임대주택용을 보금자리주택용에 사용시 추징제외 정당한 사유 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2016.09.08 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

상고이유를 판단한다.
구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제269조는 제1항에서 ‘대한주택공사(2009. 5. 22. 법률 제9706호 한국토지주택공사법 부칙 제8조에 의하여 2009. 10. 1. 원고가 권리·의무를 포괄승계하였다. 이하 ‘원고’라 한다.)가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다’고 규정하면서, 제3항에서 ‘제1항의 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간 내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것) 제223조 제2항은 법 제269조 제3항 소정의 ‘대통령령이 정하는 기간’은 ‘소규모 공동주택용 토지를 취득한 날부터 4년을 말한다’고 규정하고 있다. 그리고 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정되어 2011. 1. 1. 시행된 구 지방세특례제한법(이하 ‘구 지특법’이라 한다)은 제32조 제1항, 제3항에서 구 지방세법 제269조 제1항, 제3항과 같은 내용의 규정을 두고 있다.
원심은 그 채택 증거에 의하여, ① 건설교통부장관은 2005. 12. 30. 원고에게 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법(2009. 3. 20. 법률 제9511호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국민임대주택건설법’이라 한다) 제23조에 따라 소규모의 국민임대아파트 1,400세대를 건설하는 부산△△지구 주공국민임대주택 건설사업을 승인한 사실, ② 원고는 위 임대주택 건설사업을 위하여 2009. 7. 15.부터 2012. 12. 18.까지 이 사건 부동산을 취득하여 구 지방세법 제269조 제1항 및 구 지특법 제32조 제1항에 따른 취득세 및 등록세의 면제요건을 충족한 사실, ③ 국토해양부장관은 2012. 12. 26. 구 국민임대주택건설법 제33조 제1항 제3호에 따른 사정변경(공급유형이 ‘국민임대’에서 ‘공공분양’으로 변경되었다)으로 인하여 계속적인 시행이 불가능하게 되었다는 이유로 위 임대주택 건설사업 승인을 취소하고, 같은 날 구 보금자리주택건설 등에 관한 특별법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것) 제35조에 따라 이 사건 부동산에 공공분양용 아파트 900세대를 건설하는 보금자리주택사업을 승인한 사실, ④ 이에 피고는 원고가 이 사건 부동산을 소규모 임대주택이 아닌 다른 용도에 사용하였다는 이유로 당초 면제하였던 취ㆍ등록세 및 지방교육세를 구 지특법 제32조 제3항 등에 따라 추징하는 처분(이하 위 추징처분 중 제1심판결에서 일부 취소되고 남아 있는 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 한 사실 등을 인정하였다.
그런 다음 원심은, 원고가 소규모 임대주택을 건설할 목적으로 이 사건 부동산을 취득한 후 그 사용 용도를 변경하여 공공분양사업에 사용하였으므로 구 지특법 제32조 제3항에 따른 추징사유가 발생하였다고 봄이 타당하나, 앞서 본 바와 같이 정부정책에 의한 사정변경으로 인하여 종전의 국민임대주택 건설사업 승인이 취소되고 공공분양사업으로 변경됨으로써 원고가 이 사건 부동산을 소규모 임대주택에 사용할 것을 기대할 수 없게 된 점, 원고가 당초부터 공공분양사업을 목적으로 토지를 취득하였거나 사정변경 후 같은 목적으로 토지를 취득하였더라면 구 지방세법 제289조 제1항 내지 구 지특법 제76조 제1항에 의한 취득세 면제사유에 해당하게 되는 점 등의 사정을 고려하면, 원고가 이 사건 부동산을 소규모 임대주택에 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
원심판결 이유를 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 관한 법리오해, 심리미진 등의 위법이 없다.
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-부산고등법원 2016. 4. 1. 선고 2015누22806 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다.
2. 피고 부산광역시 000청장이 2014. 4. 11. 원고에 대하여 한 부과처분 중 취득세 492,782,880원, 등록세 460,646,720원, 지방교육세 85,214,280원 부과처분 부분과, 피고 부산광역시 ㅁㅁㅁㅁ청장이 2014. 4. 15. 원고에 대하여 한 취득세 23,703,190원, 취득세 54,999,900원, 등록세 55,318,920원, 지방교육세 10,354,830원 부과처분을 각 취소한다.
3. 소송총비용은 피고들이 부담한다.
【이 유】

1. 심판범위

원고는 제1심에서 청구취지와 같이 이 사건 000청장 처분과 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장 처분의 취소를 구하였다. 그런데 제1심 법원은, 이 사건 000청장 처분 중 취득세 492,782,880원을 초과하는 부분, 등록세 460,646,720원을 초과하는 부분, 지방교육세 85,214,280원을 초과하는 부분만 취소하고 이를 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분과 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장 처분의 취소를 구하는 부분을 기각하였다. 이에 대하여 원고만이 불복하여 항소하였으므로, 이 법원의 심판대상은 이 사건 000청장 처분 중 취득세 492,782,880원 부분, 등록세 460,646,720원 부분, 지방교육세 85,214,280원 부분과 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장 처분의 취소를 구하는 청구 부분에 한정된다.
2. 처분의 경위

가. 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장 처분

1) 건설교통부장관은 2006. 12. 29. 대한주택공사(2009. 10. 1. 한국토지주택공사법에 의하여 원고로 합병되어 원고가 대한주택공사의 재산과 채권·채무, 그 밖의 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다. 이하 ‘원고’라 한다)가 부산 aaaa 00동 116 일원에 1세대당 면적이 39㎡ 내지 46㎡인 국민임대아파트 808세대를 건설하는 부산00지구 국민임대주택건설사업(이하 ‘이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업’이라 한다)을 사업기간 2006. 12.부터 2010. 12.까지로 하여 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법(2009. 3. 20. 법률 제9511호 보금자리주택건설 등에 관한 특별법으로 전면 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국민임대주택건설법’이라 한다) 제23조의 규정에 따라 승인하고, 2007. 1. 5. 건설교통부고시 제2006-671호로 이를 고시하였다.
2) 원고는 2007. 9. 11.경 이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업을 위해 부산 aaaa 00동 116 외 13필지 토지 13,790.6㎡(이하 ‘이 사건 00지구 부동산’이라 한다)를 24,310,146,440원에 취득한 후 이에 관하여 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제289조 제1항의 규정에 따라 취득세, 등록세 등의 감면신청을 하여 피고 부산광역시 ㅁㅁㅁㅁ청장(이하 ‘피고 ㅁㅁㅁㅁ청장’이라 한다)으로부터 취득세 및 등록세 등을 감면받았다(이하 ‘이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 감면결정’이라 한다).
3) 원고는 2012. 6. 14. 국민임대주택 건설사업을 목적으로 이 사건 00지구 부동산을 취득한 날로부터 4년 이내에 착공하지 아니하여 추징 대상이라는 이유로 위 구 지방세법 제269조 (위 구 지방세법이 2010. 3. 31. 개정되었으나, 직후 개정된 지방세법 부칙 제2조(일반적 적용례) 및 제5조(일반적 경과조치)에 따라 위 구 지방세법이 적용된다.) 제3항 및 같은 법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22251호로 개정되기 전의 것) 제223조에 따라, 토지 취득가액 24,310,146,440원 중 도시계획시설(도로) 등에 해당하는 부속 토지면적을 안분한 금액 6,435,158,200원을 제외한 나머지 17,874,988,240원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 483,053,670원, 등록세 483,053,670원, 지방교육세 89,460,730원 합계 1,055,568,070원(가산세 포함)을 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장에게 자진신고·납부하였다.
4) 부산광역시장은 2013. 11. 21. 원고가 위 3)항 기재와 같이 취득세 등을 자진신고·납부할 당시 건축물(지장물) 취득금액 763,831,330원과 판매시설 부속토지에 해당하는 취득금액 1,772,361,198원이 과소신고 되었다는 이유로, 그 합계액 2,536,192,528원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 78,018,320원, 등록세 54,521,360원, 지방교육세 10,195,310원 합계 142,734,990원(가산세 포함)이 추징대상임을 원고에게 과세예고하였다.
5) 원고는 2014. 2. 25. 부산광역시장의 위 과세예고에 대하여 과세전적부심사를 청구하였으나 채택되지 아니하였고, 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장은 2014. 4. 15. 원고에게 미신고 지장물에 대한 취득세 23,703,190원, 판매시설 부속토지에 대한 취득세 54,999,900원, 등록세 55,318,920원, 지방교육세 10,354,830원 등 합계 144,376,840원(가산세 포함)을 추징·부과하는 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장 처분을 하였다.
나. 이 사건 000청장 처분

