폐쇄명령처분취소청구의소 (일반행정, 대법원)
공포일: 2020.04.09 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 청광 (소송대리인 변호사 임시규 외 6인)
【피고, 피상고인】 용인시장 (소송대리인 법무법인 새암 담당변호사 박병배)
【원심판결】 서울고법 2019. 9. 6. 선고 2018누69808 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 사건의 개요와 쟁점
 가. 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 다음과 같은 사정들을 알 수 있다.
 (1) 원고는 1993. 10.경 용인시 처인구 (주소 생략)(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에서 레미콘 공장을 설립하여 운영하여 오던 중, 아스콘 공장을 추가로 설립하기 위하여 2001. 5. 4. 피고로부터 구 「공업배치 및 공장설립에 관한 법률」(2002. 12. 30. 법률 제6842호 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 공업배치법’이라 한다)에 따른 공장설립 변경승인을 받고, 2002. 5. 29. 피고에게 구 대기환경보전법(2005. 12. 29. 법률 제7779호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 대기환경보전법’이라 한다)에 따른 대기오염물질 배출시설 설치 변경신고(기존 레미콘 공장에서 연간 30.65t의 연료를 사용하다가 아스콘 공장을 증설함에 따라 연간 합계 532.22t의 연료를 사용하게 되어 대기오염물질배출 5종 사업장에서 4종 사업장으로 변경)를 마친 다음, 그 무렵부터 아스콘 공장(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)을 운영하고 있다.
 (2) 이 사건 공장 설립 당시에 원고는 이 사건 공장에서 특정대기유해물질은 배출되지 않고 토석의 저장·혼합 및 연료 사용에 따라 먼지와 배기가스만 배출될 것이라는 전제에서 배출시설 및 방지시설 설치 계획서를 제출하여 위 공장 설립 변경승인 및 대기오염물질 배출시설 설치 변경신고 수리가 이루어졌다.
 (3) 이 사건 토지는 이 사건 공장 설립 당시에 구 국토이용관리법[2002. 2. 4. 법률 제6655호로 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 ‘국토계획법’이라 한다)이 제정되어 2003. 1. 1.부터 시행되기 전의 것, 이하 ‘구 국토이용관리법’이라 한다]에 따른 ‘준농림지역’으로 지정되어 있었는데, 그 후 국토계획법이 시행됨에 따라 이 사건 토지의 용도지역이 2003. 1. 22.경 용인시 도시관리계획 변경결정에 의하여 국토계획법상 ‘자연녹지지역’으로 변경되었다.
 (4) 피고가 경기도보건환경연구원에 의뢰하여 2017. 3. 16. 이 사건 공장에 대하여 실시한 1차 배출검사에서 대기환경보전법상 특정대기유해물질에 해당하는 벤젠 0.017ppm, 포름알데히드 0.245ppm, 아세트알데히드 0.488ppm이 검출되었다.
 (5) 피고는 2017. 5. 11. 원고에게 처분의 사전통지 및 청문통지를 하였고, 이에 원고가 2017. 5. 31. 의견서를 제출하였으며, 2017. 11. 6. 및 2017. 12. 19. 청문이 실시되었다. 피고가 청문절차에서의 원고 의견을 반영하여 다시 경기도보건환경연구원에 의뢰하여 2018. 5. 4. 이 사건 공장에 대하여 실시한 2차 배출검사에서도 포름알데히드 1.423ppm, 아세트알데히드 0.220ppm이 검출되었다.
 (6) 피고는 2018. 5. 18. 원고가 자연녹지지역 안에서 허가받지 않은 특정대기유해물질 배출시설을 설치·운영하였다는 사유로 대기환경보전법 제38조 단서에 의하여 이 사건 공장의 대기오염물질 배출시설 및 방지시설을 폐쇄하라는 명령을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 나. 이 사건 쟁점은, (1) 설립 당시의 관계 법령을 기준으로 이 사건 공장이 적법하게 설립된 것인지 여부, (2) 이 사건 처분 당시의 관계 법령을 기준으로 이 사건 공장의 폐쇄를 명하여야 할 처분사유가 존재하는지 여부, (3) 이 사건 처분이 과잉금지원칙, 행정의 자기구속 법리, 신뢰보호원칙, 실효의 원칙을 위반한 것인지 여부이다.
