종교단체가 취득한 부동산을 종교단체 명의가 아닌 종교단체 담임목사 명의로 유치원 설립인가를 받아 유치원을 운영하고 있는 경우 (일반행정, 대법원)
공포일: 2012.04.26 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

상고이유를 살펴본다.
1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법 2003. 1. 14. 선고 2002두9537 판결 등 참조).
구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제272조 제5항은 "유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다"고 규정하고, 구 유아교육법(2010. 3. 24. 법률 제10176호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘유아교육법’이라고 한다) 제7조 제3호, 제8조 제2항, 제32조 제2항, 제34조 제1항은 사립유치원은 법인 또는 사인이 설립·경영하는 유치원으로서 사립유치원을 설립하고자 하는 법인 또는 사인은 교육감의 인가를 받아야 하고, 만일 유치원 설립인가를 받지 아니하고 유치원을 운영하는 경우에는 형사처벌과 시설의 폐쇄명령까지 받을 수 있는 것으로 규정하고 있다.
이러한 규정들을 종합하여 보면, 구 지방세법 제272조 제5항에서 취득세 및 등록세 면제대상으로 정한 ‘유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산’이란 유아교육법이 정한 바에 따라 적법한 유치원 설립인가를 받았거나 받을 수 있는 ‘법인 또는 사인’이 그 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산을 의미하는 것이고, 유아교육법에 따라 적법한 유치원 설립인가를 받을 수 없는 ‘법인 아닌 사단’이 유치원의 설치·운영 목적으로 취득한 부동산은 설령 그 법인 아닌 사단의 대표자 이름으로 유아교육법에 따른 유치원 설립인가를 받았다고 하더라도 구 지방세법 제272조 제5항의 취득세 및 등록세 면제대상에 해당하지 않는다고 보아야 한다.
2. 원심이 같은 취지에서, 법인 아닌 사단인 원고 명의로 취득한 이 사건 부동산은 구 지방세법 제272조 제5항에서 정한 취득세 및 등록세 면제대상인 ‘유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당하지 않는다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 관련 법리를 오해한 잘못이 없다.
3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2011. 12. 1. 선고 2011누25212 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 당심에서 확장된 원고의 청구를 기각한다.
3. 항소제기 이후의 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 기독교대한감리회 교단 소속의 교회로서 2008. 1. 17. ○○공사로부터 00 00구 00동 843-2 유치원용지 802.6㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 매매대금 2,140,000,000원에 매수하고, 2009. 4. 29. 잔금을 지급하였다.
나. 원고는 유치원을 설립하여 운영할 목적으로 이 사건 부동산을 취득하였기 때문에 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 특별히 개정연도를 표시하지 않는 경우는 모두 같다) 제272조 제5항 규정에 의하여 취득세가 면제된다고 보고 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 취득세 등을 신고·납부하지 않았다.
다. 그러나 피고는 이 사건 부동산의 취득이 취득세 등의 면제대상이 아니라고 판단하여, 2009. 8. 10. 원고에게 이 사건 부동산의 취득에 따른 취득세 52,297,320원, 농어촌특별세 5,229,730원 합계 57,527,050원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.
라. 원고는 이에 불복하여 2009. 10. 6. 이의신청을 거쳐 2009. 11. 16. 심판청구를 제기하였으나, 2010. 10. 13. 기각되었다.
마. 원고는 2011. 7. 20. 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 하였고, 피고는 이에 따라 2011. 7. 19. 원고에게 이 사건 부동산의 소유권이전등기에 따른 등록세 42,800,000원, 지방교육세 8,560,000원을 부과·고지하였다(이하 2009. 8. 10.자 취득세 52,297,320원, 농어촌특별세 5,229,730원의 부과처분 및 2011. 7. 19.자 등록세 42,800,000원, 지방교육세 8,560,000원의 부과처분을 모두 통틀어서 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제18, 19호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 그 지상에 유치원용 건물을 신축하고 관할 교육장으로부터 원고의 대표자인 담임목사 000 명의로 유치원 설립인가를 받아 실제로 유치원을 운영하고 있는데, 000 명의로 유치원의 설립인가를 받은 것은 유아교육법에서 사립유치원의 설립ㆍ경영의 주체를 법인 또는 사인으로 한정하고 있어 원고 명의로 유치원 설립인가를 받을 수 없었기 때문인바, 실질적으로 유치원을 운영하고 있는 원고가 취득한 이 사건 부동산은 취득세의 면제대상에 해당됨에도 피고가 이 사건 부동산의 취득 명의자와 유치원 설립인가의 명의자가 다르다는 이유만으로 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 이 사건 처분을 한 것은 부당하다.
나. 관계 법령

