법인세등 부과 처분 취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2009.06.24 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 주식회사 휴맥스 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 소순무 외 1인)
【피고, 피항소인 겸 항소인】 동수원세무서장 (소송대리인 법무법인 우현지산 담당변호사 정경선)
【제1심판결】 수원지방법원 2008. 8. 27. 선고 2006구합8434 판결
【변론종결】2009. 4. 22.
【주 문】
1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고가 원고에 대하여 한 2005. 1. 5.자 법인세 부과처분과 2005. 1. 12.자 근로소득세 부과처분 중 아래 부분을 취소한다.
 (1) 2001 사업연도 법인세 96,657,000원의 부과처분 중 19,135,563원을 초과하는 부분, 2002 사업연도 법인세 381,537,120원의 부과처분 중 81,317,265원을 초과하는 부분, 2003 사업연도 법인세 10,267,600원의 부과처분 중 3,267,605원을 초과하는 부분
 (2) 2001년 귀속 근로소득세 1,974,429,810원의 부과처분 중 373,357,911원을 초과하는 부분, 2002년 귀속 근로소득세 6,362,997,460원의 부과처분 중 761,146,090원을 초과하는 부분, 2003년 귀속 근로소득세 192,979,660원의 부과처분 중 61,463,662원을 초과하는 부분
 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송총비용 중 1/7은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】피고가 원고에 대하여 한, 2005. 1. 5.자 2001 사업연도 법인세 96,657,000원, 2002 사업연도 법인세 381,537,120원, 2003 사업연도 법인세 10,267,600원의 각 부과처분 및 2005. 1. 12.자 2001년 귀속 근로소득세 1,974,429,810원, 2002년 귀속 근로소득세 6,362,997,460원, 2002년 귀속 기타소득세 429,704,000원, 2003년 귀속 근로소득세 192,979,660원의 각 부과처분을 각 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 협회(코스닥)등록법인인 원고는 1998. 3. 13. 임직원인소외 1(대법원판결의 소외인) 등 11인(이하 ‘소외 1 등’이라 한다)의 근무성과를 고양할 목적으로 다음과 같은 내용으로 주주총회 특별결의를 거쳐구 증권거래법(2000. 1. 21. 법률 제6176호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제189조의4 소정의 주식매입선택권을 부여하였다.
 - 부여대상 : 주요핵심 연구원 및 직원
 - 부여주식수 : 합계 58,000주(1주당 액면가액 5,000원 기준)
 - 행사가격 : 평가기준일인 위 주주총회일 이전 3개월 즉, 1997. 12. 12.부터 1998. 3. 13.까지의 평균종가인 16,930원 이상인 17,000원으로 정함(행사가격의 조정은 부여계약서에 따른다)
 - 행사기간 : 2001. 3. 13.부터 2005. 3. 12.까지
 - 주식매입선택권 부여대상자 및 부여주식수 승인의 건은 별도의 계약서 작성
 나. 원고는 위 주주총회가 있은 날 별지 ‘주식매입선택권 부여 및 행사 현황’ 기재와 같이소외 1 등과 주식매입선택권 부여계약을 체결하였는데(이하 위와 같이소외 1 등에게 부여된 주식매입선택권을 ‘제1주식매입선택권’이라 한다), 위에서 본 바와 같이 원고 회사 주식의 부여계약일을 기준으로 그 이전 3개월의 평균종가(이하 ‘부여 당시 의 시가’라 한다)는 1주당 16,930원이었고, 위 계약의 주요내용은 다음과 같다.
 - 대상주식 : 원고 회사의 기명식 보통주식
 - 부여수량 : 합계 58,000주
 - 부여방법 : 신주발행에 의한 교부
 - 행사가격 : 1주당 17,000원
 - 행사기간 : 2001. 3. 13.부터 2005. 3. 12.까지
 - 행사가격의 조정 : 주식매입선택권 부여 이후에 유·무상증자, 주식배당, 전환사채, 신주인수권부사채의 발행, 주식분할 등을 실시하여 주식가치의 희석화가 이루어지는 경우에는 행사가격 및 부여수량을 조정한다(위 각 사유가 발생한 경우의 행사가격 조정산식을 구체적으로 정해두었다). 
 다. 또한, 원고는 1999. 2. 27. 임직원인소외 4 등 16인(이하 ‘소외 4 등’이라 한다)의 근무성과를 고양시킬 목적으로 다음과 같은 내용으로 주주총회 특별결의를 거쳐 주식매입선택권을 부여하였다.
