법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2006.08.18 / 시행일:

【원 고】 주식회사 중앙일보사 (소송대리인 변호사 권은민)
【피 고】 남대문세무서장 (소송대리인 변호사 진행섭)
【변론종결】2006. 6. 23.
【주 문】
1. 피고가 2001. 8. 1. 원고에 대하여 한 1999 사업연도 법인세 22,900,310,275원의 부과처분 중 21,527,964,319원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 10%는 피고가, 90%는 원고가 각 부담한다.

【청구취지】피고가 2001. 8. 1. 원고에 대하여 한 별지 법인세 및 부가가치세 부과내역 기재 법인세 및 각 부가가치세 부과처분 중 ‘원고 주장의 정당한 세액’ 란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 피고는 아래와 같은 사항 등을 조사·결정하고 이를 근거로 과소납부 세액을 산출한 후에 신고 및 납부불성실가산세를 추가하여 2001. 8. 1. 원고에게 1999 사업연도 귀속 법인세 42,397,744,970원을 부과하고, 1996년 제1기분 내지 1999년 제1기분의 각 부가가치세를 별지 법인세 및 부가가치세 부과내역 ‘부과금액’란 각 기재와 같이 부과하였다. 
 (1) 접대비 한도초과액 등 손금 불산입
 원고가 1996~1999 사업연도 기간 중 공통영업비, 회의비, 취재비, 조사연구비 등의 명목으로 계상한 경비 중 합계 12,224,122,119원을 실질적인 접대비로 보고 한도초과액 해당부분을 손금 불산입하였다.
 (2) 부당행위계산부인
 ㈎ 원고가 1998. 10.~2001. 2.까지 사이에 중앙타운 주식회사(이하 중앙타운이라 한다)에서 발행하는 생활정보지를 인쇄하여 주면서 발생된 인쇄비, 인쇄시설 임대료, 전광판 광고료 등 총 96억 400만 원의 매출채권을 다른 거래처(통상 40일)보다 18~841일 지연하여 회수하면서도 이에 대한 지연이자를 수령하지 아니하였다는 이유로, 이를 특수관계법인에 대한 자금대여로 보아 부당행위계산 부인하여 인정이자 합계 1,838,000,000원을 익금 산입하였다. 
 ㈏ 원고가 1998~1999 사업연도 사이에 중앙일보 뉴미디어 주식회사(이하 뉴미디어라 한다)와 조인스 닷컴 주식회사(이하 조인스 닷컴이라 한다)에게 인물정보 등의 데이터베이스를 개발하여 제공하면서 그들로부터 받아야 할 사용료 830,692,354원을 계약서상의 입금일보다 354일에서 411일간 지연 회수하였다는 이유로, 이를 특수관계법인에 대한 자금대여로 보아 부당행위계산 부인하여 인정이자 합계 137,042,204원(1998년 308,093원, 1999년 72,055,391원, 2000년 64,678,720원)을 익금 산입하였다. 
 ㈐ 원고가 1996~1999 사업연도 사이에 미국 현지법인에 대표, 관리국장, 기자 등 15명을 파견하고 이들 파견 직원에게 지급한 급여 중 합계 1,138,573,076원(1996년, 1997년분은 전액, 1998년과 1999년분은 시카고 현지법인 파견자에 대한 부분만 포함)은 특수관계자인 현지법인이 부담하여야 할 비용임을 이유로 부당행위계산 부인하여 이를 전액 손금 불산입하였다. 
 ㈑ 원고가 자체적으로 구매하여 오던 신문잉크, 신문인쇄원고기판(PS) 및 필름 등의 구매를 계열회사인 조인스 닷컴에게 위탁하여 기업간 전자상거래(B2B) 형식으로 구매하면서 제품의 구매단가는 기존가격을 그대로 유지한 채 2000. 8.~2001. 2.까지 사이에 조인스 닷컴에게 거래수수료로 75,559,900원을 추가 지출한 것은, 특수관계자를 지원하기 위하여 이루어진 경제적 합리성을 결여한 거래라는 이유로 부당행위계산 부인하여 이를 전액 손금 불산입하였다.
 ㈒ 원고는 1999. 4.경 서울 중구 순화동 7 소재 자신의 사옥(이하 중앙일보 빌딩이라 한다)을 삼성생명보험 주식회사(이하 삼성생명이라 한다)에게 매각한 후, 지상 1층 ~7층(사무실) 및 지하1층~지하3층(신문제작)을 삼성생명으로부터 임차하여 사용하면서 그 중 M층(1층과 2층 사이에 위치한 층) 및 지하 1층 일부를 자신의 계열회사인 중앙일보미디어인터내셔널 주식회사(이하 JMI라 한다) 및 중앙방송 주식회사(이하 중앙방송이라 한다)에게 원고가 임차한 가액보다 낮은 가액으로 각 전대하였다는 이유로 임차가액과 전대가액과의 차액을 부당행위계산 부인하여 137,484,574원을 손금 불산입하였다. 
 (3) 조간화 경비의 선급비용 계상 부인
 원고는 1995. 4.경 원고 발행 신문을 석간에서 조간으로 전환하면서 1995. 4.경부터 1997. 12.경까지 배달센터(지국과 같은 개념)에 성장지원금, 조직보강비, 확장수당의 명목으로 비용(이하, 조간화 경비라 한다)을 지출하였고, 위 조간화 경비가 비경상적인 비용임을 이유로 발생 기준 월부터 12개월간 균등 배분하여 비용 처리하였다. 그리하여 1995 사업연도에 지출한 조간화 경비 중 10,556,728,559원, 1996 사업연도에 지출한 조간화 경비 중 27,281,000,000원, 1997 사업연도에 지출한 조간화 경비 중 28,906,000,000원을 각기 차기로 이월시켜 기간 배분비용으로 처리하였다. 그러나 피고는 위 조간화경비는 판매부대비용이어서 실제로 지출된 사업연도에 비용 처리되어야 한다는 입장 하에 그 다음해로 이월된 손금을 전년도로 환원시켰으나, 1995년의 경우 장부소실로 추계 결정함에 따라, 결국 원고가 1996 사업연도 중의 비용으로 신고한 내역 중 1995 사업연도에 지출한 부분에 대한 손금(10,555,728,559원)산입을 부인하였다. 
 (4) 단체퇴직보험료 손금 불산입
 원고가 1995사업연도분 단체퇴직보험료 6,263,817,970원을 신고조정에 의해 임의로 손금 불산입하였다가 1996사업연도 법인세 신고시 신고조정으로 다시 손금 산입하여 법인세 신고한 사실에 대하여, 피고는 위 단체퇴직보험료는 1995사업연도 귀속 손금사항이라 하여 1996사업연도 손금에서 부인하였으나 손금 귀속연도인 1995사업연도는 장부 및 증빙파기로 추계 결정하였다는 이유로 손금산입하지 아니하였다. 
 (5) 차입금 과다법인의 지급이자 부인
 원고는 배달센터의 대부분이 재정적으로 영세하다는 이유로 원고 소유 건물이나 원고가 임차한 건물을 배달센터가 무상 사용하도록 하였다. 이에 대하여 피고는 원고가 차입금 과다법인(구 법인세법 제18조의3 제2항,구 법인세법시행령 제43조의2 제5항, 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 법인)으로서 배달센터에 무상 임대한 원고 보유 부동산은구 법인세법 시행규칙 제18조 제21항 제8호의 임대전용부동산에 해당된다는 이유로구 법인세법시행령 제43조의2 제6항 소정의 산식에 따라 계산된 금액 상당의 지급이자 1,375,085,585원을 손금 불산입하였다.
