법인세등부과처분취소[국내사업장을 가진 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하면서 발생한 소득의 법인세 과세대상 해당 여부와 과세표준 증명책임 등이 문제된 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2024.07.25 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 ○○○서비스 (소송대리인 법무법인 케이원챔버 담당변호사 김경선 외 1인)
【피고, 피상고인】 서초세무서장 (소송대리인 법무법인 남산 담당변호사 이창 외 1인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 서초구청장
【환송판결】 대법원 2021. 2. 25. 선고 2017두237 판결
【주 문】
 원고의 원심 승소 부분에 대한 상고를 각하한다. 원심판결의 원고 패소 부분 중 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부분, 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 중 신고불성실가산세 부분, 2011. 7. 13. 자 2006 사업연도 법인세할 주민세(가산세 포함) 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고 서초구청장의 상고를 기각한다. 

【이 유】 1. 원고의 원심 승소 부분에 대한 상고의 적법 여부에 관한 직권판단
 판결 중 승소한 부분에 대한 상소는 그 이익이 없어 부적법하다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2011두3388 판결 등 참조). 
 원고는 환송 후 원심(이하 ‘원심’이라고 한다)판결의 전부 파기를 구하는 상고취지가 기재된 상고장을 제출하였으나, 원심에서 피고들의 일부 처분이 취소됨으로써 원고가 피고들에 대하여 각 승소한 부분에 대하여는 상고로써 불복할 이익이 존재하지 않는다. 따라서 이 부분 원고의 상고는 부적법하다. 
 2. 과세표준 증명책임 등에 대한 원고의 제1 상고이유에 관한 판단
 가. 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 및 2011. 7. 13. 자 2006 사업연도 법인세할 주민세(가산세 포함) 부과처분에 대하여 
 1) 관련 규정
구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제91조 제1항은 ‘국내사업장을 가진 외국법인 등의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준은 국내원천소득의 총합계액(제98조 제1항의 규정에 의하여 원천징수되는 국내원천소득금액을 제외한다)에서 다음 각호의 규정에 의한 금액 또는 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.’고 규정하고, 제3호에서 ‘선박 또는 항공기의 외국항행으로 인하여 발생하는 소득. 다만 그 외국법인의 본점 또는 주사무소가 있는 외국이 우리나라의 법인이 운용하는 선박 또는 항공기에 대하여 동일한 면제를 하는 경우(이하 ‘상호면세’라고 한다)에 한한다.’고 규정하고 있다. 
구 법인세법 제93조는 각호에 외국법인의 국내원천소득을 열거하면서 제5호 본문에서 ‘외국법인이 영위하는 사업에서 발생하는 소득(조세조약에 따라 국내원천 사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것’을 국내원천 사업소득으로 규정하고, 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제132조 제2항 제7호는 국내원천 사업소득 중 하나로 ‘외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하는 경우에는 국내에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생하는 수입금액을 기준으로 하여 판정한 그 법인의 국내업무에서 발생하는 소득’을 들고 있다. 그리고 구 법인세법 제93조 제11호는 ‘제1호 내지 제10호의 규정에 의한 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 1에 해당하는 소득’을 국내원천 기타소득으로 규정하고 있는데, (차)목에서 국내원천 기타소득 중 하나로 ‘(가)목 내지 (자)목 외에 국내에서 행하는 사업이나 국내에서 제공하는 인적 용역 또는 국내에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익으로 인한 소득 또는 이와 유사한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득’을 들고 있다. 
 2) 원심의 판단
 원심은 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출수익이 원고가 영위하는 자동차해상운송사업 등에서 발생한 사실을 인정한 다음, 그 판시와 같은 이유로 위 매출수익은 모두 원고의 국내사업장에서 행하는 사업이나 그곳에서 제공하는 인적 용역 또는 그곳에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익으로 인한 소득으로서 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목의 국내원천 기타소득에 해당한다는 취지로 판단하였다. 그런 다음 원심은 선박의 외국항행소득에 대한 증명책임이 원고에게 있다는 전제에서 원고가 이를 증명하지 못한 이상 위 매출수익에서 선박의 외국항행소득을 공제할 수 없다는 취지로 판단하였다. 
