법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2020.10.29 / 시행일:

【원고, 상고인】 씨케이 주식회사 (소송대리인 법무법인 택스로 담당변호사 권진숙 외 1인)
【피고, 피상고인】 동대문세무서장 외 1인 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 조철호 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2017. 6. 20. 선고 2017누31554 판결
【주 문】
원심판결 중 피고 서울지방국세청장의 소득금액변동통지에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고 동대문세무서장에 대한 상고를 기각한다. 원고와 피고 동대문세무서장 사이에서 생긴 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 안에서)를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 대하여
 가. 2007 내지 2009 사업연도 귀속 각 소득금액변동통지 관련 주장에 대한 판단
 1) 가) 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15는 제1항 본문 및 제1호에서 “제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지(이하 ‘세무조사결과통지’라 한다)를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다.”라고 규정하면서, 제2항 제2호에서 ‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에는 제1항을 적용하지 않는다고 정하고 있다. 
사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조).
 나) 한편 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조는 과세관청이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정을 하면서 익금에 산입한 금액을 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득처분을 하도록 정하고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 단서는 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여로 처분하도록 정하고 있다. 그리고 구 조세범 처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조는 사기 기타 부정한 행위로써 조세를 포탈한 자를 처벌하도록 정하면서, 제9조의2 제2호는 정부가 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정하면서 그 법인의 주주ㆍ사원ㆍ사용인 기타 특수한 관계에 있는 자의 소득으로 처분한 금액을 사기 기타 부정한 행위로 인하여 생긴 소득금액으로 보지 않는다고 정하고 있다.
 다) 앞서 본 관련 규정의 문언과 체계, 입법 취지 등에 비추어 보면, 과세관청의 익금산입 등에 따른 법인세 부과처분과 그 익금 등의 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 각각 별개의 처분이므로, 과세관청이 법인에 대하여 세무조사결과통지를 하면서 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 하였더라도 이는 포탈한 법인세에 대하여 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호의 ‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당할 뿐이지, 소득처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 과세전적부심사의 예외사유인 ‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없다.
따라서 이러한 경우 과세전적부심사를 거치기 전이라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 다른 예외사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청은 소득금액변동통지를 하기 전에 납세자인 해당 법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 한다. 이와 같은 특별한 사정이 없음에도 세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 봄이 타당하다. 비록 소득세법 시행령 제192조 제1항에서 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 배당ㆍ상여 및 기타소득으로 처분된 소득금액을 소득금액변동통지서에 의하여 해당 법인에게 통지하도록 정하였더라도, 이와 달리 볼 것이 아니다.
 2) 원심판결 이유와 기록에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 가) 피고 서울지방국세청장은 2015. 4. 7. 원고에게 이 사건 각 처분의 과세자료를 내용으로 하는 세무조사 결과에 대한 서면통지(이하 ‘이 사건 세무조사결과통지’라 한다)를 하였다.
 나) 피고 서울지방국세청장은 2015. 4. 10. 이 사건 세무조사결과통지와 같이 원고의 매출누락액이 사외로 유출되었으나 귀속이 불분명하다고 보아 이를 대표이사인 소외인에게 귀속되는 것으로 각 인정상여처분을 하면서, 원고에게 2007 내지 2009 사업연도 귀속분에 대하여 각 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 각 소득금액변동통지’라 한다)를 하였다.
 다) 이후 피고 서울지방국세청장은 2015. 5. 7. 2010 내지 2013 사업연도 귀속 법인세 및 2010 내지 2013년도 귀속 부가가치세 포탈 혐의로 원고를 서울북부지방검찰청에 고발하였다.
 3) 이러한 사실관계를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 피고 서울지방국세청장은 원고를 법인세 포탈 등과 관련하여 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호에 따른 고발을 한 것으로 보일 뿐 이 사건 각 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 위 조항에 따른 ‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없다. 그러므로 이 사건 각 소득금액변동통지는 달리 과세전적부심사를 거치기 전이라도 이를 할 수 있는 예외사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 이 사건 세무조사결과통지 이후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 것이어서 무효이다.
