법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2022.01.27 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 인천국제공항공사 (소송대리인 변호사 이재홍 외 5인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 인천세무서장 (소송대리인 법무법인 엘케이비앤파트너스 담당변호사 문준필 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2017. 6. 7. 선고 2015누45559 판결
【주 문】
 원심판결의 피고 패소 부분 중 토지임대용역에 대한 부가가치세에 관한 부분을 제외한 나머지 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 나머지 상고와 원고의 상고를 모두 기각한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 뒤에 제출된 피고의 각 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다. 
 1. 사안의 개요
 가. 원고는 인천국제공항의 개발 및 관리·운영 등의 사업을 하는 내국법인 사업자이다.
 나. 피고는 중부지방국세청장의 원고에 대한 세무조사 결과에 따라 2009. 10. 1. 원고에게 2008년 제1기 부가가치세와 2005 내지 2007 사업연도 법인세를 증액경정·고지하였다가, 조세심판원의 결정 등에 따라 그 일부를 감액경정·고지하였다(당초 각 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 2. 토지임대용역에 대한 법인세 및 부가가치세 과세표준 산정방법(원고 상고이유 제1, 2점 및 피고 상고이유 제1점) 
 가. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 1) 원고는 주식회사 칼호텔네트워크 외 6개 법인(이하 ‘이 사건 임차인들’이라 한다)과 사이에, 이 사건 임차인들이 인천국제공항 국제업무지역 내 원고 소유의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 각각 건축물을 신축하여 일정한 기간 동안 사용하면서 매년 토지사용료를 지급하고 토지사용기간 만료 후에는 원고에게 해당 건축물의 소유권을 무상으로 이전하기로 하는 내용의 실시협약을 체결하였다. 이에 따라 이 사건 임차인들은 이 사건 토지에 각 건축물(이하 ‘이 사건 각 건축물’이라 한다)을 신축하여 사용하면서 원고에게 토지사용료를 지급하였다.
 2) 피고는 원고가 토지사용기간 만료 후 이 사건 각 건축물의 소유권을 무상으로 이전받는 것은 이 사건 토지에 대한 임대료의 일부를 후불로 지급받는 것이라고 보고, 토지사용기간 만료 시점의 이 사건 각 건축물의 시가를 감정평가한 금액을 전체 토지사용기간으로 안분한 금액을 부가가치세 과세표준과 법인세 익금에 가산하여 이 사건 처분을 하였다. 
 나. 원고의 상고이유 제1, 2점에 관하여
 원심은 판시와 같은 이유로, 원고가 토지사용기간 만료 후 이 사건 임차인들로부터 이 사건 각 건축물의 소유권을 무상으로 이전받는 것은 실질적으로 이 사건 토지에 대한 임대료의 일부를 후불로 지급받는 것에 해당한다고 보고, 이와 다른 전제에서 금전으로 지급받은 토지사용료만을 기초로 부가가치세 과세표준을 산정해야 한다는 원고의 주장을 배척하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유 주장과 같이 이 사건 각 건축물의 소유권 이전과 토지 임대 사이의 대가관계 및 부가가치세법상 시가의 개념에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 다. 피고의 상고이유 제1점에 관하여
 1) 법인세 과세표준 산정방법
 가) 원심은 원고에게 이 사건 각 건축물의 소유권이 이전되는 토지사용기간 만료 시의 그 시가는 미래 시점의 명목상 가격이므로, 원고가 토지사용기간 내의 각 사업연도에 임대료의 일부로 받은 것으로 볼 수 있는 금액은 ‘토지사용기간 만료 시의 이 사건 각 건축물의 시가를 상당한 이율에 의한 중간이자 공제를 통하여 해당 사업연도의 현재가치로 할인하여 토지사용기간으로 안분한 금액’이라고 보았다.
 나) 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다. 
