○○○학원에게 무상으로 제공된 것으로 보고 종합토지세 비과세대상에 해당한다고 볼 수 있는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2005.02.18 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
재산세
【주문】
원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 대구고등법원에 환송한다.
【이유】

1. 원심의 판단

원심은, 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고는 비영리 공익사업자인 학교법인 ○○○학원과의 사이에 학교신축을 위하여 원고 소유이던 경산시 ○○동 440-6 대 48,334㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다)를 매각하기로 합의하였으나 매매대금에 대한 의견차이로 계약체결이 지연되다가 토지수용절차에서 결정한 재결대로 대금을 확정하기로 하였던 점, 그런데 당초 계획하였던 학교개교일까지 신축공사를 마치는 데 지장이 생기자 ○○○학원은 조속한 착공을 위하여 원고에게 선금을 제공하는 것을 전제로 사전 사용승낙약정을 하게 된 점, 그 사용승낙약정에 의하면, 원고가 선금으로 받은 15억 원은 추후 결정될 매매대금의 선급금으로서의 성격과 이 사건 제2토지에 대한 수용이 무산될 경우 ○○○학원이 부담하게 될 원상회복의무 등에 대한 담보금으로서의 성격을 겸유하고 있는데, 그 중 매매대금 선급금으로서의 성격이 더 강하여 통상적인 임대차보증금과는 성질이 다른 점, 또한 이 사건 제2토지의 전부나 일부에 대한 수용이 이루어지지 않아 원고가 선금을 반환할 경우 15억 원에 대한 이자의 지급여부는 ○○○학원이 토지를 얼마만큼 사용하는가 여부가 아니라 원고의 귀책사유 유무에 따라 결정하도록 되어 있는 점, 사용승낙약정 이후 이 사건 제2토지는 사실상 ○○○학원의 지배관리하에 들어가 사택 철거 및 학교시설신축공사가 진행되는 등 실질적인 소유권행사가 이루어진 점 등을 감안하면, 위 15억 원 또는 그에 대한 이자 상당액이 이 사건 제2토지의 사용대가로 원고에게 지급되었다거나 원고가 이를 수익사업으로 한다고 보기는 어렵다는 이유로, 이 사건 제2토지는 ○○○학원이 그 학교부지로 직접 사용하는 토지로서 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법’이라 한다) 제234조의12 제2호 소정의 종합토지세 비과세대상에 해당한다고 판단하였다.
2. 대법원의 판단

그러나 위와 같은 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
구 법 제234조의12 제2호에 의하면, 제사, 종교, 자선, 학술, 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 비과세하되, 다만 이를 수익사업에 사용하거나 당해 토지가 유료로 사용되는 경우에는 비과세에서 제외하도록 규정하고 있는 바, 이와 같은 종합토지세 비과세제도는 비영리사업자가 당해 토지를 소유하면서 직접 공익사업에 사용하는 경우에는 비과세를 통하여 재정지원을 하고, 제3자가 비영리 공익사업자에게 그 소유의 토지를 제공하는 경우에는 제3자에 대하여 비과세함으로써 공익사업을 활성화하고자 하는 데에 그 취지가 있다 할 것이며, 위 단서 규정에서 유료로 사용되는 경우라 함은 당해 토지의 사용에 대 하여 대가가 지급되는 것을 말하는 것으로서, 그 사용이 대가적 의미를 갖는다면 사용기간의 장단이나, 대가의 지급이 1회적인지 또는 정기적이거나 반복적인지, 대가의 다과 혹은 대가의 산출방식 여하를 묻지 아니하는 것이므로( 대법원 1993. 9. 14. 선고 92누15505 판결 참조), 제3자가 비영리 공익사업자에게 토지를 제공함으로써 종합토지세가 비과세되기 위하여는 제3자가 토지사용권을 공익사업에 출연한 경우 등과 같이 당해 토지 자체를 무상으로 사용하게 하는 경우로 제한되어야 한다.
그런데 원심이 확정한 사실관계에 의하더라도, 원고는 이 사건 제2토지를 비영리 공익사업자인 ○○○학원에게 유상으로 매각하기로 하고 다만, 학교개교시기에 맞추기 위하여 매매대금 중 일부인 15억 원을 선금으로 지급받고 건물신축공사를 위한 사용상의 편의를 제공한 것이므로, 이 사건 종합토지세의 과세기준일 현재 ○○○학원이 매매계약에 따른 잔금을 청산하는 등으로 사실상의 소유권을 취득하여 그가 납세의무자로 되었다면 몰라도 위와 같은 사정만으로 제3자인 원고가 ○○○학원에게 이 사건 제2토지를 무상으로 사용하게 한 것이라고 볼 수는 없다.
그럼에도 불구하고, 위 선금이 매매대금의 일부일 뿐 원고가 ○○○학원으로부터 별도의 사용대가를 받은 바가 없다는 이유만으로 원고 소유인 이 사건 제2토지가 ○○○학원에게 무상으로 제공된 것으로 보고 종합토지세 비과세대상에 해당한다고 판단한 원심판결에는 비과세 요건에 관한 법리를 오해함으로써 판결결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이다.
3. 결 론

