지방세과다납부환급 (일반행정, 수원지방법원)
공포일: 2005.01.13 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
기타
【주문】
1. 피고가 2007. 12. 14. 원고에 대하여 한 환급거부처분 중성남시 분당구 금곡동 315-5에 관한 취득세 12,960,110원 중 9,160,110원, 농어촌특별세 1,296,010원 중 916,010원, 등록세 12,960,110원 중 9,160,110원, 교육세 2,592,020원 중 1,832,020원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 3/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는, (1) 2007. 10. 11.소외 서애덕,서현덕으로부터 성남시분당구 금곡동 308-4임야 66,678㎡에 대한 합계 11,570.3/124,595 지분(이하 ‘이 사건 제1토지’라 한다)을 합계 4,285,479,194원(매매대금 3,968,000,000원+취득부대비용 317,479,194원)에 취득함에 따라 취득세 42,854,800원, 농어촌특별세 4,285,480원, 등록세 42,854,800원, 교육세 8,570,960원(원래 취득세 85,709,580원, 농어촌특별세 8,570,940원, 등록세 85,709,580원, 지방교육세 17,141,900원이나 노인복지시설 설치 부지에 해당하여 1/2 감경되었다)으로　 하여 신고ㆍ납부하고, (2) 같은 날소외 박성근으로부터같은 동 315-5번지118㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다)를 648,005,926원(매매대금 600,000,000원+취득부대비용 48,005,926원)에 취득함에 따라 취득세를 12,960,110원, 농어촌특별세를 1,296,010원, 등록세를 12,960,110원, 지방교육세를 2,592,020원으로 신고하고(이 사건 제2토지에 대한 취득세 등은 감면대상이 아니다), 2007. 10. 11. 및 2007. 11. 8. 이를 납부하였다.
나. 원고는 2007. 12. 7. 이 사건 각 토지의 매매대금이 당초 신고한 가액과 달리 2,290,478,140원, 410,000,000원라고 주장하면서, 이에 따른 취득가액의 수정신고를 하고, 이 사건 제1토지 및 제2토지에 관한 초과납부세액인 취득세 등의 환부를 구하였으나, 2007. 12. 14. 피고는 이 사건의 경우는 수정신고의 대상이 될 수 없다고 보아 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)

[인정근거] 갑 제17호증의 1 내지 4, 갑 제28, 29호증의 각 1, 2, 갑 제31호증, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1 내지 8, 을 제4, 5호증의 각 1 내지 4, 을 제6호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법여부

가. 이 사건 제1토지에 대한 판단

(1) 원고의 주장

원고는 도시계획시설(노인복지시설)을 설치하기 위하여 당초 이 사건 제1토지를 포함한 성남시분당구 금곡동 산 22-1임야 122,266㎡ 중서애덕,서현덕지분 전부를 매매대금 42억 원에 매수하기로 하였으나, 위산 22-1임야 중 66,678㎡에 대하여만 도시계획시설결정이 이루어졌고 도시계획결정이 이루어지지 아니한 부분은 관련법령에 따라 원고와 같은 일반법인에게 매도하는 것이 불가능하여 위산 22-1토지를 도시계획결정이 이루어진 성남시분당구 금곡동 308-4임야 66,678㎡와 도시계획결정이 이루어지지 않은같은 동 308-11임야 55,588㎡(위 토지 중서애덕,서현덕지분 전부를 ‘이 사건 제3토지’라 한다)로 분필한 다음 이 사건 제1토지눈 원고가 3,968,000,000원에, 이 사건 제3토지는(원고의 대주주인서우주식회사의 대주주)이 232,000,000원에 매수하기로 하는 계약을 체결한 바 있으나, 이후 매도인들이 세금문제 등으로 매매대금의 수정을 요구하여 이 사건 제1토지의 매매대금을 2,290,478,140원으로, 이 사건 제3토지의 매매대금을 1,909,521,860원으로 수정하고 이 사건 제3토지의 취득세 등을 위 매매대금에 따라 납부하였으므로, 이 사건 제1토지에 대한 취득세 등도 수정된 매매대금인 2,290,478,140원을 기준으로 산정하여야 할 것이다.
(2) 관련법령

별지 기재와 같다.
(3) 판단

지방세법 제71조 제1항에서 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 수정신고 할 수 있는 대상을 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적ㆍ가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우와 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우로 규정하고 있다.
그런데, 갑 제1 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 당초서애덕,서현덕으로부터 위산 22-1토지 중서애덕,서현덕지분을 42억 원에 취득하기로 하였으나, 이 사건 제1토지를 포함한 부분에만 도시계획결정이 이루어져, 이 사건 제1, 3토지에 대한 감정평가 결과(이 사건 제1토지 1,150,000원, 이 사건 제3토지 45,000원)를 고려하여 각 매매대금을 3,968,000,000원 및 232,000,000원으로 정한 후 우선 2007. 10. 11. 도시계획결정에 따른 사업을 조속히 추진하고자 이 사건 제1토지에 관한 매매계약을 체결하고 이를 취득하여 위 매매대금에 따라 취득세 등을 신고납부한 사실, ② 그런데, 매도인 측이 이 사건 제1토지에 대한 소유권이전등기 이후 세금문제 등을 이유로 매매대금을 각각의 면적비율에 따라 수정할 것을 요청하였고, 이에 2007. 10. 30. 이 사건 제1토지의 매매대금을 2,290,478,140원으로 하여 부동산거래계약변경신고 및 소유권경정등기를, 이 사건 제3토지에 대하여 매매대금을 1,909,521,860원으로 한 소유권이전등기를 경료한 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같이 감정 등을 통하여 정상적으로 정해진 매매대금을 매도인의 세금문제 등을 해결하기 위하여 그 요청에 따라 편의로 수정한 것에 불과한 경우를 두고 위 규정에서 들고 있는 과세요건 성립 후의 사정변경으로 과세표준액 등을 변경하여야 할 경우에 해당한다고 볼 수 없고, 달리 지방세법상 수정신고 사유에 해당한다고 볼 만한 자료도 없다.
나. 이 사건 제2토지에 대한 판단

