학교법인이 취득세 감면받은 이후 3년 이내 해당 교육용도로 직접 사용하였는지 여부 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2023.07.14 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

▣ 청 구 취 지

피고가2020. 11. 19.원고에 대하여 한 취득세1,724,335,220원(가산세363,107,490원 포함),지방교육세145,208,960원(가산세9,086,190원 포함),농어촌특별세72,604,470원(가산세4,543,090원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
▣ 이 유

1.처분의 경위

가.원고는 고등전문교육 등을 목적으로 설립된 학교법인으로2016. 12. 28.교육사업으로 사용하기 위해 서울 동대문구 ○○동 ○○○-○외5필지 및 지상건물(지하2층,지상10층 규모,이하‘○○산학협력관’1)이라 한다)을 매입하면서,구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제41조 제1항에 따라 학교가 해당사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하는 것으로 보아 취득세 등 합계2,832,304,150원을 감면받았다.
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주1)원고는 각종 대·내외 문서에서 위 건물을‘○○산학협력관’, ‘○○산학협력 거점실습센터’등으로 지칭하였다.
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나.피고는 원고가 ○○산학협력관 중 지하층,지상1층, 2층, 6층, 7층 일부(672.92㎡중590.32㎡)를 계속 제3자에게 임대하여 수익사업에 사용하였다고 보아, 2018. 4. 10.감면된 취득세 등 일부를 추징하였다.
다.피고는2020. 2. 20.원고가 ○○산학협력관 중 나머지 부분을 직접 사용하고 있는지 여부에 대하여 현장확인 조사를 실시하여,원고가 위 건물 중 지상3~5층, 7층 일부(672.92㎡중82.6㎡), 8~10층(이하 위 각 층을 통틀어‘이 사건 부동산’이라 한다)을 정당한 사유 없이 그 취득일부터3년 경과할 때까지 해당용도로 직접 사용하지 않았다고 보아, 2020. 11. 19.원고에게 취득세1,724,335,220원,지방교육세145,208,960원,농어촌특별세72,604,470원(각 가산세 포함)을 부과·고지(이하‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
라.원고는 이 사건 처분에 불복하여2021. 2. 10.조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은2022. 4. 25.위 청구를 기각하였다.(조심2021지1570)

[인정근거]다툼 없는 사실,갑1내지5호증(가지번호 있는 것은 이를 포함,이하 같다)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장 요지

주위적으로,교육용 기본재산은 학교의 교육목적에 직접 사용되는 재산으로 교지,교사,교지·교사가 아닌 교육용 토지 및 건물을 포함하는데,이 사건 부동산은 교지·교사가 아닌 교육용 토지 및 건물로서 교육용 기본재산에 해당하는 점,원고는2019. 8. 29.피고로부터 이 사건 부동산을 당초의 업무시설에서 교육연구시설로 사용할 수 있도록 승인을 받았고,실제로 이 사건 부동산의 취득일로부터3년 이내인2019년 하반기부터 현재까지 이 사건 부동산을 교육목적으로 직접 사용하고 있는 점,구체적인 사용관계를 살피더라도 원고는 이 사건 부동산에서 정규 교육과정을 진행하지는 않았지만 집담회,순회교육,워크숍 장소로 사용하거나,재학생 교육역량 강화에 필요한 엑스트라 커리큘럼(extra curriculum,어학 교육,집중력 향상 특강 과정 등)을 운영하거나,성과발표회(캡스톤 디자인 전시회 등),현장실습교육 지원을 위한 교육장,면접 장소 등으로 사용하였는데,이는 원고의 교육사업과 충분한 관련성이 인정되는 점 등을 고려하면,이 사건 부동산은 원고의 교육사업에 직접 사용되었다고 봄이 타당하다.
예비적으로,설령 원고가 이 사건 부동산을 교육사업에 직접 사용하지 않았다고 보더라도,구 지방세특례제한법 제41조 제1항 제2호에 따르면 학교가 부동산을 취득한 날로부터3년 이내에 교육사업에 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있는 경우 취득세를 추징하지 않도록 규정하고 있고,원고는 이 사건 부동산을 취득한 이후 교육부의 지침에 따라 이 사건 부동산의‘안전구조 부실’이라는 외부적 장애요소를 제거하기 위해‘내진설계 및 구조공사’라는 진지한 노력을 다하여2019년2학기부터 이 사건 부동산을 교육사업 목적으로 사용할 수 있었는바,원고에게는 외부적 장애요소로 인한‘정당한 사유’가 있어 감면된 취득세 등을 추징할 수 없다고 보아야 한다.
따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
나.관계 법령

