취득세 등 부과 처분 취소 (일반행정, 인천지방법원)
공포일: 2024.06.14 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 원고에 대하여 한 별지1 세액계산표 각 ‘과세처분’란 기재 각 취득세 및 농어촌특별세 부과처분 중 각 ‘정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】
청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 별지1 세액계산표 ‘과세처분’란 기재 각 취득세 및 농어촌특별세 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 김포시 ○○○ 일원 총 10,864,559.7㎡(1단계 사업토지 3,582,737.7㎡ 포함)에 대하여 택지개발촉진법 제3조에 따라 김포○○택지개발사업지구(이하 ‘이 사건 택지개발사업지구’라 한다)가 지정되었으며, 원고는 이 사건 택지개발사업지구의 사업시행자로서 사업단계를 6단계로 구분하고 2006. 12.부터 2017. 11.까지 약 11년간 아래와 같은 단계로 택지개발사업(이하 ‘이 사건 택지개발사업’이라 한다)을 진행하여 준공하였다.

나. 이 사건 택지개발지구의 사업면적은 위 표와 같이 총 10,864,559.7㎡이고, 원고의 법인장부에서 확인되는 총 사업비는 3,414,773,826,492원이며, 구체적인 내역은 아래의 [표1]과 같다.

다. 원고는 이 사건 택지개발사업지구 내 토지 2,215,639.7㎡(위 2단계부터 6단계까지의 사업에 관한 토지, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대한 택지개발사업(이하 ‘이 사건 지목변경’이라 한다)에 따른 취득세 과세표준을 407,162,517,267원으로 하여 산출하여 취득세 등 4,574,868,930원을 신고ㆍ납부하였다.

라. 피고는 2019. 6.경 원고에 대한 세무조사 과정에서, 당초 원고가 이 사건 토지에 대한 지목변경 취득세를 신고·납부하면서 원가충당부채, 광역교통시설부담금 등을 누락하여 과세표준이 과소 계상되었다고 보고, 원고와의 협의를 통해 일시 준공이 아닌 단계별 준공이라는 택지개발사업의 특성을 고려하여, 최종 준공시점까지 발생한 총 비용을 택지개발사업의 총 면적으로 나누어 산정한 1㎡당 단가를 각 단계별 준공 면적에 곱하는 방법으로 취득세 과세표준을 산정하기로 하였다. 이에 따라 피고는 위 [표1]의 취득세 과세표준(3,317,842,473,338원)을 이 사건 택지개발사업 면적(10,864,559.7㎡)으로 나누어 1㎡당 지목변경비용을 305,382원으로 산출한 후, 이를 기준으로 이 사건 토지의 면적 2,215,639.7㎡(2~6단계 과세면적 합계)에 관하여 각 단계별로 토지 취득가격을 산출하였고, 여기에서 원고가 당초 신고한 과세표준을 차감하여 이 사건 취득세 등의 과세표준을 재산정하였으며, 해당 과세표준을 토대로 원고에게 2019. 6. 26. 2단계 토지에 관하여 취득세 등 1,192,856,540원을 부과ㆍ고지하고(이하 ‘이 사건 제1 처분’이라 한다), 2019. 9. 9. 3~6단계 토지에 관하여 취득세 등 3,366,137,930원을 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 제2 처분’이라 하고, 이 사건 제1 처분과 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 2019. 9. 23. 이 사건 제1 처분의 취소를 구하는 심판을, 2019. 10. 24. 이 사건 제2 처분의 취소를 구하는 심판을 각 청구하였으나, 조세심판원은 2020. 2. 5. 원고의 위 심판청구를 모두 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 을 제6 내지 14호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함하며, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지2 기재와 같다.

3. 원고의 주장

가. 구 지방세법(2019. 12. 3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제4항 및 구 지방세법 시행령(2019. 12. 31. 대통령령 제30318호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제10항 단서에 따르면 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일이 취득일이다. 이 사건 택지개발사업의 2단계 부분(준공일 2014. 4. 30.) 중 333,090㎡ 토지(이하 ‘쟁점토지’라고 한다)는 원고가 2014. 4. 26. 이전에 매수자 등에게 사용승낙을 하였으며, 그 사용승낙일에는 쟁점토지의 지목이 사실상 변경되어 원고가 쟁점토지를 취득하였다고 볼 수 있고, 이 경우 2019. 6. 26. 이전에 취득세 부과제척기간이 만료되었다고 할 것이다. 그런데도 피고는 원고의 쟁점토지 지목변경 취득시기를 준공일인 2014. 4. 30.으로 보아 2019. 6. 26. 이 사건 제1 처분을 하였는바, 이는 부과제척기간이 경과한 후의 처분으로 위법하다.

