지방세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2014.02.13 / 시행일:

【원고, 상고인】 의료법인 ○○의료재단 (소송대리인 법무법인 온 담당변호사 양태열 외 2인)
【피고, 피상고인】 고흥군수 (소송대리인 법무법인 이인 담당변호사 김경진)
【원심판결】 광주고법 2013. 8. 8. 선고 2013누85 판결
【주 문】
 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 광주고등법원에 환송한다.

【이 유】 1. 상고이유를 판단한다.
 가. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제287조 제2항은 ‘의료법 제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다’고 규정하고 있다.
 한편 의료법은 제3조 제1항에서 의료업을 ‘의료인이 공중 또는 특정 다수인을 위하여 하는 의료·조산의 업’으로 정의하고 제49조 제1항에서 ‘의료법인이 의료기관에서 할 수 있는 의료업무 외에 다음의 부대사업을 할 수 있다’고 규정하면서, 제3호에서 ‘노인복지법 제31조 제2호에 따른 노인의료복지시설의 설치·운영’을 들고 있다. 그런데 구 노인복지법(2011. 6. 7. 법률 제10785호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제31조 제2호, 제34조 제1항 제1호는 노인의료복지시설의 하나인 ‘노인요양시설’을 ‘치매·중풍 등 노인성질환 등으로 심신에 상당한 장애가 발생하여 도움을 필요로 하는 노인을 입소시켜 급식·요양과 그 밖에 일상생활에 필요한 편의를 제공함을 목적으로 하는 시설’로 정의하고 있다.
이러한 관련 법령의 문언내용 및 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 지방세특례제한법이 의료법인 등에 대한 과세특례(제38조)와 별도로 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대한 취득세 감면규정(제20조)을 둔 입법 취지 등을 종합하여 보면, 구 노인복지법에 따른 노인요양시설을 설치·운영하는 데에 제공되는 부동산은 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 것이라고 할 수 없으므로, 구 지방세법 제287조 제2항이 정한 취득세 등의 면제대상에 해당하지 않는다.
 나. 원심이 이 사건 노인요양시설의 설치·운영에 제공되는 토지가 의료업에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다고 판단한 것은 위와 같은 법리에 따른 것으로서, 거기에 상고이유의 주장과 같이 구 지방세법 제287조 제2항이 정한 취득세의 면제대상에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 그리고 이 사건 노인요양시설의 설치·운영에 제공되는 토지가 취득세의 면제대상에 해당하지 않는 이상, 그 취득일부터 1년 내에 의료업에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다는 상고이유의 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다.
 2. 직권으로 본다.
 가. (1) 구 전라남도 도세 감면조례(2009. 12. 31. 전라남도조례 제3333호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘도세 감면조례’라 한다)는 제2장에서 ‘사회복지 지원을 위한 감면’을 규정하면서, 그에 속한 제8조로 "노인복지법 제31조의 규정에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세와 등록세를 감면한다. 다만 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하거나 건축공사에 착공하지 아니하는 경우와 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다."고 규정하고, 제2호에서 "유료노인복지시설에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다."고 정하고 있다.
 도세 감면조례 제8조가 추징요건으로 규정하는 ‘부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하거나 건축공사에 착공하지 아니하는 경우’에서의 추징배제사유인 ‘정당한 사유’란, 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다. 그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조).
 (2) 아울러 도세 감면조례 제37조 제1항은 "이 조례에 의하여 도세를 감면받고자 하는 자는 별지 제1호 서식에 의한 전라남도세감면신청서 및 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 시장·군수에게 신청하여야 한다. 다만 이 조례 제2장의 경우 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있는 때에는 신청이 없는 경우라도 직권으로 감면할 수 있다."고 규정하고 있다.
조례에서 과세면제를 받고자 하는 자는 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 관할관청에 신청하여야 한다고 규정하고 있더라도, 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없다(대법원 2003. 6. 27. 선고 2001두10639 판결 등 참조). 그리고 어떠한 과세대상이 당초 감면을 받은 규정에 의한 감면대상에 해당하지 않는다고 하더라도, 다른 감면규정에 의한 감면대상에 해당하고 그에 관하여 추징사유가 발생하지 아니하였다면 다른 규정에 따른 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두26414 판결 참조).
 나. 원심판결 이유와 기록에 의하면, (1) 피고는 원고가 2007. 11. 29.경 전남 고흥군 (주소 1 생략) 임야 11,692㎡ 중 일부에 대하여 대지 조성 공사를 하여, (주소 2 생략) 대 7,506㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)로 분할, 지목 변경한 것을 취득으로 보고, 2012. 2. 14. 원고에게 이 사건 토지의 가액 증가분에 관하여 취득세 25,671,740원, 농어촌특별세 2,567,160원 합계 28,238,900원을 추징하는 이 사건 제2처분을 한 사실, (2) 원고는 이에 불복하여 전라남도지사에 대하여 지방세 이의신청을 하면서 ‘지목변경에 따른 취득세 등 부과액 중 이 사건 노인요양시설은 도세 감면조례 제2장 ‘사회복지 지원을 위한 감면’ 중 제8조 제1항 제2호에서 정한 유료노인복지시설로서 취득세 등을 50% 감면하여야 한다’고 주장한 사실, (3) 전라남도지사는 ‘이 사건 노인요양시설은 노인복지시설로 50% 취득세 등 감면대상이나, 토지취득일부터 1년 이내에 노인복지시설로 직접 사용하는 경우에만 50% 감면대상에 해당되고, 정당한 사유 없이 1년 이내에 노인복지시설로 직접 사용하지 않는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징할 수 있는데, 지목변경이 완료된 2007. 11. 29.부터 취득시점을 기산하더라도 이 사건 노인요양시설 착공일인 2009. 10. 30.경까지 1년 11개월이 경과하고 있어 정당한 사유를 인정할 수 없다’는 이유로 이의신청을 기각하였는데, 그 이의신청 결정문은 이 사건 소송에서 증거(갑 제7호증의 1, 2)로 제출되어 있는 사실, (4) 한편 원고는 2008. 4. 16. 피고에게 지목변경된 이 사건 토지의 일부 지상에 노인요양시설을 설치·운영하기 위한 사업승인을 재차 신청하였는데, 그때부터 무려 1년이 경과한 2009. 4. 17.에 이르러서야 피고로부터 노인요양시설 신축사업 확정통보를 받고 그 무렵 고흥군의 보조금 지원 결정을 받았으며, 2009. 9. 14. 건축허가를 받은 후 2009. 10. 30. 착공하여 2010. 10. 7. 철근콘크리트조 슬래브지붕 3층 규모의 이 사건 노인요양시설을 완공한 다음, 이를 유료로 운영하고 있는 사실 등을 알 수 있다.
 다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, (1) 이 사건 노인요양시설은 도세 감면조례 제8조 제1항 제2호에서 정한 유료노인복지시설로서 취득세 등의 50% 감면대상에 해당한다고 할 것이고, (2) 비록 이 사건 제2처분의 추징사유인 이 사건 토지의 지목변경에 따른 부동산 취득 간주가 이루어진 날부터 1년의 유예기간을 경과하여 1년 11개월 만에 이 사건 노인요양시설 건축공사가 착공되었지만, 이 사건 노인요양시설의 설치 예정지와 규모에 비추어 노인요양시설의 착공 준비에 상당한 기간이 필요할 것으로 보이고, 원고가 이 사건 노인요양시설의 착공을 방치하고 있었다고 보기는 부족하며, 이 사건 노인요양시설의 신축에 필요한 부지의 취득부터 그 착공과 완공에 이르는 일련의 과정, 특히 피고로부터 건축허가를 받는 데에 1년의 기간이 소요된 사정 등을 전체적으로 파악할 때, 원고가 위 부동산 취득 간주일부터 유예기간 1년 내에 이 사건 요양시설의 착공에 이르지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는 사정들이 나타나 있다.
 라. 따라서 원심으로서는 원고가 제출한 소송자료 등 기록에 나타난 자료에 의하여 이 사건 노인요양시설의 부지로 사용되는 이 사건 토지에 대한 도세 감면조례 제8조 제1항 제2호의 50% 감면규정 및 추징규정의 적용 여부, 그리고 지목변경에 따른 부동산 취득 간주일부터 이 사건 노인요양시설 착공일까지 1년 내에 공사에 착공하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 대하여도 필요한 석명을 구하거나 심리를 하여 그 감면사유 및 추징사유의 당부에 따른 이 사건 제2처분의 위법 여부를 판단하였어야 할 것이다(대법원 2010. 2. 11. 선고 2009두18035 판결 등 참조).
 그럼에도 이와 달리 원심은 도세 감면조례 제8조 제1항 제2호의 50% 감면규정 및 추징규정의 적용 여부와 그 유예기간 경과에 관한 정당한 사유의 유무에 대하여 아무런 심리·판단을 하지 아니하고 이 사건 제2처분을 적법하다고 인정하고 말았으니, 도세 감면조례에 의한 감면사유 및 추징사유를 비롯한 앞에서 본 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.
 3. 그러므로 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신영철(재판장) 이상훈 김용덕(주심) 김소영

