부당이득금반환청구의소 (민사, 서울중앙지방법원)
공포일: 2023.06.30 / 시행일:

【원 고】 ○○○코리아리미티드(△△△ Korea, Ltd) 외 8인 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 2인)
【피 고】 대한민국 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 유철형 외 1인)
【변론종결】2023. 3. 3.
【주 문】
 1. 피고는 원고들에게 별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘미환급금’란 기재 각 돈 및 각 이에 대하여 별지2 ‘미환급금에 대한 원고들별 환급가산금’의 ‘기산일’란 기재 각 일자부터 ‘종료일’란 기재 각 일자까지 ‘이자율’란 기재 각 비율, 2018. 1. 10.부터 2023. 6. 30.까지 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 각 지급하라. 
 2. 원고들의 각 나머지 청구를 기각한다. 
 3. 소송비용은 피고가 부담한다. 
 4. 제1항은 가집행할 수 있다. 

【청구취지】 피고는 원고들에게 별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘미환급금’란 기재 각 돈 및 각 이에 대하여 별지2 ‘미환급금에 대한 원고들별 환급가산금’의 ‘기산일’란 기재 각 일자부터 ‘종료일’란 기재 각 일자까지 ‘이자율’란 기재 각 비율, 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 다 갚는 날까지 연 15%의 비율로 계산한 돈을 각 지급하라. 
【이 유】1. 기초사실
가. 원고들의 지위
 1) ◇◇◇펀드는 사모방식으로 자금을 모집하여 주로 자산가치가 저평가된 금융기관이나 일반기업의 인수합병, 부실채권 매입, 부동산 투자를 통하여 수익을 창출하는 파트너쉽 형태의 사모펀드로서, 1990년대 중반 소외 1이 만들었는데, 매번 투자가 완료되면 다시 새로운 펀드를 구성하는 식으로 ◇◇◇펀드Ⅰ부터 ◇◇◇펀드Ⅴ까지 결성되었다. 
 2) 원고 1 회사는 ◇◇◇펀드의 한국 내 자회사 임직원들에게 투자 기회를 제공하기 위하여 버뮤다국 법률에 의하여 설립된 버뮤다국 법인이고, 원고 2 회사는 미국 델라웨어(Delaware)주 법률에 의하여 설립되어 미국의 투자자들이 유한책임사원으로서 투자한 합자회사(Limited Partnership)이며, 원고 3 회사는 미국 외 투자자들이 유한책임사원으로서 투자한 합자회사이고, 나머지 원고들은 주식회사 □□□의 발행 주식에만 투자하기 위하여 버뮤다국 법률에 의하여 설립된 버뮤다국의 합자회사이다. 
 3) 원고들의 무한책임사원(General Partner, 이하 ‘GP’라 한다)은 소외 2 회사이고, 소외 2 회사의 GP는 소외 1이 100% 지분을 소유한 소외 3 회사이다.
나. 원고들의 투자 구조
 1) 원고들은 주식회사 □□□, 소외 4 회사, 소외 5 회사(이하 주식회사 □□□, 소외 4 회사, 소외 5 회사를 통틀어 ‘주식회사 □□□ 등’이라 한다)의 각 발행주식에 투자할 목적으로 공동으로 자금을 출연하여 버뮤다국에 소외 6 회사, 소외 7 회사, 소외 8 회사 등 지주회사를 설립하고, 다시 벨지움국(이하 ‘벨기에’라고 한다) 법률에 의하여 지주회사인 소외 9 회사, 소외 10 회사, 소외 11 회사, 소외 12 회사, 소외 13 회사를 설립하였다. 
 2) 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사, 원고 4 회사는 순차로 버뮤다국 법인인 소외 14 회사와 소외 6 회사를 통하여, 나머지 원고들은 순차로 버뮤다국에 설립된 합자회사인 원고 6 회사와 소외 6 회사를 통하여 룩셈부르크법에 의해 설립된 법인인 소외 15 회사의 지분을 취득하였다. 소외 9 회사의 지분 중 99.9%는 소외 15 회사가, 나머지 0.1%는 소외 9 회사의 법정이사인 벨기에 법인 소외 16 회사가 각 보유하였다.
 3) 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사는 순차로 소외 7 회사와 소외 14 회사를 통하여 룩셈부르크 법인인 소외 17 회사의 지분 전부를 취득하였다. 소외 10 회사와 소외 11 회사의 지분 중 99.9%는 소외 17 회사가, 나머지 0.1%는 소외 16 회사가 각 보유하였다. 
 4) 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사는 순차로 소외 8 회사와 소외 14 회사를 통하여 소외 17 회사의 지분 전부를 취득하였다. 소외 12 회사와 소외 13 회사의 지분 중 99.9%는 소외 17 회사가, 나머지 0.1%는 소외 16 회사가 각 보유하였다. 
다. 소득의 발생 및 세금 납부
 1) 주식회사 □□□에 관하여
 가) 소외 9 회사는 2003. 10.경부터 2005. 9.경까지 주식회사 □□□ 주식 약 4억 1,675만주를 2,154,848,454,930원에 취득하고, 2007. 4.경 주식회사 □□□으로부터 배당금 4,167억 5,000만 원을 받았다. 당시 주식회사 □□□은 「대한민국과 벨기에간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피 및 탈세방지를 위한 협약」(이하 ‘한·벨 조세조약’이라 한다) 제10조에 따라 배당금 중 15%에 해당하는 625억 1,250만 원을 원천징수하여 과세관청에 납부하였다.
 나) 이후 소외 9 회사는 2007. 6. 22. ☆☆☆증권 서울지점을 통하여 기관투자자 등에게 보유주식 중 87,707,328주를 1,192,819,660,800원에 매각하였다. 당시 ☆☆☆증권 서울지점은 위 매각대금 중 11%에 해당하는 131,210,162,680원을 원천징수하여 과세관청에 납부하였다.
