법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2019.10.23 / 시행일:

【원고, 피항소인 겸 항소인】 농업협동조합중앙회 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 조윤희 외 1인)
【피고, 항소인 겸 피항소인】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 남산 담당변호사 이창 외 1인)
【제1심판결】 서울행정법원 2019. 1. 25. 선고 2017구합52412 판결
【변론종결】2019. 9. 4.
【주 문】
 1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
 가. 이 사건 소 중 피고가 2013. 11. 19. 원고에게 한 별지 1 목록 2 기재 법인세 원천징수처분과 가산세 부과처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.
 나. 피고가 2013. 11. 5. 원고에게 한 2008 사업연도 법인세 347,041,753,463원(가산세 포함)의 부과처분 중 342,214,751,326원을 초과하는 부분, 2011 사업연도 법인세 202,658,974,163원(가산세 포함)의 부과처분 중 202,656,001,716원을 초과하는 부분을 취소한다.
 다. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 2. 소송총비용 중 1/2은 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 2013. 11. 5. 원고에게 한 2008 사업연도 법인세 347,041,753,463원(가산세 포함)의 부과처분 중 337,165,099,959원을 초과하는 부분, 2009 사업연도 법인세 177,719,655,645원(가산세 포함)의 부과처분 중 169,997,956,355원을 초과하는 부분, 2010 사업연도 법인세 115,617,971,467원(가산세 포함)의 부과처분 중 104,504,011,574원을 초과하는 부분, 2011 사업연도 법인세 202,658,974,163원(가산세 포함)의 부과처분 중 193,598,930,313원을 초과하는 부분, 2013. 11. 19. 원고에게 한 2010 사업연도 법인세 443,165,341원의 원천징수처분, 가산세 45,232,339원의 부과처분을 모두 취소한다.
 2. 항소취지
 가. 원고 : 제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2013. 11. 19. 원고에게 한 2010 사업연도 법인세 443,165,341원의 원천징수처분, 가산세 45,232,339원의 부과처분을 모두 취소한다.
 나. 피고 : 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 이 법원이 이 부분에 적을 판결이유는 아래에서 추가하거나 고쳐 쓰는 부분 이외에는 제1심판결의 해당 부분 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.
 ○ 제1심판결서 5쪽 16행 "이 법원이"를 "제1심법원이"로 고쳐 쓴다. 
 ○ 제1심판결서 6쪽 3행 아래에 다음 내용을 추가한다.
 마. 피고는 이 사건 항소심 계속 중이던 2019. 8.경 이 사건 법인세 원천징수처분을 직권으로 취소하는 내용의 감액경정결정을 하였고, 위 감액경정결정은 2019. 8. 20. 원고에게 통지되었다.
2. 이 사건 소 중 이 사건 법인세 원천징수처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부
 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조).
 직권으로 보건대, 피고가 2019. 8.경 이 사건 법인세 원천징수처분을 직권으로 취소하는 내용의 감액경정결정을 사실은 앞서 본 바와 같다. 따라서 이 사건 소 중 위와 같이 직권취소된 부분에 관한 취소청구는 이미 취소되어 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.
3. 이 사건 각 법인세 부과처분의 적법 여부
 이 법원이 이 부분에 적을 판결이유는, 제1심 판결이유 중 일부를 아래 가.항 기재와 같이 고치고, 피고가 당심에서 주장하는 내용에 관하여 아래 나.항 기재와 같은 판단을 해당 부분에 추가하는 이외에는 제1심판결의 이유 제2항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다. 
가. 고쳐 쓰는 부분
 ○ 제1심판결서 6쪽 8~9행(이하 ‘제1심판결서’ 기재는 생략한다)을 "이 사건 각 법인세 부과처분 중 별지 1 목록 1의 ④ 기재 정당세액을 초과하는 부분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다."로 고쳐 쓴다.
 ○ 9쪽 13행부터 10쪽 5행까지를 삭제한다.
 ○ 13쪽 8행 "부합하다."를 "부합한다."로 고친다. 
 ○ 14쪽 밑에서 3행(각주 부분 제외) 아래에 다음 내용을 추가한다.
 원고는, 원고가 지역조합으로 하여금 수익률이 양호한 공제계약을 체결하게 하기 위해 보상을 지급할 필요가 있었다고 주장하나, 원고가 설계한 공제상품을 판매할 뿐인 회원조합은 스스로 공제상품을 설계할 능력이 없고, 수익률이 양호한 원공제계약 역시 원고가 설계한 것이므로 원공제사업의 이익률을 높이기 위해 판매수수료와 별도로 재공제이익수수료를 회원조합에 지급할 이유가 있다고 보기 어렵고, 수익성이 높은 공제계약 체결의 대가로 재공제이익수수료가 지급되었다고 볼 수도 없다. 
 ○ 17쪽 밑에서 4행 "주장하나," 다음에 "갑 제5호증(특수채권 편입·관리 업무방법서), 제20호증(2018년도 이자감면 및 채권회수내역)의 각 기재만으로"를 추가한다.
 ○ 20쪽 2행 "을 제17, 18호증"을 "을 제17, 18, 28, 29호증"으로 고쳐 쓴다.
