법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2015.01.29 / 시행일:

【원고, 피상고인】 에스비아이인베스트먼트 주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 외 1인)
【피고, 상고인】 삼성세무서장
【제1차 환송판결】 대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두3711 판결
【주 문】
 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 제2호 (가)목 본문은 내국법인이 각 사업연도의 소득에 관한 법인세를 신고함에 있어서 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 때에 ‘그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액이 50억 원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액’을 가산세로 징수하도록 규정하고, (나)목 본문은 ‘(가)목 외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액’을 가산세로 징수하도록 정하고 있다.
 그리고 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제118조 제4항은 ‘법 제52조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액’(제1호), ‘기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액’(제6호) 등을 대통령령이 정하는 부당과소신고금액으로 규정하고, 제3항은 “각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금이 있는 경우 법 제76조 제1항 제2호의 규정에 의한 과소신고소득금액은 그 손금을 공제한 금액으로 한다.”고 정하고 있다.
 2. 가. 원심은 다음과 같은 사실을 인정하였다.
 ① 원고는 2000 사업연도 법인세 과세표준으로 55,830,843,895원을 신고하였다. 그런데 원고는 2000 사업연도 말 투자유가증권 계정에 아시아넷 주식회사(이하 ‘아시아넷’이라고 한다)의 주식 11,256,198,145원을 계상하고 있었다.
 ② 피고는 2000 사업연도 말 투자유가증권 계정에 계상하여야 할 자산은 아시아넷 주식이 아니라 주송 주식회사(이하 ‘주송’이라고 한다)의 주식 등 11,170,612,700원이라는 이유로 이를 익금에 산입하고 아시아넷 주식 과다계상액 11,256,198,145원을 손금에 산입하는 등의 세무조정을 하였으며, 이를 토대로 증액경정처분을 하였다.
 ③ 한편 국세청장은 2003. 6. 30. 위 증액경정처분에 대한 심사결정 당시 주송 주식 관련 자산누락액 11,170,612,700원이 과소신고금액에서 제외되어야 한다고 결정하였다. 피고는 이후 여러 차례의 증액·감액을 거쳐 주송 주식 관련 자산누락액 11,170,612,700원과 아시아넷 주식 과다계상액 11,256,198,145원 모두를 과소신고금액 29,033,425,299원에서 제외하고 2009. 7. 13. 원고에 대한 2000 사업연도 법인세를 과세표준 71,384,464,593원, 산출세액(본세) 19,975,650,086원, 가산세 3,808,235,898원으로 결정하여 고지하였는데(이하 ‘이 사건 최종부과처분’이라고 한다), 이는 과소신고금액에 대하여 30%의 가산세율을 적용한 것이었다.
 나. (1) 원심은 위 심사결정에 따라 주송 주식 관련 자산누락액을 과소신고금액에서 제외하면 과소신고금액은 17,862,812,599원(= 29,033,425,299원 - 11,170,612,700원)에 불과하여 신고하여야 할 과세표준 71,384,464,593원의 3분의 1(23,794,821,531원)에 미치지 못하므로 30%의 가산세율을 적용할 수 없고, 일반과소신고금액(가산세율 10%)과 부당과소신고금액(가산세율 20%)으로 구분하여 세액을 계산하여야 하며, 이와 같이 계산한 원고의 2000 사업연도 귀속분 법인세의 정당한 가산세는 합계 1,382,949,666원이므로 이 사건 최종부과처분에 따른 가산세 중 이를 초과하는 부분은 위법하다고 판단하였다.
 (2) 나아가 원심은, 과소신고금액에서 익금 산입한 주송 주식 관련 자산누락액을 익금 항목에서 공제할 경우 이와 직접 대응하는 아시아넷 주식 과다계상액 11,256,198,145원도 손금 항목에서 공제되어야 한다는 피고의 주장에 대하여, 주송 주식 관련 자산누락액은 실권주 고가인수에 관련된 것이고 아시아넷 주식 과다계상액은 이와 별도의 투자자산 취득에 관련된 것이어서 이를 주송 주식 관련 자산누락액과 직접 대응하는 손금으로 단정하기 어려우며, 국세청장이 한 심사결정의 판단은 행정청에 대하여 기속력이 있으므로, 피고가 위와 같은 주장을 하는 것은 허용될 수 없다고 하여 피고의 주장을 배척하였다.
