증여세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2017.04.20 / 시행일:

【원고, 상고인】 재단법인 구원장학재단 (소송대리인 법무법인 충정 외 1인)
【피고, 피상고인】 수원세무서장 (소송대리인 변호사 조인호)
【원심판결】 서울고법 2011. 8. 19. 선고 2010누26003 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 각 상고이유보충서 등의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 가. 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제48조 제1항 본문은 ‘공익법인이 출연받은 재산’에 대하여는 증여세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 이는 공익법인의 활동을 조세정책적 차원에서 지원하기 위한 규정으로서, 공익법인이 영위하는 공익사업은 원래 국가 또는 지방자치단체가 수행하여야 할 업무라는 점을 고려한 것이다.
 그런데 법 제48조 제1항 단서는 ‘공익법인이 내국법인의 주식을 출연받은 경우 출연받은 주식 등이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 5를 초과하는 경우’에는 증여세를 부과하도록 규정하고 있다. 공익법인에 출연한 재산에 대하여 증여세를 부과하지 않는 점을 틈타서 공익법인에 대한 주식 출연의 방법으로 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용하면서도 상속세 또는 증여세를 회피하는 것을 막기 위한 것이다.
 한편 법 제48조 제1항 단서는 그 괄호 안에서 ‘법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서(이하 ‘제16조 제2항 단서’라고만 한다)의 규정에 해당하는 경우를 제외한다’고 규정함으로써 법 제48조 제1항 단서 규정에 의하여 증여세가 부과되는 범위를 제한하고 있다. 즉 법 제16조 제2항 단서는 ‘공익법인에 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식을 출연하는 경우’에는 증여세가 부과되지 않도록 규정하고 있다. 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 5를 초과하는 주식을 공익법인에 출연하더라도, 공익법인에 대한 주식 출연의 방법으로 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 우려가 없는 경우에는 다시 원칙으로 돌아가 증여세를 부과하지 않으려고 하는 것이다.
 나. 앞서 본 법 제48조 제1항과 제16조 제2항 단서의 규정을 종합하여 보면, 출연된 내국법인의 주식이 그 내국법인 발행주식 총수의 100분의 5를 초과하는 경우라고 하더라도 출연된 주식에 대하여 증여세를 부과하기 위해서는 그 출연자와 내국법인 사이에 ‘특수관계’가 인정되어야 한다.
이와 관련하여 위 단서 규정의 위임에 따른 구 상속세 및 증여세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18177호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다) 제13조 제4항은 “법 제16조 제2항 단서에서 ‘당해 공익법인의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인’이라 함은 다음 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 내국법인을 말한다.”라고 규정하고 있고, 제1호에서는 ‘출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자(출연자와 제6항 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말하되, 당해 공익법인을 제외한다)가 주주이거나 임원의 현원 중 5분의 1을 초과하는 내국법인’이라는 요건(이하 ‘주주 요건’이라고 한다)과 ‘출연자 및 그와 특수관계에 있는 자(출연자와 제6항 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다)가 보유하고 있는 주식의 합계가 가장 많은 내국법인’이라는 요건(이하 ‘최대주주 요건’이라고 한다)을 모두 갖춘 내국법인을 ‘당해 공익법인의 출연자와 특수관계에 있는 내국법인’으로 규정하고 있다.
 그러므로 위와 같은 ‘주주 요건’과 ‘최대주주 요건’을 모두 갖추어야 출연자와 내국법인 사이에 ‘특수관계’가 있다고 볼 수 있고, 그러한 경우에 비로소 공익법인에 출연된 내국법인의 주식에 대하여 증여세를 부과할 수 있는 것이다.
 다. 공익법인은 ‘종교·자선·학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업을 영위하는’ 법인이다(법 제16조 제1항). ‘공익을 목적으로 하는 사업’은 사회 구성원의 적극적인 참여가 있을 때 보다 성숙하고 완전한 모습으로 실현될 수 있는데, 공익법인은 여기서 중요한 역할을 담당한다. 이러한 인식에서 조세법은 오랫동안 공익법인에 재산을 출연하는 것에 대하여는 출연재산의 종류를 묻지 않고 과세를 하지 않았던 것이다. 따라서 공익법인에 대한 출연행위를 과세대상으로 하여, 통상적인 증여와 마찬가지로 최고 50%에 이르는 무거운 세율을 적용한 증여세를 수증자인 공익법인에게 부담시키기 위해서는 그에 합당한 근거가 뒷받침되어야 한다.
 그런데 주식 출연행위에 대해서만 법 제48조 제1항 단서를 신설하여 증여세를 부과하게 된 것은 일부 대기업이 상속세나 증여세를 회피하면서 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 악용하는 현상이 발생하자 이를 막기 위한 방책에서 비롯된 것이다. 이는 악용사례에 대한 예외적 대책이라 할 수 있다. 예외적 대책은 그 폐해를 막기 위하여 필요한 범위 내에서 적용되어야 한다. 공익법인에 대한 주식 출연행위 자체를, 상속세나 증여세를 회피하면서 내국법인에 대한 지배수단으로 악용하는 것이라고 함부로 낙인찍거나 추정해서는 아니 된다. 이 같은 잘못된 인식에 기초한 법 해석은 합헌적 해석의 테두리를 벗어날 위험이 크다. 오히려 현금 출연이 아닌 주식 출연의 방법이 공익법인의 견실한 재정적 기초를 위하여 긴요할 수도 있다.
 그렇다면 법 제48조 제1항 단서는, 상속세나 증여세를 회피하면서 내국법인에 대한 지배수단으로 악용할 가능성이 큰 주식 출연행위와 그렇지 않은 주식 출연행위를 합리적이고 조화롭게 구분해 낼 수 있는 방향으로 해석되어야 한다.
 2. 출연자가 공익법인에 내국법인의 주식을 출연하는 경우 출연과 동시에 출연자 자신이 보유하는 내국법인 주식의 합계는 출연한 주식의 수만큼 감소하고 공익법인이 보유하는 내국법인 주식의 합계는 출연받은 주식의 수만큼 증가한다.
 그런데 ‘최대주주 요건’은 출연자가 보유하고 있는 주식 및 그와 특수관계에 있는 자가 보유하고 있는 주식의 합계로서 결정되고, 출연자와 특수관계에 있는 자의 범위에서 출연을 받은 당해 공익법인도 제외되지 않는다. 시행령 제13조 제6항 제3호, 제19조 제2항 제4호에 의하면 시행령 제19조 제2항 제1호 내지 제3호의 자(이하 ‘주식 출연자 등’이라고 한다)가 공익법인 이사의 과반수를 차지하거나 그 공익법인이 주식 출연자 등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인에 해당하면 그 공익법인도 출연자와 특수관계에 있는 자에 해당한다. 따라서 출연자와 주식을 출연받은 공익법인이 이러한 특수관계에 있으면 공익법인이 출연받은 결과 보유하게 된 내국법인 주식이나 출연 당시 이미 보유하고 있던 내국법인 주식이 ‘최대주주 요건’을 결정하는 주식의 수에 포함된다.
 그러므로 출연자와 주식을 출연받은 공익법인 사이에 특수관계가 있는지, 어느 시점에 그러한 특수관계가 있게 되었는지에 따라 ‘최대주주 요건’에 해당하는지 여부가 달라질 수 있다. 이에 따라 ‘최대주주 요건’을 어느 시점을 기준으로 판단하느냐에 따라 출연자가 출연 전에 내국법인의 최대주주였다고 하더라도 출연 후에 최대주주가 되지 않을 수도 있고 출연 전에 최대주주가 아니었다고 하더라도 출연 후에 최대주주가 될 수도 있다.
 가. 법 제48조 제1항의 입법 취지가 내국법인 주식의 출연 전에 그 ‘내국법인의 최대주주였던 자’의 출연을 규제하고자 하는 것이라면 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연되기 전의 시점을 기준으로 판단하여야 하고, 주식의 출연 후에 그 ‘내국법인의 최대주주가 되는 자’의 출연을 규제하고자 하는 것이라면 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하여야 한다.
공익법인에 출연한 주식이 ‘출연자 및 그와 특수관계에 있는 자(이하 ‘출연자 등’이라고 한다)가 보유하고 있는 주식의 합계가 가장 많은 내국법인’의 주식인 경우에는, 내국법인에 대한 지배력을 바탕으로 배당 등에 관한 영향을 통하여 그 공익법인에 영향을 미침으로써 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 수 있으면서도 이러한 공익법인에 대한 주식 출연의 방법으로 상속세 또는 증여세를 회피할 수 있으므로, 이러한 폐해를 방지하고자 이와 같은 규정을 두게 된 것으로 이해된다.
따라서 ‘최대주주 요건’에 해당하는지 여부는 주식이 출연되기 전의 시점이 아닌 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하여야 한다. 비록 주식이 출연되기 전에 최대주주였다고 하더라도 그 출연에 따라 최대주주로서의 지위를 상실하게 되었다면 출연자는 더 이상 내국법인에 대한 지배력을 바탕으로 공익법인에 영향을 미칠 수 없고 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 수 없기 때문이다.
 이와 달리 ‘최대주주 요건’에 해당하는지 여부를 주식이 출연되기 전의 시점을 기준으로 판단하게 되면, 출연 전에 출연자 등이 내국법인의 최대주주였던 이상 증여세가 부과되어야 하고, 나아가 출연 후에 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 수 있는 사정이 있는지를 살펴볼 여지가 없게 된다. 이는 출연 전에 출연자 등이 내국법인의 최대주주였던 이상 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 악용하는 것으로 간주하는 결과가 된다. 이러한 해석은 합리적이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라 입법 취지에도 어긋나며 합헌적 해석의 한계를 크게 벗어나는 것이라고 할 수 있다.
 또한 이러한 판단 기준에 따르면 출연을 하면서 비로소 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 성립되어 공익법인이 이미 보유하고 있던 주식과 합하여 출연자 등이 내국법인의 최대주주가 되어 내국법인에 대한 지배력을 바탕으로 공익법인에 영향을 미침으로써 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 수 있게 되었는데도 출연 전에 출연자 등이 내국법인의 최대주주가 아니었다는 사정만으로 증여세를 부과할 수 없게 된다. 그 결과 공익법인에 대한 주식 출연의 방법으로 상속세 또는 증여세를 회피할 수 있게 되어 입법 취지를 관철할 수 없게 된다.
 그러므로 법 제48조 제1항의 입법 취지는 주식의 출연 전에 ‘내국법인의 최대주주였던 자’의 출연을 규제하고자 하는 것이 아니라 주식의 출연 후에 ‘내국법인의 최대주주가 되는 자’의 출연을 규제하고자 하는 것으로 이해된다.
 나. ‘내국법인의 최대주주였던 자’의 출연을 규제하고자 하는 것이 아니라 ‘내국법인의 최대주주가 되는 자’의 출연을 규제하고자 하는 것이라는 점은 법 제48조 제1항 단서의 규정과 법 제48조 제11항의 규정에서도 확인된다.
 (1) 법 제48조 제1항 단서는 ‘공익법인이 내국법인의 주식을 출연받은 경우로서, 출연받은 주식과 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식, 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인 외의 다른 공익법인에 출연한 동일한 내국법인의 주식을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 5를 초과하는 경우’에는 증여세를 부과하도록 규정하고 있다.
 이는 공익법인이 출연을 받은 후의 시점에서, 그 ‘출연받은 주식과 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인 발행주식 총수의 100분의 5를 초과하는 경우’를 과세요건으로 정한 것이다.
 이처럼 과세요건을 출연한 후의 시점을 기준으로 정하고 있다면, 그 적용을 배제하는 비과세요건인 법 제16조 제2항 단서 규정 역시 출연한 후의 시점을 기준으로 정하고 있다고 보아야 한다. 따라서 출연자와 내국법인 사이에 특수관계에 있는지를 결정하는 기준으로서의 ‘최대주주 요건’은 출연하기 전의 시점이 아니라 출연한 후의 시점을 기준으로 판단하여야 한다.
 그리고 위 단서 규정이 정하고 있는 다른 비과세요건인 ‘법 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 공익법인’이라는 요건은 뒤에서 보는 바와 같이 주식 출연자 등이 공익법인 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하는 경우에만 충족된다. 이러한 요건도 주식을 출연하기 전의 시점이 아니라 출연한 후의 시점을 기준으로 판단하여야 출연자에 의한 공익법인의 지배를 규제하고자 하는 입법 취지에 부합할 것이다. 따라서 같은 단서 규정이 정하고 있는 ‘출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식’이라는 요건 또한 같은 시점에 충족되어야 한다고 보아야 한다. 이 점에서도 위 요건이 구체적으로 규정된 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하여야 하는 것이 옳다는 것을 확인할 수 있다.
 (2) 법 제48조 제11항은 ‘제16조 제2항 단서에 해당하는 공익법인이 당해 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식을 당해 법인의 발행주식 총수의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 때에는 제48조 제1항의 규정에 의하여’ 증여세를 부과하도록 규정하고 있다. 이는 공익법인이 주식을 출연받은 때에는 법 제16조 제2항 단서가 규정하는 비과세요건을 충족하였으나 그 후 비과세요건을 충족하지 못하게 되는 때에는 공익법인이 내국법인의 지배수단으로 악용될 수 있다는 우려가 현실화된 것으로 보아 증여세를 부과하도록 한 것이다.
 출연자가 공익법인에 내국법인의 주식을 출연할 당시에는 공익법인 이사의 과반수를 차지하지 아니하여 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 없었으나 그 후 기존의 이사들로부터 공익법인에 대한 지배력을 이전받아 출연자 및 그의 친족·사용인 등이 공익법인 이사의 과반수를 차지한 때에는 그 시점에서 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 있게 된다.
 그에 따라 출연자의 출연으로 인하여 공익법인이 보유하게 되었던 내국법인의 주식뿐만 아니라 출연 당시 공익법인이 이미 보유하고 있던 내국법인의 주식까지 ‘최대주주 요건’을 결정하는 주식의 수에 포함되게 된다. ‘최대주주 요건’을 충족하게 되면 그 시점에서 법 제48조 제11항이 적용되어 공익법인에 증여세가 부과된다. ‘내국법인의 최대주주였던 자’의 출연이 아니라 ‘내국법인의 최대주주가 되는 자’의 출연을 규제하고자 하는 것임을 의미한다.
 (가) 출연 전에 출연자 등이 내국법인의 최대주주가 아니었으나 출연 당시 공익법인이 보유하고 있던 내국법인의 주식을 합하면 최대주주가 되는 경우를 상정한다.
 출연을 하면서 출연자 등이 공익법인 이사의 과반수를 차지하여 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 있게 된 경우, ‘최대주주 요건’을 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하면 출연자의 출연으로 인하여 공익법인이 보유하게 된 내국법인의 주식뿐만 아니라 공익법인이 출연 당시 이미 보유하고 있던 내국법인의 주식까지 ‘최대주주 요건’을 결정하는 주식의 수에 포함되어 최대주주가 되는 결과 증여세가 부과된다. 반면에 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연되기 전의 시점을 기준으로 판단하면 출연으로 인하여 공익법인이 보유하게 된 내국법인의 주식은 출연자 자신이 출연 전에 보유한 주식으로서 ‘최대주주 요건’을 결정하는 주식의 수에 포함되나 공익법인이 출연 당시 이미 보유하고 있던 내국법인의 주식은 포함되지 않게 되어 최대주주가 될 수 없는 결과 증여세가 부과되지 않는다.
 따라서 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연되기 전의 시점을 기준으로 판단하면, 출연자 등이 출연을 하면서 공익법인 이사의 과반수를 차지하여 특수관계가 있게 된 경우에는 과세할 수 없는 반면, 출연 당시에는 출연자와 공익법인 사이에 이러한 특수관계가 없었으나 그 후에 공익법인 이사의 과반수를 차지함으로써 특수관계가 있게 된 경우에는 과세할 수 있다는 이상한 결과가 생겨난다. 즉 출연을 하면서 최대주주가 된 경우에는 납세의무가 성립하지 않는 반면, 출연 당시에는 최대주주가 아니었으나 그 후 최대주주가 된 경우에는 납세의무가 성립하는 것이 된다. 법 제48조 제11항은 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 판단함을 전제로 규정하고 있는데도, 법 제48조 제1항을 적용함에 있어서 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연되기 전의 시점을 기준으로 해석하는 데에서 비롯되는 것이다. 납세의무의 성립은 그 성립 시점이 출연 당시이든 그 후이든 동일한 기준에 따라 확정되어야 옳다.
 (나) 출연 전에 출연자 등이 내국법인의 최대주주였으나 출연자가 공익법인에 출연한 내국법인의 주식을 제외하면 최대주주가 될 수 없는 경우를 상정한다.
 출연 당시 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 없는 경우, ‘최대주주 요건’을 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하면 출연자의 출연으로 인하여 공익법인이 보유하게 된 내국법인의 주식은 ‘최대주주 요건’을 결정하는 주식의 수에 포함되지 않게 되어 최대주주가 될 수 없는 결과 공익법인에 증여세가 부과되지 않는다. 반면에 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연되기 전의 시점을 기준으로 판단하면 출연 전에 출연자 등이 내국법인의 최대주주였으므로 공익법인에 증여세가 부과된다.
