법인세등부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 1999.01.26 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
재산세
【주문】
1.원고의 이 사건 소 중, 1993. 3. 2.자 1990년 사업연도 귀속 법인세(특별부가세) 금 241,882,254원의 부과처분, 같은 날자 1991년 사업연도 귀속 법인세(특별부가세) 금 860,373,630원의 부과처분 및 1992년 사업연도 귀속 법인세(특별부가세) 금 77,296,450원에 대한 부분은 이를 각 각하한다. 2.피고가 1995. 2. 18. 원고에 대하여 한, 가.1989년 사업연도의 소득에 대한 법인세 금 392,061,223원의 부과처분 중 금 300,862,090원을 초과하는 부분 및 방위세 금 79,103,446원의 부과처분 중 금 61,884,455원을 초과하는 부분, 나.1990년 사업연도의 소득에 대한 법인세 금 1,037,483,944원의 부과처분 중 금 854,876,851원을 초과하는 부분 및 방위세 금 288,569,668원의 부과처분 중 금 251,556,399원을 초과하는 부분, 다.1991년 사업연도의 소득에 대한 법인세 금 502,023,567원의 부과처분 중 금 224,515,522원을 초과하는 부분 및 라.1992년 사업연도의 소득에 대한 법인세 금 197,554,870원의 부과처분 중 금 170,929,345원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 3. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다. 4.소송비용은 이를 6분하여 그 5는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 사업연도별 부과처분의 경위

아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1 내지 4, 갑제2 내지 4,6호증, 갑제5호증의 1,2, 갑제16호증의 2 내지 6, 갑제17호증의 2 내지 5, 갑제22호증의 1, 갑제23호증의 8,9, 갑제24호증의 8, 을제1 내지 4,25 내지 34,38 내지 47호증, 을제7호증의 1 내지 3, 을제8호증의 1, 을제18 내지 21호증의 각 1,2, 을제22호증의 2, 을제24호증의 5 내지 7의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
(1) 1988년 사업연도(1988. 1. 1. - 1988. 12. 31.)

원고는 토목건축, 부동산임대분양 등을 목적으로 설립된 회사로서 1988년 사업연도에는 사업소득이 발생하지 않았고, 오히려 이월결손금을 남겼는바, 피고는 다음 사업연도에 이월될 결손금을 계산하면서 ① 비업무용부동산 및 주식취득자금 또는 가지급금 등에 관련된 차입금 지급이자의 계산에 있어서는, 비업무용부동산의 범위에 별지 제1 1988년 사업연도에 대한 세액계산표 중 비업무용부동산의 가액적수계산명세표(이 판결 39쪽) 기재의 부동산 이외에도 춘천시후평동 산5의 5중 1992. 10. 30. 분할된 부분인같은 동 산5의 21의 500㎡,같은 동 산5의 10중 같은 날자에 분할된 부분인같은 동 산5의 23의 1,127㎡ 및같은 동 산5의 9에서 역시 같은 날자에 분할된 부분인같은 동 산5의 22의 2.105㎡를 포함시키고, 총차입금적수를 계산하면서 건설자금에 충당한 금액의 이자(이하, “건설자금이자”라 한다)에 대한 차입금 지급이자 계산에만 적용되는법인세법시행령 제47조소정의 인정이자의 계산방법을 적용하여 그 적수를 감소시켰으며, ② 동시에 아파트건설용 토지매입에 관한 건설자금이자 원본산입에 대하여는 그 원본산입의 최종기한, 즉 종기를 건설하고 있는 아파트가 준공된 날을 기준으로 하여 그 이자계산액을 증가시킨 결과, 이월 결손액으로 금 319,374,648원만을 인정하였다(갑제16호증의 2, 을제25,38호증)

(2) 1989년 사업연도(1989. 1. 1. - 1989. 12. 31.)

(가) 원고가 1990. 3. 30. 1989년 사업연도의 소득에 대한 법인세 및 방위세에 관하여 그 과세표준 등을 자진신고하고, 그때까지 법인세 금 50,556,510원 및 방위세 금 11, 763,803원을 납부한데 대하여, 피고는 같은 해 9. 16. 수입금액을 재계산하여 공사수입 금 599,310,787원을 익금산입하고, 금 39,155,731원을 손금불산입하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 93,092,240원 및 방위세 금 18,933,880원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였다(을제39호증).
(나) 이어 1992. 4. 16.에는 비업무용부동산 및 주식취득자금 또는 가지급금 등에 관련된 차입금 지급이자 금 2,272,126원 및 금 59,130,288원을 각 추가로 부인하여 손금불산입하는 한편, 건설자금이자에 대한 차입금 지급이자를 재계산하여 금 87,820,709원을 추가로 손금불산입하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 174,131,240원 및 방위세 금 34,819,370원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였다(을제40호증).
(다) 다시 피고는 1994. 2. 28. 1988년 사업연도의 경위와 같이 별지 제2 1989년 사업연도에 대한 세액계산표 중 비업무용부동산의 가액적수계산명세표(이 판결 44-45쪽) 기재의 부동산 외에 위 (1)항에서 본 부동산들을 비업무용부동산으로 보아 그에 관련된 차입금 지급이자 금 88,598,615원 등을 추가로 손금불산입하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 73,733,340원 및 방위세 금 13,491,930원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였다(을제1호증).
그런데 피고는 위 1992. 4. 16.자 및 1994. 2. 28.자 증액경정처분시 비업무용부동산 및 주식취득자금 또는 가지급금 등에 관련된 차입금 지급이자의 계산에 적용될 총차입금의 적수계산방법을 1988년 사업연도의 경우와 같이 하였고, 아파트건설용 토지매입에 관한 건설자금이자 원본산입의 종기를 건설하고 있는 아파트가 준공된 날을 기준으로 하였으며, 위 1994. 2. 28.자 증액경정처분에 대하여 원고는 적법한 전심절차를 거쳤다.
(라) 그리고, 1995. 2. 18. 피고는 다시 앞서 비업무용부동산으로 본 부동산에 대한 종합토지세 금 1,049,410원을 손금불산입하여 법인세 금 547,870원 및 방위세 금 94,440원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였는바(갑제16호증의 3, 을제41호증), 이로써 1989년 사업연도의 소득에 대한 법인세액은 금 392,061,223원이, 방위세액은 금 79,103,446원이 되었다(이하, 이와 같이 최종 증액된 부과처분을 “이 사건 1989년 사업연도에 대한 법인세부과처분”이라 한다). 위와 같은 경위로 부과된 1(가) 989년 사업연도의 소득에 대한 법인세의 부과현황을 도표로 정리하면 아래와 같다..
(마) 한편, 원고는 1989년 사업연도 귀속 토지 등 양도에 대한 특별부가세(이하, “특별부가세”라 한다)의 과세표준으로 금 19,049,874원을 신고함과 아울러 그에 대한 특별부가세 금 4,762,468원에 대하여는 관계법령에 따라 이를 면제받았다(을제39호증).
(3) 1990년 사업연도(1990. 1. 1. - 1990. 12. 31.)

