손금불산입 유보처분하고 처분된 시점에 추인한 후 손금불산입 기타 사외유출 처분하며, ③ 원고가 1997 사업연도에 관하여 외자도입법상의 세액감면 요건을 충족하였으므로 감면세액은 1997 사업연도가 아니라 1998 사업연도의 법인세로 추징되어야 한다는 것이다. 
 (2) 이에 피고는 별지 Ⅱ 법인세의 쟁점항목별 변동내역 기재와 같이 ① 소외 3 주식회사 등에 대한 자금지원 부분에 대하여 재조사를 한 후 상당부분을 부당행위계산 부인의 대상에서 제외하였으나, ② 고정자산 제각손실 부분에 대하여는 여전히 접대비로 보아 접대비 한도를 초과한 34억 46,840,423원을 손금에 불산입하였고, ③ 구 외국인투자 및 외자도입법(1998. 9. 16. 법률 제5559호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘외자도입법’이라 한다) 제17조에 따라 외국인투자 감면세액을 추징함에 있어 1997 사업연도의 법인세액에서 제외하고 1998 사업연도 법인세액으로 추가하여 별지 Ⅰ 경정처분 내역과 같이 2002. 9. 25.에는 1997 사업연도 법인세에 관하여 감액경정처분을, 2002. 10. 1.에는 1998 사업연도 법인세에 관하여 증액경정처분을 하였다. 
라. 국세청장의 심사청구결정 및 피고의 경정처분
 (1) 그 후 원고가 2002. 10. 21. 국세청장에게 ① 고정환율조건부 매매에 대한 부당행위계산부인 부분, ② 소외 3 주식회사 등에 대한 대위변제로 인한 구상채권의 인정이자 및 지급이자 부분, ③ 리스자산 상실에 대한 접대비간주 부분, ④ 차입금 대위변제로 인한 구상채무의 외화환산이익 부분에 대하여 불복하여 심사청구를 하자, 국세청장은 2004. 8. 30. ① 고정환율조건부 매매는 세법상 부당행위로 볼 수 없으므로 매매대금과 선적일자 환율을 적용한 매매대금과의 차액을 익금에 불산입하고, 원고의 소외 1 주식회사에 대한 매매대금채권은 제품가격을 미 달러화로 정한 외화채권이므로 부가가치세법 제51조 2호에 따라 선적일자의 외국환거래법에 의한 기준환율 등에 의해 산정한 매매대금액과 실제의 매매대금 수령액과의 차액인 4억 67,899,950원(이하 ‘이 사건 매출누락 부분’이라 한다)을 익금에 산입하며, ② 외상매입금 지급을 가장하여 자금지원을 하였다는 부분은 업무무관 가지급금으로 볼 수 없으므로 그에 대한 인정이자를 익금에 불산입하고 지급이자를 손금에 산입하며, ③ 원고가 이 사건 리스물건이 리스회사의 소유인 것을 알면서도 소외 1 주식회사와 통정하여 불법으로 이를 취득하였으므로 이 사건 리스물건은 원고의 자산으로 볼 수 없어 리스물건의 감가상각비 및 고정자산 제각손실을 전액 손금에 불산입하고, 리스물건의 실제 사용기간에 대한 적정 사용료를 계산하여 손금에 산입하며, 제조원가변동에 따른 기말재고자산(재공품, 제품) 금액을 재계산하고, 리스물건의 취득대금으로 지급한 금액이 가지급금에 해당되는지 여부를 확인하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정하며, ④ 소외 4 주식회사의 원화차입금의 대위변제로 인한 원고의 구상채무는 외화채무가 아니므로 해당 외화환산이익을 익금에서 불산입하나, 외화차입금 142,620달러의 대위변제로 인한 원고의 구상채무는 외화채무이므로 해당 외화환산이익(이하 ‘이 사건 외화환산이익’이라 한다)을 익금에 산입하고, ⑤ 나머지 청구는 기각한다는 내용의 결정(이하 ‘이 사건 심사청구결정’이라 한다)을 하였다. 
 (2) 이후 피고는 이 사건 심사청구결정에 따른 처분을 함에 있어 별지 Ⅱ 법인세의 쟁점항목별 변동내역 기재와 같이 ① 소외 1 주식회사에 대한 매출누락부분 4억 67,899,950원을 1997 사업연도의 익금에 산입하고, ② 소외 1 주식회사에 대한 외상매입금 지급을 가장한 자금지원 부분에 대하여 1997 사업연도에 관하여 업무무관 가지급금의 인정이자를 익금에 불산입하고 지급이자를 손금에 산입하며, 1998 사업연도에 관하여 업무무관 가지급금의 인정이자를 익금에 불산입하고 지급이자를 손금에 산입하며, ③ 이 사건 리스물건에 대한 1997 사업연도 감가상각비 14억 7,204,254원, 1998 사업연도 감가상각비 14억 63,201,508원 및 고정자산 제각손실 35억 3,107,831원을 전액 손금에 불산입하고, 이 사건 리스물건 취득대금에 대하여 1997 사업연도에 관하여 가지급금 인정이자 8억 66,323,694원을 익금에 산입하고 지급이자 5억 55,362,127원을 손금에 불산입하며, 1998 사업연도에 관하여 가지급금 인정이자 9억 72,966,723원을 익금에 산입하고 지급이자 7억 88,493,204원을 손금에 불산입하며, ④ 원고의 구상채무 중 소외 4 주식회사의 원화차입금 대위변제로 인한 부분의 외화환산이익을 1998 사업연도의 익금에 불산입하고, 이 사건 외화환산이익 6,589,044원(=142,620달러×1달러 당 외화환산이익 46.2원)을 1998 사업연도의 익금에 산입하며, ⑤ 원고가 이 사건 리스물건의 리스료를 지급한 바 없고 소외 1 주식회사가 이를 지급하였다는 이유로 이 사건 리스물건의 사용료를 손금에 산입하지 아니하고, ⑥ 이 사건 리스물건의 감가상각비를 비용에서 제외함으로써 발생하는 제조원가변동에 따른 기말재고자산금액의 재계산에 관하여는 원고의 대표이사이던 소외 2의 잠적으로 관련장부를 확인할 수 없고 가공자산에 대한 감가상각비를 손금에 불산입하여야 한다는 이유로 이를 계산하지 않은 채 원고에게 별지 Ⅰ 경정처분 내역의 기재와 같이 2004. 12. 1.에 1997 사업연도 법인세 및 1997년도 2기분 부가가치세에 대하여, 2004. 12. 31.에 1998 사업연도 법인세 및 1998년도 1기분 부가가치세에 대하여 각 감액경정처분을 하였고, 다시 이 사건 소송이 계속 중이던 2005. 4. 4.에 1998 사업연도 법인세에 대하여 재차 감액경정처분을 하였다(이하 이 사건 당초처분 및 2002. 10. 1.자 1998 사업연도 법인세의 부과처분 중 위와 같이 각 감액경정된 후 최종적으로 남은 부분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 
[인정근거] 갑 1, 2호증, 갑 3, 4호증의 각 1 내지 5, 갑 5 내지 7호증, 을 1호증의 1 내지 3, 을 2호증의 1 내지 8, 을 3호증의 1 내지 3, 을 4호증의 1 내지 8, 을 5호증, 을 6, 7호증의 각 1, 2, 을 8호증의 1 내지 11, 을 9호증의 1 내지 7, 을 10호증, 을 11호증의 1 내지 3, 을 12호증, 을 13호증의 1 내지 3, 을 14호증의 1, 2, 을 15, 16호증, 을 17호증의 1 내지 11, 을 21호증, 을 22호증의 1 내지 3, 을 23, 24호증, 을 27, 28호증, 을 29호증의 1, 2, 을 30호증, 을 31호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 당사자들의 주장
 피고는 이 사건 각 처분이 관계 법령에 따른 것이어서 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분이 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.
 가. 이 사건 매출누락 부분 및 외화환산이익의 각 익금산입을 명한 이 사건 심사청구결정은 심사청구대상에 포함되지 아니한 사항에 대하여 판단한 것으로서 국세기본법 제79조 제1항 소정의 불고불리원칙에 위반되어 위법하고, 위와 같이 위법한 심사청구결정에 따라 이루어진 피고의 경정처분은 위법하다. 
