법인세경정거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2017.06.23 / 시행일:

【원 고】 대한지방행정공제회 (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 김명섭 외 1인)
【피 고】 용산세무서장
【변론종결】2017. 4. 28.
【주 문】
 1. 피고가 2014. 5. 15. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 374,972,628원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 대한지방행정공제회법에 따라 설립되어 지방자치단체의 공무원 또는 지방행정사무에 종사하거나 종사하였던 자 등에 대한 효율적인 공제제도를 확립 운영함으로써 이들의 생활안정과 복지증진을 도모함을 목적으로 하는 비영리내국법인(이하 ‘비영리법인’이라 한다)이다.
 나. 원고는 2010 사업연도 손익계산서상 고유목적사업준비금 전입액 240,392,668,398원(= 퇴직급여준비금 205,504,862,880원 + 한아름목돈준비금 30,443,295,340원 + 제급여준비금 4,444,510,178원)을 계상하고, 그 중 고유목적사업준비금 한도액 239,180,777,128원을 초과하는 1,211,891,270원을 손금불산입하여 피고에게 법인세를 신고·납부하였다.
 다. 원고는 2014. 3. 27. 피고에게, 위 고유목적사업준비금 전입액 240,392,668,398원 중 위 퇴직급여준비금 및 한아름목돈준비금 합계 235,948,158,220원(이하 ‘이 사건 부가금’이라고 한다)은 수익사업의 손금(이자비용)으로 산입하고 나머지 제급여준비금 4,444,510,178원만 고유목적사업준비금으로 계상하는 것으로 고유목적사업준비금조정명세서를 수정한 후 제급여준비금 4,444,510,178원은 고유목적사업준비금 한도액의 범위 내에 있으므로 이를 전액 손금손입하여야 한다는 이유로 당초 2010 사업연도 법인세 신고 시 고유목적사업준비금 한도초과액으로 손금불산입 신고한 부분인 1,211,891,270원을 손금으로 인정하여 2010 사업연도 법인세 374,972,628원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. 
?회계장부세무조정당초신고고유목적사업준비금 전입액 2403억 원이자비용 : 없음고유목적사업준비금 손금산입 : 2,391억 원 (손금)고유목적사업준비금 한도초과 : 12억 원 (손금부인)경정청구고유목적사업준비금 전입액 2403억 원이자비용 : 2,359억 원 (손금)고유목적사업준비금 손금산입 : 44억 원 (손금)고유목적사업준비금 한도초과 : 없음
 라. 피고는 2014. 5. 15. ‘원고는 대한지방행정공제회법에 의해 설립된 비영리법인으로서 그 설립목적에 따라 회원 상호간의 공동이익 증진·상호부조 등을 목적으로 영위하는 공제사업은 수익사업에 해당되지 아니하고, 고유목적사업부문에서 지출한 비용인 부가금은 수익사업부문의 손금으로 처리할 수 없다.’는 이유로 원고의 위 경정청구에 대한 거부처분(이하 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다)을 하였다. 
 마. 원고는 이에 불복하여 2014. 7. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2016. 4. 14. 기각되었다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 갑 제23호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 거부처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장 요지
 1) 원고 
 가) 주위적 주장
 이 사건 부가금은 원고가 회원들로부터 부담금을 납부받은 것에 대한 대가로 회원들에 대하여 지급되는 것이므로 자금조달비용의 성격을 갖는 것으로서 원고가 지급하여야 하는 부가금은 부담금의 운용수익에 대응하는 비용으로서 부담금 운용수익과 부가금은 수익·비용 대응의 관계에 있다고 할 것이므로, 이 사건 부가금은 원고의 수익사업의 손금에 해당한다. 
 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하다.
 나) 예비적 주장
 부가금의 지급이 공제사업(보험의 성격)의 일종인 급여사업{사고나 경사가 발생할 것을 요건으로 하여 일정금액을 지급하는 것으로서 법인세법 시행령 제2조 제1항 제5호 (나)목의 비수익사업}에 해당하지 아니한다. 단지 부담금 예치의 대가로 지급되는 이자에 불과한 것이다. 따라서 수익사업의 손금으로 산입되어야 한다. 