1) 건설교통부장관은 2005. 12. 30. 원고가 부산 000 △△동 산95 일원에 1세대당 면적이 33㎡ 내지 55㎡인 국민임대아파트 1,400세대를 건설하는 부산△△지구 주공국민임대주택 건설사업(이하 ‘이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업’이라 한다)을 사업기간 2005. 11.부터 2009. 12.까지로 하여 위 구 국민임대주택건설법 제23조의 규정에 따라 승인하고, 이를 2006. 1. 12. 건설교통부고시 제2006-17호로 고시하였다(이후 국토해양부장관은 2008. 12. 1. 위 고시내용 중 도로에 대한 부분을 일부 변경하여 국토해양부고시 제2008-685호로 고시하였다).
2) 원고는 2009. 7. 15.부터 2012. 12. 18.까지 부산시 000 △△동 산 95 등 토지 64,027.8㎡(이하 ‘이 사건 △△지구 부동산’이라 한다)를 21,143,979,612원에 취득한 후 이 사건 △△지구 부동산에 관하여 위 구 지방세법 제289조 제1항(2010. 3. 31. 제정된 지방세특례제한법이 2011. 1. 1. 시행됨에 따라 2011. 1. 1.이후 취득한 부동산에 대하여는 위「지방세특례제한법」제32조제1항 적용)의 규정에 따라 취득세, 등록세 등의 감면신청을 하여 피고 부산광역시 000청장(이하 ‘피고 000청장’이라 한다)으로부터 취득세 및 등록세 등을 면제받았다(이하 ‘이 사건 000청장의 면제결정’이라 한다).
3) 국토해양부장관은 2012. 12. 26. 구 국민임대주택건설법 제33조 제1항 제3호에 따른 사정변경(공급유형의 변경 : 국민임대→공공분양)으로 계속적인 주택건설사업 시행이 불가능하다는 이유로 이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업 승인을 취소하고 2013. 1. 2. 국토해양부고시 제2012-985호로 이를 고시하였으며, 같은 날 이 사건 △△지구 부동산에 아파트 900세대(공공분양)를 건설하는 보금자리주택 건설사업을 사업기간 2012. 12.부터 2015. 10.까지로 하여 구 보금자리주택건설 등에 관한 특별법(2013. 7. 16. 법률 제11926호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 보금자리주택건설법’이라 한다) 제35조의 규정에 따라 승인하고, 국토해양부고시 제2012-986호로 이를 승인·고시하였다.
4) 이에 피고 000청장은 2014. 4. 11. 원고에게 위 구 지방세법 제269조 제3항(2011. 1. 1. 이후 취득한 부동산에 관하여는「지방세특례제한법」제32조제3항)에 따라 소규모 임대주택이 아닌 다른 용도에 사용하는 경우로 보아 토지 및 그 지상 건축물 취득가액 합계 24,063,384,112원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 641,192,920원, 등록세 563,402,460원, 지방교육세 104,222,890원을 추징·부과하는 이 사건 000청장 처분을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 8호증, 을가 제1 내지 12호증, 을나 제1 내지 7, 9, 12호증의 각 기재(각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

3. 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에는 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 있다면, 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 추징처분이 가능하게 되었다고 하더라도 추징처분은 허용되지 않는다. 그런데 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 감면결정은 구 지방세법 제289조 제1항에 근거한 것이고 위 규정에는 면제요건만 있을 뿐 별도의 추징요건은 없다. 따라서 구 지방세법 제269조 제3항에 따른 추징사유가 발생하였다고 하더라도 구 지방세법 제289조 제1항의 규정에서 정한 감면요건이 충족되어 추징할 수 없음에도 구 지방세법 제269조 제3항을 근거로 취득세 등을 추징하였다.
2) 이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업계획에 따라 관리청에 무상귀속되는 도시계획시설(도로)에 해당하는 부분은 취득세 등의 부과대상이 되지 않음에도 이 부분에 대하여도 추징하였다.
3) 피고는 판매시설 부속토지 안분금액 1,772,361,198원을 과세표준으로 하여 취득세, 등록세, 지방교육세를 추징하였는데, 판매시설은 원고가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산에 해당하므로 구 지방세법 제298조 제1항에 따라 추징 없이 감면하여야 한다.
4) 구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정된 것) 제18조 제2항 제3호에 따르면, 피고가 부과대상으로 삼은 이 사건 00지구 부동산 중 건축물(지장물)에 대한 보상비는 취득물건과는 별개의 권리에 대한 보상 성격으로 지급되는 비용에 해당하는 것으로서 취득세 등의 과세표준이 되는 취득가액에 포함되지 않음에도 이 부분을 포함하여 추징하였다.
나. 관계 법령

별지3 관계 법령 기재와 같다.
한편 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장 처분은 부동산을 취득한 날로부터 4년 이내에 착공하지 아니하였음을 이유로 위 구 지방세법 제269조 제3항에 근거하여 이루어진 추징 처분이므로 그 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 위 4년의 경과도 포함된다 할 것이다. 따라서 추징을 위한 과세기준일은 원고가 이 사건 00지구 부동산을 취득한 2007. 9. 11.경으로부터 4년이 경과한 2011. 9. 12.경이라 할 것이고, 이에 따라 원고가 이 사건 00지구 부동산을 취득한 것이 취득세 등 면세 대상이 되는지 여부는 그 취득 당시의 법률에 따라 판단하여야 할 것이지만, 원고가 4년 이내에 착공하지 아니하여 추징 대상이 되는지 여부는 위 4년의 유예기간이 경과한 2011. 9. 12. 당시의 법령 규정에 따라 판단되어야 한다(대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결).
다. 판단

