수정신고서및과오납부세액환부청구반려처분취소등 (세무, 대법원)
공포일: 2015.10.29 / 시행일:

【원고, 상고인】 사직주공아파트 재건축조합
【피고, 피상고인】 부산광역시 외 1인 (소송대리인 변호사 한기춘)
【원심판결】 부산고법 2009. 12. 23. 선고 2009누2382 판결
【주 문】
 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 부산고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, ① 주택재건축조합인 원고가 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 추가로 매입한 24,187.8㎡의 토지에 아파트 2,947세대(조합원분 2,230세대, 일반분양분 717세대) 및 상가 142세대(조합원분 41세대, 일반분양분 101세대)를 신축하여 2006. 12. 7.경 준공인가를 받고, 2007. 1. 26.경 일반분양분 아파트 및 상가에 관하여 대지권등기를 거쳐 원고 앞으로 소유권보존등기를 마친 다음 수분양자들에게 소유권이전등기를 해 준 사실, ② 원고가 시행한 주택재건축사업의 전체 사업용 토지 133,243㎡ 중 아파트 및 상가의 대지면적은 117,006㎡이며, 그중 일반분양분에 해당하는 대지면적은 30,773.68㎡인 사실, ③ 원고는 제3자로부터 24,187.8㎡의 토지를 매입할 당시 취득세와 농어촌특별세를 신고납부하였는데, 제1심 공동피고 부산광역시 동래구청장(이하 ‘동래구청장’이라고만 한다) 소속 공무원이 일반분양분 토지에 관하여 원고 명의로 대지권등기가 마쳐짐으로써 원고에게 새로운 취득이 있었음을 이유로 취득세 및 농어촌특별세의 신고납부를 하도록 안내하였고, 이에 원고는 2006. 12. 20. 일반분양분 토지 30,773.68㎡에 관하여 취득세 535,462,030원, 농어촌특별세 53,546,200원을 신고한 다음 2007. 1. 8. 이를 모두 신고납부한 사실, ④ 원고는 이에 관하여 불복을 하지 않고 있다가, 2008. 2. 14. ‘조합원으로부터 신탁에 의하여 취득한 토지 중 일반분양분 토지는 취득세 과세대상이 되지 않는다’는 취지의 대법원판결이 선고되자, 2008. 4. 14. 동래구청장에게 취득세와 농어촌특별세의 산출세액을 각 0원으로 수정한 수정신고 및 과오납세액환부청구를 하였으나, 2008. 4. 22. 동래구청장은 원고가 주장하는 사유는 지방세법에 정하여진 수정신고사유에 해당하지 않는다는 이유로 그 수정신고를 반려한 사실 등을 인정하였다.
 원심은 이러한 사실관계를 토대로, 일반분양분 토지 중 조합원으로부터 신탁받은 토지에 상응하는 부분에 관한 취득세와 농어촌특별세의 신고행위는 그 납세의무에 관하여 대법원 2008. 2. 14. 선고 2006두9320 판결 등이 선고될 때까지 법규의 해석 및 적용에 관하여 다툼의 여지가 있었으므로 신고의 하자가 중대·명백하다고 볼 수 없으나, 일반분양분 토지 중 제3자로부터 매입한 토지에 상응하는 부분에 관한 취득세와 농어촌특별세의 신고행위는 원고가 이미 취득세와 농어촌특별세를 납부하였기 때문에 추가적인 납세의무가 없었음에도 불구하고 잘못된 행정지도로 인하여 다시 취득세와 농어촌특별세를 신고하였고 이와 같은 이중납세 신고는 그 하자가 중대·명백하여 당연무효에 해당하므로 피고들은 원고에게 일반분양분 토지 중 원고가 제3자로부터 매입한 토지에 상응하는 부분에 관한 취득세와 농어촌특별세를 부당이득으로서 반환할 의무가 있다고 전제한 다음, 전체 사업용 토지 133,243㎡에는 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 포함되어 있는데, 위 각 토지는 일단의 토지를 구성한 후 재건축사업이 추진되었고, 이후 아파트 및 상가 부분, 도로 및 학교용지 등으로 구획정리가 되었을 뿐만 아니라 아파트 및 상가의 대지 전체가 1필지의 토지로 환지된 점, 원고가 제3자로부터 매입한 토지는 전체 사업용 토지의 여러 군데에 흩어져 있었으며 1필지의 토지 위에 건립된 아파트 및 상가는 조합원용과 일반분양분이 별도로 건축되어 있는 것도 아닌 점 등에 비추어, 이중납세 신고에 해당하는 부분의 면적은 일반분양분 토지 30,773.68㎡에 관하여 아파트 및 상가의 대지 면적 117,006㎡ 가운데 원고가 제3자로부터 매입한 토지 면적 24,187.8㎡가 차지하는 비율로 안분된 면적인 약 6,360.9㎡(≒ 30,773.68㎡ × 24,187.8㎡/117,006㎡)로 봄이 상당하다고 판단하였다.
 2. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.