그러므로 이 사건 제2토지가 비과세대상에 해당하지 않는다는 피고의 상고이유를 받아들여 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-대구고등법원 2003. 11. 28. 선고 2003누873 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 원심판결을 다음과 같이 변경한다.
가. 피고가 2000. 10. 10. 원고에 대하여 한 종합토지세 385,461,570원, 도시계획세 29,617,460원, 교육세 77,092,310원, 농어촌특별세 56,992,140원의 부과처분 중, 종합토지세 258,537,830원, 도시계획세 24,274,800원, 교육세 51,707,560원, 농어촌특별세 38,001,530원을 각 초과하는 부분을 취소한다.
나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송총비용은 이를 3분하여 그 중 2는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

이 부분에 관하여 당원에서 설시할 이유는 원심판결의 그것과 같으므로 이를 그대로 인용한다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

⑴ 원고는, ① 학교를 운영하는 비영리사업자인 학교법인 ○○○학원(이하 ‘ ○○○학원’이라 한다)이 이 사건 제2토지 위에 학교건물을 건축하고 있고, 원고가 ○○○학원으로부터 교부받은 15억원은 추후 결정될 이 사건 제2토지에 대한 토지보상금의 일부금 내지는 학교건물의 건축을 위하여 철거된 22동의 사택에 대한 손해배상금의 담보금일 뿐, 이 사건 제2토지의 사용대가로 받은 것은 아니므로, 이 사건 제2토지는 구 지방세법 제234조의12 제2호 소정의 종합토지세 비과세대상이고, ② 피고가 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 분류한 이 사건 제1,2토지 가운데 위 갑제동 440-5 토지 중 84,004㎡, 같은 동 440-6토지 중 16,152㎡, 같은 동 440-8 토지 중 32.5㎡, 같은 동 440-9 토지 중 330㎡ 합계 100,518.5㎡( 같은 동 440-6토지가 비과세대상으로 인정될 경우에는 100,518.5㎡에서 16,152㎡를 뺀 84,366.5㎡)는 공부상 지목이 대지로 되어 있으나, 실제로는 군용전기통신법에 의한 특별보호구역 내에 위치하고 있는 천연자연림 형태의 수목이 우거진 사실상의 임야여서 구 지방세법시행령 제194조의15 제2항 제5호 다목에 따라 분리과세대상으로 보아야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.
⑵ 이에 대하여 피고는, ① 구 지방세법 제234조의12 제2호에서 비영리학교법인이 교육용으로 직접 사용하는 토지에 대하여 종합토지세를 비과세하는 취지는 그와 같은 비영리학교법인의 부족한 재정을 지원하려는 데 있는 점, 원고는 ○○○학원에게 이 사건 제2토지에 대한 사용승낙을 하면서 그 담보금으로 15억원을 교부받았는데 그 액수가 총매매가 또는 1999년도 공시지가(당시 개별공시지가가 100,000원/㎡이므로 공시지가로 계산하면 4,833,400,000원)의 10%를 훨씬 초과하여 매매계약금과 동일한 성격으로 볼 수 없고, 추후 수용이 무산되더라도 원고는 그에게 귀책사유가 없는 한 15억원 외 그에 대한 이자까지 반환할 필요는 없다고 약정하였을 뿐만 아니라, 더 나아가 2002. 12. 27. ○○○학원과 사이에서 이 사건 제2토지에 대하여 정식으로 매매계약을 체결하면서 계약체결 지연에 따른 연리 5%의 지연이자까지 지급받은 점, 원고는 이용가치가 높지 않은 임야 상태인 이 사건 제2토지의 사용 담보금으로 15억원을 받아 IMF 이후 2년 동안 고금리의 영업외 수익을 얻었던 반면(민법에 정한 연리 5%로 계산하여도 1년간 이자가 75,000,000원에 달함), 이 사건 제2토지에 1년간 부과된 세액은 종합토지세, 교육세, 농어촌특별세를 합하여 15,721,799원에 불과한 점, 원고의 이와 같은 토지이용실태는 종합토지세를 비과세하는 입법취지와는 전혀 무관한 점에 비추어 볼 때, 원고가 ○○○학원으로부터 교부받은 15억의 이자 상당액은 이 사건 제2토지의 사용대가로 지급되었다고 봄이 상당하므로, 이 사건 제2토지는 유료로 사용되었거나 수익사업에 사용되어 비과세대상에 해당하지 않는다고 보아야 하고, ② 비록 이 사건 제1,2토지와 경산시 갑제동 124 공장용지 320,888㎡ 사이에 콘크리트 담장이 설치되어 있기는 하나 원고 소유의 8필지 토지 전체의 외곽에 다시 철조망이 설치되어 있어 위 8필지 전체를 일단의 토지로 보아야 하는 점, 이 사건 제1,2토지상에 심어져 있는 수목도 천연자연림이 아니고 조폐창의 보안관계상 시설물을 은폐하기 위하여 식재된 수목들이거나 장기간 방치되어 있는 기간 동안 자라난 잡목들 뿐인 점, 이 사건 제1,2토지상에 일부 자연상태의 임야가 있다 하더라도 지목이 대지로 되어 있어 원고는 언제든지 농지전용 등의 허가를 받을 필요 없이 건물을 신축하는 등 자신의 용도에 따라 활용할 수 있을 뿐만 아니라 이를 산림보호육성을 위하여 필요한 임야라고는 볼 수 없는 점 등에 비추어, 이 사건 제1,2토지 중 위 100,518.5㎡의 현황을 임야로 볼 수 없으므로, 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.
나. 관계법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

