양도소득세부과처분취소 (세무, 인천지방법원)
공포일: 2008.07.11 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 서인천세무서장
【변론종결】2008. 6. 13.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2007. 10. 15.(소장 청구취지의 ‘2007. 10. 4.’은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 2003년 귀속 양도소득세 106,341,950원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 인정사실
 가. 검단도시계획결정과 토지구획정리사업 등 
 (1) 인천광역시장은 폐지된 구 도시계획법령에 의하여 1995. 11. 17. 인천광역시 고시 제1995-218호로 ‘검단도시계획결정’을 고시하였는데, 이에 의하면 인천 서구의 금곡, 마전동 일원 382,050㎡, 마전, 왕길동 일원 637,630㎡ 및 마전동 일원 63,020㎡가 각 검단 1, 2, 3지구로서 토지구획정리사업이 실시될 도시계획지구로 결정되었다. 
 (2) 인천광역시장은 다시 구 도시계획법령에 의하여 1998. 6. 12. 인천광역시 고시 제1998-118호로 ‘검단지역도시계획결정(변경)’을 고시하였는데, 이에 의하여 위 검단 3지구가 폐지되고, 새로이 마전지구(623,000㎡), 오류지구(697,000㎡), 불로지구(387,000㎡), 당하지구(815,000㎡), 원당지구(951,000㎡)에 관한 토지구획정리사업지구가 도시계획지구로 신설되었다. 
 (3) 인천광역시장은 구 토지구획정리사업법령 규정에 의한 건설교통부장관의 위임에 따라, 2000. 3. 31. 인천광역시 공고 제2000-104호로 검단 1지구에 대하여, 제2000-105호로 검단 2지구에 대하여, 2001. 1. 29. 인천광역시 공고 제2001-49호로 당하, 원당, 불로, 마전지구에 대하여 각 토지구획정리사업 시행인가를 하였는데, 위 각 지구별 토지구획정리사업의 구체적인 내용은 다음과 같다.
지구사업기간시행인가일시행면적(㎡)토지소유자사업시행자사업비(백만원)방식검단12000. 3.-2003. 3.2000. 3. 25.405,174247인천광역시(도시개발본부)39,704(평가식)환지검단22000. 3.-2004. 3.2000. 3. 25.996,84643377,820당하2001. 1.-2005. 1.2001. 1. 29.805,50773971,306원당2001. 1.-2005. 1.2001. 1. 29.943,04273073,426불로2001. 1.-2004. 1.2001. 1. 29.385,19727337,956마전2001. 1.-2005. 1.2001. 1. 29.607,03163459,401
 (4) 그런데 1993. 12. 31. 도시계획법에 따라 검단지역에 대하여 도시계획이 결정되었고, 아래에서 살펴 볼 이 사건 토지가 속해 있는 검단2지구에 대하여는 1995. 11. 17. 토지구획정리사업지구로 결정되어 도시계획법에 의한 주거지역에 편입되었으며, 2000. 3. 25. 검단2지구에 대한 토지구획정리사업이 시행인가되고, 2000. 8. 22. 검단2지구에 대한 환지계획인가 및 환지예정지 지정공고가 이루어졌다.
 나. 이 사건 토지의 양도 등과 양도소득세 부과처분의 직권 취소
 (1) 원고의 남편인소외 1은 1983. 9. 10. 인천 서구 마전동 644-2 답 1,460㎡(이하 ‘환지 전 토지’라 한다)를 취득하였고, 원고는 1999. 4. 18.소외 1로부터 환지 전 토지를 상속받았는데, 위 토지에 대하여 토지구획정리사업이 시행되어 위 토지를 인천 서구 검단2지구 59B-5L 837.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)로 환지받았다.
 (2) 원고는 2003. 1. 30. 이 사건 토지를소외 2에게 양도한 다음 2003. 2. 19. 양도소득세 예정신고를 하였다가 2003. 4. 17. 이 사건 토지가 8년 이상 자경한 농지임을 이유로 피고에게 이 사건 토지에 관한 양도소득세의 감면을 신청하였다.
 (3) 이에 피고는 2003. 10. 1. 이 사건 토지는 원고가소외 1로부터 상속받은 것인데,소외 1이 1991.경부터 부동산임대업에 종사하였을 뿐 재촌자경하였다는 사실에 대한 증빙이 부족하다는 이유로 원고의 위 감면신청을 받아들이지 아니하고, 원고에게 2003년 귀속 양도소득세 106,341,950원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 종전 처분’이라 한다)을 하였다.
