부가가치세부과처분등취소청구[실제 거래의 주체가 아닌 제3자 명의로 세금계산서를 발급·수취한 경우 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부가 문제된 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2025.05.29 / 시행일:

【원고, 피상고인 겸 상고인】 ○○○ 주식회사 외 3인 (소송대리인 변호사 정병문 외 3인)
【피고, 상고인 겸 피상고인】 성북세무서장 외 1인 (소송대리인 법무법인 무영 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2023. 4. 4. 선고 2021누33601 판결
【주 문】
 원심판결의 피고 원주세무서장 패소 부분 중 원고 △△△ 주식회사에 대한 2013년 2기부터 2017년 2기까지의 각 부가가치세 및 2011년 1기부터 2017년 2기까지의 각 세금계산서미발급가산세 부과처분 부분, 원심판결 별지2 표2 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분, 별지2 표3 기재 각 부가가치세 가산세 부과처분 부분, 원고 주식회사 □□□에 대한 2014년 1기부터 2017년 2기까지의 각 부가가치세 및 2011년 1기부터 2017년 2기까지의 각 세금계산서미발급가산세 부과처분 부분, 원심판결 별지3 표2 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분, 원고 ◇◇◇ 주식회사에 대한 원심판결 별지4 표 기재 각 가산세 부과처분 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고들의 상고와 피고 성북세무서장의 상고를 모두 기각한다. 상고비용 중 원고 ○○○ 주식회사의 상고로 인한 부분은 위 원고가, 피고 성북세무서장의 상고로 인한 부분은 위 피고가 각 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 가. 원고 △△△ 주식회사(변경 전 상호: ☆☆☆ 주식회사, 이하 ‘원고 2 회사’라 한다)와 원고 주식회사 □□□(변경 전 상호: 주식회사 ▽▽▽, 이하 ‘원고 3 회사’라 하고, 원고 2 회사와 통틀어 ‘원고 모회사들’이라 한다)은 ◎◎실업, ◁◁포장 등 거래처들(이하 ‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 라면스프와 포장박스 등을 공급받아 라면 완제품 생산업체인 원고 ○○○ 주식회사(이하 ‘원고 1 회사’라 한다)에 공급해 왔다. 원고 2 회사는 원고 1 회사의 지분 33.26%를 보유하고 있고, 원고 1 회사는 원고 3 회사의 지분 79.87%를 보유하고 있으며, 이들 회사들은 기업집단인 ▷▷▷ 그룹에 속해 있다.
 나. ▷▷▷ 그룹의 회장인 소외 1과 그 배우자인 소외 2(이하 ‘소외 1 등’이라 한다)는 원고 1 회사의 대표이사 등으로 경영에 관여하면서, 2007년경 원고 모회사들 소속 직원들로 하여금, 원고 모회사들이 원고 1 회사에 공급하는 물품들 중 일부를 이른바 ‘페이퍼컴퍼니’인 주식회사 ♤♤♤(이하 ‘소외 3 회사’라 한다)와 원고 ◇◇◇ 주식회사(이하 ‘원고 4 회사’라 하고, 소외 3 회사와 통틀어 ‘이 사건 각 자회사’라 한다)가 공급하는 것처럼 서류를 조작하여, 원래는 원고 모회사들이 원고 1 회사로부터 지급받아야 하는 공급대금을 이 사건 각 자회사의 계좌로 받아 사용하기로 공모한 후, 이 사건 각 자회사 명의 계좌로 지급된 공급대금 중 상당액을 각 임의 사용하는 방법으로 업무상 횡령을 하였다. 한편 원고 2 회사는 2017. 9. 1. 소외 3 회사를 흡수합병하였다.
 다. 소외 1 등은 2019. 1. 25. 위 횡령 범행에 관하여 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」위반(횡령)죄로 징역 3년(소외 1) 및 징역 2년에 집행유예 3년(소외 2) 등의 판결을 선고받았고(서울북부지방법원 2018고합141), 그 판결은 항소 및 상고가 모두 기각되어 그대로 확정되었다. 
 라. 서울지방국세청장은 원고들에 대한 세무조사를 실시한 결과, 2011년부터 2017년까지, 원고 1 회사가 원고 2 회사로부터 라면스프 원료를 공급받았음에도 소외 3 회사 명의로 발급된 세금계산서(계산서 포함)를, 원고 3 회사로부터 포장박스를 공급받았음에도 원고 4 회사 명의로 발급된 세금계산서(이하 원고 1 회사가 위와 같이 발급받은 각 세금계산서를 ‘이 사건 ① 세금계산서’라 한다)를 각 수수하고, 그 전 거래 단계에서, 원고 모회사들이 이 사건 각 거래처로부터 라면스프 원료와 포장박스를 공급받았음에도 마치 위 물품을 이 사건 각 자회사가 이 사건 각 거래처로부터 공급받은 것처럼 ‘공급받는 자’가 이 사건 각 자회사로 기재된 각 세금계산서(이하 ‘이 사건 ② 세금계산서’라 하고, 이 사건 ① 세금계산서와 통틀어 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 수수한 사실을 확인한 뒤, 그에 관한 과세자료를 원고들의 관할세무서장인 피고들에게 통보하였다. 
