법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2013.03.22 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 이수화학 주식회사 (소송대리인 법무법인 두레 담당변호사 정성욱)
【피고, 피항소인 겸 항소인】 반포세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김영진)
【제1심판결】 서울행정법원 2012. 4. 5. 선고 2011구합22662 판결
【변론종결】2013. 2. 26.
【주 문】
 1. 원고 및 피고의 항소를 모두 기각한다.
 2. 항소비용은 각자 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
피고가 원고에 대하여 한 2010. 4. 8.자 2001사업연도 귀속 법인세 3,585,798,310원, 2004사업연도 귀속 법인세 420,154,080원의 각 부과처분을 취소한다.
피고가 원고에 대하여 한 2010. 5. 3.자 2004년 12월분 증권거래세 32,266,210원의 부과처분을 취소한다.
2. 항소취지
가. 원고의 항소취지
제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 2010. 5. 3.자 2004년 12월분 증권거래세 32,266,210원의 부과처분을 취소한다.
나. 피고의 항소취지
제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 제1심 판결의 인용
이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래 제2항 기재와 같이 고치거나 추가하는 부분 외에는 제1심 판결문 이유 기재와 같으므로 「행정소송법」 제8조 제2항, 「민사소송법」 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 고치거나 추가하는 부분
■ 제1심 판결문 제4면 제1행의 “불복하여” 다음에 ‘2010. 6. 11. 서울지방국세청장에게 이의신청을 하였으나, 2010. 7.경 위 신청이 기각되었고, 원고가“를 추가한다. 
제1심 판결문 제4면 제3행의 “갑 제1, 4, 5호증”을 “갑 제1 내지 5호증”으로 고친다.
■ 제1심 판결문 제4면 제17행 내지 제20행을 아래와 같이 고친다.
 2) 이 사건 증권거래세 부분
 1차 양도에 따른 이 사건 주식의 실제 취득자는 원고가 아니라 이수유화이다. 따라서 이 사건 주식의 실제 취득자가 원고임을 전제로 한 이 사건 증권거래세 부과처분은 위법하다. 
 설령 이 사건 주식의 실제 취득자를 원고로 본다 하더라도, 피고는「상속세 및 증여세법」소정의 보충적 평가방법에 의하여 이 사건 주식을 평가하였는데, 디엔피는 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 있는 법인에 해당하므로 이 사건 주식은 할증평가대상이 아니고, 이 사건 주식에 대한 의결권 행사의 주체를 주식의 명의수탁자로 볼 경우 명의수탁자인 소외 5 등 4인은 원고 및 소외 10 등과 특수관계에 있지 않아 경영권을 고려한 할증평가대상인 ‘최대주주 등’에 포함되지 않으므로 최대 주주 등 할증액을 차감하여야 하며, 피고가 한 2001. 6. 27. 당시의 주식 평가는 위와 같이 막대한 누적 결손금을 제대로 반영하지 아니하고 한 평가이어서 이 사건 주식에 대한 객관적 평가로 볼 수 없으므로 이 사건 증권거래세 부과처분은 위법하다.
■ 제1심 판결문 제6면 제10행을 “[인정근거] 을 제4, 7, 9, 11, 13, 14호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지”로 고친다.
■ 제1심 판결문 제9면 제12행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.
 피고는 또한, 이 사건 처분이 「행정소송법」에 따른 소송에서의 판결에서 확인된 명의대여 사실에 근거한 것이므로 그 부과제척기간은 행정소송이 종결된 날인 2009. 7. 31.부터 1년 후인 2010. 7. 31.이라고 주장한다.
 살피건대 「국세기본법」 제26조의2는 △ 제2항에서, 「행정소송법」에 의한 소송에 대한 판결이 있는 경우에는 그 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지는 해당 판결에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하였고, △ 제3항에서, 위와 같은 판결에서 명의대여 사실이 확인된 경우에는 그 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 명의대여자에 대한 부과처분을 취소하고 실제로 사업을 경영한 자에게 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하였다. 
 북대구세무서장은 디엔피가 이 사건 주식을 저가매입한 후 이수유화에게 저가양도한 것으로 보아 디엔피를 흡수합병한 이수유화에게「법인세법」의 부당행위계산부인 규정 등을 적용하여 2001사업연도 귀속 법인세 등을 부과·고지하였던 사실, 이수유화는 2008. 4. 23. 서울행정법원 2008구합17387호로 위 부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였고, 위 법원은 2009. 1. 16. 디엔피가 이 사건 주식의 실제 취득자라고 볼 수 없다는 이유로 위 각 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였던 사실, 북대구세무서장은 위 판결에 대하여 항소하였다가 위 각 부과처분을 직권취소하였고, 이수유화가 위 소를 취하하여 위 소송이 종결된 사실은 위에서 인정한 바와 같다. 
