법인세경정거부처분취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2023.06.08 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 동남합성 (소송대리인 법무법인 정안 담당변호사 정민지)
【피고, 피항소인】 공주세무서장
【제1심판결】 대전지방법원 2022. 9. 1. 선고 2021구합101702 판결
【변론종결】2023. 3. 23.
【주 문】
 1. 제1심판결을 취소한다.
 2. 피고가 2020. 7. 13. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 34,694,693원, 2016 사업연도 법인세 92,591,654원, 2017 사업연도 법인세 17,540,005원, 2018 사업연도 법인세 24,306,962원 합계 169,133,314원의 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 우리사주매수선택권의 부여
 원고는 계면활성제 및 기타 정밀화학품의 제조 및 판매를 목적으로 설립된 상장법인으로서, 근로복지기본법 제39조에 따라 우리사주 조합원인 임직원들에게 사전에 정해진 가격(행사가액)으로 원고 발행의 신주를 매수할 수 있는 주식매수선택권(이하 ‘신주발행형 우리사주매수선택권’이라 한다)을 부여하였다. 
 나. 우리사주매수선택권의 행사차액에 관한 손금불산입
 1) 원고의 임직원들 중 일부가 2015 사업연도부터 2018 사업연도까지 신주발행형 우리사주매수선택권을 행사하였다.
 2) 원고는 법인세 신고 시 아래 표 ‘행사차액’란 기재 각 행사차액(행사 당시 신주의 시가에서 행사가액을 공제한 금액, 이하 ‘이 사건 행사차액’이라 한다)을 손금으로 산입하지 않았다.
[표1 이 사건 행사차액]사업연도2015201620172018행사일자2015. 12. 14.2016. 12. 12.2017. 12. 11.2018. 12. 10.행사차액146,047,300원351,280,380원87,700,025원121,534,809원
 3) 원고가 신고·납부한 각 법인세액은 아래 표의 각 ‘기 납부세액(원)’란 기재와 같다. 
[표2 원고가 신고·납부한 법인세액]사업연도2015201620172018과세표준(원)5,054,639,67010,296,549,7537,429,921,1896,845,635,382산출세액(원)990,927,9342,039,309,9501,465,984,2371,349,127,076총 부담세액(원)641,419,8551,745,185,830866,120,5421,234,948,045기 납부세액(원)641,419,8551,365,192,870866,120,5421,234,948,045당초고지세액(원)0379,992,96000
 다. 이 사건 행사차액을 손금으로 산입하는 내용의 경정청구
 원고는 이 사건 행사차액이 해당 임직원들에 대한 근로제공의 대가(인건비)로 지급된 것으로서 손금에 해당한다는 등의 이유로, 2020. 5. 13. 피고에게 2015 사업연도 법인세 34,694,693원, 2016 사업연도 법인세 92,591,654원, 2017 사업연도 법인세 17,540,005원, 2018 사업연도 법인세 24,306,962원 합계 169,133,314원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 
 라. 경정청구에 대한 거부처분
 1) 피고는 2020. 7. 13. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 2) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 8. 27. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2020. 12. 31. 이를 기각하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제6 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 쟁점의 정리
 가. 이 사건의 쟁점은, 근로자가 회사로부터 부여받은 신주발행형 우리사주매수선택권을 행사함으로써 발생한 주식의 시가와 행사가액의 차액, 즉 이 사건 행사차액을 법인세법 제19조의 손비로 보고 이를 손금에 산입할 수 있는지 여부이다. 
 나. 이를 판단하기 위하여 먼저 주식매수선택권 및 우리사주매수선택권의 개념과 유형에 대하여 살펴보고, 다음으로 주식매수선택권 및 우리사주매수선택권에 관련된 법인세법 및 시행령 규정의 개정 경과와 신주발행형 주식매수선택권 행사차액의 손금 산입에 관한 해석론을 검토한 후, 이를 바탕으로 신주발행형 우리사주매수선택권 행사차액을 손금에 산입할 수 있는지 여부를 살펴보기로 한다. 
3. 주식매수선택권 및 우리사주매수선택권의 개요
 가. 주식매수선택권의 개념과 유형
 1) 주식매수선택권이란 회사가 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의로 회사의 설립·경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자에게 미리 정한 가액(이하 “행사가액”이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리를 의미한다(상법 제340조의2 제1항 본문). 주식매수선택권 행사로 발행할 신주 또는 양도할 자기주식은 통상적으로 발행주식 총수의 100분의 10을 초과할 수 없다(같은 조 제3항). 
 2) 상장회사의 경우, 관계 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자에게도 주식매수선택권을 부여할 수 있고(상법 제542조의3 제1항), 부여 한도도 발행주식총수의 100분의 20 범위로 확대되어 있다(상법 제542조의3 제2항). 
 3) 한편 벤처기업육성에 관한 특별조치법에서는 주식매수선택권의 부여 대상을 대학의 교원이나 국·공립연구기관 및 정부출연기관, 민법상 비영리법인으로서 과학 또는 산업기술분야 연구기관의 연구원, 변호사, 공인회계사, 변리사, 경영·기술지도사, 세무사 등과 대학, 국·공립연구기관, 정부출연기관 등의 임직원으로 확대하고 있고(같은 법 제16조의3 제1항, 같은 법 시행령 제11조의3 제4항, 제6항, 제7항), 부여 한도도 발행주식 총수의 100분의 50 이내로 확대되어 있다(같은 법 시행령 제11조의3 제7항).
 4) 앞서 본 상법의 규정에 따르면 주식매수선택권은 신주발행형, 자기주식교부형, 차액보상형의 유형으로 나뉘어 규정되어 있다. 신주발행형 주식매수선택권은 종업원 등이 주식매수선택권을 행사할 경우 신주를 발행해서 주식을 교부하는 방식이다. 자기주식교부형 주식매수선택권은 종업원 등이 주식매수선택권을 행사할 경우 유통되고 있는 자기주식을 취득하여 주식을 교부하는 방식이다(상법 제340조의2 제1항 단서). 차액보상형 주식매수선택권은 주식매수선택권의 행사가액과 행사시점의 주식 시가의 차액을 현금, 주식 또는 현금과 주식을 혼합하여 지급하는 방식이다(상법 제340조의2 제1항 단서). 
