부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2007.02.01 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 종로세무서장 (소송대리인 법무법인 다인 담당변호사 김재광)
【변론종결】2007. 1. 11.
【주 문】
 1. 이 사건 소 중 2006. 2. 6.자 2004년 제1기분 부가가치세 부과처분에 대한 주위적 청구의 소를 각하한다.
 2. 피고가 2005. 4. 1. 원고에 대하여 한, 
 가. 별지 1 세액계산서 기재 각 부가가치세 부과처분(2006. 2. 6.자 부과처분 제외) 중 각 ④ 취소를 구하는 세액란 기재 각 세액부분을 각 취소하고, 
 나. 별지 2 세액계산서 기재 2004년 제1기분 부가가치세 부과처분 중 ④ 취소를 구하는 세액란 기재 세액부분을 취소한다.
 3. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주위적 청구취지 : 피고가 2005. 4. 1. 및 2006. 2. 6. 원고에 대하여 한 별지 1 세액계산서 기재 각 부가가치세 부과처분 중 각 ④ 취소를 구하는 세액란 기재 각 세액부분을 각 취소한다.
 예비적 청구취지 : 피고가 2005. 4. 1. 원고에 대하여 한 별지 2 세액계산서 기재 각 부가가치세 부과처분 중 각 ④ 취소를 구하는 세액란 기재 각 세액부분을 각 취소한다(원고는 처분일자를 2005. 4. 1. 및 2005. 4. 22.로 특정하였으나, 2005. 4. 22.자 부과처분은 2004년 제1기분 부가가치세의 감액경정처분으로서 2005. 4. 1.자 당초처분의 일부 취소처분이어서 처분일자의 오기로 보이고, 2004년 제1기분 이외의 부과처분도 주위적 청구와 예비적 청구로 표시하였으나 2004년 제1기분 외의 나머지 각 부과처분은 주위적 청구와 예비적 청구의 내용이 모두 같아 그 표시의 착오로 보이므로 2004년 제1기분 부가가치세 부과처분에 관해서만 예비적 청구가 있는 것으로 본다).
【이 유】 1. 처분의 경위
 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1 내지 7, 갑 제2호증, 갑 제3호증, 갑 제4호증, 갑 제5호증, 갑 제7호증의 1 내지 8, 갑 제8호증, 을 제1호증의 1 내지 8의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
 가. 원고는 2001. 3. 23. 철도청과 사이에「사회간접자본시설에대한민간투자법」(2005. 1. 27. 법률 제7386호「사회기반시설에대한민간투자법」으로 변경되기 전의 것, 이하 ‘민간투자법’이라 한다) 제4조 제1호에 의거하여 서울역과 인천국제공항 사이의 철도시설을 준공함과 동시에 그 소유권을 국가에 귀속시키는 대신 30년간의 시설관리운영권을 취득하는 방식으로 인천국제공항철도사업을 운영하기로 하는 내용의 인천국제공항철도 민간투자사업 실시협약을 체결하고, 그 준비단계로서 기부채납을 위한 철도시설 등에 대한 건설사업(이하 뒤에서 보는 철도차량의 제공, 설계·감리·사업관리용역 등을 포함하여 ‘이 사건 기부채납사업’이라 한다)을 시행하고 있다.
 나. 원고는 2002. 6. 29. 서울특별시와 사이에 인천국제공항철도와 지하철 9호선이 환승 되는 김포공항정거장과 환승 통로의 건설공사와 관련하여, 2002. 7. 19. 철도청과 사이에 경의선 철도의 설계·감리 및 기타 용역과 관련하여 각 위·수탁사업(이하 ‘이 사건 위·수탁사업’이라 한다)계약을 체결하였다. 원고는 위 토목공사의 시행을 위하여 2002. 9. 12.소외 1 주식회사 등 8개 업체와 사이에 공사도급계약을 체결하였고, 철도청에 대한 용역의 제공을 위하여 2002. 4. 11.소외 2 회사 등 8개 업체와 사이에 경의선 및 용산선 철도의 설계, 설계감리, 기타 용역 등에 관한 도급계약을 체결하였다.
 다. 원고는 ① 이 사건 기부채납사업이구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제105조 제1항 제3의2호 소정의 부가가치세 영세율 적용대상에 해당되는 것으로 보고, ② 이 사건 위·수탁사업의 시행과 관련하여 각 시공사로부터 공급받은 건설용역에 대한 매입세금계산서에 기한 매입세액을 공제대상으로 보고, 2001년 제1기 내지 2004년 제1기 기간의 부가가치세 매입세액 합계 48,850,128,460원을 당해 과세기간의 부가가치세 신고시 공제대상 매입세액에 포함하여 환급신고하여 매입세액 합계 48,115,370,098원을 환급받았다.
