양도소득세등경정거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2015.05.08 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 지평 담당변호사 정광현)
【피 고】 반포세무서장
【변론종결】2015. 4. 24.
【주 문】
 1. 피고가 2013. 8. 23. 원고에게 한 증권거래세 경정청구 거부처분을 취소한다.
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】 주문 제1항 및 피고가 2013. 9. 10. 원고에게 한 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 2011. 10. 18. 조선내화 주식회사(이하 ‘조선내화’라고만 한다)의 상장주식 116,022주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 형인 소외 1에게 매매대금을 당일 종가인 1주당 65,500원 합계 7,599,441,000원(이하 ‘이 사건 매매대금’이라 한다)으로 하여 시간외대량매매 방식으로 매도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).
 나. 원고는 2012. 2. 29. 위 금액을 양도가액으로 하여 양도소득세 신고를 하였으나, 광주지방국세청장은 이 사건 양도에 대한 양도소득세 및 증권거래세의 과세표준은 구 상속세 및 증여세법(2011. 12. 31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제63조 제1항 제1호 및 제3항에 따라 이 사건 주식의 양도일 전후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액의 평균액 64,178원에 30% 최대주주할증가액을 가산한 금액(이하 ‘상증세법상 시가’라 한다)인 1주당 83,431원이므로, 과소납부한 양도소득세와 증권거래세를 수정신고할 것을 안내하였고, 원고는 2013. 6. 12. 이 사건 주식의 시가를 1주당 83,396원(원고는 위 시세가액 평균액이 64,178원이 아니라 64,151원이라고 보아 산정하였다)으로 산정하여 양도소득세와 증권거래세를 수정신고·납부하였다.
 다. 그 후 원고는 이 사건 매매대금이 과세표준에 해당한다는 이유로 피고에게, 2013. 6. 27. 증권거래세의, 2013. 7. 26. 양도소득세의 각 경정청구를 하였다.
 라. 피고는 이 사건 주식의 증권거래세의 과세표준은 증권거래세법 제7조 제1항 및 구 상증세법 제63조에 따라 상증세법상 시가라는 이유로 2013. 8. 23. 증권거래세 경정청구에 대하여, 이 사건 주식의 양도소득세의 과세표준도 상증세법상 시가에 의하여야 한다는 이유로 2013. 9. 10. 양도소득세 경정청구에 대하여 각 거부처분을 하였다(이하 증권거래세 경정청구에 대한 거부처분을 ‘이 사건 증권거래세 거부처분’이라 하고, 양도소득세 경정청구에 대한 거부처분을 ‘이 사건 양도소득세 거부처분’이라 하며, 위 각 거부처분을 통틀어 ‘이 사건 각 거부처분’이라 한다).
 마. 원고는 2013. 11. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 6. 23. 기각 결정이 내려졌다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
3. 이 사건 각 거부처분의 적법 여부
 가. 인정사실
 1) 2011. 10. 11. 기준으로 조선내화의 발행주식수는 4,000,000주이고, 최대주주는 그 중 17.45%이 698,028주를 소유한 소외 2이며, 소외 2와 친인척 및 계열사 등 관계에 있는 최대주주등이 소유한 주식수는 2,408,973주로서 이는 총 주식의 60.17%에 해당한다. 
 2) 당시 소외 2의 친인척으로서, 원고는 161,550주를, 소외 1은 586,527주를 소유하고 있었다.
 3) 원고가 2011. 10. 18. 이 사건 양도를 통하여 위 161,550주 중 이 사건 주식을 소외 1에게 매도하였다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1호증의1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
 나. 이 사건 양도소득세 거부처분에 대하여
 1) 원고의 주장
구 소득세법 제101조 제1항, 제5항은 구 소득세법이 천명하는 양도소득세의 과세표준 산정에 관한 실지거래가액원칙에 위배되고, 거래 당사자가 양도가액을 자유롭게 결정하고 절세를 위해 실질적으로 이익을 얻지 않는 부분에 대하여도 과세하도록 함으로써 국세기본법이 정하는 실질과세원칙에도 위배된다. 결국 위 시행령 규정은 위임입법의 한계를 일탈하여 무효이다. 
