법인세부과처분및소득금액변동통지취소청구 (세무, 부산지방법원)
공포일: 2024.10.10 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○ (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 박재영 외 1인)
【피 고】 수영세무서장 외 1인
【변론종결】2024. 8. 22.
【주 문】
 1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고 수영세무서장이 2022. 12. 1. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 법인세 340,250,900원(가산세 포함)의 부과처분 및 피고 부산지방국세청장이 2023. 2. 24. 원고에 대하여 한 [별지1] 기재 소득금액변동통지를 모두 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 화학, 환경 관련 기술 용역업, 무역업 등을 영위하기 위하여 1967. 1. 27. 설립된 회사이다. 2018. 3. 30. 이전 원고 발행주식 보유 현황은 아래와 같다.
 순번성명(법인명)보유 주식 수지분율 1주식회사 △△△19,056주80.94% 2소외인4,148주17.62% 3소외 2113주0.48% 4소외 3113주0.48% 5소외 4113주0.48% 합계23,543주100% 
 나. 원고는 2018. 3. 30. 원고의 특수관계법인인 주식회사 △△△(이하 ‘소외 5 회사’라고만 함)로부터 원고 발행주식 19,056주(위 표 순번 1, 이하 ‘이 사건 주식’이라 함)를 매매대금 1,604,705,760원(주당 84,210원)에 양수하였다(이하 ‘이 사건 주식 양수’라 함). 
 다. 원고는 2020. 1. 1. 이 사건 주식을 소외 6 등 원고의 특수관계인 15명에게 매매대금 합계 2,292,768,864원(주당 120,319원)에 아래와 같이 각 매도하였고(이하 ‘이 사건 주식 양도’라 하고, 이 사건 주식 양수 및 이 사건 주식 양도를 통틀어 ‘이 사건 주식 양수도’라 함), 그 결과 원고의 주주 구성이 아래와 같이 바뀌었다(아래 주주들을 통틀어서 ‘원고 사주 일가 등’이라 하고, 원고 사주 일가 등에서 소외 4를 제외한 나머지를 통틀어서 ‘원고 사주 일가’라 함).
 순번주주이 사건 주식 양도 전이 사건 주식 양도 후 성명소외 6과의 관계보유 주식 수지분율이 사건 주식 중 양수 주수보유 주식 수지분율 1소외인장남4,148주17.62%3,985주8,133주34.55% 2소외 6본인0주0%3,263주3,263주13.86% 3소외 2차남113주0.48%2,248주2,361주10.03% 4소외 3삼남113주0.48%1,782주1,895주8.05% 5소외 7장녀0주0%1,706주1,706주7.25% 6소외 8차녀0주0%1,706주1,706주7.25% 7소외 9며느리0주0%803주803주3.41% 8소외 10손자녀0주0%775주775주3.29% 9소외 11손자녀0주0%620주620주2.63% 10소외 12손자녀0주0%465주465주1.98% 11소외 13손자녀0주0%387주387주1.64% 12소외 14손자녀0주0%387주387주1.64% 13소외 15손자녀0주0%387주387주1.64% 14소외 16손자녀0주0%387주387주1.64% 15소외 17손자녀0주0%155주155주0.66% 16소외 4배우자113주0.48%0주113주0.48% 합계19,056주23,43099.52 
 라. 피고 부산지방국세청장은 2022. 8. 30.부터 2022. 10. 28.까지 이 사건 주식 양수도에 관하여 세무조사를 하였다(이하 ‘이 사건 세무조사’라 함). 이 사건 세무조사 결과, 피고 부산지방국세청장은 이 사건 주식 양수 당시 이 사건 주식의 1주당 평가액을 118,787원 으로 보아 소외 5 회사가 원고에 이 사건 주식을 저가 양도하였다고 판단하고, 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 주식의 1주당 평가액을 192,109원으로 보아 원고가 원고 사주 일가에 이 사건 주식을 저가 양도하였다고 판단하였다. 위와 같은 판단에 근거하여 피고 부산지방국세청장은 ① 이 사건 주식 양수 당시 이 사건 주식의 평가액과 실제 거래 가액의 차액 상당인 658,899,312원[=(118,787원-84,210원)×19,056]을 소외 5 회사에 대하여 익금 산입(기타사외유출)하고, ② 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 주식의 평가액과 실제 거래 가액의 차액 상당인 1,368,030,240원[=(192,109원-120,319원)×19,056]을 원고에 대하여 익금 산입(상여·배당·기타소득)하는 것으로 하였다.
 마. 피고 수영세무서장은 2022. 12. 1. 원고에 대하여 위 라.항의 ②를 전제로 아래 내역과 같이 경정한 2020년 귀속 법인세 및 가산세 합계 340,250,990원을 납부할 것을 고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 함).
 ?당초경정 수입금액939,931,080원2,307,961,320원 과세표준622,864,387원1,990,894,627원 산출세액104,572,877원378,178,925원 가산세일반과소신고·27,436,828원 납부지연·39,325,706원 총부담세액104,690,452원444,941,459원 기납부세액103,810,637원103,810,637원 차감징수할 세액879,815원341,130,822원 당초고지세액879,815원879,815원 차감고지세액340,251,007원 
 바. 또한 피고 부산지방국세청장은 위 라.항의 ②를 전제로, 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 주식의 평가액과 실제 양도 가액의 차액 상당인 1,368,030,240원에 관하여 귀속연도를 2020년으로 하여 원고 사주 일가에 대한 소득처분을 하고, 2022. 12. 1. 원고에 대하여 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘종전 소득금액변동통지’라 함). 그런데 피고 부산지방국세청장은 2023. 2. 24. 원고 사주 일가 중 소외인을 제외한 나머지에 대한 각 소득의 귀속연도를 2020년에서 2021년으로 변경하는 내용으로 다시 소득금액변동통지를 변경하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 소득금액변동통지를 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 함). 이 사건 소득금액변동통지 내역은 [별지1] 기재와 같다.
 사. 원고는 2023. 2. 1. 종전 소득금액변동통지 및 이 사건 법인세 부과처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나 2023. 5. 3. 청구 기각 결정을 받았다. 이 사건 각 처분 관련 법령은 [별지2] 기재와 같다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증 내지 갑제3호증, 갑제9호증, 갑제12호증, 을제1호증 내지 을제6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 당사자 주장의 요지
 가. 원고
 이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유에서 위법하므로 모두 취소되어야 한다.
 (1) 이 사건 주식에 관한 평가액 산출이 잘못되었다(이하 ‘주장①’이라 함)
 (가) 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 함) 시행령 제54조(이하 ‘이 사건 규정’이라 함) 제1항 및 제2항의 해석상, 비상장법인이 자기주식을 처분 목적으로 보유하고 있는 경우 그 주식가치를 평가하기 위해서는, 원칙적으로 아래 [산식1]과 같이 이 사건 규정 제1항 본문에 따라 계산된 금액(X)에 의하여야 한다(원고가 부동산 과다보유법인에 해당하지 않음을 전제로 함).
 
