법인세경정고지처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2019.08.14 / 시행일:

【원고, 항소인】 파산회사 주식회사 디케이코퍼레이션의 파산관재인 원고 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 이동훈 외 1인)
【피고, 피항소인】 역삼세무서장 (소송대리인 법무법인 위즈 담당변호사 강송미 외 1인)
【제1심판결】 서울행정법원 2018. 3. 30. 선고 2017구합72928 판결
【변론종결】2019. 6. 26.
【주 문】
 1. 제1심판결을 취소한다.
 2. 피고가 2016. 10. 17. 원고에게 한 2006사업연도 법인세 7,530,008,080원의 부과처분 중 3,679,636,470원을 초과하는 부분을 취소한다.
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 이 법원이 이 부분에 적을 판결 이유는 아래에서 고쳐 쓰거나 추가하는 부분 이외에는 제1심판결의 해당 부분 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다. 
 ○ 제1심판결서 2쪽 밑에서 9행 “법인세법”을 “구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부개정되어 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다)”으로 고쳐 쓴다. 
 ○ 제1심판결서 2쪽 밑에서 7행 “받았다“ 다음에 ”(이하 이 사건 환급 신청에 따라 이루어진 피고의 환급 결정을 ‘이 사건 환급 결정’이라 한다)“을 추가한다.
 ○ 제1심판결서 3쪽 2행 “법인세법”을 “국세기본법”으로 고쳐 쓴다.
 ○ 제1심판결서 3쪽 10~11행 “구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. … 같다)” 부분을 “구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부개정되어 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, ‘구 법인세법 시행령’이라 한다)”으로 고쳐 쓴다. 
 ○ 제1심판결서 3쪽 마지막 행 “2017. 11. 21.”을 “2016. 11. 21.”로 고쳐 쓴다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 1) 구 법인세법 제72조 제5항은 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준이 달라진 경우를 결손금 소급공제의 환수요건으로 규정하고 있지 않음에도, 구 법인세법 시행령 제110조 제6항은 법률이 정하지 아니한 환수요건을 새로이 창설하였다. 따라서 구 법인세법 시행령 제110조 제6항은 모법의 위임범위를 넘은 것으로 무효이고, 이 사건 처분은 무효인 위 시행령을 근거로 한 것이므로 위법하다. 
 2) 이 사건 처분은 2006사업연도 법인세에 대한 부과·징수처분에 해당하는데, 이 사건 처분은 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어진 것이어서 무효이다. 만일 이 사건 처분을 징수처분이라고 본다 하더라도, 이 사건 처분은 국세징수권의 소멸시효가 완성된 이후에 이루어진 처분으로서 무효이다. 
 3) 이 사건 처분은 2016. 10. 17.에 이루어졌는데, 주식회사 디케이코포레이션은 2014. 10. 16. 이미 파산선고를 받았다. 따라서 이 사건 처분에 따른 2006사업연도 법인세 및 이자상당액 청구권은 파산채권이나 재단채권 그 어느 것에도 해당하지 아니하므로, 피고는 이러한 청구권을 근거로 징수절차를 진행할 수 없다. 
 4) 이 사건 환급신청 및 2005사업연도에 대한 후발적 경정청구는 원고가 각 시점에서 할 수 있는 최선의 판단을 한 것이며 어떠한 부당한 목적으로 존재하지 아니하므로 법인세액을 과다하게 환급받은 ‘정당한 사유’가 존재한다. 따라서 이 사건 처분 중 적어도 피고가 과다환급세액에 대한 이자상당액을 부과한 부분은 위법하다. 
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
다. 인정 사실
 이 부분에 적을 판결 이유는 제1심판결서 8쪽 6~8행을 삭제하는 외에는 제1심판결의 해당 부분 이유 기재(제1심판결 이유 2. 다.항 부분)와 같으므로 이를 인용한다. 
라. 판단
1) 이 사건 처분에 적용되는 법인세법령
 세금의 부과는 납세의무 성립시, 즉 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조). 이 사건 처분은 2006사업연도 법인세에 대한 것이므로, 이 사건 처분에는 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 따로 특정하지 않는 한 같다) 제21조 제1항에서 규정한 원고의 2006사업연도 법인세 납세의무가 성립하였던 2006. 12. 31. 당시 유효한 법률인 구 법인세법과 구 법인세법 시행령이 적용된다. 
