양도소득세부과처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2007.05.18 / 시행일:

【원고, 항소인】 
【피고, 피항소인】 수영세무서장
【제1심판결】 부산지방법원 2006. 8. 17. 선고 2006구합980 판결
【변론종결】2007. 5. 4.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 피고가 2005. 1. 3.원고 1에게 한 양도소득세 70,930,530원,원고 2에게 한 양도소득세 82,643,880원의 각 부과처분을 취소한다.
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑2호증, 갑3호증, 갑4호증, 을1호증, 을2호증, 을3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.
 가. 원고들은 2004. 6. 28. 부산 남구 대연동(각 지번 생략)의 4필지 합계 957.2㎡ (이하 ‘위 토지’라 한다) 중 각 소유 지분을소외 1 주식회사에게 양도한 후, 위 토지의 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가 186만원(/㎡)을 적용한 양도가액을 계산하여 양도소득세를 신고하였다.
 나. 피고는 위 토지가 당초 주유소 용지로 사용되다가 그 지상에 근린생활시설 용도의 건물이 신축됨으로써 그 용도가 변경되었고, 그에 따라 지적법상 지목이 잡종지에서 대지로 변경되었으므로,구 소득세법(2005. 1. 14. 법률 제7335호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제99조 제1항 제1호 가목 단서 및법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제164조 제1항 제3호 소정의 ‘개별공시지가가 없는 토지’에 해당한다는 이유로, 2개 감정평가기관에 감정을 의뢰하여 평가한 333만원(/㎡)을 적용하여 양도가액을 계산한 후, 2004년 귀속 양도소득세로 2005. 1. 3.원고 1에게 70,930,530원,원고 2에게 82,643,880원을 각 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고들의 주장
 이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.
 (1)법 제99조 제1항 제1호 가목 단서는 개별공시지가가 고시되어 있지 아니한 토지에 대하여만 대통령령이 정하는 방법으로 평가하도록 위임하고 있으므로,시행령 제164조 제1항은 같은 항 각호에 해당하는 토지 중 개별공시지가가 없는 경우에 적용되는 것인데, 위 토지에 관하여 계속하여 개별공시지가가 고시되는 등 위 토지는 개별공시지가가 없는 토지에 해당하지 아니하므로, 위 토지가 법 및 시행령 조항 소정의 개별공시지가가 없는 토지에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 (2) 그렇지 않다고 하더라도,시행령 제164조 제1항 제3호는 ‘토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지’라고 규정하고 있으므로, 위 규정에 의한 ‘개별공시지가가 없는 토지’에 해당하기 위하여는 ‘토지의 형질변경’ 또는 ‘토지의 용도변경’으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 경우라야 할 것인데, 위 토지는 ‘건축물의 용도변경’으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 경우에 해당하므로, 위 토지가 위 규정에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실
 아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 각 증거, 갑5호증의 1 내지 4, 갑8호증, 갑9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.
 (1) 위 토지는 4필지 전체가 하나로 이용되고 있는 상태로서 원래 지목이 대지였는데, 원고들의 아버지인소외 2가 1994. 8. 23.경 위 토지에서 ‘○○주유소’라는 상호로 주유소 영업을 시작하면서 1997. 3. 14. 그 지목이 잡종지로 변경되었다.
 (2)소외 2는 2002. 3. 2. 주유소영업을 폐지하였고, 그 후 위 토지의 공유자가 된 원고들을 비롯한소외 2의 자녀들은 2002. 3. 30. 위 토지상에 지하 2층, 지상 14층의 제1종 근린생활시설 건축허가를 받아 이를 신축한 다음, 2004. 6. 10. 관할구청으로부터 위 건물에 대한 사용승인을 받았다.
 (3) 위와 같이 위 건물에 대한 사용승인이 나자, 원고들을 비롯한 위 토지의 공유자들은 위 토지의 지목변경신청을 하였고, 이에 부산광역시 남구청장은 2004. 6. 16. 건축물의 용도가 변경되었음을 사유로 하여 위 토지의 지목을 대지로 변경처리 하였다.
 라. 판단
 (1)시행령 제164조 제1항은 같은 항 각호에 해당하는 토지 중 개별공시지가가 없는 경우에 적용되는 것이라는 주장에 관하여
 (가)법 제94조 제1항 제1호,제96조 제1항,제99조 제1항 제1호 가목,구 「지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률」(2005. 1. 14. 법률 제7335호 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」로 전문 개정되기 전의 것, 이하 ‘지가공시법’이라 한다) 제10조 제2항,제10조의2는, 토지의 양도로 인한 양도소득의 경우 토지의 양도가액은 양도 당시의 기준시가에 의하되 그 기준시가는 지가공시법에 의한 개별공시지가에 의하고, 다만 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 한다고 규정하며,시행령 제164조 제1항 중그 제3호는, ‘토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지’를 개별공시지가가 없는 토지의 하나로 들면서, 그 경우 그 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고지가공시법 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 적용하되, 이 경우 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다고 규정하고 있다.
 (나) 위와 같은 관계 법령의 규정에 비추어 보면,시행령 제164조 제1항은 그 문언상 각호에 규정한 토지를 개별공시지가가 없는 토지로 보아 위 조항에서 정한 방법으로 그 양도가액을 평가한다는 내용으로 해석되고, 이와 달리 위 각호에 규정된 토지 중 개별공시지가가 없는 토지에만 위 조항을 적용한다는 취지로 해석할 수 없을 뿐만 아니라(이는제4호에서 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지를 따로 열거하고 있는 점에서 보아도 그러하다), 토지의 용도가 변경되는 경우 그 전후에 걸친 토지의 품등이나 사정 등이 현저히 달라져 개별공시지가 산정을 위한 비교표준지 역시 변경되어야 하고, 그 경우 종전 지목을 적용한 개별공시지가를 변경된 이후에도 그대로 적용하는 것은 합리성이 없어 이를 위 규정상 개별공시지가가 없는 토지의 하나로 보아, 그 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고지가공시법 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 적용하는 것이 상당하다고 할 것이다. 이 부분 원고들의 주장은 이유 없다.
