정산금청구 (민사, 서울고등법원)
공포일: 2015.04.01 / 시행일:

【원고, 피항소인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 이제호 외 1인)
【피고, 항소인】 대한민국 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 길진오)
【제1심판결】 서울중앙지방법원 2014. 1. 10. 선고 2013가합518172 판결 
【변론종결】2015. 3. 4.
【주 문】
 1. 제1심판결 중 아래에서 지급을 명하는 금원을 초과하는 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
 피고는 원고에게 10,120,549,291원 및 이에 대하여 2012. 11. 22.부터 2015. 4. 1.까지는 연 6%, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.
 2. 피고의 나머지 항소를 기각한다.
 3. 소송총비용은 이를 5분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지 
 피고는 원고에게 12,650,686,614원 및 이에 대하여 2012. 11. 22.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 6%, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라. 
 2. 항소취지 
 제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】 1. 기초 사실 
 가. 당사자의 지위
 원고는 항공기, 우주선, 위성체, 산업용 가스터빈 및 그 부품에 대한 설계, 제조, 판매, 개조 등 항공 관련 사업을 수행하는 회사이고, 피고 산하 방위사업청은 방위력 개선사업, 군수물자의 조달 및 방위산업의 육성 등 방위사업을 주관하는 정부기관이다. 
 나. 한국형 헬기 개발사업의 개요 
 1) 목적 및 추진 경위
 피고는 노후화된 외국산 헬기를 국산화하여 전력화하는 것 외에도 군용헬기는 물론 민수헬기에도 사용할 수 있는 민·군 겸용 구성품을 개발하여 장차 민간에서 사용하는 헬기를 독자적으로 생산할 수 있는 기반을 마련하고자, 한국형 기동헬기를 국내 연구개발을 통하여 획득하는 것을 목표로 2005년경부터 한국형 헬기 개발사업(Korean Helicopter Program, 이하 ‘KHP사업’이라 한다)을 산업자원부(현 산업통상자원부)와 방위사업청의 주관 하에 국책사업으로 추진하였다. 
 2) 사업추진체계
 이 사건 KHP사업에 관하여, 원고, 국방과학연구소(이하 ‘국과연’이라 한다) 및 한국항공우주연구원(이하 ‘항우연’이라 한다)이 공동으로 개발주관사업자로 참여하였는데, 원고는 분담된 체계 및 구성품 개발업무 수행, 체계규격서 작성, 체계개발동의서 작성, 개발시험평가 수행 및 운용시험평가 지원을 통하여 체계개발을 종합적으로 주관하고 체계결합을 책임지는 역할을, 국과연 및 항우연은 이를 지원하고, 민·군 겸용 핵심구성품 및 군용 핵심구성품 일부를 책임지는 역할을 각각 담당하기로 하였다. 
 다. 한국형 헬기 민·군 겸용 핵심구성품 개발협약의 체결
 원고는 2006. 6. 7. 피고 산하 방위사업청(이하 ‘피고’라고만 한다)과 한국형 헬기 민·군 겸용 핵심구성품을 연구·개발하여 공급하는 내용의 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였는바, 그 주요내용은 다음과 같다. 
