법인세경정거부처분취소 (세무, 부산지방법원)
공포일: 2020.10.16 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인(유한) 태평양, 담당변호사 강석규 외 4인)
【피 고】 수영세무서장 (소송대리인 법무법인 가온, 담당변호사 강남규 외 1인)
【변론종결】2020. 8. 21.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2017. 5. 18. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 828,000,000원, 2012 사업연도 법인세 2,298,588,000원, 2013 사업연도 법인세 65,535,435원, 2014 사업연도 법인세 61,147,371원의 각 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증 내지 제4호증, 제8호증, 을 제5호증 내지 제8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
 가. 원고는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제373조의2에 따라 금융위원회로부터 거래소허가를 받은 회사로서, 2011.경부터 2014.경까지 사이에 주식회사 △△△(이하 △△△이라고 한다)과 주식회사 □□□(이하 □□□라고 하고, △△△과 통칭하는 경우에는 △△△ 등이라고 한다) 등에 연구개발을 위탁하여 새로운 매매체결 시스템인 (시스템명 생략)(이하 이 사건 시스템이라고 한다)을 구축하였다.
 나. 이 사건 시스템의 기본 구조는 별지1 그림과 같다.
 다. 원고는 당초 2011 내지 2014 사업연도 법인세 신고 시에는 이 사건 시스템 구축을 위한 비용에 대해 당시 시행되던 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것과 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구·인력개발비(이하 연구개발비라고 한다) 세액공제(이하 쟁점 세액공제라고 한다)를 적용하지 아니하였다가, 2017. 3. 29. 피고에게 원고가 이 사건 시스템 구축을 위하여 △△△ 등에게 지급한 아래 표 기재 개발비(이하 쟁점 비용이라고 한다)을 위 조항에 따른 연구개발비 세액공제 대상에 추가하여 아래 표 기재와 같이 2011 내지 2014 사업연도 법인세 합계 3,253,270,806원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
사업연도개발비(원)경정청구액(원)20112,070,000,000828,000,00020127,816,470,0002,298,588,00020131,976,979,91765,535,43520141,838,952,75361,147,371합계13,702,402,6703,253,270,806
 라. 피고는 2017. 5. 18. 쟁점 비용이 쟁점 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 이 사건 처분이라고 한다). 
2. 처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장 요지
 (1) 피고
(가) 이 사건 시스템의 개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라고 볼 수 없다.
(나) 이 사건 시스템의 개발은 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제9조 제5항의 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’에 해당하여 같은 법 제9조 제2항에 따라 위탁비용인 쟁점 비용에 대하여는 쟁점 세액공제가 적용될 수 없다. 
(다) 쟁점 비용은 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호, 제5항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항 [별표 6](이하 이 사건 별표라 한다) 제1호 나목 ①항 중 괄호규정인 ‘전사적 기업자원 관리설비(ERP, Enterprise Resource Planning) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’(이하 위 괄호규정을 쟁점 예외규정이라 한다)에 해당한다.
(라) 쟁점비용은 연구개발 자체에 대한 대가가 아니라 연구개발의 성과물을 구입하는 데 지출한 비용이므로 쟁점 세액공제 대상이 되는 연구개발비 즉, 이 사건 별표 제1호 나목에 규정된 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용’에 해당한다고 볼 수 없다.
 (2) 원고
(가) 이 사건 시스템 개발은 쟁점 세액공제 대상인 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하고, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에는 해당하지 않는다.
(나) 이 사건 시스템은 원고의 매매체결 업무에만 적용되는 시스템이어서 ERP 시스템과는 본질적으로 다르므로 쟁점 예외규정은 적용되지 않는다. 
(다) 쟁점비용은 이 사건 시스템을 개발하는 데 지출된 비용 중 연구개발 자체에 대한 비용만을 산정한 것이고, 자산취득의 성격을 가진 비용은 이에 포함되어 있지 아니하다.
 나. 관계 법령
 별지2 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 관련 법리
 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 
 그리고 쟁점 세액공제의 경우 과세소득 자체에 부수되는 것이 아닐 뿐만 아니라 법인세 과세과액결정에 예외적으로 영향을 미치는 특별한 사유에 속하므로 그 존재사실, 즉 쟁점 비용이 세액공제 대상이 되는 연구개발비에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 납세의무자인 원고에 있다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조). 