 (6) 캐치원 사업부 양도관련 매도손실의 손금 불산입
 원고는 1999. 11. 18. 종합방송프로그램 공급사업(채널번호 31, 채널명 캐치원, 이하 캐치원 사업부라 한다)을 주식회사 오리온시네마네트워크(이하 시네마네트워크라 한다)에게 74억 원(부가가치세 별도)에 양도하고, 그로부터 5일 후인 1999. 11. 23. 시네마네트워크의 유상증자에 참여하여 주식 1,480,000주(33% 지분)를 74억 원에 인수하면서 증자대금과 위 양도대금 중 74억 원을 상계 처리하였다. 그런 후 캐치원 사업부의 양도에 대하여 양도 자산의 장부가액 10,651,435,809원과 양도가액의 차액 2,601,856,891원을 자산처분손실로 하여 1999사업연도에 손금산입하고, 주식인수와 관련하여 74억 원을 취득가액으로 하여 투자자산으로 계상하였다. 이에 대하여, 피고는 캐치원 사업부의 매각과 시네마네트워크의 유상증자에 따른 주식취득을 별개의 거래로 볼 수 없고 위 거래가 실질적으로는 사업권을 양도하는 대신 당해 사업에 관련된 주식을 취득한 ‘사업의 병합’으로 보아, 위 자산처분손실상당액을 주식취득에 소요된 비용으로 하여 이를 투자자산에 가산하는 대신 1999사업연도에는 이를 손금 불산입하였다. 
 (7) 부외자금 익금산입
 원고는 1990. 12. 15. ~ 1993. 12. 15.까지 사이에 주식회사 서해리조트(이하 서해리조트라 한다) 주식 390,000주를 주당 5,000원(합계 19억 5천만 원)에 차명주주 22명의 명의로 취득한 후 이를 원고의 장부에 계상하지 않고 사실상 소유하여 왔다. 그런데 1997년 위 차명 주식을 실명으로 전환하면서 위 차명 주식을 합계 23억 4천만 원에 새로이 매수하는 형식을 취하면서, 위 주식취득대금 23억 4천만 원을 위 차명주주 개인 명의의 계좌에 입금하였다가 인출하여 원고의 비자금 관리 계좌로 다시 입금하여 부외자산으로 보유·관리하였다. 이에 대하여 피고는 1997년 중 부외로 유출한 현금 23억 4천만 원을 원고의 자산(예금)누락으로 보아 1997 사업연도의 익금으로 산입하였다.
 (8) 대손세액 공제 부인 
 원고는 1996. 제2기 ~ 1999. 제1기 부가가치세 신고시 매출채권과 관련된 부도어음이라 하여 389,098,835원을 대손세액 공제하였다. 이에 대하여 피고는 위 부도어음은 광고주 또는 광고대행사가 발행하지도 않고 배서하지도 않은 어음으로 매출채권과 관련된 어음으로 볼 수 없다는 이유로 대손세액 공제를 부인하였다.
 (9) 공통매입세액 안분계산
 원고는 과세사업(광고, 임대)과 면세사업(신문)을 겸영하는 법인으로서 1999. 4.에 중앙일보 빌딩을 삼성생명에 매각하기 전까지는 위 빌딩의 일부를 임대하고, 나머지는 직접 사용하여 오면서, 위 빌딩의 유지관련비용(가스료, 관리용역비, 전기료 등)에서 발생한 매입세액을 전액 과세사업인 임대사업과 관련한 매입세액으로 보아 부가가치세 신고를 하여 왔다. 이에 대하여 피고는, 원고가 임대사업관련 매입세액으로 신고하고 매출세액에서 공제받은 1,456,525,865원(이하 이 사건 매입세액)을 원고의 본사 지출 경비 중에서 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로 보아부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 따라 총공급가액 비율에 의해 안분 계산한 327,473,009원(1996년 제1기 35,365,847원, 1996년 제2기 51,585,685원, 1997년 제1기 59,992,800원, 1997년 제2기 71,507,065원, 1998년 제1기 34,626,006원, 1998년 제2기 45,720,451원, 1999년 제1기 25,391,395원, 1999년 제2기 3,283,760원)을 면세관련 매입세액으로 불공제하였다.
 나. 이에 원고는 서울지방국세청장에게 2001. 10. 29. 위 각 법인세 및 부가가치세의 부과처분에 대하여 이의신청을 하였다가 2002. 4. 10. 이의결정통지를 수령하고 다시 2002. 7. 8. 국세청장에게 위 각 부과처분에 대한 심사청구를 하였다. 이와 같은 원고의 이의신청 및 심사청구 결과 피고는 당초의 법인세 부과세액을 3차례 경정, 감액 결정하였고, 이 사건 소송계속 중이던 2006. 5. 1. 이 법원의 조정권고 결정에 따라 1996~1999 사업연도의 유사접대비를 당초 12,155,464,232원에서 6,813,280,015원으로 감액 조정함에 따라 결국 1999 사업연도 귀속 법인세는 별지 법인세 및 부가가치세 부과내역 ‘부과금액’란 기재 금액으로 감액 결정되었다(이하, 당초의 위 각 부과처분 중 감액경정으로 인하여 취소되고 남은 나머지 법인세 부과처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 당초의 각 부가가치세 부과처분을 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증의 1~11, 갑2호증, 을1호증의 1~49, 을7호증의 1~5, 을8호증의 1, 2, 을9호증, 을10호증의 1~5, 을11호증의 1~4, 을13호증의 1~5, 을14호증의 1, 2, 을15호증, 을16호증의 1~3, 을17호증의 1~3, 을18호증의 1~3, 을22호증의 1~11의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 이 사건 법인세 부과처분에 관한 판단
 (1) 부당행위계산 부인에 관한 판단
 (가) 관계법령
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것)
제20조(부당행위계산의 부인)정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것)
제46조(법인의 부당한 행위 또는 계산)
①법 제20조에서 "특수관계 있는 자"라 함은 다음 각 호의 관계에 있는 자를 말한다.
 1. 출자자(소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족.
 3. 출자자 또는제1호 및제2호에 게기하는 자가 총발행주식 또는 총출자지분의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인.
②법 제20조에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
 4. 출자자 등으로부터 자산을 싯가를 초과하여 매입하거나 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때.
 7. 출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때. 다만, 법인이 무주택 사용인에게 주택건설촉진법에 규정하는 국민주택규모 이하의 주택(그 주택에 부수된 토지를 포함한다)의 취득·임차에 소요된 자금(재정경제부령이 정하는 금액을 한도로 한다)을 대부하는 경우는 제외한다.
제47조(인정이자등의 계산)
① 출자자등에게 무상 또는 재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율(이하 "당좌대월이자율"이라 한다)보다 낮은 이율로 금전을 대여한 경우에는 당좌대월이자율에 의하여 계산한 이자상당액 또는 이자상당액과의 차액을 익금에 산입한다.
② 출자자등에게 금전을 대여한 경우 당좌대월이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 때에는제1항의 규정에 불구하고 그 차입금의 범위 안에서 당해 이자율에 의하여 계산한 이자상당액 또는 그 이자상당액과의 차액을 익금에 산입한다. 다만, 특수관계 있는 자(법인 또는 사업을 영위하는 개인에 한한다)에게 금전을 대여한 경우로서 상환기한을 정하여 당좌대월이자율로 이자를 수수하기로 약정한 때에 당해 대여금에 대한 인정이자를 계산함에 있어서는 그 당좌대월이자율을 차입금의 이자율로 본다.
③제1항의 규정은 재정경제부령이 정하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.
법인세법 
제52조(부당행위계산의 부인)
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
②제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
④제1항 내지제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
구 법인세법시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것)
제88조(부당행위계산의 유형 등)
①법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
 6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.
 9. 기타제1호 내지제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우
②제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.
제89조(시가의 범위)
③제88조 제1항 제6호 및제7호의 규정에 의한 금전의 대여 또는 차용에 있어서는제1항 및제2항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율(이하 "당좌대월이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 당해 법인에게 당좌대월이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 경우 그 차입금에 상당하는 금액의 대여금(법인 또는 사업을 영위하는 개인에게 대여한 경우로서 상환기간을 정하여 당좌대월이자율로 이자를 수수하기로 약정한 경우의 그 대여금을 제외한다)에 대하여는 당해 이자율을 시가로 본다.