 ○ 총 협약금액 : 133,015,000,000원
 (정부출연 106,412,005,000원, 업체투자 26,602,995,000원)
 ○ 협약기간 : 2006. 6. 1.부터 2012. 6. 30.까지
 ○ 지체상금율 : 제조구매 1.5/1000, 용역 2.5/1000
 ○ 납품일자 2008. 10. 30.부터 2012. 6. 30.까지
 ○ 협약특수조건
 제2조(협약의 목적) 본 협약의 목적은 KHP사업 공동규정(산업자원부 및 방위사업청 공동훈령) 등에 의거 원고가 그 하도급업체들과 함께 한국형헬기 민·군 겸용 핵심구성품을 연구·개발하여 납품하는데 있으며, 피고는 원고에게 그 대가를 지급한다. 제4조(협약문서의 생략) 다음 사항은 협약서에 첨부되지 않더라도 본 협약의 일부로서 효력을 가진다. 다만 본 협약과 내용 상충시 본 협약조건이 우선한다. 1. KHP사업 공동규정(산업자원부 및 방위사업청 공동훈령) 1. 한국형헬기 민·군 겸용 구성품 개발사업 관리지침 제6조(계산기준의 적용) 협약보증금 설정, 지체상금 및 국산화위약금 부과 등의 계산기준은 정부 출연금과 업체 투자비를 합한 금액으로 하되, 정부 출연금 지급보증은 정부출연금을 기준으로 한다. 제7조(협약체결) ① 본 협약은 KHP 공동규정 및 한국형헬기 민·군 겸용 구성품개발사업관리지침 등에 의거 총 개발기간을 대상으로 체결하며, 연차별 정부출연금 및 업체투자금 등은 정부정책 및 예산규모를 감안하여 조정한다. ② 원고는 협약체결시 협약이행의 보증으로 협약금액의 100분의 10 이상의 금액을 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령(이하 ‘국가계약법 시행령’이라고 한다) 제37조 제2항의 규정에 의한 증권 또는 보증서로 납부하여야 하며, 보증기간은 협약기간 개시일부터 협약기간의 종료일 60일 이후까지 이어야 하고, 증권 또는 보증서의 수취인은 산업자원부장관으로 한다. ③ 협약보증금의 반환, 국고귀속 등에 대해서는 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법령상의 계약보증금 반환, 국고귀속 등의 조항을 준용한다. 제8조(정부출연금의 지급 및 관리) ⑩ 원고와 그 하도급업체들이 개발비를 분담(20%)하여 투자함에 따라 협약서에 명시된 정부출연금과 업체 투자금액 구분에 의거 피고는 원고에게 업체투자금을 제외한 정부출연금만을 협약대금으로 지급한다. 원고는 협약대금 청구시 분담비율에 따라 정부출연금과 업체투자금액을 별도 명시하여 청구하여야 하고, 정부출연금과 업체투자금액을 합한 금액으로 사용계획서 및 사용실적 증빙자료 등을 제출하여야 한다. 제9조(사업비의 확정 및 정산) ① 협약체결 시의 협약금액 이외의 초과비용은 인정하지 않는다. 다만 협약목적물 및 개발계획의 변경에 따른 초과비용이나 개발계획서 상의 물가상승, 환율변동, 기술변경, 소요변경 등의 차이에 의한 초과비용 등은 피고와 협의하여 사업비 증가에 따른 협약변경을 할 수 있으며, 피고(사업단)의 승인분에 한한다. ② 원고는 협약서상의 협약금액 범위 내에서 개발이 완료될 수 있도록 주도적으로 노력하여야 하며, 이를 위한 피고의 비용통제 활동에 적극 협조하여야 한다. ③ 원고와 그 하도급업체들은 피고가 원가정산을 위하여 요구하는 모든 원가 증빙자료를 제출하여야 한다. 만일 원고와 그 하도급업체들이 정당한 이유 없이 위 증빙자료를 제출하지 않거나 허위 증빙자료를 제출한 때에는 피고가 조사하여 결정한 원가를 확정원가로 한다. 또한 원고는 직접 인시수 관리를 위한 피고의 해당관리 활동에 적극 협조하여야 한다. ④ 원고는 다음 사항을 고려한 사업비 사용실적을 최종 협약기간 종료일로부터 3개월 이내에 피고에게 지출하고, 피고는 6개월 내에 협약금액을 확정한다. 