취득세등부과처분취소 (세무, 광주지방법원)
공포일: 2004.07.22 / 시행일:

【원고】 학교법인 우암학원 (소송대리인 변호사 이승채 외 1인)
【피고】 광주광역시 광산구청장
【변론종결】 2004. 6. 3.
【주문】
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】피고가 원고에게 한 2003. 3. 11. 취득세 금 28,737,570원, 농어촌특별세 금 2,634,260원 부과처분, 2003. 3. 12. 일반등록세 금 29,645,830원, 지방교육세 금 5,435,060원 부과처분 및 2003.
4. 9. 2001년도 종합토지세 금 426,790원, 도시계획세 금 263,390원, 지방교육세 금 85,350원, 2002년도 종합토지세 금 655,210원, 도시계획세 금 354,330원, 지방교육세 금 131,040원 부과처분을 각 취소한다.
【이유】 1. 처분의 경위 등
 가. 원고는 교육 이념에 따라 중등교육과 중견 직업인을 양성하기 위한 전문교육을 실시함을 목적으로 하는 비영리법인인데, 1995. 9. 30. 한국토지개발공사로부터 광주 광산구 첨단과학산업단지 30-4BL 교육시설용지 66,116㎡를 매수하였고 위 토지는 확정측량 결과 면적이 증가되어 광주 광산구 월계동 864-1 대 33,058.2㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)와 같은 동 864-4 대 34,840.8㎡로 분할되었는데, 원고는 1997. 3. 24. 이 사건 토지에 대한 사용 승낙을 얻은 후, 같은 해 5. 28. 피고로부터 이 사건 토지 위에 원고가 설치·경영하는 남부대학교의 교사(校舍) 5개 동 신축을 위한 건축허가를 받아 보건간호동, 지원시설동, 인문사회계열동 등 3개 동은 1997. 8. 9. 착공하여 1998. 11. 20. 사용 승인을 받았고, 나머지 기계자동차학과동, 정보통신동은 1998. 3. 24. 착공하여 같은 해 12. 5. 사용 승인(5개 동 건축 면적 합계 17,446.77㎡, 이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 받은 후 위 교사들을 사용하여 왔다. 
 나. 이 사건 토지는 교사 신축공사가 진행되고 있던 중인 1998. 10. 9. 광주 광산구 월계동 864-1 대 8,264.5㎡(위 지상에 보건간호동, 지원시설동, 인문사회계열동이 위치함)와 같은 동 864-6 대 24,793.7㎡{위 지상에 기계자동차학과동(건물 면적 3,605.85㎡), 정보통신동(건물면적 3,605.85㎡)이 위치함}로 분할되었고, 1998. 7. 30. 이 사건 토지에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다.
 다. 원고가 설치·경영하는 전남과학대학은 2000. 4. 27. 중소기업창업지원법 제5조 제2항의 규정에 의한 창업보육센터 사업자로 지정된 후, 이 사건 건물 중 기계자동차학과동을 창업보육센터로 사용하고 있는데 이 중 일부인 899.5㎡에 창업 업체들이 2000. 10.경부터 입주해 있다.
 라. 광주광역시장은 2002. 12. 31.경 원고가 이 사건 토지 및 이 사건 건물(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)을 교육 목적으로 사용하기 위하여 취득한 후 용도구분에 의하여 취득세 등을 비과세 받았으나, 유예기간(3년) 이내에 이 사건 부동산의 일부를 임대한 사실이 확인된다며, 창업업체들이 입주해 있는 건물 899.5㎡ 및 위 건물부분의 비율에 해당되는 토지 3,092.84㎡에 대하여 비과세한 취득세 및 등록세 등 합계 금 66,968,900원(=취득세 29,067,390원+농어촌특별세 2,664,500원+등록세 29,777,760원+지방교육세 5,459,250원)과 창업업체들이 입주해 있는 건물 부분의 비율에 해당되는 토지(2001년도 3,092.5㎡, 2002년도 4,033.7㎡)에 대하여 2001년도 종합토지세 등 금 1,671,090원(=종합토지세 953,590원+도시계획세 526,790원+지방교육세 190,710원), 2002년도 종합토지세 등 금 2,289,440원(=종합토지세 1,317,320원+도시계획세 708,660원+지방교육세 263,460원)을 추징한다는 세무조사 결과를 원고에게 통지하였다.
