부가가치세부과처분등취소청구 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2021.01.08 / 시행일:

【원 고】 원고 1 회사 외 3인 (소송대리인 변호사 김용상 외 2인)
【피 고】 성북세무서장 외 1인
【변론종결】2020. 12. 4.
【주 문】
1. 피고 원주세무서장이, 
 가. 별지 2 각 표 ‘처분일자’란 기재 각 일자에 원고 2 회사에 대하여 한, 
 1) 같은 별지 [표1] ‘고지세액’란 기재 각 부가가치세 합계 2,453,968,160원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 352,682,008원을 초과하는 부분,
 2) 같은 별지 [표3] ‘다투는 세액’란 기재 각 부가가치세 가산세 합계 838,824,840원의 부과처분, 
 3) 같은 별지 [표2] ‘고지세액’란 기재 각 법인세 합계 2,689,152,010원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 1,670,334,743원을 초과하는 부분을,
 나. 별지 3 각 표 ‘처분일자’란 기재 각 일자에 원고 3 회사에 대하여 한, 
 1) 같은 별지 [표1] ‘고지세액’란 기재 각 부가가치세 합계 923,256,120원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 203,911,706원을 초과하는 부분,
 2) 같은 별지 [표2] ‘고지세액’란 기재 각 법인세 합계 1,407,351,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 1,112,248,232원을 초과하는 부분을,
 다. 별지 4 표 ‘처분일자’란 기재 각 일자에 원고 4 회사에 대하여 한 같은 표 ‘다투는 세액’란 기재 각 부가가치세 가산세 합계 406,486,521원의 부과처분을
 각 취소한다.
2. 원고 1 회사의 피고 성북세무서장에 대한 청구와 원고 2 회사, 원고 3 회사의 피고 원주세무서장에 대한 각 나머지 청구를 각 기각한다.
3. 소송비용 중 원고 1 회사와 피고 성북세무서장 사이에 생긴 부분은 원고 1 회사가 부담하고, 원고 2 회사와 피고 원주세무서장 사이에 생긴 부분의 15%는 원고 2 회사가, 85%는 피고 원주세무서장이 각 부담하며, 원고 3 회사와 피고 원주세무서장 사이에 생긴 부분의 30%는 원고 3 회사가, 70%는 피고 원주세무서장이 각 부담하고, 원고 4 회사와 피고 원주세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 원주세무서장이 부담한다.

【청구취지】주문 제1의 가. 1), 2), 나. 1), 다.항 기재 및 
1. 피고 성북세무서장이 별지 1 표 ‘처분일자’란 기재 각 일자에 원고 1 회사에 대하여 한 같은 표 ‘고지세액’란 기재 각 부가가치세 합계 4,774,080,540원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 4,524,633,590원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 피고 원주세무서장이,
 가. 별지 2 [표2] ‘처분일자’란 기재 일자에 원고 2 회사에 대하여 한 ‘고지세액’란 기재 각 법인세 합계 2,689,152,010원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 1,195,660,920원을 초과하는 부분을,
 나. 별지 3 [표2] ‘처분일자’란 기재 각 일자에 원고 3 회사에 대하여 한 ‘고지세액’란 기재 각 법인세 합계 1,407,351,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 587,019,605원을 초과하는 부분을 
 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고 ☆☆☆ 주식회사(이하 ‘원고 2 회사’라 한다)는 면류와 스낵류, 장유류, 유제품 등 가공식품의 생산과 판매를 주업으로 하는 ‘원고 1 회사 그룹’의 지주회사로서 농산물건조가공·판매업을 영위하고 있고, 원고 ○○○ 주식회사(이하 ‘원고 1 회사’라 한다)의 지분 33.26%를 보유하고 있다. 원고 1 회사는 라면 등 식품 제조·판매업을 영위하고 있고, 골판지와 화장지 등 종이제품을 제조하는 원고 주식회사 ▽▽▽(이하 ‘원고 3 회사’라 한다)의 지분 79.87%를 보유하고 있다. 원고 2 회사와 원고 3 회사는 ◎◎실업, ◁◁포장 등 각각의 거래처들(이하 ‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 ▲▲▲의 원료와 포장박스 등을 공급받아 라면 완제품 생산업체인 원고 1 회사에 공급하여 왔다. 
 나. 소외 1은 원고 1 회사 그룹의 창업자인 망 소외 4의 장남으로서 2005. 5.경부터 원고 1 회사의 대표이사이자 위 그룹의 회장으로 근무하면서 위 그룹의 인사, 재무, 자금 등 경영 전반을 총괄하여 왔고, 그 배우자인 소외 2는 2001. 3.경부터 원고 1 회사의 이사와 부사장을 거쳐 2011. 3.경부터는 사장으로 근무하여 왔다. 소외 1과 소외 2(이하 ‘소외 1 등’이라 한다)는 2007년경 원고 2 회사와 원고 3 회사 소속 직원들로 하여금, 위 회사들이 원고 1 회사에 공급하는 물품들 중 일부를 이른바 ‘페이퍼컴퍼니’인 주식회사 ♤♤♤(이하 ‘소외 3 회사’라 한다) 및 원고 ◇◇◇ 주식회사(이하 ‘원고 4 회사’라 한다)가 공급하는 것처럼 서류를 꾸미도록 하여, 원래는 원고 2 회사, 원고 3 회사가 원고 1 회사로부터 지급받았어야 하는 공급대금을 소외 3 회사와 원고 4 회사 명의의 계좌로 지급받은 후 사용하기로 공모한 후, 2008. 8. 25.부터 2017. 9. 8.까지 소외 3 회사 명의 계좌로 지급받은 공급대금 중 합계 2,787,749,119원을, 2008. 8. 8.부터 2017. 7. 27.까지 원고 3 회사 명의 계좌로 지급받은 공급대금 중 합계 2,211,629,388원을 각 임의 사용하는 방법으로 업무상 횡령하였다(이하 ‘이 사건 횡령 범행’이라 한다). 
