법인세등부과처분취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2004.01.29 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
기타
【주문】
1. 피고가 2000. 3. 2. 원고에게 한 1994사업연도 법인세 62,155,158,842원 및 농어촌특별세 138,257,257원의 부과처분 중 법인세 4,379,979,754원 및 농어촌특별세 6,370,940원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다

3. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 과세처분의 경위

가. 원고는 1994사업연도에, ①임직원에게 지급한 공제권유비 6,834,522,384원을 인건비로서 손금에 산입하고, ②원고의 종업원을 수익자로 하는 단체퇴직보험 및 종업원퇴직신탁의 보험료부금 합계 113,795,740,001원을 복리후생비로서 손금에 산입한 것을 포함하여, 법인세(특별부가세 포함)와 농어촌특별세의 과세표준과 세액을 아래 표와 같이 신고하였다.
나. 피고는 1999. 11. 1. 위 ①의 공제권유비는 근로제공의 대가로서 지급된 것이 아니라 특수관계자인 직원들에게 무상으로 부당하게 이익을 분여한 행위라는 이유로 부당행위계산 부인의 대상으로 보아 손금불산입한 것을 비롯하여, 수입사업 영위과정에서 발생한 매출채권과 대여금에 대한 대손충당금도 손금에 불산입하는 등으로 법인세(특별부가세 포함, 이하 같다)와 농어촌특별세의 과세표준과 세액을 경정한 다음, 아래 표와 같이 원고에게 1994사업연도 법인세 54,267,151,150원, 농어촌특별세 143,676,090원(각 가산세 포함, 국고금단수계산법에 따라 10원 미만 버림, 이하 같다)을 각 추가납부할 것을 고지하였다(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다).
다. 이어 피고는 2000. 3. 2. 위 ②의 단체퇴직보험료 등은 원고가 보험회사로부터 그 보험료에 상당하는 정기예금을 예치함으로써 그 인출을 제한하였으므로 이를 퇴직금을 지급하기 위한 목적에서 적립한 지출금액으로 볼 수 없다는 이유로 손금불산입하고, ③원고가 생활물자 공동구매사업을 하면서 공급업체로부터만 공동구매수수료를 받고 원고의 회원인 지역단위 농업협동조합(이하 ‘회원조합’이라 한다)으로부터는 구매대행수수료를 받지 아니한 것은 원고가 회원조합에게 부당하게 이익을 분여한 것이라는 이유로 부당행위계산 부인의 대상으로 보아 회원조합으로부터 받았어야 할 수수료 상당액 16,472,426,594원을 익금산입하는 등으로 법인세와 농어촌특별세의 과세표준을 경정한 다음, ④회원조합의 저축성 공제차익에 대하여도 원고에게 이자소득 원천징수의무가 있다고 보아 지급조서 미제출 가산세 31,158,293원을 255,198,440원으로 증액한 것을 비롯하여 과소신고 가산세 및 미납부 가산세를 각 추가계산하여(특별부가세 부분은 변동 없음), 아래 표와 같이 원고에게 이 사건 제1처분의 고지세액 이외에 추가로 1994사업연도 법인세 55,026,037,050원, 농어촌특별세 148,715,740원을 더 납부할 것을 고지하였다(이하 ‘이 사건 제2처분’이라 한다).
라. 원고는 이 사건 제1처분에 대하여 1999. 12. 30. 국세청장에게 심사청구를 제기하였고, 그 심리 중에 이 사건 제2처분이 이루어지자 이 사건 제2처분으로 추가된 부분에 대하여 2000. 5. 30. 피고에게 이의신청을 하여 2000. 7. 20. 기각결정을 받은 후 더 이상 별도의 불복절차를 밟지는 아니한 채, 2000. 11. 23. 이 사건 제1처분에 대한 심사청구 절차에서 이 사건 제2처분에 대한 불복사유를 추가한 청구취지변경서를 제출하였는데(이하 이를 ‘이 사건 청구취지변경’이라 한다), 국세청장은 2001. 3. 23. 이 사건 제1처분 중 대손충당금에 대한 손금산입 부인을 일부 취소하면서 이 사건 청구취지변경은 제소기간을 도과한 이후의 것으로 부적법하다는 이유로 이 사건 제2처분에 대한 청구는 각하하는 결정을 하였고, 이에 대한 원고의 심판청구에 대하여 국세심판원은 2002. 5. 24. 위 심사결정에서 취소되지 아니한 나머지 대손충당금 부분에 대한 손금산입 부인을 모두 취소하는 한편, 심사결정과 같은 이유로 이 사건 제2처분에 대한 청구는 각하하는 결정을 하였다.
마. 피고는 위 심사결정에 따라 2001. 4. 2. 위 부과처분 중 법인세 5,866,542,143원, 농어촌특별세 39,699,169원에 대한 감액경정결정을 하였다가, 다시 위 심판결정에 따라 2002. 6. 15. 추가로 법인세 41,271,487,222원, 농어촌특별세 114,435,419원에 대한 감액경정결정을 함으로써 피고가 2000. 3. 2. 원고에게 한 1994사업연도 법인세와 농어촌특별세 부과처분의 추가고지세액은 아래 표와 같이 법인세 62,155,158,842원, 농어촌특별세 138,257,257원만 남게 되었다(이하 위 잔존부분에 대한 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
【 증거 】 다툼 없는 사실, 갑1～3, 을1～7(각 가지번호 포함)