 마. 피고 성북세무서장은, 원고 1 회사가 이 사건 각 자회사로부터 수취한 이 사건 ① 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하여, 2019. 1. 21.부터 2019. 4. 1.까지 사이에 원고 1 회사에 대하여 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서위장수취가산세 등으로 2011년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 4,744,080,540원을 증액경정·고지하였다. 
 바. 피고 원주세무서장은, 이 사건 각 자회사의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 원고 모회사들이 부담하여야 한다는 전제에서, 이 사건 ① 세금계산서와 관련된 매출세액을 원고 모회사들의 매출세액에 가산하는 한편, 이 사건 ② 세금계산서의 매입세액을 공제하지 않기로 하고, 이 사건 각 자회사가 당초 법인세 신고 시 신고하였던 소득금액을 원고 모회사들의 익금에 산입하기로 하였다. 피고 원주세무서장은 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서미발급가산세 및 법인세 본세와 일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세, 지출증빙미(허위)수취가산세, 계산서미발급가산세 등으로 2019. 1. 18.부터 2019. 4. 1.까지 사이에 원고 2 회사에 대하여는 2011년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 2,453,968,160원과 2011사업연도부터 2017사업연도까지의 법인세(가산세 포함) 합계 2,689,152,010원을, 원고 3 회사에 대하여는 2011년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 923,256,120원과 2008사업연도부터 2017사업연도까지의 법인세(가산세 포함) 합계 1,407,351,940원을 각 증액경정·고지하였다.
 사. 피고 원주세무서장은 또한, 이 사건 각 자회사가 발급 또는 수취한 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 세금계산서가공발급·수취가산세를 부과하기로 하고, 그 산출세액에서 이 사건 각 자회사가 이미 납부한 부가가치세액을 자진납부세액으로 차감하여, 2019. 1. 18.과 2019. 4. 1. 2011년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세 가산세로 소외 3 회사의 합병법인인 원고 2 회사에 대하여는 합계 587,736,620원을, 원고 4 회사에 대하여는 합계 240,537,760원을 각 증액경정·고지하였다. 위 세금계산서가공발급·수취가산세에는 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사 사이에 재화 또는 용역(이하 ‘재화 등’이라 한다)의 공급 없이 가공으로 발급·수취한 세금계산서(이하 위 세금계산서가 가장한 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사 사이의 거래를 ‘이 사건 내부거래’라 한다)에 대하여 부과한 가산세가 포함되어 있다.
 2. 피고 성북세무서장의 상고에 대하여
 피고 성북세무서장은 상고하였으나, 상고장이나 상고이유서에 구체적인 불복이유 기재가 없다.
 3. 피고 원주세무서장의 상고이유에 대하여
 가. 원고 모회사들에 대한 각 부가가치세 본세, 각 세금계산서미발급가산세 및 법인세 관련 각 지출증빙미(허위)수취가산세, 계산서미발급가산세, 원고 2 회사 및 원고 4 회사에 대한 각 세금계산서가공발급·수취가산세(이 사건 내부거래 외 부분)에 관한 법리오해(제1, 2 상고이유)
 1) 관련 규정 및 법리
전 단계 세액공제법을 채택하고 있는 부가가치세법 아래에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 하므로, 사업자등록과 함께 부가가치세 제도를 효과적으로 시행하기 위한 필수적인 요소이다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결, 헌법재판소 2015. 11. 26. 선고 2014헌바267 전원재판부 결정 등 참조). 이러한 취지를 반영하여 부가가치세법령에서는 세금계산서의 필수적 기재사항을 정하는 한편, 이러한 필수적 기재사항이 세금계산서에서 누락되거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없도록 규정하고 있다. 구체적으로 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 제1항은 세금계산서의 기재사항으로 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(제1호)’, ‘공급받는 자의 등록번호(제2호)’를 들고 있고, 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다. 다만 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 단서 및 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제75조 제2호는, 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는, 해당 매입세액은 매출세액에서 공제하도록 정하고 있다. 그리고 여기에서 ‘사실과 다르다’는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이, 재화 등에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등 형식적인 기재내용에도 불구하고, 그 재화 등을 실제로 공급하거나 공급받는 주체나 가액, 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).