 3) 대법원의 판단
 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다. 
 가) 먼저 원고의 2006 사업연도 매출수익이 전부 국내원천소득에 해당한다는 원심판단에 관하여 본다. 
 (1) 앞서 본 관련 규정의 내용과 체계 등을 종합하여 보면, 국내사업장을 가진 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하는 경우 위 사업에서 발생하는 소득 중 국내에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득만이 구 법인세법 제93조 제5호에 따른 해당 외국법인의 국내원천 사업소득으로서 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준에 포함된다고 보아야 하고, 국외에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득은 국내원천 사업소득이 아니어서 법인세 과세표준에 포함되지 아니한다. 그리고 국내원천 기타소득에 관한 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목을 근거로 하여서도 국내 및 국외를 불문하고 위 국제운송업에서 발생하는 소득 전부가 국내원천소득에 해당한다고 해석할 수는 없다.
 (2) 원고는 2006 사업연도에 국내뿐만 아니라 국외에서도 선박으로 화물을 운송하는 사업을 영위하였으므로 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출수익에는 화물의 국외 선적과 관련하여 발생한 소득이 포함되었을 개연성이 높다. 따라서 위 매출수익이 오로지 화물의 국내 선적과 관련하여 발생한 소득으로 구성되었다는 점에 대하여 과세관청의 아무런 주장·증명이 없는 이상, 위 매출수익 전부가 국내원천소득에 해당한다고 보기 어렵다. 
 나) 다음으로 선박의 외국항행소득에 대한 증명책임이 원고에게 있다는 원심판단에 관하여 본다. 
 (1) 과세처분 취소소송에서 과세요건사실의 존부 및 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으므로, 국내사업장을 가진 외국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준의 기초가 되는 국내원천소득 총합계액에 관한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 따라서 외국법인의 국내원천소득 총합계액에 포함되는 ‘선박의 외국항행소득’의 존재 및 범위도 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 한다.
 (2) 구 법인세법 제91조 제1항 제3호는 선박의 외국항행소득이 외국법인의 국내원천소득으로서 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준의 기초가 되는 국내원천소득 총합계액에 포함되는 것을 전제로 상호면세의 경우에 한하여 법인세 과세표준 산정 시 해당 소득을 공제하여야 한다고 규정한 것에 불과하다. 
 원심이 들고 있는 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결은 세액의 공제요건에 대한 증명책임이 납세의무자에게 있다는 취지로서 과세요건사실인 과세표준의 공제 항목 등에 관한 증명책임이 문제 되는 이 사건과 사안을 달리하여 원용하기에 적절하지 않다. 
 다) 그런데도 원심은 국외에서 화물을 선적하였는지를 불문하고 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출수익 전부가 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목의 국내원천 기타소득으로서 법인세 과세대상이 되고 ‘선박의 외국항행소득’에 관한 증명책임이 원고에게 있다는 잘못된 전제에서, 원고의 위 매출수익 중 선박의 외국항행으로 인하여 발생한 소득은 구 법인세법 제91조 제1항 제3호에 따라 법인세 과세표준에서 공제되어야 한다는 원고의 주장을 배척하였다. 이러한 원심판단에는 구 법인세법 제91조 제1항, 제93조의 국내원천소득의 구분과 총합계액 산정 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다. 
