손해배상(지) (민사, 특허법원)
공포일: 2019.11.15 / 시행일:

【원고, 피항소인】 미시간주립대학 운영위원회(Board of Trustees of Michigan State University) 외 1인 (소송대리인 변호사 박성미)
【피고, 항소인】 피고 (소송대리인 변호사 장경래 법무법인 정담 담당변호사 전승만)
【제1심판결】 서울중앙지방법원 2017. 11. 9. 선고 2016가합542169 판결
【변론종결】2019. 9. 10.
【주 문】
1. 제1심판결의 침해금지 및 예방청구와 침해조성물 폐기청구에 관한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고들의 피고에 대한 청구를 모두 기각한다.
2. 이 법원에서 원고들이 확장한 청구와 원고 농업회사법인 탑블루베리 주식회사가 추가한 청구를 포함하여 제1심판결의 피고에 대한 금원지급청구에 관한 부분(별지 제1목록 제1항 기재 보호품종에 관한 부분 제외)을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고는, 
 1) 원고 미시간주립대학 운영위원회에게 107,500,000원 및 그중 87,500,000원에 대하여는 2017. 5. 2.부터 2019. 11. 15.까지 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지 연 15%의 각 비율로 계산한 돈을, 20,000,000원에 대하여는 2018. 9. 12.부터 2019. 11. 15.까지 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을, 
 2)원고 농업회사법인 탑블루베리 주식회사에게 30,000,000원 및 이에 대하여 2019. 9. 10.부터 2019. 11. 15.까지는 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 
 각 지급하라.
 나. 원고들의 주위적 청구, 원고 농업회사법인 탑블루베리 주식회사의 제1예비적 청구, 원고 미시간주립대학 운영위원회의 나머지 예비적 청구 및 원고 농업회사법인 탑블루베리 주식회사의 나머지 제2예비적 청구를 모두 기각한다.
3. 원고들과 피고 사이의 소송총비용 중 2/3는 원고들이, 나머지는 피고가 각 부담한다.
4. 제2의 가.항은 가집행할 수 있다.

【청구취지 및 항소취지】청구취지
1. 피고는, 
 가. 별지 제1목록 기재 각 품종에 대하여 직접 또는 제3자를 통하여 간접적으로 증식, 생산, 조제(調製), 양도, 대여, 수출 또는 수입하거나 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함)을 하는 행위를 하여서는 아니 되고, 
 나. 피고의 농장, 사무실, 연구소, 창고 또는 그 이외의 장소에 피고들이 보관하거나 보유하고 있는 별지 제1목록 기재 각 품종의 종자(삽목묘, 조직배양묘를 포함)를 모두 폐기한다.
2. 피고는 제1항의 목적으로 별지 제1목록 기재 각 품종을 선전하는 광고물을 인쇄, 제본, 배포하거나, 인터넷 게시글을 작성, 게시하여서는 아니 된다. 
3. 피고는
 가. 주위적 및 예비적으로, 소외 1과 공동하여 원고 미시간주립대학 운영위원회(이하 ‘원고 미시간주립대학’이라 한다)에게 250,000,000원 및 이에 대하여 2012. 3. 15.부터 이 사건 소장 부본이 송달된 날까지는 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 15%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하고,
 나. 주위적, 제1예비적 및 제2예비적으로, 소외 1, 농업회사법인 나로팜 주식회사(이하 ‘나로팜’이라 한다)와 공동하여 원고 농업회사법인 탑블루베리 주식회사(이하 ‘원고 탑블루베리’라 한다)에게 125,000,000원 및 이에 대하여 2015. 10. 2.부터 이 사건 소장 부본이 송달된 날까지는 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 15%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.
항소취지
제1심판결 중 원고들에 대한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고들의 피고에 대한 청구를 모두 기각한다.
【이 유】1. 이 법원의 심판범위
 원고들은 제1심에서 피고 및 제1심 공동피고 소외 1, 나로팜에 대하여 별지 제1목록 기재 각 블루베리 품종(이하 통틀어 ‘이 사건 각 보호품종’이라 하고, 개별적으로 지칭할 때는 별지 제1목록 기재 각 품종명칭으로 약칭한다)에 대한 임시보호권, 품종보호권(원고 미시간주립대학) 또는 전용실시권(원고 탑블루베리)에 기초한 식물신품종보호법 제83조 소정의 침해금지 및 예방청구와 침해조성물 폐기청구 또는 구 부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률(2018. 4. 17. 법률 제15580호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부정경쟁방지법’이라 한다) 제2조 제1호 (차)목 소정의 부정경쟁행위에 기초한 부정경쟁행위금지 및 예방청구와 침해조성물 폐기청구 또는 정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률(이하 ‘정보통신망법’이라 한다) 제50조의8에 기초한 예방청구(인터넷을 통한 광고 금지청구)를 구함과 아울러 원고 미시간주립대학은 피고와 제1심 공동피고 소외 1에 대하여 이 사건 각 보호품종에 대한 임시보호권침해, 품종보호권침해 또는 구 부정경쟁방지법 제2조 제1호 (차)목 소정의 부정경쟁행위에 기초한 손해배상(주위적) 또는 이 사건 각 보호품종에 대한 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 상당한 대가(예비적)로 2억 원과 그 지연손해금의 지급을, 원고 탑블루베리는 피고와 제1심 공동피고 소외 1, 나로팜에 대하여 이 사건 각 보호품종에 대한 전용실시권침해 또는 구 부정경쟁방지법 제2조 제1호 (차)목 소정의 부정경쟁행위에 기초한 손해배상(주위적) 또는 이 사건 각 보호품종에 대한 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 상당한 대가(예비적)로 1억 원과 그 지연손해금의 지급을 각 구하였다.
 제1심법원은 원고들의 피고와 제1심 공동피고 소외 1, 나로팜에 대한 각 침해금지청구 또는 부정경쟁행위금지청구 부분의 소 가운데 ‘제3자를 통한 간접적인 증식 등 행위 금지청구’ 부분의 소 및 각 침해조성물 폐기청구 부분의 소 중 ’그 이외의 장소에 보관하거나 보유하고 있는 이 사건 각 보호품종의 종자(삽목묘, 조직배양묘를 포함)에 대한 폐기청구‘ 부분의 소를 각 각하하고, 원고들의 피고에 대한 청구 중 일부(휴론을 제외한 나머지 보호품종들과 관련하여 식물신품종 보호법 및 구 부정경쟁방지법에 기한 침해금지 내지 부정경쟁행위금지, 예방청구, 침해조성물 폐기청구 부분 및 손해배상청구 부분)를 받아들였으며, 원고들의 피고와 제1심 공동피고 소외 1, 나로팜에 대한 각 나머지 청구를 모두 기각하였다.
 이에 대하여 피고만이 그 패소 부분에 불복하여 항소를 제기하였고, 그 후 원고들이 피고에 대한 구 부정경쟁방지법 제2조 제1호 (차)목 소정의 부정경쟁행위에 기초한 부정경쟁행위금지청구, 예방청구, 침해조성물 폐기청구 및 손해배상청구 부분의 소와 정보통신망법 제50조의8에 기초한 예방청구 부분의 소를 모두 취하하고, 별지 제1목록 제3항 기재 품종에 대해서는 금원지급청구 부분의 청구취지를 확장하였으며, 원고 탑블루베리는 제2예비적으로 양수금청구의 소를 추가하였으므로, 이 법원의 심판대상은 원고들의 피고에 대한 휴론을 제외한 나머지 보호품종들과 관련한 각 임시보호권, 품종보호권(원고 미시간주립대학) 또는 전용실시권(원고 탑블루베리)에 기초한 침해금지, 예방청구 및 침해조성물 폐기청구와 휴론을 제외한 나머지 보호품종들과 관련한 각 임시보호권침해, 품종보호권침해(주위적, 원고 미시간주립대학)와 전용실시권침해(주위적, 원고 탑블루베리)에 기초한 손해배상청구, 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 상당한 대가 지급청구[예비적(원고 미시간주립대학), 제1예비적(원고 탑블루베리)], 양수금청구[제2예비적(원고 탑블루베리)]에 한정된다.
2. 전제된 사실관계
가. 당사자
 1) 원고 미시간주립대학은 미국 미시간주립대학을 운영하는 학교법인으로서 이 사건 각 보호품종을 개발하여 아래 나.항 기재와 같이 이 사건 각 보호품종에 관하여 미국 특허청에 특허등록을 마친 후 국내에서도 식물신품종 보호법에 따라 품종보호 등록을 마친 품종보호권자이다.
 2) 원고 미시간주립대학은 이 사건 각 보호품종에 대하여 홀티프룻 에스에이[HORTIFRUT S.A., 이하 자(子)회사인 HORTIFRUIT NORTHAMERICA INC. 포함하여 ‘홀티 측’이라 한다]에 이 사건 각 보호품종의 생식소, 묘목, 열매에 관한 대한민국을 포함한 지역에서의 독점적인 실시권을 부여하였고, 홀티 측은 2011. 12. 1. 굿맨파트너즈코리아 주식회사(이하 ‘굿맨파트너즈’라 하고, 자매회사 관계에 있는 GOODMAN PARTNERS, LLC.를 포함하여 ‘굿맨파트너즈 측’이라 한다)와 사이에 이 사건 각 보호품종에 관한 국내에서의 독점적인 재실시권계약(이하 ‘이 사건 라이선스계약’이라 한다)을 체결하였는바, 원고 탑블루베리는 2015. 8. 19. 굿맨파트너즈 측 및 홀티 측과 사이에 굿맨파트너즈 측이 원고 탑블루베리에 이 사건 라이선스계약상의 지위를 양도하고, 홀티 측이 이에 동의하는 것 등을 내용으로 하는 계약을 체결한 후 아래 나.항 기재와 같이 이 사건 각 보호품종에 관한 전용실시권 이전등록을 마친 전용실시권자이다.
 3) 피고는 아들 소외 2, 처 소외 3 등과 함께 경남 고성군 (주소 생략)(도로명 주소 : 생략)에서 ‘(상호 1 생략)(구 상호 : ○○○○)’이라는 상호의 농원(이하 ‘이 사건 농원’이라 한다)을 운영하면서 드래퍼, 리버티, 오로라(이하 ‘드래퍼 등 보호품종’이라 한다) 등을 포함한 블루베리 묘목을 식재하여 판매하는 자이다.
나. 이 사건 각 보호품종의 품종보호 출원 및 등록 등
 1) 원고 미시간주립대학은 미국 특허청에 이 사건 각 보호품종에 관한 특허를 출원하여 드래퍼는 2004. 8. 24., 리버티는 2004. 9. 14., 오로라는 2004. 9. 28. 휴론은 2011. 3. 15. 각 특허등록을 마쳤다.
 2) 원고 미시간주립대학은 구 종자산업법 제11조 및 같은 법 시행규칙(2013. 10. 18. 농림축산식품부령 제49호로 전부 개정되기 전의 것) 제20조 제28호, 품종보호 대상작물 고시(2014. 5. 16. 농림축산식품부고시 제2014-52호로 폐지되기 전의 것)가 품종보호 대상작물을 모든 식물로 확대하여 2012. 1. 7. 블루베리가 품종보호 대상작물로 지정되자 2012. 1. 10. 국립종자원에 이 사건 각 보호품종에 대하여 품종보호를 출원하여 2012. 3. 15. 출원공개(이하 ‘이 사건 출원공개일’이라 한다)가 이루어졌고, 이후 재배심사 등을 거쳐 이 사건 각 보호품종에 대하여 별지 제1목록 기재와 같이 식물신품종 보호법 부칙(제11457호, 2012. 6. 1.) 제3조의2, 구 종자산업법 제13조의2 제1항 제3호에 따라 품종보호 등록이 마쳐졌다.
 3) 이 사건 각 보호품종에 대하여 별지 제1목록 기재와 같이 각 품종보호 등록이 마쳐지자, 이 사건 각 보호품종 중 휴론, 드래퍼, 리버티에 대하여는 2015. 10. 2., 오로라에 대하여는 2016. 2. 3. 홀티프룻 에스에이가 이 사건 각 보호품종의 최초 전용실시권자로 등록되었고, 같은 날 굿맨파트너즈를 거쳐 원고 탑블루베리에게 이 사건 각 보호품종에 대한 전용실시권 이전등록이 마쳐졌다.
다. 피고의 블루베리 묘목의 증식, 판매
 1) 피고는 블루베리 재배에 관심을 가지고 있던 중 2009. 12. 무렵 소외 4와 함께 인터넷 카페인 ‘△△△△ △△△△△△(인터넷주소 1 생략)’를 운영하였고, 2010. 6. 8. 100주, 2010. 11. 26. 1000주 등 2회에 걸쳐 일본에서 피고 명의로 블루베리 품종 중 하나인 후쿠베리 묘목 1,100주를 수입한 후 격리재배를 거쳐 식물방역법에 따른 격리재배검사에 합격한 후 이를 판매하였다.
 2) 피고는 2011. 2. 17. 무렵 미국에 거주하고 있던 아들인 소외 2를 통하여 미국 ‘□□□□□□□□ □□□□□□’에서 드래퍼 묘목 100주, 리버티 묘목 100주, 오로라 묘목 210주 합계 410주를 미화 총 4,150달러에 구입하였고, 2011. 2. 25. 미국 ‘◇◇◇◇◇◇◇◇ ◇◇◇◇ ◇◇◇◇◇◇◇’에서 피고 명의로 드래퍼 묘목 70주, 리버티 묘목 45주, 오로라 묘목 50주 합계 165주를 미화 총 1,845달러에 구입하였다. 또한 피고는 2011. 2. 15.부터 2011. 2. 22.까지 사이에 미국에서 또 다른 블루베리 품종인 알라파하, 레벨, 카멜리아, 탑햇, 스프링하이, 프리마돈나, 오크라코니, 파우더블루, 윈져, 에메랄드의 묘목 합계 660주를 구매하였다.
 3) 피고는 위와 같이 구입한 블루베리 묘목들을 중국을 거쳐 2011. 3. 2. 국내에 삽수 형태 또는 일부는 뿌리가 있는 묘목 형태로 들여왔는바, 뿌리가 있는 묘목 형태로 들여온 블루베리 품종은 2011. 3. 4.부터 국립식물검역원 소속 남부격리재배관리소에서 격리 재배되어 2011. 8. 5. 식물방역법에 따른 격리재배검사에 합격하였고, 드래퍼 등 보호품종을 포함하여 삽수 형태로 들여온 블루베리 품종은 2011. 3. 4.부터 경남 고성군 (주소 생략) 소재 피고 운영의 이 사건 농원에서 격리 재배되어 2011. 9. 5. 식물방역법에 따른 격리재배검사에 합격하였다.
