산업단지개발사업 시행자로 지정 전에 취득한 부동산의 감면 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2017.09.28 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-부산고등법원 2017. 5. 31. 선고 (창원)2016누11486 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2014. 7. 29. 김해시 생림면 00리 288-5 외 34필지 토지 74,006㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 공매로 취득하고, 같은 날 취득세 등 합계 367,197,300원을 신고·납부하였다.
나. 피고는 2014. 9. 25. 김해 00일반산업단지개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 시행자를 한영건설 주식회사(이하 ‘한영건설’이라 한다)에서 원고로 변경 지정하는 내용의 00일반산업단지계획변경 승인·고시를 하였다.
다. 원고는 2015. 8. 17. 피고에게 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조를 근거로 취득세 및 지방교육세 감면신청을 하였다.
라. 이에 대하여 피고는 2015. 8. 24. 원고에게 "원고가 사업시행자로 지정되기 전에 이 사건 부동산을 취득하였으므로 구「지방세특례제한법」제78조의 감면대상에 해당하지 않는다"는 이유로 경정청구 거부통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
마. 원고는 이에 불복하여 2015. 9. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 3. 28. 기각결정을 받았다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문의 적용

구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문은 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체를 구 산업입지 및 개발에 관한 법률(2015. 9. 1. 법률 제13509호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 구 산업입지법’이라 한다) 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자라고 규정하고 있으나, 구 산업입지법 제16조는 산업단지개발사업은 산업단지지정권자로부터 지정받은 자가 진행한다는 내용에 불과하며, 산업단지 조성사업을 장려한다는 위 감면조항의 취지에 비추어 사업시행자로 지정된 이후 토지를 취득한 경우와 사업시행자로 지정되기 전에 토지를 취득한 경우를 달리 취급할 합리적인 이유가 없다.
또한 구「지방세특례제한법」제78조제1항 단서는 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 않는 경우 등 일정한 사유가 발생하면 과세관청으로 하여금 감면된 취득세 등을 추징할 수 있도록 함으로써 탈세 방지를 위한 제도적 장치를 마련하고 있으므로, 산업단지개발사업 시행자로 지정되기 이전에 취득한 부동산을 취득세 등의 감면대상에서 제외할 현실적 필요성도 크지 않다.
따라서 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문이 정하는 ‘사업시행자가 취득하는 부동산’이란 ‘산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 것이라면, 그 취득시기가 사업시행자로 지정되기 전인지 후인지를 불문하는 것’으로 해석해야 함에도, 이와 달리 사업시행자로 지정되기 전에 취득하였다는 이유만으로 취득세 등의 감경을 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
나. 형평의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등 위반

원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 사업시행자는 아니었으나, 산업단지지정권자인 피고와의 협의를 거쳐 한영건설의 지위를 실질적으로 승계한 상태에서 이 사건 사업 시행자로서의 역할을 수행하고 있었다. 피고는 구 산업입지법 제16조 제2항에 따라 먼저 원고를 사업시행자로 지정한 다음 이 사건 사업을 진행하도록 하였어야 함에도 위 규정을 위반하였다. 이러한 경우까지 사업시행자로 지정된 후 취득한 부동산에 대하여만 위 감면조항을 적용하는 것은 행정청이 임의로 취득세 등의 감면 여부를 결정하도록 하는 결과를 초래하므로, 과세형평의 원칙에 반한다. 한편 피고는 원고에게 이 사건 부동산을 취득하는 즉시 원고를 사업시행자로 지정할 것이라고 약속하여 명시적 또는 묵시적으로 조세감면의 혜택을 부여할 의사를 표시하였고 그로 인해 원고는 취득세 등의 감면을 받으리라는 정당한 신뢰를 가지게 되었다. 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙을 위반한 것으로써 위법하다.
3. 관계 법령