(1) 원고의 주장

원고는 2006. 12.경 성남시분당구 금곡동 315-3답 553㎡(위 토지에서 이 사건 제2토지와 성남시분당구 금곡동 315-6답 55㎡가 분할되어 나옴) 중 위 노인복지시설을 위하여 도로로 편입되는 부분은 모두 6억 원에 매수하기로 약정하였는데, 먼저 위 토지 중 이 사건 제2토지가 노인복지시설을 위한 도로부지로 확정됨에 따라 2007. 10. 11. 매매대금 600,000,000원으로 매매계약을 체결하고 이를 취득하였다.
그 후 성남시분당구 금곡동 315-6답 55㎡(이하 ‘이 사건 제4토지’라 한다)도 추가로 도로부지에 편입됨에 따라 당초 약정한 매매금액 6억 원을 각 면적(118㎡, 55㎡)을 기준으로 매매대금을 안분하여 이 사건 제4토지의 매매대금을 1억 9천만 원으로, 이 사건 제2토지의 매매대금을 4억 1천만 원으로 변경하는 내용의 계약을 체결하고, 이 사건 제4토지의 취득세 등을 위 매매대금에 따라 납부하였으므로, 이 사건 제2토지에 대한 취득세 등도 수정된 매매대금인 4억 1천만원을 기준으로 산정하여야 할 것이다.
(2) 판단

갑 제18 내지 26호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 2006. 12.경 성남시분당구 금곡동 315-3답 553㎡ 중 노인복지시설을 위하여 도로로 편입되는 부분은 모두 6억 원에 매수하기로 약정한 사실, ② 위315-3토지 중 이 사건 제2토지가 노인복지시설을 위한 도로부지로 먼저 확정됨에 따라 2007. 10. 11. 이 사건 제2토지에 관하여 매매대금을 600,000,000원으로 한 매매계약서를 작성하여 이를 취득한 후 이에 따라 이 사건 제2토지에 관한 취득세 등을 신고납부한 사실, ③ 그 후 2007. 10. 15. 성남시 고시 제2007-102호로 사업지 진입부 교차로 가각부의 선형을 직선화하는 등의 내용의 교통영향평가협의 결과를 반영한 도시관리계획 변경결정 및 고시가 이루어졌는데 이에 따르면 이 사건 제4토지가 위 진입도로에 포함된 사실, ④ 그에 따라 원고는 2007. 11. 26. 이 사건 제4토지를 추가로 취득하기로 하되 매매대금은 이 사건 제2, 4토지의 각 면적을 기준으로 안분하여 이 사건 제2토지는 4억 1천만 원, 이 사건 제4토지는 1억 9천만 원으로 각 정하고 이에 따라 이 사건 제4토지에 관한 취득세 등을 신고납부한 사실을 인정할 수 있는 바, 이와 같이 원고가 이 사건 제2토지 취득시 매매대금을 6억 원으로 한 계약서를 작성하고 이에 따라 취득세 등을 신고납부하기는 하였으나, 이는 당초 이 사건 사업에 필요한 도로부지가 이 사건 제2토지뿐이였기 때문이고, 이후 교통영향평가협의에 따라 이 사건 제4토지 역시 노인복지시설의 진입도로부지에 포함됨에 따라 매수한 것으로, 이는 당초315-6토지의 취득 당시부터 도로부지에 필요할 경우 그 매매대금에 포함하기로 예정되어 있어 이 사건 제4토지의 매매대금 역시 위 6억원에 포함되어 있었다고 할 것이므로, 이는 수정신고할 수 있는 대상을 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적ㆍ가액 등이 변경된 경우에 해당하여 수정신고의 대상이 된다고 할 것이다.
3. 결 론

그렇다면. 피고의 이 사건 거부처분 중 이 사건 제2토지 부분에 관한 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

제2토지 취득시 계약서를 작성하고 이에 따라 취득세 등을 신고납부하였으나 이는 당초 사업에 필요한 도로부지가 제2토지뿐이였기 때문이고, 이후 제4토지는 노인복지시설의 진입도로부지에 포함됨에 따라 매수한 것으로써 이 역시 계약서에 포함되어 있었으므로 이는 수정신고할 수 있는 대상을 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 변경된 경우에 해당하여 수정신고의 대상이 된다. 따라서 제2토지에 대한 취득세 등은 수정된 매매대금을 기준으로 산정하여야 하는데 이와 다른 전제에서 한 처분은 위법하다.