법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2019.01.25 / 시행일:

【원 고】 농업협동조합중앙회 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 조윤희 외 2인)
【피 고】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 남산 담당변호사 이창 외 1인)
【변론종결】2019. 1. 18.
【주 문】
 1. 피고가 2013. 11. 5. 원고에게 한 2008 사업연도 법인세 347,041,753,463원(가산세 포함)의 부과처분 중 337,165,099,959원을 초과하는 부분, 2009 사업연도 법인세 177,719,655,645원(가산세 포함)의 부과처분 중 169,997,956,355원을 초과하는 부분, 2010 사업연도 법인세 115,617,971,467원(가산세 포함)의 부과처분 중 104,504,011,574원을 초과하는 부분, 2011 사업연도 법인세 202,658,974,163원(가산세 포함)의 부과처분 중 193,598,930,313원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 
 3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 

【청구취지】 주문 제1항 기재 각 처분과 피고가 2013. 11. 19. 원고에게 한 2010 사업연도 법인세 443,165,341원의 원천징수처분, 가산세 45,232,339원의 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 회원의 공동이익 증진과 건전한 발전을 목적으로 농업협동조합법에 의해 설립된 법인으로서 회원에 대한 교육·지원 사업, 농업경제사업, 축산경제사업, 상호금융사업 등을 영위하고 있다.
 나. 서울지방국세청장은 2013. 5. 27.부터 같은 해 10. 23.까지 원고에 대한 법인제세통합조사를 실시한 후, 피고에게 아래와 같은 조사결과를 통보하였다.
 1) 원고의 회원인 지역조합과 품목조합(이하 ‘회원조합’이라 한다)은 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지 소속 조합원 등 공제계약자로부터 공제료를 받은 후 일정기간 내에 미리 약정한 사고가 발생할 경우 공제계약자에게 공제금을 지급하는 공제사업을 영위하였고, 원고는 위 기간에 회원조합으로부터 재공제료를 받고 회원조합이 공제계약에 의해 부담하는 공제책임을 인수하는 재공제사업을 영위하였다. 원고는 위 기간에 재공제사업에서 발생한 이익 중 약 97,095,000,000원(= 2008 사업연도 약 9,052,000,000원 + 2009 사업연도 약 22,479,000,000원 + 2010 사업연도 약 34,397,000,000원 + 2011 사업연도 약 31,167,000,000원)을 재공제이익수수료라는 명목으로 회원조합에 배분하면서 이를 영업비용으로 회계처리하여 손금산입하였다. 그러나 이는 영업비용이 아닌 잉여금의 처분에 해당하는바, 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 따라 잉여금의 처분은 손금에 산입할 수 없으므로, 위 기간에 재공제이익수수료라는 명칭으로 회원조합에 배분된 약 97,095,000,000원은 손금불산입되어야 한다(이하 ‘이 사건 제1 처분사유’라 한다).
 2) 원고는 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지 박경심 등 62명의 채무자(이하 ‘62명의 채무자’라 한다)에게 합계 약 11,056,711,000원(= 2008 사업연도 약 3,549,825,000원 + 2009 사업연도 약 3,726,259,000원 + 2010 사업연도 약 2,617,668,000원 + 2011 사업연도 약 1,162,959,000원)의 이자를 감면하면서 위 감면액 전액을 손금산입하였다. 그러나 원고는 62명의 채무자와 거래관계를 원활히 할 목적으로 위와 같은 감면을 한 것이므로, 이는 접대비에 해당한다. 따라서 접대비 한도 초과액은 손금불산입되어야 한다(이하 ‘이 사건 제2 처분사유’라 한다). 
 3) 원고는 한국채택국제회계기준(이하 ‘K-IFRS’라 한다) 도입을 위해 신용 신시스템과 K-IFRS시스템(이하 ‘이 사건 시스템’이라 한다)을 구축하는 과정에서 원고 소속 근로자들로 구성된 이 사건 시스템 개발팀을 조직하였다. 원고는 2008 사업연도, 2010 사업연도, 2011 사업연도에 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들에게 지급한 급여를 영업비용으로 회계처리하여 손금산입하였으나, 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 (바)목에 따라 위 급여는 무형자산인 개발비로 계상한 후 감가상각을 하여야 하므로, 감가상각 한도초과액은 손금불산입되어야 한다(이하 ‘이 사건 제3 처분사유’라 한다). 
 4) 원고는 지방세 등을 납부할 수 있는 공과금수납기 1,864대를 금융리스 방식으로 취득하여 지역조합에 설치하면서 2009년 3월경부터 2011년 9월경까지 리스료로 합계 약 4,964,867,078원을 지출하였다. 원고는 위 리스료를 영업비용으로 회계처리하여 손금산입하였으나, 위 리스료는 지역조합과 거래관계를 원활히 할 목적으로 지출된 것이므로 접대비에 해당한다. 따라서 접대비 한도 초과액은 손금불산입되어야 한다(이하 ‘이 사건 제4 처분사유’라 한다). 
 5) 주식회사 씨앤중공업(이하 ‘씨앤중공업’이라 한다)은 2008년경 외국법인인 Van-Clipper Holding Co., Ltd(이하 ‘밴클리퍼’라 한다)로부터 선박의 건조를 도급받았고(이하 ‘이 사건 선박건조계약’이라 한다), 원고는 밴클리퍼와 씨앤중공업이 선박을 정해진 기일에 인도하지 못하는 등 채무를 불이행할 경우 씨앤중공업이 밴클리퍼로부터 수령한 선수금과 그에 관한 환급가산금(선수금을 환급하는 날까지 일정한 이율을 적용하여 산정한 가산금)을 밴클리퍼에 반환하기로 하는 내용의 선수금환급보증계약을 체결하고 선수금환급보증서(Refund Guarantee)를 발급하였다. 씨앤중공업의 선박인도 지연으로 2010. 4. 30.경 이 사건 선박건조계약이 해제되면서 원고는 2010년경 밴클리퍼에 선수금 약 19,122,000,000원과 그에 관한 환급가산금 2,219,989,486원(이하 ‘이 사건 환급가산금’이라 한다)을 지급하였다. 이 사건 환급가산금은 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제93조 제11호 (나)목, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제132조 제10항에 규정된 기타소득으로서 외국법인인 밴클리퍼의 국내원천소득에 해당한다. 따라서 원고는 이에 관한 법인세를 원천징수하였어야 함에도 이를 하지 아니하였으므로, 원고로부터 원천징수법인세를 징수하여야 한다(이하 ‘이 사건 제5 처분사유’라 한다). 
