법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2012.02.03 / 시행일:

【원고, 항소인】 우리들제약 주식회사 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 정진수 외 1인)
【피고, 피항소인】 수원세무서장
【제1심판결】 수원지방법원 2010. 11. 4. 선고 2009구합9476 판결
【변론종결】2011. 12. 9.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 기각한다. 
 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 2009. 1. 2. 원고에 대하여 한 별지 처분목록1 기재 법인세 및 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다(원고는 당심에 이르러 제1심에서의 청구취지 중 2009. 1. 2.자 별지 처분목록2 기재 소득금액변동통지처분 부분을 아래와 같은 과정을 거쳐 청구취지에서 제외하였다. 즉 피고가 제1심 판결 선고 후인 2011. 3. 21. 별지 처분목록2 기재 소득금액변동통지처분에 관한 피고 패소 부분을 직권취소함에 따라 원고는 직권취소된 위 소득금액변동통지처분 부분에 해당하는 청구취지를 철회하여 청구취지를 감축하였고, 그와 동시에 피고가 아닌 서울지방국세청장이 청구취지에 잔존하는 소득금액변동통지처분의 주체임을 이유로 잔존한 소득금액변동통지처분 부분에 관하여 피고를 서울지방국세청장으로 한 피고 추가경정 신청을 하였으며, 이에 이 법원이 피고 추가경정 신청을 허가하였으나 원고는 2011. 11. 6. 최종적으로 서울지방국세청장에 대한 소를 취하하였다).
 2. 항소취지
 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2009. 1. 2. 원고에 대하여 한 별지 처분목록1 기재 법인세 및 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다(원고와 피고는 제1심 판결 중 2009. 1. 2.자 별지 처분목록2 기재 소득금액변동통지처분에 관한 각자 패소 부분에 대하여 항소를 제기하였으나 앞서 본 바와 같은 과정을 거쳐 청구취지에서 별지 처분목록2 기재 소득금액변동통지처분 부분이 제외됨으로써 이 부분에 관한 원고와 피고의 항소는 소급적으로 효력을 잃게 되었고, 원고는 피항소인으로서, 피고는 항소인으로서의 지위를 각 상실하였다).
【이 유】1. 처분 경위
 가. 서울지방국세청장의 세무조사와 피고 처분
 서울지방국세청장은 2008. 8.경 원고(2008. 9. 8. 수도약품공업 주식회사에서 우리들생명과학 주식회사로, 다시 2009. 12. 1. 원고로 각 상호 변경됨)에 대한 법인세 등 세무조사 과정에서 아래 나.항 기재와 같이 조사하고, 2008. 11.경 원고 및 대표이사 소외인 등을 검찰에 고발하였다. 서울지방국세청장으로부터 위 조사결과를 통보받은 피고는 2009. 1. 2. 원고에 대하여 별지 처분목록1 기재 법인세 및 부가가치세 부과처분을 하였고, 각 처분 내용은 아래 나.항 기재와 같다.
 나. 쟁점별 세무조사 내용과 처분 내용
 1) 복리후생비 등 허위계상(이하 ‘쟁점①’이라 한다)
 가) 세무조사 내용 : 원고는 2003~2007 각 사업연도 법인세 신고시 복리후생비, 여비교통비로 60억 원 상당을 허위계상하여 법인세를 신고하였고, 2006. 5. 30. 원고에 흡수합병된 주식회사 닥터즈메디코아[이하 ‘(주)DMC’라 한다]는 2000~2005 각 사업연도 법인세 신고시 외상매입금, 인건비 등으로 10억 원 상당을 허위계상하여 법인세를 신고하였다.
 나) 처분 내용 : 복리후생비 등으로 허위계상한 금액 중 영업사원에게 인센티브로 지급한 부분을 인건비로 추인하고, 나머지 금액(이하 ‘쟁점 경비’라 한다)을 손금불산입하여 별지 처분목록1 기재 2000~2007 사업연도 법인세에 반영하였다. 