 따라서 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연되기 전의 시점을 기준으로 판단하면, 출연 당시 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 없어 최대주주가 아니었음에도 출연 전에 내국법인의 최대주주였던 사정만으로 납세의무의 성립이 인정되는 한편, 그 후 주식 출연자 등이 공익법인 이사의 과반수를 차지하여 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 있게 됨으로써 ‘최대주주 요건’을 충족하게 되는 경우 그 시점에서도 법 제48조 제11항에 의한 납세의무의 성립이 인정되는지가 문제 된다. 출연 당시에는 최대주주가 아니었음에도 납세의무가 성립하고, 그 후 최대주주가 됨으로써 다시 납세의무가 성립할 수 있게 된 것이다. 납세의무의 성립은 그 성립 시점이 출연 당시이든 그 후이든 동일한 기준에 따라 확정되어야 함에도, 법 제48조 제11항이 전제하고 있는 시점이 아니라 그와 다른 시점을 법 제48조 제1항의 해석 기준으로 삼은 데에서 비롯된 결과이다. 또한 주식 출연 후에 출연자 등이 공익법인 이사의 과반수를 차지하여 공익법인을 악용할 수 있는 상황이 그때서야 발생하였는데도, 이러한 사정과 무관하게 그보다 앞서 납세의무의 성립을 긍정하는 결과가 된다. 결국 출연 시점에서의 납세의무의 성립이 잘못된 것임을 알 수 있다.
 다. 법 제16조 제2항 단서는 ‘① 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서, ② 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조의 규정에 의한 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인에, ③ 당해 공익법인의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식을 출연하는 경우로서, ④ 대통령령으로 정하는 경우에는’ 증여세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.
 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 우려가 없다고 인정받기 위해서는 위 네 가지 요건을 모두 충족하여야 한다.
 이 사건의 쟁점은 그 가운데 ‘③ 당해 공익법인의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식을 출연하는 경우’에 관한 것이다. 이 요건은 내국법인에 대한 지배력을 바탕으로 배당 등에 관한 영향을 통하여 그 공익법인에 영향을 미침으로써 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 가능성을 차단하기 위한 것이다.
 반면에 ‘① 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 공익법인’이라는 요건은 주식을 출연받은 공익법인이 그 목적에 맞게 합리적으로 운영되도록 규제하는 한편, 주식 출연자가 공익법인을 직접적으로 지배함으로써 그 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 가능성을 차단하기 위한 것이다.
 ②의 요건은 ①과 ③의 요건이 충족되더라도 일정한 대기업집단과 특수관계에 있는 공익법인에 내국법인의 주식을 출연하는 경우에는 비과세 혜택을 부여하지 않겠다는 것이다. 나아가 ①, ②, ③의 요건이 모두 충족되더라도 ‘주무부 장관이 공익법인의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우’(시행령 제13조 제5항)라는 ④의 요건까지 충족되어야 비과세 혜택을 받게 된다. 뿐만 아니라 2015. 2. 3. 대통령령 제26069호로 개정된 상속세 및 증여세법 시행령 제13조 제5항에 의하면 이후 5년마다 ①의 공익법인에 해당하는지 여부를 재확인하도록 하고 있다.
 그런데 2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정된 상속세 및 증여세법과 2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정된 상속세 및 증여세법 시행령에 의하여 ①의 요건이 매우 강화되었다.
 개정된 법령에 따르면, ①의 요건이 충족되기 위해서는 ‘출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만 원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다)가 공익법인의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인’이어야 한다(위 상속세 및 증여세법 시행령 제13조 제3항 제2호).
 즉 공익법인이 주식을 출연받은 때에 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인 이사 현원의 5분의 1을 초과하고 있다면 ①의 요건을 충족하지 못하여 증여세가 부과된다. 그리고 주식을 출연받은 때에 위 요건을 충족하더라도 이후 이사 현원의 5분의 1을 초과하게 되면 ‘제16조 제2항 단서에 해당하는 공익법인이 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 규정하는 공익법인에 해당하지 아니하게 되는 때에는 제48조 제1항의 규정에 의하여 증여세 과세가액에 산입한다’라는 법 제48조 제11항의 규정이 적용되어 증여세가 부과된다.
 이에 따라 출연자 등이 공익법인의 이사 현원 가운데 그 의사결정을 지배할 수 있는 이사의 과반수에 훨씬 미달하는 5분의 1을 초과하여 차지하더라도 언제나 증여세가 부과되는 것이다. 이 규정에 의하여 출연자에 의한 공익법인의 직접적 지배가능성은 법적으로 확고하게 봉쇄된다. 이로써 공익법인의 직접적 지배에 의한 내국법인의 지배가 차단된다. 결국 출연자 등이 공익법인의 이사 현원 가운데 5분의 1 이하를 차지하는 경우에만 증여세가 부과되지 않는다.
 라. 이상에서 살펴본 바와 같이 ‘최대주주 요건’을 출연 후의 시점을 기준으로 판단하면, 출연자 등이 출연 전에 내국법인의 최대주주였음에도 출연 후에 증여세를 부과 받지 아니하는 경우는 출연 후의 시점에서 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 없어 최대주주의 지위를 상실할 뿐만 아니라 출연자 등이 공익법인 이사의 5분의 1 이하를 차지하는 때뿐임을 알 수 있다. 나아가 그에 더하여 일정한 대기업집단과 특수관계에 있는 공익법인에 대한 출연이어서는 아니 되고, 주무부 장관으로부터 주식 출연이 공익법인의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정을 받아야 한다. 입법자는 이러한 경우에는 출연자가 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 우려가 없다고 본 것으로 이해할 수 있다. 결국 위와 같은 매우 엄격한 요건의 충족을 전제로 내국법인의 최대주주에 대하여도 공익법인에 대한 주식 출연의 길을 열어주고 있는 것이다.
 그런데도 주식을 출연한 후에 출연자 등이 내국법인의 최대주주 지위에 있는지, 공익법인 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 차지하고 있는지에 관계없이, 출연 전에 내국법인의 최대주주였던 이상, 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용하는 것으로 간주하여 증여세를 부과함으로써 최대주주의 주식 출연을 사실상 봉쇄하여야 한다는 관점은 위와 같은 비과세요건 규정을 의미 없는 것으로 만들고 궁극적으로 조세법률주의를 중대하게 침해한다. 또한 이러한 관점은 출연 후에 출연자가 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 수 있게 되었는데도 증여세를 부과할 수 없는 문제를 발생시키고, 납세의무 성립에 있어서의 납득하기 어려운 모순 또는 충돌을 야기한다는 점에서도 받아들일 수 없다.
 결론적으로 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하여야 상속세나 증여세를 회피하면서 내국법인에 대한 지배수단으로 악용할 가능성이 큰 주식 출연행위와 그렇지 않은 주식 출연행위를 합리적이고 조화롭게 구분할 수 있으며, 조세법률주의를 지켜낼 수 있다고 할 수 있다. 그리고 위와 같은 규제 방식과 해석을 유지할 때 과잉금지의 원칙에 위배되지 아니하여 합헌적 입법과 해석의 테두리 안에 있을 수 있다.
 3. 가. 한편 앞서 본 바와 같이, 주식 출연 시 비과세 혜택을 받기 위해서는 출연자 등이 내국법인의 최대주주에 해당하지 않아야 하는데, 주식이 출연된 후의 시점에서 최대주주 여부를 판단함에 있어서는 내국법인의 주식을 출연받은 ‘당해 공익법인’이 출연자와 특수관계에 있는 자에 해당하는지도 따져보아야 한다. 이와 관련하여 시행령 제13조 제6항 제3호에 따라 준용되는 시행령 제19조 제2항 제4호(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라고 한다)는 ‘주식 출연자 등이 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인’을 그 출연자와 특수관계에 있는 자로 규정하고 있다.
위 규정들의 문언에 따르면 ‘당해 공익법인’도 비영리법인에 당연히 포함되므로, 위 규정들의 요건에 해당하는 경우에는 ‘출연자와 특수관계에 있는 비영리법인’이 될 수 있다. 시행령 제13조 제4항 제1호에서도 최대주주 요건과 관련된 특수관계에 있는 자의 범위에 당해 공익법인을 포함시킴으로써 이러한 점을 명확히 하고 있다. 따라서 ‘주식 출연자 등이 당해 공익법인 이사의 과반수를 차지’하거나 당해 공익법인이 ‘주식 출연자 등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인’에 해당한다면 출연자와 특수관계에 있는 자에 해당하게 되므로, 그 경우에는 출연으로 인하여 당해 공익법인이 보유하게 된 주식은 물론 출연 당시 당해 공익법인이 이미 보유하고 있던 내국법인의 주식을 포함시켜 최대주주에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다.
 나. 이 사건에서는 당해 공익법인이 ‘주식 출연자 등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인’에 해당하는지, 즉 ‘재산을 출연하여 비영리법인을 설립한 자’의 의미가 쟁점이다.
 아래에서 살펴보는 바와 같이 조세법규의 해석 원칙과 입법 취지, 이 사건 시행령 조항의 입법 연혁, 특수관계에 있는 비영리법인의 범위를 정한 다른 조세법규의 내용, 정관작성이나 이사선임 등의 설립행위가 공익법인의 운영과정에 미치는 영향력 등을 종합적으로 고려하면, 이 사건 시행령 조항에서 정한 ‘재산을 출연하여 비영리법인을 설립한 자’란 비영리법인의 설립을 위하여 재산을 출연하고 정관작성, 이사선임, 설립등기 등의 과정에서 그 비영리법인의 설립에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사한 자를 의미하는 것으로 보아야 한다.
 (1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로(대법원 2012. 7. 5. 선고 2012두3972 판결 등 참조), 이 사건 시행령 조항 중 ‘설립’의 의미를 도외시하거나 무의미한 것으로 만드는 해석은 허용될 수 없다. 납세의무자에게 불리한 결과를 초래하는 경우에는 더욱 그러하다.
 대법원은 법인세의 부당행위계산부인 규정의 적용요건인 특수관계자의 범위(대법원 2011. 7. 21. 선고 2008두150 전원합의체 판결 참조)나 소득세의 부당행위계산부인 규정의 적용요건인 특수관계자의 범위(대법원 2010. 11. 25. 선고 2009두4746 판결 참조) 등과 관련하여 그동안 조세법규를 엄격하게 해석하여 왔다. 마찬가지로 주식 출연자와 특수관계에 있는 비영리법인의 범위를 정한 이 사건 시행령 조항의 의미를 해석하는 때에도 주식 출연자 등이 재산을 출연하여 ‘설립한’ 법인이라는 문언에 충실하여야 한다. 이러한 문언에도 불구하고 이 사건 시행령 조항을 ‘주식 출연자 등이 재산을 출연하여 설립에 이른 비영리법인’이라는 의미로 해석하는 것은, 이 사건 시행령 조항 중 ‘설립’이라는 문언을 사실상 삭제함으로써 주식 출연자 등이 비영리법인의 설립을 위하여 재산을 ‘출연’한 경우에는 설립과정에 관여하지 않더라도 언제나 그 비영리법인을 특수관계자의 범위에 포함시키는 결과가 되어 채택할 수 없다.
 (2) 이 사건 시행령 조항의 문언에 충실하게 재산을 출연하여 비영리법인을 ‘설립’한 자로 해석하여야 비로소 관련 규정들과의 조화로운 해석이 가능하게 되고, 이 사건 시행령 조항의 입법 연혁에도 부합한다.
 이 사건 시행령 조항의 해석은 법 제16조 제2항 단서가 적용되는 범위에만 영향을 미치는 것이 아니라 상속세와 증여세 전반에 걸쳐 문제가 되는 특정인과 특수관계에 있는 비영리법인의 범위와 관련된다. 시행령 제19조 제2항의 규정은 저가양수·고가양도 시의 증여의제 규정(법 제35조), 증자에 따른 증여의제 규정(법 제39조), 전환사채 등에 대한 증여의제 규정(법 제40조), 특정법인과의 거래를 통한 이익에 대한 증여의제 규정(법 제41조), 주식 또는 출자지분의 상장 등에 따른 이익의 증여의제 규정(법 제41조의3), 금전의 대부에 따른 증여의제 규정(법 제41조의4) 등에서 정한 ‘특수관계에 있는 자’의 범위를 정한 총칙적인 규정이기 때문이다. 그런데도 공익법인에 대한 주식 출연행위와 관련하여 이 사건 시행령이 적용되어 증여세가 부과되는 때에만 다른 경우와 달리 예외적으로 ‘특수관계에 있는 비영리법인’의 범위를 훨씬 넓게 해석할 수는 없다.
 그리고 이 사건 시행령 조항은 저가양수행위에 대하여 증여세를 부과하는 것과 관련하여 특수관계에 있는 자의 범위를 정한 규정인 ‘양도자와 제1호 및 제2호의 자가 이사의 과반수이거나 설립을 위한 출연금의 100분의 50 이상을 출연하고 그중 1인이 설립자인 비영리법인’이라는 조항(1990. 12. 31. 대통령령 제13196호로 개정된 상속세법 시행령 제41조 제2항 제4호)이 개정과정에서 다소 변형된 것이고, 위 시행령 제41조 제2항 제4호는 법인세의 부당행위계산부인 규정과 관련하여 특수관계에 있는 자의 범위를 정한 규정인 ‘제1호 및 제2호에 게기하는 자가 이사의 과반수이거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인’이라는 조항(1990. 12. 31. 대통령령 제13195호로 개정된 법인세법 시행령 제46조 제1항 제7호)을 그대로 본받아 입법한 것이다. 한편 현행 법인세법은 부당행위계산 부인규정의 적용과 관련하여 ‘해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 비영리법인의 이사의 과반수를 차지하거나 비영리법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그중 1인이 설립자인 경우’에 해당 법인이 그 비영리법인과 특수관계에 있는 것으로 정하고 있다(법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제87조 제1항 제4호, 제2항, 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 제2호).
 이러한 상속세법 시행령 제41조 제2항 제4호의 규정 등에 따르면, 특정인이 비영리법인의 설립을 위한 출연금의 100분의 50 이상 또는 100분의 30 이상을 ‘출연’한 것만으로는 그 특정인이 비영리법인과 특수관계에 있다고 볼 수 없다.
 (3) 또한 이 사건 시행령 조항의 ‘비영리법인’에는 재단법인뿐만 아니라 ‘사단법인’도 포함되므로 이 또한 염두에 두어야 한다. 비영리사단법인은 2인 이상의 설립자가 법인의 근본규칙인 정관을 작성한 다음 주무관청의 허가를 얻어 설립등기를 함으로써 설립한다. 재산의 출연은 재단법인을 설립하는 데 불가결한 요소이지만, 비영리사단법인의 설립을 위하여 재산을 출연하여야 하는 것은 아니다. 비영리사단법인의 경우에는 재산의 출연이 아니라 정관작성 등 설립행위가 법인설립의 핵심적인 요소라고 할 수 있으므로, 주식 출연자가 재산을 출연함으로써 비영리사단법인이 설립에 이르게 된다고 볼 수 없다. 한편 재단법인의 경우에도 재산의 출연만으로 재단법인이 설립되는 것은 아니고 정관작성 등 설립행위가 있어야만 재단법인이 설립될 수 있다는 점에서 이 사건 시행령 조항 중 ‘설립’이라는 문언은 중대한 의미를 갖는다.
 (4) 한편 시행령 제19조 제2항은 제6호에서 출연자와 ‘출연자와 제1호 내지 제5호의 자가 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인’이 특수관계에 있다고 규정하고 있다. 이는 출연자와 특수관계에 있는 ‘영리법인’의 범위를 정한 규정이다.
 영리법인에 ‘출자’한 주식 출연자는 출자자의 지위에서 영리법인의 의사결정과정에 참여할 수 있는 반면, 비영리법인에 ‘출연’한 주식 출연자는 출자자와 달리 출연자의 지위에서 비영리법인의 의사결정과정에 참여할 방법이 없다.
 이 사건 시행령 조항을 ‘주식 출연자 등이 재산을 출연하여 설립에 이른 비영리법인’이라고 해석하면, 비영리법인의 설립을 위하여 출연한 적이 있는 주식 출연자는 그 비영리법인의 의사결정과정에 참여할 아무런 방법이 없는 경우에도 단지 비영리법인 설립을 위하여 출연하였다는 이유만으로 특수관계에 있게 된다. 영리법인의 출자자의 지위에 있는 주식 출연자가 영리법인이 발행한 주식총수의 100분의 30 이상을 보유한 때에 한하여 그 영리법인과 특수관계에 있는 점을 고려하면, 이와 같은 해석은 비영리법인과 특수관계에 있는 자의 범위를 합리적 이유 없이 확장하는 해석으로 받아들이기 어렵다.
 (5) 나아가 위와 같은 ‘설립’의 구체적 의미에 관하여 살펴본다.
 공익법인의 사무집행은 정관에 다른 규정이 없으면 이사의 과반수로써 결정하므로(민법 제58조), 주식 출연자 등이 공익법인 이사의 과반수를 차지하는 경우 주식 출연자가 그 공익법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있다. 이 사건 시행령 조항은 이처럼 비영리법인에 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 자를 그 비영리법인과 특수관계에 있는 자로 정한 규정이다. 따라서 ‘주식 출연자 등이 재산을 출연하여 설립한 비영리법인’의 문언 또한 이와 같은 입법 취지에 부합할 수 있도록 그 의미를 새겨야 한다.
