취득세등 추징 처분 취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2010.11.05 / 시행일:

【원고, 항소인】 한국토지주택공사 (소송대리인 법무법인 청률 담당변호사 장희석)
【피고, 피항소인】 양산시장 (소송대리인 법무법인 한려 담당변호사 조갑술)
【제1심판결】 울산지방법원 2010. 6. 23. 선고 2009구합3525 판결
【변론종결】2010. 10. 22.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2009. 10. 19. 원고에 대하여 한 취득세 354,471,530원, 농어촌특별세 69,104,940원, 등록세 301,840,820원, 지방교육세 58,809,390원의 각 추징처분을 취소한다. 
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】주문 제1, 2항 기재와 같다.
【이 유】1. 처분의 경위 
 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1, 2호증, 갑제3호증의 1, 2, 갑제4호증, 갑제5호증의 1 내지 4, 갑제6, 7, 8호증, 갑제10호증의 1, 2, 을제2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다. 
 가. 건설교통부장관은 2004. 12. 30. 대한주택공사가 양산시 물금읍 가촌리 780-1 일원 34,993.8㎡(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다)에 1채당 면적이 36㎡ 내지 51㎡인 국민임대아파트 12개동 957세대를 건설하는 양산가촌 주공국민임대주택건설사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 사업기간을 2004년 12월∽2008년 12월로 하여구 국민임대주택건설등에관한특례법(2009. 3. 20. 법률 제9511호 보금자리주택건설 등에 관한 특례법으로 전면 개정되기 전의 것) 제23조의 규정에 따라 승인하고, 이를 2005. 1. 6. 건설교통부고시 2004-510호로 고시하였다.
 나. 대한주택공사(2009. 10. 1. 한국토지주택공사법에 의하여 원고로 합병됨에 따라 원고가 대한주택공사의 재산과 채권·채무, 그 밖의 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다. 이하 ‘원고’라 한다)는 2006. 12. 22. 피고에게 이 사건 사업지구 내에 산지전용이 불가능한 토지가 있어 사업계획을 변경하고자주택법 제16조 제7항에 따라 착공연기를 신청하였고, 이에 피고는 2006. 12. 26. 원고에게 이 사건 사업의 착공예정일을 2006. 7.에서 2007. 12. 30.로 한 착공연기 확인서를 교부하였다.
 다. 건설교통부장관은 2007. 7. 3. 이 사건 사업의 착공예정일을 2008. 8.로, 사용검사예정일을 2011. 10.로 변경하는 사업계획 변경승인을 하였다.
 라. 원고는 2008. 4.경 건설교통부장관에게 이 사건 사업지구내 산지전용이 불가능한 부분에 대해 녹지시설로 변경하는 내용의 사업계획변경승인 신청을 하였고, 이에 대하여 국토해양부장관은 2008. 10. 29. 이 사건 사업지구 내 산지전용 불가한 부분을 제척하여 이 사건 사업면적을 34,993.8㎡에서 33,431.5㎡로, 규모를 957세대에서 700세대로, 사업기간을 2004. 12.∽2012. 5.로 변경하는 사업계획 변경승인을 하고, 이를 2008. 11. 5. 국토해양부 고시 제2008-621호로 이를 고시하였다. 
 마. 한편 원고는 2007. 11.경 피고에게 자신이 취득한 이 사건 사업의 부지인 양산시 물금읍 가촌리 748 외 146필지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산이라는 이유로지방세법 제289조 제1항,같은 법 시행령 제225조 제2호 등의 규정에 의하여 취득세, 등록세, 교육세, 농어촌특별세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)의 감면신청을 하였고, 이에 피고는 2007. 11. 27.지방세법 제289조 제1항의 ‘원고가 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산’에 해당되어 이 사건 토지에 대한 취득세 277,169,080원, 농어촌특별세 54,034,680원, 등록세 236,015,970원, 지방교육세 45,984,360원을 면제한다는 결정(이하 ‘이 사건 면제결정’이라 한다)을 하고, 원고에게 지방세 면제확인서를 교부하였다.
