과징금부과처분취소 (일반행정, 수원고등법원)
공포일: 2020.08.26 / 시행일:

【원고, 피항소인 겸 항소인】 경일여객자동차 주식회사(소송대리인 변호사 오해진 외 1인)
【피고, 항소인 겸 피항소인】 안성시장(소송대리인 법무법인 티엘비에스 담당변호사 이덕재 외 2인)
【제1심판결】 수원지방법원 2019. 8. 28. 선고 2019구단6011 판결
【변론종결】2020. 6. 17.
【주 문】
1. 원고와 피고의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 각자 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2018. 4. 19. 및 같은 달 24. 원고에게 한 각 여객자동차운수사업법위반 과징금 부과처분을 취소한다.
2. 항소취지
 가. 원고
 제1심판결 중 다음에서 취소를 구하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2018. 4. 19. 원고에게 한 여객자동차운수사업법위반 과징금 부과처분을 취소한다.
 나. 피고
 제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 아래와 같이 일부 고치는 외에는 제1심판결의 해당부분(2쪽 5줄부터 3쪽 11줄까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
○ 2쪽 11줄의 ‘상행노선’을 ‘하행노선’으로, ‘하행노선’을 ‘상행노선’으로 고쳐 쓴다.
○ 2쪽 15줄, 16줄의 ‘여객자동차법 제85조 제1항 제6호, 제12호, 여객자동차법 시행령 제88조, 제46조’를 ‘구 여객자동차법(2020. 3. 24. 법률 제17091호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제85조 제1항 제6호, 제12호, 제88조, 구 여객자동차법 시행령(2018. 4. 10. 대통령령 제28793호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조’로 고쳐 쓴다.
○ 3쪽 5줄, 6줄의 ‘여객자동차법 제85조 제1항 제12호, 여객자동차법 시행령 제88조, 제46조’를 ‘구 여객자동차법 제85조 제1항 제6호, 제12호, 제88조, 구 여객자동차법 시행령 제46조’로 고쳐 쓴다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 1) 처분기간 위반 (제1 주장)
구 여객자동차법 시행령 제42조 제2항은 ‘처분관할청은 여객자동차법 제85조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 위반행위를 적발한 때에는 특별한 사유가 없으면 적발한 날로부터 30일 이내에 처분을 하여야 한다.’고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 ‘처분관할청은 제3항에 따라 적발통보를 받은 경우 특별한 사유가 없으면 30일 이내에 처분을 하고, 그 결과를 지체 없이 적발사실을 통보한 관할관청에 통보하여야 한다.’고 규정하고 있는데, 피고는 경기도지사로부터 이 사건 제1 위반행위에 대하여는 적발통보를 받은 날로부터 약 219일을 도과하여 이 사건 제1 처분을, 이 사건 제2, 3 위반행위에 대하여는 적발통보를 받은 날로부터 약 81일을 도과하여 이 사건 제2 처분을 하였으므로, 이 사건 제1, 2 처분은 모두 처분기한을 도과하여 위법한 처분이다.
 2) 이 사건 제1 위반행위 부인 (제2 주장)
 ① 원고는 이 사건 제1 노선의 기점 또는 종점을 ‘○○’이라는 행정구역으로 하여 인가를 받았으므로 ○○터미널에서 약 1.2km 떨어진 △△대학교 ○○캠퍼스 간이정류장까지 운행한 것은 기점ㆍ종점을 변경한 것이 아니며, 설령 인가받은 기점 또는 종점을 ○○ 시외버스터미널이라고 보더라도 원고는 ○○ 시외버스터미널에서 운행을 시작하고 종료하였으므로 기점과 종점을 변경하여 운행한 사실이 없고, ② 기점ㆍ종점이 변경되면 운행거리가 연장되어 요금도 당연히 같이 변경되어야 하는데, 원고는 △△대학교 ○○캠퍼스 간이정류장까지 운행하면서 추가요금을 받은 사실이 없으며, ③ 원고는 이 사건 노선을 각 편도 34회/일 운행하면서 그 중 각 1회/일만 △△대학교 ○○캠퍼스 간이정류장까지 운행하여 　여객자동차운수사업 인ㆍ면허업무처리요령 제7조에서 규정하고 있는 시외버스 운행계통 연장의 인가 대상인 운행횟수 3회 이상인 경우에 해당하지 아니하고, 실제 운행일수도 토ㆍ일요일과 법정공휴일 및 방학기간을 제외하고 연간 150일에 불과하므로 사업계획변경을 통해 인가받을 사안도 아니다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 제1 처분은 위법하다.
