창고에서 제품을 일부 가공한 자가물류도 물류사업에 해당되는지 (일반행정, 대법원)
공포일: 2017.09.14 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

상고이유를 이 사건 기록 및 원심판결과 대조하여 살펴보았으나, 상고이유에 관한 주장은 상고심 절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 않거나 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.
그러므로 상고를 기각하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2017. 4. 19. 선고 2016누70996 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문의 일부를 아래와 같이 고치거나 추가하는 것 이외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 고치거나 추가하는 부분

○ 제2쪽 이유 제14행의 "2012. 1. 30."을 "2013. 1. 30."로 고치고, 제3쪽 제14행의 "(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)"를 "(모두 가산세 포함, 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)"로 고친다.
○ 제6쪽 제4~11행을 아래와 같이 고친다.
「(2) 반면 이 사건 창고시설에서, 원고는 매입처로부터 완제품 상태로 매입한 철근, 철에이치빔, 철판, 고철 등을 적치하여 두었다가 이를 기보철강 주식회사 등 매출처에 판매한 후 매출처로 운송하기 위해 상차하는 작업 등 운송작업을 하고, 운송·보관에 필요하거나 매출처의 요구가 있는 일부 경우에 산소절단공구와 같은 절단기계로 철재 등의 길이를 조정하는 작업을 한다.」

○ 제8쪽 박스 아래 [인정 근거]에 "갑 제15호증, 을 제2호증"을 추가한다.
○ 제11쪽 제12행의 "국토해양부령"을 "국토교통부령"으로 고치고, 제17행의 "대통령령으로 정하는"을 삭제한다.
○ 제12쪽 제10행의 "이 사건 규정"을 "이 사건 조항"으로 고친다.
○ 제12쪽 제14행의 맨 뒤에 "[한편, 물류시설법이 2011. 8. 4. 법률 제11018호로 개정되면서 제2조 제5호의3으로 ‘물류창고업’이란 ‘화주의 수요에 따라 유상으로 물류창고에 화물을 보관하거나 이와 관련된 하역·분류·포장·상표부착 등을 하는 사업’을 말한다는 정의규정이 신설되었으나, 이는 위 개정 법률에서 물류창고의 효율적 관리 및 물류창고업자의 건전한 육성·발전을 도모하기 위하여 일정 규모 이상의 물류창고업에 관한 등록, 보조금 등의 재정지원 등을 규정한 제3장의2(물류창고업)를 신설하면서 함께 마련된 것으로, 위와 같은 물류창고업에 관한 일련의 규정의 신설로 인하여 이 사건 조항의 입법취지나 이 사건 조항이 적용되는 ‘물류사업을 직접 하려는 자’의 범위에 변경이 생겼다고 보기는 어렵다]"를 추가한다.
○ 제13쪽 제13행의 맨 뒤에 "(한편, 1995. 12. 6. 위 구 지방세법 제280조 제5항 제2호가 신설되어 1996. 1. 1. 시행될 당시에는 화물유통촉진법에 ‘물류사업’에 관한 정의규정이 마련되어 있지 않았고, 1995. 12. 29. 법률 제5110호로 개정되어 1996. 6. 30. 시행된 화물유통촉진법에서 비로소 유상성을 요건으로 하는 ‘물류사업’의 정의규정이 신설되었는데, 위 구 지방세법 제280조 제5항 제2호의 유통사업용 부동산에 대한 취득세 등 감면조항은 위 (가)항의 ②, ③과 같은 변경을 거치는 동안 제도의 목적 등에 본질적인 변화는 없었다)"를 추가한다.
○ 제13쪽 제13행과 제14행 사이에 아래와 같은 내용을 추가한다.
「(4) 물류단지 개발사업의 목적에 비추어 본 이 사건 조항의 적용범위

(가) 이 사건 조항은 ‘물류단지 등에 대한 감면’이라는 표제를 갖고 있고, 앞서 본 국토교통부의 정책자료에 따르면 물류단지개발 제도는 ‘우리나라가 그동안 물류사업에 대한 무관심으로 각종 물류시설의 설치가 미흡하고, 물류시설들이 관계법령에 의해 개별적으로 분산·설치되어 있어 물류시설 간 연계성이 부족하며, 시대변화에 따른 이용자들의 새로운 서비스 욕구의 충족이 미흡할 뿐만 아니라 유통구조 개선 및 물류비 절감효과의 저하와 교통량 증가 등의 부작용을 초래하였기 때문에 이와 같은 부작용을 해소하고 순기능을 향상시키기 위해 도입’된 것이다.
(나) 또한, 갑 제14호증의 기재와 제1심 법원의 이천시장, 광주시장, 김포시장에 대한 각 과세정보제출명령 회신결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 경기도 소재 대규모 물류단지에 입주한 기업들 중에는 자가물류업체도 포함되어 있는 사실이 인정된다.
(다) 이와 같이 물류단지개발 제도의 도입배경이 물류활동의 집적 및 선진화에 있는 점과 실제로 자가물류가 포함되어 있는 물류단지 조성현황을 고려할 때, 이 사건 조항의 적용범위에서 자가물류업체가 당연히 배제되어야 하는 것으로 볼 수는 없다.」

○ 제13쪽 제14행의 "(4)"를 "(5)"로 고친다.
○ 제15쪽 제11행의 맨 뒤에 "(이 사건 조항과 달리, 도시철도법 제2조 제6호의2 바목, 한국철도공사법 제9조 제1항 제7호는 도시철도부대사업이나 한국철도공사가 하는 사업을 정의하면서 ‘물류정책기본법에 따른 물류사업으로서 대통령령으로 정하는 사업’이라고 정의하고 있고, 조세특례제한법 제85조의9 제1항, 같은 법 시행령 제79조의10 제1항 제2호는 공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례를 규정하면서 ‘물류정책기본법 제2조에 따른 물류사업을 하는 자가 보유한 물류시설’을 그 대상으로 규정하고 있다)"를 추가한다.
○ 제16쪽 제8행의 "(제2조 제1호 가목)"을 "(제2조 제7호 가목)"으로 고친다.
○ 제17쪽 제10행의 맨 뒤에 "(피고가 주장하는 원고가 이 사건 창고시설에 적치해 두었던 물품을 매출처로 운송할 때 타인 소유의 화물차량을 이용하였다거나, 원고의 사업부서 중 물류사업부가 별도로 존재하지 않는다거나, 원고가 물류시설법 제21조의2에 따라 물류창고업의 등록을 하지 않았다는 등의 사정만으로 이 사건 창고시설의 성격을 달리 보기는 어렵다)"를 추가한다.
3. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-인천지방법원 2016. 10. 7. 선고 2016구합51393 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가·2015.·3.·11.·원고에 대하여 한 취득세·690,903,320원 및 지방교육세 51,641,610원의·부과처분을·모두·취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 취득세 등의 부과처분 경위

