전문연구요원복무만료처분등취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2020.01.10 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 제하 담당변호사 이인환)
【피 고】 서울지방병무청장 외 1인
【변론종결】2019. 10. 18.
【주 문】
 1. 원고의 피고 인천병무지청장에 대한 소를 각하한다.
 2. 원고의 피고 서울지방병무청장에 대한 청구를 기각한다.
 3. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고 서울지방병무청장이 2018. 11. 1. 원고에게 한 전문연구요원 편입 처분 및 복무만료 처분의 취소 처분을 취소하고, 피고 인천병무지청장이 2018. 11. 6. 원고에게 한 현역병 입영 처분, 2019. 6. 18. 원고에게 한 사회복무요원 소집 처분을 각 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고(생년월일 생략)는 2013. 2. 28. 병역법상의 전문연구요원으로 편입되어 병역법상 지정업체인 ○○○○○○○○연구원에서 복무를 시작하였다(위 전문연구요원 편입 처분을 이하 ‘이 사건 편입 처분’이라 한다).
 나. 원고는 2014. 12. 15. 병역법상 지정업체이자 주식회사 ◎◎◎◎(이하 ‘◎◎◎◎’이라 한다) 산하 연구기관인 △△△△△△△△△△△△연구소(이하 ‘이 사건 연구소’라 한다)로의 전직을 신청하였다(위 전직 신청을 이하 ‘이 사건 전직 신청’이라 한다). 
 다. 원고는 관할 병무청으로부터 전직 승인을 받아 2014. 12. 22.부터 이 사건 연구소로 전직하여 복무하였고(위 전직을 이하 ‘이 사건 전직’이라 한다), 2016. 2. 27. 3년의 의무복무기간을 마치고 복무만료 처분을 받았다(위 복무만료 처분을 이하 ‘이 사건 복무만료 처분’이라 한다).
 라. 피고 서울지방병무청장은 2018. 11. 1. ‘◎◎◎◎의 실질적 대표자는 원고의 부 소외 1이므로, 원고의 이 사건 전직은 구 병역법(2016. 5. 29. 법률 제14183호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조의2에 위반된다. 따라서 같은 법 제41조 제1항 제1호 등에 따라 이 사건 편입 처분 및 이 사건 복무만료 처분을 취소하며, 원고는 현역 대상으로 전환되었다.’라는 취지의 통지를 하였다(위와 같은 이 사건 편입 처분 및 이 사건 복무만료 처분의 취소 처분을 이하 ‘이 사건 취소 처분’이라 한다).
 마. 이 사건 취소 처분에 따라 피고 인천병무지청장은 2018. 11. 6. 병역법 제41조 제3항 등에 근거하여 원고에게 2018. 12. 3. 14:00까지 육군훈련소 입영심사대에 현역병으로 입영할 것을 통지하였다(위 현역병 입영 처분을 이하 ‘이 사건 현역병 입영 처분’이라 한다). 이에 원고는 이 법원 2018아13572호로 이 사건 현역병 입영 처분의 집행정지 신청을 하였고, 위 법원은 2018. 11. 29. 이 사건 현역병 입영 처분의 효력을 2019. 5. 28.까지 정지하는 취지의 집행정지 결정을 하였다(위 집행정지 결정을 이하 ‘이 사건 1차 집행정지 결정’이라 한다).
 바. 피고 인천병무지청장은 2019. 1. 9. 병역법 제71조 제2항 등에 따라 원고를 현역병 입영 대상에서 사회복무요원 소집 대상으로 변경하였고, 2019. 6. 18. 원고에게 2019. 7. 19.부터 □□□□공사에서 사회복무요원으로 복무하라는 취지의 사회복무요원 소집 통지를 하였다(위 사회복무요원 소집 처분을 이하 ‘이 사건 사회복무요원 소집 처분’이라 한다). 이에 원고는 이 법원 2019아11784호로 이 사건 사회복무요원 소집 처분의 집행정지 신청을 하였고, 위 법원은 2019. 7. 17. 이 사건 사회복무요원 소집 처분의 효력을 당해 본안 사건 판결선고일로부터 20일이 되는 날까지 정지하는 취지의 집행정지 결정을 하였다(위 집행정지 결정을 이하 ‘이 사건 2차 집행정지 결정’이라 한다).
