부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2012.01.20 / 시행일:

【원 고】 한국환경공단 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 신기선)
【피 고】 마포세무서장 외 22인 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 이재락 외 1인)
【변론종결】2011. 12. 16.
【주 문】
 1. 피고들이 원고에 대하여 한 별지 제2목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 취소한다. 
 2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다. 
【이 유】 1. 처분의 경위
 다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다. 
 가. 한국환경자원공사는 구 한국환경자원공사법(2009. 2. 6. 법률 제9433호로 폐지되기 전의 것)에 따라 1979. 8. 17. 설립된 법인이다. 한국환경자원공사는 폐비닐 재활용·처리·판매라는 과세사업을 영위하고 있음을 전제로 2005년 1기 내지 2009년 2기 부가가치세 신고를 하였다. 
 나. 한편, 원고는 한국환경공단법에 따라 2010. 1. 1. 설립된 법인으로서 같은 법 부칙(2009. 2. 6.) 제2, 5조 등에 따라 폐지되는 한국환경자원공사의 재산, 권리·의무를 포괄승계하게 되었다(따라서 이하 ‘한국환경자원공사’를 ‘원고’로 통칭하기로 한다). 
 다. 중부지방국세청장은 2010. 4. 19.부터 2010. 5. 20.까지 법인제세통합조사를 실시하였다. 중부지방국세청장은 원고의 폐비닐 관련 사업이 ① 직접 판매, ② 자체 재활용처리, ③ 외부 위탁처리로 구분되고, ① 직접 판매 부분은 과세사업이지만 ② 자체 재활용처리 및 ③ 외부 위탁처리 부분은 과세사업과 구분되는 별도의 부가가치세 비과세사업이라고 보았다(다만, 재활용처리를 통해 생산한 가공품 등의 판매대가는 과세사업의 공급가액에 포함시켰다). 이에 따라 중부지방국세청장은 외부 외탁처리와 관련된 2005년 1기 내지 2009년 2기 부가가치세 매입세액 합계 54억 7,882만 원을 불공제 대상으로 하고, 직접 판매 및 자체 재활용처리와 관련된 공통매입세액 102억 5,651만 원 중 과세사업의 공급가액 및 원고의 국고보조금·단체보조금·환경개선특별회계 출연금(이하 ‘국고보조금 등’이라 한다) 수입을 총공급가액, 국고보조금 등을 비과세공급가액으로 보아 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용하여 산정된 80억 4,947만 원을 불공제 대상으로 하여 부가가치세를 부과하라고 피고들에게 통보하였다. 
 라. 이에 따라 피고들은 2010. 6. 1.부터 2010. 9. 5.까지 원고에 대하여 별지 제1목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 하였다. 원고는 위 각 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2010. 12. 29. 위 각 부과처분 중 각 가산세 부과처분을 취소하고, 나머지 청구는 기각하는 내용의 결정을 하였다(이하 남은 부가가치세 각 본세 처분을 모두 가리켜 ‘이 사건 처분‘이라 하며, 그 구체적인 내역은 별지 제2목록 기재와 같다).
 2. 처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장
 1) 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다. 
 가) 자체 재활용처리 및 외부 위탁처리 부분은 별도의 비과세사업이 아니다. 원고는 폐비닐을 수거하여 직접 판매하거나 가공하여 판매하는 하나의 과세사업을 하고 있을 뿐이고 외부 위탁처리는 적체된 재고자산의 처리방안에 불과한데, 피고들은 이를 인위적으로 구분하여 별도의 비과세사업으로 보고 있다. 피고들이 불공제 대상으로 본 매입세액은 원고의 폐비닐 재활용·처리·판매업이라는 하나의 과세사업과 관련된 것으로서 공제되어야 한다. 
 나) 설령 자체 재활용처리 부분이 피고들 주장과 같이 별도의 비과세사업이라 하더라도, 과세사업과 비과세사업의 실지귀속이 불분명한 매입세액이 있다고 하여 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용하여 안분계산하는 것은 조세법률주의에 어긋난다. 설령 안분계산이 가능하다고 하더라도, 국고보조금 등은 자체 재활용처리 사업의 대가가 아니므로, 매입세액 안분계산을 위해 국고보조금 등이 비과세사업의 공급대가인 것을 전제로 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 없다. 
 2) 피고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다. 
