관세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2015.11.27 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인 세종 담당변호사 김형수 외 1인)
【피 고】 서울세관장
【변론종결】2015. 10. 30.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 원고에게 한, 2013. 7. 31.자 관세 308,900원, 부가가치세 30,890원의 부과처분 및 2013. 9. 9.자 관세 31,993,930원, 부가가치세 3,199,390원의 부과처분을 각 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 신발류 제품을 수입하여 판매하는 업체로서, 2011. 10. 17. 및 2012. 3. 8. 중화인민공화국(이하 ‘중국’이라 한다)에서 생산된 신발 등을 중국에서 홍콩특별행정구(이하 ‘홍콩’이라 한다)를 경유하여 수입신고번호 40479-11-100259U 및 40479-12-030132U로 수입하면서, 아시아·태평양 무역협정(이하 ‘APTA’라 한다)에 따른 협정관세율을 적용하여 수입신고를 마쳤다(위와 같이 수입신고된 물품을 이하 ‘이 사건 물품’이라 한다).
 나. 그런데 이 사건 물품에 대하여 피고가 사후심사를 실시한 결과, 이 사건 물품이 APTA 참가국인 중국에서 APTA 비참가국인 홍콩을 경유하여 운송된 것임에도, 원고가 구 관세법(2014. 1. 1. 법률 제12159호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 관세법’이라 한다) 제229조 제3항 및 아시아·태평양 무역협정 원산지 확인 기준 등에 관한 규칙(이하 ‘이 사건 규칙’이라 한다) 제8조의 규정에 따라 ‘수출참가국에서 발행된 통과선하증권’을 제출하지 아니한 사실이 확인되었다.
 다. 이에 피고는 이 사건 물품에 대하여 APTA 협정관세율이 적용될 수 없다고 보아 원고에게 ‘수출참가국에서 발행된 통과선하증권’ 미제출 및 ‘경유국에서 관세당국의 통제하에 보세구역에 장치된 것임을 증명하는 보충 서류’ 미제출로 APTA 협정세율 적용 중국산 수입물품의 직접운송 원칙을 위반하였음을 통지하고, 2013. 7. 31. 관세 365,370원(가산세 56,470원 포함), 부가가치세 39,870원(가산세 8,980원 포함) 합계 405,240원을, 2013. 9. 9. 관세 37,418,490원(가산세 5,424,560원 포함), 부가가치세 4,032,820원(가산세 833,430원 포함) 합계 41,151,310원을 각각 경정·고지하였다(이하 위 각 부과처분을 합하여 ‘당초 처분’이라 한다).
 라. 원고는 당초 처분에 불복하여 2013. 10. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2014. 10. 24. ‘당초 처분 중 가산세는 적용하지 않는 것으로 하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 취지의 결정을 받았다(위 결정 취지에 따라 취소된 가산세 부분을 제외한 나머지 당초 처분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장 
