취득세등부과처분취소 (세무, 의정부지방법원)
공포일: 2008.05.20 / 시행일:

【원 고】 주식회사 청송 (소송대리인 변호사 서향희)
【피 고】 가평군수 (소송대리인 변호사 이정세)
【변론종결】2008. 4. 29.
【주 문】
 1. 이 사건 소 중 원고가 2004. 7. 31. 피고에게 신고·납부한 취득세 5,413,908,684원, 농어촌특별세 541,390,867원의 일부취소 청구 부분을 각하한다.
 2. 피고가 2005. 6. 10. 원고에게 한 취득세 934,423,770원, 농어촌특별세 79,457,790원 부과처분을 취소한다. 
 3. 소송비용 중 2/3는 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다. 

【청구취지】 피고가 2005. 6. 10. 원고에 대하여 한 취득세 934,423,770원, 농어촌특별세 79,457,790원의 각 부과처분 및 원고가 2004. 7. 31. 피고에게 신고납부한 취득세 5,413,908,684원, 농어촌특별세 541,390,867원 중 취득세 3,564,273,724원, 농어촌특별세 356,427,377원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 상영개발 주식회사(이하, ‘상영개발’이라고 한다)는 소외 1, 2(상영개발의 대표이사이다), 소외 3 소유인 경기 가평군 ○○면 △△리 일대에서 27홀 규모의 골프장조성사업을 하기로 하고, 1989. 12. 25. 무렵 경기도지사로부터 체육시설의설치·이용에관한법률에 의한 사업계획 승인을 받아, □□□컨트리클럽이라는 명칭으로 1989년부터 1994년경까지 골프장조성공사 및 골프장회원모집을 하였다. 
 나. 상영개발이 골프장조성공사를 하면서 부담하게 된 채무를 갚지 못하자, 상영개발의 채권자들은 1993. 8. 23. 위 △△리(지번 1 생략) 임야 1,715,293㎡(실제 골프장으로 편입된 면적은 1,697,327㎡이고, 그 중 지목변경된 면적은 726,096㎡임, 이하, ‘이 사건 제1토지’라고 한다)에 설정된 근저당권에 기하여 임의경매신청을 하였고, 서울지방법원 의정부지원 93타경22176호로 경매절차가 개시되어 1995. 7. 24. 위 토지(골프장에 건축중이던 건물과 부대시설을 포함한다)가 주식회사 글로리산업개발에게 낙찰되었으며, 1996. 5. 13. 낙찰을 원인으로 주식회사 글로리산업개발 앞으로 소유권이전등기가 경료되었다. 
 다. 임의경매 당시 골프장부지의 공사진행 정도는, 토목공사는 27개홀과 부대시설을 위한 석축쌓기 등이 완료된 상태였고, 건축공사인 2층 규모의 클럽하우스와 캐디숙소는 골조와 지붕 슬래브공사가 완료된 상태였으며, 잔디공사는 27홀 중 19개홀에 잔디식재를 완료하고 나머지 8개홀에 잔디식재공사를 하는 중이었고, 상수도공사는 지하수가 개발되어 27개홀까지 상수도배관작업 및 스프링쿨러시설이 되어 있었으며, 조명시설은 나이트홀 18개홀에 조명탑이 건설된 상태로서, 전체 공정의 70%가 완료된 상태였다.
 라. 그 후 주식회사 글로리산업개발은 1998. 3. 31. 주식회사 건영에 흡수합병되었고, 주식회사 건영은 1997. 5. 19. 회사정리절차가 개시되어 1998. 3. 31. 회사정리계획인가결정을 받았으며, 주식회사 건영의 관리인 소외 4는 1999. 8. 20. 유명산레저산업 주식회사(1999. 6. 17. 설립되어 2000. 1. 13. 원고로 상호변경, 이하 원고라 한다)에게 이 사건 1 토지를 175억 원에 매도하여, 1999. 12. 30. 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다. 