 다. 피고는 서울지방국세청장의 조사결과 통보에 따라 2013. 11. 5. 원고에게 이 사건 제1 내지 4 처분사유 등을 이유로 별지 1 목록 1의 ② 기재와 같이 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 각 법인세(각 가산세 포함, 이하 같다) 부과처분을 하였고, 같은 달 19. 원고에게 이 사건 제5 처분사유를 이유로 별지 1 목록 2 기재 법인세 원천징수처분과 가산세 부과처분을 하였다. 
 라. 원고는 위 각 처분에 불복하여 2014. 1. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2016. 10. 31. 이 사건 제1 내지 4 처분사유를 제외한 나머지 처분사유에 관한 원고의 청구를 받아들여 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 각 법인세 부과세액 중 일부를 감액경정한다고 결정하였고, 이에 따라 피고는 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 각 법인세 부과세액 중 일부를 감액경정하였다. 또한 피고는 이 사건 소송 제기 이후 이 법원이 한 조정권고에 따라 이 사건 제1 내지 4 처분사유를 제외한 나머지 처분사유에 관한 원고의 청구를 받아들여 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 각 법인 부과세액 중 일부를 감액경정하였다. 이에 따른 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 각 법인세 최종 부과세액은 별지 1 목록 1의 ③ 기재와 같다(이하 피고가 2013. 11. 5. 원고에게 한 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 각 법인세 부과처분 중 위와 같이 감액경정되고 남은 부분을 ‘이 사건 각 법인세 부과처분’이라 하고, 피고가 같은 달 19. 원고에게 한 법인세 원천징수처분과 가산세 부과처분을 ‘이 사건 법인세 원천징수처분’이라 한다).
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 이 사건 각 법인세 부과처분 중 별지 1 목록 1의 ④ 기재 정당세액을 초과하는 부분과 이 사건 법인세 원천징수처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.
1) 이 사건 제1 처분사유 관련
 원고가 회원조합에 지급한 재공제이익수수료는 잉여금의 처분에 해당하지 않는다. 그 이유는 아래와 같다.
 가) 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호가 손금산입을 허용하지 아니하는 잉여금의 처분이란 잉여금, 즉 법인의 영업활동을 통하여 발생된 이익에서 영업활동에 필요한 비용을 공제하고 남은 잔액의 누적분을 감소시키는 것을 의미한다. 따라서 법인의 특정 지출이 영업활동에 필요한 비용에 해당하여 잉여금 처분 전 단계에서 손금산입된 이상 이미 손금산입이 완료된 특정 지출을 잉여금 처분으로 보는 것은 허용될 수 없다. 
 원고와 회원조합이 체결한 재공제계약은 민영 보험회사와 민영 재보험회사가 체결한 재보험계약과 그 성격이 동일하다. 원고는 회원조합으로부터 수익성 있는 공제계약 인수를 유도하기 위해 회원조합에 ‘재공제이익수수료’를 지급하고 있는데 이는 재보험회사가 보험회사에 지급하는 ‘재보험이익수수료’와 마찬가지로 매출에누리 또는 판매부대비용의 성격을 가지고 있다. 설령 재공제이익수수료가 재보험이익수수료와 실질이 다르다고 하더라도 재공제이익수수료는 법인세법상 손금의 요건인 업무관련성과 통상성 및 수익관련성을 갖추고 있으므로 매출에누리 또는 판매부대비용에 해당한다. 따라서 재공제이익수수료는 잉여금 처분 전 단계에서 손금산입되어야 한다.
 나) 현행 관계 법령상 사업이용실적에 대한 잉여금의 배당(일명 ‘이용고배당’)이 잉여금의 처분으로 간주되는 것은 사실이다. 그러나 이용고배당은 출자에 따른 반대급부로 지급되는 일반적인 배당과는 달리 거래가격의 사후적 조정의 성격을 가지고 있으므로, 이를 잉여금의 처분으로 보는 것은 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호의 취지에 부합하지 않는다. 또한 이용고배당은 잉여금을 그 재원으로 삼고 있는 반면, 재공제이익수수료는 잉여금을 그 재원으로 삼고 있지 않으므로, 양자를 동일시 할 수도 없다. 
 다) ① 법인세비용까지 공제한 것이 잉여금이므로 잉여금에서 다시 법인세비용을 납부하는 것은 잉여금의 개념상 허용될 수 없는데, 구 농업협동조합공제사업감독기준(2012. 3. 1. 농림수산식품부고시 제2012-29호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘구 공제사업감독기준’이라 한다) 제57조 제2호, 원고의 공제규정(이하 ‘공제규정’이라 한다) 제126조 제2항은 재공제이익수수료의 재원(財源)인 경영성과지분을 법인세비용으로 사용한다고 규정하고 있는 점, ② 농업협동조합법 제35조 제1항 제8호는 잉여금의 처분은 총회의 의결을 거쳐 이루어져야 한다고 규정하고 있는데, 농업협동조합법이나 원고의 정관 등 관계 법령과 규정 어디에도 재공제이익수수료 배분 시 총회의 의결을 거치도록 규정한 조항은 존재하지 않는 점, ③ 공제규정 제190조의3 제1항은 재공제이익수수료 배분을 의무사항으로 규정하고, 구 공제사업감독기준 제57조의2, 공제규정 제190조의2, 제190조의3 등은 그 산출방식을 특정하여 규정하고 있으므로, 원고는 원고의 의사와 상관없이 무조건 회원조합에 특정 액수의 재공제이익수수료를 지급해야 하는 점 등을 종합하면, 재공제이익수수료의 배분이 잉여금의 처분에 해당한다고 볼 수 없다.
2) 이 사건 제2 처분사유 관련
 원고가 이자를 감면해 준 62명의 채무자는 이자의 감면을 통해 원금을 회수하는 것이 채권관리상 실익이 있다고 판단된 무자력 채무자이다. 원금의 회수를 목적으로 무자력 채무자에게 이자를 감면해 주는 것은 다른 금융기관들도 하는 정상적인 영업행위이므로, 이는 일반적으로 인정되는 통상비용으로서 손금에 해당한다. 
