등록세등부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 1998.06.16 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
등록면허세
【주문】
1. 피고가 1996. 5. 16. 원고에게 한 등록세 금 460,800,000원의 부과처분 중 금 87,823,690원을 초과하는 부분과 교육세 금 101,376,000원의 부과처분 중 금 19,321,200원을 초과하는 부 분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 5분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 이 사건 부과처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제2호증, 갑 제4호증, 갑 제9 내지 14호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 1,2, 을 제5호증, 을 제8호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 인정된다.
가. 원고는 농축산물의 구매 및 유통사업, 각종 공산품의 판매 및 유통사업 등을 영위할 목적으로 1994. 1. 4. 설립된 회사로서 1995. 1. 14. 소외 이영희 등으로부터 서울 송파구송파동 186의 3대 1,272㎡(이하, “이 사건 토지”라 한다)를 취득하여 같은 해 3. 11. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.
나. 원고는 위 소유권이전등기를 하면서지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하, “법”이라고만 한다) 제138조 제1항본문에 따른 중과세율을 적용하여 등록세 금 480,000,000원, 교육세 금 96,000,000원을 자진납부하였다가 1995. 6. 17.경 피고에게 자신이 같은 항 단서 소정의 등록세 중과대상 제외업종인 지정연쇄화사업자에 해당한다는 이유로 법 제131조 제1항 제3호 제(2)목 소정의 일반세율에 따른 등록세 금 96,000,000원, 교육세 금 19,200,000원을 초과하는 등록세 금 384,000,000원, 교육세 금 76,800,000원에 대한 환급청구를 하였고, 피고가 그 무렵 이를 받아들여 등록세를 금 96,000,000원, 교육세를 금 19,200,000원으로 각 감액경정하고 나머지 세액을 원고에게 환급하였다.
다. 원고는 1995. 11. 28. 이 사건 토지에 지하 1층, 지상 3층의 본동 건물 1동과 지상 1층의 창고건물 1동(이하, “이 사건 건물”이라 한다)을 완공하였으며, 1995. 10. 10. 그곳에 지점을 설치하였고, 1996. 4. 17. 피고에게 도·소매업진흥법(1997. 4. 10. 법률 제5327호로 유통산업발전법이 제정되면서 폐지되었다)의 규정에 의한 연쇄화사업자 지정신청을 하여 1996. 6. 7. 연쇄화사업자지정을 받았다.
라. 피고는 1996. 5. 16. 이 사건 토지에 관한 원고 명의의 위 소유권이전등기가 대도시내에서의 법인의 설립과 지점의 설치 등에 따른 부동산등기로서 원고가 이 사건 토지에 관한 위 등기시로부터 1년 이내에 연쇄화사업자로 지정되지 아니하였다는 이유로, 법 제138조 제1항 본문, 법 시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 “영”이라고 한다) 제101조 제2항을 적용하여 원고 회사에 대하여 위 중과세율에 따른 등록세액 및 교육세액에서 위 자진납부한 등록세액 및 교육세액을 공제한 나머지에 가산세를 더한 등록세 금 460,800,000원, 교육세 금 101,376,000원을 부과·고지하였다(이하, “이 사건 처분”이라 한다).
2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관계법령을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.
(1) 원고는 이 사건 토지를 취득한 후 곧바로 건축공사에 착수하여 1995. 11. 28. 이 사건 건물을 완공한 다음 지하 1층은 농축산물창고로, 지상 1층은 농축산물매장으로, 지상 2,3층은 업무시설 또는 사무실로 사용함으로써 이 사건 토지도 원고가 영위하는 연쇄화사업에 사용하고 있으며, 같은 해 12. 7. 원고 회사의 본점도 같은 곳으로 옮기고 본점이전등기를 마쳤다.
(2) 원고는 이 사건 토지를 취득하여 등기를 마친 1995. 3. 11.로부터 1년 이내인 1996. 1. 8. 피고에게 도·소매업진흥법의 규정에 의한 연쇄화사업자 지정신청을 하였으나 피고 등 행정기관의 사무처리가 지연되는 바람에 1996. 6. 7. 위 연쇄화사업자지정을 받았다.
(3) 법 제138조 제1항 단서, 영 제101조 제1항 제8호에 의하면, 도·소매업진흥법의 규정에 의한 지정연쇄화사업은 법 제138조 제1항 본문에 의한 등록세 중과대상에서 제외하도록 규정하고, 영 제101조 제2항에 의하면 등록세 중과대상 제외업종에 해당하더라도 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 등록세 중과대상이 되며, 위 유예기간을 경과함에 정당한 사유가 있는 경우에는 같은 조 제1항에 따라 등록세 중과대상에서 제외된다 할 것인데, 원고는 위와 같이 이 사건 토지를 취득할 당시인 1995. 3. 11.에는 영 제101조 제1항 제8호 소정의 등록세 중과대상 제외업종인 지정연쇄화사업자가 아니었으나, 같은 해 12. 6. 이 사건 토지상에 신축된 건물로 본점설치등기를 마쳤으므로 이 경우 영 제101조 제2항 소정의 유예기간 1년의 기산점은 위 본점설치일로 보아야 할 것이고, 그로부터 1년 이내인 1996. 6. 7. 원고에 대한 연쇄화사업자 지정이 있었으므로 원고의 이 사건 토지취득은 등록세 중과대상에서 제외되어야 할 것이다.
(4) 가사, 원고의 이 사건 토지취득에 대한 영 제101조 제2항 소정의 유예기간 1년의 기산점을 위 본점설치일이 아닌 소유권이전등기일(1995. 3. 11.)로 본다 하더라도 원고가 위 연쇄화사업자 지정을 받음에 있어 위 유예기간을 도과한 것은 피고 등의 사무처리 지연으로 인한 것으로서 정당한 사유가 있으므로 등록세 중과대상에서 제외되어야 할 것이다.
나. 관계법령