⑴ 이 사건 제2토지의 비과세대상 여부

㈎ 갑 제4 내지 7호증, 제8호증의 6 내지 8, 11, 30, 31, 56, 57, 60, 제9호증의 9 내지 25, 제10호증의 11 내지 13, 을 제2호증, 제3호증의 2, 제7 내지 9, 12, 13호증의 각 기재 및 영상과 증인 ○○○의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원래 이 사건 제2토지 위에는 원고 소속 직원들을 위한 사택 22동과 수목 등이 있었던 사실, ② 이 사건 제2토지를 비롯한 일대에 ○○○ 중고등학교를 건립하여 운영할 목적으로 설립인가된 ○○○학원은 학교부지인 이 사건 제2토지를 매입하기 위하여 그 소유자인 원고와 협의를 한 결과 1999. 1. 25.경 원고로부터 매각결정은 받았으나 매매대금에 대하여는 합의가 이루어지지 않고 있던 중, 1999. 5. 14. 경상북도교육감으로부터 이 사건 제2토지에 대하여 사업시행자를 ○○○학원으로 하는 학교시설사업시행계획승인을 받고, 더 이상 이 사건 제2토지와 그 지상에 건립되어 있던 사택의 보상금에 대한 협의가 성립되지 아니함에 따라 토지수용절차가 진행된 사실, ③ 그러던 중 ○○○학원은 수용재결 전이라도 원고로부터 이 사건 제2토지에 대한 사전 사용승낙을 받아 학교시설공사를 조속히 착공할 목적으로 원고에게 토지매매가의 일부인 15억원을 선(先) 착수금으로 제공하는 것을 조건으로 한 토지 사용승낙요청을 한 결과, 1999. 9. 9. 원고와 사이에서, 원고에게 이 사건 제2토지의 사전 사용승낙에 대한 담보금으로 15억원을 지급하되 차후에 토지수용위원회의 재결이나 행정소송에서 이 사건 제2토지의 수용보상금액이 확정될 경우 15억원을 그 수용보상금의 일부금으로 공제하고, 토지사용승낙에 따라 철거될 사택 및 기타 지상물에 대한 보상금을 451,662,500원으로 정하며, 이 사건 제2토지 중 일부나 전부가 수용대상 부동산에 포함되지 않을 경우 ○○○학원은 이 사건 제2토지 위에 시설한 건조물 등을 철거하여 원상회복할 의무 및 철거된 위 사택에 대한 시가 상당의 손해를 배상할 의무를 부담하는데, 이때 원고는 ○○○학원에게 반환하여야 할 15억원에서 위 원상회복비용 및 손해배상액을 공제한 나머지만을 반환하고, 원고의 귀책사유로 15억원의 전부 또는 일부를 반환하는 경우를 제외하고는 15억원에 대한 이자는 반환하지 않기로 한다는 내용의 토지사용승낙에 관한 약정을 체결한 사실, ④ 이에 따라 ○○○학원은 원고에게 위 약정에 따른 15억원을 제공하는 한편 1999. 9. 29.경부터 이 사건 제2토지에 건립되어 있던 사택을 모두 철거하고 학교건물신축공사에 착수하는 등 공사를 계속한 사실, ⑤ 그 후 ○○○학원은 그의 모기업인 주식회사 ○○○이 경영악화로 워크아웃대상기업으로 결정되면서 지방토지수용위원회의 수용재결에서 정한 2000. 6. 10.까지 토지수용보상금 4,982,216,000원을 공탁하지 못하였고, 원고로부터 수차에 걸쳐 재협의 요구를 받고도 내부사정으로 계속 응하지 못하다가, 2002. 12. 23.에 이르러 원고와 사이에서 이 사건 제2토지 및 그 지상의 사택등 지상물에 대한 매매계약을 체결하면서, 토지취득보상금을 4,982,216,000원, 지장물보상금을 451,662,500원, 재결지연가산금을 235,460,000원으로 정하되, 이들을 합한 5,669,338,500원에서 기지급된 토지사용승낙선수금 15억원을 뺀 4,169,338,500원과 그에 대한 2000. 6. 10.부터 2002. 12. 27.까지의 연리 5%의 지연이자 531,162,302원을 2002. 12. 27.까지 지급하기로 약정하고, 이를 완불한 후, 2002. 12. 27. ○○○학원 명의로의 소유권이전등기를 경료한 사실, ⑤ 위 학교건물신축공사는 2000. 12. 20.경 이후 잠시 공사가 중단되기도 하였으나 위 계약체결 즈음에는 거의 완공된 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다.