 (1) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제2항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제1항은 ‘자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우에는 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다.’고 규정하면서, 제1호에서 “계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일”을 규정하고 있다. 구 법인세법 제41조 제1항 제3호의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제72조 제1항은 제1호 내지 제4호에서 매입자산, 자가 제조·생산·건설 자산, 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산과 주식 등의 취득가액을 규정한 다음, 제5호에서 그 외의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가로 한다고 규정하고 있다. 따라서 이 사건과 같이 임대료로 토지사용기간 만료 시에 건축물의 소유권을 이전받기로 하는 경우에는 해당 시점의 건축물의 시가가 곧 후불로 받기로 한 임대료에 해당한다고 보아야 하고, 임대료 지급기간이 1년을 초과하므로 ‘이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액’으로서 각 사업연도의 익금에 산입할 금액은 토지사용기간 만료 시의 건축물의 시가를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액이라고 보는 것이 타당하다.
 (2) 기업회계기준은 금전채권 또는 금전채무에 관하여 이를 현재가치로 평가하여 명목가액과 현재가치의 차액을 현재가치할인차금으로 계상하는 규정을 두고 있다. 법인세법에서 현재가치 평가는 그러한 회계처리를 인정하는 규정이 별도로 존재하는 경우에 한하여 허용된다. 그런데 이 사건 각 건축물의 토지사용기간 만료 시의 가액은 해당 시점의 잔존가치를 감정을 통하여 평가한 금액으로서 기업회계기준에 따른 현재가치 평가의 대상이 아니고, 법인세법에 현재가치 평가를 인정하는 규정도 없다. 
 (3) 만약 원심과 같이 ‘토지사용기간 만료 시의 이 사건 각 건축물의 시가를 중간이자 공제를 통하여 해당 사업연도의 현재가치로 할인한 금액’을 기준으로 각 사업연도의 익금에 산입할 임대료를 계산할 경우, 중간이자로 공제된 금액 상당을 추가로 각 사업연도의 익금에 산입하지 않는 이상 해당 금액이 과세대상에서 누락되고, 전체 토지사용기간의 임대료로서 각 사업연도의 익금에 산입된 금액을 합산한 금액도 원고가 취득할 당시의 이 사건 각 건축물의 시가에 미달하게 된다.
 (4) 따라서 원고의 각 사업연도 법인세 과세표준을 산정할 때에는 토지사용기간 만료 시의 이 사건 각 건축물의 시가 자체를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액을 임대료로 보아 익금에 산입하여야 한다. 
 다) 그런데도 원심은 토지사용기간 만료 시의 이 사건 각 건축물의 시가를 현재가치로 할인한 금액을 기준으로 각 사업연도의 익금에 산입할 임대료를 계산하여야 함을 전제로 2005 내지 2007 사업연도 법인세 부과처분의 각 일부가 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 후불임대료의 법인세 과세표준 산정방법에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다.
 2) 부가가치세 과세표준 산정방법
구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 본문은 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 “금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가”를, 제2호에서 “금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”를 규정하고 있다. 따라서 사업자가 임대용역을 공급하고 임대료를 일부는 금전으로 나머지는 금전 이외의 것으로 받은 경우 그 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 임대료로 받은 금전에 임대용역 중 금전 이외의 것과 대가관계가 있는 부분의 시가를 더한 금액이라고 보아야 한다(대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조). 
 원심은 2008년 제1기 부가가치세 과세표준을 산정할 때에는 원고가 금전으로 지급받은 토지사용료와 해당 과세기간에 공급한 토지임대용역 중 이 사건 각 건축물과 대가관계가 있는 부분의 시가를 더하여야 한다고 보고, 이 사건 토지의 임대용역에 대한 감정가액을 토대로 해당 부분의 시가를 산정하여 정당한 세액을 계산한 다음, 2008년 제1기 부가가치세 부과처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하다고 판단하였다. 
