법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2009.07.28 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 농업협동조합중앙회 (소송대리인 변호사 김수형 외 1인)
【피고, 피항소인 겸 항소인】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 충정 담당변호사 조상연)
【제1심판결】 서울행정법원 2008. 9. 24. 선고 2007구합18048 판결
【변론종결】2009. 6. 17.
【주 문】
1. 원고와 피고의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 각자 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2004. 9. 1.(소장 청구취지의 ‘2004. 9. 8.’은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한, ① 1999 사업연도 귀속 법인세 3,700,569,314원의 부과처분 중 604,551,282원을 초과하는 부분, ② 2000 사업연도(2000. 7. 1. ~ 2000. 12. 31.) 귀속 법인세 36,106,871,737원의 부과처분 중 15,095,460,631원을 초과하는 부분, ③ 2001 사업연도 귀속 법인세 27,119,511,769원의 부과처분 중 14,487,375,529원을 초과하는 부분, ④ 2003 사업연도 귀속 법인세 10,580,499,278원의 부과처분 중 6,433,431,407원을 초과하는 부분을 각 취소하고, ⑤ 원고가 부담한 2002 사업연도 귀속 법인세 250,817,806,142원 중 248,349,686,182원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 항소취지
 가. 원고
 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소하고, 피고가 2004. 9. 1. 원고에 대하여 한, 2000 사업연도(2000. 7. 1. ~ 2000. 12. 31.) 귀속 법인세 36,106,871,737원의 부과처분 중 17,578,230,575원 부분, 2001 사업연도 귀속 법인세 27,119,511,769원의 부과처분 중 9,251,933,576원 부분을 각 취소하고, 원고가 부담한 2002 사업연도 귀속 법인세 250,817,806,142원 중 248,349,686,182원을 초과하는 부분을 취소한다.
 나. 피고
 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 제1심 판결을 인용하는 부분
 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제2항과 같이 원고의 주장에 대한 판단을 추가하고, 제1심 판결 제12쪽 제4행, 제5행, 제17행, 제19행, 제21행, 제26쪽 제9행, 제18행, 제27쪽 제2행의 각 ‘은행감독규정’을 ‘은행업감독규정’으로 수정하며, 제26쪽 제17행의 ‘있는’ 다음에 ‘방법이라 하여 그 방법으로’를 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 추가 판단 부분
 가. 대손충당금에 관하여
 (1) 원고 주장의 요지
 원고는 다음과 같은 이유로, 결산 당시 대손충당금 설정 여부에 관한 선택이 가능한 국가 등 채권에 대하여 대손충당금을 설정하지 아니하였더라도 대손충당금 한도액 계산시 이를 포함하여 다시 계산하거나 채권잔액의 2% 또는 대손실적률 또는 은행업감독규정 중 가장 유리한 기준을 선택할 수 있다고 주장하면서, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 사업연도에 대한 법인세 부과처분 중 대손충당금 부분은 위법하다고 한다. 
 (가)법인세법 제34조 제1항은 ‘내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다’라고 규정하고 있을 뿐, 금융기관이 대손충당금의 적립방법을 선택한 후 대손충당금 한도액 계산시 다른 방법을 선택할 수 없다는 규정이 아니다.
 (나)법인세법 제34조 제1항의 규정에 의하면, 결산조정사항이 결산 당시 계상되었는지 여부는 특정 손금항목별로 판단되어야 하는 것임을 알 수 있으므로, 결산 당시 대손충당금 항목이 계상되기만 하면 대손충당의 대상이 되는 개개의 채권이 계상되었는지 여부는 판단할 필요가 없다.
 (다) 피고의 주장에 의하면, 은행업감독규정에 따라 대손충당금을 설정하여야 하는 금융기관은 대손충당금 한도액 계산시 항상 은행업감독규정에 의한 방법에 의하여 한도액을 계산하여야 한다는 결론에 도달하게 되는데,법인세법 시행령 제61조 제2항은 금융기관의 경우에도 한도액 계산시 그 선택에 따라 채권잔액의 2% 기준이나 대손실적률 기준을 적용할 수 있다고 규정하고 있다.
 (라) 대손충당금 신고서식(법인세법 시행규칙 별지 제34호 서식)에도 금융기관이 은행업감독규정에 의한 비율을 적용하는 경우 그 비율과 채권잔액의 2% 비율 및 대손실적률 중 큰 비율의 금액을 선택하여 신고하도록 되어 있다. 
 (마) 자산건전성 분류결과에 따른 각 분류자산과 국가 등 채권은 각각 서로 대손위험과 성질을 달리하는 것이 아니므로, 국가 등 채권은 다른 채권의 대손충당금 적립 및 한도액 설정에 이용될 수 있다. 