 나. 우리사주매수선택권의 개념과 유형
 1) 우리사주매수선택권이란 우리사주제도 실시회사가 발행주식총수의 100분의 20의 범위에서 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의로 우리사주조합원에게 그 결의된 기간 이내에 미리 정한 가격(이하 “행사가격”이라 한다)으로 신주를 인수하거나 해당 우리사주제도 실시회사가 보유하고 있는 자기주식을 매수할 수 있는 권리를 의미한다(근로복지기본법 제39조 제1항 본문). 
 2) 근로복지기본법 제39조 제1항은 우리사주매수선택권의 유형으로 신주발행형 우리사주매수선택권과 자기주식교부형 우리사주매수선택권을 예정하고 있으나, 상법과 달리 차액보상형 우리사주매수선택권에 관한 명문의 규정이 없다. 이는 우리사주제도가 근로자로 하여금 우리사주조합을 통하여 소속 회사의 주식을 취득·보유하게 함으로써 근로자의 경제적·사회적 지위향상과 함께 근로자의 생산성 향상과 노사협력 증진을 통하여 국민경제에 기여하는 사회정책적 효과를 도모하기 위하여 채택된 제도이므로(대법원 2014. 8. 28. 선고 2013다18684 판결 등 참조), 우리사주매수선택권 역시 근로자가 우리사주를 취득함을 전제로 하여야 하기 때문이다. 따라서 차액보상형 우리사주매수선택권은 제도적으로 인정되지 아니한다고 해석된다.
 다. 우리사주매수선택권과 주식매수선택권의 비교
 1) 앞서 본 바에 의하면, 우리사주매수선택권과 주식매수선택권은 차액보상형이 포함되는지 여부에 있어 차이가 있다. 그 외에도 부여 한도와 부여 방법(우리사주매수선택권은 발행주식 총수의 100분의 20 범위 내에서는 주주총회 결의로, 발행주식 총수의 100분의 10 범위 내에서는 정관 및 이사회의 결의로 가능하고, 주식매수선택권은 발행주식 총수의 100분의 10 범위 내에서 주주총회의 결의로 가능하다), 행사가격(우리사주매수선택권은 평가가격의 70%와 액면금액 중 높은 금액 이상으로, 주식매수선택권은 부여일의 실질가액과 액면가액 중 높은 금액 이상으로 한다) 부여 대상(우리사주매수선택권은 우리사주조합원인 근로자들에게 부여하고 임원이 제외되는 반면, 주식매수선택권에는 임원이 포함된다) 등에 있어 양자에는 다소의 차이가 존재한다.
 2) 그러나 위와 같은 차이에도 불구하고, 우리사주매수선택권과 주식매수선택권은 ① 이를 부여하는 법인과 고용 등 일정한 관계에 있는 사람에게 ② 근로의욕 등을 고취시키기 위한 인센티브를 부여한다는 취지에서 부여되는 ③ 급여 내지 상여금의 성격을 가진다는 점에서 기본적으로 동일한 성질을 가지고 있다고 봄이 타당하다. 특히 신주발행형 우리사주매수선택권 및 주식매수선택권의 행사는 증자와 마찬가지로 자본거래로서의 성격을 가진다는 점에서도 동일하므로 양자는 모두 대변에 납입된 자본금 및 행사차액에 해당하는 주식발행초과금 계정을 표시하게 된다. 피고 또한 이러한 양자의 동일성을 전제로 주장을 전개하고 있다.
 3) 이상과 같은 우리사주매수선택권 및 주식매수선택권에 공통적으로 내재된 속성을 전제로 할 때, 법인세법의 손금에 관한 규정 내에서 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액의 해석은 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액을 해석하는 데에도 영향을 미치게 된다. 따라서 이하에서는 먼저 법인세법의 손금에 관한 규정 내에서 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액이 가지는 의미에 관하여 살펴보기로 한다. 
4. 법인세법상 ‘손금’의 의미
 가. 개념
 1) 법인세법상 손금이란 ‘자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 법인세법에서 손금불산입하도록 정한 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액’을 말한다고 규정하고 있다(제19조 제1항). 
 2) 그리고 손비는 법인세법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다(제19조 제2항). 
 3) 위와 같은 규정 내용에 따르면, 법인세법상 손금에 해당하는 손비는 ‘순자산을 감소시키는 거래’로 인한 것이어야 하고, ‘업무관련성’과 ‘통상성’ 및 ‘수익관련성’이 인정되어야 한다. 
 나. 손금의 범위
 1) 현실 경제에서 발생하는 기업의 모든 지출내역을 일일이 규정하여 제한할 수는 없으므로, 법인세법 시행령 제19조는 손금의 범위를 구체화하고 있음에도 제19조 각호에서 규정하는 손금의 항목은 예시적인 것으로 해석되고, 앞서 본 업무관련성과 통상성 및 수익관련성을 충족하는 손실 또는 비용의 금액이라면 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액(법인세법 시행령 제19조 제24호)에 해당되어 손금으로 인정될 수 있다. 즉, 법인세법이 정하는 손금의 개념은 포괄적이다. 
 2) 같은 맥락에서 대법원은 “구 법인세법은 익금과 손금의 범위를 완결적으로 규정한 것이 아니라 그 범위를 예시하면서 포괄적으로 규정하고, 그 특례규정으로서 손금불산입과 손금산입의 각 사항을 열거하여 규정하고 있으므로, 원칙적으로 자산총액을 감소시킨 것은 손금불산입 등으로 열거되어 있지 않은 한 손금이 된다고 보아야 한다. 또한 위 각 규정에 따르면 일반적으로 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용의 손금산입을 부인하는 내용의 규정이 없을 뿐만 아니라, 법인세는 원칙적으로 다른 법률에 의한 금지의 유무에 관계없이 담세력에 따라 과세되어야 하고 순소득이 과세대상으로 되어야 하는 점 등을 종합하여 보면, 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대하여도 그 손금산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두7779 판결 참조).”라고 판시한 바 있다. 