 바. 피고는 2009. 7. 22. 이 사건 사업의 국민임대주택이 1 가구당 건축면적이 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 해당되어지방세법 제269조 제1항에 의해 그 부속토지에 관한 취득세, 등록세 등을 감면하였으나 원고가 이 사건 사업에 관한 사업계획승인을 받은 2004. 12. 31.로부터 4년 내에 착공하지 않았다는 이유로 지방세 과세예고 통지를 한 다음, 2010. 10. 19. 원고에 대하여지방세법 제269조 제3항,같은 법 시행령 제223조 제2항에 의해 면제된 취득세 등에 신고불성실 가산세를 더한 취득세 332,602,890원, 농어촌특별세 64,841,610원, 등록세 283,219,160원, 지방교육세 55,181,230원을 각 추징하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 추징처분’이라 한다).
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 ⑴ 피고는 당초지방세법 제289조 제1항에 의해 이 사건 감면결정을 하였는데 위 조항에 의한 지방세 면제에 대하여는 사후에 추징할 수 있는 근거규정이 없고,지방세 제269조 제3항에 의한 추징은같은 조 제1항의 감면을 전제로 하는 것인데, 피고가지방세법 제269조 제1항에 의한 감면결정을 한 바 없으므로, 이 사건 처분은 그 처분사유가 존재하지 아니한다.
 ⑵ 이 사건 면제결정은 공적인 견해표명에 해당하고, 건설교통부가 2004. 5. 작성하여 원고 등에게 배포한 국민임대주택 업무편람에도 이 사건 사업 등에 대한 취득세 등을 면제한다는 내용이 포함되어 있으므로, 원고는 이 사건 면제결정에 의해 착공여부와 관계없이 취득세 등의 면제가 유지되는 것으로 믿었으므로, 이 사건 추징처분은 위와 같은 비과세처리를 믿은 원고의 신뢰이익을 침해한 것으로서 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판 단
 ⑴ 이 사건의 쟁점
지방세법 제289조 제1항은 원고가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있고,같은 법 제269조 제1항은 원고가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며,같은 조 제3항에서 대통령령으로 정하는 기간 내에 소규모 공동주택의 건축에 착공하지 아니한 때에 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.
 한편지방세법 제292조,같은 법 시행령 231조는지방세법 제269조 제1항 또는지방세법 제289조 제1항 등의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 지방세 감면신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있고,지방세법 제25조의2는 “지방자치단체의 장은 지방세의 부과징수가 위법 또는 부당한 것임을 확인한 때에는 즉시 그 처분을 취소하여야 한다”고 규정하고 있으며,같은 법 시행규칙 제7조는 “지방자치단체의 장이법 제25조의2 규정에 의하여 지방세의 부과를 취소하거나 변경을 하였을 때에는 별지 제4호 서식에 의하여 이해관계인에게 통지하여야 한다”고 규정하고 있다.
 이 사건에 관하여 살피건대, 원고가 2007. 11.경 피고에게 이 사건 토지에 대하여 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시취득한 부동산이라는 이유로지방세법 제289조 제1항의 규정에 의하여 취득세 등의 감면신청을 하였고, 이에 피고는 2007. 11. 27. 원고에게지방세법 제289조 제1항에 의하여 취득세 등을 면제하는 이 사건 면제결정을 한 사실, 피고는 2009. 7. 22. 이 사건 사업의 국민임대주택이 1 가구당 건축면적이 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 해당되어지방세법 제269조 제1항에 의해 그 부속토지에 관한 취득세, 등록세 등을 감면하였으나 원고가 이 사건 사업에 관한 사업계획승인을 받은 2004. 12. 31.로부터 4년 내에 착공하지 않았다는 이유로 이 사건 추징처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.
 따라서 원고가지방세법 제289조 제1항에서 정한 면제사유에 해당한다고 신청을 하여 피고로부터 이 사건 면제결정을 받았는데, 피고가지방세법 제269조 제3항의 추징요건에 해당하는 사유가 발생하였다고 하여 이 사건 추징처분을 할 수 있는지가 이 사건의 쟁점이다.
