법인세징수처분및증권거래세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2014.04.25 / 시행일:

【원 고】 ○○○ 게엠베하 (소송대리인 변호사 조성권)
【피 고】 역삼세무서장
【변론종결】2014. 3. 28.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】 피고가 2010. 11. 15. 원고에게 한 2005년 사업연도 법인세 9,857,100,000원(가산세 포함)의 징수처분과 증권거래세 741,800,280원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 독일법에 따라 설립된 외국법인이고, 같은 독일 법인인 △△△ Holdings(이하 ‘피합병법인’이라 한다)의 지분 100%를 보유하고 있었다. 
 나. 원고는 2005. 11. 7. 피합병법인과 아래와 같이 합병계약을 체결하고, 2005. 11. 22. 피합병법인을 흡수합병하였다. 이에 따라 피합병법인이 보유하던 소외 회사의 상장주식 5,800,000주(발행주식총수의 50%, 이하 "이 사건 주식"이라 한다)는 원고에게 이전되었다. 
 ○ 당사자들 : 흡수합병회사 원고, 피흡수회사법인 : 피합병법인 ○ 제1조 : 피합병법인은 독일 회사구조조정법에 따라 청산 없는 해산의 방식으로 자산 일체와 그에 대한 모든 본질적 권리와 의무를 원고에게 이전한다. ○ 제2조 : 피합병법인의 모든 주식은 흡수합병법인이 보유하므로, 주식부여의 형식상 합병에 대한 대가는 없다. 이러한 사유로 원고의 자본금 증가는 없으며, 독일 회사구조조정법 제29조에 따른 대가제공이 요구되지 않는다. 
 다. (1) 피고는 2010. 11. 15. 원고에게, "이 사건 주식의 이전은 내국법인이 발행하는 유가증권의 양도에 해당한다."는 이유로, 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제92조 제2항 제3호, 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호에 따라 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조, ‘국제조세조정에 관한 법률’(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국제조세법’이라 한다) 제5조 제1항 제4호, 동 시행령(2006. 8. 24. 대통령령 제19650호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제3호에 따라 합병 당시 한국증권선물거래소(이하 ‘증권거래소’라 한다)의 최종시세가액(1주당 15,450원)을 적용하여 양도가액 89,610,000,000원(= 5,800,000주 × 15,450원)을 산정한 후 2005년 사업연도 법인세 9,857,100,000원(가산세 포함)을 부과·고지하였다. 
 (2) 피고는 같은 날 원고에게, 같은 이유로, 증권거래세법(2008. 1. 9. 법률 제8838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제2호 나목, 동 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20629호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제2항 제1호에 따라 이 사건 주식 1주당 가액을 합병일 직전 증권거래소 최종거래가액(1주당 15,600원)을 적용하여 양도가액 90,480,000,000원(= 5,800,000주 × 15,600원)을 산정한 후 증권거래세 741,800,280원(가산세 포함)을 부과·고지(법인세 징수처분 및 증권거래세 부과처분을 통틀어 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
 라. 원고는 이에 불복하여 2011. 2. 11. 심판청구를 제기하였으나, 2012. 5. 31. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장
 (1) 주식의 양도 해당성
 다음과 같은 이유로 합병으로 인한 이 사건 주식의 이전은 주식의 양도에 해당하지 아니하므로, 이 사건 처분은 위법하다. 
 (가) 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법 제44조가 시행되기 이전에는 합병으로 인한 자산의 이전을 ‘자산의 양도’로 보지 않고, 자산·부채의 포괄적 승계로 보는 것이 세무관행이었다. 또 법인세법상 양도의 개념은 법인세법 제93조 제7호, 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조에 의하여 해석되어야 한다. 그런데 이 사건 주식취득은 ‘인격합일’이라는 합병의 포괄적 승계효과(무상양도)에 따른 것이므로, 매매, 교환 등을 원인으로 한 소유권이전인 ‘주식의 양도’에 해당하지 않는다. 그리고 ‘피합병법인’과 ‘피합병법인의 주주’는 별개의 과세주체이고, 소멸하는 피합병법인은 합병대가의 수령주체가 될 수도 없다. 피합병법인의 주주들이 받는 합병대가는 피합병법인의 주식을 소각하고 합병법인의 주주로 변경되는 절차에 불과하므로, 합병대가가 지급된다고 하여, 피합병법인 보유주식 이전을 양도로 볼 수 없다. 마찬가지로 합병에 의한 주식의 이전은 반대급부가 없으므로, 증권거래세 부과대상인 ‘주권의 양도’로 볼 수 없다. 
