의료재단이 유예기간내 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있음 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2021.07.16 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

▣청 구 취 지

피고가2020. 2. 10.원고에 대하여 한 취득세2,458,019,760원(과소신고가산세366,240,000원,납부불성실가산세260,579,760원 포함),지방교육세313,766,960원(납부불성실가산세39,086,960원 포함),농어촌특별세52,390,630원(납부불성실가산세6,610,630원 포함)의 부과처분을 각 취소한다.
▣이 유

1.처분의 경위

가.주식회사 부○주택(이하‘부○주택‘이라 한다)은2013. 2. 26.대한○○공장 부지로 사용되었던 서울 금천구 시흥동113-1○○포함80,985㎡(이하‘대한○○부지’라 한다)에 관하여 같은 날 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
나.서울특별시장은2015. 2. 26.서울특별시고시 제2015-52호로 지구단위계획구역 및 계획을 변경하는 고시를 하면서,대한○○부지 중20,000㎡를 종합병원 용도로 지정하였다.
다.이에 부영그룹은 이 부분에서 종합병원을 설치·운영하기 위하여2017. 7. 6.원고를 설립하였고,부○주택은2017. 7. 18.원고에게 대한○○부지의 일부인 서울 금천구 시흥동996공장용지32,402.4㎡중20,000/32,402.4지분(이하‘이 사건 토지’라 한다)을 증여하였으며,원고는2017. 7. 19.이 사건 토지에 관하여 위 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
라.원고는 이 사건 토지에 관한 취득세,농어촌특별세,지방교육세(이하 통틀어‘취득세 등’이라 한다)에 관하여,이 사건 토지가‘의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16057호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제38조 제1항을 적용하여 구 지방세법(2018. 12. 31.법률 제16194호로 개정되기 전의 것)제11조 제1항 제2호에서 정한1천분의35의 세율에서1천분의10을 감면한2.5%의 취득세율을 적용하였고,이 사건 토지의 과세표준45,780,000,000원에 감면한 취득세율을 적용하여 산정한 취득세 등을 신고·납부하였다.
마.그러나 원고는 이 사건 토지를 취득한 이후 상당한 기간이 경과하였음에도 종합병원을 건축하지 않았고,이에 피고는2020. 2. 10. ‘원고가 이 사건 토지를 정당한 사유 없이 그 취득일로부터1년이 경과할 때까지 의료업에 직접 사용하지 아니하였다’라는 이유로 구 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에 따라 감면한 취득세 등을 추징하기로 하여 원고에게 취득세2,458,019,760원,지방교육세313,766,960원,농어촌특별세52,390,630원(각 가산세 포함)을 각 부과하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 7호증,을 제3, 4, 5호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장

원고는 오로지 종합병원 설치·운영을 목적으로 설립된 비영리법인으로 이 사건 토지를 증여받은 직후 종합병원 건축을 위한 설계계약,컨설팅계약을 체결하고 피고와 종합병원 건축에 관하여 지속적으로 협의하는 등 이 사건 토지를 의료업에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였고,현재도 종합병원 건축을 위한 절차를 지속적으로 진행하고 있다.다만,이 사건 토지가 속한 대한○○부지 전체가 하나의 사업지구로 지정되어 있는 관계로 원고는 이 사건 토지를 제외한 나머지 대한○○부지에 아파트를 건설할 계획인 부○주택과 협조하여 종합병원 건축 계획을 진행하였는데,이와 관련한 서울특별시의 심의 등 행정적인 절차가 지연됨에 따라 원고에게 책임 없는 사유로 종합병원 착공이 함께 지연된 것에 불과하다.따라서 원고에게는 이 사건 토지의 취득일부터1년이 경과할 때까지 이 사건 토지를 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로,이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
나.관계 법령

별지 기재와 같다.
다.관련 법리

구 지방세특례제한법 제38조 제1항,제178조 제1호는 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 경감하되,정당한 사유 없이 그 취득일로부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다.
위 규정에서 정하고 있는‘정당한 사유’에는 법령에 의한 금지,제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다.그리고 이러한 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는,납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않은 입법 취지를 충분히 고려하면서,그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,목적사업에 사용할 수 없는 법령상,사실상의 장애사유 및 장애정도,납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원2017. 8. 18.선고2017두42293판결 등 참조).다만 납세의무자가 부동산 취득 당시에 이미 그 유예기간 내에 고유한 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애 사유가 있음을 알았거나 알 수 있었던 경우에는 그에 대한 취득세 등을 면제받을 수 없다(대법원2012. 2. 23.선고2011두27223판결 등 참조).
라.인정사실

