부가가치세수정신고부결처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1985.09.10 / 시행일:

【원고, 피상고인】 호정개발주식회사 소송대리인 변호사 신학근
【피고, 상고인】 반포세무서장
【원심판결】 서울고등법원 1984.3.9. 선고 83구617 판결
【주 문】
 상고를 기각한다.
 상고 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이 유】 피고 소송수행자의 상고이유를 판단한다.
 제1점에 대하여,
 원심판결 이유에 의하면 원심은 거시의 증거에 의하여 원고 회사는 1979.4.27. 소외 신동아건설주식회사로부터 서울 강남구 (주소 생략) 외 6필지 지상의 서초 신동아아파트 상가건물 합계 건평 1,114평 1홉 5작을 임차기간은 계약일로부터 1999.3.20까지 20년간으로 하고 임대료는 연 31,000,000원으로 하되 위 20년분의 임대료 합계 금 620,000,000원 전액을 일시에 지급하기로 약정하고, 이에 따라 위 20년분의 임대료 금 620,000,000원을 1979중에 소외 회사에게 전액 지급하였는데 그 후 1981.1.1자 부가가치세법의 개정으로 부동산임대업이 부가가치세 과세사업으로 전환됨에 따라 1981.3.28 원고와 위 소외 회사 간에 위 임대차계약의 갱신계약을 체결하고 위 20년간의 임대료 총액에서 이미 임대차기간이 경과한 1981.12.31까지의 임대료 상당액을 공제한 나머지 임대료를 금 565,750,000원으로 정하고, 위 임대료에는 부가가치세가 포함된 것으로 약정하고, 이에 대한 세금계산서(공급가액 금 514,318,182원, 세액 금 51,431,818원)를 1981.12.31자(원심판결에는 82.12.31로 되어 있으나 오기인듯함)로 원고가 교부받은 사실, 원고는 1982.1.25 피고에 대하여 이 건 부동산을 원고가 다시 타에 전대함에 따른 1981년도 제2기분(1981.7.1.∼같은 해 12.31.) 부가가치세 확정신고를 함에 있어 위 매입세액을 공제하지 아니한 과세표준액을 신고하였다가, 그 후 위 매입세액공제가 누락된 것을 확인하고, 같은 해 7.23. 피고에게 위 1981년도 제2기분 부가가치세 확정신고시에 누락한 위 매입세액을 공제받아 부가가치세의 환급을 받기 위하여 1981년도 제2기분 부가가치세 과세표준과 환급세액의 수정신고를 한 사실을 인정한 후 부가가치세법 부칙 (1980.12.31 법률 제3273호) 제5조 제2항에는 “과세 전환 사업자가 이 법 시행 전 공급계약을 체결하고 이 법 시행으로 인하여 부가가치세가 부과되는 경우에 이 법 시행 후 공급되는 재화 또는 용역에 대한 대가를 이 법 시행 전에 받거나 받기로 한 때에는 이 법 시행 후 최초의 예정신고기간 종료일을 그 공급시기로 본다고 규정하고 있지만 부가가치세법 제3조 제1항은 사업자에 대한 부가가치세 과세기간을 매년 1.1∼6.30까지를 제1기로, 7.1∼12.31까지를 제2기로 나누고 있고, 동법 제18조, 제19조의 규정을 보면 사업자는 각 과세기간별로 나누어 그 과세기간중에 이루어진 재화 또는 용역의 공급에 대하여 그 과세기간 종료 후 일정기간 내에 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 하여 그 기간분의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 신고하게 되어 있으며, 동법 제9조 제2항은 “용역의 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화, 시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다”고 규정되어 있으므로 이 건의 부동산임대차의 경우와 같이 장래임대물의 제공에 의한 용역의 제공이 필요한 경우에 아직 그 용역이 제공되지 아니한 경우에는 동법상의 과세기간 단위로 나누어 그 기간 동안 용역의 공급이 현실적으로 있는 경우에 용역의 공급시기로 보아야 할 것이므로, 원고가 비록 위 임대료 20년분 전액을 일시에 지급하였지만 동법 부칙 제5조 제2항의 규정에 의하여 동법 시행 후 최초의 예정신고기간 종료일인 1981.3.31.을 공급시기로 보아야 하는 임대용역의 공급은 오로지 1981년도 제1기분(1981.1.1∼동년 6.30)의 용역의 공급에 국한되고 그 이후분의 임대용역의 공급시기에 대하여는 각 과세기간 별로 용역의 제공시기에 도래한다고 할 것이라 하여 국세기본법 제45조 제1항 제1호의 규정에 의한 적법한 수정신고기간 즉 이 사건에 있어서 1981년도 2기분 과세기간이 종료한 후 25일이 경과한 1982.1.26.부터 6월 이내인 같은 해 7.23.에 한 이 사건 과세표준 및 세액의 수정신고는 적법하다는 취지로 판단하고 있는 바, 기록에 대조하여 검토하여 보아도 원심의 위 인정, 판단은 정당하고, 소론은 결국 위 원심인정과는 달리 이 사건 용역의 공급시기를 1981.3.28임을 전제로 하는 것으로서 받아들일 수 없다.