1) 구 지방세법상 추징요건 충족 여부

동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 의한 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다. 그러나 당초 감면결정의 감면사유가 인정되지 않는다면 거기에서 나아가 추징처분의 바탕이 된 감면규정에 정한 감면사유 및 추징사유의 존부를 가려 그 처분의 위법 여부를 판단하여야 한다. 이러한 법리에 비추어 보면, 이 사건 감면결정이 구 지방세법 제289조 제1항에 정한 감면요건을 충족한다면, 설령 같은 법 제269조 제1항을 전제로 한 제3항의 추징요건이 충족된다고 하더라도 그 추징처분은 위법한 것이 되고, 반대로 이 사건 감면결정이 같은 법 제289조 제1항에 정한 면제사유에 대한 착오나 법리오해 등으로 잘못 이루어진 것이지만 같은 법 제269조 제1항의 면제요건과 제3항의 추징요건에 해당한다면 같은 법 제269조 제1항에 의한 면제결정이 없었다 하더라도 같은 조 제3항에 의한 추징처분을 할 수 있다고 봄이 상당하다(대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두26414 판결 참조).
또한, 구 지방세법 제289조 제1항은 「한국토지공사법」에 의하여 설립된 한국토지공사와 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있는데, 위 조항에서 정한 ’제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산’에서의 ‘공급’ 에는 소유권 처분이 수반되지 않는 ‘임대’가 포함된다고 볼 수 없다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2011두7144 판결 등 참조).
위 법리에 따라 이 사건에 관하여 살피건대, 원고가 임대 목적으로 하는 국민임대주택 건설사업을 위하여 이 사건 00지구 부동산을 취득한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이는 위 제3자에게 공급할 목적으로 일시 부동산을 취득한 경우에 해당되지 않으므로, 구 지방세법 제289조 제1항에서 정한 취득세 및 등록세의 감면사유에 해당하지 않는다. 그럼에도 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장은 구 지방세법 제289조 제1항을 근거로 이 사건 감면결정을 하였으므로 이는 감면사유에 대한 착오나 법리오해 등으로 잘못 이루어진 것으로 볼 수 있다.
한편 구 지방세법 제269조 제1항은 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 ‘소규모 공동주택’이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있는 한편, 위 추징의 과세표준일인 2011. 9. 12. 적용되는 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제32조 제3항은 "제1항 및 제2항의 경우(구 지방세법 제269조 제1항 및 제2항과 같다) 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간 내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다."고 규정하고 있다. 또한 구 지방세특례제한법 시행령(2013. 1. 1. 지방세특례제한법 시행령 제24297호로 개정되기 전의 것) 제13조에서 "같은 법 제32조 제1항에서 정하는 소규모 공동주택용 부동산이라 함은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60㎡ 이하의 공동주택 및 그 부속토지를 말한다"고 규정하고 있고, 제2항에서는 "대통령령이 정하는 기간이라 함은 소규모 공동주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종취득일을 말하며, 최종취득일 이전에 사업계획승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다."고 규정하고 있다.
앞서 본 바와 같이 원고는 2007. 9. 11.경 1세대당 면적이 39㎡ 내지 46㎡인 국민임대아파트 건설사업을 위하여 이 사건 00지구 부동산을 취득한 사실을 인정할 수 있으므로, 구 지방세법 제269조 제1항에서 정한 취득세 등의 면제요건에 해당하나, 원고가 이 사건 00지구 부동산을 취득한 2007. 9. 11.경부터 4년 이내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 아니한 사실도 앞서 본 바와 같으므로, 위 추징의 과세표준일인 2011. 9. 12. 적용되는 위 구「지방세특례제한법」제32조제3항이 정한 추징요건도 충족되었다고 할 것이다.
따라서 원고가 취득한 이 사건 00지구 부동산이 위 구 지방세법 제289조 제1항의 감면 요건을 충족하지 못한 이상 위 구「지방세특례제한법」제32조제3항에 따라 추징한 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 처분은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2) 무상귀속 도시계획시설(도로)에 대한 추징 여부

앞서 든 증거들 및 을나 제3호증의 기재에 의하면, 원고는 2012. 6. 14. 취득세 등을 자진 납부할 당시 이미 도시계획시설(도로)에 해당하는 부속토지 면적을 안분한 금액 4,662,797,002원을 제외한 과세표준을 기준으로 산정한 취득세 등을 납부한 사실, 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 처분에는 위 부동산에 대한 부분은 과세표준에 포함되지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 이유 없다.
3) 판매시설 부속토지에 대한 추징 여부

관계 법령의 규정 및 갑 제11호증, 갑 제12호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 판매시설 부속토지는 위 구 지방세법 제289조 제1항이 정하는 취득세, 등록세, 지방교육세 면제 대상에 해당한다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다(지방교육세도 위 구 지방세법 제260조의2에 의하면, 등록세 납세의무자가 납부의무를 부담하므로, 등록세가 면제되는 이상 지방교육세도 면제된다).
① 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장은, 원고가 위 구 지방세법 제269조 제4항에 따라 임대 목적으로 부동산을 취득한 후 4년 이내에 착공하지 아니함을 근거로 추징처분을 하면서도, 판매시설이 공동복리시설에 해당하지 아니하므로 원고가 주장하는 취득세 등 면제요건 근거규정인 위 구 지방세법 제289조 제1항의 면제요건 중 ‘대통령령이 정하는 사업’에 해당하지 아니함을 이유로 면세가 되어서는 아니 된다고 주장하고 있을 뿐, 위 판매시설 부속토지가 임대 목적으로 취득하였음에 대하여는 아무런 주장, 입증을 하고 있지 아니하다. 즉 원고가 위 판매시설 부속토지를 국가 계획에 따라 제3자에게 공급(분양)할 목적으로 취득한 점에 관하여는 양 당사자 사이에 명백한 다툼이 없어, 임대 목적으로 위 판매시설 부속토지를 취득하였음을 전제로 한 추징처분은 그 자체로 부적법하다.
② 한편 추징처분은 당초의 면세취지에 합당하게 사용하였는지에 대한 사후관리 측면에서 규정한 것으로서 본래의 취득세 등 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이다(대법원 2003. 9. 26. 선고 2002두516 판결 참조). 그럼에도 불구하고, 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장의 이 부분 주장을 위 구 지방세법 제269조 제4항에 따른 추징처분이 아니라, 위 구 지방세법 제289조 제1항에 따른 취득세 등 과세처분으로 선해한다 하더라도, 납세의무 성립일(부동산 취득일)인 2007. 9. 11. 당시 적용되는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제30조의 4, 제120조 제1항, 구 지방세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17849호로 개정된 것) 제14조의2에 의하면, (구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)

제30조의4(부과의 제척기간)

① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.
1. 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한내에 소득세 또는 법인세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 주민세 소득세할 또는 법인세할을 부과할 수 없는 경우에는 7년

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년

제120조(신고 및 납부)

① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일[상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)]이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.
구 지방세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17849호로 개정된 것)

제14조의2(제척기간의 기산일)

① 법 제30조의4제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 1에 해당하는 날을 말한다.
1. 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날. 이 경우 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고납부기한에 포함되지 아니한다.) 취득세 신고납부기한은 취득일로부터 30일이고, 취득세 부과기간의 기산일은 신고납부기한 다음날인 2007. 10. 12.이며, 제척기간은 5년이라 할 것인데, 판매시설 부속토지에 대한 위 취득세 등 과세처분은 위 기산일로부터 위 제척기간 5년이 경과한 2013. 11. 21.에야 이루어졌으므로 무효라 할 것이다.
③ 또한 부산 감전지구 국민임대주택건설사업과 관련하여, 관할 행정청은 분양 목적의 판매시설 부속토지에 관하여 취득세 등 감면 대상으로 취급하였던바(갑 제11호증, 갑 제12호증의 4), 분양 목적의 판매시설 부속토지를 취득세 등 감면 대상으로 취급함이 행정청의 일반적인 사무 처리 방식에도 부합하는 것으로 판단된다.
4) 지장물 보상비의 취득가액 포함 여부

관계 법령의 규정 및 갑 제14, 15호증, 을나 제12호증의 3의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업을 위하여 보상한 지장물은 취득세 등 부과 대상이 아니라 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.
① 구 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2007. 10. 17. 법률 제8665호로 개정되기 전의 것) 제70조는 토지에 관하여는 ‘취득’ 대상임을 전제로 적정한 가격으로 보상하도록 규정하고 있는 한편, 위 법률 제75조는 건축물 등 토지에 정착한 물건에 관하여는 ‘취득’이란 용어를 사용하지 아니한 채 ‘이전비’로 보상하여야 한다고 규정하고 있다. 한편 원고가 이 사건 00지구 부동산을 취득한 시점에 적용되는 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제1항( 제82조의3(취득가격의 범위)

① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.)은 당해 물건을 취득하기 위하여 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 취득가격으로 규정하고 있다. 그런데, 이후 개정된 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정된 것) 제82조의2 (제82조의2(취득가격의 범위)