 3) 다만, 법인세법은 국가재정의 확보와 기업의 건전한 발전을 유도하기 위하여 손금불산입 규정을 통해 과다하거나 위법한 경비를 부인하고 있으므로, 법인세법상 인정되는 손비는 기업회계상의 비용보다 범위가 좁다. 
 다. ‘순자산을 감소시키는 거래’의 의미
 1) ‘순자산’이란 회계학상의 개념으로서 대차대조표의 자산에서 부채를 공제한 잔액을 의미한다. 순자산의 감소란 법인의 자산감소에서 기인하는 경우, 법인의 부채증가에서 기인하는 경우 및 법인의 자산감소와 부채증가에서 기인하는 경우로 나뉘어지게 된다. 
 2) 법인세는 법인의 소득을 과세의 대상으로 하고 있고, 여기서의 소득은 주주가 납입한 자본(또는 출자자의 출자 원본)이 아닌 나머지 자산의 증가, 즉 순소득에 대한 과세를 의미한다. 따라서 주주가 납입한 자본은 익금에 해당한다고 볼 수 없어 그에 대한 과세를 할 수 없고, 같은 이유로 자본거래는 손금에서도 제외된다. 이러한 이유로 ‘순자산을 감소시키는 거래’에는 자본거래가 제외된다. 
 라. 잉여금 처분의 손금불산입
 1) 법인세법은 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액을 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다(제20조 제1호). 이는 손금의 산입은 잉여금을 산정하기 전 단계에서 이루어지고, 익금과 손금을 산입하고 남은 결과인 잉여금(이익잉여금)은 과세소득에 해당할 뿐이라는 당연한 원리를 규정한 것이다. 다만, 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정된 구 법인세법(이하에서는 위와 같이 개정되어 2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전까지의 법인세법을 가리켜 ‘구 법인세법’이라 한다)은 여기에 단서로서 “다만 대통령령이 정하는 성과급은 그러하지 아니하다.”라는 규정을 두고 있었으므로, 일정한 조건을 갖춘 성과급의 경우 잉여금의 처분에 해당한다고 하더라도 이를 손금에 산입할 수 있었고, 이에 따라 구 법인세법 시행령에서 주식매수선택권 행사로 인한 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액 상당액이 이에 해당한다고 규정하고 있었는데(시행령 제20조 제3호), 그 구 법인세법 제20조 제1호의 단서규정은 2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되면서 삭제되었다. 
 2) 앞서 본 바와 같이 잉여금은 과세소득에 불과하다는 이론적인 측면에다가 위 단서규정이 2017. 12. 19.자 개정으로 삭제되기 전에도 기업회계기준상 당해 법인이 착오로 회계처리를 하지 않는 이상 잉여금의 처분액으로 상여금을 지급하는 것으로 처리할 수 있는 경우를 찾아보기 어려웠던 실무에 비추어 볼 때, 2017. 12. 19.자 개정은 단지 그와 같은 입법오류를 시정함으로써 기업회계와 세무회계의 조화를 도모하기 위한 것 즉, 무의미한 규정을 삭제한 것이라고 볼 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사차액 상당액이 손비에 해당한다고 규정하고 있었던 종래의 구 법인세법 시행령 제20조 제3호는 후술하는 바와 같이 손비에 관한 조항인 제19조 제19호의2로 이동함으로써 여전히 그 효력을 유지하게 되었다. 
5. 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액이 ‘손금’에 해당하는지 여부에 관한 논의
 가. 법인세법 시행령 제19조 및 제20조의 개정 연혁
 1) 법인세법 시행령 제19조의 최초 규정 - “행사비용으로서 보전하는 금액”
 가) 구 법인세법 시행령 제19조 - 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호 개정된 것
 주식매수선택권이 법인세법 시행령 제19조 각호의 손금 항목에 최초로 포함된 것은 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 구 법인세법 시행령부터이다. 당시의 규정은 다음과 같다. 
제19조(손비의 범위)법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.19. 「상법」 제542조의3에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 및 임직원에게 부여된 기획재정부령으로 정하는 해외모법인의 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권이 행사되는 경우 해당 해외모법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액
 나) 구 법인세법 시행령 제19조 - 2010. 2. 18. 대통령령 제22035호 개정
 위 규정은 2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 다음과 같이 개정된 후 2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전까지 자구 수정을 제외하고는 전체적으로 동일한 내용으로 유지되었다. 
제19조(손비의 범위)법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.19. 임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 "주식기준보상"이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 "주식매수선택권등"이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액가. 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등(주식매수선택권은 「상법」 제542조의3에 따라 부여받은 경우만 해당한다)나. 기획재정부령으로 정하는 해외모법인으로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등으로서 기획재정부령으로 정하는 것
 2) 구 법인세법 시행령 제20조의 규정
 한편 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 것) 제20조 제1항은 앞서 본 구 법인세법 제20조 제1호 단서에서 정하는 “대통령령으로 정하는 성과급”을 열거하고 있었고, 여기에는 제3호에서 다음과 같이 차액보상형 및 주식교부형의 주식매수선택권이 포함되어 있었다. 이후 구 법인세법 시행령은 2014. 9. 26. 대통령령 제25640호로 개정(이하에서는 위와 같이 개정된 때로부터 2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 삭제되기 전까지의 법인세법 시행령을 ‘2014년 개정 법인세법 시행령’이라 한다)되면서 ‘신주발행형’ 주식매수선택권도 여기에 포함되게 되었다. 