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 22호증, 을나 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 피고 인천병무지청장에 대한 소의 적법 여부
 가. 직권으로 살펴본다. 피고 인천병무지청장의 이 사건 현역병 입영 처분은 이 사건 1차 집행정지 결정에 따라 그 처분의 효력이 정지되어 있다가 위 처분에서 정한 입영일자(2018. 12. 3.)가 이 사건 변론종결일 현재 도과되었다. 피고 인천병무지청장의 이 사건 사회복무요원 소집 처분 역시 이 사건 2차 집행정지 결정에 따라 그 처분의 효력이 정지되어 있다가 위 처분에서 정한 소집일자(2019. 7. 19.)가 이 사건 변론종결일 현재 도과되었다. 이처럼 이 사건 현역병 입영 처분 및 이 사건 사회복무요원 소집 처분은 위 각 처분에서 정한 입영일자 내지 소집일자가 도과된 이상 그 효력을 각 상실하였다고 봄이 상당하다(병역법 제61조 제2항에서는 ‘신청에 의해 병역의무이행일이 연기된 사람에 대하여는 다시 날짜를 정하여 입영 통지서 내지 소집 통지서를 송달하여야 한다.’라고 규정하고 있고, 원고의 경우에도 이를 유추적용하여 새로운 처분을 하여야 할 뿐이다).
 나. 더욱이 원고는 2019. 1. 9. 병역법 제71조 제2항 등에 따라 현역병 입영 대상에서 사회복무요원 소집 대상으로 변경되었으므로, 더 이상 위법한 현역병 입영 처분이 반복될 위험성이 있다고 볼 수도 없다. 이 사건 사회복무요원 소집 처분 역시 이 사건 취소 처분이 적법함을 전제로 하여 이루어진 것이므로, 당해 소송에서 이 사건 취소 처분의 적법성에 관한 판단이 이루어지는 이상, 더 이상 위법한 사회복무요원 소집 통지가 반복될 위험성도 없다.
 다. 따라서 원고에게 피고 인천병무지청장의 이 사건 현역병 입영 처분과 이 사건 사회복무요원 소집 처분의 각 취소를 구할 법률상 이익이 없으므로, 피고 인천병무지청장에 대한 소는 부적법하다(한편 이 사건 현역병 입영 처분과 이 사건 사회복무요원 소집 처분은 원고의 각 신청에 따른 이 사건 1, 2차 집행정지 결정에 의해 그 효력이 각 상실된 것이고, 이 사건 현역병 입영 처분 내지 이 사건 사회복무요원 소집 처분의 효력이 유지되었다면 아래에서 보는 바와 같이 위 각 처분의 전제가 된 이 사건 취소 처분이 적법하여 위 각 처분의 취소를 구하는 원고의 청구 역시 기각되었을 것이므로, 행정소송법 제32조를 적용하지 아니하고 그 소송비용을 원고가 부담하기로 한다).
 3. 이 사건 취소 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 아래와 같은 사정들을 종합하면, 구 병역법 제41조 제1항 제1호, 제38조의2에 근거한 이 사건 취소 처분은 위법하다.
 1) 피고 서울지방병무청장은 소외 2가 ◎◎◎◎의 법인등기부상 대표이사이지만 실질적 대표이사는 원고의 부 소외 1이라는 이유로 이 사건 취소 처분을 하였다. 그러나 구 병역법 제38조의2에서의 ‘대표이사’는 법인등기부상 대표이사만을 의미하는 것이고, 실질적 대표이사 역시 위 규정의 ‘대표이사’에 해당한다고 해석하는 것은 문언의 범위를 벗어나는 해석이다.
 2) 원고 내지 원고의 부는 수사 과정에서 조사를 조기에 마치고 선처를 받기 위하여 사소한 것은 수사관이 원하는 대로 답하라는 변호인의 조언 등에 따라 원고의 부가 ◎◎◎◎의 대표이사라는 취지의 허위 진술을 한 것에 불과하다. 실제로 원고가 ◎◎◎◎의 전문연구요원으로 근무한 기간 동안 소외 2는 주주이자 실질적 대표자였고, 원고의 부는 건강상 등의 이유로 업무에 관여하지도 않았다. 따라서 이 사건 전직이 구 병역법 제38조의2에 저촉되지 않는다.
 3) 더욱이 원고가 이 사건 전직 신청을 하면서 그 신청서에 허위의 사실을 기재한 바도 없으므로, 구 병역법 제41조 제1항 제1호의 부정한 방법으로 전직한 경우에 해당하지도 않는다.
 4) 검찰에서도 이 사건 전직과 관련하여 병역법 위반죄로 원고의 부를 수사하였으나, 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 하기도 하였다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 인정 사실
 1) ◎◎◎◎의 법인등기부상 내용과 주식 보유 상황 등
 가) ◎◎◎◎은 2005. 1. 20. 설립되어 소프트웨어 개발, 판매 및 유지보수사업, 모바일취약점 연구, 대응솔루션 개발 및 판매사업 등을 영위하는 회사이다.
 나) 법인등기부상 소외 2는 2012. 8. 8. ◎◎◎◎의 대표이사로 취임하여 현재까지 대표이사직을 유지하고 있는 것으로 기재되어 있다. 
