법인세부과처분취소 (세무, 인천지방법원)
공포일: 2022.01.20 / 시행일:

【원 고】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 광장 담당변호사 손병준 외 1인)
【피 고】 서인천세무서장
【변론종결】2021. 10. 21.
【주 문】
 1. 피고가 2019. 12. 2. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함) 중 ‘취소 청구세액’란 기재 각 금액 부분을 모두 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고의 지위 및 주주 구성
 1) 원고(변경 전 상호 : 상호 생략)는 1995. 12. 6. 수도권 신공항고속도로(이하 ‘이 사건 도로’라 한다)의 건설·관리 및 운영(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 목적으로 구 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법(1998. 12. 31. 법률 제5624호로 ‘사회간접자본시설에 대한 민간투자법’으로, 2005. 1. 27. 법률 제7386호로 ‘사회기반시설에 대한 민간투자법’으로 명칭이 변경되었다. 이하에서는 통틀어 ‘민간투자법’이라 한다)에 따라 설립된 법인이다.
 2) 이 사건 사업은 민간투자법에 따라 원고가 사업시행자로서 이 사건 도로를 건설하여 국가에 기부채납하는 대신, 이 사건 도로에 대하여 운영개시일로부터 30년간의 사회기반시설관리운영권(이하 ‘이 사건 관리운영권’이라 한다)을 설정받아 운영하는 방식으로 추진되었다. 
 3) 이 사건 도로가 2000. 11.경 준공됨에 따라 원고의 14개 출자사들 중 소외 1 회사를 비롯한 11개 건설사들(이하 ‘기존 출자사’라 한다)은 재무적 투자자들에게 원고 주식을 양도하는 방안을 검토하고 그중 대부분이 2003. 4.경 소외 2 회사 컨소시엄과 주식을 양수도하기로 합의하여, 원고의 출자사는 2003. 12. 23. 및 2003. 12. 26. 주식매매계약을 거쳐 기존 출자사 중 소외 3 회사, 소외 4 회사, 소외 5 회사(변경 전 상호 : 상호 생략)와 새로이 원고의 발행주식을 인수한 소외 6 회사, 소외 7 회사(변경 전 상호: 상호 생략), 소외 8 회사, 소외 9 회사(변경 전 상호 : 상호 생략)로 변경되었다(이하 통틀어 ‘이 사건 출자사’라고 한다).
 나. 원고의 자금재조달 경과
 1) 원고는 2003. 12. 24. 사업자금을 조달하고자 이 사건 출자사 및 소외 10 회사, 소외 11 회사와 선순위대출약정을 체결하고 8,400억 원을 연 9%의 고정금리로, 1,700억 원을 ‘기준금리 + 연 1.85%’의 변동금리로 각 차입하여(이하 ‘기존 선순위차입금’이라 한다), 기존 출자사들이 지급보증한 1조 3,000억 원의 채무변제에 사용하였다. 또한 원고는 2004. 1. 15. 40,838,095주에 관한 유상감자대금 조달하기 위해 이 사건 출자사와 후순위대출약정을 체결하고 2,144억 원을 13.9%의 고정금리로 차입하였다(이하 ‘기존 후순위차입금’이라 하고, 기존 선순위, 후순위차입금의 차입을 통틀어 ‘이 사건 1차 자금재조달’이라 한다).
 2) 이후 원고는 2015. 8. 24. 국토교통부와 사업수익률을 9.36%로 변경하고, 선순위차입금 1,438억 원에 대한 적용금리는 연 4.3%, 후순위차입금 2,144억 원에 대한 적용금리는 연 13.5%로 변경하기로 하는 등의 내용으로 이 사건 사업에 관한 실시협약 변경 합의(이하 ‘2005. 8. 24.자 실시협약’이라 한다)를 하였다.
 3) 원고는 이에 따라 2015. 8. 24. 유상감자대금을 조달하기 위해 소외 9 회사를 제외한 이 사건 출자사와 선순위대출약정을 체결하고 1,437억 5,700만 원을 연 4.3%의 고정금리로 차입하고(이하 ‘이 사건 선순위차입금’이라 한다), 기존 후순위차입금 잔액 1,608억 원을 일시 상환한 후 2015. 8. 24. 이 사건 출자사와 후순위대출약정을 체결하여 2,144억 원을 연 13.5%의 고정금리로 차입하였다(이하 ‘이 사건 후순위차입금’이라 하고, 이 사건 선순위, 후순위차입금의 차입을 통틀어 ‘이 사건 2차 자금재조달’이라 한다). 
 4) 원고는 2015 내지 2018 사업연도 법인세 신고 당시 이 사건 후순위차입금에 대한 지급이자를 모두 손금산입하였다.
 5) 인천지방국세청장은 2019. 4. 8.부터 2019. 8. 1.까지 원고에 대한 세무조사를 진행하여(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다), 원고가 이 사건 후순위차입금을 주주인 이 사건 출자사로부터 13.5%의 이자율로 차입한 것은 경제적 합리성을 결여한 특수관계자 간의 거래로서 부당행위에 해당한다고 보고, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제3항, 같은 법 시행규칙 제43조 제2항에 따라 이 사건 후순위차입금의 이자율 시가를 당좌대출이자율인 4.6%로 산정하였고, 이 사건 후순위차입금의 이자율 13.5%와 적정 시가인 4.6%의 차이에 해당하는 2015 내지 2018 사업연도의 아래와 같은 지급이자 상당액을 손금불산입하였다. 
구분2015 사업연도2016 사업연도2017 사업연도2018 사업연도손금불산입4,923,563,833원18,242,209,389원19,081,600,003원19,081,600,003원
 다. 교통관리·통행료 징수 시스템 및 교량계측관리 시스템 등의 구축·대체와 그 회계처리
 1) 한편, 원고는 이 사건 도로에 대한 관리운영의 일환으로 1999. 12.부터 2000. 12.까지 이 사건 도로에 ‘지능형 교통체계 시스템’ 및 ‘교량계약관리 시스템’ 등(이하 ‘이 사건 시스템’이라 한다)을 구축하였다. 이후 원고는 2008년 이 사건 시스템을 전반적으로 대체하고, 2014년부터 2018년까지 이 사건 시스템을 단위 설비별로 단계적으로 대체하였다. 
 2) 원고는 2014 내지 2018 사연연도 법인세 신고 당시 이 사건 시스템을 사업용자산인 기계장치로 분류하여 대체시점부터 내용연수 6년을 적용한 후 정률법으로 감가상각한 금액을 손금산입하여 신고하였다. 