다만 협약완료 이전이라도 필요할 경우 원고와 피고의 합의 하에 가정산을 실시할 수 있다. 또한 하도급업체들의 해당분에 대해서는 항목별로 최종납품이 완료된 후 원고와 피고의 합의하에 부분정산을 실시할 수 있다. 1. 공동연구사업으로서 외국기관이 지급한 사업비는 계약서 및 은행에서 발행한 송금영수증으로 갈음할 수 있다. 2. 비영리기관의 경우에는 사업비 사용실적 대신 공인회계감사보고서를 제출한다. 이 경우 회계감사보고서로 정산에 갈음하며, 회계감사보고서에는 공동규정, 관리지침 등의 규정에 따라 적정하게 사용되었는지를 감사한 공인회계사의 확인서가 첨부되어야 한다. ⑤ 피고는 원고가 제출한 사업비 사용실적 또는 공인회계사 감사보고서에 대한 검토를 실시하고 그 결과를 원고에게 통보한다. ⑥ 원고는 피고의 검토결과에 대해 이의가 있는 경우에는 통보일로부터 7일 이내에 피고에게 이의신청을 하여야 한다. ⑦ 피고는 원고의 이의신청 과정을 거쳐 사업비 정산을 확정하고 정부출연금 잔액이 있는 경우에는 환수 등 필요한 조치를 취한다. 제10조(감독 및 검사) ⑤ 원고는 적용규격서에 규정된 의무를 수행할 책임이 있으며, 기술관리기관은 이를 확인할 권한이 있다. 원고는 협약품목이 검사시점의 해당 적용규격서와 일치함을 보증하여야 하며 기술관리기관의 확인시 이를 입증하여야 한다. 제13조(납품) ① 납품은 검사 및 납품조서에 기술관리기관이 날인하고, 피고의 물품출납관이 검수 후 날인함으로서 완료된다. ② 제1항의 검수는 기술관리기관의 검사관의 검사에 합격한 협약목적물이 운송 중에 손상 또는 훼손을 입었는지 여부와 협약서 또는 납품서류상의 수량대로 납품되었는지 여부를 확인하는 업무를 말한다. 제15조(지체상금) ① 납품지체사항 발생시 지체상금부과 및 면제기준은 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법령 및 물품구매협약일반조건, 기술용역협약일반조건, 방위사업청의 관리규정 등을 적용한다. ② 지체상금은 지체된 품목의 협약금액에 지체일수 및 지체상금율을 곱하여 산출하며, 지체상금율은 해당 업무성격에 따라 제조·구매(1.5/1,000) 및 용역(2.5/1,000) 기준을 각각 적용한다. 제19조(보증) ① 원고는 검사와는 별도로 납품 후 체계개발완료시(2012. 6. 30.)까지 납품한 물품의 규격과 품질이 협약내용과 동일함을 보증하여야 한다. ② 제1항에 규정한 기간 내에 납품된 물품의 규격과 품질이 협약내용과 상이함이 발견되었을 경우 피고는 그 사실을 원고에게 통지하고 원고는 즉시 기술관리기관에 통보하며, 계획수립 및 조치를 강구하여야 한다. 피고는 기술관리기관과 협의하여 상당한 기간을 정하여 원고에게 당해 물품의 보수 또는 대체납품(교환)을 청구할 수 있으며, 피고는 필요한 경우 보수 또는 대체납품(교환)에 갈음하여 물품대금의 반환을 청구할 수 있다. ③ (전략) 보수 또는 대체납품이 불가능할 경우 원고 및 그 하도급업체들은 당해 물품의 가액을 반환하고, 당해 물품의 협약금액의 100분의 30에 해당하는 금액을 손해배상금으로 지급하여야 한다. 제24조(협약의 변경) ① 협약체결 후 피고와 원고는 협약변경이 필요한 경우 관리지침 등 관련규정에 따라 다음 사항을 포함하여 협약을 변경할 수 있다. 1. 개발목표, 총괄책임자, 협력업체, 위탁기관 등의 변경 2. 협약기간의 조정 3. 납기 및 납지 4. 납품물, 협약물품의 수량 및 협약금액 제27조(국산화율 향상 및 외화절약) ② 원고는 국산화계획에 의거 협약 후 3개월 이내에 작성, 제출 및 승인된 세부이행계획서상의 각 품목별로 국산화 목표를 달성하여야 한다. ③ 국산화 이행여부 판단은 협약서 및 세부이행계획서상의 개발대상 품목별 해당 국산화 이행범위를 기준으로 하며, 원고는 국산화 대상품목의 국산화 미이행시 당해품목 국산화 계획가격의 10%를 위약벌로서 피고에게 배상하여야 한다. 