 3) 이 사건 제2 위반행위 부인 (제3 주장)
 ① 원고는 이 사건 제2 노선 운송사업을 양수한 뒤 2017. 6. 29. 경기도지사에게 이 사건 제2 노선에 대한 운송개시 신고를 하고 경기도지사는 같은 날 신고수리 통보를 하였는데, 원고는 성남종합버스터미널의 플랫폼 등 사용문제와 운행차량 부족 등의 이유로 ‘운송개시일’을 준수하지 못하게 된 것일 뿐인데도 피고가 이와 달리 ‘결행’을 하였음을 처분사유로 한 점, ② 원고는 이후 경기도지사에게 이 사건 제2 노선의 폐지신청서를 제출하였고, 경기도지사는 2018. 5. 9. 이 사건 제2 노선 폐지를 내용으로 하는 사업계획 변경 인가를 하였는바, 피고가 이 사건 제2 노선의 폐지 결과를 기다리지 않고 서둘러 이 사건 제2 처분을 한 것은 부당한 점, ③ 피고가 노선폐지 결정을 기다렸다면 동일한 위반사실에 대하여 이 사건 제2 노선 폐지 결정과 과징금이 동시에 부과되는 일이 없었을 것이며, 설령 두 처분이 병존한다 하더라도 이 사건 제2 노선폐지에 과징금 부과처분이 포섭되어 노선폐지 결정만이 남고 과징금처분은 취소되어야 하는 점 등에서 이 사건 제2 처분 중 이 사건 제2 노선의 ‘결행’을 이유로 한 부분은 위법하다. 따라서 이 사건 제2 처분은 이 사건 제3 위반행위에 대한 과징금 산정액 20만 원(1개 노선 당 10만 원)에 대하여만 유지되어야 한다.
 4) 과징금 산정의 위법 (제4 주장)
 ① 구 여객자동차법 시행령 제43조 [별표3] 1. 일반기준의 나항 및 같은 시행령 [별표5] 1. 여객자동차운송사업 및 자동차대여사업의 비고 5항의 규정들을 종합할 때 위반행위의 횟수에 따른 행정처분의 가중된 부과기준은 최근 1년간 같은 위반행위로 행정처분을 받은 경우에 적용되어야 하며 이 경우 기간의 계산은 위반행위에 대하여 행정처분을 받은 날과 그 처분 후 다시 같은 위반행위로 하여 적발된 날을 기준으로 하여야 하고, 수회에 걸쳐 위반행위를 하였더라도 최초 적발 당시를 최초 1건으로 보고 그 후 1년 이내에 동일한 위반행위가 적발된 경우에만 추가 위반에 대하여 가산할 수 있다.
 ② 피고는 매 운행횟수마다 1회의 위반행위가 성립한다는 전제에서 이 사건 각 처분을 하였으나, 이 사건 제1, 2 위반행위는 원고의 단일한 의사에 의하여 동일한 목적을 수행하기 위해 계속 실행되어 온 것이므로 전체적으로 포괄하여 1개의 위반행위를 한 것으로 보아야 한다. 
 ③ 구 여객자동차법 제88조 제1항에 따라 해당 여객자동차 운수사업자에 대해 과징금을 부과하는 경우 노선이 아니라 여객자동차운송사업자를 기준으로 과징금을 산정하여 하나의 처분을 하여야 함에도 노선별로 과징금을 산정하여 이 사건 제1, 2 처분을 하였다. 
 ④ 나아가 피고는 이 사건 제1, 2 처분 외에도 2018. 2. 28. 원고에 대하여 미인가 노선 운행 등(이하 ‘종전 위반행위’라 한다)을 이유로 이미 5,000만 원의 과징금 부과처분을 하였는데, 2018. 2. 28.자 과징금 부과처분을 할 당시에 피고는 이 사건 각 위반행위도 인지한 상태였으므로 종전 위반행위와 이 사건 각 위반행위에 대하여 5,000만 원을 초과하지 않는 범위에서 하나의 과징금을 부과하였어야 한다. 
