법인세경정처분취소청구의소 (세무, 대법원)
공포일: 2020.07.09 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 한성플랜지 (소송대리인 변호사 서문채)
【피고, 피상고인】 남인천세무서장
【원심판결】 서울고법 2017. 9. 13. 선고 2017누50777 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 원고는 2010 내지 2014 사업연도의 각 법인세 과세표준을 신고하면서 위 각 사업연도에 모두 결손금이 발생하였다고 신고하였다.
 나. 피고는 2015. 5. 28. 원고에 대하여, 원고가 특수관계인에 대한 매출채권을 정당한 사유 없이 비특수관계인인 일반거래처에 대한 매출채권의 평균회수기일보다 지연회수한 것으로 보아 그 지연회수한 매출채권의 인정이자 상당 금액을 부당행위계산으로 부인하고, 그 부인된 금액을 원고의 2010 내지 2014 사업연도의 익금으로 각 산입하여 2010 내지 2014 사업연도 각 법인세 과세표준의 결손금을 감액경정하였다(이하 ‘이 사건 결손금 감액경정’이라고 한다).
 다. 그 이후 피고는 2015. 7. 1. 원고에게 일용직 인건비 지급 관련 적격증빙 미수취를 원인으로 하는 가산세 부과처분을 하면서 위와 같이 경정된 과세표준을 함께 통지하였다.
 2. 결손금 감액경정이 항고소송의 대상이 되는 행정처분인지 여부에 관한 판단
 가. 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로 공제한다고 규정하고 있었다.
그런데 위 법률 제9898호로 일부 개정되어 2010. 1. 1. 시행된 법인세법(이하 ‘개정 법인세법’이라고 한다)은 제13조 제1호 후문으로 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.”라는 규정을 신설하였다[2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정된 법인세법 제13조 제1호 후문도 동일한 취지이고, 2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정된 현행 법인세법 제13조 제1항 제1호는 개정 법인세법 제13조 제1호 후문의 내용을 (나)목에서 규정하고 있다]. 위와 같은 개정 법인세법 제13조 제1호 후문 규정은 원칙적으로 공제가 가능한 이월결손금의 범위를 신고·경정 등으로 확정된 결손금으로 축소하여 법적 안정성을 도모하기 위한 것이다.
이와 같은 관련 규정의 개정 경위와 개정 법인세법 제13조 제1호 후문의 문언 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 개정 법인세법이 시행된 2010. 1. 1. 이후 최초로 과세표준을 신고한 사업연도에 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다고 보아야 할 것이므로, 이러한 과세관청의 결손금 감액경정은 이후 사업연도의 이월결손금 공제와 관련하여 법인세 납세의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 봄이 상당하다.
 나. 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 볼 때, 피고의 이 사건 결손금 감액경정은 개정 법인세법이 시행된 2010. 1. 1. 이후 사업연도인 원고의 2010 내지 2014 사업연도에 발생하여 신고된 결손금을 과세관청이 감액하는 경정으로 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 보아야 한다.
 그럼에도 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 개정 법인세법이 시행되기 전의 사안인 대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결의 법리를 들어, 이 사건 결손금 감액경정이 원고에게 어떠한 권리나 의무를 설정하거나 그 법률상 이익에 직접적인 변동을 초래한다고 볼 수 없어 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 아니한다는 이유로, 이 사건 결손금 감액경정의 취소를 구하는 이 사건 소를 부적법하다고 하여 각하한 제1심판결을 그대로 유지하였다. 이러한 원심판단에는 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 권순일(재판장) 이기택 박정화(주심) 김선수

2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 구 법인세법에 신설된 제13조 제1호 후문 규정의 시행일 이후 최초로 과세표준을 신고한 사업연도에 발생한 결손금 등에 대한 과세관청의 결손금 감액경정이 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는지 여부(원칙적 적극)

구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로 공제한다고 규정하고 있었다.
 그런데 위 법률 제9898호로 일부 개정되어 2010. 1. 1. 시행된 법인세법(이하 ‘개정 법인세법’이라 한다)은 제13조 제1호 후문으로 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.”라는 규정을 신설하였다[2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정된 법인세법 제13조 제1호 후문도 동일한 취지이고, 2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정된 현행 법인세법 제13조 제1항 제1호는 개정 법인세법 제13조 제1호 후문의 내용을 (나)목에서 규정하고 있다]. 위와 같은 개정 법인세법 제13조 제1호 후문 규정은 원칙적으로 공제가 가능한 이월결손금의 범위를 신고·경정 등으로 확정된 결손금으로 축소하여 법적 안정성을 도모하기 위한 것이다.
 이와 같은 관련 규정의 개정 경위와 개정 법인세법 제13조 제1호 후문의 문언 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 개정 법인세법이 시행된 2010. 1. 1. 이후 최초로 과세표준을 신고한 사업연도에 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다고 보아야 할 것이므로, 이러한 과세관청의 결손금 감액경정은 이후 사업연도의 이월결손금 공제와 관련하여 법인세 납세의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 봄이 타당하다.