법인세부과처분등취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2023.01.12 / 시행일:

【원고, 피항소인】 혜움건설 주식회사 외 1인 (소송대리인 법무법인 가온 담당변호사 박승재)
【피고, 항소인】 동청주세무서장 외 1인
【제1심판결】 대전지방법원 2022. 4. 27. 선고 2020구합106090 판결
【변론종결】2022. 11. 10.
【주 문】
 1. 피고들의 원고들에 대한 항소를 모두 기각한다.
 2. 항소비용은 피고들이 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 가. 피고 동청주세무서장이 2018. 10. 1. 원고 혜움건설 주식회사에 대하여 한 2016 사업연도 귀속 법인세 230,974,390원의 부과처분 및 소득자를 소외인으로 한 2016년 귀속 상여소득 213,678,522원, 소득자를 원고 2로 한 2016년 귀속 상여소득 96,135,695원, 합계 309,814,217원의 소득금액변동통지를 모두 취소한다. 
 나. 피고 세종세무서장이 2018. 10. 1. 원고 2에 대하여 한 증여세 168,239,240원의 부과처분을 취소한다. 
 2. 항소취지
 제1심판결을 취소한다. 원고들의 청구를 모두 기각한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고들의 지위
 원고 혜움건설 주식회사(변경 전 상호: 주식회사 비케이씨엔디, 이하 ‘원고 회사’라 한다)는 2003. 11. 1. 주택건설 분양사업 등을 목적으로 설립된 회사이고, 원고 2와 소외인은 원고 회사와 피합병회사인 주식회사 삼아디엔씨(이하 ‘삼아디엔씨’라 한다) 및 주식회사 비케이건설(이하 ‘비케이건설’이라 한다)의 주주이다. 
 나. 원고 회사의 흡수합병 
 1) 주식회사 선우디엔엠의 합병
 가) 주식회사 선우디엔엠(이하 ‘선우디엔엠’이라 한다)은 원고의 자회사로서 2014. 12. 11. 부동산에 대한 투자, 임대관리 및 매매업 등을 목적으로 설립되었다. 
 나) 원고 회사는 2015. 9. 4. 선우디엔엠을 흡수합병하였다(이하 ‘제1차 합병’이라 한다). 합병 당시 원고 회사의 지분비율은 원고 2가 31%, 소외인이 16.5%, 비케이건설이 52.5%였다.
 다) 선우디엔엠이 설립된 때부터 원고 회사에 합병되기 전까지 발생한 순손익액은 2014년(2014. 12. 11.부터 2014. 12. 31.까지) 106,867,544원, 2015년(2015. 1. 1.부터 2015. 9. 4.까지) 441,773,233원이다. 
 2) 삼아디엔씨의 합병
 가) 원고 회사는 2016. 10. 1. 삼아디엔씨를 흡수합병하였다(이하 ‘제2차 합병’이라 한다). 합병 당시 삼아디엔씨의 주식은 원고 2가 76.7%, 소외인이 23.3%의 비율로 보유하고 있었고, 합병 당시 원고 회사의 지분비율은 제1차 합병 당시와 동일하다. 
 나) 원고 회사는 제2차 합병 당시 1주당 주식가액을 산정하면서, 제1차 합병 당시 선우디엔엠의 순손익가치를 제외하고 합병 직전 3개 사업연도(2015년, 2014년, 2013년)에 발생한 순손익액만을 합산하여 1주당 순손익가치를 산정하였다. 
 다) 이에 따라 제2차 합병 당시의 순손익가치는 원고 회사가 1주당 182,420원, 삼아디엔씨가 812,860원으로, 1주당 평가액은 원고 회사가 121,908원, 삼아디엔씨가 606,410원으로 각각 산정되었다. 
 3) 비케이건설의 합병
 원고 회사는 2018. 2. 28. 비케이건설을 흡수합병하고, 현재의 상호로 변경하였다. 당시 비케이건설의 주식은 원고 2가 76.7%, 소외인이 23.3%의 비율로 보유하고 있었고, 합병 당시 원고 회사의 지분비율은 원고 2가 31%, 소외인이 16.5%, 비케이건설이 52.5%였다. 