 라. 피고는 원고가 여객운송사업을 영위하는 법인으로서 부가가치세 면세사업자에 해당되어 이 사건 기부채납사업이 위 조특법상의 부가가치세 영세율 적용대상에 해당되지 않으며, 이 사건 위·수탁사업이부가가치세법 시행령 제58조 제7항의 위탁매매의 규정이 준용되는 용역의 주선에 해당되어부가가치세법 시행령 제58조 제2항에 따라 수급인이 직접 위탁자인 철도청이나 서울특별시에 세금계산서를 교부하여야 하므로 원고가 수급인으로부터 매입세금계산서를 교부받아 이를 자신의 매입세액으로 공제받을 수 없다고 보고(그 매입세액은 2002년 2기분 297,838,660원, 2003년 2기분 161,104,570원, 2004년 제1기분 133,376,640원 합계 592,319,870원이다), 위 환급받은 매입세액 48,115,370,098원은 공제대상이 아닌 매입세액을 잘못 환급한 것으로 판단하여 2005. 4. 2. 위 매입세액을 불공제처분하고 2002년 제1기 이후 분에 대하여는 신고납부불성실가산세 등 가산세 4,607,730,950원을 포함하여 별지 1 세액계산서 기재 각 부과처분과 같이 합계 49,750,010,420원(2005. 4. 22. 2004년 제1기분 부가가치세 8,919,722,060원의 부과처분을 6,667,320,420원으로 감액경정하였다. 이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 결정·고지하였다.
 마. 한편, 조세특례제한법이 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되어 “민간투자법 제2조 제7호에 의한 사업시행자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역(제105조 제1항 제3호 마목)”을 부가가치세 영세율 적용대상으로 편입하였고,그 부칙 제23조에서 위 개정규정이 그 시행 이전에 주무관청과 실시협약을 체결한 사업시행자에 대하여 부가가치세를 경정하는 분부터 적용되는 것으로 규정함에 따라, 원고는 원고에게 도시철도건설용역을 직접 공급한 사업자들로부터 그들에게 지급한 부가가치세 합계 35,129,358,285원을 반환받았다.
 바. 원고는 위 매입세액 중 과세관청이 도시철도건설용역에 포함되지 않는다고 본 철도차량의 제공, 설계·감리·사업관리용역의 제공 등의 부분에 대한 매입세액 합계 11,700,170,350원을 원고에게 공급한 사업자들로부터 아직 반환받지 못하였다(이하 이 사건 부과처분 중 위 11,700,170,350원에 관련된 부과처분 부분을 ‘이 사건 기부채납 관련 부과처분’이라 하고, 위·수탁사업에 관련된 위 592,319,870원의 부과처분 부분을 ‘이 사건 위·수탁사업 관련 부과처분’이라 한다). 
 사. 한편, 서인천세무서장은 2006. 2. 6. 원고에 대하여 2004년 제1기분 부가가치세를 130,789,010원 증액하여 경정·고지하였는데, 위 증액경정분은 이 사건 위·수탁관련사업에 관련된 것이다(원고의 사업장주소지가 ‘서울 종로구○○동(이하지번 1 생략)’에서 ‘인천 서구○○동(이하지번 2 생략)’로 바뀌어 관할세무서가 피고에서 서인천세무서장으로 변경되었다).
 아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2005. 6. 3. 국세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 국세심판원장은 2005. 12. 12. 위 심판청구를 기각하였다.
 2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 다음과 같이 이 사건 처분이 위법하다고 주장하면서, 이 사건 위·수탁사업과 관련한 2004년 제1기분 부가가치세에 대하여, 주위적으로, 당초 2005. 4. 1.자 부과처분(이하 ‘당초처분’이라 한다)은 2006. 2. 6.자 증액경정처분(이하 ‘증액경정처분’이라 한다)에 흡수·소멸되었음을 전제로 증액경정처분의 취소를 구하고, 예비적으로 당초처분과 증액경정처분은 서로 독립하여 별개의 과세처분으로 존재함을 전제로 당초처분의 취소를 구하며, 그 밖의 부과처분에 대하여는 그 취소를 구한다.