제32조(기술의 권리귀속 및 사용권) ① 본 개발 협약에 의해 획득 발생된 기술(소프트웨어 포함)에 대한 권리(원천기술 제외) 및 사용권은 피고에게 있으며, 협약기간 중 피고는 원고에게 기술자료의 보관, 관리 및 기술사용권을 본 사업 목적에 한하여 허여한다. 단, 피고의 권리 및 사용권을 원고에게 이전하거나, 원고가 사업목적 이외에 사용하고자 할 경우의 세부 절차는 관련 법령 및 규정에 따른다. ② 원고가 본 협약이행 중 획득 및 생성한 모든 기술자료는 기술관리기관의 관리하에 체계적으로 관리 및 보관하여야 하며, 권리가 피고에게 있는 기술자료는 협약 종료시 피고에게 인도하여야 한다. 다만 원고가 양산 또는 파생형 사업을 계속 수행할 경우에는 피고와 사전 협의하여 조치한다. 제44조(재판관할) 원고와 피고간에 분쟁이 발생하여 30일 이내에 협약당사자간의 합의가 이루어지지 아니한 때에는 소송에 의하여 해결하되, 그 관할법원은 서울중앙지방법원으로 한다. 제47조(개발비용 및 일정관리) ① 원고는 연구개발 비용 및 일정을 추적할 수 있는 성과관리체계(EVMS : Earned Value Management System)를 적용하여야 한다. ② 원고는 협약 체결 후 4개월 이내에 최초 성과관리계획서를, 2007년부터는 매년 11월 말까지 보완된 성과관리계획서를 작성하여 피고에게 제출하여야 한다. ③ 피고는 원고가 제출한 작업정의, 개발일정 및 예산할당(실제 소요예산 기준), 성과 측정방법 등의 성과관리계획서를 검토하여 승인한다. ④ 계획 승인 후 원고는 사업단의 업무수행지침에 의거하여 비용/일정 편차분석 보고서를 월별로 피고에게 제출하여야 한다. ⑤ 원고는 필요 시(비용 및 일정편차가 계획예산 대비 위험치 10%를 초과할 경우) 대책보고서를 첨부하여 제출한다. ⑥ 원고는 자료미비 및 일정 미준수 시에는 사유서를 첨부하고, 사유가 인정되지 못할 경우 이에 대한 조치사항을 수용한다. ⑦ 피고는 현시점의 비용 및 일정편차가 한계치를 초과하여 개발 성공이 어렵다고 판단되는 경우, 해당 품목에 대해 획득방법 변경(구매 혹은 개발 취소) 또는 재설계 요구 등의 조치를 할 수 있다. ⑧ 협약품목에 대한 하도급업체의 개발비용 및 일정보고는 원고와 하도급업체 간의 협약에 따라 처리한다. ⑨ 하도급업체에 대한 비용/일정 편차 분석보고서를 위한 자료는 원고가 종합하여 피고에게 제출하도록 한다. ⑩ 성과관리체계에서 비용으로 처리되지 아니한 실투입비용(AC : Actual Cost)은 개발비용의 원가 정산시에 포함시키지 않는다. 다만 부득이하게 성과관리체계에 처리되지 않은 실투입비용은 원가정산시 사업단의 승인 후 정산에 반영한다. 
 라. 이 사건 협약내용의 변경 
 원고와 피고는 위 협약기간 동안 한국형헬기 민·군 겸용 구성품 개발사업 관리지침 제7조에 따라 총 5차례에 걸쳐 당해년도 협약금액을 변경하였는바, 이는 당해년도 정부출연금 배정에 따른 것으로, 위 5차례의 조정에도 불구하고 이 사건 협약 당시 정하였던 총 협약금액과 정부출연금 및 업체투자금 액수에는 변함이 없었다. 
 마. 원고의 납품의무 이행 및 환차손 등으로 인한 초과비용 청구 
 1) 원고는 이 사건 협약에 따른 핵심 구성품 및 체계개발결과 완료된 설계 / 해석보고서, 시험평가 결과보고서를 2012. 6. 30.경 피고에게 납품하였다.
 2) 한편 원고는 이 사건 협약의 이행과정에서 지속적으로 피고에게 환율상승 등으로 인한 초과비용의 발생을 알렸고, 2012. 11. 21. 피고에게 초과비용 발생 등으로 인한 정산이 이루어져야 한다는 취지의 공문을 보냈으나 피고는 이에 응하지 아니하고 있다. 
