법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.11.28 / 시행일:

【원고, 상고인】 수산업협동조합중앙회 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 소순무 외 3인)
【피고, 피상고인】 잠실세무서장 (경전 전: 송파세무서장)
【원심판결】 서울고법 2013. 6. 5. 선고 2012누31054 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제3점에 대하여
 가. 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제76조 제1항 제2호 (가)목은 ‘신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액이 50억 원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액’을 가산세로 징수하도록 규정하고, 그 위임에 의한 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제118조 제2항은 “법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 신고한 과세표준에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 한다.”고 규정하며, 제3항은 “각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금이 있는 경우 법 제76조 제1항 제2호의 규정에 의한 과소신고금액은 그 손금을 공제한 금액으로 한다.”고 규정하고 있다.
구 법인세법 제76조 제1항 제2호가 신고한 과세표준에 원래 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우 이를 공제하여 과소신고소득금액을 산정하도록 한 것은 만약 이를 공제하지 아니하면 실질적으로 과소신고한 과세표준에 대하여도 과소신고가 없는 것처럼 되어 성실신고의 유도라는 가산세 본래의 목적을 달성할 수 없다는 것을 고려한 것인 점(대법원 2005. 7. 29. 선고 2003두10282 판결 참조), 납세의무자가 수 개의 과세기간에 안분하여야 하는 손금을 일시에 산입함으로써 손금불산입의 대상이 되고 그에 따라 수 개의 과세기간에 걸쳐 자동으로 손금추인되는 것은 납세의무자가 성실신고를 하지 아니한 때문인 점 등에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령 제118조 제2항 소정의 ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’에는 각 사업연도 소득금액 산정 시 익금으로 계상하지 말았어야 할 금액 및 손금으로 계상하였어야 할 금액 등 과세표준을 증가시키는 항목들은 특별한 사정이 없는 한 모두 포함된다고 할 것이다. 그리고 구 법인세법 시행령 제118조 제3항이 ‘익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금을 공제한 금액’만을 과소신고금액으로 하도록 규정한 것은 익금과 그에 직접 대응하는 손금을 동시에 누락한 경우 등에 익금에서 손금을 공제한 잔액만을 과소신고소득금액으로 보겠다는 것이므로, 손금에 대응하는 익금이 이미 익금으로 계상되어 있는 경우 그 손금을 다시 공제한 금액만을 과소신고금액으로 볼 것은 아니다.
 나. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, ① 원고가 2003 내지 2008 사업연도에 장기보험계약을 체결하면서 발생한 대리점 수수료 및 권유수당 등 사업비(이하 ‘신계약비’라 한다) 합계 34,462,000,000원을 그 지출 사업연도의 비용으로 회계처리하여 각 사업연도 법인세를 신고납부한 사실, ② 그런데 피고는 신계약비가 보험료 납입기간별로 안분하여 손금으로 처리되어야 한다는 이유로 신계약비를 전액 손금불산입함과 동시에 보험료 납입기간별로 안분한 신계약비를 각 사업연도별로 자동추인하여 손금에 산입하기로 하면서, 2005 및 2006 사업연도 법인세 과소신고가산세 산정에 관하여 각 사업연도별 손금추인된 신계약비를 구 법인세법 제76조 제1항 제2호, 구 법인세법 시행령 제118조 제2항 소정의 ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’으로 보아 원고에게 2005 및 2006 사업연도 법인세 과소신고가산세 등을 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
 나아가 원심은, 자동으로 손금추인된 신계약비도 당해 사업연도에 손금으로 계상하여야 하는 항목임에도 손금으로 계상하지 아니함으로써 신고한 과세표준을 증가시켰으므로 ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’에 포함하여야 하고, 원고가 손금추인된 신계약비에 관한 수익을 모두 익금으로 보아 이미 과세표준에 포함시켜 신고하였으므로 이를 과세신고소득금액에서 공제할 것은 아니라는 등의 이유로, 이 사건 처분 중 2005 및 2006 사업연도 법인세 과소신고가산세에 관한 부분은 적법하다고 판단하였다.
 다. 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 구 법인세법 시행령 제118조 제2항 및 제3항 소정의 과소신고소득금액에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
 2. 상고이유 제1점에 대하여
 가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제3조 제1항은 비영리내국법인이 ‘각 사업연도의 소득’ 및 ‘토지 등 양도소득’에 대하여만 법인세 납세의무를 지는 것으로 규정하고, 제3항은 비영리내국법인의 각 사업연도의 수입은 그 각 호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있다.