 부가금 지급이 급여사업에 해당한다면 ‘기금조성사업’{법인세법 시행령 제2조 제1항 제5호 (나)목의 비수익사업}에 해당하는 부담금 운용사업 역시 수익사업으로 볼 수 없으므로, 이와 달리 부담금 운용사업에 따른 익금을 수익사업의 익금으로 과세한 것은 위법하다. 
 2) 피고
 가) 이 사건 부가금의 지급은 고유목적사업행위 그 자체로서 원고의 구성원에 대한 배당과 같은 성격을 갖는 것이므로 수익사업에 관한 비용으로 볼 수 없고, 법인세법에 따라 고유목적사업준비금으로 계상된 금액 중 한도액 범위 내의 것만이 법인세법상 특례에 따라 손금으로 인정될 수 있을 뿐이다. 설령 이 사건 부가금 지급비용이 회계상 비용에 해당한다고 보더라도, 이 사건 부가금의 지급은 구성원에 대한 ‘이익의 배분’과 유사한 성격의 것이고, 이익잉여금의 처분과 같은 ‘자본거래’는 법인세법상 손금에 산입되지 않는 것이므로, 법인세법상 손금으로 인정할 수는 없다. 
 나) 법인세법령에 의할 때 법인이 지급하는 이자의 경우 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자를 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에 그 계상한 사업연도의 손금으로 하는 것인데, 이 사건 부가금이 미지급이자로 결산서에 계상된 바가 없으므로 이를 손금으로 인정할 수 없다. 
 다) 원고는 비영리법인으로 과거에는 회원들의 생활 안정과 복지증진 도모를 위해 고유목적사업준비금을 계상하여 이를 수익사업의 소득금액 계산 시 손금으로 산입하여왔는데, 부가금의 규모가 고유목적사업준비금 한도액을 초과할 정도로 증가하게 된 2010 사업연도 이후에는 이를 이자비용으로 손금에 산입하여야 한다고 주장하는 것은, 납세의무자인 원고에게 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 원고의 심한 배신행위에 기인한 것이며, 피고의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 경우에 해당하므로 원고의 주장은 신의성실의 원칙에 위반된다. 
 라) 설령 이 사건 부가금이 손금으로 인정된다고 하더라도, 이 사건 부가금 중에는 원금 성격인 부담금도 포함되어 있는 등 이자비용의 성격을 갖는 부분만을 특정할 수 없어 이 사건 부가금의 산정 자체에 오류가 있으므로, 이 사건 부가금을 이자비용으로서 손금으로 산입할 수는 없다. 
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령의 기재와 같다. 
 다. 판단
 1) 비영리법인의 수익사업에 관한 손금
 가) 구 대한지방행정공제회법(2012. 10. 22. 법률 제11491호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘공제회법’이라고 한다)은, 지방자치단체에 근무하는 공무원 등 또는 그 직에 근무하다가 퇴직한 자로서 정관이 정하는 자를 공제회의 회원이 될 수 있는 자로 하면서 회원이 되고자 하는 자는 가입신청서를 제출하고 최초의 부담금을 납입한 날에 그 자격을 취득하고, 회원은 부담금을 납부하고 공제회의 운영에 협조할 의무를 지며, 정관이 정하는 바에 의하여 급여 및 대여와 복지시설을 이용할 권리가 있고, 그 자격을 상실하거나 원에 의하여 공제회를 탈퇴한 때에는 정관이 정하는 바에 의하여 본인이 납부한 부담금등의 반환을 청구할 수 있다(제7조)고 규정하고 있고, 공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 회원에 대한 급여의 지급, 기금조성을 위한 사업 등의 사업을 하되 그 목적 달성을 위한 필요한 범위 안에서 수익사업을 할 수 있다(제16조)고 규정하고 있으며, 공제회의 재정은 회원의 부담금 기타 수입으로 충당한다(제17조 제1항)고 규정하고 있다. 한편 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라고 한다)은 비영리법인이 ‘각 사업연도의 소득’ 및 ‘토지 등 양도소득’에 대하여는 법인세 납세의무를 진다(제3조 제1항)고 규정하고 있고, 비영리법인의 각 사업연도의 수입은 그 각 호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라고 한다)에서 생기는 소득으로 한다(제3조 제3항)고 규정하고 있다.
