법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2011.10.25 / 시행일:

【원고, 항소인】 케이파워 주식회사의 소송수계인 에스케이이엔에스 주식회사 (소송대리인 변호사 김수형 외 2인)
【피고, 피항소인】 종로세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김영진 외 1인)
【제1심판결】 서울행정법원 2011. 1. 13. 선고 2010구합29963 판결
【변론종결】2011. 8. 23.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 피고가 2007. 9. 18. 원고에 대하여 한 2006 사업연도 귀속 법인세 10,349,393,480원의 경정거부처분을 취소한다.
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 케이파워 주식회사(원고는 2011. 8. 4. 케이파워 주식회사를 흡수합병하였는바, 이하 케이파워 주식회사와 원고를 통틀어 ‘원고’라 한다)는 정부의 민자발전사업 기본계획에 따라 민간(화력)발전사업자로 선정되어 1997. 12. 8. 발전사업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로서, 2006. 2. 13. 및 2006. 5. 15. 광양시에 발전설비용량 537㎿급 LNG(액화천연가스) 복합화력발전소 2기를 건설하여 그곳에서 생산된 전력을 한국전력거래소(KPX)가 운영하는 전력시장에 판매하고 있다.
 나. 원고는 2007. 3.경 2006 사업연도 귀속 법인세 등을 자진 신고·납부하였는데, 위 복합화력발전소에서 1차로 가스터빈을 이용하여 전기를 생산한 후 발생된 배기열을 이용하여 배열회수보일러, 증기터빈 등으로 구성된 발전설비(이하 ‘이 사건 발전설비’라 한다)에서 2차로 전기를 생산하므로, 이 사건 발전설비가 연소폐열을 이용하여 에너지를 발생시키는 설비로서 구 조세특례제한법(2008. 9. 26. 법률 제9131호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제25조의2 소정의 ‘에너지절약시설’에 해당한다는 이유로, 2007. 6. 18. 피고에게 에너지절약시설 투자세액공제를 하여 2006 사업연도 귀속 법인세 10,349,393,480원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
 다. 이에 피고는 2007. 9. 18. 이 사건 발전설비가 구 조세특례제한법 시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법 시행규칙’이라 한다) 제13조의2 [별표 8의5] 소정의 ‘나. 에너지이용시설’은 ‘산업 및 건물’에만 해당되는 것으로 이 사건 발전설비는 이에 포함되지 않고, 배열회수보일러가 위 [별표 8의5] 소정의 ‘가. 에너지 발생 및 공급시설’ 중 보일러에 해당된다고 하더라도 위 규정은 기존시설을 개체하는 경우에 한한다고 하고 있어 신규시설은 세액공제의 대상이 될 수 없으며, 가스터빈에서 1차 발전 후 배출되는 500℃의 열은 폐열이 아닌 2차 발전을 위해 반드시 활용되어야 하는 열원이라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 라. 원고는 이에 불복하여 2007. 12. 12. 이의신청을 거쳐 2008. 11. 7. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2010. 4. 29. 이를 기각하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 1) 이 사건 발전설비는 LNG를 연소시켜 1차 전기를 생산한 다음 생산과정에서 버려지는 폐열을 이용하여 2차 전기를 생산하는 방식으로 운용되므로, 이는 조특법 제25조의2, 조특법 시행규칙 제13조의2 [별표 8의5](이하 ‘이 사건 별표 규정’이라고 한다) 중 1. 나. (1) (가) 2)항의 ‘연소폐열·공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기·온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비’에 해당한다.
 2) 위와 같은 해석은 기존의 국세청의 유권해석 등으로도 수차례 확인된 바 있는데, 피고가 그러한 유권해석 등을 뒤집고 정반대의 해석을 하여 이 사건 과세처분을 하는 것은 소급과세금지 원칙이나 신의성실의 원칙에 위배되어 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 먼저, 조특법 제25조의2 제1항은 ‘내국인이 대통령령이 정하는 에너지절약시설에 2008. 12. 31.까지 투자하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법 시행령’이라 한다) 제22조의2 제1항 제1호는 ‘조특법 제25조의2 제1항에서 대통령령이 정하는 에너지절약시설이라 함은 「에너지이용 합리화법」에 의한 에너지절약형 시설 등으로서 재정경제부령(현 기획재정부령)이 정하는 시설’이라고 규정하고 있으며, 조특법 시행규칙 제13조의2는 ‘영 제22조의2 제1항 제1호에서 재정경제부령이 정하는 시설이라 함은 별표 8의5의 에너지절약시설을 말한다’고 규정하면서 [별표 8의5]에서 ‘에너지절약시설’을 규정하고 있는바, 이 사건 발전시설이 이 사건 별표 규정의 에너지절약시설에 해당한다면 위 규정에 따라 세액공제의 대상이 된다고 봄이 상당하다.
