법인세등부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2002.01.16 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
기타
【주문】
1. 피고가 원고에 대하여 한, 1997. 3. 15.자 1992년 귀속 근로소득세 18,599,200원의 징 수처분, 1997. 3. 6.자 1993년 귀속 근로소득세 67,989,750원의 징수처분을 각 취소하 고, 1997. 3. 5.자 1994년 귀속 근로소득세 1,627,046,417원의 징수처분 중 20,667,189 원을 초과하는 부분, 1997. 5. 19.자 1995년 귀속 근로소득세 79,738,280원의 징수처 분 중 31,954,000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.
3. 소송비용은 이를 7분하여 그 4는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1.이 사건 각 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 1 내지 10, 갑제4호증의 1, 5, 을제1호증의 1 내지 을제9호증, 을제31호증의 1 내지 6, 을제32호증의 1, 2, 을제33호증의 1, 2, 을제39호증 내지 을제44호증의 각 기재에 변론의 전취지를 모아보면 이를 인정할 수 있고 반증이 없다.
가. 원고 회사는 음반ㆍ테잎 및 비디오테잎의 제조, 판매를 목적으로 1992. 4. 24. 설립된 법인인데, 1992년 귀속 법인세로 5,307,892원(당초 원고의 신고, 납부세액은 2,921,132원이었으나 피고가 나중에 5,307,892원으로 증액경정한 것으로 보인다), 1993년 귀속 법인세 9,843,165원, 1994년 귀속 법인세 73,436,484원, 1994년 1기분 부가가치세 48,134,745원, 1994년 2기분 부가가치세 89,368,223원, 1995년 귀속 법인세 480,344,899원 및 농어촌특별세 28,923,275원을 각 신고, 납부하는 등 1992 내지 1995 사업연도의 법인세 등을 신고, 납부한 바 있다.
나. 피고(2000. 6. 19. 대통령령 제16839호로 국세청과그소속기관직제개정령, 같은 해 7. 1. 재정경제부령 제150호로 국세청과그소속기관직제시행규칙 중 개정령이 공포됨에 따라 명칭이 파주세무서장에서 고양세무서장으로 변경되었다)는, 수원지방검찰청 여주지청이 1996. 12.경소외 김기순등의 살인 등 피의사건에 관한 수사과정에서 아가동산에서 압수한 거래명세표 등을 기초로 원고 회사의 거래처별 매출누락액을 산출하고, 이에 따라 원고가 1992 내지 1995 사업연도의 법인세 등 과세표준 및 세액신고를 함에 있어 1994 사업년도 매출액 중 3,967,312,903원(부가가치세포함)을 누락하였고, 원고 회사의 종업원에게 지급된 것으로 처리된 인건비 중 아가동산에서 공동생활을 하는 종업원들의 인건비인 1992년 47,138,400원, 1993년 148,579,500원, 1994년 201,415,480원, 1995년 189,908,530원 합계 587,041,910원과 단체퇴직보험금 및 퇴직급여충당금 중 1994년 3,941,741원, 1995년 66,415,324원 합계 70,357,065원은 가공의 비용에 해당한다고 판단하여, 매출누락액 중 부가가치세를 제외한 3,606,648,094원과 위 각 인건비 및 퇴직급여충당금 등을 각 익금산입하되, 1994년의 매출할인액 153,644,991원을 추가로 손금산입하여 각 과세연도의 법인세 등의 각 과세표준 및 총결정세액을 산출하고, 당초 신고납부세액을 공제한 후, 1997. 3. 5. 원고에 대하여, 1992년 귀속 법인세 17,221,120원, 1993년 귀속 법인세 56,632,650원, 1994년 귀속 법인세 1,613,682,950원 및 농어촌특별세 75,258,870원, 1995년 귀속 법인세 82,290,550원 및 농어촌특별세 5,639,120원, 1994년 제1기분 부가가치세 186,413,430원, 1994년 제2기분 부가가치세 282,450,810원을 각 부과, 고지하였다.
다. 또한 피고는 위와 같이 익금산입한 인건비인 1992년 47,138,400원, 1993년 148,579,500원, 1994년 201,415,480원과 1994년의 부가가치세를 포함한 매출누락액 3,967,312,903원이 당시 원고 회사의 대표이사인 안경용에게 근로소득으로 현실귀속된 것으로 보고(단체퇴직보험금 및 퇴직급여충당금은 사내유보로 처리되었다), 1997. 3. 15. 1992년 귀속 근로소득세 18,599200원, 1997. 3. 6. 1993년 귀속 근로소득세 67,989,750원, 1997. 3. 5. 1994년 귀속 근로소득세 1,800,666,650원을 원고에게 각 징수고지하는 한편, 1995년 인건비 189,908,530원은 당시 원고 회사의 대표이사인 남궁강에 대한 상여로 소득처분하여 1997. 3.경 소득금액변동통지를 하였음에도 원천징수의무자인 원고가 법정기일 내에 근로소득세 원천징수·납부를 하지 아니하자, 같은 해 5. 19. 1995년 귀속 근로소득세 79,738,280원(가산세 포함)을 원고에게 징수고지하였다.
라. 그 후 피고는, 종전에 1994 사업년도 매출누락액으로 인정된 3,967,312,903원(부가가치세포함) 중 30,748,610원을 이중계상 및 반품액으로 인정하고, 이를 제외한 나머지 매출누락액의 10%에 상당한 393,656,403원을 매출할인액으로 인정하여 합계 424,405,013원(= 30,748,610원 + 393,656,403원)을 감액하여 매출누락액을 3,542,907,890원(부가가치세 포함, 부가가치세를 제외하면 3,220,825,354원)으로 하되, 종전에 매출할인액으로 인정하여 손금에 산입한 153,644,991원은 그 내용이 매출애누리액에 해당하는 것으로 이미 매출액산정에 반영되어있으므로 이를 손금에 산입하여서는 아니된다고 판단하여, 1994 과세연도의 법인세 등의 과세표준에 이를 반영하여 세액을 재산출한 후, 1999. 7. 30., 종전의 1994년 귀속 법인세 1,613,682,950원을 1,508,185,426원으로, 농어촌특별세 75,258,870원을 70,150,961원으로, 1994년 제1기분 부가가치세 186,413,430원을 166,201,332원으로, 1994년 제2기분 부가가치세 282,450,810원을 252,505,964원으로, 1994년 귀속 근로소득세 1,800,666,650원을 1,627,046,417원으로 각 감액경정하였다(원고의 신고납부, 당초 처분 및 감액경정내용은 별지 기재와 같은 바, 위 처분경위에 따라 당초의 각 처분일자를 처분일자로 하고, 법인세, 농어촌특별세, 부가가치세의 경우에는 종전 납부세액과 당초처분이후 감액경정되고 남은 세액을 합한 세액의, 근로소득세의 경우에는 당초의 징수처분 중 감액경정되고 남은 세액만의 각 부과, 징수처분이 이 사건 심판대상이 된다. 피고의 1999. 7. 30.자 1994년 귀속 법인세, 농어촌특별세, 1994년 1, 2기분 각 부가가치세, 1994년 귀속 근로소득세에 관한 감액경정에 따라, 원고가 청구취지를 변경하는 과정에서 2001. 3. 13.자 청구취지변경신청 및 준비서면에 그 처분일자를 당초 1997. 3. 5.에서 1999. 7. 30.로 변경하여 기재하였다가 2001. 8. 21.자 청구취지정정신청서겸 준비서면에서 이를 바로 잡아 그 처분일자를 1997. 3. 5.로 정정하였는바, 이에 피고는, 원고가 처분일자를 1999. 7. 30.로 변경함으로써 그 청구를 교환적으로 변경하여 종전의 1997. 3. 5.자 처분에 대한 청구를 취하한 것이므로, 나중에 처분일자를 다시 1997. 3. 5.자로 변경하였다고 하여 1997. 3. 5.자 처분이 심판대상으로 회복될 수는 없는 것이라는 취지의 주장을 하나, 과세관청이 당초의 처분을 감액경정한 경우 이는 당초 처분과 별개인 독립된 과세처분이 아니라 당초 처분의 일부 취소에 불과한 것이므로 항고소송의 대상은 당초의 처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고, 원고의 처분일자 변경은 피고의 감액경정에 따른 청구취지의 변경과정에서 착오로 잘못 표시된 처분일자를 바로 잡은 것에 불과하고 이로 인하여 이 사건 심판대상이 교환적으로 변경된 것이라고 볼 수는 없으므로 피고의 위 주장은 이유없다 할 것이다).
2.이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 인건비 및 퇴직급여 충당금 등의 손금산입 여부