 나) 한편 법인세법 제29조 제1항은 비영리법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 제3항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이와 같은 규정들은 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것으로서(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조), 비영리법인이 수익사업의 수익에 대응하는 비용에 해당하는지 여부에 관계없이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 이를 손금으로 인정하여주는 특례를 마련하여 둔 것으로 봄이 타당하므로(수익사업의 수익에 대응하는 비용은 아니지만 고유목적사업에 지출된 비용의 경우 특히 비영리법인에게 특혜가 된다), 고유목적사업준비금에 관한 위 규정이 비영리법인의 수익사업의 수익에 대응하는 비용을 손금으로 산입하는 것을 배제하는 규정이라고 볼 수 없다. 
 다) 위와 같은 법령의 규정과 고유목적사업준비금의 취지에 비추어 보면, 비영리법인인 공제회가 회원들로부터 수취한 부담금 등을 재원으로 수익사업을 하고 그 수익으로 마련한 부가금을 해당 회원의 부담금 상당액에 더하여 지급하는 경우에는, 그와 같은 부가금의 지급이 급여사업으로서 공제회의 고유목적사업에 해당한다고 하더라도 그 고유목적사업을 수행하기 위하여 영위하는 수익사업(공제회법 제16조 제2항)에 관하여는 그로 인한 소득금액에 관하여 법인세가 과세되는 것이므로 비영리법인인 공제회의 수익사업과 관련하여 발생하는 비용이 있다면 이는 수익사업에 관한 손금으로 인정되어야 한다고 볼 것이고, 이와 달리 비영리법인의 수익사업에 관한 손금 산입과 영리법인의 사업에 관한 손금 산입을 서로 달리 취급할 합리적 이유 또는 법령상 근거를 찾을 수 없다.
 2) 이 사건 부가금이 원고의 수익사업에서의 수익에 대응하는 비용인지 여부
 가) 수익·비용대응의 원칙이란 실현된 수익과 그 수익에 관련된 원가·비용·손실을 대상적으로 또는 기간적으로 대조하여 계산·표시하는 것을 말하는 것으로서, 동일한 거래나 사건에 관련된 수익과 비용을 동시에 인식하도록 함으로써 수익·비용에 관한 인식의 왜곡을 막고자 함에 그 취지가 있는데, 법인세법은 이를 명시적으로 규정하고 있지는 않으나 제14조 제1항에서 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.’고 규정하는 등으로 이를 뒷받침하고 있다. 수익·비용대응의 원칙에 따라 비용을 인식하는 방법에는 수익획득과 직접적인 인과관계가 성립할 때 그 비용을 인식하는 방법(예컨대, 매출원가나 판매비 등), 특정수익과 직접적인 인과관계를 명확히 알 수 없지만 발생한 원가가 일정기간 동안 수익창출활동에 기여한 것으로 판단되면 해당하는 기간에 합리적이고 체계적으로 배분하는 방법(예컨대, 유형자산에 대한 감가상각비 등), 당기에 발생한 원가가 미래에 경제적 효익을 제공하지 못하는 경우 발생 즉시 비용을 인식하는 방법(예컨대, 일반관리비나 광고선전비 등)이 있을 수 있다. 어느 법인이 타인 자본을 이용하여 재고자산 또는 고정자산을 취득하여 이로써 수익을 올리고 있는 경우 그 타인 자본은 재고자산 또는 고정자산을 취득하는 재원(財源)으로서 사업상 필요에 의하여 차입한 것이므로 그 지급이자는 수익사업에 따른 수익과 직접적인 인과관계를 명확히 알 수 없더라도 비용으로 인식되어야 한다. 