가. 원고는 1986. 7. 2. 설립되어 철재도매업, 고철납품업, 고철가공제조업, 철강재무역업 및 물류창고업 등을 영위하는 회사이다.
나. 원고는 인천 서구 사◈로 65번길 19에 위치한 본점 공장(이하 ‘본점 공장’이라고 한다)을 공장 및 하치장으로 사용해 왔는데 물류터미널 및 창고의 신축을 위해, 2012. 12. 4. 한국수자원공사로부터 인천터미널 물류단지 내에 위치한 별지 부동산 목록 제1항 기재 토지(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 분양대금 10,619,439,320원에 분양받았고, 2014. 6. 24. 그 소유권이전등기를 마쳤다.
다. 한편 원고는 피고에게 이 사건 토지가 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세특례제한법’이라고 한다) 제71조 제2항(이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다)에 따른 "물류사업용 부동산"임을 이유로 지방세(취득세)감면신청을 하였고, 이에 따라 피고는 원고에 대하여 이 사건 토지에 관한 취득세는 면제하고 2012. 12. 10. 농어촌특별세 8,495,550원을, 2013. 5. 3. 농어촌특별세 69,227,080원을 각 과세하였으며, 원고는 2012. 1. 30. 위 농어촌특별세 8,495,550원을, 2013. 5. 20. 위 농어촌특별세 69,227,080원을 각 납부하였다.
라. 이후 원고는 2014. 1. 29. 이 사건 토지 위에 별지 부동산 목록 제2항 기재 창고시설(이하 ‘이 사건 창고시설’이라 하고, 이 사건 토지와 함께 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 신축하여 2014. 3. 18. 그 소유권보존등기를 마쳤다.
마. 원고는 피고에게 이 사건 창고시설 역시 이 사건 조항에 따라 취득세 감면대상인 "물류사업용 부동산"임을 이유로 지방세(취득세) 감면신청을 하였고, 이에 따라 피고는 원고에 대하여 취득세는 면제하고 2014. 3. 12. 농어촌특별세 28,808,350원만을 과세하였으며, 원고는 2014. 3. 18. 위 농어촌특별세를 납부하였다.
바. 피고는 2014. 12. 9. 이 사건 부동산에 관한 현지확인을 실시한 후 ‘이 사건 부동산은 고철가공제조업 및 금속원료재생업을 위한 부대시설로 사용되고 있다.’는 이유로 이 사건 부동산이 취득세 감면대상인 ‘물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’이 아니라고 보아 2015. 3. 11. 원고에게 ① 이 사건 부동산에 관한 취득세 690,903,320원(= 이 사건 토지 503,533,770원 + 이 사건 창고시설 187,369,550원)을, ② 지방교육세 51,641,610원( = 이 사건 토지 42,580,990원 + 이 사건 창고시설 9,060,620원)을 각 부과·고지하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.
사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 3. 26. 인천광역시장에게 지방세이의신청을 하였으나, 2015. 6. 19. 인천광역시장은 위 신청을 기각하는 결정을 하였고, 원고는 2015. 8. 24. 조세심판원에 지방세심판청구를 하였으나, 2015. 12. 18. 조세심판원은 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10, 15호증, 을 제4, 5, 7, 8호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 주장

1) 원고

원고가 이 사건 부동산에서 영위하는 사업의 핵심은 ‘고철 및 신제품 철제를 공급자로부터 수요자에게로 이동시키는 것’으로서 본질적으로 물건을 ‘유통’시키는 사업에 해당한다.
이 사건 조항은 기업의 물류비용 절감을 위해 물류사업용 부동산에 대한 지방세를 감면해주려는 목적으로 제정된 것인 점, 이 사건 조항에 따른 취득세 등 감면제도는 정부의 물류단지개발사업에 따라 조성된 물류단지 내 기업의 물류시설 설치를 장려하기 위한 것으로서, 물류단지개발사업의 목적이 자가물류, 제2자물류(자회사물류), 제3자물류를 모두 포함한 물류활동의 집적 및 선진화에 있는 점에 비추어 보면, 이 사건 조항에 의한 지방세 감면대상인 ‘물류사업’에는 자가물류도 포함된다고 보아야 한다.
한편 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제2조 제1호에 의하면, ‘물류시설’에는 화물의 운송·보관·하역을 위한 시설뿐만 아니라 이에 부가되는 가공·조립·분류·수리·포장·상표부착·판매·정보통신 등을 위한 시설도 포함되므로, 이 사건 창고시설에서 제품의 운송, 보관, 하역을 위한 일부 가공이 이루어졌다고 하더라도 이 사건 부동산에서 이루어진 원고의 사업이 ‘물류사업’에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다.
2) 피고

원고가 ‘물류사업을 직접 하려는 자’에 해당하여야만 이 사건 조항의 적용을 받을 수 있는데, 이 사건 조항상의 ‘물류사업’이란 물류정책기본법이 그 정의로 규정하고 있는 바와 같이 ‘화주의 수요에 따라 유상으로 물류활동을 영위하는 것을 업으로 하는 것’이어서 원고와 같이 화주기업이 자신의 물류업무를 자사의 인력, 장비, 시설 등 자기자산을 이용하여 직접 수행하는 이른바 ‘자가물류’를 하는 경우에는 이 사건 조항에 규정된 ‘물류사업’에 해당하지 아니하므로, 원고는 이 사건 조항의 적용을 받을 수 없다.
또한 원고가 이 사건 창고시설에서 용접설비를 구비하고 용접 등 철제 가공작업을 하였을 뿐만 아니라 이 사건 부동산을 물류사업용이 아닌 고철 스크랩의 야적과 하치, 고철의 가공 등에 이용함으로써 고철가공제조업 및 금속원료재생업을 위한 부대시설로 사용하였으므로, 이 사건 부동산은 ‘물류사업용 부동산’에 해당하지 아니하여 이 사건 부동산에 관하여는 이 사건 조항이 적용되지 아니한다.
따라서 이 사건 처분은 적법하다.
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단

1) 인정 사실

가) 원고는 이 사건 토지를 분양받은 후 ① 2013. 5. 3. 피고에게 물류사업용 부동산을 취득하였다는 신고를 하였고, ② 법인등기부의 목적란에, ㉠ 2012. 6. 15. 철강재무역업을, ㉡ 2013. 5. 20. 물류창고업을 각 추가하는 내용의 법인변경등기를 마쳤으며, ③ 2013. 5. 24. 사업자등록증에도 물류창고업을 등재하였고, ④ 2014. 12. 19 서인천세무서에 하치장설치신고서를 제출하였다.
나) 본점 공장 및 이 사건 창고시설의 이용 현황

(1) 본점 공장에서, 원고는 철근, 철판, 분철(금속을 깎을 때 만들어지는 부스러기) 등의 고철을 매입하여 포크레인을 이용해 하역한 후 이를 종류별로 분류하거나 자석을 이용하여 건설폐기물 등에서 고철 부스러기를 분리해 내는 분철작업을 하고, 길로틴 기계(압축절단기)를 이용하여 운송·보관 및 용광로 투입에 용이하도록 절단한 다음 이를 보관하다가 판매처로 운송하기 위해 상차하는 작업을 한다.
(2) 반면 이 사건 창고시설에서, 원고는 매입처로부터 완제품 상태로 매입한 철근, 철에이치빔, 철판, 고철 등을 적치하여 두었다가 이를 기보철강 주식회사 등 매출처에 판매한 후 매출처로 운송하기 위해 상차하는 작업, 매출처로의 운송작업을 하는 자가물류를 하고 있을 뿐 본점 공장과 같은 분철작업이나 길로틴 기계를 이용한 가공작업은 하지 않는다. 다만 원고가 이 사건 창고시설에서 매출처의 요구에 맞게 철제의 길이나 크기를 조절하기 위한 절단작업은 하였지만 이는 기계화나 설비화된 절단시설이 아니라 조작과 이동이 비교적 간편한 산소절단기구를 이용한 단순 가공작업에 불과하다.
다) 국토교통부가 2015. 1. 29. 그 인터넷 홈페이지에 등록한 ‘물류의 개념’ 및 ‘물류단지개발’에 관한 정책자료의 주요 내용은 아래와 같다.
(1) 물류의 개념

