부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2003.08.13 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 다우 담당변호사 강종표)
【피 고】 강동세무서장 
【변론종결】 2003. 6. 27.
【주 문】
1. 피고가 2002. 7. 5. 원고에 대하여 한 2000년도 1기 부가가치세 49,485,340원의 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】주문과 같다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 부동산매매 및 임대사업을 영위하는 사람으로, 2000. 4. 25. 아래와 같이 2000년도 1기 부가가치세 신고를 하고, 아래 부가가치세 18,049,099원을 납부하였다. 
 - 과세표준 : 182,763,727원
 - 납부세액 : 18,049,099원(= 매출세액 18,276,372원 - 매입세액 227,273원)
 나. 원고는 2000. 9. 4. 피고에게 2000년도 1기 부가가치세 경정청구를 하면서 입증자료로 원고가 명일시영아파트 재건축조합(이하 '이 사건 재건축조합'이라 한다)으로부터 교부받은 서울 강동구 (주소 1 생략), (주소 2 생략) 지상 지하 1층, 지상 3층의 ○○○○아파트 상가건물(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)에 관한 공급가액 494,853,455원의 매입세금계산서(갑 9호증의 1)를 제출하였다. 위 매입세금계산서의 작성일자와 공급시기는 각 "2000. 1. 21."로 기재되어 있었다.
 다. 피고는 원고의 경정청구를 받아들여 과세표준 및 세액을 아래와 같이 경정하였고, 그에 따라 원고는 기납부한 세액 18,049,099원과 아래 환급세액 31,436,246원을 각 반환받았다. 
 - 과세표준 : 182,763,727원 
 - 환급세액 : 31,436,246원(= 매출세액 18,276,372원 - 매입세액 49,712,618원) 
 라. 피고는 종합감사에서 부가가치세법 제9조 제3항에 의하면 공급시기 도래 전에 세금계산서를 교부하는 경우 그 교부하는 때를 공급시기로 보아야 하므로 "1999. 12. 28."이 이 사건 부동산의 공급시기가 되고, 당초 발행된 세금계산서상의 공급시기를 수정하는 세금계산서를 교부할 수 없으므로 공급일자를 변경하여 재작성된 매입세금계산서를 근거로 경정청구를 하는 경우 이를 매입세액으로 공제할 수 없음에도 불구하고 환급결정을 한 것은 잘못이라는 지적을 당하자, 그 취지에 따라 2002. 7. 5. 2000년도 1기 부가가치세 과세표준 및 세액을 아래와 같이 재경정하고 원고에 대하여 아래 부가가치세 49,485,340원을 부과고지하였다. 
 - 과세표준 : 182,763,727원 
 - 납부세액 : 18,049,099원(= 매출세액 18,276,372원 - 매입세액 227,273원)
 - 고지세액 : 49,485,340원(= 납부세액 18,049,099원 + 환급세액 31,436,246원)
 마. 전심절차
 - 2002. 8. 31. 심판청구, 2003. 1. 8. 결정(심판청구 기각)
 [인정 근거] 다툼 없는 사실 
 2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
 가. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 나. 인정 사실
 (1) 원고는 부동산매매 및 임대사업을 영위하고자, 1999. 12. 28. 이 사건 재건축조합과 사이에, 엘지건설 주식회사(이하 '엘지건설'이라 한다)가 이 사건 재건축조합으로부터 도급받아 건축한 이 사건 부동산에 관하여 대금을 21억 원으로 정하여 매매계약을 체결하고, 이 사건 재건축조합에 계약금 4억 원을 지급하면서, 다음과 같이 약정하였다.
 (가) 매매대금 21억 원 중 토지분 매매대금은 1,555,661,200원, 건물분 매매대금은 494,853,455원으로 한다.
 (나) 원고는 잔금을 2000. 1. 20.까지 엘지건설의 예금계좌에 입금한다. 다만, 잔금 17억 원에 대한 지급을 담보하기 위하여 원고는 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기와 동시에 근저당권자는 엘지건설, 채권최고액은 22억 원으로 하는 제1순위 근저당권설정등기를 경료한다. 
