이 사건 토지를 사실상 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2023.06.20 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

▣ 청 구 취 지

피고가2021. 7. 20.원고에 대하여 한 취득세8,047,201,660원,농어촌특별세402,360,080원 및교육세804,720,160원에 대한 각 경정거부처분을 취소한다.
▣ 이 유

1.처분의 경위

가.이 사건 분양계약의 체결 및 매매대금 지급

1)원고는 서울특별시 ○○도시개발사업구역 내 산업시설용지를 분양받기 위해2013. 11. 27. ○○일반산업단지의 관리기관인 서울특별시장과 입주계약(이하‘이 사건 입주계약’이라 한다)을 체결하였다.
2)원고는2013. 12. 2. ○○일반산업단지의 사업시행자인 서울주택도시공사와 ○○일반산업단지 내12필지의 토지(면적 합계61,232㎡,이하 이를 통틀어‘이 사건 각 토지’라 한다)를 총 매매대금200,845,660,000원에 분양받기로 하는 분양계약(이하‘이 사건 분양계약’이라 한다)을 체결하였다.
3)원고는2015. 6. 30.까지 서울주택도시공사에 이 사건 분양계약상 매매대금200,845,660,000원을 모두 지급하였다.
나.이 사건 최초신고

원고는 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정되기 전의 것)제78조 제4항1)2)에 따라2015. 8. 26.이 사건 각 토지에 관한 취득세를100%감면하여 취득세 신고(이하‘이 사건 최초신고’라 한다)를 하였고,감면된 취득세의20%에 해당하는 농어촌특별세1,609,440,330원만 납부하였다.
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주1)구 지방세특례제한법 제78조 제4항(산업단지 등에 대한 감면)

④제1호 각 목의 지역(이하"산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1.대상 지역

가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다.「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2.감면 내용

가.산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는2014년12월31일까지 취득세를 면제한다.
나.산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는2014년12월31일까지 취득세의100분의50을 경감한다.
다.가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터5년간 재산세의100분의50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.
주2)구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정된 것)부칙 제25조에 따라 개정 전의 법률이 적용된다.
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다.이 사건 수정신고

1)원고는2016. 4. 26.서울특별시장에게 이 사건 각 토지의 처분을 신청하였다.
2)원고는 구 지방세특례제한법(2016. 1. 6.법률 제13729호로 개정되기 전의 것.이하 같다)제78조 제5항3)의 취득세 추징사유에 해당하는 것으로 보아2016. 5. 16.이 사건 각 토지에 관하여 기면제된 취득세8,047,201,660원,지방교육세804,720,160원,농어촌특별세402,360,080원 합계9,254,281,900원을 수정신고하였다(이하‘이 사건 수정신고’라 한다).
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주3)구 지방세특례제한법 제78조 제5항(산업단지 등에 대한 감면)

⑤다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1.정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

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라.이 사건 각 토지의 매도

원고는2016. 12. 14.부터2018. 12. 6.까지 □□□□□□□ 주식회사 등에 이 사건 각 토지를 매도하였다.
마. 1차 경정청구

1)원고는2019. 2. 14.피고에게‘원고가 이 사건 각 토지를 취득하지 않았고,환매에 준한 절차에 따라 이 사건 각 토지를 매도하였는바 추징사유에 해당하지 않는다’는 등의 이유를 들어 이 사건 각 토지에 관한 취득세8,047,201,660원,농어촌특별세402,360,080원,교육세804,720,160원의 감액 경정을 청구하였으나,피고는2019. 4. 12.이를 거부하였다.
2)이에 불복하여 원고는2019. 7. 5.서울특별시장에게 지방세 이의신청을 하였으나,서울특별시장은2019. 8. 29.지방세심의위원회 심의를 통해 이의신청을 기각하였다.
3)이에 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은2020. 12. 29.심판청구를 기각하였다.(조심2020지0044)

