법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1990.02.27 / 시행일:

【원고, 피상고인 겸 상고인】 마투베니주식회사 소송대리인 변호사 김진억 외 2인
【피고, 상고인 겸 피상고인】 소공세무서장
【원심판결】서울고등법원 1988.12.16. 선고 85구643 판결
【주 문】
 상고를 모두 기각한다.
 상고비용은 각 상고인의 부담으로 한다.

【이 유】 1. 먼저 원고의 상고이유를 본다.
납세고지에 의한 국세징수권자의 권리행사에 의하여 이미 발생한 소멸시효중단의 효력은 그 과세처분(납세고지)이 취소되었다 하여 사라지지 않는 것이므로(당원 1988.2.23. 선고 85누820 판결참조) 원심이 위와 같은 취지에서 원고가 시효소멸되었다고 주장하는 이 사건 법인세 및 방위세와 법인영업세의 징수권은 국세징수권자가 1981.7.6.자부과처분에 의하여 국세징수권을 행사하여 그 소멸시효가 증단되었고, 그후 위 부과처분이 취소되었다하여 이미 발생한 소멸시효 중단의 효력까지 소멸되는 것은 아니라고 판시한 것은 옳고 거기에 소론과 같은 소멸시효 및 소멸시효중단에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 2. 다음 피고의 상고이유를 본다.
 (1)부가가치세법시행령 부칙(1976.12.31. 대통령령 제8409호) 제6조 제3항이 모법이 위임근거도 없이 대통령령으로써 규정할 수 없는 사항을 규정한 것으로서 무효라 함이 당원의 견해이다(당원 1987.8.18. 선고 84누774 판결). 같은 취지에서 원심이 피고가 1977.4.1.부터 같은 해 6.30.까지의 과세기간에 해당하는 원고의 영업상수익에 대하여 영업세를 과세하면서부가가치세법시행령 부칙 제6조 제3항에 의거하여 1977.6.30. 현재 아직 상환기일이 도래하지아니한 이 사건 차관원리금 및 중개수수료를 과세표준으로 하여 한 이 사건 법인영업세부과처분은 위법하다고 판시한 것은 정당하고, 거기에 소론과 같은 부가가치세법의 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다.
 (2) 원심이 확정한대로원판시 차관계약서에서 착수금을 포함하여 전체의 차관공여액을 계약금액으로 명시하고 그 착수금의 지급조건 등을 정하고 있고 대주인 원고가 그 차관계약에 따라 원판시 착수금을 지급받은 것이라면, 대주인 원고가 차주인 원판시 소외 회사로부터 착수금을 지급받으므로써 생기는 소득은구 외자도입법(1983.12.31. 법률 제3691호로 개정되기 전의 것) 제24조 소정의 "차관계약과 관련하여 생기는 기타 소득"에 해당한다고 보아야 할 것이다.
같은 취지의 원심판단은 정당하고 거기에 구 외자도입법의 법리를 오해한 위법이 없다.
 (3)소득에 관한 조세의 이중과세회피 및 탈세방지를 위한 대한민국과 일본국간의 협약 제6조 제3항은 일방체약국의 거주자 또는 법인이 타방체약국에가지고 있는 항구적 시설의 상업상의 이득을 결정함에 있어서는, 경영비 및 일반관리비를 포함하는 경비로서 그 이득과 합리적으로 관련되는 경비는, 그것이 발생한 장소의 여하에 불구하고 비용으로서 공제하는 것이 허용된다고 하고,위 협약 제18조 제3항 비(b)호에 의하여 우리나라 외무부장관이 접수한 1970.3.3.자 일본측 공한 제1항 제1호에 의하면위 협약 제6조 제3항에 관하여 위 항구적 시설에 배부할 수 있는 경비항목은 판매비와 경영비 및 일반관리비의 항목 중 그 경비가 발생된 체약국의 조세법령의 규정에 따라 비용으로 공제되는 항목으로 한다고 되어 있고, 위 제1항 제2호에 의하면 위 항구적 시설에 배부할 수 있는 경비금액은 위 판매비와 경영비 및 일반관리비로서 그 항구적 시설을 가지고 있는 일방체약국의 거주자 또는 법인의 본점 또는 주사무소에 의하여 발생된 금액(그 타방체약국에 있는 자에게 판매를 한 지점을 포함한다) 또는 그 항구적 시설에 의하여 발생한 것 중 그 경비가 발생한 체약국의 조세법령의 규정에 따라 공제되도록 허용된 금액으로 한다고 되어 있는바, 위 일본측 공한 제1항 제2호의 "타방체약국에 있는 자에게 판매를 한 지점"에는 제3국에 있는 일본국법인의 해외지점도 포함한다고 해석함이 상당하다고 할 것이다.
 같은 취지의 원심판단은 정당하고 거기에 소론이 지적하는 채증법칙위배로 인한 사실오인이나 법리오해의 위법이 없다.
 (4)법인세법 제58조 제1항에 의하여 준용되는같은 법 제41조 제1항 제2호는 납세의무자가 신고하여야 할 과세표준액에 미달하게 신고한 경우에는 그 미달하는 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10 또는 100분의 30에 상당하는 금액을 법인세로서 징수하도록 규정하고같은법시행령 제113조의2에 의하면법 제41조 제1항 제2호의 적용에 있어서 신고한 과세표준금액에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 한다고 규정되어 있으나,납세의무자가 손금을 과소계상하여 소득금액을 신고한 경우까지 위 시행령이 규정하는 신고한 과세표준금액에 과세표준금액이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에 해당하는 것으로 보아 신고한 과세표준금액으로부터 계상되지 않은 손금상당액을 공제한 나머지 금액만을 신고한 과세표준금액으로 삼아 위 법 규정에 의한 가산세를 산출하여야 한다고 해석할 수는 없는 것이다.
 원심이 같은 취지에서 원고 회사가 손금에 해당하는 본점경비배부액, 한국지점경비배부액, 한국지점영업세배부액, 본점배부소득금액 등을 과소계상함에따라 신고과세표준금액이 증액된데 대하여 그 과소계상 상당액을 신고과세표준금액에서 공제하여 이를 기초로 과소신고과세표준액을 산출하여서 한 이 사건 가산세 부과부분은 위법하다고 판시한 것은 옳고 거기에 소론과 같은법인세법시행령 제113조의2의 법리를 오해한 위법이 없다. 논지는 모두 이유없다.
 3. 그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자 각자의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 배만운(재판장) 김덕주 윤관 안우만

