법인세부과처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2004.12.01 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 수원세무서장
【변론종결】2004. 10. 20.
【주 문】
1. 피고가 2003. 9. 19. 원고에 대하여 한 1998년 귀속 법인세 금 19,077,190원의 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】주문과 같다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
 가. 원고는 1999. 3. 31. 1998사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 113,218,431원의 결손금이 발생하였다고 하면서구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조의 2 및구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 제100조의 2 제3항의 규정에 따라 1998년 사업연도에 발생한 결손금에 대한 ‘소급공제법인세액환급신청서’를 제출하여 1999. 4. 13. 위 결손금에 대하여 직전 사업연도인 1997년의 소득에 부과된 법인세액 11,621,099원을 환급받았다.
 나. 그후 피고는 원고가 결손금 소급공제가 가능한 중소기업에 해당하지 않는다고 보아 2003. 9. 19.법인세법 제72조 제5항 및구 법인세법시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것) 제110조 제5항의 규정에 따라 원고가 환급받았던 법인세 11,621,099원 및 이에 대한 환급결정 통지일 다음날인 1999. 4. 14.부터 이 사건 납세고지일인 2003. 9. 19.까지의 기간에 대한 이자상당액 7,456,097원을 가산하여 1998사업연도 법인세 19,077,190원을 부과·고지하였다(아래에서는 이 사건 부과처분이라고 쓴다).
2. 이 사건 부과처분의 적법여부에 대한 판단
 가. 원고의 주장
 원고는 화물포장, 검수 및 유사 대리업을 주업으로 하고 있으므로 결손금 소급공제가 가능한 중소기업에 해당하고, 설사 결손금 소급공제가 가능한 중소기업에 해당하지 않는다 하더라도 결손금이 발생한 사업연도의 결손금이 감소된 경우의 법인세 징수에 관하여 규정한법인세법 제72조 제5항은 결손금 소급공제가 가능한 중소기업에 해당하지 아니한다는 이유로 법인세를 징수하는 경우에는 적용할 수 없으므로 이자상당액을 가산하여 징수할 수는 없다.
 나. 관계법령
 별지 관계법령과 같다.
 다. 판단
 (1) 원고가 결손금 소급공제가 가능한 중소기업에 해당하는지 여부
 결손금 소급공제가 가능한 중소기업의 해당사업 중 물류산업은 운송업(화물운송업에 한한다)·화물취급업·보관 및 창고업·터미널시설운영업(화물 터미널시설 운영업에 한한다)·화물운송 대행업·화물중개 및 대리업과 화물포장, 검수 및 유사대리업을 말하는 것으로서{구 법인세법 제38조의 2 제1항,구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 제68조 및구 조세감면규제법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 명칭변경 및 전문개정되기 전의 것) 제2조 제1항,제6조 제9항}, 통계청이 작성한 한국표준산업분류표에 의하면 화물포장업에는 ‘운송물품의 보호를 위하여 운송화물을 포장하는 산업활동‘만이 포함될 뿐 ’수축 포장, 투명 포장 등의 각종 방법을 이용하여 음식물, 의약품, 화장품, 철물 등의 제품을 수수료 또는 계약에 의하여 포장하는 산업활동‘ 즉 포장 및 충전업(코드번호 75930)은 포함되지 아니한다. 갑 제2호증, 을 제2 내지 4호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 원고는 1998년 사업연도에소외 주식회사(아래에서는소외 회사라고 쓴다)와의 사이에소외 회사가 생산하는 생산제품을 백상지, 아트지, 박엽지 및 기타지로 선별하는 작업, 생산제품의 포장 또는 이와 관련된 용역도급, 제품선별 및 포장작업을 위한 전동차 운전, 입고작업을 위한 전동차 운전, 파지 재사용 투입작업, 파지 처리된 파지의 운반, 자동포장기 관리 및 포장작업, 상표작성, 포장지 재단 등의 용역을소외 회사에게 제공하고소외 회사로부터 그 작업내용에 따라 도급액을 지급받기로 하는 도급계약을 체결하고, 그 계약에 따라 사업을 영위하여 온 사실을 인정할 수 있고 반증이 없는바, 위 인정과 같은 생산제품의 선별작업, 생산제품의 포장 등의 사업활동은 통계청이 작성한 한국표준산업분류상 기타 사업관련 서비스업 중 포장 및 충전업 또는 기타 도급업(코드번호 75930)에 해당하는 것일 뿐 결손금 소급공제가 가능한 물류산업 중 ’화물포장, 검수 및 유사대리업‘에는 해당하지 아니한다고 할 것이다. 따라서 원고가 결손금 소급공제가 가능한 중소기업에 해당하지 아니한다고 인정한 피고의 조치는 적법하다.
 (2) 법인세 부과고지의 적법여부에 대하여
법인세법 제72조 제5항은 ‘납세지 관할세무서장은제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다’고,법인세법시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제6항은 ‘납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다. 이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는제5항의 규정을 준용한다’고 각 규정하고 있는바, 위와 같은 법인세법 및 법인세법시행령의 각 규정은 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소한 경우 및 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준 금액이 달라진 경우에 감소된 결손금 상당액 또는 과다환급된 세액 상당액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수할 수 있도록 한 규정에 불과하므로 결손금 소급공제를 받은 법인이 후에 결손금 소급공제 대상 중소기업이 아닌 것으로 밝혀진 이 사건과 같은 경우에 이를 그대로 적용할 수 없음은 문리해석상 명백하다 할 것이므로 위 규정들을 이와 같은 경우에도 유추적용할 수 있는가가 관건이라 할 것인데,법인세법시행령 제110조 제5항에 따라 환급세액에 대하여 가산하여 징수하는 이자상당액 산정 이자율(환급세액의 통지일의 다음날부터 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 2002. 12. 31.까지는 1일 10,000분의 4, 2003. 1. 1.부터는 1일 10,000분의 3)이국세기본법 제52조에서 정하는 국세환급가산금 산정 이자율(국세환급금의 납부일 등으로부터 지급결정일 등까지의 기간에 대하여 2001. 3. 31.까지는 1일 10,000분의 3, 2001. 4. 1.부터 2002. 4. 5.까지는 1일 100,000분의 16, 2002. 4. 6.부터 2003. 4. 1.까지는 1일 100,000분의 13, 2003. 4. 2.부터 2004. 10. 14.까지는 1일 100,000분의 12)에 비하여 지나치게 고율이어서 납세자에게 불리한 점, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법률대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 납세자에게 불리하게 확정해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다는 점(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누4173 판결 등 참조) 등에 비추어 보면 결손금 소급공제를 받은 후 결손금 소급공제 대상 중소기업이 아닌 것으로 밝혀진 이 사건과 같은 경우에까지법인세법 제72조 제5항 및법인세법시행령 제110조 제6항을 유추적용할 수는 없다 할 것이므로, 결손금 소급공제에 의하여 환급한 금액에 대하여 부당이득을 원인으로 반환을 청구할 수 있음은 별론으로 하고 이를 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수할 수는 없다 할 것이다. 따라서 피고가 원고에게 법인세를 부과한 이 사건 부과처분은 취소를 면할 수 없다.
3. 결 론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 조영철(재판장) 엄상섭 조진구