법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2010.05.14 / 시행일:

【원 고】 주식회사 팬텀엔터테인먼트그룹 (소송대리인 변호사 김재훈)
【피 고】 강남세무서장
【변론종결】2010. 3. 5.
【주 문】
 1. 피고가 2007. 2. 15. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 법인세 2,286,401,410원의 부과처분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑2호증, 갑6호증의 1, 2, 을1호증의 1, 2, 을2호증의 1, 2, 을3호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있다.
 가. 비상장법인인 주식회사 이가엔터테인먼트(이하 ‘제1 회사’라고 한다)의 최대주주 소외 1은 2005. 4. 18. 코스닥상장법인인 원고의 주식 3,192,000주를, 비상장법인인 주식회사 우성엔터테인먼트(이하 ‘제2 회사’라고 한다)의 최대주주 소외 2는 같은 날 원고의 주식 2,128,000주를 각 장외 인수하였고, 이로써 제1, 2 회사는 각 법인세법상 원고의 특수관계자가 되었다.
 나. 원고는 2005. 5. 4. 제1, 2 회사와 사이에, 원고가 제1 회사의 발행주식총수 10,000주와 제2 회사의 발행주식총수 100,000주를 보유하기 위하여 원고의 주식에 관하여 3:1의 비율로 감자를 실시한 후 상법 제360조의2에서 정한 대로 제1 회사의 주식에 대하여 72.41219:1, 제2 회사의 주식회사에 대하여 5.91427:1의 비율로 원고의 주식을 포괄적으로 교환하여 주기로 하는 계약을 체결하였고, 그 후 위 계약에 따라 2005. 8. 1. 감자를 실시한 다음 2005. 8. 4. 주식을 교환함으로써, 원고는 제1, 2 회사의 완전모회사가 되고 제1, 2 회사는 원고의 완전자회사가 되었다.
 다. 원고는 2005. 10. 17. 제1, 2 회사를 흡수합병한 후 2005. 10. 19. 합병등기를 마쳤고, 이때 원고가 위 계약을 통하여 취득한 제1, 2 회사의 주식(이하 ‘이 사건 포합주식’이라 한다)에 대하여 신주를 교부하지 아니하였다.
 라. 원고는 2006. 1. 17. 제1, 2 회사가 합병으로 인하여 해산함에 따른 청산소득에 관한 법인세를 신고하면서, 합병대가에 가산하여야 할 이 사건 포합주식의 취득가액을 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법’이라 한다) 제80조 제1항, 제2항, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제122조 제1항 제2호 단서를 적용하여 그 대가로 교부한 원고 주식의 1주당 액면가액 500원을 기준으로 산정하였다. 즉, 원고는 제1 회사 주식의 취득가액을 362,060,500원(＝ 10,000주 × 72.41219 × 500원), 제2 회사 주식의 취득가액을 295,713,500원(＝ 100,000주 × 5.91427 × 500원)으로 계산하여 법인세를 신고하였다.
 마. 피고는 2007. 2. 15. 원고에 대하여, 구 법 제80조 제2항에 따라 피합병법인의 합병대가에 가산할 이 사건 포합주식의 취득가액을 주식을 교환한 날인 2005. 8. 4. 당시의 원고 주식의 시가를 기준으로 산정한 다음, 2005년 귀속 제1 회사의 청산소득에 대한 법인세 7,382,803,100원, 제2 회사의 청산소득에 대한 법인세 5,686,785,070원 합계 13,069,588,170원을 경정·고지하였다(이하 그 중 뒤에서 보는 바와 같이 차감되고 남은 2,286,401,410원 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 바. 원고가 이에 불복하여 조세심판원장에게 심판청구를 한 결과, 2008. 12. 24. 이 사건 포합주식의 취득가액을 위 계약 당일인 2005. 5. 4. 당시 원고 주식의 종가인 1주당 1,900원에 감자를 감안한 5,700원을 적용하여 과세표준과 세액을 경정하고 나머지 청구를 기각하는 결정을 받았다.
 사. 피고는 2008. 12. 26. 위 결정에 따라 원고에 대하여 제1 회사의 청산소득에 대한 당초 세액에서 5,935,437,972원, 제2 회사의 청산소득에 대한 당초 세액에서 4,847,748,796원을 각 차감하여 법인세 2,286,401,40원을 경정·고지하였다.
 2. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 3. 처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장
 쟁점인 이 사건 포합주식의 취득가액에 관하여, 피고는 기업회계기준에 따라 교환을 위하여 제공한 합병법인의 주식의 시가인 5,700원을 기준으로 하여야 한다고 주장하고, 원고는 위 계약 당시 증권거래법 관련 법령에 따라 피합병법인인 제1, 2 회사의 주식의 가액은 자산가치와 수익가치를 가중산술평균한 가액과 상대가치의 가액을 산술평균한 가액으로 산정함과 아울러 합병법인의 주식의 가액은 최근 1월간의 평균종가, 최근 1주일간의 평균종가, 최근일의 종가를 가중산술평균한 가액과 최근일의 종가 중 낮은 가액을 기준으로 3:1의 감자를 감안한 4,573원으로 산정하여 교환하였으므로, 실제 교환가격인 4,573원을 기준으로 산정하여야 한다고 주장한다.
 나. 판단
 (1) 이 사건 포합주식은 교환계약에 의하여 취득한 것으로서, 그 취득가액은 구 법 제41조 제1항 제3호, 구 시행령 제72조 제1항 제5호에 따라 취득 당시의 시가로 산정하여야 하고, 이때 그 시가에 관한 입증책임은 과세관청인 피고에게 있다.
