부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.04.11 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 원고 (소송대리인 변호사 진행섭)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 성남세무서장
【원심판결】 서울고법 2011. 3. 23. 선고 2010누29965 판결 
【주 문】
 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 원고가 제출한 상고이유보충서의 기재는 원고의 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 원고의 상고이유에 대하여
 가. 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제13조 제2항은 "다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다."고 규정하면서 제1호에서 ‘에누리액’을 들고 있다. 그리고 구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제52조 제2항은 "법 제13조 제2항 제1호에 규정하는 에누리액은 재화 또는 용역의 공급에 있어서 그 품질·수량 및 인도·공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 그 재화 또는 용역의 공급 당시의 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액으로 한다."고 규정하고 있다.
 이들 규정의 문언 내용과 아울러, 재화 또는 용역의 품질·수량이나 인도 등에 관한 공급조건이 원인이 되어 공급가액에서 공제 또는 차감되는 금액은 거래상대방으로부터 실제로 받은 금액이 아니므로 이를 부가가치세의 과세표준에서 제외하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 이들 규정에서 말하는 에누리액에는 공급하는 재화 또는 용역의 품질·수량이나 인도 등에 관한 공급조건과 결부된 명시적 또는 묵시적 약정에 따라 그 공급 당시의 통상의 공급가액에서 공제되는 금액뿐만 아니라, 공급계약 등에서 정한 품질·수량이나 인도 등에 관한 공급조건에 따라 공급이 이루어지지 아니하였음을 이유로 재화 또는 용역의 공급 후에 당초의 공급가액에서 차감되는 금액도 포함된다고 봄이 타당하다. 
 한편 법 제16조 제1항 단서의 위임을 받은 시행령 제59조 단서는 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 수정세금계산서를 작성하여 교부하도록 규정하고 있는데, 그 취지는 당초 세금계산서상의 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두19984 판결 참조). 따라서 재화 또는 용역의 공급 후에 에누리액이 발생한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액에서 에누리액을 차감하여 해당 과세기간의 과세표준을 산정하여야 한다. 
 나. 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 ① 원고와 소외 1, 소외 2(이하 ‘원고 등’이라 한다)는 2005. 5. 12. 이 사건 건물을 신축한 뒤, ㉮ 2층 201호, 202호를 소외 3에게 월 차임 8,900,000원, 차임 지급일 매월 25일, 임대기간 2005. 7. 25.부터 2008. 7. 25.까지로 정하여 임대하고, ㉯ 2층 203호를 소외 4에게 월 차임 4,500,000원, 차임 지급일 매월 15일, 임대기간 2005. 8. 30.부터로 정하여 임대하며, ㉰ 지하 1층 등을 주식회사 아로마스파장미원(이하 ‘아로마’라 하고, 소외 3, 소외 4와 통틀어 ‘이 사건 임차인들’이라 한다)에 월 차임 70,000,000원, 차임 지급일 매월 말일, 임대기간 2005. 7. 31.부터 2015. 7. 31.까지로 정하여 임대하는 등 부동산 임대업을 영위하였다.
 ② 한편 이 사건 건물 신축공사의 일부를 하도급받아 그 공사를 한 이 사건 하도급업자들은 2005. 9. 18.부터 2006. 3. 30.까지 하도급 공사대금의 미지급을 이유로 이 사건 건물 중 비어 있던 부분을 점유하면서 유치권을 행사하였는데, 그 과정에서 이 사건 건물 외벽에 유치권 행사를 알리는 현수막 여러 장을 내걸고 1층 유리벽에는 붉은 페인트로 ‘유치권 행사 중’이라는 문구를 기재하였으며, 점유 침탈을 막기 위하여 철제 구조물을 설치하는 한편, 주차장, 화장실 등의 공용부분 이용도 제한하였다.
 ③ 이 사건 임차인들은 하도급업자들의 유치권 행사로 인하여 상가 전체에 대하여 부정적인 인상이 형성되고, 고객들이 반드시 이용해야 하는 주차장, 화장실 등의 이용도 제한되자, 차임을 지급하지 않은 채 2005. 10.경부터 원고 등에게 ‘유치권 행사로 영업에 지장이 있으니, 이를 해결해 주고 임대료를 감면해 달라’는 취지의 내용증명우편을 보냈다.
 ④ 이에 원고 등은 이 사건 하도급업자들의 유치권 행사로 영업에 지장이 있었던 사정을 고려하여, ㉮ 2005. 11. 30. 소외 3과 2005. 9. 15.부터 10. 30.까지의 연체 차임 13,350,000원(= 8,900,000원 × 1.5)을 면제하기로, ㉯ 2005. 12. 1. 소외 4와 2005. 9. 15.부터 10. 30.까지의 연체 차임 6,750,000원(= 4,500,000원 × 1.5)을 면제하기로 각 합의하였고, ㉰ 아로마와는 2006. 12. 20. 위와 같은 유치권 행사뿐만 아니라 여러 차례의 단전 및 준공검사의 지연 등으로 영업에 지장이 있었던 사정도 아울러 고려하여 2005. 9. 1.부터 11. 15.까지의 연체 차임 175,000,000원(= 70,000,000원 × 2.5)을 면제하기로 합의하였다(이하 이와 같이 면제된 차임 합계 195,100,000원을 ‘이 사건 차임’이라 한다).
 ⑤ 한편 원고 등은 2005년 제2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 부동산임대차계약에서 정한 차임에서 이 사건 임차인들이 연체한 이 사건 차임 상당액 등을 차감한 금액을 과세표준으로 산정하였다.
 ⑥ 피고는 2009. 3. 5. 부동산 임대용역이 공급된 후에 면제된 이 사건 차임은 과세표준에서 제외되지 않는다고 보아 이 사건 차임 195,100,000원을 비롯한 316,344,383원을 과세표준에 포함하여 2005년 제2기분 부가가치세 48,570,400원(가산세 16,935,969원 포함)을 증액경정·고지하는 이 사건 제1처분을 하였다.
 다. 이와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 차임은 원고 등이 이 사건 임차인들에게 부동산임대차계약에서 정한 부동산 임대용역을 제대로 공급하지 못하였음을 이유로 그 공급 후에 면제된 것으로서, 법 제13조 제2항 제1호, 시행령 제52조 제2항의 규정에 따라 부가가치세의 과세표준에서 제외되는 에누리액에 포함된다고 봄이 타당하므로, 이 사건 차임 중 소외 3, 소외 4에 대한 면제 차임 합계 20,100,000원(= 13,350,000원 + 6,750,000원)은 그 면제합의일인 2005. 11. 30.과 2005. 12. 1.이 속하는 과세기간인 2005년 제2기의 총공급가액에서, 아로마에 대한 면제 차임 195,100,000원은 그 면제합의일인 2006. 12. 20.이 속하는 과세기간인 2006년 제2기의 총공급가액에서 각각 차감되어야 한다. 따라서 이 사건 제1처분 중 소외 3, 소외 4에 대한 면제 차임 합계 20,100,000원을 차감하지 아니한 채 과세표준을 산정한 부분(이하 ‘소외 3, 소외 4 부분’이라 한다)은 위법하다.
 라. 그럼에도 원심은, 재화 또는 용역의 납세의무 성립시기 후에 공급가액에 대한 일부 면제 합의가 있었다고 해서 이미 성립한 납세의무의 효력이 좌우될 수 없다는 등의 이유로 이 사건 제1처분이 전부 적법하다고 판단하고 말았으니, 이 사건 제1처분에 대한 원심판단 중 소외 3, 소외 4 부분에는 부가가치세의 과세표준에서 제외되는 에누리액의 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 원고의 상고이유 주장은 이 점을 지적하는 범위 내에서 이유 있고, 나머지는 이유 없다.
 2. 피고의 상고이유에 대하여
 가. 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제1조 제1항 제1호, 제3항, 제7조 제1항 등의 규정에 의하면, 부가가치세의 과세대상이 되는 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것을 말한다.
 나. 원심은 채택 증거를 종합하여, 원고 등이 2007. 4. 10. 아로마와 "임대차보증금 1,000,000,000원에서 연체 차임과 관리비 등 합계 576,233,125원을 공제하고 남은 423,766,875원(이하 ‘이 사건 잔액’이라 한다)은 원고 등이 임대차목적물에 대한 원상복구비로 사용하고, 원상복구비가 이 사건 잔액을 초과하더라도 추가로 비용을 청구하지 않기로 한다"는 내용의 합의를 한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 잔액은 원고 등이 아로마와의 합의에 따라 아로마의 임대차목적물 원상회복의무의 이행에 갈음하여 손해배상금 명목으로 받은 것이고, 원고 등이 아로마에 철거용역을 제공한 바도 없으므로, 원고 등이 아로마에 부동산 임대용역 또는 철거용역을 공급하고 그 대가로 이 사건 잔액을 지급받았음을 전제로 이를 2007년 제1기분 부가가치세 과세표준에 포함하여 한 이 사건 제2처분은 위법하다고 판단하였다.
 다. 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이와 같은 원심의 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 부가가치세의 과세대상인 용역의 공급에 관한 법리 등을 오해하거나 논리칙과 경험칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어남으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다고 할 수 없다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이인복(재판장) 민일영 박보영 김신(주심)

