양도소득세경정청구거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2018.01.17 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 전정욱)
【피 고】 성동세무서장
【변론종결】2017. 11. 22.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2016. 12. 9. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 548,502,326원의 경정거부처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 소외인과 함께 서울 강남구 (주소 1 생략) 대 396.5㎡ 및 (주소 2 생략) 대 210.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다), 2005. 10. 17. 취득하였다가, 2014. 12. 4. 양도하였고, 2015. 2. 28. 피고에게 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 토지가 비사업용 토지임을 전제로 이 사건 토지의 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하지 아니한 채 양도소득세를 신고·납부하였다.
 나. 한편 이 사건 토지에는 모델하우스(이하 ‘이 사건 가설건축물’이라 한다)가 설치되어 있었다가 2012. 11. 17. 철거된 바 있다.
 다. 그런데 원고는 2015. 2. 28. 피고에게, 이 사건 토지는 구 지방세법(2014. 12. 23. 법률 제12855호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 106조 제1항 제2호 가목, 구 지방세법 시행령(2014. 12. 30. 대통령령 제25910호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제2호, 제103조 제1항 제1호에 따라 이 사건 가설건축물의 철거일인 2012. 11. 17.부터 6개월이 경과한 2013. 5. 16.까지(이하 ‘이 사건 기간’이라 한다) 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지로서 구 소득세법(2014. 3. 18. 법률 제12420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항 나목에 따라 비사업용 토지에서 제외되는바, 결국 이 사건 토지는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목, 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호가 정한 비사업용 토지의 기간 기준을 충족하지 못하게 되므로, 구 소득세법 제95조 제1, 2항에 따라 이 사건 토지의 양도차익에서 장기보유특별공제액이 공제되어야 한다며 양도소득세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 하였다. 
 라. 이에 대하여 피고는 2016. 12. 15. 이 사건 토지는 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지로서 볼 수 없다는 이유로 원고의 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 1. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 5. 24. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
 별지 기재와 같다
3. 처분의 적법여부
 가. 이 사건의 쟁점
 이 사건 토지를 이 사건 기간 동안 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지로 보아 비사업용 토지에서 제외되는 토지로 볼 수 있는지 여부 
 나. 판단
구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목은 ‘지방세법 제106조 제1항 제2호에 따른 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지’는 비사업용 토지에서 제외하도록 정하고 있고, 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목은 재산세의 별도합산과세대상 중 하나로 ‘공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’를 정하고 있으며, 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호는 ‘별도합산과세대상 토지의 범위’라는 제하에 ‘대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지‘ 중 하나로 ’건축물의 부속 토지 중 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지’를 정하고 있고, 구 지방세법 시행령 제103조 제1항 제1호는 ‘건축물의 범위 등’이라는 제하에 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에 ‘과세기준일 현재 건축물이 사실상 멸실된 날로부터 6개월이 지나지 아니한 건축물’을 포함하도록 정하고 있다. 
 앞서 본 법령의 규정 형식, 체계, 내용 등을 종합하여 보면, 구 지방세법 시행령 제103조 제1항 제1호는, 나대지는 원칙적으로 재산세 종합합산과세대상에 해당하나, 예외적으로 과세기준일 현재 건축물이 멸실된 때로부터 6개월이 지나지 아니하였다면 나대지에 새로운 건축물의 축조를 개시할 만한 충분한 시간적 여유가 없음을 감안하여 과세기준일 현재 여전히 건축물이 존재하는 것으로 보고 멸실된 건축물의 바닥면적에 상응하는 일정 범위의 토지를 재산세 별도합산과세대상으로 보겠다는 취지를 규정한 조항에 불과할 뿐, 나대지를 건축물이 멸실된 지 6개월 동안은 별도합산과세대상으로 보겠다는 취지가 아님이 명백하다(재산세는 과세기준일이라는 특정시점에 부과되는 세금으로서 기간을 분리하는 개념조차 상정하기 어렵다).
 나아가 구 소득세법 시행규칙(2014. 12. 19. 기획재정부령 제447호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제83조의5 제1항 제9호는 ‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준’이라는 제하에 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지에 대하여는 당해 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날로부터 2년 동안 비사업용 토지에서 제외하도록 별도로 규정하고 있기도 하다{다만, 이는 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 토지소유자가 부득이하게 당해 토지를 사업용으로 사용하지 못하는 경우는 일정기간 비사업용 토지로 보지 아니한다는 취지로 해석되는바, 이 사건 가설건축물은 이 사건 토지의 약정된 임차기간의 종료에 따라 철거된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 변론 전체의 취지로 인정할 수 있으므로, 이 규정은 이 사건 가설건축물에는 적용되지 아니한다(유사 사례 : 대법원 2010. 8. 19. 선고 2010두7291 판결)}
 이러한 점을 종합하여 보았을 때, 설령 어떤 건축물이 과세기준일 현재 멸실된 때로부터 6개월이 지나지 아니하여 건축물의 부속토지가 재산세 별도합산과세대상에 해당한다고 하더라도, 건축물의 부속토지를 건축물이 멸실된 때로부터 6개월의 기간 동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목이 정한 ‘지방세법 제106조 제1항 제2호에 따른 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지’로 보아 비사업용 토지에서 제외할 수 없다고 봄이 상당하다(더욱이 이 사건 가설건축물은 재산세 과세기준일인 2013. 6. 1. 이미 철거된 지 6개월이 지나 이 사건 토지는 종합합산과세대상으로 재산세가 부과된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되기도 한다, 덧붙이자면 기록상 이 사건 가설건축물의 바닥면적도 확인되지 아니하므로, 이 사건 토지 중 어느 면적만큼이 재산세의 별도합산과세대상으로서 비사업용 토지에서 제외된다는 것인지도 불분명하다).
 다. 소결론
 이 사건 처분은 적법하다.
4. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 유성욱