 (2) 이 사건 시스템 개발이 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’인지 여부
 (가) ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’의 개념
 구 조세특례제한법이 연구개발비용을 손금 산입에서 더 나아가 세액공제의 대상으로 한 취지는 연구개발의 속성상 시행착오나 실패의 위험이 따르므로 연구개발에 투자하는 기업이 감내해야 하는 위험에 대하여 세제지원이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고, 국민경제의 건전한 발전에 이바지하자는 데 있다.
 그러나 구 조세특례제한법은 연구개발에 관하여 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(이하 과학기술 활동이라고 한다)과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(이하 서비스 활동이라고 한다)을 말한다고만 규정하고 있을 뿐 그 구체적 의미와 범위 등에 관하여 별도로 규정하고 있지는 않다.
 다만, 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항은 위 연구개발활동에 포함되지 않는 유형의 활동으로 ‘① 일반적인 관리 및 지원활동, ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, ③ 반복적인 정보수집 활동, ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동, ⑤ 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무, ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동, ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동’을 들고 있고, 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호는 "연구개발활동"에 관하여 ‘과학기술 분야 또는 특정 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정’이라고 규정하고 있다.
 위 각 규정의 내용에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정하고 있는 “연구개발”이란 ‘과학기술 활동’, ‘지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동’, ‘체계적이고 창조적인 활동’에 해당할 것을 그 핵심적인 지표로 한다. 따라서 순수한 기초연구활동뿐만 아니라 과학기술의 연구 및 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동도 연구개발의 범주에 포함될 수 있겠지만, 기존에 이미 상용화·사업화된 기술 수준을 벗어나지 못하고 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였거나 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것이 아닌, 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이어야 “연구개발”에 해당한다.
 그리고 구 조세특례제한법에서 연구개발의 개념으로 ‘과학기술 활동’이 처음 도입된 것은 2008. 12. 16. 법률 제9272호로 개정된 때부터인데, 그 개정취지는 연구개발의 정의 및 세액공제 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준, 즉 OECD의 연구개발(R＆D) 개념에 맞게 정비하고자 한 것이었다. 따라서 적어도 위 개정 이후로는 쟁점 세액공제의 요건인 ‘과학기술 활동’인지 여부에 관하여 OECD의 연구개발 개념도 주요 판단기준이 될 수 있는데, OECD가 발간한 연구개발조사를 위한 표준지침인 ‘프라스카티 매뉴얼(Frascati Manual)’에 따르면, 연구개발은 (인간, 문화 그리고 사회에 대한) 지식의 집적을 향상시키기 위해서 새로운 응용을 고안하기 위해 이렇게 집적된 지식의 사용을 증가시키려는 목적으로 체계적 토대 위에서 수행하는 창조적 작업을 의미하고, 연구개발을 관련 활동들로부터 구별하는 기준은 ‘괄목할 만큼 새로운 요소의 존재 여부, 과학적 혹은 기술적 불확실성에 대한 해결책의 존재 여부’이다. 특히 소프트웨어 개발 프로젝트가 연구개발로 분류되기 위해서는 해당 프로젝트의 완수는 과학적 또는 기술적 진보에 의해 결정되어야 하고, 프로젝트의 목적은 과학적 또는 기술적 불확실성이 체계적으로 해결되어야 한다. 기존 소프트웨어 프로그램이나 체계에 대한 업그레이드 또는 수정 작업도 위와 같은 결과와 목적을 구비한다면 연구개발로 분류될 수 있으나, 그에 미치지 않는 응용이나 개선 수준에서 이미 알려진 방법들이나 기존 소프트웨어 도구를 이용하여 기업용 응용소프트웨어나 정보시스템을 개발하는 정도의 것은 연구개발에 해당하지 않는다고 할 것이다. 
 (나) 인정 사실
 다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제3호증 내지 제7호증, 제10호증의1 내지 제15호증, 제29호증의1 내지 제35호증의 각 기재와 증인 ▽▽▽의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
 ① 원고는 2011. 7.경 당시 사용하던 (시스템명 2 생략)(이하 구 시스템이라고 한다)이 노후화되어 매매거래의 처리가 지연되고 또 시스템트레이딩의 국제적으로 확산으로 인하여 향후 매매거래시스템에 접수되는 주문이 폭증할 것으로 전망되자, 이에 대응하기 위하여 이 사건 시스템의 구축 추진계획을 수립한 후, 2011. 11. 25. △△△과 계약금액 69억 원에 이 사건 시스템의 선도개발 용역계약을, 2012. 7. 25. △△△과 계약금액 214억 5,000만 원에 이 사건 시스템 본개발 용역계약을, 2012. 9. 3. □□□와 이 사건 시스템을 위한 메타데이터관리시스템 개발 용역계약(이하 일괄하여 이 사건 각 용역계약이라고 한다)을 체결한 후, △△△ 등을 통하여 이 사건 시스템을 개발하였다.