 - 부여대상 : 주요핵심 연구요원
 - 부여주식수 : 46,000주
 - 행사가격 : 평가기준일인 위 주주총회일 이전 3개월 즉, 1998. 11. 26.부터 1999. 2. 26.까지의 평균종가(이하 ‘부여 당시의 시가’라고 한다)인 17,339원 이상인 20,000원으로 정함
 - 행사기간 : 2002. 2. 27.부터 2006. 2. 26.까지
 라. 원고는 위 주주총회가 있은 날 별지 ‘주식매입선택권 부여 및 행사 현황’ 기재와 같이소외 4 등과 주식매입선택권 부여계약을 체결하였는데(이하 위와 같이소외 4 등에게 부여된 주식매입선택권을 ‘제2주식매입선택권’이라 한다), 위에서 본 바와 같이 원고 회사 주식의 부여계약일을 기준으로 그 이전 3개월의 평균종가(이하 ‘부여 당시의 시가’라고 한다)는 1주당 17,340원이었고, 위 계약의 주요내용은 다음과 같다.
 - 대상주식 : 원고 회사의 기명식 보통주식
 - 부여수량 : 합계 46,000주
 - 부여방법 : 신주발행에 의한 교부
 - 행사가격 : 1주당 20,000원
 - 행사기간 : 2002. 2. 17.부터 2006. 2. 26.까지
 - 행사가격의 조정 : 주식매입선택권 부여 이후에 유·무상증자, 주식배당, 전환사채, 신주인수권부사채의 발행, 주식분할 등을 실시하여 주식가치의 희석화가 이루어지는 경우에는 행사가격 및 부여수량을 조정한다(위 각 사유가 발생한 경우의 행사가격 조정산식을 구체적으로 정해두었다). 
 마. 원고는 제1주식매입선택권을 부여한 이후 다음과 같은 내용으로 전환사채 전환, 주식분할, 유·무상증자를 실시하였고, 위와 같은 가격조정 사유에 따라 위 각 계약에서 정해진 조정산식대로 위 각 주식매입선택권 행사가격을 조정하면 각 그 행사가격은 제1주식매입선택권이 1,105원이고, 제2주식매입선택권이 1,420원인바, 별지 ‘주식매입선택권 부여 및 행사 현황’ 기재와 같이소외 1 등은 1,105원에,소외 4 등은 1,420원에 각 해당 주식매입선택권을 행사하였다.
일자원인수량증가누계1998. 11. 26.전환사채 전환104,000주940,572주1999. 1. 12.전환사채 전환122,800주1,063,372주1999. 4. 17.주식분할9,570,348주10,633,720주1999. 6. 25.전환사채 전환2,080,000주12,713,720주1999. 7. 2.전환사채 전환377,000주13,090,720주1999. 7. 3.전환사채 전환100,000주13,190,720주1999. 10. 8.유상증자2,638,144주15,828,864주1999. 10. 8.무상증자6,331,545주22,160,409주
 바. 원고는소외 1 등이 제1주식매입선택권을 행사하여 얻은 이익이구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조의 2에 의하여,소외 4 등이 제2주식매입선택권을 행사하여 얻은 이익이구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6279호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항에 의하여 각 비과세대상에 해당한다는 이유로소외 1 등 및소외 4 등(이하소외 1 등 및소외 4 등을 통칭할 때에는 ‘소외 1,4 등’이라고 한다)에게 위 행사이익에 대한 소득세의 원천징수를 하지 않았다.
 사. 이에 대하여 피고는 위 각 행사가격이 각 해당 주식매입선택권 부여 당시의 시가보다 낮아소외 1,4 등이 각 해당 주식매입선택권을 행사함으로써 얻은 이익은 위 각 법조항에 의한 비과세대상에 해당하지 아니한다는 이유로 원고에게 청구취지 기재 각 처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.
 아. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2005. 4. 11. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2006. 7. 5. 기각되었다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 제12호증의 3, 을 제1호증의 1 내지 제27호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령 : 별지 관계 법령 기재와 같다.
3. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 주식매입선택권 행사가격의 조정과 관련하여
 회사가 주식매입선택권을 부여한 후 유·무상증자 등을 하여 주식의 가치에 변동이 발생하는 경우, 그러한 가치변동에 따라 이미 부여한 주식매입선택권의 행사가격도 조정하는 것이 합리적이므로, 주식매입선택권 부여 당시 정한 행사가격이 부여 당시의 시가보다 높아구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조의 2 및구 조세제한특례법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조에 의한 비과세요건을 충족하였다면, 그 후 전환사채의 전환, 주식분할, 유·무상증자 등으로 주식의 가치에 변동이 발생하여 그 가치변동률만큼 행사가격을 조정한 결과 행사가격이 부여 당시의 시가에 미달하게 된다고 하더라도, 비과세요건은 유지된다고 보아야 한다.
 이 사건의 경우, 제1주식매입선택권 부여 당시 정한 행사가격은 17,000원으로서구 조세감면규제법 시행령(1998. 4. 1. 대통령령 제5750호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조의 3 제4항 제2호 소정의 시가 이상이었고, 제2주식매입선택권 부여 당시 정한 행사가격은 20,000원으로서구 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 제13조 제5항 제2호 소정의 시가 이상이었는데, 그 후의 행사가격의 조정은 전환사채의 전환 등으로 주식의 가치가 변동됨에 따라 그 가치변동률만큼 행사가격에 반영하여 행한 것이므로,소외 1,4 등이 각 해당 주식매입선택권을 행사하여 얻은 이익은 비과세대상에 해당한다고 할 것임에도 불구하고, 위 이익이 과세대상이라고 보고 행한 이 사건 각 처분은 위법하다.
 (2) 행사가격 조정시에상법 제434조의 규정에 의한 결의(이하 ‘주주총회 특별결의’라 한다)가 필요한지 여부
 제1, 2주식매입선택권을 부여할 당시에는 구 증권거래법에 주식매입선택권을 부여한 후 행사가격을 조정할 경우에 주주총회의 특별결의를 거쳐야 한다는 규정이 없었다가2001. 3. 28. 법률 제6423호로 개정된 증권거래법 제189조의 4 제3항 제3호에서 ‘주식매수선택권의 행사가격 조정에 관한 사항’도 주주총회 특별결의를 거쳐야 하는 것으로 비로소 규정하였으므로, 그 절차를 거치지 않고 행사가격을 조정하였더라도 위 과세특례규정이 적용되어야 한다. 설령 주주총회의 특별결의가 필요하다고 하더라도 원고가 제1, 2주식매입선택권을 부여할 당시 주주총회의 특별결의로 행사가격의 조정은 부여계약서에서 정한 방식에 따르기로 하였고 그 후 행사가격 조정사유가 발생할 때마다 주주총회의 특별결의에서 정한 대로 그 부여계약서에서 정한 방식에 따라 조정한 것이다.
 (3) 제1, 2주식매입선택권 부여 당시의 시가의 조정과 관련하여
 전환사채의 전환, 주식분할, 유·무상증자로 인하여 주식가치의 변동이 일어나는 경우 주식매입선택권 부여 당시의 행사조건을 균등하게 유지하기 위하여는 제1, 2주식매입선택권의 행사가격을 조정하는 것과 마찬가지로 제1, 2주식매입선택권 부여 당시의 시가를 조정하여야 하고, 조정된 행사가격이 조정된 부여 당시의 시가보다 높으면 위 비과세요건이 유지된다.
 나. 피고의 주장
 (1) 주식매입선택권 행사가격의 조정에 관련하여
구 조세감면규제법 제13조의 2,구 조세특례제한법 제15조 등의 규정에 의하면, 위 각 과세특례규정은 주식매입선택권을 부여하기 전 주주총회의 결의를 거쳐 당해 종업원 등과 약정한 매입가액뿐만 아니라 당해 종업원이 실제로 주식매입선택권을 행사하는 때의 매입가액도 구 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것)에서 정한 가액일 경우에만 적용되는 것이므로,소외 1 등이 제1주식매입선택권을 행사한 가격이 부여일 현재의 시가보다 낮은 가격인 1,150원이고,소외 4 등이 제2주식매입선택권을 행사한 가격이 부여일 현재의 시가보다 낮은 가격인 1,420원임이 명백한 이상, 그들이 각 주식매입선택권을 행사함으로써 얻은 이익에 대하여 위 각 과세특례규정이 적용될 수 없다.