 2) 소외 4 회사에 관하여
 가) 소외 10 회사와 소외 11회사는 2003. 5.경부터 2004. 12.경까지 소외 4 회사 주식 26,265,078주를 9,623,177,820원에 취득하고, 배당금으로 2004년에 23,404,194,050원, 2005년에 19,699,126,450원, 2006년에 26,265,395,950원을 각 받았다. 당시 소외 4 회사는 한·벨 조세조약 제10조에 따라 배당금 중 15%에 해당하는 10,405,307,370원을 원천징수하여 과세관청에 납부하였다.
 나) 이후 소외 10 회사와 소외 11회사는 2007. 8. 21. 소외 18 회사에 보유주식 전부를 6,600억 원에 매각하였으나 한·벨 조세조약의 적용을 주장하며 별도로 세금을 납부하지 않았다.
 3) 소외 5 회사에 관하여
 가) 소외 12 회사, 소외 13 회사는 2002. 11.경부터 2005. 12.경까지 소외 5 회사 주식 7,544,595주를 58,996,862,070원에 취득하고 2006년에 배당금 5,658,446,250원을 받았다. 당시 소외 5 회사는 한·벨 조세조약 제10조에 따라 배당금 중 15%에 해당하는 848,766,920원을 원천징수하여 납부하였다(이하 주식회사 □□□, 소외 4 회사, 소외 5 회사에 관한 위 각 원천징수세액을 포괄하여 ‘이 사건 원천징수세액’라 하고, 각 원천징수를 ‘이 사건 원천징수’라 한다). 
 나) 소외 12 회사, 소외 13 회사는 2007. 8. 9. 소외 19 회사에 보유주식 전부를 294,466,366,941원에 매각하였으나, 한·벨 조세조약의 적용을 주장하며 별도로 세금을 납부하지 않았다.
라. 역삼세무서장의 소득세 및 법인세 부과 및 경정
 1) 피고 산하 서울지방국세청장은 2007. 8. 22.부터 2008. 5. 23.까지 원고들에 대한 세무조사를 한 후, 주식회사 □□□ 등 주식에 대한 배당소득(이하 ‘이 사건 배당소득’이라 한다) 및 양도소득(이하 ‘이 사건 양도소득’이라 하고 이 사건 배당소득과 통틀어 ‘이 사건 소득’이라 한다)의 실질 귀속자는 벨기에 국적의 중간 지주회사들이 아니라 원고들이고, 원고들은 국내에 고정사업장을 두고 사업활동을 수행하여 이 사건 소득을 취득한 것이므로, 원고들에게 이 사건 소득에 대한 과세를 하라고 피고에게 통지하였다. 
 2) 이에 따라 피고 산하 역삼세무서장(이하 별도로 특정하여 표시하지 않는 한 위 서울지방국세청장과 역삼세무서장을 통틀어 ‘피고’라 한다)은 2008. 7. 7. 주식회사 □□□ 등 주식의 주주명부상 소유자 소외 9 회사, 소외 10 회사, 소외 11회사, 소외 12 회사, 소외 13 회사는 조세회피 목적을 위해 설립된 도관회사(Conduit Company)에 불과하므로 주식의 실질 귀속자는 그 상위투자자들인 원고들인데, 미국법에 의하여 설립된 원고 2 회사는 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 ‘한·미 조세조약’이라 한다) 제9조가 정한 ‘고정사업장’을 국내에 보유하고 있고, 나머지 원고들은 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제91조 제1항 또는 소득세법 제120조가 정한 ‘국내사업장’을 보유하고 있으므로, 원고들이 이 사건 소득에 대한 납세의무자라고 전제한 후, 양도소득에 대해서는 소외 2 회사의 유한책임사원인 소외 20, 소외 21, 소외 22의 이익배당비율 합계 21%에 해당하는 2,478억 원을 소득세액으로 결정하고, 배당소득에 대해서는 그 전부가 국내사업장에 원천을 둔다고 하면서 역삼세무서장의 기준에 따라 이를 원고들에게 안분하여 원고 1 회사에 대해서는 법인세액을, 나머지 원고들에 대해서는 소득세액을 각 별지3 ‘소득세 및 법인세 부과내역’ 기재와 같이 결정하였다. 다만 원고 1 회사에 대한 2007 사업년도 귀속 법인세는 2008. 6. 27.자로 부과고지 되었다.
 3) 당시 역삼세무서장은 원고 1 회사, 원고 3 회사에 대해서는 결정된 세액에서 원천징수하여 납부된 세액 중 위 원고들에 해당하는 세액만큼을 공제한 나머지 세액에 대하여 납세고지하였다. 위 원고들과 원고 2 회사를 제외한 나머지 원고들에 대해서는 이미 원천징수하여 납부된 세액 중 나머지 원고들에게 안분한 원천징수세액이 결정세액을 초과하자 초과금액을 환급하는 대신 나머지 원고들로부터 환급금을 원고 2 회사에게 양도한다는 국세환급금양도요구서를 받았다. 원고 2 회사로부터는 나머지 원고들로부터 양도받은 국세환급금을 원고 2 회사의 결정세액에 충당한다는 내용의 국세환급금충당청구서를 받아 양도받은 환급금 전부를 원고 2 회사에 대한 결정세액에 충당하고 남은 세액만을 원고 2 회사에게 납세고지하면서 나머지 원고들에 대해서는 별도로 납세고지를 하지 않았다. 
 4) 이후 2012. 1. 27. 외국의 합자회사는 법인세법상 외국법인에 해당하므로 소득세가 아니라 법인세가 부과되어야 한다는 대법원 판결(2010두5950)이 선고되자, 역삼세무서장은 2012. 2. 13. 원고 1 회사 외 나머지 원고들에 대한 소득세 부과처분을 직권취소하고, 다시 별지4 ‘법인세 부과내역’ 기재와 같이 합계 약 1,733억 원의 법인세를 부과하는 법인세 과세표준 및 세액경정결의를 하고 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사를 제외한 나머지 원고들에게 초과 납부한 세액을 환급해주었다.
 5) 역삼세무서장은 2012. 4. 9. 다시 별지4 ‘법인세 부과내역’ 기재와 같이 원고 1 회사에 대한 법인세액을 직권경정하고 초과 납부한 세액을 환급해주었다(이하 별지4 ‘법인세 부과내역’ 기재와 같이 원고들에게 부과된 법인세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다).
