1995.12.31. 토지소유 법인과 합병 후 존속법인에 분리과세 적용 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2017.09.07 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
재산세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2017. 4. 21. 선고 2016누70798 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 피고들에 대한 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 제1심 판결 이유의 인용

이 판결 이유는, 원고가 이 법원에서 제출한 증거들을 더하여 보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하고, 거기에 원고가 주장하는 바와 같은 잘못은 없다는 판단을 덧붙이는 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 따라 이를 인용한다.
2. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없어 모두 기각하여야 한다. 이와 결론을 같이한 제1심 판결은 정당하므로, 원고의 피고들에 대한 항소는 이유 없어 모두 기각한다.
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【하급심-수원지방법원 2016. 9. 29. 선고 2016구합170 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 학교법인 경·학원(이하 ‘경·학원’이라고 한다)은 [별지 1] 내지 [별지 3] 목록 기재 각 토지(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 각 토지’라고 하고, [별지 1] 목록 기재 각 토지는 ‘쟁점 ①토지’, [별지 2] 목록 기재 각 토지는 ‘쟁점 ②토지’, [별지 3] 목록 기재 각 토지는 ‘쟁점 ③토지’라 한다)를 1995. 12. 31. 이전에 취득하여 소유하여 왔고, 원고는 2002. 6. 26. 경·학원을 흡수합병하여 2002. 6. 29. 합병등기를 마쳤다.
나. 피고들은 2014. 9. 5. 원고에 대하여 원고가 2014년도 재산세 과세기준일(2014. 6. 1.) 현재 소유하고 있는 이 사건 각 토지에 대하여 재산세 및 지방교육세를 부과하는 처분(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였는데, 피고 화성시장은 쟁점 ①토지에 대하여 재산세 12,184,410원 및 지방교육세 2,436,030원을, 피고 화성시 동부출장소장은 쟁점 ②토지 및 쟁점 ③토지에 대하여 재산세 130,183,140원 및 지방교육세 26,035,470원을 각 부과·고지하였다.
다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 12. 12. 이의신청을 하였으나 2015. 2. 10. 기각되었고, 2015. 5. 12. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2015. 10. 27. 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 쟁점 ②토지는 원고가 운영하는 대학교 및 대학원에서 개설된 수업에서 해당 전공 교과목의 사용 목적에 따라 실제 학생들의 실습장으로 사용되었으므로, 이는 ‘교육 사업에 직접 사용하는 부동산’으로 재산세 면제대상에 해당한다. 쟁점 ②토지에서 수업이 상시 이루어지지 아니하였다거나 시설이 설치되지 아니하였다는 사정만으로 재산세 면제대상이 아니라고 볼 수는 없다.
2) 지방세법령은 학교법인이 1995. 12. 31. 이전부터 ‘소유’하고 있는 토지를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있는데, 경·학원은 1995. 12. 31. 이전에 이 사건 각 토지를 모두 취득하여 소유하고 있었고, 원고는 경·학원을 흡수합병하면서 인격이 합일되었으므로, 원고 또한 재산세 분리과세 요건을 그대로 충족한다. 따라서 쟁점 ①토지 및 쟁점 ③토지는 분리과세대상에 해당하고, 쟁점 ②토지도 재산세 면제대상이 아니라면 분리과세대상에 해당한다.
3) 피고들은 원고가 경·학원을 흡수합병한 이래 10여 년 동안 이 사건 각 토지의 일부(쟁점 ②토지)는 재산세를 면제하고, 나머지는 분리과세대상으로 하여 과세하여 왔으므로, 이와 같은 묵시적인 언동은 비과세의 의사표명으로 볼 수 있다고 할 것인데, 이에 반하는 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙 및 그 동안의 관행에 반하여 위법하다.
나. 관계 법령