 나. 이 사건 심사청구 당시 이 사건 리스물건과 대하여 1997 사업연도에 관하여는 아무런 익금산입 및 손금불산입이 없었고 1998 사업연도에 관하여는 리스물건 상실로 인한 고정자산제각손실 중 접대비 한도를 초과한 34억 46,840,423원만 손금 불산입되어 있었는데, 이 사건 심사청구결정은 리스물건과 관련한 과세표준을 종전의 과세표준보다 1997 사업연도에 관하여 22억 82,890,075원, 1998 사업연도에 관하여 67억 27,769,266원을 각 증액하였으므로 국세기본법 제79조 제2항 소정의 불이익변경금지의 원칙에 위배되어 위법하고, 위와 같이 위법한 심사청구결정에 따라 이루어진 피고의 경정처분 역시 위법하다. 
 다. 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하면 과세관청은 법인세의 과세표준신고기한의 다음날부터 5년이 경과한 후에는 법인세를 부과할 수 없으므로 피고는 원고에게 1997 사업연도 법인세에 대하여는 1998. 4. 1.부터 5년, 1998 사업연도 법인세에 대하여는 1999. 4. 1.부터 5년이 경과한 후에는 이를 각 부과할 수 없음에도, 각 부과제척기간이 경과한 2004. 12. 1.에 1997 사업연도 법인세의 익금에 이 사건 매출누락 부분을, 2004. 12. 31.에 1998 사업연도 법인세의 익금에 이 사건 외화환산이익을 각 산입하고 이 사건 리스물건과 관련한 과세표준을 종전 처분보다 증액하여 경정처분을 하였으므로, 위 경정처분은 부과제척기간이 경과한 후에 이루어진 것으로서 국세기본법 제26조의2에 위배된 것이어서 위법하다. 
 라. 이 사건 리스물건의 소유권이 이 사건 리스회사에게 유보되어 있었으나, ① 민법상 제3자의 소유물에 대한 매매계약도 적법하고, 소외 1 주식회사는 리스회사로부터 금융리스계약에 따라 리스물건을 교부받아 사실상 처분권을 가진 상태에서 원고와 매매계약을 체결하였으며, 원고가 리스물건의 소유권이 리스회사에 유보되어 있다는 것을 알았는지 여부는 매매계약의 효력에 영향을 미치지 못하므로 리스물건의 소유권이 리스회사에 유보되어 있었다 하더라도 위 매매계약은 적법·유효하고, ② 원고가 조세부담의 절감 또는 소외 1 주식회사에 대한 자금지원 목적으로 위 매매계약을 체결하였다고 하더라도 그것만으로 위 매매계약이 민법상 통정허위표시 또는 반사회질서의 법률행위에 해당한다고 볼 수 없으며, ③ 기업회계상 자산인정의 기준이 되는 지배개념은 법적인 소유권과 구별되는데 원고는 이 사건 리스물건에 대하여 대가를 지급하고 그에 대한 적법한 점유권을 취득하여 법적으로 유효한 지배권을 획득하였고, ④ 회사와 사이의 거래에서 이사회결의가 없어 무효라는 점은 거래상대방인 회사가 주장할 수 있는 것이므로 원고가 이를 주장하지 않는 한 피고는 위 매매계약에 대하여 이사회결의가 없어 무효라는 주장을 할 수 없고, 위 매매계약이 당초부터 무효이었다 하더라도 이후 정리채권확정절차에서 원고와 소외 1 주식회사가 위 매매계약이 유효함을 전제로 하는 소송상 화해를 함으로써 위 매매계약은 소급하여 유효하게 되었으며, ⑤ 위 매매계약 당시 소외 1 주식회사의 자금상황이 양호하였으므로 원고는 소외 1 주식회사에 대한 자금지원 목적으로 위 매매계약을 체결한 것이 아니라고 할 것이고, 소외 1 주식회사에 대한 자금지원 목적으로 위 매매계약을 체결하였더라도 정당한 대가를 수령한 이상 대표권 남용행위에 해당하지 않으며, 대표권남용으로 인한 계약무효 주장은 회사인 원고가 주장할 수 있는 것이고, 회사인 원고가 주장하지 않는 한 피고가 이를 주장할 수 없으므로, 기업회계상 이 사건 리스물건은 원고의 자산으로 인정되어야만 하고, 따라서 위 리스물건에 대한 1997, 1998 사업연도의 감가상각액 및 고정자산 제각손실은 모두 손금에 산입되어야 하므로 이와 다른 전제의 이 사건 각 처분은 위법하다. 
 마. 이 사건 매매대금은 적법한 매매계약에 따라 지급되었고 이 사건 매매계약이 무효라 하더라도 최소한 리스물건 사용료의 선급금에 해당하므로 업무와 무관한 가지급금에 해당하지 아니함에도, 피고가 이와 다른 전제에서 이 사건 매매대금에 대하여 부당행위계산부인을 적용하여 그 인정이자 및 지급이자 상당액을 익금에 산입한 것은 위법하다.
 바. 이 사건 리스물건이 원고의 자산으로 인정되지 않는다 하더라도, 이 사건 심사청구결정이 피고에게 이 사건 리스물건의 적정 사용료를 산정하여 손금산입하고, 기말재고자산 금액을 재계산하며, 위 리스물건의 매매대금이 가지급금에 해당하는지 확인하라고 하였음에도, 이후 피고가 이후 위 리스물건의 적정 사용료를 산정하거나 기말재고자산 금액을 재계산하지 않았고 위 리스물건의 매매대금이 가지급금에 해당하는지 여부에 대한 별다른 추가적 조사를 하지 않은 채 경정처분을 한 것은 국세기본법 제80조 제1항 소정의 심사청구결정의 기속력을 위반한 것이므로 위법하다. 
3. 관계법령
 별지 Ⅳ 관계 법령의 기재와 같다. 
4. 판단
가. 심사청구결정이 불고불리원칙 및 불이익변경금지원칙에 위배되는지 여부
 과세처분취소소송에 있어서 심판의 대상은 부과·고지된 세액이 당해 납세의무자가 원래 부담하여야 할 정당한 세액의 범위 내에 있는지 여부로 보아야 하고( 대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결 등 참조), 이는 특별한 사정이 없는 한 과세처분 취소소송의 전심인 심사청구절차에서도 마찬가지로 보아야 하는바, 따라서 납세의무자가 어떤 과세처분에 불복하여 심사청구를 한 경우 국세청장은 그 과세처분의 과세단위의 범위 내에서 원고가 불복하지 않은 과세표준에 대하여도 판단할 수 있되, 다만 심사청구에 대한 결정을 함에 있어 국세기본법 제79조 제2항에 따라 당초 과세처분의 세액을 초과하는 세액을 부과하거나 이를 과세관청에 명할 수 없는 불이익변경금지의 제한을 받을 뿐이라고 보아야 할 것이다. 
 그러므로 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 2002. 10. 21. 국세청장에게 ① 고정환율조건부 매매에 대한 부당행위계산부인 부분, ② 소외 3 주식회사 등에 대한 대위변제로 인한 구상채권의 인정이자 및 지급이자 부분, ③ 리스자산 반환에 대한 접대비간주 부분, ④ 차입금대위변제로 인한 구상채무의 외화환산이익 부분에 대하여 불복하여 이 사건 당초 처분 및 2002. 10. 1.자 1998 사업연도 법인세에 대한 심사청구를 하자, 국세청장이 2004. 8. 30. 원고의 주장을 일부 받아들여 ① 고정환율조건부 매매에 대하여 부당행위계산부인을 적용하지 않고, ② 소외 3 주식회사 등에 대한 대위변제로 인한 구상채권의 인정이자를 익금에 불산입하며 지급이자를 손금에 산입하게 하는 한편, ③ 이 사건 리스물건의 감가상각비 및 고정자산제각손실을 전액 손금에 불산입하여 리스물건과 관련한 과세표준을 종전 처분보다 증액하고, ④ 이 사건 매출누락부분 및 외화환산이익을 각 익금에 산입함으로써 과세표준을 추가하였고, 이에 따라 피고가 2004. 12. 1. 및 2004. 12. 31.에 별지 Ⅰ 경정처분 내역의 기재와 같이 1997, 1998 사업연도의 법인세와 1997년도 2기분 부가가치세 및 1998년도 1기분 부가가치세의 세액을 각 감액경정하는 처분을 한 사실은 위에서 본 바와 같은바, 위 인정사실에 의하면 국세청장은 원고가 심사청구한 과세처분과 동일한 과세단위에 속하는 과세표준의 존부 및 범위에 대하여 결정하였을 뿐 심사청구가 되지 아니한 별개의 과세단위에 속하는 과세표준에 대하여 판단한 바 없으므로, 이 사건 심사청구결정에는 국세기본법 제79조 제1항 소정의 불고불리원칙에 위배된 위법이 없고, 또한 위 심사청구결정에 따라 이루어진 피고의 위 각 경정처분에 의하여 그 세액이 심사청구 전의 세액보다 감액되었으므로, 국세기본법 제79조 제2항 소정의 불이익변경금지원칙에 위배되는 위법이 있다고 볼 수도 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다. 