바.이 사건 경정청구 및 거부처분

1)원고는2021. 5. 21.피고에게 동일한 이유를 들면서 이 사건 각 토지에 관한 취득세8,047,201,660원,농어촌특별세402,360,080원,교육세804,720,160원의 감액 경정을 청구(이하‘이 사건 경정청구’라 한다)하였으나,피고는2021. 7. 20.이를 거부하였다(이하‘이 사건 거부처분’이라 한다).
2)이에 원고는2021. 10. 8.조세심판원에 심판청구를 하였으나,심판청구일로부터90일이 경과할 때까지 심판청구에 대한 결정을 받지 못하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지16호증,을 제1내지4호증(가지번호가 있는 경우에는 각 가지번호를 포함한다.이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2.피고의 본안전항변에 관한 판단

가.피고의 본안전항변

이 사건 각 토지의 취득일인2015. 6. 30.부터60일 이내인2015. 8. 29.까지 취득세를 신고하여야 하고,위 취득세 법정신고기한으로부터5년 이내에 취득세 경정청구를 할 수 있다.그러나 이 사건 경정청구는 취득세 법정신고기한인2015. 8. 29.부터5년의 경정청구기한이 지난 후 제기된 것으로 부적법하고,부적법한 경정청구에 대한 이 사건 거부처분이 있었다고 하더라도 이를 두고 항고소송의 대상이 되는 거부처분이라고 할 수 없다.따라서 이 사건 소는 부적법하다.
나.판단

1)구 지방세법(2016. 1. 19.법률 제13796호로 개정되기 전의 것)제20조 제3항은‘이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세,과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다’고 규정하고 있다.구 지방세기본법(2016. 5. 29.법률 제14197호로 개정되기 전의 것)제51조 제1항은‘이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후5년 이내에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다’고,같은 법 제2조 제1항 제9호는‘"법정신고기한"이란 이 법 또는 지방세관계법에 따라 과세표준신고서를 제출할 기한을 말한다’고 각 규정하고 있다.
2)조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립한다(대법원1997. 10. 14.선고97누9253판결 등 참조).한편 지방세법 규정에 의하여 면제된 취득세 등의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간의 경과도 포함된다고 할 것이므로,추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 유예기간이 경과한 날이 된다(대법원2009. 3. 12.선고2006두11781판결 등 참조).
3)위 법령 및 법리에 따르면,구 지방세특례제한법 제78조 제4항에 따라 취득세를 면제받았다가,이후 정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나,해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 취득세 추징 대상에 해당하는바,취득세 납세의무는 추징을 위한 납세요건까지 완성된 때 성립한다고 할 것이다.이 경우 법정신고기한은 추징 사유 발생일부터30일 이내라고 할 것이고,이때부터5년 이내에 경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하다.
4)아래에서 살펴보는 바와 같이 원고가 서울특별시장에게 이 사건 각 토지의 처분을 신청한2016. 4. 26.이 사건 각 토지의 취득세 추징 사유가 발생되었는바,법정신고기한은2016. 5. 26.이고,원고는 그로부터5년이 경과하기 전인2021. 5. 21.이 사건 경정청구를 하였음은 역수상 명백하므로,경정청구기한을 도과하였다는 피고의 본안전항변은 이유 없다.
3.처분의 적법 여부

가.원고의 주장

이 사건 거부처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.
1)이 사건 각 토지의 취득 사실 부존재

가)원고는 이 사건 분양계약을 통하여‘지번 미상’의 토지를 매수하였을 뿐이고,정확히 어느 번지의 토지를 취득할 것인지 확정되지 않았다.이 사건 각 토지는 현재까지도 구획정리가 완료되지 않았다.따라서 취득세 과세대상 물건이 확정되지 않았다.
나)이 사건 각 토지의 구획정리가 완료되지 않음으로써 ○○일반산업단지의 사업시행자인 서울주택도시공사도 이 사건 각 토지에 관한 소유권보존등기 혹은 지목변경등기 등을 이행할 수 없다.따라서 서울주택도시공사가 아직 이 사건 각 토지를(원시)취득하였다고 볼 수 없기 때문에 원고가 서울주택도시공사로부터 이 사건 각 토지를(승계)취득한 것으로 볼 수 없고,단지 분양권을 취득하였을 뿐이다.
다)위와 같이 원고가 이 사건 각 토지의 소유권을 취득할 수 있는 상태가 아니었고,이 사건 각 토지의 매매잔대금을 완납하지 않았으므로,원고가 이 사건 각 토지를 사실상 취득하였다고 볼 수 없다.
2)구 지방세특례제한법 제78조 제5항 추징 사유의 부존재