 무자력 채무자에 대한 이자 감면을 접대비로 계상하기 위해서는 이자수익의 손익귀속시기가 도래하여야 하는데, 관련 규정상 연체기간이 90일 이상인 연체대출채권과 기타 수익실현가능성이 낮은 채권에 대한 미수이자를 회계처리하지 못하도록 규정하고 있어 실제로 수입되기 전까지는 이자수익의 손익귀속시기가 도래할 수 없으므로, 이를 접대비로 계상하는 것은 허용될 수 없다. 또한 접대, 향응, 오락 답례 및 이와 유사한 방식으로 지출된 금원으로서 친목을 두텁게 할 목적으로 지출된 금원만이 법인세법상 접대비에 해당하는데, 62명의 채무자에 대한 이자 감면은 접대, 향응, 오락 답례 및 이와 유사한 방식으로 지출된 금원에 해당하지 않고, 친목을 두텁게 할 목적으로 지출된 금원도 아니므로, 이는 법인세법상 접대비에 해당하지 않는다.
3) 이 사건 제3 처분사유 관련
법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 (바)목은 감가상각의 대상이 되는 무형자산인 개발비를 ‘당해 법인이 개발비로 계상한 것’으로 한정하고 있다. 원고는 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들 중 상당수가 이 사건 시스템 구축 이외의 다른 업무도 겸직하고 있어 이 사건 시스템 구축 관련 부분만을 합리적으로 구분하기 어려운 사정 등을 고려하여 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들에게 지급한 급여를 영업비용으로 회계처리하였다. 원고가 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들에게 지급한 급여를 영업비용으로 회계처리한 이상 과세관청이 자의적으로 이를 감가상각의 대상이 되는 무형자산인 개발비로 계상하는 것은 허용될 수 없다.
4) 이 사건 제4 처분사유 관련
 지방자치단체의 금고를 유치하기 위해서는 공과금수납기 등 지방세입금 납부편의를 위한 각종 시설을 갖추어야 한다. 원고는 지방자치단체의 금고를 유치하기 위해서 금융리스 방식으로 공과금수납기를 취득하여 공과금수납기가 설치되어 있지 않은 지역조합에 이를 설치하였고, 이를 통해 다수의 지방자치단체 금고를 유치하여 상당한 수익을 얻었다. 따라서 공과금수납기에 대한 리스료는 수익을 창출하기 위한 비용으로서 법인세법상 손금에 해당하고 접대비에 해당하지 않는다. 
5) 이 사건 제5 처분사유 관련
 이 사건 환급가산금은 손해배상이 아닌 이 사건 선박건조계약의 해제에 따른 원상회복을 목적으로 지급된 금원이다. 따라서 이 사건 환급가산금은 구 법인세법 제93조 제11호 (나)목, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제132조 제10항에 규정된 기타소득인 ‘국내에서 재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 지급받는 손해배상’에 해당하지 않는다. 
 설령 이 사건 환급가산금이 손해배상에 해당한다고 보더라도, 밴클리퍼는 씨앤중공업에 지급할 선수금을 외국금융기관으로부터 차용하면서 리보금리(London inter-bank offered rate, 이하 ‘리보금리’라 한다)에 연 3% 내지 4%를 가산한 이율의 이자를 지출하는 등 이 사건 선박건조계약을 신뢰하여 지출한 제반 비용 상당액의 손해를 입었으므로, 이 사건 환급가산금이 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제132조 제10항에 규정된 ‘본래의 계약내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘어 배상받는 금전’에 해당된다고 볼 수 없다. 
 따라서 이 사건 환급가산금은 밴클리퍼의 국내원천소득에 해당하지 않는다.
나. 관계 법령과 원고의 규정 및 K-IFRS
 별지 2 관계 법령 등 기재와 같다.
다. 이 사건 제1 처분사유에 관한 판단
1) 인정사실
 가) 회원조합은 조합원 간 상호부조 등을 목적으로 1961년경부터 조합원으로부터 공제료를 받아 일정기간 내에 미리 약정한 사고가 발생할 경우 조합원에게 공제금을 지급하는 공제사업을 시작하였고, 1977년경 국민생명보험 주식회사를 인수하면서 가입대상을 조합원 이외의 자로 확대하였다. 원고는 회원조합으로부터 재공제료를 받고 회원조합이 공제계약에 의해 부담하는 공제책임을 인수하는 재공제사업을 영위하였는데, 모든 공제상품은 원고가 개발하였고 회원조합은 원고가 개발한 공제상품을 조합원 등에게 판매하는 업무만을 주로 수행하였다(원고는 공제상품 판매의 대가로 회원조합에 판매수수료를 지급하였다).
 나) 회원조합이 체결한 공제계약은 예외 없이 전부 원고에게 재공제되었는데, 그 과정에서 회원조합이 공제계약자로부터 지급받은 공제료 등 공제사업 관련 자산은 전부 원고에게 이전되었고, 공제계약에 따른 위험은 전적으로 원고가 부담하였다.
 다) 원고와 회원조합이 체결한 재공제계약(을 제9호증)의 주요 내용은 아래와 같다.
제1조(재공제계약의 체결)회원조합이 체결한 공제계약에 의하여 부담하는 공제책임의 전부를 원고에 재공제하기 위한 재공제계약의 체결은 이 기본계약에 의한다.?제3조(공제약관, 공제증권, 기타 모든 서식)회원조합이 공제계약을 체결할 때에 필요한 공제약관, 공제증권 및 기타 모든 서식은 원고가 정하는 바에 의한다.?제6조(재공제금의 지급)회원조합은 원고가 지급할 재공제금액이 확정된 후 또는 원고의 승낙을 얻은 후가 아니면 그 재공제계약에 관한 공제계약의 공제금을 지급하지 아니한다.?제13조(공제계약에 대한 회원조합의 업무처리)공제계약 및 재공제계약에 관한 회원조합의 업무처리는 원고가 정하는 업무취급 요령 또는 원고가 지시하는 바에 의한다.