 다. 소득금액변동통지와 법인세 및 증여세부과처분
 1) 세무조사의 실시
 피고 동청주세무서장은 2018. 7. 12.부터 2018. 8. 24.까지 원고 회사 및 비케이건설에 대한 2016 사업연도 법인세 조사 및 원고 2에 대한 2016년도 증여세 조사를 실시한 후 다음과 같이 불공정합병으로 인한 분여이익이 발생하였다고 보았다. 
○ 제2차 합병 당시 원고 회사의 주식가액의 부당 평가 선우디엔엠의 2014년 및 2015년 순손익가치는 1,724,183,761원으로 원고 회사의 순손익가치에 합산되어야 함에도 원고 회사는 제2차 합병 당시 이를 누락하고 1주당 주식가액을 산정하였다. 이에 따라 원고 회사의 1주당 평가액이 정당가액인 131,832원보다 9,924원 과소평가되었다.○ 제2차 합병 당시 삼아디엔씨 주식가액의 부당 평가 삼아디엔씨 역시 1주당 주식가액을 산정하면서 일부 순손익가치 감소액과 순자산가치 감소액이 누락됨으로써 정당가액인 604,612원보다 1,798원 과대평가되었다○ 불공정합병에 따른 분여이익의 발생 제2차 합병으로 삼아디엔씨의 주주인 원고 2와 소외인은 실질적으로 917,074,473원의 증여이익을 분여받았고, 그 중 원고 2가 원고 회사의 주주인 비케이건설로부터 분여받은 증여이익은 607,260,342원이다.
 2) 세무조사결과의 통지
 피고 동청주세무서장은 2018. 9. 7. 원고들에게 ‘제2차 합병이 불공정합병에 해당하고 그 과정에서 원고 회사의 주주인 비케이건설이 삼아디엔씨의 주주인 원고 2와 소외인에게 이익을 분여하였으므로 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 분여이익 상당액을 익금에 산입한다.’라는 취지의 세무조사결과를 통지하였다.
 3) 원고 회사에 대한 법인세부과처분
 피고 동청주세무서장은 위와 같은 세무조사결과에 따라 2018. 10. 1. 원고 회사에 비케이건설의 2016 사업연도 법인세 과세표준을 2,119,004,852원으로 경정하고, 가산세를 47,559,486원으로 산정하여 합계 230,974,390원의 법인세부과처분(이하 ‘이 사건 법인세부과처분’이라 한다)을 하였다.
 4) 원고 회사에 대한 소득금액변동통지
 피고 동청주세무서장은 같은 날 원고 회사에게 법인세법 제67조에 따라 2016 사업연도의 익금에 산입되지 아니한 분여이익 중 213,678,522원을 소외인에게, 96,135,695원을 원고 2에게 각각 상여소득처분한다는 내용의 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였다. 
 5) 원고 2에 대한 증여세부과처분
 피고 세종세무서장은 같은 날 원고 2에게 앞서 본 불공정합병에 따른 분여이익을 반영하여 2016년도 증여세의 과세표준을 607,260,342원으로 경정하고, 가산세를 46,061,144원으로 산정하여 합계 168,239,240원의 증여세부과처분(이하 ‘이 사건 증여세부과처분’이라 한다)을 하였다.
 라. 감사원의 심사청구 기각결정
 원고들은 감사원에 이 사건 법인세 및 증여세부과처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 감사원은 2020. 7. 6. 원고들의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1호증, 을 제2호증, 을 제6호증, 을 제13호증, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
3. 판단
 가. 이 사건 처분사유의 요지
 1) 제2차 합병 당시 원고 회사 순손익가치 산정방법의 문제점
 가) 제2차 합병당사법인인 원고 회사와 삼아디엔씨는 특수관계에 있는 법인이므로, 합병법인인 원고 회사의 주식가액을 산정하기 위해서는 순자산가치의 산정과 함께 상속세 및 증여세법 제38조, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제1항 및 제56조 제1항에 따라 평가기준일 이전 3년간 순손익액의 가중평균액을 순손익가치로 산정하여야 한다.
 나) 원고 회사는 평가기준일 이전 3년 내의 기간에 선우디엔엠과 합병을 하였고, 이에 따라 선우디엔엠의 순손익액 역시 원고 회사의 순손익액을 산정하는 데에 합산되어야 한다. 