 (4) 원고가 2003. 12. 16. 이에 불복하여 이의신청을 하자, 피고는소외 1이 부동산임대업을 영위하였다고 하여 재촌자경하지 않았다고 단정할 수 없고, 1975.경부터 농지소재지 인근에서 25년을 거주하였다는 사실을 근거로 이 사건 토지를 8년 이상 자경한 것으로 인정하여 2003. 12. 16. 위 처분을 직권 취소하였고, 이에 청구인은 2004. 1. 13. 이의신청을 취하하였다.
 다. 이 사건 처분의 경위
 (1) 그런데 북인천세무서장은 2003. 10.경 이 사건 토지가 속해 있는 검단지구는 6개의 지구로 구분되고, 개별지구는 100만 ㎡에 못 미쳐 대규모개발사업지구에 해당하지 않는다는 이유로 위 개별지구에 속해 있는 토지의 소유자들이 그 토지를 8년 이상 자경하였다고 하더라도 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지나서 양도한 경우에게 양도소득세를 부과하였고, 국세심판원 역시 2004. 11. 16. 같은 이유로 종전 결정을 번복하였으며, 위 개별지구에 속해 있는 토지의 소유자들인소외 3 등이 북인천세무서장을 상대로 하여 제기한 양도소득세부과처분취소소송(인천지방법원 2004구합4233)에서도,“대규모 개발사업지역과 관련된 예외적 감면대상이 되는 농지는 대규모 개발사업지역 안에 소재하여야 하는데 위 6개의 지구는 사업지구별로 별개의 사업시행지역이라 할 것이고, 위 개별지구들은 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모인 100만 ㎡에 못 미치므로 위 토지는 대규모 개발사업지역 안에 소재하지 않아 양도소득세 감면대상이 되는 농지에 해당하지 않는다”는 이유로소외 3 등에게 패소판결이 선고되었고, 위 판결은 항소심을 거쳐, 2006. 10. 26. 대법원에서 그대로 확정되었다.
 (2) 그러자 피고는 2007. 10. 15. 이 사건 토지가 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지나 양도되었고구 조세특례제한법 제69조 및구 조세특례제한법 제66조에서 규정하고 있는 ‘대규모 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지’에 해당되지 않는다는 이유로, 원고에 대하여 2003년 귀속 양도소득세 106,341,950원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2, 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 이 사건 토지가 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지나 양도된 토지이고, 사업시행면적이 100만 ㎡ 이상인 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 편입된 날부터 3년이 지난 농지가 아니더라도, 피고의 이 사건 처분은 다음과 같은 이유에서 위법하다.
 (1) 이의신청심판위원회의 결정을 수용함으로써 처분을 직권취소한 경우와 이의신청이 이유 있다고 인정하여 처분청이 직권으로 처분을 취소한 경우를 달리 취급할 이유가 없다고 할 것이므로 동일한 사정 하에서 동일한 내용의 처분을 반복한 피고의 이 사건 처분은 종전 처분 반복금지의 원칙에 위반한 위법한 처분이다.
 (2) 원고의 2003. 12. 16. 이의신청에 대하여 피고는 원고의 이의신청이 이유 있다고 판단하여 종전의 부과처분을 직권취소하였고, 원고가 이를 신뢰하여 2004. 1. 13. 이의신청을 취하하였는데 피고가 종전 처분과 동일한 내용의 이 사건 처분을 함으로써 원고의 이익을 침해하였는바, 이 사건 처분은 신의성실의 원칙을 위반한 위법한 처분이다.
 나. 관계 법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 판단 
 (1) 종전 처분 반복 금지의 주장에 관하여
구 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 및같은 법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18207호로 개정되기 전의 것) 제66조 제3항 제1호 단서의 각 규정에 의하면, 농지를 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 경우에는 양도소득세를 감면하나, 8년 이상 경작한 자경농지인 경우에도 ‘양도일 현재 특별시·광역시 또는 시에 있는 농지 중 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역 등에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 양도소득세 감면대상에서 제외하고 있으며 다만, 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모(100만 ㎡) 이상인 지역 등 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역 등에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 양도소득세 감면대상이 되는 것으로 규정하고 있다.
