양도소득세부과처분취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2010.11.25 / 시행일:

【원고, 항소인】 
【피고, 피항소인】 서대전세무서장
【제1심판결】 대전지방법원 2010. 5. 26. 선고 2009구합1374 판결
【변론종결】2010. 10. 21.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다. 
2. 피고가 2008. 1. 2. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 871,713,388원의 부과처분을 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 2002. 8. 14. 주식회사 대동오토사운드로부터 1,305,000,000원에 취득한 대전 유성구 봉명동(지번 2 생략) 대 2,373.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 2006. 9. 8. 원고가 대표이사로 있는 주식회사 명동건설(이하 ‘명동건설’이라 한다)에 개별공시지가를 기준으로 산정한 양도가액 5,150,000,000원에 양도하고, 2006. 11. 30. 피고에게 2006년 귀속 양도소득세 1,082,714,040원을 예정신고하고 이를 납부하였다.
 나. 대전지방국세청장은 2007. 11.경 원고에 대한 양도소득세 조사결과 2006. 8. 22. 원고가 대한화재해상보험 주식회사로부터 대출을 받은 과정에서 실시한 가람감정평가법인 주식회사(이하 ‘가람감정’이라 한다)의 감정가액 9,018,540,000원을 시가로 보아 이 사건 토지의 양도는 명동건설에 대한 저가양도에 해당한다고 판단하여구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제101조가 정한 양도소득의 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 피고에게 과세자료로 통보하였고, 이에 피고는 2008. 1. 2. 원고에 대하여 2006년 귀속 양도소득세 1,403,825,100원을 경정·고지하였다.
 다. 원고는 이에 불복하여 2008. 1. 30. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2008. 12. 31. 피고가 시가로 본 가람감정의 위 감정가액은 비교표준지 선정에 잘못이 있어 감정평가금액이 과다하게 평가되었다는 등의 이유로 피고는 비교표준지와 평가요인별 가중치에 대한 객관적이고 합리적인 방법에 의해 감정한 가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라는 결정을 하였다.
 라. 이에 피고는 한국감정원, 주식회사 중앙감정평가법인(이하 ‘중앙감정’이라 한다)에 대하여 이 사건 토지에 대한 시가감정을 의뢰하여 산정된 각 감정가액을 산술평균한 가액 7,570,827,000원을 시가로 보아 2006년 귀속 양도소득세를 당초 위 부과처분액에서 532,111,710원을 감액한 871,713,390원으로 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 3호증, 을 제6 내지 11호증(가지번호가 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.
 1) 원고가 명동건설에게 이 사건 토지를 양도한 것은 건축법상 법인 명의로만 신축분양이 가능하여 법인인 명동건설을 설립하고 부득이 양도한 것으로 조세의 부담을 부당히 감소시킬 목적으로 양도한 것이 아니며, 피고가 조세심판결정 이후 산정한 이 사건 토지의 시가는 소급감정에 해당할 뿐만 아니라 비교표준지 선정 및 가중치 산정 등에 잘못이 있어 시가로 볼 수 없고 그 시가가 불분명한 경우에 해당하므로 개별공시지가를 시가로 보아 부당행위계산 부인에 해당하는지 판단하여야 할 것인데, 원고는 이미 개별공시지가를 적용한 가액을 양도가액으로 하여 이 사건 토지를 양도하였으므로 부당행위계산 부인에 해당하지 아니한다.
 2) 이 사건 토지에 인접한 대전 유성구 봉명동(지번 1 생략)(대법원 판결의 지번 생략) 외 2필지 지상에 건물을 신축하고 있던 건축주가 법원에 가처분신청을 하여 명동건설은 이 사건 토지 지상에 건축할 예정이던 지하 5층, 지상 27층 규모의 주상복합아파트를 건축할 수 없게 되었고, 그 결과 이 사건 토지의 입체이용저해율은 55%에 이르게 되었음에도, 이 사건 처분의 기초가 된 피고 측의 감정가액은 이러한 사정을 감안하지 않아 적절한 시가를 반영하고 있지 아니하다.