■ 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 것)제20조(성과급 등의 범위)① 법 제20조 제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.3. 다음 각 목의 주식매수선택권(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 주식매수선택권을 부여한 경우에 한정한다)을 부여받은 자에게 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 현금 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액가. 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업자, 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 「상법」 제340조의2에 따라 부여한 주식매수선택권나. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 벤처기업이 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 주식매수선택권다. 「부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 부품·소재전문기업이 같은 법 제15조에 따라 부여한 주식매수선택권■ 구 법인세법 시행령(2014. 9. 26. 대통령령 제25640호로 개정된 것)제20조(성과급 등의 범위)① 법 제20조 제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액가. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액나. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액다. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액
 3) 2014년 개정 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호 삭제 및 제19조 제19호의2 신설
 가) 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 제20조 제1호 단서 규정이 삭제되면서 2014년 개정 법인세법 시행령 제20조 제1항 역시 2018. 2. 13. 대통령령 제28640호 개정(이하 ‘2018년 개정 법인세법 시행령’이라 한다)으로 삭제되었다. 다만 같은 날 2014년 개정 법인세법 시행령 제19조에 종래 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호와 동일한 내용으로 규정된 제19호의2가 추가되었다. 
 나) 추가된 부분은 주식매수선택권을 부여받아 행사한 경우에 차액보상형, 주식교부형, 신주발행형으로 나누어 차액보상형 및 주식교부형의 경우에는 주식의 매수가액과 시가의 차액 상당의 금액을, 신주발행형의 경우에는 주식의 매수가액과 시가의 차액을 손금에 산입한다고 규정되어 있었다. 
제19조(손비의 범위)법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.19의2. 「상법」 제340조의2, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「소재·부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」 제15조에 따른 주식매수선택권 또는 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액. 다만, 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정한다.가. 주식매수선택권을 부여받은 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 금액1) 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액2) 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액나. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액
 4) 우리사주매수선택권 관련 내용 추가
2018년 개정 법인세법 시행령 제19조 제19호의2는 2022. 2. 15. 대통령령 제32418호로 개정(이하 ‘2022년 개정 법인세법 시행령’이라 한다)되면서, 다음과 같이 근로복지기본법 제39조에 따른 우리사주매수선택권을 주식매수선택권과 나란히 규정하였다. 이에 따르면 주식매수선택권과 마찬가지로 차액보상형, 주식교부형, 신주발행형의 각 경우로 나누어 손금에 산입할 수 있는 금액이 규정되어 있고, 현재까지 위 규정이 그대로 유지되고 있다. 
제19조(손비의 범위)법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.19의2. 「상법」 제340조의2, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「소재·부품·장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」 제56조에 따른 주식매수선택권(이하 이 호에서 "주식매수선택권"이라 한다), 「근로복지기본법」 제39조에 따른 우리사주매수선택권(이하 이 호에서 "우리사주매수선택권"이라 한다)이나 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액. 다만, 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정한다.가. 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권을 부여받은 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 금액1) 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액2) 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액나. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액
 나. 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액이 손금으로 규정되기 이전의 논의
 1) 논의의 쟁점
 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액이 손금에 포함되는지 여부에 관하여는 다음과 같은 법적 쟁점을 중심으로 논의가 이루어져 왔다. 
 가) ‘순자산을 감소시키는 거래’에 해당하는지 여부
 종래 법인세법 시행령의 문언과 판례에 따르면, 차액보상형 주식매수선택권의 행사로 인하여 보전한 비용 및 주식매수선택권을 행사한 사람에게 지급되는 행사차액 상당의 금원은 ‘순자산을 감소시키는 거래’에 해당한다고 보아 손금으로 산입하여 왔다. 그러나 신주발행형 주식매수선택권의 경우, 차액보상형 주식매수선택권의 경우와 달리, 행사차액을 금전이나 현물 등 ‘자산’으로 지급하지 아니하므로 형식적으로는 ‘자산’이 감소되었다고 보기 어려운 측면이 있다. 이에 따라 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액을 부여한 것이 ‘순자산을 감소시키는 거래’에 해당하는지 여부가 문제된다. 
 나) 소득세법상 근로소득 개념과 법인세법상 인건비의 대칭성
 ① 관련 규정
 ○ 법인세법 제19조 제2항은 앞서 본 바와 같이 ‘순자산을 감소시키는 거래’라는 요건 외에도 ‘업무관련성’과 ‘통상성’ 및 ‘수익관련성’을 손금의 요건으로 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제19조는 이러한 손금에 해당하는 손비를 예시하고 있다. 그리고 법인세법 시행령 제19조가 예시하는 손비 중에는 ‘인건비’(제3호)가 포함되는데, 여기서 규정하고 있는 인건비는 근로의 대가로 지급되는 비용으로서 봉급, 보수, 급료 및 수당, 상여금, 연금 또는 퇴직금과 이와 유사한 성질의 급여를 모두 포함한다. 
 ○ 구 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정된 것) 제38조 제1항은 소득세법 제20조에 따른 근로소득의 범위를 규정하면서, 제17호로 주식매수선택권의 행사로 인한 행사차액[법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과 법인세법 시행령 제87조의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "당해 법인 등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 당해 법인 등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)]을 근로소득에 포함시키고 있었고, 위 규정은 현재까지 동일하게 유지되고 있다. 
 ② 소득세법상 근로소득과 법인세법 시행령의 ‘인건비’의 관계
 소득세법상 근로소득과 법인세법 시행령 제19조 제3호의 인건비가 동일한 개념은 아니다. 왜냐하면 법인세법 시행령 제19조 제3호의 인건비는 엄밀한 의미로는 판매비와 관리비에 해당하는 인건비를 의미하고, 제조원가나 고정자산의 취득가액에 포함되는 인건비는 별도의 손금 항목에 해당하기 때문이다. 그러나 법인에 소속된 근로자에게 지급되는 인건비는 법인세법 시행령 제19조 제3호의 인건비와 제조원가나 고정자산의 취득가액에 포함되는 인건비를 포함하여 결과적으로 손금에 포함된다는 점은 동일하고(위와 같이 손금에 포함되는 인건비를 ‘넓은 의미의 인건비’라고 할 수 있다), 이는 소득세법상 근로소득과 대체로 일치하고 있다. 즉, 소득세법상 근로소득에 해당하는 경우 인건비인 손금 또는 기타의 손금에 해당하는 것이 일반적이고, 양자가 불일치하는 경우는 손금불산입의 대상이 되는 상여금이나 퇴직금 등 법인의 소득을 부당하게 감소시킬 수 있는 성질의 것들이다. 