 다. 소외 1 등은 2019. 1. 25. 서울북부지방법원에서 이 사건 횡령 범행에 관하여 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)죄로 각각 징역 3년(소외 1) 및 징역 2년( 집행유예 3년, 소외 2)을 선고받았고(서울북부지방법원 2018고합141), 그 판결은 2019. 12. 24. 대법원의 상고기각 판결(대법원 2019도9773)로 확정되었다(이하 ‘관련 형사 판결’이라 한다). 
 라. 서울지방국세청장은 2018. 10. 25.부터 2019. 2. 28.까지 원고들에 대한 법인제세 통합조사를 실시하였고, 그 결과 ‘① 사실은 원고 1 회사가 2011년부터 2017년까지, 원고 2 회사로부터 38,849,181,700원 상당의 ▲▲▲ 원료를 공급받았음에도 소외 3 회사 명의로 발급된 세금계산서(계산서 포함)를, 원고 3 회사로부터 11,506,745,544원 상당의 포장박스를 공급받았음에도 원고 4 회사 명의로 발급된 세금계산서를 각 수수하였고(위 각 세금계산서를 이하 ‘이 사건 ① 세금계산서’라 한다), ② 사실은 원고 2 회사와 원고 3 회사가 그 전 거래 단계에서, 이 사건 각 거래처로부터 ▲▲▲ 원료와 포장박스를 공급받았음에도 마치 위 물품을 소외 3 회사와 원고 4 회사(이하 위 각 회사를 ‘이 사건 각 자회사’라 한다)가 공급받은 것처럼 ‘공급받는 자’가 이 사건 각 자회사로 되어 있는 각 세금계산서를 수수하였다(위 각 세금계산서를 이하 ‘이 사건 ② 세금계산서’라 하고, 이 사건 ① 세금계산서와 함께 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)’는 사실을 확인한 뒤, 그에 관한 과세자료를 원고들의 관할세무서장인 피고들에게 통보하였다.
 마. 피고 성북세무서장은 원고 1 회사가 이 사건 자회사로부터 수취한 이 사건 ① 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하여, 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서위장수취가산세(구 부가가치세법 제60조 제3항 제4호) 등으로서, 2019. 1. 21.부터 2019. 4. 1.까지 원고 1 회사에 대하여 별지 1 표 ‘고지세액’란 기재와 같이 2011년 제1기분 내지 2017년 제2기분 부가가치세(가산세 포함) 합계 4,744,080,540원을 증액경정·고지하였다(원고 1 회사는 이 중 같은 표 ‘다투는 세액’란 기재 금액만을 다투고 있다).
 바. 피고 원주세무서장은 이 사건 각 자회사의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 원고 2 회사, 원고 3 회사(이하 ‘이 사건 원고 모회사들’이라 한다)가 부담하여야 한다는 전제에서, 이 사건 ① 세금계산서와 관련된 매출세액을 이 사건 원고 모회사들의 매출세액에 가산하는 한편, 이 사건 ② 세금계산서의 매입세액을 공제하지 않기로 하고, 이 사건 각 자회사가 당초 법인세 신고 시 신고하였던 소득금액을 이 사건 원고 모회사들의 익금에 산입하기로 하여, 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서미발급가산세(구 부가가치세법 제60조 제2항 제2호) 및 법인세 본세와 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세, 지출증빙미(허위)수취가산세, 계산서미발급가산세[구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제76조 제9항 제4호 가목] 등으로서, 2019. 1. 18.부터 2019. 4. 1.까지 별지 2, 3 각 표 ‘고지세액’란 기재와 같이, 원고 2 회사에 대하여 2011년 제1기분 내지 2017년 제2기분 부가가치세(가산세 포함) 합계 2,453,968,160원과 2011 내지 2017사업연도 법인세(가산세 포함) 합계 2,689,152,010원을, 원고 3 회사에 대하여 2011년 제1기분 내지 2017년 제2기분 부가가치세(가산세 포함) 합계 923,256,120원과 2008 내지 2017사업연도 법인세(가산세 포함) 합계 1,407,351,940원을 각 증액경정·고지하였다(이 사건 원고 모회사들은 이 중 별지 2, 3 각 표 ‘다투는 세액’란 기재 각 금액만을 다투고 있다).
 사. 피고 원주세무서장은 또한 이 사건 각 자회사가 발급 또는 수취한 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 세금계산서가공발급·수취가산세(구 부가가치세법 제60조 제3항 제1, 2호)를 부과하기로 하고, 그 산출세액에서 이 사건 각 자회사가 이미 납부한 부가가치세액을 자진납부세액으로 차감하여 2019. 1. 18.과 2019. 4. 1. 별지 2 [표3] 및 별지 4 표 ‘고지세액’란 기재와 같이 2011년 제1기분 내지 2017년 제2기분 부가가치세 가산세로 소외 3 회사의 합병법인인 원고 2 회사에 대하여 합계 587,736,620원을, 원고 4 회사에 대하여 합계 240,537,760원을 각 증액경정·고지하였다[위 원고들은 이 중 위 각 표 ‘다투는 세액’란 기재 각 금액(위 각 가산세액)만을 다투고 있다].
 아. 원고들은 피고들의 위 각 과세처분에 불복하여 2019. 4. 17. 심판청구를 제기하였고, 그 결정이 있기 전인 2019. 5. 10. 이 사건 소를 제기하였으며, 조세심판원은 이 사건 소송계속 중이던 2020. 6. 8. 원고들의 심판청구를 모두 기각하였다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 16호증, 을 제1 내지 9, 11호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
가. 원고들의 주장
1) 원고 1 회사
 2011년 제1기분 내지 2013년 제1기분 각 세금계산서위장수취가산세 부과처분은 부과제척기간(5년)이 경과한 후 이루어졌으므로 무효이다.
