법인세부과처분및소득금액변동통지취소청구[특수관계인에 대하여 저가 양도된 비상장법인 발행 자기주식의 시가 산정에 있어서 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법의 적용이 문제된 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2025.10.30 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 ○○ (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 심규찬 외 2인)
【피고, 피상고인】 수영세무서장 외 1인 
【원심판결】 부산고법 2025. 4. 25. 선고 2024누22242 판결 
【주 문】
 상고를 모두 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심이 인정한 사실관계는 다음과 같다.
 가. 주식회사인 원고는 2018. 3. 30. 원고의 특수관계법인인 주식회사 △△△로부터 원고 발행주식 19,056주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 매매대금 1,604,705,760원(주당 84,210원)에 양수하였다. 
 나. 원고는 2020. 1. 1. 이 사건 주식을 원고의 특수관계인 15명(이하 ‘원고 사주 일가’라 한다)에게 매매대금 합계 2,292,798,864원(주당 120,319원)에 매도하였고(이하 ‘이 사건 주식 양도’라 한다), 그 결과 원고의 주주 구성이 바뀌게 되었다.
 다. 원고의 발행주식총수는 23,543주로, 이 사건 주식 양도 당시 원고가 보유한 자기주식인 이 사건 주식 수는 19,056주였고, 원고의 자기주식 외 순자산가액은 1,992,701,205원이었다. 원고는 이 사건 주식 양도일 기준 3년 전부터 순손실이 발생하여 이 사건 주식 양도 당시 「상속세 및 증여세법 시행령」(이하 ‘상증세법 시행령’이라 한다) 제54조 제1항 및 제56조 제1항 후문에 의한 원고 발행주식의 1주당 순손익액은 0원이었다.
 라. 피고 부산지방국세청장은 2022. 8. 30.부터 같은 해 10. 28.까지 이 사건 주식 양도에 관하여 세무조사를 실시한 후, 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 주식의 1주당 가액(X)을 ‘X = {자기주식 외 순자산가액 + (자기주식수 × X)} ÷ 발행주식총수 × 80%’에 따라 산출한 192,109원으로 보아 원고가 원고 사주 일가에 이 사건 주식을 저가 양도하였다고 판단하였다.
 이에 따라 피고 부산지방국세청장은 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 주식의 평가액과 실제 거래 가액의 차액 상당인 1,368,030,240원을 원고에 대하여 익금산입(상여·배당·기타소득)하였고, 그 차액에 관하여 귀속연도를 2020년으로 하여 원고 사주 일가에 대한 소득처분을 하고, 2022. 12. 1. 원고에 대하여 소득금액변동통지를 하였으며, 2023. 2. 24. 원고 사주 일가 중 원고 대표이사 소외인을 제외한 나머지에 대한 소득 귀속연도를 2020년에서 2021년으로 변경하는 내용으로 다시 소득금액변동통지를 변경하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다).
 마. 피고 수영세무서장은 2022. 12. 1. 원고에 대하여 차액 1,368,030,240원이 익금산입되는 것을 전제로 2020년 귀속 법인세 및 가산세 합계 340,250,990원을 납부할 것을 고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 이 사건 소득금액변동통지와 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 2. 관련 규정과 법리
 비상장주식의 보충적 평가방법을 규정한 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 (나)목은 ‘비상장주식은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령이 정하는 방법으로 평가한다.’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 상증세법 시행령 제54조 제1항은, 본문에서 법인의 수익력과 자산력을 균형 있게 반영하고자 비상장주식의 1주당 가액은 원칙적으로 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의하도록 하면서, 단서에서는 기업매각에 따른 청산가치 등을 고려하여, 위와 같이 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식의 가액으로 삼도록 규정하고 있다. 그리고 1주당 순자산가치에 관하여 상증세법 시행령 제54조 제2항은 ‘당해 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수’의 산식에 의하여 산출하도록 규정하고 있다.
 자기주식은 상법 제341조, 제369조 제2항 등에 의하여 취득이 제한되고, 의결권이 인정되지 아니하는 등의 특성도 있지만, 소각을 위하여 취득한 자기주식이 아닌 한 상당기간 내에 처분하여야 하므로, 이와 같이 처분을 전제로 발행회사가 일시적으로 보유하고 있는 주식에 불과한 경우 양도성과 자산성 측면에서 다른 주식회사가 발행한 주식과 본질적인 차이가 없다. 따라서 이러한 경우의 자기주식의 취득과 처분은 순자산을 증감시키는 거래로서 법인세 과세대상인 자산의 손익거래에 해당한다(대법원 1992. 9. 8. 선고 91누13670 판결, 대법원 1995. 4. 11. 선고 94누21583 판결 등 참조).