 나. 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 중 신고불성실가산세 부과처분에 대하여 
 1) 관련 법리
구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제10조 제2항 제2호, 제11조 제1항 제3호, 제2항, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제25조 제1항 등 관련 규정의 문언과 체계 등을 종합하여 보면, 비거주자 또는 외국법인에 의하여 제공되는 외국항행용역의 경우에는 여객의 탑승이나 화물의 적재가 국내에서 이루어지는 경우에 한하여 부가가치세 과세대상이 되고, 특히 해당 외국법인이 상호면세국의 사업자인 경우에는 우리나라에서 여객이나 화물이 탑승 또는 적재되는 경우에만 영세율이 적용되므로, 외국항행용역을 제공하는 외국법인은 위와 같은 경우에만 영세율이 적용되는 과세표준을 신고할 의무가 있다(대법원 2021. 2. 25. 선고 2017두237 판결 참조). 그리고 어떠한 거래에 대하여 영세율 적용 여부의 다툼이 있는 경우 영세율 적용요건에 관한 증명책임은 영세율 적용을 주장하는 자에게 있고(대법원 2024. 4. 12. 선고 2023두58701 판결 참조), 부가가치세 영세율과세표준 신고불성실가산세와 관련하여 그 과세의 근거가 되는 영세율과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으므로 그 영세율과세표준 확정의 기초가 되는 공급가액이 적법하게 산정되었다는 사정에 대한 증명책임도 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 과세관청에 있다고 봄이 타당하다(대법원 1994. 8. 12. 선고 92누12094 판결 등 참조). 
 2) 원심의 판단
 원심은 2006 사업연도에 국외에서 선적된 화물의 운송에 관한 원고의 매출액에 대해서는 원고에게 영세율 신고의무가 없으나, 증명의 곤란, 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출액 중 국외 선적 관련 매출액의 존재와 범위에 대하여는 원고에게 증명의 필요가 돌아간다고 보아, 원고가 그에 관한 아무런 자료를 제출하지 않았다는 이유로 피고 서초세무서장이 원고의 위 손익계산서상 매출액 전체를 영세율 신고대상 매출액으로 보고 신고불성실가산세를 산출한 것은 적법하다고 판단하였다.
 3) 대법원의 판단
 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
 가) 앞서 본 바와 같이 원고는 2006 사업연도에 국내뿐만 아니라 국외에서도 선박으로 화물을 운송하는 사업을 영위하였으므로 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출액에는 화물의 국외 선적과 관련하여 발생한 매출액이 포함되었을 개연성이 높다. 
 나) 이러한 경우 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출액 중 영세율 신고의무가 있는 부분은 화물의 국내 선적과 관련하여 발생한 매출액에 한정되므로, 영세율 적용을 주장하는 피고 서초세무서장에게 화물의 국내 선적 관련 매출액의 존재 및 범위에 관한 증명책임이 있다. 그런데 피고 서초세무서장은 2006 사업연도 손익계산서상 매출액 전부가 영세율 신고대상이라고만 주장할 뿐, 위 손익계산서상 매출액 전부가 화물의 국내 선적과 관련한 매출액이라는 점에 대한 자료를 제출하지 않았다. 이처럼 영세율과세표준액 산정의 적법성이 과세관청에 의하여 먼저 상당한 정도로 증명되지 아니한 이상 납세의무자인 원고에게 그 증명의 필요를 돌릴 수는 없다.
 그런데도 원심은 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출액 중 영세율 신고의무가 없는 화물의 국외 선적 관련 매출액의 존재와 범위에 대하여 원고에게 그 증명의 필요가 돌아간다는 잘못된 전제에서, 피고 서초세무서장의 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 중 신고불성실가산세 부과처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 부가가치세 영세율과세표준의 증명책임 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다. 
 3. 과세전적부심사 예외사유에 대한 원고의 제2 상고이유에 관한 판단
 원심은 판시와 같은 이유로, 원고가 「조세범 처벌법」위반으로 고발된 이상, 원고에게는 과세전적부심사에 관한 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의15 제1항이 적용되지 않고, 고발 이후 관련 형사사건에서 무죄판결 등이 선고·확정되었더라도 과세전적부심사 예외사유에 해당한다는 결론에는 아무런 영향이 없으므로, 피고 서초세무서장이 과세처분에 앞서 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 것을 과세처분의 절차적 위법사유로 볼 수 없다는 취지로 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 과세전적부심사 예외사유 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 4. 납세고지서 송달장소에 대한 피고 서초구청장의 상고이유에 관한 판단
 원심은 판시와 같은 이유로, 피고 서초구청장의 2013. 4. 10. 자 법인세할 주민세(가산세 포함) 부과처분에 관한 납세고지서가 원고에게 적법하게 송달되었다고 인정하기 어렵다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 납세고지서 송달장소에 관한 심리미진, 채증법칙 위반 등의 잘못이 없다.
