직접 사용 기간이 2년 미만인 상태에서의 매각의 정당한 사유가 있는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2019.03.14 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용은 피고들이 부담한다.
【이유】

원심판결 및 상고이유서와 이 사건 기록을 모두 살펴보았으나, 상고인들의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2018. 11. 6. 선고 2018누56208 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고들의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 피고들이 부담한다.
【이유】

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결문에 다음과 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
○ 제1심판결문 9쪽 제5행 ‘따라서’ 앞에 아래 내용을 추가한다.
또한 구「지방세특례제한법」제94조가 ‘이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는’이라고 규정한 것은 법에서 특별히 규정한 경우에만 추징의 예외를 인정한다는 의미가 아니라, 개별 조항에서 특별히 추징에 관하여 규정한 경우를 제외하고는 같은 법 제94조의 일반 규정에 따라 추징한다는 의미로 해석하는 것이 타당하고, 위 추징이 이미 감면받은 세액을 환원하는 것에 불과하다고 하더라도 침익적 제재라는 추징의 성격에 영향을 미치지는 아니므로, 다른 제재조치와 달리 해석할 것은 아니다.
○ 제1심판결문 10쪽 아래에서 제7행 ‘상황에서’ 다음에 아래 내용을 추가한다.
(특히 이 사건 제1부동산의 경우 개정 ○○협동조합법 시행 전인 2011. 11. 14. 원고 명의로 건축허가까지 받아 착공한 상황이었다)

○ 제1심판결문 11쪽 제3행 아래에 다음 내용을 추가한다.
④ 개정 ○○협동조합법은 ○○경제지주에도 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라고 한다)을 적용한다는 규정을 신설하였는바(제134조의2 제4항), ○○경제지주가 구매·판매를 위하여 이 사건 부동산을 곧바로 취득하여 조합을 위한 구매·판매사업 등을 수행할 경우 공정거래법상 부당한 공동행위(제19조) 또는 불공정거래행위(제23조)에 해당될 위험이 있었다. 이에 원고와 국회 사이의 공정거래법상 과징금 부과 위험을 둘러싼 논의 후, 국회는 2014. 12. 31. 법률 제12950호로 ○○협동조합법을 다시 개정하여, ○○경제지주가 조합 등과 공동사업 등을 수행하는 경우 또는 조합 등에 대하여 경제사업 지원 등을 수행하는 경우에는 공정거래법상 부당한 공동행위 규정 또는 불공정거래행위 규정을 적용하지 아니한다는 규정을 신설하였다(제12조 제8항, 제9항). 즉 원고는 위와 같은 규정이 신설되기 전인 ○○경제지주 설립 당시에는 원고가 아닌 ○○경제지주가 곧바로 이 사건 부동산을 취득하게 할 수 없는 사정이 있었고, 오히려 원고는 위와 같은 법률의 미비를 해결하고 법률이 규정한 기한 이내에 ○○경제지주에 경제사업을 이관하기 위하여 상당한 노력을 기울인 것으로 보인다. 따라서 개정 ○○협동조합법 시행 당시 원고가 이 사건 부동산을 뒤늦게 취득할 경우 2년 동안 직접 사용하지 못할 수도 있다는 사실을 알았거나 알 수 있었다는 사정만으로 원고에게 이 사건 이관의 귀책사유가 있다고 보기는 어렵다.
⑤ 개정 ○○협동조합법은 부칙 제6조 제1항에서 판매·유통 관련 경제사업을 시행일로부터 3년 이내에 ○○경제지주에 이관한다고 규정하고, 제2항에서 위 사업의 성과를 평가한 후 그로부터 2년 이내에 나머지 경제사업을 이관한다고 규정하였다. 이는 ○○경제지주 설립과 동시에 원고의 경제사업 전부를 이관하는 것이 현실적으로 불가능하거나 사업 운용의 혼란이 야기될 우려가 있다는 고려에서 규정된 것으로 보이는바, 원고도 위와 같은 입법 취지에 따라 ○○경제지주 설립 시에는 자회사 주식을 우선적으로 이관하였고, 그 후 순차적으로 다른 경제사업을 이관한 것으로 보인다. 위와 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고가 ○○경제지주가 설립과 동시에 이 사건 부동산을 곧바로 취득하게 하지 아니하고 이 사건에서와 같은 과정을 거쳤다고 하여 원고에게 귀책사유가 있다고 보기 어렵다.
2. 결론