 (다) 원고는 잔금지급 전 이 사건 재개발조합으로부터 이 사건 부동산의 소유권을 이전받더라도 엘지건설에 잔금을 지급하기 전에는 이 사건 상가들에 대한 권리가 없고 따라서 일체의 분양 또는 담보설정 등 소유권 이외의 권리에 관한 등기를 할 수 없다. 
 (라) 현재 엘지건설이 이 사건 상가들에 대하여 한 분양금지가처분의 효력은 원고가 잔금을 지급할 때까지는 유효하며, 다만 원고는 잔금지급과 동시에 별도의 해제절차 없이도 이 사건 부동산을 분양할 수 있다.
 (2) 원고는 1999. 12. 29. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기와 함께 엘지건설을 근저당권자로 하는 근저당권설정등기를 경료하였고, 2000. 1. 20. 부동산매매업 및 임대업으로 사업자등록을 하였다. 
 (3) 원고는 위 매매계약에서 정한 잔금기일인 2000. 1. 20.까지 엘지건설에 잔금을 지급하지 못하게 되자, 2000. 1. 21. 엘지건설과 사이에 원고가 이 사건 부동산 중 일부를 분양할 때마다 수시로 엘지건설에 잔금을 지급하기로 약정하였고, 그에 따라 엘지건설이 이 사건 부동산에 관한 분양금지가처분의 효력을 배제하기로 하고 원고가 이 사건 부동산을 분양하거나 기타 일체의 처분행위를 하는 것을 승낙하자 원고는 그 무렵부터 상가분양업무를 시작하였다.
 (4) 원고는 2000. 1. 21. 이 사건 재건축조합에 원고의 사업자등록증을 제시하며 공급시기와 작성일자를 각 "2000. 1. 21."로 기재한 세금계산서를 교부하여 줄 것을 요구하였으나, 이 사건 재건축조합은 원고에게 자신이 작성하여 보관하고 있던 이 사건 부동산 중 건물부분에 관한 세금계산서 사본과 토지부분에 관한 계산서 사본(갑 4, 5호증, 이는 모두 공급자보관용임)을 교부하였는데, 위 세금계산서 사본과 계산서 사본의 각 공급시기란과 작성일자란에는 이 사건 부동산에 관한 매매계약 체결일인 "1999. 12. 28."이 기재되어 있었고, 공급받는자란에는 원고의 성명과 주소, 그리고 사업자등록번호 대신 여백에 원고의 주민등록번호가 각 기재되어 있었다. 
 (5) 원고는 2000. 5. 2. 이 사건 재건축조합에 대하여, 엘지건설이 이 사건 부동산에 관한 분양금지가처분의 집행해제신청을 함으로써 분양이 가능하게 된 "2000. 1. 21."이 이 사건 부동산의 공급시기라고 주장하면서 공급시기를 "2000. 1. 21."로 기재한 세금계산서를 교부하여 줄 것을 요구하였으나, 이 사건 재건축조합은 이 사건 부동산에 관하여 매매계약을 체결하고 계약금을 수령한 "1999. 12. 28."이 공급시기라고 주장하면서 원고의 위 요구를 거절하였다.
 (6) 원고는 2000. 5. 3. 재정경제부 소비세제과에 위와 같은 경우 공급시기를 언제로 보아야 하는지에 대한 유권해석을 의뢰하는 질의서를 제출하였고, 2000. 6. 2. 위 질의서를 이송받은 국세청장으로부터 "과세사업용 건물을 양도함에 있어 잔금청산일 이전에 소유권이전등기를 경료해준 경우 당해 건물의 공급시기는 부가가치세법 제9조 제1항 제2호의 규정에 의하여 당해 건물이 이용 가능하게 되는 때이며, 이 경우 이용 가능하게 되는 때라 함은 원칙적으로 소유권이전등기일로 하되, 소유권이전등기일과 실제 명도일이 다른 경우 이를 주장하는 자가 실제 명도일에 관한 명백한 입증자료를 제시하는 때에는 실제 명도일을 이용 가능하게 되는 때로 볼 수 있다."는 내용의 회신을 받았다. 
 (7) 원고는 2000. 6. 중순경 이 사건 재건축조합에 대하여 위 회신문을 근거로 공급시기를 2000. 1. 21.로 한 세금계산서의 발행을 요구하였으나, 이 사건 재건축조합은 종전과 같은 이유를 내세워 원고의 요구를 거절하였다.