 4) 그 후 피고는 2011. 9. 무렵부터 2012. 1. 무렵까지 사이에 위와 같이 격리 재배되어 식물검역법에 따른 격리재배검사에 합격한 드래퍼 등 보호품종 등의 묘목을 모수로 하여 그 가지를 잘라내어 다시 삽목하는 방법으로 드래퍼 등 보호품종 등의 묘목을 재배하였고, 2012. 4. 무렵부터는 별지 제2목록 기재와 같이 경남 고성군 (주소 생략) 소재 합계 998㎡ 규모의 비닐하우스 6동 총 5,988㎡에 식재된 다수 품종의 블루베리 묘목을 일반 수요자들에게 묘목 1주당 7,000원에 판매하였으며, 위 비닐하우스 인근에 2013년 2,922㎡, 2014년 2,988㎡, 2015년 3,008㎡ 규모의 각 노지 묘목장을 순차적으로 추가 확보하여 2015년을 기준으로 총 8,918㎡ 규모의 노지 묘목장에서도 드래퍼 등 보호품종을 포함한 다수의 블루베리 묘목을 재배하면서, 드래퍼 등 보호품종을 포함한 북부 하이부시 품종 4개, 남부 하이부시 품종 10개, 래빗아이 품종 4개, 특수품종 2개 등 총 20종의 블루베리 묘목을 판매하고 있다.
라. 피고의 사업자등록 및 종자업 등록 경위
 1) 구 종자산업법 제137조 제1항은 “종자업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 시설을 갖추어 시장·군수에게 등록하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 구 종자산업법 시행령(2012. 10. 29. 대통령령 제24155호로 개정되기 전의 것) 제47조 제1항은 “법 제137조 제1항에 따라 종자업을 등록하려는 자는 별표 2의 시설 및 종자관리사를 1명 이상 갖추어 농림수산식품부령으로 정하는 바에 따라 등록신청서를 주된 생산시설의 소재지를 관할하는 특별자치도지사·시장·군수 또는 자치구의 구청장에게 제출(전자문서에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.”라고 규정하고 있는바, 피고는 임차한 토지 외에 자신이 소유하고 있는 토지가 없어 위 관련 법령에서 요구하는 일정한 시설을 갖추지 못하자, 자신과 사돈관계에 있고 인근에서 토지를 소유하고 있는 소외 1의 명의를 빌려 종자업 등록신청을 하여 2011. 12. 21. 종자업 등록을 마쳤다. 이후 관련 법령에 따른 종자업 등록 요건이 완화됨에 따라 피고는 2013. 3. 25. 관할관청에 종자업 등록사항 중 신청인을 피고와 소외 1 공동명의로 변경하는 것을 내용으로 하는 변경사항을 통지하였다.
(주5) 구 종자산업법 시행령(2012. 10. 29. 대통령령 제24155호로 개정되기 전의 것) 제42조 제1항 [별표 2]
 종자업의 시설기준
 2. 과수 
구분육묘포장대목포장(臺木圃場)모수(母樹)규모100a 이상50a 이상결실되는 나무 품종당 5주 이상구비조건-자가 소유일 것자가 소유일 것
(주6) 구 종자산업법 시행령(2012. 10. 29. 대통령령 제24155호로 개정된 것) 제42조 제1항 [별표 2]
 종자업의 시설기준
 2. 과수 
구분육묘포장대목포장(臺木圃場)모수(母樹)규모100a 이상30a 이상결실되는 나무 품종당 5주 이상구비조건-자가 소유이거나 5년 이상의 임차권 등 사용권을 확보할 것자가 소유일 것
 2) 피고는 2012. 1. 2. 소외 1의 명의를 빌려 그 명의로 상호를 ○○○○으로 하여 묘목생산업에 관한 사업자등록을 마친 후 2012. 3. 27. 자신을 공동사업자로 추가하는 취지의 사업자등록정정신고를 하였다. 그 후 피고는 2013. 12. 2. 다시 소외 1을 공동사업자에서 제외하는 취지의 사업자등록정정신고를 하였고, 2016. 5. 30. 상호를 ‘(상호 1 생략)’으로 변경하였다.
마. 관련 가처분사건 등의 경과
 1) 원고 미시간주립대학과 굿맨파트너즈는 2015. 5. 14. 부산지방법원 2015카합10264호로 피고와 소외 1을 상대로 이 사건 각 보호품종 중 오로라를 제외한 나머지 품종에 대하여는 품종보호권 내지 전용실시권이 있고, 오로라에 대하여는 임시보호권이 있는데, 피고와 소외 1이 원고 미시간주립대학과 굿맨파트너즈의 동의 없이 이 사건 각 보호품종의 묘목을 재배하여 이를 판매함으로써 원고 미시간주립대학과 굿맨파트너즈의 품종보호권, 전용실시권, 임시보호권을 침해하였고, 원고 미시간주립대학의 등록상표인 이 사건 각 보호품종의 명칭을 사용하여 이 사건 각 보호품종의 묘목 등을 판매함으로써 원고 미시간주립대학의 상표권을 침해하였다고 주장하면서 품종보호권 등 침해금지가처분신청을 하였다. 
 2) 법원은 2015. 7. 15. 이 사건 각 보호품종 중 휴론에 대하여는 피고와 소외 1이 휴론 묘목을 재배하여 이를 판매하는 등 원고 미시간주립대학과 굿맨파트너즈의 품종보호권, 전용실시권을 침해하고 있다는 점에 대한 소명이 부족하고, 나머지 보호품종에 대하여는 피고와 소외 1이 국내 출원공개일 이전에 국내에서 이에 관한 실시사업을 준비하고 있었던 것으로 볼 여지가 있어 추후 본안소송 등을 통하여 확정된 상당한 대가를 정산하여야 할 의무를 부담함은 별론으로 하더라도 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 통상실시권에 따라 실시사업을 계속할 수 있고, 피고와 소외 1이 휴론을 제외한 나머지 보호품종의 묘목을 판매하면서 그 품종명칭을 사용하더라도 이는 각 보호품종을 지칭하는 명칭을 사용하는 것에 불과하여 이를 상표적 사용이라고 볼 수 없다는 이유 등으로 위 가처분신청을 기각하였다. 그 후 원고 미시간주립대학과 굿맨파트너즈가 이에 불복하여 항고를 제기하였으나(굿맨파트너즈는 소송에서 탈퇴하고, 원고 탑블루베리가 승계참가를 하였다) 2016. 2. 25. 항고가 기각되어(부산고등법원 2015라5052호), 그 무렵 위 제1심결정이 그대로 확정되었다.
 3) 한편 피고는 2016. 9. 7. 관할관청에 종자업 등록을 하지 아니하고 2011. 12. 20.(소외 1 명의로 종자업 등록을 한 2011. 12. 21.의 전날이다)까지 드래퍼 등 보호품종과 조지아대학교 연구재단의 블루베리 품종(수지블루, 레벨, 카멜리아, 이하 ‘조지아대학 품종’이라 한다) 등을 수입하여 증식하고 인터넷 판매광고를 한 행위로 인한 종자산업법 위반죄, 농림축산식품부장관에게 신고를 하지 아니하고 2012. 3. 14.(이 사건 출원공개일인 2012. 3. 15.의 전날이다)까지 드래퍼 등 보호품종 등의 종자 수입, 생산, 판매행위를 한 행위로 인한 종자산업법 위반죄 및 조지아대학교 연구재단의 허락 없이 조지아 대학 품종을 증식·판매한 행위로 인한 식물신품종 보호법 위반죄로 공소가 제기되었고, 제1심법원은 2017. 8. 23. “2015. 11. 21. 무렵부터 2016. 5. 무렵까지의 레벨 및 카멜리아 품종에 관한 품종보호권·전용실시권 침해로 인한 식물신품종보호법위반의 점에 관하여는 이유무죄로, 나머지 공소사실에 관하여는 모두 유죄로 인정하여 피고에 대하여 징역 10월을 선고한다.”는 판결을 하였다(창원지방법원 통영지원 2016고단1294호). 그 후 검사와 피고가 이에 불복하여 항소를 제기하였는바, 항소심법원은 2017. 12. 13. 검사의 항소를 일부 받아들여 “2015. 11. 21. 무렵부터 2016. 5. 무렵가지의 레벨 품종에 관한 품종보호권·전용실시권 침해 및 2015. 12. 11. 무렵부터 2016. 5. 무렵까지의 카멜리아 품종에 관한 품종보호권·전용실시권 침해로 인한 식물신품종보호법위반의 점에 관하여는 이유무죄로, 나머지 공소사실에 관하여 모두 유죄로 인정하여 피고에 대하여 징역 10월에 집행유예 2년을 선고한다.”는 판결을 하였고(창원지방법원 2017노2559호), 피고가 다시 이에 불복하여 상고를 제기하였으나 2018. 4. 10. 상고가 기각되어(대법원 2018도243호), 위 항소심판결이 그대로 확정되었다(이하 ‘관련 형사사건’이라 한다).
 4) 소외 5는 2016. 6. 27. 원고 미시간주립대학의 임시보호권 또는 품종보호권과 원고 탑블루베리의 전용실시권의 대상인 휴론, 리버티, 드래퍼 묘목을 피고와 소외 4로부터 구매하여 이를 무단 증식·판매한 것 등으로 인한 식물신품종 보호법 위반죄로 공소가 제기되었고, 법원은 2016. 9. 29. 위 공소사실을 모두 유죄로 인정하여 소외 5에 대하여 징역 8월에 집행유예 2년을 선고하였는바(수원지방법원 성남지원 2016고단1584호), 위 유죄판결은 2016. 10. 7. 그대로 확정되었다.
 【인정 근거】갑 제1 내지 8, 15 내지 30, 34 내지 39, 42, 51 내지 54호증, 을 제1 내지 8, 10 내지 15, 18, 39호증의 각 기재 및 영상(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함한다. 달리 특정하지 않는 한 이하 같다), 변론 전체의 취지
3. 원고들의 침해금지, 예방청구 및 침해조성물 폐기청구 부분에 대한 판단
 [원고들의 주장]
 원고들은, 드래퍼 등 보호품종의 최초 육성자인 원고 미시간주립대학은 이 사건 출원공개일부터 드래퍼 등 보호품종의 품종보호 등록일 전날까지는 임시보호권을, 각 품종보호 등록일 이후부터 전용실시권 설정일 전날까지는 품종보호권을 갖고, 원고 탑블루베리는 드래퍼 등 보호품종에 대한 전용실시권 설정일 이후부터 전용실시권을 갖는반면(이하 임시보호권, 품종보호권, 전용실시권을 통칭하여 ‘품종보호권 등’이라 한다), 피고는 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 통상실시권을 보유하고 있지 않은바, 삽목은 해당 품종의 묘목 또는 성목의 가지를 적당한 크기로 잘라 상토에 꽂는 행위일 뿐 실제로 삽목을 하였다고 하여 이를 묘목이라고 하지 않고, 삽목 후 6개월 정도의 재배기간이 지나야만 묘목을 보유하였다고 할 수 있어 위와 같이 묘목을 보유하였다고 볼 수 있을 정도로 증식이 완료되었을 때에 비로소 증식이 이루어졌다고 보아야 할 것인데, 피고의 드래퍼 등 보호품종에 대한 증식 행위는 대부분 이 사건 출원공개일 이후에 이루어졌고, 설령 피고의 드래퍼 등 보호품종에 대한 증식 행위가 이 사건 출원공개일 이전에 이루어졌다고 하더라도 그 양도를 위한 전시, 광고, 판매 등이 이 사건 출원공개일 이후에 이루어진 이상, 이는 이 사건 출원공개일 이후의 실시에 해당하므로, 피고가 이 사건 출원공개일 전후로 원고 미시간주립대학의 동의 없이 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 증식한 후 이를 판매함으로써 원고들의 품종보호권 등을 침해하였다고 주장하면서 피고에 대하여 청구취지 기재와 같이(다만 제1심에서 소각하된 부분 제외) 그 침해행위의 금지 및 예방과 침해조성물의 폐기를 구한다.
 [피고의 주장]
 피고는, 이 사건 출원공개일 전에 삽목 등의 방법으로 증식한 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 판매한 것에 대해서는 구 종자산업법 제13조의2 제3항에 의하여 원고들의 품종보호권 등의 효력이 미치지 아니하고, 피고가 이 사건 출원공개일 이전부터 드래퍼 등 보호품종에 관한 실시사업을 하거나 그 실시사업의 준비를 하고 있었던 이상 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따라 드래퍼 등 보호품종의 품종보호권에 대한 통상실시권을 가지므로, 이 사건 출원공개일 이후에 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 증식하여 판매한 것 역시 원고들의 품종보호권 등을 침해한 것이 아니라고 주장한다.
 [판단]
가. 관련 법령
▣ 식물신품종 보호법
제2조(정의)
 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 
 7. "실시"란 보호품종의 종자를 증식·생산·조제(調製)·양도·대여·수출 또는 수입하거나 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위를 말한다.
제16조(품종보호요건)
 다음 각호의 요건을 갖춘 품종은 이 법에 따른 품종보호를 받을 수 있다.
 1. 신규성
 2. 구별성
 3. 균일성
 4. 안정성
 5. 제106조 제1항에 따른 품종명칭
제17조(신규성)
 ① 제32조 제2항에 따른 품종보호 출원일 이전(제31조 제1항에 따라 우선권을 주장하는 경우에는 최초의 품종보호 출원일 이전)에 대한민국에서는 1년 이상, 그 밖의 국가에서는 4년(과수 및 임목인 경우에는 6년) 이상 해당 종자나 그 수확물이 이용을 목적으로 양도되지 아니한 경우에는 그 품종은 제16조 제1호의 신규성을 갖춘 것으로 본다.
제38조(임시보호의 권리)
 ① 품종보호 출원인은 출원공개일부터 업으로서 그 출원품종을 실시할 권리를 독점한다.
 ② 출원공개 후 해당 품종보호출원이 다음 각호의 어느 하나에 해당하면 제1항에 따른 권리는 처음부터 발생하지 아니한 것으로 본다.
 1. 품종보호 출원이 포기·취하되거나 무효로 된 경우
 2. 품종보호 출원의 거절결정이 확정된 경우
 ③ 제1항에 따른 권리를 가진 자가 그 권리를 행사한 경우에 품종보호 출원이 제2항 각호의 어느 하나에 해당하면 그 권리의 행사로 인하여 상대방에게 입힌 손해를 배상할 책임을 진다.
제56조(품종보호권의 효력)
 ① 품종보호권자는 업으로서 그 보호품종을 실시할 권리를 독점한다. 다만, 그 품종보호권에 관하여 전용실시권을 설정하였을 때에는 제61조 제2항에 따라 전용실시권자가 그 보호품종을 실시할 권리를 독점하는 범위에서는 그러하지 아니하다.
 ② 품종보호권자는 제1항에 따른 권리 외에 품종보호권자의 허락 없이 도용된 종자를 이용하여 업으로서 그 보호품종의 종자에서 수확한 수확물이나 그 수확물로부터 직접 제조된 산물에 대하여도 실시할 권리를 독점한다. 다만, 그 수확물에 관하여 정당한 권원(권원)이 없음을 알지 못하는 자가 직접 제조한 산물에 대하여는 그러하지 아니하다.
제61조(전용실시권)
 ① 품종보호권자는 그 품종보호권에 대하여 타인에게 전용실시권을 설정할 수 있다.
 ② 제1항에 따라 전용실시권을 설정받은 전용실시권자는 그 설정행위로 정한 범위에서 업으로서 해당 보호품종을 실시할 권리를 독점한다.
제83조(권리 침해에 대한 금지청구권 등)
 ① 품종보호권자나 전용실시권자는 자기의 권리를 침해하였거나 침해할 우려가 있는 자에 대하여 그 침해의 금지 또는 예방을 청구할 수 있다.
 ② 품종보호권자나 전용실시권자가 제1항에 따른 청구를 할 때에는 침해행위를 조성한 물건의 폐기, 침해행위에 제공된 설비의 제거, 그 밖에 침해 예방에 필요한 행위를 청구할 수 있다.
