법인세등부과처분취소청구사건 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1986.12.12 / 시행일:

【원 고】 해남석유주식회사
【피 고】 천안세무서장
【주 문】
 1. 피고가 1984.6.15. 원고에 대하여 한 1984년도 수시분 법인세 금 180,072,106원, 방위세 금 27,647,066원중 법인세 금 76,507,500원, 방위세 금 12,120,000원을 초과한 부분과 1984년도 수시분 배당소득세 금 50,875,000원, 방위세 금 9,250,000원의 부과처분을 취소한다.
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용은 이를 3분하여 그 2는 피고의, 그 나머지는 원고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1984.6.15. 원고에 대하여 한 1984년도 수시분 법인세 금 180,072,106원, 방위세 금 27,647,066원, 1984년도 수시분 배당소득세 금 50,875,000원, 방위세 금 9,250,000원의 부과처분을 취소한다.
 소송비용은 피고의 부담으로 한다는 판결.
【이 유】 1. 과세처분사실
 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증의 1,2(각 결의서),3(게산서),4,5(각 조사서), 갑 제2호증(고지서), 갑 제3호증의 1(청구서표지),2(위임장),3(인감증명), 갑 제4호증의 1(보정서),2(요구서), 갑 제5호증의 1(결정통보),2,3(각 결의서),4(계산서),5(조사서),6(고지서), 갑 제6호증(결정서), 갑 제7호증(의견서), 갑 제8호증(청구서), 갑 제9호증의 1(결정통지),2(결정서), 갑 제10호증의 1(기안문),2(완료보고), 갑 제12,13호증(각 등기부등본), 갑 제14호증(결의서), 을 제1호증(영수증)의 각 기재와 증인 김황영의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 원고가 1982.9.25. 천안시 삼용동 270의 1 소재 소외 동신산업가스주식회사(이하 소외 회사라 한다)의 주주인 소외 서기석 외 5인으로부터 위 소외 회사의 전주식 2,000주(액면가 금 20,000,000원 상당)를 금 205,000,000원에 매수하고 같은해 12.31. 위 소외 회사를 원고회사에 흡수, 합병하기로 하는 위 소외 회사와의 합병계약을 체결한 후 1983.1.10. 그 합병등기를 마치고 같은해 3.31. 원고회사의 법인세를 자진신고하면서 위 합병으로 인한 조세부담이 없는 것으로 신고한 사실에 대하여 피고는 1984.6.15. 위 원고가 위 소외 회사의 주식을 매수하고 그후에 흡수, 합병한 것이법인세법시행령 제117조의 2에서 규정하고 있는 포합주식으로서 그 주식의 취득으로 인하여 피합병법인의 청산소득을 부당히 감소하는 것이라고 인정하여 위 포합주식 취득가액 금 205,000,000원에서 주식 액면가액을 공제한 차액 금 185,000,000원을 위 소외 회사의 청산소득금액으로 인정하고 여기에다가 위 소외 회사가 납부하여야 할 법인세를 합병법인인 원고가 대신 납부하게 될 것이니 이를 다시 원고가 위 소외 회사에 주는 합병교부금이라 하고, 합병교부금으로 보는 금액을 청산소득금액×(세율/ (1-세율)의 산식에 의하여 금 659,618,143원으로 정한 뒤 이를 합산하여 금 709,678,143원을 과세표준으로 하여 이에 대한 세율 38퍼센트를 곱한 금 261,677,694원으로 법인세를 산출하고 다시 이에 대하여 무신고가산세, 미납부가산세, 미제출가산세, 합계 금 140,314,012원을 합한 84년도 수시분 법인세 금401,991,706원을 위 소외 회사에 부과하였고, 또소득세법 제26조 제1항,제4항,동법시행령 제50조 제4항에 의하여 피합병법인의 주주가 합병후 존속하는 법인으로부터 받은 합병법인의 주식가액과 피합병법인의 주식의 취득가액과의 차액인 금 185,000,000원을 피합병법인의 주주에게 의제 배당되는 것으로 인정하고 그 배당소득세와 방위세를 피합병법인인 위 소외 회사가소득세법 제142조의 규정에 의하여 원천징수 납부하였어야 하는데 이를 이행하지 않았다 하여 위 소외 회사에게 이에 대한 25퍼센트의 84년도 수시분 원천배당소득세 금 46,250,000원과 미제출가산세 금 4,625,000원 및 이에 대한 20퍼센트의 방위세를 부과한 사실, 그후 1984.9.27.