 (바) 금융기관이 결산 당시 대손충당금을 적립하기 위한 기준을 선택하여 대손충당금을 적립한 후 대손충당금 한도액 계산시 한도액을 더 크게 계산할 수 있는 다른 방법을 선택하는 것은 조세회피와 무관하다. 
 (사) ⓐ 이 사건 대손충당금은 해당 사업연도의 손금산입이 인정되지 않더라도 그 다음 사업연도의 손금산입에는 아무런 문제가 없으므로, 원고의 전체 손금에는 아무런 차이가 없고 단지 손금의 기간귀속에 있어 차이가 있을 뿐인 점, ⓑ 이 사건 대손충당금 적립한도와 관련하여 명확한 선례가 없는 점 등에 비추어 보면, 각 사업연도에 대한 법인세 부과처분 중 대손충당금 부분의 납부의무의 이행을 원고에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다. 
 (2) 판단
 그러나, 원고의 위 주장은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.
 (가)법인세법 제34조 제1항에, 금융기관이 대손충당금의 적립방법을 선택한 후 대손충당금 한도액 계산시 다른 방법을 선택할 수 없다는 내용이 규정되어 있지는 아니하지만, 거기에 대손충당금의 적립방법을 선택한 후 대손충당금 한도액 계산시 다른 방법을 선택할 수 있다는 내용이 규정되어 있지도 아니하다.
 (나)법인세법 제34조 제1항은 ‘내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다’라고 규정하고 있을 뿐이므로, 위 규정에 의하여, 결산 당시 대손충당금 항목이 계상되기만 하면 대손충당의 대상이 되는 개개의 채권이 계상되었는지 여부를 판단할 필요가 없다고 볼 수는 없다.
 (다) 원고는, 금융기관이 항상 은행업감독규정에 따라 대손충당금을 설정하여야 한다는 전제하에, 금융기관의 경우법인세법 시행령 제61조 제2항의 규정에도 불구하고 대손충당금 한도액 계산시 항상 은행업감독규정에 의한 방법에 의하여 한도액을 계산하여야 하므로 부당하다는 주장을 하나, 금융기관이 항상 은행업감독규정에 따라 대손충당금을 설정하여야 한다는 근거가 없고, 원고가 당심에서 제출한 2009. 5. 26.자 준비서면 제8쪽에도 ‘금융기관이 금감원 기준에 따라 대손충당금에 대한 회계처리를 하는 경우뿐만 아니라 과거 대손실적률이나 채권잔액의 2/100 등 대손충당금에 대한 회계처리 방법을 임의로 정하더라도......’, ‘금융기관이 어떤 대손충당금 적립방법을 선택하든지......’라고 기재되어 있다.
 (라) 대손충당금 신고서식에 기재되어 있는 내용만으로 이 사건 각 사업연도에 대한 법인세 부과처분 중 대손충당금 부분이 위법하다는 원고의 주장을 인정하기에 부족하다. 
 (마) 은행업감독규정에 의하여 대손충당금을 적립하는 경우 자산건전성 분류결과에 따라 적립률을 달리 하는 취지는 대손위험을 달리하는 각 채권에 대하여 그에 맞는 각자의 대손적립률을 적용함으로써 장차 대손이 발생할 것에 합리적으로 대응하기 위함인 점, 또한 국가 등 채권에 대하여는 대손충당금을 적립하지 않을 수 있다고 규정한 것은 국가 등 채권은 그 차주가 정부, 지방자치단체, 금융기관 등이어서 대손위험이 거의 없는 무위험자산에 가깝기 때문인 점 등에 비추어 보면, 자산건전성 분류결과에 따른 각 분류자산과 국가 등 채권은 각각 서로 대손위험과 성질을 달리하는 것임을 알 수 있고, 따라서 국가 등 채권은 다른 채권의 대손충당금 적립 및 한도액 설정에 이용될 수 없다고 판단된다. 만약 이를 달리 해석한다면, 국가 등 채권이 다른 채권의 대손충당금 한도액만을 늘려 주어 다른 채권의 대손가능성 내지 회수불능 위험보다 과도한 비용을 인정해주는 불합리한 결과가 초래된다. 
 (바) 국가 등 채권에 대한 대손충당금을 설정하지 않는 선택권을 행사하여 경영성과를 개선시켰다면, 이에 따른 세금을 납부하는 것이 당연함에도 불구하고, 국가 등 채권에 대한 대손충당금을 설정하지 않는 선택권을 행사한 후 대손충당금의 한도액 계산시에는 국가 등 채권을 포함시켜 그에 따른 세금을 납부하지 아니하는 것은 조세회피의 수단이 될 여지가 있다. 
 (사) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으나(대법원 1999. 12. 28. 선고 98두3532 판결 등 참조), 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2001두7886 판결 등 참조).
