대도시내 본점등기를 하지 않은 사업장을 실질적 본점으로 보아 중과판단 가능 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.02.13 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
등록면허세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

상고이유를 판단한다.
원심은 그 채택증거를 종합하여, 원고가 2007. 4. 30. 서울 00구 00동에 있는 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 등기’라 한다)를 마친 사실, 원고는 2007. 12. 21. 안산시 00구 00동에 있던 00사업장에서 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전하고 2007. 12. 27. 그 본점이전등기까지 마친 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 등기를 마치기 5년 전부터 서울 000구 000동 소재 서울사무소에서 원고의 업무가 일부 수행되었다고 하더라도 그 판시와 같은 사정에 비추어 볼 때 이를 원고의 실질적 본점으로 볼 수 없고 위 00사업장이 원고의 실질적 본점에 해당한다는 이유로, 이 사건 등기가 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호 소정의 등록세 중과대상인 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에 해당한다고 본 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.
관련 규정과 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 이러한 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어난 잘못이나 등록세 중과대상인 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2013. 6. 26. 선고 2013누149 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 제1심판결을 취소한다.
2. 원고의 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결 이유는 제1심판결 이유의 해당 부분 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 등기가 이루어진 날부터 5년 이전에 실질적 본점인 서울 000구 소재 사무소에서 업무를 수행하였으므로, 서울로 본점을 이전하고 5년 경과 후 이루어진 이 사건 등기는 등록세 중과세 대상이 아니다. 따라서 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 인정 사실

⑴ 원고의 설립과 본점 이전, 지점 설치 현황 등

㈎ 원고는 1973. 8. 22. 인천 00구에서 설립되었다. 원고는 1996. 7. 2. 00사업장으로, 2007. 12. 21. 이 사건 부동산 소재지로, 2010. 8. 23. 서울 00구 00동 1553-3 00000000빌딩 7층으로, 2012. 5. 10. 0남 00군 00면 00로 146-8(이하 ‘예산사업장’이라 한다)로 각 본점을 이전하였고, 그 무렵 각 본점 이전등기를 경료하였다.
㈏ 원고는 1991. 3. 31. 재단법인 00재단에게서 서울 000구 000동 2가 94-121, 3층 302-1호(이하 ‘000 제1사무소’라 한다)를, 000으로부터 서울 000구 000동 2가 29-22 00빌딩 5층 2호, 6층, 7층(이하 ‘000 제2사무소’라 한다)을 각 임차하고, 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전할 무렵까지 사용하였다. 원고는 000 제1, 2사무소(이하 ‘서울사무소’라 한다)에 관하여 본점 등기나 사업자등록을 하지 않았다.
㈐ 원고는 2002. 3. 31. 기준으로 예산사업장 및 인천 00구(이하 ‘부평사업장’이라 한다)에서 각 제조공장을, 서울 00구 00동 76-5(이하 ‘구로사업장’이라 한다)에 하치장을 두고 있다.
㈑ 원고는 2003. 5. 15. 구로사업장에, 2006. 2. 14. 00시 00동 32-1에, 2007. 12. 21. 00사업장에 각 지점을 설치하였다. 원고는 2008. 5. 30. 00사업장을, 2009. 3. 27. 00지점을 각 폐쇄하였다.
⑵ 원고의 조직 현황

아래 <표1> 기재와 같다. 한편 원고는 2008년부터 조직도에 ‘서울 본사’라고 표기하고 있다.
<표1> 조직 현황

⑶ 원고의 주주총회와 이사회 활동 내역 등

㈎ 원고의 최고 의사결정기관인 제29회 정기주주총회가 2002. 6. 22. 법인등기부상 본점으로 등재되어 있던 00사무소에서 정관 변경과 이사 선임 등을 안건으로 개최되었다.
㈏ 원고의 이사회가 2002. 3. 15.부터 2007. 12. 12.까지 34회에 걸쳐 서울사무소에서 정기주주총회소집과 이사 등 선임, 지점 설치, 해외 투자 등을 안건으로 개최되었다. 한편 원고의 이사회가 2006. 1. 27.과 2006. 5. 16. 00사무소에서 시흥사업장 취득과 부평사업장 매각 등을 안건으로 열리기도 하였는데, 이때 작성된 이사회 회의록에는 원고의 본점을 00사업장으로 표시하였다.
㈐ 원고는 2007. 11. 13. 금융감독원과 한국증권선물거래소에 2007. 1. 1.부터 2007. 9. 30.까지의 사업연도 분기보고서를 제출하면서 00사업장을 원고의 본점으로 표기하였고, 이 사건 부동산 소재지로 본점이전등기를 경료한 후인 2008. 3. 28.에는 2007년도 사업보고서를 제출하면서 이 사건 부동산 소재지를 원고의 본점이라고 기재하였다.
⑷ 임원 급여지급 현황