⑤제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는법 제52조제1항의 규정에 의하여제1항 내지제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.
구 법인세법시행규칙(2003. 3. 26. 재정경제부령 제307호로 개정되기 전의 것)
제43조(당좌대월이자율 등의 범위)
①영 제89조 제3항 본문에서 "재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율"이라 함은 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하는 이자율을 말한다.
②영 제89조 제3항 단서의 규정은영 제51조의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니하는 채권자가 불분명한 사채의 이자 등에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.
 (나) 중앙타운에 대한 인쇄비 지연 수령 부분에 관하여
 1) 원고의 주장
 원고가 중앙타운에 대하여 다른 업체들과 달리 인쇄비를 지연 수령하는 등 대금 지급 조건을 유리하게 한 것은 사실이나, 이는 중앙타운이 1998. 7. 설립 이후 2000.까지 3년간 누적 적자가 110억 원을 초과할 정도로 영업이 부진하여 자금사정이 극히 열악하였던 상황에 따른 부득이한 조치였을 뿐 이므로 경제적 합리성이 있는 것으로 부당행위계산 부인의 대상이 아니다.
 2) 인정사실
 ① 중앙타운은 1998. 7. 30. 원고 발행 신문의 광고 섹션 부분 제작을 위하여 원고가 전액 출자하여 원고의 퇴직자들을 중심으로 설립한 회사이다. 
 ② 원고는 중앙타운 이외의 다른 인쇄용역 거래업체들로부터는 인쇄비를 당해 월말에 청구하여 다음 달 5. 내지 10.까지 현금으로 수령하고 있는 반면, 중앙타운으로부터는 다음 달 말에 인쇄비를 청구하여 6개월 만기의 어음으로 지급하도록 하면서 그 어음의 만기를 계속하여 연장하여 주었다.
 ③ 중앙타운은 1998.부터 2000.까지 3년 연속 대규모 당기순손실(1998년 : 22억 2,100만 원, 1999년 : 86억 6,100만 원, 2000년 : 10억 3,800만 원) 상태에 있었으며, 3년간 계속해서 자본잠식(1998년 : 12억 2,100만 원, 1999년 : 98억 8,200만 원, 2000년 : 109억 1,900만 원) 상태에 있는 등 재무상황이 극히 열악하여 독자적으로는 사업을 영위할 수 없었고, 이에 주된 비용인 인쇄비조차 제대로 지급하지 못하고 있었다.
 ④ 원고는 중앙타운으로부터 1998년에서 2000년까지의 기간 동안 인쇄비 96억 400만 원 중 3억 200만 원만을 수령하고, 93억 200만 원은 수령하지 못하고 있었다. 원고는 중앙타운의 경영상태가 호전되기 시작한 2000.부터는 2000년에 8억 1,500만 원, 2001년에 14억 1,500만 원, 2002년에는 22억 1,900만 원, 2003년에는 23억 6,500만 원을 회수하기 시작하여, 2003년말 현재 103억 4,000만 원이 미수로 남아 있는 상태이다. 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑2호증, 갑19호증의 1~3, 갑20호증, 을7호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지
 3) 판단
 법인세법상의 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위 계산을 말하고, 그 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결 등 참조).
 살피건대, 원고와 중앙타운 사이의 인쇄계약의 전체적인 내용, 중앙타운이 위 기간 동안 인쇄비 중 대부분을 지급하지 못한 점, 당시 중앙타운의 당기순손실 액수, 자본잠식 규모 등에 비추어 보면, 원고가 다른 거래업체에 대한 통상적인 회수기간을 초과하여 중앙타운에 대한 거래대금의 회수를 지연한 것은 중앙타운에게 당해 기간만큼 무이자로 자금을 융통하여 준 것과 같고, 이는 경제적인 합리성을 잃은 행위라 할 것이므로, 이에 대하여 피고가 부당행위계산 부인을 하고 이에 대한 인정이자를 익금산입한 것은 적법하다. 
 원고는 당시 중앙타운의 재정상황에 비추어 원고의 위와 같은 매출채권 지연회수가 경제적 합리성이 있는 행위라고 주장하나, 재무상태의 불량으로 그 사업수행을 위한 주된 경비인 인쇄료마저 적시에 지급할 수 없었던 중앙타운에 대하여 원고가 다른 거래처와 달리 유리한 대금지급조건으로 계속하여 인쇄용역을 제공한 것은 원고가 중앙타운에 대하여 특수관계에 있었기 때문에 가능하였던 것으로 보이므로 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (다) 조인스 닷컴과 뉴미디어에 대한 사용료 지연회수에 관하여
 1) 원고의 주장 
 뉴미디어 및 뉴미디어의 관련사업을 승계한 조인스 닷컴에 대하여 원고가 매출채권을 지연 회수한 것은, 원고의 관련 조직이 개편되고 담당자의 인사이동이 잦았기 때문에 매출채권의 관리가 소홀해져 발생한 것일 뿐, 특수관계자에게 이익을 분여하기 위한 목적에서 비롯된 것이 아니므로 부당행위계산부인 대상이 아니다. 
 2) 인정사실
 ① 뉴미디어는 1998. 2. 21. 원고의 뉴미디어본부를 분사하여 신설한 회사로서, 원고는 뉴스 및 인물정보 등의 데이터베이스를 개발하여 뉴미디어 등에 정보를 제공하고 그에 대한 사용료를 수취하였다. 그 후 1999. 9. 뉴미디어에서 조인스 닷컴이 분사되어 나가면서 원고는 종전에 뉴미디어에 제공하던 정보를 조인스 닷컴에 제공하고 그에 대한 사용료를 받아오고 있다.
 ② 그런데 원고는 뉴미디어 및 조인스 닷컴으로부터 계약서상의 입금일보다 354일에서 411일간 데이터베이스 정보 및 기사사용료 등의 매출채권의 회수를 지연하였고, 이에 대한 지연이자도 수령하지 아니하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑2호증, 갑22호증의 1~3, 을7호증의 1, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 3) 판단
 살피건대, 위와 같은 매출채권 지연회수는 앞서 본 중앙타운에 대한 인쇄비 지연 수령과 마찬가지로, 특수관계자에 대하여 지연기간 동안 무이자로 자금을 대여한 것이라고 평가하여야 할 것이므로, 이를 부당행위계산에 해당한다고 본 것은 정당하다. 가사 원고가 그 주장과 같이 업무상의 실수 혹은 관리의 소홀 때문에 위 채권을 지연회수하게 되었던 것이지 특수관계자에게 이익을 분여할 목적으로 한 것이 아니라고 하더라도 달리 볼 것이 아니다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 (라) 해외파견자 인건비에 관하여
 1) 당사자의 주장
 ① 원고의 주장
 원고가 파견한 직원은 현지법인의 업무만을 수행하는 것이 아니라 원고의 업무를 동시에 수행하였고 원고가 부담한 인건비는 파견 직원이 원고의 업무를 수행한데 대한 대가로서 지급된 비용이므로 마땅히 손금에 산입되어야 한다.
 ② 피고의 주장
 원고의 경우 파견직원의 인건비 배분에 관하여 원고와 현지법인간에 이를 배분하는 기준, 방법에 대하여 구체적으로 약정한 바도 없고, 파견직원의 원고에 대한 업무기여정도를 구분할 합리적인 기준도 없음에도 막연히 인건비를 급여, 해외체재비용 및 주택비용으로 구분하여 급여부분을 원고가 부담하여 왔으므로 당해 급여부분을 원고에게 귀속될 부담부분이라고 인정할 수는 없다. 