별지 기재와 같다.
다.인정사실

앞서 든 증거들과 갑10내지44, 48, 49호증,을1, 3, 4호증의 각 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 보면,아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.
1)이 사건 부동산의 교육연구시설 사용승인 및 공사 경과

가)교육부장관은2017. 11. 15.포항에서 발생하였던 지진으로 인하여 다수의 학교에서 피해가 발생한 사건과 관련하여2017. 11. 16.및2017. 11. 20.원고를 포함한 전국의 학교들에 지진에 따른 대응 및 안전관리를 철저히 하라는 취지의 내용을 통지하였다.
나)이에 원고는 원고 소속 건축자문위원회의 ○○산학협력관에 관한 안전진단과 내진설계 요청 및 그에 관한 교무회의 결의,내진설계 안전진단 용역 입찰 공고 등을 거쳐2018. 2. 6.주식회사 ○○○○ 본구조(이하‘주식회사’명칭을 생략하고 상호로만 특정한다)에 ○○산학협력관의 내진설계 안전진단 용역을 도급하였고, 2018. 2. 6.부터2018. 5. 18.까지 ○○산학협력관의 내진설계 안전진단을 실시한 ○○○○ 본구조로부터‘각층 일부 바닥보의 내력이 외부하중에 의한 외부응력보다 작으므로 보강이 필요하다.’는 진단을 받자, 2018. 6. 1. ○○산학협력관 중 이 사건 부동산을 제외한 나머지 부분의 임차인들에게‘2018. 7.부터2018. 9.까지 ○○산학협력관 전층에 대한 구조보강 공사가 이루어질 것이므로 협조를 요청한다.’는 취지를 통지하였다.
다)원고는2019. 3. 30.및2019. 4. 9. ○○산학협력관에 관한 내진 및 구조보강 공사 입찰 공고 및 재공고를 거쳐2019. 5. 8. □□□□□에 내진 및 구조보강 공사를 도급하였는데,위 공사는2019. 5. 8.경 개시되어2019. 8. 31.경 완료되었다.
라)원고는2019. 8. 27.피고에게 이 사건 부동산 중4, 5, 8, 9, 10층(각 층 면적672.92㎡2))을 업무시설에서 교육연구시설로 용도변경하는 취지의 사용승인을 신청하였고, 2019. 8. 29.피고로부터 그 사용승인을 받았다.
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주2)사용승인신청서(갑21호증의1) 4면에 의하면,사용승인신청 대상인 부동산의‘층별개요’란에 이 사건 부동산 중3층, 7층은 제외되어 있다.
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마)한편 원고는 위 구조보강 공사 외에도2020년 말까지 냉난방,전기,통신,소방,기계설비,인테리어 공사,옥상방수공사,실습실 환경개선공사,노후 승강기 교체공사 등을 계속해서 진행하였는데,특히 이 사건 부동산8~10층을 보다 체계적인 실습장소로 사용하기 위하여2020. 4. 1.부터2020. 7. 3.까지 인테리어 공사를 진행하여‘실습센터’를 구축하였다.
2)이 사건 부동산의 사용 현황

가)이 사건 부동산의 사용 내역 개요는 아래[표1]과 같다(한편 이 사건 부동산 중7층(82.6㎡)의 경우,원고가 심판청구 단계에서는 교육사업에 직접 사용하지 아니하였다고 인정하다가 이 사건 소송에서는 교육지원을 위한 기자재실로 사용하고 있다고 주장하나,정확한 사용 시기에 대해서는 별도로 밝히지 않고 있으므로 아래 표에서는 이를 제외한 나머지 부분에 관하여 본다).
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025268"></img>