[1] 구 부가가치세법 제13조 제2항 제1호, 구 부가가치세법 시행령 제52조 제2항에서 정한 에누리액에 공급계약 등에서 정한 품질·수량이나 인도 등에 관한 공급조건에 따라 공급이 이루어지지 아니하였음을 이유로 재화 또는 용역의 공급 후에 당초의 공급가액에서 차감되는 금액도 포함되는지 여부(적극)

[2] 구 부가가치세법 제16조 제1항 단서, 구 부가가치세법 시행령 제59조 단서의 취지 및 재화 또는 용역의 공급 후에 에누리액이 발생한 경우 해당 과세기간의 과세표준 산정방법

[1] 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제1호, 구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제52조 제2항 규정의 문언 내용과 아울러, 재화 또는 용역의 품질·수량이나 인도 등에 관한 공급조건이 원인이 되어 공급가액에서 공제 또는 차감되는 금액은 거래상대방으로부터 실제로 받은 금액이 아니므로 이를 부가가치세의 과세표준에서 제외하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 이들 규정에서 말하는 에누리액에는 공급하는 재화 또는 용역의 품질·수량이나 인도 등에 관한 공급조건과 결부된 명시적 또는 묵시적 약정에 따라 그 공급 당시의 통상의 공급가액에서 공제되는 금액뿐만 아니라, 공급계약 등에서 정한 품질·수량이나 인도 등에 관한 공급조건에 따라 공급이 이루어지지 아니하였음을 이유로 재화 또는 용역의 공급 후에 당초의 공급가액에서 차감되는 금액도 포함된다고 봄이 타당하다.

[2] 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항 단서의 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조 단서는 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 수정세금계산서를 작성하여 교부하도록 규정하고 있는데, 그 취지는 당초 세금계산서상의 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있다. 따라서 재화 또는 용역의 공급 후에 에누리액이 발생한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액에서 에누리액을 차감하여 해당 과세기간의 과세표준을 산정하여야 한다.