 2) 자문수수료 손금산입 잘못(이하 ’쟁점 ②‘라 한다)
 가) 세무조사 내용 : 원고는 2004. 3. 16. 에이씨아이그룹 주식회사(이하 ‘ACI’라 한다)과 금융자문용역 위임계약을 체결하고, 2004. 4. 16. ACI에게 6억 7,200만 원(부가가치세 제외, 이하 ‘쟁점 자문수수료’라 한다)을 지급하였으나, 쟁점 자문수수료는 원고의 대주주인 케이티비네트워크(이하 ‘KTB'라 한다) 또는 우리들병원에서 부담하여야 할 비용이다.
 나) 처분 내용 : 쟁점 자문수수료 6억 7,200만 원을 2003~2004 사업연도에 손금불산입하여 별지 처분목록1 기재 2003~2004 사업연도 법인세에 반영하였고, 2004년 제1기 부가가치세 매입세액에서 불공제하여 별지 처분목록1 기재 2004년 제1기 부가가치세에 반영하였다.
 3) 특수관계자에 대한 대여금채권 등 손금산입 잘못(이하 ‘쟁점 ③’이라 한다)
 가) 세무조사 내용 : ① 2003. 10. 15. 특수관계법인 한국디디에스제약 주식회사(이하 '한국DDS'라 한다)에게 7억 7,000만 원 등 합계 10억 7,000만 원을 대여하였다가 한국DDS의 부도로 4억 7,000만 원을 회수하지 못하자, 2004. 4. 22. 미회수된 4억 7,000만 원을 대손상각비로 계상하였다가 2007년 결산시 기한도래채권으로 보아 손금산입 세무조정하였다. ② 2003. 9. 25. 한국DDS와 기술 및 판권 이전계약을 체결하면서 기술 및 판권 사용 대가로 15억 원(부가가치세 제외)을 지급하기로 하고 2003. 9. 26. 약속어음 16억 5,000만 원을 교부하였다가 2004. 4. 21. 교부한 약속어음 중 4억 원을 회수하였음에도, 2004. 5. 6. 15억 원 전체를 대손상각비로 계상하였다가 2007년 결산시 기한도래채권으로 보아 손금산입 세무조정하였다.
 나) 처분 내용 : 대여금채권 중 미회수된 4억 7,000만 원 및 반환된 약속어음 4억 원을 특수관계자에 대한 대여금 대손상각비로 보아 2007 사업연도에 손금불산입하여 별지 처분목록1 기재 2007 사업연도 법인세에 반영하였다.
 4) 지분법투자손실 손금산입 잘못(이하 ‘쟁점④-1’이라 한다)
 가) 세무조사 내용 ; 2004. 4. 13. 의료용구 등 제조·판매업을 하던 합병 전 (주)DMC 주식 62,000주 전부를 224억 900만 원에 취득하여 위 주식을 기업회계에 따라 지분법으로 평가하면서, 그 후부터 2006. 5. 29. (주)DMC를 합병하기 전까지 발생한 지분법손실계상누계액 74억 9,400만 원(이하 ‘쟁점 지분법투자주식평가손실액’이라 한다)은 위 합병시 손금산입한 후 손금불산입 세무조정을 하여야 함에도 손금산입 세무조정만 하였다.
 나) 처분 내용 : 쟁점 지분법투자주식평가손실액은 2006 사업연도에 손금불산입하여 별지 처분목록1 기재 2006 사업연도 법인세에 반영하였다
 5) 영업권 상각 잘못(이하 ‘쟁점④-2’라 한다)
 가) 세무조사 내용 : (주)DMC 투자주식 장부가액 중 순자산가액을 초과하는 111억 1,400만 원을 (주)DMC 영업권으로 계상하고(이하 ‘쟁점 영업권’이라 한다), 2006 및 2007 각 사업연도에 각 13억 600만 원, 22억 4,000만 원, 합계 35억 4,600만 원을 상각하였으나, 위 영업권은 세법상 상각대상이 아니다.