 1) 거래당사자 간의 구체적인 계약 조건 및 지리적 요인 등에 따라 현실적으로 수출참가국에서 통과선하증권을 발행받을 수 없는 경우가 있으므로 직접운송으로 간주되기 위해 제출하여야 할 서류로 ‘수출참가국에서 발행된 통과선하증권’ 등을 정하고 있는 이 사건 규칙 제8조 제3항 각 호의 사항은 예시적 규정에 불과하고, 원고는 위 통과선하증권이 아니더라도 APTA 부속서 Ⅱ 제5조 (나)항의 직접운송간주 요건을 충족하였음을 증명할 수 있는 서류를 제출하기만 하면 APTA 협정관세율을 적용받을 수 있다고 보아야 한다. 그런데 원고는 이 사건 물품의 수입신고 당시 피고에게 원산지증명서와 중국에서 발행된 내국선하증권 및 홍콩에서 발행된 선하증권 등을 제출하였고, 위 각 서류에 기재된 컨테이너 번호, 봉인(Seal) 번호 등이 일치하고 있으므로, 이 사건 물품에 관하여 ① 지리적 이유 또는 전적으로 운송상의 이유로 통과를 위해 홍콩에 반입되었고, ② 홍콩에서 교역이나 소비되지 않았으며, ③ 하역, 재선적, 기타 정상의 상태를 유지하기 위해 요구되는 작업 이외의 어떤 작업도 행하여지지 아니하였음이 모두 증명되었다 할 것이다. 따라서 이 사건 물품은 APTA 협정관세율 적용대상이 되고, 이와 달리 본 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
 2) 설령 이와 달리 보더라도, 피고는 APTA 제2차 각료회의에서 아시아·태평양 무역협정에 의한 물품의 원산지 증명 및 검증 운영절차가 채택·시행된 2008. 1. 1. 이후에도 ‘APTA 협정관세율을 적용받기 위해서는 관련 운송서류를 제출하는 것으로 충분하다’는 입장을 고수하다가, 2013. 7. 5. 일선 세관에 ‘APTA 직접운송원칙 입증서류관련 지침 송부’라는 공문을 발송하면서 비로소 공적 견해를 변경하였으므로, 그 이전에 수입신고를 마친 이 사건 물품에 변경된 입장을 적용하는 것은 신뢰보호의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙에 반하여 위법하다.
 나. 관계 법령 
 별지 관계 법령의 기재와 같다.
 다. 판단 
 1) 이 사건 물품이 직접운송의 원칙을 충족하였는지 여부 
 가) 이 사건 규칙의 효력 
 구 관세법 제229조 제3항은 ‘조약·협정 등의 시행을 위하여 원산지 확인 기준 등을 따로 정할 필요가 있을 때에는 기획재정부령으로 원산지 확인 기준 등을 따로 정한다’고 규정하고 있다. 한편, APTA는 우리나라와 중국을 포함한 6개 참가국 사이에 체결된 무역협정으로서 2006. 6. 30. 국회 비준동의를 거쳐 2006. 9. 1. 발효되었고, 2007. 10. 26. 개최된 APTA 제2차 각료회의에서 아시아·태평양 무역협정에 의한 물품의 원산지 증명 및 검증 운영절차(이하 ‘이 사건 운영절차’라 한다)가 채택되어 2008. 1. 1.부터 시행되었다. 
 APTA 제8조 및 APTA 부속서 Ⅱ 제1조는 해당 상품이 협정 체제 내 특혜무역의 적용대상에 포함되는 원산품으로서 다른 참가국으로부터 일방 참가국의 영역으로 직접 운송되는 경우에 협정관세율이 적용된다는 취지로 규정하고 있고(이를 ‘직접운송의 원칙’이라 한다), 비참가국을 경유하여 운송된 상품의 경우에는 APTA 부속서 Ⅱ 제5조 (나)항 각 호의 요건(이하 ‘직접운송간주 요건’이라 한다)을 충족하는 경우에만 협정관세율의 적용을 받게 되는데, 위 요건은 다음과 같다. 첫째, 지리적 이유 또는 전적으로 운송상의 이유로 통과를 위한 반입은 정당화된다. 둘째, 경유국에서 교역이나 소비되지 않는 상품이어야 한다. 셋째, 경유국에서 하역, 재선적, 기타 정상의 상태를 유지하기 위해 요구되는 작업 이외의 어떤 작업도 행하지 않은 상품이어야 한다.
 나아가 APTA 이행 활성화를 위해 채택된 이 사건 운영절차는 제9조에서 APTA 부속서 Ⅱ 제5조 (나)항에 따라 비참가국을 경유하여 운송된 상품의 경우 ① 수출참가국에서 발행된 통과선하증권, ② 수출참가국의 발행당국이 발행한 원산지증명서, ③ 해당 물품과 관련된 상업 송품장 원본, ④ APTA 부속서 Ⅱ 제5조 (나)항을 준수하였음을 증빙하는 보충 서류가 수입참가국의 세관당국에 제출되어야 한다고 규정하고 있다.
