양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2013.02.20 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 서초세무서장
【변론종결】2013. 1. 23.
【주 문】
 1. 피고가 2011. 7. 18. 원고에게 한 2010년도 양도소득세 및 가산세 90,796,264원, 지방소득세 9,079,620원의 부과처분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분 경위
 가. 원고는 남양주시 조안면 삼봉리(지번 1 생략) 대 20㎡, 같은 리(지번 2 생략) 대 3㎡, 같은 리(지번 3 생략) 대 689㎡, 같은 리(지번 4 생략) 답 35㎡를 양도하면서 2010. 10. 31. 양도소득금액 180,639,560원(양도가액 189,233,559원, 취득가액 8,474,587원)에 일반세율 35%를 적용하여 양도소득세 38,157,600원을 신고·납부했다.
 나. 피고는 위(지번 1 생략),(지번 2 생략),(지번 3 생략)의 토지(이하 ‘이 사건 토지’)의 부동산등기부상 소유자가 원고가 아닌소외 1로 이 사건 토지가 미등기양도됐다고 보아 중과세율 70%를 적용하여 원고에게 2010년도 양도소득세 및 가산세 90,796,264원, 지방소득세 9,079,620원을 부과하는 이 사건 처분을 했다.
 다. 원고는 전심절차(조세심판청구)를 거쳤다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 갑 제4호증의 1, 2, 을 제1, 2호증, 변론 전체의 취지
 2. 처분의 적법 여부
 가. 원고 주장 요지
 (1) 원고가 민사소송 중 이 사건 토지에 대해 점유취득시효완성을 원인으로 한 등기청구권 행사를 포기하는 대가로소외 1로부터 지급받은 금원은 일종의 합의금이므로구 소득세법(2010. 5. 31. 법률 제10337호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1항 제3호,제88조 제1항에서 정하고 있는 자산의 양도로 발생한 양도소득이 아니어서 양도소득세의 과세대상이 되지 않는다.
 (2) 원고에게는 투기목적이 없고 자산의 취득에 관한 등기를 하지 않은 책임을 원고에게 추궁하는 것이 가혹한 경우 즉 부득이한 사정이 인정되므로 구 소득세법상 양도소득세가 중과되는 미등기양도자산에서 제외된다.
 나. 인정되는 사실
 (1) 남양주시 조안면 삼봉리(지번 3 생략) 토지의 등기명의인은소외 1인데,소외 1이 예전부터 위(지번 3 생략) 토지를소외 2 소유의 다른 토지와 교환해 점유하면서 서로 등기를 이전하지는 않은 상태로소외 2가 위(지번 3 생략) 토지를 점유하고 있었다. 원고는 1985. 1.경소외 2로부터 그 소유 토지를 매수하면서 위(지번 3 생략) 토지에 관한소외 2의 점유를 이어받았으나 등기를 넘겨받지는 못했다.
 (2) 남양주시가 박물관 및 센터 건립사업을 하고자 2008. 12.경 위(지번 3 생략) 토지 등에 대한 보상계획을 공고했고 토지보상금은 등기명의자인소외 1에게 지급할 수밖에 없다는 입장을 보이자, 원고는소외 1 명의의 위(지번 3 생략) 토지를 오랜 기간 점유하고 있는데다가 다른 토지들[위(지번 1 생략) 토지 및(지번 2 생략) 토지] 등에 관해 점유부분 경계의 다툼이 있자 2009년경소외 1을 상대로 의정부지방법원에 점유취득시효를 원인으로 한 소유권이전등기청구의 소를 제기했고소외 1도 반소를 제기해 측량감정절차도 진행됐다.
 (3) 위 소송 중 재판부의 중재로 원고와소외 1은 조정안을 조율하다가 2010. 7. 12. 원고와 피고는 아래와 같은 내용으로 임의조정(이하 ‘이 사건 조정’)을 함으로써 분쟁을 종결했다.
 ○ 원고가 이 사건 토지의 소유권을 이전받지 않는 대신소외 1로부터 182,746,904원을 지급받기로 한다.
 ○ 원고는 같은 리(지번 5 생략) 토지 중 일부(35㎡)의 경우 원고가 점유하고 있던 원고의 소유임에도 경계정리상소외 1에게 이전하여 주는 대가로 6,486,655원을 지급받기로 한다.
 ○ 원고가소외 1에게 같은 리(지번 6 생략) 토지를 이전하지 않고 1,853,330원을 지급한다.
 (4) 원고는 이 사건 조정에 의해소외 1로부터 지급받은 금원을 어떤 형식으로 세금신고를 하여야 하는지 알 수 없어 세무사로부터 양도소득으로 신고를 하자는 말을 듣고 일반 세율(35%)을 적용하여 이 사건 조정으로 수령한 금액에 대해 양도소득세로 신고했다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 7호증(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지
 다. 원고 (1) 주장에 대한 판단
 구 소득세법상 양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하므로(제88조 제1항), 위 인정 사실에 의하면 원고는소외 1에게 이 사건 토지를 유상으로 이전했다고 봄이 상당하므로 이는 구 소득세법상 양도에 해당한다.
 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
 라. 원고 (2) 주장에 대한 판단
구 소득세법 제104조 제3항,제1항 제10호에서 미등기양도자산에 대하여 양도소득세를 중과한다고 한 취지는 자산을 취득한 자가 양도 당시 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 이를 양도함으로써, 양도소득세 등의 각종 조세를 포탈하거나 양도차익만을 노려 잔대금 등의 지급 없이 전매하는 부동산투기 등을 억제, 방지하려는 데 있다고 할 것이므로, 애당초 그 자산의 취득에 있어서 양도자에게 자산의 미등기양도를 통한 조세회피목적이나 전매이득취득 등 투기목적이 없다고 인정되고, 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니한 책임을 양도자에게 추궁하는 것이 가혹하다고 판단되는 경우, 즉 부득이한 사정이 인정되는 경우에는구 소득세법 제104조 제3항 단서,구 소득세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22391호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조 각 호의 경우에 준하여 양도소득세가 중과되는 미등기양도자산에서 제외된다.
 위 인정 사실에 의해 나타난 사정, 즉 원고가 위(지번 3 생략) 토지의 점유를 취득하게 된 경위, 위(지번 1 생략) 토지 및(지번 2 생략) 토지는 원고와소외 1의 경계다툼에서소외 1의 소유명의이나 원고가 점유하고 있다고 확인된 점, 원고와소외 1 간의 민사소송 과정에서 이 사건 조정에 이르게 된 점, 이 사건 조정을 통해 원고가소외 1 명의로 된 이 사건 토지에 대해소외 1을 상대로 소유권이전등기를 구하지 않기로 한 점, 미등기양도자산 중과의 입법 취지 등을 종합해 볼 때, 원고에게 이 사건 토지의 취득에 있어서 자산의 미등기양도를 통한 조세회피목적이나 전매이득취득 등 투기목적이 없다고 인정되고, 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니한 책임을 원고에게 추궁하는 것이 가혹하다고 판단되는 경우에 해당하므로,구 소득세법 제104조 제3항 단서,구 소득세법 시행령 제168조 각 호의 경우에 준하여 이 사건 토지는 양도소득세가 중과되는 미등기양도자산에서 제외된다.
 따라서 이 사건 토지가 미등기양도자산에 해당됨을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하고 원고의 위 주장은 이유 있다.
 2. 결론
 이 사건 처분은 취소돼야 하므로 원고의 청구를 인용한다.