 ⑵ 이 사건 추징처분의 적법 여부 
 ㈎ 추징처분은 일단 면제요건에 해당하면 그 세액을 면제하고 그 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라고 할 것이므로, 추징처분이 해당 법에서 규정한 추징요건을 갖추지 못하였다면 그 추징처분은 위법한 처분이 되는 것이고, 면제요건을 갖추지 못하여 본래의 부과처분을 할 사유가 있다고 하더라도 그와 같은 사정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 할 사유가 될 수 없다(대법원 2001. 3. 9. 선고 99두11677 판결 등 참조).
 그런데 이 사건 면제결정은지방세법 제289조 제1항의 규정에 의하여 이루어졌는데,지방세법 제289조 제1항의 규정에 의한 취득세 등의 면제결정에는 면제된 취득세 등에 대한 추징규정이 존재하지 않는다.
 위와 같은 법리 및 법 규정에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 토지의 취득에 대하여 한지방세법 289조 제1항에 의한 취득세 등의 면제신청에 대하여 피고는지방세법 제289조 제1항의 규정에 의한 요건을 심사하여 원고의 이 사건 토지의 취득이지방세법 제289조 제1항의 규정에 의한 면제요건에 해당하면 취득세 등의 면제처분을 하고,지방세법 제289조 제1항의 규정에서 정한 면제요건에 해당하지 않으면 지방세법에 따라 취득세 등의 부과처분을 하면 되는 것이고,지방세법 제289조 제1항의 규정에서 정한 면제요건에 해당하지 않음에도 착오 등으로 면제결정을 하였다면지방세법 제25조의2의 규정에 따라 이를 취소하고 원고에게 지방세법에 따라 취득세 등의 부과처분을 하여야 할 것이다.
 ㈏지방세법 제289조 제1항에서 정한 면제요건에 해당하려면 원고가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산이어야 하고,같은 법 제269조 제1항에서 정한 면제요건에 해당하려면 원고가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 소규모 공동주택용 부동산이어야 하므로 그 요건이 전혀 다르고, 여기에지방세법 제292조,같은 법 시행령 제231조,같은 법 시행규칙 117조의 규정에 의하면 지방세 감면신청과 지방세 감면신청에 대한 통지는 일정한 서식에 의하여 하도록 규정하고 있는 점과지방세법 제294조에 의하면 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있는 점을 더하여 보면, 피고가 원고의 이 사건 토지 취득이지방세법 제289조 제1항 및지방세법 제269조 제1항의 면제요건에 모두 해당한다고 보고 원고에게 유리한 사후 추징규정이 없는지방세법 제289조 제1항의 면제요건을 적용하여 이 사건 면제결정을 한 이상 이를지방세법 제269조 제1항의 면제요건에도 해당한다고 보아지방세법 제269조 제3항에 의한 추징처분을 할 수는 없다고 할 것이다.
 가사 원고의 이 사건 토지의 취득이 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시취득한 부동산이라는지방세법 제289조 제1항에서 정한 면제요건에 해당하지 않음에도 피고가 착오 또는지방세법 289조 제1항의 면제요건을 잘못 이해하여 이 사건 면제결정을 하였다면 피고는 취소권제한의 법리에 어긋나지 않는 범위 내에서 이 사건 면제결정을 취소하고 지방세법의 규정에 따라 취득세 등의 부과처분을 하는 것은 별론으로 하고 이 사건 면제결정을지방세법 제269조 제1항에 의한 면제결정으로 보고지방세법 제269조 제3항에 의한 추징처분을 할 수는 없다고 할 것이다.
 ㈐ 따라서 피고가지방세법 제289조 제1항에 의한 이 사건 면제결정을 한 후 사후에 이를지방세법 269조 제1항에 의한 면제처분으로 보아지방세법 제269조 제3항에 따라 이 사건 추징처분을 한 것은 위법하다 할 것이다.
3. 결 론
 그렇다면, 이 사건 추징처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 윤인태(재판장) 전지환 조현철