민원인 - 구 「소득세법」(2020년 12월 29일 법률 제17757호로 일부개정되기 전의 것을 말함) 제94조제1항제3호가목1)에서 규정하고 있는 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”의 판단 기준(구 「소득세법」 제94조제1항제3호가목 등 관련) (법령해석례, 법제처)
공포일: 2025.07.25 / 시행일:

구 「소득세법」(2020년 12월 29일 법률 제17757호로 일부개정되기 전의 것을 말하며, 이하 같음) 제94조제1항제3호에 따르면 과세대상이 되는 양도소득의 범위에 관하여 같은 호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등1)1) 주식 또는 출자지분을 말하고, 신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함하며(구 「소득세법」 제88조제2호 참조), 이하 같음의 양도로 발생하는 소득을 정하면서, 같은 호 가목1)에서 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주(이하 “주권상장법인대주주”라 함)가 양도하는 주식등을 규정하고 있고,그 위임에 따라 마련된 구 「소득세법 시행령」(2021년 2월 17일 대통령령 제31442호로 일부개정되기 전의 것을 말하며, 이하 같음) 제157조제5항에서는 같은 조 제4항제1호 및 제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(이하 “직전사업연도 종료일”이라 함) 현재 주주 1인2)2) 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인을 의미하며(구 「소득세법 시행령」 제157조제4항제1호 참조), 이하 같음및 기타주주3)3) 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인과 구 「소득세법 시행령」 제157조제4항제1호 각 목의 구분에 따른 자를 의미하며(구 「소득세법 시행령」 제157조제4항제1호 참조), 이하 같음의 소유주식의 비율4)4) 주주 1인 및 기타주주가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율을 의미하며(구 「소득세법 시행령」 제157조제4항제1호 참조), 이하 같음또는 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 주권상장법인대주주로 본다고 규정하고 있고(전단), 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 주권상장법인대주주에 포함한다고 규정하고 있으며(후단), 같은 영 제157조제5항제1호에서는 코스닥시장상장법인5)5) 대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말하며, 이하 같음의 주식등의 경우 소유주식의 비율이 100분의 2 이상이거나 시가총액 20억원 이상 등을, 같은 항 제2호에서는 코넥스시장상장법인6)6) 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조제2항에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 함)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말하며, 이하 같음의 주식등의 경우 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액 10억원 이상 등을 각각 규정하고 있는바,어느 주주가 직전사업연도 종료일 당시 코넥스시장상장법인의 주식을 소유하고 있다가 해당 주식이 코스닥시장에 상장된 후 그 코스닥시장상장법인의 주식을 양도한 경우, 그 주주가 구 「소득세법」 제94조제1항제3호가목1)에서 규정하고 있는 “주권상장법인대주주”에 해당하는지 여부를 판단할 때, 코스닥시장상장법인의 주식을 양도하였음을 이유로 구 「소득세법 시행령」 제157조제5항제1호에 따라 판단하여야 하는지, 아니면 직전사업연도 종료일 당시 코넥스시장상장법인의 주식을 소유하였음을 이유로 같은 항 제2호에 따라 판단하여야 하는지?

이 사안의 경우, 그 주주가 구 「소득세법」 제94조제1항제3호가목1)에서 규정하고 있는 “주권상장법인대주주”에 해당하는지 여부를 판단할 때, 구 「소득세법 시행령」 제157조제5항제1호에 따라 판단하여야 합니다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인데1)1) 대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결례, 대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결례 등 참조, 구 「소득세법」 제94조제1항제3호가목1)은 주권상장법인의 주식등과 관련하여 주권상장법인대주주의 양도행위로 인하여 발생하는 소득을 양도소득세 과세대상으로 정하고 있고, 그 위임에 따라 마련된 같은 법 시행령 제157조제4항 및 제5항은 주권상장법인대주주의 범위에 대하여 규정하고 있는바, 주권상장법인의 주식등의 양도에 따른 소득의 발생에도 불구하고 일정한 경우 그 양도소득세 과세대상에서 제외하고 있는 해당 규정은 그 입법 취지와 내용에 비추어 양도소득세의 비과세 혹은 감면 요건을 규정한 특혜규정이라 할 것이어서 그 범위의 해당 여부에 관한 판단은 조세공평의 원칙에 입각하여 엄격히 이루어져야 할 것입니다2)2) 대법원 2011. 1. 27. 선고 2010도1191 판결례 참조.