지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제260조의3(과세표준과 세율)

① 지방교육세는 다음 각호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.구분 과세표준 표준세율

1 이 법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액 100분의 20

제272조(사회교육시설 등에 대한 감면)

⑤「영유아보육법」에 의한 영유아보육시설 및 「유아교육법」에 의한 유치원을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 영유아보육시설 및 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세ㆍ도시계획세ㆍ공동시설세 및 사업소세를 면제한다. 다만, 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우(「영유아보육법」제45조 및 「유아교육법」제32조의 규정에 의하여 당해 영유아보육시설 및 유치원이 폐쇄되는 경우를 포함한다) 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
유아교육법(2010. 3. 24. 법률 제10176호로 개정되기 전의 것)

제7조(유치원의 구분) 유치원은 다음 각 호와 같이 구분한다.
1. 국립유치원 : 국가가 설립·경영하는 유치원

2. 공립유치원 : 지방자치단체가 설립·경영하는 유치원(설립주체에 따라 시립유치원과 도립유치원으로 구분할 수 있다)

3. 사립유치원 : 법인 또는 사인이 설립·경영하는 유치원

제8조(유치원의 설립 등)

② 사립유치원을 설립하고자 하는 자는 특별시ㆍ광역시 또는 도교육감(이하 "교육감"이라 한다)의 인가를 받아야 한다.
③ 사립유치원을 설립ㆍ경영하는 자가 유치원을 폐쇄하거나 대통령령이 정하는 중요사항을 변경하는 경우에는 교육감의 인가를 받아야 한다.
제30조(시정 또는 변경 명령)

① 관할청은 유치원이 시설ㆍ설비, 교육과정 운영 및 그 밖의 사항에 관하여 교육관계법령 또는 이에 의한 명령이나 유치원규칙을 위반한 경우에는 원장 또는 그 설립ㆍ경영자에게 기간을 정하여 그 시정 또는 변경을 명할 수 있다.
② 관할청은 제1항의 규정에 따른 시정 또는 변경 명령을 받은 자가 정당한 사유없이 지정된 기간 이내에 이를 이행하지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 유치원의 정원의 감축, 학급의 감축 또는 유아모집의 정지 등의 조치를 취할 수 있다.
제32조(유치원의 폐쇄)

① 관할청은 유치원이 다음 각호의 1에 해당하여 정상적인 교육과정 운영이 불가능한 경우에는 그 폐쇄를 명할 수 있다.
1. 원장 또는 설립ㆍ경영자가 고의 또는 중과실로 이 법 또는 이 법에 따른 명령을 위반한 경우

2. 원장 또는 설립ㆍ경영자가 이 법 또는 그 밖의 교육관계법령에 따른 관할청의 명령을 3회 이상 위반한 경우

3. 휴업기간을 제외하고 계속하여 3월 이상 교육과정을 운영하지 아니한 경우

② 관할청은 제8조 제2항의 규정에 따른 유치원 설립인가를 받지 아니하고 유치원의 명칭을 사용한 자에 대하여 그 시설의 폐쇄를 명할 수 있다.
제34조(벌칙)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 3년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처한다.
1. 제8조 제2항에 따른 유치원 설립인가를 받지 아니하고 유치원을 운영한 자

2. 제8조 제3항을 위반하여 폐쇄인가 또는 변경인가를 받지 아니한 자

3. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 제8조 제2항 또는 제3항에 따른 유치원의 설립인가ㆍ폐쇄인가 또는 변경인가를 받은 자