 한편 영리법인이 수익사업을 영위하기 위한 재원을 조달하는 방법으로는 자기자본과 타인자본이 있는데, 자기자본을 조달한 경우에는 그 수익에 관하여 법인세가 부과되기 때문에 주주들이 받는 배당소득은 이중과세조정을 위하여 일정한 범위에서 배당소득공제를 하며, 타인자본을 조달한 경우에는 총수입금액에서 그 지급이자를 뺀 금액에 관하여 법인세를 부과하고 지급이자에 관하여는 채권자에게 별도로 이자소득세를 과세한다. 비영리법인이 구성원의 출연금으로 수익사업을 영위하였다가 수익의 일부를 다시 구성원에게 배분하는 경우, 그 출연금이 자기자본인 출자의 성격을 갖는 것이라면 구성원에게 배분하는 금액이 일정한 요건을 갖추면 고유목적사업에 사용되는 것으로 볼 수 있고 이 금액은 비영리법인의 소비에 해당하므로 구성원은 이를 증여받는 것이며, 다만 비영리법인은 일정한 한도 내에서 특별히 고유목적사업준비금 등의 손금 산입을 적용받을 수 있다. 만약 구성원의 출연금이 타인자본인 대여의 성격을 갖는 것이라면 구성원에게 배분하는 금액은 비영리법인의 지급이자로서 손금이 되기 때문에 비영리법인은 수익사업에서 발생한 총수입금액에서 그 지급이자를 뺀 금액에 관하여 법인세를 부담하고, 구성원이 배분받은 금액은 이자소득세의 과세대상이 된다. 그런데 비영리법인인 직장공제회로부터 그 회원이 반환받는 직장공제회 초과반환금 중 회원의 퇴직·탈퇴 전에 지급되는 급여의 부가금은 소득세법 제16조 제1항 제12호에 따른 이자소득세 과세대상이 되고(대법원 2010. 2. 25. 선고 2007두18284 판결 참조), 회원의 퇴직·탈퇴로 지급되는 급여의 부가금은 소득세법 제16조 제1항 제10호, 소득세법 시행령 제26조 제2항에 따른 이자소득세 과세대상이 된다. 비영리법인이 지급하는 부가금은 비영리법인의 구성원이 그 급여의 출연 여부나 출연금의 크기 등을 스스로 선택할 뿐만 아니라 원본의 크기와 시간 가치에 비례하여 지급되는 이자의 성격을 갖기 때문이다. 구성원이 지급받는 급여의 부가금이 이자소득에 해당하면 이를 지급하는 비영리법인은 이자비용을 지출한 것으로 보아야만 우리 세법상 과세체계에 들어맞고, 만약 구성원이 지급받는 급여의 부가금을 이자소득에 해당하는 것으로 보았음에도 비영리법인에 대하여는 고유목적사업에 사용한 금액으로 보게 되면 비록 고유목적사업준비금 등의 손금 산입 특례를 적용받더라도 이에 관하여는 한도가 있기 때문에 일정한 범위에서는 비영리법인의 수익이 법인세 과세 단계와 구성원의 소득세 과세 단계에서 이중으로 과세되는 문제가 발생한다. 이에 관하여는 구성원이 지급받는 급여의 부가금이 비영리법인의 고유목적과 관련이 있기 때문에 비영리법인의 지출은 고유목적사업에 사용된 것이고 구성원이 지급받는 소득의 종류만을 이자소득으로 정한 것이라고 보는 견해가 있을 수 있으나, 비영리법인의 지출을 고유목적사업에 사용된 것으로 본다면 구성원이 지급받는 금액은 증여의 성질을 가질 뿐 소득의 일종이라고 볼 수는 없으므로 이자소득세의 과세대상이 될 수 없다고 보아야만 하는데, 앞서 본 바와 같이 구성원이 지급받는 금액을 자기가 출연한 원본의 크기와 시간 가치에 비례하여 받는 이자소득으로 보는 이상 비영리법인이 구성원에게 지급하는 급여의 부가금이 비영리법인의 고유목적과 일정 부분 연관성이 있다고 하여 이를 세법상 고유목적사업에 사용된 금액으로 볼 수는 없다. 