나. 부과제척기간의 도과 여부
국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에 의하면 심사청구에 대한 결정이 있는 경우에는 위 결정일부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정되어 있는바, 위에서 본 바와 같이 국세청장은 심사청구에 대하여 2004. 8. 30. 심판대상의 범위를 벗어남이 없이 이 사건 심사청구결정을 하였고, 피고는 위 결정일부터 1년이 경과되기 전인 2004. 12. 1. 및 2004. 12. 31. 위 심사청구결정에 따라 별지 Ⅰ 경정처분 내역 기재와 같이 각 경정처분을 하였으므로 위 각 경정처분에 의한 이 사건 각 처분이 제척기간경과 후의 것으로 볼 수는 없으며, 한편 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하다고 보아야 할 것인데( 대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결 참조), 피고는 이 사건 소송이 계속 중인 2005. 4. 4.에 1998 사업연도 법인세의 감면세액 추징금액에서 22억 35,759,142원을 감액하여야 한다는 원고 주장을 받아들여 1998 사업연도 법인세액에서 위 금액 상당을 감액경정하는 처분을 하였으므로 거기에 어떠한 위법이 없다고 볼 수 없고, 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
다. 이 사건 리스물건이 원고의 자산에 해당하는지 여부
 (1) 관계법령 및 자산의 개념
 이 사건에 적용될 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 및 법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것)은 감가상각 대상이 되는 고정자산(이하 ‘감가상각자산’이라 한다)의 범위와 종류에 관하여 따로 규정을 두고 있지 않았으나, 이후 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정된 법인세법 제23조는 감가상각자산을 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 규정하고 있고, 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정된 법인세법 시행령은 감가상각자산의 범위를 기업회계기준상의 고정자산 중 토지를 제외한 일정한 범위의 유형고정자산과 무형고정자산으로 규정하는 한편( 제24조 제1항), 법인이 장기할부조건 등으로 매입한 고정자산을 사업에 사용하는 경우 소유권의 이전여부에 관계없이 그 법인의 감가상각자산으로( 제24조 제3항), 여신전문금융업법에 의한 시설대여된 물건 중 금융리스자산은 리스이용자의 감가상각자산으로( 제24조 제5항) 각 규정하고 있고, 한편 기업회계기준에 의하면 자산은 유동자산과 고정자산으로 구분되고( 제11조 제1호), 고정자산은 다시 투자자산·유형자산 및 무형자산으로 분류되며( 제16조), 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조 제4항, 동법 시행령 제7조의2에 의하여 금융감독위원회의 위탁에 따라 한국회계연구원이 2001. 12. 27. 작성한 「기업회계기준서 제5호 유형자산」(2002. 12. 31.부터 시행됨)에 의하면, ‘유형자산’은 재화의 생산, 용역의 제공, 타인에 대한 임대 또는 자체적으로 사용할 목적으로 보유하는 물리적 형체가 있고 1년을 초과하여 사용할 것이 예상되는 자산으로서, 그로부터 발생하는 미래 경제적 효익이 기업에 유입될 가능성이 매우 높고 그 취득원가를 신뢰성 있게 측정할 수 있는 것이어야 하고[5항 (가), 6항], ‘감가상각’은 유형자산의 감가상각대상금액을 그 자산의 내용연수 동안 체계적인 방법에 의하여 각 회계기간에 배분하는 것을 말하며[5항 (나)], 유형자산은 그것이 처분되거나, 영구적으로 폐기되어 미래의 경제적 효익을 기대할 수 없게 될 때 대차대조표에서 제거되는(37항) 것으로 되어 있는바, 위와 같은 법령의 규정 등을 종합하여 보면, 감가상각자산은 원칙적으로 법인 소유의 자산에 한하나, 법인이 법률상 소유권을 취득하지 못하였더라도 그에 대한 일정한 법률상의 지배를 하고 있어 사실상 법인의 소유에 속하는 자산은 감가상각자산에 해당된다고 보아야 할 것이다. 
 (2) 인정사실 
 앞서 든 증거들 및 을 18호증의 1, 2, 을 19호증의 1 내지 4, 을 20호증, 을 25호증의 1 내지 3, 을 26호증의 각 기재를 종합하면, 소외 1 주식회사는 1995. 9. 7. 한일리스금융와 사이에, 1996. 7. 11. 한국개발리스와 사이에 각각 금융리스계약을 체결하였는데, 그 계약에 의하면 리스이용자는 리스물건을 제3자에게 양도하지 못하고 이를 위반할 경우 리스회사는 기한의 이익을 상실시켜 리스이용자에게 즉시 잔존 리스료 전액의 지급을 청구하거나 리스계약을 해지할 수 있는 것으로 규정되어 있는 사실, 소외 1 주식회사는 이후 리스회사와 사이에 1997. 3. 28. 및 같은 달 31. 등 수차에 걸쳐 리스계약의 목적물을 추가·변경하는 내용의 계약을 체결한 사실, 원고는 1996. 11. 8.부터 1997. 10. 1.까지 사이에 15회에 걸쳐 소외 1 주식회사로부터 위 회사가 이 사건 리스회사로부터 금융리스계약에 따라 인도받은 이 사건 리스물건 85점을 합계 63억 73,513,593원에 현금을 주고 매입하였는데, 1996. 9. 1.경 원고와 소외 1 주식회사 사이에 작성된 기본매매계약서(갑 5호증)에는 소외 1 주식회사가 매매대상물건이 통관된 시점에서 원고에게 매매대상물건에 대한 증빙서류를 첨부하고 계산서를 발행하여 매매대상물건을 인도하며, 원고는 매매대상물건을 인도받은 날부터 60일 이내에 매매대금을 현금으로 지급하는 외, 물건의 운반 및 설치비용을 모두 부담하는 것으로 되어 있는 사실, 이후 원고는 위 리스물건을 제품생산 등에 사용하던 중 1998. 7.경 소외 1 주식회사의 부도 후 1998. 8. 7. 소외 1 주식회사의 화의절차개시신청에 의하여 1998. 8. 14. 청주지방법원 98거56호로 위 회사재산에 대한 보전처분결정이 내려진 다음 1998. 말경 위 리스회사로부터 위 리스물건의 반환을 요구받게 되자 이를 전부 반환한 사실, 원고는 위 리스물건에 대하여 1997 사업연도에는 14억 7,204,254원을, 1998 사업연도에는 14억 63,201,508원을 각 감가상각비로 계상하였고, 위와 같이 리스물건을 반환하게 되자 1998. 12. 31. 위 리스물건의 취득가액 중 감가상각되지 않은 잔액 35억 3,107,831원을 고정자산 제각손실로 손금계상한 사실, 1998. 5.경 원고에 대한 회계감사과정에서 원고가 소외 3 주식회사 등의 자금차입을 위하여 예금 등을 담보제공하고 지급보증한 사실을 소외 4 주식회사가 알게 되자, 소외 2는 1998. 7.경 국외로 도피하였고, 이에 원고는 소외 2를 대표이사에서 해임한 사실, 그 후 소외 2는 2002. 1. 11.경 조세범처벌법위반으로 청주지방검찰청 충주지청에 고발되었으나 2002. 4. 30. 소재불명으로 기소중지된 사실, 한편 1999. 3. 10. 소외 1 주식회사가 화의절차개시신청을 취하한 후 1999. 7. 30. 청주지방법원 99회1호로 소외 1 주식회사에 대하여 회사정리절차개시결정이 내려지자, 원고는 1999. 8. 26. 위 법원에 이 사건 매매관련 채권 65억 5,366,844원(한일리스금융 관련 8억 84,614,772원 + 한국개발리스 관련 50억 29,355,087원 + 부가가치세 5억 91,396,985원) 및 불량원재료 매매대금반환채권 70억 92,355,477원 등을 정리채권으로 신고하였는데, 그 중 매매관련 채권에 대하여는 이의가 없었으나, 나머지 부분에 대하여는 소외 1 주식회사로부터 이의가 있자, 1999. 10. 19. 위 법원 99가합4709호로 소외 1 주식회사를 상대로 불량원재료 매매대금반환채권 등 합계 1,971억 93,492,936원의 정리채권 확인을 구하는 정리채권확정의 소를 제기하였고, 위 소송의 계속 중인 2000. 3. 8. 소외 1 주식회사와 사이에 원고가 소외 1 주식회사에 대하여 불량원재료 대금반환과 관련하여 70억 92,355,477원의 정리채권이 있음을 확정하고 원고의 나머지 청구를 포기하는 내용의 소송상 화해를 한 사실, 2000. 3. 8.경 원고는 소외 1 주식회사 및 위 회사정리절차에서 소외 1 주식회사의 인수자로 지정된 소외 6 주식회사 등과 사이에 원고가 위 회사정리절차의 정리계획안에서 원고의 정리채권에 대한 변제율을 0%로 하는 데 동의하기로 합의하였고, 그 무렵 회사정리계획이 인가되어 2000. 12. 20. 위 회사정리절차가 종결된 사실, 원고는 2002. 2. 28.경 폐업하였고 이후 상법 제520조의2 제1항에 따라 휴면회사로서 해산간주되어 2003. 12. 1. 해산등기가 경료된 사실을 인정할 수 있다. 
