증권거래세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2006.11.03 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 강남세무서
【변론종결】 2006. 9. 29.
【주 문】
 1. 원고들의 주위적 청구 중 증권거래세 각 217,557,810원 부분의 소를 각하한다.
 2. 원고들의 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각한다.
 3. 소송비용은 원고들이 부담한다.

【청구취지】 주위적으로, 피고가 2005. 12. 8. 원고들에 대하여 한 증권거래세 각 289,346,785원 및 그 가산세 각 7,178,897원의 부과처분을 취소한다.
 예비적으로, 위 부과처분이 무효임을 확인한다. 
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고들의 부(父)소외인이 2003. 9. 19. 사망함에 따라 원고들이 그가 보유한 비상장주식인주식회사 ○○ 주식(이하 이 사건 주식이라 한다)을 387,086주 씩 상속하였다.
 나. 원고들은 2004. 3. 16. 상속세 과세표준 신고를 하면서 이 사건 주식의 가액을 주당 112,480원으로 평가하여 상속세 133,851,773,390원 중 3,754,683,320원은 현금으로 납부하고 나머지 130,277,090,070원에 대하여는 물납신청을 하여 2004. 5. 11. 성북세무서장으로부터 그 허가를 받아 2004. 5. 18. 이 사건 주식 1,158,966주로 상속세 물납을 하고 그 차액 39,950원은 현금으로 추가 납부하였다. 
 다. 원고들은 그 뒤 2004. 5. 14. 관할세무서로부터 주식을 물납한 경우 증권거래세를 신고납부 하여야 한다는 안내를 받고 이 사건 주식 각 387,086주를 1주당 가액을 위와 같은 상속세 과세표준 신고 시 평가액 112,480원으로 하여 원고별로 증권거래세 각 217,557,810원을 신고납부 하였다.
 라. 서울지방국세청은 원고들에 대한 세무조사결과 상속세로 원고들이 물납한 이 사건 주식 각 387,086주의 주당 평가액을 149,500원으로 증액 평가하여 피고에게 통보하였고, 이에 피고는 2005. 12. 8. 원고들에 대하여 주당 평가액을 149,500원으로 하여 증권거래세를 289,346,785원으로 산출하고 기납부세액 217,557,815원을 공제한 나머지 증권거래세 각 78,967,867원(가산세 7,178,897원 포함)을 차감고지하는 이 사건 처분을 하였다.
 마. 원고들은 2006. 1. 3. 국세청에 위와 같이 증액 산출된 증권거래세 각 289,346,785원 및 그 가산세 7,178,897원 전부에 대하여 심사청구를 하였으나, 모두 기각되었다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 갑 2의 1, 2, 갑 3, 갑 4의 1, 2. 
 2. 주위적 청구 중 증권거래세 각 217,557,810원 부분의 소의 적법 여부
국세기본법 제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하여 당초 확정된 세액에 대하여는 그 후 증액경정이 영향을 미치지 아니하므로 그 제소기간 내지 심판청구기간도 당초처분은 당초처분일을 기준으로, 증액경정은 증액경정처분일을 기준으로 판단하여야 하고, 당초처분이 제소기간 등의 도과로 확정되어 불가변력이 생긴 경우 이 부분 세액에 대하여는 더 이상 그 취소를 구할 수 없다 할 것이다.
 그리고 행정처분의 취소를 구하는 항고소송의 전심절차인 행정심판청구가 기간도과로 인하여 부적법한 경우에는 행정소송 역시 전치의 요건을 충족치 못한 것이 되어 부적법 각하를 면치 못하는 것이고, 이 점은 행정청이 행정심판의 제기기간을 도과한 부적법한 심판에 대하여 그 부적법을 간과한 채 실질적 재결을 하였다 하더라도 달라지는 것이 아니다(대법원 1991. 6. 25. 선고 90누8091 판결).
 앞서 본 바와 같이, 원고들이 2004. 5. 14. 피고에게 증권거래세 각 217,557,810원을 신고납부한 때로부터 90일이 경과한 2006. 1. 3.에서야 비로소 이 부분을 포함하여 국세청에 심판청구를 제기하였고 이에 대하여 국세청장이 위 심판청구의 제기기간 도과의 부적법을 문제 삼지 아니한 채 실질심사를 하여 이 사건 처분이 적법하다는 이유로 위 심판청구를 기각하였으며, 그 후 원고들이 이 사건 소를 제기하였음이 기록상 명백하다.
 따라서 위 기각재결이 있었다고 하더라도 위 심판청구 자체가 기간도과의 청구로서 부적법한 것인 이상 원고들의 주위적 청구 중 이미 확정된 증권거래세 각 217,557,810원 부분에 관한 소 또한 전심절차를 경유하지 아니한 것이 되어 부적법하다고 할 것이므로 이를 지적하는 피고의 항변은 이유 있다.
 3. 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구에 관한 판단
 가. 원고들의 주장
 주식으로 상속세 물납을 하는 경우 증권거래법상 주식의 양도에 해당한다고 볼 수 없어 이에 관하여 증권거래세를 부과한 이 사건 처분은 조세법률주의에 반하여 무효이거나 또는 위법하다. 
 나. 관계법령
국세기본법
제22조의2 (경정 등의 효력) ① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.