나. 구 지방세법 제10조 제3항에 의하면 토지의 지목을 사실상 변경한 경우 그로 인하여 증가한 가액을 과세표준으로 하도록 하고 있으며, 이 때 구체적인 과세표준은 구 지방세법 시행령 제18조에 따라 정해지되, 토지의 취득시기 이후 지급시기가 도래한 비용은 취득세 과세대상이 아니다. 원고가 원가계산서에 반영한 원가충당부채 190,709,785,352원(이하 ‘쟁점1 비용’이라 한다)은 이 사건 지목변경의 취득시기(6단계 준공일 2017. 11. 30.) 이전까지 실제로 지급되지 않았으나 추후 지출될 가능성이 있어 부채로 처리한 것일 뿐으로 실제 이 사건 지목변경의 최종 취득일(6단계 준공일인 2017. 11. 30.) 이전까지 그 지급원인이 발생하지 않았고, 지급시기가 도래되었다고 볼 수 없으므로 과세표준에서 제외되어야 한다.

다. 원고는 이 사건 택지개발사업을 시행하면서 광역교통망개선대책에 따른 광역교통시설부담금 1,063,836,844,150원(김포도시철도사업비 1,054,700,544,150원, 올림픽대로확장사업비 9,136,300,000원, 이하 ‘쟁점2 비용’이라 한다)과 상하수도ㆍ가스ㆍ전기ㆍ통신 등 각종 기반시설 설치비용 760,231,357,590원(이하 ‘쟁점3 비용’이라 한다), 학교용지부담금 및 도서관건립부담금으로 14,593,547,010원(이하 ‘쟁점4 비용’이라 한다)을 납부하였는데, 쟁점2, 3, 4 비용은 이 사건 지목변경과 직접적인 관련이 있거나 그 토지의 가치를 증가시키는데 투입된 비용이 아니므로 해당 비용은 이 사건 지목변경의 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.

라. 이 사건 택지개발지구의 사업비용으로 처리된 토목공사비 4,576,667,987원(이하 ‘쟁점5 비용’이라 한다)은 그 실질이 원고가 이 사건 택지개발사업지구 내 Ab-06BL에 공동주택을 신축하면서 지출한 토목공사비와 토목자재비에 해당하고 원고는 이미 그 토목공사비용을 건축물의 취득가격에 포함하여 취득세를 신고ㆍ납부하였는바, 해당 비용을 이 사건 지목변경의 취득세 과세대상에 포함시킨 것은 사실상 이중과세에 해당한다. 

마. 행정안전부는 택지개발 중인 토지에 대한 지목변경 취득시기는 지목이 사실상 변경된 날과 토지사용승낙일 중 빠른 날이라는 유권해석을 하였다(지방세운영과-2527). 원고는 이를 전제로 취득가격 산정 기준시점에 관한 질의를 하여 2015. 3.경 경기도지사로부터 취득시기 이후 추가로 발생한 비용은 과세표준에 포함되지 아니한다는 회신을 받았다. 원고는 이를 신뢰하여 이 사건 토지의 각 사용승낙 시점을 기준으로 취득세 등을 신고·납부하였음에도, 이에 반하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다. 

4. 판단

가. 관련 규정 및 법리

1) 구 지방세법은 취득세와 관련하여 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우를 ‘취득’으로 본다(제7조 제4항). 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액인데(구 지방세법 제10조 제1항), 지목변경으로 인한 취득세의 경우 지목변경으로 인하여 증가한 가액을 과세표준으로 한다(구 지방세법 제10조 제3항). 취득 당시의 가액은 원칙적으로 취득자가 신고한 가액에 의하나, 그 신고가액이 위 법 제4조가 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액으로 하고(구 지방세법 제10조 제2항), 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 위 제2항 및 제3항에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다(같은 조 제5항). 그 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 ‘직접비용’ 및 ‘간접비용’의 합계액으로 한다(구 지방세법 시행령 제18조 제1항). 그리고 이러한 ‘취득가격’에는 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 외에 실제로 당해 물건의 취득대가로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다(대법원 2015. 11. 26. 선고 2015두47386 판결 등 참조).

