법인지방소득세경정거부처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2019.09.19 / 시행일:

【원 고】 에스케이하이닉스 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 강성대 외 2인)
【피 고】 이천시장 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 바른 외 1인)
【변론종결】2019. 7. 25.
【주 문】
 1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고들이 원고에 대하여 한 별지 표 기재 법인지방소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 1983. 2.경 반도체 생산업 등을 목적으로 설립되었다.
 나. 원고는 2009 사업연도부터 2013 사업연도 기간 동안 연구·인력개발비 등(이하 ‘이 사건 연구비 등’이라 한다)을 지출하였다. 이는 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제10조에 따라 해당 과세연도 법인세의 세액공제의 대상에 해당하였으나, 2009 사업연도부터 2013 사업연도 기간에 산출된 법인세액이 구 조특법 제123조에서 정하는 최저한세액에 미달하는 등의 사정으로 원고는 해당 연도 동안 이 사건 연구비 등에 대한 세액공제를 받지 못하였다. 
 다. 원고는 위와 같이 최저한세액 제한 등으로 당해 연도에 세액공제를 받지 못한 이 사건 연구비 등에 관하여, 구 조특법 제144조 제1항의 이월공제 규정에 따라 세액공제를 하여 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지의 법인세를 신고·납부하였다. 
 라. 한편 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되어 같은 날부터 시행되면서(이하 법률 제12153호로 개정되기 전 지방세법을 ‘구 지방세법’, 법률 제12153호로 개정된 지방세법을 ‘개정 지방세법’이라 한다), 법인지방소득세의 산정방식이 ‘법인세액’을 과세표준으로 하던 부가세 방식에서 ‘법인세 과세표준’을 과세표준으로 삼는 독립세 방식으로 변경되었다.
 이에 따라 원고는 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지의 ‘법인세 과세표준‘을 과세표준으로 적용하여 산출한 법인지방소득세를 신고·납부하였고, 이 사건 연구비 등에 대한 구 조특법 제144조 제1항에 따른 이월공제를 적용하지 않았다.
 마. 그 후 원고는 2018. 10. 8. 피고들에게 법인지방소득세에 대하여도 법인세와 마찬가지로 구 조특법 제10조, 제144조 제1항에 따라 이 사건 연구비 등이 이월공제되어야 한다고 주장하며, 2014 사업연도부터 2017 사업연도분 법인지방소득세를 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였다. 
 바. 피고들은 별지 표 기재와 같이 원고에 대하여, ‘구 지방세법 자체에 법인지방소득세 자체와 관련된 별도의 공제감면 규정이 없었으므로 개정 지방세법 부칙 제15조를 적용할 수 없고, 개정 지방세법 제103조22는 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 현행 지방세특례제한법에는 법인지방소득세에 관한 연구비 등 세액공제 및 이월공제 규정이 없다’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다. 
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 원고가 개정 지방세법 시행 전에 투자한 이 사건 연구비 등으로 2014 사업연도 이후 법인세에 대한 이월공제를 받는 경우, 확정된 법인세 이월공제액에 비례한 법인지방소득세는 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라 종전 구 지방세법 규정에 의하여 부과·감면되어야 한다. 구체적인 이유는 아래와 같다. 
 1) 원고는 2009 사업연도부터 2013 사업연도까지 이 사건 연구비 등에 대하여 구 조특법 제10조, 제144조에 따른 법인세 이월공제 요건을 충족하였다. 당시 구 지방세법은 제89조 제1항, 제94조 제1항 등에서 법인세액에 세율을 적용하는 부가세 형식으로 법인지방소득세를 부과하도록 규정하고 있었다. 따라서 이 사건 연구비 등에 대한 법인세 이월공제를 받는 사업연도의 법인지방소득세는 개정 지방세법 시행 이전에 구 지방세법 관련 규정에 따라 부과·감면될 것으로 이미 확정되었으므로, 개정 지방세법 부칙 제15조가 적용되어야 한다. 
 2) 원고는 법인지방소득세에 대하여 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지 이 사건 연구비 등의 세액 이월공제를 받는다는 점에 대하여 구체적인 신뢰를 가지고 있었다. 게다가 개정 지방세법은 구 지방세법과 달리 특례조항을 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정된 것, 이하 ‘지특법’이라고 한다)에 따로 규정하며, 개인지방소득세와 관련된 특례조항(지특법 제93조 내지 176조)과 달리 법인지방소득세와 관련된 특례조항을 두지 않았다. 이와 같은 사정들을 고려하면, 원고의 법인지방소득세 감면과 관련된 신뢰를 침해하는 내용으로 개정 지방세법 부칙 제15조를 해석하는 것은 신뢰보호원칙에 위반된다. 
