양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2016.01.28 / 시행일:

【원고, 상고인】 
【피고, 피상고인】 금천세무서장
【원심판결】 서울고법 2015. 1. 15. 선고 2014누51939 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 가. 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 양도로 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니하도록 규정하면서도 그중 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 ‘고가주택’은 비과세 대상에서 제외하고 있고, 그 위임에 따라 구 소득세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25193호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제156조 제1항은 주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억 원을 초과하는 것을 ‘고가주택’으로 규정하고 있으며, 구 소득세법 제95조 제3항의 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호는 ‘고가주택’에 해당하는 자산의 양도차익을 ‘법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × (양도가액 9억 원) ÷ 양도가액’의 산식으로 계산하도록 규정하고 있다. 한편 구 소득세법 제114조 제7항 및 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호는 토지 등의 양도가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 그 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 ‘양도 당시의 실지거래가액 × (취득 당시의 기준시가 / 양도 당시의 기준시가)’의 산식에 의하여 환산한 취득가액에 따를 수 있다고 규정하고 있고, 구 소득세법 제99조 제1항 제1호는 위 기준시가를 ① 토지는 ‘부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가’로, ② 건물은 ‘건물의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액’으로, ③ 주택은 ‘부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격’으로 하도록 규정하고 있다.
 그리고 구 소득세법 시행령 제154조 제3항은 “소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있다.
 나. 구 소득세법 제89조 제1항 제3호는 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택뿐만 아니라 그중 비과세 범위에서 제외되는 ‘고가주택’에 관하여도 규정하고 있으므로, 구 소득세법 시행령 제154조 제3항은 그 문언 자체로 보더라도 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우에만 적용된다고 해석하여야 할 것이 아니다. 구 소득세법 시행령 제156조 제2항 또한 ‘고가주택’ 여부를 판정할 때 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분에 해당하는 실지거래가액을 포함하도록 규정하고 있다. 이에 따라 주택의 연면적이 주택 외 부분의 연면적보다 넓은 겸용주택은 주택과 주택 외 부분을 포함한 전체의 양도 당시의 실지거래가액이 9억 원을 초과하지 아니할 경우 주택뿐만 아니라 주택 외 부분의 양도소득도 구 소득세법 제89조 제1항 제3호에서 정한 비과세 대상이 된다. 그리고 위와 같은 겸용주택의 전체 양도가액이 9억 원을 초과하는 경우에도 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호에 의하여 양도소득세가 일정 부분 감면되고, 그 감면 범위에 주택 외 부분의 양도소득도 포함될 수 있다. 이러한 관련 규정의 문언과 체계, 입법 취지 등을 종합하면, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호에 따라 ‘고가주택’의 양도차익을 계산하면서 구 소득세법 제114조 제7항에서 정한 환산취득가액에 따르는 경우에도 특별한 사정이 없는 한 구 소득세법 시행령 제154조 제3항이 적용된다고 봄이 타당하다.
 2. 가. 원심이 인용한 제1심판결 이유와 기록에 의하면, 원고가 1988. 9. 28. 서울 관악구 (주소 생략) 대지 및 그 지상의 이 사건 건물을 취득한 후 2011. 2. 21. 소외인 등에게 이를 1,600,000,000원에 양도한 사실, 원고는 양도 당시 1세대 1주택자에 해당하였던 사실, 이 사건 건물은 그 1층은 상가로, 2층은 주택으로 각 사용된 겸용주택으로서 주택 부분의 실제 연면적이 상가 부분의 실제 연면적보다 넓은 사실 등을 알 수 있는바, 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면, 위 양도에 관하여 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호에 따라 양도차익을 계산하면서 환산취득가액에 따르는 경우 특별한 사정이 없는 한 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 본문에 의하여 그 전체를 주택으로 보아 개별주택가격을 적용하여 계산하여야 한다.
 나. 그럼에도 원심은, 이와 달리 ‘고가주택’인 이 사건 건물에 대하여는 구 소득세법 시행령 제154조 제3항이 적용될 수 없다는 전제 아래, 피고가 이 사건 건물 중 상가 부분에 대하여는 건물기준시가를, 그 부속토지에 대하여는 개별공시지가를, 주택 부분 및 그 부속토지에 대하여는 개별주택가격을 각 적용하여 환산취득가액을 계산하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 ‘고가주택’의 환산취득가액 계산방법 등에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이기택(재판장) 이인복 고영한(주심) 김소영

구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호에 따라 ‘고가주택’의 양도차익을 계산하면서 구 소득세법 제114조 제7항에서 정한 환산취득가액에 따르는 경우, 구 소득세법 시행령 제154조 제3항이 적용되는지 여부(원칙적 적극)

구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호는 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택뿐만 아니라 그중 비과세 범위에서 제외되는 ‘고가주택’에 관하여도 규정하고 있으므로, 구 소득세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25193호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제3항은 문언 자체로 보더라도 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우에만 적용된다고 해석할 것이 아니다. 구 소득세법 시행령 제156조 제2항 또한 ‘고가주택’ 여부를 판정할 때 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분에 해당하는 실지거래가액을 포함하도록 규정하고 있다. 이에 따라 주택의 연면적이 주택 외 부분의 연면적보다 넓은 겸용주택은 주택과 주택 외 부분을 포함한 전체의 양도 당시의 실지거래가액이 9억 원을 초과하지 아니할 경우 주택뿐만 아니라 주택 외 부분의 양도소득도 구 소득세법 제89조 제1항 제3호에서 정한 비과세 대상이 된다. 그리고 겸용주택의 전체 양도가액이 9억 원을 초과하는 경우에도 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호에 의하여 양도소득세가 일정 부분 감면되고, 감면 범위에 주택 외 부분의 양도소득도 포함될 수 있다. 이러한 관련 규정의 문언과 체계, 입법 취지 등을 종합하면, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호에 따라 ‘고가주택’의 양도차익을 계산하면서 구 소득세법 제114조 제7항에서 정한 환산취득가액에 따르는 경우에도 특별한 사정이 없는 한 구 소득세법 시행령 제154조 제3항이 적용된다.