 (8) 한편, 이 사건 재건축조합은 2000. 5. 12. 자신이 작성하여 보관하고 있던, 공급시기와 작성일자를 각 "1999. 12. 28."로 기재한 세금계산서를 첨부하여 부가가치세 신고를 하였다. 
 (9) 원고는 2000. 8. 14. 다시 재정경제부 소비세제과에 종전과 같은 취지의 질의서를 제출하였고, 2000. 8. 19. 재정경제부장관으로부터 " 부가가치세법 제9조 제1항 제2호의 규정에 의한 재화의 이동이 필요하지 아니한 부동산의 공급시기는 당해 건물이 이용 가능하게 되는 때이며, 이 경우 이용 가능하게 되는 때라 함은 원칙적으로 소유권이전등기일로 하되, 매매잔금 미지급 등의 사유로 당사자 간 특약에 의하여 당해 부동산에 대해 잔금지급 이전까지 사용·수익 등 이용을 제한하고 있는 경우에는 실제로 사용·수익이 가능한 날을 공급시기로 보는 것이 타당하다."는 내용의 회신을 받았다. 
 (10) 원고는 2000. 8. 19. 이 사건 재건축조합에 대하여 위 재정경제부장관의 회신문을 제시하며 공급시기를 "2000. 1. 21."로 기재한 세금계산서의 발행을 요구하자, 이 사건 재건축조합은 그제야 작성일자 및 공급시기를 각 "2000. 1. 21."로 기재한 이 사건 부동산 중 건물부분에 대한 세금계산서(갑 9호증의 1)와 토지부분에 대한 계산서(갑 9호증의 2)를 작성하여 원고에게 교부하였다. 
 [인정 근거] : 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 6호증, 갑 7, 8, 9호증의 각 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
 다. 판단 
 (1) 공급시기에 관한 판단
 위 인정 사실에 의하면, 원고가 엘지건설과 사이에 잔금청산방법을 변경하기로 약정하고, 위 약정에 따라 엘지건설이 이 사건 부동산에 관한 처분금지가처분의 효력을 배제하기로 함과 아울러 원고가 이 사건 부동산을 분양하는 것을 승낙한 2000. 1. 21. 비로소 원고가 이 사건 부동산을 이용하는 것이 가능하게 되었다고 할 것이므로 이 사건 부동산의 공급시기는 "2000. 1. 21."이라 봄이 상당하다.
 (2) 매입세액공제 여부에 관한 판단
 (가) 부가가치세법시행령 제60조 제2항 제3호의 해석과 위헌 여부 
 원고는, 부가가치세법시행령 제60조 제2항 제3호(이하 '이 사건 쟁점조항'이라 한다)의 규정에 의하면 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 세금계산서를 교부받은 경우에는 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받은 경우에 한하여 매입세액 공제를 받을 수 있고, 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 지난 후에 세금계산서를 교부받은 경우에는 매입세액 공제를 받을 수 없도록 되어 있으나, 이는 부가가치세 제도의 본질, 조세평등의 원칙 및 실질과세원칙에 반하여 재산권을 침해하는 것으로서 국민의 재산권보장에 관한 헌법 제23조의 규정에 위반된다는 취지로 주장한다. 
 그러므로 살피건대, 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항 제1호의2 본문과 단서의 규정을 전제로 하여, 이 사건 쟁점조항을 그 문언대로 해석하여 보면, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 세금계산서를 교부받은 경우에는 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받은 경우에 한하여 매입세액 공제를 받을 수 있고, 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 지난 후에 세금계산서를 교부받은 경우에는 매입세액 공제를 받을 수 없다는 취지라고 보인다. 