 다) 선우디엔엠은 2014. 12. 11.부터 사업을 개시하였으므로, 제1차 합병 전 사업연도는 2014. 12. 11.부터 2014. 12. 31.까지로서 1년 미만인 경우에 해당한다. 그리고 사업연도가 1년 미만인 경우에는 1년으로 계산한 가액으로 1주당 순손익가치를 산정한다고 규정되어 있는 구 상속세 및 증여세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제719호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조의3 제2항을 적용하여 선우디엔엠의 2014년도 사업소득금액을 12개월에 해당하는 금액으로 환산한 후 이를 원고 회사의 순손익액에 합산하여야 한다. 
 라) 그러나 원고 회사는 2차 합병 당시 선우디엔엠의 순손익가치를 원고 회사의 순손익액에 합산하지 아니한 채 원고 회사의 주식가액을 산정하였고, 이로 인하여 제2차 합병 당시 원고 회사의 주식가액이 정당가액보다 과소평가되는 결과가 발생하였다. 
 2) 제2차 합병으로 인한 증여이익을 반영한 과세처분
 이에 따라 원고 회사의 주식가액이 정당가액으로 평가되어 합병이 이루어지는 경우에 원고 회사의 주주였던 비케이건설이 취득하였어야 하는 이익을 삼아디엔씨의 주주인 원고 2 및 소외인에게 분여하는 결과가 발생하였으므로, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조(부당행위계산의 유형) 제1항 제8호, 제89조(시가의 범위) 제2항, 제5항, 제6항, 상속세 및 증여세법 제38조(합병에 따른 이익의 증여) 제1항, 제3항 등을 적용하여 분여이익을 계산하고 그에 따라 이 사건 소득금액통지 및 이 사건 법인세 및 증여세부과처분을 하였다. 
 나. 이 사건 처분사유에 나타난 원고 회사 순손익액 계산의 적법 여부
 1) 평가기준일 이전 3년간 순손익액의 가중평균액 산정
구 상속세 및 증여세법(2020. 12. 22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조는 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액을 평가기준일 현재의 시가에 따른다고 정하고, 시가를 산정하기 어려운 경우에는 제61조부터 제65조에서 정한 보충적 평가방법에 따라 평가한 가액을 시가로 보고 있다. 그리고 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제1항은 비상장주식을 앞서 본 바와 같이 순손익가치와 순자산가치의 가중평균액으로 산정하고 순손익가치는 최근 3년간 순손익액의 가중평균액을 기획재정부령이 정하는 이자율로 나누어 계산한다고 규정하며, 같은 시행령 제56조 제1항은 최근 3년간 순손익액의 가중평균액을 “[(평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×3)+(평가기준일 이전 2년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×2)+(평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×1)]÷6”의 계산식에 따라 산정한다고 규정하고 있다. 
 2) 추정이익의 평균가액 산정
 가) 그러나 일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등 기획재정부령으로 정하는 경우에 해당하는 경우에는 순손익액을 기획재정부령으로 정하는 신용평가전문기관, 공인회계사법에 따른 회계법인 또는 세무사법에 따른 세무법인 중 둘 이상의 신용평가전문기관, 공인회계사법에 따른 회계법인 또는 세무사법에 따른 세무법인이 기획재정부령으로 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액으로 할 수 있다(같은 시행령 제56조 제2항 제1호).
 나) 여기서 "일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등 기획재정부령으로 정하는 경우"에는 “평가기준일전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 합병 또는 분할을 하였거나 주요 업종이 바뀐 경우”(구 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제3호), “상속세 및 증여세법 제38조의 규정에 의한 증여받은 이익을 산정하기 위하여 합병당사법인의 주식가액을 산정하는 경우”가 포함된다(같은 항 제4호).