 가. 구 지방세법(2008. 12. 31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제10항은 “주택법 제32조의 규정에 의한 주택조합과 도시 및 주거환경정비법 제16조 제2항의 규정에 의한 주택재건축조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대·복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다.”고 규정함으로써 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지가 아파트와 상가 등을 신축하는 사업의 완료 이후에 우선적으로 조합원에게 귀속하는 것으로 정하고 있다. 또한 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지 외에 제3자로부터 추가로 토지를 매입하는 주된 이유는 조합원에게 귀속될 토지가 부족한 한도 내에서 조합원용 토지로 사용하기 위한 것이므로 조합원 외의 자에게 귀속될 토지는 우선하여 제3자로부터 매입한 토지로 구성된다고 보는 것이 신탁의 본지나 당사자들의 의사에도 부합한다. 나아가 2008. 12. 31. 법률 제9302호로 개정된 지방세법은 제105조 제10항 단서와 제110조 제1호 단서에서 ‘주택조합 등의 비조합원용 부동산 취득’을 취득세 과세대상으로 신설함으로써 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 부동산 중 조합원 외의 자에게 귀속되는 비조합원용 부동산이 새로이 취득세 과세대상으로 추가되었는데(대법원 2013. 1. 10. 선고 2011두532 판결 참조), 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지를 우선적으로 취득세 비과세대상인 조합원용 토지로 사용할 수 있음에도 조합원으로부터 신탁받은 토지를 우선적으로 조합원 외의 자에게 귀속되는 토지로 사용한다든가 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 비례적으로 조합원 외의 자에게 귀속되는 토지로 사용한다고 보는 것은 납세의무자가 여러 가지 선택 가능성이 있는 행위 중에서 세무상 더 불이익한 행위를 우선하여 행한 것으로 의제하는 것이어서 합리적이지 아니하다.
 따라서 구 지방세법 제105조 제10항에서 정한 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 그 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 그 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이겠으나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 주택조합 등이 제3자로부터 매입한 토지의 면적으로 우선하여 산정하여야 할 것이다.
 나. 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 일반분양분 토지 30,773.68㎡ 중 제3자로부터 매입한 토지에 상응하는 부분, 즉 이중납세 신고에 해당하는 부분의 면적은 원고가 제3자로부터 매입한 토지 면적 24,187.8㎡ 전부가 이에 우선하여 해당하는 것으로 보아 산정하여야 한다.
 그런데도 원심은 이와 달리 일반분양분 토지 중 제3자로부터 매입한 토지에 상응하는 부분의 면적을 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지의 면적비율에 따라 안분하여 산정하여야 한다고 보았으니, 이러한 원심의 판단에는 일반분양분 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 부분의 산정 방법에 관한 법리를 오해한 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 그러므로 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박상옥(재판장) 이상훈 김창석(주심) 조희대

구 지방세법 제105조 제10항에서 정한 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 조합원에게 귀속되지 않는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적의 산정 방법

구 지방세법(2008. 12. 31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것) 제105조 제10항에서 정한 주택조합 등이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우, 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이겠으나, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면, 특별한 사정이 없는 한 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 주택조합 등이 제3자로부터 매입한 토지의 면적으로 우선하여 산정하여야 한다.