법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2007.12.28 / 시행일:

【원고, 항소인】 현대건설 주식회사 (소송대리인 변호사 황정근 외 4인)
【피고, 피항소인】 종로세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2006. 7. 25. 선고 2005구합20320 판결
【변론종결】2007. 8. 24.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 기각한다.
 2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2002. 10. 15. 원고에 대하여 한 1998 사업연도 귀속 법인세 10,901,909,090원의 부과처분 중 1,718,890,720원을 초과하는 부분과 1999 사업연도 귀속 법인세 1,310,824,890원의 부과처분 중 899,643,170원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
【이 유】 1. 과세처분의 경위
 가. 원고는 건설업을 목적으로 하는 법인으로소외 1 주식회사의 주식 2,850,191주(이하 ‘이 사건 합병구주’라 한다)를 19,748,517,600원에 취득하여 보유하고 있던 중, 1998. 12. 31.소외 1 주식회사가소외 2 주식회사에 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)됨에 따라소외 2 주식회사에 이 사건 합병구주를 반납하고 이에 대신하여소외 2 주식회사의 주식 301,293주[= 2,850,191주 × 0.10571(소외 1 주식회사 주식 1주에 대한소외 2 주식회사 주식 합병비율), 이하 ‘이 사건 합병신주’라 한다]를 교부받았다(이하 이 사건 합병구주의 반납 및 이 사건 합병신주의 교부를 총칭하여 ‘이 사건 주식교체’라 한다). 합병기준일 당시 한국증권거래소에서의소외 2 주식회사 주식에 대한 거래종가는 주당 5,980원이었다.
 나. 원고는 1998 사업연도 귀속 법인세를 신고함에 있어 그 해에 이 사건 합병구주를 양도하고 이 사건 합병신주를 취득한 것으로 보고, 이 사건 합병신주의 시가 1,801,732,140원(= 5,980원 × 301,293주)을 이 사건 합병구주의 양도가액으로 계산하여, 이 사건 합병구주의 처분가액 차액 17,946,785,460원(양도가액 1,801,732,140원 - 취득가액 19,748,517,600원, 이하 ‘이 사건 쟁점차액’이라 한다)을 투자자산의 특별손실로 손금에 산입하였고, 나아가 1999 사업연도 귀속 법인세를 신고하면서 이 사건 합병신주의 시가를 기준으로구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것) 제28조 제2항 제1호의 업무무관 자산 보유와 관련된 차입금의 지급이자를 계산하고 그 금액을 손금에 불산입하여(이하 ‘이 사건 회계처리’라 한다), 각 과세표준과 세액을 산출하여 납부하였다.
 다. 그러나 피고는, 회사합병에 따른 이 사건 주식교체는 과세거래가 아니고, 원고가 특별손실로 계산한 이 사건 쟁점차액은 유가증권의 평가손실에 불과하다는 등의 이유로, 1998 사업연도 법인세에 관하여 이 사건 쟁점차액을 손금불산입하고(즉, 익금에 산입하고), 1999 사업연도 법인세에 관하여 이 사건 합병구주의 취득가액을 기준으로 업무무관 자산의 보유와 관련된 차입금의 지급이자를 계산하여 손금에 불산입하는 등 법인세 과세표준을 경정하여, 2002. 10. 15. 원고에 대하여 1998 사업연도 귀속 법인세 10,901,909,090원과 1999 사업연도 귀속 법인세 1,310,824,890원을 부과하는 이 사건 각 과세처분을 하였다(그 중 이 사건 합병과 관련되어 경정된 법인세는 1998 사업연도 법인세 부과처분 중 1,718,890,720원을 초과하는 부분이고, 1999 사업연도 법인세 부과처분 중 899,643,170원을 초과하는 부분이다).
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 과세처분의 적법 여부
 가. 원고 주장의 요지
 (1) 이 사건 주식교체의 법적 성질은 주식교환으로 법인세법상 과세의 대상이 되는 거래인 자산의 양도에 해당하므로, 이 사건 쟁점차액은 투자자산 특별손실로 1998 사업연도의 손금으로 산입되어야 하고, 1999 사업연도 업무무관 자산의 보유와 관련된 차입금 지급이자도 이 사건 합병신주의 시가를 기준으로 계산되어야 한다. 
 (2) 설령 이 사건 주식교체가 과세의 대상이 되는 거래가 아니라고 하더라도, 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 하에서는 ‘기업회계기준 우선의 원칙’이 적용되고(법 제17조 제3항), 당시의 기업회계기준은 합병에 의하여 피합병법인의 주주가 합병구주를 반납하는 대신 합병신주를 취득할 경우 이를 손익인식의 대상이 되는 거래로 회계처리 하도록 하고 있었으므로, 결국 이 사건 쟁점차액을 1998 사업연도의 손금에 산입한 것은 적법하다.