 3)소득세법 시행령 제167조 제6항의 규정에 의하면 개인과 법인간의 거래에 있어서 그 거래가액이법인세법 시행령 제89조에서 정한 시가 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도소득의 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없는 바, 이 사건 토지의 양도가액 5,150,000,000원은법인세법 시행령 제89조에서 정한 시가 중 하나에 해당하고 명동건설의 입장에서 보면 부당한 조세의 감소가 없으므로 피고는 이 사건 토지의 거래와 관련하여 부당행위계산 부인을 할 수 없다.
 4) 이 사건 토지 위에 존재하던 건물은 이 사건 토지가 명동건설로 양도된 이후 멸실되었는바, 이 사건 토지 및 그 지상 건물의 매입가액 1,600,000,000원 및 취득세·등록세 등 92,800,000원 합계 1,692,800,000원은 이 사건 토지의 취득원가 또는 필요경비로 산입되어야 함에도, 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 공제되어야 할 취득원가 또는 필요경비에 이 사건 건물 부분의 매입가격 및 취득세·등록세 등을 산입하지 아니하였다.
 5) 앞서 주장한 내용이 모두 받아들여지지 않는다고 하더라도 법원 감정인이 산정한 6,953,769,000원을 이 사건 토지의 시가로 보아야 하고 이를 기초로 산정한 양도소득세를 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실
 1) 원고는 2002. 8. 14. 주식회사 대동오토사운드로부터 이 사건 토지 및 그 지상 철근콘크리트 평스라브지붕 지하 1층 위락시설 211.2㎡, 1층 근린생활시설 648.51㎡, 107.19㎡, 2층 일반음식점 744㎡ 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 매매대금 1,600,000,000원(원고는 양도소득세 예정신고시에는 이 사건 건물 가액을 제외한 이 사건 토지 가액을 1,305,000,000원으로 신고하였다)에 양수하였고, 이와 관련하여 원고는 대전 유성구청장에게 취득세, 등록세 등 합계 92,800,000원을 납부하였다.
 한편 원고는 2002. 8. 20. 이 사건 건물에서 ‘○○○○’이라는 상호로 부동산임대업을 개시하여 2006. 6. 1.까지 이 사건 건물의 임대사업 수입금액에 대한 부가가치세와 종합소득세를 신고·납부하였는데, 원고는 위 건물이 부동산임대사업을 영위하기 위한 고정자산에 해당함을 전제로 재무제표에 위 건물의 가액을 고정자산 항목에 포함한 후,구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제55조 제1항 제14호의 규정에 따라 이 사건 건물의 감가상각비를 필요경비에 산입하여 종합소득세를 신고·납부해왔다.
 2) 명동건설은 2006. 1. 19. 주택건설업, 부동산컨설팅업, 부동산 임대분양 및 매매업을 사업목적으로 하여 설립된 법인인데, 원고는 위 법인의 대표이사로서 25%의 주식지분을 보유하고 있었다.
 3) 원고는 2006. 9. 8. 특수관계인인 위 명동건설에 이 사건 토지를 개별공시지가에 따라 산정한 양도가액 5,150,000,000원에 양도하기로 하면서 이 사건 건물은 원고가 철거하기로 약정하였다. 
 이후 이 사건 건물은 철거되었고, 명동건설은 2006. 3. 7. 대전광역시장으로부터 이 사건 토지 지상에 지하 5층 지상 27층 공동주택 및 판매시설 연면적 32,205,22㎡의 주상복합아파트를 건축하는 내용의 건축허가를 받아 2007. 1. 18. 위 주상복합아파트 건설을 착공하였다. 그런데 이 사건 토지의 북쪽 인접지인 대전 유성구 봉명동(지번 1 생략) 외 2필지 지상에서 2005. 5.경 이미 건축허가를 받아 27층 규모의 건물을 건축 중이던 주식회사 미래와 사랑 측이 2006. 11. 22.서울중앙지방법원에 2006카합3818호로 소유권에 기한 방해배제청구권을 원인으로 하여 명동건설의 위 주상복합아파트 공사의 중지를 구하는 가처분신청을 하였고, 결국 명동건설의 위 주상복합아파트에 대한 건축허가는 2008. 7. 29. 지하 4층 지상 5층 연면적 16,468.18㎡의 판매시설, 근린생활시설로 변경되었다.
