법인세경정신청거부처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2006.05.18 / 시행일:

【원고, 피항소인 겸 부대항소인】 주식회사 대교(소송대리인 변호사 서석호외 1인)
【피고, 항소인 겸 부대피항소인】 금천세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2004. 9. 21. 선고 2004구합8262 판결
【변론종결】2006. 4. 20.
【주 문】
1. 제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 소를 각하한다.
2. 피고의 항소를 기각한다.
3. 소송 총비용은 이를 7분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다. 

【청구취지, 항소취지 및 부대항소취지】1. 청구취지
 가. 피고가 2003. 3. 29. 원고에 대하여 한 원고의 2003. 2. 13.자 감액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다(원고는 청구취지에서 원고의 ‘2003. 2. 3.자’ 감액경정청구에 대한 거부처분의 취소를 구하고 있으나, 이는 원고의 ‘2003. 2. 13.자’ 감액경정청구의 오기로 보인다).
 나. 피고가 2003. 12. 22. 원고에 대하여 한 원고의 2001. 1. 22.자 감액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다. 
2. 항소취지
 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 
3. 부대항소취지
 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2003. 12. 22. 원고에 대하여 한 원고의 2001. 1. 22.자 감액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다. 
【이 유】1. 각 처분의 경위
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 3, 갑 제6호증의 1 내지 9, 갑 제7호증의 1 내지 24, 갑 제9호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
 ⑴ 원고는 그 사업연도를 매년 1. 1.부터 12. 31.까지로 하는 법인으로서, 교육·출판·문화사업, 서적·학습지(눈높이 학습지)의 도·소매업 등을 목적사업으로 하는 주식회사로서, 원고의 직원인 교사나 원고와는 별도로 독립된 개인사업자인 학습지 교사들을 통하여 학습지의 회원 모집, 학습지 제공 및 관련 교육서비스를 하고 있다.
 ⑵ 원고는 1996 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고를 함에 있어서, 학습지 교사들이 회원들로부터 수금해오는 다음 달분의 회비를 학습지 전달, 학습지도 등 회원관리용역에 제공되는 다음 달분의 매출로 계상하는 한편, 매월 15일 학습지교사들에게 그 전달에 수금한 회비총액의 일정비율로 산출되는 금액을 수수료(이하 1996 사업연도 법인세액의 산정에 영향을 미치는 부분을 ‘이 사건 지급수수료’라고 한다)로 지급하면서 그 수수료를 회비가 입금되는 달의 비용으로 계상하는 등의 방법으로 1997. 3. 31. 법인세를 12,719,243,291원으로 산정하여 신고하였다.
 ⑶ 이에 관악세무서장(대통령령 제16467호로 1999. 9. 1. 이 사건에 관한 관할관청이 피고로 변경되었다. 이하 구별하지 않고 ‘피고’라고 한다)은 1997. 6.경 원고에 대한 1992 사업연도부터 1998 사업연도까지의 법인세를 조사하면서, 위와 같은 원고의 지급수수료 산정방법은 수익비용대응의 원칙에 반하므로 매년 12월분의 손금으로 계상된 지급수수료는 다음해 1월에 산정되어야 한다며 1997. 9. 1. 원고에게, 1992 사업연도부터 1995 사업연도까지의 법인세를 다시 계산하여 부과·고지하는 한편, 1996 사업연도 해당 법인세를 12,617,360,525원을 산정함으로써 19,445,647원 상당을 감액경정하였다(이하 ‘피고의 감액경정처분’이라고 하다). 그후 1997. 12.경 심사청구과정에서 아르바이트 학생에게 일당으로 지급한 수수료가 손금산입되어 금 14,521,026원 상당이, 1999. 2.경 심판청구과정에서 해외여행포상비로 지급한 금액이 손금산입되어 금 57,080,249원 상당이 각 추가 감액되었다.
 ⑷ 원고는 1997 사업연도분 법인세부터는 피고가 요구하는 손익귀속시기를 기준으로 계산하여 법인세를 신고·납부하는 한편, 1999. 5. 18. 피고를 상대로, 피고의 위 1997. 9. 1.자 1992 사업연도부터 1996 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 소를 서울행정법원에 제기하였다. 그런데, 피고는 1999. 9.경 원고에 대하여 다시 세무조사를 실시한 후 2000. 1. 3. 원고의 1996 사업연도분 법인세를 13,604,921,290원으로 증액경정하였다(이하 ‘피고의 증액경정처분’이라고 한다). 
