법인세부과처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2011.06.01 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 세중아이앤디 (소송대리인 법무법인 로앤로 담당변호사 강창옥 외 1인)
【피고, 피항소인】 부산진세무서장
【제1심판결】 부산지방법원 2010. 7. 16. 선고 2010구합680 판결
【변론종결】2011. 4. 27.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 모두 기각한다. 
 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2008. 9. 1. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 법인세 196,186,169원의 부과처분, 2004년 귀속 법인세 3,393,966,118원의 부과처분 중 100,008,815원을 초과하는 부분, 2005년 귀속 법인세 927,712,920원의 부과처분 중 300,351,430원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
【이 유】 1. 부과처분 등의 경위
 가. 원고(2006. 1. 17. ‘주식회사 정림씨앤디’ 흡수합병)는 주택건설 분양, 임대업, 건축 공사업 등을 영위하는 법인인바, 주식회사 대우건설(이하 ‘대우건설’이라 한다)과 사이에, 2005. 12. 2.에는 김해시 (주소 1 생략) 지상의 김해 북부 푸르지오 신축공사(이하 ‘제1공사’라 한다)를 공사기간 2003년 5월부터 2006년 1월까지(33개월), 총 도급금액 88,071,030,000원(부가가치세 별도)에, 2006. 6. 7.에는 사천시 (주소 2 생략) 지상의 사천 월성 푸르지오 신축공사(이하 ‘제2공사’라 하고, 제1공사와 함께 ‘이 사건 각 공사’라 한다)를 공사기간 2004년 4월부터 2006년 6월까지(26개월), 총 도급금액 96,221,342,910원(부가가치세 별도)에 각 도급하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 각 도급계약’이라 한다)을 체결하였다.
 나. 원고는 피고에게, 이 사건 각 도급계약상의 공사대금 지급조건에 따라 ‘대우건설이 원고에게 청구한 공사대금’ 및 ‘원고에게 별도로 발생한 공사비’를 합한 금액을 총 공사비 누적발생액으로 보고, 이를 총 공사 예정비로 나누어 산출한 작업진행률에 따라 원고의 분양손익을 계산하여 2003년 내지 2007년 귀속 법인세액을 신고하였다. 
 다. 피고는, 서울지방국세청장이 2008. 1. 4.부터 2008. 4. 21.까지 원고에 대하여 법인 제세 통합조사를 실시한 후 통보한 과세자료에 따라, “원고가 대우건설에게 이 사건 각 공사를 일괄도급하였으므로, ‘대우건설의 공사비 발생액’을 기준으로 작업진행률을 산출하여야 함에도 ‘대우건설이 청구한 공사대금’을 기준으로 작업진행률을 산출하고 이에 따라 원고의 분양손익을 계산하였다”는 이유로, 원고가 신고한 이 사건 각 공사로 인한 2003년 내지 2006년 귀속 법인세를 인정하지 않고, 대우건설의 작업진행률을 적용하여 시공사의 공사비 누적액을 산정하고, 여기에 시행사인 원고에게 별도로 발생한 공사비를 합한 금액을 기준으로 원고의 분양손익을 재계산하고, 납부 불성실 가산세의 무납부 일수를 고지일까지로 적용하여, 2008. 9. 1. 원고에 대하여 2003 사업연도 귀속 법인세를 216,274,690원으로, 2004 사업연도 귀속 법인세를 3,451,714,640원으로, 2005 사업연도 귀속 법인세를 927,712,920원으로 각 경정·고지하고, 2006 사업연도 귀속 법인세 중 431,009,030원 및 2007 사업연도 귀속 법인세 중 1,052,567,050원을 각 환급하였다.
 라. 원고는 위 각 처분에 불복하여 2008. 11. 13. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2009. 11. 25. 작업진행률에 관한 주장은 배척하고, 납부 불성실 가산세의 무납부 일수에 관한 주장은 받아들여 원고의 심판청구를 일부 인용하였다.