2001. 12.경부터 2007년까지 서울사무소에서 임원에게 급여가 지급되었다.
⑸ 지방세 부과내역 현황

원고의 사업장별 지방세 부과 내역은 아래와 같다.
[인정 근거] 갑 제2 내지 13호증, 을 제4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

⑴ 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법 취지는 대도시의 인구팽창 억제, 환경의 순화 보존 및 지역 간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법 취지에 비추어 볼 때, 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만, 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 전입과 관련하여 취득한 부동산등기도 포함한다(대법원 2006. 6. 15. 선고 2006두2503 판결 참조).
⑵ 관계 법령과 위 법리 그리고 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고의 서울사무소가 실질적인 본점이라고 할 수 없어서, 이 사건 등기는 이 사건 부동산 소재지로의 본점 전입과 관련하여 취득한 등기에 해당하여 등록세 중과세 대상이 된다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.
㈎ 주식회사를 설립할 때에 본점 소재지는 정관의 절대적 기재사항이고(상법 제289조 제1항 제6호), 설립등기 시 본점 소재지는 등기사항이며(상법 제317조 제1항 제1호), 이러한 상업등기에는 공시력이 인정되므로(상법 제37조제1항), 이 사건 등기 전의 원고 본점 소재지는 00사업장으로 사실상 추정된다.
㈏ 원고는 스테인리스 냉연강판 등 철강제품을 제조·판매하는 회사로서 원고 조직 내에서 생산 부서가 중요한 역할을 담당하고 있다. 원고의 서울사무소에는 자금경리팀, 기획팀, 영업팀, 전산팀, 무역팀 등의 업무를 담당하는 부서가 있었고, 00사업장과 예산사업장에는 총무과, 업무·자재과, 생산관리, 생산팀, 기술운영, 연구개발, 품질관리 등 기업의 제품 생산 업무에 필요한 부서가 있었는데, 서울사무소에 관하여 본점등기나 사업자등록이 이루어진 적은 없었다. 한편 2001년부터 2007년까지 서울사무소의 평균 근무인원은 35명 내외이고, 00사업장의 총무과, 경리팀에서 평균 33명 내외의 관리직 직원이 근무하였는데, 기능직 직원을 포함하면 00사업장에 훨씬 많은 직원이 근무하고 있었다. 이러한 사실에 비추어 보면 원고의 중요 업무를 담당하는 부서들이 서울사무소에만 밀집되어 있었다고 보기 어렵다.
㈐ 또한, 원고는 1991년부터 서울사무소를 임차하고 있었음에도 본점 등기를 하지 아니한 채 1996. 7. 2. 00사업장으로 본점을 이전한 후 그 이전등기도 마쳤고, 2007. 11.경에 금융감독원에 사업연도 분기보고서를 제출하면서 00사업장을 원고의 본점으로 표기하였으며, 원고가 작성한 조직도에서도 2008년부터 ‘서울 본사’라고 표시하였음에 비추어, 원고 스스로 2007. 12. 21. 이 사건 부동산으로 본점을 이전할 때까지 00사업장을 본점으로 사용할 의사가 있었던 것으로 보인다.
㈑ 서울사무소에서 주로 이사회가 개최되고, 정기주주총회 개최를 위한 기준일 및 주주명부 폐쇄기간에 관한 안건, 이익배당에 관한 안건, 사모사채 조기상환에 관한 안건, 일반채권의 해외 발행에 관한 안건, 대표이사 선임에 관한 안건, 해외직접투자의 건 등 중요한 안건들에 관하여 의사결정이 이루어진 점은 인정되지만, 원고의 이사회가 두 차례에 걸쳐 00사무소에서 회사 주요 자산의 취득·매각을 안건으로 하여 개최되기도 하였으며, 무엇보다 원고의 최고 의사결정기관인 정기주주총회가 이 사건 등기 전까지 00사업장에서 이루어진 것으로 보여, 원고의 중요한 안건들이 서울사무소에서만 의결되었다고 보기도 어렵다.
㈒ 원고가 일부 지방세를 서울사무소를 관할하는 과세관청에 납부한 사실은 인정되나, 00사업장이나 예산사업장에서도 위와 같이 지방세를 납부하였던 점을 고려하면, 지방세 납부 여부가 원고의 본점을 결정하는 주요 징표가 된다고 볼 수 없다. 오히려 서울사무소 및 사업장 재산할 사업소세 부과내역에 의하면, 000 제1사무소의 과세표준은 495㎡이고, 이전한 000 제2사무소의 그것은 735㎡인데 반해, 이 사건 부동산의 과세표준은 2,831㎡로 약 3.8배 증가하였음을 알 수 있는바, 이에 의하면 이 사건 부동산 취득과 함께 원고가 서울로 본점을 옮김에 따라 사업장 면적도 확장된 것으로 추단할 수 있다.
㈓ 그밖에 원고의 서울사무소에서 임원들에 대한 급여 지급이 이루어진 사정이 엿보이나 이는 원고의 내부 회계처리 방식에 불과하고, 00사업장에서 근무하는 다수 직원들의 급여는 위 00사업장에서 지급되었을 것으로 보이는 점 등도 아울러 고려하면, 원고의 임원들에 대한 급여가 서울사무소에 지급되었다는 사정만으로는 서울사무소가 원고의 본점에 해당한다고 보기 어렵다.
3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

