법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2015.09.10 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 주식회사 포스코 (소송대리인 변호사 손지열 외 6인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 포항세무서장
【피고, 상고인】 대구지방국세청장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 이재락 외 5인)
【원심판결】 대구고법 2013. 2. 22. 선고 2012누103 판결
【주 문】
 원심판결의 피고 포항세무서장 패소 부분 중 복합발전소 설비의 감가상각비에 관한 법인세 부과처분 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 대구고등법원에 환송한다. 원고와 피고 대구지방국세청장의 각 상고 및 피고 포항세무서장의 나머지 상고를 모두 기각한다. 피고 대구지방국세청장의 상고로 인한 상고비용은 위 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 각 상고이유보충서 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 원고의 상고이유에 관하여
구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항은 ‘대통령령이 정하는 투자를 한 금액’ 중 일정 금액에 상당하는 임시투자세액을 ‘대통령령이 정하는 과세연도’의 법인세에서 공제하는 특례를 규정하였고, 1999. 6. 30. 대통령령 제16431호로 개정된 조세특례제한법 시행령(이하 ‘구 조특법 시행령’이라고 한다)은 제23조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 투자를 한 금액’을 ‘1999. 12. 31.까지 재정경제부령이 정하는 사업용 자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액’으로 규정하고, 그 제3항에서 ‘대통령령이 정하는 과세연도’를 ‘제1항의 규정에 의한 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도’로 규정하는 한편 부칙 제2조에서 “제23조 제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999. 12. 31. 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999. 12. 31.까지 투자한 분에 대하여는 1999. 12. 31. 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조 제3항을 적용한다.”고 규정하였다.
 원심은, 사업연도를 매년 1. 1.~12. 31.로 하는 원고의 이 사건 투자가 1999 사업연도에 개시되어 2000 사업연도에 완료된 사실 등을 인정한 다음, 원고가 1999. 12. 31.까지 투자한 금액에 대하여는 1999. 12. 31. 투자가 완료된 것으로 보아 그에 상당하는 이 사건 임시투자세액을 1999 사업연도 법인세에서 공제하여야 하고 2000 사업연도 법인세에서 공제할 수 없다고 판단하였다.
 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 구 조특법 시행령 제23조 제3항, 부칙 제2조에서 정한 임시투자세액의 공제시기에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 2. 피고 포항세무서장의 상고이유에 관하여
 가. 임시투자세액 공제와 관련한 가산세 부과처분의 적법 여부
 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 그 판시와 같은 이유를 들어 원고가 이 사건 임시투자세액을 이 사건 투자가 완료된 2000 사업연도 법인세에서 공제하여 과소신고한 것을 탓할 수 없는 사정이 있었다고 보아 이 부분 가산세 부과처분이 위법하다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 가산세를 면할 정당한 사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 나. 원고와 American Metals ＆ Coal International Inc.(이하 ‘AMCI’라고 한다)의 캐나다산 석탄 구입거래와 관련한 법인세 부과처분의 적법 여부
 국제조세조정에 관한 법률이 제정되기 전의 구 법인세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 개정되기 전의 것) 제46조 제4항은 국제거래의 경우 부당행위계산부인의 기준이 되는 시가 등의 산정방법을 정함으로써 국제거래에 관하여도 법인세법에 따른 부당행위계산부인을 할 수 있도록 정하였다. 그런데 1995. 12. 6. 법률 제4981호로 제정된 국제조세조정에 관한 법률(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라고 한다)은 특수관계 있는 자 간의 국제거래에 대하여 국제적으로 일반화되어 통용되고 있는 기준에 따르기 위하여 국제조세조정에 관한 법률을 다른 법률에 우선 적용하도록 하고 이와 아울러 법인세법 등에서 관련 규정을 모두 삭제하였다. 다만 국제조세조정에 관한 법률에서 정한 정상가격에 의한 과세조정(이른바 ‘이전가격세제’)의 적용 요건과 법인세법에서 정한 부당행위계산부인의 요건이 서로 달라 이들 규정의 적용범위에 관하여 논란의 소지가 있자, 2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되어 2003. 1. 1.부터 시행된 국제조세조정에 관한 법률(2006. 5. 24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 국제조세조정법’이라고 한다)은 제3조 제2항을 신설하여 이전가격세제의 적용이 어려운 일정한 자산의 증여 등에 대하여는 법인세법의 부당행위계산부인 규정을 적용하도록 하였다.