별지 기재와 같다.
4. 판단

가. 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문의 적용 여부

관계 법령의 규정 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문에 따라 조세감경 대상이 되는 부동산은 산업단지개발사업의 시행자로 지정된 이후 산업단지를 조성하기 위해 취득한 부동산에 한정된다고 봄이 상당하다. 원고가 산업단지개발사업 시행자로 지정되기 전에 이 사건 부동산을 취득한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문에 따라 조세감면이 되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.
1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결,대법원 2010.4.29. 선고 2009두18325 판결등 참조).
2) 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문은 산업단지를 조성하기 위해 취득하는 부동산에 대한 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체를 ‘구 산업입지법 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자’로 규정하고 있고, 구 산업입지법 제16조 제1항은 ‘산업단지개발사업의 시행자’라는 표제로 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 ‘산업단지지정권자의 지정’에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 시행한다고 정하고 있으며, 구 산업입지법 시행령(2016. 2. 11 대통령령 제26978호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제4항, 제5항은 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 산업단지개발사업을 시행하고자 하는 자는 사업을 시행하고자 하는 산업단지의 명칭·위치 및 사업시행면적, 사업시행계획의 개요, 위치도, 사업계획서, 자금조달계획서 등을 제출하도록 하고 있다.
3) 이처럼 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문이 조세감면요건을 정하면서 감면주체를 구 산업입지법 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자로 정하고 있는 점, 구 산업입지법 제16조 제1항은 산업단지개발사업의 시행자에 관해 규정하면서 산업단지지정권자의 지정을 받을 것을 요구하고 있는 점, 이는 조세감면 혜택을 부여하기 전에 신청인이 산업단지개발사업을 수행할 의사나 능력이 있는지 구체적으로 확인하기 위한 취지인 것으로 보이는 점 등에 비추어보면, 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문이 정하는 조세감면 대상은 산업단지지정권자에 의해 사업시행자로 지정된 자가 산업단지를 조성하기 위해 취득한 부동산에 한정된다고 해석함이 상당하다.
4) 원고가 들고 있는대법원 2014.11.13. 선고 2014두35942 판결은 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체에 대해 관련법에서 아무런 정함이 없었던 사안인 반면, 이 사건의 경우 조세감면 주체인 산업단지개발사업의 시행자에 대해 법에서 구체적으로 정하고 있으므로, 양자는 서로 사안을 달리 하여 위 대법원 판례를 이 사건에 그대로 원용할 수 없다.
나. 형평의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등 위반 여부

