법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1986.03.25 / 시행일:

【원고, 상고인】 한국연합해운주식회사 소송대리인 변호사 전정구 외 1인
【피고, 피상고인】 소공세무서장
【원심판결】 서울고등법원 1985.6.13 선고 84구351 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 1. 상고이유를 판단한다(상고이유보충서는 제출기간 경과후에 제출 되었으므로 상고이유를 보충하는 범위내에서 판단한다).
 원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고는 해운대리서비스업을 영위하는 법인으로서, 1980.1.경 중화민국 소재 안싱해운주식회사 및 같은 굿하베스트해운회사와 해운대리점 계약을 체결하고 그 국내대리점으로서 업무를 처리하여옴에 있어서 위 각 회사 소속 선박의 운항으로 생긴 수입(선임)을 화주등으로부터 원고가 직접 받아 위 두 회사에 지급하여 왔는데 피고가 법인세법 제59조 제5항에 의하면, 외국을 항행하는 선박이나 항공기를 운영하는 외국법인의국내대리점으로서 법 제56조 제3항의 규정에 해당하지 아니하는 자가 그 외국법인에 외국을 항행하는 선박이나 항공기의 항행에서 생기는 소득을 지급할때에는 같은조 제1항 소정의 법인세를 원천징수하도록 되어 있고, 대한민국 정부와 중화민국 정부간의 해상 및 항공국제운수소득에 대한 상호면세협정 제2항은 중화민국의 거주자나 법인에게 중화민국에 등록된 선박 또는 항공기의 국제운수사업 활동으로부터 이들 거주자나 법인이 취득하는 수입이나 소득에 대하여 대한민국내에서 부과할 수 있는 법인세 및 영업세를 면제한다고 규정함으로써 면세의 범위를 중화민국에 "등록"된 선박 또는 항공기로 한정해 놓고 있으므로 중화민국 해운회사에 소속되어 운영되는 선박이라 하더라도 중화민국에 등록된 선박이 아니고 제3국에 국적을 둔 선박의 경우에는 위 면세협정에 의한 면세혜택을 받을 수 없도록 되어 있다는 이유로 원고가 소외 안싱 및 굿하베스트에 지급한 선임중 선적이 중화민국이 아닌 사우디아라비아나 파나마로 된 선박의 항행으로 발생한 선임을 지급함에 있어서는 위에서 본 법인세법 제59조 제5항의 규정에 따라 같은조 제1항 소정의 세율에 의한 법인세를 원천징수하여 납부하였어야 할 것임에도 이를 이행하지 아니하였다고 하여 원고에 대하여 원심판결 별표 1의 (1) 내지 (10)기재의 법인세부과처분을 하기에 이른 사실을 인정한 다음, 국세기본법(1984.8.7 법 제3746호로 개정되기전의 법) 제18조제2항 소정의 비과세관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어느 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 세금을 부과할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 단순히 과세할 수 있는 어느 사항에 대하여 장기간에 걸쳐 과세하지 아니한 상태가 계속되어 왔다는 사실만으로 곧바로 비과세관행이 성립되었다고는 볼 수 없다할 것인바, 이 사건에 제출된 모든 증거에 의하더라도 중화민국해운 회사에 소속된 이른바 편의국적선박에 의한 국내 원천소득에 대하여 피고가 법인세를 부과할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 비과세의 의사아래 그에 대하여 과세를 하지 아니하여 왔다고 인정할 아무런 증거가 없다는 이유로 원고의 비과세관행이 성립되었다는 주장을 배척하고 있다.
 그러나 구 국세기본법 제18조 제2항(1984.8.7 법률 제3746호로 개정되기 전의 것, 현행법 제18조 제3항)에서 정한 일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행은 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속되는 경우에 그것이그 사항에 대하여 과세의 대상으로 삼지 아니하는 뜻의 과세관청의 묵시적인 의향표시로 볼 수 있는 경우등에도 이를 인정할 수 있다고 하여야 할 것이고(당원 1984.12.26선고 81누266 판결 참조), 기록에 의하면 대한민국 정부와 중화민국 정부간의 해상 및 항공국제운수소득에 대한 상호면세협정 제2항은 "대한민국 정부는 상호주의에 의거하여 중화민국의 거주자나 법인에게 중화민국에 등록된 선박 또는 항공기의 국제운수사업 활동으로부터 이들 거주자나 법인이 취득하는 수입이나 소득에 대하여 대한민국에서 부과할 수 있는 소득세, 법인세 및 영업세를 면제한다"고 규정하고 있고, 동 협정은 1972.7.7 발효되었는데 대한민국 정부와 중화민국 정부는 위 규정에 따라 자국적 선박이 아닌 제3국에 등록된 이른바 편의국적선박으로부터 취득하는 수입에 대하여도 법인세가 면제되는 것으로 해석하여(이 점에 관하여는 피고 소송수행자도 자인하고 있다) 이 사건과 같이 중화민국의 법인이 소유하는 편의국적선박의 선임에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하고 납세자들도 그렇게 인식하여 중화민국의 법인에게 선임을 지급하면서 법인세를 원천징수하지 아니한 채 각 사업년도의 법인세를 신고납부하거나 실지조사를 받아 오던중 1981.10.1 중화민국 세무당국이 위 협정이 상대국에 "등록된 선박"의 활동으로부터 취득하는 수입에 대하여 면세한다고 규정하고 있다는 이유로 대한민국 법인이 소유하는 편의국적선박의 선임에 대하여 위 조세협정의 적용을 배제하고 법인세(원천징수)를 과세하자 우리나라 국세당국에서도 상호주의에 의거하여 1982.7.7경부터 중화민국 법인소유의 편의국적선박에 지급된 선임을 조사하여 원고의 1980. 1981.사업년도에 지급된 선임에 대하여 이 사건과 같은 법인세를 부과하게 된 사실또한 인정되는 바, 위 인정사실에 비추어 보면, 중화민국 법인이 소유하는 편의국적선박에 지급하는 선임에 대하여는 비과세의 관행이 이루어졌다고 볼 수있을 것인데 원심이 그 관행을 인정하지 아니한 조처는 비과세 관행에 의한 소급과세금지에 관한 법리를 오해한 위법을 저질러 판결결과에 영향을 미쳤다고 할 것이니 논지는 이유있다.
 2. 나아가서 직권으로 살피건대, 기록에 의하면 피고 소송수행자는 원심에서 원고가 무효확인을 구하는 부과처분중 일부에 대하여는 이미 부과된 법인세를 납부하였으므로 그 무효확인을 구할 이익이 없다고 주장하고 있는데도 원심은 이에 관하여 아무런 판단도 하지 아니하였는 바, 원심으로서는 이 점에대한 심리를 하여 확인의 이익이 있는가의 여부를 판단할 필요가 있다할 것이다.
 3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 관여법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 김덕주(재판장) 강우영 윤일영 오성환

구 국세기본법 (1984.8.7 법률 제3746호로 개정되기 전의 것) 제18조 제2항 소정의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행은 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속되는 경우에 그것이 그 사항에 대하여 과세의 대상으로 삼지 아니하는 뜻의 과세관청의 묵시적인 의사표시로 볼 수 있는 경우등에도 이를 인정할 수 있다.