 출연재산은 재단법인의 물적 기초이고, 그것이 없으면 재단법인은 설립될 수 없다. 그러나 설립 이후의 재단법인의 운영은 설립 당시 작성된 정관과 최초 선임된 이사들에 의하여 지배된다고 할 수 있다.
 재단법인의 목적이나 이사의 임면에 관한 규정, 사무집행에 있어서의 의사결정방법 등은 정관에 기재되고, 재단법인의 정관은 그 변경방법을 정관에 정한 때에 한하여 변경할 수 있으며(민법 제45조 제1항), 정관의 변경은 주무관청의 허가를 받지 아니하면 그 효력이 없다(민법 제42조 제2항, 제45조 제3항). 이로써 설립 당시 작성된 재단법인의 정관은 특별한 사정이 없는 한 이후 재단법인의 근본규칙으로서 재단법인의 운영을 영속적으로 지배하게 된다. 그리고 설립 당시 선임된 이사들은 설립된 법인의 기초를 세우는 사무집행을 할 뿐만 아니라, 이후 후임이사의 선출 등을 통하여 사무집행의 연속성을 확보할 수 있다. 이와 같이 설립 당시의 정관작성이나 이사선임 등은 이후 재단법인의 운영 방식과 내용에 결정적 영향을 미친다.
 이 사건 시행령 조항은 이러한 점을 고려하여 비영리법인의 설립을 위하여 재산을 출연하고 정관작성, 이사선임 등의 과정에서 그 비영리법인의 설립에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사한 자는 그 비영리법인의 의사결정을 좌우할 수 있다고 보아 그 비영리법인과 특수관계에 있다고 정하고 있는 것이다.
다만 주식 출연자가 비영리법인의 설립에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사하였는지는 반드시 발기인 등의 지위에서 정관작성 또는 이사선임 과정 등에 참여한 경우로 한정할 것은 아니고 정관작성이나 이사선임에서 출연자의 관여 정도 등과 같이 그 실질을 따져 판단하여야 하며, 설립 이후 주식 출연자의 행태 등을 통하여 이를 추단할 수도 있다.
 4. 가. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 ‘재산을 출연하여 비영리법인을 설립한 자’는 ‘재산을 출연하여 비영리법인의 설립에 이른 자’를 의미하고 설립행위를 할 것을 필요로 하는 것은 아니라고 전제한 다음, 소외 1이 공익법인인 원고의 설립과정에서 재산을 출연한 이상 원고는 소외 1이 ‘재산을 출연하여 설립한 비영리법인’에 해당하고, 따라서 소외 1과 원고 사이에는 특수관계가 있다고 판단하였다.
 나. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 시행령 조항에서 정한 ‘재산을 출연하여 비영리법인을 설립한 자’란 비영리법인의 설립을 위하여 재산을 출연하고 나아가 정관작성, 이사선임 등의 과정에서 그 비영리법인의 설립에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사한 자를 의미한다. 그런데 원심판결 이유에 의하면, 소외 1과 그의 6촌 동생인 소외 2가 원고에게 내국법인인 주식회사 수원교차로(이하 ‘수원교차로’라고만 한다) 발행의 주식을 출연한 후에 소외 1이 같은 주식의 10%를, 원고가 같은 주식의 90%를 각 보유하고 있음을 알 수 있다. 따라서 원고가 소외 1 등이 ‘재산을 출연하여 설립한 공익법인’에 해당하여야 주식의 출연자인 소외 1이 주식을 출연받은 원고와 ‘특수관계에 있는 자’에 해당하게 되고, 그 결과 원고가 보유하게 된 수원교차로 주식 90%도 ‘최대주주 요건’을 결정하는 주식의 수에 포함시킬 수 있다.
 따라서 소외 1 등이 원고에게 주식을 출연한 사실이 인정된다고 하더라도, 원심으로서는 나아가 소외 1 등이 원고의 정관작성, 이사선임 등의 설립과정에서 실질적으로 지배적인 영향력을 행사함으로써 원고를 설립한 것으로 볼 수 있는지를 더 면밀하게 심리할 필요가 있다.
 다. 그럼에도 원심은 원고가 소외 1 등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인에 해당함을 전제로, 소외 1 등이 원고와 이 사건 시행령 조항에서 정한 ‘특수관계에 있는 자’에 해당한다고 보아 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 이 사건 시행령 조항의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 5. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
 이 판결에는 대법관 김용덕, 대법관 김소영, 대법관 박상옥의 반대의견이 있는 외에는 관여 법관의 의견이 일치되었고, 다수의견에 대한 대법관 김창석의 보충의견, 반대의견에 대한 대법관 김용덕의 보충의견이 있다.
 6. 대법관 김용덕, 대법관 김소영, 대법관 박상옥의 반대의견은 다음과 같다.
 가. 상속세 및 증여세법은 공익법인이 출연받은 재산이 주식인지 여부에 따라 증여세 부과를 달리하도록 하는 구분을 유지하여 왔다.
 공익법인이라고 하여 당연히 증여세를 면할 수는 없다. 법 제2조는 재산을 타인에게 무상으로 이전하는 것 등을 증여세 과세대상으로 규정하고, 제4조 제1항은 비영리법인을 포함한 수증자는 증여세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으므로, 비영리법인의 하나인 공익법인이 재산을 무상으로 이전받으면 원칙적으로 증여세를 납부할 의무가 있다. 다만 법 제48조 제1항에서 공익법인이 출연받은 재산이 주식인지 여부에 따라 일정한 경우에 증여세 과세가액에 산입하지 아니하도록 규정하고 있을 따름이다.
 연혁적으로 살펴보더라도, 법은 이미 오래전부터 출연재산이 주식인지 아닌지에 따라 공익법인에 대한 증여세 부과를 달리하도록 정하여 왔다. 1990. 12. 31. 개정법은 공익법인이 일정한 한도를 초과하는 주식을 출연받은 경우 그 초과분을 증여세 과세가액에 산입하도록 규정하였고, 다시 1993. 12. 31. 개정법에서는 공익법인이 출연받은 재산을 사용하여 위 한도를 초과하는 주식을 취득한 경우 초과분 주식의 취득에 사용한 재산 가액을 증여세 과세가액에 산입하도록 정하였다. 공익법인이 주식을 보유하고 영리법인인 주식회사를 운영하는 것은 종교·자선·학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업을 영위한다는 공익법인 본래의 목적과 어울리지 아니하기 때문이다. 미국의 경우 공익법인이 보유한도 20%를 넘어 주식을 보유하면 보유주식 가치의 10%에 상당하는 규제세를 부과하는 것도 바로 이러한 고려에 바탕을 둔 것이다.
 다만 공익법인이 주식을 보유하여 얻는 수익을 공익사업의 재원으로 활용할 수 있다면 결국 공익사업의 원활한 수행에 도움이 될 수 있다는 점을 반영하여, 2000. 12. 29. 개정된 법 제48조 제1항과 제2항에서 종전의 엄격한 태도를 완화하여 한도를 초과하는 주식의 출연이나 취득이라도 일정한 요건 아래 증여세 과세가액에 산입하지 아니하도록 하였다.
 공익법인은 다수의 이익, 즉 공익에 관계되는 사업을 하는 것이지 국가나 지방자치단체를 대신하는 것이 아니므로, 공익법인이 출연받은 재산에 관하여 증여세를 부과할지 여부는 순전히 입법정책에 달린 문제이다. 더욱이 공익법인이 영리법인인 주식회사의 주식을 보유하는 것은 공익법인의 본래 목적과 존재 의의에 맞지 아니한다. 이에 우리 법은 이미 오래전부터 공익법인이 주식을 출연받은 경우에는 원칙적으로 증여세를 과세하는 태도를 취하여 오다가, 이 사건에서 문제 되는 2000. 12. 29. 개정법에서부터 이를 완화하여 절충적인 태도를 취한 것이다.
 나. 법 제48조 제1항은 출연자가 지배하고 있던 특정한 기업의 승계수단으로 공익법인을 이용할 수 있는 경우에만 증여세를 과세하도록 정한 것이다.
 (1) 공익법인이 기업을 지배할 수 있는 정도의 주식을 보유하면 곧바로 공익법인을 지배하는 자가 공익법인을 통하여 주식 발행기업을 간접적으로 지배할 수 있는 구조가 생성된다. 이러한 간접적 지배구조 자체를 차단하고자 한다면 앞서 본 2000. 12. 29. 개정 전의 법과 같이 공익법인이 일정한 한도를 초과하여 주식을 보유할 경우 예외 없이 증여세를 과세하는 것이 맞다. 그런데 2000. 12. 29. 개정된 법 제48조 제1항 단서의 괄호 부분은 이와 달리 한도를 초과한 주식 출연이라도 ‘출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식’인 경우에는 증여세를 비과세하도록 하였고, 시행령은 주주 요건 및 최대주주 요건이 충족되는 경우 위 특수관계가 있는 것으로 규정하였다.
 규정의 형식과 구조가 복잡하지만 이를 단순하게 풀어보면 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식이 출연되는 경우에만 증여세를 과세하고, 그 외의 주식인 경우에는 증여세를 비과세한다는 뜻이다. 주주 요건과 최대주주 요건은 출연자와 그 특수관계자가 주주이면서 최대주주인 내국법인, 즉 출연자가 지배하는 기업인 경우를 의미한다. 따라서 법 제48조 제1항 단서는 다수의견이 이해하는 바와 같이 공익법인을 이용한 기업의 간접적 지배구조의 형성 자체를 차단하고자 하는 것이 아니라, 출연자가 기존에 지배하고 있던 특정한 기업의 주식을 출연함으로써 공익법인을 특정기업의 간접적 승계의 수단으로 이용하는 경우에만 증여세를 과세하도록 규정하고 있음이 명확하다. 다시 말하면, 종전에는 증여세가 비과세되는 출연한도를 발행주식 총수의 5%로 정하였다가, ‘5%를 초과하나 출연자가 최대주주는 아닌 경우’까지로 완화하여 비과세 한도를 높여 준 것이다.
법 제48조 제2항의 입법 취지 역시 이와 동일하다. 이 규정은 공익법인이 출연받은 재산을 일정 한도를 초과하는 내국법인의 주식 취득에 사용하는 경우 그 사용재산의 가액을 원칙적으로 증여세 과세가액에 산입하되, 다만 ‘출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식’의 취득인 경우에는 증여세를 비과세하도록 규정하고 있다. 공익법인이 출연재산을 사용하여 출연자가 지배하고 있는 기업의 주식을 취득하는 경우에는 출연자의 간접적인 기업 승계에 이용되는 것이므로 증여세를 과세하고, 출연자가 지배하지 아니하는 기업의 주식을 취득하는 경우에는 순수하게 공익사업의 재원을 확보하기 위한 공익법인의 활동으로 볼 수 있으므로 증여세를 비과세하도록 한 것이다.
따라서 법 제48조 제1항과 관련한 주주 요건과 최대주주 요건의 판단 기준시점은 주식의 출연 당시라고 볼 수밖에 없다. 법 문언이 “출연자와 ‘특수관계에 있지 아니하는’ 내국법인의 주식 등을 ‘출연하는’ 경우”라고 규정하여 출연 당시를 기준으로 출연자와 내국법인 사이의 특수관계 유무를 판단하도록 규정한 것은 이러한 취지를 정확히 반영한 것이고, 따라서 최대주주 요건이 충족되었는지를 다수의견과 같이 주식이 출연된 이후의 시점을 기준으로 판단할 여지는 없다.
 (2) 출연 당시를 기준으로 볼 때에만 비로소 ‘주주 요건’의 기능과 취지가 모순 없이 드러난다. 이 요건은 법 제48조 제1항보다도 제2항에서 중요한 의미를 갖게 된다.
제1항을 보완하기 위한 것으로 제1항보다 3년 늦게 1993. 12. 31. 개정법에서 신설된 법 제48조 제2항은 공익법인이 일단 주식 외의 재산을 출연받은 후에 그 재산을 사용하여 주식을 취득하는 경우 일정한 요건 아래 당초 출연받은 재산에 대하여 증여세를 과세하도록 하고 있다. 2000. 12. 29. 개정법에서 법 제48조 제1항과 제2항이 동시에 개정되면서 종전의 일률적인 ‘5% 초과 출연 또는 취득 제한’을 동일하게 완화한 것은, 앞서 본대로 출연자가 지배하던 특정한 기업의 승계수단으로 이용되지 않는 한도에서 공익법인의 주식 취득을 허용하고자 한 것이다.
 이에 따라 공익법인이 출연받은 재산으로 주식을 취득할 당시를 기준으로 하여 출연자 및 그 특수관계자가 위 주식을 발행한 내국법인의 주주가 아니라면, 출연자가 지배하는 기업의 간접적 승계에 이용된다고 볼 여지가 없으므로 ‘주주 요건’을 결여하여 증여세 비과세대상이 되도록 한 것이다. 이때 ‘주주 요건’에서 당해 공익법인을 특수관계자의 범위에서 제외한 이유는, 출연자 및 당해 공익법인을 제외한 출연자의 특수관계자가 해당 내국법인의 주식을 보유하지 않고 있을 경우, 출연자가 공익법인의 의사결정에 영향을 미쳐 자기가 지배하는 기업을 간접적으로 승계하려는 경우라기보다 공익법인이 자율적으로 이미 보유하던 내국법인 주식을 추가로 취득하는 경우로 볼 수 있으므로, 이를 허용하여 공익사업의 재원 마련에 길을 열어주기 위한 것이다.
 또한 ‘주주 요건’을 충족하더라도 ‘최대주주 요건’을 충족하지 않는다면 출연자가 지배하고 있는 기업의 승계에 이용되는 경우가 아니므로 증여세 비과세대상이 되도록 하였다. 출연자가 지배하는 내국법인인지 여부를 판정할 때에는 당해 공익법인이 특수관계자일 경우 그 보유 주식까지 포함하여 살펴볼 필요가 있으므로 ‘최대주주 요건’에서는 출연자의 특수관계자의 범위에서 당해 공익법인이 당연히 제외되지 않도록 규정한 것이다.
 한편 법 제48조 제1항에서는 출연자가 직접 공익법인에 주식을 출연하는 경우가 적용대상이기 때문에 ‘주주 요건’은 ‘최대주주 요건’과 따로 따질 필요 없이 항상 자동적으로 충족되는 결과가 되지만, 이는 2000. 12. 29. 개정법에 법 제48조 제1항과 제2항을 개정하면서 그에 관한 시행령을 마련할 때 각각의 하위규정을 따로 두는 대신에 ‘주주 요건’과 ‘최대주주 요건’을 정한 조문으로 시행령 제13조 제4항 제1호만을 두고 이를 준용하는 구조를 택한 탓에 이러한 내용을 반영하여 동일한 모습이 된 것으로 보이고, 그렇다고 해도 ‘주주 요건’과 ‘최대주주 요건’을 출연 당시를 기준으로 해석하는 데 아무런 모순이나 장애가 없다. 더욱이 시행령 조항에서 모법의 위임을 받아 특수관계 유무의 판단시점을 정한 것도 아니다. 그렇다면 특수관계 유무의 판단시점은 법률 규정을 근거로 하여 출연 당시를 기준으로 판단하면 족하다.
 다. 이와 달리 출연 직후를 기준으로 출연자와 내국법인 간의 특수관계 유무를 판단하는 다수의견은 법 제48조의 취지와 규율대상을 잘못 이해한 것이다.
 (1) 다수의견은 법률 문언을 벗어난 견해이다. “출연자와 ‘특수관계에 있지 아니하는’ 내국법인의 주식 등을 ‘출연하는’ 경우”라는 문언을 “출연자와 ‘출연 직후 특수관계에 있지 않게 되는’ 내국법인의 주식 등을 출연하는 경우”라고 법 문언을 고쳐서 읽어야만 비로소 도출될 수 있는 해석이다. 다수의견은 출연자가 공익법인에게 내국법인 주식을 출연한 결과 그 내국법인의 최대주주가 되는지 여부를 판단한다는 것으로서, 출연자가 자기 손에 있던 주식을 내어놓음으로써 곧바로 자신이 최대주주가 된다는 상상하기 어려운 상황을 전제로 한 해석이다.
 한편 다수의견은 공익법인에 출연한 주식이 출연자 및 그 특수관계자가 보유하고 있는 주식의 합계가 가장 많은 내국법인의 주식인 경우에는 내국법인에 대한 지배력을 바탕으로 배당 등에 관한 영향을 통하여 그 공익법인에 영향을 미칠 수 있게 된다고 한다. 이를 바탕으로 다수의견은, 주식이 출연됨에 따라 출연 직후에 출연자 및 그 특수관계자가 내국법인의 최대주주 지위를 상실하게 되었다면 더 이상 내국법인에 대한 지배력을 바탕으로 공익법인에 영향을 미칠 수 없게 된다고 하면서, 주식이 출연된 시점을 기준으로 최대주주 요건이 충족되었는지를 판단하는 것이 타당하다고 보고 있다.