 마. 피고는 2009. 12. 14. 조세심판원의 결정에 따라 원고에 대한 법인세를 2003 사업연도 196,186,169원, 2004 사업연도 3,393,966,118원, 2005 사업연도 927,712,920원으로 각 감액경정하고 이를 고지(이하 위와 같이 최종적으로 감액경정된 2003 내지 2005 사업연도 각 법인세 부과처분을 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1 내지 3, 갑 2, 3호증, 갑 4호증의 1, 2, 을 1호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 처분의 적법 여부에 대한 판단
 가. 원고의 주장
 (1) 시공사의 작업진행률을 적용해 시행사의 과세표준 및 세액을 계산한 것이 위법하다는 주장
 원고와 같은 시행사의 작업진행률은 시공사의 작업진행률을 그대로 적용할 수 없고, 시공사에게 지급하는 공사대금을 비롯해 자체 노무비 및 재료비, 기타 부대비용이나 금융비용 등 당해 사업연도에 지급채무가 확정되는 시행사 자신의 총 공사비 누적액을 기준으로 별도로 산출하여야 하는 점, 이 사건 각 도급계약에 의하더라도 대우건설의 작업진행 정도는 원고의 공사대금 지급의무와 전혀 관련성이 없으므로 권리의무 확정주의에 따라 원고가 시공사에게 지급한 공사대금은 당해 공사대금에 대한 지급채무가 확정되는 사업연도에 원고의 총 공사비 누적액으로 보아야 할 것인 점, 공사 원가에 관한 정보는 일종의 기업비밀에 해당하므로 원고가 특수관계에 있지 아니한 대우건설로부터 이 사건 각 공사와 관련된 공사 원가 정보를 사전에 파악하는 것은 사실상 불가능한 점 등을 고려하면, 시공사인 대우건설의 작업진행률을 적용해 시행사인 원고의 과세표준 및 세액을 재계산하여 한 이 사건 각 부과처분 중 청구취지 기재 각 부과처분 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.
 (2) 가산세 부분에 대한 주장
 설령 그렇지 않더라도, 원고는 시행사인 원고 자신의 작업진행률을 기준으로 손익의 귀속시기를 결정하였는바, 이는 원고의 법률의 부지에서 비롯된 것이 아니라 기술적이고 난해한 손익의 귀속시기 결정 문제에 대한 세법 해석상의 의의(疑意)로 인한 견해 대립에서 비롯된 것이므로, 원고가 그 의무를 해태한데 정당한 사유가 있다 할 것이어서, 이 사건 각 부과처분 중 가산세 1,569,438,531원 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 시공사의 작업진행률을 적용해 시행사의 과세표준 및 세액을 계산한 것이 위법하다는 주장에 대한 판단
 (가) 관련 규정
 1) 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제2항 및 구 법인세법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제34조는, ‘건설 착수일부터 인도일까지의 기간이 1년 이상인 경우 그 기간 동안의 손익의 귀속과 관련하여 당해 사업연도 말까지 발생한 총 공사비 누적액을 총 공사예정비로 나누어 산출한 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하고, 총 공사예정비는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 당해 사업연도 말까지의 변동 상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 하도록 규정’하고 있다. 
 2) 건설업회계처리준칙 제3조 제3호는, 대차대조표일 현재로 발생된 공사원가와 발생이 예상되는 공사원가의 합계금액을 공사예정원가로 규정하고 있고, 구 주택법 제24조(2005. 12. 23. 법률 제7757호로 개정되기 전의 것) 및 구 주택법 시행령(2006. 2. 24. 대통령령 제19356호로 개정되기 전의 것) 제27조에 의하면, 감리자는 시공자가 설계도서에 맞게 시공하였는지 여부, 시공계획·예정 공정표 및 시공도면 등을 검토·확인 등을 사업주체인 시행사에게 보고하도록 규정하고 있다.