 2) 인정사실 
 ① 원고는 미주지역 교민들에게 국내외 뉴스와 일부 지역뉴스를 실은 신문을 보급할 목적으로 LA, 뉴욕, 시카고 3곳에 자회사(이하 현지법인이라 한다)를 설립하고, 현지법인 대표, 관리국장(재무팀장), 기자 등 3직급의 직원을 현지법인에 파견하였다. 이들 파견 직원은 현지법인의 업무 이외에도 국내에서 전송하는 기사 및 현지 취재 기사의 게재시 기사의 정확성을 검토하고, 원고의 정책 및 취재방침에의 부합여부를 지도, 감독하였으며, 현지 사건에 관한 취재 후 본사에 기사를 송고하는 특파원으로서의 업무를 수행하였을 뿐 아니라, 원고에게 현지법인의 운영에 관한 정보를 업무보고서의 형태로 제공하여 원고의 투자자 입장에서의 관리활동을 돕는 등 원고의 직원으로서 수행해야 할 고유 업무를 부여 받아 수행하여 왔다.
 ② 현지법인 파견 직원에게 지급되는 인건비로는 급여 및 해외체재비용, 주택비용 등이 있으며, 급여 대 해외체재비용, 주택비용의 비율은 50:50 정도이다. 이 중 파견 직원에 대한 급여는 원고가 지급하였고, 나머지는 현지법인이 부담하였다.
 ③ 원고는 당초 교민사회에서의 중앙일보의 지명도제고와 현지에서의 취재활동목적으로 현지법인을 설립하였으므로 현지법인에게 기사를 제공하는 것에 대하여 별도의 대가를 받지 않았으나, 원고가 의도한 지명도가 어느 정도 형성되어 중앙일보가 가지는 무체재산권이 형성되었다고 보고 LA현지법인과는 1997. 3. 1.부터, 뉴욕현지법인과는 1998. 3. 1.부터, 시카고 현지법인과는 2000. 3. 1.부터 각각 로열티계약을 체결하고 원고가 제공하는 기사에 대하여 로열티를 수수하고 있다. 
 [인정 근거] 갑24호증, 갑25호증의 1~10, 갑26호증, 갑27호증의 1~11, 갑28호증의 1~10, 갑29호증의 1~6, 갑30호증의 1~6의 각 기재, 변론 전체의 취지
 3) 판단
 내국법인이 당해 법인에 소속된 사용인을 해외현지법인에 파견하여 기술 및 영업지원 등의 업무를 수행하도록 하고 당해 사용인에 대한 인건비를 부담하는 경우 그 업무의 성격과 범위 등으로 보아 사실상 내국법인의 업무에 종사하는 것으로 인정되는 때에는 손금에 산입할 수 있다할 것인바, 위 인정사실에 의하면 파견 직원은 현지법인의 업무 외에도 중앙일보의 직원으로서 수행해야 할 고유 업무를 수행하였고, 원고가 부담한 인건비는 원고에 대한 위와 같은 인적 역무제공의 대가로 지급된 것으로 보아야 할 것이므로, 원고가 부담한 현지법인 파견자의 인건비는 전액 현지법인이 부담하여야 할 것이라는 전제하에, 원고가 현지법인에 지급한 인건비를 부당행위계산부인의 대상이 된다고 보아 손금 부인한 것은 위법하다. 
 (마) 조인스 닷컴 거래수수료 지급에 관하여
 1) 당사자의 주장
 ① 원고의 주장 
 원고가 구매절차에 B2B거래를 도입하여 조인스 닷컴으로부터 구입한 것은 구매방식의 변화라는 환경변화에 부응하기 위한 것으로서 이로 인해 구매관련부서의 업무축소로 인한 실질적인 비용절감효과가 있었으며, 조인스 닷컴에 지급한 수수료율(약 1.8%)은 시장에서의 B2B 수수료율이 1~3%임을 고려하여 지급한 것으로서 합리성을 가지는 것이다. 비록 위와 같은 구매방식의 변화로 인하여 단기적인 단가인하효과를 기대할 수는 없으나, 장기적인 관점에서 시장탐색비용의 절감, 시장가격 동향파악의 용이, 유리한 거래조건 거래처개발, 구매절차의 자동화, 효율화 등으로 전반적인 구매비용의 절감을 가져오는 것은 분명하다. 원고가 조인스 닷컴을 통해 거래를 한 것은 아직 B2B시장의 미성숙으로 타 업체를 이용한다고 하여도 단기적으로 큰 비용절감효과를 기대할 수 없었고 신문업의 특성상 자재의 안정적인 공급이 필요하였기 때문이다. 따라서 원고가 특수관계에 있는 거래처와 거래를 하였고 B2B 거래조건이 기존의 거래조건에 의한 가격과 별 차이가 없다는 이유만으로 이를 부당행위계산 부인의 대상으로 보는 것은 부당하다. 
 ② 피고의 주장
 한솔CSN, 인터파크 등 다수의 전자상거래 선도업체를 제쳐두고 치열한 경쟁 하에서 전자상거래의 후발업체로 출발하여 축적된 노우하우와 사업실적도 없는 특수관계법인인 조인스닷컴을 통하여 물품을 구매하면서 직접 구매시의 가격을 그대로 유지한 채 구매수수료만 지급한 행위는 경제적 합리성이 인정되지 않는다. 
 2) 인정사실
① 조인스닷컴은 1999. 10. 1. 데이터베이스 및 온라인 정보제공업을 영위하기 위하여 설립된 원고의 자회사로서, 2000. 8.부터 사무용품 및 컴퓨터 주변기기, 사무자동화 소모품 등을 인터넷상에서 구매할 수 있도록 지원하는 기업간 전자상거래(B2B) 사업을 시작하였다. 원고는 2000. 8.부터 2001. 2.까지의 기간 중 조인스닷컴에게 기업간 전자상거래에 의한 구매를 위탁하고 기존에 구매하여오던 가격에 수수료를 더하여 지급하였다.
② 조인스닷컴이 속해 있던 데이터베이스 및 온라인 정보제공업 시장에는 당시 500여개 업체가 치열하게 경쟁에 참가하고 있었으나, 대부분 영세한 수준이었다. 조인스닷컴은 1999.에는 매출액이 15억 7,800만 원, 당기순이익이 700만 원에 불과하였으나, 2000.에는 매출액이 261억 4,500만 원, 당기순이익이 7억 4,700만 원으로 증가하여, 그 재무상황이 대폭 개선되었다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑2호증의 기재, 변론 전체의 취지
3) 판단
구매자가 기업간 전자상거래를 이용하는 가장 큰 목적이 조달비용의 절감에 있음에도 불구하고, 자기가 직접 구매하는 가격보다 더 비싼 비용을 지불한 원고의 행위를 정상적인 기업의 거래행위로 보기 어려운 점, 조인스닷컴이 기업간 전자상거래 사업 개발과정에서 자체적으로 부담해야 하는 초기비용을 원고가 부담해야할 아무런 이유가 없어 보이는 점을 비롯한 수수료 지급행위가 이루어진 시기, 규모 및 금액 등에 비추어 보면, 원고의 이와 같은 수수료 지급행위는 경제적인 합리성을 결한 거래로서 부당행위계산에 해당한다고 보아야 할 것이다. 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
 (바) 중앙일보 빌딩의 저가전대에 관하여 
 1) 원고의 주장 
 원고는 언론사로서 보안을 유지하여야 할 필요가 있었기 때문에 윤전·발송설비가 있는 지하 3층부터 지상 7층까지 전 층을 임차하였는데, 그 중 일부는 건물의 구조상 면적이 협소하거나, 층고가 낮고 창문이 없는 등 원고가 사무실로 직접 사용하기에 부적합한 부분이 있어, 보안에 문제가 없는 계열회사인 JMI나 중앙방송에게 전대하게 된 것이다. 당시 원고가 삼성생명에게 지급한 임대료는 외환위기로 인한 경제사정이 반영되지 않아 시가보다 높은 수준이었고, 부분 임대의 경우와 전층 임대의 경우 활용도가 달라 임대료 수준이 다를 수 있으며, 원고의 전대가격은 특수관계자가 아닌 아시아월스트리트 저널에 대한 전대가격과 동일한 수준인 점 등에 비추어 원고의 전대를 특수관계인에 대한 저가 임대로 평가하는 것은 부당하다.