 마. 이에 대하여 원고가 2003. 1. 30. 광주광역시장과 피고에게 과세전 적부심사 청구를 하자 피고는 이를 기각하였으나, 광주광역시장은 과세표준을 일부 경정하여 취득세, 등록세 등을 합계 금 66,452,720원(=취득세 28,737,570원+농어촌특별세 2,634,260원+등록세 29,645,830원+지방교육세 5,435,060원)으로 감액하였고, 이에 따라 피고는 원고에게 2003. 3. 11.과 다음날 주문 제1항 기재와 같은 취득세 및 등록세 등의 부과처분을 하였으며, 2003. 4. 9. 2001년도 종합토지세 등 금 1,719,900원(=종합토지세 994,240원+도시계획세 526,820원+지방교육세 198,840원), 2002년도 종합토지세 등 금 2,333,070원(=종합토지세 1,353,680원+도시계획세 708,660원+지방교육세 270,730원)을 부과하는 처분을 하였다.
 바. 원고는 2003. 5. 22. 행정자치부장관에게 지방세 심사청구를 하였는데, 취득세 및 등록세 부분은 기각되고, 종합토지세에 관한 부분은지방세법 제280조 제4항의 규정에 의하여 50/100으로 경감되어야 한다는 행정자치부장관의 경정결정에 의하여 2001년도 종합토지세 등은 금 775,530원(=종합토지세 426,790원+도시계획세 263,390원+지방교육세 85,350원), 2002년도 종합토지세 등은 금 1,140,580원(=종합토지세 655,210원+도시계획세 354,330원+지방교육세 131,040원)으로 각 감액되었다(이하 2003. 3. 11. 취득세 등의 부과처분, 다음날 등록세 등의 부과처분, 행정자치부 장관의 경정결정에 의하여 감액된 종합토지세 등 부과처분을 '이 사건 각 처분'이라 한다).
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 3, 갑 제3호증, 갑 제4, 5호증의 각 1, 2, 갑 제6호증의 1, 2, 3, 5, 6, 10, 11, 12, 13, 갑 제7호증의 1, 2, 3, 을가 제2호증의 4, 6, 을나 제1호증, 을나 제2호증의 1, 2, 3의 각 기재
 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 당사자들의 주장
 (1) 원 고
 (가) 구 지방세법에 의하면, 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세, 등록세를 부과하지 아니하고, 위 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니하며, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 취득 물건의 전부 또는 일부를 사용하는 경우 등에는 그 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과하고, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 토지가 유료로 사용되는 경우, 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 토지에 대하여는 종합토지세를 부과한다고 규정하고 있고, 구 법인세법은, 수익사업으로서 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품 수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것을 규정하고 있는바, 창업보육센터로 사용되고 있는 기계자동차학과동은 연건평이 3,605.85㎡인데 그 중 899.5㎡에만 창업업체들이 입주해 있고, 나머지는 헬스실, 세미나실, 정보화 교육실, 전산실, 회의실, 제품 개발실, 공실, 시제품 생산공장으로 사용되고 있으며, 전남과학대학은 창업보육센터 입주업체들로부터 청소비·전기료 등 관리비 명목으로 매월 평당 금 12,000원씩을 받기로 약정하고, 위 돈을 납부하지 않을 경우를 대비하여 업체들로부터 입주보증금으로 평당 금 200,000원씩을 받았는데 그 입주보증금의 합계는 2000.에 금 14,445,000원, 2001.에 금 11,050,000원, 2002.에 금 42,400,000원에 지나지 아니하므로 이는 부동산 임대업이 아니어서 수익사업에 해당하지 아니하고, 
 (나)구 지방세법 제280조 제4항에 의하면 중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터 사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정되어 있으며, 여기에는구 지방세법 제107조,제127조 단서와는 달리 '대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 취득세와 등록세를 부과한다.'는 내용이 없는바, 원고가 창업보육센터로 기계자동차학과동을 사용하고 있는데 이는 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 취득한 것이라 할 것이며, 기계자동차학과동 중 899.5㎡에 창업업체들이 입주해 있다고 해도 원고가 이를 창업보육센터용에 직접 사용하고 있으므로 취득세와 등록세가 면제되어야 하며,
 (다) 피고가 취득세와 등록세 등을 부과한다고 하더라도 창업업체들이 창업보육센터로 사용되고 있는 기계자동차학과동 중 899.5㎡에만 입주하여 있으므로, 위 건물 부분에 대하여만 부과하여야 할 것인데, 위 건물 부분 비율에 해당하는 토지에 대하여도 부과하였으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다.