이 사건 수정신고 당시 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호의 추징 요건인‘취득일로부터3년 경과할 것’에 해당하지 않았고, □□□□□□□주식회사 등과 이 사건 각 토지에 관한 매매계약을 체결하지 않은 상태였기 때문에 같은 항 제2호의 추징 요건에도 해당하지 않는다.따라서 구 지방세특례제한법 제78조 제5항의 추징 사유가 발생하지 않은 상태에서 이루어진 이 사건 수정신고는 적법 또는 유효한 취득세 신고가 아니며 그 자체로 당연 무효이다.
3)추징 면제사유의 존재

설령 원고가 □□□□□□□ 주식회사 등에 이 사건 각 토지를 매각한 것이라고 하더라도,원고는 서울주택도시공사와 서울특별시에 이 사건 각 토지를 매수(환매)해줄 것을 수차례 요청하였음에도 서울주택도시공사와 서울특별시는 환매할 예산이 부족하다는 이유로 이를 거절하였고,대신 서울특별시가 제안,물색 또는 동의하는 인수자들로 하여금 이 사건 각 토지를 매수하도록 하였으므로,이는 실질적으로 추징 면제사유인 환매에 해당한다.
4)정당한 사유의 존재

설령 취득세 추징 사유가 존재한다고 하더라도,이 사건에는 취득세 추징을 배제할 정당한 사유가 존재한다.
나.관계 법령

별지 기재와 같다.
다.인정사실

1)이 사건 분양계약의 구체적인 내용은 다음과 같다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025258"></img>

<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025260"></img>

2)원고는2016. 4. 26.서울특별시장에게 이 사건 각 토지의 처분을 신청하였고,이에 따라2016. 5. 16.이 사건 수정신고를 하였다.
3)원고는2016. 8. 26.서울특별시장에게 보유자산 매각을 통한 경영정상화를 위해 이 사건 각 토지의 환매를 요청한다는 공문을 보냈다.이에 서울특별시장은2016. 9. 7.원고에게‘서울특별시는 매수가 곤란하고,서울주택도시공사도 환매가 불가하다’는 내용의 회신을 하였다.
4)원고는 다음과 같이 □□□□□□□ 주식회사 등(이하 매수인들을 통틀어‘이 사건 매수인들’이라 한다)에 이 사건 각 토지를 이 사건 분양계약상의 매매대금과 동일한 금액으로 매도하였다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025262"></img>

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주4)회사명에서 주식회사 모두 생략

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5) ○○도시개발사업은2019. 12. 30.준공인가를 받았고,이 사건 각 토지 등에 관하여2021. 4. 5.경 구획정리가 완료되었다.이로 인해 이 사건 각 토지의 면적과 지번이 다음과 같이 정해졌다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025264"></img>

6)서울주택도시공사는2021. 5. 10.이 사건 각 토지에 관한 소유권보존등기를 마쳤고,일부 매수인들은 서울주택도시공사로부터 이 사건 각 토지 중 일부 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.
7)서울주택도시공사는 사업 완료 후 최종적으로 확정된 분양대금(A)에서 당초 이 사건 분양계약상 매매대금(B)과 이 사건 분양계약 제3.3조에 따른 선수금이자(C)를 공제하여 정산금(= A-B-C)을 산정하였고,위와 같이 산정한 정산금을 이 사건 매수인들에게 정산금을 청구하였다.일부 매수인들은 서울주택도시공사에 위 정산금을 지급하였다(일부 매수인의 경우 감사원 감사에 의해 정산금 중 일부가 감액되기도 하였다).
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025266"></img>