(2) 물류단지개발

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1. 제도의 도입배경

ㅇ 우리나라는 그 동안 물류산업에 대한 무관심으로 물류터미널·집배송단지·도소매단지·농수산물도매시장 등의 각종 물류시설의 설치가 미흡하고, 물류시설들이 관계법령에 의해 개별적으로 분산·설치되어 왔음.
ㅇ 이에 따라 물류시설 간의 연계성이 부족하고 시대변화에 따른 이용자들의 One-stop서비스 등 새로운 서비스 욕구의 충족이 미흡할 뿐만 아니라, 유통구조 개선 및 물류비 절감효과의 저하와 교통량 증가 등의 부작용을 초래하였음.
ㅇ 정부는 이와 같은 부작용을 해소하고 순기능을 향상시키기 위해 1995. 12. 29. 유통단지개발촉진법을 제정하여 물류단지개발제도를 도입(1996. 6. 30. 시행)하였고, 물류시설의 중복투자 방지 및 물류시설의 종합적인 조정기능을 강화하기 위하여 화물유통촉진법 및 유통단지개발촉진법을 전면 개정하여 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률(2007. 8. 3. 공포)」로 일원화하였음.
2. 물류단지의 개념

ㅇ 물류단지는 물류터미널·공동집배송단지·도소매단지·농수산물도매시장 등의 「물류시설」과 정보·금융·입주자편의시설 등의「지원시설」을 집단적으로 설치하기 위한 일단의 토지임.
ㅇ 물류단지개발사업은 이와 같은 물류시설을 설치하기 위한 부지의 조성 및 기반시설의 설치에 대한 사업임

3. 물류단지의 기능

□ 물류기능

ㅇ 환적기능 : 불특정 화주를 대상으로 지역간 화물의 수송 및 하역의 거점기능을 수행하고 대·소 수송업체가 입주하여 영업용 화물을 수송하거나 자가물류업체가 입주하여 자체 화물의 연계운송을 담당

ㅇ 집배송기능 : 특정 화주를 대상으로 일정 지역 내에서 화물을 산지로부터 집하하거나 최종 수요지까지 배송하는 기능을 갖고 주로 최종상품을 취급하며, 국내에서는 자가물류업체가 직접 담당하는 것이 일반적이지만, 대·소 수송업체에게 위탁하는 것이 선진국의 일반적인 형태 임

ㅇ 보관기능 : 불특정 화주를 대상으로 원재료 혹은 제품의 분류, 보관 및 일부 가공기능을 수행하고 물품의 특성에 따라 일반창고 및 냉동·냉장창고, 위험물창고 등의 보관시설과 가공공장이 결합된 형태

ㅇ 조립·가공기능 : 생산자가 일괄적으로 생산한 반제품을 수요자의 요구에 따라 조립 혹은 가공하는 제조기능을 대행한다. 특히 공동의 업종이 수행하는 동일한 조립·가공기능을 통하여 수행할 수 있다는 점에서 일반 공단의 조립·가공기능과 차이가 있음.
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[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 11 내지 13, 20 내지 23호증의 각 기재 또는 영상, 변론 전체의 취지

2) 원고가 이 사건 조항의 ‘물류사업을 직접 하려는 자’에 해당하는지 여부

가) 조세법률주의의 원칙상 조세에 관한 법률규정은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하며, 합리적 이유 없이 확장 또는 유추하여 해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2000두4378 판결 등 참조).
나) 지방세특례제한법에는 ‘물류사업’의 정의규정이 존재하지 아니하고 있고 이에 관한 준용규정도 마련되어 있지 아니한바, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 ‘물류사업’이란 자기가 보유하거나 관리하는 재화에 대하여 자기의 시설·장비·인력 등을 사용하여 물류활동을 하는 이른바 ‘자가물류’를 포함하는 개념으로서 원고가 이 사건 부동산에서 영위하고 있는 자가물류사업 역시 이 사건 조항에서 규정하고 있는 물류사업에 해당한다고 봄이 타당하다.
따라서 원고는 이 사건 조항의 ‘물류사업을 직접 하려는 자’에 해당한다.
(1) ‘물류사업’의 문언적 의미

(가) ① 경제용어로서의 ‘물류’는 ‘물적유통(Physical Distribution)을 줄인 말로서 생산자로부터 소비자까지의 물(物)의 흐름을 가리키는 것이고, 구체적으로는 생산된 상품을 수송·하역·보관·포장하는 과정과 유통가공 등의 물자유통 과정을 모두 포함한 용어’라고 설명되고 있다. ② 앞서 본 국토교통부의 정책자료에 따르면, ㉠ 물류는 ‘국내·외적으로 생산과 소비를 연결하는 물리적 경제활동으로 구체적으로 운송·보관·하역 등과 이에 부가되어 가치를 창출하는 가공(포장, 조립 등)·정보활동 등’을 의미하는 것이고, ㉡ 물류를 화주와 물류기업의 관계에 따라 구분할 경우 화주기업이 자사의 인력·장비·시설 등 자기자산을 이용하여 자신의 물류업무를 직접 수행하는 자가물류와 화주기업이 그와 특수관계에 있지 아니한 물류기업에 물류활동의 일부 또는 전부를 위탁하는 제3자물류 등으로 구분되며, ㉢ 물류단지의 기능 중 하나인 ‘환적기능’에는 자가물류업체가 물류단지에 입주하여 자체 화물의 연계운송을 담당하는 경우 또한 포함되고, 물류단지기능 중 하나인 ‘집배송기능’에도 국내에서 일반적으로 이루어지고 있는 자가물류업체의 직접 담당 방식이 포함되는 것으로 되어 있으며, ③ 한편 구 물류정책기본법(2015. 6. 22. 법률 제13374호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘물류정책기본법’이라고 한다)은 물류를 ‘재화가 공급자로부터 조달·생산되어 수요자에게 전달되거나 소비자로부터 회수되어 폐기될 때까지 이루어지는 운송·보관·하역 등과 이에 부가되어 가치를 창출하는 가공·조립·분류·수리·포장·상표부착·판매·정보통신 등을 말한다.’고 정의내리고 있다(제2조 제1항 제1호 참조).
(나) 한편 사업의 사전적 의미는 "어떤 일을 일정한 목적과 계획을 가지고 짜임새 있게 지속적으로 경영함. 또는 그 일."이다.
(다) 이와 같은 물류의 경제용어로서의 의미와 분류, 관계 법령의 규정, 사업의 사전적 정의 등을 종합하여 보면, ‘물류사업’의 문언적 의미는 ‘재화가 공급자로부터 조달·생산되어 수요자에게 전달되거나 소비자로부터 회수되어 폐기될 때까지 이루어지는 운송·보관·하역 등과 이에 부가되어 가치를 창출하는 가공·조립·분류·수리·포장·상표부착·판매·정보통신 등에 관한 사업’으로 볼 수 있고, 그 개념 자체에서 물류사업의 운영주체가 공급자와 구별되는 제3자로만 한정되는 것으로는 볼 수 없다 할 것이므로, 자기가 보유하거나 관리하는 재화에 대하여 자기의 시설·장비·인력 등을 사용하여 물류활동을 하는 ‘자가물류’ 역시 ‘물류사업’의 문언적 의미에 포함된다고 보아야 한다.
(2) 구 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률의 규정에 비추어 본 이 사건 조항의 입법취지