 4) 원고가 당초 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하자 그 심리과정에서 원고와 피고는 이 사건 토지에 대한 다음과 같은 각 감정평가 결과를 제출하였으나, 모두 시가로 볼 수 없다는 이유로 배척되었다.
제출자감정기관감정가(원)가격시점작성일자비교표준지평가목적/의뢰자원고새한감정5,933,250,0002006. 1. 18.2006. 1. 18.봉명동 (지번 3 생략)담보？나라감정6,526,575,0002006. 9. 8.2007. 11. 26.봉명동(지번 4 생략)시가(명동건설)？대한감정6,360,440,0002006. 9. 8.2007. 11. 26.봉명동(지번 4 생략)시가(명동건설)피고가람감정9,018,540,0002006. 8. 212006. 8. 22.봉명동 (지번 3 생략)담보
 조세심판원은 피고에게 객관적이고 합리적인 방법에 의해 감정한 가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 한국감정원과 중앙감정으로 하여금 이 사건 토지에 대한 감정평가를 하도록 의뢰하여 다음과 같이 산정된 감정가액을 산술평균한 금액 7,570,827,000원을 시가로 보아 이 사건 처분을 하였다.
감정기관감정가(원)가격시점작성일자비교표준지개별요인 비교치한국감정원7,523,361,0002006. 9. 8.2009. 2. 5.봉명동 (지번 3 생략)0.867중앙감정7,618,293,0002006. 9. 8.2009. 2. 5.봉명동 (지번 3 생략)0.877
 한편, 제1심 법원이 감정인으로 선정한 청람감정평가사무소(이하 ‘청람감정’이라 한다)는 피고가 의뢰한 감정평가결과와 이 사건 토지에 대한 다른 여러 감정평가결과를 재검토하여 다음과 같이 감정평가하였는바, 그 감정평가결과는 비교표준지 선정, 가격시점 수정, 개별요인은 피고가 의뢰한 위 한국감정원 및 중앙감정의 감정평가결과와 거의 유사하고 다만 기타 요인 비교에서 다소 차이가 있을 뿐이다.
감정기관감정가(원)가격시점작성일자비교표준지개별요인 비교치청람감정6,953,769,0002006. 9. 8.2009. 8. 20.봉명동 (지번 3 생략)0.860
 5) 롯데손해보험 주식회사는 2008. 8. 명동건설에 대한 대출 여부를 판단하기 위한 담보설정 용도로 주식회사 가람동국평가법인(이하 ‘가람동국’이라 한다)으로 하여금 이 사건 토지에 대한 감정평가를 하게 하였는데, 가람동국은 2008. 8. 27.을 가격시점으로 하여 최대 이용상태를 상정할 경우 그 가액은 9,967,860,000원인데 주변 건물의 일조권 문제로 인해 그 이용이 저해되었으므로 저해율 55%를 적용하면 이 사건 토지의 가액은 4,485,537,000원이라고 감정하였다.
감정기관감정가(원)가격시점작성일자비교표준지최유효이용 평가금액목적가람동국4,485,537,0002008. 8. 27.2008. 8. 27.봉명동 (지번 3 생략)9,967,860,000담보
 한편 농협중앙회 유성지점은 2009. 2. 담보설정 용도로 주식회사 나라감정평가법인(이하 ‘나라감정’이라 한다)으로 하여금 감정평가하게 하였는데, 나라감정은 다음과 같이 이 사건 토지의 시가를 6,645,240,000원으로 감정하였다.
