거절결정(특) (특허, 특허법원)
공포일: 2014.02.06 / 시행일:

【원 고】 △△△ 가부시키가이샤 (소송대리인 특허법인 코리아나 담당변리사 이윤민 외 2인)
【피 고】 특허청장
【변론종결】2014. 1. 21.
【주 문】
 1. 특허심판원이 2013. 1. 8. 2012원2770호 사건에 관하여 한 심결을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 기초적 사실관계 
 가. 이 사건 출원발명 
 1) 명칭: 구리 애노드 또는 인 함유 구리 애노드, 반도체 웨이퍼에 대한 전기 구리 도금 방법 및 파티클 부착이 적은 반도체 웨이퍼
 2) 특허협력조약(PCT)에 따른 국제출원일/ 우선권 주장일/ 번역문 제출일/ 출원번호: 2008. 10. 6./ 2007. 11. 1./ 2009. 7. 28./ (생략) 
 3) 출원인: 원고
 4) 특허청구범위: 별지 1과 같다. (별지 1의 제4항과 같은 최종 특허청구범위에 따른 개별 청구항 발명에 관하여는 이하 ‘제○항 발명’과 같은 방식으로 부른다.)
 나. 비교대상발명 (을 제13호증)
 1) 공개일 / 간행물/ 공개번호: 2005. 3. 14. / 공개특허공보/ ***-****-****298
 2) 명칭: 전기동 도금 방법, 전기동 도금용 순동 애노드 및 이들을 사용하여 도금한 파티클 부착이 적은 반도체 웨이퍼
 다. 이 사건 거절결정·보정각하결정·심결 
 1) 이 사건 거절결정: 원고는 2009. 7. 28. 별지 1의 제1항과 같은 청구항 1~8항을 특허청구범위로 하는 이 사건 출원발명의 번역문을 제출하면서, 같은 날 별지 1의 제2항과 같이 청구항 1, 3, 4, 5, 8항을 각 보정하고 청구항 9항을 신설하는 내용의 명세서 등 보정서를 함께 제출하였다. 
 특허청 심사관은 2011. 6. 27. 원고에게, ① 청구항 5~7항은 "파티클 부착이 적은"이라는 특허청구범위 기재부분과 관련하여 발명이 명확하고 간결하게 기재되어 있지 아니하고, ② 청구항 1, 2, 5, 6, 9항은 비교대상발명에 의하여 신규성이 부정되며, ③ 청구항 1~3, 5~7, 9항은 비교대상발명에 의하여 진보성이 부정되고, ④ 청구항 4, 8항은 비교대상발명 등에 의하여 진보성이 부정된다는 등의 거절이유를 통지하였다. 이에 원고는 2011. 8. 26. 별지 1의 제3항과 같이 청구항 1~7항 및 9항을 각 정정하고 청구항 10~14항을 각 신설하는 내용의 명세서 등 보정서와 함께 의견서를 제출하였으나, 특허청 심사관은 2011. 12. 21. 위 보정서 및 의견서에 의하더라도 2011. 6. 27.자 거절이유 중 위 ②·③ 부분이 해소되지 못함을 이유로 거절결정(이하 ‘이 사건 거절결정’이라고 한다)을 하였다. 
 2) 이 사건 보정각하결정: 원고는 2012. 3. 21. 이 사건 거절결정의 취소를 구하는 심판청구를 하였고(2012원2770호), 2012. 3. 22. 구 특허법(2009. 1. 30. 법률 제9381호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제173조 에 의한 심사전치절차로서 별지 1의 제4항과 같이 청구항 1, 5, 9항을 각 정정하고 청구항 4, 8항을 각 삭제하는 내용의 명세서 등 보정서를 제출하였다. 이에 특허청 심사관은 2012. 4. 27. 원고의 위 심사전치 보정(이하 ‘이 사건 보정’이라고 한다)에 대하여 다음과 같은 이유로 보정각하결정(이하 ‘이 사건 보정각하결정’이라고 한다)을 하고, 같은 날 특허심판원에 이 사건 거절결정을 그대로 유지하는 심사결과통지를 하였다. 
 출원인은 2012. 3. 22.자로 제출된 보정서에서 청구항 9항에 "상기 제1항, 제2항, 제3항의 인 함유 구리 애노드"를 포함하는 보정을 하였다. 그러나 상기 보정으로 인하여 청구항 9항은 2 이상의 항을 인용하나 인용되는 항의 번호가 택일적으로 기재되지 않아서 특허청구범위의 기재방법에 위배된다. 따라서 2012. 3. 22.자 보정서는 그 보정에 따라 새로운 거절이유가 발생한 것으로 인정되므로, 구 특허법 제174조 제1항에서 준용하는 동법 제51조(법률 제9381호의 부칙 제3조에 따라 적용되는 것)에 의하여 보정을 각하한다. 
 [위와 같이 결정서에는 "동법 제51조"에 의하여 이 사건 보정을 각하한다고 기재되어 있는데, 위 "동법 제51조"라는 기재는 그에 앞선 기재, 즉 "구 특허법 제174조 제1항에서 준용하는"이라는 기재에 비추어 동법(같은 법)인 구 특허법의 제51조 로 보거나, 그에 이은 기재, 즉 "(법률 제9381호의 부칙 제3조에 따라 적용되는 것)"라는 기재에 비추어 2009. 1. 30. 법률 제9381호로 개정되어 2009. 7. 1. 시행된 특허법(이하 ‘2009년 개정 특허법’이라고 한다)의 제51조 로 보는 등 그 해석이 나뉠 여지가 없지 아니한바, 아래 2-나-1)항에서 이 사건 보정각하결정 사유에 관하여 구체적으로 살펴본다.]
 3) 이 사건 심결: 원고는 2012. 11. 16. 특허심판원에 이 사건 보정각하결정을 다투는 취지가 포함된 심판청구 보정서를 제출하였으나, 특허심판원은 2013. 1. 8. 이 사건 보정각하결정은 적법하고, 이 사건 보정 전의 별지 1의 제3항 기재 청구항 1항 발명(이하 ‘이 사건 보정 전 제1항 발명’이라고 한다)은 비교대상발명에 의하여 진보성이 부정되므로 나머지 청구항을 더 살펴볼 필요 없이 이 사건 출원발명의 출원은 전부가 거절되어야 한다는 이유로, 원고의 위 취소심판청구를 받아들이지 아니하는 심결(이하 ‘이 사건 심결’이라고 한다)을 하였다. 
【인정 근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1~13호증, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 심결의 당부에 관한 판단 
 가. 당사자 주장의 요지 
 1) 원고
 이 사건 보정각하결정은 부적법할 뿐만 아니라, 이 사건 보정 후 제1항 발명은 같은 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자(이하 ‘통상의 기술자’라고 한다)가 비교대상발명에 의하여 용이하게 발명할 수 없는 것이어서 그 진보성이 부정되지도 아니한다. 그럼에도 이 사건 심결은 이 사건 보정각하결정이 적법함을 전제로 이 사건 보정 전 제1항 발명을 판단대상으로 삼아 그 진보성이 부정된다고 판단하였으므로 부당하다. 
 2) 피고
 이 사건 보정각하결정은 이 사건 보정에 따라 새로운 거절이유가 발생하였음을 사유로 한 것으로서 적법하고, 이 사건 보정 전 제1항 발명은 통상의 기술자가 비교대상발명에 의하여 용이하게 발명할 수 있는 것이어서 그 진보성이 부정되므로, 이 사건 출원발명은 나머지 청구항을 더 살펴볼 필요 없이 그 출원 전부가 거절되어야 한다. 이 사건 심결은 위와 결론을 같이하여 정당하다. 