(1) 원고의 주장

㈎ 아가동산의 구성원들은 공동체 생활을 하면서, 아가동산을 기본적으로 유지하는데 필요한 생활용품, 중기의 구입, 영농시설의 설치와 주거 환경개선에 따른 은행융자의 상환 기타 일상적인 생활비 등의 모든 비용을 각 기업체의 아가동산 구성원들의 급여로 충당하고 있었고, 한편, 원고 회사는 공동생활체인 아가동산의 계열회사로서, 아가동산에서 공동생활을 하는 종업원들의 임금은 공동생활을 하지 않는 종업원들과 마찬가지로 각자의 개인별 직책, 능력, 근로연수 등을 감안하여 임금을 책정받았으나, 자신들의 임금이 아가동산의 운영자금으로 사용된다는 사실을 잘 알고 있었으므로 임금을 직접 수령하여 아가동산에 다시 건네주는 번거로운 과정을 생략하여소외 조재원등에게 그 수령을 일괄 위임하여조재원등이 그들의 인건비를 일괄 수령하여 아가동산의 생활비 또는 운영자금으로 사용한 것이다.
따라서 아가동산에서 공동생활을 하는 종업원들의 특수한 생활방식에 따라 그들에 대한 임금의 지급방법이 특이한 것일 뿐 그들이 아무런 대가를 받지도 않고 근로를 제공한 것이라고 볼 수 없고, 그들에 대한 인건비로 계상된 금원도 근로제공의 대가임이 분명하고, 또한 결국 아가동산에서 공동생활을 하는 종업원들 및 그들 가정의 생활비로 사용된 이상 다른 종업원들의 인건비와 마찬가지로 인건비로 지출된 것으로 평가되어야 하고, 인건비의 손금산입여부가 임금의 수령방식이나 수령한 임금의 사용처에 의하여 결정될 수 없는 것이므로 공동생활을 하는 종업원들의 인건비, 퇴직급여충당금 등은 모두 손금에 산입되어야 한다.
㈏ 인건비는 법인의 손비에 해당하고 법인세법은 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속에 관하여 권리의무확정주의를 취하고 있는바, 권리의 확정시기는 원칙적으로 권리의 행사가 가능한 때가 기준이 되고 그 현실적인 실현시기가 기준이 되는 것은 아니며, 손금의 경우 이행할 의무가 확정된 날을 기준으로 해당 사업연도에 귀속시켜야 할 것이므로 임금은 종업원들이 근로를 제공한 시점에 손금으로 처리되어야 하고, 종업원들이 실제로 임금을 지급받았는지의 여부는 법인세법상 인건비의 손금산입의 요건으로 볼 수 없으므로, 가사 공동생활을 하는 종업원들에게 현실적으로 임금을 지급하지 아니한 것으로 본다고 해도 원고 회사는 손금으로 계상하였던 공동생활을 하는 종업원들의 인건비와 같은 금액상당의 임금지급채무를 지고 있는 것이므로 결국 같은 금액의 인건비 등을 손금에 산입하여야 하는 것은 마찬가지이다.
㈐ 가사 그렇지 않더라도 적어도 공동생활을 하는 종업원들은 원고 회사에서 근로한 대가로 가족단위로 아가동산에서 생활하여왔는데, 그 금전적인 가치는 최소한 통계청이 작성한 1992년부터 1995년까지의 도시근로자 및 사무직 가구의 월평균 가계지출액 정도는 되는 것이므로, 원고 회사는 공동생활하는 종업원들의 인건비로 1992년에는 50,637,930원, 1993년에는 100,601,228원, 1994년에는 141,886,447원, 1995년에는 112,728,853원 정도를 지출하였다고 봄이 상당하고, 따라서 위 인건비 및 1994년도분 퇴직급여 충당금 전액과 1995년도분 퇴직급여충당금, 단체퇴직보험금 중 59.4% 정도는 손금에 산입되어야 한다.
(2) 인정사실

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제4호증의 1, 5, 갑제28호증의 7, 8, 11 내지 14, 17, 18, 20, 25, 94, 95, 97 내지 100, 111, 을제14호증의 1, 2, 3, 5, 7, 8, 을제15호증, 을제17호증, 을제18호증, 을제27호증의 1, 2, 을제28호증의 1 내지 11, 을제58호증, 을제59호증의 각 기재, 증인 조정연의 증언에 변론의 전취지(갑제28호증의 7, 8, 11, 12, 14, 17, 25, 94, 95, 97 내지 100, 111의 각 기재 및 증인 조정연의 증언 중 뒤에서 믿지 아니하는 부분은 제외)를 모아보면 이를 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑제28호증의 7, 8, 11, 12, 14, 17, 25, 94, 95, 97 내지 100, 111의 각 일부 기재, 갑제22호증의 1, 2, 갑제28호증의 86 내지 90, 106의 각 기재 및 위 증인 조정연의 일부 증언은 이를 믿지 아니하며, 갑제2호증의 1, 갑제3호증, 갑제4호증의 2, 3, 4, 갑제6호증의 1 내지 갑제9호증의 12, 갑제23호증의 1 내지 갑제27호증의 11, 갑제28호증의 93, 119의 각 기재만으로 위 인정을 뒤집기 부족하고 달리 반증이 없다.
㈎ 아가동산의 형성과정 및 경제활동

