지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 법률조항의 입법 취지 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.01.29 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송한다.
【이유】

상고이유를 판단한다.
1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어 원고가「자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다)에 기하여 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 2009. 10. 27. 이 사건 주식을 취득하여 이 사건 법인의 과점주주가 됨과 동시에「독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다)에 의한 지주회사의 요건을 갖추게 되었으므로, 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제6항 제8호(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)에 따라 과점주주에게 부과되는 취득세가 면제되고, 취득세 납부의무를 전제로 하는 농어촌특별세 역시 부담하지 않는다고 판단하였다. 그리고 투자목적회사인 원고의 경우 자본시장법 제276조 제1항에 따라 지주회사에 관한 규정의 적용이 배제되므로 이 사건 법률조항이 적용될 여지가 없다는 피고의 주장에 대하여는 이 사건 법률조항에서 규정하는 지주회사는 이 사건 법률조항과 공정거래법 제2조 제1호의2및 그 시행령 제2조 제1항, 제2항에 따라 그 지주회사의 요건을 충족하는지를 판단하면 충분하며, 자본시장법 제276조 제1항은 투자전문회사 등이 공정거래법 제2조 제1호의2가 정한 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 그에 대하여 공정거래법상 각종 규제 규정을 적용하지 않겠다는 취지에 불과하고 그와 다른 법령인 이 사건 법률조항에서 규정하고 있는 지주회사로도 보지 않겠다는 것으로 해석할 수는 없다는 이유로 그 주장을 배척하였다. 나아가 구 조세특례제한법의 입법취지 등에 비추어 이 사건 법률조항을 합목적적으로 해석한다 하더라도 원고와 같은 투자목적회사가 이 사건 법률조항의 지주회사에 해당되지 않는다고 해석할 수는 없다고 판단하였다.
2. 그러나 위와 같은 원심의 판단은 다음과 같은 점에서 수긍할 수 없다.
가. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결등 참조).
나. 이 사건 법률조항은 "독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써「지방세법」제22조제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 해당 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한「지방세법」제105조제6항을 적용하지 아니한다"고 규정하고 있는데, 공정거래법 제2조 제1호의2, 같은 법 시행령 제2조 제1항, 제2항은 지주회사를 "주식(지분을 포함한다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 등 현재의 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사"로 정의하면서, 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지는 "회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다) 가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인지"를 기준으로 판단하도록 규정하고 있다.
한편 자본시장법 제276조 제1항은 "독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다"고 규정하고 있고, 여기에서 사모투자전문회사란 "경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구"를 말하고( 제9조 제18항 제7호), 투자목적회사란 "그 주주 또는 사원이 사모투자전문회사, 투자목적회사가 투자하는 회사의 임원 또는 대주주 등의 어느 하나에 해당하되, 사모투자전문회사에 해당하는 주주 또는 사원의 출자비율이 대통령령으로 정하는 비율 이상이고 사모투자전문회사 재산의 운용방법과 동일하게 투자하는 주식회사 또는 유한회사"를 말한다고 규정하고 있다( 제271조 제1항, 제270조 제1항 제1호 내지 제5호, 제7호).
지주회사를 간주취득세 부과 대상에서 제외하고 있는 이 사건 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다. 그런데 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사는 투자한 회사의 기업가치를 높여 창출한 수익을 투자자에게 배분하는 것을 주된 목적으로 하여 설립된 회사로서, 수직적 출자구조를 통하여 자회사의 사업을 지속적으로 지배함으로써 소유와 경영의 합리화를 도모하려는 목적으로 설립된 공정거래법상의 지주회사와는 설립목적이나 기능 등이 전혀 다르다. 이러한 이유로 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사의 경우에는 공정거래법 제2조 제1호의2등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었다고 하여 이를 모두 지주회사로 취급하여 공정거래법상의 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것이 적절하지 아니하므로, 자본시장법 제276조 제1항은 위에서 본 바와 같이 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 10년간 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다. 이는 결국 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사는 공정거래법상의 지주회사로 보지 아니하겠다는 취지라 할 것이다.
그리고 자본시장법 제276조 제3항 본문은 "사모투자전문회사(사모투자전문회사의 무한책임사원 중 상호출자제한기업집단 계열회사 또는 금융지주회사가 아닌 자를 포함한다) 및 투자목적회사에 대하여는 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다"고 규정하고 있고, 그 문언 내용과 이 사건 법률조항의 입법 취지 등에 비추어 보면 위 규정에 따라 금융지주회사로 보지 아니하는 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한데, 사모투자전문회사나 투자목적회사가 일반 지주회사인지 아니면 금융지주회사인지에 따라 이 사건 법률조항의 적용을 달리할 합리적 이유도 없다.
또한, 공정거래법상의 지주회사에 대하여는 이 사건 법률조항 외에, 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례( 구 조세특례제한법 제38조의2), 수입배당금액의 익금불산입제도( 법인세법 제18조의2) 등이 마련되어 있는 반면, 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도( 법인세법 제51조의2 제1항 제2호)나 등록세 중과배제제도( 구 조세특례제한법 제119조 제7항) 등이 규정되어 있는 등 세법상의 규율에도 차이가 있다.
위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법이 이 사건 법률조항(당시에는 제120조 제5항 제8호)을 신설할 당시에는 법률상 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 도입되지 아니하였던 점 등을 종합하면, 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.
다. 그런데도 원심은 위와 같이 투자목적회사인 원고에 대하여 이 사건 법률조항이 적용됨을 전제로 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 조세법률주의의 원칙, 조세법규의 엄격해석에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-대전고등법원 2011. 7. 20. 선고 2010누819 판결】