 3) 그러나 인천지방국세청장은 이 사건 세무조사를 통해 이 사건 시스템은 ‘임차자산개량권’에 해당하고 따라서 기계장치의 내용연수로 감가상각비를 계산해서는 아니 되며 잔여 사용수익기간에 균등 상각한 후 이 사건 시스템의 대체가 완료된 시점에 미상각잔액을 일괄 상각하는 방식으로 하여야 한다고 보아 별지 2 기재와 같이 감가상각비를 재계산한 후 아래와 같이 2014 내지 2016 사업연도, 2018 사업연도의 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하였다. 
구분2014 사업연도2015 사업연도2016 사업연도2018 사업연도손금불산입1,312,487,054원619,302,687원236,222,593원3,709,170,457원
 라. 피고의 법인세 경정·고지
 인천지방국세청장은 이 사건 세무조사 결과를 피고에게 통보하였고, 피고는 위 나, 다항에서 손금불산입한 부분을 포함하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정결의한 후, 2019. 12. 2. 원고에게 별지 1 기재 ‘차감 고지세액’란 만큼의 법인세(가산세 포함, 이하 같다)를 경정·고지하였다(이하 위 나, 다항에서 손금불산입한 부분과 관련된 별지 1 기재 ‘취소 청구세액’란의 법인세 경정·고지 부분만을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 마. 전심절차
 원고는 2020. 2. 27. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2021. 2. 3. 원고의 심판청구를 기각하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 6, 7, 20 내지 24, 46, 47, 50, 51, 54, 56, 57, 59호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 당사자들의 주장 요지
 1) 이 사건 후순위차입금 지급이자의 손금불산입 부분
 가) 원고의 주장
 (1) 이 사건 후순위차입금의 이자율에 대해서는 선순위차입금과는 달리 만기·지급순위 차이로 인한 위험 프리미엄을 인정할 필요가 있고, △△회계법인 역시 이 사건 후순위차입금의 적정 이자율을 9.58% 내지 14.79%로 산정하였다. 반면, 피고가 시가라고 주장하는 당좌대출이자율 4.6%는 후순위차입금의 위험 프리미엄을 반영하고 있지 아니하고, 국토교통부의 요청으로 이 사건 도로 통행료를 1,000원 인하한 것에 따른 이익공유 효과 역시 반영되어 있지 않으므로 이를 시가에 해당한다고 할 수 없다. 
 (2) 따라서 이 사건 후순위차입금의 이자율은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 있으므로 이 사건 후순위차입금의 지급이자 중 당좌대출이자율을 초과하는 부분을 손금산입한 것을 부당행위계산으로 보아서는 아니 된다. 
 나) 피고의 주장
 (1) 이 사건 2차 자금재조달의 경우 이 사건 도로가 완공되어 현금흐름이 원활한 상태이고 사업위험도 현저하게 낮은 상황이므로, 이 사건 후순위차입금에 위험 프리미엄으로 인한 고율의 이자를 지급해야할 이유가 없다. 또한 이 사건 후순위차입금은 그 실질이 자본금이기 때문에 이를 열위인 채권으로도 볼 수 없어 일반적인 자금대여와 다르게 볼 필요도 없다. 
 (2) 따라서 이 사건 후순위차입금의 시가는 구 법인세법 시행령 제89조 제3항에 따라 당좌대출이자율이 되어야 하고, 이 사건 후순위차입금의 이자율은 적정 시가와 큰 차이를 보이므로, 이 사건 후순위차입금 중 당좌대출이자율을 초과하는 지급이자 부분을 손금산입한 것은 부당행위계산에 해당한다. 
 2) 이 사건 시스템 대체비용의 감가상각비 손금불산입 부분
 가) 원고의 주장
 (1) 사용수익기부자산에 대한 자본적 지출 여부는 기부한 자산이 아닌 기부채납에 대한 대가로서 획득하는 이 사건 관리운영권을 기준으로 판단하여야 하는바, 이 사건 시스템 대체비용은 이 사건 관리운영권의 내용연수 또는 현실적 가치를 증대시키는 것이 아니므로, 이는 자본적 지출이 아닌 수익적 지출에 해당한다. 그러므로 이 사건 시스템의 대체비용은 수익적 지출로서 대체가 이루어진 사업연도에 전액 손금산입 되어야 한다.
 (2) 설령 이 사건 시스템 대체비용이 사용수익기부자산인 이 사건 시설관리운영권에 대한 자본적 지출이라고 하더라도, 감가상각자산의 내용연수 전 기간에 걸쳐 비용을 배분하여야 하므로, 감가상각비 시부인을 함에 있어서도 이 사건 시설관리운영권의 운영기간인 2030년까지를 내용연수로 하여 계산하여야 할 것이다. 그런데 피고는 대체공사가 이루어지기 전인 2017년까지는 사용수익기부자산에 대한 내용연수(2030년까지)와 동일한 내용연수를 적용하여 정액법에 따라 매년 동일 금액을 감가상각 하다가 2018년 대체공사가 이루어지자 내용연수를 축소·변경하여 그때까지의 잔존가액을 일시에 손금산입하는 방법으로 감가상각 시부인을 하였는바, 이는 법인세법령상 아무런 근거가 없다. 또한 원고는 임차자산이 아니라 감가상각자산인 사용수익기부자산을 보유하고 있는 것이므로 이 사건 시스템 대체비용에 관하여는 임차자산개량권의 개념을 들일 필요가 없고, 이 사건 시스템 대체비용이 사용수익기부자산의 내용연수 동안 비용을 배분, 계상하여야 할 자본적 지출에 해당한다고 보더라도 대체공사 전·후로 내용연수를 변경하는 것은 당초 임차자산개량권 개념을 도입한 취지에 부합하지 아니한다.
 나) 피고의 주장
 (1) 이 사건 시스템 대체비용은 자본적 지출에 해당하고, 원고는 이로써 임차자산개량권이라는 사용수익기부자산을 취득한 것이라고 보아야 하므로 이를 전제로 감가상각을 함이 타당하고, 설령 원고가 주장하는 바와 같이 사용수익기부자산에 대한 자본적 지출 여부를 이 사건 관리운영권을 기준으로 판단한다고 하더라도, 이 사건 시스템 대체비용은 이 사건 관리운영권에 대한 자본적 지출에 해당하므로 잔여 사용수익기간에 균등 상각하여 감가상각비를 계산하여야 하는 것은 마찬가지이다. 
 (2) 원고는 이 사건 시스템 대체비용을 지출하여 새로운 시스템을 설치하면서 기존 시스템을 대체하여 이를 폐기하였다는 것이므로, 기존 시스템의 설치비용은 정액법에 따라 사용수익기간 동안 균등상각되다가 미상각잔액을 기존 시스템 폐기가 이루어진 사업연도에 일시 상각함이 타당하다.
 나. 관계 법령
 별지 3 기재와 같다. 
