법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2008.11.27 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 재능유통 (소송대리인 법무법인 율촌외 1인)
【피고, 피상고인】 금천세무서장 (소송대리인 변호사 진행섭)
【원심판결】 서울고법 2006. 11. 15. 선고 2005누30213 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간 경과 후에 제출된 상고이유 보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 대하여
 가. 구 조세감면규제법은 우량주식의 공급확대를 통해 자본시장이 건전하게 발전할 수 있도록 지원하기 위하여 기업을 공개하는 경우에는 자산재평가법에 의한 재평가요건을 갖추지 못한 경우에도 같은 법에 의한 재평가를 할 수 있도록 하고자, 1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정되면서 제56조의2(이하 편의상 ‘종전의 제56조의2’라 한다)를 신설하여 그 제1항에서 "증권거래법 제88조 제1항의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조의 규정에 불구하고, 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에는 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다"고 규정하였는데, 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제5호에 의하면 자산재평가법에 의한 재평가차액은 임의평가차익과는 달리 법인의 소득금액계산상 익금에 산입되지 아니하고, 또한 재평가 이후의 각 사업연도소득을 계산함에 있어서도 재평가된 자산가액을 기초로 감가상각비나 양도차익 등을 산정하게 된다.
 구 조세감면규제법 중 개정법률(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것)은 종전의 제56조의2를 삭제함과 아울러 위 규정에 의하여 이미 재평가를 실시한 법인을 규율하기 위하여 경과규정인 부칙 제23조(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라 한다)를 두었는데, 제1항은 "종전의 제56조의2에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 재평가일로부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니 한다"고, 제2항은 "재평가를 한 법인이 제1항의 기간 이내에 재평가를 취소하는 경우에는 각 사업연도소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준신고와 함께 신고ㆍ납부하여야 한다"고 규정하였고, 구 조세감면규제법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것) 제66조는 이 사건 부칙규정을 모법으로 하여 "법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 기간’이라 함은 5년을 말한다"고 규정하였다.
 그 후 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되어 1994. 1. 1.부터 시행된 구 조세감면규제법(이하 '전문 개정된 조세감면규제법'이라 한다)은 부칙 제2조에서 "이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다"는 ‘일반적 적용례’를 두면서도 종전의 제56조의2 내지 이 사건 부칙규정에 대하여는 별도의 경과규정을 두지 아니하였다.
 한편, 전문 개정된 조세감면규제법이 시행된 이후에도 구 조세감면규제법 시행령 등은 여전히 이 사건 부칙규정을 모법으로 하여 이 사건 부칙규정 제1항 소정의 ‘대통령령이 정하는 기간’에 대하여 이를 순차적으로 ‘8년’(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조), ‘10년’(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조), ‘11년’(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조), ‘13년’(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조), ‘2003년 12월 31일까지의 기간’(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조)으로 각 연장하는 내용의 규정을 두었다.
 나. 법률의 개정시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니지만, 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론, 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효된다고 보는 것이 원칙이지만, 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 상실되지 않는다고 보아야 할 것인바(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조), 여기에서 말하는 ‘특별한 사정’이라 함은 전문 개정된 법률에서 종전의 법률 부칙의 경과규정에 관하여 계속 적용한다는 별도의 규정을 둔 경우뿐만 아니라, 그러한 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 예외적인 특별한 사정이 있는 경우도 포함된다고 할 것이고, 이 경우 예외적인 ‘특별한 사정’이 있는지 여부를 판단함에 있어서는 종전 경과규정의 입법 경위 및 취지, 전문 개정된 법령의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부, 기타 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 한다. 
 그런데 이 사건 부칙규정은 자산재평가 특례제도 규정인 종전의 제56조의2가 삭제되면서 위 규정에 의하여 이미 자산재평가를 실시한 법인만을 사후적으로 규율하기 위하여 당해 법인의 상장기한 및 미상장시 기존의 자산재평가의 효력(제1항), 법인이 자산재평가를 취소한 경우의 효력(제2항) 등을 정하는 한편, 그 상장기한에 대하여만 대통령령에 구체적으로 위임하였으므로, 전문 개정된 조세감면규제법에서 이 사건 부칙규정을 계속하여 적용한다는 내용의 경과규정 등을 두지 않더라도 이미 폐지된 자산재평가 특례제도와 관련된 사항을 충분히 규율할 수 있다고 보아 전문 개정된 조세감면규제법은 이에 대한 별도의 경과규정을 두지 않은 것으로 보이는 점, 전문 개정된 조세감면규제법의 시행으로 인하여 이 사건 부칙규정의 효력이 1994. 1. 1. 자로 상실되는 것으로 본다면 종전의 제56조의2에 따라 자산재평가를 실시한 법인에 대하여는 사후관리가 불가능하게 되는 법률상 공백상태에 이르게 되는 점, 이에 따라 상장기한 내에 상장을 하지 않은 법인에 대하여는 이미 실시한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않게 됨에도 불구하고, 그 재평가차액을 당해 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하지 못하거나(이 사건 부칙규정 제1항의 실효) 재평가를 취소한 법인에 대하여는 재평가된 자산가액을 기초로 계상한 감가상각비나 양도차익 등을 재계산하지 못한다면(이 사건 부칙규정 제2항의 실효), 이는 종전의 제56조의2에 따른 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 법인세 등을 신고ㆍ납부하여 온 법인이나 상장기한 내에 상장을 실시한 법인에 비하여 합리적인 이유 없이 우대하는 결과가 되어 조세공평주의 이념에 반하게 되는 점, 반면에 종전의 제56조의2에 의하여 이미 자산재평가를 한 법인에 대하여 이 사건 부칙규정을 적용하여 과세를 하더라도 이를 두고 그 법인에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것으로서 법적 안정성을 해친다고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 부칙규정은 전문 개정된 조세감면규제법의 시행에도 불구하고, 실효되지 않았다고 볼 ‘특별한 사정’이 있다고 보아야 할 것이다.
