법인세부과처분취소등 (세무, 대전지방법원)
공포일: 2017.07.05 / 시행일:

【원 고】 신용협동조합중앙회 (소송대리인 변호사 양승종 외 1인)
【피 고】 서대전세무서장 (소송대리인 법무법인 가온 담당변호사 강남규 외 1인)
【변론종결】2017. 6. 28.
【주 문】
 1. 피고가 2014. 9. 1. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 귀속 법인세 340,438,120원의 부과처분(가산세 포함)을 취소한다. 
 2. 원고의 나머지 주위적 청구와 예비적 청구를 각 기각한다.
 3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】 주위적으로, 피고가 2014. 9. 1. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 귀속 법인세 340,438,120원, 2010 사업연도 귀속 법인세 2,486,024,590원, 2011 사업연도 귀속 법인세 417,417,044원, 합계 3,243,879,754원의 각 부과처분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.
 예비적으로, 피고가 2014. 12. 8. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 법인세 3,857,563,893원에 대한 경정거부처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 2000 사업연도부터 2008 사업연도까지 계약자배당준비금 및 계약자이익배당준비금으로 적립한 35,397,523,853원(이하 ‘쟁점금액’이라 한다)을 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지 세무조정을 통하여 손금산입하였다.
 나. 대전지방국세청은 2014. 4. 29.부터 2014. 7. 19.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 쟁점금액 중 원고가 2008 사업연도에 손금불산입한 계약자이익배당준비금 5,922,137,696원은 손금산입대상에 해당한다고 보아 2009 사업연도 이월결손금에 반영하고, 나머지 금액 29,475,386,157원은 해당 사업연도의 손금산입대상이 아니고 적립 당시 사업연도의 손금에 해당한다고 보아 원고의 손금산입을 부인하여야 한다고 통지하였다.
 다. 이에 따라 피고는 2014. 9. 1. 원고에 대하여 아래와 같은 법인세 부과처분(위 법인세 부과처분 중 원고가 취소를 구하는 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.
- 아 래 -사업연도부과처분 세액(원)원고 청구취지 세액(이 사건 부과처분 세액, 원)2009340,438,120340,438,12020102,486,024,5902,486,024,59020112,568,857,980417,417,044
라. 원고는 2014. 9. 4. 피고에게 2007 사업연도 귀속 법인세를 경정하고, 초과하여 납부한 3,857,563,893원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 12. 8. 원고에게 경정청구를 거부하는 통지를 하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다).
마. 원고는 이에 불복하여 2014. 11. 20.과 2014. 12. 24. 감사원에 각 이 사건 부과처분 및 경정거부처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 감사원은 2016. 3. 24. 원고의 심사청구를 기각하였다.
 〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
가. 당사자의 주장
1) 원고의 주장
 쟁점금액에 대한 원고의 손금추인은 아래와 같은 이유로 적법하므로, 이를 부인한 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.
가) 법인세법 제30조 제1항은 ‘손금 인정 가능한 책임준비금 금액의 범위’를 대통령령에 위임하고 있을 뿐 공제대상사업 주체나 그 설립근거 법률의 범위를 위임하지 않고 있고, 원고가 위 법령의 요건을 준수하여 적립한 계약자배당준비금 등의 책임준비금은 당연히 법인세법 제30조 제1항에서 규정하는 손금산입이 대상이 된다. 가사 손금산입 대상이 아니라고 하더라도 과세관청은 원고가 신용협동조합중앙회공제규정에 따라 적립한 계약자배당준비금이 손금산입 대상이라고 해석하여 왔으므로, 피고가 이 사건 소를 제기한 이후 손금산입 대상이 아니라고 주장하는 것은 원고의 정당한 신뢰를 침해한 것이다.