 다. 이 사건 후순위차입금 지급이자의 손금불산입 부분에 관한 판단
 1) 관련 규정 및 법리
구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(부당행위계산)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 제2항은 부당행위계산부인은 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격인 ‘시가’를 기준으로 한다고 규정하고 있다. 또한 같은 법 시행령 제88조 제1항 제7호는 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우를 부당행위계산의 한 유형으로 규정하고, 같은 시행령 제89조 제3항은 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율 또는 가중평균차입이자율을 금전의 대여 또는 차용시의 시가로 규정하고 있다.
구 법인세법 제52조 제1항에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결 등 참조).
 그리고 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 등 참조).
 2) 인정 사실
 앞서 든 증거 및 갑 제16, 26, 29 내지 35, 37 내지 39, 49, 52호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. 
 가) 기존 출자사들은 1995. 10. 27. 대한민국과 이 사건 도로 민간투자사업 시행을 위한 최초의 실시협약(이하 ‘최초 실시협약’이라 한다)을 체결하였고, 그에 따라 원고는 이 사건 사업의 시행자로 지정되어 이 사건 도로 및 부속시설에 대한 이 사건 관리운영권을 부여받았다.
 나) 원고는 2000. 12. 27. 대한민국과 민간투자법의 개정 및 1999년도 민간투자사업기본계획의 내용과 취지를 반영하기 위하여 아래와 같은 내용의 이 사건 사업 실시협약을 체결하였다(이하 ‘2000. 12. 27.자 실시협약’이라 한다). 
제2조(정의)20. 보장기준 통행료수입: 부록4에 명시되어 있는 특정 사업연도 추정 통행료수입의 90%를 말한다.제3조(사업시행자의 자격 및 권한과 권리)정부는 민간투자법, 같은 법 시행령, 시설사업기본계획 및 관리운영권에 의거하여 원고에게 다음 각 호의 행위를 할 수 있는 자격 및 권한과 권리를 설정, 부여한다.1. 실시계획 및 본 협약에 따른 이 사건 도로 및 그 유지보수, 관리운영을 위한 시설과 부속시설사업을 위한 시설의 설계와 건설3. 제1호에 따라 건설된 이 사건 도로 및 부속시설의 민간투자법 및 같은 법 시행령에 따른 무상사용4. 관리운영권에 의한 이 사건 도로의 유지관리·운영과 통행료의 부과, 징수를 위한 독점적권리제4조(무상사용)제3조 제3호의 무상사용기간은 운영개시일로부터 30년간으로서, 같은 기간동안 관리운영권이 존속하는 것으로 한다.제5조(소유권의 귀속 및 관리운영권의 종료)이 사건 도로 및 그 부속시설의 소유권은 준공확인필증교부일에 민간투자법, 같은 법 시행령, 시설사업기본계획 및 본 협약에 따라 정부에 귀속되며, 운영기간 종료 후 원고는 본 협약에 따라 이 사건 도로 및 부속시설의 사용권 및 관리운영권을 정부에 이양하여야 한다.제34조(운영개시일)운영개시일은 본 협약상 의무이행을 전제로 본 협약당사자가 합의하여 정한 2001. 1. 1.로 한다.제42조(교통관리 체계의 운영)① 원고는 이 사건 도로의 교통관리체계를 한국도로공사와의 협의하에 서울특별시, 인천광역시 및 인천국제공항 등 주변 도시의 교통관리체계와 연계하여 원고 부담으로 운용하여야 한다.제43조(사업수익률)이 사건 사업의 사업수익률은 세후실질수익률을 의미하며, 9.70%로 한다.제48조(통행료수입 보장 및 환수)② 정부는 민간투자법령, 민간투자사업기본계획 등에 따라 운영개시일로부터 20년의 기간동안 매 사업연도의 실제 통행료수입이 보장기준 통행료수입에 미달하거나, 환수기준 통행료수입을 초과하는 경우 그 부족분을 보장하거나 그 초과분을 환수한다.
 다) 이후 2003. 12.경 원고의 주주가 이 사건 출자사로 변경되었고, 2003. 12. 24. 및 2004. 1. 15. 이 사건 1차 자금재조달이 이루어졌다. 이에 따라 원고는 2004. 4. 21. 대한민국과 이 사건 1차 자금재조달 결과를 반영하기 위하여 아래와 같은 내용으로 2000. 12. 27.자 실시협약을 변경하는 내용의 변경실시협약을 체결하였다(이하 ‘2004. 4. 21.자 실시협약’이라 한다). 
제2조(정의)20. 보장기준 통행료수입: 부록4에 명시되어 있는 특정 사업연도 추정 통행료수입의 80%를 말한다.제48조(통행료수입 보장 및 환수)② 정부는 민간투자법령, 민간투자사업기본계획 등에 따라 운영개시일로부터 20년의 기간동안 매 사업연도의 실제 통행료수입이 보장기준 통행료수입에 미달하는 경우 그 부족분을 보장하거나 환수통행료수입을 환수한다.
 라) 중부지방국세청장은 2010. 11.경 피고에 대한 정기감사를 진행하여, 원고의 기존 선순위차입금 이자율 9%를 기준으로 만기프리미엄 0.65%, 후순위프리미엄 시가반영 1.62%를 반영하여 기존 후순위차입금 이자율의 적정 시가를 11.27%(= 9% + 0.65% + 1.62%)로 산정하였고, 원고가 기존 후순위차입금을 주주들로부터 13.9%로 차입한 것은 경제적 합리성을 결여한 특수관계자 간의 거래로서 부당행위계산에 해당한다고 보았다. 이에 따라 피고는 기존 후순위차입금 이자율 13.9%와 적정 시가인 11.27%의 차이에 상당하는 2005 내지 2010 사업년도까지의 지급이자를 손금불산입하여, 원고에게 2011. 1. 12. 2005 사업년도 법인세 2,430,543,430원을, 2011. 7. 12. 2006 내지 2010 사업연도 법인세 합계 6,966,707,390원을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 종전처분’이라 한다).
 마) 원고는 2013. 7. 10. 인천지방법원 2013구합10810호로 이 사건 종전처분에 대한 취소소송을 제기하였는데, 위 법원은 2014. 8. 29. 기존 후순위차입금 이자율의 적정 시가가 피고가 주장하는 11.27%라고 보기 어렵고, 원고가 주장하는 이자율 13.9%가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라고 할 수 없다는 이유로 원고의 청구를 모두 인용하는 판결을 선고하였다. 피고는 이에 불복하여 항소 및 상고를 하였으나, 2015. 5. 27. 서울고등법원 2014누63574호로 항소기각 판결을, 2018. 7. 20. 대법원 2015두45298호로 상고기각 판결을 각 선고받았다. 