2) 원고 2 회사, 원고 3 회사(이 사건 원고 모회사들)
 가) 부가가치세
 (1) 매입세액 불공제 관련
 이 사건 ② 세금계산서의 ‘공급받는 자’란에는 이 사건 각 자회사의 등록번호가 기재되어 있으나, 관련 형사 판결에서 적절히 설시한 바와 같이 이 사건 각 자회사는 아무런 실체가 없는 페이퍼컴퍼니로서 실제로는 이 사건 원고 모회사들의 일부 부서에 불과하므로, 이 사건 각 자회사 명의의 사업자등록은 실질적으로는 실제 사업자인 이 사건 원고 모회사들의 사업장을 표상한다. 그러므로 이 사건 ② 세금계산서를 매입세액 공제가 제한되는 ‘사실과 다른 세금계산서’라고 볼 수 없다.
 (2) 세금계산서미발급가산세 관련 
원고 1 회사에 재화를 공급하고 세금계산서를 발급하면서 부가가치세를 신고·납부한 자는 이 사건 각 자회사가 아닌 이 사건 원고 모회사들이다. 즉, 이 사건 원고 모회사들은 구 부가가치세법 제34조에서 정한 발급시기에 이 사건 ① 세금계산서를 이 사건 각 자회사 명의로 발급한 것이다. 그러므로 이와 달리 이 사건 원고 모회사들이 관련 세금계산서를 발급하지 않았다는 전제에서 한 이 부분 가산세 부과처분은 위법하다. 
 (3) 부과제척기간 관련
 2011년 제1기분 내지 2013년 제1기분 각 세금계산서미발급가산세 부과처분은 부과제척기간(5년)이 경과한 후 이루어졌으므로 무효이다.
 나) 법인세
 (1) 부당과소신고가산세 관련
 피고 원주세무서장은 이 사건 각 자회사의 법인세 과세표준이 실질적으로는 실제 사업자인 이 사건 원고 모회사들에 귀속되어야 한다는 취지에서 이 사건 각 자회사의 법인세 과세표준을 이 사건 원고 모회사들의 법인세 과세표준에 가산하는 한편, 이 사건 원고 모회사들이 사기 그 밖의 부정한 행위(이하 ‘부정행위’라 한다)로 법인세 과세표준을 과소신고하였다고 보아 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제1항에 따른 부당과소신고가산세를 부과하였는바, ① 이 사건 횡령 범행은 소외 1 등이 이 사건 각 자회사로부터 급여나 경비 등 가공비용 명목으로 자금을 인출하면서 발생한 것이므로, 이 사건 원고 모회사들이 이 사건 각 자회사 명의로 거래를 하면서 물품대금 명목의 돈을 받은 것만으로는 이 사건 원고 모회사들의 자금이 사외로 유출되거나 그로 인해 법인세가 과소신고되는 결과로 이어지지 않은 점, ② 이 사건 각 자회사가 그 명의로 한 거래와 관련하여 법인세를 신고·납부였는바, 이 사건 원고 모회사들이 이 사건 각 자회사 명의로 원고 1 회사 또는 이 사건 각 거래처와 거래를 한 것만으로는 국가의 조세수입이 감소되는 결과가 발생하였다거나, 나아가 이 사건 원고 모회사들이 이를 인식하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 원고 모회사들이 부정행위로 법인세를 과소신고하였다고 보기는 어렵다.
 (2) 지출증빙미(허위)수취가산세 관련
 이 사건 원고 모회사들은 이 사건 각 거래처로부터 재화를 공급받으면서 이 사건 각 자회사를 ‘공급받는 자’로 한 이 사건 ② 세금계산서를 수취하였는바, 위 세금계산서는 부가가치세법이 정한 적법한 세금계산서로서 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 않으므로, 이 사건 원고 모회사들이 이 사건 각 거래처로부터 지출증명서류를 받지 않거나 사실과 다른 증명서류를 받았음을 전제로 한 이 부분 가산세 부과처분은 위법하다.
 (3) 계산서미발급가산세 관련(원고 2 회사만 해당)
원고 2 회사는 원고 1 회사에 부가가치세 면세 재화를 공급하면서 이 사건 ① 세금계산서 중 소외 3 회사 명의의 계산서를 발급하였는바, 위 ‘세금계산서미발급가산세 관련’에서와 같은 이유로 이 부분 가산세 부과처분은 위법하다.
 (4) 부과제척기간 관련
원고 2 회사에 대한 2011, 2012사업연도 각 법인세 부과처분과 원고 3 회사에 대한 2008 내지 2012사업연도 각 법인세 부과처분은 부과제척기간(5년)이 경과한 후 이루어졌으므로 무효이다.
3) 원고 2 회사(소외 3 회사 관련 부분), 원고 4 회사
 가) 세금계산서가공발급·수취가산세 관련
 이 사건 원고 모회사들은 이 사건 각 자회사의 명의를 이용하되 자기의 계산과 책임으로 원고 1 회사에 재화를 실제로 공급하고 이 사건 각 거래처로부터 재화를 실제로 공급받으면서 이 사건 각 세금계산서를 발급 또는 수취하였는바, 이 사건 각 세금계산서가 재화의 공급 없이 발급 또는 수취되었다는 전제에 선 이 부분 가산세 부과처분은 위법하다.
 나) 부과제척기간 관련
 2011년 제1기분 내지 2013년 제1기분 각 세금계산서가공발급·수취가산세 부과처분은 부과제척기간(5년)이 경과한 후 이루어졌으므로 무효이다.
나. 관계 법령
 별지 5 기재와 같다.
