취득세등부과처분취소 (일반행정, 광주고등법원)
공포일: 2007.02.01 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 제1심 판결 중 다음에서 인용하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.
피고가 원고에게 한 2003. 3. 12.자 일반등록세 25,971,540원, 지방교육세 4,761,430원, 2003. 4. 9.자 2001년도 종합토지세 381,200원, 지방교육세 76,240원, 2002년도 종합토지세 488,670원, 지방교육세 97,730원의 각 부과처분 중 일반등록세 20,597,980원, 지방교육세 3,776,280원, 2001년도 종합토지세 309,010원, 지방교육세 61,800원, 2002년도 종합토지세 403,940원, 지방교육세 80,980원을 각 초과하는 부분을 취소한다.
2. 당심에서 교환적으로 변경된 청구에 의하여, 피고가 원고에 대하여 한 2005. 9. 30.자 취득세 28,931,310원, 농어촌특별세 2,652,020원, 2006. 5. 23.자 2001년도 도시계획세 417,920원, 2002년도 도시계획세 535,100원의 각 부과처분의 취소청구 중 취득세 22,945,360원, 농어촌특별세 2,103,300원, 2001년도 도시계획세 331,470원, 2002년도 도시계획세 445,900원을 각 초과하는 부분을 취소한다.
3. 원고의 나머지 항소와 당심에서 교환적으로 변경된 청구 중 나머지 청구를 각 기각한다.
4. 소송총비용 중 90%는 원고가, 10%는 피고가 각 부담한다.
【이유】