① 법 제111조제5항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격은 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지불하여 일정액을 할인받은 때에는 그 할인된 금액으로 한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.
3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상성격으로 지급되는 비용) 제1항은 취득가격의 범위에 관하여 종전 대통령령과 유사한 내용으로 규정하면서도, 제2항 제3호에서 제1항에도 불구하고 "이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상성격으로 지급되는 비용"을 취득가격에서 배제하고 있다.
② 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정된 것) 제82조 제2항 제3호에서 "제1항에도 불구하고" 이주비, 지장물 보상금 등을 배제하는 취지는, 종전 법령 규정에 의할 경우, 공익사업을 위하여 건축물 등 토지에 정착한 물건에 관하여 이전비 보상을 하였을 때에 취득세 부과요건인 취득에 해당하는지 여부가 논란이 되고, 이는 조세법률주의의 한 원칙인 명확성 원칙에도 반할 뿐만 아니라 세무행정의 혼란 및 법적 불안정성도 초래되므로 이에 대한 반성적 고려에서 이 부분을 명확하게 하기 위한 취지로 이해된다. 그렇다면 위 구「지방세법 시행령」제82조제2항 제3호는 원고가 이 사건 00지구 부동산을 취득할 당시의 취득세 부과 여부를 정함에 있어서도 고려되어야 할 것이다. 한편, 위 규정은 취득세 과세표준의 범위를 규정하는 "제82조 제1항에도 불구하고" 취득세를 배제하고 있어, 취득세 과세표준인 취득가격에 해당할 여지가 있더라도 이주비나 지장물보상비는 취득가격에서 배제되어야 할 것이고, 이는 구 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에서 토지를 취득의 대상으로 지장물은 이전비 보상의 대상으로 규정하는 것과 그 맥락을 같이 한다.
③ 그렇다면, 설령 지장물 보상 중 일부가 지장물의 이전이 현저히 곤란한 등의 사정으로 해당 물건의 가격으로 이전비 보상이 이루어졌다고 하더라도 여전히 취득세 과세표준인 취득가격에는 포함되지 아니한다고 봄이 타당하다.
④ 또한 설령 피고 주장대로 순수한 이전비 보상의 대상과 명목상 이전비 보상이나 실제로는 취득의 대상을 나눌 수 있다고 하더라도, 과세요건에 대한 입증책임은 피고에게 있다 할 것인데, 피고는 보상의 대상이 된 지장물이 과연 순수한 이전비 보상의 대상인지 이전이 현저히 곤란한 사정 등으로 해당 물건의 가격으로 보상한 취득의 대상인지 여부에 관하여 막연한 추측에 입각하여 주장하고 있을 뿐 아무런 입증을 하고 있지 아니하다. 예컨대, 피고가 제출한 지장물보상현황(을나 제12호증의 3) 중 전화회선, 에어컨 등은 경험칙상 순수한 이전비 보상의 대상으로 보일 뿐만 아니라, ‘동아제약 주식회사’로 산정된 부분은 그 성질을 알 수가 없음에도 불구하고 피고는 취득세 과세표준에 포함시키고 있다.
⑤ 더욱이 원고는 2007. 9. 11.경 토지에 관하여만 취득세 감면 신청을 하여 감면결정을 받았음은 앞서 본 바와 같다. 그런데 이 사건 00지구 부동산과 같이 대규모 토지에서 국민임대주택 건설사업을 하는 경우에 토지 이외에 이전비 보상의 명목으로 상당한 지장물 보상이 행하여질 것으로 통상 예견되는데, 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장은 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 감면결정을 하면서 지장물에 관한 취득세 신고를 하지 아니한 경위에 대하여 아무런 이의를 제기한 적이 없다가 4년 이내에 착공이 되지 아니하여 원고가 자진 신고·납부를 한 시점에서야 지장물 취득세도 추징하고 있다. 이러한 점에서 현재 지장물이 이전의 대상인지 취득의 대상인지 불분명하게 된 주된 귀책사유가 피고에게 있을 뿐만 아니라, 피고는 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 감면결정 당시 지장물이 취득의 대상이 아님을 사실상 승인하였던 것으로 보인다.
5) 소결

따라서 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장 처분, 즉 지장물에 대한 취득세 23,703,190원, 판매시설 부속토지에 대한 취득세 54,999,900원, 등록세 55,318,920원, 지방교육세 10,354,830원의 추징·부과처분은 모두 위법하여 취소되어야 한다.
4. 이 사건 000청장 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 2005. 12. 30. 이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업을 승인받아 이 사건 △△지구 부동산을 취득할 당시에 적용되던 법률인 위 구 지방세법 제269조 제1항에 의하면 취득세 등 면제대상에 해당하였고, 원고가 보금자리주택건설사업(공공분양사업)으로 변경 승인될 당시에 적용되던 법률인 위 구「지방세특례제한법」제76조에 의하더라도 취득세 등 면제대상에 해당함에도 불구하고, 피고 000청장이 위 구 지방세법 제269조 제3항에 따라 추징처분을 하는 것은 위법하다.
나. 관계 법령

별지3 관계 법령 기재와 같다.
한편 이 사건 000청장 처분은 부동산을 다른 용도로 사용하였음을 이유로 위 구 지방세법 제269조 제3항에 근거하여 이루어진 추징 처분이므로 그 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 다른 용도로의 사용도 포함된다 할 것이다. 따라서 추징을 위한 과세기준일은 원고가 이 사건 △△지구 부동산을 임대와 다른 용도로 사용한 2012. 12. 26.이라 할 것이고, 이에 따라 원고가 이 사건 △△지구 부동산을 취득한 것이 취득세 등 면세 대상이 되는지 여부는 그 취득 당시의 법률에 따라 판단하여야 할 것이지만, 원고가 다른 용도로 사용하여 추징 대상이 되는지 여부는 다른 용도로 사용한 2012. 12. 26. 당시의 법령 규정에 따라 판단되어야 한다(대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결 참조).
다. 판단