 ③ 신주발행형 주식매수선택권의 과세에 관한 입법례
 ○ 미국의 주식매수선택권(stock option)에는 법정 주식매수선택권(statutory stock options)과 비법정 주식매수선택권(nonstatutory stock options)이 있다. 법정 주식매수선택권은 근로자 주식 매수 계획(employee stock purchase plan)과 인센티브 주식매수선택권(incentive stock option, ISO)로 나뉘어지고, 이에 포함되지 아니하는 주식매수선택권이 비법정 주식매수선택권이다. 법정 주식매수선택권을 부여받은 경우, 부여받은 시점 및 이를 행사할 시점 모두 법정 주식매수선택권을 소득에 포함하지 아니하는 것이 원칙이다. 법정 주식매수선택권을 행사한 경우, 이는 법인의 손금으로 산입되지 아니한다. 반면 비법정 주식매수선택권을 부여받은 경우 이는 소득에 포함될 수 있고, 근로에 대하여 지급받는 금전 등에 관한 일반 규정이 적용되며 그에 따라 손금에도 산입된다. 위와 같이 법정 주식매수선택권과 비법정 주식매수선택권에 대한 소득세 및 법인세의 부과가 다르지만, 주식매수선택권의 행사차액에 관한 소득세를 면제하는 경우, 이를 법인의 손금에 포함시키지 아니하고, 소득세를 면제하지 아니하는 경우 법인의 손금에 포함시켜 준다는 점에서 소득세 부과와 법인의 손금 산입 여부가 연동되어 있음을 알 수 있다. 
 ○ 일본은 법인세법 제54조의2 제1항에서 일정한 요건을 갖춘 양도제한부신주예약권(新株予約?)에 대하여 손금에 관한 규정을 적용한다고 규정하고, 만약 그러한 양도제한부신주예약권에 대하여 급여 등 과세사유가 발생하지 아니한 경우는 “당해 역무의 제공을 받는 내국법인의 당해역무의 제공을 받는 것에 의한 비용의 액 또는 당해 역무의 전부 내지 일부의 제공을 받지 아니한 것에 의한 손실의 액은 당해 내국법인의 각 사업연도의 금액의 계산상 손금의 액에 산입하지 아니한다.”라고 규정하여 손금에서 제외된다고 규정하고 있다. 일본 법인세법 역시 미국의 경우와 마찬가지로, 과세사유가 발생하지 아니하는 양도제한부신주예약권에 대하여는 법인의 손금에 산입하지 아니하고, 과세사유가 발생하는 양도제한부신주예약권에 대하여는 법인의 손금에 산입한다는 점에서 소득세 부과와 법인의 손금 산입 여부가 연동되어 있음을 알 수 있다. 
 ④ 신주발행형 주식매수선택권에 관한 문제점
소득세법 제20조, 소득세법 시행령 제38조 제1항 제17호에 따르면 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액은 종래 소득세법에 의한 근로소득의 과세대상에 포함되어 왔음에도 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액을 손금에 산입하지 아니함으로 인하여 근로소득의 범위와 인건비의 범위가 불일치하는 결과가 발생하게 되었다. 이러한 경우, 근로소득의 범위와 인건비의 범위가 불일치하는 결과를 용인할 수 있는 합리적인 이유가 존재하는지 여부가 문제될 수 있다. 즉, 신주발행형 주식매수선택권은 근로의 대가로 지급되는 비용으로서 급여 또는 상여금에 해당하므로 소득세법상 근로소득에 해당하고, 법인세법 시행령 제19조 제3호의 인건비의 개념에도 부합하므로 이를 손금에 산입하는 것이 논리적이다. 따라서 이를 손금불산입하는 데에 납득할 만한 이유가 존재하는지 여부가 문제된다. 
 다) 차액보상형 주식매수선택권 행사차액의 손금 산입과의 형평성 
 차액보상형 주식매수선택권은 신주발행형 주식매수선택권과 마찬가지로 임·직원의 근로의 대가인 급여나 상여금 명목으로 부여되었고, 이에 따라 그 행사차액 상당은 손금으로 인정되었다. 차액보상형 주식매수선택권과 신주발행형 주식매수선택권은 근로의 대가를 금전으로 지급하는지 또는 신주 취득으로서 갈음하는지 여부에 차이가 존재할 뿐이다. 위와 같이 양자의 경제적 목적과 효과가 실질적으로 동일함에도, 근로의 대가로 지급하는 수단이 다르다는 이유만으로 이를 다르게 취급하는 것이 타당한지 여부가 문제된다. 
 라) 주식매수선택권 행사비용을 손금에 산입하는 규정과의 형평성
 ① 구 법인세법 시행령 제19조 제19호는 임·직원이 일정한 범위 내의 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 "주식기준보상"이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 “주식매수선택권등”이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액을 손금에 산입한다고 규정하고 있었다. 
 ② 위 규정은 신주발행형 주식매수선택권을 임·직원에게 부여한 법인과 실제로 주식을 발행한 법인이 다른 경우를 전제로 하고 있다. 이에 따르면 신주발행형 주식매수선택권을 부여한 법인이 주식을 발행한 법인에게 주식매수선택권 행사로 인하여 발생한 비용(행사비용)을 보전하여 주는 경우에는 그 보전비용이 손금에 산입된다. 
 ③ 그런데 신주발행형 주식매수선택권을 부여한 회사가 임·직원으로 하여금 자회사 등 타 회사의 주식을 취득할 수 있도록 하는 경우와, 신주발행형 주식매수선택권을 부여한 당해 회사의 주식을 취득할 수 있도록 하는 경우 모두 임·직원에게 근로의 대가로서 급여 또는 상여금을 지급한다는 점에서 그 경제적 목적이나 효과가 실질적으로 동일하므로, 양자의 경우에 손금에 산입할지 여부를 다르게 취급하는 것이 타당한지 여부도 문제가 된다. 