 그러나 이러한 논거는 다수의견이 설정한 법 제48조의 규율 대상인 ‘공익법인을 통한 내국법인의 간접적 지배구조’의 관점에서 보더라도 잘못된 논리이다. 출연자가 공익법인에 재산을 상당 부분 출연하거나 그 운영진을 장악함으로써 지배력을 갖고 있다면 굳이 공익법인이 보유하는 주식의 배당을 통하여 공익법인에 영향을 미칠 수 있는지를 따질 필요가 없다. 반면 출연자가 위와 같은 지배력을 갖고 있지 않다면 그 자체로 곧바로 공익법인에 영향을 미칠 수 있는 지위가 아니라는 결론에 이르러야 할 것이지, 배당을 통하여 공익법인에 대한 영향력이 있다고 볼 수는 없다. 공익법인에 주식을 출연한 후 주식 발행법인의 배당에 영향을 미쳐 간접적으로 출연자의 의사를 공익법인에 반영할 수 있는지 여부는 재산 출연에 따른 부수적인 효과 중 하나에 불과한 것이지, 공익법인의 지배수단이 될 수는 없는 것이다. 만약 입법자가 이를 토대로 출연자의 공익법인에 대한 지배력 유무를 판단하도록 하였다면 ‘출연된 주식이 당해 공익법인의 재산 중 차지하는 비중’을 요건으로 두었어야 할 터이다. 무엇보다 위 논거는 ‘내국법인에 대한 지배’를 바탕으로 ‘공익법인에 영향’을 미쳐 다시 ‘공익법인을 내국법인의 지배수단으로 이용’한다는 것인데, 이는 이미 지배하고 있는 내국법인을 다시 공익법인을 통하여 지배한다는 순환논법에 불과하다.
 (2) 다수의견에 의하면 법 제48조 제1항에 관하여 합리화할 수 없는 과세공백이 발생한다. 먼저 특정한 기업의 최대주주인 출연자가 보유주식 전부를 출연하는 경우, 다수의견에 따르면 출연자는 출연 직후 더 이상 해당 내국법인의 주주가 아니어서 ‘주주 요건’을 충족할 수 없게 되므로, 이어 살펴 볼 출연자와 공익법인 사이의 특수관계 유무 등과 상관없이 항상 증여세가 비과세된다. 그러나 이와 같은 경우에 다수의견의 논리에 의하더라도 출연자가 공익법인을 통하여 내국법인에 대한 지배력을 가질 수 있는 경우에 해당하고, 반대의견의 입장에서 보면 특정한 기업의 승계수단으로 이용하는 경우이므로, 어떠한 견해에 의하더라도 증여세가 과세되어야 한다.
 이러한 문제점은 ‘주주 요건’이 왜 필요한지를 설명하지 못하는 다수의견의 근본적인 난점에서 비롯되는 것이다. 다수의견은 출연 직후를 기준으로 출연자와 당해 공익법인을 포함한 특수관계자가 내국법인의 최대주주인 경우 출연자가 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용하는 것이므로 증여세를 과세하여야 한다고 본다. 이에 따르자면 앞서의 주식 전부 출연의 경우에도, 당해 공익법인이 다수의견의 기준에 따른 출연자의 특수관계자에 해당하고 동시에 출연 직후를 기준으로 최대주주가 된다면, 출연자와 특수관계자가 공익법인을 내국법인의 지배수단으로 이용하는 것이 아니라고 할 도리가 없으므로 마땅히 증여세를 과세하여야 한다. 출연자와 그 특수관계자가 최대주주가 된 이상, 출연 직후에 출연자의 명의로 내국법인 주식을 여전히 1주 보유하든 전혀 보유하지 않든 간에 내국법인을 지배하는 데에는 아무런 차이가 없다. 그런데도 다수의견은 ‘주주 요건’을 출연 직후 시점으로 판단하도록 하는 결과 이 경우 증여세가 비과세된다는 결론에 이르게 되며, 다수의견의 논리에 따르면 ‘주주 요건’은 있어서는 안 되는 규정이 되어버리는 것이다.
 또한 다수의견에 따르면 이미 다른 사람에 의하여 설립되어 있는 공익법인에 주식을 출연함으로써 손쉽게 증여세를 피할 수 있는 불합리한 결과가 초래된다. 다수의견에 따라 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 ‘최대주주 요건’을 판정할 때에는 출연 직후 주식을 넘겨받게 되는 당해 공익법인이 출연자의 특수관계자, 즉 다음에서 보는 출연자가 주식을 ‘출연하여 설립한 공익법인’인지 여부가 매번 문제 된다. 그런데 다른 사람에 의하여 이미 설립되어 있는 공익법인인 경우에는 위와 같은 출연자의 특수관계자에 해당할 여지가 없으므로, 그 결과 주식 출연이 많이 이루어질수록 출연 직후에 당해 공익법인을 제외한 출연자 및 특수관계자만으로는 ‘최대주주 요건’을 충족하기 어려워 증여세 비과세대상이 될 가능성이 높아진다. 이를 용인하게 되면, 출연자가 새로 공익법인을 설립할 것이 아니라 이미 설립된 작은 규모의 공익법인에 보유주식을 전부 또는 일부 출연하는 방법으로 증여세를 피한 후 그 공익법인의 운영진을 장악하여 간접적인 기업 승계를 이룰 수 있게 된다. 이런 불합리한 결과를 초래하고자 하는 것이 다수의견의 의도는 아닐 것이다.
 그런데도 다수의견과 같이 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 ‘주주 요건’과 ‘최대주주 요건’을 판단하도록 한다면, 이는 공익법인을 이용하여 기업을 간접적으로 승계하고자 하는 출연자에게 손쉬운 조세회피의 길을 닦아주는 결과가 되고 만다.
 (3) 이와 같은 과세공백은 법 제48조 제11항에 의하여도 해결되지 아니한다. 다수의견은 법 제48조 제11항의 사후관리 규정에 의하여 확고한 통제가 가능하다고 하지만, 이는 주식 출연 단계에서 법 제48조 제1항에 따른 증여세 비과세 범위를 어떻게 볼 것인가라는 물음에 관한 적절한 대답이 아니다. 사후관리 규정이 있으니 비과세 범위를 넓게 보아도 된다는 식이라면 애초에 법이 주식 출연단계에서 왜 굳이 증여세를 과세하는 요건을 두고 있는지 설명할 수 없다. 더군다나 법 제48조 제11항에 의하여 충분한 사후관리가 이루어질 수도 없다. 즉 이미 다른 사람에 의하여 설립된 공익법인에 주식을 출연하는 경우에, 사후에 출연자가 공익법인의 이사장이 되는 등의 방법으로 공익법인과 내국법인을 차례로 지배할 경우에도 법 제48조 제11항에 의한 사후관리대상은 되지 않는다.
 한편 출연자가 공익법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 차지하는 경우에 법 제48조 제11항에 따라 증여세를 과세하도록 하는 규정은 2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정된 상속세 및 증여세법과 그에 따라 2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정된 상속세 및 증여세법 시행령(이하 ‘2007. 12. 31. 개정법령’이라 한다)에서 비로소 추가된 내용이므로, 다수의견에서 법 제48조 제1항 단서 괄호의 비과세요건 중 ‘제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 공익법인’ 부분이 출연자가 공익법인을 직접적으로 지배하는 것을 차단하기 위한 요건이라고 보는 것은 이 사건의 적용법령인 2007. 12. 31. 개정 전 법에 관하여는 맞지 아니하는 내용이다. 더욱이 출연자가 공익법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 않더라도 이사장 지위만 차지하는 등 공익법인을 장악할 수 있는 길이 얼마든지 있으므로, 2007. 12. 31. 개정법령에 의하더라도 완전한 사후관리가 이루어진다고 할 수는 없다. 법은 기본적으로 공익법인에 대한 주식 출연단계에서 증여세 과세 여부를 가려내고, 이후 사후관리규정으로 일부 보완하는 데 그치고 있는 것이지, 온전히 사후관리에만 맡겨둔 것이 아니다.
 (4) 한편 다수의견은 법 제48조 제1항 단서가 공익법인이 출연을 받은 후의 시점에서, 그 ‘출연받은 주식과 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인 발행주식 총수의 100분의 5를 초과하는 경우’를 과세요건으로 정하고 있으므로, 비과세요건인 법 제16조 제2항 단서도 출연한 후의 시점을 기준으로 정하고 있다고 주장한다.
 그러나 법 제48조 제1항 단서는 출연 전에 당해 공익법인이 이미 ‘보유하고 있는 주식’ 등과 ‘출연받은 주식’을 합산하여 출연 한도의 초과 여부를 판정하도록 하는 규정이다. 이러한 합산 규정은 1993. 12. 31. 개정법에서 처음 도입되었는데, 출연 한도를 20%에서 5%로 낮추는 한편, 출연주식에 대한 증여세 과세제도가 도입된 1990. 12. 31. 개정법 이전부터 당해 공익법인이 이미 보유하던 주식이 있는 경우에도 이를 합산함으로써 공익법인에 대한 주식의 출연 제한을 보다 강화하고, 주식의 분산출연도 방지하기 위하여 마련된 것이다. 이처럼 법 제48조 제1항 단서는 출연 시 증여세가 비과세되는 한도를 규정하고 있는 것이고, 그에 따른 출연 한도의 초과 여부가 출연 시점에서 판정되는 것에 불과하다. 이를 두고 법 제48조 제1항 단서가 그 과세요건을 출연한 후의 시점을 기준으로 정하고 있다고 보는 것은 출연에 따른 증여세 납세의무가 출연 이후에 성립한다는 점을 지적하는 의미를 가질 뿐이다. 반면 출연자가 위와 같은 한도를 초과하는 주식 출연을 하였을 때 그 주식이 ‘출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식’에 해당하는지 여부는 예외적으로 비과세되는 주식인지 여부, 구체적으로는 시행령 제13조 제4항 제1호의 ‘주주 요건’ 및 ‘최대주주 요건’을 ‘출연 직전’과 ‘출연 직후’ 중 어느 시점을 기준으로 판정해야 하는지에 관한 문제이다. 다수의견의 논지는 출연 시 비과세되는 주식의 ‘한도’를 정하는 문제와 그 한도를 초과하였음에도 예외적으로 과세되지 않는 비과세요건의 판정 시점을 정하는 문제를 구분하지 않은 전제에서 이루어진 것이다.
 (5) 또한 다수의견은, 출연 직전 시점으로 출연자와 내국법인의 특수관계 유무를 판단하는 반대의견이 법 제48조 제11항과 양립할 수 없는 모순을 초래한다고 주장한다.
 (가) 먼저 다수의견은 “출연 전 출연자 등이 내국법인의 최대주주가 아니었으나 출연을 하면서 출연자 등이 공익법인 이사의 과반수를 차지하여 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 성립하고, 공익법인이 보유하고 있던 내국법인의 주식을 합하면 출연자 등이 최대주주가 되는 경우 ‘최대주주 요건’을 출연 직전을 기준으로 판단하면 출연자만으로는 최대주주가 될 수 없어서 증여세가 부과되지 않는 반면, 그 출연 ‘이후에’ 출연자가 공익법인 이사의 과반수를 차지함으로써 특수관계가 성립된 경우에는 법 제48조 제11항에 따라 납세의무가 성립하는 이상한 결과를 초래한다.”라고 주장한다.
 그러나 다수의견이 들고 있는 사례와 같이 출연자 등이 출연을 하면서 공익법인 이사의 과반수를 차지하여 특수관계가 있게 된 경우 반대의견에 의하면 증여세를 과세할 수 없다는 주장은 타당하지 않다. 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 성립한다는 것은 출연 시, 즉 특정한 시점의 상태를 의미하는 것이므로, 특수관계의 존부는 그 출연 시점을 기준으로 판단하면 된다. 출연 시점의 전후로 언제 특수관계가 성립하였는지에 따라 법 제48조 제1항 단서 또는 법 제48조 제11항이 적용되는 것이지 다수의견의 주장과 같이 과세공백이 발생하는 경우는 없다. 출연자 등이 출연을 하면서 공익법인 이사의 과반수를 차지하는 경우와 출연 이후에 과반수를 차지하는 경우가 과연 어떠한 기준에 의해 구분되는지는 알기 어려우나, 적어도 이는 출연의 효과가 언제 완성되느냐를 살펴서 그 시점에 출연자 등이 공익법인 이사의 과반수를 차지하고 있는 상태였는지를 가리는 문제에 불과하다. 이러한 점에서 다수의견은 반대의견의 취지를 오해한 것이다.
 (나) 다수의견은 또다른 예로 출연 전에 출연자 등이 내국법인의 최대주주였으나 그 당시 출연자와 공익법인이 특수관계가 없는 경우, ‘최대주주 요건’을 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하는 다수의견에 따르면 증여세를 부과받지 않으나 출연 직전의 시점을 기준으로 판단하는 반대의견에 의하면 증여세를 부과받는데, 그 후 출연자 등이 공익법인 이사의 과반수를 차지하여 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 성립함으로써 ‘최대주주 요건’을 충족하게 되는 경우 반대의견에 따르면 그 시점에서 다시 법 제48조 제11항에 의한 납세의무 성립이 문제 된다고 주장한다.
 그러나 이러한 주장은 먼저 법 제48조 제11항의 문언에 부합하지 않는다. 법 제48조 제11항은 ‘제16조 제2항 단서’에 해당하는 공익법인 등이 당해 출연자와 ‘특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 당해 법인의 발행주식 총수 등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 때’를 증여세 과세요건으로 삼고 있다. 반대의견에 의하면 주식이 당초 출연된 시점에서 법 제48조 제1항 단서에 따라 증여세가 이미 부과되므로 ‘제16조 제2항 단서’에 해당하는 공익법인이 될 수 없고, 사후에 출연자가 공익법인 이사의 과반수를 차지하여 법 제48조 제11항에 따라 과세되는 결과는 다수의견을 취할 때에만 발생하는 문제이다.
 또한 법 제48조 제11항은 출연자가 법 제48조 제1항을 잠탈하고자 하는 경우를 대비하여 그 보완규정으로 마련된 것이다. 당해 공익법인이 ‘법 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공익법인에 해당하지 아니하게 된 경우’ 또는 ‘당해 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 당해 법인의 발행주식 총수 등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 경우’에는 출연자가 법 제48조 제1항을 잠탈하고자 한 것으로 볼 수 있어 제11항의 적용대상이 되도록 규정하고 있다. 주식 출연 시 비과세요건을 갖춘다면 증여세가 당연히 비과세되어야 하지만, 사후적으로 당초의 비과세요건이 유지되지 아니하여 법 제48조 제1항을 잠탈한 것으로 볼 수 있다면 그 또한 과세되어야 하기 때문이다. 이때에는 ‘해당하지 아니하게 된 경우’ 또는 ‘보유하게 된 경우’와 같은 문언에서 알 수 있듯이 출연 후의 시점으로 제11항의 과세요건이 충족되었는지를 살펴야 한다. 하지만 이는 출연 후의 시점에서야 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 성립하는 새로운 상태가 발생한 것에 기인한 것일 뿐이다. 이와 반대로 사전에 특수관계가 성립하는 상태에 있다면 그 즉시 과세대상이다. 위와 같이 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 출연 당시 또는 출연 이후에 성립하는지 여부에 따라 법 제48조 제1항과 법 제48조 제11항이 달리 적용되는 것일 뿐이므로, 다수의견과 같이 사후관리 규정인 제48조 제11항을 이유로 사전통제에 해당하는 법 제48조 제1항도 동일한 기준으로 해석하여야 한다고 볼 수는 없다.
 (6) 요컨대 법에서 정한 특수관계 존부의 판단시점은 법 문언과 그 입법 취지로부터 출발하여 해석하여야 하고, 법률의 문언과 취지를 제쳐둔 채 거꾸로 시행령 조항에서부터 법률로 거슬러 올라가는 해석방법을 택하여서는 안 되는 것이다.
 라. 출연자와 공익법인 사이의 특수관계를 가리는 요건으로서 시행령 제19조 제2항 제4호에 정한 ‘재산을 출연하여 설립한 비영리법인’은 출연자가 재산을 출연함으로써 설립에 이른 비영리법인을 의미한다고 보아야 한다.
 (1) 재산을 출연하여 재단법인이 설립되도록 한 출연자라면 그 법인의 특수관계자라고 보는 것이 타당하다.
시행령 제19조 제2항 제4호의 ‘재산을 출연하여 설립한’이라는 문언을 다수의견과 같이 ‘출연행위를 하고 정관작성, 최초 이사선임, 설립등기 등의 과정에서 그 공익법인의 설립에 지배적인 영향력을 행사한 점이 인정되는 경우’로 해석할 근거가 없다. 위 시행령 조항의 ‘출연하여 설립한’의 의미는 출연에 중점을 두어 특수관계의 유무를 판단하도록 한 것이라는 데에서 찾아야 하고, 출연자가 ‘재산을 출연하여 설립에 이르게 된’ 법인이라면 특수관계자에 해당한다고 보아야 한다.
 재산을 출연받는 공익법인은 대개 재단법인일 것이고, 사단법인이라면 시행령 제19조 제2항 제4호 중 출연자가 ‘이사의 과반수를 차지하는 비영리법인’인지 여부로 규율될 것이므로, ‘재산을 출연하여 설립한 비영리법인’인지는 주로 재단법인이 문제 된다. 재단법인은 사단법인과 같은 인적 결합이 아니라 설립자가 정한 목적의 실현을 위한 재산의 집합체이므로, 재산 출연이 그 설립에 가장 핵심적이고 중요한 요소가 된다. 재단법인이 실현하고자 하는 설립목적에는 재산을 출연하여 재단법인이 설립되도록 한 사람의 의사가 반영되기 마련이고, 설립과정에서 상당한 재산을 출연한 자는 구체적인 설립행위에 개입하지 않더라도 공익법인에 영향을 미칠 수 있는 길이 얼마든지 있다. 따라서 재산을 출연하여 재단법인이 설립되도록 한 자라면 그 재단법인 사이에 특수관계가 있다고 보는 것이 타당하다.