(가) 원고가 1991. 3. 30. 1990년 사업연도의 소득에 대한 법인세 및 방위세에 관하여 그 과세표준 등을 자진신고하고, 그때까지 법인세 금 170,481,270원 및 방위세 금 56, 854,970원을 납부한데 대하여, 피고는 같은 해 9. 16. 중소기업투자준비금 43,596,551원을 익금산입하여 법인세 금 34,505,130원 및 방위세 금 9,438,150원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였다(을제42호증).
(나) 이어 1992. 4. 16.에는 가지급금 및 비업무용부동산에 관련된 차입금 지급이자 금 1,432,884원 및 금 177,747,694원을 각 추가로 부인하여 손금불산입하는 한편, 건설자금이자에 대한 차입금 지급이자를 재계산하여 금 649,845,714원을 추가로 손금불산입하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 346,249,470원 및 방위세 금 82,173,190원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였다(을제43호증).
(다) 다시 피고는 1993. 3. 2. 서울 서초구잠원동 13의 8소재 토지의 양도로 인한 고정자산처분이익 중 신고누락분 금 547,390,000원을 익금산입하여 법인세 금 265,848, 230원 및 방위세 금 95,245,860원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였다(갑제22호증의 1, 을제46호증).
(라) 피고는 1993. 7. 16. 인천 북구가좌동 306의 1토지를 비업무용부동산으로 보아 그에 관련된 차입금 지급이자 금 54,709,308원 등을 추가로 손금불산입하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 25,683,450원 및 방위세 금 5,416,220원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였다(을제26호증).
(마) 다시 피고는 1994. 2. 28. 1988년 사업연도의 경위와 같이 별지 제3 1990년 사업연도에 대한 세액계산표 중 비업무용부동산의 가액적수계산명세표(이 판결 50-51쪽) 기재의 부동산 외에 위 (1)항에서 본 부동산 및 서울 성동구자양동 680의 68,69토지를 비업무용부동산으로 보아(위 인천 가좌동 토지 제외) 그에 관련된 차입금 지급이자 금 1, 007,963,466원 등을 추가로 손금불산입하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 183,730,240원 및 방위세 금 36,962,510원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였다(을제2호증).
그런데 피고는 위 1992. 4. 16.자, 1993. 7. 16.자 및 1994. 2. 28.자 증액경정처분시 주식취득자금 또는 가지급금 등과 비업무용부동산에 관련된 차입금 지급이자의 계산에 적용될 총차입금의 적수계산방법을 1988년 사업연도의 경우와 같이 하였고, 아파트건설용 토지매입에 관한 건설자금이자 원본산입의 종기를 건설하고 있는 아파트가 준공된 날을 기준으로 하였으며, 위 1994. 2. 28.자 증액경정처분에 대하여 원고는 적법한 전심절차를 거쳤다.
(바) 그리고, 1995. 2. 18. 피고는 다시 앞서 비업무용부동산으로 본 부동산에 대한 종합토지세 등 제세공과금 43,401,870원을 손금불산입하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 10,986,130원 및 방위세 금 2,478,750원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였는바(갑제16호증의 4, 을제47호증), 이로써 1990년 사업연도의 소득에 대한 법인세액은 금 1,037,483,944원이, 방위세액은 금 288,569,668원이 되었다(이하, 이와 같이 최종 증액된 부과처분을 “이 사건 1990년 사업연도에 대한 법인세부과처분”이라 한다). 위와 같은 경위로 부과된 1990년 사업연도의 소득에 대한 법인세의 부과현황을 도표로 정리하면 아래와 같다.
(사)한편, 원고는 1990년 사업연도 귀속 특별부가세의 과세표준으로 금 156,953,902원을 신고함과 아울러 그에 대한 특별부가세 금 39,238,470원을 납부한 바 있었는데(을제42호증), 피고는 1992. 9. 16. 춘천시후평동 67의 12,13소재 임대주택의 양도에 대한 특별부가세로 금 188,964,220원, 방위세로 금 55,906,570원을 부과고지하였고(을제44호증), 다시 그에 대한 관계법령에 따른 감면세액을 재조정하여 같은 해 12. 1. 특별부가세 금 80,207, 300원을 추가고지하였으나(을제45호증), 이에 대하여 원고가 불복, 행정소송을 제기한 결과 1994. 6. 24. 대법원의 확정판결에 의하여 전부 취소되어 같은 해 7. 16. 피고도 이 부분에 대한 감액경정처분을 한 바 있다(을제27호증).
한편 피고는 위 감액결정전인 1993. 3. 2. 위 서울 잠원동 토지의 양도에 대한 앞서 본 (다)항의 사업연도의 소득에 대한 법인세를 추가고지하는 동시에 그 신고누락 양도차익에 대한 특별부가세로 금 202,643,770원도 추가고지하는 증액경정처분을 하였는데(갑제22호증의 1, 을제46호증), 이 부분에 대하여 원고가 따로 적법한 전심절차를 거친 바 없다.
결국, 위와 같이 1990년 사업연도 귀속 특별부가세액은 금 241,882,254원이 되었는데(이하, 이와 같이 최종 증액된 부과처분을 “이 사건 1990년 사업연도 귀속 특별부가세부과처분”이라 한다), 그 부과현황을 도표로 정리하면 아래와 같다.
(4) 1991년 사업연도(1991. 1. 1. - 1991. 12. 31.)