◆ 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

제150조의2(신고 및 납부)

① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.
② 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.
◆ 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)

제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
제104조의2(신고 및 납부기한 등)

② 법 제150조의2 제2항에서 "대통령령이 정하는 날"이라 함은 다음 각호의 날을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업장이 사실상 설치된 날

다. 대도시외에서 법인의 본점 또는 지점을 대도시안으로 이전하는 경우

◆ 지방세법 시행규칙(2008. 3. 24. 행정안전부령 제10호로 개정되기 전의 것)

제55조의2(사무소등)

영 제102조 제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 「법인세법」·「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.
1. 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장. 끝.
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【하급심-서울행정법원 2012. 11. 23. 선고 2012구합22874 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고가 2011. 3. 10. 원고에 대하여 한 등록세 493,152,000원(가산세 포함), 지방교육세 92,230,400원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 4. 30. 서울 00구 00동 112-1 외 1필지상 업무시설용 건축물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 8,000,000,000원에 매수하고, 표준세율(20/1,000)을 적용하여 등록세 160,000,000원, 지방교육세 32,000,000원을 신고·납부하였다. 원고는 같은 날 이 사건 부동산에 관하여 자신 명의로 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 등기’라 한다)를 마쳤다.
나. 원고는 2007. 12. 21. 00시 00구 00동 730-1(이하 ‘00사업장’이라 한다)에서 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전하고, 2007. 12. 27. 본점이전등기를 하였다.
다. 피고는 2011. 3. 10. 원고에 대하여 "이 사건 등기는 대도시내로의 법인의 본점전입에 따른 부동산등기이다"는 이유로, 중과세율(60/1,000)을 적용하여 산출한 세액에서 기납부세액을 차감한 등록세 493,152,000원(가산세 포함), 지방교육세 92,230,400원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
라. 원고는 2011. 6. 7. 심판청구를 제기하였으나, 2012. 4. 20. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.
[인정근거] 갑 제1호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 등기가 이루어진 날로부터 5년 이전에 실질적 본점인 서울 000구 소재 사무소에서 업무를 수행하여 왔으므로, 서울로 본점을 이전하고 5년 경과 후 이루어진 이 사건 등기는 등록세 중과세대상이 아니라 할 것이니, 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.
다. 인정사실

(1) 설립, 본점 이전, 사무실 및 지점 설치 현황 등

(가) 원고는 1973. 8. 22. 인천 부평구에서 설립되었다. 원고는 1996. 7. 2. 00사업장으로, 2007. 12. 21. 이 사건 부동산 소재지로, 2010. 8. 23. 서울 00구 00동 1553-3 00000000빌딩 7층으로, 2012. 5. 10. 0남 00군 00면 00로 146-8(이하 ‘예산사업장’이라 한다)로 각 본점을 이전하였다.
(나) 원고는 1991. 3. 31. 재단법인 00재단으로부터 서울 000구 000동 2가 94-121 3층 302-1호(이하 ‘000 제1사무소’라 한다)를, 000으로부터 서울 000구 000동 2가 29-22 성림빌딩 5층 2호, 6층, 7층(이하 ‘000 제2사무소’라 한다)을 각 임차하고, 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전할 무렵까지 사용하였다. 원고는 000 제1, 2사무소(이하 ‘서울사무소’라 한다)에 관하여 본점등기나 사업자등록을 하지 않았다.
(다) 원고는 2002. 3. 31. 기준으로 예산사업장 및 인천 부평구(이하 ‘부평사업장’이라 한다)에서 각 제조공장을, 서울 구로구 00동 76-5(이하 ‘구로사업장’이라 한다)에 하치장을 두고 있다.
(라) 원고는 2003. 5. 15. 구로사업장에, 2006. 2. 14. 00시 00동 32-1에, 2007. 12. 21. 00사업장에 각 지점을 설치하였다. 원고는 2008. 5. 30. 00사업장을, 2009. 3. 27. 00지점을 각 폐쇄하였다.
(2) 원고의 조직 현황

