부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2018.01.25 / 시행일:

【원고, 상고인】 한국철도공사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 외 1인)
【피고, 피상고인】 영등포세무서장 외 14인 (소송대리인 법무법인(유한) 대륙아주 담당변호사 남영찬 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2017. 6. 27. 선고 2017누35211 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 할 것이다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등 참조).
 2. 가. 원심은 제1심판결을 인용하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
 (1) 원고는 부가가치세법상 과세대상인 고속철도 여객운송, 화물운송, 임대사업 등과 면세대상인 일반철도, 광역철도 여객운송 사업을 영위하고 있다.
 (2) 원고는 2008. 6. 26. 구 철도산업발전기본법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 및 제33조에 따라 국토해양부장관과 ‘2008년도 공익서비스비용 보상계약’(이하 ‘이 사건 보상계약’이라고 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 원고가 2008. 1. 1.부터 2008. 12. 31.까지 구 철도산업발전기본법 제3조 제11호, 제32조 제2항 및 이 사건 보상계약에 따라 3가지 종류의 공익서비스, 즉 ① 노인, 장애인, 국가유공자에 대한 철도운임 감면(이하 ‘운임감면’이라고 한다), ② 철도이용수요가 적어 수지균형의 확보가 극히 곤란하여 철도서비스를 제한 또는 중지하여야 함에도 공익목적을 위하여 기초적인 철도서비스를 계속하는 노선의 운영(이하 ‘벽지노선 운영’이라고 한다), ③ 국가의 특수목적 수행을 위한 특별동차의 운영(이하 ‘특별동차 운영’이라고 하고, ‘운임감면’ 및 ‘벽지노선 운영’과 통틀어 ‘이 사건 공익서비스’라고 한다)을 제공하고, 국토해양부장관이 위 공익서비스 제공에 소요되는 비용을 보상하는 것이다.
 (3) 이후 원고는 이 사건 보상계약에 따라 국토해양부장관으로부터 2008년 공익서비스 제공비용 보상액으로 합계 266,168,000,000원(운임감면 92,354,000,000원, 벽지노선 운영 172,298,000,000원, 특별동차 운영 1,516,000,000원, 이하 ‘이 사건 공익서비스보상액’이라고 한다)을 지급받았다.
 (4) 원고는 2008년 제2기 부가가치세를 신고하면서, 공통매입세액 716,522,000,000원을 앞서 본 부가가치세 과세대상 및 면세대상 사업의 총 공급가액에 대한 면세대상 사업의 공급가액 비율을 적용하여 면세사업 관련 매입세액을 계산하고, 이를 매출세액에서 공제하지 아니하였다.
 (5) 피고들은 2014. 1. 22. 원고에게, 이 사건 공익서비스보상액은 원고가 철도이용객에게 제공하는 서비스에 대한 비용을 국가가 대신 부담한 것으로서 부가가치세법상 비과세대상에 해당하므로 공통매입세액을 안분계산하면서 이를 반영하여야 한다면서, 2008년 제2기분 부가가치세 합계 5,713,236,200원(가산세 포함)을 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.
 나. 원심은 이러한 사실을 토대로 하여, 원고가 제공한 이 사건 공익서비스는 비과세사업에 해당한다는 전제 아래, 그에 대한 대가로 지급된 이 사건 공익서비스보상액을 비과세사업의 수입금액으로 보아 구 부가가치세법 제61조 제1항을 유추 적용하여 공통매입세액을 안분하여야 한다는 그 판시와 같은 이유를 들어, 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다.
 3. 그러나 앞서 본 법리에 비추어 볼 때 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다.
 가. 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항 제4호는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는데, 이는 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것을 의미한다(대법원 2001. 10. 9. 선고 2000두369 판결 등 참조).
 나. 철도운영자인 원고는 영리목적의 영업활동과 관계없이 국가 또는 지방자치단체의 정책이나 공공목적 등을 위하여 철도서비스 중 하나인 이 사건 공익서비스를 철도이용자에게 제공하게 된다(구 철도산업발전기본법 제3조 제11호). 이러한 공익적 기능을 유지하기 위하여 당해 공익서비스를 직접 요구한 원인제공자가 공익서비스 제공으로 발생하는 비용을 부담하여야 하고, 그 구체적인 내용은 원인제공자와 철도운영자 사이의 공익서비스비용의 보상에 관한 계약에서 정해진다(구 철도산업발전기본법 제32조, 제33조).
 다. 이에 따라 이 사건 공익서비스의 제공 및 보상계약 등이 이루어진 것으로서, 원고가 제공하는 이 사건 공익서비스를 통하여 철도이용자는 원고의 철도차량을 감면된 운임대가만을 지급하고 이용하거나 벽지노선의 철도서비스에 대하여 실제 비용보다 낮은 대가를 지급하고 이를 계속 이용할 수 있게 되는 등의 사정에 비추어 보면, 위와 같은 용역을 공급받는 상대방은 이 사건 공익서비스를 직접 제공받은 철도이용자로 보아야 한다. 나아가 이 사건 공익서비스보상액은 철도이용자에 대한 용역의 공급으로 인하여 발생하는 비용을 보상받기 위하여 공익서비스 수행자인 원고가 국토해양부장관과 체결한 이 사건 보상계약에 따라 국가로부터 지급받은 것이므로, 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당한다. 그러므로 이 사건 공익서비스보상액은 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당한다고 봄이 타당하다.
 라. 따라서 이 사건 공익서비스보상액은 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당하여 원심이 전제한 비과세사업에 관한 용역의 공급대가로 볼 수 없으므로, 위 보상액을 기초로 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 적용 또는 유추 적용할 수 없다.
 4. 그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 공익서비스보상액을 독립한 비과세사업의 수입금액으로 보아 이루어진 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 공익서비스보상액의 성격에 관한 법리를 오해하여 과세사업과 비과세사업에 대한 공통매입세액의 안분계산 등에 관하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있다.
 5. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박상옥(재판장) 김신 이기택 박정화(주심)