 5) 이 사건 제1 처분의 재량권 일탈ㆍ남용 (제5 주장)
 원고는 △△대학교 학생들의 학기 중 통학편의를 위하여 기존 요금 이외 추가 요금 없이 △△대학교 간이정류소까지 운행을 한 점, 이로 인해 다른 업체의 영업을 방해한 사실이 없고, 위 운행에 대하여 민원이 제기된 사실도 없는 점, 피고는 이 사건 제1 위반행위와 유사하게 원고가 남부터미널-혁신도시내의 법무연수원까지 연장운행한 사례에 대하여 사업계획 연장 위반이 아니라 경미한 사업계획 위반(그 밖에 사업계획 내용 위반)에 해당하는 것으로 보고 과징금 50만 원을 부과한 선례가 있는 점 등의 사정을 종합하여 보면, 이 사건 처분은 비례의 원칙이나 평등의 원칙, 행정의 자기구속 원칙을 위반하여 그 재량권을 일탈 또는 남용한 것으로 위법하다.
 6) 이 사건 제2 처분의 재량권 일탈ㆍ남용 (제6 주장)
 이 사건 제2 노선은 10년간 운행이 되지 않던 노선인데다 본래 이용객이 많지 않고 원고가 동일 노선을 이미 운행하고 있는 상태였으므로 이 사건 제2 위반행위로 인하여 승객의 불편이 초래된 사실이 없는 점, 원고가 이 사건 제2 위반행위에 대한 행정처분 사전통지서를 수령한 후 스스로 이 사건 제2 노선을 폐지하는 내용으로 사업계획변경인가를 신청한 점 등의 사정을 고려하면, 이 사건 제2 처분으로 달성되는 공익에 비하여 원고의 사익 침해가 지나치게 과도하여 비례의 원칙을 위반하였다.
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 제1 주장에 관한 판단
구 여객자동차법 시행령 제42조 제2항 내지 4항의 규정 형식 및 여객자동차 운수사업에 관한 질서를 확립하고 여객의 원활한 운송과 여객자동차 운수사업의 종합적인 발달을 도모하여 공공복리를 증진하고자 하는 여객자동차법의 목적 등에 비추어 보면, 위 규정은 행정청에 대하여 여객자동차법의 목적을 달성하기 위하여 위반행위를 적발한 때부터 30일 이내의 단기간 내에 신속하게 처분을 하도록 하는 직무상 훈시규정으로 봄이 상당하고 이와 달리 위반행위를 적발한 때부터 30일이 경과하면 일체의 처분을 할 수 없다는 취지의 규정으로 볼 수는 없으므로, 행정청이 그 기간을 경과하여 위반행위에 대한 처분을 하였다고 하여 그 처분이 적법절차의 원칙 등에 위반되어 위법하다고 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 라. 제2 주장에 관한 판단
 1) 시외버스의 기점ㆍ종점을 시나 군에 소재하는 여객자동차터미널의 명칭을 사용하지 않고 시나 군의 명칭을 사용하여 정했을 경우, 시나 군 단위 행정구역의 크기나 면적을 고려할 때 해당 시나 군에 소재하는 여객자동차터미널이 1개로 특정될 수 있다면 해당 시외버스의 기점ㆍ종점은 그 여객자동차터미널이라고 봄이 타당하다. 
 원고는 기점과 종점을 변경하여 운행하지 않았다고 주장하나 원고의 주장에 의하더라도 하행의 경우는 서울(남부, 구의)을 출발하여 ○○터미널에서 일반승객을 내려준 다음 △△대학교 ○○캠퍼스에 들러 학생들을 내려주고 ○○터미널로 돌아와 운행을 종료하였고, 상행의 경우는 ○○터미널에서 운행을 시작하여 먼저 △△대학교 ○○캠퍼스에서 학생들을 태운 다음 ○○터미널에 들러 일반 승객을 태우고 서울(남부, 구의)로 운행하였다는 것인데(원고의 2019. 10. 15.자 준비서면 16쪽), 승객의 최종 하차 또는 최초 승차가 △△대학교 ○○캠퍼스에서 이루어졌다는 점에서 원고가 기점ㆍ종점을 변경하여 연장운행을 하였다고 보아야 한다. 
