법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2021.09.30 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 서경 외 2인 (소송대리인 변호사 백제흠 외 4인)
【원고 1의 소송수계신청인】 주식회사 서호 (소송대리인 변호사 백제흠 외 4인)
【피고, 피상고인】 강동세무서장 외 1인 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김재방 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2017. 9. 29. 선고 2016누78686 판결
【주 문】
 상고를 모두 기각한다. 소송수계신청인의 소송수계신청을 기각한다. 상고비용 중 상고로 인한 부분은 원고들이, 소송수계신청으로 인한 부분은 소송수계신청인이 각각 부담한다.

【이 유】 1. 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)에 대한 판단
 가. 사안의 개요
 (1) 원고 주식회사 서경(이하 ‘서경’이라고 한다)은 원고 2, 원고 3이 주주인 비상장법인, 주식회사 에스텍(이하 ‘에스텍’이라고 한다)은 소외인, 원고 서경 및 에스텍이 주주인 비상장법인이고, 원고 2, 원고 3은 소외인의 아들과 배우자이다. 
 (2) 원고 서경은 2010. 4. 27. 에스텍을 흡수합병하였고(이하 ‘이 사건 합병’이라고 한다), 그 결과 원고 서경이 보유하던 에스텍 주식 165,932주(이하 ‘이 사건 포합주식’이라고 한다)와 에스텍이 보유하던 자기주식 40,000주(이하 ‘이 사건 자기주식’이라고 한다)에 대하여 합병신주 합계 51,050주가 배정되어 원고 서경이 이를 보유하게 되었다. 
 (3) 피고들은 원고 서경과 에스텍이 이 사건 합병 과정에서 원고 서경의 주식을 시가보다 높게 평가하고 에스텍의 주식을 시가보다 낮게 평가하여 에스텍 주식에 대하여 합병신주를 적게 배정함으로써 에스텍의 주주들이 특수관계에 있는 원고 서경의 주주들에게 이익을 분여하였다고 보았다. 
 (4) 이에 피고 청주세무서장은 이 사건 포합주식 및 이 사건 자기주식과 관련하여 2013. 7. 1. 원고 서경에게 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제8호 (가)목, 제89조 제5항, 제6항에 따라 원고 서경의 2010 사업연도 법인세와 에스텍의 2010 의제사업연도 법인세를 부과하였고(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라고 한다), 피고 강동세무서장은 2013. 7. 5. 원고 2, 원고 3에게 구 「상속세 및 증여세법」(2011. 12. 31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라고 한다) 제38조 제1항, 구 「상속세 및 증여세법 시행령」(2012. 2. 2. 대통령령 제23591호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라고 한다) 제28조 제3항 내지 제6항에 따라 각 증여세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 증여세 부과처분’이라고 한다). 
 나. 관련 규정
 (1) 구 법인세법 제52조 제1항은 ‘내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 수 있다.’고 규정하고, 같은 조 제4항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 (가)목은 ‘특수관계자인 법인 간에 불공정한 비율로 합병하여 주주인 법인이 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우’를 구 법인세법 제52조 제1항에서 정한 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’의 하나로 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제89조는 제5항에서 ‘제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 해당 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산한다.’고 규정하고, 제6항에서 ‘제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 구 상증세법 제38조, 구 상증세법 시행령 제28조 제3항 내지 제6항 등을 준용한다.’고 규정하고 있다. 
 (2) 한편 구 상증세법 제38조는 제1항에서 특수관계에 있는 법인의 합병으로 인하여 합병당사법인의 대주주가 일정한 이익을 받은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 증여재산가액으로 하도록 규정하고, 제2항에서 위 이익에 상당하는 금액은 합병당사법인의 주주가 소유하는 주식에 대하여 합병 직후와 합병 직전을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액의 차액으로 하도록 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 상증세법 시행령 제28조는 구 상증세법 제38조 제2항의 규정에 의한 평가가액의 차액은 다음의 산식, 즉 ‘합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액 - [주가가 과대평가된 합병당사법인의 1주당 평가가액 × (주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병 전 주식 수 ÷ 주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병 후 주식 수)] × 주가가 과대평가된 합병당사법인의 대주주의 합병 후 주식 수’에 따라 계산하되(제3항, 제4항), 여기서 ‘합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 1주당 평가가액’은 그 법인이 비상장법인인 경우에는 ‘주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병 직전 주식가액과 주가가 과소평가된 합병당사법인의 합병 직전 주식가액을 합한 가액을 합병 후 신설 또는 존속하는 법인의 주식 수로 나눈 가액’으로 하도록 규정하고 있다(제5항 제2호).
 다. 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 증여세 부과처분에 관하여 
 (1) 합병으로 얻은 이익의 과대평가 여부(상고이유 제1점)
 (가) 이 부분 상고이유는, 합병법인이 합병 전 보유하던 피합병법인의 주식에 대하여 합병신주를 배정받아 자기주식으로 보유하게 되는 경우, 구 상증세법 시행령 제28조가 정한 방법에 따라 합병에 따른 증여이익을 계산하면 합병법인의 합병 전 주식가액에 이미 반영되어 있는 피합병법인의 주식가액이 다시 반영되는 결과 합병법인의 주식가액이 과대평가되므로, 합병법인이 합병 전 보유하던 피합병법인의 주식을 소각한 경우와 마찬가지로 그 주식가액을 합병법인의 주식가액에서 공제하여 합병에 따른 증여이익을 계산하여야 함에도, 이와 다른 전제에서 구 상증세법 시행령 제28조가 정한 방법을 그대로 따라 합병에 따른 증여이익을 계산하여 한 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다는 취지이다.