2) 지목변경으로 인하여 증가한 가액은, 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액으로 하되, 판결문 또는 법인장부에 의하여 ‘지목변경에 든 비용’이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다[구 지방세법 시행령 제17조 단서, 제18조 제3항]. 위와 같은 구 지방세법 및 시행령의 각 규정 내용을 종합해 보면, 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 과세표준이 되는 ‘지목변경에 든 비용’은 지목변경 또는 그로 인한 토지 자체의 가치 증가와 관련된 비용(즉, 직접비용 및 간접비용)을 모두 포함한다 할 것이다.

3) 취득세부과처분 취소소송에서 과세근거가 되는 과세표준에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로, 취득세의 과세표준이 되는 지목변경에 든 비용에 해당하는지에 대해서는 과세관청이 증명할 책임이 있다고 할 것이다(대법원 2013. 9. 12. 선고 2013두7681 판결 등 참조).

나. 이 사건 제1 처분 중 쟁점토지에 대한 부분이 부과제척기간 경과한 후의 처분인지 여부 판단 

1) 구 지방세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정되기 전의 것) 제38조, 지방세기본법 시행령 제19조 제1항 제1호에 의하면 일반적으로 지방세는 지방세에 대한 신고기한의 다음 날부터 5년이 만료되는 날까지 부과하지 않는 경우 부과할 수 없다. 구 지방세법 제20조 제1항에 의하면 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날로부터 60일 이내에 취득세를 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있다. 

이 사건의 경우 쟁점토지의 지목변경에 대하여 2019. 6. 26. 이 사건 제1 처분으로 취득세를 부과하였는데, 원고가 2014. 4. 26. 이전에 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득을 하였다고 볼 수 있다면, 이 사건 제1 처분 중 쟁점토지에 관한 부분은 지방세 신고기한인 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득일로부터 60일이 도과하는 날 다음 날부터 5년이 경과한 후의 취득세 부과처분으로 위법하게 된다. 따라서 여기서는 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득일을 언제로 보아야 하는지가 쟁점이다.

2) 구 지방세법 시행령 제20조 제10항은 본문에서 ‘토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다.’고 규정하면서도 단서에서 ‘토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.’고 규정하고 있는데, 이는 토지의 지목변경이 이루어지기 전이라도 해당 토지를 실제로 변경되는 지목의 용도로 사용하는 경우 그 사용일을 지목변경에 따른 토지취득일로 간주하겠다는 것으로 보인다.

갑 제4, 5호증의 각 기재에 의하면, 원고가 2014. 4. 26. 이전에 쟁점토지를 매수자 등에게 사용승낙한 사실은 인정된다. 그러나 사용승낙서(갑 제5호증)의 승낙조건에 의하면 ‘부지조성공사 및 확정측량이 완료되지 않은 상태에서 토지를 사용함에 다른 지적경계 불분명 등으로 지자체의 건축허가 여부 및 건축 후 발생되는 모든 사항은 건축주 책임하에 처리하고 그 결과에 대하여 수인하여야 합니다.’라고 기재되어 있는바, 쟁점토지에 대한 사용승낙 당시에는 쟁점토지를 변경된 지목의 내용대로 실제로 사용하는 데에 상당한 제한이 있었던 것으로 보이며, 위 사용승낙서는 쟁점토지의 매수자 등이 입주자모집승인신청이나 건축허가신청 등 주로 행정절차를 진행하기 위한 용도인 것으로 보인다. 이러한 사정들에 비추어 볼 때, 원고가 매수자 등에게 쟁점토지를 사용승낙하였다는 사정만으로 원고가 쟁점토지를 변경된 지목에 따라 2014. 4. 30. 이전에 사실상 사용하였다고 평가하기는 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거는 없다. 