앞서 든 증거들과 갑 제2내지4, 6, 8내지14, 8내지26호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함),을 제1, 2, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1)서울특별시장은2003. 12. 10.난개발을 방지하고 종합적인 토지이용계획을 수립하기 위한 목적에서 서울특별시고시 제2003-395호로 대한○○부지를 제1종 지구단위계획구역으로 지정하였다.
2)서울특별시장은2006. 6. 8.서울특별시고시 제2006-204호로 대한○○부지를 특별계획구역으로 지정하면서,대한○○부지에‘공동주택’용도 건축물을 불허하고,기준 용적률을300%로,허용 용적률을400%이하로 한다고 정하였다(을 제2호증 제57, 58면 참조).
3)부○주택은2013. 2. 26.대한○○부지의 소유권을 취득하였다.
4)금천구 내에 종합병원을 건축하기 위한 피고의 지속적인 노력과 금천구 주민들의 청원에 의하여,서울특별시장은2015. 2. 26.서울특별시고시 제2015-52호로 대한○○부지의 용도지역을‘준공업지역’으로 명시하면서 대한○○부지 중20,000㎡를 종합병원 용도로 지정하였고, ‘공동주택’용도 건축물에 대하여는 여전히 불허하되 다만‘준공업지역 종합발전계획에 의할 경우 제외하며,산업부지 개발이 우선하거나 병행되어야 한다’라는 단서를 기재하였다(을 제4호증 제21, 22면 참조).
5)부영그룹은2017. 7. 6.대한○○부지 중20,000㎡에 종합병원을 설치·운영하기 위하여 원고를 설립하였고,원고는2017. 7. 19.부○주택으로부터 이 사건 토지를 증여받아 그 소유권을 취득하였다.
6)원고는2017. 7. 31.주식회사 디앤디그룹건축사사무소와 사이에 이 사건 토지에 신축할 종합병원의 기획설계(건축물의 규모,현장조사,개략적인 설계개요 및 배치계획 등의 설계)에 관하여 용역대금을9,500만 원으로 하는 설계용역계약을 체결하였고,같은 날 주식회사 코리아엑스포와 사이에 종합병원 건립계획 수립에 관하여 컨설팅 비용을1억 원으로 하는 컨설팅 용역계약을 체결하였다.
7)원고는2017. 8. 9.개최된 간담회에서 피고에게‘이 사건 토지 용적률을500%로 상향 조정할 것,종합병원 지원을 위하여 대한○○부지 일부를 준공업지역에서 일반상업지역으로 변경할 것,종합병원 주출입구 진입도로에4차선 이상의 도로를 확보 및 개설할 것,철도변 도시계획도로 및 완충녹지를 폐지할 것,시흥대로 측변 및 하부에 병원 진입을 위한 좌회전 및 유턴 차로를 개설할 것,서해안고속도로,철도변,고가도로에 방음벽을 설치할 것’을 요구하였다.
8)이에 대하여 피고는 같은 날 원고에게 용도지역 변경 등 지구단위계획 변경의 결정권자는 피고가 아니라 서울특별시장이므로,피고가 독자적으로 결정할 사안이 아니라는 취지의 답변을 하였고, 2017. 8. 31.개최된 실무협의회에서‘서울특별시 준공업지역 관리정책상 일반상업지역으로의 변경은 곤란하고,시흥대로 양측에6m도로 확보 예정이며,철도변 완충녹지 부분 이동으로 도로 개설을 검토하고,방음벽 설치와 관련하여 국회 등과 협력하여 예산에 반영할 예정이다’라는 취지의 답변을 하였다.
10)원고는2017. 9. 12.개최된 간담회에서 다시 피고에게‘이 사건 토지 용적률을500%로 상향 조정할 것,종합병원 주출입구 진입도로에4차선 이상의 도로를 확보할 것,서해안고속도로,철도변,고가도로 방음벽을 설치할 것’을 요구하였고,이에 대하여 피고는 같은 날 원고에게 요구사항에 대하여 최대한 협조하겠다고 답변하면서,종합병원의 세부 개발계획안을 조속히 서울특별시에 상정할 것을 요청하였다.
