법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2020.04.09 / 시행일:

【원고, 상고인】 오씨아이 주식회사 (소송대리인 변호사 김의환 외 5인)
【피고, 피상고인】 남대문세무서장
【원심판결】 서울고법 2017. 6. 1. 선고 2016누65185 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 원고는 인천공장에서 소다회를 생산하면서 그로 인하여 발생한 폐석회를 오랜 기간 침전지에 적치하여 오던 중 2003. 12. 31. 인천광역시, 인천광역시 남구, ‘폐석회 적정 처리방안 모색을 위한 시민위원회’와 폐석회를 침전지에서 수거하여 인천공장 내 유수지에 매립하고 유수지를 유원지로 조성하는 공사(이하 ‘폐석회처리공사’라고 한다)를 시행하는 내용 등의 폐석회 처리 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라고 한다)을 체결하였다.
 나. 원고는 2007 사업연도 법인세를 신고하면서 폐석회처리공사 비용을 통상적인 비용으로 손금 처리하였다.
 다. 원고는 2008. 5. 1. 인천공장 화학제품제조 사업부문 등을 물적분할하여 주식회사 디씨알이(이하 ‘디씨알이’라고 한다)를 설립하고 2008. 5. 6. 분할등기를 마쳤는데, 디씨알이 역시 2008 내지 2012 사업연도에 위와 같은 폐석회처리공사 비용을 지출하였다.
 라. 원고는 2010 사업연도부터 디씨알이를 연결자법인으로 한 연결납세방식을 채택하여 법인세를 신고하면서 디씨알이가 지출한 폐석회처리공사 비용을 통상적인 비용으로 손금 처리하였다.
 마. 한편 서울지방국세청장은 2009. 4. 20.부터 2009. 6. 24.까지 원고에 대한 2004, 2005 사업연도 법인사업자통합조사(이하 ‘2009년 세무조사’라고 한다)를 하였는데, 당시 원고가 작성한 ‘요구자료 현황’에는 ‘인천공장 폐석회 매립공사 공사도급계약서’, ‘폐석회처리비용 토지 자본적 지출 해당 여부에 대한 검토서와 요약서’, ‘폐석회 매립 진행경과 내용 관련 서류’ 등이 제출된 것으로 기재되어 있다. 서울지방국세청장은 2009. 6. 25. 원고에게 2004 내지 2008 사업연도 법인세 항목 등이 적출된 2009년 세무조사 결과를 통지하였으나, 폐석회처리공사 비용의 손금 처리에 대하여는 별다른 조치를 취하지 않았다.
 바. 이후 서울지방국세청장은 2013. 3. 11. 원고에 대한 2009 내지 2010 사업연도 법인사업자통합조사(이하 ‘2013년 세무조사’라고 한다)를 개시하였다가, 2013. 3. 27. 원고에게 조사범위를 ‘2007, 2008 사업연도 복구손실충당금 사용금액의 자산화 대상 여부’까지 포함하는 조사범위확대통지를 하였다.
 사. 피고는 2013년 세무조사 결과에 기초하여 폐석회처리공사 비용을 토지의 자본적 지출로서 처리해야 한다고 보고, 각 사업연도 폐석회처리공사 비용의 손금산입을 부인하여, 원고에게, 2013. 3. 27. 2007 사업연도 법인세 4,694,153,270원(가산세 포함) 등을 경정·고지하였고, 2013. 11. 26. 2010 사업연도 법인세 3,132,151,640원(가산세 포함) 등을, 2011 사업연도 법인세 363,090,560원 등을, 2012 사업연도 법인세 28,448,840원(가산세 포함) 등을 각 경정·고지하였다.
 2. 폐석회처리공사 비용 지출이 토지의 자본적 지출에 해당하는지 여부(상고이유 제2점)에 관하여
토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용인 자본적 지출(대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결 등 참조)은 그 지출이 이루어진 사업연도의 비용으로 되지 않고 취득원가에 합쳐서 감가상각의 대상이 될 뿐이다[구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제31조 제1항, 제2항].
 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 폐석회처리공사는 택지 조성 등 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 것으로서 그 비용이 인천공장 부지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 판단하였다. 위와 같은 원심의 판단은 앞서 본 법리에 기초한 것으로서 정당하고, 상고이유와 같이 토지의 자본적 지출에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 3. 2013년 세무조사 중 2007 사업연도에 대한 조사가 금지되는 재조사에 해당하는지 여부(상고이유 제1점)에 관하여
 가. 세무공무원은 원칙적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없고, 다만 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, 심사청구 등 처분결정에 따른 재조사를 하는 경우, 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사 등 법령에서 정한 예외적인 경우에 한하여 재조사가 허용된다[구 국세기본법(2014. 1. 1. 법률 제12162호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항, 구 국세기본법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25201호로 개정되기 전의 것) 제63조의2].