 마. 원고는 1999. 12. 28. 상영개발과 사이에, 상영개발이 가지고 있는 골프장사업과 관련된 일체의 영업권(지상권 포함, 위 영업권은 상영개발 명의의 이 사건 골프장사업에 관한 사업계획승인을 의미한다), 상영개발의 대표이사인 소외 2 소유의 나머지 골프장 부지인 경기 가평군 ○○면 △△리 (지번 2 생략) 외 35필지 합계 125,809㎡(실제 골프장으로 편입된 면적은 113,202㎡이고, 그 중 지목변경된 면적은 81,661㎡임, 이하, ‘이 사건 제2토지’라고 한다)를 양수하되, 이에 대한 대가로는 상영개발에게 원고의 주식 40%를 제공하고, 상영개발의 기존 골프장 회원들에 대한 회원권납입대금 반환채무, 골프장 건설과 관련하여 부담한 채무를 원고가 승계하기로 하는 내용의 사업양수도계약(이하, ‘이 사건 사업양수도계약’이라고 한다)을 체결하였는바, 추후 확인된 바에 따르면 원고가 인수한 상영개발의 채무는 공사대금 3,281,489,281원, 차용금 9,812,172,106원, 회원권 관련채무 14,430,000,000원 등 합계 27,523,661,387원으로 밝혀졌다. 
 바. 원고는 □□□컨트리클럽의 명칭을 ◇◇◇◇컨트리클럽으로 변경하고, 2000. 8.경부터 그 회원을 모집하여 이를 운영하여 오고 있다. 
 사. 원고는 2004. 7. 31. 위 골프장 토지, 부속건물의 취득 및 지목변경으로 인한 취득에 관하여 과세표준으로 62,462,381,137원, 취득세액 5,413,908,684원, 농어촌특별세액 541,390,867원을 신고·납부하였는바(이하, ‘당초처분 ’이라고 한다), 그 중 이 사건 제2토지 및 영업권 양수대금과 관련해서는, 위 대금 27,523,661,387원에서 이 사건 제2토지의 시가표준액인 공시지가 1,808,202,960원을 제외한 나머지 25,715,458,427원(이하, ‘쟁점금액’이라고 한다) 중 위 실제 지목이 변경된 면적 비율에 해당하는 금액 16,691,572,547 원에 대해서는 중과세율(1,000분의 100)을 적용하고, 나머지 금액인 9,023,885,880원에 대해서는 일반세율(1,000분의 20)을 적용하여 산출한 금액으로 취득세를 신고·납부하였다. 
 아. 이에 대하여 피고는 쟁점금액 전액이 이른바 지목변경 비용에 해당한다는 이유로 쟁점금액에 중과세율을 적용하여 2005. 6. 10. 취득세 934,423,770원, 농어촌특별세 79,457,790원(각 가산세를 포함한 금액임)을 각 부과하였다(이하, ‘증액처분’이라고 한다). 
 자. 원고는 이에 불복하여 2005. 9. 6. 감사원에 심사청구를 제기하였으나 2007. 3. 13. 심사청구 기각결정을 받았고, 같은 해 6. 8. 이 사건 소를 제기하였다. 
 [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 2 내지 7호증, 갑 9, 10호증의 각 기재
2. 주장 및 판단
 가. 원고의 주장
 이 사건 사업양수도계약의 대가로 지급한 27,523,661,387원 중 이 사건 제2토지의 공시지가(1,800,822,960원)를 초과하는 쟁점금액은 모두 골프장 사업계획 승인 및 각종 인허가와 관련된 영업권의 대가로서의 성격을 갖는 것이어서 취득세의 과세대상이 아님에도, 피고가 이를 지목변경 비용으로 보아 중과세율을 적용하여 취득세를 부과한 것은 사실상 이중과세로서 위법하다. 따라서 이 사건 처분세액(당초처분 세액 + 증액처분 세액) 중 정당세액인 취득세 3,564,273,724원, 농어촌특별세 356,427,377원을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다. 
 나. 피고의 주장
 1) 당초처분은 국세기본법 제22조의2의 해석상 이미 확정되었으므로, 이 사건 소 중 당초처분의 취소를 구하는 부분은 각하되어야 한다. 