2. 이 사건 제2처분의 취소를 구하는 부분의 소의 적법 여부에 대한 판단

가. 피고의 주장

위 ‘1. 라.’항에서 본 바와 같이 원고는 2000. 3. 2.자 이 사건 제2처분에 대하여 이의신청을 하여 2000. 7. 20. 기각결정을 받은 후 3월의 불복기간이 도과한 후인 2000. 11. 23.에야 이 사건 제1처분에 대한 심사청구절차에서 이 사건 청구취지변경을 하였을 뿐이고 달리 심사나 심판청구절차를 밟지 아니하였는데, 이 사건 제1처분과 이 사건 제2처분은 그 처분사유를 전혀 달리하는 것이어서 위 두 처분의 위법사유가 공통되어 전심절차를 거치지 아니할 수 있는 예외사유에 해당한다거나 이 사건 청구취지변경이 청구의 기초에 변경이 없는 범위 안에서의 적법한 것이라고 할 수도 없으므로, 어느 모로 보나 이 사건 소 중 위 ‘1. 다.’의 ②,③,④의 처분사유가 위법함을 주장하면서 이 사건 제2처분의 취소를 구하는 부분은 제소기간을 도과한 것으로 부적법하다.
나. 관련 법령

(1) 행정심판법과 행정소송법

행정심판법 제20조 (청구의 변경) ① 청구인은 청구의 기초에 변경이 없는 범위안에서 청구의 취지 또는 이유를 변경할 수 있다.
② 피청구인이 심판청구후에 그 대상인 처분을 변경한 때에는 청구인은 변경된 처분에 맞추어 청구의 취지 또는 이유를 변경할 수 있다.
행정소송법 제22조 (처분변경으로 인한 소의 변경) ① 법원은 행정청이 소송의 대상인 처분을 소가 제기된 후 변경한 때에는 원고의 신청에 의하여 결정으로써 청구의 취지 또는 원인의 변경을 허가할 수 있다.
② 제1항의 규정에 의한 신청은 처분의 변경이 있음을 안 날로부터 60일 이내에 하여야 한다.
(2) 국세기본법

(가) 1999. 12. 31. 이전의 규정 (1999. 8. 31. 법률 제5993호로 개정되기 전의 것)

제56조 (다른 법률과의 관계) ① 제55조에 규정하는 처분에 대하여는 행정심판법의 규정을 적용하지 아니한다.
(나) 2000. 1. 1.부터 2000. 12. 28.까지의 규정 (1999. 8. 31. 법률 제5993호)

제56조 (다른 법률과의 관계) ① 제55조에 규정하는 처분에 대하여는 행정심판법의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 동법 제11조제16조제20조 및 제26조의 규정은 심판청구에 대하여 이를 준용하되, 이 경우 "위원회"는 "국세심판관회의 또는 국세심판관합동회의"로 본다.
부칙 제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. (이하 생략)

부칙 제2조 (심사심판청구등에 관한 일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행일이후 최초로 제기하는 이의신청심사청구 또는 심판청구분부터 적용한다.
(다) 2000. 12. 29. 이후의 규정 (2000. 12. 29. 법률 제6303호)

제56조 (다른 법률과의 관계) ① 제55조에 규정하는 처분에 대하여는 행정심판법의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 동법 제11조제12조제16조제20조 및 제26조의 규정은 심사청구 또는 심판청구에 대하여 이를 준용하되, 이 경우 "위원회"는 "국세심사위원회", "국세심판관회의" 또는 "국세심판관합동회의"로 본다.
부칙 ① (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
부칙 ⑤ (심사청구 및 심판청구의 지위승계 등에 대한 적용례) 제56조 제1항 및 제65조의2의 개정규정은 이 법 시행일 현재 진행중인 이의신청심사청구 또는 심판청구분부터 적용한다.
다. 판단