 이러한 법인세법과 국제조세조정법의 제·개정 연혁과 상호관계, 국제조세조정법 제3조 제2항의 내용과 그 신설 경위, 부당행위계산부인과 이전가격세제의 취지와 목적 등을 종합하여 보면, 국외 특수관계자와의 국제거래에 대하여, 구 국제조세조정법이 제정·시행된 후 개정 국제조세조정법이 시행되기 전까지는 구 국제조세조정법의 정상가격에 의한 과세조정에 관한 규정이 적용될 뿐 법인세법의 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 반면, 개정 국제조세조정법이 시행된 이후부터는 그 제3조 제2항에서 정한 일정한 자산의 증여 등에 한하여는 법인세법의 부당행위계산부인 규정이 적용되고, 나머지 거래에 관하여는 개정 국제조세조정법의 정상가격에 의한 과세조정에 관한 규정이 적용된다고 해석함이 타당하다.
 이와 같은 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원고가 2000. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지 AMCI로부터 캐나다산 석탄을 구입한 거래 및 AMCI가 Tanoma Coal Company Inc.의 주식(이하 ‘TCC 주식’이라고 한다)을 매수하고 그 대금을 원고의 해외 자회사로서 특수관계자인 Pohang Steel America Corporation(이하 ‘POSAM’이라고 한다)에 분할지급하기로 하는 거래는 개정 국제조세조정법 제3조 제2항에서 정한 ‘자산의 증여 등’에 해당하지 아니하므로, 구 국제조세조정법이나 개정 국제조세조정법의 정상가격에 의한 과세조정에 관한 규정만이 적용될 뿐 법인세법의 시가에 의한 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니한다. 따라서 위 거래가 부당행위계산부인 대상에 해당함을 전제로 한 이 부분 법인세 부과처분은 위법하다.
 원심이 개정 국제조세조정법이 시행되기 전에는 국외 특수관계자와의 국제거래에 대하여 구 국제조세조정법이 적용되지 않는 경우 법인세법의 부당행위계산부인 규정이 적용된다고 전제한 것은 적절하지 아니하나, 원고와 AMCI 간의 위 거래가 부당행위계산부인 대상에 해당하지 아니하여 이 부분 법인세 부과처분이 위법하다고 본 결론은 정당하므로, 이 부분 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다.
 다. 건설 중인 복합발전소 설비에 대한 감가상각비 부인의 적법 여부
구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제23조 제2항, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제2항 제2호는 감가상각 대상 자산에서 제외되는 자산의 하나로 ‘건설 중인 자산’을 규정하고 있고, 구 법인세법 시행규칙(2011. 2. 28. 기획재정부령 제187호로 개정되기 전의 것) 제12조 제3항은 ‘건설 중인 자산’에는 설치 중인 자산 또는 그 성능을 시험하기 위한 시운전기간에 있는 자산을 포함하되, 건설 중인 자산의 일부가 완성되어 당해 부분이 사업에 사용되는 경우 그 부분은 감가상각자산에 해당하는 것으로 규정하고 있다.
 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, ① 원고는 주식회사 포스코건설(이하 ‘포스코건설’이라고 한다)과 공사도급계약을 체결하여 포항공장 및 광양공장에 각 자가전력생산용 LNG(액화천연가스) 복합발전소(이하 ‘이 사건 발전소들’이라고 한다)를 건설한 사실, ② 이 사건 발전소들은 LNG를 연소시켜 발생한 화력으로 2기의 가스터빈에서 1차로 전기를 생산하고, 열효율 향상을 위해 가스터빈에서 배출되는 폐열로 생성한 증기를 1기의 증기터빈에 공급하여 추가적으로 전기를 생산하는 복합발전설비인 사실, ③ 원고는 이 사건 발전소들에 대하여 각 터빈별 예비승인시험(Preliminary Acceptance Test)을 실시하여 포항발전소의 경우 2001. 1. 9., 광양발전소의 경우 2000. 7. 24. 증기터빈의 예비승인시험을 최종적으로 완료한 후 포스코건설에 발전소별로 예비승인증(Preliminary Acceptance Certificate)을 발급하였고, 이 사건 발전소들을 사용하기 위하여 전기사업법에 의하여 관할 관청으로부터 사용 전 검사를 받은 후 포스코건설에 발전소별로 최종검사증(Final Acceptance Certificate)을 교부한 사실, ④ 이 사건 발전소들에 대한 예비승인시험 과정에서 일부 터빈을 가동하여 전력을 생산하였으나, 그 월별 전력생산량은 광양발전소의 경우 2000. 3.에 26.8MW(메가와트), 2000. 4.에 84MW, 2000. 6.에 5.9MW에 그쳤고, 2000. 5.경에는 수리를 위하여 가동을 중단하기도 한 사실, 반면 예비승인시험이 완료된 후인 2000. 7.부터 2001. 2.까지의 월별 전력생산량은 평균 172.7MW에 이른 사실, ⑤ 원고가 이 사건 발전소들의 각 터빈별로 그 전력생산을 개시한 날부터 감가상각을 한 반면, 피고는 각 터빈별 예비승인시험 완료일부터 감가상각이 가능한 것으로 보아 원고가 신고한 감가상각비 중 일부의 손금산입을 부인하여 법인세 부과처분을 한 사실 등을 알 수 있다.
