종합부동산세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2018.04.27 / 시행일:

【원 고】 에쓰대시오일 주식회사 (소송대리인 법무법인 지평 담당변호사 박보영 외 1인)
【피 고】 마포세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김영진)
【변론종결】2018. 3. 30.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2016. 11. 17. 원고에게 한 2016년도 귀속 종합부동산세 2,387,526,780원 및 농어촌특별세 477,505,350원의 부과처분 중 종합부동산세 221,357,015원 및 농어촌특별세 44,271,403원을 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 피고는 2016. 11. 17. 원고가 과세기준일인 2016. 6. 1. 현재 보유 중인 주택 71건, 종합합산토지 738건, 별도합산토지 223건(이하 과세대상 물건을 모두 ‘주택 등’이라고만 한다)에 대하여 2016년도 귀속 종합부동산세 2,387,526,780원 및 농어촌특별세 477,505,350원을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). 
 나. 피고는 이 사건 처분을 하면서 종합부동산세법 시행령 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항, 제2항에 규정된 산식에 따라 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 885,428,052원으로 산정하였다(이하 위 규정을 ‘이 사건 쟁점규정’이라고 하고, 쟁점규정에 규정된 산식을 ‘이 사건 산식’이라고 한다). 
 다. 원고는 2017. 1. 4. 공제되는 재산세액의 산정이 잘못 되었다는 이유로 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2017. 3. 31. 이를 기각하였다. 
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제2, 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 원고의 주장
 종합부동산세와 재산세는 모두 보유세로서 동일한 부동산에 대하여 부과되는 것으로 이중과세가 문제된다. 종합부동산세법은 이러한 이중과세의 문제를 조정하기 위하여 기 납부한 재산세를 공제하는 규정을 두고 있다. 이와 같이 공제되는 재산세액을 계산하기 위한 규정이 이 사건 쟁점규정인데, 쟁점규정을 문언 그대로 해석하면 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않게 된다. 
 이러한 해석은 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하고자 하는 모법인 종합부동산세법의 위임범위를 벗어난 것으로 이중과세금지의 원칙 및 비례원칙을 위반한 것임은 물론 납세자의 재산권을 침해하는 위헌적인 것이다. 따라서 이 사건 처분 중 적법·정당하게 부과된 부분을 초과한 부분은 취소되어야 한다. 
3. 관련 법령
 별지 기재와 같다.
4. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 관련 규정의 개정 경과 등
 1) 종합부동산세법의 제정 배경 및 취지 
 우리 세법은 2005. 1. 종합부동산세가 도입되기 이전까지 부동산 보유세로서 지방세제 내에 재산세와 종합토지세를 두고 있었다. 종합토지세는 부동산 투기와 과다한 토지 보유를 억제하여 지가 안정과 토지 소유의 저변 확대를 목적으로 1990년부터 시행되었다. 
 1997년 외환위기의 영향으로 하락했던 부동산 가격이 2000년대 초반 국제통화기금(IMF)의 관리 체제에서 벗어나면서 수도권 아파트를 중심으로 급등하자 종래 부동산 보유세제로는 투기 억제에 한계가 있다고 보아 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 종합부동산세법을 제정하여 종합부동산세를 도입하게 되었다. 
 종합부동산세법은 고액의 부동산 보유자에 대하여 부동산보유세를 과세함에 있어서 지방세의 경우보다 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세하여 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모함으로써 재방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전을 기하려는 데 그 취지가 있다. 
 2) 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 산정 방법에 관한 규정
 가) 이중과세의 조정 필요성 
 종합부동산세는 종합부동산세법상 과세기준일인 매년 6월 1일 현재 일정한 가액을 초과하는 주택과 토지 등 부동산을 보유하는 자에 대하여 그 부동산 가액을 과세표준으로 삼아 과세하는 세금으로서 일정한 재산의 소유라는 사실에 담세력을 인정하여 부과하는 재산보유세의 일종으로, 실질적으로는 토지 및 주택분 재산세 납세의무의 연장선상에 있다고 할 수 있다. 이에 따라 과세기준금액 이하 구간은 재산세만 부과되지만, 과세기준금액 초과 구간은 재산세뿐만 아니라 재산세보다 고율의 세율을 적용한 종합부동산세도 함께 부과되므로, 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 부분이 필연적으로 발생하게 된다. 
 종합부동산세법에서는 이러한 이중과세의 문제를 조정하기 위하여 재산세액 공제제도를 도입하였고, 그에 관한 규정은 아래와 같이 변천되었다. 