다. 원고 1 회사의 주장에 관한 판단
 1) 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제26조의2 제1항에 의하면, 원칙적으로 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고(제3호), 다만 납세자가 부정행위로 부가가치세법 제60조 제3항에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우에는 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년이 경과한 후에는 부과할 수 없다(제1의2호 다목). 또한 구 국세기본법 제26조의2 제5항 및 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3 제1항 제1호는 ‘과세표준과 세액을 신고하는 국세는 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 부과할 수 있다.’고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 제49조 제1항은 ‘사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.’고 규정하고 있다.
 한편, 구 부가가치세법 제60조 제3항은 ‘사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.’고 규정하고 있고, 그 각 호 중 하나로 ‘재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우’(제4호, ‘세금계산서위장수취가산세’라 한다)를 들고 있다.
 2) 앞서 인정한 사실 및 위 각 관련 규정에 의하면, 피고 성북세무서장이 2019. 4. 1. 원고 1 회사에 대하여 부과한 2011년 제1기분 내지 2013년 제1기분 각 부가가치세는 구 부가가치세법 제60조 제3항 제4호에 따른 세금계산서위장수취가산세로서, 그 각 가산세의 부과제척기간의 기산일은 각 2012. 7. 26.(2011년 제1기분)부터 2013. 7. 26.(2013년 제1기분)까지인바, 각 그로부터 5년이 경과하였음이 명백한 2019. 4. 1.에야 비로소 각 부과처분이 이루어졌다.
 3) 이에 대하여 피고 성북세무서장은 원고 1 회사가 실제 공급자인 이 사건 원고 모회사들이 아닌 이 사건 각 자회사 명의로 이 사건 ① 세금계산서를 발급받은 것이 부정행위에 해당하므로, 이로 인한 세금계산서위장수취가산세에 대하여는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1의2호 다목에 따라 장기부과제척기간(10년)이 적용된다고 주장한다.
 4) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1의2호의 ‘부정행위’에 관하여 구 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항은 ‘조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.’고 규정하고 있고, 구 조세범 처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세범 처벌법’이라 한다) 제3조 제6항은 ‘"사기 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.’고 규정하고 있으며, 각 호로 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장’(제1호), ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’(제2호), ‘장부와 기록의 파기’(제3호), ‘재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐’(제4호), ‘고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작’(제5호), ‘조세특례제한법 제24조 제1항 제4호에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작’(제6호), ‘그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위’(제7호)를 들고 있다. 
 여기서 말하는 부정행위란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 과세대상의 미신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 아니한 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여지지 않은 채 단순히 세법상의 신고를 하지 아니한 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2015두1243 판결 등 참조). 
 한편, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따른 장기부과제척기간이 적용되기 위해서는 해당 부정행위를 하는 납세자에게 조세포탈의 목적 내지 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 필요하나(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 등 참조), 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 신설된 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1의2호에 따른 가산세에 대한 장기부과제척기간은 부정행위로 가산세 부과대상이 되는 경우에 적용되는 것이어서 본세 자체에 대하여 조세포탈의 결과가 발생하지 않은 경우에도 부정행위가 존재한다면 적용되는 것이다.
 5) 살피건대, 앞서 인정한 사실에 갑 제9 내지 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고 1 회사를 실질적으로 지배하는 소외 1 등은 이 사건 횡령 범행을 위해 이 사건 원고 모회사들의 매출을 이 사건 각 자회사에 분산하기 위한 수단으로, 이 사건 원고 모회사들의 인적·물적 시설 위에 이 사건 각 자회사를 설립한 후 그 명의로 사업자등록을 하고, 마치 이 사건 각 거래처로부터 물품을 공급받아 원고 1 회사에 공급하는 자가 이 사건 각 자회사인 것처럼 이 사건 각 세금계산서를 발급·수취하며 실질을 감추기 위한 물품구매계약서 등 관련 서류를 작성·비치하였는바, 원고 1 회사는 ‘부정행위’로 위장세금계산서를 수취하였다고 할 것이므로, 이 부분 세금계산서위장수취가산세에 대하여는 장기부과제척기간이 적용된다. 따라서 피고 성북세무서장이 장기부과제척기간을 적용한 것은 옳고, 원고 1 회사의 주장은 이유 없다.
라. 원고 2 회사, 원고 3 회사(이 사건 원고 모회사들)의 주장에 관한 판단
1) 부가가치세
가) 이 사건 ② 세금계산서 매입세액 불공제 관련 주장에 관하여
 (1) 관련 법리(대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결, 이하 ‘관련 대법원 판결’이라 한다)
구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문은 ‘발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.’고 규정하고 있고, 그와 같은 기재사항을 ‘필요적 기재사항’으로 약칭하고 있다. 매입세액공제 여부 판단의 기준이 되는 필요적 기재사항은 ‘공급하는 사업자’와 관련하여서는 ‘등록번호와 성명 또는 명칭’(제32조 제1항 제1호)인 반면, ‘공급받는 자’와 관련하여서는 ‘등록번호’에 한정된다(같은 항 제2호). 한편 ‘공급받는 자’의 ‘상호·성명’ 등은 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조 제2항 제2호에서 세금계산서 기재사항으로 규정되어 있으나, 이는 구 부가가치세법 제32조 제1항 제5호의 위임에 따른 것으로서 같은 항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 매입세액공제의 필요적 기재사항에 해당하지 아니한다. 그리고 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문에서 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액공제를 제한하는 취지는, 제37조 제2항에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래 징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 것이다.
 위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 제도적 취지 등에 비추어 보면, 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자의 등록번호’를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있다면 ‘공급받는 자의 성명 또는 명칭’이 실제 사업자의 것과 다르다는 사정만으로 이를 매입세액공제가 인정되지 않는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수는 없다. 따라서 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니하는 타인의 명의를 빌린 사업자가 어느 사업장에 대하여 그 타인의 명의로 사업자등록을 하되 온전히 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하며 부가가치세를 신고·납부하는 경우와 같이 그 명칭이나 상호에도 불구하고 해당 사업장이 온전히 실제 사업자의 사업장으로 특정될 수 있는 경우 그 명의인의 등록번호는 곧 실제 사업자의 등록번호로 기능하는 것이므로, 그와 같은 등록번호가 ‘공급받는 자’의 등록번호로 기재된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다.