 (나) 원고 회사의 발행주식총수(23,543주), 이 사건 주식, 즉 이 사건 주식 양도 당시 원고가 보유한 자기주식수(19,056주), 이 사건 주식 양도 당시 원고 회사의 자기주식 외 순자산가액(1,992,701,205원), 이 사건 규정 제2항 및 제56조에 따른 1주당 순손익액(0원)을 아래와 같이 [산식1]에 대입하여 산출한 1주당 평가액(X)은 50,650원이다.
 
 (다) 다만 이 사건 규정 제1항 단서에 따라, 위 금액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 낮은 경우 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액이 평가액이 된다. 여기서 1주당 순자산가치(Y)는 아래 [산식2]와 같이 산출하여야 한다.
 
 (라) 원고 회사의 발행주식총수, 이 사건 주식(자기주식) 수, 자기주식 외 순자산가액 및 1주당 평가액(위 X, 50,650원)을 아래와 같이 [산식2]에 대입하여 산출한, 1주당 순자산가치(Y)는 125,164원이다.
 
 (마) 위 125,164원(Y)의 80%에 해당하는 금액인 100,131원이 이 사건 규정 제1항 본문에 따른 평가액(X)보다 크므로, 같은 항 단서에 따라 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 주식의 1주당 평가액은 100,131원으로 보아야 한다. 그럼에도 피고들은 이 사건 주식의 1주당 평가액을 192,109원으로 보아 이를 전제로 이 사건 각 처분에 이르렀다. 그렇다면 이 사건 각 처분은 위법하다고 할 것이므로 취소되어야 한다.
 (2) 이 사건 주식 양수도가 무효임에도 그것이 유효함을 전제로 이 사건 각 처분을 하였다(이하 ‘주장②’라 함).
 자기주식인 이 사건 주식의 양수 당시 그 취득 가액이 상법 제462조 제1항에 따라 산정된 원고의 배당가능이익을 초과하였으므로 이 사건 주식의 양수는 자기주식취득 제한 규정인 상법 제341조 제1항 단서에 반하여 이루어진 것으로서 무효이고, 이에 터 잡아 이루어진 이 사건 주식 양도 역시 무효이다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 부당하다. 
 나. 피고들
 (1) 주장①에 관하여
 (가) 이 사건 규정 제1항 본문에 따른, 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 주식의 평가액(X)이 50,650원임은 원고 주장과 같다. 그런데 이 사건 규정 제1항 단서에 따른 평가액, 즉 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액은 원고 주장과 달리 아래 [산식3]에 따른 Y값에 의하여 산출하여야 한다.
 
