법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2017.09.15 / 시행일:

【원 고】 의료법인 을지병원 (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 마옥현 외 2인)
【피 고】 남대문세무서장
【변론종결】2017. 8. 30.
【주 문】
 1. 피고가 2015. 12. 1. 원고에게 한 법인세 2012사업연도분 450,814,070원(가산세 포함)의 부과처분 중 41,147,843원을 초과하는 부분, 2013사업연도분 428,763,970원(가산세 포함)의 부과처분 중 289,371,660원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 

【청구취지】 주문 제1항 중 법인세 2012사업연도분의 취소 부분과 같은 판결 및 피고가 2015. 12. 1. 원고에게 한 법인세 2013사업연도분 428,763,970원(가산세 포함, 이하 같다)의 부과처분 중 15,324,456원을 초과하는 부분, 2014사업연도분 407,501,670원의 부과처분 중 10,854,796원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고의 지위 등
 원고는 의료기관 운영 등을 목적으로 하는 비영리법인인 의료법인이다. 원고는 2012, 2013, 2014사업연도 각 법인세를 신고·납부하였다. 
 나. 관계 법령 내용
 1) 고유목적사업준비금의 손금산입한도 
구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항, 제8항은 원고와 같은 비영리법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 ‘고유목적사업 등’이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 이를 손금에 산입하도록 규정하면서 각호에서 그 손금산입의 한도를 ‘수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액’(제1항 제4호) 등을 합산한 금액으로 산정하도록 규정하고, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다. 이에 따라 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제3항은 위 제1항 제4호의 ‘수익사업에서 발생한 소득’이란 해당 사업연도 수익사업에서 발생한 소득금액{(고유목적사업준비금과 구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금(이하 ‘법정기부금’이라 한다)을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다}에서 구 법인세법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액(이하 ‘이자소득과 배당소득 등’이라 한다) 및 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 결손금(이하 ‘이월결손금’이라 한다)과 법정기부금을 뺀 금액을 말한다고 규정하고 있다. 이를 간략히 표시하면 다음과 같다.
 고유목적사업준비금 손금산입한도액 = 법 제29조 제1항 제1 내지 3호 기재 각 금액 + (수익사업에서 발생한 소득 × 50/100)※ 수익사업에서 발생한 소득 = 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다) - 이자소득과 배당소득 등 - 이월결손금과 법정기부금
 2) 법정기부금의 손금산입한도 
구 법인세법 제24조 제2항은 법정기부금의 손금산입한도액을 ‘해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 법정기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다, 이하 ’기부금손금산정기준 소득금액‘이라 한다)에서 제13조 제1호의 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액’으로 규정하고 있다. 이에 따라 법정기부금 손금산입한도액의 계산방법을 간략이 표시하면 다음과 같다. 
법정기부금 손금산입한도액 = (기부금손금산정기준 소득금액 - 이월결손금) × 50/100 ※ 기부금손금산정기준 소득금액: 제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 법정기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액
 다. 원고의 2012, 2013, 2014사업연도 각 법인세 신고 내용
 원고는 2012, 2013, 2014사업연도 각 법인세를 신고·납부하면서 고유목적사업준비금과 법정기부금의 손금산입한도와 관련한 관계 법령을 다음과 같이 해석하였다. 
 1) 고유목적사업준비금 손금산입한도 계산과 관련하여 수익사업에서 발생한 소득을 산정할 때에 차감하는 법정기부금은 구 법인세법 제24조 제2항 단서에 따른 법정기부금 손금산입액을 의미한다.
 2) 법정기부금 손금산입한도 계산과 관련하여 해당 기부금손금산정기준 소득금액 이란, 구 법인세법 제24조 제2항 단서, 제24조 제1항 제1호의 문언상으로는 법정기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 의미하는 것처럼 기술되어 있으나, 고유목적사업준비금의 성격 등에 비추어 법정기부금과 지정기부금뿐만 아니라 고유목적사업준비금 또한 손금에 산입하기 전의 소득금액을 의미하는 것으로 보아야 한다.
 라. 피고의 과세처분
 피고는 원고의 해석과 다른 아래와 같은 법률 판단을 전제로 2015. 12. 1. 원고에게 2012사업연도 법인세 450,814,070원, 2013사업연도 법인세 428,763,970원, 2014사업연도 법인세 407,501,670원을 각 경정·부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 
 1) 고유목적사업준비금 손금산입한도 계산과 관련하여 수익사업에서 발생한 소득을 산정할 때에 차감하는 법정기부금이란 납세자가 법정기부금으로 지출한 액수를 의미한다.