에 이르러 피고는, 위 소외 회사의 포합주식으로 인한 청산소득금액을 금 185,000,000원으로 인정한 것은 전과 같으나 법인세등의 대납에 의한 합병교부금으로 보는 금액을 금 139,200,290원(계산근거 185,000,000× 0.429365/(1-0.429365)으로 감액인정하여 위 소외 회사의 청산소득의 과세표준을 금 324,200,290원(185,000,000원+139,200,290원)으로 하고 이에 대한 22 내지 38퍼센트의 누진세율에 의한 산출세액을 금 115,196,110원으로 가산세를 금 64,875,996원으로 결정하여 총결정세액을 금 180,072,106원으로 감액갱정 결정하였고, 배당소득세에 대하여는 전과 같은 액수를 그대로 부과하였고,법인세법시행령 제120조, 합병법인의 납세의무승계규정에 의하여 같은해 9.27. 원고에게 위 결정을 송달하여 원고가 같은해 9.29. 이를 수령한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증없다.
 2. 당사자들의 주장
 피고는 위 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여 원고는 첫째, 내국법인의 합병의 경우에 있어서 포합주식이 있는 경우에 이를 청산교부금으로 보는법인세법시행령 제117조의 2의 규정은 모법인 법인세법상에 위임규정이 없이 대통령령에서 법률사항인 과세표준에 관하여 규정한 것이므로 근거없는 무효의 규정이며 둘째, 법인세법 기본통칙에 따라 합병회사가 납부한 법인세등을 합병교부금으로 본다고 하더라도 이는 합병법인이 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세등을 이미 납부한 경우에 한하여 위 법인세등을 합병교부금으로 본다는 것이지 이 사건의 경우와 같이 원고가 위 소외 회사의 법인세등을 아직 납부하지 아니한 경우에는 원고가 위 소외 회사에게 합병교부금을 지급하지 않는 것이므로 이를 과세표준에 합산하는 것은 위법이며 셋째, 위와 같은 청산소득이 인정된다고 하더라도 그 청산소득의 발생일을 합병등기일로 보아 이를 기준으로 가산세나 세율등을 적용하여야 하며 넷째, 위 법인세와 방위세에 대한 무신고, 미납부, 지급조서미제출의 가산세를 적용할 수 없으며 다섯째, 배당소득세에 관하여 위 소외 회사의 주주인 서기석 외 5인이 주식을 매도한 것은 1982.9.25.인데 합병등기일은 1983.1.10.이므로 합병등기일을 기준으로 하여 보면 위 회사가 위 서기석 외 5인으로부터 원천징수할 수 없으며 또 배당소득의 수익자를 합병회사의 주주로 보아야 하므로 위 소외 회사에게 배당소득세를 부과할 수 없다고 다툰다.
 3. 위 주장에 대한 판단
 가.법인세법시행령 제177조의 2의 규정이 무효라는 주장에 대한 판단
 살피건대,법인세법 제42조에서 "내국법인의 청산소득에 대한 법인세의 과세표준은제43조의 규정에 의한 청산소득의 금액으로 한다"라고 규정하고,같은법 제43조 제3항에서 일반적인 청산소득금액을 규정하며,제7항에서 내국법인의 합병의 경우에 있어서 청산소득의 계산방법에 관하여제9조 내지제21조의 규정을 준용하고 있는데,그 제20조에서는 부당행위계산의 부인에 관하여 규정하고 있으며,같은법 제44조에서 "이 법에서 규정하는 것을 제외하고 내국법인의 청산소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다"고 규정하고 있는바, 이 위임에 따라 대통령령인법인세법시행령 제117조의 2에서 포합주식이 있는 경우에 그 취득으로 인하여 피합병인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 때에는 포합주식 취득가액은 합병교부금으로 보고 청산소득을 계산한다"고 규정하고 있으므로 위법인세법시행령 제117조의 2의 규정은법인세법 제43조 제7항,제20조와제44조에 근거를 두고 있다고 할 수 있고 또 만일 원고가 위 소외 회사의 주식을 양수한 후에 합병하는 방식을 취하지 아니하고 위 주식을 양수할 때에 합병을 하고 그 대가로 금 205,000,000원을 지급하였다면 위 소외 회사의 청산소득은법인세법 제43조 제3항에 의하여 그 주식의 양도가액에서 불입자본금을 공제한 금액이 될 것이므로 피고가 위 소외 회사의 청산소득을 계산함에 있어서 위 주식의 취득으로 인하여 위 소외 회사의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정한 것은 정당하다 할 것이어서 모법에 위임규정이 없다하여법인세법시행령 제117조의 2의 규정이 무효라고 하는 원고의 주장은 그 이유없고 이 규정에 근거한 피고의 이 부분 과세처분은 정당하다 하겠다.