 가) 원고는 영리 목적이 아니라 모든 국민을 대상으로 하는 환경보호라는 공익 목적을 위해 폐비닐 자체 재활용처리라는 무상용역의 공급을 제공하는 점, 그 과정에서 가공품을 판매하고 있으나 매출에 비해 그 비용이 훨씬 크므로 판매는 부수적인 것에 불과한 점, 원고 수입 중 대부분이 국고보조금 등이며 폐비닐 관련 매출이 미미한 점 등을 종합할 때, 자체 재활용처리는 부가가치세 비과세대상에 해당한다. 그리고 외부 위탁처리의 경우 원고가 외부 업체에 폐비닐의 처리를 위탁하고 국고보조금 등을 재원으로 그 대가를 지급하는 것이므로 원고가 재화 또는 용역을 공급하였다고 할 수 없는 점, 원고의 폐비닐 및 그 가공품 등의 판매는 부수적인 것에 불과한 점 등을 종합할 때, 외부 위탁처리 역시 부가가치세 비과세대상에 해당한다. 
 나) 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자의 경우 매입세액의 실지 귀속이 불분명하다면 부가가치세법 시행령 제61조를 유추 적용할 수 있으며, 원고의 수입은 비과세사업의 수입이라고 할 수 있는 국고보조금 등과 과세사업에서 발생하는 매출로 구분할 수 있으므로, 위 시행령 제61조 제1항을 유추 적용한 것에 위법이 없다. 
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다. 
 다. 인정사실
 다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2, 3호증(각 가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다. 
 1) 원고는 폐비닐 등의 재활용·처리 등을 위해 2009년 현재 전국에 9개의 지사와 52개의 지역별 사업소(9개는 폐비닐 건식처리공장을 가동하는 사업소이고, 43개는 폐비닐 수거 업무 등을 하는 사업소이다), 5개의 폐비닐 습식처리공장을 두고 있다. 
 2) 원고는 농경지에 방치되는 폐비닐을 무상수거한 다음, 위 43개의 지역별 사업소에서 폐비닐을 즉시 판매 가능 여부에 따라 선별한다. 즉시 판매가 가능한 폐비닐은 ① 가공 없이 직접 판매하고, 즉시 판매가 불가능한 폐비닐은 ② 자체 재활용처리 하거나 ③ 외부 위탁처리한다. 
 3) 자체 재활용처리라고 함은 건식처리공장에서 파쇄, 압축 등의 과정을 거쳐 압축 가공품을 생산하여 판매하거나 습식처리공장에서 파쇄, 세척, 융용 등의 과정을 거쳐 펠렛, 플러프와 같은 제품을 생산하여 판매하는 것을 가리킨다. 원고는 자체 시설만으로는 폐비닐 처리가 적체되어 재고물량이 늘어나자 2005년부터 외부 위탁처리를 시행하고 있다. 외부 위탁처리라고 함은 국고보조금 등을 재원으로 외부 업체에 폐비닐의 처리를 위탁하면, 외부 업체에서 시멘트 킬른 연료화 작업 또는 기술공모를 통해 폐비닐을 처리하는 것을 가리킨다. 
 4) 폐비닐 가공품 관련 매출과 비용은 다음과 같다. 
 (단위 : 백만 원) 연도 2005 2006 2007 2008 가공품매출액 833 719 762 867 가공품사업비 6,256 6,795 6,662 4,717 손실 -5,423 -6,076 -5,900 -3,850 
 5) 원고의 2005년 내지 2009년 사업수익 내역은 다음과 같다. 
 (단위 : 백만 원) 연도 합계 폐비닐 관련 매출 기타제품매출 수수료 수입 대행역무사업수입 소계 폐비닐매출(직접판매) 폐비닐가공품매출 폐비닐생산품매출(펠렛등) 합계 195,114(구성비) 20,173(10.3%) 7,446(3.8%) 3,655(1.9%) 9,073(4.7%) 40,631(20.8%) 31,211(16.0%) 103,098(52.8%) 2005 12,837 4,448(34.6%) 1,836 833 1,778 42 5,418 2,929 2006 18,548 4,060(21.9%) 1,526 719 1,814 35 5,256 9,198 2007 30,365 4,368(14.4%) 1,392 762 2,214 5,194 6,939 13,864 2008 52,571 3,786(7.2%) 1,347 867 1,572 15,513 5,981 27,291 2009 80,794 3,513(4.3%) 1,345 473 1,694 19,848 7,681 49,816 
※ 출연금 수입 225,693백만 원, 국고보조금 수입 79,469백만 원 별도
 라. 판단
 1) 먼저, 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건에서 불공제된 매입세액은 원고의 과세사업과 관련된 매입세액으로서 공제되어야 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 모두 위법하다. 
 ○ 피고들은 원고가 영리를 추구하지 않는다는 점, 가공품 관련 매출에 비해 그 비용이 막대하고, 원고 수입 중 가공품 관련 매출이 미미하다는 점 등을 들어 폐비닐의 자체 재활용처리가 부가가치세 비과세사업이라고 주장한다. 그러나 영리목적의 유무에 관계없이 독립적으로 재화를 유상공급하는 자라면 부가가치세법상 과세사업자라 할 것이고, 그가 당해 과세사업을 통해 이익을 얻고 있어야 할 필요는 없다. 따라서 위와 같은 사정은 자체 재활용처리를 비과세사업으로 볼 만한 근거가 되지 못하며, 앞서 본 바와 같이 원고가 자체 재활용처리를 통해 가공품, 생산품을 판매하면서 독립적으로 재화를 유상공급하고 있는 이상 이는 과세사업이라고 할 것이다. 