 이와 같은 이 사건 발전소들의 구조와 발전 방식, 검사 절차, 광양발전소의 전력생산량 등에 비추어 보면, 이 사건 발전소들에 대한 예비승인시험 기간 중 터빈을 가동한 것은 이 사건 발전소의 설비를 정상적으로 사용하기에 앞서 그 설치 과정의 일환으로 성능시험을 위한 시운전을 실시한 것에 불과하다고 보이므로, 그 과정에서 전력을 소량 생산하여 생산공정에 투입하였다고 하더라도 이를 두고 이 사건 발전소들의 일부가 완성되어 사업에 사용된 경우에 해당한다고 보기는 어렵다.
 그런데도 원심은 이와 달리 이 사건 발전소들에 대한 예비승인시험 기간 중에 터빈을 일부 가동하여 전력공급을 개시하였다는 이유로 이 사건 발전소들에 설치된 각 터빈의 감가상각 개시일이 각 터빈별로 전력공급을 개시한 날이라고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 ‘일부가 완성되어 사업에 사용된 건설 중인 자산’에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 라. 원고와 Pohang Steel Australia Pty. Ltd.(이하 ‘POSA’라고 한다)의 호주산 석탄 구입거래 및 원고와 Pohang Steel Canada Ltd.(이하 ‘POSCAN’이라고 한다)의 캐나다산 석탄 구입거래와 관련한 법인세 부과처분의 적법 여부
 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 개정 국제조세조정법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).
 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, MPCC가 POSA에 공급한 호주산 석탄의 할인가격과 Fording이 POSCAN에 공급한 캐나다산 석탄의 할인가격이 비교되는 상황 간의 차이를 합리적으로 조정한 정상가격이라고 단정하기는 부족하고, 오히려 원고와 POSA 및 원고와 POSCAN 간의 각 거래가격이 정상가격의 범위 내에 있으므로 이 부분 과세처분은 위법하다고 판단하였다.
 앞서 본 법리에 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 정상가격의 산정 및 그 증명책임에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 마. 이 사건 다수당사자 계좌통합 계약(Global Cash Management, 이하 ‘이 사건 GCM 계약’이라고 한다)과 관련한 과세처분의 적법 여부
 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고와 6개 해외 자회사들이 외국은행인 뱅크 오브 아메리카(Bank of America, 이하 ‘BOA’라고 한다)와 체결한 이 사건 GCM 계약에 따라, 원고가 자신의 GCM 계좌에 2001. 9. 2,000만 달러, 2002. 2. 1,200만 달러를 각 예금하고, 해외 자회사들도 일정액을 예금한 후 상호 간의 연대보증하에 BOA로부터 대출을 받았더라도, 원고가 해외 자회사들에게 직접적으로 자금을 대여한 것이거나 그에 준하는 것으로 볼 수는 없으므로, 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목에서 정한 업무무관 가지급금에 해당하지 아니하고, 이 사건 GCM 계약의 주요 거래조건을 BOA가 직접 결정하는 등 개정 국제조세조정법 제7조에서 정한 제3자 개입거래로 볼 수 없어, 같은 법 제4조에서 정한 정상가격에 의한 과세조정 대상거래에 해당하지 아니한다고 판단하였다.
 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 업무무관 가지급금, 정상가격에 의한 과세조정에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 바. 이 사건 인센티브가 매입에누리에 해당하는지 여부
 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 철광석 등 원재료 공급자들과 1년 단위로 원재료 구입계약을 체결하고 원재료를 공급받으면서 사전에 약정한 연간 구매물량 등의 조건이 충족됨에 따라 계약기간 종료 직후 원재료 공급자들로부터 받은 이 사건 인센티브는 구 법인세법 시행령 제19조 제1호에서 정한 매입에누리에 해당하고, 원고가 미리 계약기간 동안의 구매물량을 합리적으로 추정할 수 없어, 약정 물량 이상을 구매함으로써 인센티브의 발생 및 그 액수가 확정된 사업연도의 매입가액에서 이 사건 인센티브를 차감하여 법인세를 신고한 것은 정당하다는 이유로, 이와 다른 전제에서 한 이 부분 법인세 부과처분은 위법하다고 판단하였다.