 이에 법인세법 제113조 제1항은 비영리내국법인이 수익사업을 영위하는 경우 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있는데, 법인세법 제113조 제6항, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제156조의 위임에 의하여 구분경리의 방법을 정하고 있는 법인세법 시행규칙 제76조는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 하고(제2항), 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리하며(제3항), 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 하도록 규정하고 있다(제4항). 그리고 법인세법 제29조 제1항은 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 범위 안에서만 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입할 수 있도록 규정하며, 법인세법 시행령 제56조 제5항은 “법 제29조 제1항에서 ‘고유목적사업’이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.”고 규정하고 있다.
 한편 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목은 법인이 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 차입금의 이자는 각 사업연도의 소득금액계산에 있어 손금에 산입하지 않도록 규정하고, 그 위임에 의한 법인세법 시행령 제53조 제1항, 제61조 제2항 제7호는 수산업협동조합법에 따른 수산업협동조합중앙회(신용사업에 한정한다)의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 여기에 포함하도록 규정하며, 법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호는 ‘금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우’에 그것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 경제적 합리성이 결여되어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 부당행위계산부인에 의하여 그에 대한 인정이자를 익금에 가산하도록 규정하고 있다.
비영리내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 점(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결 등 참조), 비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 계상한 경우에 한하여 일정한 범위 안에서만 손금에 산입하도록 하고 있으나, 고유목적사업준비금을 계상하지 않고 고유목적사업에 지출한 경우에는 비영리내국법인의 수익사업에 속하는 잉여금 및 자본원입액에서 상계할 수밖에 없는 점, 법인세법 제52조가 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 부당한 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정한 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도인 점(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조), 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목이 업무무관 가지급금을 손금에 산입하지 않도록 규정한 입법목적은 차입금을 보유하고 있는 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 가지급금 등을 지급한 경우에는 이에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 하는 조세상의 불이익을 주어, 차입금을 생산적인 부분에 사용하지 아니하고 특수관계자에게 대여하는 비정상적인 행위를 제한함으로써 타인자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고, 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데에 있는 점(대법원 2007. 9. 20. 선고 2006두1647 판결 등 참조) 등을 종합하여 보면, 법인세법 제52조 소정의 부당행위계산부인이나 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목 소정의 업무무관 가지급금의 손금불산입 관련 규정은 비영리법인의 경우 법인세의 납세의무가 있는 수익사업에 관한 거래에 대하여만 적용되고, 비영리법인이 고유목적사업에 사용하기 위하여 수익사업에 속하는 차입금을 특수관계자에게 무상으로 대여한 경우에는 그것을 수익사업에 관한 거래로 보기 어려우므로 이에 대하여는 부당행위계산부인이나 업무무관 가지급금의 손금불산입 관련 규정을 적용할 수 없다.
 나. 원심이 인용한 제1심판결 이유에 의하면, ① 원고는 수산업협동조합법에 의하여 지구별 수산업협동조합 등의 조합원이 출자하여 설립한 비영리내국법인으로서, 2004 내지 2008 사업연도에 소속 조합원인 강진군수산업협동조합 등 44개 조합에 365일 운영되는 현금자동인출기 코너 설치비 37억 원을 무이자로 대여하였고(이하 ‘이 사건 대여거래’라 한다), 원고에게는 위 대여금에 상당하는 차입금이 존재하였던 사실, ② 피고는 이 사건 대여거래가 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 해당할 뿐만 아니라 조세의 부담을 부당히 감소시키는 무상의 금전대여 거래에 해당한다고 보아, 그 가지급금 인정이자를 익금에 산입하고 지급이자를 손금에 불산입하여 법인세액을 계산하고 여기에 앞서 본 과소신고가산세를 포함하여 원고에게 2005 내지 2008 사업연도의 각 법인세를 증액하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 알 수 있다.
구 수산업협동조합법(2010. 4. 12. 법률 제10245호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제1호 (라)목은 원고가 그 목적을 달성하기 위한 교육·지원사업의 하나로 ‘회원과 그 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축, 정보화의 교육 및 보급 등을 위한 사업’을 규정하고, 원고의 정관 제6조 제1항 제1호 (라)목도 원고의 사업에 관하여 같은 내용을 규정하고 있는데, 원고가 소속 조합원들을 위해 365일 운영되는 현금자동인출기 코너 설치를 지원하는 것은 ‘회원과 그 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축사업’에 해당하므로, 이 사건 대여거래는 원고가 고유목적사업에 사용하기 위하여 수익사업에 속하는 차입금을 무상으로 대여한 경우에 해당한다. 따라서 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 대여거래에 대하여는 법인세법 제52조 소정의 부당행위계산부인이나 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목 소정의 업무무관 가지급금의 손금불산입 관련 규정을 적용할 수 없다고 할 것이다.