 이 사건으로 돌아와 보건대, 위 ⓐ, ⓑ의 사정이 모두 인정된다고 하더라도, 그러한 사정들만으로는 이 사건 각 사업연도에 대한 법인세 부과처분 중 대손충당금 부분의 납부의무의 이행을 원고에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당함을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 
 나. 자산재평가에 관하여
 (1) 원고 주장의 요지
 원고는 다음과 같은 이유로, 자산재평가차익은 원고와 같은 비영리법인의 익금에 산입할 수 없다고 주장하면서, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 사업연도에 대한 법인세 부과처분 중 자산재평가차익 부분은 위법하다고 한다. 
 (가)구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제3조 제2항은 ‘비영리내국법인의 각 사업연도의 소득에 관하여 다음 각호의 사업 또는 수입에서 생기는 소득으로 한다’라고 규정하고 있고,같은 법 제15조 제1항은 ‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다’라고 규정하고 있으며, 위 각 규정을 비교하여 보면, 비영리법인의 경우같은 법 제3조 제2항에 구체적으로 열거된 소득만 과세소득이 됨을 알 수 있는데,같은 항 제1 내지6호에 자산재평가차익이 규정되어 있지 아니하다.
 (나) 앞서 본 바와 같이 비영리법인의 경우 애초부터 자산재평가차익의 익금산입 규정이 없으므로, 익금불산입의 예외규정, 익금불산입의 예외의 예외규정인구 법인세법 제18조 제1호,제39조,제42조 제1항 제1호,자산재평가법 제13조 제1항 제1호,제33조 제1항 단서가 적용되지 아니하고, 위 각 규정들은 영리법인에게만 적용된다고 보아야 한다.
 (다)자산재평가법 제28조 제1항은 ‘법인이 재평가를 한 경우에는 그 재평가차액에서 재평가일 1일 전의 대차대조표상의 이월결손금을 공제한 잔액을 재평가적립금으로서 적립하여야 한다’라고,같은 조 제2항은 ‘재평가적립금은 재평가세의 납부, 자본에의 전입, 재평가일 이후 발생한 대차대조표상의 이월결손금의 보전, 환율조정계정상의 금액과의 상계에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 처분하지 못한다’라고 규정하고 있는데, 그러한 성격의 자산재평가적립금은 법인세 과세대상에서 제외되는 자본잉여금과 동일한 성격을 갖고 있다.
 (2) 판단
 그러나, 원고의 위 주장은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.
 (가)구 법인세법 제1조 제1호가 ‘내국법인이라 함은 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인을 말한다’라고,같은 조 제2호가 ‘비영리내국법인이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다’라고 규정하고 있으므로, 특별히 법문언에 ‘비영리내국법인’이라고 규정되어 있지 아니한 경우 ‘내국법인’은 영리법인과 비영리법인 모두 포함된다고 보아야 하는데,같은 법 제18조 제1호,제39조,제42조 제1항 제1호는 모두 ‘비영리내국법인’이 아닌 ‘내국법인’이라고만 규정하고 있으므로, 위 각 규정들 및 위 각 규정들과 관련된자산재평가법 제13조 제1항 제1호,제33조 제1항 단서가 영리법인에게만 적용되고 비영리법인에게는 적용되지 아니한다고 볼 수 없다.
 또한,자산재평가법 제33조 제1항 단서가 ‘제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지의 재평가차액은 법인세법에 의한 소득금액 계산상 익금에 산입하되......’라고 규정하고 있고, 위 규정에구 법인세법 제18조 제1호,제39조,제42조 제1항 제1호,자산재평가법 제13조 제1항 제1호의 각 규정을 종합하여 보면, 비영리법인의 경우 애초에 자산재평가차익의 익금산입 규정이 전혀 없다고 보기 어렵다.
 (나) 따라서,구 법인세법 제3조 제2항이 ‘비영리내국법인의 각 사업연도의 소득에 관하여 다음 각호의 사업 또는 수입에서 생기는 소득으로 한다’라고 규정하면서,같은 항 제1 내지6호에 자산재평가차익을 규정하지 아니하였다고 하더라도,구 법인세법 제18조 제1호,제39조,제42조 제1항 제1호,자산재평가법 제13조 제1항 제1호,제33조 제1항 단서의 규정들에 의하여, 피고가 비영리법인인 원고에 대하여 자산재평가차익을 과세소득으로 한 법인세를 부과할 수 있다고 판단되고, 이러한 부과처분이 앞서 본 것처럼 구 법인세법과 자산재평가법에 근거를 두고 있는 이상, 조세법률주의에 반한다고 볼 수도 없다.
 (다) 위 자산재평가적립금이 법인세 과세대상에서 제외되는 자본잉여금과 동일한 성격을 가지고 있다고 하더라도, 그러한 사정만으로 원고의 위 주장을 인정할 수는 없다. 
3. 결론
 그렇다면, 제1심 판결은 정당하고, 원고와 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 김용헌(재판장) 이현우 이화용