 ○ 20쪽 5~6행 "없다. … 수행하였다면" 부분을 "없다(을 제17호증의 기재에 의하면, 원고는 이 사건 시스템 개발과 관련하여 전담 개발팀 인력 61명 외에 현업 유지팀 12명 총 73명의 인력으로 개발착수 할 것을 계획하면서, 원고 조직 내의 사업부서 인력에 관하여는 상주기간 및 인원은 업무범위와 수행 프로세스에 따라 관련부서와 협의하여 진행할 것을 계획한 사실을 인정할 수 있으므로, 원고 소속 근로자들로 구성된 이 사건 시스템 개발팀에는 이 사건 시스템 개발업무를 전담하는 근로자들과 다른 업무를 함께 수행한 근로자들이 병존했던 것으로 보인다). 한편 피고는, 원고가 세무조사 과정에서 제출한 을 제28, 29호증을 토대로 이 사건 시스템 개발팀 소속 근로자들이 이 사건 시스템 개발업무에 실제 근무한 일수에 상응하는 인건비 상당을 2008, 2010, 2011 사업연도의 각 과세표준에 반영하였다고 주장하나, 을 제29호증의 기재에 의하면 「개발업무비율」란이 ‘30%’와 ‘100%‘만으로 구분되어 있는바 이는 원고가 임의로 개발업무비율을 표시한 것으로 보일 뿐 신뢰성 있게 측정한 것으로 보이지 않는다. 결국"으로 고쳐 쓴다.
 ○ 21쪽 7행 "22호증"을 "22, 29호증"으로 고쳐 쓴다.
 ○ 22쪽 12행 "타당하다" 다음에 "(지역조합은 세입금 수납대행계약에 따라 원고 대신 세입금을 수납하고 수납한 세입금을 원고에게 송금하는 방식으로 원고의 세입금 수납업무를 대행한 것이므로 지역조합이 은행법상 은행에 해당하는지 혹은 지방자치단체의 금고로 선정될 수 있는지 여부는 쟁점 금융리스료가 손비에 해당하는지 여부와 무관하다)"를 추가한다.
 ○ 22쪽 13행부터 28쪽 1행까지를 삭제한다.
 ○ 28쪽 2행부터 밑에서 2행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.
 사. 중결론
 앞서 살펴본 바와 같이, 이 사건 제3, 4 처분사유 관련 손금불산입은 위법하여 취소되어야 한다. 한편 이 사건 제3, 4 처분사유 관련 손금불산입이 위법한 경우, 법인세의 정당세액이 아래와 표 기재와 같음은 당사자 사이에 다툼이 없다. 
(단위: 원)사업연도적출 소득금액경정 세액최종 법인세 부과세액정당세액2008-12,046,485,334-4,827,002,137347,041,753,463342,214,751,32620092,701,027,413887,350,366177,719,655,645178,607,006,0112010507,359,958154,456,515115,617,971,467115,772,427,982 2011-10,612,375-2,972,447202,658,974,163202,656,001,716
 따라서 이 사건 각 법인세 부과처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다. 다만, 2009, 2010 사업연도 각 법인세 부과처분은 그 정당세액이 최종 법인세 부과세액을 초과하므로 결국 취소되어야 하는 부분은 2008, 2011 사업연도 각 법인세 부과처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분이다.
나. 추가판단
 1) 피고는 당심에 이르러, 원고와 지역조합은 법인세법상 특수관계에 있고, 원고가 지역조합의 공과금수납기 리스료를 대납한 것은 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법‘이라 한다) 제52조 제1항, 제4항, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 법인세법 시행령‘이라 한다) 제87조 제1항 제1호, 제88조 제1항 제6호, 제9호 소정의 ‘금전 또는 그 밖의 자산을 무상으로 제공한 경우 혹은 이에 준하는 행위 또는 그 외의 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’에 해당한다고 주장하면서 이와 같은 내용의 처분사유를 예비적으로 추가하였다. 
 2) 구 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결, 대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조). 그리고 법인과 특수관계자 사이의 거래가 경제적 합리성을 결하여 법인세법상 부당행위계산부인 사유에 해당한다는 사실의 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 1995. 12. 26. 선고 95누3589 판결, 대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두13909 판결 등 참조)
 3) 원고가 다수의 지방자치단체와 금고업무취급약정을 체결하고, 지역조합은 원고가 설치해 준 공과금수납기를 통해 원고를 대신하여 공과금을 수납한 사실, 원고가 지방자치단체와 체결한 금고업무취급약정을 통해 수신한 금원이 수십조 원에 이르는 사실, 지역주민이용 편의성 기준을 충족시키기 위한 공과금수납기 설치는 지방자치단체의 금고 유치를 위한 필수불가결적 요인이었던 상황에서 원고가 이를 위해 지역조합에 공과금수납기를 설치하였음은 앞서 본 바와 같다.
 사정이 이러하다면, 원고가 지역조합을 대신하여 리스료 합계 약 4,964,867,078원을 지출한 것은, 그것이 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킬 것을 의도하는 경우라거나, 경제인의 입장에서 부자연하고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우라고 단정할 수 없다. 따라서 원고가 지역조합을 대신하여 리스료를 지출한 것이 위 법령에서 정한 특수관계자 사이의 거래로서 경제적 합리성이 없는 거래라고 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 피고의 이 부분 예비적 처분사유 역시 위법하다.
4. 결론
 그렇다면 피고가 2013. 11. 19. 원고에게 한 이 사건 법인세 원천징수처분에 관한 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 피고가 2013. 11. 5. 원고에게 한 2008, 2011 사업연도 각 법인세 부과처분 중 별지 1 목록 1의 ⑤ 기재 각 정당세액을 초과하는 부분은 위법하므로 이를 취소하며, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심판결을 주문 제1항과 같이 변경한다. 
[별지 생략]

판사 배광국(재판장) 김종기 장철익