 이에 대하여 피고는, 조특법 제25조의2 제1항, 조특법 시행령 제22조의2 제1항은 세액공제의 대상이 되는 에너지절약시설을 재정경제부령으로 정하도록 하고 있으나 그 전제조건으로 「에너지이용 합리화법」상의 ‘에너지절약형 시설’에 해당할 것을 요구하고 있고, 구 에너지이용 합리화법(2008. 12. 26. 법률 제9236호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제21조 제1항은 ‘정부는 에너지이용을 합리화하고 이를 통하여 온실가스의 배출을 줄이기 위한 노력을 촉진하기 위하여 대통령령이 정하는 에너지절약형 시설투자, 에너지절약형 기자재의 제조·설치·시공 그 밖에 에너지이용합리화 및 이를 통한 온실가스배출의 감축에 관한 사업에 대하여 금융·세제상의 지원 또는 보조금의 지급 그 밖에 필요한 지원을 할 수 있다’고 규정하고 있고, 구 에너지이용 합리화법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20678호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항은 ‘법 제21조 제1항에 따른 지원대상이 되는 에너지절약형 시설투자는 노후된 보일러 및 산업용 요로 등 에너지다소비 설비의 대체(제1호), 집단에너지사업, 열병합발전사업, 폐열이용사업과 대체연료사용을 위한 시설 및 기기류의 설치(제2호), 10% 이상의 에너지절약 효과가 있다고 인정되는 에너지절약형설비 및 기자재의 제조 또는 설치(제3호)의 시설투자로서 산업자원부장관(현 지식경제부장관)이 재정경제부장관(현 기획재정부장관)과 협의하여 고시하는 것으로 한다’고 규정하고 있는바, 이 사건 발전설비는 「에너지이용 합리화법」상의 ‘에너지절약형 시설’에 해당하지 않으므로 조특법 제25조의2 제1항에 해당하지 않아 이 사건 별표 규정의 해석과 관계없이 세액공제의 대상이 되지 않는다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 조특법 시행령 제22조의2 제1항 제1호는 ‘「에너지이용 합리화법」에 의한 에너지절약형 시설 등으로서 재정경제부령이 정하는 시설’이라고 규정하여, 「에너지이용 합리화법」상의 에너지절약형 시설을 조특법 제25조의2 제1항의 세액공제의 대상이 되는 에너지절약시설의 하나로 예시하고 있을 뿐이므로 그 외에도 위 조특법 시행령 규정의 위임을 받은 재정경제부령이 정하는 시설은 세액공제의 대상에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 피고의 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
 2) 나아가 이 사건 별표 규정은 세액공제의 대상이 되는 ‘에너지절약시설’의 하나로 ‘에너지이용합리화시설’을 들고 있고, 그 하위항목으로 ‘에너지 발생 및 공급시설’(가목)과 ‘에너지이용시설’(나목)을 규정하고 있으며, 위 ‘에너지이용시설’ 중 하나로 ‘산업·건물 부분 에너지절약 설비’를 들고 있고, 그 하위항목으로 ‘연소폐열·공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기·온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비’ 등 ‘폐기에너지회수설비’를 규정하고 있는바, 이 사건 발전시설이 이 사건 별표 규정의 ‘에너지이용시설’ 특히 ‘연소폐열·공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기·온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비’에 해당하는지 여부에 관하여 살펴본다.
 가) 조특법 제2조 제3항에 의하면 업종의 분류는 통계청 고시 한국표준산업분류에 따르도록 규정하고 있고, 한국표준산업분류에 의하면 ‘화력, 원자력, 수력, 풍력, 태양력, 조력 및 기타 에너지원으로 발전설비를 이용하여 전기를 직접 생산하는 사업체의 산업활동’을 ‘발전업’으로 분류하고 있는바, 1차로 가스터빈에서 전기를 생산한 후 발생된 배기열을 이용하여 다시 2차로 전기를 생산하는 이 사건 발전설비는 ‘산업’ 부문에 속하는 시설로 봄이 상당하다.
