법인세부과처분취소청구사건 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1982.12.08 / 시행일:

【원 고】 재단법인 동국대학교 불교장학회
【피 고】 서울특별시 남산세무서장
【주 문】
피고가 1981. 9. 15. 원고에 대하여 한 1981년 수시분법인세 금 16,073,892원 및 방위세 금 2,755,524원의 부과처분중 법인세 금 3,109,122원 및 방위세 금 532,992원을 초과하는 부분은 이를 취소한다.
원고의 나머지 청구를 기각한다.
소송비용은 이를 5분하여 그 4는 피고의, 나머지 1은 원고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】피고가 1981. 9. 15. 원고에 대하여 한 1981년 수시분법인세 금 16,073,892원 및 방위세 금 2,755,524원의 부과처분은 이를 취소한다.
소송비용은 피고의 부담으로 한다.
【이 유】피고가 1981. 9. 15. 원고에 대하여 청구취지기재의 부과처분을 한 사실은 당사자사이에 다툼이 없고, 성립에 다툼이 없는 갑 제4호증의 1 내지 6(각 토지대장등본), 동 제5호증의 1, 2(공익법인운영지침공문과 내용), 동 제7호증의 1, 2(각 정관), 동 제8호증의 1 내지 6(각 등기부등본)을 제1호증의 1, 2(각 결정결의서), 동 호증의 3(조사소득계산서), 동 호증의 4(취득가액계산), 동 호증의 5(보충조서), 동 호증의 6(확인서), 동 호증의 7(과세자료전)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 보면, 원고법인은 1958. 9. 17. 소외 손석재가 기증한 건국국채를 기본재산으로 하여 설립된 재단법인으로서 불교학의 연구를 하는 학생에게 장학금지급과 불교학의 연구를 하는 인재에게 연구비지급을 그 목적사업으로 하고 있는데, 위 설립당초에는 민법상의 재단법인이었다가 그후 1975. 12. 31. 공익법인의 설립과 운영에 관한 법률이 제정, 공포되면서 같은법 소정의 공익법인으로 된 사실,
원고는 위 설립후 1965. 11. 8.경부터 1971. 5. 21.경까지 별지목록기재의 각 일자에 같은목록기재의 각 임야 6필지를 취득하여 원고법인의 기본재산에 편입시킨 바 있는데 그후 위와 같이 공익법인으로 된 다음 1978. 2월경 주무관청인 서울특별시 교육위원회로부터 공익법인의 자금확보, 충실을 위하여 기본재산중 수익성이 없거나 저조한 임야등 재산은 이를 처분하여 수익성이 높은 재산으로 대체하라는 지시를 받게 되자 당시 임대수입으로 원고법인의 목적사업에 사용하여온 수익용 재산인 위 임야 6필지 전부를 타에 매각, 처분하기로 하여 1979. 12. 26.경 이를 소외 김한주에게 대금 46,626,600원에 매각함에 이른 사실, 한편 원고는 위 임야의 양도에 따른 양도차익에 관하여 따로이 특별부가세 과세표준의 신고를 한 바가 없는데 피고는 그후 원고법인의 위 임야 6필지의 양도가 당시법인세법 제59조의 2(1980. 12. 13. 법률 제3270호로 개정되기 이전의 법) 소정의 특별부가세의 과세대상이 된다하여 양도가액은 위 실제거래가격인 위금 46,626,600원으로 하고 취득가액은 확인할 수 없어 불분명하다하여 위 임야 6필지의 그 각 취득당시(다만 위 임야 6필지중 1967. 12. 31. 이전에 취득한 별지목록 제1기재 임야는 1974. 12. 21. 법률 제2686호에 따른 부칙 제13조의 규정에 의해 그 취득일자를 1968. 1. 1.로 보게됨)의 기준시가인 같은목록기재의 각 시가표준액 도합금 701,190원을 취득가액으로 보아 양도차익으로 금 45,925,410원을 산출한 사실 및 위 양도차익을같은법조 제3항의 규정에 따라 특별부가세의 과세표준으로 하여 이에같은법 제59조의 4의 제1항 제1호 소정세율인 25/100를 적용한 금 11,481,352원을 산출세액으로 산출하고같은법 제59조의 5의 규정에 따라 준용되는같은법 제41조 제1항에 의해 원고가 위와 같이 과세표준의 신고를 하지 아니하고 위 세액을 납부하지 아니한데에 따른 무신고가산세 금 3,444,405원(11,481,352×30/100)과 미납부가산세 금 1,148,135원(11,481,352×10/100)을 산출하여 위 산출세액과 가산세를 합한 금 16,073,892원을 법인세(특별부가세)로, 당시방위세법 제4조 제1항 제3호(1979. 12. 28. 법률 제3198호로 개정되기 이전의 법)의 규정에 의해 산출되는 방위세의 산출세액 금 2,296,270원(11,481,352×20/100)에 위 세액의 미납부에 따른방위세법 제9조 소정의 가산세 금 459,254원(2,296,270×20/100)을 합친 금 2,755,524원을 방위세로 하여 위 부과처분에 이른 사실들을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.