 ⑸ 원고는 2000. 11. 24. 서울행정법원으로부터, “사업부제 교사들에게 지급되는 수수료는 회원 모집 업무, 회원 관리 업무, 회비 수납 업무 등 여러 가지 업무에 대한 대가의 성격을 가지고 있는데, 그 업무 중 매출에 대응하는 부분과 그 밖의 부분을 구분하는 것이 현실적으로 불가능하므로 원고가 취한 손금의 귀속시기 결정방법을 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 회계기준에 부합한다”는 등의 이유로 1992 사업연도부터 1995 사업연도 법인세 부분에 대하여 인용판결을 받았으나, 1996 사업연도분에 대하여는 조세의 부과처분이라 할 수 없는 감액경정처분을 취소청구대상으로 삼았다는 이유로 각하판결을 받았다(이하 ‘이 사건 제1심 각하 판결’이라고 한다. 이 부분은 항소되지 아니한 채 그 무렵 확정되었다). 피고는 위 서울행정법원 판결 중 이 사건 제1심 각하 판결을 제외한 나머지 부분에 대하여 항소·상고하였으나 항소기각 및 상고기각되어 위 제1심 판결은 2003. 1. 24. 확정되었다(이하 대법원의 상고기각 판결을 ‘이 사건 확정판결’이라고 한다). 
 ⑹ 한편, 원고는 서울행정법원의 위 판결 선고 후로부터 2개월 이내인 2001. 1. 22. 피고에게, 지급수수료의 손익귀속시기를 원고가 취한 방식으로 계산하여 1996 사업연도 법인세에 관한 피고의 감액경정처분에 대하여 다시 감액하여 달라는 경정청구(이하 ‘이 사건 2001. 1. 22.자 경정청구’라고 한다)를 하였으나 피고는 이에 대하여 아무런 처분이나 결과통지를 하지 않았다. 그러던 중 이 사건 확정판결이 위와 같이 선고되자 원고는 그로부터 2개월 이내인 2003. 2. 13. 피고에게, 지급수수료와 위탁수수료의 손익귀속시기를 원고가 취한 방식으로 계산하여 1996 사업연도 법인세에 관한 피고의 증액경정처분에 대하여 감액하여 달라는 경정청구를 다시 하였다(이하 ‘이 사건 2003. 2. 13.자 경정청구’라고 한다).
 ⑺ 그러나 피고는 2003. 3. 29. 이 사건 2003. 2. 13.자 감액경정청구에 대하여 국세부과의 제척기간 만료 및 경정청구기간 도과 등을 이유로 경정청구를 거부하는 취지의 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 2003. 3. 29.자 거부처분’이라고 한다). 이에 불복한 원고는 2003. 6. 27. 국세청장에게 이 사건 2003. 3. 29.자 거부처분에 대하여 심사청구를 하면서 그 청구이유에서 피고가 이 사건 2001. 1. 22.자 경정청구에 대하여 아무런 처분을 하지 않는다고 그에 대한 부당성을 함께 지적하자, 국세청장은 2003. 12. 22. 이 사건 2003. 2. 13.자 경정청구뿐만 아니라 이 사건 2001. 1. 22.자 경정청구 역시 부적법한 청구라는 취지의 판단을 하였다.
2. 각 처분의 적법여부
 가. 당사자의 주장
 ⑴ 원고의 주장
 이 사건 확정판결에 의하면, 원고가 1996. 12. 사업부제 교사들에게 지급한 수수료로서 1997 사업연도 손금으로 계상한 6,543,791,494원 상당은 1996 사업연도 손금으로 계상되어야 하므로, 당초 1996 사업연도 손금으로 계상하였던 1995. 12. 교사들에게 지급한 수수료 6,126,507,541원 상당이 1995 사업연도 손금으로 계상된다 해도 그 차감금액만큼 1996년도 귀속 법인세에 감액사유가 발생하게 되었다. 또한, 피고의 증액경정처분 당시 새로이 익금으로 산입된 위탁수수료 2,129,103,470원은 지급수수료와 그 성격이 동일하므로 익금 산정에서 제외되어야 한다. 결국, 피고는 원고의 2001. 1. 22.자 및 2003. 2. 13.자 경정청구를 받아들여야 함에도 불구하고 이를 거부하였으므로 위 각 거부처분은 모두 위법하다. 