 2) 구 법인세법 제24조 제2항 단서의 ‘해당 사업연도의 소득금액’은 그 문언에 맞게 법정기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 의미하는 것으로 보아야 한다.
 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2016. 9. 22. 원고의 심판청구를 기각하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 1) 제1의 다.항 기재와 같은 원고의 해석이 정당함에도 피고는 이와 다른 전제에서 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분 중 원고의 정당한 해석과 견해를 달리한 부분은 위법하다.
 2) 설령 원고의 해석을 받아들일 수 없다고 하더라도, 원고는 고유목적사업준비금의 손금산입한도 계산과 관련하여 세법해석상의 견해 대립 등으로 신고·납세 의무의 범위를 잘못 파악한 것으로 원고가 그에 관하여 신고·납세를 온전히 이행하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 처분 중 일부 가산세 부과 부분은 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지와 같다.
 다. 판단
 1) 고유목적사업준비금 손금산입한도 계산과 관련하여 수익사업에서 발생한 소득을 산정할 때에 차감하는 법정기부금이 ‘법정기부금 손금산입한도액’을 의미하는지 여부
 가) 기부금의 손금산입 제한의 의의
 법인세 과세표준 계산의 기초가 되는 사업연도의 소득은 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액이다(구 법인세법 제14조 제1항 참조). 그리고 여기서 익금에서 공제되는 손금이 되려면 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이어야 한다(구 법인세법 제19조 제2항 참조).
 그런데 기부는 자산의 무상공여로서 그 법인의 사업 또는 수익과 무관한 자산의 감소를 의미하므로 원칙적으로는 손금에 해당하지 않는다. 그러나 법인 또한 하나의 사회적 존재로서 어느 정도의 기부행위는 불가피하고 또 그러한 기부행위가 사회적으로 장려될 필요도 있기 때문에 구 법인세법은 일정한 기부에 대하여 영리법인의 본질에 반하여 출자자나 채권자 등에게 손해가 가지 않도록 일정액에 대하여 손금산입을 인정하되, 그 기부금의 공익성의 정도에 따라 지정기부금과 법정기부금으로 나누어 기부금 손금산입한도액을 달리 정하고 있다. 구체적으로 보면, 법정기부금은 기부금손금산정기준 소득금액의 50/100을 곱한 금액을, 지정기부금은 기부금손금산정기준 소득금액의 10/100을 곱한 금액을 각 손금산입한도액으로 정하고 있다. 
 나) 고유목적사업준비금의 입법취지
 ⑴ 비영리법인의 특성과 비영리법인에 대한 과세 근거
 비영리법인은 수익사업을 통하여 어떤 소득을 올렸어도 이를 구성원에게 분배하지 않고 결국 공익적인 목적으로 사용할 것이므로 비영리법인의 소득에 대하여는 법인세를 과세하지 않는 것이 바람직한 측면이 있으나, 비영리법인이 수익사업을 영위하게 되면 다른 영리법인과 경쟁관계에 서게 되므로 경쟁의 공정성을 지키기 위하여는 비영리법인의 수익사업 소득에 대하여도 과세할 필요가 있다. 이러한 견지에서 구 법인세법 제3조 제1항은 비영리법인의 사업연도 소득을 법인세의 과세대상으로 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제113조 제1항은 “비영리법인이 수익사업을 하는 경우 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.”라고 규정하여 수익사업에 속하는 것과 고유목적사업 등 그 밖의 사업에 속하는 것을 구분경리하도록 하고 있다. 이는 과세대상이 되는 수익사업을 통한 소득을 정확히 측정하기 위한 취지로 이해되어야 한다. 
 ⑵ 비영리법인에 대한 비과세의 필요성
 그런데 비영리법인에 대한 비과세가 경쟁의 공정성을 해하지 않는 경우라면, 비영리법인에 대한 법인세 과세를 영리법인의 경우와 같이 그대로 유지할 필요는 없다. 그리하여 구 법인세법 제29조 제1항은 ‘비영리법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 ‘고유목적사업 등’이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정금액의 한도에서 이를 손금에 산입한다‘라는 취지로 규정하여 비영리법인의 사업소득에 대한 비과세의 길을 열어놓고 있다.