제84조(침해로 보는 행위)
 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 행위는 품종보호권이나 전용실시권을 침해한 것으로 본다.
 1. 품종보호권자나 전용실시권자의 허락 없이 타인의 보호품종을 업으로서 실시하는 행위
 2. 타인의 보호품종의 품종명칭과 같거나 유사한 품종명칭을 해당 보호품종이 속하는 식물의 속(屬) 또는 종의 품종에 사용하는 행위
제85조(손해배상청구권)
 ① 품종보호권자나 전용실시권자는 고의나 과실에 의하여 자기의 권리를 침해한 자에게 손해배상을 청구할 수 있다.
 ② 제1항에 따른 손해배상의 청구에 관하여는 「특허법」 제128조 및 제132조를 준용한다.
▣ 식물신품종 보호법 부칙(제11457호, 2012. 6. 1.)
제1조(시행일)
 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제3조의2(알려진 품종의 품종보호 등에 관한 경과조치)
 이 법 시행 당시 종전의 종자산업법 제13조의2에 따라 품종보호를 출원하거나 품종보호를 출원하여 품종보호를 받는 경우 그 품종보호권에 대해서는 종전의 종자산업법 제13조의2에 따른다(본조신설 2013. 8. 13.).
제4조(품종보호 등의 출원, 등록, 청구 등에 관한 경과조치)
 ① 이 법 시행 당시 종전의 「종자산업법」 제26조에 따라 품종보호를 출원한 자는 제30조에 따라 품종보호를 출원한 것으로 본다.
▣ 구 종자산업법(2012. 6. 1. 법률 제11458호로 전부 개정되기 전의 것)
제2조(정의)
 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
 3. "종자"란 증식용·재배용 또는 양식용으로 쓰이는 씨앗·버섯 종균(種菌)·영양체(營養體) 또는 포자(胞子)를 말한다.
 9. "실시"란 보호품종의 종자를 증식·생산·조제·양도·대여·수출 또는 수입하거나 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위를 말한다.
제13조의2(알려진 품종에 관한 품종보호)
 ① 제11조에 따라 농림수산식품부령으로 품종보호를 받을 수 있는 작물의 속 또는 종을 정할 당시에 이미 알려진 품종으로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 품종은 그 품종보호를 받을 수 있는 작물의 속 또는 종으로 정하여진 날부터 1년 이내에 품종보호 출원을 할 경우 제13조 제1항에도 불구하고 신규성이 있는 것으로 보아 이 법에 따른 품종보호를 받을 수 있다.
 3. 외국에서 품종보호권이 설정등록된 품종
 ② 제1항에 따라 품종보호를 받은 품종에 대한 품종보호권의 존속기간은 다음 각호에 해당하는 날부터 기산한다. 다만, 그 품종이 다음 각호 중 둘 이상에 해당하는 경우에는 가장 빠른 날부터 기산한다.
 3. 제1항 제3호에 따른 품종인 경우에는 그 품종보호권의 설정등록일
 ③ 제1항 각호의 어느 하나에 해당하는 품종으로서 제55조 제1항에 따라 설정등록된 품종보호권은 그 품종의 출원공개일 전에 한 실시에 대하여는 그 효력이 미치지 아니한다.
 ④ 제1항에 따라 품종보호를 받은 경우 그 품종의 출원공개일 전에 국내에서 그 보호품종의 실시사업을 하고 있거나 그 준비를 하고 있는 자는 그 실시 또는 준비를 하고 있는 사업의 목적 범위에서 그 품종보호권에 대한 통상실시권을 가진다. 이 경우 통상실시권을 가진 자는 품종보호권자에게 상당한 대가를 지급하여야 한다.
제57조(품종보호권의 효력)
 ① 품종보호권자는 업으로서 그 보호품종을 실시할 권리를 독점한다. 다만, 그 품종보호권에 관하여 전용실시권을 설정하였을 때에는 제62조 제2항에 따라 전용실시권자가 그 보호품종을 실시할 권리를 독점하는 범위에서는 그러하지 아니하다.
제59조(품종보호권의 효력 제한)
 품종보호권, 전용실시권 또는 통상실시권을 가진 자에 의하여 국내에서 판매되거나 유통된 보호품종의 종자, 그 수확물 및 그 수확물로부터 직접 제조된 산물에 대하여는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 행위를 제외하고는 제57조에 따른 품종보호권의 효력이 미치지 아니한다.
 1. 판매되거나 유통된 보호품종의 종자, 그 수확물 및 그 수확물로부터 직접 제조된 산물을 이용하여 보호품종의 종자를 증식하는 행위
 2. 증식을 목적으로 보호품종의 종자, 그 수확물 및 그 수확물로부터 직접 제조된 산물을 수출하는 행위
나. 구 종자산업법 제13조의2에 따른 알려진 품종에 관한 품종보호
 1) 식물신품종 보호법의 제정 및 그 부칙 개정의 경위 등
 종래 종자산업법은 종자의 보증·유통관리 등에 관한 실체적 규정과 품종보호 관련 절차적 규정이 혼재되어 있었는바, 종자산업법 중 식물신품종의 출원·심사 및 등록 등에 관한 절차적 규정을 분리하여 식물신품종과 그 육성자의 권리를 체계적으로 보호하기 위해 2012. 6. 1. 식물신품종 보호법이 제정되어 2013. 6. 2. 시행됨에 따라 식물신품종에 대한 육성자의 권리 보호에 관한 사항은 식물신품종 보호법의 규율을 받게 되었다. 
 식물신품종 보호법에 따른 품종보호를 받기 위해서는 식물신품종 보호법 제16조에 정한 신규성, 구별성, 균일성, 안정성, 고유한 품종명칭의 요건을 갖추어야 하고, 식물신품종 보호법 제17조 제1항에 따르면, 품종보호 출원일 이전에 대한민국에서는 1년 이상, 그 밖의 국가에서는 4년(과수 및 임목인 경우에는 6년) 이상 해당 종자나 그 수확물이 이용을 목적으로 양도되지 아니한 경우에는 신규성 요건을 갖춘 것으로 본다. 
 한편 식물신품종 보호법은 위와 같은 제정 과정에서 종래 신규성의 예외로서 인정되어 오던 구 종자산업법 제13조의2 알려진 품종에 관한 품종보호 규정을 경과규정 없이 도입하지 않음으로써 식물신품종 보호법의 시행일(2013. 6. 2.) 이후에는 구 종자산업법 제13조의2에 따라 신규성 유예기간(2012. 1. 7. ∼ 2013. 1. 6.) 중에 출원한 품종에 대해서 신규성을 인정해주는 구 종자산업법을 적용받지 못해 등록이 거절될 수 있다는 우려와 알려진 품종의 출원공개일 전에 실시사업을 하고 있거나 실시사업을 준비하고 있는 자를 보호하기 위해 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따라 인정해주고 있는 통상실시권이 인정되지 않아 선의의 피해자가 발생할 수 있다는 우려가 제기되자, 2013. 8. 13. 그 경과조치로서 부칙 제3조의2를 신설하여 “이 법 시행 당시 종전의 종자산업법 제13조의2에 따라 품종보호를 출원하거나 품종보호를 출원하여 품종보호를 받는 경우 그 품종보호권에 대해서는 종전의 종자산업법 제13조의2에 따른다.”라고 규정하였다.
 2) 구 종자산업법 제13조의2 제3항과 제4항의 해석
구 종자산업법 제13조의2 제1항 제3호에 따르면, 외국에서 품종보호권이 설정 등록된 품종의 경우 농림수산식품부령으로 품종보호를 받을 수 있는 작물의 속 또는 종을 정할 당시에 이미 알려진 품종이라 하더라도 그 품종보호를 받을 수 있는 작물의 속 또는 종으로 정하여진 날부터 1년 이내에 품종보호 출원을 할 경우 신규성이 있는 것으로 보아 품종보호를 받을 수 있다. 다만 이 경우 구 종자산업법 제13조의2 제3항은 설정등록된 품종보호권의 효력이 품종의 출원공개일 전에 행하여진 실시에 대하여는 미치지 않는다고 규정하고 있고, 같은 법 제4항은 그 품종의 출원공개일 전에 국내에서 그 보호품종의 실시사업을 하고 있거나 그 준비를 하고 있는 자는 그 실시 또는 준비를 하고 있는 사업의 목적 범위에서 그 품종보호권에 대한 통상실시권을 가지고, 이 경우 통상실시권을 가진 자는 품종보호권자에게 상당한 대가를 지급하여야 한다고 규정하고 있다. 
 그런데 구 종자산업법 또는 식물신품종 보호법의 기초가 된 식물신품종의 보호에 관한 국제협약(The International Union for the Protection of New Varieties of Plants, 이하 ‘UPOV 조약’이라 한다)은 1978년 2차 개정 당시 임시보호제도를 두는 것은 각국의 재량으로 하고 있었고[제7조 (2)], 1991년 3차 개정 당시 육성자를 보호하기 위하여 임시보호제도로서 출원에서 등록까지의 기간 동안의 침해행위에 대해서도 등록 후에 보상금청구권을 인정하는 제도(제13조)의 도입을 각국의 의무로 하면서 임시보호의 구체적인 내용에 대해서는 각국에 일임하였는바, 우리나라는 2002. 1. 7. UPOV 조약에 가입하기 이전인 1995. 12. 6. 법률 제5024호로 종자산업법을 제정하면서 품종보호출원인은 출원공고일부터 업으로서 품종보호출원된 당해 품종에 대하여 실시할 권리를 독점하는 것 등을 내용으로 하는 품종보호출원인의 임시보호의 권리를 규정하였고(제39조), 이후 2003. 12. 11. 법률 제6999호로 개정된 종자산업법에서 품종보호출원된 품종에 대한 임시보호권이 출원공개일부터 발생하도록 개정되었으며(제34조의2), 식물신품종 보호법에서도 위와 같이 개정된 임시보호권과 같은 내용이 규정되어 있다(제38조).
 한편 품종보호권은 설정등록을 함으로써 발생하므로(식물신품종 보호법 제54조 제1항), 보호품종의 품종보호권의 효력은 그 설정등록 이후의 실시에 대하여만 효력이 미치는 것이 원칙이나, 구 종자산업법 제13조의2 제1항에 의하여 설정등록된 보호품종에 대한 품종보호권의 효력은 같은 조 제3항의 소급효에 의하여 그 출원공개일 이후 그 등록 전에 행하여진 실시에 대하여도 그 효력이 미친다. 
 위와 같은 규정 내용에 의하면, 국내에서 그 보호품종의 실시사업을 하고 있는 자 또는 그 실시사업의 준비를 하는 자가 알려진 품종에 대한 출원공개일 전에 행한 실시에 대하여는 품종보호권의 효력이 미치지 않고, 그 이후에 행한 실시에 대하여는 품종보호권의 효력이 미치지만, 그에 대한 침해를 구성하는 것은 아니고 통상실시권자로서 상당한 대가를 지급하여야 한다고 해석함이 상당하다.
다. 피고가 이 사건 출원공개일 전에 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 증식하거나 이 사건 출원공개일 이후에 그 증식한 묘목을 판매 또는 판매 목적으로 전시 등을 한 행위에 드래퍼 등 보호품종의 품종보호권 등의 효력이 미치는지 여부
 1) 구 종자산업법은 제2조 제9호에서 ‘실시’란 보호품종의 종자를 증식·생산·조제·양도·대여·수출 또는 수입하거나 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위를 말한다고 정의하고, 제57조 제1항 본문에서 “품종보호권자는 업으로서 그 보호품종을 실시할 권리를 독점한다.”고 규정하는 한편, 앞서 본 바와 같이 제13조의2 제1항에서 “제11조에 따라 농림수산식품부령으로 품종보호를 받을 수 있는 작물의 속 또는 종을 정할 당시에 이미 알려진 품종으로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 품종은 그 품종보호를 받을 수 있는 작물의 속 또는 종으로 정하여진 날부터 1년 이내에 품종보호 출원을 할 경우 제13조 제1항에도 불구하고 신규성이 있는 것으로 보아 이 법에 따른 품종보호를 받을 수 있다.”라고, 제3항에서 “제1항 각호의 어느 하나에 해당하는 품종으로서 제55조 제1항에 따라 설정등록된 품종보호권은 그 품종의 출원공개일 전에 한 실시에 대하여는 그 효력이 미치지 아니한다.”라고 각 규정하고 있다. 
 그런데 이와 같이 구 종자산업법 제2조 제9호가 보호품종의 종자를 증식하는 행위 외에 보호품종의 종자를 양도하거나 양도를 위한 청약(양도를 위한 전시를 포함한다) 행위 역시 증식과는 구별되는 별도의 ‘실시’로 규정하고 있고, 구 종자산업법 제57조 제1항이 품종보호권자는 업으로서 그 보호품종을 실시할 권리를 독점한다고 규정하고 있으나, ① 원래 보호품종의 실시라 함은 보호품종의 종자의 증식 등을 하는 행위를 의미하는 점, ② 구 종자산업법 제13조의2가 알려진 품종에 대해서 신규성의 요건에도 불구하고 일정한 요건을 갖춘 경우 품종보호를 받을 수 있도록 허용하면서도 품종보호 출원공개일 전에 그 알려진 품종을 이미 실시하고 있는 자를 보호하기 위하여 알려진 품종의 품종보호권의 효력을 제한하고 있는 점, ③ 구 종자산업법 제59조는 품종보호권자 등에 의하여 국내에서 판매되거나 유통된 보호품종의 종자에 대하여는 그 종자를 이용하여 보호품종의 종자를 증식하는 행위(제1호) 및 증식을 목적으로 그 종자를 수출하는 행위(제2호)를 제외하고는 품종보호권의 효력이 미치지 않는다고 규정하고 있는바, 비록 그 요건이 다르긴 하나 품종보호권의 효력이 미치지 않는 점에서 구 종자산업법 제59조의 품종보호권자 등에 의하여 국내에서 판매되거나 유통된 보호품종의 종자와 구 종자산업법 제13조의2 제3항의 알려진 품종의 품종보호 출원공개일 전에 실시된 종자는 유사하므로 구 종자산업법 제59조를 유추적용하여 구 종자산업법 제13조의2 제3항에 따라 알려진 품종의 품종보호 출원공개일 전에 실시된 종자를 이용한 실시행위가 구 종자산업법 제59조 각호의 1에 해당하지 않는 이상 품종보호권자의 허락이 없더라도 알려진 품종의 종자를 실시할 수 있다고 볼 수 있고, 그렇게 해석하지 않으면 알려진 품종의 품종보호 출원공개일 전에 실시행위가 있었다고 하더라도 기존의 실시행위자는 그 출원공개일 이후에는 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따라 항상 모든 실시행위에 대하여 상당한 대가를 지급하여야 하므로 알려진 품종의 품종보호 출원공개일 전에 행하여진 실시에 대하여 품종보호권의 효력이 미치지 않도록 한 구 종자산업법 제13조의2 제3항의 입법 취지가 몰각되는 점 등을 종합하면,구 종자산업법 제13조의2 제3항에 따라 알려진 품종의 품종보호 출원공개일 전에 실시된 종자를 이용하여 품종보호 출원공개일 이후에 한 실시행위가 품종보호권자 등의 이해관계에 중대한 영향을 미치는 구 종자산업법 제59조 각호의 1에 해당하는 보호품종의 종자를 증식하는 행위, 증식을 목적으로 수출하는 행위에 해당하지 않는 이상 기존의 실시행위자는 품종보호권자의 허락이 없더라도 품종보호권의 효력이 미치지 않는 보호품종의 종자를 이용하여 실시행위를 할 수 있다고 봄이 상당하므로, 구 종자산업법 제13조의2 제3항에 따라 알려진 품종의 품종보호 출원공개일 전에 당해 품종의 종자를 증식하여 실시된 종자를 이용한 실시행위로서 품종보호 출원공개일 후에 이를 양도하거나 양도의 청약(양도를 위한 전시를 포함한다)을 한 행위에는 알려진 품종의 품종보호권의 효력이 미치지 않는다고 보아야 할 것이다.