나) 쟁점금액 중 원고가 2000 내지 2006 사업연도에 계약자배당준비금으로 적립하였다가 2007. 12. 28. 원고의 신용협동조합중앙회공제규정이 개정되면서 계약자이익배당준비금으로 계상한 부분(이하 ‘제1적립금’이라 한다)은 원고의 개정전 신용협동조합중앙회공제규정에 계약자배당준비금의 산정 및 지급 등에 관한 구체적 기준이 없었고, 원고의 결산결과 손실이 발생한 경우에도 사용될 수 있었으므로, 그 실질은 임의준비금으로서 법인세법령상 보험계약자에게 배당하기 위하여 적립한 배당준비금에 해당하지 않으므로, 제1적립금 적립 당시 사업연도의 손금산입 대상이 되지 않는다. 또한 제1적립금의 적립 당시 손금산입 대상 여부를 불문하고 2007 사업연도에 원고가 위 적립금을 계약자이익배당준비금으로 모두 계상한 이상 해당금액은 손금불산입 대상임이 명백하고, 실제로 손금불산입으로 처리되었다. 
다) 쟁점금액 중 2007 내지 2008 사업연도에 신규로 적립한 계약자이익배당준비금 중 손금불산입한 부분(이하 ‘제2적립금’이라 한다)에 관하여는 법인세법이 2008. 12. 26. 개정되면서 2009. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용되어 기존의 계약자이익배당준비금을 손금산입하도록 하는 별도의 규정을 두지 않았으므로, 손금산입 대상이 될 수 없었다. 
라) 따라서 2009 내지 2011 사업연도에 이와 같이 손금불산입된 계약자이익배당준비금을 손금산입 대상인 계약자배당준비금으로 이관하면서 손금추인한 원고의 세무조정은 타당하다.
2) 피고의 주장
 이 사건 부과처분은 아래와 같은 이유로 적법하다.
가) 원고가 적립한 계약자배당준비금 또는 계약자이익배당준비금은 법인세법 제30조 제1항에 따라 ‘보험업법이나 그 밖의 법률에 따라’ 적립한 것이 아니므로, 손금산입 대상에 해당하지 않는다.
나) 제1적립금은 적립한 원인에 따라 계약자배당준비금으로서 원고의 결산서에 손금으로 인식한 당해 사업연도의 손금으로 산입할 수 있을 뿐 2009 ~ 2011 사업연도에 손금산입할 수 없다. 원고가 2009 사업연도에 환입한 금액을 다시 책임준비금 등으로 적립하였다고 하더라도 익금에 산입한 뒤 손입에 산입하여야 하는 것이므로, 원고의 2009 ∼ 2011 사업연도 법인세에 아무런 영향을 미칠 수 없다.
다) 제2적립금도 원고 스스로 결산조정사항인 책임준비금으로 계상하였고, 결산서에 손금으로 반영한 당해 사업연도의 손금으로만 인식할 수 있으므로, 2009 ~ 2011 사업연도에 손금산입할 수 없다. 
나. 관계법률 및 규정
 별지 기재와 같다.
다. 인정사실
 앞서 든 증거, 갑 제4, 5, 6, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 원고는 2000. 4. 15. 금융위원회의 인가를 받아 신용협동조합중앙회공제규정을 제정하였고, 원고는 위 공제규정에 따라 2000 사업연도부터 2006 사업연도까지 공제사업결산결과 책임준비금을 적립하고 남는 금액의 일부인 합계 21,749,600,512원을 계약자배당준비금으로 적립하여 왔다.
2) 금융감독원은 2002. 5. 13.부터 2002. 6. 5.까지, 2002. 10. 15.부터 2002. 10. 25.까지 원고에 대한 감사를 실시하였고, 원고에게 원고의 구 신용협동조합중앙회 공제규정(2007. 12. 28. 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 공제규정’이라 한다) 제12조 등에 의하면 공제사업을 통하여 이익이 발생한 경우에는 계약자에게 이익배당금을 지급할 수 있도록 되어 있으나, 배당준비금의 적립기준, 배당금 산출방법 등 배당금 지급을 위한 세부처리기준이 마련되어 있지 않아 계약자배당금을 지급할 수 없어 민원이 제기될 우려가 있으므로, 세부기준을 마련하도록 통보하였다. 
3) 원고는 2007. 12. 28. 공제규정을 개정(이하 ‘개정 후 공제규정’이라 한다)하였는데, 개정 후 공제규정은 계약자배당준비금과 계약자이익배당준비금을 구분하여 규정하면서 2007. 12. 28.부터 시행하되 위 시행일 이전의 계약자배당준비금은 계약자이익배당준비금으로 계상하도록 부칙으로 정하였다. 