(1) 법 제131조 제1항은 상속, 무상 이외의 원인으로 농지가 아닌 부동산의 소유권을 취득하는 경우 등록세율을 부동산 가액의 1000분의 30으로 규정하고 있으며{제3호 (2)목}, 법 제138조 제1항은 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다. 다만 대통령령이 정하는 업종…에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다”고 규정하면서 그 제3호로 “대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”를 들고 있고, 영 제101조 제1항은 “법 제138조 제1항 단서의 규정에서 ‘대통령령으로 정하는 업종’이라 함은 다음 각호와 같다”면서 제8호로 “도·소매업진흥법에 의하여 개설허가를 받은 도·소매업, 지정연쇄화사업…”을 들고 있으며, 같은 조 제2항은 “제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다”고 규정하고 있고, 영 제102조 제2항은 “법 제138조 제1항 제3호에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 … 에 따른 부동산등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다”고 규정하고 있다.
(2) 한편, 도·소매업진흥법 제1조는 “이 법은 도·소매업을 효율적으로 진흥하고 건전한 상거래질서를 확립함으로써 소비자를 보호하고 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 한다”라고, 제2조 제1항 제7호는 “연쇄화사업이라 함은 다수의 동일업종의 소매점포를 직영하거나 다수의 동일업종의 소매업자와의 계약에 의하여 계속적으로 상품을 공급하며 경영을 지도하는 사업을 말한다”고, 제22조 제1항은 “시·도지사는 연쇄화사업의 건전한 육성을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 연쇄화사업자 중 일정한 요건을 갖춘 자를 지정하여 지원·육성할 수 있다”고 각 규정하고 있다.
다. 판단