 다) 법인등기부상 ◎◎◎◎의 발행주식은 1만 주였다가 2012. 8. 9.부터 2만 주로 변경되었고, 1주의 금액은 5천 원이다.
 라) 소외 2는 2010. 2. 22. 소외 3과 ◎◎◎◎의 주식 3천 주를 1주당 5천 원에 매수하는 주식 양수도 계약을, 2011. 2. 28. 소외 4와 ◎◎◎◎의 주식 1천 주를 1주당 5천 원에 매수하는 주식 양수도 계약을 각 체결하였다. 
 마) 소외 2는 2012. 8. 7. 위 다)항의 유상증자의 일환으로 2,500만 원을 입금한 바 있다.
 2) 원고 등에 대한 통신비밀보호법 위반죄 등 관련 수사
 가) 경찰청 특수수사단은 ◎◎◎◎이 경찰청에 보안프로그램을 납품하는 등의 과정에서 통신비밀보호법 위반죄 등의 범행을 하였다는 혐의로 ◎◎◎◎ 임직원 등을 대상으로 수사에 착수하였고, ◎◎◎◎의 운영에 관여한 바 있는 원고의 부 소외 1과 ◎◎◎◎에서 근무한 바 있는 원고 역시 피의자로서 수사를 받게 되었다(위 수사를 이하 ‘이 사건 관련 수사’라 한다).
 나) 원고의 부 소외 1은 2018. 6. 4. 이 사건 관련 수사의 피의자신문에서 담당 경찰관에게 아래와 같이 진술하였다.
 문: 원고의 전직 당시 ◎◎◎◎의 대표 명의는 소외 2로 되어 있으나, 피의자(소외 1을 의미한다)가 기진술한 바와 같이, ◎◎◎◎의 대표 소외 2는 피의자의 부탁에 의해 명의만 ◎◎◎◎의 대표로 등재되어 있을 뿐, 사실상 ◎◎◎◎의 대표는 피의자였던 것이 맞지요? 답: 네, 맞습니다. 그런데 제 아이가 맨 처음부터 ◎◎◎◎에서 병특 관련 근무를 한 것이 아닙니다. ◇◇에 있는 연구소에서 21개월 근무하고 있던 중, 저희 ◎◎◎◎에서 그 당시 진행하던 삼성전자 주식회사를 상대로 한 사업들이 진행되지 않아 이를 배상해야 할 상황에 처하게 되어 어쩔 수 없이 제가 제 아들에게 요청을 해서 강제적으로 끌고 와서 2014. 12. 22.부터 ◎◎◎◎으로 전직하게 되었던 것입니다. 문: 구 병역법 제38조의2, 제41조 제1항 제1호에 따라 전문연구요원 편입 취소 사유에 해당하는 행위를 한 것인데, 맞는가요? 답: 네, 맞습니다. 문: 피의자는 이 당시 이러한 규정을 알고도 피의자의 아들 원고를 전직시켰던 것인가요? 답: 회사 자체가 위기상황이었기 때문에...어쩔 수 없이 선택하였던 것입니다. 문: 2014. 12. 23.자로 ◎◎◎◎에서 생산된 이 사건 전직 신고 서류를 보면, 피의자의 아들(원고)이 ◎◎◎◎의 대표 소외 2와 4촌 이내 혈족관계에 없다는 내용의 확인서를 제출한 사실이 확인되나, 사실상 ◎◎◎◎은 당시 피의자가 운영하고 있어 피의자의 아들은 ◎◎◎◎의 실질적 대표인 피의자와 부자지간이었던 것이지요? 답: 네, 맞습니다. 문: 이 건 ◎◎◎◎의 생산 문서는 피의자의 지시로 당시 인사행정팀에서 근무하던 소외 5가 작성한 것이라 진술을 했었는데, 맞는가요? 답: 네, 맞습니다.
 다) 원고는 2018. 6. 11. 이 사건 관련 수사의 피의자신문에서 담당 경찰관에게 아래와 같이 진술하였다.