(1) 과세처분의 취소소송에 있어서 소송물은 조세의 종목과 과세기간에 의하여 구분되는 각 과세단위에 관한 과세관청의 개개의 과세처분에 의하여 인정된 과세표준 및 세액의 객관적 존부라고 할 것이고(대법원 1986. 3. 25. 선고 84누215 판결, 1999. 12. 24. 선고 98두7350 판결 등), 과세처분이 있은 후에 증액경정처분이 있는 경우, 그 증액경정처분은 당초처분을 그대로 둔 채 당초처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 그 증액경정처분만이 쟁송의 대상이 된다고 할 것인바(대법원 2000. 9. 8. 선고 98두16149 판결 등), 이 사건 제1처분과 제2처분은 모두 1994사업연도의 법인세와 농어촌특별세라는 동일한 종목과 과세기간에 대한 것이므로, 이 사건 제2처분은 제1처분에 대한 증액경정처분이라고 할 것이다.
(2) 따라서 이 사건 제1처분은 제2처분에 흡수되어 당연히 소멸하여 제2처분만이 쟁송의 대상이 된다고 할 것이고, 이 사건 제2처분에 대하여 이의신청 기각결정이 원고에게 송달된 후 국세기본법이 정한 90일의 불복기간 이내에 이에 대한 심사청구 또는 심판청구의 제기가 없었고 그 기간 경과 후 이 사건 제1처분에 대한 심사청구절차에서 이 사건 청구취지변경신청이 있었을 뿐이므로, 앞서 본 증액경정처분에 있어서의 흡수설의 원칙에 따른다면 이 사건 청구취지변경신청이 부적법하다면 이 사건 제2처분은 이미 실효한 당초처분인 제1처분의 내용을 포함하여 전체로서 더 이상 다툴 수 없는 상태가 되었다고 할 것이고, 이 사건 청구취지변경신청이 유효하다면 이 사건 제1처분을 포함하는 제2처분 전부에 대하여 다툴 수 있다고 보아야 할 것이다.
(3) 그렇다면 이 사건 제2처분으로의 청구취지변경은 부적법하다고 하면서도 제2처분으로 이미 실효한 제1처분에 대한 심사청구가 유효함을 전제로 제1처분에 대하여만 심리판단한 위 심사결정과 심판결정은 모두 잘못되었다고 하지 않을 수 없다.
(4) 그러므로 이 사건 청구취지변경이 제소기간을 도과하여 부적법한 것이라고 할 것인지 여부에 관하여 살피건대, 아래와 같은 이유로 이 사건 청구취지변경신청은 유효하다고 보는 것이 상당하다고 판단된다.
(가) 위 관련 법령에서 본 바와 같이 2000. 12. 29.부터 시행된 법률 제6303호 국세기본법은 심사청구 후 처분의 변경이 있는 경우에는 행정심판법의 청구취지변경에 관한 규정을 준용하는 규정을 신설하고 부칙 제5항에서 위 규정을 그 시행일 현재 진행중인 심사청구분부터 적용하도록 하였으므로(2000. 1. 1.부터 시행된 법률 제5993호가 부칙 제2조에서 그 시행일 이후 최초로 제기하는 심사청구분부터 적용하도록 한 것과 다르다), 위 법률 제6303호 국세기본법의 시행일 당시 진행중이던 이 사건 제1처분에 대한 심사청구절차에도 청구취지변경에 관한 규정이 적용되어야 한다.
(나) 행정소송법 제22조 제1항에서는 처분의 변경에 따른 청구취지의 변경은 변경처분이 있음을 안 날로부터 60일 이내에 하여야 한다고 규정하여 청구취지의 변경기한을 제한하고 있지만, 행정심판법 제20조에서는 그러한 기한의 제한을 두고 있지 아니하므로, 위 행정심판법 제20조가 준용되는 이 사건 국세심사절차에서도 증액경정처분인 이 사건 제2처분에 대한 별도의 불복기간이 도과하였다 하더라도 당초처분인 제1처분에 대한 심사청구에 대한 결정이 아직 내려지지 아니하고 심사절차가 진행중이었던 이상, 위 심사청구절차에서 제2처분에 맞추어 청구취지를 변경하는 것은 가능하다고 할 것이다.
(다) 피고는 이 사건 제1처분과 제2처분이 위법사유가 공통되지 아니하여 청구의 기초에 변경이 있다는 취지의 주장을 하지만, 청구의 기초에 변경이 없는 범위 안에서 청구취지의 변경이 가능하다는 행정심판법 제20조 제1항의 조건은 행정청의 변경처분에 맞추어 청구취지를 변경하는 같은 조 제2항의 경우에는 적용되지 아니함이 조문상 명백하고, 위법사유의 공통은 전심절차를 생략하고 바로 행정소송을 제기할 수 있기 위한 요건일 뿐 청구취지변경의 요건이라고 할 수는 없다.
(라) 다만, 원고가 이 사건 청구취지변경신청을 한 2000. 11. 23. 당시는, 심사청구에 대하여도 행정심판법의 청구취지변경규정을 준용하도록 한 법률 제6303호 국세기본법의 개정 전이므로, 법개정 전에 제출된 이 사건 청구취지변경신청이 그 후 법개정으로 심사청구절차에서의 청구취지변경에 관한 규정이 신설됨으로써 유효하게 된다고 할 수 있을까 하는 의문이 남지만, 위와 같은 법개정은 증액경정처분에 대한 흡수설의 원칙을 적용할 경우 과세관청이 실무상 증액경정처분을 함에 있어서는 이 사건과 같이 증액된 부분만을 통지하는 것이 보통이어서 납세자가 부주의로 증액경정처분을 간과하면 당초처분에 대하여 조차 더 이상 다툴 수 없게 되어 납세자의 권리구제에 미흡하다는 비판에 따라 납세자의 권리구제를 위하여 이루어진 것으로 보이는 점, 이 사건 제1처분에 대한 심사결정은 2001. 3. 23.에야 내려졌으므로 만일 원고가 위 법 시행일인 2000. 12. 29. 이후에 비로소 이 사건 청구취지변경신청을 하였거나 동일한 신청을 위 법 시행일 이후에 다시 하였다면 그 청구취지변경이 유효함에는 의문의 여지가 없는 점, 심사청구나 심판청구 등 행정청의 전심절차는 처분의 위법 여부를 판단하는 사법심사절차가 아니라, 그러한 사법심사절차에 앞서 행정청에게 재고의 기회를 주어 처분의 부당 여부를 재검토하는 행정절차의 일종으로서, 사법심사절차에서와 같은 엄격한 절차적 제한이 적용된다고 할 수 없는 점, 행정청의 필요에 따라 변경처분이 이루어졌다면 아직 행정심판이 내려지지 아니한 이상 가능한 한 변경된 처분의 당부까지 행정심판의 심리범위에 포함시키도록 하는 것이 타당한 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 청구취지변경신청은 개정된 법률 제6303호 국세기본법 제56조 제1항, 부칙 제5항의 규정에 의하여 유효하다고 할 수 있을 것이다.
(5) 그러므로 이 사건 제2처분의 취소를 구하는 부분의 소가 제소기간을 도과한 것으로 부적법하다는 피고의 본안전 항변은 받아들일 수 없다.
3. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. ① 공제권유비에 대한 손금불산입 부분