1. 이 사건 각 처분의 경위

가. 중등교육과 중견 직업인을 양성하기 위한 전문교육을 실시함을 목적으로 하는 비영리법인인 원고는 1995. 9. 30. 한국토지개발공사로부터 광주광산구 첨단과학산업단지 30-4BL교육시설용지 66,116㎡를 매수하였는데, 확정측량 결과 면적이 증가되어 광주광산구 월계동 864-1대 33,058.2㎡, 864-4 대 34,840.8㎡로 분할되었다. 원고는위 864-1대지에남부대학교교사 5개동을 신축하기 위하여 1997. 3. 24. 그 사용승낙을 얻은 후, 1997. 5. 28. 피고로부터 건축허가를 받았다. 이어서 원고는 1998. 7. 30.위 864-1대지에 대한 소유권이전등기를 마친 후, 1998. 10. 9.864-1대 8,264.5㎡와864-6대 24,793.7㎡(이하 위 864-6 대지를 이 사건 토지라 한다)로 분할하였는데, 이 사건 토지에 기계자동차학과동(연면적 3,605.85㎡, 이하 이 사건 건물이라 한다)과 정보통신동(연면적 3,605.85㎡)을 신축하여 1998. 12. 5. 그 사용승인을 받았다.
나. 원고는 자신이 설치, 경영하는전남과학대학이 2000. 4. 27.중소기업창업지원법 제5조 제2항의 규정에 의한 창업보육센터 사업자로 지정된 후, 이 사건 건물을 창업보육센터로 사용하기 시작하였다. 그에 따라 창업 업체들이 2000. 10. 1.경부터 이 사건 건물 중 일부를 임차하여 입주하였는데, 그 임대면적의 합계는 2001년에 899.5㎡, 2002년에 1,173.3㎡이었다.
다. 그런데 광주광역시장은 2002. 11. 22.부터 2002. 11. 23.까지 세무조사를 실시한 후 2002. 12. 31. 원고에게, 원고가 이 사건 토지와 건물을 교육목적으로 사용하기 위하여 취득함으로써 용도구분에 의하여 취득세 등을 비과세 받았으나, 3년의 유예기간 이내에 이 사건 건물의 일부를 임대하였다는 이유로, 창업 업체들이 입주해 있는 건물부분 및 그 부분의 비율에 해당되는 토지 3,092.84㎡에 대하여 취득세 29,067,390원(= 본세 24,222,830원 + 가산세 4,844,560원), 농어촌특별세 2,664,500원(= 본세 2,422,280원 + 가산세 242,220원), 등록세 29,777,760원(= 본세 24,814,800원 + 가산세 4,962,960원), 지방교육세 5,459,250원(= 본세 24,814,800원 + 가산세 4,962,960원)과 창업 업체들이 입주해 있는 건물부분의 비율에 해당되는 토지로 2001년에 3,092.5㎡{= 24,793.7㎡(이 사건 토지의 면적) × 899.5㎡(임대면적)/7,211.7㎡(= 이 사건 건물의 연면적 3,605.85㎡ + 정보통신동 건물의 연면적 3,605.85㎡)}, 2002년에 4,033.7㎡{= 24,793.7㎡ × 1,173.3㎡(임대면적)/7,211.7㎡(= 3,605.85㎡ + 3,605.85㎡)}를 산출하고 그에 대하여 2001년도 종합토지세 953,590원, 도시계획세 526,790원, 지방교육세 190,710원, 2002년도 종합토지세 1,317,320원, 도시계획세 708,660원, 지방교육세 263,460원을 추징한다고 통지하였다.
라. 그러자 원고는 2003. 1. 30. 광주광역시장과 피고에게 과세전 적부심사를 청구하였고, 그에 대하여 피고는 기각하였으나, 광주광역시장은 2003. 2. 25. 과세표준을 일부 수정하여 감액하는 것으로 경정하였다. 그에 따라 피고는 원고에게 2003. 3. 11. 취득세 28,737,570원, 농어촌특별세 2,634,260원, 2003. 3. 12. 일반등록세 29,645,830원, 지방교육세 5,435,060원, 2003. 4. 9. 2001년도 종합토지세 994,240원, 도시계획세 526,820원, 지방교육세 198,840원, 2002년도 종합토지세 1,353,680원, 도시계획세 708,660원, 지방교육세 270,730원을 각 부과하였다.
마. 이에 대하여 원고는 2003. 5. 23. 행정자치부장관에게 지방세 심사청구를 하였는데, 2003. 6. 30. 취득세와 등록세 부분은 기각되었지만, 종합토지세 부분은지방세법 제280조 제4항의 규정에 의하여 50/100으로 경감되어야 한다고 결정하였다. 그에 따라 2001년도 종합토지세는 426,790원, 도시계획세는 263,390원, 지방교육세는 85,350원, 2002년도 종합토지세는 655,210원, 도시계획세는 354,330원, 지방교육세는 131,040원으로 각 감액되었다.
바. 원고는 위 2003. 3. 11.자, 2003. 3. 12.자 각 부과처분과 감액되어 남아 있는 2003. 4. 9.자 각 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소의 계속 중 당심에서, 이 사건 대지 위에는 창업보육센터 이용과 무관한 운동장과 대학원동 건물이 있으므로, 창업 업체들이 입주해 있는 건물부분의 비율에 해당되는 토지를 산출함에 있어서 그 부분에 해당되는 토지를 포함시켜 산출하는 것은 부당하다고 이의를 제기하였다. 이 점에 대하여 피고가 행정자치부장관에게 문의한 결과, 원고의 주장이 타당하다는 취지로 회신하였다.
사. 그러자 피고는 2005. 9. 30. 이 사건 토지 중 사실상 사용현황에 따른 부지를 감정결과에 따라 7,800.6㎡로 하고, 과세대상 건물부분을, 임대면적 899.5㎡에 교육용 미사용 면적으로 105호 제품개발실 78.22㎡, 106호 공실 78.22㎡, 302호 운영실 78.22㎡의 합계 234.66㎡를 새로 추가하여 총합계 1,134.16㎡로 보아, 취득세를 28,931,310원(= 본세 24,109,430원 + 가산세 4,821,880원), 농어촌특별세를 2,652,020원(= 본세 2,410,930원 + 가산세 241,090원), 일반등록세를 25,971,540원(= 본세 21,642,960원 + 가산세 4,328,580원), 지방교육세를 4,761,430원(= 본세 4,328,580원 + 가산세 432,850원)으로 각 경정하는 처분을 하였다.
아. 이어서 피고는 과세대상 토지부분을, 2001년과 2002년 임대면적에 위 234.66㎡를 합하여 2001년에 1,134.16㎡, 2002년에 1,407.96㎡로 보아, 2006. 5. 23. 2001년도 종합토지세를 381,200원, 도시계획세를 417,920원, 지방교육세를 76,240원, 2002년도 종합토지세를 488,670원, 도시계획세를 535,100원, 지방교육세 97,730원으로 각 경정하는 처분을 하였다(이하 2003. 3. 11.자 부과처분과 관련하여서는 증액경정된 2005. 9. 30.자 부과처분을, 2003. 3. 12.자 부과처분과 2003. 4. 9.자 부과처분 중 종합토지세, 지방교육세에 대하여는 감액경정으로 남아 있는 부분에 한하여, 2003. 4. 9.자 부과처분 중 도시계획세과 관련하여서는 증액경정된 2006. 5. 23.자 부과처분을 이 사건 각 처분이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제6호증의 1, 3, 4, 제7호증의 1, 2, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