1) 먼저 원고가 이 사건 △△지구 부동산을 취득(2009. 7. 15. ~ 2012. 12. 18.)할 당시의 적용법령인 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제269조 제1항 및 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제32조 제1항은 원고(한국토지주택공사)가 임대 목적으로 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택을 취득할 경우 취득세를 면제하도록 규정하고 있다. 그러나 한편 원고가 소규모 임대주택이 아닌 다른 용도에 사용하였다는 이유로 피고 000청장이 한 추징처분에 있어서 추징 해당 여부의 판단 기준이 되는 법령, 즉 원고가 다른 용도로 사용한 시점인 2012. 12. 26. 보금자리주택 건설사업 승인 당시의 법령인 위 구「지방세특례제한법」제32조제3항에 의하면, 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있으므로, 원고가 주장하는 바와 같이 취득 당시 취득세 면제대상이었다는 점만으로 추징을 면할 수는 없다.
2) 한편, 원고가 2012. 12. 26. 보금자리주택 건설사업을 승인 받을 당시의 적용법령인 구「지방세특례제한법」제76조제1항에서, 원고(한국토지주택공사)가 국가 등의 계획에 따라 제3자에게 공급(분양)할 목적으로 대통령령이 정하는 사업(주택 공급)에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하도록 규정하고 있다. 그러나 원고는 이 사건 △△지구 부동산을 원래 임대 목적으로 취득하였다가 이후에 그 사용 용도를 변경하여 위 보금자리주택 건설사업(공공분양사업)에 사용하였을 뿐, 위 보금자리주택 건설사업(공공분양사업)을 위하여 이 사건 △△지구 부동산을 별도로 취득한 것은 아니다. 따라서 원고가 위 구「지방세특례제한법」제76조제1항을 근거로 이 사건 △△지구 부동산에 대한 취득세 감면을 주장할 수는 없다.
3) 그러나 앞서 본 법리 및 사실관계와 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 아래에서 살펴보는 바와 같이 피고의 추징처분은 결국 위법하여 허용되지 아니한다.
① 이 사건에서 문제되는 추징은 당초 취득세를 면제받은 자가 면제받은 취지 즉 소규모 공동주택 임대를 위하여 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용할 것을 요건으로 하는 처분으로서 본래의 취득세 부과처분과는 그 요건을 달리 하는 별개의 처분이고, 그 실질은 사후 관리의 측면에서 결국 면제받은 취지와 다른 용도로 사용하여서는 아니됨에도 불구하고 이를 위반하고 다른 용도로 사용하였다는 행정법상의 의무위반에 대한 제재의 성격을 가진다 할 것이다(대법원 2001. 3. 9. 선고 99두11677 판결, 대법원 2003. 9. 26. 선고 2002두516 판결 등 참조). 그런데 행정법규 위반에 대하여 가해지는 제재조치는 행정목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로 위반자의 고의·과실이 있어야만 하는 것은 아니나, 그렇다고 하여 위반자의 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에까지 부과할 수 있는 것은 아니다(대법원 1976. 9. 14. 선고 75누255 판결, 대법원 2003. 9. 2. 선고 2002두5177 판결, 대법원 2014. 12. 24. 선고 2010두6700 판결 등 참조, 한편 추징에 관하여 명문 규정이 없는 경우에도 납세의무자에게 귀책사유가 없는 경우 추징할 수 없다고 한 사례로는 대법원 1994. 9. 13. 선고 94누4141 판결, 대법원 1995. 9. 15. 선고 95누6854 판결, 대법원 2000. 10. 6. 선고 98두922 판결 등 참조).
② 이 사건의 경우, 원고는 관계 법령에 따라 소규모 공동주택 임대를 위하여 이 사건 △△지구 부동산을 취득하였는데, 이후 정부정책에 의한 사정변경에 따라 종전의 국민임대주택 건설사업 승인이 취소되고 공공분양사업으로 변경 승인됨으로써, 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 사유로 공공분양을 위한 사업에 이 사건 △△지구 부동산을 사용하게 되었다. 따라서 원고에게는 이 사건 △△지구 부동산을 당초 승인된 소규모 공동주택 임대를 위하여 사용할 것을 기대할 수 없었고, 결국 소규모 공동주택 임대 목적 사용이라는 법령상의 의무를 위반한데 대하여 원고에게 그 의무해태를 탓하기 어려운 정당한 사유가 있다 할 것이다.
③ 나아가, 원고는 앞서 본 바와 같이 사정변경에 따라 공공분양사업(보금자리주택사업)을 시행하였는데, 만일 사정변경 후 이 사건 △△지구 부동산을 취득하였다면 위 구「지방세특례제한법」제76조제1항에 의한 취득세 면제대상에 해당하게 된다. 또한 사정변경에 해당하는 사유가 처음부터 있어서 원고가 당초부터 공공분양사업으로 승인을 받고 그에 따라 이 사건 △△지구 부동산을 취득하였다면 이 역시 위 구 지방세법 제289조 제1항에 의한 취득세 면제대상에 해당하게 된다. 이러한 경우와의 형평을 고려하더라도, 이 사건의 경우에는 추징을 허용하지 아니함이 타당하다.
4) 소결

따라서 이 사건 000청장 처분 중 취득세 492,782,880원, 등록세 460,646,720원, 지방교육세 85,214,280원 부과처분 부분은 모두 위법하여 취소되어야 한다(이 사건 000청장 처분 중 위 취소부분을 초과하는 부분은 이미 1심에서 취소되어 이 사건 심판범위에서 배제됨은 앞서 본 바와 같다).
5. 결론

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있어 이를 모두 인용할 것인바, 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소하고 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-부산지방법원 2015. 8. 21. 선고 2014구합21517 판결】

【주 문】 처분청일부패소

1. 피고 부산광역시 000청장이 2014. 4. 11. 원고에 대하여 한 취득세 641,192,920원 부과처분 중 492,782,880원을 초과하는 부분, 등록세 563,402,460원 부과처분 중 460,646,720원을 초과하는 부분, 지방교육세 104,222,890원 부과처분 중 85,214,280원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 피고 부산광역시 ㅁㅁㅁㅁ청장에 대한 청구 및 피고 부산광역시 000청장에 대한 나머지 청구를 각 기각한다.
3. 소송비용 중 원고와 피고 부산광역시 000청장 사이에 생긴 부분의 80%는 원고가, 나머지는 같은 피고가 각 부담하고, 원고와 피고 부산광역시 ㅁㅁㅁㅁ청장 사이에 생긴 부분은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 피고 부산광역시 ㅁㅁㅁㅁ청장의 취득세 등 부과처분

1) 건설교통부장관은 2006. 12. 29. 대한주택공사(2009. 10. 1. 한국토지주택공사법에 의하여 원고로 합병되어 원고가 대한주택공사의 재산과 채권·채무, 그 밖의 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다. 이하 ‘원고’라 한다)가 부산 aaaa 00동 116번지 일원에 1세대당 면적이 39㎡ 내지 46㎡인 국민임대아파트 808세대를 건설하는 부산00지구 국민임대주택건설사업(이하 ‘이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업’이라 한다)을 사업기간 2006. 12.부터 2010. 12.까지로 하여 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법(2009. 3. 20. 법률 제9511호 보금자리주택건설 등에 관한 특별법으로 전면 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국민임대주택건설법’이라 한다) 제23조의 규정에 따라 승인하고, 2007. 1. 5. 이를 건설교통부고시 제2006-671호로 고시하였다.
2) 원고는 2007. 9. 11.경 이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업을 위해 부산 aaaa 00동 116 외 13필지 토지 13,790.6㎡를 24,310,146,440원에, 그 지상 건축물(지장물)을 763,831,330원에 취득(이하 토지와 건축물을 통칭하여 ‘이 사건 00지구 부동산’이라 한다)한 후 이에 관하여 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 하고 위와 같이 개정된 지방세법은 ‘개정 지방세법’이라 한다) 제289조 제1항의 규정에 따라 취득세, 등록세 등의 감면신청을 하여 피고 부산광역시 ㅁㅁㅁㅁ청장(이하 ‘피고 ㅁㅁㅁㅁ청장’이라 한다)으로부터 취득세 및 등록세 등을 감면받았다(이하 ‘이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 감면결정’이라 한다).
3) 원고는 2012. 6. 14. 국민임대주택 건설사업을 목적으로 이 사건 00지구 부동산을 취득한 날로부터 4년 이내 착공하지 아니하였다는 이유로 구 지방세법 제269조 (구 지방세법이 2010. 3. 31. 개정되었으나, 개정 지방세법 부칙 제2조(일반적 적용례) 및 제5조(일반적 경과조치)에 따라 구 지방세법이 적용된다.) 제3항 및 같은 법 시행령 제223조 규정에 따라, 토지 취득가액 24,310,146,440원 중 도시계획시설(도로) 등에 해당하는 부속 토지면적을 안분한 금액 6,435,158,200원을 제외한 나머지 17,874,988,240원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 483,053,670원, 등록세 483,053,670원, 지방교육세 89,460,730원 합계 1,055,568,070원(가산세 포함)을 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장에게 자진신고·납부하였다.
4) 부산광역시장은 2013. 11. 21. 원고가 위 3)항 기재와 같이 취득세 등을 자진신고·납부할 당시 건축물(지장물) 취득금액 763,831,330원과 판매시설 부분의 부속토지에 해당하는 취득금액 1,772,361,198원이 과소신고 되었다는 이유로, 그 합계액 2,536,192,528원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 78,018,320원, 등록세 54,521,360원, 지방교육세 10,195,310원 합계 142,734,990원(가산세 포함)의 추징대상임을 원고에게 과세예고하였다.
5) 원고는 2014. 2. 25. 부산광역시장의 위 과세예고에 대하여 과세전적부심사를 청구하였으나 불채택되었고, 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장은 2014. 4. 15. 원고에게 신고하지 않은 지장물에 대한 취득세 23,703,190원, 과소신고한 토지에 대한 취득세 54,999,900원, 등록세 55,318,920원, 지방교육세 10,354,830원, 합계 144,376,840원(가산세 포함)을 부과(이하 ‘이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 처분’이라 한다)하였다.
나. 피고 부산광역시 000청장의 취득세 등 부과처분