 2. 당초 이 사건 공장이 적법하게 설립된 것인지 여부(상고이유 제1점, 제2점)
 가. 이 사건 공장 설립 당시에 적용되는 관련 법령의 규정 내용
 (1) 구 국토이용관리법 제15조 제1항 제4호의 위임에 따른 구 국토이용관리법 시행령(2002. 12. 26. 대통령령 제17816호로 폐지되기 전의 것) 제14조 제1항 제1호는 준농림지역 안에서 ‘대기환경보전법에 의한 특정대기유해물질 배출시설’의 설치를 금지하였다(이하 ‘이 사건 종전 규정’이라 한다).
 (2) 구 공업배치법에 의하면, 공장건축면적이 500㎡ 이상인 공장의 신설·증설 또는 업종변경을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 시장·군수 또는 구청장의 승인을 얻어야 하는데(제13조 제1항), 이때 관계행정기관의 장과 미리 협의하여 의제 처리할 수 있는 관련 인허가 등에는 대기환경보전법에 의한 대기오염물질 배출시설 설치허가·신고가 포함되어 있지 않다(제13조의2 제1항, 제2항, 제3항). 시장·군수 또는 구청장은 공장설립 등의 승인을 함에 있어서 ‘국토이용관리법 제8조의 규정에 의한 국토이용계획의 변경’이나 ‘도시계획법 제2조 제1항 (나)목의 시설의 설치에 관한 동법 제12조의 규정에 의한 도시계획의 결정’이 필요한 경우에는 용도지역의 변경협의를 하는 등 필요한 조치를 하여야 하며, 관련 계획의 결정·변경 조치가 있은 후에 공장설립 등의 승인을 하여야 한다(제13조의2 제7항, 제8항).
 한편 산업자원부장관은 관계중앙행정기관의 장과 협의하여 ‘국토이용관리법 등 대통령령이 정하는 법령에서 용도지역별로 허용 또는 제한되는 공장의 업종·규모 및 범위 등에 관한 사항’ 등에 관한 공장입지의 기준을 정하여 이를 고시하여야 하는데(제8조), 그 위임에 따른 구 ‘공장입지기준고시’(2004. 9. 24. 산업자원부 고시 제2004-96호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 [별표 2] 제4호는 준농림지역에서 ‘대기환경보전법에 의한 특정대기유해물질 배출시설’을 설치하는 공장설립을 금지하였다.
 (3) 구 대기환경보전법에 의하면, ‘특정대기유해물질’이란 사람의 건강·재산이나 동·식물의 생육에 직접 또는 간접으로 위해를 줄 우려가 있는 대기오염물질로서 환경부령으로 정하는 것을 말하며(제2조 제8호), 배출시설을 설치하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 환경부장관의 허가를 받거나, 환경부장관에게 신고하여야 하고(제10조 제1항), 허가의 기준은 대통령령으로 정한다(제10조 제5항).
 그 위임에 따른 구 대기환경보전법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18042호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의하면, ‘특정대기유해물질이 발생되는 배출시설’이나 ‘환경정책기본법 제22조에 의한 특별대책지역 안에 설치되는 배출시설(단 [별표 8]에서 정한 5종 사업장, 즉 고체환산연료사용량이 연간 200t 미만인 사업장은 제외)’의 경우에는 허가를 받아야 하고, 그 밖의 배출시설의 경우에는 신고하여야 하며(제4조 제1항, 제2항), 배출시설 설치허가를 받으려면 ‘배출시설에서 배출되는 오염물질을 구 대기환경보전법 제8조 또는 제13조 제4항에서 정한 배출허용기준 이하로 처리할 수 있을 것’ 및 ‘다른 법령에 의한 배출시설의 설치제한에 관한 규정에 위반되지 아니할 것’이란 기준을 충족하여야 한다(제4조 제9항). 한편 배출시설 설치허가를 받고자 하거나 신고를 하고자 하는 자는 배출시설설치허가신청서 또는 배출시설설치신고서에 ‘원료(연료 포함)의 사용량 및 제품의 생산량과 오염물질 등의 배출량을 예측한 내역서(신고의 경우에는 제외)’, ‘배출시설 및 방지시설의 설치내역서’, ‘방지시설의 일반도’, ‘방지시설의 연간 유지관리계획서’ 등을 첨부하여 제출하여야 한다(제4조 제6항).