 (2) 다수의견은 주식 출연자가 공익법인의 설립에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사하였는지는 반드시 발기인 등의 지위에서 정관작성 등에 참여한 경우로 한정할 것은 아니고 출연자의 관여 정도 등과 같은 그 실질을 따져야 한다고 보고 있다. 그러나 그와 같이 실질을 따지면서도 정관작성 또는 이사선임 과정을 판단 기준으로 들고 있는 것은 적절한 해석이 못 된다. 출연자가 공익법인의 설립 당시에 정관작성, 최초 이사선임 등에 관여하지 않았다고 해서 언제나 공익법인을 지배할 여지가 없다고 볼 수는 없다. 민법 등 관계 법령에 따라 출연자가 이미 설립되어 있던 공익법인의 이사장이나 이사 지위를 차지함으로써 그 공익법인을 지배하는 것이 충분히 가능하고, 현실적으로도 그와 같은 공익법인의 지배력 이전이 엄연히 일어나고 있다. 이러한 경우에 출연자가 공익법인을 지배할 여지가 없어 간접적 기업 승계가 불가능하다고 볼 수는 없다. 그런데도 이에 대하여 증여세를 비과세하여야 한다는 다수의견은 부당하다.
 이 사건에서 만일 소외 1이 원고의 설립과정에 직접 참여하였다면 다수의견의 논리에 의하더라도 증여세 비과세대상으로 볼 수 없게 된다. 이러한 다수의견은 공익법인의 설립을 위한 재산의 전부 또는 상당 부분을 출연한 자가 의도적으로 또는 우연한 사정으로 정관작성, 최초 이사선임, 설립등기 등의 과정에 관여하였다는 사유만으로 증여세 비과세 여부가 달라진다는 것이므로, 규범적으로도 받아들이기 어려운 견해이다.
 더욱이 다수의견이 제시하는 ‘실질적인 지배적 영향력 행사’라는 기준에 의하더라도 소외 1 등이 원고의 설립과정에 지배적인 영향력을 행사하지 않았다고 보기 위하여는, 과연 정관작성, 이사선임, 설립등기 중 어느 행위에 어느 정도로 관여해야만 그와 같은 지배적인 영향력 행사가 인정되는 것인지 구체적인 판단 기준을 제시하여야만 한다.
 마. 다수의견은 이 사건 과세처분이 반드시 취소되어야 하는 부당한 처분이라는 입장에서 출발하고 있는 것으로 보이지만, 이 점에 관하여도 동의하기 어렵다.
 (1) 2007. 12. 31. 개정 전의 법에서는 출연자가 어떠한 경우에 공익법인을 지배한다고 볼 것인지에 관하여는 전혀 규정하지 않았다. 법 제48조 제1항은 공익법인이 기업에 대한 지배력을 가질 만큼의 주식을 출연한 때에는 출연자가 그 공익법인의 최대출연자인 경우가 보통이고, 공익법인의 최대출연자는 그 공익법인에 대한 지배력을 갖는 것이 현실이라는 점만을 고려한 것으로 보인다. 그로 인하여 실제로는 출연자가 공익법인을 지배한다고 보기 어려운 경우까지 증여세 과세대상에 해당하는 것이 아닌지 논란이 발생할 소지가 있다. 다수의견은 시행령 제19조 제2항 제4호의 ‘출연자와 비영리법인 사이의 특수관계’ 요건에서 이를 고려하고자 하는 것으로 보이지만, 그로 인하여 오히려 과세공백 등이 발생한다는 점은 앞서 본 바와 같다. 다수의견은 이 사건에서 원고를 구제한다는 제한된 범위에는 들어맞는 견해이지만, 법 제48조를 그 문언과 취지에 맞게 운용하기 위한 타당한 해석은 못 된다는 비판을 면하기 어렵다.
 (2) 입법론으로는 출연자가 공익법인에 대하여 지배력을 갖는다고 인정되는 요건에 관한 법률규정을 정비하거나, 아예 주식 출연이라 하더라도 출연단계에서는 증여세를 비과세하되 나중에 출연자나 그 특수관계자가 공익법인의 이사나 이사장이 되는 등의 방법으로 공익법인에 대한 지배를 현실화하였을 때 과세하는 사후관리 방식을 채택할 수 있을 것이다. 그러나 입법자가 간접적 기업승계에 대처하기 위하여 사전통제 방식과 사후관리 방식 중 어떠한 것을 선택할지는 입법재량의 영역에 속하는 것이고, 사전통제 방식으로 입법이 이루어졌다고 하여 잘못된 입법이라고 단정할 수는 없다.
 이 사건이 법이 내포한 근본적인 문제점이 드러난 경우라고 볼 수도 없다. 이 사건에서 재단법인인 원고가 설립된 경위를 보면, 수원교차로의 최대주주인 소외 1이 그 주식을 아주대학교에 출연하려고 하자 아주대학교 측에서 직접 주식을 출연받는 대신 공익법인을 세워 주식을 출연받는 방안을 제안함으로써 원고가 설립되기에 이르렀다. 원고의 설립 당시인 2002. 10. 17.경 총 출연재산은 현금 3억 1,000만 원이었고 그중 소외 1이 2,465만 원을, 수원교차로가 1억 7,535만 원을 각각 출연하였다. 소외 1은 그 이후 2003. 2. 1.경까지 수원교차로의 대표이사로 재직하였다. 원고가 설립되고 약 4개월 뒤인 2003. 2. 20.경 당초 예정된 바에 따라 소외 1이 보유하던 수원교차로 주식 8만 4,000주 가운데 발행주식 총수 약 60%에 해당하는 7만 2,000주를, 소외 1의 6촌 동생인 소외 2가 3만 6,000주를 원고에게 기부하는 내용의 재산기부승낙서를 작성하였다. 소외 1은 2005. 12. 15.경 원고의 3대 이사장으로 취임하기도 하였다.
소외 1과 그 특수관계자인 소외 2는 수원교차로 주식을 출연할 당시에 수원교차로의 총 발행주식 전부를 보유하는 최대주주였고, 그중 90%를 원고에게 출연함으로써 원고가 수원교차로에 대한 지배력을 갖게 되었다. 원고는 소외 1의 수원교차로 주식 출연의사에 따라 설립된 법인으로서 최초 출연재산뿐만 아니라 설립 당시 예정된 바에 따라 출연이 이루어진 수원교차로 주식까지 포함하면 소외 1 측이 출연한 재산이 절대적인 비중을 차지하고, 설립 이후에 실제로 소외 1이 원고의 이사장에 취임하기도 하였으므로, 소외 1이 원고에 대한 지배력을 갖지 않는다고 볼 수도 없다. 이처럼 소외 1이 원고를 통하여 수원교차로에 대한 지배력을 계속 유지하는 상황이 되었고, 향후 소외 1 또는 그 특수관계자가 원고의 이사나 이사장이 되더라도 추가로 과세대상이 되지는 아니하므로, 이 사건에서 증여세가 비과세될 경우 아무런 조세부담 없이 수원교차로를 승계할 수 있도록 하는 결과가 된다. 이러한 경우 과연 증여세가 비과세되어야 할지는 매우 의문이다.
 (3) 이 사건 과세처분은 공익사업을 위하여 개인 재산을 내놓은 출연자를 대상으로 한 것이 아니라, 무상으로 주식을 출연받은 수증자를 대상으로 증여세를 과세한 것이다. 법이 정한 증여세율은 최고 50%의 누진세 구조이므로 원초적으로 증여세 본세액은 수증재산가액의 절반을 넘지 못하도록 되어 있다. 이 사건 과세처분의 과세범위 또한 본세를 놓고 보면 수증자인 원고가 무상으로 받은 수원교차로 주식 중 법 제48조 제1항 단서가 정한 주식 출연 한도인 발행주식 총수의 5%를 초과하는 부분만을 과세표준으로 하여 법이 정한 세율을 적용하여 이루어진 것이고, 여기에 원고가 제때 본세를 납부하지 않은 탓에 부과된 가산세를 더하더라도 무상으로 받은 재산의 가액을 넘어서지 아니한다. 다만 원고가 부과세액을 먼저 납부하고 불복절차에 임하는 대신에 미납상태로 쟁송에 이른 결과 가산금과 중가산금까지 보태어져 부담이 가중된 상태이지, 일부 항간에 잘못 알려진 바와 같이 ‘선의의 출연자를 상대로 하여 출연재산을 훌쩍 넘는 세금폭탄이 부과’된 사안은 아닌 것이다. 또한 이 사건 과세처분으로 인하여 당장 원고가 재산 전부를 빼앗기고 파산하는 상황이 초래될 것으로도 보이지 아니한다.
 이 사건 과세처분으로 인하여 선의의 기부문화를 장려하는 데 커다란 장해가 초래된다고 할 것도 못 된다. 주식이 아닌 재산을 공익법인에 출연하는 것은 법 제48조 제1항 본문에 의하여 전면 비과세되므로, 주식만 보유하는 사람이 순수한 기부의사로 출연하고자 한다면 주식을 환가하여 금전을 출연하는 방법으로 공익법인에 증여세 부담을 초래하지 않고 기부목적을 달성할 수 있다. 출연자가 주식을 환가하는 것이 번거롭고 그 과정에서 양도소득세 등이 발생할 수는 있지만, 어차피 자기 소유의 주식을 기부하는 마당에 그중 일부가 양도소득세의 형태로 국가에 귀속된다고 하여 기부 자체를 꺼리게 될 것이라고 단정할 수는 없을 것이다. 기부문화의 장려를 위하여 이러한 절차적 번거로움과 증여세 외의 조세부담까지도 경감하는 방안은 다수의견과 같은 법 제48조 제1항의 해석론이 아니라 완전한 사후관리 방식으로의 입법 전환만이 그 해법이다.
 바. 결론적으로 법에서 정한 출연자와 내국법인 사이의 특수관계 유무, 즉 ‘주주 요건’과 ‘최대주주 요건’은 출연자가 주식을 출연하는 당시를 기준으로 보아야 하고, 출연자와 공익법인 사이의 특수관계 유무는 출연자가 재산을 출연하여 설립에 이르게 된 공익법인인지 여부로 판단하는 것이 타당한 해석이다.
 따라서 원고가 소외 1과 소외 2로부터 수원교차로 주식을 출연받은 것이 법 제48조 제1항 단서 괄호 부분에서 정한 증여세 비과세대상에 해당하지 아니한다고 보아 증여세를 과세한 이 사건 처분은 적법하다. 원심의 이유설시에 일부 적절하지 아니한 부분이 있지만 이 사건 처분이 적법하다고 본 결론은 정당하다. 그러므로 원고의 상고는 기각되어야 한다.
 이상과 같은 이유로 다수의견에 반대한다.
 7. 다수의견에 대한 대법관 김창석의 보충의견은 다음과 같다.
 가. 이 사건의 첫째 쟁점은, 공익법인에 대한 주식 출연의 규제대상이 내국법인의 최대주주였던 자의 출연이냐, 아니면 내국법인의 최대주주가 되는 자에 대한 출연이냐의 문제이다. 주식 출연 이후에 공익법인을 통한 내국법인의 지배를 막고자 하는 것이 법 제48조 제1항 단서의 입법 취지라는 점에 관하여는 이견이 없어 보인다. 이를 관철하기 위하여 입법자는 출연 이후에 내국법인의 최대주주가 되는 자의 출연을 규제하고자 하였다는 것이 다수의견이고, 출연 이전에 내국법인의 최대주주였던 자의 출연을 규제하고자 하였다는 것이 반대의견이다.
 둘째 쟁점은, 최대주주 여부를 판단하는 주식의 수에 출연자와 특수관계에 있는 자가 보유하고 있는 주식의 수도 포함되고 그 특수관계에 있는 자의 범위에 주식 출연자 등이 출연하여 설립한 공익법인(비영리법인)도 포함되는데, 어떤 경우에 주식 출연자 등이 출연하여 설립한 공익법인에 해당하는 것으로 볼 수 있느냐의 문제이다. 법률의 문언에 충실하게 주식 출연자 등이 공익법인에 출연을 한 점만으로는 부족하고 설립과정에서 실질적으로 지배적인 영향력을 행사한 점도 인정되어야 한다는 것이 다수의견이고, 공익법인에 출연을 한 것으로 충분하고 설립과정에서 관여의 정도를 고려할 필요가 없다는 것이 반대의견이다.
 최대주주였던 자의 공익법인에 대한 주식의 출연을 원천적으로 봉쇄하는 해석이나 공익법인에 출연을 한 점만으로 그 공익법인을 출연하여 설립한 것으로 볼 수 있다는 해석은 어느 것이나 조세법률주의에 위배되어 합헌적 해석의 한계를 벗어날 뿐만 아니라 입법 취지에도 어긋난다. 이러한 결과를 야기하지 않으면서 입법 취지를 합리적으로 실현하는 해석이 다수의견의 법리라는 점에 관하여는 이미 살펴보았다. 그러므로 나아가 반대의견이 내세우는 주요한 논거들이 타당한지 여부를 살펴보기로 한다.
 나. (1) 반대의견은 출연 전에 내국법인의 최대주주로서 내국법인을 지배하였던 자가 공익법인에 그 내국법인의 주식을 출연한 경우에는 출연 후에 그 주식을 출연받은 공익법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있다고 보는 전제에서 출발한다. 그에 따라 그러한 자로부터 주식을 출연받은 공익법인에 대하여는 출연 후의 사정을 고려할 필요 없이 언제나 증여세가 부과되어야 한다는 취지의 주장을 한다.
 그러나 내국법인의 최대주주였던 자가 공익법인에 주식을 출연하였다고 하여 그 출연자가 당연히 그 공익법인에 대하여 지배력을 갖는다고 단정할 근거가 없으며, 법이 이를 의제하고 있지도 않다. 오히려 ① 시행령 제19조 제2항 제4호는 주식 출연자 등이 공익법인 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 공익법인을 설립한 때에, 주식 출연자 등이 공익법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있다고 보아 출연자와 그 공익법인 사이에 특수관계가 있는 것으로 규정하고 있고, ② 2007. 12. 31. 개정된 법과 2008. 2. 22. 개정된 시행령에 의하면 출연자 등이 공익법인 이사 현원의 5분의 1을 초과하는 경우에 출연자가 공익법인에 영향력을 행사할 수 있다고 보아 비과세대상에서 배제하고 있다. 위와 같이 입법자는 합리적인 기준을 설정하여 그 기준이 충족될 때에 비로소 출연자의 공익법인에 대한 지배력을 인정하고 있다.
 또한 반대의견은 위와 같이 입법자가 영향력의 징표로 인정하는 법정요건들이 충족되지 아니하는 경우에도 출연자가 공익법인 이사장의 지위를 차지하는 등의 방법으로 그 공익법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있으므로 증여세가 부과되어야 한다고 주장한다. 이는 최대주주였던 출연자가 공익법인에 주식을 출연하는 때에는 공익법인은 언제나 출연자에 의하여 내국법인의 지배수단으로 악용될 수 있고, 그렇지 않을 가능성은 없다고 보아 최대주주가 공익법인에 주식을 출연하는 것은 원천적으로 봉쇄되어야 한다는 주장과 다름없다. 이러한 해석은 아무런 근거 없이 입법자의 결단에 반하여 최대주주에 의한 주식의 출연을 제한하는 것으로 조세법률주의를 침해하는 것일 뿐만 아니라 합헌적 법률 해석의 한계를 벗어난다.
 (2) 반대의견에 따르면 내국법인의 최대주주가 내국법인 주식의 100분의 5를 초과하는 주식을 출연하는 때에는 공익법인으로서는 언제나 증여세를 납부하여야 한다. 그러나 출연된 주식이 비상장주식인 경우에는 공익법인이 그중 일부를 처분하여 증여세를 납부하는 것이 현실적으로 어려울 수 있다. 그리고 2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정된 상속세 및 증여세법 제73조 제1항에 따르면 증여받은 비상장주식은 물납대상에서 제외되어 출연된 주식으로 증여세를 물납하는 것 또한 허용되지 않으므로, 공익법인이 출연받은 주식 이외에 별다른 재산이 없는 때에는 불가피하게 증여세를 체납할 수밖에 없다. 나아가 출연 이후 비상장주식의 가액이 하락하여 수증자인 공익법인이 증여세를 납부할 능력이 없게 되면 증여자인 출연자가 그 고유의 재산으로 증여세 연대납세의무를 고스란히 부담해야 하는 상황이 초래될 수 있다. 출연자에게 이러한 위험부담을 감수하면서까지 공익법인에 주식을 출연할 것을 기대할 수는 없다. 현재의 경제 상황에서는 공익법인이 현금을 보유하는 것보다 주식을 보유하는 것이 오히려 안정적이고 지속적인 재원확보 수단이 될 수 있다는 점을 고려하면, 이러한 해석이 부당한 것임을 알 수 있다. 특히 공익법인의 의사결정에 아무런 영향력을 미칠 수 없는 출연자에게까지 단지 주식이 출연되기 전의 시점에 최대주주였다는 이유만으로 이와 같은 불이익을 가하는 것은 정의 관념에도 반한다.
