양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2024.09.25 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 정향 담당변호사 윤준호)
【피 고】 종로세무서장
【변론종결】2024. 7. 24.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2022. 10. 7. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 389,621,730원(가산세 포함)의 부과처분 중 43,892,032원을 초과하는 부분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 서울 종로구 ○○동 (지번 1 생략) 소재 토지 및 그 지상 건물(단독주택 60.13㎡, 대지 155.7㎡, 이하 ‘이 사건 주택’이라고 한다)을 2013. 8. 2. 상속을 원인으로 취득하였다. 이 사건 주택은 원고의 부친 소외 1이 1970. 12. 31. 취득하여 2013. 8. 2. 사망 시까지 보유하다가 위와 같이 원고에게 상속된 것이었다.
 나. 그 후 원고는 2021. 11. 8. 이 사건 주택을 소외 2 회사에 양도하면서, 이 사건 주택을 소득세법상 1세대 1주택 및 고가주택에 해당한다고 보아 같은 해 12. 29. 아래 표와 같이 2021년 귀속 양도소득세를 신고하였다.
 (단위: 원) 구 분계이 사건 주택소외 토지주1)비고 양도가액3,814,050,0003,414,750,000399,300,000? 취득가액855,642,718530,000,000(기준시가)325,642,718(환산취득가)? 필요경비6,541,920-6,541,920? 양도차익비과세760,311,883760,311,883-? 과세대상2,191,553,479ⓐ2,124,438,11767,115,362? 장기보유특별공제보유기간1,366,351,930679,820,197*6,711,536? 거주기간679,820,197* 양도소득금액825,201,549764,797,72360,403,826? 양도소득 기본공제2,500,000??? 과세표준822,701,549??? 세율42%??? 결정세액310,134,650??? 
 위 표에서의 밑줄 친 679,820,197원은, 위 ⓐ의 금액에다가 이 사건 주택에서의 거주기간을 ‘8년 이상 9년 미만’으로 보아 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 정하여진 32%의 공제율을 적용하여 산출된 것이다.
 다. 피고는 2022. 7. 11.부터 같은 달 30.까지 원고에 대해 양도소득세 조사를 실시한 결과, 원고가 이 사건 주택을 취득한 후 거주한 기간이 단 1개월에 불과하여 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2 장기보유특별공제의 거주기간별 공제율을 적용받을 수 없다고 보아 위 공제액 679,820,197원을 부인하는 한편 소외 토지의 취득가액을 경매가액으로 경정하여 원고에게 2022. 10. 7. 2021년 귀속 양도소득세 389,621,730원(가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고 주장의 요지
 이 사건 주택은 원고가 동일세대원이었던 피상속인(원고의 부친 소외 1)으로부터 상속받은 것으로서 장기보유특별공제액 산정에 있어 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2의 거주기간을 계산할 때에는 1세대 1주택에 관한 규정인 소득세법 시행령 제154조 제8항에 따라 상속개시 전 원고와 피상속인이 동일세대원으로 거주하였던 기간을 통산하여야 한다. 더욱이 원고의 부모는 장애가 있어 이 사건 주택에 거주할 수 없었던 특별한 사정이 있으므로 이를 감안하여 원고가 신청한 바대로 장기보유특별공제액을 인정해 주어야 한다. 원고가 기존 소득세법상의 제도에 따라 보유기간의 충족만으로도 장기보유특별공제의 이익을 얻다고 믿은 신뢰 역시 보호되어야 할 것이다. 따라서 피고가 한 이 사건 처분 중 원고가 이의가 없는 소외 토지에 관한 부분을 제외한 345,729,698원에 대한 부분(즉, 이 사건 처분에 의해 부과된 389,621,730원 중 소외 토지에 관한 43,892,032원을 초과하는 부분)은 취소되어야 한다.
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 인정사실
 1) 부동산등기부를 기준으로 원고와 피상속인이 이 사건 주택을 보유한 기간 및 주민등록초본을 기준으로 원고와 피상속인이 이 사건 주택에 거주한 기간을 정리하여 표로 나타내면 아래와 같다.