 나. 이 사건 종전 규정이 위헌·무효인지 여부
 (1) 이 사건 종전 규정에 의하면, 준농림지역 안에서는 특정대기유해물질 배출시설의 설치가 금지되었기 때문에, 그 범위에서 특정대기유해물질이 발생하는 공장시설을 설치하여 운영하려는 자의 직업수행의 자유, 준농림지역 안에서 토지나 건물을 소유하고 있는 자의 재산권이 제한받을 수 있다. 그러나 이 사건 종전 규정이 헌법 제37조 제2항의 과잉금지원칙을 위반하였다고 볼 수는 없다(대법원 2019. 10. 18. 선고 2018두34497 판결 참조). 그 이유는 다음과 같다.
 ① 토지의 사회성, 공공성으로 인해 토지재산권에 대하여는 다른 재산권에 비하여 강한 제한과 의무가 부과될 수 있고, 토지의 이용·개발과 보전에 관한 사항에 관해서는 입법자에게 광범위한 입법형성권이 부여되어 있다(헌법재판소 2017. 9. 28. 선고 2016헌마18 전원재판부 결정 참조).
 ② 구 국토이용관리법에 의하면, 국토는 모든 국민의 복리증진을 위한 유한한 자원이며, 공통기반임에 비추어 그 이용에 있어서는 공공복리를 우선시키고 자연환경을 보전함과 아울러 지역적 제 조건을 충분히 고려하여 토지가 합리적으로 이용되고 적정하게 거래되도록 함으로써 양호한 생활환경의 확보와 국토의 균형 있는 발전을 도모함을 그 기본이념으로 한다(제1조). ‘준농림지역’이란 농업진흥지역 외의 농지 및 준보전임지 등으로서 농임업의 진흥과 산림보전을 위하여 이용하되, 개발용도로도 이용할 수 있는 지역이므로(제6조 제4호), 관계행정기관의 장은 관계 법령이 정하는 바에 따라 필요한 보전조치를 취하고, 준농림지역의 지정목적을 해하지 아니하는 범위 안에서 이용과 개발을 도모하여야 하며(제14조의2 제1항 제4호), 환경오염의 우려가 있거나 부지가 일정 규모 이상인 공장·건축물·공작물 기타의 시설의 설치 등은 제한되어야 한다(제15조 제1항 제4호).
 ③ 특정대기유해물질은 ‘사람의 건강·재산이나 동·식물의 생육에 직접 또는 간접으로 위해를 줄 우려가 있는 대기오염물질’이다. 준농림지역에서 농임업의 진흥과 산림보전을 위하여 특정대기유해물질 배출시설의 설치를 금지하는 것은 그 목적의 정당성과 수단의 적합성이 인정된다.
 ④ 또한 이 사건 종전 규정은 준농림지역에 한하여 특정대기유해물질 배출시설의 설치를 금지하는 것일 뿐, 모든 지역에서 금지하는 것은 아니어서, 특정대기유해물질을 배출하는 공장시설을 설치하여 운영하려는 자는 준농림지역이 아닌 지역에서 배출시설 설치허가를 받아 운영할 수 있다. 준농림지역에서도 건물의 용도와 영업의 종류를 일반적으로 광범위하게 제한하는 것이 아니고 ‘특정대기유해물질 배출시설’이라는 특정 용도로 건물을 사용하거나 영업행위를 하는 것만을 제한하는 것이므로, 그 부지나 건물 소유자로서는 토지나 건물의 기능 중 ‘특정대기유해물질 배출시설’ 용도의 범위 내에서 사적인 효용성의 일부만을 제한받게 된다. 이러한 점에서 이 사건 종전 규정은 피해의 최소성을 충족하였고, 준농림지역 안에서 특정대기유해물질 배출시설 설치 금지로 인한 제한의 정도가 위와 같은 공익보다 크다고 볼 수 없으므로 법익의 균형성도 충족하였다.
 ⑤ 준농림지역 안에서 허가를 받지 않고 설치된 특정대기유해물질 배출시설은 ‘그 설치장소가 다른 법률에 따라 그 배출시설의 설치가 금지된 경우’에 해당하여 대기환경보전법 제38조 단서에 따라 폐쇄명령을 받게 되지만, 그 불이익은 특정대기유해물질 배출시설의 설치가 금지된 장소에서 특정대기유해물질 배출시설을 무단으로 설치하여 운영하는 위반행위를 함으로써 초래된 결과인 것이지, 이 사건 종전 규정에 의하여 직접 발생하는 법익침해의 결과로는 볼 수 없다.