 또한 위 시행령 규정에 의하여 준용되는 구 상증세법 제63조 제1항 제1호 가목 및 제3항은 ‘최대주주등’이 보유한 주식의 경우 가액 산정시 100분의 20 내지 100분의 30을 가산하도록 규정하고 있다. 그런데, 양도인으로서는 최대주주등으로서 경영권 프리미엄 등을 실현하였거나 실현할 기회가 없음에도 이에 대하여 납세하여야 하므로 실질과세 원칙에 반하여 납세자의 재산권을 과도하게 침해한다. 위 각 규정으로 인하여 주식 양도인은 상속인 및 수증자와 이해관계가 본질적으로 다름에도 같게 취급되고, 무상으로 주식을 이전해준 사람이 아무런 납세의무를 부담하지 않는 것과 비교해서도 형평에 어긋나며, 구 상증세법 제44조에 따라 당일 종가 시간외대량매매의 경우 양수인은 저가양수로 보지 않음에 반하여 양도인데 대하여만 저가양도로 취급함으로써 조세평등주의에 위반된다. 따라서 구 상증세법 제63조 제1항 제1호 가목 및 제3항은 위헌이다.
 2) 판단
 가) 구 소득세법 제101조 제5항의 위임에 의한 구 소득세법 시행령 제167조는 양도소득의 부당행위계산에 관하여 그 제3항 제1호에서 ‘조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때란 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때’라고 규정하면서, 그 제5항에서 ‘제3항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제64조와 동법 시행령 제49조 내지 제59조의 규정 및 조세특례제한법 제101조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다’고 규정하고 있다. 그리고 구 상증세법 제60조 제1항은 ‘이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 ‘평가기준일’이라 한다) 현재의 시가에 따른다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다.‘라고 규정하고, 같은 법 제63조 제1항 제1호 가목은 ‘「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액’이라고 규정하고 있으며, 한편 같은 법 제63조 제3항은 ‘제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다.’라고 규정하고 있다. 
 나) 앞서 인정한 사실관계에 비추어 위 관계법령 규정을 그대로 적용했을 때 이 사건 양도의 양도소득세 과세표준이 피고가 주장하는 산정방식에 의하여 결정된다는 점은 원고도 인정하고 있다. 그런데 원고로서는 위에서 지적한 구 소득세법 시행령 규정(이하 ‘이 사건 시행령 규정’이라 한다)이 위임 입법의 한계를 일탈하고, 구 상증세법 규정을 준용하도록 함으로써 위헌·위법하여 무효이므로, 위 각 시행령 규정이 적용되어서는 안된다는 취지로 주장하므로 이에 관하여 본다.
 앞서 본 각 사실 및 증거에 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 및 관계법령의 입법취지, 상장주식의 평가방법에 관한 구 상증세법 제60조 및 제63조의 규정 체제, 부당행위계산 부인제도의 취지 및 관계법령 규정 내용 등을 종합하여 보면, 이 사건 시행령 규정 및 그에 따라 준용되는 구 상증세법 제63조 제1항 제1호 가목 및 제3항은 실지거래가액원칙, 실질과세원칙, 조세평등주의에 위배되어 위헌·위법한 무효의 규정이라고 볼 수 없다. 
 ① 구 소득세법 제101조의 부당행위계산 부인 규정은 거주자의 행위 또는 계산이 객관적인 사실에 합치되고 법률상 유효·적법한 것으로서 회계상으로는 정확한 계산이라고 하더라도, 그 행위나 계산이 특수관계자 사이의 거래로서 구 소득세법 시행령 제167조 제3항 각 호와 제4항에 열거된 제반 거래형태를 이용하여 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당한 것으로 보이는 소득이 발생한 것으로 의제하는 제도이다. 이는 실질과세원칙에 위배되는 것이 아니라 오히려 실질과세원칙을 구체화하여 공평과세를 실현하고자 하는 데에 입법취지가 있다.