1) 갑 제13 내지 25호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 김종호의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 한영건설이 2014. 1.경 자금부족으로 인해 이 사건 사업을 더 이상 진행할 수 없게 된 이후 피고가 이 사건 사업을 정상화하기 위해 원고와 꾸준히 협의하였으며, 한영건설이 2014. 6. 19. 피고에게 이 사건 사업 포기각서를 제출하였고, 원고가 2014. 6. 20. 엔아이건설 주식회사와 이 사건 사업에 관한 공사도급계약을 체결하는 등 이 사건 사업을 진행하기 시작하였으며, 원고가 2014. 6. 23. 피고에게 "정상화 계획 최종안"을 작성·제출하였는데, 위 "정상화 계획 최종안"에 따르면 우선 한영건설 명의로 이 사건 사업기간의 연장을 신청한 다음 원고가 공매로 이 사건 부동산을 취득한 후 즉시 사업시행자 명의를 원고로 변경하는 산업단지계획변경 신청을 할 예정이었고, 원고가 2014. 7. 29. 이 사건 부동산을 공매로 취득한 사실은 인정된다.
2) 그러나 앞서 본 바와 같이 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문이 정하는 조세감면 요건은 ‘산업단지지정권자에 의해 사업시행자로 지정된 자가 산업단지를 조성하기 위해 취득한 부동산’이므로, 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 전에 산업단지지정권자인 피고와의 협의를 통하여 이 사건 사업을 진행하기 시작하였다고 하더라도 그러한 사정만으로 위 감면요건을 충족한다고 볼 수 없음은 분명하다. 원고가 이 사건 부동산 취득 전부터 사실상 이 사건 사업 시행자로서의 역할을 하고 있었다는 사정을 들면서 위 감면규정을 적용하지 않는 것이 과세형평의 원칙에 반한다고 하는 주장은, 원고의 독자적인 견해에 불과하여 이유 없다.
3) 또한 구 산업입지법 제16조 제2항은 사업시행자가 일정한 기간 내에 산업단지개발사업을 완료하기 못하거나 완료할 가능성이 없는 경우 산업단지지정권자로 하여금 다른 사업시행자를 지정하여 시행하게 할 수 있도록 규정한 것으로, 사업시행자로 변경 지정 받기를 원하는 자가 변경 지정을 받기 전에 사업시행을 위하여 필요한 준비행위 등을 하는 것을 금지한다고 볼 수는 없다. 원고가 사업시행자 변경 지정을 받기 전에 피고와 이 사건 사업에 관한 협의를 하고 일부 사업을 진행함으로써 사업시행자 변경 지정 절차에서 소요되는 시간을 줄일 수 있었고 사업시행도 신속하게 진행할 수 있는 등 원고에게도 필요한 일이었다. 원고가 사업시행자 지정 전에 일부 사업을 진행한 것에 위법이 있다고 보기 어렵고, 달리 공매절차에서 원고의 이 사건 부동산 취득이 확정된 후 피고가 원고를 사업시행자로 변경 지정한 것에 어떠한 위법이 있다고 볼 근거는 없으므로, 이를 전제로 한 원고의 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.
4) 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다. 한편 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단함에 있어서는, 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고, 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1997. 9. 12. 선고 96누18380 판결 참조).
앞서 본 바와 같이, 한영건설이 이 사건 사업을 더 이상 진행할 수 없게 된 후 원고와 피고가 협의하여 원고가 이 사건 사업을 시행하기로 하면서, 원고가 이 사건 부동산을 취득하게 되면 사업시행자를 원고로 변경 지정하기로 하는 협의도 있었던 사실은 인정된다. 그러나 원고와 피고 사이에 사업시행자를 원고로 변경 지정하는 것에 대한 협의가 있었다고 하더라도 이 사건 부동산 취득 당시 원고가 사업시행자가 아니라는 사실에는 변함이 없는바, 이를 들어 피고가 원고에게 취득세 등을 감면해 주겠다는 공적인 견해표명을 하였다고 할 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 또한 위 "정상화 계획 최종안"의 "3. 사업완료 예상비용" 목차에는 "2. 취득세 등 395,700,000원"이 포함되어 있어, 원고가 이 사건 부동산의 취득세 등이 감면될 것을 신뢰하였다고 보기도 어렵다. 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반한다는 주장도 이유 없다.
5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-창원지방법원 2016. 8. 16. 선고 2016구합50950 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2014. 7. 29. 김해시 생림면 00전리 288-5 외 34필지 토지 74,006㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하고, 같은 날 취득세 등 합계 367,197,300원을 신고·납부하였다.
나. 피고는 2014. 9. 25. 원고를 김해 00일반산업단지개발사업의 사업시행자로 지정하고 그러한 내용을 담은 00일반산업단지계획변경 승인·고시를 하였다.
다. 원고는 2015. 8. 17. 피고에게「지방세특례제한법」제78조를 근거로 취득세 및 지방교육세 감면신청을 하였다.
라. 이에 대하여 피고는 2015. 8. 24. 원고에게 "원고가 사업시행자로 지정된 2014. 9. 25. 전에 이 사건 부동산을 취득하였으므로 감면대상에 해당하지 않는다."는 이유로 경정청구 거부통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
마. 원고는 이에 불복하여 2015. 9. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 3. 28. 기각결정을 받았다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제1항 본문은 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체를 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산업입지법’이라 한다) 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자라고 규정하고 있으나, 산업입지법 제16조는 산업단지개발사업은 산업단지지정권자로부터 지정받은 자가 진행한다는 내용에 불과하며, 산업단지 조성사업을 장려한다는 위 법조항의 취지에 비추어 사업시행자로 지정된 이후 토지를 취득한 경우와 사업시행자로 지정되기 전에 토지를 취득한 경우를 달리 취급할 합리적인 이유가 없다.
또한 구「지방세특례제한법」제78조제1항 단서는 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 않는 경우 등 일정한 사유가 발생하는 경우 과세관청으로 하여금 감면된 취득세 등을 추징할 수 있도록 함으로써 탈세 방지를 위한 제도적 장치를 마련하고 있으므로, 산업단지개발사업 시행자로 지정되기 이전에 취득한 부동산을 취득세 등의 감면대상에서 제외할 현실적 필요성도 크지 않다.
따라서 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문이 정하는 ‘사업시행자가 취득하는 부동산’이란 ‘산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 것이라면, 그 취득시기가 사업시행자로 지정되기 전인지 후인지를 불문하는 것’으로 해석해야 함에도, 이와 달리 사업시행자로 지정되기 전에 취득하였다는 이유만으로 취득세 등의 감경을 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