그렇다면 제1심판결은 정당하므로, 피고들의 항소는 모두 이유 없어 이를 기각한다.
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【하급심-수원지방법원 2018. 7. 5. 선고 2017구합71230 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고 ○○시장이 2015.10.7. 원고에 대하여 한 취득세 1,518,651,970원,지방교육세 65,854,330원,농어촌특별세 94,751,800원(합계 1,679,258,100원,각 가산세 포함)의 부과처분 및 피고 ○○군수가 20156.4.11. 원고에 대하여 한 취득세 269,474,810원,·지방교육세 22,840,250원(합계 292,315,060원,·각 가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고들이 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 1961. 8. 15. ○○협동조합법에 의하여 설립된 법인으로서, 교육·지원 사업, ○○경제사업, 축산경제사업, 상호금융사업 등을 영위하고 있었다.
나. 국회는 2011. 3. 31. 원고의 사업부문별 경영의 전문성·투명성·책임성을 확보 하고, 산지 및 소비지 유통체계 개선 등 경제사업 활성화를 위한 기반을 조성하기 위하여 법률 제10522호로 ○○협동조합법을 개정하였다(이하 ‘개정 ○○협동조합법’이라 한다). 개정 ○○협동조합법은 원고는 ○○경제와 축산경제에 관련된 사업 등을 분리하여 ○○경제지주회사를 신설하여야 한다는 규정을 두면서(제134조의2 제1항), ○○경제지주회사의 원활한 신설을 위하여 개정 ○○협동조합법 공포(2011. 3. 31.) 후 지체 없이 ○○경제지주회사의 설립 등에 필요한 절차에 착수하여야 한다는 내용(부칙 제2조 제1항)과, 법령 등의 미비로 ○○경제지주회사로의 사업 분리 과정에서 발생할 수 있는 문제점에 대한 대응책을 마련하고자 모든 사업을 즉시 이관하는 것이 아니라, 개정 ○○협동조합법 시행일(2012. 3. 2.)부터 3년 이내에 판매·유통관련 경제사업을 ○○경제지주회사에 이관한다는 내용을 부칙에 함께 규정하였다(부칙 제6조 제1항).
다. 원고는 개정 ○○협동조합법에 따라 위 법 시행일인 2012. 3. 2. ○○경제지주 주식회사(이하 ‘○○경제지주’라 한다)를 설립하면서, 당시 원고가 보유하고 있던 주식회사 ○○유통 등 자회사 주식을 포함한 9,813억 원의 자산을 ○○경제지주에 이관하였다. 원고는 ○○경제지주 설립 이후 이 사건 소 제기 시까지 ○○경제지주 발행주식의 100%를 보유한 1인 주주이다.
라. 원고는 2013. 6. 13. ○○시 ○○면 ○○리 338 토지(면적 65,637.2㎡)의 지목을 임야에서 창고용지로 변경하여 건물(연면적 58,107.81㎡)을 신축하고, 2013. 9. 5. 같은 곳에 건물(연면적 281.65㎡)을 증축하였다(이하 위 지목변경된 토지 및 신·증축된 건물을 통틀어 ‘이 사건 제1부동산’이라 한다). 그 후 원고는 이 사건 제1부동산이 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제14조 제1항이 규정한 감면요건인 ‘○○협동조합중앙회가 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당된다고 보아 피고 ○○시장으로부터 취득세의 50%를 경감받았다.
마. 또한 원고는 2014. 2. 7. ○○ ○○군 ○○면 ○○리 729 외 1필지 공장용지 48,266.2㎡(이하 ‘이 사건 제2부동산’이라 하고, 이 사건 제1, 2부동산을 통칭할 때에는 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하였다. 그 후 원고는 이 사건 제2부동산이 구「지방세특례제한법」제78조제4항이 규정한 감면요건인 ‘「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역에 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아 피고 ○○군수로부터 취득세를 면제받았다(이하 구「지방세특례제한법」제14조제1항 및 같은 법 제78조 제4항을 통틀어 ‘이 사건 감면조항’이라 한다).