(1) 당사자들의 주장

(가) 피고 : 원고는 실적에 따른 인센티브상여금 지급제도와 별도로 공제권유비를 모든 직원에게 균등하게 지급하였으므로 이는 특수관계자인 임직원들에게 무상으로 이익을 분여한 것이라고 하지 않을 수 없고, 더욱이 공제권유비는 일반적 급여체계와 달리 전액 현금지급한 것으로 처리하였음에 비추어 비자금 조성에 사용한 것으로 보이므로, 이는 손금에 산입될 수 없다. 그렇지 않다고 하더라도 적어도 원고 소유의 건물에 대한 화재공제가입에 대하여까지 지급한 공제권유비 일부는 손금에 산입될 수 없다.
(나) 원고 : 공제권유비는 원고의 내부규정에 따라 임직원이 공제를 모집하는 경우 실적에 따라 공제금액 비례하여 지급하는 것으로서 그 성격상 성과급의 일종이고 원고는 이를 지급받은 임직원으로부터 근로소득세를 원천징수하여 납부하기까지 하였으므로, 1994사업연도에 지급한 공제권유비 6,834,522,384원은 손금에 산입되어야 한다.
(2) 인정사실

(가) 원고는 농업협동조합법에 정한 원고의 고유목적사업의 하나로 회원조합 또는 조합원 및 일반인으로부터 공제료를 받아 일정기간내에 미리 약정한 사고가 발생하면 공제금을 교부하는 공제사업을 실시하여 왔는데, 1992년경 전문모집인 제도를 시범도입하였으나 원고의 공제료가 일반보험회사보다 낮아 이들에 대한 수당도 낮을 수밖에 없어 전문모집인 제도의 운영이 어려웠으므로, 전문모집인 보다는 주로 임직원에 의존하여 공제사업을 운영하면서(전체 공제모집실적 중 전문모집인의 모집실적은 1994년의 경우 1.6%에 불과하다), 전임직원에게 공제모집활동을 적극적으로 추진하도록 하기 위하여 ‘계통간 부가공제료 배분 및 공제비용집행기준’을 마련하여 원고의 임직원이 공제를 신규모집하는 경우 공제수입수수료의 일정비율(공제수입수수료의 30% 이내를 기본한도로 하여 전년 공제수입수수료 실적대비 성장률에 따라 차등계산한 3～20%의 실적가산한도를 합산)을 공제권유비로 지급하여 왔다.
(나) 원고의 각 지점에서는 직원이 공제를 모집한 경우, 매 건마다 또는 일정기간의 실적을 모아서, 공제계약서와 1회차 이후의 공제료 납입사실에 대한 증빙서류를 첨부하여, 모집의 대상과 금액, 공제수익, 권유자, 공제권유비의 액수를 명시하고 이를 수령할 직원의 확인날인을 받은 지급회의서를 작성하여 각 지점장을 결재를 거쳐 공제권유비를 지급한 다음, 원고가 이를 다시 전국적으로 전산집계하였는데, 1994사업연도에 원고가 임직원에게 지급한 공제권유비 합계는 6,834,522,384원이고, 이 중에는 원고 소유물에 대한 화재공제 등 3,009건에 대한 권유비 141,186,725원도 포함되어 있다.
(다) 원고의 녹번지점의 경우 1994사업연도에 27명의 직원이 합계 11,605,070원을 공제권유비로 지급받았는데, 가장 적게 지급받은 직원은 1년간 3,200원을, 가장 많이 지급받은 직원은 1년간 2,305,700원을 지급받는 등 실적에 따라 직원간의 지급편차가 매우 컸다.
(라) 원고는 1994사업연도 공제권유비를 임직원에게 지급함에 있어 그 중 48.09%에 대하여는 이에 상응하는 근로소득세를 원천징수하여 납부하였고, 나머지 51.91%에 대하여는 원천징수 납부를 누락하였다가 1999. 10.경 이를 납부하였다.
(마) 우정사업본부, 새마을금고연합회, 수협중앙회, 신용협동조합중앙회, 대한생명보험 주식회사, 교보생명보험 주식회사 등 공제, 보험사업을 운영하는 다른 금융기관도 임직원이 공제, 보험을 모집할 경우 보험모집금액의 일정비율의 권유비 또는 수당을 지급하고 이를 손금에 산입하여 왔으며, 임직원이 자신이나 가족 명의로 공제, 보험에 가입하는 경우에도 이를 실적으로 인정하여 권유비 또는 수당을 지급하였다.
(바) 한편, 원고는 직원들에게 인센티브상여금도 지급하여 왔지만 인센티브상여금 지급준칙(1988. 11. 19. 전문개정전)에 따르면, 이는 각 지점 단위로 경영성과를 평가하여 원칙적으로 그 지점 소속직원 전체에게 동일한 지급률을 적용하여 상여금을 지급하는 제도로서, 개인의 공제모집실적에 따라 개인별로 차등지급되는 공제권유비와는 그 성격이 다르다.
【 증거 】 갑4-8~46, 5, 6, 7-1~3, 10-1~33, 11-1~40, 12-1~25, 13-1~42, 14-1~42, 15-1~6, 16-1~15, 을8-1,2, 을9-1~33, 증인 김진우, 변론 전체의 취지