 나. 이 사건 보정각하결정의 적법 여부 
 1) 이 사건 보정각하결정 사유의 분석 
 가) 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 전문의 해석
 ⑴ 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 전문은 "제47조, 제51조 제1항 본문 및 제55조의 개정규정 중 제47조 제4항 삭제 관련 개정부분은 이 법 시행 후 최초로 보정하는 것부터 적용한다."라고 정하고 있는바, 그 명문규정에 따르면 ‘제47조의 개정규정 중 제47조 제4항 삭제 관련 개정부분, 제51조 제1항 본문의 개정규정 중 제47조 제4항 삭제 관련 개정부분 및 제55조의 개정규정 중 제47조 제4항 삭제 관련 개정부분은 이 법 시행 후 최초로 보정하는 것부터 적용한다.’는 내용으로 해석될 여지가 없지 않다. 
 ⑵ 그런데 ① 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 전문에 대하여 위와 같이 문언에 치중하여 해석한다면, 2009년 개정 특허법 제47조의 개정규정 중 제47조 제4항 삭제 관련 개정부분을 제외한 나머지 개정부분과 제51조 제1항 본문의 개정규정 중 제47조 제4항 삭제 관련 개정부분을 제외한 나머지 개정부분은 모두 2009년 개정 특허법 부칙 제10조 에 따라 2009년 개정 특허법 시행(2009. 7. 1.) 이후 출원된 특허출원부터 적용되어야 할 것이다. 그럼에도 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 후문은 2009년 개정 특허법 시행 전에 출원된 특허출원에 대하여 보정하는 경우 제47조 제1항 각 호 외의 부분 단서 중 "기간(제3호의 경우에는 그 때)"을 "기간"으로, 같은 항 제3호 중 "제67조의2에 따른 재심사를 청구할 때"를 "제132조의3에 따른 특허거절결정에 대한 심판을 청구하는 경우에는 그 심판의 청구일로부터 30일"로 본다고 규정함으로써, 제47조의 개정규정 중 제47조 제4항 삭제 관련 개정부분을 제외한 나머지 개정부분도 2009년 개정 특허법 시행 후 최초로 보정하는 것부터 적용됨을 전제로 하고 있고, 또한 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 후문은 같은 경우에 제51조 제1항 본문 중 "제47조 제1항 제2호 및 제3호"를 "제47조 제1항 제2호"로 본다고 규정함으로써, 제51조 제1항 본문의 개정규정 중 제47조 제4항 삭제 관련 개정부분을 제외한 나머지 개정부분도 2009년 개정 특허법 시행 후 최초로 보정하는 것부터 적용됨을 전제로 하고 있다. 따라서 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 전문에 대하여 위와 같이 문언에 치중하여 해석하는 것은 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 후문에 대한 해석결과와 조화되기 어렵다. ② 더욱이 2009년 개정 특허법 부칙 제4조는 제47조의 개정규정 중 재심사의 청구 관련 개정부분, 제51조의 개정규정 중 재심사의 청구 관련 개정부분 및 제67조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출원하는 특허출원부터 적용한다고 규정하고 있어서, 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 전문에 대한 위와 같은 문언해석은 2009년 개정 특허법 부칙 제10조를 포함한 전체적인 조문체계에서 2009년 개정 특허법 부칙 제4조와도 조화되기 어려운 것이다. ③ 무엇보다 2009년 개정 특허법은 별지 3의 ‘구 특허법과 2009년 개정 특허법의 쟁점조문 대비’ 및 아래 4)-가)-⑴항의 ‘2009년 개정 특허법의 개정경위’에서 보는 바와 같이, ‘보정 후 특허청구범위에 기재된 사항이 특허출원을 한 때에 특허를 받을 수 있을 것’을 보정요건으로 규정한 구 특허법 제47조 제4항 제2호를 삭제하는 대신에 보정에 따라 ‘새로운 거절이유’가 발생하는 경우 보정각하결정을 할 수 있도록 하는 내용을 추가하는 방식으로 제51조 제1항 본문을 개정한 것으로 볼 수 있다. 그럼에도 제51조 제1항 본문의 개정규정 중 제47조 제4항 삭제 관련 개정부분만이 2009년 개정 특허법 시행 후 최초로 보정하는 것부터 적용되는 것으로 보고 같은 개정규정 중 나머지 개정부분은 2009년 개정 특허법 시행 이후 출원된 특허출원부터 적용되는 것으로 보는 것은, 위와 같은 2009년 개정 특허법의 보정제도에 관한 개정취지에 어긋나게 양 개정부분의 적용시기를 서로 다르게 취급하는 결과가 되어 타당하지 않다. 
 ⑶ 전항과 같은 점들에 비추어 볼 때, 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 전문에 관하여는 ‘제47조의 개정규정, 제51조 제1항 본문의 개정규정 및 제55조의 개정규정 중 제47조 제4항 삭제 관련 개정부분은 이 법 시행 후 최초로 보정하는 것부터 적용한다.’는 것으로 보되, 2009년 개정 특허법 부칙 제4조와의 관계에서 최종적으로 ‘제47조의 개정규정(재심사의 청구 관련 개정부분 제외), 제51조 제1항 본문의 개정규정(재심사의 청구 관련 개정부분 제외) 및 제55조의 개정규정 중 제47조 제4항 삭제 관련 개정부분은 이 법 시행 후 최초로 보정하는 것부터 적용한다.’는 것으로 해석함이 합리적이라고 할 것이다. 
 나) 이 사건 보정각하결정 사유에 관한 구체적 검토
 ⑴ 이 사건 보정각하결정의 결정서는 "동법 제51조"에 의하여 이 사건 보정을 각하한다고 기재하고 있고, 위 "동법 제51조"라는 기재는 그에 앞선 기재, 즉 "구 특허법 제174조 제1항에서 준용하는"이라는 기재에 비추어 구 특허법 제51조를 가리키는 것으로 보거나, 그에 이은 기재, 즉 "(법률 제9381호의 부칙 제3조에 따라 적용되는 것)"라는 기재에 비추어 2009년 개정 특허법 제51조를 가리키는 것으로 보는 등 그 해석이 나뉠 수 있는 점은 앞서 살펴본 바와 같다. 
 ⑵ 그런데 위 결정서에는 또한 이 사건 보정에 따라 ‘새로운 거절이유’가 발생한 것으로 인정된다는 취지의 기재가 있는바, 위와 같이 보정에 따라 새로운 거절이유가 발생한 것으로 인정되는 경우를 보정각하사유로 하는 것은 별지 3의 ‘구 특허법과 2009년 개정 특허법의 쟁점조문 대비’에서 보는 바와 같이 구 특허법 제51조 제1항에는 없었다가 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문의 개정규정에서 새롭게 추가된 내용이다. 한편 이 사건 출원발명의 특허협력조약에 따른 국제출원일(2008. 10. 6.)은 2009년 개정 특허법 시행(2009. 7. 1.) 이전이고, 원고가 별지 1의 제2항과 같은 내용의 보정서를 제출함으로써 이 사건 출원발명에 관한 최초의 보정이 있었던 일자(2009. 7. 28.)는 2009년 개정 특허법 시행(2009. 7. 1.) 이후에 해당함은 자명하다. 