 문: 원고의 전직 당시 ◎◎◎◎의 대표 명의는 소외 2로 되어 있으나, ◎◎◎◎의 대표 소외 2는 원고의 부 소외 1의 부탁에 의해 명의만 ◎◎◎◎의 대표로 등재되어 있을 뿐, 사실상 ◎◎◎◎의 대표는 원고의 부 소외 1이었던 것이 맞지요? 답: 네, 맞습니다. 문: 그 당시 원고도 ◎◎◎◎의 실질적인 대표는 원고의 부 소외 1이었다는 사실을 알고 있던 것인가요? 답: 네, 맞습니다. 문: 구 병역법 제38조의2, 제41조 제1항 제1호에 따라 전문연구요원 편입 취소 사유에 해당하는 행위를 한 것인데, 맞는가요? 답: 네, 맞습니다. 문: 원고는 당시 이러한 규정을 알고도 원고의 부 소외 1이 운영하는 ◎◎◎◎으로 전직한 이유가 무엇인가요? 답: 당시 ◎◎◎◎의 사업이 수행되지 못하여 어려움을 많이 겪고 있었던 상황이었고, 제가 야간에 업무를 봐주는 정도만으로는 사업 수행이 도저히 되지 않아, 아버지의 요청으로 전직을 하게 되었던 것입니다. 문: 2014. 12. 23.자로 ◎◎◎◎에서 생산된 이 사건 전직 신고 서류를 보면, 원고가 ◎◎◎◎의 대표 소외 2와 4촌 이내 혈족관계에 없다는 내용의 확인서를 제출한 사실이 확인되나, 사실상 ◎◎◎◎은 당시 원고의 부 소외 1이 운영하고 있어 원고는 ◎◎◎◎의 실질적 대표인 소외 1과 부자지간이었던 것이지요? 답: 네, 맞습니다. 문: 그렇다면 원고는 원고의 부의 전직 요청을 거절하여야 하는 것 아닌가요? 답: 네, 맞습니다. 그런데 회사가 어려워진 모습을 보기 어려웠고, 아버지의 전직 요청이 워낙 간곡하였기 때문에 전직을 결심하게 되었던 것입니다. 문: 구 병역법 제92조 제1항 등에 따라 고용주인 원고의 부가 처벌될 수 있다는 사실을 몰랐던 것인가요? 답: 네. 그때 당시에는 회사의 경영상 어려웠던 문제가 우선 해결이 되어야 했었기 때문에 어쩔 수 없는 선택이었습니다.
 라) 원고는 2018. 11. 5. 이 사건 관련 수사의 피의자신문에서 담당 검사에게 아래와 같이 진술하였다.
○ 원고의 부 소외 1이 2001년경 ◎◎◎◎을 설립하여 운영하였고, 2008년경 소외 3 대표가 들어오면서 소외 1은 경찰청 등 국가기관 사업만을 담당하였고, 그 외 다른 사업은 소외 3 대표가 실질적으로 담당하였다. 그리고 소외 2가 2012년경 지분을 인수하여 대표로 들어왔고, 스마트폰 관련 무선 보안솔루션 쪽은 이 분이 전담하였다.○ 경찰에서 소외 3, 소외 2 대표에 대한 부분을 제대로 이야기하지 않은 이유는 회사에 상당한 금원을 투자하였는데 고생만 하고 제대로 수익을 가져가지 못하고 있는 상태에서 이 사건으로 피해가 갈 수 있다는 생각에, 소외 1이 혼자 운영한 것으로 진술하였다.○ ◎◎◎◎은 2010년경부터 모바일 통신 관련 백신 개발을 하였는데, 그 전까지는 기관 사업만 하였다. 기관 사업에 대해서는 소외 1이 전반적으로 회사를 운영, 관리하였다고 보면 된다. 회사 매입, 매출 등 중요한 결정을 하는 경우 모두 소외 1의 결정이 있어야만 이루어진다.○ 소외 1의 직책은 2010년경까지는 총괄이사였고, 2010년경 이후에는 이사 직책을 맡고 있다.○ (법인등기부상 소외 1이 아닌 소외 6, 소외 7, 소외 3, 소외 2 등이 대표이사로 되어 있는 이유에 관하여) 처음에는 소외 1이 대표로 있었는데, 초창기에 사업이 잘 되지 않아 2003년경 신용불량자가 되었다. 그 이후 원고 본인을 비롯하여 소외 6, 소외 7 등 지인 명의를 빌려 소외 1이 회사를 운영한 것이다. 소외 3, 소외 2 대표는 실제 지분을 인수하여 사업에 관여하였다. ◎◎◎◎이 ☆☆☆에 ▽▽▽라는 백신을 납품하고 있는데, 소외 2 대표가 관여한 사업 내역이다.○ 원고 본인은 2001년경부터 현재까지 ◎◎◎◎에서 근무하고 있다. 2013. 2.경부터 2014. 12.경까지 ○○○○○○○○연구원에서 근무한 기간만 제외하면 된다. 본인이 ◎◎◎◎의 모든 솔루션 개발과 관련된 프로그램 개발, 검토 등 기술 분야에 대해 전반적으로 책임지고 있다. ◎◎◎◎에서 2010년~2011년경 모바일 백신 관련 기술을 연구하는 이 사건 연구소를 신설하였고 그때부터 연구소장직을 맡고 있다. 2016. 2.경부터는 기술이사직도 겸하고 있다.
 마) 원고의 부 소외 1은 2018. 11. 12. 이 사건 관련 수사의 피의자신문에서 담당 검사에게 아래와 같이 진술하였다.