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제9 내지 11호증, 갑 제20 내지 22호증, 을 제1 내지 3호증, 을 제9호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 2. 관련 법령 
 【국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률(이하 "국가계약법"이라 한다)】 제2조(적용 범위) 이 법은 국제입찰에 따른 정부조달계약과 국가가 대한민국 국민을 계약상대자로 하여 체결하는 계약(세입의 원인이 되는 계약을 포함한다) 등 국가를 당사자로 하는 계약에 대하여 적용한다. 제5조(계약의 원칙) ① 계약은 서로 대등한 입장에서 당사자의 합의에 따라 체결되어야 하며, 당사자는 계약의 내용을 신의성실의 원칙에 따라 이행하여야 한다. 제19조(물가변동 등에 따른 계약금액 조정) 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원은 공사계약·제조계약·용역계약 또는 그 밖에 국고의 부담이 되는 계약을 체결한 다음 물가변동, 설계변경, 그 밖에 계약내용의 변경으로 인하여 계약금액을 조정할 필요가 있을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 계약금액을 조정한다. 【국가계약법 시행령】 제4조(계약의 원칙) 각 중앙관서의 장 또는 그 위임·위탁을 받은 공무원(이하 "계약담당공무원"이라 한다)은 계약을 체결함에 있어서 법, 이 영 및 관계법령에 규정된 계약상대자의 계약상 이익을 부당하게 제한하는 특약 또는 조건을 정하여서는 아니된다. 제64조(물가변동으로 인한 계약금액의 조정) ① 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원은 법 제19조의 규정에 의하여 국고의 부담이 되는 계약을 체결(장기계속공사 및 장기물품제조 등의 경우에는 제1차계약의 체결을 말한다)한 날부터 90일 이상 경과하고 동시에 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 때에는 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 계약금액(장기계속공사 및 장기물품제조 등의 경우에는 제1차계약체결시 부기한 총공사 및 총제조 등의 금액을 말한다)을 조정한다. 이 경우 조정기준일(조정사유가 발생한 날을 말한다)부터 90일 이내에는 이를 다시 조정하지 못한댜. 1. 입찰일(수의계약의 경우에는 계약체결일을, 2차 이후의 계약금액 조정에 있어서는 직전 조정기준일을 말한다)을 기준으로 하여 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 산출된 품목조정률이 100분의 3 이상 증감된 때 2. 입찰일을 기준으로 하여 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 산출된 지수조정률이 100분의 3 이상 증감된 때 【항공우주산업개발 촉진법(이하 "항공우주산업법"이라 한다)】 제4조(항공우주산업의 육성) ① 정부는 항공우주산업의 육성을 위하여 다음 각호의 사업에 관한 시책을 추진하여야 한다. 2. 기동용회전익항공기·공격용회전익항공기의 개발에 관한 사업 ③ 정부는 제1항의 규정에 의한 항공우주산업의 육성을 위한 사업을 실시하는 자에 대하여 그 사업에 소요되는 비용의 전부 또는 일부를 출연할 수 있다. 【국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(대통령령, 이하 "연구개발규정"이라 한다)】 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "국가연구개발사업"이란 중앙행정기관이 법령에 근거하여 연구개발과제를 특정하여 그 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연하거나 공공기금 등으로 지원하는 과학기술 분야의 연구개발사업을 말한다. 10. "출연금"이란 국가연구개발사업의 목적을 달성하기 위하여 국가 등이 반대급부 없이 예산이나 기금 등에서 연구수행기관에 지급하는 연구경비를 말한다. 제9조(협약의 체결) ① 중앙행정기관의 장은 제7조에 따라 선정된 연구개발과제에 대하여 주관연구기관의 장이 선정 통보를 받은 날부터 1개월 이내에 주관연구기관의 장과 다음 각 호의 사항을 우선적으로 포함하는 협약을 체결하여야 한다. (후략) 
 3. 피고의 본안전항변에 관한 판단 
 피고는, 이 사건 협약은, 국가계약법이 적용되는 사법상 "계약"이 아니라, 항공우주산업법 제4조 제1항 제2호, 같은 조 제3항 및 연구개발규정 제2조 제1호, 제9조 제1항에 근거한 "협약"으로서, 공법상 법률관계에 해당하고, 또한 원고가 주장하는 이 사건 협약 특수조건 제9조 제1항에 근거한 정산금 지급 청구권은 피고(사업단)의 승인이라는 별도의 행정행위가 있어야만 인정되는 것으로서, 위와 같은 정산금의 지급을 구하는 이 사건 소는 공법상의 법률관계에 관한 소송인 행정소송법상 당사자소송에 의하여야 하므로, 민사소송으로 제기된 이 사건 소는 부적법하다고 주장한다.
 살피건대, 국가계약법에 따라 국가가 당사자가 되는 이른바 공공계약은 사경제의 주체로서 상대방과 대등한 위치에서 체결하는 사법상의 계약으로서 그 본질적인 내용은 사인 간의 계약과 다를 바가 없으므로(대법원 2012. 9. 20.자 2012마1097 결정 등 참조), 그와 관련된 법률관계는 민사소송의 대상이라고 할 것이다.
 그런데 이 사건 협약은, 산업자원부로부터 출연금 예산을 지원받아 이루어져 형식적으로는 연구개발규정 등에 근거한 "협약"의 형태로 체결되었지만, 실질적으로는 원고가 피고에게 한국형헬기의 민·군 겸용 핵심구성품을 연구·개발하여 납품하고, 피고가 원고에게 그 대가를 지급하는 내용으로, 피고가 우월한 공권력의 주체로서가 아니라 사경제의 주체로 원고와 대등한 입장에서 합의에 따라 체결한 사법상 계약의 성격을 지니고 있을 뿐만 아니라, 이 사건 협약 특수조건 제44조에서 협약 당사자 사이에 분쟁이 발생하여 소송에 의할 경우 그 관할법원을 서울중앙지방법원으로 한다고 명시하고 있는바, 이 사건 협약은 공법이 아닌 사법에 의한 규율을 받고 그에 관한 법률상의 분쟁은 민사소송의 대상이 된다고 할 것이므로, 피고의 위 주장은 이유 없다. 