 (2) 구체적 판단
 관련 대법원 판결의 법리를 기초로 하여 앞서 인정한 사실을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 ② 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자’의 등록번호는 이 사건 원고 모회사들의 등록번호로 보아야 할 것이므로, 위 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하여 그 매입세액은 이 사건 원고 모회사들의 매출세액에서 공제될 수 있다고 보아야 한다. 이 사건 원고 모회사들의 이 부분 주장은 이유 있다.
 (가) 이 사건 원고 모회사들은 종전과 마찬가지로 이 사건 각 거래처로부터 ▲▲▲ 원료 또는 포장박스 등 재화를 공급받아 이를 원고 1 회사에 공급하되, 다만 이 사건 ② 세금계산서를 수취할 무렵부터는 그 거래의 실질을 변화하지 않은 채 일부 재화에 대하여 마치 이 사건 각 자회사가 이 사건 각 거래처의 거래 상대방인 것처럼 관련 서류를 작성하고 세금계산서를 수취하였다. 반면 이 사건 각 자회사는 세금계산서상의 명의인이 되는 것 외에는 아무런 독자적인 사업활동을 하지 않았고, 실질적으로 이 사건 원고 모회사들의 일부 사업부서에 불과하였다. 그렇다면 이 사건 원고 모회사들은 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 않는 이 사건 각 자회사의 명의를 빌려 그 명의로 사업자등록을 하되, 위 각 자회사 명의로 등록된 사업을 온전히 자신의 계산과 책임으로 영위하면서 부가가치세를 신고·납부해 온 것으로 평가할 수 있고, 따라서 이 사건 각 자회사의 등록번호는 사실상 실제 사업자인 이 사건 원고 모회사들의 등록번호로 기능한다고 볼 수 있다. 즉, 이 사건 ② 세금계산서의 수취를 둘러싼 기본적인 사실관계는 관련 대법원 판결에서의 것과 본질적으로 동일하거나 적어도 매우 유사하다.
 (나) 반면 피고 원주세무서장은 이 사건의 사실관계가 관련 대법원 판결의 것과는 본질적으로 달라 관련 대법원 판결의 법리를 그대로 적용하는 것이 적절하지 않다고 주장한다. 즉, 이 사건의 경우 ① 타인 명의의 사업장이 실질적으로 존재하지 않아 그 사업장에서 실물거래가 전혀 이루어지지 않은 점, ② 사주인 소외 1 등이 법인세를 포탈하는 등 세금계산서의 세원포착 기능이 훼손된 점에서 관련 대법원 판결의 사안과는 다르다는 것이다. 그러나 아래에서 살피는 바와 같이 위 주장은 사실과 다르거나, 그 자체로 이 사건 각 자회사 명의의 등록번호를 이 사건 원고 모회사들 명의의 등록번호로 볼 수 있을지의 문제를 좌우하는 것으로 보기 어렵다. 
 먼저 ① 주장에 관하여 보면, 관련 대법원 판결에서의 타인 명의의 사업장은 실제 사업자가 종전부터 운영해 온 기존 사업장과는 다른 장소에 새로운 사업장을 추가로 만든 형태인 반면 이 사건의 경우에는 실제 사업자가 종전부터 운영해 온 기존 사업장과 같은 장소를 사업장으로 하여 페이퍼컴퍼니를 만든 형태라는 차이가 있지만, 신규시설이든 기성의 시설이든 실제 사업자 소유에 속하는 비독립적 시설이 타인 명의의 사업장으로 이용되었고, 그 시설을 통해 실물거래가 이루어졌다는 점에서는 본질적으로 서로를 달리 보기 어렵다.
 다음으로 ② 주장에 관하여 보면, 소외 1 등이 이 사건 원고 모회사들의 매출 일부를 이 사건 각 자회사로 이전시킨 후 대표이사 급여 등 가공비용 명목으로 자금을 횡령하고 그와 관련하여 법인세를 과소신고한 것은 사실이나, 그러한 과소신고로 인한 법인세 포탈은 이 사건 ② 세금계산서와 관련한 매입세액 불공제와는 별개의 문제로서, 적어도 실제 사업주인 이 사건 원고 모회사들이 이 사건 각 거래처로부터 이 사건 ② 세금계산서상의 재화를 실제로 공급받으면서 관련 부가가치세가 거래징수 되어 납부됨으로써 부가가치세에 관한 한 포탈이 발생한 바가 없다면, 그러한 경우에까지 세금계산서의 형식만을 엄격하게 강조하여 그 매입세액을 불공제하는 것은 ‘대물세’라는 부가가치세의 성격에 비추어 지나치게 가혹하다. 또한 피고 원주세무서장이 이 사건 각 자회사가 실체가 없다는 실질적인 관점에서 그 매출을 이 사건 원고 모회사들의 것으로 인정하면서도, 그와 사업관련성(구 부가가치세법 제38조 제1항 제1호)이 있는 이 사건 ② 세금계산서상의 매입세액은 그 ‘공급받는 자’의 등록번호가 실체가 없는 이 사건 각 자회사의 것이라는 형식적인 관점에서 이 사건 원고 모회사들의 것으로 인정하지 않는 것도 형평에 맞지 않는 면이 있다.