 (3) 판단
 (가) 이 사건 매매계약의 목적 및 경위
 위 인정사실에 의하면 이 사건 매매계약은 1996. 11. 8.부터 1997. 10. 1.까지 15회에 걸쳐 체결되었고, 이 사건 리스계약의 체결일자가 당초에는 이 사건 매매계약의 체결일자보다 선행하였으나 이후 일정시점부터는 매매계약 체결일자와 병존하는 점, 위 매매계약서에 이 사건 리스물건이 국내에 수입되어 통관절차를 마침과 동시에 바로 원고에게 인도되는 것으로 되어 있는 점, 원고는 이 사건 리스물건을 약 2년 간 제품생산 등에 사용하여 오다가 1998. 말경부터 리스회사에 반환한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 리스물건 중 일부는 원래 소외 1 주식회사가 금융리스계약에 따라 사용하던 물건이었다가 이후 원고에게 매도되어 원고의 제품생산 등에 사용되었고, 나머지는 처음부터 원고의 필요에 의하여 소외 1 주식회사에 의한 금융리스계약을 통하여 외국으로부터 도입된 것으로 보이며, 원고와 소외 1 주식회사 사이의 기본 매매계약서(갑 5호증)에는 매매대금의 기재가 없고 반면 소외 1 주식회사로부터 구매한 차량운반구 및 기계장치 명세(을 17호증의 2)에는 개개 물건의 취득가액이 기재되어 있는 점에 비추어 원고와 소외 1 주식회사는 이 사건 리스물건을 수차례에 걸쳐 매매함에 있어 개개의 리스물건에 대한 리스료 총액을 매매대금으로 정한 것으로 보이는데, 소외 1 주식회사가 리스회사와 사이에 리스계약을 체결한 후 리스회사에게 리스계약보증금 및 일부 리스료만을 지급한 상태에서 원고로부터 일시에 리스료 총액 상당의 금액을 현금으로 지급받음으로써 위 리스료총액 상당액과 이미 지급한 리스보증금 등과의 차액 상당에 해당하는 금융이익을 취득하게 되었고 이후 위 차액에서 리스회사에 각 분기별 리스료를 순차로 일부씩 납부하였을 것으로 보이는 점, 원고와 소외 1 주식회사 및 소외 2의 관계에 비추어 원고는 제품 생산설비를 갖추기 위하여 이 사건 리스물건이 필요하게 되자, 이를 조달함과 동시에 특수관계자인 소외 1 주식회사에게 위와 같은 금융이익을 제공하기 위하여 이 사건 리스물건 중 일부에 관하여는 소외 1 주식회사가 사용하던 것을 인수하고, 나머지 부분에 관하여는 원고가 직접 리스회사와 리스계약을 체결하는 대신 소외 1 주식회사로 하여금 리스회사와 리스계약을 체결하게 한 후 소외 1 주식회사로부터 리스물건을 매입하는 우회적 방법으로 취득하여 사용한 것으로 보인다. 
 (나) 이 사건 리스물건을 이 사건 리스회사 또는 소외 1 주식회사의 자산으로 볼 수 있는지 여부 
 1) 먼저 이 사건 리스물건을 이 사건 리스회사의 자산으로 볼 수 있는지에 관하여 보건대, 이 사건 리스계약서에 리스이용자는 리스물건을 제3자에게 양도하지 못하고 이를 위반할 경우 리스회사가 위 리스계약을 해지할 수 있는 것으로 규정되어 있는 사실은 위에서 본 바와 같으나, 1998. 7. 23. 작성된 리스회계처리준칙에 의하면 금융리스계약의 경우 리스물건에 대한 위험과 효익이 리스이용자에게 귀속하므로 리스이용자의 자산으로 보아 리스이용자의 감가상각을 인정하고 있고, 따라서 리스물건은 일단 리스회사의 자산으로 계상되어 있다가 금융리스계약에 따라 리스이용자에게 인도됨과 동시에 리스이용자의 자산으로 계상되고, 그 대신 리스이용자에 대한 리스료채권이 리스회사의 자산으로 계상되게 된다고 할 것인바, 리스회사의 주된 관심은 리스료를 지급받는 데 있고 리스물건은 그에 대한 일종의 담보로서의 기능을 하게 되는 것이므로, 이 사건과 같이 리스이용자인 소외 1 주식회사가 리스계약에 위반하여 리스물건을 제3자에게 양도한 경우에도 리스회사로서는 리스물건을 양수한 제3자와 리스이용자의 관계 및 그 제3자의 자력 유무 등을 감안하여 리스료를 안정적으로 지급받는 데 별다른 지장이 없다고 보이는 경우 종전과 같이 리스이용자와의 리스계약관계를 유지하고자 할 수도 있는 점, 리스회사가 리스계약을 해지하고 리스물건의 반환을 청구하였는지 여부와 관계없이 리스물건의 무단양도와 동시에 리스물건이 회계상 당연히 리스회사의 자산으로 복귀한다고 볼 경우 리스물건이 아닌 리스이용자에 대한 리스료채권을 자신의 자산으로 인식하여 온 리스회사의 회계처리와 부합하지 않게 되는 점 등에 비추어 보면, 리스이용자가 리스물건을 제3자에게 양도하였다 하여 리스물건이 회계상 당연히 리스회사의 자산으로 복귀하는 것이 아니고, 리스회사가 위와 같은 사정을 인식하고 리스계약을 해지하거나 또는 리스물건을 현실적으로 회수한 시점에 비로소 리스물건이 리스회사의 자산으로 복귀된다고 봄이 상당한바, 이 사건에서 리스회사는 1998. 말경 에 이르러 원고에게 이 사건 리스물건의 반환을 요구하였으므로, 위 시점에 리스이용자인 소외 1 주식회사에 대하여 이 사건 리스계약을 해지하였다고 할 것이므로, 적어도 이 사건 리스물건이 리스이용자인 소외 1 주식회사를 통하여 원고에게 인도된 때부터 위 시점에 이르기까지의 기간에 대하여는 이 사건 리스물건을 리스회사의 자산으로 파악할 수는 없다 할 것이다. 