 라) 원고는 구 공제사업감독기준 제57조, 제57조의2, 공제규정 126조, 제190조의2, 제190조의3 등에 따라 매 사업연도 말에 재공제사업 관련 결산을 하면서 책임준비금을 적립한 후 남은 잔여액을 유배당공제손익, 무배당공제손익, 자본계정운용수익으로 구분하여 처리하였고, 그 중 무배당공제손익과 유배당공제손익의 100분의 10 이하의 합계액으로 이루어진 경영성과지분에 재공제지분율과 회원조합의 기여율 등을 곱하여 산출한 금액을 재공제이익수수료라는 명목으로 회원조합에 배분하였다. 원고가 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지 회원조합에 배분한 재공제이익수수료는 합계 약 97,095,000,000원(= 2008 사업연도 약 9,052,000,000원 + 2009 사업연도 약 22,479,000,000원 + 2010 사업연도 약 34,397,000,000원 + 2011 사업연도 약 31,167,000,000원)에 이른다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제8, 9, 16, 23, 26, 27호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2) 판단
법인세법 제19조 제1항은 "손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다."고 규정하고, 제20조 제1호는 ‘결산을 확정할 때 잉여금 처분을 손비로 계상한 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다. 잉여금이란 법인의 순자산액에서 자본금을 공제한 금액으로서 자본거래에서 발생한 자본잉여금과 영업활동에서 발생한 이익잉여금을 말하고, 그 중 이익잉여금만이 결산 후 주주총회의 승인을 얻어 이익잉여금처분계산서에 의하여 배당 등으로 처분된다. 통상 잉여금의 처분이라 함은 이러한 이익잉여금의 처분을 의미하는데, 특정 금원이 결산 후 주주총회의 승인을 얻어 이익잉여금처분계산서에 의하여 배당 등으로 처분되지 않고 수수료 등의 형식을 취하여 처분되더라도 그 실질이 법인에 유보된 이익잉여금을 주주에게 분여하기 위해 이루어진 것이라면 이는 잉여금의 처분으로 보아야 한다.
 을 제7호증의 기재와 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의해 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고가 회원조합에 배분한 재공제이익수수료는 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의해 손금불산입 대상이 되는 잉여금의 처분에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 가) 구 공제사업감독기준과 공제규정은 재공제이익수수료를 ‘원고가 회원조합으로부터 재공제를 인수하여 얻은 이익금의 일부를 매 공제사업 결산기에 환급해 주는 것’으로 정의하면서(구 공제사업감독기준 제2조 제11호), 매 사업연도 말에 재공제사업 관련 결산을 하면서 책임준비금 적립 후 남은 잔여액 중 무배당공제손익과 유배당공제손익의 100분의 10 이하의 합계액에 재공제지분율과 회원조합의 기여율 등을 곱하여 산출한 금액을 재공제이익수수료라는 명목으로 회원조합에 배분하도록 규정하고 있다(구 공제사업감독기준 제57조, 제57조의2, 공제규정 제126조, 제190조의2, 제190조의3 등). 위 각 규정에 의한 재공제이익수수료 배분은 매 사업연도 공제사업 관련 결산을 마친 후 이익이 남는 경우에 한하여 원고의 주주인 회원조합만을 대상으로 하여 이루어지고 이익이 남지 않는 경우에는 이루어지지 않으므로 그 실질이 잉여금의 처분에 부합하다.
 나) 협동조합은 조합원 간 상호부조 등을 목적으로 하는 단체로서 일반적인 영리법인과는 달리 이용자가 출자를 하고, 의결권을 행사하며, 이용규모를 기준으로 이익을 배분받는 특성을 가지고 있다. 농업협동조합법은 이러한 협동조합의 특성을 반영하여 이용자인 회원이 원고에 출자하고(농업협동조합법 제117조), 원고의 총회에 참석하여 의결권을 행사하며(농업협동조합법 제122조), 사업이용실적 등에 따라 잉여금을 배당받도록 규정하고 있다(농업협동조합법 제161조, 제68조 제3항 제1호, 제2호). 조합원의 사업이용실적에 따른 잉여금의 배당, 즉 이용고배당은 원고가 영위하는 사업별로 배분된 이용고배당액에 각 회원의 사업이용률을 곱하여 산출되는바(원고의 정관 제126조 제2항, 을 제7호증 참조), 사업이용실적에 따른 잉여금의 배분이라는 측면에서 이용고배당과 재공제이익수수료 배분 사이에 아무런 차이가 없음에도 이용고배당은 잉여금의 처분으로 보고 재공제이익수수료 배분은 잉여금의 처분이 아닌 매출에누리나 판매부대비용으로 보는 것은 불합리하다.
 다) 재보험계약이란 원보험자(민영 보험회사)가 인수한 보험계약상의 책임 전부 또는 일부를 재보험자(민영 재보험회사)에 인수시킴으로써 원보험자의 인수능력 증대와 재보험자의 대수의 법칙에 따른 보험위험의 합리적 운용을 주된 기능으로 하는 보험계약을 말한다. 재보험계약을 체결하는 경우 원보험자는 보험계약에 따른 위험을 재보험자에 분산시킴으로써 사업영역 확장, 재무구조 개선 등의 효과를 거둘 수 있다.
 민영 보험회사는 자신이 설계한 보험상품을 판매하여 보험계약에 따른 이익을 얻으면서 단지 보험계약에 따른 위험을 분산시키려는 목적으로 민영 재보험회사와 재보험계약을 체결하고 있다. 반면, 회원조합은 스스로 공제상품을 설계할 능력이 없기 때문에 원고가 설계한 공제상품을 판매하면서 원고로부터 판매수수료 등만을 지급받을 뿐이고, 공제사업 관련 자산은 전부 원고에게 이전되어 공제계약에 따른 이익은 회원조합이 아닌 원고에게 귀속되며, 공제계약에 따른 위험은 전적으로 원고가 부담하여 회원조합이 부담하는 위험은 존재하지 않는다. 이처럼 원고와 회원조합이 체결한 재공제계약과 민영 보험회사와 민영 재보험회사가 체결한 재보험계약은 그 성격이 본질적으로 상이하므로, 민영 재보험회사가 민영 보험회사에 지급하는 재보험이익수수료와 원고가 회원조합에 지급하는 재공제이익수수료를 동일시할 수 없다. 오히려 위와 같은 회원조합과 원고의 역할 등에 비추어, 원고가 영위하는 재공제사업은 민영 보험회사가 영위하는 보험사업과 그 성격이 상당 부분 유사하다고 볼 수 있으며, 그렇기 때문에 구 공제사업감독기준도 ‘원고는 민영 재보험회사와 재보험계약을 체결할 수 있다’는 조항(제2조 제8호)을 두고 있는 것으로 보인다.