 (나) 외국법인은 법인세법 제93조에 열거된 국내원천소득에 관해서만 과세되는데, 외국법인간 합병으로 인한 소득을 유가증권의 양도로 보아 과세할 수 있는 명문 규정이 없다. 내국법인의 경우 피합병법인이 보유한 미실현이익은 양도소득으로 과세하는 것이 아니라 청산소득으로 과세하는바, 주식의 양도로 과세할 경우 청산소득과 사업소득이 양립하게 될 뿐만 아니라, 국내법인간 합병의 경우 피합병법인 보유주식에 관하여 별도로 과세하지 않으면서 외국법인 보유주식에 대하여 과세하는 것이 되므로, ‘대한민국과 독일연방공화국간의 소득과 자본에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정’ 제24조의 ‘무차별 원칙’에 반한다. 
 (다) 합병법인인 원고는 피합병법인의 지분 100%를 보유하여 피합병법인 주주에 대한 합병신주 교부 등 어떤 형태의 합병대가를 지급하지 아니하였으므로, 대가성 없는 무상거래로서 양도차익(피합병법인의 국내원천소득)을 산정할 수 없다. 또 원천징수 소득의 경우 소득금액을 지급하는 자의 법인세 납세의무는 ‘그 지급을 할 때’ 성립하므로, 피합병법인에 대한 합병대가 지급이 전혀 없는 이상 양도소득을 전제로 법인세 등을 부과할 수 없다.
 (2) 이 사건 주식의 가액산정 
 다음과 같은 이유로 법인세 및 증권거래세 과세표준 산정에 위법이 있다.
 (가) 법인세 과세표준 산정
 국제조세법에 의한 정상가격을 토대로 과세표준 및 세액을 결정함에 있어서는 최선의 노력으로 확보한 자료에 의하여 합리적으로 산정되었다는 점, 쟁점거래와 비교대상거래의 가격에 중대한 영향을 미치는 요소의 차이를 합리적으로 조정하였다는 점을 입증하여야 하는데, 피고는 증권거래소의 최종시세가액이 정상가격에 해당한다고 주장할 뿐 구체적인 정상가격의 산정방법을 제시하지 못하고 있다. 
 또한, 증권거래소의 최종시세가액이 국제조세법 제5조 제1항 제1호에서 정한 ‘비교가능 제3자 가격방법’에 의한 것이라 하더라도 비교대상거래와 이 사건 주식의 이전은 거래 원인, 법률적 성격을 달리 하므로, 비교가능성이 떨어져 정상가격으로 삼을 수 없다.
 따라서 국제조세법상 ‘정상가격을 산출할 수 없는 경우’에 해당하므로, 법인세법 시행령 제131조 제3항, 소득세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제165조 제3항을 적용하여 양도일 이전 1개월의 평균가액인 1주당 14,990원으로 평가하여야 한다.
 (나) 증권거래세 과세표준 산정
 증권거래세법 시행령 제4조 제2항 제1호에서 정한 ‘상장법인의 주권 등을 유가증권시장 밖에서 양도하는 경우’는 당사자간의 매매거래 방식에 의한 양도를 의미하고, 이 사건 주식은 합병으로 인한 포괄승계에 해당하므로, 이를 적용할 수 없다. 따라서 이 사건 주식 이전은 같은 항 제4호에서 정한 ‘제1호 내지 제3호 외의 방식으로 주권 등을 양도하는 경우’에 해당하므로, 소득세법 시행령 제165조 제3항에 의하여 양도일 이전 1개월 평균가액인 1주당 14,990원으로 평가하여야 한다.
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 주식의 양도 해당성에 관하여
 (가) 먼저 외국법인 간의 합병에 따라 소멸하는 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인의 발행주식을 합병법인에게 이전하는 것이 법인세법 제93조 제10호 가목에서 말하는 ‘주식의 양도’에 해당하는지 여부는 법인세법의 해석상 합병에 따른 주식의 이전을 계기로 당해 주식에 내재된 가치증가분이 양도차익으로 실현되었다고 보아 이를 과세대상 소득으로 삼을 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다. 그런데 법인세법 제80조 제1항은 "내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득의 금액은 ‘피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액’으로 한다."고 규정하고, 같은 조 제4항의 위임에 따라 ‘합병대가의 총합계액’의 계산에 관하여 정하고 있는 법인세법 시행령 제122조 제1항은 ‘법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액’(제1호)과 ‘법 제80조 제2항의 규정에 의하여 가산하는 금액’(제2호) 등을 합한 금액을 ‘합병대가의 총합계액’으로 규정하고 있다. 한편 법인세법 제16조 제1항 제5호, 제2항, 동 시행령 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병대가로 취득하는 재산이 주식인 경우에는 취득 당시의 시가에 의하되, 다만 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 액면가액에 의하도록 규정하고 있는데, 법인세법 제44조 제1항은 제1호에서 ‘합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인 간의 합병일 것’을, 제2호에서 ‘피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 그 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95이상일 것’을 각 규정하고 있다. 