 2) 다음으로 이 사건 리스물건을 소외 1 주식회사의 자산으로 볼 수 있는지에 관하여 보건대, 소외 1 주식회사는 당초 금융리스계약에 의하여 이 사건 리스물건을 인도받았으므로 이를 고정자산으로 감가상각할 수 있는 상태에 있었으나, 원고와 사이에 이에 관한 매매계약을 체결한 후, 이 사건 리스물건 중 일부는 자신이 리스회사로부터 인도받아 사용하던 중, 나머지는 리스회사로부터 인도받음과 동시에 각 원고에게 그 점유를 이전한 점, 상당수의 리스물건은 당초부터 소외 1 주식회사가 아닌 원고의 필요에 따라 도입되었고 소외 1 주식회사는 단지 금융이익을 제공받기 위하여만 위 리스물건의 리스이용자가 되었으며 위 리스물건이 아닌 그 매매대금을 자신의 자산으로 인식하여 회계처리한 것으로 보이는 점, 위 매매계약으로 인하여 금융이익을 제공받은 소외 1 주식회사가 원고에게 위 매매계약의 무효를 주장하여 이 사건 리스물건의 반환을 청구하는 것은 기대하기 어려웠고 실제로 그와 같은 청구를 한 바 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 리스물건을 소외 1 주식회사의 자산으로 보는 것은 타당하지 아니하다. 한편, 이 사건 리스계약서에 리스이용자가 리스물건을 제3자에게 양도할 경우 리스회사가 리스계약을 해지할 수 있는 것으로 규정되어 있는 사실은 위에서 본 바와 같으나, 이러한 사정이 리스물건을 리스회사의 자산으로 인정하는 근거가 되는 것은 별론으로 하고, 위 리스물건을 이미 원고에게 매도하여 인도까지 마친 소외 1 주식회사의 자산으로 인정하는 근거가 될 수는 없다. 또한 위 인정사실에 의하면 소외 1 주식회사가 위 리스물건의 매도 이후에도 부도시점 무렵까지 계속 리스료를 지급한 것으로 보이나, 이는 원고와 소외 1 주식회사 사이의 매매계약 이후에도 소외 1 주식회사와 리스회사 사이의 리스계약 관계가 변경되지 않은 데 따른 것으로서, 소외 1 주식회사가 원고로부터 장래의 잔존 리스료를 포함한 리스료 전액을 매매대금으로 일시에 지급받아 순차적으로 지급기일이 도래하는 리스료를 지급한 것에 불과하므로, 이러한 사정이 위 리스물건을 소외 1 주식회사의 자산으로 인정하는 근거가 될 수도 없다. 
 (다) 실질과세원칙에 의하면 이 사건 리스물건을 원고의 감가상각자산으로 볼 수 없는지 여부
국세기본법 제14조 제1항은 ‘과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다’고 규정하고, 같은 조 제2항은 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다’고 규정하고 있으며, 회계학상 감가상각이란 시간의 경과나 사용에 따라 일정한 기간 후 가치가 소멸되는 고정자산에 대하여 자산의 취득원가를 사용기간 동안에 일정한 방법에 의하여 배분하는 것이다. 피고는 국세기본법 소정의 실질과세원칙을 이유로 하여 이 사건 매매계약을 단순히 소외 1 주식회사에 대한 대여로 파악하고 이 사건 리스물건이 원고의 감가상각자산이 아니라고 하나, 뒤에서 보는 바와 같이 위 매매계약에 따라 지급된 매매대금 중 금융이익의 제공에 해당하는 부분만이 부당행위계산부인의 대상이 될 뿐 아니라, 원고가 비록 이 사건 리스물건을 리스이용자인 소외 1 주식회사로부터 현금 매수하는 이례적인 방법으로 취득하기는 하였으나 위 리스물건을 원고의 제품생산 등에 현실적으로 사용하여 왔고, 그에 따라 위 리스물건의 가치가 감소되었으며, 위 리스물건을 리스회사 또는 소외 1 주식회사의 자산으로 인정할 수 없음은 위에서 본 바와 같으므로, 원고가 이 사건 리스물건을 실질적으로 취득하여 사용한 이 사건의 경우에는 피고의 주장과 같이 실질과세원칙을 이유로 이 사건 리스물건이 원고의 감가상각자산이 아니라고 할 수는 없다. 
 (라) 원고가 이 사건 리스물건에 대하여 감가상각을 한 것이 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부 
법 제20조에 의하면 ‘내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’에는 부당행위계산부인의 대상이 되는 것으로 규정하고 있는바, 원고가 리스계약의 대상 되는 리스물건을 현금으로 매수하는 이례적인 거래행위를 하기는 하였으나, 이 사건 리스물건을 상당 기간 제품생산 등에 현실적으로 사용하여 온 점, 원고가 리스회사와 직접 리스계약을 체결하고 그로부터 리스물건을 인도받는 등으로 정상적 거래를 하였을 경우 그에 대한 감가상각이 당연히 인정되었을 것인 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 매매계약으로써 소외 1 주식회사에게 금융이익을 제공한 부분에 대하여 실질적 자금대여로 보아 부당행위계산부인을 적용하는 것은 별론으로 하고, 원고가 위 리스물건을 자산으로 보아 감가상각한 것을 위 법조 소정의 ‘소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨’ 경우에 해당한다고 볼 수는 없다 할 것이다. 
 (마) 이 사건 매매계약이 부적법하여 무효인지 여부
 1) 타인의 물건에 관한 매매계약의 효력
민법 제569조는 매매의 목적이 된 권리가 타인에게 속하는 경우에는 매도인은 그 권리를 취득하여 매수인에게 이전하여야 한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 매매계약 당시 이 사건 리스물건의 소유권이 매도인인 소외 1 주식회사가 아닌 리스회사에게 속하였다는 이유만으로 그에 대한 매매계약이 무효라고 볼 수는 없다( 대법원 1993. 8. 24. 선고 93다24445 판결 등 참조). 
 2) 통정허위표시에 해당하는지 여부
민법 제108조 소정의 통정허위표시라 함은 표의자가 상대방과 통정하여 진의와 일치하지 않는 의사표시를 하는 것을 말하는바, 이 사건에서 원고는 제품생산 등에 필요한 이 사건 리스물건을 취득함과 동시에 소외 1 주식회사에 대한 자금지원효과를 거두기 위하여 소외 1 주식회사와 사이에 이 사건 매매계약을 체결하였고, 이후 원고가 위 계약에 따라 소외 1 주식회사에게 매매대금을 지급하고 위 리스물건을 인도받아 약 2년간 사용한 점에 비추어 보면, 원고가 소외 1 주식회사와 통정하여 이 사건 매매계약에 관하여 진의와 일치하지 않는 의사표시를 하였다고 할 수 없으므로, 이 사건 매매계약은 민법 소정의 허위표시에 해당한다고 볼 수 없다. 