 2) 체육시설의 설치·이용에 관한 법률 제12조 소정의 사업계획 승인은 체육시설 설치공사를 합법적으로 하기 위한 자격에 불과하고, 체육시설을 완성할 토지 등 물적조직을 떠난 사업계획 승인이란 의미가 없으므로 체육시설과 분리하여 양도하는 것은 허용되지 않는다는 취지의 대법원 판례( 대법원 2004. 10. 28. 선고 2004다10213 판결)를 감안하면, 원고가 상영개발로부터 양수한 골프장업에 관한 사업계획 승인은 재산적인 가치가 없다. 
 3) 원고가 상영개발에게 이 사건 제2토지 매수와 관련해서 지급한 27,523,661,387원은 상영개발에서 발생시킨 시설공사설치비를 양수한 것으로서 이는 지목변경 비용에 해당한다고 할 것이므로, 골프장 사업권에 대한 법률적 지위를 포함한 영업권 취득의 대가로 볼 수는 없다.
 4) 원고의 대차대조표에는 유형자산의 ‘코스’과목에 27,523,661,387원이 계정되어 있고, 2005. 12. 31. 현재 표준대차대조표에는 영업권의 해당사항 기재가 없는바, 이는 원고 스스로 위 금액이 지목변경에 지출된 비용임을 인정하고 있는 것이다
 다. 관계 법령 
 별지 기재와 같다. 
 라. 본안전 항변에 관한 판단 
 1) 국세기본법 제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있는바, 위 규정의 해석상 당초처분이 제소기간의 도과로 인하여 확정된 후 증액처분이 이루어진 경우에는 전체의 세액에 대하여 다툴 수 있는 것이 아니라 증액된 세액만을 다툴 수 있다고 볼 것이고, 제소기간도 당초처분은 당초처분일을 기준으로, 증액처분은 증액처분일을 기준으로 판단해야 할 것이다. 
 나아가, 위 국세기본법 제22조의2 제1항 규정이 지방세법상 취득세 부과처분의 경우에도 적용될 수 있는지에 관하여 본다. 지방세법 제82조는 “지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」과 「국세징수법」을 준용한다”고 규정하고 있고, 국세기본법은 제3장 제1절에서 ‘납세의무의 성립과 확정’이라는 제목하에 납세의무의 성립( 제21조), 납세의무의 확정( 제22조), 당초 처분과 경정처분의 관계( 제22조의2)에 관하여 각 규정하고 있으며, 납세의무의 확정이라 함은 추상적으로 성립된 납세의무의 내용을 구체적으로 확정하는 것으로서 그 확정방식에 따라 자동확정방식, 신고납세방식, 부과과세방식으로 분류되는바, 위와 같은 국세기본법의 전체적인 체계를 감안하면, 지방세법 제82조의 ‘지방세의 부과에 관한 규정’은 그 확정방식에 상관없이 납세의무를 확정시키는 절차와 관련된 제반 규정을 의미한다고 할 것이고(설령, 법률의 문언에 따라 ‘부과과세방식’으로 인한 납세의무 확정절차에 국한되는 것으로 해석하더라도, 이 사건의 경우 원고의 2004. 7. 31.자 신고·납부행위는 지방세법 제72조에 의하여 부과처분으로 간주되므로 적용 대상에 포함된다), 결국 당초처분과 경정처분과의 관계를 규율하고 있는 국세기본법 제22조의2 역시 ‘지방세의 부과에 관한 규정’으로 봄이 상당하다고 할 것이며, 지방세법상 제소기간 도과로 인하여 불가쟁력이 발생한 당초처분과 그 이후에 내려진 증액처분의 관계를 규율하고 있는 규정이 없는 이상 국세기본법 제22조의2 제1항은 지방세법 제82조에 의하여 지방세의 경우에도 준용할 수 있다(원고는 국세기본법의 경정청구 제도가 지방세법상 준용되지 않음에도국세기본법 제22조의2를 지방세에 준용하는 것은 납세자에게 지나치게 불리한 것으로 부당하다고 주장하나, 지방세법은 제71조 및 제177조의3에서 국세기본법상 경정청구제도와 동일한 연혁적 근거를 갖는 유사 제도로서 수정신고납부제도를 두고 있고, 더구나 제72조에서 신고납부 또는 수정신고납부를 처분으로 간주하여 이의신청 등을 할 수 있도록 하였으며, 이는 ‘지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것’에 해당하여 지방세법 제82조에 의한 준용의 범위에서 제외되는 것으로 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다). 