 ○ 본인이 2001년경 ◎◎◎◎을 설립하여 운영하였고, 소외 3 대표가 2008년경 들어오면서 본인은 경찰청 등 국가기관 사업만을 담당하였고, 그 외 다른 사업은 소외 3 대표가 실질적으로 담당하였다. 그리고 소외 2가 2012년경 지분을 인수하여 대표로 들어왔다. ○ 국가기관 사업과 관련해서는 본인이 총괄하였다. ◎◎◎◎이 2011년경까지 경찰청에 옵서버 시스템 납품, 유지보수 등을 하였는데, 본인이 전담해서 사업을 진행하였고, 본인 결정에 따라 사업이 이루어졌다. ○ 본인의 직책은 2010년경까지는 총괄이사였고, 그 이후에는 이사로 근무하고 있다. 2017년경부터는 고문으로 근무하고 있다. ○ 경찰에서는 소외 2 대표를 보호하기 위하여 소외 2 대표의 관여 여부에 대하여 제대로 진술하지 않았는데, 지금 진술하는 것이 사실이다.
 3) 소외 1에 대한 병역법 위반죄 수사 
 가) 경찰청 특수수사단은 위와 같이 원고와 원고의 부 소외 1의 구 병역법 제92조 제1항 위반 혐의가 확인되자, 2018. 9. 20. 대전충남지방병무청에 고발 여부 검토 요청을 하였다. 
 나) 대전충남지방병무청은 2018. 10.경 인천 미추홀경찰서에 ‘원고의 부이자 ◎◎◎◎의 실질적 대표자인 소외 1이 이 사건 연구소로 아들인 원고를 전직시켜 병역법 제92조 제1항 등을 위반하였다.’라는 범죄사실로 소외 1을 고발하였다. 
 다) 인천지방검찰청은 2019형제5988호로 소외 1의 위 병역법 위반죄 고발사건 수사(이하 ‘이 사건 병역법 위반죄 수사’라 한다)를 진행하였고, 2019. 5. 24. 아래와 같은 이유로 소외 1에 대하여 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 하였다.
 ○ 피의자(소외 1을 의미한다)가 ◎◎◎◎에서 근무하면서 중요 업무를 실질적으로 총괄한 사실, 법인등기부상 ◎◎◎◎의 대표이사는 피의자이었던 적이 없고 2012. 8. 8.경부터 현재까지 ◎◎◎◎의 대표이사는 소외 2인 사실은 인정된다. ○ 구 병역법 제92조 제1항의 범행 주체는 고용주이고, 구 병역법 제2조 제1항 제5호는 병역법 범행 주체인 ‘고용주’를 "병역의무자를 고용하는 근로기준법의 적용을 받는 공·사기업체나 공·사단체의 장을 말한다."라고 규정하고 있는바, 여기서 ‘사기업체의 장’이라 함은 일반적으로 그와 같은 사기업체를 대외적으로 대표할 수 있는 대표이사를 의미한다고 봄이 상당하므로, 사기업체의 대표이사가 아닌 실제 경영자를 구 병역법 제2조 제1항 제5호에서 규정한 ‘고용주’에 해당하는 것으로 해석하는 것은 형벌법규를 피고인에게 불리한 방향으로 지나치게 유추하거나 확장해석하는 것으로서 죄형법정주의의 원칙에 어긋나 허용될 수 없다(대법원 2009. 12. 10. 선고 2008도1191 판결 참조). ○ 피의자가 실제 ◎◎◎◎을 경영하였더라도 병역법상 범행 주체인 ‘고용주’에 해당한다고 볼 수 없고, 피의자의 아들 원고가 ◎◎◎◎의 대표이사 소외 2와 4촌 이내 혈족에 해당하지 아니하여 소외 2의 범행도 성립되지 않으므로 소외 2와의 공모 관계 등도 논의될 수 없으며, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. ○ 증거불충분하여 혐의 없다.
 4) 이 사건 전직 관련 작성 서류
 한편 이 사건 전직 과정에서 2014. 12. 3.자로 작성되어 피고 서울지방병무청장에 제출된 확인서(이하 ‘이 사건 확인서’라 한다)에 의하면, ◎◎◎◎의 대표이사는 소외 2인 것으로 기재되어 있고, ‘원고는 대표이사와 구 병역법 제38조의2 규정에 의한 4촌 이내의 혈족에 해당하는 사람이 아님을 확인한다.’라고 기재되어 있으며, 원고와 소외 2가 위 확인서에 서명 또는 날인을 하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 5, 15, 16, 18, 19, 23호증, 을가 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 1) 구 병역법 제38조의2의 ‘대표이사’의 범위
 가) 법령의 해석은 어디까지나 법적 안정성을 해치지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 방향으로 이루어져야 한다. 이를 위해서는 가능한 한 원칙적으로 법령에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하고 나아가 당해 법령의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석 방법을 추가적으로 동원함으로써 위와 같은 타당성 있는 법령 해석의 요청에 부응하여야 한다(대법원 2012. 7. 5. 선고 2011두19239 전원합의체 판결 등 참조).