 (2) 피 고
 (가) 원고가 이 사건 부동산 중 창업보육센터로 사용되고 있는 기계자동차학과동 및 위 건물의 부지 중 각 일부(건물 899.5㎡, 위 건물 부분의 비율에 상당하는 토지 3,092,84㎡)를 2000. 10. 1.부터 임대하고 있으므로 이는 수익사업에 해당되고, 
 (나)구 지방세법 제280조 제4항에는 중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터 사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 '취득'하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 면제한다고 규정되어 있는데, 전남과학대학은 이미 1998. 12. 5. 완공되어 남부대학교의 교사로 사용되던 기계자동차학과동을 창업보육센터로 사용하고 있으므로 이는 창업보육센터에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 볼 수 없어, 이 사건 각 처분은 적법하다.
 나. 인정 사실
 원고가 남부대학교의 교사를 신축하기 위하여 이 사건 토지 등을 매수한 후 이 사건 토지 위에 이 사건 건물을 신축하여 교사로 사용하던 중, 전남과학대학이 중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터 사업자 지정을 받은 후 이 사건 건물 중 기계자동차학과동(연건평 3,605.85㎡)을 창업보육센터로 사용하고 있으며, 그 중 899.5㎡에 창업 업체들이 입주하고 있는 사실, 기계자동차학과동 중 창업 업체들이 입주해 있는 부분을 제외한 나머지 부분에는 세미나실, 정보화 교육실, 전산실, 회의실, 제품 개발실, 공실, 시제품 생산공장이 있고 위 시설들은 교수들의 연구, 학생들의 실험 및 현장실습 시설로 이용이 되는 한편, 위 창업 업체들도 창업보육센터의 승인을 얻어 위 시설들을 사용할 수 있는 사실, 전남과학대학은 창업보육센터 입주 업체들로부터 관리비 명목으로 매월 평당 금 12,000원씩과 입주보증금으로 평당 금 200,000원씩을 받기로 하였는데 위 입주보증금의 합계는 2000.에 금 14,445,000원, 2001.에 금 11,050,000원, 2002.에 금 42,400,000원이며, 그 밖에 컨설팅비, 시설 및 공동장비에 대한 보수유지 비용, 성공부담금(입주 업체들은 창업 성공시 센터로부터 받은 지원에 상응하는 보상을 하여야 하는데 그 보상방법은 센터지원금에 대해 매출액의 5% 이내에서 현금 또는 주식으로 3년간 상환) 약정을 하였는데 아직 성공부담금을 받은 사례는 없는 사실, 피고는 원고가 이 사건 토지의 매입 및 이 사건 건물의 신축시에 취득세나 등록세를 부과하지 아니하다가 창업보육센터로 이용되고 있는 기계자동차학과동 중 창업 업체들이 입주해 있는 건물 부분과 그 비율에 상당하는 토지 부분에 대하여 취득세, 등록세 및 종합토지세를 각 부과한 사실은 앞에서 인정한 증거 및 갑 제10호증, 을나 제4호증의 1 내지 11의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있다. 
 다. 관련 법령
 별지와 같다. 