㈏ 구 지방세법 제234조의12 제2호에서 일정한 비영리공익사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여 종합토지세를 비과세하는 취지는, 비영리공익사업자가 직접 소유하는 토지에 대하여는 그와 같은 비과세를 통하여 재정지원을 하려는 것이고, 이 사건 원고와 같이 비영리공익법인에게 소유토지를 제공하는 경우에는 비과세를 통하여 비영리공익사업의 활성화를 도모하려는 데 있다. 또한, 같은 호 단서에서 규정하는 "유료로 사용되는 경우"라 함은 당해 토지 사용에 대하여 대가가 지급되는 것을 말하고, 같은 단서에서 규정하는 "수익사업에 사용하는 경우"에 해당하는지 여부는 그 사업이 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 하면서 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지의 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다( 대법원 1993. 9. 14. 선고 92누15505 판결; 대법원 1997. 2. 28. 선고 96누14845 판결 참조).
㈐ 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 원고와 ○○○학원이 이 사건 제2토지를 ○○○학원에게 매각하는 것에 대하여는 서로 일찌감치 합의하였으나 매매대금을 얼마로 정할 것인지에 대한 의견차이로 정식 계약체결이 지연되다가 토지수용절차에서 결정한 재결대로 대금을 확정하기로 한 점, 그에 따라 당초 계획하였던 학교개교일까지 학교시설신축공사를 마치는 데 지장이 생긴 ○○○학원은 조속한 착공을 위하여 원고에게 토지대금 선 착수금 15억원을 제공하는 것을 전제로 이 사건 제2토지에 대한 사전 사용승낙요청을 하였고, 원고로서도 어차피 ○○○학원에게 매각하기로 결정한 토지이므로 이에 응하여 위와 같은 내용의 사용승낙약정을 하게된 점, 위 사용승낙약정에 의하면, 원고가 ○○○학원으로부터 지급받은 15억원은 추후 결정될 매매대금의 선급금으로서의 성격과 이 사건 제2토지에 대한 수용이 무산될 경우 ○○○학원이 부담하게될 원상회복비 및 철거된 사택의 손해배상액에 대한 담보금으로서의 성격을 겸유하고 있는데, 그 중 매매대금 선급금으로서의 성격이 더 강하여 통상적인 임대차보증금과는 그 성질이 다른 점, 또한 이 사건 제2토지의 전부나 일부에 대한 수용이 이루어지지 않아 원고가 15억원의 전부나 일부를 ○○○학원에 반환할 경우 위 15억에 대한 이자는, 원고의 귀책사유가 없으면 반환하지 않아도 되나 그 밖의 경우에는 반환하도록 약정되어 있는데, 이에 따르면 15억원에 대한 이자의 반환여부는 ○○○학원이 이 사건 제2토지를 얼마만큼 사용하는가 여부가 아니라 원고의 귀책사유 유무에 따라 결정하도록 되어있는 점, 위와 같은 사용승낙약정 이후 이 사건 제2토지는 사실상 ○○○학원의 지배관리하에 들어가 ○○○학원에 의하여 사택 철거 및 학교시설신축공사가 진행되는 등 실질적인 소유권행사가 이루어졌고 원고는 명목상의 소유자에 머물렀던 점, 15억원은 나중에 결정된 토지매매대금 또는 1999년도 공시지가의 30% 정도로서 연리 5%로 계산하였을 경우 월이자가 6,250,000원(이 사건 제2토지가 대략 14,646평이므로 평당 426.73원 정도)인 점 등을 위에서 본 구 지방세법 제234조의12 제2호의 법리에 비추어보면, 위 15억원 또는 그에 대한 이자 상당액이 이 사건 제2토지의 사용대가로 지급되었다고 보기는 어렵고, 설혹 원고가 위 15억으로써 IMF 이후 2년 동안 고금리의 영업외 수익을 얻었고 반면 이 사건 제2토지에 1년간 부과된 세액은 종합토지세, 교육세, 농어촌특별세를 합하여 15,721,799원에 불과하다손 치더라도, 그러한 점만을 들어 원고가 이 사건 제2토지를 수익사업에 사용하였다고 보기 어렵다.
㈑ 따라서, 이 사건 제2토지는 비영리공익법인인 ○○○학원이 그 학교부지로 직접 사용하는 토지로서 구 지방세법 제234조의12 제2호에 정한 비과세대상에 해당하고, 이에 반하여 이 사건 제2토지가 유료로 사용되었거나 수익사업에 사용되어 비과세대상에 해당하지 않는다는 피고의 주장은 이유 없다.
⑵ 이 사건 제1,2토지 중 100,518.5㎡가 분리과세대상 토지인지 여부