 바) 한편, 국토해양부는 2013. 1.경 민자고속도로 통행료 부담 경감 및 최소 운영수입보장금(Minimum Revenue Guarantee, 이하 ‘MRG’라 한다) 최소화를 위한 대책회의를 개최하였고, 2013. 1. 25. 원고에게 위 대책회의 결과에 따라 단기적으로 선순위차입금 이자율을 최대한 낮은 이자율로 변경하고, 사업수익률 인하를 위해 사업재구조화 방안을 마련할 것을 요청하였다. 이에 원고는 국토해양부에게 선순위차입금 이자율 변경 및 사업수익률 인하를 위한 사업재구조화는 어렵고, 다만 통행료 부담 완화 및 MRG 최소화 등은 협의 가능하다는 입장을 회신하였다. 
 사) 국토교통부는 2013. 12. 31. 원고에게 2013년도 민간투자사업기본계획 제51조에 따라 자금재조달 추진방안 및 통행료 인하 방안을 마련할 것을 요청하였고, 원고는 2014. 3. 18. 국토교통부에게 ‘기존 선순위차입금의 상환 후 관계법령이 허용하는 범위 내에서 유상감자 등을 통한 자본금 변경을 위하여 신규로 차입금을 조달하고, 기존 후순위차입금을 상환한 후 조건을 변경한 신규 후순위차입금을 조달하는 방식을 통해 현금흐름을 개선하고 통행료 혹은 MRG를 인하’하겠다는 내용의 자금재조달 계획서를 제출하였다. 그러나 국토교통부는 2014. 3. 31. 원고에게 위 재금재조달 계획이 자금재조달의 목적을 달성하기에 미흡하다는 등의 이유로 이를 보완할 것을 요청하였고, 원고는 2014. 5. 29. 국토교통부에게 선순위차입금의 이자율을 조정하고(7.0%에서 5.8%로), 공유이익의 규모를 확대한 수정·보완 자금재조달 계획서를 제출하였다. 
 아) 이를 바탕으로 원고 및 이 사건 출자사, 국토교통부는 2014. 10. 29.부터 2015. 6. 10까지 이 사건 2차 자금재조달과 관련한 10차례의 협상을 진행하였고, 그 결과 원고는 2015. 8. 24. 국토교통부와 이 사건 도로 통행료를 신공항 영업소 기준 7,600원에서 6,600원으로 인하하고, 자본구조를 아래와 같이 변경하기로 하는 내용으로 2015. 8. 24.자 실시협약 및 통행료조정 변경 합의를 각 체결하였다.
구분기존 자본구조, 사업수익률변경된 자본구조, 사업수익률금액금리금액금리자본금2,198억 원-760억 원-선순위차입금1조 100억 원9%1,438억 원4.3%후순위차입금2,144억 원13.9%2,144억 원13.5%사업수익률9.7%9.36%
 자) 이후 원고는 국토교통부의 승인을 얻어 이 사건 2차 자금재조달을 진행하였는데, 당시 기존 선순위차입금 1조 100억 원은 모두 상환된 상태였고, 기존 후순위차입금 2,144억 원 중 536억 원을 상환하여 1,608억 원만이 채무로 잔존해 있었다. 원고는 그러한 상황에서 실시계획 변경 합의에서 정한 바에 따른 자본금 변경 등을 위하여 28,751,400주에 대한 유상감자를 실시하고, 이에 대한 재원마련을 위해 2015. 8. 24. 소외 9 회사를 제외한 이 사건 출자사로부터 이 사건 선순위차입금 1,437억 5,700만 원을 4.3%의 고정금리로, 상환기간을 2017. 2. 27.부터 2026. 11. 27.까지로 정하여 차입하였으며, 같은 날 이 사건 출자사로부터 이 사건 후순위차입금 2,144억 원을 13.5%의 고정금리로, 상환기간을 2027. 2. 27.부터 2028. 11. 27.까지로 정하여 차입하였다. 
 차) 이 사건 선순위차입금 및 후순위차입금의 지급순위·조건에 관한 대출약정의 주요 내용은 아래와 같다.
〈이 사건 도로 민간투자시설사업 선순위대출약정서(이하 ‘선순위대출약정서’라 한다)〉제1조 정의‘후순위’라 함은 차주가 금전을 차입(채권발행을 포함함)에 있어 그 원금 상환이 제14조 제6항 제3호에 정한 요건이 충족된 경우에만 가능한 조건을 말한다.제14조(소극적 준수사항)제6항(지급의 제한)3. 차주는 대리은행의 사전 서면동의가 없는 한, 피담보채무 전액이 상환될 때까지 후순위대출금의 원금을 지급할 수 없다.〈이 사건 도로 민간투자시설사업 후순위대출약정서(이하 ‘후순위대출약정서’라 한다)〉제2조(대출약정)제4항(후순위 조건)이 약정서의 제 규정에도 불구하고, 후순위금융서류상 후순위대주가 가지는 차주에 대한 일체의 권리와 차주가 후순위대주에게 부담하는 일체의 의무는, 선순위 대출약정서상 선순위대주가 가지는 차주에 대한 당해 시점까지 만기도래한 선순위대출원리금에 관한 일체 권리와 차주가 선순위대주에게 부담하는 당해 시점까지 만기도래한 선순위대출원리금에 관한 일체의 의무 각각에 대하여 이 약정서에 기술된 바와 같이 후순위적 지위에 있으며, 이 약정서에 따른 차주의 채무는 선순위 대출약정서에서 정한 조건이 충족된 경우에 한하여 후순위금융서류에서 정한 조건에 따라 지급되거나 상환되어야 한다. 또한, 선순위대출대리은행의 사전 사면 동의가 없는 한, 차주는 후순위대출금을 조기에 상환할 수 없으며, 차주 또는 후순위 대주는 후순위대출약정금을 취소할 수 없다.제11조(기한의 이익 상실)제2항(기한의 이익 상실 사유 발생의 효과)1. 기한의 이익 상실 사유 중 어느 하나라도 발생하는 경우, 후순위대리은행은 후순위대주 전원의 서면지시에 따라 다음과 같은 조치를 취할 수 있다. 다만, 후순위대리은행은 선순위대출약정서에 따라 선순위대출금이 인출된 이후에는 선순위대출금이 상환되기 전까지는 선순위대출약정서 제15조 제2항에 의한 기한의 이익의 상실 선언이 되기 전에는 본 항에 의한 아래 각 호의 조치를 취할 수 없다. 〈각 호 생략〉
 카) 원고와 대한민국이 2015. 8. 24. 이 사건 도로 통행료를 신공항 영업소 기준 1,000원 인하하는 내용의 통행료 조정 합의를 함에 따라 추정통행료 수입은 아래와 같이 감소하게 되었다. 
