법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2014.04.09 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 센트럴시티 (소송대리인 변호사 안병민)
【피고, 피항소인】 반포세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2013. 6. 28. 선고 2012구합34594 판결
【변론종결】2014. 3. 19.
【주 문】
 1. 제1심판결 중 2006 사업연도 및 2007 사업연도의 각 법인세(가산세 포함) 부분을 취소한다.
 2. 피고가 원고에게 한, 2012. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 368,603,690원(가산세 포함)의 부과처분과 2012. 4. 2.자 2007 사업연도 법인세 787,229,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 225,668,940원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
 3. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
 4. 소송총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에게 한, ① 2012. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 368,603,690원(가산세 포함)의 부과처분과, ② 2012. 4. 2.자 2007 사업연도 법인세 787,229,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 225,668,940원을 초과하는 부분, 2008 사업연도 법인세 774,158,470원(가산세 포함)의 부과처분, 2009 사업연도 법인세 1,384,456,880원(가산세 포함)의 부과처분 중 858,568,880원, 2010 사업연도 법인세 886,103,320원(가산세 포함)의 부과처분 중 406,014,320원을 초과하는 부분, 2008년 제1기분 부가가치세 54,961,450원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.
【이 유】1. 제1심판결을 인용하는 부분
 이 법원이 설시할 이유 중 ‘처분의 경위’, 이 사건 처분의 적법 여부 중 ‘관계법령’, ‘인정사실’ 부분은 제1심판결서 2쪽 9행부터 3쪽 9행까지, 4쪽 20행부터 17쪽 5행까지의 각 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 각 인용한다.
2. 새로 고쳐 쓰는 부분
 가. 원고의 주장 요지
 1) 재조사의 예외적 허용사유에 관한 주장
 원고가 2006 사업연도 및 2007 사업연도에 관하여 소외 1에게 지급한 성과상여금은 각 사업연도별로 별도로 정하여진 것이기 때문에, 재조사의 예외적 허용사유인 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.
 2) 성과상여금에 관한 주장
소외 1에 대한 성과상여금은 소외 1의 경영성과를 반영하여 이사회결의에서 정해진 급여지급기준에 따라 지급된 점, 소외 1은 지배주주가 아닌 점 등을 고려할 때, 성과상여금 전액을 손금산입하여야 하는데도, 이익처분에 의한 상여임을 전제로 전액 손금불산입하여 이루어진 법인세 부과처분은 위법하다.
 3) 용역비에 관한 주장
 원고와 주식회사 비앤에스디포(이하 ‘비앤에스디포’라 한다)와의 계약에서 물가변동 등으로 추가비용이 소요되거나 감액되는 때에는 계약금액을 조정할 수 있고 일정한 기업이윤도 보장하도록 정하였는바, 원고는 비앤에스디포와의 용역계약에 규정된 원고의 의무를 이행하기 위하여 비앤에스디포에게 발생한 인건비 증가분과 누적된 손실금액 중 일부를 보전해 준 것으로서, 이는 특수관계자에게 자금을 지원한 것이 아니고 경제적 합리성이 있는 지출에 해당하여 손금산입함이 타당하다.
 나. 판단
 1) 재조사의 예외적 허용사유에 관한 주장에 대한 판단
 가) 재조사의 해당 여부
 (1) 관련 법령
구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항에서는 ‘세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 규정하면서 그 각 호에서 ‘1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 3. 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, 4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우, 5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우’를 들고 있고, 제81조의11에서는 ‘세무조사는 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다’고 규정하고 있다. 
 (2) 판단
 위 인정사실에서 살핀 바와 같이, ① 원고는 1차조사에서 2003 사업연도 이후의 주주명부, 이사회회의록, 주주총회결의서를 피고에게 이미 제출하였던 점, ② 원고가 제출한 ‘세무조사반 요청서류’에 임원 보수와 관련하여 2005 사업연도부터 2008 사업연도까지의 이사회의사록, 임원성과급규정을 제출한 것으로 기재되어 있고, 소외 2의 진술 또한 이에 부합하고 있는 점, ③ 1차조사에서 2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세 항목이 적출되었는데, 2차조사에서 다시 2006 사업연도에 대한 부분조사 및 2007 사업연도에 대한 전부조사를 실시하였던 점 등에 비추어 보면, 2차조사는 재조사에 해당한다.
 나) 재조사의 예외적 허용사유 해당 여부
 (1) ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’의 의미
 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 납세자의 실질적인 권익보호뿐만 아니라 세무조사 기술의 선진화를 유도하기 위한 것도 포함되어 있다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 재조사가 허용되는 예외사유를 해석함에 있어서는 그 범위를 제한적으로 해석하는 것이 타당하다.
 이러한 관점에서 본다면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’란 단순히 사업연도마다 같은 종류의 잘못이 반복되고 있어서 어느 사업연도의 잘못을 시정하는 기회에 다른 사업연도의 잘못도 함께 시정할 수 있는 경우를 말하는 것이 아니라, 어떠한 잘못이 2개 이상의 사업연도와 모두 관련되어 있으면서 그와 같은 잘못이 하나의 원인행위에서 비롯하여 2개 이상의 사업연도에 계속되는 경우를 말하는 것이라고 보아야 한다.
 (2) 판단
 위 인정사실에 의하면, 원고의 이사회는 2005. 11. 8. ‘당기순이익이 발생하는 경우 소외 1에게 매년 백화점 및 호텔 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급하되, 그 지급시기 및 금액 등은 매년 이사회에서 정한다’고 결의한 후, ① 2006. 3. 3. 개최된 이사회와 2006. 3. 22. 개최된 주주총회에서 임원보수 한도를 30억 원으로 정하고, 2006. 4. 20. 개최된 이사회에서 소외 1에 대한 성과상여금을 9억 원으로 정하였으며, ② 2007. 3. 6. 개최된 주주총회와 2007. 3. 16. 개최된 이사회에서 임원보수 한도를 50억 원으로 정하였다가, 2007. 5. 15. 개최된 이사회에서 임원 성과상여금 한도를 19억 원으로 정하고, 2007. 5. 22. 개최된 이사회에서 소외 1에 대한 성과상여금을 15억 원으로 정하였음을 알 수 있다.