 더욱이 관련 대법원 판결의 사안에서도 이 사건과 유사하게 법인이 실제로는 스스로 사업장을 운영하면서 수입금액을 분산시키고 직영점 수입금액의 일부를 누락하여 신고할 의도로 직원 명의로 위장하여 사업자등록을 하면서 이중장부를 작성하고 매출을 분산하여 소득, 수익, 거래 등을 조작하거나 은폐한 사정이 있고(관련 대법원 판결의 원심인 대전고등법원 2016. 11. 17. 선고 2016누12170 판결 참조), 소속 직원들 명의로 사업자등록을 한 직영 가맹점의 수입이 그 명의인인 직원들의 소득세로 신고되었을 뿐, 실제 사업자인 법인의 법인세로 신고되지는 않아, 결과적으로 법인 명의로는 법인세가 과소신고되었는바, 이 사건에도 관련 대법원 판결의 법리를 적용하는 것에는 무리가 없다.
나) 세금계산서미발급가산세 관련 주장에 관하여
 (1) 관련 규정 및 법리
 (가) 구 부가가치세법 제34조 제1항은 ‘세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 제60조 제2항은 ‘사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.’고 규정하고 있으며, 각 호 중 하나로 ‘제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트’(제2호)를 들고 있다.
 (나) 재화 또는 용역을 공급하는 사람이 실제로는 자신이 직접 사업체를 운영하여 사업자등록을 하면서 형식적으로 명의만을 제3자로 한 경우에는, 명의자인 제3자가 아니라 실제로 사업체를 운영하면서 재화 등을 공급하는 거래행위를 한 사람을 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 납부하여야 하는 주체로 보아야 한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014도14990 판결 참조).
 (2) 구체적 판단
 (가) 앞서 본 사실관계를 위 규정 및 법리에 비추어 보면, 이 사건 원고 모회사들은 실제로는 자신이 원고 1 회사에 재화를 공급하면서도 형식적으로 사업자등록 명의만을 이 사건 각 자회사로 한 것이므로, 명의자인 이 사건 각 자회사가 아니라 실제로 사업장을 운영하면서 재화를 공급한 이 사건 원고 모회사들이 구 부가가치세법 제34조 제1항에 따른 세금계산서 발급의무를 부담한다고 할 것이다. 그런데 앞서 2. 다. 5)에서 본 바와 같이 이 사건 원고 모회사들은 원고 1 회사에 재화를 공급할 무렵 이 사건 각 자회사를 ‘공급하는 자’로 기재한 이 사건 ① 세금계산서를 발급하였는바, 원고 1 회사에 재화를 공급하고도 부가가치세 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 않았다고 볼 수 없다. 이 사건 원고 모회사들의 이 부분 주장은 이유 있다.
 (나) 피고 원주세무서장은 앞서 본 관련 대법원 판결에 관하여 한 주장과 마찬가지로, 대법원 2014도14990 판결이 판시한 법리는 ‘실제 사업자가 인적·물적 시설을 갖추어 실체가 있는 사업장을 운영하는 경우’에만 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 2. 라. 1) 가)(‘이 사건 ② 세금계산서에 관한 매입세액 불공제 관련 주장에 관한 판단’ 부분)에서 언급한 바와 같이 이 사건 각 자회사 명의의 사업장이 이 사건 원고 모회사들의 인적·물적 시설이라는 실체를 갖추고 있었음을 부인할 수 없는바, 위 대법원 2014도14990 판결의 법리는 이 사건에도 그대로 적용될 수 있으므로, 위 피고의 주장은 받아들일 수 없다.
다) 소결
 세금계산서미발급가산세 부과에 대한 부과제척기간 경과 여부에 관하여는 더 나아가 살필 필요 없이 피고 원주세무서장의 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대한 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분은 모두 위법하다.
2) 법인세
가) 부당과소신고가산세 관련 주장에 관하여
 (1) 관련 법리
구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제1항 제1호가 규정하는 부당과소신고가산세의 요건인 ‘부정행위로 한 과소신고’란 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우로서, 그 과소신고가 누진세율의 회피, 이월결손금 규정의 적용 등과 같은 조세포탈의 목적에서 비롯된 것이어야 한다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결 등 참조).
 (2) 구체적 판단
 (가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 원고 모회사들을 실질적으로 지배하는 소외 1 등이 이 사건 횡령 범행을 위하여 이 사건 각 자회사를 설립한 후 그 명의로 사업자등록을 하고, 마치 이 사건 각 거래처로부터 물품을 공급받아 원고 1 회사에 공급하는 자가 이 사건 각 자회사인 것처럼 이 사건 각 세금계산서를 발급·수취한 후 원고 1 회사로부터 이 사건 각 자회사 명의의 계좌로 그 물품대금 명목의 금원을 송금받아, 이 사건 원고 모회사들의 매출을 이 사건 각 자회사에 분산하는 한편, 이 사건 각 자회사에 실질을 감추기 위한 물품구매계약서나 허위의 지출 관련 서류를 작성·비치하였는바, 이 사건 원고 모회사들은 ‘부정행위’로 과세표준을 과소신고하였다고 할 것이다. 
 (나) 또한 앞서 인정한 사실을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 이 사건 원고 모회사들이 한 매출 분산 등의 부정행위는 오직 소외 1 등이 이 사건 횡령 범행을 하기 위한 준비행위일 뿐 정상적인 경영상의 필요에 따른 것이 아니었는바, 그 후에 이루어진 이 사건 횡령 범행 및 대표이사 급여 등 가공비용 계상 등 일련의 행위와 합쳐져 법인세 포탈에 이른 것으로 보아야 하는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 부정행위에 의한 과세표준의 과소신고가 이 사건 원고 모회사들의 조세포탈 목적에서 비롯된 것이라고 봄이 상당하다. 
 (다) 따라서 이 사건 원고 모회사들의 이 부분 주장은 이유 없다.
나) 지출증빙미(허위)수취가산세 관련 주장에 관하여
 (1) 관련 규정
구 법인세법 제76조 제5항은 ‘납세지 관할 세무서장은 법인이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 제116조 제1항 본문은 ‘법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다.’고, 제2항 본문은 ‘제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다.’고 각 규정하고 있으며, 각 호 중 하나로 ‘부가가치세법 제32조에 따른 세금계산서’(제3호)를 들고 있다.