(가) ① 구 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률(2015. 12. 29. 법률 제13683호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘물류시설법’이라고 한다)은, 물류시설을 합리적으로 배치·운영하고 물류시설 용지를 원활히 공급하여 물류산업의 발전을 촉진함으로써 국가경쟁력을 강화하고 국토의 균형 있는 발전과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하면서(제1조), 국가 또는 지방자치단체는 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 위하여 지방세특례제한법 등으로 정하는 바에 따라 지방세 등을 감면할 수 있다고 규정하고 있다(제58조). ② 또한 물류시설법은, 물류단지란 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치·육성하기 위하여 지정·개발하는 일단의 토지를 말하고(제2조 제6호), 물류단지시설은 화물의 운송·집화·하역·분류·포장·가공·조립·통관·보관·판매·정보처리 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는 물류터미널 및 창고 등을 말하며(제2조 제7호), 물류단지를 조성하는 물류단지개발사업의 시행자는 물류단지개발사업에 따라 개발한 토지·시설 등을 직접 사용하거나 분양 또는 임대하여야 하고(제2조 제9호, 제50조 제1항), 물류단지의 입주기업체는 물류단지를 조성하는 물류단지개발사업 시행자와 분양계약을 체결한 날부터 국토해양부령으로 정하는 기간 안에 그 물류단지시설의 건설공사에 착수하거나 토지·시설 등을 처분하여야 한다(제50조의2 제1항)고 규정하고 있다.
(나) 한편 ① 지방세특례제한법의 이 사건 조항은 ’물류시설법에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 개발하는 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 대통령령으로 정하는 물류사업용 부동산‘에 대하여는 2014. 12. 31.까지 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, ② 구 지방세특례제한법 시행령(2016. 6. 28. 대통령령 제27285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조는 ‘물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’이란 물류시설법 제2조 제7호에 따른 ‘물류단지시설’을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물을 말한다고 규정하고 있다.
(다) 이 사건 조항과 앞서 본 물류시설법의 규정 등을 종합하여 보면, 이 사건 조항의 입법취지는 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 물류단지개발사업 시행자로부터 물류단지를 분양받아 그곳에 물류창고 등 물류단지시설을 설치하는 경우 그 물류단지 및 물류단지시설에 관한 취득세 등을 감경·면제함으로써 물류시설이 합리적으로 배치되고 집단적으로 설치·육성되는 물류단지의 원활한 개발 및 그 입주기업체의 유치를 통한 물류산업 발전을 촉진하는 것’이라고 할 것이다.
(라) 따라서 위와 같이 이 사건 규정의 입법 근거가 된 물류시설법의 규정에 의하여 알 수 있는 ‘물류시설이 합리적으로 배치되고 집단적으로 설치·육성되는 물류단지의 원활한 개발 및 그 입주기업체의 유치를 통한 물류산업 발전 촉진‘이라는 이 사건 조항의 입법취지에 비추어 보더라도 ’물류사업을 직접 하려는 자‘에 자가물류업체가 당연히 배제되어야 하는 것으로 해석될 수는 없다고 할 것이다.
(3) 구 지방세법상 지방세 감면규정의 제정이유와 그 개정연혁에 비추어 본 이 사건 조항에 의한 지방세 감면 이유

(가) ① 1995. 12. 6. 법률 제4995호로 구 지방세법이 개정되면서 신설된 구 지방세법 제280조 제5항 제2호는 ‘유통사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 유통사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.’고 규정하고 있었고, 그 제정이유는 ‘물류비용 절감을 위하여 유통단지에 대하여 지방세를 감면한다.’는 것이었다(법제처 발간 제정이유 중 해당 부분 참조). ② 2008. 12. 31. 법률 제9302호로 구 지방세법이 개정되면서 개정 전 구 지방세법 제280조 제5항 제2호의 ‘유통사업’이라는 용어가 ‘물류사업’으로 개정되었다.(2008. 12. 31. 법률 제9302호로 개정된 구 지방세법 제280조 제5항 제2호는 "물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다."고 규정하고 있다) ③ 그 후 지방세법상의 과세면제 및 경감에 관한 규정 등을 일괄 규정하기 위하여 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 지방세특례제한법이 제정되면서 이 사건 조항이 신설되는 한편 같은 날 법률 제10221호로 지방세법이 전부 개정되어 위와 같은 구 지방세법상의 물류사업용 부동산에 관한 과세면제 규정이 삭제되었다.
(나) 위와 같은 구 지방세법상 유통사업용 부동산에 관한 취득세 등 감면규정의 제정이유와 그 개정연혁 등에 비추어 보면, 이 사건 조항이 물류단지 및 물류단지시설에 대하여 지방세를 감면하여 주는 이유는 "물류비용 절감"에 있다고 볼 수 있다.
(다) 따라서 이 사건 조항이 위와 같이 지방세를 감면하여 주는 이유인 물류비용 절감의 측면에서 보더라도 ’물류사업을 직접 하려는 자‘에 자가물류업체가 당연히 배제되어야 한다고 할 수는 없다.
(4) 지방세특례제한법 자체에 준용규정을 두고 있지 아니함에도, 물류정책기본법상의 ‘물류사업’에 관한 정의규정이 이 사건 조항에 유추적용될 수 있는지 여부