기존 추정통행료 수입변경된 추정통행료 수입연도금액연도금액20151,985억 원20151,738억 원20162,044억 원20161,790억 원20172,111억 원20171,849억 원20182,178억 원20181,907억 원20192,247억 원20191,968억 원2020~20302,318억 원2020~20302,030억 원
 타) 한편 △△회계법인은 2015. 9.경 구 국제조세 조정에 관한 법률(2021. 1. 1. 법률 제17651호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다)의 ‘정상가격’ 산정 방법을 차용하여 비교가능 제3자 가격방법을 통해 이 사건 후순위차입금의 이자율 정상가격을 산정하려고 하였고, 이 사건 선순위차입금 이자율(4.36%)에 비교대상 자산유동화증권(ABS)의 지급순위 차이로 인한 프리미엄(4.75% ~ 9.70%)과 이 사건 선순위·후순위차입금 만기차이로 인한 프리미엄(0.47% ~ 0.73%)을 가산하는 방법으로 정상이자율을 계산하여, 9.58% 내지 14.79%를 정상이자율의 범위로 산정하였다.
 3) 구체적 판단
 위 인정사실과 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 의하면, 피고가 주장하는 당좌대출이자율을 이 사건 후순위차입금에 대한 적정 시가라고 보기 어려울 뿐만 아니라, 이 사건 후순위차입금 이자율 13.5%가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라 보기도 어려우므로, 피고가 이 사건 후순위차입금의 지급이자 중 당좌대출이자율을 초과하는 부분을 손금산입한 것을 부당행위계산으로 볼 수 없다.
 가) 민간투자사업에 있어서 사업시행자가 주주로부터 차입하는 후순위차입금은 일반적인 자금대출과는 다른 특수성이 있고, 선순위차입금과도 그 지급조건, 상환기간 등에 있어서 불리한 지위에 있다. 특히 선순위대출약정서 제1조, 제14조 제6항 제3호, 후순위대출약정서 제2조 제4항, 제11조 제2항의 규정에 의하면, 이 사건 후순위차입금의 원금상환은 이 사건 선순위차입금의 피담보채무 전액이 상환되지 아니하는 한 불가능하고, 기한의 이익이 상실되는 경우에도 후순위차입금 원금상환조건이 충족되는 경우에 한하여 원금을 상환할 수 있으며, 이 사건 선순위차입금은 1.25년 거치 10년 분할상환으로 그 상환기간이 2017. 2. 27.부터 2026. 11. 27.까지인데 반하여, 이 사건 후순위차입금은 11.25년 거치 2년 분할상환으로서 그 상환기간이 2027. 2. 27.부터 2028. 11. 27.까지이므로 상환기간에서도 큰 차이를 보이고 있다. 그러므로 이 사건 후순위차입금을 일반적인 자금대여의 경우와 동일선상에서 비교하기는 어려운 측면이 있다. 
 나) 피고는 원고의 재무상황 및 사업 성숙도 등을 고려하면 이 사건 후순위차입금에 대한 위험 프리미엄 등을 인정할 수 없다고 주장한다. 그러나 원고와 국토교통부 사이의 2015. 8. 24.자 통행료 조정 합의로 인하여 이 사건 도로의 통행료가 신공항 영업소 기준으로 1,000원 감소하였고, 그에 따라 추정 통행료수입 역시 매년 246억 원 내지 288억 원가량 감소하게 되었다. 원고는 추정 통행료수입의 80%를 보장기준 통행료수입으로 삼아 실제 통행료수입이 이에 미달할 경우 차액을 보장받게 되는데, 추정 통행료수입의 감소는 보장기준 통행료수입의 감소로 이어지고 최종적으로 원고의 수익 감소로 귀결될 가능성이 높다는 점에서, 이는 이 사건 후순위차입금의 위험 프리미엄을 증가시키는 요소라고 볼 수 있다. 
 또한 2000. 12. 27.자 실시협약 제4조, 제34조, 제48조 제2항 및 2004. 4. 21.자 실시협약 제3.2조에 의하면 원고는 운영개시일인 2001. 1. 1.부터 2030. 12. 31.까지 30년 동안 이 사건 도로를 무상사용·관리운영할 수 있으나, MRG 보장기간은 2001. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지 20년으로서 2021년부터는 MRG의 보장을 받을 수 없게 된다. 그런데 이 사건 후순위차입금 원금의 분할상환은 2027. 2. 27.부터 이루어지게 되는바, 원고는 MRG를 보장받지 못하는 상황에서 이 사건 후순위차입금의 원금을 상환해야 하므로, 그에 따라 채무불이행의 위험이 상승하게 된다고 볼 수도 있다. 
 나아가 2020. 3.부터 2021. 2.까지 코로나바이러스-19 확산 사태로 인하여 원고의 이 사건 도로 통행료수입은 직전 연도 같은 기간에 비해 총 618억 원(직전 연도 대비 40.74%) 감소한 것으로 나타나 있는데(갑 제69호증의 1 참조), 이를 통해 국제공항고속도로라는 특성상 이 사건 도로에 대한 수요는 국제적 환경, 경제상황 등에 따라 유동적일 수밖에 없으며, 원고의 통행료수입 및 현금흐름 역시 가변적일 수 있음을 알 수 있다. 따라서 피고가 주장하는 바와 같이 이 사건 사업의 현금흐름이 안정되어 있고 원고의 순자산, 잉여금 누계, 배당금 지급액이 이 사건 1차 자금재조달과 비교하여 모두 개선된 사정이 있다고 보더라도, 11.25년 거치 2년 분할상환 조건인 이 사건 후순위차입금의 차입구조에 비추어 볼 때, 상환시점에 이르러서도 원고의 재무상황이 그와 같이 양호하리라고 속단하기는 어렵다. 
 피고는 이 사건 후순위차입금을 일반적인 자금대여와 동일하게 보아 어떠한 위험 프리미엄의 가산도 없이 당좌대출이자율 자체를 적정 시가라고 보았으나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 후순위차입금에는 여러 위험요소들을 감안할 때 위험 프리미엄을 인정할 여지는 충분하다고 보인다. 
 다) △△회계법인은 국제조세조정법령을 차용하여 이 사건 후순위차입금 이자율의 정상가격을 9.58% 내지 14.79%로 산정하였는데, 이러한 국제조세조정법령을 차용한 정상가격 산출 결과가 불합리하다고 볼 만한 자료를 찾을 수 없는바, 따라서 정상이자율 범위 내에 있는 이 사건 후순위차입금 이자율을 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라 단정할 수 없다. 
 라) 국토교통부는 원고에게 자금재조달 및 사업수익률 조정을 통한 통행료, MRG 인하를 요청하였고, 그 결과 이 사건 2차 자금재조달이 이루어지게 된 것이다. 이 과정에서 원고와 국토교통부는 이 사건 도로 통행료를 신공항 영업소 기준 1,000원 인하하는 통행료 조정 합의를 하였고, 그에 따라 추정 통행료수입 및 MRG 역시 감소하게 되었다. 그런데도 통행료 인하에 따른 MRG 감소는 고려하지 않고 이 사건 후순위차입금 이자율만을 부당하게 고율로 산정된 것이라고 보아 법인세를 부담시키게 된다면 자금재조달을 통한 이익공유라는 본래의 목적을 달성하기 어렵게 될 우려도 있다고 보인다.
