법인세경정거부처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2016.10.26 / 시행일:

【원고, 피항소인】 대양산업개발 주식회사 (소송대리인 법무법인 해자현 담당변호사 정태수)
【피고, 항소인】 고양세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 세한 담당변호사 이승훈)
【제1심판결】 의정부지방법원 2016. 1. 19. 선고 2015구합7833 판결
【변론종결】2016. 10. 5.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 원고의 청구를 기각한다.
 3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 2013. 5. 8. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 109,387,336원의 경정청구 거부처분을 취소한다.
 2. 항소취지
 주문과 같다.
【이 유】1. 제1심 판결의 일부 인용
 이 판결 이유는 제1심 판결 이유 중 “1. 처분의 경위, 2. 이 사건 처분의 적법 여부 중 가. 원고의 주장, 나. 관계 법령” 부분(2면 5행부터 3면 밑에서 3행까지)은 아래와 같이 고치고, 제2의 다.항(3면 마지막행부터 6면 7행까지)은 아래 제2항과 같이 고쳐 쓰며, 제3항과 같은 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.
○ 2면 5행부터 12행까지를 아래와 같이 고친다.
( 가. 원고는 주택 및 상가 신축 판매업, 부동산 매매, 임대 및 컨설팅업 등을 목적으로 하는 법인사업자로서 2008. 1.경부터 고양시 일산동구 식사동 344 일원의 고양식사 도시개발사업구역 중 A3블럭, A4블럭, A5블럭 및 E4블럭에서 아파트 및 상가(이하 ‘이 사건 아파트 등’이라 한다)를 신축·분양하였고, 사업연도를 매년 1. 1.부터 12. 31.까지로 정하고 있다. 
 나. 원고는 2008 사업연도까지 68.2%, 2009 사업연도까지 94.4%, 2010 사업연도까지 96.4%의 각 분양률로 이 사건 아파트 등에 관하여 분양계약을 체결한 후, 이 사건 아파트 등의 작업진행률과 분양률을 기준으로 2008 사업연도 내지 2010 사업연도 법인세를 신고·납부하였다(다만 2008 사업연도에는 소득금액이 이월결손금으로 모두 공제되어 법인세를 납부하지 아니하였다).
 다. 원고는 이 사건 아파트의 수분양자들의 잔금 미납을 이유로 분양계약을 해제하였고, E4 블록 내 상가는 시공사인 벽산건설 주식회사의 기업회생 신청 등의 사유로 원고의 이행불능으로 분양계약이 해제되었으며, 이에 따라 이 사건 아파트 등의 분양계약이 해제된 세대 수는 2011 사업연도에 총 3,634세대 중 635세대(17.47%), 2012 사업연도에 3,833세대 중 231세대(6.02%), 2013 사업연도에 3,833세대 중 426세대(11.11%)에 이른다(이하 ‘이 사건 분양계약의 해제’라고 한다). )
2. 판단
가. 관련 법리 
구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제5호의 위임을 받은 같은 법 시행령 제25조의2 제2호는 후발적 경정청구사유의 하나로 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때’를 들고 있다. 이러한 후발적 경정청구제도는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 그 취지가 있는 것으로서, 개별 세법에 다른 규정이 없는 한 그 적용범위를 함부로 제한할 것이 아니다. 
법인세법 제40조 제1항은, “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다. 따라서 법인세에서도 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 ‘해제권의 행사나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제’는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 된다. 다만 법인세법이나 관련 규정에서 일정한 계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그러한 계약의 해제가 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로 후발적 경정청구사유가 될 수 없다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결 참조).
나. 관련 규정 및 해석
구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항은 “법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설 등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다”고 규정하고 있는바, 여기의 예약매출은 제품이나 상품 등의 판매를 미리 예약하고 장래의 정해진 시점에 매수자에게 제품 또는 상품 등을 인도하는 판매형태로서 아파트분양사업자가 장기간에 걸쳐 아파트를 건설하여 분양하는 것은 기업회계상 예약매출에 해당된다(대법원 1992. 10. 23. 선고 92누2936 판결 등 참조). 법인세법 시행령은 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되면서 제69조 제3항을 신설하여 “제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다”고 규정하였고, 위 개정 시행령 부칙 제1조 및 제2조에 의하면, 위 제69조 제3항의 규정은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용된다. 위 제69조 제3항의 해약일이 속하는 사업연도는 다음과 같은 점에 비추어 보면 2012. 1. 1. 이후 당해 계약의 해약일이 속한 사업연도를 의미한다고 해석된다.
