법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.12.26 / 시행일:

【원고, 피상고인 겸 상고인】 엘에스에프 케이디아이씨 인베스트먼트 컴퍼니 리미티드 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 윤세리 외 4인)
【피고, 상고인 겸 피상고인】 역삼세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 구충서 외 4인)
【원심판결】 서울고법 2010. 12. 9. 선고 2009누39126 판결
【주 문】
 원심판결의 원고 패소 부분 중 2004 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고의 나머지 상고 및 피고의 상고를 모두 기각한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지나 제출된 상고이유보충서 등 서면들의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 피고의 상고이유에 관하여
 가. 상고이유 제1, 2점
 (1) 구 국제조세조정에 관한 법률(2008. 12. 26. 법률 제9266호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국제조세법’이라 한다) 제4조 제1항은 “과세당국은 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다.”고 규정하고, 제5조 제1항 본문은 “정상가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법에 의하여 계산한 가격으로 한다.”고 규정하면서 그 각 호에서 비교가능 제3자 가격방법(제1호), 재판매가격방법(제2호), 원가가산방법(제3호), 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법(제4호)을 들고 있으며, 제5조 제2항은 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하였다.
 이에 따라 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 제1호는 정상가격 산출방법 등을 선택할 때 고려하여야 할 기준의 하나로 ‘특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 국제거래 사이에 비교가능성이 높을 것’을 규정하고, 여기에서 비교가능성이 높다는 것은 ‘비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우’[(가)목] 또는 ‘비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우’[(나)목]를 말한다고 규정하였다. 나아가 국제조세법 시행령 제6조 제2항은 “법 제5조의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우 당해 거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에서 수행된 기능, 부담한 위험 또는 거래조건 등의 차이로 인하여 적용하는 가격·이윤 또는 거래순이익에 차이가 발생하는 때에는 그 가격·이윤 또는 거래순이익의 차이를 합리적으로 조정하여야 한다.”고 규정하였다.
 이들 규정의 문언 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 국제조세법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).
 (2) 원심은 채택 증거에 의하여, 원고와 그 국외 특수관계자인 론스타 인터내셔날 파이낸스 리미티드(Lone Star International Finance Limited, 이하 ‘LSIF’라 한다) 사이의 이 사건 유동화증권 발행·인수에 따른 이자 지급 거래에 관하여, 피고가 LSIF의 주식회사 하나은행에 대한 이 사건 차입거래의 이자율을 이 사건 유동화증권의 발행시점을 기준으로 환산하여 정상이자율을 산정한 후 이를 초과하여 지급된 이자 부분을 손금불산입하는 등의 방법으로 이 사건 2001 사업연도, 2002 사업연도, 2004 사업연도 각 법인세 부과처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 원고의 이 사건 유동화증권 발행거래와 비교대상거래인 이 사건 차입거래는 그 판시와 같은 사정에 비추어 비교되는 상황 및 조건의 차이가 크고 이는 정상이자율의 산정에 중대한 영향을 미치는데, 피고가 이러한 차이를 상쇄할 수 있는 합리적 조정을 거치지 아니한 채 단지 이 사건 차입거래의 이자율을 시점만 조정하여 환산한 다음 이를 그대로 정상이자율로 산정한 것은 위법하다고 판단하였다. 나아가 이처럼 피고가 합리적인 조정을 거쳐 정상이자율을 산정한 것으로 보기 어려운 이상, 다른 독립된 사업자 간의 유동화증권 발행이자율이 신뢰할만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상이자율의 범위를 구성하고 이 사건 유동화증권의 발행이자율이 그 범위 내에 들어 있다는 사정을 증명하여야 할 필요가 처분의 적법성을 다투는 원고에게 돌아간다고 보기 어렵다고 판단하였다.
 (3) 원심판결 이유를 적법하게 채택된 증거들에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 앞서 본 법리에 기초한 것으로서, 거기에 상고이유의 주장과 같이 정상가격 산정 시의 비교대상거래 선정이나 증명책임의 소재에 관한 법리 등을 오해하거나 논리와 경험의 법칙에 반하여 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 없다.
