대안학교시설로 사용한 것이 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부 (일반행정, 광주지방법원)
공포일: 2021.01.28 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.원고는 광주○○구○○로○○(○○동)에 소재하는 사단법인 국제독립교회연합회 소속 교회로서 선교,교육,봉사 등을 사업목적으로 하고 있다.
나.원고는2018. 4. 4.기독교장로회 광주○○교회(이하’광주○○교회‘라 한다)로부터 광주광역시○○구○○동1147번지 종교용지3,620.7㎡,위 지상5층 종교시설3,836.1㎡(이하 이를 통틀어‘이 사건 부동산’이라 한다)를 증여로 취득한 후 피고에게 지방세특례제한법(이하‘지특법’이라 한다)제50조 제1항에 따라‘종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 이용하기 위하여 취득하는 부동산’으로 취득세 등 감면신청을 하여 취득세,취득세에 부수하여 부과되는 농어촌특별소비세,지방교육세(이하‘취득세 등’이라 한다)를 감면받았고,그 무렵부터 광주○○교회가 운영하던‘밀알○○학교’라는 명칭의 비인가 대안학교(이하‘이 사건 대안학교’라 한다)를 계속하여 운영하였다.
다.그런데 피고는2019년8월경 이 사건 부동산을 실사한 후 원고가 위 부동산을 이 사건 대안학교로 사용하고 있는 것은‘종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산을 취득한 날부터5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우’에 해당한다고 판단하여2019. 8. 28.원고에게 감면된 취득세 등 합계312,574,280원을 과세예고통지하였다.
라.이에 원고는2019. 9. 27.광주광역시장에게 과세전적부심사를 청구하였는데,광주광역시장은‘이 사건 부동산 중1층 소예배실216㎡, 2층 주일학교 예배실72㎡부분을 종교 목적으로 사용한 것으로 인정하여 위 각 전용 부분 및 그에 비례하는 공용 부분은 비과세하고,나머지에 대하여 면제된 취득세 등을 합계290,671,470원으로 정정한다는 결정을 하였다.
마.피고는 위 라.항 기재 결정에 기하여2019. 11. 4.원고에게 취득세264,580,480원,농어촌특별소비세13,939,620원,지방교육세20,871,490원 합계299,391,590원(각 가산세 포함)을 부과하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).
〔인정근거:다툼 없는 사실,갑 제1내지11호증,을 제1내지4호증,제8내지12호증,제16호증(각 가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지〕

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장요지

(1)원고는 정관에 있는 선교를 통한 교회운영 목적(종교 교육,학교 선교)으로 이 사건 대안학교를 운영한 것이므로 위 대안학교는 종교교육시설에 해당하여 지특법 제50조 제1항 본문의‘직접 사용’에 포섭된다.
(2)원고는 실비 충당 목적으로 이 사건 대안학교의 운영을 위한 최소한의 수업료 등 비용을 받았으므로 이는 교회 목적에 공하기 위한 비수익사업이고,위 부동산을 수익사업에 사용한 것이 아니다.
(3)원고는 매주 일요일,평일(수요 예배,금요 기도회 등)에 이 사건 부동산을 이용하고 있고,소규모 기도회인 제자반 운영을 통하여 평소에도 교회 건물 전체 면적을 고유 목적으로 사용하고 있는 점,이 사건 부동산 중 사단법인 청소년○○문화의 집이라는 비영리 법인을 두고1층을 겨자씨선교회 선교센터로, 2층을 공동육아 유아방으로, 3층은 다니엘 문화센터라는 한글교실로, 4층은 어등성폭력상담소라는 비영리법인을 두어 운영하고 있는 점, 2층○○구청 전산교육실70.8㎡는 그 지역선교를 목적으로 무상으로 빌려주었던 공간인 점,계단,복도 공용 부분을 고려하여 그 공용 면적의 사용비율을 계산하여야 하는 점 등에 비추어 보면,피고는 원고의 실제 사용현황을 소홀히 파악하여 취득세 등 계산근거가 되는 면적을 잘못 계산하였다.
(4)피고는 원고의 취득세 등 면제신고에 대하여 승인하고 재산세 감면을 적용하는 등 원고로 하여금 이 사건 부동산이 해당 사업에 직접 사용되고 있다는 피고의 과세행정을 신뢰하게 만들었으므로 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 반한다.또한 이 사건 대안학교 중 유치부의 역할은 사회복지사업에 포함되고,정관상 유치사역부분에 해당하여 지역아동센터의 운영과 다르지 않음에도 양자를 달리 취급하고 있고,대안학교시설과 주차장은 종교용으로 사용되는 부분임에도 기존의 행정심판례와 다르게 취급하였으므로 이 사건 처분은 평등원칙에도 반한다.
나.피고의 주장요지