(가) 물류정책기본법은 ‘물류체계의 효율화, 물류산업의 경쟁력 강화 및 물류의 선진화·국제화를 위하여 국내외 물류정책·계획의 수립·시행 및 지원에 관한 기본적인 사항을 정함으로써 국민경제의 발전에 이바지함’을 목적으로 마련된 법률이다(제1조).
(나) 물류정책기본법은 ① ‘물류사업’을 ‘화주의 수요에 따라 유상으로 물류활동을 영위하는 것을 업으로 하는 것’으로, 제3자물류를 ‘화주가 그와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 아니한 물류기업에 물류활동의 일부 또는 전부를 위탁하는 것’으로 각 정의(제2조 제1항 제2, 10호)하면서, ② ‘물류기업 및 화주는 물류사업을 원활히 하고 물류체계의 효율성을 증진시키기 위하여 노력하고, 국가 또는 지방자치단체의 물류정책 및 계획의 수립·시행에 적극 협력하여야 한다.’고 물류기업 및 화주의 책무에 관하여 규정(제5조)하고 있는 한편, ③ ‘국토교통부장관은 해양수산부장관 및 산업통상자원부장관과 협의하여 화주기업이 자가물류(자기가 보유하거나 관리하는 재화에 대하여 자기의 시설·장비·인력 등을 사용하여 물류활동을 하는 것을 말한다)를 제3자물류로 전환하도록 유도하기 위한 시책을 강구하여야 하고, 제3자물류를 활용하기 위한 자가물류시설 매각시 필요한 지원을 할 수 있다.’고 규정(제37조 제1항, 제2항)함으로써 자가물류 역시 물류의 한 방식으로 이루어지고 있음을 전제로 하여 국토교통부장관으로 하여금 자가물류를 하는 기업이 제3자물류로 물류방식을 전환하도록 유도하여 궁극적으로는 제3자물류 방식에 의한 물류체계의 효율화, 물류산업의 경쟁력 강화 및 물류의 선진화·국제화를 도모하려 하고 있다.
(다) 이러한 물류정책기본법의 제정이유와 그 규정내용에 비추어 물류정책기본법은 ‘자가물류 방식의 존재 자체를 부정하거나 금지되는 것을 전제로 하고 있지 아니한 채 제3자물류 방식에 의한 물류체계의 효율화, 물류산업의 경쟁력 강화 및 물류의 선진화·국제화’라는 입법목적 하에서 정책적으로 전환을 유도하고자 하는 제3자물류와 같이 독자성·전문성과 경쟁력이 있는 물류방식을 염두에 두고서 물류사업의 통상적 내지 문언적 의미보다 축소하여 유상성을 전제로 한 물류사업의 정의규정을 특별히 마련한 것으로 볼 수 있으므로, 지방세특례제한법이 명시적인 준용규정을 마련하고 있지 아니한 이상 그 입법취지, 제정이유를 달리하는 이 사건 조항의 ‘물류사업’에 물류정책기본법상 물류사업의 정의규정이 당연히 유추적용된다고 보기는 어렵다.
(라) 또한 물류정책기본법상 물류사업은 ‘화주의 수요에 따라 유상으로 물류활동을 영위하는 것을 업으로 하는 것’을 말하므로, 화주기업이 자신과 특수관계에 있는 자회사나 계열회사 등에 위탁하여 물류업무를 수행하는 이른바 자회사물류(이 경우 화주와 물류기업 사이에 물류정책기본법 시행령 제2조, 법인세법 시행령 제87조 제1항 제6, 7호의 ‘특수관계’가 있으므로 물류정책기본법상 제3자물류에는 포섭되지 않는다)의 경우도 그 물류활동의 유상성만 인정된다면 위 물류사업에 포섭된다고 할 것인데, 물류정책기본법상의 물류사업의 정의규정을 유추적용하여 이 사건 조항을 해석할 경우 자회사물류의 경우는 취득세가 감면되는 반면 자가물류의 경우는 취득세가 감면되지 않는 결과를 초래하게 되는바, 앞서 본 이 사건 조항의 입법취지 등에 비추어 지방세특례제한법상 취득세 감면 여부를 결정함에 있어 위와 같은 자신이 지배하는 자회사 등에 위탁하여 물류업무를 처리하는 자회사물류의 경우와 자기가 보유하거나 관리하는 재화에 대하여 자기의 시설·장비·인력 등을 사용하여 물류활동을 하는 자가물류의 경우를 구별할 본질적인 차이가 있다고 보기도 어렵다.
3) 이 사건 부동산이 이 사건 조항의 ‘물류사업용 부동산’에 해당하는지 여부

가) ① 물류시설법에 의하면, ‘물류시설’에는 화물의 운송·보관·하역을 위한 시설뿐만 아니라 이에 부가되는 가공·포장 등을 위한 시설도 포함되고(제2조 제1호), ‘물류단지시설’에는 화물의 운송·집화·하역·분류·포장·가공·조립·통관·보관·판매·정보처리 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는 물류창고 등이 포함되며(제2조 제1호 가목), 여기서 말하는 ‘물류창고’는 화물의 저장·관리, 집화·배송 및 수급조정 등을 위한 보관시설·보관장소 또는 이와 관련된 하역·분류·포장·상표부착 등에 필요한 기능을 갖춘 시설을 말하는 것(제2조 제5호의2)이고, ② 앞서 본 국토교통부 정책자료에 의하면 물류단지의 기능 중 일부인 보관기능에는 ‘일부 가공기능 수행’도 포함되는 것으로 되어 있으며, ③ 구「지방세특례제한법 시행령」제33조는 ‘물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’이란 ‘물류단지시설’을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물을 말한다고 규정하고 있다.
나) 앞서 본 바와 같이, ① 원고는 이 사건 창고시설을 건축하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였고, 이 사건 토지의 취득일로부터 5년 이내에 이 사건 창고시설을 건축하였던 점, ② 원고는 이 사건 창고시설에 원고가 매입처로부터 완제품 상태로 매입한 철근, 철에이치빔, 철판 등을 보관하여 두었다가 이를 기보철강 주식회사 등 매출처에 판매한 후 매출처로 운송하기 위해 상차하는 작업을 하였는바, 이 사건 창고시설은 화물의 저장·관리, 집화·배송 및 수급조정 등을 위한 보관시설·보관장소에 해당한다고 볼 수 있는 점, ③ 원고가 이 사건 창고시설에서 매출처가 요구한 길이나 크기에 맞추기 위해 기계화나 설비화된 절단시설이 아니라 조작·이동이 비교적 간편한 산소절단기구를 이용하여 철제류를 단순히 절단하는 정도의 가공작업만을 하고 있을 뿐 본점 공장에서 이루어진 바와 같은 고철의 분류작업, 길로틴 기계(압축절단기)를 이용한 가공작업 등은 하지 않으므로, 원고가 이 사건 창고시설에서 한 일부 가공행위는 운송·보관에 부가되는 정도의 것으로서 앞서 본 물류의 개념에 포섭되는 ‘가공’의 정도에 불과하고 이 사건 창고시설과 본점 공장은 그 위치가 명백히 떨어져 있고 이용현황에서도 확연하게 구분되는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 창고시설은 본점 공장의 부대시설에 불과한 것이 아니라 물류시설법상 물류단지시설인 물류창고라고 할 것이다.
따라서 이 사건 창고시설의 부지인 이 사건 토지는 ‘물류단지시설’을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 부동산은 이 사건 조항에서 말하는 물류사업용 부동산에 해당한다.
4) 소결론

따라서 원고는 이 사건 조항의 ‘물류사업을 직접 하려는 자’에 해당할 뿐만 아니라 이 사건 부동산은 이 사건 조항의 ‘물류사업용 부동산’에 해당한다고 봄이 타당하므로 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【조세심판원 조심2015지1159, 2015. 12. 18.】

【주문】 기각

심판청구를 기각한다.
【이유】

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2013.3.18.OOO로부터 취득하고, 2014.1.29. 이 건 토지상에 건축물 9,428.67㎡(이하 "이 건 건물"이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 "이 건 부동산"이라 한다)를 신축취득한 후 처분청으로부터「지방세특례제한법」제71조에 따른 "물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"으로 하여 각 취득에 대하여 취득세 등을 감면받았다.
나. 처분청은 2014년 2월 현지확인한 결과 이 건 부동산이 취득세 감면대상인 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산이 아니라고 보아 2015.3.11. 청구법인에게 이 건 부동산에 대한 취득세 OOO을 부과·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.3.26. 이의신청을 거쳐 2015.8.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「지방세특례제한법」제71조제2항, 같은 법 시행령 제33조 및 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조에 따라 이 건 토지를 취득하고 이 건 토지상에 창고시설을 신축하여 물류사업용 부동산으로 직접 사용하고 있는바, 처분청은 이 건 부동산이 "물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이 아니라고 주장하나, 이 건 취득세 감면 여부는「지방세특례제한법 시행령」제33조와 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제7호의 정의에 따라 해석하여야 함에도 해당 법령에서 규정하고 있지 않는「물류정책기본법」제2조에서 규정한 물류사업의 정의에 따라 확장 해석하여 청구법인을 감면대상이 아니라고 판단하고 있다.
처분청과 같은 해석을 하려면 연관되는 시행령에서 "법 제71조 제2항에서 물류사업이라 함은「물류정책기본법」제2조정의에 의한다"라는 등으로 규정을 하였어야 하는바, 이러한 규정이 없음에도 불구하고 「물류정책기본법」에 의하여 확장해석하는 것은 타당하지 않으며, 또한, 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제5의3호에서 "물류창고업"이란 화주(貨主)의 수요에 따라 유상으로 물류창고에 화물을 보관하거나 이와 관련된 하역·분류·포장·상표부착 등을 하는 사업으로, 같은 법 제2조 제7호에서 "물류단지시설"이란 화물의 운송·집화·하역·분류·포장·가공·조립·통관·보관·판매·정보처리 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는 물류터미널 및 창고 등의 시설을 말하는 것으로 규정되어 있는바, 이에 대하여 감면을 청구한 것이기 때문에「지방세특례제한법」제71조제2항 및 같은 법 시행령 제33조에서 물류사업용 부동산에 대한 인정가능 범위에 대해서만 명시하고 사용주체에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않아 어떠한 기업이라도 물류단지 내 부동산을 취득하여 물류시설로 사용하는 경우라면 취득세 등의 감면대상에 해당된다고 보이므로 이 건 부동산에 대한 취득세 부과처분은 부당하다(결과적으로「지방세특례제한법」제71조제2항에 규정된 "물류사업을 직접 하려는 자"의 "물류사업"은「물류정책기본법」제2조의 정의에 의한 법률상 용어가 아니라 단순한 일반명사에 불과하다).
나. 처분청 의견