 2) 관련 하급심 판례
 동일한 쟁점에 관하여 판단한 하급심 판례로는 수원지방법원 2019. 1. 10. 선고 2018구합64116 판결, 서울고등법원 2019. 11. 6. 선고 2019누31589 판결(대법원 심리불속행 기각), 광주고등법원(제주재판부) 2020. 10. 28. 선고 (제주)2020누1287 판결(대법원 심리불속행 기각), 수원고등법원 2023. 4. 26. 선고 2022누12650 판결, 부산고등법원(울산재판부) 2023. 5. 25. 선고 (울산)2022누10616 판결 등이 있고, 위 각 하급심 판례는 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액은 손금에 산입할 수 없다는 판시를 그 내용으로 하고 있다. 
 3) 과세실무례
 과세실무례는 대부분 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액은 손금에 산입할 수 없다는 입장을 취하고 있으나, 반대의 입장을 취한 사례도 있다. 가령, 특정 법인이 2014 및 2015 사업연도에 행사된 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액에 관하여 2016년경 과세관청에 이를 손금에 산입하여 달라는 경정청구를 하였고, 과세관청이 이에 대하여 원고의 발행주식 총수의 10% 범위에 해당하는 주식에 대한 행사차액은 손금에 산입할 수 있다고 보아 경정청구의 일부를 받아들이는 처분을 한 사례가 있다.
 다. 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액이 손금으로 규정된 이후의 논의
 1) 2014년 개정 법인세법 시행령 제20조 제3호와 2018년 개정 법인세법 시행령 제19조 제19호의2의 관계
구 법인세법 제20조 제1호 단서로 잉여금 처분 중 대통령령으로 정하는 상여금 명목의 처분에 대하여 예외를 두었던 규정의 삭제는 성질상 타당하다고 볼 수 있다. 다만, 주식매수선택권에 대하여는 그 행사차액을 손금으로 산입할 필요성이 있기 때문에, 2014년 개정 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호는 2018년 개정 법인세법 시행령 제19조 제19호의2로 이동하여 ‘상여금 또는 인건비’로 지급된 주식매수선택권의 손금산입 규정으로서 존재하게 되었다.
 2) 신주발행형 주식매수선택권 행사차액과 법인세법 제19조의 손금 개념의 불일치
 가) 2018년 개정 법인세법 시행령 제19조 제19호의2에 따르면, “약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액”은 손금에 산입된다. 
 나) 신주발행형 주식매수선택권이 교부되어 행사된 경우, 기업회계상 대변에 자본금과 주식발행초과금(행사차액 상당액 포함)을, 차변에 주식매수선택권 행사가액과 ‘인건비’ 또는 ‘상여금’을 기재하여 회계처리를 하게 되는데, 여기서 ‘인건비’는 실제로 기업의 자산에서 공제되는 금원이 아니라는 점에서 형식적으로는 법인세법상 손금의 개념 중 ‘순자산을 감소시키는 거래’로 볼 수 없다는 문제가 발생한다. 즉, 이미 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액이 손금으로서 법인세법 시행령 제19조 제19호의2로 규정된 때부터 해당 부분은 법인세법 제19조 제1항의 손금 개념에 부합하지 아니한다는 문제가 발생한 상태였고, 나아가 구 법인세법 제20조 제1호 단서 및 그에 따라 2014년 개정 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호 나목에 따라 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액을 손금에 포함되는 것으로 규정한 부분 역시 마찬가지의 문제를 가지고 있었다. 
 다) 이러한 관련 규정에 비추어 보면, 적어도 2018년 개정 법인세법 시행령이 시행될 때부터, 더 거슬러 올라간다면 2014년 개정 법인세법 시행령이 시행될 때부터 법인세법 제19조에서 규정한 ‘손금’의 의미가 ‘형식적으로’ 순자산을 감소시키는 거래에 한정되지 아니하고 ‘실질적으로’ 순자산을 감소시킨다고 평가할 수 있는 거래를 포함시킬 수 있어야 한다는 해석론이 제기될 수 있었다. 
6. 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액이 법인세법상 ‘손금’에 해당하는지 여부
 가. ‘순자산을 감소시키는 거래’에 해당하는지 여부
 1) 앞서 본 바와 같이 종래 ‘순자산’이란 회계학상의 개념으로서 대차대조표의 자산에서 부채를 공제한 잔액을 의미한다고 해석되어 왔고, 이에 따라 자산이 감소되었는지, 부채가 증가하였는지 여부에 따라 형식적으로 결정된다고 해석되어 왔다. 그러나 2014년 개정 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호 나목은 형식적으로는 순자산의 감소와는 관계없는 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액을 ‘손금’으로 포함시켰고, 위 조항이 2018년 개정 법인세법 시행령 제19조 제19호의2로 이동하여 현재까지도 존재하고 있다. 위와 같은 규정들은 ‘순자산을 감소시키는 거래’가 자산의 감소 및 부채 증가라는 형식적인 기준으로 결정된다는 종래의 해석과 모순된다. 
 2) 따라서 법인세법 제19조와 2014년 개정 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호 나목 및 2018년 개정 법인세법 시행령 제19조 제19호의2는 각 문언의 의미를 최대한 유지하면서도 상호 모순되는 해석방법을 지양하는 규범조화적인 방법으로 해석할 수밖에 없다. 이를 위해서는 법인세법 제19조 제1항의 ‘순자산을 감소시키는 거래’의 종래의 의미에 2014년 개정 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호 나목 및 2018년 개정 법인세법 시행령 제19조 제19호의2의 손금의 의미가 포함될 수 있도록 그 외연을 확장하여 해석하는 방법을 모색함이 타당하다고 할 것이다. 
 3) ‘순자산을 감소시키는 거래’의 의미는 손금 규정의 취지에 비추어 실질적으로 해석함이 타당하다. 즉, 회사가 지출한 특정 비용이 손금의 특징인 ‘업무관련성’과 ‘통상성’ 및 ‘수익관련성’을 보유하고 있고, 그러한 비용의 지출이 통상적인 사회경제적 관점에서 해당 법인에 자산의 감소나 부채의 증가에 비견할 만한 효과를 발생시키며, 그러한 비용의 지출 규모 또한 과도하지 아니하여 합리적인 범위로 제한됨으로써 기업의 재무구조를 부실화시키거나 조세수입을 부당하게 감소시킬 위험이 현저히 낮다고 평가할 수 있다면, 그러한 비용의 지출이 ‘형식적으로는’ 순자산을 감소시키지 아니한다고 하더라도 손금에 포함시킬 수 있다. 