 ⑵ 피고의 주장
 다음과 같은 이유로 원고의 이 사건 각 감액경정청구는 받아들일 수 없다.
 ㉮ 원고의 이 사건 2001. 1. 22.자 경정청구 부분에 대한 소는 전심절차를 거치지 아니하여 부적법할 뿐더러 이 사건 제1심 각하판결은국세기본법 제45조의2 제2항에서 규정하고 있는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하므로, 원고는동조 제1항에서 정한 감액경정청구를 할 수 있을 뿐인데 해당 청구기간을 도과하였다.
 ㉯ 1996 사업연도 법인세 부과처분은 그 제척기간이 도과하여 피고로서는 이에 대한 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정이나 처분을 할 수 없는바, 원고의 이 사건 2003. 2. 13.자 경정청구는 위 제척기간을 도과한 것이므로 이를 사유로 한 이 사건 2003. 3. 29.자 거부처분은 정당하다.
 ㉰ 원고 주장과 같은 지급수수료에 관한 소득조정사유가 있다 하더라도, 피고의 증액경정처분에서 익금으로 계상된 위탁수수료를 고려하고, 1995년도분 사업제 교사에 대한 성과급을 1996 사업연도 손금에서 1995 사업연도 손금으로 다시 환원하면 1996 사업연도 법인세 감액의 여지가 없게 된다. 
 구체적으로 위탁수수료 부분에 관하여 먼저 살펴보면, 원고는 1997. 1.경 지급수수료의 지급 근거가 되는 사업부제 교사의 수입금액 입금 대상을 전월 익금산정 마감 익일부터 당월 마지막 교실 출장일 익일까지로 변경함으로써 1996. 12.의 경우 1996. 12. 2.부터 1997. 1. 3.까지의 입금분에 대한 수수료를 지급하게 되었는바, 1997. 1. 1.부터 같은 달 3.까지의 수수료는 ‘미도래된 일자에 해당하는 수수료’이므로 이 부분에 대하여 1996 사업연도 손금산입을 부인한 것이다. 따라서 위탁수수료는 지급수수료와 그 성격이 전혀 다른 것으로서 이 사건 확정판결에 의하여 영향을 받는 경정대상에 포함되지 않는다. 
 한편, 사업부제 교사에 대한 성과급 산정은 동 교사에 대한 연간 실지급액이 그 기초가 되므로 성과급과 지급수수료는 서로 연관되어 있어 위 두 항목의 손금귀속시기는 동일하여야 한다. 그렇다면, 이 사건 확정판결의 취지에 따라 1996 사업연도에 손금처리되었던 것으로 1996. 2. 15. 지급된 사업부제 교사들에 대한 1995년도분 성과급 3,310,850,000원 상당은 당초 원고가 신고한 대로 1995 사업연도 손금으로 산입하고, 1996 사업연도에는 손금불산입하여 소득조정을 하게 되면 오히려 손금불산입 부분이 손금산입 부분을 초과하게 되어 법인세 감액의 여지가 없게 된다. 
 나. 관련법령 
 별지 기재와 같다. 
 다. 이 사건 2001. 1. 22.자 경정청구에 대한 거부처분에 관한 판단
 직권으로 이 부분 소의 적법 여부에 관하여 살펴본다.