농어촌특별세법(2009. 4. 1. 법률 제9620호로 개정되기 전의 것)

제4조 (비과세)

다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

농어촌특별세법 시행령(2009. 12. 15. 대통령령 제21887호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세)

⑥ 법 제4조 제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.
5.「지방세법」제106조제2항, 제107조 제1호ㆍ제2호 및 제5호, 제109조, 제126조 제2항, 제127조 제1항 제1호부터 제3호까지, 제127조의2 제2항, 제266조 제2항(「농어촌정비법」에 따라 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득ㆍ소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물에 한정한다), 제268조의2, 제268조의3, 제269조제5항, 제269조의2, 제270조 제1항ㆍ제4항, 제271조 제3항, 제272조 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항, 제274조, 제275조, 제278조 제1항, 제282조, 제284조 제1항(「항공법」에 따라 면허를 받은 정기항공운송사업에 직접 사용하기 위하여 2002년 12월 31일까지 취득하는 항공기에 한정한다), 제287조, 제288조 제1항ㆍ제2항 및 제4항, 제289조 제1항ㆍ제4항ㆍ제6항 및 같은 법 시행령 제96조제3호 및 제5호의 규정에 의한 감면

서울특별시교육감 행정권한의 위임에 관한 조례

제5조(교육장에게 위임하는 사항) 교육감은 다음의 권한을 교육장에게 위임한다.
17. 사립의 초등학교·중학교·기술학교·공민학교·고등공민학교 및 유치원과 이에 준하는 각종학교의 교원 임면보고 수리 및 징계요구

18. 제17호 각급 학교(공립유치원 포함)의 설립·폐지인가.
다. 인정사실

(1) 원고는 기독교대한감리회 교단의 000연회에 소속된 교회로서 대표자는 담임목사 000이다.
(2) 서울특별시 00교육지원청 교육장은 2008. 4. 16. 000에게 설립자 000, 학급수 11학급, 학생수 158명, 개원예정일 2009. 3. 1.로 된 (가칭)0000유치원 설립계획을 승인하였다.
(3) 000은 이 사건 부동산 위에 노유자시설(유치원) 및 제2종 근린생활시설(학원)을 신축하여, 2009. 3. 31. 사용승인을 받았고, 2009. 4. 9. 자신의 명의로 소유권보존등기를 마친 후, 노유자시설(유치원)에 대하여는 지방세법 제272조 제5항에 의하여 취득세 등을 감면받고, 제2종 근린생활시설(학원)에 대하여는 취득세 등을 신고·납부하였다.
(4) 서울특별시 00교육지원청 교육장은 2009. 4. 21. 0000유치원(설립자 000, 학급수 10학급, 학생수 200명)의 설립을 인가하였다.
(5) 한편, 원고는 2008. 1. 17. ○○공사로부터 이 사건 부동산을 매매대금 2,140,000,000원에 매수하였고, 2009. 4. 29. 잔금을 지급하였고, 이 사건 부동산은 현재 0000유치원의 부지로 사용되고 있다.
[인정근거] 갑 제6 내지 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 쟁점의 정리

지방세법 제272조 제5항은 유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고, 유아교육법(2010. 3. 24. 법률 제10176호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제3호, 제8조 제2항, 제32조 제2항, 제34조 제2항 제1호는 사립유치원은 법인 또는 사인이 설립·경영하는 유치원으로서 법인 또는 사인이 사립유치원을 설립하고자 할 때에는 특별시·광역시 또는 도교육감의 인가를 받아야 하는데, 만약 유치원의 설립인가를 받지 아니하고 사실상 유치원을 운영하거나 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 설립인가를 받은 경우에는 3년 이하의 징역 또는 2,000만 원 이하의 벌금에 처해질 뿐만 아니라 관할청으로부터 시설 폐쇄명령을 받을 수도 있다고 규정하고 있는바, 이 사건과 같이 부동산의 취득 명의자와 유치원 설립인가의 명의자가 다른 경우(법인 또는 법인격 없는 사단의 대표자인 경우를 포함한다)에도 지방세법 제272조 제5항의 면세 요건에 해당하는지 여부가 이 사건의 쟁점이다.
(2) 관계 법령의 해석

