종합소득세경정거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2019.04.18 / 시행일:

【원 고】 원고 1 외 1인 (소송대리인 법무법인 월드 담당변호사 이제식)
【피 고】 성북세무서장 외 1인 (소송대리인 변호사 권용)
【변론종결】2019. 3. 7.
【주 문】
 1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 

【청구취지】 피고 성북세무서장이 2017. 12. 22. 원고 1에 대하여 한 2016년 귀속 종합소득세 129,869,312원의 경정거부처분을 취소하고, 피고 구로세무서장이 2017. 12. 21. 원고 2에 대하여 한 2016년 귀속 종합소득세 129,663,291원의 경정거부처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고들은 1989. 1. 4.경부터 서울 금천구 (주소 생략)에서 실물설명용 모형을 제조하는 ‘○○○○’을 공동으로 운영하다가, 2017년 말경 ○○○○을 주식회사 형태로 전환하였다.
 나. ○○○○의 2015년, 2016년의 각 매출액과 상시 사용하는 종업원 수는 다음과 같다. 
?2015년2016년비고매출액7,379,508,500원12,645,612,350원그 밖의 제품 제조업평균 종업원 수71명63명
 다. 원고 1은 2017. 6. 30.경, 원고 2는 2017. 5. 31.경 각각 2016년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다. 그 후 원고들은 원고들의 2016년 귀속 종합소득세와 관련하여 ○○○○이 제조업을 경영하는 소기업에 해당하므로 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되어 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제1호 (마)목, 제2호 (나)목에 따라 위 소득세에 20%를 곱하여 계산한 세액상당액을 감면하여야 한다고 주장하면서, 원고 1은 2017. 11. 8. 피고 성북세무서장에게 129,869,312원의 경정청구를, 원고 2는 2017. 11. 15. 피고 구로세무서장에게 129,663,291원의 경정청구를 하였으나, 피고 성북세무서장은 2017. 12. 22., 피고 구로세무서장은 2017. 12. 21. ○○○○이 소기업에 해당하지 아니하여 원고들에게 중소기업에 대한 특별세액감면규정을 적용할 수 없다는 이유로 위 경정청구를 모두 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 라. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2018. 3. 20. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 6. 21. 이를 기각하였다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
가. 원고들의 주장
 원고들이 운영하는 ○○○○은 구 조세특례제한법의 시행일인 2016. 1. 1. 현재 상시 사용하는 종업원 수가 100명 미만이고, 매출액이 100억 원 미만이어서 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제5항에서 규정하는 소기업의 요건을 모두 충족한 이상, 그 후 매출액의 증가에도 불구하고 구 조세특례제한법 시행령 부칙(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호) 제22조에 따라 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 간주되므로, 중소기업 특별세액감면 대상에 해당한다. 따라서 원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
다. 판단
 1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것이나, 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위 내에서 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 및 사회통념에 따른 목적론적 해석까지 허용되지 않는 것은 아니다. 
 2) 구 조세특례제한법 제7조 제1항 본문은 중소기업 중 제조업 등을 경영하는 기업에 대해서는 2017. 12. 31. 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세에 일정한 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다고 규정하면서, 제2호 (나)목에서 대통령령으로 정하는 소기업이 수도권에서 도매 및 소매업, 의료업을 제외한 업종을 경영하는 사업장에 대하여 감면 비율을 100분의 20으로 정하고 있다. 그 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항은 ‘대통령령으로 정하는 소기업’이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 일정 요건을 충족하는 기업을 말하되, 매출액이 100억 원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다고 하면서, 제1호에서 “제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것”이라고 규정하고 있었는데(이하 ‘종전규정’이라 한다), 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되면서 ‘상시 사용하는 종업원 수’에 관한 요건을 삭제하고 ‘대통령령으로 정하는 소기업’이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 [별표 3]을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말하는 것으로 변경되었으며(이하 ‘개정규정’이라 한다), 위 부칙 제22조(이하 ’이 사건 부칙조항‘이라 한다)는 소기업의 범위에 관한 경과조치로 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다”고 규정하고 있다. 그리고 구 중소기업기본법 시행령(2017. 10. 17. 대통령령 제28378호로 개정되기 전의 것) [별표 3] 제27호는 소기업은 중소기업 중 해당 기업이 영위하는 주된 업종이 ’그 밖의 제품 제조업‘인 경우 매출액이 80억 원 이하인 기업으로 한다고 규정하고 있다. 