①소외 김기순을 비롯한 아가동산의 구성원들은 대부분 1970년대 이리시 소재 주현교회에서 활동한 소외 이교부의 가르침{이교부는 ‘인정선(人情線; 가족이나 사람간의 정)’ ‘정욕선(情慾線 ; 성적인 욕망)’ ‘물욕선(物慾線; 재물에 대한 욕심)’ 등 3가지 욕망을 끊어야 영생을 누릴 수 있다는 독특한 교리를 창안하였다}에 따라 생업을 포기하다시피 하면서 신앙생활을 하던 중, 1979. 1.경 이교부가 소위 천국댄스사건을 조사하러 나온 기성교회 목사들을 구타하는 사건으로 구속되어 실형을 선고받고 복역하게 되자 그 신도들 중 일부인 약 300명 정도가 이교부의 신임을 받은김기순을 중심으로 신앙생활을 계속하였다.
②김기순은 이교부와는 달리 신앙생활보다는 기본적인 의식주 문제 해결을 급선무로 보고 “육교방” 및 “영교방”이라는 공동주택을 구하여 일부 신도들과 같이 그곳에서 공동생활을 영위하면서 그들로 하여금 떡, 김밥장사 등의 생업에 종사하게 하였으나 1981년경 출소한 이교부와 결별한 후 1982년경에 이르러 복지농촌을 만들어 공동생활을 하기로 하여, 그때까지 신도들이 김밥장사 등 생업에 종사하여 번 돈이나 부동산을 판 돈을 모아 이천시 대월면 대대리 일대 약 4,000평 정도의 임야를 구입하여 그곳에 ‘협업마을-아가동산’을 만들었다

③ 아가동산은 당초에는 협업마을을 지향하여 비교적 순수한 생활공동체로 출발하였으나 그 구성원들이 이교부의 위 삼선교리를 신봉하고 있었고 종교적 색채가 강하였을 뿐만 아니라김기순의 지도자로서의 위치가 강화되면서 삼선교리에 따라 가정의 존재나 결혼, 이성간의 사랑, 재산의 사적 소유 등은 허용되지 아니하였으며, 아가동산 구성원들은 공동으로 구입하여 조성한 농장에서 공동으로 과수원, 양잠업 등 영농생활을 하고 그와 병행하여 소규모로 서울 종로 등지에서 레코드음반 판매업을 하면서 의식주는 거의 자급자족 형태를 취하였으며, 구성원들 개인의 사적 소유관념이 없었기 때문에 노동력 제공에 대한 대가를 받은 생각도 없이 헌신적으로 일하였고, 위와 같은 무임금의 노동력을 바탕으로 음반판매업은 발전을 거듭하여 1990년대 이르러 제조업체인 원고 회사와 대월전자, 그리고 유통업체인 주식회사 신나라유통, 주식회사 신나라레코드, 명반레코드 주식회사, 주식회사 하나레코드, 주식회사 로얄레코드, ‘신나라’라는 8개 업체를 운영하게 되었으며, 아가동산 구성원들은 일부는 농장에서, 상당수는 위 업체에서 정식 근로계약을 체결한 바 없이 무보수로 일하였고, 필요에 따라서는 번갈아 가면서 일하기도 하였다.
이와 같이 아가동산 구성원들이 계열회사의 종업원으로 근무함에 따라 각 계열회사에서 그들의 인건비로 계상된 금원을 개인들에게 지급하지 아니하고조재원,신옥희가 일괄하여 아가동산으로 가져가 이를 아가동산 운영비 등으로 사용하였고, 위 업체에서 1주일 동안 번 수익금을 주말에 아가동산으로 옮겨져김기순의 금고에 보관하였다가 각 업체운영에 필요한 만큼의 자금은 다시 가져가기도 하고, 나머지는 아가동산의 운영비 등으로 사용하였다.
④ 아가동산에는 1981년경 제정된 아가동산 약관이 있기는 하나 그 약관상의 의결기구나 집행기구는 유명무실화되어,김기순은 지도자의 위치에서 아가동산의 책임자로서 그 구성원 대부분이 참여하는 매주 일요일 오후에 개최되는 집회에서 구성원들에게 설교를 하거나 임무를 부여하는 등으로 아가동산의 의사결정 및 집행행위를 총괄하고 그의 핵심 구성원들에게 각자 일정한 임무를 부여하였는데, 아가동산 계열회사 운영 등에 관하여는소외 강활모와 협의 처리하고(아가동산 계열사의 대표이사는강활모를 제외하고는 모두 명의만의 형식상 대표이사에 불과하다), 부동산구입이나 건축과 같이 많은 비용이 소요되는 업무는강활모, 김호웅, 정문교,조재원등과 협의하여 처리하여 왔다.
⑤강활모는 주식회사 신나라유통 및 신나라레코드의 대표이사이면서 위 회사뿐만 아니라 아가동산 계열회사 등의 운영 및 재정에 관한 제반업무를 총괄하고, 김호웅은 주식회사 신나라유통의 이사이자 아가동산의 영농 등에 관한 업무를 총괄하였며, 정문교는 주식회사 신나라유통의 감사 및 부사장으로서 주로 섭외업무를 담당하고,조재원은 원고 회사 및 주식회사 신나라유통의 경리책임자(경리부장)로 있으면서강활모의 지시를 받아 자신이 경리책임자로 근무하지 아니하는 회사까지도 포함하여 아가동산 계열회사의 전체적인 세무회계 등 경리업무를 총괄하여 수행하였으며,신옥희는조재원을 보조하여 현금출납업무를 총괄하였다.
⑥ 아가동산은 구성원들의 무임금 노동력을 바탕으로 전국 각지에 막대한 양의 부동산을김기순및 그 가족들과 일부 구성원들 명의로 소유하고 있었고 위에서 본 바와 같은 많은 업체를 경영하고 있었으나, 아가동산 재산의 소유형태나 분배방법 등을 정하는 규정도 없을 뿐만 아니라(위에서 본 바와 같이 1981년에 제정된 아가동산약관이 형식적으로 있긴 하나, 그 규정내용도 개인 소유를 인정하는 취지에 불과할 뿐 구체적인 내용이 없다) 그 구성원의 가입과 탈퇴에 관한 기준도 없었다.
㈏ 인건비 등의 손금불산입 경위

① 원고 회사는 다른 계열회사와 마찬가지로 공동생활하는 종업원들에게 인건비로 계상된 금원을 개별적으로 직접 지급하지 아니하였으면서도 임금대장상에는 그들이 개별적으로 직접 수령한 것처럼 회사에서 마련한 도장을 이용하여 경리담당자가 임의로 일괄날인한 후, 아가동산 계열회사의 경리, 회계업무를 통합관리하는조재원,신옥희가 그 임금명목으로 조성한 자금을 아가동산으로 가져가 보관하면서 아가동산의 운영비나 부동산구입자금 등으로 사용하였다.
② 피고는 앞서 인정한 바와 같이 수원지방검찰청 여주지청이 1996. 12.경김기순등의 살인 등 피의사건을 수사하는 과정에서, 원고 회사의 경리 책임자인조재원와 출납을 담당하던신옥희를 참여 입회케 하고 임금대장 등 장부를 대조하여 원고 회사에 근무하면서 아가동산에서 공동생활하는 종업원들에게 지급된 것으로 처리되어 비용으로 계상된 인건비 등을 산출한 후, 그 인건비로 계상된 1992년 47,138,400원, 1993년 148,579,500원, 1994년 201,415,480원, 1995년 189,908,530원 합계 587,041,910원과 단체퇴직보험금 및 퇴직급여충당금 중 1994년 3,941,741원, 1995년 66,415,324원 합계 70,357,065원은 가공의 비용에 해당한다는 이유로 위 각 인건비 및 퇴직급여충당금의 손금산입을 부인하고 이를 익금에 산입하였다.
(3) 판단