 (나) 원고 회사의 발행주식총수, 이 사건 주식(자기주식) 수, 자기주식 외 순자산가액을 [산식3]에 아래와 같이 대입하여 산출한, 1주당 순자산가치(Y)는 192,109원이다.
 
 (다) 위 192,109원이 상증세법 시행령 제54조 제1항 본문에 따른 평가액(X)보다 크므로, 같은 항 단서에 따라 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 주식의 1주당 평가액은 192,109원으로 보아야 하고, 이를 전제로 한 이 사건 각 처분은 적법하다.
 (라) 원고는 아래 [산식4]의 Y′에 위 50,650원(X)을 대입하여 1주당 순자산가치를 산출하였으나, 그 경우 산출된 Y값을 Y′에 대입하면 또 다른 값의 Y값이 산출되어 반복적으로 평가액이 일치하지 않는 문제가 생긴다. 더욱이 이러한 산출을 거듭하면 결국 Y값은 피고들이 주장하는 값에 수렴한다.
 
 (2) 주장②에 관하여
 과세소득은 이를 얻게 된 원인관계에 관한 법률적 평가가 반드시 적법·유효해야 인정할 수 있는 것은 아니다. 이 사건 주식 양도는 부당행위계산 부인의 대상이 될 수 있다.
3. 각 주장에 관한 판단
 가. 주장①에 관하여
 (1) 판단의 전제가 되는 사실
 다음과 같은 사실들은 앞서 인정한 바와 같거나 당사자들 간에 다툼이 없다.
 (가) 원고 회사의 발행주식총수는 23,543주이고, 이 사건 주식, 즉 이 사건 주식 양도 당시 원고가 보유한 자기주식은 19,056주였다.
 (나) 이 사건 주식 양도 당시 원고 회사의 자기주식 외 순자산가액은 1,992,701,205원이었다.
 (다) 원고 회사는 이 사건 주식 양도일 기준 3년 전부터 순손실이 발생하여 왔다. 즉, 이 사건 주식 양도 당시 상증세법 시행령 제54조 제2항 및 제56조에 따른, 이 사건 회사 발행주식의 1주당 순손익액은 0원이다.
 (2) 이 사건 규정 제1항 및 제2항의 해석
 (가) 이 사건 규정 제1항 본문은 아래 [산식㉠]에 따라 평가한 1주당 가액, 즉 1주당 순손익가치(㉠)와 아래 [산식㉡]에 따라 평가되는 1주당 가액, 즉 1주당 순자산가치(㉡)를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액을 비상장주식등의 평가액으로 한다고 정하고 있다.
 [산식㉠] 1주당 가액(㉠) = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 3년 만기 회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율 [산식㉡] 1주당 가액(㉡) = 당해 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수 
 1주당 순손익가치의 산출에서 ‘3년 만기 회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율’에 해당하는 0.1을 대입하여 이를 종합하면, 이 사건 규정 제1항 본문에 따른 평가액 산식은 아래 [산식5]와 같다.
 