 다) 이러한 규정에 비추어 보면, 합병법인이 평가기준일전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중에 합병을 한 경우와 특수관계에 있는 비상장법인의 합병으로 인하여 증여받은 이익을 계산하기 위하여 ‘합병당사법인의 합병 직전 주식가액’ 등을 산정하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 구 상속세 및 증여세법 시행령 제56조 제1항의 가액인 ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’을 기초로 1주당 순손익가치를 산정할 수 없다고 봄이 타당하고, 같은 시행령 제56조 제2항이 규정한 가액인 ‘1주당 추정이익의 평균가액’이 산정되지 아니하였거나 같은 항 제2호 내지 제4호에서 정한 요건을 갖추지 못함으로써 같은 조 제2항의 가액을 기초로 1주당 순손익가치를 산정할 수 없다고 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두26988 판결, 대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두2736 판결 등 참조). 
 라) 그리고 이러한 법리는 구 법인세법 시행령 제89조 제6항에 따라 구 상속세 및 증여세법 시행령 제28조 제3항 내지 제6항 등의 규정을 준용하여 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 가목이 규정한 ‘불공정한 합병으로 인하여 특수관계자에게 분여한 이익’이나 구 법인세법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호 가목이 규정한 ‘불공정한 합병으로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’을 계산하기 위하여 ‘합병당사법인의 합병 직전 주식가액’ 등을 산정하는 경우에도 마찬가지이다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두2736 판결 등 참조). 
 3) 원고 회사 순손익액 산정 방법의 적법 여부 
 위와 같은 관계 법령의 내용과 법리에 비추어 이 사건 처분사유를 살펴보면, 원고 회사는 제2차 합병으로 인한 주식가액의 평가기준일전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중에 제1차 합병을 하였고, 피고들은 특수관계에 있는 법인인 원고 회사와 삼아디엔씨 간 불공정한 합병으로 인한 분여이익을 계산하기 위하여 제2차 합병 직전 주식가액을 산정하였으므로, 그에 대하여는 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제1항 및 제56조 제1항이 정하는 평가기준일 전 3년간의 순손익액의 가중평균액을 산정하는 방법이 적용된다고 볼 수 없고, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제56조 제2항 제1호 및 구 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제3호 및 제4호에 따라 추정이익의 평균가액을 산정하는 방법이 적용된다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분사유에 나타난 원고 회사의 순손익액 산정 방법은 위법하다.
 다. 이 사건 처분사유에 나타난 선우디엔엠의 순손익액 산정 방법의 적법 여부
 1) 가정적 판단
 가) 앞서 본 바와 같이 원고 회사의 제2차 합병 당시 순손익액 산정은 구 상속세 및 증여세법 시행령 제56조 제2항 제1호 및 구 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제3호 및 제4호에 따라야 하므로, 이 사건 처분사유와 같이 선우디엔엠의 순손익액을 별도로 산정할 필요가 없다.
 나) 그러나 설령 이 사건 처분사유와 같이 합병법인인 원고 회사의 순손익액을 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액으로 산정하고, 피합병법인의 순손익액을 여기에 합산하는 것이 적법하다고 가정하더라도 다음과 같은 이유에 비추어 보면, 이 사건 처분사유에서 밝히고 있는 선우디엔엠의 순손익액 산정 방법은 위법하다고 봄이 타당하다. 
 2) 사업개시 후 3년 미만의 법인의 주식가액 계산 방법
 가) 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항의 의미
 ① 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제1항, 제56조 제1항이 규정한 비상장주식의 보충적 평가방법은 계속기업으로서의 수익가치와 청산기업으로서의 자산가치를 종합적으로 고려한 것이고, 그 중에서도 계속기업의 수익가치를 의미하는 순손익가치에 관한 부분은 과거의 실적을 기초로 미래수익을 예측하여 현재의 주식가치를 정확히 파악하려는 취지이다(대법원 2007. 11. 29. 선고 2005두15311 판결, 대법원 2018. 12. 17. 자 2016마272 결정 등 참조). 그런데 만약 해당 기업에 대하여 계속기업으로서의 수익가치를 산정하는 것이 불가능하거나 현저히 곤란한 상황이라면, 수익가치의 지표가 되는 순손익가치를 제외한 순자산가치만으로 그 주식가액을 평가할 수밖에 없다. 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항은 그러한 취지에서 계속기업으로서의 수익가치를 산정하는 것이 불가능하거나 현저히 곤란한 경우에 예외적으로 순자산가치만으로 주식가액을 평가하는 것이 타당하다는 점을 규정하고 있다. 