재화 등을 공급하거나 공급받은 자가 제3자의 위임 아래 제3자의 사업자등록을 이용하여 실제 거래를 하면서 제3자 명의로 된 세금계산서를 발급·수취한 경우, 이때의 사업자는 거래상대방과 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 제3자가 아니라 실제로 재화 등을 공급하거나 공급받는 거래행위를 한 자로 보아야 한다. 그렇지만 그 세금계산서는 실제 거래행위자의 거래행위가 아닌 제3자의 거래행위를 나타내기 위해 제3자에 의해 발급·수취된 것일 뿐이므로, 재화 등을 실제 공급하거나 공급받은 자에 의해 발급·수취된 것으로 볼 수 없다(대법원 2012. 5. 10. 선고 2010도13433 판결, 대법원 2025. 2. 27. 선고 2021도7108 판결 등 참조). 이러한 경우 제3자 명의로 된 세금계산서는, 실제 거래를 한 사업자와 세금계산서상의 명의자가 다르므로, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에서 규정하는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우에 해당한다. 따라서 실제 거래를 한 사업자로부터 재화 등을 공급받은 거래상대방이 제3자 명의로 된 세금계산서가 명의위장된 것임을 몰랐다는 특별한 사정이 없는 한 해당 매입세액은 공제 또는 환급받을 수 없다(대법원 1997. 3. 28. 선고 96다48930, 48947 판결, 대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 등 참조). 이 경우에는 앞서 본 바와 같이 세금계산서를 발급·수취한 명의자는 세금계산서에 기재된 재화 등을 실제 공급하거나 공급받은 것이 아니므로, 결과적으로 재화 등의 공급 없이 가공으로 세금계산서를 발급·수취한 것에 해당한다.
 반면, 재화 등을 공급하거나 공급받은 자가 실제로는 자신이 직접 사업체를 운영하면서 형식적으로 사업자등록 명의만을 제3자로 한 경우에는, 그 명의자인 제3자가 아니라 실제로 사업체를 운영하면서 재화 등을 공급하는 거래행위를 한 자가 사업자가 되는 것은 물론이고, 자신의 거래행위를 나타내는 세금계산서를 발급·수취하여야 할 주체에 해당한다고 보아야 한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014도14990 판결 등 참조). 따라서 형식적으로 제3자 명의로 사업자등록이 된 사업체를 운영하여 재화 등을 공급하거나 공급받는 자가, 비록 제3자 명의로 된 세금계산서를 수수하였다고 하더라도, 실제로 그 세금계산서에 기재된 수량의 재화 등이 그 기재된 가격대로 공급되었다면, 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 나아가 위와 같은 경우, 재화 등을 실제 공급하거나 공급받는 자가 그 세금계산서에 기재된 수량의 재화 등을 그 기재된 가격으로 실제 공급하거나 공급받은 이상, 재화 등의 공급 없이 가공으로 세금계산서를 발급·수취하였다고 볼 수 없다.
 앞서 본 세금계산서 제도의 취지, 관련 법령의 내용과 세금계산서의 기능 등에 비추어 보면, 세금계산서의 기재가 제3자 명의로 되어 있음에도 불구하고, 예외적으로 명의자인 제3자가 아니라 실제로 사업체를 운영하면서 재화 등을 공급하거나 공급받는 거래행위를 한 자를 세금계산서를 발급·수취하는 주체로 인정할 것인지는, ‘제3자’ 명의의 세금계산서를 통한 거래가 부가가치세, 소득세, 법인세의 세원 포착 관련 과세행정에 곤란을 야기한 정도와 세금탈루의 가능성 등을 기준으로 판단하되, 명의자인 ‘제3자’와 ‘실제 사업체를 운영하는 자’의 경력, 지위 및 관계, 해당 사업장에 제3자 명의의 사업자등록을 하거나 이용하게 된 동기나 목적, 경위 및 시기, 해당 사업장에서 제3자 명의로 운영하는 사업의 구체적인 내용, 그 형태나 거래 방식, 해당 사업장 내 수익이나 비용 등의 관리 및 자금 운영 방식, 세금계산서 발급·수취 등에 명의자인 ‘제3자’가 관여한 정도와 그와 같은 발급·수취 등을 통해 ‘제3자’가 얻은 이익의 유무 등과 같은 사정들을 종합적으로 고려하여 신중하게 판단하여야 한다. 부가가치세법에 따른 세금계산서와 매출·매입처별세금계산서합계표뿐만 아니라 이와 유사한 기능을 수행하는 소득세법과 법인세법에 따른 계산서, 매출·매입처별계산서합계표 등에 있어서도 마찬가지이다(대법원 2025. 2. 27. 선고 2021도7108 판결 등 참조). 