이 부분에 관하여 당원에서 설시할 이유는 원심판결의 그것과 같으므로 이를 그대로 인용한다.
⑶ 정당한 세액

이 사건 제2토지 48,334㎡를 비과세하고, 이 사건 제1토지 중 84,366.5㎡를 분리과세대상으로 하여 종합토지세 등의 세액을 다시 산출하면, [별지] 세액계산내역서 기재와 같이 종합토지세 258,537,830원, 도시계획세 24,274,800원, 교육세 51,707,560원, 농어촌특별세 38,001,530원이 되므로, 이 사건 처분 중 위 금액을 각 초과하는 부분은 위법하다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 원심판결은 이와 일부 결론을 달리 하여 부당하므로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-대구지방법원 2005. 1. 13. 선고 2001구8989 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고가 2000. 10. 10. 원고에 대하여 한 종합토지세 385,461,570원, 도시계획세 29,617,460원, 교육세 77,092,310원, 농어촌특별세 56,992,140원의 부과처분 중 종합토지세 271,640,550원, 도시계획세 24,274,800원, 교육세 54,328,110원, 농어촌특별세39,746,080원을 각 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 3분하여 그 2는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 3호증, 갑 제5호증의 1 내지 4, 갑 제8호증의 9 내지 15, 19, 55, 56, 갑 제11호증의 1, 2, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재 및 증인 ○○○의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.
가. 원고는 2000년 귀속분 종합토지세 과세기준일인 2000. 6. 1. 현재 경산시 ○○○ 440-5 대 148,617㎡, 같은 동 440-8 대 1,466㎡, 같은 동 440-9 대 660㎡(이하 위 3필지를 ‘이 사건 제1토지’라 한다), 같은 동 440-6 대 48,334㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다), 같은 동 440-7 대 13㎡, 같은 동 124 공장용지 320,888㎡, 같은 동 382-1 대 205㎡, 같은 동 387 대 2,585㎡(이후 2000. 7. 11.경에 387-1필지가 분할되고 1,288㎡만 남음) 등 8필지 토지 합계 522,768㎡를 소유하고 있었는데, 위 각 토지는 원고가 운영하는 경산조폐창의 공장건물과 그 인접토지이다.
나. 피고는 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것) 제234조의15 제2 내지 4항, 구 지방세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제194조의14 제1항, 제194조의15의 각 규정에 따라, ① 공장용 건축물을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적의 범위 내인 경산시 ○○○ 124 공장용지 320,888㎡ 중 92,361.5㎡, 같은 동 440-5 대 148,617㎡ 중 9,652.7㎡, 같은 동 440-6 대 48,334㎡ 합계 150,348.2㎡는 별도합산과세대상으로, ② 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지기준면적 범위 안의 토지인 경산시 ○○○ 124 공장용지 320,888㎡ 중 76,101.6㎡는 분리과세대상으로, ③ 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지기준면적을 초과하는 토지와 건축물의 부속토지가 아닌 토지인 경산시 ○○○ 124 공장용지 320,888㎡ 중 149,591.9㎡, 같은 동 382-1 대 205㎡, 같은 동 387 대 2,585㎡, 같은 동 440-5 대 148,617㎡ 중 138,964.3㎡, 같은 동 440-7 대 13㎡ 중 6.5㎡, 같은 동 440-8 대 1,466㎡ 중 733㎡, 같은 동 440-9 대 660㎡ 중 330㎡ 합계 292,415.7㎡는 종합합산과세대상으로 하고, 사권제한토지(도로)인 경산시 ○○○ 440-7 대 13㎡, 같은 동 440-8 대 1,466㎡, 같은 동 440-9 대 660㎡에 대하여는 50%를 감면하는 방법으로 종합토지세과세표준을 16,458,314,031원(별도합산과세표준 4,834,427,054원 + 분리과세표준 2,400,670,633원 + 종합합산과세표준 9,223,216,344원)으로 산정한 후 이를 기초로 세액을 산출하여, 2000. 10. 10. 원고에게 종합토지세 385,461,570원, 도시계획세 29,617,460원, 교육세 77,092,310원, 농어촌특별세 56,992,140원을 부과·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고는, ① 학교를 운영하는 비영리사업자인 학교법인 ○○○학원(이하 ‘ ○○○학원’이라 한다)이 이 사건 제2토지 위에 학교건물을 건축하고 있고, 원고가 ○○○학원으로부터 교부받은 15억원은 추후 결정될 이 사건 제2토지에 대한 토지보상금의 일부금 내지는 학교건물의 건축을 위하여 철거된 22동의 사택에 대한 손해배상금의 담보금 조로 교부받은 것일 뿐, 이 사건 제2토지의 사용대가로 교부받은 것은 아니므로, 이 사건 제2토지는 구 지방세법 제234조의12 제2호 소정의 종합토지세의 비과세대상이고, ② 피고가 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 분류한 이 사건 제1,2토지 가운데 위 ○○○ 440-5 토지 중 84,004㎡, 같은 동 440-6토지 중 16,152㎡, 같은 동 440-8 토지 중 32.5㎡, 같은 동 440-9 토지 중 330㎡ 합계 100,518.5㎡는 공부상 지목이 대지로 되어 있으나, 실제로는 군용전기통신법에 의한 특별보호구역 내에 위치하고 있는 천연자연림 형태의 수목이 우거진 사실상의 임야여서 구 지방세법시행령 제194조의15 제2항 제5호 다목에 따라 분리과세대상으로 보아야 하므로, 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.
(2) 이에 대하여 피고는, ① 원고가 ○○○학원에 대하여 이 사건 제2토지의 사용을 승낙하면서 그 담보금으로 15억원을 교부받은 후 ○○○학원의 모기업인 주식회사 ○○○의 부도로 공사가 중단되어 경상북도 교육감이 학교설립계획 승인을 취소하였음에도위 담보금을 ○○○학원에 돌려주지 않고 있는 점에 비추어 ○○○학원은 이 사건 제2토지를 유료로 사용하고 있다고 보아야 하고, ② 비록 이 사건 제1,2토지와 경산시 ○○○ 124 공장용지 320,888㎡ 사이에 콘크리트 담장이 설치되어 있기는 하나 원고 소유의 8필지 토지 전체의 외곽에 다시 철조망이 설치되어 있어 위 8필지 전체를 일단의 토지로 보아야 하는 점, 이 사건 제1,2토지상에 심어져 있는 수목도 천연자연림이 아니고 조폐창의 보안관계상 시설물을 은폐하기 위하여 식재된 수목들이거나 장기간 방치되어 있는 기간 동안 자라난 잡목들 뿐인 점, 이 사건 제1,2토지상에 일부 자연상태의 임야가 있다 하더라도 지목이 대지로 되어 있어 원고는 언제든지 농지전용 등의 허가를 받을 필요 없이 건물을 신축하는 등 자신의 용도에 따라 활용할 수 있을 뿐만 아니라 이를 산림보호육성을 위하여 필요한 임야라고는 볼 수 없는 점 등에 비추어, 이 사건 제1,2토지 중 위 100,518.5㎡의 현황을 임야로 볼 수 없으므로, 이 사건 부과처분은 적법하다고 주장한다.
나. 관계법령