① 위 제69조 제3항은 계약에 이은 그 목적물의 인도가 여러 사업연도에 걸쳐 이루어지는 도급공사 또는 예약매출 등에 있어서 그 계약이 해제된 경우의 익금 및 손금의 산입 요건을 규정하면서 ‘해약일이 속하는 사업연도’에 익금 또는 손금을 산입하는 것으로 정하였는데, 부칙 제2조는 위 요건의 적용시점으로서 “2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도”라고 규정하고 있다. 위 조항의 문언상 ‘해약일이 속하는 사업연도’는 당해 계약의 해약 내지 해제가 이루어진 사업연도임이 분명하고, 위 부칙은 해약 내지 해제가 이루어진 사업연도가 2012. 1. 1. 이후인 사업연도를 의미할 뿐 당해 계약의 해약 내지 해제의 법적 효과를 고려하여 그 효과가 귀속되는 사업연도를 지칭한 것으로는 볼 수 없다. 
② 위 제69조 제3항이 신설되기 전에는 같은 내용이 법인세법 기본통칙(40-69…4)에 “공사계약의 해약에 따른 수입금액계산”라는 표제 아래 “건설업을 영위하는 내국법인의 소득금액을 계산함에 있어서 당초 작업진행률에 의하여 계상한 수입금액이 공사계약의 해약으로 인하여 수입금액으로 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다”라고 규정되어 있었는데, 민법상 해제의 효력에 따라 계약일이 속하는 사업연도로 손금을 소급하여 인식하는 것으로도 법인세법령의 해석이 가능하였으므로 이를 명확히 하고자 같은 내용을 법인세법 시행령에 신설하게 된 것이다. 이러한 개정 취지에 비추어 위 조항의 ‘해약일이 속하는 사업연도’를 납세자가 신고한 당초 사업연도 또는 계약일이 속하는 사업연도로 해석할 수는 없다.
③ 위 조항의 ‘해약일이 속하는 사업연도’를 납세자가 신고한 당초 사업연도 또는 계약일이 속하는 사업연도로 보는 경우에는 후발적 경정청구를 허용하는 것이 된다. 그러나 대법원은 위 제69조 제3항 신설 전에 예약매출 계약의 해제로 작업진행률에 변동이 생긴 경우에도 후발적 경정청구를 긍정한 바 있는데(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결 등 참조), 위 조항이 신설된 후에도 해당 조항을 후발적 경정청구를 허용하는 것으로 해석하게 되면 위 조항을 신설한 의미가 없게 되므로, 위 조항은 법인세에서도 후발적 경정청구가 가능함을 전제로 그 예외를 정한 창설적 규정으로 보아야 한다. 
④ 원고는 2012. 1. 1. 이후 개시되는 사업연도부터 작업진행률에 따라 익금과 손금을 산입한 경우에 한하여 위 조항이 적용된다고 주장한다. 
 i) 앞에서 본 구 법인세법 시행령 제69조 제3항이 신설된 입법취지에 비추어 예약매출이 완료된 후 분양계약이 해제된 경우를 위 조항의 적용대상에서 배제할 이유가 없는 점, 위 시행령 제69조 제1항이 이 사건 아파트 등의 분양계약과 같은 예약매출의 손익 귀속사업연도에 관하여 본문에서 계약일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속한 사업연도까지가 여러 사업연도에 걸친 경우 작업진행률을 기준으로 사업연도마다 분할함을 원칙으로 하되, 단서에서 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속한 사업연도의 손익으로 계상한 경우 등에 있어서는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도로 할 수 있음을 예외적으로 정하고 있어 본문만이 작업진행률에 의한 손익의 귀속을 정한 경우에 해당하는 점, 위 제69조 제1항은 제3항의 신설 이전부터 적용되어 온 점, 법인세법 기본통칙의 규정이 위 시행령 조항으로 이전되었는바, 위 기본통칙의 “당초 작업진행률에 의하여 계상한 수입금액”과 위 시행령 조항의 “제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금”의 내용을 비교해 보면 위 시행령 조항의 ‘제1항을 적용할 때’는 기본통칙의 ‘당초’에 대응하는 표현이므로 ‘당초’라는 표현에 내재된 과거 의미가 담기도록 해석해야 할 것인 점, 위 시행령 제69조 제2항에서도 ‘제1항을 적용할 때’라는 표현은 ‘제1항에 따라 작업진행률에 의하여 익금·손금을 산입해야 하는 건설 등의 용역에 해당하는 경우라도’ 정도로 해석해야 되는데, 이처럼 위 시행령 제69조 내에서 ‘제1항을 적용할 때’라는 표현은 일관되고 명확한 의미를 갖는 것은 아닌 점 등을 종합하여 보면, 위 제69조 제3항의 ‘제1항을 적용할 때’는 ‘작업진행률에 의한 방식에 따라 익금 또는 손금을 산입하거나 산입한 때’를 제1항을 참조하여 표현하면서 이와 같이 규정한 것으로 볼 수 있을 뿐 부칙 제2조가 제69조 제3항의 ‘제1항을 적용할 때’라는 부분에도 그대로 적용된다고 볼 수 없다. 따라서 이와 같은 해석이 위 조항의 문리해석에 위반되는 것은 아니다.
