취득세등부과처분취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2003.04.15 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
등록면허세
【주문】
1. 피고가 2001. 7. 16. 원고에 대하여 한 등록세 24,759,820원, 지방교육세 금 4,539,290 원의 부과처분 중 등록세 금 24,756,740원, 지방교육세 금 4,538,730원을 각 초과하 는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 원고가 95%, 피고가 5%를 각 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 3. 27. 주식회사구본산업(이하 '구본산업'이라 한다)으로부터 고양시 덕양구 대자동 298-2 공장용지 6,717㎡(이하 ‘이 사건 공장용지’라 한다)와 그 지상 건축물 1,530.56㎡를 취득하였다며, 그 취득가액을 금 610,000,000원으로 하여 그에 따른 취득세 금 12,200,000원, 농어촌특별세 금 1,220,000원, 등록세 금 18,300,000원 및 지방교육세 금 3,660,000원을 자진 신고·납부하였다.
나. 그러나 피고는 원고가 이 사건 공장용지 및 그 지상의 시멘트블럭조 스레이트 지붕 생산시설 1,375.2㎡와 시멘트블럭조 스레이트 지붕 사원아파트 79.4㎡, 시멘트블럭조 스레이트 지붕 사무실 및 견본주택 76.0㎡ 합계 1,530.6㎡외에도 시멘트블럭조 스레이트 지붕 사무실 및 견본주택 6.6㎡(이상 전부를 이하 ‘이 사건 취득 부동산’이라 한다)까지 사실상 취득하였을 뿐 아니라 신고한 취득가액은 시가표준액에 미달한다는 이유로 지방세법 제111조 제2항, 130조 제2항에 의하여 이 사건 취득 부동산의 시가표준합계액인 금 1,297,773,300원과 원고 신고가액과의 차액인 금 687,773,300원(= 금 1,297,773,300원 - 금 610,000,000원)에 대하여 지방세법 제112조 제1항, 제121조, 제131조 제1항 제3호 제⑵목, 구 지방세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것) 제151조, 제260조의 3 제1항, 제260조의2, 구 농어 촌특별세법(2001.12.29 법률 제6549호로 개정되기 전의 것) 제5조, 제11조에 의한 세액을 산출하여 2001. 7. 16. 원고에게 취득세 16,506,550원(= 원세 금 13,755,460원 + 가산세 금 2,751,090원), 농어촌특별세 1,513,090원(= 본세 금 1,375,540원 + 가산세 금 137,550원), 등록세 24,759,820원(= 원세 금 20,633,190원 + 가산세 4,126,630원), 지방교육세 4,539,290원(= 본세 금 4,126,630원 + 가산세 금 412,660원)을 각 부과·고지하였다.
다. 이에 원고는 2001. 10. 15. 이의신청을, 2002. 3. 4. 심사청구를 차례로 하였으나 모두 기각되었다.
[증거] 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증(을 제3호증과 같다), 갑 제4호증, 갑 제9호증, 갑 제11호증, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 증인 이영길의 증언, 변론의 전취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 취득 부동산과 고양시 덕양구 대자동 298-1 임야 352㎡, 같은 동 300-1 임야 513㎡, 같은 동 300-3 임야 20㎡ 및 기계기구 172점 등(이하 ‘이 사건 낙찰 물건’이라 한다)을 금 802,200,000원에 낙찰받았다가 이 사건 낙찰 물건 일부에 마쳐진 근저당권 내지 가압류 등을 말소 내지 해제하여 금융기관으로부터 더 많은 액수를 대출받기 위해 법인인구본산업과 사이에 이 사건 낙찰 물건에 관하여 매매대금은 그 말소 내지 해제에 소요되는 비용인 금 865,292,917원으로 하여 매매계약을 체결하면서 이 사건 취득 부동산 부분에 관한 대금은 금 610,000,000원으로 하기로 하였으므로 이 사건 취득 부동산에 대한 취득가액인 금 610,000,000원을 초과하여 부과한 청구취지 기재 각 처분은 위법하다는 취지로 주장한다.
나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.
다. 판단