마. 이 사건 법인세 부과처분에 대한 취소소송 제기 및 경과
 1) 원고들은 역삼세무서장을 상대로 서울행정법원 2010구합36824호, 2012구합13627(병합)호로 이 사건 법인세 부과처분에 대한 취소소송을 제기하였고, 위 법원은 2013. 2. 8. ① 소외 9 회사, 소외 10 회사, 소외 11회사, 소외 12 회사, 소외 13 회사 등 벨기에 국적의 지주회사들은 원고들이 조세회피의 목적으로 설립한 회사에 불과하여 이 사건 소득을 지배·관리하고 있다고 할 수 없으므로 이 사건 소득이 실질적으로 귀속되는 자라고 할 수 없고, 원고들이 법인세법상 외국법인으로서 법인세 부과대상이 되는 이상 원고들의 소득이 종국적으로 그 개개 투자자들에게 귀속되는지는 원고들에 대한 법인세 부과처분에 하등의 영향을 미칠 수 없으므로 한·벨 조세조약의 적용이 없어 역삼세무서장에게 원고들에 대한 과세권은 있으나, ② 원고들이 국내에 고정사업장을 가지고 있다고 보기 어렵다는 이유로 이 사건 법인세 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였다(이하 ‘이 사건 취소판결’이라 한다). 
 2) 이에 역삼세무서장이 서울고등법원 2013누8792, 8808(병합)호로 항소하였으나, 위 법원은 2014. 1. 10. 항소를 기각하였고, 역삼세무서장이 대법원 2014두3044, 3051(병합)호로 상고하였으나 2017. 10. 12. 상고기각되어 위 판결이 그대로 확정되었다.
바. 역삼세무서장의 법인세 감액경정 및 일부 환급
 1) 역삼세무서장은 2017. 11. 24. 원고들에 대하여 이 사건 처분의 법인세액 과세표준 및 결정세액을 모두 0으로 감액경정하였다. 
 2) 다만 역삼세무서장은 2017. 11. 27. 원고들에 대한 각 환급세액에서 이 사건 원천징수세액 중 원고들에게 해당하는 부분을 공제하고, 이를 공제하고도 환급세액이 존재하는 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대하여만 아래 표 기재 각 금액에 관한 ‘국세환급금 통지’(환급사유 : 행정소송, 세목 : 법인세)를 하였으며, 위 원고들에게 위 각 금액을 지급하였다. 한편 공제 후 환급세액이 존재하지 않는 나머지 원고들에 대하여는 국세환급금 통지를 하지 않았다. 
순번원고귀속년도부과처분액(원)환급금액주3)(원)환급가산금(원)1원고 1 회사200496,250,52332,420,9009,880,90020072,874,030,632135,496,62041,295,4602원고 2 회사20042,427,503,070529,210,16084,478,400200784,682,490,053228,849,46036,531,4903원고 3 회사20042,367,634,8871,138,276,400181,934,24020051,264,339,266229,597,87036,697,34020062,474,562,893797,690,520127,497,350200719,780,972,89619,780,972,8903,161,654,120합계?22,872,514,8203,679,969,300
사. 소외 9 회사의 원천징수액환급 경정거부처분에 대한 취소소송 제기 및 경과
 1) 소외 9 회사는 2007. 7. 13. 남대문세무서장에게 한·벨 조세조약 제4조, 제13조를 근거로 주식양도소득에 대하여 과세할 수 없다며 ☆☆☆증권 서울지점이 원천징수하여 납부한 원천징수세액 119,281,966,080원 전부의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 남대문세는 그로부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻의 통지를 하지 않음으로써 경정청구를 거부한 것으로 간주되었다(이하 ‘경정거부처분’이라 한다). 
 2) 소외 9 회사는 2010. 10. 7. 남대문세무서장을 상대로 서울행정법원 2010구합38684호로 경정거부처분에 대한 취소소송을 제기하였고, 위 법원은 2014. 6. 13. 소외 9 회사의 청구를 인용하여 경정거부처분을 취소하는 판결을 선고하였다. 이에 대하여 남대문세무서장이 서울고등법원 2014누5691호로 항소하였고, 위 법원은 2018. 8. 24. ‘외국법인이 국내 고정사업장을 가진 경우에는 원천징수의무가 있을 수 없는 바, ☆☆☆증권 서울지점의 원천징수는 주식회사 □□□주식 양도소득의 실질귀속자가 국내사업장이 없는 소외 9 회사라는 전제 하에서 이루어진 것인데, 이후 남대문세무서장는 소외 9 회사가 아닌 원고들이 위 주식 양도소득에 대한 실질귀속자에 해당하고 원고들은 국내에 고정사업장을 가지고 있다는 이유로 이 사건 법인세 부과처분을 하였는데 이는 동일한 주식회사 □□□주식 양도소득에 대하여 중복하여 이루어진 것으로 상호 모순되어 양립할 수 없고, 남대문세무서장은 위 원천징수 이후 이와 양립할 수 없는 과세처분을 하면서 원천징수세액을 상위투자자들인 원고들(원고 3 회사 제외)의 소외 9 회사에 대한 출자비율에 따라 안분한 후, 그들에 대한 법인세액에서 기납부세액으로 공제하거나 충당하였는바, 이로써 남대문세무서장은 원천징수를 취소하였다고 할 것이며, 경정청구의 대상인 위 원천징수가 이미 취소되어 확정적으로 소멸하였으므로 경정거부처분의 취소를 구하는 소는 확인의 이익이 없어 부적법하다’는 이유로 제1심 판결을 취소하고, 소외 9 회사의 위 소를 각하하였다(이하 ‘이 사건 관련 원천징수 판결’이라 한다). 