 ii) 소급과세는 과세요건 완성 후에 새로운 입법으로 과세하거나 이미 성립된 납세의무를 가중하는 것을 의미하는바(헌법재판소 2016. 2. 25. 선고 2015헌바127 결정 등 참조), 2012. 1. 1. 이전 사업연도에 작업진행률에 따라 익금과 손금을 산입한 상황에서 위 제69조 제3항을 적용하는 것이 2009 사업연도 법인세를 새로 과세하거나 납세의무를 가중하는 것이 아니고, 위 조항은 단지 분양계약의 해제일이 속하는 사업연도의 법인세 납세의무에 영향을 미치는 것이므로 소급과세에는 해당하지 않는 점, 더욱이 위 제69조 제3항의 법률효과는 ‘작업진행률에 따른 익금·손금의 산입’ 뿐만 아니라, ‘분양계약의 해제로 인한 확정된 금액과의 차액 발생’도 충족해야 발생하는바, 2012. 1. 1. 이후 계약이 해제된 경우라면 2012. 1. 1. 이전에 작업진행률에 따른 익금·손금 산입이 있었다 하더라도, 2012. 1. 1. 이전에 사실 또는 법률관계가 완성되었다고 볼 수 없으므로 이미 완성된 사실 또는 법률관계에 새로운 법령을 적용하는 진정소급에는 해당되지 않는 점, 계약해제는 계약체결과는 별개의 법률행위로서 위 제69조 제3항의 시행 이후에 이루어진 계약해제에 대하여는 위 조항이 소급입법에 해당한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 위 제69조 제3항에 관한 이와 같은 해석이 소급과세금지의 원칙에 위반된다고 볼 수도 없다.
다. 후발적 경정사유 해당 여부
(1) 후발적 경정청구를 제한한 별도 규정의 존부
 앞서 인정한 사실관계 및 관련 규정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 구 법인세법 시행령 제69조 제3항이 분양계약의 해제로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해제일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다고 한 것은 분양계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유로 규정한 것으로 볼 수 있고, 위 조항은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용되므로, 2012. 1. 1. 이후에 이루어진 이 사건 아파트 등의 분양계약의 해제는 구 국세기본법 제45조의2 및 같은 법 시행령 제25조의2에 정한 후발적 경정청구사유에는 해당하지 아니한다. 
(2) 해제일이 속한 사업연도의 소득금액 차감방식의 특별 사정의 존부
 앞서 본 바와 같이 원고는 주택 및 상가 신축 판매업, 부동산 매매, 임대 및 컨설팅업 등을 목적으로 하는 법인사업자로서 이 사건 아파트 등 총 3,833세대를 신축하여 분양하였는바, 이와 같은 거래는 대량으로 이루어지는 경상적·반복적 거래에 해당한다. 
 한편, 갑 제1호증의 1, 2, 3, 을 제1 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 법인세 신고 시 이 사건 아파트 등의 분양계약이 해제된 부분에 대한 매출액과 매출원가의 순액을 영업외 손익으로 인식하여 해제일이 속한 사업연도의 분양해제손실로 2011 사업연도에 24,534,286,995원, 2012 사업연도에 10,585,929,404원, 2013 사업연도에 36,284,304,659원을 계상한 사실을 인정할 수 있다. 따라서 원고는 분양계약을 해제한 사업연도에 해제된 분양수익금을 손금으로 인식하여 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다고 할 수 있다. 