 나) 처분 내용 : 쟁점 영업권 상각액 35억 4,600만 원은 2006, 2007 각 사업연도에 각 손금불산입하여 별지 처분목록1 기재 2006, 2007 사업연도 법인세에 반영하였다
 다. 전심절차 및 관련 형사사건
 1) 원고는 2009. 3. 31. 피고의 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2010. 12. 21. 심판청구를 기각하였다. 
 2) 원고 및 대표이사 소외인 등에 대한 법인세 포탈 등 조세범처벌법위반죄 등에 대해서는 유죄의 형사판결이 확정되었다(서울고등법원 2010. 4. 29. 선고 2009노3202 판결).
 [ 인정근거 ] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 7, 8, 29호증, 을 제1, 8호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지
2. 각 처분의 적법 여부
 가. 쟁점 ①에 관한 판단
 1) 원고의 주장
 쟁점 경비는 2000. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지[원고 2003. 10. 1.부터 2007. 12. 31.까지, (주)DMC 2000. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지, 이하 위 쟁점과 관련된 (주)DMC 부분을 원고에 포함하여 봄] 의약품, 의료용구 판매촉진을 위하여 절대적 제품선택권자인 의사에게 이른바 ‘리베이트’로 지급되었으므로, 판매부대비용 내지 접대비, 그 밖의 손비로 손금산입되어야 한다.
 2) 관계 법령 
 □ 법인세법
제19조 제2항
 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
 ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
 3) 판단 
 가) 판단 순서
법인세법 제19조 제2항은 원칙적으로 “손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적’인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하는데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서를 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조).
 원고는 구체적으로, “그동안 의약품 리베이트에 대해 독점규제 및 공정거래에 관한 불공정거래행위 차원의 법적 규제만 있었고(갑 제5호증), 형사 처벌이나 세법 문제가 직접 제기된 적은 없다. 제약산업은 유통경로·거래가격이 엄격 규제되는 분야로 전문의약품은 소비자에게 제품선택권이 없고 의사에게 절대적 제품선택권이 있으므로, 리베이트 제공이 제약업계, 의료용구 업계의 확립된 관행이 되었다. 사업을 계속 영위하기 위해 불가피하게 의사 등 의료기관에 리베이트를 지급할 수밖에 없고 리베이트를 지급하지 않음은 영업 포기를 의미한다. 원고의 리베이트 제공방식은 병·의원과 처방금액을 약정하면서 처방금액의 일정비율(약 20%)을 현금으로 미리 지급하는 선지원방식과 일정기간 동안의 처방 실적에 따라 처방금액의 일정비율(약 20%)을 추후 현금 지급하기로 약정한 후 처방 실적에 따라 현금 지급하는 후지원방식이 있다”고 하면서, 리베이트는 사회질서에 반하지 아니하고, 판매부대비용, 접대비, 그밖의 손비로 인정되어야 한다고 주장한다.
 따라서 손금으로 인정되기 위한 전제로 리베이트가 사회질서에 심히 반하는지 여부에 관하여 먼저 판단한 다음, 판매비용, 접대비, 그밖의 손비 해당 여부에 관하여 판단한다.
 나) 리베이트 제공이 사회질서에 심히 반하는지 여부
 앞서 본 원고의 구체적 주장과 같이 리베이트 제공이 제약업계 등의 관행으로 굳혀져 왔다고 하더라도, 아래와 같은 점을 종합하면 리베이트 관행은 사회적으로 용인되는 통상적인 것이 아니고, 업계의 잘못된 관행으로, 사회질서에 심히 반한다고 할 것이다. 따라서 그 경비 지출이 법인의 순자산의 감소를 가져오는 것이라고 하더라도 손비로서 인정될 수는 없다.