먼저 구 「소득세법」 제94조에서는 양도소득의 범위와 관련하여 토지, 부동산, 주식등, 기타자산 등 ‘자산’의 양도로 발생하는 소득을 규정하면서, 같은 조 제3호에서는 이러한 자산 중 ‘주식등’의 양도로 발생하는 소득을 규정하고 있고, 같은 호 가목에서는 ‘주권상장법인의 주식등’으로서 1) 주권상장법인대주주가 양도하는 주식등, 2) 주권상장법인대주주에 해당하지 아니하는 자가 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등을, 같은 호 나목 본문에서는 주권비상장법인의 주식등을, 같은 호 다목에서는 외국법인이 발행하였거나 외국에 있는 시장에 상장된 주식등으로서 대통령령으로 정하는 것을 각각 구분하여 규정하면서 양도하는 주식등의 종류에 따라 과세요건 등을 다르게 정하고 있으므로, 주권상장법인의 주식등을 양도한 경우 같은 호 가목에 따라 과세여부가 결정된다고 할 것인데, 같은 목 1)의 위임에 따라 마련된 구 「소득세법 시행령」 제157조제4항에서는 주권상장법인대주주의 판단 기준으로 소유주식의 비율 1%이상(제1호), 시가총액 10억원 이상인 경우 등(제2호)을 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서는 “같은 조 제4항제1호 및 제2호에도 불구하고” 코스닥시장상장법인의 주식등의 경우(소유주식의 비율 2% 이상 등)와 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우(소유주식의 비율 4% 이상 등)에 각각 적용되는 주권상장법인대주주 판단기준을 별도로 규정하고 있습니다.이러한 구 소득세법령의 규정체계를 고려해 볼 때 구 「소득세법 시행령」 제157조제5항제1호는 양도한 주권상장법인의 주식등 중 코스닥시장상장법인의 주식등의 경우 그 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 소유주식의 비율이 2% 이상이거나 시가총액이 20억원 이상인 경우 등을 주권상장법인대주주로 보도록 하고 있고3)3) 창원지방법원 2021. 7. 15. 선고 2020구합53178 판결례 참조, 같은 항 제2호는 양도한 주권상장법인의 주식등 중 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우 그 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 소유주식의 비율이 4% 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우 등을 주권상장법인대주주로 보도록 하고 있으므로, 결국 양도한 주식등이 코스닥시장상장법인의 주식등인 경우에는 구 「소득세법 시행령」 제157조제5항제1호에 따라, 코넥스시장상장법인의 주식등인 경우에는 구 「소득세법 시행령」 제157조제5항제2호에 따라 각각 주권상장법인대주주인지 여부를 판단하여야 할 것이고4)4) 대법원 2013. 2. 15. 선고 2012두7400 판결례 참조, 소득세법령에서 직전사업연도 종료일 당시 소유하던 주식등과 양도 당시 양도한 주식등이 일치하지 않는 경우와 관련하여 별도의 예외규정을 두고 있지 않으므로, 이 사안의 경우에도 양도하는 주식의 종류에 따라 주권상장법인대주주의 판단 기준이 결정된다고 할 것입니다5)5) 조세심판원 2021. 7. 15.결정 조심2021중2758 심판례 참조.그리고 주권상장법인의 주식등의 양도로 발생하는 소득에 대한 양도소득세 부과와 관련된 입법연혁을 살펴보면, 종전에는 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와 과세형평을 기하기 위하여 상장주식의 양도차익을 양도소득세 과세대상으로 포섭하되, 증권시장의 육성에 부정적인 결과를 초래할 우려가 있다는 점을 고려하여 주권상장법인대주주의 대량거래만을 과세대상으로 규정하였으나6)6) 1998. 12. 28. 법률 제5580호로 일부개정된 「소득세법」 제94조, 1998. 12. 31. 대통령령 제15969호로 일부개정된 「소득세법 시행령」 제157조 등 참조, 과세대상이 지나치게 제한됨으로써 과세의 실효성이 떨어지는 문제점을 보완하고자 1999년 12월 31일 대통령령 제16664호로 일부개정된 「소득세법 시행령」 제157조에서 그 과세대상의 범위를 ‘주주 1인 및 그와 친족 기타 특수관계에 있는 자가 주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 합계액의 3% 또는 시가총액 100억원 이상을 소유한 경우’로 확대하였고7)7) 헌법재판소 2015. 2. 26. 선고 2021헌바355 결정례 참조, 그 후 주식양도차익 과세의 실효성을 높이기 위하여 구 「소득세법 시행령」 제157조에서 과세대상을 ‘주주 1인 및 기타주주가 주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 합계액의 1% 또는 시가총액 25억 원 이상을 소유한 경우 등’으로 규정하여, 소득세법령에서는 주권상장법인의 주식등의 양도로 발생하는 소득에 대해서 그 과세대상의 범위를 지속적으로 확대하여 왔습니다8)8) 부산고등법원 2018. 10. 24. 선고 2018누20511 판결례 참조.그런데 코스닥시장상장법인의 주식을 양도하는 경우 구 「소득세법 시행령」 제157조제5항제1호에 따라 소유주식의 비율이 2% 이상인 경우 주권상장법인대주주에 해당한다고 보아 과세하도록 규정하고 있음에도 불구하고, 이 사안과 같이 직전 사업연도 종료일 당시 코넥스시장상장법인의 주식을 소유하였음을 이유로 같은 항 제2호에 따라 소유주식의 비율이 4% 이상인 경우에만 과세대상인 주권상장법인대주주에 해당한다고 해석하게 된다면, 과세대상의 범위가 축소되고 조세회피의 수단으로 악용될 우려가 있어 소득세법령의 입법연혁 및 취지에 부합하지 않게 되는바, 이 사안과 같이 직전사업연도 종료일 당시 코넥스시장상장법인의 주식을 소유하고 있다가 해당 주식이 코스닥시장에 상장된 후 그 코스닥시장상장법인의 주식을 양도한 경우에는 구 「소득세법 시행령」 제157조제5항제1호에 따라 양도 당시의 주식으로 주권상장법인대주주에 해당하는지 여부를 판단함이 타당하다 할 것입니다.아울러 ① 원칙적으로 양도소득세의 과세요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하는 것이고9)9) 헌법재판소 2008. 9. 25. 