증권거래세법
제1조 (과세대상) 주권 또는 지분(이하 "주권등"이라 한다)의 양도에 대하여는 이 법에 의하여 증권거래세를 부과한다. 다만, 주권등의 양도가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 아니한다.
 1. 증권거래법에 의한 유가증권시장 및 협회중개시장(이하 "유가증권시장등"이라 한다)과 유사한 시장으로서 외국에 있는 시장(대통령령이 정하는 시장에 한하며, 이하 이 조에서 "외국유가증권시장"이라 한다)에 상장된 주권등을 양도하는 경우
 2. 외국유가증권시장에 주권등을 상장하기 위하여 인수인(증권거래법 제2조제7항의 규정에 의한 인수인을 말한다. 이하 같다)에게 주권등을 양도하는 경우
제2조 (정의) ①이 법에서 "주권"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
 1. 상법 또는 특별한 법률에 의하여 설립된 법인의 주권
 2. 외국법인이 발행한 주권 또는 주식예탁증서로서 유가증권 시장 등에 상장 또는 등록된 것
 ③이 법에서 "양도"라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것을 말한다.
제6조 (비과세양도) 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 아니한다.
 1. 국가 또는 지방자치단체가 주권등을 양도하는 경우
 2.증권거래법 제8조의 규정에 의하여 주권을 매출하는 경우(청약된 주권총수가 매출하고자 하는 주권총수에 미달된 주권을 인수인이 인수하는 경우를 포함한다)
 4.제1호 및제2호 외의 대통령령이 정하는 주권 등을 양도하는 경우
제7조 (과세표준) ①증권거래세의 과세표준은 다음 각호에 의한다.
 1.제3조 제1호 각목의 규정에 의한 주권을 양도하는 경우에는 당해 주권의 양도가액
 2.제1호 외의 주권 등을 양도하는 경우에는 다음 각목의 구분에 의한 가액
 가. 주권등의 양도가액을 알 수 있는 경우 : 당해 주권등의 양도가액. 다만,소득세법 제101조,법인세법 제52조 또는상속세 및 증여세법 제35조의 규정에 의하여 주권등이 시가액보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에는 그 시가액
 나. 주권등의 양도가액을 알 수 없는 경우 : 대통령령이 정하는 양도가액평가방법에 의하여 평가한 가액
 ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
법 시행령
제3조 (비과세양도) ①다음 각호의 1에 해당하는 경우에는법 제6조 제4호의 규정에 의하여 증권거래세를 부과하지 아니한다.
 1. 주권을 목적물로 하는 소비대차의 경우
 9.「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제12조제1항의 규정에 의하여 금융감독위원회의 요청에 따라 정부등이 출자한 부실금융기관에 「한국산업은행법」에 의한 한국산업은행 또는 「중소기업은행법」에 의한 중소기업은행이 출자하여 취득한 주권을 2001년 6월 30일까지 양도하는 경우
 다. 판 단 
 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구를 함께 본다.
 먼저, 주식으로 상속세 물납을 하는 경우 증권거래법상 주식의 양도에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대, 증권거래세법은 주권의 양도에 대하여는 이 법에 의하여 증권거래세를 부과하고(제1조), 이 법에서 "양도"라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것을 말하며(제2조), 다만 주권등의 양도가 일정한 경우에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 아니하는 것으로 규정하고 있다(제1조 단서,제6조 및법 시행령 제3조).
 양도소득세의 경우 자산의 유상적 양도로 인하여 생기는 소득에 대하여 부과하는 세금으로서 비록 자산의 양도가 이루어졌다고 하더라도 소득이 없는 예컨대, 무상에 의한 자산의 이전ㆍ양도담보ㆍ담보물의 소유권의 환원ㆍ양도담보권의 실행으로 인한 처분ㆍ명의신탁의 해제로 인한 소유권의 환원ㆍ실체적 권리를 회복하는 등기의 환원ㆍ공유물의 분할 또는 합병ㆍ상속세의 물납ㆍ파산절차에 의한 양도ㆍ토지수용 등은 그 양도로 인한 소득이 있다고 할 수 없으므로 이와 같은 경우에는 이를 자산의 양도로 보지 아니하고 따라서 양도소득세도 부과할 수 없다고 할 것이나(대법원 1983.12.13. 선고 83누307 판결 참조), 이와 달리 증권거래세의 경우 유상으로 소유권이 이전되는 양도에 해당하는 경우 그 거래가액에 대하여 부과하는 유통세로서 주식을 상속하여 그 상속세를 주식으로 물납하는 경우 그 법적성질은 대물변제에 해당하고 이는 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 양도에 해당한다고 할 것이고, 원고들이 이 사건 주식을 상속세 물납으로 양도함으로써 물납한 상속세 상당의 조세채무를 면하게 되었다고 할 것이므로 이러한 경우 증권거래세가 부과될 수밖에 없다고 할 것이고 이에 피고가상속세 및 증여세법 제63조에 따라 비상장주식인 이 사건 주식의 시가로 평가되는 가액인 주당 149,500원(이 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없다)에 해당하는 증권거래세를 차감 고지한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.
 따라서 원고들의 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구는 모두 이유 없다. 
 4. 결 론
 그렇다면, 원고들의 주위적 청구 중 증권거래세 각 217,557,810원 부분의 소를 각하하고, 원고들의 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각하기로 한다. 

판사 민중기(재판장) 김정숙 이성호