 3) 다음과 같은 구 조세특례제한법 시행령의 개정 경과, 이 사건 부칙조항의 입법 취지와 목적, 법질서 전체와의 조화 등을 고려하여 볼 때, 2015 과세연도에 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 2016 과세연도에 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 모두가 이 사건 부칙조항의 적용대상이 되는 것은 아니라 할 것인바, 그러한 경우 중에서 종전규정에 따라 2016 과세연도에도 여전히 소기업에 해당하는 경우만이 이 사건 부칙조항의 적용대상에 포함되고, 2016 과세연도에 개정규정뿐 아니라 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 않는 경우에는 이 사건 부칙조항의 적용대상에 포함되지 아니한다 할 것이다. 
 ① 경과조치란 법령을 제정하거나 개폐하는 경우에 구법질서 하에서 또는 법령이 전혀 없는 상태에서 유지되던 종전의 지위나 이익을 보호하고, 예측가능성과 법적 안정성의 훼손을 방지하며, 종전의 지위가 급격하게 변동되지 않도록 배려하는 등의 방법으로 법질서의 변천을 원활하게 하기 위한 입법적 조치를 말한다.
 표제가 ‘소기업의 범위에 관한 경과조치‘인 이 사건 부칙조항 역시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 ‘위 시행령의 개정으로 인하여‘ 개정규정에서 새로이 정한 소기업의 요건에 해당하지 아니하게 된 경우에 개정규정에도 불구하고 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위하여 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 간주한다는 데에 그 취지가 있다. 기획재정부가 2016. 6.경 발간한 ‘2015 간추린 개정세법’에도, 개정규정의 경과조치에 대하여 종전규정에 따라 소기업에 해당했던 기업이 ‘동 개정에 따라’ 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 소기업 유예기간을 적용한다고 설명하고 있다.
 ② 그런데 원고들과 같이 2016 과세연도에 매출액이 증가하여 개정규정은 물론 종전규정에 따르더라도 소기업의 요건에 해당하지 아니하게 된 기업은, 위 시행령의 개정으로 인하여 소기업 해당 여부가 달라진 것이 아니어서 경과조치를 통하여 보호하고자 하는 기득권이나 신뢰가 없다 할 것이므로, 이 사건 부칙조항의 적용대상에 해당한다고 볼 수 없다(원고들의 주장에 따르면, 2015 과세연도에 소기업의 요건을 충족한 기업은 향후 매출액이 증가하여 그 규모가 커지더라도 아무런 조건 없이 이 사건 부칙조항에 따라 2019 과세연도까지 세액감면을 받게 되는바, 이러한 해석은 소기업의 범위에 관하여 경과조치를 둔 입법 취지에 명백히 반한다). 
 ③ 결국 이 사건 부칙조항은, 위 시행령이 개정된 2016. 2. 5.이 속하는 2016 과세연도에 만약 위 시행령이 개정되지 아니하였다면 종전규정에 따라 계속 소기업에 해당하여 세액감면을 받을 수 있었는데 위 시행령의 개정으로 인하여 더 이상 소기업의 요건에 해당하지 아니하게 된 기업을 그 적용대상으로 한다고 봄이 타당하다. 
 4) 앞서 본 바와 같이 원고들이 운영하는 ○○○○은 2015 과세연도에 매출액이 7,379,508,500원, 상시 사용하는 종업원 수가 71명이어서 종전규정에 따라 소기업에 해당되었으나, 2016 과세연도에 매출액이 12,645,612,350원으로 증가하여 개정규정은 물론 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 아니하게 되었는바, 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, ○○○○은 이 사건 부칙조항의 적용대상에 포함되지 아니하여 중소기업 특별세액감면을 받을 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 위 주장은 이유 없다. 
3. 결론
 그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 박양준(재판장) 박종환 추진석