 라) 민영 재보험회사는 자신이 관여할 수 없는 이미 체결된 보험계약을 인수하기 때문에 수익성 있는 보험계약을 선별하여 인수하는 것이 재보험사업의 이익을 증진시키는 본질적인 요소가 된다. 반면, 원고는 스스로 공제상품을 개발하고 회원조합에 업무처리방향을 지시하며 원고의 업무처리방향 지시에 따라 회원조합이 체결한 공제상품을 예외 없이 전부 인수하여야 하기 때문에, 재공제사업의 이익을 증진시키는 본질적인 요소는 원고가 수익성 있는 공제상품을 개발하는 데에 있지 수익성 있는 공제계약을 선별하여 인수하는 데에 있지 아니하다. 따라서 수익성 있는 보험계약을 인수한 대가로 지급되는 재보험이익수수료와 달리 재공제이익수수료는 재공제사업의 수익과 직접 관련하여 발생한 비용이라고 볼 수 없다. 
 마) 무엇보다 원고가 회원조합에 지급한 재공제이익수수료를 수익성 있는 공제계약을 인수한 대가로서 지급된 매출에누리 또는 판매부대비용으로 보려면, 비록 원고가 당해 사업연도에 재공제사업을 영위하면서 손실을 보더라도 당해 사업연도에 특정 회원조합과의 관계에서는 이익을 보았다면 그 회원조합에는 재공제이익수수료가 지급되어야 한다. 실제로 민영 재보험회사들은 당해 사업연도에 재보험사업을 영위하면서 손실을 보더라도 당해 사업연도에 이익을 가져다 준 민영 보험회사에는 재보험이익수수료를 지급하고 있는 것으로 보인다. 그런데 원고는 당해 사업연도에 재공제사업과 관련하여 손실을 볼 경우에는 특정 회원조합과의 관계에서 이익을 보더라도 그 회원조합에 재공제이익수수료를 지급하지 않는바, 원고가 회원조합에 배분하는 재공제이익수수료는 그 실질이 매출에누리나 판매부대비용에 부합하지 않는다.
 바) 구 공제사업감독기준 제57조 제2호는 ‘경영성과지분을 법인세비용의 납부재원으로 사용한다’고 규정하고 있다. 법인세비용까지 공제하고 남은 것이 잉여금임을 고려할 때 위와 같은 규정이 잉여금의 처분 개념에 부합하지 않은 측면이 있는 것은 사실이다. 그러나 구 공제사업감독기준을 제정한 농림수산식품부는 잉여금의 개념에 관한 진지한 고민 없이 만연히 위와 같은 조항을 규정한 것으로 보이는바, 위 조항만을 가지고 재공제이익수수료 배분이 잉여금의 처분에 해당함을 부정할 수는 없다. 
 사) 앞서 언급한 바와 같이, 특정 금원이 결산 후 총회의 승인을 얻어 이익잉여금처분계산서에 의하여 배당 등으로 처분되지 않고 수수료 등의 형식을 취하여 처분되더라도 그 실질이 법인에 유보된 이익잉여금을 주주에게 분여하기 위해 이루어진 것이라면 이는 잉여금의 처분으로 보아야 한다. 따라서 관계 법령에 재공제이익수수료 배분 시 총회의 의결을 거치도록 규정한 조항이 존재하지 않더라도 그와 같은 사정만을 가지고 재공제이익수수료 배분이 잉여금의 처분에 해당함을 부정할 수는 없다. 
 아) 잉여금의 처분이 내부 규정에 의해 강제되는지 여부, 잉여금의 처분기준이 내부 규정으로 정해져 있는지 여부는 잉여금 처분의 본질과 직접적인 관련성이 없으므로, 공제규정에 재공제이익수수료 배분을 의무사항으로 정한 조항이나 재공제이익수수료 배분기준을 정한 조항이 존재하는지 여부는 재공제이익수수료 배분이 잉여금의 처분에 해당하는지 여부를 판단하는 데에 있어 유의미하게 고려할 사정에 해당하지 않는다(한편, 공제규정 제190조의2 제1항은 재공제이익수수료 배분이 재량사항임을 명시적으로 규정하고 있으므로 재공제이익수수료 배분이 의무사항이라고 볼 수 없기도 하다).
라. 이 사건 제2 처분사유에 관한 판단
법인세법 제19조의2 제1항은 "내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 ‘대손금’이라 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다."고 규정하고, 위 조항의 위임을 받은 법인세법 시행령 제19조의2 제1항은 "법 제19조의2 제1항에서 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다."고 규정하면서 각 호에 ‘회생계획인가 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권(제5호)’, ‘채무자의 파산으로 회수할 수 없는 채권(제8호)’, ‘회수기일이 6개월 이상 지난 채권 중 채권가액이 20만 원 이하인 채권(제11호)’, ‘제61조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따른 금융회사 등의 채권 중 금융감독원장이 기획재정부장관과 협의하여 정한 대손처리기준에 따라 금융감독원장으로부터 대손금 승인을 받은 채권과 금융감독원장이 대손처리를 요구한 채권(제12호)’ 등을 규정하고 있다. 위 각 조항이 위와 같이 손금으로 인정받을 수 있는 대손금의 요건을 엄격히 규정하고 있음에도 채권관리상 실익 등을 명목으로 금융기관의 대출채권 포기를 무제한적으로 손금에 산입할 경우 대손금의 요건을 엄격히 규정한 위 각 조항이 형해화되는 결과가 초래될 수 있다. 따라서 대출채권의 회수가능성이 지극히 낮아 대출채권의 회수를 위해 이자채권 등 대출채권의 전부나 일부를 불가피하게 포기할 수밖에 없다는 객관적인 사정이 명백히 존재하지 않는 이상 이를 함부로 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다.
 원고가 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지 62명의 채무자에게 합계 약 11,056,711,000원의 이자를 감면하면서 위 감면액 전액을 손금산입한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 원고는 위 62명의 채무자가 이자의 감면을 통해 원금을 회수하는 것이 채권관리상 실익이 있다고 판단된 무자력 채무자에 해당한다고 주장하나, 위 채무자들이 대출채권의 회수를 위해서 이자채권의 전부나 일부를 불가피하게 포기할 수밖에 없을 정도로 대출채권 회수가능성이 지극히 낮은 무자력 채무자였음을 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 이들에 대한 이자 감면액을 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없으므로, 이와 다른 전제에선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다.