앞서 인정한 사실과 관계 법령의 규정 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문에 따라 조세감경 대상이 되는 부동산은 산업단지개발사업의 시행자로 지정된 이후 산업단지를 조성하기 위해 취득한 부동산에 한정된다고 봄이 상당하다. 그리고 원고가 산업단지개발사업 시행자로 지정되기 전에 이 사건 부동산을 취득한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 결국 원고는 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문에 따른 조세감경 혜택을 받을 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.
1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결,대법원 2010.4.29. 선고 2009두18325 판결등 참조).
2) 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문은 산업단지를 조성하기 위해 취득하는 부동산에 대한 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체를 ‘구 산업입지법(2015. 9. 1. 법률 제13509호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자’로 규정하고 있고, 구 산업입지법 제16조 제1항은 ‘산업단지개발사업의 시행자’라는 표제로 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 ‘산업단지지정권자의 지정’에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 시행한다고 정하고 있으며, 구 산업입지법 시행령(2016. 2. 11 대통령령 제26978호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제4항, 제5항은 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 산업단지개발사업을 시행하고자 하는 자는 사업을 시행하고자 하는 산업단지의 명칭·위치 및 사업시행면적, 사업시행계획의 개요, 위치도, 사업계획서, 자금조달계획서 등을 제출하도록 하고 있다.
3) 이처럼 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문이 조세감면요건을 정하면서 감면주체를 구 산업입지법 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자로 정하고 있는 점, 구 산업입지법 제16조 제1항은 산업단지개발사업의 시행자에 관해 규정하면서 산업단지지정권자의 지정을 받을 것을 요구하고 있는 점, 이는 조세감면 혜택을 부여하기 전에 신청인이 산업단지개발사업을 수행할 의사나 능력이 있는지 구체적으로 확인하기 위한 취지인 것으로 보이는 점 등에 비추어보면, 구「지방세특례제한법」제78조제1항 본문이 정하는 조세감면 대상은 산업단지지정권자에 의해 사업시행자로 지정된 자가 산업단지를 조성하기 위해 취득한 부동산에 한정된다고 봄이 상당하다.
4) 한편 원고가 들고 있는 대법원 2014. 11. 13. 선고 2014두35942 판결은 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체에 대해 관련법에서 아무런 정함이 없었던 사안인 반면, 이 사건의 경우 조세감면 주체인 산업단지개발사업의 시행자에 대해 법에서 구체적으로 정하고 있으므로, 양자는 서로 사안을 달리 하여 위 대법원 판례를 이 사건에 그대로 원용할 수 없다.
3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【조세심판원 조심2015지1798, 2016. 3. 28.】

【주문】 기각

심판청구를 기각한다.
【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.7.29 OOO외 34필지 토지 74,006㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 취득하고 같은 날 취득세 등 합계 OOO을 신고·납부한 후, 2015.8.17「지방세특례제한법」제78조를 근거로 취득세를 감면하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
나. 처분청은 청구법인이 사업시행자로 고시되기 이전에 쟁점부동산을 취득한 것이므로 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 2015.8.24. 청구법인에게 경정청구 거부 통지를 하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.2. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OOO을 진행하기 위하여 쟁점부동산을 2014.7.29. 취득한 후 2014.9.25. 사업시행자로 지정된 것으로, 만일 청구법인이 사업시행자로 지정된 후 쟁점부동산을 취득하였다면「지방세특례제한법」제78조제1항에 따라 취득세를 감면 받는 것은 명확하지만, 쟁점부동산 취득일 당시 사업시행자로 지정되지 아니한 상태였기 때문에 감면대상에 해당하는지 여부가 쟁점이 되는 것으로,