 (2) ‘건축물의 용도변경’으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 경우에는시행령 제164조 제1항의 ‘개별공시지가가 없는 토지’에 해당하지 아니한다는 주장에 관하여
 (가)시행령 제164조 제1항 제3호는 개별공시지가가 없는 토지의 하나로서 ‘토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지’라고 규정하고 있는바, ① 이는 그 문언상으로도 ‘토지의 형질변경’ 또는 ‘토지의 용도변경’으로 인하여 지적법상 지목이 변경된 토지로 해석함이 상당한 점, ②지적법 제21조는 토지소유자는 지목변경할 토지가 있는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 날부터 60일 이내에 소관청에 신청하여야 한다고 규정하고,지적법 시행령 제16조는 지목변경을 신청할 수 있는 경우로제1호에서 ‘국토의계획및이용에관한법률 등 관계법령에 의한 토지의 형질변경 등의 공사가 준공된 경우’,제2호에서 ‘토지 또는 건축물의 용도가 변경된 경우’를 들고 있는바, 이와 같이 지적법이 지목변경을 신청할 수 있는 경우로서 ‘토지의 형질변경’ 이외에 ‘토지 또는 건축물의 용도변경’이라고 규정함으로써 ‘토지의 용도변경’과 ‘건축물의 용도변경’을 구별하고 있는 점에 비추어 보면,시행령 제164조 제1항은 지적법과 달리 ‘토지의 형질변경 또는 용도변경’이라고 규정함으로써 ‘건축물의 용도변경’은 이를 제외하기로 한 취지로 봄이 상당한 점, ③ 토지의 용도변경이란「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제36조에 의하여 지정된 토지의 용도지역(도시지역, 관리지역, 농림지역, 자연환경보전지역),제37조에 의하여 지정된 토지의 용도지구(경관/미관/고도/방화/방재/보존/시설보호/취락/개발진흥/특정용도제한/기타지구) 및 개발제한구역(제38조), 도시자연공원구역(제38조의 2), 시가화조정구역(제39조), 수산자원보호구역(제40조) 등 토지의 용도구역의 변경을 일컫는 것으로서, 일반적으로 이러한 토지의 용도변경이 이루어지면 그에 따라 건축행위의 가부가 결정될 뿐만 아니라 건축행위가 가능한 경우에도 건축물의 용도·건폐율·용적률·높이 등에 있어서의 제한이 완화 또는 강화되는 등 토지 가치의 급격한 변동을 수반하는 데 비하여, 건축물의 용도변경이란건축법 제2조 제2항에서 규정한 건축물의 용도(단독주택, 공동주택, 제1종 근린생활시설, 제2종 근린생활시설, 문화 및 집회시설, 종교시설, 판매시설, 운수시설, 의료시설, 교육연구시설, 노유자시설, 수련시설, 운동시설, 업무시설, 숙박시설, 위락시설, 공장, 창고시설, 위험물저장 및 처리시설, 자동차관련시설, 동물 및 식물관련시설, 분뇨 및 쓰레기처리시설, 교정 및 군사시설, 방송통신시설, 발전시설, 묘지관련시설, 관광휴게시설, 기타시설)를 허가 또는 신고에 의하여 변경하는 것을 일컫는 것으로서, 토지의 용도변경과는 달리 위와 같은 건축물의 용도변경에 따라 토지의 가치 상승이 당연히 수반된다고 보기는 어렵다고 할 것인바 이러한 점에다가시행령 제164조 제1항의 규정취지가 토지의 용도가 변경되는 경우 그 전후에 걸친 토지의 품등이나 사정 등이 현저히 달라져 개별공시지가 산정을 위한 비교표준지 역시 변경되어야 하고, 그 경우 종전 지목을 적용한 개별공시지가를 변경된 이후에도 그대로 적용하는 것은 합리성이 없어 이를 위 규정상 개별공시지가가 없는 토지의 하나로 보아, 그 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고지가공시법 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 적용하는 것이 상당하다는 데 있다는 점을 고려하면,시행령 제164조 제1항은 ‘토지의 용도변경’으로 인한 지목변경의 경우에만 적용되는 것일 뿐 ‘건축물의 용도변경’으로 인한 지목변경의 경우까지 적용된다고 보기는 어려운 점 등을 종합해 보면,시행령 제164조 제1항 제3호는 ‘토지의 형질변경 또는 토지의 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지’를 가리키는 것으로 보아야 할 것이다.
 (나) 이러한 점에 기초하여 이 사건을 보건대, 위 토지는 그 지상에 제1종 근린생활시설이 건축됨으로써 그 지목이 잡종지에서 대지로 변경된 것으로서 ‘건축물의 용도변경’으로 인하여 지목변경이 이루어졌음은 앞서 본바와 같으므로, 위 토지는시행령 제164조 제1항 제3호 소정의 ‘토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지’에 해당하지 아니함이 명백하고, 따라서 이와 달리 위 토지가 이에 해당함을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결 론
 그렇다면, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 원고들의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 박흥대(재판장) 김동진 문상배