가. 과세처분의 취소와 그 납세고지에 의하여 발생한 소멸시효중단의 효력
나.부가가치세법시행령 부칙(1976.12.31.대통령령 제8409호) 제6조 제3항 규정의 효력 유무(소극)
다. 차관계약에 따라 대주가 받은 착수금을구 외자도입법(1983.12.31. 법률 제3691호로 개정되기 전의 것) 제24조 소정의 "차관계약과 관련하여 생기는 기타 소득"에 해당한다고 본 사례
라. 제3국에 있는 일본법인의 해외지점에서 발생된 경비를 그 법인의 한국지점이 가진 항구적 시설의 상업상 이득에서 공제할 수 있는지 여부(적극)
마. 납세의무자가 손금을 과소계상한 경우 법인세법상의 가산세를 산출함에 있어서 신고한 과세표준금액으로부터 계상하지 않은 손금상당액을 공제한 금액을 신고한 과세표준금액으로 볼 것인지 여부(소극)

가. 납세고지에 의한 국세징수권자의 권리행사에 의하여 이미 발생한 소멸시효중단의 효력은 그 과세처분(납세고지)이 취소되었다하여 사라지지 않는 것이다.
나.부가가치세법시행령 부칙(1976.12.31.대통령령 제8409호) 제6조 제3항은 모법의 위임근거도 없이 대통령령으로써 규정할 수 없는 사항을 규정한 것으로서 무효이다.
다. 차관계약에서 착수금을 포함한 전체의 차관공여액을 계약금액으로 명시하여 그 착수금의 지급조건 등을 정하고 있고 대주가 그 차관계약에 따라 위 착수금을 지급받은 것이라면, 대주가 차주로부터 착수금을 지급받음으로써 생기는 소득은구 외자도입법(1983.12.31.법률 제3691호로 개정되기 전의 것) 제24조 소정의 "차관계약과 관련하여 생기는 기타 소득"에 해당한다고 보아야 할 것이다.
라.소득에관한조세의이중과세회피및탈세방지를위한대한민국과일본국간의협약 제6조 제3항 및 위 협약에 의하여 우리나라 외무부장관이 접수한 1970.3.3.자 일본측 공한 제1항 제2호에 의하면 일본국법인이 대한민국에 가지고있는 항구적 시설의 상업상의 이득을 결정함에 있어서 그 이득과 합리적으로 관련되는 경비 중 타방체약국(대한민국)에 있는 자에게 판매를 한 지점에 의하여 발생된 금액은 그 경비가 발생한 체약국의 조세법령의 규정에 따라 공제되도록 허용하고 있는 바, 위 일본측 공한 제1항 제2호의 "타방체약국에 있는 자에게 판매를 한 지점"도 포함한다고 해석함이 상당하다.
마. 납세의무자가 손금을 과소계상하여 소득금액을 신고한 경우까지법인세법시행령 제113조의2가 규정하는 "신고한 과세표준금액에 과세표준금액이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우"에 해당하는 것으로 보아 신고한 과세표준금액으로부터 계상되지 않은 손금상당액을 공제한 나머지 금액만을 신고한 과세표준금액으로 삼아법인세법 제41조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산세를 산출하여야 한다고 해석할 수는 없다.