건축용토지세액환급거부처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1989.06.14 / 시행일:

【원 고】 안종만
【피 고】 여의도세무서장
【주 문】
 1. 피고가 1988.7.9. 원고에 대하여 한 건축용 토지세액 금 80,985,795원의 환급거부처분 중 금 72,887,216원에 대한 부분은 이를 취소한다.
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1988.7.9. 원고에 대하여 한 주문 제1항 기재 금 80,985,795원의 환급거부처분은 이를 취소한다.
 소송비용은 피고의 부담으로 한다라는 판결
【이 유】 1. 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증(건축용토지세액환급신청서), 갑 제2호증(환급신청서반려), 갑 제5호증의 1(매매계약서), 같은 호증의 2 내지 5(각 영수증), 갑 제6, 7호증, 갑 제10호증의 2(각 등기부등본), 갑 제8호증(준공검사필증), 갑 제9호증의 1, 2(영수증서, 영수필통지서), 갑 제10호증의 1(건축물관리대장), 갑 제11호증의 1(확인서), 갑 제12호증의 1 내지 4(한국프로야구연감 표지, 목차, 일지 및 사진), 을 제1호증(건축용토지세액 환급신청서반려), 을 제2호증의 1, 2(결정결의서, 내역서), 을 제3호증의 1, 2(양도소득세결의서, 복명서)의 각 기재와 증인 황호남의 증언 및 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1986.10.16. 소의 사단법인 한국야구위원회(이하 소외법인이라고 한다)와, 원고 소유인 서울 강남구 역삼동 846의 16(그후 행정구역변경에 의하여 서초구 도곡동 946의 16으로 변경되었다) 대 455.3제곱미터(이하 이 사건 토지라고 한다)를 소외법인에게 야구회관건축용지로 매매대금 468,180,000원에 양도하는 내용의 매매계약을 체결하면서 계약금 40,000,000원은 계약당일에, 1차 중도금 187,272,000원은 같은 해 11.3.에, 2차 중도금 210,680,000원은 같은 해 11.29.에, 잔대금 30,228,000원은 1987.4.6.에 각 지급받기로 약정하고, 그후 위 각 지급기일에 위 각 대금을 소외법인으로부터 지급받고, 1987.4.23. 소외법인에게 이 사건 토지에 관하여 같은 해 4.6.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 해준 사실, 그후 원고는 1987.5.29.이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득세의 과세표준 확정신고를 하면서 그 양도소득세 금 157,260,880원과 방위세 31,452,170원을 납부하였다가 원고가 신고 납부한 과세표준과 세액의 계산에 오류가 있었음이 발견됨으로써 그로 인한 부족세액으로서 양도소득세 금 4,710,710원 및 그 방위세 942,140원을 추가납부한 사실, 한편 소외법인은 원고와의 약정에 따라 2차 중도금을 지급하고 1986.11.30. 이 사건 토지를 인도받은 다음 그 토지에 대한 사용승낙을 받아 1987.4.30. 같은 토지와 이에 인접한 서울 강남구 역삼동 846의 17(행정구역변경 후 서초구 도곡동 946의 17)대의 양필지상에 야구회관을 신축키 위한 공사에 착수하여 1988.4.6.에 지하 1층, 지상 7층 연건평 3,595.8제곱미터의 야구회관 건물을 완공한 사실, 이에 원고는 1988.6.14. 소외법인이 이 사건 토지의 매입일로부터 3년 이내에 같은 토지 위에 건축물을 건축하였다는 이유로구 조세감면규제법(1986.12.26.법률 제 3865호로 삭제되기 전의 것) 제63조 제1항,제3항과같은법시행령(1986.12.31. 대통령령 제120356호로 삭제되기전의 것) 제51조의 규정에 기하여 이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득세액 금 161,971,590원(157,260,880원+4,710,710원)의 100분의 50에 상당하는 금 80,985,795원의 환급신청을 하였던 바, 피고는 건축용토지에 대한 양도소득세의 환급을 규정한 위 조세감면규제법의 규정은위 개정법률 부칙 제1조 및제10조 제3항에 의하여 1987.1.1. 이후 양도하는 분부터는 적용할 수 없게 되어 있는데, 이 사건 토지의 양도시기는소득세법 제27조 및같은법시행령 제53조 제1항의 규정에 의하여 그 대금을 청산한 날인 1987.4.6.이라고 보아야 하므로 이 사건 토지의 양도에 관하여는 위 구 조세감면규제법의 규정이 적용되지 않는다는 이유로 1988.7.9. 원고의 위 환급신청을 거부(이하 이 사건 거부처분이라고 한다)한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증은 없다.