 그리고 구성원이 지급받는 금액 중 기금운용의 성과에 따른 특별부가금이 있다고 하더라도 그 특별부가금은 원본에 대한 대가를 결정하는 방법에 불과하므로 이 역시 지급이자에 해당하고, 비영리법인의 재무제표상 원금만 있고 부가금이 없는 경우 또는 일부 원금을 확인할 수 없는 부가금만 있는 경우 등이 있다고 하더라도 비영리법인이 그 지급이자에 관하여 구성원과 이해관계가 대립하고 있어 허위로 계상할 가능성이 크지 않으며 외부감사를 통해 재무제표의 적정성을 검증받은 적도 있다면 그 구성원과 통모하여 원본의 대가가 아님에도 부가금으로 계상하였다거나 오류의 가능성이 명백하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세자가 제출한 자료 전부를 믿을 수 없다거나 손금에 산입되는 금액을 알 수 없는 것으로 볼 것은 아니다. 
 따라서 비영리법인인 공제회가 회원들로부터 수취한 부담금을 회원의 퇴직, 해약 또는 만기일의 도래 등 일정 조건 하에 회원들에게 반환하면서 그 부담금 운용수익으로 해당 회원의 부담금, 납입기간, 약정이율에 따라 계산된 부가금을 지급하는 경우 그 부가금이 이자비용으로 인정된다면 그 이자비용을 공제회의 수익사업에 관한 손금으로 산입할 수 있다고 보는 것이 타당하다.
 나) 갑 제3, 13, 15, 21, 27, 28, 29호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다. 
 (1) 원고는 회원들(2010. 12. 31. 기준 22만여 명이다)로부터 수취한 퇴직급여 부담금, 한아름목돈예탁 부담금 등을 재원으로 각종 금융상품이나 부동산 등에 투자하고 이로써 얻는 수익으로 회원들에게 부가금을 지급하는 급여사업을 하여 왔다 .
 (2) 퇴직급여금의 경우, 원고의 회원으로 가입할 수 있는 자가 가입신청을 하고 최초의 부담금을 납입하면 원고의 회원이 되는데(정관 제5조), 회원은 부담금을 납부할 의무를 부담하고 급여 및 기타 이익을 받을 권리를 갖게 되고(정관 제6조 제1항, 제2항), 100구좌 이내에서 원하는 구좌수를 선택하여 1구좌당 매월 10,000원의 부담금을 납입하여야 하며(정관 제36조, 제37조), 회원이 퇴직을 하면 그동안 납부한 부담금에 퇴직급여율로 부리한 부가금을 더하여 계산한 퇴직급여금을 지급받게 되고{정관 제26조 제2항 제1호 (가)목, 공제금 급여규정 제7조 제1항}, 회원이 탈퇴, 제명, 계속하여 6개월 이상 부담금을 납부하지 아니한 때에는 중도탈퇴자의 지급율을 적용한 퇴직급여금을 지급받게 된다(정관 제31조, 정관 제7조 제2, 3, 4호, 공제금 급여규정 제2항). 
 한아름목돈예탁급여금의 경우, 원고의 회원이거나 회원이었다가 퇴직한 자가 가입신청을 하고 부담금을 납입하면 한아름목돈예탁급여의 회원이 되는데(정관 제26조 제2항 제3호, 한아름목돈예탁급여규정 제4조, 제5조 제1항), 회원은 1백만 원에서 5억 원 범위 내에서 1백만 원 단위로 가입금액을 정하여 일시 납입하면(한아름목돈예탁급여규정 제6조, 제7조), 만기지급식의 경우 만기지급일에 부담금과 부가금을 일괄하여 지급받게 되는데 이때 부가율은 국제결제은행기준 자기자본비율순으로 상위 3개 시중은행의 1년 만기 정기예금 기본금리의 평균에 1.0%P를 더한 율 이상으로 하며(한아름목돈예탁급여규정 제8조 제1항 제3호, 제15조 제1항), 회원이 만기일 이전에 중도해지한 경우에는 납부한 부담금에 중도해지시의 지급율을 적용한 부가금을 가산한 급여금을 지급받게 된다(한아름목돈예탁급여규정 제12조).
