양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2014.04.30 / 시행일:

【원고, 상고인】 
【피고, 피상고인】 서초세무서장
【원심판결】 서울고법 2011. 7. 12. 선고 2010누38020 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
법령의 전부 개정은 기존 법령을 폐지하고 새로운 법령을 제정하는 것과 마찬가지여서 특별한 사정이 없는 한 새로운 법령이 효력을 발생한 이후의 행위에 대하여는 기존 법령의 본칙은 물론 부칙의 경과규정도 모두 실효되어 더는 적용할 수 없지만, 법령이 일부 개정된 경우에는 기존 법령 부칙의 경과규정을 개정 또는 삭제하거나 이를 대체하는 별도의 규정을 두는 등의 특별한 조치가 없는 한 개정 법령에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여 기존 법령 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조).
2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘구 법’이라 한다)은 제133조 제2항으로 ‘5개 과세기간을 합산한 양도소득세의 감면 한도’에 관한 규정을 신설하면서, 그 전단에서 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)와 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면)의 규정에 따른 양도소득세 감면의 경우에는 ‘5개 과세기간 동안 합계 1억 원의 한도 내에서만 양도소득세액을 감면한다’고 규정하고, 그 후단에서 ‘위 감면 한도액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다’고 규정하였다. 다만 그 부칙 제36조 제2항은 “제133조 제2항 후단의 개정 규정을 적용함에 있어서 이 법 시행 전에 제69조의 규정에 의하여 감면받은 세액은 이를 합산하지 아니한다.”는 경과규정(이하 ‘이 사건 구 법 부칙규정’이라 한다)을 두어 구 법 시행일인 2006. 1. 1. 이후에 제69조와 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액만을 합산하여 제133조 제2항의 감면 한도액을 산정하도록 하였다(구 법 제70조는 위 개정 당시 신설되었다).
 그런데 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정법’이라 한다)은 구 법 제133조 제2항을 ‘제133조 제1항 제2호’로 자리를 옮겨 규정하면서, 2007. 1. 1.부터는 원칙적으로 실지거래가액을 기준으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세함에 따라 납세자의 세금 부담이 증가하는 것을 고려하여 양도소득세 감면 한도를 확대하려는 취지에서, 그 (가)목에서는 ‘제70조의 규정에 따른 양도소득세 감면에 대한 5개 과세기간 합계 감면 한도액을 1억 원’으로 새로 정하는 한편, (나)목에서는 ‘제69조와 제70조의 규정에 따른 양도소득세 감면에 대한 5개 과세기간 합계 감면 한도액을 3억 원’으로 증액하였다. 그리고 그 부칙에는 제29조로 ‘제133조의 개정 규정은 그 시행일(2008. 12. 26.)이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다’는 규정(이하 ‘이 사건 개정법 부칙규정’이라 한다)을 두었을 뿐 이 사건 구 법 부칙규정에 대하여는 별다른 경과규정을 두지 아니하였다.
위와 같은 개정법의 개정 형식과 취지, 개정법이 이 사건 구 법 부칙규정을 개정하거나 삭제하지 아니한 점, 개정법이 구 법 제133조 제2항을 ‘제133조 제1항 제2호’로 자리를 옮겨 규정한 것은 관련 규정의 체계를 정비한 것일 뿐 감면 한도액 계산방법을 근본적으로 바꾸려는 취지는 아닌 것으로 보이는 점, 그리고 이 사건 개정법 부칙규정은 그 문언상 개정법 제133조의 적용대상에 관한 사항을 규정하고 있음이 분명하여 이 사건 구 법 부칙규정을 대체하는 규정으로 볼 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 구 법 부칙규정은 개정법이 효력을 발생한 이후에도 실효되지 않고 계속 적용된다고 봄이 타당하다.
 그런데도 원심은 이와 달리, 개정법에 이 사건 구 법 부칙규정에 해당하는 별도의 규정을 두지 아니한 이상 개정법이 효력을 발생한 이후에는 이 사건 구 법 부칙규정을 적용하여서는 아니 된다는 이유로, 원고가 2008. 9. 9.과 2008. 10. 28.에 양도한 자경농지인 이 사건 각 토지에 대한 양도소득세를 산정하면서 이 사건 구 법 부칙규정을 적용하지 아니한 채 개정법 제133조 제1항 제2호 (나)목에서 규정한 감면 한도액을 계산한 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하고 말았다. 이러한 원심의 판단에는 법령의 일부 개정에 따른 종전 부칙 경과규정의 효력에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 조희대(재판장) 양창수 고영한(주심)

[1] 법령을 일부 개정하면서 개정 법령에 경과규정을 두지 않은 경우, 기존 법령 부칙의 경과규정이 실효되는지 여부(원칙적 소극)
[2] 조세특례제한법 부칙(2005. 12. 31.) 제36조 제2항이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 조세특례제한법이 효력을 발생한 이후에도 적용되는지 여부(적극)

[1] 법령의 전부 개정은 기존 법령을 폐지하고 새로운 법령을 제정하는 것과 마찬가지여서 특별한 사정이 없는 한 새로운 법령이 효력을 발생한 이후의 행위에 대하여는 기존 법령의 본칙은 물론 부칙의 경과규정도 모두 실효되어 더는 적용할 수 없지만, 법령이 일부 개정된 경우에는 기존 법령 부칙의 경과규정을 개정 또는 삭제하거나 이를 대체하는 별도의 규정을 두는 등의 특별한 조치가 없는 한 개정 법령에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여 기존 법령 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다.
[2] 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정법’이라 한다)의 개정 형식과 취지, 개정법이 2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘구 법’이라 한다) 부칙 제36조 제2항(이하 ‘구 법 부칙규정’이라 한다)을 개정하거나 삭제하지 아니한 점, 개정법이 구 법 제133조 제2항을 ‘제133조 제1항 제2호’로 자리를 옮겨 규정한 것은 관련 규정의 체계를 정비한 것일 뿐 감면 한도액 계산방법을 근본적으로 바꾸려는 취지는 아닌 점, 개정법 부칙 제29조는 문언상 개정법 제133조의 적용대상에 관한 사항을 규정하고 있음이 분명하여 구 법 부칙규정을 대체하는 규정으로 볼 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 구 법 부칙규정은 개정법이 효력을 발생한 이후에도 실효되지 않고 계속 적용된다.