 (나) 이처럼 이 사건 규정 제1항 본문의 문언상 위 [산식5]에 따라 ㉠(=1주당 순손익액÷0.1) 및 ㉡(=당해법인의 순자산가액÷발행주식총수)의 산출이 먼저 이루어져야 하고, 위 각 값을 가중평균하면 평가액(X)이 산출됨이 명백하다. 이러한 과정에서 방정식은 애초에 등장할 여지가 없다. 즉, 앞서 본 [산식1] 및 [산식1-1]은 애초에 이 사건 규정 제1항 본문에 맞지 않는다고 볼 것이다.
 자기주식을 보유한 회사의 경우 위 [산식5]의 ⓐ ‘당해법인의 순자산가액’에서 자기주식에 관한 평가액 및 ⓑ ‘발행주식총수’에서 자기주식 수를 각 산입할지 여부가 이 사건 규정의 문언상 불분명하다. 여기서 원고의 주장은 위 ⓐ를 ‘자기주식 수×X’로 대입하고, ⓑ 역시 이를 산입함을 전제로 한다. 그런데 위 ⓐ가 [산식5]에 따른 결과값, 즉 X와 동일하여야 한다고 볼 아무런 근거가 없다.
 이는 1주당 순손익액이 0원이 아닌 경우를 상정하여 보면 더욱 명확히 알 수 있다. 이 사건 규정 제1항 본문에 따른 평가액(X)이 애초에 회사의 수익력에 기반한 평가액(㉠)과 청산가치에 기반한 평가액(㉡)을 가중평균한 결과에 해당하는데, 그 일부를 이루는 ㉡의 산출과 관련하여 문제되는 자기주식의 청산가치, 즉 자산가액이 위 결과, 즉 X와 동일하다고 전제할 이유를 찾기 어렵다.
 결국 이 사건 규정 제1항 및 제2항의 해석상 ㉠ 1주당 순손익가치 및 ㉡ 1주당 순자산가치를 먼저 산출한 다음 이를 [산식5]와 같이 가중평균함으로써 비상장주식등의 평가액을 산출함이 타당하다.
 (3) 자기주식 보유 법인의 1주당 순자산가치 산출
 앞서 본 바와 같이 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 회사 발행주식의 1주당 순손익액은 0원이므로, 이 사건 규정 제1항 본문에 따른 평가액 산출을 위해서는 1주당 순자산가치만을 산출하면 된다.
 위 [산식㉡]과 같이, 이 사건 규정 제2항을 비롯한 상증세법 시행령 등 관련 규정은 순자산가액 및 발행주식총수에서 자기주식을 산입할지 여부를 정하고 있지 않다.
 자기주식을 산입하는 경우 당해 법인의 순자산가액에서 자기주식을 얼마로 평가하여 산입할지가 문제된다. 여기서의 자기주식은 평가의 대상인 발행주식 중 일부이기도 한 것으로서 이중적인 지위를 가지며, 평가액의 산출에 있어 이를 다른 주식과 달리 취급할 마땅한 이유가 없다. 따라서 이 경우 아래와 같은 방정식을 이용하는 것이 합리적이다.
 
 그런데 순자산가액 및 발행주식총수의 산정에서 자기주식을 산입하지 않는 경우에도 아래와 같이 결과는 동일함을 알 수 있다.
 
 결국 자기주식 보유 법인의 1주당 순자산가치는 아래와 같이 산출할 수 있다.
 
 (4) 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 회사 발행주식 평가액 산정
 위 [산식7]에 따라, 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 회사 발행주식의 1주당 순자산가치를 산정하면, 444,105원=1,992,701,205원÷(23,543-19,056)이 된다.
 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 회사 발행주식의 1주당 순손익액은 0원이고, 이 경우 이 사건 규정 제1항 본문에 따른 평가액은 아래와 같이 1주당 순자산가치의 100분의 40에 불과하다.
 
 결국 이 사건 규정 제1항 단서에 따라 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액에 해당하는 355,284원 이 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 회사 발행주식의 평가액이 된다.
주3) 피고들이 이 사건 규정 제1항 단서에 따라 산정한 금액이 이보다 적은 이유는 앞서 [산식3]에서 본 바와 같이 1주당 순자산가치를 산출하기 전에 100분의 80을 곱하였기 때문이다. 그러나 이 사건 규정 제1항 단서 규정의 문언상 그에 따른 평가액을 위와 같이 산출할 수는 없다고 보인다. 아래 부등식에서 보는 것처럼, 먼저 산출한 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 것에 비하여 피고들이 산출한 금액은 항상 더 작다(발행주식 총수를 N, 자기주식수를 n, 자기주식을 제외한 순자산가액을 A라고 가정한다).
 