 다. 그런데도 원심은 이와 달리 수익사업의 자산을 고유목적사업에 지출하였더라도 수익사업에 속하는 자산의 감소가 종국적으로 이루어진 것이어서 그 지출행위에 따른 손익은 수익사업의 손익으로 인식하여야 한다는 등의 이유로, 이 사건 처분 중 가지급금 인정이자 익금산입 및 업무무관 가지급금 손금불산입에 관한 부분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 법인세법상 부당행위계산부인의 대상 및 가지급금 지급이자 손금불산입 규정이 적용되는 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다(다만 2005 내지 2008 사업연도 법인세가 파기되면 2005 및 2006 사업연도 가산세에도 영향을 미치므로 상고이유 제3점에 대한 원고의 상고가 이유 없음에도 불구하고 전체를 파기할 수밖에 없다).
 3. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박병대(재판장) 양창수 고영한 김창석(주심)

[1] 구 법인세법 시행령 제118조 제2항의 ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’에 각 사업연도 소득금액 산정 시 익금으로 계상하지 말았어야 할 금액 및 손금으로 계상하였어야 할 금액이 포함되는지 여부(원칙적 적극)와 위 시행령 제118조 제3항이 익금과 그에 직접 대응하는 손금을 동시에 누락한 경우 등에 익금에서 손금을 공제한 잔액만을 과소신고금액으로 본다는 것인지 여부(적극)
 [2] 구 법인세법 제52조의 부당행위계산부인이나 같은 법 제28조 제1항 제4호 (나)목의 업무무관 가지급금의 손금불산입 관련 규정이 비영리법인의 경우 법인세 납세의무가 있는 수익사업에 관한 거래에만 적용되는지 여부(적극) 및 비영리법인이 고유목적사업에 사용하기 위하여 수익사업에 속하는 차입금을 특수관계자에게 무상으로 대여한 경우 위 규정을 적용할 수 있는지 여부(소극)

[1] 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 제2호가 신고한 과세표준에 원래 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우 이를 공제하여 과소신고소득금액을 산정하도록 한 것은 만약 이를 공제하지 아니하면 실질적으로 과소신고한 과세표준에 대하여도 과소신고가 없는 것처럼 되어 성실신고의 유도라는 가산세 본래의 목적을 달성할 수 없다는 것을 고려한 것인 점, 납세의무자가 수 개의 과세기간에 안분하여야 하는 손금을 일시에 산입함으로써 손금불산입의 대상이 되고 그에 따라 수 개의 과세기간에 걸쳐 자동으로 손금추인되는 것은 납세의무자가 성실신고를 하지 아니한 때문인 점 등에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제118조 제2항의 ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’에는 각 사업연도 소득금액 산정 시 익금으로 계상하지 말았어야 할 금액 및 손금으로 계상하였어야 할 금액 등 과세표준을 증가시키는 항목들은 특별한 사정이 없는 한 모두 포함된다. 그리고 구 법인세법 시행령 제118조 제3항이 ‘익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금을 공제한 금액’만을 과소신고금액으로 하도록 규정한 것은 익금과 그에 직접 대응하는 손금을 동시에 누락한 경우 등에 익금에서 손금을 공제한 잔액만을 과소신고소득금액으로 보겠다는 것이므로, 손금에 대응하는 익금이 이미 익금으로 계상되어 있는 경우 그 손금을 다시 공제한 금액만을 과소신고금액으로 볼 것은 아니다.
 [2] 비영리내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 점, 비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 계상한 경우에 한하여 일정한 범위 안에서만 손금에 산입하도록 하고 있으나, 고유목적사업준비금을 계상하지 않고 고유목적사업에 지출한 경우에는 비영리내국법인의 수익사업에 속하는 잉여금 및 자본원입액에서 상계할 수밖에 없는 점, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제52조가 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 부당한 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정한 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도인 점, 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목이 업무무관 가지급금을 손금에 산입하지 않도록 규정한 입법목적은 차입금을 보유하고 있는 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 가지급금 등을 지급한 경우에는 이에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 하는 조세상의 불이익을 주어, 차입금을 생산적인 부분에 사용하지 아니하고 특수관계자에게 대여하는 비정상적인 행위를 제한함으로써 타인자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고, 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데에 있는 점 등을 종합하여 보면, 법인세법 제52조의 부당행위계산부인이나 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목의 업무무관 가지급금의 손금불산입 관련 규정은 비영리법인의 경우 법인세의 납세의무가 있는 수익사업에 관한 거래에 대하여만 적용되고, 비영리법인이 고유목적사업에 사용하기 위하여 수익사업에 속하는 차입금을 특수관계자에게 무상으로 대여한 경우에는 그것을 수익사업에 관한 거래로 보기 어려우므로 이에 대하여는 부당행위계산부인이나 업무무관 가지급금의 손금불산입 관련 규정을 적용할 수 없다.