양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 1999.11.19 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 변호사 이찬진)
【피 고】 남양주세무서장
【변론종결】1999. 10. 15.
【주 문】
1. 피고가 1998. 12. 3. 원고에 대하여 한 양도소득세 금569,964,600원의 부과처분 중 금465,326,370원을 초과하는 부분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】주문과 같다.
【이 유】1.처분의 경위
가. 인정사실 
[증거: 다툼이 없는 사실 및 갑 제1, 5 내지 9호증, 갑 제2, 3호증의 각 1, 2, 갑 제4호증의 1 내지 3, 을 제1, 2호증의 각 기재]
(1) 원고는 1977. 1. 1. 별지 목록 기재 각 부동산(이하 이 사건 부동산이라고만 한다.)을 취득하여 소유하여 왔는데, 중앙토지수용위원회는 1996. 10. 21. 기업자인 한국토지공사(이하 공사라고만 한다)의 신청에 의하여 기흥구갈2 택지개발사업지구에 편입된 이 사건 부동산에 대한 수용재결을 하였고, 공사는 1996. 11. 29. 이 사건 부동산의 수용보상금 3,380,147,550원(현금 1,656,000,000원, 유가증권 금1,724,147,550원)을 공탁하였으며, 이 사건 부동산에 관하여 1997. 1. 7. 공사 명의로 소유권이전등기가 경료되었다.
(2) 한편, 원고가 위 수용재결에 불복하여 이의신청을 한 결과 중앙토지수용위원회는 1997. 4. 18. 이 사건 부동산에 관한 수용보상금을 금48,847,400원을 증액하는 결정을 하였고, 공사는 같은 해 6. 2. 이를 공탁하였으며, 원고는 같은 해 7. 1. 이를 수령하였다.
(3) 원고는 1997. 1. 20. 피고에게 이 사건 부동산의 양도일을 수용일인 1996. 11. 30.로 보고서, 양도소득금액을 금1,652,058,603원으로 계산하고 이를 기초로 그 양도소득세를 금817,029,300원으로 산출한 뒤, 1993. 12. 31. 법률 제4,666호로 개정되어 1994. 1. 1. 시행되기 전의 조세감면규제법 제57조 제1항, 제88조의2, 1995. 12. 29. 법률 제5,038호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항 소정의 감면세액 금3억 원 등을 공제한 금465,326,370원을 납부할 세액으로 신고하고, 이에 따라 1997. 1. 31. 및 같은 해 3. 14. 이를 모두 납부하였다. 
(4) 그런데 피고는, 이 사건 부동산의 양도시기를 대금청산일인 위 증액된 수용보상금의 수령일 이전에 소유권이전등기가 경료된 1997. 1. 7.로 보고 부과처분을 하였다. 즉, 이 사건 부동산과 원고가 1997. 1. 23. 양도한 군포시 (주소 생략) 임야 137㎡의 양도로 인한 양도차손 금127,410원을 이 사건 부동산의 양도차익과 통산하되, 이 사건 부동산의 취득가액은 의제취득일인 1985. 1. 1.(원고는 취득일을 1977. 1. 1.로 하여 기준시가를 계산하였음) 당시의 기준시가로 하여 양도소득금액을 금1,444,809,937원으로 산출하고 이를 기초로 양도소득세액을 산출한 뒤, 1995. 12. 29. 법률 제5,038호로 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행된 조세감면규제법 제63조 제1항 제1호, 제119조 제1항 소정의 감면세액 금1억 원만 공제하여 총결정세액을 금569,964,600원으로 결정하고, 여기서 원고가 자진 납부한 세액을 공제한 다음, 1998. 12. 3. 원고에 대하여 양도소득세 금104,638,230원을 추가로 부과·고지하는 이 사건 처분을 하였다. 
나. 처분의 특정과 취소청구의 범위
위 처분 경위 사실에 의하면, 이 사건 부과처분은 1998. 12. 3.자 양도소득세 금569,964,600원(납부세액 금465,326,370원 + 추가고지세액 금104,638,230원)이 되고, 원고는 이 중 자진납부세액을 초과한 부분, 즉 추가고지세액만의 취소를 구하고 있다.
