법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1993.02.04 / 시행일:

【원 고】 몬트리얼은행
【피 고】 광화문세무서장
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1991.11.16. 원고에 대하여 한 법인세 금 15,438,420원, 방위세 금 3,669,990원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 이 사건 과세처분의 경위
 서울 종로구 서린동 88에 사업장을 두고 있는 외국은행 국내지점인 원고 법인이 내국인에게 외화를 대부하고 지급받는 이자 및 수수료에 대한 법인세감면소득계산시 감면사업과 기타 사업에 공통되는 손금을 매출총이익에 비례하여 안분계산하고 그 감면소득을 산출하여 1988.11.1.부터 1989.10.31. 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 데 대하여, 피고는 위 공통손금을 구분계산함에 있어 수입금액에 비례하여 공통손금을 안분계산하고 그 감면소득을 산출하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하여 원고 법인에게 청구취지기재와 같은 법인세 및 방위세부과처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.
 2. 과세처분의 적법성
 가. 원고는, 외국은행 국내지점의 외화대부이자 및 수수료에 대하여 법인세를 면제하도록 규정한 조세감면규제법 제69조 제4항이 1988.12.26. 삭제되었으나 같은 법 부칙 제24조 제2항에서 1988.12.31. 이전에 대출된 외화대부이자 및 수수료에 대하여는 계속 법인세를 면제하도록 규정하고 있고, 1989.3.6. 법인세 법시행규칙 제25조 제3항 단서규정이 삭제됨에 따라 공통손금을 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하도록 되었으나 외국은행의 영업특성상 외화대부이자 및 수수료가 수입금액에서 차지하는 비율이 상대적으로 높아 수입금액에 비례하여 안분계산하는 경우 공통손금이 많이 배분됨에 따라 실제로는 감면소득이 발생하지 않게 되므로 조세감면규제법 부칙 제24조 제2항의 규정에 의하여 계속 감면되는 기대출외화대부이자 등은 종전의 규정에 따라 매출총이익금액기준으로 공통손금을 안분계산하여야 할 실제적 합리성이 있고, 1989.3.6. 위 법인세법시행규칙 제25조 제3항 단서규정이 삭제된 후 1991.2.11.에 시행된 재무부예규가 있기까지는 1980.2.27.에 시행된 재무부예규에 따라 공통손금을 매출총이익금액에 비례하여 안분 계산하는 것이 국세기본법 제18조 제3항의 소급과세금지의 원칙에 부합하고, 공통손금 배분방식을 변경하지 아니하는 것이 법률적용 및 조세부담의 예측가능성을 저해하지 아니함에도 불구하고 수입금액을 기준으로 하여 공통손금 중 감면사업에 배분되는 부분을 계산하여 감면소득을 산출하여 한 피고의 이 사건 과세처분은 위법하다고 주장한다.
 나. 조세감면규제법(1988.12.26. 법 제4021호로 삭제되기 전의 것, 이하 조감법이라 한다) 제69조 제4항, 같은법시행령(1988.12.31. 대통령령 제12566호로 삭제되기 전의 것) 제56조 제2항의 규정에 의하면 외국은행의 국내지점이 내국인에게 외화를 대부(차주가 외국환은행이 아닌 경우에는 상환기간이 360일 이상인 것에 한한다)하고 지급받는 이자 및 수수료에 대하여는 소득세 또는 법인세를 면제하도록 규정되어 있었으나, 1988.12.26. 조감법 개정시 위 제69조 제4항이 삭제되면서 같은 법 부칙 제24조 제2항에서 이 법 시행 당시(1989.1.1.시행) 종전의 제69조의 규정에 의한 외화대부이자 및 수수료 등에 대한 조세감면에 관하여는 종전의 제69조의 규정에 의한다고 규정하고 있어, 1988.12.31. 이전에 대출한 외화대부이자 및 수수료 등에 대한 법인세는 종전의 규정에 의하여 계속 면제되도록 규정하고 있고, 법인세법시행령 제69조 제1항에서는 법인세법 및 다른 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 그 사업과 기타의 사업별로 구분할 수 없는 공통손금과 그 공통손금에 대응하는 공통익금을 재무부령이 정하는 바에 의하여 구분계산하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙(1989.3.6. 재무부령 제1780호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항 제2호는 수익사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고, 제3항에서 영 제69조의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타 사업에 공통되는 익금과 손금의 구분계산은 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. 다만, 조감법 제69조 제4항에 규정하는 외국은행의 국내지점이 외화대부사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우의 공통손금은 매출총이익금액(영업수입의 합계 금액에서 이에 대응하는 직접비용을 공제한 금액을 말한다)에 비례하여 안분계산한다고 규정되어 있었으나 1989.3.6. 위 시행규칙개정시 위 제25조 제3항 중 단서조항을 삭제하였고 위 개정된 규칙은 부칙 제2조의 규정에 의하여 위 규칙시행(1989.3.6.) 이후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용하도록 규정하고 있는바, 위 규정취지를 종합하여 보면 법인세법시행규칙 제25조 제3항 단서규정이 삭제된 1989.3.6. 이후에 최초로 종료하는 사업연도분부터 외국은행의 국내지점이 감면사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우의 공통손금은 같은 규칙 제25조 제1항 제2호 및 제3항의 규정에 의하여 감면사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하여야 할 것인데 삭제된 위 규칙 제25조 제3항 단서에서 공통손금계산기준을 매출총이익금액으로 따로이 규정하였다가 삭제한 점에 비추어 보면 위 규칙 제25조 제1항 제2호 및 제3항이 규정하는 수입금액 또는 매출액을 원고가 주장하는 바와 같이 매출총이익을 의미하는 것으로 해석할 수 없고, 또한 원고 법인이 외국은행 국내지점으로서 그 영업의 특성이 있다고 하여도 법인세법의 위임을 받아 제정된 위 시행규칙의 명문규정과 달리 매출총이익에 비례하여 공통손금을 안분계산하여야 할 실제적 합리성이 있다고 할 수도 없으며, 위 규칙 개정 전에 대부된 외화대부이자소득에 대해서 계속 감면혜택을 주면서 단지 공통손금의 계산방법만을 같은 규칙 제25조 제3항 단서의 삭제에 따라 같은 조 제3항 제1호, 제2호의 원칙규정으로 돌아가 적용한다고 하여 법률적용 및 조세부담의 예측가능성을 저해한다고 볼 수 없고, 위와 같은 원칙규정의 적용을 확인한 데 불과한 1991.2.11.자 재무부예규가 있다 하여 위 시행규칙을 1991.2.11. 이후 납세의무가 최초로 성립하는 분부터 적용하여야 한다고 할 수 없으므로, 피고의 처분이 소급과세금지의 원칙에 반한다고도 볼 수 없다.
 3. 결론
 그렇다면, 피고가 원고의 외화대부이자 및 수수료에 대한 법인세감면소득계산시 감면사업과 기타 사업에 공통되는 손금을 수입금액에 비례하여 안분계산하여 감면소득을 산출하고 그에 따라 부과한 이 사건 과세처분은 적법하므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 조용완(재판장) 소순무 윤승진