㈎ 살피건대, 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게될 손금의 총액을 공제한 금액이고, 손금이란 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 법인세법에서 따로 규정하는 것을 제외한 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말하는 것이며(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의구 법인세법 제9조 제1항, 제3항, 근로의 대가로서 지급되는 비용으로서 봉급, 보수, 급료 및 수당, 상여금, 퇴직금과 이와 유사한 성질의 급여를 포함하는 인건비는 손비 항목의 하나로 열거되어있고(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의구 법인세법시행령 제12조 제2항 제3호), 단체퇴직보험금은 후생복리비의 일종으로 그 비용을 지출한 때 이를 손비로 하고(위구 법인세법시행령 제13조 제1항 제4호), 또한 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 손비로 계상한 퇴직급여충당금은 대통령령이 정하는 금액의 범위 안에서 이를 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어 손금에 산입되며(위구 법인세법 제13조 제1항), 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 권리의무확정주의의 원칙에 따라 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하는 것이다(위구 법인세법 제17조 제1항).
㈏ 그러나 위 인정사실에 의하면, 아가동산에서는 삼선교리에 따라 재산의 사적 소유가 허용되지 아니하였고,김기순등은 사적 소유관념이 없는 아가동산 구성원들을 공동으로 조성한 농장에서 영농생활을 하게 하거나 그와 병행하여 아가동산 계열회사에서 일하도록 하여 그들은 정식 근로계약을 체결한 바 없이 무보수로 노동력을 제공하여 왔으며, 원고 회사는 아가동산 구성원들이 근무함에 따라 공동생활을 하는 종업원들의 인건비를 개별적으로 직접 지급하지 아니하면서도 다른 종업원들과 마찬가지로 임금대장상에 인건비로 계상하여 마치 그들이 이를 개별적으로 직접 수령한 것처럼 회사에서 마련한 도장을 이용하여 경리담당자가 임의로 일괄날인한 후, 아가동산 계열회사의 경리, 회계업무를 통합관리하는조재원,신옥희가 그 인건비명목으로 조성한 자금을 아가동산으로 가져가 보관하면서 아가동산의 운영비나 부동산구입자금 등으로 사용하였으므로, 공동생활을 하는 종업원들의 인건비로 계상되어 지출된 금원은 그들에게 근로의 대가로 지급된 비용이 아닐 뿐만 아니라 원고 회사에서 작성한 임금대장 등은 세무회계의 편의상 작성된 것에 불과하고, 따라서 이를 두고 아가동산 구성원들의 특수한 생활방식에 따른 특이한 임금의 지급방법이라거나 위와 같이 사용된 원고 회사의 수익이 결국 그들이 공동생활을 하는 아가동산의 운영비 등으로 사용되었다고 하여 인건비로 지출된 것으로 평가되어야 한다고 볼 수는 없으며, 또한 무보수로 노동력을 제공한 아가동산 구성원들에 대하여 원고 회사가 같은 액수의 임금지급채무를 부담하고 있다고 볼 수도 없으므로 위 인건비로 계상된 금원 및 퇴직급여충당금 등을 손금에 산입하거나 같은 액수의 금액을 별도로 손금에 산입할 수는 없다 할 것이다.
또한 통계청이 작성한 당해연도 도시근로자 및 사무직 가구의 월평균 가계지출액 통계를 들어 피고가 손금산입을 부인한 인건비와 퇴직급여충당금 등의 일부를 손금에 산입하여야 한다는 취지의 원고 주장은, 공동생활을 하는 종업원들의 인건비로 계상하여 지출된 금원은 결국 그들에게 근로의 대가로 지급된 비용으로 보아야 함을 전제로 하여, 다만 그 범위에 관하여 당해연도 도시근로자 및 사무직 가구의 월평균 가계지출액에 관한 통계에 나타난 금액에 상당한 금원이 그들의 인건비로 지출된 것으로 평가되어야 한다는 취지의 주장으로 보이나, 비록 원고 회사가 공동생활을 하는 종업원들의 인건비 명목으로 조성한 자금이 결국 그들이 공동생활을 하는 아가동산에서 사용되었다고 하여도, 이를 근로의 대가로 지급된 비용으로 볼 수 없음은 앞서 본바와 같으므로 최종적인 사용처에 따라 그 일부인 위 통계액에 상당한 금액이 공동생활하는 종업원들의 인건비로 지출된 것으로 평가될 수 없을 뿐만 아니라 아가동산의 구성원에는 원고 회사의 종업원이 아닌 다수의 인원이 포함되어 있어 원고 회사의 종업원들을 위하여 사용된 부분을 구분할 수도 없으므로 원고의 이 부분 주장 또한 이유없다 할 것이다.
나. 피고가 산정한 1994년도 매출누락액의 적정여부

(1) 원고의 주장

음반판매업자들의 세금계산서 수취회피 및 회계직원의 업무미숙으로 실제 매출액 중 일부의 누락분이 있는 것은 사실이나 피고가 산정한 매출누락액에는 일단 판매하였다가 반품받은 금액이나 통상 거래관행인 거래금액 10%내외의 매출할인액 485,900,238원과 정상적으로 판매하여 부가가치세 신고까지 마친 136,933,378원, 합계 622,833,616원이 포함되어있으므로 이를 공제하여 나머지만을 익금산입하여야 한다.
(2) 판단