(가) 원고가 1992. 3. 30. 1991년 사업연도의 소득에 대한 법인세에 관하여 그 과세표준 등을 자진신고하고, 그때까지 법인세 금 235,933,590원을 납부한데 대하여, 피고는 1993. 7. 16 위 인천 가좌동 토지를 비업무용부동산으로 보아 그에 관련된 차입금 지급이자 금 88,343,270원 등을 추가로 손금불산입하여 법인세 금 38,574,140원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였다(을제30호증).
(나) 다시 피고는 1994. 2. 28. 1988년 사업연도의 경위와 같이 별지 제4 1991년 사업연도에 대한 세액계산표 중 비업무용부동산의 가액적수계산명세표(이 판결 55-56쪽) 기재의 부동산 외에 위 (3)항에서 본 부동산 및 안양시 평촌동 7-1블럭 토지를 비업무용부동산으로 보아(위 인천 가좌동 토지 제외) 그에 관련된 차입금 지급이자 금 1,545,787,528원 등을 추가로 손금불산입하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 225,821,680원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였는바(을제3호증), 피고는 위 1993. 7. 16.자 및 1994. 2. 28.자 증액경정처분시 주식취득자금 또는 가지급금 등과 비업무용부동산에 관련된 차입금 지급이자의 계산에 적용될 총차입금의 적수계산방법을 1988년 사업연도의 경우와 같이 하였고, 아파트건설용 토지매입에 관한 건설자금이자 원본산입의 종기를 건설하고 있는 아파트가 준공된 날을 기준으로 하였으며, 위 1994. 2. 28.자 증액경정처분에 대하여 원고는 적법한 전심절차를 거쳤다.
(다) 그리고, 1995. 2. 18. 피고는 다시 앞서 비업무용부동산으로 본 부동산에 대한 종합토지세 등 제세공과금 21,364,920원을 손금불산입하고, 비업무용부동산에 대한 차입금 지급이자를 추가하면서 건설자금이자에 대한 차입금 지급이자를 재계산하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 1,694,140원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였는바(갑제16호증의 5, 을제31호증), 이로써 1991년 사업연도의 소득에 대한 법인세액은 금 502, 023,567원이 되었다(이하, 이와 같이 최종 증액된 부과처분을 “이 사건 1991년 사업연도에 대한 법인세부과처분”이라 한다). 위와 같은 경위로 부과된 1991년 사업연도의 소득에 대한 법인세의 부과현황을 도표로 정리하면 아래와 같다.
(라) 한편, 원고는 1991년 사업연도 귀속 특별부가세의 과세표준으로 금 49,883,717원을 신고함과 아울러 그에 대한 특별부가세 금 12,470,920원을 납부한 바 있었는데, 피고는 1992. 9. 16. 원주시명륜동 90의 1소재 임대주택의 양도에 대한 특별부가세에 대하여 관계법령에 따른 감면을 50%만 하여 특별부가세 금 456,208,430원을 부과고지하였고(갑제23호증의 8, 을제28호증), 다시 그에 대한 양도차익을 재계산하여 1993. 3. 2. 특별부가세 금 391,694,270원를 추가고지하는 증액경정처분을 하였는바(갑제23호증의 9, 을제29호증), 원고는 위 1993. 3. 2.자 부과처분에 대하여만 이의신청을 하였다가 같은 해 5. 21. 기각되자 더 이상의 행정심판은 이를 청구하지 않았다.
결국, 위와 같이 1991년 사업연도 귀속 특별부가세액은 금 860,373,630원(차감고지세액을 합한 금액)이 되었는데(이하, 이와 같이 최종 증액된 부과처분을 “이 사건 1991년 사업연도 귀속 특별부가세부과처분”이라 한다), 그 부과현황을 도표로 정리하면 아래와 같다.
(5) 1992년 사업연도(1992. 1. 1. - 1992. 12. 31.)

(가)원고가 1993. 3. 30. 1992년 사업연도의 소득에 대한 법인세에 관하여 그 과세표준등을 자진신고하고, 그때까지 법인세 금 40,947,520원을 납부한데 대하여, 피고는 19 93. 7. 16 위 인천 가좌동 토지를 비업무용부동산으로 보아 그에 관련된 차입금 지급이자 금 123,202,930원 및 기술개발준비금 173,845,752원을 부인하여 손금불산입하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 120,289,160원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였다(을제32호증).
(나) 다시 피고는 1994. 2. 28. 1988년 사업연도의 경위와 같이 별지 제5 1992년 사업연도에 대한 세액계산표 중 비업무용부동산의 가액적수계산명세표(이 판결 60쪽) 기재의 부동산 외에 위 (4)항에서 본 부동산들을 비업무용부동산으로 보아(위 인천 가좌동 토지 제외) 그에 관련된 차입금 지급이자 금 2,197,628,123원 등을 추가로 손금불산입하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 82,107,735원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였는바(을제4호증), 피고는 위 1993. 7. 16.자 및 1994. 2. 28.자 증액경정처분시 주식취득자금 또는 가지급금 등과 비업무용부동산에 관련된 차입금 지급이자의 계산에 적용될 총차입금의 적수계산방법을 1988년 사업연도의 경우와 같이 하였고, 아파트건설용 토지매입에 관한 건설자금이자 원본산입의 종기를 건설하고 있는 아파트가 준공된 날을 기준으로 하였으며, 위 1994. 2. 28.자 증액경정처분에 대하여 원고는 적법한 전심절차를 거쳤다.
(다) 피고는 또 1994. 12. 15. 앞서 부인한 기술개발준비금을 추인하여 이를 손금에 산입하여 법인세액을 금 190,299,319원으로 감액하였다가(을제33호증), 다시 1995. 2. 18.
앞서 비업무용부동산으로 본 부동산에 대한 종합토지세 등 제세공과금 44,066,340원을 손금불산입하는 등으로 소득금액을 조정함으로써 법인세 금 7,255,550원을 추가고지하는 증액경정처분을 하였는바(갑제16호증의 6, 을제34호증), 이로써 1992년 사업연도의 소득에 대한 법인세액은 금 197,554,870원이 되었다(이하, 이와 같이 최종 증액된 부과처분을 “이 사건 1992년 사업연도에 대한 법인세부과처분”이라 한다). 위와 같은 경위로 부과된 1992년 사업연도의 소득에 대한 법인세의 부과현황을 도표로 정리하면 아래와 같다.
(라) 한편, 원고는 1992년 사업연도 귀속 특별부가세의 과세표준으로 금 1,030,619,464원을 신고함과 아울러 그에 대한 관계법령에 따른 특별부가세 금 77,296,450원을 납부한 바 있다(을제32호증).
2. 관련법령

가. 기본 규정

법인세법 제9조【각 사업연도의 소득】

①내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.
②제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 지분의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.
③제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.
④내국법인의 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 각 사업연도의 결손금으로 한다.
나. 건설자금이자에 관련된 손금불산입에 관한 규정

법인세법 제16조【손금불산입】

다음 각 호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
11.법인의 차입금 중 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 이자(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것)

동법시행령 제33조【건설자금 및 불분명한 사채의 이자】

①법 제16조 제11호에서 “건설자금에 충당한 금액의 이자”라 함은 그 명목 여하에 불구하고 당해 사업용 고정자산의 매입제작건설(기존 고정자산의 증설개량을 제외하며, 이하 이 조에서 “건설”이라 한다)에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이에 유사한 성질의 지출금을 말한다.
②제1항의 지급이자 또는 지출금은 건설이 준공된 날(토지매입의 경우에는 그 대금을 완불한 날 또는 당해 토지를 사업에 직접 제공한 날)까지 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다(이상 1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것).
⑥차입금이 사업용 고정자산의 건설에 소요된 여부가 분명하지 아니한 경우에 제2항의 규정에 의한 자본적 지출로 계산할 금액은 재무부령이 정하는 바에 의한다(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 삭제되기 전의 것).
제47조【인정이자의 계산】

