학교 구내 기숙사에 대하여 농특세 비과세를 배제할 수 있는지 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.08.20 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
기타
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

원심판결을 이 사건 기록에 비추어 살펴보았으나, 상고이유에 관한 주장이상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유가 없다고 인정된다.
그러므로 위 법 제5조에 의해 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2014. 4. 22. 선고 2013누21788 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다

【이 유】

1. 처분의 경위 및 이 사건 소의 적법 여부

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제2면 8행 "2012. 3. 5. 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 경료하였다."를 "2011. 8. 22. 이 사건 기숙사에 관한 사용승인을 받아 2012. 3. 5. 이 사건 기숙사에 관한 소유권보존등기를 경료하였다"로 변경하는 외에는 제1심 판결의 이유와 같으므로행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 기숙사는 원고가 교육사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우에 해당하므로「지방세특례제한법」제41조제1항, 농어촌특별세법 제4조 제12호, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 의하여 농어촌특별세가 비과세되어야 함에도, 농어촌특별세를 부과한 이 사건 부과처분 및 거부처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단

(1) 이 사건 기숙사의 취득 시기 및 그 과세 관련 적용 법률

「지방세법 시행령」제20조의 제6항에 의하면, 이 사건 기숙사의 취득시기는 그 사용승인서를 받은 2011. 8. 22.로 보아야 하므로, 그 취득과 관련하여 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것)의 적용을 받는다.
(2) 관계 법령의 해석상 문제점

구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항에서 학교가 해당사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 비과세대상으로 규정하는 한편, 그 단서에서 수익사업에 사용하는 경우 취득세를 추징한다고 규정하였다가, 2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정된「지방세특례제한법」제41조제1항에서 수익사업 추징규정을 삭제하고 학교가 해당사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산의 취득세를 2012. 12. 31.까지 면제한다는 한시규정을 두었으며, 이후 2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정된「지방세특례제한법」제41조제1항에서 위 수익사업 추징규정이 부활하였다. 한편, 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제42조 제1항은 고등교육법 제2조 제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012. 12. 31.까지 면제한다고 규정하고 있다. 그리고 농어촌특별세법 제3조 제1호에서는 지방세특례제한법에 의하여 취득세가 감면되는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다고 규정하는 한편, 제4조 제12호, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에서 농어촌특별세의 비과세대상에 대해 규정하면서, 지방세특례제한법 ‘제41조 제1항’에 의하여 취득세가 비과세되는 경우는 위 비과세 대상에 포함시키면서도, 같은 법 ‘제42조 제1항’에 의하여 취득세가 면제되는 경우는 위 비과세 대상에서 빠져 있어, 이 사건과 같은 대학교 기숙사의 경우에는 학교가 해당 사업에 사용하기 위해 취득하는 다른 부동산들과 달리 농어촌특별세 면제대상에서 제외되는지 여부가 문제된다.
(3) 이 사건 기숙사에 적용될 법규에 관하여

살피건대, ① 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항에서 학교 등이 ‘그 해당 사업에 사용’하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하고 있는바, 위 규정의 문리적 해석상 기숙사가 학교의 교육사업에 사용되는 경우에 위 조문에서 규정한 ‘해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에서 제외할 아무런 이유가 없는 점, ② 같은 법 제42조 제1항을 둔 취지는 대학교가 취득하는 기숙사 건물의 경우에는 수익사업에 사용하는 경우라서 같은 법 제41조 제1항에 의해 취득세를 감면받을 수 없는 경우이더라도 특별히 한시적으로 취득세를 감면받을 수 있게 함으로써 대학교 기숙사의 신축을 위한 민간투자 활성화의 유인을 마련하고자 하는데 있으므로, 만약 수익사업에 사용하지 아니하는 대학교 기숙사까지도 같은 법 제41조 제1항이 아닌 같은 법 제42조 제1항을 근거로 취득세를 감면받는다고 해석한다면, 수익사업에 사용하지 아니하는 대학교 기숙사의 경우 같은 법 제41조 제1항이 적용되어 취득세는 물론 농어촌특별세까지 면제받을 수 있었던 것이 같은 법 제42조 제1항으로 인해 오히려 농어촌특별세의 부과대상에 해당하게 되는바, 이는 특별히 같은 법 제42조 제1항을 둔 입법취지에 반하는 해석으로서 불합리하다고 할 것인 점, ③ 수익사업에 사용하는지 여부를 묻지 않고 모든 대학교 기숙사에 대하여 취득세 등 감면에 적용될 법규를 오직 같은 법 제42조 제1항으로만 볼 경우, 중·고등학교의 기숙사에 대하여는 같은 법 제41조 제1항이 적용됨에 반하여 훨씬 더 많은 수요가 있어서 신축이 필요한 대학교 기숙사에 대하여는 오히려 감면 범위를 더 제한할 수 있는 같은 법 제42조 제1항이 적용되게 되어 형평의 이념에 반하는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 기숙사에 관한 취득세의 감면에 대해 적용되는 법규는 수익사업에 사용하는지 여부에 따라 같은 법 제42조 제1항 또는 같은 법 제41조 제1항이라고 할 것이다.
(4) 이 사건 기숙사에 대한 취득세 감면의 근거 법규