살피건대, 피고는, 원고가 1994 사업연도의 법인세과세표준 및 세액신고를 함에 있어 매출액 중 부가가치세를 포함한 3,967,312,903원을 누락하였다고 인정하여 매출누락액 중 부가가치세를 제외한 3,606,648,094원과 가공계상된 인건비 등을 각 익금산입하고, 다만 1994년도의 매출할인액 153,644,991원을 추가로 손금산입하여, 법인세 등의 과세표준 및 총결정세액을 경정하여 당초의 처분을 한 사실은 앞서 인정한 바와 같고, 갑제28호증의 13, 21 내지 25, 102, 103, 110, 갑제41호증의 1 내지 갑제52호증의 342, 을제3호증의 1, 3, 4, 6, 7, 13, 을제14호증의 1, 2, 을제22호증, 을제27호증의 2, 을제28호증의 8, 을제31호증의 1 내지 6, 을제32호증의 1, 2, 을제33호증의 1, 2, 을제39호증 내지 을제44호증, 을제50호증, 을제53호증의 1 내지 56호증의 각 기재(갑제28호증의 102, 110의 각 기재 중 뒤에서 믿지 아니하는 부분은 제외)에 변론의 전취지를 모아보면, 원고 회사는 1994 사업연도 중 세금계산서가 발행되지 않은 무자료거래로 인한 매출에 관하여는 이를 장부에 기장하지 아니한 채 세금계산서가 발행된 매출만을 기초로 법인세 등의 과세표준과 세액을 신고, 납부한 사실,김기순등의 살인 등 피의사건을 수사하던 수원지방검찰청 여주지청의 협조요청에 따라, 중부지방국세청 제4특별조사담당관실 소속김광준등은 1996. 12. 16.경부터 아가동산 계열회사에 대한 세무조사에 착수한 사실, 당시조재원은 원고 회사 및 주식회사 신나라유통의 경리책임자로 있으면서강활모의 지시를 받아 자신이 경리책임자로 근무하지 아니하는 회사까지도 포함하여 아가동산 계열회사의 전체적인 세무회계 등 경리업무를 총괄하여 수행하였는데, 위김광준등은 아가동산에 대한 압수수색과정에서 발굴된 지하에 매립된 채 은익된 거래명세표 등 각종 서류와 아가동산측에서 임의로 제출한 경리장부 등을 비교 검토하여 원고 회사의 경리 책임자인조재원와 출납을 담당하던신옥희를 참여 입회케 하고 각 장부를 일일이 확인 대조한 끝에 거래명세표에 기재된 품목별 거래금액 및 할인율, 할인금액에 따라 원고 회사의 거래처별 매출액을 산정하고 이를 기신고된 세금계산서 내용과 비교하여 그 차액을 산출하여, 여기에서 피고가 매출할인액으로 인정한 153,644,991원과 각 거래처별 월간거래명세표에 나타난 반품금액을 공제하여 매출누락액을 결정한 사실, 그 후 위김광준등은조재원으로부터 원고 회사가 명곡사 등 거래업체에 대한 1994 사업연도 매출 중 3,967,312,903원(부가가치세 포함)을 신고누락하였음을 시인하는 취지의 확인서를, 원고 회사의 일부 거래처로부터 1994 사업연도 중 무자료거래를 하였음을 시인하는 확인서를 각 징구한 사실, 그 후 이 사건 소송의 진행도중 원고가 1994 사업연도 매출누락액에는 매출할인액 485,900,238원과 정상적으로 판매하여 부가가치세 신고까지 마쳤으나 매출누락으로 인정된 매출착오액 136,933,378원, 합계 622,833,616원이 포함되어있으므로 이를 공제하여 매출누락액을 재산정해줄 것을 요구해오자, 거래명세표 등의 자료와 원고가 새로이 제출한 소명자료를 검토하고 거래업체에 대한 확인을 거쳐, 종전의 1994 사업년도 매출누락액으로 인정된 3,967,312,903원 중 30,748,610원은 이중계상 및 반품액으로 추가 인정되고, 이를 제외한 나머지 매출누락액의 10%에 상당한 393,656,403원은 매출할인액으로 각 인정되므로 합계 424,405,013원(= 30,748,610원 + 393,656,403원)을 감액하여 매출누락액을 3,542,907,890원(부가가치세 포함, 부가가치세를 제외하면 3,220,825,354원)으로 하여야 하고, 한편, 종전에 매출할인액으로 인정하여 손금에 산입한 153,644,991원은 그 내용이 매출에누리액에 해당하는 것으로 이미 매출액산정에 반영되어있으므로 이를 손금에 산입하여서는 아니된다고 판단하여, 이에 따라 피고는 1994 과세연도의 법인세 등의 과세표준에 이를 반영하여 세액을 재산출하여, 1999. 7. 30. 종전의 1994년 귀속분 법인세, 농어촌특별세, 1994년 제1, 2기분 부가가치세, 1994년 귀속분 갑종근로소득세를 각 감액경정한 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑제28호증의 102, 110의 각 일부 기재 및 갑제28호증의 117의 기재는 이를 믿지 아니하고 달리 반증이 없다.
위 인정사실에 의하면, 세무공무원들이 아가동산에 대한 압수수색과정에서 발굴된 거래명세표 등 각종 서류와 아가동산측에서 임의로 제출한 경리장부 등을 비교 검토하여 원고 회사가 1994 사업연도 중 무자료거래로 인한 매출을 누락하여 법인세 등의 과세표준 및 세액을 신고납부한 것을 밝혀 내고, 원고 회사의 경리와 출납책임자인조재원,신옥희를 입회시켜 각 장부를 확인 대조한 끝에 거래명세표 등에 기재된 품목별 거래금액 및 할인금액, 기신고된 세금계산서 내용, 매출할인액, 각 거래처별 월간거래명세표에 나타난 반품금액을 감안하여 매출누락액을 산출한 후,조재원과 일부 거래업체의 확인서를 징구함에 따라 이를 기초로 당초의 법인세 등 부과, 징수처분이 이루어졌고, 그 후 원고가 1994 사업연도 매출누락액에는 매출할인액이나 매출착오액 등이 더 포함되어있음을 주장하자, 다시 거래명세표 등의 자료와 원고가 새로이 제출한 소명자료를 검토하고 거래업체들에 대한 확인을 거쳐, 종전에 인정된 매출누락액에 이중계상 및 반품액, 매출할인액이 일부 포함되어 있음을 인정하고 매출누락액을 다시 매출누락액을 산정하여, 이를 기초로 피고가 법인세 등의 감액경정을 하기에 이르렀으므로, 이와 같은 매출누락액 산정과정에 비추어보면 최종적으로 산정된 위 매출누락액은 거래명세표 등 자료에 근거하여 반품금액이나 매출할인액, 이중계상액 등을 제외하여 정당하게 산정된 것이라 할 것이고, 피고가 이미 제외한 금액이상의 반품금액이나 매출할인액, 이중계상액이 여전히 존재하여 최종적으로 산정된 위 매출누락액에 포함되어있다는 점에 부합하는 갑제10호증(이는 원고가 자신의 일방적인 주장을 기재한 서면에 불과하다), 갑제28호증의 111의 각 기재는 이를 믿지 아니하고 앞서 이미 배척한 증거들이외에는 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 이유없다 할 것이다.
다. 1994 사업연도의 매출누락분에 대응하는 손비인정 및 추계과세의 방법에 의한 소득금액산정의 필요 여부

(1) 원고의 주장

㈎ 법인세 등의 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세표준의 계산에 소극적인 항목인 필요경비나 손비에 대한 입증책임도 과세관청에 있는 것이고, 납세의무자의 비용에 대한 입증이 전혀 없다고 하여도 곧바로 납세의무자에게 손비에 대한 입증의 필요를 돌릴 수 없는 것이다.
원고는 1994년도 매출을 일부 누락하면서 제품의 제조수량의 노출을 막기 위하여 매출누락금액에 대응하는 비용 중 제조량에 비례하여 증가하는 재료비와 가수 또는 연주자에게 실제지급한 로열티 1,705,858,065원 중 장부상반영된 772,208,820원을 제외한 933,649,245원을 누락시킬 수밖에 없었음에도, 피고는 매출누락분에 대응하는 비용을 전혀 인정하지 아니함을 전제로 매출누락액 전부를 익금에 가산하였는바, CD, 테이프, 레코드 등을 직접 제조하는 등 제조업을 영위하고 있는 원고의 경우에는 그 수입 중 일부를 누락하여 과세신고하더라도 누락분에 대응하는 비용은 누락없이 전부 신고하는 것이 통상적이라는 경험칙이 적용될 여지가 없으므로 매출누락분에 대응하는 비용이 0이라는 점은 피고가 별도로 입증하여야 함에도, 피고는 매출누락분에 대응하는 비용을 조사한바 없을 뿐 아니라 비용이 0이라는 점을 입증하지 못하고 있고, 따라서 매출누락분에 대응하는 필요경비가 기신고된 손비에 포함되어있다고 볼 아무런 증거가 없는 이 사건에 있어서는 결국 매출누락분에 대응하는 필요경비를 0이라고 단정하여 매출누락액 전부를 익금가산하는 것은 위법하다.
㈏ 원고가 은익하였다는 거래명세서는 매출누락분에 대한 자료일뿐이고 매출누락분에 대응하는 비용에 관한 자료는 아닐 뿐만 아니라 원고는 신고된 매출액 2,799,667,551원에 대한 장부와 증빙서류만을 갖추고 있었고 매출누락분에 대하여는 장부나 증빙서류가 없었으므로 결국 원고가 비치한 장부만으로는 1994 사업연도의 실질소득 내용을 알 수 없다.
따라서 소득금액을 계산함에 있어 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인때에 해당하여 추계요건에 해당한다 할 것이고, 원고가 기신고한 손비에는 매출누락금액에 대응하는 재료비나 지급로열티 등 제조판매량에 비례하여 증가하는 비용은 전혀 포함되지 아니하였으므로 추계과세에 의하여 1994년 원고 회사의 소득금액을 산정하거나 적어도 매출누락금액에 대응하는 비용만이라도 산정하여 손비로서 공제되어야 한다.
(2) 판단