①출자자 등에게 무상으로 금전을 대여한 경우에는 재무부령이 정하는 당좌대월이자율(이하, “당좌대월이자율”이라 한다)에 의하여 계산한 이자상당액을 익금에 산입한다. 다만, 당좌대월이자율보다 높은 이자율의 차입금(당좌차월은 제외한다)이 있는 때에는 그 차입금의 범위안에서 당해 이자율에 의하여 계산한 이자상당액을 익금에 산입한다(1991. 12. 31. 대통령령 제13541호로 개정되기 전의 것).
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①출자자 등에게 무상 또는 재무부령이 정하는 당좌대월이자율(이하, “당좌대월이자율”이라 한다) 보다 낮은 이율로 금전을 대여한 경우에는 당좌대월이자율에 의하여 계산한 이자상당액 또는 이자상당액과의 차액을 익금에 산입한다(위 1991. 12. 31. 대통령령 제13541호에 의한 개정 이후의 것).
동법시행규칙 제12조【건설자금의 이자】

②영 제33조 제2항…에서 준공된 날이라 함은 당해 건설의 목적물이 그 목적에 실제로 사용되는 날을 말한다(1996. 3. 21. 총리령 제609호로 개정되기 전의 것).
③영 제33조 제6항에 규정하는 자본적 지출로 계산할 금액은 다음 산식에 의하되, 건설가계정 및 사업용 고정자산의 적수에 상당하는 금액에 대하여 영 제47조에 규정하는 방법에 따라 계산한 이자의 합계액을 한도로 한다(1993. 2. 27. 재무부령 제1911호로 개정되기 전의 것).
다. 비업무용부동산의 범위 및 그에 관련된 손금불산입에 관한 규정 등

법인세법 제18조의3【지급이자의 손금불산입】

①다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 다음 각 호의 자산합계액 한도내에서 대통령령이 정하는 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 다른 법인의 주식

2.제20조의 규정에 의한 특수관계있는 자에게 업무와 직접 관련없이 지급한 가지급금 등

3. 당해 법인의 업무에 직접 관련없는 부동산

②제1항과 제16조 … 제11호의 규정이 동시에 적용되는 경우에는 대통령령이 정하는 순위에 따라 이를 적용한다.
③제1항 제2호 및 제3호에 규정한 자산의 범위는 대통령령으로 정한다(이상 1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것).
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①다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1.당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로써 대통령령이 정하는 것

②대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우에 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 다른 법인의 주식 또는 산출지분

2.제20조의 규정에 의한 특수관계있는 자에게 업무와 직접 관련없이 지급한 가지급금 등으로써 대통령령이 정하는 것(1993. 12. 31. 법률 제4664호로 삭제되기 전의 것)

③제1항제2항 및 제16조 제11호의 규정이 동시에 적용되는 경우에는 대통령령이 정하는 순위에 따라 이를 적용한다(1997. 12. 13. 법률 제5418호로 개정되기 전의 것).
동법시행령 제43조의2【지급이자의 손금불산입】

①법 제18조의3 제1항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액의 합계액을 말한다.
②제1항의 산식 중 총차입금자기자본 및 법 제18조의3 제1항 제1호제2호 및 제3호에 해당하는 자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말…한다.
⑦지급이자 손금부인에 관한 법 제16조 … 제11호와 법 제18조의3의 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 다음에 의한다.
3. 제43조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 계산한 지급이자

4. 제43조의2 제1항 제2호의 규정에 의하여 계산한 지급이자

5. 법 제16조 제11호에 규정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자(이상 1989. 12. 30. 대통령령 제12882호로 개정되기 전의 것)

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①법 제18조의3 제1항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액의 합계액을 말한다.
법 제18조의3 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 자산의 합계액 과 총차입금에서 자기자본의 2배를 공제한 금액 중 적은 금액

②제1항의 산식 중 총차입금자기자본 및 법 제18조의3 제1항 제1호제2호 및 제3호에 해당하는 자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말…한다.
⑤법 제18조의3 제1항 제3호에서 “당해 법인의 업무에 직접 관련없는 부동산”이라 함은 당해 부동산의 취득 후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물 등의 면적, 당해 법인의 업무와의 관련정도 등을 감안하여 재무부령으로 정하는 부동산(이하 “비업무용부동산”이라 한다)을 말한다.
⑦지급이자 손금부인에 관한 법 제16조 … 제11호와 법 제18조의3의 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 다음에 의한다.
2. 제43조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 계산한 지급이자

3. 제43조의2 제1항 제2호의 규정에 의하여 계산한 지급이자

6. 법 제16조 제11호에 규정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자(이상 1990. 12. 31. 대통령령 제13195호로 개정되기 전의 것)

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①법 제18조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산 등”이라 한다)을 말한다.
1.부동산 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산

3. 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산

4.법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산

5. 업무에 적합한 시설기준을 갖추지 못하였거나 업무와의 관련정도가 적은 부동산

③제1항의 규정에 의한 비업무용부동산 등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정한다(이상 1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것).
④ 법 제18조의3 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액”이라함은 다음의 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것).
⑤법 제18조의3 제2항에서 “대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인”이라 함은 차입금(제13항의 규정에 의하여 지급이자가 이미 부인된 차입금을 제외한다)이 자기자본의 2배…을 초과하는 법인을 말한다(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것).
⑥법 제18조의3 제2항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액”이라 함은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.
1.소비성서비스업을 영위하는 법인 외의 법인의 경우(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것)

⑦제6항 제2호의 산식에서 규정하는 지급이자손금부인대상금액은 다음 각 호에 의한다.
1. 소비성서비스업 외의 사업부분의 지급이자손급부인대상금액

법 제18조의3 제2항 제1호 내지 제3호의 자산합계액과 자기자본의 2배를 초과하는 차입금 중 적은 금액(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것)

⑧제4항 및 제6항의 산식 중 총차입금자기자본 및 제18조의3 제1항 및 제2항 각 호에 해당하는 자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말…한다(1992. 12. 31. 대통령령 제13803호로 개정되기 전의 것).
⑬지급이자의 손금부인에 관하여 법 제16조제11호 및 법 제18조의3의 규정이 동시에 적용되는 경우에는 다음 각 호의 순서에 의한다.
2. 제43조의2 제6항의 규정에 의하여 계산한 지급이자

3. 제43조의2 제4항의 규정에 의하여 계산한 지급이자

4. 법 제16조 제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 차입금의 이자(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것)

동법시행규칙 제18조【지급이자의 손금불산입】

③영 제43조의2 제5항에서 “비업무용부동산”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.
1.취득 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지는 2년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(매매사업용 부동산을 포함한다, 1990. 10. 4. 재무부령 제1818호로 개정되기 전의 것)