 그런데 국회 비준동의 절차를 거친 APTA 및 그 부속서와 달리, 이 사건 운영절차의 국내법적 효력에 대하여는 이견이 있었고, 이 사건 운영절차를 국내법 체계로 수용하기 위해 2011. 8. 4. 구 관세법 제229조 제3항의 위임에 따라 기획재정부령 제229호로 이 사건 규칙이 제정·시행되기에 이르렀다.
 이 사건 규칙 제8조 제2항은 APTA 부속서 Ⅱ 제5조 (나)항의 취지에 따라 비참가국을 경유하여 운송된 물품에 대하여 APTA 협정관세율을 적용하기 위한 요건으로서 ① 지리적 이유 또는 전적으로 운송상의 이유로 경유한 것, ② 경유국에서 관세당국의 통제하에 보세구역에 장치된 것, ③ 경유국에서 하역, 재선적 또는 그 밖의 정상 상태를 유지하기 위하여 요구되는 작업 외의 추가적인 작업을 하지 않은 것을 규정하고 있고, 이 사건 규칙 제8조 제3항은 이 사건 운영절차 제9조의 취지에 따라, 위 제2항의 적용을 받기 위해서는 ① 수출참가국에서 발행된 통과선하증권, ② 수출참가국의 발행 당국이 발행한 원산지증명서, ③ 해당 물품과 관련된 상업 송품장 원본, ④ 위 제8조 제2항을 준수하였음을 증명하는 보충 서류를 모두 제출하여야 한다고 규정하고 있다.
 앞서 본 APTA, 이 사건 운영절차 및 규칙의 연혁과 내용을 종합하여 볼 때, 구 관세법 제229조 제3항이 기획재정부령으로 위임하는 ‘APTA 협정의 시행을 위한 원산지 확인 기준 등’에는 원산품으로 인정받기 위한 직접운송의 요건에 관한 내용이 포함되어 있다고 보이므로, 이 사건 규칙은 구 관세법 제229조 제3항의 위임에 따라 APTA 및 이 사건 운영절차의 내용을 국내법으로 수용하기 위한 규정으로서 대외적으로 구속력이 있는 법규명령의 효력을 가진다고 할 것이고, 이와 달리 법률유보의 원칙 내지 포괄위임금지 원칙에 반한다고 볼 수는 없다.
 나) 이 사건 규칙 제8조의 해석 
 (1) 이 사건 규칙 제8조는 제2항에서 비참가국 경유 물품에 대하여 직접운송의 원칙이 준수된 것으로 보기 위한 실체적 요건(직접운송간주 요건)을 규정하는 한편, 제3항에서 ‘수출참가국에서 발행된 통과선하증권’ 외 3개 서류를 APTA 협정관세율을 적용받기 위해 필수적으로 제출하여야 하는 서류로 규정하고 있는데(APTA 및 이 사건 운영절차도 동일한 내용으로 규정되어 있음은 앞서 본 바와 같다), 아래와 같은 점들을 종합해 보면 이 사건 규칙 제8조 제3항은 비참가국 경유 물품에 대하여 직접운송의 원칙이 준수된 것으로 보기 위한 절차적 요건을 규정한 것으로서, 위와 같은 절차적·실체적 요건이 모두 충족된 경우에 한하여 APTA 협정관세율이 적용된다고 봄이 타당하다.
 ① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(이러한 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 그대로 적용된다고 할 것이다), APTA는 관세법의 특별법 지위에 있는 것으로 참가국 간의 무역확대를 목적으로 직접 운송되는 수입 물품에 예외적으로 협정관세율을 적용하고자 하는 것이고, 이 사건 규칙 제8조는 직접운송의 원칙에 대한 일종의 예외로서 직접운송간주 요건과 그 절차를 규정하고 있으므로 이를 엄격하게 해석해야 한다. 