더욱이 이 사건 택지개발사업은 여러 필지에 걸친 광범위한 면적을 대상으로 하는 토지의 지목변경으로서 그 취득가액 역시 개별 필지별로 산정되기는 어렵고 최소한 각 사업단계별 준공시점이나 전체 사업의 준공시점을 기준으로 전체 필지에 대한 취득가액이 통일적으로 산정되어야 할 필요가 있고, 취득세의 신고·납부 역시 위와 같은 방식으로 취득가액 산정이 이루어진 상태에서 비로소 가능하다고 볼 수 있다. 이러한 이 사건 택지개발사업의 특성을 고려하면 쟁점토지를 포함한 제2단계 사업에 따른 토지들에 대하여는 제2단계 사업의 준공일인 2014. 4. 30.이 해당 토지의 지목이 변경되고 원고가 이를 변경된 지목에 따라 사용한 날이자 원고의 취득일로 평가되어야 하며, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 쟁점1 비용(원가충당부채)이 ‘지목변경에 든 비용’에 해당하는지 여부 판단 

1) 구 지방세법 시행령 제18조 제1항은 구 지방세법 제10조 제5항 각 호에 따른 과세표준인 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 ’지급하여야 할‘ 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용3)의 합계액으로 한다고 규정하고 있으므로, 토지의 취득일 이전에 지출되지 않은 비용이더라도 취득일에 이미 지출이 예정되어 있는 일체의 직접비 또는 간접비가 취득세의 과세표준인 취득가격에 포함된다고 해석할 수 있다. 위 규정은 문언 자체로 ‘지급하여야 할 비용’을 과세표준에 포함하고 있으므로 위와 같이 해석하는 것이 조세법률주의에 위반된다고 보기 어렵다. 이와 달리, 택지개발사업에 필수적인 사업비가 취득일까지 지출되지 않았거나 지출과 관련된 절차가 처리되지 않았다고 하여 이를 취득세 과세표준에서 제외하는 것으로 해석한다면, 납세의무자가 의도적으로 택지개발사업에 필수적인 사업비를 준공시점 이후에 지출하거나 그 이후에 관련 절차를 처리하는 것으로 변경하여 취득세 과세표준의 범위를 조정할 수 있게 되므로, 조세형평의 측면에서 타당하지 않은 결과가 발생할 위험이 있다.

구 지방세법 제17조 단서에서는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우 그 비용을 과세표준으로 하고 있는바, 여기에는 취득일(이 사건 지목변경의 준공일)에 이미 지출이 완료되었거나 지출이 예정된 것으로서 지목변경 또는 그로 인한 토지 자체의 가치 증가와 관련된 비용(즉, 직접비 또는 간접비)이 포함된다고 보아야 한다. 

2) 원고의 내규인 개발사업규정 제60조 제1항에 따르면, 원가충당부채는 회계기준 시행세칙(원고의 내규) 제119조에 따른 제조원가 확정시기까지 집행되지 아니한 용지비, 조성공사비, 건물공사비 등 제조원가에 투입되는 사업비로서 향후 집행될 가능성이 높아 원가에 포함시킬 필요가 있는 비용을 대상으로 설정한다고 규정하고 있고(을 제16, 17호증), 통상적으로도 ‘충당금’이란 당해 사업연도에 있어서 부담하여야 할 이유가 뚜렷이 인정되기 때문에 장래에 있어서의 지출 또는 손실에 대한 준비로서 주로 추산에 의하여 계상되는 금액으로, 비용의 인식시기를 장래 지출의 불확실한 발생시점에 인식하기에는 불합리하여 당해 지출의 원인발생시점에 인식하는 비용을 말한다. 이에 의하면, 택지개발사업 관련 원가충당부채는 향후 집행될 가능성이 높은 택지개발사업 내지 지목변경 투입비용으로, 지출이 예정된 직접비 또는 간접비에 해당하는바, 이는 원칙적으로 구 지방세법 시행령 제18조 제1항 소정의 법인장부로 입증되는 취득가격에 해당한다고 볼 수 있다. 