 그런데 위에 나온구 조세감면규제법 제63조의 규정에 의하면 내국인이 대통령령이 정하는 건축물의 건축용지로 토지(같은법시행령 제51조 제2항이 정하는 토지를 제외한다)를 양도하는 경우에 이를 취득한 자가 대통령령이 정하는 기한내에 그 건축물을 건축한 때에는 당한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 금액을 그 토지를 양도한 자에게 환급하되(제1항), 위 규정은 토지를 양도한 자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 적용하도록 (제3항)되어 있으며, 위 법조의 위임에 의한같은법시행령 제51조에 의하면위 법조 제1항에서 "대통령령이 정하는 건축물"이라 함은 건축법에 의한 건축물을 말하다(제1항)고 되어 있고, 같은법조항에서 "대통령령이 정하는 기한"이라 함은 당해 토지를 매입한 날로부터 3년이 되는 날을 말하는 것이며(제3항). 같은법조항의 규정에 의하여 양도소득세를 환급받고자 하는 내국인은 당해 건물이 준공된 날로부터 3월 이내에 소정의 건축용토지세액환급신청서 등을 소관세무서장에게 제출하여야 하도록(제5항) 되어 있었으나, 위 환급에 관한 규정은 앞에서 본 1986.12.26.의 개정 법률 제3865호로 삭제되었고,같은 개정법률 부칙 제1조 및제10조 제3항의 각 규정에 의하면 같은 법률은 1987.1.1. 부터 시행하되(제1조), 위 환급에 관한 삭제규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다(제10조 제3항)고 되어 있고, 한편소득세법 제27조에 의하면 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 되어 있으며, 같은 법조의 위임에 의한같은법시행령 제53조 제1항에 의하면 같은 법조에서 규정하는 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 되어 있다.
 2. 피고는 위 사유와 법조를 들어 이 사건 거부처분은 적법하다고 주장함에 대하여 원고는 첫째, 위 소득세법과 그 시행령의 각 규정은 양도차익을 산정함에 있어서 양도시기를 의제하는 규정에 불과하고,위 구 조세감면규제법 제63조와그 시행령 제51조에 의한 건축용토지세액환급요건의 충족여부를 가리는데 있어서는 양수인이 당해 토지에 관하여 사실상 소유자로서의 권리를 행사할 수 있는 날을 기준으로 삼아야 할 것인데, 원고는 1986.11.29.까지 이 사건 토지대금의 거의 전부인 93.6퍼센트 가량을 지급받고 같은 해 11.30. 같은 토지를 양수인에게 인도해 주어 양수인이 이 서건 토지에 관하여 사실상 소유자로서 권리를 행사할 수 있게 하였고, 그 후 양수인이 이 사건 토지 매입 후 3년내에 건축물을 건축하였으며 같은 건축물 준공 후 3월 이내에 원고가 적법한 환급신청을 하였음에도 피고가 이를 거부한 것은 위법하고, 둘째 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하고 있는 경우에는 당연히 구법이 적용되어야 하는 것이므로, 건축용 토지세액의 환급에 관한구 조세감면규제법 제63조의 규정이 위와 같이 삭제되었다고 하더라고 앞에서 본 부칙규정에 의하여 위 구정 삭제전 양도계약을 하여 그 인도까지 마친 이 사건 토지의 양도에 대하여는 삭제전의 규정에 따라야 할 것이니 이 사건 거부처분은 위법하다는 취지로 다투고 있다.
 그러므로 먼저 원고의 위 첫째 주장에 관하여 본다.