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③영 제43조의2 제5항에서 “비업무용부동산”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다(본문이 1991. 2. 28. 재무부령 제1844호에 의한 개정으로 <영 제43조의2 제1항…에서 “비업무용부동산 등”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다>로 변경되었다).
1.부동산(제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 6월(… 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(1993. 2. 27. 재무부령 제1911호로 개정되기 전의 것)

12.매매용 부동산. 다만, 부동산매매업을 주업으로 하거나 주택신축판매업을 하는 법인이 취득한 매매용 부동산(주택신축판매업의 경우에는 주택신축용 토지에 한한다)으로서 취득 후 2년이 경과되지 아니한 것(주택 등 건물의 신축판매업용 부동산의 경우에는 토지를 취득한 후 2년 이내에 착공한 것으로서 공사진행 중에 있는 것)을 제외한다(1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것).
④다음 각 호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다.
1.당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(이하 이 호에서 “사용제한부동산”이라 한다)으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년이 경과되지 … 아니한 부동산(1995. 3. 30. 총리령 제492호로 개정되기 전의 것)

⑥제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한 내에 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날부터 비업무용부동산으로 본다(1990. 4. 4. 재무부령 제1818호로 신설되었는바, 동 부칙 제3조의 규정에 의하여 시행 이후 취득한 부동산에 대하여만 적용되고, 동항은 같은 해 10. 22. 재무부령 제1835호에 의한 개정으로 제7항이 되었으며, 1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되었다).
3. 당사자의 주장

가.피고의 주장

피고는 먼저 본안전 항변으로, 이 사건에서 문제된 부과처분 중 1990년 및 1991년 사업연도 귀속 각 특별부가세부과처분 및 1992년 사업연도 귀속 특별부가세신고와 관련된 부분은 원고가 적법한 전심절차를 거치지 않았거나, 다툴 수 없는 것이므로, 부적법하다는 취지로 주장하고, 다음 본안에 대하여는 이 사건 각 사업연도에 대한 법인세부과처분은 관련법령에 따라 적법하게 이루어진 것이라고 주장한다.
나.원고의 주장

원고는, 먼저 본안전 항변과 관련하여, 사업연도의 소득에 대한 법인세와 특별부가세는 모두 법인세법에 규정되어 있는 동일한 세목임을 전제로, 1990년 및 1991년 사업연도 귀속 각 특별부가세부과처분 및 1992년 사업연도 귀속 특별부가세신고부분은 그후에 이루어진 해당 사업연도의 소득에 대한 법인세의 증액경정처분에 흡수되었는데, 원고가 그후의 증액경정처분에 대하여 적법한 전심절차를 거친 만큼 1990년 및 1991년 사업연도 귀속 각 특별부가세부과처분 및 1992년 사업연도 귀속 특별부가세신고부분에 대하여도 다툴 수 있다고 주장하는 한편, 본안에 대하여 이 사건에서 문제된 부과처분에는 아래와 같은 위법사유가 있다는 취지로 주장한다.
첫째, 이 사건 각 사업연도에 대한 법인세부과처분 전부에 대하여, 원고가 보유하고 있는 부동산 중 춘천시 후평동 소재 토지 전부와 안양시평촌동 7-1블럭 토지 및 서울 성동구자양동 680의 68,69토지는 관련법령에 따라 해당 사업연도 동안 비업무용부동산으로 볼 수 없음에도, 피고는 이를 모두 비업무용부동산으로 보아 그에 관련된 차입금 지급이자 및 제세공과금을 손금불산입하는 위법을 범하였다.
둘째, 비업무용부동산 및 주식취득자금 또는 가지급금 등에 관련된 차입금 지급이자를 계산함에 있어 건설자금이자에 대한 차입금 지급이자 계산시에만 적용되는법인세법시행령 제47조소정의 인정이자의 계산방법을 적용함으로써 그 계산결과가 부당하게 높아지는 결과를 가져왔다.
셋째, 피고는 건설자금이자에 대한 차입금 지급이자와 관련하여, 이를 계산함에 있어 용도가 분명한 차입금의 이자는 물론 건설이 완료된 후에 남은 용도가 분명한 차입금의 이자를 불분명한 차입금의 이자에 포함하여 계산하였고, 이에 대한 감가상각이 계산되지 않았으며, 관련법령에 따라 건설자금이자를 자본적 지출로 하여 원본에 가산할 수 있는 최종기한인 “당해 토지를 사업에 직접 제공한 날”이라 함은 이 사건의 경우와 같이 아파트를 신축하기 위하여 매입한 토지의 경우 아파트건축공사에 착공한 날로 보아야할 것임에도 피고는 이를 그 준공일로 보아 계산함으로써, 결국 건설자금이자에 대한 차입금 지급이자를 과다하게 계산하였다.
넷째, 1990년 사업연도 귀속 특별부가세부과처분에 대하여, 피고는 위 서울 잠원동 토지의 양도차익을 계산함에 있어 사실을 오인하여 이를 과다계상하는 위법을 저질렀고, 1991년 사업연도 귀속 특별부가세부과처분 및 1992년 사업연도 귀속 특별부가세신고부분에 대하여는, 위 원주시 명륜동 소재 임대주택의 양도나 춘천시후평동 산5의 9소재 아파트의 양도는 모두 주택의 신축판매에 해당되어법인세법시행령 제124조의3 제5항의 규정 등에 따라 특별부가세의 부과대상에서 제외됨에도 이에 대하여 특별부가세를 부과하는 위법을 범하였다.
4. 판 단