【주문】 처분청패소

1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2010. 3. 3. 원고에게 한 취득세 18,396,000원, 농어촌특별세 1,839,600원의 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 제1심 판결 인용 부분

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유 중 ‘1. 처분의 경위 2. 이 사건 처분의 위법 여부 가. 원고의 주장 나. 관계법령’까지는 다음에서 고쳐쓰는 부분을 제외하고는 제1심 판결문 이유 중 해당란 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.
가. 제1심 판결문 제2쪽 14행 및 15행의 각 "주식"을 "이 사건 주식"으로 각 고치고, 제2쪽 17행의 "조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 한다)"을 "구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다)"으로 고치며, 제2쪽 17~18행의 "독점규제및공정거래에관한법률"을 "독점규제 및 공정거래에 관한 법률"로 고치고, 제2쪽 18~19행의 "지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우로서"를 "지주회사가 되는 경우로서"로 고친다.
나. 제1심 판결문 제3쪽 8~10행의 "원고는 … 면제되어야 한다."는 문장을 "원고는 이 사건 주식의 취득으로 공정거래법상 지주회사가 됨과 동시에 이 사건 법인의 과점주주가 되었으므로, 구조특법 제120조제6항 제8호에 의하여 취득세가 면제되어야 한다."로 고친다.
다. 제1심 판결문 제11쪽 2행의 "지방세법"을 "구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)"으로 고치고, 제16쪽 5행의 "농어촌특별세법"을 "구 농어촌특별세법(2010. 12. 30. 법률 제10422호로 개정되기 전의 것)"으로 고친다.
2. 판 단

가. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제2호, 제105조 제6항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 과점주주가 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하여 과점주주에게 취득세 납부의무를 부과하고 있다. 구조특법 제120조제6항 제8호는 공정거래법에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우에는 과점주주에 대하여 구「지방세법」제105조제6항을 적용하지 아니한다고 규정하여 공정거래법에 따른 지주회사에 대하여 취득세 감면 혜택을 주고 있다.
공정거래법 제2조 제1의2호, 공정거래법 시행령 제2조 제1항, 제2항에 의하면, ‘지주회사’란 주식(지분을 포함)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사를 말하고, 주된 사업이 되는 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 1/2 이상인 것으로 한다고 규정하고 있다.
원고는 2009. 10. 27. 이 사건 주식을 취득하여 이 사건 법인의 발행주식 전부를 보유하게 되었다. 당시 원고의 자산은 1,401억 원이었고, 이 사건 주식 가액 1,323억 원은 원고 자산총액의 약 94%를 차지하였다. 원고는 이 사건 주식의 취득으로 인하여 이 사건 법인의 과점주주가 되었으며, 동시에 공정거래법에 따른 지주회사의 요건을 갖추게 되었으므로, 구조특법 제120조제6항 제8호에 따라 과점주주에게 부과되는 취득세가 면제되고, 취득세 납부의무를 전제로 하는 농어촌특별세 역시 부담하지 않는다.
나. 피고는, 자본시장법 제276조 제1항은 "사모투자전문회사 또는 투자목적회사(이하 ’투자전문회사 등‘이라 한다)에 대하여는 일정한 요건을 충족하는 투자를 하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다"고 규정하여 투자목적회사인 원고에 대하여 지주회사에 관한 규정이 적용되는 것을 배제하고 있으므로, 원고에게는 지주회사에 대한 취득세 면제 조항이 적용될 여지가 없다고 주장한다.
법령이 다른 법령을 인용하고 있는 등으로 서로 다른 법령 간에 같이 해석·적용하여야 하는 것이 당연한 경우가 아니라면 원칙적으로 한 법령에서 사용하는 용어 등을 해석·적용하는 것은 그 법령에 내재하는 체계에 따라야 하고, 다른 법령에서 적용을 배제하고 있다고 하여 해석을 요하는 당해 법령에서도 적용을 배제하여야 하는 것은 아니다. 구조특법 제120조제6항 제8호는 공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우를 취득세 면제사유로 들고 있을 뿐이며, 공정거래법에 의한 지주회사는 공정거래법 제2조 제1의2호에서 ‘주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사’라고 정의하면서 그 ‘주된 사업’의 기준도 대통령령에 위임하고 있다. 그러므로 구조특법 제120조제6항 제8호에서 규정하는 지주회사는 구조특법 제120조제6항 제8호, 공정거래법 제2조 제1의2호 및 그 시행령 제2조 제1항, 제2항에 따라 지주회사 요건을 충족하는지 여부를 해석하면 충분하다. 자본시장법 제276조 제1항은 "투자전문회사 등이 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다"고 규정하고 있으나, 이는 투자전문회사 등이 공정거래법 제2조 제1의2호가 정한 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 그에 대하여 공정거래법상 각종 규제규정을 적용하지 않겠다는 취지에 불과하고, 그와 다른 법령인 구조특법 제120조제6항 제8호에서 규정하고 있는 지주회사로도 보지 않겠다는 것으로 해석할 수는 없다(더구나 자본시장법 제276조 제1항은 공정거래법상 지주회사로 보지 않는다는 것이 아니고 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 할 뿐이다).
