부가가치세부과처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2005.06.15 / 시행일:

【원 고】 주식회사 신성아스콘
【피 고】 수원세무서장
【변론종결】2005. 5. 4.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】피고가 2004. 1. 7. 원고에 대하여 한 2003년 제2기분 부가가치세 금 18,650,220원의 부과처분을 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 2003. 6. 30. 소외 경기아스콘 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 사이에 소외 회사 소유의 화성시 팔탄면 구장리에 있는 아스콘 공장 부지(토지 2필지 3,772㎡)와 그 지상 건물, 기계시설, 집기비품, 공구기구, 시험기구 등 사업시설 일체, 2003. 8. 31. 이후의 영업권, 케이에스(KS) 표시인증권 등을 대금 2,300,000,000원(토지를 제외한 기타 자산의 부가가치세 별도)에 양수하기로 하는 내용의 공장양도양수계약을 체결하였다. 
 나. 원고는 위 양도양수계약에 따라 소외 회사로부터 위 아스콘 공장 등을 양수하면서 그로부터 아래와 같이 공급가액 합계 금 1,854,200,000원인 세금계산서 3매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취한 후 당해 매입세액 합계 금 185,420,000원을 2003년 제2기 매출세액에서 공제하여 피고에게 부가가치세 환급신청을 하였다.
거래일자품목공급가액(원)2003. 8. 31. 아스콘 제조공장1,714,200,0002003. 8. 31.휠로우더20,000,0002003. 9. 8. 아스팔트 등 재고자산120,000,000 ？합 계1,854,200,000
 다. 그러자 피고는 위 계약에 의한 양도가부가가치세법 제6조 제6항 제2호에서 정한 ‘사업의 양도’에 해당하고, 사업양도자인 소외 회사가 위 사업 양도에 기하여 원고에게 이 사건 세금계산서를 교부하였으나 원고로부터 거래징수한 세액을 신고납부하지 아니하였다는 이유로, 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 불공제한 후, 이를 기초로 과세표준과 세액을 경정하여 2004. 1. 7. 원고에게 2003년 제2기분 부가가치세 금 18,650,220원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론의 전취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장
 피고는 이 사건 처분이 관련법령에 부합하여 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.
 (1) 첫째, 원고는부가가치세법 제6조 제6항 제2호 단서에 의하여 소외 회사로부터 적법하게 이 사건 세금계산서를 교부받고 부가가치세를 지급하였으므로, 피고는 사업양도자인 소외 회사에 대하여 징세권을 행사하여 그로부터 부가가치세를 징수하여야 함에도 불구하고, 소외 회사가 이 사건 세금계산서에 의하여 거래징수한 세액을 신고납부하지 아니하였다 하여 선량한 납세자인 원고에게 책임을 전가하여 매입세액 불공제하고 부가가치세를 징수하는 것은국세기본법 제18조 제1항의 취지에 반하여 부당하게 원고의 재산권을 침해하는 것일 뿐만 아니라 사업양도자에 관하여서만 규정하고 있는부가가치세법시행령 제17조 제3항을 자의적으로 유추해석하여 행정권을 남용한 것이다.
 (2) 둘째,부가가치세법 제17조 제3항은 부가가치세법의 위임범위를 일탈한 것이어서 무효이므로, 이에 기한 이 사건 처분은 위법하다.
 (3) 셋째, 원고가 소외 회사로부터 이 사건 세금계산서를 적법하게 교부받았으므로부가가치세법 제17조 제2항이 정한 매입세액 불공제사유에 해당하지 않는 한 이 사건 세금계산서상 매입세액은 마땅히 매출세액에서 공제되어야 한다.
 나. 관련법령
■ 부가가치세법
제6조 (재화의 공급)
 ⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
 2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.
제17조 (납부세액)
 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. 
 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
 2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
■ 부가가치세법시행령
제17조 (담보제공·사업양도 및 조세의 물납)
 ②법 제6조 제6항 제2호 본문에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.
 1. 미수금에 관한 것
 2. 미지급금에 관한 것
 3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것
 ③법 제6조 제6항 제2호 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 사업양도자가법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을법 제18조 또는법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우를 말한다.
 다. 판단
 (1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단
부가가치세법 제6조 제6항 제2호는 사업의 양도가 성질상 개개 재화로서 공급하는 것이 아니라 사업을 전체로서 평가하여 사업자의 지위를 그대로 승계시키는 것이기 때문에 특정 재화의 공급을 과세대상으로 하는 법상의 과세거래로 보기 어렵고, 생산조직이나 재고재화가 그대로 유지되고 경영 주체만 바뀌었으므로 부가가치를 창출하는 거래가 있다고 보기도 어려우며, 또한 사업시설을 이루는 개개 재화에 대하여 과세하더라도 사업양수인은 이를 매입세액으로 공제받게 되므로 과세관청으로서는 실질적인 세수가 되지 않는 반면 사업자로서는 일단 세액을 징수당하고 다시 환급받아야 하기 때문에 불필요한 자금압박을 받게 된다는 점 등을 고려하여부가가치세법시행령 제17조 제2항이 규정하는 바에 따라 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 경우의 사업양도를 재화의 공급으로 보지 아니함으로써 부가가치세 비과세대상으로 하고 있으나(대법원 1983. 6. 28. 선고 82누86 판결 참조), 다만, 위 경우에 있어서도 양도자가 사업양도를 과세거래로 판단하고 세금계산서를 교부한 경우 양수자가 매입세액 공제를 부인당하게 되는 문제점을 개선하기 위하여부가가치세법시행령 제17조 제3항이 규정하는 바에 따라 사업양도자가 세금계산서를 교부한 경우로서 양수인으로부터 거래징수한 세액을 신고·납부한 사실이 확인되는 경우에 한하여 예외적으로 재화의 공급으로 봄으로써 사업양수인의 매입세액 공제가 가능하도록 하고 있는 것이다.