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주5)비율=정산금/이 사건 분양계약상 매매대금

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[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제17내지20호증,을 제5내지8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

라.판단

1)이 사건 각 토지의 취득 여부

가)관련 법리

(1)구 지방세법 제7조에 의하면 취득세는 취득세 과세물건인 부동산 등을 취득한 자에게 부과하고(제1항),부동산의 취득에 있어서는 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 보도록 되어 있다(제2항).여기에서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는데,매매의 경우에 있어서는 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금지급이 이행되었음을 뜻한다고 보아야 하고,이와 같이 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 수 있는지 여부는 개별적·구체적 사안에 따라 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율,미지급 잔금이 남게 된 경위 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원2014. 1. 23.선고2013두18018판결 등 참조).
(2)또한 구 지방세법 제10조 제7항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2016. 12. 30.대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것.이하 같다)제20조 제2항 제1호,구 지방세법 제10조 제5항 제1호에 의하면, ‘국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터 취득한 것으로서 유상승계취득의 경우에는 취득세 과세물건의 취득 시기에 관하여 그 사실상의 잔금지급일을 취득일로 본다’고 규정하고 있다.지방자치단체가 조성하여 공급하는 토지 중 위치 및 경계가 특정된 일정 토지를 일정한 금액을 매매대금으로 정하되 추후에 측량결과에 따라 면적의 증감이 있는 경우에는 대금을 정산하기로 하는 약정 하에 매수한 후 당초의 매매대금을 모두 지급하였다면,당초의 매매대금이 모두 지급된 때가 사실상의 잔금지급일이라고 봄이 타당하므로 그때가 토지의 취득시기가 되고,매매대금의 지급 후 면적증가가 밝혀져 청산금을 지급하였다고 하여 청산금이 지급된 때가 취득시기가 된다고 할 수는 없다(대법원1998. 1. 23.선고97누7097판결 등 참조).
나)구체적 판단

위와 같은 법리에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면,원고는 이 사건 분양계약상 매매대금을 모두 지급한2015. 6. 30.이 사건 각 토지를 사실상 취득하였다고 봄이 타당하다.따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
①매매계약은 매도인이 재산권을 이전하는 것과 매수인이 대금을 지급하는 것에 관하여 쌍방 당사자가 합의함으로써 성립한다.매매목적물과 대금은 반드시 계약 체결 당시에 구체적으로 특정할 필요는 없고,이를 나중에라도 구체적으로 특정할 수 있는 방법과 기준이 정해져 있으면 충분하다(대법원2020. 4. 9.선고2017다20371판결 등 참조).서울특별시장은2012. 10. 11.지형도면 고시(서울특별시 고시 제2012-270호)를 통해서 이 사건 각 토지를 포함하여 ○○ 일반산업단지의 구역에 대한 위치와 필지번호를 결정·고시하였고,이를 토대로 하여 이 사건 각 토지를 특정하여 이 사건 분양계약을 체결하였는바,이 사건 각 토지는 위 고시 및 이 사건 분양계약에 따라 면적과 위치가 특정되어 있었다고 할 것이다.따라서 취득세 과세대상 물건이 확정되지 않았다는 원고의 주장을 받아들이기 어렵다.
② ○○일반산업단지 개발사업의 시행자인 서울주택도시공사는 ○○일반산업단지 조성을 위해 산업입지 및 개발에 관한 법률 제22조6)에 따라 이 사건 각 토지를 포함한 인근 토지를 수용함으로써 해당 토지에 관한 등기 경료 여부와 무관하게 소유권을 취득한 것으로 보인다.
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주6)산업입지 및 개발에 관한 법률 제22조(토지수용)