 (3) 원고는 2010 사업연도에 회원부담금 3,557,210,520,351원을 자본금으로, 지급준비금 1,134,870,682,730원을 부채로 각 회계처리(재무상태표)하였다. 
 (4) 원고의 2010 사업연도 지급준비금 전입액(고유목적사업준비금 전입액)은 2010 사업연도 기말 시점 기준 부가금 총액(당시 회원에게 지급하여야 할 부가금의 누계액)인 1,375,263,351,128원에서 같은 시점 기준 지급준비금 잔액(회원에게 부가금을 지급하기 위하여 적립하여 둔 지급준비금의 잔액) 1,134,870,682,730원을 뺀 240,392,668,398원(이 사건 부가금이 포함되어 있다)이고, 위 지급준비금 전입액은 원고의 2010 사업연도 손익계산서에 반영되어 있다. 
 다) 위 인정 사실을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 회원이 부담금을 예치한 데 대한 대가로서 그 운용실적과 관계없이 사전 약정에 따라 그 부담금에 일정한 부가율에 의하여 산정한 금액을 이 사건 부가금으로 설정하였으므로, 이 사건 부가금의 산정방식은 차입금에 대한 이자의 지급과 본질적으로 유사하고, 부담금의 운영 실적이나 처분가능이익의 발생 여부와 관계없이 부담금의 금액과 납입기간에다가 미리 정해진 이율을 적용하여 산정한 금액을 이 사건 부가금으로 산정하는 것이므로 구성원에 대한 이익배당과는 성질이 다르다고 보이는 점, ② 이 사건 부가금은 금전의 사용에 따른 대가로서 소득세법 제16조 제12호 등에 따라 이자소득세의 과세대상이 될 뿐이고, 배당소득의 과세대상이 되지 아니하므로, 이 사건 부가금을 지출하는 원고의 입장에서는 이 사건 부가금이 이자비용에 해당하는 것으로서 구성원에 대한 이익배당과는 다르다고 보는 것이 논리적인 점(운용에 따른 이익발생 여부와 무관하게 사전에 약정된 이율에 따라 부가금이 산정된다는 점을 고려할 때 더욱 그러하다), ③ 원고가 22만여 명에 달하는 회원으로부터 부담금을 예치 받아 이를 각종 금융상품과 부동산 등에 투자하여 얻는 수익금으로 부가금을 지급하는 운용방식을 취하고 있는데, 이와 같은 운용방식은 은행 기타 다른 금융기관의 그것과 별로 다를 바 없는 점 등의 사정을 알 수 있으므로, 이 사건 부가금은 이자비용으로서 원고의 수익사업에 관한 손금으로 산입할 수 있다고 보아야 한다.
 라) 한편 법인세법 제113조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있고, 법인세법 제113조 제4항 및 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제156조의 위임에 따라 구분경리의 방법을 정하고 있는 법인세법 시행규칙 제76조는 제3항에서 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산의 시가에 의한 자산가액은 자본의 원입으로 경리하도록 하고 있다. 그러나 이는 과세소득과 세액 계산의 정확성을 도모하고자 하는 구분경리(원고의 회계처리)를 위한 규정일 뿐 회원과의 관계에서의 부담금이나 부가금의 성격을 결정하는 규정이 될 수 없고, 그 부담금이 비록 원고의 수익사업에 관한 자본금으로 회계처리되었다 하더라도 원고는 회원이 탈퇴하기 전에도 일정한 조건 하에 부담금을 반환할 의무를 부담하게 되므로 일반적인 자본금과는 성격을 달리하는 것으로서, 원고가 회원들로부터 납입받은 부담금의 수익사업의 자본금으로 경리하였다고 하여 그 실질이 자본금으로 변경된다고 볼 수는 없고, 마찬가지로 원고가 이 사건 부가금을 이자비용으로 회계처리하지 않았다고 하더라도 이를 손금으로 볼 수 없는 것도 아니다. 