 ② 이 사건 시스템은 아래 표 기재와 같이 구 시스템과 비교하여 기반기술 소프트웨어와 아키텍쳐가 전면적으로 변경된 형태로 설계되어 개발되었다.
?구분구 시스템이 사건 시스템기반기술 소프트웨어프레임워크프로세스 기반쓰레드 기반데이터 전송상용 미들웨어초고속 메시징 미들웨어소프트웨어(미들웨어)(소외 3 회사의 랑데부)호가·집계장상용 디스크메모리DB(데이터 베이스)(소외 4 회사)아키텍쳐호가 접수 방식동기식(요청-응답 기반)비동기식
 ③ △△△은 이 사건 시스템의 전반적인 개발 즉, 업무기능 개발, 기반기술 기능 개발, 아키텍쳐 개발, 인프라 설계 및 구축 업무를 수행하였는데, 그 중 메모리DB(MOA) 구축업무는 주식회사 ◇◇◇(이하 ◇◇◇라고 한다)에, APM 등 기타 개발업무와 인프라 설계 및 구축 업무 중 일부를 주식회사 ☆☆☆(이하 ☆☆☆라고 한다)에 하도급하여 이를 수행하였다. 그리고 □□□는 다수의 서버 또는 업무기능으로 구성된 대규모 시스템에서 각 시스템간 통합적으로 단일하게 관리하고 사용해야 하는 메타정보를 하나로 등록하고 관리하여 여러 시스템이 동일하게 사용할 수 있도록 하는 메타시스템을 구축하는 업무를 수행하였다.
 ④ 이 사건 시스템 개발이 완료된 후 원고의 자체 검토 결과 이 사건 시스템은 구 시스템 대비 매매체결 처리성능은 285배[대기시간(Lactency time) 20,000㎲→70㎲], 초당 처리건수는 2.2배(9,000건/초→20,000건/초), 일일 처리용량은 2배(8,000만 건→1억 6,000만 건) 개선된 것으로 나타났다.
 ⑤ 원고는 이 사건 시스템 개발과정에서 △△△과 공동명의로‘(특허명 1 생략)’, ‘(특허명 2 생략)’, ‘(특허명 3 생략)’, ‘(특허명 4 생략)’에 관한 특허를 등록하였다.
 (다) 구체적 판단
 위 인정사실과 변론 전체의 취지에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 시스템의 개발은 ‘과학기술 활동’에 해당된다.
 ① 이 사건 시스템의 구축으로 인한 기능개선 효과는 앞서 본 바와 같이 구 시스템의 기반기술 소프트웨어 및 아키텍쳐를 전면적으로 변경하여 호가의 접수, 매매거래의 체결, 처리결과의 전송 과정을 전자적으로 처리하는 알고리즘을 전면적으로 변경한 것에 기인한 것으로 보이고, 이와 같은 알고리즘의 변경은 구 시스템을 범용 소프트웨어 도구 등을 활용하여 그 기능을 일부 개선하거나 변경하는 범위를 넘어 전면적으로 재설계한 것으로 보인다.
 ② 원고는 일반적으로 사용되는 상용 소프트웨어 또는 이미 개발되어 있는 개별 솔루션들을 원고의 구체적인 요구사항과 실정에 맞추어 조합하고 연계하는 과정[이른바 Customizing(커스터마이징)]을 통하여 이 사건 시스템을 개발한 것이 아니라, 원고와 △△△의 주도로 기초 기술을 보유한 회사들과 협업하여 이 사건 시스템에 필요한 대부분의 소프트웨어와 솔루션을 독자적으로 개발하였는데, 세계적으로도 주식, 채권, 파생상품시장 등의 매매거래를 중개하는 전자적 시스템을 독자적으로 개발한 거래소는 많지 않다.
 ③ 이 사건 시스템의 매매체결 성능의 지표가 되는 대기시간 70㎲은 원고가 이 사건 시스템을 도입할 당시 선진시장인 미국 증권거래소와 나스닥시장에서 사용되던 매매거래 시스템의 대기시간보다도 짧다.
