부가가치세부과처분취소[부가가치세 매출세액에서 공제되는 매입세액 해당 여부가 문제된 사안] (세무, 대법원)
공포일: 2023.08.31 / 시행일:

【원고, 피상고인】 국가철도공단 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 외 1인)
【피고, 상고인】 대전세무서장 (소송대리인 법무법인 위 담당변호사 박희영 외 3인)
【원심판결】 대전고법 2020. 11. 19. 선고 2020누10256 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요와 쟁점
 가. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 1) 원고는 철도산업발전기본법상 철도시설관리자로서 철도산업발전기본법 제31조에 따라 한국철도공사와, 고속철도·일반철도 선로 및 철도운영을 위한 건축물·건축설비 등 원고가 관리하는 철도시설을 임대하고 사용료를 지급받는 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 사용계약’이라 하고, 위 계약에 따라 임대용역을 공급하는 사업을 ‘이 사건 임대사업’이라 한다).
 2) 이와 별도로 원고는, 한국철도공사와 일반철도 건널목 관리업무 위·수탁계약을, 민간업체와 터널, 교량, 관제센터 등 국가중요시설에 대한 방호용역계약을 각각 체결하고, 정부로부터 출연금을 받아 건널목 관리용역 및 방호용역(이하 통틀어 ‘이 사건 용역’이라 한다)에 대한 대가를 지급하였다. 
 3) 원고는 매출세액에서 이 사건 용역과 관련된 매입세액 9,045,318,513원(= 건널목 관리용역 4,622,525,094원 + 방호용역 4,422,793,419원, 이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 공제하여 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지 부가가치세를 신고하였다.
 4) 피고는 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 보고 2018. 1. 16. 원고에게 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지 부가가치세 합계 12,405,115,190원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 나. 이 사건의 쟁점
 이 사건의 쟁점은 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부이고, 구체적으로는 ① 원고가 과세사업인 이 사건 임대사업 이외에 비과세사업, 즉 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 겸영하고 있는지와 ② 이 사건 매입세액이 과세사업과 비과세사업 중 어느 사업에 관련된 것인지 등이 문제 된다. 
 2. 원심의 판단
 원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 용역은 원고의 이 사건 사용계약상 의무, 즉 철도시설을 철도운행에 적합한 상태로 제공할 의무를 이행하는 데 필요한 것으로서 과세사업인 이 사건 임대사업과 관련성이 인정된다고 보아, 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 판단하였다. 
 3. 대법원의 판단
 가. 부가가치세법 제38조 제1항 제1호는 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있으나, 제39조 제1항 제7호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’을 규정하고 있고, 제29조 제8항은 ‘면세사업과 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’을 ‘면세사업 등’으로 규정하고 있다. 그리고 부가가치세법 제40조는 "사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다."라고 규정하고 있다.
따라서 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 참조).
 나. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 1) 국가는 철도산업의 경쟁력을 강화하고 발전기반을 조성하기 위하여 철도시설 부문과 철도운영 부문을 분리하는 철도산업의 구조개혁을 추진하고자 2003. 7. 29. 법률 제6955호로 구 철도산업발전기본법을 제정하고, 기존의 철도청과 고속철도시설공단의 관련 조직을 통폐합하거나 그 조직을 전환하여 한국철도시설공단(2020. 9. 10. 원고로 상호가 변경되었다. 이하 상호 변경 전후를 통틀어 ‘원고’라 한다)과 한국철도공사를 각각 설립한 후, 철도시설 부문은 원고로 하여금 철도의 선로 등 철도시설의 건설 및 관리 등에 관한 업무의 일부를 대행하도록 하고, 철도운영 부문은 한국철도공사로 하여금 철도 여객 및 화물운송 등 철도운영사업을 수행하도록 하였다. 이에 따라 원고는 철도시설의 건설 및 관리와 그 밖에 이와 관련되는 사업을 효율적으로 시행함으로써 국민의 교통편의의 증진과 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위하여 2003. 12. 31. 설립되었다. 