2) 구 법인세법 시행령 제110조 제6항이 무효인지 여부
 가) 특정 사안과 관련하여 법률에서 하위 법령에 위임을 한 경우에 모법의 위임범위를 확정하거나 하위 법령이 위임의 한계를 준수하고 있는지 여부를 판단할 때에는, 하위 법령이 규정한 내용이 입법자가 형식적 법률로 스스로 규율하여야 하는 본질적 사항으로서 의회유보의 원칙이 지켜져야 할 영역인지 여부, 당해 법률 규정의 입법 목적과 규정 내용, 규정의 체계, 다른 규정과의 관계 등을 종합적으로 고려하여야 하고, 위임 규정 자체에서 그 의미 내용을 정확하게 알 수 있는 용어를 사용하여 위임의 한계를 분명히 하고 있는데도 그 문언적 의미의 한계를 벗어났는지 여부나, 하위 법령의 내용이 모법 자체로부터 그 위임된 내용의 대강을 예측할 수 있는 범위 내에 속한 것인지 여부, 수권 규정에서 사용하고 있는 용어의 의미를 넘어 그 범위를 확장하거나 축소하여 위임 내용을 구체화하는 단계를 벗어나 새로운 입법을 한 것으로 평가할 수 있는지 여부 등을 구체적으로 따져 보아야 한다(대법원 2015. 8. 20. 선고 2012두23808 전원합의체 판결 등 참조). 
 나) 구 법인세법 제72조 제1항 본문은 “제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다.”고, 제3항은 “납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.”고, 제5항은 “납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.”고, 제6항은 “결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제110조 제2항은 “법 제72조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액’이라 함은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다. 1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액, 2. 직전 사업연도의 과세표준에서 법 제14조 제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전 사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 ‘소급공제 결손금액’이라 한다)을 차감한 금액에 직전 사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액.”이라고, 제6항은 “납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다.”고 규정하고 있다. 
 한편 2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정된 구 법인세법(이하 ‘개정 법인세법’이라 한다) 제72조 제5항은 그 제2호로 ‘결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 환급세액이 감소된 경우’를 환수요건으로 추가하였다. 
 이와 같이 구 법인세법 시행령 제110조 제6항은 구 법인세법 제72조 제5항에 규정되지 않은 ‘환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우’에도 과다한 환급세액상당액을 징수하도록 규정하였는데, 이 요건은 개정 법인세법에 이르러서야 법률상의 요건의 하나가 되기는 하였다. 그러나 ① 구 법인세법 제72조 제1항에서 결손금 환급신청의 요건을 규정하면서 ‘직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로’ 환급신청할 수 있다고 함으로써 결손금 환급신청 자체가 직전 사업연도와 연동된 것임을 확인할 수 있는 점, ② 이는 구 법인세법 제72조 제3항, 구 법인세법 시행령 제110조 제2항을 통하여도 확인되는 점, ③ 구 법인세법 제72조 및 구 법인세법 시행령 제110조 전체를 통하여 ‘직전 사업연도’의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우 당연히 당초의 환급세액이 달라진다는 것을 충분히 예상할 수 있는 점, ④ 납세의무에 관한 사항을 법률로 정함이 타당하기는 하나 일반적으로 예상되는 모든 사안에 대하여 법률로써 정할 수는 없는 점, ⑤ 개정 법인세법 제72조 제5항 제2호는 그동안 규정되어 있지 아니한 것을 새롭게 규정한 것이 아니라 시행령 등을 통하여 인정되는 것들을 국민이 알기 쉽게 하기 위하여 법률로써 정리한 것에 불과하다고 보이는 점 등을 고려할 때, 구 법인세법 시행령 제110조 제6항이 상위법령인 구 법인세법 제72조의 위임범위를 넘은 것으로서 무효라 판단할 수는 없다.
 따라서 이 부분 원고 주장은 이유 없다.
3) 이 사건 처분의 법적 성격
 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 부과·징수처분이라고 봄이 타당하다. 
 가) 결손금 소급공제 환급결정은 납세자의 권리·의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 행정처분에 해당한다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2013다206610 판결 참조). 그리고 이 사건 처분은 이 사건 환급 결정에 의한 환급세액을 개별세법인 구 법인세법에 의하여 2006사업연도 ’법인세’로서 환수하는 처분이다. 이 사건 처분에 의하여 피고는 원고에 대하여 조세채권을 갖게 되는데, 과세관청이 조세채권을 징수하기 위해서는 조세채권의 확정, 즉 이 사건에서는 과세관청의 부과처분이 필수적으로 선행되어야 한다. 그러므로 구 법인세법 제72조 제5항이 “당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 ‘징수’한다”고 규정하고 있을 뿐이라고 하더라도, 이는 부과·징수를 의미하는 것으로 새겨야 한다.