 ④ 프라스카티 매뉴얼은 연구개발을 유형별로 분류하면서 컴퓨터와 정보과학 분야의 단계별 연구개발 유형을 아래 표와 같이 예시하고 있고, 이를 참고하면 컴퓨터 소프트웨어 개발에 있어서는 최종 소프트웨어 제품 개발단계까지도 연구개발의 범위에 포함될 수 있다고 봄이 상당하다.
○ 기초연구: 대량의 실시간 데이터 처리를 위한 일반 알고리즘 속성 연구○ 응용연구: 스팸의 전체 구조와 사업모델, 스팸 송신자들이 하는 일, 스팸을 보내는 동기를 파악하여 스팸을 줄일 수 있는 방안 모색○ 개발연구: 창업기업이 연구원들이 개발한 코드를 활용하여, 온라인 마케팅을 개선할 수 있는 소프트웨어 제품을 개발하고 이에 대한 비즈니스 사례 제시
 ⑤ 피고는 △△△이 ◇◇◇가 개발한 상용 메모리기반 데이터베이스 소프트웨어 ‘(소프트웨어명 생략)’을 도입하여 이를 커스터마이징 한 것이라고 주장하나, 그와 같은 취지의 ◇◇◇ 홈페이지의 기재(을 제1호증)는, 이 사건 시스템이 ◇◇◇가 (소프트웨어명 생략) 제품을 개발하기 이전에 구축되었고 이 사건 시스템의 데이터베이스는 (소프트웨어명 생략)과 아키텍쳐 형태, 테이블 구조, 접근방법, 쿼리 등에서 기술적인 차이가 있는 것으로 나타나는 점(갑 제30호증의1), 그와 같은 취지의 기재가 ◇◇◇ 홈페이지에서 수정된 점(갑 제45호증) 등에 비추어, ◇◇◇가 이 사건 시스템 개발 프로젝트 참여한 실적을 홍보하기 위하여 작성한 것으로 보일 뿐 이 사건 시스템 개발과정에서 ◇◇◇가 수행한 업무를 정확하게 기술한 것으로 보이지는 않으므로, 원고가 상용 데이터베이스 소프트웨어를 도입한 것이라고 볼 수 없다.
 ⑥ 원고는 이 사건 시스템을 베트남, 아제르바이잔 등으로 수출하였고, 그와 같은 수출과정에서 원고가 상용 소프트웨어를 사용하기 위한 라이센스 비용을 별도로 지급하였다는 등의 자료는 기록상 나타나지 않는다.
 (3) 이 사건 시스템을 구축하는 활동이 서비스 활동에 해당하여 쟁점 비용이 쟁점 세액공제 대상에서 배제되는지 여부
 2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되어 2012. 1. 1. 시행된 조세특례제한법(이하 ‘2012년 법’이라 한다) 제9조 제5항에서 ‘연구개발’의 개념에 ‘과학기술 활동’ 이외에 ‘서비스 활동’이 추가되었고, 제9조 제2항에서 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다’는 괄호규정이 도입되었는데, 그 개정 취지는 ‘현행 과학기술분야 중심의 연구개발비 세액공제를 서비스분야로 확대하여 서비스산업의 선진화 및 경쟁력 강화를 지원하되, 제도 시행 초기인 점을 감안하여 자체 연구개발비에 대하여만 세제 지원을 하고자 한 것’이다.
 한편, 2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되어 2020. 1. 1. 시행된 조세특례제한법(이하 ‘2020년 법’이라 한다)은 제9조가 삭제되고, 제10조 제5항에 ‘서비스 활동에 지출한 금액 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발에 지출한 것에 한정한다’는 규정이 신설되었는데, 그 개정 취지는 ‘기존의 법령이 과학기술 활동과 서비스 활동 모두에 해당하는 경우 세액공제 여부가 불분명하여, 세액공제 범위를 확대시키고자 한 것’이었다.