 나) 구 병역법 제38조의2는 "지정업체(지정업체가 기업부설 연구기관인 경우에는 모기업을 말한다) 대표이사의 4촌 이내 혈족에 해당하는 사람은 그 지정업체에 제37조와 제38조에 따른 전문연구요원 또는 산업기능요원으로의 편입이나 제39조 제3항 단서에 따른 전직을 할 수 없다."라고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제41조 제1항 제1호에 의하면, 관할 지방병무청장이 ‘거짓으로 진술하거나 자료를 제출하는 등 부정한 방법으로 제38조의2를 위반하여 편입하거나 전직한 전문연구요원’에 대하여 전문연구요원 편입을 취소하도록 하고 있다. 
 다) 아래에서 보는 바와 같은 전문연구요원제도의 취지와 목적, 구 병역법 제38조의2의 제정 취지, 병역법 전체와의 조화 등을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 구 병역법 제38조의2에서의 ‘대표이사’는 ‘법인등기부상의 형식적 대표이사’만이 아니라 ‘실질적 대표이사(실질적 경영자)’까지 포함하는 것으로 해석함이 타당하다.
 (1) 전문연구요원제도란 병역자원의 일부를 군에서 필요한 현역병 충원에 지장이 없는 범위 내에서 국가과학기술과 학문의 발전을 위하여 병무청장이 선정한 지정업체에서 일정기간 복무할 경우 병역을 마친 것으로 보는 병역대체복무제도이다. 이 제도는 전문연구요원을 활용하는 기관에는 우수한 인적자원을 안정적으로 확보하여 활용하도록 함과 동시에 이공계의 우수한 기능인력과 연구인력 개개인에게는 자신의 역량을 현역복무의 공백 기간 없이 지속적으로 계발, 발휘할 기회를 부여하고 있다(헌법재판소 2013. 11. 28. 선고 2011헌마269 전원재판부 결정 참조). 따라서 이와 같은 병역법상 전문연구요원제도는 일종의 대체복무에 관한 특례 제도에 해당한다(대법원 2001. 2. 27. 선고 99두5917 판결 참조).
 (2) 병역의무는 국가수호를 위하여 전 국민에게 과하여진 헌법상의 의무일 뿐만 아니라 전문연구요원제도는 대체복무에 관한 특례적 성격이 강하므로, 전문연구요원이 그 복무를 태만히 하여 병역의무이행이 사실상 형해화되거나 전문연구요원 개인 내지 이들을 활용하는 기관 운영자의 사적 이익만을 위하여 그 복무가 이루어지는 것을 방지함으로써, 전문연구요원제도가 적절히 운영되도록 엄격히 관리할 공익적 필요성이 매우 크다.
 이와 같은 취지에서 구 병역법 제38조의2는 지정업체 대표이사의 4촌 이내 혈족에 해당하는 사람은 그 지정업체에서 전문연구요원으로 복무할 수 없도록 금지하고 있고, 구 병역법 제41조 제1항 제1호는 부정한 방법으로 구 병역법 제38조의2를 위반한 전문연구요원에 대하여 그 편입을 취소하도록 하고 있다.
 (3) 공기업체, 공공단체와 달리 사기업의 경우 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있지는 않지만 사기업을 실제 경영하는 자가 다수 있는 실정이므로, 이러한 경우에도 구 병역법 제38조의2, 제41조 제1항 제1호를 적용하여 전문연구요원제도가 적절히 운영되도록 규제할 필요가 있으며, 만약에 법인등기부상 대표이사가 아니라는 이유로 구 병역법 제38조의2, 제41조 제1항 제1호를 적용하지 못한다고 한다면 위 각 규정의 취지와 목적을 잠탈하여 유명무실해질 여지가 크다.
 (4) ‘제재적 행정처분 규정인 구 병역법 제38조의2, 제41조 제1항 제1호의 수범 주체 및 대상’과 ‘형사처벌 규정인 구 병역법 제92조 제1항의 수범 주체 및 대상’이 다소 다르고, 동일한 행위에 대하여 제재적 행정처분과 형사처벌이 모두 가능한 경우 그 해석 및 판단을 달리한다고 하여 제재적 처분에 관한 엄격해석 원칙, 책임주의 원칙이나 죄형법정주의에 어긋난다고 볼 수는 없으므로(대법원 2018. 7. 12. 선고 2017두51365 판결의 취지 참조), 형사판결인 대법원 2009. 12. 10. 선고 2008도1191 판결을 근거로 제재적 행정처분 규정인 구 병역법 제38조의2, 제41조 제1항 제1호에서의 ‘대표이사’를 ‘법인등기부상의 형식적 대표이사’로 한정하여 해석할 것은 아니다.