 2) 운행계통의 기점ㆍ종점의 변경은 거리가 증가하는 것을 요소로 할 뿐 요금의 증가는 요소로 하지 아니하므로, 원고가 이 사건 제1 노선 시외버스를 △△대학교 ○○캠퍼스까지 운행하면서 추가요금을 받지 않았기 때문에 이 사건 제1 노선 시외버스의 기점ㆍ종점을 변경한 것이 아니라는 주장은 받아들일 수 없다.
 3) 한편, 구 여객자동차법 제10조 제1항에 의하면, 사업계획 변경은 국토교통부령에서 신고대상으로 규정하지 않으면 원칙적으로 인가대상에 해당하는데, 시외버스운송사업의 사업계획 중 운행계통의 연장은 시외버스운송사업의 사업계획 중 신고대상인 경미한 사항에 관한 구 여객자동차법 시행규칙 제33조 제1항 제3호의 각 목에 포함되지 아니하므로, 연장 운행 횟수에 관계없이 모두 인가 대상이다. 
 구 여객자동차운수사업 인ㆍ면허업무처리요령(2019. 1. 14. 국토교통부훈령 제1154호로 개정되기 전의 것) 제7조 제2호 가목의 본문에 따르면, 시외버스 운행계통 연장의 면허ㆍ인가ㆍ신고의 기준은 연장구간의 운행횟수를 3회 이상으로 하여야 하고, 기존 운행횟수가 3회 미만인 운행계통은 당해업체의 전 운행횟수를 연장하여야 한다. 위 훈령 규정은 시외버스 운행계통의 연장에 관하여 인가를 받으려면 연장구간의 운행횟수를 3회 이상으로 하고, 기존 운행횟수가 3회 미만인 경우에는 당해업체의 전 운행횟수를 연장하라는 의미이지, 이를 3회 미만으로 연장하여 운행할 경우에는 운행계통의 연장에 대한 인가 없이 운행이 가능하다고 해석하는 것은 문언의 가능한 범위를 벗어나는 것으로 보인다. 
 4) 위와 같은 이유로 원고의 제2 주장도 받아들일 수 없다.
 마. 제3 주장에 관한 판단
 1) 을 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 이 사건 제2 위반행위가 구 여객자동차법 제85조 제1항 제12호, 제88조 제1항, 같은 법 시행령 제46조 [별표 5] 1. 여객자동차운송사업 및 자동차대여사업 중 7호 가목 1)항의 ‘결행’에 해당한다고 보아 이에 대한 과징금을 3억 4,450만 원으로,. 이 사건 제3 위반행위에 대한 과징금을 20만 원으로 산정한 다음 1개의 처분으로 과징금 5,000만 원의 처분을 하였다.
 그런데 구 여객자동차법 제7조 본문은 ‘여객자동차운송사업의 면허를 받은 자는 국토교통부장관 또는 시ㆍ도지사가 지정하는 기일 또는 기간 안에 사업계획에 따른 수송시설을 확인받고 운송을 시작하여야 한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 제85조 제1항 제9호는 ‘제7조를 위반하여 국토교통부장관 또는 시ㆍ도지사가 지정한 기일 또는 기간 내에 운송을 시작하지 아니한 경우‘(이하 ’운행미개시‘라고 한다)를 별도의 면허ㆍ허가ㆍ인가 또는 등록의 취소 사유로 정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제43조 [별표3] 2. 개별기준 중 가호 9목은 ’정당한 사유 없이 지정된 기일 또는 기간 내에 운송을 시작하지 않은 경우‘ 1차 위반에 대하여 사업면허취소 처분을, ’신설된 노선 또는 운행계통에서 지정된 기일 또는 기간 내에 운송을 시작하지 않은 경우‘ 1차 위반에 대하여 노선폐지명령 또는 감차명령 처분을 하도록 규정하고 있다. 위와 같이 여객자동차법령은 ’결행‘과 ’운행미개시‘를 별개의 위반사유로 구분하고 그에 대한 처분기준을 달리하고 있음을 알 수 있다. 