 3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.
 가. 구 법인세법 시행령 제118조 제3항이 익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 ‘직접 대응하는 손금’을 공제한 금액만을 과소신고금액으로 하도록 규정한 것은 익금과 그에 직접 대응하는 손금을 동시에 누락한 경우 등에 익금에서 손금을 공제한 잔액만을 과소신고금액으로 보겠다는 것이므로(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12645 판결 참조), 어떠한 익금에서 그와 직접 대응하는 손금을 공제한 잔액이 일단 과소신고금액에 산입되었으나 이후 정당한 가산세를 산정하면서 그 익금을 과소신고금액에서 차감할 경우에는 이와 직접 대응하는 손금은 과소신고금액에 가산되어야 한다. 그리고 법인이 장부에 계상하여야 할 자산 대신에 계상하지 아니하여야 할 다른 자산을 계상한 경우 추가 대응조정으로 인하여 당기 순손익에 영향을 미치지는 아니하지만 누락된 자산과 관련하여서는 익금에 산입하는 세무조정이 행하여지고 잘못 계상된 자산과 관련하여서는 손금에 산입하는 세무조정이 행하여지므로, 그 손금은 위와 같은 익금과 직접 대응하는 손금으로 보아야 할 것이다.
 나. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 ① 원고는 원고의 페이퍼 컴퍼니인 아시아 퍼시픽 얼라이언스 인베스트먼트를 통하여 2000. 2. 28. 특수관계에 있는 역외펀드인 이노베스트 인베스트먼트 리미티드(이하 ‘IIL’이라고 한다)에 아시아넷 주식 2,000,000주를 무상으로 양도하였다가 2000. 3. 17. 다시 이를 대금 11,256,198,145원에 양수하였고, 2000 사업연도 말 투자유가증권 계정에 이를 계상하였다.
 ② 한편 IIL은 2000. 3. 20. 위 대금 중 11,170,612,700원으로 특수관계에 있는 주송의 유상증자에 참여하여 실권주 70,000주를 11,060,000,000원에 고가로 인수하거나 외화예금으로 110,612,700원을 예치하는 데에 사용하였다.
 ③ 그런데 IIL은 원고의 페이퍼 컴퍼니로서 원고가 IIL로부터 새로이 아시아넷 주식을 양수한 것으로 볼 수 없기 때문에 원고는 2000 사업연도 말 투자유가증권 계정에 아시아넷 주식을 계상할 것이 아니었다. 오히려 원고는 새로이 주송 주식 등을 취득한 것으로 보아야 하므로 2000 사업연도 말 투자유가증권 계정에 주송 주식 등을 계상하였어야 하였다. 이에 피고는 세무조정을 행하여 주송 관련 자산누락액 11,170,612,700원을 익금에 산입하고 아시아넷 주식 과다계상액 11,256,198,145원을 손금에 산입하였으며, 이를 토대로 과소신고금액을 산정하였다.
 ④ 한편 국세청장은 심사결정 당시 주송 주식 관련 자산누락액이 과소신고금액에서 제외되어야 한다고 하면서, ‘투자자산으로 기장한 11,256,198,145원 중 주송 주식 관련 11,170,612,700원은 내부거래 간주에 따른 반사적 결과로 자산의 종류만 변경되었을 뿐이므로 자산을 과대계상하거나 누락한 것으로 보는 것은 타당하지 아니하다. 손금 산입한 과대계상액 11,256,198,145원은 익금 산입한 자산누락액 11,170,612,700원과 직접 대응하는 손금으로서 익금 산입한 자산누락액을 과소신고금액으로 본 것과 손금 산입한 11,256,198,145원을 신고한 과세표준에서 공제한 것은 타당하지 아니하다’는 것을 그 이유로 들었다.