①사업시행자(제16조 제1항 제6호에 따른 사업시행자는 제외한다.이하 이 조에서 같다)는 산업단지개발사업에 필요한 토지·건물 또는 토지에 정착한 물건과 이에 관한 소유권 외의 권리,광업권,어업권,물의 사용에 관한 권리(이하"토지등"이라 한다)를 수용하거나 사용할 수 있다.
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③원고는 이 사건 입주계약 및 분양계약에 따라 토지를 지방자치단체로부터 매수하였고,이 사건 분양계약상의 잔금지급일인2015. 6. 30.까지 서울주택도시공사에 당초 정해진 매매대금200,845,660,000원을 전부 지급하였는바,구 지방세법 제7조,제10조 및 구 지방세법 시행령 제20조 제2항 제1호에 따라 국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터 유상승계취득한 경우에 해당하여‘사실상의 잔금지급일’인2015. 6. 30.이 사건 각 토지를 사실상 취득한 것으로 보아야 한다.이후 면적증가,조성원가 증가 등으로 인해 이 사건 매수인들이 추가로 정산금을 납부하였다고 하더라도,이는 잔금이 지급된 후의 정산할 사정에 불과하고,이를 들어 그 취득시기를 달리 볼 수는 없다.
이에 대하여 원고는 매매대금이 합계 약198억 원(9.9%)증가하였는바,대금을 전부 지급한 경우에 해당하지 않는다고 주장한다.그러나 이 사건 분양계약 제3.3조가 당초 이 사건 분양계약상 매매대금 지급에 따라 발생하는 선수금이자를 매매대금에서 차감한다고 규정하고 있는데,원고의 위 주장은 선수금이자의 차감을 고려하지 않은 주장인 점,위 선수금이자를 차감하면 실제 증가한 정산금은7,989,818,600원으로 당초 매매대금 대비 약3.9%에 해당하는 점,서울주택도시공사도 이를 기준으로 이 사건 매수인들에게 정산금 지급을 요구한 점 등에 비추어 보면,원고의 위 주장을 받아들이기 어렵다.
④원고는2015. 6. 30.까지 이 사건 분양계약상 매매대금200,845,660,000원을 전부 지급한 후 이 사건 각 토지의 취득에 따른 취득세 납세의무가 성립하였음을 인지하고2015. 8. 26.스스로 취득세 자진신고를 한 것으로 보인다.
⑤서울토지주택공사는 이 사건 분양계약 체결 이후 이 사건 분양계약 제10조에 따라 원고의 사전 서면동의 없이 제3자에게 이 사건 각 토지를 양도,임대 또는 담보로 제공하는 등 원고의 이 사건 각 토지에 대한 소유권의 완전한 행사를 제한하거나 목적토지에 부담을 줄 수 있는 어떠한 행위를 할 수 없었고,원고는 이 사건 분양계약상 매매대금 지급 이후 이 사건 분양계약 제7조에 따라 이 사건 각 토지에 관한 토지사용승낙을 받아 토지를 사용할 수 있었던 것으로 보인다.설령 원고가 이 사건 각 토지의 사용에 어떠한 제한을 받았다고 하더라도,부동산 취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로,부동산의 취득자가 그 부동산을 사용·수익·처분함으로써 얻어질 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니므로,지방세법 제7조 제1항의‘부동산 취득’은 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산 취득의 모든 경우를 포함하는바(대법원2017. 6. 15.선고2015두56809판결 등 참조),그와 같은 사정만으로 원고가 이 사건 각 토지를 사실상 취득하지 못하였다고 볼 수도 없다.
⑥원고는 이 사건 각 토지의 매도인으로서 직접 이 사건 매수인들과 이 사건 각 토지에 관한 부동산매매계약을 체결하였는데,위 계약에서도 매매목적물이 부동산(이 사건 각 토지)임을 명시하고 있다.이는 원고가 이 사건 각 토지를 사실상 취득하였음을 전제로 하는 것이다.
2)구 지방세특례제한법 제78조 제5항 추징 사유의 존부