[1] 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있는 경우, 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내는 방법 / 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 국고보조금 등을 지급받는 경우로서 그 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 있는지 여부(소극) 및 이 경우 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내는 방법
[2] 국고보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외하고 있는 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 규정의 의미
[3] 철도 여객운송 사업을 영위하는 甲 공사가 구 철도산업발전기본법에 따라 국토해양부장관과 ‘2008년도 공익서비스비용 보상계약’을 체결하고, 이에 따라 노인에 대한 철도운임 감면 등의 공익서비스를 제공하고 국토해양부장관으로부터 공익서비스 제공비용 보상액을 지급받은 후 부가가치세를 신고하였는데, 과세관청들이 甲 공사에 대하여 보상액은 甲 공사가 철도이용객에게 제공하는 서비스에 대한 비용을 국가가 대신 부담한 것으로서 부가가치세법상 비과세대상에 해당한다고 보아 공통매입세액을 안분계산하여 이를 반영한 부가가치세를 경정·고지하는 처분을 한 사안에서, 위 보상액은 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당하므로 이를 기초로 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 적용 또는 유추 적용할 수 없다고 한 사례

[1] 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다. 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다.
[2] 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제4호는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는데, 이는 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것을 의미한다.
[3] 철도 여객운송 사업을 영위하는 甲 공사가 구 철도산업발전기본법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것)에 따라 국토해양부장관과 ‘2008년도 공익서비스비용 보상계약’을 체결하고, 이에 따라 노인에 대한 철도운임 감면 등의 공익서비스를 제공하고 국토해양부장관으로부터 공익서비스 제공비용 보상액(이하 ‘보상액’이라 한다)을 지급받은 후 부가가치세를 신고하였는데, 과세관청들이 甲 공사에 대하여 보상액은 甲 공사가 철도이용객에게 제공하는 서비스에 대한 비용을 국가가 대신 부담한 것으로서 부가가치세법상 비과세대상에 해당한다고 보아 공통매입세액을 안분계산하여 이를 반영한 부가가치세를 경정·고지하는 처분을 한 사안에서, 위와 같은 용역을 공급받는 상대방은 위 공익서비스를 직접 제공받은 철도이용자로 보아야 하고, 나아가 보상액은 철도이용자에 대한 용역의 공급으로 인하여 발생하는 비용을 보상받기 위하여 공익서비스 수행자인 甲 공사가 위 보상계약에 따라 국가로부터 지급받은 것이어서, 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당하므로, 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당하여 보상액을 기초로 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항을 적용 또는 유추 적용할 수 없는데도, 이와 달리 본 원심판단에 법리를 오해한 잘못이 있다고 한 사례.