이 건 부동산은 OOO으로 청구법인이 물류사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 것이 아니라 고철스크랩의 야적장과 하치장, 고철의 가공(용접시설 및 현장용접 등) 등 본점 공장의 하역 공간 등의 부족을 보완하기 위한 것이거나 청구법인 운영사업의 일부인 고철가공 제조업 및 금속원료 재생업의 부대시설로 사용되고 있는 것을 첨부된 증빙사진에서 확인할 수 있으며, 청구법인이 주장하는 바와 같이 이 건 부동산이 사실상 물류사업에 직접 사용되고 있다고 주장할 만한 증빙자료는 없는 것으로 판단된다.
「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조에서 규정하고 있는 "물류사업용 부동산"의 정의는 해당 법령에 따라 적용할 것이지만, 「물류정책기본법」제6조에서 "물류에 관한 다른 법률을 제정하거나 개정하는 경우에는 이 법의 목적과 물류정책의 기본이념에 맞도록 하여야 하며 이 법에 규정된 것 외의 물류시설의 개발 및 운영, 물류사업의 관리와 육성 등에 관하여는 따로 법률로 정한다"라고 규정하고 있으므로 물류사업에 관한 기본적인 사항을 정의함에 있어 물류정책·계획의 수립·시행 및 지원에 관한 기본적인 사항을 정하는 것을 목적으로 하는 「물류정책기본법」을 준용하는 것은 타당하다고 판단된다.
물류사업의 기본적인 용어인 "물류사업"을 해석함에 있어「물류정책기본법」제2조제1항 제2호의 "물류사업이란 화주의 수요에 따라 유상으로 물류활동을 영위하는 것을 업으로 하는 것으로 다음 각 목의 사업을 말한다"라는 규정에 따라 물류사업을 판단하여야 하며, 청구법인이 화주의 수요에 따라 유상으로 물류활동을 영위하는 물류사업을 직접 하려는 자에 해당하지 아니한다고 보는 것에는 이의가 없다고 할 것이다.
따라서, 청구법인이 이 건 부동산에서 관련 법령에서 정하는 "물류사업"을 하고 있다고 볼 수 없고, 또한 이 건 부동산이 해당 용도에 직접 사용되고 있다고 보기도 어려우므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 취득한 이 건 부동산이 취득세 감면대상인 "물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제71조(물류단지 등에 대한 감면) ① 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다.
② 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.
제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령

제33조(물류사업용 부동산의 범위) 법 제71조 제2항에서 "제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제7호에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 받아 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우는 제외한다)을 말한다.
(3) 물류정책기본법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "물류(物流)"란 재화가 공급자로부터 조달·생산되어 수요자에게 전달되거나 소비자로부터 회수되어 폐기될 때까지 이루어지는 운송·보관·하역(荷役) 등과 이에 부가되어 가치를 창출하는 가공·조립·분류·수리·포장·상표부착·판매·정보통신 등을 말한다.
2. "물류사업"이란 화주(貨主)의 수요에 따라 유상(有償)으로 물류활동을 영위하는 것을 업(業)으로 하는 것으로 다음 각 목의 사업을 말한다.
가. 자동차·철도차량·선박·항공기 또는 파이프라인 등의 운송수단을 통하여 화물을 운송하는 화물운송업

나. 물류터미널이나 창고 등의 물류시설을 운영하는 물류시설운영업

다. 화물운송의 주선(周旋), 물류장비의 임대, 물류정보의 처리 또는 물류컨설팅 등의 업무를 하는 물류서비스업

3. "물류체계"란 효율적인 물류활동을 위하여 시설·장비·정보·조직 및 인력 등이 서로 유기적으로 기능을 발휘할 수 있도록 연계된 집합체를 말한다.
4. "물류시설"이란 물류에 필요한 다음 각 목의 시설을 말한다.
가. 화물의 운송·보관·하역을 위한 시설

나. 화물의 운송·보관·하역 등에 부가되는 가공·조립·분류·수리·포장·상표부착·판매·정보통신 등을 위한 시설

다. 물류의 공동화·자동화 및 정보화를 위한 시설

라. 가목부터 다목까지의 시설이 모여 있는 물류터미널 및 물류단지

5. "물류공동화"란 물류기업이나 화주기업(貨主企業)들이 물류활동의 효율성을 높이기 위하여 물류에 필요한 시설·장비·인력·조직·정보망 등을 공동으로 이용하는 것을 말한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제19조 제1항 각 호 및 같은 법 제26조 제1항 각 호에 해당하는 경우(같은 법 제19조 제2항에 따라 공정거래위원회의 인가를 받은 경우를 제외한다)를 제외한다.
6. "물류표준"이란「산업표준화법」제12조에 따른 한국산업표준 중 물류활동과 관련된 것을 말한다.
10. "제3자물류"란 화주가 그와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 아니한 물류기업에 물류활동의 일부 또는 전부를 위탁하는 것을 말한다.
② 제1항 제2호에 따른 각 물류사업의 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.
제6조(다른 법률과의 관계) ① 물류에 관한 다른 법률을 제정하거나 개정하는 경우에는 이 법의 목적과 물류정책의 기본이념에 맞도록 하여야 한다.
② 이 법에 규정된 것 외의 물류시설의 개발 및 운영, 물류사업의 관리와 육성 등에 관하여는 따로 법률로 정한다.
제36조(물류산업의 육성 등) ① 국토교통부장관 및 해양수산부장관은 화주기업에 대하여 운송·보관·하역 등의 물류서비스를 일관되고 통합된 형태로 제공하는 물류기업을 우선적으로 육성하는 등 물류산업의 경쟁력을 강화하는 시책을 강구하여야 한다.
② 국토교통부장관·해양수산부장관 또는 산업통상자원부장관은 제1항에 따른 물류기업의 육성을 위하여 다음 각 호의 조치를 할 수 있다.
1. 이 법 또는 대통령령으로 정하는 물류 관련 법률에 따라 국가 또는 지방자치단체의 지원을 받는 물류시설에의 우선 입주를 위한 지원

