법인(원천)세징수처분취소 (일반행정, 대법원)
공포일: 2020.11.12 / 시행일:

【원고, 피상고인】 스탠다드 차터드 엔이에이 리미티드(Standard Chartered NEA Limited) (소송대리인 변호사 백제흠 외 2인)
【피고, 상고인】 종로세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 화우 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2017. 2. 2. 선고 2016누54741 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 각 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 원고의 제일은행 주식 인수 및 원천징수 불이행 경위
 원고는 2005. 4. 15. 말레이시아 라부안에 설립된 케이에프비 뉴브리지 홀딩스 리미티드[KFB Newbridge Holdings (private) Limited, 이하 ‘소외 회사’라 한다]로부터 주식회사 제일은행 주식 99,999,916주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 1,651,104,756,621원에 양수하고 그 대금을 지급하면서,「대한민국과 말레이시아 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」에 따라 이 사건 주식의 양도로 발생한 양도차익(이하 ‘이 사건 양도소득’이라 한다)에 대한 법인세를 원천징수하지 않았다.
 나. 1차 징수처분 및 가산세 부과처분과 선행 소송의 경과
 1) 피고는 2006. 12. 18. 소외 회사가 명목상 회사에 불과하고 이 사건 양도소득의 실질귀속자는 영국령 케이만군도에 설립된 유한 파트너십인 케이에프비 뉴브리지 인베스트먼트 엘피(KFB Newbridge Investment L.P., 이하 ‘케이에프비 엘피’라 한다)에 대한 투자자들이라는 전제하에 원고에게 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 소득세 43,010,717,520원(가산세 포함)을 납세고지하는 1차 징수처분 및 가산세 부과처분을 하였다.
 2) 원고는 이에 불복하여 1차 징수처분 및 가산세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 서울행정법원은 2009. 12. 30. 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고(서울행정법원 2008구합17110 판결), 원고가 이에 불복하여 항소하였으나 서울고등법원은 2010. 8. 25. 항소기각 판결을 선고하였다(서울고등법원 2010누3826 판결, 이하 ‘환송 전 원심판결’이라 한다). 그러나 대법원은 2013. 7. 11. 환송 전 원심이 케이에프비 엘피를 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 외국법인으로 볼 수 있는지 심리하여 이 사건 양도소득에 대하여 원천징수분 법인세를 과세하여야 하는지를 판단하여야 한다는 취지로 환송 전 원심판결을 일부 파기환송하였다(대법원 2010두20966 판결). 
 3) 피고는 위 소송의 환송 후 원심에서 케이에프비 엘피가 구 법인세법상 외국법인이라는 전제하에 처분사유를 원천징수분 소득세에서 원천징수분 법인세로 변경하였으나, 환송 후 원심은 이를 받아들이지 않은 채 2014. 1. 10. 1차 징수처분 및 가산세 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였다(서울고등법원 2013누23272 판결, 이하 ‘환송 후 원심판결’이라 한다). 피고가 이에 불복하여 상고하였으나, 대법원은 2014. 9. 4. 세목은 부과처분에서는 물론 징수처분에서도 납세의무의 단위를 구분하는 본질적인 요소이므로, 당초의 징수처분에서와 다른 세목으로 처분사유를 변경하는 것은 처분의 동일성이 유지되지 않아 허용될 수 없다는 이유로 피고의 상고를 기각하는 판결을 선고하여(대법원 2014두3068 판결), 환송 후 원심판결이 확정되었다. 
 다. 이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분 경위
 피고는 2015. 4. 17. 원고에게 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세 181,621,523,220원(가산세 포함)을 납세고지하는 이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분을 하였다. 
 2. 상고이유에 대한 판단
 가. 소멸시효 기산점 관련 주장에 관하여
 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 이 사건 양도소득에 대한 원고의 원천징수분 법인세 납부의무의 소멸시효 기산일은 그 법정납부기한 다음 날인 2005. 5. 11.인데, 이 사건 징수처분 및 가산세 부과처분은 그로부터 소멸시효 기간 5년이 경과한 2015. 4. 17. 이루어졌으므로 위법하다고 판단하였다. 그런 다음 원심은 그 소멸시효 기산일은 선행 소송이 확정되어 이 사건 양도소득의 실질귀속자와 그의 법적 형태가 확정된 2014. 9. 4.로 보아야 한다는 피고의 주장에 대하여 이 사건 양도소득의 실질귀속자 파악이나 판단이 어렵다는 사정이 있다고 하여 소멸시효 기산일을 달리 볼 수 없다는 등의 이유로 이를 배척하였다.
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단에 상고이유와 같이 소멸시효 기산점에 관한 법리오해 및 심리미진의 위법이 없다.
 한편 피고가 상고이유에서 들고 있는 대법원 판결들은 이 사건과 사안이 다르므로 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.