 3) 대표권남용에 해당하는지 여부
 주식회사의 대표이사가 그 대표권의 범위 내에서 한 행위는 설사 대표이사가 회사의 영리목적과 관계없이 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 그 권한을 남용한 것이라 할지라도 일단 회사의 행위로서 유효하고, 다만 그 행위의 상대방이 대표이사의 진의를 알았거나 알 수 있었을 때에 한하여 회사에 대하여 무효가 되는 것인바( 대법원 2005. 7. 28. 선고 2005다3649 판결 등 참조), 위와 같은 이른바 대표권남용법리의 취지는 대표이사가 회사에 대한 충실의무를 위반하여 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 하는 대표행위의 효력을 부인함으로써 회사의 정당한 이익을 보호하고자 하는 것이다. 그런데 이 사건에서 원고의 대표이사이던 소외 2는 원고의 제품생산설비를 조달함에 있어 리스회사로부터 직접 리스받는 대신 소외 1 주식회사에게 자금지원을 하기 위하여 그로부터 리스물건을 현금으로 매수함으로써 원고로 하여금 리스회사로부터 리스물건을 회수당할 수 있는 불안정한 지위에 놓이게 하는 일방 소외 1 주식회사에게는 금융이익을 제공하는 행위(이하 ‘이 사건 대표권남용행위’라 한다)를 하였고, 거래상대방인 소외 1 주식회사로서도 위 소외 2가 소외 1 주식회사의 이익을 도모하기 위하여 위 매매계약을 체결하는 것을 알고 있었다고 보이나, 한편 이 사건 대표권남용행위를 이유로 이 사건 매매계약을 무효로 볼 경우 원고는 이 사건 리스물건에 대한 감가상각 금액을 손금에 산입하지 못하게 되는데, 뒤에서 보는 바와 같이 리스회사가 리스물건을 취득한 금액 및 소외 1 주식회사에 대한 리스기간 등 리스물건의 차임산정에 필요한 자료가 없는 이 사건의 경우에는 리스물건의 매매대금을 리스물건에 대한 차임의 선급금으로 보아 손금에 산입하는 것이 곤란하게 되는바[피고는 국유재산법시행령 제26조 소정의 제1항 제5호에 따라 이 사건 매매대금의 5%를 리스물건의 사용료로 산정할 수 있다고 주장하나, 국유재산법시행령 제26조 제1항이 사용료 산정의 기준을 정한 국유재산은 토지 및 건물 등 장기간에 걸쳐 사용되더라도 가치소모가 없거나 적은 물건이 대부분을 차지하는 데 비하여, 이 사건 리스물건은 제품의 생산주기가 짧은 컴퓨터통신 관련 제품의 생산에 사용되므로 기술적 진부화(陳腐化) 등으로 인하여 비교적 단기간 내에 경제적 가치가 소모되고 감가상각기간도 비교적 단기간인 점에 비추어, 이 사건 리스물건의 차임을 산정함에 있어 위 국유재산법시행령상 사용료율을 적용하는 것은 적절하지 않고, 당초 리스회사가 리스물건을 취득하면서 지급한 대금과 이후 소외 1 주식회사에게 리스하면서 정한 리스기간을 참작하여 산정하여야 할 것이다], 대표권남용 법리의 취지는 회사의 이익을 보호하기 위한 것인데, 이 사건의 경우 과세관청이 대표권남용행위의 무효를 주장함으로 인하여 회사인 원고에게 오히려 불이익을 가져다주어 대표권남용 법리의 취지에 반하게 되는 특별한 사정이 있는 점, 원고가 소외 1 주식회사에 대한 회사정리절차에서 이 사건 리스물건의 매매대금반환채권을 정리채권으로 신고하였고, 당초의 대표이사인 소외 2를 해임한 후 이 사건에서 위 대표권남용행위의 효력을 부인하지 않고 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 위 대표권남용행위를 묵시적으로 추인한 것으로 보이고, 이 사건 매매계약으로 금융이익을 제공받은 소외 1 주식회사가 대표권남용행위를 이유로 원고에게 리스물건의 반환을 청구할 가능성도 없었으며, 회계상 자산의 인정여부가 반드시 소유권의 귀속과 일치하지 아니하므로, 이 사건 대표권남용행위를 이유로 이 사건 리스물건이 원고의 자산에 속하지 않는다고 볼 수는 없다. 
 4) 사회질서에 반하는 법률행위에 해당하는지 여부
 원고의 대표이사인 소외 2가 이 사건 매매계약을 통하여 대표권남용행위를 한 사실은 위에서 본 바와 같고, 당시 위 소외 2가 소외 1 주식회사의 대표이사를 겸하고 있었으나, 위와 같은 사정만으로 원고와 소외 1 주식회사 사이의 이 사건 매매계약이 민법 제103조 소정의 사회질서에 반하는 법률행위에 해당한다고 단정하기는 어렵고, 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 리스물건을 원고의 자산이 아니라고 할 경우 위 대표권남용행위로 인한 피해자인 원고에게 오히려 불이익이 있게 되는 점, 이 사건 리스물건을 원고가 사실상 지배하여 사용하여 왔고, 그 동안 위 대표권남용행위의 효력을 부인하지 아니하는 등으로 이를 묵시적으로 추인한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이를 이유로 이 사건 리스물건을 원고의 자산에서 배제하여 원고가 감가상각하는 것까지 부인하는 것은 부당하다고 할 것이다. 
 5) 이사회의 결의를 요하는 사항임에도 이사회의 결의를 흠결하였는지 여부
 을 27호증의 기재에 의하면 원고의 정관에 회사와 주주 간 계약의 체결, 변경, 폐기 등에 대하여는 이사회의 결의를 요하는 것으로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있고, 원고와 원고의 주주인 소외 1 주식회사가 이 사건 매매계약을 체결한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 매매계약은 정관상 원고의 이사회 결의를 요한다고 할 것이고, 또한 상법 제393조는 중요한 자산의 처분 및 양도, 대규모 자산의 차입 등 회사의 업무집행에 대하여 이사회 결의를 요하는 것으로 규정하고 있는데, 을 제28호증의 기재에 의하면 원고의 자본금은 1998. 10. 12. 현재 128억 30,000,000원인 사실을 인정할 수 있고, 이 사건 리스물건이 위 자본금의 약 1/2 상당인 63억 73,513,593원인 점은 위에서 본 바와 같으므로 이 사건 매매계약은 상법 소정의 이사회의 결의를 요하는 업무집행에 해당한다고 할 것이고, 위 매매계약에 대하여 원고의 적법한 이사회 결의가 있었다고 볼 자료가 없으나, 한편 회사의 정관 또는 상법에서 회사의 거래에 대하여 이사회의 결의를 요하도록 한 것은 회사의 이익을 보호하기 위한 것인데, 원고 이사회의 결의가 없었음을 이유로 이 사건 매매계약의 효력을 부인하는 것은 원고에게 불이익한 결과를 가져와 이사회 결의를 요하도록 한 취지에 어긋나고 원고가 그 동안 이를 이유로 위 매매계약의 효력을 부인한 바 없는 점, 원고가 이 사건 리스물건을 실제로 인도받아 사용하여 온 점 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 매매계약을 묵시적으로 추인한 것으로 보이므로 이 사건 리스물건은 원고의 자산에 속한다 할 것이다. 
 (바) 소결론 및 손금산입의 범위
 1) 그러므로 리스회사가 소외 1 주식회사에 이 사건 리스계약을 해지하면서 원고에게 이 사건 리스물건의 반환을 청구한 것으로 보이는 1998. 말경까지는 원고가 매수인으로서 이 사건 리스물건을 원고의 자산으로 인정하는 데 필요한 법률상의 지배를 하고 있었다고 할 것이므로, 이 사건 리스물건은 1997, 1998 사업연도에 관하여 원고의 자산에 속한다고 봄이 상당하다. 
 2) 따라서 1997, 1998 사업연도에 관한 위 리스물건의 감가상각액은 법 제9조 제3항, 법 시행령 제12조 제2항 제5호에 따라 손금에 산입되어야 할 것인바, 나아가 원고가 리스회사로부터 반환을 요구받을 때까지 감가상각되지 않고 있던 리스물건의 잔액 35억 3,107,831원(이하 ‘고정자산 제각손실액’이라 한다)을 1998 사업연도의 손금에 산입할 수 있는지에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실에 의하면 원고가 이 사건 리스회사로부터 리스물건의 반환을 요구받아 반환한 1998. 말경 위 리스물건이 원고의 자산에서 이탈함으로써 회계상 고정자산 제각손실액 상당의 자산이 감소하게 되는 것은 인정이 되나, 한편 리스물건이 반환됨과 동시에 원고는 소외 1 주식회사에 대하여 이 사건 매매관련 채권을 취득하게 되었다고 할 것이므로, 위 채권을 1998 사업연도의 자산에 계상할 수 있는지가 문제된다. 