 ⑴ 이 사건 기부채납 관련 부과처분의 위법
 ㈎ 이 사건 기부채납사업은구 조특법 제105조 제1항 제3의2호 소정의 영세율 적용대상 사업일 뿐 아니라, 이 사건 기부채납사업은 면세사업인 여객운송사업을 영위하기 위한 목적이 있다 하더라도 여객운송사업과는 별도의 과세사업이므로 매입세액이 공제되어야 한다.
 ㈏구 조특법 제105조 제1항 제3의2호의 규정은 영세율의 적용대상에 대하여 그 사회간접자본시설이 사용되는 사업이 과세사업인지 면세사업인지 여부를 명시하고 있지 않음에도, 피고가 그 사회간접자본시설을 과세사업에 사용하는 경우에 한하여 영세율이 적용된다고 하는 것은 조세법률주의에 위반된다.
 ⑵ 이 사건 위·수탁사업 관련 부과처분의 위법
 ㈎ 원고가 이 사건 위·수탁사업을 이행함에 있어 위탁자인 서울특별시나 철도청에 직접 용역을 제공하거나 토목공사를 시행하지 아니하고, 다른 업체를 선정하여 당해 수급업체와 토목공사 및 설계·감리용역 등에 대한 도급계약을 체결하여 수급인을 통하여 위탁자에게 용역을 공급하는 방식으로 하였다. 
 ㈏ 위와 같이 원고와 수급인, 원고와 위탁자 사이에 각각 존재하는 토목공사 등의 용역의 공급은 각각 과세대상 용역임에도, 이 사건 위·수탁거래가부가가치세법 시행령 제58조 제7항의 위탁매매의 규정이 준용되는 용역의 주선에 해당한다고 보고부가가치세법 시행령 제58조 제2항에 따라 수급인이 직접 위탁자인 철도청이나 서울특별시에 세금계산서를 교부하여야 하므로 원고가 수급인으로부터 매입세금계산서를 교부받아 이를 자신의 매입세액으로 공제받을 수 없다는 전제하에서 한 이 사건 처분은 위법하다.
 ⑶ 가산세 부과처분의 위법
 관세관청에서도 이 사건 기부채납과 관련 부과처분에 대하여 이 사건 건설사업이 영세율사업인지 면세사업인지 여부에 대해 일관된 해석을 내리지 못하였고, 면세사업에 공용될 사회간접자본시설의 기부채납이 영세율 사업인지 면세사업인지 여부에 대해 법률적 논란이 있자 이를 입법적으로 해결하였으며, 피고도 2002. 11.경 원고의 부가가치세 환급이 과다하다고 세무조사를 한 후에도 원고의 세무처리가 정당함을 인정하고 이 사건 기부채납사업 관련 매입세액을 전액 환급하여 왔던 점에 비추어 보면, 원고에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 이 사건 가산세 부과처분은 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 3 관계법령 기재와 같다.
 다. 2004년 제1기분 부가가치세에 대한 주위적 청구의 소에 관한 판단
 ⑴ 원고는 2004년 제1기분 부가가치세에 대하여 당초처분이 증액경정처분에 흡수·소멸되었음을 전제로 증액경정처분의 취소를 구하고 있는바, 이와 같은 흡수설의 법리를 전제로 할 경우에는 그 처분청은 증액경정처분을 한 서인천세무서장이 되는 것이고, 그 처분에 관한 취소의 소의 피고적격 또한 서인천세무서장에게 있을 뿐이므로 이 사건 소 중 이 부분 청구의 소는 피고적격이 없는 자를 상대로 제기한 소이어서 부적법하다.
 ⑵ 한편,국세기본법 제44조는 “국세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정결정은 그 처분 당시 당해 국세의 납세지를 관할하는 세무서장이 행한다”고 규정하고 있고, 이에 따라 당초처분에 대하여는 피고가, 증액경정처분에 대하여는 서인천세무서장이 각 관할세무서장으로서 이를 행한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 당초처분과 증액경정처분이 하나의 과세단위에 대한 것으로서 처분청이 동일한 경우에는 조세소송의 심판범위에 관하여 종전의 대법원 판례가 총액주의의 입장에 서 있음을 분명히 하고 있는 이상 법원으로서는 하나의 과세단위에 대한 세액계산에 관한 한 당초처분과 증액경정처분은 일체가 된다고 보아 어느 처분에 대하여 불복이 있든지 간에 전체로서의 과세표준과 세액을 결정할 수밖에 없는 것이기는 하나, 그 처분의 주체가 서로 다른 경우에는 서로 독립한 별개의 처분이라고 할 것이지 당초처분이 다른 처분청에 행한 증액경정처분에 흡수·소멸된다고 볼 수 없다. 그런데 2004년 제1기분 부가가치세에 대하여 당초처분을 소송물로 하고 있는 예비적 청구는 2004년 제1기분 부가가치세 외의 나머지 청구에 관한 소송물과 그 쟁점을 같이하므로 나머지 소송물에 관한 항에서 함께 판단하기로 하되, 별도로 예비적 청구라고 특정하지 아니한 채 보기로 한다.