 제2점에 대하여,
부가가치세법 제17조 제2항 제1호에 의하면 제출된 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우에는 매출세액에서 매입세액을 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 원심이 든 갑 제2호증(과세표준 수정신고 및 계산서)의 기재에 의하면 원고가 1982.7.23자로 피고에게 이 건 부가가치세 과세표준과 환급세액의 수정신고시에 첨부하여 제출한 매입세액계산서는 용역의 공급가액을 금 514,318,182원 세액을 금 51,431,818원으로 한 세금계산서로서 이는 원심이 인정한 원고와 소외 회사간의 거래내용과 일치하므로 매입세액을 공제받을 수 있는 정당한 세금계약서라 할 것이니 이 세금계약서가 정당하게 작성된 것이 아님을 전제한 이점 논지도 이유없다.
 제3점에 대하여,
 원심판결 이유에 의하면 원심은 그 거시증거에 의하여, 원고가 1982.1.25 피고에게 1981년도 제2기분(1981.7.1.∼12.31.)부가가치세 확정신고를 하였다가 그 뒤 이 건 부동산에 대한 매입세액공제를 신고하지 아니한 사실을 알고, 1982.7.23 피고에게 1981년도 제2기분 부가가치세 확정신고시에 누락한 위 매입세액을 공제받아 부가가치세의 환급을 받기 위하여 1981년도 제2기분 부가가치세 수정신고를 하였으나 피고는 이 건 부동산에 대한 임대용역의 공급받은 시기가 1981.3.31이라고 보아야 한다면서, 원고의 이 건 수정신고는 국세기본법 제45조 제1항 제1호의 규정에 의한 수정신고기간이 경과된 후의 수정신고이므로 매입세액을 공제해 줄 수 없다는 내용의 수정신고를 받아들이지 아니하는 이 건 거부처분을 한 사실을 확정하고 있다. 그런데 원고의 이 건 수정신고에 대하여 피고가 수정신고기한 경과 등 형식적 요건을 갖추지 아니하였다는 이유로 수정신고를 받아들이지 아니한다는 뜻을 통지한 처분은 실질적으로는 각하처분의 성질을 가진다고 해석함이 상당하다 할 것이므로 원심이 피고의 위 거부처분의 적법여부를 심리한 결과 원고의 수정신고가 적법한 기한 내의 신고임이 인정된 경우에는 피고로 하여금 원고의 적법한 수정신고를 받아들인 다음 그 과세표준과 세액에 관한 적정여부를 조사하여 그 결과를 통지하도록 하기 위하여 피고의 거부처분을 취소하면 족할 것이지 나아가 원고의 수정신고한 과세표준액 및 그 세액까지 심리하여 정당한 수액부분에 관한 수정신고의 거부처분 부분만을 취소할 것은 아니라 할 것이므로 원심이 같은 취지에서 원고의 이 건 수정신고를 받아들이지 아니한 피고의 이 건 거부처분 전부의 취소를 명한 원심의 조치 역시 정당하고 거기에 소론과 같은 위법이 있다고는 할 수 없다. 논지는 모두 이유없다.
 그러므로 상고를 기각하고, 상고 소송비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김형기(재판장) 정태균 이정우 신정철

부가가치세법 제9조 제2항에 의하면 “용역의 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화, 시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다”고 규정되어 있으므로 이 건 부동산임대차의 경우와 같이 장래 임대물의 제공에 의한 용역의 제공이 필요한 경우에 아직 그 용역이 제공되지 아니한 경우에는 동법상의 과세기간 단위로 나누어 그 기간 동안 용역의 공급이 현실적으로 있는 경우에 용역의 공급시기로 보아야 한다.