 3) 이자비용의 손금 인식 시기와 손금 계상 여부
법인세법 제40조 제2항의 위임에 따른 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호는 ‘법인이 지급하는 이자 및 할인액의 경우 손금의 귀속사업연도는 소득세법 시행령 제45조의 규정에 의한 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도(소득세법 시행령 제45조 제9호는 직장공제회 초과반환금의 경우 약정에 따른 납입금 초과이익 및 반환금 추가이익의 지급일을 이자소득의 수입시기로 규정하고 있다). 다만 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 및 할인액을 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 손금으로 한다.’고 규정하고 있다. 따라서 비영리법인이 직장공제회 초과반환금을 지급할 경우 그 지급이자는 실제로 지급한 날에 손금에 산입할 수 있을 것이나, 위 단서 조항에 따라 결산 확정 시에 그 이자를 사업연도의 손금으로 계상하였다면 이는 그 계상한 사업연도의 손금이 될 수 있다. 
 한편 신고조정사항의 경우에는 세법에 따라 반드시 반영되어야만 하는 것이므로 결산 확정 시에 손금으로 반영하지 아니하였다고 하더라도 손금으로 인정되어야 하지만, 결산조정사항의 경우에는 법인이 미리 손금으로 조금씩 인정받을 것인지 아니면 향후에 한꺼번에 손금으로 인정받을 것인지를 선택하도록 한 것이므로 법인이 결산 확정 시에 반영하여야만 손금으로 인정될 수 있다. 따라서 비영리법인이 결산조정사항인 손금을 결산에 반영하지 아니한 경우에는 비록 결산조정사항인 다른 항목을 결산에 반영하였다가 부인액이 발생하였다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 법인이 그 부인액의 범위에서 애당초 결산에 반영하지 아니한 새로운 손금 항목을 결산에 반영한 것으로 대체할 수 없는 것이 원칙이나, 법인이 손금 항목에 관한 법적 평가를 잘못하여 정당한 결산조정사항과는 다른 결산조정사항으로 반영한 경우 어느 손금 항목으로 볼 것인지에 관한 견해의 대립이 가능할 뿐만 아니라 정당한 결산조정사항과 잘못 반영한 결산조정사항은 그 취지가 같고 실질이 유사하며 법인이 당초 반영하려는 구체적 손금 항목 자체가 동일한 경우에는 정당한 결산조정사항의 범위 내에서는 손금으로 계상한 것으로 볼 수 있다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두20844 판결 참조). 
 따라서 비영리법인이 결산 확정 시에 구성원에게 지급할 직장공제회 초과반환금으로서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자를 고유목적사업준비금으로 잘못 계상하였다고 하더라도, 비영리법인이 구성원에게 지급할 직장공제회 초과반환금의 이미 경과한 기간에 대응하는 금액을 지급이자로 볼 것인지 또는 고유목적사업에 사용될 금액으로 볼 것인지에 관한 견해의 대립이 가능할 뿐만 아니라 이러한 두 가지 결산조정사항은 비영리법인이 구성원에게 지급할 금액을 손금으로 인정하려는 것으로서 그 취지가 같고 실질이 유사하며 비영리법인이 당초 반영하려는 구체적 손금 항목 자체가 동일하므로, 이는 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호 단서에 따른 지급이자를 손금으로 계상한 경우로 볼 수 있을 것이다. 
 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고가 발생주의에 따라 인식한 2010 사업연도 기말 시점의 부가금 총액에서 그때까지의 지급준비금 잔액을 뺀 액수 240,392,668,398원(이 사건 부가금 포함)을 비영리법인회계의 지급준비금 계정으로 전입하였던 점, 원고는 위 지급준비금 전입액을 2010 사업연도 결산확정절차를 통하여 확정된 원고의 손익계산서에 비용 항목으로 반영하였던 사정을 알 수 있으므로, 위 지급준비금 전입액은 발생주의에 따라 2010 사업연도에 대응하는 미지급이자를 계상한 것으로 볼 수 있으므로 그 중 이 사건 부가금 상당액은 이자비용으로 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호 단서에 따라 손금으로 인정되어야 한다[한편 피고는 이 사건 부가금 상당액은 회원의 일시 탈퇴 시 지급해야 할 부가금 누계액에 해당하므로 이 사건 부가금 상당액이 2010 사업연도 수익사업에 대응하는 비용에 해당한다고 볼 수도 없다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부가금은 2010 사업연도의 지급준비금 전입액(부가금 총액 - 지급준비금 잔액)에 해당하는 것으로서 부가금 누계액에 해당하는 부가금 총액(누계액)인 1,375,263,351,128원과는 구별되는 것이므로 피고의 위 주장은 이유 없다]. 