판사 문보경

甲이 乙을 상대로 제기한 점유취득시효를 원인으로 한 토지 소유권이전등기청구 소송 진행 중 乙로부터 돈을 지급받고 소유권이전등기를 구하지 않기로 임의조정을 한 후 위 돈에 대하여 일반세율(35%)을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 관할 세무서장이 위 토지가 미등기양도됐다고 보아 중과세율(70%)을 적용하여 양도소득세 등 부과처분을 한 사안에서, 위 토지는 양도소득세가 중과되는 미등기양도자산에서 제외되므로 위 처분은 위법하다고 한 사례

甲이 乙을 상대로 제기한 점유취득시효를 원인으로 한 토지 소유권이전등기청구 소송 진행 중 乙로부터 돈을 지급받고 소유권이전등기를 구하지 않기로 하는 내용의 임의조정을 한 후 위 돈에 대하여 일반세율(35%)을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 관할 세무서장이 위 토지가 미등기양도됐다고 보아 중과세율(70%)을 적용하여 양도소득세 등을 부과하는 처분을 한 사안에서, 甲이 乙에게 토지를 유상으로 이전했다고 보아야 하므로 이는 구 소득세법(2010. 5. 31. 법률 제10337호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 양도에 해당하지만, 甲이 토지를 취득하게 된 경위, 甲과 乙 간의 민사소송 과정에서 조정을 통해 甲이 乙 명의로 된 위 토지에 대해 乙을 상대로 소유권이전등기를 구하지 않기로 한 점, 미등기양도자산 중과의 입법 취지 등을 종합해 볼 때, 甲에게 자산의 미등기양도를 통한 조세회피목적이나 전매이득취득 등 투기목적이 없다고 인정되고, 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 않은 책임을 甲에게 추궁하는 것이 가혹하다고 판단되는 경우에 해당하여구 소득세법 제104조 제3항 단서,구 소득세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22391호로 개정되기 전의 것) 제168호 각 호의 경우에 준하여 양도소득세가 중과되는 미등기양도자산에서 제외되므로, 위 처분은 위법하다고 한 사례.