가. 본안전 항변에 대한 판단

(1) 먼저 피고의 본안전 항변에 대하여 살펴본다.
납세의무 있는 내국법인의 각 사업년도의 과세표준과 세액은법인세법 제26조의 규정에 의한 법인의 신고에 의하여 확정되는 것이지만 과세관청이 그 신고내용에 오류 또는 탈루 등이 있다고 인정하여동법 제32조 제2항의 규정에 따라 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분을 하는 경우, 그 증액경정처분은 납세자의 신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 증액되는 부분만을 추가로 결정하는 것이 아니라 신고확정된 과세표준과 세액에 증액부분을 포함하여 전체로서의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 증액경정처분이 되면 신고확정의 효력은 소멸되어 납세자는 증액경정처분만을 쟁송의 대상으로 삼을 수 있는 것이며, 이 경우 당사자는 신고에 의하여 확정되었던 과세표준과 세액에 대하여도 그 위법 여부를 함께 다툴 수 있다 할 것이고, 이러한 이치는 당초처분과 증액경정처분, 증액경정처분과 증액재경정처분 사이에서도 마찬가지라 할 것이나(대법원 1992. 5. 26. 선고 91누9596 판결참조), 이는 모두 같은 내용의 조세에 대한 증액경정처분이 있었음을 전제로 하는 것이며, 서로 다른 내용의 조세의 경우에는 성질상 처음부터 적용될 여지가 없다.
(2) 그런데, 이 사건에서 문제된 사업연도의 소득에 대한 법인세와 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 서로 과세물건 또는 과세대상이 다름은 물론 그러한 과세물건 또는 과세대상을 포착하는 방법이 달라, 특별부가세의 경우 법인의 사업연도의 과세표준이 없는 경우에도 부과가 가능하며, 더욱이 토지 등의 양도로 인한 소득도 법인의 소득임에는 틀림없으므로 이에 대하여 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세대상이 됨에도 여기에 다시 특별부가세를 부과함은 산업자본이 부동산의 투기 내지는 과다투자에 동원되는 것을 억제하고자 함에 있는 점, 이에 법인세법도 위 두 개의 조세에 대하여 각기 장을 달리하여 규정하고 있는 점 등을 보태어 보면, 결국 위 두 개의 조세 사이에서는 앞서 본 신고와 증액경정처분, 증액경정처분과 재증액경정처분의 법리가 적용되지 않으며, 위 두 개의 조세가 같이법인세법 제1조에 의하여 법인세로 통칭된다 하여 달리 볼 것은 아니다.
(3) 이 사건의 경우 원고는 최종 증액된 각 1993. 3. 2.자 1990년 및 1991년 사업연도 귀속 특별부가세부과처분에 대하여 적법한 전심절차를 거치지 않았고, 또 1992년 사업연도 귀속 특별부가세와 관련하여서는 원고가 신고한 대로 과세표준과 세액이 확정되었을 뿐 그후 이에 대한 피고의 증액경정처분이 없었음은 앞서 본 바와 같은바, 따라서 이 부분에 대한 원고의 이 사건 소는 적법한 전심절차없이 제기된 것이거나 신고확정되어 다툴 수 없는 부분에 대한 것으로 모두 부적법하다 할 것이다.
나. 본안에 대한 판단

(1) 사실의 인정

아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제7,8,11호증의 각 1,2, 갑제9호증의 1 내지 3, 갑제10호증의 1 내지 11, 갑제13,20호증, 갑제14,19호증의 각 1 내지 14, 갑제15호증의 1 내지 7, 갑제24호증의 5,7, 을제9호증의 1,2, 을제11호증의 1 내지 3의 각 기재와 당원의 광진구청장에 대한 사실조회결과에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고, 을제12,13호증의 각 1,2, 을제14,15호증의 각 기재는 이에 방해가 되지 아니한다.
(가) 원고는 그 소유의 춘천시후평동 산5의 5임야 23,179㎡에 대하여 춘천시장으로부터 대지조성 및 362세대의 임대아파트 건설에 관한 사업계획승인을 받았다가, 1985. 12. 30. 그 주변에 매수한 토지를 합쳐 그 대상면적을 23,801㎡로 하여 신축할 아파트를 11동 460세대로 하는 내용의 변경승인을 받았고, 한편, 같은 해 10. 22. 이에 대한 건축허가까지 받았으나, 실제로는 그중 4동 200세대에 대하여만 공사에 착수하여 1986. 4. 23. 준공하였다.
한편, 원고는 위에서 본 토지 외에 인근의 토지로서 위후평동 산의 5의 5임야와는 구거로 구분되어 북쪽에 있는같은 동 89의 1내지 4 과수원 합계 5,622㎡를 1985. 8. 23.경에, 위같은 동 산5의 5임야 동쪽의같은 동 산5의 4임야 19,759㎡를 1986. 6. 23.경에, 그리고 서쪽의같은 동 81전 2,159㎡를 같은 해 12. 31.경에 각 매입하였으나, 이 사건에서 문제된 1988년 내지 1992년 사업연도 내에 그곳에 아무런 건축을 하지 않았다.
그리고, 그후 위후평동 산5의 5임야는 분할합병 및 등록전환 등을 거쳤는바, 그 과정 및 그중 위 건축된 아파트의 대지로 등기된 부분을 정리하면 아래의 도표와 같다.
(나) 원고는 또 안양시 평촌의 택지개발사업지구내 공동주택건설용지인 안양시평촌동 7-1블럭 대지 40,589.7㎡를소외 한국토지개발공사로부터 매입하였는데, 1989. 8. 18. 이에 대한 선수협약이 체결되어 선급금 981,353,230원을 지급하였으며, 다시 1990. 5. 17. 용지매매의 본계약이 체결되어, 대금지급조건이 4년 분할의 연불조건으로 확정되었고, 1993. 10. 15. 토지사용승락(용지사용은 원칙적으로 대금 전액을 완납한 후 가능하도록 되어 있었으나, 그전이라도 미지급 잔대금에 대한 확실한 담보를 제공하는 경우에는 가능하였다)을 받았으며, 1996. 5. 9. 대금을 완납하였다.
(다) 또 원고는 사옥신축을 위하여 서울 성동구자양동 680의 68,69대지 1,058.1㎡를 1990. 12. 18. 매입하였는데, 당시 제3차 건축제한조치로 인하여 전국 일원에 대한 일반업무시설의 건축이 금지되어 있었으나, 위 조치는 같은 해 12. 31.까지의 한시적인 것으로 조치 당시 발표되어 있었다.
이러한 일반업무시설에 대한 건축제한은 예정대로 1990. 12. 31. 해제되어 원고가 1991. 5.경 사옥신축을 위한 건축허가를 신청하였으나 다시 제6차 건축제한조치에 의하여 같은 해 5. 6.부터 같은 해 9. 30.까지 연면적 5,000㎡ 이상 또는 6층 이상의 일반업무시설건물에 대한 건축제한이 이루어짐에 따라 같은 해 8. 28. 불허처분이 내려졌고(한편 원고가 같은 해 7. 8. 성동구청장에게 문의한 결과 이 사건 토지상에 건축가능한 최대 규모는 지하 3층, 지상 8층, 연면적 6,128,6㎡이다), 도중 제7차 건축제한조치에 의하여 수도권 및 인구 30만 이상의 시에 대하여는 일반업무시설의 전체 건축물에 대한 건축제한이 같은 해 7. 15.부터 1992. 3. 31.까지 내려졌다가 제9차 및 제10차 건축제한조치에 의하여 같은 해 12. 31.까지로 연장되었다.
원고는 위와 같은 건축제한조치가 모두 해제된 이후인 1993. 5. 6. 사옥신축에 대한 건축심의를 받고, 같은 해 6. 30. 건축허가를 받아 같은 해 8. 23. 신축공사에 착수하여 1995. 12. 31. 준공하였는데, 그 규모는 지하 3층, 지상 6층, 연면적 5,245.7㎡이다.
(라)한편, 원고는 1988년 내지 1992년 사업연도의 소득 등에 대한 과세표준신고시 건설자금이자에 관련된 자료로 차입금에 대한 지급이자, 그에 기한 건설자금이자계산액 등을 정리계산하여 신고하면서 건설자금이자에 관련된 차입금 지급이자의 계산에 이용되는 총차입금의 적수를,법인세법시행령 제47조의 규정에 따라 당좌대월이자율 이하의 이율에 기한 차입금에 대하여도 그 실체 차용이율이 아닌 당좌대월이자율을 차용이율로 보아 총차입금의 적수를 계산신고하였고, 한편 아파트건설용 토지매입에 관한 건설자금이자 원본산입의 종기는 이를 건설하고 있는 아파트건축공사에 착공한 날을 기준으로 하였다.
(마)그런데, 피고는 1989년 내지 1992년 사업연도에 대한 법인세부과처분을 함에 있어, 원고의 보유 부동산 중 앞서 본 토지들을 비업무용부동산으로 보아 그에 관련된 차입금 지급이자를 계산할 때와 주식취득자금 또는 가지급금 등에 관련된 차입금 지급이자를 계산함에 있어 원고가 건설자금이자계산과 관련하여 신고한 총차입금적수를 그대로 적용하여 이를 계산하는 한편, 건설자금이자와 관련하여서는, 원고의 신고내용을 기초로 하여 용도가 불분명한 차입금에 대하여 감가상각 등의 조치 등으로 중복계산을 배제하면서 그 원본산입의 종기는 아파트건축공사에 착공한 날이 아닌 준공일을 기준으로 하여 계산하였다.
(바) 한편, 원고의 차입금에 대한 지급이자 및 그 이자율을 각 사업연도별로 보면, 각 별지 제1 내지 제5의 각 사업연도에 대한 세액계산표 중 지급이자 및 총차입금적수계산명세표 기재와 같다.
(2) 판 단