 위와 같은 조세특례제한법의 문언과 개정연혁 및 개정취지에 비추어 보면, 2012년 법은 과학기술 활동이 아닌 서비스 활동을 연구개발의 범위에 포함시켜 세액공제의 범위를 확대하고자 한 것이므로, 기존에 과학기술 활동과 서비스 활동 모두에 해당하여 위탁 연구개발비용까지 세액공제의 대상이 되던 활동은 여전히 위탁 연구개발비용까지 세액공제가 가능한 지위를 유지하는 것으로 보아야 하고, 서비스 활동에도 해당한다는 이유로 자체비용 외의 위탁비용을 세액공제에서 제외된다고 해석할 수는 없다. 나아가 2020년 법이 앞서 본 바와 같이 2012년 법의 문언이 불분명하다는 이유에서 서비스 활동 중 ‘과학기술분야와 결합되지 않은 위탁비용’만을 제외하는 것으로 개정된 것은 이러한 해석을 명확히 한 취지라고 봄이 상당하다. 
 그러므로 2012년 법 하에서 과학기술 활동이 서비스 활동에도 해당하는 경우 자체비용뿐만 아니라 위탁비용도 모두 쟁점 세액공제 대상이 될 수 있다고 해석하는 것이 타당하고, 따라서 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 시스템의 개발이 과학기술 활동에 해당되는 이상 서비스 활동에 해당하는지 여부와 관계없이 쟁점 비용은 쟁점 세액공제의 대상이 되므로 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (4) 쟁점 예외규정의 적용 가부(이 사건 시스템이 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’에 해당하는지 여부)
 (가) 쟁점 예외규정의 해석
구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호는 ‘연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용’을 연구개발비로 규정하고 있고, 그 위임을 받은 이 사건 별표는 세액공제의 대상이 되는 연구개발비를 구체적으로 규정하고 있다. 따라서 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정한 과학기술 활동이나 서비스 활동의 요건을 충족한다 하더라도 이 사건 별표에 부합하지 않는 비용은 세액공제의 대상이 될 수 없다. 
 살피건대, 쟁점 예외규정의 개정 연혁 및 입법 취지를 비롯하여 갑 제4호증의 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 쟁점 예외규정 중 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’이란 ‘전사적 기업자원 관리설비’ 자체는 물론 ‘그와 유사한 시스템’을 포함하는 의미이고, 위 ‘그와 유사한 시스템’은 기능적으로 ‘기업의 업무를 효율화하는 시스템으로서 그 개발위탁비용이 범용화된 시스템의 구입·응용 또는 개선을 위한 것으로 평가될 수 있는 것’을 의미한다고 봄이 타당하다. 
 ① 쟁점 예외규정이 도입되기 이전에는 금융·보험업을 영위하는 법인의 전사적 기업자원 관리설비에 대한 연구개발비 세액공제를 인정하는 과세관청의 유권해석 사례가 있었으나, 2009년경부터 금융·보험업 이외의 다른 사업을 영위하는 법인에 대하여 전사적 기업자원 관리설비가 연구개발비 세액공제의 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나오기 시작하였고, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 쟁점 예외규정을 도입하여 모든 업종의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 세액공제 대상에서 제외하였다. 위 개정 취지는 국세청이 발간한 ‘개정세법 해설’에 의하면 “ERP 등 시스템개발 위탁비용이 제외된다는 것을 ‘명문화’하였다”는 것이고, 기획재정부가 발간한 ‘2010년 세제개편 주요내용’에 의하면 ‘ERP 도입비용에 대하여는 명확한 규정이 없어 실무상으로는 위탁 R＆D 비용의 일종으로 해석하여 운용해 왔으나, ERP 도입비용은 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득비용으로서 R＆D 비용으로 보기 곤란하고, ERP 위탁비용은 생산성향상투자세액공제(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호)의 적용 대상이므로 R＆D 세액공제 대상으로 보는 경우 중복지원 결과를 초래하게 되어 이를 세액공제 대상에서 제외한다’는 것이다. 
 ② 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 2001. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항은 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호)를, 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항은 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호)를 각 세액공제의 대상이 되는 생산성향상시설로 추가하였는데, 위 법률 제6762호의 개정 취지는 ‘ERP(전사적 기업자원 관리설비)와 유사한 정보화시스템인 SCM(공급망관리 시스템설비), CRM(고객관계관리 시스템설비)을 동일하게 세제지원하여 생산성 및 투명성을 제고하기 위함’이었다. 
 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제24조는 생산성 향상시설로 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호), 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호), 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(제8호), 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템(제9호) 등에 투자하는 경우에 대한 세액공제를 규정하고 있었는데, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되면서 제4호와 제5호가 삭제되었다. 위 개정 취지는 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 전자상거래설비는 2001년 지원대상에 포함된 이래 금융·유통·제조업 등에 상용화된 설비이므로 그 세제 지원 목적이 달성되어 지원을 중단’하였다는 것이다. 