 ⑶ 그렇다면 이 사건 보정각하결정서는 위 ⑴항에서 본 바와 같이 결정사유에 관한 적용법조에 있어서 다소 불명확한 부분이 없지 아니하나, 앞서 가)항에서 살펴본 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 전문에 관한 해석내용에다 위 ⑵항과 같은 사정들을 종합하여 볼 때, ‘이 사건 보정에 의하여 새로운 거절이유가 발생한 것으로 인정되므로 구 특허법 제174조 제1항에서 준용하는 동법 제51조(법률 제9381호의 부칙 제3조에 따라 적용되는 것)에 의하여 보정을 각하한다.’는 결정서 기재에 따른 이 사건 보정각하결정의 구체적인 사유에 관하여는 아래 ⑷항과 같이 파악함이 타당하다. 
 ⑷ 즉 이 사건 보정각하결정은, 2009년 개정 특허법 부칙 제10조에 의하여 2009년 개정 특허법 시행 전에 출원된 이 사건 출원발명에 대하여 적용되는 ‘구 특허법 제174조 제1항 ’에서 준용하는 조문으로서 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 전문에 의하여 2009년 개정 특허법 시행 후에 최초로 보정된 이 사건 출원발명에 대해 적용되는 해당조문인 ‘2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문’의 개정규정이 정한 새로운 거절이유가 발생하였다는 점을 이 사건 보정을 각하하는 사유로 삼고 있는 것이다. 
 2) 이 사건 보정에 따라 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘거절이유’가 발생하였는지 여부 
 가) 이 사건 보정의 법적 성격
 ⑴ 이 사건 출원발명은 앞서 본 바와 같이 특허협력조약(PCT)에 따른 국제출원일이 2009년 개정 특허법 시행 이전이고 최초의 보정이 있었던 일자가 2009년 개정 특허법 시행 이후에 해당하는바, ‘보정시기’에 관하여는 2009년 개정 특허법 부칙 제4조 에 의하여 2009년 개정 특허법 제47조 제1항 제3호 가 아니라 구 특허법 제47조 제1항 제3호 가 적용되고, ‘보정각하’에 관하여는 앞서 본 바와 같이 2009년 개정 특허법 부칙 제10조(일반적 경과조치), 구 특허법 제174조 제1항, 2009년 개정 특허법 부칙 제3조 전문에 의하여 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 적용되며, 위와 같이 보정각하에 관하여 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문을 적용함에 있어서 같은 조문 중 ‘제47조 제1항 제3호’ 부분은 보정시기에 관한 위 적용법조와의 관계에서 구 특허법 제47조 제1항 제3호를 의미한다고 보아야 한다. 
 ⑵ 그런데 원고가 이 사건 거절결정에 대한 심판을 청구한 일자(2012. 3. 21.)로부터 30일 이내인 2012. 3. 22. 이 사건 보정을 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 보정은 구 특허법 제47조 제1항 제3호가 정한 ‘특허거절결정에 대한 심판의 청구일부터 30일 이내에 한 보정’으로서 결국 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘제47조 제1항 제3호에 따른 보정’에 해당한다 할 것이다.
 나) 이 사건 보정의 보정사항
 이 사건 보정에 의한 보정사항은 다음과 같이 나누어 볼 수 있다. 즉 별지 2에서 보는 바와 같이 ① 독립청구항인 제1항 발명 및 제5항 발명에 관하여 이 사건 보정 전의 각 청구항에 ‘인 함유 구리 애노드의 인 함유율이 100~1000wtppm’이라는 한정사항을 추가하는 보정사항(이하 ‘보정사항 1’이라고 한다)과 ② 이 사건 보정 전의 종속청구항인 청구항 4항 및 8항을 각 삭제하는 보정사항(이하 ‘보정사항 2’라고 한다) 및 ③ 독립청구항인 제9항 발명에 관하여 이 사건 보정 전의 청구항 "상기 제1항, 제2항, 제3항, 제4항 또는 제8항의 인 함유 구리 애노드를 사용하여 반도체 웨이퍼 상에 전기 구리 도금된 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼" 중에서 "제4항 또는 제8항"이라는 기재부분을 삭제하여 "상기 제1항, 제2항, 제3항의 인 함유 구리 애노드를 사용하여 반도체 웨이퍼 상에 전기 구리 도금된 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼"라는 청구항으로 하는 보정사항(이하 ‘보정사항 3’이라고 한다) 등이 그것이다.
 다) 이 사건 보정에 따른 거절이유에 관한 검토
 ⑴ 특허법 제62조 제4호, 제42조 제8항, 특허법 시행령 제5조 제5항에 의하면, 2 이상의 항을 인용하는 청구항은 인용되는 항의 번호를 택일적으로 기재하여야 한다는 요건을 충족하여야 하고, 특허청 심사관은 특허출원이 위 기재요건(이하 ‘택일인용 기재요건’이라고 한다)을 갖추지 아니한 경우 그 특허출원에 대하여 특허거절결정을 하여야 한다.
 ⑵ 그런데 보정사항 3에 의하여 보정된 제9항 발명의 청구항은 반도체 웨이퍼 상에 전기 구리 도금된 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼에 사용되는 인 함유 구리 애노드라는 구성요소에 관하여 2 이상의 다른 청구항을 인용하는 청구항으로서 그 인용되는 항들에 관하여 "제1항, 제2항, 제3항"의 기재로써 그 인용되는 항의 번호를 적고 있기는 하나, 위 제1항, 제2항, 제3항이라는 번호들 사이에는 한글맞춤법상 같은 자격의 어구가 열거될 때 쓰이는 반점(,)이 기재되어 있을 뿐이고, 달리 종전의 "또는" 등과 같이 택일적인 의미로 볼 수 있는 단어를 추가로 기재하고 있지 아니하다. 따라서 이 사건 보정에 의하여 제9항 발명의 청구항에는 특허법 제62조 제4호, 제42조 제8항, 특허법 시행령 제5조 제5항에서 정하고 있는 택일인용 기재요건을 위반한 거절이유(이하 ‘쟁점 거절이유’라고 한다)가 발생하였다고 할 것이다. 
 ⑶ 이상과 같이, 이 사건 보정은 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘제47조 제1항 제3호에 따른 보정’에 해당하고, 이 사건 보정에 의하여 제9항 발명의 청구항에 특허법 제62조 제4호, 제42조 제8항, 특허법 시행령 제5조 제5항에서 정하고 있는 택일인용 기재요건을 위반한 쟁점 거절이유가 발생하였으므로, 이 사건 보정에 따른 쟁점 거절이유는 결국 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘제47조 제1항 제3호에 따른 보정에 따라 발생한 거절이유’에 해당한다 할 것이다. 
 라) 원고의 명백한 오기 주장에 관한 판단
 ⑴ 원고의 주장
 보정사항 3에 의하여 제9항 발명의 청구항 중 종전의 "제1항, 제2항, 제3항, 제4항 또는 제8항의 인 함유 구리 애노드"에서 "제4항 또는 제8항"이라는 기재부분이 삭제된 "제1항, 제2항, 제3항의 인 함유 구리 애노드"로 보정된 출원경과를 참작한다면, 이 사건 보정에 따른 제9항 발명의 청구항 중 "제1항, 제2항, 제3항"이라는 인용되는 항들의 번호 사이에 택일적인 의미로 볼 수 있는 단어가 추가로 기재되어 있지 아니한 것은 명백한 오기임이 분명하다 할 것이므로, 이 사건 보정에 의하여 제9항 발명에 택일인용 기재요건을 위반한 쟁점 거절이유가 발생하였다고 볼 수 없다. 
