법인세경정청구거부처분취소소송 (세무, 대구고등법원)
공포일: 2021.04.23 / 시행일:

【원고, 항소인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 백제흠 외 1인)
【피고, 피항소인】 북대구세무서장
【제1심판결】 대구지방법원 2020. 7. 16. 선고 2019구합24826 판결
【변론종결】2021. 3. 26.
【주 문】
 1. 제1심판결을 취소한다.
 2. 피고가 2016. 9. 12. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인세 554,866,321원의 경정거부처분을 취소한다.
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 자동차부품 제조업을 영위하는 내국법인으로, 그 자회사로 중국에 △△△ 유한공사(원고 지분율 51%)와 □□□ 유한공사(원고 지분율 60%, 위 2곳의 중국회사를 이하 ‘중국 자회사’라고 한다)를 두고 있다. 원고는 중국 자회사로부터 2008. 1. 1. 이후 발생한 미처분 이익잉여금을 재원으로 배당금을 수령하고 중국 정부에 그에 관한 세금을 납부하였는데, 1994년 체결된 ‘대한민국 정부와 중화인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정’(이하 ‘한·중 조세조약’이라고 한다) 제10조 제2항 가목 및 2006년 체결된 ‘대한민국 정부와 중화인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정의 제2의정서’(이하 ‘제2의정서’라고 한다) 제4조 제1항 가목에 따라 총 배당액의 5% 제한세율에 의하여 계산된 세액을 납부하였다.
 나. 원고는 그 후 국내에서, ① 2013년 사업연도 법인세는, 중국 자회사로부터 9,297,853,394원을 배당받고 원천징수로 납부된 총 배당액의 5%인 460,203,366원을 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제1항 제1호에서 정한 외국법인세액(이하 ‘직접외국납부세액’이라고 한다)으로 공제하여 신고·납부하였고, ② 2014년 사업연도 법인세는, 중국 자회사로부터 14,563,909,273원을 배당받고 원천징수로 납부된 총 배당액의 5%인 742,139,456원을 직접외국납부세액으로, 추가로 총 배당액의 5% 중 외국납부세액 공제한도 내 금액인 684,467,059원을 간주외국납부세액으로 공제하여 554,866,321원(과세표준 52,440,816,093원)을 신고·납부하였다(그 중 2014년 사업연도 법인세 신고·납부 부분을 이하 ‘이 사건 신고’라고 한다). 
 다. 피고는 2015. 12. 22. 원고에 대하여, 원고가 2014년 사업연도 법인세에 대하여 간주외국납부세액공제(684,467,059원)를 적용한 부분 및 익금산입한 지급보증수수료 중 국세청 모형에 따르지 아니하고 산출한 부분은 부당하다는 등의 사유로 법인세의 과세표준을 52,440,816,093원에서 58,316,622,199원으로, 세액을 554,866,321원에서 2,845,400,565원(= 당초 554,866,321원 + 증액 2,290,534,244원)으로 각각 증액하는 경정처분(이하 ‘이 사건 증액경정처분’이라고 한다)을 하였다.
 라. 원고는 2016. 7. 20. 피고에게, 중국 자회사로부터 받은 배당금에 대하여 5% 상당의 간주외국납부세액공제를 적용하여 2013년 사업연도 법인세 674,966,596원, 2014년 사업연도 법인세 554,866,321원을 각각 환급해 달라는 취지의 경정청구(그 중 2014년 사업연도 법인세 경정청구 부분을 이하 ‘이 사건 경정청구’라고 한다)를 하였다. 피고는 2016. 9. 12. "간주외국납부세액공제를 적용할 수 없다."라는 등의 이유로 2013년 사업연도 법인세 부분에 대한 경정청구를 기각하고, 2014년 사업연도 법인세 부분에 대한 경정청구를 각하하는 통지를 하였다(그 중 2014년 사업연도 법인세에 대한 각하통지를 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다).
 마. 원고는 이에 불복하여 2016. 12. 2. 감사원에 심사청구를 하였다. 그 심사청구 중인 2018. 3. 13. 대법원에서 "한·중 조세조약 제10조 제2항 가목에 의하여 원천지국에서 5%의 제한세율로 배당소득에 대한 조세를 납부하였더라도, 위 조항 후문에 따라 원천지국에 납부한 것으로 간주되는 세액은 총 배당액의 10%로 보는 것이 타당하다."라는 취지의 판결(대법원 2017두59727호 판결)이 선고되었다.