나아가 조세특례제한법 입법취지 등에 비추어 구조특법 제120조제6항 제8호를 합목적적으로 해석한다 하여도 투자전문회사 등이 지주회사에 해당되지 않는다고 해석할 수는 없다. 그 이유는 다음과 같다.
(1) 공정거래법상 지주회사 관련 규정 체계를 보면, 그 제2조에서 지주회사 및 자회사라는 용어에 대하여 정의한 다음, 그 제8조에서는 지주회사를 설립한 경우 공정거래위원회에 신고하도록 하고 있고, 그 제8조의2 제2항 내지 제5항에서는 부채비율, 자회사 주식 보유비율, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있으며, 같은 법 제66조, 제68조에서는 신고의무를 위반하거나 행위제한규정을 위반한 자에 대하여 벌칙을 부과하고 있다. 입법자는 1990년대 말 외환위기를 맞아 외자유치 및 신속한 기업구조조정의 필요성 때문에 1999. 2. 5. 공정거래법을 개정하여 그동안 금지하여 오던 지주회사제도를 허용하면서 지주회사가 초래할 수 있는 경제력 집중 폐해를 방지하기 위하여 부채비율 제한 등 각종 규제규정을 마련한 것이다.
자본시장법 제276조 제1항{이 규정은 2004. 10. 5. 구 간접투자자산 운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호 자본시장법 부칙 제2조로 폐지, 이하 ‘구 간투법’이라 한다)의 개정에 따라 도입된 제144조의17 제1항과 같은 취지의 규정이다}은 투자전문회사 등이 투자를 수행하는 과정에서 그 본질상 지주회사가 될 가능성이 큰 점을 고려하여, 이들이 공정거래법 제2조에서 정한 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 원활한 투자활동을 보장해 주기 위하여 지주회사에 대한 각종 규제규정을 일정 기간 배제해 주겠다는 취지로 마련된 것이다. 이는 위 법조문의 표제가 ‘지주회사 규제의 특례’인 점, 위 조항은 투자전문회사 등에 대하여 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 제한적으로 적용하는 등 관련 규제를 대폭 완화하기 위하여 구 간투법의 개정에 의하여 도입된 것으로 보이는 점 등에 비추어도 분명하다.
(2) 공정거래법상 지주회사에 대하여 과점주주에 부과되는 취득세를 면제하는 특례규정은 외환위기 조기 극복을 위하여 1999. 2. 5. 구 공정거래법 개정으로 도입된 지주회사 제도를 뒷받침하기 위한 것이다. 투자전문회사 등은 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 사원들에게 배분하는 것을 목적으로 하여 간접투자를 활성화하고 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하며 회사 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급하여 자산운용산업이 발전할 수 있는 계기를 만들고 궁극적으로 투자산업을 발전시키기 위해 2004. 10. 5. 구 간투법에 처음 도입된 제도이다. 그 당시 지주회사의 일종인 투자전문회사 등에 대하여 취득세를 부과하고자 했다면 당연히 취득세 특례 규정을 배제하는 입법조치를 했어야 마땅하다. 그렇지 않은 채 오히려 구 간투법에서 일정 기간 공정거래법상 지주회사 규제를 배제하는 우호적인 입법을 한 것은 투자전문회사 등을 발전시켜 구조조정 등에 필요한 자본 등을 육성시키려는 입법자의 의도를 반영한 것으로 볼 수 있다. 기업의 원활한 구조조정을 위하여 도입된 투자목적회사의 경우에도 다른 지주회사와 마찬가지로 취득세를 감면하여 줌으로써 그 설립을 장려할 필요가 있고, 법령상 이와 다르게 해석할 만한 법적 근거가 없다. 만약 이와 달리 본다면 투자전문회사 등으로서는 단기간에 과도한 취득세를 부담하게 되면서 그 설립 및 활동 과정에서 상당한 제약을 받을 수밖에 없을 것이다. 이는 공정거래법상 지주회사의 규제를 배제시키면서까지 구조조정 등에 필요한 자본을 육성하려고 한 구 간투법의 입법취지에 명백히 어긋나는 것으로 보인다.