 4) 원고의 주장이 신의성실의 원칙에 위반되는지 여부
 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세실체법과 관련한 신의성실의 원칙은 합법성을 희생해서라도 구체적 신뢰를 보호할 필요성이 있다고 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것인바, 납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006두14865 판결). 
 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고가 그동안 회원수탁부가금을 수익사업의 손금으로 처리하지 않고 고유목적사업준비금 한도 내에서만 고유목적사업준비금으로서 손금에 계상하여 온 것은 고유목적사업준비금으로 설정된 부가금 상당액만을 손금으로 인정하여 온 과세관청의 세무 관행에 따른 것으로 보이는 점, 2010 사업연도 이전에는 부가금 상당액을 이자비용으로 손금 산입하지 아니하고 고유목적사업준비금 설정액으로서 손금 산입하더라도 원고의 수익사업에 관한 사업소득 계산에서 큰 차이가 없었기 때문에 원고가 굳이 부가금 상당액을 이자비용으로 손금산입되어야 한다는 주장을 하지는 않았던 것으로 보이는 점 등의 사정이 인정되므로, 2010 사업연도 이후 이러한 사정을 주장하는 것이 객관적으로 모순되는 행태라거나 원고의 배신행위에 기인한 것이라고 보기 어려우므로, 원고의 이 사건에서의 주장이 신의성실의 원칙에 반하는 것으로 볼 수 없다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.
 5) 정당세액의 계산
 갑 제26호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고는 2010 사업연도 재무제표에 관하여 ○○회계법인의 외부감사에 의한 적정성 검토를 완료한 사실, 원고는 외부감사를 받은 재무제표를 기초로 세무신고를 하였던 사실이 인정되고, 원고는 2010 사업연도에 회원부담금은 자본금으로, 지급준비금(부가금 지급을 위하여 적립한 것)은 부채로 각 별개의 회계처리를 하였음은 앞서 본 바와 같다.
 이 사건 부가금은 원고가 결산을 마치고 외부감사를 통해 적정성을 검증받은 재무제표상의 금액을 기초로 산정한 것이고 이에 관하여 어떠한 오류가 있음을 인정할 객관적인 자료가 없는 이상 이 사건 부가금의 산정 자체에 오류가 있다고 볼 수는 없다. 
 따라서 이 사건 부가금을 이자비용으로서 손금에 산입하고 제급여준비금을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 경우 원고의 2010 사업연도의 법인세 정당세액은 아래 표 기재와 같이 13,462,127,069원이 되고 당초 결정세액이 정당세액보다 374,972,628원이 더 많으므로, 원고의 2010 사업연도의 법인세에 관하여 위 374,972,628원의 감액경정을 거부한 이 사건 거부처분은 위법하다(설령 피고의 주장처럼 이 사건 부가금의 액수 산정 자체에 오류가 있다고 하더라도, 피고가 손금으로 인정하여야 할 퇴직급여 부가금, 한아름목돈수탁급여 부가금을 손금으로 인정하지 아니한다는 전제에서 이 사건 거부처분을 하였으므로, 이 사건 거부처분 중 당초 결정세액과 ‘퇴직급여 부가금, 한아름목돈수탁급여 부가금을 이자비용으로서 손금으로 산입하고 제급여준비금을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 계산되는 정당세액’의 차액에 해당하는 부분은 취소되어야 하는데, 현재까지 제출된 자료만으로는 위와 같은 정당세액을 계산할 수 없으므로, 이 사건 거부처분 전부를 취소할 수밖에 없다). 

 6) 소결론
 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다(원고의 주위적 주장을 받아들이는 이상 예비적 주장에 대하여는 판단하지 아니한다).
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 하태흥(재판장) 박용근 이정훈