법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2004.12.09 / 시행일:

【원고, 피상고인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 윤지현 외 3인)
【피고, 상고인】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 백현기 외 25인)
【원심판결】 서울고법 2002. 12. 10. 선고 2002누4305 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 1. 상고이유 제1점에 대하여
 원심은, 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 피고의 1999. 3. 18. 자 1993 사업연도분 법인세 366,785,690원의 부과처분(이하 ‘당초 처분’이라 한다)이 부당하다고 주장하면서 국세심판원에 그 취소를 구하는 심판을 청구한 결과, 국세심판원은 원고가 1990 사업연도부터 1992 사업연도까지 사채를 할인발행하면서 사채의 표시이자율과 시장이자율의 차이에 상당하는 금액을 인수수수료라는 명목으로 사채를 인수하는 증권회사에 지급한 금액(이하 ‘사채인수수수료’라 한다)은 사채할인발행차금에 해당하는데도 사채발행비로 계상하여 상각한 것은 잘못된 것이므로 1993. 1. 1. 이전에 발생한 사채인수수수료에서 사채할인발행차금으로 월할 상각한 총금액 중 1992 사업연도 이전에 배분된 금액을 제외한 나머지 금액을 1993 사업연도 이후로 안분하여 그 금액을 손금산입하고 이를 지급이자로 보아 타법인 주식 등에 관련한 지급이자를 재계산하여 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하였고, 이에 피고는 2000. 12. 15. 국세심판원의 결정에 따라 당초 처분보다 손금산입액을 감소시켜서 1993 사업연도 법인세를 1,871,976,611원 증액하는 처분(원고가 신고한 금액을 기준으로 한 것으로서 당초 처분을 기준으로 하면 1,505,190,920원이 증액된 것임, 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 한 사실을 인정한 다음, 국세심판원의 결정에 의하면, 1993 사업연도 법인세부과처분에 있어서 손금산입할 금액이 감소되어 결과적으로 과세표준이 증가하게 되므로 위 결정은 청구인인 원고에게 불이익이 되는 결정이라 할 것이어서 국세심판원의 결정 중 1993 사업연도 법인세부과처분에 대한 부분은 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 위배된 당연 무효의 결정이고, 피고가 당연 무효인 국세심판원의 결정에 따라 당초 처분액수보다 증액하여 한 이 사건 처분 중 당초 처분액수를 초과하는 부분은 당연 무효라고 판단하였다.
 관계 법령의 규정과 기록 및 기간과세로서 사업연도가 달라지면 과세단위도 달라지는 법인세의 경우, 수개의 사업연도에 대한 심판청구가 있었다 하여도 그 불이익 여부는 수개의 사업연도에 대한 법인세 전체세액을 기준으로 따질 것이 아니라 각 사업연도의 부과처분액을 기준으로 판단하여야 하는 점, 과세연도별 법인세율의 차이가 있다고 해도 달리 볼 수 없으며, 이 사건 처분 중 가산세액에 대한 부분은 본세인 법인세부과처분과 별개의 부과처분이지만 가산세액 또한 법인세의 과세표준이 증가하면서 증액된 것이므로 당초 처분액수보다 증액된 부분은 마찬가지로 무효인 점 등의 법리를 고려할 때, 원심의 위와 같은 인정과 판단은 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 드는 바와 같은 불이익변경금지의 원칙에 대한 법리오해의 위법이 없다.
 2. 상고이유 제2점에 대하여
 원심은, 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 1990.부터 1995.까지 사채를 할인발행하면서 사채를 인수하는 증권회사에게 사채인수수수료를 지급하고 이를 사채발행비로 계상하여 상각하여 왔는데 사채인수수수료는 사채발행비가 아니라 상환기간에 안분하여 손금처리하는 사채할인발행차금 내지는 선지급이자인 사실, 피고는 원고가 이 사건 사채인수수수료를 사채발행비로 계상한 잘못을 1993 사업연도부터 바로잡음에 있어, 이미 국세부과권의 제척기간이 경과한 1990 사업연도부터 1992 사업연도까지 발생한 사채인수수수료를 사채할인발행차금으로 계상하여 월할 상각한 총금액 중 1992 사업연도까지 사채발행비로 계상되어 이미 손금산입된 금액은 그대로 두고, 나머지 금액을 1993. 1. 1. 이후로 안분하여 그 금액을 손금산입하고, 이 사건 처분을 한 사실을 인정한 다음, 이 사건 사채인수수수료를 사채발행비로 계상한 잘못을 1993 사업연도부터 바로잡기 위하여 1990 사업연도부터 1995 사업연도까지 사채발행비로 손금계상되어 있는 부분을 사채할인발행차금 내지 선지급이자로 보아 법인세법령에 따른 적법한 상각액을 각 해당 사업연도의 손금에 산입하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 하는 것은 당연하지만, 국세부과권의 제척기간으로 인하여 1990 사업연도부터 1992 사업연도까지의 과세표준 및 세액에 대하여는 법인세법령에 따른 적법한 상각액을 손금에 산입하여 증액경정처분을 할 수 없을 뿐이고, 이로 인하여 결과적으로 원고가 원래 납부하여야 할 법인세를 덜 납부하는 결과가 발생한다 하더라도 이는 국세부과권의 제척기간 제도가 예정하고 있는 것에 불과하고 이를 들어 이중으로 손금을 산입하였다거나 실질과세 원칙에 반한다고 볼 수는 없으므로 이 사건 처분은 법인세법령에 의하여 정당하게 손금산입할 수 있는 비용을 부당하게 손금부인한 위법한 처분이라고 판단하였다.
 관계 법령의 규정과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 인정과 판단은 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 드는 바와 같은 국세부과권의 제척기간, 법인세의 손금산입에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 피고는 이 사건 처분이 무효라면 당초 처분이 유효하게 존속하고 있다고 주장하나 그렇다고 하여 이미 증액재경정처분에 흡수되어 소멸된 당초 처분이 유효하게 되살아나지는 않으며, 이 사건 처분은 피고가 국세심판원의 결정에 따라 1993 사업연도 법인세를 계산한 다음 원고의 당초 신고액을 넘는 부분에 대하여 한 것으로서(당초 처분에서 고지된 금액을 제외한 1,505,190,920원을 차감고지세액으로 고지하였다), 그 중 당초 처분액수를 초과하는 부분(즉 차감고지세액부분)은 불이익변경금지원칙에 위배되어 무효임은 상고이유 제1점에 관한 판단 부분에서 본 바와 같고 나머지 부분은 앞서 본 법리에 따라 위법하므로(더구나 당초 처분은 1990 사업연도부터 1992 사업연도까지 발생한 사채인수수수료 중 사채발행비로 계상되어 이미 손금산입한 부분은 그대로 두고 나머지 금액은 1993. 1. 1. 이후에 안분상각하면서 이 사건 증액재경정처분과 달리 사채발행비의 상각방법에 따라 3년에 걸쳐 균등상각한 차이가 있으나 국세부과권의 제척기간의 경과로 말미암아 증액경정처분이 안되는 1990 사업연도부터 1992 사업연도까지의 기간 동안 이미 손금산입되었다고 하여 적법한 방법으로 산출된 그 이후의 사업연도의 상각액을 각 해당 사업연도의 손금산입에서 제외한 조치는 동일하여서 이 사건 처분과 마찬가지로 위법하다.) 이 사건 처분 전부를 취소한 원심의 판단에 아무런 잘못이 없다.
 3. 결 론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 피고가 부담하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 이용우(재판장) 윤재식 이규홍 김영란(주심)