 (나) 원심은, 원고 서경이 이 사건 포합주식에 대하여 합병신주를 배정받아 이를 자기주식으로 상당한 기간 보유한 이상, 이에 대하여 합병신주를 배정받지 않거나 합병신주를 배정받아 합병과 동시에 이를 소각한 경우와 동일하게 취급할 수 없고, 그러한 자기주식에도 양도성과 자산성이 있어 이를 다른 주주들이 소유한 주식과 달리 취급할 이유가 없다는 등 그 판시와 같은 이유로, 구 상증세법 시행령 제28조가 정한 방법에 따라 합병에 따른 증여이익을 계산하여 한 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 증여세 부과처분은 적법하다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심판단에 상고이유 주장과 같이 구 상증세법 시행령 제28조의 해석 및 그 위임 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 (2) 자기증여 또는 자기이익분여 여부(상고이유 제2점)
 (가) 이 부분 상고이유는, 원고 2, 원고 3이 합병 전 원고 서경의 주식을 소유함으로써 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식을 간접적으로 소유하고 있었으므로, 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식에 대하여 합병신주가 공정한 합병비율에 비하여 적게 배정됨으로써 원고 2, 원고 3이 얻게 된 이익은 자기가 자기에게 분여한 이익에 불과하고, 따라서 위 이익에 대하여 원고 2, 원고 3에게 증여세를 부과하거나 원고 서경과 에스텍에게 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과할 수 없다는 취지이다. 
 (나) 원심은, 법인의 주주가 그 지분 범위 내에서 해당 법인의 자산에 대한 권리를 보유하더라도 그 자산 자체를 주주가 소유하는 것으로 볼 수 없다는 등 그 판시와 같은 이유로, 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식에 대하여 합병신주가 적게 배정됨에 따라 원고 2, 원고 3이 얻은 이익에 대하여는 증여세를 부과할 수 있고, 이익을 분여한 원고 서경과 에스텍에 대하여는 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과할 수 있다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심판단에 상고이유 주장과 같이 구 법인세법 제52조 및 구 상증세법 제38조의 이익분여의 개념에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 (3) 원고 서경과 에스텍의 조세 부담의 부당 감소 여부(상고이유 제3점)
 (가) 이 부분 상고이유는, 이 사건 포합주식이나 이 사건 자기주식에 대하여 합병신주를 적게 배정하였더라도, 원고 서경과 에스텍의 조세 부담이 부당하게 감소하지 않았으므로, 원고 서경과 에스텍에게 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과할 수 없다는 취지이다. 
 (나) 원심은, 이 사건 포합주식과 이 사건 자기주식에 대하여 합병신주가 공정한 합병비율에 비하여 적게 배정됨으로써 합병 전 원고 서경과 에스텍이 원고 2, 원고 3에게 이익을 분여하였다고 볼 수 있는 이상, 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 (가)목에 해당하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되므로, 원고 서경과 에스텍에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과할 수 있다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심판단에 상고이유 주장과 같이 구 법인세법 제52조의 적용 요건에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 라. 원고 서경에 대한 2011 사업연도 법인세 부과처분에 관하여
 이 사건 상고장에는 피고 청주세무서장이 2013. 7. 1. 원고 서경에게 한 2011 사업연도 법인세 부과처분에 대한 부분도 상고대상으로 기재되어 있으나 상고장이나 상고이유서에 그에 관한 적법한 상고이유의 기재가 없다.
 2. 소송수계신청에 대한 판단
 소송수계신청인은 상고이유서 제출기간이 지난 2018. 10. 1. 원고 서경을 흡수합병하여 원고 서경의 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다고 주장하면서 2018. 10. 17. 소송수계신청을 하였다. 그러나 상고심의 소송절차가 상고이유서 제출기간이 지난 단계에 이르러 변론 없이 판결을 선고할 때에는 소송수계신청인이 소송을 수계할 필요가 없으므로 위 소송수계신청을 받아들이지 않는다. 
 3. 결론
 그러므로 상고를 모두 기각하고, 소송수계신청인의 소송수계신청을 기각하며, 상고비용 중 상고로 인한 부분은 패소자가, 소송수계신청으로 인한 부분은 소송수계신청인이 각각 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이흥구(재판장) 김재형 안철상(주심) 노정희

甲 주식회사와 乙 주식회사가 합병 과정에서 甲 회사의 주식을 시가보다 높게 평가하고 乙 회사의 주식을 시가보다 낮게 평가하여 乙 회사 주식에 대하여 합병신주를 적게 배정함으로써 乙 회사의 주주들이 특수관계에 있는 甲 회사의 주주들에게 이익을 분여하였다고 보아 과세관청이 甲 회사에 구 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 (가)목, 제89조 제5항, 제6항에 따라 법인세를, 특수관계에 있는 甲 회사의 주주들에게 구 상속세 및 증여세법 제38조 제1항, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제28조 제3항 내지 제6항에 따라 증여세를 부과한 사안에서, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제28조가 정한 방법에 따라 합병에 따른 증여이익을 계산하여 한 위 처분들이 적법하다고 한 사례