 위 규정을 살펴보면, 구 법인세법은 고유목적사업뿐만 아니라 지정기부금의 지출을 위하여 별도로 계상한 금액 또한 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있도록 함으로써 고유목적사업을 위한 금액과 지정기부금의 지출을 위한 금액을 동일하게 평가하여 비과세하도록 규정하고 있다. 그 이유는 지정기부금의 성격을 보면 알 수 있는바, 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 각 호의 규정을 종합하면, 지정기부금은 일정한 비영리법인에 대하여 지급하는 돈으로서 기부금을 받은 비영리법인 등이 고유목적사업비로 지출하는 경우 그 기부금 등을 의미함을 알 수 있다. 이러한 점에 비추어 볼때, 비영리법인이 스스로의 고유목적사업 활동으로 지출하는 돈이나, 다른 비영리법인에 지급하여 그로 하여금 고유목적사업 활동을 하도록 하는 돈은 그 공공성의 정도에 있어 아무런 차이를 발견할 수 없으므로, 구 법인세법은 비영리법인의 고유목적사업을 위한 금액과 지정기부금 지출을 위한 금액 모두를 고유목적사업준비금의 대상으로 삼아 비과세하도록 하고 있는 것이다. 
 이와 같은 고유목적사업준비금은 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용함으로써 과세이연의 효과가 있는 것으로 이해되고 있다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조). 그런데 구 법인세법 제29조 제2항은 ‘비영리법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 금액을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 일정금액의 한도에서 손금에 산입한다’라는 취지로 규정하고 있다. 따라서 수익사업을 하는 비영리법인으로서는 이미 설정된 고유목적사업준비금이 없는 경우에도 당해 사업연도에 고유목적사업 등(고유목적사업과 지정기부금)으로 지출한 금액을 당해 사업연도에 고유목적사업준비금에서 충당함으로써 결과적으로 본래 수익사업과 관계없는 고유목적사업을 위한 지출금을 수익사업의 세무회계에서 손금으로 계상하고, 기부금손금산정기준 소득금액의 10/100에 한하여 손금산입이 인정되는 지정기부금을 고유목적사업준비금의 한도에서는 제한 없이 손금산입을 할 수 있는 혜택을 받고 있다. 
 이러한 점들을 종합하면, 고유목적사업준비금은 앞으로 지출할 비용을 현재의 손금에 포함시키는 과세이연뿐만 아니라, 본래 수익사업과 무관한 고유목적사업 비용을 수익사업으로 인한 소득에서 차감하여 비영리법인의 수익사업 소득에 대하여 일정 부분 법인세를 면제하여 주고 아울러 본래 영리법인의 경우 기부금손금산정기준 소득금액의 10/100을 손금산입한도액으로 인정하는 지정기부금을 수익사업 소득 등의 최대 50/100까지 손금산입한도액을 넓혀 주는 효과를 가져 옴을 알 수 있다. 
 그러나 공익성이 더 크고 손금산입한도액도 더 크게 산정되는 법정기부금에 있어서는 영리법인과 비영리법인이 동일한 규율(기부금손금산정기준 소득금액의 50/100)을 받는다. 
 다) 고유목적사업준비금 손금산입한도액 산식의 이해
 구 법인세법은 앞서 본 것처럼 고유목적사업준비금의 손금산입을 무제한으로 인정하고 있는 것이 아니라, 일정한 손금산입한도액을 정하고 있다. 이는 비영리법인의 사업소득이 원칙적인 법인세의 과세대상이라는 점을 일정 범위에서 관철하고자 하는 입법자의 의사가 담긴 것이라 보아야 한다. 그리고 고유목적사업준비금의 손금산입한도액은 본래 원칙적인 과세대상 수입에 상응하여 정하는 것이 가장 합리적이다. 
 구 법인세법이 정한 고유목적사업준비금 손금산입한도액은 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액)에서 법정기부금 등을 차감한 금액의 100분의 50 등을 포함하여 산정하도록 하였음은 앞서 본 바와 같다. 이에 의하면 고유목적사업준비금 손금산입한도액은 수익사업에서 발생한 소득의 일정 비율 등으로 산정한 금액을 포함시키도록 하면서, 그 기초가 되는 수익사업에서 발생한 소득을 산정할 때에는 법정기부금을 차감하도록 규정하고 있다. 이와 같이 법정기부금을 차감하도록 한 것은, 소득금액이 클수록 그 커진 부분의 일정비율 만큼 고유목적사업준비금 손금산입한도액이 커지도록 하되, 법정기부금 손금 산입을 통하여 이미 공제받은 소득금액이 있어 법정기부금 손금 산입의 혜택을 누린 경우에는 그 부분을 고려하지 않도록 함으로써 이중 혜택을 받는 것을 방지하도록 하는 취지로 보아야 한다.