(가) 구 지방세법에 의하면, 제사종교자선학술기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세, 등록세를 부과하지 아니하고, 위 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니하며, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 취득물건의 전부 또는 일부를 사용하는 경우 등에는 그 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과하고, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 토지가 유료로 사용되는 경우, 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 토지에 대하여는 종합토지세를 부과한다고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법에서 수익사업을 제조업, 건설업, 도소매 및 소비자용품 수리업, 부동산임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것으로 규정하고 있다.
그런데 창업보육센터로 사용되고 있는 연면적 3,605.85㎡의 이 사건 건물 중 창업 업체들이 입주하고 있는 면적은 2001년에 899.5㎡, 2002년에 1,173.3㎡이고, 나머지는 헬스실, 세미나실, 센터 운영실, 정보화 교육실, 전산실, 회의실, 제품 개발실, 공실, 시제품 생산공장으로 사용되었다. 그리고전남과학대학은 창업보육센터 입주 업체들로부터 청소비전기료 등 관리비로 다른 대학의 창업보육센터보다 저렴하게 최소한의 비용만 받았고, 이를 납부하지 않을 경우에 대비하여 입주보증금을 받았을 뿐이다. 또한 비품기자재 등을 무상으로 제공함으로써 수입에 비하면 지출이 훨씬 많아 적자의 폭이 컸다. 따라서 원고가 창업보육센터로 사용하고 있는 이 사건 건물의 일부를 창업 업체들에게 임대하였더라도, 이는 부동산 임대업이 아니어서 수익사업에 해당하지 않으므로 이 사건 각 과세처분은 부당하다.
(나)구 지방세법 제280조 제4항에 의하면, 중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터 사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정되어 있다. 그런데 위 규정에는구 지방세법 제107조,제127조단서와 달리 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 취득세와 등록세를 부과한다는 내용이 없다. 따라서 원고가 이 사건 건물을 창업보육센터로 사용하고 있는데 이는 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 취득한 것이고, 그중 일부에 창업 업체들이 입주해 있다고 하더라도 원고가 이를 창업보육센터용에 직접 사용하고 있으므로 취득세와 등록세는 면제되어야 한다.
(다) 피고가 취득세와 등록세 등을 부과하더라도 이 사건 건물 중 창업 업체들이 창업보육센터로 사용하고 있는 건물부분에 대하여만 부과하여야 하는데, 위 건물부분의 비율에 해당하는 토지에 대하여도 부과하는 것은 부당하다.
(라) 피고가 이 사건 건물 중 창업 업체들에게 임대한 부분 외에 임대한 적이 없는 302호 창업보육센터 운영실에 공실, 제품개발실을 포함하여 합계 234.66㎡를 과세대상 건물부분으로 새로 추가한 것은 부당하다.
원고로서는 피고가 창업 업체들에게 임대한 건물부분을 과세대상으로 보아 취득세 등을 부과하기 전에는 그와 같은 부분이 과세대상이 된다는 것을 알 수 없으므로, 과세대상으로 신고하여 취득세 등을 납부한다는 것을 기대할 수 없음에도 불구하고 가산세를 부과하는 것은 부당하다.
2006. 5. 23.자 부과처분 중 도시계획세는구 지방세법 제280조 제4항의 규정에 따라 50/100으로 경감되지 않아 부당하다.
(2) 피고