 ③ 협의의 ERP인 구 조세특례제한법 시행령이 정한 ‘전사적 기업자원 관리설비’ 외에 공급망관리, 고객관계관리, 제품정보관리 등의 기능과 솔루션이 더해진 ‘확장형 ERP’도 ERP로 통칭되는 점, 위 각 시스템들은 기업의 업무 효율화를 도모하기 위한 것으로서 상호 간에 본질적으로 유사성이 있고, 하나의 프로그램으로 망라될 수 있으며, 구 조세특례제한법 제24조 제1항도 각 호의 생산성향상시설로서의 유사함이 있음을 전제로 개정되어 온 점 등에 비추어, ‘확장형 ERP’에 포함될 수 있는 유형의 업무효율화 시스템 또한 쟁점 예외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템’에 포함될 수 있다고 해석함이 타당하다. 
 (나) 이 사건 시스템의 경우
 갑 제21호증 내지 제22호증의4의 각 기재 및 이 법원의 검증결과, 증인 ▽▽▽의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 시스템은 매매체결 및 이에 부수된 절차를 전자적으로 처리하기 위한 단일한 목적에서 설계된 시스템인 사실, 원고는 회사 내에서 구매, 예산, 회계 등을 관리하기 위하여 소외 1 회사로부터 공급받은 인사 ERP와 소외 2 회사의 회계 ERP를 사용하고 있고 이와 같은 ERP들은 이 사건 시스템과 물리적으로 구분된 별도의 서버에서 운영되고 있는 사실, 이 사건 시스템은 회원사인 증권회사나 원고의 직원 중에서도 권한을 가진 시장 운영담당자만이 접속하여 사용할 수 있는 사실을 인정할 수 있다.
 위 인정사실과 변론 전체의 취지에 비추어 알 수 있는 아래의 사정을 종합하면, 이 사건 시스템은 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’에 해당한다고 할 수 없다.
 ① 이 사건 시스템은 원고가 수행하는 업무들과 관련된 전산 시스템을 통합하기 위하여 만들어진 것이 아니고 원고가 운영하는 4개 시장(유가증권, 코스닥, 파생상품, 채권)에서의 매매거래를 중개하는 특정 업무만을 수행하기 위하여 구축된 시스템이다.
 ② 별지1 그림에 나타나는 이 사건 시스템의 구조에 의하면, 이 사건 시스템이 원고가 수행하는 다른 업무기능과 통합하여 운영될 것을 전제로 설계되었다고 볼 수 있는 시스템 구성요소가 나타나지 않는다.
 ③ 피고는 이 사건 시스템의 개발이 ERP의 구축방법인 ‘착수→분석→설계→구축→구현’의 단계적 과정을 거쳐 개발되었으므로 이 사건 시스템이 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’에 해당한다는 취지로도 주장하나, 위와 같은 시스템의 구축과정은 기업용 전자시스템을 개발하는 과정에서 공통적으로 나타날 수 있는 단계적 과정에 해당하고 ERP만의 고유한 단계적 과정이라고 보기 어려울 뿐만 아니라, 오히려 위와 같은 개발절차는 시스템 개발과정에서의 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해결하기 위한 절차에 해당하여 연구개발의 개념요소에 부합하는 측면이 있다.
 (5) 쟁점 비용이 쟁점 세액공제의 대상이 되는 연구개발 위탁비용에 해당하는지 여부
 우선 쟁점 세액공제의 대상이 되는 연구개발 위탁비용이 연구개발 자체의 위탁에 따른 비용인지 위탁한 연구개발의 성과물의 구입비용까지도 포함하는지에 관하여 본다.
구 조세특례제한법 제9조가 연구개발의 개념을 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 ‘활동’으로 정의할 뿐 활동의 성과 내지 결과라고 규정하고 있지 아니한 점, 연구개발의 개념에는 앞서 본 바와 같이 불확실성이라는 요소가 포함되어 있는 점, 연구개발비에 대한 세액공제제도를 둔 취지는 연구개발의 불확실성에 따르는 시행착오나 실패로 인하여 기업이 부담하게 되는 손실에 대한 안전장치 내지 보상책을 마련하기 위한 것인 점 등에 비추어 본다면, 세액공제의 대상이 되는 연구개발 위탁비용은 연구개발 자체의 위탁비용이지 위탁한 연구개발의 성과물을 구입하는 비용은 아니라고 할 것이다.