 앞서 든 증거들에 의하면, ① 피고의 1997. 9. 1.자 감액경정처분은 원고가 당초 신고한 1996 사업연도 법인세에 대하여 감액한 것인 반면, 피고의 증액경정처분은 피고가 2000. 1. 3. 위 감액경정처분에 대하여 다시 원고의 법인세를 13,604,921,290원으로 증액한 것인 사실, ② 원고의 이 사건 2001. 1. 22.자 경정청구의 내용은, 피고의 감액경정처분 중 지급수수료의 익금 6,543,791,494원과 손금 6,126,507,541원을 이 사건 확정판결의 취지에 따라 손금귀속시기를 경정하여 법인세를 감액하여 달라는 것인 사실, ③ 원고의 이 사건 2003. 2. 13.자 경정청구는 피고의 증액경정처분에 대한 것으로서 그 내용은, 위 2001. 1. 22.자 경정청구에서 구하고 있는 위 지급수수료의 손금귀속시기를 경정하여 줄 것과 위 증액경정처분에서 새로이 익금으로 산입된 위탁수수료 2,129,103,470원을 지급수수료와 마찬가지로 이 사건 확정판결의 취지에 따라 손금으로 산입시켜 법인세를 경정하여 달라는 것인 사실을 인정할 수 있고, ④ 원고가 이 사건 2001. 1. 22.자 경정청구를 하였음에도 피고가 아무런 처분을 하지 않아, 2003. 6. 27. 국세청장에게 이 사건 2003. 2. 13.자 경정청구에 대한 심사청구를 하면서 피고의 불처분에 대한 부당성을 지적한 사실은 앞서 본 바와 같다. 
 살피건대, 과세처분이 있은 후 증액경정처분이 있는 경우, 그 증액경정처분은 당초의 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준 및 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초의 처분에서의 과세표준 및 세액을 포함시켜 전체로서의 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 그 증액경정처분만이 쟁송의 대상이 되고, 당초 처분의 취소를 구하는 소는 그 대상이 없는 것으로서 부적법한 것이므로 이를 각하하여야 한다(대법원 2001. 12. 27. 선고 2000두10083 판결 참조).
 그렇다면, 피고의 감액경정처분은 피고의 증액경정처분에 흡수되어 소멸되었으므로 원고는 위 증액경정처분만을 쟁송의 대상으로 삼아야 할 것인바, 피고의 감액경정처분에 대한 불복의 한 방법으로써 제기한 원고의 이 사건 2001. 1. 22.자 경정청구에 대한 피고의 거분처분(국세기본법 제45조의2 제3항은 세무서장으로 하여금 경정청구를 받은 날로부터 2월 이내에 그에 관한 결정을 하여 통지하도록 규정하고 있는데, 피고는 원고의 위 경정청구에 대하여 아무런 처분을 하지 않아 원고가 2003. 6. 27. 국세청장에게 피고의 위 불처분에 대한 불복의 의사표시를 하였으므로 이 무렵 거부처분이 있었다고 봄이 상당하다)에 관한 원고의 이 부분 취소청구는 그 대상이 소멸하여 부적법하다고 할 것이다(한편, 원고의 이 사건 2003. 2. 13.자 경정청구 취지는 이 사건 2001. 1. 22.자 경정청구의 내용을 모두 포함하고 있고, 원고는 피고의 감액경정처분 및 증액경정처분 모두에 대하여 경정청구를 하였으나 피고가 이를 거부하자 원고가 다시 피고의 각 거부처분에 대한 취소를 구하고 있으므로, 이 사건 2001. 1. 22.자 경정청구에 대한 피고의 거부처분에 관한 취소를 구하는 이 부분 소를 각하한다고 하여도, 소송물의 변경으로 인한 소 변경의 문제를 발생시키지도 않으며 당사자에게 불리한 점을 야기하지도 않는다).
 따라서, 원고의 이 부분 소는 부적법하므로 각하되어야 한다. 
 라. 이 사건 2003. 3. 29.자 거부처분의 적법여부
 ⑴ 제척기간 도과 부분에 대한 판단
국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 의하면, 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있는바, 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는, 납세의무자는 국세부과권의 제척기간이 경과한 후라도국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 규정에 따른 경정청구를 할 수 있다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결 참조).
 그렇다면 이 사건 확정판결의 소송경위와 내용에 비추어, 이 사건 확정판결은 이 사건 지급수수료와 관련하여국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 또는제5호에서 정하고 있는 후발적 경정사유에 해당하고, 원고의 이 사건 2003. 2. 13.자 경정청구 시기가 이 사건 판결확정이라는 후발적 경정사유가 발생한 날인 2003. 1. 24.로부터국세기본법 제4조의2 제2항에서 정한 2월이 경과하지 아니하였음은 역수상 명백하므로 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.