㈎ 추계과세라 함은 법인세 등을 과세관청이 결정 또는 경정하는 경우 장부와 증빙서류 등 직접자료에 의하지 아니하고 납세의무자의 재산이나 채무의 증감상황, 사업의 규모, 원재료나 동력의 사용량 기타 조업상황 등 간접자료에 기하여 과세표준을 추정계산하여 결정하는 방법을 말하는 것으로, 원래 법인세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계과세의 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고, 납세자에게 제반증빙자료의 제시를 요구하여 제시받은 증빙자료의 부당성을 지적하고 새로운 자료를 제시받아 이를 조사한 후 그 자료에 의하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이며, 나아가 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분보다 납세자에게 불리하다 하여 그 결론을 달리할 수 없는 것이다.
한편, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있는 것이나, 과세관청이 실지조사방법에 의하여 법인의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하면서 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상, 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이므로 누락된 수입금액 전체가 소득액에 가산되어야 하고, 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입할 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 그에 대응하는 비용에 관하여도 신고를 누락한 경우에는 그와 같이 비용의 신고를 누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의하여 누락된 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이며 그와 같은 입증이 없는 이상 사실상 그와 같은 별도의 비용은 없다 할 것이고, 이 경우 총손금의 결정방법과는 달리 그 수입누락부분에 대응하는 손금만을 실지조사가 아닌 추계조사방법에 의하여 산출·공제할 수는 없다 할 것이다.
㈏ 살피건대, 갑제28호증의 13의 기재에 변론의 전취지를 모아보면, 원고 회사에 대한 세무조사당시 위김광준등 세무공무원들은 원고 회사가 기신고한 매출 이외에 누락분에 대응하는 재료비, 지급로얄티 등 손비의 지출에 관한 장부 기타 관련자료가 발견되지 아니하였고 원고도 이를 제출한 바 없었으므로, 매출누락액에 대응하는 재료비나 지급로얄티 등의 손비는 기신고된 손비에 포함되어있는 것으로 판단한 사실을 인정할 수 있고 반증이 없으며, 또한 원고는 이 사건 변론종결에 이르기까지 매출누락액에 대응하는 별도의 재료비에 관한 매입계산서나 대금지불서, 지급로얄티의 지출에 관한 원고 회사의 장부, 영수증 등 그 내역을 직접 소명할 수 있는 자료를 전혀 제출하지 아니하고 있는바(재료비의 경우 기신고분 이외에 매출누락액에 대응하여 별도로 지출한 구체적인 수액을 주장하지도 아니하고 있다), 갑제11호증의 1, 2, 3, 갑제13호증의 1 내지 갑제15호증의 3, 갑제34호증의 1 내지 갑제40호증의 각 기재에 의하면, 원고는 1993. 10. 12.경 소외 김광석과 사이에, 로얄티단가를 LP의 경우 1,650원, MC의 경우 1,200원, CD의 경우 1,700원으로 정하여 원고 회사가 김광석의 음반제작, 판매 및 홍보를 담당하기로 하는 내용의 계약을 하고 같은 달 21. 20,000,000원을, 같은 해 11. 1. 10,000,000원을 계약금 명목으로 소득세를 원천징수한 후 지급하는 등 1993. 3. 31.부터 1994. 5. 10.까지 김광석, 안치환, 조덕배 등의 가수나 기획자들과 음반제작, 판매 및 홍보에 관한 계약을 하고 그들에게 계약금, 선로얄티 등의 명목으로 1,500만원에서 7,000만원까지의 금원을 각 지급한 사실, 원고 회사의 손익계산서상 1993 내지 1996 사업연도기간 중 지급로얄티는 1993년 98,706,025원, 1994년 772,208,820원, 1995년 2,233,385,705원, 1996년 5,142,102,707원으로 되어있는 사실을 인정할 수 있고 반증이 없으나, 원고가 당초 과세표준 등 신고에 있어 매출누락액에 대응하여 지출한 재료비 및 지급로얄티에 관한 신고도 누락하였다는 점에 관하여는 이에 부합하는 갑제28호증의 14, 15, 86, 92, 117의 각 기재 및 증인 조정연,조재원의 각 증언은 이를 믿지 아니하고, 갑제20호증, 갑제21호증의 1 내지 17, 갑제41호증의 1 내지 갑제52호증의 342의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 이유없으며, 이를 전제로 원고가 비치한 장부만으로는 원고의 1994 사업연도의 실질소득 내용을 알 수 없으므로 추계과세의 방법에 의하여 1994년 원고 회사의 소득금액을 산정하거나 적어도 매출누락금액에 대응하는 비용만이라도 산정하여 손비로 공제되어야 한다는 원고의 주장 또한 이유없다 할 것이다(원고는 이 사건의 경우 매입누락액을 기초로 일정 비율을 곱하여 매출누락액을 산정하였으므로 매출누락액에 대응한 비용을 산정하기 위하여 추계과세가 필요하다고 주장하기도 하나, 피고가 실지조사방법에 의하여 과세표준과 세액을 경정하였음은 앞서 본바와 같다).
라. 이 사건 각 근로소득세 징수처분의 적법여부