 (3) 끝으로 이 사건 쟁점차액을 1998 사업연도의 손금에 산입할 수 없다고 하더라도, 원고는 합병으로 인한 이 사건 주식교체에 의한 손익의 귀속시기에 대한 세법 해석상 견해의 대립으로 인하여 이 사건 쟁점차액을 1998 사업연도의 손금에 산입한 것이어서 가산세 면제의 정당한 사유가 있으므로, 적어도 이 사건 과세처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.
 나. 관련 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 이 사건 주식교체가 과세의 대상인 거래인지 여부
 (가)법 제9조 제2,3항은 익금 또는 손금의 개념을 ‘거래로 인하여 발생하는 수익 또는 손비’로 정의하고 있으며,제17조 제1항은 ‘익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.’고 규정하고 있으므로, 어떤 거래로 인한 손익이 계상되기 위해서는 당해 사업연도에 그 손익이 실현되어야 할 것인바, 자산의 평가차익이나 평가차손은 실현되지 않은 손익으로서 원칙적으로 익금이나 손금에 산입될 수 없는 것이다(법 제15조 제1항 제5호,제16조 제6호).
 그러므로 피합병법인의 주주인 법인이 합병의 결과 합병구주 대신 합병신주를 교부받는 경우 합병구주와 합병신주의 가액의 차액이 실현된 손익인지에 관하여 보건대, 합병에 의한 합병구주와 합병신주의 교체는 당해 법인이 자신의 의사에 따라 합병구주를 처분하여 합병신주를 취득하는 것이 아니라, 피합병법인과 합병법인이 합병을 한 결과 당해 법인이 보유하고 있던 자산인 합병구주가 합병신주로 대체되는 것에 불과하고 당해 법인으로서는 합병을 전후하여 주식이라는 형태로 자산을 보유하는 것에는 변함이 없다고 할 것이므로, 합병구주와 합병신주의 가액의 차액에 대하여는 아직 그 손익이 실현되었다고 볼 수 없고, 위 차액은 아직 실현되지 않은 자산의 평가차익 또는 평가차손에 불과하다고 보아야 할 것이다.
 따라서 합병으로 인한 이 사건 주식교체가 당연히 과세계기가 되는 거래라는 전제에서 이 사건 합병구주와 합병신주의 가액 차액을 투자자산 특별손실로 손금에 계상하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.
 (나) 이에 대하여 원고는, 합병신주의 가액이 합병구주의 가액을 상회하는 경우 그 초과금액에 대하여 당해 법인에게 이익이 실현된 것으로 보는 의제배당 제도(법 제19조 제5호)와의 논리적 균형상, 합병신주의 가액이 합병구주의 가액을 하회하는 경우에도 손실이 실현된 것으로 보아야 한다고 주장한다.
 살피건대, 의제배당 제도는 기업경영의 성과인 잉여금 중 사외에 유출하지 않고 법정적립금, 이익준비금 기타 임의적립금 등의 형식으로 사내에 유보된 이익이 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우 이러한 이익은 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이므로 과세형평의 원칙상 이를 배당으로 의제하여 과세하는 제도로(대법원 1993. 6. 11. 선고 92누16126 판결 등 참조), 합병신주의 가액 중 합병구주의 가액을 초과하는 부분은 언젠가(향후 합병신주를 처분하여 그 이익이 실제로 실현되었을 때) 과세가 될 익금에 해당하지만, 그 초과액 중 사실상 이익배당과 같은 경제적 효과가 있는 범위인 합병신주의 액면금액과 합병구주의 취득가액의 차액[구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제45조의3 제2항 제1호에 의하면, 의제배당 금액을 산정할 때 합병신주의 가액은 시가가 아닌 액면금액을 기준으로 한다]에 대해서는 이를 바로 실현된 이익으로 의제함으로써 일반적 실현시기보다 앞선 시점을 익금의 귀속시기로 정하는 예외적인 특칙일 뿐, 합병으로 인한 합병구주와 합병신주의 가액의 차액이 실현된 손익임을 전제로 하는 제도는 아니라고 할 것이다.
 왜냐하면, 만약 의제배당 제도가 합병으로 인한 합병구주와 합병신주의 가액 차액을 바로 실현된 손익으로 인식하는 것을 전제로 하는 제도라면, 실현된 것으로 의제하는 이익의 범위를 합병신주의 시가와 합병구주의 취득가액의 차액이 아닌 합병신주의 액면금액과 합병구주의 취득가액의 차액으로 한정할 이유가 없기 때문이다[오히려 기업합병으로 인한 의제배당에 있어서 피합병법인의 순자산을 취득한 합병법인이 그에 대한 대가로 교부하는 합병신주는 회사의 자본충실 요구에 따라 피합병법인의 순자산가액에 상당한 금액의 자본액 증가를 전제로 발행되는 것이 원칙이므로 피합병법인의 주주들에게 교부되는 합병신주의 가액은 순자산의 가액을 나타내는 것이고 그것이 바로 액면금이기 때문에, 합병으로 인한 의제배당금액 산정시 합병신주의 가액을 시가가 아닌 액면금으로 계산하는 것이다(위 대법원 판결 등 참조)].