 (나) 판단
 관계 법령의 규정 내용 및 갑 6, 7호증의 각 1, 2, 을 2호증의 각 기재, 제1심 증인 소외인의 일부 증언, 제1심의 주식회사 대우건설, 주식회사 아이티엠 코프레이션 건축사사무소, 주식회사 상지엔지니어링 건축사사무소에 대한 각 사실조회결과, 당심의 주식회사 대우건설에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 법인세법 시행령이 1998. 12. 31. 전문개정되기 전에는 장기도급계약에 관하여 “건설 또는 제조에 관하여 계약기간이 1년 이상인 장기도급계약을 체결한 경우, 그 목적물의 건설 또는 제조의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 손익은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 당해 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. 다만, 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다”고만 규정되어 있었으나{구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제7호}, 시행령이 전문개정되어 법인세법 시행령 제69조로, 건설과 제조 외에 예약매출을 포함한 기타용역을 1년 이상의 기간으로 제공하는 경우에도, 건설이나 제조의 경우와 마찬가지로 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도, 즉 작업진행률에 따라 손금과 익금의 귀속사업연도를 정하도록 규정하게 된 점, ② 아파트분양사업자가 장기간에 걸쳐 아파트를 건설하여 분양하는 것은 기업회계상 예약매출에 해당되는데, 위 시행령 제69조가 제정되기 전에도 예약매출에 대하여는 “법인세법상 그 귀속시기를 명확히 규정한 바 없다 할 것이어서 기업회계기준의 공사진행기준에 의하여 손익을 분배하고 그 귀속을 정할 수도 있다 할 것이고, 또한 그렇게 한다 하여 법인세법상의 손익확정주의에 반한다고 할 수 없으며, 한편 위 기업회계기준상의 공사진행기준(공사진행률)이라 함은 당해 각 사업연도 투입원가가 전체예정원가(토지대금과 아파트건설도급금액의 합계액)에서 차지하는 비율을 가리키는 것이다{대법원 1992. 10. 23. 선고 92누2936, 2943(병합) 판결 참조}”라고 해석된 점, ③ 건설업회계처리준칙 제4조 제1항, 제5조 제1항은 도급공사 및 예약매출의 수익인식은 진행기준을 적용하되, 공사진행률은 공사예정원가에 대한 실제공사비의 발생비율로 하도록 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제69조 제2항 및 법인세법 시행규칙 제34조 제1항은 ‘작업진행률’을 목적물의 건설 등을 완료한 정도로 보고, 당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액을 총공사예정비로 나누어 작업진행률을 산정하도록 규정하고 있는데, 시행사라 하여 위 각 규정과 다르게 도급약정에 따라 시공사에 대한 지급의무가 확정된 금액만을 포함하여 ‘작업진행률’을 산정할 수 있다고 해석할 수는 없는 점, ④ 피고가 총공사비 누적액을 계산할 때 작업진행률에 따라 계산한 시공사 총공사비뿐만 아니라 시행사인 원고가 별도로 지출한 총공사비도 포함하였으므로, 시행사의 작업진행률과 시공사의 작업진행률이 일치하지 않는다는 점만으로 이 사건 부과처분이 위법하다고 볼 수 없는 점, ⑤ 원고는 공사 원가에 대한 정보가 시공사의 영업비밀에 해당하여 시행사로서는 이를 사전에 파악하는 것이 사실상 불가능하다고 주장하나, 작업진행률을 계산할 때 필요한 ‘총공사예정비’는 도급금액에 기초하여 산정가능하고, ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비누적액’은, 원고가 감리자를 통해 시공사의 작업진행률을 보고받거나 공사도급 약정을 체결할 때 세무신고에 필요한 범위 내에서 작업진행률을 통지하도록 하는 조항을 둘 수 있다는 점에서 합리적으로 산정하는 것이 가능한 점, ⑥ 주택법 제24조 및 같은 법 시행령 제27조에 의하면, 감리자는 시공자가 설계도서에 맞게 시공하였는지 여부, 시공계획·예정공정표 및 시공도면 등의 검토·확인 등을 사업주체인 시행사에 보고하여야 하므로, 시행사는 시공사의 작업진행률 등을 알 수 있는 위치에 있는 점, ⑦ 원고 주장과 같이 대우건설의 도급공사비 누적액 중 도급약정에 따라 당해 사업연도에 지급의무가 확정된 금액만 ‘총공사비누적액’에 반영한다면, 당사자 간 약정에 따라, 건설 등의 계약기간이 1년 이상인 경우 목적물의 건설을 완료한 정도에 따라 수익과 비용을 산입하도록 한 법인세법의 취지를 왜곡할 수도 있다는 점 등을 종합적으로 고려하면, 이 사건에서 대우건설의 작업진행률을 기준으로 시공사공사비를 계산하고 여기에 시행사인 원고가 별도로 지출한 공사비를 합하여 ‘총공사비누적액’을 산정하고, 여기에 총공사예정비를 나누어 작업진행률을 산정한 다음 이를 기초로 계산한 수익과 비용을 기준으로 법인세를 부과하는 것은 적법하다.
 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (2) 가산세 관련 주장에 대한 판단
 (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조). 
 (나) 이 사건을 위 법리에 비추어 보건대, 위와 같이 작업진행률 계산방식이 관계법령상 명백하고 시공사의 작업진행률도 시행사인 원고가 합리적으로 파악하는 것이 가능한 만큼, 납세의무자인 원고에게 법인세 과세표준을 과소신고하고 법인세 납부를 불성실한 데 대하여 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다. 
 3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 정용달(재판장) 박주영 박운삼