 (2) 구체적 판단
 위 각 관련 규정과 앞서 본 처분의 경위에 비추어 보면, 피고 원주세무서장은 이 사건 원고 모회사들이 이 사건 각 거래처로부터 이 사건 ② 세금계산서상의 재화를 공급받고 그 대가를 지급함에 있어 부가가치세법상의 세금계산서를 지급받지 않거나 사실과 다른 세금계산서를 지급받았음을 전제로 이 부분 가산세를 부과하였음을 알 수 있다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 원고 모회사들이 이 사건 각 거래처로부터 재화를 공급받으면서 수취한, ‘공급받는 자’란에 이 사건 각 자회사의 등록번호가 기재된 이 사건 ② 세금계산서를 ‘사실과 다른 세금계산서’라고 볼 수 없는 이상, 구 법인세법 제76조 제5항이 정한 지출증빙미(허위)수취가산세의 부과요건이 구비되었다고 할 수 없다. 이 사건 원고 모회사들의 이 부분 주장은 이유 있다.
다) 원고 2 회사의 계산서미발급가산세 관련 주장에 관하여
 (1) 관련 규정
구 법인세법 제76조 제9항은 ‘납세지 관할 세무서장은 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다’고 규정하고 있고, 그 제4호 본문은 ‘다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 공급가액의 100분의 2’라고, 그 가목은 ‘재화 또는 용역을 공급한 자가 제121조 제2항에 따른 계산서 등을 발급하지 아니한 경우’라고 각 규정하고 있으며, 제121조 제2항 본문은 ‘부가가치세법 제26조 제1항 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물·축산물·수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자나 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서 등을 작성하여 그 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다.’고 규정하고 있다.
 (2) 구체적 판단
 이 부분 가산세는 원고 2 회사가 원고 1 회사에 부가가치세 면세 재화인 ▲▲▲의 원료가 되는 농산물 등을 공급하고도 계산서를 발급하지 않았다는 것을 과세요건으로 한다. 그런데 위 계산서는 부가가가치세법상 세금계산서에 대응되는 것이므로, 앞서 ‘세금계산서미발급가산세 관련 주장에 관한 판단’ 부분에서 설시한 바와 같이, 원고 2 회사가 소외 3 회사 명의로 사업자등록을 하되 자기의 계산과 책임으로 사업을 하였으므로 그와 관련된 재화 등 공급거래에서 계산서를 발급하여야 할 자는 소외 3 회사가 아니고 원고 2 회사라고 보아야 하는바, 앞서 본 바와 같이 원고 2 회사가 사업자등록 명의인인 소외 3 회사 명의로 계산서를 발급한 이상, 원고 2 회사가 계산서를 발급하지 않았음을 전제로 하는 이 부분 가산세는 부과될 수 없다. 원고 2 회사의 이 부분 주장은 이유 있다.
라) 부과제척기간 경과 주장에 관하여
 (1) 관련 규정
구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1, 3호에 따르면, 원칙적으로 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고, 다만 납세자가 부정행위로 국세를 포탈한 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년까지 부과할 수 있다. 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호는 ‘과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 부과할 수 있다.’고 규정하고 있고, 구 법인세법 제60조 제1항은 ‘납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.’고, 같은 법 제64조 제1항은 ‘내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 감면세액 등을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.’고 각 규정하고 있다.
 위 각 규정에 따르면, 법인세 본세의 경우에는 그 신고납부기한인 ‘각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날’의 다음 날부터 부과제척기간이 기산되고, 법인세의 과소신고가산세와 납부불성실가산세도 그때 납세의무가 성립하여 같은 날부터 부과제척기간이 기산된다고 할 것이다(대법원 2014. 12. 24. 선고 2014두40791 판결 등 참조). 
 (2) 구체적 판단
 (가) 앞서 인정한 사실 및 위 각 관련 규정에 의하면, 피고 원주세무서장이 각 부과한 원고 2 회사에 대한 2011, 2012사업연도, 원고 3 회사에 대한 2008 내지 2012사업연도 각 법인세 및 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세[이하 ‘이 사건 법인세 등’이라 한다. 지출증빙미(허위)수취가산세와 계산서미발급가산세는 앞서 본 바와 같은 이유로 위법하므로 부과제척기간 경과 여부에 관하여는 따로 살피지 아니한다]의 부과제척기간의 기산일은 각 2009. 4. 1.(2008사업연도)부터 2013. 4. 1.(2012사업연도)까지인바, 각 그로부터 5년이 경과하였음이 명백한 2019. 3. 21. 또는 2019. 4. 1.에야 비로소 각 부과처분이 이루어졌다. 
 (나) 다만 피고 원주세무서장은 ‘이 사건 원고 모회사들이 부정행위로 이 사건 법인세 등을 포탈하였다.’고 주장하면서 10년의 장기부과제척기간의 적용을 주장하고 있으므로, 이에 관하여 본다.
구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘부정행위’의 의의는 위 2. 다. 4)에서 살핀 바와 같고, 위 2. 라. 2) 가)(‘법인세 부당과소신고가산세 관련 주장에 관한 판단’ 부분)에서 이미 살펴본 바와 같이 이 사건 원고 모회사들이 일련의 부정행위를 하여 국가의 조세수입이 감소되었으며 이 사건 원고 모회사들에 법인세 포탈의 목적이 있었으므로, 이 사건 원고 모회사들은 ‘부정행위로 국세를 포탈’하였다고 할 것이다. 따라서 이 사건 각 법인세 등에 대하여는 장기부과제척기간이 적용될 수 있으므로, 이와 같은 취지에 선 이 부분 부과처분은 적법하다. 이 사건 원고 모회사들의 이 부분 주장은 이유 없다.