 (2) 같은 취지에서 원심이 이 사건 종전 규정이 위헌·무효는 아니라고 판단한 것은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 과잉금지원칙에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 다. 이 사건 공장에 관한 판단
 (1) 앞서 본 사실관계를 관련 규정들의 내용과 체계에 비추어 살펴보면, 이 사건 공장 설립 당시에 이 사건 토지는 ‘준농림지역’으로 지정되어 있었으므로, 이 사건 종전 규정에 의하여 이 사건 토지에서는 특정대기유해물질 배출시설의 설치가 금지되어 있었다.
 (2) 아스콘 공장에서 사용하는 주된 원료인 아스팔트는 석유를 증류하고 남은 흑색의 찌꺼기로서, 주로 수소와 탄소로 구성되어 있고, 소량의 질소, 황, 산소가 결합된 화합물들로 이루어져 있어, 화학적으로 극히 복잡한 구조를 가지고 있으며, 인체에 유해한 다방향족 탄화수소(PAHs) 등 아직 규명되지 않은 화합물이 다수 포함되어 있는 것으로 알려져 있다. 아스콘이란 이런 아스팔트를 가열하여 고온의 액체 상태로 만든 다음 분쇄된 토석과 뒤섞은 것이므로, 아스콘 제조공정에서 다량의 석유화합물이 배출되리라는 점은 일반인의 상식으로도 쉽게 예상할 수 있다. 따라서 특정대기유해물질이 배출되지 않도록 특별히 정제되거나 가공된 원료를 사용한다거나 어떤 특별한 최신 공법을 적용한다는 예외적 사정이 없는 한, 아스콘 공장은 특정대기유해물질 배출시설이라고 볼 수밖에 없다. 그리고 피고가 실시한 1차, 2차 배출검사에서도 대기환경보전법상 특정대기유해물질에 해당하는 벤젠, 포름알데히드, 아세트알데히드가 검출되었으므로, 이 사건 공장은 그 설립 당시부터 특정대기유해물질 배출시설이었다고 보아야 한다.
 (3) 원고가 이 사건 공장을 설립하려면 구 공업배치법에 따라 공장설립 등의 승인을 받아야 하는데, 구 공장입지기준고시 제7조 [별표 2] 제4호에 의하여 준농림지역에서 특정대기유해물질 배출시설을 설치하는 공장설립이 금지되었으므로, 구 공업배치법상으로도 이 사건 공장은 설립 승인이 이루어져서는 안 되는 경우였다. 따라서 피고가 이 사건 아스콘 공장이 특정대기유해물질 배출시설에 해당한다는 점을 간과하고, 준농림지역 지정 해제 등의 필요한 조치를 취하지 않은 채 2001. 5. 4. 원고에게 공장설립 변경승인을 한 것은 구 공장입지기준고시 제7조 [별표 2] 제4호에 위배되는 것이어서 위법하다.
 (4) 여러 개별법령의 인허가 제도가 고유한 목적, 취지, 다른 요건을 규율하고 있다면, 각각의 인허가 제도가 모두 적용되어야 하고, 그중 어느 하나의 인허가절차를 거쳤다고 하여 다른 인허가절차가 면제되지 않는다(대법원 2011. 1. 20. 선고 2010두14954 전원합의체 판결 참조). 설령 원고가 2001. 5. 4. 피고로부터 받은 공장설립 변경승인이 당연무효는 아니고 유효한 행정처분이라고 하더라도, 원고가 이 사건 공장을 설립하여 운영하려면 그와 별도로 구 대기환경보전법에 따라 특정대기유해물질 배출시설 설치허가를 받아야 한다.
 (5) 그런데 이 사건 토지에서 특정대기유해물질 배출시설을 설치하는 것은 이 사건 종전 규정에 의하여 금지되어 있었으므로, 구 대기환경보전법 시행령 제4조 제9항 제2호에 규정되어 있는 ‘다른 법령에 의한 배출시설의 설치제한에 관한 규정에 위반되지 아니할 것’이란 허가기준을 충족할 수 없어 특정대기유해물질 배출시설 설치허가가 불가능하였다.