 위와 같이 ① 비록 원고의 이사회가 2005. 11. 8. 소외 1에 대한 성과상여금의 한도를 정해두기는 하였으나, 이는 ‘백화점 및 호텔 임대수입의 10% 이내’라는 내용에 불과하여 이와 같은 이사회 결의만으로는 매년 소외 1에게 지급할 성과상여금의 구체적인 액수 및 그 지급 여부에 관한 의사결정이 이루어졌다고는 보기 어려운 점, ② 원고가 소외 1에게 2006 사업연도 및 2007 사업연도에 지급하였던 성과상여금은 각 연도별로 개최되었던 주주총회 및 이사회에 의하여 비로소 그 지급 여부와 금액이 구체적으로 정하여졌던 점 등에 비추어 보면, 2006 사업연도 및 2007 사업연도에 소외 1에게 지급된 성과상여금은 각 연도별로 행해졌던 주주총회 및 이사회의 결의에 기한 것이라 할 것이고, 그와 같은 주주총회와 이사회 결의가 각 연도별로 별도로 행해진 이상 이를 들어 하나의 원인행위에서 비롯하였다고 보기는 어렵다.
 따라서 원고가 2006 사업연도 및 2007 사업연도에 각 별도의 주주총회와 이사회를 거쳐 소외 1에 대한 각 성과상여금을 확정하여 지급한 것은 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다고 볼 수 없어 재조사의 예외적 허용사유에 해당한다고 볼 수 없고, 피고가 2차조사에서 이에 대하여 재조사를 한 후 2006 사업연도 및 2007 사업연도의 각 법인세(가산세 포함)를 부과한 것은 위법하다 할 것이므로, 원고의 이 부분에 관한 주장은 이유 있다.
 2) 성과상여금에 관한 주장에 대한 판단
 이하에서는 2008, 2009, 2010 사업연도의 각 법인세 부분에 대하여만 살피기로 한다.
 위 인정사실에서 살핀 바와 같이, ① 원고의 주주총회 및 이사회는 임원보수한도만을 정하였을 뿐 임원의 성과상여금의 구체적인 액수를 정하지는 아니하였고, 이사회는 대표이사에게 성과상여금의 개별적·구체적인 지급기준이나 성과평가방법을 정함이 없이 지급을 위임하였으며, 대표이사는 구체적인 지급사유나 성과평가에 관한 근거자료 없이 소외 1의 성과상여금을 결정하였던 점에 비추어 보면, 원고는 급여지급기준이 없이 소외 1에게 성과상여금을 지급하였다고 보아야 할 것인 점, ② 소외 1의 경영성과를 뒷받침할 만한 객관적인 자료가 부족한 반면, 원고는 소외 1의 성과상여금, 통일교 관련 단체 기부금 및 광고선전비 한도를 대주주 지분율에 근거하여 함께 검토·책정하여 지급하였던 점에 비추어 보면, 원고는 대주주간 이익배분을 도모하기 위하여 그 지분율에 따라 성과상여금을 지급하였다고 보이는 점, ③ 소외 1에 대한 성과상여금은 당기순이익 발생연도에만 지급되었는데, 당기순이익은 주주총회를 거쳐 이익잉여금으로 대체되는 항목이고, 2010 사업연도까지 성과상여금 이외에 소외 1에게 배당이 이루어지지는 않았으며, 원고의 성과상여금 중 90%는 소외 1에게 지급된 점 등을 종합하면, 소외 1에 대한 성과상여금은 잉여금 처분의 상여에 해당한다고 봄이 상당하다.
 따라서 소외 1에 대한 성과상여금을 손금불산입하여 이루어진 법인세 부과처분은 적법하므로, 이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 없다.
 3) 용역비에 관한 주장에 대한 판단
 위 인정사실에서 살핀 바와 같이, ① 비앤에스디포와의 계약상 용역비는 정액으로 약정되는 것이고, 원고는 단지 비앤에스디포가 물가변동 등을 이유로 계약금액의 조정을 요구하는 경우 이에 응하여 계약금액을 조정하는 정도의 의무만을 부담할 뿐 비앤에스디포의 결손금을 보전해야 할 의무가 있다고는 보이지 않는 점, ② 비앤에스디포는 원고로부터 출자를 받고 원고와의 사이에 터미널관리를 위탁받은 법인인데, 비앤에스디포와는 별도의 법인격을 갖고 있는 원고가 비앤에스디포의 결손금을 보전하여 주는 것이 사회통념이나 상관행에 부합한다고는 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 원고는 비앤에스디포에 대한 용역비를 지급한다는 명목으로 부당한 자금지원행위를 하였다고 봄이 상당하다. 따라서 원고가 비앤에스디포에게 지급한 용역비를 손금불산입하거나 매입세액 불공제하여 이루어진 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분은 적법하므로, 이 부분에 관한 원고의 주장도 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 피고가 원고에게 한 2012. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 368,603,690원(가산세 포함)의 부과처분과 2012. 4. 2.자 2007 사업연도 법인세 787,229,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 225,668,940원을 초과하는 부분의 취소 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 일부 달리한 제1심판결 중 2006 사업연도 및 2007 사업연도의 각 법인세(가산세 포함) 부분에 관한 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고, 원고의 나머지 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 조용구(재판장) 정영식 이주영