양도소득세부과처분등취소 (일반행정, 대법원)
공포일: 2020.08.20 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 (소송대리인 변호사 이재홍 외 2인)
【피고, 상고인】 반포세무서장 (소송대리인 법무법인 엘케이비앤파트너스 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2016. 12. 16. 선고 2016누55225 판결
【주 문】
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 원고의 지위 및 주식 양도에 따른 양도소득세 등 신고·납부 경위
 1) 보성무역 주식회사(이하 ‘보성무역’이라 한다)의 대표이사이자 보성무역의 주식 25,188주(지분율 100%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 보유하고 있던 원고는 2006. 6. 7. 소외인에게 이 사건 주식을 105억 원에 양도하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 주식양도계약’이라 한다)을 체결하고, 같은 날 계약금 15억 원을, 2006. 8. 1. 잔금 90억 원을 각 지급받은 다음 소외인에게 이 사건 주식을 모두 이전하였다.
 2) 원고는 이 사건 주식양도계약에 따른 증권거래세 52,500,000원과 양도소득세 2,216,096,110원을 신고·납부하였다.
 나. 거래재구성에 따른 과세관청의 과세처분과 이에 관한 종전 소송의 경과
 1) 삼성세무서장은 보성무역의 유일한 자산인 서울 중구 (주소 생략) 외 3필지 토지 164.6㎡와 그 지상 3층 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)이 이 사건 주식의 잔금지급일인 2006. 8. 1. 보성무역으로부터 소외인에게 이전되었다는 사정 등에 기초하여 ‘이 사건 주식양도계약은 가장행위에 불과하고, 보성무역이 소외인에게 이 사건 부동산을 105억 원에 양도한 것’으로 보고, 위 양도가액 105억 원을 보성무역의 2006 사업연도 익금에 산입하여 2010. 9. 1. 보성무역에 2006 사업연도 법인세 4,005,854,370원(이하 ‘종전 법인세’라 한다)을 결정·고지하였다.
 2) 삼성세무서장은 위 105억 원을 보성무역의 대표이사였던 원고에 대한 2006년 귀속 상여로 소득처분하여 그에 따라 2010. 9. 7. 보성무역에 소득금액변동통지(법인용)를 하고, 2010. 11. 16. 원고에게 소득금액변동통지(소득자통지용)를 하였다.
 3) 원고는 2010. 11. 10. 피고에게 위 소득금액변동통지에 따른 종합소득세 3,493,831,630원을 수정신고하면서 기납부한 양도소득세 2,216,096,110원과 증권거래세 52,500,000원을 제외한 나머지 1,225,235,520원을 납부하였다. 
 4) 한편 삼성세무서장은 보성무역이 종전 법인세를 납부하지 아니하자 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호에 따라 원고를 보성무역이 체납한 종전 법인세에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 2010. 11. 9. 원고에게 종전 법인세 4,005,854,370원을 납부하라는 통지를 하였다(이하 위 납부통지를 ‘종전 부과처분’이라 한다). 
 5) 원고는 2011. 9. 9. 삼성세무서장을 상대로 서울행정법원 2011구합30120호로 종전 부과처분의 취소 등을 구하는 소송을 제기하였는데, 위 법원은 2012. 6. 29. ‘이 사건 주식양도계약이 가장행위 혹은 조세회피행위에 해당한다고 볼 수 없으므로 보성무역이 2006. 7. 10. 소외인에게 이 사건 부동산을 105억 원에 매도한 것으로 볼 수 없다’는 이유로 종전 부과처분을 취소하는 내용의 판결을 선고하였고, 위 판결은 2015. 3. 26. 대법원의 상고기각으로 확정되었다(이하 ‘선행 확정판결’이라 한다). 
 다. 과세관청의 환급결정 및 원고에 대한 이 사건 부과처분 경위 
 1) 삼성세무서장은 2015. 4. 15. 원고에게 선행 확정판결에 따라 원고에 대한 소득금액변동통지 및 제2차 납세의무자 지정을 각 취소하였고, 피고는 2015. 6. 9. 원고에게 종합소득세 3,493,831,630원을 환급하는 결정을 하였다. 