 ② 양도소득세의 경우 구 소득세법 규정상 실지거래가액을 기준으로 양도가액을 산정하는 것이 원칙이기는 하나, 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 위 ①항과 같은 이유로 그 정당한 가액을 산정할 필요가 있다. 특히 이 사건 양도와 같이 특수관계자 사이의 주식 거래는 인적 특수성 및 거래 당사자 사이의 이해관계에 비추어 거래 당사자간 협의로 부당한 거래가액을 형성할 가능성이 크므로, 이를 규율하기 위하여 부당행위계산 사유의 하나로 규정한 것이고, 규율의 필요성도 그만큼 크다. 구 소득세법 시행령 제167조상의 각 거래 형태에 해당하는 경우에도 구 소득세법이 정한 ‘조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는지’에 대한 요건을 충족하여야 하므로, 구 소득세법의 규정 취지를 벗어나 과도한 제한을 가한다고 보기도 어렵다.
 ③ 구 상증세법 제60조 제1항은 상장주식의 평가에 관하여 시가주의를 원칙으로 하되 평가하는 데에 자의성을 배제하고 객관성을 확보하기 위한 목적으로 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액을 시가로 간주하도록 하는 내용으로 1996. 12. 30. 법률 제5193호로 전부 개정 시 신설된 규정이다. 위와 같이 시가주의를 원칙으로 하는 구 상증세법과 실지거래가액주의를 원칙으로 하는 구 소득세법은 기본적으로는 서로 상이한 측면이 있는 것은 사실이나, 구 소득세법에서도 실지거래가액이 부당하다고 보이는 경우에 과세표준으로 삼을 가액은 해당 자산에 대하여 실지거래가액이 아닌 평가가액을 산정하여 적용한다는 점에서 유사한 측면이 있으므로 조세의 통일성 및 형평성을 기한다는 측면에서 위 평가가액으로 구 상증세법상의 시가의 개념을 도입하는 것이 부당하다고 보이지 않는다.
 ④ 양도인으로서는 실지거래가액에 해당하는 이익만 얻음에도 불구하고 구 상증세법상 시가보다 낮은 가격에 매수한 양수인이 얻는 이익이나 경영권 프리미엄 등에 대하여 양도인이 납세하여 불합리하다는 취지로 주장한다. 그러나 사적 자치에 의하여 거래 가액은 얼마든지 변동시킬 수 있으므로, 조세 부담을 부당하게 경감하기 위하여 저가로 이루어지는 거래를 부당행위계산으로 부인하는 규정이 존재하는 이상, 양도인으로서는 이를 미리 고려하여 양수인이 얻게 되는 이익이나 경영권 프리미엄 등을 모두 포함한 양도가액을 정하는 것이 가능하다. 
 ⑤ 또한 증여자나 피상속인의 경우와 비교할 때, 수증자 및 상속인에게 증여세 및 상속세(이하 ‘상증세’라 한다)를, 양도인에게 양도소득세를 각 부과하면서 시가를 산정하여 과세하는 목적은 부당하게 세금을 경감하는 것을 방지하기 위한 것으로 그 입법 목적이 유사하나, 상증세와 양도소득세의 납세의무자는 자산의 취득자와 자산의 양도자로 각기 다르다. 그와 같이 서로 반대되는 입장의 사람이 세금을 부담하게 된 것은 납세의무자에게 정당한 세금을 징수하려는 입법자의 결단인 것으로 보인다. 양자 간 세율이 전혀 다를 뿐만 아니라 납세의무자도 서로 차이가 있으므로, 소유 자산을 증여나 상속의 방식을 통해 무상으로 양도하여 납세 의무를 면할 것인지, 아니면 유상으로 양도하여 양도소득세를 부담할지는 전적으로 양도인의 선택에 달려 있다.
