이 사건 각 부동산의 취득세 과세표준은 교환대상 부동산의 감정평가액으로 보아야 하는지 여부 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2019.01.31 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

처분의 경위

원고는 2016. 11. 30. 학교법인 ○○학원(이하 ‘○○학원’이라 한다)과 사이에, ○○학원 소유의 서울 강북구 수유동 410-39 학교용지 673㎡ 및 위 지상 4층 교육연구시설, 같은 동 410-335 대 9㎡(이하 위 각 부동산을 합하여 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)와 원고 소유의 파주시 파평면 눌노리 268-18 종교용지 10,225㎡ 및 그 지상 4층 종교시설(이하 ‘이 사건 교환대상 부동산’이라 한다)을 교환하되, 감정평가액의 차액인 2,645,851,000원(이하 ‘이 사건 감정평가 차액’이라 한다)을 원고가 ○○학원에 무상 출연하는 내용의 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 교환계약’이라 한다).
원고는 2017. 2. 2. 이 사건 각 부동산에 대한 소유권이전등기를 마쳤는데, 이 사건 교환대상 부동산의 감정평가액인 5,743,407,000원을 취득세 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고하면서 지방세특례제한법 제50조 제1항에 따라 취득세 등을 감면받았다.
원고는 2017. 9. 14. 손형곤에게 이 사건 각 부동산을 양도하였는데, 2017. 10. 10. 피고에게 과세표준을 5,743,407,000원으로 하여 지방세특례제한법 제50조 제1항 제3호 등에 따라 취득세 229,736,280원, 지방교육세 22,973,620원, 농어촌특별세 11,486,810원 합계 264,196,710원을 신고·납부하였다.
원고는 2017. 10. 31. 피고에 대하여 이 사건 각 부동산에 대한 과세표준이 이 사건 각 부동산의 감정평가액인 3,097,556,000원임을 전제로 정당세액이 취득세 123,902,240원, 지방교육세 12,390,220원, 농어촌특별세 6,195,110원 합계 142,487,570원이라는 이유로 위 신고·납부 세액과의 차액 121,709,140원에 대한 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 12. 1. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 12. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2018. 5. 4. 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 8, 10 내지 13, 16호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

처분의 적법 여부

원고의 주장

이 사건 각 부동산의 취득은 지방세법 제10조 제5항 제3호에서 정한 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하여야 하는 경우에 해당하는데, 이 사건 각 부동산의 감정평가액 3,097,556,000원이 과세표준이 되어야 한다. 구체적으로 원고는 이 사건 각 부동산을 취득하기 위하여 ○○학원에 이 사건 교환대상 부동산을 양도하면서 이 사건 감정평가 차액을 증여한 것이므로, 이 사건 감정평가 차액이 이 사건 각 부동산의 취득을 위하여 지급된 직접비용이라거나 지방세법 시행령 제18조 제1항 제5호에 따른 간접비용 즉, 이 사건 각 부동산의 취득을 위한 조건 부담액 내지 채무인수액이나 이에 준하는 비용이라고 할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
관계 법령

별지 기재와 같다.
인정사실

○○학원은 2016. 7. 31. 이사회를 개최하여 이 사건 각 부동산에 위치한 제네바신학대학원대학교를 이 사건 교환대상 부동산 소재지로 이전하기로 의결하였다.
원고는 2016. 8. 28. 당회에서 이 사건 각 부동산과 이 사건 교환대상 부동산을 교환하되, 감정평가액의 차액은 원고가 ○○학원에 무상으로 출연하기로 의결하였고, 원고의 대표자 석○현은 같은 날 ○○학원에 이 사건 감정평가 차액을 무상으로 출연한다는 취지의 재산출연증서를 작성하였다.
1. 승인사항

가. 이전 예정지: 파주시 파산서원길 64-68(파평면 눌노리 268-18))

※ 현위치: 서울 강북구 인수봉로 225(수유동 410-39)

나. 이전 시기: 2017. 3. 1.
다. 이전 대상: 신학과·목회학과 2개학과(전부이전)

※ 입학정원 석사 60명, 편제정원 180명

2.승인조건

가.학교법인과 원고의 각 부동산은 아래의 내용과 같이 상호 교환하고,차액2,646백만 원은 원고가 학교법인으로 무상 출연하여야 함

(단위:㎡,백만 원)

부동산 소재지교지(토지)교사(건물)합계(A+B)상호교환면적금액(A)면적금액(B)서울 강북구 인수봉로 2256821,9141,693.51,1833,097학교법인→교회파주시 파산서원길 64-6810,2251,7588,450.23,9855,743교회→학교법인