(가) 원고가 이 사건 부동산 중 창업보육센터로 사용되고 있는 기계자동차학과동의 일부와 그 부지에 해당하는 부분을 2000. 10. 1.경부터 창업 업체들에게 임대하고 있으므로 이는 수익사업에 해당된다. 대학의 창업보육센터 관련 소요자금 중 80% 이내의 금액을 중소기업청에서 지원하고 있어 단순히 수입과 지출을 비교할 수는 없고, 수도권에 있는 대학의 창업보육센터에서 받는 관리비와 비교하는 것도 적절하지 못하다.
(나)구 지방세법 제280조 제4항에는 중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터 사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 ‘취득’하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 면제한다고 규정되어 있다. 그런데전남과학대학은 1998. 12. 5.에 이미 완공되어남부대학교의 교사로 사용되던 이 사건 건물을 2000. 4. 27.에야 창업보육센터로 지정된 후 그 용도로 사용하였으므로, 이는 창업보육센터에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 볼 수 없다.
(다) 이 사건 건물 중 창업 업체들에게 임대한 부분은 아니지만 창업 업체들이 공동으로 사용하고 있는 창업보육센터 운영실, 공실, 제품개발실 등은, 교육용으로 사용되고 있지 않아 원고가 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 사용하지 아니한 부분에 해당되므로, 302호 창업보육센터 운영실과 공실, 제품개발실의 합계 234.66㎡는 과세대상 건물부분에 해당된다.
신고납부 세목은 납세의무 사유가 발생하면 자진신고로 납부하여야 하므로 그와 같은 사정을 몰랐더라도 이는 가산세 면책사유로서의 정당한 사유에 해당되지 않는다.
나. 인정사실

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있다.
(1) 이 사건 건물 중 창업 업체들이 입주해 있는 부분을 제외한 나머지 부분의 사용용도와 면적은 105호 제품개발실 78.22㎡, 106호 공실 78.22㎡, 108호 시제품 생산공장 628.54㎡, 204호 전산실 78.22㎡, 205호 회의실 78.22㎡, 209호 헬스실 628.54㎡, 301호 세미나실 314.27㎡, 302호 창업보육센터 운영실 78.22㎡, 303호 정보화교육실 156.44㎡이다. 그중 제품개발실 등을 주로 창업 업체들이 공동으로 사용하고 있지만, 세미나실 등은남부대학교나 창업보육센터에서도 수시로 사용하고 있다.
(2) 일반 공장용이나 사무실용 부동산의 월세는 평당 7,000원 내지 11,000원 정도인데,전남과학대학은 창업보육센터 입주 업체들로부터 관리비 명목으로 매월 평당 12,000원씩과 입주보증금으로 평당 20만원씩을 받았고, 입주보증금으로 받은 돈의 합계액은 2000년에 1,445만원, 2001년에 1,105만원, 2002년에 4,240만원이었다. 그밖에 컨설팅 비용, 시설 및 공동장비에 대한 보수유지비용, 성공부담금(입주 업체들은 창업 성공시 센터로부터 받은 지원에 상응하는 보상을 하여야 하는데 그 보상방법은 센터지원금에 대해 매출액의 5% 이내에서 현금 또는 주식으로 3년간 상환)에 대하여도 약정하였는데, 아직 성공부담금을 받은 적은 없었다.
다. 관계 법령

별지1 관계 법령 기재와 같다.
라. 판단

(1) 수익사업에 해당되는지 여부

구 지방세법 107조단서,127조 제1항단서의 취지는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여, 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하는 혜택을 주되, 수익사업에 사용하거나 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 이를 정당한 사유 없이 고유의 목적사업에 사용하지 아니하는 경우에는 취득세 및 등록세를 부과함으로써, 부동산의 효용가치를 증대시키고, 부동산투기 등을 근절하는 데 있다. 그리고 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원 2002. 10. 1. 선고 2001두878 판결등 참조).
위 인정사실에 의하면, 원고는 창업보육센터로 사용하고 있는 이 사건 건물 중 일부를 입주 업체들에게 임대하면서 그 대가로 통상의 월세보다 많은 관리비 외에도 보증금까지 받고 있는 이상 실제로 순수익을 얻었는지 여부와 관계없이 이러한 부동산 임대행위는구 지방세법 (2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조단서 및제127조 제1항단서의 ‘수익사업’에 해당되므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(2) 구 지방세법에 의한 면세대상인지 여부