 한편, 여객자동차법령에서 ‘운송개시(또는 운송미개시)’와 ‘결행’에 관한 정의규정을 따로 두고 있지 않으나 위 관계 규정에 비추어 보면, ‘운송미개시’는 여객자동차운송사업의 면허를 받은 자가 정당한 사유 없이 지정된 기일 또는 기간 내에 운송을 시작하지 않는 행위를 말하고, ‘결행’은 일단 운송개시를 한 여객자동차운송사업자가 사업계획에 따른 운송을 하지 아니한 경우를 말한다고 봄이 타당하다. 
 2) 원고는 이 사건 제2 노선 운송사업을 양수한 뒤 2017. 6. 29. 경기도지사에게 운송개시 신고를 하였으나 이 사건 제2 노선에서 시외버스를 운행하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 이 사건 제2 노선 운송사업을 양도한 주식회사 □□고속이나 원고가 이 사건 제2 노선을 실제 운송개시하였는지에 관하여 살피건대, 원고의 영업이사 소외인은 “2018. 2. 12. 이 사건 제2 노선을 미운행하였다는 내용으로 확인서(을 제2호증의 2)를 작성하였으나 위 ‘미운행’의 의미는 운송개시를 하지 않은 상태로 한번도 운행하지 않았다는 의미로 알고 경기도지사 소속 공무원이 요구하는 대로 서명하였고, 실제 이 사건 제2 노선 시외버스는 운송개시를 한 적이 없다.”는 취지로 사실확인서(갑 제19호증)를 작성한 점, 성남종합버스터미널에서도 제1심법원에 ’다른 업체와의 플랫폼 등 사용문제 등이 해결되지 않아 원고가 이 사건 노선을 운행하지 못하였다.‘는 취지의 사실조회회신서를 제출한 점 등에 비추어 보면, 이에 부합하는 듯한 을 제2호증의 2는 이를 선뜻 믿기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고가 ’운행미개시‘가 아니라 ‘결행’을 이유로 과징금을 부과한 것은 위법하다. 
 이에 대하여 피고는 여객자동차운송사업의 면허를 받은 자가 실제 운송을 시작하지 아니한 것은 ‘운송미개시’에 해당함과 동시에 그 이후에도 사업계획에 따른 운송을 지속적으로 하지 아니한 것은 ‘결행’에도 중복적으로 해당하므로 처분사유의 추가ㆍ변경이 허용된다고 주장하나, 앞서 본 관련 규정의 내용과 체제 등에 비추어 볼 때 노선의 운송을 처음부터 시작하지 아니한 ‘운행미개시’의 경우와 운송을 시작하였다가 이후 운송을 중단한 ‘결행’의 경우는 기본적 사실관계를 달리한다고 봄이 타당하므로, 이 사건 제2 위반행위에 ‘운송미개시’와 ‘결행’에 관한 규정이 모두 적용된다거나 처분사유의 추가ㆍ변경이 허용된다고 할 수 없다. 
 따라서 이 사건 제2 처분은 원고가 적법 여부를 실질적으로 다투지 않고 있는 이 사건 제3 위반행위에 대한 과징금 20만 원(1개 노선 당 10만 원)을 초과한 범위에서 위법하다.
