종합소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2008.01.31 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 변호사 진행섭)
【피고, 피상고인】 속초세무서장
【원심판결】 서울고법 2006. 5. 10. 선고 2005누15955 판결 
【주 문】
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】상고이유를 판단한다.
 1. 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항에 의하면, 농업 및 임업, 어업, 광업, 제조업, 도매업 및 소매업, 건설업, 부동산업 등에서 발생하는 소득은 사업소득으로 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제51조 제3항 제5호에 의하면, 사업소득에 대한 총수입금액을 계산함에 있어 사업과 관련된 수입금액으로서 당해 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액은 총수입금액에 산입하여 하도록 규정하고 있으며, 구 소득세법 제94조 제1항에 의하면 그 각 호에서 규정하고 있는 토지 또는 건물, 부동산에 관한 권리 및 주식 또는 출자지분 등의 양도로 인하여 발생하는 소득은 양도소득으로 규정하고 있다.
 이러한 관련 규정의 내용을 종합해 보면, 사업자가 사업을 영위하다가 그 사업장이 수용 또는 양도됨으로 인하여 그와 관련하여 사업시행자로부터 지급받는 보상금은, 그 내용이 양도소득세 과세대상이 되는 자산 등에 대한 대가보상금인 경우는 양도소득으로, 그 이외의 자산의 손실에 대한 보상이나 영업보상, 휴ㆍ폐업보상, 이전보상 등 당해 사업과 관련하여 감소되는 소득이나 발생하는 손실 등을 보상하기 위하여 지급되는 손실보상금인 경우는 그 사업의 태양에 따른 사업소득으로 보아 그 총수입금액에 산입함이 상당하다. 
 원심은, 원고가 1993. 11.경부터 2001. 11.경까지 이 사건 주택을 타인에게 임대하여 왔고, 2000. 7. 10.경에는 이 사건 주택을 사업장으로 하여 공동주택 장기임대를 주종목으로 하는 부동산업의 사업자등록을 하였으며, 이 사건 주택의 양도 무렵인 2002. 5.경 이 사건 주택의 양도대가와는 별도로 위 임대사업을 폐지함에 따른 영업손실보상 명목으로 이 사건 보상금을 수령한 사실을 인정한 다음, 이와 같은 원고의 사업운영내용, 기간, 규모 및 이 사건 보상금의 지급경위와 그 지급시기 등에 비추어 보면, 이 사건 보상금은 이 사건 주택의 양도 또는 대여로 인하여 발생한 소득이 아니라 이 사건 주택의 임대사업과 관련하여 발생한 손실에 대한 보상금으로 지급된 것이므로, 양도소득이나 부동산임대소득으로 볼 수는 없고 총수입금액에 산입되는 사업소득에 해당한다고 판단하였다.
 위와 같은 법리와 관련 규정 및 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 소득세법상 양도소득, 사업소득 및 부동산임대소득에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 2. 누락수입에 대하여 실지조사결정에 의해 과세처분을 할 때에는 그 누락수입에 대응하는 별도비용의 지출이 있었다고 볼 증거가 없는 한 그 수입액 전체가 소득액에 가산되어야 하고 누락수입에 대응하는 비용도 신고누락 되었다는 점에 관하여는 그 별도의 공제를 구하는 납세의무자가 주장·입증하여야 하며, 또 실지조사방법에 의하여 소득금액을 결정할 수 있는 때에는 추계조사방법으로 결정할 수 없다(대법원 1991. 7. 12. 선고 90누10179 판결, 대법원 2003. 3. 11. 선고 2001두4399 판결 등 참조).
 같은 취지에서 원심이, 피고가 실지조사에 의하여 원고의 수입금액 누락분인 이 사건 보상금을 총수입금액에 가산한 것은 적법하고, 위 누락수입에 대응하는 필요경비가 있다고 인정하기도 어렵다고 보아, 추계조사방법에 의하여 소득금액을 결정하여야 한다는 원고의 주장을 배척한 것은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 추계조사결정에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 또한, 수개의 사업장을 가진 사업자의 종합소득세 과세표준을 결정함에 있어서 사업장별로 반드시 같은 방법에 의하여 그 소득 등이 조사ㆍ결정되어야 하는 것은 아니라 할 것인바, 원심이 같은 취지에서 이 사건 보상금 관련 사업장이 아닌 원고의 다른 사업장에서의 사업소득이 추계조사방법에 의하여 이루어졌음을 이유로 이 사건 보상금 관련 소득금액도 추계조사결정에 의하여야 한다는 원고의 주장을 배척한 것은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법리오해 등의 위법이 없다.
 상고이유에서 들고 있는 대법원판결은 이 사건과 사안을 달리하는 것으로 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.
 3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김황식(재판장) 김영란 이홍훈 안대희(주심)

[1] 사업자가 사업장의 수용 또는 양도로 인해 사업시행자로부터 받는 보상금이 양도소득인지 사업소득인지 여부의 판단 기준
[2] 부동산 임대업자가 사업장의 양도 당시 임대사업 폐지에 따른 영업손실보상 명목으로 받은 보상금이 총수입금액에 산입되는 사업소득에 해당한다고 한 사례
[3] 누락수입에 대하여 실지조사결정에 의해 과세처분할 경우, 누락수입에 대응하는 비용의 신고누락에 관한 증명책임(=납세의무자) 및 실지조사방법에 의해 소득금액을 결정할 수 있는 경우에도 추계조사방법으로 결정할 수 있는지 여부(소극)
[4] 수개의 사업장을 가진 사업자의 종합소득세 과세표준을 결정하는 방법이 사업장별로 반드시 같아야 하는지 여부(소극)

[1] 사업자가 사업을 영위하다가 그 사업장이 수용 또는 양도됨으로 인하여 그와 관련하여 사업시행자로부터 지급받는 보상금은, 그 내용이 양도소득세 과세대상이 되는 자산 등에 대한 대가보상금인 경우는 양도소득으로, 그 이외의 자산의 손실에 대한 보상이나 영업보상, 휴·폐업보상, 이전보상 등 당해 사업과 관련하여 감소되는 소득이나 발생하는 손실 등을 보상하기 위하여 지급되는 손실보상금인 경우는 그 사업의 태양에 따른 사업소득으로 보아 그 총수입금액에 산입함이 상당하다.
[2] 부동산 임대업자가 사업장의 양도 당시 임대사업 폐지에 따른 영업손실보상 명목으로 받은 보상금이 총수입금액에 산입되는 사업소득에 해당한다고 한 사례.
[3] 누락수입에 대하여 실지조사결정에 의해 과세처분을 할 때에는 그 누락수입에 대응하는 별도비용의 지출이 있었다고 볼 증거가 없는 한 그 수입액 전체가 소득액에 가산되어야 하고 누락수입에 대응하는 비용도 신고누락 되었다는 점에 관하여는 그 별도의 공제를 구하는 납세의무자가 주장·입증하여야 하며, 또 실지조사방법에 의하여 소득금액을 결정할 수 있는 때에는 추계조사방법으로 결정할 수 없다.
[4] 수개의 사업장을 가진 사업자의 종합소득세 과세표준을 결정함에 있어서 사업장별로 반드시 같은 방법에 의하여 그 소득 등이 조사·결정되어야 하는 것은 아니다.