 구 분보유기간거주기간 피상속인1970. 12. 31.∼2013. 8. 2.1972. 11. 24.∼2010. 1. 14. (사망일 2013.8.2.)(42년 7월)(37년 1월) 원고상속개시전-1972. 11. 24.∼2004. 8. 17. (31년 8월) 상속개시후2013. 8. 2.∼2021. 11. 8.2017. 8. 11.∼2017. 9. 18. (8년 3월)(1월) 
 2) 원고와 피상속인은 2011. 6. 2. 서울 동대문구 (지번 3 생략), (동호수 생략) (△△동, □□아파트)에 전입하여 원고는 2015. 7. 16.까지 거주하였고 피상속인은 사망 시인 2013. 8. 2.까지 위 주소지에서 거주한 것으로 주민등록초본에서 확인된다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 살피건대, 이 사건 주택의 양도에 관한 장기보유특별공제액은 구 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되어 2022. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제95조에 따라 산정되는바, 그 제4항에서는 같은 조 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2021. 11. 9. 대통령령 제32104호로 개정되어 2022. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제159조의4는 ‘법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다’고 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제5호에서는 상속으로 취득한 자산의 취득시기를 상속개시일로 규정하고 있다.
 이러한 규정들의 내용을 종합하면, 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에서의 거주기간은 양도자 자신이 해당 자산을 보유한 기간(그 취득일부터 양도일까지) 내에 속하여야 함이 원칙이고, 이는 자산의 취득원인이 상속인 경우에도 마찬가지라 할 것이어서, 양도자가 상속받은 자산을 양도한 경우에 있어서 장기보유특별공제액 산정을 위한 거주기간은 위 양도인 자신이 해당 자산을 취득한 시점, 즉 상속개시일(피상속인의 사망일)부터 기산한다고 보아야 한다. 그러므로 이 사건 주택의 경우에도 원고가 이를 취득한 시점인 2013. 8. 2.부터 원고가 이 사건 주택에 거주한 기간이 얼마인지를 가지고 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에서의 거주기간을 정하여야 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 주택을 취득한 이후의 거주기간이 1개월에 불과한 이상 원고가 장기보유특별공제의 거주기간별 공제율을 적용받을 수 없음을 전제로 피고가 이 사건 처분을 한 것에는 아무런 위법이 없다고 할 것이다.
 이에 대해 원고는 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제3호를 근거로 제시하며 피상속인이 이 사건 주택에서 거주한 기간과 원고 자신이 거주한 기간이 통산되어야 한다고 주장하나, 위 규정은 그 내용 자체로 상속개시 당시를 기준으로 양도 대상인 주택 자체에 피상속인과 상속인이 동일세대로서 거주하였을 때에나 거주기간의 통산이 가능한 것인데, 앞서 본 바와 같이 피상속인이 사망하였을 당시 피상속인과 원고 모두가 이 사건 주택에 거주하지 아니한 이상 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제3호는 이 사건에는 적용될 여지가 없다고 할 것이다.
 나아가 원고는 피상속인이나 원고는 지구단위계획 및 부모봉양 등의 사유로 이 사건 주택에서 부득이 거주하지 못하였던 것이므로, 이러한 사정을 반영하여 장기보유특별공제액의 산정에서 배려를 해주어야 한다는 취지로 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 이에 비추어 보면 원고가 바라는 바와 같이 구 소득세법 제154조 제8항 제3호를 유추적용하여 이 사건 주택의 양도에 관하여 피상속인의 거주기간과 원고의 거주기간을 통산하여 장기보유특별공제액을 산정하는 것은 허용될 수 없다고 할 것이다.
 마지막으로 원고는, 2020. 8. 18.자 소득세법의 개정으로 인해 원고가 이 사건 주택을 취득한 이후의 보유 및 거주기간만 가지고 장기보유특별공제율을 정하는 것은 원고가 기존 소득세법상의 제도에 따라 보유기간의 충족만으로 장기보유특별공제를 받을 수 있을 것이라 신뢰한 것을 소급적으로 해치는 것이라고 주장한다. 그러나 양도소득세는 자산의 양도가 이루어져야 과세요건이 충족되어 납세의무가 성립하는 조세로서, 납세자가 양도소득세 납세의무가 성립하지 아니한 상태에서의 세법 규정이 향후에도 그대로 존속할 것으로 신뢰하였다가 납세의무가 성립한 시점에 그 전과 다른 세법이 개정·시행되더라도 이는 원칙적으로 소급과세금지의 원칙 내지 신뢰보호원칙을 위반한 것에 해당하지 않는다.
 결국 이 사건 처분 중 이 사건 주택의 양도에 관한 부분을 다투는 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없다. 
3. 결론
 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계법령 생략]

판사 이용우