부가가치세부과처분취소청구사건 (세무, 대구고등법원)
공포일: 1987.05.15 / 시행일:

【원 고】 이정자
【피 고】 중부산세무서장
【주 문】
 피고가 1985.1.18.자로 원고에 대하여 한 부가가치세 1981년 1기분 금 812,580원, 1981년 2기분 금 379,060원, 1982년 1기분 금 2,213,710원, 1982년 2기분 금 2,584,520원, 1983년 1기분 금 2,289,720원, 1983년 2기분 금 1,547,738원, 1984년 1기분 금 1,735,221원의 각 부과처분은 이를 모두 취소한다.
소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】주문과 같다.
【이 유】1. 과세처분의 경위
각 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증의 1 내지 7, 을 제1호증의 1 내지 11, 을 제2호증의 1내지 10, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재를 종합하면, 원고는 부산 중구 신창동 3가 21 지상 철근콘크리트슬라브 5층 건물을 소유하여 부동산 임대업을 경영하는 자로서 소외 윤조승 외 9명에게 위 건물의 일부씩을 점포 또는 사무실로 임대하고 위 임대용역공급에 대한 1981년 1기분부터 1984년 1기분까지 사이의 각 기별 부가가치세 과세표준금액을 별지 제3. 갱정세액산출내역 중 ㉶항 원고가 당초 신고한 과세표준란 기재와 같이 신고하고 이에 따른 부가가치세로서 ㉳항 예정신고납부세액 및 ㉴항 확정신고납부세액을 각 자진납부한 사실, 이에 대하여 피고는 원고가 위 윤조승에게 1976.11.30. 위 건물 중 1층 점포 1칸을 임대한 이래 1979.12.30.부터 임차보증금 24,000,000원 및 매월 임료 금 1,800,000원씩을 지급받아 왔으면서도 그로부터 임차보증금 4,000,000원 및 매월 임료 금 400,000원씩만을 지급받아 온 것처럼 신고하는 등 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있고 또한 세금계산서, 장부 기타 증빙의 내용도 허위임이 명백하다 하여 원고의 위 신고내용을 부인하고,부가가치세법 제21조 제1항 제2호,제2항 제2호에 의하여 위 기간중 원고가 각 기별 임대수입금액을 추계갱정함에 있어, 우선 위 윤조승에게 임대한 1층 점포의 면적을 8평(체감면적 7.133평)으로 보고 그로부터의 각 기별 임대수입금액을 별지 제1. 소외 윤조승으로부터의 임대수입금액 내역기재와 같이 위 임차보증금액 24,000,000원에 각 과세기간 당시의 1년 만기 정기예금 이자율을 곱하여 반으로 나눈 각 금액에다 6개월간의 임료 금 10,480,000원을 합한 액수로 간주한 다음 이를 위 점포의 체감면적으로 나누어 각 기별 매월 평당임대가액을 산출한 후 이를 기준으로 하여 위 건물의 다른 임대점포의 각 기별 임대수입금액을 부산지방국세청훈령 제85호(1983.6.15) 부동산임대차 권형계수활용요령에 따라 위 기준임대가액에 점포의 체감면적, 층별체감율 및 과세기간의 월수를 순차로 곱하는 방식으로 별지 제2. 갱정 과세표준내역 기재와 같이 각 산출한 후 이를 과세표준으로 하고 이에다 다시 별지 제7. 갱정세액산출내역 기재와 같이 세율 100분의 10(다만 1981년 2기분은 과세특례의 규정을 적용하여 1,000분의 20)을 각 적용하여 각 매출세액을 산출한 후 이에다 각 기별에 해당하는 세금계산서미교부, 미제출가산세, 신고납부불성실가산세를 각 가산하고 여기에서 각 기별에 따라 매입세액, 예정신고 또는 확정신고납부세액을 각 공제한 각 고지세액을 산출하여 1985.1.18.