【 배척증거 】 을8-3 (1998사업연도에 지출된 공제권유비 중 원고 본사사옥 등에 대한 권유비는 사무실 운영비로 사용된 것 같다는 원고의 영업부 직원의 진술이 적힌 문답서인데, 이 사건과 사업연도도 다르고 단지 추측에 불과한 진술이어서 이 사건 공제권유비가 실제로 지급된 것이 아니라 비자금조성을 위하여 사용되었다는 피고의 주장을 인정하기에는 부족하다)

(3) 판단

(가) 살피건대, 공제권유비는 임직원들이 공제 모집에 기울인 노력과 성과에 대한 보상이자 임직원들로 하여금 적극적으로 공제 모집을 하도록 하는 동기를 부여하는 것이고, 이와 같은 성격의 권유비 지급은 금융기관에서 일반적으로 행하여지고 있으며, 전문공제모집인이 별도로 활동한다 하더라도 임직원들이 본래의 업무 외에 추가적인 공제 및 신용카드 모집실적을 올릴 경우 이에 대하여 권유비를 지급함으로써 전체 모집실적 향상에 기여할 수 있는 것이므로, 위 공제권유비는 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것에 해당한다 할 것이고, 따라서 위 공제권유비는 손금에 산입되어야 할 것이다.
(나) 그러나 원고의 직원이 본인 또는 가족의 명의로 공제에 가입하거나 혹은 여신취급시 공제권유를 하고 지급받은 권유비까지는 이를 손금으로 인정할 수 있다고 하더라도, 원고 소유의 물건에 대하여 원고의 화재공제 등에 가입하는 것은 원고 회사의 방침에 따른 것일 뿐 담당직원의 노력에 의한 성과라고는 할 수 없으므로, 위와 같은 공제권유비의 지급목적, 업무관련성 등에 비추어 볼 때 원고 소유물의 공제가입에 대하여 지급한 공제권유비는 손금으로 인정하기 어렵다고 하지 않을 수 없다.
(다) 그렇다면, 원고가 1994사업연도에 지급한 공제권유비 6,834,522,384원 중 원고 소유물의 공제가입에 대하여 지급된 141,186,725원을 제외한 나머지 6,693,335,659원은 손금에 산입되어야 할 것이므로, 이 사건 처분 중 위 공제권유비에 대한 손금산입을 부인한 부분은 위법하다.
나. ② 단체퇴직보험료 및 단체퇴직신탁부금에 대한 손금불산입 부분

(1) 당사자들의 주장

(가) 피고 : 원고가 보험회사의 단체퇴직보험에 가입하면서 그 보험회사로부터 보험료에 상당하는 정기예금을 예치하고, 다른 금융기관과 단체퇴직신탁에 상호가입함으로써 종업원의 퇴직금 지급을 위한 보험금과 부금의 인출을 제한하였으므로, 위 보험료 및 부금은 퇴직금을 지급하기 위한 목적으로 적립한 지출금액으로 볼 수 없다.
(나) 원고 : 원고가 보험회사로부터 보험료에 상당하는 정기예금을 예치하였거나 다른 금융기관과 단체퇴직신탁에 상호가입하였다 하더라도 이로써 위 보험금 등 수령권을 채무의 담보로 제공하였다고 할 수도 없고, 위 보험 등의 가입이 종업원의 퇴직금을 지급하기 위한 목적이 아니라고 할 수도 없으므로, 원고가 지불한 단체퇴직보험료 및 단체퇴직신탁부금은 구 법인세법시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 제4호에 해당하는 복리후생비로서 손금에 산입되어야 한다.
(2) 구 법인세법시행령의 규정

제13조 (복리후생비) ① 법인이 그 임원 또는 사용인을 위하여 다음 각호에 규정된 비용을 지출한 때에는 이를 손비로 한다.
4. 임원 또는 사용인의 퇴직금을 지급하기 위하여 사외에 적립하는 다음 각목의 지출금액. 다만, 신탁업법에 의하여 신탁업의 인가를 받은 금융기관외의 법인의 경우에는 가목의 지출금액에 한한다.
가. 임원 또는 사용인의 퇴직을 보험금의 지급사유로 하고, 임원 또는 사용인을 피보험자와 수익자로 하는 보험(이하 "단체퇴직보험"이라 한다)의 보험료

나. 임원 또는 사용인의 퇴직을 신탁금의 지급사유로 하고, 임원 또는 사용인을 수익자로 하는 신탁(이하 "종업원퇴직신탁"이라 한다)의 부금

② 제1항 제4호의 규정에 의하여 단체퇴직보험 및 종업원퇴직신탁(이하 "단체퇴직보험등"이라 한다)의 보험료 및 부금(이하 "보험료등"이라 한다)으로서 손금에 산입하는 금액은 당해 사업연도 종료일 현재 재직하는 임원 또는 사용인의 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로서 지급되어야 할 금액의 추계액에서 당해 사업연도 종료일 현재의 퇴직급여충당금을 공제한 금액에 상당하는 보험금 및 신탁금(이하 "보험금등"이라 한다)에 대한 보험료등에서 직전 사업연도 종료일까지 지급한 보험료등을 공제한 금액을 초과할 수 없다.
③ 제1항 제4호의 규정에 의하여 단체퇴직보험등의 보험료등을 손금에 산입한 법인이 단체퇴직보험등의 보험금등을 수령할 권리를 채무의 담보로 제공한 경우에는 담보로 제공한 보험금등에 대한 보험료등에 상당하는 금액은 담보로 제공한 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입한다.
(3) 인정사실