 다. 법 제16조 제2항 단서의 문언이 반대의견을 뒷받침하는 근거가 될 수도 없다.
 반대의견은, 다수의견이 법 제16조 제2항 단서의 “출연자와 ‘특수관계에 있지 아니하는’ 내국법인의 주식을 출연하는 경우”라는 문언을 “출연자와 ‘출연 직후 특수관계에 있지 않게 되는’ 내국법인의 주식을 출연하는 경우”라고 고쳐 읽어야 도출될 수 있는 해석으로서 법률 문언을 벗어난 견해라고 주장한다.
 이러한 주장에 따른다면, 반대의견은 같은 문언을 “출연자와 ‘출연 직전 특수관계에 있지 않았던’ 내국법인의 주식을 출연하는 경우”라고 고쳐 읽어야 도출될 수 있는 해석이라고 마찬가지로 비판할 수 있다. 그러나 ‘특수관계에 있지 아니하는’이란 문언 자체는 특수관계가 존재하지 않는 상태를 중립적으로 기술한 것이어서, 반드시 ‘특수관계에 있었던’ 과거의 상태만을 규율하는 것이라거나 ‘특수관계에 있게 될’ 장래의 상태만을 규율하는 것이라고 단정할 수 없다. 오히려 특수관계를 규정한 개별 세법규정의 입법 취지와 규율목적 등에 부합하는 해석을 필요로 하는 것이다.
 예컨대 법인세법상 부당행위계산 부인규정 등을 적용할 때에 행위자와 상대방의 특수관계 여부는 문제 되는 행위가 이루어지기 이전의 상태를 기준으로 하여 판단하는 것이 타당하다. 거래 당사자들 사이에 과거에 ‘존재하였던’ 특수관계자의 지위가 거래에 관한 의사결정에 중대한 영향을 미치게 되어 경제적으로 합리성이 없는 거래결과를 가져올 수 있기 때문이다.
 반면에 출연자가 공익법인에 내국법인 주식의 100분의 5를 초과하는 주식을 출연하였으나, 출연자의 내국법인 지배와 무관하여 과세대상으로 볼 수 없는 ‘출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식’에 해당하는지 여부는 주식이 출연된 이후에 출연자가 여전히 내국법인의 의사결정 과정에 영향력을 미칠 수 있는지를 살펴야 한다. 출연자와 내국법인 사이에 특수관계가 있는지, 구체적으로 출연자 등이 내국법인의 최대주주인지를 주식이 출연된 이후의 사정을 기준으로 판단하는 것이 옳다.
 그러므로 반대의견이 법 제16조 제2항 단서의 문언에 충실한 견해라는 주장은 타당하지 않고, 오히려 반대의견은 특수관계의 판단에 있어서 개별 세법규정의 입법 취지와 규율목적 등을 고려하여야 한다는 점을 간과하고 있는 것이다.
 라. 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식인지는 공익법인이 그 주식을 출연받아 보유하게 된 시점을 기준으로 판단하여야 한다는 점에서, 시행령 제13조 제4항 제1호에서 정한 ‘주주 요건’이 충족되었는지 또한 ‘최대주주 요건’의 경우와 마찬가지로 주식이 출연되기 전의 시점이 아니라 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하는 것이 타당하다.
 (1) ‘주주 요건’을 출연 전의 시점을 기준으로 판단하면 ‘주주 요건’을 규정한 이유를 설명할 수가 없다. 공익법인에 내국법인의 주식을 출연한 자는 출연 전에 그 내국법인의 주주였음은 당연하기 때문이다. 또한 주주였던 사실만으로 ‘주주 요건’을 충족하므로 ‘주주 요건’에 ‘특수관계에 있는 자’를 함께 규정한 이유도 설명할 수 없다. 마찬가지로 ‘특수관계에 있는 자’의 범위에서 ‘당해 공익법인을 제외한다’고 규정한 이유 역시 설명할 수 없다. 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 ‘주주 요건’을 판단할 때 비로소 그 의미를 설명할 수 있다. 출연자 등이 보유한 주식 전부를 공익법인에 출연하는 경우 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 있다고 하더라도 그 공익법인을 ‘특수관계에 있는 자’의 범위에서 제외하면 ‘주주 요건’을 충족할 수 없기 때문이다. 이러한 경우를 증여세 부과 대상에서 제외하려는 입법자의 의사가 분명하게 드러난다. 이와 달리 입법자가 이러한 경우에도 증여세를 부과하고자 하였다면 ‘특수관계에 있는 자’의 범위에서 ‘당해 공익법인을 제외한다’고 따로 규정하지 않는 것으로 충분하였기 때문이다.
 (2) 시행령 제13조 제4항 제1호는 ‘주주 요건’과 관련된 특수관계에 있는 자의 범위에서 ‘당해 공익법인’을 제외하면서도 ‘최대주주 요건’과 관련된 특수관계에 있는 자의 범위에서 ‘당해 공익법인’을 제외하지 않고 있다. 이와 같이 ‘주주 요건’과 ‘최대주주 요건’에서 출연자와 특수관계에 있는 자의 범위를 달리 정하고 있는 것은, 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인에 그 보유 주식 전부를 출연함으로써 출연 주식을 발행한 내국법인의 주식을 보유하지 않게 되어 주주의 지위를 상실하고 나아가 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 출연 주식을 발행한 내국법인 임원 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하는 때에는, 출연자가 더 이상 그 내국법인에 대한 지배력을 바탕으로 공익법인에 영향을 미칠 수 없다고 보아 당해 공익법인이 내국법인의 최대주주가 되더라도, 출연자가 공익법인을 직접 지배함으로써 내국법인을 지배할 수 있는 별도의 요건이 인정되지 않는 한, 주식보유 한도의 예외를 인정하여 공익법인에 출연된 주식을 과세대상에서 제외하기 위한 것이다. 이러한 규정은 ‘주주 요건’과 ‘최대주주 요건’이 충족되었는지를 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하는 것을 전제로 한 것이다.
 결국 시행령 제13조 제4항 제1호의 ‘주주 요건’은 출연자 등이 주주나 임원으로서 내국법인의 주주총회 또는 이사회에서 의결권을 행사함으로써 내국법인의 의사결정과정에 직접 참여할 수 있는 경우와 출연자 등이 그러한 지위에 있지 아니하여 내국법인의 의사결정과정에 직접 참여할 수 없는 경우를 달리 취급하고 있는 규정이고, 최대주주 요건은 출연자 등이 최대주주로서 내국법인의 의사결정과정을 지배할 수 있는지에 따라 달리 취급하고 있는 규정이다.
 (3) 이와 관련하여 반대의견은 주식 출연 전에 내국법인의 최대주주였던 자가 그 보유 주식 전부를 특수관계에 있는 공익법인에 출연하면 그 공익법인을 통하여 내국법인에 대한 지배력을 여전히 가지게 되므로, 이와 같은 경우에 법 제16조 제2항 단서 규정을 적용하여 증여세를 부과하지 않는 것은 입법 취지에 어긋난다고 주장한다.
 그러나 이와 같은 결과는 ‘주주 요건’과 관련된 특수관계에 있는 자의 범위에서 ‘당해 공익법인’을 제외하였기 때문에 발생하는 것이다. 그리고 이는 출연자가 보유 주식 전부를 출연한 결과 출연자가 더 이상 내국법인을 직접 지배할 수 없는 이상 내국법인에 대한 지배력을 바탕으로 공익법인에 영향을 미칠 수 없다고 보아야 하고, 다만 출연자가 공익법인을 직접 지배함으로써 공익법인을 이용하여 내국법인을 지배할 우려만 남게 되는데, 이러한 문제는 다른 비과세요건인 ① 출연자 등이 공익법인 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하고, ② 공익법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조의 규정에 의한 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하며, ③ 주무부장관으로부터 주식 출연이 공익법인의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정받아야 한다는 요건을 통하여 규제함으로써 충분하다고 본 입법자의 결단에 따른 것이다.
 마. (1) 반대의견은 법 제48조 제1항 단서가 공익법인이 출연받은 주식과 다른 주식 등을 합산하여 내국법인 주식의 100분의 5를 초과하는지 여부를 판단하는 것은 증여세 납세의무가 출연 이후에 성립한다는 의미를 가질 뿐이고, 출연 한도를 초과하는 주식 출연을 하였을 때 그 주식이 ‘출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식’에 해당하는지 여부는 별개의 문제라고 주장한다.
 그러나 내국법인 주식의 100분의 5라는 주식 출연 한도는 과세요건으로서, ‘최대주주 요건’은 비과세요건으로서 대응하여 함께 증여세의 부과 여부를 결정하는 기준이다. 법 제48조 제1항 단서는 출연자가 당해 공익법인에 출연한 주식뿐만 아니라 출연 당시 공익법인이 이미 보유하고 있던 동일한 내국법인의 주식(제1호), 출연자 등이 다른 공익법인에 출연한 동일한 내국법인의 주식(제2호)을 합산하여 출연 한도의 초과 여부를 판단하도록 하고 있다. 제1호에 의하여 합산되는 당해 공익법인이 보유하고 있는 주식은 반드시 출연자에 의하여 출연된 주식에 한정되는 것은 아니므로, 출연자와 무관하게 당해 공익법인이 취득한 주식도 포함되고, 제2호에 의하여 출연자 등의 출연에 의하여 다른 공익법인이 보유하고 있는 주식도 합산된다.
 위와 같이 출연자로부터 공익법인에 출연된 주식만으로 출연의 한도를 따지는 것이 아니라 출연자와 일정한 관련을 갖는 주식까지 합산하는 것은, 법 제16조 제2항 단서의 위임을 받은 시행령 제13조 제4항 제1호에서 출연자와 그 특수관계자(당해 공익법인을 포함한다)가 보유하고 있는 주식을 모두 합산하여 최대주주 여부를 판단하는 것과 궤를 같이하는 것이다. 즉 위 규정들은 최대주주였던 출연자가 특정 공익법인에 주식을 출연하는 사정만을 염두에 둔 것이 아니라, 주식이 출연된 이후 출연받은 주식과 일정한 관련을 갖는 주식을 합산하여 공익법인이 내국법인의 지배수단으로 악용될 수 있는지를 살펴서 과세 여부를 판단하도록 한 것이다.
 (2) 출연 전에 출연자 등이 최대주주가 아니었으나 출연 당시 공익법인이 보유하고 있는 주식을 합하면 최대주주가 되는데, 출연을 하면서 주식 출연자 등이 공익법인 이사의 과반수를 차지하여 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 있게 된 경우, ‘최대주주 요건’을 주식이 출연되기 전의 시점을 기준으로 판단하면, 출연자 등이 출연 후에 최대주주가 되었음에도 공익법인에 증여세가 부과되지 않는 부당한 결과가 생겨난다는 다수의견의 지적에 대하여, 반대의견은 다수의견이 반대의견의 취지를 오해한 것이라고 주장한다. 그러므로 구체적인 사례를 통하여 살펴보기로 한다.
 ① 출연자가 출연을 하고 그 다음 날에 이사의 과반수를 주식 출연자 등으로 선임하는 결의가 있는 경우, ② 이사의 과반수를 주식 출연자 등으로 선임하는 결의가 있고 그 다음날에 출연을 하는 경우, ③ 출연을 하는 당일 이사의 과반수를 주식 출연자 등으로 선임하는 결의가 있는 경우를 상정한다.
 다수의견에 의하면 출연 행위와 주식 출연자 등을 이사의 과반수로 선임하는 결의라는 두 사실 모두가 충족되는 시점에서 비로소 출연자 등은 최대주주가 됨으로써 납세의무가 성립된다고 보므로 ①의 경우에는 이사 선임 결의가 있는 날, ②의 경우에는 출연을 하는 날, ③의 경우에는 출연을 하는 당일 법 제48조 제1항 단서에 의하여 증여세 납세의무가 성립한다.
 어느 경우든 출연을 하면서 비로소 출연자 등이 공익법인과 특수관계에 있게 되어 최대주주가 되었을 뿐이고 출연 전에 최대주주가 아니었으므로, 반대의견에 의하면 내국법인에 대한 지배력의 승계 또는 간접적인 기업의 승계가 이루어지는 것이 아니다. 따라서 공익법인에 증여세가 부과되어서는 아니 된다. 이러한 결론이 반대의견이 강조하는 법 제48조 제1항 단서의 규정 취지에 부합하는 것이다. 다수의견은 이 점을 지적하는 것이다.
 그런데도 이러한 지적에 대하여 반대의견은 출연을 하는 시점을 기준으로 특수관계에 있는지를 판단하여 법 제48조 제1항 단서 또는 법 제48조 제11항에 의하여 과세하면 된다고 주장한다. 이러한 주장은 위와 같은 반대의견의 논지를 근본적으로 부정하는 것이다. 최대주주가 되는 자의 출연이 아니라 최대주주였던 자의 출연을 규제하기 위한 것이 법 제48조 제1항 단서의 입법 취지라는 것이 반대의견의 출발점이기 때문이다.
 설사 그러한 모순된 주장에 따른다고 하더라도, ①의 경우에는 이사 선임 결의가 있는 날에 법 제48조 제11항에 의하여, ②의 경우에는 출연을 하는 날에 법 제48조 제1항 단서에 의하여, ③의 경우에는 출연을 하는 날에, 법 제48조 제1항 단서 또는 법 제48조 제11항에 의하여 납세의무가 성립한다고 주장할 것으로 여겨진다. 출연 시점에서의 증여세 부과에 대하여는 법 제48조 제1항 단서를 적용하여야 함에도, 출연 시점에서는 비과세요건을 충족하였으나 그 후에 비과세요건을 충족하지 못하는 사정이 생겨나는 경우에 증여세 부과를 위해 규정한 법 제48조 제11항을 적용할 수밖에 없는 것이다. 이 점에서 반대의견의 위와 같은 주장도 납득하기 어렵다.
 (3) 또한 반대의견은 출연 전에 출연자 등이 내국법인의 최대주주였으나 출연 당시 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 없는 경우, 주식이 출연된 시점에서 법 제48조 제1항 단서에 따라 납세의무가 성립하여 증여세가 부과되므로, 그 후 출연자 등이 공익법인 이사의 과반수를 차지하는 상황이 발생하더라도 법 제48조 제11항에 따른 납세의무의 성립은 문제 되지 않으므로, 납세의무의 성립에 모순이 없다는 취지의 주장을 한다.
 그러나 다수의견의 논지는, 법 제48조 제11항은 출연 당시에는 최대주주가 아니었으나 그 후에 최대주주가 되는 경우 그 시점에서 납세의무의 성립을 인정하여 증여세를 부과하고자 하는 규정인데, 이러한 규정에 정확하게 부합하는 과세요건사실이 생겨났음에도 이 시점에서의 과세를 부정할 수밖에 없고 출연 당시에는 최대주주가 아니었음에도 납세의무의 성립을 인정하여 과세를 긍정하는 반대의견의 부당성을 지적한 것이다. 반대의견에 따를 경우 최대주주가 되는 시점에서 과세관청이 법 제48조 제11항에 의한 납세의무의 성립을 인정하여 증여세를 부과한다면 그 과세처분은 취소되어야 하고, 출연 당시의 출연을 과세대상으로 할 경우 이미 부과제척기간이 경과하였다면 그 출연에 대하여서도 과세를 할 수 없게 된다. 법 제48조 제11항에 의한 납세의무의 성립이 인정되는 상황임에도 사정에 따라 그 성립이 배제됨으로써 일관성이 결여되어 혼란이 예상되는 것이다.
 바. 이미 살펴본 것처럼 ‘재산을 출연하여 비영리법인을 설립한 자’란 비영리법인의 설립을 위하여 재산을 출연하고 정관작성, 이사선임 등의 과정에서 그 비영리법인의 설립에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사하는 자를 의미한다고 보아야 하고, 이와 달리 비영리법인에 출연을 한 것으로 충분하고 설립과정에서 관여의 정도를 고려할 필요가 없다고 본다면 ‘설립’이라는 법률 문언을 사문화(死文化)함으로써 조세법률주의에 위배되어 타당하지 않다.
 이 사건 시행령 조항은 특수관계를 인정하는 두 유형으로 주식 출연자 등이 ‘비영리법인 이사의 과반수를 차지하는 경우’와 주식 출연자 등이 ‘재산을 출연하여 설립한 비영리법인인 경우’를 규정하고 있다. 두 유형은 비영리법인에 지배적인 영향력을 미칠 수 있는 경우로서 규정된 것이다. 따라서 주식 출연자 등이 ‘재산을 출연하여 설립한 비영리법인인 경우’라는 요건은 주식 출연자 등이 ‘비영리법인 이사의 과반수를 차지하는 경우’와 같은 정도로, 비영리법인의 설립과정에서 영향력을 행사함으로써 비영리법인을 지배하고 있다고 평가되는 경우에 그 요건의 충족이 인정되어야 한다. 이 사건 시행령 조항 안에 그 해석의 기준을 갖고 있다고 할 수 있다. 이미 살펴본 입법 연혁도 이러한 해석을 뒷받침한다. 해석의 기준이 분명하지 않다는 반대의견의 지적은 타당하지 않다.
