양도소득세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2017.09.07 / 시행일:

【원고, 상고인】 
【피고, 피상고인】 종로세무서장
【원심판결】 서울고법 2017. 4. 4. 선고 2016누81361 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제45조의2 제2항은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.’고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정(이하 ‘최초의 신고 등’이라고 한다)에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 규정하고 있다.
이처럼 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결, 대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조).
또한 위 규정의 문언 내용과 그 입법 취지 등에 비추어 보면, 최초의 신고 등에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등을 다른 내용의 것으로 확정하는 판결이 있는 경우라면 특별한 사정이 없는 한 법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 경정청구사유에 해당한다고 할 것이고, 납세의무자가 그 판결에서 확정된 내용을 법 제45조의2 제1항 각호에서 정한 통상의 경정청구사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 납세의무자의 정당한 후발적 경정청구가 배제된다고 할 수 없다.
 2. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 가. 원고들은 2008. 11. 5. 주식회사 려원(이하 ‘려원’이라고 한다)에게 자신들이 각 1/2지분씩 소유한 이 사건 부동산을 양도한 뒤 전체 양도가액을 35억 원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다.
 나. 피고는 2012. 1. 2. 원고들에 대하여 이 사건 부동산의 양도가액이 임대차보증금 3억 3,000만 원을 포함한 38억 3,000만 원임을 전제로 세액을 다시 계산하여 원고들에 대하여 2008년 귀속 양도소득세를 추가 납부하도록 각 경정·고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.
 다. 한편 려원은 2014. 12. 1. 원고들을 상대로 이 사건 부동산에 대한 매매계약에서 양도가액을 35억 원으로 정하고 이를 모두 지급하였음에도 불구하고 원고들이 양도가액을 38억 3,000만 원이라고 주장하면서 추가로 그 지급을 구하고 있다는 이유로 서울중앙지방법원에 채무부존재확인소송을 제기하였다.
 라. 위 법원은 2015. 4. 23. 위 매매계약에 따른 이 사건 부동산의 양도가액은 35억 원이고, 매수인인 려원이 매도인인 원고들에게 위 양도가액 35억 원을 모두 지급하였으므로 려원과 원고들 사이에 체결된 위 매매계약에 기한 려원의 매매대금 지급채무는 존재하지 아니한다는 내용의 이 사건 민사판결을 선고하였고, 위 판결은 2015. 5. 16. 확정되었다.
 마. 원고들은 2015. 5. 22. 피고에 대하여 이 사건 민사판결의 확정을 이유로 2008년 귀속 양도소득세의 경정을 청구하였고, 피고는 2015. 7. 28. 원고들의 위 경정청구를 거부하였다.
 3. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 당초 이 사건 부동산의 양도가액이 38억 3,000만 원임을 전제로 원고의 양도소득세 신고를 경정하는 이 사건 부과처분이 이루어졌으나, 그 부과처분을 위한 과세표준 및 세액 산정의 기초가 되는 매매거래상 양도가액의 구체적 범위에 관하여 분쟁이 발생하였고, 그에 관한 소송에서 위 양도가액이 38억 3,000만 원이 아닌 35억 원에 불과하다는 내용이 이 사건 민사판결에 의하여 확정됨으로써, 이 사건 부과처분이 정당하게 유지될 수 없게 된 것이므로, 납세의무자인 원고는 위와 같이 확정된 이 사건 민사판결을 기초로 법 제45조의2 제2항 제1호의 사유를 들어 이 사건 부과처분에 대한 경정을 청구할 수 있다고 보는 것이 옳다.
 4. 그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 민사판결의 확정이 위와 같은 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 법 제45조의2 제2항 제1호의 경정청구사유에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.
 5. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 고영한(재판장) 조희대 권순일(주심) 조재연

[1] 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 후발적 경정청구사유로 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’의 의미 / 최초의 신고 등에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등을 다른 내용의 것으로 확정하는 판결이 있는 경우, 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 경정청구사유에 해당하는지 여부(원칙적 적극) 및 이때 납세의무자가 판결에서 확정된 내용을 구 국세기본법 제45조의2 제1항 각호에서 정한 통상의 경정청구사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 납세의무자의 정당한 후발적 경정청구가 배제되는지 여부(소극)
[2] 甲 등은 乙 주식회사에 부동산을 양도한 뒤 전체 양도가액을 35억 원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 과세관청이 임대차보증금을 포함하여 부동산의 양도가액이 38억 3,000만 원임을 전제로 양도소득세를 추가 납부하도록 경정·고지하는 부과처분을 하였는데, 그 후 乙 회사가 甲 등을 상대로 제기한 채무부존재확인소송에서 위 부동산의 양도가액이 35억 원이라는 내용의 판결이 확정되었다는 이유로 甲 등이 양도소득세의 경정을 청구하였으나 과세관청이 이를 거부한 사안에서, 甲 등이 확정된 판결을 기초로 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 사유를 들어 부과처분에 대한 경정을 청구할 수 있다고 한 사례

[1] 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다.
 또한 위 규정의 문언 내용과 그 입법 취지 등에 비추어 보면, 최초의 신고 등에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등을 다른 내용의 것으로 확정하는 판결이 있는 경우라면 특별한 사정이 없는 한 법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 경정청구사유에 해당하고, 납세의무자가 그 판결에서 확정된 내용을 법 제45조의2 제1항 각호에서 정한 통상의 경정청구사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 납세의무자의 정당한 후발적 경정청구가 배제된다고 할 수 없다.
[2] 甲 등은 乙 주식회사에 부동산을 양도한 뒤 전체 양도가액을 35억 원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 과세관청이 임대차보증금을 포함하여 부동산의 양도가액이 38억 3,000만 원임을 전제로 양도소득세를 추가 납부하도록 경정·고지하는 부과처분을 하였는데, 그 후 乙 회사가 甲 등을 상대로 제기한 채무부존재확인소송에서 위 부동산의 양도가액이 35억 원이라는 내용의 판결이 확정되었다는 이유로 甲 등이 양도소득세의 경정을 청구하였으나 과세관청이 이를 거부한 사안에서, 부과처분을 위한 과세표준 및 세액 산정의 기초가 되는 매매거래상 양도가액의 구체적 범위에 관하여 분쟁이 발생하였고, 그에 관한 소송에서 양도가액이 35억 원에 불과하다는 내용이 판결에 의하여 확정됨으로써 위 부과처분이 정당하게 유지될 수 없게 되었으므로, 甲 등이 확정된 위 판결을 기초로 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항 제1호의 사유를 들어 부과처분에 대한 경정을 청구할 수 있다고 한 사례.