갑 제5 내지 14호증, 제16호증의 각 기재(가지번호 포함)와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 기숙사는 00000대학교 00캠퍼스 부지 내에 신축되어 위 캠퍼스에 재학 중인 학생들이 입실한 후 이를 주거시설, 세미나실, 어학실 등으로 사용하고 있으므로 원고가 이를 자신의 교육사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수 있는 점, ② 이 사건 기숙사 신축사업은 ‘00000대학교 00캠퍼스 제2기숙사 유한회사(이하 ’기숙사 관리회사‘라고 한다)’ 및 주식회사 0000개발이 공동으로 참여한 BTO(Build - Transfer- Operate) 방식의 민간투자사업으로 시행되었으나, 현재는 원고의 부속기관인 기숙사 관리회사가 100% 지분을 취득하여 이를 관리·운영하고 있다는 점 등을 종합하면, 이 사건 기숙사는 수익사업에 사용되었다고 볼 수 없으므로 이 사건 기숙사의 취득은 같은 법 제41조 제1항에 의하여 취득세 면제대상에 해당한다.
(5) 소결

따라서 이 사건 기숙사 취득에 대하여는 농어촌특별세법 제4조 제12호, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제6항 제5호에 따라 농어촌특별세를 부과할 수 없다 할 것이므로 이 사건 부과처분 및 거부처분은 모두 위법하다.
3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 농어촌특별세법

제2조 (정의)

① 이 법에서 "감면"이라 함은 조세특례제한법·관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제

제3조 (납세의무자)

다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

제4조 (비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

■ 농어촌특별세법 시행령

제4조 (비과세)

⑥ 법 제4조 제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다. (2012. 5. 22. 대통령령 제23799호로 개정되기 전의 것)

5.「지방세법」제9조제2항,「지방세특례제한법」제13조제2항제1호(「농어촌정비법」에 따라 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물로 한정한다), 제15조제2항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제19조, 제20조, 제21조제1항, 제22조제1항·제5항, 제22조의2제1항·제2항, 제22조의3, 제23조, 제28조제1항, 제29조, 제30조제3항, 제31조제1항부터 제3항까지, 제33조, 제34조, 제36조, 제37조, 제38조제1항, 제40조, 제41조제1항·제5항, 제42조제2항·제3항, 제43조제1항, 제44조, 제45조제1항, 제46조제1항, 제50조제1항, 제52조, 제53조, 제54조제5항, 제58조의2, 제60조제4항, 제63조, 제66조제3항·제4항, 제67조제1항·제2항, 제72조제1항, 제73조제1항·제2항, 제74조제1항, 제76조제1항, 제79조, 제80조, 제81조제1항·제2항, 제83조제1항·제2항, 제85조제1항, 제85조의2, 제88조, 제89조 및 제90조제1항에 따른 감면

■ 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것)

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

① 「초·중등교육법」및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
■ 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것)

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

① 「초·중등교육법」및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

제42조(기숙사 등에 대한 감면)

①「고등교육법」제2조제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세를, 해당 학교에 대하여는 주민세 재산분을 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■ 현행 지방세특례제한법

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

① 「초·중등교육법」및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■ 현행 지방세법 시행령

제20조(취득의 시기 등)