 위 인정사실과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 「국세기본법」 제26조의2 제2항, 제3항은 행정소송에 대한 판결이 확정되었음을 전제로 하여 그 판결 확정일로부터 1년 이내에 필요한 처분을 할 수 있도록 규정한 것인데, 위 서울행정법원 2008구합17387호 소송은 제1심 판결이 선고된 이후 북대구세무서장이 부과처분을 직권으로 취소하고 이수유화가 소를 취하하여 종료되었을 뿐, 그 판결이 확정되지는 않았던 점, ②「국세기본법」의 위 규정은 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때(대법원 2010. 6. 24. 선고 2007두16493 판결 등 참조), 행정소송의 판결이 확정된 것이 아니라, 조세부과처분의 직권취소 및 소 취하에 의하여 소송이 종결된 경우는 이에 해당된다고 볼 수 없는 점, ③「국세기본법」 제26조의2 제2항 소정의 '판결'이란 그 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 행하지 않으면 안 되는 판결, 즉 조세부과처분이나 경정거부처분에 대한 취소판결 등을 의미하는 것이고, 청구를 기각하는 판결이나 소를 각하하는 판결은 여기에 해당하지 않는다고 할 것인데(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 등 참조), 위 서울행정법원 2008구합17387호 소송은 북대구세무서장의 조세부과처분 직권취소 및 이수유화의 소 취하에 의하여 종결되었고, 만약 이수유화가 소를 취하하지 않았다면 소의 이익이 없어 각하 판결을 면할 수 없었을 것으로 보이는 점 등을 종합해 보면, 북대구세무서장의 조세부과처분 직권취소 및 이수유화의 소 취하에 의하여 종결된 위 서울행정법원 2008구합17387호 소송의 경우는 행정소송의 판결이 확정된 경우로 볼 수 없어「국세기본법」 제26조의2 제2항 또는 제3항에 의한 부과제척기간이 적용될 수 없다 할 것이므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.
■ 제1심 판결문 제9면 제12행 내지 제16행을 아래와 같이 고친다.
 2) 이 사건 증권거래세 부과처분 
 가) 원고가 이 사건 주식의 실제 취득자인지 여부
 위에서 살펴본 바와 같이 1차 양도에 따른 이 사건 주식의 실제 취득자는 원고로 봄이 타당하므로, 이 사건 주식의 실제 취득자가 원고가 아니라 이수유화임을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 나) 이 사건 주식의 평가방법이 적정한지 여부
「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항은 △ ‘같은 조 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주 등이 해당 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다’고 규정하면서, △ ‘평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항의 규정에 따른 결손금이 있는 법인의 주식 등은 제외한다’고 규정하고 있다.
한편으로 「법인세법」 제14조 제2항은, ‘내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다’고 규정하고 있다.
 살피건대, 갑 12호증의 1, 2의 각 기재만으로는 디엔피가 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항의 규정에 따른 결손금이 있는 법인에 해당한다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없는 반면, 갑 제11, 13호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 디엔피가 1998사업연도에 8,680,021원의 법인세를, 2000사업연도에 12,769,820원의 법인세를 각 납부한 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면 디엔피의 1998사업연도 및 2000사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하였다고 볼 수 없어 디엔피는 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 있는 법인에 해당한다고 할 수 없으므로, 이 사건 주식이 할증평가대상이 아니라는 원고의 주장은 이유 없다(따라서 디엔피의 1998사업연도 내지 2000사업연도의 결손금이 누적되었음을 전제로 하여 피고의 주식 평가방법이 위 회사의 누적 결손금을 제대로 반영하지 아니하여 이 사건 주식에 대한 객관적 평가로 볼 수 없다는 원고의 주장도 받아들일 수 없다). 
 또한 위에서 살펴본 바와 같이 원고는 1차 양도시에 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항이 규정한 특수관계에 있는 소외 1 등으로부터 이 사건 주식을 취득함으로써 위 주식의 의결권 행사의 실질적인 주체가 되었다고 할 것이므로, 명의수탁자에 불과한 소외 5 등 4인이 의결권 행사의 주체여서 위 법 소정의 특수관계인에 해당하지 않아 경영권을 고려한 할증평가대상인 ‘최대주주 등’에 포함되지 않는다는 원고의 주장도 이유 없다.
3. 결론
그렇다면 이 사건 청구 중 이 사건 각 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 이 사건 증권거래세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고와 피고의 항소를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 고의영(재판장) 정준화 이유형