법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2007.07.25 / 시행일:

【원고, 피항소인 겸 항소인】 주식회사 중앙일보사 (소송대리인 변호사 권은민)
【피고, 항소인 겸 피항소인】 남대문세무서장 (소송대리인 변호사 진행섭)
【제1심판결】 서울행정법원 2006. 8. 18. 선고 2003구합31692 판결
【변론종결】2007. 3. 14.
【주 문】
1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
 피고가 2001. 8. 1. 원고에 대하여 한 1999 사업연도 법인세 22,900,310,275원의 부과처분 중 21,674,718,823원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 항소와 피고의 나머지 항소를 각 기각한다.
3. 소송 총비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2001. 8. 1. 원고에 대하여 한 별지 법인세 및 부가가치세 부과내역 기재 법인세 및 각 부가가치세 부과처분 중 ‘원고 주장의 정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 항소취지
 가. 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2001. 8. 1. 원고에 대하여 한 별지 법인세 및 부가가치세 부과내역 기재 법인세 부과처분 중 10,903,020,929원을 초과하는 부분 및 각 부가가치세 부과처분 중 ‘원고 주장의 정당한 세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.
 나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 제1심 판결의 인용
 당원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 중 아래 2.항에서 당원이 고쳐 쓰는 부분(제1심 판결 29면 3행 이하)을 제외한 나머지 부분(제1심 판결 2면 6행부터 29면 2행까지)은행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조에 따라 이를 그대로 인용한다.
2. 고쳐 쓰는 부분
 가. 이 사건 법인세 부과처분에 관한 판단 중
 (6) 부외자금 익금산입에 관하여
 (가) 당사자의 주장
 1) 원고의 주장
 ① 1997년도에는 명의신탁하였던 주식의 실명전환, 즉 원고 소유 예금의 계좌 간 이체 및 주식의 임의평가증이 있었을 뿐 과세대상 소득이 발생하지 않았다. 원고 소유의 계좌들 간의 현금이체와 주식의 명의신탁 해지에 따른 소유명의의 환원을 소득발생 거래로 보아 과세할 수는 없다.
 ② 과거에 소득금액에서 누락시켰던 금액으로 취득한 자산이 후에 발견된 경우에는 자본금과 적립금의 조정(유보처분)으로 처리하여야 할 뿐 법인세법상 그 발견시점에 있어서의 과세소득으로 익금산입할 것은 아니다.
 2) 피고의 주장
 ① 차명주식의 실명전환과 관련하여 1997 사업연도 중 투자자산인 주식이 23억 4,000만 원 증가하면서 부외로 유출된 현금 23억 4,000만 원은 그대로 원고 소유로 존재하고 있으므로 결국 원고의 순자산은 23억 4,000만 원만큼 증가되었다고 보아야 한다. 따라서 위 금액을 1997 사업연도의 익금으로 산입한 피고의 처분은 적법하다.
 ② 원고는 1998 사업연도에 주식을 처분하면서 그 장부가액인 23억 4,000만 원을 전액 손금으로 계상하였는데, 그 중 원고가 주식을 취득한 가액 19억 5,000만 원을 초과하는 3억 9,000만 원은 가공원가로서 손금이 될 수 없는 금액이다. 따라서 1997 사업연도에 23억 4,000만 원을 익금산입한 것이 위법하다면, 적어도 1998 사업연도의 가공원가 3억 9,000만 원은 손금불산입되어야 한다.
 (나) 관계법령
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것)
제9조(각 사업연도의 소득)
①내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.
②제1항에서 "익금"이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.
③제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.
④내국법인의 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 각 사업연도의 결손금으로 한다.
구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 
제12조(수익과 손비의 정의)
①법 제9조 제2항에서 "수익"이라 함은 법 및 이 영에 규정하는 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다.
11.제1호 내지제10호 외의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액
 (다) 인정사실
 1) 원고는 1990년 이전에 제주, 광주 등의 지방에 여러 부동산을 취득하여 보유하고 있었으나 이를 대차대조표 등 회사의 재무제표에 기장하지 않은 채 다른 사람들에게 명의를 신탁하여 이른바 ‘비자금’ 형태로 보유하고 있었다.
 2) 원고는 해양 복합 레저타운 사업을 위하여 충남 연포 지역에 74만여 평의 부동산을 소유하고 있었는데, 1990. 5. 8. 정부의 경제특별조치에 의하여 그 중 27만여 평이 비업무용 부동산으로 판정받아 제3자에 매각하여야 할 형편이었다.
 3) 당시 원고는 위 27만여 평을 제3자에게 매각하게 된다면 위 74만여 평 전체의 통일성을 해치고, 해양 복합 레저타운 사업에 필요한 토지로도 지나치게 협소해지는 등으로 당초의 해양 복합 레저타운 사업을 추진하는 데 어려움이 있다고 판단하여, 자회사를 세워서라도 비업무용으로 판정받은 부동산을 보유하기로 하였다.