 2) 인정사실
 ① 중앙일보빌딩은 1985. 완공되어 1999. 4.경까지 원고가 소유하다가 외환위기 이후 원고의 재무구조개선차원에서 1999. 4. 삼성생명에 매각되었다. 
 ② 원고는 중앙일보빌딩의 매각 이후, 지상 1층 내지 7층 및 지하 1층 내지 지하 3층을 삼성생명으로부터 임차하면서 각 층별 보증금 및 임차료를 각기 달리 정하여 임차하였다.
 ③ 그 후 원고는 같은 해 8.경부터 2001. 2. 28.까지 중앙일보빌딩의 일부를 자신의 계열회사인 JMI와 중앙방송에게 보증금 없이 전대료만 받고 전대하였는데, 그 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같고, 전대료 금액은 평당 연간환산 756,000원(JMI) 및 324,000원(중앙방송)으로 원고가 삼성생명에게 지불한 임대단가의 53.7%(중앙방송) 또는 57%(JMI)에 불과하였다. 
원고 사옥의 임차 및 전대 내역
 (단위 : 평, 천원)
 위치임차내역(임대인 : 삼성생명보험)전대 내역면적보증금평당연간환산임차료(주」)전차인면적보증금평당연간환산전대료(주」)기간월임차료기간월전대료M층403.90399,8611,326.6JMI115.15-756.01999.4.2.～39,9871999.8.1.～7,254B1층745.81335,615603.0중앙방송162.81-324.01999.4.2.～33,5611999.8.26.～4,396
 (주」)보증금의 연 수익률을 14%로 적용하여 평당 연간환산임차(전대)료를 계산
 평당 연간환산임차(전대)료 = {월 임차(전대)료×12월 + 보증금×14%}/임대면적
 ④ JMI는 1999. 8. 원고의 사업부였던 뉴스위크 사업부가 분사되면서 설립된 법인으로 동 사업주가 기존에 사용하던 공간과 일부 주변공간을 임차한 것으로, JMI의 전대면적은 115.15평으로 M층 전체 임차면적(403.9평)의 28.5%를 차지한다.
 ⑤ 아시아월스트리트저널에 대한 전대면적은 12.52평으로 M층 전체면적 403.9평에서 차지하는 비율이 3.1% 정도이다. 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑2호증, 갑34호증의 1~5, 갑35호증, 을10호증의 1~5의 각 기재, 변론 전체의 취지
 3) 판단
 위 인정사실에 의하면, 원고는 삼성생명으로부터 중앙일보 건물의 지하 3층부터 지상 7층까지 전층을 임차하면서 각 층의 보증금 및 임대료 단가를 달리 정하여 원고가 주장하는 각 층의 임대환경을 이미 반영하였을 것으로 보일 뿐만 아니라, 원고가 보안상의 이유 등으로 전차인의 제한을 받는 것 못지않게 전차인인 JMI 및 중앙방송 역시 그 업무상의 편의성 등 원고의 사옥에 입주하여야 할 필요성이 원고 못지않게 크다고 할 것이며, JMI에 대한 전대면적은 115.15평으로 M층 전체임차면적(403.9평)의 28.5%, 중앙방송에 대한 전대면적은 162.81평으로 지하 1층 전체임차면적(745.81평)의 21.58%를 각 차지하는바, 위와 같은 경우 사무실 활용도가 크게 차이가 난다거나 그로 인하여 임대단가가 크게 달라져야 할 사정도 보이지 아니하는 점, 원고의 전대가격은 특수관계자가 아닌 아시아월스트리트저널에 대한 전대가격과 동일한 수준이라고 주장하나 아시아월스트리트저널에 대한 전대면적은 12.52평으로 M층 전체면적 403.9평에서 차지하는 비율이 3.1%로 극히 적어 JMI에 대한 전대 28.5%의 가격의 시가로 적용할 수 없다고 보여지는 점 등 제반 정황에 비추어 보면, 원고가 JMI 및 중앙방송에게 자신의 임차가격보다 훨씬 낮은 가격으로 위 건물을 위와 같이 전대해 준 행위는 특수관계자에 대한 저가 임대로 부당행위계산에 해당한다고 보아야 할 것이다.
 (2) 조간화경비 선급비용에 대하여
 (가) 원고의 주장 
 조간화경비는 원고의 신문판매사업이 석간에서 조간으로 전환됨에 따라 발생된 비경상적 필요경비이고 그 효과가 미래에도 지속되는 것이므로 기업회계기준상 수익비용대응의 원칙에 따라 적정한 기간동안 배분하는 것이 타당하다. 이러한 조간화비용을 선급비용으로 계상하고 12개월에 걸쳐 균등하게 손금으로 계상한 것은 손익의 귀속시기에 관하여 기업회계기준을 준용하도록 한 법인세법의 규정에 부합한다. 가사 원고가 조간화경비를 일시적 비용이 아니라 선급비용으로 계상하여 그 손금산입을 뒤로 미룸으로써 법인세를 미리 납부한 것으로 인정된다고 하더라도 이는 국가의 과세권에 아무런 위해를 가하지 않은 것이므로 그대로 인정되어야 할 것이다. 
 (나) 관련법령
구 법인세법(1995. 12. 29. 법률 제5109호로 개정되기 전의 것)
제17조(손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산)
①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
②내국법인이 매입·제작등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.
③내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는제1항과제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우는 그러하지 아니하다.
④제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도와제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
기업회계기준(1996. 3. 30. 개정되기 전의 것)
제35조(손익계산서 작성기준)
손익계산서는 다음 각 호에 따라 작성하여야 한다.
1. 모든 수익과 비용은 그것이 발생한 기간에 정당하게 배분되도록 처리하여야 한다. 다만, 수익은 실현시기를 기준으로 계상하고 미실현 수익은 당기의 손익계산에 산입하지 아니함을 원칙으로 한다.
2. 수익과 비용은 그 발생원천에 따라 명확하게 분류하고 각 수익항목과 이에 관련되는 비용항목을 대응 표시하여야 한다.
 (다) 인정사실
 ① 원고는 1995. 4. ~ 1997. 12.까지 사이 부산, 대구 등 판매거점지역을 중심으로 한 배달센터에 원고의 신문판촉 목적의 전단 배포에 소요된 투입인건비 및 투입인력 교육을 위한 경비 및 부수확장을 위한 경비 명목으로 분기별로 독자확보 실적을 기준으로 성장지원비를 지급하였다.
 ② 원고는 또 1995. 4. ~ 1996. 12.까지 원고가 사전에 설정한 기준 이상의 배달인력을 확보하는 배달센터에 대하여 조직보강비라는 명목으로 경비를 지원하고, 1997. 12.까지 원고가 사전 설정한 부수확장경비 지급기준에 따라 새로운 구독자를 확보한 배달센터에 대하여 부수확장경비를 월 단위로 지급하였다.
 [인정 근거] 갑2, 38, 39, 48호증, 을11호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
 (다) 판단
구 법인세법 제17조 제1항이 '내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다'고 하여 손익의 귀속시기에 관하여 권리의무확정주의를 채택하고 있는 이유는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하자는 데 있는 것이다(대법원 1991. 11. 22. 선고 91누1691 판결 참조).