 라. 2004년 제1기분 부가가치세 외의 나머지 부과처분에 관한 청구 및 2004년 제1기분 부가가치세에 관한 예비적 청구의 판단
 ⑴ 이 사건 기부채납 관련 부과처분의 위법 여부
 ㈎구 조특법 제105조 제1항 제3의2호의 적용대상인지 여부
 1)구 조특법 제105조 제1항 제3의2호에 의하면, ‘민간투자법 제4조 제1호의 규정에 의한 방식으로 국가에 공급하는 같은 법에 의한 사회간접자본시설 또는 그 시설의 건설용역’의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 영의 세율을 적용하므로, 우선 이 사건 건설용역이 민간투자법에 의한 사회간접자본시설 또는 그 시설의 건설용역에 해당하는지에 관하여 본다.
민간투자법은 제2조 제1호 다목에서 사회간접자본시설 중의 하나로 "도시철도법 제3조 제1호의 규정에 의한 도시철도“를 들고 있고,도시철도법 제3조 제1호는 ”도시철도"에 대하여 “도시교통의 원활한 소통을 위하여 도시교통권역에서 건설·운영하는 철도·모노레일 등 궤도에 의한 교통시설 및 교통수단”으로 규정하고 있다.
 앞서 본 바와 같이 이 사건 기부채납 사업은 철도차량의 제공, 설계·감리·사업관리용역 등을 포함하여 철도시설 등에 대한 건설사업이고,도시철도법 제3조 제1호의 규정에 의한 도시철도에는 철도의 교통시설은 물론 교통수단도 포함되므로 철도차량의 제공 등을 포함하여 설계·감리·사업관리용역 등 철도시설에 대한 건설사업이 도시철도 또는 그 도시철도의 건설용역에 해당한다고 할 것이어서, 결국 이 사건 기부채납사업은 민간투자법에 의한 사회간접자본시설 또는 그 시설의 건설용역에 해당한다.
 2) 다음으로, 이 사건 기부채납사업이구 조특법 제105조 제1항 제3의2호 소정의 영세율 적용대상 사업인지에 관하여 본다.
 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).
 그런데 원고가민간투자법 제4조 제1호에 의거하여 서울역과 인천국제공항 사이의 철도시설을 준공함과 동시에 그 소유권을 국가에 귀속시키는 대신 30년간의 시설관리운영권을 취득하는 방식으로 인천국제공항철도사업을 운영하기로 하는 방식으로 이 사건 기부채납사업을 시행하고 있는 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 기부채납사업이 민간투자법에 의한 사회간접자본시설 또는 그 시설의 건설용역에 해당하므로 이 사건 기부채납사업은구 조특법 제105조 제1항 제3의2호에 정해진 영세율 적용대상 사업이라고 할 것이고, 위 법조에서 적용대상에 관하여 기부채납 후 운영사업이 과세사업인 경우에 한정되는 것으로 규정하고 있지 아니한 이상 기부채납 후 운영사업의 성격에 따라 영세율 적용 여부가 달라진다고 볼 수 없다(한편, 이 사건 기부채납사업은 기부채납 이후에 이루어지는 여객운송사업과는 그 용역의 공급의 상대방, 공급의 시기를 달리하므로 별도로 취급할 필요성이 있는 점 등에 비추어 여객운송사업의 부수용역이라고 볼 수 없고 여객운송사업과는 독립적인 별개의 목적을 가진 과세대상사업이라고 할 것이며, 또 기부채납사업에 대한 영세율·면세 여부와 기부채납 후에 이루어진 사업의 과세·면세 여부는 논리필연적인 관계에 있지 않고 정책적인 판단에 의하여 결정될 뿐이므로 기부채납사업에 대한 영세율의 적용이 기부채납 이후에 이루어지는 사업이 과세사업임을 전제로 한다고 할 수 없는 것이어서, 2004. 12. 31. 개정된 구 조특법이 기부채납 후에 이루어지는 사업이 과세사업인 경우에 한하여 기부채납사업이 영세율 적용대상이 되는 것을 확인하는 의미에서제105조 제1항 제3의2호를 개정한 것이라고 할 수도 없다).