 (1) 공정거래위원회는 제약회사의 부당고객유인행위에 대해 시정명령 및 과징금 부과하여 리베이트 관행에 대해 법적인 제재를 과하고 있고, 형사 처벌 내지 세금 부과 선례가 실제 보이지 아니한다는 사정만으로 리베이트 제공 관행에 위법성이 없고 통상적이거나 정당한 관행으로 인정받아야 한다고 보기 곤란하다. 만약 국공립대학 병원 소속 의사에게 원고 주장의 리베이트를 제공하였을 경우 그 의사와 제공자는 뇌물수수와 뇌물공여죄로, 사립대학병원 소속 의사에게 원고 주장의 리베이트를 제공하였을 경우 그 의사와 제공자는 배임수재와 배임증재죄로 각 형사처벌을 받을 정도로 위법성이 크기 때문이다. 
 (2) 공정거래위원회가 파악한 리베이트 제공은 주로 ‘제품설명회 등 명목으로 고급음식점에서 식사접대하거나 의국·과 회식비 지원, 신용카드 대여 등으로 이루어진다’는 것인데, 원고 주장의 선지원, 후지원 방식은 위와 같은 제공 방식보다 더욱 직접적, 적극적, 노골적 방식이어서 위법성의 정도가 더욱 강하다고 보인다.
 (3) 제약회사의 리베이트 제공은 사회적 낭비를 초래하고, 궁극적으로 소비자인 국민에게 피해를 야기한다. 대형 제약회사는 리베이트 제공을 통해 독과점적 지위를 유지하게 되고, 그를 통해 획득한 이윤을 다시 리베이트로 제공할 경우 연구개발 투자액 감소 등으로 신약개발 기회가 상실되며, 나아가 의약품 가격상승의 원인이 되어 의약품 선택권이 없는 소비자에게 리베이트 비용을 전가하게 된다.
 (4) 우리나라에서 보편적으로 적용되는 국민건강보험 체계 하에서 리베이트가 의료기관이나 제약회사에 부득이 요구된다고 볼 수 있는 아무런 증거가 없다.
 (5) 리베이트 자금은 분식회계 등을 통해 조성된 비자금으로 집행될 수밖에 없고, 비자금은 횡령, 분식회계, 조세포탈, 불공정거래행위 등을 전제로 하고 있으며, 조세법이 그러한 비용을 손금으로 산입하여 과세소득에서 공제한다면 위법한 상태를 무한정 용인하는 것이 된다.
 (6) 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대하여도 그 손금산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다는 대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두7779 판결의 판시는, 외환위기 상황에서 신탁겸영은행이 수탁고 격감, 기존 신탁계약 등의 대규모 해지·인출사태 등을 방지하기 위하여 다른 시중은행들과 협의를 거쳐 한 보전금의 지출이, 접대비는 아니지만 사업상 필요할 뿐만 아니라 통상적인 것이어서 법인세법상 손금으로 산입하여야 한다고 한 사례에 대한 것이므로, 사회통념에 비추어 위법성의 정도가 이 사건보다 경미한 사례에 대한 것으로 보인다.
 (7) 신뢰보호 대상이 될 정도의 과세 관행이 정립되었다는 증거가 없다. 장래 유사 사안에서 손금 산입을 인정하여야 한다는 공감대가 있다는 증거도 없다.
 다) 판매부대비용, 접대비, 그 밖의 손비 해당 여부
 (1) 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것이라면 그 비용은 법인세법 제25조 제5항에서 말하는 접대비라고 할 것이나, 그 지출경위나 성질, 액수 등을 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 상품 또는 제품의 판매에 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정되는 것이라면 이는 법인세법 제19조 제1항, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1호에서 손비로 인정하는 판매부대비용에 해당한다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조).