 2) 원심의 판단
 원심은 판시와 같은 이유로, 원고 모회사들이, 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 않는 이 사건 각 자회사의 명의를 빌려 그 명의로 사업자등록을 하되, 그 등록된 사업을 온전히 자신의 계산과 책임으로 영위하면서 부가가치세를 신고·납부해 온 것으로 평가할 수 있다고 전제한 다음, 원고 모회사들이 이 사건 각 거래처로부터 물품을 실제 공급받았음에도 마치 이 사건 각 자회사가 이 사건 각 거래처로부터 물품을 공급받은 것처럼 되어 있는 이 사건 ② 세금계산서와 관련하여, 위 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자’의 등록번호는 해당 물품을 실제 공급받은 원고 모회사들의 등록번호를 나타내는 것으로 보아야 하므로 이 사건 ② 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니고, 따라서 그 매입세액은 원고 모회사들의 매출세액에서 그대로 공제될 수 있음은 물론, 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제5항이 정한 지출증빙미(허위)수취가산세의 부과요건이 구비되었다고 볼 수 없다고 판단하였다. 나아가 원심은, 원고 1 회사가 원고 모회사들로부터 물품을 실제 공급받았음에도 이 사건 각 자회사로부터 공급받은 것처럼 되어 있는 이 사건 ① 세금계산서와 관련해서도, 원고 모회사들이 원고 1 회사에 물품을 공급할 무렵 이 사건 각 자회사를 ‘공급하는 자’로 기재한 세금계산서를 발급한 이상, 원고 1 회사에 재화를 공급하고도 부가가치세 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 것으로 볼 수 없으므로 세금계산서미발급가산세를 부과할 수 없고, 마찬가지로 원고 2 회사가 소외 3 회사 명의로 계산서를 발급하였으므로 구 법인세법상 계산서미발급가산세의 부과요건 역시 충족되었다고 볼 수 없으며, 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 원고 2 회사(합병 전 소외 3 회사) 및 원고 4 회사에 대한 각 세금계산서가공발급·수취가산세도 이 사건 내부거래를 제외한 나머지 부분에 관하여는 구 부가가치세법 제60조 제3항 제1호, 제2호의 가산세 부과사유를 인정할 수 없다고 판단하였다.
 3) 대법원의 판단
 가) 원심판결 이유 및 기록에 의하면, 다음과 같은 사정을 알 수 있다.
 (1) 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사는 그 설립이나 사업자등록이 시기를 달리하여 별도로 이루어졌다. 사업자등록 단계에서 원고 모회사들이 이 사건 각 자회사의 명의만을 빌려 자신들의 사업장에 대한 사업자등록을 한 것으로 보이지 않는다. 오히려 원고 모회사들은 이 사건 각 자회사를 인수한 이후 매출의 외형을 이 사건 각 자회사 앞으로 이전하는 과정에서, 기존에 이미 신청·등록이 마쳐진 이 사건 각 자회사의 사업자등록을 이용하였던 것으로 보인다.
 (2) 원고 모회사들이 이 사건 각 자회사의 사업자등록을 이용할 당시, 원고 모회사들 명의의 기존 사업자등록은 해당 사업장을 실제로 운영하고 있는 원고 모회사들의 사업자등록으로서 기능하고 있었다. 이에 따라 과세당국 입장에서는 해당 사업장에 대하여 이 사건 각 자회사 명의로 마쳐진 사업자등록의 실질적인 귀속자가 원고 모회사들인지, 아니면 이 사건 각 자회사인지 혼동을 일으킬 가능성이 높았을 것으로 보인다.
 (3) 이 사건 각 자회사는 소외 1에 의해 개인적으로 설립 또는 그 다수 지분이 양수되었다가, 원고 모회사들에 의해 그 지분의 전부 또는 다수 지분이 인수되어 그 자회사로 된 것으로 보인다. 이후 이 사건 각 자회사 명의로 수행된 사업은 원고 모회사들이 기존에 수행하던 방식으로 이루어졌고, 이 사건 각 자회사가 그 외에 새로운 사업을 수행하거나 독자적으로 사업을 진행하였다는 사정은 찾을 수 없다. 이 사건 각 자회사는 명의가 이전된 거래로 인한 수익만 거둘 뿐 그에 대한 비용을 지출한 흔적은 거의 보이지 않고, 지출금액의 대부분은 대표이사 등의 횡령 자금으로 지급된 것으로 보인다. 위와 같은 이 사건 각 자회사의 설립 및 인수 경위, 사업자등록의 이용 양태, 사업의 내용 및 운영 방식, 수익이나 비용 등의 관리 및 지출 용도 등에 비추어 보면, 소외 1이 운영한 원고 모회사들은 이 사건 각 자회사의 사업자등록 명의만을 빌려 실제 사업을 하려고 하였던 것이 아니라, 단지 대표이사 등의 자금 횡령을 목적으로, 이 사건 각 자회사 명의의 기존 사업자등록을 이용하여, 원고 모회사들의 매출의 외형을 이 사건 각 자회사로 이전시키면서 이 사건 각 자회사의 거래행위를 나타내는 세금계산서를 발급·수취하였을 뿐이라고 볼 소지가 크다.
 (4) 한편 소외 1은 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사 사이의 거래인 이 사건 내부거래를 대상으로도 이 사건 각 자회사 명의로 세금계산서를 발급·수취하거나 세금계산서합계표를 작성·제출하기도 하였다. 이는 이 사건 각 자회사를 원고 모회사들과 독립된 세금계산서의 발급·수취의 주체로 볼 수 있는 근거가 될 수 있다.