(가) 먼저 이 사건 각 사업연도에 대한 법인세부과처분에 있어, 원고의 보유 부동산 중 일부를 피고가 비업무용부동산으로 보아 그에 관련된 차입금 지급이자를 손금불산입한 부분에 대하여 살펴본다.
원고 소유의 춘천시 후평동 소재 토지들과 관련하여, 앞서 본 임대아파트 건설에 관한 사업계획승인내용과 변경승인내용, 그 대상면적 및 토지들의 위치와 취득시점을 종합하여 보면, 우선 그중 위후평동 89의 1 내지 4의 과수원토지와 위 사업계획변경승인 후에 취득한같은 동 81의 토지는 위 임대아파트 건설과 아무런 관련이 없는 토지이고, 이들에 대하여 원고가 문제된 1988년 내지 1992년 사업연도 동안 지상에 아무런 건축을 하지 않았으므로 그 기간 동안 비업무용부동산에 해당됨은 분명하다.
다음 위후평동 산5의 5임야(나중에 분할된 토지 포함)와같은 동 산5의 4임야에 대하여 보건대 위 임대아파트 건설에 관한 사업계획은 결국같은 동 산5의 5임야 전부와같은 동 산5의 4임야 일부에 대하여 이루어진 것임을 알 수 있으나, 그 규모는 아파트 11동에 460세대임에도 1988년 내지 1992년 사업연도 동안 아파트건축에 착수하여 준공한 것은 그중 4동 200세대에 불과하므로, 그 전체가 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호(1990. 10. 4. 재무부령 제1818호로 개정되기 전의 것)나 동항 제12호(1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것)의 규정에 의하여 비업무용부동산에서 제외된다고 보기는 어렵고, 결국 그중 실제 건설된 아파트의 부지 등에 해당되는 토지만이 비업무용부동산에서 제외된다고 할 것이다.
그런데 앞서 본 아파트의 대지권 등기의 변동현황이나 그후 토지의 분할합병 등의 경위 및 건축된 임대아파트의 규모 등에 비추어볼 때, 그 실제 부지는 최초 대지로 등기된 위후평동 산5의 9임야 10,147㎡ 전부(1985. 9. 17. 분할된 것, 대지권의 등기가 그중 9,947/10,147 지분에 대하여만 이루어졌다고 달리 볼 것은 아니며, 또 후에 위 임야에서같은 동 산5의 22 2,105㎡ 부분이 분할되어 대지권의 등기에서 제외되었다 하여 달리 볼 것도 아니다)와 나중에 대지로 등기된 같은 동 산5의 5의 토지(1985. 9. 17. 분할된 것) 중같은 동 산5의 21부분 500㎡(1992. 10. 30. 분할과 동시에같은 동 산 5의 9에 합병된 것) 및같은 동 산5의 10의 토지(1985. 9. 17. 분할된 것) 중같은 동 산5의 23부분 1,127㎡(19 92. 10. 30. 분할과 동시에같은 동 산 5의 9에 합병된 것)만이 이에 해당된다 할 것인바, 따라서 이를 제외한 나머지 토지는 위 사업연도 동안 여전히 비업무용부동산에 해당되고, 위 인정의 아파트의 부지에 해당되는 토지는 이에서 제외된다.
다음 안양시 펑촌동 소재 토지에 대하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고가 이를 취득한 시점은 선수협약체결일자와 관련법령에 따라 그에 관한 4년 연불의 대금지급조건 및 선급금지급일자 등에 비추어 그 선수협약체결일인 위 1988. 8. 18.임이 명백한데(따라서 위 토지에 대하여는 “기한 내에 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날부터 비업무용부동산으로 본다”는 내용의 법인세법시행규칙 제18조 제6항<1990. 4. 4. 재무부령 제1818호로 신설된 것>의 규정이 적용될 여지가 없다), 그 사용가능한 시점은 위한국토지개발공사로부터 사용승락을 받은 1993. 10. 15. 이후이므로, 결국 1991년 및 1992년 사업연도 동안에는 이를 비업무용부동산으로 볼 수 없다.
나아가 서울 성동구 자양동 소재 사옥신축부지에 대하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 당초 원고가 이를 구입할 시점에 이미 사옥건물과 같은 일반업무시설에 대한 건축제한조치가 내려져 있었던 상태였고, 원고도 이를 알고 매입하였으나, 그 건축제한조치가 처음부터 매입 후 채 1월도 경과되지 않는 시점에 해제될 것이 이미 예정되어 있었고, 그후 그 제한조치가 해제되었는데, 약 4개월여가 경과한 시점인 1991. 5. 6.부터 다시 건축제한조치가 내려져 1992. 12. 31.까지 계속되었음을 알 수 있는바(앞서 본 위 토지의 규모 및 사용용도 등에 비추어 연면적 5,000㎡ 이상 또는 6층 이상의 일반업무시설건물에 대한 건축제한도 실제 원고에 대하여는 건축제한 내지 금지로 보아야 할 것이다), 따라서 원고가 위 토지를 취득할 당시에는 사실상 아무런 건축제한 등의 조치가 없었던 것이나 마찬가지이고, 다만 그후 건축제한이 이루어진 것으로 볼 수 있으므로, 위 토지에 대하여는 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호(1995. 3. 30. 총리령 제492호로 개정되기 전의 것)의 규정이 적용되어 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년이 경과되지 않으면 이를 비업무용부동산으로 볼 수 없는데, 그 3년 이내인 1993. 8. 23. 원고가 공사에 사옥신축공사에 착수하였으므로, 결국 위 토지도 1990년 내지 1992년 사업연도 동안 비업무용부동산에 해당되지 않는다.