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제280조 제4항은 중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터 사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있다.
그런데 원고는 남부대학교의 교사 신축을 위해 이 사건 토지 등을 매수한 후 5개 동을 신축하여 교사로 사용하던 중 이 사건 건물을 창업보육센터로 이용하고 있다. 따라서 원고가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 위 건물을 취득하였다고 볼 수 없으므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
(3) 토지에 대한 과세의 적법여부

전남과학대학이 창업 업체들과 이 사건 건물 중 일부에 대하여 입주계약을 체결하였지만, 통상 건물의 사용에는 그 건물의 부지에 대한 사용도 당연히 전제되어 있고, 창업 업체들이 위 건물에 출입하며 사업을 하기 위해서는 그 부지를 이용할 수밖에 없는 점에 비추어 입주계약에는 창업 업체들이 이용하는 부지에 관한 부분도 포함되어 있다고 봄이 상당하다. 따라서 피고가 입주건물 부분의 비율에 해당하는 토지에 대해서도 취득세와 등록세를 부과한 것은 정당하므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
(4) 과세대상 건물부분의 면적

먼저 이 사건 건물 중 원고가 창업 업체들에게 임대한 부분(2001년 899.5㎡, 2002년 1,173.3㎡)은 수익사업에 사용하고 있는 부분이므로 과세대상이 된다.
302호 창업보육센터 운영실(78.22㎡)은 원고가 중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터 사업자로 지정받은 후 창업보육센터 자체의 운영을 위하여 사용하고 있는 부분이므로, 이를 임대한 부분과 같이 수익사업에 사용하고 있는 부분이라거나 교육용으로 사용되지 않고 있었다고 볼 수는 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
105호 제품개발실(78.22㎡)의 경우, 창업보육센터의 운영을 위하여 사용되고 있는 것으로 보이는 점,남부대학교에서도 이 사건 건물 중 창업 업체들에게 임대하지 않은 부분을 수시로 사용하였던 점 등에 비추어, 창업 업체들이 공동으로 사용하였다고 하더라도 그와 같은 사정만으로 교육용으로 사용되지 않고 있었다고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
106호 공실(78.22㎡)의 경우, 2002. 11. 22.부터 같은 달 23.까지 세무조사 당시 비어 있었지만 그 무렵은 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받은 1998. 12. 5.부터 3년이 경과하기 전이고, 이 사건 건물을 2000. 4. 27.경부터 창업보육센터로 사용하기 전에남부대학교의 기계자동차학과동으로 사용하였던 점에 비추어, 원고가 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 사용하지 아니한 부분에 해당된다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
(5) 가산세의 면책 여부

원고가 창업 업체들에게 임대한 건물부분이 과세대상에 해당된다는 것을 알 수 없었다는 사정은 가산세 면책사유로서의 정당한 사유에 해당되지 않으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다

(6) 도시계획세의 경감 여부

도시계획세는 경감대상에 해당되지 않으므로 2006. 5. 23. 부과된 도시계획세가 50/100으로 경감되어야 한다는 원고의 주장도 이유 없다.
(7) 정당한 세액

