취득세 등 부과처분 취소 (일반행정, 대법원)
공포일: 2025.12.04 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】
1. 사안의 개요

가. 이 사건의 쟁점

구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제31조 제1항(이하 ‘이 사건 감면규정’이라고 한다)에 따라 감면세율을 적용받을 수 있는 임대사업자는, 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록할 것이 요구된다. 이 사건의 쟁점은 피고가 임대목적물이 기재된 임대사업자 등록신청을 수리하면서 임대목적물이 특정되어 기재되지 않은 임대사업자등록증을 교부한 경우에도, 이 사건 감면규정상 감면요건인 임대사업자 등록요건을 갖추었다고 볼 수 있는지이다.

나. 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

1) 서울특별시장은 2018. 9. 6. 서울특별시고시 제1028-281호로 서울 영등포구 ○○○○○ 45-5번지 6,316.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 구 「민간임대주택에 관한 특별법」(2018. 12. 18. 법률 제16000호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법’이라고 한다) 제22조, 제24조, 구 「서울시 역세권 청년주택 공급지원에 관한 조례」(2018. 10. 4. 서울특별시 조례 제6936호로 개정되기 전의 것) 제9조에 따라 ‘영등포 ○○○○○ 역세권 청년주택(기업형 임대주택) 공급촉진지구’로 지정하고, 이에 대하여 같은 법 제28조에 따른 지구계획을 승인하며, 같은 법 제29조 제1항 제6호, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시관리계획(지구단위계획구역 및 계획)을 결정하였다.

서울특별시장은 같은 날 서울특별시고시 제2018-282호로 사업시행자를 주식회사 ○○○○○○○○(이하 ‘○○○○○○○○’라고 한다)와 이 사건 토지의 당시 소유자인 ○○○으로 하여 이 사건 토지 지상에 2개 동, 지하 6층 지상 19층, 연면적 52,667.495㎡ 규모의 공동주택(공공임대 87세대 및 민간임대 409세대) 등을 신축하는 ‘영등포 ○○○○○ 역세권 청년주택(기업형 임대주택) 신축공사사업’(이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다)을 구 민간임대주택법 제33조 제1항, 주택법 제15조에 따른 주택건설사업계획으로 승인(건축법 제11조에 의한 건축허가 의제 포함)하였다.

2) 원고는 이 사건 사업의 수행을 위한 자산의 매입 및 운용, 계약의 체결 등을 목적으로 ○○○○○○○○에 의해 설립된 프로젝트 금융투자회사이다. 즉, 원고는 당초부터 이 사건 토지를 취득하여 그 지상에 공공지원민간임대주택을 건축한 후 이를 임대하기 위한 목적으로 2018. 11. 5. 설립되었다.

3) 원고는 2018. 11. 20. 이 사건 토지에 관하여 종전 토지소유자이자 사업시행자(공동)이던 ○○○으로부터 소유권이전등기를 받았고, 같은 날 바로 피고에게 이 사건 토지를 임대목적물(민간임대주택의 소재지)로 하여 임대사업자 등록신청을 하면서(이하 ‘이 사건 1차 등록신청’이라고 한다), 이 사건 토지의 취득에 관하여 이 사건 감면규정에 의한 감면세율을 적용한 취득세 등을 신고하였다.

그런데 피고가 ‘주택건설사업계획승인서상의 명의인(사업시행자)과 임대사업자등록 신청 명의인이 다르다’는 이유로 위 등록신청을 처리하지 않은 채 보류하자, 원고는 추후 사업시행자 변경에 따라 원고가 사업시행자 지위를 취득하면 다시 임대사업자 등록신청을 하기로 하여 2018. 12. 7.경 이 사건 1차 등록신청을 취하하였다.

4) 이 사건 사업의 시행자를 변경(지위 이전)하는 것은 서울특별시 주택공급과에서 담당하는 업무인데, 원고가 위와 같이 이 사건 1차 등록신청을 취하한 이후로도 그 사업시행자 변경 방법(절차)에 관하여 서울특별시의 방침이 정해지지 아니한 채 이 사건 사업의 시행자를 ○○○에서 원고로 변경(재지정)하는 절차가 계속 지연되자, 원고는 이 사건 토지를 취득한 날로부터 60일이 되는 날인 2019. 1. 19.이 경과하기 전까지 임대사업자 등록을 마치기 위해 2019. 1. 15. 다시 이 사건 토지를 임대목적물로 기재하여 임대사업자등록 신청을 하였다(이하 ‘이 사건 2차 등록신청’이라고 한다). 당시 원고는 사업자등록증과 정관 등 투자회사임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 제출하는 한편, 이 사건 토지를 ‘민간임대주택의 소재지’로 기재하여 이 사건 토지를 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 하여 줄 것을 피고 측에 요청하였다.

5) 그러나 피고의 담당자(주택과)는, 원고가 제출한 이 사건 2차 등록신청을 수리하면서도, 이 사건 토지를 임대목적물로 하여 임대사업자등록을 할 수 있는지에 관하여는 국토교통부에 질의하여 그 회신에 따라 처리하기로 하면서 일단 내부 전산상으로만 이 사건 토지를 임대목적물로 가등록한 채 임대목적물 기재가 없는 임대사업자 등록증을 발급하였다. 그 후 위 담당자는 국토교통부의 회신에 따라 원고에게 이 사건 토지를 임대목적물로 하여 등록하는 것은 불가하다고 통보하고 내부 전산상 임대목적물로 가등록해 놓았던 이 사건 토지를 삭제하였다.