원고는 위 개발사업규정 등에 따라 이 사건 택지개발사업 내지 지목변경을 위하여 필수적으로 수반되는 직접비 또는 간접비로서 취득일에 이미 지출이 예정되어 집행될 가능성이 높아 원가에 포함시킬 필요가 있는 사업비라고 스스로 판단하여 쟁점1 비용을 원가충당부채에 계상하였다고 할 것이므로, 원고가 집행가능성 등을 잘못 판단하였다거나 사후적인 사정변경으로 지출의무가 발생하지 않게 되었다는 등의 특별한 사정이 없는 이상, 쟁점1 비용은 원칙적으로 구 지방세법 시행령 제18조 제1항에 따른 과세표준인 취득가격 내지 구 지방세법 제17조 단서에 따른 지목변경에 든 비용으로 평가함이 타당하다. 학교용지부담금, 대체산림조성비/농지전용부담금, 조성도급공사비, 조성용역비 등 쟁점1 비용의 구성항목들을 보더라도, 이는 대부분 이 사건 지목변경에 필수적으로 소요될 수밖에 없는 비용들로 원고가 이 사건 토지를 지목변경으로 인하여 취득할 당시 이미 지출이 예정되는 비용으로 볼 수 있다.

3) 다만, 갑 제6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 한국전력공사와 이 사건 택지개발사업과 관련한 배전선로공사의 공사비로 약 413억 원을 지급하기로 약정하고, 해당 공사비 전액을 납부한 사실, 그 후 한국전력공사가 원고에게 지중화시설 추가공사비로 450억 원 상당을 추가로 지급하라고 요구하였기에 원고가 450억 원을 지중화부담금(이하 ‘이 사건 지중화부담금’이라 한다)으로 원가충당부채에 계상한 사실, 원고가 유사 사건에서 지중화시설 추가 공사비에 대한 납부의무가 없음을 확인받은 이후 한국전력공사에게 이 사건 지중화부담금에 대한 납부거절의사를 통지한 사실, 한국전력공사가 현재까지 원고에게 이 사건 지중화부담금의 납부를 요청하고 있지 않은 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고가 한국전력공사에게 이 사건 지중화부담금의 지급의무를 부담하지 않거나 부담할 가능성이 낮은 것으로 봄이 상당하다. 

따라서 쟁점1 비용 중 이 사건 지중화부담금 450억 원은 이 사건 토지의 지목변경에 의한 취득일 당시 지출이 예정된 비용이라고 할 수 없으므로, 법인장부에 의하여 입증되는 ‘지목변경에 든 비용’이라고 보기 어려운바, 이를 취득비용으로 산입하여 과세표준을 산정한 것은 위법하다. 

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3) 구 지방세법 시행령 제18조 제1항에서 들고 있는 간접비용으로는 ‘건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용’(제1호), ‘할부 또는 연부 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료’(제2호), ‘농지보전부담금, 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용’(제3호), ‘취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료’(제4호), ‘취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액’(제5호), ‘부동산을 취득하는 경우 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손’(제6호), ‘제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용’(제7호)이 있다. 
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라. 쟁점2 내지 4 비용이 ‘지목변경에 든 비용’에 해당하는지 여부 판단 

앞서 본 법리를 토대로 보건대, 앞서 든 증거들, 을 제3, 4, 8, 12, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 원고가 부담한 광역교통시설부담금(쟁점2 비용), 기반시설 설치비용(쟁점3 비용), 학교용지 및 도서관건립부담금(쟁점4 비용)은 모두 이 사건 토지의 지목변경 또는 그로 인한 위 각 토지 자체의 가치 증가와 관련된 비용으로서 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 과세표준이 되는 ‘지목변경에 든 비용’에 해당한다고 보는 것이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

