농지보전부담금부과처분취소등청구의소 (일반행정, 대법원)
공포일: 2023.09.14 / 시행일:

【원고, 피상고인】 평택도시공사 외 1인 (소송대리인 변호사 류용호 외 2인)
【피 고】 경기도지사
【피고, 상고인】 농림축산식품부장관
【피고보조참가인】 한국농어촌공사 (소송대리인 변호사 박주명)
【원심판결】 서울고법 2021. 6. 18. 선고 2020누52803 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 피고 농림축산식품부장관과 피고보조참가인의 상고이유를 함께 판단한다.
 1. 원심의 판단
 원심은 피고 경기도지사가 2010. 3. 15. 승인·고시한 평택 브레인시티 일반산업단지계획(경기도고시 제2010-70호, 이하 ‘이 사건 승인’이라 한다)은 개발기간 도과 등의 사유로 실효되어 이 사건 승인에 따라 의제된 농지전용허가의 효력도 함께 소멸되었고, 이후 2016. 7. 1.경 신청되어 2016. 8. 26.경 승인된 이 사건 1차 변경고시 및 그 이후 일련의 변경고시는 개발기간 연장 등 변경승인의 형식을 취하였으나 새로운 승인으로 보아야 하므로, 구 농지법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28653호로 개정되기 전의 것) 제52조, [별표 2] 제3호 (주)목에서 정한 감면 요건이 충족되었음에도 피고 농림축산식품부장관이 감면을 하지 않고 농지보전부담금을 부과한 것은 위법하다고 보아, 원고들의 피고 농림축산식품부장관에 대한 주위적 청구가 이유 있다고 판단하였다.
 2. 대법원의 판단
 가. 1) 농지법은 농지의 소유·이용 및 보전 등에 필요한 사항을 정함으로써 농지를 효율적으로 이용하고 관리하여 농업 경쟁력 강화와 국민경제의 균형 있는 발전 및 국토 환경 보전에 이바지하는 것을 목적으로 한다(제1조). ‘농지의 전용’은 농지를 농작물 경작 등 농업생산 또는 농지개량 외의 용도로 사용하는 것을 말하고(제2조 제7호), 농지를 전용하려면 농림축산식품부장관의 허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 포함한다)를 받아야 한다(제34조 제1항). 농지전용허가를 받거나 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자는 농지의 보전·관리 및 조성을 위하여 농지보전부담금을 납부하여야 한다(제38조). 
 2) 농지보전부담금의 부과금액은 아래에서 보는 부과기준일 현재의 ㎡당 금액에 전용하는 농지의 면적을 곱하여 산출하고, ㎡당 금액은 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 해당 농지의 개별공시지가의 100분의 30으로 한다[구 농지법 시행령(2019. 6. 25. 대통령령 제29906호로 개정되기 전의 것) 제47조 제2항,제53조 제1항].
 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하는 경우의 농지보전부담금 부과기준일에 관하여, 구 농지법 시행규칙(2016. 1. 21. 농림축산식품부령 제195호로 개정되기 전의 것) 제39조 제5호 (가)목은 ‘다른 법률에 따른 인가·허가·실시계획승인·조성계획승인 등을 받은 날 또는 신고를 수리한 날’로 규정하였다가, 2016. 1. 21. 개정으로 ‘다른 법률에 따른 인가 등을 신청한 날 또는 신고를 접수한 날’로 규정하였다. 
 3) 농림축산식품부장관은 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다(농지법 제38조 제6항 제3호). 
농지법 시행령이 2014. 12. 30. 대통령령 제25917호로 개정되면서 제52조, [별표 2] 제3호 (주)목을 신설하여 「주한미군기지 이전에 따른 평택시 등의 지원 등에 관한 특별법」(이하 ‘미군이전평택지원법’이라 한다) 제16조에 따른 개발사업(이하 ‘평택시개발사업’이라 한다)의 시행자가 조성하는 산업단지에 관하여 농업진흥지역 밖에 조성된 경우에는 농지보전부담금의 50%를 감면할 수 있도록 이 사건 감면규정을 신설하되, 다만 그 대상을 2015. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지 농지전용허가를 신청하거나 농지전용 신고를 하는 경우로 제한하였다. 부칙에서 위 개정 시행령은 2015. 1. 1.부터 시행하되, 그 시행 전에 농지전용허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제된 경우를 포함한다)를 신청한 것에 대한 농지보전부담금의 감면은 [별표 2]의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 정하였다(부칙 제1조, 제4조). 