바. 원고는 개정 ○○협동조합법 부칙 제6조 제1항에 따라 개정 ○○협동조합법 시행일인 2012. 3. 2.로부터 3년이 되기 전인 2015. 2. 28. 현물출자의 방식으로 이 사건 부동산의 소유권을 ○○경제지주로 이관(이하 ‘이 사건 이관’이라 한다)하였다. 이 사건 이관을 위하여 원고와 ○○경제지주 사이에 2014. 12. 24. 체결한 현물출자계약에서, 원고는 ○○경제지주의 주주로서 원고가 영위하는 경제사업 중 ○○경제부문의 농산물도매분사, 종묘사업, 식품사업 일부 및 공통사업 일부와 축산경제부문의 축산공판사업, 안심축산사업 및 인천가공사업소 부문을 ○○경제지주에 현물출자하고, ○○경제지주는 그 대가로 1인 주주인 원고에게 주주배정방식으로 신주를 발행하기로 합의하였다.
사. 피고들은 원고가 이 사건 부동산을 취득하고 직접 사용한 기간이 2년 미만인 2015. 2. 28. ○○경제지주에 이관한 것이 취득세 추징사유에 해당한다는 이유로 원고에게, 피고 ○○시장은 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제94조 제2호에 따라 2015. 10. 7. 이 사건 제1부동산 취득에 대하여 경감한 취득세 1,518,651,970원, 지방교육세 65,854,330원, 농어촌특별세 94,751,800원(합계 1,679,258,100원, 각 가산세 포함)의 부과처분을 하였고, 피고 ○○군수는 구「지방세특례제한법」제78조제5항 제2호에 따라 2016. 4. 11. 이 사건 제2부동산 취득에 대하여 면제한 취득세 269,474,810원, 지방교육세 22,840,250원(합계 292,315,060원, 각 가산세 포함)의 부과처분을 하였다(이하 피고들의 위 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 하고, 위 각 처분근거조항들을 통틀어 ‘이 사건 추징조항’이라 한다).
아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 내용의 심사청구를 하였으나, 감사원은 2017. 9. 18. 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을가 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고들은 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에는 감면한 취득세를 추징한다고 규정하고 있는 이 사건 추징조항을 근거로 이 사건 처분을 하였다. 그러나 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
1) 이 사건 추징조항에 규정된 매각·증여는 당사자 사이의 의사합치를 통한 민법상 매매와 증여를 의미하는 데 반하여 이 사건 이관은 그와 달리 상법상 회사 분할의 성격을 가질 뿐만 아니라 개정 ○○협동조합법에 따라 강제된 의무를 이행하기 위하여 이루어진 것이다. 또한, 구 ○○협동조합법(2016. 12. 27. 법률 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 ○○협동조합법’이라 한다) 제134조의2 제6항, 구 ○○협동조합법 시행령(2017. 6. 27. 대통령령 제28152호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 ○○협동조합법 시행령’이라 한다) 제15조의4 [별표 4] 제2호가 농축산물의 제조·가공 및 도매·소매사업을 수행하는 ○○경제지주를 원고로 본다고 규정하여, 원고와 ○○경제지주는 단일법인의 관계에 있다. 이러한 점들에 비추어 볼 때, 이 사건 이관은 이 사건 추징조항이 규정한 추징사유 중 ‘매각·증여’에 해당하지 않는다. 나아가, 이 사건 이관 이후 ○○경제지주가 이 사건 부동산을 기존과 동일하게 농축산물 도·소매사업에 사용하고 있으므로, 이 사건 이관은 이 사건 추징조항이 규정한 나머지 추징사유인 ‘다른 용도로 사용하는 경우’에도 해당하지 않는다.
2) 이 사건 이관은 개정 ○○협동조합법상 강제된 의무를 이행하기 위한 것으로 정당한 사유가 인정됨에도, 이 사건 처분을 통하여 감면된 취득세를 추징할 경우 ‘공공성을 강하게 가지는 ○○협동조합의 업무를 원활히 수행할 수 있도록 세제상으로 지원함으로써 영농산업 등을 보호·육성’하려는 구「지방세특례제한법」제14조제1항 제1호 규정의 취지와 ‘원고의 사업구조개편 과정에서 일시적으로 발생하는 세금은 면제하고 사업 분리 후 사업을 영위하는 과정에서 발생하는 세금에 대하여는 전반적으로 현재 원고가 부담하는 세 수준보다 높아지지 않도록’ 하려는 개정 ○○협동조합법의 입법 의도가 모두 몰각되는 결과가 초래된다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

