법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2012.09.26 / 시행일:

【원고, 항소인】 동아제약 주식회사 (소송대리인 법무법인 (유한) 율촌 담당변호사 김근재 외 1인)
【피고, 피항소인】 동대문세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2012. 1. 18. 선고 2011구합23436 판결
【변론종결】2012. 8. 22.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다. 
 2. 피고가 2009. 11. 1. 원고에게 한 2005 사업연도 법인세 2,872,007,560원과 2006 사업연도 법인세 906,139,260원 부과처분을 취소한다.
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다. 
【이 유】1. 처분 경위
 가. 원고는 주식회사 보고투자개발(이하 ‘보고투자개발’이라고 한다)의 주식 1,854,000주를 보유한 최대주주로서(지분율 약 53.4%) 2003.경 보고투자개발이 동원상호저축은행으로부터 대출받은 채무(이하 ‘이 사건 채무’라고 한다)에 관하여 180억 원을 한도로 지급보증하였다.
 나. 보고투자개발은 2004. 10. 15. 1주당 발행가액을 5,000원으로 하는 유상증자(이하 ‘이 사건 유상증자’라고 한다)를 하였다. 원고는 이 사건 유상증자에서 2004. 10. 25. 자신에게 배당된 1,600,641주 및 특수관계자인 소외 1 등 다른 주주들의 실권주(이하 ‘이 사건 실권주’라고 한다) 1,399,359주를 포함한 합계 300만 주(이하 ‘이 사건 신주’라고 한다)를 인수하고 인수대금 합계 150억 원을 납입하였으며, 그로 말미암아 원고의 지분율은 약 74.9%로 증가하였다. 
 다. 보고투자개발은 2004. 10. 27.경 원고로부터 받은 증자대금 150억 원을 이 사건 채무를 갚는 데 사용하였다.
 라. 원고는 2004 사업연도 법인세 신고 시 이 사건 유상증자에서 인수한 이 사건 실권주 1,399,359주에 대하여는 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제8호 나목에 따라 부당행위계산부인을 하여 그 인수가액 6,996,795,000원(1주당 5,000원)과 시가 3,242,076,020원(1주당 2,317원)의 차액 3,754,718,980원을 익금산입하여 기타 사외유출로 처분하고 동시에 손금산입하여 유보로 처분하였다.
 마. 원고는 2005. 9. 1. 보고투자개발 대표이사 소외 2에게 이 사건 신주 중 2,239,802주를 합계 22,711,592원(1주당 10.14원)에 매각하였고, 2006. 1. 17. 684,178주를 10분의 1 비율로 감자한 후 2006. 11. 15. 소외 3에게 나머지 76,020주를 합계 7,708,408원(1주당 101.4원)에 매각하였다.
 바. 원고는 위와 같이 주식을 매각하고 그 처분손실 14,969,580,000원(2005 사업연도 11,176,298,408원, 2006 사업연도 3,793,281,592원)을 손금산입하고 위와 같이 유보처분한 3,754,718,980원을 익금에 산입하여(2005 사업연도 2,803,275,975원, 2006 사업연도 951,443,005원) 2005 사업연도 및 2006 사업연도 법인세를 신고하였다.
 사. 피고는 원고가 이 사건 유상증자에 참여한 것을 유상증자라는 형식으로 신주를 고가로 매수하여 보고투자개발에 이익을 분여한 것으로 판단하고 1주당 인수가액 5,000원에서 피고가 산정한 이 사건 유상증자 후 1주당 평가액 499원을 뺀 차액에서 원고가 이미 신고한 3,754,718,980원을 공제하여 분여이익을 산정한 다음 2005 사업연도 소득금액 계산 시 10,081,349,815원을, 2006 사업연도 소득금액 계산 시 3,421,650,185원을 익금산입하여 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호를 적용하여 2009. 11. 1. 원고에게 2005 사업연도 법인세 2,872,007,560원과 2006 사업연도 법인세 906,139,260원 부과처분을 하였다(이하 위 법인세 부과처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 아. 원고는 2010. 1. 29. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나 2011. 4. 20. 기각결정을 받았다.
 【인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1에서 10호증, 을 제1에서 5호증의 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지】
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고 주장
 원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.
 1) 타법인 발행의 신주인수는 자본거래로서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목이 적용되는 것이지 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호가 적용되지 않는다. 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호가 적용되는 것을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 
 2) 그렇지 않다고 하더라도, 원고는 보고투자개발의 자금경색을 해소하고 자구책을 마련하여 보고투자개발과 함께 원고가 도산할 수 있는 경영상 위험을 회피하기 위하여 유상증자에 참여하였고, 실제로 보고투자개발이 도산할 때와 비교하여 30억 원 정도의 이익을 얻었으므로, 원고가 한 행위는 경제적 합리성이 있는 행위로서 부당행위계산부인 대상이 아니다.
 3) 구 법인세법 제52조 제2항, 제4항에 따른 이 사건 신주의 시가는 499원이 아니라 구 법인세법 시행령 제89조 제6항에 따라 산정된 2,317원이다.
나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호가 적용되는지에 관한 판단
 1) 피고는 실권주의 고가 인수에서 경제적 이익의 분여가 실권주 인수자인 원고와 실권주 발행법인인 보고투자개발 사이에 이루어진 것으로 보고 구 법인세법 제52조 제4항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호를 적용하여 이 사건 처분을 하였다. 그러나 실권주의 고가 인수에서 경제적 이익의 분여는 실권주 인수자와 실권주주 사이에 생기고 실권주를 발행한 법인은 그 이익을 주고받는 당사자가 될 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 원고가 실권주 발행법인인 보고투자개발에 이익을 분여한 것으로 보고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호를 적용한 이 사건 처분은 위법하다. 그 이유는 다음과 같다. 
 ① 법인이 실권주를 평가액보다 높게 발행한다고 해서 실권주 인수인인 주주와 관계에서 이익이 발생하지 않는다. 실권주 발행법인으로서는 그 발행시점에 무상으로 인수가액을 출연받았다가 청산 시에 남아있는 자기자본을 지분비율에 따라 주주들에게 돌려주면 그만이기 때문이다. 따라서 그 과정에서 법인에 차익이 생길 수가 없다.
 ② 다만 그와 같은 거래에서 주주들 사이에는 차익이나 차손이 생길 수 있다. 실권주를 고가로 인수한 주주나 실권주를 포기한 다른 주주나 보유하고 있는 주식 1주당 분배받을 수 있는 청산금액은 같기 때문이다. 
 ③ 구 법인세법 제52조 제4항에서는 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목에서는 법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우를 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 하나로 들고 있다. 위 규정은 앞서 본 대로 실권주를 고가로 인수한 경우 이익 분여의 상대방은 특수관계자인 ‘다른 주주등’이라는 것을 명확하게 규정한 것이고, 따라서 법인의 증자에 있어서는 실권주를 고가로 인수하여 위 규정의 적용 요건에 해당될 때에만 부당행위계산부인 대상에 해당한다. 
 2) 이 사건 처분은 법령을 잘못 적용하여 위법하므로, 원고가 한 나머지 주장은 따로 판단하지 않는다. 
3. 결론
 이 사건 처분이 적법하다고 본 제1심 판결은 부당하다. 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소한다. 
[별지 관계 법령 생략]

판사 김의환(재판장) 김태호 이형근