4) 원고는 개정 후 공제규정 부칙 제4조에 따라 2000 사업연도부터 2006 사업연도까지 적립한 계약자배당준비금 21,749,600,512원(제1적립금)을 2007 사업연도 결산시 계약자이익배당준비금으로 전입하고, 2007 및 2008 사업연도에 신규로 아래 표 기재와 같이 계약자이익배당준비금 24,127,146,897원을 적립한 후, 그 중 계약자배당준비금으로 환입한 10,479,223,556원을 손금산입하고, 나머지 13,647,923,341원(제2적립금)은 손금불산입 하였다.

5) 원고는 제1적립금 21,749,600,512원과 2007 사업연도와 2008 사업연도에 계약자배당준비금으로 환입하고 남은 계약자이익배당준비금 13,647,923,341원의 합계인 쟁점금액 35,397,523,853원을 세무조정을 통하여 아래 표와 같이 2009 ~ 2011 사업연도의 손금으로 산입하였다.

6) 원고는 2007. 12. 31. 제1적립금과 제2적립금 중 손금불산입된 2007 사업연도 계약자이익배당준비금 7,725,785,645원, 생명금리차보장준비금 233,908원을 합한 29,475,620,065원을 책임준비금 항목 중 생명계약자이익배당준비금 23,420,894,546원과 손해계약자이익배당준비금 6,054,725,519원으로 결산에 반영하였다.
라. 판단
1) 법인세법 제30조에 따라 ‘보험업법이나 그 밖의 법률에 따라’ 적립한 것으로 손금산입 대상에 해당하는지 여부
 피고는 이 사건 처분의 적법성을 주장하면서 원고가 적립한 계약자배당준비금과 계약자이익배당준비금은 모두 법률상 근거 없는 임의적립금에 불과하므로, 2009 ~ 2011 사업연도의 손금으로 산입할 수 없다는 취지로 주장하고 있다. 따라서 먼저 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지 손금산입한 계약자배당준비금이 법인세법에 따라 적립된 경우라고 볼 수 있는지에 관하여 본다. 
가) 개정 법인세법제30조 제1항은 ‘보험사업을 영위하는 내국법인이 각 사업연도에 보험업법 기타 법률의 규정에 의하여 책임준비금과 비상위험준비금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다’고 규정하고, 개정 법인세법 시행령제57조 제1항은 ‘법 제30조 제1항에 따른 책임준비금은 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다’고 규정하면서 제3호에 ‘보험계약자에게 배당하기 위하여 적립한 배당준비금으로서 금융감독원장이 기획재정부장관과 협의하여 정한 손금산입기준(농업협동조합법에 따른 공제사업의 경우에는 농림수산식품부장관이 기획재정부장관과 협의하여 정한 손금산입기준을 말한다)에 따라 적립한 금액(수산업협동조합법에 따른 공제사업의 경우에는 농림수산식품부장관이, 새마을금고법에 따른 공제사업의 경우에는 행정안전부장관이 기획재정부장관과 협의하여 승인한 금액을 말한다)’을 규정하고 있다. 한편 신용협동조합법(2015. 1. 20. 법률 제13067호로 일부개정되기 전의 것) 제97조 제1항은 ‘조합과 중앙회가 공제사업을 영위하는 때에는 공제규정을 정하여 금융위원회의 인가를 받아야 한다’고 규정하고, 제2항은 ‘제1항의 공제규정에는 금융위원회가 정하는 바에 의하여 사업의 실시방법, 공제계약, 공제료 등을 정하여야 한다’고 규정하고 있다.