 나. 납세고지에 의한 소멸시효 중단 관련 주장에 관하여
 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 피고가 2006. 12. 18. 원고에게 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 소득세를 납세고지함으로써 이 사건 양도소득에 대한 원천징수분 법인세 징수권(이하 ‘이 사건 징수권’이라 한다)의 소멸시효가 중단되었다는 피고의 주장에 대하여, 세목은 부과처분에서는 물론 징수처분에서도 납세의무의 단위를 구분하는 본질적인 요소이므로 근거 세목이 ‘소득세’인 1차 징수처분과 근거 세목이 ‘법인세’인 이 사건 징수처분은 처분의 동일성이 인정되지 않아 1차 징수처분은 이 사건 징수권의 소멸시효를 중단하는 사유인 ‘납세고지’에 해당한다고 보기 어렵다는 이유로 이를 배척하였다.
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단에 상고이유와 같이 납세고지에 의한 소멸시효 중단에 관한 법리오해 또는 심리미진의 위법이 없다.
 한편 피고가 상고이유에서 들고 있는 대법원 판결들은 이 사건과 사안이 다르므로 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.
 다. 응소행위로 인한 소멸시효 중단 관련 주장에 관하여
 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 피고가 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 대한 선행 소송에서 응소함으로써 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단되었다는 피고의 주장에 대하여, 1차 징수처분과 이 사건 징수권의 근거 세목이 달라 동일한 국세징수권으로 보기 어려우므로, 피고가 이 사건 징수권의 소멸시효 완성 전에 응소행위로써 이 사건 징수권을 행사하였다고 할 수 없고, 선행 소송에서 피고의 처분사유 변경이 허용되지 않고 피고 패소 판결이 확정된 이상 피고가 주장한 이 사건 징수권이 법원에 받아들여졌다고 보기도 어렵다는 이유로 이를 배척하였다.
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유와 같이 재판상 청구 또는 응소행위로 인한 소멸시효 중단에 관한 법리오해 또는 심리미진의 위법이 없다.
 한편 피고가 상고이유에서 들고 있는 대법원 판결들은 이 사건과 사안이 다르므로 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다. 
 라. 채무승인에 의한 소멸시효 중단 관련 주장에 관하여
 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 따라 세액을 납부함으로써 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단되었다는 피고의 주장에 대하여, 원고가 1차 징수처분 및 가산세 부과처분에 따라 세금을 납부하였다고 하여 그와 동일성이 인정되지 않는 이 사건 징수권의 소멸시효가 중단된다고 볼 수 없다는 이유로 이를 배척하였다.
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단에 상고이유와 같이 채무승인에 관한 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없다. 
 마. 소멸시효 남용 관련 주장에 관하여
 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 이 사건 양도소득의 실질귀속자와 그의 법적 형태가 확정된 대법원 2014두3068 판결의 선고일까지 피고가 이 사건 징수권을 행사하는 것을 기대하기 어려웠다는 등의 피고가 주장하는 사정만으로, 원고가 소멸시효 완성을 이유로 조세채무의 이행을 거절하는 것이 현저히 부당하거나 불공평하게 되는 등의 특별한 사정이 있다고 보기 어려우므로, 원고가 이 사건 징수권의 소멸시효 완성을 주장하는 것이 신의성실에 반하는 권리남용에 해당할 수 없다고 판단하였다. 
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단에 상고이유와 같이 권리남용에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 바. 특례제척기간 관련 주장에 관하여
 원천징수분 법인세의 납부의무는 과세관청의 부과권의 행사에 의하지 않고 법률의 규정에 의하여 자동확정되는 것이므로, 거기에 부과권의 제척기간이 적용될 여지가 없다(대법원 1996. 3. 12. 선고 95누4056 판결 취지 참조). 
 같은 취지에서 원심이 제1심판결 이유를 인용하여, 이 사건 징수처분에 특례제척기간에 관한 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제2항 제1호의 규정이 적용되지 않는다고 판단한 것은 정당하고, 상고이유와 같이 특례제척기간에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 노정희(재판장) 박상옥(주심) 안철상 김상환

甲 영국법인이 말레이시아에 설립된 乙 회사로부터 丙 은행의 주식을 양수하고 대금을 지급하면서 ‘대한민국과 말레이시아 정부 간 소득에 대한 조세의 이중과세회피 탈세방지를 위한 협약’에 따라 주식 양도로 발생한 양도차익에 대한 법인세를 원천징수하지 않았는데, 관할 세무서장이 甲 법인에 위 양도소득에 대한 원천징수분 소득세 징수처분 및 가산세 부과처분(1차 징수처분)을 하였다가 이를 취소하는 판결이 확정되자, 소멸시효 기간 5년이 지난 뒤에 위 양도소득에 대한 원천징수분 법인세 징수처분 및 가산세 부과처분을 한 사안에서, 세목은 부과처분에서는 물론 징수처분에서도 납세의무의 단위를 구분하는 본질적인 요소이므로 근거 세목이 ‘소득세’인 1차 징수처분과 근거 세목이 ‘법인세’인 위 징수처분은 처분의 동일성이 인정되지 않아 1차 징수처분이나 응소행위 등은 위 양도소득에 대한 원천징수분 법인세 징수권의 소멸시효를 중단하는 ‘납세고지’에 해당하지 않는다고 본 원심판단이 정당하다고 한 사례