○ 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것)

재234조의12 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호에 규정하는 토지( 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 토지가 유료로 사용되는 경우의 그 토지 및 당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다.
2. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다.
제234조의15 (과세표준) ① 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준·별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다.
② 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 한다. 다만, 다음 각호에 해당하는 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.
3. 대통령령으로 정하는 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지의 가액

4. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야의 가액

③ 별도합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 한다. 다만, 제2항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.
④ 분리과세표준은 제2항 제3호 내지 제6호의 가액으로 한다.
제234조의18(부과징수방법등)①종합토지세는 제234조의16 제1항 및 제2항의 규정에의하여 산출된 종합합산세액 및 별도합산세액을 대통령령이 정하는 바에 따라 각각 안분계산한 금액을 각 시·군이 징수할 세액으로 하여 관할 시장·군수가 보통징수방법에 의하여 부과징수한다.
②분리과세대상토지에 대한 종합토지세는 제234조의16 제3항의 규정에 의하여 관할 시장·군수가 직접 세액을 산정하여 보통징수방법에 의하여 부과징수한다.
제235조 (과세대상) ① 도시계획세는 도시계획사업에 필요한 비용에 충당하기 위하여 도시계획법에 의하여 고시한 도시계획구역 안에 있는 대통령령으로 정하는 토지 또는 건축물을 과세대상으로 하여 토지 또는 건축물 소재지의 특별시장·광역시장 또는 시장·군수가 보통징수방법에 의하여 부과징수한다.
제236조 (과세표준) 도시계획세의 과세표준은 도시계획세의 과세표준일 현재 토지의 가액( 제234조의15 제5항의 규정에 의한 토지의 가액을 말한다) 또는 건축물의 가액( 제111조 제2항 제2호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다)으로 한다.
○ 구 지방세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것)

제79조 (비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다.
2. 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 사회교육법에 의한 사회교육시설을 운영하는 사회교육단체

제194조의6 (수익사업 및 비영리사업자의 범위) ② 법 제234조의12 제2호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.
제194조의15 (분리과세 대상토지) ① 법 제234조의15 제2항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지"라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다.
1. 공장용지

행정자치부령으로 정하는 공장용 건축물(건축중인 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유 없이 6월 이상 공사가 중단된 경우를 제외한다)의 부속토지[특별시·광역시(군지역을 제외한다)·시지역(읍·면지역을 제외한다) 안에서는 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지 및 도시계획법에 의하여 지정된 공업지역 안에 위치한 공장용 건축물의 부속토지에 한한다]로서 행정자치부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위 안의 토지. 다만, 공장입지기준면적을 초과하는 토지는 종합합산과세대상토지로 한다.
② 법 제234조의15 제2항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 임야"라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.
5. 다음 각목의 1에 해당하는 임야

다. 군용전기통신법에 의한 특별보호구역 안의 임야

제194조의16 (과세표준액) ① 법 제234조의15 제3항에서 "대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액"이라 함은 제194조의14 제1항 및 제3항의 규정에 의한 토지의 가액을 말한다.
제194조의17(종합토지세의 현황부과) ① 종합토지세의 과세대상토지가 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다.
제194조의18 (세액안분방법) 법 제234조의18 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 각각 안분 계산한 금액"이라 함은 법 제234조의16 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 산출한 종합합산세액 또는 별도합산세액에 당해 시·군에 소재하는 과세대상토지(당해 납세의무자가 소유하는 토지를 말한다)의 시가표준액을 곱한 금액을 당해 납세의무자가 소유하고 있는 모든 과세대상토지의 시가표준액으로 나눈 금액을 말한다. 이 경우 동일한 납세의무자에게 종합합산세액 및 별도합산세액이 있는 경우에는 이를 구분하여 각각 별도로 안분 계산한다.
제195조 (토지·건축물의 범위) 법 제235조 제1항의 규정에 의한 "토지 또는 건축물"은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.
1. 토지