 마) 피고는 원고의 재무상황·사업구조 등을 고려하였을 때 이 사건 후순위차입금은 일반적인 자금대여와 달리 볼 이유가 없다는 전제 하에, 구 법인세법 시행령 제89조 제3항에서 정한 당좌대출이자율 자체를 이 사건 후순위차입금에 대한 적정 시가로 보았다. 그러나 위 규정은 특수관계자 사이의 일반적인 자금대여의 경우를 상정한 것으로서, 거래의 다양성 등을 고려할 때 모든 특수관계자 사이의 자금의 대여 또는 차용의 경우에 획일적으로 적용하기는 어렵고, 이 사건의 경우 앞서 본 바와 같이 이 사건 후순위차입금은 지급순위, 만기 등에서 열위에 있고, 별도의 위험 프리미엄 등을 가산하여야 한다는 점을 고려하면 더더욱 당좌대출이자율이 그 시가로서 적정하다고 단정하기는 쉽지 아니하다.
 바) 그리고 이 사건 2차 자금재조달은 기존 후순위차입금 잔존액 1,608억 원을 일시 상환하고 이 사건 후순위차입금 2,144억 원을 다시 차입한 것으로서, 기존 후순위차입금과 이 사건 후순위차입금의 성질은 사실상 동일하다고 할 것이다. 피고는 기존 후순위차입금에 대한 이 사건 종전처분 당시 선순위차입금의 이자율에 만기 프리미엄, 후순위 프리미엄을 가산하여 11.27%를 적정 시가라고 보아 계산한 적이 있는바, 기존 후순위차입금과는 달리 이 사건 후순위차입금에 대해서만 자본금의 성질을 갖는다고 보아 당좌대출이자율을 적정 시가로 인정하여야 할 합리적 근거도 없다. 
 4) 소결론
 따라서 이 사건 후순위차입금의 지급이자 중 당좌대출이자율을 초과하는 부분을 손금으로 산입한 것을 부당행위계산으로 볼 수 없는 이상, 2015 내지 2018 사업연도의 이 사건 후순위차입금의 지급이자는 모두 손금에 산입되어야 하고, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분 중 이 사건 후순위차입금 지급이자의 손금불산입 부분은 위법하다. 
 라. 이 사건 시스템 대체비용의 감가상각비 손금불산입 부분에 관한 판단
 1) 관련 규정 및 법리
구 법인세법 제23조 제1항, 제3항에 의하면 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 고장자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계산한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 상각범위액 범위 안에서 당해 사업연도 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하게 된다. 또한 같은 법 시행령 제24조 제1항 제2호는 위 고정자산 중 하나로 사용수익기부자산가액을 ‘금전외의 자산을 국가 또는 지방자치단체 등에게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 해당 자산의 장부가액’이라 규정하고 있다. 이때 같은 시행령 제26조 제1항 제7호에 의하면 사용수익기부자산가액은 당해 자산의 사용수익기간에 따라 균등하게 안분한 금액을 상각하는 방법으로 상각범위액을 계산하게 된다. 
구 법인세법 시행령 제72조 제5항 제2호는 법인이 보유하는 자산에 대하여 같은 시행령 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액을 취득가액으로 보도록 하고 있고, 같은 시행령 제31조 제2항은 자본적 지출을 ‘법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비’라 규정하면서, 그 예시로서 ① 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, ② 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치, ③ 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치, ④ 기타 개량·확장·증설 등 앞선 사례와 유사한 성질의 것을 들고 있다. 한편 법인세법 시행규칙 제17조는 ① 건물 또는 벽의 도장, ② 파손된 유리나 기와의 대체, ③ 기계의 소모된 부속품 또는 벨트의 대체, ④ 자동차 타이어의 대체, ⑤ 재해를 입은 자산에 대한 외장의 복구·도장 및 유리의 삽입, ⑥ 기타 조업가능한 상태의 유지 등 위와 유사한 것을 수익적 지출로 규정하는 한편, 수익적 지출의 경우 자본적 지출에 해당하지 않는다고 규정하고 있다. 
 한편, 구 법인세법 시행령 제31조에 따라 즉시상각이 의제되는 자본적 지출인지 아니면 즉시상각이 의제되지 아니하는 수익적 지출에 해당하는지 여부는 먼저 위의 각 지출비용이 법인이 소유하는 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위하여 지출한 비용인지 아니면 당해 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용인지 여부를 가려서 이에 따라 결정하여야 할 것이고 그와 같은 구분이 분명하지 아니한 경우에는 구 법인세법 시행령 제31조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제17조의 규정에 따라 판단하여야 한다(대법원 1988. 12. 20. 선고 88누520 판결, 대법원 1985. 3. 12. 선고 84누151 판결 등 참조).
 2) 구체적 판단
 가) 먼저 이 사건 시스템 대체비용이 사용수익기부자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 것인지 혹은 수익적 지출에 해당하는 것인지에 관하여 보건대, 앞서 든 각 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 시스템 대체비용은 자본적 지출에 해당하는 것이라고 봄이 타당하다.
 (1) 구 법인세법 시행령 제31조 제2항에 의하면 자본적 지출은 ‘법인이 소유하는 감가상각자산’에 대하여 지출한 수선비를 말하며, 같은 시행령 제24조 제1항 제2호 사목에 의하면 사용수익기부자산은 무형고정자산으로서 감가상각자산에 해당되는바, 원고의 경우 이 사건 도로 및 부속시설을 준공과 동시에 대한민국에 기부채납하고 이 사건 관리운영권만을 취득하였으므로, ‘법인이 소유하는 감가상각자산’이란 사용수익기부자산으로서 원고가 소유한 이 사건 관리운영권을 의미한다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 시스템 대체비용이 이 사건 관리운영권의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키는 비용에 해당하는지, 아니면 원상을 회복하거나 능률유지를 위하여 지출한 비용에 해당하는지를 기준으로 위 비용의 성격을 판단하여야 한다. 
 (2) 자본적 지출은 당해 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키므로 수익·비용대응의 원칙에 따라 그와 같은 지출에 따라 기존 감가상각자산에 합산하여 구 법인세법 제23조 제1항 본문 및 구 법인세법 시행령 제26조에 따라 감가상각을 통해 손금에 산입하거나, 그 지출액을 손금으로 계상한 경우에는 구 법인세법 시행령 제31조 제1항에 따라 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산하게 되는 것이다. 그에 반하여 수익적 지출은 그 지출의 효과가 당기의 수익을 획득하는데 영향을 미칠 뿐 장래의 기간에는 효익을 제공하지 않는다고 보아 수익·비용대응의 원칙에 따라 지출이 이루어진 사업연도에 손금으로 처리한다. 자본적 지출과 수익적 지출의 손금처리 방식과 그와 같은 방식을 채택한 이유에 비추어, 이 사건 시스템 대체비용이 장래의 이 사건 관리운영권에 대한 효익을 제공할 수 있다면 그 비용을 자본적 지출로 볼 수 있고, 그러한 장래의 효익이 존재하는지 여부는 원고의 수익과 비용의 측면을 모두 고려하여 판단함이 상당하다. 