 4) 그런데도 원심은 이와 달리, 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 각 소득금액변동통지는 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호의 ‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당하여 과세전적부심사를 거치지 않았더라도 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 
 나. 2007 내지 2009 사업연도 법인세(각 가산세 포함) 부과처분과 2007년 2기분 내지 2009년 2기분 부가가치세(각 가산세 포함) 부과처분 관련 주장에 대한 판단
 원고는 이 부분 상고이유로 위 각 부과처분은 이 사건 세무조사결과통지 이후 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분된 바 없음에도 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 이루어진 것이므로 위법하다는 취지로 주장하나, 위 주장은 원심의 변론종결 이전에는 제기되지 않았고, 상고심에 이르러 처음으로 제기되는 것이므로 적법한 상고이유가 될 수 없다. 
 2. 상고이유 제2점에 대하여
 가. 이 부분 상고이유의 주장은, 피고 서울지방국세청장이 원고의 법인세 과세표준과 세액을 경정하였고, 이 경우 구 법인세법 시행령 제109조 제1항 후문에 따라 납세고지서에 피고 서울지방국세청장이 조사ㆍ경정하였다는 뜻을 부기하여야 하는데, 이 사건의 법인세 납세고지서에는 그러한 내용을 부기하지 않은 절차적 하자가 있어 이 사건 각 처분 중 각 법인세 부과처분은 위법하여 취소되어야 함에도, 원심은 피고 동대문세무서장이 원고에 대한 법인세 과세표준을 경정하고 통지하였다는 잘못된 사실인정을 바탕으로 구 법인세법 시행령 제109조 제1항 후문이 적용되지 않아 납세고지서의 하자가 없다고 함으로써 이에 관한 판단을 그르쳤다는 것이다. 
 나. 그러나 관련 법리와 기록에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 설령 원심의 위와 같은 판단에 상고이유의 주장과 같은 잘못이 있다고 하더라도 판결 결과에 영향을 미칠 수 없으므로, 그에 관한 상고이유의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다.
 1) 구 국세징수법(2019. 12. 31. 법률 제16842호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항은 납세고지서의 필요적 기재사항으로 과세대상과 그에 대한 과세표준액, 세율, 세액산출방법 등을 적시하도록 정하고 있다. 그런데 구 법인세법 시행령 제109조 제1항 후문에서 납세고지서에 부기하여야 한다고 정한 ‘납세지 관할 지방국세청장이 조사ㆍ결정하였다는 뜻’은 이러한 필요적 기재사항으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 그에 관한 기재가 누락되었다고 하더라도 납세자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복 신청에 지장을 받는다고 단정하기도 어렵다.
 2) 더욱이 과세관청이 과세처분에 앞서 납세자에게 보낸 세무조사결과통지 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 제대로 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복 신청에 전혀 지장을 받지 않았음이 명백하다면, 이로써 납세고지서의 하자가 보완되거나 치유될 수 있다(대법원 2010. 11. 11. 선고 2008두5773 판결 참조). 그런데 피고 서울지방국세청장이 조사ㆍ경정하였다는 뜻이 이 사건 납세고지서에 부기되지 않았더라도 그 뜻이 과세처분에 앞서 원고에게 보낸 이 사건 세무조사결과통지에 기재되어 있으므로, 원고가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복 신청에 전혀 지장을 받지 않았음을 알 수 있다. 따라서 설령 상고이유처럼 피고 서울지방국세청장이 원고에 대한 법인세 과세표준을 경정하였더라도 피고 서울지방국세청장의 조사ㆍ경정과 관련된 납세고지서의 하자는 보완 또는 치유되었다고 보아야 할 것이므로, 이 사건 각 처분 중 각 법인세 부과처분에 관한 납세고지가 위법하다고 볼 수 없다.
 3. 상고이유 제3점에 대하여
 원심은 피고 서울지방국세청장이 세무조 유형이 ‘일반통합조사’에서 ‘범칙조사’로 전환되고, 조사대상 과세기간이 ‘2010. 1. 1.부터 2013. 12. 31.’에서 ‘2007. 1. 1.부터 2013. 12. 31.’로 확대되었다고 원고에게 통지한 사실을 인정한 다음, 피고 서울지방국세청장이 세무조사 유형을 전환하거나 조사범위를 확대하면서 통지 절차를 위반하거나 원고의 이익을 침해하였다고 볼 수 없다고 판단하였다. 