 반대의견의 해석에 따르면 비영리법인의 설립 당시 출연을 하였으나 설립과정에 관여하지 않음은 물론 그 후 비영리법인의 운영에 아무런 관여를 하지 않으면서 추가적으로 주식을 출연하는 경우에도 예외 없이 비영리법인과 특수관계에 있게 되고, 특히 주식 출연자가 비영리법인의 설립 당시 소액의 출연을 한 경우라도 마찬가지로 특수관계에 있게 되는 수긍하기 어려운 문제를 발생시킨다.
 이상과 같이 다수의견에 대한 보충의견을 밝혀 둔다.
 8. 반대의견에 대한 대법관 김용덕의 보충의견은 다음과 같다.
 가. (1) 조세법률주의 원칙상 조세법규는 법 문언대로 합리적으로 해석하여야 한다. 조세법규의 문언을 합리적으로 해석하기 위하여는 우선 문언의 사전적 의미에 바탕을 두고 출발하여 전·후 맥락에서 드러나는 어법상 한계를 벗어나지 않도록 하여야 함은 당연하고, 이에 그칠 것이 아니라 나아가 그와 같은 해석으로써 도출되는 결과가 관련 규정의 체계와 모순되지 않는지, 해당 규정의 입법 취지와 구체적 타당성에 부합하는지 등을 살펴봄으로써 문언의 진정한 의미를 밝혀내야 한다.
 (2) 법 제48조 제1항 단서는 ‘출연받은 주식과 각 호에서 정한 주식, 즉 ① 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식(이하 ‘제1호 주식’이라 한다), ② 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 해당 공익법인 외의 다른 공익법인에 출연한 동일한 내국법인의 주식(이하 ‘제2호 주식’이라 한다)을 합한 것이 해당 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 5를 초과하는 경우’에 증여세 과세가액에 산입될 수 있도록 정하고 있다.
 (가) 위 규정은 ‘출연받은 주식’이 ‘해당 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 5’를 넘는 경우를 대상으로 하는데, 그 100분의 5를 넘는지 여부에 관하여, ‘해당 출연자가 보유하고 있다가 출연한 주식’뿐 아니라, ① ‘해당 공익법인이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식’과 ② ‘출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 해당 공익법인 외의 다른 공익법인에 출연한 동일한 내국법인의 주식’을 합산하도록 하고 있다. 그런데 제1호 주식에 관하여 그에 해당하는지 여부는 ‘출연자가 출연할 당시’를 기준으로 함은 분명하다. 또한 제2호 주식의 경우에도 ‘출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 다른 공익법인에 출연한 주식’이라고 하고 있으므로 이 역시 출연 당시를 기준으로 하여 이미 다른 공익법인에 출연이 이루어져 그 다른 공익법인이 보유하고 있는 주식을 의미한다고 보인다.
 (나) 한편 위 규정은 이에 대한 예외로서 괄호 부분에서 ‘제16조 제2항 단서의 규정에 해당하는 경우를 제외한다’고 규정하고 있다. 이는 상속에 의하여 100분의 5를 넘는 주식을 출연하는 경우에 제16조 제2항 단서에서 상속세 과세대상에서 제외하는 예외를 인정하는 것과 마찬가지의 예외를 인정하기 위하여 상속세에 관한 해당 규정을 원용한 것이다.
 그런데 제16조 제2항 단서 규정은 ‘제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조의 규정에 의한 상호출자제한 기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인에 해당 공익법인의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식 등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있다.
 ‘제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서’의 규정은 ‘직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 해당 공익법인의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인에 대하여는 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있으므로, ‘제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조의 규정에 의한 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인’이라는 부분은 ‘주식을 출연받는 공익법인에 관한 요건’을 정한 것으로서, 해당 공익법인이 주식 출연 당시에 그 요건을 갖추어야 함은 분명하다.
 그리고 과세대상의 예외에 해당하려면 ‘출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식 등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우’라야 하는데, 이는 ‘출연 대상인 주식에 관한 요건’을 정한 것으로서, 그 문언상 ‘특수관계에 있지 아니하는 내국법인’의 주식을 ‘출연하는’ 경우라고 되어 있으므로 그 특수관계의 판단시점은 ‘출연하는’ 당시를 기준으로 보아야 하며, 따라서 이는 출연 당시 해당 내국법인이 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 경우라고 해석함이 자연스럽다. 이와 달리 만약 위 규정이 주식의 출연의 결과 출연자와 내국법인 사이에 특수관계가 발생되지 아니하는 경우를 대상으로 삼으려 하였다면, ‘출연 결과 특수관계가 발생하지 아니하는 내국법인’ 또는 ‘출연 결과 특수관계에 있지 아니하는 내국법인’이라고 표현하였을 것이다. 오히려 2010. 1. 1. 개정법 제16조 제2항 단서는 “공익법인의 출연자와 특수관계에 ‘있지 아니한’ 내국법인의 주식 등을 출연하는 경우로서”라고 하여, 출연자와 내국법인의 특수관계는 출연 당시를 기준으로 판단하여야 함을 명확히 하고 있다.
 (다) 결국 법 제48조 제1항 단서 및 그 괄호 부분은 출연 대상인 주식을 기준으로 과세대상인지 또는 그 예외인지에 관하여 요건을 정하고 있고, 또한 그 요건의 한 내용으로 출연자의 내국법인에 대한 특수관계를 기준으로 삼고 있는데, 이러한 출연 대상인 주식의 내용 및 특수관계에 해당하는지에 관하여는 모두 그 문언상 출연 당시를 기준으로 정하였다고 해석된다. 특히 위 규정이 과세대상인 주식인지 또는 그 예외인지에 관하여 위 규정에서 동일한 문언을 이용하고 있음에도, 그 문언과 달리 과세대상인 주식에 해당하는지에 관하여는 출연 당시를 기준으로 정하고 한편 그 예외에 해당하는지에 관하여는 출연 결과를 기준으로 정하였다고 해석할 수는 없다.
 따라서 이러한 과세대상의 예외로서 출연대상인 주식의 요건에 관하여 대통령령으로 정한 부분, 즉 시행령 제13조 제4항 역시 이를 전제로 하여 그에 관한 구체적인 내용을 정한 것으로서, 거기에서 정한 요건에 해당하는지 여부 역시 마찬가지로 출연 당시를 기준으로 해석하여야 할 뿐 아니라, 위 시행령 규정의 구체적인 문언을 보더라도 법과 마찬가지로 ‘특수관계에 있는’이라고 표현하고 있으므로 이와 달리 볼 이유가 없다.
 (3) 더욱이 법의 해석은 법 문언과 입법 취지에 의하여 이루어져야 하며, 법 제48조 제1항 규정의 문언과 체계를 제쳐두고 하위법령인 시행령 제13조 제4항을 이유로 그 해석을 달리할 수 없다. 시행령의 규정을 가지고 법 해석의 근거로 삼거나 법의 문언과 달리 해석한다면, 이는 조세법률주의에 정면으로 배치된다.
 그뿐 아니라 시행령 제13조 제4항 제1호는 공익법인에 출연한 재산의 상속세 과세대상 재산 산입에 관한 것으로서, ‘출연자(출연자가 사망한 경우에는 그 상속인을 말한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자가 주주 등인 내국법인’으로 ‘주주 요건’을 규정하고 있으므로, 그 요건이 가지는 의미는 이러한 상속세 과세대상 자체에서 찾아야 한다. 즉, 피상속인이 유언 등으로 공익법인에 내국법인의 주식을 출연하는 경우에 상속인을 출연자로 보는데, 상속인은 공익법인에 출연된 위 주식을 상속받지 못하므로 상속인이 위 출연 당시 동일한 내국법인의 주식을 별도로 보유하지 않는 한, 주식이 출연되었어도 출연 당시 상속인을 기준으로 보면 주주 요건이 충족되지 아니할 수 있으므로, 이러한 사정을 고려하기 위한 것으로 볼 수 있다. 따라서 주식 출연이 증여세의 과세대상이 되는 경우만을 상정하여, 출연 전의 시점을 기준으로 판단하면 출연자는 언제나 주주였으므로 위 시행령 제13조 제4항 제1호에서 ‘최대주주 요건’ 이외에 ‘주주 요건’을 별도로 규정한 것이 무의미하다고 단정할 수 없다.
 (4) 그리고 ‘특수관계에 있는’이라는 용어는 법을 비롯한 여러 법률에서 사용하고 있고, 법 및 시행령 내에서도 여러 조항에서 사용하고 있을 뿐 아니라, 법 제48조 제1항 단서 및 그 괄호 부분이 원용하는 법 제49조와 위 시행령 규정에서도 사용하고 있다.
 어느 행위자와 상대방 사이에 특수관계가 있는지의 여부는 해당 규정의 내용과 취지 등에 따라 판단하여야 할 사항이지만, 대법원은 위와 같은 용어를 사용하고 있는 법인세법상 부당행위계산 부인규정의 경우(대법원 2010. 5. 27. 선고 2010두1484 판결 등 참조), 상속세 및 증여세법상 저가양도와 고가양도, 감자에 따른 이익 증여, 주식의 상장 등에 따른 이익의 증여 등의 경우(대법원 1990. 4. 10. 선고 90누837 판결, 대법원 2012. 9. 27. 선고 2012두11430 판결, 대법원 2012. 5. 10. 선고 2010두11559 판결 등 참조) 등에서 모두 문제 되는 행위 당시를 기준으로 하여 특수관계가 있었는지 여부를 판단하여야 한다고 보아 왔다.
 특히 상속세 및 증여세법 사안에서는 그 근거로 ‘실질과세나 공평과세 등 과세원칙의 법리’를 들기도 하였는데, 특수관계의 유무에 따라 조세법상 취급이 달라진다면 납세의무자가 문제되는 행위를 할 당시에 그와 같은 특수관계의 유무를 고려하여 선택할 수 있도록 하는 것이 바람직하다는 것도 그 이유 중 하나로 볼 수 있다. 또한 일정한 거래에 대한 과세요건이나 비과세요건은 그 거래 당시를 기준으로 충족되어야만 적용할 수 있다고 보는 것이 통상적인데, 그 거래로 인하여 발생한 결과를 기준으로 과세요건이나 비과세요건의 충족 여부를 가리자는 것은 매우 이례적인 경우에 해당한다고 볼 수밖에 없다.
 그럼에도 법 문언에 기초한 이러한 일반적인 해석과 달리 행위 직후 즉 문제 되는 행위로 인하여 발생한 결과를 기준으로 하여 특수관계를 가리는 규정으로 볼 수 있으려면 그 문언과 체계 등에 비추어 명확히 그와 같은 취지임이 드러나는 경우라야 할 것이다. ‘특수관계에 있는’이라는 동일한 용어를 사용하고 있음에도 불구하고 그 용어를 그대로 적용할 경우에 발생될 수 있는 결과가 마음에 들지 아니한다고 하여 달리 해석한다면, 세법 관련 규정의 해석 및 적용에 일관성·객관성을 해칠 뿐만 아니라, 실무상 커다란 혼란을 초래할 수 있고, 자칫 특수한 사례만을 고려한 기교적인 해석론이라는 지적을 받을 우려도 있다.
 (5) (가) 반대의견에 의하면 출연자와 내국법인 사이의 특수관계는 출연자가 최대주주이면 성립하므로 출연 결과를 따질 필요가 없다. 법 제48조 제1항 단서는 출연 주식이 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 5를 초과하는 경우와 같이 내국법인의 지배권에 영향을 미칠 수 있는 주식을 출연하면 과세대상으로 규정하고 있고, 나아가 그 괄호 규정 및 시행령 제13조 제4항 제1호는 그 출연 대상인 주식 수가 출연자를 중심으로 하여 실질적으로 내국법인의 지배권을 형성하고 있는 경우에 당연히 과세대상으로 삼고 그렇지 아니하면 다른 요건을 갖춘 경우에 비과세대상이 될 수 있다고 정한 것이다. 즉 출연자를 중심으로 하여 실질적으로 내국법인의 지배권을 형성하고 있는 주식을 출연하면 그 자체로서 과세대상이 된다.
 (나) 그런데 이와 달리 다수의견에 의하면 출연자와 내국법인 사이의 특수관계에 관한 ‘최대주주 요건’을 출연 직후를 기준으로 판단하여야 비로소 출연대상 공익법인이 출연자의 특수관계자에 해당하는지를 알 수 있게 되고, 그 판단 결과 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 인정되어 출연자 등이 내국법인의 최대주주가 되어야 내국법인에 대한 지배력을 바탕으로 공익법인에 영향을 미침으로써 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 수 있게 되어 과세대상에 해당한다고 본다. 주식 출연의 결과 출연자는 출연 주식 수만큼 주주의 지위를 상실하여 최대주주 지위를 잃는 경우가 발생하므로, 출연자가 계속 보유하는 주식과 출연을 받은 공익법인이 출연 결과로 보유하는 주식을 합산할 것인지 여부를 가리기 위하여 출연자와 공익법인 사이의 특수관계 여부를 다시 판단하려는 것이다. 즉, 주식 출연이 가지는 의미, 즉 지배권을 형성하는 주식의 이전이라는 것에서 더 나아가, 주식 출연 후에 출연자가 계속하여 내국법인에 대한 지배권을 가지는 경우만을 과세대상으로 삼으려다 보니, 출연자가 종전에 최대주식을 보유하였던 사실을 무시하고 출연 이후 공익법인에 대하여 시행령 제13조 제4항 각 호에 해당하는 사유로 출연자가 지배권을 행사하는 특수관계가 있는지 여부를 가려, 그 특수관계가 있으면 과세대상으로 삼는다는 것이다.
 그러나 내국법인인 회사가 그 주주인 공익법인에 대하여 영향력을 행사한다거나 그 주주를 지배수단으로 이용한다는 것은 회사법상 인정하기 어려운 개념이며, 내국법인에 대한 지배를 바탕으로 한 공익법인에 대한 ‘간접적인 영향력’ 역시 반대의견의 지적에서 드러난 것과 같이 그 실체가 모호하고 불명확하다. 출연자의 공익법인에 대한 영향력은 공익법인 자체에 대한 지배력이 있는지 여부로 판단하면 충분하다. 실제로 출연자의 공익법인에 대한 영향력에 관하여 2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정된 법 제16조 제2항 및 2008. 2. 22. 대통령령 20621호로 개정된 시행령 제13조 제3항 제2호는 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인의 ‘이사 현원의 5분의 1을 초과하는 경우’에는 성실공익법인의 요건을 갖추지 못한 것으로 명시하여 비과세대상에서 제외함으로써 공익법인에 대한 출연자의 지배력은 ‘출연 대상인 주식에 관한 요건’이 아니라, ‘주식을 출연받는 공익법인에 관한 요건’으로 정하고 있다. 즉, 위 경우에는 출연자와 내국법인 사이의 특수관계의 판단 기준인 ‘최대주주 요건’이 충족되는지를 굳이 따질 필요가 없고, 출연자가 내국법인과 특수관계가 없더라도 공익법인에 대한 지배력이 있기만 하면 과세대상이 된다. 따라서 2007. 12. 31. 개정법령에서 강화된 ‘성실공익법인’ 요건에 의하면, 출연자와 내국법인 사이의 특수관계의 판단 기준인 ‘최대주주 요건’을 판정할 때 출연자의 공익법인과의 특수관계 내지는 공익법인에 대한 지배력을 요구하는 다수의견의 해석은 출연자의 공익법인에 대한 지배력 유무를 ‘성실공익법인’ 요건과 ‘출연자의 특수관계자’ 요건 두 곳에서 중복하여 규율한 셈이 되어 충돌되며 관련 규정 체계에 오류가 있는 결과가 된다.
 그리고 공익법인에 대한 사후관리 규정 중 하나인 법 제48조 제8항은 출연자가 공익법인의 ‘이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나 임직원으로 되는 경우’에 관하여 규정하고 있지만, 증여세 본세가 아니라 관련 경비 상당액의 가산세만 부과하도록 하고 있음에 비추어 보아도, 출연자의 공익법인에 대한 지배력이 증여세 비과세요건인 출연자와 내국법인의 특수관계 부존재 판단에 기준이 된다고 보기 어렵다.
 결국 2007. 12. 31. 이후의 개정 법령에 비추어 보면 위 개정 전후를 막론하고 ‘출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인’의 요건은 출연자와 출연 대상 공익법인 사이의 출연 후의 지배관계를 고려할 필요 없이, 어디까지나 출연자와 해당 내국법인 사이에 출연 당시 존재하는 특수관계를 규율하는 규정이라고 해석함이 타당하다.
 (6) 2007. 12. 31. 개정 전·후를 통하여, 다수의견의 논리와 배치되는 사례를 살펴본다.
 어느 내국법인의 주식 100%를 보유한 사람이 타인에 의하여 설립되어 운영 중인 공익법인에 그 주식 중 50% 미만을 출연한다고 가정하면, 출연자와 공익법인 사이에 특수관계가 인정될 여지는 없는 반면에, ‘출연 직후’를 기준으로 하더라도 출연자는 여전히 주주이면서 동시에 최대주주이므로 증여세 과세대상이 된다. 이에 관하여 반대의견은 출연자가 출연 당시에 지배권을 형성하고 있는 주식을 이전하는 경우이므로 과세대상이 된다고 본다. 그런데 다수의견은 출연자와 공익법인 사이의 특수관계 및 이를 통한 내국법인에 대한 ‘간접 지배’를 내국법인 주식에 관한 증여세 과세의 논거로 삼고 있는데, 위의 사례에서는 이러한 ‘간접 지배’가 불가능함에도 왜 증여세 과세대상이 되는지를 설명할 수 없다.