 그런데 앞서 본 리베이트 제공 관행의 위법성에 비추어 쟁점 경비 지출이 건전한 사회통념에 비추어 정상적으로 소요되는 판매부대비용이라고 볼 수 없고, 원고 주장의 리베이트 제공 방식의 일률성과 제공목적 등에 비추어 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데에 지출한 금액인 접대비에 해당한다고 볼 수 없다.
 (2) 한편, 법인세법은 익금과 손금의 범위를 완결적으로 규정한 것이 아니라 그 범위를 예시하면서 포괄적으로 규정하고, 그 특례규정으로서 손금불산입과 손금산입의 각 사항을 열거하여 규정하고 있으므로, 원칙적으로 자산총액을 감소시킨 것은 손금불산입 등으로 열거되어 있지 않은 한 손금이 된다고 보아야 한다. 또한 위 각 규정에 따르면 일반적으로 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용의 손금산입을 부인하는 내용의 규정이 없을 뿐만 아니라, 법인세는 원칙적으로 다른 법률에 의한 금지의 유무에 관계없이 담세력에 따라 과세되어야 하고 순소득이 과세대상으로 되어야 하는 점 등을 종합하여 보면, 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대하여도 그 손금산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다(대법원 1998. 5. 8. 선고 96누6158 판결, 대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두7779 판결 등 참조).
 그러나 앞서 본 바와 같이 리베이트 제공은 위법한 비용의 지출로서 업계의 잘못된 관행이고, 쟁점 경비에 대한 손금산입 인정은 사회질서에 심히 반한다는 특별한 사정이 있다.
 라) 쟁점 경비의 리베이트 비용 지출 여부
 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하나, 경험칙상 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자측에 입증책임을 돌리는 경우가 있으므로, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청에 의해 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두8306 판결 등 참조). 
 그런데 원고는 이 사건에서 복리후생비, 여비교통비 등에 허위 금액이 존재한다는 점을 인정하고 업계관행상 영업비 등에 상당한 비용의 지출이 실제 있었다고 주장하면서 의사들에 대하여 리베이트로 지급하였다는 관련 형사판결(갑 제29호증의 1, 2)만을 제시하고 있을 뿐이어서 리베이트의 구체적인 지급 상대방, 지급일시 등의 지출사실을 확인할 수 있는 증빙자료를 제시하지 아니하고 있거나, 극히 일부만 제시하고 있으므로, 쟁점 경비 전부가 실제 ‘리베이트’로 제공된 비용이라고 단정하기도 어렵다.
 마) 소결
 따라서 쟁점①에 관하여 쟁점 경비를 손금불산입한 것은 적법하므로 원고의 위 주장은 이유 없다.
 나. 쟁점 ②에 관한 판단
 1) 원고의 주장
 원고는 경영상 위기를 타개하기 위해 2004. 3. 15. 기업 인수·합병 등에 관한 컨설팅 업체인 ACI와 자문계약을 체결하고, (주)DMC의 지분을 인수하고 유상증자를 통해 자본을 확충하는 내용의 자문용역을 직접 제공받고 그 보수로 쟁점 자문수수료를 지급한 것이므로, 원고 업무 관련 비용이다.
 2) 관계 법령
 □ 법인세법 
제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 
 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
 2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것
 3) 판단
 갑 제15호증의 기재에 의하면, 원고가 2004. 3. 15. ACI와 금융자문용역 위임계약을 체결한다는 내용의 계약서가 작성된 사실을 인정할 수 있다. 그러나 한편, 갑 제27호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면 (주)DMC의 주식가치평가 보고일자는 그보다 앞선 2004. 3. 6.인 사실, 원고의 (주)DMC 주식 인수는 2004. 1.경 우리들병원측이 원고 경영권을 사실상 지배하고 있던 KTB로부터 원고의 경영권을 양수하는 과정에서 이루어지게 되었고, KTB 내지 우리들병원측에서 2003. 12.경 ACI에게 그에 관한 자문용역을 요청하고, 용역대가도 결정한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 쟁점 자문수수료는 KTB 내지 우리들병원측이 자문의 주체가 되어 제공받은 자문용역의 대가로 지급된 것으로 볼 수 있다. 
