소득금액변동통지처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2020.08.20 / 시행일:

【원고, 피상고인】 스틱인베스트먼트 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 5인)
【피고, 상고인】 서울지방국세청장
【원심판결】 서울고법 2017. 4. 14. 선고 2016누68047 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 사우디아라비아왕국 법인 ZAD Investment Company(이하 ‘ZAD’라 한다)는 2005. 7. 19.경 원고로부터 원고 발행의 제3자 배정 신주 665,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 1주당 13,500원에 인수하면서 원고가 2008. 12. 31.까지 공개시장에 주식을 상장하지 못하면 그로부터 60일 이내에 원고에게 이 사건 주식을 위 인수가액에 일정한 이자를 더한 금액 등에 매도할 수 있는 이른바 ‘풋백옵션(Put Back Option)’을 보장받았다.
 나. ZAD는 원고가 2008. 12. 31.까지 공개시장에 주식을 상장하지 못하였음에도 풋백옵션을 행사하지 않았고, 2010년 초경 원고와 풋백옵션 행사기간을 2011. 12. 31.까지 연장하기로 하는 내용의 추가약정서를 2009. 2. 20.자로 소급하여 작성하였다.
 다. 그 후 원고는 2010. 7. 1.경부터 2011. 8. 1.경까지 ZAD로부터 이 사건 주식을 풋백옵션 행사가액에 매입하였고(이하 ‘이 사건 거래’라 한다), 2012. 8. 30.경 원고의 최대주주인 디피씨 주식회사에 이 사건 주식을 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다)이 규정한 보충적 평가방법에 따른 가액에 양도하였다.
 라. 피고는 원고가 이 사건 거래를 통하여 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시켰다고 보아 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 2014. 4. 1. 이 사건 주식의 매입대금에서 이 사건 거래 당시 상증세법이 규정한 보충적 평가방법에 따른 가액을 뺀 ‘시가초과액’을 원고의 익금에 산입하고, 이를 ZAD에 대한 배당으로 소득처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 2. 상고이유 제1점에 관한 판단
 가. 국제조세조정에 관한 법률(이하 ‘국제조세조정법’이라 한다) 제3조 제2항은 “국제거래에 대해서는 법인세법 제52조 등을 적용하지 아니한다. 다만 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고, 그 위임에 따른 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23600호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조의2 제3호는 ‘수익이 없는 자산의 매입’을 법인세법 제52조 등을 적용할 수 있는 국제거래 중 하나로 규정하고 있다. 한편 국제조세조정법 제4조 이하는 과세관청이 거주자의 국외특수관계인과의 국제거래에 대하여 정상가격에 따른 과세조정을 할 수 있도록 규정하고 있다.
여기서 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제3조의2 제3호의 ‘수익이 없는 자산’이라 함은 부당행위계산 부인에 관한 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조, 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제2호가 규정한 ‘무수익 자산’, 즉 법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말한다.
이러한 ‘수익이 없는 자산’을 매입하는 경우 법인이 그 매입대금 상당의 자금을 수익자산의 매입에 사용하였더라면 적어도 그 보유기간 동안 수익자산의 운용을 통하여 인정이자 상당의 이익이 법인에 귀속되었을 것임에도 이를 ‘수익이 없는 자산’의 매입에 사용함으로써 그 인정이자 상당의 이익이 법인에 귀속되지 않고 상대방에게 이전되었다고 볼 수 있으므로, 이에 관한 부당행위계산 부인을 할 때에는 법인이 그 자산의 취득일로부터 이를 처분하여 매입대금을 회수할 때까지의 기간 동안 그 매입대금 상당액을 상대방에게 대여한 것으로 재구성하여 그 기간 동안의 인정이자 상당액을 익금산입하고 그에 따른 소득금액변동통지를 하는 것이 타당하다(대법원 2000. 11. 10. 선고 98두12055 판결 취지 참조).
 나. 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 보면, 이 사건 거래는 국제거래에서 부당행위계산 부인의 대상이 되는 경제적 합리성이 결여된 ‘수익이 없는 자산’의 매입에 해당하고, 피고는 이에 관한 부당행위계산 부인을 하면서 원고가 이 사건 주식의 취득일로부터 이를 처분하여 매입대금을 회수할 때까지의 기간 동안 매입대금 상당액에 대한 인정이자 상당액을 익금산입하고 그에 따른 소득금액변동통지를 하여야 한다. 그 구체적 이유는 다음과 같다.
 1) 원고는 ZAD가 당초 약정한 풋백옵션 행사기간의 만료로 이 사건 주식에 관한 풋백옵션 행사 권리를 상실하였으므로 ZAD로부터 이 사건 주식을 다시 매입할 의무가 없었고, 그 밖에 원고가 이 사건 주식을 매입하여야 할 만한 업무상 필요가 있었다는 사정을 찾기도 어렵다.