 2) 원고는 철도시설의 건설 및 관리사업 외에도 정부가 위탁한 사업 등을 시행하고(국가철도공단법 제7조), 그 운영과 사업에 필요한 자금을 정부 출연금 또는 보조금 등의 재원으로 조달하는데(국가철도공단법 제17조 제1항), 원고의 고유목적사업을 수행하는 데 필요한 비용을 충당하기 위하여 정부로부터 사업출연금을 받는 경우에는 해당 출연금을 특정 출연사업을 위해서만 사용하여야 하는 제한이 있고, 이에 따라 원고는 사업출연금에 대하여 출연사업별로 회계를 구분하여 기록하고 있다. 
 3) 원고는 「건널목 개량촉진법」 제3조에 따른 건널목과 건널목 시설물의 유지·보수 및 관리책임자로서 정부로부터 ‘철도건널목위탁관리비’ 명목의 사업출연금을 받아 이를 재원으로 하여, 사고 위험이 높은 건널목에 위탁관리원을 배치하여 자동차와 보행자를 안전하게 유도함으로써 사고를 방지하는 등 ‘철도건널목 관리사업’을 시행하고, 위 출연금을 다른 사업출연금 등과 각각 다른 회계로 구분하여 기록하였다. 
 4) 원고는 통합방위법상 국가중요시설로 지정된 교량, 터널 및 관제센터 등의 관리자로서 통합방위법 제21조에 따라 해당 국가중요시설에 대한 경비·보안 및 방호책임을 지는데, 정부로부터 ‘국가중요시설방호비’ 명목의 사업출연금을 받아 이를 재원으로 하여, 위 교량, 터널 및 관제센터 등에 방호인력·시설·장비를 갖추는 등 ‘국가중요시설 방호사업’을 시행하고, 위 출연금을 다른 사업출연금 등과 각각 다른 회계로 구분하여 기록하였다. 
 5) 한편 철도산업발전기본법 제38조 제1항 단서는 ‘철도시설유지보수 시행업무는 한국철도공사에 위탁한다.’고 규정하고 있고, 이에 따라 원고는 한국철도공사와 철도시설 유지보수 위·수탁계약(이하 ‘이 사건 유지보수계약’이라 한다)을 체결하였다. 그리고 이 사건 사용계약은 한국철도공사가 원고에게 납부해야 할 사용료를 ‘이 사건 유지보수계약에 따른 유지보수비의 70%에서 정부의 선로사용료 감면금액을 제외한 금액’으로 정하고 있고, 이에 따라 원고는 한국철도공사에 지급해야 하는 유지보수비 중 약 70%와 한국철도공사가 원고에게 납부해야 하는 사용료를 상계하여 왔다. 
 다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 아래와 같은 이유로 이 사건 매입세액은 오로지 비과세사업에 관련되므로, 이를 매출세액에서 공제할 수 없다.
 1) 이 사건 사용계약이 ‘원고는 철도운행에 적합한 건전한 선로 등을 제공하여야 한다.’고 규정하고 있기는 하나, 원고가 한국철도공사에 이행해야 할 급부의 내용에 이 사건 용역은 포함되어 있지 않고, 이 사건 사용계약에 따른 임대용역의 공급에 원고가 공익적 목적에서 수행하는 건널목 관리용역과 방호용역이 통상적으로 수반한다고 볼 수도 없다. 또한 원고는 관련 법령에 따라 정부가 위탁한 업무를 대행하기 위하여 정부로부터 출연금을 교부받아 건널목 관리용역과 방호용역을 일반 공중에 무상으로 공급하였으므로, 위 각 용역의 공급은 원고가 스스로의 설립목적을 달성하기 위하여 행하는 비과세사업에 해당한다. 따라서 원고는 과세사업인 이 사건 임대사업 이외에 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업을 겸영하고 있는 것으로 보아야 한다. 
 2) 이 사건 용역은 원고가 정부로부터 위탁받은 사업을 수행하기 위하여 정부 출연금을 재원으로 외부로부터 공급받은 것이고, 원고는 출연사업별로 회계를 구분하여 기록하고 있다. 또한 이 사건 사용계약상 사용료는 이 사건 용역의 공급과는 무관하게 정책적 목적에서 이 사건 유지보수계약에 따른 유지보수비의 약 70%로 책정되었는바, 이 사건 용역의 공급 여부는 이 사건 임대사업의 공급대가에 아무런 영향을 미치지 않고, 원고가 이 사건 임대사업을 영위하는 데 이 사건 용역 관련 비용이 필수적으로 소요되는 것도 아니다. 따라서 이 사건 매입세액은 모두 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업에만 관련된 것으로서 실지귀속을 구분할 수 있다고 보아야 한다. 