[별지 4] 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단

1) 쟁점 ②토지가 재산세 면제대상인지 여부

「지방세특례제한법」제41조제2항은 "학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다."고 규정하고 있다.
위 각 규정에서 학교가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻하고, 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것인지는 해당 학교의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두45680 판결 등 참조). 또한 과세대상이 된 부동산이 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있고(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결 등 참조), 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2014. 1. 16. 선고 2013두18384 판결 등 참조).
위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 앞서 본 처분의 경위, 갑 제5, 7 내지 10호증, 을나 제3 내지 10호증의 각 기재 내지 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 운영하는 홍◈대학교의 도시공학전공, 건축도시대학원의 조경설계전공의 2013년도 2학기 내지 2014년도 1학기 일부 개설과목에서 학기 중 각 1회 2시간 정도 화성실습장을 방문하는 일정이 있는 사실이 인정된다고 하더라도, 그러한 사실만으로 위 일회성 사용이 원고의 주장과 같이 당해 수업의 전 과정과 긴밀하게 결부되어 있다거나, 매 학기마다 규칙적으로 쟁점 ②토지 지상의 실습장을 견학하고 수업에 활용하여 왔다고 보기 부족한 점, ② 원고는 교육사업을 위해 쟁점 ②토지를 취득하였다기 보다는 경·학원을 흡수합병함으로써 쟁점 ②토지를 승계취득하게 되었다고 보이고, 갑 제7 내지 10호증의 각 기재에 의하면 원고가 쟁점 ②토지에 울타리를 설치하거나 잡목 및 수풀을 제거하고 조림로를 개설하는 등으로 관리하였다고 볼 수 있으나, 위 증거만으로는 그러한 공사나 관리가 원고가 쟁점 ②토지를 교육목적에 사용하기 위한 지속적인 관리였다고 보기 부족한 점, ③ 설혹 홍◈대학교의 도시공학전공, 건축도시대학원의 조경설계전공 학생들이 학기당 1회 쟁점 ②토지를 견학하여 쟁점 ②토지가 수업장소로 활용되었다고 하더라도, 쟁점 ②토지의 전체 면적은 171,051㎡이고, 그 지목은 답, 전, 임야이며, 그 지상에는 화장실을 비롯한 건물들이나 교육용 기자재 등이 전혀 존재하지 아니하는 등 쟁점 ②토지는 현재 그 지목과 같은 상태로 유지되고 있다고 봄이 상당한 점, ④ 원고는 2015년도에 개설된 조경식물학, 조경수생산, 조경계획 등의 교과목의 경우 화성실습장에서 학기 내 매주 수업이 진행되고 있다고 주장하나, 그러한 사실이 인정된다고 하더라도 이는 장래의 재산세 등의 면제여부와 관련한 문제일 뿐이고, 이 사건 처분은 그 과세기준일인 2014. 6. 1.자를 기준으로 판단되어야 하는 점, ⑤ 학교법인에게 명백한 특혜라고 볼 수 있는 조세감면요건을 규정한「지방세특례제한법」제41조제2항은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점 등을 종합하여 보면, 갑 제5, 7 내지 10호증의 각 기재, 촬영일자와 촬영경위를 알 수 없는 갑 제3, 4, 6의 각 영상(각 가지번호 포함)만으로는 원고가 2014. 6. 1. 현재 쟁점 ②토지를 현실적으로 학교의 교육사업 자체에 사용하여 왔다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.
2) 이 사건 각 토지가 분리과세대상인지 여부

구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 재13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항은 "토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다."고 규정하고, 그 제1호로 "종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다."고 규정하면서 그 가목으로 "이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지"를 규정하고 있고, 그 제3호로 "분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지"를 규정하면서, 그 마목으로 "가목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지"를 규정하고 있다.
「지방세법 시행령」제102조제5항 본문은 "법 제106조 제1항 제3호 마목에서 ‘대통령령으로 정하는 토지’란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다."고 규정하면서, 그 제13호에서 "제22조에 따른 비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지"를 규정하고 있다. 한편「지방세법 시행령」제102조제6항은 분리과세대상인 일부 농지, 임야 또는 목장용지의 범위에 관하여 "제1항 제2호 라목·바목 및 제2항 제4호·제6호에 따른 농지와 임야는 1990년 5월 31일 이전부터 소유(1990년 6월 1일 이후에 해당 농지 또는 임야를 상속받아 소유하는 경우와 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함한다)하는 것으로 한정하고, 제1항 제3호에 따른 목장용지 중 도시지역의 목장용지 및 제2항 제5호 각 목에서 규정하는 임야는 1989년 12월 31일 이전부터 소유(1990년 1월 1일 이후에 해당 목장용지 및 임야를 상속받아 소유하는 경우와 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함한다)하는 것으로 한정한다."고 규정하고 있다.
위와 같은 지방세법 및 같은 법 시행령 규정체계에 비추어 보면,「지방세법 시행령」제102조제6항은 일정한 농지, 임야 또는 목장용지를 종합합산과세대상에서 제외하여 별도의 기준에 의하여 분리과세하려는 정책적인 결단의 산물이라고 보아야 하므로, 같은 조 제5항에서 학교 등을 운영하는 비영리사업자가 1996. 1. 1. 이후 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 토지에 관하여 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있는 토지와 마찬가지로 분리과세대상으로 한다는 규정을 두고 있지 아니한 이상, 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하고 있다는 이유만으로 위와 같은 정책적 고려에 따른 입법조치가 있었던 경우와 마찬가지로 분리과세대상에 포함된다고 해석할 수는 없다.
이에 대하여 원고는, 구「지방세법」제106조제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제13호가 ‘취득’이 아닌 ‘소유’를 기준으로 분리과세대상을 정하고 있고 구 사립학교법상 합병의 본질은 법인격의 합일이므로, 존속법인인 원고는 소멸법인인 경·학원이 이 사건 각 토지를 취득하여 소유한 시점부터 계속 소유하고 있었던 것으로 보아야 한다고 주장하므로 살피건대, 사립학교법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조는 "합병 후 존속하는 학교법인 또는 합병에 의하여 설립된 학교법인은 합병에 의하여 소멸된 학교법인의 권리·의무를 승계한다"고 규정하고 있는데, 위 규정은 합병 후 존속 또는 신설된 학교법인이 소멸된 학교법인의 모든 권리·의무를 포괄적으로 승계하며, 이 경우의 승계는 법률상 당연히 이루어지는 것이어서 각 권리·의무에 관하여 개별적으로 이전할 필요가 없다는 뜻일 뿐, 존속 또는 신설된 학교법인의 권리·의무 승계 시점이 소멸된 학교법인이 그 권리·의무를 취득한 시점으로 소급한다는 의미가 아니라고 할 것이고, 원고가 주장하는 인격합일설에 의하더라도 합병의 효력이 발생하는 시점은 합병등기를 마친 때라고 할 것이다.
따라서 원고가 합병의 효력이 발생하기 전인 1995. 12. 31. 이전부터 이 사건 각 토지를 소유하고 있었다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.
3) 신뢰보호 내지 조세관행존중 원칙의 위반여부