<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025270"></img>

나)원고의2019. 5. 15.자 내부결재 문서인‘미인가 외부교육장 수업불인정에 따른 치위생학부 ○○산학협력거점 실습지원센터 운영 변경’에 의하면,원고는 한국전문대학교육협의회에 문의한 결과 고등교육법 제62조3)등에 따라 이 사건 부동산을 학점인정 정규교육장으로 활용할 수 없음을 확인하고,이 사건 부동산 중3층 내지5층에서 치위생학부 정규교육과정 ○○산학협력거점 실습지원센터를 운영하는 대신‘간호학과 아동간호센터 및 분만센터,북카페,세미나실,연구실’(3층), ‘캡스톤디자인 전시실, AI챗봇 교육장,상설 입시 상담실, AI입시 면접장,산학협력 관련 외부 사업 교육장’(4층 및5층)을 구축하기로 결정하였다.
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주3)제62조(학교 등의 폐쇄)

②교육부장관은 제4조 제2항에 따른 학교설립인가나 제24조에 따른 분교설치인가를 받지 아니하고 학교의 명칭을 사용하거나 학생을 모집하여 시설을 사실상 학교의 형태로 운영하는 자에게는 그 시설의 폐쇄를 명할 수 있다.
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다)원고의2020. 2. 7.자 내부결제 문서인‘간호학과 ○○산학협력거점 실습지원센터3층 운영계획 변경안 보고’에 의하면,이 사건 부동산3층의 기존 운영계획을 변경하여2020년2학기 이전에 아동간호센터·분만센터를 구축하기로 결정하였다.이후 원고는2020. 9.부터 이 사건 부동산3층을 간호인증평가 대비 외부현장실습 등을 위한 아동간호센터·분만센터로 이용하고 있다.
라) [표1]의 치위생과BLS Provider(심폐소생술)자격증 취득 프로그램 운영 관련,원고는2019. 12. 16.부터 같은 달19.까지 및 같은 달27.등 총5일 동안 이 사건 부동산3층에서 치위생학과 학생163명을 대상으로 하는BLS Provider자격증 취득 프로그램을 진행하였는데,위 과정을 수강하기 위해서는 심폐소생협회에 회원 가입을 하고,협회 홈페이지 중간의 보건의료인 교육과정 중BLS Provider과정을 클릭하고 교육시기를 선택하여 교육을 신청하는 것이 필요하다.한편 원고는 이듬해인2020. 9. 29.경에는 치위생학과 학생을 대상으로 한BLS Provider과정을 이 사건 부동산이 아닌 ○○○대학교 ○○○○○병원에서 진행하였다.
마) [표1]의AI면접 관련,원고는2019. 10. 1.부터2019. 10. 7.까지, 2019. 11. 22.부터2019. 11. 27.까지, 2020. 1. 15.부터2020. 1. 20.까지 등 총3차례에 걸쳐 신입생 선발을 위한AI면접을 진행하면서,이 사건 부동산4층을 면접 대기 장소로,이 사건 부동산9층을 면접 장소로 사용하였다.위 면접은 이 사건 부동산 외에 원고의 ○○○캠퍼스,원고의 ○○캠퍼스, ○○○○○○○고등학교, ○○컴퓨터아카데미 등에서도 진행되었다.
바)원고는 보건복지부장관의2019. 5. 21.자‘2019년도 간호대학 실습교육 지원사업’수행기관 공모에 참여하여2019. 6. 24.보건복지부장관으로부터 교육형 지원사업 수행기관으로 선정되었고,이에 따라2019. 9. 17.부터2019. 11. 29.까지 이 사건 부동산8~10층에서 간호학과3학년313명 및4학년316명 합계629명을 대상으로 하는 임상실습 교과목8개 강좌를 운영하였다.아래 표 기재와 같이,개설된 강좌는3학년2학기 학생들을 대상으로 하는4개 강좌 및4학년2학기 학생들을 대상으로 하는4개 강좌로,각2학점이고 한 학기에 진행되는 총90시간의 수업 중4시간이 이 사건 부동산8~10층에서 시뮬레이션 수업으로 진행되었다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025272"></img>