원고는 위에서 본 그 목적사업에 비추어 원고법인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 한 법인에 속하고 위 임야는 위와 같이 임대수입으로 원고법인의 목적사업에 사용하여온 수익용 재산이어서 원고법인의 고유목적에 직접 사용하는 토지에 해당되는데 당시 시행되던법인세법 제59조의 3의 규정은그 제1항 제17호에서 이러한 경우 토지의 양도에 따른 소득에 관하여 특별부가세를 부과하지 아니한다하여 비과세의 대상으로 하고 있으므로 위 임야의 양도소득을 특별부가세의 과세대상으로 한 위 부과처분은 이 점에서 우선 위법하다고 주장하므로 살피건대, 당시의법인세법 제59조의 3의 제1항 제17호(1979. 12. 28. 법률 제3200호로 개정되기 이전의 법)의 규정에 의하면 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 고유목적에 직접 사용하는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세의의 과세대상에서 제외하여 비과세로 하고 있는바 이 사건의 경우를 보면 임대수입으로 법인의 목적사업에 사용하여온 수익용 재산인 위 임야는 위 규정 소정의 법인의 고유목적에 직접 사용하는 토지에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이므로 이 점에서부터 위 규정의 적용이 없어 비과세의 대상이 아니라 할 것인즉 원고의 위 주장은 원고법인이 위 규정소정의 법인에 해당하는지의 여부를 판단할 필요없이 이유없음에 돌아간다 하겠다.
원고는 나아가 위 부과처분은 그 세액산출에 있어 양도가액은 실제거래가격으로 취득가액은 기준시가액으로 하여 양도차익을 계산하고 세액을 산출하였는바 이는 세액산출방법을 그르친 것으로서 위법하다고 주장하므로 살피건대, 당시법인세법 제59조의 2의 제1항 및제3항의 각 규정에 의하면, 특별부가세의 과세표준인 양도차익은 양도가액에서 취득가액을 공제하여 산출하되 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 그 각 기준시가액을 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있고,동시행령 제124조의 2의 제6항의 규정에 의하면, 위 기준시가는소득세법시행령 제115조 소정의 기준시가에 의하게 되어 있으며 한편법인세법시행령 제124조의 2의 제2항 및 동조에 의하여 준용되는 당시의동 제48조 제2항(1980. 2. 29. 대통령 영 제9794호로 개정되기 이전의 시행령)의 각 규정에 의하면, 위 취득가액은 매수에 의한 취득의 경우는 매수가격을, 그 이외의 취득의 경우는 취득당시의 정상가격을 말한다고 규정하고 있는데, 이 사건의 경우를 보건대, 위 갑 제4호증의 1 내지 6, 동 제8호증의 1 내지 6, 을 제1호증의 5, 6의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 위 임야 6필지중 별지목록 제1기재 임야는 수증재산이고 같은목록 제3기재 임야는 매수재산이며 나머지 임야는 그 취득원인이 불분명한 재산으로서 그 각 취득당시의 매수가격이나 정상가격은 현재에 이르러서는 확인하기 어려워 그 취득가액이 불분명한 사실이 인정되는바, 사정이 그러하다면위 제59조의 2의 제3항의 규정취지에 비추어 기준시가에 의하여 양도차익을 산출케 하는 동조 소정의 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 위 두가격이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 한쪽의 가액이 불분명한 경우까지 포함하는 뜻으로 풀이해야 할 것으로서 양도가액은 분명하지만 취득가액은 불분명한 이 사건의 경우의 양도차익은 양도가액도 기준시가에 의하여 산정하여 산출하여야 할 것인즉 위 부과처분은 이점에서 산출방법을 그르친 위법이 있다 하겠다.
그러므로 위 임야 6필지의 양도에 따른 양도차익을 양도가액도 기준시가에 의하여 산정하여 산출하건대 위 갑 제4호증의 1 내지 6 및 성립에 다툼이 없는 동 제6호증의 1, 2(시가표준액 표지 및 내용)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 보면, 위 임야 6필지의 위 양도당시의 기준시가액은 그 각 시가표준액과 같은 금액으로서 별지목록기재의 각 금액 도합 금 9,584,400원인 사실이 인정되는 바 위 양도가액에서 앞에서 본 취득가액 금 701,190원을 공제한 양도차익금 8,883,210원을 과세표준으로 하여 당시의법인세법 제59조의 4의 제1항 제1호,제59조의 5,제41조 제1항, 당시의방위세법 제4조 제1항 제3호 및동 제9조의 각 규정에 의해 특별부가세의 산출세액 및 가산세와 방위세의 산출세액 및 가산세를 산출하면 별지계산서와 같이 법인세액(특별부가세)은 금 3,109,122원, 방위세액은 금 532,992원이 된다.
그렇다면 피고가 한 위 부과처분중 위 인정의 세액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것인즉 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위에서 정당하여 이를 인용하고, 나머지 청구부분은 부당하여 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는행정소송법 제14조,민사소송법 제89조,제92조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

판사 윤영철(재판장) 이강국 이범주

법인세법시행령(1980. 2. 29. 영 제9794호로 개정되기 이전의 시행령) 제124조의2 제2항 및제48조 제2항의 규정에 의하면 재산의 취득가액은 매수에 의한 취득의 경우는 매수가격을 그 이외의 취득의 경우는 정상가격을 말한다고 규정하고 있는 바 수증재산인 임야의 정상가격이 현재에 이르러서는 확인하기 어려워 그 취득가액이 불분명하다면 양도가액이 분명하다고 하더라도 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 산정할 수 밖에 없다.