 따라서 원고와 ACI 사이에 작성된 2004. 3. 15.자 계약서만으로 쟁점 자문수수료가 원고의 업무와 직접 관련된 비용으로 볼 수 없어 피고가 이를 손금불산입한 것은 적법하므로 원고의 쟁점 ②에 관한 주장은 이유 없다.
 다. 쟁점 ③에 관한 판단
 1) 원고의 주장
 원고가 2003. 10. 17. 특수관계자 한국DDS에 7억 7,000만 원을 대여하고 2003. 10. 23. 2억 원을 회수하였고, 2004. 1. 2. 상품 계약금 명목으로 3억 원을 지급하게 되었는바, 이후 한국DDS가 부도처리되어 채권회수가 불가능하게 되었고, 원고가 대손처리할 당시 한국DDS와의 특수관계자 사이는 소멸되었으므로 위 잔액 8억 7,000만 원의 대손충당금 산입이 가능하다(원고는 피고의 처분 내용과 달리 대여금 중 회수하지 못한 채권은 세무조사에서 미회수되었다고 본 4억 7,000만 원이 아니라 위와 같은 8억 7000만 원인데, 원고가 반환된 약속어음 4억 원을 대여금에 대한 회수로 잘못 회계처리하였던 것이라고 주장한다).
 2) 관계 법령
 □ 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것)
제34조(대손충당금등의 손금산입)
 ① 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 
 ② 내국법인이 보유하고 있는 채권중 채무자의 파산등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 "대손금"이라 한다)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
 ③ 제1항 및 제2항의 규정은 다음 각 호의 1에 해당하는 채권에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.
 2. 제28조 제1항 제4호 나목에 해당하는 것
제28조(지급이자의 손금불산입)
 ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 4. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
 나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것
 3) 판단
구 법인세법 제34조 제1항, 제3항 제2호, 제28조 제1항 제4호 나.목에 의하여 손금불산입되는 특수관계자 사이의 거래인지 여부는 그 거래 당시를 기준으로 판단하여야 하고, 거래 당시 한국DDS가 특수관계자였던 이상 위 8억 7,000만 원은 위 법령에서 규정한 특수관계자 사이의 업무무관 가지급금에 해당하고, 거래 이후 특수관계가 소멸되었다고 하더라도 대손충당금 산입이 가능하게 된다고 볼 수 없다.
 따라서 원고의 쟁점③에 관한 주장은 이유 없다.
 라. 쟁점 ④-1에 관한 판단
 1) 원고의 주장
 원고는 2004. 4. 13. 피합병법인인 (주)DMC의 주식 전부를 인수할 당시 그 인수 가격은 224억 900만 원이었고, 원고는 주식 인수 후 111억 1,400만 원을 (주)DMC 영업권으로 계상한 다음 2006 및 2007 각 사업연도에 각 13억 600만원, 22억 4,000만 원, 합계 35억 4,600만 원을 상각하고, 이와는 별도로 2006. 5. 29. (주)DMC를 합병할 당시 지분법투자평가손실을 74억 9,400만 원으로 하여 2006 사업연도 법인세 신고시 이를 손금산입하였다.
 원고는 2006. 5. 29. (주)DMC를 흡수합병하면서 그 자산과 부채를 승계하였고, 그 당시 보유하고 있던 (주)DMC의 주식(2004. 4. 13. 주식 6,200주 전부를 취득하여 지분법으로 평가함)을 모두 소각하였으므로, 그 결과 합병으로 승계한 (주)DMC의 순자산가액 14,915,814,160원이 소멸된 주식가액 22,409,326,540원에 미달함으로써 쟁점 지분법투자주식평가손실액 74억 93,512,380원의 순자산이 감소하였고, 이는 손금으로 인정되어야 한다.
