법인세부과처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2016.01.19 / 시행일:

【원 고】 학교법인 △△학교 (소송대리인 법무법인 평안 담당변호사 권형기)
【피 고】 안양세무서장
【변론종결】2015. 11. 10.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2013. 3. 13. 원고에 대하여 한 2007. 3. 1.부터 2008. 2. 28.까지의 사업연도 귀속 법인세 530,853,453원에 대한 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 1962년 3월경 중등교육과 실업에 관한 전문교육을 실시함을 목적으로 설립된 법인이다. 원고는 설립 당시 여주시 (주소 1 생략) 임야 421,785㎡, 여주시 (주소 2 생략) 임야 181,785㎡, 여주시 (주소 3 생략) 임야 91,240㎡(이하 이들을 통틀어 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 출연받은 이래 이를 기본재산으로 보유하다가 2005. 4. 21. 소외 회사에 매매대금을 1,632,033,000원(이하 ‘이 사건 토지 매각대금’이라고 한다)으로 정하여 이를 매도하였다. 
 나. 원고는 이 사건 토지 매각대금을 포함한 1,689,657,481원을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 2005. 3. 1.부터 2006. 2. 28.까지의 사업연도(이하 ‘2005 사업연도’라고 한다)에 관한 법인세 신고를 마쳤다.
 다. 원고는 이 사건 토지 매각대금을 정기예금으로 예치하여 관리하여 오다가 2007. 11. 14. 관할 교육청의 허가를 받아 그 정기예금을 해지하여 2007. 11. 19.부터 2007. 12. 28.까지 사이에 서울 강남구 (주소 4 생략) 외 5필지 지상 ○○○○○ ○○○ 아파트 727호 외 9개 호(이하 이들을 통틀어 ‘이 사건 아파트’라고 한다)를 1,676,901,250원에 취득하였다.
 라. 중부지방국세청장은 학교법인에 대한 고유목적사업준비금의 사후관리실태를 조사한 결과 원고가 고유목적사업준비금으로 손금산입한 1,689,657,481원 중 이 사건 토지 매각대금에 해당하는 1,632,033,000원은 고유목적사업이 아니라 이 사건 아파트의 취득에 사용된 것으로 판단하고 이를 관할 세무서장인 피고에게 통보하였다.
 마. 피고는 2013. 3. 13. ‘원고가 2005 사업연도에 이 사건 토지 매각대금을 고유목적사업준비금으로 손금 계상하여 법인세 부과 대상에서 제외되었는데, 이를 이 사건 아파트의 취득에 사용한 것은 고유목적사업의 범위를 벗어난 것으로 봄이 상당하다.’라는 이유로, 법인세법 제29조 제4항 제4호를 적용하여 그 금액을 이 사건 아파트의 취득일이 속하는 2007. 3. 1.부터 2008. 2. 28.까지의 사업연도(이하 ‘2007 사업연도’라고 한다)의 익금에 산입하고, 원고에 대하여 2007 사업연도 귀속 법인세 728,560,800원의 부과처분(가산세 포함)을 하였다.
 바. 원고는 이에 불복하여 2013. 6. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 1. 16. ‘이 사건 토지의 취득가액을 장부가액과 1991. 1. 1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조, 제61조 제1항 내지 제3항에 따라 평가한 가액 중 큰 금액으로 보고, 이를 토대로 다시 계산한 고정자산처분이익 상당액을 기준으로 고유목적사업준비금을 설정하는 것으로 하여 2007 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정한다.’라는 취지의 결정을 하였다.
 사. 피고는 조세심판원 결정의 취지를 반영하여 2015. 2. 10. 원고에 대하여 위 마항 기재 법인세 728,560,800원을 530,853,450원(=본세 288,538,675원 + 가산세 179,124,809원 + 감면 등 추가납부세액 63,189,969원)으로 감액하는 경정처분(이하 이와 같이 감액되고 남은 2013. 3. 13.자 법인세 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 제2호증, 제4 내지 6호증, 제8호증, 을 제1호증의 1 내지 3, 제2호증, 제3호증, 제4호증의 1 내지 3, 제5호증, 제6호증의 1, 2, 제7호증, 제8호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 청구원인의 요지
 1) 원고는 이 사건 아파트의 임대사업에서 발생하는 수익을 전부 학교법인의 법정부담금 자체 조달 등의 고유목적사업에 사용하고 있으므로 원고의 위 아파트 취득은 구 법인세법 시행령(2008. 7. 24. 대통령령 제20930호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제6항 소정의 고유목적사업을 위한 지출에 해당한다. 또한, 구 상속세 및 증여세법(2008. 12. 26. 법률 제9269호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제2항 제4호, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21292호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제4항은 ‘출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금으로 수익사업용 재산을 취득한 경우에는 증여세를 과세하지 아니한다.’라고 규정하고 있는바, 그 취지를 감안하면 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입한 후 이 사건 아파트와 같은 수익용 기본재산을 취득한 경우 법인세를 부과하지 아니하는 것이 합리적이다.