 나. 원고가 납부할 법인세등을 청산교부금으로 볼 수 없다는 주장에 대한 판단
 피고는, 이 부분에 대한 과세근거로서 피합병법인의 법인세등은 원래 피합병법인이 부담하여야 할 것이나 피합병법인은 합병과 동시에 소멸되고 이에 대한 납세의무를법인세법시행령 제120조에 따라 합병법인이 승계하게 되어 합병법인이 피합병법인의 법인세등을 납부하게 되는 경우에 합병법인이 그 세액상당부분 금액을 피합병법인에게 준 것이 되어 다시 합병교부금으로 보아야 하며 합병교부금으로 보는 금액이 증가하게 되니 피합병법인의 청산소득도 그만큼 증가하게 되어 그 증가된 청산소득에 대하여 다시 법인세를 부과하게 되고 그 법인세를 합병법인이 부담하게 되면 또 다시 합병교부금이 증가되는 식으로 계산상 계속 순환하게 되므로 이러한 경우의 합병교부금으로 보는 금액의 계산을 청산소득금액×세율 /(1-세율)의 산식에 의하여 위에서 본 바와 같이 합병교부금으로 보는 금액을 금 139,200,290원으로 결정하여 이를 법인세과세표준에 합산한다는 것인바, 살피건대 성립에 다툼이 없는 갑 제11호증의 1(질의서),2(회답)의 각 기재에 의하면 이 사건 과세표준시에 있어서 합병법인이 피합병법인의 법인세등을 대신 납부한 경우에는 동 금액은 원래 피합병법인의 청산소득에서 납부하여야 할 성질의 것이기 때문에 이를 다시 청산교부금으로 보는 것이나 합병법인이 피합병법인의 법인세등을 대신 납부하지 않은 경우나 피합병인의 청산소득에서 직접 납부하였을 경우에는 이를 청산교부금으로 볼 수 없다 할 것인데 원고가 아직까지 위 소외 회사의 법인세등을 납부하지 아니한 사실은 당사자들이 다투지 아니하고 있을뿐 아니라 일반적인 합병의 경우와는 달리법인세법시행령 제117조의 2에서 포합주식이 있는 경우에는 그 특례로서 그 주식의 취득으로 인하여 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 경우에 한하여 특별히 포합주식 취득가액을 청산소득으로 인정하여 이에 대하여 법인세를 과세하는 것이니 위 특례로서 인정하는 법인세를 다시 합병교부금으로 본다는 다른 근겨규정없이 이를 다시 합병교부금으로 볼 수는 없으며 또 합병당시를 기준으로 합병법인은법인세법시행령 제20조에 의하여 합병으로 인한 그 당시의 피합병법인의 조세채무만을 승계하고 그 뒤에는 피합병법인이 소멸하게 되어 피합병법인에게 과세한다는 것은 바로 합병법인에게 과세하는 것이 되니 위 승계규정에 의하여 합병법인은 피합병법인의 합병당시의 법인세를 납부하는 것으로 족하고 합병법인이 납부하는 법인세를 다시 청산교부금으로 보고 이에 대하여 다시 법인세를 이미 소멸한 피합병법인에게 부과할 수 없게 되니 합병일 이후의 피합병법인의 조세를 합병법인이 승계할 여지도 없게 된다고 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 그 이유있고 이 부분에 대한 피고의 이 사건 처분은 위법하다 하겠다.