[1] 구 노인복지법에 따른 노인요양시설을 설치·운영하는 데에 제공되는 부동산이 구 지방세법 제287조 제2항이 정한 취득세 등의 면제대상에 해당하는지 여부(소극)
[2] 조례에 따른 과세면제신청이 면제의 요건인지 여부(소극) 및 과세대상이 당초 감면규정에 의한 감면대상에 해당하지 않지만 다른 감면규정에 의한 감면대상에 해당하고 그에 관하여 추징사유가 발생하지 아니한 경우 추징처분이 허용되는지 여부(소극)

[1] 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제287조 제2항, 의료법 제3조 제1항, 제49조 제1항 제3호, 구 노인복지법(2011. 6. 7. 법률 제10785호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제31조 제2호, 제34조 제1항 제1호의 문언내용 및 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 지방세특례제한법이 의료법인 등에 대한 과세특례(제38조)와 별도로 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대한 취득세 감면규정(제20조)을 둔 입법 취지 등을 종합하여 보면, 구 노인복지법에 따른 노인요양시설을 설치·운영하는 데에 제공되는 부동산은 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 것이라고 할 수 없으므로, 구 지방세법 제287조 제2항이 정한 취득세 등의 면제대상에 해당하지 않는다.
[2] 조례에서 과세면제를 받고자 하는 자는 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 관할관청에 신청하여야 한다고 규정하고 있더라도, 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없다. 그리고 어떠한 과세대상이 당초 감면을 받은 규정에 의한 감면대상에 해당하지 않는다고 하더라도, 다른 감면규정에 의한 감면대상에 해당하고 그에 관하여 추징사유가 발생하지 아니하였다면 다른 규정에 따른 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다.