⑴ 인정사실

다음의 각 사실은 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증(을 제3호증과 같다), 갑 제9호증, 갑 제11호증, 갑 제12호증의 3 내지 6(각 일부), 7, 갑 제16호증의 1, 3, 8, 18의 각 기재 및 증인 이영길의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고 이에 반하는 갑 제12호증의 3(일부), 4(일부), 5(일부), 6(일부)의 각 기재만으로는 아래 사실을 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없다.
㈎ 주식회사 신한은행이 1999. 2. 이 사건 낙찰 물건 중 일부에 대하여 부동산임의경매신청을 하여 개시된 서울지방법원 의정부지원 99타경14900호 부동산임의경매절차에서 원고가 2000. 11. 10. 법원의 일괄입찰 결정으로 이 사건 낙찰 물건 중 부동산 전부를 금 802,200,000원에 낙찰받고 그 입찰보증금 80,220,000원만을 납부한 상태에서 주식회사 신한은행이 2001. 3. 원고의 동의를 받아 위 경매를 취하하였다.
㈏ 그 후 원고는 2001. 2. 20.구본산업과 사이에 이 사건 공장용지와 그 지상 건축물 1,530.56㎡에 관하여 매매대금을 금 610,000,000원으로 하는 내용의 매매계약서를 작성하였으나, 2001. 3. 27. 이 사건 취득 부동산 전부를 사실상 취득하였다. 그런데구본산업은 파주세무서장에 의하여 이미 1998. 12. 31. 직권 폐업되었었다.
㈐ 한편 원고는 이 사건 공장용지에 관하여는 2001. 3. 27., 시멘트블럭조 스레이트 지붕 2층 생산시설(등기부상으로는 공장 및 사무실) 1층 770.3㎡ 및 2층 76.0㎡, 시멘트블럭조 스레이트 지붕 생산시설(등기부상으로는 단층 공장) 528.9㎡, 시멘트블럭조 스레이트 지붕 사원아파트(등기부상으로는 단층 기숙사) 79.4㎡, 시멘트블럭조 스레이트 지붕 단층 사무실 및 견본주택(등기부상으로는 단층 공장) 76.0㎡에 관하여는 각 2001. 4. 4. 자신 앞으로 소유권이전등기를 마쳤으나, 시멘트블럭조 스레이트 지붕 사무실 및 견본주택(등기부상으로는 단층 수위실) 6.6㎡(이하 ‘이 사건 미등기 건물’이라 한다)에 관하여는 그에 대한 등기부 용지가 개설되어 있음에도 적어도 2003. 1. 20.까지는 자신 앞으로 소유권이전등기를 마치지 아니하였다.
㈑ 이 사건 취득 부동산 중 이 사건 미등기 건물의 시가표준액은 금 85,800원이며, 그 나머지의 시가표준합계액은 금 1,297,687,500원이다.
⑵ 판단