 3) 원고는, 이 사건 매매 관련 채권은 리스물건의 반환이라는 강제적인 성격의 거래에서 발생한 것이어서 기업회계상 보수주의 원칙에 비추어 고정자산처분이익으로 인식될 수 없으므로 원고의 자산으로 볼 수 없다고 주장하는바, 법인세법은 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 있는 것으로 보아 과세소득을 계산하는 이른바 권리의무확정주의를 채택하고 있고, 다만 소득의 원인이 되는 채권이 발생된 때라 하더라도 그 채권이 채무자의 도산으로 인하여 회수불능이 되어 장래 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백한 때에는 그 소득을 과세대상으로 하여 법인세를 부과할 수 없도록 하고 있으나, 이 때 그 채권의 회수불능여부는 구체적인 거래내용과 그 후의 정황 등을 따져서 채무자의 자산상황, 지급능력 등을 종합하여 사회통념에 의하여 객관적으로 평가하는 방법으로 판정하여야 할 것인데( 대법원 2004. 11. 25. 선고 2003두14802 판결, 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결, 2002. 10. 11. 선고 2002두1953 판결 등 참조), 이 사건의 경우 원고가 이 사건 리스회사로부터 리스물건의 반환을 요구받은 1998. 말경 소외 1 주식회사에 대한 위 매매관련 채권이 발생하였다고 봄이 상당하고, 앞서 본 바와 같이 원고가 1999. 8. 26. 위 매매관련 채권 등을 정리채권으로 신고하자 소외 1 주식회사가 이의를 제기한 바 없는 점, 원고가 2000. 3. 8.에 이르러서야 소외 1 주식회사의 인수자와 사이에 원고의 정리채권에 대한 변제율을 0%로 하는 데 동의하고 회사정리계획안이 인가된 점, 법 시행령(1998. 2. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 제21조, 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문개정되기 전의 것) 제9조 제2항 제13호의 규정에 의하면 「회사정리법에 의한 정리계획인가의 결정에 따라 회수불능채권으로 확정된 채권」을 대손금으로 손금산입 하도록 규정하고 있는 점을 감안하면, 씨아이에스가 1998. 7.경 부도를 냈다고 하더라도 당시 위 채권이 「채무자의 도산으로 인하여 회수불능이 되어 장래 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백한 때」에 해당한다고 볼 수 없으므로, 위 매매대금 반환채권은 1998 사업연도에 발생하여 확정되었다고 할 것이어서 위 사업연도의 자산으로 계상되어야 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 4) 나아가 위 매매관련 채권 중 자산으로 계상되어야 할 범위에 관하여 보건대, 피고는 원고가 위 리스물건 반환으로 인하여 소외 1 주식회사에 대하여 매매대금 65억 5,366,844원 중 부가가치세액 5억 91,969,859원(=6,505,366,844원×1/11)을 공제한 59억 13,969,859원 상당의 미수금채권을 자산으로 취득하게 되므로 위 금액 상당이 익금에 산입되어야 한다고 주장하는바, 원고가 1999. 8. 26. 소외 1 주식회사에 대한 회사정리절차에서 65억 5,366,844원의 매매관련 채권을 신고하여 정리채권으로 확정된 사실은 앞서 본 바와 같으나, 원고가 1996. 11. 8.부터 1997. 10. 1.까지 15회에 걸쳐 소외 1 주식회사로부터 이 사건 리스물건을 인도받아 제품생산 등에 사용하여 온 결과 1997 사업연도에 14억 7,204,254원, 1998 사업연도에 14억 63,201,508원의 감가상각이 각 발생한 사실이 있으므로 위 리스물건의 반환에 따라 소외 1 주식회사에 대하여 취득하는 매매관련 채권의 범위는 위 리스물건의 잔존가치 상당에 그친다고 봄이 상당하고, 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다. 
 5) 결국 원고가 취득하는 이 사건 리스물건의 매매관련 채권액은 원고가 계상한 고정자산 제각손실액과 동일한 금액이므로, 원고의 주장과 같이 고정자산 제각손실액을 1998 사업연도의 손금에 산입한다 하더라도 동액 상당의 매매관련 채권이 익금에 새로이 산입되므로 법인세의 과세표준에는 변화가 있다고 볼 수 없다. 
라. 이 사건 매매대금이 대여금에 해당하여 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부
 (1) 법 제20조에 의하면 ‘내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’에는 부당행위계산부인의 대상이 되는 것으로 규정하고 있고, 법 시행령 제46조 제2항 제7호는 ‘출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때’를 부당행위계산부인의 대상으로 규정하고 있는데, 법 제20조 소정의 부당행위계산 부인이라 함은 법인이 특수관계자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 법 시행령 제46조 제2항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것인바( 대법원 2004. 10. 27. 선고 2003두9893 판결 참조), 이 사건의 경우 원고가 이 사건 리스물건을 리스회사로부터 직접 리스받는 대신 소외 1 주식회사에게 금융이익을 제공하기 위하여 소외 1 주식회사로 하여금 이 사건 리스물건을 리스회사로부터 리스받게 한 후 이를 다시 현금으로 매수한 사실, 원고가 소외 1 주식회사로부터 이 사건 리스물건을 매수함에 있어 개개의 리스물건에 대한 리스료 총액을 매매대금으로 정하여 현금으로 지급함에 따라 소외 1 주식회사는 리스회사와 사이에 리스계약을 체결한 후 리스회사에게 리스계약보증금 및 일부 리스료만을 지급한 상태에서 원고로부터 일시에 리스료 총액 상당의 금액을 현금으로 지급받음으로써 위 리스료 총액 상당의 금액과 이미 지급한 리스보증금 등과의 차액 상당에 해당하는 금융이익을 취득하게 된 사실은 앞서 본 바와 같은바, 위 인정사실에 의하면 원고가 이 사건 리스물건을 리스회사로부터 직접 리스받지 않고 리스이용자인 소외 1 주식회사로부터 매수함으로써 자금을 실질적으로 대여한 것은 경제적 합리성을 무시한 것이므로 법 제20조 및 법 시행령 제46조 제2항 제7호 소정의 부당행위계산부인의 대상이 된다 할 것이다. 
 (2) 그러므로 나아가 부당행위계산 부인의 범위에 관하여 보면, 이 사건 매매대금 중 소외 1 주식회사가 이미 리스계약보증금 및 초기 리스료 등으로 지급한 금원에 상당하는 부분(이하 ‘ 소외 1 주식회사의 기지급부분’이라 한다)은 원고가 직접 리스회사로부터 이 사건 리스물건을 리스하였다 하더라도 곧바로 지급하였어야 할 부분이므로 자금을 실질적으로 대여한 경우에 해당한다고 볼 수 없는 점에 비추어, 원고가 소외 1 주식회사에게 실질적으로 자금을 대여하였다고 볼 수 있는 부분은 이 사건 매매대금과 소외 1 주식회사의 기지급부분의 차액에 해당하는 부분(이하 ‘이 사건 차액부분’이라 한다)이라고 봄이 상당하므로, 피고가 위 매매대금 전부가 소외 1 주식회사에 대한 대여금에 해당하는 것을 전제로 그 가지급금 인정이자를 익금에 산입한 1997 및 1998 사업연도 법인세을 산정한 것은 위법하다. 
 (3) 한편 이 사건 차액부분에 대하여 부당행위계산 부인을 적용하여 정당한 인정이자 및 지급이자를 산정할 수 있는지에 관하여 보건대, 이 사건에서 소외 1 주식회사는 이 사건 차액부분 전체에 대하여 전 리스기간에 걸쳐 균일한 이자 상당의 금융이익을 얻는 것이 아니라, 이후 순차로 리스료의 지급기한이 도래함에 따라 이 사건 차액부분에서 일부씩을 리스료로 지급하여야 하고, 리스료가 지급되어 나가면서 점차 대여원금에 해당하는 금원이 감소되므로, 원고가 소외 1 주식회사에 이 사건 차액부분에 관하여 수취하였어야 할 인정이자를 산정함에 있어서는 위와 같은 구조를 감안하여 이 사건 차액부분에서 리스료의 지급으로 감소되어가는 부분에 대하여 각기 다른 운용기간을 적용하여야 할 것인데, 이 사건에서 소외 1 주식회사가 리스회사에 리스계약보증금 및 초기 리스료 등으로 지급한 금액을 확정할 수 있는 자료가 없으므로 이 사건 차액부분을 산정할 수 없고, 나아가 이 사건 리스물건을 이루는 개개의 리스물건에 대한 매매계약 당시의 잔존 리스기간 및 리스료를 확정할 자료도 없으므로, 결국 원고가 이 사건 차액부분에 관하여 수취하여야 할 인정이자 및 손금계상한 지급이자 중 부인되어야 할 부분은 산정할 수 없다 할 것이고, 따라서 이 부분 부당행위부인은 그 대상을 확정할 수 없는 경우에 해당하므로 인정할 수 없다. 