원고는 이 사건 부동산을 종교행위를 벗어난 교육사업인 대안학교 시설로 사용하였고,비인가 대안학교는 교육서비스업에 해당하는 수익사업이며,위 부동산 일부를 사단법인 청소년○○문화의 집이라는 비영리법인과 어등성폭력상담소라는 비영리 법인을 두어 사용하였으므로 원고가 이를 직접 사용한 것도 아니다.따라서,원고는 지특세법 제50조 제1항 단서 제1내지3호에 모두 해당하므로1)이 사건 처분은 적법하다.
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주1)당초 이 사건 처분의 근거가 지특법 제50조 제1항 제1호인 것으로 보이기는 하나, 2, 3호는 동일한 사실관계에 법률적 판단만을 달리하는 것으로서 처분근거의 추가도 허용된다고 할 것이다.
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다.관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.
라.주장에 대한 판단

1)관련 법리

지방세법 제50조 제1항은 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되,취득일로부터5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우,정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우,해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대해서 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있고2),위 규정에서 종교단체가 당해 부동산을‘종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 종교행위 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 직접 사용’한다는 범위는 당해 종교단체의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하며(대법원2015. 5. 14.선고2014두45680판결 등 참조),당해 부동산이 외관상으로 종교 목적에 상시 공여되어야 한다고 할 것이다.
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주2)한편,지방세법 제260조의2에 의하면 지방세법에 의한 등록세 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무가 있고,농어촌특별세법 제3조 제5호에 의하면 지방세법에 의한 취득세 납세의무자는 농어촌특별세를 납부할 의무가 있는데,위 지방교육세 및 농어촌특별세는 취득세에 부수하여 당연히 부과되는 것이므로 취득세 등에 포함하여 이에 대하여는 별도로 판단하지 아니한다.
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한편,조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고,특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하고(대법원2007. 10. 26.선고2007두9884호 판결 등 참조),과세대상이 된 부동산이 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다(대법원1996. 4. 26.선고94누12708판결 등 참조).
2)이 사건 대안학교의 운영이 원고의‘직접 사용’에 포함되는지 여부

