부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2009.05.14 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 주식회사 (소송대리인 변호사 이임수외 3인)
【피고, 상고인】 서초세무서장 (소송대리인 법무법인 해마루 담당변호사 오재창외 11인)
【원심판결】 서울고법 2007. 1. 17. 선고 2006누8954 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제2점에 대하여
 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제5조 제1항은 "신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 관할세무서장에게 등록하여야 한다"고 규정하고, 제16조 제1항은 "납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 공급받는 자의 등록번호(제2호) 등을 기재한 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다"고 규정하는 한편, 제17조 제2항 제1호의2는 "교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제2호 등의 규정에 의한 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다"고 규정하고 있다.
 법 제5조 제1항이 사업을 개시하는 자로 하여금 사업장마다 사업자등록을 하도록 규정함으로써 사업장을 실질적인 납세단위로 삼고 있으므로 동일한 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우 법 제16조 제1항 제2호의 ‘용역을 공급받는 자’라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 역무 등을 제공받는 사업장을 의미한다고 할 것인바, 계약상의 원인에 의하여 용역을 공급받는 사업장이 어느 사업장인가를 결정함에 있어서는 당해 용역공급의 원인이 되는 계약의 체결과 대금의 지급을 어느 사업장에서 하였으며 용역공급이 어느 사업장을 위한 것인지, 계약체결의 경위와 각 사업장간의 상호관계는 어떠한지 등의 제반 사정을 고려하여야 할 것이다(대법원 2006. 12. 22. 선고 2005두1497 판결 참조).
 원심판결 이유와 기록에 의하면, 원고의 서울사무소(이하 ‘서울사무소’라고 한다)는 이 사건 사업장을 포함한 원고의 모든 사업장들에 대한 경영관리업무를 총괄하는 사업장으로서 이 사건 사업장의 물류창고에 대한 관리용역 등(이하 ‘이 사건 관리용역’이라 한다)을 공급받는 계약을 체결하고 그 대금을 지급한 후 서울사무소가 공급받는 자로 기재된 이 사건 세금계산서를 교부받았음을 알 수 있는바, 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면 이 사건 관리용역을 공급받는 자는 서울사무소라 할 것이므로 이 사건 세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하지 않는다고 할 것이다.
 원심판결은 그 이유 설시에 다소 부적절한 점은 있으나 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 기재된 세금계산서가 아니라고 본 결론에 있어서는 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법리오해의 위법이 없다.
 2. 상고이유 제1점에 대하여
 법 제17조 제1항 및 제2항 제4호, 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항, 제3항 제1호는 "사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우에는 원칙적으로 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하고, 그 비율이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액은 전액 공제되는 매입세액으로 한다"고 규정하고 있다.
 위 각 규정의 문언내용과 입법 취지를 종합하여 보면, 사업자가 수종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산함에 있어서 그 공통매입세액과 관련된 과세사업과 면세사업 부분만의 당해 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의하여야 할 것이다(대법원 1982. 9. 28. 선고 82누170 판결 참조).
 원심은 그 채택 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 관리용역은 이 사건 사업장의 물류창고를 유지하고 운영하기 위한 것이므로 그로부터 발생한 이 사건 공통매입세액은 이 사건 사업장에만 귀속되는 것임이 분명하고, 다만 이 사건 사업장 내에서의 과세사업과 면세사업간의 실지귀속만이 구분되지 아니한다는 이유로 이 사건 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액은 이 사건 사업장만의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하여야 한다고 전제한 다음, 그 비율이 100분의 5 미만이므로 이 사건 공통매입세액은 전액 공제되어야 한다고 판단하였다.
 앞서 본 법리 및 관련 법령과 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 공통매입세액의 공제에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 3. 결 론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신영철(재판장) 박시환 박일환(주심) 안대희

[1] 동일한 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우, 구 부가가치세법 제16조 제1항 제2호에서 정한 세금계산서 교부대상인 ‘용역을 공급받는 자’의 의미 및 판단 기준
[2] 수개의 사업장을 둔 사업자가 하나의 사업장을 위한 용역을 공급받으면서 다른 총괄 사업장 명의로 공급계약을 체결하고 대금을 지급한 후 세금계산서를 교부받은 경우, 용역을 공급받는 자는 총괄 사업장이므로, 그 세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하지 않는다고 한 사례
[3] 사업자가 수종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 안분계산방법

[1] 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항이 사업을 개시하는 자로 하여금 사업장마다 사업자등록을 하도록 규정함으로써 사업장을 실질적인 납세단위로 삼고 있으므로, 동일한 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우 같은 법 제16조 제1항 제2호의 ‘용역을 공급받는 자’라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 역무 등을 제공받는 사업장을 의미한다. 따라서 계약상의 원인에 의하여 용역을 공급받는 사업장이 어느 사업장인가를 결정함에 있어서는 당해 용역공급의 원인이 되는 계약의 체결과 대금의 지급을 어느 사업장에서 하였으며 용역공급이 어느 사업장을 위한 것인지, 계약체결의 경위와 각 사업장간의 상호관계는 어떠한지 등의 제반 사정을 고려하여야 한다.
[2] 수개의 사업장을 둔 사업자가 하나의 사업장에 관한 용역을 공급받으면서 다른 총괄 사업장 명의로 공급계약을 체결하고 대금을 지급한 후 세금계산서를 교부받은 경우, 용역을 공급받는 자는 총괄 사업자이므로, 그 세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하지 않는다고 한 사례.
[3] 사업자가 수종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산함에 있어서 그 공통매입세액과 관련된 과세사업과 면세사업 부분만의 당해 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의하여야 한다.