 이 사건에 있어서 원고가 주장하는 조간화 경비의 내역을 보건대, 그 대부분이 부수확장을 위한 목적으로 배달센터에 지급된 지원성 경비의 성격을 갖는 것으로서 특별히 원고 발행 신문의 조간화와 관련된 비경상적 비용이라 단정하기 어렵고, 그 비용 지출의 효익이 원고 주장과 같이 반드시 미래의 수익에 대응된다고 보기 어려우며, 기업회계기준상 위와 같은 비용을 12개월 등의 단위로 안분계산할 수 있는 근거도 없을 뿐 아니라 오히려 원고의 주장과 같이 미래의 기간에 이연 계상할 경우 당기의 소득이 그만큼 과다 계산되는 분식회계의 문제점이 발생하게 될 우려가 있으므로, 원고 주장의 조간화 경비를 판매부대비용으로 보아 실제로 지출이 확정된 사업연도의 비용으로 계상하도록 한 피고의 처분에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵다. 
 (3) 단체퇴직보험료 손금불산입에 대하여
 (가) 원고의 주장 
 1995 사업연도는 원고가 세무상 결손으로 납부할 세액이 없었으나 관할 세무서장의 협조요청에 따라 1995년 단체퇴직보험료 납입액 중 일부를 1996 사업연도로 이연하여 손금 산입하게 된 것이므로, 이러한 직원의 언동을 신뢰하고 행하여진 원고의 행위(세무조정행위)는 신의칙에 근거하여 존중되어져야한다. 따라서 원고가 1995사업연도에 가공의 익금계상으로 과다한 세금을 납부한 이상 1996사업연도의 가공손금은 그대로 인정되어야 한다. 
 (나) 관련법령
국세기본법
제15조 (신의·성실)납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
구 법인세법(1995. 12. 29. 법률 제5109호로 개정되기 전의 것)
제17조(손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산)
①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
②내국법인이 매입·제작등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.
③내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는제1항과제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우는 그러하지 아니하다.
④제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도와제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
 (다) 판단
 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다(대법원 2000. 8. 18. 선고 98두2713 판결 등 참조).
 살피건대, 갑41호증의 1, 2, 갑47호증의 각 기재 및 증인소외 4의 증언만으로는 원고가 1995사업연도의 단체퇴직보험료를 신고조정에 의해 손금 불산입하게 된 것이 과세관청의 공적인 견해 표명에 근거한 것임을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
 (4) 차입금 과다법인의 지급이자 손금 불산입에 대하여
 (가) 원고의 주장 
 원고가 배달센터로 하여금 사용하도록 한 부동산은 원고의 고유 업무인 신문배달용으로만 사용하도록 되어 있고 무상으로 사용하게 한 것이어서구 법인세법 시행규칙 제18조 제21항 제8호의 임대전용 부동산에 해당된다고 보기 어렵다.
 (나) 관련법령
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것)
제18조의3 (지급이자의 손금불산입)
②대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우에 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 다른 법인의 주식 또는 출자지분(대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분을 제외한다)
3. 임야·농경지·목장용부동산등으로서 대통령령이 정하는 용도에 사용하는 부동산(제1항제1호의 규정을 적용받는 부동산의 부분을 제외한다)
구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 
제43조의 2(지급이자의 손금불산입)
⑤법 제18조의3제2항에서 "대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인"이라 함은 차입금(제13항의 규정에 의하여 지급이자가 이미 부인된 차입금을 제외한다)이 자기자본의 2배(소비성서비스업의 경우에는 자기자본상당액)를 초과하는 법인을 말한다. 이 경우 소비성서비스업과 그외의 사업을 겸업하는 법인의 소비성서비스업 부분의 자기자본은 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 하며,법 제64조의2의 규정에 의한 구분경리를 하지 아니함으로 인하여 수입금액·차입금등을 구분할 수 없는 경우에는 당해 법인의 전체 사업을 소비성서비스업으로 보아 본문의 규정을 적용한다.
 자기자본×소비성서비스업부분의 수입금액/당해 사업연도의 총수입금액
⑥법 제18조의3제2항에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액"이라 함은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.
1. 소비성서비스업을 영위하는 법인외의 법인의 경우
지급이자×법 제18조의3제2항제1호 및제3호의 규정에 의한 자산합계액과 자기자본의 2배를 초과하는 차입금상당액중 적은 금/총차입금
2. 소비성서비스업을 영위하거나 겸업하는 법인의 경우
지급이자× (소비성서비스업 부분의 지급이자손금부인대상금액+소비성서비스업외의 사업부분의 지급이자손금부인대상금액)/총차입금
⑦제6항제2호의 산식에서 규정하는 지급이자손금부인대상금액은 다음 각호에 의한다.
1. 소비성서비스업외의 사업부분의 지급이자손금부인대상금액
법 제18조의3제2항제1호 및제3호의 규정에 의한 자산합계액과 자기자본의 2배를 초과하는 차입금중 적은 금액. 이 경우 자산·자기자본 및 차입금은 소비성서비스업외의 부분에 해당하는 것에 한한다.
2. 소비성서비스업 부분의 지급이자손금부인대상금액
법 제18조의3제2항제1호 및제3호의 규정에 의한 자산합계액과 자기자본을 초과하는 차입금중 적은 금액. 이 경우 자산·자기자본 및 차입금은 소비성서비스업 부분에 해당하는 것에 한한다.
⑪법 제18조의3제2항제3호에서 "대통령령이 정하는 용도에 사용하는 부동산"이라 함은제5항의 규정에 의한 법인이 보유하는 임야·농경지·목장용부동산·연수원용 또는 휴양소용 부동산등으로서 재정경제부령이 정하는 부동산을 말한다.
구 법인세법 시행규칙 (1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문개정되기 전의 것)
제18조 (지급이자의 손금불산입)
〈21〉영 제43조의2제11항에서 "재정경제부령이 정하는 부동산"이라 함은 다음 각호의 부동산을 말하며, 각호에 규정된 주업의 판정은제4항 및제11항의 규정에 의한다.
8. 임대전용 부동산(건물 기타 지상정착물을 임대한 경우로서 임대한 법인이 임대건물등의 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하는 경우 당해건물등과 그 부속토지를 포함한다)중 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외한 부동산
 (다) 판단
구 법인세법 제18조의3 제2항의 입법취지는 타인자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고 대기업의 금융자본에 의한 부동산투기 및 비생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제하여 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하며, 아울러 국토의 효율적 이용을 도모하기 위하여(대법원 2000. 11. 24. 선고 98두7916 판결,대법원 1999. 8. 20. 선고 99두3379 판결 등 참조), 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 특정한 용도의 부동산을 보유하는 것을 법인의 차입금에 대한 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 조건의 하나로 규정하면서 그 법인 및 부동산의 범위를 대통령령에 위임하였고, 그와 같은 모법의 입법취지를 구현하기 위하여시행령 제43조의2 제5항은 위 법의 위임에 따라 그 주체를 차입금이 자기 자본의 2배를 초과하는 법인으로 규정하고,제11항은 모법에서 위임한 부동산의 용도를 정함에 있어서 구체적인 예시를 하는 한편, 더 세부적인 사항은 사회경제적인 상황에 맞추어 위 시행령에 규정된 사항들을 적절히 참작하여 규정할 수 있도록 시행규칙에 다시 위임하였고, 한편시행규칙 제18조 제21항 제8호는 위 시행령 규정의 위임에 따라 특정한 용도에 해당하는 부동산을 개별적으로 열거함과 동시에 이에 해당하지 아니하는 부동산 또한 개별적으로 열거하고 있는바, 위 각 규정의 전체적인 내용을 보면, 차입금이 자기 자본의 2배를 초과하는 법인이시행규칙 제18조 제21항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 법령의 규정이나 행정관청의 허가기준 등에 따라 의무적으로 확보하여야 하는 등의 정당한 사유 없이 보유하는 경우에는제21항 각 호에서 정한 예외사유에 해당하지 아니하는 한법 제18조의 3 제2항 제3호가 정하는 부동산에 해당한다고 보아야 할 것이고, 위 규정에서 말하는 임대전용 부동산이란 앞서 본 위 규정의 입법취지에 비추어 차입금 과다 법인이 부동산 을 보유하면서 당해 부동산의 연면적의 10/100 이상을 직접 사용하지 아니하고 타인에게 유, 무상으로 사용케 하는 경우를 포함한다고 보아야 할 것이다.