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).
위 규정 내용 및 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 여러 사정들을 종합하여 보면, 지방세법 제272조 제5항에서 규정하는 ‘유아교육법에 의한 유치원’은 ‘유아교육법에 따라 적법하게 설치·운영되는 유치원’을 말하고, ‘유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산’이라 함은 ‘종국적으로 유아교육법이 정하는 바에 따라 적법한 설립인가를 받은 자가 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산’을 의미한다고 보아야 할 것이다.
① 이 사건 법률조항인 지방세법 제272조 제5항은 지방세법이 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되면서 신설되었고, 이 사건 법률조항이 신설되기 이전에는 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 지방세법 시행령(2005. 10. 7. 대통령령 제19082호로 개정되기 전의 것) 제79조 제1항 제2호, 제94조 제1항 등에 의하여, 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자인 초·중등교육법에 의한 학교 2004. 1. 29. 법률 제7120호로 유아교육법이 제정되고, 초·중등교육법이 개정되기 전까지는 유치원을 포함하였다.
를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하였다.
그 당시 부동산을 취득하는 시점에서 ‘유치원을 경영하는 자(유치원의 설립인가를 받은 자)’만이 비과세대상에 해당하고 장래 유치원을 설립할 목적으로 부동산을 취득하는 자는 비과세대상에서 제외되는지 여부에 관하여, 과세실무 및 법률해석상 논란이 있었다.
그런데, 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 그 제272조 제5항에 ‘영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다’는 규정을 신설하여, 부동산 취득 당시에 유치원의 설립인가를 받지 못하였다고 하더라도 장래 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있다.
위 신설규정은 ‘비영리 사업자’인 "초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자"를 적용·해석함에 있어서 그 문리해석상으로는 부동산의 취득 당시에 초·중등교육법이 정하는 바에 따른 설립인가를 받지 못한 자를 ‘비영리 사업자’의 범위에 포함시켜 이를 비과세대상으로 보는 데에 어려움이 있자 이를 입법적으로 해결하기 위하여 별도로 비과세대상이 아닌 면제대상으로 규정하고 있는 것으로 이해된다.
② 유치원의 설립인가를 받은 자는 유아교육법이나 기타 교육관계법령이 정하는 바에 따라 시설·설비·교육과정 운영 및 그 밖의 사항에 관하여 교육관계법령 또는 이에 의한 명령이나 유치원규칙을 준수하여야 하고, 만일 법령 또는 명령에 위반한 경우에는 시정·변경명령 또는 폐쇄명령을 받도록 정하여져 있는 등 그 부동산의 사용·수익방법에 관하여 많은 제한을 받는 데에 반하여(유아교육법 제30조, 제31조, 제32조, 제34조 참조), 설립인가를 받지 않아 유아교육법의 적용대상에서 제외되는 사람에 대해서도 설립인가를 받은 사람과 동일하게 면제 혜택을 주는 것은 지방세법 소정의 면제 취지에 어긋날 뿐만 아니라 조세공평에도 반한다고 볼 여지가 있다. 이는 설립인가를 받은 사람이 법인 또는 법인격 없는 사단의 대표자인 경우에도 달라지지 않는다고 판단된다.
③ 원고는 기독교대한감리회 교단 소속의 교회로서 다수의 교인들에 의하여 조직되어 일정한 종교활동을 하는 법인격 없는 사단에 해당된다 할 것인데, 유아교육법 제7조 제3호에서는 법인 또는 사인이 아닌 법인격 없는 사단은 사립유치원을 설립할 수 있는 주체로 규정되어 있지 않고, 이에 따라 원고는 자신의 명의로 이 사건 부동산을 취득하였으나, 00000시교육감 행정권한의 위임에 관한 조례 제5조 제18호에 따라 유치원의 설립인가에 관한 권한을 위임받은 관할 교육장으로부터 유치원 설립인가를 받은 자는 원고의 담임목사인 000이고 원고 명의로 유치원 설립인가를 받은 바 없다(원고는 원고 교회 대표자의 자격으로 000이 유치원 설립인가를 받았으므로 실질적으로 원고가 설립인가를 받은 것으로 보아야 한다고 주장하나, 갑 제20호증의 1, 2, 갑 제21, 22, 23호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다).
④ 영유아보육법 제10조는 보육시설의 종류와 관련하여 제1호 국공립보육시설, 제2호 법인보육시설, 제3호 직장보육시설, 제4호 가정보육시설, 제5호 부모협동보육시설 외에 제1호부터 제5호까지의 규정에 해당하지 아니하는 보육시설을 제6호로 규정하고 있어, 원고와 같은 법인격 없는 사단의 경우에는 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 설립하여 운영함으로써 유치원을 설치·운영하고자 하는 목적을 어느 정도 달성할 수 있다.
(3) 판단