 이처럼 내국법인의 경우 법인세법 제80조 제1항, 제4항, 동 시행령 제122조 제1항, 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 피합병법인이 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 사실상 양도차익이 산출되지 않도록 하여 합병법인이 당해 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있는 점, 이에 비하여 외국법인의 경우에는 법인세법 제93조 제10호 가목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐, 외국법인간 합병에 따른 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니한 점, 외국법인간 합병에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인간 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유가 없는 점 등을 종합하면, 합병으로 인한 주식의 이전은 법인세법 제93조 제10호 가목에서 말하는 ‘주식의 양도’에 해당한다고 보아야 한다. 
 그리고 증권거래세법 제1조 본문, 제2조 제3항의 문언 내용 및 취지, 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법 제117조 제1항 제14호가 ‘법인세법 제44조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 합병을 위하여 주식을 양도하는 경우’를 증권거래세의 면제 대상으로 새로이 규정한 점 등에 비추어 볼 때, 합병으로 인한 주식의 이전이 위 규정에서 말하는 ‘주권의 양도’에 해당하지 아니한다고 볼 이유도 없다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2010두7208 판결 참조). 
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 앞서 본 법리에 다음과 같은 사정을 보태어 보면, 외국법인간 합병에 따라 소멸하는 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인 발행주식을 합병법인에게 이전하는 것은 법인세법 제93조 제10호 가목 및 증권거래세법 제2조 제3항에서 말하는 ‘주식의 양도’에 해당한다.
 ① 흡수합병이란, 2개 이상의 회사가 상법규정에 의하여 청산절차를 거치지 않고 합쳐져 한 회사가 다른 회사를 흡수하는 조직변경을 말하고, 합병계약의 당사자는 ‘회사’이지 사원이 아니다. 또 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 제523조는 합병계약의 요식주의를 채택하면서 합병조건인 ‘소멸회사의 주주가 받을 주식의 내용 및 배정비율’을 합병계약에 포함하도록 규정하고 있고, 제522조 제1항은 합병을 위해서는 합병계약 후 주주총회의 특별결의로 승인을 받도록 하고 있다. 따라서 흡수합병은 합병법인과 피합병법인을 당사자로 하여 피합병법인이 자산부채 모두를 합병법인에 이전하고 그 대가로 합병법인의 주식 등을 받기로 하는 유상 계약이 있은 후 합병법인의 주식 또는 합병교부금을 피합병법인 주주에게 내어주는 두 단계를 거친다고 봄이 타당하다. 그러므로 피합병법인을 배제한 채 합병대가가 합병법인과 피합병법인 주주 사이에 피합병법인의 주식을 소각하고 합병법인의 주주로 변경되는 거래로만 볼 수 없다.
 ② 법인세법은 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 청산소득금액에 대한 법인세를 부과하고 있고, 합병법인에 대하여는 합병차익에 대한 법인세를 과세하고 있다. 이는 그동안 피합병법인에게 축적된 미실현 이익에 대한 과세의 성격을 갖는다. 또한 피합병법인 주주에게 이익이 발생한 경우에는 이를 배당으로 간주하여 과세하고 있는바, 이는 보유주식 처분의 이익실현이 있는 것이 아니고, 합병시 발생하는 효과가 일반적으로 피합병회사의 이익잉여금을 자본으로 전입하는 주식배당과 비슷하므로 의제배당으로 과세하는 것이다. 그러므로 합병에 의한 주식의 이전을 주식의 양도로 보아 과세하더라도, 자산이전에 따른 미실현 이익에 과세한다는 점에서 차이가 없다. 그리고 소득금액 계산방식에 관하여, 양도가액에서 취득가액을 공제한 차액으로 계산하느냐, 법인이 보유한 모든 자산의 양도가액에서 자산의 취득가액을 공제한 차액으로 계산하느냐에 차이가 있을 뿐 양도소득과 청산소득간에 근본적인 차이가 없다. 