 나. 1) 조세 또는 부담금의 감면에 관한 법령 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에 부합한다(조세의 감면에 관한 대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결, 대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결, 대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결, 부담금 또는 부과금의 감면에 관한 대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결, 대법원 2012. 5. 10. 선고 2010두11474 판결, 대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두36331 판결, 대법원 2022. 12. 29. 선고 2022다218585 판결 등 참조).
 2) 미군이전평택지원법은 주한미군의 기지이전을 위한 시설사업을 원활하게 시행하고 주한미군의 기지가 이전되는 평택시 등 지방자치단체에 대한 지원을 통하여 지역발전을 촉진하며 이전지역 주민의 권익을 보호하는 데에 그 입법 목적이 있다(제1조). 위 법은 주한미군의 기지이전을 위한 시설사업을 원활히 시행하기 위하여 제4조 내지 제13조에 이에 관한 인허가의 의제, 각종 부담금의 필수적 면제, 특별회계의 설치 등에 관한 규정을 두고 있다. 위 법은 나아가 제14조 이하에서 평택시 지역 개발에 관한 각종 혜택을 부여하는 규정을 두었으며, 특히 제20조에서 국가 및 지방자치단체로 하여금 평택시개발사업의 원활한 시행을 위하여 필요한 경우 평택시개발사업의 시행자에게 농지법 등이 정하는 바에 따라 농지보전부담금 등을 감면할 수 있도록 하는 규정을 두었다. 이에 따라 농지법 시행령은 앞서 살펴 본 바와 같이 평택시개발사업의 시행자가 농업진흥지역 밖에 조성하는 산업단지에 관하여 2015. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지 농지전용허가를 신청하는 경우에 한하여 농지보전부담금의 50%를 감면할 수 있도록 하는 이 사건 감면규정을 도입하였다.
따라서 이 사건 감면규정은 부담금 감면에 관한 특혜규정에 해당하고, 농지법 시행령이 2014. 12. 30. 개정되면서 시행일인 2015. 1. 1.부터 향후 3년간 농지전용허가를 신청하는 경우에 한하여 감면을 할 수 있도록 규정한 입법 취지에 비추어 공평의 원칙에 어긋나지 않도록 엄격하게 해석하여야 한다.
 다. 원심판결과 기록에 따르면 다음 사실을 알 수 있다.
 1) 평택시 ○○동 일원 4,824,912㎡에 평택 브레인시티 일반산업단지를 조성하는 평택시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 관한 산업단지계획 승인 등의 경과는 다음과 같다.
 가) 평택시장은 2010. 2. 5. 이 사건 사업의 시행을 승인·고시하였으며(평택시고시 제2014-95호), 피고 경기도지사는 2010. 3. 15. 이 사건 승인을 통해 위 지역을 이 사건 사업에 관한 산업단지로 지정하였다. 
 나) 피고 경기도지사는 2014. 4. 11. 구 사업시행자가 이 사건 사업을 계속 시행함이 불가하다는 이유로 이 사건 승인에 따른 산업단지 지정을 해제하고 산업단지계획 승인을 취소하였다가, 그 처분의 취소를 구하는 소송의 진행 중 법원의 조정권고에 따라 2016. 6. 27. 경기도고시 제2016-5146호 및 경기도고시 제2016-5147호로 취소처분을 철회하면서 ‘철회고시에 따른 도시관리계획 결정, 용도지역의 토지조서 및 기타 사항은 경기도고시 제2010-70(2010. 3. 15.)호와 같음’이라고 부기하였다.
 다) 피고 경기도지사는 2016. 8. 26. 개발기간을 2021. 12. 31.로 연장하는 내용의 이 사건 1차 변경고시를 하였는데, 이 과정에서 대상지역의 위치, 면적, 개발기간의 시기 등은 변경되지 않았다.
 라) 이후 일련의 변경고시를 통해 이 사건 사업의 시행자가 구 사업시행자에서 원고들로 변경되었으나, 개발기간과 방법이 구 사업시행자가 단독으로 전체 사업을 시행하던 것에서 원고들마다 지역을 구분하여 각각 사업을 시행하도록 변경된 것 이외에 대상지역의 위치, 총 면적, 개발기간의 시기 등은 변경되지 않았거나 일부 경미한 부분이 변경되었다. 
 2) 피고 농림축산식품부장관이 이 사건 처분을 통해 원고들에게 농지보전부담금을 부과한 경위는 다음과 같다.
 가) 피고 농림축산식품부장관은 2009. 10. 7. 경기도의 이 사건 승인 관련 농지전용 협의 요청에 대하여 사업시행자가 사업 시행 전 농지보전부담금을 납입할 것을 조건으로 동의하였다.