(가) 원고는 1994. 12. 31. 한일생명보험 주식회사 및 동아생명보험 주식회사의 단체퇴직보험인 종업원퇴직적립보험(보험금 각 100억원)에 각 가입하면서, 특별약정에 의거하여 위 각 보험회사로부터 원고가 납입한 보험료의 120%에 해당하는 금액의 정기예금을 예치하였다. 그런데 위 퇴직적립보험약관에는 계약의 해지에는 피보험자인 종업원의 동의를 요건으로 하는 등 종업원의 퇴직금 수령권리는 원고의 채무와 무관하게 보호되어 있고, 실제 원고는 종업원이 퇴직하는 경우 보험회사에 보험금을 청구하여 수령하였다.
(나) 원고는 또 1994. 12. 31. 중소기업은행, 한국주택은행, 주식회사 국민은행과 각각 상대방 금융기관의 근로자퇴직신탁에 상호가입하기로 약정하고, 위 3개 은행에 부금액 합계 137,123,000,000원의 근로자퇴직적립신탁에 가입하였다.
(다) 이에 따라 원고는 구 법인세법시행령 제13조 제2항에서 규정하고 있는 손금인정 범위 이내인 위 종업원퇴직적립보험의 보험료 근로자퇴직적립신탁의 부금납입액 합계 113,795,740,001원을 1994사업연도 법인세 소득금액 계산시 손금으로 계상하였다.
【 증거 】 갑4-7, 8-1~19, 변론 전체의 취지

(4) 판단

(가) 법인세법이 단체퇴직보험료 등을 손금에 산입하도록 규정한 취지는 현실적인 퇴직금지급액을 근로자들의 퇴직연도에 일시에 손금으로 계상할 경우 적정한 기간손익을 계산하기 어렵다는 점을 고려하여 법인이 장래 지급하여야 할 퇴직금추계액을 퇴직급여충당금으로 계상한 경우 일정한도 이내의 금액을 손금으로 인정하는데 맞추어 퇴직금 지급목적의 단체퇴직보험이나 종업원퇴직신탁부금에 가입한 경우에도 그 보험료나 부금납입액을 복리후생비로서 손금으로 인정하여 퇴직금 지급을 위한 재원조달을 용이하게 하는 데 있다고 할 것이고, 이러한 취지에 따라 법인세법시행령 제13조 제3항은 법인이 보험금 수령권을 채무의 담보로 제공한 경우에는 이를 담보에 제공한 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하도록 규정하여 단체퇴직보험료 등이 종업원의 퇴직금에 실질적으로 사용될 수 있도록 하고 있다. 따라서 이러한 입법취지 및 조세법의 엄격해석의 원칙상 보험금 수령권을 채무의 담보로 제공한 경우가 아닌 한 법령에 규정한 범위 내의 단체퇴직보험료나 퇴직신탁부금은 손금으로 인정되어야 할 것이다.
(나) 이 사건에서 원고가 단체퇴직보험인 종업원퇴직적립보험에 가입하면서 당해 보험회사로부터 보험료 상당액을 정기예금으로 유치하거나 다른 금융기관과의 약정에 따라 서로 근로자퇴직적립신탁에 상호가입하였다고 하더라도, 이는 경제적 측면에서 자금운용수익획득의 극대화를 기본 속성으로 하는 금융기관의 영업전략에 해당하는 것일 뿐이고, 조세법적으로 볼 때 그로 인하여 위 단체퇴직보험이나 종업원퇴직신탁상의 종업원의 퇴직금 수령권을 제한하거나 원고의 채무의 담보로 제공하였다고 할 수는 없으며, 실제로 원고는 종업원의 퇴직시 단체퇴직보험금을 청구, 수령하여 퇴직금을 지급한 바 있으므로, 원고가 단체퇴직보험료나 종업원퇴직신탁부금을 납입한 것은 실질적으로 종업원의 퇴직금을 지급하기 위한 목적에서 적립한 것으로 구 법인세법시행령 제13조 제1항 제4호에 해당하여 손금에 산입되어야 할 것이다.
(다) 그렇다면, 이 사건 처분 중 원고가 1994사업연도에 지출한 단체퇴직보험 및 종업원퇴직신탁의 보험료부금 합계 113,795,740,001원에 대한 손금산입을 부인한 부분은 위법하다.
다. ③ 관리수수료(구매대행수수료)에 대한 익금산입 부분

(1) 당사자들의 주장

(가) 피고 : 원고가 생활물자 공동구매사업을 하면서 공급업체로부터는 관리수수료를 받는데, 회원조합에게는 구매대행용역을 제공하면서도 그 수수료를 받지 아니한 것은 원고가 특수관계자인 회원조합에게 부당하게 이익을 분여한 것으로 보아야 하고 이러한 구매대행은 일반연쇄점의 영업형태와 동일하므로, 원고가 회원조합으로부터 받았어야 할 일반연쇄점 본부의 구매수수료율을 적용하여 계산한 수수료 상당액은 익금에 산입함이 타당하다.
(나) 원고 : 원고는 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적사회적문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고, 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 제정된 구 농업협동조합법(1999. 9. 7. 법률 제6018호로 폐지제정되기 전의 것)에 근거하여 설립된 공익법인으로 조합원 또는 회원을 위하여 최대로 봉사하여야 하므로(위 법 제5조 제1항), 조합원의 일상생활에 필요한 물자를 최대한 저렴한 가격에 공급하기 위하여 회원조합으로부터 구매대행수수료를 받지 아니한 것이 부당행위계산에 해당한다고 할 수 없다.
(2) 인정사실