 ○ 한편, 피고들은 자체 재활용처리로 생산되는 가공품, 생산품의 판매는 과세사업에 해당한다는 이유로 과세표준에 포함하면서, 그와 관련된 매입 부분은 비과세사업에 해당한다는 이유로 안분계산하는 전제에서 이 사건 처분을 하였다. 이는 매출 측면과 매입 측면을 나누어 하나의 사업의 성격을 달리 파악한 것이 되므로 받아들일 수 없다. 피고들의 주장과 같이 자체 재활용처리를 직접 판매와 구분되는 하나의 비과세사업으로 보는 전제라면, 자체 재활용처리를 통한 가공품, 생산품의 판매대가를 과세표준에서 제외하고 그와 관련된 매입세액을 불공제하는 것이 논리적으로 일관된다. 
 ○ 앞서 본 원고의 업무과정에 비추어 볼 때, 원고의 폐비닐 직접 판매 또는 그 가공품 등의 판매는 일련의 과정을 거쳐 이루어지는 하나의 과세사업이라고 봄이 타당하다. 원고는 재고자산인 폐비닐의 선별 작업을 통해 폐비닐을 즉시 판매하거나 즉시 판매가 불가능한 것으로 판단된 폐비닐을 이용하여 가공품 등을 만드는 한편, 그 나머지 재고자산을 정리하는 방법으로 폐비닐을 외부 위탁처리하므로, 폐비닐의 선별, 즉시 판매가 불가능한 폐비닐을 이용한 가공품 등의 생산, 나머지 재고자산의 정리 과정은 과세사업인 폐비닐의 직접 판매 또는 가공품 등의 제품 판매를 위하여 필요한 작업에 해당한다. 따라서 가공품 등의 생산비용이나 외부 위탁처리비용은 원고의 위 과세사업을 위하여 투입되는 비용이라고 할 것이므로, 이와 관련된 매입세액은 사업과 관련된 매입세액으로서 공제대상이 된다. 
 ○ 국고보조금 등은 국가가 원고에게 반대급부나 대가관계 없이 제공하는 재정적 지원이므로, 국고보조금 등을 받는다고 하여 원고가 하는 폐비닐 재활용·처리·판매업의 성격이 과세사업에서 비과세사업으로 변화하지는 않는다. 
 ○ 2010. 12. 31. 기획재정부령 제182호로 개정되어 신설된 조세특례제한법 시행규칙 제48조 제1항 [별표 10] 제47호는 한국환경공단법 제17조에 따른 원고의 사업 중 국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하거나 그 위탁을 받아 수행하는 사업을 부가가치세 면세사업으로 정하면서도, 원고의 폐비닐처리사업을 부가가치세 과세사업으로 규정하고 있는바, 이는 위 별표 개정 이전부터 앞서 본 원고의 폐비닐 관련 사업이 하나의 과세사업이라는 점을 뒷받침하고 있다. 
 2) 설령 자체 재활용처리 부분 및 외부 위탁처리 부분이 피고들의 주장과 같이 부가가치세법상 비과세사업에 해당한다고 하더라도, 다음과 같은 점에 비추어 이 사건 처분은 유지될 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 모두 취소되어야 한다. 
 ○ 우선, 과세사업과 비과세사업 겸영의 경우에 부가가치세법 시행령 제61조의 유추 적용이 가능한지에 관하여 보건대, 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항의 내용과 그 취지 및 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액도 면세사업에 관련된 매입세액과 마찬가지로 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 점 등에 비추어, 위 각 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결, 대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 참조). 
 ○ 그러나 피고들의 주장과 같이 원고의 폐비닐 자체 재활용처리 및 외부 위탁처리가 무상의 용역제공으로서 비과세사업에 해당한다 하더라도, 국고보조금 등은 그에 대한 대가가 아니어서 그 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로 그 비과세사업과 과세사업에 공통되는 공통매입세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수는 없다고 할 것이다(대법원 2000. 2. 25. 선고 98다47184 판결, 대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 참조). 
 ○ 따라서 피고들은 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 이 사건 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 찾아 부가가치세를 부과하였어야 한다. 그런데 변론종결시까지 제출되는 주장과 자료에 의하더라도 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 기록상 정당한 세액을 산출할 수 있는 자료가 나타나 있지 아니하므로, 결국 이 사건 처분을 전부 취소할 수밖에 없다. 
 3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계법령 등 생략]

판사 김홍도(재판장) 한원교 성원제