 ㈏ 따라서 이 사건 기부채납사업이 영세율 적용대상이 아니라는 전제에서 이 사건 기부채납사업 관련 매입세액 중 11,700,170,350원을 공제하지 않고 한 이 사건 처분은 위법하다.
 ⑵ 이 사건 위·수탁사업 관련 부과처분의 위법 여부
 ㈎ 원고가 위탁자인 철도청 또는 서울특별시를 위하여 용역의 공급을 주선한 것인지 여부
 1) 용역공급의 주선의 의미
 주선이라 함은 자기의 이름으로 타인의 계산 아래 법률행위를 하는 것을 의미하므로 용역공급의 주선계약은 용역공급의 주선인이 그 상대방인 위탁자를 위하여 용역공급계약을 체결할 것 등의 위탁을 인수하는 계약으로(결국, 주선인은 그 용역공급계약과 관련하여 위탁자로부터 위수탁수수료를 수취할 뿐 그 용역공급계약과 관련하여 최종적인 손액의 부담은 전혀 지지 않는다) 민법상의 위임의 일종이라고 할 것이다(대법원 1987. 10. 13. 선고 85다카1080 판결 등 참조).
 2) 이 사건 위·수탁계약이 용역공급의 주선계약인지 여부
 가) 인정사실
 앞서 든 증거와 갑 제14호증, 갑 제15호증, 갑 제17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. 
 ① 원고와 서울특별시 사이에 체결된 위·수탁사업에 관한 협약서(이하 ‘협약서’라 한다)의 주요 내용은 다음과 같다.
 ㉠ 이 협약은 서울특별시가 추진하고 있는 지하철 9호선 구간 중 공항철도건설공사와 병행건설이 필요한 김포공항정거장 토목공종에 해당하는 공사(토목공사)를 원고에게 시행하도록 함에 있어 그 방법 및 상호 관련되는 사항 등을 정함을 목적으로 한다(제1조). 
 ㉡ 서울특별시는 통합정거장 및 환승통로의 실시설계를 실시협약에서 정한 공항철도개통에 지장이 없도록 조속히 완료하여 철도청에 인도한다(제4조 제1항). 원고와 서울특별시는 사업시행계획을 공사진척상황에 따라 상호 협의하여 조정할 수 있다(제4조 제3항).
 ㉢ 위·수탁공사비는 변경하지 않는 것을 원칙으로 한다. 다만, 제7조에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다(제5조 제2항). 원고는 서울특별시가 위탁한 사업의 시행에 따른 제반 인건비 및 경비, 기타 부대비 등을 별도 집행·관리하여야 한다(제5조 제5항).
 ㉣ 서울특별시는 위·수탁사업이 실시협약에 정한 기간 내에 완료될 수 있도록 사업비를 확보한다(제6조 제1항). 서울특별시는 원고가 시행한 위·수탁 공사비용 및 부대비용에 대하여 기성검사를 완료한 후 철도청을 경유하여 자금 지급 요청시 지급하고 사업비 확정시 정산한다(제6조 제3항). 원고는 준공(부분준공을 포함한다) 후 3개월 이내에 사업비를 정산하고 잔액이 발생 시는 즉시 이를 반환하여야 한다. 원고가 사업시행에 따른 사업비를 확보하고 공사비를 지급할 의무를 부담한다(제6조 제4항). 
 ㉤ 물가변동에 따른 사업비의 조정은「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」제19조,같은 법 시행령 제64조,같은 법 시행규칙 제74조에 의한다(제7조 제1항). 서울특별시의 요구나 수탁사업규모의 변경으로 사업비가 조정될 시는「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」제19조,같은 법 시행령 제65조의 규정을 적용한다(제7조 제2항).
 ㉥ 사업관리는 원고가 체결한 계약서와 특별 시방서, 토목공사 일반조건 및 공사시방서에 의하여 원고의 책임하에 수행하고 서울특별시는 업무협조를 위한 담당직원을 임명하여 공사시행에 협조하여야 한다(제9조 제3항). 원고의 사정에 의한 공사지연 등 본 협약위반으로 인하여 서울특별시에 부담되는 손해는 원고가 배상하여야 한다(제5항).