11)이후 원고는2018. 1. 11.부터2018. 3. 28.까지 금천구청과 수차례 업무협의를 하여 종합병원 건축을 위한 진행상황을 설명하거나 주민설명회 등의 일정에 대한 의견을 교환하였고, 2018. 9. 7.금천구청과 업무협의를 하여 종합병원 신축공사에 착공할 수 있는 방안에 대하여 검토하였다.
12)한편,구 서울특별시 도시계획 조례(2019. 5. 16.서울특별시조례 제7198호로 개정되기 전의 것,이하‘개정 전 도시계획 조례’라 한다)제35조 제1호 본문은‘준공업지역 안에서는 공동주택을 건축할 수 없다’라고 규정하면서,다만 그 단서(다)목에서‘[별표2]에서 정하는 비율 이상의 산업부지를 확보하고 산업시설을 설치하는 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하고, [별표2]제2호는2008. 1. 31.기준 사업구역 내 공장비율이50%이상인 경우에는 사업구역 면적대비 산업부지 확보비율이50%이상에 이르러야 공동주택 건축이 허용된다고 규정하고 있었다.위 기준에 따를 경우 대한○○부지는 산업부지 확보비율이50%이상에 이르러야 공동주택 건축이 허용되는데,전체 사업구역 면적(공공시설 부지 제외)중 이 사건 토지를 포함한 의료·업무시설 용도의 산업부지가 차지하는 비율이41.48%에 불과하여 개정 전 도시계획 조례상 공동주택을 건축할 수 없는 상태였다.
13)이에 대한○○부지에 공동주택을 신축할 계획을 가지고 있었던 부○주택은2018. 2. 9.서울특별시에 대한○○부지에 기업형 임대주택을 건축하는 것에 대한 사전 자문을 요청하였으나,서울특별시는2018. 7. 26.부○주택에‘지구단위계획이 변경되지 않는 한 개정 전 도시계획 조례에 따라 사업구역 면적의50%이상을 산업부지로 확보하여야 한다’라는 의견을 회신하였다.
14)원고는2019. 3.서울특별시에‘대한○○부지 내 종합병원이 건축될 수 있도록 개정 전 도시계획 조례에서 정한 산업부지 확보 비율을“50%이상”에서“40%이상”으로 개정하여 주기 바란다’는 조례개정 요청 공문을 보냈다.
15)서울특별시는2019. 5. 16.서울특별시조례 제7198호로 개정 전 도시계획 조례를 개정하여[별표2]제2호(라)목에‘산업시설 중 의료법 제3조의3의 종합병원 또는 초ㆍ중등교육법 제2조의 학교를 설치하는 경우에는 산업부지 확보비율을1단계(10%)하향하여 조정할 수 있다’라는 규정을 신설하였다.
16)이후 원고는2019. 10. 21.주식회사 간삼건축종합건축사사무소와 사이에 이 사건 토지에 신축할 예정인 지하5층,지상18층의 종합병원 건축물에 관하여 용역대금을60억600만 원으로 하는 설계용역계약을 체결하였고, 2019. 10. 1.부터2019. 12. 20.까지 위 건축사사무소와 수차례에 걸쳐 종합병원 신축공사의 설계용역에 관한 회의를 진행하였다.
17)원고는 피고에게2020. 11. 23.교통영향평가 보고서를, 2020. 12. 8.환경영향평가서를, 2021. 2. 2.지하안전영향평가서 및 소규모재해영향평가서를 각 제출하고,같은 날 서울특별시 남부교육지원청 교육장에게 교육환경영향평가서를 제출하는 등 건축허가를 받기 위한 제반 서류를 제출하고 이를 보완하는 절차를 진행하고 있으나,현재까지 이 사건 토지에 정작 종합병원을 신축하기 위한 건축허가를 신청하거나 공사에 착공하지는 않고 있다.
마.판단