마. 이 사건 제3 처분사유에 관한 판단
 1) 종래의 구 법인세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항 제2호 (바)목은 감가상각의 대상이 되는 무형자산인 개발비를 ‘신제품·신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것’으로 정의하여 연구비와 개발비를 구별하지 않고 비경상적으로 발생한 비용을 자산화하도록 강제하였다. 그러나 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정된 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 (바)목은 기업회계기준이 제시하는 요건을 모두 갖춘 개발비만을 무형자산으로 인식하도록 한 기업회계기준과 세무회계를 일치시켜 납세자의 편의를 증진하기 위한 목적으로 감가상각의 대상이 되는 무형자산인 개발비의 정의를 ‘상업적인 생산 또는 사용전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것’으로 변경하였다. 
 위와 같은 법인세법 시행령의 개정은 과세관청이 내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산함에 있어 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용한 경우 이를 존중하여야 한다는 기업회계 존중 원칙(국세기본법 제20조, 법인세법 제43조)을 따른 것이므로, 내국법인이 기업회계기준이 제시하는 개발비 요건을 모두 갖추었음이 이론의 여지없이 명백한 비용을 개발비로 회계처리하지 않고 영업비용으로 회계처리하였다는 특별한 사정이 존재하지 않는 이상 과세관청이 함부로 이를 개발비로 계상하는 것은 허용될 수 없다.
 2) 원고가 이 사건 시스템을 구축하는 과정에서 원고 소속 근로자들로 구성된 이 사건 시스템 개발팀을 조직한 사실, 원고가 2008 사업연도, 2010 사업연도, 2011 사업연도에 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들에게 지급한 급여를 영업비용으로 회계처리한 사실, 그런데 원고가 이 사건 시스템 구축작업 중 일부를 외부 정보시스템통합개발업체에 위탁하고 그에 대한 대가로 지급한 용역대금을 영업비용이 아닌 무형자산인 개발비로 회계처리한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.
 K-IFRS 제1038호 문단 66 제1항, 제2항은 ‘무형자산의 창출에 소비된 용역원가나 무형자산의 창출을 위하여 발생한 종업원급여 등은 무형자산의 원가로 인식한다’고 규정하고 있다. 원고 스스로 외부 정보시스템통합개발업체에 이 사건 시스템 구축작업 중 일부를 위탁하고 그에 대한 대가로 지급한 용역대금을 무형자산인 개발비로 회계처리한 것에 비추어 보면, 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들에게 지급한 급여 역시 개발비로 회계처리 하는 것이 K-IFRS에 부합한다고 볼 여지가 있기는 하다. 
 그러나 K-IFRS 제1038호 문단 21 제2항은 ‘자산의 원가를 신뢰성 있게 측정할 수 있는 경우에만 이를 무형자산으로 인식한다’고 규정하고, 문단 51 제2항, 57 제6항은 ‘기업이 내부적으로 창출한 무형자산의 원가를 신뢰성 있게 결정하는 것은 어렵다. 무형자산을 내부적으로 창출하기 위한 원가를 일상적인 경영관리활동에서 발생하는 원가와 구별하기 어려운 경우가 있기 때문이다. 따라서 개발활동에서 발생한 무형자산은 개발과정에서 발생한 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 기업의 능력이 있는 경우 등에만 이를 무형자산으로 인식한다’고 규정하고 있다. 피고는 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들이 2008 사업연도, 2010 사업연도, 2011 사업연도에 이 사건 시스템 구축업무만을 수행하고 다른 업무를 수행하지 아니하였으므로, 이들에게 지급한 급여를 신뢰성 있게 측정할 수 있다고 주장한다. 그러나 을 제17, 18호증의 각 기재만으로는 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들이 위 기간에 이 사건 시스템 구축업무만을 수행하고 다른 업무를 수행하지 아니하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들이 위 기간에 이 사건 시스템 구축업무 이외에 다른 업무도 수행하였다면 위 기간에 이들에게 지급한 급여 중 이 사건 시스템 구축업무에 대한 대가로 지급한 부분만을 신뢰성 있게 측정하는 것은 사실상 불가능하다고 보인다. 위와 같은 사정을 고려하면, 원고가 위 기간에 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들에게 지급한 급여가 K-IFRS 제1038호가 제시하는 무형자산인 개발비의 요건을 모두 갖추었음이 이론의 여지없이 명백하다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 부분 손금불산입은 위법하다.
바. 이 사건 제4 처분사유에 관한 판단
 1) 법인세법 제19조 제2항은 ‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다‘고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적’인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다. 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것이라면 그 비용은 법인세법상 접대비라고 할 것이나, 그 지출경위나 성질, 액수 등을 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 매출과 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정되는 것이라면 이는 법인세법상 손비에 해당한다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조).
 2) 갑 제3, 7 내지 9, 22호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고가 2009년부터 2011년까지 사이에 금융리스 방식으로 공과금수납기 약 1,864대를 취득하여 공과금수납기를 보유하고 있지 않은 지역조합에 설치한 사실, ② 원고는 2009년부터 2011년까지 사이에 용인시 등 다수의 지방자치단체와 금고업무취급약정을 체결한 사실, ③ 지역조합은 원고가 설치해 준 공과금수납기를 통해 원고를 대신하여 공과금을 수납한 사실, ④ 원고가 지방자치단체와 체결한 금고업무취급약정을 통해 수신한 금원이 2009년의 경우 28,840,600,000,000원, 2010년의 경우 25,876,800,000,000원, 2011년의 경우 30,233,400,000,000원, 2012년의 경우 32,261,100,000,000원에 이르는 사실을 각 인정할 수 있다.