한편 구 고등교육법(2020. 10. 20.법률 제17492호로 개정되기 전의 것)제22조 제1항,제2항,같은 법 시행령 제14조의2에 의하면,대학의 수업은 기본적으로 설립·인가된 대학 소재지에서만 실시할 수 있고,위 법령의 위임에 따라 교육부가 수립한‘이동수업 운영기준’에 의하면 이동수업은 설립·인가된 대학 소재지에서의 수업 원칙에 대한 예외이므로 이를 위해서는 교육부의 승인을 받아야 하는데,원고는 이 사건 부동산에서 이동수업을 하기 위한 승인을 받지 않았다.
사)원고가2019. 12. 24.이 사건 부동산9층 사무실에서 개최한‘한국산업인력공단이 주관하는2020년 산업계주도 청년 맞춤형 훈련사업 참여를 위한 계획 수립회의’내용에 의하면, “공실 상태인4층, 5층을 훈련장소로 활용하는 것이 타당”하다는 이유로 위 훈련장소를 이 사건 부동산4층, 5층으로 결정하였다.
라.판단

1)주위적 주장에 관하여

가)구 지방세특례제한법 제41조 제1항 본문은 고등교육법에 따른 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득한 후 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하면서,같은 항 단서 제2호에서는“정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우”그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징하도록 정하고 있다.
구 지방세특례제한법 제41조 제1항에서 학교가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻하고,학교의 교육사업 자체에 사용하는 것인지는 해당 학교의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원2002. 4. 26.선고2000두3238판결 등 참조).나아가 부동산을 해당 사업에 직접 사용하는 것인지 여부를 판단함에 있어서는,부동산의 계속적·반복적 사용 여부나 건물·시설의 존재 여부 등을 함께 검토할 수 있다.
한편 과세대상이 된 부동산이 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다(대법원1996. 4. 26.선고94누12708판결 등 참조).
나)앞서 본 사실 및 증거들에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면,이 사건 부동산은 적어도2020년 상반기까지 상당 부분 공실인 상태에서 그 사용 용도가 불분명하거나 일시적·일회적으로 사용되었을 뿐인바,원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 부동산을 그 취득일부터3년이 경과할 때인2019년경까지 학교의 교육사업 자체에 직접 사용하였다고 인정하기 부족하고,달리 이를 인정할 증거가 없다.따라서 원고의 주위적 주장은 받아들이지 않는다.
(1)이 사건 부동산3층에서 이루어진 심폐소생술 자격증 취득 프로그램은 단순히 원고 치위생학부 소속 자격이 아니고 심폐소생협회의 회원 자격도 갖춘 것을 전제로 이루어진 것으로 보이는바,위 프로그램 운영이‘학교의 교육사업 자체’에 해당한다고 인정하기는 어렵다.또한 위 프로그램은2019. 12.중 약5일에 걸쳐 단기간 운영되었고 이듬해9월경에는 다른 곳에서 운영되었는바,위 프로그램은 이 사건 부동산3층에서 일회적으로 이루어진 것에 불과하다.나아가 이 사건 부동산3층은2019. 12. 20.인근대학교와의 시뮬레이션 교육역량 강화 워크숍 등록 및 대기 장소로도 이용되고, 2020. 1. 6.부터2020. 1. 22.까지는 토익 강의(Winter Toeic Program)가 운영되는 등2020. 9.경 아동간호센터·분만센터로 이용되기 전까지는 그 사용 용도가 특정되지도 않았다.이에 비추어 보면,적어도2019년경까지 원고가 이 사건 부동산3층을 명확하게 자신의 교육사업에 사용하였다고 보기는 어렵다.
(2)이 사건 부동산4, 5층은2019년에 일시적인 회의,전시회,면접 대기장소로 사용되었을 뿐인데,이러한 사용 목적은 원고의 교육사업 자체에 해당한다고 보기도 어려울뿐더러 계속적·반복적으로 사용된 것으로 보기도 어렵다.원고의 내부결재 문서에 의하더라도 원고는2019년 당시 이 사건 부동산4, 5층을 공실로 인지하고 있었고, 2020. 9.경에서야 이를 ○○어학원 ○○교육센터 외국인교육장으로 사용하였을 뿐이다.
(3)원고는 이 사건 부동산7층을 교육지원을 위한 기자재실로서 원고의 교육사업에 사용하였다고 주장한다.그러나 이 사건 소송에서 제출된 자료에 더하여 원고 스스로도 심판청구 단계에서는 이 사건 부동산7층을 교육사업에 사용한 것이 아니라고 인정한 점,이 사건 부동산 중7층 외 다른 장소들의 사용 현황 등을 살피면,이 사건 부동산7층이 단순히 원고가 필요한 비품 등을 보관하는 장소에서 더 나아가 학교의 교육사업 자체에 사용되었다고 보기는 어렵다.
(4)이 사건 부동산8~10층이‘간호학과 학생들의2019년2학기 임상실습 보조교육 지도장소’로 사용된 내역과 관련하여,보건복지부장관의 원고에 대한 교육형 지원사업 수행기관 선정 및 이에 따른 원고의 임상실습 과정 진행,간호교육인증평가 등을 받기 위한 임상실습 교육의 필요성 등을 고려하면 위 임상실습 교육 자체가‘학교의 교육사업 자체’에 해당하지 않는다고 단정하기는 어려운 측면이 존재한다.그러나 전체 임상실습 시간 대비 이 사건 부동산8~10층에서 이루어진 임상실습 시간의 비중은 극히 적은 점[특히 원고가 제출한‘간호학과 임상실습 운영현황’(갑49호증)에 의하더라도, 2019년2학기에 이루어진 과목별 실습총시간은690시간이고 그중23.7시간4)만이 이 사건 부동산8~10층에서 이루어졌다],이 사건 부동산9층의 경우 위 간호학과 임상실습 기간 중에도 별도의 면접대기 장소로 활용되거나 원고의 간호학과 외 다른 학과들의 현장실습 교육장소로도 제공되었던 점,이 사건 부동산8~10층이 본격적인 실습센터로 활용된 것은2020년 하반기부터이고,그 이전에는 위와 같이 원고의 필요에 따라 일시적으로 여러 용도에 활용된 점 등을 종합하면,이 사건 부동산8~10층의 이 부분 사용 내역은 일시적 또는 부수적으로 수업장소로 제공된 것에 불과하다고 보는 것이 타당하다.
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주4)원고가 이 사건 부동산3층에서 위 간호학과 임상실습이 이루어졌다고 주장하지는 않고 있으나,갑49호증에 의하면 각 과목별 임상실습 총시간(690시간)중 이 사건 부동산에서 이루어진 실습시간은28시간인데,위28시간 중4.3시간은 이 사건 부동산3층에서 이루어졌고,나머지는 이 사건 부동산8~10층에서 이루어졌다.
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(5)또한 이 사건 부동산8~10층의2019년 사용 내역 중‘스마트IT학과,지능로봇과, IT보안과 학생들의2019년2학기 현장실습 교육장소 제공’, ‘AI면접 장소’, ‘시뮬레이션 교육역량 강화 워크숍 장소’등의 경우 그 사용 목적 자체로 원고의 교육사업 자체에 해당한다고 보기 어렵거나 일시적이거나 부수적으로 수업장소에 제공된 정도에 불과하다.
(6)원고가 회계적으로 이 사건 부동산을 교육목적에 직접 사용하는 사립학교법상‘교육용 기본재산’으로 관리하고 있다고 하더라도,구 지방세특례제한법 제41조 제1항에 따른 취득세 면제 여부를 살필 때에는 이에 구속되는 것이 아니고,앞서 본 것처럼 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 뿐이다.
2)예비적 주장에 관하여