1) 이 사건 감면조항 및 추징조항의 목적

이 사건 감면조항은 ○○협동조합이 수행하는 업무가 공공성을 강하게 띠고 있으므로 조합으로 하여금 그 업무를 원활히 수행할 수 있도록 세제상으로 지원함으로써 영농산업 등을 보호·육성(구「지방세특례제한법」제14조제1항)하면서, 산업단지에 산업용 건축물을 건축하는 경우 취득세를 면제함으로써 산업단지 내 기업 입주를 촉진하여 공장 운영 등 산업활동을 장려(같은 법 제78조 제4항)하려는 정책적 목적을 가지고 있다. 아울러 이 사건 추징조항은 취득세를 감면받은 부동산을 단기간 내에 처분하거나 다른 용도로 사용하는 경우 감면된 취득세를 추징함으로써 부동산의 시세차익을 노리는 행위나 세제상의 혜택만 활용하는 등 이 사건 감면조항을 악용하는 사례를 방지하여 이 사건 감면조항이 추구하는 영농산업의 보호·육성 및 산업활동의 장려라는 본래의 정책적 목적을 원활히 달성하기 위한 것이다.
2) 개정 ○○협동조합법의 개정 취지

○○협동조합중앙회는 회원의 공동이익의 증진과 그 건전한 발전의 도모를 목적으로 설립되었으나, 신용사업에 치중하여 협동조합 본연의 역할인 농산물 유통 등 경제사업을 소홀히 하고 있었고, ○○협동조합중앙회의 사업이 수익사업과 비수익사업이 혼재되어 있었으며, 자본과 회계가 사업부문별로 엄격히 분리되어 있지 않아 경영의 전문성과 책임성을 확보하기 어려웠고, 경제사업부문이 독자적 발전 전략과 투자 계획을 가지고 농산물 시장개방 확대 등 ○○ 여건 변화에 적극적으로 대응하기 어려운 상황이 되었다.
이에 따라 ○○협동조합중앙회의 사업부문별 경영의 전문성·투명성·책임성을 확보하고, 산지 및 소비지 유통체계 개선 등 경제사업 활성화를 위한 기반을 조성하기 위하여 경제사업과 신용사업을 분리하여 ○○경제지주회사와 ○○금융지주회사를 신설하며, ○○금융지주회사의 자회사로 ○○은행과 ○○생명보험, ○○손해보험을 신설하는 등 기존 제도의 운영상 나타난 미비점을 개선·보완하기 위하여 ○○협동조합법이 앞서 본 것과 같이 2011. 3. 31. 법률 제10522호로 개정되었다.
3) 이 사건 이관이 이 사건 추징조항상 추징사유에 해당하는지 여부