 나. 상고이유 제3, 4점
 (1) 원심은 채택 증거에 의하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, (가) 원고와 주식회사 해밀컨설팅그룹(이하 ‘해밀’이라 한다)의 이 사건 부지에 관한 3차례에 걸친 매매계약의 체결 경위와 그 내용 등 제반 사정을 종합하면, 원고와 해밀은 제1차 매매계약 때는 이 사건 부지의 용도변경이 이루어질 것을 전제로 하여 그 매매대금을 1,460억 6,500만 원으로 정하였다가 용도변경의 성사 여부가 불투명해지자 제2차 매매계약을 거쳐 최종적으로 2004. 11. 30. 제3차 매매계약에서 ‘일단 용도변경이 안 된 상태에서 이 사건 부지를 양도하되 매매대금은 1,100억 원으로 하고, 용도변경이 성사될 경우에는 당초 약정한 1,460억 6,500만 원을 기준으로 매매대금 액수를 사후정산하여 확정하기’로 약정한 것으로 봄이 상당하므로, (나) 원고가 제3차 매매계약에 따라 해밀로부터 매매대금 1,100억 원을 지급받고 이 사건 부지에 대하여 해밀 앞으로 소유권이전등기까지 마친 후인 2004. 12. 28. 이 사건 부지에 대한 용도변경이 사실상 불가능한 상황으로 일단락된 이상, 이 사건 부지의 매매대금 중에서 실제 지급받은 1,100억 원 외에 용도변경이 성사될 경우에 지급받을 수 있는 나머지 매매대금은 그 권리의 발생이 불확정적이어서 이를 2004 사업연도에 귀속되는 익금으로 볼 수 없다고 판단하였다.
 나아가 원심은, 원고가 부산종합화물터미널이 자리 잡고 있던 이 사건 부지의 용도변경을 위하여 부산광역시의 요구에 따라 부산종합화물터미널 주식회사(이하 ‘부산터미널회사’라 한다)에 터미널 이전자금으로 지원하기로 했던 110억 원(이하 ‘이 사건 이전자금’이라 한다)을 해밀이 이 사건 부지에 관한 매매계약에서 정한 대로 유한회사 창일인베트스먼트(론스타펀드가 이 사건 부지의 임대·관리를 위하여 설립한 회사이다. 이하 ‘창일’이라 한다)에 대여한 것에 관하여, (가) 원고는 관련 법령에 따라 자산유동화계획에 등록되지 않은 투자 또는 기부행위를 할 수 없었기 때문에 해밀과 사이에 ‘이 사건 이전자금을 해밀이 창일에게 무상으로 대여하고 이를 다시 창일이 부산터미널회사에 무이자로 대여하되, 이 사건 부지에 대한 용도변경이 최종적으로 불가능한 것으로 결정될 경우 해밀은 창일에 대한 위 무상대여계약을 해제할 수 있고, 용도변경이 이루어진 경우에는 해밀은 창일의 지분을 모두 인수한 후 창일의 이 사건 이전자금반환채무를 면제하기’로 약정하였던 사실을 인정한 후, (나) 해밀은 이 사건 이전자금을 재무제표에 채권으로 계상하였다가 이 사건 부지에 대한 용도변경이 사실상 불가능한 것으로 확정된 후인 2007년경 이 사건 이전자금을 비롯한 창일에 대한 채권을 창일의 부산터미널회사에 대한 채권으로 대물변제를 받는 방식으로 전액 회수한 사정들을 비롯한 판시 사정들에 비추어 보면, 이 사건 이전자금을 이 사건 부지 매매대금의 일부로 평가할 수 없다는 이유로, 이 사건 이전자금 역시 2004 사업연도에 귀속되는 익금으로 볼 수 없다고 판단하였다.
 (2) 원심판결 이유를 관련 법리와 적법하게 채택된 증거들에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단에 상고이유의 주장과 같이 매매대금의 익금 귀속이나 실질과세의 원칙 등에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 2. 원고의 상고이유에 관하여
 가. 2001 내지 2002 사업연도 법인세 부과처분 부분
 상고법원은 상고이유에 의하여 불복신청한 한도 내에서만 조사·판단할 수 있으므로, 상고이유서에는 상고이유를 특정하여 원심판결의 어떤 점이 법령에 어떻게 위반되었는지에 관하여 구체적이고도 명시적인 이유의 설시가 있어야 하고, 상고인이 제출한 상고이유서에 위와 같은 구체적이고도 명시적인 이유의 설시가 없는 때에는 상고이유서를 제출하지 않은 것으로 취급할 수밖에 없다(대법원 2006. 3. 9. 선고 2004다25185 판결, 대법원 2009. 11. 26. 선고 2009두11607 판결 등 참조).
 그런데 이 사건 상고장에는 원심판결 중 2001 내지 2002 사업연도 법인세 부과처분 부분에 대한 상고이유의 기재가 없고, 원고가 제출한 상고이유서에도 이 부분이 어떻게 법령에 위반되었는지에 관하여는 아무런 언급이 없다. 따라서 원심판결 중 2001 내지 2002 사업연도 법인세 부과처분 부분에 관하여는 적법한 상고이유서가 제출되지 아니한 것이고, 달리 직권조사 대상이 되는 위법사유도 찾아볼 수 없다.