 2) 따라서 이 사건에서 원고가 당초처분일인 2004. 7. 31.부터 90일 이내에 소송을 제기하거나 또는 지방세법상 이의신청, 심사청구 등의 절차를 거치지 않음으로써 당초처분에 불가쟁력이 발생하였고, 그 이후인 2005. 6. 10. 피고의 증액처분이 내려졌음은 기록상 명백하므로, 이 사건 소 중 피고의 2004. 7. 31.자 당초처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다(다만, 2005. 6. 10.자 증액처분의 위법사유로 주장할 수 있는 것은 여전히 전체 세액에 관한 것이고, 소송에서 취소를 구할 수 있는 범위만이 증액처분에 한정된다고 할 것이므로, 아래에서는 전체 세액에 관한 위법사유에 대하여 본다).
 마. 본안에 관한 판단
 1) 사업계획 승인 등 법률상의 지위가 재산적 가치를 갖는지 여부
체육시설의 설치·이용에 관한 법률 제10조 제1항 제1호, 제11조, 제12조, 제30조(2003. 5. 29. 법률 제6907호로 개정되기 전의 것)의 각 규정에 의하면, 골프장업과 같은 등록체육시설업을 하고자 하는 자는 일정한 시설기준을 갖추어 사업계획서를 작성하여 시·도지사의 승인을 얻어야 하고, 그 사업계획을 변경할 때에도, 경미한 사항에 관한 변경을 제외하고는, 역시 승인을 받도록 되어 있으며, 체육시설업 또는 완성 전의 체육시설에 관한 영업의 양도, 사망, 합병에 수반하여 사업계획승인을 승계할 수 있는 것으로 되어 있고, 같은 법 시행령 제11조의 규정에 의하면 사업계획승인의 승계는 경미한 변경사항이 아니므로, 사업계획승인에 대한 승계가 이루어지면 관할관청의 변경승인을 받아야 된다. 
 한편, 위 법률 제12조의 규정에 의한 사업계획승인은 체육시설의 설치공사를 합법적으로 하기 위한 자격으로서 규정된 기간 내에 사업시설의 착공계획서를 제출하고 공사를 시작할 수 있고, 위 법률 제19조에 의하면, 사업계획승인을 얻은 자는 회원을 모집할 수 있도록 되어 있어, 사업계획승인을 받은 자, 즉 사업계획승인권자는 공사자금을 투입하고 회원권을 분양함으로써 여러 권리·의무를 부담하는 지위에 있게 되어 그 자체의 재산적 가치를 부인할 수 없다. 