 비록 원고가 이 사건 공장과 관련하여 2002. 5. 29. 구 대기환경보전법에 따른 대기오염물질 배출시설 설치 변경신고를 하였으나, 이는 아스콘 공장의 증설로 토석의 저장·혼합시설이 늘어나고 연료사용량이 늘어나 종전의 5종 사업장(고체환산연료사용량이 연간 200t 미만인 사업장)에서 4종 사업장(고체환산연료사용량이 연간 200t 이상 1,000t 미만인 사업장)으로 변경된다는 내용일 뿐, 특정대기유해물질의 배출에 관한 내용은 누락되어 있었다. 따라서 원고가 이와 같은 대기오염물질 배출시설 설치 변경신고를 하였다고 하더라도, 특정대기유해물질 배출시설 설치허가를 받은 바 없으므로, 특정대기유해물질이 발생되는 이 사건 공장을 설치하여 운영할 수 있는 법적 지위를 부여받은 것은 결코 아니다.
 (6) 같은 취지에서 원심은, 설립 당시의 관계 법령의 규정에 의하면 준농림지역 안에서 특정대기유해물질이 발생되는 이 사건 공장의 설치는 금지되어 있었다고 판단하였다. 이러한 원심판단에 구 대기환경보전법상 특정대기유해물질 배출시설 설치허가기준 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 이 사건 공장이 당초 관계 법령을 준수하여 적법하게 설립되었음을 전제로 하는 원고의 상고이유 주장은 더 나아가 살필 것도 없이 이유 없다.
 3. 이 사건 처분이 위법한지 여부(상고이유 제3점, 제4점)
 가. 처분사유의 존부
 (1) 국토계획법 제76조 제1항의 위임에 따라 자연녹지지역 안에서 건축할 수 있는 건축물을 정하고 있는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령(이하 ‘국토계획법 시행령’이라 한다) 제71조 제1항 제16호 [별표 17] 제2호 (차)목은 “(1) 첨단업종의 공장, 지식산업센터, 도정공장 및 식품공장과 읍·면지역에 건축하는 제재업의 공장으로서 [별표 16] 제2호 (아)목 (1) 내지 (5)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 것”[[별표 16] 제2호 (아)목 (1)은 ‘대기환경보전법 제2조 제9호에 따른 특정대기유해물질이 같은 법 시행령 제11조 제1항 제1호에 따른 기준 이상으로 배출되는 것’이라고 규정하고 있다], “(2) 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업 및 도시개발법에 따른 도시개발사업으로 동일한 특별시·광역시·시 및 군 지역 내에서 이전하는 레미콘 또는 아스콘 공장”이라고 규정하여, 자연녹지지역 안에서는 [별표 17] 제2호 (차)목 (1), (2)에 해당하는 공장의 설치만을 허용하고 그 밖의 공장의 설립은 금지하고 있다.
 (2) 이 사건 처분 당시를 기준으로 이 사건 토지는 ‘자연녹지지역’으로 지정되어 있었고, 이 사건 공장은 국토계획법 시행령 제71조 제1항 제16호 [별표 17] 제2호 (차)목 (1)에서 정한 ‘첨단업종의 공장, 지식산업센터, 도정공장 및 식품공장과 읍·면지역에 건축하는 제재업의 공장’에 해당하지 않을 뿐만 아니라, (차)목 (2)에서 정한 사유로 ‘공익사업이나 도시개발사업으로 동일한 지역 내에서 이전하는 아스콘 공장’에 해당한다고 볼 만한 특별한 사정도 없으므로, 이 사건 공장은 국토계획법 시행령 제71조 제1항 제16호 [별표 17] 제2호 (차)목에 의하여 설치가 금지되어 있다.
 (3) 대기환경보전법 제38조는 “환경부장관 또는 시·도지사는 제23조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 허가를 받지 아니하거나 신고를 하지 아니하고 배출시설을 설치하거나 사용하는 자에게는 그 배출시설의 사용중지를 명하여야 한다. 다만 그 배출시설을 개선하거나 방지시설을 설치·개선하더라도 그 배출시설에서 배출되는 오염물질의 정도가 제16조에 따른 배출허용기준 이하로 내려갈 가능성이 없다고 인정되는 경우 또는 그 설치장소가 다른 법률에 따라 그 배출시설의 설치가 금지된 경우에는 그 배출시설의 폐쇄를 명하여야 한다.”라고 규정하고 있다.