 ㉦ 준공처리는 원고 책임하에 서울특별시도 참여하여 공동으로 시행하고, 서울특별시의 정당한 시정요구 등이 있을 경우에는 이를 반영 조치한 후 준공처리 하여야 한다(제12조 제1항). 준공처리가 완료되면 원고는 완성된 시설물을 서울특별시에 인계하여야 한다. 시설물의 인수·인계는 서울특별시와 원고가 시설물의 이상 유무 및 운영상 지장 여부를 검사하여 정상적으로 공사가 완료된 것은 인수·인계서에 날인하였을 때 완료된 것으로 본다. 다만, 후속공사 추진을 위해 필요한 경우 서울특별시는 준공처리 이전이라도 시설물의 인계를 요구할 수 있다(제2항).
 ㉧ 이 협약에 의한 토목공사의 시행과 관련하여 발생하는 사건·사고에 대한 민·형사상의 책임은 물론 제3자에게 가한 피해에 대한 책임은 원고가 진다(제14조).
 ② 원고와 철도청 사이에 체결된 위·수탁사업에 관한 협약서의 주요 내용은 다음과 같다.
 ㉠ 본 사업의 기간은 설계용역 착수일로부터 용역준공일 이후 3개월까지로 한다.
 ㉡ 본사업 시행을 위한 철도청과 원고의 의무는 다음과 같다(제4조).
 1. 철도청의 의무
 - 위탁사업비 부담
 - 설계 및 설계감리 용역의 감독, 관리 등 제반업무 수행
 2. 원고의 의무
 - 본 사업의 계약, 기성, 준공 등 공사관리행정 업무 및 자금관리
 - 본 사업과 인천국제공항철도 사업과 공동사용 등 협의가 필요한 부분 및 공사 시행시 관련되는 부분에 대한 관리
 ㉢ 본 사업의 사업비는 제2조 제1항의 용역비로 철도청이 원고에게 기 통보한 금액으로 한다(제5조 제1항). 사업비는 변경하지 않는 것을 원칙으로 한다. 단, 철도청의 요구나 사업계획의 변경으로 인한 설계변경은「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」및 관련규정에 따라 조정될 수 있다(제5조 제2항).
 ㉣ 원고는 매 분기별 설계용역에 필요한 자금계획을 수립하여 철도청에 요청하고 철도청은 자금집행 계획을 확인하여 원고의 현금 계좌에 납입하여야 한다. 다만, 철도청의 예산 사정으로 사업비 확보가 곤란할 경우 상호 협의하여 납입 기간을 연장할 수 있다(제7조 제1항). 제7조 제1항의 자금은 원고의 사업 예금계좌와 별도로 예금계좌를 개설 운용하여야 하며, 예치된 자금은 설계용역을 수행하는 계약상대자에게 철도청의 확인후 선금, 기성금, 준공금으로 지불하여야 한다(제7조 제2항). 
 ㉤ “용역”이 완료되면 원고는 “용역” 성과물을 철도청에 인계하여야 하며, 성과물에 대한 권리와 책임은 철도청이 갖는다(제12조).
 ③ 한편, 원고는 2006. 11. 21. 서울특별시와 사이에 위·수탁변경협약을 하였는데, 그때 위·수탁공사비를 실시설계 성과를 근거로 375억 원으로 하기로 상호합의하였다.
 ④ 원고는 i) 경의선 및 용산선 설계·감리용역사업, 복선공사, ii) 김포공항 환승정류장 및 환승통로 건설공사에 대하여 원고가 발주자로서 수급인 내지 시공업체들과 사이에 직접 도급계약을 체결하였으며, 위 각 도급계약에서 지체상금률에 대하여 수급인이 원고에게 납부하여야 하는 지체상금은 원고가 서울특별시에 이 공사와 관련하여 납부해야 하는 지체상금보다 적을 수 없다고 약정하였다.
 ⑤ 원고는 서울특별시와의 위·수탁계약의 이행을 위하여소외 1 주식회사 등 8개 업체와 도급계약을 체결하면서 그 잠정계약금액을 462억 원으로 하되, 그 대금은 원고와 서울특별시 사이에 합의된 공사비의 분담비율에 따라 정산하기로 하였고, 물가변동에 따른 사업비의 조정에 관해서는 약정을 하지 아니하였다.