 2) 이 사건 전직 당시 원고의 부 소외 1이 ◎◎◎◎의 실질적 대표이사였는지 여부
 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 전직 당시 원고의 부 소외 1은 ◎◎◎◎의 실질적 대표이사(실질적 경영자)였다고 봄이 상당하고, 원고는 구 병역법 제41조 제1항 제1호를 위반한 자에 해당하므로, 이 사건 취소 처분은 적법하다.
 가) 원고와 원고의 부 소외 1은 이 사건 관련 수사 과정에서 담당 경찰관에게 이 사건 전직 당시 소외 2가 아닌 소외 1이 ◎◎◎◎의 실질적 대표이사라는 취지의 진술(이하 ‘이 사건 진술’이라 한다)을 동일하게 하였다. 
 특히 ① 원고와 소외 1은 이 사건 전직을 하게 된 경위까지 구체적으로 밝히고 있을 뿐만 아니라 그 내용 또한 일치하는 점, ② 원고와 소외 1은 구 병역법 제41조 제1항 제1호 등에 따른 전문연구요원 편입 취소 사유에 해당한다는 사실을 인지하면서도 이 사건 진술을 한 점, ③ 소외 1은 이 사건 진술 당시 ‘◎◎◎◎ 인사행정팀에서 근무하던 소외 5에게 지시하여 이 사건 전직 관련 서류를 작성하게 했다.’라는 진술도 하였고, 이와 같은 진술은 단순히 꾸며낸 진술이라고 보이지는 않는 점, ④ 원고와 소외 1은 이 사건 관련 수사의 담당 검사에게 이 사건 진술을 번복하고 소외 2가 실질적 대표이사라는 취지의 진술을 하였으나, 구 병역법 제41조 제1항 제1호 위반사실이 본격적으로 문제 되어 이 사건 취소 처분이 이루어지고 난 이후에 한 진술이라는 측면에서 그 신빙성이 떨어지는 점 등에 비추어 보면, 원고와 소외 1의 이 사건 진술은 그 신빙성이 상당하고, ‘이 사건 관련 수사 과정에서 조사를 조기에 마치고 선처를 받기 위하여 사소한 사항은 수사관이 원하는 대로 답한 것’이라거나 ‘소외 2를 보호하기 위하여 허위로 진술한 것’이라고 보기 어렵다.
 나) 또한 ① 소외 1은 ◎◎◎◎을 설립하여 운영하면서 지인인 소외 6 등의 명의를 빌려 법인등기부상 대표이사로 등재한 전력도 있는 점, ② 검찰도 이 사건 병역법 위반 수사 결과 소외 1이 ◎◎◎◎의 중요 업무를 실질적으로 총괄한 사실을 인정하기도 한 점, ③ 원고는 소외 1의 요청에 따라 이 사건 전직을 하였고 소외 1이 그 과정에서 인사행정팀 직원에게 서류 작성 등의 지시도 한 것으로 보이는데, 소외 1은 이 사건 전직 당시 전문연구요원 복무라는 ◎◎◎◎의 인사상 사항과 관련하여 지시·결정하는 지위에 있었던 것으로 판단되는 점 등 소외 2가 아닌 소외 1이 ◎◎◎◎의 실질적 대표이사라는 취지의 이 사건 진술을 뒷받침하는 정황들도 존재한다. 
 다) 한편 소외 2가 ◎◎◎◎의 주주인 것으로는 보이나, 단순히 형식적으로 주식을 보유하고 있을 여지도 배제할 수 없고, 당시 발행된 총주식 대비 소외 2 보유 주식수에 비추어 소외 2가 ◎◎◎◎ 대주주의 지위에 있었는지도 불분명하다. 또한 법인등기부상 대표이사인 소외 2가 대내외적 서류에 대표이사로서 서명하였다는 사실만으로 소외 2가 실질적 경영자라고 인정하기는 다소 어렵고, 소외 2가 ◎◎◎◎에서 명의만 대표이사로 등재해놓고 임직원으로 근무하면서 급여를 지급받았을 수도 있으므로 단순히 ◎◎◎◎으로부터 급여를 지급받았다고 하여 실질적 경영자라고 단정 지을 수 없다.
 그렇다면 원고가 주장하는 위와 같은 사정(소외 2가 ◎◎◎◎의 주주이고, ◎◎◎◎ 서류에 대표이사로서 서명하였으며, 급여도 지급받았다는 사정)은 소외 2가 ◎◎◎◎의 실질적 경영자임을 인정할 수 있는 구체적·직접적인 사정으로 보기는 어렵고, 그 밖에 원고가 주장하는 다른 사정들까지 두루 살펴보더라도 앞서 가), 나)항에서 본 사정들을 뒤집고 소외 2가 이 사건 전직 당시 ◎◎◎◎의 실질적 경영자라고 인정하기에 부족하다.