자로 이를 원고에게 각 부과고지한 사실, 원고가 이에 대하여 위 윤조승에게 임대한 점포의 면적은 실지로는 8평이 아니고 12평이므로 위 평당 기준임대가액은 그 산출이 잘못되었고 그 밖에도 각 점포별로 휴임기간이 있으므로 각 기별 임대수입계산 또한 잘못된 것이라고 이의를 제기함에 따라 피고는 위 각 점포의 면적 및 휴임기간을 실지조사한 후 위 갱정과세표준의 결정이 잘못되었음을 인정하고 재갱정을 함에 있어, 이번에는 원고가 위 윤조승에게 임대한 위 점포의 평당임대가액을 다른 점포의 임대수입 산출기준으로 하지 아니하고 위 부산지방 국세청훈령 제85호가 규정한 부산시내 각 동별, 등급별 기준 임대가격표 중 위 건물의 소재지인 신창 3동 비(B)급 점포의 매월 기준임대가액에 해당하는 평당 금 73,000원을 기준으로 삼아 여기에다 각 점포임대평수의 체감면적, 점포층별 체감율 및 과세기간의 월수를 순차로 곱하여 별지 제4. 감액갱정 과세표준내역 기재와 같이 각 기별 임대수입금액을 새로이 산출하고 이를 과세표준으로 하여 별지 제5. 감액갱정세액 산출내역 기재와 같이 세율 100분의 10(다만 1981년 2기분은 1,000분의 20)을 각 적용하여 각 기별 매출세액을 산출한 다음 각 기별에 따라 세금계산서미교부, 미제출세가산세, 신고납부불성실가산세를 각 가산하고 여기에서 각 기별 매입세액, 예정신고 또는 확정신고납부세액을 각 공제한 고지세액을 각 산출하여 1985.2.16.자로 위 갱정과세표준 및 세액을 감액갱정한 사실을 각 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.
2. 과세처분의 적법여부
원고는 이 사건 청구원인으로서, 피고가 원고의 신고내용을 부인하고 각 기별 부가가치세를 갱정결정함에 있어서는 세금계산서, 장부 기타 증빙을 근거로 하여 갱정하여야 할 것임에도 이러한 근거없이 위 부산지방국세청훈령을 함부로 적용하여 각 기별 임대소득을 위와 같이 추계한 것은 근거과세의 원칙을 위배하여 위법하다고 주장한다.
그러므로 살피건대,부가가치세법 제21조 제1항은, 정부는 사업자가 확정신고를 하지 아니하거나, 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있거나, 그외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액을 조사에 의하여 갱정하고,그 제2항은 위와 같이 갱정하는 경우에도 세금계산서, 장부 기타 증빙을 근거로 하여야 하며 다만 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서, 장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때, 세금계산서, 장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모, 종업원수와 원자재, 상품, 제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때, 세금계산서, 장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량, 동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때에 한하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계갱정할 수 있고,제35조 제1항은 부가가치세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 부가가치세에 관한 업무를 위하여 필요한 때에는 납세의무자, 납세의무자와 거래가 있는 자, 납세의무자가 가입한 동업조합 또는 이에 준하는 단체에 대하여 부가가치세와 관계되는 사항을 질문하거나 그 장부, 서류 기타의 물건을 조사할 수 있다고 규정하고 있는 바, 이상의 제규정에다 실질과세의 원칙을 종합하여 보면, 부가가치세법상의 추계과세는 납세의무가자 그 과세표준과세액을 자진신고하고 납부함에 있어 제시한 제반증빙서류 등이 불성실하다고 보여진다 하여 바로 추계결정을 할 수 있는 것이 아니고 