 한편 앞서 본 바와 같이 구 종자산업법은 제2조 제9호에서 ‘실시’라 함은 보호품종의 종자를 증식·생산·조제·양도·대여·수출 또는 수입하거나 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다)을 하는 행위를 말한다고 정의하고 있으나, 종자를 증식하는 행위가 무엇인지에 관하여 명확한 정의규정을 두고 있지 않다. 다만 구 종자산업법은 제2조 제3호에서 ‘종자’란 증식용·재배용 또는 양식용으로 쓰이는 씨앗·버섯 종균(種菌)·영양체(營養體) 또는 포자(胞子)를 말한다고 규정하고 있고, 통상묘목이란 ‘묘포(묘밭)에서 기르고 있는 어린나무 또는 옮겨심기 위해 가꾸는 어린나무’를 말하며, 증식의 사전적 의미는 ‘늘어서 많아짐’ 내지는 ‘생물이나 조직 세포 따위가 세포 분열을 하여 그 수를 늘려감’이다. 그렇다면 종자를 증식하는 행위란 종자의 수를 늘리는 행위를 의미하고, 묘목을 통하여 증식·재배되는 품종의 경우 묘포(묘밭)에서 기르고 있는 어린나무의 수를 늘리는 행위라고 봄이 상당하다. 
 2) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 드래퍼 등 보호품종은 알려진 품종으로서 드래퍼 등 보호품종의 품종보호에 관하여는 식물신품종 보호법 부칙 제3조의2에 따라 구 종자산업법 제13조의2가 적용된다고 할 것인바, 앞서 본 전제 사실과 갑 제46호증, 갑 제53호증의 54, 을 제10, 11, 13, 33 내지 42호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과 사정 즉, ① 블루베리 묘목의 증식은 접목, 삽목, 종자번식, 조직배양 등의 방법을 통해 이루어지는바, 그중 삽목은 모수의 가지를 잘라내어 토양이 담긴 삽목판 또는 트레이에 꽂아 발근시키는 방법으로서 삽목시기에 따라 숙지삽과 녹지삽으로 나뉘는데, 전년도의 경화된 가지를 이용하여 2월 말에서 4월 초까지 이루어지는 숙지삽의 경우 삽목 후 약 80일 내지 100일 만에 발근하고, 6월 초에서 8월 초까지 이루어지는 녹지삽의 경우 삽목 후 30일 내지 40일 만에 발근하는 것으로 보이는 점, ② 피고는 이 사건 출원공개일 이전부터 블루베리 재배에 관심을 가지고 블루베리 관련 인터넷 카페를 운영하면서 일본에서 블루베리 묘목을 들여와 식물방역법에 따른 격리재배검사에 합격하는 등으로 블루베리 묘목 관련 사업을 준비하고 있던 중, 2012. 1. 7. 블루베리가 품종보호 대상작물로 지정되기 이전으로서 이 사건 출원공개일(2012. 3. 15.) 이전인 2011. 2. 17. 및 2011. 2. 25. 미국에서 드래퍼 등 보호품종 등의 블루베리 묘목을 구입한 후 중국을 거쳐 2011. 3. 2. 드래퍼 등 보호품종의 블루베리 묘목의 경우 삽수 형태로 들여왔고, 2011. 3. 4.부터 피고 운영의 이 사건 농원에서 격리 재배하여 2011. 9. 5. 식물방역법에 따른 격리재배검사에 합격하였으며, 2011. 9. 무렵부터 2012. 1. 무렵까지 사이에 위와 같이 격리재배검사에 합격한 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 모수로 하여 그 모수에서 가지를 잘라내어 다시 삽목하는 방법으로 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 재배한 점, ③ 피고가 미국에서 구입하여 국내로 들여온 드래퍼 등 보호품종의 삽수는 2011. 3. 4. 무렵부터 2011. 9. 5. 격리재배검사에 합격할 때까지 피고의 이 사건 농장에 있는 비닐하우스에서 배양토가 담긴 육묘 트레이에서 삽목의 형태로 재배되었고, 2011. 9. 5. 격리재배검사에 합격한 후 다시 격리재배검사에 합격한 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 모수로 한 삽목 역시 같은 방법으로 진행된 것으로 보이는바, 드래퍼 등 보호품종에 대한 피고의 삽목 시기 및 방법과 아울러 앞서 본 블루베리 묘목의 삽목 과정에 따른 발근 시기 등에 비추어 보면, 적어도 피고가 이 사건 출원공개일(2012. 3. 15.) 이전에 위와 같이 삽목의 형태로 재배한 드래퍼 등 보호품종의 삽수는 이 사건 출원공개 이전에 이미 뿌리를 내린 것으로 보이는 점(원고들 역시 2018. 2. 12.자 답변서에서 삽수를 트레이에 꽂은 후 2~3개월 간 온도와 습도를 관리해주면 뿌리가 내린다는 사실은 인정하고 있다), ④ 블루베리 묘목을 삽목한 후 삽수에서 뿌리가 내려지면 더 이상 좁은 트레이에서 재배하는 것이 곤란하므로 트레이보다 큰 화분에 옮겨져 재배되거나 판매되는 것으로 보이는바, 삽목을 통해 뿌리를 내린 묘목은 모수와는 구별되는 별개의 개체로서 독자적인 생장이 가능하다고 할 것이므로 뿌리가 내려진 묘목을 판매될 때까지 임시로 심어두는 행위를 종자의 증식으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 출원공개일 이전에 삽목의 방법으로 재배하여 뿌리가 내려진 드래퍼 등 보호품종의 묘목에 대해서는 증식이 완료하였다고 봄이 상당하므로, 앞서 본 법리 및 구 종자산업법 제13조의2 제3항에 따라 이 사건 출원공개일 전에 실시된 종자인 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 이용한 실시행위로서 이 사건 출원공개일 이후에 피고가 위와 같이 증식을 마친 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 양도하거나 양도의 청약(양도를 위한 전시를 포함한다)을 한 행위에 대해서는 드래퍼 등 보호품종의 품종보호권의 효력이 미치지 않는다고 할 것이다.
라. 피고가 이 사건 출원공개일 이후에 드래퍼 등 보호품종을 증식한 행위 등이 품종보호권 등을 침해하는지 여부(피고가 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 통상실시권자에 해당하는지 여부)
 1) 특허출원인은 당해 특허에 대하여 특허권 설정등록을 받고 나서야 비로소 업으로서 특허발명을 실시할 권리를 독점하고(특허법 제87조 제1항, 제94조), 특허권 설정등록을 받기 전에는 출원공개가 있는 후 그 특허출원된 발명을 업으로써 실시한 자에게 그 발명이 이미 특허출원된 상태라는 것을 서면으로 경고할 수 있으며(특허법 제65조 제1항), 당해 특허에 관하여 특허권 설정등록을 받고 나면, 위와 같이 서면경고를 받거나 경고를 받지 않더라도 출원공개된 발명이라는 것을 알면서도 업으로써 그 발명을 실시한 제3자를 상대로 그 특허발명의 실시에 대하여 통상 받을 수 있는 금액에 상당하는 보상금의 지급을 청구할 수 있을 뿐인 반면(특허법 제65조 제2항, 제3항), 품종보호출원인은 앞서 본 바와 같이 출원공개일부터 업으로서 품종보호출원된 당해 품종에 대하여 실시할 권리를 독점하게 된다. 
 그리고 구 종자산업법 제13조의2 제4항은 같은 조 제1항에 따라 품종보호를 받은 경우 그 품종의 출원공개일 전에 국내에서 그 보호품종의 실시사업을 하고 있거나 그 준비를 하고 있는 자는 그 실시 또는 준비를 하고 있는 사업의 목적 범위에서 그 품종보호권에 대한 통상실시권을 가지고, 이 경우 통상실시권을 가진 자는 품종보호권자에게 상당한 대가를 지급하여야 한다고 규정하고 있는바, 구 종자산업법 제13조의2 제4항에서 규정하고 있는 ‘사업의 준비’라 함은, 그 보호품종에 대하여 아직 사업의 실시단계에 이르지는 않았지만, 즉시 실시할 의도가 있고, 그와 같은 즉시 실시의 의도가 객관적으로 인식할 수 있을 정도로 표명되어 있는 것을 말한다고 봄이 상당하다. 
 2) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 드래퍼 등 보호품종은 알려진 품종으로서 드래퍼 등 보호품종의 품종보호에 관하여는 식물신품종 보호법 부칙 제3조의2에 따라 구 종자산업법 제13조의2가 적용된다고 할 것인바, 앞서 본 전제 사실과 을 제24, 26호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과 사정, 즉 ① 원고 미시간주립대학은 드래퍼 등 보호품종에 대하여 신규성의 예외를 규정한 구 종자산업법 제13조의2 제1항에 따라 2012. 3. 15. 품종보호 출원공개를 하고 드래퍼 및 리버티에 대하여는 2015. 4. 8., 오로라에 대하여는 2016. 2. 1. 각 품종보호 등록을 마친 점, ② 피고는 이 사건 출원공개일 이전부터 블루베리 재배에 관심을 가지고 블루베리 관련 인터넷 카페를 운영하면서 2010. 6. 8. 및 2010. 11. 26. 2회에 걸쳐 일본에서 피고 명의로 블루베리 품종 중 하나인 후쿠베리 묘목 1,100주를 수입한 후 격리재배를 거쳐 식물방역법에 따른 격리재배검사에 합격한 후 이를 판매하기도 한 점, ③ 피고는 2012. 1. 7. 블루베리가 품종보호 대상작물로 지정되기 이전으로서 이 사건 출원공개일(2012. 3. 15.) 이전인 2011. 2. 17. 및 2011. 2. 25. 미국에서 드래퍼 등 보호품종 등의 블루베리 묘목을 피고의 아들 소외 2 또는 피고 명의로 구입한 후 중국을 거쳐 2011. 3. 2. 피고를 수입자로 하여 드래퍼 등 보호품종의 블루베리 묘목의 경우 삽수 형태로 들여왔고, 2011. 3. 4.부터 피고 운영의 이 사건 농원에서 격리재배를 하여 2011. 9. 5. 피고 명의로 식물방역법에 따른 격리재배검사에 합격하였으며, 2011. 9. 무렵부터 2012. 1. 무렵까지 사이에 위와 같이 격리재배검사에 합격한 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 모수로 하여 그 모수에서 가지를 잘라내어 다시 삽목하는 방법으로 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 재배한 점, ④ 피고가 미국에서 구입하여 국내로 들여온 드래퍼 등 보호품종의 삽수는 2011. 3. 4. 무렵부터 2011. 9. 5. 격리재배검사에 합격할 때까지 피고의 이 사건 농장에 있는 비닐하우스에서 배양토가 담긴 육묘 트레이에서 삽목의 형태로 재배되었고, 2011. 9. 5. 격리재배검사에 합격한 후 다시 격리재배검사에 합격한 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 모수로 한 삽목 역시 같은 방법으로 진행된 점, ⑤ 비록 피고는 임차한 토지 외에 자신이 소유하고 있는 토지가 없어 구 종자산업법 등 관련 법령에서 규정하고 있는 일정한 시설을 갖추지 못하자, 자신과 사돈관계에 있고 인근에서 토지를 소유하고 있는 소외 1의 명의를 빌려 종자업 등록을 신청하여 2011. 12. 21. 종자업 등록을 마쳤고, 2012. 1. 2. 소외 1의 명의를 빌려 그 명의로 상호를 ○○○○으로 하여 묘목생산업에 관한 사업자등록을 마쳤으며, 2012. 1. 무렵 소외 7에게 드래퍼, 리버티 보호품종의 묘목을 일부 판매하기도 한 점 등에 비추어 보면, 피고는 이 사건 출원공개일 전에 이미 드래퍼 등 보호품종의 실시사업을 하고 있었다고 보이고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 피고는 이 사건 출원공개일 전까지 드래퍼 등 보호품종의 실시사업을 위한 활동을 해왔고, 그와 같은 피고의 행위는 명백히 피고의 드래퍼 등 보호품종에 관한 사업의 실시를 위한 경제활동의 일환이라고 할 것이어서 피고가 드래퍼 등 보호품종에 관하여 사업을 즉시 실시할 의도를 가지고 있었다고 보아야 하며, 그와 같은 즉시 실시할 의도는 피고가 피고 명의로 미국에서 드래퍼 등 보호품종에 관한 묘목을 구입한 후 피고를 수입자로 하여 이를 국내에 들여온 다음 피고 명의로 격리재배검사에 합격하고, 격리재배검사에 합격한 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 모수로 한 삽목을 실시하였을 뿐만 아니라, 비록 타인의 명의로 한 것이기는 하지만 종자업 등록과 묘목생산업에 관한 사업자등록을 마친 행위 등에 의하여 객관적으로 인식될 수 있는 정도로 표명되었다고 할 것이므로, 결국 피고는 이 사건 출원공개일 전에 드래퍼 등 보호품종의 실시사업을 준비하고 있었다고 봄이 상당하다.
 이에 대하여 원고들은, 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 통상실시권이 인정되기 위해서는 같은 법 제65조의 선사용에 의한 통상실시권 규정과 마찬가지로 적어도 적법하게 그 보호품종의 실시사업을 하거나 그 준비를 하고 있는 경우이어야 하는데, 피고는 이 사건 출원공개일 전에 종자업 등록을 위한 요건을 갖추지 못하여 종자업 등록을 하지 아니하였고, 동업관계에 있지 않은 소외 1 명의로 한 종자업 등록의 효력이 피고에게 미친다고 볼 수 없으며, 위와 같은 위법 상태를 해소함이 없이 이 사건 출원공개일 이후인 2012. 4. 무렵부터 드래퍼 등 보호품종의 묘목 등을 판매한 이상, 피고를 적법하게 보호품종의 실시사업을 하고 있는 자라고 볼 수 없고, 피고에게 실시사업의 의도가 있다거나 그 의도의 객관적인 표명이 있었다고 보기도 어려워 피고를 그 실시사업의 준비를 하고 있는 자라고 볼 수도 없으므로, 피고는 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 통상실시권자라고 볼 수 없다는 취지로 주장한다.
 살피건대, 피고가 관할관청에 종자업 등록을 하지 아니하고 소외 1 명의의 종자업 등록일 전날까지 드래퍼 등 보호품종 등을 수입하여 증식하고 인터넷 판매광고를 한 것으로 인한 종자산업법 위반죄, 농림축산식품부장관에게 신고를 하지 아니하고 이 사건 출원공개일 전날까지 드래퍼 등 보호품종 등의 종자 수입, 생산, 판매행위를 한 것으로 인한 종자산업법 위반죄 등으로 유죄판결을 받은 사실은 앞서 본 바와 같다.