신의칙이나 국세기본법 제18조 제3항에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되고, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2002.10.25. 선고 2001두1253 판결등 참조). 또한 비과세관행은 단순한 과세누락이 있었다는 것만으로는 성립될 수 없는 것이고 과세관청이 그 사항에 관하여 세금을 부과할 수 있음을 알면서도 어떠한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 그러한 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시된 경우에 한하여 성립된다(대법원 1989.2.14. 선고 88누3 판결판결 참조).
위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 원고가 경·학원을 흡수합병한 이후 10여 년간 이 사건 각 토지 중 일부 토지에 대하여는 교육목적에 직접 사용하는 부동산이라는 이유로 재산세 등을 부과하지 아니하였고, 그 외의 토지에 대하여는 모두 분리과세대상으로 보아 재산세 등을 부과하여 온 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 그러한 사정만으로 피고들이 이 사건 각 토지에 대하여 재산세 등을 부과하거나 합산과세할 수 있음을 알면서도 어떠한 사정에 의한 과세하지 않거나 분리과세한다는 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되었다고 보기 어렵고, 또한 피고들이 이 사건 각 토지가 재산세 등의 면제대상 또는 분리과세대상에 해당한다는 내용의 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수 없으며, 그러한 부과처분이 불특정의 일반납세자에게까지 정당한 관행으로 받아들여졌다고 볼 수도 없다.
따라서 피고들의 부과처분에 관행이 성립하였음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.
3. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 이 사건 각 청구는 모두 이유 없어 기각한다.
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【관계법령】

■ 지방세법 (2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것)

제106조(과세대상의 구분)

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.
가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지 상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다. 제13조제5항에 따른 골프장(같은 항 각 호 외의 부분 후단은 적용하지 아니한다)용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

마. 가목에서 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지

제111조(세율)

① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
다. 분리과세대상

1) 전·답·과수원·목장용지 및 임야 : 과세표준의 1천분의 0.7

2) 골프장 및 고급오락장용 토지 : 과세표준의 1천분의 40

3) 그 밖의 토지 : 과세표준의 1천분의 2

제114조(과세기준일)

재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다.
■ 지방세법 시행령

제102조(분리과세대상 토지의 범위)

⑤ 법 제106조 제1항 제3호마목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만, 제1호에 따른 토지 중 취득일부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외하며, 제4호 및 제8호부터 제10호까지의 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행 중인 토지를 포함한다.
13. 제22조에 따른 비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지

⑥ 제1항 제2호 라목·바목 및 제2항 제4호·제6호에 따른 농지와 임야는 1990년 5월 31일 이전부터 소유(1990년 6월 1일 이후에 해당 농지 또는 임야를 상속받아 소유하는 경우와 법인 합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함한다)하는 것으로 한정하고, 제1항 제3호에 따른 목장용지 중 도시지역의 목장용지 및 제2항 제5호 각 목에서 규정하는 임야는 1989년 12월 31일 이전부터 소유(1990년 1월 1일 이후에 해당 목장용지 및 임야를 상속받아 소유하는 경우와 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함한다)하는 것으로 한정한다.
■ 지방세기본법

제20조(해석의 기준 등)

③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.
■ 지방세특례제한법」

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

② 학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다. 끝.