 4. 본안에 관한 판단 
 가. 당사자의 주장
 1) 원고의 주장
 이 사건 협약은 국가계약법 제2조에 따라 "국가가 대한민국 국민을 계약상대자로 하여 체결한 계약"이므로 국가계약법이 적용되고, 이에 원고와 피고는 국가계약법 제19조의 취지를 반영한 이 사건 협약 특수조건 제9조 제1항의 조항을 두어 원고가 이 사건 협약에 따른 의무를 이행하는 과정에서 환율변동 및 물가상승 등 외부적인 요인에 의하여 협약금액을 초과하는 비용이 발생하는 경우 피고가 원고에게 해당 초과비용을 지급하기로 합의하였다. 
 만일, 위 특수조건이 반드시 피고(사업단)의 일방적인 의사에 따른 승인을 받은 초과비용만을 인정하는 취지이고, 승인이 없는 경우 어떠한 초과비용도 인정할 수 없다는 것이라면, 이는 ① 국가계약법 시행령 제4조 위반, ② 순수수의조건, ③ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률상 불공정행위, ④ 약관의 규제에 관한 법률 제6조 제1항, 제2항 제1호, 제11조 제1호 위반 등으로 무효이다. 
 그런데 원고가 이 사건 협약을 이행하는 과정에서 물가상승, 환율변동 등 외부적 요인으로 인하여 합계 12,650,686,614원의 초과비용이 발생하였으므로, 피고는 이 사건 협약 특수조건 제9조 제1항 및 국가계약법 제19조에 따라 원고에게 위 초과비용을 지급할 의무가 있다. 
 2) 피고의 주장
 이 사건 협약은 국가계약법상 "계약"이 아니라 항공우주산업법 제4조 제1항 제2호, 같은 조 제3항 및 연구개발규정 제2조 제1호, 제9조 제1항에 근거한 "협약"이므로, 이 사건 협약에는 국가계약법이 적용되지 않는다. 이에 따라 이 사건 협약 특수조건 제9조 제1항도 원칙적으로 초과비용을 인정하지 아니하고 다만 예외적으로 피고(사업단)의 승인분에 한하여서만 인정하는데, 원고가 주장하는 위 초과비용에 대하여는 피고(사업단)의 승인이 없었다. 따라서 피고는 원고에게 위 초과비용을 지급할 의무가 없다.
 나. 판단 
 1) 이 사건 협약의 성격
 가) 먼저 이 사건 협약이 국가계약법의 적용을 받는 사법상 계약인지, 과학기술기본법, 항공우주산업법, 연구개발규정 등에 근거하여 항공우주산업의 육성을 위하여 피고가 원고에게 그 사업에 소요되는 비용을 지원하기 위한 협약인지 여부에 관하여 살펴본다.
 나) 이 사건 협약 특수조건 중 ① 피고는 원고에게 총 협약금액의 80%에 해당하는 106,412,005,000원을 ‘정부출연금’으로 지급하고, 나머지 금액에 대해서는 ‘업체투자금’으로 원고가 부담하기로 한 점(제8조), ② 피고가 원고의 개발비용의 지출에 관하여 적극적으로 비용통제활동을 할 수 있고, 협약완료 후 사업비 정산절차를 거쳐야 하며 정산 결과 정부출연금 잔액이 있는 경우 피고가 환수 등 필요한 조치를 취하기로 한 점(제9조), ③ 원고의 연구개발 비용 및 일정을 추적할 수 있는 성과관리체계를 운용하도록 한 점(제47조) 등은 국가계약법의 적용을 받는 통상적인 제조물 공급 또는 용역계약에서는 볼 수 없는 내용들로서 이 사건 협약에는 합작투자계약적 요소가 포함되어 있음을 부정할 수 없다. 