구 지방세특례제한법 제41조 제1항 제2호에서 정하고 있는‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지,제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다.그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않은 입법 취지를 충분히 고려하면서,부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도,납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부,행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원2017. 8. 18.선고2017두42293판결 등 참조).
이에 비추어 보건대,앞서 본 사실 및 증거들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들,즉 원고가 이 사건 부동산을 취득할2016. 12. 28.당시 이 사건 부동산에 있던 임차인들 대부분은2017년 중으로 이 사건 부동산에서 퇴거하였고,이 사건 부동산8층의 임차인도2018. 6.경에는 모두 퇴거한 점, ○○○○본구조의 ○○산학협력관에 관한 내진설계 안전진단 기간 및 원고가2018. 6. 1. ○○산학협력관 중 이 사건 부동산을 제외한 나머지 부분의 임차인들에게 통지한 내용에 비추어 보면 원고는 적어도2018. 5.말경에는 이 사건 부동산에 관한 내진설계 안전진단 결과를 알았던 것으로 보이는데,이로부터 원고가 이 사건 부동산에 관한 내진 및 구조보강 공사 입찰 공고를 한2019. 3. 30.까지 약10개월의 공백이 존재하는 점,또한‘위 구조보강 공사 완료 및 이 사건 부동산의 교육시설 사용승인 시점’부터‘원고가 이 사건 부동산을 취득한 때로부터3년이 경과하는 시점’까지 약4개월의 공백도 존재하는 점,그런데 원고가 위 각 공백기간 동안 이 사건 부동산을 교육사업에 직접 사용하지 않았음은 앞서 본 바와 같고,원고는 이 사건 부동산을 취득한 때로부터3년을 훨씬 경과한2020년 하반기가 되어서야 이를 실습센터 등으로 활용하기 시작한 점,그 밖에 원고가 위 각 공백기간 동안 이 사건 부동산을 교육사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼만한 자료를 찾기 어려운 점(특히 원고는 교육사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산임을 전제로 취득세 등을 감면받은 자로서,적어도 이 사건 부동산을 취득한 시점부터는 이 사건 부동산을 교육시설로 사용할 계획을 가지고 이를 구체적으로 실현하기 위한 진지한 노력을 다하였어야 할 것이고,안전진단 및 구조보강 공사 등이 실시되는 와중에도 적어도 교육시설로 활용하기 위한 계획 수립 등의 노력은 할 수 있었을 것으로 보임에도 그러한 노력을 다하였다고 볼만한 자료를 찾기 어렵다)등을 종합하면,설령 원고가 이 사건 부동산을 취득한 이후 교육부장관으로부터 안전관리 강화에 만전을 기하라는 취지의 내용을 통지받아 그에 따른 조치가 필요하였다 하더라도,원고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 부동산을 취득한 때로부터3년이 경과하는 동안 이 사건 부동산을 원고의 교육사업에 직접 사용하지 못한 데에‘정당한 사유’가 있다고 인정하기는 부족하고,달리 이를 인정할 증거가 없다.따라서 원고의 예비적 주장 역시 받아들이지 않는다.
3.결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
<별지>

