법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2015.04.23 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 금호에이치티 (소송대리인 법무법인 신세기 담당변호사 오병국 외 3인)
【피고, 상고인】 북광주세무서장
【원심판결】 광주고법 2013. 4. 25. 선고 2012누1197 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 광주고등법원에 환송한다.

【이 유】 직권으로 판단한다.
 1. 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례(이하 ‘중소기업 조세특례’라 한다)를 규정하고 있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 제3호는 그중 독립성 요건에 관하여 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것’을 요구하고 있다.
 한편 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되어 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중기법 시행령’이라 한다) 제3조 제2호 [별표 2]는 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준의 하나로 ‘제3조 제1호 (나)목의 규정에 의한 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것’을 정하고 있는데, 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 구 중기법 시행령’이라 한다) 제3조 제1호 (나)목은 ‘증권거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인(이하 ‘상장법인’이라 한다)으로서 자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억 원 이상인 법인’이라고 규정하고 있다가, 구 중기법 시행령 제3조 제1호 (나)목으로 개정되면서 ‘자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억 원 이상인 법인’으로 그 규정이 변경되었다.
 그리고 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호) 부칙(이하 ‘구 중기법 시행령 부칙’이라 한다) 제2항은 “이 영 시행 당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행일부터 3년간은 이를 중소기업으로 본다.”고 규정하고 있다.
 2. 원심은 그 채택증거를 종합하여, ① 원고는 그 발행주식 총수의 49%를 일본국 법인인 하리손 도시바(이하 ‘도시바’라 한다)가 소유하고 있는 회사로서, 2008. 12. 31.을 기준으로 2008 사업연도에 대한 결산을 하고 법인세를 신고하면서, 구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용을 신청하여 법인세를 감면·공제받은 사실, ② 그런데 도시바의 2007 사업연도 말일인 2008. 3. 31. 당시 대차대조표에 표시된 자산총액을 원화로 환산하면 539,504,446,032원이 되는 사실, ③ 이에 피고는 도시바의 2008. 3. 31. 당시 자산총액이 5천억 원 이상이므로 원고가 2008 사업연도에 구 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호, 구 중기법 시행령 제3조 제2호에 따른 중소기업의 독립성 요건을 갖추지 못하였다는 이유로, 중소기업 조세특례의 적용을 배제하여 2011. 8. 12. 원고에게 2008 사업연도 법인세를 경정·고지하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
 그런 다음 원심은, 개정 전 구 중기법 시행령 제3조 제2호 [별표 2], 제3조 제1호 (나)목에 의하는 경우에는 도시바가 상장법인이 아니어서 그 자산총액이 5천억 원 이상이 되더라도 제3조 제1호 (나)목의 법인에 해당하지 아니하여 원고가 중소기업에 해당하였을 것이나, 상장법인의 제한이 없어진 구 중기법 시행령 제3조 제1호 (나)목의 시행으로 인하여 원고가 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으므로, 구 중기법 시행령 부칙 제2항에 의하여 그 시행일인 2005. 12. 27.부터 3년이 되는 2008. 12. 26.까지 원고를 중소기업으로 보아야 한다는 이유로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다고 판단하였다.
 3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.
앞서 본 규정의 내용과 취지, 구 중소기업기본법(2011. 7. 25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것) 제2조, 구 중기법 시행령 제3조 등이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 구 조특법과 그 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한하는 등 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 달리 규정하고 있는 점(구 조특법 제5조, 구 조특법 시행령 제2조 제1항 본문), 또한 구 조특법과 그 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있고(구 조특법 시행령 제2조 제2항, 제5항), 그 유예사유, 유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령의 그것과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부는 구 조특법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수는 없다. 따라서 원고가 구 중기법 시행령 부칙 제2항에 의하여 구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업으로 유예될 수는 없다고 할 것이다.
 4. 그런데도 원심은 이와 달리, 원고가 구 중기법 시행령 부칙 제2항에 의하여 2008. 12. 26.까지 중소기업으로 유예되었다는 이유로 이 사건 법인세 부과처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업을 판단함에 있어서 적용할 법령 등에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다.
 5. 그러므로 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이상훈(재판장) 김창석 조희대(주심)

구 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 유예 여부를 중소기업기본법령이 아닌 구 조세특례제한법과 구 조세특례제한법 시행령에 따라 판단하여야 하는지 여부(적극)

구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제2장 제1절 등, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 제3호, 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되어 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중기법 시행령’이라 한다) 제3조 제1호 (나)목, 제2호 [별표 2], 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1호 (나)목, 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호) 부칙 제2항의 내용과 취지, 구 중소기업기본법(2011. 7. 25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것) 제2조, 구 중기법 시행령 제3조 등이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 구 조특법과 구 조특법 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한하는 등 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 달리 규정하고 있는 점(구 조특법 제5조, 구 조특법 시행령 제2조 제1항 본문), 또한 구 조특법과 구 조특법 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있고(구 조특법 시행령 제2조 제2항, 제5항), 유예사유, 유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 유예 여부는 구 조특법과 구 조특법 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없다.