 ⑵ 위탁수수료 부분에 대한 판단 
 ㈎ 앞서 든 증거들과 갑 제10, 11, 12호증, 을 제3호증의 1 내지 9의 각 기재에 의하면, ① 사업부제 교사에게 지급되는 월 수수료 액수는, 동 교사들이 회원들로부터 수금해오는 회비를 기초로 하여 결정되는데, 원고는 1997. 1.경 사업부제 교사가 수금하여 입금하는 대상을 종전의 ‘매월 1일부터 말일까지의 입금액’에서 ‘전월 입금산정 마감 익일부터 당월 마지막 교실 출장일 익일까지의 입금액’으로 변경한 사실, ② 원고가 위와 같이 지급수수료 산정 기초가 되는 회비 입금액의 범위에 관한 규정을 개정한 이유는, 사업부제 교사가 해당월 말일에 회원들로부터 수금을 하였으나 그날이 공휴일이거나 은행 영업시간이 지나서 원고에게 즉시 입금을 하지 못하고 다음 영업일에 입금하는 경우, 그 말일의 다음 영업일에 입금을 한 경우에도 해당월에 입금이 된 것으로 취급하여 해당월의 수수료 지급대상이 될 수 있도록 실무상 처리하여 왔는데 이를 규정의 개정을 통하여 명확히 하려고 한 사실, ③ 피고는 1999. 9.경 원고의 1996 사업연도 법인세를 다시 조사한 후 위 규정 변경을 근거로 1997. 1. 1.부터 같은 달 3.까지의 지급수수료는 ‘미도래된 일자에 해당하는 수수료’에 해당한다는 이유로 이 부분을 새로이 만든 위탁수수료 계정에 계상한 후 이에 대하여 1996 사업연도 손금산입을 부인하여 증액경정처분을 한 사실, ④ 한편, 1996. 12. 31.은 화요일, 1997. 1. 1.과 같은 달 2.은 법정 공휴일이었던 사실을 인정할 수 있다. 
 ㈏ 위 인정사실에 의하면, 피고가 원고의 1996 사업연도 법인세 계산에 있어서 손금산입을 부인한 1997. 1. 1.부터 같은 달 3.까지의 지급수수료를 산정하는데 있어서 기초가 되는 회비 수금액은, 사업부제 교사들이 1996. 12. 31.까지 수금한 회비를 그 다음날인 1997. 1. 1.과 같은 달 2.이 공휴일인 관계로 입금하지 못하고 다음 영업일인 1997. 1. 3. 입금한 것으로서 1996. 12.분 회비에 포함된다고 봄이 상당하므로 이 사건 지급수수료와 그 성격이 동일하다고 할 것이다. 따라서, 이 사건 지급수수료가 이 사건 확정판결의 취지에 따라 경정되어야 하는 것과 마찬가지로 위 위탁수수료 부분 역시 1996 사업연도 손금으로 산입되어야 하므로, 이와 달리 위탁수수료를 익금으로 산입한 피고의 이 사건 2003. 3. 29.자 거부처분은 위법하다. 
 ⑶ 성과급 손금불산입 부분에 대한 판단
 ㈎ 인정사실
 을 제1호증의 1 내지 10, 을 제6, 7, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음 사실을 인정할 수 있다. 
 1) 원고는 일정 기준성과의 달성시 그에 따른 경영성과의 배분 및 환원을 위하여 개인들에게 성과급을 지급하여 오고 있었는데, 사업부제 교사를 성과급 지급대상에 포함시키는 이유는 소속감 증대 및 조직력 강화를 유도하기 위해서다. 원고는 1994. 12.경 ① 성과급 지급대상 : 성과산정기간인 1995. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 1년 동안 지점·사업국 단위별로 목표달성률이 100% 이상인 지점 또는 사업국에 소속된 사업부제 교사와 일반 직원, ② 성과급 기초액(Base) 산정 기준 : 사업부제 교사의 경우 6급 1호 정식 직원의 연간 실지급액(12,273,600원), 일반 직원의 경우 연간 실지급액(1995. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지), ③ 지급시기 : 1996년 2월 이내(변동가능 전제함)로 하는 1995년도 성과급 지급 방침을 정하였다. 
 2) 그 후 원고는 1996. 2. 1.경 1995년 1년 동안의 경영성과를 산출한 다음 1995. 12. 31. 현재 조직원수와 직원 월평균급여액 12,960,000원을 기준(사업부제 교사의 경우 6급 1호 정식직원의 연간실지급액인 12,273,600원을 기준)으로 총 4,893명(직원 1,610명, 사업부제 교사 3,283명)에게 총 6,336,550,000원을 1996. 2. 15. 지급하기로 하는 성과급 지급안을 확정하고, 위 지급예정기일에 성과급을 지급하였다.