 2) 관계 법령 
 □ 법인세법 
제19조 (손금의 범위) 
 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. 
 ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
제22조 (자산의 평가차손의 손금불산입) 
 내국법인이 보유하는 자산의 평가차손은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 제42조 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 자산을 평가함에 따라 발생하는 평가차손은 그러하지 아니하다.
 3) 판단
 가) (주)DMC의 주식의 소각으로 인한 손실이 손금산입 대상인지 여부 
 (1) 아래와 같은 이유로 합병법인이 합병 전 피합병법인의 주식을 보유하고 있다가 합병을 하면서 피합병법인 주식을 전부 소각한 경우에 그 소각으로 인한 손익은 합병차손익에 포함된 자본거래라고 봄이 상당하다. 
 ① 만약 합병법인이 피합병법인을 흡수합병할 때 보유하고 있던 피합병법인의 주식(이하 ‘포합주식’이라 한다)을 소각하지 아니한 채 포합주식에 대하여 합병법인의 신주를 할당하여 이를 보유하다가 신주를 처분하지 않고 나중에 소각할 경우에 위 신주의 소각은 자본환급의 성질을 띤 자본거래에 해당한다. 합병법인이 피합병법인을 흡수합병할 때 보유하고 있던 포합주식에 대하여 합병법인의 신주를 할당하지 않고 전부 소각한 경우에도 시간적 간격이 있기는 하나 종국적인 효과에 있어서는 합병 후 신주를 할당하여 보유하다가 소각한 경우와 동일하다{대법원이, 포합주식에 대하여 합병신주가 교부되면 자기주식을 취득한 결과가 되나 그것은 원래 합병법인이 보유하던 자산으로서 피합병법인으로부터 승계취득한 것이 아니므로 이를 처분함으로써 생기는 손익은 합병차익에 해당하지 않는다(대법원 2005. 6. 10. 선고 2004두3755 판결 등)고 판시하였다. 그러나 대법원이 이 판시를 통하여 합병법인이 합병하면서 이미 보유한 모든 포합주식을 소각한 경우에 생긴 차익이 합병차익에 해당하지 않는다고 한 것은 아니다}. 따라서 합병법인이 합병하면서 이미 보유한 모든 포합주식을 소각한 것은 포합주식 전부를 신주로 할당한 후에 신주를 소각한 경우와 동일하므로 합병을 통한 포합주식의 소각으로 발생한 차손익은 합병차손익으로 보는 것이 타당하다. 
 ② 법인세법 및 상법 등의 규정에 의하면 자본감소절차의 일환으로서 자기주식을 취득하여 소각하거나 회사합병으로 인하여 자기주식을 취득하여 처분하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성질을 가지므로 자본거래로 봄이 상당하지만 그 외의 자기주식의 취득과 처분은 순자산을 증감시키는 거래임에 틀림이 없고, 그것은 법인세 과세대상인 자산의 손익거래에 해당한다(대법원 1995. 4. 11. 선고 94누21583 판결). 위 법리에 비추어 볼 때 합병법인이 합병 전에 취득한 포합주식은 합병으로 피합병법인이 소멸되므로 포합주식에 상응하는 신주가 발행하는 등으로 합병법인의 자기주식으로 변환될 것인데 그러하지 아니하고 이를 소각한 것은 자본환급의 성질을 가진다. 
 (2) 따라서 원고 주장과 같이 장부상 지분법투자주식평가손실액 74억 93,512,380원이 있었다고 할지라도 합병과 동시에 원고가 보유한 (주)DMC의 주식 전부를 소각한 것은 자본거래에 해당하므로 그 소각으로 발생한 손실은 손금산입의 대상이 되지 아니한다. 