 따라서 의제배당 제도는 합병구주와 합병신주의 가액 차액에 대하여 손익 인식을 전제로 하는 제도가 아니라 오히려 손익 인식을 하지 않는 원칙에 대한 예외규정이라고 할 것인바, 이와 다른 전제에서 합병구주의 취득가액이 합병신주의 시가를 상회하는 경우 그 차액을 실현된 손실로 인식하여야 한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (다) 원고는시행령 제37조 제1항 제3호가 합병신주와 같은 자산의 취득가액을 취득 당시의 ‘정상가액’으로 계산하도록 하고 있고, 위 ‘정상가액’은 시가를 의미하므로, 합병신주의 취득시 합병구주와 합병신주의 가액 차액에 대한 손익이 실현된 것으로 인식하여야 한다는 취지로 주장하나, 합병으로 인한 합병구주와 합병신주의 교체는 자산의 대체에 불과하고 법이 이를 원칙적으로 과세의 대상이 되는 거래로 보지 않는 이상, 위 ‘정상가액’은 합병신주의 시가가 아니라 여전히 합병구주의 취득가액으로 보아야 할 것이므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.
 (라) 또한 원고는 증권거래세법 및 조세특례제한법상으로도 합병에 의한 주식의 교체가 증권거래세의 과세대상인 주식의 양도에 해당함을 전제로 하고 있으므로 이 사건 주식교체 역시 과세계기가 되는 주식의 양도에 해당한다고 주장하나, 위에서 살펴본 바와 같이 과세계기가 되는지 여부는 거래로 인한 손익이 실현되었는지 여부에 의해서 결정되는 것이고, 합병으로 인한 주식의 교체가 증권거래세의 과세대상인 주식의 양도로 인정된다고 하여 그 손익의 실현 여부가 달라지는 것은 아니므로, 위 주장 역시 이유 없다.
 (2) 공정·타당한 기업회계기준의 적용 여부와 기업회계관행의 존재 여부
 (가) 먼저 원고의 회계처리가 공정·타당한 기업회계기준을 적용한 것인지에 관하여 보건대, 위와 같이 법은 원칙적으로 자산의 평가손익을 실현된 손익으로 인정하지 않고 있고, 법이 합병으로 인하여 피합병법인의 주주인 법인이 보유한 자산인 합병구주가 합병신주로 대체되는 데 대하여 의제배당의 경우 외에 달리 이를 손익이 실현된 것으로 보는 명문의 규정을 두고 있지 않은 이상, 합병구주의 취득가액과 합병신주의 시가의 차액을 손금으로 계상한 원고의 이 사건 회계처리는 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용한 것이라고 보기 어렵다.
 (나) 나아가 원고의 이 사건 회계처리와 같은 기업회계관행이 존재하였는지 여부에 관하여 보건대, 갑 제10, 11호증의 각 기재 및 제1심 법원의 한국공인회계사회장에 대한 사실조회결과만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 을 제5호증의 기재에 의하면 국세청장은 1995. 1. 5.자 예규에서 ‘피합병법인 주주가 합병법인으로부터 받은 주식의 가액이 피합병법인의 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액에 미달하는 경우의 차액은 당해 주식의 매각 등 처분일이 속하는 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입하는 것’이라고 하여 이 사건 회계처리 전에도 이미 합병신주의 가액이 합병구주의 취득가액을 하회하더라도 그 차액을 당해 사업연도에 계상하지 않는 것으로 해석하고 있었던 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 회계처리와 같은 기업회계관행이 존재하였다고 볼 수도 없다.
 (3) 가산세 면제의 정당한 사유 여부
 법인세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 등 참조).
 이 사건에 관하여 보건대, 위에서 본 바와 같이 법상 합병으로 인하여 합병구주를 합병신주로 대체할 경우 합병구주와 합병신주의 가액차액은 원칙적으로 자산의 평가손익으로 보아 당해 사업연도의 손익에 산입되지 않는 것으로 해석되는 점, 국세청장이 원고의 이 사건 법인세 신고 전에 이미 합병신주의 가액이 합병구주의 취득가액을 하회하더라도 그 차액을 당해 사업연도에 계상하지 않는 것으로 해석하고 있었던 점, 이 사건 회계처리와 같은 회계관행이 있었다고 인정되지 않는 점 등을 종합하면, 원고의 이 사건 회계처리는 법령의 부지 또는 오해에 불과하다고 할 것이지 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있었다고 볼 수 없다고 할 것이므로, 원고가 이 사건 법인세 신고·납부의무를 게을리 한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 
 3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
 [별지 생략]

판사 김종백(재판장) 이승한 이근수