 나) 위와 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 ② 세금계산서는 실제 거래를 한 사업자(원고 모회사들)와 명의자(이 사건 각 자회사)가 달라 구 부가가치세법 제32조 제1항 제2호에서 정한 ‘공급받는 자의 등록번호’가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당하고, 그 매입세액은 원고 모회사들의 매출세액에서 공제될 수 없다. 그뿐만 아니라, 원고 모회사들은 이 사건 각 거래처로부터 물품을 실제 공급받았음에도, 이 사건 각 자회사가 공급받는 자로 기재된 이 사건 ② 세금계산서를 발급받은 것이므로, 구 법인세법 제76조 제5항의 ‘증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우’에도 해당하여, 위 조항에 따른 지출증빙미(허위)수취가산세의 부과요건 역시 충족되었다고 볼 소지가 크다.
 나아가 이 사건 각 세금계산서(법인세 관련 계산서 포함)를 발급·수취한 주체 역시, 원고 1 회사 및 이 사건 각 거래처와 실제 거래에 임한 원고 모회사들이 아니라, 명의자인 이 사건 각 자회사로 보아야 하므로, 이 사건 각 세금계산서는 원고 모회사들이 아닌 이 사건 각 자회사에 의하여 발급·수취된 것으로 귀결된다. 따라서 원고 모회사들은 원고 1 회사에 물품을 공급하고도 부가가치세 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에 해당한다. 또한, 원고 2 회사는 비록 소외 3 회사 명의의 계산서가 발급되었을지라도 구 법인세법상의 계산서를 발급하지 아니한 경우에 해당한다. 이 사건 각 자회사가 원고 1 회사에 물품을 공급한 바 없음에도 이 사건 각 자회사가 공급하는 자로 기재된 이 사건 ① 세금계산서의 발급이 이루어진 것, 그리고 이 사건 각 자회사가 이 사건 각 거래처로부터 물품을 공급받은 바가 없음에도 이 사건 각 자회사가 공급받는 자로 기재된 이 사건 ② 세금계산서의 발급이 이루어진 것은, 모두 구 부가가치세법 제60조 제3항 제1호, 제2호가 규율하고자 하는 ‘재화 등의 공급 없이 가공으로 세금계산서를 발급·수취한 경우’에 해당한다고 볼 수 있다.
 그러므로 이 사건 ① 세금계산서와 관련하여 원고 모회사들에 대한 구 부가가치세법상 세금계산서미발급가산세와 구 법인세법상 계산서미발급가산세, 그리고 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 원고 2 회사(합병 전 소외 3 회사) 및 원고 4 회사에 대한 구 부가가치세법상 세금계산서가공발급·수취가산세(이 사건 내부거래 외의 부분) 역시 각 그 부과요건을 충족한 것으로 볼 소지가 크다.
 다) 그런데도 원심은, 원고 모회사들이 이 사건 각 자회사의 명의만을 빌려 거래를 하였다는 잘못된 전제에 입각한 나머지, 이 사건 ② 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니므로 원고 모회사들의 매출세액에서 해당 매입세액의 공제가 가능하고, 원고 모회사들에 대해서 지출증빙미(허위)수취가산세를 부과할 수도 없으며, 이 사건 ① 세금계산서와 관련하여 원고 모회사들에 대한 세금계산서미발급가산세 및 계산서미발급가산세, 그리고 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 원고 2 회사(합병 전 소외 3 회사) 및 원고 4 회사에 대한 세금계산서가공발급·수취가산세(이 사건 내부거래 외의 부분) 역시 부과할 수 없다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 부가가치세 매입세액 불공제 및 각 가산세에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고 원주세무서장의 상고이유 주장은 이유 있다.
 나. 부과제척기간에 관한 법리오해(제3 상고이유)
 1) 원심의 판단
 원심은, 피고 원주세무서장이 부과한 원고 2 회사에 대한 2011, 2012사업연도 및 원고 3 회사에 대한 2008사업연도부터 2012사업연도까지의 각 일반과소신고가산세(원고 3 회사의 2009사업연도의 경우 5년의 부과제척기간이 지난 후에 증액된 부분 한정), 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세(원고 3 회사의 2009사업연도의 경우 5년의 부과제척기간이 지난 후에 증액된 부분 한정)와 관련하여, 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정하기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제3호는 ‘제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우’ 국세 부과의 제척기간을 5년으로 정하고 있는데, 일반과소신고가산세와 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세는 제척기간이 연장되는 위 각호의 가산세에 해당하지 않아 모두 5년의 부과제척기간이 적용되므로, 그 기간이 도과한 후 이루어진 위 각 가산세 부과처분에는 당연무효인 위법사유가 존재한다고 판단하였다. 
 2) 대법원의 판단
 가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항은, 제3호에서 상속세·증여세 이외의 국세 부과제척기간을 원칙적으로 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간으로 규정하는 한편, 제1호에서 납세자가 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 규정하고, 제47조 제2항 본문은 ‘가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 한다.’라고 규정하고 있다. 