나.고등교육법 시행령 제2조에 따른 위치변경인가 신청서는 학교법인이 취득한 교지(10,225㎡),교사(8,450.2㎡)를 법인 명의로 등기 완료한 후에 제출함

다.고등교육법 및 사립학교법 등 관계법령을 성실히 준수하여야 함

라.위 조건을 이행하지 아니하거나 위치변경계획 승인 신청서 내용 중 허위사실이 발견될 경우 위치변경계획 승인 취소는 물론 행정 제재 등의 처분을 할 수 있음

한편, ○○학원은 2016. 8. 30. 교육부장관에 대하여 대학원대학 위치변경계획 승인을 신청하였고, 교육부장관은 2017. 1. 20. ○○학원에 대하여 아래와 같은 승인조건을 부가하여 위치변경계획을 승인하였으며, 2017. 4. 13. 위치변경을 인가하였다.
원고와 ○○학원 사이의 2016. 11. 30.자 교환계약서의 주요 내용은 아래와 같다.
○○학원과 원고(이하 이 표에서 ‘○○교회’라 한다)는 서울제일대학원대학교의 학교 이전 계획에 따라서 아래의 부동산에 대하여 교환하기로 계약합니다.
1. 교환할 부동산의 표시

① ○○학원 소유 부동산

서울 강북구 수유동 410-39 학교용지 673㎡

서울 강북구 수유동 410-335 대지 9㎡

위 지상 철근콘크리트구조 교육연구시설 지하 1층 지상 4층 건물 1,693㎡

위 토지, 건물 감정평가액 : ￦3,097,556,000

② ○○교회 소유 부동산

파주시 파평면 눌노리 268-18 종교용지 10,225㎡

위 지상 철근콘크리트조 종교시설 4층 8,450.17㎡

위 토지, 건물 감정평가액 : ￦5,743,407,000

2. 교환조건 : ○○학원 소유의 재산과(위①) ○○교회 소유의 재산(위②)은 한국감정원의 감정평가액을 부동산의 가액으로 하여 교환하고, 감정평가금액의 차액 금 이십육억사천오백팔십오만일천 원(￦2,645,851,000)은 ○○교회가 ○○학원에게 무상으로 출연(증여)하기로 한다.
3. 교환 및 출연(증여)시기 : 교육부장관으로부터 학교이전계획(위치변경)에 대한 인가 및 위 ①의 재산에 대한 처분허가를 받은 후 1개월 이내.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 14, 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

판단

지방세법 제10조 제1항 본문은 ‘취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다’고 규정하고, 제2항은 ‘제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다’고 규정하며, 제5항 제3호는 ‘판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 제2항 단서에도 불구하고 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다’고 규정하고 있다. 또한, 지방세법 시행령(2017. 7. 26. 대통령령 제28211호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법 시행령’이라 한다) 제18조 제3항 제2호는 ‘법 제10조 제5항 제3호에서 "법인장부 중 대통령령으로 정하는 것"이란 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서’라고 규정하며, 제1항 본문은 ‘법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다’고 규정하고, 제5호에서 ‘취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액’을, 제7호에서 ‘제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용’을 각 들고 있다.
한편, 지방세법 시행령 제18조 제1항의 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함되고(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009두5343 판결 참조), 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었는지의 여부는 취득시기를 기준으로 객관적으로 보아 취득자 자신의 부담으로 귀속될 것인지, 그 취득으로 인한 것인지에 따라 가려야 한다(대법원 1994. 4. 26. 선고 93누6003 판결 참조).
살피건대, 교환은 당사자 사이에 금전 이외의 재산권을 상호 이전할 것을 약정하는 계약으로(민법 제596조), 일방이 재산권의 이전과 금전의 보충지급을 약정하는 경우에는 그 금전에 관하여는 매매대금에 관한 규정이 적용되게 되는바(민법 제597조), 교환에 있어서 당사자 일방이 취득하는 물건의 반대급부는 상대방에게 지급하는 당사자 일방의 물건으로서 이 사건에서 원고가 이 사건 교환계약으로 취득하는 이 사건 각 부동산의 반대급부는 이 사건 교환대상 부동산이라고 할 것이므로, 그 가액인 이 사건 교환대상 부동산의 감정평가액을 취득세 등의 과세표준으로 보아야 할 것이다. 설령, 지방세법 제18조 제1항의 ‘거래 상대방에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용’을 이 사건 교환대상 부동산이 아니라 이 사건 각 부동산의 감정평가액이라고 보더라도, 취득세의 과세표준인 사실상 취득가액에는 상대방에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액 등의 간접비용이 포함되는데(지방세법 시행령 제18조 제1항 참조), 이 사건 각 부동산은 학교법인 소유의 부동산으로 사립학교법 제28조, 사립학교법 시행령 제11조 등의 규정에 따라 교육부장관의 승인 없이는 매도나 교환을 할 수 없는바, ○○학원이 교육부장관에게 이 사건 각 부동산의 위치변경계획 승인신청을 하여 교육부장관이 이 사건 각 부동산과 이 사건 교환대상 부동산을 상호 교환하되 원고가 ○○학원에게 이 사건 감정평가 차액을 무상 출연하는 조건을 부여하여 이를 승인하였고, 이 사건 교환계약에서도 이 사건 감정평가 차액을 원고가 ○○학원에 무상 출연하는 것으로 약정하였으며, 만약 원고가 이 사건 감정평가 차액을 무상 출연하는 조건을 이행하지 않았다면 원고가 이 사건 각 부동산을 취득할 수 없었을 것이므로 결국 이 사건 감정평가 차액은 원고가 이 사건 각 부동산을 취득하기 위한 조건 부담액이나 이에 준하는 비용으로서 간접비용에 해당한다고 봄이 상당하다.
따라서 이 사건 처분은 적법하고 원고의 위 주장은 이유 없다.
결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
관계 법령