(가) 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입제조가공공급 등도 농업협동조합법에 정한 원고의 고유사업의 하나로서, 원고는 처음에는 생활물자사업본부를 두고 회원조합을 위한 공동구매업무를 대행하면서 공급업체로부터 관리수수료를, 회원조합으로부터 구매대행수수료를 각 징수하여 사업비용에 충당하였는데, 1987년 감사원의 감사결과 회원조합으로부터의 수수료 징수를 시정하라는 지시를 받은 후로는 공급업체로부터만 모든 물품에 대하여 공급가격에 대한 일정비율의 관리수수료를 징수하여 사업비용에 충당하고, 회원조합으로부터는 구매대행수수료를 징수하지 아니하였다.
(나) 원고의 생활물자사업운용준칙 제44조에는 ‘회원조합에 공급하는 물자의 공급가격은 계약가격에 회원조합에서 부담하는 수수료를 더한 금액으로 한다’고 규정되어 있다.
【 증거 】 갑4-7, 9-1~5, 변론 전체의 취지

(3) 판단

(가) 원고의 생활물자사업운용준칙 제44조는 회원조합으로부터 수수료를 받는 경우 이를 매출액에 포함시킨다는 의미이지 반드시 회원조합으로부터 구매대행수수료를 징수하여야 한다는 강제규정이라고 할 수는 없고, 원고는 조합원 또는 회원을 위하여 최대로 봉사하여야 할 의무가 있는 공익법인으로 감사원의 시정지시에 따라 조합원의 일상생활에 필요한 물자를 최대한 저렴한 가격에 공급하기 위하여 회원조합으로부터 수수료를 징수하지 아니하였으며, 원고가 회원조합으로부터 구매대행수수료를 징수하더라도 회원조합이 지급수수료를 소비자에게 전가하여 수수료 상당액을 매입원가에 가산하여 판매가격을 산정할 경우 회원조합의 손익에는 아무런 차이가 없는 점을 종합하여 보면, 원고가 특수관계자인 소속 회원조합으로부터 구매대행수수료를 징수하지 아니한 것이 회원조합에게 부당하게 이익을 분여한 것이라고 보기는 어렵다.
(나) 따라서 이 사건 처분 중 원고가 회원조합으로부터 구매대행수수료를 징수하지 아니한 것이 부당행위계산에 해당한다고 보아 1994사업연도의 원고의 생활물자 공동구매사업의 매출액에 일반연쇄점 본부의 구매수수료율을 적용하여 산정한 수수료 합계 16,472,426,594원을 익금에 산입한 부분은 위법하다.
라. ④ 지급조서 미제출 가산세 부분

(1) 원고의 주장

회원조합의 저축성 공제의 공제차익은 이자소득 원천징수대상이 아니므로, 피고가 이에 대하여 원천징수불이행 관련 지급조서 미제출가산세를 부과한 것은 위법하다.
(2) 관련 법령

▶ 구 소득세법 (1994. 12. 22. 법률 제4744호로 전문개정되기 전의 것)

제17조 (이자소득) ① 이자소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.
10. 대통령령이 정하는 저축성보험의 보험차익

제142조 (원천징수의무) ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각호의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.
1. 이자소득금액

▶ 구 소득세법시행령 (1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문개정되기 전의 것)

제27조의3 (저축성보험의 보험차익) ① 법 제17조 제1항 제10호에서 "대통령령이 정하는 저축성보험의 보험차익"이라 함은 보험계약에 의하여 만기에 지급받는 보험금공제금이나 계약기간 중도에 당해 보험계약이 해지됨에 따라 지급받는 환급금(이하 이 조에서 "보험금"이라 한다)에서 납입보험료 또는 납입공제료(이하 이 조에서 "보험료"라 한다)를 차감한 금액(이하 이 조에서 "보험차익"이라 한다)으로서 다음 각호의 요건에 해당하는 것을 말한다. (단서 생략)

② 제1항에서 "보험계약"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
2. 농업협동조합법 … (중략) … 에 의하여 농업협동조합중앙회 … (중략) … 가 영위하는 생명공제계약 이나 손해공제계약

(3) 인정사실

(가) 원고의 회원조합은 원고와 별도로 공제규정을 정하여 주무부 장관의 인가를 받아 회원조합의 명의로 공제사업을 하면서, 공제계약상의 책임을 확실하게 보장하기 위하여 원고에게 재공제를 가입하였다.
(나) 피고는 위와 같이 원고의 회원조합의 공제사업의 실질적 운영주체가 원고라고 보아 회원조합 명의의 공제사업에서 발생한 저축성 공제의 공제차익에 대하여 위 관련 법령에 따라 원고에게 원천징수의무가 있다는 이유로, 1994사업연도의 회원조합의 공제차익 합계 7,468,004,885원을 원천징수 지급조서 미제출 가산세 지급대상으로 가산하여, 이 사건 제1처분에서의 지급조서 미제출 가산세 31,158,293원을 제2처분에서 255,198,440원으로 증액하여 부과하였다.
【 증거 】 갑4-7, 을2-6, 7-6, 변론 전체의 취지