위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면,원고가 이 사건 토지의 취득일로부터1년이 경과할 때까지 이 사건 토지를 의료업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 이유 없다.
①원고는2017. 7. 19.이 사건 토지를 취득한 후2017. 7. 31.개략적인 건축계획에 대한 설계용역계약과 컨설팅 용역계약을 체결하고, 2017. 8.및9.경 피고에게 종합병원의 건축을 위한 요구사항을 제기하고 이에 대한 답변을 듣는 등 협의과정을 거쳤으나,이후에는 금천구청과 일반적인 일정에 관한 회의 등을 진행하는 것 외에는 이 사건 토지에 종합병원을 건축하기 위한 별다른 절차를 진행하지 아니하였다.이후 개정 전 도시계획 조례가 개정되자2019. 10. 21.경에 종합병원 신축공사에 대한 구체적인 설계용역계약을 체결하였으나,이후 다시 별다른 절차를 진행하지 않다가2020. 11.경에서야 종합병원 건축을 위한 제반 서류를 제출하기 시작하였다.
②이처럼 원고는 약2년 이상의 기간 동안 부○주택이 대한○○부지 중 이 사건 토지를 제외한 나머지 토지에 공동주택을 신축할 수 있도록 개정 전 도시계획 조례가 개정되기를 기다렸을 뿐이고,위 조례가 개정되고 설계용역계약을 체결한 후에도 약1년간 이 사건 토지에 종합병원을 신축하기 위한 별다른 절차를 진행하지 아니하였다.결국 원고는 약3년 이상의 기간 동안 이 사건 토지를 의료업에 직접 사용하기 위한 절차를 진행하지 아니하였는바,이는 종합병원의 신축에 필요한 합리적인 준비기간을 현저히 초과한 것에 해당한다.
③원고가 부○주택으로부터 이 사건 토지를 증여받은 것은 사실이나,원고와 부○주택이 별개의 법인이고,원고가 이 사건 토지의 소유자인 이상 부○주택의 공동주택 신축과 원고의 종합병원 신축이 반드시 동시에 진행되어야 하는 것은 아니다.따라서 부○주택이 개정 전 도시계획 조례에 따를 경우 대한○○부지에 공동주택을 신축할 수 없었다는 사정은 원고가 이 사건 토지에 종합병원을 신축할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유에 해당하지 않고,그 밖에 원고가 약3년 이상의 기간 동안 종합병원 건축을 위한 절차를 거의 진행할 수 없을 정도로 심각한 장애사유가 있었다고 볼 만한 사정은 없다.
④더욱이 대한○○부지는2006. 6. 8.이미 특별계획구역으로 지정되어 공동주택 건축이 불가하였는데,부○주택은 그 이후인2013. 2. 26.대한○○부지를 취득하였고,원고는2017. 7. 19.대한○○부지 내의 이 사건 토지를 취득하였으므로,원고와 부○주택은 그 취득 당시 이미 지구단위계획이 변경되거나 관련 규정이 개정되지 않는 한 대한○○부지에 공동주택을 건축하는 것이 허용되지 않는다는 사정을 잘 알고 있었다고 할 것이다.이러한 점에서도 원고가 부○주택의 공동주택 건축을 위하여 종합병원 신축 절차를 진행하지 않은 것에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
⑤원고가2020. 11.경부터 행정기관에 종합병원 건축을 위한 다수의 서류를 제출하고 있고,그 과정에서 행정기관의 서류보완 요구나 대한○○부지 내 멸종위기야생생물 발견 등 사정으로 종합병원 건축 절차가 더욱 지연되고 있음은 인정된다.그러나 이는 이 사건 토지 취득일로부터1년의 기간이 훨씬 경과하여 발생한 사정으로서 이미 구 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에서 정한 취득세의 추징 요건을 충족하고 난 후의 사정에 불과하므로,그러한 사정만으로는 이 사건 처분이 위법하다고 보기 어렵다.
3.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지]