 나) 피고 농림축산식품부장관은 2014. 4. 7. 부과기준일을 2010. 3. 15.로 하여 구 사업시행자에 대하여 72,404,831,210원의 농지보전부담금의 부과결정을 하였는데, 당시까지 구 사업시행자의 구체적인 사업계획(농지보전부담금 감면대상인 공공시설물들의 위치, 그 용도 편입 농지들의 지번 및 그 면적 등)이 확정되지 않아 전체 부과 대상 농지 면적의 70%에 해당하는 2,989,333㎡에 대하여 2009. 1.의 개별공시지가를 기준으로 농지보전부담금을 산정하였다. 피고 농림축산식품부장관으로부터 농지보전부담금의 수납업무를 위탁받은 피고보조참가인(이하 ‘참가인’이라 한다)은 2014. 4. 22. 자로 구 사업시행자를 상대로 위와 같이 결정된 농지보전부담금 72,404,831,210원을 2014. 12. 31.까지 납입할 것을 통지하였다.
 다) 2016. 6. 27. 자로 이루어진 취소처분의 철회 이후 경기도는 산업단지계획 변경 승인을 위한 농지전용 협의를 요청하였고, 피고 농림축산식품부장관은 2016. 7. 15. 농지보전부담금 납입을 승인의 조건으로 하여 동의하면서 2016. 7. 19. 구 사업시행자에게 72,407,101,780원의 농지보전부담금을 부과하였는데, 위 금액은 여전히 2009. 1.의 개별공시지가를 기준으로 산정된 것으로 당시 경기도와 피고 농림축산식품부장관은 이를 기준으로 산정하는 것을 전제로 협의를 하였던 것으로 보인다.
 라) 이 사건 1차 변경고시가 이루어짐에 따라 피고 경기도지사는 2018. 11. 28. 이 사건 사업에 관한 산업단지에 대하여 6,142,552,930원의 농지보전부담금 부과결정을 하였다. 위 부과금액은, 농지보전부담금 감면대상인 공공시설물들의 위치, 그 용도 편입 농지들의 지번 및 그 면적 등이 확정되어 공공임대주택 단지에 편입된 농지들(39,844㎡)은 50% 감면 규정을, 도로 등 공공시설 농지면적 846,014㎡에 대한 부분은 100% 감면 규정을 적용하는 한편, 기존 협의과정에서 누락되었던 사실상 농지 등을 조사하여 그 결과에 따라 추가로 납부대상으로 확인된 부과대상 면적을 반영하여 산정된 금액인 78,549,654,710원에서 2016. 7. 19.에 부과되었던 금액을 제외한 것으로, 위 부과금액 역시 2009. 1. 개별공시지가를 기준으로 하여 산정되었다.
 마) 일련의 변경고시를 통해 원고들이 사업시행자의 지위를 취득함에 따라 원고들은 피고 경기도지사에게 2017. 9. 18. 농지보전부담금 등에 대한 일체 권한의 양도·양수계약서를 제출하였고, 참가인은 2018. 12. 12. 원고들에게 위와 같은 농지보전부담금을 추가로 납입할 것을 통지하였다.
 라. 위와 같은 사실관계에 비추어 볼 때, 이 사건 승인과 그 이후 이루어진 이 사건 1차 변경고시 및 일련의 변경고시는 단일한 목적 내지 의사하에 이루어진 일련의 처분에 해당하며, 그 과정에서 이 사건 사업이 시행되는 대상지역이 부분적인 위치와 면적 외에는 변경되지 않았던 이상, 이 사건 1차 변경고시 및 일련의 변경고시를 통해 의제된 농지전용허가 역시 이와 동일하게 평가할 수 있다.
 이를 앞서 본 법리와 종합하면, 이 사건 처분에 따른 농지보전부담금은 2015. 1. 1. 전에 다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제되는 협의를 신청한 경우에 대하여 부과된 것으로 보아야 하며, 이 사건 사업에 따라 조성되는 산업단지는 이 사건 감면규정에서 정한 감면요건을 충족하지 못하였다고 봄이 타당하다.
 그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 이 사건 감면규정의 해석 및 농지보전부담금 감면대상에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 취지의 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 파기범위
 주관적·예비적 공동소송은 동일한 법률관계에 관하여 모든 공동소송인이 서로 간의 다툼을 하나의 소송절차로 한꺼번에 모순 없이 해결하는 소송형태로서 모든 공동소송인에 관한 청구에 대하여 하나의 종국판결을 내려야만 하므로, 앞서 본 바와 같이 원심판결 중 주위적 피고에 대한 청구 부분에 파기사유가 있다면 그 전부를 파기하여야 한다.
 4. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이동원(재판장) 민유숙(주심) 천대엽