 이는 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 최대주주 요건이 충족되었는지를 판단하는 다수의견의 해석이 법 제48조 제1항의 규율체계 및 입법 취지와 조화되지 아니함을 보여준다.
 (7) 위에서 살펴본 법 문언과 관련 규정의 체계 및 정확한 입법 취지, 구체적 타당성 등을 종합하여 보면, 법 제48조 제1항은 출연자가 출연 당시에 이미 지배하던 특정 내국법인에 관하여 보유하고 있는 주식을 출연함으로써 실질적인 지배권을 형성하는 주식의 전부 또는 일부가 이전되는 경우에 과세하도록 하는 규정으로서, 출연자와 내국법인 사이의 특수관계는 그 출연 당시를 기준으로 해석함이 타당하며, 이와 달리 출연 후의 결과를 가지고 판단하여서는 아니 될 것이다.
 나. 다수의견은 출연자와 공익법인 사이의 특수관계 요건인 시행령 제19조 제2항 제4호의 ‘출연하여 설립한’의 의미를 공익법인의 설립을 위하여 재산을 출연하고 나아가 정관작성, 이사선임, 설립등기 등의 과정에서 그 설립에 ‘실질적으로 지배적인 영향력을 행사’한 경우로 보고, 이에 기초하여 출연자와 출연받은 공익법인과의 특수관계를 판단하고 있다. 그러나 시행령 제19조 제2항 제4호는 법 제48조의 공익법인에 대한 주식 출연에 한정하여 적용되는 것이 아니라 상속세 및 증여세법 전반에 걸쳐 비영리법인이 특수관계자에 해당하는 요건을 정한 규정이므로, 다수의견과 같이 법 제48조의 맥락에서만 바라보아서는 아니 된다.
 앞에서 본 것과 같이 조세에 관한 규정은 그 문언에 따라 엄격하게 해석하여야 한다. 따라서 출연자와 비영리법인 사이의 특수관계에 관하여 법령에 명확한 규정이 없음에도 이를 ‘실질적으로 지배적인 영향력을 행사’하는지 등의 애매모호하고 불확정적인 개념으로 파악할 수는 없다.
 일반적으로 특수관계자 규정은, 예컨대 친족이나 사용인과 같이 별개의 인격체이지만 규율대상이 되는 행위를 할 때에는 사회통념이나 경제적 이해관계 등에 비추어 동일한 인격체인 경우와 마찬가지로 의사결정이나 행위를 할 수 있다고 볼 수 있는 일정한 범위의 자들을 법령에서 일률적으로 정하여 열거해두는 규정이다. 법이 정한 특수관계자의 범주에 속하는 이상, 실제로는 서로 대립관계에 있다거나 사이가 좋지 않다는 등의 개별적이고 구체적인 사정들은 원칙적으로 고려대상에서 배제하여야 하는 한편, 그 범주를 벗어나는 경우에는 설령 개인적으로나 경제적으로 아주 밀접한 관계가 있다 하더라도 특수관계자로 보아서는 아니 된다. 대법원 2011. 7. 21. 선고 2008두150 전원합의체 판결은 이와 같은 취지에서 구 법인세법상 부당행위계산 부인규정이 정한 납세의무자 법인과 특수관계에 있는 자는 그 문언상 납세의무자 법인을 기준으로 하여야 하고 그 거래상대방을 기준으로 판단할 수 없다고 보았다.
 만약 이러한 특수관계 자체를 ‘실질적’이고 ‘지배적’인지 여부로 판정하도록 하면 문제 되는 사안마다 제반 사정을 종합하여 특수관계 유무를 개별적·구체적으로 따져보아야 한다. 그러나 이는 납세의무자와 과세관청으로 하여금 법원의 최종 판단이 있기 전까지는 과연 어떠한 경우가 특수관계자에 해당하는지를 도저히 알 수 없게 함으로써 성실한 납세와 적정한 과세 모두를 곤란하게 만든다. 특수관계자 규정 중에서도 입법기술이나 취지상 불가피하게 다소간 불확정적인 개념을 사용한 경우가 있지만, 출연자와 비영리법인 사이의 특수관계에 관하여 법령의 문언에도 없는 ‘정관작성과 이사선임, 설립등기 등의 과정에서 실질적으로 지배적인 영향력을 행사’하였는지 여부라는 불확정개념을 굳이 해석론으로 끌어들이는 것은 바람직한 일이 아니며, 가능한 한 객관적이고 일률적인 기준에 의하여 이를 판단할 수 있도록 하여야 한다. 공익법인 출연재산에 대한 상속세 비과세요건의 하나로 시행령 제13조 제2항 제2호가 ‘이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 되지 아니하여야 하며, 이사의 선임 등 공익법인의 사업운영에 관한 중요사항을 결정할 권한을 가지지 아니할 것’을 규정함으로써 필요한 경우 공익법인에 대한 ‘실질적 지배력 행사’를 구체화한 요건을 명시하고 있음에 비추어 보더라도, 그와 같은 문언을 두고 있지 아니한 시행령 제19조 제2항 제4호를 다수의견과 같이 해석할 수는 없다.
 따라서 시행령 제19조 제2항 제4호가 정한 ‘재산을 출연하여 설립한 비영리법인’에 해당하는지 여부는, ‘실질적인 지배력’이 아니라 그 문언대로 출연을 기준으로 객관적으로 해석하여야 한다. 즉, 상당한 규모의 재산을 출연하여 비영리법인으로서 목적 수행이 가능한 재산적 기초를 이룸으로써 비영리법인이 설립되었다고 인정되는 경우를 대상으로 한 규정이라고 보아야 하며, 특수관계자에 해당하는 영리법인의 범위를 정하고 있는 시행령 제19조 제2항 제6호 및 제7호가 ‘발행주식 총수의 100분의 30 이상’ 또는 ‘발행주식 총수의 100분의 50 이상’을 규정하고 있는데, 특수관계 유무를 가리는 재산 출연·형성의 기준에 관하여 같은 조항 내에서 영리법인과 비영리법인을 특별히 달리 취급할 사정이 없음에 비추어 보면, 여기서 ‘재산 출연에 의한 설립’이라고 인정될 수 있는 경우는 적어도 비영리법인 재산의 30% 이상을 출연한 경우를 의미한다고 해석할 수도 있을 것이다.
 특히 앞에서 본 것처럼 2007. 12. 31. 개정법령은 ‘성실공익법인’ 요건을 강화하여 출연자 및 그 특수관계자가 ‘이사 현원의 5분의 1을 초과하는 경우’에는 법 제48조의 비과세대상에서 배제하고 있다. 따라서 공익법인에 대한 주식 출연이 증여세 과세대상이 되는지 여부를 정한 법 제48조 제1항과 관련하여, 출연자가 해당 공익법인의 설립에 관하여 ‘정관작성, 이사선임, 설립등기 등의 과정에서 실질적으로 지배적 영향력을 행사’하였는지는 ‘주식을 출연받는 공익법인에 관한 요건’에 대한 별도의 규정에서 판단할 사항이며, ‘출연 대상인 주식에 관한 요건’과 관련하여 시행령 제19조 제2항 제4호의 특수관계를 판단할 때 고려하기에 적절한 사항이라고 보이지 아니한다.
 다. 결론적으로 법 제48조 제1항에서 ‘출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식’인지는 그 출연 당시를 기준으로 판단하여야 하고, 한편 출연받은 공익법인이 출연자의 특수관계자인지의 여부와 관련하여 시행령 제19조 제2항 제4호의 ‘출연하여 설립한’의 의미는 공익법인의 재산 중 30% 이상을 출연하여 설립에 이르게 한 경우 등과 같은 객관적이고 구체적인 기준에 따라 해석되어야 한다.
 이상과 같이 반대의견에 대한 보충의견을 밝혀 둔다.

대법원장 양승태(재판장) 박병대 김용덕 박보영 김창석(주심) 김신 김소영 조희대 권순일 박상옥 이기택 김재형

[1] 구 상속세 및 증여세법 제48조 제1항의 입법 취지 및 구 상속세 및 증여세법 시행령 제13조 제4항 제1호에서 정한 ‘출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 보유하고 있는 주식의 합계가 가장 많은 내국법인’에 해당하는지 판단하는 기준 시점(=주식이 출연된 후의 시점)
[2] 구 상속세 및 증여세법 시행령 제19조 제2항 제4호에서 정한 ‘재산을 출연하여 비영리법인을 설립한 자’의 의미

[1] [다수의견] 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제48조 제1항과 제16조 제2항 단서의 규정을 종합하여 보면, 공익법인에 출연된 내국법인의 주식이 내국법인 발행주식 총수의 100분의 5를 초과하는 경우라고 하더라도 출연된 주식에 대하여 증여세를 부과하기 위해서는 출연자와 내국법인 사이에 ‘특수관계’가 인정되어야 한다.
 이와 관련하여 위 단서 규정의 위임에 따른 구 상속세 및 증여세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18177호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다) 제13조 제4항은 “법 제16조 제2항 단서에서 ‘당해 공익법인의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인’이라 함은 다음 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 내국법인을 말한다.”라고 규정하고 있고, 제1호에서는 ‘출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자(출연자와 제6항 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말하되, 당해 공익법인을 제외한다)가 주주이거나 임원의 현원 중 5분의 1을 초과하는 내국법인’이라는 요건(이하 ‘주주 요건’이라고 한다)과 ‘출연자 및 그와 특수관계에 있는 자(출연자와 제6항 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다)가 보유하고 있는 주식의 합계가 가장 많은 내국법인’이라는 요건(이하 ‘최대주주 요건’이라고 한다)을 모두 갖춘 내국법인을 ‘당해 공익법인의 출연자와 특수관계에 있는 내국법인’으로 규정하고 있다.
법 제48조 제1항의 입법 취지가 내국법인 주식의 출연 전에 ‘내국법인의 최대주주였던 자’의 출연을 규제하고자 하는 것이라면 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연되기 전의 시점을 기준으로 판단하여야 하고, 주식의 출연 후에 ‘내국법인의 최대주주가 되는 자’의 출연을 규제하고자 하는 것이라면 ‘최대주주 요건’을 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하여야 한다.
 공익법인에 출연한 주식이 ‘출연자 및 그와 특수관계에 있는 자(이하 ‘출연자 등’이라고 한다)가 보유하고 있는 주식의 합계가 가장 많은 내국법인’의 주식인 경우에는, 내국법인에 대한 지배력을 바탕으로 배당 등에 관한 영향을 통하여 공익법인에 영향을 미침으로써 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 수 있으면서도 이러한 공익법인에 대한 주식 출연의 방법으로 상속세 또는 증여세를 회피할 수 있으므로, 이러한 폐해를 방지하고자 이와 같은 규정을 두게 된 것으로 이해된다.
 따라서 ‘최대주주 요건’에 해당하는지는 주식이 출연되기 전의 시점이 아닌 출연된 후의 시점을 기준으로 판단하여야 한다. 비록 주식이 출연되기 전에 최대주주였다고 하더라도 출연에 따라 최대주주로서의 지위를 상실하게 되었다면 출연자는 더 이상 내국법인에 대한 지배력을 바탕으로 공익법인에 영향을 미칠 수 없고 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 수 없기 때문이다.
 [대법관 김용덕, 대법관 김소영, 대법관 박상옥의 반대의견] 법 제48조 제1항 단서는 다수의견이 이해하는 바와 같이 공익법인을 이용한 기업의 간접적 지배구조의 형성 자체를 차단하고자 하는 것이 아니라, 출연자가 기존에 지배하고 있던 특정한 기업의 주식을 출연함으로써 공익법인을 특정기업의 간접적 승계의 수단으로 이용하는 경우에만 증여세를 과세하도록 규정하고 있음이 명확하다. 다시 말하면, 종전에는 증여세가 비과세되는 출연한도를 발행주식 총수의 5%로 정하였다가, ‘5%를 초과하나 출연자가 최대주주는 아닌 경우’까지로 완화하여 비과세 한도를 높여 준 것이다.
 따라서 법 제48조 제1항과 관련한 주주 요건과 최대주주 요건의 판단 기준시점은 주식의 출연 당시라고 볼 수밖에 없다. 법 문언이 “출연자와 ‘특수관계에 있지 아니하는’ 내국법인의 주식 등을 ‘출연하는’ 경우”라고 규정하여 출연 당시를 기준으로 출연자와 내국법인 사이의 특수관계 유무를 판단하도록 규정한 것은 이러한 취지를 정확히 반영한 것이고, 따라서 최대주주 요건이 충족되었는지를 다수의견과 같이 주식이 출연된 이후의 시점을 기준으로 판단할 여지는 없다.
[2] [다수의견] 공익법인에 주식 출연 시 비과세 혜택을 받기 위해서는 출연자 등이 내국법인의 최대주주에 해당하지 않아야 하는데, 주식이 출연된 후의 시점에서 최대주주 여부를 판단할 때에는 내국법인의 주식을 출연받은 ‘당해 공익법인’이 출연자와 특수관계에 있는 자에 해당하는지도 따져보아야 한다. 이와 관련하여 구 상속세 및 증여세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18177호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다) 제13조 제6항 제3호에 따라 준용되는 시행령 제19조 제2항 제4호는 ‘주식 출연자 등이 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인’을 출연자와 특수관계에 있는 자로 규정하고 있다.
 위 규정들의 문언에 따르면 ‘당해 공익법인’도 비영리법인에 당연히 포함되므로, 위 규정들의 요건에 해당하는 경우에는 ‘출연자와 특수관계에 있는 비영리법인’이 될 수 있다. 시행령 제13조 제4항 제1호에서도 최대주주 요건과 관련된 특수관계에 있는 자의 범위에 당해 공익법인을 포함시킴으로써 이러한 점을 명확히 하고 있다. 따라서 ‘주식 출연자 등이 당해 공익법인 이사의 과반수를 차지’하거나 당해 공익법인이 ‘주식 출연자 등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인’에 해당한다면 출연자와 특수관계에 있는 자에 해당하게 되므로, 그 경우에는 출연으로 인하여 당해 공익법인이 보유하게 된 주식은 물론 출연 당시 당해 공익법인이 이미 보유하고 있던 내국법인의 주식을 포함시켜 최대주주에 해당하는지를 판단하여야 한다.
 조세법규의 해석 원칙과 입법 취지, 시행령 제19조 제2항 제4호의 입법 연혁, 특수관계에 있는 비영리법인의 범위를 정한 다른 조세법규의 내용, 정관작성이나 이사선임 등의 설립행위가 공익법인의 운영과정에 미치는 영향력 등을 종합적으로 고려하면, 시행령 제19조 제2항 제4호에서 정한 ‘재산을 출연하여 비영리법인을 설립한 자’란 비영리법인의 설립을 위하여 재산을 출연하고 정관작성, 이사선임, 설립등기 등의 과정에서 비영리법인의 설립에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사한 자를 의미하는 것으로 보아야 한다.
 다만 주식 출연자가 비영리법인의 설립에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사하였는지는 반드시 발기인 등의 지위에서 정관작성 또는 이사선임 과정 등에 참여한 경우로 한정할 것은 아니고 정관작성이나 이사선임에서 출연자의 관여 정도 등과 같이 그 실질을 따져 판단하여야 하며, 설립 이후 주식 출연자의 행태 등을 통하여 이를 추단할 수도 있다.
 [대법관 김용덕, 대법관 김소영, 대법관 박상옥의 반대의견] 출연자와 공익법인 사이의 특수관계를 가리는 요건으로서 시행령 제19조 제2항 제4호에 정한 ‘재산을 출연하여 설립한 비영리법인’은 출연자가 재산을 출연함으로써 설립에 이른 비영리법인을 의미한다.
시행령 제19조 제2항 제4호의 ‘재산을 출연하여 설립한’이라는 문언을 다수의견과 같이 ‘출연행위를 하고 정관작성, 최초 이사선임, 설립등기 등의 과정에서 그 공익법인의 설립에 지배적인 영향력을 행사한 점이 인정되는 경우’로 해석할 근거가 없다. 위 시행령 조항의 ‘출연하여 설립한’의 의미는 출연에 중점을 두어 특수관계의 유무를 판단하도록 한 것이라는 데에서 찾아야 하고, 출연자가 ‘재산을 출연하여 설립에 이르게 된’ 법인이라면 특수관계자에 해당한다고 보아야 한다.
 출연자가 공익법인의 설립 당시에 정관작성, 최초 이사선임 등에 관여하지 않았다고 해서 언제나 공익법인을 지배할 여지가 없다고 볼 수는 없다. 민법 등 관계 법령에 따라 출연자가 이미 설립되어 있던 공익법인의 이사장이나 이사 지위를 차지함으로써 공익법인을 지배하는 것이 충분히 가능하고, 현실적으로도 그와 같은 공익법인의 지배력 이전이 엄연히 일어나고 있다. 이러한 경우에 출연자가 공익법인을 지배할 여지가 없어 간접적 기업 승계가 불가능하다고 볼 수는 없다.