 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유 주장과 같이 후불임대료에 관한 부가가치세 과세표준 산정방법에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 3. 수도시설이용권의 취득가액에 포함되는 공항송수관로 공사 등 사업비의 범위(원고 상고이유 제3, 4점)
 원심은 판시와 같은 이유로 원고가 지출한 공항송수관로(1단계) 공사 등의 사업비 중 인천광역시 상수도사업본부가 2002. 6. 21. 원고와 체결한 사업비분담협약에 따라 원고에게 정산하기로 한 부분은 위 공사로 원고가 취득한 수도시설이용권의 취득가액에 포함된다고 볼 수 없으므로, 피고가 그 부분에 대한 감가상각비를 손금불산입한 것은 적법하다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유 주장과 같이 채증법칙 위반으로 인하여 사실을 오인하거나 무형고정자산의 취득가액 산정에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 
 4. 가설건축물이 독립된 감가상각 대상 자산에 해당하는지 여부(원고 상고이유 제5, 6점)
 원심은 판시와 같은 이유로 원고가 1995년경부터 1999년경까지 제2외항사터미널 건설예정부지에 신축한 138동의 가설건축물은 1단계 공항시설의 건설을 위한 것으로서 그 신축비용은 위 공항시설의 공사를 위하여 지출된 비용에 해당하여 공항시설의 취득가액에 포함될 뿐이므로, 위 가설건축물은 독립된 감가상각 대상 자산이라고 보기 어렵다는 취지로 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유 주장과 같이 채증법칙 위반으로 인하여 사실을 오인하거나 자산의 취득가액에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 상고이유에서 들고 있는 대법원 2010. 3. 25. 선고 2007두15643 판결은 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다. 
 5. 기상시설 및 X-Ray 검색장비가 사용수익기부자산에 해당하는지 여부(원고 상고이유 제7, 8점)
 원심은 원고가 기상청과 인천공항세관에 기상시설과 X-Ray 검색장비(이하 ‘이 사건 공항시설’이라 한다)를 각각 기부한 후 이를 사용하거나 그로부터 수익을 얻었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 공항시설을 무형고정자산인 사용수익기부자산으로 볼 수 없다고 판단하였다. 나아가 원심은 이 사건 공항시설의 기부 이후 원고가 다시 인수한 X-Ray 검색장비 중 일부는 자산수증이익에 해당한다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유 주장과 같이 사용수익기부자산에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 6. 협력업체 특별성과금이 용역의 대가에 해당하는지 여부(원고 상고이유 제9, 10, 11점)
 원심은 판시와 같은 이유로 원고가 공항운영협력사 직원들에게 지급한 특별성과금은 약정이나 법률상 의무 없이 지급된 것으로서 용역의 대가에 해당한다고 할 수 없고, 다만 용역계약에 따른 근무관계를 보다 원활하게 하기 위하여 지급된 것으로서 원고의 사업과 관련성이 있으므로 접대비의 성격을 가지고 있다고 봄이 타당하다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유 주장과 같이 손금산입의 범위에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 7. 골프장 조성비용이 선수임대료에 해당하는지 여부(피고 상고이유 제2점)
 가. 원심의 판단
 1) 원심은 채택 증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다. 
 가) 원고와 클럽폴라리스 주식회사(2006. 1. 2. 상호가 스카이칠십이 주식회사로 변경되었다. 이하 ‘스카이72’라 한다)는 2002. 7. 24. ‘원고는 토지를 제공하고, 스카이72는 그 토지에 골프장을 조성·운영하면서 토지사용료를 지급하며, 토지사용기간은 2006. 7.경부터 2020. 12. 31.까지로 한다.’는 내용의 실시협약(이하 ‘이 사건 골프장 실시협약’이라 한다)을 체결하였다.
 나) 이 사건 골프장 실시협약 제10조는 제1항에서 ‘골프장 영업과 관련하여 건설한 시설의 소유권은 토지사용기간이 종료함과 동시에 국가 또는 원고에 귀속되며, 스카이72는 토지사용기간 종료 1개월 전까지 본 시설의 제반 귀속절차(소유권이전절차 포함)를 이행하여야 한다. 다만 시설물을 철거하여야 할 경우에는 토지사용기간 종료 후 6개월 이내에 모든 시설을 철거하여야 한다.’고 규정하고, 제4항에서 ‘이와 같이 시설을 인계 또는 철거해야 하는 경우 스카이72는 민법 제283조 및 제285조에 의한 지상물매수청구권을 주장할 수 없다.’고 규정하고 있다. 