 나) ‘폐열’의 개념에 대하여 조특법 등 법령에 달리 그 정의규정을 두고 있지 않은바, 이 사건 별표 규정 중 ‘폐열’의 개념에 관하여 살피건대, ‘폐열’의 사전적 의미는 ‘쓰고 난 열‘ 또는 ’목적한 일에 쓰고 난 나머지 열‘을 말하고, ’폐열보일러‘의 사전적 의미는 ’다른 공정에서 생기는 배기가스의 남은 열을 이용하는 보일러‘를 일컬으며, 일반적으로 ’복합발전‘이라 함은 에너지(발전연료)의 연소과정에서 발생하는 가스를 이용하여 가스터빈을 구동하는 발전과정(1차 발전)을 거친 뒤, 가스터빈에서 배출되는 폐열을 이용하여 보일러를 가열하고 여기에서 발생하는 증기를 이용하여 다시 발전(2차 발전)하는 화력발전방식으로서, 일반 화력발전의 효율이 40% 정도인데 비해 열효율을 50%까지 올릴 수 있다고 설명되고 있는 점 등을 종합하여 보면, ’폐열‘이란 단순히 쓸모가 없어 버려야 하는 열이 아니라 ’다른 공정에서 특정목적을 수행한 후 남은 열‘을 의미한다고 봄이 상당하다 할 것인바, 이 사건 복합화력발전소에서 1차로 가스터빈을 이용하여 전기를 생산한 후 발생된 배기열은 ’폐열‘에 해당한다고 보아야 할 것이고, 복합화력발전시설이 1차 발전 후 배출되는 증기를 이용하여 2차 발전을 하는 시설 전체를 가리킨다 하더라도 1차 발전 후 배출되는 배기열이 ’폐열‘이 아니라고 볼 수 없으며, 그 폐열의 온도가 500℃에 달한다 하여 이와 달리 볼 아무런 근거가 없다.
 다) 또한 구 에너지이용 합리화법 제2조, 구 에너지기본법(2010. 1. 13. 법률 제9931호 에너지법으로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조에 의하면, 에너지를 사용하는 공장·사업장 등의 시설이나 에너지를 전환하여 사용하는 시설을 ‘에너지사용시설’이라 하고, 에너지를 생산·전환·수송 또는 저장하기 위하여 설치하는 설비를 ‘에너지공급설비’라고 하여 이를 구분하여 규정하고 있으나, 이 사건 별표 규정은 ‘연소폐열·공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기·온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비’ 또는 ‘기타 폐기되는 자원을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비’ 등을 ‘폐기에너지회수설비’라 하여 ‘에너지이용시설’의 하나로 규정하고 있는바, 에너지를 발생시키는 설비라 하더라도 일정한 경우 이를 ‘에너지이용시설’로 보고 있으므로, 이 사건 발전설비가 전기를 발생시키는 시설로서 구 에너지이용 합리화법 제2조, 구 에너지이용법 제2조의 ‘에너지공급설비’에 해당한다고 하더라도 이 사건 별표 규정의 ‘에너지이용시설’에 해당될 수 있다 할 것이고, 이 사건 별표 규정에서 ‘에너지이용합리화시설’을 ‘에너지 발생 및 공급시설’과 ‘에너지이용시설’로 구분하고, ‘에너지 발생 및 공급시설’에는 ‘보일러, 요·로, 집단에너지시설’을 규정하고 있다 하더라도, 앞서 본 바와 같이 ‘에너지이용시설’에는 연소폐열 등을 이용하여 증기, 온수, 열 또는 전기 등 유효한 에너지를 발생시키는 시설도 포함되어 있으므로, 에너지를 발생시키는 시설로서 위 ‘보일러, 요·로, 집단에너지시설’에 해당하지 않더라도 이 사건 별표 규정의 ‘에너지이용시설’로서의 요건을 갖추면 ‘에너지이용시설’에 해당한다 할 것인바, 이 사건 발전설비는 연소폐열을 이용하여 전기를 발생시키는 설비로서 비록 이 사건 별표 규정의 ‘에너지 발생 및 공급시설’에는 해당하지 않더라도 ‘에너지이용시설’에는 해당한다고 봄이 상당하다.
 라) 한편, 이 사건 발전설비가 당초부터 에너지 발전을 목적으로 하되 발전과정에서의 열효율 제고를 염두에 두고 1차 전기생산시설인 가스터빈과 결합된 사실상 단일설비형태로 설계가 된 것이라 하더라도, 단순화력발전의 경우 가스터빈에서 나온 배기열은 그대로 폐기되는 점, 이 사건 발전설비와 가스터빈을 구동하여 전기를 생산하는 발전설비는 그 시설과 기능면에서 분리 가능한 별개의 설비인 것으로 보이는 점, 당초 가스터빈 발전설비만을 설치하여 배출되는 폐열을 그대로 폐기하다가 에너지 효율증대의 목적으로 그러한 폐열을 이용하기 위하여 증기터빈 발전시설을 추가로 설치하는 경우에는 조특법상 에너지이용시설에 해당하여 세액공제의 대상이 될 수 있을 것으로 보이는 반면, 처음부터 가스터빈과 증기터빈을 함께 설계하여 설치하는 경우에는 세액공제의 대상이 될 수 없다고 해석하는 것은 심히 형평에 반하는 부당한 결과가 초래되는 점 등의 사정을 종합하면, 이 사건 발전설비 부분만을 따로 떼어 에너지이용시설로 봄이 상당하다.
 3) 따라서 이 사건 발전설비는 이 사건 별표 규정 중 1. 나. (1) (가) 2)항의 ‘연소폐열·공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기·온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비’로서 ‘에너지이용시설’에 해당한다 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
 [별지 관계 법령 생략]

판사 김창석(재판장) 이종림 김정곤