⑥ 건축물을 건축하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 「도시개발법」에 따른 도시개발사업이나 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업만 해당한다)으로 건축한 주택을「도시개발법」제40조에 따른 환지처분 또는「도시 및 주거환경정비법」제54조에 따른 소유권 이전으로 취득하는 경우에는 환지처분 공고일의 다음 날 또는 소유권 이전 고시일의 다음 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다. 끝.
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【하급심-수원지방법원 2013. 7. 4. 선고 2012구합13123 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고가 원고에 대하여 한 2012. 2. 21.자 농어촌특별세 302,882,340원의 부과처분 및 2012. 3. 30.자 경정거부처분을 각 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 고등교육 등을 목적으로 설립된 학교법인으로서 00시 처인구 모현면에 00000대학교 00캠퍼스를 운영하고 있는데, 학생들의 기숙사로 사용할 목적으로위 모현면 왕산리 산55-4 외 474필지 위에 5개동의 기숙사건물(이하 ‘이 사건 기숙사’라고 한다)을 신축한 다음, 2012. 3. 5. 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 경료하였다.
나. 피고는 이 사건 기숙사가「지방세특례제한법」제42조제1항에서 규정하고 있는 ‘학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다는 이유로 취득세를 면제하는 대신, 농어촌특별세법 제3조 제1호를 적용하여 2012. 2. 21. 원고에 대하여 이 사건 기숙사의 취득세 관련 농어촌특별세 302,882,340원의 부과처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.
다. 원고는 2012. 3. 29. 피고에게 ‘이 사건 기숙사는 교내에 위치하고 있고, 외국어 교육사업을 위한 것’이므로「지방세특례제한법」제41조제1항 규정을 적용하여 농어촌특별세를 비과세하여야 한다며 경정청구하였으나, 피고는 2012. 3. 30. 원고에게 위 경정청구에 대하여 거부통지(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)하였다.
라. 이에 원고는 2012. 4. 12. 경기도지사에게 위 처분에 대하여 이의신청을 하였으나, 경기도지사는 2012. 6. 27. 원고의 이의신청을 기각하는 결정을 하였고, 위 결정은 2012. 7. 3. 원고에게 송달되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~4호증, 을 제1~4호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부

가. 피고의 본안 전 항변

농어촌특별세는 본세에 부가하여 부과하는 세금으로서 ‘국세’에 해당하므로 이에 대한 불복절차는 국세기본법 제56조에 따라야 할 것인바, 심사청구 또는 심판청구를 거치지 아니한 이 사건 소는 필요적 전심절차를 거치지 아니한 것이어서 부적법하다.
나. 판단

살피건대, 원고에게 부과된 농어촌특별세는 지방세인 부동산 취득세에 부가되는 세금인 사실은 앞서 본 바와 같고, 농어촌특별세법 시행령 제9조에서 농어촌특별세의 불복절차에 관하여 ‘지방세를 본세로 하는 농어촌특별세에 대한 이의신청 및 심사청구에 관하여는 지방세기본법의 예에 따른다’고 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 이 사건 부과처분 및 거부처분에 대한 불복절차는「지방세기본법」제127조에 따라 지방세법상의 심사청구, 심판청구 등의 전심절차를 거치지 아니하고 곧바로 취소소송을 제기할 수 있다 할 것이다. 따라서 피고의 위 항변은 이유 없다.
3, 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 기숙사는 원고가 교육사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우에 해당하므로「지방세특례제한법」제41조제1항, 농어촌특별세법 제4조 제12호, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 의하여 농어촌특별세가 비과세되어야 함에도, 농어촌특별세를 부과한 이 사건 부과처분 및 거부처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단