 그러나 갑 제49호증, 을 제17, 21, 22, 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과 사정 즉, ① 구 종자산업법이 무등록 종자업 운영 및 무신고 품종의 종자 수입 등 행위에 대해 처벌규정을 두고 있는 것 외에 구 종자산업법 제13조의2 제4항에서 구 종자산업법 제13조의2 제1항에 따라 품종보호를 받은 품종의 출원공개일 전에 국내에서 그 보호품종의 실시사업을 하고 있거나 그 준비를 하고 있는 자가 반드시 구 종자산업법에서 규정하고 있는 종자업 등록 등의 요건도 갖출 것을 통상실시권의 성립 요건으로 규정하고 있지 않은 이상, 무등록 종자업 등의 위반행위를 단순히 금지하는 것에 그치지 않고 더 나아가 구 종자산업법 제13조의2 제4항의 통상실시권의 취득까지 제한한다고 보기는 어려운 점, ② 구 종자산업법 제139조 제1항 제1호는 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 종자업 등록을 한 경우 종자업 등록의 취소사유로 규정하고 있을 뿐이고, 구 종자산업법이 타인의 명의로 종자업 등록을 한 자를 형사처벌하는 규정을 두고 있지는 않은 점, ③ 피고는 임차한 토지 외에 자신이 소유하고 있는 토지가 없어 구 종자산업법 등 관련 법령에서 요구하는 일정한 시설을 갖추지 못하자, 자신과 사돈관계에 있고 인근에서 토지를 소유하고 있는 소외 1의 명의를 빌려 종자업 등록 신청을 하여 2011. 12. 21. 종자업 등록을 마쳤고, 이후 관련 법령에 따른 종자업 등록 요건이 완화됨에 따라 2013. 3. 25. 관할관청에 종자업 등록 사항 중 신청인을 피고와 소외 1 공동명의로 변경하는 것을 내용으로 하는 변경사항을 통지한 점, ④ 더욱이 원고들은 피고가 원고들의 허락 없이 드래퍼 및 리버티 등의 블루베리 묘목을 증식, 판매하였다는 이유로 피고에 대하여 식물신품종 보호법 위반죄로 형사고소를 제기하였으나, 검사는 2016. 9. 7. 드래퍼 및 리버티와 관련한 식물신품종보호법위반의 점에 대하여 피고에게 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따라 통상실시권이 인정될 가능성이 충분하여 상당한 대가의 지급은 별론으로 하더라도 피고가 드래퍼 및 리버티에 관한 원고들의 품종보호권을 침해한다고 볼 수 없다는 이유로 불기소처분(혐의없음)을 하였고, 원고들이 이에 불복하여 재정신청[부산고등법원(창원) 2017초재107호]을 하였으나 2017. 6. 7. 그 재정신청이 기각된 점 등에 비추어 보면, 원고들의 위 주장은 이유 없다. 
 3) 그렇다면 피고는 드래퍼 등 보호품종에 관한 이 사건 출원공개일 전에 국내에서 드래퍼 등 보호품종의 실시사업을 하고 있거나 그 준비를 하고 있는 자에 해당하여 그 실시 또는 준비를 위한 사업의 목적 범위로서 드래퍼 등 보호품종의 증식, 판매와 관련하여 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따라 드래퍼 등 보호품종에 대한 통상실시권을 가진다고 할 것이므로, 피고가 이 사건 출원공개일 이후에 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 증식하여 판매하였다고 하더라도 원고들의 품종보호권 등을 침해한 것으로 볼 수 없다.
마. 소결
 이상에서 살펴본 내용을 종합하면, 피고가 이 사건 출원공개일 이전에 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 증식하거나 이 사건 출원공개일 이후에 그 증식한 묘목을 판매 또는 판매 목적으로 전시 등을 한 행위에는 드래퍼 등 보호품종의 품종보호권 등의 효력이 미치지 아니하고, 피고가 이 사건 출원공개일 이후에 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 증식하여 판매하였다고 하더라도 피고에게 드래퍼 등 보호품종에 대한 통상실시권이 인정되어 원고들의 품종보호권 등을 침해한 것으로 볼 수 없다.
 따라서 피고가 원고들의 품종보호권 등을 침해하였음을 전제로 한 원고들의 침해금지 등 청구는 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
4. 원고들의 금원지급에 관한 주위적 청구에 관한 판단
 [원고들의 주장]
 원고들은, 피고가 드래퍼 등 보호품종의 임시보호권자 겸 품종보호권자인 원고 미시간주립대학 또는 드래퍼 등 보호품종의 전용실시권자인 원고 탑블루베리의 허락 없이 2012. 3. 15.부터 2016. 12. 31.까지 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 증식하여 판매함으로써 원고 미시간주립대학의 임시보호권 및 품종보호권과 원고 탑블루베리의 전용실시권을 침해하였다고 주장하면서, 피고에 대하여 이로 인해 원고들이 입은 손해를 배상책임이 있다고 주장한다. 
 [판단]
 그러나 앞서 침해금지 등 청구 부분에서 본 바와 같이 피고가 이 사건 출원공개일 이전에 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 증식하거나 이 사건 출원공개일 이후에 그 증식한 묘목을 판매 또는 판매 목적으로 전시 등을 한 행위에는 드래퍼 등 보호품종의 품종보호권 등의 효력이 미치지 아니하고, 피고가 이 사건 출원공개일 이후에 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 증식하여 판매하였다고 하더라도 피고에게 드래퍼 등 보호품종에 대한 통상실시권이 인정되는 이상 원고들의 품종보호권 등을 침해한 것으로 볼 수 없다. 
 따라서 피고가 원고들의 품종보호권 등을 침해하였음을 전제로 한 원고들의 주위적 금원지급청구는 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
5. 원고들의 금원지급에 관한 예비적 청구에 관한 판단
가. 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 기초한 상당한 대가 지급청구 부분
 [원고들의 주장]
 원고들의 주장 요지는 다음과 같다.
 1) 원고 미시간주립대학은 드래퍼 등 보호품종의 품종보호권자 또는 전용실시권자로서, 이 사건 출원공개일인 2012. 3. 15.부터 전용실시권 설정등록일 전날인 2015. 10. 1.(오로라 품종에 관하여는 2016. 2. 2.)까지의 피고의 드래퍼 등 보호품종의 실시와 관련하여, 원고 탑블루베리는 드래퍼 등 보호품종의 전용실시권자로 전용실시권이 설정등록된 2015. 10. 2.(오로라 품종에 관하여는 2016. 2. 3.)부터 2016. 12. 31.까지 피고의 드래퍼 등 보호품종의 실시와 관련하여 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따라 상당한 대가의 지급을 구할 수 있다.
 2) 피고가 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따라 품종보호권자 또는 전용실시권자인 원고들에게 지급하여야 할 상당한 대가는, ① 피고가 이 사건 농원의 비닐하우스 1동에서 1회 증식 시 104,000주를 증식하는 방법으로 2012년 무렵부터 2016년 무렵까지 총 9회(2012년은 1회, 2013년부터 2016년까지는 매년 각 2회)에 걸쳐 증식한 드래퍼 등 보호품종 936,000주에 피고의 단위수량당 판매가액 7,000원에서 피고의 생산비(묘목 1주당 1,157원)를 공제한 금액을 곱하여 계산한 피고의 이익액 5,469,048,000원[= 936,000주 × 5,843원(7,000원 - 1,157원)]이거나, ② 적어도 원고 미시간주립대학이 드래퍼 등 보호품종에 대한 통상실시권을 제3자에게 부여할 때 지급받는 통상실시료에 해당하는 금액으로서 묘목 당 최소 미화 1.02달러로 계산한 미화 954,720달러(= 936,000주 × 미화 1.02달러)라고 할 것이다.
 3) 따라서 피고에 대하여 명시적 일부청구로서, 원고 미시간주립대학은 200,000,000원(= 드래퍼 품종 관련 상당한 대가 100,000,000원 + 리버티 품종 관련 상당한 대가 50,000,000원 + 오로라 품종 관련 상당한 대가 50,000,000원)과 그 지연손해금의 지급을, 원고 탑블루베리는 100,000,000원(= 드래퍼 품종 관련 상당한 대가 50,000,000원 + 리버티 품종 관련 상당한 대가 25,000,000원 + 오로라 품종 관련 상당한 대가 25,000,000원)과 그 지연손해금의 지급을 각 구한다.
 [판단]
1) 원고 미시간주립대학의 상당한 대가 지급청구에 대한 판단
 가) 관련 법리
 앞서 본 바와 같이 구 종자산업법 제13조의2는 알려진 품종에 대해서 신규성의 요건에도 불구하고 일정한 요건을 갖춘 경우 품종보호를 받을 수 있도록 허용하여(제1항) 품종보호권자의 권리를 두텁게 보호하면서도, 그 품종보호 출원공개일 전에 국내에서 그 보호품종의 실시사업을 하고 있거나 그 준비를 하고 있던 자의 권리와 신뢰를 보호하기 위하여 출원공개일 전에 그 알려진 품종을 실시한 것에 대하여는 그 품종보호권의 효력이 미치지 않도록 하고(제3항), 그러한 사업을 실시하거나 준비한 자에게 법정 통상실시권을 부여하고 있으므로(제4항), 그러한 통상실시권의 대가로 지급하여야 하는 ‘상당한 대가’ 역시 이러한 입법 취지를 고려하여 품종보호권자와 법정 통상실시권자 간의 형평과 거래통념 등을 종합적으로 고려하여 합리적으로 산정하여야 한다. 그리고 상당한 대가의 액수와 지급방법은 원칙적으로 당사자 사이에 협의가 성립될 경우 이에 의하여 정하여 질 것이지만, 당사자 사이에 협의가 성립하지 않는 경우에는 당사자의 청구에 의해 법원이 정하게 되는바, 이 경우에는 특별한 사정이 없는 한 품종보호권자가 통상실시권의 허락을 한 경우의 실시료 상당액을 고려하여 결정하여야 할 것인데, 구체적으로 품종보호권자가 국내외에서 다수의 통상실시권계약을 체결하였다면 그러한 계약을 통하여 받은 실시료 금액, 통상실시권자가 증식한 수량 및 증식 방법, 증식한 품종의 판매량 및 판매로 인한 수익, 해당 품종의 성질 등을 종합적으로 고려하여 이를 결정하여야 할 것이다.
 나) 상당한 대가의 구체적 산정
 (1) 원고 미시간주립대학이 드래퍼 등 보호품종과 관련하여 통상실시권을 허락할 경우의 묘목 1주당 실시료
 (가) 인정 사실
 앞서 본 전제 사실 및 갑 제64, 65, 67, 73, 74호증, 을 제 32호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. 
 ① 홀티 측은 2011. 12. 1. 굿맨파트너즈 측과 사이에 홀티 측이 굿맨파트너즈 측에게 이 사건 각 보호품종에 관한 국내에서의 독점적인 재실시권을 부여하는 내용의 이 사건 라이선스계약을 체결하면서 굿맨파트너즈 측이 그 로열티로서 홀티 측에게, ㉠ 선불금으로 미화 29,000달러, ㉡ 묘목을 판매하는 경우 등과 관련하여 묘목당 미화 0.22달러, ㉢ 2014년부터 2022년까지 매년 최저 로열티로 미화 2,000달러, ㉣ 블루베리 품종 재배에 관한 로열티로서, 블루베리 품종의 열매 판매 총 매상의 2%에 해당하는 지속적 로열티 또는 블루베리 품종의 열매 생산이 가능한 지역의 연간 헥타아르당 미화 500달러에 해당하는 지속적 로열티 또는 기간별로 차이가 있으나 2011년부터 2019년까지 묘목 한 주당 미화 0.8달러에 해당하는 선불 로열티 중 어느 하나를 선택하여 지급하기로 약정하였다.
 ② 조지아대학교 연구재단 측은 2011. 11. 5. 굿맨파트너즈 측과 사이에 조지아대학교 소외 8 교수가 개발한 블루베리 품종인 레벨 품종과 관련하여, 조지아대학교 연구재단 측이 굿맨파트너츠 측에 레벨 품종에 대한 국내에서의 레벨 품종에 대한 독점적 실시권을 부여하는 계약을 체결하면서, 굿맨파트너즈 측이 조지아대학교 연구재단 측에 위 계약의 체결일 내지 발효일로부터 15일 이내에 선불금으로 미화 2,500달러를 지급함과 아울러 로열티로 매년 굿맨파트너즈 측이 직접 또는 제3자를 통하여 판매한 레벨 묘목 한 주당 미화 0.5달러 또는 굿맨파트너즈 측이 직접 또는 제3자를 통하여 판매한 총 판매액수의 10%에 해당하는 금액 또는 2013년부터 매년 미화 5,000달러 중 액수가 가장 큰 금액을 지급하기로 약정하였다.
 ③ 원고 탑블루베리는 2015. 10. 무렵부터 2017. 9. 무렵까지는 드래퍼 등 보호품종의 2~3년생 묘목을 주당 12,000원에 판매하다가 2017. 9. 이후부터는 주당 7,000원에 판매하였다. 또한 원고 탑블루베리는 2015년 무렵부터 ‘(상호 2 생략)’이라는 상호로 블루베리 묘목 관련 사업을 하는 소외 6에게 이 사건 각 보호품종의 블루베리 묘목을 1주당 10,000원에 공급해오다가, 2016. 4. 12. 소외 6과 사이에 이 사건 각 보호품종과 관련한 대리점 및 통상실시권 계약을 체결하면서 통상실시권에 따른 실시료는 원고 탑블루베리가 소외 6 측에 제공하는 품종별 묘목공급 금액에서 원고 탑블루베리가 정한 품종별 묘목 생산원가를 제외한 금액으로 하기로 약정하였고, 2018년 무렵부터는 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 1주당 7,000원에 공급하였다.
 ④ 한편 원고 탑블루베리는 피고로부터 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 공급받아 식재한 자들과 사이에 원고 탑블루베리의 드래퍼 등 보호품종에 대한 전용실시권침해와 관련하여 다툼이 있었는바, 원고 탑블루베리는 2018. 3. 30. 피고로부터 드래퍼 묘목 2,000주를 공급받아 식재한 소외 9와 사이에 소외 9가 원고 탑블루베리에 무단 실시에 따른 손해배상금 및 향후 실시료 명목으로 묘목 1주당 9,000원으로 산정하여 계산한 금원을 지급하면 원고 탑블루베리가 과거 침해분에 대한 나머지 청구를 포기하고 더 이상 민·형사사상 책임을 묻지 않기로 하는 내용의 합의를 하였고, 2018. 4. 무렵에도 피고로부터 드래퍼 등 보호품종을 포함한 블루베리 묘목 600주를 공급받아 식재한 소외 10과 같은 내용으로 합의를 하였다.