마. 소외 1 주식회사에 대한 불량 원재료대금 반환채권의 익금 산입 및 부가가치세의 추징 여부 
 피고는, 원고가 1998. 3. 31. 소외 1 주식회사로부터 공급받은 불량원재료 대금에 관한 반환채권 67억 20,204,924원(이하 ‘불량원재료대금 반환채권’이라 한다)이 익금에 산입되어야 하고, 원고가 위 불량원재료 매입을 이유로 부가가치세 매입세액으로 공제받은 310,125,643원도 추징되어야 한다고 주장한다. 
 먼저 불량원재료대금 반환채권의 익금산입 여부에 관하여 보면, 피고의 주장대로 소외 1 주식회사에 대한 불량원재료대금 반환채권액을 자산으로 계상할 경우 그와 동시에 자산에 같은 금액으로 계상되어 있던 불량원재료의 반환채무를 부채로 계상하여야만 하고, 따라서 자산으로 증액 계상되는 액수만큼 부채가 증액 계상되게 되어 전체 과세표준에는 아무런 변동이 없게 되므로, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 다음으로 부가가치세 매입세액의 추징여부에 관하여 보면, 을 19호증의 2의 기재에 의하면 원고가 1998. 3. 31.경 소외 1 주식회사로부터 제품의 원재료(Goldmine)를 공급받기로 하고 그 무렵 공급가액을 67억 20,204,924원(=RMCV 19억 6,430,436원+RMMS 48억 13,774,488원)으로 하는 세금계산서를 발급받은 후 1998. 4.∼6.경 소외 1 주식회사로부터 원재료를 각 공급받고 부가가치세 매입세액 3억 10,125,463원(이하 ‘이 사건 매입세액 공제금액’이라 한다)을 공제받았는데, 이후 원고가 보유하는 원재료에 대한 실사결과 그 대부분이 불량품으로 판명된 사실을 인정할 수 있고, 원고가 1999. 8. 26. 소외 1 주식회사에 대한 회사정리절차에서 소외 1 주식회사에 대한 불량원재료의 매매대금 반환채권 70억 92,355,477원을 정리채권으로 신고한 후 확정된 사실은 앞서 본 바와 같은바, 위 인정사실에 의하면 원고는 소외 1 주식회사로부터 원재료를 공급받았음을 이유로 그에 대한 매입세액 공제를 받았다가 이후 위 원재료가 불량품임을 이유로 소외 1 주식회사에게 위 매매계약을 취소 또는 해제한 것으로 보이므로, 이 사건 매입세액 공제금액은 위 취소 또는 해제일이 속하는 과세기간의 부가가치세로 추징되어야 할 것인데, 원고가 소외 1 주식회사에 대한 회사정리절차에서 불량원재료대금 반환채권을 정리채권으로 신고한 것은 1999. 8. 26.경이므로 위 매매계약의 취소 또는 해제일은 특별한 사정이 없는 한 위 일시경인 것으로 봄이 상당하고 이와 달리 볼 만한 자료가 없으며, 위 일시는 이 사건 각 처분의 대상인 1997, 1998년도의 과세기간에 속하지 아니하므로, 이 사건 매입세액 공제금액은 1997, 1998년도의 부가가치세로 추징될 수 없다 할 것이고, 결국 피고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
바. 법인세의 중소기업투자세액공제 및 임시투자세액공제의 인정 여부
 (1) 피고는, 이 사건 리스물건은 원고의 자산으로 볼 수 없으므로 위 리스물건의 투자를 이유로 한 중소기업투자세액공제 50,661,142원 및 임시투자세액공제 1,055,950원은 인정될 수 없고, 설령 위 리스물건을 원고의 자산으로 본다 하더라도, 원고는 위 각 세액공제를 받은 후 폐업하였으므로, 원고가 감면받은 위 각 법인세액은 구 조세감면규제법 제124조 제2호에 의하여 추징되어야 한다고 주장한다. 
 (2) 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세감면규제법’이라 한다)에 의하면, 중소기업이 사업용 자산을 새로이 취득하여 투자한 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 법인세에서 공제하고( 제5조 제1항, 이하 ‘중소기업투자세액공제’라 한다), 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위 안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 법인세에서 공제하되( 제27조 제1항, 이하 ‘임시투자세액공제’라 한다), 위와 같이 세액공제를 받은 자가 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 3년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 때에는 공제받은 법인세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 지체없이 징수하도록 규정하고 있다( 제124조). 
 (3) 그러므로 이 사건에 관하여 보건대, 갑 1호증, 을 제21호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면 원고가 이 사건 리스물건의 신규 취득 및 투자를 이유로 1997 사업연도 법인세에 관하여 중소기업투자세액공제 50,661,142원 및 임시투자세액공제 1,055,950원을 받은 사실을 인정할 수 있고, 원고가 1996. 11. 8.부터 1997. 10. 1.까지 15회에 걸쳐 소외 1 주식회사로부터 위 리스물건을 매수하여 인도받아 제품생산 등에 사용하다가 1998. 말경 리스회사로부터 반환을 요구받고 이를 반환한 사실은 위에서 본 바와 같은바, 위 인정사실에 의하면 원고는 비록 소유권을 취득하지는 않았지만 위 리스물건을 매수한 이후 인도받아 현실적으로 제품생산 등에 사용하였으므로, 위와 같이 리스물건을 매수·사용한 것은 구 조세감면규제법 제5조 제1항 및 제27조 제1항 소정의 ‘투자’를 한 경우에 해당한다 할 것이고, 또한 조세법률주의의 원칙상 과세요건사실이거나 비과세요건사실이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다 할 것인데( 대법원 2004. 3. 12. 선고 2002두5955 판결 등 참조), 원고가 위 리스물건을 리스회사에 반환한 것은 소유자인 리스회사로부터 반환을 요구받자 리스회사에 대항하여 점유할 권리가 없는 관계로 부득이 반환한 것에 불과하므로, 위 리스물건 반환을 구 조세감면규제법 제124조 소정의 ‘자산을 처분’한 경우에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 피고가 1997 사업연도에 관하여 위 각 투자세액공제를 인정하지 않은 것은 위법하다 할 것이다. 
사. 정당한 세액의 계산
 그러므로 원고가 납부하여야 할 1997 및 1998 사업연도 법인세의 정당한 액수에 관하여 보건대, 1997 사업연도 법인세의 과세표준에 관하여 ① 이 사건 리스물건의 1997.분 감가상각액 14억 7,204,254원을 손금에 산입하고, ② 이 사건 매매대금에 대한 가지급금 인정이자 8억 66,323,694원을 익금에 불산입하며, 지급이자 5억 55,362,127원을 손금에 산입하고, 1997 사업연도의 법인세액에서 중소기업투자세액공제 50,661,142원 및 임시투자세액공제 1,055,950원을 공제하며, 1998 사업연도 법인세의 과세표준에 관하여 ① 이 사건 리스물건의 1998.분 감가상각액 14억 63,201,508원을 손금에 산입하고, ② 이 사건 매매대금에 대한 가지급금 인정이자 9억 72,966,723원을 익금에 불산입하며, 지급이자 7억 88,793,204원을 손금에 산입함이 마땅하므로, 그에 따라 정당한 세액을 계산하여 보면, 별지 Ⅲ 정당한 세액의 계산내역 기재와 같이 1997 사업연도의 법인세는 5억 74,245,001원, 1998 사업연도의 법인세는 19억 80,052,373원이 됨이 계산상 분명하다.
 또한 위에서 변경되는 법인세 과세표준은 부가가치세의 과세표준과는 무관하므로 이 사건 각 처분 중 부가가치세 부과처분 부분은 적법하다고 할 것이다.
5. 결론
 그렇다면 피고가 원고에 대하여 2001. 12. 29. 한 1997 사업연도 법인세 부과처분 및 2002. 10. 1. 한 1998 사업연도 법인세 부과처분 중 위에서 인정한 세액을 초과하는 부분은 위법하므로, 위 각 부과처분의 취소를 구하는 부분의 원고의 청구는 각 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 위 각 청구 중 나머지 부분 및 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 노만경(재판장) 손승온 송동진