 ② 이 사건 운영절차 제9조는 ‘APTA 부속서 Ⅱ 제5조 (나)항에 따라, 물품이 참가국의 영역 외 지역을 통해 운송되는 경우 아래 서류들이 수입참가국의 세관당국에 제출되어야 한다(the following document shall be presented)’고 정하고 있고, 이 사건 규칙 제8조 제3항은 ‘제2항을 적용받으려면 다음 각 호의 서류를 모두 제출하여야 한다’고 정하고 있는바, 문리해석상 이 사건 규칙 제8조 제3항 각 호의 서류가 전부 제출되어야만 직접운송간주 요건을 충족하는 것으로 봄이 상당하다.
 ③ 관세의 경우 수입국 과세관청은 상대국 수출자 등을 상대로 원산지의 진정성이나 직접운송의 원칙 충족 여부 등을 확인할 수 있는 방법이 매우 제한되어 있으므로, 이 사건 규칙은 원산지증명서 및 통과선하증권과 같은 증빙서류를 반드시 제출하도록 하는 등 원산지증명절차를 명확하게 규정하고, 그 절차를 준수하지 않는 경우 특혜관세를 배제할 수 있도록 제도화한 것으로 보이고, 위와 같은 원산지증명절차의 불이행에 기인하는 특혜관세 배제라는 불이익은 수입자가 부담하여야 한다. 이와 달리 볼 경우 직접운송간주 요건이 충족되었다고 보기 위하여 요구되는 실질적 입증의 정도가 참가국별 또는 국내 세관별로 달라져 협정관세율이 자의적으로 적용될 우려가 있다. 
 ④ ‘통과선하증권(through bill of lading)’이란 송하인이 한명의 운송인과 사이에 전구간의 운송에 대하여 계약을 체결하는 경우 발행되는 것으로, 위 운송인이 일부 구간의 운송을 다른 운송인에게 하도급을 주더라도 송하인은 계약의 상대방인 운송인에게 전구간에 대하여 기확정된 운임을 지급하면 충분하고 송하인과의 관계에서 전구간의 운송에 대하여 책임을 지는 것도 원칙적으로 위 운송인뿐이다. 따라서 ‘통과선하증권’은 ‘송하인이 운송화물을 목적지까지 운송하면서 다른 선박회사의 선박을 이용하거나 해운과 육운을 교대로 이용한 경우 최초의 운송업자가 전구간의 운송에 대하여 모든 책임을 지기로 하고 발행하는 선하증권’으로 정의할 수 있고, 최초의 운송업자가 수출참가국에서 수입참가국까지의 운송에 대한 통과선하증권을 발행하였다면 송하인이 아닌 독립적인 지위에 있는 운송인이 운송중인 화물을 통제함으로써 제3경유국에서의 추가가공이나 원산지세탁이 방지되는 효과가 있다. 이와 같이 이 사건 규칙 제8조 제3항은 원산지의 진정성이나 직접운송의 원칙 충족 여부 등을 신속·정확하게 확인하기 위해 그 절차적 요건 중 하나로 ‘수출참가국에서 발행된 통과선하증권’의 제출을 규정한 것이다. 
 ⑤ 송하인과 전구간의 운송에 대하여 운송계약을 체결한 운송인에게 운송책임을 일원화한다는 점에서 통과선하증권과 유사한 복합운송증권(화물의 인수장소에서 인도장소까지 적어도 두 가지 이상의 다른 운송수단에 의하여 운송되는 경우 발행)과 같이 ‘참가국-비참가국-참가국’으로 이어지는 구간의 운송을 사전에 담보하는 취지의 수출참가국에서 발행된 운송서류라면 그 유가증권성 유무를 불문하고 이 사건 규칙 제8조 제3항 제1호 소정의 ‘수출참가국에서 발행된 통과선하증권’의 범위에 포함될 수 있다고 보이고, 이러한 해석은 이 사건 운영절차 제9조 및 이 사건 규칙 제8조 제3항의 입법취지에 부합할 뿐만 아니라, APTA 참가국에 해상운송이 어려운 내륙국가인 라오스가 포함되어 있는 점 및 APTA 부속서 Ⅱ에 첨부된 원산지 증명서 작성요령에도 운송수단 및 경로의 작성례로 "비행기로, 방콕 경유 라오스부터 인도까지"라고 기재되어 있는 점과도 부합한다. 