 한편 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석을 하는 것은 허용된다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결 등 참조). 
 이와 같은 관련 규정 및 법리와 더불어, 상증세법 시행령 제54조 제1항, 제2항의 문언, 체계 및 취지 등을 종합하면, 자산성과 양도성을 지닌 자기주식에 대하여 비상장주식의 보충적 평가방법을 적용하는 경우, 발행회사가 일시적으로 보유한 자기주식의 가액과 그 자기주식 외의 발행주식의 가액은 서로 같아야 할 것이므로, 상증세법 시행령 제54조 제1항 단서가 적용될 때 자기주식을 포함한 비상장주식의 1주당 가액(X)은 같은 조 제2항에 근거하여 ‘X = {자기주식 외 순자산가액 + (자기주식수 × X)} ÷ 발행주식총수 × 80%의 산식’에 따라 산출하여야 한다. 
 3. 판단
 원심은, 이와 같은 법리에 따라 이 사건 주식 양도 당시 이 사건 주식의 1주당 가액은 피고가 이 사건 처분 과정에서 계산한 금액과 동일하게 192,109원으로 산출되고, 나아가 가산세에 관하여 원고에게 법인세 납세의무의 이행을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 앞서 본 관련 규정과 법리 및 기록 등에 비추어 살펴보면, 원심판단은 정당하다. 원심판단에 상고이유 주장과 같이 비상장주식의 가액 평가 및 가산세 면제의 정당한 사유에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 4. 결론
 상고를 모두 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 이흥구(재판장) 오석준 노경필(주심) 이숙연

처분을 전제로 발행회사가 일시적으로 보유하고 있는 자기주식의 경우 양도성과 자산성 측면에서 다른 주식회사가 발행한 주식과 본질적인 차이가 있는지 여부(소극) 및 이러한 자기주식의 취득과 처분은 법인세 과세대상인 자산의 손익거래에 해당하는지 여부(적극) / 조세법규의 해석 원칙 및 조세법규에 관하여 합목적적 해석이 허용되는 경우 / 자산성과 양도성을 지닌 자기주식에 대하여 비상장주식의 보충적 평가방법을 적용할 때 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제1항 단서가 적용되는 경우, 자기주식을 포함한 비상장주식의 1주당 가액을 산출하는 방법

비상장주식의 보충적 평가방법을 규정한 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 (나)목은 ‘비상장주식은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령이 정하는 방법으로 평가한다.’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 상속세 및 증여세법 시행령(이하 ‘상증세법 시행령’이라 한다) 제54조 제1항은, 본문에서 법인의 수익력과 자산력을 균형 있게 반영하고자 비상장주식의 1주당 가액은 원칙적으로 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의하도록 하면서, 단서에서는 기업매각에 따른 청산가치 등을 고려하여, 위와 같이 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식의 가액으로 삼도록 규정하고 있다. 그리고 1주당 순자산가치에 관하여 상증세법 시행령 제54조 제2항은 ‘당해 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수’의 산식에 의하여 산출하도록 규정하고 있다.
 자기주식은 상법 제341조, 제369조 제2항 등에 의하여 취득이 제한되고, 의결권이 인정되지 아니하는 등의 특성도 있지만, 소각을 위하여 취득한 자기주식이 아닌 한 상당기간 내에 처분하여야 하므로, 이와 같이 처분을 전제로 발행회사가 일시적으로 보유하고 있는 주식에 불과한 경우 양도성과 자산성 측면에서 다른 주식회사가 발행한 주식과 본질적인 차이가 없다. 따라서 이러한 경우의 자기주식의 취득과 처분은 순자산을 증감시키는 거래로서 법인세 과세대상인 자산의 손익거래에 해당한다.
 한편 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석을 하는 것은 허용된다.
 이와 같은 관련 규정 및 법리와 더불어, 상증세법 시행령 제54조 제1항, 제2항의 문언, 체계 및 취지 등을 종합하면, 자산성과 양도성을 지닌 자기주식에 대하여 비상장주식의 보충적 평가방법을 적용하는 경우, 발행회사가 일시적으로 보유한 자기주식의 가액과 그 자기주식 외의 발행주식의 가액은 서로 같아야 할 것이므로, 상증세법 시행령 제54조 제1항 단서가 적용될 때 자기주식을 포함한 비상장주식의 1주당 가액(X)은 같은 조 제2항에 근거하여 ‘X = {자기주식 외 순자산가액 + (자기주식수 × X)} ÷ 발행주식총수 × 80%의 산식’에 따라 산출하여야 한다.