행정처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1987.12.29 / 시행일:

【원고, 피상고인】 롯데칠성음료주식회사 소송대리인 변호사 송명관
【피고, 상고인】 제주세무서장
【원심판결】광주고등법원 1986.9.25 선고 86구11 판결
【주 문】
 상고를 기각한다.
 상고비용은 피고의 부담으로 한다.

【이 유】 상고이유를 본다.
 1. 원심판결을 보면, 원심은 원고가부가가치세법 제12조 제1항 제1호에 의하여 부가가치세의 면제를 받아 구입한 농산물인 감귤을 원재료로 과즙음료 등을 제조 판매하는 사업자로서 그 제조판매한 재화에 대한 부가가치세의 납부에 있어서 의제매입세액을 공제받아야 함에도, 피고는동법시행규칙 제19조 제1항 단서에 의하여 의제매입세액 공제를 부인하고 이 사건 행정처분을 하였다고 설시하고 나서위 규칙 제19조 제1항 단서는 의제매입세액공제의 대상물을 제한하는 규정으로서 위임근거 법규인부가가치세법 제17조 제3항에 저촉되는 무효의 것이고 따라서동 규칙 조항을 적용하여 한 이 사건처분을 위법하다 하여 그 취소를 명하고 있다.
 2.부가가치세법 제17조 제3항은 제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다고 하여 소위 의제매입세액 공제를 규정하고 있다.
 일반적으로 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급이나 재화의 수입에 대하여 부과하며(법 제1조 제1항), 이 세액을 최종소비자에게 전가시키기 위하여법제17조 제1항에서 원칙적으로 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(남부세액)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(소위 매출세액)에서 (1) 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 (2) 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한세액(소위 매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 소위 매입세액공제를 규정하고 있다.
위 제3항을위 제1항의 규정과 대비하여 볼때 부가가치세의 면제를 받고 농산물 등의 공급을 받는 사업자가 그 농산물등을 원료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급에 있어 매출세액 전부를 납부하게 되면 부가가치세(매입세액)를 면제받지 아니하고 공급받은 경우(이때는 매입세액의 공제를 한다)보다 더많은 세액을 부담하게 되고 따라서 최종소비자는 당초에 면제받았던 부가가치세(매입세액)까지 합하여진 고가의 물품을 구입하게 되는데 이렇게 되면 농산물 등의 공급에 있어 부가가치세를 면제한 취지에 어긋나는 불합리한 결과로 되기 때문에 소위 의제매입세액의 공제를 규정한 것으로 해석된다.
 이 제3항의 규정에 따라동법시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물 등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 공제하도록 규정하고 재무부령인동법시행규칙(1984.5.1 부령 제1609호로써 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 그 율을 110의 10(수출에 공하는 경우는 105분의 5)으로 정하고 있다.
 3.위 규칙 제19조 제1항은 "령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율을 110분의 10(수출에 공하는 경우에는 105분의5)으로 한다"고 한 다음, 단서에서" 다만, 별표3. 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다"고 규정하고 있는바, 그 취지는 별표3.에 게기된 제조업에 대하여는 같은 항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명하다.
 그런데, 위 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 본문의 율을 적용하지 아니한다고 하면서도, 그에 대하여 적용할 율을 별도로 규정하고 있지 아니한 바 위 단서의 문언으로 보아, 이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다.
 그러나, 위 단서규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과, 공제할 금액을 계산할 수 없게 하고, 나아가 의제매입세액 공제자체를 불가능하게 하고 있음은, 분명히 모법에 위반되는 것이라 아니할 수 없다.
 왜냐하면,부가가치세법 제17조 제3항이 「......대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다」고 하고,동 시행령 제62조 제1항이 「......매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은......농산물......의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다」고 하고 있는바, 여기에 위에서 본 의제매입세액 공제제도의 인정취지를 덧붙여 보면,부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액계산 방법만을 시행령에 위임하였고,동 시행령 제61조 제1항도, 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것인데도 불구하고,동 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은 항 본문이 정한 원칙적인 율을 적용하지 아니한다고 하면서도, 그에 적용할 별도의 율을 정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액 공제를 할 수 없도록 하였으니, 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 것이라 아니할 수 없기 때문이다.
 논지는 위 단서 규정은 공제율을 영으로 정한 것이라 하나 가사 그렇다고 하더라도 결국은 의제매입세액 공제를 불가능하게 하는 것이 되어 결론이 달라질 수 없는 것이다.
 원심이 이와 달리, 위 단서규정이 의제매입세액 공제의 대상물을 제한한 규정이라 하여 모법에 위반된다고 판시하였음은 잘못이라 할 것이나, 위 단서규정이 모법에 위반되는 무효의 규정이라는 결론에 있어서는 정당하므로, 이를 들어 원심판결을 파기할 수는 없다.
 위 단서규정이 무효라고 판단되는 이상, 그밖에 논지가 주장하는 사유로 이 사건 행정처분이 적법하게 되는 것도 아니다. 논지는 모두 이유없다.
 4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여, 관여법관 전원이 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김용철(재판장) 윤일영 김형기 정기승 이병후 이명희 이준승 최재호 김달식 박우동 윤관 황선당 배석

가.부가가치세법 제17조 제3항 소정의 의제매입세액공제의 규정취지
나.구 부가가치세법시행규칙 (1984.5.1 재무부령 제1609호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항 단서 규정의 모법 위반여부(적극)

가. 의제매입세액공제를 규정한부가가치세법 제17조 제1항과동조 제3항을 대비하여 볼 때 부가가치세의 면제를 받고 농산물 등의 공급을 받은 사업자가 그 농산물 등을 원료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급에 있어 매출세액 전부를 납부하게 되면 부가가치세를 면제받지 아니하고 공급받은 경우보다 더 많은 세액을 부담하게 되고 따라서 최종 소비자는 당초에 면제받았던 부가가치세까지 합하여진 고가의 물품을 구입하게 되는 셈이 되어 농산물의 공급에 있어 부가가치세를 면제한 취지에 어긋나는 불합리한 결과로 되기 때문에 의제매입세액의 공제를 규정한 것이다.
나.부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액계산방법을 시행령에 위임하였고동법시행령 제62조 제1항도 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였음에도 불구하고,동 시행규칙(1984.5.1 부령 제1609호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은 항 본문이 정한 원칙적인 율을 적용하지 아니한다고 하면서도, 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니 위 단서규정은 모법인 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 것이다.