 나아가, 체육시설의 설치·이용에 관한 법률(1999. 1. 18. 법률 제5636호로 개정되어 2003. 5. 29. 법률 제6907호로 개정되기 전의 것) 제30조는 ‘체육시설업등의 승계’라는 제목하에 제1항에서는 “체육시설업자가 그 영업을 양도하거나 사망한 때 또는 법인의 합병이 있는 때에는 그 양수인·상속인 또는 합병 후 존속하는 법인이나 합병에 의하여 설립되는 법인은 그 체육시설사업의 등록 또는 신고에 따른 권리·의무( 제19조에 의하여 회원을 모집한 경우에는 그 체육시설업자와 회원간에 약정한 사항을 포함한다)를 승계한다”고 규정하고 있고, 제3항에서는 “ 제1항의 규정은 제12조의 규정에 의한 사업계획승인의 승계에 관하여 이를 준용한다”고 규정하고 있다가, 2003. 5. 29. 법률 제6907호로 개정되어 제2항으로 “민사집행법에 의한 경매 등의 절차에 따라 문화관광부령이 정하는 체육시설업의 시설기준에 의한 필수시설을 인수한 자에 대하여는 제1항의 규정을 준용한다”는 규정이 신설되고, 제3항은 “ 제1항 및 제2항의 규정은 제12조의 규정에 의한 사업계획승인의 승계에 관하여 이를 준용한다”는 내용으로 개정되었는바, 위 각 규정의 해석상 위 개정법률 시행일 이후에 민사집행법 소정의 경매절차에 따라 체육시설업의 필수시설을 인수한 자는 체육시설업 등록·신고에 따른 권리·의무 및 사업계획승인을 승계한다고 할 것이나, 위 법률 개정 이전에 이루어진 이 사건 사업양수도 계약의 경우, 개정 법률 제30조 제2항 규정이 없는 이상 주식회사 글로리산업개발이 민사집행법상 경매절차에 따라 체육시설업의 필수시설인 이 사건 제1토지를 인수하였더라도 체육시설업의 등록·신고에 따른 권리·의무와 사업계획승인을 당연히 승계하는 것으로는 볼 수 없고, 결국 이 사건 제1토지의 전전인수자인 원고가 골프장 영업을 정상적으로 영위하기 위해서는 별개의 계약체결을 통해 사업계획 승인 등의 법률상의 지위를 인수하는 것이 필수불가결하다고 할 것이다. 
 또한 이 사건 제1토지와 제2토지의 면적(1,715,293㎡ : 125,809㎡), 이 사건 제1토지의 대금과 이 사건 사업양수도계약의 대금(175억 원 : 27,523,661,387원)을 비교해 보면, 원고와 상영개발이 이 사건 사업양수도계약을 체결함에 있어 이 사건 제2토지 뿐만 아니라 사업계획승인 등의 영업권에 대해서도 상당한 가치를 인정하여 전체 대금을 결정하였다고 봄이 상당하므로, 위 사업권의 재산적 가치를 부인하는 취지의 피고의 주장은 이유 없다{피고가 제시하는 판례( 대법원 2004. 10. 28. 선고 2004다10213 판결)는 상영개발과 사이에 골프장회원모집계약을 체결한 사람들이 새로운 운영주체인 원고에게 골프장회원으로서의 권리가 있다는 확인을 구하는 사안에서, 원고가 민사집행법의 경매절차를 통해 완성 전의 체육시설의 필수시설을 인수하고, 별개의 법률행위에 의하여 종전 사업계획승인을 승계한 경우에는 원고가 체육시설법 제30조 제1항, 제3항에 의하여 양도인의 기존 골프장회원들과의 회원모집계약에 따른 지위를 승계한 것으로 볼 수 없고, 나아가 이 사건 사업양수도 계약이 ‘영업의 양도’에 해당하지도 않으므로 위 규정이 더 이상 적용될 여지가 없다는 취지에 불과하므로 위 판례의 결론에 따르더라도 사업계획승인 등의 영업권이 재산적 가치를 갖는다는 판단과 모순되는 것은 아니라고 할 것이다}. 
 2) 쟁점금액이 사업권양수 대가인지 지목변경 비용인지 여부
지방세법 제111조 제1항은 취득세의 과세표준을 취득 당시의 가액으로 정하고 있고, 같은 법 시행령 제82조의3 제1항은, ‘취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용{소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다}을 말한다’고 규정하고 있다. 위 규정에서 말하는 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득 절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다고 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상 물건을 취득하기 위해 당해물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 과세표준으로 삼을 수 없다( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 참조). 
 위와 같은 법리에 기초하여 살펴볼 때, 쟁점금액은 아래와 같은 이유로 사업권양수 대가로 봄이 상당하고 피고 주장과 같이 지목변경 비용으로 볼 수는 없다. 
 가) 원고는 지목변경 공사가 70% 완료된 상태에서 이 사건 제1, 2토지를 취득하였는바, 원고가 상영개발에게 지급한 이 사건 제2토지의 취득가액에는 위와 같은 공정이 진행된 데 따른 토지가치의 상승분이 포함되어 있다고 봄이 상당하며, 원고가 이 사건 제2토지를 취득하면서 그 취득대상에 따라 납부한 취득세에는 이와 같이 토지가치 상승분, 즉 지목변경으로 인한 취득가액 중 70% 부분이 포함되어 있다고 보아야 할 것이다 .