■ 지방세법

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.
② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
■ 지방세법 시행령(2017. 7. 26. 대통령령 제28211호로 개정되기 전의 것)

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장·군수·구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.
■ 지방세특례제한법

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.
③ 제1항의 종교단체 또는 향교가 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대해서는 등록면허세를 면제하고, 해당 단체에 대해서는 주민세 재산분 및 종업원분을 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 종업원분은 면제하지 아니한다.
④ 종교단체 또는 향교에 생산된 전력 등을 무료로 제공하는 경우 그 부분에 대해서는 지방세법 제146조 제1항에 따른 지역자원시설세를 면제한다.
⑤ 사찰림과 전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률 제2조 제1호에 따른 전통사찰이 소유하고 있는 경우로서 같은 조 제3호에 따른 전통사찰보존지에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.
⑥ 법인의 사업장 중 종교의식을 행하는 교회ㆍ성당ㆍ사찰ㆍ불당ㆍ향교 등에 대해서는 주민세 균등분을 면제한다.
■ 민법

제596조(교환의 의의) 교환은 당사자 쌍방이 금전 이외의 재산권을 상호이전할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.
제597조(금전의 보충지급의 경우) 당사자 일방이 전조의 재산권이전과 금전의 보충지급을 약정한 때에는 그 금전에 대하여는 매매대금에 관한 규정을 준용한다.
■ 사립학교법

제8조의2(재산이전의 보고) 제8조의 규정에 의하여 등기한 학교법인은 지체 없이 재산출연을 증빙할 수 있는 등기사항증명서 및 금융기관의 증명서 등 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 관할청에 재산출연결과를 보고하여야 한다.
제28조(재산의 관리 및 보호) ① 학교법인이 그 기본재산을 매도ㆍ증여ㆍ교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항은 이를 관할청에 신고하여야 한다.
② 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산 중 대통령령이 정하는 것은 이를 매도하거나 담보에 제공할 수 없다.
③ 초ㆍ중등교육법 제10조 및 고등교육법 제11조의 규정에 의한 수업료 기타 납부금(입학금 또는 학교운영지원비를 말한다. 이하 같다)을 받을 권리와 이 법 제29조 제2항의 규정에 의하여 별도 계좌로 관리되는 수입에 대한 예금채권은 이를 압류하지 못한다.
■ 사립학교법 시행령(2018. 3. 13. 대통령령 제28697호로 개정되기 전의 것)

제11조(기본재산의 처분) ① 법 제28조 제1항에 따른 학교법인의 기본재산의 매도ㆍ증여 또는 교환에 관한 허가신청서 또는 신고서에는 다음의 서류를 첨부하여야 한다.
1. 처분재산명세서

2. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자의 감정평가서(교환의 경우에는 쌍방의 재산)

3. 이사회회의록사본

4. 교환재산 또는 처분대금의 처리에 관한 사항을 기재한 서류(교환 또는 매도의 경우에 한한다)

5. 제12조 제2항 각 호에 해당하는 경우에는 그 내용을 증명할 수 있는 서류. 끝.

원고가 이 사건 감정평가 차액을 무상 출연하는 조건을 이행하지 않았다면 원고가 이 사건 각 부동산을 취득할 수 없었을 것이므로 결국 이 사건 감정평가 차액은 원고가 이 사건 각 부동산을 취득하기 위한 조건 부담액이나 이에 준하는 비용으로서 간접비용에 해당한다고 봄이 상당하다.