 원고가 2009년부터 2012년까지 지방자치단체와 체결한 금고업무취급약정을 통해 수신한 금원에 비추어 알 수 있듯이, 지방자치단체와 금고업무취급약정을 체결한 금융기관은 수십조 원 단위의 금원을 수신함으로써 막대한 독점적 수익을 얻을 수 있기 때문에 금고업무 취급 자격을 보유한 금융기관들은 지방자치단체의 금고를 유치하기 위해 사활을 건 치열한 경쟁을 하고 있다. 그런데 구 지방자치단체 금고지정 기준(2013. 3. 25. 안전행정부예규 제1호로 개정되기 전의 것) 제3조는 ‘경쟁방법에 의해 금고를 지정하고자 할 경우 [별표]의 기준에 의하여야 하며, 그 중 지역주민이용 편의성이 차지하는 비중은 15%이다’라고 규정하고, [별표] 제3항은 ‘지역주민이용 편의성은 관내지점현황 및 지역주민이용 편리성(5%), 지방세입금 수납처리능력(5%), 지방세입금 납부편의 증진방안(5%)으로 평가한다’고 규정하고 있는바, 근소한 점수로 희비가 엇갈리는 치열한 경쟁상황에서 지역주민이용 편의성 기준을 충족시키기 위한 공과금수납기 설치는 지방자치단체의 금고 유치를 위한 필수불가결적 요인이었던 것으로 보인다. 원고는 이를 위해 지역조합에 공과금수납기를 설치한 것으로 보이고, 실제로 원고가 지역조합에 설치한 공과금수납기는 지역주민의 지방세입금 납부를 위한 목적으로 사용되었다. 따라서 원고가 지역조합에 공과금수납기를 설치하기 위해 부담한 리스료는 지역조합과 거래관계를 원활히 할 목적으로 지출된 접대비가 아닌 원고가 영위하는 사업과 관련하여 정상적으로 지출된 비용으로서 법인세법 제19조 제2항의 손비에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 부분 손금불산입은 위법하다.
사. 이 사건 제5 처분사유에 관한 판단
1) 쟁점의 정리
구 법인세법 제93조 제11호 (나)목, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제132조 제10항은 ‘외국법인이 국내에서 재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 지급받는 손해배상으로서 그 명목여하에 불구하고 본래의 계약내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘어 배상받는 금전은 외국법인의 국내원천소득에 해당한다’고 규정하고, 구 법인세법 제98조 제1항 본문 제3호는 ‘외국법인에 제93조 제11호에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액을 지급하는 자는 그 지급을 할 때에 지급액의 100분의 20을 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할세무서 등에 납부하여야 한다’고 규정하고 있다.
 이하에서는 ① 이 사건 환급가산금이 이 사건 선박건조계약의 위약 또는 해약으로 인하여 지급받는 손해배상에 해당하는지 여부를 우선 살펴본 후, ② 이 사건 환급가산금이 이 사건 선박건조계약의 위약 또는 해약으로 인하여 지급받는 손해배상에 해당한다면, 그것이 본래의 계약내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘어 배상받는 금전에 해당하는지 여부를 살펴본다. 
2) 이 사건 환급가산금의 법적 성격
 씨앤중공업이 밴클리퍼와 이 사건 선박건조계약을 체결하고 선수금으로 약 19,122,000,000원을 지급받은 사실, 원고가 밴클리퍼와 씨앤중공업이 선박을 정해진 기일에 인도하지 못하는 등 채무를 불이행할 경우 씨앤중공업이 밴클리퍼로부터 수령한 선수금과 그에 관한 환급가산금을 밴클리퍼에 반환하기로 하는 내용의 선수금환급보증계약을 체결하고 선수금환급보증서를 발급한 사실, 씨앤중공업의 선박인도 지연으로 2010. 4. 30.경 이 사건 선박건조계약이 해제된 사실, 원고가 위 선수금환급보증계약에 따라 2010년경 밴클리퍼에 씨앤중공업이 지급받은 선수금 약 19,122,000,000원과 이 사건 환급가산금 2,219,989,486원을 지급한 사실, 씨앤중공업과 밴클리퍼가 이 사건 선박건조계약을 체결하면서 일반적인 다른 선박건조계약과 마찬가지로 ‘씨앤중공업의 귀책사유로 이 사건 선박건조계약이 해제될 경우 밴클리퍼에 선수금과 그에 관한 환급가산금을 반환하면 이 사건 선박건조계약에 따른 각 당사자의 모든 의무와 채무가 즉시 면제된다’는 내용의 합의(이하 ‘이 사건 면제합의’라 한다)를 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 
 위 인정사실과 변론 전체의 취지에 의해 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고가 밴클리퍼에 지급한 이 사건 환급가산금은 원상회복 목적으로 지급된 부당이득반환이 아닌 계약의 해약으로 인하여 지급된 손해배상에 해당한다고 봄이 타당하다. 
 가) 밴클리퍼는 이 사건 면제합의에 따라 씨앤중공업이나 원고로부터 선수금과 환급가산금을 반환받는 경우 씨앤중공업에 추가로 손해배상을 청구할 수 없다. 이 사건 환급가산금의 법적 성격을 원상회복이라고 볼 경우, 계약당사자가 원상회복 이외에는 이미 발생한 손해나 향후 발생이 예상되는 손해를 청구하지 않겠다고 약정하였다는 결론이 도출되는데, 이러한 계약 내용은 매우 이례적이다.
 나) 이 사건 환급가산금은 씨앤중공업의 귀책사유로 밴클리퍼가 입게 된 손해를 전보하는 의미에서 지급되는 것이므로 이를 귀책사유와 무관하게 지급되는 원상회복 목적의 부당이득반환이라고 볼 수 없다. 
 다) 건조기간이 장기간 소요되고 조선사와 선주사 모두 고액의 비용을 지출하여야 하며 예측하기 어려운 손해가 발생할 수 있는 선박건조계약의 특성상 장래 발생할 수 있는 분쟁에서의 예측가능성을 확보하고 증명의 곤란을 해결하기 위해 선박건조계약 체결시 손해배상액을 미리 예정할 필요가 있다. 이 사건 면제합의는 위와 같은 필요에 따라 이루어진 것으로 보인다.
3) 이 사건 환급가산금이 본래의 계약내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘어 배상받는 금전에 해당하는지 여부
가) 본래 계약내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘는 손해의 의미
 국내원천소득의 본질상 소득이 발생한 경우에 한해서 과세할 수 있는 것이므로 계약의 채무불이행이나 해지 또는 해제로 인하여 위약금 또는 배상금을 지급받더라도 그 전부가 기타소득으로 과세되는 것이 아니라 손해의 전보를 초과하여 받는 위약금이나 배상금만이 기타소득으로서 과세대상이 된다. 따라서 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제132조 제10항에 규정된 ‘본래의 계약의 내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘는 손해’란 계약 상대방의 채무불이행으로 인하여 발생한 기존 이익의 멸실이나 감소 등 ‘적극적 손해’가 아닌, 위와 같은 적극적 손해를 넘어서는 손해, 즉 계약 상대방에게 지급했던 금원을 다른 곳에 사용하지 못함으로써 입게 되는 기회손실 등의 ‘소극적 손해’ 등을 의미한다(헌법재판소 2010. 2. 25. 선고 2008헌바79 결정 등 참조).