위 규정들의 문언과 체계, 입법 취지 및 본세와 가산세의 관계 등에 비추어 보면, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 10년의 부과제척기간이 적용되는 ‘국세’에는, 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고·과소신고·납부불성실가산세 등도 포함된다고 보아야 한다(대법원 2025. 3. 13. 선고 2024두54935 판결 등 참조).
 나) 따라서 원고 모회사들에 대해 해당 법인세 본세를 포탈하려는 부정행위가 인정되어 그 본세에 대해 10년의 부과제척기간이 적용된다면, 앞서 본 각 가산세에 대해서도 마찬가지로 10년의 부과제척기간이 적용된다고 보아야 한다. 그런데도 원심은, 위 각 가산세에 대해 적용되는 부과제척기간이 5년임을 전제로, 위 각 가산세 부과처분은 부과제척기간이 지난 뒤에 이루어진 것으로서 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 부과제척기간에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고 원주세무서장의 상고이유 주장 또한 이유 있다. 
 4. 원고 1 회사의 상고이유에 대하여
 가. 구 국세기본법 제26조의2 제1항은, 제3호에서 상속세·증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 ‘해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정하는 한편, 제1호에서 납세자가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 ‘그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 규정하고 있다. 이에 따라 위 제1호에 따른 장기부과제척기간이 적용되기 위해서는, 해당 부정행위를 하는 납세자에게 조세포탈의 목적 또는 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 필요하다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결, 대법원 2021. 12. 30. 선고 2021두33371 판결 등 참조). 그런데 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되어 신설된 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2는, 가산세에 대한 장기부과제척기간에 관하여 부정행위로 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 것만을 요건으로 정하고 있을 뿐, 본세에 대한 조세포탈을 위 장기부과제척기간의 적용 요건으로 정하고 있지 아니하다. 그 개정이유는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세법에 따른 세금계산서교부불성실가산세 등이 부과될 경우 본세액의 포탈이 없더라도 10년의 국세부과제척기간이 적용되도록 한다.’라는 것이다. 이러한 규정의 문언과 입법 취지, 관련 규정의 체계 등을 종합하면, 납세자가 부정행위로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2 각 목에 따른 가산세 부과대상이 될 경우에는, 본세 자체에 조세포탈이 존재하거나 이에 대한 납세자의 인식이 있었는지 여부와 무관하게 위 제1호의2에 규정된 바에 따라 그 가산세에 대하여 10년의 장기부과제척기간이 적용된다고 보아야 한다.
 나. 원심은 같은 취지에서, 원고 1 회사가 부정행위로 구 부가가치세법 제60조 제3항 제4호에 따른 위장세금계산서를 수취한 이상 본세인 부가가치세 자체의 포탈 여부와 상관없이, 원고 1 회사에 대한 세금계산서위장수취가산세에 대하여 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2 (다)목에 따라 10년의 장기부과제척기간이 적용되어야 한다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에 장기부과제척기간에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.
 5. 원고 모회사들의 상고이유에 대하여
 가. 법인세(본세) 부과처분에 관하여
 원심은 판시와 같은 이유로, 원고 2 회사에 대한 2011, 2012사업연도, 원고 3 회사에 대한 2008사업연도부터 2012사업연도까지의 각 법인세에 관하여, 원고 모회사들은 일련의 부정행위를 저질러 국가의 조세수입 감소를 초래하였을 뿐만 아니라 법인세 포탈의 목적도 있었으므로, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따른 10년의 장기부과제척기간이 적용된다고 판단하였다. 
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 구 국세기본법상 장기부과제척기간의 적용 요건인 부정행위의 판단 기준에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 나. 나머지 상고에 관하여
 원고 모회사들은 원심판결 중 패소 부분 전부에 대하여 상고하였으나, 나머지 패소 부분에 대하여는 상고장 및 상고이유서에 구체적인 불복이유 기재가 없다. 
 6. 원고 2 회사 및 원고 4 회사의 상고이유에 대하여
 원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 각 세금계산서 중 이 사건 내부거래에 관한 부분은, 재화 등의 공급 없이 발급·수취한 세금계산서에 해당하여, 피고 원주세무서장이 원고 2 회사 및 원고 4 회사에 대하여 세금계산서가공발급·수취가산세를 부과한 것은 적법하다고 판시하였다. 
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 구 부가가치세법상 세금계산서가공발급·수취가산세에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.