 4) 법인이 소속 근로자에게 부여하는 신주발행형 우리사주매수선택권은 앞서 본 바와 같이 법인세법 시행령 제19조 제3호 ‘인건비’로서의 성격을 가지므로, ‘업무관련성’과 ‘통상성’ 및 ‘수익관련성’을 보유하고 있음은 명백하다. 또한 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액은 원래 법인에 귀속되었어야 할 금전적 이익임에도 이를 근로자에게 지급한 것이므로 그 경제적 효과는 법인이 스스로의 비용으로 근로자에게 급여를 지급한 것과 다름이 없다. 따라서 위와 같이 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액을 근로자에게 귀속되도록 하는 것은 통상적인 사회경제적 관점에서 해당 법인에 자산의 감소나 부채의 증가에 비견할 만한 효과를 발생시킨다고 봄이 타당하다. 나아가 우리사주매수선택권은 앞서 본 바와 같이 국민경제에 기여하는 사회정책적 효과를 도모하기 위하여 마련된 것으로서 그 부여 대상과 방법 및 절차에 관하여 근로복지기본법 및 근로복지기본법이 준용하는 상법상 주식매수선택권에 관한 규정들이 적용되므로, 해당 규정을 준수한 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액이 기업의 재무구조를 부실화시키거나 조세수입을 부당하게 감소시킬 위험은 현저히 낮다고 봄이 타당하다. 
 5) 따라서 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사는 ‘순자산을 감소시키는 거래’의 요건을 충족한다고 봄이 타당하다. 
 나. 소득세법상 근로소득 개념과 법인세법상 인건비의 대칭성
 1) 앞서 본 바와 같이 소득세법이 근로소득의 범위에 포함시켜 과세대상으로 규정한 소득은 그 성질상 근로의 대가로 지급된 것이므로, ‘인건비’ 또는 ‘상여금’에 해당한다. 그리고 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액은 소득세법상 근로소득에 포함되므로 일반적으로는 법인세법 시행령 제19조 제3호의 인건비에 해당한다고 해석하는 것이 논리적이다. 
 2) 소득세법상 과세대상이 되는 근로소득의 범위와 법인세법상 손금에 산입하는 근로소득의 범위는 마치 동전의 앞뒤와 같이 상호 연계되어 규정됨이 타당하다. 미국이나 일본의 입법례 역시 동일하게 양자를 연계하여 규정하고 있으며, 우리나라 역시 손금불산입하여야 하는 특별한 이유가 존재하지 아니하는 이상, 소득세법상 근로소득의 범위와 법인세법상 인건비의 범위를 대체로 일치시키고 있다. 
 3) 따라서 소득세법과 법인세법이 납세의무의 성립요건, 시기, 납세의무자, 세목 등에서 차이가 있어 법률적으로는 근로소득에 포함되는 인건비를 손금에 산입하지 아니하는 것이 양립가능하다고 하더라도, 과다한 상여금 및 퇴직금을 손금불산입하는 경우와 마찬가지로 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액을 손금불산입하는 데에는 충분히 납득할 만한 합리적인 이유가 존재하여야 한다. 그러나 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액이 한편으로는 근로소득에 해당하면서도, 다른 한편으로는 인건비 또는 인건비에 준하는 손비로 보지 아니하는 이유가 무엇인지는 불분명하다. 심지어 2022년 개정 법인세법 시행령은 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액을 손금에 산입하고 있으므로, 개정 전의 시점에 한하여 이를 손금불산입하여야 한다는 해석은 그 근거를 찾기 어렵다. 
 4) 소득세 및 법인세의 과세로 인한 경제적 효과의 실질을 살펴볼 때에도 양자의 연계는 필요하다. 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액이 근로소득으로 과세되는 경우에 해당 근로자를 고용한 법인에게 그에 대응하는 인건비를 손비로서 인정하지 아니한다면, 우리사주매수선택권 행사차액 상당의 소득이 실질적으로는 두 번 과세되는 것과 유사한 경제적 효과가 발생한다. 
 다. 차액보상형 우리사주매수선택권 부여가 제한되는 점과의 형평성
 1) 차액보상형 주식매수선택권과 신주발행형 주식매수선택권은 임·직원에게 행사차액 상당의 이익을 교부한다는 점에서 경제적 효과는 동일하다. 그럼에도 차액보상형 주식매수선택권에 따른 경우에는 그 행사차액을 손금에 산입하고, 신주발행형 주식매수선택권에 따른 경우에는 그 행사차액을 손금에 산입하지 아니하는 것은 실질적으로 동일한 사안을 다르게 취급한다고 볼 여지가 있다. 
 2) 특히 우리사주매수선택권을 부여할 때에는 앞서 본 바와 같이 근로복지기본법 제39조의 문언 및 우리사주매수선택권 부여의 취지에 비추어 제도적으로 차액보상형 우리사주매수선택권의 방식을 택할 수 없다. 따라서 차액보상형 우리사주매수선택권의 방식을 택하지 아니하고 신주발행형 우리사주매수선택권의 방식을 택한 것은 우리사주매수선택권을 부여하기로 결정한 이상 불가피한 선택이므로, 이를 가리켜 주식매수선택권의 경우와 마찬가지로 우리사주매수선택권을 부여한 법인이 스스로 선택한 결과이므로 감수하여야 한다고 볼 수는 없다. 나아가 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액을 손금으로 산입하지 아니하는 것은 근로복지기본법이 상법상 주식매수선택권과 별도로 우리사주매수선택권 부여 제도를 마련한 취지와 달리 오히려 우리사주매수선택권 제도를 이용하는 기업을 상대적으로 세제상 불리한 입장에 처하게 하는 결과를 초래할 수 있으므로, 우리사주매수선택권을 규정한 취지에 비추어 볼 때에도 위와 같은 차별적 취급이 타당하다고 보기 어렵다.