(3) 지주회사는 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지는 반면 원고와 같은 투자전문회사 등은 처음부터 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사로서 실체를 가지지 않는 투자기구(paper company)에 불과하며, 그 밖에 앞서 본 도입 시기, 목적 등에서 서로 차이가 있기는 하나, 기업 구조조정을 원활히 한다는 측면에서 양자의 성격은 크게 다르지 않다. 이러한 점에 비추어 투자전문회사 등이 공정거래법상 지주회사 요건을 갖추었다면 이를 지주회사로 보아 같이 취득세 면제규정을 적용하는 것이 타당하다.
피고는 공정거래법 제2조 제1호의2가 ‘지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업내용으로 하는 회사’라고 정의하고 있듯이 지주회사는 자회사 지배를 목적으로 하는 반면, 투자전문회사 등이 하는 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익 창출이라는 주된 목적을 위한 수단에 불과하여 양자 간에는 본질적인 차이가 있다고 주장한다. 그러나 지주회사 정의규정에서 말하는 ‘주된 사업’이란 기실 회사가 소유하고 있는 자회사 주식 가액 합계액이 해당 회사 자산총액에서 차지하는 비중이 50% 이상일 것을 요한다는 의미일 뿐이므로, 지주회사는 오로지 자산총액과 자산총액 대비 일정한 자회사 주식 보유라는 객관적 사실만으로 판정되는 것이고, 자회사 지배기간 역시 지주회사 인정에 아무런 영향을 미치지 못한다. 따라서 공정거래법상 지주회사 요건을 충족하는 이상 모두 동일한 지주회사일 뿐임에도, 아무런 법적 근거도 없이 그 추구하는 목적 등을 이유로 취득세 면제 여부를 달리 취급하는 것은 엄격해석 원칙 등을 내용으로 하는 조세법률주의에 명백히 위배되는 것으로 볼 수밖에 없다.
다. 피고는 투자전문회사 등을 공정거래법에 따른 지주회사가 아니라고 보고 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여주문과 같이 판결한다.
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【하급심-청주지방법원 2010. 9. 9. 선고 2010구합1021 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 9. 10. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다)에 기하여 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하고 있다.
나. ○○○, ○○○(이하 ‘ ○○○ 등’이라 한다)은 2009. 9. 8. ‘ 엠비케이파트너스 이호사모투자전문회사’에 ‘주식회사 영화엔지니어링(이하 ’이 사건 법인‘이라 한다)‘의 발행주식 전체인 보통주 8,241,600주를 매도하였는데, 원고는 2009. 9. 14. 위 사모투자전문회사로부터 위 계약의 매수인 지위를 인수한 후 2009. 10. 27. 김인호 등에게 인수대금 전액인 1,323억 원을 지급하고 위 법인의 주식 전부(이하 ’이 사건 주식‘이라 한다)를 취득하였다. 원고는 2009. 10. 27. 기준으로 자산총액은 1,401억 원이고 그 중 주식이 1,323억 원으로 자산 중 주식이 약 94%를 차지하였다.
다. 원고는 2009. 11.경 이 사건 주식의 취득이 "과점주주에 대한 취득세 감면규정인 조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호, 독점규제및공정거래에관한법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조에 의해 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우로서 취득세 면제대상"에 해당한다고 주장하면서, 피고에게 취득세 등의 면제를 신청하였고 피고는 그 신청을 받아들였다.
라. 그러나 피고는 2010. 3. 3. 원고에게 위와 같은 취득세 등의 면제결정은 잘못된 것임을 이유로 이 사건 법인이 가지고 있는 충북 음성군에 위치한 레인보우CC 골프회원권에 대한 취득세 18,396,000원 및 농어촌특별세 1,839,600원(취득세액의 100분의 10)을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