1) 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률(이하 ‘공간정보관리법’이라 한다) 제2조에 의하면, 지목이란 토지의 주된 ‘용도’에 따라 토지의 종류를 구분하여 지적공부에 등록한 것이므로, 구 지방세법 제7조 제4항에서 토지의 지목을 사실상 변경한다는 것은 토지의 주된 용도를 사실상 변경하는 것을 의미하고, 이때의 변경이 있는지 여부는 토지의 현황이 물리적으로 변경되었는지 여부뿐만 아니라 상하수도공사, 도시가스공사, 전기통신공사 유무를 비롯하여 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2006. 7. 13. 선고 2005두12756 판결, 대법원 2018. 3. 29. 선고 2017두35844 판결 등 참조). 그런데 이 사건 택지개발사업과 같은 대규모 택지개발사업의 경우 형질변경 공사 등으로 사업부지 자체의 현황이 물리적으로 변경되었다고 하더라도, 기반시설이 설치되지 않은 상태에서는 해당 부지가 건축물 대지로서의 효용을 갖추었다거나 그 주된 용도가 사실상 변경되었다고 볼 수 없다. 따라서 원고가 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하는 쟁점2 내지 4 비용(기반시설 공사비 내지 각종 부담금 등)은 모두 택지개발사업 시행에 따라 기반시설 공사를 포함한 택지조성공사가 완료됨으로써 지목이 사실상 대지로 변경된 이 사건 토지가 대지로서 가지는 가치 증가에 직·간접적으로 기여한 비용이라고 보아야 하고, 그와 같은 가치 증가의 효용은 향후 이 사건 토지가 대지로서 존속하는 한 지속된다.

2) 대도시권 광역교통 관리에 관한 특별법 제11조 제1항 제1호는 광역교통시행계획이 수립·고시된 대도시권에서 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업을 시행하는 자는 광역교통시설 등의 건설 및 개량, 광역버스운송사업에 대한 지원 등을 위한 광역교통시설부담금을 내야 한다고 규정하고 있으므로, 광역교통시설부담금(쟁점2 비용)은 원고가 이 사건 택지개발사업을 시행하는데 있어서 필수적으로 부담해야 하는 비용에 포함하는바, 이는 이 사건 지목변경을 위한 비용으로서 취득세의 과세표준에 포함된다고 할 수 있다. 

3) 택지개발촉진법 제16조 제1항, 같은 법 시행령 제11조의2 제2항에 의하면, 해당 택지개발사업이 승인받은 실시계획대로 완료되었다고 인정될 때에만 준공검사를 받을 수 있고, 공간정보관리법 제81조, 같은 법 시행령 제67조 제1항 제1호에 의하면, 관계법령에 따른 토지의 형질변경 등의 공사가 준공되어야 지목변경 신청을 할 수 있는데, 기반시설 공사비(쟁점3 비용)는 이 사건 택지개발사업 실시계획에 포함된 기반시설 설치를 위한 비용으로 보이는바, 이 역시 이 사건 지목변경을 위하여 필요한 비용으로서 취득세의 과세표준에 포함된다고 볼 수 있다.

4) 쟁점4 비용 중 학교용지부담금은 학교용지확보 등에 관한 특례법 제5조 제1항에 근거한 것으로, 농지보전부담금이나 대체산림자원조성비 등과는 달리 부과권자의 재량에 의하여 부과되는 것이라고 하더라도, 원고가 이 사건 택지개발사업을 시행하는 것과 관련하여 학교용지부담금이 부과된 이상, 이는 원고가 이 사건 토지를 취득하기 위해 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용에 해당한다. 쟁점4 비용 중 도서관건립부담금은 원고가 이 사건 택지개발사업을 시행하는 것과 직접적으로 관련하여 행정청과의 합의에 따라 원고가 부담하게 된 비용으로, 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용은 아니더라도, 이 역시 이 사건 토지의 지목변경으로 인한 취득의 대가로 지급되었다고 볼 수 있는바, 이 사건 지목변경에 든 비용에 포함시킬 수 있다.

5) 택지개발촉진법 제18조의2 제1항, 같은 법 시행규칙 제11조 제1항에 의하면 택지조성원가는 용지비, 조성비, 직접인건비, 이주대책비, 판매비, 일반관리비, 용지부담금, 기반시설 설치비, 자본비용, 택지개발사업과 관련하여 발생하는 그 밖의 비용으로 구성되므로, 원고는 쟁점2 내지 4 비용을 모두 택지조성원가에 포함시키고, 택지조성원가를 기초로 하여 이 사건 토지의 공급가격을 결정하였을 가능성이 높다. 이와 같이 쟁점2 내지 4 비용이 포함된 택지조성원가를 기초로 이 사건 토지의 공급가격이 결정된 이상, 쟁점2 내지 4 비용의 지출로 인하여 이 사건 토지의 가치가 증가하였고 그로 인한 이익이 원고에게 귀속되었다고 보아야 한다. 그렇다면 쟁점2 내지 4 비용을 과세표준에 포함시키는 것이 지목변경으로 인한 취득세의 과세표준을 지목변경으로 증가한 가액으로 규정하고 있는 구 지방세법 제10조 제3항의 규정 내용에도 부합할 뿐 아니라, 위와 같은 가치 증가로 인한 담세력이 발생한 자로 하여금 취득세를 부담하도록 한다는 점에서 취득세의 부과 취지에도 부합한다.