 (2) 이 사건 포합주식은 비상장법인인 제1, 2 회사의 주식으로서 비상장주식이므로, 그 시가는 그에 관한 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있는 경우는 그 거래가격을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 할 것이나, 만약 그러한 거래의 사례가 없는 경우에는 보편적으로 인정되는 여러 가지 평가방법들을 고려하되, 그러한 평가방법을 규정한 관련법규들은 각 그 제정목적에 따라 서로 상이한 기준을 적용하고 있음을 감안할 때, 어느 한 가지 평가방법, 예컨대 구 증권거래법 시행령[자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 부칙(2008. 7. 29.) 제2조로 폐지] 제84조의7 제1항 제2호의 평가방법이나 상속세 및 증여세법 시행령 제54조의 평가방법이 항상 적용되어야 한다고 단정할 수는 없고, 거래 당시 당해 비상장법인 및 거래당사자의 상황, 당해 업종의 특성 등을 종합적으로 고려하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2005. 4. 29. 선고 2005도856 판결, 대법원 2006. 11. 24.자 2004마1022 결정, 대법원 2008. 5. 15. 선고 2005도7911 판결 등 참조).
 이 사건에서 제1, 2 회사의 주식에 관하여 일단 위 계약 당시 그 주식의 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 거래 실례가 없었던 것으로 보이므로, 거래 당시 제1, 2 회사 및 원고의 상황, 당해 업종의 특성 등을 종합적으로 고려하여 보편적으로 인정되는 여러 가지 평가방법 중 하나에 따라 이 사건 포합주식의 시가를 산정하여야 한다.
 그런데 피고가 원용하는 기업회계기준서 제5호(유형자산) 제19항, 제20항에 따르면, 다른 종류의 자산과의 교환으로 유형자산을 취득하는 경우 유형자산의 취득원가는 교환을 위하여 제공한 자산의 공정가액으로 측정하고 유형자산의 공정가액은 시장가격으로 하도록 규정되어 있다. 그러나 원고는 이 사건 포합주식을 원고의 주식과 교환하여 취득하였으므로, 이 사건 포합주식이 다른 종류의 자산과의 교환으로 취득한 유형자산으로 볼 수 없고, 또 구 법 제43조에 따르면, 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 자산의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다고 규정하고 있는바, 이 사건에서 원고가 이 사건 포합주식의 평가에 관하여 피고가 주장하는 기업회계의 기준을 적용하였다고 볼 자료가 없고, 나아가 구 법과 구 시행령에서 이 사건 포합주식의 취득가액을 취득 당시의 시가로 하도록 규정하고 있는 이상, 위 기업회계기준은 어느 모로 보나 적용할 수 없다.
 한편, 갑4호증(주식교환·이전 종료 보고서)의 기재에 의하면, 원고는 위 계약 당시 구 증권거래법[자본시장과 금융투자업에 관한 법률 부칙(2007. 8. 3.) 제2조로 폐지] 제190조의2, 구 증권거래법 시행령[자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 부칙(2008. 7. 29.) 제2조로 폐지] 제84조의7 제1항, 구 증권거래법 시행규칙(2008. 3. 3. 국무총리령 제875호로 개정되기 전의 것) 제36조의12 제3항의 규정에 의하여 이 사건 포합주식의 가액을 자산가치와 수익가치를 가중산술평균한 가액과 상대가치의 가액을 산술평균한 가액으로 산정하기로 하여, 그 중 제1 회사의 주식은 자산가치를 157,959원, 수익가치를 683,284원으로, 제2 회사의 주식은 자산가치를 9,064원, 수익가치를 58,354원으로 각 산출하고 유사회사가 없다는 이유로 상대가치를 산출하지 아니함에 따라 자산가치와 수익가치를 가중산술평균한 가액을 제1 회사의 주식은 473,154원, 제2 회사의 주식은 38,545원으로 각 산정하고서도, 그 교환가액은 원고의 주주 보호, 대한민국 경제상황과 엔터테인먼트업계의 불확실성 등을 고려한다는 이유로 위 각 가액에서 30%를 차감하여 제1 회사의 주식은 331,208원, 제2회사의 주식은 27,051원으로 각 평가한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 위 보고서는 회계법인이 아닌 제1 회사의 대주주 소외 1이 임의로 작성한 것이고, 위 계약 당시 이미 소외 1이나 제1, 2 회사가 원고의 특수관계자에 해당하였으며, 위 보고서상 실제 증권거래법 관련 법령에 따라 산정한 제1, 2 회사의 주식 가액을 차감 평가한 사유를 쉽사리 납득할 수 없는 점 등에 비추어, 위 보고서의 기재는 그대로 믿을 수 없고, 그에 터잡아 이 사건 포합주식의 시가를 평가할 수도 없다.
 (3) 피고는 기업회계기준에 터잡아 이 사건 포합주식의 취득가액은 교환된 원고 주식의 시가로 보아야 한다는 주장만 되풀이할 뿐 그 시가를 산정할 수 있는 자료를 제출하지 않고 있는 데다가, 위 보고서 외 제출된 모든 자료에 의하더라도 이 사건 포합주식의 시가를 산정할 수 없으므로, 원고에게 적법하게 부과될 정당한 세액 또한 산출할 수 없다. 따라서 피고가 한 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.
 4. 결론
 그러므로 원고의 청구를 인용한다.
 [별지 관계 법령 생략]

판사 김홍도(재판장) 박재영 성원제