 2) 가사 이와 달리 보더라도, 구 법인세법 제29조 제3항 제4호에 따라 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 경과한 사업연도의 법인세 과세표준에 영향을 미치는 것은 별론으로 하고, 원고가 이 사건 아파트를 취득한 2007 사업연도의 익금에 이 사건 토지 매각대금을 산입할 수는 없다.
 3) 이 사건 아파트의 취득이 고유목적사업을 위한 지출에 해당하는지 여부에 관하여 세법상 의의로 인한 견해의 대립이 있어 원고가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있는 등 법인세의 신고·납부의무를 불이행한 것에 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 원고의 위 가의 1)항 기재 주장에 관하여
 가) 구 법인세법 제29조 제1항은 "비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 ‘고유목적사업등’이라고 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다."라고 규정하는 한편, 같은 조 제3항은 "제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다."라고 규정하고, 익금에 산입하여야 할 사유 중의 하나로 같은 항 제4호에서 "고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)"를 들고 있다.
 이러한 규정을 종합하여 보면, 구 법인세법은 비영리내국법인에 있어서 법인세의 과세대상이 되는 수입이 있다고 하더라도, 당해 법인이 이를 고유목적사업준비금으로 계상하여 5년 이내에 고유목적사업에 사용하려고 하는 경우 이를 손금에 산입할 수 있도록 하여 그에 관한 법인세를 면제하되, 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니하는 경우 그에 관한 법인세 면제를 철회하고 다시 그에 관하여 법인세를 부과하도록 규정하고 있음을 알 수 있고, 이는 법인의 수입이 수익사업을 위한 용도로 사용되거나 고유목적사업과 직접적으로 관련되지 아니한 자산의 보유를 위하여 사용되기보다는, 고유목적사업 그 자체를 위하여 가급적 조속히 사용되도록 하고자 하는 데에 그 입법 취지가 있다고 할 것이다. 이러한 입법 취지를 분명하기 위하여 구 법인세법 제3조 제2항 제5호는 법인세 부과 대상에서 제외되는 재산에 관하여 고유목적사업에 ‘직접’ 사용될 것을 요건으로 하고 있고, 고유목적사업준비금의 용도에 관하여도 구 법인세법 시행령 제56조 제5항에서 "법 제29조 제1항에서 ‘고유목적사업’이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다."라고 정의하고 있다. 
 나) 이에 반하여, 구 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 본문은 ‘공익법인인 수증자가 출연받은 재산 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다.’라는 원칙을 규정하면서, 같은 조 제2항에서 ‘출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우(제1호)’, ‘출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우(제4호)’ 등에는 즉시 증여세를 부과하도록 규정하고 있다. 이와 같은 구 상속세 및 증여세법의 규정을 종합하면, 공익법인에 대한 증여에는 원칙적으로 증여세를 부과하지 아니하되, 이러한 증여세의 면제가 증여세의 회피수단으로 이용되는 것을 방지하기 위하여 그 증여재산이 공익목적사업에 이용되어야 한다는 제한을 두고 있음을 알 수 있고, 위 규정에 문언에 비추어 증여재산이 공익목적사업에 이용된다는 의미는 공익목적 그 자체를 위하여 사용되는 것은 물론이고 수익용 또는 수익사업용으로 운용하여 생긴 수익을 공익목적사업에 이용하는 것까지 포함하는 것으로 보인다. 그런데 이러한 증여세의 면제 및 면제의 제한에 관한 구 상속세 및 증여세법의 규정은 공익법인에 대한 증여에 대하여 과세하는 것은 제도의 목적상 적절하지 아니하기 때문에 그 증여세를 면제하되, 공익법인에 대한 증여가 상속세나 증여세를 회피하는 수단으로 이용되는 것을 방지하기 위하여 증여재산이 공익목적사업에 이용될 것을 증여세 면제의 요건으로 하면서, 증여재산이 공익목적에 직접 사용되지 아니하고 수익용 재산으로 사용되더라도 그 매각대금 등이 공익목적을 위하여 사용되는 것이라면 이를 두고 조세회피수단으로 이용된 것으로 평가하기는 어렵기 때문에 공익목적에 직접 사용된 경우와 마찬가지로 증여세 면제의 혜택을 그대로 유지하도록 하는 취지로 보인다. 