지방세법 제111조 제1항, 130조 제1항은 취득세 또는 등록세의 과세표준은 취득당시의 가액 또는 등기·등록 당시의 가액으로 하고, 지방세법 제11조 제2항, 제130조 제2항에 의하면, 그 각 가액은 취득자 또는 등기·등록자가 신고한 가액으로 하며, 다만 신고가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의하지만 지방세법 111조 제5항, 제3호, 제4호제130조 제3항은 법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득과 공매방법에 의한 취득의 경우에는 취득가격이 시가표준액에 미달하더라도 그 취득가격에 의하도록 되어 있고, 지방세법시행령 제82조의2 제1항 제2호에 의하면 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표 및 결산서를 법인장부로 보고 있는바, 이러한 지방세법 제111조 제5항의 취지는 같은 항 각호 해당 취득에 있어서는 그 취득가액이 명백하게 드러나는 것이어서 이 경우에는 취득자의 신고에 관계없이 사실상의 취득가액에 의하여 그 과세표준을 정한다는 것으로서 그와 같이 사실상의 취득가액에 의하여 과세표준을 정하는 것은 같은 조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 취득자의 신고에 의하여 과세표준을 정하는 원칙적인 방법에 대한 예외에 해당하는 것인 만큼 같은 조 제5항 각호에 해당되는 취득의 경우에만 한정하여 적용된다고 보아야 할 것이다.
이 사건에 있어구본산업이 작성한 원장 등의 법인장부에 의하여 이 사건 취득 부동산의 취득가격을 입증할 아무런 자료가 없는 이상 원고가 주장하는, 시가표준액에 미달하는 취득가격을 취득세 및 등록세의 과세표준으로 삼을 수는 없고, 따라서 원고가 사실상 취득한 이 사건 취득 부동산의 시가표준합계액인 금 1,297,773,300원을 과세표준으로 한 취득세 및 농어촌특별세 부과처분은 모두 적법하고, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
그러나지방세법 124조에 의하면, 등기 또는 등록하는 것을 등록세의 과세요건사실로서 규정하고 있고,지방세법 제130조 제1항,제104조 제4호,지방세법시행령 89조 제3항,제75조의 2각호,건축법 제2조 제1항 제2호 및 부동산등기법 제14조에 의하면, 등록세의 과세객체로서 부동산 중 토지를 제외한 건축물에는 등기의 대상이 되는 건물과 그렇지 아니한 건축물로 나눌 수 있고, 등기의 대상이 되는 건물인 경우 그것이 비록민법 제100조 제1항이 정한 종물이어서같은 조 제2항에 의하여 주물의 처분에 따른다 할지라도 이는 어디까지나 사법상의 효력을 정한 것에 불과하고 그에 관한 등록세 납세의무는 등기를 하는 때에 성립한다고 봄이 상당하다 할 것인바, 이 사건 미등기 건물은 등기의 대상이 되는 건물로서 등기부 용지가 개설되어 있는 사실과 원고는 2001. 3. 27. 사실상 이 사건 미등기 건물을 취득하긴 하였지만 피고가 자신에 대하여 등록세 및 지방교육세를 부과할 당시인 2001. 7. 16. 이후 적어도 2003. 1. 20.까지 이 사건 미등기 건물에 관하여 자신 앞으로 소유권이전등기를 마친 적이 없는 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 미등기 건물에 대한 시가표준액은 취득세의 과세표준액에 산입함은 별론으로 하고 등록세의 과세표준액에서는 제외되어야 할 것인데도 피고의 등록세 및 지방교육세 부과처분은 이를 제외하지 않고 합산하여 과세표준액을 산정한 위법이 있다고 할 것이다.
나아가 이 사건 미등기 건물을 제외한 나머지 부분에 대하여 원고가 추가로 납부하여야 할 세액을 계산해보면 다음에서 보는 바와 같이 등록세 금 24,756,740원, 지방교육세 금 4,538,730원이다.
[계산내역]

※ 과세표준 : 금 1,297,687,500원(= 금 1,297,773,300원 - 금 85,800원)

※ 미납과세표준 : 금 687,687,500원(= 과세표준 금 1,297,687,500원 - 기신고과세표준 금 610,000,000원)

※ 추가 납부할 등록세 : 금 24,756,740원{= 원세 금 20,630,620원(= 미납과세표준 금 687,687,500원 × 30/1000, 원 미만은 국고금단수계산법 제1조 제1항, 제5조에 의하여 버림, 이하 같다) + 가산세 금 4,126,120원(= 원세 금 20,630,620원 × 20/100)}

※ 추가 납부할 지방교육세 : 금 4,538,730원{= 원세 금 4,126,120원(= 추가 납부할 등록세 본세 금 20,630,620원 × 20/100) + 가산세 금 412,610원(= 원세 4,126,120원 × 10/100)}

3. 결론

그렇다면 이 사건 등록세 및 지방교육세 부과처분 중 위에서 인정한 부분을 초과한 각 금원에 대한 부분은 위법하므로 그 범위 내에서 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

작성한 원장 등의 법인장부에 의하여 취득 부동산의 취득가격을 입증할 아무런 자료가 없어, 시가표준액에 미달하는 취득가격을 취득세 및 등록세의 과세표준으로 삼을 수는 없어 처분은 적법하나, 미등기 건물에 대한 시가표준액은 취득세의 과세표준액에 산입함은 별론으로 하고 등록세의 과세표준액에서는 제외되어야 할 것이므로 처분은 위법하다.