2. 물류시설·장비의 확충, 물류 표준화·정보화 등 물류효율화에 필요한 자금의 원활한 조달을 위하여 필요한 지원

제37조(제3자물류의 촉진) ① 국토교통부장관은 해양수산부장관 및 산업통상자원부장관과 협의하여 화주기업이 자가물류(자기가 보유하거나 관리하는 재화에 대하여 자기의 시설·장비·인력 등을 사용하여 물류활동을 하는 것을 말한다)를 제3자물류로 전환하도록 유도하기 위한 시책을 강구하여야 한다.
② 국토교통부장관은 해양수산부장관 및 산업통상자원부장관과 협의하여 화주기업이 제3자물류를 활용하기 위하여 자가물류시설을 매각하거나 처분하려는 때에는 필요한 지원을 할 수 있다.
③ 국토교통부장관은 해양수산부장관 및 산업통상자원부장관과 협의하여 화주기업이 제3자물류를 활용하기 위한 목적으로 물류컨설팅을 받으려는 경우에 예산의 범위에서 그 비용의 일부를 지원할 수 있다.
④ 국토교통부장관은 해양수산부장관 및 산업통상자원부장관과 협의하여 제3자물류 활용을 촉진하기 위하여 제3자물류 활용의 우수사례를 발굴하고 홍보할 수 있다.
(4) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "물류시설"이란 다음 각 목의 시설을 말한다.
가. 화물의 운송·보관·하역을 위한 시설

나. 화물의 운송·보관·하역과 관련된 가공·조립·분류·수리·포장·상표부착·판매·정보통신 등의 활동을 위한 시설

다. 물류의 공동화·자동화 및 정보화를 위한 시설

라. 가목부터 다목까지의 시설이 모여 있는 물류터미널 및 물류단지

2. "물류터미널"이란 화물의 집화(集貨)·하역(荷役) 및 이와 관련된 분류·포장·보관·가공·조립 또는 통관 등에 필요한 기능을 갖춘 시설물을 말한다. 다만, 가공·조립 시설은 대통령령으로 정하는 규모 이하의 것이어야 한다.
3. "물류터미널사업"이란 물류터미널을 경영하는 사업으로서 복합물류터미널사업과 일반물류터미널사업을 말한다. 다만, 다음 각 목의 시설물을 경영하는 사업을 제외한다.
가.「항만법」제2조제5호의 항만시설 중 항만구역 안에 있는 화물하역시설 및 화물보관·처리 시설

나.「항공법」제2조제8호의 공항시설 중 공항구역 안에 있는 화물운송을 위한 시설과 그 부대시설 및 지원시설

다.「철도사업법」제2조제8호에 따른 철도사업자가 그 사업에 사용하는 화물운송·하역 및 보관 시설

라.「유통산업발전법」제2조제14호 및 제15호의 집배송시설 및 공동집배송센터

4. "복합물류터미널사업"이란 두 종류 이상의 운송수단 간의 연계운송을 할 수 있는 규모 및 시설을 갖춘 물류터미널사업을 말한다.
5. "일반물류터미널사업"이란 물류터미널사업 중 복합물류터미널사업을 제외한 것을 말한다.
5의2. "물류창고"란 화물의 저장·관리, 집화·배송 및 수급조정 등을 위한 보관시설·보관장소 또는 이와 관련된 하역·분류·포장·상표부착 등에 필요한 기능을 갖춘 시설을 말한다.
5의3. "물류창고업"이란 화주(貨主)의 수요에 따라 유상으로 물류창고에 화물을 보관하거나 이와 관련된 하역·분류·포장·상표부착 등을 하는 사업을 말한다.(단서 생략)

6. "물류단지"란 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치·육성하기 위하여 제22조에 따라 지정·개발하는 일단(一團)의 토지를 말한다.
7. "물류단지시설"이란 화물의 운송·집화·하역·분류·포장·가공·조립·통관·보관·판매·정보처리 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는 다음 각 목의 시설을 말한다.
가. 물류터미널 및 창고

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.
(가) 청구법인의 등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 본점을 OOO로 하고, 목적사업을 철재도매업, 고철납품업, 고철가공제조업, 및 물류창고업 등으로 하여 1986.7.2. 설립되었다.
(나) 청구법인은 2013.3.18. OOO로부터 분양으로 취득하였는바, 분양계약서상 분양토지의 용도는 물류시설용지(물류터미널)로 나타난다.
(다) 청구법인은 2014.1.29. 이 건 토지상에 이 건 건물을 신축하여 취득하였고, 이 건 건물의 건축물대장상 현황은 다음 <표>와 같다.
(라) 처분청이 2014.12.9. 이 건 부동산에 출장하여 작성한 현지확인 결과 보고서에 의하면 이 건 부동산의 사용현황은 물건 적재 및 제조로 취득세 감면대상이 되는 물류사업용으로 보기 어려워 과세대상에 해당된다고 기재되어 있으며, 이 건 부동산의 현황사진에 의하면 철강 등이 적재되어 있고 고철 등 절단기계(산소절단공구) 등 일부가 놓여져 있다.
(마) 청구법인이 이 건 부동산에서 일부 창고업을 영위한다고 주장하면서 2014년도에 발행된 고철보관료 등에 대한 매각계산서 및 전자세금계산서 등 10여건을 제출하였는바, 해당 매각계산서 등에 의하면 청구법인이 고철 등을 보관했다가 매각전환한 것으로 나타나고, 보관료 금액도 건당 약OOO으로 확인된다.
(2)「지방세특례제한법」제71조제2항에서 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하면서 같은 법 시행령 제33조에서 "물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제7호에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물을 말한다고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 확장해석과 유추해석은 허용되지 않고 법문대로 해석되어야 하지만, 해당 법률에서 특정한 용어의 개념을 별도로 정의하고 있지 않다면 해당 법률 내의 다른 조문과의 체계에서 그 개념을 확정할 수 있는지 살펴보아야 할 것이고, 이마저도 어렵다면 해당 법률의 체계적인 해석을 위하여 해당 법률과 직접 관련되거나 전제가 된 법률에서 사용된 용어나 개념을 전제로 그 의미를 해석하여야 할 것이다.
「지방세특례제한법」제71조제2항에서 이미 취득하는 자에 대한 주체를 "물류사업을 직접 하려는 자"로 명확히 하고 있어 시행령에서 물류단지시설을 설치하려는 자에 대하여 재규정할 필요가 없는 것이므로 감면대상은 "물류사업을 직접 하려는 자"이어야 하는 점, "물류사업을 직접 하려는 자"에 대한 해석은 지방세특례제한법령에서 특별히 규정하고 있지 아니하므로 물류관련 기본법인 「물류정책기본법」의 정의규정을 따르는 것이 합리적인 점, 「물류정책기본법」상의 "물류사업"은 ① 화주의 수요에 따라 ② 유상으로 ③ 물류활동을 영위하는 것을 업으로 하는 것으로 정의하고 있으나, 청구법인은 주된 사업이 철재도매업, 고철가공제조업으로서 이 건 부동산을 철재적재 등 주업의 창고시설로 활용하는 등 이 건 부동산은 자가물류시설에 가까워 "물류사업"의 요건인 유상성이 없는 점, 물류단지내의 물류시설에 대한 감면 규정은 물류비용절감을 통한 물류업의 대외경쟁력 향상을 위한 것으로 정책적으로 전문화된 제3자물류를 지원하는 데 입법취지가 있어 보이는 점 등에 비추어 청구법인을 취득세 감면대상인 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자에 해당한다고 보기 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로·지방세기본법·제123조 제4항과·국세기본법·제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
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【관계법령】

■ 구 물류정책기본법(2015. 6. 22. 법률 제13374호로 개정되기 전의 것)