 다) 이처럼 구 상속세 및 증여세법의 입법 취지는 구 법인세법과 다르므로 구 상속세 및 증여세법의 규정이나 그에 관한 해석이 구 법인세법의 해석 및 적용에 그대로 반영되어야 한다고 할 수 없고, 비영리내국법인의 수입이 고유목적사업에 가급적 조속히 사용되도록 권장하면서 그러한 취지를 명확히 하고 있는 구 법인세법의 해석상으로는 수익용 기본재산에서 수익을 올려 학교 운영비에 충당한다는 사정만으로 그 수익용 기본재산이 고유목적사업에 ‘직접’ 사용된 경우에 해당한다고 볼 수는 없다.
 그러므로 교육사업을 고유목적사업으로 하는 원고가 수익용 기본재산인 이 사건 아파트를 취득하여 임대한 것을 두고 원고의 고유목적사업인 교육사업에 위 아파트를 직접 사용한 것으로 평가할 수는 없고, 위와 같은 임대사업을 통하여 생긴 수입으로 학교 운영비에 충당하였다고 하더라도 달리 볼 수 없다. 
 라) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 2) 원고의 위 가의 2)항 기재 주장에 관하여 
 구 법인세법 제29조 제3항은 "제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다."라고 규정하고, 익금에 산입하여야 할 사유 중의 하나로 같은 항 제4호에서 "고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)"를 들고 있음은 위에서 본 바와 같은바, 위 규정은 5년이라는 기한을 정하여 기설정된 고유목적사업준비금을 실제로 고유목적사업에 사용하도록 강제하는데 그 취지가 있는 것으로서, 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입한 비영리법인에 5년 내 준비금을 고유목적사업이 아닌 타 용도에 사용함으로써 더 이상 이를 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이 분명해진 경우에는 5년의 기한을 기다릴 필요 없이 곧바로 해당 사유가 발생한 사업연도의 익금에 산입할 수 있다고 볼 것이다. 
 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 관할 교육청으로부터 허가를 얻어 이 사건 토지 매각대금을 이 사건 아파트 매입에 사용함으로써 고유목적사업준비금을 고유목적이 아닌 임대사업에 전용한 이상 이제는 위 토지 매각대금을 고유목적사업에 사용할 수 없다는 점이 분명해졌다고 할 것이므로, 이 사건 토지 매각대금을 2007 사업연도 익금에 산입한 이 사건 처분에 위법이 있다고 볼 수 없다.
 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 3) 원고의 위 가의 3)항 기재 주장에 관하여
 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않지만, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조).
 앞서 본 사실 및 거시 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고는 2005 사업연도에 이 사건 토지 매각으로 인한 수입을 얻고 이에 관한 법인세를 면제받기 위하여 이를 고유목적사업준비금으로 손금에 계상하였던 점, ② 구 법인세법 제29조 제3항은 ‘제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.’라고 규정하고 있어 고유목적사업준비금을 그 고유목적을 위한 용도로 사용하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 때에 해당하는 사업연도에 익금에 산입하여야 한다는 것이 명확한 점, ③ 구 법인세법 시행령 제56조 제5항에도 고유목적사업의 의미가 분명히 정의되어 있어 이 사건 아파트의 임대사업을 원고의 고유목적사업으로 볼만한 아무런 법률상의 근거가 없는 점 등을 종합하면, 원고가 2007 사업연도의 법인세 신고 시 이 사건 아파트 매수에 사용한 이 사건 토지 매각대금 상당액을 익금에 산입하지 아니한 것에 대하여 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 원고에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 경우에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 3. 결론 
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 오민석(재판장) 김선아 이광헌