마. 원고 2 회사(소외 3 회사 관련 부분), 원고 4 회사의 주장에 관한 판단
1) 세금계산서가공발급·수취가산세 관련 주장에 관하여
 가) 관련 규정
구 부가가치세법 제60조 제3항은 ‘사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서 등에 적힌 금액을 말한다)의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.’고 규정하고 있고, 각 호 중 하나로 ‘재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표 등(이하 "세금계산서 등"이라 한다)을 발급한 경우’(제1호), ‘재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급받은 경우’(제2호)를 각 들고 있다.
 나) 구체적 판단
 피고 원주세무서장은 이 사건 각 자회사가 원고 1 회사에 발급한 이 사건 ① 세금계산서와 이 사건 각 거래처로부터 수취한 이 사건 ② 세금계산서가 각각 재화 또는 용역을 공급하거나 받지 아니하고 발급·수취한 세금계산서임을 전제로 이 부분 각 가산세를 부과하였다. 그런데 구 부가가치세법 제60조 제3항 제1, 2호는 재화나 용역의 공급 없이 이루어지는 세금계산서의 수수 즉, 이른바 자료상이 발급한 세금계산서를 규율대상으로 하는 것이지, 같은 항에 병렬적으로 규정되어 있는 제3호(‘재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급한 경우’), 제4호(‘재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우’)의 규정 내용에 비추어, 재화 또는 용역의 공급이 있기는 하였지만 세금계산서에 기재된 ‘공급하는 자’ 또는 ‘공급받는 자’가 실제 거래의 당사자와 다른 경우 그 세금계산서상 ‘공급하는 자’나 ‘공급받는 자’를 수범자로 하는 규정이라고 볼 수 없다.
 이 사건에서 이 사건 원고 모회사들과 이 사건 각 거래처 또는 원고 1 회사 사이에 이 사건 각 세금계산서에 기재된 공급일시에 해당 공급가액 상당의 재화가 공급되었음은 당사자 사이에 다툼이 없다. 단지 이 사건 원고 모회사들이 실제로는 자신이 공급하거나 공급받은 재화에 대하여 이 사건 각 자회사 명의를 이용해 이 사건 각 세금계산서를 발급·수취하였을 뿐인바, 재화 또는 용역의 공급 없이 세금계산서가 수수되었다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 각 세금계산서는 구 부가가치세법 제60조 제3항 제1, 2호의 가공 세금계산서에 해당하지 않고, 원고 2 회사, 원고 4 회사의 이 부분 주장은 이유 있다.
2) 소결
 부과제척기간 관련 주장에 관하여는 더 나아가 살필 필요 없이 피고 원주세무서장의 원고 2 회사, 원고 4 회사에 대한 위 각 부가가치세 가산세 부과처분은 모두 위법하다.
바. 정당세액의 계산
 1) 원고들 주장의 인정 범위
원고명세목판단원고 1 회사부가가치세기각원고 2 회사, 원고 3 회사부가가치세전부 인용(매입세액 불공제, 세금계산서미발급가산세 관련 주장 각 인정)법인세일부 인용[지출증빙미(허위)수취가산세, 원고 2 회사의 계산서미발급가산세 관련 주장 각 인정, 부당과소신고가산세, 부과제척기간 관련 주장 각 배척]원고 2 회사 (소외 3 회사 관련 부분), 원고 4 회사부가가치세전부 인용(세금계산서가공발급·수취가산세 관련 주장 인정)
 2) 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대한 법인세 정당세액
 가) 원고 2 회사
(단위: 원)처분일자귀속연도고지세액(A)다투는 세액취소세액주18)(B)정당세액(A-B)2019. 4. 1.2011년308,126,640308,126,640127,065,956181,060,6842012년327,024,740327,024,740148,342,168178,682,5722013년314,762,430119,066,073112,497,060202,265,3702014년386,882,110152,820,689125,030,614261,851,4962015년335,324,200161,408,465112,951,390222,372,8102016년398,043,670249,901,099217,786,695180,256,9752017년618,988,220175,143,384175,143,384443,844,836합계2,689,152,0101,493,491,0901,018,817,2671,670,334,743
 나) 원고 3 회사
(단위: 원)처분일자귀속연도고지세액(A)다투는 세액취소세액주19)(B)정당세액(A-B)2019. 3. 21.2008년38,971,71038,971,71030,226,7918,744,9192019. 4. 1.2009년158,060,170158,060,170120,548,43437,511,7362010년159,442,460159,442,46016,052,009143,390,4512011년166,991,980166,991,98016,919,244150,072,7362012년192,143,860192,143,86019,684,177172,459,6832013년177,929,56030,735,84125,424,242152,505,3182014년197,684,63027,532,45020,601,182177,083,4482015년148,188,56011,717,06911,717,069136,471,4912016년59,006,80013,581,38013,581,38045,425,4202017년108,932,21021,155,41520,349,18088,583,030합계1,407,351,940820,332,335295,103,7081,112,248,232
3. 결론
원고 2 회사, 원고 3 회사의 피고 원주세무서장에 대한 각 부가가치세 관련 청구, 원고 4 회사의 피고 원주세무서장에 대한 청구는 이유 있으므로 각 인용한다. 원고 2 회사, 원고 3 회사의 피고 원주세무서장에 대한 각 법인세 관련 청구는 위 각 정당세액을 초과하는 세액의 범위 내에서 이유 있으므로 인용하고 각 나머지 청구는 이유 없으므로 기각한다. 원고 1 회사의 피고 성북세무서장에 대한 청구는 이유 없으므로 기각한다. 
[별지 1 납세고지내역 생략]
[별지 2 납세고지내역 생략]
[별지 3 납세고지내역 생략]
[별지 4 납세고지내역 생략]
[별지 5 관계법령 생략]

판사 이성용(재판장) 김종신 김지연