(4) 판단

위와 같이 원고의 회원조합이 별도로 공제규정을 정하고 이에 대하여 주무부 장관의 인가를 받아 각 회원조합의 명의로 독자적으로 공제사업을 운영한 이상, 회원 조합이 원고에게 재공제를 가입하였다는 사정만으로 그 실질적 운영주체를 원고라고 볼 수는 없으므로, 이 사건 처분 중 지급조서 미제출 가산세 224,040,147원 증액부분(＝ 이 사건 제2처분의 부과액 255,198,440원 － 제1처분의 부과액 31,158,293원)도 위법하다.
마. 농어촌특별세 부분

농어촌특별세는 구 조세감면규제법 제82조 등에 의하여 감면을 받는 법인세액의 20%(구 농어촌특별세법 제3조 제1호, 제5조 제1항 제1호)가 부과되는 것인바, 앞서 본 바와 같은 사유로 법인세 과세표준과 세액이 감소됨으로 인하여 구 조세감면규제법 제82조 제1항, 구 조세감면규제법시행령 제80조 제3항의 규정에 따라 법인세액에 비례하여 산출되는, 농어촌특별세의 과세표준이 되는 ‘감면을 받는 법인세액’도 감소하게 되므로, 이 사건 처분 중 농어촌특별세 부분도 그 한도에서 역시 위법하게 된다.
▶ 구 농어촌특별세법 (1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것)

제3조 (납세의무자) 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세법인세관세취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

제5조 (과세표준과 세율) ① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
▶ 구 조세감면규제법 (1994. 12. 22. 법률 제4806호로 개정되기 전의 것)

제82조 (국공채이자에 대한 법인세의 감면) ① 대통령령이 정하는 기관투자자의 각 사업연도의 소득에 국공채의 이자와 할인액이 포함되어 있는 경우에는 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세(법인세법 제27조 제2항의 규정에 의하여 원천징수방법으로 과세되는 법인세를 포함한다)에서 다음 각호의 구분에 따라 세액을 감면한다.
1. 상환기간이 1년미만인 국공채를 발행일부터 상환일까지 계속하여 보유함으로써 발생한 이자와 할인액에 있어서는 그에 해당하는 부분에 대한 법인세액의 100분의 50

2. 상환기간이 1년이상인 국공채를 1년이상 계속하여 보유함으로써 발생한 이자와 할인액에 있어서는 그에 해당하는 부분에 대한 법인세액의 100분의 75

② 제1항의 규정에 의한 감면세액의 계산은 대통령령이 정하는 바에 따른다.
▶ 구 조세감면규제법시행령 (1994. 12. 31. 대통령령 제4806호로 개정되기 전의 것)

제80조 (국공채이자에 대한 법인세감면) ③ 법 제82조의 규정에 의한 감면세액의 계산은 다음 각호의 방법에 의한다.
1. 법 제82조 제1항 제1호에 규정된 이자와 할인액이 있는 경우에는 법인세법 제22조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업연도의 법인세액에 당해 이자와 할인액이 당해 사업연도의 총수입금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액의 100분의 50

2. 법 제82조 제1항 제2호에 규정된 이자와 할인액(국공채의 상환일전에 당해 국공채를 양도한 경우에는 보유기간에 약정이자율을 적용하여 계산한 금액을 말한다)이 있는 경우에는 법인세법 제22조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업연도의 법인세액에 당해 이자와 할인액이 당해 사업연도의 총수입금액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액의 100분의 75

바. 정당한 세액의 계산

피고가 손금에 불산입한 ①공제권유비 중 원고 소유물에 대한 부분을 제외한 나머지 6,693,335,659원, ②단체퇴직보험료와 종업원퇴직신탁부금 113,795,740,001원을 다시 손금에 산입하고, 피고가 익금에 산입한 ③구매대행수수료 16,472,426,594원을 익금에서 공제하고, ④증액한 지급조서 미제출 가산세 255,198,440원을 31,158,293원으로 다시 차감하는 한편, 이에 따라 농어촌특별세의 과세표준도 수정하여 재계산하여 원고가 추가로 납부하여야 할 1994사업연도의 법인세(편의상 원고가 다투지 아니하는 특별부가세 801,483,248원은 고려하지 아니하고 계산함)와 농어촌특별세의 정당한 세액을 계산하면, 별지 각 세액계산표의 ‘정당한 세액’의 ‘차감 징수할 세액’란 기재와 같이 법인세 3,468,779,872원, 농어촌특별세 11,709,005원이 되고, 여기에 특별부가세를 더하고 위 ‘1. 가.’의 표 4.항의 원고의 신고세액을 고려하여 이 사건 처분의 정당한 추가고지금액을 계산하면 법인세 4,379,979,754원, 농어촌특별세 6,370,940원(원래는 －18,074,559원이지만 원고의 청구 범위 내에서)이 된다.
4. 결론

따라서 이 사건 처분 중 위 각 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하므로, 이 부분 원고의 청구는 인용하고 법인세에 관한 나머지 청구는 기각하며, 소송비용에 관하여는 민사소송법 제101조 단서를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

인정사실에 의거 공제권유비 중 원고 소유물에 대한 부분을 제외한 나머지 금액 및 단체퇴직보험료와 종업원퇴직신탁부금은 손금에 산입하고, 구매대행수수료를 익금에서 공제하는 한편 증액한 지급조서 미제출 가산세는 다시 차감하는 등 과세표준을 재산정하여 정당한 세액을 초과한 법인세 등을 경정처분하여야 한다.