 ⑥ 을 제1호증의 기재에 의하면 수탁지(Place of Receipt) ‘중국 황포항(중국 광둥성 광저우에 있는 구)’, 선적항(Port of Loading) ‘홍콩’, 양륙항(Port of Discharge) 및 물품인도지(Place of Delivery) 각 ‘한국 부산항’, 발급장소(Place of Issue) ‘중국 황포’로 기재된 선하증권(중국에서 홍콩, 홍콩에서 부산까지 모두 해운을 이용한 경우)이 실제로 발급된 적이 있는 사실이 인정되므로, 이 사건과 같이 ‘해상운송 + 해상운송’의 경우 통과선하증권의 발행이 가능한 것으로 보이고 ‘육상운송 + 해상운송’의 경우에도 달리 통과선하증권 발행이 불가능하다는 사정이 보이지 않는다.
 (2) 이에 대하여 원고는, 이 사건 규칙 제8조 제3항을 예시적 규정으로 해석하지 않을 경우 위 조항은 APTA나 그 부속서 Ⅱ 제5조 (나)항이 전혀 정하고 있지 않은 직접운송간주 요건을 새로이 창설하여 협정관세율의 적용 범위를 제한하게 되므로 위임명령의 한계를 일탈하여 무효라고 주장하나, APTA 제23조는 ‘참가국은 이 협정의 이행을 감독·조정·검토하기 위하여 각 참가국의 관련 경제부처의 각료 1인으로 구성되는 각료회의를 설치한다. 각료회의는 적어도 2년에 1회씩 또는 필요시 개최한다’고 정함으로써 각료회의에 APTA 협정과 관련하여 참가국들을 구속하는 의사결정을 할 수 있는 권한을 부여하고 있는바, 이 같은 각료회의에서 선언된 이 사건 운영절차 제9조는 비록 APTA 협정 그 자체로 볼 수는 없을지라도 적어도 APTA 참가국들의 자발적인 준수가 예상되는 국제적 행위규범으로서의 의미를 가진다고 봄이 상당하고, 이 사건 규칙 제8조 제3항은 이 사건 운영절차 제9조를 국내법 체계로 수용하기 위해 제정된 것으로 직접운송이 간주되는 실체적 요건을 새로이 창설한 것이 아니라 위 요건의 충족 여부를 판단하기 위한 세부적인 절차적 요건을 규정하여 APTA나 그 부속서 Ⅱ의 구체적 내용을 보충한 것으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 규칙 제8조 제3항이 법률우위의 원칙에 반한다는 취지의 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
 다) 이 사건의 경우 
 원고는 원산지증명서 및 중국에서 발행된 내국선하증권과 홍콩에서 발행된 선하증권을 근거로 APTA 협정관세율의 적용을 구하고 있으나, 갑 제7, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 물품 수입 2건 중 1건은 중국 광동성 주하이에서 홍콩까지 육운으로 운송한 다음 홍콩에서 부산까지 해운으로 운송하였고, 나머지 1건은 중국 광동성 중산에서 홍콩까지는 물론 홍콩에서 부산까지도 해운으로 운송한 사실, 원고가 제출한 중국 중산에서 발행된 내국선하증권은 양륙항(Port of Discharge) 및 물품인도지(Place of Delivery)가 모두 ‘홍콩’인 사실이 인정되는바, 위 인정사실만으로는 이 사건 규칙 제8조 제3항 제1호에서 정한 ‘수출참가국에서 발행된 통과선하증권’ 또는 이에 준하는 서류가 제출된 것으로 볼 수 없을뿐더러, 원고가 중국 광동성 주하이에서 홍콩까지 육운으로 이 사건 물품을 운송하였다는 점 및 그 물품을 다시 부산까지 해운으로 운송하였다는 점을 인정할 증거가 전혀 제출된 바 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 2) 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙에 반하는지 여부 
 가) 관련 법리 
 신의성실의 원칙이나 국세기본법 제18조 제3항 및 관세법 제5조 제2항이 정하는 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것인데, 신의칙 내지 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요한다고 할 것이며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다고 할 것이다(대법원 1993. 7. 27. 선고 90누10384 판결, 대법원 2002. 10. 25. 선고 2001두1253 판결 참조).