 ⑥ 원고는 철도청과의 위·수탁계약의 이행을 위하여소외 2 주식회사 등 8개 업체와 각 용역도급계약을 체결하면서 그 계약금액을 각 일정금액으로 확정하였으나, 물가변동으로 인한 계약금액의 조정은 하지 아니하는 것으로 약정하였다.
 나) 판단
 ① 원고와 서울특별시 사이의 위·수탁계약
 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고와 서울특별시 사이의 위·수탁계약은 위임계약이라기보다는 도급계약이라고 할 것이다. 
 ㉠ 위 협약서 제9조 제3항, 제5항, 제12조 제1항, 제12조 제2항, 제14조 등의 규정을 종합하면, 원고가 서울특별시에 공급하는 용역의 목적은 용역의 성과물의 인도이고, 원고가 공사지연 및 공사 중 발생한 사고 등에 대한 손해배상책임을 모두 부담하여야 하는바(결국, 원고는 상당한 정도로 손해발생의 위험을 부담한다), 이와 같은 계약상의 의무는 도급계약에 부합하는 내용일 뿐 위임계약에 불과한 용역공급의 주선계약에서는 허용될 수 있는 내용이 아니다.
 ㉡ 주선인은 그 용역공급계약과 관련하여 위탁자로부터 위탁수수료를 수취할 뿐 그 용역공급계약과 관련하여 최종적인 손익의 부담은 전혀 지지 않는바, 위 협약서 제5조 제2항, 제10조 제4항, 제11조, 제13조에 의하면 원고가 제3의 공사업자를 선정하여 공사계약을 체결하는 과정에서의 귀책사유에 의하여 발생한 손해에 대해서 배상책임을 부담할 뿐 아니라, 원고는 이 사건 위·수탁공사 시행과정에서「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」등의 관계 규정에 따라 물가의 변동을 반영한 위·수탁공사비를 지급받으나 수급업체들에는 물가변동을 반영되지 아니한 공사비를 지급하여야 하는 것이어서 물가변동 여부에 따라 상당한 범위 내에서 그 손익의 최종귀속자가 되므로 원고를 주선인으로 볼 수 없다.
 ㉢ 위 협약서 제4조에 의하면 원고는 서울특별시에게 건설공사용역을 공급하는 것이지, 설계용역을 공급한 것은 아니므로 서울특별시가 설계책임을 진다는 것이 원고의 법적 지위를 결정하는 데에 의미가 없다. 
 ㉣ 서울특별시가 사업비를 궁극적으로 부담한다고 하더라도 서울특별시가 사업비의 실질적인 부담주체로서 부담하는 것이므로 원고가 서울특별시에 건설용역을 공급하는 것으로 볼 수 있다.
 ㉤ 위 협약서에서 도급금액이 명시되어 있지는 않으나, 실시설계가 확정되지 아니하여 협약서 체결 당시 아직 도급금액이 정해지지 않은 상태이었고, 2006. 11. 21. 실시설계가 확정된 후에 위·수탁 변경합의서를 작성하면서 공사비를 명시하였다.
 ㉥ 원고가 이 사건 위·수탁사업을 전제로 시공사들과 체결한 도급계약서는 전형적인 도급계약의 내용이었고, 이들 도급계약에서 그 지체상금률에 대하여 수급인이 원고에게 납부하여야 하는 지체상금은 원고가 서울특별시에 이 공사와 관련하여 납부해야 하는 지체상금보다 적을 수 없다고 약정한 점에 비추어 원고와 서울특별시가 원고와 시공사들과의 도급계약과 별도의 도급계약을 체결한 것으로 볼 수 있다.
 ② 원고와 철도청 사이의 위·수탁계약
 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고와 서울특별시 사이의 위·수탁계약은 위임계약이라기보다는 도급계약이라고 할 것이다.
 ㉠ 위 협약서 제12조에 의하면 시공업자들의 채무불이행으로 용역성과물을 완성하지 못한 경우 원고가 철도청에 용역 성과물을 인도하지 못한 책임을 부담하게 되므로(결국, 원고는 상당한 정도로 손해 발생의 위험을 부담한다) 이와 같은 계약상의 의무는 도급계약에 부합하는 내용이다.