 다) 피고는 스카이72가 2005년부터 2008년까지 골프장(‘하늘코스’만을 의미한다. 이하 ‘이 사건 골프장’이라 한다) 조성을 위하여 지출한 ‘육지부지조성비용’과 ‘골프코스 및 시설조성공사비용’ 중 감가상각자산인 건물, 도로 등 구축물에 공여된 부분을 제외한 토지 조성 직접비(이하 ‘이 사건 골프장 조성비’라 한다)는 원고 토지의 가치를 증가시키는 비용으로서 선수임대료에 해당한다고 보고, 이를 토지사용기간으로 안분한 금액을 부가가치세 과세표준과 법인세 익금에 가산하여 이 사건 처분을 하였다. 
 2) 원심은 이 사건 골프장 실시협약 체결 단계에서는 원고가 토지사용기간 만료 후 이 사건 골프장 부지를 인도받아 계속 골프장 용도로 사용할 것이 확정되었다고 볼 수 없고, 앞으로 이를 원상회복하여 반환받을 가능성도 있다는 등 판시와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 골프장 공사 완료 시 이 사건 골프장 조성비를 선수임대료로 받았다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분 중 이와 다른 전제에서 이루어진 부분은 위법하다고 판단하였다. 
 나. 대법원의 판단
 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
 1) 구 법인세법 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정하여 손익이 권리의무의 확정 시에 실현되는 것으로 보는 권리의무확정주의를 채택하고 있다. 이는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 22. 선고 2016두51511 판결 참조). 
 2) 원심이 인정하거나 기록에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 이 사건 골프장 공사 완료 시에 이 사건 골프장 조성비를 선수임대료로 받았다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 골프장 조성비를 토지사용기간으로 안분하여 부가가치세 과세표준과 법인세 익금에 가산한 부분은 적법하다. 
 가) 토지에 대한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다(대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결 등 참조). 스카이72가 지출한 이 사건 골프장 조성비는 골프장 조성을 위한 토지의 개량 등에 사용되었고, 그 지출로 인하여 원고 토지의 가치가 현실적으로 증가하였으므로, 이는 원고 토지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 봄이 타당하다. 
 나) 원고와 스카이72 사이에 체결된 이 사건 골프장 실시협약에는 토지사용기간이 종료하는 경우 이 사건 골프장 시설의 소유권이 원고 측에 귀속하고, 이에 따라 스카이72가 원고에게 위 시설을 사용 중인 상태로 인계하는 것으로 되어 있고, 다만 예외적으로 그 시설을 철거하여야 할 경우를 대비한 절차적인 조항이 마련되어 있을 뿐이다. 따라서 예외적인 원상회복 의무의 발생가능성을 이유로 이 사건 골프장 조성비의 지출로 인하여 이미 이루어진 원고 토지의 가치 증가가 아직 실현되지 않았다고 볼 수는 없다. 
 다) 원고는 내부적으로 2020. 12. 31.까지 이 사건 골프장의 운영을 중지할 가능성이 매우 낮은 것으로 파악하기도 하였고, 원고가 스카이72의 지분을 취득한 데에는 향후 이 사건 골프장을 운영하는 데 필요한 노하우를 배우기 위한 목적도 있었던 것으로 보인다. 이러한 사정은 원고가 토지사용기간 종료 시 이 사건 골프장 부지를 거기에 설치된 골프장 시설 등을 철거하여 원상회복한 상태로 반환받을 가능성이 희박하였다는 것을 뒷받침한다. 
 라) 이 사건 골프장 조성비의 지출로 인하여 원고 토지의 가치가 증가하였으므로 그 조성비 상당은 원고의 토지 임대에 대한 대가로 볼 수 있다. 나아가 원고 토지의 가치 증가는 이 사건 골프장 공사 완료 시에 이미 이루어졌으므로, 원고는 그 무렵 이 사건 골프장 조성비 상당의 임대료를 미리 받은 것으로 보아야 한다. 