1) 건설교통부장관은 2005. 12. 30. 원고가 부산 000 △△동 산95 일원에 1세대당 면적이 33㎡ 내지 55㎡인 국민임대아파트 1,400세대를 건설하는 부산△△지구 주공국민임대주택 건설사업(이하 ‘이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업’이라 한다)을 사업기간 2005. 11.부터 2009. 12.까지로 하여 구 국민임대주택건설법 제23조의 규정에 따라 승인하고, 이를 2006. 1. 12. 건설교통부고시 제2006-17호로 고시하였다(이후 국토해양부장관은 2008. 12. 1. 위 고시내용 중 도로에 대한 부분을 일부 변경하여 국토해양부고시 제2008-685호로 고시하였다).
2) 원고는 2009. 7. 15.부터 2012. 12. 18.까지 부산시 000 △△동 산 95 등 토지 64,027.8㎡를 21,143,979,612원, 그 지상 건축물(지장물 포함)을 2,919,404,500원에 취득(이하 이를 통칭하여 ‘이 사건 △△지구 부동산’이라 한다)한 후 이 사건 △△지구 부동산에 관하여 구 지방세법 제289조 제1항(2010. 3. 31. 제정된 지방세특례제한법이 2011. 1. 1. 시행됨에 따라 2011. 1. 1.이후 취득한 부동산에 대하여는「지방세특례제한법」제32조제1항 적용)의 규정에 따라 취득세, 등록세 등의 감면신청을 하여 피고 부산광역시 000청장(이하 ‘피고 000청장’이라 한다)으로부터 취득세 및 등록세 등을 면제받았다(이하 ‘이 사건 000청장의 면제결정’이라 한다).
3) 국토해양부장관은 2012. 12. 26. 구 국민임대주택건설법 제33조 제1항 제3호에 따른 사정변경(공급유형의 변경 : 국민임대→공공분양)으로 계속적인 주택건설사업 시행이 불가능하다는 이유로 이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업 승인을 취소하고 2013. 1. 2. 국토해양부고시 제2012-985호로 이를 고시하였으며, 같은 날 이 사건 △△지구 부동산에 아파트 900세대(공공분양)를 건설하는 보금자리주택 건설사업을 사업기간 2012. 12.부터 2015. 10.까지로 하여 구 보금자리주택건설 등에 관한 특별법(2013. 7. 16. 법률 제11926호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 보금자리주택건설법’이라 한다) 제35조의 규정에 따라 승인하고, 국토해양부고시 제2012-986호로 이를 승인·고시하였다.
4) 이에 피고 000청장은 2014. 4. 11. 구 지방세법 제269조 제3항(2011. 1. 1. 이후 취득한 부동산에 관하여는「지방세특례제한법」제32조제3항 적용)에 따라 소규모 임대주택이 아닌 다른 용도에 사용하는 경우로 보아 그 취득가액 24,063,384,112원(토지와 건축물 합계)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 641,192,920원, 등록세 563,402,460원, 지방교육세 104,222,890원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 000청장의 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 8호증, 을가 제1 내지 12호증, 을나 제1 내지 7, 9, 12호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에는 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 있다면, 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 추징처분이 가능하게 되었다고 하더라도 추징처분은 허용되지 않는다. 그런데 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 감면결정은 구 지방세법 제289조 제1항에 근거한 것이고 위 규정에는 면제요건만 있을 뿐 별도의 추징요건은 없다. 따라서 구 지방세법 제269조 제3항에 따른 추징사유가 발생하였다고 하더라도 구 지방세법 제289조 제1항의 규정에서 정한 감면요건이 충족되어 추징할 수 없음에도 구 지방세법 제269조 제3항을 근거로 취득세 등을 추징하였다.
2) 이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업계획에 따라 관리청에 무상귀속되는 도시계획시설(도로)에 해당하는 부분은 취득세 등의 부과대상이 되지 않음에도. 이 부분에 대하여도 추징하였다.
3) 2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정된「지방세법 시행령」제18조제2항 제3호에 따르면, 피고가 부과대상으로 삼은 이 사건 00지구 부동산 중 건축물(지장물)에 대한 보상비는 취득물건과는 별개의 권리에 대한 보상성격으로 지급되는 비용에 해당하는 것으로서 취득세 등의 과세표준이 되는 취득가액에 포함되지 않음에도 이 부분을 포함하여 추징하였다.
나. 관련 법령

별지3 기재와 같다.
다. 판단

1) 구 지방세법 상 추징요건 충족 여부

가) 관련 법리

동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 의한 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다. 그러나 당초 감면결정의 감면사유가 인정되지 않는다면 거기에서 나아가 추징처분의 바탕이 된 감면규정에 정한 감면사유 및 추징사유의 존부를 가려 그 처분의 위법 여부를 판단하여야 한다. 이러한 법리에 비추어 보면, 이 사건 감면결정이 구 지방세법 제289조 제1항에 정한 감면요건이 충족된다면, 설령 같은 법 제269조 제1항을 전제로 한 제3항의 추징요건이 충족된다고 하더라도 그 추징처분은 위법한 것이 되고, 반대로 이 사건 감면결정이 같은 법 제289조 제1항에 정한 면제사유에 대한 착오나 법리오해 등으로 잘못 이루어진 것이지만 같은 법 제269조 제1항의 면제요건과 제3항의 추징요건에 해당한다면 같은 법 제269조 제1항에 의한 면제결정이 없었다 하더라도 같은 조 제3항에 의한 추징처분을 할 수 있다고 봄이 상당하다(대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두26414 판결 참조).
나) 구 지방세법 제289조 제1항에 정한 감면요건 해당 여부

구 지방세법 제289조 제1항은 「한국토지공사법」에 의하여 설립된 한국토지공사와 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있는데, 위 조항에서 정한 ’제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산’에서의 ‘공급’ 에는 소유권 처분이 수반되지 않는 ‘임대’가 포함된다고 볼 수 없다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2011두7144 판결 등 참조).
그런데 원고가 임대 목적으로 하는 국민임대주택 건설사업을 위하여 이 사건 00지구 부동산을 취득한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이는 위 법리에 비추어 제3자에게 공급할 목적으로 일시 부동산을 취득한 경우에 해당되지 않으므로, 구 지방세법 제289조 제1항에서 정한 취득세 및 등록세의 감면사유에 해당하지 않는다. 그럼에도 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장은 구 지방세법 제289조 제1항을 근거로 이 사건 감면결정을 하였으므로 이는 감면사유에 대한 착오나 법리오해 등으로 잘못 이루어진 것으로 볼 수 있다.
다) 구 지방세법 제269조 제1항의 감면요건 및 제3항의 추징요건 해당 여부

구 지방세법 제269조 제1항은 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 ‘소규모 공동주택’이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 제3항에서 ‘제1항 및 제2항의 경우 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간 내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다’고 규정하고 있다. 또한 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22251호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령’이라 한다) 제223조 제1항에서 ‘같은 법 제269조 제1항에서 정하는 소규모 공동주택용 부동산이라 함은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60㎡ 이하의 공동주택 및 그 부속토지를 말한다’고 규정하고 있고, 제2항에서는 ‘"대통령령이 정하는 기간"이라 함은 소규모 공동주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종취득일을 말하며, 최종취득일 이전에 사업계획승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다’고 규정하고 있다.
앞서 본 바와 같이 원고는 2007. 9. 11.경 1세대당 면적이 39㎡ 내지 46㎡인 국민임대아파트 건설사업을 위하여 이 사건 00지구 부동산을 취득한 사실을 인정할 수 있으므로, 구 지방세법 제269조 제1항에서 정한 취득세 등의 면제요건에 해당하나, 원고가 이 사건 00지구 국민임대주택건설 사업승인을 받은 날인 2006. 12. 29. 또는 이 사건 00지구 부동산을 취득한 2007. 9. 11.경부터 4년 이내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 않은 사실도 앞서 본 바와 같으므로, 구 지방세법 제269조 제3항에서 정한 추징요건도 충족되었다고 할 것이다.
라) 따라서 원고가 취득한 이 사건 00지구 부동산이 구 지방세법 제289조 제1항의 감면 요건을 충족하지 못 한 이상 구 지방세법 제269조 제3항에 따라 추징한 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 처분은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2) 무상귀속 도시계획시설(도로)에 대해 추징하였는지 여부