 나) 예비적 판단 
 설령 합병과 동시에 원고가 보유한 (주)DMC의 주식 전부를 소각한 것이 자본거래에 해당하지 않는 손익거래라고 할지라도 원고 주장과 같은 합병 전에 보유한 피합병법인 주식의 지분법투자주식평가손실에 관하여 손금산입이 인정되기 위해서는 피합병법인의 주식을 인수할 당시 그 주식에 대한 정당한 평가가 있어야 하고, 이를 전제로 합병할 당시 적법한 지분법투자주식평가손실이 인정되어야 할 것이다.
 그리고 법인세법 제22조에 의하여 자산의 임의적인 평가차손에 대하여는 손금불산입을 하는 것에 비추어 합병 전에 합병법인이 보유한 피합병법인 주식의 평가차손에 관하여 손금불산입하였더라도 합병시 자산·부채의 승계와 관련하여 합병법인이 보유한 피합병법인의 주식에 대해 합병시 신주를 교부하지 아니한 경우 피합병법인의 평가차손에 관하여는 합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 평가차손 상당액을 손금산입 후 같은 액수를 익금산입하는 세무조정을 추가로 실시해야 한다. 만약 합병법인이 보유한 피합병법인의 주식에 대해 합병시 신주를 교부하지 아니한 경우 피합병법인의 주식의 평가차손에 관한 손금불산입 유보금을 추인해 준다면 ‘자산의 임의평가’를 세법이 인정하는 결과를 초래하게 되므로 이를 방지하기 위해 손금불산입 유보액을 손금산입하여 기존 유보잔액을 정리하는 동시에 같은 금액을 익금산입하여 소득금액에 영향이 없도록 하는 것이다. 
 그런데 이 사건에서는 원고가 (주)DMC의 주식 모두를 인수할 당시 정당한 평가가 있었다고 볼 수 있는 증거가 없을 뿐만 아니라 또한 쟁점 지분법투자주식평가손실액에 대해 손금산입 후 다시 익금산입하는 세무조정이 추가로 실시되어야 하므로, 피고가 쟁점 지분법투자주식평가손실액을 2006 사업연도에 손금불산입한 것은 적법하다. 
 다) 소결론 
 따라서 원고의 쟁점 ④-1에 관한 주장은 이유 없다. 
 마. 쟁점 ④-2에 관한 판단
 1) 원고의 주장
 원고는 (주)DMC를 흡수합병하면서 그 주식을 장부가액에 해당하는 약 148억 원으로, 그 순자산가액을 약 37억 원으로, 투자제거차액 미상각액을 영업권으로 평가하였으므로 감가상각대상에 해당한다.
 2) 관계 법령
 □ 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)
제23조(감가상각비의 손금불산입)
 ② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다.
 □ 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22814호로 개정되기 전의 것) 
제24조 (감가상각자산의 범위) 
 ① 법 제23조 제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
 2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산 
 가. 영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권
 ④ 제1항 제2호 가목의 영업권중 합병 또는 분할의 경우 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 계상한 영업권은 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 경우에 한한다)이 피합병법인 또는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다.)의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다.
 3) 판단
구 법인세법 시행령 제24조 제4항에 따라 합병법인이 합병시 계상한 피합병법인의 영업권은 ① 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하여야 하고, ② 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 합병법인의 감가상각자산이 될 수 있다. 그런데 이 사건에 있어 원고의 주장 자체로 합병 당시 피합병법인 (주)DMC의 자산을 장부가액으로 승계하였음을 인정할 수 있을 뿐이고 (주)DMC의 자산을 평가하여 승계한 것으로는 볼 수 없으며, 달리 원고가 피합병법인 (주)DMC의 자산을 평가하여 승계하였다고 볼 만한 증거도 없다.
 따라서 원고가 합병시 계상한 (주)DMC의 영업권은 감가상각 자산의 대상이 될 수 없으므로 이와 다른 전제에서 한 원고의 쟁점 ④-2에 관한 주장도 이유 없다.
3. 결 론
 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것이다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 처분목록 생략]

판사 김인욱(재판장) 박범석 김강대