 3) 이에 대하여 남대문세무서장이 대법원 2018두289호로 상고하였으나 위 법원은 2022. 6. 30. ‘상소인이 전부 승소한 판결에 대하여 제기한 상소는 그 이익이 없어 부적법하다’는 이유로 상고를 각하하여 위 항소심 판결이 확정되었다. 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 10호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 당사자들 주장 요지
가. 원고들
 이 사건 법인세 부과처분을 취소하는 판결이 확정되었으므로 피고는 원고들이 이 사건 법인세 부과처분에 따라 피고에게 납부한 세액 합계 176,342,912,203원(= 법인세 145,862,388,537원 + 가산세 30,480,523,666원) 및 이에 대한 환급가산금을 지급하여야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사가 이 사건 법인세 부과처분에 따라 납부한 세액 중 일부분만 환급하였다. 이에 원고들은 피고에게 원고들이 이 사건 법인세 부과처분에 따라 납부한 세액 합계 176,342,912,203원 중 일부 환급받은 돈을 제외한 나머지 잔액 153,470,397,383원과 이에 대한 환급가산금 및 지연손해금의 지급을 구한다. 따라서 피고는 원고들에게 별지1 ‘원고들별 미환급금 내역’의 ‘미환급금’란 기재 각 돈 및 각 이에 대하여 별지2 ‘미환급금에 대한 원고들별 환급가산금’의 ‘기산일’란 기재 각 일자부터 ‘종료일’란 기재 각 일자까지 ‘이자율’란 기재 각 비율로 계산한 환급가산금을, 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 다 갚는 날까지 연 15%의 비율로 계산한 지연손해금을 각 지급할 의무가 있다. 
나. 피고
 1) 전제되는 법리 등
 원천징수의무자가 원천납세의무자로부터 원천징수대상이 아닌 소득에 대하여 세액을 징수·납부하였다거나 징수하여야 할 세액을 초과하여 징수·납부하였다면, 국가는 원천징수의무자로부터 이를 납부받는 순간 아무런 법률상 원인 없이 보유하는 부당이득이 되고, 이로 인한 환급청구권은 원천납세의무자가 아닌 원천징수의무자에게 귀속되는 것이어서, 원천납세의무자는 원천징수의무자에 대하여 환급청구권 상당액을 부당이득으로 구상할 수 있을 뿐이다(대법원 2003. 3. 14. 선고 2002다68294 판결 참조). 
 원친징수의무자인 법인이 소득금액변동통지서를 받고 그에 따른 소득세를 납부한 경우 그 법인 명의로 납부된 세액의 환급청구권자는 소득금액변동통지서로써 형성되는 과세관청과의 법률관계에 관한 직접 당사자인 원천징수의무자이므로 원천납세의무자가 소득세법 시행령 제134조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 추가신고한 후에 추가신고의 대상이 되는 과세표준과 세액 전부에 대하여 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구권을 행사함에 따라 환급청구권이 발생하는 경우에도 원천납세의무자는 자신 명의로 납부된 세액에 관하여만 환급청구권자가 될 수 있을 뿐이고 원천징수의무자 명의로 납부된 세액에 관하여는 원친징수의무자가 그 환급청구권자가 된다(대법원 2016. 7. 선고 2014두45246 판결 참조). 
 국세환급금의 충당은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위 또는 소멸에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이라기보다는 국가의 환급금 채무와 조세채권이 대등액에서 소멸되는 점에서 오히려 민법상의 상계와 비슷하고, 소멸대상인 조세채권이 존재하지 아니하거나 당연무효 또는 취소되는 경우에는 그 충당의 효력이 없는 것이다(대법원 2004. 3. 25. 선고 2003다64435 판결 참조).
 납세자에 대하여 확정된 종합소득세 환급금 청구권이 제3자에게 양도되고, 그에 따른 양도요구서(양수에 따른 지급요구서)가 과세관청에 제출된 후에 과세관청이 그 환급금을 납세자의 다른 체납조세인 양도소득세에 충당하였는데 후에 그 양도소득세부과처분이 취소되었다면 위 양도소득세는 처음부터 존재하지 아니한 것이어서 그 충당은 무효로 되므로 이에 따라 되살아나는 권리는 양도소득세의 환급금 청구권이 아니라 당초의 종합소득세 환급금 청구권이다(위 2003다64435 판결 참조). 
 2) 이 사건의 경우
 위와 같은 법리에 따르면, 원천납세의무자인 원고들에 대한 이 사건 법인세 부과처분이 취소된 경우에 이 사건 원천징수 환급금에 의한 충당의 효력은 소멸하고 이 사건 원천징수의 관계가 그대로 남아 있게 된다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분 취소시 원천납세의무자인 원고들은 원고들 명의로 납부한 세액에 관해서만 환급청구권자가 될 수 있다. 
원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사의 경우, 피고가 위 원고들 명의로 납부한 세액에 대해서는 해당 세액 상당액과 환급가산금을 모두 지급하였고, 나머지 원고들의 경우 그들 명의로 납부한 세액이 존재하지 않으므로 피고에 대한 환급금 청구권을 보유하고 있지 않다. 따라서 원고들의 청구는 모두 기각되어야 한다. 