 (5) 원고의 주장에 관한 판단
 앞서 본 바와 같이, 이 사건 규정의 해석상 1주당 순손익가치 및 1주당 순자산가치의 산출이 먼저 이루어져야 함에도, 원고는 이를 거치기에 앞서 이 사건 규정 제1항 본문의 평가액을 산출하고 있다. 나아가 원고는 그 과정에서도 결과값에 해당하는 평가액이 이를 위한 산식의 일부를 이루는 1주당 순자산가치 중 자기주식의 자산가액과 동일함을 전제로 주장하고 있는데, 이 사건 규정의 해석 및 각 평가기준의 취지 등을 종합하면, 이와 같이 볼 수는 없다.
 또한 원고는 이 사건 규정 제1항 본문의 해석에 어긋나 산출한 1주당 평가액(50,650원)을, 1주당 순자산가치 산정 과정에서 자기주식에 해당하는 자산가액 산출에만 적용하고 있다. 그러나 앞서 본 것처럼 1주당 순손익가치 및 1주당 순자산가치를 먼저 산출함을 전제로 하는, 이 사건 규정 제1항 본문의 평가액이 역으로 1주당 순자산가치 산출 과정에서 적용될 여지는 없다고 보인다. 게다가 이와 같이 보는 경우 [산식2-1]과 같이 산출된 1주당 순자산가치(125,164원)는 위 50,650원과도 다른데, 이는 1주당 순자산가치에 있어서 자기주식과 그 외 주식을 서로 달리 평가하는 결과가 된다는 점에서도 부당하다.
 결국 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 회사 발행주식의 정당한 평가액보다 낮은 금액을 기준으로 피고들이 이 사건 각 처분에 이르게 된 이상, 이 사건 각 처분은 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.
 나. 주장②에 관하여
 (1) 어떤 소득이 과세소득이 되는지 여부는 이를 경제적인 측면에서 보아 현실로 이득을 지배 관리하면서 이를 향수하고 있어 담세력이 있는 것으로 판단되면 족하고 그 소득을 얻게 된 원인관계에 대한 법률적 평가가 반드시 적법하고 유효한 것이어야 하는 것은 아니다(대법원 1991. 12. 10. 선고 91누5303 판결 등 참조).
 (2) 갑제10호증, 을제8호증, 을제12호증, 을제16호증 및 을제26호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 주식 양수 직전 결산기인 2017. 12. 31. 기준 원고의 대차대조표상 순자산액이 이 사건 주식 양수 가액에 미치지 못하는 1,462,163,858원에 그쳐, 이 사건 주식 양수와 관련하여 상법 제341조 제1항 단서의 요건이 충족되지 않았던 것으로 보이기는 한다.
 (3) 그러나 앞서 든 증거들, 갑제7호증, 갑제8호증, 갑제11호증, 갑제12호증, 을제20호증 및 을제30호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고 사주 일가가 이 사건 주식양수도의 목적물인 이 사건 주식을 원고를 거쳐 양수하여 이를 현실로 지배 관리하면서 위 각 거래에 따른 이득을 향수하고 있다고 판단된다. 따라서 위 (2)와 같은 사정에도 불구하고 이 사건 주식양수도가 유효함을 전제로 내려진 이 사건 각 처분이 위법하다고 볼 수는 없다. 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 않는다.
 (가) 이 사건 주식 양수 당시 소외 5 회사의 발행주식 전부는 원고 사주 일가 등이 보유하고 있었다. 이를 앞서 살펴본, 이 사건 주식 양도 전 원고의 주주 구성에 비추어 보면, 소외 5 회사와 원고는 원고 사주 일가 등의 지배하에 밀접하게 연결된 관계에 있었음을 알 수 있다.
 (나) 원고는 소외 5 회사에 이 사건 주식 양수 대금 중 일부를 소외 5 회사에 대한 채권과 상계한 것 외에는 이를 실제로 지급한 바 없었던 것으로 보인다. 원고 사주 일가 및 등은 이 사건 주식 양수 이후인 2018. 9.경 주식회사 □□□(이하 ‘소외 18 회사’라 함)에 소외 5 회사 발행주식 전부를 양도하였고, 소외 5 회사는 2020. 2. 10. 소외 18 회사에 합병되었다. 소외 18 회사는 주로 소외 5 회사가 소유하고 있던 토지들을 취득하여 이를 개발하기 위한 목적에서 위와 같은 거래를 하게 된 것으로 보인다.
 (다) 위와 같은 이 사건 주식양수도 당사자들의 관계, 이 사건 주식양수도가 이루어지게 된 배경과 내용에 더하여, 소외 18 회사와 원고 사주 일가 등의 거래 목적과 경위 및 내용 등을 종합하면, 설령 이 사건 주식양수도가 무효라 하더라도 원고 사주 일가 등이 이 사건 주식을 보유하고 그에 따른 권리를 행사하는 데에 사실상의 장애가 있다고 보기는 어렵다.
4. 결론
 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 모두 기각하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 천종호(재판장) 강태규 우희성