(1) 당사자들의 주장

㈎ 원고의 주장

① 피고는 원고 회사의 인건비 손금 부인액과 매출누락액이 사외유출되어 당시 대표이사들에게 각 귀속되었음을 의제하여 이를 전제로 대표이사 안경용 또는 남궁강에게 상여처분을 하고 이 사건 각 근로소득세 징수처분을 하였으나, 인건비 손금 부인액과 매출누락액이 사외유출되지 아니하였을 뿐만 아니라, 1992년부터 1994년도분까지는 그 근거가 된구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조 제5항이 헌법재판소에 의하여 위헌으로 결정되었고, 이에 따라 위 조항의 위임으로 규정된같은 법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제94조의2도 실효되었으므로 이는 법령상 근거가 없는 처분이고, 1995년도분은 개정후의법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것) 제32조 제5항,법인세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되어 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 제94조의2 제1항을 근거로 한 것이나, 남궁강은 시행령에 규정된 ‘출자자인 임원과 그와제46조의2 제3항의 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 총발행주식 또는 출자지분의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우’의 요건을 충족시키지 못하는 명목상의 대표이사에 불과하므로 이 사건 각 근로소득세 징수처분은 위법하다.
② 피고가 그 처분사유를구 법인세법 제32조 제5항에 따른 상여처분에 의한 의제소득에서 소득세법령에 의한 현실귀속소득으로 변경하여 주장하는 것이라고 해도, 과세관청으로서는 당해 사외유출금액이 대표이사에게 현실적으로 귀속된 사실과 소득의 종류를 주장, 입증하고 소득의 귀속연도도 동일하여야 소득세법에 따라 그 법인에 대하여 대표이사로부터 근로소득세를 원천징수하지 아니한데 따른 징수처분을 할 수 있을 것이다.
그러나, 인건비는 그 지급방식이 특이할 뿐 결국 실제 종업원에게 지급된 것이어서 가공계상된 것이 아니므로 결국 사외유출이라고 볼 수 없고, 매출누락액 또한 원고 회사가 현금결제방식을 취하여 매일 현금으로 수입과 지출이 이루어짐에 따라 다소간의 현금잉여가 발생할 경우 은행에 입금하지 아니하고 관행적으로 이를 아가동산으로 옮겨 보관하다가 회사운영에 필요한 만큼의 자금은 회사로 가져가 다시 사용하는 방식을 취하였을 뿐 대표이사가 이를 달리 운용한바 없고 부외매출에 따른 매출원가 상당액을 제외한 차액을 가수금 또는 주주차입금 등으로 회사 내에 유보시켜왔으므로 매출누락액이 사외유출된 바 없다(따라서 익금산입, 유보로 처리되어야 한다).
또한 인건비로 계상된 금원은 종업원 개개인에게 명목상 임금으로 지급되지 아니하였으나 아가동산에서의 공동생활에 필요한 생활비 또는 운영비로 사용되었으므로 인건비 손금부인액은 대표이사에게 귀속된 것이 아니고, 매출누락액 또한 원고 회사가 1주일간의 수익금을 아가동산으로 옮겨김기순의 금고에 보관하였다가 회사운영에 필요한 만큼의 자금은 회사로 다시 가져가 사용하였으므로 대표이사의 개인적인 이익을 위하여 사용하거나 개인소유 재산으로 축적되지 않았을 뿐만 아니라 안경용, 남궁강은 원고 회사의 형식적 대표이사에 불과하고, 안경용은 재산이 전혀 없고 남궁강은 공시지가를 기준으로 하여 191,000,000원 상당의 부동산이 있을 뿐이므로 결국 인건비 및 매출누락액 등은 안경용, 남궁강에게 현실귀속된 바 없고, 따라서 이 사건 각 근로소득세징수처분은 위법하다.
㈏ 피고의 주장

피고는 이 사건 각 근로소득세징수처분 당시 매출누락된 소득 및 허위계상된 인건비 등 손금에 대하여 나름대로의 조사한 결과, 이와 관련한 원고 회사의 부외자산이 남아있지 아니하였고,김기순이나 그밖의 아가동산 구성원들에게 귀속된 사실도 밝혀지지 아니하였으며, 원고 회사의 장부상 1992년부터 1995년까지 사이의 대표이사로부터의 차입금누계가 48억 800만원이었으나 반제 누계액이 44억 9,700만원으로 잔액이 3억 1,100만원에 불과하였는데 대표이사이던 안경용이나 남궁강의 개인적인 재산이나 자금도 없었으므로 대표이사가 매출누락 등으로 조성한 비자금을 필요시 회사에 대여하고 반제받는 등 이를 개인적으로 처분 사용한 것으로 판단하였고,강활모,조재원,신옥희의 진술도 이에 부합하였을 뿐만 아니라 대표이사가 회사 수익금의 관리책임을 지고 있는 것이므로, 결국 매출누락된 소득 및 허위계상된 인건비는 당시의 대표이사들이 이를 임의로 운용, 소비하여 대표이사들에게 현실귀속된 것이라고 인정하여 이를 전제로 소득세법령에 따라 근로소득세의 징수처분을 한 것이다.
(2) 판단

㈎ 소득처분에 의한 의제소득을 처분사유로 함을 전제로 하는 원고의 주장에 대한 판단

살피건대, 헌법재판소가1995. 11. 30. 선고 94헌바 14및93헌바32 결정으로구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조 제5항이 조세법률주의와 위임입법의 한계에 관한 헌법규정을 위반하였으므로 위헌이라는 결정을 선고하였고, 한편같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제94조의2 제1항은 과세대상인 소득의 종류와 납세의무자를 의제하는 규정으로서 법률의 구체적, 개별적 수권을 필요로 하는 위임명령에 해당하고,같은 법 제32조 제5항이외에 소득세법 등 다른 법령에서 위 시행령 규정에 대한 위임근거를 찾아 볼 수도 없으므로, 헌법재판소의 위 위헌결정으로 인하여같은 법 제32조 제5항의 효력이 상실되었음은 물론이고, 그 규정의 위임에 따라 마련된같은 법시행령 제94조의2규정 또한 그 효력을 상실하였다고 할 것이다.
그러나 이 사건 각 처분경위에 비추어보면, 피고는 아가동산에서 공동생활을 하는 종업원들의 인건비로 계상된 수익과 매출누락액이 사외유출되었으나 여러 사정에 비추어 대표이사에게 귀속되었다고 봄이 상당하다고 판단하여, 1992년 내지 1994년 귀속 근로소득세에 대하여는 당시의 대표이사인 안경용에게 현실귀속된 소득임을 처분사유로 하여 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제1호 (가)목에 근거하여, 1995년 귀속 근로소득세에 대하여는 소득처분에 의한 의제소득임을 처분사유로 하여 개정후의법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것) 제32조 제5항,법인세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되어 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 제94조의2 제1항에 근거하여 각 징수처분을 한 것으로 보이나, 피고는 앞서 본바와 같이 이 사건 각 징수처분은 사외유출된 인건비 등이 당시의 대표이사들에게 현실귀속된 소득임을 처분사유로 하고 있다고 주장하고 있는바, 과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나, 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니라고 할 것이며,구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제142조 제1항,제143조에 의하면, 국내에서 거주자나 비거주자에게 배당소득금액, 갑종에 속하는 근로소득금액, 기타소득금액을 지급하는 자는 그 자에 대한 소득세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 납부하여야 하므로,구 법인세법 시행령 제94조의2에 근거하여 위와 같이 소득금액을 지급한 것으로 의제하는 소득처분과는 별도로 과세관청으로서는 대표이사에 대한 소득의 현실적 귀속 및 소득의 종류를 주장·입증하여 소득세법에 따라 그 법인으로부터 원천징수할 수 있을 것이고, 1995년 귀속 근로소득세의 경우 과세표준과 세액이 동일한 원천징수 근로소득세의 세목 아래에서 의제소득을 현실소득의 귀속으로 달리 주장하는 것은 동일한 소송물의 범위 내에서의 처분사유 변경에 해당된다 할 것이고, 아래에서 현실귀속된 소득이라는 피고의 처분사유에 따라 이 사건 각 징수처분의 적법여부를 판단하므로 이 사건 각 징수처분이 소득처분에 의한 의제소득을 처분사유로 함을 전제로 하는 원고의 주장에 대하여는 별도로 판단하지 아니한다.
㈏ 인건비 등의 사외유출과 대표이사에 대한 현실귀속 여부에 대한 판단