 3) 그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 이 사건 처분 중 이 사건 골프장 조성비를 선수임대료로 보아 이를 부가가치세 과세표준과 법인세 익금에 가산한 부분은 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 권리의무확정주의와 토지에 대한 자본적 지출에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다.
 8. 건설본부 소속 직원에게 지급한 명예퇴직금이 자산의 취득가액에 포함되는지 여부(피고 상고이유 제3점)
 가. 원심의 판단
 1) 원심은 채택 증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다. 
 가) 원고는 2005 및 2006 사업연도에 특별명예퇴직을 실시하여 명예퇴직을 신청한 건설본부 소속 직원들에게 퇴직금과 별도로 명예퇴직금을 지급하고 이를 ‘영업외비용’으로 회계처리하여 손금산입하였다. 
 나) 원고의 보수규정은 제49조에서 ‘20년 이상 근속하고 정년을 1년 이상 남긴 직원’을 명예퇴직금 지급대상으로 정하고 있었으나, 위 특별명예퇴직 당시에는 ‘7년 이상 근속하고 정년을 1년 이상 남긴 일반직 직원 및 모든 계약직 직원(근속기간 제한 없음)’에게도 명예퇴직금을 지급할 수 있는 것으로 지급대상이 확대되었다.
 다) 피고는 원고가 지급한 위 명예퇴직금 중 위 직원들이 원고에 복무한 전체 기간 중 인천국제공항 건설 당시 건설본부에 근무한 기간이 차지하는 비율에 해당하는 금액(이하 ‘이 사건 명예퇴직금’이라 한다)이 영업외비용이 아닌 ‘건설 중인 자산’의 취득가액에 해당한다고 보고 이를 손금불산입하여 2005 및 2006 사업연도 법인세 부과처분을 하였다.
 2) 원심은 이 사건 명예퇴직금의 지급대상이 당시의 보수규정에 따른 일반적인 명예퇴직금의 지급대상과 다르다는 등 판시와 같은 이유를 들어, 이 사건 명예퇴직금은 일시적, 우발적으로 지급된 위로금으로 보는 것이 타당하고, 따라서 2005 및 2006 사업연도 법인세 부과처분 중 이 사건 명예퇴직금을 ‘건설 중인 자산’의 취득가액으로 보아 손금불산입한 부분은 위법하다고 판단하였다.
 나. 대법원의 판단
 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
 1) 구 법인세법 제41조 제1항은 “내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.”라고 규정하면서 제2호에서 “자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액”이라고 규정하고, 제2항은 “제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제2호는 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산의 취득가액을 “원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액”으로 규정하고 있다.
 2) 원심판결 이유와 기록에 의하면, 이 사건 명예퇴직금의 지급대상은 인천국제공항 건설 당시 건설본부에 소속된 직원들인 사실, 원고는 보수규정에서 직원이 정년 전에 본인의 희망에 의하여 퇴직하는 때에는 일정한 산식에 따라 계산된 금액을 명예퇴직금으로 지급할 수 있도록 규정하여 상시적인 명예퇴직의 시행을 예정하고 있는 사실을 알 수 있다. 이러한 사실관계와 함께 원고가 운영한 명예퇴직금 제도의 구체적인 내용 등을 앞서 든 규정에 비추어 살펴보면, 이 사건 명예퇴직금은 인천국제공항 건설 당시 건설본부 소속 직원들의 근로의 대가로 지급된 금원으로 건설공사에 소요된 노무비 또는 기타 부대비용에 해당하여 ‘건설 중인 자산’의 취득가액에 포함된다고 보아야 하고, 위 명예퇴직 당시 일시적으로 명예퇴직금의 지급대상이 확대되었다는 사정만으로 달리 볼 수 없다.
 3) 그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 2005 및 2006 사업연도 법인세 부과처분 중 이 사건 명예퇴직금을 ‘건설 중인 자산’의 취득가액으로 보아 손금불산입한 부분은 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 법인세법상 자산의 취득가액에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다.