 나) 이 사건의 경우 
 살피건대, 이 사건 운영절차에 대하여 곧바로 국내법적 효력을 인정할 수 있을지 여부를 놓고 해석상 다툼이 있었으며, 이러한 문제를 해결하기 위해 이 사건 규칙이 제정되었음은 앞서 본 바와 같고, 을 제3호증(가지번호 포함)의 기재에 의하면 기획재정부장관이 위 규칙 제정에 앞서 2011. 5. 24. 국민들에게 이 사건 규칙의 입법을 예고한 사실이 인정되므로, 이 사건 규칙이 시행된 2011. 8. 4. 이후에도 수출참가국에서 발행된 통과선하증권 또는 이에 준하는 서류를 제출하지 아니한 채 APTA 협정관세율의 적용을 받기 위해서는 과세관청인 피고가 이 사건 규칙의 시행 이후에도 종전과 같은 해석 또는 관행, 즉 원고 주장과 같이 관련 운송서류 등의 제출만으로도 APTA 협정관세율을 적용받을 수 있다는 입장을 유지하겠다는 공적 견해표명을 한 사실이 있음을 원고가 증명하여야 하나, 다음과 같은 점들에 비추어 보면 원고가 들고 있는 사정들만으로는 원고 주장에 부합하는 공적 견해표명이 있었다거나 비과세 관행이 성립되었다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.
 ① 경유지국에서 환적 또는 일시장치 후 수입되는 물품으로서 경유국 내에서 당해 물품에 대한 상거래 행위가 발생하지 않은 물품의 원산지를 선하증권(B/L)사본 및 원산지증명서류에 의하여 확인하는 것을 원칙으로 하되, 다만 환적통지서, 적하목록, 반출입허가서 등 운송서류에 의해 세관장이 환적 또는 일시장치 확인이 가능한 때에는 B/L사본에 갈음할 수 있다는 내용의 ‘원산지제도 운영에 관한 고시(2008. 12. 9. 관세청고시 제2008-39호로 개정된 것, 이하 같다)’ 제2-3조는, 행정조직 내부에 있어서 그 권한행사를 지휘·감독하기 위하여 발하는 행정명령으로서 훈령·예규·통첩·고시·각서 등 그 사용명칭 여하에 불구하고 공법상의 법률관계 내부에서 준거할 준칙을 정하는 데 그치고 대외적으로 아무런 구속력을 가지는 것이 아니다(대법원 1983. 6. 14. 선고 83누54 판결, 대법원 1987. 5. 26. 선고 86누96 판결 참조). 또한 이 사건 규칙의 제정이 입법예고된 이후 ‘원산지제도 운영에 관한 고시’가 위 규칙을 반영하는 내용으로 전부 개정된 2013. 11. 19.까지 세 차례(2011. 6. 28., 2011. 7. 13., 2013. 3. 15.)에 걸쳐 이루어진 위 고시의 개정은 모두 제2-3조과는 무관하고 경미한 사항에 불과하므로, 위 각 개정 절차에서 제2-3조가 계속 유지되었다는 사실만으로 위 고시에 따른 업무처리의 유효성이 확인되었다고 볼 수는 없다.