관계 법령

■구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

① 「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서"학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제42조 제1항에 따른 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1.수익사업에 사용하는 경우

2.정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

부칙<법률 제14477호, 2016. 12. 27.>

제1조(시행일)

이 법은2017년1월1일부터 시행한다.다만,법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)

이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
■구 고등교육법(2020. 10. 20.법률 제17492호로 개정되기 전의 것)

제2조(학교의 종류)고등교육을 실시하기 위하여 다음 각 호의 학교를 둔다.
1.대학

2.산업대학

3.교육대학

4.전문대학

5.방송대학ㆍ통신대학ㆍ방송통신대학 및 사이버대학(이하“원격대학”이라 한다)

6.기술대학

7.각종학교

제22조(수업 등)

①학교의 수업은 학칙으로 정하는 바에 따라 주간수업,야간수업,계절수업,방송·통신에 의한 수업 및 현장실습수업 등의 방법으로 할 수 있다.
②제1항에 따라 학칙으로 방송·통신에 의한 수업방법 또는 학교 밖에서 이루어지는 수업방법을 정하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라야 한다.
제48조(수업연한)

①전문대학의 수업연한은 다음 각 호와 같다.
1.전문학사학위과정: 2년 이상3년 이하로 하되,수업연한을3년으로 하는 경우는 대통령령으로 정한다.
2.전문기술석사학위과정: 2년 이상

제49조(전공심화과정)

전문대학을 졸업한 사람의 계속교육을 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 전문대학에 전공심화과정을 설치ㆍ운영할 수 있다.
제49조의2(전문기술석사과정)

고숙련 기술 전문가의 양성을 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 전문대학에 전문기술석사과정을 설치ㆍ운영할 수 있다.
제50조의3(의료인 양성을 위한 과정의 수업연한 및 학위에 관한 특례)

①제48조 제1항에도 불구하고「의료법」제2조 제1항에 따른 의료인을 양성하기 위하여 전문대학에 수업연한을4년으로 하는 학과를 개설할 수 있다.
■고등교육법 시행령

제14조의2(수업 등)

법 제22조 제1항 및 제2항에 따라 방송ㆍ통신에 의한 수업방법 또는 학교 밖에서 이루어지는 수업방법에 관하여 학칙으로 정하려는 경우에는 수업 운영,학사 관리,교육 시설ㆍ설비 및 그 밖에 교육부장관이 정하는 사항에 관하여 교육부장관이 정하는 기준에 따라야 한다.끝.