 9. 기부채납이 예정된 도로의 개설비용이 감가상각 대상 자산에 해당하는지 여부(피고 상고이유 제4점)
 가. 원심의 판단
 1) 원심은 채택 증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다. 
 가) 원고는 1992년경 인천광역시로부터 인천 중구 영종도, 용유도 일대에 신공항건설을 위한 공유수면 매립승인을 받았는데, 당시 인천광역시장은 ‘공항지역 내 도로 등 공공시설은 국유로 하고, 배후자원단지 내 도시계획시설인 도로 등은 도시계획시설 결정 후 준공과 동시에 지방자치단체(인천시)에 귀속하며, 그 유지보수는 5년간 원고의 부담으로 한다.’는 내용의 승인조건을 부가하였다.
 나) 원고는 2000년경 남북측 방조제도로와 북측 진입도로(이하 위 각 도로를 ‘이 사건 도로’라 한다)를 준공하여 그 개설비용을 구축물로 계상한 다음, 2001 내지 2007 사업연도 법인세 신고 시 그에 대한 감가상각비를 손금산입하였다.
 다) 한편 원고는 이 사건 도로를 준공한 후 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤고, 인천광역시는 이 사건 도로를 도시계획시설로 결정하여 고시하였다. 원고는 이 사건 도로가 준공된 이후 위 승인조건에 따라 수차례에 걸쳐 국가와 인천광역시에 이 사건 도로를 이관하여 갈 것을 요청하였다. 이러한 원고의 요청에 따라 2006. 12. 5. 건설교통부에서 개최된 회의에서 ‘이 사건 도로를 인천광역시로 이관하고, 다만 그 유지 및 관리는 원고가 하는 것이 타당하다.’는 내용의 협의가 이루어지기도 하였다.
 라) 피고는 이 사건 도로가 장래 인천광역시에 기부채납되어야 할 도시계획시설이므로 그 개설비용은 구축물이 아닌 ‘원고의 공항부지에 대한 자본적 지출’에 해당한다고 보아, 이 사건 도로에 대한 감가상각비를 손금불산입하여 2005 내지 2007 사업연도 법인세 부과처분을 하였다. 
 2) 원심은 판시와 같은 사정에 비추어 이 사건 도로의 기부채납이 사실상 불가능하게 되었다는 등의 이유로 이 사건 도로가 원고의 감가상각자산인 구축물에 해당한다고 보아, 2005 내지 2007 사업연도 법인세 부과처분 중 이 사건 도로에 대한 감가상각비를 손금불산입한 부분은 위법하다고 판단하였다. 
 나. 대법원의 판단
 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
 1) 토지에 대한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말하고, 통상 진입도로의 개설은 특별한 사정이 없는 한 그 진입도로에 의하여 이용 편의를 제공받는 토지의 효용가치를 증가시키는 데에 기여한다. 따라서 토지의 이용 편의를 위하여 해당 토지에 이르는 진입도로를 개설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우, 그 도로로 된 토지의 가액 및 도로개설비용은 해당 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 것으로서 해당 토지에 대한 자본적 지출에 해당하고, 그 소요비용이 특정사업의 면허 또는 사업의 개시 등과 관련하여 지출된 것이라고 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결 참조).
 2) 원심판결 이유와 기록에 의하면, 이 사건 도로는 원고가 인천국제공항을 건설하기 위하여 공유수면을 매립함으로써 영종도와 용유도를 잇는 기존 연륙도로를 철거하게 됨에 따라 이를 대체하여 원고의 공항부지로 진입하는 용도로 개설된 사실을 알 수 있다. 그리고 이 사건 도로의 개설 및 기부채납은 공유수면 매립의 승인조건인 사실, 원고는 위 승인조건에 따라 수차례에 걸쳐 인천광역시 등에 이 사건 도로를 이관하여 갈 것을 요청하였고, 그 과정에서 이 사건 도로를 인천광역시로 이관하는 것이 타당하다는 내용의 협의가 이루어지기도 한 사실은 앞서 본 바와 같다. 이러한 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 도로는 공유수면 매립을 통한 토지의 취득과정에서 원고의 공항부지 이용을 위하여 개설된 것으로서 위 공항부지의 가치를 현실적으로 증가시켰으므로, 그 개설비용은 원고의 공항부지의 자본적 지출에 해당한다고 봄이 타당하고, 기부채납이 지연되고 있다는 사정만으로 이와 달리 볼 수 없다. 