따라서 정당한 세액은 이 사건 건물 중 원고가 창업 업체들에게 임대한 부분(2001년 899.5㎡, 2002년 1,173.3㎡)과 이 사건 토지 중 사실상 사용현황에 따른 면적(7,800.6㎡)을 기초로 산출한 금액이 된다. 그에 따라 산출된 과세표준액은 토지가 432,569,784원(= 이 사건 건물의 토지분 취득가액 1,734,054,205원 × 임대면적 899.5㎡/이 사건 건물 연면적 3,605.85㎡), 건물이 523,487,757원(= 이 사건 건물과 정보통신동 건물의 취득가액 4,197,039,091원 × 0.5 × 899.5㎡/3,605.85㎡)이 된다. 그리하여 취득세(본세는 과세표준액의 2%이고, 가산세는 본세의 20%이며, 피고의 산출방식에 따라 원 이하는 버리고 이하 같다)는 22,945,360원{= 토지 본세 8,651,390원(= 432,569,784원 × 0.02) + 가산세 1,730,270원(= 8,651,390원 × 0.2) + 건물 본세 10,469,750원(= 523,487,757원 × 0.02) + 가산세 2,093,950원(= 10,469,750원 × 0.2)}, 농어촌특별세(본세는 취득세의 10%이고, 가산세는 본세의 10%이다)는 2,103,300원{= 토지 본세 865,130원(= 8,651,390원 × 0.1) + 가산세 86,510원(= 865,130원 × 0.1) + 건물 본세 1,046,970원(= 10,469,750원 × 0.1) + 가산세 104,690원(= 1,046,970원 × 0.1)}, 등록세{본세는 과세표준액의 3%(토지), 0.8%(건물)이고, 가산세는 본세의 20%이다}는 20,597,980원{= 토지 본세 12,977,090원(= 432,569,784원 × 0.03) + 가산세 2,595,410원(= 12,977,090원 × 0.2) + 건물 본세 4,187,900원(= 523,487,757원 × 0.008) + 가산세 837,580원(= 4,187,900원 × 0.2)}, 지방교육세(본세는 등록세의 20%이고, 가산세는 본세의 10%이다)는 3,776,280원{= 토지 본세 2,595,410원(= 12,977,090원 × 0.2) + 가산세 259,540원(= 2,595,410원 × 0.1) + 건물 본세 837,580원(= 4,187,900원 × 0.2) + 가산세 83,750원(= 837,580원 × 0.1)}이다. 그리고 별지2 종합토지세 등 세액산출내역 기재와 같이 2001년 종합토지세는 309,010원, 도시계획세는 331,470원, 지방교육세는 61,800원, 2001년 종합토지세는 403,940원, 도시계획세는 445,900원, 지방교육세는 80,980원이다.
3. 결론

그렇다면 2003. 3. 12.자 일반등록세 25,971,540원, 지방교육세 4,761,430원의 부과처분, 2003. 4. 9.자 2001년도 종합토지세 381,200원, 지방교육세 76,240원, 2002년도 종합토지세 488,670원, 지방교육세 97,730원의 부과처분의 각 취소를 구하는 원고의 청구 중 일반등록세 20,597,980원, 지방교육세 3,776,280원, 2001년도 종합토지세 309,010원, 지방교육세 61,800원, 2002년도 종합토지세 403,940원, 지방교육세 80,980원을 각 초과하는 부분은 이유 있어 이를 모두 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 일부 달라 부당하므로 그 부분을 모두 취소하고 나머지 항소는 이유 없으므로 이를 모두 기각하며, 당심에서 교환적으로 변경된 2005. 9. 30.자 취득세 28,931,310원, 농어촌특별세 2,652,020원의 부과처분, 2006. 5. 23.자 2001년도 도시계획세 417,920원, 2002년도 도시계획세 535,100원의 부과처분의 각 취소를 구하는 원고의 청구(2003. 3. 11.자 부과처분, 2003. 4. 9.자 2001년도와 2002년도 도시계획세에 대한 제1심 판결은 당심에서 소의 교환적 변경에 따라 실효되었다) 중 취득세 22,945,360원, 농어촌특별세 2,103,300원, 2001년도 도시계획세 331,470원, 2002년도 도시계획세 445,900원을 각 초과하는 부분은 이유 있으므로 이를 모두 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

학교법인이 대학 교사로 사용하던 건물을 창업보육센터로 이용하면서 그 건물 중 일부를 창업 업체들에게 임대하고 있는 것은 부동산 임대 행위로서 구 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서의 수익사업에 해당하며, 학교법인이 이미 사용하던 건물 중 일부를 창업보육센터로 이용한 경우 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 건물을 취득한 것으로 볼 수 없다고 할 것이므로 취득세 및 등록세 면제규정을 적용하지 않고 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다. 다만, 과세대상 면적 산정에 오류가 있음이 인정되므로 정당한 세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.