 (4) 대기환경보전법 제38조 본문에 의한 사용중지명령은 같은 법 제23조 제1항에 따른 배출시설 설치허가·신고가 가능한 경우에만 허용된다. 이 사건 공장은 ‘그 설치장소가 다른 법률에 따라 그 배출시설의 설치가 금지된 경우’에 해당하므로 대기환경보전법 제23조 제1항에 따라 배출시설 설치허가를 받는 것이 불가능하며, 피고는 대기환경보전법 제38조 단서에 의하여 이 사건 공장의 대기오염물질 배출시설에 대하여 폐쇄를 명하여야 한다. 대기환경보전법 제38조 단서는 필요적으로 폐쇄명령을 할 것을 규정하고 있으므로, 이 사건 공장의 폐쇄명령 여부에 피고에게 어떤 재량이 있다고 볼 수 없다.
 (5) 같은 취지에서 원심은 이 사건 공장이 대기환경보전법 제38조 단서에 의한 폐쇄명령의 대상에 해당한다고 판단하였다. 이러한 원심판단에 대기환경보전법상 폐쇄명령의 사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 이 사건 처분의 처분사유가 인정되지 않는다거나 또는 이 사건 공장은 사용중지명령의 대상이 될 수 있을 뿐이라는 원고의 상고이유 주장은 모두 이유 없다.
 나. 행정의 자기구속 법리, 신뢰보호원칙, 실효의 원칙 위배 여부
 (1) 앞서 살펴본 바와 같이, 이 사건 공장 설립 당시에 원고는 이 사건 공장에서 특정대기유해물질은 배출되지 않고 토석의 저장·혼합 및 연료 사용에 따라 먼지와 배기가스만 배출될 것이라는 전제에서 허위이거나 또는 부실한 배출시설 및 방지시설 설치 계획서를 제출하였다. 따라서 피고가 만연히 원고의 계획서를 그대로 믿은 데에 과실이 있다고 하더라도, 피고의 착오는 원고가 유발한 것이므로, 이 사건 공장에 대하여 특정대기유해물질 관련 규제가 적용되지 않으리라는 원고의 기대는 보호가치가 있다고 할 수 없다. 원고가 관계 법령을 위반하여 이 사건 공장을 설치·운영한 이상, 피고가 이 사건 공장의 위법 상태를 적시에 인지하지 못하여 결과적으로 원고가 이 사건 공장을 장기간 운영해 왔다고 하더라도, 그것이 원고가 이 사건 공장의 존속을 주장할 정당한 사유는 될 수 없다.
 (2) 같은 취지에서 원심은, 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 신뢰보호원칙, 행정의 자기구속 법리, 실효의 원칙에 위배된다는 원고의 주장을 배척하였다.
 ① 원고가 제시하고 있는 환경부의 「대기오염 배출시설 인허가업무 가이드라인」[별표 15-4]는 아스콘 공장의 경우 특정대기유해물질은 고려대상이 아님을 밝힌 것이 아니라, 업종별 발생가능한 오염물질의 종류에 대한 가이드라인을 제공한 것이고, 원료 및 공정에 따라 일부 오염물질은 발생이 없거나 다른 오염물질이 추가로 발생할 수 있다고 적시하였을 뿐만 아니라, 이 가이드라인의 내용이 관계 법령의 규정 내용과 다른 경우에는 관계 법령의 규정을 따른다고 밝히고 있어, 이 사건 처분이 이 가이드라인이나 행정의 자기구속 법리에 위배된다고 볼 수 없다.
 ② 2001. 5. 4. 이 사건 공장의 설립 승인을 한 이후로 2017년 1차 배출검사 전까지는 피고가 이 사건 공장이 특정대기유해물질 배출시설에 해당함을 전제로 어떠한 규제·감독조치는 취한 바 없는 점은 인정되나, 피고가 공장설립 변경승인서에 이행조건으로 ‘특정대기유해물질이 배출되지 않아야 함’을 명시하였던 점 등에 비추어, 피고가 이 사건 공장이 특정대기유해물질 배출시설이라는 사실을 알면서도 이 사건 공장에 대하여 특정대기유해물질 관련 규제를 적용하지 않겠다는 공적인 견해를 표명한 것으로 보기는 어렵다.
 ③ 피고는 이 사건 공장이 특정대기유해물질 배출시설이라는 사실을 알면서도 필요한 행정적 조치를 하지 않았던 것이 아니라, 1차, 2차 배출검사를 통해 이 사건 공장이 특정대기유해물질 배출시설에 해당한다는 점을 알게 되자 이 사건 처분을 하였다.