 다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 주송 주식 관련 자산누락액을 익금에 산입하거나 아시아넷 주식 관련 과대계상액을 손금에 산입하는 것은 세무조정을 통하여 잘못 계상한 자산의 종류를 바로 잡은 것에 지나지 아니하므로 그 손금은 위와 같은 익금과 직접 대응하는 손금에 해당한다. 그리고 주송 주식 등의 계상을 누락하였거나 아시아넷 주식을 과다계상한 것은 원고의 2000 사업연도 순손익에 아무런 영향을 미치지 못하므로, 익금에 산입한 주송 주식 관련 자산누락액은 과소신고금액에서 차감되어야 하고, 이와 직접 대응하는 손금에 해당하는 아시아넷 주식 관련 과대계상액은 과소신고금액에 가산되어야 할 것이다.
 또한 심사결정의 이유와 결정의 경위 등에 비추어 볼 때, 국세청장의 심사결정은 피고가 과소신고금액을 산정함에 있어서 주송 주식 관련 자산누락액을 익금에 산입하거나 아시아넷 주식 관련 과대계상액을 손금에 산입한 것이 모두 잘못이라는 취지일 뿐이고, 주송 주식 관련 자산누락액만을 익금에서 차감하고 아시아넷 주식 관련 과대계상액을 손금에서 차감하여서는 아니 된다는 것으로 해석되지 아니하므로, 피고의 주장이 재결의 기속력에 반하는 것이라고 할 수도 없다.
 그렇다면 앞서 본 사실관계에 의할 때 과소신고금액은 주송 주식 관련 자산누락액과 아시아넷 주식 관련 과다계상액 모두를 각각 익금과 손금에서 차감한 29,119,010,744원(= 29,033,425,299원 - 11,170,612,700원 + 11,256,198,145원)으로서 신고하여야 할 과세표준 71,384,464,593원의 3분의 1(23,794,821,531원) 이상이므로 이에 대하여는 30%의 가산세율을 적용하여야 할 것이다. 그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 과소신고금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1에 이르지 못한다고 보아 이 사건 최종부과처분에 따른 가산세 중 1,382,949,666원을 초과하는 부분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 구 법인세법 시행령 제118조 제3항에 관한 법리와 재결의 기속력에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 4. 그러므로 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박보영(재판장) 김신 권순일(주심)

익금에서 그와 직접 대응하는 손금을 공제한 잔액이 과소신고금액에 산입되었으나 이후 익금을 과소신고금액에서 차감할 경우, 이와 직접 대응하는 손금은 과소신고금액에 가산되어야 하는지 여부(적극) / 법인이 장부에 계상하여야 할 자산 대신에 계상하지 아니하여야 할 다른 자산을 계상함에 따라 누락된 자산과 관련하여 익금에 산입하는 세무조정이 이루어진 경우, 잘못 계상된 자산과 관련된 손금을 위 익금과 직접 대응하는 손금으로 보아 과소신고금액을 산정하여야 하는지 여부(적극)

구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) 제118조 제3항이 익금에 산입한 금액에 대하여 익금과 ‘직접 대응하는 손금’을 공제한 금액만을 과소신고금액으로 하도록 규정한 것은 익금과 그에 직접 대응하는 손금을 동시에 누락한 경우 등에 익금에서 손금을 공제한 잔액만을 과소신고금액으로 보겠다는 것이므로, 어떠한 익금에서 그와 직접 대응하는 손금을 공제한 잔액이 일단 과소신고금액에 산입되었으나 이후 정당한 가산세를 산정하면서 익금을 과소신고금액에서 차감할 경우에는 이와 직접 대응하는 손금은 과소신고금액에 가산되어야 한다. 그리고 법인이 장부에 계상하여야 할 자산 대신에 계상하지 아니하여야 할 다른 자산을 계상한 경우 추가 대응조정으로 인하여 당기 순손익에 영향을 미치지는 아니하지만 누락된 자산과 관련하여서는 익금에 산입하는 세무조정이 행하여지고 잘못 계상된 자산과 관련하여서는 손금에 산입하는 세무조정이 행하여지므로, 손금은 위와 같은 익금과 직접 대응하는 손금으로 보아야 할 것이다.