○○협동조합이 어느 부동산을 업무에 ‘직접 사용’한다고 함은 ○○협동조합이 그 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 이를 ○○협동조합의 업무 자체에 직접 사용하는 것을 의미한다고 봄이 타당하다(대법원 2015. 3. 26. 선고 2014두43097 판결 등 참조). 따라서 원고가 이 사건 부동산을 ○○경제지주에 현물출자하고 그 대가로 주식을 교부받아 소유자로서의 지위를 상실한 이후에는 이 사건 부동산이 원고의 업무에 직접 사용되고 있다고 볼 수 없으므로, 원고가 이 사건 부동산을 그 사용일부터 2년 이내에 현물출자한 이상, 이는 이 사건 추징조항이 규정한 추징사유인 ‘매각’에 해당한다(원고는 앞서 본 것과 같이 농축산물의 제조·가공 및 도매·소매사업을 수행하는 ○○경제지주를 원고로 의제하는 구 ○○협동조합법 제134조의2 제6항, 구 ○○협동조합법 시행령 제15조의4 [별표 4] 제2호를 근거로 들면서, 원고와 ○○경제지주가 단일법인이므로 매각 개념이 성립할 수 없다는 취지의 주장을 한다. 그러나 위 조항이 구 ○○협동조합법의 해석 국면을 벗어나 구 지방세특례법상 과세요건의 해석에까지 영향을 미친다고 볼 근거는 없고, 원고가 ○○경제지주의 1인 주주라고 하더라도 원고와 ○○경제지주는 별개의 법인격을 갖는 권리주체에 해당하며, 이 사건 이관이 취하고 있는 형식인 현물출자 또한 이러한 전제 하에서 실현 가능한 것이므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다).
4) 정당한 사유의 유무

가) 정당한 사유의 유무 판단의 필요성

이 사건에서 문제되는 추징은 당초 취득세를 감면받은 자가 그 감면 취지에 합당한 사용을 하지 않을 것을 요건으로 하는 처분으로서 본래의 취득세 부과처분과는 그 요건을 달리 하는 별개의 처분이고, 그 실질은 사후 관리의 측면에서 감면 취지와 다른 용도로 사용하여서는 안 될 의무가 있음에도 이를 위반하여 다른 용도로 사용하였다는 행정법상의 의무 위반에 대한 제재의 성격을 가진다(대법원 2003. 9. 26. 선고 2002두516 판결 등 참조). 그런데 행정법규 위반에 대하여 가하는 제재조치는 행정목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로 위반자의 고의·과실이 있어야만 하는 것은 아니나, 그렇다고 하여 위반자의 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에까지 부과할 수 있는 것은 아니다(대법원 2003. 9. 2. 선고 2002두5177 판결 등 참조). 따라서 추징에 관하여 ‘정당한 사유’라는 명문의 규정이 없더라도, 납세의무자에게 의무 위반에 대한 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 추징이 허용될 수 없다(대법원 2000. 10. 6. 선고 98두922 판결 등 참조).
나) 이 사건 이관에 정당한 사유가 있는지 여부