감정기관감정가가격시점작성일자비교표준지이용저해율 산정목적나라감정6,645,240,0002009. 2. 13.2009. 2. 13.봉명동 (지번 4 생략)하지 않음담보
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제7 내지 10호증, 갑 제12 내지 25호증, 갑 제28 내지 39호증, 을 제14 내지 22호증(가지번호가 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 제1심 증인소외 1의 일부 증언, 제1심 법원의 감정결과 및 사실조회결과, 변론 전체의 취지
 라. 이 사건 토지의 양도가 부당행위계산 부인에 해당하는지 여부
 1) 관계 법령의 내용
구 소득세법 제101조 제1항은 부당행위계산 부인에 관하여 ‘양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있고,구 소득세법 시행령 제98조 제1항은 "특수관계 있는 자"에 당해 거주자가 대표자인 법인을 열거하고 있으며,같은 법 시행령 제167조 제3항,제98조 제2항은 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"에 ‘특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때’를 열거하고 있다.구 소득세법 시행령 제167조 제4항은 위와 같이 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지 등을 시가에 미달하게 양도하는 등으로 부당행위계산 부인에 해당하는 경우 그 양도가액을 시가에 의하여 계산한다’고 규정하면서,제5항은 부당행위계산 부인에 해당하는지 여부 및 부당행위계산 부인에 해당하는 경우 과세의 기준으로서의 ‘시가’는상속세 및 증여세법 제60조 내지제64조와같은 법 시행령 제49조 내지제59조 및조세특례제한법 제100조의2의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의하고, 이 경우상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 본문 중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간"으로 본다고 규정하고 있다.
 한편,구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상속세 및 증여세법’이라 한다) 제60조 제1항은 ‘상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 ’평가기준일‘이라 한다) 현재의 시가에 의한다’고 규정하고 있고,제2항은 ‘제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용. 공매가격 및 감정가격등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다’고 규정하고 있으며,제3항은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가를 산정하기 어려운 경우에는 당해 재산의 종류·규모·거래상황 등을 감안하여제61조 내지제65조에 규정된 방법에 의하여 평가한 가액에 의한다’고 규정하고 있다.구 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 제1호는 토지에 대한 평가는 특별한 사정이 없는 한 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가로 하도록 규정하고 있다.
구 상속세 및 증여세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상속세 및 증여세법 시행령’이라 한다) 제49조 제1항은구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항에서 "수용·공매가격 및 감정가격등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것"이라 함은 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다)이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매 또는 공매가 있는 경우에 다음 각호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액을 말한다고 규정하면서, 이어 각호에서 ① 당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액, ② 당해 재산에 대하여 2 이상의 재정경제부령이 정하는 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액, ③ 당해 재산에 대하여 수용·경매 또는 공매사실이 있는 경우에는 그 보상가액·경매가액 또는 공매가액을 규정하고 있다.
 2) 부당행위계산 부인의 요건 및 그 입증책임
 소득세법상 부당행위계산 부인이란 거주자가 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고소득세법 시행령 제98조 제2항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보여지는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼내어 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래행태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당되는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).
 한편, 앞서 본 관계 법령의 내용에 의하면, 거주자가 특수관계 있는 자에게 토지를 시가에 미달하게 양도한 때에 부당행위계산 부인에 해당하고, 여기서 부당행위계산 부인에 해당하는지 여부 및 부당행위계산 부인에 해당하는 경우 과세의 기준으로서의 토지의 ‘시가’는,구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 토지의 시가를 의미하고, 위와 같은 시가를 산정하기 어려운 경우에는같은 법 제60조 제3항,제61조 제1항 제1호에 따라 보충적 평가방법으로 산정한 토지의 개별공시지가를 의미한다. 따라서 부당행위계산 부인을 하기 위하여는 우선 부당행위계산 부인에 해당하는지 여부의 기준이 되는 토지의 ‘시가’에 대한 주장, 입증이 필요하고, 이에 대한 주장, 입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).