「지방세특례제한법」제78조제1항 본문에서 취득세 등 감면대상이 되는 납세의무의 주체를 "「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지 개발사업의 시행자"라고 규정하고 있으나, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」은 단순히 산업단지개발사업은 산업단지 지정권자로부터 지정받은 자가 진행한다는 내용에 불과하다.
또한,「지방세특례제한법」제78조제1항 단서에서 "다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다"라고 규정하고 있어, 사업시행자가 사업시행자로 지정되기 전에 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 감면 받아도 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 개발 조성하지 않는 등의 일정한 사유가 발생하면 과세관청으로서는 단서규정에 따라 추징할 수 있으므로 산업단지개발사업 시행자로 지정되기 이전에 취득한 부동산을 취득세 등의 감면대상에서 제외할 현실적인 필요성이 크지 않고, 동일한 쟁점이 문제된 대법원 판례에서도 재산세 등 부과처분이 부당하다는 취지의 판결을 하였음에도 불구하고, 처분청에서 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견

「지방세특례제한법」제78조제1항의 감면요건에서 감면주체를 "「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업 시행자", 감면목적을 "산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산"으로 명시하고 있으므로, 감면주체의 요건과 감면목적의 요건 둘 다 충족한 경우 감면대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다 할 것인바, 납세의무성립일인 취득일 현재의 기준으로 감면적격여부를 판단하는 것이 타당하다.
청구법인의 경우 2014.7.29. 쟁점부동산을 취득한 후, 2014.9.25. 산업단지의 개발사업시행자로 지정된 사실이 증빙에서 나타나는바, 2014.7.29. 쟁점부동산 취득일 현재는 종전의 사업시행자인 OOO가 쟁점부동산에 대한 지상 산업단지 개발사업의 시행자로서의 지위를 유지하고 있었으므로, 청구법인은「지방세특례제한법」제78조제1항의 "「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업 시행자"라는 감면주체의 요건을 충족하지 못하였다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.
또한, 청구법인은「지방세특례제한법」제78조제1항의 단서규정에 따라 사후 추징이 가능하므로 산업단지개발사업의 시행자로 지정되기 이전 취득한 부동산에 해당한다 하여 취득세 등의 감면대상에서 제외할 현실적 필요성이 크지 아니하다고 주장하나, 이는 산업단지 개발사업의 시행자로 지정된 자가 감면목적물을 해당 목적에 사용하지 아니할 경우에 한하여 조세정책적 감면목적 달성을 위하여 해당 목적에 사용을 독려하기 위한 규정일 뿐, 쟁점부동산 취득일 시점에 감면대상에 당초부터 해당하지 아니하는 이 건의 경우는 쟁점부동산 지상에 산업단지를 조성하여 감면의 목적대로 사용하였는지 여부는 감면여부 판단에 대한 고려대상이 아니라 할 것이다.
설령, 쟁점부동산 취득 이후 산업단지개발 사업시행자로 지정을 받았다고 하더라도, 취득일인 2014.7.29. 쟁점부동산을 취득한 후 같은 날 국제신탁주식회사에게 신탁의 방법을 통하여 소유권을 이전하였던바, 산업단지개발사업 시행자 지정일인 2014.9.25. 현재 감면에 대한 하자가 치유되었다고 보기도 어렵다 할 것이므로, 처분청이 2015.8.24. 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.
3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

산업단지개발사업 시행자로 지정되기 전에 취득한 토지에 대하여 취득세 등을 감면하여 달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.11.19. 법률 제12844호로 개정되기 전의 것) 제78조 [산업단지 등에 대한 감면] ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조에 따른 사업시행자가 산업단지또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
(2) 산업입지 및 개발에 관한 법률(2013.8.6. 법률 제11998호로 개정되기 전의 것) 제16조 [산업단지개발사업의 시행자] ① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다.
1. 국가, 지방자치단체, 공기업, 「지방공기업법」에 따른 지방공기업 또는 다른 법률에 따라 산업단지개발사업을 시행할 수 있는 자

2. 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 중소기업진흥공단, 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제45조의9에 따라 설립된 한국산업단지공단 또는 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사

2의2. 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는「중소기업협동조합법」에 따른 중소기업협동조합 또는 「상공회의소법」에 따른 상공회의소