3. 판단
가. 청구원인에 관한 판단
 1) 법인세 환급금 지급의무
 위 기초사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면, ① ☆☆☆증권 서울지점 등이 원천징수의무자로서 원고들의 2004년경부터 2007년경까지 주식회사 □□□, 소외 4 회사, 소외 5 회사와 관련한 이 사건 소득에 대하여 원천징수하여 이 사건 원천징수세액 합계 1,863억 42,488,267원을 납부한 사실, ② 피고는 2008. 7. 7. 이 사건 소득의 실질귀속자는 상위투자자인 원고들이고, 원고들은 국내에 고정사업장을 두고 이 사건 소득을 취득한 것이라고 보아, 이 사건 양도소득 중 일부와 이 사건 배당소득 전부를 피고의 기준에 따라 안분하여 법인세 및 소득세 합계 2,204억 74,871,348원으로 결정한 사실(원고 1 회사에 대하여 법인세를, 나머지 원고들에 대하여 소득세를 각 결정함), ③ 당시 피고는 원고 1 회사와 원고 3 회사에 대하여는 이미 원천징수하여 납부된 세액 중 위 원고들에 안분되는 부분만큼을 기납부세액으로 공제하고 나머지 결정세액만 납세고지한 사실, ④ 원고 1 회사, 원고 3 회사, 원고 2 회사를 제외한 나머지 원고들(이하 ‘원고 4 내지 9’라 한다)에 대하여는 이미 원천징수하여 납부된 세액 중 원고 4 내지 9에 안분되는 부분만큼의 기납부세액이 결정세액을 초과하자, 피고는 초과세액을 환급하는 대신에 원고 4 내지 9의 환급금을 원고 2 회사에 양도하도록 한 뒤, 양도된 환급금 전부를 원고 2 회사에 대한 결정세액에 충당하고, 남는 세액을 원고 2 회사에 납세고지한 사실, ⑤ 피고는 2008. 7. 7. 원고 1 회사에 대해 위와 같이 법인세 결정을 하면서, 2006 사업연도 법인세 환급금 61,890,006원을 2004, 2005 사업연도 법인세에 충당해 달라는 신청에 따라 이를 충당한 후, 2006 사업연도 법인세에 관하여는 원고 1 회사에 별도로 납세고지하지 않은 사실, ⑥ 피고는 외국의 합자회사는 법인세법상 외국법인에 해당하므로 소득세가 아니라 법인세가 부과되어야 한다는 대법원 판결의 취지에 따라 원고 1 회사를 제외한 나머지 원고들에 대한 위 소득세 부과처분을 직권취소하고 이들에 대해 다시 법인세를 부과하는 과세표준 및 세액 경정결의를 하였으나, 원고 4 내지 9에 대하여는 2012. 2. 13. 경정결의서만 교부한 채 종전과 마찬가지로 납세고지서를 통지하지 않은 사실, ⑦ 피고의 이 사건 법인세 부과처분에 따라 최종적으로 결정된 원고들에 대한 법인세 결정세액은 별지4 법인세 부과내역의 총결정세액 기재와 동일하고, 그 합계액은 1,763억 42,912,203원인 사실, ⑧ 피고가 기납부세액으로 위 법인세 결정세액에 공제·충당하거나, 원고들이 추가 납세고지된 세액을 납부하여 위 법인세 결정세액 전부가 납부된 사실, ⑨ 이 사건 취소판결에서 이 사건 법인세 부과처분을 취소하였고, 피고가 원고들에게 이 사건 취소판결에 따라 합계 228억 72,514,820원을 환급한 사실이 각 인정된다. 
 그렇다면 이 사건 법인세 부과처분이 취소되었으므로 피고는 원고들로부터 법률상 원인 없이 법인세를 납부 받아 법인세 상당액의 이익을 얻고 그로 인하여 원고들에게 동액 상당액의 손해를 입혔다고 할 것이다. 따라서 피고는 특별한 사정이 없는 한 원고들에게 부당이득으로서 원고들이 이 사건 법인세 부과처분에 따라 납부한 법인세액 중 피고가 원고들에게 환급한 금액을 공제한 나머지 미환급금 상당액을 반환할 의무가 있다. 
 2) 환급가산금 및 지연손해금 지급의무
 가) 조세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 환급가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가진다. 이 때 환급가산금의 내용에 대한 세법상의 규정은 부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조에 대하여 그 특칙으로서의 성질을 가진다고 할 것이므로, 환급가산금은 수익자인 국가의 선의·악의를 불문하고 그 가산금에 관한 각 규정에서 정한 기산일과 비율에 의하여 확정된다. 부당이득반환의무는 일반적으로 기한의 정함이 없는 채무로서, 수익자는 이행청구를 받은 다음날부터 이행지체로 인한 지연손해금을 배상할 책임이 있다. 그러므로 납세자가 조세환급금에 대하여 이행청구를 한 이후에는 법정이자의 성질을 가지는 환급가산금청구권 및 이행지체로 인한 지연손해금청구권이 경합적으로 발생하고, 납세자는 자신의 선택에 좇아 그 중 하나의 청구권을 행사할 수 있다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 등 참조).
 나) 세무서장이 국세환급금을 지급할 때에는 구 국세기본법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것) 제43조의3, 같은 법 시행규칙 제19조의3에 의한 기본이자율에 따라 계산한 국세환급가산금을 국세환급금에 가산하여야 한다(국세기본법 제52조 제1항). 위 기본이자율은 다음 표와 같다.
적용기간이자율2008. 8. 1. 이후1 일 13.7/100,0002009. 5. 1. 이후1 일 9.3/100,0002010. 4. 1. 이후1 일 11.8/100,0002011. 4. 11. 이후연 3.7%2012. 3. 1. 이후연 4%2013. 3. 1. 이후연 3.4%2014. 3. 14. 이후연 2.9%2015. 3. 6. 이후연 2.5%2016. 3. 7. 이후연 1.8%2017. 3. 15. 이후연 1.6%
 다) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 법인세 부과처분이 취소됨에 따라 피고는 원고들에게 부당이득으로서 원고들이 이 사건 법인세 부과처분에 따라 납부한 법인세액 중 피고가 원고들에게 환급한 금액을 공제한 나머지 미환급금 상당액을 반환할 의무가 있으므로, 피고는 원고들에게 위 미환급금 상당액에 대하여 위 이자율에 따른 환급가산금을 지급할 의무가 있다. 또한 원고들은 이 사건 소장 부본 송달로써 피고에 대하여 미환급금의 이행청구를 하였으므로 피고는 원고들의 선택에 따라 이 사건 소장 부본 송달일 다음날인 2018. 1. 10.부터 미환급금에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다. 
나. 피고의 주장에 관한 판단
 1) 피고는 이 사건 법인세 부과처분 취소판결에 의하여 원고들에 대한 이 사건 법인세 부과처분이 취소된 경우, 이 사건 법인세 부과처분시 이루어진 이 사건 원천징수세액을 기납부세액으로 한 공제·충당의 효력이 소멸하고, 이 사건 원천징수 관계가 그대로 남아 있게 되는데, 원천납세의무자인 원고들은 원고들 명의로 납부한 세액에 관하여만 환급청구권자가 될 수 있을 뿐이므로 원고들이 피고에 대하여 이 사건 원천징수세액 상당액의 반환을 구할 수 없다고 주장한다. 