 나. 2004 사업연도 법인세 부과처분 부분
 (1) 법인세법 제40조 제1항은, “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다(대법원 2004. 11. 25. 선고 2003두14802 판결 등 참조). 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다. 이러한 해석은 권리확정주의의 채택에 따른 당연한 요청일 뿐 아니라 후발적 경정청구제도를 규정한 국세기본법 제45조의2 제2항의 입법 취지에도 부합한다. 다만 대손금과 같이 법인세법이나 관련 법령에서 특정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 후발적 사유가 발생한 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나, 경상적·반복적으로 발생하는 매출에누리나 매출환입과 같은 후발적 사유에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그러한 사유가 발생한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그러한 후발적 사유의 발생은 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없다고 할 것이다.
나아가 관련 규정의 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어 볼 때, 여기에서 말하는 후발적 사유에는 사업상의 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우도 포함된다고 봄이 타당하므로, 특별한 사정이 없는 한 그 감액분을 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 과세할 수는 없다고 할 것이다.
 (2) 원심판결 이유 및 적법하게 채택된 증거들에 의하면, 원고와 해밀은 이 사건 부지에 관한 제3차 매매계약에서 “원고가 그 책임 아래 2005. 5. 30.까지 이 사건 부지의 용도변경이 완료되도록 추진하되, 용도변경이 안 되는 것으로 최종 결정된 경우 또는 위 날짜 이후 연장한 기한까지도 용도변경이 이루어지지 않는 경우에는 해밀은 매매계약을 해제하거나 환매를 요청할 수 있으며, 원고는 해밀에게 발생하는 금융비용을 일부 부담한다.”고 약정하였던 사실, 원고와 해밀은 2005. 3. 22.경 제3차 매매계약에서 정한 기한 내에 이 사건 부지에 대한 용도변경이 이루어지는 것이 불가능하다고 보고 매매대금을 1,100억 원에서 1,030억 원으로 70억 원을 감액하기로 합의하였고, 이에 따라 원고는 2005. 3. 28. 해밀에게 위 감액분 70억 원을 반환한 사실 등을 알 수 있다.
 (3) 위와 같은 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 부지의 매매대금을 감액하기로 합의한 것은 원고의 주장대로 매매계약의 해제 등으로 인한 불이익을 피하기 위한 것으로서 사업상 정당한 사유가 있었다고 볼 여지도 있으므로, 원심으로서는 이 점에 관하여 심리한 다음 이 사건 2004 사업연도 법인세 부과처분 중 피고가 위 감액분 70억 원을 익금에 산입한 부분의 위법 여부를 판단하였어야 했다.
 (4) 그런데도 이와 달리 원심은 이에 나아가 심리하지 아니한 채, 위와 같은 감액 합의에 의하여 위 감액분 70억 원 상당의 소득이 소급적으로 소멸된다고 한다면 이미 과세요건이 충족되어 유효하게 성립한 조세법률관계를 당사자의 사후 약정에 의해 자의적으로 변경함으로써 법인세 과세를 면할 수 있는 조세회피행위를 용인하는 결과가 되어 부당하다는 등의 이유로, 이 사건 2004 사업연도 법인세 부과처분 중 위 감액분 70억 원을 익금에 산입한 부분이 위법하다는 원고의 주장을 배척하였다.
 따라서 이러한 원심의 조치에는 권리확정주의나 익금의 차감사유인 대금 감액의 사업상 정당한 사유에 관한 법리 등을 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 원심이 들고 있는 대법원판결은 사안이 다르므로 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결의 원고 패소 부분 중 2004 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 원고의 나머지 상고 및 피고의 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신영철(재판장) 이상훈 김용덕(주심) 김소영

소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 납세의무가 성립하였더라도 후발적 사유로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정된 경우, 그에 따른 법인세를 부과할 수 있는지 여부(원칙적 소극) 및 사업상의 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우 그 감액분을 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 과세할 수 있는지 여부(원칙적 소극)

법인세법 제40조 제1항은, “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다. 이러한 해석은 권리확정주의의 채택에 따른 당연한 요청일 뿐 아니라 후발적 경정청구제도를 규정한 국세기본법 제45조의2 제2항의 입법 취지에도 부합한다. 다만 대손금과 같이 법인세법이나 관련 법령에서 특정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 후발적 사유가 발생한 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나, 경상적·반복적으로 발생하는 매출에누리나 매출환입과 같은 후발적 사유에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그러한 사유가 발생한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그러한 후발적 사유의 발생은 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없다. 나아가 관련 규정의 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어 볼 때, 여기에서 말하는 후발적 사유에는 사업상의 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우도 포함된다고 봄이 타당하므로, 특별한 사정이 없는 한 그 감액분을 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 과세할 수는 없다.