납세의무자가 자진신고하여 납부할 당시 제시한 제반증빙서류 등의 부당성을 지적하고 새로운 자료 등의 제시를 받아 그 자료에 의거 실지조사결정을 하여 부과함을 원칙으로 하고 있고 납세의무자가 장부 등을 전혀 비치하지 않고 있든가 또는 비치하여도 그 내용이 불비하거나 허위의 의심이 있는 경우에는 세무공무원은위 법 제35조 제1항에 의한 질문조사권을 행사하여 납세의무자의 설명이나 반대조사 등에 의하여 이를 보충 또는 조사하여 그 수입의 실액을 파악하여야 하며 이러한 질문이나 반대 조사 등 방법에 의하여도 이를 보완할 수 없다든가 또는 위와 같은 적법한 질문조사권을 행사하였음에도 불구하고 납세의무자나 거래관계자가 조사에 협력하지 않거나 조사를 거부하였기 때문에 달리 그 수입의 실액을 명백히 파악할 방법이 없는 경우에 비로소 추계과세가 허용되는 것이며, 또한 이처럼 부득이 추계조사방식에 의하여 결정할 경우에 있어서도 그 추계의 방법가 내용은 가장 진실에 가까운 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성 있는 근거에 의하여 이를 결정하여야 하고 이러한 추계과세의 적법여부가 다투어지는 경우에 그 합리성 및 타당성에 관한 입증책임은 과세관청에게 있다고 할 것인 바, 돌이켜 이 사건에 있어 먼저 피고가 위와 같은 추계조사결정에 나아가기에 앞서 위에서 설시한 바와 같은 부가가치세법 소정의 실지조사의무를 다하였는지의 여부부터 보건대, 앞에 나온 각 증거에 당사자 변론의 전취지를 종합하면, 피고는 원고와 위 윤조승 사이에 체결된 위 점포의 임대차계약서 및 원고가 위 윤조승을 상대로 제기한부산지방법원 83가단4027호 건물명도청구사건의 판결에 의하여 원고의 위 신고내용과는 달리 원고가 위 윤조승으로부터 수령한 임차보증금은 금 24,000,000원이고, 매월 임료는 금 1,800,000원임이 드러나자 다른 임차인들에 대한 원고의 신고내용도 모두 허위라고 단정하여 이를 부인하고 곧바로 위 훈령에 따른 추계조사에 들어간 사실이 인정될 뿐이고, 달리 피고가 위 추계조사에 들어가기에 앞서 원고에 대하여 다른 임차인들에 대한 증빙서류의 제시요구, 질문조사 및 그 거래관계자들에 대한 반대조사등 실지조사의 노력을 다하였다는 흔적을 찾아볼 수 있는 아무런 자료가 없으므로 위와 같은 추계조사결정은 그 실사미진의 하자로 인하여 위법임을 면할 수 없다고 할 것이고, 가사 피고가 위 추계조사결정에 나아간 것이 그 추계의 요건을 모두 갖추어 적법하다고 할지라도 그 추계조사의 방법으로 채택한 위 부동산임대차 권형계수라는 것은 부산지방국세청장이 부산시내의 각 동별, 등급별 기준임대가액과 층별 체감율을 일방적으로 정하여 그 소속 세무공무원들에 대한 업무지침으로 하달한 행정조직 내부의 훈령에 불과한 것으로 일반국민에 대하여 법규적 효력을 가지는 것이 아닐 뿐 아니라 위 훈령이 규정한 위 각 기준이부가가치세법시행령 제69조 제1항 각호가 예정하고 있는 방법과 같이 객관적으로 합리적이고 타당성있는 기준이라는 점에 대하여도 이를 인정할만한 아무런 자료가 없으니 피고가 위 훈령이 정한 방법에 따라 원고의 이 사건 부동산 임대수입을 추계조사한 것은 어느모로 보나 위법하다고 할 것이다
3. 결론
그렇다면, 이 사건 각 부가가치세부과처분이 위법하다 하여 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유있으므로 이를 인용하고 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 안용득(재판장) 백수일 이영석

부가가치세법상 추계조사의 방법으로 채택한 부동산임대차 권형계수라는 것은 부산지방국세청장이 부산시내의 각 동별, 등급별 기준임대가액과 층별체감률을 일방적으로 정하여 그 소속공무원들에 대한 업무지침으로 하달한 행정조직내부의 훈령에 불과한 것으로 일반국민에 대하여 법규적 효력을 가지는 것은 아니다.