결국, 위와 같은 이유로 앞서 비업무용부동산에 해당되지 않는다고 판단된 부동산들은 모두 이 사건에서 문제된 1988년 내지 1992년 사업연도 동안 이를 비업무용부동산으로 볼 수 없음에도, 이를 모두 비업무용부동산으로 보아 그에 관련된 차입금 지급이자를 부인하여 손금불산입한 이 사건 각 사업연도에 대한 법인세부과처분은 이 점에서 위법함을 면치 못한다.
(나) 다음 원고가 비업무용부동산 및 주식취득자금 및 가지급금 등에 관련된 차입금 지급이자 계산에 있어 필요한 총차입금적수계산방법에 대하여 보건대, 앞서 본 관련법령에 의하면 이 경우에는법인세법시행령 제47의 규정이 적용되지 않아 그 실제 이율을 기초로 한 적수가 계산되어야 함에도, 피고는 원고가 건설자금이자계산을 위하여 위시행령 제47의 규정을 적용하여 계산신고한 총차입금적수를 그대로 원용하여 이를 계산함으로써 그 총차입금적수를 감소시켜 결과적으로 계산된 지급이자액을 높이는 결과는 가져왔으므로, 이 점에 있어서도 이 사건 각 사업연도에 대한 법인세부과처분은 위법하다.
(다) 그리고, 건설자금이자와 관련하여, 위 인정사실에 의하면, 그 대상 차용금 및 감가상각 등의 계산은 적법하게 이루어졌으며(앞서 본 바와 같이 이는 모두 실제 원고의 신고내용을 기초로 한 것이다), 한편법인세법 제16조 제11호(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것),동법시행령 제33조 제2항(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것)에서 건설자금이자를 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는 것은, 건설을 위하여 조달한 차입금의 이자를 건설원가에 산입하지 아니하고 기간비용에 계상하게 된다면, 그 비용에 대응하는 수익이 없음에도 비용계산을 허용하는 셈이 되어 수익비용대응의 원칙에 위배된다는 점 등에 그 이론적 근거를 두고 있으며, 위시행령 제33조 제2항이 19 83. 12. 29. 대통령령 제11282호로 개정되기 전에는 건설자금이자 원본산입의 종기를 그 매입을 완료한 날인 “대금을 완불한 날”로 규정하였다가, 토지대금을 완불하기 전에 당해 토지를 인도받아 사업에 제공하여 그로부터 수익을 얻는 때에도 대금완불일까지의 지급이자를 건설자금이자로 계산하도록 하는 것은 건설자금이자를 손금불산입하는 이론적 근거에 비추어 불합리하기 때문에 대금완불일 보다 “당해 토지를 사업에 직접 제공한 날”이 빠른 때에는 “당해 토지를 사업에 직접 제공한 날”까지만 건설자금이자를 계산하도록 하기 위하여 위 규정을 1983. 12. 29. 위와 같은 내용으로 개정하였는바, 이러한 건설자금이자 손금불산입의 이론적 근거 및 위 시행령 규정의 개정취지 등을 종합하여 볼 때, 토지매입의 경우 건설자금이자 원본산입의 종기는 그 대금을 완불한 날로 보되, 대금을 완불하기 전에 당해 토지를 사업에 직접 제공한 때에는 사업에 직접 제공한 날로 보아야 하고, 여기에서 당해 토지를 사업에 직접 제공한 날이라 함은 건축물 또는 구축물의 부지로 사용하기 위한 토지매입의 경우에 있어서는 “당해 건축물 또는 구축물이 준공되어 그 목적에 실제로 사용되는 날”을 말한다고 보아야 함이 타당함에 비추어(대법원 1995. 8. 11. 선고 95누3121 판결참조), 이를 아파트건축공사에 착공한 날이 아닌 준공일로 보아 계산한 데에 아무런 위법이 없다.
다만 위와 같은 이유로 비업무용부동산 및 주식취득자금 또는 가지급금 등에 관련된 차입금 지급이자가 줄어듦에 따라 건설자금이자에 대한 차입금 지급이자도법인세법시행령 제43조의2 제7항(1989. 12. 30. 대통령령 제12882호로 개정되기 전의 것 및 1990. 12. 31. 대통령령 제13195호로 개정되기 전의 것) 또는동조 제13항(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것)의 규정에 따라 조정되어야 한다.
(라)결국 위와 같은 사실관계 및 판단에 따라 잘못된 부분을 관련법령에 따라 적법하게 수정하는 등으로 하여, 원고에 대한 1988년 사업연도부터 1992년 사업연도에 이르기까지의 각 사업연도별 소득에 대한 정당한 법인세액(내지 방위세액, 1988년 사업연도에 대한 세액계산은 다음 사업연도에 대한 이월결손금의 계산을 위하여 필요하다)을 계산하여 보면, 별지 제1 내지 제5의 각 사업연도에 대한 세액계산표의 각 기재와 같은바, 따라서 이 사건 1989년 내지 1992년 각 사업연도에 대한 법인세부과처분 중 그 인정세액을 넘는 부분은 모두 위법하여 각 취소되어야 한다.
5. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 소 중 이 사건 1990년 및 1991년 사업연도 귀속 각 특별부가세부과처분 및 1992년 사업연도 귀속 특별부가세신고부분에 대한 부분은 부적법하여 이를 각 각하하고, 이 사건 각 사업연도에 대한 법인세부과처분의 취소를 구하는 청구는 위 인정범위내에서 이유있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

비업무용부동산으로 보고 그 부동산에 대한 종합토지세 등을 손금불산입하여 소득금액을 조정하여 법인세를 추가 고지하였다. 그러나 일부 토지는 건축제한이 이루어졌으나 3년 이내에 사옥신축공사에 착수하였으므로 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호에 의거하여 비업무용부동산에 해당되지 않으므로 정당한 세액을 초과하는 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.