 ⑥ 구 상증세법 제44조 제1항은 배우자 또는 직계존비속(이하 ‘배우자등’이라 한다)에게 양도한 재산은 양도 당시 그 재산의 가액을 증여한 것으로 추정하면서, 제3항 제4호에서 ‘「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항에 따른 증권시장을 통하여 유가증권이 처분된 경우’는 위 규정을 적용하지 아니하되, ‘불특정 다수인 간의 거래에 의하여 처분된 것으로 볼 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우’는 적용되는 것으로 규정하고 있다. 구 상증세법 시행령 제33조 제2항은 ‘법 제44조 제3항 제4호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항에 따른 증권시장에서 이루어지는 유가증권의 매매 중 기획재정부령으로 정하는 시간외시장에서 매매된 것을 말한다.’라고 규정하고, 구 상증세법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제481호로 개정되기 전의 것) 제10조의5는 ‘영 제33조 제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 시간외시장에서 매매된 것"이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제393조 제1항에 따른 한국거래소의 유가증권시장업무규정 및 코스닥시장업무규정에 의하여 시간외대량매매 방법으로 매매된 것(당일 종가로 매매된 것은 제외한다)을 말한다.’라고 규정하고 있다. 위 각 규정은 실제 증여 여부를 알 수 없는 경우라도 배우자등에게 재산의 양도가 이루어진 경우 양수인인 배우자등이 이를 증여받은 것으로 추정하는 규정으로서 특수관계자보다 좁은 개념인 배우자등에 대하여는 좀 더 엄격히 심사하여 양수인에게도 세금을 징수하려는 취지의 규정으로 보인다. 이는 거래가 이루어진 것을 전제로 양도가액의 적정 여부를 규율하고자 하는 양도소득세 관계법령과는 입법 목적, 대상자의 범위 등이 다르므로, 당일 종가로 시간외대량매매 방법에 의한 양도의 경우 배우자등에게 증여세를 과세하지 않는다고 하여 양도소득세 관련 규정이 형평에 어긋난다고 보기도 어렵다.
 다) 따라서 이 사건 양도소득세 거부처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
 다. 이 사건 증권거래세 거부처분에 대하여
 1) 증권거래세법 제7조 제1항은 과세표준에 관하여 제1호에서 ‘제3조 제1호 각목의 규정에 의한 주권을 양도하는 경우에는 당해 주권의 양도 가액’이라고 규정하고 있고, 증권거래세법 제3조 제1호 가목은 ‘증권시장에서 양도되는 주권’, 나목은 ‘증권시장의 밖에서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 양도되는 주권’을 각 규정하고 있다. 
 2) 이 사건 주식은 증권거래세법 제3조 제1호 가목의 ‘증권시장에서 양도되는 주권’에 해당하므로, 증권거래세법 제7조 제1항 제1호에 의하여 ‘당해 주권의 양도 가액’인 당일 종가를 기준으로 한 양도 가액 1주당 65,500원을 과세표준으로 하여 증권거래세를 산정함이 타당하다.
 3) 피고는 증권거래세법 제7조 제1항 제1호에서 정한 ‘제3조 제1호 각목의 규정에 의한 주권’은 제3조 제1호의 규정에 따라 계좌 간 대체로 매매결제하는 경우의 각목 규정상의 주권을 의미한다는 취지로 주장하나, 증권거래세법 제3조는 ‘납세의무자’를, 제7조는 ‘과세표준’을 각 정하는 규정으로 규정 대상이 다르므로, 양도방법에 따라 납세의무자를 달리 정하는 취지의 제3조 각호의 규정을 과세표준을 정하는 데에 반드시 고려하여야 한다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 증권거래세법 제7조 제1항 제1호의 문언의 해석상으로도 ‘주권’의 종류를 특정하는 외에 양도방법까지도 특정하는 취지라고 보기 어려운 점 등 각 규정의 문언적 해석 및 규정간의 관계 등에 비추어 볼 때, 증권거래세법 제7조 제1항 제1호를 계좌 간 대체로 매매결제하는 경우의 주권으로만 한정하는 것으로 해석할 수는 없다.
 4) 이 사건 증권거래세 거부처분은 과세표준에 관한 근거법령을 잘못 적용한 위법이 있으므로 취소되어야 한다.
4. 결론
 그렇다면, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김국현(재판장) 김나영 윤준석