앞서 든 증거들과 갑 제7, 8호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 비록 이 사건 이관이 이 사건 부동산의 직접 사용 기간이 2년 미만인 상태에서 이루어진 매각에 해당한다고 하더라도, 위 이관에는 정당한 사유가 있다고 판단된다.
① 원고의 기존 사업부문 중 경제사업부문을 ○○경제지주에 이관함으로써 전문성·투명성·책임성을 확보하고, 산지 및 소비지 유통체계를 개선하는 등 경제사업을 활성화하기 위한 취지로 개정 ○○협동조합법이 시행되었다. 개정 ○○협동조합법은 이러한 취지를 구현하기 위하여, 이 법 시행일부터 3년 이내에 원고로 하여금 판매·유통 관련 경제사업을 ○○경제지주에 이관하도록 의무를 부과하였다. ‘이관’의 사전적 의미가 ‘관할을 옮김’ 또는 ‘옮기어 관할함‘인 점에 비추어 볼 때, 이 사건 이관의 성격은 원고가 기존에 수행하던 경제사업부문의 관할을 ○○경제지주로 옮김으로써 경제사업의 수행 주체를 ○○경제지주로 변경하기 위하여, 경제사업에 관한 이 사건 부동산을 ○○경제지주로 이전하는 것을 의미한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 이관 전후로 이 사건 부동산을 이용한 경제사업의 수행 주체가 변경될 뿐, 사업의 목적이나 내용은 동일하게 유지된다. 원고가 ○○경제지주와의 단일법인 관계를 주장하면서 근거로 들었던, ’○○경제지주가 농축산물의 제조·가공 및 도매·소매사업을 수행하는 경우 ○○경제지주를 원고로 본다‘는 내용의 구 ○○협동조합법 제134조의2 제6항, 구 ○○협동조합법 시행령 제15조의4 [별표 4] 제2호도 이러한 이관의 성격을 전제로 한 규정으로 보인다.
② 비록 앞서 본 것과 같이 이 사건 추징조항이 규정한 추징사유인 ’매각‘에 해당하는 현물출자의 형식으로 이 사건 이관이 이루어졌으나, 이는 개정 ○○협동조합법 시행에 따라 주식회사 형태로 새롭게 설립되는 ○○경제지주에 경제사업부문을 이관하기 위하여서는 불가피하게 선택할 수밖에 없는 방법이었던 것으로 보인다. 따라서 이러한 이관의 형식이 앞서 본 이 사건 이관의 성격에 영향을 미친다고 할 수 없다.
③ 원고는 이미 개정 ○○협동조합법이 시행되기 이전부터 관계 법령에 따라 물류센터 건립을 위하여 이 사건 부동산을 취득하는 절차를 피고들과 진행하고 있던 상황에서, 경제사업부문의 전문성 등을 확보하려는 취지의 개정 ○○협동조합법에 따른 이관 의무를 이행하기 위하여 경제사업에 관한 이 사건 부동산을 ○○경제지주에 현물출자하게 된 것이다. 이와 같은 이 사건 이관의 경위에 비추어 볼 때, 개정 ○○협동조합법 시행에 따라 이관 의무를 부담하는 원고에게 이관의 대상인 이 사건 부동산을 계속 보유하면서 사용할 것을 기대할 수는 없을 뿐만 아니라, 이 사건 이관을 통하여 원고는 당초 이 사건 부동산을 취득한 사용목적을 포기한 것이 아니라 오히려 개정 ○○협동조합법에 따라 신설된 ○○경제지주로 하여금 위 부동산의 취득 당시 목적하였던 사업계획을 계속 수행하도록 한 것이므로, 이 사건 감면규정의 취지를 벗어났다고 할 수도 없다. 따라서 직접 사용 기간이 2년 미만인 상태에서의 매각 금지라는 법령상의 의무를 위반한 데 대하여 원고에게 그 의무위반을 탓할 수 없다.
5) 소결론

따라서 피고들의 이 사건 처분은 위법하여 모두 취소되어야 한다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용한다.
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【관계법령】

■ 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것)

제94조(감면된 취득세의 추징)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■ 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제14조(○○협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면)

① ○○협동조합중앙회, 수산업협동조합중앙회, 산림조합중앙회가 구매ㆍ판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제70조제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2014년 12월 31일까지 경감한다.
1. 구매ㆍ판매ㆍ보관ㆍ가공ㆍ무역 사업용 토지와 건축물

2. 생산 및 검사 사업용 토지와 건축물

3. 농어민 교육시설용 토지와 건축물

② ~ ⑤ (생략)

제78조(산업단지 등에 대한 감면)

① ~ ③ (생략)

④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑥ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.
■ 구 ○○협동조합법(2016. 12. 27. 법률 제14481호로 개정되기 전의 것)

134조의2(○○경제지주회사)

① 중앙회는 제134조제1항제2호 및 제3호의 사업과 같은 항 제5호부터 제9호까지의 사업 중 ○○경제와 축산경제에 관련된 사업 및 그 부대사업을 분리하여 ○○경제지주회사를 설립한다. 이 경우 사업의 분리는 「상법」제530조의12에 따른 회사의 분할로 보고, 사업의 분리 절차는 같은 법 제530조의3제1항, 제2항 및 제4항, 제530조의4부터 제530조의11까지의 규정을 준용하되, 같은 법 제530조의3에 따라 준용되는 같은 법 제434조 중 "출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상의 수와 발행주식 총수의 3분의 1 이상의 수"는 "대의원 과반수의 출석과 출석한 대의원 3분의 2 이상의 찬성"으로 본다.
② ~ ⑤ (생략)