 다) 그러나 한편, ① 이 사건 협약은 원고가 피고에게 한국형헬기의 민·군 겸용 핵심구성품을 연구·개발하여 납품하고, 피고는 원고에게 이에 대한 대가를 지급하는 것이 그 주된 목적인 점(제2조), ② 원고가 이 사건 협약에 따라 연구·개발하여 납품하는 핵심구성품 및 기술에 관한 모든 권리가 피고에게 귀속되는 점(제32조), ③ 원고에게 적용규격서와 일치하는 협약목적물을 납품할 의무가 있고, 원고가 협약기간을 준수하지 못할 경우 지체상금을 지급하여야 하며, 납품한 물품의 규격과 품질이 협약내용과 상이할 경우 피고에게 당해 물품의 보수 또는 대체납품 및 이에 갈음한 물품대금 반환 청구권, 손해배상청구권 등을 인정하고 있는 점(제10조, 제13조, 제15조, 제19조), ④ 실제로 피고는 원고가 제27조에 규정된 국산화율 준수의무에 위반하여 기어박스(주/중간/꼬리)와 구동축의 국산화율 목표를 달성하지 못하였음을 이유로 같은 조 제3항에 의한 위약벌을 부과하기도 한 점, ⑤ 원고가 피고에게 이 사건 협약 이행의 보증으로 이행보증금을 국가계약법 시행령 규정에 의한 증권 또는 보증서로 납부하여야 하는 점(제7조) 등의 사정을 종합하여 보면, 이 사건 협약은 산업자원부로부터 출연금 예산을 지원받아 이루어지는 과정에서 형식적으로는 연구개발규정 등에 근거한 "협약"의 형태로 체결되었지만, 실질적으로는 원고가 피고에게 한국형헬기의 민·군 겸용 핵심구성품을 연구·개발하여 납품하고, 피고가 원고에게 그 대가를 지급하는 것을 주된 내용으로 하는 특수한 형태의 혼합계약으로 봄이 상당하므로, 국가계약법의 적용을 받는 국가를 당사자로 하는 "사법상 계약"에 해당한다고 할 것이다. 
 2) 이 사건 협약 특수조건 제9조 제1항이 국가계약법 시행령 제4조에 위반되어 무효인지 여부
 가) 국가계약법 시행령 제4조는 "계약담당공무원은 계약을 체결함에 있어서 국가계약법, 그 시행령 및 관계법령에 규정된 계약상대자의 계약상 이익을 부당하게 제한하는 특약 또는 조건을 정하여서는 아니 된다"고 규정하고 있는바, 위 규정의 입법취지는 국가가 계약을 체결함에 있어 우월적인 지위를 이용하여 계약당사자의 이익을 부당하게 제한하는 것을 방지하여 계약상대자의 이익을 보호하는 데에 있는 점에 비추어, 위 법령에 규정된 계약상대자의 계약상 이익을 부당하게 제한하는 특약이나 조건은 효력이 없다고 봄이 타당하다(대법원 1998. 4. 28. 선고 97다51223 판결 참조).
 나) 이 사건 협약 특수조건 제9조 제1항으로 돌아와 살피건대, 이 사건 협약 특수조건 제9조 제1항이 원칙적으로 협약체결 시 협약금액 이외의 초과비용을 인정하지 않으면서, 다만 협약목적물이나 개발계획의 변경에 따른 초과비용과 개발계획서상의 물가상승, 환율변동, 기술변경, 소요변경 등의 차이에 의한 초과비용(이하, 후자의 초과비용을 ‘물가변동 등’이라고만 한다) 등의 예외적인 경우에는 협약변경과 피고의 승인절차를 거치는 것을 조건으로 인정할 수 있다는 취지로 규정하고 있음은 앞서 본 바와 같다. 그리고 앞서 본 바와 같이 원고도 협약금액의 20% 상당을 스스로 부담하고, 피고가 원고의 연구개발의 일정과 비용 지출을 적극적으로 관리·감독할 수 있으며, 협약완료 후 사업비 정산절차를 예정하고 있는 등 이 사건 협약이 갖고 있는 합작투자계약적 성격을 고려할 때, 협약체결시 협약금액 이외의 초과비용을 인정하지 않는다는 원칙을 정한 위 특수조건 제9조 제1항 본문의 규정은 국가계약법 시행령 제4조의 취지에 비추어도 그 효력을 부정할 것은 아니라고 할 것이다.