이러한 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 자신의 명의로 이 사건 부동산을 취득하였으나, 관할 교육장으로부터 유치원 설립인가를 받은 자는 원고의 담임목사인 000이고 원고 명의로 유치원 설립인가를 받은 바 없는 점, 유아교육법이 개정되기 전에는 이러한 사정이 바뀌게 될 가능성이 없어 보이는 점 등 앞서 본 사정에 비추어 보면, 이 사건 부동산은 원고가 유치원의 용도로 사용할 목적으로 취득하였고 실제로 유치원의 용도로 사용되고 있으나, 원고가 종국적으로 유아교육법이 정하는 바에 따른 적법한 설립인가를 받지 못한 이상 취득세, 등록세의 면제대상인 ‘유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당된다고 볼 수 없다.
따라서 이 사건 부동산이 취득세, 등록세의 면제대상에 해당되지 않는다는 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 이에 대한 원고의 항소와 당심에서 확장된 청구는 모두 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울행정법원 2011. 7. 1. 선고 2010구합47473 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 기독교대한감리회 교단 소속의 교회로서 2008. 1. 17. ○○공사로부터 00 00구 00동 843-2 유치원용지 800㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 매매대금 2,140,000,000원에 매수하고, 2009. 4. 29. 잔금을 지급하였다.
나. 원고는 유치원을 설립하여 운영할 목적으로 이 사건 부동산을 취득하였기 때문에 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제272조 제5항 규정에 의하여 취득세가 면제된다고 보고 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 취득세 등을 신고·납부하지 않았다.
다. 그러나 피고는 이 사건 부동산의 취득이 취득세 등의 면제대상이 아니라고 판단하여, 2009. 8. 10. 원고에게 이 사건 부동산의 취득에 따른 취득세 52,297,320원, 농어촌특별세 5,229,730원 합계 57,527,050원(가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
라. 원고는 이에 불복하여 2009. 10. 6. 이의신청을 거쳐 2009. 11. 16. 심판청구를 제기하였으나, 2010. 10. 13. 기각되었다.
[인정근거] 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 그 지상에 유치원용 건물을 신축하고 관할 교육장으로부터 원고의 대표자인 담임목사 000 명의로 유치원 설립인가를 받아 실제로 유치원을 운영하고 있는데, 000 명의로 유치원의 설립인가를 받은 것은 유아교육법에서 사립유치원의 설립ㆍ경영의 주체를 법인 또는 사인으로 한정하고 있어 원고 명의로 유치원 설립인가를 받을 수 없었기 때문인바, 실질적으로 유치원을 운영하고 있는 원고가 취득한 이 사건 부동산은 취득세의 면제대상에 해당됨에도 피고가 이 사건 부동산의 취득 명의자와 유치원 설립인가의 명의자가 다르다는 이유만으로 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 취득세 등을 부과한 것은 부당하다.
나. 관계법령