 ⑵ 판단
 ㈎ 무릇 특허청구범위의 일부가 불명료하게 표현되어 있거나 그 기재에 오기가 있다 하더라도 발명의 상세한 설명과 도면을 참작하여 볼 때 통상의 기술자가 명확하게 이해할 수 있고 오기임이 명백한 경우, 발명의 상세한 설명과 도면을 참작하여 특허발명의 기술 내용을 확정할 수 있기는 하나(대법원 2008. 7. 10. 선고 2008후64 판결 등 참조), 특허청구범위의 기재가 명확히 이해될 수 있다거나 누가 보더라도 그 기재가 오기임이 발명의 상세한 설명의 기재에 비추어 보아 명확하다고 할 수 없는 경우에는, 특허발명의 기술 내용을 확정함에 있어서 특허청구범위의 기재를 기초로 하여야 할 뿐이고 발명의 상세한 설명의 기재에 의하여 보완 해석할 수는 없으므로(대법원 2005. 11. 24. 선고 2003후2515 판결, 대법원 2004. 12. 9. 선고 2003후496 판결 및 대법원 2001. 9. 7. 선고 99후734 판결 등 참조), 특허청구범위에 명백한 오기가 존재하는지 여부를 판단함에 있어서 통상의 기술자가 명세서 기재 전체에 비추어 특허청구범위의 기재가 명백히 잘못된 것이라고 이해할 수 있는지를 기준으로 판단하여야 한다.
 ㈏ 이 사건 출원발명의 명세서 중 발명의 상세한 설명에 ‘청구항 1~4의 구리 애노드 또는 인 함유 구리 애노드를 사용하여 반도체 웨이퍼 상에 형성된 파티클의 발생이 적은 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼’라는 기재(갑 제1호증, 19-5면 식별번호 〈26〉)가 있기는 하다(위 명세서 기재는 별지 1의 제1항과 같은 2009. 7. 28.자 번역문 제출 당시의 청구항 8항의 특허청구범위를 직접적으로 뒷받침하는 것으로 보인다). 그러나 위 명세서 기재에서도 ‘청구항 1~4의 구리 애노드 또는 인 함유 구리 애노드를 사용한다.’라고 명시하고 있을 뿐이고 위와 같은 ‘1~4’라는 인용되는 항의 번호들 간에 택일적인 의미를 가지는 단어가 별도로 기재되어 있지 아니한바, 2 이상의 항을 인용하는 청구항이 인용되는 항의 번호를 택일적으로 기재하여야 한다는 택일인용 기재요건이 여전히 충족되지 아니하는 내용으로 발명의 기술 내용을 개시하고 있다. 따라서 위 명세서 기재를 참작하더라도 이 사건 보정에 따른 제9항 발명의 청구항 중 "제1항, 제2항, 제3항"이라는 인용되는 항들의 번호 사이에 택일적인 의미로 볼 수 있는 단어가 추가로 기재되어 있지 아니한 것이 통상의 기술자에게 명백한 오기로 이해된다고 보기는 어렵다 할 것이고, 달리 이 사건 출원발명의 명세서에서 위와 같은 명백한 오기의 점을 추단할 만한 자료가 발견되지 아니한다.
 ㈐ 이 사건 보정 후의 제1항 발명은 ‘반도체 웨이퍼에 대한 전기 구리 도금에 사용하는 인 함유 구리 애노드로서, 인을 제외한 인 함유 구리 애노드의 순도가 99.99wt％ 이상, 99.997wt% 이하이며, 인 함유 구리 애노드의 인 함유율이 100~1000wtppm이고, 불순물인 실리콘의 함유량이 10wtppm 이하인 것을 특징으로 하는 반도체 웨이퍼에 대한 전기 구리 도금에 사용하는 인 함유 구리 애노드’에 관한 발명이고, 제1항 발명의 종속항 발명인 제2항 발명은 불순물인 실리콘의 함유량을 ‘1wtppm 이하’로 더욱 한정한 인 함유 구리 애노드에 관한 발명이며, 제1항 또는 제2항 발명 중 어느 한 항의 종속항 발명인 제3항 발명은 ‘불순물인 황의 함유량이 10wtppm 이하, 철의 함유량이 10wtppm 이하, 망간의 함유량이 1wtppm 이하, 아연의 함유량이 1wtppm 이하, 납의 함유량이 1wtppm 이하’라는 내용으로 불순물의 함유량에 관한 한정사항을 더 부가한 인 함유 구리 애노드에 관한 발명이다. 위와 같이 제1항·제2항·제3항 발명의 인 함유 구리 애노드들은 불순물인 실리콘의 함유량의 상한을 달리하거나 함유량의 상한이 존재하는 불순물의 종류를 달리하고 있음에도, 제9항 발명의 특허청구범위는 제1항·제2항·제3항 발명의 인 함유 구리 애노드들 중 어느 하나를 택일적으로 사용하지 아니하고 위 구리 애노드들을 병렬적으로 모두 사용하여 반도체 웨이퍼를 구성한다는 내용으로서 기술적으로 이해하고 재현하기가 어렵게 기재되어 있다. 이에 통상의 기술자로서는 제9항 발명의 특허청구범위에 반도체 웨이퍼에 사용되는 인 함유 구리 애노드라는 구성요소에 관한 기재상의 오류가 존재한다는 점을 용이하게 파악한 다음 그와 같은 오류를 바로잡은 내용으로 이해하고 재현할 수 있다고 볼 여지가 없지 아니하나, 이 사건 출원발명의 명세서에서 파악되는 전항과 같은 사정에도 불구하고 위와 같은 통상의 기술자의 이해정도 등에 근거하여 제9항 발명의 특허청구범위에서 발견되는 위 기재상의 오류가 명백한 오기에 불과하다고 볼 수는 없다 할 것이다.
 ㈑ 위와 같은 점들에다, 원고의 주장사유는 앞서 살펴본 바와 같이 통상의 기술자가 명세서 전체의 기재에 비추어 보아 특허청구범위의 기재가 명백히 잘못된 것이라고 이해할 수 있는지 여부가 특허청구범위에 명백한 오기가 존재하는지 여부를 판단하는 기준이 되어야 할 것임에도 보정 후의 최종적인 명세서 기재 이외에 보정경위 등의 출원경과까지 그 판단기준으로 삼아야 한다는 독자적인 견해에 불과한 점까지 보태어 볼 때, 이 사건 보정에 의하여 쟁점 거절이유가 발생하였다는 점을 다투는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
 3) 쟁점 거절이유가 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘새로운 거절이유’에 해당하는지 여부 
 가) 새로운 거절이유의 판단기준
 ⑴ 구 특허법 제47조 제4항 제2호와 관련된 법리
 ㈎ 구 특허법 제173조, 제174조 제1항, 제51조 제1항, 제47조 제1항 제3호, 제4항 제2호에 의하면, 특허거절결정에 대하여 불복심판을 청구하면서 하는 명세서 또는 도면의 보정, 즉 심사전치 보정은 ‘보정 후 특허청구범위에 기재된 사항이 특허출원을 한 때에 특허를 받을 수 있을 것’이라는 요건을 충족하여야 하고, 특허청 심사관은 그 심사전치절차에서 그 보정이 위 요건을 충족하지 못하는 때에는 결정으로 그 보정을 각하하여야 한다. 