 2) 살피건대, 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 원천징수는 취소되어 그 효력이 소멸하였고, 이 사건 원천징수세액의 환급금이 원고들에게 귀속된 후 그 환급금은 이 사건 법인세 부과처분에 따른 법인세에 공제·충당되었으므로 이 사건 법인세 부과처분이 취소되었다고 하더라도 원천징수의무자의 환급금 청구권이 다시 살아난다고 보기 어려우며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원천징수의무자의 환급금 청구권이 다시 살아나는 것을 전제로 한 피고의 주장은 이유 없다. 
 가) 민사소송의 수소법원이 다른 행정재판이나 민사재판의 사실인정에 구속되는 것은 아니지만, 이미 확정된 관련 행정재판이나 민사재판에서 인정한 사실은 당해 민사소송에서도 유력한 증거자료가 되므로, 당해 민사소송에서 제출된 다른 증거들에 비추어 관련 행정재판이나 민사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한, 이와 반대되는 사실은 인정할 수 없으며, 특히 전후 두 개의 소송이 분쟁의 기초가 된 사실이 같으나 다만 소송물이 달라 기판력에 저촉되지 아니한 결과 새로운 청구를 할 수 있는 경우에 있어서는 더욱 그러하다(대법원 2009. 9. 24. 선고 2008다92312, 92329 판결 등 참조).
 이 사건 관련 원천징수 판결, 즉 소외 9 회사가 남대문세무서장을 상대로 제기한 경정거부처분에 대한 취소소송에서의 항소심 판결은, 그 판결 이유에서 ‘이 사건 원천징수가 이미 취소되어 확정적으로 소멸하였다’고 명시적으로 판단하면서 위 소송에 ‘이 사건 법인세 부과처분 당시 이 사건 원천징수세액이 기납부세액으로 공제·충당되었으나 이 사건 법인세 부과처분이 취소되면서 기납부세액의 공제·충당은 무효가 되는 것이므로 이 사건 원천징수가 종국적·확정적으로 소멸하였다고 볼 수 없다’는 피고의 주장을 배척하였다. 구체적인 판결 이유는 다음과 같다. 
 ① 외국법인이 국내 고정사업장을 가진 경우에는 원천징수의무가 있을 수 없는바(대법원 1987. 2. 24. 선고 86누463 판결 참조), 이 사건 원천징수는 이 사건 주식양도소득에 대한 실질귀속자가 국내사업장이 없는 소외 9 회사라는 전제 하에 이루어진 것인데, 이후 남대문세무서장은 소외 9 회사가 아닌 원고들이 이 사건 주식양도소득에 대한 실질귀속자에 해당하고 상위투자자들은 국내에 고정사업장을 가지고 있다는 이유로 고정사업장 과세처분(이 사건 법인세 부과처분)을 하였다. 따라서 이 사건 원천징수와 이 사건 법인세 부과처분은 동일한 이 사건 주식양도소득에 대하여 중복하여 이루어진 것으로 상호 모순되어 양립할 수 없다. 
 ② 동일한 납세의무에 대하여 양립될 수 없는 수 개의 부과처분이 중복된 경우 선행처분을 당연무효로 보아야 할 경우가 아니라면 선행처분이 취소되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 후행처분은 중복처분에 해당하여 위법하다(대법원 2002. 12. 26. 선고 2001두6227 판결 참조). 한편 양도소득세부과처분을 취소하는 경우 그 형식에 관하여는 국세기본법, 소득세법 등에 규정된 바가 없으므로 부과처분의 취소는 특별한 형식을 요하지 않고 객관적으로 취소의 뜻을 알 수 있는 방법으로 하면 족하며, 과세관청이 양도소득세부과처분을 하였다가 그 처분의 취소를 전제로 하는 새로운 처분을 하였다면 특별한 사정이 없는 한 당초의 처분은 취소되었다고 볼 것이므로, 과세관청이 양도소득세를 부과·고지하였다가 그 양도가 부동산 매매업의 일환으로 이루어진 것으로서 종합소득세 부과대상에 해당한다고 보아 종합소득세를 부과함에 있어 납세의무자가 이미 납부한 양도소득세 상당액을 공제하고 납세고지서에 그 공제사실을 기재하였다면 위 종합소득세 납세고지에 의하여 당초의 양도소득세등부과처분은 취소되었다고 봄이 상당하다(대법원 1997. 6. 27. 선고 95누16271 판결, 1997. 7. 11. 선고 95누10051 판결 참조).
 남대문세무서장은 이 사건 원천징수 이후 이 사건 원천징수와 양립할 수 없는 이 사건 법인세 부과처분을 하면서 이 사건 원천징수세액을 상위투자자들의 소외 9 회사에 대한 출자비율에 따라 안분한 후, 그들에 대한 법인세액에서 기납부세액으로 공제하거나 충당하였는바, 이로써 남대문세무서장은 이 사건 원천징수를 취소하였다고 할 것이다(만약 남대문세무서장이 이 사건 원천징수를 취소한 것으로 보지 않는다면 이 사건 주식양도소득이라는 동일한 과세대상에 대하여 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 중복처분에 해당하여 위법하게 되는데, 이 사건 취소판결에서 그러한 내용을 찾을 수 없다). 
 ③ 국세기본법 제26조 제1호는 부과의 취소를 국세납부의무 소멸사유의 하나로 들고 있으나, 그 부과의 취소에 하자가 있는 경우의 부과의 취소의 취소에 대하여는 법률이 명문으로 그 취소요건이나 그에 대한 불복절차에 대하여 따로 규정을 둔 바도 없으므로, 설사 부과의 취소에 위법사유가 있다고 하더라도 당연무효가 아닌 한 일단 유효하게 성립하여 부과처분을 확정적으로 상실시키는 것이므로, 과세관청은 부과의 취소를 다시 취소함으로써 원부과처분을 소생시킬 수는 없고 납세의무자에게 종전의 과세대상에 대한 납부의무를 지우려면 다시 법률에서 정한 부과절차에 좇아 동일한 내용의 새로운 처분을 하는 수밖에 없는바(대법원 1995. 3. 10. 선고 94누7027 판결 참조), 이 사건 취소판결에 따라 이 사건 법인세 부과처분이 취소되었다고 하더라도 이 사건 법인세 부과처분에 따라 이미 취소되어 효력이 확정적으로 상실된 이 사건 원천징수를 소생시킬 수는 없다. 