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심판단에 상고이유의 주장과 같이 세무조사 통지의 위법성에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 4. 상고이유 제4점에 대하여 
 원심은, 원고가 세금계산서를 수수하지 않은 매입대금에 부가가치세가 포함되었는지가 분명하지 않으므로 부가가치세법 제29조 제7항에 의하여 그 금액에 110분의 100을 곱하여 공급가액을 계산하여야 함을 전제로, 그 공급가액의 10%인 부가가치세 매입세액은 구 법인세법 제21조 제1호에 따라 원고의 법인세 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 없다고 판단하였다. 
 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유와 같은 부가가치세법 해석에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 5. 결론 
 그러므로 원심판결 중 피고 서울지방국세청장의 소득금액변동통지에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고 동대문세무서장에 대한 상고를 기각하고, 원고와 피고 동대문세무서장 사이에서 생긴 상고비용은 원고가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 안철상(재판장) 박상옥 노정희 김상환(주심)

[1] 과세관청이 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 한 경우, 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 과세처분이 무효인지 여부(원칙적 적극)
[2] 과세관청이 법인에 대하여 세무조사결과통지를 하면서 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 한 경우, 소득처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대하여도 과세전적부심사의 예외사유인 ‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수 있는지 여부(소극) 및 이 경우 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득금액변동통지의 효력(원칙적 무효)
[3] 구 법인세법 시행령 제109조 제1항 후문에서 납세고지서에 부기하여야 한다고 정한 ‘납세지 관할 지방국세청장이 조사ㆍ결정하였다는 뜻’이 납세고지서의 필요적 기재사항인지 여부(소극) 및 과세관청이 과세처분에 앞서 납세자에게 보낸 세무조사결과통지 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 제대로 기재되어 있어 처분에 대한 불복 여부의 결정 등에 지장을 받지 않았음이 명백한 경우, 납세고지서의 하자가 보완되거나 치유될 수 있는지 여부(적극)

[1] 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다.
[2] 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제1항 본문 및 제1호, 제2항 제2호, 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것) 제67조, 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호, 구 조세범 처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조, 제9조의2 제2호의 문언과 체계, 입법 취지 등에 비추어 보면, 과세관청의 익금산입 등에 따른 법인세 부과처분과 그 익금 등의 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 각각 별개의 처분이므로, 과세관청이 법인에 대하여 세무조사결과통지를 하면서 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 하였더라도 이는 포탈한 법인세에 대하여 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호의 ‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당할 뿐이지, 소득처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 과세전적부심사의 예외사유인 ‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없다.
따라서 이러한 경우 과세전적부심사를 거치기 전이라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 다른 예외사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청은 소득금액변동통지를 하기 전에 납세자인 해당 법인에 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 한다. 이와 같은 특별한 사정이 없음에도 세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 봄이 타당하다. 비록 소득세법 시행령 제192조 제1항에서 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 배당ㆍ상여 및 기타소득으로 처분된 소득금액을 소득금액변동통지서에 의하여 해당 법인에 통지하도록 정하였더라도, 이와 달리 볼 것이 아니다.
[3] 구 국세징수법(2019. 12. 31. 법률 제16842호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항은 납세고지서의 필요적 기재사항으로 과세대상과 그에 대한 과세표준액, 세율, 세액산출방법 등을 적시하도록 정하고 있다. 그런데 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제109조 제1항 후문에서 납세고지서에 부기하여야 한다고 정한 ‘납세지 관할 지방국세청장이 조사ㆍ결정하였다는 뜻’은 이러한 필요적 기재사항으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 그에 관한 기재가 누락되었다고 하더라도 납세자가 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복 신청에 지장을 받는다고 단정하기도 어렵다.
더욱이 과세관청이 과세처분에 앞서 납세자에게 보낸 세무조사결과통지 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 제대로 기재되어 있어 납세의무자가 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복 신청에 전혀 지장을 받지 않았음이 명백하다면, 이로써 납세고지서의 하자가 보완되거나 치유될 수 있다.