원고는 공정거래법상 지주회사이고 이 사건 주식의 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에 해당하므로 그로 인하여 비록 이 사건 법인의 과점주주가 되었다고 하더라도 조특법에 따라 취득세가 면제되어야 한다. 자본시장법 제276조 제1항에서 투자목적회사에 대하여 일정한 경우 공정거래법상 지주회사 규정을 적용하지 않는다는 취지는 그런 경우 아예 지주회사에 해당하지 않는다는 것이 아니라 투자목적회사의 특수성을 감안하여 예외적으로 공정거래법상 지주회사에 대한 규제를 풀어주겠다는 것이므로 이는 오히려 투자목적회사가 지주회사임을 논리적 전제로 하고 있다. 따라서 투자목적회사가 공정거래법상 지주회사에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

(1) 조세법규의 해석원칙

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결등 참조).
(2) 조특법에서 공정거래법상 지주회사의 취득세를 면제하는 취지

(가) 과점주주에 대한 취득세 과세

「지방세법」제22조, 제105조는 ‘법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있다. 이처럼 법인의 과점주주에게 취득세를 부과하는 이유는 법인의 과점주주가 법인의 지배권을 확보함으로써 사실상 당해 법인의 자산에 대한 관리·처분권까지 취득하는 결과가 되므로 이는 실질적으로 법인이 자산을 취득한 것이나 다름이 없어 ‘재산의 이전에 의하여 실질적으로 담세력이 발생한 곳에 과세한다’는 실질과세원칙에 따른 것이다.
(나) 지주회사인 과점주주에 대한 취득세 특례

조특법 제120조제6항 제8호는 ‘공정거래법에 따른 지주회사의 경우 지방세법에 의한 과점주주의 취득세 부과규정을 적용하지 아니한다’고 규정한다.
정부는 1990년대 말의 외환위기를 맞아 외국자본의 유치 및 기업구조조정의 필요성 때문에 1999. 2. 5. 공정거래법에 그 동안 금지하여오던 지주회사제도를 도입하였다. 기존의 대규모 기업집단은 계열기업간의 상호출자나 상호보증으로 인하여 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어질 위험성이 많았고 실제로도 이런 이유로 인한 사회경제적 폐해가 적지 않았다. 이에 비하여 지주회사는 투명경영이 가능한 수직적인 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄도산의 위험을 차단할 수 있고, 지주회사와 자회사의 특성을 통해 전략적인 의사결정과 일상적인 의사결정을 분리함으로써 경영의 효율성을 제고하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지할 수 있는 점 등 장점이 크게 부각되었기 때문에 위와 같이 공정거래법을 통해 제도화되기에 이르렀다. 정책당국은 이런 시대상황과 제도의 변화에 따라 기존의 기업집단 내에서 지주회사로의 전환이나 또는 지주회사의 신규 설립을 촉진하기 위해 세제지원책으로 1999. 12. 28. 조특법에 공정거래법상 지주회사에 대하여 과점주주라도 취득세를 면제하는 규정을 신설하기에 이르렀다.
(3) 투자목적회사 등의 도입 취지

사모투자전문회사는 투자대상 회사의 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분 또는 증권 등에 투자 및 그것을 운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발생하는 집합투자기구이고, 투자목적회사는 회사자산을 사모투자전문회사의 재산운용방법과 같이 투자하는 주식회사 또는 유한회사를 말한다( 자본시장법 제9조, 제271조, 이하 ‘투자전문회사 등’이라 한다).
이와 같이 투자전문회사 등은 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 사원들에게 배분하는 것을 목적으로 하여 간접투자를 활성화하고 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하며 회사의 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급함으로써 자산운용산업이 발전할 수 있는 계기를 만들고 궁극적으로 투자산업을 발전시키기 위해 2004. 10. 5. 도입된 것으로 구 간접투자자산운용법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 폐지 후 현행 자본시장법을 제정)에 근거 규정을 두었고, 이후 자본시장법으로 이어졌다.
(4) 관계법령의 적용

(가) 관계법령

앞서 본 바와 같이「지방세법」제105조제6항은 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 간주하고, 농어촌특별세법은 거기에 취득세액의 10%를 부가하도록 되어 있으나, 이런 경우라도조특법 제120조에 따라 공정거래법상의 지주회사에 대하여는 취득세 및 농어촌특별세가 면제된다.
공정거래법은 제2조 제1의2에서 지주회사의 개념을 정의하고 동법 시행령 제2조에서는 그 요건을 구체화하고 있으며, 동법 제8조는 지주회사의 설립 또는 지주회사로 전환할 때 공정거래위원회에 신고하도록 하여 그 절차를 감시하고 필요한 경우 시정조치를 할 수 있도록 하는 한편, 그밖에 부채비율의 제한과 자회사 지분 소유기준 및 자회사 외의 다른 회사주식 소유에 대한 제한 등과 같은 직접적인 규제는 물론이고 자회사 및 손자회사에 대하여도 일정한 규제규정을 두고 있다.
자본시장법 제271조는 투자목적회사의 요건을 규정하고, 동법 제276조 제1항(지주회사의 특례)에서는 ‘투자목적회사의 경우 지배력 행사가 가능한 투자를 한 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있다.
(나) 이 사건의 경우