 (2) 행사가격 조정시에 주주총회의 특별결의가 필요한지 여부
 주식매입선택권을 부여한 후 행사가격을 조정할 경우에도 주주총회의 특별결의를 거쳐야 하는데, 원고는 이러한 절차를 거치지 않고 행사가격을 조정하였으니 위 과세특례규정이 적용될 수 없다.
 다. 판단
 (1)구 조세특례제한법 제15조 제1항은 ‘증권거래법에 의한 주권상장법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 ‘창업법인 등’이라 한다)의 종업원이 주식매입선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익(그 주식의 실제 매입가액과 시가와의 차액을 말한다)은 이를 근로소득 등으로 보지 아니한다’고 규정하고(구 조세감면규제법 제13조의 2 제1항도 같은 취지이다),그 제2항은 ‘제1항의 규정에 의한 주식매입선택권은 다음 각 호의 요건을 갖춘 것에 한한다’고 규정하면서,그 제1호에서는 ‘창업법인 등이 당해 주식매입선택권을 부여하기 전에 주식매입선택권의 매입가액 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 당해 종업원과 약정한 것일 것’,그 제2호에서는 ‘제1호의 규정에 의한 주식의 매입가액이 대통령령이 정하는 가액 이상일 것’,그 제5호에서는 ‘제2호의 규정에 의한 주식의 매입가액의 연간 합계액이 대통령령이 정하는 금액 이하일 것’을 각 규정하고 있다(구 조세감면규제법 제13조의 2 제1항도 같은 취지이다). 그리고구 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 제13조 제4항은 ‘법 제15조 제2항 제1호의 주주총회의 결의는상법 제434조의 규정에 의한 결의를 말한다’고 규정하고,그 제5항은 ‘법 제15조 제2항 제2호에서 "대통령령이 정하는 가액"이라 함은 다음 각 호의 1에 규정하는 금액을 말한다’고 규정하면서,제1호에서 ‘자기주식을 취득하여 부여하는 경우에는 주식매입선택권의 부여일을 기준으로상속세 및 증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 당해 주식의 시가’라고 규정하고 있고,제2호에서 ‘제1호외의 경우 :제1호의 규정에 의하여 평가한 당해 주식의 시가와 당해 주식의 액면가액중 높은 금액’이라고 규정하고 있다(구 조세감면규제법 시행령 제11조의 3 제4항 제1,2호도 같은 취지이다).
 위 각 규정의 내용과구 조세감면규제법 제13조의 2 제1항 제5호 및구 조세특례제한법 제15조 제2항 제5호 소정의 ‘제2호의 규정에 의한 주식의 매입가액’은 과세특례의 범위를 정하는 연간 합계액을 계산하기 위한 것으로서 주식의 실제 매입가액을 의미하므로,그 제2호 소정의 ‘제1호의 규정에 의한 주식의 매입가액’ 역시 주식의 실제 매입가액을 포함하는 것으로 보이는 점 및구 조세감면규제법 제13조의 2와구 조세특례제한법 제15조의 입법 취지는 증권거래법 등에 따른 주식매입선택권 제도에 대하여 세제상 지원을 하는 데 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 신주발행에 의한 주식교부방법으로 주식매입선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익이구 조세감면규제법 제13조의 2 및구 조세특례제한법 제15조 소정의 과세특례대상 소득이 되기 위하여는 주식매입선택권 부여 당시의 매입가액은 물론 주식매입선택권 부여 후 그 매입가액을 조정하는 경우에도 주주총회 특별결의와 주식매입선택권의 부여일을 기준으로상속세 및 증여세법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 당해 주식의 시가와 당해 주식의 액면가액 중 높은 금액 이상일 것을 그 요건으로 한다고 봄이 상당하고, 그 매입가액의 조정이 전환사채의 전환, 유·무상 증자로 인한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2009. 5. 28. 선고 2006두5755 판결 참조).