 3) 부당행위계산 부인에 해당하는지
 이 사건 토지의 양도가 부당행위계산 부인에 해당하는지 여부를 살피기 위하여는, 우선 이 사건 토지에 대한 가람감정, 새한감정에 의한 각 감정가액을구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 토지의 시가로 볼 수 있는지, 소급감정에 의한 감정가액(이하 ‘소급감정가액’이라 한다)을 위 규정이 정한 시가로 볼 수 있는지 검토할 필요가 있다.
 먼저, 가람감정에 의한 감정가액은 양도일 전후 각 3월의 기간 이내의 감정에 일응 해당하나 ‘2 이상의 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우’에 해당하지 않으므로구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항,같은 법 시행령 제49조 제1항 제2호가 정한 시가에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항의 문언상 시가가 수용·공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것에 한정되는 것은 아니므로 위 규정의 위임에 의한구 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 각 호는 시가로 볼 수 있는 대표적인 경우를 예시한 것에 불과하며, 한편 시가란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 가액도 포함되는 개념이므로 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두5098 판결 참조). 위와 같은 법리에 비추어 가람감정에 의한 감정가액이 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액으로서 시가로 볼 수 있는지에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 조세심판원은 가람감정에 의한 감정가액이 비교표준지의 선정에 잘못이 있어 감정가액이 과다하게 평가되었다고 판단하였는데 위와 같은 판단은 정당하다고 보이므로, 가람감정에 의한 감정가액을구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 시가로 볼 수 없다.
 다음으로, 새한감정에 의한 감정가액은 양도일 전후 각 3월의 기간 이내의 감정에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 담보설정을 위하여 평가한 것이고, 조세심판원도 시가로 보기 어렵다고 판단한 바 있어서 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액으로서구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 시가로 보기 어렵다.
 마지막으로, 가람감정, 새한감정에 의한 각 감정가액을 제외한 나머지 감정가액은 모두 소급감정가액인데, 이러한 소급감정가액을구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 시가로 볼 수 있는지에 관하여 보건대, 다음과 같은 점들에 비추어 이 사건 토지에 대한 소급감정가액을구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 시가로 보기 어렵고, 따라서구 상속세 및 증여세법 제60조 제3항이 정한 ‘시가를 산정하기 어려운 경우’에 해당하므로, 부당행위계산 부인에 해당하는지 여부의 기준이 되는 이 사건 토지의 ‘시가’는구 상속세 및 증여세법 제60조 제3항,제61조 제1항 제1호에 따라 보충적 평가방법으로 산정한 토지의 개별공시지가라고 봄이 타당하다.
 ① 구 소득세법 등 관계 법령에 따르면, 부당행위계산 부인에 해당하는지 여부 및 부당행위계산 부인에 해당하는 경우 과세의 기준으로서 토지의 ‘시가’는,구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 토지의 시가에 의하고, 위와 같은 시가를 산정하기 어려운 경우에는같은 법 제60조 제3항,제61조 제1항 제1호에 따라 보충적 평가방법으로 산정한 토지의 개별공시지가에 의하도록 하고 있다. 따라서 토지의 시가 산정이 어려운 경우, 거주자가 특수관계에 있는 자에게 개별공시지가로 토지를 양도하더라도 부당행위계산 부인에 해당하지 않는다.
 ②구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 토지의 시가에 대한 주장, 입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있는데, 이 사건의 경우 당초 이 사건 처분 당시 가람감정에 의한 감정가액이구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 토지의 시가라는 주장 이외에 별다른 주장이 없었고, 가람감정에 의한 감정가액은 앞서 본 바와 같이 시가로 볼 수 없다.
 ③ 양도소득세 신고시 감정가액에 의하도록 하는 의무규정이 없음에도 불구하고 과세관청에 의한 소급감정가액을구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 시가로 인정하여 이에 따른 과세를 허용한다면,구 상속세 및 증여세법 제60조 제3항이 정한 ‘시가를 산정하기 어려운 경우’란 있을 수 없게 되어 시가를 산정하기 어려운 경우 보충적 평가방법에 의하도록 한구 상속세 및 증여세법 제60조 제3항 등의 규정이 전혀 준용되지 않는 모순이 발생하고, 한편, 납세의무자로서도 매우 불안정한 법적 지위에 놓이게 되어 부당하다.