 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 매입에누리에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 3. 피고 대구지방국세청장의 상고이유에 관하여
 가. 원고와 AMCI의 캐나다산 석탄 구입거래와 관련한 소득금액변동통지의 적법 여부
 원심은 그 판시와 같은 사정을 들어, 원고가 2000. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지 AMCI로부터 캐나다산 석탄을 구입한 거래가 부당행위계산부인 대상에 해당하지 아니한다는 이유로, 위 거래가 부당행위계산부인 대상에 해당하고 시가와의 차액이 사외유출되었음을 전제로 한 이 부분 소득금액변동통지는 위법하다는 취지로 판단하였다.
 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 실질과세의 원칙, 부당행위계산부인 또는 소득처분에 관한 법리 등을 오해한 잘못이 없다.
 나. TCC 주식 매각대금채권의 현물배당과 관련한 소득금액변동통지의 적법 여부
 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 2003. 2. 12. POSAM으로부터 TCC 주식의 매각대금채권을 배당받아 이를 AMCI의 자회사에 무상으로 양도하는 대신 AMCI로부터 석탄의 장기구매계약에 따른 책임을 면제받는 이익을 얻는 등 위 매각대금채권이 경제적 가치가 없다고 할 수 없으므로, 원고가 위 매각대금채권을 그 채권액으로 평가하여 배당받은 행위는 개정 국제조세조정법 제3조 제2항에서 정한 ‘자산의 증여 등’에 해당하지 아니하여 구 법인세법 제52조를 적용하여 부당행위계산부인을 할 수 없다는 이유로, 이와 달리 원고가 위 매각대금채권을 배당받은 행위가 아무런 가치가 없는 자산을 유상으로 이전받은 행위로서 부당행위계산부인 대상에 해당하고 위 매각대금채권의 채권액 상당액이 사외유출되었음을 전제로 한 이 부분 소득금액변동통지는 위법하다는 취지로 판단하였다.
 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 부당행위계산부인 또는 소득처분에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 4. 결론
 그러므로 원심판결의 피고 포항세무서장 패소 부분 중 복합발전소 설비의 감가상각비에 관한 법인세 부과처분 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 원고와 피고 대구지방국세청장의 각 상고 및 피고 포항세무서장의 나머지 상고를 모두 기각하고, 피고 대구지방국세청장의 상고로 인한 상고비용은 위 피고가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박보영(재판장) 민일영 김신 권순일(주심)

甲 주식회사가 자가전력생산용 LNG(액화천연가스) 복합발전소들을 건설하고 법인세신고를 하면서 발전소들의 터빈별로 전력생산을 개시한 날부터 감가상각을 하였는데 과세관청이 터빈별 예비승인시험 완료일부터 감가상각이 가능한 것으로 보아 甲 회사가 신고한 감가상각비 중 일부의 손금산입을 부인하여 법인세 부과처분을 한 사안에서, 발전소들에 대한 예비승인시험 기간 중 터빈을 가동한 것은 성능시험을 위한 시운전을 실시한 것에 불과하여 발전소들의 일부가 완성되어 사업에 사용된 경우에 해당한다고 보기는 어렵다고 한 사례

甲 주식회사가 자가전력생산용 LNG(액화천연가스) 복합발전소들을 건설하고 법인세신고를 하면서 발전소들의 터빈별로 전력생산을 개시한 날부터 감가상각을 하였는데 과세관청이 터빈별 예비승인시험 완료일부터 감가상각이 가능한 것으로 보아 甲 회사가 신고한 감가상각비 중 일부의 손금산입을 부인하여 법인세 부과처분을 한 사안에서, 발전소들의 구조와 발전 방식, 검사 절차, 전력생산량 등에 비추어 보면, 발전소들에 대한 예비승인시험 기간 중 터빈을 가동한 것은 발전소의 설비를 정상적으로 사용하기에 앞서 설치 과정의 일환으로 성능시험을 위한 시운전을 실시한 것에 불과하므로, 그 과정에서 전력을 소량 생산하여 생산공정에 투입하였다고 하더라도 발전소들의 일부가 완성되어 사업에 사용된 경우에 해당한다고 보기는 어려운데도 이와 달리 본 원심판단에 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다고 한 사례.