 ㈏ 그런데 구 특허법 제47조 제4항 제2호의 규정취지는, 특허청 심사관이 위 요건을 충족하지 못한 보정에 대하여는 바로 보정각하결정을 할 수 있도록 하여 보정으로 새로이 발생되는 거절이유 등에 대하여 거절이유통지와 또 다른 보정이 반복되는 것을 배제함으로써 심사절차의 신속한 진행을 도모하기 위한 것이다. 따라서 구 특허법 제47조 제4항 제2호는 특허출원인의 절차적 이익을 보장하려는 구 특허법 제63조의 거절이유통지 제도의 취지상 보정 이전부터 이미 특허청구범위에 기재되어 있었던 사항으로서 특허출원인이 그에 대한 거절이유를 통지받지 못한 경우에는 적용되지 않고, 보정된 청구항이 통지된 거절이유를 여전히 해소하지 못한 경우와 통지된 거절이유는 해소하였으나 보정으로 인하여 새로운 거절이유가 발생한 경우에 적용된다고 할 것이다. (대법원 2011. 9. 29. 선고 2009후2678 판결 참조)
 ⑵ 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문의 ‘새로운 거절이유’에 관한 판단기준
 ㈎ 2009년 개정 특허법은 ‘보정 후 특허청구범위에 기재된 사항이 특허출원을 한 때에 특허를 받을 수 있을 것’이라는 요건 등을 규정한 구 특허법 제47조 제4항을 삭제함과 아울러 보정각하에 관한 구 특허법 제51조 제1항의 ‘보정이 제47조 제2항 내지 제4항의 규정에 위반하는 것으로 인정하는 때’라는 규정 중 제47조 제4항을 삭제하여 ‘보정이 제47조 제2항 및 제3항을 위반한 것으로 인정하면’이라는 내용으로 개정하는 한편, 제51조 제1항 본문의 개정규정에 ‘그 보정에 따라 새로운 거절이유가 발생한 것으로 인정하면’ 특허청 심사관은 결정으로 그 보정을 각하하여야 한다는 내용을 신설하였다. 
 ㈏ 그런데 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문은 그 취지가 특허청 심사관이 요건을 충족하지 못한 보정에 대하여는 바로 보정각하결정을 할 수 있도록 하여 보정으로 새로이 발생되는 거절이유에 대하여 거절이유통지와 또 다른 보정이 반복되는 것을 배제함으로써 심사절차의 신속한 진행을 도모하는 데에 있다는 점에서 구 특허법 제47조 제4항 제2호의 경우와 크게 다르지 않다. 따라서 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘새로운 거절이유’는 특허출원인의 절차적 이익을 보장하려는 2009년 개정 특허법 제63조의 거절이유통지 제도의 취지상 보정 이전부터 이미 존재하였으나 특허출원인이 그에 대한 거절이유통지를 받지 못한 거절이유가 아니라 그 보정으로 인하여 새로이 발생한 거절이유를 의미한다 할 것이다. [덧붙여 보건대, 보정된 청구항이 통지된 거절이유를 여전히 해소하지 못한 경우에 있어서, 구 특허법 아래에서는 구 특허법 제51조, 제47조 제4항 제2호에 의하여 보정각하결정이 있었으나, 구 특허법 제47조 제4항 제2호가 삭제된 2009년 개정 특허법 아래에서는 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문에 의한 보정각하결정이 별도로 필요하지 않게 되었다.]
 나) 쟁점 거절이유에 관한 구체적 검토
 ⑴ 별지 1의 제1항과 같은 2009. 7. 28.자 번역문 제출 당시의 특허청구범위 중 독립청구항인 청구항 8의 "상기 제1항 내지 제4항의 구리 애노드 또는 인 함유 구리 애노드를 사용하여 반도체 웨이퍼 상에 전기 구리 도금된 파티클의 발생이 적은 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼"라는 청구항은, 반도체 웨이퍼 상에 전기 구리 도금된 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼에 사용되는 구리 애노드라는 구성요소에 관하여 2 이상의 다른 청구항을 인용하는 청구항으로서 그 인용되는 항들에 관하여 "제1항 내지 제4항"이라고 기재되어 있을 뿐 그 인용되는 항의 번호가 택일적으로 기재되지 아니하였고, 그에 따라 같은 청구항에는 보정사항 3에 의하여 보정된 제9항 발명의 청구항과 마찬가지로 택일인용 기재요건에 위반한 거절이유가 존재하였다. 
 ⑵ 그런데 별지 1의 제2항과 같이 2009. 7. 28.자 명세서 등 보정서에 따라 청구항 8항은 "제3항에 있어서, 상기 인 함유 구리 애노드의 인 함유율이 100~1000wtppm인 것을 특징으로 하는 전기 구리 도금에 사용하는 인 함유 구리 애노드"라는 종속청구항으로 보정되면서, 그와 함께 종전 청구항 8항의 기술적 특징을 담은 것으로서 "상기 제1항, 제2항, 제3항, 제4항 또는 제8항의 구리 애노드 또는 인 함유 구리 애노드를 사용하여 반도체 웨이퍼 상에 전기 구리 도금된 파티클의 발생이 적은 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼"라는 청구항 9항이 신설되었는데, 그와 같이 신설된 청구항 9항은 인용되는 항들에 관하여 "제1항, 제2항, 제3항, 제4항 또는 제8항"이라는 방식으로 인용되는 항의 번호가 택일적으로 기재되었고, 그에 따라 택일인용 기재요건에 위반하는 거절이유가 더 이상 존재하지 않게 되었으며, 이러한 사정은 이 사건 보정 직전의 별지 1의 제3항과 같은 2011. 8. 26.자 명세서 등 보정서에 따른 특허청구범위에 있어서도 마찬가지이다. 
 ⑶ 그렇다면 이 사건 보정에 의하여 제9항 발명의 청구항에 발생한 쟁점 거절이유, 즉 특허법 제62조 제4호, 제42조 제8항, 특허법 시행령 제5조 제5항에서 정하고 있는 택일인용 기재요건을 위반하였다는 거절이유는, 이 사건 보정 이전부터 이미 존재하였으나 그에 대한 거절이유통지를 받지 못한 거절이유가 아니라 이 사건 보정으로 인하여 새로이 발생한 거절이유로서 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘새로운 거절이유’에 해당한다고 봄이 타당하다. 
 다) 원고의 종전 거절이유 주장에 관한 판단
 ⑴ 원고의 주장
 보정사항 3에 의하여 보정된 제9항 발명의 청구항은 반도체 웨이퍼 상에 전기 구리 도금된 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼에 사용되는 인 함유 구리 애노드라는 구성요소에 관하여 2 이상의 다른 청구항으로 "제1항, 제2항, 제3항"을 인용하고 있는데, 그 인용된 항 중 "제3항"의 청구항은 다시 "제1항 또는 제2항에 있어서"라는 기재로써 2 이상의 항을 인용하는 방식을 사용하고 있다. 따라서 이 사건 보정에 의한 제9항 발명에는 특허법 제62조 제4호, 제42조 제8항, 특허법 시행령 제5조 제6항 전문에서 정하고 있는 기재요건을 위반한 거절이유가 발생하였다고 할 것이다. 그런데 위와 같은 거절이유는 이 사건 보정 이전부터 이미 청구항 9항에 존재하였던 사항으로서 그에 대한 거절이유통지를 받지 못한 것에 불과하므로, 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘새로운 거절이유’가 발생하였음을 사유로 한 이 사건 보정각하결정은 부적법하다. 
 ⑵ 판단
 이 사건 보정각하결정은 이 사건 보정에 의하여 제9항 발명의 청구항에 특허법 제62조 제4호, 제42조 제8항, 특허법 시행령 제5조 제5항에서 정하고 있는 택일인용 기재요건을 위반하는 쟁점 거절이유, 즉 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 새로운 거절이유가 발생하였음을 그 사유로 삼고 있을 뿐이고, 원고가 지적하는 사유인 특허법 제62조 제4호, 제42조 제8항, 특허법 시행령 제5조 제6항 전문에서 규정한 인용방식을 위반한 점에 근거하고 있지 아니하다. 원고의 위 주장은 이 사건 보정각하결정이 그 사유로 삼고 있는 쟁점 거절이유의 구체적 내용에 관하여 다른 전제에 선 것이어서 받아들일 수 없다.