 따라서 고유목적사업준비금 손금산입한도액 산정의 전제로서 수익사업에서 발생한 소득에서 차감하여야 할 법정기부금은 납세자가 법정기부금으로서 손금에 산입한 금액을 말하는 것으로 해석함이 상당하다. 만일 피고의 주장과 같이 위 법정기부금을 납세자가 법정기부금으로 지출한 돈의 합계를 의미하는 것으로 해석한다면, 납세자가 실제 지출한 법정기부금이 손금산입한도액을 초과하는 경우 그 한도액을 초과한 부분에 대하여 법정기부금 손금 산입을 부인당하는 불이익에 더하여 고유목적사업준비금 한도액 산정에 있어서도 중복하여 같은 불이익을 주는 것이 되어 위 관계 법령의 입법취지에 반하는 결과를 낳게 된다. 따라서 이 사건 처분 중 피고의 위와 같은 해석을 전제로 한 부분은 위법하다.
 2) 법정기부금 손금산입한도액 계산의 전제가 되는 기부금손금산정기준 소득금액이 법정기부금과 지정기부금 뿐만 아니라 고유목적사업준비금 또한 손금에 산입하기 전의 것을 의미하는지 여부
 가) 구 법인세법령상 법정기부금의 손금산입한도액은 사업연도의 소득금액에서 이월결손금을 제외한 나머지 금액의 100분의 50에 해당하는 금액으로 산정하고, 이때의 사업연도의 소득금액은 법정기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액(앞서 본 기부금손금산정기준 소득금액이다)으로 산정하도록 규정하고 있음은 앞서 본 바와 같다. 이는 법정기부금과 지정기부금을 고려하지 아니한 실질적인 소득금액을 기준으로 이에 비례하여 법정기부금의 손금산입을 인정하겠다는 취지로 보인다. 그리고 이에 따라 법정기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액 즉, 기부금손금산정기준 소득금액을 산출하기 위하여는 사업연도의 소득금액에 법정기부금과 지정기부금의 손금산입액을 더하여야 한다. 왜냐하면 사업연도의 소득금액은 법정기부금과 지정기부금이 이미 손금으로 반영되어 있기 때문에 이를 다시 더함으로써 그 손금반영부분을 상쇄하여 법정기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액(기부금손금산정기준 소득금액)을 산출할 수 있기 때문이다. 아울러 위와 같은 산식의 결과로 지정기부금의 다과는 법정기부금 손금산입한도액에 영향을 주지 않고, 또 법정기부금의 다과는 지정기부금 손금산입한도액에 영향을 주지 않게 된다.
 그런데 구 법인세법상 고유목적사업준비금 손금산입은 비영리법인이 지정기부금에 관하여 영리법인과 달리 수익사업 소득 등의 최대 50/100까지 손금산입을 인정받을 수 있도록 하는 취지가 있음은 앞서 본 바와 같다. 여기에 지정기부금 지출의 다과와 관계없이 법정기부금 손금산입한도액을 일정하게 하고자 하는 위 산식의 입법취지를 종합하여 보면, 고유목적사업준비금의 손금산입은 지정기부금의 손금산입과 같은 취지에서 이루어지는 것으로 지정기부금 손금산입액의 다과와 관계없이 법정기부금 손금산입한도액이 계산되어야 하는 것처럼 지정기부금 지출액을 포함하고 있는 고유목적사업준비금 손금산입액과 무관하게 법정기부금 손금산입한도액이 계산되어야 하고, 이를 위하여 법정기부금 손금산입한도액 계산을 위한 기부금손금산정기준 소득금액을 산출할 때에 사업연도의 소득금액에 법정기부금 손금산입액과 지정기부금 손금산입액뿐만 아니라 고유목적사업준비금 손금산입액 또한 합산하여 법정기부금 손금산입한도액을 계산하여야 하는 것이 더 합리적이라는 유추도 논리적으로 가능한 것으로 보인다. 