 바. 제4 주장에 관한 판단
 1) 구 여객자동차법 제10조 제1항은 여객자동차운송사업의 면허를 받은 자가 사업계획을 변경하려는 때에는 관할청의 인가를 받도록 규정하고 있고, 같은 법 제85조 제1항 제12호는 여객자동차운수사업자가 제10조를 위반하여 인가·등록 또는 신고를 하지 아니하고 사업계획을 변경한 경우 관할청으로 하여금 6개월 이내의 기간을 정하여 사업의 전부 또는 일부를 정지하도록 명할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 제88조는 관할청이 위 사업정지 처분에 갈음하여 5,000만 원 이하의 과징금을 부과할 수 있다고 정하면서 그 구체적인 액수 등에 관하여는 대통령령으로 정하도록 하고 있다. 이에 따른 구 여객자동차법 시행령 제46조 제1항 [별표5] 1. 여객자동차운송사업 및 자동차대여사업 중 7호 가목은 임의로 결행, 도중 회차, 노선 또는 운행계통의 단축 또는 연장운행, 감회 또는 증회 운행 중 어느 하나의 행위를 하여 사업계획을 위반한 경우 1회 위반행위에 대한 과징금 부과기준 금액을 100만 원으로 정하고, 비고 5항에서 ‘위반내용란의 제7호 가목을 적용할 때에는 같은 목의 위반행위별로 구분하여 산정하되, 위반행위별로 같은 위반행위의 횟수가 최초 위반행위를 한 날부터 1년 이내에 1회 이상인 경우에는 그 추가 위반횟수(과징금 부과처분이 이루어진 위반행위의 횟수는 제외한다) 1회당 위 표의 처분기준 금액의 50%를 더하여 일괄 처분한다.‘라고 규정하고 있으며, 구 여객자동차법 시행령 제46조 제2항은 ’여객자동차운수사업자의 사업규모, 사업지역의 특수성, 운전자 과실의 정도와 위반행위의 내용 및 횟수 등을 고려하여 제1항에 따른 과징금 액수의 1/2 범위에서 가중하거나 경감할 수 있다. 다만, 가중하는 경우에도 과징금의 총액은 5,000만 원을 초과할 수 없다.‘라고 규정하고 있다. 
 2) 원고는 구 여객자동차법 시행령 제43조 [별표3] 1. 일반기준의 나항을 근거로 위반행위의 횟수에 따른 행정처분의 가중된 부과기준은 최근 1년간 같은 위반행위로 행정처분을 받은 경우에 적용되어야 한다고 주장하나, 위 기준은 위반행위에 대하여 사업면허취소, 사업등록 취소 및 사업정지 등의 처분을 하는 경우 가중처분의 적용차수에 관한 조항으로서 위 규정이 사업정지 처분에 갈음하여 과징금을 부과하는 경우에까지 그대로 적용된다고 단정할 수 없는 점, 위 [별표5] 규정은 위반행위의 횟수에 따른 행정처분의 가중된 부과기준을 정하고 있지 않으며, 비고 5항에서 위반횟수가 여러 개인 경우의 과징금 산정방법을 따로 정하고 있는 점에서 위 주장은 받아들일 수 없다.
 또한 원고가 비록 단일한 의사로 이 사건 제1 위반행위를 반복하였다고 하더라도, 원고는 이 사건 제1 위반행위를 통하여 각 노선별 버스운행 행위마다 독립적으로 여객자동차 운수사업에 관한 질서를 교란함으로써 이익을 취득하였다고 할 것이므로, 이를 각 독립된 여객자동차법 위반으로 보고 과징금을 산정함이 타당하다. 
 3) 다음으로 이 사건 제1 위반행위에 대하여 과징금이 적법하게 산정되었는지 본다. 을 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 ’원고가 2016. 3. 1.부터 2017. 9. 11.까지 560일간 이 사건 제1 노선 4개 구간에 관하여 매일 2회씩 임의로 연장운행을 하였다고 보아 위 [별표5] 1.의 7호 가목 3)항(이하 ‘이 사건 과징금 규정’이라 한다)을 적용하여 과징금 22억 4,400만 원을 산정한 다음 5,000만 원의 과징금을 부과하는 이 사건 제1 처분을 하였다.
 그런데 이 사건에서 원고는 이 사건 제1 노선 4개 구간을 하루 34회 운행하면서 그 중 각 1회만 △△대학교 ○○캠퍼스까지 운행하였고 실제 운행일수도 토ㆍ일요일과 법정공휴일 및 방학기간을 제외하고 연간 150일에 불과하다고 주장하고 있고, 원고의 영업이사 소외인(갑 제19호증, 갑 제22호증의 5), 버스기사 소외 2(갑 제22호증의 1), 소외 3(갑 제22호증의 2), △△대학교 직원 소외 4(갑 제22호증의 3)가 제출한 사실확인서의 내용도 원고의 주장에 부합한다. 피고는 을 제1호증의 2(위 소외인의 확인서)를 근거로 이 사건 제1 위반행위를 인정하였으나 앞서 본 여러 증거들에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵고, 달리 원고가 위와 같이 위반행위를 하였음을 인정할 증거가 없다. 다만, 원고의 주장과 같이 하루 1회씩, 연간 150일간 위 2개 노선 4개 구간을 연장운행한 행위에 대하여 이 사건 과징금 규정에 따라 과징금을 산정하더라도 최고한도액인 5,000만 원을 초과함이 명백하므로, 피고가 이 사건 제1 위반행위에 대하여 5,000만 원의 과징금을 산정한 것이 위법하다고 볼 수는 없다.