 나) 종합부동산세법상 재산세액 공제제도의 변천 경과
 (1) 2005. 1. 5. 법률 제7328호 제정된 종합부동산세법
 ○ 주택에 대한 종합부동산세는 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 하되, 납세의무자별로 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 중 199만 원을 초과하는 금액은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다(제9조).
 ○ 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 하되, 납세의무자별로 당해 과세대상 토지에 대하여 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 중 125만 원을 초과하는 금액은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다(제14조 제1항). 
 ○ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 하되, 납세의무자별로 당해 과세대상 토지에 대하여 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 중에서 680만 원을 초과하는 금액은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다(제14조 제2항).
 (2) 2005. 12. 31. 법률 제7836호로 개정된 종합부동산세법 및 대통령령 제19253호로 개정된 종합부동산세법 시행령
 과세대상별로 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 실제 재산세로 부과된 세액을 종합부동산세액에서 차감하여 보유세를 현실화하고 차감하는 재산세액의 계산방법을 명확히 하고자 개정되었다.
 주택분, 종합합산과세대상 토지분, 별도합산과세대상 토지분의 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액은 종합부동산세액에서 이를 공제하도록 하였다(종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항).

 (3) 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령

 (4) 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 종합부동산세법 시행령(이 사건 쟁점 규정) 
 과세관청은 위 2009년 개정 시행령에서 규정하고 있는 공제되는 재산세액의 계산식 중 분자부분인 “주택 등 과세표준에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”을 구 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) 제5조 제2항 관련 [별지 제3호 서식] 부표(2) 중 작성요령에 근거하여 ‘과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’로 해석하였다. 
 이에 대하여 대법원 2015. 6. 24. 선고 2012두7073 판결 등에서는 위 2009년 개정 시행령 규정에 의하여 공제되는 재산세액은 ‘과세기준초과금액 × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’의 산식에 따라 산정되어야 한다고 판단하였다. 
 이후 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 산정에 관한 규정은 이 사건 쟁점규정과 같이 개정되었고, 이 사건 쟁점규정에서는 이 사건 산식에 관하여 규정하고 있다. 
나. 이 사건 쟁점규정이 위법, 위헌적인 규정인지
 1) 이 사건 쟁점규정이 위임입법의 한계를 벗어나 무효인지 여부 
 가) 종합부동산세법은 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택 등의 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 함으로써 공제되는 재산세액의 계산방법을 시행령에 위임하고 있다. 그 위임의 범위와 관련하여 공제되는 재산세액의 범위 자체, 즉 재산세액 중 일부만 공제해 주는 것이 위임의 한계를 넘어서는 것인지가 문제될 수 있다. 
 종합부동산세법은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 공제한다고만 하였지 ‘전부’ 공제하여야 한다고 규정하지 않고 있고, 대통령령으로 위임한 ‘재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항’에는 그 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적 해석에 부합하며, 이는 포괄위임입법금지 원칙에 반한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 공제의 구체적인 범위까지도 대통령령에 위임하였다고 보아야 한다. 
 나) 이 사건 쟁점규정은 종합부동산세의 과세표준 개념이 ‘주택 등의 과세기준금액을 초과하는 분’에서 ‘주택 등 과세기준금액을 초과하는 분 × 종합부동산세의 공정시장가액비율’로 변경됨에 따라 종합부동산세 과세표준 자체가 축소되었음에도 불구하고 위에서 본 바와 같은 대법원의 해석에 따를 경우 공제액이 기존 수준으로 유지됨으로써 과다공제되는 문제가 발생하기 때문에 이를 해결하고, 종합부동산세액 산출 시 공제되는 재산세액의 범위에 관한 논란을 없애고자 마련된 것이다. 
 이러한 이 사건 쟁점규정의 취지 및 개정경과에 비추어 볼 때 이 사건 쟁점규정이 모법인 종합부동산세법에서 위임한 범위를 벗어난 것으로 보여지지는 않는다. 
 2) 이중과세금지 및 비례원칙 위반 여부
 가) 종합부동산세와 재산세의 과세대상은 ‘부동산’이라는 물건으로 동일하지만 「국세와 지방세의 조정 등에 관한 법률」제4조는 “국가와 지방자치단체는 이 법에서 규정한 것을 제외하고는 과세물건이 중복되는 여하한 명목의 세법도 제정하지 못한다.”고 규정하고 있어, 과세물건이 동일하다고 하더라도 원칙적으로 종합부동산세와 재산세를 동시에 부과하는 것이 무조건 이중과세금지의 원칙에 반하는 것으로 귀결되는 것으로 볼 수는 없다. 
