특별부가세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1995.12.22 / 시행일:

【원고,피상고인】 경일투자금융 주식회사 (소송대리인 변호사 이정우)
【피고,상고인】 대구세무서장
【원심판결】대구고법 1995. 1. 20. 선고 94구1228 판결
【주문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】 피고소송수행자의 상고이유에 대하여 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 대하여
구 법인세법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 삭제되기 전의 것) 제124조의6은 다른 고정자산 취득목적으로 양도하는 업무용 토지 등에 관하여 규정하면서 그제1항에서 "법 제59조의3 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 토지 등"이라 함은 목장용·매매사업용 및 임대사업용 및 토지 등(제1호) 그제1호 내지제5호에 해당하지 아니하는 것을 말한다고 규정하고 있었고, 그 제3항에서 "법 제59조의3 제2항 제2호의 규정은 토지 등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지 등의 양도일로부터 3년 이내에 토지·건물 또는 기계장치를 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한하여 적용한다. 다만 토지 등을 양도하기 전에 업무용으로 직접 사용하는 토지·건물 또는 기계장치를 취득한 경우에는 그 취득일로부터 2년 이내에 토지 등을 양도하여야 한다"고 규정하고 있었다. 그 후 위 규정은 1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 개정되어 1990. 1. 1. 시행된 구 법인세법시행령에 의하여 삭제되었는데, 그 경과조치로 그부칙 제9조 제2항은 "이 영 시행 당시 종전의제124조의6의 규정에 의하여 이미 고정자산을 취득한 것에 대하여는 종전의제124조의6의 규정에 의한다"고 규정하고 있으며, 그 규정은 그 후 개정되거나 폐지되지 아니하였다.
 따라서구 법인세법시행령 시행 당시 위 시행령에 의하여 삭제된 종전의제124조의6의 규정에 의하여 이미 고정자산을 취득한 경우에 있어서, 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득이 특별부가세의 면제대상이 되는지의 여부에 관하여는,구 법인세법시행령 제124조의6 규정이 1989. 12. 30 대통령령 제12878호로 삭제됨과 동시에 같은 날 대통령령 제12881호로구 조세감면규제법시행령 제55조의11 규정이 신설된 후 그 신설된 규정이 1990. 6. 22. 대통령령 제13027호로 개정됨으로써 원고 회사가 이 사건 부동산을 양도할 당시에는 그 개정된구 조세감면규제법시행령 제55조의11 규정이 시행되고 있었다 하더라도위 부칙 제9조 제2항의 규정이 개정되거나 폐지되지 아니한 이상 위 부칙 규정에 의하여구 법인세법시행령 제124조의6 규정을 적용하여 결정하여야 할 것이다.
 이와 같은 취지의 원심의 판단은 정당하고, 거기에 소론과 같은 법리오해의 위법이 있다고 볼 수 없다. 논지는 이유가 없다.
 2. 상고이유 제2점에 대하여
 위에서 본구 법인세법시행령 제124조의6 제3항 단서 및위 부칙 제9조 제2항의 각 규정을 종합하여 보면,위 부칙 제9조 제2항의 규정에 의하여 법인의 업무용 토지 등에 대한 특별부가세 면제조항인 그제124조의6 제3항 단서의 규정을 적용하기 위하여는 구 법인세법시행령 시행 당시인 1989. 12. 31.까지 그제124조의6 제3항 단서 소정의 '업무용으로 직접 사용하는 토지·건물 또는 기계장치를 취득한 경우'이어야 함은 소론과 같으나, 여기에서'업무용으로 직접 사용하는 토지·건물 또는 기계장치를 취득한 경우'라 함은 향후 업무용으로 직접 사용할 토지·건물 또는 기계장치를 취득한 경우를 말한다고 보아야 하므로, 법인이 1989. 12. 31.까지 향후 업무용으로 직접 사용할 토지·건물 또는 기계장치를 취득하였다면, 그 때까지 취득한 토지·건물 또는 기계장치를 업무용으로 직접 사용하고 있지 아니하더라도위 부칙 제9조 제2항에 의하여 그제124조의6 규정을 적용하여 업무용으로 직접 사용한 토지 등의 양도로 얻은 소득이 특별부가세의 면제대상이 되는지의 여부를 결정하여야 할 것이다.
 그런데 원심이 적법히 확정한 사실관계에 의하면, 원고 회사는 1989. 12. 15.부터 같은 해 12. 23.까지 사이에 향후 신사옥으로 사용할 건물을 신축할 목적으로 이 사건 신사옥용 부지를 취득하였다는 것이므로, 원고 회사가 이 사건 부동산을 양도하여 얻은 소득이 특별부가세의 면제대상이 되는지의 여부에 관하여는구 법인세법시행령 제124조의6 규정을 적용하여 결정하여야 할 것인데, 원심이 적법히 확정한 바와 같이 원고 회사는 이 사건 신사옥용 부지를 취득한 때로부터 2년 이내인 1991. 6. 27. 이 사건 부동산을 양도하였다면, 이 사건 부동산 중 임대 부분을 제외한 나머지 부분의 양도로 얻은 소득에 대한 특별부가세는구 법인세법시행령 제124조의6에 의하여 면제되어야 할 것이다.
 이와 같은 취지의 원심판단은 정당하고, 거기에 소론과 같은 위법이 있다고 볼 수 없다. 논지도 이유가 없다.
 3. 상고이유 제3점에 대하여
 이 사건 부과처분이 소론과 같이 원고의 질의에 대한 과세관청의 회답의 내용에 어긋나지 아니한다 하더라도 이 사건 부동산 중 임대 부분을 제외한 나머지 부분이 특별부가세가 면제되는 토지 등에 해당하는 이상 이 사건 부과처분은 위법한 것이므로 논지도 이유가 없다.
 4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 피고의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다. 

대법관 신성택(재판장) 천경송 안용득(주심) 지창권

[1]법인세법시행령 제124조의6 시행 당시 고정자산을 취득하고 위 규정 삭제 이후 양도한 경우, 특별부가세 면제 여부에 관한 적용법조
[2]구 법인세법시행령 제124조의6 제3항 단서의 '업무용으로 직접 사용하는 토지·건물 또는 기계장치를 취득한 경우'의 의미

[1] 구 법인세법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 개정되기 전의 것) 시행 당시 개정된 시행령에 의하여 삭제된 종전의제124조의6의 규정에 의하여 이미 고정자산을 취득한 경우에 있어서, 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득이 특별부가세의 면제대상이 되는지의 여부에 관하여는,구 법인세법시행령 제124조의6 규정이 1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 삭제됨과 동시에 같은 날 대통령령 제12881호로구 조세감면규제법시행령 제55조의11 규정이 신설된 후 그 신설된 규정이 1990. 6. 22. 대통령령 제13027호로 개정됨으로써, 부동산을 양도할 당시에는 그 개정된구 조세감면규제법시행령 제55조의11 규정이 시행되고 있었다 하더라도,법인세법시행령 부칙(1989. 12. 30.) 제9조 제2항의 경과조치 규정이 개정되거나 폐지되지 아니한 이상 위 부칙 규정에 의하여구 법인세법시행령 제124조의6 규정을 적용하여 결정하여야 한다.
 [2]구 법인세법시행령 제124조의6 제3항 단서(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 삭제) 소정의 '업무용으로 직접 사용하는 토지·건물 또는 기계장치를 취득한 경우'라 함은 향후 업무용으로 직접 사용할 토지·건물 또는 기계장치를 취득한 경우를 말한다.