(1) 위 관계법령에 의하면, 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점의 설치 등에 따른 부동산 등기에 있어서 등록세 중과의 과세요건은 부동산등기와 법인의 설립 또는 지점의 설치 등이라는 두 가지 요건을 모두 갖추어야 충족되고, 이에 관한 요건을 모두 충족할 때에 납세의무가 성립된다고 할 것이고, 대도시내에서 중과대상 제외업종에 해당하는 법인을 설립하거나 지점 등을 설치한 법인에 대하여 중과제외를 배제하고, 법 제138조 제1항 본문을 적용하여 등록세를 중과하기 위한 과세요건은 법인을 설립하거나 지점 등을 설치한 후 부동산을 취득한 경우에는 그 등기일로부터 기산하여 정당한 사유 없이 1년의 유예기간 내에 당해 업종에 직접 사용하지 아니한 경우에 충족된다고 볼 것이나, 부동산 등기 후 지점을 설치한 경우에 있어서는 위 법령 규정의 취지에 비추어 볼 때, 지점 설치일을 유예기간의 기산일로 삼는 것이 상당하다 할 것이고, 또한 부동산등기 당시는 중과대상 제외업종의 요건을 갖추지 못하였으나 그 이후 지점을 설치함에 있어 그 요건을 갖춘 경우나 인허가 절차 등으로 인하여 지점설치 후에 그 요건을 갖춘 경우에도 그것이 영 제101조 제2항 소정의 유예기간 내에 이루어지는 한 중과대상에서 제외된다고 보아야 하고, 이 경우 1년의 유예기간의 기산점은 법 제138조 제1항 제3호 후단의 지점 설치 이후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기에 있어서는 등기 또는 등록일이라고 할 것이지만, 부동산 등기가 선행되는 경우에는 직접 사용이 가능하게 되는 지점 설치일이 그 기산점이 된다 할 것이다(대법원 1994. 5. 10.선고 93누22135 판결).
(2) 원고가 1995. 10. 10. 이 사건 토지에 지점을 설치하였으며, 1996. 6. 7. 연쇄화사업자지정을 받았음은 앞에서 본 바와 같고, 앞에 나온 증거들과 갑 제5,6호증, 갑 제7호증의 1,2, 갑 제11,12호증, 갑 제15,16호증의 각 기재를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.
(가) 원고는 1995. 3. 11. 이 사건 토지를 취득한 다음 1995. 6. 5. 건축허가를 받아 공사에 착수하여 1995. 11. 28. 이 사건 토지와 같은 동 186의 6 대 247.5㎡ 합계 1,519.5㎡에 이 사건 건물을 완공하여 사용검사를 마쳤으며, 이 사건 건물의 용도를 보면, 본동 지하 1층은 408.37㎡가 일반음식점, 122.22㎡가 농축산물창고, 지상 1층 457.15㎡는 소매점, 2층 471.31㎡와 3층 391.30㎡는 각 업무시설, 창고동 57.60㎡는 창고이다.
(나) 원고는 1996. 3. 5. 소외 아시아농산 주식회사에게 위 본동 건물의 지하층 중 363.64㎡를 임대하여 위 회사로 하여금 이를 사용케 하고 있으며, 위 각 건물 중 그 외의 나머지 부분은 모두 위 연쇄화사업에 사용하고 있다.
(3) 위 사실에 의하면, 원고는 1995. 3. 11. 이 사건 토지를 취득한 다음 같은 해 10. 10. 그곳에 지점을 설치하였으며, 위 지점설치일로부터 기산하여 1년 이내인 1996. 6. 7. 법 제138조 단서 소정의 등록세중과대상 제외업종인 연쇄화사업자로 지정받았고, 이 사건 토지 중 위 연쇄화사업에 사용하는 부분은 이 사건 건물의 연면적 1,907.95㎡에서 위 연쇄화사업에 사용하는 부분 1,544.31㎡이 차지하는 비율에 따른 1,029.56㎡(1,272㎡x1,544.31/1,907.95)라 할 것이므로 이 사건 토지 중 1,029.57㎡에 관한 소유권취득은 앞서 본 법리에 따라 등록세 중과대상에서 제외된다고 보아야 할 것이고, 이 사건 토지 중 위 임대부분의 건물면적이 차지하는 비율에 따른 242.43㎡(1,272㎡x363.64/1,907.95)에 관한 소유권취득은 등록세 중과대상이라 할 것이므로 원고의 위 주장은 이 사건 토지 중 1,029.57㎡에 관한 범위 내에서 이유 있다.
3. 정당한 세액

따라서 이 사건 토지 중 1,029.57㎡에 관하여는 법 제131조 제1항에 정해진 일반 세율을, 나머지 242.43㎡에 관하여는 법 제138조 제1항 본문에 정해진 중과세율을 각 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 빼면 원고가 납부할 정당한 등록세액은 별지 계산서 제1항 기재와 같이 금 87,823,690원이 되고, 위 등록세 총액을 기준으로 산출한 교육세에서 이미 납부한 세액을 빼면 원고가 납부할 정당한 교육세액은 위 계산서 제2항 기재와 같이 금 19,321,200원이 된다.
3. 결 론

그렇다면, 피고의 이 사건 부과처분 중 등록세 금 87,823,690원과 교육세 금 19,321,200원을 초과하는 부분은 위법하다고 할 것이므로 원고의 청구는 그 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

토지 중 1,029.57㎡에 관한 소유권취득은 등록세 중과대상에서 제외된다고 보아야 하므로, 토지 중 임대부분의 건물면적이 차지하는 비율에 따른 242.43㎡에 관한 소유권취득은 등록세 중과대상이다.