 종합부동산세는 부동산 가격 안정을 기하기 위한 정책적, 경제적 목적의 조세로서 부수적으로 고액부동산보유자의 세부담을 늘려 과세형평의 제고라는 사회적 목적도 도모하고 있다. 이러한 점에서 종합부동산세는 규제세의 성격을 갖는데, 규제세가 추구하는 정책적 목적을 달성하기 위하여 어느 정도의 중복성을 인정하지 않을 수 없다. 만일 재산세액을 전액 종합부동산세액 산정 시 공제하여 준다면 고액부동산보유자에 대한 중과세라는 수단이 그 효과가 미약해져 부동산 가격 안정이라는 종합부동산세법의 정책적 목적 달성이 훼손되고, 부동산 보유에 대한 과세 형평성의 제고라는 사회적 목적 달성도 효과적으로 이루기 어렵다. 
 종합부동산세는 일정금액 이상인 재산에 대하여만 부과되므로 이 기준금액 이하인 경우에는 재산세만 부과되어 이중과세의 여지는 없다. 이 기준 이상인 경우 원칙적으로 재산세액을 공제하고 있으므로 중첩되는 부분이 있더라도 이는 부분적인 중첩에 불과하다. 이와 같이 동일한 과세대상에 대하여 중첩적으로 조세가 부과되는 것을 배제하거나 완화하기 위한 조정규정을 둘 것인지 여부 및 이를 어떻게 조정할 것인지는 결국 국가재정, 사회경제, 국민소득, 국민생활 등의 실태를 따져 정확한 자료를 기초로 하는 정책적, 기술적 판단에 맡길 수밖에 없다.
 나) 이 사건 쟁점규정은 종합부동산세액을 산출함에 있어 공제되는 재산세액의 범위에 관하여 해석상 다툼이 있자 이를 보다 명확히 하기 위하여 개정된 것으로, 그 공제에 관한 계산식이 이 사건 산식이다. 이미 납부한 재산세액을 전액 공제하여야 한다는 어떤 헌법적 명령이 입법자에게 부여되었다고 할 수 없는 이상 이 사건 쟁점규정에서 정한 이 사건 산식에 따라 계산한 결과 비록 재산세액 전부가 공제되지 않는다고 하더라도 이를 위헌적인 규정이라고 할 수는 없다. 
 다) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 등 참조). 
 이 사건 쟁점규정은 앞서 본 바와 같이 공제되는 재산세액에 관한 논란의 여지를 없애기 위하여 개정된 규정이다. 따라서 이 사건 쟁점규정은 문언 그대로 이를 해석해야지 그와 달리 이중과세되는 부분을 축소하기 위하여 원고가 주장하는 것처럼 임의로 이 사건 산식의 분자 부분을 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’로 해석할 수는 없다. 
 라) 따라서 이 사건 쟁점규정은 이중과세금지 원칙이나 비례원칙에 위반한 규정이라고 할 수 없다. 
 3) 재산권을 침해하는 규정인지 여부
 2005. 12. 31. 대통령령 제19253호로 개정된 종합부동산세법 시행령에 처음 도입된 이래 이 사건 산식에 이르기까지 이중과세 되는 재산세액 공제를 위한 계산식들은 모두 ‘주택 등에 실제 부과된 재산세액의 합계액’에 이를 안분하기 위한 비율, 즉 ‘주택 등 공시가격의 합계액에 대하여 부과될 재산세액’ 중 ‘종합부동산세가 이중으로 부과되는 부분에 대하여 부과될 재산세액’이 차지하는 비율을 곱함으로써 공제될 재산세액을 계산한다. 그런데 누진세율을 적용하는 재산세의 세율 구조상 특히 주택과 같이 과세물건 별로 재산세가 부과되는 경우에는 위 안분비율만으로는 어차피 재산세와 종합부동산세가 이중과세되는 부분을 빠짐없이 가려낼 수는 없다. 
 또한 ‘공정시장가액비율’ 제도가 도입됨으로써 종합부동산세나 지방세의 과세표준 자체가 축소되었기 때문에 납세의무자가 부담하여야 할 재산세와 종합부동산세의 부담이 줄어들었다. 이와 더불어 종합부동산세법의 입법취지나 이 사건 쟁점규정의 개정취지 및 개정경과 등에 비추어 볼 때, 이 사건 산식에 따라 계산할 경우 공제되는 재산세액이 줄어든다고 하더라도 이것만을 이유로 납세자의 실질적인 담세력을 초과하여 세금을 부과함으로써 납세자의 재산권을 침해하였다고 보기는 어렵다. 
 다. 소결론 
 위와 같이 이 사건 쟁점규정이 적법한 이상 이 사건 산식에 따라 공제되는 재산세액을 계산하여 부과된 이 사건 처분 역시 정당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다. 
5. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 조미연(재판장) 이광열 이지희