 3) 그런데 원고는 1995 사업연도 법인세 신고시 위와 같이 지급된 성과급을 1995년 귀속 손금으로 계상하였으나, 피고는 위 성과급 중 사업부제 교사들에게 지급된 성과급 합계 3,310,850,000원에 대하여는 1995년도에 권리의무관계가 확정된 것이 아니라고 보아 이를 적출하여 1995 사업연도 소득에 손금불산입하고, 1996 사업연도 소득에 손금산입한 다음 원고에 대한 1996 사업연도 법인세 감액경정결정시 이를 반영하였다.
 ㈏ 판단
 1) 앞서 본 바와 같이, ① 성과급은 원고 회사의 정규 직원 및 사업부제 교사 모두에게 지급되는 것이 아니라 지점별 성과 달성률에 근거하여 지점 소속 직원과 사업부제 교사에게 지급되는 점과 ② 성과금 기초액(Base)을 산정하는 기준이 일반 직원에 대해서는 각각의 개인 직원의 연간 실지급액으로 하는데 반해 사업부제 교사의 경우에는 6급 1호 정식 직원의 연간 실지급액(12,273,600원)으로 하여 지급수수료와는 아무런 관련이 없는 점 등에 비추어 보면, 성과급은 특정 지점별 소속 직원 및 사업부제 교사에게 지급되는 일종의 상여금으로서, 사업부제 교사 개개인의 업무에 대한 대가 성격을 갖는 지급수수료와는 그 성격이 다르다고 할 것이다. 따라서, 이 사건 지급수수료가 여러 가지 업무에 대한 대가의 성격을 가지고 있고, 그 업무를 대응하는 대상별로 구분하는 것이 현실적으로 불가능하다는 이유 등으로 원고가 취한 손금의 귀속시기 결정방법을 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 회계기준에 부합한다고 판단한 이 사건 확정판결의 법리가, 이 사건 성과급에 대한 손금 귀속시기에 그대로 적용된다고 볼 수 없으므로 이에 대해서는 일반적인 손금 귀속시기에 관한 법리에 의하여야 할 것이다. 
 살피건대,법인세법 제40조 제1항은 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속시기는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하도록 규정하고 있는바, 원고의 사업부제 교사들에 대한 1995년도 성과급 지급의무와 금액은 1996. 2. 1. 성과급 지급안 확정과 같은 달 15. 성과급 지급으로 1996. 2.경 확정되었으므로, 이는 1996 사업연도에 귀속될 손금으로 인정함이 상당하고, 피고가 당초 이와 같이 손금처리한 것은 정당하다고 할 것이다. 그렇다면, 이 사건 후발적 감액경정 사유로 인하여 이 사건 지급수수료가 경정되어야 함에도 불구하고, 1996 법인세 부과시 당초 이 사건 성과급에 대하여 손금산입한 것을 다시 손금불산입하면 원고에 대한 1996 사업연도 법인세액에 감액의 여지가 없게 된다는 피고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.
 ⑷ 소결
 앞서 판단한 바와 같이, 국세부과권의 제척기간이 경과한 후라도 후발적 사유에 의한 경정청구가 가능하므로 이 사건 확정판결에 의하여 이 사건 지급수수료 및 위 위탁수수료 부분은 모두 경정되어야 하며, 피고가 이 사건에서 1996 사업연도에 손금불산입을 주장하는 위 성과급 부분은 본래 피고의 처분대로 손금산입하여야 할 것이다. 그렇다면, 이 사건 지급수수료와 위탁수수료의 경정을 거부하는 피고의 이 사건 2003. 3. 29.자 거부처분은 위법하다. 
3. 결론
 결국, 피고의 이 사건 2003. 3. 29.자 거부처분에 대한 취소를 구하는 원고의 이 부분 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 이 사건 2001. 1. 22.자 경정청구에 대한 거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하여야 할 것이다. 따라서, 이와 결론을 달리한 제1심 판결의 원고 패소부분은 부당하므로 이를 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 소를 각하하며, 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 김이수(재판장) 함상훈 김진형