① 인건비 등의 사외유출여부에 관하여 살피건대, 법인이 매출사실이 있음에도 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인측에서 입증할 필요가 있는 것인바, 원고 회사는 정식 근로계약을 체결한 바 없이 무보수로 일하여온 공동생활을 하는 종업원들의 인건비로 계상된 금원을 개인들에게 지급하지 아니하고 경리, 회계업무를 통합관리하는조재원,신옥희가 일괄하여 아가동산으로 가져가 보관하면서 이를 아가동산 운영비 등으로 사용하였고, 계열회사에서 1주일 동안 번 수익금은 주말에 아가동산으로 옮겨져김기순의 금고에 보관하였다가 각 업체운영에 필요한 만큼의 자금은 다시 가져가기도 하고, 나머지는 아가동산의 운영비 등으로 사용한 사실은 앞서 인정한 바와 같고, 을제15호증의 기재에 의하면, 원고 회사에 대한 세무조사당시 원고회사의 대표자 가수금 및 주주, 임원, 종업원 차입금 입금표에는 1992년 1,731,072,578원, 1993년 896,000,000원, 1994년 801,000,000원, 1995년에는 1,380,000,000원이 대표이사 가수금으로 입금되었다가, 1992년 190,000,000원, 1993년 250,000,000원, 1994년 1,010,000,000원, 1995년에는 3,047,000,000원이 출금됨에 따라 1995년말 현재 잔액이 311,072,578원에 불과한 것으로 기재되어있었고, 공동생활하는 종업원들의 인건비로 계상되거나 매출누락된 수익에 상응하는 원고 회사의 부외자산이 발견되지도 아니하였던 사실을 인정할 수 있고 반증이 없는 바, 위 인정사실에 의하면 공동생활하는 종업원들의 인건비로 계상되거나 매출누락된 원고 회사의 수익 전부가 사외로 유출되었다고 봄이 상당하다 할 것이다.
② 나아가 사외유출된 원고 법인의 수익이 당시 대표이사들에게 현실로 귀속되었는지의 여부에 관하여 보건대, 법인의 대표이사가 그 지위에서 법인의 수익을 사외유출시켜 자신에게 귀속시킨 금원 중 법인의 사업을 위하여 사용된 것임이 분명하지 아니한 것은 특별한 사정이 없는 한 대표이사 자신에 대한 상여 내지 이와 유사한 임시적 급여로서 근로소득에 해당하는 것으로 추인할 수 있는 것이고, 앞서 인정한 바와 같이 원고회사의 대표자 가수금 및 주주, 임원, 종업원 차입금 입금표상에는 1992년부터 1995년사이에 대표이사의 가수금으로 거액의 금원이 입금되었다가 다시 출금된 것으로 기재되어있었고, 을제16호증의 기재에 의하면, 1995년 현재 원고회사의 주주는 안경용(26%), 남궁강(25%), 채수만(20%), 임헌관(10%), 김희창(10%) 권태기(8%), 이문수(1%)였던 사실을 인정할 수 있고 반증이 없으나, 한편,김기순은 계열회사 운영 등에 관하여는 아가동산 계열회사 등의 운영 및 재정의 제반업무를 총괄하는강활모와 협의하여 처리하였고, 아가동산 계열사의 대표이사는강활모를 제외하고는 모두 명의만의 형식상 대표이사에 불과하였으며,조재원은 원고 회사 등의 경리책임을 맡아강활모의 지시에 따라 아가동산 계열회사의 전체적인 세무회계 등 경리업무를 총괄하여 수행하였고신옥희는조재원을 보조하여 현금출납업무를 총괄하여온 사실은 앞서 인정한 바와 같고, 갑제28호증의 102, 116, 갑제57호증, 을제14호증의 1, 을제15호증, 을제16호증의 각 기재(갑제28호증의 102의 기재 중 뒤에서 믿지 아니하는 부분은 제외)에 변론의 전취지를 모아보면, 아가동산은 원래 안경용이 운영해오던 개인회사인 킹레코드를 인수한 후 1992. 4. 24. 원고 회사를 설립하였으나 안경용을 대표이사로 취임시켰고, 그 후 1994. 12. 20. 안경용은 대표이사직을 사임하였고 같은 날 남궁강이 대표이사로 취임한 사실, 원고 회사의 운영은 계열회사 등의 운영 및 재정의 제반업무를 총괄하는강활모와 원고 회사의 경리, 회계업무의 책임자인조재원, 운영책임자인 조정연, 영업책임자인 이복순(주식회사 신나라유통 등에서 근무하다가 1995. 1. 1. 원고 회사에 입사하여 영업과 수금업무를 담당하였다) 등에 의하여 이루어졌던 사실, 안경용은 별다른 재산이 없었고 남궁강은 춘천시 조양동 소재 임야 등 5필지의 토지(공시지가 기준 2억 1,700만원)를 소유하고 있는 것 이외에는 다른 재산이 없는 사실을 인정할 수 있고 이에 반하는 갑제28호증의 7, 102, 을제14호증의 3의 각 일부 기재는 이를 믿지 아니하고 달리 반증이 없다.
위 인정사실에 의하면 안경용, 남궁강이 상당한 원고 회사의 주식을 보유하고 있기는 하나, 원고 회사가 이들에 의하여 사실상 지배되는 운영체제를 가지고 있었던 것으로 보이지 아니하고, 위 차입금 입금표만으로는 당시의 대표이사들이 인건비 허위계상 및 매출누락으로 조성된 자금을 개인적으로 운영한 것이라고 단정할 수 없으며, 그밖에 아가동산과 원고 회사의 관계, 인건비나 매출누락액 등 수익의 관리 및 소비 경위 등에 비추어보면, 피고가 주장하는 사정을 감안한다 하여도 위 인정사실만으로 당시의 대표이사들이 공동생활을 하는 종업원들의 인건비로 계상되거나 매출누락된 수익을 대표이사의 지위에서 자신들에게 현실로 귀속시킨 것이라고 인정하거나 이를 추인하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로 사외유출된 원고 법인의 수익이 당시 대표이사들에게 현실로 귀속되었음을 전제로 하는 이 사건 각 징수처분은 위법하다 할 것이다.
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 1997. 3. 15.자 1992년 귀속 근로소득세 18,599,200원의 징수처분, 1997. 3. 6.자 1993년 귀속 근로소득세 67,989,750원의 징수처분의 각 취소와 원고가 구하는 바에 따라 1997. 3. 5.자 1994년 귀속 근로소득세 1,627,046,417원의 징수처분 중 20,667,189원을 초과하는 부분, 1997. 5. 19.자 1995년 귀속 근로소득세 79,738,280원의 징수처분 중 31,954,000원을 초과하는 부분의 각 취소를 구하는 범위내에서 이유있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

당시의 대표이사들이 공동생활을 하는 종업원들의 인건비로 계상되거나 매출누락된 수익을 대표이사의 지위에서 자신들에게 현실로 귀속시킨 것이라고 인정하거나 이를 추인하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 사외유출된 법인의 수익이 당시 대표이사들에게 현실로 귀속되었음을 전제로 하는 각 징수처분은 위법하다.