3.해당 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자 또는 해당 산업단지개발계획에서 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자

4. 제1호부터 제3호까지에 해당하는 자가 산업단지의 개발을 목적으로 출자에 참여하여 설립한 법인으로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 법인

5. 제3호에 해당하는 사업시행자와 제20조의2에 따라 산업단지개발에 관한 신탁계약을 체결한 부동산신탁업자

6. 산업단지 안의 토지의 소유자 또는 그들이 산업단지개발을 위하여 설립한 조합

② 산업단지지정권자는 사업시행자가 제17조, 제18조, 제18조의2 및 제19조에 따라 실시계획 승인을 받은 후 2년 이내에 산업단지개발사업에 착수하지 아니하거나 실시계획에 정하여진 기간 내에 산업단지개발사업을 완료하지 아니하거나 완료할 가능성이 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 다른 사업시행자를 지정하여 해당 산업단지개발사업을 시행하게 할 수 있다.
③ 제1항에 따른 사업시행자는 산업단지개발사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 산업단지개발사업의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 대행하게 할 수 있다. 다만, 제1항 제2호부터 제6호까지의 규정에 따른 사업시행자는 해당 산업단지지정권자의 승인을 받아야 한다.
④ 산업단지지정권자는 사업시행자를 경쟁입찰 방식으로 선정할 수 있다. 다만, 제11조 제1항에 따라 민간기업 등이 산업단지의 지정을 요청하는 경우에는 그러하지 아니하다.
(3) 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령 제19조 [사업시행자] ⑤법 제16조 제1항의 규정에 의하여 산업단지개발사업을 시행하고자 하는 자는 다음 각호의 사항을 기재한 사업시행자지정신청서를 산업단지지정권자에게 제출하여야 한다.
1. 사업을 시행하고자 하는 자의 성명(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 대표자의 성명)·주소

2. 사업을 시행하고자 하는 산업단지의 명칭·위치 및 사업시행면적

3. 사업시행계획의 개요

가. 사업의 명칭

나. 사업의 시행목적

다. 사업의 종류 및 개요

라. 사업의 시행기간

마. 사업의 시행방법

(4) 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행규칙 제7조 [사업시행자지정신청서등] ① 영 제19조 제4항의 규정에 의한 사업시행자지정신청서는 별지 제6호서식에 의한다.
② 산업단지지정권자는 법 제16조의 규정에 의하여 사업시행자를 지정한 경우에는 별지 제7호서식에 의한 사업시행자지정서를 신청인에게 교부하여야 한다.
다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.
(가) 처분청은 2010.6.3. 사업시행자를 OOO에 신탁하였다.
(나) 청구법인은 2014.7.29. 쟁점부동산을 취득한 후 취득세를 신고·납부하였고, 같은 날 쟁점부동산을 OOO 신탁하였다.
(다) 처분청은 2014.9.25. 청구법인을 사업시행자로 변경하는 내용의 OOO를 하였다.
(라) 청구법인은 2015.8.17. 당초 신고·납부하였던 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2015.8.24. 이를 거부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「지방세특례제한법」제78조제1항은 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체를「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자로 규정하고 있고,「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조제1항에서 산업단지개발사업은 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자를 사업시행자로 규정하고 있으므로, 산업단지지정권자인 처분청의 지정을 받은 사업시행자가 취득하는 부동산에 대하여만 취득세 등을 면제하는 것이 타당한 점, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날(2014.7.29.) 현재 산업단지지정권자인 처분청의 지정을 받은 사업시행자는 청구법인이 아닌 OOO인 점 등에 비추어 청구법인이 산업단지개발사업의 사업시행자로 지정되기 전에 취득한 쟁점부동산은「지방세특례제한법」제78조제1항의 취득세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제123조제4항과「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
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【관계법령】

▣ 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면)