 (3) 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심판단에 상고이유 주장과 같이 행정의 자기구속 법리, 신뢰보호원칙, 실효의 원칙에 관한 법리를 오해하거나, 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나고 필요한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 4. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 안철상(재판장) 박상옥 노정희 김상환(주심)

[1] 준농림지역 안에서 ‘대기환경보전법에 의한 특정대기유해물질 배출시설’의 설치를 금지한 구 국토이용관리법 시행령 제14조 제1항 제1호가 위헌·무효인지 여부(소극)
 [2] 준농림지역에서 레미콘 공장을 설립하여 운영하던 甲 주식회사가 아스콘 공장을 추가로 설립하기 위하여 관할 시장으로부터 공장설립 변경승인을 받고 아스콘 공장 증설에 따른 대기오염물질 배출시설 설치 변경신고를 마친 다음 아스콘 공장을 운영하였는데, 위 공장에 대하여 실시한 배출검사에서 대기환경보전법상 특정대기유해물질에 해당하는 포름알데히드 등이 검출되자 시장이 자연녹지지역 안에서 허가받지 않은 특정대기유해물질 배출시설을 설치·운영하였다는 사유로 대기환경보전법 제38조 단서에 따라 위 공장의 대기오염물질 배출시설 및 방지시설을 폐쇄하라는 명령을 한 사안에서, 위 처분이 신뢰보호원칙, 행정의 자기구속 법리, 실효의 원칙에 위배되지 않는다고 본 원심판단을 수긍한 사례

[1] 구 국토이용관리법 시행령(2002. 12. 26. 대통령령 제17816호로 폐지) 제14조 제1항 제1호에 따르면, 준농림지역 안에서는 특정대기유해물질 배출시설의 설치가 금지되었기 때문에, 그 범위에서 특정대기유해물질이 발생하는 공장시설을 설치하여 운영하려는 자의 직업수행의 자유, 준농림지역 안에서 토지나 건물을 소유하고 있는 자의 재산권이 제한받을 수 있다. 그러나 위 규정이 헌법 제37조 제2항의 과잉금지원칙을 위반하였다고 볼 수는 없다.
 [2] 준농림지역(이후 자연녹지지역으로 변경)에서 레미콘 공장을 설립하여 운영하던 甲 주식회사가 아스콘 공장을 추가로 설립하기 위하여 관할 시장으로부터 공장설립 변경승인을 받고 아스콘 공장 증설에 따른 대기오염물질 배출시설 설치 변경신고를 마친 다음 아스콘 공장을 운영하였는데, 위 공장에 대하여 실시한 배출검사에서 대기환경보전법상 특정대기유해물질에 해당하는 포름알데히드 등이 검출되자 시장이 자연녹지지역 안에서 허가받지 않은 특정대기유해물질 배출시설을 설치·운영하였다는 사유로 대기환경보전법 제38조 단서에 따라 위 공장의 대기오염물질 배출시설 및 방지시설을 폐쇄하라는 명령을 한 사안에서, 위 공장설립 당시의 관계 법령에 따르면 준농림지역 안에서 특정대기유해물질이 발생하는 위 공장의 설치가 금지되어 있었고, 위 공장은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제71조 제1항 제16호 [별표 17] 제2호 (차)목에 따라 처분 당시 변경된 자연녹지지역에 설치가 금지된 경우에 해당하므로 대기환경보전법 제38조 단서에 따른 폐쇄명령의 대상이며, 공장설립 당시에 甲 회사가 위 공장에서 특정대기유해물질은 배출되지 않고 토석의 저장·혼합 및 연료 사용에 따라 먼지와 배기가스만 배출될 것이라는 전제에서 허위이거나 부실한 배출시설 및 방지시설 설치 계획서를 제출하였으므로 시장이 만연히 甲 회사의 계획서를 그대로 믿은 데에 과실이 있더라도, 시장의 착오는 甲 회사가 유발한 것이므로, 위 공장에 대하여 특정대기유해물질 관련 규제가 적용되지 않으리라는 甲 회사의 기대는 보호가치가 없다는 등의 이유로, 위 처분이 신뢰보호원칙, 행정의 자기구속 법리, 실효의 원칙에 위배되지 않는다고 본 원심판단을 수긍한 사례.