마. 쟁점5 비용의 취득세 과세대상 포함이 이중과세에 해당하는지 여부 판단

원고는 쟁점5 비용이 이 사건 택지개발사업지구 내 Ab-06BL 구역에 공동주택을 신축하면서 토목공사비와 토목자재비로 지급한 4,576,667,987원에 해당하고 이를 이미 위 지상 건축물의 취득가격에 포함시켜 취득세를 신고·납부하였다고 주장한다. 살피건대, 원고가 제출한 증거만으로는 쟁점5 비용이 이 사건 택지개발사업에 따른 부지조성을 위한 토목공사 비용에 해당하지 않고 오로지 Ab-06BL 지상 건축물 신축공사와 관련된 비용이라는 점이 확인되었다고 보기 어렵다. 쟁점5 비용이 이 사건 택지개발사업에 따른 부지조성을 위한 토목공사 비용에 해당하는 이상 쟁점5 비용 역시 원고의 법인장부로 입증되는 지목변경에 든 비용으로 평가함이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

바. 신뢰보호의 원칙 위반 여부 

1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결, 2013. 5. 9. 선고 2012두28940 판결 참조). 

2) 갑 제3호증의 기재에 의하면, 행정안전부(구 행정자치부)가 2014. 8. 1. 택지개발 중인 토지에 대한 지목변경 취득시기는 지목이 사실상 변경된 날과 토지사용 승낙일 중 빠른 날로 한다(지방세운영과-2527)는 내용의 질의회신을 한 사실, 경기도지사가 원고에게 ‘취득세 지급에 있어 지목변경에 대한 과세표준은 취득시기까지 실제 공사가 완료된 부분의 기성고 금액을 기준으로 해야 하고, 취득가격에는 취득시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 비용만 포함되어야 하며 이후 추가로 발생한 비용은 과세표준에 포함되지 아니한다.’는 내용의 회신을 보낸 사실은 인정된다. 

3) 그러나 위 각 질의회신은 피고가 원고를 상대로 공적 견해표명을 한 것에 해당하지 않고, 이는 세법 세칙에 관한 일반적 견해를 표명한 것에 불과하다. 또한 조세법률관계에서 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합한다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 적용되는 것인데(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조) 이 사건에 있어 그러한 특별한 사정이 있다고 볼 수도 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 

사. 소결론

이 사건 처분 중 ‘원가충당부채 지중화부담금 450억 원’을 과세표준으로 포함시킨 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 이를 전제로 하여 이 사건 택지개발사업의 기존 취득세 등의 과세표준 3,317,842,473,338원에서 원가충당부채 지중화부담금 450억 원을 차감하고 이를 이 사건 택지개발지구의 총 사업면적 10,864,559.7㎡으로 나누어 산출한 1㎡당 지목변경비용은 301,240원이 된다. 1㎡당 지목변경비용 301,240원을 기준으로 이 사건 토지의 면적 2,215,639.7㎡(2~6단계 과세면적 합계)에 관하여 각 단계별로 토지 취득가격(지목변경비용)을 산출하고, 여기에서 원고가 당초 신고한 과세표준을 차감하여 계산한 이 사건 취득세 등의 정당한 과세표준에 맞추어 산정한 정당한 취득세 등은 별지1 세액계산표의 ‘정당세액’란 기재와 같다(원고는 피고의 이와 같은 세액 산정에 관하여 특별히 다투고 있지 않다).

그렇다면 피고가 원고에 대하여 한 별지1 세액계산표 각 ‘과세처분’란 기재 각 취득세 및 농어촌특별세 부과처분 중 각 ‘정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분은 모두 위법하여 취소하여야 한다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.