 다만, 주식분할은 회사가 이미 발행한 주식을 분할하여 증가한 주식을 주주에게 그 소유주식수에 비례하여 배분하는 것으로 주식분할이 있게 되면 회사의 자본금과 자산에는 변동이 없이 발행주식수만 증가하게 되어 주식 1주의 가치가 주식분할의 비율에 따라 감소되고, 따라서 주식분할이 있게 되면 회사의 자본 또는 주주의 지위에는 아무런 변화 없이 기존의 주식이 분할됨으로써 주식 1주의 가치가 그만큼 감소하게 되는 것에 불과한 것이므로, 주식매입선택권을 부여한 이후 주식분할이 있게 되면 주식매입선택권 부여 당시의 행사조건을 균등하게 유지시켜 주기 위하여 그로 인한 주식의 가치변동을 행사가격과 부여주식수량에 반영할 필요성이 생긴다고 할 것인바, 주식분할이 가지는 위와 같은 성질에 비추어 보면 주식매입선택권 부여 후 주식분할로 인한 주식의 가치변동을 반영하기 위하여 그 매입가액을 액면분할비율에 따라 조정하는 경우에는, 그 조정에 관하여 별도로 주주총회 특별결의를 거칠 필요는 없다고 봄이 상당하다. 그리고 위와 같은 조정을 거친 주식매입선택권의 행사가격이 부여 당시의 시가보다 낮다고 하더라도, 주식매입선택권 행사 당시 주식의 시가와 주식분할을 반영하여 조정된 행사가격(당초 행사가격에 액면분할비율을 곱한 금액)의 차액에 주식분할을 반영하여 조정된 부여주식수량(당초 부여주식수량에 액면분할비율의 역수를 곱한 수량) 중 실제 행사한 주식수량을 곱하여 산출된 금액{즉, (주식매입선택권 행사 당시 시가 - 당초 행사가격에 액면분할비율을 곱하여 조정한 금액) × 당초 부여주식수량에 액면분할비율의 역수를 곱한 부여주식수량 중 실제 행사한 주식수량}의 한도 내에서는 위 과세특례조항이 적용된다고 보는 것이 형평의 관념상 타당할 것이다.
 한편, 제1, 2주식매입선택권의 행사가격을 조정하는 것과 마찬가지로 제1, 2주식매입선택권 부여 당시의 시가를 조정하여야 하고, 조정된 행사가격이 조정된 부여 당시의 시가보다 높으면 위 비과세요건이 유지되어야 한다는 원고의 주장은 아무런 법령의 근거가 없을 뿐만 아니라 그러한 비과세요건이 필요한 것도 아니므로 이를 받아들이지 아니한다.
 (2) 이러한 법리에 따라 이 사건에서 살펴본다.
 (가) 갑 제5, 6호증의 각 1, 2, 갑 제7호증의 1 내지 4, 갑 제11, 12호증의 각 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는소외 1 등에게 제1주식매입선택권을 부여함에 있어 주주총회 특별결의로 행사가격의 조정은 부여계약서에 따르기로 하였고, 각 주주총회가 있은 날소외 1,4 등과 주식매입선택권 부여 이후에 전환사채 전환, 주식분할, 유·무상증자 등을 실시하여 주식가치의 희석화가 이루어지는 경우에는 행사가격 및 부여수량을 조정하되, 그 조정은 일정한 산식에 따라서 하겠다는 내용의 부여계약을 체결하였고, 이후 현실적으로 주식분할 등 행사가격 조정사유가 발생하자 위 부여계약에서 정한 조정산식에 따라 행사가격을 조정한 사실, 그러나 원고가소외 4 등에게 제2주식매입선택권을 부여함에 있어서는 행사가격의 조정은 부여계약서에 따르기로 하는 등의 주주총회 특별결의를 하지는 아니하였고, 이후에 주식분할 등 행사가격 조정사유가 발생하자 제2주식매입선택권의 부여계약에서 정한 조정산식에 따라 행사가격을 조정하였으나 그에 따른 주주총회 특별결의를 하지는 아니한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 제1주식매입선택권의 행사가격의 조정에 관하여는 주주총회의 특별결의를 거친 것으로 볼 수 있으나, 제2주식매입선택권의 행사가격의 조정에 관하여는 주주총회의 특별결의를 거쳤다고 볼 수 없지만, 위에서 본 바와 같이 주식매입선택권 부여 후 주식분할에 의하여 그 매입가액을 조정하는 경우에는 주주총회 특별결의가 필요하다고 볼 수 없다.