 한편 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 2개 이상의 과세기간에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다. 따라서 다른 과세기간에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 과세기간에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우는 물론, 하나의 행위가 그 자체로 완결적이지는 않더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 과세기간에 걸쳐 그 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는, 이러한 후속조치는 그 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다고 볼 수 있다. 그리고 재조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시 당시에 구비되어야 할 것이므로, 과세관청이 하나의 원인으로 2개 이상의 과세기간에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시한 경우에 비로소 적법한 재조사에 해당한다(대법원 2017. 4. 27. 선고 2014두6562 판결 참조).
 나. 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거들에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 1) 원고는 이 사건 협약 직후인 2003 사업연도부터 2005 사업연도까지 폐석회처리공사와 관련하여 총 845억 8,600만 원을 복구손실충당금으로 설정하고 복구손실충당부채로 회계처리하였다.
 2) 원고 및 원고로부터 복구손실충당부채를 승계받은 디씨알이는 2007 내지 2010 사업연도에 지출한 폐석회처리공사 비용을 손금 처리하였다.
 3) 한편 이 사건 협약과 관련된 유수지 매립 1단계 공사는 2009년 세무조사 이후인 2010. 6. 21.경에 완료되었고, 인천광역시 남구청장이 2012. 8. 24. 서울지방국세청장에 송부한 원고의 물적분할 관련 ‘심판청구 진행 관련 서류’에는 위와 같은 사실이 포함되어 있었다.
 4) 원고가 2009년 세무조사 당시 작성한 ‘요구자료 현황’에는 인천공장 부지에 대한 감정평가서가 포함되어 있지 않았다.
 다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 2013년 세무조사 중 2007 사업연도 법인세에 관한 부분은 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당하므로 적법한 세무조사라고 봄이 타당하다. 구체적 이유는 다음과 같다.
 1) 원고와 디씨알이가 2007 내지 2012 사업연도에 폐석회처리공사 비용을 지출한 것은 이 사건 협약에 기초한 것이다. 한편 이 사건 협약에 따라 폐석회처리공사 예상비용이 복구손실충당금으로 설정되고 복구손실충당부채로 회계처리되었으나, 복구손실충당부채는 원래 자산의 취득가액에 포함될 수 없는 것이고, 실제로 폐석회처리공사 비용이 매 사업연도에 모두 동일한 방식으로 손금 처리되었다. 이러한 점들에 비추어, 원고는 이 사건 협약 무렵 이미 폐석회처리공사 비용을 손금 처리하기로 예정하였던 것으로 보인다.
 2) 따라서 이 사건 협약과 당초부터 원고가 폐석회처리공사 비용을 손금 처리하기로 예정하였던 것은 그에 따른 후속조치, 즉 복구손실충당금의 설정 및 매 사업연도 폐석회처리공사 비용 지출과 함께 하나의 행위가 되어 부당 손금 처리의 원인이 되었다고 볼 수 있다.
 3) 나아가 서울지방국세청장은 2009년 세무조사 이후 이루어진 이 사건 협약 관련 유수지 매립 1단계 공사 완료를 인지하고, 인천공장 부지에 대한 감정평가서 등 폐석회처리공사 비용이 토지의 자본적 지출에 해당한다고 볼 만한 구체적인 자료를 확보하여 2013년 세무조사 중 2007 사업연도에 대한 조사를 개시하였다고 보인다.
 라. 원심판결 이유를 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이 부분에 관한 이유 설시에 다소 미흡한 부분이 있으나, 2013년 세무조사 중 2007 사업연도에 대한 조사가 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우에 해당하여 적법하다고 본 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유와 같이 금지되는 재조사의 허용 여부에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 4. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 노정희(재판장) 박상옥(주심) 안철상 김상환

[1] 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 비용인 자본적 지출이 당해 사업연도의 비용으로 처리되는지 여부(소극)
 [2] 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’의 의미 및 완결적이지 않은 하나의 행위로 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 과세기간에 걸쳐 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어진 경우가 이에 해당하는지 여부(적극) / 위 규정에 따른 적법한 재조사에 해당하기 위하여 과세관청이 예외적인 허용사유를 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시하여야 하는지 여부(적극)