 이 사건에서 보건대, 갑 2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 토지는 양도일 현재 광역시에 있으면서, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 안에 있는 농지로서 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 사실, 대규모 개발사업지역과 관련한 예외적 감면 대상이 되는 농지는 ① 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모(100만 ㎡) 이상 등인 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에 소재하여야 하고, ② 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 인하여 편입된 날부터 3년이 지나야 한다는 요건을 충족하여야 하는데, 위 7개 지구 토지구획정리사업이 동일한 하나의 사업시행지역이라고 볼 수 없고 사업지구별로 별개의 사업시행지역이라 할 것인바, 이 사건 토지가 속해 있는 검단 2지구는 그 사업시행면적이 996,846㎡에 불과하여 시행규칙에서 정한 100만 ㎡에 미치지 못하는 사실을 인정할 수 있고 반증이 없으므로 이 사건 토지는 대규모 개발사업지역과 관련한 예외적 감면규정 적용대상인 농지라고 보기 어렵다 할 것이다. 
 따라서 이 사건 토지는 원고의 피상속인인소외 1이 농지를 취득한 때로부터 양도할 때까지 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있다고 하더라도, 양도소득세 감면 대상 농지가 아니라 할 것이고, 피고도 이와 같은 이유에서 이 사건 처분을 하였는바, 피고가 이 사건 종전 처분을 취소한 것은 원고의 이의신청이 있은 후 이의신청심의위원회의 심의를 거쳐서 내린 결정에 따른 것이 아니라 직권으로 취소한 것인데, 국세기본법에 의한 불복청구에 대한 재결청의 결정은 관계행정청을 기속하고, 당해 행정청은 청구를 인용하는 재결청의 결정에 어긋나는 처분을 할 수 없다는 재결의 효력에 따라 불복절차에서 시정된 과세처분을 동일한 사정 아래에서 동일한 이유에 기하여 동일한 내용의 처분으로 되풀이할 수 없다는 이른바 동일 처분 반복 금지의 원칙 내지 행정행위의 불가변력은 처분청이 이 사건 종전 처분을 직권으로 취소한 경우에까지 인정될 수 없다 할 것이므로(더욱이 이 사건 종전 처분은소외 1의 재촌자경 사실을 인정할 증거가 부족하다는 이유에서 내려진 처분이었는데, 원고가 이의신청을 하여 이를 다투자 피고는소외 1의 재촌자경 사실을 인정하여 이 사건 종전 처분을 취소하였는바, 이 사건 처분은 이 사건 토지가 대규모 개발사업과 관련한 예외적 감면 대상 농지가 아니라는 이유에서 내려진 것이므로 피고가 종전과 동일한 이유에 기하여 이 사건 처분을 하였다고 보기 어렵다), 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (2) 신의성실의 원칙에 위반한다는 주장에 관하여
 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이고, 한편, 조세법령의 규정내용 및 행정규칙 자체는 과세관청의 공적 견해 표명에 해당하지 아니하며, 신의성실의 원칙이나국세기본법 제18조 제3항 소정의 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것이며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다고 할 것이다(2003. 9. 5. 선고 2001두403 판결,2002. 10. 25. 선고 2002두172 판결 등 참조).
 이 사건에서 보건대, 피고가 이 사건 종전 처분을 직권 취소한 것은 이 사건 토지에 대하여소외 1이 재촌자경하였다는 사실을 인정한 데 따른 것에 불과하고, 이 사건 종전 처분을 직권 취소하였다고 하여, 이 사건 토지가 양도일 현재 특별시·광역시 또는 시에 있는 농지 중 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지이지만, 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모(100만 ㎡) 이상 등인 대규모 개발사업지역 안에 소재하고, 사업자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 인하여 편입된 날부터 3년이 지났다는 공적인 견해를 표명한 것이라고 보기는 어렵고, 설령 이 사건 종전 처분의 직권 취소가 위와 같은 내용의 공적인 견해를 표명한 것이라고 하더라도 원고가 이 사건 종전 처분에 대한 이의신청을 취하한 것은 위와 같은 내용의 공적인 견해 표명을 신뢰한 데 따른 행위라고 볼 수 없으며, 또한 신의성실의 원칙을 적용함에 있어서도 과세상 잘못을 시정하는 것까지 금하는 것은 아니라 할 것이고, 이 사건 종전 처분을 취소함에 따라 신뢰의 대상이 될 만한 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 성립하였다고 볼 수도 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
3. 결 론
 그렇다면 이 사건 처분은 적법하다 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 박영주