 나) 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조). 앞서 본 것처럼 기부금은 본래 사업 또는 수익과 무관한 것으로 손금으로 산입될 수 없는 성질의 것이나 구 법인세법이 입법정책상의 이유로 일정한 기부금을 손금에 산입할 수 있도록 특별히 규정한 것이므로 그 손금산입한도액을 정하는 것 또한 입법사의 의사에 달려 있다. 따라서 법정기부금의 손금산입한도액에 관한 법률의 해석은 입법의 흠결이 있다고 인정되는 경우 등 특별한 사정이 없는 한 법문에 나타난 입법자의 의사에 충실하게 해석하여야 한다. 
 이 사건에서 구 법인세법 제24조 제2항, 제1항은 그 문언에서 손금이 이미 제외된 사업소득을 법정기부금과 지정기부금을 손금에 포함시키기 이전의 것으로 환원한다는의미에서 사업소득에 법정기부금과 지정기부금 손금산입액을 더하여 기부금손금산정기준 소득금액을 산정하도록 규정하고 있음이 분명하므로, 특별한 사정이 없는 한 그 문언을 벗어나 고유목적사업준비금 또한 더하여 기부금손금산정기준 소득금액을 산정하여야 한다고 해석할 수는 없다.
 다) 이에 대하여 원고는 비영리법인의 고유목적사업준비금 설정 여부와 설정 규모에 따라 법정기부금 한도가 달라지고, 고유목적사업준비금을 설정한 비영리법인이 지정기부금을 지출한 경우 그 지출은 고유목적사업준비금에서만 충당되도록 되어 있으므로 기부금손금산정기준 소득금액에 지정기부금 손금산입액을 포함시킬 수 없게 되어 형평에 반하고 불합리한 결과를 가져온다고 주장한다.
 살피건대, 구 법인세법은 고유목적사업준비금의 설정을 납세자의 의무로 두고 있지 아니한 채 납세자의 선택에 맡기고 있어 납세자는 고유목적사업준비금 설정의 유·불리를 판단하여 고유목적사업준비금 설정 여부를 결정할 수 있으므로, 고유목적사업준비금의 설정 여부나 그 규모에 따라 법정기부금의 손금산입한도액이 달라진다고 하여 그와 같은 결과가 형평에 반한다고 할 수 없다.
 그리고 고유목적사업준비금 설정을 선택한 납세자에게 고유목적사업준비금 설정을 통하여 과세이연, 고유목적사업을 위한 지출의 손금산입 인정, 지정기부금의 손금한도액 확대 등의 혜택을 부여하는 대신 지정기부금을 고유목적사업사업준비금에서만 충당하도록 하여 지정기부금을 기부금손금산정기준 소득금액에 포함시킬 수 없게 함으로서 법정기부금 손금산입한도액이 다소 축소되는 결과가 된다고 하더라도, 여기에서 비영리법인의 고유목적사업 수행과 지정기부금 지출을 위한 활동에 더 큰 혜택을 부여하는 대신 법정기부금의 지출에 대하여는 그 혜택이 다소 축소되더라도 무방하다는 입법자의 의사를 읽을 수 있고, 그러한 입법자의 의사가 명백히 비합리적인 것이라 볼 수는 없다. 
 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 3) 소결론
 결국 이 사건 처분 중 다.의 1)항 기재 판단과 다른 전제에서 한 부분은 위법하다. 그리고 위 판단과 같은 전제에서 정당한 경정·부과세액이 2013사업연도분의 경우 289,371,660원임은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 이 사건 처분 중 법인세 2013사업연도분 289,371,660원을 초과한 부분은 취소되어야 한다.
 한편, 위와 같은 전제에서 법인세 2012사업연도분의 정당한 경정·부과세액 40,371,130원임은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 이 사건 처분 중 법인세 2012사업연도분 40,371,130원을 초과한 부분은 위법하다. 그런데 원고는 법인세 2012사업연도분 중 41,147,843원을 초과한 부분에 한하여 그 취소를 구하고 있으므로 처분권주의에 따라 원고가 취소를 구하는 이 사건 처분 중 법인세 2012사업연도분 41,147,843원을 초과한 부분에 한하여 이를 취소한다. 
 그리고 원고는 위와 같은 전제에서 법인세 2014사업연도분의 정당한 경정·부과액이 당초 경정·부과액 407,501,670원보다 증액된 513,877,330원임을 자인하고 있으므로, 원고의 이 부분 청구는 받아들일 수 없게 된다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 박성규(재판장) 임재남 이슬기