1) 원고가 2009. 10. 27. 이 사건 주식을 취득함으로써「지방세법」제105조제6항에 의해 이 사건 법인의 과점주주가 되었고 아울러 공정거래법상 지주회사의 외형적 요건을 충족한 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없으나, 이런 경우 원고와 같은 투자목적회사에 대하여도 과연 조특법상의 취득세 면제의 특례규정이 적용되는지에 관하여는 명시적인 규정이 없다. 그런데 이와 관련한 각 제도의 도입시기와 이를 뒷받침하는 법 규정의 입법취지가 각각 다르고 특히 조특법상 취득세 면제의 특례규정은 투자목적회사가 도입되기 전에 이미 존재하고 있었기 때문에, 이런 모든 사정을 염두에 두고 조세법률주의라는 대원칙이 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 관련 법규 상호 간의 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 통하여 취득세 면제의 특례규정이 적용되는지 여부를 가리는 것이 핵심 쟁점사항이다.
2) 위에서 본 각 제도에 관한 입법의 취지와 목적 및 관계법령의 내용 등 제반 사정을 종합하면 다음과 같은 사정이 인정된다. ① 지주회사의 경우 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지면서 자회사에 대한 지속적인 지배로 경영합리화를 이루려는 것이 주된 목적이고, 지주회사의 취득세 면제 규정은 기존 기업집단 내에서 지주회사로의 전환 또는 지주회사의 설립을 활성화하기 위해 장려책으로 도입되었다. 이에 비하여 원고와 같은 투자목적회사 등은 처음부터 자본시장법 제271조 제1항 제5호에 의해 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사의 실체를 가지지 않는 투자기구(paper company)로서 회사의 경영권을 한시적으로 확보한 후 기업가치를 최대한 높여 투자자들의 이익을 극대화시키는 것이 주된 목적이므로, 투자목적회사 등이 형식적으로 공정거래법에 의한 지주회사의 외형적 기준을 충족시킨다고 하더라도 지주회사의 취득세 면제 규정의 도입 취지에 비추어 이를 그대로 적용하기에는 부적합하다. ② 지주회사가 소액의 자본으로 거대자본을 지배하는 등의 폐단을 방지하고자 공정거래법은 각종의 행위제한을 규정하고 있으나, 자본시장법은 투자목적회사 등이 지주회사의 형식 요건을 갖추었다고 하더라도 다른 회사에 대한 지배력 행사가 가능한 형태의 투자를 한 경우에는 그로부터 10년간 이러한 규제를 받지 않도록 명시하고 있다. 이는 투자전문회사 등이 투자활동 과정에서 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖추었다 하더라도 그 본질이 지주회사와는 달리 투자활동을 통한 수익창출을 목적으로 하고 있으므로 이를 반영하여 원칙적으로 지주회사와 달리 취급하겠다는 것이고, 다만 이러한 투자 상태가 10년 이상 장기간 지속되는 경우에는 그 투자대상회사에 대한 지속적인 지배기능을 수행하는 지주회사의 성격을 갖는 것으로 보아 공정거래법상의 지주회사 규정을 적용하겠다는 취지이다. ③ 지주회사는 제대로 본연의 기능을 수행하면서도 한편으로 지주회사를 허용함에 따른 부작용을 최소화하려는 정책의 목적에 부합하여야 하므로, 공정거래법에서 정하는 형식적인 지주회사의 요건을 갖춘 것만 가지고는 부족하고 거기에 더하여 부작용 위험의 방지를 위한 각종 규제까지 함께 적용을 받을 때 비로소 공정거래법에서 말하는 진정한 의미의 지주회사에 해당한다고 해석하는 것이 정의와 형평의 이념 및 실질과세원칙에 부합한다. ④ 자본시장법 제271조 제1항(지주회사의 특례)에서 투자목적회사에는 일정한 경우 공정거래법에 의한 지주회사 규정을 적용하지 않도록 규정하고 있다. 