나) 위 각 규정을 종합하여 보면, 개정 법인세법 제30조 제1항은 손금에 산입할 수 있는 책임준비금의 금액의 범위에 관하여 대통령령에 위임하고 있을 뿐, 책임준비금 손금산입 주체의 범위에 관하여 위임하고 있다고 볼 수 없는 점, 개정 법인세법 시행령 제57조 제1항 각호는 원칙적으로 손금에 산입할 수 있는 책임준비금 범위에 대하여 규정하면서 괄호 안에 예외적으로 공제사업의 인가 주체가 금융감독원장이 아닌 경우에 공제사업 인가 주체가 정한 기준에 따라 적립한 책임준비금을 포함하기 위하여 규정을 둔 것으로 볼 수 있을 뿐 괄호 안에 규정된 공제사업 주체에 한하여만 책임준비금을 적립할 수 있다고 볼 수 없는 점, 원고는 신용협동조합법에 따라 금융위원회의 인가를 받은 공제규정에 의하여 책임준비금의 일종인 계약자배당준비금 또는 계약자이익배당준비금을 적립하여 온 것이므로 법률에 근거하여 적립한 책임준비금에 해당한다고 볼 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지 손금산입한 계약자배당준비금이 임의적립금에 불과하여 개정 법인세법 제30조 제1항에 기한 손금산입 대상에 해당하지 않는다는 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2) 쟁점금액을 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지 손금산입한 것의 적법 여부
 쟁점금액은 제1적립금과 제2적립금으로 구성되어 있으므로, 위 각 적립금별로 손금산입의 적법 여부를 살펴본다.
가) 제1적립금에 관하여
 관계 법령과 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고는 2009 사업연도에 이르러 제1적립금을 계약자배당준비금으로 환입하였음에도 익금산입 없이 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지 손금에만 산입한 것이므로, 이 사건 부과처분 중 제1적립금에 관하여 원고의 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지의 손금산입을 부인한 부분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(1) 제1적립금 적립 당시 규정인 구 법인세법 제31조 제1항은 위 적립금을 손금으로 계상한 경우 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어 손금에 산입하도록 하고 있고, 같은 조 제3항에 의하면 그 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날까지 제2항의 규정에 의하여 상계하고 남은 잔액은 그 3년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하도록 규정하고 있으며, 제4항은 계약자배당준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부할 의무를 규정하고 있다.
(2) 원고는 제1적립금을 사용하지 못한 것은 개정 전 공제규정에 사용기준을 마련하지 못하였기 때문이고, 임의준비금에 불과하여 손금산입 대상이 될 수 없다는 취지로 주장하나, 구 법인세법 규정에 의하면 위 금원은 손금산입 대상에 해당하였으므로, 원고가 사용기준을 마련하여 위 준비금을 사용하거나, 3년 이내 사용하지 않은 경우 이를 다시 익금에 산입할 의무가 있었던 것으로 보여진다. 
(3) 원고가 손금산입의 대상인 제1적립금을 사용하지 아니하고, 계약자이익배당금으로 이관한 뒤 2009 사업연도에 이르러 다시 계약자배당금으로 환입한 부분을 익금산입하지 않고, 손금산입만 할 수 있도록 허용하게 된다면, 법인세법 기간과세원칙의 취지가 몰각될 우려가 있다.
3) 제2적립금에 관하여
 피고는 제2적립금 중 2008 사업연도에 신규로 적립한 계약자이익배당준비금 중 손금불산입한 부분은 손금산입 대상에 해당한다는 점은 인정하고, 이 사건 부과처분을 한 것이므로, 결국 제2적립금 중 2007 사업연도에 손금불산입한 계약자이익배당준비금 7,725,785,645원(이하 ‘손금불산입된 제2적립금’이라 한다)을 2009 사업연도에 이르러 익금산입 없이 손금산입만 한 것이 적법한 지에 관하여 본다. 
 관계 법령과 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 부과처분 중 원고가 손금불산입된 제2적립금을 계약자배당준비금으로 환입하여 손금산입한 것을 부인하여 부과처분한 부분은 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
가) 구 법인세법 제31조 제1항이 2008. 12. 26. 삭제되고, 개정 법인세법 제30조 제1항 및 법인세법 시행령 제57조 제1항은 책임준비금과 별도로 규정되어 있었던 계약자배당준비금이 책임준비금 범위에 포함되어 손금산입을 할 수 있도록 규정하게 되었고, 위 규정에 따라 계약자이익배당준비금도 손금산입을 할 수 있게 되었다. 그러나 위 개정 법인세법령은 2009. 1. 1.부터 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용되므로, 원고가 2007 사업연도에 신규로 적립한 계약자이익배당준비금은 적립 당시 손금산입 대상에 포함되지 않았다. 