 그러나 재화 또는 용역을 공급받은 사업자(이하 편의상 '매수인'이라고 한다)가 재화 또는 용역을 공급한 사업자(이하 편의상 '매도인'이라고 한다)로부터 세금계산서를 교부받기 위하여 가능한 모든 노력을 다 하였으나 무슨 사정으로 당해 공급시기가 속하는 과세기간 안에 세금계산서를 교부받지 못하였고(즉 매수인의 귀책사유 없이 당해 공급시기가 속하는 과세기간 안에 매도인으로부터 세금계산서를 교부받지 못한 경우), 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 지나간 후에 비로소 세금계산서를 교부받았고, 그 세금계산서로 거래사실이 확인되는 경우는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2가 정하는 '교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우'에 해당하고, 다른 한편 이 사건 쟁점조항이 규정하는 예외적으로 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는 경우에는 해당하지 아니한다고 할 것이지만, 그럼에도 불구하고 여전히 그 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 한다고 보아야 할 것이다. 그 논거는 아래에 적는 바와 같다. 그와 같이 해석한다면, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2의 단서 규정은 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2가 정하는 '교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우'에는 오로지 '대통령령이 정하는 경우의 매입세액'에 한하여 매출세액에서 공제할 수 있고, 그 밖의 경우는 어떠한 경우에도 매출세액에서 공제할 수 없다는 취지의 규정은 아니고, 이 사건의 경우와 같은 특별한 경우에는 '대통령령이 정하는 경우의 매입세액'에 해당하지 않더라도 매출세액에서 공제할 수 있는 여지를 남겨두고 있는 규정이라고 해석하는 것이 될 것이고, 그와 같이 해석하는 한 이 사건 쟁점조항이 원고가 주장하는 바와 같은 이유로 헌법에 위반된다고 볼 것은 아니다. 
 첫째, 전단계세액공제법에 의하여 세액을 산출하는 경우에는 매 거래시마다 재화 또는 용역의 수량과 가액이 정확하게 밝혀져야 하므로 그 내용을 사실과 부합하게 기재한 세금계산서의 교부와 수취가 필수적인데, 공급을 하는 자와 받는 자 사이에 주고 받는 세금계산서는 거래내용의 자동검증 및 전전하는 부가가치세의 부담과 납부 주체를 명확하게 드러내는 역할을 하므로 부가가치세 제도가 제대로 운용되기 위하여는 정확한 세금계산서의 수수를 의무화하고 이를 위반하였을 경우에는 일정한 불이익이나 제재를 가할 필요가 있는 데, 그와 같은 이유에서 마련된 여러 제도 중의 하나가 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2가 규정한 '사실과 다른 세금계산서에 대한 매입세액 불공제'이다. 
 그러나 매수인이 매도인으로부터 세금계산서를 교부받지 못한 채 공급시기가 속한 과세기간을 경과하였다가 과세기간 경과 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 기재한 세금계산서를 교부받아 경정청구를 하였다고 하더라도 그로써 실제 거래사실이 명백하게 입증되는 경우에는 그로써 거래내용을 검증하고, 전전하는 부가가치세의 부담과 납부 주체를 명확하게 하는 데에 별 지장이 없는 반면에, 위 기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 데 대하여 매수인에게 아무런 귀책사유가 없는 경우에까지 위 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하여 당해 세금계산서에 대한 매입세액을 공제하지 아니하는 것은 매수인에게 지나치게 가혹하다. 따라서 위와 같은 경우에 그 매입세액을 공제하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 규정의 입법 취지에 반한다고 보기는 어렵다. 
 둘째, 종전 대법원판례는 세금계산서의 작성일과 실제 거래시기가 불일치하는 경우를 두 가지 유형으로 나누어 ① 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성·교부한 경우에도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 하고( 대법원 2001. 8. 24. 선고 2000두8097 판결 등), ② 세금계산서의 작성일이 사실상의 거래시기와 다르게 기재되어 있을 뿐 거래사실은 세금계산서의 기재대로 확인되는 때에는 세금계산서 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한하여 당해 부가가치세의 매입세액이 공제되어야 한다( 대법원 1997. 3. 14. 선고 96다42550 판결 등)는 입장이었다. 
 그런데 부가가치세법시행령이 1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 개정되면서 이 사건 쟁점조항이 신설되어 문리해석상 (위 두 가지 유형 중 어느 유형에 해당하는지 여부를 불문하고) 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 교부받은 세금계산서로서는 매입세액공제를 받을 수 없게 되었다. 