(1) 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항에서 학교가 해당사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 비과세대상으로 규정하는 한편, 그 단서에서 수익사업에 사용하는 경우 취득세를 추징한다고 규정하였다가, 2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정된「지방세특례제한법」제41조제1항에서 수익사업 추징규정을 삭제하고 학교가 해당사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산의 취득세를 2012. 12. 31.까지 면제한다는 한시규정을 두었으며, 이후 2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정된「지방세특례제한법」제41조제1항에서 위 수익사업 추징규정이 부활하였다. 한편, 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제42조 제1항은 고등교육법 제2조 제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012. 12. 31.까지 면제한다고 규정하고 있다. 그리고 농어촌특별세법 제3조 제1호에서는 지방세특례제한법에 의하여 취득세가 감면되는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다고 규정하는 한편, 제4조 제12호, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에서 농어촌특별세의 비과세대상에 대해 규정하면서, 지방세특례제한법 ‘제41조 제1항’에 의하여 취득세가 비과세되는 경우는 위 비과세 대상에 포함시키면서도, 같은 법 ‘제42조 제1항’에 의하여 취득세가 면제되는 경우는 위 비과세 대상에서 빠져 있어, 이 사건과 같은 대학교 기숙사의 경우에는 학교가 해당 사업에 사용하기 위해 취득하는 다른 부동산들과 달리 농어촌특별세 면제대상에서 제외되는 것이 아닌가라는 의문이 있을 수 있다.
(2) 살피건대, 갑 제5~14, 16호증의 각 기재(가지번호 포함)와 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ①「지방세특례제한법」제42조제1항을 둔 취지는 대학교가 취득하는 기숙사 건물의 경우에는 수익사업에 사용하는 경우라도 특별히 한시적으로 취득세를 감면받을 수 있게 함으로써 대학교 기숙사의 신축을 위한 민간투자 활성화의 유인을 마련하고자 하는데 있으므로, 만약 수익사업에 사용하지 아니하는 대학교 기숙사까지도 위 제41조 제1항이 아닌 위 제42조 제1항을 근거로 취득세를 감면받는다고 해석한다면, 수익사업에 사용하지 아니하는 대학교 기숙사의 경우 위 제41조 제1항이 적용되어 취득세는 물론 농어촌특별세까지 면제받을 수 있었던 것이 위 제42조 제1항으로 인해 오히려 농어촌특별세의 부과대상에 해당하게 되는바, 이는 특별히 위 제42조 제1항을 둔 입법취지에 반하는 해석으로서 불합리하다고 할 것인 점, ② 이 사건 기숙사 신축사업은 ‘00000대학교 00캠퍼스 제2기숙사 유한회사(이하 ’기숙사 관리회사‘라고 한다)’ 및 주식회사 0000개발이 공동으로 참여한 BTO(Build - Transfer- Operate) 방식의 민간투자사업으로 시행되었으나, 현재는 원고의 부속기관인 기숙사 관리회사가 100% 지분을 취득하여 이를 관리·운영하고 있고, 달리 이를 수익사업에 사용한다고 볼 만한 사정이 엿보이지 않는 점, ③「지방세특례제한법」제41조제1항에서 학교가 당해 부동산을 ‘그 해당 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 이는 학교의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것인바, 이 사건 기숙사는 00000대학교 00캠퍼스 부지 내에 신축되어 위 캠퍼스에 재학 중인 학생들이 입실한 후 이를 주거시설, 세미나실, 어학실 등으로 사용하고 있으므로 원고가 이를 자신의 교육사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수 있는 점, ④ 앞서 본 바와 같이 이 사건 부과처분 당시에는「지방세특례제한법」제41조제1항의 수익사업 추징규정이 한시적으로 일시 삭제된 적이 있었으나, 위와 같은 취득세 면제대상 확대 취지를 오히려 농어촌특별세법 부과대상 확대 취지로 해석할 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 기숙사의 취득은「지방세특례제한법」제41조제1항에 의하여 취득세 비과세대상에 해당한다.
(3) 따라서 이 사건 기숙사 취득에 대하여는 농어촌특별세법 제4조 제12호, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제6항 제5호에 따라 농어촌특별세를 부과할 수 없다 할 것이므로 이 사건 부과처분 및 거부처분은 모두 위법하다.
4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 농어촌특별세법

제2조 (정의)

① 이 법에서 "감면"이라 함은 조세특례제한법·관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제

제3조 (납세의무자)

다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

제4조 (비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

■ 농어촌특별세법 시행령

제4조 (비과세)

⑥ 법 제4조 제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다. (2012. 5. 22. 대통령령 제23799호로 개정되기 전의 것)

5.「지방세법」제9조제2항,「지방세특례제한법」제13조제2항제1호(「농어촌정비법」에 따라 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물로 한정한다), 제15조제2항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제19조, 제20조, 제21조제1항, 제22조제1항·제5항, 제22조의2제1항·제2항, 제22조의3, 제23조, 제28조제1항, 제29조, 제30조제3항, 제31조제1항부터 제3항까지, 제33조, 제34조, 제36조, 제37조, 제38조제1항, 제40조, 제41조제1항·제5항, 제42조제2항·제3항, 제43조제1항, 제44조, 제45조제1항, 제46조제1항, 제50조제1항, 제52조, 제53조, 제54조제5항, 제58조의2, 제60조제4항, 제63조, 제66조제3항·제4항, 제67조제1항·제2항, 제72조제1항, 제73조제1항·제2항, 제74조제1항, 제76조제1항, 제79조, 제80조, 제81조제1항·제2항, 제83조제1항·제2항, 제85조제1항, 제85조의2, 제88조, 제89조 및 제90조제1항에 따른 감면

■ 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것)

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

① 「초·중등교육법」및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
■ 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것)

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

① 「초·중등교육법」및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

제42조(기숙사 등에 대한 감면)

①「고등교육법」제2조제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세를, 해당 학교에 대하여는 주민세 재산분을 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■ 지방세특례제한법

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

① 「초·중등교육법」및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우. 끝.