 4) 한편, 원고는 종전 위반행위와 이 사건 각 위반행위에 대하여 하나의 과징금 부과처분을 하여야 한다고 주장한다. 구 여객자동차법 제88조는 국토교통부장관 등은 운송사업자가 제85조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하여 사업정지 처분을 하여야 하는 경우에 대통령령이 정하는 바에 따라 사업정지 처분을 갈음하여 5,000만 원의 과징금을 부과할 수 있도록 규정하고 있는바, 수회 경합된 위반행위에 대한 것이라 하더라도 사업정지 처분을 내림에 있어서는 그 기간은 6월을 초과할 수 없다고 보아야 함에 비추어 볼 때, 이에 갈음하는 과징금도 1회에 부과할 수 있는 최고한도액은 5,000만 원으로 해석함이 타당하나(대법원 1995. 1. 24. 선고 94누6888 판결 참조), 종전 위반행위와 이 사건 각 위반행위는 위반노선과 위반기간, 위반행위의 태양 등을 달리하고 피고가 각 처분에 이르게 된 경위도 상이하므로, 피고가 위 위반행위들을 묶어 하나의 처분을 하지 않았다고 하더라도 이를 위법하다고 할 수는 없다. 
 사. 제5 주장에 대한 판단
 1) 제재적 행정처분이 사회통념상 재량권의 범위를 일탈하였거나 남용하였는지 여부는 처분사유로 된 위반행위의 내용과 그 처분에 의하여 달성하려는 공익목적 및 이에 따른 모든 사정을 객관적으로 심리하여 공익침해의 정도와 그 처분으로 인하여 개인이 입게 될 불이익을 비교하여 판단하여야 한다(대법원 2000. 4. 7. 선고 98두11779 판결 등 참조).
 2) 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사정을 알 수 있다.
 ○ 원고가 장기간에 걸쳐 이 사건 제1 위반행위를 반복하여 그 위법의 정도가 가볍다고 할 수 없다. 이러한 위반행위는 시내버스운송사업자나 마을버스운송사업자, 택시운송사업자 등 다른 운송사업자의 영역을 침해하는 것으로 여객운송시장의 질서를 심각하게 훼손하는 행위에 해당한다.
 ○ 학생들의 통학편의를 위하여 ○○ 시외버스 터미널에서 △△대학교까지 운행할 필요성이 있다고 하더라도 원고도 위와 같이 연장운행을 함으로써 버스 이용객이 늘어나는 이익을 얻었을 것으로 보인다. 
 ○ 피고가 산정한 과징금의 액수는 관련 규정의 범위 내에 있고, 유사사례의 빈발을 막기 위해서는 법규정을 엄격하게 적용할 필요가 있다.
 ○ 피고가 혁신도시 내 법무연수원까지 연장운행한 행위에 대하여 경미한 과징금 부과처분을 하였더라도 위반행위의 횟수와 기간 등에서 이 사건 제1 위반행위와 동일하다고 볼 수 없으므로 피고가 위 선례에 구속된다고 단정할 수 없다. 
 3) 위와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 제1 처분이 재량권을 일탈ㆍ남용한 것이라고 볼 수 없다.
 아. 제6 주장에 대한 판단
 이 사건 제2 위반행위에 대한 피고의 과징금 부과가 위법하다는 점은 앞서 본 바와 같으므로, 제6 주장에 대해서는 더 나아가 판단하지 아니한다.

3. 결론
 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고와 피고의 항소는 이유 없어 모두 기각한다.
　
(별지 생략)

판사 이광만(재판장) 도정원 양성욱