지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제272조(사회교육시설 등에 대한 감면) ⑤「영유아보육법」에 의한 영유아보육시설 및 「유아교육법」에 의한 유치원을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 영유아보육시설 및 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세ㆍ도시계획세ㆍ공동시설세 및 사업소세를 면제한다. 다만, 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우(「영유아보육법」제45조 및 「유아교육법」제32조의 규정에 의하여 당해 영유아보육시설 및 유치원이 폐쇄되는 경우를 포함한다) 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
유아교육법(2010. 3. 24. 법률 제10176호로 개정되기 전의 것)

제7조(유치원의 구분) 유치원은 다음 각 호와 같이 구분한다.
1. 국립유치원 : 국가가 설립·경영하는 유치원

2. 공립유치원 : 지방자치단체가 설립·경영하는 유치원(설립주체에 따라 시립유치원과 도립유치원으로 구분할 수 있다)

3. 사립유치원 : 법인 또는 사인이 설립·경영하는 유치원

제8조(유치원의 설립 등) ② 사립유치원을 설립하고자 하는 자는 특별시ㆍ광역시 또는 도교육감(이하 "교육감"이라 한다)의 인가를 받아야 한다.
③ 사립유치원을 설립ㆍ경영하는 자가 유치원을 폐쇄하거나 대통령령이 정하는 중요사항을 변경하는 경우에는 교육감의 인가를 받아야 한다.
제32조(유치원의 폐쇄)

② 관할청은 제8조 제2항의 규정에 따른 유치원 설립인가를 받지 아니하고 유치원의 명칭을 사용한 자에 대하여 그 시설의 폐쇄를 명할 수 있다.
제34조(벌칙) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 3년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처한다.
1. 제8조 제2항에 따른 유치원 설립인가를 받지 아니하고 유치원을 운영한 자

2. 제8조 제3항을 위반하여 폐쇄인가 또는 변경인가를 받지 아니한 자

3. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 제8조 제2항 또는 제3항에 따른 유치원의 설립인가ㆍ폐쇄인가 또는 변경인가를 받은 자

농어촌특별세법(2009. 4. 1. 법률 제9620호로 개정되기 전의 것)

제4조 (비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

농어촌특별세법 시행령(2009. 12. 15. 대통령령 제21887호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세) ⑥ 법 제4조제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.
5.「지방세법」제106조제2항, 제107조제1호ㆍ제2호 및 제5호, 제109조, 제126조 제2항, 제127조 제1항 제1호부터 제3호까지, 제127조의2 제2항, 제266조 제2항(「농어촌정비법」에 따라 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득ㆍ소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물에 한정한다), 제268조의2, 제268조의3, 제269조제5항, 제269조의2, 제270조 제1항ㆍ제4항, 제271조 제3항, 제272조 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항, 제274조, 제275조, 제278조 제1항, 제282조, 제284조 제1항(「항공법」에 따라 면허를 받은 정기항공운송사업에 직접 사용하기 위하여 2002년 12월 31일까지 취득하는 항공기에 한정한다), 제287조, 제288조 제1항ㆍ제2항 및 제4항, 제289조 제1항ㆍ제4항ㆍ제6항 및 같은 법 시행령 제96조제3호 및 제5호의 규정에 의한 감면

서울특별시교육감 행정권한의 위임에 관한 조례

제5조(교육장에게 위임하는 사항) 교육감은 다음의 권한을 교육장에게 위임한다.
17. 사립의 초등학교·중학교·기술학교·공민학교·고등공민학교 및 유치원과 이에 준하는 각종학교의 교원 임면보고 수리 및 징계요구