이 법에 의한 종합토지세과세대상토지 중 전·답·과수원·목장용지·임야를 제외한 토지와 토지구획정리사업법에 의하여 환지처분의 공고가 된 토지구획정리사업지구 안의 모든 토지

○ 군용전기통신법

제9조 (군용통신설비의 특별보호구역) ① 국방부장관은 군용통신설비의 기능을 확보하고 군용통신의 장애요소로부터 보호하기 위하여 필요한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 군용통신설비의 설치장소의 중심으로부터 반경 2킬로미터의 범위 안에서 특별보호구역(이하 "특별구역"이라 한다)을 지정할 수 있다.
② 국방부장관은 제1항의 규정에 의하여 특별구역을 지정한 때 또는 이를 변경하거나 폐지한 때에는 지체없이 이를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공고하여야 한다.
○ 구 교육세법(2000. 12. 29. 법률 제6296호로 개정되기 전의 것)

제5조 (과세표준과 세율) ① 교육세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. <단서 생략>

호별

과세표준

세율

9

지방세법의 규정에 의하여 납부하여야 할 종합토지세액

100분의 20

○ 구 농어촌특별세법(2000. 12. 29. 법률 제6298호로 개정되기 전의 것)

제5조 (과세표준과 세율) ①농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
호별

과세표준

세율

8

지방세법에 의하여 납부하여야 할 종합토지세액

나. 세액이 1천만원을 초과하는 경우

50만원 + 1천만원을 초과하는 금액의 100분의 15

다. 판단

(1) 이 사건 제2토지의 비과세대상 여부

갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1 내지 3, 갑 제7호증의 1 내지 4, 갑 제8호증의 7, 8, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 각 기재 및 영상과 증인 ○○○의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 ○○○학원은 1999. 5. 14. 경상북도 교육감으로부터 이 사건 제2토지에 대하여 사업시행자를 ○○○학원으로 하는 학교시설사업시행계획을 승인받은 후 이 사건 제2토지의 취득 및 그 지상에 건립되어 있던 22동의 사택의 보상에 대하여 그 소유자인 원고와 협의하였으나 협의가 성립되지 아니하자, 토지수용절차를 진행하는 한편, 우선 원고로부터 이 사건 제2토지에 대한 사용승낙을 받아 학교시설공사를 조속히 시행할 목적으로 원고와 사이에 이 사건 제2토지의 사용승낙에 대한 담보금으로 원고에게 15억원을 지급하되 차후에 토지수용위원회의 재결이나 행정소송에서 이 사건 제2토지의 수용보상금액이 확정될 경우에는 위 15억원을 이 사건 제2토지에 대한 수용보상금의 일부금으로 공제하고, 이 사건 제2토지 중 일부나 전부가 수용대상 부동산에 포함되지 않을 경우에는 위 15억원에서 ○○○학원이 건축한 건조물을 철거하여 원상회복하는데 드는 비용 및 철거된 위 사택에 대한 시가 상당의 손해배상액을 공제한 금액만을 반환받으며, 원고의 귀책사유로 위 15억원의 전부 또는 일부를 반환받는 경우를 제외하고는 위 15억원에 대한 이자는 지급받지 않기로 하는 내용의 토지사용승낙에 관한 약정을 체결한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없는바, 위 인정사실과 같이 ○○○학원이 이 사건 제2토지에 대한 수용재결이 있기도 전에 토지사용에 대한 담보금으로 15억원이라는 거액을 원고에게 지급하고 이 사건 제2토지를 사용하게 된 점, 이 사건 제2토지의 전부나 일부에 대한 수용이 이루어지지 않아 원고가 위 담보금을 전부 또는 일부를 ○○○학원에 반환할 경우 원고의 귀책사유가 없는 한 위 담보금에 대한 이자는 반환하지 않아도 되는 점 등에 비추어, 원고가 지급받은 위 담보금 15억원은 이 사건 제2토지상의 사택 22동의 철거에 대한 보상금과 이 사건 제2토지의 사용에 따른 보증금의 성격을 가진다고 할 것이므로, 원고는 위 담보금의 이자 상당액을 이 사건 제2토지의 사용에 관한 대가로 지급받았다고 봄이 상당하고, 따라서 이 사건 제2토지는 유료로 사용되는 토지여서 비과세대상에 해당하지 않는다고 할 것이다.
(2) 이 사건 제1,2토지 중 100,518.5㎡가 분리과세대상 토지인지 여부