 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 차입금이 자기 자본의 2배에 해당하는 법인으로서 전략적으로 중요한 판매거점 지역, 건물 임대인들이 배달센터의 입주에 대하여 빈번하게 퇴거를 요구하는 지역, 유가부수 500부 이상의 판매지역 중 성장가능성과 지역상황 등을 종합적으로 검토하여 원고가 건물을 직접 매입하거나 임차하여 이를 배달센터 사무실로 무상제공하고 있는 점에서 배달센터로 하여금 사용케 한 원고 보유 부동산이 원고의 업무와 무관한 사업에 사용되고 있다고 보여지지는 아니하나, 위 각 배달센터는 원고와는 별개로 자신 명의로 사업자등록을 하고 원고로부터 원고 발행 신문을 구입하여 판매하는 독립한 사업자인 점을 고려하여 볼 때 이를 원고가 직접 사용하는 경우와 동일하게 파악할 수 없는 것이므로 위 각 부동산은시행규칙 제18조 제21항 제8호 소정의 임대전용 부동산에 해당한다고 보아야 할 것이다.
 (5) 캐치원 사업부의 양도관련 매도손실의 손금 불산입에 관하여
 (가) 원고의 주장 
 캐치원 사업부의 매각 및 시네마네트워크의 주식 취득 거래는 전혀 별개의 거래로서 동일한 시점에 이루어졌다는 이유만으로 각각의 거래로서의 실체가 부인되어져서는 안될 것이므로, 캐치원 사업부의 양도로 발생한 자산손실은 발생연도의 손금으로 인정되어야 한다. 
 (나) 관련법령
국세기본법
제14조 (실질과세)
①과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
②세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
 (다) 인정사실
 ① 원고는 1999. 8. 1. 특수관계법인인 삼성물산 주식회사가 1992. 3.부터 운영하여 오던 캐치원 사업부를 양수가액 90억 원(삼일회계법인이 평가한 80억 원에 운영비 10억 원을 추가한 가액)에 양수하고, 장부상 순자산가액 26억 3,300만 원과 양수가액 90억 원의 차액 63억 6,700만원을 영업권으로 계상하였다.
 ② 이후 원고는 1999. 11. 18. 이를 다시 시네마네트워크에 74억 원(부가가치세 별도)에 양도하면서 캐치원 사업부의 장부상의 가액과 양도가액과의 차액 2,601,856,391원을 매각 손실로 당기 비용 처리하고, 시네마네트워크의 주식 1,480,000주(총 발행주식의 33%)를 액면가액 74억 원에 제3자배정에 의한 유상증자 방식으로 취득한 후 1999. 11. 23. 위 캐치원 사업부 양도대금과 상계 처리하는 방법으로 주식대금을 납입하고, 위 주식을 취득가액 74억 원으로 하여 투자자산에 계상하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑2호증, 을14호증의 1~5의 각 기재, 변론 전체의 취지
 (라) 판단
 살피건대, 원고의 캐치원 사업부의 양수 및 양도 경위, 시네마네크워크 주식의 취득 경위 및 거래 시기, 당사자의 관계 등의 제반사정을 고려할 때 원고의 캐치원 사업부 양도와 시네마네트워크 주식 취득은 상호 별개의 거래라기보다는 실질적으로는 캐치원 사업부의 양도와 교환으로 시네마네트워크의 주식을 취득한 거래로 파악하는 것이 상당하다고 보여진다. 한편, 자산을 교환하는 경우 실지양도가액을 인정받기 위해서는 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하였어야 할 것인데(대법원 1997. 2. 11.선고 96누860 판결 참조), 원고가 캐치원 사업부의 자산 또는 취득한 주식에 대하여 이와 같은 절차를 거친 바 없으므로 원고 주장의 자산처분손실을 양도손실로 인정받을 수 없다.
 따라서 피고가 캐치원 사업부 처분손실 상당액을 시네마네트워크 주식 취득에 따른 부대비용으로 보아 이를 투자자산 취득가액에 가산하는 대신 1999 사업연도에 이를 손금 불산입한 처분에 원고 주장과 같은 위법이 있다고 보기 어렵다. 
 (6) 부외자금 익금산입에 관하여 
 (가) 당사자의 주장
 1) 원고의 주장 
 ① 1997년도에는 명의신탁하였던 주식의 실명전환, 즉 원고 소유 예금의 계좌간 이체 및 주식의 임의평가증이 있었을 뿐 과세대상 소득이 발생하지 않았다. 원고 소유의 계좌들 간의 현금이체와 이 사건 주식의 명의신탁 해지에 따른 소유명의의 환원을 소득발생 거래로 보아 과세할 수는 없다. 
 ② 과거에 소득금액에서 누락시켰던 금액으로 취득한 자산이 후에 발견된 경우에는 자본금과 적립금의 조정(유보처분)으로 처리하여야 할 뿐 법인세법상 그 발견시점에 있어서의 과세소득으로 익금 산입할 것은 아니다. 
 2) 피고의 주장
 차명주식의 실명전환과 관련하여 1997 사업연도 중 투자자산인 주식이 23억 4천만 원 증가하면서 부외로 유출된 현금 23억 4천만원은 그대로 원고 소유로 존재하고 있으므로 결국 원고의 순자산은 23억 4천만 원만큼 증가되었다고 보아야 한다. 따라서 위 금액을 1997 사업연도의 익금으로 산입한 피고의 처분은 적법하다. 
 (나) 관계 법령
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)
제9조 (각 사업연도의 소득)
①내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.
②제1항에서 "익금"이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.
③제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.
④내국법인의 각 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 각 사업년도의 결손금으로 한다.
구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 
제12조 (수익과 손비의 정의)
①법 제9조 제2항에서 "수익"이라 함은 법 및 이 영에 규정하는 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다.
11.제1호 내지제10호 외의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액
 (다) 인정사실
 ① 원고는 1990년 이전에 제주, 광주 등의 지방에 여러 부동산을 취득하여 보유하고 있었으나 이를 대차대조표 등 회사의 재무제표에 기장하지 않은 채 다른 사람들에게 명의를 신탁하여 이른바 ‘비자금’ 형태로 보유하고 있었다.
 ② 원고는 해양 복합 레저타운 사업을 위하여 충남 연포 지역에 약 74만여 평을 소유하고 있었는데, 1990. 5. 8. 정부의 경제특별조치에 의하여 그 중 약 27만여 평이 비업무용 부동산으로 판정받아 제3자에 매각하여야 할 형편이었다.
 ③ 당시 원고는 위 27만여 평을 제3자에게 매각하게 된다면 위 74만여 평 전체의 통일성을 해치고, 해양 복합 레저타운 사업에 필요한 토지로도 지나치게 협소해지는 등으로 당초의 해양 복합 레저타운 사업을 추진하는 데 어려움이 있다고 판단하여, 자회사를 세워서라도 비업무용으로 판정받은 부동산을 보유하기로 하였다.
 ④ 원고는 위 ①항 기재 부동산들을 매각한 대금으로 자금을 마련한 다음, 1990. 10월경 휴면 법인인 화남기업 주식회사 발행 주식 10,000주(액면가 5,000원) 전부를 인수하여 전항의 비업무용 부동산을 보유하는 자회사로 삼고 그 상호를 서해리조트로 변경하였다.