 다. 원심은, 원고 회사가 1990. 1. 1. 종전의 제56조의2에 의하여 자산재평가를 실시한 후 이 사건 부칙규정 제1항 소정의 대통령령이 정하는 기간(2003. 12. 31.까지)까지 주식을 상장하지 아니하였는데, 전문 개정된 조세감면규제법은 부칙 제2조에서 ‘일반적 적용례’로 ‘법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행(1994. 1. 1.) 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다’고 규정하고 있어 그 이전의 과세연도분에 관한 법인세에 대하여는 계속하여 전문 개정되기 전의 조세감면규제법의 규율을 받는다고 볼 수 있으므로, 비록 전문 개정된 조세감면규제법에서 이 사건 부칙규정 등에 대한 경과규정을 두고 있지 않다고 하더라도 이 사건 부칙규정은 적어도 전문 개정된 조세감면규제법의 시행 이전의 과세연도분인 원고 회사의 1990 사업연도분 법인세에 관하여는 여전히 실효되지 아니하고 적용될 뿐만 아니라, 이 사건 부칙규정의 위임에 따라 세부내용인 상장기한을 보충하기 위하여 신설·개정되는 대통령령 규정들을 규율하는 근거가 된다고 봄이 상당하다는 이유로, 그에 근거하여 이루어진 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다.
 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 원심의 이유 설시에 다소 적절하지 않은 점이 있지만, 이 사건 부칙규정을 근거로 하여 이루어진 이 사건 처분이 적법하다고 본 결론에 있어서는 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 법률의 전문 개정시 종전 법률의 실효 여부에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 없다.
 2. 상고이유 제2점에 대하여
 국세기본법 제26조의2는 ‘국세부과의 제척기간’이라는 제목으로 그 제1항에서 상속세 및 증여세를 제외한 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 국세를 ‘부과할 수 있는 날’부터 5년간으로 규정하고 있다.
 구 법인세법 제9조 제2항, 구 법인세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제5호에 의하면 자산재평가법에 의하지 아니한 자산의 임의평가차익은 당해 법인의 소득을 계산함에 있어 익금에 산입되는 반면, 자산재평가법에 의한 재평가차액은 구 법인세법 제15조 제1항 제5호에 의하여 익금에 산입되지 않으나, 종전의 제56조의2에 따라 자산재평가를 한 법인이 이 사건 부칙규정 제1항 소정의 ‘대통령령이 정하는 기간’인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니한 경우에는 이 사건 부칙규정 제1항에 의하여 그 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않게 됨에 따라 비로소 그 재평가차액이 익금에 산입되어야 하는 점, 따라서 과세관청으로서는 위 기간이 도래하기 전까지는 당해 법인이 주식을 상장하지 않고 있다고 하더라도 그 재평가차액을 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하여 당해 사업연도의 법인세를 부과할 수는 없었던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부칙규정 제1항에 따른 법인세(부가세인 방위세를 포함한다)를 부과할 수 있는 날은 2004. 1. 1.로 보아야 한다.
 원심은 원고 회사가 종전의 제56조의2에 의하여 1990. 1. 1. 자산재평가를 실시하였음에도 상장기한인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였으므로, 이 사건 법인세와 부가세인 방위세의 제척기간의 기산일은 2004. 1. 1.을 기준으로 하여야 한다고 판단하였는바, 앞서 본 법리에 비추어 보면 이와 같은 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 부과제척기간에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 없다.
 3. 결 론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박시환(재판장) 양승태 박일환 김능환(주심)

[1] 법률이 전문 개정된 경우 개정 전 법률 부칙의 경과 규정도 실효되는지 여부(원칙적 적극) 및 예외적으로 실효되지 않는다고 보기 위한 요건으로서 ‘특별한 사정’의 의미와 판단 방법
 [2] 구 조세감면규제법 중 개정법률 부칙(1990. 12. 31.) 제23조가 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정된 조세감면규제법의 시행에도 불구하고 실효되지 않았다고 볼 ‘특별한 사정’이 있다고 판단한 사례

[1] 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론, 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효된다고 보는 것이 원칙이지만, 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 상실되지 않는다고 보아야 한다. 여기에서 말하는 ‘특별한 사정’은 전문 개정된 법률에서 종전의 법률 부칙의 경과규정에 관하여 계속 적용한다는 별도의 규정을 둔 경우뿐만 아니라, 그러한 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 예외적인 사정이 있는 경우도 포함한다. 이 경우 예외적인 ‘특별한 사정’이 있는지 여부를 판단함에 있어서는 종전 경과규정의 입법 경위 및 취지, 전문 개정된 법령의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부, 기타 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다.
 [2] 구 조세감면규제법 중 개정법률(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것) 부칙 제23조가 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정된 조세감면규제법의 시행에도 불구하고 실효되지 않았다고 볼 ‘특별한 사정’이 있다고 판단한 사례.