가)산업단지 등에 대한 지방세 감면 및 추징에 관한 규정은 지방세법이1994. 12. 22.법률 제4794호로 개정되면서 도입된 것으로 당시에는‘공장용 부동산의 취득일부터2년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(당해 공업단지관리기관 또는 당해 공업단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)또는 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 된 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다(제276조 제1항 단서)’라고 규정하고 있었다.그러나 이후 과세형평 등을 이유로 감면 대상과 범위를 축소,조정하는 과정에서 지방세법 개정시 지방세 추징 사유 및 범위가 조금씩 확대되었는바, 1997. 8. 30.법률 제5406호로 개정되면서‘취득일로부터3년 이내에 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우’등으로, 2000. 12. 29.법률 제6312호로 개정되면서‘취득일부터3년 내에 정당한 사유 없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터2년 이상 공장용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다’로, 2005. 1. 5.법률 제7332호로 개정되면서‘그 해당 부분(산업용 용도로 직접 사용하지 않는 부분)에 대하여는 면제된 취득세,등록세 및 재산세를 추징한다’로, 2006. 12. 30.법률 제8147호로 개정되면서 추징 예외 사유로 매각시‘당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 환매하는 경우’만 포함하는 것으로 각 개정되었다.이후 단일법 체계인 지방세법을 분야별로 전문화ㆍ체계화하고 지방세 감면을 체계적으로 관리하여 공평과세를 실현하기 위하여 지방세특례제한법이2010. 3. 31.제정되었는데 산업단지 등에 대한 지방세 감면 및 추징에 관한 구 지방세법 제276조 제1항 단서의 내용이 거의 변함없이(단,이전의 등록세인 등록면허세에 대한 감면,추징규정은 삭제됨)지방세특례제한법 제78조 제4항 단서로 편입되었다.
그 이후 지방세특례제한법이 개정되면서 지방세 추징규정의 미비점이 보완되었는바, 2010. 12. 27.법률 제10417호로 개정되면서‘사용일로부터2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 증여’하는 경우가 추징 사유로 추가되었고, 2011. 12. 31.법률 제11138호로 개정되면서 제4항에 따라 감면된 지방세에 대한 추징 규정이 독립된 제5항으로 규정되면서, ‘1.정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 2.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징하는 것으로 개정되었다.
위에서 살펴본 산업단지 등에 대한 지방세 감면 및 추징에 관한 규정의 체계와 문언,개정 연혁과 취지 등을 종합하면,구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호는 부동산 취득자가 부동산 취득일 이후3년 이상 보유하면서 이를 해당 용도로 사용하지 않은 경우뿐만 아니라, 3년이 경과하기 전에 매각처분하는 등으로 인해3년이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 않게 된 경우도 포함된다고 해석함이 타당하다.
나)앞서 살펴본 바와 같이 원고는2016. 4. 26.서울특별시장에게 이 사건 각 토지의 처분을 신청하였고,구 지방세특례제한법 제78조 제5항의 취득세 추징사유에 해당함을 전제로2016. 5. 16.이 사건 수정신고까지 하였다.이는 원고가 이 사건 각 토지의 취득일인2015. 6. 30.부터3년이 경과하기 전에 이 사건 각 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 않을 것임을 적극적·확정적으로 표시한 후 이를 매도함으로써 이 사건 각 토지가3년이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 않게 된 경우에 해당한다고 할 것이다.따라서 이는 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호의 추징 사유에 해당하므로,원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
3)추징 면제사유인 환매 해당 여부

구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제2호는‘해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우’만을 추징 면제사유로 규정하고 있는 점,구 지방세법(2006. 12. 30.법률 제8147호로 개정되기 전의 것)제276조 제1항 단서는‘당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다’라고 규정하여 종전에는 관리기관이 지정하는 자에게 매각하는 때에도 면제된 취득세 등을 추징당하지 아니하였으나,감면대상과 범위를 축소,조정하는 과정에서‘관리기관이 지정하는 자’가 삭제된 점,관리기관이 지정하는 자가 매수하는 경우까지 추징 면제사유에 해당한다고 보면 면제 대상 범위가 너무 넓어져 일반 토지취득자와의 조세부담상의 불평등 문제가 발생하는 점 등을 고려하면,설령 원고의 주장과 같이 원고의 환매 요청에도 서울주택도시공사와 서울특별시가 예산부족을 이유로 이를 거절하였다고 하더라도,그와 같은 사정만으로 추징 면제사유인 환매에 해당한다고 볼 수 없다.따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
4)정당한 사유의 존부