 다. 과세기준을 주장에 대한 판단
 피고는 이 사건 법인세과세처분을 함에 있어서 기준이 되는 합병일 원고와 위 소외 회사가 합병계약을 한 1982.12.31.을 기준으로 하여 그 당시의 법인세의 세율을 적용하고(법인세 세율규정인법인세법 제22조가 1982.12.21. 개정되었다) 또 가산세적용의 기준일로 삼고 있는 바, 살피건대,법인세법 제43조 제3항에 의하면 "내국법인이 합병한 경우에 그 청산소득의 금액은 피합병법의 주주사원 또는 출자자가 합병법인으로부터 받는 그 합병법인의 주식출자의 가액 또는 금전 기타의 가액의 합계액에서 피합병법인의 합병일(합병등기를 한 날을 말한다) 현재의 자기 자본의 총액을 공제한 금액으로 한다"고 규정하여 청산소득금액의 과표설정을 합병등기일을 기준으로 삼고 있으므로 그 과표에 대한 법인세과세에 있어서의 세율과 가산세적용의 기준일 역시 합병등기한 날인 1983.1.10.을 기준으로 하여야 한다고 할 것이어서 이 부분에 대한 원고의 주장은 그 이유있고 피고의 처분은 부당하다 하겠다.
 라. 가산세 주장에 관한 판단
 피고는 이 사건 과세처분을 함에 있어서 첫째, 무신고가산세에 관하여 위 소외 회사의 합병일을 1982.12.31.로 보고 그때부터법인세법 제46조 제1항 제3호에 의한 90일 이내에 이를 신고하여야 하는데 원고의 법인세 자진신고일인 1983.3.31.까지 90일이 초과된 것으로서 무신고로 처리하여법인세법 제41조 제1항 제1호,법 제26조 제1항에 의하여 무신고가산세를 부과하였고, 둘째, 위 소외 회사가 법인세를 납부하지 아니하였다 하여법인세법 제41조 제1항 제3호,제30조,제31조에 의하여 미납부가산세를 부과하였고 셋째, 위 소외 회사가 지급조서를 제출하지 아니하였다 하여법인세법 제41조 제4항,제63조 제1항에 의하여 지급조서 미제출가산세를 적용하고 있는 바, 살피건대법인세법 제52조의 2에서 청산소득에 대한 가산세에 대하여제41조 제1항의 규정을 준용하고 있는데 첫째, 무신고가산세에 관하여 보면 위에서 본 바와 같이 이 사건 법인세의 과세기준일을 합병등기일인 1983.1.10.로 보아야 하므로 원고가 법인세 자진신고한 같은해 3.31.까지 90일이 지나지 않았으므로 무신고가산세를 적용할 수 없고, 다만 원고가 법인세 자진신고를 하면서 이 사건 법인세를 신고하자 않았으므로법인세법 제41조 제1항 제2호의 과소신고가산세만이 적용된다고 할 것이며 둘째, 미납부 가산세에 관하여 보면, 위 소외 회사가 법인세를 납부하지 않았으므로법인세법 제41조 제1항 제3호에 의하여 미납부가산세를 부과하는 것은 정당하다고 할 것이고 셋째, 지급조서 미제출가산세에 관하여 보면법인세법 제52조의 2에서 가산세에 관하여 "청산소득에 대하여는제41조 제1항의 규정을 준용한다"고 규정하고 있을뿐 지급조서 미제출가산세 규정인제41조 제4항을 준용하고 있지 않으므로 이 사건 청산소득에 대한 지급조서 미제출가산세를 부과할 수 없다 할 것이므로 원고의 위 주장은 위 무신고가산세, 지급조서미제출가산세 부분중 위 인정범위내에서 그 이유있고 그 부분에 대한 피고의 이 사건 과세처분은 부당하다 하겠다.