 결국, 원고가 경상적·반복적으로 발생하는 분양계약의 해제에 대하여 원고의 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 온 특별한 사정이 있으므로 이 사건 분양계약의 해제는 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없어 후발적 경정청구사유가 될 수 없다.
라. 소결
 피고가 이 사건 분양계약해제에 대하여 후발적 경정청구를 거부한 것은 구 법인세법 시행령 제69조 제3항에 근거하거나, 경상적·반복적으로 발생하는 분양계약의 해제에 대하여 원고가 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 특별한 사정에 근거한 것으로서 적법하다.
3. 추가판단
가. 조세평등주의 등 위반 여부
(1) 원고의 주장 요지
구 법인세법 시행령 제69조 제3항에 의하여 후발적 경정청구가 제한되면 계약 체결 사업연도에 동일하게 법인세를 납부하였음에도 미래 소득이 높은 계속기업과 휴·폐업 또는 결손법인 사이에는 법인세 환급 혜택이 달라져 부당한 결과가 초래되어 조세평등주의에 위반되거나 납세자의 후발적 경정청구권을 제한하여 환급 가능성 감소 및 법인세율 인하로 인한 경감혜택 축소 등으로 납세자에게 현저하게 불리한 결과를 초래하거나 조세부담을 가중시켜 재산권을 침해하는 결과에 이르므로 헌법 제23조에도 위반된다.
(2) 판단
 다음 사정을 종합하여 보면 구 법인세법 시행령 제69조 제3항이 합리적 이유 없이 흑자법인과 결손법인 등을 달리 취급하여 조세평등주의에 위반된다거나 헌법 제23조의 재산권보장의 취지에 위반된다고 볼 수 없다. 
① 위 제69조 제3항은 제1항 본문에 따라 작업진행률 방식에 의한 손익 계상 시 당해 계약이 해제된 경우 그 해제일이 속한 사업연도에 손익을 귀속시킬 수 있음을 정한 것일 뿐 흑자법인과 결손법인 등을 구별하여 규정하고 있지 않다.
② 원고가 결손법인으로서 계약해제 손실을 공제할 정도의 미래 소득 발생 가능성이 있는지 불확실하더라도 이후 소득이 생긴 사업연도에 이월결손금으로 과세표준에서 공제될 수 있는 가능성이 전혀 없는 것이 아니다(원고는 이 사건 분양계약해제로 인한 손익을 반영한 2012 사업연도 및 2013 사업연도에는 결손이었으나 2014 사업연도 및 2015 사업연도에는 흑자로 전환되었다). 나아가 폐업법인, 휴먼법인 등과 같이 결손금 중 종국적으로도 공제받지 못하여 입게 되는 손해가 있더라도 이는 입법정책의 문제이다. 
③ 원고는 장래 분양계약이 해제된 이 사건 아파트 등을 재매도하는 등으로 처분하여 그 수익을 실현할 가능성이 있고, 그 수익의 다과에 따라 조세 부담액이 달라지는 것은 원고의 사업수행의 결과일 뿐이다.
④ 구 법인세법 시행령 제69조 제1항은 이 사건 예약매출계약과 같이 계약일로부터 인도일까지 여러 사업연도에 걸쳐 이루어지는 계약의 특성을 고려하여 권리의무확정주의의 엄격한 적용으로 인한 기간수익이 불균형적으로 나타나는 불합리한 결과를 제거하고자 본문에서 작업진행률에 의한 익금 및 손금의 귀속사업연도를 정하면서도 단서에서 그 예외를 인정하고 있고, 그 예외 중에는 기업회계기준에 의하는 경우 등 계약 당사자가 손익의 귀속을 최종 인도일이 속하는 사업연도로 선택할 수도 있으므로 위 시행령 제69조 제3항의 적용 여부는 당사자의 선택에 달려 있기도 하다(위 제69조 제3항의 적용대상 여부로 생긴 차이는 당초 손익의 귀속사업연도를 달리한 데에서 비롯한 뿐 후발적 경정청구의 범위를 달리 적용하여 생긴 것은 아니다).
나. 조세법률주의 위반 여부
 원고는, 구 법인세법 시행령 제69조 제3항이 위임명령에 불과함에도 국세기본법 제45조2에 따른 후발적 경정청구를 제한한 것은 결과적으로 수권 규정 없이 법인세법 제40조 제1항이 정한 권리의무확정주의의 범위를 축소 및 제한하여 그 예외를 인정하는 것으로서 납세자에게 불리하므로 조세법률주의에 위반된다고 주장한다.