6) 피고는 2019. 4. 15. 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 60일 이내에 임대목적물을 등록하지 아니하여 이 사건 감면규정이 정한 감면요건에 해당하지 않는다는 점을 근거로 원고에게 이 사건 토지에 대한 취득세 1,021,678,670원, 지방교육세 102,167,870원, 농어촌특별세 51,083,930원, 가산세 126,841,390원 합계 1,301,771,860원을 부과하였다.

2. 판단

가. 이 사건 감면규정은, 구 민간임대주택법에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우 그 공동주택에 대하여는 2018. 12. 31.까지 그 전용면적 등에 따라 지방세를 감면하되, 이때 위 임대사업자는 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다고 규정하고 있다.

구 민간임대주택법 제2조 제7호는, ‘임대사업자’를 「공공주택 특별법」 제4조 제1항에 따른 공공주택사업자가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 같은 법 제5조에 따라 등록한 자로 정의하는 한편, 위 제5조는 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(이하 ‘시장ㆍ군수ㆍ구청장’이라고 한다)에게 등록을 신청할 수 있다고 규정하면서(제1항), 이에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있다(제4항). 이러한 위임에 따라 구 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」(2018. 12. 31. 대통령령 제29460호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법 시행령’이라고 한다) 제4조 제1항은 구 민간임대주택법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자에 관하여, 민간임대주택으로 등록할 주택을 소유한 자(제1호), 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(제2호), 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 제2호 외의 자로서 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(제3호)를 그 대상으로 정하고 있다. 이에 따라 위 각 호에 해당하는 경우에는 구 민간임대주택법 제5조에 따라 임대사업자등록이 가능하게 되는데, 구체적으로 어떠한 경우에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자등록을 할 수 있는지에 관하여는 그 기준 등이 구 민간임대주택법령에 명확하게 마련되어 있지 않다. 단지 구 민간임대주택법 시행령 제4조는, 구 민간임대주택법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 신청서에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 임대사업자의 주소지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장 또는 해당 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다고 규정하고(제3항), 이러한 신청서를 받은 임대사업자의 주소지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 등록기준에 적합한지를 확인한 후 적합한 경우에는 등록대장에 올리고 신청인에게 등록증을 발급하여야 한다고 규정하고 있을 뿐이다(제5항). 또한 구 민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙(2018. 12. 31. 국토교통부령 제573호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항은, 구 민간임대주택법 제5조 제1항 및 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제3항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 [별지 제1호 서식]의 임대사업자 등록신청서에 소정의 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다고 정하고 있고, 그 [별지 제1호 서식]인 임대사업자 등록신청서에는 임대목적물에 관한 사항을 적을 수 있는 ‘민간임대주택의 소재지’란이 마련되어 있고, 임대주택신청서의 접수 후의 처리절차에 관하여 등록기준 적합 여부 확인(서류 검토), 임대사업자 등록대장 등재, 임대사업자 등록증 작성 및 등록증 발급, 등록내용 통보의 순서로 처리된다고 기재되어 있을 따름이다.

이와 같은 임대사업자등록 신청의 처리절차 및 관계 규정들의 내용을 종합하면, 구 민간임대주택법령에 따른 임대사업자등록 신청은 이른바 ‘수리를 요하는 신고’라고 보아야 한다. 그러므로 임대사업자등록 신청이 아직 수리되지 아니한 채 구 민간임대주택법 관련 규정의 요건을 충족한 것만으로 임대사업자등록의 효력이 발생한다고 볼 수 없고, 이에 대한 행정청의 수리처분까지 있어야 비로소 신청한 대로 임대사업자등록의 효력이 생기게 된다. 다만 이때의 수리는 신청을 유효한 것으로 판단하고 법령에 의하여 처리할 의사로 이를 수령하는 수동적 행위를 의미할 뿐, 임대사업자 등록대장의 등재나 임대사업자 등록증의 작성 및 등록증 발급까지 요하는 것은 아니다. 그러므로 어느 임대목적물에 관하여 임대사업자등록 신청이 이미 수리된 후에 임대사업자 등록대장이나 임대사업자 등록증에 해당 신청서에 기재된 임대목적물에 관한 사항과 다른 기재가 이루어졌다 하더라도, 그러한 사정만으로 해당 임대목적물에 관하여 이미 발생한 임대사업자등록의 효력이 달라진다고 볼 수는 없다.

나. 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고의 이 사건 토지 취득에 관하여 이 사건 감면규정상 ‘임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하여야 한다’는 요건이 충족되었다고 판단하였다. 즉, 이 사건 감면규정상 임대목적물 등록요건을 갖추었는지 여부를 판단함에 있어 임대사업자등록증에 임대목적물이 특정되어 기재되었는지 여부는 필수적 요소는 아니라고 전제한 뒤, 원고는 이 사건 2차 등록신청 당시 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호 다목에 해당하는 투자회사로서 이 사건 토지에 관하여 임대사업자등록을 신청하였고 피고가 이러한 신청을 수리한 이상, 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호 다목에 따라 이 사건 토지를 임대목적물로 하는 임대사업자등록의 효력이 발생하게 되었다는 것이다.

관계규정 및 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 감면규정상 취득세 감면의 요건 및 조세법률주의에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 결론

상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

이 사건 관련 취득세 감면 요건인 '임대목적물 등록' 여부는 등록증상의 기재 유무가 필수적인 것이 아니며, 신청 당시 임대 계획이 확정되어 있고 해당 부동산을 특정하여 신청했다면 요건을 충족한 것으로 보아야 함