 2) 나아가 상법상 자기주식에 해당하는 이 사건 주식의 보유 자체로 원고에게 수익이 발생한다거나 이 사건 주식을 매입하지 아니하면 원고에게 손실이 발생한다고 볼 만한 사정 등도 찾기 어렵다. 또한 이 사건 주식의 매입·양도 가격, 원고가 공개시장에 주식을 상장하지 못한 사정 등에 비추어 볼 때, 이 사건 거래 당시 원고가 장래 이 사건 주식을 운용함으로써 수익을 얻을 가망성도 희박하였다고 보인다.
 3) 따라서 원고가 구 법인세법상 특수관계자인 ZAD로부터 자기주식인 이 사건 주식을 매입한 이 사건 거래는 경제적 합리성이 결여된 ‘수익이 없는 자산’의 매입에 해당하므로, 피고가 부당행위계산 부인을 통해 다시 계산하는 소득금액은 매입대금 상당액에 대한 그 보유기간 동안의 인정이자 상당액이 되어야 한다.
 4) 이와 달리 원고가 국외특수관계인이 아닌 ZAD로부터 ‘수익이 없는 자산’인 이 사건 주식을 매입하였음에도 이 사건 처분과 같이 다시 계산하는 소득금액을 이 사건 주식의 시가초과액으로 보는 것은, 국외특수관계인과의 국제거래에 대하여만 정상가격에 따른 과세조정을 허용하고, 그 이외의 자로부터 자산을 시가보다 고가에 매입하는 경우 법인세법 제52조의 적용을 배제하고 있는 국제조세조정법의 규정과 취지에 반하므로 용인될 수 없다.
 5) 이 사건 거래가 종료된 시점에 원고와 ZAD 사이의 특수관계가 소멸하였다고 하더라도, 이 사건 거래가 거래 시점에 경제적 합리성이 결여된 ‘수익이 없는 자산’의 매입으로 인정되는 이상, 매입대금 상당액에 대한 인정이자 상당액을 원고와 ZAD 사이의 특수관계가 소멸하는 시점까지 산정할 것은 아니다.
 다. 원심판결 이유를 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이 부분에 관한 이유 설시에 다소 미흡한 부분이 있으나, 이 사건 거래가 경제적 합리성이 결여된 ‘수익이 없는 자산’의 매입에 해당한다고 본 원심의 판단에 무수익 자산의 매입에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 피고는 대법원 2000. 11. 10. 선고 98두12055 판결이 변경되어야 한다고 주장하나, 그 주장처럼 판례를 변경할 필요가 있다고 볼 수도 없다. 따라서 이 부분 상고이유의 주장은 이유 없다.
 3. 상고이유 제2점에 관한 판단
 가. 당사자가 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출하지 아니하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 납세의무자에게 귀속될 세액을 찾아내어 부과될 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니고(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2016. 2. 18. 선고 2015두1243 판결 등 참조), 이는 소득금액변동통지의 정당한 소득금액에 관하여도 마찬가지로 보아야 한다.
 나. 기록에 의하면, 피고는 1심 및 원심에서 원고가 이 사건 주식 취득일로부터 이를 처분하여 매입대금을 회수할 때까지의 기간 동안 매입대금 상당액에 대한 인정이자 상당액을 익금산입하는 경우 이 사건 처분의 정당한 소득금액에 관하여 아무런 주장을 하지 아니하였을 뿐만 아니라, 원심의 변론종결 시까지 제출된 자료만으로 그 정당한 소득금액을 명백히 산출할 수 있었다고 보기도 어려우므로, 원심이 이 사건 처분 전체를 취소한 것은 정당하다. 따라서 이 부분 상고이유 주장도 이유 없다.