앞서 든 증거 및 을나 제3호증의 기재에 의하면, 원고는 2012. 6. 14. 취득세 등을 자진 납부할 당시 이미 도시계획시설(도로)에 해당하는 부속토지 면적을 안분한 금액 4,662,797,002원을 제외한 과세표준을 기준으로 산정한 취득세 등을 납부한 사실, 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 처분에는 위 부동산에 대한 부분은 과세표준에 포함되지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.
3) 건축물(지장물) 보상비의 취득가액 포함 여부

구「지방세법」제104조제8호는 취득세에서 취득이라 함은 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다고 규정하고, 같은 법 제105조 제2항은 부동산 등의 취득에 있어서 관계 법령상의 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상 취득한 때에는 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다. 또한 구 국민임대주택건설법 제17조는 단지조성사업의 시행을 위하여 필요한 경우에는 토지·물건 및 권리를 수용 또는 사용할 수 있고 이 경우 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 적용하는데, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제75조 제1항은, 건축물·입목·공작물과 그 밖에 토지에 정착한 물건에 대하여는 이전비로 보상하되, 건축물 등을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물 등을 종래 목적대로 사용할 수 없게 되는 경우 및 건축물 등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우에는 해당 물건의 가격으로 보상하도록 규정하고 있다.
위 법 규정에 을나 제11호증의 기재를 보태어 보면, 비록 원고가 이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업시행을 위하여 이 사건 건축물(지장물)을 철거한다고 하더라도 건축물 소유자에게 그 가격 상당의 손실보상금을 지급함으로써 건축물이라는 자산을 유상으로 사실상 이전받아 취득하였다고 볼 수 있다. 따라서 원고가 지급한 손실보상금은 각 건축물의 취득대가를 지급한 것으로 볼 수 있을 뿐, 원고가 주장하듯이 취득물건과 별개의 권리에 관한 보상 성격의 비용을 지급한 것으로 볼 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
3. 이 사건 000청장의 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에는 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 있다면, 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 추징처분이 가능하게 되었다고 하더라도 추징처분은 허용되지 않는다. 이 사건 000청장의 면제결정은 구 지방세법 제289조 제1항{지방세특례제한법이 시행된 2011. 1. 1. 이후에 취득한 부동산에 대하여는 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제1항}에 근거한 것이고 위 규정에는 별도의 추징요건이 규정되어 있지 않다. 따라서 구 지방세법 제269조 제3항 또는 구「지방세특례제한법」제32조제3항에 따른 추징사유가 발생하였더라도 구 지방세법 제289조 제1항 또는 구「지방세특례제한법」제76조제1항의 면제요건이 충족되어 추징할 수 없다.
2) 설령 추징사유가 존재한다고 하더라도, 개정 지방세법(2011. 1. 1. 시행)은 2011. 1. 1. 이후 취득한 과세물건에 대한 등록세를 부과하는 규정 자체가 존재하지 않는다. 따라서 개정 지방세법이 시행된 2011. 1. 1. 이후 취득한 물건에 대하여는 등록세를 부과할 수 없을 뿐만 아니라 추징처분을 할 수 없다. 따라서 이 사건 처분 중 등록세에 대한 부분은 위법하다.
3) 이 사건 △△지구 부동산 중 부산 000 △△동 460, 461-7, 462 구거(을가 제2호증에 기재된 연번 423, 424, 425 토지, 이하 ‘이 사건 구거부지’라 한다)는 원고가 대한민국으로부터 취득한 사실이 없다. 따라서 이 사건 000청장의 처분 중 이 사건 구거부지에 대한 부분은 위법한다.
4) 이 사건 △△지구 부동산 중 일부는 이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업에 따라 신설되는 도로(중로 2-457호선)에 편입되고, 위 도로는 관리청인 국가 또는 지방자치단체에 무상귀속된다. 따라서 위와 같이 도로에 편입되는 부동산은 구「지방세법」제106조제1항(2011. 1. 1. 이후 취득한 부분에 대하여는 개정「지방세법」제9조제1항)에 따라 취득세 부과대상이 아니다.
나. 판단

1) 구 지방세법 등의 추징요건 충족 여부

가) 앞서 제2의 다1)가)항에서 본 바와 같이 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 의한 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다. 그러나 당초 감면결정의 감면사유가 인정되지 않는다면 거기에서 나아가 추징처분의 바탕이 된 감면규정에 정한 감면사유 및 추징사유의 존부를 가려 그 처분의 위법 여부를 판단하여야 한다.
나) 구 지방세법 제289조 제1항(구「지방세특례제한법」제76조제1항, 이하 중복되는 구 지방세특례제한법의 해당 규정은 기재를 생략한다)의 감면요건 충족여부

원고가 임대 목적으로 하는 국민임대주택 건설사업을 위하여 이 사건 △△지구 부동산을 취득한 사실은 앞서 본 바와 같고 이는 제3자에게 공급할 목적으로 일시 부동산을 취득한 경우에 해당되지 않으므로, 구 지방세법 제289조 제1항에서 정한 취득세 및 등록세의 감면사유에 해당하지 않는다. 그럼에도 피고 000청장은 위 규정을 근거로 감면결정을 하였으므로 이는 감면사유에 대한 착오나 법리오해 등으로 잘못 이루어진 것으로 볼 수 있다.
다) 구 지방세법 제269조(구「지방세특례제한법」제32조)의 감면요건 및 추징요건 충족여부

(1) 구 지방세법 제269조 제1항의 감면요건 해당여부

앞서 본 바와 같이 원고는 2009. 7. 15.경부터 2012. 12. 18.까지 1세대당 면적이 33㎡ 내지 55㎡인 국민임대아파트 건설사업을 위하여 이 사건 △△지구 부동산을 취득하였으므로, 구 지방세법 제269조 제1항에서 정한 취득세 등의 면제요건에 해당한다.
(2) 구 지방세법 제269조 제3항의 추징요건 충족여부

구 지방세법 제269조 제3항은 같은 조 제1항 및 제2항의 경우 토지를 취득한 후 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징하는 것으로 규정하고 있다.
갑 제8호증, 을가 제2, 3, 8호증의 각 기재에 의하면, 원고는 이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업을 위하여 2009. 7. 15.부터 2012. 12. 18.까지 이 사건 △△지구 부동산을 취득한 사실, 그 후 2012. 12. 26. 이 사건 △△지구 구역에 보금자리주택 건설사업을 위하여 위 국민임대주택 건설사업의 승인이 취소된 사실, 위 보금자리주택 건설사업은 1세대당 면적이 74㎡ 내지 84㎡인 보금자리주택 900세대를 건설하는 사업인 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면 원고가 건설하는 보금자리주택은 구 지방세법 제269조에서 취득세 등의 감면 대상인 소규모 공동주택(1세대당 면적 60㎡이하)에 해당하지 않으므로 이 사건 △△지구 부동산은 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우에 해당되어, 구 지방세법 제269조 제3항의 추징요건에 해당하게 되었다.
라) 결국 원고가 취득한 이 사건 △△지구 부동산이 구 지방세법 제289조 제1항의 감면 요건을 충족하지 못하여 구 지방세법 제269조 제3항에 따라 추징하여야 한다고 볼 수 있으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2) 2011년 이후 취득 토지에 대한 등록세(별지2 기재 표 중 ① 부분) 추징의 가부