 ② 수입통관 사무처리에 관한 고시(2013. 9. 26. 관세청고시 제2013-71호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 제6호, 제15조, 제22조 제1항 제1호에 의하면 관세법 제232조에 따른 원산지증명서류 제출대상물품은, 첨부서류 없이 전자로 수입신고를 해도 되는 일반적인 경우와 달리 송품장, 선하증권(B/L) 부본이나 항공화물운송장(AWB) 부본, 원산지증명서 등을 제출하면서 수입신고를 해야 하고, 수입과의 심사자는 제출서류의 구비 여부를 심사해야 한다. 
 그러나 위 고시가 이 사건 규칙 제8조 제3항 제1호 소정의 ‘수출참가국에서 발행된 통과선하증권’의 제출을 명시적으로 요구하고 있지는 아니하고 실제로 이 사건에서 중국 및 홍콩에서 발행된 선하증권이 제출되었음은 앞서 본 바와 같으므로 담당공무원이 형식적으로나마 제출서류가 모두 구비되었다고 판단할 가능성이 충분하고, 납세자의 신고를 수리하는 것은 어떠한 법적 효과도 수반하지 않는 단순한 사실상의 행정조치에 불과하거나 또는 그때까지 조사한 바에 의하여 정당한 것으로 인정한다는 뜻을 사실상 통지한다는 것에 불과하므로 이를 공적 견해의 표명이라고 보기 힘들다(대법원 2012. 1. 12. 선고 2011두13491 판결 참조). 또한 원고가 제출한 수입신고필증에 의하더라도 접수일과 신고일이 대부분 같은 점, 위 수입신고필증 ‘세관기재란’에 ‘이 물품은 사후심사결과에 따라 적용세율이 변경될 수 있습니다’라고 기재되어 있고 하단에도 ‘본 수입신고필증은 세관에서 형식적 요건만을 심사한 것이므로 신고내용이 사실과 다를 때에는 신고인 또는 수입화주가 책임을 져야 합니다’라고 기재되어 있는 점에 비추어 이 사건 물품 수입신고의 수리 이전에 관세법 제38조 제2항 단서의 사전세액심사를 받았다고 보기도 어렵다. 
 ③ 신고납부에 의한 수입신고 수리도 장기간 지속되었다면 이를 과세관행으로 볼 여지가 없지는 않으나, 관세의 부과제척기간이 일반적으로 5년인 점에 비추어 이 사건 규칙이 시행된 이후 약 2년 동안 원산지증명서 및 홍콩에서 발행한 선하증권 등의 운송서류만으로 직접운송간주 요건을 충족한 것으로 보아 수입신고를 수리했다는 사정만으로는 비과세 관행이 성립되었다고 볼 정도로 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재한다거나 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있었다고 보기 어렵다.
 ④ 그 밖에 원고가 들고 있는 사례 중 부산경남본부세관에서 발행한 안내책자는 각종 무역협정에 대한 일반적인 안내사항을 모아둔 책자로서 이 사건 규칙의 해석 및 적용에 대한 과세관청인 피고의 확정적인 의사가 표시된 것으로 보기는 어렵고(이 사건 규칙의 내용을 미처 반영하지 못한 채 발행된 것으로 보일 뿐이다), 기획재정부장관의 2013. 7. 24.자 질의회신 역시 이 사건 규칙 제8조 제3항에서 정한 서류를 모두 제출하여야 한다고 명시하면서 다만 항공운송의 경우 통과선하증권에 의하지 않고서도 APTA 협정관세율의 적용이 가능할 수도 있으나 직접운송의 원칙 충족 여부는 과세관청에 의해 최종적으로 판단되어야 한다는 취지에 지나지 않아 원고 주장에 부합하는 견해표명으로 보기에는 부족하다.
 3. 결론 
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김정숙(재판장) 남성우 김재현