법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2016.08.29 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 필맥스 (소송대리인 법무법인 동서양재 담당변호사 표재진 외 2인)
【피고, 상고인】 구미세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 조철호 외 3인)
【원심판결】 대구고법 2016. 1. 29. 선고 2015누5147 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 가. 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 두고 있는데, 구 조세특례제한법 제5조의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항은 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있고, 제2항은 중소기업이 그 매출액이 1,000억 원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 유예기간에 대하여 규정하면서, 그 단서에서 그 유예기간을 적용하지 아니하는 제외사유 중 하나로 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우’(제3호)를 들고 있다.
 한편 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령(이하 ‘개정 조세특례제한법 시행령’이라 한다)은 제2조 제1항 제3호 후문에 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 (다)목의 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어, ‘관계기업에 속하는 기업’들의 매출액 등의 합산규모가 일정 요건을 충족하는 경우에 한하여 위 (다)목의 규정에 적합한 중소기업에 해당하는 것으로 보고 있다.
 나. 중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정 기간 세제혜택을 부여하는 것으로서, 이러한 제도의 취지와 연혁에 비추어 볼 때 이미 유예기간 중에 있는 기업에 대한 그 유예기간의 실효 여부는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석함이 타당하다.
그런데 개정 조세특례제한법 시행령은 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어 중소기업의 요건으로 새로 인정하면서도, 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니하다.
또한 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있는데, 위 단서는 위 제2호 사유 외에는 ‘중소기업’이 각 호의 어느 하나의 사유로 ‘중소기업’에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, 이러한 문언에 비추어 위 제2호 사유를 제외하고 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’에 대하여 정한 위 단서 규정을 가지고 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다.
 다. 이러한 사정들에 비추어 앞에서 본 조세특례제한법령의 관련 규정들을 살펴보면, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다.
 2. 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면 아래와 같은 사실들을 알 수 있다.
 가. 원고는 2010 사업연도 매출액이 처음으로 1,000억 원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되자, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 중소기업 유예기간의 적용을 받아왔다.
 나. 원고의 지배기업인 필맥스홀딩스 유한회사는 외부감사대상기업으로서 케이앤피인베스트먼트 주식회사의 주식 70%를 소유하면서, 케이앤피인베스트먼트 주식회사와 함께 원고의 전체 주식 중 76.8%를 보유하고 있고, 원고와 위 각 회사의 2012 사업연도 매출액 합계는 1,000억 원을 초과하였다.
 다. 원고는 2012 사업연도 법인세에 대하여 전 사업연도와 마찬가지로 여전히 중소기업 유예기간 중에 있음을 전제로 하여, 구 조세특례제한법 제7조, 제10조에 따라 특별세액감면 및 연구·인력개발비 세액공제를 적용하여 신고하였다.
 라. 한편 피고는 2013. 11. 5. 원고가 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호에 따라 중소기업의 범위에서 제외되는 ‘관계기업에 속하는 기업’에 해당하여 더 이상 중소기업 유예기간이 적용되지 아니한다고 보아, 이를 전제로 하여 원고에 대한 법인세를 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.
 3. 이러한 사실관계를 앞에서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 이미 2010 사업연도 매출액이 1,000억 원을 초과하여 그때부터 2013 사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이므로, 개정 조세특례제한법 시행령의 시행으로 인하여 2012. 1. 1.부터 중소기업의 범위에서 제외되는 ‘관계기업에 속하는 기업’에 해당하더라도 여전히 그 유예기간이 적용된다고 할 것이고, 따라서 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 의하여 원고에게 기존에 적용되던 중소기업 유예기간이 실효되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 이와 결론이 같은 원심의 판단은 앞에서 본 법리에 기초한 것으로서, 거기에 상고이유 주장과 같이 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항의 해석 및 중소기업 유예기간의 적용과 관련하여 조세법률주의, 조세평등주의 등에 관한 법리를 오해하거나 필요한 심리를 다하지 아니하는 등의 위법이 없다.
 4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이기택(재판장) 이인복 김용덕(주심) 김소영

중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정 기간 세제혜택을 부여하는 것으로서, 제도의 취지와 연혁에 비추어 볼 때 이미 유예기간 중에 있는 기업에 대한 유예기간의 실효 여부는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석함이 타당하다.
 그런데 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령(이하 ‘개정 조세특례제한법 시행령’이라 한다)은 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어 중소기업의 요건으로 새로 인정하면서도, 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니하다.
 또한 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있는데, 위 단서는 위 제2호 사유 외에는 ‘중소기업’이 각 호의 어느 하나의 사유로 ‘중소기업’에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, 이러한 문언에 비추어 위 제2호 사유를 제외하고 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’에 대하여 정한 위 단서 규정을 가지고 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다.
 이러한 사정들에 비추어 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제5조, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항, 제2항, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호, 제2항 제2호를 살펴보면, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다.