 바. 감사원은 2019. 6. 21. 위 심사청구에 대하여, 1) 2013년 사업연도 법인세 부분은, "한·중 조세조약, 제2의정서 등에서 원고가 납부한 것으로 간주되는 세액인 총 배당액의 10%와 실제로 중국에 납부한 직접외국납부세액인 총 배당액의 5%의 차액인 5%만큼의 세액은 결과적으로 법인세법 제57조 제3항에서 정한 간주외국납부세액 공제대상이라고 보는 것이 타당하다."라는 이유로 인용하였으나, 2) 2014년 사업연도 법인세 부분은, "증액경정처분으로 증가된 세액에 대한 경정청구이므로 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 피고에게 경정을 청구하거나 감사원에 심사청구를 할 수 있는데, 원고는 90일이 지난 이후 경정청구 내지 심사청구를 하였다."라는 이유로 각하하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 거부처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 과세처분 취소소송에 있어서의 심판대상은 당해 처분의 구체적인 이유가 아니라 신고된 세액의 객관적인 존부이고, 납세자는 당해 세액이 위법하다는 점에 대한 어떤 사유든 제한 없이 주장할 수 있으므로, 원고는 경정청구에서 이 사건 신고의 위법사유 뿐만 아니라 이 사건 증액경정처분의 위법사유도 주장할 수 있다. 
 이 사건 신고 및 이 사건 증액경정처분 후의 2014년 사업연도 법인세 2,845,400,565원 중 간주외국납부세액(684,467,059원)을 공제하지 아니한 부분은 위법하므로 그 부분은 다시 경정되어야 하되, 그 중 불복기간이 도과되어 경정청구를 할 수 없는 이 사건 증액경정처분으로 증액된 세액 2,290,534,244원 중 해당 부분을 제외한 나머지 554,866,321원은 원고에게 환급되어야 한다.
나. 관계 법령
 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
다. 판단
 1) 관련 법리
 ○ 경정청구제도에 관한 국세기본법의 개정 경과와 경정청구제도의 취지 및 관련 법리 등에 비추어 보면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 3년 또는 5년의 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없다고 보아야 하며, 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되고 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항에 의하여 경정청구기간이 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간으로 제한되는 ‘세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우’란 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액 부분만을 뜻한다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두12822 판결 등 참조).
 ○ 국세기본법 제22조의2의 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우, 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 된다고 보아야 하므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 등 참조).
 ○ 과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라, 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 오직 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되는 점, 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 증액경정처분의 위법 여부는 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고 당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과한 점, 경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단으로서 납세의무자로 하여금 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써, 과세관청의 증액경정사유에 대하여는 항고소송으로써 각각 다투게 하는 것은 납세의무자의 권익보호나 소송경제에도 부합하지 않는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다(대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 등 참조).
 2) 이 사건 거부처분 취소소송에서 이 사건 증액경정처분의 위법사유도 주장할 수 있는지 여부
 가) 위 인정사실과 앞서 본 관계 법령 및 관련 법리 등을 종합하여 보면, 납세의무자가 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 당초신고에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계 없이 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있는 것처럼, 이 사건 신고에 대한 경정청구거부처분 취소소송에서도 증액경정처분에 대한 불복기간의 경과 여부와 무관하게 당초신고에 관한 과다신고사유뿐만 아니라 과세관청의 증액경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다고 할 것이다.
 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
 ① 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라고 한다) 제45조의2 제1항 제1호는, "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)을 초과한 경우, 과세표준신고의 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다."라고 규정하고 있다. 이 사건에서는 원고의 이 사건 신고 후에 피고의 이 사건 증액경정처분이 있었으므로, 이 사건 신고는 이 사건 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 되었다. 그러므로 원칙적으로 경정청구나 항고소송의 대상은 증액경정처분 1개뿐이고, 이 사건에서 그 증액경정처분후의 세액은 2,845,400,565원이다. 다만, 원고가 이 사건 증액경정처분에 대하여 90일 이내에 불복하지 않았기 때문에, 구 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 이 사건 증액경정처분 후의 세액 2,845,400,565원 중 증액경정처분으로 인하여 증가된 세액 2,290,534,244원에 한하여 경정청구기간이 제한될 뿐이다.
 ② 그런데 이 사건 거부처분 취소소송에서 원칙적인 심판대상인 이 사건 증액경정처분이 위법한지 여부는, 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과할 뿐이다. 즉, 이 사건 신고 및 이 사건 증액경정처분에 의하여 결정된 2014년 사업연도에 대한 법인세 과세처분은 총액주의 및 흡수설에 따라 이 사건 증액경정처분 1개이고(이 사건 신고는 흡수되어 독립된 존재가치를 잃게 되었다), 그 위법 여부 또한 그 과세처분으로 결정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여만 판단되어야 할 뿐, 각 단계의 위법사유별로 따로 판단할 것은 아니다. 이러한 법리는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 이 사건 증액경정처분 후의 세액 2,845,400,565원 중 증액경정처분으로 인하여 증가된 세액 2,290,534,244원에 대한 경정청구기간이 제한되더라도 마찬가지이므로, 이 사건 거부처분 취소소송에서 원칙적인 심판대상인 이 사건 증액경정처분의 위법성 여부를 판단하는 과정에서 그 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유로서 당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유를 모두 주장할 수 있다고 할 것이다. 다만, 위와 같은 과정을 거쳐 위법성이 확인된 세액 중 이 사건 증액경정처분으로 인하여 증가된 세액만큼은 구 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 원고에게 환급될 수 없을 뿐이다.