 따라서, 위에서 본 1999. 4. 17.자 주식분할만을 고려하여 제1주식매입선택권의 행사가격은 1,700원(조정 전 행사가격 17,000원 × 분할 후 1주당 액면가액 500원/분할 전 1주당 액면가액 5,000원)으로, 제2주식매입선택권의 경우 2,000원(조정 전 행사가격 20,000원 × 분할 후 1주당 액면가액 500원/분할 전 1주당 액면가액 5,000원, 원 미만은 버림, 이하 같다)으로 각 조정된 것으로 상정하면, 비록소외 1 등은 제1주식매입선택권을 위 조정된 행사가격 1,700원보다 낮은 1,105원을 행사가격으로 하여 당초 부여받은 주식수량의 10배에 해당하는 수량인 58만 주에 대하여 행사하였고,소외 4 등이 제2주식매입선택권을 위 조정된 행사가격 2,000원보다 낮은 1,420원을 행사가격으로 하여 당초 부여받은 주식수량의 10배에 해당하는 수량인 46만 주에 대하여 행사하였으나, 제1, 2주식매입선택권을 행사함으로써소외 1,4 등이 얻은 이익 중에서 주식의 액면분할비율에 따라 조정된 제1주식매입선택권의 행사가격 1,700원 및 제2주식매입선택권의 행사가격 2,000원과 각각 주식매입선택권 행사 당시 시가의 차액에 액면분할비율의 역수로 조정한 부여주식 행사수량을 곱하여 산출된 금액에 대해서는 위 과세특례조항이 적용된다고 할 것이고, 다만,구 조세감면규제법 시행령 제11조의 3 제5항 및구 조세감면규제법 부칙〈제15197호, 1996. 12. 31.〉 제6조 제2항과구 조세특례제한법 시행령(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 것) 제13조 제7항 및구 조세특례제한법 시행령 부칙〈제16693호, 2000. 1. 10.〉 제13조 제7항에 의하면 제1, 2주식매입선택권의 행사와 관련하여 과세특례가 인정되는 범위는 주식의 매입가액의 연간 합계액이 5,000만 원을 넘을 수 없으므로 이를 초과하는 부분에 대하여는 위 과세특례조항이 적용되지 아니한다.
 (나)소외 2,3이 제2주식매입선택권 행사로 얻은 이익이 과세대상인지 여부
 이 법원이 이 부분에서 설시할 이유는 제1심 판결문 제11면 제14행부터 제12면 제14행까지 기재와 같으므로행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
 (다) 정당한 세액
소외 1,4 등이 제1, 2주식매입선택권을 행사함으로써 얻은 과세대상 행사차익과 관련하여 원고에게 부과되어야 할 정당한 근로소득세액은 별지 ‘액면분할만 조정인정한 행사차익 및 이에 따른 정당세액계산내역’ 기재와 같이 2001년 귀속 근로소득세 373,357,911원, 2002년 귀속 근로소득세 761,146,090원, 2003년 귀속 근로소득세 61,463,662원이고, 정당한 법인세액(법인세법 제76조에 의하여 별지 ‘액면분할만 조정인정한 행사차익 및 이에 따른 정당세액계산내역’ 상의 각 연도별 과세대상 행사차익의 2/100에 해당하는 금액, 단 2002 사업연도 법인세는 아래에서 보는 바와 같이 2002년 귀속 기타소득을 합산한 금액의 2/100에 해당하는 금액이다)은 2001 사업연도 법인세 19,135,563원(956,778,150원 × 2/100), 2002 사업연도 법인세 81,317,265원[{2002년 근로소득 중 과세대상 행사차익 2,112,663,288 + 2002년 귀속 기타소득(소외 2,3의 주식매입선택권 행사차익) 1,953,200,000} × 2/100], 2003 사업연도 법인세 3,267,605원(163,380,282 × 2/100)이다.
 (라) 이 사건 각 처분 중 취소되어야 할 부분
 따라서 이 사건 각 처분 중 2005. 1. 5.자 2001 사업연도 법인세 96,657,000원의 부과처분 중 19,135,563원을 초과하는 부분, 2002 사업연도 법인세 381,537,120원의 부과처분 중 81,317,265원을 초과하는 부분, 2003 사업연도 법인세 10,267,600원의 부과처분 중 3,267,605원을 초과하는 부분, 2005. 1. 12.자 2001년 귀속 근로소득세 1,974,429,810원의 부과처분 중 373,357,911원을 초과하는 부분, 2002년 귀속 근로소득세 6,362,997,460원의 부과처분 중 761,146,090원을 초과하는 부분, 2003년 귀속 근로소득세 192,979,660원의 부과처분 중 61,463,662원을 초과하는 부분은 각 위법하여 이를 취소한다. 
4. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 조용구(재판장) 심담 정재훈