아래 <표1> 기재와 같다.
<표1> 조직 현황

(3) 원고의 이사회 활동 내역

서울사무소에서 개최된 이사회 활동내역은 아래 <표2> 기재와 같다.
<표2> 이사회 활동 내역

(4) 임원 급여지급 현황

2001. 12.경부터 2007년까지 서울사무소에서만 임원에게 급여가 지급되었다.
(5) 지방세 부과내역 현황

원고의 사업장별 지방세 부과내역은 아래 <표3> 내지 <표8> 각 기재와 같다.
<표3> 00사업장 종업원할 사업소세 부과내역

[인정근거] 갑 제2 내지 13호증, 을 제4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법 취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역 간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법 취지에 비추어 볼 때, 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 전입과 관련하여 취득한 부동산등기도 포함한다(대법원 2006. 6. 15. 선고 2006두2503 판결 참조). 따라서 이 사건 등기가 원고의 본점 전입과 관련하여 취득한 등기인지는 서울사무소가 실질적 본점인지에 달려 있다(실질적 본점이라면 이 사건 등기는 동 사무소로의 본점 전입과 관련하여 취득한 등기가 아니므로 이 사건 처분은 위법하고, 실질적 본점이 아니라면 이 사건 등기는 이 사건 부동산 소재지로의 본점 전입과 관련하여 취득한 등기이므로 이 사건 처분은 적법하다).
(2) 이 사건으로 돌아와 보건대, 서울사무소에 관하여 본점등기나 사업자등록이 되어 있지 않은 점, 2001년부터 2007년까지 서울사무소의 평균 근무인원은 35명 내외이고, 00사업장의 총무과, 경리팀에서 평균 33명 내외의 관리직 직원이 근무한 점은 인정된다.
그러나 ① 원고의 조직; 서울사무소는 자금경리팀, 기획팀, 영업팀, 전산팀, 무역팀 등 기업의 전체의사결정과 관련이 있는 부서위주로, 00사업장 및 예산사업장은 주로 생산관리, 생산팀, 기술운영, 품질관리 등 공장운영에 필요한 부서위주로 각 구성되어 있는 점, 대표이사를 비롯한 주요 임원들이 서울사무소에 주재한 점, 서울사무소의 조직과 기능이 이 사건 부동산 소재지로 이어진 점, ② 이사회 활동내역; 서울사무소에서 주로 이사회가 개최되고, 정기주주총회 개최를 위한 기준일 및 주주명부폐쇄기간에 관한 안건, 이익배당에 관한 안건, 사모사채조기상환에 관한 안건, 일반채권의 해외발행에 관한 안건, 대표이사 선임에 관한 안건, 해외직접투자의 건 등 대내외적으로 중요한 안건들에 관하여 의사결정이 이루어진 점, ③ 임원 급여지급내역; 서울사무소에서 임원들에 대한 급여지급이 이루어진 점, ④ 지방세 부과내역; 000구청장에게, 2002. 1.부터 2007. 12.까지 주민세 특별징수분을, 1998년부터 2007년까지 법인세할 주민세를, 1997년부터 2002년까지 법인균등할 주민세를 각 납부한 점 등을 고려할 때, 서울사무소에서 중추적인 의사결정이 이루어지는 등 주된 기능이 수행되었으므로, 이 사건 부동산 소재지로 이전되기 전까지 서울사무소를 원고의 본점으로 봄이 상당하다.
(3) 따라서 이 사건 등기는 서울로 본점을 이전하고 5년 경과 후 이루어졌으므로 중과세대상이 아니라 할 것이니, 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

◆ 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

제150조의2(신고 및 납부)

① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.
② 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.
◆ 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)

제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
제104조의2(신고 및 납부기한 등)

② 법 제150조의2제2항에서 "대통령령이 정하는 날"이라 함은 다음 각호의 날을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업장이 사실상 설치된 날

다. 대도시외에서 법인의 본점 또는 지점을 대도시안으로 이전하는 경우

◆ 지방세법 시행규칙(2008. 3. 24. 행정안전부령 제10호로 개정되기 전의 것)

제55조의2(사무소등)

영 제102조 제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 「법인세법」·「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.
1. 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장