 ② 이에 따라 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항은 청산절차가 진행중이거나 사업자가 사망하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 경우(제1호), 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인, 휴·폐업 중에 있는 법인의 경우(제2호), 3년 내의 사업연도부터 계속하여 손금이 익금을 초과하는 결손금이 있는 법인의 경우(제3호), 구 소득세법 제158조 제1항 제5호의 법인의 경우(제4호)에 위와 같이 순자산가치만으로 주식가액을 평가한다고 규정하고 있다. 
 ③ 여기에서 사업개시 후 3년 미만의 법인이란 당해 법인의 사업개시일부터 평가기준일까지 역(歷)에 의하여 환산한 기간이 3년 미만인 법인을 말한다. 
 나) 구 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의3 제2항의 의미
 ① 한편 구 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의3 제2항은 “영 제56조 제1항의 계산식에 따라 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 계산할 때 사업연도가 1년 미만인 경우에는 1년으로 계산한 가액으로 한다.”라고 규정하고 있다.
 ② 해당 규정은 그 문언상으로도 “영 제56조 제1항의 계산식에 따라 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 계산할 때”에 적용되는 규정이므로, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제1항 및 제56조 제1항에 따라 주식가액에서 계속기업으로서의 수익가치를 계산하는 것이 규범적으로 가능한 법인에 대하여 적용될 수 있음을 전제로 한다. 따라서 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항이 규정한 사업개시 후 3년 미만의 법인에 대하여는 해당 규정이 적용될 수 없고, 사업개시 후 3년 미만의 법인은 이와 관계없이 순자산가치만으로 주식가액을 평가할 수 있을 뿐이다. 
 ③ 같은 취지에서 구 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의3 제2항 중 “사업연도가 1년 미만인 경우에는 1년으로 계산한 가액으로 한다.”라는 부분을 사업기간이 3년에 미치지 못하는 기업에 대하여 3년 미만의 사업기간 대비 발생한 손익을 3년의 사업기간 대비 발생한 손익이라는 비례식으로 환산하는 것이 가능하다는 의미로 해석할 수도 없다. 앞서 본 바와 같이 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항에서는 사업개시 후 3년 미만인 기업에 대하여는 계속기업으로서의 수익가치를 산정할 수 없음을 전제로 하고 있으므로, 3년 미만의 사업기간을 바탕으로 기업의 수익가치를 추정하는 것은 현재의 상속세 및 증여세법에서는 허용되지 않는다. 따라서 구 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의3 제2항으로 사업기간이 3년 미만인 기업에 대하여 3년간의 순손익액을 추정하는 것은 규정의 문언에도 반할 뿐만 아니라 제도의 취지와 체계에도 반하는 부당한 해석이라고 하지 않을 수 없다. 
 ④ 사업기간이 3년 이상인 법인임에도 평가기준일 이전 사업연도를 기준으로 하면 1년 미만인 사업연도가 발생하는 경우가 다수 존재하게 된다. 따라서 이러한 경우에도 3년의 사업기간 동안 발생한 순손익액을 산정하기 위해서는 사업연도를 기준으로 산출되어 있는 기존의 순손익액을 평기기준일 이전 3년 동안의 사업기간을 기준으로 환산할 수밖에 없다. 구 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의3 제2항은 이러한 경우에 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제1항 및 제56조 제1항에 따른 3년간의 순손익액을 계산하기 위한 기술적인 규정에 불과하다.
 다) 소결론
 따라서 사업개시 후 3년 미만의 법인의 1주당 가액에는 순손익가치가 반영된다고 볼 수 없으므로, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항에 따라 순자산가치만으로 평가함이 타당하다. 
 3) 사업개시 후 3년 미만 법인을 합병하는 경우, 합병법인의 순손익가치 계산 방법
 가) 평가기준일 이전에 합병이 이루어진 경우, 순손익가치 평가 방법
 이 사건 처분사유는 최근 3년간의 기간에 속하는 사업연도 또는 과세기간 중 합병이 있는 경우, 합병 전 각 사업연도의 1주당 순손익액은 합병법인과 피합병법인의 순손익액의 합계액을 합병 후 발행주식 총수로 나누어 계산한다는 점을 전제로 하고 있으므로, 이하에서는 위와 같이 이 사건 처분사유에 나타난 계산방법을 전제로 하여 피합병법인인 선우디엔엠의 순손익액을 합병법인인 원고 회사에 합산하는 것이 적법한지 여부를 살펴보기로 한다. 