 또한 외국법인의 국내원천소득금액을 산출함에 있어서도 그 준거할 법령 등에 관하여 조약이나 국내법에 별도의 규정이 없는 한 국내의 법령과 회계기준에 따라야 하고(대법원 2000. 2. 22. 선고 97누3903 판결 참조), 법인세법 제93조 제10호 가목이 외국법인이 ‘내국법인 발행주식의 양도’로 인하여 얻은 소득을 국내원천소득으로 규정하고 있다. 따라서 국내법인간 합병에 청산소득 등에 관한 과세를 인정한 이상, 외국법인간 합병에 따른 국내 자산의 이전을 자산의 양도로 보아 외국법인에 대하여 과세하였다고 하여, ‘무차별 원칙’에 반한다고 볼 수 없다. 
 ③ 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 법인세법 제44조는 "피합병법인이 합병으로 해산한 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다."고 규정하였고, 신구조문은 아래와 같다.
 2009. 12. 31. 개정 전2009. 12. 31. 개정 후 제44조 (합병평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. 1. 합병등기일 현재 1년이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액 2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액중 주식등의 가액이 100분의 95이상일 것2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산장부가액"이라 한다) 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것? 제80조 (합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 "합병에 의한 청산소득"이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.제80조 삭제 
 개정전 법인세법 제80조 제1항은 ‘피합병법인’에 대하여 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 자기자본 총액을 공제한 금액을 ‘청산소득’으로 과세하고, ‘합병법인’에 대하여 제44조 제1항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에는 합병평가차익 산정시 합병기일이 속하는 사업연도 소득금액 계산에서 손금에 산입할 수 있도록 규정하였다. 반면, 개정된 법인세법은 청산소득금액 규정(제80조)을 삭제하면서, "피합병법인이 합병으로 해산한 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도손익은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 ‘사업연도의 소득금액’을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다."고 규정하였다. 따라서 법인세법 개정으로 과거 ‘청산소득’을 ‘양도소득(사업연도 소득의 일부)’ 과세로 전환하였다. (상법상 합병의 성격과 별개로) 개정전 법인세법은 청산소득 및 합병평가차익을 과세함으로서 현물출자설의 입장에 있다고 보면서도, 합병법인으로 하여금 피합병법인의 장부가액을 이어받는 것을 허용하여 ‘인격합일설’의 성격도 있다고 평가된 반면, 개정법은 자산을 양도하는 것으로 규정하여 ‘현물출자설’의 입장이라고 평가되고 있다. 이와 같이 개정전 법인세법이 합병에 관하여 인격합일설의 입장이라고 평가하게 된 근거는 ‘합병법인’이 피합병법인의 장부가액을 이어받는다는 점에 있는 것이고, ‘피합병법인’에 대한 과세에 있어서 합병대가에서 자본(자기자본 총액 내지 순자산장부가액)을 공제한 금액을 과세대상으로 한다는 점에서 차이가 없다. 그러므로 개정된 법인세법에 의하여 합병을 피합병법인의 자산양도로 본 것이 아니고, 청산소득을 자산의 양도로 보아 사업소득과 별개로 과세하던 것을 사업연도 소득 과세방식으로 변경한 것에 불과하므로, 이 사건 주식의 이전이 개정된 법인세법 시행 이전이라 하여 달리 볼 수 없다. 
 또 소득세법 제88조 제1항 본문은 양도소득에 있어 ‘양도’의 개념을 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 규정하면서, 자산의 유상이전의 예시로 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 들고 있는 것으로 해석된다. 또 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자를 원인으로 하여 자산이 이전된 경우에 한하여 이를 양도소득에 있어 ‘양도’로 본다는 취지는 아니므로, 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 이외의 사유로 인한 것이라 할지라도 자산이 유상으로 사실상 이전된 때에는 양도소득세의 과세원인인 양도가 이루어진 것으로 보아야 한다(대법원 2010. 12. 9. 선고 2010두15452 판결 참조). 따라서 과세체계가 다름에도 불구하고 법인세법상 양도의 개념을 소득세법의 그것과 같이 본다고 하더라도, 이 사건 주식이 유상계약인 합병계약에 의하여 사실상 이전된 이상 자산의 양도로 볼 수 있다. 
 (2) 합병대가 없는 합병에 관하여 
 피합병법인의 지분 100%를 보유한 원고는 피합병법인에게 합병대가를 지급하지 아니하였다. 
 그러나 ① 합병법인인 원고가 피합병법인의 주식 100%를 보유하고 있고, 피합병법인의 자산을 취득함으로써 원고의 주식가치가 상승하므로, 이에 따른 사실상 대가를 취득한 것과 같은 점, ② 피합병법인의 주식 100% 보유한 경우를 과세에서 제외하면 우선 피합병법인 주식을 취득 후 합병하는 등 탈법이 발생하고, 100% 보유하지 아니한 합병과 과세형평에 반하는 점, ③ 합병으로 인한 자산의 이전을 양도로 보는 것은 미실현 이익에 대한 과세에 목적이 있으므로, 현실적인 합병대가의 수수를 전제로 한다고 볼 수 없는 점, ④ 합병대가의 지급과 피합병법인의 자산이전은 대가관계가 있으므로, 원천징수 법인세의 성립시기인 ‘소득금액을 지급하는 때’란 주식을 이전받은 때로 볼 수 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 주식의 이전이 무상거래나 현실적인 소득금액의 지급이 없다고 볼 수 없으므로, 법인세의 납세의무가 성립된다. 