 (나) 판단
 위 인정 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과 사정, 즉 ① 비록 드래퍼 등 보호품종의 품종보호권자인 원고 미시간주립대학이 계약의 당사자는 아니라고 할 것이나, 원고 미시간주립대학으로부터 이 사건 각 보호품종의 묘목 등에 관한 국내 등 지역에서의 독점적 실시권을 부여받은 홀티 측이 2011. 12. 1. 굿맨파트너즈 측과 사이에 홀티 측이 굿맨파트너즈 측에게 이 사건 각 보호품종에 관한 국내에서의 독점적인 재실시권을 부여하는 내용의 이 사건 라이선스계약을 체결하면서 굿맨파트너즈 측이 지급하기로 약정한 로열티는 대략 묘목 한 주당 미화 1.02달러(=미화 0.22달러 + 미화 0.8달러)인 것으로 보이는 점, ② 비록 드래퍼 등 보호품종과 구체적인 품종은 다르지만 블루베리 품종인 점에서는 동일한 레벨 품종과 관련하여 굿맨파트너즈 측이 같은 시기에 조지아대학교 연구재단 측으로부터 독점적 실시권을 부여받기로 하는 계약을 체결하면서 약정한 로열티 역시 적어도 묘목 한 주당 미화 0.5달러 이상의 금액인 점, ③ 홀티 측과 굿맨파트너즈 측 사이의 이 사건 라이선스계약은 홀티 측이 굿맨파트너즈 측에게 이 사건 보호품종에 관한 국내에서의 독점적인 재실시권을 부여하는 것인바, 통상 비독점적 실시를 전제로 한 비독점적 통상실시료가 독점적 실시권 부여를 전제로 한 실시료에 비하여 그 금액이 상대적으로 적을 것으로 보이는 점, ④ 원고 탑블루베리가 일반 소비자에게 드래퍼 등 보호품종의 블루베리 묘목을 판매한 가격은 블루베리 묘목 자체에 대한 대금에 불과하고, 원고 탑블루베리가 소외 6과 사이에 대리점 및 통상실시권 계약을 체결하고 블루베리 묘목을 공급한 가격 역시 그 상당 부분은 블루베리 묘목 자체에 대한 대금에 불과하여 그 금액 전부를 통상실시료로 보기는 어려운 점, ⑤ 또한 원고 탑블루베리가 드래퍼 등 보호품종에 대한 전용실시권침해와 관련하여 다툼이 있는 자들로부터 지급받기로 약정한 금액은 그와 같은 분쟁의 당사자들과 사후적으로 합의를 하면서 손해배상금 등 명목으로 지급받기로 약정한 금액으로 보이므로 그 금액을 기준으로 원고 미시간주립대학이 통상실시권을 허락한 경우의 실시료를 산정하기는 어려운 점, ⑥ 한편 피고는 국내의 ‘산업업종별 로열티율’, 일본 경제산업성의 ‘설문조사를 통한 로열티율’, 일본 사단법인 발명협회의 ‘실시료율’, 독일의 직무발명에 관한 로열티요율 및 미국에서 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 판매하는 회사의 거래 사례 등을 기준으로 통상실시료를 산정하여야 한다는 취지로 주장하나, 피고가 주장하는 위와 같은 통계자료는 드래퍼 등 보호품종과 관련한 실시료율과 직접적인 관련이 없는 자료로 보이고, 미국에서 드래퍼 등 보호품종의 블루베리 묘목을 판매하는 회사의 거래 사례는 각 판매 회사별로 개별 구체적인 거래 사정에 따라 정해진 것으로서 이를 기준으로 원고 미시간주립대학이 통상실시권을 허락한 경우의 실시료를 산정하기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고 미시간주립대학이 드래퍼 등 보호품종과 관련하여 통상실시권을 허락할 경우의 묘목 1주당 실시료는 1,000원 정도로 산정함이 상당하다.
 (2) 피고가 이 사건 출원공개일 이후 드래퍼 등 보호품종을 증식한 수량
 (가) 인정 사실
 앞서 본 전제 사실 및 갑 제3, 4, 19, 22, 38, 39, 53, 55, 56, 84호증, 을 제8, 11, 18, 28, 30, 33호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. 
 ① 피고가 드래퍼 등 보호품종 등을 증식한 경위 등
 ㉮ 피고는 2011. 2. 17. 및 2011. 2. 25. 미국에서 드래퍼 묘목 합계 170주, 리버티 묘목 합계 145주, 오로라 묘목 합계 260주를 구입하였을 뿐만 아니라 2011. 2. 15.부터 2011. 2. 22.까지 사이에 미국에서 또 다른 블루베리 품종인 알라파하, 레벨, 카멜리아, 탑햇, 스프링하이, 프리마돈나, 오크라코니, 파우더블루, 윈져, 에메랄드의 묘목 합계 660주를 구매하였다. 
 ㉯ 피고는 위와 같이 구입한 묘목들을 중국을 거쳐 2011. 3. 2. 국내에 삽수 형태 또는 일부는 뿌리가 있는 묘목 형태로 들여왔는바, 뿌리가 있는 묘목 형태로 들여온 블루베리 품종(레벨, 탑햇, 스프링하이)은 2011. 3. 4.부터 국립식물검역원 소속 남부격리재배관리소에서 격리 재배하여 2011. 8. 5. 식물방역법에 따른 격리재배검사에 합격하였고, 삽수 형태로 들여온 블루베리 품종(드래퍼, 리버티, 오로라, 알라파하, 레벨, 카멜리아, 프리마돈나, 오크라코니, 파우더블루, 원져, 에머랄드)은 2011. 3. 4.부터 피고 운영의 이 사건 농원에 설치된 가로 9m, 세로 94m 규모의 비닐하우스 6동 중 제1동에서 40구의 트레이에 삽목한 후, 일정 크기로 생장하면 이를 다시 화분에 옮겨 심는 방식으로 격리 재배하여 2011. 9. 5. 식물방역법에 따른 격리재배검사에 합격하였다.
 ㉰ 피고는 위와 같이 격리 재배되어 격리재배검사를 마친 드래퍼 등 보호품종과 그 밖의 블루베리 품종의 묘목(이하 ‘제1차 증식 묘목’이라 한다)을 화분에 심어진 상태로 이 사건 농원에 설치된 비닐하우스 제6동으로 옮겨 계속하여 재배하였고, 다시 2011. 9. 무렵 위 비닐하우스의 제1동 및 제5동에서 제1차 증식 묘목에서 채취한 삽수를 40구의 트레이에 삽목하는 방식으로 묘목을 증식하였는바(이하 ‘제2차 증식 묘목’이라 한다), 2011. 12. 31. 이 사건 농원에 설치된 비닐하우스 제1동에는 트레이에 식재된 상태의 묘목으로서 제2차 증식 묘목을 포함하여 93,680주(그중 스타 품종의 묘목 800주를 제외한 나머지 묘목은 총 92,880주이다)의 묘목이 재배되었고, 2012. 1. 5. 이 사건 농원에 설치된 비닐하우스 제5동에는 트레이에 식재된 상태의 묘목으로서 제2차 증식 묘목을 포함하여 합계 75,200주(그중 후쿠베리, 핑크 레모네이드, 탑햇, 신틸라, 스프링하이, 프리마돈나, 팔딩, 윈져 품종의 묘목 합계 22,820주를 공제한 나머지 묘목은 52,400주이다)의 묘목이 재배되었다. 피고는 드래퍼 등 보호품종을 포함하여 위와 같이 격리재배검사 후 위 비닐하우스 제1동 및 제5동에서 트레이에 식재된 묘목에서 손실률(5%)에 해당하는 묘목을 공제하는 방식으로 판매 가능한 묘목을 총 138,016주로 산정하였다.
 ㉱ 한편 피고는 2015. 12. 2. 관련 형사사건의 수사절차에서, 미국에서 2011. 12. 12. 블루베리 품종인 버논 묘목 200주, 알라파하 묘목 50주, 오크라코니 묘록 100주를 구매하였고, 2011. 12. 14. 수지블루 묘목 200주를 구매하였으며, 레벨, 카멜리아 품종은 격리재배가 끝난 2011. 9. 무렵부터 증식하고, 수지블루 묘목은 2011년 12월 이후부터 증식하였다고 진술하였다.
 ㉲ 그 후 피고는 별지 제2목록 기재와 같이 이 사건 비닐하우스 인근에 2013년 2,922㎡, 2014년 2,988㎡, 2015년 3,008㎡ 규모의 각 노지 묘목장을 순차적으로 추가 확보하여 2015년을 기준으로 총 8,918㎡ 규모의 노지 묘목장을 사용하여 블루베리 묘목을 재배하였다.
 ㉳ 국립종자원 품종보호과 소속 특별사법경찰관이 2015. 12. 11. 관련 형사사건의 수사과정에서 작성한 수사보고서(현장조사 및 사진촬영 첨부, 갑 제53호증의 134)에는 “2015. 12. 10. 피고의 이 사건 농장을 방문하여 확인한 결과, 피고가 이 사건 농장에 6동의 비닐하우스를 설치하여 블루베리 묘목을 삽목증식 또는 재배하고 있고, 3개 구역은 노지에서 블루베리 묘목을 재배하고 있는데, 이 사건 농장의 진입부 노지 2개 구역에 드래퍼, 리버티, 오로라를 포함한 블루베리 품종의 2~3년생 묘목과 드래퍼, 리버티를 포함한 블루베리 품종의 어미묘가 품종 당 20~100여 주 가량 식재되어 있고, 좌측에서 첫 번째 비닐하우스에는 드래퍼 등 보호품종 이외의 다른 블루베리 품종의 어미묘 및 5.5인치 포트묘와 함께 드래퍼를 포함한 3종의 블루베리 품종이 삽목 증식 중에 있었으며, 세 번째 비닐하우스에는 드래퍼 등 보호품종 이외의 다른 블루베리 품종의 5.5인치 포트묘와 함께 드래퍼, 리버티를 포함한 3종의 블루베리 품종이 삽목 증식 중에 있었고, 네 번째 비닐하우스에는 드래퍼를 포함한 3종의 블루베리 품종의 5.5인치 포트묘와 함께 드래퍼 등 보호품종 이외의 다른 3종의 블루베리 품종이 삽목 증식 중에 있었으며, 다섯 번째 및 여섯 번째 비닐하우스 역시 드래퍼 등 보호품종 이외의 다른 블루베리 품종이 삽목 증식 중에 있었고, 비닐하우스 뒤편 노지 1개 구역에는 드래퍼를 포함한 6개 품종의 2~3년생 묘목이 있었다.”는 취지의 내용이 기재되어 있다.
 ㉴ 아래 사진과 같이, 2015. 12. 무렵 이 사건 농원에 설치된 비닐하우스 1개 동에서 드래퍼 품종의 묘목이 40구 트레이에 삽목되어 증식되고 있었고, 2017. 11. 15. 무렵 화분에 식재된 드래퍼 품종의 묘목과 리버티 품종의 묘목이 이 사건 농원의 노지에 배치되어 있었다. 

 ② 피고의 드래퍼 등 보호품종의 묘목에 대한 판매 홍보 등 경위 
 ㉮ 피고는 2012. 1. 14. 피고가 운영하는 인터넷 블로그(블로그 주소 생략, 이하 ‘이 사건 블로그’라 한다)의 공지사항란에 ‘내가 보유하고 있는 신품종’이란 제목으로 아래 표 기재와 같은 블루베리 품종의 묘목을 보유하고 있고, 현재 판매가능한 품종은 ‘드래퍼, 리버티, 오로라, 레벨, 카멜리아, 스타, 후꾸베리’로서 4월에 출하할 예정이며, 어린 묘목에서 삽수를 채취하여 증식한다는 내용의 글을 게시하였고, 2012. 7. 30. 이 사건 블로그에 피고가 지금도 수 만주를 증식하고 있다는 취지의 글을 게시하였으며, 2012. 9. 10. 이 사건 블로그에 18가지 신품종 묘목을 판매하고 있다는 취지의 글을 게시하였다.
북부 하이부쉬 계열미시간주립대 개발 품종들 : 드래퍼, 리버티, 오로라남부 하이부쉬 계열플로리다주립대 개발 품종들 : 신틸라, 프리마돈나, 스프링하이, 팔딩, 윈져, 케스트럴조지아주립대 개발 품종들 : 수지블루, 레벨, 카멜리아래빗아이 계열조지아주립대 개발 품종들 : 버넌, 알라파하, 오크라크니일본 후쿠다상 개발 품종 : 후쿠베리특이계열미국 농무성(USAD-ARS) 개발 품종 : 핑크 레모네이드탑햇
 ㉯ 관련 형사사건의 수사과정에서 작성된 2016. 6. 3.자 수사보고서(피의자의 신품종 7종 판매내역, 갑 제53호증의 68)에는 드래퍼 등 보호품종과 관련한 판매내역이 아래 표와 같이 기재되어 있다. 
일자매수인묘목 주수(또는 총 매매가액)2012년 1월소외 7드래퍼, 리버티, 카멜리아, 레벨 총 1,100주(각 품종별 묘목 수량은 알 수 없음)2012년 봄 무렵소외 11드래퍼, 리버티, 카멜리아, 레벨 총 2,000주(각 품종별 묘목 수량은 알 수 없음)2012년 봄 무렵소외 12드래퍼, 리버티, 카멜리아, 레벨 총 2,000주(각 품종별 묘목 수량은 알 수 없음)2012. 4. 25.소외 13드래퍼, 리버티 총 300주(각 품종별 묘목 수량은 알 수 없음)2012년 5월 무렵소외 14드래퍼, 리버티 합계 총 1,500,000원2012년 5~6월 무렵소외 10드래퍼 200~300주, 리버티 200~300주 등2012. 7. 3.소외 15드래퍼 50주, 리버티 50주2013. 1. 25.소외 16드래퍼 20주, 리버티 20주2013년 4~5월 무렵소외 17드래퍼, 리버티, 카멜리아, 레벨 총 1,800주(각 품종별 묘목 수량은 알 수 없음)2013. 7. 29.소외 18드래퍼 600주, 리버티 100주
 ㉰ 관련 형사사건의 수사과정에서 작성된 2012. 7. 11.자 수사보고서(참고인 전화 탐문, 갑 제53호증의 123)에는 피고로부터, 소외 19는 “레벨, 오로라, 드래퍼, 카멜리아를 주당 7,000원에 샀다”, 소외 20은 “신품종을 주당 5,000원에 3종류를 샀다.”, 소외 13은 “신품종 5종류를 주당 7,000원에 구매하였다.”, 소외 21은 “몇 명이 어울려서 500주를 주당 7,000원에 팜플렛에 있는 5종류를 샀다.”, 소외 10은 “인터넷 상에서 신품종을 판다는 광고를 보고 주당 7,000원에 800주를 구입했다. 차후 발생할 로얄티 문제는 피고가 책임지기로 했다.”라는 탐문내용이 기재되어 있다.
 ㉱ 피고는 2012. 9. 26. 이 사건 블로그에 “블루베리 신품종 묘목을 지금까지 1,000주 이상만 판매하였으나, 고객들의 요청으로 100주 이상이면 판매하기로 하였다.“라는 취지의 글을 게시하였고, 2013. 4. 17. 이 사건 블로그에 블루베리 묘목 사진과 함께 ”어린 묘목입니다. 2년생과 3년생도 있습니다.“라는 글을 게시하였다.
 ㉲ 피고가 2014. 2. 28. 소외 22에게 블루베리 품종 묘목을 판매한 후 작성해 준 세금계산서(갑 제53호증의 45)에는 드래퍼가 2년생으로 기재되어 있다.