 나) 사업개시 후 3년 미만인 피합병법인의 손익이 합산되어야 하는지 여부
 ① 앞서 본 바와 같이 사업개시 후 3년 미만의 법인의 1주당 가액을 산정할 때에는 순손익가치를 고려하지 아니하고, 순자산가치만으로 산정한다. 그런데 사업개시 후 3년 미만의 법인이 사업개시 후 3년 이상의 법인에 합병되는 경우에는 비록 전자인 피합병법인을 기준으로 할 때에는 사업개시 후 3년 미만의 기간 동안 발생한 손익이라고 하더라도 후자인 합병법인을 기준으로 할 때에는 사업개시 후 3년 이상의 법인의 손익에 해당한다고 보아 합병법인의 순손익액에 합산할 수 있는지 여부가 문제된다.
 ② 그러나 앞서 본 바와 같이 사업개시 후 3년 미만의 사업기간 동안 발생한 손익은 계속기업으로서의 수익가치를 판단하는 근거로 사용하기에 부정확하거나 불충분하다는 취지에서 이를 순손익가치로 산정하지 아니하는 것이므로, 사업개시 후 3년 미만인 법인이 다른 법인에 합병된다는 이유만으로 사업개시 후 3년 미만인 피합병법인의 손익액을 합병법인의 손익액에 산입할 수는 없다. 즉, 합병법인의 손익으로 산입할지 여부가 문제되는 피합병법인의 손익에 관한 자료 역시 계속기업으로서의 수익가치를 판단하는 데에 유의미한 자료에 해당하여야 하고, 그러한 수익가치 판단을 하는 데에 근거가 될 수 없는 부정확하거나 불충분한 자료는 합병법인의 수익가치 산정을 왜곡할 우려가 있으므로, 합병법인의 순손익액에 합산되어서는 안 된다. 
 ③ 따라서 사업개시 후 3년 미만인 피합병법인의 손익은 합병법인의 손익액에 합산할 수 없다고 봄이 타당하다. 
 4) 선우디엔엠의 2014년 및 2015년 손익이 원고 회사의 손익에 합산되는지 여부
 이러한 점에 비추어 볼 때, 선우디엔엠의 2014년 및 2015년 손익은 피합병법인인 선우디엔엠 자신은 물론이고 합병법인인 원고 회사의 수익가치를 판단하는 데에도 유의미한 자료라고 볼 수 없으므로 선우디엔엠의 손익을 원고 회사의 손익에 합산할 수 없다. 따라서 이 사건 처분사유에 나타난 제2차 합병 당시 원고 회사의 순손익액의 계산 방법은 이러한 점에서도 적법하다고 볼 수 없다. 
 라. 취소의 범위
 1) 과세처분취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 할 것이나(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누19496 판결 등 참조), 당사자가 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출하지 아니하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 납세의무자에게 귀속될 세액을 찾아내어 부과될 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 
 2) 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분사유에 나타난 원고 회사의 제2차 합병 당시 주식가액 산정 방법은 위법하므로, 제2차 합병 당시 원고 회사의 주식가액을 다시 산정함으로써 불공정합병 여부 및 그에 따른 분여이익의 존재 여부와 법인세 과세표준의 경정 여부가 다시 결정되어야 하는데, 피고들은 이 법원의 변론종결시까지도 제2차 합병 당시 원고 회사와 삼아디엔씨의 정당한 주식가액을 계산할 수 있는 자료를 제출하지 아니하였으므로 정당한 세액을 산출할 수 없다. 따라서 이 사건 소득금액변동통지 및 이 사건 법인세 및 증여세부과처분 전부를 취소하기로 한다. 
4. 결론
 그렇다면 원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하여야 하고, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하다. 따라서 피고들의 원고들에 대한 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 신동헌(재판장) 송진호 김근홍