구 지방세법이 2010. 3. 31. 전부 개정되면서 등록세를 취득세로 통합하여 등록세의 세목이 삭제되었으므로 과세관청은 2011. 1. 1. 이후 취득한 부동산에 대하여는 더 이상 등록세를 부과할 수 없다.
그런데 피고 000청장이 이 사건 처분을 하면서 이 사건 △△지구 부동산 중 2011년 이후 토지 취득분에 대하여도 등록세 53,085,700원 및 이에 따른 지방교육세 9,820,230원 합계 62,905,930원(= 53,085,700원 + 9,820,230원)을 부과한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 위 등록세가 통합된 취득세 일부를 오기한 것으로 볼 수도 없으므로, 이 사건 000청장의 처분 중 2011년 이후의 등록세 등 부과처분은 이미 삭제된 세목에 대한 것으로서 위법하다.
3) 이 사건 구거부지에 대한 추징(별지2 기재 표 중 ② 부분)의 가부

을가 제2호증(토지보상현황)의 기재에 의하면, 이 사건 구거부지에 대하여 지급금액 합계 63,028,000원(= 30,300,000원 + 20,328,000원 + 12,400,000원), 계약일 2010. 3. 31.이라고 기재되어 있는 사실은 인정된다.
그러나 다른 한편 갑 제7, 8호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 △△지구에 대하여 승인된 보금자리주택 건설사업에 이 사건 구거부지가 포함되어 있고, 그 소유자란에 ‘국 건설부(000 건설과)’로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있다. 여기에다 원고가 매입대금을 지급하는 등으로 이 사건 구거부지를 취득한 적이 없다고 주장함에 대해 피고 000청장도 이를 명확히 부인하지 않으면서 원고가 이 사건 구거부지에 대한 매매대금을 지급하여 사실상 취득하였음을 인정할 만한 객관적인 자료(국유재산 매각 대장, 대금 이체내역 또는 영수증 등)를 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 위 을가 제2호증의 기재만으로는 원고가 대한민국에게 그 대금을 지급하고 이 사건 구거부지를 취득하였다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
따라서 이 사건 000청장의 처분 중 이 사건 구거부지에 대한 산출세액에 다툼이 없는 취득세 1,679,450원, 등록세 1,679,450원, 지방교육세 310,680원 부분은 위법하다.
4) 도로 편입 부동산에 대한 추징(별지2 기재 표 중 ③ 부분)의 가부

구「지방세법」제106조제2항은 ‘국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다.
이 사건 △△지구 부동산 중 일부가 이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업에 따라 신설되는 도로(중로 2-457호선)에 편입되어 있고, 신설되는 도로는 관리청에 무상귀속되는 것으로 정해져 있던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 갑 제8호증의 기재에 의하면 보금자리주택 건설사업에도 위와 같이 도로(중로 2-457호선)가 신설되고 같은 부동산이 위 도로부지에 편입되며 관리청에 무상귀속되는 것으로 계획되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이 부분 부동산은 여전히 국가 또는 지방자치단체에 무상귀속되는 것을 조건으로 하고 있어 비과세 대상이라고 봄이 상당하다.
따라서 이 사건 000청장의 처분 중 위 도로 편입 부동산에 대한 산출세액에 다툼이 없는 취득세 146,730,590원[= 토지분 99,088,250원(= 2010년까지 47,990,600원 + 2011년 이후 51,097,650원) + 건물분 47,642,340원(= 2010년까지 43,908,050원 + 2011년 이후 3,734,290원)], 2010년까지의 등록세 47,990,590원(2011년 이후 등록세 부분은 앞서 본 바와 같이 위법하여 취소될 것이므로 제외), 2010년까지의 지방교육세 8,877,700원(2011년 이후 지방교육세 부분은 같은 이유로 제외) 부분은 위법하다.
다. 소결론

따라서 이 사건 000청장의 처분 중 별지2 기재 계산에 따른 세액, 즉 취득세 492,782,880원, 등록세 460,646,720원, 지방교육세 85,214,280원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
4. 결론

그렇다면 원고의 피고 000청장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장에 대한 청구 및 원고의 피고 000청장에 대한 나머지 청구는 이유 없으므로 각 기각한다.
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【관계법령】

■ 구 지방세법 (2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제7조(공익등 사유로 인한 과세면제 및 불균일과세)

① 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다.
② 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 필요한 때에는 불균일과세를 할 수 있다.
제104조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각호와 같다.
8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.
제105조(납세의무자등)

② 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 「민법」·「광업법」·「수산업법」·「선박법」·「산림법」·「건설기계관리법」·「자동차관리법」또는 「항공법」등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비·항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다.
제106조(국가등에 대한 비과세)

① 국가·지방자치단체·지방자치단체조합·외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대하여는 그러하지 아니하다.
② 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.
제269조(소규모 임대주택 등에 대한 감면)

① 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사(이하 이 조에서 "대한주택공사"라 한다)가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 이 조에서 "소규모 공동주택"이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다.
② 대한주택공사가 분양을 목적으로 취득하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.
③ 제1항 및 제2항의 경우 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.
제289조(공공사업용 토지 등에 대한 감면)

① 「한국토지공사법」에 의하여 설립된 한국토지공사와 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다.
■ 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정된 것, 2011. 1. 1. 시행)

제9조(비과세)

① 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대하여는 취득세를 부과한다.
② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.
부칙

제2조(일반적 적용례)

이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제5조(일반적 경과조치)

이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
■ 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22251호로 개정되기 전의 것)

제73조(취득의 시기등)

① 유상승계취득의 경우에는 다음 각호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1. 법 제111조제5항제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날). 다만, 취득후 30일 이내에「민법」제543조내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.
제223조(소규모 공동주택의 범위 등)

① 법 제269조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 이 조에서 "소규모 공동주택"이라 한다)용 부동산"이란은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터이하의 공동주택(당해 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용에 사용하는 토지와 영구임대주택단지안의 복리시설중 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계법령의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다.
② 법 제269조제3항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 소규모 공동주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종취득일을 말하며, 최종취득일이전에 사업계획승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다.
■ 구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정된 것)

제18조(취득가격의 범위 등)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.
3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

■ 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것)

제32조(한국토지주택공사의 소규모 공동주택 취득에 대한 감면 등)

① 한국토지주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(이하 이 조에서 "소규모 공동주택"이라 한다)용 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다.
② 한국토지주택공사가 분양을 목적으로 취득하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
③ 제1항 또는 제2항을 적용할 때 토지를 취득한 후 대통령령으로 정하는 기간에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
제76조(택지개발용 토지 등에 대한 감면)

① 한국토지주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령으로 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
② 제1항에 따라 취득하는 부동산 중 택지개발사업지구 및 단지조성사업지구에 있는 부동산으로서 관계 법령에 따라 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설물 및 그 부속토지와 공공시설용지에 대하여는 2012년 12월 31일까지 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 면제한다. 이 경우 공공시설물 및 그 부속토지의 범위는 대통령령으로 정한다.
부칙

제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제3조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「지방세법」의 규정(종전의「지방세법」제9조에 따른 조례를 포함한다)에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
■ 지방세특례제한법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22396호로 제정된 것, 2011. 1. 1. 시행)

제13조(추징이 제외되는 임대의무기간 내 분양 등)

① 법 제31조제2항에서 "대통령령으로 정한 경우"란「임대주택법」 제16조제3항과 같은 법 시행령 제13조제2항제2호 및 제3호에서 정하는 경우를 말한다.
제14조(소규모 공동주택의 범위 등)

① 법 제32조제1항에 따른 소규모 공동주택용 부동산은 1구(1세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 부분을 말한다. 이하 같다)당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터 이하인 공동주택(해당 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용으로 사용하는 토지와 영구임대주택단지 안의 복리시설 중 임대수익금 전액을 임대주택 관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계 법령에 따라 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다.
② 법 제32조제3항에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 제1항에 따른 소규모 공동주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종 취득일을 말하며, 최종 취득일 이전에 사업계획을 승인받은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다. 끝.