 ㉡ 주선인은 그 용역공급계약과 관련하여 위탁자로부터 위탁수수료를 수취할 뿐 그 용역공급계약과 관련하여 최종적인 손익의 부담은 전혀 지지 않는바, 위 협약서 제5조 제1항, 제2항, 제12조에 의하면 원고가 시공업자들의 채무불이행으로 사업기간 내에 용역 성과물을 인도하지 못한 책임을 부담하게 되므로 상당한 정도로 손해 발생의 위험을 부담할 뿐 아니라, 원고는 이 사건 위·수탁공사 시행과정에서「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」등의 관계 규정에 따라 물가의 변동을 반영한 위·수탁공사비를 지급받으나 수급업체들에는 물가변동을 반영되지 아니한 공사비를 지급하여야 하는 것이어서 물가변동 여부나 사업비 납부의 지연에 따라 상당한 범위 내에서 그 손익의 최종귀속자가 되므로 원고를 주선인으로 볼 수 없다.
 ㉢ 위 협약서에서 철도청이 설계·감리용역 그 자체가 아니라, 설계·감리용역의 감독업무를 수행한다는 점에서 원고가 설계·감리용역 제공의 주체라고 볼 수 있고, 도급관계에서도 도급인이 수급인에 대하여 업무에 대한 지시권을 행사하는 것이 도급관계에서도 허용되는 점에서 철도청이 용역을 감독하는 업무를 수행하는 것이 원고가 알선자의 지위에 있다는 근거가 되지는 않는다. 
 ㉣ 사업비관리계좌 별도 개설 및 지출 확인을 받도록 한 것도, 철도청이 도급사업을 감독하거나 사업의 진행상황을 점검하기 위한 목적으로 그와 같이 할 수도 있는 것이어서 원고가 알선자라는 지위에 있다는 근거가 되는 않는다. 
 ㉣ 위 협약서에서 도급금액이 명시되어 있지는 않으나 협약서 제5조 제1항에 의하면 철도청이 원고에게 별도로 통보를 하였기 때문으로 이와 같은 처리가 도급계약의 성질에 반하지 않는다.
 ㈏ 소결
 결국, 이 사건 위·수탁계약은 위임계약이라고 할 수 없고, 도급계약이라고 할 것이므로 피고가 이 사건 위·수탁사업을 용역공급의 주선계약이라고 보고 원고가 용역의 알선자에 불과하여 자신의 명의로 시공사로부터 세금계산서를 교부받을 수 없어부가가치세법 제58조 제7항을 적용하여야 한다는 전제에서 한 이 사건 위·수탁사업에 관한 부과처분 역시 위법하다.
 ⑶ 가산세 부과처분의 위법 여부
 이 사건 가산세 부과처분은 이 사건 기부채납 관련 가산세로서 도시철도건설용역 부분과 그 외의 부분, 위·수탁사업 관련 가산세로 나누어 볼 수 있는바, 앞서 본 바와 같이 이 사건 기부채납사업은민간투자법 제4조 제1호 소정의 사회간접자본시설 및 그 건설용역에 해당하여 영세율 적용대상이므로 그 부과처분이 위법하고, 이 사건 위·수탁사업은 용역공급의 주선계약이라고 볼 수 없어 원고가 자신의 명의로 시공사로부터 세금계산서를 교부받아 매입세액공제를 받을 수 있으므로 그와 다른 전제에서 한 그에 관한 부과처분 역시 위법하므로 그 각 부과처분 관련 가산세 부과처분은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 모두 위법하다.
 ⑷ 따라서 이 사건 처분 중 원고가 도시철도건설용역을 직접 공급한 사업자들로부터 그들에게 지급한 부가가치세 합계 35,129,358,285원을 반환받은 금액을 제외한 나머지 매입세액 합계 11,700,170,350원에 해당하는 부분, 이 사건 위·수탁사업 관련 매입세액 불공제분 529,319,870원에 해당하는 부분, 그 각 부과처분 관련 가산세의 부과처분은 위법하여 취소하여야 할 것인바, 그 취소를 구하는 세액은 2004년 제1기분 부가가치세의 부과처분은 별지 2 세액계산서의 해당 항목 기재와 같고, 2004년 제1기분을 제외한 나머지 각 부과처분은 별지 1 세액계산서의 각 해당 항목 기재와 같다. 
 3. 결 론
 그렇다면, 이 사건 소 중 2004년 제1기분 부가가치세 부과처분에 대한 주위적 청구의 소는 부적법하여 이를 각하하고, 나머지 청구 및 2004년 제1기분 부가가치세 부과처분에 대한 예비적 청구는 각 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
 [세액 계산서 생략]

판사 정종관(재판장) 정승규 홍성욱