 ③ 과세관청은 부과제척기간 5년 이내에 별다른 제한 없이 과세처분을 할 수 있고, 총액주의 아래서 별다른 제한 없이 그 처분사유의 추가·변경을 할 수 있다. 그렇다면 이에 대응한 납세의무자의 불복청구도 가능한 한 경정청구기간 5년 및 별다른 제한 없는 위법사유의 주장을 보장할 필요가 있다. 이는 과세처분에 대한 항고소송이 실질적으로는 조세채무에 대한 채무부존재확인소송(정당한 세액의 확인)에 해당함에도 불구하고, 그 불복기간은 일반적인 국가 금전채권채무에 관한 소멸시효기간이나 제척기간에 비하여 매우 단기간으로 규정되어 있는 사정을 감안할 때 더욱 그러하다.
 나) 이에 대하여 피고는, 이 사건 증액경정처분은 불복기간을 도과하여 더 이상 다툴 수 없게 되었으므로, 이 사건 거부처분 취소소송의 심판대상은 오로지 당초신고가 과다신고였는지 부분에 한정되고, 이 사건 증액경정처분의 과세표준과 세액뿐만 아니라 그 위법사유도 다툴 수 없다는 취지로 주장한다.
 그러나 앞서 본 바와 같이, ① 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호는 당초신고 후 과세관청의 경정이 있는 경우에 납세의무자의 경정청구 대상을 그 경정 후의 과세표준 및 세액으로 규정하고 있을 뿐 당초신고의 그것으로 제한하지 않았고(같은 항 단서에서 경정으로 증액된 과세표준 및 세액에 한하여 경정청구기간을 단기간으로 제한하고 있을 뿐, 그 위법사유 주장까지 제한하고 있지는 않다), ② 1개의 과세처분에 대한 불복소송의 심판대상인 위법성은 그 1개의 처분으로 결정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 할 뿐, 각 단계의 위법사유별로 따로 판단할 것은 아니므로(당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 그 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과하다), ③ 이 사건 거부처분 취소소송의 심판대상은 1개의 과세처분인 2014년 사업연도에 대한 법인세 부과처분으로 결정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부일 뿐(다만, 그 초과 세액에 해당하여 위법하더라도 그 중 경정으로 증가된 과세표준 및 세액에 대하여만 경정청구기간이 제한된다), 피고 주장과 같이 당초신고가 과다신고였는지 부분에 한정되는 것은 아니라고 할 것이다.
 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
 3) 이 사건 신고 및 이 사건 증액경정처분으로 결정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부
 앞서 본 바와 같이, ① 피고는 이 사건 증액경정처분을 통하여 원고가 2014년 사업연도 법인세에 대하여 간주외국납부세액공제(684,467,059원)를 적용한 것과 익금산입한 지급보증수수료 중 국세청 모형에 따르지 아니하고 산출한 부분은 부당하다는 등의 사유로 법인세 과세표준을 52,440,816,093원에서 58,316,622,199원으로, 세액을 554,866,321원에서 2,845,400,565원(= 당초 554,866,321원 + 증액 2,290,534,244원)으로 각각 증액한 사실, ② 그 후 대법원 2018. 3. 13. 선고 2017두59727호 판결로, 원고가 2014년 사업연도 법인세에 대하여 간주외국납부세액공제를 적용한 것이 타당하다는 취지의 판결이 확정된 사실이 인정된다. 그리고 ③ 원고의 2014년 사업연도 법인세 산정과정에서 공제되었어야 하나 이 사건 증액경정처분에서 부인된 간주외국납부세액공제액이 684,467,059원이고, 이 사건 증액경정처분으로 결정된 세액 2,845,400,565원은 이를 포함하여 산정된 금액이며, 그 중 단기 경정청구기간 90일을 도과하여 환급을 구할 수 없는 세액 2,290,534,244원을 제외한 나머지 세액이 554,866,321원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 본 인정사실과 인용증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
 위 인정사실을 앞서 본 관계 법령과 관련 법리에 비추어 보면, 이 사건 신고 및 이 사건 증액경정처분으로 결정된 세액 중 정당한 세액을 초과한 세액은 684,467,059원이고, 그 중 단기 경정청구기간 90일을 도과하여 환급을 구할 수 없는 세액을 제외한 나머지 세액은 554,866,321원이라 할 것이다.
 4) 소결론
 따라서 2014년 사업연도 법인세 중 554,866,321원의 환급을 구하는 원고의 이 사건 경정청구는 적법하고, 이를 거부한 피고의 이 사건 거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것이다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 이 사건 거부처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김태현(재판장) 원호신 이상호