그 주된 취지는 투자목적회사가 비록 형식적으로 지주회사의 요건을 갖추었다 하더라도 일정한 경우 투자목적회사의 특수성을 감안하여 지주회사에 적용되는 각종 규제를 면하도록 하겠다는 것임이 분명하지만, 그렇다 하더라도 이를 기술적으로 교묘하게 구분하여 공정거래법상 지주회사의 정의규정만 적용이 되고 이를 제외한 나머지 각종 규제규정은 적용이 배제된다고 해석하는 것은 오히려 그렇게 볼 아무런 근거가 없을 뿐만 아니라 너무 지나치게 인위적인 구분으로 보이므로, 차라리 법문 그대로 지주회사의 정의규정과 규제규정을 따로 구분할 것 없이 모두 포괄하여 비록 공정거래법에 의한 지주회사의 요건에 형식적으로 부합하지만 이를 지주회사로 보지 않고 따라서 당연히 지주회사에 관한 각종 규제규정도 일체 적용하지 않겠다는 의미로 해석하는 것이 자연스럽다. ⑤ 공정거래법 제2조 제1의2는 ‘지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업내용으로 하는 회사’라고 규정하고 있다. 따라서 지주회사의 개념을 논할 때 이런 사업목적이나 사업내용을 강조할 경우, 투자목적회사 등은 투자대상 기업을 지배하기도 하지만 그 지배목적이 구조조정이나 M&A를 통한 수익의 극대화라는 수익창출에 주된 관심이 있으므로 법이 당초 예정한 지주회사 본래의 모습에는 본질적으로 부합하지 않는 요소가 있다. ⑥ 조세법규의 해석상 원칙적으로 문언의 가능한 의미를 함부로 넘어서는 것은 엄격히 금지되지만 일정한 범위 내에서 필요한 경우 입법의 취지나 목적 등을 고려하여 관련 법규를 합목적적으로 해석을 하는 것은 허용이 된다. 우리나라가 외환위기를 맞아 지주회사 제도를 도입하고 이를 뒷받침하기 위해 과점주주에 대한 취득세 부과규정의 적용을 면제하는 특례규정을 둘 당시 투자목적회사라는 특수한 형태의 회사는 아예 존재하지도 않았고 아울러 장래 그런 특수한 회사 제도가 도입될 것을 예정하였던 것도 아니며, 일반적으로 조세를 감면하는 예외 규정은 평등의 원칙을 침해하지 않도록 특별히 해석과 적용에 신중을 기할 것이 요구되므로, 이 사건에서 문제된 조특법의 취득세 면제규정은 가능한 한 관련 법규 본래의 입법취지와 목적에 맞도록 해석하는 것이 정의와 형평의 이념에 부합한다.
(5) 소결론

이런 모든 사정에 비추어 볼 때 원고와 같은 투자목적회사에는 조특법상의 취득세 면제의 특례규정이 적용되지 않는 것으로 해석하여야 하므로, 같은 취지에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.
3. 결론

원고 청구 기각.

지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있는 것이다. 따라서 달리 취급해야 할 투자목적회사마저 공정거래법의 지주회사에 관한 규정 및 법률조항이 적용된다고 보아 과세관청의 취득세 부과처분이 위법하다고 판단하였다. 하지만 이러한 원심판결에는 자본시장법 및 조세특례제한법 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있어 취소되어야 하므로 파기 환송한다.