 우선 원고 주장과 같이 원고가 소외법인으로부터 이 사건 토지대급의 93.6퍼센트가량을 지급받고 소외법인에게 같은 토지를 인도한 1986.11.30.에 이미구 조세감면규제법 제63조와같은법시행령 제51조 소정의 양도소득세의 환급요건이 충족되었다고 할 수 있는 것인지 여부에 관하여 살피건대, 위에서 본구 조세감면규제법 제63조와같은법시행령 제51조의 규정은 건축용토지의 양도로 인한 양도소득세의 과세요건으로서의 양도가 있었음을 전제로 그 납세의무자가 납부한 양도소득세액의 환급요건을 정한 것이라고 할 것이고, 양도소득세의 과세요건이 성립되지 않는 경우에는 그 환급을 논할 여지가 없는 것이라고 할 것인데, 양도소득세의 과세대항으로서의 양도의 개념에 관하여소득세법 제4조 제1항 제3호 및제3항은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있으므로 위에서 본 건축용 토지세액의 환급요건은 적어도 당해 토지가 등기 여부에 관계없이 양수인에게 유상으로 사실상 이전된 다음에라야 비로소 충족될 수 있는 것이고 그 이전에는 위 환급요건의 충족이란 불가능한 것이라고 보아야 할 것이며, 여기에서 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것이라고 함은 이 사건에서와 같은 토지의 매매의 경우에는 매매대금의 전부가 지급되었거나 적어도 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이행되었음을 뜻한다고 보아야 할 것인바(대법원 1984.2.14. 선고 82누286 판결 참조), 위에서 본 바와 같이 원고가 1986.11.30.까지 소외법인으로부터 계약금과 중도금으로서 대금전액의 93.6퍼센트 가량을 지급받고 이 사건 토지를 소외법인에게 인도함으로써 그때 이미 양수인으로 하여금 사실상 소유자로서의 권리를 일부 행사할 수 있도록 하였으며 미지급된 잔대금액은 대금 전액의 6.4퍼센트 가량에 지나지 않았다고 하더라고 당시까지는 약정된 잔대금 지급기일이 도래하지 않아 그 잔대금의 지급이 이행되지 않고 있었던 이상 위 사실만으로는 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금지급이 이행된 것이라고 할 수 없어 위 시점에서는 이 사건 토지가 소외법인에게 사실상 이전되었다고 할 수 없고(원고가 들고 있는대법원 1987.6.9. 선고 87누227 판결은, 양도차익의 산정에 관한 자신의 양도시기를 계약금 이외의 대가의 일부를 영수한 날로 의제하던 구 소득세법 시행당시에 건축용 토지의 양도로 인한 양도소득세액의 환급요건으로서구 조세감면규제법시행령 제51조 제2항 제1호에 규정된 바 양도하는 토지 위에 건축물이 정착되어 있지 아니할 요건이 구비되었는지를 가리는 기준시기 및같은 조 제3항에 규정된 바 양수인이 건축물을 건축하여야 하는 3년의 기간의 기산점을 양수인이 양수토지에 관하여 사실상 소유자로서의 권리를 행사할 수 있게 된 날로 보아야 한다는 것이지, 그 시기에 위 환급요건으로서의 자산의 양도가 있었다고 보아야 한다는 것을 의미하는 것은 아니다.), 따라서 양도소득세의 과세대상조차 성립되지 아니하여 그 세액의 환급요건역시 충족되었다고 할 수 없으며, 양도소득세의 과세대상 및 그 세액환급요건으로서의 이 사건 토지의 양도는 위와 같이 원고가 소외 법인으로부터 대금 중 일부를 지급받고 같은 법인에게 이 사건 토지를 인도한 후 약정된 잔대금 지급기일인 1987.4.6.에 이르러 소외 법인으로부터 잔대금 전액을 지급받음으로써 완성되었다고 보아야 할 것이므로 원고의 위 첫째 주장은 이유없다.
 다음 원고의 둘째 주장에 관하여 본다.