 4) 원고는 위 1)항 기재 부동산들을 매각한 대금으로 자금을 마련한 다음, 1990년 10월경 휴면 법인인 화남기업 주식회사 발행 주식 1만 주(액면가 5,000원) 전부를 인수하여 전항의 비업무용 부동산을 보유하는 자회사로 삼고 그 상호를 서해리조트로 변경하였다.
 5) 서해리조트는 1991년 3월부터 1993. 12. 15.까지 4회에 걸쳐 122만 주(액면 5,000원)의 신주를 발행하여 합계 61억 원을 증자한 바 있는데, 이때 원고는 위 1)항 기재 부동산을 매각하여 마련한 자금 19억 원으로 증자 주식 중 신주 38만 주(액면 5,000원)를 추가로 인수하였다.
 6) 원고는 위와 같이 서해리조트의 신주를 인수할 때 그 인수 대금을 비자금 형태로 보유하던 부동산을 매각하여 마련한 자금으로 지불하였으므로, 신주의 취득을 회사의 대차대조표 등 재무제표에 공식으로 기장하는 것이 불가능하여소외 1 등 22명의 명의를 빌려 보유하게 되었다.
 7) 원고는 서해리조트 주식의 명의수탁자들이 차명 주식의 장기 보유에 대한 우려 등을 비롯한 여러 가지 불편을 호소하고, 정부 당국의 정책도 변화함에 따라 명의를 환원시키는 것이 좋을 것이라고 판단하고 위 주식 모두를 회사 명의로 환원시키기로 하였다.
 8) 원고는 위 주식의 명의 환원 방식을 강구하던 중, ‘명의신탁을 해지’하는 내용으로 재무제표에 기장하는 방식은 명의신탁하였던 사실을 외부에 공표하는 것이 되므로 회사의 대외 이미지 관리상 문제가 있다는 지적이 있어 그 방식을 취하지 않고, 명의수탁자들에게서 주당 6,000원에 매수하는 형식을 취하고 매수한 주식은 재무제표에 기장하며 매매대금으로 지출된 현금은 부외자산으로 관리하기로 하고, 1997. 11. 27.부터 1997. 12. 20.까지 3회에 걸쳐소외 1 등에게 명의신탁으로 보유하고 있던 주식 합계 39만 주를 명의자들로부터 합계 23억 4,000만 원에 매수하는 매매계약의 형식을 취한 다음 원고의 회계장부에 주식 합계 39만 주를 기장하고, 그 매매대금 상당액인 합계 23억 4,000만 원을 명의자들의 예금 계좌에 입금했다가 수일 후 다시 인출하여 원고의 비자금 관리 계좌인소외 2 등의 차명 계좌로 입금해 부외자산으로 보유·관리하였다.
 9) 원고는 1998. 12. 31.소외 3 주식회사에 서해리조트 주식 39만 주를 10억 9,200만 원에 양도하였는데, 주식의 장부가액 23억 4,000만 원을 처분원가로 하여 이를 1998 사업연도에 전액 손금산입하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 42, 43호증, 을 제15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 (라) 판단
 살피건대, 법인세의 과세표준과 관련하여 세법은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액에서 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 공제한 금액에 의하여 소득을 계산하도록 규정하고 있는바, 이는 당기에 속하게 될 수익에서 당기에 속하게 될 비용을 공제하여 당기의 순이익을 산정한다는 의미이기도 하고, 기초의 순자산과 기말의 순자산을 비교하여 재산 증감에 따라 손익을 산정한다는 의미이기도 한 것으로, 이 양자는 접근 방식에 차이가 있을 뿐 결국 같은 금액의 당기순이익을 산출해 낸다는 점에서는 마찬가지인데, 원고의 1997 사업연도 보유자산은 기초와 기말에 같은 형태와 내용의 자산(장부에 기장하였는지 여부에 차이가 있을 뿐 주식 자산과 현금 자산을 실질로 보유하는 현황에는 아무런 변화가 없다.)이 보유·관리되었던 것이므로, 서해리조트 주식의 실명전환거래는 실질적으로 원고의 1997 사업연도의 법인세 과세표준인 소득에 아무런 영향도 미치지 않았다 할 것이다. 따라서 이 사건 부외자금을 자산 누락으로 보아 익금산입한 피고의 처분은 위법하다.
 다만, 원고가 1998 사업연도에 서해리조트 주식을 양도하면서 전액 손금산입한 주식의 장부가액 23억 4,000만 원은 1997 사업연도에 매매 형식으로 주식의 명의가 환원될 때 실제로는 지출되지 않은 매매대금 상당액으로서, 원고가 주식을 취득한 가액 19억 5,000만 원에서 임의로 증가된 것에 불과하므로, 주식 양도에 따른 손금으로 위 장부가액을 전액 산입할 수는 없고 그 중 취득가액에 해당하는 19억 5,000만 원이 손금으로 산입될 수 있을 뿐이라고 보아야 한다. 따라서 원고가 1998 사업연도에 손금산입한 23억 4,000만 원 중 19억 5,000만 원을 초과하는 3억 9,000만 원은 손금불산입되어야 한다.