나) 구체적 판단
 (1) 밴클리퍼는 이 사건 선박건조계약의 해제로 인하여 ① 씨앤중공업에 지급하였다 돌려받지 못한 선수금 자체의 적극적 손해와 ② 위 선수금을 다른 곳에 사용하지 못함으로써 입게 되는 이자 상당액의 소극적 손해를 입게 되었다. 밴클리퍼가 이 사건 선박건조계약의 해제로 인하여 입은 손해 중 씨앤중공업에 지급하였다 돌려받지 못한 선수금 자체의 적극적 손해는 원고로부터 선수금 상당액을 지급받으며 배상받았다. 따라서 이 사건 환급가산금은 위와 같은 적극적 손해를 넘어서는, 밴클리퍼가 씨앤중공업에 지급한 선수금을 다른 곳에 사용하지 못함으로써 입게 되는 이자 상당액의 손해를 배상하기 위해 지급된 것으로 평가할 수 있으므로, 이 사건 환급가산금은 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제132조 제10항에 규정된 본래의 계약의 내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘어 배상받는 금전에 해당된다.
 (2) 이에 대하여 원고는, 밴클리퍼가 위 적극적 손해와 소극적 손해 이외에도, 씨앤중공업에 지급할 선수금을 외국금융기관으로부터 차용하며 리보금리에 연 3% 내지 4%를 가산한 이율의 이자를 지출하는 등 이 사건 선박건조계약을 신뢰하여 지출한 제반 비용 상당액의 손해를 입었다고 주장한다.
 우선 밴클리퍼가 이 사건 선박건조계약 해제로 입은 손해의 증명책임에 관하여 살펴본다. 손해가 존재한다는 것은 납세의무자에게 유리한 것이고 그 손해와 관련된 사실관계는 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 납세의무자가 증명하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 과세관청이 계약 자체의 성격과 계약서 문언을 통해 알 수 있는 통상적인 손해의 존재를 상당한 정도로 증명한 이상 그러한 통상적인 손해 외에 계약당사자의 특별한 사정으로 인하여 발생할 수 있는 손해의 존재는 납세의무자가 증명할 필요성이 있다고 봄이 공평의 관념에 부합한다. 선주사가 조선사에 지급할 선수금을 금융기관으로부터 차용하거나 사채를 발행하여 조달하는 경우도 있으나, 선주사가 기존에 보유하고 있던 순자산이나 추가 유상증자를 통해 조달한 자본금으로 이를 조달하는 경우도 있으므로, 선주사가 선박건조계약을 체결하는 경우 필요불가결적으로 금융기관 등으로부터 선수금을 차용해야 된다고는 볼 수 없다. 따라서 선주사가 조선사에 지급할 선수금을 금융기관 등으로부터 차용하면서 리보금리에 연 3% 내지 4%를 가산한 이율의 이자를 지출하였더라도 그에 관한 손해는 통상적인 손해가 아닌 계약당사자의 특별한 사정으로 인하여 발생한 손해라고 봄이 타당하므로, 위와 같은 손해가 존재함은 원고가 증명할 필요성이 있다(원고는 막대한 자금이 소요되는 선박건조계약의 특성상 거의 모든 선박건조자금 조달은 금융기관 등으로부터 대출을 받아 이루어지는 확립된 관행이 존재한다고 주장하나, 갑 제15, 16호증의 각 기재만으로는 원고의 주장과 같은 확립된 관행이 존재함을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 주장과 같은 관행이 존재함은 법원에 현저한 사실도 아니고 공지의 사실도 아닌바, 이를 인정할 별다른 증거가 없는 상황에서 원고의 주장만을 가지고 원고의 주장과 같은 확립된 관행이 존재한다고 볼 수 없다).
 그런데 밴클리퍼가 씨앤중공업에 선수금을 지급하기 위해 금융기관 등으로부터 리보금리에 연 3% 내지 4%를 가산한 이율로 선수금을 차용하였음을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 밴클리퍼가 선수금을 차용하며 리보금리에 연 3% 내지 4%를 가산한 이율의 이자를 지출하는 손해를 입었다고 볼 수 없다.
 또한 원고는 밴클리퍼가 위 이자 지출 손해 이외에도 이 사건 선박건조계약을 신뢰하여 지출한 제반 비용 상당액의 손해를 입었다고 주장하면서도 그 제반 비용이 무엇인지 특정조차 하지 않고 있으므로, 밴클리퍼가 그와 같은 손해를 입었다고 볼 수 없다.
 따라서 밴클리퍼가 씨앤중공업에 지급할 선수금을 외국금융기관으로부터 차용하며 리보금리에 연 3% 내지 4%를 가산한 이율의 이자를 지출하는 등 이 사건 선박건조계약을 신뢰하여 지출한 제반 비용 상당액의 손해를 입었다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
4) 소결론
 이 사건 환급가산금은 구 법인세법 제93조 제11호 (나)목에서 정한 기타소득으로서 밴클리퍼의 국내원천소득에 해당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
아. 중결론
 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조). 
 앞서 살펴본 바와 같이, 이 사건 제3, 4 처분사유 관련 손금불산입은 위법하여 취소되어야 한다. 그런데 이 법원에 제출된 자료만으로는 이 부분을 취소할 경우 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지의 정당한 세액이 얼마인지 산출할 수 없으므로, 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지 법인세 부과처분 전부를 취소할 수밖에 없다. 따라서 피고가 2013. 11. 5. 원고에게 한 2008 사업연도 법인세 347,041,753,463원의 부과처분 중 337,165,099,959원을 초과하는 부분, 2009 사업연도 법인세 177,719,655,645원의 부과처분 중 169,997,956,355원을 초과하는 부분, 2010 사업연도 법인세 115,617,971,467원의 부과처분 중 104,504,011,574원을 초과하는 부분, 2011 사업연도 법인세 202,658,974,163원의 부과처분 중 193,598,930,313원을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 박성규(재판장) 이슬기 강지성