 라. 판 단
 (1) 취득세, 등록세 부분에 대한 판단
 (가) 수익사업에 해당되는지 여부 
구 지방세법 제107조 단서,제127조 제1항 단서의 취지는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여, 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하는 혜택을 주되, 수익사업에 사용하거나 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 이를 정당한 사유 없이 고유의 목적 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세 및 등록세를 부과함으로써, 부동산의 효용가치를 증대시키고, 부동산 투기 등을 근절하는 데 있다고 할 것이고, 위 각 규정 소정의 '직접 사용'의 범위는 아무런 규정을 둔 바 없으므로, 당해 비영리사업자의 사업 목적과 취득 목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 1995. 4. 14. 선고 94누8211, 94누8228 판결 등 참조), 위 인정 사실에 의하면, 원고는 창업보육센터로 사용하고 있는 기계자동차학과동 중 일부(899.5㎡)를 입주 업체들에게 임대하고 있다고 할 것이고, 이러한 부동산 임대 행위는구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 단서 및제127조 제1항 단서의 '수익사업'에 해당된다 할 것이므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
 (나) 구 지방세법에 의한 면세 대상인지 여부
구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제280조 제4항은 중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터 사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 원고는 남부대학교의 교사 신축을 위해 이 사건 토지를 매수한 후 5개 동을 신축하여 교사로 사용하던 중 기계자동차학과동을 창업보육센터로 이용하고 있어, 원고가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 위 건물을 취득하였다고 보기는 어렵다고 할 것이므로 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
 (다) 토지에 대한 과세 여부
 전남과학대학이 창업 업체들과 건물에 관하여 입주 계약을 체결하였으나 창업 업체들이 위 건물에 출입하며 사업을 하기 위해서는 그 부지를 이용할 수밖에 없는 점에 비추어 위 입주 계약에는 창업 업체들이 이용하는 부지에 관한 부분도 포함되어 있다고 봄이 상당하므로, 피고가 입주 건물 부분의 비율에 해당하는 토지에 대해서도 취득세와 등록세를 부과한 것은 정당하다고 할 것이어서, 이 부분 원고의 주장도 이유 없다. 
 (2) 종합토지세 부분에 대한 판단
지방세법 제234조의12는 용도구분에 의한 종합토지세 비과세 대상 토지를 규정하면서 그 하나로 제2호에서 학술 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지를 들고 있고, 단서에서는 당해 토지가 수익사업에 사용되는 경우나 유료로 사용되고 있는 경우의 그 토지 및 당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며,지방세법 제280조 제4항은 중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있는바, 앞에서 인정한 바와 같이 원고가 창업보육센터로 사용하고 있는 기계자동차학과동의 일부를 창업 업체들에게 임대하여 수익사업에 사용하고 있는 점, 중소기업창업지원법에 의하면 창업보육센터는 창업의 성공가능성을 높이기 위하여 창업자에게 시설 및 장소 등의 지원을 제공함을 주된 목적으로 하는 사업장으로서, 창업지원센터의 일부분을 창업 업체들의 사업장소로 제공하는 것은 창업지원센터의 본질적인 역할 중의 하나로 보이는 점, 원고와 창업 업체들과의 건물에 관한 입주 계약에는 창업 업체들이 이용하는 부지에 관한 부분도 포함되어 있다고 보여지는 점 등을 고려하여 보면, 창업보육센터로 사용되고 있는 기계자동차학과동 중 창업 업체들이 입주해 있는 899.5㎡에 대하여지방세법 제234조의12 단서를 적용하여 원고에게 종합토지세를 부과하되, 창업보육센터용에 직접 사용하는 부동산임을 인정하여지방세법 제280조 제4항에 의하여 100분의 50을 경감한 세액를 부과한 피고의 처분은 정당하다고 할 것이므로, 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.
 3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 김용일(재판장) 정희영 박사랑

[1] 학교법인이 대학 교사(校舍)로 사용하던 건물을 창업보육센터로 이용하면서 그 건물 중 일부를 창업 업체들에게 임대하고 있는 것이 부동산 임대 행위로서구 지방세법 제107조 단서 및제127조 제1항 단서의 '수익사업'에 해당한다고 한 사례
[2] 학교법인의 부동산 취득이 창업보육센터용에 직접 사용하기 위한 것으로 볼 수 없다고 한 사례

[1] 학교법인이 대학 교사(校舍)로 사용하던 건물을 창업보육센터로 이용하면서 그 건물 중 일부를 창업 업체들에게 임대하고 있는 것이 부동산 임대 행위로서구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 단서 및제127조 제1항 단서의 '수익사업'에 해당한다고 한 사례.
 [2] 학교법인이 이미 대학 교사(校舍)로 사용하던 건물 중 일부를 창업보육센터로 이용한 경우, 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 위 건물을 취득한 것으로 볼 수 없다고 한 사례.