 ㉳ 울산에서 (상호 3 생략) 농원을 운영하는 소외 17은 2014. 11. 4. 원고 측에 “지인이 농장 조성을 의뢰하셨기에 소문 끝에 피고에게 5개 품종인 카멜리아, 드래퍼, 레벨, 오로라, 리버티를 구매해서 일천 평 정도를 조성해준 적이 있다.”라는 취지의 내용이 담긴 이메일을 보냈다.
 ㉴ 피고는 2015. 4. 26. 이 사건 블로그에 드래퍼 등 보호품종을 포함한 20개 품종의 블루베리 묘목으로서 2년생의 묘목(국내생산)을 공급한다는 취지의 글을 게시하였고, 2015. 6. 29. ‘▽▽▽ ▽▽▽▽ ▽▽’라는 인터넷 카페(인터넷주소 2 생략) 및 ‘◎◎◎◎◎◎◎◎’이라는 인터넷 카페(인터넷주소 3 생략)에도 같은 내용의 글이 게시되었다. 
 ㉵ 2015. 5. 1. 위 ▽▽▽ ▽▽▽▽ ▽▽라는 인터넷 카페에 피고로부터 오로라 50주를 구입하였다는 내용의 글이 게시되었다.
 ㉶ 피고는 2016. 7. 7. 소외 23에게 블루베리 묘목에 관한 견적서(갑 제37호증의 3)를 작성하여 보냈는데, 그 견적서에는 드래퍼가 2년생으로 기재되어 있다.
 ㉷ 조지아대학교 연구재단이 피고 등을 상대로 제기한 임시보호권등 침해금지가처분사건(부산지방법원 2014카합10301호)에서 피고가 2014. 10. 무렵 제출한 준비서면(갑 제78호증)에는 “블루베리 품종의 경우에는 묘목 삽목 후 약 1년 반에서 3년 이내에 묘목을 판매하여야 하며, 이후에는 묘목의 상품성이 없게 되고, 유지에 막대한 노력 비용이 발생한다.”라는 취지의 내용과 함께 “가처분결정 시 위 가처분사건 관련 품종들(레벨, 수지블루, 카멜리아)을 판매할 수 없게 되고, 그 손해는 묘목 한 주당 약 7,000원 상당으로 판매하고 있으므로 묘목 20,000주만 되어도 손실이 1억 4,000만 원이 넘게 될 것이다.”라는 취지의 내용이 기재되어 있다.
 ㉸ 피고는 2016. 4. 22. 관련 형사사건의 수사절차에서 “피고가 증식해서 판매한 품종들을 키워본 수요자들의 반응이 좋지 않아 드래퍼를 제외하고 거의 폐기처분한 것이 많다. 드래퍼를 제외한 다른 품종들은 블루베리 시장에서 판매도 잘 되지 않고 있는 상태이다.”라는 취지로 진술하였다.
 ③ 피고의 블루베리 묘목 판매 관련 매출액 등
 ㉮ 관련 형사사건의 수사과정에서 작성된 2012. 7. 11.자 수사보고서(참고인 전화 탐문, 갑 제53호증의 123)에는 “피고의 계좌와 연결계좌 중 블루베리 묘목 구입대금으로 송금한 의심이 가는 24개 계좌에 대하여 계좌주 인적사항 확인 후 블루베리 묘목 구입 여부에 관하여 탐문하였고, 그와 관련하여 피고 측 계좌에 입금된 금액은 합계 101,670,000원이다.”라는 취지가 기재되어 있다. 
 ㉯ 피고는 2015. 12. 2. 관련 형사사건의 수사절차에서 이 사건 농원의 연간 매출액이 7,000만 원 내지 1억 원 정도라고 진술하였고, 통영세무서 측이 2016. 4. 19. 관련 형사사건의 수사과정에서 회신한 피고의 사업실적 신고내용에 의하면, 피고의 이 사건 농원과 관련한 사업실적 신고내역은 2012년의 경우 78,000,000원, 2015년의 경우 249,784,000원이다(다만 2013년, 2014년의 경우 사업실적 신고내역이 존재하지 않는다).
 ㉰ 소외 11은 2017. 4. 21. 관련 형사사건의 1심에서 증인으로 출석하여 피고로부터 2012. 3. 중순 무렵 블루베리 묘목을 구매하면서 계약금 100만 원은 계좌이체를 하였으나, 잔금 500만 원을 현금으로 결제하였다고 진술하였다. 
 ④ 블루베리 품종의 재배 현황 등
 ㉮ 국립원예특작과학원이 2009년부터 2011년까지 연구하여 2012. 2. 농촌진흥청에 제출한 ‘블루베리, 양앵두 고품질 품종선발 및 재배시스템 개발에 관한 연구 보고서’에는 “국내에서 주로 재배되고 있는 블루베리는 북부하이부쉬 블루베리와 반수고 하이부쉬 블루베리이다. 래빗아이와 남부하이부쉬 블루베리는 겨울 동해의 피해를 피할 수 있는 남부지역과 제주도에서 제한적으로 재배되고 있다.”는 취지의 내용이 포함되어 있다.
 ㉯ 국립원예특작과학원이 2015. 3. 6. 농촌진흥청에 제출한 ‘하이부시 및 래빗아이 블루베리의 안전 재배 연구 보고서’에는 “개화 시기에 따른 재배 지역별 품종과 관련하여 늦서리가 상습적으로 발생하는 지역에서는 내한성이 아주 강한 버클리 등 품종만이 선택되는 반면, 늦서리가 발생하지 않는 지역에서는 내한성이 아주 가장 강한 버클리 등 품종과 함께 내한성이 가장 약한 브리짓타 품종 등에 이르기까지 다양한 하이부쉬 블루베리 품종이 선택된다.”는 내용이 포함되어 있다.
 (나) 판단
 위 인정 사실에 갑 제46, 53호증, 을 제8, 28호증의 각 기재 및 영상과 변론 전체를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과 사정에 비추어 보면, 피고는 드래퍼 등 보호품종의 출원공개일인 2012. 3. 15. 이후부터 2015. 10. 1.까지 드래퍼는 총 70,000주(2012. 3. 15.부터 2015. 10. 1.까지 10,000주 × 총 7회 증식), 리버티는 총 35,000주(2012. 3. 15.부터 2015. 10. 1.까지 5,000주 × 총 7회 증식), 오로라는 총 2,500주(2012. 3. 15.부터 2014. 12. 무렵까지 500주 × 총 5회 증식)를 증식하였다고 봄이 상당하고, 원고가 제출한 증거들만으로는 드래퍼 등 보호품종에 관하여 위 수량을 초과하여 증식하였다는 사실을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
 ① 먼저 피고가 1년 간 증식 가능한 블루베리 묘목 수에 관하여 살피건대, ㉠ 이 사건 농장에 설치된 비닐하우스 1개동(9m × 94m)에는 가로로 40구 트레이를 8줄씩 배치하였던 것으로 보이고, 비닐하우스 내에서 삽목묘를 배치할 수 없는 공간(앞뒤로 약 1.5m씩 총 3m)을 제외한 나머지 공간(비닐하우스 길이 91m)에 세로 크기가 0.28m인 40구 트레이를 위에서 아래로 세로로 배치하면 총 325줄(= 91m/0.28m)의 40구 트레이를 배치할 수 있어 40구 트레이는 총 2,600(= 가로 8줄 × 세로 325줄)개를 배치할 수 있으므로, 결국 비닐하우스 1개동에는 삽목묘 약 104,000주(= 40구 트레이 × 2,600개)를 배치할 수 있을 것으로 보이는 점, ㉡ 한편 피고는 트레이에 삽목 후 발근하여 커진 묘목을 5.5인치(약 14cm) 포트로 옮겨 삽목을 실시한 비닐하우스를 제외한 나머지 비닐하우스나 노지에서 육모하거나 전시·판매하였던 것으로 보이는 점, ㉢ 앞서 본 바와 같이 삽목법에 따른 증식은 통상 1년에 2회 증식이 가능한 점 등에 비추어 보면, 피고는 이 사건 농원에 설치된 비닐하우스에서 삽목하는 방법으로 1년에 약 200,000주 정도의 블루베리 묘목을 증식할 수 있을 것으로 보인다. 
 ② 한편 앞서 본 바와 같이 피고는 이 사건 출원공개일 전에 이미 이 사건 농원에 설치된 비닐하우스 제1동 및 제5동에서 드래퍼 등 보호품종과 그 밖의 블루베리 품종의 묘목을 증식하였고, 위와 같이 이 사건 출원공개일 전에 미리 증식된 드래퍼 등 보호품종의 묘목 역시 이 사건 출원공개일 이후 일반 수요자들에게 판매된 것으로 보인다.
 ③ 피고는 드래퍼 등 보호품종과 관련하여 이 사건 출원공개일 이후 추가로 증식한 것은 드래퍼의 경우 2015년에 5,000주, 2016년 5,000주, 리버티의 경우 2016년에 2,000주에 불과하다고 주장하나, ㉠ 피고는 블루베리 열매를 재배하여 판매하는 것이 아니라 블루베리 묘목을 증식하여 판매하는 것을 주된 사업으로 하면서 주로 2~3년 생 묘목을 판매하였던 것으로 보이고, 생육기간이 2~3년을 초과한 묘목은 판매가치가 떨어져 폐기하기도 하였던 것으로 보이는 점, ㉡ 블루베리 묘목의 경우 다른 공산품과 달리 묘목 증식 시기가 제한적이고 판매에 적합할 정도의 묘목으로 성장하기까지는 어느 정도의 식재기간도 필요하여 소비자의 수요에 맞추어 바로 묘목을 증식하여 판매할 수 있는 것이 아니므로, 블루베리 묘목 판매업자인 피고로서는 장래 수요에 대비하여 정기적으로 블루베리 묘목을 증식할 필요가 있었을 것으로 보이는 점, ㉢ 더욱이 피고는 부가가치세 면세사업자로서 드래퍼 등 보호품종을 포함한 블루베리 묘목 판매를 통하여 얻은 전체 매출액 내지 판매자료 등을 제출하지 않고 있고, 피고의 매출액 중 상당수는 현금 결제를 통해 이루어진 것으로 보여 그 매출규모를 구체적으로 확인하기 어렵다고 하더라도, 피고가 드래퍼 등 보호품종을 포함한 블루베리 묘목을 판매하기 시작한 시점인 2012. 7. 무렵 블루베리 묘목 구입대금으로 피고 측 계좌에 입금된 것으로 보이는 금액이 약 1억 원이고, 피고가 과세관청에 신고한 2015년도 사업실적도 약 2억 4,000만 원에 이르는 사정 등에 비추어 피고가 드래퍼 등 보호품종을 포함한 블루베리 묘목 판매와 관련한 매출 규모가 상당한 것으로 보이고, 이에 따라 피고로서는 이 사건 출원공개일 전에 증식된 드래퍼 등 보호품종의 묘목이 일부 판매되는 등으로 그 재고가 줄어 적절한 재고량을 유지할 필요도 있었을 것으로 보이는 점, ㉣ 실제로 피고는 이 사건 출원공개일 이후인 2012. 7. 30. 이 사건 블로그에 지금도 수 만주를 증식하고 있다는 취지의 글을 게시하였을 뿐만 아니라 이후 2015년에 이르기까지 수회에 걸쳐 이 사건 블로그나 관련 인터넷 카페에 드래퍼 등 보호품종을 포함한 다양한 품종의 2~3년생 블루베리 묘목을 공급한다는 취지의 글을 게시하였고, 2015년 및 2017년 무렵 이 사건 농원의 비닐하우스나 노지에 드래퍼, 리버티 품종의 블루베리 묘목이 삽목되어 증식되거나 화분에 식재되어 배치되어 있는 모습이 촬영되기도 한 점 등에 비추어 보면, 피고는 이 사건 출원공개일 이후 피고가 자인하는 증식 수량을 초과하여 드래퍼 등 보호품종을 포함한 블루베리 묘목을 정기적으로 증식하였을 것으로 보인다.
 다만 ㉠ 피고가 개인사업자로서 이 사건 농원을 상근직원 없이 부인 등 가족과 같이 운영하고 있는 것으로 보이는 점, ㉡ 이 사건 농원은 상대적으로 기온이 온화한 남부지역(경남 고성군 ◁◁면▷▷리)에 소재하고 있어 그 소재지를 기준으로 보더라도 북부하이부쉬 품종에 속하는 드래퍼 등 보호품종 뿐만 아니라 남부하이부쉬, 래빗아이 품종에 속하는 블루베리 품종의 재배가 가능하고, 실제로도 피고는 드래퍼 등 보호품종을 포함하여 20여 종의 다양한 블루베리 품종을 증식하여 판매하였던 점, ㉢ 피고가 블루베리 묘목을 증식하여 재배하는 이 사건 농원의 비닐하우스 및 노지가 한정되어 있을 뿐만 아니라, 피고가 이 사건 블로그에 판매하는 것으로 광고한 블루베리 묘목은 주로 2~3년생이어서 한번 증식된 블루베리 묘목은 증식 이후에도 판매가 될 때까지 이 사건 농원의 비닐하우스나 노지의 일정 부분을 차지하고 있어 추가로 블루베리 묘목을 증식하는 데 일정한 제한이 있었을 것으로 보이는 점, ㉣ 더욱이 앞서 본 바와 같이 피고는 이 사건 출원공개일 전에 증식한 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 상당 부분 확보하고 있었던 점 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 출원공개일 이후에도 원고의 주장과 같은 정도로 드래퍼 등 보호품종의 묘목을 증식하였다고 단정하기도 어렵다. 