 나) 피고는 이 사건 처분이 이 사건 환급 결정을 직권으로 취소한 후 구 법인세법령에 따라 이를 징수하는 처분에 불과하다고 주장한다. 그러나 이 사건 환급 결정을 직권으로 취소하는 것만으로는, 피고가 원고에 대하여 공법상 부당이득반환채권을 취득하고 이에 근거하여 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제155220호로 개정되기 전의 것) 제51조 제8항에 따라 국세징수 절차를 준용한 환수절차로 나아갈 수는 있을지언정[위 대법원 2013다206610 판결에서 “과세관청은 결손금 소급공제 환급결정을 직권으로 취소한 이후에야 비로소 납세자를 상대로 착오환급 내지 과다환급한 환급세액을 강제징수할 수 있다”고 한 판시한 부분은 이러한 절차를 염두에 둔 것이다. 위 대법원 판결의 사안에서는 법인세법에 기한 환급세액의 환수처분이 불가능하였다(위 대법원 판결의 선행 사건인 대법원 2010. 12. 23. 선고 2010두17144 판결 참조)], 결손금이 발생한 ‘해당 사업연도에 대한 법인세’로서 징수할 조세채권을 취득한다고 볼 수는 없다. 그에 반해 구 법인세법 제72조 제5항과 같은 개별세법상 환수규정이 있는 경우 과세관청은, 국가의 부당이득반환채권이 성립되었는지를 따질 필요 없이, 위 법령이 규정한 요건을 갖춘 경우 곧바로 환급세액 상당을 법인세 형태로 부과하여 징수할 수 있는 것이다. 이와 다른 전제에서 하는 피고의 위 주장은 이유 없다. 
 따라서 아래에서는 이 사건 처분이 부과·징수처분임을 전제로, 이 사건 처분의 부과제척기간이 경과하였는지 여부를 살핀다. 
4) 부과체척기관 경과 여부
 가) 국세부과의 제척기간이 도과된 후에 이루어진 과세처분은 무효이다(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결, 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결 등 참조). 
 나) 이 사건 처분에 대하여는, 이 사건 환급 신청이 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하지 않는 한, 같은 항 제3호에 따라 5년의 부과제척기간이 적용된다. 한편 원고의 2006사업연도 법인세에 대한 부과제척기간 기산일은 구 국세기본법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20654호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3 제1항 제1호에 따라 그 과세표준신고기한 다음 날인 2007. 4. 1.이 된다. 
구 국세기본법 제26조의2 제1항의 입법 취지는, 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 같은 항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결, 대법원 2018. 3. 29. 선고 2017두69991 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 보건대, 앞서 인정한 사실만으로 원고가 이 사건 환급 신청으로써 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위를 한 것이라고 인정하기는 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 자료가 없다. 
 따라서 이 사건 처분에는 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이 사건 처분일은 2016. 10. 17.이므로 이 사건 처분은 부과제척기간 기산점인 2007. 4. 1.로부터 5년이 경과한 후에 이루어진 것임이 역수상 명백하다. 
 다) 이에 대하여 피고는, ① 이 사건 처분은 원고가 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제155220호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항의 후발적 경정청구를 한 데 따른 것으로 같은 법 제26조의2 제2항 제3호의 특례제척기간이 적용되거나, ② 구 국세기본법 제26조의2 제1항, 제5항 및 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호에 따라 제척기간의 기산점이 이 사건 처분이 있었던 당시가 되므로, 이 사건 처분은 제척기간 경과 전의 처분으로서 적법하다고 주장한다. 
 그러나 ① 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제155220호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제2항 제3호의 특례제척기간은 후발적 경정청구의 대상이 된 과세표준과 연동된 다른 과세기간에 대하여는 적용할 수 없는바(대법원 2004. 1. 27. 선고 2002두11011 판결 등 참조), 원고가 2005사업연도 법인세 과세표준과 세액에 대한 후발적 경정청구를 한 데 대하여 피고가 2005사업연도 법인세를 환급하는 결정을 하고, 이어서 이와 연동된 2006사업연도의 법인세 부과처분을 하게 된 이 사건 처분에는(즉, 이 사건 처분은 원고의 경정청구 사업연도와 같은 사업연도에 대한 법인세 부과처분이 아니다) 위 조항에 따른 특례제척기간을 적용할 수 없고, ② 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호에는 ‘의무불이행 등’이 요구되는데, 이 사건 처분은 원고의 후발적 경정청구에서 비롯된 것이지 원고에게 귀책사유로서 ‘의무불이행 등’이 있었다고 할 수 없으므로 위 조항 또한 적용할 수 없다. 피고의 위 주장은 모두 이유 없다.
 라) 결국 이 사건 처분은 부과제척기간을 경과한 것이어서 위법하다(이 부분 원고 주장을 받아들이는 이상, 원고의 나머지 주장에 관하여는 따로 판단하지 않는다).
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 원고가 구하는 바에 따라 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 배광국(재판장) 김종기 장철익