 그러나 부가가치세법시행령 제59조가 " 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다."고 규정하고 있고, 국세기본법 제45조의2 제1항이 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자라도 일정한 경우 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 최초 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구할 수 있도록 경정청구제도를 두고 있으며, 부가가치세법시행령 제54조 제3호가 "관계증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다."고 규정하고 있는 데 반하여, 이 사건 쟁점조항의 문리해석상 공급시기가 과세기간 초인 경우에는 유효한 세금계산서를 받을 수 있는 기간이 거의 6개월에 가깝지만, 공급시기가 과세기간 종료일에 임박한 경우에는 그 기간이 수일에 불과한 점에 비추어 볼 때, 이 사건 쟁점조항이 신설되었다 하여 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 교부받은 세금계산서로는 그 기간 도과에 매수인에게 아무런 귀책사유가 없는 경우까지도 매입세액공제를 받을 수 없다고 해석하는 것은 과세관청의 과세편의만을 위하여 납세의무자인 국민의 재산권을 지나치게 침해한 것으로서 헌법에 합치하는 해석이라고 볼 수 없다. 
 셋째, 매도인이 공급시기에 관한 다툼이나 기타 다른 사정으로 인하여 세금계산서의 교부를 거부하는 경우에 매수인으로서는 공급시기가 속한 과세기간이 경과하기 전에 매도인에 대하여 세금계산서의 교부를 강제할 수단이 존재하지 않는다. 
 넷째, 이 사건의 경우와 같이 부동산 거래사실이 명백히 인정되는 데도 세금계산서를 교부받은 시점이 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 내인지 여부에 따라 매입세액의 공제를 받는지 여부가 달라진다는 것은 국가는 조세입법을 함에 있어서 조세의 부담이 공평하게 국민에게 배분되도록 법을 제정하여야 할 뿐만 아니라 조세법의 해석적용에 있어서도 모든 국민을 평등하게 취급하여야 한다는 조세평등의 원칙 및 국세기본법 제14조 제2항이 "세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다."고 규정하여 명시하고 있는 실질과세의 원칙에 위반될 소지가 있다. 
 (나) 매입세액공제 여부에 관한 판단
 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고는 이 사건 부동산의 공급시기가 속한 과세기간 안에 이 사건 재건축조합으로부터 세금계산서를 교부받기 위하여 할 수 있는 모든 노력을 다 하였는데도 그 공급시기에 관한 견해 차이로 인한 다툼으로 이 사건 재건축조합으로부터 세금계산서를 교부받지 못한 채 공급시기가 속한 과세기간이 지났고, 국세청장 및 재정경제부장관의 유권해석을 받아 공급시기가 속한 과세기간이 지난 후 비로소 이 사건 재건축조합으로부터 세금계산서를 교부받아 피고에게 경정청구를 하였는바, 원고는 귀책사유 없이 공급시기가 속한 과세기간 내에 매도인인 이 사건 재건축조합으로부터 세금계산서를 교부받지 못하였다고 할 것이고, 이와 같은 경우는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2가 정하는 '교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우'에 해당하고, 이 사건 쟁점조항이 정하는 경우에는 해당하지 아니하지만, 그럼에도 불구하고 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 보아야 할 것임은 앞서 살핀 바와 같으므로 원고에 대한 부가가치세 세액을 산정함에 있어 이 사건 세금계산서에 관한 매입세액을 공제하여야 할 것이다. 
 따라서 이 사건 세금계산서에 관한 매입세액을 공제하지 아니한 이 사건 부과처분은 위법하다.
 3. 결론
 그렇다면 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 한기택(재판장) 박평균 이근수

부동산매매 및 임대사업을 영위하고자 부동산 매매계약을 체결한 매수인이 귀책사유 없이 공급시기가 속하는 과세기간 경과 후에 매도인으로부터 세금계산서를 교부받은 경우, 그 세금계산서로 거래사실이 확인되는 경우에는 부가가치세법시행령 제60조 제2항 제3호의 규정에도 불구하고 여전히 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 한 사례

부동산매매 및 임대사업을 영위하고자 부동산 매매계약을 체결한 매수인이 매도인으로부터 세금계산서를 교부받기 위하여 가능한 모든 노력을 다하였으나 귀책사유 없이 당해 공급시기가 속하는 과세기간 안에 세금계산서를 교부받지 못하다가 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 지나간 후에 비로소 세금계산서를 교부받았고, 그 세금계산서로 거래사실이 확인되는 경우에는 부가가치세법시행령 제60조 제2항 제3호의 규정에도 불구하고 여전히 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 한 사례.