 따라서 이 사건 취소판결에 의해 이 사건 법인세 부과처분이 취소되면서 기납부세액의 공제·충당은 무효가 되는 것이므로 이 사건 원천징수가 종국적·확정적으로 소멸하였다고 볼 수 없다는 남대문세무서장의 주장은 받아들일 수 없다. 
 나) 피고는 이 사건 원천징수는 사실행위이므로 취소될 수 없어, 이 사건 원천징수가 이미 취소되어 확정적으로 소멸하였다고 판단한 이 사건 관련 원천징수 판결이 부당하다고 주장하면서, 위 판결에서 배척한 주장과 동일한 주장을 반복하고 있다. 
 살피건대, 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득, 국내사업장이 없는 외국법인에 대한 국내 원천소득에 대하여는 법인세법 제98조 제1항에 의하여 원천징수 되는 반면, 국내사업장이 있는 외국법인에 대하여는 종합하여 법인세로 과세한다. 따라서 외국법인이 국내 고정사업장을 가진 경우에는 원천징수의무가 있을 수 없다(위 대법원 86누463 판결 등 참조). 피고는 이 사건 원천징수 후에 원고들에 대하여 이 사건 법인세 부과처분을 하였는데, 이 사건 원천징수는 소외 9 회사, 소외 10 회사, 소외 11회사, 소외 12 회사, 소외 13 회사 등 지주회사들이 국내에 고정사업장이 없는 이 사건 소득의 귀속자임을 전제로 하고, 이 사건 법인세 부과처분은 원고들이 고정사업장을 갖는 이 사건 소득의 귀속자임을 전제로 한 것이므로 논리적으로 양립할 수 없다고 할 것이다. 따라서 피고가 이 사건 원천징수 이후 이와 양립할 수 없는 이 사건 법인세 부과처분을 하면서 원고들에 대한 법인세액에서 이 사건 원천징수세액을 기납부세액으로 보아 공제·충당함으로써 이 사건 소득은 원천징수의무 대상이 아님을 확인하였으므로 이 사건 원천징수의 효력이 확정적으로 소멸하였다고 봄이 타당하다. 
 이 사건 관련 원천징수 판결에서 이 사건 원천징수가 이미 취소되어 확정적으로 소멸하였다고 판단한 취지는 원천징수의무자가 원천징수 후 납부하는 사실행위 그 자체를 취소하였다는 것이 아니라 이 사건 소득에 대한 조세징수는 원천징수 방법이 아닌 법인세 과세의 방법으로 이루어져야 하는 것을 확인함과 동시에, 원천징수에 따른 조세납부의 효력을 취소하여 그 효력이 소멸하였다는 취지로 이해할 수 있다. 따라서 피고가 이 사건 법인세 부과처분을 하면서 이 사건 원천징수세액으로 원고들의 법인세에 공제·충당을 함으로써 이 사건 원천징수에 따른 조세납부의 효력을 취소하여 그 효력이 소멸된 이상, 그 후에 이 사건 법인세 부과처분이 취소되었다고 하더라도 다시 이 사건 원천징수에 따른 조세납부와 관련된 법률관계가 유효하게 되살아난다고 볼 수는 없다. 
 다) 원고들에게 환급청구권이 없다는 피고 주장의 핵심은, 이 사건 법인세 부과처분의 취소로 인하여 이 사건 원천징수세액을 기납부세액으로 한 공제·충당의 효력이 소멸하고, 그 결과 원천납세의무자인 원고들이 아닌 원천징수의무자의 환급청구권이 되살아난다는 것이다. 피고는 위 주장의 근거로 ‘납세자에 대한 종합소득세 환급금 청구권이 확정된 이후 과세관청이 그 환급금을 당해 납세자의 다른 조세인 양도소득세에 충당하였는데 후에 그 양도소득세부과처분이 취소된 사안에서, 양도소득세는 처음부터 존재하지 아니한 것이어서 그 충당은 무효로 되므로 이에 따라 되살아나는 권리는 양도소득세의 환급금 청구권이 아니라 당초의 종합소득세 환급금 청구권이다’라고 판시한 대법원 2003다64435 판결을 들고 있다. 
 (1) 국세환급금 충당은 국가의 환급금 채무와 조세채권이 대등액에서 소멸되는 점에서 민법상 상계와 비슷한데, 상계의 원인이 되는 자동채권이 존재하지 않는 것으로 확정되어 상계의 효력이 없다면 수동채권은 여전히 존재한다는 법리에 비추어 보면, 과세관청이 납세자에 대한 다른 조세채권을 납세자의 환급금으로 충당한 경우 위 다른 조세채권이 무효·취소되어 존재하지 않는 경우 납세자의 기존 국세환급금 청구권이 되살아나는 것은 당연한 법리라고 할 것이다. 다만 위와 같이 관세관청이 납세자의 국세환급금으로 납세자에 대한 다른 조세채권에 충당하기 위해서는 충당 당시 국세환급금의 권리자가 납세자임이 당연히 전제되어 있다. 
 이 사건의 경우 피고는 이 사건 법인세 부과처분 하면서 이 사건 원천징수세액을 기납부세액으로 보아 원고들의 법인세에 공제·충당을 하였는데, 이는 위 기납부세액의 환급금에 관한 권리자가 원고들임을 전제한 것이라고 할 것이므로 이후 이 사건 법인세 부과처분이 취소되어 공제·충당의 효력이 소멸한 때에는 원고들의 기납부세액에 대한 환급청구권이 되살아난다고 볼 수 있고, 원고들이 아닌 원천징수의무자가 위 환급금의 권리자가 되어 환급청구권이 되살아난다고 볼 수는 없다. 만약 피고의 주장과 같이 원고들이 아닌 원천징수의무자의 환급청구권이 되살아난다고 본다면 피고는 애초에 원고들의 권리가 아닌 원천징수의무자의 환급금으로 원고들의 법인세에 공제·충당한 결론이 된다(이러한 경우에는 그 공제·충당의 효력 자체가 발생한다고 보기도 어렵다). 