위 각 증거와 을 제17호증의 영상,이 법원의 현장검증결과 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 또는 사실을 종합하여 고려하면,원고가 이 사건 부동산을 이 사건 대안학교시설로 사용한 것은 위 부동산을‘종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용’한 것이라고 볼 수 없다.
○종교단체는 그 목적을 달성하기 위하여 선교,봉사,사회복지 등 여러 가지 활동을 할 수 있으나,지특법 제50조 제1항은‘종교행위를 목적으로 하는 사업’에‘직접 사용’하는 경우에 취득세 등을 면제하여 준다는 것으로서 그 문언적 의미에 따라 엄격하게 해석되어야 한다.즉,위 규정은 종교단체의 종교활동 자체를 보호하기 위하여 취득세 등을 감면하여 주는 특혜규정으로서 종교단체 자체를 보호하기 위한 취지는 아니므로 이를 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고,이를 종교단체가 하는 선교,봉사,사회복지 등 모든 활동을 위한 부동산 취득행위에 취득세 등을 면제하여 주는 취지로 해석한다면 이는 위 문언을 부당하게 확장해석하는 것이라고 할 것이다.
○더구나,이 사건 대안학교에서 예배 등 일부 종교적 활동을 한다고 하더라도 아래에서 보는 바와 같이 위 대안학교는 궁극적으로는 일반 교육시설에 가깝다고 보이고,위 대안학교의 운영이 본질적으로 원고의 종교활동에 필수불가결한 시설이라고 보기도 어렵다.또한,이 사건 부동산은 위 대안학교 시설로 사실상 모두 이용되었고,원고는 위 대안학교의 운영에 지장을 주지 아니하는 범위 내에서만 예배 등 직접적인 종교 목적으로 위 부동산을 이용하여 왔다고 봄이 상당하다.
?광주○○교회는 이미 교회건물이 있는 상태에서 별도로 이 사건 부동산을 건축한 후2016년3월부터 이 사건 대안학교를 운영하였고,원고는 광주○○교회가 운영하던 방식과 거의 동일하게 위 대안학교를 계속하여 운영하였다.
?이 사건 처분 당시3)이 사건 부동산의 외벽과 입구에는 밀알두레교회와 밀알두레학교가 병기되어 있었고,입구안내판의 기재에는1층이 예배실로 기재되어 있을 뿐 나머지는 학교시설문 안내판에 가깝다.
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주3)이 사건 처분 당시와 이 법원의 현장검증 당시의 각 실의 운영상황에 변화가 있었으나,이 사건 처분의 적법성은 처분 당시를 기준으로 기재한다.
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?이 사건 대안학교는 유치부,초등부,중등부,고등부로 나뉘는데 그 입학자격은 원고의 교인으로 한정되어 있지 아니하고,수업료는 입학금100만 원,예탁금200만 원,월 수업료는 유치반25만원,초등반50만 원,중등반45만 원,고등반50만 원(2018년도3분기 기준),급식비,스쿨버스비는 별도로 부담하며,초,중,고등과정 교과과목은 국어,영어,수학,과학,한국사 등으로 일반 초,중,고 학교의 교과과정과 거의 비슷하다.
?이 사건 처분 당시 이 사건 대안학교에서는, 1층을 학교식당 및 주방,까페,도서관과 자습실(현 겨자씨선교회사무실),고등부 교실로, 2층을 유치부교실,강당 겸 체육관(대성전),컴퓨터교육실(현○○구청 전산교육실),어학실 등으로, 3층을 초등부 교실,미술실(현 마가제자반),도서실(현 다문화한글교실),음악실 등으로, 4층을 중등부교실,교무실(현 목양실),상담실(현 성폭력상담소),영어실,과학실 등으로, 5층을 행정담당 직원 숙소(현 목사관),악기실(현 중보기도실)등으로 각 사용하였고,로비,계단 및 복도에는 초등과정,중등과정,고등과정을 표기하는 표지판이 설치되어 외관상 위 부동산은 교회보다는 학교시설에 가까웠다고 보인다.
또한,이 사건 대안학교의 학생들은 월요일부터 금요일에 오전8:50경부터 하교시간인16:30까지,그 이후 야간자율학습시간까지 이 사건 부동산의 전유 부분 및 복도,계단,화장실 등 공유 부분을 대부분 사용하였다.
2)이 사건 대안학교 운영이 수익사업에 해당되는지 여부

지특법 제2조 제1항 제2호는 지특법상의 수익사업을‘법인세법 제4조 제3항에 따른 수익사업’이라고 정의하고 있으므로,지특법상의 수익사업은 법인세법 제4조 제3항이 정하는 바에 따라 수익사업 여부가 결정되고,당해 사업으로 인하여 사업주체에게 실질적으로 이익이 발생하고 있는지 여부는 그 요건이 되지 아니한다고 할 것이다.
그런데,법인세법 제4조 제3항,법인세법 시행령 제2조 제1항 제3호,통계청의 한국표준산업분류표(을 제14호증)에 의하면, ’비인가 대안학교‘는 교육서비스업의 일종인 수익사업에 해당하므로,원고가 이 사건 대안학교를 운영한 것은 수익사업을 운영한 것이라고 봄이 상당한데,원고가 그 취득일인2018. 4. 4.경부터 위 대안학교를 운영한 점은 앞서 본 바와 같으므로,원고는 지특법 제1항 제1호의 취득세 추징요건에 해당한다.
3)이 사건 취득세 추징의 범위에 대한 판단