관계 법령

▣구 지방세특레제한법(2018. 12. 24.법률 제16057호로 개정되기 전의 것)

제38조(의료법인 등에 대한 과세특례)

① 「의료법」제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는2016년12월31일까지 취득세의100분의75(2017년1월1일부터2018년12월31일까지는100분의50)를 경감[특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는2016년12월31일까지「지방세법」제11조제1항의 세율에서1천분의15(2017년1월1일부터2018년12월31일까지는「지방세법」제11조제1항의 세율에서1천분의10)를 경감하는 것을 말한다]하고,과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는2016년12월31일까지 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의100분의75(2017년1월1일부터2018년12월31일까지는100분의50)를 경감한다.
제178조(감면된 취득세의 추징)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1.정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

▣구 지방세법(2018. 12. 31.법률 제16194호로 개정되기 전의 것)

제11조(부동산 취득의 세율)

①부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
1.상속으로 인한 취득

가.농지: 1천분의23

나.농지 외의 것: 1천분의28

2.제1호 외의 무상취득: 1천분의35.다만,대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은1천분의28로 한다.
▣구 서울특별시 도시계획 조례(2019. 5. 16.서울특별시조례 제7198호로 개정되기 전의 것)

제35조(준공업지역안에서 건축할 수 없는 건축물)

준공업지역안에서는 영 별표14제1호의 각 목의 건축물과 영 별표14제2호에 따라 다음 각 호의 건축물을 건축할 수 없다.
1.「건축법 시행령」별표1제2호의 공동주택 중 공장부지(이적지 포함)에 건축하는 공동주택.다만,다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 그러하지 아니하다.
가.「건축법 시행령」별표1제2호의 공동주택 중 기숙사

나.「공공주택 특별법」제2조제1호가목의 공공임대주택,「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제4호의 공공지원민간임대주택 및 제5호의 장기일반민간임대주택(단,임대주택이 아닌 시설이 포함된 경우는 제외한다)

다.지구단위계획,「도시 및 주거환경정비법」제2조제2호 각 목의 정비사업 또는「도시개발법」제2조제1항의 도시개발사업은 별표2에서 정하는 비율 이상의 산업시설의 설치 또는 산업부지를 확보하고 산업시설을 설치하는 경우

[별표2]

준공업지역내 공장부지(이적지 포함)에 대한 공동주택 허용기준(제35조제1호 관련)

2.산업부지 확보비율

가.도시계획조례 제35조제1호의 단서에서 정하는 산업부지 확보비율은 다음과 같다.다만 사업구역내 공장비율이10%미만인 경우 이를 적용하지 않는다.
사업구역내 공장비율(2008.1.31 기준)사업구역 면적대비 산업 부지 확보비율비 고10~20% 미만10% 이상사업구역은 준공업지역만을 대상으로 산정한다.20~30% 미만20% 이상30~40% 미만30% 이상40~50% 미만40% 이상50% 이상50% 이상

나.산업부지에 설치하는 산업시설의 용적률은 공동주택 부지의 용적률 이상으로 한다.
다.산업부지중 공공시설로 제공 또는 지방자치단체가 매입하는 부지는 산업시설을 설치한 것으로 볼 수 있다.
▣서울특별시 도시계획 조례(2019. 5. 16.서울특별시조례 제7198호로 개정된 것)

[별표2]

준공업지역내 공장부지(이적지 포함)에 대한 공동주택 허용기준(제35조제1호 관련)

2.산업부지 확보비율

가.도시계획조례 제35조제1호의 단서에서 정하는 산업부지 확보비율은 다음과 같다.다만 사업구역내 공장비율이10%미만인 경우 이를 적용하지 않는다.
사업구역내 공장비율(2008.1.31 기준)사업구역 면적대비 산업 부지 확보비율비 고10~20% 미만10% 이상사업구역은 준공업지역만을 대상으로 산정한다.20~30% 미만20% 이상30~40% 미만30% 이상40~50% 미만40% 이상50% 이상50% 이상

나.산업부지에 설치하는 산업시설의 용적률은 공동주택 부지의 용적률 이상으로 한다.
다.산업부지중 공공시설로 제공 또는 지방자치단체가 매입하는 부지는 산업시설을 설치한 것으로 볼 수 있다.
라.제3호다목에 따른 산업시설 중「의료법」제3조의3의 종합병원 또는「초ㆍ중등교육법」제2조의 학교를 설치하는 경우에는 가목의 산업부지 확보비율을1단계(10%)하향하여 조정할 수 있다.

의료법인이 종합병원을 위해 취득한 토지에 대해 취득세 감면을 받고 2개월 동안 개략적인 건축계획과 컨설팅 계약을 체결한 뒤 종합병원을 위한 요구사항을 구청과 시청에 협의하였으나, 취득일로부터 1년 10개월 뒤에야 구체적인 설계계약을 체결하였다. 이는 의료법인의 설립이 인접한 부○주택의 토지에 대한 공동주택 신축과 관련 있는 것으로 결국 조례를 개정하여 공동주택을 신축할 수 있게 되어서야 의료법인이 본격적인 종합병원 설계계약을 체결하였다. 하지만 부○주택과 의료법인은 별개의 법인으로 부○주택이 공공주택을 신축해야만 반드시 의료법인이 종합병원을 신축할 수 있는 것은 아니므로 추징을 제외해야 할 정당한 사유가 있는 것으로 보기에 어렵다. 따라서 의료법인에 대한 추징은 타당함