 (3) 이 사건 주식의 가액산정에 관하여
 (가) 법인세에 관하여 
 법인세법 제92조 제2항 제3호, 동 시행령 제131조 제1항은 ‘국내사업장이 없는 외국법인의 국내원천소득’은 국내사업장이 없는 외국법인과 대통령령으로 정하는 특수관계가 있는 외국법인(비거주자를 포함한다) 간의 거래이면서 거래가격이 정상가격보다 낮은 경우, ‘국제조세법 제5조, 동 시행령 제4조가 정한 방법을 준용하여 계산한 가액’으로 하는 것을 원칙으로 하되, 이를 산출할 수 없는 경우에 한하여 소득세법 제99조 제1항 제3호 내지 제6호를 준용하여 평가한 가액을 양도가액으로 하도록 규정하고 있다.
 돌이켜 이 사건을 보건대, 국제조세법에서의 ‘정상가격’은 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외 특수관계자가 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용하거나 적용할 것으로 판단되는 가격이고, 유사한 상황에서 유사한 거래를 행하는 비교가능거래로부터 도출된 결과를 기준으로 정상가격을 추정하게 된다. 그런데 이 사건 주식의 이전은 앞에서 본 바와 같이 주식의 양도에 해당하는 점, 피고는 국제조세법 제5조 제1항 제1호가 아닌 제4호에 따라 동 시행령 제4조 제3호를 적용하였으므로, 비교가능 제3자 가격방법에 의하여 산정하지 아니한 점, 이 사건 주식은 상장주식이고, 국내에서 거주자들이 이 사건 주식에 관한 통상적인 거래는 증권거래소에서 이루어지는 점, 합병에 의한 자산양도가 이루어질 경우 통상 증권거래소 가격을 기준으로 양도대금을 결정하는 점 등을 고려할 때, 증권거래소에서 거래된 가격은 국제조세법 시행령 제4조 제3호 ‘기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법’으로 볼 수 있다. 또한, 소득세법 제99조 제1항 제3호 내지 제6호는 국제조세법에 의한 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한하여 적용되고, 이 사건 주식의 이전은 흡수합병일인 2005. 11. 22. 양도된 것으로 인정할 수 있으므로, 정상가격은 2005. 11. 22. 최종시세가격인 1주당 15,450원이다.
 (나) 증권거래세에 관하여
 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 나목에 의하여 제정된 증권거래세법 시행령 제4조 제2항에 의하면, "1. 증권거래법에 의한 상장법인의 주권 등을 유가증권시장 밖에서 양도하는 경우, 2. 증권거래법에 의한 협회등록법인의 주권 등을 협회중개시장 밖에서 양도하는 경우, 3. 증권업협회가 증권거래법 시행령 제84조의27 제5항의 규정에 의한 기준에 따라 거래되는 종목으로 지정한 주권 등을 동항에 의한 기준 외의 방법으로 양도하는 경우, 4. 제1호 내지 제3호 외의 방식으로 주권 등을 양도하는 경우"로 각 구분하여 규정하고 있다.
 위와 같이 상장법인의 주권, 협회등록법인의 주권, 증권업협회 지정 주권을 각 구분하고, 이를 시장 밖 또는 기준 외 방법으로 양도하는 경우를 규정하고 있으므로, ‘제1호 내지 제3호 외의 방식으로 주권 등을 양도하는 경우’는 이러한 주권을 제외한 주권(예컨대, 비상장주식 등)을 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 주식은 상장법인의 주식이므로, 제1호에 따라 ‘증거거래법에 의한 증권거래소가 공표하는 양도일의 매매거래 기준가액’에 의하여 양도가액을 평가하여야 한다.
 또한, 매매거래 기준가액은 ‘유가증권시장 업무규정 시행세칙’(2009. 2. 3. 제458호로 개정되기 전의 것) 제30조 제1항 제1호에 의하면 ‘전일종가’를 의미하고, 흡수합병일의 전일은 2005. 11. 21.이다. 따라서 전일종가는 15,600원이므로, 1주당 15,600원으로 평가하여야 한다. 
 3. 결론 
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 문준필(재판장) 김형원 손화정