 7. 결론
 피고 원주세무서장의 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채, 원심판결의 피고 원주세무서장 패소 부분 중 원고 2 회사에 대한 2013년 2기부터 2017년 2기까지의 각 부가가치세 및 2011년 1기부터 2017년 2기까지의 각 세금계산서미발급가산세 부과처분 부분, 원심판결 별지2 표2 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분, 별지2 표3 기재 각 부가가치세 가산세 부과처분 부분, 원고 3 회사에 대한 2014년 1기부터 2017년 2기까지의 각 부가가치세 및 2011년 1기부터 2017년 2기까지의 각 세금계산서미발급가산세 부과처분 부분, 원심판결 별지3 표2 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분, 원고 4 회사에 대한 원심판결 별지4 표 기재 각 가산세 부과처분 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하며, 원고들의 상고와 피고 성북세무서장의 상고를 모두 기각하고, 원고 1 회사의 상고로 인한 상고비용은 위 원고가, 피고 성북세무서장의 상고로 인한 상고비용은 위 피고가 각 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이숙연(재판장) 이흥구 오석준(주심) 노경필

[1] 부가가체세법상 세금계산서 제도의 취지 및 기능 / 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 등에 따라 매입세액 공제가 부인되는 세금계산서 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우에서 ‘사실과 다르다’는 의미
 [2] 재화 등을 공급하거나 공급받은 자가 제3자의 위임 아래 제3자의 사업자등록을 이용하여 실제 거래를 하면서 제3자 명의로 된 세금계산서를 발급·수취한 경우, 제3자 명의로 된 세금계산서는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에서 규정하는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우에 해당하는지 여부(적극) 및 해당 매입세액이 공제되는지 여부(원칙적 소극)
 [3] 형식적으로 제3자 명의로 사업자등록이 된 사업체를 운영하여 재화 등을 공급하거나 공급받는 자가 제3자 명의로 된 세금계산서를 수수하였으나 실제로 세금계산서에 기재된 수량의 재화 등을 기재된 가격대로 공급한 경우, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에서 규정하는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우에 해당하는지 여부(소극)
 [4] 세금계산서의 기재가 제3자 명의로 되어 있음에도, 예외적으로 명의자인 제3자가 아니라 실제로 사업체를 운영하면서 재화 등을 공급하거나 공급받는 거래행위를 한 자를 세금계산서를 발급·수취하는 주체로 인정할 것인지 판단하는 기준과 방법 / 이는 소득세법과 법인세법에 따른 계산서, 매출·매입처별계산서합계표 등에서도 마찬가지인지 여부(적극)
 [5] 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 10년의 부과제척기간이 적용되는 ‘국세’에 무신고·과소신고·납부불성실가산세 등도 포함되는지 여부(적극)
 [6] 납세자가 부정행위로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2 각 목에 따른 가산세 부과대상이 될 경우, 본세 자체에 조세포탈이 존재하거나 이에 대한 납세자의 인식이 있었는지 여부와 무관하게 그 가산세에 대하여 10년의 장기부과제척기간이 적용되는지 여부(적극)

[1] 전 단계 세액공제법을 채택하고 있는 부가가치세법 아래에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 하므로, 사업자등록과 함께 부가가치세 제도를 효과적으로 시행하기 위한 필수적인 요소이다. 이러한 취지를 반영하여 부가가치세법령에서는 세금계산서의 필수적 기재사항을 정하는 한편, 이러한 필수적 기재사항이 세금계산서에서 누락되거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없도록 규정하고 있다. 구체적으로 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 제1항은 세금계산서의 기재사항으로 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(제1호)’, ‘공급받는 자의 등록번호(제2호)’를 들고 있고, 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다. 다만 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 단서 및 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제75조 제2호는 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는, 해당 매입세액은 매출세액에서 공제하도록 정하고 있다. 그리고 여기에서 ‘사실과 다르다’는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이, 재화 등에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등 형식적인 기재내용에 불구하고, 그 재화 등을 실제로 공급하거나 공급받는 주체나 가액, 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다.
 [2] 재화 등을 공급하거나 공급받은 자가 제3자의 위임 아래 제3자의 사업자등록을 이용하여 실제 거래를 하면서 제3자 명의로 된 세금계산서를 발급·수취한 경우, 이때의 사업자는 거래상대방과 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 제3자가 아니라 실제로 재화 등을 공급하거나 공급받는 거래행위를 한 자로 보아야 한다. 그렇지만 그 세금계산서는 실제 거래행위자의 거래행위가 아닌 제3자의 거래행위를 나타내기 위해 제3자에 의해 발급·수취된 것일 뿐이므로, 재화 등을 실제 공급하거나 공급받은 자에 의해 발급·수취된 것으로 볼 수 없다. 이러한 경우 제3자 명의로 된 세금계산서는, 실제 거래를 한 사업자와 세금계산서상의 명의자가 다르므로, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에서 규정하는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우에 해당한다. 따라서 실제 거래를 한 사업자로부터 재화 등을 공급받은 거래상대방이 제3자 명의로 된 세금계산서가 명의위장된 것임을 몰랐다는 특별한 사정이 없는 한 해당 매입세액은 공제 또는 환급받을 수 없다. 이 경우에는 앞서 본 바와 같이 세금계산서를 발급·수취한 명의자는 세금계산서에 기재된 재화 등을 실제 공급하거나 공급받은 것이 아니므로, 결과적으로 재화 등의 공급 없이 가공으로 세금계산서를 발급·수취한 것에 해당한다.