 5. 결론
 그러므로 원고의 원심 승소 부분에 대한 상고는 부적법하여 이를 각하하고, 원심판결의 원고 패소 부분 중 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부분, 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 중 신고불성실가산세 부분(2006. 1.~3. 부분만의 세액을 구분·특정할 수 없어 전부 파기한다), 2011. 7. 13. 자 2006 사업연도 법인세할 주민세(가산세 포함) 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하며, 피고 서초구청장의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 오석준(재판장) 노정희(주심) 이흥구 엄상필

[1] 국내사업장을 가진 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하며 발생하는 소득 중 국내에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득만이 구 법인세법 제93조 제5호에 따른 해당 외국법인의 국내원천 사업소득으로서 법인세 과세표준에 포함되는지 여부(적극)
 [2] 외국법인의 국내원천소득 총합계액에 포함되는 ‘선박의 외국항행소득’의 존재 및 범위는 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 하는지 여부(적극)
 [3] 외국항행용역을 제공하는 외국법인에 구 부가가치세법령상 영세율이 적용되는 과세표준을 신고할 의무가 있는 경우 / 영세율 적용 여부의 다툼이 있는 경우 영세율 적용요건에 관한 증명책임(=영세율 적용을 주장하는 자) / 부가가치세 영세율과세표준 신고불성실가산세와 관련하여 그 과세의 근거가 되는 영세율과세표준의 증명책임(=과세관청) 및 그 영세율과세표준 확정의 기초가 되는 공급가액이 적법하게 산정되었다는 사정도 과세관청이 증명하여야 하는지 여부(원칙적 적극)

[1] 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제91조 제1항 제3호, 제93조 제5호, 제11호 (차)목, 법인세법 시행령 제132조 제2항 제7호의 내용과 체계 등을 종합하여 보면, 국내사업장을 가진 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하는 경우 위 사업에서 발생하는 소득 중 국내에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득만이 구 법인세법 제93조 제5호에 따른 해당 외국법인의 국내원천 사업소득으로서 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준에 포함된다고 보아야 하고, 국외에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득은 국내원천 사업소득이 아니어서 법인세 과세표준에 포함되지 아니한다. 그리고 국내원천 기타소득에 관한 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목을 근거로 하여서도 국내 및 국외를 불문하고 위 국제운송업에서 발생하는 소득 전부가 국내원천소득에 해당한다고 해석할 수는 없다.
 [2] 과세처분 취소소송에서 과세요건사실의 존부 및 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으므로, 국내사업장을 가진 외국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준의 기초가 되는 국내원천소득 총합계액에 관한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 따라서 외국법인의 국내원천소득 총합계액에 포함되는 ‘선박의 외국항행소득’의 존재 및 범위도 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 한다.
 [3] 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제10조 제2항 제2호, 제11조 제1항 제3호, 제2항, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제25조 제1항 등 관련 규정의 문언과 체계 등을 종합하여 보면, 비거주자 또는 외국법인에 의하여 제공되는 외국항행용역의 경우에는 여객의 탑승이나 화물의 적재가 국내에서 이루어지는 경우에 한하여 부가가치세 과세대상이 되고, 특히 해당 외국법인이 상호면세국의 사업자인 경우에는 우리나라에서 여객이나 화물이 탑승 또는 적재되는 경우에만 영세율이 적용되므로, 외국항행용역을 제공하는 외국법인은 위와 같은 경우에만 영세율이 적용되는 과세표준을 신고할 의무가 있다. 그리고 어떠한 거래에 대하여 영세율 적용 여부의 다툼이 있는 경우 영세율 적용요건에 관한 증명책임은 영세율 적용을 주장하는 자에게 있고, 부가가치세 영세율과세표준 신고불성실가산세와 관련하여 그 과세의 근거가 되는 영세율과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으므로 그 영세율과세표준 확정의 기초가 되는 공급가액이 적법하게 산정되었다는 사정에 대한 증명책임도 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 과세관청에 있다고 봄이 타당하다.