[1] 법인세부과처분의 취소심판에서 국세심판원이 내린 결정에 따른 결과 과세표준이 증가하게 된 경우, 그 결정은 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 위배되어 당연 무효이고, 이에 따른 과세관청의 증액경정처분 중 당초 처분액수를 초과하는 부분 역시 당연 무효라고 한 사례

[2] 법인이 사채를 할인발행함에 있어 상환기간에 안분하여 손금처리하여야 하는 사채인수수수료를 사채발행비로 손금산입한 잘못을 바로잡는 경우, 상환기간 중 일부가 이미 국세부과권의 제척기간이 경과한 사업연도에 속한다 하여 그 부분을 새로운 손금산입에서 제외하는 것은 위법하다고 한 사례

[1] 법인세부과처분의 취소심판에서 국세심판원이 내린 결정에 따른 결과 과세표준이 증가하게 된 경우, 그 결정은 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 위배되어 당연 무효이고, 이에 따른 과세관청의 증액경정처분 중 당초 처분액수를 초과하는 부분 역시 당연 무효라고 한 사례.

 [2] 법인이 1990.부터 1995.까지 사채를 할인발행하면서 증권회사에 지급한 사채인수수수료가 사채할인발행차금 또는 선지급이자에 해당함에도 사채발행비로 계상하여 상각한 잘못을 1993 사업연도부터 바로잡음에 있어 국세부과권의 제척기간의 경과로 말미암아 증액경정처분이 안 되는 1990 사업연도부터 1992 사업연도까지 기간 동안 사채발행비로 이미 손금산입된 부분은 제외하고 나머지 사채인수수수료만을 1993. 1. 1. 이후 안분하여 또는 균등하게 손금산입한 것은 위법하다고 한 사례.