 나아가, 원고는 이 사건 제1, 2 토지의 매입 이후에 신규 투자한 공사비 22,842,904,351원을 지목변경으로 인한 취득가액 과세표준으로 하여, 이에 대하여 중과세율을 적용하여 취득세를 신고·납부하였음에도(갑 6, 7, 18호증), 피고가 쟁점금액을 지목변경 비용으로 보아 중과세율을 적용하여 과세한 것은 결과적으로 이중과세에 해당한다. 
 나) 피고는 원고가 상영개발의 공사대금 채무 등을 인수하는 방법으로 이 사건 사업양수도계약의 대금을 지급하였음을 이유로 각 과세처분이 적법하다고 주장하나, 계약 당사자인 원고와 상영개발은 개별 합의에 따라 대금의 구체적인 변제방법을 결정할 수 있는 것이고, 원고가 대금 전액을 현금으로 변제한 경우와 본질적으로 차이가 있다고 보이지도 않는바, 원고가 상영개발이 지출한 지목변경 공사비 채무를 변제하게 된 결과에 이르게 되었다는 사정만으로, 쟁점금액의 법적 성격이 달라진다고 볼 수 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다. 
 다) 다만, 사업양수도 계약서상 인허가권의 대가가 구체적으로 특정되어 있지는 않지만, 이 사건 제1, 2토지에 대한 지목변경 공사는 이 사건 제1토지에 대한 경매절차가 진행 중이던 1995년 무렵 이미 70%의 공정을 마친 상태였으므로 1999. 1. 1.자 공시지가에는 지목변경 공사로 인한 토지가치의 상승이 반영되었다고 할 것이고, 이 사건 제2토지 대금과 골프장 사업계획승인등 사업권에 대한 대금의 구별이 사실상 불가능한 이상 공시지가를 초과하는 나머지 부분을 사업권양수 대가로 보는 것은 불가피하다. 
 라) 을 1호증의 기재에 의하면, 원고가 2002. 3. 법인세 과세표준 및 세액을 남양주세무서에 신고하면서 대차대조표에 이 사건 제2토지 및 사업권양수 대금 27,523,661,387원 전액을 코스계정으로 분류하여 계상한 사실이 인정되기는 하나, 위와 같은 사정만으로 쟁점금액의 본질이 지목변경 비용에 해당한다고 볼 수 없다. 
 3) 소결론
 따라서 피고가 쟁점금액을 전액 지목변경 비용으로 보아 중과세율을 적용하여 취득세를 부과하는 것은 위법하다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 있다. 
 4) 정당세액의 계산 
 쟁점금액을 취득세 과세표준에서 공제하여 계산한 정당세액은 별지 계산표 기재와 같이 취득세 3,564,273,711원, 농어촌특별세 356,427,370원인바, 이 사건 처분세액(취득세 6,348,332,454원, 농어촌특별세 620,848,657원) 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 원칙적으로 전부 취소되어야 할 것이나, 앞에서 본 바와 같이 당초처분은 제소기간 도과로 확정되었으므로, 소송으로 취소를 구할 수 있는 범위는 증액처분 금액에 한정된다. 
 나아가 취소의 범위에 관하여 보면, 이 사건 처분세액 중 정당세액을 초과하는 부분(취득세 2,784,058,743원 , 농어촌 특별세 264,421,287 원)이 증액처분(취득세 934,423,770원, 농어촌 특별세 79,457,790원)을 초과하는 이상 증액처분은 전부 취소되어야 할 것이다. 
3. 결론
 그렇다면 이 사건 소 중 피고가 2004. 7. 31. 원고에게 한 취득세 5,413,908,684원, 농어촌특별세 541,390,867원 부과처분의 일부취소 청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 피고가 2005. 6. 10. 원고에게 한 취득세 934,423,770원 농어촌특별세 79,457,790원 부과처분의 취소청구는 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 최영룡(재판장) 박근정 문성호