 (3) 원고는 2008년 이 사건 시스템 일괄대체를 통해 하이패스 시스템, 과적단속시스템 등의 교통관리·통행료 징수 시스템과 교량상태를 상시 감시할 수 있는 교량계측시스템 등을 도입하였고, 2018년 이 사건 시스템 대체를 통해 다차로 하이패스시설, 기후반응 지능형 가변속도 단속시스템 등의 교통관리·통행료 징수 시스템과 실시간 지진·균열감지가 가능한 교량계측시스템 등을 도입하였다. 위와 같은 이 사건 시스템의 대체는 원고의 장기적 비용절감에 기여하였다. 즉, 하이패스 시스템의 도입·개량으로 인하여 요금수납원에 대한 인건비 절감이 가능해졌고, 기후반응 지능형 가변속도 단속시스템 등으로 인하여 교통사고로 인한 손해배상 위험이 감소할 수 있게 되었으며, 교량계측시스템 등으로 인하여 교량을 적시에 유지보수 할 수 있게 됨에 따라 교량유지 비용도 장기적으로 감소할 것으로 보인다. 비록 이 사건 시스템 대체로 인하여 운영기간이 정해진 이 사건 관리운영권의 내용연수 자체를 연장시킬 수는 없을 것이지만, 최소한 원고가 투입할 비용을 절감시킬 수 있다는 점에 비추어 보면, 이 사건 관리운영권의 장래 효익에 기여할 수 있음을 부정하기는 어렵다. 
 (4) 또한 이 사건 시스템 대체는 이 사건 도로의 교통관리를 개선하여 교통체증을 감소시키는 효과를 가져왔고, 그에 따라 차량 통행량의 증가에 기여한 것으로 보이는바(이 사건 도로의 차량통행량은 2015년 24,350,327대에서 2019년 34,708,066대로 지속적으로 증가해왔다), 이 사건 시스템 대체는 그와 같이 원고의 수익 증대 가능성을 높였다는 점에서 이 사건 관리운영권의 장래 효익에 기여하였다고 평가할 수 있다. 
 원고는 이에 대하여, 2000. 12. 27.자 실시협약 제2조 제20호, 제48조 제2항과 2004. 4. 21.자 실시협약 제2조, 제3.1조에 의한 통행료수입 환수에 관한 협약 내용으로 인하여 이 사건 시스템 대체로 도로 통행량이 증가하였다고 하더라도 원고의 수익에는 별다른 영향을 미치지 못한다고 주장한다. 그러나 위 2004. 4. 21.자 실시협약 제3.1조에 의하면, 원고가 추정통행료 수입의 80% 이상 110% 이하의 실제통행료수입을 얻을 경우 그중 일부만이 국가에 환수되게 될 뿐이고 그 나머지 수입을 취득할 수 있게 되는 것이므로, 위와 같이 통행료수입 중 일부를 환수당하게 된다는 사정만으로 이 사건 시스템 대체가 원고의 수익 증가에 아무런 기여 가능성이 없다고 단정하기 어렵다. 또한 2000. 12. 27.자 실시협약 제48조 제2항 및 2004. 4. 21.자 실시협약 제3.2조에 의하면 MRG 보장 및 통행료의 환수는 운영개시일인 2001. 1. 1.부터 20년의 기간이 경과하는 시점부터 중단되게 되므로, 위 시기 이후부터는 이 사건 시스템 대체가 원고의 수익 증가에 직접적 영향을 미치게 될 것으로 예측할 수 있기도 하다.
 (5) 한편, 원고는 도로재포장공사비, 충격흡수시설 개선공사비, 제설자재창고 신축공사비 등을 임차자산개량권으로 계상한 후 감가상각을 하였는바, 이는 원고 스스로도 위와 같은 성격의 비용을 자본적 지출의 성격을 갖는 것으로 보고 회계 처리를 하였던 데에서 비롯된 것으로 보인다는 점에서도, 이 사건 시스템 대체비용만을 이 사건 관리운영권에 대한 수익적 지출로 보아야 할 합리적 이유를 찾기는 어렵다(또한 앞서 살펴본 바와 같이 원고도 당초 이 사건 시스템 대체비용을 그 지출 시점에 손금에 산입하지 아니하고 대체시점부터 6년의 내용연수를 적용하여 감가상각한 금액을 손금에 산입하여 왔는바, 이 또한 이 사건 시스템 대체비용이 수익적 지출이 아닌 자본적 지출의 성격을 가지는 것이라는 판단에서 비롯된 것으로 보인다.).
 (6) 이와 같이 이 사건 시스템 대체는 이 사건 관리운영권에 대한 개량의 성격을 가지는 것이고, 그 지출은 이 사건 관리운영권의 가치를 현실적으로 증가시켜 미래경제적 효익 창출에 장기적으로 기여하는 지출로서 자본적 지출의 성격을 가진다고 보아야 할 것이다.
 나) 다음으로, 피고가 원고의 감가상각 방법을 부인하고, 이 사건 시스템 대체비용을 그 잔여 사용수익기간에 균등 상각 후 대체 완료 시점에 미상각잔액을 일괄 상각하는 방법으로 재계산한 것이 적법한지에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 앞서 든 각 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 피고의 위 시부인에 따른 재계산 방법은 적법하다고 보기 어렵다.
 (1) 피고의 위와 같은 과세논리는, 원고가 이 사건 시스템 대체비용의 지출로 이 사건 시스템에 관하여 ‘임차자산개량권’을 취득하였음을 전제로 하고 있는 것으로 보인다. 그러나 앞서 인정한 바와 같이 원고는 민간투자법에 따른 사업시행자로서 이 사건 도로를 건설한 후 그에 관하여 이 사건 관리운영권을 설정받은 것으로서, 국가와 임대차계약을 체결한 임차인의 지위에 있지 아니한바, 이 사건 관리운영권은 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 사목에 따른 감가상각자산의 하나인 ‘사용수익기부자산’으로 취급하여야 할 것일 뿐, 이를 감가상각자산에 해당하지 아니하는 ‘임차자산’에 해당하는 것으로 취급할 수 없다. 따라서 피고가 이 사건 시스템 대체비용을 지출함으로써 감가상각자산인 이 사건 관리운영권의 가치를 실질적으로 증가시켰다고 하더라도, 이는 사용수익기부자산인 이 사건 관리운영권 자체에 대한 자본적 지출이 이루어진 것으로 보아야 하는 것이고, 그 지출에 따라 설치하게 된 단위 설비마다 이 사건 관리운영권과는 별도로 무형자산인 ‘임차자산개량권’을 취득하게 되었다고 볼 것은 아니다.