 무릇 조세의무의 성립과 그 내용범위는 오로지 조세법규에 의하여야 하고 조세의무는 각 세법에 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하는 것으로서 세법의 개정이 있는 경우에는 조세의무가 성립된 당시에 시행하는 법률에 의하여 조세의무의 유무와 그 내용범위가 결정되는 것이라고 할 것이나(대법원 1983.10.25.선고 81누122 판결 참조), 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하고 있는 경우에는 당연히 구법이 적용되어야 할 것이다(대법원 1985.4.9. 선고 83누453 판결 참조) 그런데 앞에서 본 바와 같이 건축용토지세액의 환급에 관한구 조세감면규제법 제63조의 규정이 삭제된 1986.12.26. 개정법률은그 부칙 제1조에 의하여 1987.1.1부터 시행하도록 되어 있는 한편,같은 부칙 제10조 제3항은 위 삭제규정은 위 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고있는바, 여기에서 양도라 함은 양도소득세의 과세대상으로서의 양도를 의미하는 것으로 볼 것이 아니라 그와 같은 양도의 발생원인이 되는 양도계약을 등의 원인행위를 의미하는 것으로서 같은 규정은 위에서 본 일반적인 조세법규의 적용원리에 대한 예외를 규정한 특별규정이라고 봄이 상당하다고 해석된다. 왜냐하면 위와 같이 해석하지 아니할 경우 같은 규정은 위 일반적인 조세법규의 적용원리를 확인하는 규정에 불과한 것으로 되는데, 그와 같은 경과규정이 없다고 하더라도 개정법률은 당연히 같은 법률 시행 후 과세요건이 완성된 경우에만 적용되는 것이고, 이러한 원리를 확인하는 의미에서같은 개정법률부칙 제2조가 일반적 적용례라는 제목 아래 개정법률 중 소득세에 관한 규정의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세년도분부터 적용한다고 규정하고 있음에도 다시 위와 같은 경과규정을 둔 것은, 납세의무자는 자신의 행위로 인하여 부담하게 될 납세의무의 존부와 범위를 고려하여 과세대상이 될 행위를 할 것인지 여부나 그 내용을 결정하는 것이 일반적이라고 할 것인데 이를 고려하여 과세대상이 될 원인행위를 한 이후에 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정되고 과세대상행위가 완성되는 시점이 개정된 세법시행일 이후에 도래하게 된 경우에 위의 일반원리를 그대로 적용한다면 조세의무의 존부와 그 내용범위에 관한 납세의무자의 신뢰에 반하고 그들의 안정적인 경제활동을 저해할 우려가 있게 되므로 이를 방지하고 납세의무자의 신뢰를 보호하기 위하여 위의 일반 원리에 대한 예외를 규정할 필요에 따른 것이라고 봄이 상당하기 때문이다.
 그렇다면 위 개정법률의 시행일 이전에 양도계약이 있었던 이 사건 토지의 양도에 관하여는 당연히 개정전의구 조세감면규제법 제63조와같은법시행령 제51조가 적용되어야 할 것이고, 그 소정의 실체적 및 절차적인 환급요건이 그후 모두 충족되었음은 앞에서 본 바와 같으므로 피고로서는 원고가 납부한 위 양도소득세액 161,971,590원 중 관계법령의 규정에 따른 세액을 원고에게 환급할 의무가 있다 할 것인바, 그 환급액은위 구 조세감면규제법 제63조 제1항에서 정한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 금 80,985,795원(161,971,590원×50/100)에서방위세법 제4조 제1항 제2호 단서에 의하여 방위세액에 가산되는 금 8,098,579원(환급되는 세액 80,985,795원×방위세율20/100×가산세율50/100)을 공제한 나머지 금 72,887,216원이 됨은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 피고의 이 사건 거부처분 중 위 수액에 대한 부분은 위법하다고 할 것이다.
 3. 따라서 이 사건 거부처분은 금 72,887,216원에 대한 부분에 한하여 위법하여 취소되어야 할 것인 바, 원고의 청구는 위 인정범위내에서 이유있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는행정소송법 제8조 제2항 및민사소송법 제92조 단서를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

판사 김영진(재판장) 정덕흥 김윤수

구 조세감면규제법(1986.12.26. 법률 제3865호) 부칙 제10조 제3항은 납세의무의 존부 및 범위에 관한 납세의무자의 신뢰를 보호하고 안정적인 경제활동을 저해할 우려를 방지하기 위하여 둔 조세법규적용의 일선원리에 대한 예외를 규정한 특별규정이라고 보아야 할 것이므로 위 법조항 중 "양도"라 함은 양도소득세의 과세대상으로서의 양도를 의미하는 것이 아니라 그와 같은 양도의 발생원인이 되는 양도계약 등의 원인행위를 의미하는 것으로 보아야한다.