 3) 이 사건 연구비 등에 대한 법인지방소득세 이월공제를 부정한다면, “결손금이 발생하여 해당 사업연도에 연구비 등의 지출에 관한 세액공제를 받지 못한 납세자”와 “당기순이익이 발생하여 해당 사업연도에 연구비 등 지출에 관한 세액공제를 받은 납세자”를, 연구비를 지출한 해당 사업연도에 수익이 악화되었는지 여부와 같은 우연한 사정에 따라 불합리하게 차별하는 결과를 가져오므로, 평등 원칙에 위반된다. 
나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단
 1) 구 지방세법은 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하여 세율 1000분의 10을 적용한 세액을 법인지방소득세로 정하였다(제95조 제4호, 제89조 제1항, 제94조 제1항). 2014. 1. 1. 개정된 지방세법은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(법인의 해당 사업연도 소득에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액을 뺀 금액)을 과세표준으로 하여 과세표준에 따른 세율을 적용한 세액을 법인지방소득세로 정하였다(제103조의19, 제103조의20). 
 구 지방세법 당시 시행 중이던 구 조특법은 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 해당 연구·인력개발비 중 일정 비율로 계산한 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하되, 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제할 수 있도록 정하였다(제10조, 제132조, 제144조).
 즉, 법인지방소득세에 관한 과세표준 규정이 개정되며, 개정 지방세법 시행 후에는 법인지방소득세 산정 시 법인세 세액공제 및 이월공제와 관련된 구 조특법 제10조, 제144조에 따른 연구비 등의 세액공제 및 이월공제의 효과가 적용되지 않게 되었다. 
 2) 앞서 본 관계 법령의 문언과 내용, 개정 지방세법의 취지에 비추어 갑 제5호증, 을나 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고의 주장은 타당하지 않다. 
 ① 구 지방세법 하의 법인지방소득세는 법인세액을 과세표준으로 하였으나, 법인지방소득세는 국세인 법인세와는 그 부과주체, 과세요건, 부과절차 등이 서로 다른 별개의 조세이다[같은 취지의 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제178조 제2항의 지방세할 주민세에 관한 대법원 2000. 10. 27. 선고 2000다25590 판결 참조]. 
 ② 구 조특법은 각 과세연도에 연구·인력개발비(이하 ‘연구비 등’이라고 한다)가 있는 경우 해당 과세연도의 ‘소득세’ 또는 ‘법인세’에서 공제할 수 있고(제10조), 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 이월된 과세연도의 ‘소득세’ 또는 ‘법인세’에서 공제한다고 규정하였다(제144조 제1항). 위 규정들은 ‘소득세’ 또는 ‘법인세’에 관한 세액공제 규정일 뿐 ‘법인지방소득세’에 관한 감면규정으로 볼 수 없다. 구 지방세법 하에서 법인지방소득세에 관하여 연구비 등의 세액공제 및 이월공제 효과가 발생한 것은, 구 지방세법이 법인세를 기초로 법인지방소득세를 산정하는 방식을 채택하였기 때문에 발생한 반사적 이익에 불과하다.
 ③ 개정 지방세법 제103조의22 제1항은 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항을 지방세특례제한법에서 정하도록 하였다. 이에 따라 2014. 1. 1. 개정된 지방세특례제한법(법률 제12175호)은 제102조, 제174조에서 연구·인력개발비에 대한 지방소득세 세액공제에 관하여 구 지특법 제10조, 제144조와 동일한 내용의 규정을 두되, 다만 그 적용대상을 ‘해당 과세연도의 개인지방소득세’로 한정하여 개인지방소득세에 관하여는 개정 지방세법 시행 전과 같이 연구비 등에 대한 세액공제와 이월공제의 효력이 미치도록 하였다. 이는 입법자도 구 지방세법 하에서 법인지방소득세에 관하여 연구비 등의 세액공제 및 이월공제 효과가 발생한 것은 부가세 방식으로 과세표준을 채택하였던 데 대한 반사적 이익으로 보았기 때문인 것으로 판단된다. 따라서 개정 지방세법 부칙 제15조가 적용되는 사안으로 볼 수도 없다. 
 ④ 앞서 본 사정들을 고려하면, 원고가 법인지방소득세에서 이 사건 연구비 등을 이월공제받을 수 있다는 데 대하여 신뢰를 가졌다고 하더라도, 이는 원고의 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다. 
 ⑤ 앞서 본 바와 같이 입법자들은 법인지방소득세에 구 조특법 제10조, 제144조의 세액공제 및 이월공제를 적용하는 규정을 두거나, 구 지방세법에 따른 혜택을 일정기간 동안 유예하여 부여하는 경과규정을 두는 것이 개정 지방세법 취지에 부합하지 않는다고 보아 의도적으로 위와 같은 규정들을 두지 않았다고 판단된다. 그러므로 개정 지방세법에 의하여 원고가 법인지방소득세와 관련하여 연구비 등에 대한 세액공제의 이익을 누릴 수 없게 되었다고 하더라도, 이를 불합리한 차별이라고 볼 수 없다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각한다. 
[별지 생략]

판사 이상훈(재판장) 설정은 강성진