 마. 의제배당에 대한 판단
 피고는 피합병법인의 주주가 위 청산금 185,000,000원을소득세법 제26조 제1항 제4호, 그시행령 제50조 제4항에 의하여 배당받은 것으로 보아 위 소외 회사가 이를 원천징수하여야 하는데 이를 이행하지 아니하였다 하여 위 소외 회사에 대하여 배당소득세를 부과한 것인바, 살피건대소득세법 제26조 제1항 제4호에 의하면 법인의 합병의 경우에 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주사원 기타 출자자가 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인으로부터 받는 주식 또는 지분의 가액과 기타 자산의 합계액이 소멸한 법인의 주식을 취득하거나 그 법인에 출자하기 위하여 소요된 금액을 초과한 금액"을 당해 주주사원 기타 출자자에게 배당한 것으로 보고 이에 대하여 배당소득세를 부과하며소득세법시행령 제59조 제4항에서 합병교부금으로 보는 포합주식 취득가액은 위 조항에서 규정하는 "합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 실립된 법인으로부터 받는 주식 또는 지분의 가액과 기타 자산의 가액에 포함되는 것으로 한다"고 규정하고 있으므로 이 규정들에 의하며 이 사건의 경우에 있어서 과세기준 시점인 합병등기 당시의 포합주식 취득가액을 포함한 피합병법인의 주주가 받는 합병법인의 주식가액(합병등기일 당시에는 원고가 피합병법인의 주주가 되었으므로)은 금 205,000,000원(185,000,000+20,00,000)이 되고 피합병법인의 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액이 금 205,000,000원이 되어 결국 의제배당금액이 없는 것이 되므로 원고의 주장은 이유있어 피고의 이 부분 과세처분은 부당하다 하겠다.
 4. 결론
 그렇다면 위 인정사실에 따라서 이 사건 합병으로 인하여 원고가 부담하여야 할 세액은 별지계산서 기재와 같이 법인세 금 76,507,500원, 방위세 금 12,120,000원이 된다 할 것이므로 위 인정을 초과하여 부과한 피고의 이 사건 법인세부과처분중 위 초과부분과 수시분 배당소득부과처분은 위법하고, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위내에서 이유있어 인용하고 그 나머지 청구부분은 이유없어 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는행정소송법 제8조,민사소송법 제96조,제92조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.
 [별지생략]

판사 김승진(재판장) 송기홍 이영오

가.법인세법시행령 제117조의 2의 규정이 무효인지의 여부
나.법인세법시행령 제117조의 2에서 인정하는 법인세를 합병교부금으로 볼 수 있는지 여부
다. 청산소득금액의 표준에 대한 법인세과세에 있어서의 세율과 가산금적용의 기준일
라. 청산소득에 대하여 지급조서미제출가산세를 부과할 수 있는지 여부

가.법인세법 제42조,제43조 제3항 및제7항,제20조의 각 규정과동법 제44조의 위임에 따라 대통령령인동법시행령 제117조의 2가 규정되어 있으므로위 시행령 제117조의 2의 규정은법인세법 제43조 제7항,제20조와제44조에 근거를 두고 있다고 할 수 있다.
나. 일반적인 합병의 경우와는 달리법인세법시행령 제117조의 2에서 포합주식이 있는 경우에는 그 특례로서 그 주식의 취득으로 인하여 피합병법인의 청산소득이 부당히 감소되는 것으로 인정되는 경우에 한하여 특별히 포합주식 취득가액을 청산소득으로 인정하여 이에 대하여 법인세를 과세하는 것이니 위 특례로서 인정하는 법인세를 다시 합병교부금으로 본다는 다른 근거규정없이 이를 다시 합병교부금으로 볼 수는 없다.
다.법인세법 제43조 제3항에 의하면 청산소득금액의 과표설정을 합병등기일을 기준으로 삼고 있으므로 그 과표에 대한 법인세과세에 있어서의 세율과 가산세적용의 기준일 역시 합병등기한 날로 하여야 한다.
라.법인세법 제52조의 2에서 가산세에 관하여제41조 제1항의 규정을 준용하고 있을 뿐 지급조서미제출가산세규정인제41조 제4항을 준용하고 있지 않으므로 이 사건 청산소득에 대한 지급조시미제출가산세규정인제41조 제4항을 준용하고 있지 않으므로 이 사건 청산소득에 대한 지금조서미지출가산세를 부과할 수 없다.