 그러나 위 특수조건 제9조 제1항 단서에서 물가변동 등의 경우에 대해서까지 협약내용의 변경과 피고의 승인을 조건으로 하여서만 초과비용을 인정하도록 한 것은, ① 앞서 본 국가계약법 제19조, 같은 법 시행령 제64조가 물가변동 등 계약금액 조정의 필요성이 있는 경우 국가는 반드시 소정의 기준과 절차에 따라 금액을 조정하여 줄 의무가 있는 것으로 규정하고 있는 점, ② 이 사건 협약 특수조건 제9조 제4항 내지 7항의 사업비 정산절차에 관한 규정에서 정산 결과 정부출연금 잔액이 있는 경우 피고는 환수 등 필요한 조치를 취한다고 규정하여 무조건적인 계약금액의 감액을 예정하면서 거꾸로 물가변동 등 외부적 요인에 의한 초과비용이 발생한 경우에는 협약변경과 피고의 승인을 조건으로 하여서만 증액을 인정하는 것은 형평에 반하는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 계약당사자 쌍방에게 중립적이고 불편부당한 조항이라기보다는 피고가 우월적인 지위를 이용하여 원고의 계약상 이익을 부당하게 제한하는 특약 또는 조건에 해당한다고 봄이 상당하므로, 위 특수조건 제9조 제1항 단서의 물가상승 등 해당 부분은 국가계약법 시행령 제4조에 위반되어 무효이다(위와 같은 사유로 이 부분을 무효라고 판단하는 이상 원고의 나머지 각 무효 사유 주장에 관하여는 따로 판단하지 않는다).
 다) 따라서 피고는 국가계약법 제19조, 같은 법 시행령 제64조에 따라, 이 사건 협약의 이행과정에서 원고에게 발생한 물가상승 및 환율변동 등의 외부적 요인에 의한 초과비용을 정산할 의무가 있다. 
 3) 초과비용의 발생 및 정산금 지급의 범위
 가) 앞서 든 각 증거와 갑 제9, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 협약과 관련하여 원고와 피고가 일련의 회의과정을 거친 결과 적용환율 등을 조정하여 산출한 초과비용은 원재료 구매 관련 13,317,727,494원(= 환차증가액 12,434,258,192원 + 일반관리비 528,117,428원 + 방산 이윤 355,351,874원), 물가상승 관련 3,138,923,319원이고, 절감한 비용은 3,805,964,199원(= 소요 변동 918,859,359원 + 제비율 변동 2,887,104,840원)인 사실이 인정된다. 
 그리고 앞서 기초사실에서 인정한 바와 같이, 원고는 이 사건 협약의 이행과정에서 지속적으로 피고에게 환율상승 등으로 인한 초과비용의 발생을 알렸고, 특히 2012. 11. 21. 피고에게 초과비용 발생 등으로 인한 정산이 이루어져야 한다는 취지의 공문을 보냈음에도, 피고가 이에 응하지 아니하고 있으므로, 원고는 위와 같이 12,650,686,614원(= 13,317,727,494원 + 3,138,923,319원 - 3,805,964,199원)의 초과비용이 발생하였음을 전제로 피고에게 그에 따른 정산금의 지급을 청구할 수 있다고 할 것이다.
 나) 한편 원고는 피고에게 위 초과비용 12,650,686,614원 전액을 정산금으로서 지급을 구하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 협약의 총 협약금액 중 피고의 출연금은 80%이고 나머지 20%는 원고 스스로 투자하도록 정하였고, 이 사건 협약 특수조건 제6조에서도 정부출연금의 지급보증은 정부출연금을 기준으로 한다고 규정하는 등 원고의 이 사건 한국형헬기 민·군 겸용 핵심구성품 연구·개발 납품의무에 대한 피고의 반대급부의 범위는 전체 비용의 80%에 한정된다고 봄이 상당한 점에 비추어 보면, 이 사건 협약금액에 대한 초과비용 역시 원고와 피고가 위 각 출연금의 비율에 따라 나누어 부담하여야 할 것이므로, 결국 피고는 원고에게 정산금으로 위 전체의 초과비용 중 80% 상당인 10,120,549,291원(= 12,650,686,614원 × 80%, 원 미만 버림)을 지급할 의무가 있다. 
 4) 소결론
 따라서 피고는 원고에게 초과비용 발생에 따른 정산금으로 10,120,549,291원 및 이에 대하여 위 지급통지일 다음날인 2012. 11. 22.부터 피고가 그 이행의무의 존부나 범위에 관하여 항쟁함이 상당하다고 인정되는 당심 판결 선고일인 2015. 4. 1.까지는 상법이 정한 연 6%, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 20%의 각 비율에 의한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
 5. 결 론 
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 위에서 인정한 부분을 초과하는 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 피고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 김필곤(재판장) 박연주 정동혁