 3) 그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 2005 내지 2007 사업연도 법인세 부과처분 중 이 사건 도로에 대한 감가상각비를 손금불산입한 부분은 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 토지에 대한 자본적 지출에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다. 
 10. 결론
 그러므로 원심판결의 피고 패소 부분 중 토지임대용역에 대한 부가가치세에 관한 부분을 제외한 나머지 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하며, 피고의 나머지 상고와 원고의 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 안철상(재판장) 김재형 노정희 이흥구(주심)

[1] 법인인 임대인이 자신의 토지에 건축물을 신축하여 사용하는 임차인으로부터 임대료로 토지사용기간 만료 시에 건축물의 소유권을 이전받기로 하는 경우, 법인세 과세표준상 각 사업연도의 익금에 산입할 임대료를 산정하는 방법
 [2] 사업자가 임대용역을 공급하고 임대료를 일부는 금전으로 나머지는 금전 이외의 것으로 받은 경우, 그 공급에 대한 부가가치세의 과세표준을 산정하는 방법
 [3] 구 법인세법 제40조 제1항에서 손익이 권리의무의 확정 시에 실현되는 것으로 보는 권리의무확정주의를 채택하고 있는 취지
 [4] 토지의 이용 편의를 위하여 해당 토지에 이르는 진입도로를 개설하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 공여한 경우, 그 도로로 된 토지의 가액 및 도로개설비용이 해당 토지에 대한 자본적 지출에 해당하는지 여부(적극) 및 그 소요비용이 특정사업의 면허 또는 사업의 개시 등과 관련하여 지출된 것인 경우 달리 보아야 하는지 여부(소극)

[1] 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제2항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제1항은 ‘자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만 임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우에는 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다.’고 규정하면서, 제1호에서 “계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일”을 규정하고 있다. 구 법인세법 제41조 제1항 제3호의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제72조 제1항은 제1호 내지 제4호에서 매입자산, 자가 제조·생산·건설 자산, 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산과 주식 등의 취득가액을 규정한 다음, 제5호에서 그 외의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가로 한다고 규정하고 있다. 따라서 임대료로 토지사용기간 만료 시에 건축물의 소유권을 이전받기로 하는 경우에는 해당 시점의 건축물의 시가가 곧 후불로 받기로 한 임대료에 해당한다고 보아야 하고, 임대료 지급기간이 1년을 초과하므로 ‘이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액’으로서 각 사업연도의 익금에 산입할 금액은 토지사용기간 만료 시의 건축물의 시가를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액이라고 보는 것이 타당하다. 
 [2] 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 본문은 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 “금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가”를, 제2호에서 “금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”를 규정하고 있다. 따라서 사업자가 임대용역을 공급하고 임대료를 일부는 금전으로 나머지는 금전 이외의 것으로 받은 경우 그 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 임대료로 받은 금전에 임대용역 중 금전 이외의 것과 대가관계가 있는 부분의 시가를 더한 금액이라고 보아야 한다. 
 [3] 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정하여 손익이 권리의무의 확정 시에 실현되는 것으로 보는 권리의무확정주의를 채택하고 있다. 이는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이다. 
 [4] 토지에 대한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말하고, 통상 진입도로의 개설은 특별한 사정이 없는 한 그 진입도로에 의하여 이용 편의를 제공받는 토지의 효용가치를 증가시키는 데에 기여한다. 따라서 토지의 이용 편의를 위하여 해당 토지에 이르는 진입도로를 개설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우, 그 도로로 된 토지의 가액 및 도로개설비용은 해당 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 것으로서 해당 토지에 대한 자본적 지출에 해당하고, 그 소요비용이 특정사업의 면허 또는 사업의 개시 등과 관련하여 지출된 것이라고 하여 달리 볼 것은 아니다.