 이 사건에 돌아와 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 소외 회사가 위 공장양도양수계약에 기하여 원고에게 위 아스콘 공장 등을 양도한 것은 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도한 것으로서부가가치세법 제6조 제6항 제2호 소정의 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’에 해당한다고 할 것인데, 소외 회사가 위 사업 양도에 따른 부가가치세를 납부하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.
 그렇다면, 비록 원고가 위 사업 양수 당시 양도인인 소외 회사로부터 이 사건 세금계산서를 교부받았더라도, 원고의 위 사업 양수는부가가치세법 제6조 제6항 제2호 단서,같은 법 시행령 제17조 제3항에 의하여 예외적으로 재화의 공급으로 볼 수 있는 경우에 해당하지 아니하므로, 위 사업 양수는부가가치세법 제6조 제6항 제2호 본문에 의하여 애당초 부가가치세의 과세대상인 ‘재화의 공급’이라 할 수 없어 이 사건 세금계산서상 매입세액을 공제할 수는 없다고 할 것이니, 위 매입세액을 불공제하여 원고에게 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이고(원고로서는 소외 회사를 상대로 이 사건 세금계산서에 기하여 기 지급한 부가가치세의 반환을 구하여야 할 것이다), 이를 두고 원고의 재산권을 부당하게 침해하였다거나부가가치세법시행령 제17조 제3항을 자의적으로 유추해석하였다고 할 수 없다.
 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (2) 원고의 둘째 주장에 대한 판단
 살피건대,부가가치세법 제6조 제6항 제2호 단서는 같은 호 본문이 정한 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’ 중 사업양도자가제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령이 정하는 일정한 경우를 재화의 공급으로 볼 수 있도록 규정하고 있고,부가가치세법시행령 제17조 제3항은 위 법 조항의 위임을 받아 사업양도자가 세금계산서를 교부한 경우 중 재화의 공급으로 볼 수 있는 일정한 경우를 ‘사업양도자가법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을법 제18조 또는제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우’로 규정하고 있는바,부가가치세법 제6조 제6항 제2호 단서의 취지는 앞서 본 바와 같이 사업양도자가 사업 양도를 과세거래로 판단하고 세금계산서를 교부한 경우 사업양수자가 매입세액 공제를 부인당하게 되는 문제점을 개선하기 위하여 그러한 경우 중 대통령령이 정하는 일정한 경우에 한하여 예외적으로 재화의 공급으로 봄으로써 사업양수자의 매입세액 공제를 가능하도록 한 규정인 점,부가가치세법시행령 제17조 제3항은 위 법 조항의 취지에 따르되, 사업양수자가 사업양도자와 담합하여 세금계산서를 수수한 후 부당하게 매입세액을 공제받는 것을 억제하려는 조세정책적인 목적 등을 고려하여 위와 같이 사업양도자가 사업양수인으로부터 거래징수한 세액을 신고납부한 경우에 한하여 사업양수자의 매입세액 공제가 가능하도록 이를 제한하고 있는 점, 위 시행령 조항이 위와 같이 매입세액 공제가 가능한 경우의 범위를 제한하고 있더라도 그로 인하여 위와 같은부가가치세법 제6조 제6항 제2호 단서의 취지가 몰각된다고 할 수 없는 점 등에 비추어 볼 때,부가가치세법시행령 제17조 제3항이 위 법 조항을 비롯한 부가가치세법의 위임 범위를 일탈하였다고 볼 수 없으니, 이를 다투는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 (3) 원고의 셋째 주장에 대한 판단
 살피건대, 위 (1)항에서 본 바와 같이 원고가 위 사업 양수에 기하여 소외 회사로부터 이 사건 세금계산서를 교부받았더라도 원고의 위 사업 양수는부가가치세법 제6조 제6항 제2호 본문에 의하여 애당초 부가가치세의 과세대상인 ‘재화의 공급’이라 할 수 없고, 따라서 이 사건 세금계산서상 매입세액은부가가치세법 제17조 제2항이 정한 매입세액 불공제사유에 해당하는지 여부를 불문하고부가가치세법 제17조 제1항이 정한 매입세액에 해당한다고 할 수 없어, 이를 매출세액에서 공제할 수 없으니, 이와 다른 견해를 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 이종석(재판장) 염우영 이종환