 4. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이기택(재판장) 권순일 박정화 김선수(주심)

[1] 부당행위계산 부인에 관한 법인세법 제52조 등을 적용할 수 있는 국제거래로 규정한 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제3조의2 제3호의 ‘수익이 없는 자산의 매입’에서 ‘수익이 없는 자산’의 의미 / 이러한 ‘수익이 없는 자산’의 매입에 관한 부당행위계산 부인을 하는 경우 그 처리방법
 [2] 甲 외국법인이 乙 주식회사로부터 乙 회사 발행의 제3자 배정 신주를 인수하면서 이른바 ‘풋백옵션(Put Back Option)’을 보장받았으나 이를 행사하지 않고 있다가 풋백옵션 행사기간 만료 후 乙 회사와 그 기간을 연장하기로 하는 내용의 추가약정서를 소급하여 작성하였고, 이에 따라 乙 회사가 甲 법인으로부터 위 주식을 풋백옵션 행사가액에 매입한 후 乙 회사의 최대주주인 丙 주식회사에 양도하였는데, 과세관청이 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 주식의 매입대금에서 위 매입 거래 당시 상속세 및 증여세법이 규정한 보충적 평가방법에 따른 가액을 뺀 ‘시가초과액’을 乙 회사의 익금에 산입하고, 이를 甲 법인에 대한 배당으로 소득처분하여 乙 회사에 소득금액변동통지를 한 사안에서, 乙 회사의 위 주식 매입은 국제거래에서 부당행위계산 부인의 대상이 되는 경제적 합리성이 결여된 ‘수익이 없는 자산’의 매입에 해당하므로, 과세관청이 乙 회사가 위 주식의 취득일로부터 이를 처분하여 매입대금을 회수할 때까지의 기간 동안 매입대금 상당액에 대한 인정이자 상당액을 익금산입하고 그에 따른 소득금액변동통지를 하여야 한다고 한 사례
 [3] 과세처분의 정당한 세액이 산출되지 않는 경우 과세처분 전부를 취소하여야 하는지 여부(적극) 및 이 경우 법원이 직권으로 정당한 세액을 계산할 의무를 지는지 여부(소극) / 이는 소득금액변동통지의 정당한 소득금액에 관하여도 마찬가지인지 여부(적극)

[1] 국제조세조정에 관한 법률(이하 ‘국제조세조정법’이라 한다) 제3조 제2항은 “국제거래에 대해서는 법인세법 제52조 등을 적용하지 아니한다. 다만 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고, 그 위임에 따른 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23600호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조의2 제3호는 ‘수익이 없는 자산의 매입’을 법인세법 제52조 등을 적용할 수 있는 국제거래 중 하나로 규정하고 있다. 한편 국제조세조정법 제4조 이하는 과세관청이 거주자의 국외특수관계인과의 국제거래에 대하여 정상가격에 따른 과세조정을 할 수 있도록 규정하고 있다.
 여기서 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제3조의2 제3호의 ‘수익이 없는 자산’이라 함은 부당행위계산 부인에 관한 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) 제52조, 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제2호가 규정한 ‘무수익 자산’, 즉 법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말한다.
 이러한 ‘수익이 없는 자산’을 매입하는 경우 법인이 매입대금 상당의 자금을 수익자산의 매입에 사용하였더라면 적어도 그 보유기간 동안 수익자산의 운용을 통하여 인정이자 상당의 이익이 법인에 귀속되었을 것임에도 이를 ‘수익이 없는 자산’의 매입에 사용함으로써 그 인정이자 상당의 이익이 법인에 귀속되지 않고 상대방에게 이전되었다고 볼 수 있으므로, 이에 관한 부당행위계산 부인을 할 때에는 법인이 그 자산의 취득일로부터 이를 처분하여 매입대금을 회수할 때까지의 기간 동안 매입대금 상당액을 상대방에게 대여한 것으로 재구성하여 그 기간 동안의 인정이자 상당액을 익금산입하고 그에 따른 소득금액변동통지를 하는 것이 타당하다.
 [2] 甲 외국법인이 乙 주식회사로부터 乙 회사 발행의 제3자 배정 신주를 인수하면서 이른바 ‘풋백옵션(Put Back Option)’을 보장받았으나 이를 행사하지 않고 있다가 풋백옵션 행사기간 만료 후 乙 회사와 그 기간을 연장하기로 하는 내용의 추가약정서를 소급하여 작성하였고, 이에 따라 乙 회사가 甲 법인으로부터 위 주식을 풋백옵션 행사가액에 매입(이하 ‘매입 거래’라 한다)한 후 乙 회사의 최대주주인 丙 주식회사에 양도하였는데, 과세관청이 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 주식의 매입대금에서 매입 거래 당시 상속세 및 증여세법이 규정한 보충적 평가방법에 따른 가액을 뺀 ‘시가초과액’을 乙 회사의 익금에 산입하고, 이를 甲 법인에 대한 배당으로 소득처분하여 乙 회사에 소득금액변동통지를 한 사안에서, 乙 회사는 甲 법인이 당초 약정한 풋백옵션 행사기간의 만료로 위 주식에 관한 풋백옵션 행사 권리를 상실하였으므로 甲 법인으로부터 위 주식을 다시 매입할 의무가 없었던 점, 상법상 자기주식에 해당하는 위 주식의 보유 자체로 乙 회사에 수익이 발생한다거나 주식을 매입하지 아니하면 乙 회사에 손실이 발생한다고 볼 만한 사정 등도 찾기 어려운 점 등에 비추어, 乙 회사가 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것)상 특수관계자인 甲 법인으로부터 자기주식인 위 주식을 매입한 위 매입 거래는 국제거래에서 부당행위계산 부인의 대상이 되는 경제적 합리성이 결여된 ‘수익이 없는 자산’의 매입에 해당하고, 과세관청은 이에 관한 부당행위계산 부인을 하면서 乙 회사가 위 주식의 취득일로부터 이를 처분하여 매입대금을 회수할 때까지의 기간 동안 매입대금 상당액에 대한 인정이자 상당액을 익금산입하고 그에 따른 소득금액변동통지를 하여야 한다고 한 사례.
 [3] 당사자가 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출하지 아니하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 납세의무자에게 귀속될 세액을 찾아내어 부과될 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니고, 이는 소득금액변동통지의 정당한 소득금액에 관하여도 마찬가지로 보아야 한다.