2.처분의 적법 여부
가.관련 법령과 이 사건의 쟁점
(1) 1993. 12. 31. 법률 제4,666호로 개정되어 1994. 1. 1. 시행되기 전의 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호, 제88조의2, 1995. 12. 29. 법률 제5,038호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항의 각 규정에 의하면, 1994. 1. 1. 당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지로서 1996. 12. 31. 이전에 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 과세연도별로 금3억 원을 한도로 양도소득세를 감면하는 것으로 규정하고 있고, 1995. 12. 29. 법률 제5,038호로 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행된 조세감면규제법 제63조 제1항 제1호, 제119조 제1항은 위와 같은 경우 과세연도별로 금1억 원을 한도로 하여 양도소득세를 감면하는 것으로 규정하고 있다. 
 (2) 따라서 이 사건 부동산의 양도시기가 당초의 수용보상금 공탁일인 1996. 11. 29. 또는 수용시기인 그 달 30.이라면 그 양도소득에 대하여 금3억 원의 세액이 공제되어야 하고, 그 양도시기가 등기접수일인 1997. 1. 7.이라면 금1억 원의 세액이 공제되어야 하므로, 이 사건의 쟁점은 이 사건 부동산의 양도시기를 언제로 볼 것인가에 관한 것이다.
나.판단
(1) 소득세법(이하 법이라고 한다) 제88조 제1항은, 양도라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도ㆍ교환ㆍ법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있고, 법 제98조는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다라고 규정하고 있으며, 같은법시행령(이하 영이라고 한다) 제162조 제1항은 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금 청산일 이전에 소유권이전등기가 이루어진 경우에는 그 등기접수일로 하도록 규정하고( 제2호) 있다. 
위 각 규정에 의하면, 소득세법상 양도소득이라 함은 부동산소유권 등 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득을 말하고, 여기서 부동산소유권이란 원칙적으로 등기를 마친 법률상의 소유권을 말하되, 법률상으로는 아직 소유권을 취득하지 못하였더라도 유상취득의 경우 그 대가적 급부가 사회통념상 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른, 사실상의 소유권도 포함하는 개념이다( 대법원 1993. 4. 27. 선고 92누8934 판결 참조).그러므로 법 제98조, 영 162조 제1항에서 규정하고 있는 자산의 양도시기 및 취득시기로서의 대금청산일은, 양수인이 법률상의 소유권을 취득한 경우가 아닌, 사실상의 소유권을 취득한 경우에 그 취득 및 양도시기를 결정하는 시점이라고 할 것이고, 이는 특별한 규정이 없는 한(예컨대, 영 제162조 제1항 제3호 본문, 제2항, 제4항 등), 소유권이전등기를 청구할 수 있는 시점, 즉 사실상의 소유권을 취득한 시점을 기준으로 하는 것이다. 따라서 유상양도의 경우에는 양수인이 양도 목적물에 관한 소유권이전등기를 넘겨받기 전이라도, 당사자가 언제든지 상대방의 요구에 따라 소유권이전등기를 마쳐 줄 의무가 있고, 적어도 당사자 사이에서는 그 목적물에 대한 실질적인 처분권을 취득한 것으로 인정되는 때에는 대금의 청산이 이루어진 것으로 볼 것이고, 대금청산이 필요하지 않은 부동산의 시효취득의 경우에는 취득시효 완성시에 사실상의 소유권을 취득하므로, 그때가 당해 자산의 취득시기가 되며( 대법원 1997. 5. 7. 선고 96누525 판결 참조), 주식회사의 청산절차에서 잔여재산의 분배로 재산취득을 한 경우에는 아무런 조건 없이 소유권이전등기절차의 이행을 청구할 수 있는 때, 즉 분배결의가 있는 날이 취득 및 양도시기로 보아야 된다( 대법원 1995. 5. 9. 선고 94누14827 판결 참조). 
반면, 양수인이 등기를 경료함으로써 법률상의 소유권을 취득한 경우에는 그 대금청산일 전이라도 그 이전등기 접수일이 양도 및 취득시기가 되고, 상속ㆍ공용징수ㆍ판결ㆍ경매 등 법률의 규정에 의하여 소유권을 취득하는 경우에는 그 법률상의 소유권 취득시기가 양도 및 취득시기로 된다고 보아야 할 것이다. 영 제162조 제1항 제4호가 건물신축의 경우에는 건물의 완성시, 즉 사용검사필증교부일을 원칙적 취득 시기로, 제5호가 상속의 경우에는 그 상속개시일을 양도 및 취득시기로 각 보고 있고, 제2호 및 제3호에서는 대금청산일 전 또는 첫 부불금 지급일 전에 소유권이전등기가 경료된 경우에는 그 등기접수일을 양도 및 취득시기로 보도록 규정하고 있는 것도 바로 이러한 이치이다. 양도소득세의 경우 양도 및 취득시기는 기준시가에 의하여 양도차익을 산출할 때와 세법이 개정된 경우 적용할 법률을 결정함에 있어 아주 중요하기 때문에 이는 명백하여야 할 필요가 있다. 따라서 법률상 소유권을 취득하는 때, 즉 법률행위에 의한 경우에는 그 등기시가, 법률의 규정에 의한 경우에는 그 법률상의 소유권 취득시가 명백하기 때문에 굳이 대금청산일이라는 도구개념을 사용할 필요가 없고, 다만 사실상의 소유권 취득의 경우에는 어느 때를 취득 및 양도시기로 할 것인지가 문제로 되기 때문에 이를 분명히 하기 위하여 원칙적으로 대금청산일을 그 취득 및 양도시기로 규정하고 있는 것이다. 