⑥ ○○경제지주회사 및 그 자회사가 중앙회의 사업 중 대통령령으로 정하는 사업을 수행하는 경우에는 ○○경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 본다.
■ 구 ○○협동조합법 부칙(2011. 3. 31. 법률 제10522호)

제2조(○○경제지주회사등의 설립 등에 관한 준비행위)

① 중앙회는 이 법 공포 후 지체 없이 ○○경제지주회사등의 설립 등에 필요한 절차에 착수하여야 한다.
② ~ ④ (생략)

제6조(경제사업의 이관 및 자회사 설립에 따른 출자 특례)

① 중앙회는 이 법 시행일부터 3년 이내에 판매ㆍ유통 관련 경제사업을 ○○경제지주회사에 이관한다.
② ~ ③ (생략)

■ 구 ○○협동조합법 시행령(2017. 6. 27. 대통령령 제28152호로 개정되기 전의 것)

제15조의4(○○경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 의제하는 사업)

법 제134조의2제6항에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 별표 4의 사업을 말한다.
[별표 4] <개정 2015.2.23.>

○○경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 의제하는 사업(제15조의4 관련)

1. 법 제57조의2제1항제1호(제107조 또는 제112조에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따른 조합과의 공동사업

2. 법 제134조제1항제2호 및 제3호에 따른 사업 중 다음 각 목의 사업

가. 산지유통조직 육성 사업

나. 농축산물의 제조ㆍ가공 및 도매ㆍ소매 사업

다. 농산물 공판장 사업

라. 농수산물종합유통센터 사업

마. 농축산물 군납 사업

바. 인삼 경작의 지도, 인삼류 제조 및 검사 사업

사. 가축의 개량ㆍ증식ㆍ방역 및 진료에 관한 사업

아. 종자 및 육묘 사업

자. 회원의 경제사업 지원 및 지도

차. 회원을 위한 구매사업

카. 축산계열화사업

타. 조합등에 대한 자금대여 및 회수

3. 법 제134조제1항제5호 및 제6호에 따른 사업 중 다음 각 목의 사업

가. 「농수산물 품질관리법」제80조에 따른 농산물 검사 대행 사업

나. 「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」제9조 및 제13조에 따른 농산물 수급조절을 위한 위탁 사업

다. 「양곡관리법」제16조에 따른 양곡 출하 등의 사업

라. 「농약관리법」제18조에 따른 농약의 비축과 공급 사업

마. 「비료관리법」제7조 및 같은 법 시행령 제8조에 따른 비료의 공급 및 비료의 사용방법 지도 사업

바. 「사료관리법」제6조에 따른 사료 수입추천 대행 사업

사. 「인삼산업법」제11조에 따른 인삼류 수매비축 및 출하조절 사업

아. 「축산법」제51조에 따른 송아지생산안정사업 위탁 사업

자. 「학교급식법」제5조제4항에 따른 학교급식지원센터의 위탁 운영 사업. 끝.

이 사건 이관의 경위에 비추어 볼 때, 개정 ○○협동조합법 시행에 따라 이관 의무를 부담하는 원고에게 이관의 대상인 이 사건 부동산을 계속 보유하면서 사용할 것을 기대할 수는 없을 뿐만 아니라, 이 사건 이관을 통하여 원고는 당초 이 사건 부동산을 취득한 사용목적을 포기한 것이 아니라 오히려 개정 ○○협동조합법에 따라 신설된○○경제지주로 하여금 위 부동산의 취득 당시 목적하였던 사업계획을 계속 수행하도록 한 것이므로, 이 사건 감면규정의 취지를 벗어났다고 할 수도 없다. 따라서 직접 사용 기간이 2년 미만인 상태에서의 매각 금지라는 법령상의 의무를 위반한 데 대하여 원고에게 그 의무위반을 탓할 수 없다.