 (7) 정당한 세액
 위와 같이 살펴본 바에 따라 부당행위계산 부인 중 해외파견자 인건비 부분을 손금산입하고, 이 사건 부외자금 23억 4,000만 원을 익금산입에서 제외하되, 부외자금 관련 주식 양도시 손금산입한 장부가액 중 3억 9,000만 원을 손금불산입하여 원고가 부담할 1999 사업연도의 정당한 과세표준과 세액을 다시 계산하면 별지 1999 사업연도 법인세 세액계산표 각 기재와 같고, 결국 1999 사업연도 귀속 법인세의 정당한 세액은 위 표 ‘정당한 세액’란 기재와 같이 21,674,718,823원이 된다.
 나. 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 관한 판단
 (1) 대손세액 공제 부인에 관하여
 (가) 원고의 주장
 원고가 광고대행사를 통하여 광고주에게 제공한 광고용역에 대한 수수료는 오로지 광고대행사로부터만 받을 권리가 있으므로 광고대행사의 부도 등으로 원고가 광고대행사로부터 광고수수료를 회수할 수 없게 된 경우 위 매출채권과 관련된 부도어음은 대손세액 공제되어야 한다.
 (나) 관계법령
부가가치세법
제17조의2(대손세액공제)
①사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 당해 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금 기타 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액(이하 "대손세액"이라 한다)을 그 대손의 확정이 된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감할 수 있다. 다만, 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 가산한다.
대손세액=대손금액× 110분의 10
부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것)
제63조의2(대손세액공제의 범위)
①법 제17조의2 제1항에서 "파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
6. 수표 또는 어음의 부도발생일부터 6월이 경과한 경우. 다만, 당해 사업자가 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우를 제외한다.
 (다) 판단
 살피건대, 제3자가 발행한 어음에 재화나 용역을 공급받은 자가 배서한 것도 대손세액 공제를 받을 수 있는 것이나, 재화나 용역의 공급과 관련이 없거나 재화나 용역을 공급받은 자가 배서하지 아니한 타인이 발행한 어음의 부도에 대하여는 대손세액공제를 받을 수 없는 것이다. 피고는 대손세액 공제를 부인한 부도어음이 광고주 또는 광고대행사가 발행하지도 않고 배서하지도 않은 어음이라고 주장하고, 이에 대하여 원고는 ‘1996～1999 대손세액 공제리스트(갑 제45호증의 1)’ 중 7면 일련번호 ‘번호 1 생략’ 부도어음과 9면 일련번호 ‘번호 2 생략’ 부도어음이 광고대행사가 발행하거나 배서한 어음이라고 주장하고 있는바, 갑 제45호증의 2 내지 18, 갑 제46호증의 1 내지 4의 각 기재만으로는 원고가 지적하는 부도어음이 광고대행사가 광고용역을 제공받고 발행하거나 배서한 어음이라는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 대손세액 공제 부인된 다른 부도어음들 역시 위와 같은 어음에 해당한다고 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 피고가 대손세액의 공제를 부인한 것은 적법하므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (2) 공통매입세액 안분계산에 관하여
 (가) 원고의 주장
 이 사건 매입세액 중 건물유지와 관련되어 발생된 비용(가스료, 관리용역비, 전기료 등 1,104,889,533원)은 전체 면적에서 임대면적이 차지하는 비율(평균 40.63%)로서 명확하게 구분 가능하므로 이 부분은 임대부분의 개별매입세액으로서 전액 공제되어야 한다.
 (나) 관계법령
부가가치세법 시행령
제61조(매입세액의 안분계산)
①사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.
면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액× (면세공급가액/총공급가액)
 (다) 판단
 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 실지귀속에 따라 과세사업에 관련된 매입세액만 공제되고 면세사업에 관련되는 매입세액은 공제받을 수 없으며, 어느 매입세액이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우에는부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 의하여 각 사업의 공급가액 등에 따라 안분한 금액을 공제하여야 한다. 살피건대, 같은 면적이라도 건물을 사용하는 시간과 정도에 따라 가스, 전기 등의 사용량이 달라진다는 점 등에 비추어 원고가 주장하는 비용이 전체 건물 면적 중 임대부분의 면적 비율에 따라 실지 귀속을 구분할 수 있는 경우에 해당한다고 보기 어렵고, 부가가치세법 시행령 규정의 안분계산의 기준은 당해 과세기간 중의 과·면세 공급가액이 있는 경우 적용될 강제규정이라고 보아야 하므로 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면, 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 21,674,718,823원을 초과하는 부분에 한하여 위법하고, 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 모두 적법하므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 일부 달리한 제1심 판결 중 위 인정부분을 초과하여 취소를 명한 피고 패소부분은 부당하므로 이를 취소하고 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 원고의 항소와 피고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 조용호(재판장) 김지영 박우종