 4) 쟁점 거절이유가 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘청구항을 삭제하는 보정에 따른 거절이유’에 해당하는지 여부 
 가) 2009년 개정 특허법의 개정경위와 당사자의 법률적 주장
 ⑴ 2009년 개정 특허법의 개정경위
 ㈎ 특허청은 2007년 7월경 특허법 개정초안을 마련하였는데, 그 속에는 보정시기에 관한 구 특허법 제47조 제1항 제2호 중 "제1호의" 부분을 삭제하고, 같은 조 제4항을 "제1항 제2호 및 제3호에 규정된 기간 이내에 할 수 있는 보정은 그 보정에 의해 새로운 거절이유가 발생하지 아니하여야 한다. 다만 제3항 제1호에 따른 보정 중 청구항을 삭제하는 보정의 경우에는 그러하지 아니하다."라고 개정하는 내용이 포함되어 있었고[을 제19호증(고객 맞춤형 특허제도 개선을 위한 특허법 개정안) 5번째 면‘개선(안)’참조], 위 개정내용의 취지는 구 특허법 제47조 제1항 제2호의 최후거절이유통지에 대하여 청구항을 삭제하는 보정을 하면서 삭제되는 청구항을 인용하는 청구항을 함께 보정하지 아니하는 형식상의 실수에 대하여 다시 최후거절이유통지를 할 수 있도록 하자는 데에 있었다[을 제20호증(공청회 개최 결과 보고) 25면 10~15행 및 을 제21호증(특허법 및 실용신안법 개정경과 설명자료) 231면 7~12행 각 참조]. 
 ㈏ 위 개정초안을 기초로 하되 구 특허법 제47조 제4항을 "제1항 제2호 및 제3호에 따른 보정은 그 보정에 따라 새로운 거절이유가 발생하지 아니하여야 한다. 다만 제3항 제1호 및 제4호에 따른 보정 중 청구항을 삭제하는 보정의 경우에는 그러하지 아니하다."라고 개정하고 "제2항에 따른 범위를 벗어난 보정에 대하여 그 보정 전 특허청구범위로 되돌아가거나 그 보정 전 특허청구범위를 제1호부터 제3호까지의 규정에 따라 보정하는 경우"라는 제47조 제3항 제4호를 신설하는 내용이 포함된 특허법 개정안이 국무회의를 거쳐 마련된 이후, 지식경제위원회가 2008년 11월경 국회에 제출한 위 개정안에 관한 검토보고서에는 다음과 같은 내용들이 포함되어 있었다. 즉 ① 개정안 제47조 제4항 단서에서 제47조 제3항 제1호 및 제4호에 따른 보정 중 청구항을 삭제하는 보정의 경우에는 새로운 거절이유가 발생한 경우에도 보정을 각하하지 않고 최후거절이유통지를 할 수 있도록 하고 있는데, 이는 제47조 제3항 제1호 및 제4호에 따라 청구항을 삭제하는 보정을 하면서 삭제되는 청구항을 인용하는 청구항에 관한 인용사항의 수정을 간과하고 보정서를 제출한 경우에 새로운 거절이유(기재불비)가 발생하더라도 보정각하결정을 하지 않고 다시 거절이유를 통지하여 보정이 될 수 있도록 하는 것이라는 내용과 ② 개정안은 보정각하와 관련된 사항을 제47조 제4항과 제51조 에서 각각 규정하고 있는데, 제47조 제1항부터 제3항까지는 보정요건을 규정하고 있고, 제51조는 보정각하의 요건 및 효력을 규정하고 있는 점을 감안할 때, 제47조 제4항을 제51조에 통일적으로 규정하는 것이 법체계상 적절하다는 내용 등이 그것이다[을 제21호증(특허법 및 실용신안법 개정경과 설명자료) 234면 및 을 제16호증(국회 지식경제위원회 검토보고서) 12~15면 각 참조].
 ⑵ 당사자의 법률적 주장
 ㈎ 피고
 위와 같은 개정경위를 고려할 때, 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 보정각하결정의 사유에서 제외하고 있는 ‘청구항을 삭제하는 보정에 따른 거절이유’에 관하여는 ‘청구항을 삭제하는 보정을 하면서 그삭제되는 청구항을 인용하는 다른 청구항을 보정하지 아니하여 발생한 거절이유’로 제한하여 해석하여야 한다. 이와 달리 해석하는 경우에는 청구항을 삭제하는 보정을 하기만 한다면 그삭제되는 청구항과 무관한 심각한 기재불비 등의 거절이유에 대해서도 보정각하결정을 하지 못하게 되는 불합리한 결과가 발생할 것이다. 
 ㈏ 원고
 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문 중 "(같은 조 제3항 제1호 및 제4호에 따른 보정 중 청구항을 삭제하는 보정은 제외한다)"는 괄호규정은 보정에 따른 경미한 기재불비사유가 발생하는 경우 곧바로 보정각하결정을 하지 않고 다시 보정의 기회를 준다는 취지로 볼 수 있다. 따라서 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 보정각하결정의 사유에서 제외하고 있는 ‘청구항을 삭제하는 보정에 따른 거절이유’에는 ‘청구항을 삭제하는 보정을 하면서 그삭제되는 청구항을 인용하는 다른 청구항을 보정하지 아니하여 발생한 거절이유’ 뿐만 아니라 ‘청구항을 삭제하는 보정에 수반하는 다른 청구항에 대한 형식적인 보정에 따른 거절이유’도 포함되는 것으로 해석하여야 한다. 
 나) 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘청구항을 삭제하는 보정에 따른 거절이유’에 관한 판단기준
 ⑴ 법은 원칙적으로 불특정 다수인에 대하여 동일한 구속력을 갖는 사회의 보편타당한 규범이므로 이를 해석함에 있어서는 법의 표준적 의미를 밝혀 객관적 타당성이 있도록 하여야 하고, 가급적 모든 사람이 수긍할 수 있는 일관성을 유지함으로써 법적 안정성이 손상되지 않도록 하여야 한다. 한편 실정법은 보편적이고 전형적인 사안을 염두에 두고 규정되기 마련이므로 사회현실에서 일어나는 다양한 사안에서 그 법을 적용함에 있어서는 구체적 사안에 맞는 가장 타당한 해결이 될 수 있도록 해석할 것도 또한 요구된다. 요컨대 법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 한다. 나아가 그러기 위해서는 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하면서, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 위와 같은 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석을 하여야 한다. (대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결, 대법원 2010. 12. 23. 선고 2010다81254 판결 및 대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81035 판결 등 참조)
 ⑵ 특허법의 입법 목적은 발명을 보호·장려하고 그 이용을 도모함으로써 기술의 발전을 촉진하여 산업발전에 이바지함에 있고(특허법 제1조), 보정각하제도의 취지는 특허청 심사관이 요건을 충족하지 못한 보정에 대하여 바로 보정각하결정을 할 수 있도록 하여 보정으로 새로이 발생되는 거절이유에 대하여 거절이유통지와 또 다른 보정이 반복되는 것을 배제함으로써 심사절차의 신속한 진행을 도모하는 데에 있다. 그리고 앞서 본 개정경위에 비추어 보면, 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문은 보정 후 특허청구범위에 기재된 사항이 특허출원을 한 때에 특허를 받을 수 있을 것을 보정요건으로 규정한 구 특허법 제47조 제4항 제2호를 삭제하는 대신에 보정에 따라 새로운 거절이유가 발생하는 경우 보정각하결정을 할 수 있도록 개정된 것으로서, 청구항을 삭제하는 보정과 관련하여 일정한 경우에는 그로 인하여 기재불비의 새로운 거절이유가 발생하더라도 보정각하결정을 하지 않고 다시 거절이유통지를 하도록 하는 데에 그 개정취지가 있다고 볼 수 있다. 