 2) 피고는 원고에게 이 사건 주식양도계약과 관련하여, 2015. 5. 6. 양도소득세 2,216,096,110원을, 2015. 7. 3. 증권거래세 52,500,000원을 각 결정·고지하였다(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 2. 상고이유 제1점, 제3점에 관하여
 가. 구 국세기본법 제26조의2는 제1항에서 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 5년으로 정하면서, 제2항에서 “국세에 관한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 결정·판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.”라고 규정하고 있다.
부과제척기간에 관한 특별규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항에 규정된 특례제척기간은, 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료하면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과, 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 해당 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 그 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 등 참조).
 나. 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 선행 확정판결의 대상인 종전 부과처분은 법인인 보성무역과 소외인 사이의 부동산양도거래에 따른 보성무역의 토지 등 양도소득을 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘법인세’인 반면, 이 사건 처분은 개인인 원고와 소외인 사이의 주식양도거래에 따른 원고의 주식양도소득과 양도 자체를 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘양도소득세’와 ‘증권거래세’이므로, 이 사건 처분을 선행 확정판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 처분은 종전 부과처분과는 다른 새로운 결정이라고 할 것이므로, 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 봄이 타당하다. 
 다. 같은 취지에서 원심이 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 판단한 것은 앞서 본 규정과 법리에 따른 것으로 정당하다. 거기에 공평과세의 원칙 및 특례제척기간의 적용범위, 조세법률주의 및 엄격해석의 원칙에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다.
 3. 나머지 상고이유에 관하여
 가. 상고이유 제2점에 관하여
 이 부분 상고이유의 요지는, 원고가 소외인에게 이 사건 주식을 양도하여 105억 원 상당의 경제적 이익을 얻었음에도 납세의무를 면하는 것은 실질과세의 원칙에 반한다는 것이다. 
 그러나 구 국세기본법 제26조의2에서 규정하고 있는 국세부과권의 제척기간 내에 조세의 부과처분이 없으면 과세관청은 더 이상 국세의 확정을 위한 부과처분을 할 수 없게 되고 그 반사적 효과로서 납세자로서는 조세채무를 납부할 의무를 면하게 되나, 이는 제척기간제도에 따른 부득이한 결과로서 그런 결과가 실질과세의 원칙에 반한다고는 할 수 없다(대법원 2006. 6. 9. 선고 2006두781 판결 참조). 
 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않으므로 이 사건 처분은 통상의 부과제척기간이 도과한 이후에 이루어진 것이어서 위법하고, 원고는 그에 따라 이 사건 주식양도계약에 따른 납세의무를 면하게 된 것이다. 이는 제척기간제도에 따른 부득이한 결과로서, 그러한 결과가 실질과세의 원칙에 반한다고 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 피고의 위 상고이유 주장은 받아들이지 않는다.
 나. 상고이유 제4점에 관하여
 이 부분 상고이유의 요지는 원심판결에 기판력이나 기속력에 관한 법리를 오해한 위법이 있다는 취지이다. 그러나 원심은 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않으므로 이 사건 처분은 통상의 부과제척기간이 도과한 이후에 이루어진 것이어서 위법하다고 판단하였을 뿐, 이 사건 처분이 선행 확정판결의 기판력이나 기속력에 반한다고 판단하지 않았을 뿐만 아니라, 이 사건 처분은 선행 확정판결의 기속력에 따른 처분이라고 볼 수도 없다. 이와 다른 전제에 선 피고의 위 상고이유 주장도 이유 없다.
 다. 상고이유 제5점에 관하여
 이 부분 상고이유의 요지는, 원심판결과 같이 동일한 사실관계하에서 법적 평가만을 달리한 이 사건 처분에 대하여 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 본다면, 과세관청으로서는 분쟁이 예상되는 경우 중복하여 과세할 수밖에 없고, 이는 납세의무자의 재산권을 침해하고 조세행정상의 비효율을 초래하게 된다는 것이다. 그러나 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 처분은 그 상고이유 주장과 같이 단순히 종전 부과처분에 대한 법적 평가만을 달리한 처분이라고 보기 어려울 뿐만 아니라, 과세관청으로서는 올바른 법적 평가에 따라 세법을 적용하여 조세행정상의 효율을 추구하는 것이 그와 동시에 납세의무자의 재산권을 보호해야 할 의무를 다하는 것이다. 이와 다른 전제에 선 피고의 위 상고이유 주장 역시 받아들이기 어렵다.