 설령 피고의 위 재계산 방법과 같이 원고가 이 사건 시스템 대체비용을 지출함으로써 그 단위 설비에 관하여 이 사건 관리운영권과는 별도의 사용수익기부자산인 ‘임차자산개량권’을 취득하였다고 본다 하더라도, 그 내용연수가 반드시 이 사건 관리운영권의 잔여 사용수익기간(운영기간)과 동일하게 2030년까지라고 보아야 할 논리필요적 근거는 없다. 오히려 구 법인세법 시행령 제26조 제1항 제7호에 의하면 사용수익기부자산가액은 ‘당해 자산’의 사용수익기간에 따라 균등하게 안분한 금액을 상각하도록 정하고 있는 점, 그런데 이 사건 시스템은 원고가 건설교통부와 체결한 1차 변경실시협약 등에 의하여 단위 설비별로 6년 내지 10년의 대체주기가 정해져 있었고, 그에 따라 2008년, 2014년 및 2018년에 각 대체가 이루어진 바도 있었다는 점에 비추어 보면, 원고의 감가상각 방법과 같이 이 사건 시스템의 단위 설비별 대체주기를 내용연수로 보아 감가상각하는 것이 법인세법령에 부합되지 아니하는 것이라고 단정하기도 어렵다.
 (2) 나아가, 피고가 이 사건 시스템 대체비용에 관하여 이 사건 시스템의 대체 완료 시점에 미상각잔액을 일괄 상각하는 방법으로 재계산한 것에 대하여 본다. 살피건대, 구 법인세법 시행령 제26조 제1항 제7호는 사용수익기부자산의 경우 당해 자산의 사용수익기간 중 ‘당해 기부자산’이 멸실되거나 계약이 해지된 경우 그 잔액을 상각하도록 정하고 있다. 그런데 피고가 이 사건 시스템 대체비용을 지출함으로써 감가상각자산인 이 사건 관리운영권 자체의 가치를 실질적으로 증가시켰다고 하더라도, 이는 사용수익기부자산인 이 사건 관리운영권 자체에 대한 자본적 지출이 이루어진 것으로 보아야 함은 앞서 살펴본 바와 같고, 또한 이 사건 관리운영권은 그 사용수익기간을 운영기간 종기인 2030년까지로 보아야 함은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그러므로 설령 이 사건 시스템의 단위 설비가 그 대체주기에 따라 대체되었다고 하더라도, 이 사건 관리운영권 자체가 멸실되거나 그 근거가 된 계약이 해지되지 아니한 이상, 이를 구 법인세법 시행령 제26조 제1항 제7호에 따라 잔액을 일시 상각하여야 할 ‘당해 기부자산이 멸실되거나 계약이 해지된 경우’에 해당한다고 보기는 어렵다. 
 또한 이 사건 시스템 대체비용이 사용수익기부자산인 이 사건 관리운영권 자체에 대한 자본적 지출에 해당하는 것인 이상, 이 사건 시스템에 관하여 대체공사가 이루어진다고 하더라도 대체공사가 이루어지는 시점까지로 이 사건 관리운영권의 내용연수가 감축되어 일시 상각이 이루어져야 한다고 보아야 할 아무런 법적 근거도 존재하지 아니한다. 그리고 이 사건 시스템 대체비용의 상각기간을 이 사건 관리운영권에 관한 운영기간과 동일하게 보아 균등 상각하다가 단위 설비에 관하여 대체공사가 이루어진 시점에 상각범위액 잔액을 일시 상각하는 것은, 이 사건 시스템의 단위 설비에 관해서는 앞서 본 바와 같이 대체주기가 미리 정해져 있음에도 대체주기 이후에도 당해 단위 설비의 효익이 존재하는 것으로 의제하는 것과 다르지 아니하여, 감가상각제도의 취지인 수익·비용대응의 원칙에 부합한다고 보기도 어렵다.
 그리고 구 법인세법 시행령 제31조 제1항은 자본적 지출액을 손금으로 계상한 경우 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다고 정하고 있을 뿐, 이 사건 시스템 대체비용과 같이 사용수익기부자산에 관하여 자본적 지출이 이루어진 경우로서 그 지출로 인한 효익의 존속기간이 미리 사용수익기부자산 그 자체의 사용수익기간과 달리 정해져 있는 경우의 상각기간에 대해서는 따로 정하고 있지 아니하다. 그러므로 이 사건 시스템 대체비용으로써 사용수익기부자산인 이 사건 관리운영권 그 자체에 관하여 자본적 지출이 이루어졌다고 보는 경우라 하더라도, 이 사건 시스템의 단위 설비별 대체주기를 내용연수로 보아 대체공사가 이루어지기 전까지에 대해서만 감가상각비를 합리적으로 배분하도록 하는 것이 반드시 불합리한 것이라고 단정하기도 어렵다.
 3) 소결론
 가) 따라서 이 사건 처분 중 피고가 이 사건 시스템 대체비용의 감가상각 시부인을 함에 있어 이를 이 사건 관리운영권의 잔여 사용수익기간에 균등 상각 후 대체 완료 시점에 미상각잔액을 일괄 상각하는 방법으로 재계산한 부분은 위법하다.
 나) 나아가 이 부분 취소의 범위에 관하여 보건대, 이 사건 처분 중 이 사건 시스템 대체비용 부분은 앞서 본 바와 같이 위법하므로, 이 사건 변론종결 시까지 제출된 원고의 2015 내지 2018 사업연도 각 법인세 중 이 부분에 대한 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 심리·확정한 후 이를 각 초과하는 부분만을 취소하는 것이 원칙이라 할 것이다. 그러나 제출된 모든 자료에 의하여도 정당한 세액 등이 산출되지 않는 경우라면, 법원은 과세관청이 아니므로 부득이 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니라 할 것인바(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조), 이 사건의 경우 변론종결 당시까지 제출된 모든 자료에 의하더라도 이 사건 처분 중 이 사건 시스템 대체비용 부분에 관하여 피고의 과세근거에 의한 위법성이 모두 제거되는 경우 구체적인 법인세액 계산내역을 확인할 수 없어, 이를 전제로 하여서는 정당한 법인세 및 가산세의 각 세액 전부를 새로이 산정하는 것이 불가능한 경우에 해당한다.
 그러므로 이 사건 처분 중 이 사건 시스템 대체비용에 관한 부분은 이를 모두 취소하기로 한다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 
[별지 2 이 사건 시스템의 감가상각 및 시부인 내역 생략]

판사 박강균(재판장) 양지정 김석범