㈎ 인정사실

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제3호증, 갑 제8호증의 19, 28 내지 61, 갑 제9호증의 1 내지 32, 갑 제10호증의 1 내지 23, 갑 제11호증의 1, 2의 각 기재 및 영상과 증인 ○○○의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.
1) 경산시 ○○○ 124공장용지 320,888㎡ 지상에 원고 소유의 조폐창 공장건물과 운동장 등이 건립되어 있고, 위 8필지 토지 전체의 외곽 경계선에는 철조망이 처져 있으며, 조폐창 공장의 진입로를 기준으로 그 왼쪽에는 위 공장용지가, 그 오른쪽에는 이 사건 제1,2토지가 각 위치해 있는데, 위 공장용지의 외곽에 설치되어 있는 콘크리트 담장에 의하여 위 공장용지와 이 사건 제1,2토지는 명확하게 구분되어 있다.
2) 이 사건 제1,2토지는 군용전기통신법에 의한 특별보호구역으로 지정되어 있는데, 그 지상의 일부에 직원기숙사 건물 2동 및 조폐창 정문에서 위 기숙사 건물까지 통행하기 위한 아스팔트 도로가 설치되어 있으며, 위 기숙사는 1999. 10.경부터 사용하지 않고 방치되어 있고, 위 기숙사 건물 주위에는 원고가 식재한 유실수 및 무성하게 자란 잡풀이 혼재해 있으며, 위 아스팔트 도로 외에는 이 사건 제1,2토지상에 산책로나 사람이 통행가능한 길이 개설된 것이 없고, 이 사건 제1,2토지 중 위 100,518.5㎡는 공부상 지목이 대지이나 실제로는 최고 표고 55m 정도로서 천연자연림 형태의 수목이 우거져 있는 야산으로 형성되어 있으며, 나머지 부분은 기숙사와 사택의 부지이거나 전, 답, 과수원, 저수지, 잡종지, 도로 등으로 이용되고 있는 토지여서 그 이용현황이 쉽게 구분된다.
㈏ 판단

1) 구 지방세법시행령 제194조의17은 종합토지세의 과세대상토지가 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다고 규정하고 있는바, 종합토지세는 보유하는 토지에 담세력을 인정하여 과세하는 수익세적 성격을 지닌 재산세로서 당해 토지를 보유하는 동안 매년 독립적으로 과세기준일 현재의 토지의 현황이나 이용상황에 따라 구분되는 것이므로 현황부과의 원칙을 규정한 위 규정은 모법의 위임에 따라 그 입법 취지를 구현하기 위한 것이고( 대법원 1998. 5. 8. 선고 98두3464 판결 참조), 분리과세의 대상을 규정한 구 지방세법 제234조의15 제2항 각 호 소정의 전, 답, 공장용지, 임야 등의 해당 여부는 이를 반드시 필지 단위로 판단하여 하는 것은 아니라고 할 것이다( 대법원 1997. 9. 12. 선고 96누2873 판결 참조).
2) 위에서 살펴본 바와 같이 이 사건 제1,2토지 중 위 100,518.5㎡는 공부상의 지목이 대지이나 사실상의 현황은 천연자연림 형태의 수목이 우거져 있는 야산으로서 군용전기통신법에 의한 특별보호구역 안에 위치하고 있는 점, 조폐창 공장건물 등이 건립되어 있는 경산시 ○○○ 124 공장용지 320,888㎡와는 콘크리트 담장에 의하여 명확하게 구분되어 있을 뿐만 아니라, 전, 답, 유지, 과수원 등으로 이용되고 있는 나머지 부분과도 그 이용현황에 의하여 쉽게 구분되는 점에 비추어 구 지방세법시행령 제194조의15 제2항 제5호 다목 소정의 군용전기통신법에 의한 특별보호구역 안의 임야에 해당한다고 보아 이 사건 제1,2토지 중 다른 부분과는 별도로 분리과세함이 상당하므로,피고가 이 사건 처분을 함에 있어 위 100,518.5㎡를 분리과세대상토지로 보지 않고, 이 사건 제1,2토지 중 사권제한토지(도로)를 제외한 나머지 부분 전체를 건축물의 부속토지로 보아 종합합산과세대상토지 또는 별도합산과세대상토지로 삼아 세액을 산출한 이 사건 처분은 아래에서 보는 정당한 세액을 초과하는 범위 내에서는 위법하다.
⑶ 정당한 세액

이 사건 제1,2토지 중 위 100,518.5㎡를 분리과세대상으로 하여 종합토지세 등의 세액을 다시 산출하면, [별지] 세액계산내역서 기재와 같이 종합토지세 271,640,550원, 도시계획세 24,274,800원, 교육세 54,328,110원, 농어촌특별세 39,746,080원이 되므로, 이 사건 처분 중 위 금액을 각 초과하는 부분은 위법하다고 할 것이다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

비영리 공익사업자인 ○○○학원에게 유상으로 매각하기로 하고 다만, 학교개교시기에 맞추기 위하여 매매대금 중 일부인 15억 원을 선금으로 지급받고 건물신축공사를 위한 사용상의 편의를 제공한 것이므로, 이 사건 종합토지세의 과세기준일 현재 ○○○학원이 매매계약에 따른 잔금을 청산하는 등으로 사실상의 소유권을 취득하여 그가 납세의무자로 되었다면 몰라도 위와 같은 사정만으로 제3자인 원고가 ○○○학원에게 이 사건 제2토지를 무상으로 사용하게 한 것이라고 볼 수는 없다.