 라. 그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 보아 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 과세사업과 비과세사업 겸영 시 매입세액공제 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있고, 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다. 
 4. 결론 
 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 오경미(재판장) 김선수(주심) 노태악 서경환

[1] 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우, 오로지 비과세사업에 관련되는 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부(소극)
 [2] 국가철도공단이 한국철도공사와 철도시설을 임대하고 사용료를 지급받는 사용계약을 체결하고, 이와 별도로 한국철도공사와 일반철도 건널목 관리업무 위·수탁계약을, 민간업체와 국가중요시설에 대한 방호용역계약을 각각 체결하여 정부로부터 출연금을 받아 건널목 관리용역 및 방호용역에 대한 대가를 지급하였는데, 국가철도공단이 매출세액에서 건널목 관리용역 및 방호용역과 관련된 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하자, 관할 세무서장이 위 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 보아 국가철도공단에 부가가치세를 경정·고지한 사안에서, 위 매입세액은 오로지 비과세사업에 관련되어 이를 매출세액에서 공제할 수 없어 위 처분이 적법함에도, 이와 달리 본 원심판단에 법리오해의 잘못이 있다고 한 사례

[1] 부가가치세법 제38조 제1항 제1호는 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있으나, 제39조 제1항 제7호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’을 규정하고 있고, 제29조 제8항은 ‘면세사업과 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’을 ‘면세사업 등’으로 규정하고 있다. 그리고 부가가치세법 제40조는 "사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다."라고 규정하고 있다.
 따라서 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다.
 [2] 국가철도공단이 한국철도공사와 철도시설을 임대하고 사용료를 지급받는 사용계약을 체결하고, 이와 별도로 한국철도공사와 일반철도 건널목 관리업무 위·수탁계약을, 민간업체와 국가중요시설에 대한 방호용역계약을 각각 체결하여 정부로부터 출연금을 받아 건널목 관리용역 및 방호용역에 대한 대가를 지급하였는데, 국가철도공단이 매출세액에서 건널목 관리용역 및 방호용역과 관련된 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하자, 관할 세무서장이 위 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 보아 국가철도공단에 부가가치세를 경정·고지한 사안에서, ① 위 사용계약에 따른 임대용역의 공급에 국가철도공단이 공익적 목적에서 수행하는 건널목 관리용역과 방호용역이 통상적으로 수반된다고 볼 수 없고, 국가철도공단은 정부가 위탁한 업무를 대행하기 위하여 정부로부터 출연금을 교부받아 건널목 관리용역과 방호용역을 일반 공중에 무상으로 공급하는 등 위 각 용역의 공급은 국가철도공단이 스스로의 설립목적을 달성하기 위하여 행하는 비과세사업에 해당하므로, 국가철도공단은 과세사업인 철도시설 임대사업 이외에 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업을 겸영하고 있는 것으로 보아야 하는 점, ② 건널목 관리용역 및 방호용역은 국가철도공단이 정부로부터 위탁받은 사업을 수행하기 위하여 정부 출연금을 재원으로 외부로부터 공급받은 것이고, 국가철도공단은 출연사업별로 회계를 구분하여 기록하고 있는 등 건널목 관리용역 및 방호용역의 공급은 철도시설 임대사업의 공급대가에 아무런 영향을 미치지 않고, 국가철도공단이 철도시설 임대사업을 영위하는 데 건널목 관리용역 및 방호용역 관련 비용이 필수적으로 소요되는 것도 아니므로, 위 매입세액은 모두 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업에만 관련된 것으로서 실지귀속을 구분할 수 있는 점을 종합하면, 위 매입세액은 오로지 비과세사업에 관련되어 이를 매출세액에서 공제할 수 없으므로 위 처분이 적법함에도, 이와 달리 본 원심판단에 법리오해의 잘못이 있다고 한 사례.