①「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 한국산업단지공단의 경우에는 같은 법 제45조의13제1항제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 한국산업단지공단이 같은 법 제45조의13제1항제3호 및 제5호의 사업에 사용하지 않는 경우를 포함한다)에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
③ 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사를 끝내면 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사가 끝난 후에 정당한 사유 없이 3년 이내에 산업용 건축물등을 신축하거나 증축하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 산업용 건축물등의 신축이나 증축으로 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
2. 2014년 12월 31일까지 산업단지 또는 산업기술단지 안에서 신축하거나 증축한 산업용 건축물등 및 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함한다)에 대해서는 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.
▣ 구 산업입지 및 개발에 관한 법률(2015. 9. 1. 법률 제13509호로 개정되기 전의 것)

제16조(산업단지개발사업의 시행자)

① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다.
3. 해당 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자 또는 해당 산업단지개발계획에서 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자

4. 제1호부터 제3호까지에 해당하는 자가 산업단지의 개발을 목적으로 출자에 참여하여 설립한 법인으로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 법인

6. 산업단지 안의 토지의 소유자 또는 그들이 산업단지개발을 위하여 설립한 조합

② 산업단지지정권자는 사업시행자가 제17조, 제18조, 제18조의2 및 제19조에 따라 실시계획 승인을 받은 후 2년 이내에 산업단지개발사업에 착수하지 아니하거나 실시계획에 정하여진 기간 내에 산업단지개발사업을 완료하지 아니하거나 완료할 가능성이 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 다른 사업시행자를 지정하여 해당 산업단지개발사업을 시행하게 할 수 있다.
▣ 구 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령(2016. 2. 11 대통령령 제26978호로 개정되기 전의 것)

제19조(사업시행자)

② 법 제16조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
1. 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 법 제2조제9호 각 목의 시설용지를 직접 개발하고자 하는 경우

나. 산업단지를 개발하여 100분의 30 이상을 산업시설용지로 직접 사용하고, 남는 용지를 입주를 희망하는 자에게 다음의 용도로 공급하려는 경우

1) 산업시설용지

2) 법 제2조제9호나목부터 라목까지의 규정에 해당하는 시설용지

2. 산업단지개발계획에 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 「건설산업기본법」에 따라 종합공사를 시공하는 업종(토목공사업 또는 토목건축공사업으로 한정한다)등록을 한 자로서 공시된 해당 연도의 시공능력평가액이 산업단지개발계획에서 정한 연평균 사업비(보상비를 제외한다)이상인 자

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의하여 지식산업센터를 설립할 수 있는 자로서 산업단지안에서 지식산업센터의 설립에 필요한 용지를 직접 개발하고자 하는 자

③ 법 제16조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 법인"이란 법 제16조제1항제1호, 제2호 또는 이 조 제2항제2호가목에 해당하는 자의 출자비율의 합이 100분의 20이상인 법인을 말한다.
④ 법 제16조제1항의 규정에 의하여 산업단지개발사업을 시행하고자 하는 자는 다음 각호의 사항을 기재한 사업시행자지정신청서를 산업단지지정권자에게 제출하여야 한다.
1. 사업을 시행하고자 하는 자의 성명(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 대표자의 성명)·주소

2. 사업을 시행하고자 하는 산업단지의 명칭·위치 및 사업시행면적

3. 사업시행계획의 개요

가. 사업의 명칭

나. 사업의 시행목적

다. 사업의 종류 및 개요

라. 사업의 시행기간

마. 사업의 시행방법

⑤ 제4항의 규정에 의한 사업시행자지정신청서에는 다음 각호의 서류 및 도면을 첨부하여야 한다.
1. 위치도

2. 사업계획서

3. 자금조달계획서

⑥ 제2항 내지 제5항외에 사업시행자의 지정등에 관하여 필요한 사항은 국토교통부령으로 정한다.
▣ 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행규칙

제7조(사업시행자지정신청서등)

① 영 제19조제4항의 규정에 의한 사업시행자지정신청서는 별지 제6호서식에 의한다.
② 산업단지지정권자는 법 제16조의 규정에 의하여 사업시행자를 지정한 경우에는 별지 제7호서식에 의한 사업시행자지정서를 신청인에게 교부하여야 한다. 끝.

지특법상 시행자를 구 산업입지법상의 산업단지개발사업의 시행자로 정하고 있으며 여기서 시행자는 산업단지지정권자의 지정을 받을 것을 요구하므로 감면대상은 지정받은 이후 취득한 부동산에 한정된다.