 라. 2022년 개정 법인세법 시행령 제19조 제19호의2의 해석
 1) 이상과 같은 점에 비추어 보면 2022년 개정 법인세법 시행령 제19조 제19호의2는 법인세법 제19조에 의하여 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액이 손금에 산입된다는 점을 확인하는 성격의 규정으로 봄이 타당하므로, 개정 여부와 상관없이 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액을 손금에 산입한다는 해석이 이루어져야 한다. 
 2) 피고는 위 개정 규정이 이른바 ‘조세정책적’인 목적으로 신설된 창설적 성격의 규정이라는 취지로 주장하고 있으나, 이는 잘못된 주장이다. 조세정책적 목적으로 제정된 시행령 역시 상위법인 법률에 합치하여야 하고, 법률에 합치하지 아니하는 하위 규정은 무효이다. 위 개정 규정은 그 문언의 의미만 두고 보면 법인세법 제19조 제1항의 ‘순자산을 감소시키는 거래’에 합치하지 아니함이 명백하다. 따라서 앞서 본 바와 같이 규범조화적 해석을 통해 ‘실질적으로’ 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 비용도 손금의 범위에 포함되는 것으로 해석하는 방법으로 위 개정 규정의 문제점을 해결하는 것이 가능할 뿐인데, 피고의 주장과 같이 위 개정 규정을 창설적 성격의 규정이라고 해석한다면 결국 시행령에 불과한 위 개정 규정의 시행으로 인하여 그 시행 시점 전후로 법인세법 제19조의 손금의 의미(특히 ‘순자산을 감소시키는 거래’의 부분이 이에 해당한다)가 달라진다고 해석할 수밖에 없게 되고, 그와 같은 해석은 과세관청에게 유리한 측면만을 채택하는 자의적·편의적인 해석으로서 종래 일의적인 법률해석에 기반하여 형성된 ‘법적 안정성’을 훼손하는 부당한 결과를 발생시키게 된다(더욱이 2018년 개정 법인세법 시행령으로 인하여 신주발행형 주식매수선택권의 행사차액이 손금으로 인정되었음에 비추어 보면 2022년 개정 법인세법 시행령의 시행 시기를 기준으로 법인세법 제19조 제1항의 ‘손금’의 의미를 달리 해석하여야 할 근거를 찾기 어렵다). 
 3) 다만 2022년 개정 법인세법 시행령 부칙 제2조는 “이 영은 2022년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 적용한다.”라고 규정하고 있고, 제3조는 “제19조 제19호의2의 개정규정은 이 영 시행 전에 부여받은 우리사주매수선택권을 이 영 시행 이후 행사하는 경우에도 적용한다.”라고 규정하고 있으므로, 2022년 개정 법인세법 시행령의 시행 이전에 우리사주매수선택권을 행사하는 경우에는 위 개정 규정의 적용을 배제하는 것으로 해석될 수 있어 문제가 된다. 만약 위 부칙규정을 “개정 전에 부여받은 우리사주매수선택권을 개정 이후에 행사하는 경우에만” 적용하는 것으로 해석한다면, 이는 앞서 본 바와 같이 법인세법 제19조에 의하여 신주발행형 우리사주매수선택권 행사차액이 손금에 산입된다고 해석하여야 하고, 이러한 해석을 단지 확인하는 데에 불과한 2022년 개정 법인세법 시행령 제19조 제19호의2의 적용시점을 부당하게 제한하는 것이므로 타당하다고 볼 수 없다. 따라서 2022. 2. 15. 이전에 부여받은 우리사주매수선택권을 개정 이전에 행사한 경우에도 2022년 개정 법인세법 시행령 제19조 제19호의2 규정이 마찬가지로 적용된다고 해석하여야 하고, 위와 같은 해석이 비로소 법인세법 제19조의 해석과 합치한다. 
 마. 소결론
 1) 이상과 같은 점에 비추어 보면 2022년 개정 법인세법 시행령의 개정 이전에도 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액은 법인세법 제19조 제3호의 인건비 또는 이와 유사한 손비로서 손금에 포함되었다고 해석하는 것이 타당하다. 
 2) 따라서 이 사건에서도 원고가 그 근로자들에게 부여한 신주발행형 우리사주매수선택권의 행사차액 상당액은 법인세법 제19조 제3호의 인건비 또는 이와 유사한 손비로서 손금에 포함되므로, 피고는 원고가 구하는 바와 같이 2015 사업연도의 행사차액 146,047,300원, 2016 사업연도의 행사차액 351,280,380원, 2017 사업연도의 행사차액 87,700,025원, 2018 사업연도의 행사차액 121,534,809원을 각각 해당 사업연도의 손금에 포함하여 법인세를 경정하였어야 한다. 위와 같은 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
 3) 또한 앞서 인정한 사실 및 을 제6 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하면, 위와 같이 각 사업연도의 행사차액을 손금으로 산입하여 재산정하는 경우 아래 표 기재 “감액경정액(원)”란 기재와 같이 2015 사업연도 법인세는 34,694,693원, 2016 사업연도 법인세는 92,591,654원, 2017 사업연도 법인세는 17,540,005원, 2018 사업연도 법인세는 24,306,962원이 각각 감액되어야 한다고 봄이 상당하다. 
[표3 법인세 감액경정액]사업연도2015201620172018과세표준(원)4,908,592,3709,945,269,3737,342,221,1646,724,100,573산출세액(원)961,718,4741,969,053,8741,448,444,2321,324,820,114총 부담세액(원)606,725,1621,652,594,176848,580,5371,210,641,083기 납부세액(원)641,419,8551,365,192,870866,120,5421,234,948,045당초고지세액(원)0379,992,96000감액경정액(원)34,694,69392,591,65417,540,00524,306,962
 4) 따라서 이 사건 처분은 위법하므로 이를 취소하여야 한다. 
7. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 이준명(재판장) 송진호 김덕완