 4. 결론
 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 민유숙(재판장) 김재형 이동원 노태악(주심)

[1] 구 국세기본법 제26조의2 제2항에 규정된 특례제척기간에 따라 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라면, 당해 판결이나 결정에 따르지 않는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는지 여부(소극)
[2] 국세부과권의 제척기간 경과로 납세자가 조세채무를 납부할 의무를 면하게 되는 것이 실질과세 원칙에 반하는지 여부(소극)
[3] 甲 주식회사 대표이사 乙이 자신이 보유한 甲 회사 주식을 丙에게 양도하였고, 甲 회사의 유일한 자산인 부동산이 주식의 잔금지급일에 丙에게 이전되었다는 사정 등에 기초하여 甲 회사 소재지 관할 세무서장이 甲 회사에 부동산 양도가액을 익금 산입하여 법인세 부과처분을 하고 그 양도가액을 乙에 대한 귀속 상여로 소득처분하여 甲 회사와 乙에게 각각 소득금액변동통지를 하였는데, 甲 회사가 법인세를 납부하지 않아 관할 세무서장이 乙을 제2차 납세의무자로 지정하고 甲 회사가 체납한 법인세를 乙에게 납부통지한 부과처분이 관련 소송에서 취소·확정되자, 乙의 주소지 관할 세무서장이 乙에게 주식양도와 관련하여 양도소득세 및 증권거래세 부과처분을 한 사안에서, 乙에 대한 양도소득세 등 부과처분은 선행 확정판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분이라고 보기 어려워 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 본 원심판단이 정당하다고 한 사례

[1] 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2는 제1항에서 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 5년으로 정하면서, 제2항에서 ‘국세에 관한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 결정·판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.’라고 규정하고 있다.
부과제척기간에 관한 특별규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항에 규정된 특례제척기간은, 같은 조 제1항에서 정한 과세제척기간이 일단 만료하면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과, 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 해당 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 그 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다.
[2] 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2에서 규정하고 있는 국세부과권의 제척기간 내에 조세의 부과처분이 없으면 과세관청은 더 이상 국세의 확정을 위한 부과처분을 할 수 없게 되고 그 반사적 효과로서 납세자로서는 조세채무를 납부할 의무를 면하게 되나, 이는 제척기간제도에 따른 부득이한 결과로서 그런 결과가 실질과세의 원칙에 반한다고는 할 수 없다.
[3] 甲 주식회사 대표이사 乙이 자신이 보유한 甲 회사 주식을 丙에게 양도하였고, 甲 회사의 유일한 자산인 부동산이 주식의 잔금지급일에 丙에게 이전되었다는 사정 등에 기초하여 甲 회사 소재지 관할 세무서장이 甲 회사에 부동산 양도가액을 익금 산입하여 법인세 부과처분을 하고 그 양도가액을 乙에 대한 귀속 상여로 소득처분하여 甲 회사와 乙에게 각각 소득금액변동통지를 하였는데, 甲 회사가 법인세를 납부하지 않아 관할 세무서장이 乙을 제2차 납세의무자로 지정하고 甲 회사가 체납한 법인세를 乙에게 납부통지한 부과처분(종전 부과처분)이 관련 소송에서 취소·확정되자, 乙의 주소지 관할 세무서장이 乙에게 주식양도와 관련하여 양도소득세 및 증권거래세 부과처분을 한 사안에서, 선행 확정판결의 대상인 종전 부과처분은 법인인 甲 회사와 丙 사이의 부동산양도거래에 따른 甲 회사의 토지 등 양도소득을 과세대상으로 하고 세목이 ‘법인세’인 반면, 乙에 대한 양도소득세 등 부과처분은 개인인 乙과 丙 사이의 주식양도거래에 따른 乙의 주식양도소득과 양도 자체를 과세대상으로 하고 세목이 ‘양도소득세’와 ‘증권거래세’이므로 乙에 대한 양도소득세 등 부과처분을 선행 확정판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분이라고 보기 어렵고 종전 부과처분과는 다른 새로운 결정이라는 이유로, 乙에 대한 양도소득세 등 부과처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 본 원심판단이 정당하다고 한 사례.