 [3] 재화 등을 공급하거나 공급받은 자가 실제로는 자신이 직접 사업체를 운영하면서 형식적으로 사업자등록 명의만을 제3자로 한 경우에는, 그 명의자인 제3자가 아니라 실제로 사업체를 운영하면서 재화 등을 공급하는 거래행위를 한 자가 사업자가 되는 것은 물론이고, 자신의 거래행위를 나타내는 세금계산서를 발급·수취하여야 할 주체에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 형식적으로 제3자 명의로 사업자등록이 된 사업체를 운영하여 재화 등을 공급하거나 공급받는 자가, 비록 제3자 명의로 된 세금계산서를 수수하였더라도, 실제로 세금계산서에 기재된 수량의 재화 등이 그 기재된 가격대로 공급되었다면, 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 나아가 위와 같은 경우, 재화 등을 실제 공급하거나 공급받는 자가 세금계산서에 기재된 수량의 재화 등을 그 기재된 가격으로 실제 공급하거나 공급받은 이상, 재화 등의 공급 없이 가공으로 세금계산서를 발급·수취하였다고 볼 수 없다.
 [4] 세금계산서 제도의 취지, 관련 법령의 내용과 세금계산서의 기능 등에 비추어 보면, 세금계산서의 기재가 제3자 명의로 되어 있음에도 불구하고, 예외적으로 명의자인 제3자가 아니라 실제로 사업체를 운영하면서 재화 등을 공급하거나 공급받는 거래행위를 한 자를 세금계산서를 발급·수취하는 주체로 인정할 것인지는, ‘제3자’ 명의의 세금계산서를 통한 거래가 부가가치세, 소득세, 법인세의 세원 포착 관련 과세행정에 곤란을 야기한 정도와 세금탈루의 가능성 등을 기준으로 판단하되, 명의자인 ‘제3자’와 ‘실제 사업체를 운영하는 자’의 경력, 지위 및 관계, 해당 사업장에 제3자 명의의 사업자등록을 하거나 이용하게 된 동기나 목적, 경위 및 시기, 해당 사업장에서 제3자 명의로 운영하는 사업의 구체적인 내용, 형태나 거래 방식, 해당 사업장 내 수익이나 비용 등의 관리 및 자금 운영 방식, 세금계산서 발급·수취 등에 명의자인 ‘제3자’가 관여한 정도와 그와 같은 발급·수취 등을 통해 ‘제3자’가 얻은 이익의 유무 등과 같은 사정들을 종합적으로 고려하여 신중하게 판단해야 한다. 부가가치세법에 따른 세금계산서와 매출·매입처별세금계산서합계표뿐만 아니라 이와 유사한 기능을 수행하는 소득세법과 법인세법에 따른 계산서, 매출·매입처별계산서합계표 등에서도 마찬가지이다. 
 [5] 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정하기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은, 제3호에서 상속세·증여세 이외의 국세 부과제척기간을 원칙적으로 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간으로 규정하는 한편, 제1호에서 납세자가 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 규정하고, 제47조 제2항 본문은 ‘가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 한다.’라고 규정하고 있다. 
 위 규정들의 문언과 체계, 입법 취지 및 본세와 가산세의 관계 등에 비추어 보면, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 10년의 부과제척기간이 적용되는 ‘국세’에는 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고·과소신고·납부불성실가산세 등도 포함된다.
 [6] 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정하기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은, 제3호에서 상속세·증여세 이외의 국세 부과제척기간을 원칙적으로 ‘해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정하는 한편, 제1호에서 납세자가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 ‘그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 규정하고 있다. 이에 따라 위 제1호에 따른 장기부과제척기간이 적용되기 위해서는, 해당 부정행위를 하는 납세자에게 조세포탈의 목적 또는 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 필요하다. 그런데 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되어 신설된 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2는, 가산세에 대한 장기부과제척기간에 관하여 부정행위로 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 것만을 요건으로 정하고 있을 뿐, 본세에 대한 조세포탈을 위 장기부과제척기간의 적용 요건으로 정하고 있지 아니하다. 그 개정이유는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세법에 따른 세금계산서교부불성실가산세 등이 부과될 경우 본세액의 포탈이 없더라도 10년의 국세부과제척기간이 적용되도록 한다.’라는 것이다. 이러한 규정의 문언과 입법 취지, 관련 규정의 체계 등을 종합하면, 납세자가 부정행위로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2 각 목에 따른 가산세 부과대상이 될 경우에는, 본세 자체에 조세포탈이 존재하거나 이에 대한 납세자의 인식이 있었는지 여부와 무관하게 위 제1호의2에 규정된 바에 따라 그 가산세에 대하여 10년의 장기부과제척기간이 적용된다.