양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2021.11.25 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 3인)
【피고, 피상고인】 역삼세무서장
【원심판결】 서울고법 2020. 9. 25. 선고 2019누48068 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 원고는 2005. 7. 19. 케이에프디도시개발 주식회사(이하 ‘KFD도시개발’이라 한다)에 토지거래허가구역 내에 있는 용인시 (주소 1 생략) 외 1필지 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매도하였다. 
 나. 원고는 2005. 9. 20. 양도가액을 기준시가로 산정하여 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세를 예정신고·납부하였다. 
 다. 원고는 2006. 2. 28. KFD도시개발로부터 이 사건 토지의 매매잔대금을 모두 지급받았다. 
 라. 이 사건 토지에 관하여 2009. 1. 30. 토지거래허가구역 지정이 해제되었다.
 마. 피고는 이 사건 토지의 양도시기가 매매잔대금이 모두 지급된 2006. 2. 28.이라는 전제하에 실지거래가액에 따른 양도가액을 기초로 세액을 계산하여, 2017. 3. 2. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 2. 관련 법령
구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하면서(제3호), ‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에는 그 부과제척기간을 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 연장하고 있다(제2호).
 한편 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제1항 제1호는 부동산을 양도한 경우 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월(토지거래허가구역 안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월) 이내에 양도소득과세표준 예정신고를 하도록 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제110조는 제1항에서 당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해 연도 5. 1.부터 5. 31.까지(토지거래허가구역 안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5. 1.부터 5. 31.까지) 신고하도록 규정하면서, 제4항 본문에서 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 ‘당해 소득’에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고, 제4항 단서의 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제173조 제4항은 예정신고를 하였더라도 확정신고를 하여야 하는 경우로 ‘당해 연도에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 한 자가 법 제107조 제2항의 규정에 따라 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하지 아니한 경우’(제1호), ‘토지 등을 2회 이상 양도한 경우로서 양도소득 기본공제에 관한 법 제103조 제2항을 적용할 경우 당초 신고한 양도소득산출세액이 달라지는 경우’(제2호) 등을 들고 있다. 
 3. 부과제척기간 경과 여부에 관하여
 가. 상고이유 제1점
 원심은 이 사건 토지의 매매대금이 청산된 이후인 2009. 1. 30. 이 사건 토지에 관한 토지거래허가구역 지정이 해제되었으므로 원고는 구 소득세법 제110조 제1항 괄호 부분에 따라 2010. 5. 31.까지 양도소득과세표준 확정신고를 하여야 한다는 이유로, 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세의 부과제척기간은 2010. 6. 1.부터 진행한다고 판단하였다. 나아가 원심은 이 사건 토지에 관한 매매계약이 토지거래허가를 배제하거나 잠탈하려는 목적으로 체결되어 확정적으로 무효이므로 양도소득과세표준의 신고기한을 구 소득세법 제110조 제1항 괄호 부분에 따를 수 없다는 원고의 주장에 대하여, 그 내용 등에 비추어 위 매매계약이 토지거래허가를 배제하거나 잠탈하려는 목적으로 체결되었다고 보기 어렵다는 이유로 이를 배척하였다. 
 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 이 사건 토지에 관한 매매계약의 효력 및 부과제척기간의 기산점에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.
 나. 상고이유 제4점
 1) 원심은 원고가 소외인 명의로 신탁하여 둔 용인시 (주소 2 생략) 외 2필지 토지(이하 ‘별건 토지’라 한다)를 2005. 7. 19. KFD도시개발에 매도하고 2005. 9. 19. 소외인 명의로 그에 따른 양도소득세를 예정신고·납부한 사실, 원고가 2006. 2. 28.까지 별건 토지의 매매대금을 모두 지급받았고, 2009. 1. 30. 별건 토지에 관한 토지거래허가구역 지정이 해제된 사실을 인정하였다. 그런 다음 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어, 원고가 동일한 과세연도에 귀속되는 이 사건 토지와 별건 토지의 양도소득을 합산·총괄하는 양도소득과세표준 확정신고를 하지 않은 이상, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호가 정한 ‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에 해당하므로, 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세의 부과제척기간은 7년이고, 이 사건 처분은 7년의 부과제척기간 내에 이루어진 것으로서 적법하다고 판단하였다. 
 2) 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 그대로 수긍하기 어렵다. 구 소득세법 제110조 제4항에 의하면 그 단서의 위임에 따라 대통령령이 정한 경우에 해당하지 않는 한 예정신고를 한 자는 ‘당해 소득’에 대한 확정신고를 하지 않을 수 있고, 이는 예정신고를 한 양도소득 외에 동일한 과세연도에 귀속되는 양도소득이 더 있더라도 마찬가지이다. 원고가 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세를 예정신고·납부하였음은 앞서 본 바와 같고, 위 예정신고가 구 소득세법 시행령 제173조 제4항이 정한 경우에 해당한다고 볼 만한 근거도 없으므로, 위 양도소득에 대하여는 더 이상 확정신고를 할 의무가 없다. 원고가 이 사건 토지의 양도소득과 동일한 과세연도에 귀속되는 별건 토지의 양도소득에 대하여 예정신고를 하지 않아 이에 대한 확정신고를 할 의무를 진다고 하더라도, 그러한 확정신고 의무가 이미 예정신고를 마친 이 사건 토지의 양도소득에 대한 것이라고 볼 수는 없다. 결국 원고가 이 사건 토지의 양도소득에 관하여 과세표준신고서를 제출하지 않았다고 할 수는 없으므로, 그 양도소득세의 부과제척기간은 7년이 아니라 5년으로 보아야 한다. 그런데 이 사건 처분은 부과제척기간의 기산일인 2010. 6. 1.부터 5년이 경과한 2017. 3. 2. 이루어졌으므로 무효이다. 
 3) 그런데도 원심은 원고에게 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득에 대하여 확정신고 의무가 있음을 전제로 이와 달리 판단하였다. 원심의 이러한 판단에는 예정신고와 확정신고의 관계, 부과제척기간에 관한 법리 등을 오해함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 이 부분 상고이유 주장은 이유 있다.
 4. 결론 
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 천대엽(재판장) 조재연 민유숙(주심) 이동원

구 소득세법 제110조 제4항 단서의 위임에 따라 대통령령이 정한 경우에 해당하지 않는 한 양도소득과세표준 예정신고를 한 자는 ‘당해 소득’에 대한 확정신고를 하지 않아도 되는지 여부(적극) 및 이는 예정신고를 한 양도소득 외에 동일한 과세연도에 귀속되는 양도소득이 더 있더라도 마찬가지인지 여부(적극)

구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제110조 제4항에 의하면 그 단서의 위임에 따라 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제173조 제4항 제1호, 제2호가 정한 경우에 해당하지 않는 한 예정신고를 한 자는 ‘당해 소득’에 대한 확정신고를 하지 않을 수 있고, 이는 예정신고를 한 양도소득 외에 동일한 과세연도에 귀속되는 양도소득이 더 있더라도 마찬가지이다.