 따라서 피고가 위 공제·충당의 효력이 유효함을 전제로 주장하고 있는 이상, 피고가 공제·충당한 기납부세액의 환급금 청구권의 권리자가 원고들임이 전제되어 있는 것이므로, 이 사건 법인세 부과처분의 취소로 인하여 공제·충당의 효력이 소멸한 때에 되살아나는 환급청구권의 권리자가 원고들이 아닌 원천징수의무자라는 피고의 주장은 위 전제와 배치되어 받아들이기 어렵다. 
 (2) 또한 이 사건 관련 원천징수 판결에서는 ‘피고가 들고 있는 대법원 2003다64435 판결은 종합소득세 환급금채권이 제3자에게 양도된 후 과세관청이 양도인(납세자)의 다른 체납조세인 양도소득세에 위 환급금을 충당하였으나 그 후 양도소득세부과처분이 취소된 사안으로, 동일한 이 사건 소득에 대하여 양립할 수 없는 이 사건 원천징수와 이 사건 법인세 과세처분이 중복하여 이루어진 이 사건과는 사안이 달라 원용할 수 없다’고 판단하였다. 
 살피건대, 위 대법원 2003도64435 판결의 사안은 납세자의 종합소득세 환급금이 양도소득세에 충당되어 납부처리된 것일 뿐이므로 양도소득세부과처분이 취소된 경우 실제 세금을 납부한 종합소득세 환급청구권이 되살아나는 것은 공제·충당의 법리상 당연하다고 할 것이다. 
 그러나 이 사건의 경우, 피고가 원고들의 법인세에 공제·충당한 기납부세액은 위 법인세의 과세대상과 동일한 이 사건 소득에 관한 세금을 이 사건 원천징수의 방법으로 납부한 것이므로, 이후 위 원천징수와 양립할 수 없는 이 사건 법인세 부과처분을 하면서 기납부세액으로 공제·충당하였다면 위 원천징수는 확정적으로 소멸하고 위 공제·충당으로 실질적인 법인세의 납부가 있었던 것으로 볼 수 있어, 위 대법원 2003도64435 판결과 같이 실질적인 양도소득세의 납부가 없었던 사안과는 달리 보아야 한다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분이 취소된 경우 이미 소멸한 원천징수에 따른 환급청구의 문제가 아닌 원고들이 실질적으로 납부한 법인세 환급청구의 문제만 남는다고 봄이 타당하다. 
다. 소결론
 따라서 피고는 원고들에게 이 사건 법인세 부과처분에 따라 피고에게 귀속된 세액 중 이미 반환한 환급금을 제외한 별지1 ‘원고들 미환급금 내역’의 ‘미환급금’란 기재 각 돈 및 각 이에 대하여 별지2 ‘미환급금에 대한 원고별 환급가산금’의 ‘기산일’란 기재 각 일자부터 ‘종료일’란 기재 각 일자까지 구 국세기본법(2021. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것) 시행령 및 같은 법 시행규칙이 정한 ‘이자율’란 기재 각 비율로 계산한 환급가산금을, 이 사건 소장 부본 송달일 다음날인 2018. 1. 10.부터 피고가 그 이행의무의 존부나 범위에 관하여 항쟁함이 타당하다고 인정되는 이 판결 선고일인 2023. 6. 30.까지 민법이 정한 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 각 지급할 의무가 있다.
[원고들은 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 연 15%의 비율로 계산한 지연손해금을 구한다. ① 소송촉진 등에 관한 특례법(아래에서는 ‘소송촉진법’이라고만 한다) 제3조 제2항은 "채무자가 그 이행의무의 존재를 선언하는 사실심판결이 선고되기까지 그 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 것이 타당하다고 인정되는 경우에는 그 타당한 범위에서 제1항을 적용하지 아니한다."고 규정함으로써 금전채무불이행으로 인한 손해배상액 산정의 기준이 되는 법정이율의 특례를 규정한 소송촉진법 제3조 제1항의 규정의 적용을 배제할 수 있는 경우를 들고 있는바, 소송촉진법 제3조 제2항 소정의 ‘채무자가 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 것이 타당하다고 인정되는 때’라 함은 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 채무자의 주장에 타당한 근거가 있는 것으로 인정되는 때를 가리키는 것이고, 채무자가 위와 같이 항쟁하는 것이 타당한 것인지의 여부는 당해 사건에 관한 법원의 사실인정과 그 평가에 관한 문제라고 할 것이다(대법원 1998. 5. 8. 선고 97다50725 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 살피건대, 원고들의 이 사건 청구 중 부당이득반환을 구하는 미환급금 원금에 대하여는 전부 인용하나, 피고의 항쟁 취지 및 이 사건 소송 계속 중에 이 사건 관련 원천징수 판결이 확정된 사정 등을 종합하면 피고가 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 다툴 여지가 있다고 판단되므로 이 판결 선고일까지 소송촉진법 제3조 제1항이 정하는 지연손해금 이율을 적용하지 않는다. 그리고 소송촉진법 제3조의 제1항 본문의 법정이율에 관한 규정(대통령령 제29768호, 2019. 5. 21. 개정, 2019. 6. 1. 시행)에 의하면 소송촉진법상 법정이율은 2019. 6. 1.부터 연 12%이므로 이를 초과하는 부분은 이유 없다. ② 한편, 원고들의 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 연 15%의 비율로 계산한 지연손해금을 구한다는 청구는 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 이 판결 선고시까지 소송촉진법이 정한 지연손해금이 인정되지 않을 경우 그 기간에 대하여 민법이 정한 연 5%의 비율로 계산한 지연손해금을 구하는 취지를 포함하고 있다고 할 것이므로 그 범위 내에서 이를 인정한다.]
4. 결론
 그렇다면 원고들의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지1 원고들별 미환급금 내역 생략]
[별지2 미환급금에 대한 원고들별 환급가산금 생략]
[별지3 소득세 및 법인세 부과내역 생략]
[별지4 법인세 부과내역 생략]
[별지5 관계 법령 및 조약 생략]

판사 이승원(재판장) 이진경 이동형