 ⑤ 서해리조트는 1991. 3.부터 1993. 12. 15.까지 4회에 걸쳐 122만 주(액면 5,000원)의 신주를 발행하여 합계 61억 원을 증자한 바 있는데, 이때 원고는 위 ①항 기재 부동산을 매각하여 마련한 자금 19억 원으로 증자 주식 중 신주 38만 주(액면 5,000원)를 추가로 인수하였다. 
 ⑥ 원고는 위와 같이 서해리조트의 신주를 인수할 때 그 인수 대금을 비자금 형태로 보유하던 부동산을 매각하여 마련한 자금으로 지불하였으므로, 신주의 취득을 회사의 대차대조표 등 재무제표에 공식으로 기장하는 것이 불가능하여소외 1 등 22명의 명의를 빌려 보유하게 되었다.
 ⑦ 원고는 서해리조트 주식의 명의수탁자들이 차명 주식의 장기 보유에 대한 우려 등을 비롯한 여러 가지 불편을 호소하고, 그리고 정부 당국의 정책도 변화함에 따라 명의를 환원시키는 것이 좋을 것이라고 판단하고 위 주식 모두를 회사 명의로 환원시키기로 하였다.
 ⑧ 원고는 위 주식의 명의 환원의 방식을 강구하던 중, ‘명의신탁을 해지’하는 내용으로 재무제표에 기장하는 방식은 명의신탁하였던 사실을 외부에 공표하는 것이 되므로 회사의 대외 이미지 관리상 문제가 있다는 지적이 있어 그 방식을 취하지 않고, 명의수탁자들에게서 주당 6,000원에 매수하는 형식을 취하고 매수한 주식은 재무제표에 기장하며 매매대금으로 지출된 현금은 부외자산으로 관리하기로 하고, 1997. 11. 27.부터 같은 해 12. 20.까지 3회에 걸쳐소외 1 등에게 명의신탁으로 보유하고 있던 주식 합계 390,000주를 명의자들로부터 합계 23억 4,000만 원에 매수하는 매매 계약의 형식을 취한 다음 원고의 회계장부에 주식 합계 39만 주를 기장하고, 그 매매 대금 상당액인 합계 23억 4,000만 원을 명의자들의 예금 계좌에 입금시켰다가 수일 후 다시 인출하여 원고의 비자금 관리 계좌인소외 2 등의 차명 계좌로 입금시켜 부외자산으로 보유·관리하였다.
 [인정 근거] 갑2, 42, 43호증, 을15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 (라) 판단
 살피건대, 법인세의 과세표준과 관련하여 세법은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액에서 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 공제한 금액에 의하여 소득을 계산하도록 규정하고 있는바, 이는 당기에 속하게 될 수익에서 당기에 속하게 될 비용을 공제하여 당기의 순이익을 산정한다는 의미이기도 하고, 기초의 순자산과 기말의 순자산을 비교하여 재산 증감에 따라 손익을 산정한다는 의미이기도 한 것으로, 이 양자는 접근 방식에 차이가 있을 뿐 결국 동일한 금액의 당기 순이익을 산출해 낸다는 점에서는 마찬가지라 할 것인데, 원고의 1997사업연도 보유자산은 기초와 기말에 동일한 형태와 내용의 자산(장부에 기장하였는지 여부에 차이가 있을 뿐 주식 자산과 현금 자산을 실질로 보유하는 현황에는 아무런 변화가 없다)이 보유·관리되었던 것이므로, 이 사건 서해리조트 주식의 실명전환거래는 실질적으로 원고의 1997사업연도의 법인세 과세표준인 소득에 아무런 영향도 미치지 않았다 할 것이다. 따라서 이 사건 부외자금을 자산 누락으로 보아 익금 산입한 피고의 처분은 위법하다. 
 (7) 정당한 세액
 따라서, 원고가 1999 사업연도에 납부하여야 할 정당한 법인세액에 관하여 보건대, 부당행위계산부인 중 해외파견자 인건비 부분을 손금산입하고, 이 사건 부외자금 23억 4천만 원을 익금산입에서 제외하여 원고가 부담할 1999 과세연도의 정당한 과세표준과 세액을 다시 계산하면 별지 1999사업연도 법인세 세액계산표 각 기재와 같고, 결국 1999 사업연도 귀속 법인세의 정당한 세액은 위 표 정당한 세액란 기재와 같이 21,527,964,319원이 된다. 
 나. 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 관한 판단 
 (1) 부당 대손세액 공제에 대하여 
 (가) 원고의 주장
 원고가 광고대행사를 통하여 광고주에게 제공한 광고용역에 대한 수수료는 오로지 광고대행사로부터만 받을 권리가 있으므로 광고대행사의 부도 등으로 원고가 광고대행사로부터 광고수수료를 회수할 수 없게 된 경우 위 매출채권과 관련된 부도어음은 대손세액 공제되어야 한다.
 (나) 관련법령
부가가치세법
제17조의2 (대손세액공제)
①사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 당해 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금 기타 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액(이하 "대손세액"이라 한다)을 그 대손의 확정이 된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감할 수 있다. 다만, 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 가산한다.
대손세액=대손금액× 110분의 10
부가가치세법 시행령 (2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것)
제63조의2 (대손세액공제의 범위)
①법 제17조의2제1항에서 "파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
6. 수표 또는 어음의 부도발생일부터 6월이 된 경우. 다만, 당해 사업자가 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우를 제외한다.
 (다) 판단
 살피건대, 제3자가 발행한 어음에 재화나 용역을 공급받은 자가 배서한 것도 대손세액 공제를 받을 수 있는 것이나, 재화나 용역의 공급과 관련이 없거나 재화나 용역을 공급받은 자가 배서하지 아니한 타인이 발행한 어음의 부도에 대하여는 대손세액공제를 받을 수 없는 것이다. 그런데, 피고가 대손세액 공제를 부인한 부도어음이 광고주 또는 광고대행사가 발행하지도 않고 배서하지도 않은 어음인 점에 관하여는 다툼이 없고, 이외에 갑44호증의 1, 2, 갑45호증의 1~18, 갑46호증의 1~4의 각 기재 및 증인 장동승의 증언만으로는 대손세액 공제한 매출채권이 원고 주장과 같이 광고대행사 등의 부도로 회수불가능하게 되었다거나 광고대행사로부터 받은 어음·수표임을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고가 이 사건 대손세액의 공제를 부인한 것은 적법하다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 (2) 공통 매입세액 안분계산과 관련하여 
 (가) 원고의 주장
 이 사건 매입세액 중 건물유지와 관련되어 발생된 비용(가스료, 관리용역비, 전기료 등 1,104,889,533원)은 전체 면적에서 임대면적이 차지하는 비율(평균 40.63%)로서 명확하게 구분 가능하므로 이 부분은 임대부분의 개별매입세액으로서 전액 공제되어야 한다. 
 (나) 관련법령
부가가치세법시행령
제61조 (매입세액의 안분계산)
①사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 
면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액× (면세공급가액/총공급가액)
 (다) 판단
 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 실지귀속에 따라 과세사업에 관련된 매입세액만 공제되고 면세사업에 관련되는 매입세액은 공제받을 수 없고, 어느 매입세액이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우에는부가가치세법시행령 제61조 제1항에 의하여 각 사업의 공급가액 등에 따라 안분한 금액을 공제하여야 할 것이다. 살피건대, 원고가 주장하는 비용이 같은 면적이라도 건물을 사용하는 시간과 정도에 따라 가스, 전기 등의 사용량이 달라진다는 점 등에 비추어 전체 건물 면적 중 임대부분의 면적 비율에 따라 실지 귀속을 구분할 수 있는 경우에 해당한다고 보기 어렵고, 부가가치세법 시행령 규정의 안분계산의 기준은 당해 과세기간 중의 과·면세 공급가액이 있는 경우 적용될 강제규정이라고 보아야 할 것이므로 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 각 부과처분 중 1999 사업연도 법인세 21,527,964,319원을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 민중기(재판장) 김정숙 이성호