 ④ 앞서 본 사정과 아울러, ㉠ 피고는 2012. 7. 30. 이 사건 블로그에 “피고는 묘목에 대한 확실성이 있어 지금도 수 만주를 증식하고 있다.”는 취지의 글을 게시한 점, ㉡ 드래퍼의 경우, 피고가 2012년 이후에도 2015년에 이르기까지 수회에 걸쳐 이 사건 블로그나 관련 인터넷 카페에 드래퍼를 포함한 다양한 품종의 2~3년생 블루베리 묘목을 공급한다는 취지의 글을 게시하여 그 묘목이 판매되었고, 2015. 12. 무렵 이 사건 농원에 설치된 비닐하우스에서 드래퍼 품종의 묘목이 삽목 증식되거나 이 사건 농원의 노지에서 드래퍼 품종의 2~3년생 묘목이 삽목 증식되어 있었으며, 2017. 11. 15. 드래퍼와 리버티 품종의 묘목이 화분에 식재된 채로 이 사건 농원의 노지에 배치되어 있었고, 피고는 2016. 4. 22. 관련 형사사건의 수사절차에서 수요자들의 반응이 좋지 않아 드래퍼 품종을 제외하고 폐기처분한 것이 많고 드래퍼를 제외한 다른 품종의 블루베리 품종은 시장에서 판매도 잘 되지 않고 있는 상태라고 진술하였으며, 피고 스스로도 2015년 및 2016년에 드래퍼 품종의 묘목을 각 5,000주씩 증식하였다고 자인하고 있는 점, ㉢ 리버티 품종의 경우, 피고가 2012년 이후에도 2015년에 이르기까지 수회에 걸쳐 이 사건 블로그나 관련 인터넷 카페에 리버티 품종을 포함한 다양한 품종의 2~3년생 블루베리 묘목을 공급한다는 취지의 글을 게시하여 그 묘목이 판매되었고, 2015. 12. 10. 이 사건 농원에 설치된 비닐하우스에서 리버티 품종이 삽목 증식되거나 이 사건 농원의 노지에서 리버티 품종의 2~3년생 묘목이 삽목 증식되고 있었으며, 2017. 11. 15. 리버티 품종의 묘목이 화분에 식재된 채로 이 사건 농원의 노지에 배치되어 있었고, 피고 스스로도 2016년에 리버티 품종을 2,000주 증식하였다고 자인하고 있는 점, ㉣ 오로라 품종의 경우, 피고가 2012년 이후에도 2015년에 이르기까지 수회에 걸쳐 이 사건 블로그나 관련 인터넷 카페에 리버티 품종을 포함한 다양한 품종의 2~3년생 블루베리 묘목을 공급한다는 취지의 글을 게시하여 그 묘목이 판매되었고, 2015. 12. 10. 이 사건 농원의 노지에서 오로라 품종의 2~3년생 묘목이 식재되어 있었으나, 그 이후 오로라 품종이 추가로 증식되었음을 알 수 있는 객관적인 자료가 부족한 점, ㉤ 앞서 본 바와 같이 블루베리 묘목에 대한 삽목 작업은 통상적으로 2~4월에 이루어지는 숙지삽 및 6~8월에 이루어지는 녹지삽을 포함하여 1년에 2회에 걸쳐 실시되는 점(다만, 2012년 전반기의 경우 피고는 2011. 12. 무렵부터 2012. 1. 무렵까지 사이에 이미 증식을 마쳤다) 등 피고가 이 사건 출원공개일 이후 드래퍼 등 보호품종의 품종별로 해당 품종을 증식한 기간과 해당 품종의 묘목 판매와 관련한 홍보 내역, 드래퍼 등 보호품종에 대한 수요자들의 선호도, 피고가 이 사건 블로그에서 스스로 밝힌 드래퍼 등 보호품종을 포함한 블루베리 묘목의 증식 규모 및 피고가 스스로 자인하는 드래퍼, 리버피 품종의 증식 수량, 블루베리 묘목의 통상적인 연간 삽목 작업 가능 횟수 등을 종합하면, 피고는 드래퍼 품종의 경우 이 사건 출원공개일 이후부터 2016. 12. 31.까지 매 증식 시기마다 10,000주씩 총 9회[1회(2012년) + 8회(2013년부터 2016년까지 매년 각 2회)], 리버티 품종의 경우 이 사건 출원공개일 이후부터 2016. 12. 31.까지 매 증식 시기마다 5,000주씩 총 9회[1회(2012년) + 8회(2013년부터 2016년까지 매년 각 2회)] 증식을 하였고, 오로라 품종의 경우 이 사건 출원공개일 이후부터 2014년까지만 매 증식 시기마다 500주씩 총 5회[[1회(2012년) + 4회(2013년부터 2014년까지 매년 각 2회)] 증식하였던 것으로 봄이 상당하다.
 다) 정리
 이상에서 살펴본 내용을 종합하면, 이 사건 출원공개일 다음 날인 2012. 3. 15.부터 드래퍼 등 보호품종에 대하여 전용실시권이 설정되기 전날(드래퍼, 리버티 품종의 경우는 각 2015. 10. 1.이고, 오로라 품종의 경우는 2016. 2. 2.이다)까지의 기간 동안 드래퍼 등 보호품종의 통상실시권자인 피고가 그 사업의 목적 범위에서의 실시와 관련하여 품종보호권자인 원고에게 지급해야 할 상당한 대가는 합계 107,500,000원[= 드래퍼 품종 관련 상당한 대가 70,000,000원{= 총 70,000주(= 10,000주 × 7회) × 실시료 1,000원} + 리버티 품종 관련 상당한 대가 35,000,000원{= 총 35,000주(= 5,000주 × 7회) × 실시료 1,000원} + 오로라 품종 관련 상당한 대가 2,500,000원{= 총 2,500주(= 500주 × 5회) × 실시료 1,000원}]으로 산정함이 상당하다.
2) 원고 탑블루베리의 상당한 대가 지급청구(제1예비적 청구)에 대한 판단
식물신품종 보호법 제61조는 품종보호권자는 그 품종보호권에 대하여 타인에게 전용실시권을 설정할 수 있고(제1항), 전용실시권을 설정받은 전용실시권자는 그 설정행위로 정한 범위에서 업으로서 해당 보호품종을 실시할 권리를 독점한다고 규정하고 있는바(제2항), 앞서 본 바와 같이 식물신품종 보호법은 2013. 8. 13. 법률 제12062호로 개정되면서 부칙 제3조의2를 신설하여 구 종자산업법 제13조의2에 따라 품종보호를 받은 경우 그 품종보호권에 대해서는 구 종자산업법 제13조의2에 따르도록 규정하고 있다.
 그런데 구 종자산업법 제66조은 무효심판청구 등록 전의 실시에 의한 통상실시권을 규정하면서(제1항) 그에 따른 통상실시권을 취득한 자는 품종보호권자나 전용실시권자에게 상당한 대가를 지급하여야 한다고 규정하고(제2항) 있는 것과 달리, 구 종자산업법 제13조의2 제4항은 같은 조 제1항에 따라 품종보호를 받은 경우 그 품종의 출원공개일 전에 국내에서 그 보호품종의 실시사업을 하고 있거나 그 준비를 하고 있는 자는 그 실시 또는 준비를 하고 있는 사업의 목적 범위에서 그 품종보호권에 대한 통상실시권을 가지고, 그 경우 통상실시권을 가진 자는 품종보호권자에게 상당한 대가를 지급하여야 한다고 규정하고 있다. 
 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 드래퍼 등 보호품종에 대하여 별지 제1목록 기재와 같이 각 품종보호 등록이 마쳐지자, 드래퍼, 리버티에 대하여는 2015. 10. 2., 오로라에 대하여는 2016. 2. 3. 홀티프룻 에스에이가 드래퍼 등 보호품종의 최초 전용실시권자로 등록된 후 각 같은 날 굿맨파트너즈를 거쳐 원고 탑블루베리에게 드래퍼 등 보호품종에 대한 전용실시권 이전등록이 마쳐졌다.
 그러나 앞서 본 바와 같이 드래퍼 등 보호품종은 알려진 품종으로서 드래퍼 등 보호품종의 품종보호에 관하여는 식물신품종 보호법 부칙 제3조의2에 따라 구 종자산업법 제13조의2가 적용된다고 할 것이고, 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 통상실시권을 취득한 피고로서는 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따라 드래퍼 등 보호품종의 품종보호권자인 원고 미주리주립대학에 상당한 대가를 지급할 의무는 있다고 할 것이나, 전용실시권자에 불과한 원고 탑블루베리에 대하여 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 상당한 대가를 지급할 의무가 있다고 보기 어렵다.
 따라서 이와 다른 전제에 선 원고 탑블루베리의 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다. 
나. 원고 탑블루베리의 양수금청구(제2예비적 청구)에 대한 판단
 [원고 탑블루베리의 주장]
 원고 탑블루베리는, 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 통상실시권자인 피고가 드래퍼 등 보호품종에 대한 전용실시권이 원고 탑블루베리에게 이전된 이후에도 여전히 품종보호권자인 원고 미시간주립대학에 대하여만 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 상당한 대가를 지급할 의무가 있다고 하더라도, 드래퍼 등 보호품종에 대한 전용실시권이 원고 탑블루베리에게 이전등록된 이후부터 2016. 12. 31.까지의 원고 미시간주립대학의 피고에 대한 상당한 대가 채권을 양수하였다고 주장하면서, 피고에 대하여 그 양수금과 지연손해금의 지급을 구한다.
 [판단]
 1) 드래퍼, 리버티 품종에 관한 양수금 청구 부분
 앞서 본 바와 같이 드래퍼의 경우 이 사건 출원공개일 이후부터 2016. 12. 31.까지 매 증식 시기마다 10,000주씩 총 9회[1회(2012년) + 8회(2013년부터 2016년까지 매년 각 2회)], 리버티의 경우 이 사건 출원공개일 이후부터 2016. 12. 31.까지 매 증식 시기마다 5,000주씩 총 9회[1회(2012년) + 8회(2013년부터 2016년까지 매년 각 2회)] 증식되었고, 원고 미시간주립대학이 드래퍼 등 보호품종과 관련하여 통상실시권을 허락할 경우의 묘목 1주당 실시료는 1,000원 정도로 산정함이 상당하므로, 드래퍼, 리버티에 대한 전용실시권이 원고 탑블루베리에게 이전된 다음 날(2015. 10. 2.)부터 2016. 12. 31.까지의 기간 동안 드래퍼, 리버티에 관한 통상실시권자인 피고가 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따라 그 사업의 목적 범위에서의 실시와 관련하여 품종보호권자인 원고 미시간주립대학에게 지급해야 할 상당한 대가는 합계 30,000,000원[= 드래퍼 품종 관련 상당한 대가 20,000,000원{= 총 20,000주(= 10,000주 × 2회) × 실시료 1,000원} + 리버티 품종 관련 상당한 대가 10,000,000원{= 총 10,000주(= 5,000주 × 2회) × 실시료 1,000원}]으로 산정함이 상당하다.
 그리고 원고 탑블루베리는 이 사건 소송계속 중인 2019. 8. 27. 원고 미시간주립대학으로부터 원고 미시간주립대학의 피고에 대한 드래퍼, 리버티에 대한 2015. 10. 2.부터 2016. 12. 31.까지의 기간 동안의 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 상당한 대가 채권을 양수받았고, 원고 미시간주립대학은 2019. 9. 4. 피고에게 위 채권양도 사실을 통지하였으며, 2019. 9. 5. 그 채권양도통지가 피고에게 도달한 사실은 원고 탑블루베리와 피고 사이에 다툼이 없다.
 그렇다면 피고는 원고 탑블루베리에게 위 양수금 30,000,000원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
 2) 오로라 품종에 관한 양수금 청구 부분
 원고 탑블루베리는 오로라 품종에 대한 전용실시권이 자신에게 이전된 2016. 2. 3.부터 2016. 12. 31.까지의 원고 미시간주립대학의 피고에 대한 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 상당한 대가 지급청구권을 양수하였다고 주장하면서, 피고에 대하여 그 양수금과 지연손해금의 지급을 구하나, 앞서 본 바와 같이 피고는 2014년 무렵까지는 오로라 묘목을 증식하였으나, 오로라에 대한 전용실시권이 원고 탑블루베리에게 이전된 2016. 2. 3.부터 2016. 12. 31.까지의 기간 동안에는 오로라 묘목을 증식하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
 따라서 이와 다른 전제에 선 원고 탑블루베리의 위 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.
다. 소결
 따라서 드래퍼 등 보호품종의 법정통상실시권자인 피고는, ① 품종보호권자인 원고 미시간주립대학에게 이 사건 출원공개일 이후 드래퍼 등 보호품종의 실시와 관련하여 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 따른 상당한 대가로 합계 107,500,000원[드래퍼 품종 관련 상당한 대가 70,000,000원(제1심에서의 예비적 청구에 따른 인용금액 50,000,000원 + 당심에서 확장한 예비적 청구 중 인용 금액 20,000,000원) + 리버티 품종 관련 상당한 대가 35,000,000원 + 오로라 품종 관련 상당한 대가 2,500,000원] 및 그중 위 87,500,000원(50,000,000원 + 35,000,000원 + 2,500,000원)에 대하여는 원고 미시간주립대학의 이행청구의 의사표시가 포함된 원고 미시간주립대학의 이 사건 2017. 4. 28.자 준비서면 부본이 피고에게 송달된 다음 날임이 기록상 분명한 2017. 5. 2.부터 피고가 이행의무의 존부 및 범위에 관하여 항쟁함이 타당하다고 인정되는 이 법원 판결 선고일인 2019. 11. 15.까지 민법에 정해진 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법 제3조 제1항 본문, 구 소송촉진 등에 관한 특례법 제3조 제1항 본문의 법정이율에 관한 규정(2019. 5. 21. 대통령령 제29768호로 전부 개정되기 전의 것)에 의한 연 15%의 각 비율로 계산한 지연손해금을[원고 미시간주립대학은 이 사건 출원공개일인 2012. 3. 15. 이후부터의 지연손해금의 지급을 구하나, 품종보호권자가 구 종자산업법 제13조의2 제4항에 의하여 상당한 대가를 청구하였을 때에 당사사 사이에 협의가 성립되지 아니하여 법원이 결정해주는 상당한 대가는 그 지급청구의 의사표시를 한 때에 소급하여 그 효력이 생기는 것이므로, 특별한 사정이 없는 한 상당한 대가에 대하여는 법원 결정 시가 아니라 상당한 대가 지급청구의 의사표시가 상대방에게 도달한 때를 그 이행기로 보아야 하므로(대법원 2018. 3. 15. 선고 2015다239508, 239515 판결 참조), 위 인정 범위를 초과하여 지연손해금의 지급을 구하는 원고 미시간주립대학의 청구는 이유 없다], 나머지 20,000,000원에 대하여는 원고 미시간주립대학의 이행청구의 의사표시가 포함된 원고 미시간주립대학의 이 사건 2018. 9. 10.자 준비서면 부본이 피고에게 송달된 다음 날임이 기록상 분명한 2018. 9. 12.부터 피고가 이행의무의 존부 및 범위에 관하여 항쟁함이 타당하다고 인정되는 이 법원 판결 선고일인 2019. 11. 15.까지 민법에 정해진 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법에 의한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 각 지급할 의무가 있고(원고 미시간주립대학은 이 사건 출원공개일인 2012. 3. 15. 이후부터의 지연손해금의 지급을 구하나, 앞서 본 바와 같이 상당한 대가 지급청구의 의사표시가 상대방에게 도달한 때에 이행기가 도래하므로 위 인정 범위를 초과하여 지연손해금의 지급을 구하는 원고 미시간주립대학의 청구는 이유 없다), ② 원고 탑블루베리에게 양수금 30,000,000원 및 이에 대하여 원고 탑블루베리의 이행청구의 의사표시가 포함된 이 사건 2019. 9. 6.자 청구원인변경신청서 부본이 피고에게 송달된 다음 날임이 기록상 분명한 2019. 9. 10.부터 피고가 이행의무의 존부 및 범위에 관하여 항쟁함이 타당하다고 인정되는 이 법원 판결 선고일인 2019. 11. 15.까지는 민법에 정해진 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법에 의한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다[원고 탑블루베리는 2015. 10. 2. 이후부터 지연손해금의 지급을 구하나, 피고는 양수인인 원고 탑블루베리로부터 이행청구를 받은 때에 비로소 이행지체에 빠지게 된다고 할 것이므로, 위 인정 범위를 초과하여 지연손해금의 지급을 구하는 원고 탑블루베리의 청구는 이유 없다].
6. 결론
 그렇다면 원고들의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심판결의 침해금지 및 예방청구와 침해조성물 폐기청구에 관한 피고 패소 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 그 취소 부분에 해당하는 원고들의 피고에 대한 청구를 모두 기각하고, 제1심판결의 금원지급청구 부분 중 피고 패소 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이 법원에서 원고들이 확장한 청구와 원고 탑블루베리가 추가한 청구를 포함하여 제1심판결의 피고에 대한 금원지급청구에 관한 부분(별지 제1목록 제1항 기재 보호품종에 관한 부분 제외)을 주문 제2항과 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 서승렬(재판장) 정윤형 김동규