 ⑶ 살피건대 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 "(같은 조 제3항 제1호 및 제4호에 따른 보정 중 청구항을 삭제하는 보정은 제외한다)"라는 괄호규정으로써 ‘청구항을 삭제하는 보정에 따른 거절이유’를 보정각하결정의 사유에서 제외하면서, 그와 같은 거절이유가 청구항을 삭제하는 보정에 "따라" 발생한 것인지를 판단근거로 규정하고 있고, 위 "따라"라는 문언의 통상적인 의미에 의하면 해당 거절이유가 청구항을 삭제하는 보정과 더불어 발생하거나 그에 의거하여 발생하는 모든 경우를 포함하는 것으로 볼 여지가 없지 않다. 그러나 앞서 본 특허법의 입법 목적, 보정각하제도의 취지 및 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문의 개정취지에다 청구항을 삭제하는 보정에 의하여 발생할 수 있는 전형적인 거절이유로는 삭제되는 청구항을 인용하는 다른 청구항의 인용관계를 보정하는 것을 간과함으로써 인용하는 다른 청구항의 기재가 잘못된 기재가 되거나 분명하지 아니하게 되어 결국 발명을 명확하게 이해하고 재현할 수 없는 정도에 이르게 되는 등의 기재불비사유를 들 수 있는 점까지 종합하여 볼 때, 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘청구항을 삭제하는 보정에 따른 거절이유’에 위와 같이 청구항을 삭제하는 보정과 더불어 발생하거나 그에 의거하여 발생하는 거절이유가 모두 포함된다고 보기는 어렵고, "청구항을 삭제하는 보정을 하면서 삭제되는 청구항을 인용하는 다른 청구항의 인용관계를 보정하는 것을 간과하여 발생하는 거절이유"가 그에 해당한다고 보는 것이 객관적인 타당성이 있는 해석이 될 것이다. 
 ⑷ 한편 위와 같이 청구항을 삭제하는 보정을 하면서 삭제되는 청구항을 인용하는 다른 청구항의 인용관계를 보정하는 것을 간과하여 발생하는 거절이유를 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘청구항을 삭제하는 보정에 따른 거절이유’에 해당하는 것으로 보는 이상, 삭제되는 청구항을 인용하는 다른 청구항의 인용관계를 보정하는 과정에서 그 인용관계의 보정과 불가분하게 발생하는 거절이유를 그에 해당하지 아니하는 것으로 보는 것은, 청구항을 삭제하는 보정에 의하여 삭제되는 청구항을 인용하는 다른 청구항의 인용관계에 발생하는 오류를 소극적으로 방치하는 출원발명에 대해서는 보정의 기회를 제공하는 반면에 같은 오류를 적극적으로 해소하려는 출원발명에 대해서는 보정의 기회를 차단하는 것이 되어 형평에 크게 어긋나는 결과가 되고 만다. 또한 인용관계의 보정과 관련하여 발생하는 거절이유 중에서 보정각하사유에서 제외하는 범위를 인용관계의 보정과 ‘불가분하게’ 발생하는 거절이유로 제한한다면 이는 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문에 관하여 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 해석이 될 것이다. 따라서 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘청구항을 삭제하는 보정에 따른 거절이유’에는 "청구항을 삭제하는 보정과 함께 삭제되는 청구항을 인용하는 다른 청구항의 인용관계를 보정하는 경우에 그 인용관계의 보정과 불가분하게 발생하는 거절이유"도 포함된다고 보아야 한다. 
 다) 쟁점 거절이유에 관한 구체적 검토
 ⑴ 보정사항 2의 성격
 보정사항 2에 의한 보정은 앞서 본 바와 같이 이 사건 보정 전의 종속청구항인 청구항 4항 및 8항을 각 삭제하는 보정사항인바, 이는 2009년 개정 특허법 제47조 제3항 제1호가 정한 ‘청구항을 삭제하여 특허청구범위를 감축하는 보정’으로서 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘청구항을 삭제하는 보정’에 해당한다. 
 ⑵ 보정사항 3의 성격
 ㈎ 이 사건 보정 전의 독립청구항인 청구항 9항은 "상기 제1항, 제2항, 제3항, 제4항 또는 제8항의 인 함유 구리 애노드를 사용하여 반도체 웨이퍼 상에 전기 구리 도금된 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼"로서, 반도체 웨이퍼에 사용되는 인 함유 구리 애노드라는 구성요소에 관하여 "제1항, 제2항, 제3항, 제4항 또는 제8항의 인 함유 구리 애노드"라는 기재로써 2 이상의 다른 청구항을 택일적으로 인용하는 것이었다. 
 ㈏ 그런데 위와 같은 택일적 구성요소 중 "제4항 또는 제8항"의 인 함유 구리 애노드는 보정사항 3에 의하여 삭제되었는바, 이러한 점에 비추어 보면 보정사항 3은 청구항에 택일적으로 기재된 선택요소 중 일부를 삭제하는 것으로서 2009년 개정 특허법 제47조 제3항 제1호가 정한 ‘청구항을 한정하여 특허청구범위를 감축하는 보정’에 해당할 수 있고, 또한 보정사항 3에 의한 보정이 이 사건 보정 전의 종속청구항인 청구항 4항 및 8항을 각 삭제하는 보정사항 2에 의한 보정과 함께 이루어진 사정에 비추어 보면 보정사항 3은 청구항 4항 및 8항이 각 삭제됨에 따라 이들을 인용하는 관계에 있는 청구항 9항의 기재를 그대로 둘 경우 같은 기재가 잘못되거나 분명하지 않게 되는 결과를 피하기 위한 것으로서 2009년 개정 특허법 제47조 제3항 제2호가 정한 ‘잘못된 기재를 정정하는 보정’이나 같은 항 제3호가 정한 ‘분명하지 아니한 기재를 명확하게 하는 보정’에 해당한다고 볼 수 있다. 
 ㈐ 이처럼 보정사항 3에 의한 보정은 청구항을 한정하여 특허청구범위를 감축하는 보정과 잘못된 기재를 정정하거나 분명하지 아니한 기재를 명확하게 하는 보정으로 볼 수 있을 뿐이고, 그 자체가 2009년 개정 특허법 제47조 제3항 제1호가 정한 ‘청구항을 삭제하여 특허청구범위를 감축하는 보정’으로서 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘청구항을 삭제하는 보정’에 해당한다고 볼 여지는 없기는 하나, 위와 같이 잘못된 기재를 정정하거나 분명하지 아니한 기재를 명확하게 하는 보정으로서의 보정사항 3에 의한 보정은 청구항 4항 및 8항의 각 청구항을 삭제하는 보정사항 2에 의한 보정과 함께 이루어진 것으로서 그삭제되는 청구항 4항 및 8항을 인용하는 청구항 9항의 인용관계를 보정하는 내용인 점에 비추어 볼 때, 보정사항 3에 의한 보정은 "청구항을 삭제하는 보정과 함께 삭제되는 청구항을 인용하는 다른 청구항의 인용관계를 보정하는 경우"에 해당할 수 있다 할 것이다.