 살피건대, 법인세법은 제40조 제1항에서 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정하고, 같은 조 제2항에서 “제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있다. 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 시행령은 제69조에서 ‘용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도’를 정하면서 제1항에서 건설 등의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도와 그 기준 등에 관하여 원칙과 예외로 구분하고, 제3항에서 제1항의 원칙에 따라 손익을 계상한 경우에 한하여 그 해제일이 속한 사업연도를 손익의 귀속사업연도로 규정하고 있다. 위 제69조 제1항은 여러 사업연도에 걸쳐 이루어지는 계약의 특성을 고려하여 권리의무확정주의의 엄격한 적용으로 인하여 기간수익이 불균형적으로 나타나는 불합리한 결과를 제거하고자 작업진행률에 의한 익금 및 손금의 귀속사업연도를 정한 것이고, 제69조 제3항 역시 위 제1항에 대응하여 이와 같이 여러 사업연도에 걸친 손익 귀속의 특성을 반영하여 그 해제로 인한 손익의 귀속사업연도를 그 해제일이 속한 사업연도로 정하여 불균형적인 기간손익의 불합리성을 제거한 것이다. 즉, 계약의 이행이 여러 사업연도에 걸쳐 진행되는 특성을 고려하여 당해 계약에 따른 매출과 그 해제에 따른 손익의 귀속사업연도 및 그 산입액수의 기준 등을 정한 것이다. 따라서 위 시행령 제69조 제3항은 법인세법 제40조가 위임한 범위 내에서 익금과 손금의 귀속사업연도 및 산입 방법 등을 정할 것일 뿐 그 위임 범위를 벗어나 납세자에게 불리하게 후발적 경정청구를 제한한 것이라고는 볼 수 없으므로 조세법률주의에 위반한 것이라고 볼 수 없다. 
다. 신뢰보호의 원칙 위반 여부
(1) 원고 주장의 요지
 원고가 이 사건 아파트 등의 분양계약체결 및 해제 시에는 국세기본법령에 의하여 후발적 경정청구가 인정되었고, 원고는 이를 신뢰하여 이 사건 아파트 등의 분양해제에 이르렀음에도 구 법인세법 시행령 제69조 제3항에 근거하여 이 사건 후발적 경정청구를 불허한 것은 신뢰보호의 원칙에 위반된다.
(2) 판단
 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2001. 9. 28. 선고 2000두8684 판결 등 참조).
 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 과세관청이 납세자에 대하여 분양계약 해제에 관하여 후발적 경정청구가 허용된다는 공적인 견해표명을 한 바 없으므로, 원고에게 이 사건 분양계약의 해제 당시 그 해제에 관하여도 후발적 경정청구가 적용된다는 신뢰가 형성되었다거나 원고가 이를 신뢰하여 이 사건 아파트 등의 분양계약을 체결하였다고 볼 수 없다. 
① 대법원 2013. 12. 16. 선고 2011두1245 판결에서 국세기본법상 후발적 경정청구 제도가 법인세법에도 적용된다고 선언하기 전까지 기간과세를 원칙으로 하는 법인세에도 후발적 경정청구제도가 적용되는지에 관하여 견해의 대립이 있었는데, 과세실무는 법인세법 기본통칙 등에서 후발적 경정청구가 허용되지 않는 것으로 규정하는 등 법인세에는 후발적 경정청구가 적용되지 않는 것을 전제로 운영되어 왔고, 그러한 내용의 예규가 누적되었다(갑 제4호증의 1 내지 3). 
② 건설업을 영위한 법인들도 분양계약을 해제한 사업연도에 분양수익금과 분양원가 상당액을 손익으로 인식하여 회계 처리하여 왔다. 
③ 원고도 법인세 신고 시 분양계약이 해제된 부분에 대한 매출액과 매출원가의 순액을 영업외 손익으로 인식하여 분양해제손실로 2011 사업연도에 24,534,286,995원, 2012 사업연도에 10,585,929,404원, 2013 사업연도에 36,284,304,659원을 계상하였다(갑 제1호증의 1, 2, 3, 을 제1 내지 5호증).
4. 결론
 이 사건 처분은 정당하므로 원고의 청구를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

판사 김용빈(재판장) 김경환 정승규