나) 제2적립금이 적립될 당시 시행 중이었던 보험업법(2010. 7. 23. 법률 제10394호로 일부개정되기 전의 것) 제120조 제1항과 보험업법 시행령(2009. 12. 29. 대통령령 제21911호로 일부개정되기 전의 것) 제63조 제1항 제3호에 의하면 보험계약자에게 배당하기 위하여 적립한 금액은 책임준비금에 포함된다고 볼 수 있고, 원고 또한 2007. 12. 31. 결산 당시 2007 사업연도에 계약자이익배당준비금을 책임준비금 항목으로 결산에 반영한 바 있다. 그러나 구 법인세법 제30조 제1항과 구 법인세법 시행령 제57조 제1항에 의하여 손금산입 가능한 책임준비금의 범위는 보험계약이 해약될 경우의 환급액 및 추정 보험금을 지급하기 위한 책임준비금을 대상으로 하는 것으로서 2007 사업연도에 신규로 적립한 계약자이익배당준비금은 위 규정에 따라 손금산입이 가능한 책임준비금에 해당한다고 볼 수 없다.
다) 따라서 원고가 제2적립금 중 2007 사업연도에 신규로 적립한 계약자이익배당준비금을 손금불산입한 것은 정당한 세무조정에 해당하고, 달리 원고가 위 금원을 법인세법에 따라 손금산입할 수 있다고 볼 근거가 없다. 
4) 정당한 세액
 따라서 원고가 손금불산입된 제2적립금에 관한 부분을 2009 사업연도에 이르러 손금산입한 것은 적법하므로, 2009 사업연도 귀속 법인세 중 812,243,096원의 부과처분이 취소되어야 하나, 2009 사업연도의 경우, 피고는 원고의 당초신고에 대한 경정청구기간이 2013. 3. 31.로 각 도과하여 불가쟁력이 발생한 후인 2014. 9. 1. 원고에 대하여 법인세 부과처분을 한 것이므로, 원고는 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대해서는 더 이상 다툴 수 없고, 피고가 2014. 9. 1. 부과처분한 고지세액을 한도로 다툴 수 있다. 결국 이 사건 부과처분 중 2009 사업연도 귀속 법인세 340,438,123원의 부과처분이 취소되어야 한다.
3. 이 사건 경정거부처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 예비적으로 이 사건 부과처분이 적법하다고 하더라도 이 사건 부과처분은 원고가 손금으로 산입한 쟁점금액에 대하여 귀속시기의 오류를 사유로 손금불산입한 것이므로 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 사유에 해당한다. 따라서 피고가 이 사건 경정거부처분을 한 것은 납세자의 권리구제를 근거 없이 제한한 것으로서 위법하다.
나. 판단
1) 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 일부개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.’고 규정하면서, ‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’(제4호), ‘제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때’(제5호) 등을 후발적 경정청구가 가능한 사유로 들고 있고, 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임에 의하여 구 국세기본법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27833호로 일부개정되기 전의 것) 제25조의2 각 호에서 ‘제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유’를 규정하고 있다. 
 한편 국세기본법이 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 있다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두28254 판결 등 참조). 
2) 후발적 경정청구는 ‘당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유’를 이유로 하는 것이다. 원고가 법령 해석의 착오 또는 제1적립금 사용기준을 마련하지 못한 과실에 기하여 제1적립금이 법인세법상 손금산입 대상에 해당하지 않는다고 판단하고 손금불산입으로 세무조정하였다가 이후 2009 사업연도에 이르러 위 금액을 익금산입 없이 손금산입한 부분을 피고가 시정하여 법인세를 부과한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 이와 같은 사유만으로는 과세관청의 조치로 인하여 그 특정 사업연도에 신고한 과세표준 및 세액의 산정기초에 후발적인 변동이 생겨 그 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하게 된 때로서 후발적 경정청구사유에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 경정청구가 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구사유에 해당함을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
4. 결론
 그렇다면 원고의 주위적 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 주위적 청구와 예비적 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 방승만(재판장) 김종찬 임한아