그러므로 임의경매나 강제경매절차를 통하여 매각된 부동산의 취득 및 양도시기는 민사소송법 제646조의2, 제728조의 규정에 의한 소유권취득시기, 즉 경락인이 경락대금을 완납한 때가 된다( 대법원 1997. 7. 8. 선고 96누15770 판결은 경락대금 완납일을 영 제162조 제1항의 대금청산일로 보고 있으나, 법률의 규정에 의한 소유권 취득의 경우에는 대금청산 여부를 따질 필요 없이 법률상의 소유권 취득시기, 즉 경락대금 완납일이 법 제98조 소정의 취득 및 양도시기가 된다고 볼 것이다.) 
(2) 이 사건과 같이 토지수용의 경우에도 토지수용법상의 소유권이전시기가 법 제98조 및 영 제162조 제1항에서 정한 취득시기 및 양도시기로 된다고 봄이 상당하다. 즉, 토지수용법 제61조 제1항, 제2항, 제66조, 제67조 제1항, 제76조의 각 규정에 의하면, 기업자는 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 수용 또는 사용의 시기까지 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금을 지급하거나 공탁하여야 하고, 기업자가 수용 또는 사용의 시기까지 관할토지수용위원회가 재결한 보상금을 지불 또는 공탁하지 아니하였을 때는 그 재결은 효력을 상실하지만, 수용재결에 대하여 이의신청이 있다고 하더라도 토지의 수용 등을 정지시킬 수 없으며, 따라서 기업자는 토지 또는 물건을 수용한 날에 그 소유권을 취득하고, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 소멸하게 된다고 규정하고 있으므로, 토지수용법상으로 수용재결에서 정한 수용의 시기까지 손실보상금을 공탁하거나 지급하게 되면(그 후 이의재결이나 행정소송에 의하여 증액된 보상금의 지급 또는 공탁 여부와 관계없이), 그 수용시기에 토지소유권이 기업자에게 이전되는 것이니, 양도소득에 있어서의 양도시기도 그 수용시기가 된다고 할 것이다. 
이 사건에서, 중앙토지수용위원회가 1996. 10. 21. 원고 소유이던 이 사건 부동산에 관하여 수용시기를 1996. 11. 30.로 하여 수용재결을 하였고, 이에 따라 기업자인 공사가 그 수용시기 전인 같은 달 29. 그 수용보상금을 공탁한 사실은 앞서 본 바이므로, 수용시기인 1996. 11. 30.에는 이 사건 부동산의 소유권은 사실상·법률상 기업자인 공사에게 확정적으로 이전되었다 할 것이므로, 비록 원고가 그후에 위 수용재결에 이의를 하여 그 수용보상금이 일부 증액되었다 하더라도(이의재결 및 행정소송에 의한 수용보상금의 증액이라는 것도 반드시 보장되어 있지 아니하다.), 이 사건 부동산의 양도시기는 1996. 11. 30.이라고 보아야 할 것이다.