 ⑶ 쟁점 거절이유가 보정사항 3에 의한 인용관계의 보정과 불가분하게 발생한 것인지 여부
 ㈎ 앞서 본 바와 같이 이 사건 보정 전의 독립청구항인 청구항 9항은 "상기 제1항, 제2항, 제3항, 제4항 또는 제8항의 인 함유 구리 애노드를 사용하여 반도체 웨이퍼 상에 전기 구리 도금된 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼"라는 내용이었고, 그 중에서 보정사항 3에 의하여 삭제된 부분은 "제4항 또는 제8항"이라는 기재부분이었다. 그리고 쟁점 거절이유는 앞서 살펴본 바와 같이 보정사항 3에 의한 제9항 발명의 최종 청구항이 "상기 제1항, 제2항, 제3항의 인 함유 구리 애노드를 사용하여 반도체 웨이퍼 상에 전기 구리 도금된 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼"라는 내용으로서 그 인용되는 항들에 관한 "제1항, 제2항, 제3항"이라는 기재에 택일적인 의미로 볼 수 있는 단어가 추가로 존재하지 아니함에 따라 택일인용 기재요건을 위반하였다는 점에 있고, 이는 결국 이 사건 보정 전의 청구항 9항에서 인용하는 항들에 관한 "제4항" 및 "제8항" 등의 기재부분과 함께 "또는"이라는 기재부분까지 삭제하면서도 남아있는 "제1항, 제2항, 제3항"이라는 기재에 종전의 "또는" 등과 같이 택일적인 의미로 볼 수 있는 단어를 추가로 기재하지 아니함에 따른 것으로 볼 수 있다. 
 ㈏ 그런데 보정사항 3에 있어서 이 사건 보정 전의 청구항 9항에서 인용하는 항들에 관한 "제4항" 및 "제8항" 등의 기재부분과 함께 "또는"이라는 기재부분까지 삭제한 것은 보정사항 2에 의하여 삭제되는 청구항 4항 및 8항을 인용하는 청구항 9항의 인용관계를 보정하기 위하여 불가피하게 거쳐야 하는 단계라고 할 것인데, 만약 이 사건 보정 전 청구항 9항의 "제1항, 제2항, 제3항, 제4항 또는 제8항의 인 함유 구리 애노드"라는 청구항 기재 중에서 "제4항" 및 "제8항"의 기재부분만을 삭제한다면 "제1항, 제2항, 제3항 또는 의 인 함유 구리 애노드"라는 내용으로 통상의 기술자로서 도저히 이해하기 어려운 기재가 남게 될 것이기 때문이다. 더욱이 보정사항 2에 의하여 삭제되는 청구항 4항 및 8항을 인용하는 청구항 9항의 인용관계를 보정하면서도 쟁점 거절이유가 발생하지 아니하는 경우를 상정한다면, 제9항 발명의 최종 청구항이 "상기 제1항, 제2항 또는 제3항의 인 함유 구리 애노드를 사용하여 반도체 웨이퍼 상에 전기 구리 도금된 구리층을 구비한 반도체 웨이퍼"와 같은 내용으로 보정되는 것을 들 수 있다 할 것인데, 그와 같은 보정에 있어서도 보정 전의 "제1항, 제2항, 제3항, 제4항 또는 제8항의 인 함유 구리 애노드"라는 청구항 기재 중에서 "또는"이라는 기재부분까지 삭제하는 것은 "제4항" 및 "제8항"의 기재부분을 삭제하여 청구항 9항의 인용관계를 보정하기 위하여 필수적으로 요구되는 사항이고, 다만 위와 같은 삭제 이후에 남아있는 "제1항, 제2항, 제3항"이라는 기재에 "또는"이라는 택일적인 의미의 단어를 기재하는 것은 택일인용 기재요건을 충족함으로써 쟁점 거절이유가 발생하지 않도록 하기 위한 추가적인 조치에 지나지 아니한다 할 것이다. 요컨대 보정사항 3에 의하여 이 사건 보정 전 청구항 9항의 기재에서 "또는"이라는 기재부분까지 삭제됨에 따라 발생한 쟁점 거절이유는, 보정사항 2에 의하여 삭제되는 청구항 4항 및 8항을 인용하는 청구항 9항의 인용관계를 보정하는 것, 즉 보정사항 3에 의한 인용관계의 보정과 불가분하게 발생한 것이라고 봄이 타당하다. 
 ⑷ 이상과 같이, 보정사항 2에 의한 보정은 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 ‘청구항을 삭제하는 보정’에 해당하고, 보정사항 3에 의한 보정은 청구항을 삭제하는 보정사항 2에 의한 보정과 함께 이루어진 것으로서 그삭제되는 청구항 4항 및 8항을 인용하는 다른 청구항인 청구항 9항의 인용관계를 보정하는 것이며, 보정사항 3에 따른 쟁점 거절이유는 보정사항 3에 의한 위 인용관계의 보정과 불가분하게 발생한 것이므로, 결국 쟁점 거절이유는 "청구항을 삭제하는 보정과 함께 삭제되는 청구항을 인용하는 다른 청구항의 인용관계를 보정하는 경우에 그 인용관계의 보정과 불가분하게 발생하는 거절이유"로서 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 보정각하사유에서 제외하고 있는 "청구항을 삭제하는 보정에 따른 거절이유"에 해당한다 할 것이다.
 5) 소결 
 이상을 종합하면, 쟁점 거절이유는 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 보정각하사유에서 제외하고 있는 "청구항을 삭제하는 보정에 따른 거절이유"에 해당하므로, 쟁점 거절이유를 그 결정사유로 하는 이 사건 보정각하결정은 결국 부적법하다 할 것이고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
 다. 이 사건 보정각하결정이 적법함을 전제로 한 이 사건 심결의 당부 
 1) 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점 거절이유가 비록 이 사건 보정에 따라 발생한 새로운 거절이유이기는 하나 2009년 개정 특허법 제51조 제1항 본문이 정한 "청구항을 삭제하는 보정에 따른 거절이유"로서 보정각하사유에서 제외되는 이상, 특허청 심사관으로서는 무엇보다 이 사건 보정에 의한 특허청구범위 등의 명세서를 재심사하여야 할 것이고, 그 결과 종전의 거절이유가 해소되지 못하였다면 특허심판원에 이 사건 거절결정을 그대로 유지하는 심사결과통지를 하되, 종전의 거절이유가 해소되었다면 출원인인 원고에게 쟁점 거절이유를 통지하고 기간을 정하여 의견서를 제출할 수 있는 기회를 주어야 할 것이다.
 2) 그럼에도 특허청 심사관은 이 사건 보정에 대하여 이 사건 보정각하결정을 하고 특허심판원에 이 사건 거절결정을 그대로 유지하는 심사결과통지를 하였고, 특허심판원은 이 사건 보정각하결정이 적법하다는 점을 전제로 이 사건 보정 전 제1항 발명이 비교대상발명에 의하여 진보성이 부정되므로 나머지 청구항을 더 살펴볼 필요 없이 이 사건 출원발명의 출원은 전부가 거절되어야 한다는 이유로 이 사건 심결을 하였다. 
 3) 그렇다면 이 사건 심결은 이 사건 보정각하결정이 적법함을 전제로 함으로써 위와 같은 재심사 내지 거절이유통지의 절차를 누락한 채 이 사건 보정 전의 명세서에 의한 기술 내용을 판단대상으로 삼은 것으로서 결국 부당하다.
 3. 결론 
 따라서, 이 사건 심결의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 김우진(재판장) 정택수 박정훈