 라) 결국 원고의 부 소외 1이 이 사건 전직 당시 ◎◎◎◎의 실질적 대표이사(실질적 경영자)였고, 원고는 이와 같은 사실을 알면서도 이를 고지하지 아니한 채 ‘원고는 대표이사와 구 병역법 제38조의2 규정에 의한 4촌 이내의 혈족에 해당하는 사람이 아님을 확인한다.’라는 취지의 이 사건 확인서를 피고 서울지방병무청장에게 제출하여 이 사건 전직을 하였으므로, 결국 원고가 부정한 방법으로 구 병역법 제38조의2를 위반하여 이 사건 전직을 한 것으로 평가할 수 있다.
 4. 결론
 그렇다면 원고의 피고 인천병무지청장에 대한 소는 부적법하므로 각하하고, 원고의 피고 서울지방병무청장에 대한 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[[별 지] 관계 법령: 생략]

판사 박성규(재판장) 강지성 지선경

甲이 병역법상 전문연구요원으로 편입되어 乙 연구원에서 복무하다가 丙 주식회사 산하 연구소로 전직하여 3년의 의무복무기간을 마치고 복무만료 처분을 받았는데, 지방병무청장이 ‘丙 회사의 실질적 대표자는 甲의 아버지 丁이므로 甲의 전직은 구 병역법 제38조의2에 위반된다. 따라서 같은 법 제41조 제1항 제1호 등에 따라 전문연구요원 편입 처분 및 복무만료 처분을 취소한다’는 등의 취지를 통지한 사안에서, 구 병역법 제38조의2에서의 ‘대표이사’는 ‘법인등기부상의 형식적 대표이사’만이 아니라 ‘실질적 대표이사’까지 포함하는 것으로 해석하는 것이 타당하고, 전직 당시 甲의 아버지 丁이 丙 회사의 실질적 대표이사였다고 보아야 하므로 甲이 구 병역법 제41조 제1항 제1호에 해당한다는 이유로, 위 처분이 적법하다고 한 사례

甲이 병역법상 전문연구요원으로 편입되어 乙 연구원에서 복무하다가 丙 주식회사 산하 연구소로 전직하여 3년의 의무복무기간을 마치고 복무만료 처분을 받았는데, 지방병무청장이 ‘丙 회사의 실질적 대표자는 甲의 아버지 丁이므로 甲의 전직은 구 병역법(2016. 5. 29. 법률 제14183호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조의2에 위반된다. 따라서 같은 법 제41조 제1항 제1호 등에 따라 전문연구요원 편입 처분 및 복무만료 처분을 취소한다’는 등의 취지를 통지한 사안이다.
 일종의 대체복무에 관한 특례 제도에 해당하는 병역법상 전문연구요원제도의 취지와 목적, 전문연구요원제도가 적절히 운영되도록 엄격히 관리할 공익적 필요성이 크기 때문에 지정업체 대표이사의 4촌 이내 혈족에 해당하는 사람은 그 지정업체에서 전문연구요원으로 복무할 수 없도록 금지한 구 병역법 제38조의2의 제정 취지, 병역법 전체와의 조화 등을 법령의 해석에 관한 법리에 비추어 살펴보면, 구 병역법 제38조의2에서의 ‘대표이사’는 ‘법인등기부상의 형식적 대표이사’만이 아니라 ‘실질적 대표이사(실질적 경영자)’까지 포함하는 것으로 해석하는 것이 타당하고, 甲과 甲의 아버지 丁은 관련 수사 과정에서 담당 경찰관에게 전직 당시 법인등기부상의 대표이사 戊가 아닌 丁이 丙 회사의 실질적 대표이사라는 취지의 진술을 동일하게 하였고 그 진술의 신빙성이 큰 점, 甲이 丁의 요청에 따라 전직을 하였고 甲의 전직 과정에서 丁이 인사행정팀 직원에게 서류 작성 등의 지시도 한 것으로 보아 전직 당시 丁이 전문연구요원 복무라는 丙 회사의 인사사항과 관련하여 지시·결정하는 지위에 있었던 것으로 판단되는 등 위 취지의 진술을 뒷받침하는 정황들도 존재하는 점 등에 비추어 보면, 전직 당시 甲의 아버지 丁이 丙 회사의 실질적 대표이사였다고 보아야 하므로 甲이 구 병역법 제41조 제1항 제1호에 해당한다는 이유로, 위 처분이 적법하다고 한 사례이다.