 ④ 현실적으로구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 시가가 개별공시지가를 대체로 초과하지만, 시가가 개별공시지가를 반드시 초과한다고 볼 수는 없다.구 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 제2호 단서의 내용도 시가가 개별공시지가에 미달하는 것을 전제로 한 규정이다. 시가가 개별공시지가에 미달하는 경우, 납세의무자로서는 시가가 개별공시지가에 미달함을 주장하여 시가에 의한 양도가액의 산정을 주장할 수도 있다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두5098 판결 참조).
 ⑤ 피고가 소급감정가액을 시가로 보는 사례로 들고 있는대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8751 판결,대법원 2005. 9. 30. 선고 2004두2356 판결,대법원 1999. 4. 27. 선고 99두1595 판결 등은, 상속세 등을 부과할 때 과세관청이 비록 자산의 상속 당시 시가를 평가하기 어렵다는 이유로 자산의 취득가액을 개별공시지가로 평가하여 과세처분을 하였다고 하더라도, 그 과세처분 취소소송의 사실심 변론종결시까지 자산의 상속 당시 시가가 입증된 때에는, 그 시가를 기준으로 정당한 양도차익과 세액을 산출한 다음 과세처분의 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부를 판단하여야 한다는 취지이지, 소급감정가액에 의한 과세처분이 적법하다거나 정당하다는 것이 아니다. 따라서 위와 같은 판결들을 근거로 소급감정가액을 시가로 보아야 한다는 피고의 주장은 이유 없다.
 ⑥ 이 사건 토지의 양도 당시의소득세법 제96조 제2항,제99조 제1항에 의하면 2006. 12. 31.까지 토지를 양도하는 경우 특별한 사정이 없는 한 토지의 개별공시지가에 의하여 양도가액을 산정하도록 하고 있다.
 ⑦ 만일 원고가 명동건설에게 이 사건 토지를 개별공시지가가 아니라 이를 초과하는 가액으로 양도하였다면, 반대로 피고는 초과하는 가액을 명동건설의 사외유출로 보아 원고에 대한 소득처분을 할 수도 있는 상황이어서, 원고가 명동건설에게 이 사건 토지를 개별공시지가로 양도한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 것이라 보기도 어렵다.
 그렇다면 원고가 대표이사로 있는 명동건설에게 이 사건 토지를 개별공시지가로 양도한 것은 ‘거주자가 특수관계 있는 자에게 토지를 시가에 미달하게 양도한 때’에 해당하지 않으므로 부당행위계산 부인에 해당하지 않는다.
 뿐만 아니라 이 사건 토지의 양도가 있기 전인 2005. 5.경 인근의 봉명동(지번 1 생략) 외 2필지 지상에 건물에 대한 건축허가가 있었고, 그 건물의 건축으로 인해 이 사건 토지 지상에 건축이 예정되어 있던 주상복합아파트의 건축공사가 중지되고 이 사건 토지에 대한 입체이용이 상당한 정도로 저해된 사실은 앞서 인정한 바와 같은바, 사정이 이러하다면 이 사건 토지에 대한 가액을 감정함에 있어서도 위와 같은 입체이용저해율을 감안함이 타당하다고 판단되고, 이러한 입체이용저해율을 감안하지 않은 피고 측의 감정결과, 제1심 법원의 감정결과를 비롯한 모든 감정결과들은 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액으로서구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 시가라 보기도 어렵다.
 따라서 피고가 이 사건 토지의 양도가 부당행위계산 부인에 해당함을 전제로 소급감정가액을구 상속세 및 증여세법 제60조 제2항이 정한 시가로 보아 이를 기준으로 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 원고의 나머지 주장들에 대하여 살필 필요 없이 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 신귀섭(재판장) 이태영 오영표