 나아가 원고가 △△△ 등에게 지급한 쟁점 비용이 연구개발 자체의 용역비용인지 아니면 수탁업체가 수행한 연구개발의 성과물을 구입한 비용인지 여부에 관하여 본다.
 갑 제5호증 내지 제7호증의 각 기재에 의하면, 원고는 이 사건 각 용역계약을 체결하면서 ‘계약목적물’을 본 계약의 수행을 통하여 산출되는 소프트웨어, 정보시스템 및 이와 관련된 서비스, 기타 부수하는 조작설명서 등으로 계약에 의하여 발주기관이 최종적으로 인수하는 목적물이라고 개념정의를 하고(제2조 제5호), 원고는 필요하다고 인정할 경우 수탁업체의 계약이행 상황을 검사하고, 용역결과가 잘못 처리되거나 원고의 업무절차를 정확하게 이행하지 못하면 시정을 요구할 수 있으며(제15조), 수탁업체는 개발일정에 따라 원고가 정한 산출물을 각 공정단계별로 제출하여야 하고(제17조), 원고는 개발공정단계별로 이행의 정도를 검사할 수 있고, 최종검수 결과 원고가 요구하는 수준에 미달하는 경우 시정 및 보완조치를 요구할 수 있으며(제18조), 용역비용 중 중도금은 중간 기성고가 외부감리업체에 의한 감리수행 결과에 적합한 경우 지급하고, 잔금은 최종검수를 완료한 경우 지급하며(제29조, 다만 □□□와의 용역계약에는 중도금 규정이 없다), 수탁업체가 계약기간 내에 개발용역 업무를 완료하지 못한 경우 일정비율의 지체상금을 원고에게 지급하고(제31조), 수탁업체는 최종검수 완료 후 1년 동안 하자가 발생할 경우 무상으로 보완하여야 하고(제33조), 계약서상의 업무수행 기간 내에 용역대상 업무를 완료하지 못하는 경우 원고는 계약을 해제 또는 해지할 수 있고(제36조 제1항 제2호), 계약이 해제 또는 해지된 경우 수탁업체는 선금 중 기성부분 대가 지급 시마다 일정 비율로 정산하고 남은 잔액을 반환하도록(제30조) 약정한 사실이 인정된다.
 위 인정사실과 같이 원고와 수탁업체인 △△△, □□□가 용역계약을 체결하면서, 수탁업체는 업무수행결과 얻은 최종 결과물을 원고에게 제출할 의무가 있고, 최종결과물이 원고가 요구하는 수준에 미달하면 원고가 그 시정을 요구할 수 있으며, 나아가 원고는 공정단계별로 수탁업체의 용역업무 수행과정을 검사하고 시정을 요구할 수 있고, 만약 중간 기성고가 감리기준에 적합하지 아니하거나 최종 결과물이 검수를 통과하지 못하면 중도금이나 잔금의 지급을 거절할 수 있으며, 수탁업체가 계약서상의 업무수행 기간 내에 용역대상 업무를 완료하지 못하면 원고는 계약을 해제 또는 해지할 수 있을 뿐만 아니라 지체상금과 선금 잔액까지 청구할 수 있도록 약정한 점에 비추어 보면, 원고와 수탁업체 사이의 이 사건 각 용역계약은 연구개발이 갖는 불확실성으로 인한 시행착오나 실패에 따르는 손실 대부분을 수탁업체로 하여금 부담하도록 하고 있다고 할 것이므로, 원고가 수탁업체에게 지급한 용역대금은 연구개발 자체에 대한 대가라기보다는 연구개발 용역업무의 수행에 따른 결과물에 대한 대가로 봄이 상당하고, 원고가 제출한 증거만으로는 쟁점 비용이 연구개발 자체에 대한 비용만을 산정한 것이고 자산취득 성격을 가진 비용은 포함되어 있지 않다는 점을 인정하기에 부족하다.
 따라서 쟁점 비용은 쟁점 세액공제의 대상이 되는 연구개발 위탁비용에 해당한다고 볼 수 없다.
 (6) 소결
 그러므로 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론 
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지1] 이 사건 시스템의 구조 생략

판사 최윤성(재판장) 이상언 김지영