이 사건 취득세 추징의 범위에 관하여 보건대,지특법 제50조 제1항 단서에서 종교단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 수익사업에 사용하거나 직접 사용하지 아니하는 경우 그’해당 부분‘에 대해서 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있으므로,종교단체가 오로지 그 해당 사업에 직접 사용한 면적을 제외한 나머지 부분은 면제된 취득세를 추징하는 면적산정의 기준이 된다고 볼 것이다.
그런데,원고가 사실상 이 사건 부동산(다만,그 중 피고가 이미 과세대상에서 제외한1층 소예배실216㎡,주일학교 예배실72㎡및 각 부분에 해당하는 공용 부분은 이에 대하여 취득세 등이 부과되지 아니하였으므로 이를 제외한 나머지 부분에 대하여만 한정하여 판단한다)대부분을 이 사건 대안학교 시설로 계속적으로 사용하였던 점은 앞서 본 바와 같으므로(앞서 본 바와 같이 원고가 지역선교 공간 등으로 주장하는 겨자씨선교회 선교센터,다니엘 문화센터,○○구청 전산교육실 등도 위 대안학교의 자습실,도서실,컴퓨터교육실 등으로 이용되었다),피고가 위 부동산 전체에 대하여 취득세 등을 부과한 것은 적법하다고 할 것이다.
4)이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙,평등의 원칙에 위배되는지 여부

을 제2호증에 의하면,원고는2018. 4. 10.피고에게 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 면제신청을 하면서 그 사유를 교회(종교시설)로 기재하고, ’1층은 사무실,선교실,회의실,주일날 교회식당으로 무료급식에 이용하고, 2층은 집회실,어린이실,유치부실,구청 전산교육장으로, 3, 4층은 교회 작은도서관,소그룹실,분반교실, 5층은 관리실,창고‘로 사용하겠다는 사업계획서가 포함된 문서를 그 증빙서류로 제출한 사실이 인정될 뿐,이를 대안학교시설로 이용한다는 점을 피고에게 고지하였다는 정황은 보이지 아니하는바,피고가 원고로 하여금 위 부동산이 대안학교로 사용될 경우 그 취득세 등을 감면하겠다는 신뢰를 주었다고 보기 어렵고,달리 피고가 그 과세행정을 신뢰하게 만들었음을 인정할 만한 아무런 증거가 없으므로,이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 볼 수는 없다.
또한,설령 이 사건 대안학교 유치부 운영이 실질적으로는 사회복지사업에 포함된다거나 지역아동센터의 운영과 동일하다고 하더라도,법인세법 시행령 제3조 제1항 제1, 4호는 오로지’유아교육법에 따른 유치원’및 시행령이 정하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업을 그 수익사업에서 제외하고 있으므로,피고가 위 대안학교 유치부를 수익사업으로 보는 것은 위와 같은 법령에 기한 것이므로 이 사건 처분이 평등의 원칙에 반한다고 볼 수 없다(나아가,앞서 본 바와 같이 이 사건 대안학교는 수익사업에 해당하고,을 제17호증의 영상 및 이 법원의 현장검증결과에 의하면,주차장도 대안학교의 마당이자 스쿨버스 하차장,미니축구장,농구장 등 위 대안학교의 시설로 이용되고 있는 사실을 인정할 수 있으므로,이를 종교용도로만 직접 사용된다고 볼 수 없다).
3.결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
<관련 법령>

지방세특례제한법

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.
2. "수익사업"이란「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.
제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제)

①종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1.해당 부동산을 취득한 날부터5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2.정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

법인세법

제4조(과세소득의 범위)

③제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하"수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
7.그 밖에 대가를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

법인세법 시행령

제3조(수익사업의 범위)

①법 제4조 제3항 제1호에서“대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.
3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업

가.「유아교육법」에 따른 유치원

나.「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교

4.보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업

카.「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」제10조제2항 및 제12조제2항에 따른 성폭력피해상담소 및 성폭력피해자보호시설

하.「다문화가족지원법」제12조제1항에 따른 다문화가족지원센터.