제1조(목적)

이 법은 물류체계의 효율화, 물류산업의 경쟁력 강화 및 물류의 선진화·국제화를 위하여 국내외 물류정책·계획의 수립·시행 및 지원에 관한 기본적인 사항을 정함으로써 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "물류(物流)"란 재화가 공급자로부터 조달·생산되어 수요자에게 전달되거나 소비자로부터 회수되어 폐기될 때까지 이루어지는 운송·보관·하역(荷役) 등과 이에 부가되어 가치를 창출하는 가공·조립·분류·수리·포장·상표부착·판매·정보통신 등을 말한다.
2. "물류사업"이란 화주(貨主)의 수요에 따라 유상(有償)으로 물류활동을 영위하는 것을 업(業)으로 하는 것으로 다음 각 목의 사업을 말한다.
가. 자동차·철도차량·선박·항공기 또는 파이프라인 등의 운송수단을 통하여 화물을 운송하는 화물운송업

나. 물류터미널이나 창고 등의 물류시설을 운영하는 물류시설운영업

다. 화물운송의 주선(周旋), 물류장비의 임대, 물류정보의 처리 또는 물류컨설팅 등의 업무를 하는 물류서비스업

4. "물류시설"이란 물류에 필요한 다음 각 목의 시설을 말한다.
가. 화물의 운송·보관·하역을 위한 시설

나. 화물의 운송·보관·하역 등에 부가되는 가공·조립·분류·수리·포장·상표부착·판매·정보통신 등을 위한 시설

다. 물류의 공동화·자동화 및 정보화를 위한 시설

라. 가목부터 다목까지의 시설이 모여 있는 물류터미널 및 물류단지

10. "제3자물류"란 화주가 그와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 아니한 물류기업에 물류활동의 일부 또는 전부를 위탁하는 것을 말한다.
제5조(물류기업 및 화주의 책무)

물류기업 및 화주는 물류사업을 원활히 하고 물류체계의 효율성을 증진시키기 위하여 노력하고, 국가 또는 지방자치단체의 물류정책 및 계획의 수립·시행에 적극 협력하여야 한다.
제6조(다른 법률과의 관계)

① 물류에 관한 다른 법률을 제정하거나 개정하는 경우에는 이 법의 목적과 물류정책의 기본이념에 맞도록 하여야 한다.
② 이 법에 규정된 것 외의 물류시설의 개발 및 운영, 물류사업의 관리와 육성 등에 관하여는 따로 법률로 정한다.
제37조(제3자물류의 촉진)

① 국토교통부장관은 해양수산부장관 및 산업통상자원부장관과 협의하여 화주기업이 자가물류(자기가 보유하거나 관리하는 재화에 대하여 자기의 시설·장비·인력 등을 사용하여 물류활동을 하는 것을 말한다)를 제3자물류로 전환하도록 유도하기 위한 시책을 강구하여야 한다.
② 국토교통부장관은 해양수산부장관 및 산업통상자원부장관과 협의하여 화주기업이 제3자물류를 활용하기 위하여 자가물류시설을 매각하거나 처분하려는 때에는 필요한 지원을 할 수 있다.
③ 국토교통부장관은 해양수산부장관 및 산업통상자원부장관과 협의하여 화주기업이 제3자물류를 활용하기 위한 목적으로 물류컨설팅을 받으려는 경우에 예산의 범위에서 그 비용의 일부를 지원할 수 있다.
④ 국토교통부장관은 해양수산부장관 및 산업통상자원부장관과 협의하여 제3자물류 활용을 촉진하기 위하여 제3자물류 활용의 우수사례를 발굴하고 홍보할 수 있다.
■ 구 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률(2015. 12. 29. 법률 제13683호로 개정되기 전의 것)

제1조(목적) 이 법은 물류시설을 합리적으로 배치·운영하고 물류시설 용지를 원활히 공급하여 물류산업의 발전을 촉진함으로써 국가경쟁력을 강화하고 국토의 균형 있는 발전과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "물류시설"이란 다음 각 목의 시설을 말한다.
가. 화물의 운송·보관·하역을 위한 시설

나. 화물의 운송·보관·하역과 관련된 가공·조립·분류·수리·포장·상표부착·판매·정보통신 등의 활동을 위한 시설

다. 물류의 공동화·자동화 및 정보화를 위한 시설

라. 가목부터 다목까지의 시설이 모여 있는 물류터미널 및 물류단지

5의2. "물류창고"란 화물의 저장·관리, 집화·배송 및 수급조정 등을 위한 보관시설·보관장소 또는 이와 관련된 하역·분류·포장·상표부착 등에 필요한 기능을 갖춘 시설을 말한다.
6. "물류단지"란 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치·육성하기 위하여 제22조에 따라 지정·개발하는 일단(一團)의 토지를 말한다.
7. "물류단지시설"이란 화물의 운송·집화·하역·분류·포장·가공·조립·통관·보관·판매·정보처리 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는 다음 각 목의 시설을 말한다.
가. 물류터미널 및 창고

9. "물류단지개발사업"이란 물류단지를 조성하기 위하여 시행하는 다음 각 목의 사업을 말한다.
가. 물류시설 용지 및 지원시설 용지의 조성사업

나. 도로·철도·궤도·항만 또는 공항 시설 등의 건설사업

다. 전기·가스·용수 등의 공급시설과 전기통신설비의 건설사업

라. 하수도, 폐기물처리시설, 그 밖의 환경오염방지시설 등의 건설사업

마. 그 밖에 가목부터 라목까지의 사업에 딸린 사업

제50조 (개발한 토지·시설 등의 처분)

① 시행자는 물류단지개발사업에 따라 개발한 토지·시설 등을 직접 사용하거나 분양 또는 임대하여야 한다.
② 제1항에 따른 토지·시설 등의 처분방법·절차·가격기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제50조의2(물류단지시설 등의 건설공사 착수 등)

① 입주기업체 또는 지원기관은 시행자와 분양계약을 체결한 날(물류단지개발사업의 준공 전에 분양계약을 체결한 경우에는 준공일을 말하고, 물류단지개발사업의 준공인가 전 사용허가를 받은 경우에는 사용허가일을 말한다)부터 국토교통부령으로 정하는 기간 안에 그 물류단지시설 또는 지원시설의 건설공사에 착수하거나 토지·시설 등을 처분하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
제58조(조세 등의 감면)

국가 또는 지방자치단체는 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 위하여 「지방세특례제한법」·지방세감면조례·「농업·농촌기본법」·「농지법」·「산지관리법」·「개발이익환수에 관한 법률」·「수도권정비계획법」등으로 정하는 바에 따라 지방세·농지보전부담금·대체산림자원조성비·개발부담금 또는 과밀부담금 등을 감면할 수 있다.
■ 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제71조(물류단지 등에 대한 감면)

① 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다.
② 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.
제178조(감면된 취득세의 추징)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

■ 구 지방세특례제한법 시행령(2016. 6. 28. 대통령령 제27285호로 개정되기 전의 것)

제33조(물류사업용 부동산의 범위)

법 제71조제2항에서 "제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제7호에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 받아 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우는 제외한다)을 말한다. 끝.

지방세 감면대상 물류사업이란 자기가 보유하거나 관리하는 재화에 대하여 자기의 시설·장비·인력 등을 사용하여 물류활동을 하는 이른바 ‘자가물류’를 포함하는 개념이므로 지방세 감면대상에 해당됨