18. 제17호 각급 학교(공립유치원 포함)의 설립·폐지인가

다. 인정사실

1) 원고는 기독교대한감리회 교단의 000연회에 소속된 교회로서 대표자는 담임목사 000이다.
2) 서울특별시 00교육지원청 교육장은 2008. 4. 16. 000에게 설립자 000, 학급수 11학급, 학생수 158명, 개원예정일 2009. 3. 1.로 된 (가칭)0000유치원 설립계획을 승인하였다.
3) 000은 이 사건 부동산 위에 노유자시설(유치원) 및 제2종 근린생활시설(학원)을 신축하여, 2009. 3. 31. 사용승인을 받았고, 2009. 4. 9. 자신의 명의로 소유권보존등기를 마친 후, 노유자시설(유치원)에 대하여는 지방세법 제272조 제5항에 의하여 취득세 등을 감면받고, 제2종 근린생활시설(학원)에 대하여는 취득세 등을 신고·납부하였다.
4) 서울특별시 00교육지원청 교육장은 2009. 4. 21. 0000유치원(설립자 000, 학급수 10학급, 학생수 200명)의 설립을 인가하였다.
5) 한편, 원고는 2008. 1. 17. ○○공사로부터 이 사건 부동산을 매매대금 2,140,000,000원에 매수하였고, 2009. 4. 29. 잔금을 지급하였고, 이 사건 부동산은 현재 0000유치원의 부지로 사용되고 있다.
[인정근거] 갑 제6 내지 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

지방세법 제272조 제5항은 유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제한다고 규정하고, 유아교육법(2010. 3. 24. 법률 제10176호로 개정되기 전의 것) 제7조 제3호, 제8조 제2항, 제32조 제2항, 제34조 제2항 제1호는 사립유치원은 법인 또는 사인이 설립·경영하는 유치원으로서 법인 또는 사인이 사립유치원을 설립하고자 할 때에는 특별시·광역시 또는 도교육감의 인가를 받아야 하는데, 만약 유치원의 설립인가를 받지 아니하고 사실상 유치원을 운영하거나 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 설립인가를 받은 경우에는 3년 이하의 징역 또는 2,000만 원 이하의 벌금에 처해질 뿐만 아니라 관할청으로부터 시설 폐쇄명령을 받을 수도 있다고 규정하고 있다.
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인데(대법 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조), 위 각 규정에서 나타난 바와 같이 유치원을 설립하고자 할 때에는 반드시 관할 교육감으로부터 설립인가를 받아야 하고, 설립인가 없이 사실상 유치원을 운영하는 경우에는 형사처벌을 받게 될 뿐만 아니라 시설의 폐쇄명령까지 받도록 정하여져 있는 점에 비추어 보면, 취득세의 면제대상 중의 하나인 ‘유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산’이라 함은 유아교육법이 정하는 바에 따라 적법한 설립인가를 받은 자가 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산을 의미한다고 보아야 할 것이다.
이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실 및 변론에 나타난 다음과 같은 사정 즉, 원고는 기독교대한감리회 교단 소속의 교회로서 다수의 교인들에 의하여 조직되어 일정한 종교활동을 하는 법인격 없는 사단에 해당된다 할 것인데, 유아교육법 제7조 제3호에서는 법인 또는 사인이 아닌 법인격 없는 사단은 사립유치원을 설립할 수 있는 주체로 규정되어 있지 아니한 점, 원고는 자신의 명의로 이 사건 부동산을 취득하였으나, 00000교육감 행정권한의 위임에 관한 조례 제5조 제18호에 따라 유치원의 설립인가에 관한 권한을 위임받은 관할 교육장으로부터 유치원 설립인가를 받은 자는 원고의 담임목사인 000이고 원고 명의로 유치원 설립인가를 받은 바 없는 점, 원고와 같은 법인격 없는 사단의 경우에는 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 설립하여 운영함으로써 유치원을 설치·운영하고자 하는 목적을 어느 정도 달성할 수 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 부동산은 원고가 유치원의 용도로 사용할 목적으로 취득하였고 실제로 유치원의 용도로 사용되고 있으나, 원고가 유아교육법이 정하는 바에 따른 적법한 설립인가를 받지 못한 이상 취득세의 면제대상인 ‘유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당된다고 볼 수 없다.
따라서, 이 사건 부동산이 취득세의 비과세대상에 해당되지 않는다고 보아 취득세 및 농어촌특별세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

이 사건 부동산은 원고가 유치원의 용도로 사용할 목적으로 취득하였고 실제로 유치원의 용도로 사용되고 있으나, 원고가 유아교육법이 정하는 바에 따른 적법한 설립인가를 받지 못한 이상 취득세의 면제대상인 ‘유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당된다고 볼 수 없다.