가)구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 말하는'정당한 사유'란 그 취득 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고,토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다(대법원2003. 12. 12.선고2003두9978판결 등 참조).
나)살피건대,앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들,즉①원고의 주채권자이자 대주주였던 ○○○○은행이2015. 11. 9.원고와 원고의 경영정상화를 도모하고 자산건전성을 제고하기 위하여 체결한‘경영정상화계획 이행을 위한 약정’에 원고의 자구계획으로‘이 사건 각 토지의 매매대금 회수’가 포함되어 있었는데,이는 원고의 자금사정 등의 악화로 인해 초래된 상황에 불과한 점,②당시 원고의 대주주였던 ○○○○은행과의 위 약정 체결이 원고와 무관한 외부적인 사유에 해당한다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 보면,원고가 제출한 증거들만으로는 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 정한 정당한 사유가 존재한다고 볼 수 없고,달리 이를 인정할 증거가 없다.따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
4.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지]

관계 법령

■구 지방세법(2016. 1. 19.법률 제13796호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등)

①취득세는 부동산,차량,기계장비,항공기,선박,입목,광업권,어업권,골프회원권,승마회원권,콘도미니엄 회원권,종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서"부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.
②부동산등의 취득은「민법」,「자동차관리법」,「건설기계관리법」,「항공법」,「선박법」,「입목에 관한 법률」,「광업법」또는「수산업법」등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다.다만,차량,기계장비,항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.
제10조(과세표준)

⑤다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부,그 밖의 무상취득 및「소득세법」제101조제1항 또는「법인세법」제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
1.국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2.외국으로부터의 수입에 의한 취득

3.판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4.공매방법에 의한 취득

5.「부동산 거래신고에 관한 법률」제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제6조에 따라 검증이 이루어진 취득

⑦제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액,가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
제20조(신고 및 납부)

③이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세,과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
■구 지방세법 시행령(2016. 6. 21.대통령령 제27245호로 개정되기 전의 것)

제20조(취득의 시기 등)

②유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1.법 제10조제5항제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2.제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터60일이 경과한 날을 말한다).다만,해당 취득물건을 등기·등록하지 아니하고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 취득일부터60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.
가.화해조서·인낙조서

나.취득일부터60일 이내에 작성된 공정증서 또는「부동산 거래신고에 관한 법률」제3조에 따라 시장·군수·구청장이 교부한 거래계약 해제를 확인할 수 있는 서류 등

다.취득일부터60일 이내에 제출된 행정자치부령으로 정하는 계약해제신고서

■구 지방세기본법(2016. 5. 29.법률 제14197호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
9. "법정신고기한"이란 이 법 또는 지방세관계법에 따라 과세표준신고서를 제출할 기한을 말한다.
제51조(경정 등의 청구)

①이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터90일 이내(법정신고기한이 지난 후5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.
1.과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2.과세표준신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

■구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면)

④제1호 각 목의 지역(이하"산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1.대상 지역

가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다.「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2.감면 내용

가.산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는2014년12월31일까지 취득세를 면제한다.
나.산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는2014년12월31일까지 취득세의100분의50을 경감한다.
다.가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터5년간 재산세의100분의50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.
부칙 제25조<제12955호, 2014. 12. 31>

제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례)

제78조제1항에 따른 사업시행자와2015년12월31일까지 분양계약을 체결하고 제78조제4항제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(「건축법」제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］또는 대수선 하려는 자가 제78조제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고2017년12월31일까지 종전의 법률을 적용한다.
■구 지방세특례제한법(2016. 1. 6.법률 제13729호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면)

⑤다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1.정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

끝.