피고는, 대법원 1994. 10. 25. 선고 94누6154 판결을 인용하여 등기접수일인 1997. 1. 7.을 이 사건 부동산의 양도시기로 보아야 한다고 주장한다. 위 대법원 판결은 ‘자산의 양도차익을 계산하기 위한 양도 및 취득의 시기를 정함에 있어 법률행위에 의한 자산의 양도와 법률의 규정에 의한 자산의 양도를 구별할 아무런 근거와 실익도 없다.’고 하고 있다. 그러나 앞서 본 바와 같이 사실상 소유권을 취득한 경우와 법률상 완전한 소유권을 취득한 경우는 그 양도시기를 달리 보아야 할 것이다. 그리고 위 판례는, 자경농지의 비과세 요건 중의 하나인 8년 이상 보유 여부가 문제된 사안에서, 수용으로 인한 손실보상금을 공탁하고 소유권이전등기가 경료(1990. 8. 27.)된 후 소유자의 이의신청으로 손실보상액이 증액결정되고 그 증액보상금이 공탁(1991. 7. 11.)된 경우, 그 납세의무자는 증액보상금의 공탁일을 양도시기로 주장하고, 과세관청은 소유권이전등기 접수일이 양도시기라고 주장한 데 대하여, 그 양도시기는 과세관청의 처분과 같이 등기접수일로 본 원심을 지지한 것이다. 따라서 토지수용의 경우 이전등기 접수일보다 앞서는 수용시기를 양도시기로 본다고 하여 위 대법원 판례의 결론이 달라지는 것은 아니므로, 위 대법원 판례의 판시 취지만에 근거하여 토지수용의 경우 그 토지의 양도시기가 수용재결에서 정한 수용시기가 아니라, 소유권이전등기의 접수일로 보아야 한다는 피고의 주장은 받아드릴 수 없다. 
 (3) 위에서 본 바와 같이 이 사건 부동산의 양도시기가 1996. 11. 30.인 이상, 1993. 12. 31. 법률 제4,666호로 개정되기 전의 조세감면규제법 제57조 제1항, 제88조의2, 1995. 12. 29. 제5,038호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항의 각 규정에 의하여, 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 중 금3억 원을 감면하여야 할 것이다. 그러므로 그 양도시기를 등기접수일인 1997. 1. 7.로 보고서 1995. 12. 29. 법률 제5,038호로 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행된 조세감면규제법 제63조 제1항 제1호, 제119조 제1항의 각 규정에 의하여 금 1억 원만을 감면하여 한 이 사건 처분은 위법하다 할 것이므로, 같은 취지의 원고의 주장은 이유 있다. 
또한, 이 사건 부동산의 양도시기가 1996. 11. 30.인 이상, 그 과세연도는 1996년이라 할 것임에도 불구하고, 이 사건 처분이 그 과세연도를 1997년으로 보고 1997. 1. 23.에 양도한 군포시 (주소 생략) 임야 137㎡의 양도차손과 통산하여 이 사건 부과처분을 한 점에서도 위법하다. 
 (4) 결국, 이 사건 부과처분에 앞서 본 위법사유를 고려하여 정당한 세액을 산출하면, 1996년 귀속 양도소득세 금360,515,740원이 된다. 
즉, 을 제1호증에 의하면, 이 사건 부동산만의 양도로 인한 과세표준은 금1,442,437,347원(양도소득금액1,444,937,347 - 기초공제 2,500,000)인 사실이 인정되므로, 여기에 법 제104조 제1항 제1호의 세율을 적용하면 금712,218,670원이 산출세액이 되며, 여기서 감면세액 3억 원과 예정신고 납부세액 공제세액 금51,702,930원을 빼면 금360,515,740원이 된다(원고는 이 결정세액 이상을 자진납부하였으므로 납부불성실가산세는 부과할 수 없다). 
그러므로 이 사건 부과처분 금569,964,600원 중 위 정당세액을 초과하는 부분, 즉 금209,448,860원이 위법하게 되나, 원고는 납부세액 금465,326,370원을 정당세액으로 주장하면서 이를 초과하는 부분인 금104,638,230원만의 취소를 구하므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제188조에 따라 원고가 취소를 구하는 범위 내에서만 이 사건 부과처분이 위법하게 된다. 
3.결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 주문과 같이 판결한다.

판사 구욱서(재판장) 여남구 홍성준

기업자는 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 수용 또는 사용의 시기까지 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금을 지급하거나 공탁하여야 하고, 기업자가 수용 또는 사용의 시기까지 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금을 지불 또는 공탁하지 아니하였을 때는 그 재결은 효력을 상실하지만 수용재결에 대하여 이의신청이 있다고 하더라도 토지의 수용 등을 정지시킬 수 없으며, 따라서 기업자는 토지 또는 물건을 수용한 날에 그 소유권을 취득하고, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 소멸하게 되므로( 토지수용법 제61조 제1항, 제66조, 제67조 제1항, 제76조), 토지수용법상으로 수용재결에서 정한 수용의 시기까지 손실보상금을 공탁하거나 지급하게 되면 그 수용시기에 부동산의 소유권이 기업자에게 확정적으로 이전되는 것이니, 비록 그 후에 위 수용재결에 대한 이의재결이나 행정소송에서 수용보상금이 일부 증액되었다 하더라도 당해 부동산의 양도시기는 당초의 수용시기이다.