선고 2007헌바74 결정례 참조, 구 「소득세법 시행령」 제157조제5항제1호 각 목에서도 “양도 시기”에 따라 주권상장법인대주주 판단의 기준이 되는 시가총액을 달리 규정하고 있으므로, 양도 당시 주식등의 종류에 따라 주권상장법인대주주인지 여부를 판단하는 기준이 결정된다고 보는 것이 합리적인 점, ② 구 「소득세법 시행령」 제157조제4항제1호 후단 및 같은 조 제5항 후단에서 직전사업연도 종료일 현재 주권상장법인대주주의 기준이 되는 소유주식 비율에 미달하였더라도 그 후 주식등을 취득함으로써 그 기준에 해당하는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 주권상장법인대주주에 포함한다고 규정하고 있어, 주권상장법인대주주를 판단할 때 직전사업연도 종료일 당시의 소유주식 비율뿐만 아니라 직전사업연도 종료일 이후의 소유주식 비율도 고려하고 있다는 점 등도 이 사안을 해석할 때 고려할 필요가 있습니다.한편 주권상장법인대주주인지 여부는 직전사업연도 종료일 당시 소유주식의 비율과 시가총액 등을 대상으로 그 당시 소유한 주식등의 종류에 따라 판단되어야 하므로, 이 사안의 경우 구 「소득세법 시행령」 제157조제5항제2호에 따라 주권상장법인대주주 여부를 판단하여야 한다는 의견이 있으나, 만일 직전사업연도 종료일 당시 소유하던 주식등의 종류에 따라 주권상장법인대주주 판단의 기준이 되는 규정이 결정된다고 해석하게 된다면, ① 직전사업연도 종료일 당시 주권비상장법인의 주식등을 소유하고 있었으나 그 후 해당 주식등이 상장되어 주권상장법인의 주식등을 양도하는 경우나 ② 직전사업연도 종료일 당시 주식등을 소유하고 있지 않았으나 그 후 주권상장법인의 주식등을 취득하여 해당 주식등을 양도하는 경우10)10) 직전사업연도 종료일 당시 주식등을 소유하고 있지 않았으나 그 후 주권상장법인의 주식등을 취득하여 법정 소유주식의 비율 이상을 소유하는 경우도 구 「소득세법 시행령」 제157조제4항제1호 후단 및 같은 조 제5항 후단에 따라 주권상장법인대주주에 해당하여 양도소득세를 납부하게 됨(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010도1191 판결례 참조)등과 같이 직전사업연도 종료일 당시 주권상장법인의 주식등을 소유하지 않은 경우에는 같은 법 시행령 제157조제5항을 적용할 수 없고 달리 주권상장법인대주주의 판단에 적용할 규정이 없어 과세 공백이 발생할 우려가 있는 점에서, 그러한 의견은 타당하다고 보기 어렵습니다.따라서 이 사안의 경우, 그 주주가 구 「소득세법」 제94조제1항제3호가목1)에서 규정하고 있는 “주권상장법인대주주”에 해당하는지 여부를 판단할 때, 구 「소득세법 시행령」 제157조제5항제1호에 따라 판단하여야 합니다.구 소득세법(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 일부개정되기 전의 것)제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.1.·2. (생 략)3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등　 1) 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등　 2) 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등. 다만, 「상법」 제360조의2 및 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 교환·이전 또는 같은 법 제360조의5 및 제360조의22에 따른 주식의 포괄적 교환·이전에 대한 주식매수청구권 행사로 양도하는 주식등은 제외한다.나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.다. 외국법인이 발행하였거나 외국에 있는 시장에 상장된 주식등으로서 대통령령으로 정하는 것구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 일부개정되기 전의 것)제157조(주권상장법인대주주의 범위 등) ① ～ ③ 삭제④ 법 제94조제1항제3호가목1)에서 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장 및 제225조의2에서 “주권상장법인대주주”라 한다)를 말한다.1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(주식등의 양도일이 속하는 사업연도에 새로 설립된 법인의 경우에는 해당 법인의 설립등기일로 한다. 이하 이 조 및 제167조의8에서 같다) 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 “소유주식의 비율”이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 소유주식의 비율이 100분의 1 이상이 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.가.·나. (생 략)2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주가. ∼ 라. (생 략)⑤ 제4항제1호 및 제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다.1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우가. 2018년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우: 20억원나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 15억원다. 2020년 4월 1일부터 2021년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 10억원라. 2021년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우: 3억원2. 코넥스시장상장법인[「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제11조제2항에 따른 코넥스시장(이하 “코넥스시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우가. 2021년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우: 10억원나. 2021년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우: 3억원⑥ ～ ⑪ (생 략)<관계 법령>