법인세등부과처분취소 (일반행정, 부산지방법원)
공포일: 2003.11.20 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
기타
【주문】
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는지방공기업법 제49조및 부산광역시도시개발공사설치조례에 따라소외 부산광역시(이하, “소외 시”라 한다)가 전액 출자하여 설립한 법인으로서, 공동주택의 신축ㆍ분양ㆍ장기 및 영구 임대주택의 임대 등 자체사업과 택지개발 및 공급 등 소외 시의 사무의 대행사업을 영위하고 있으며, 사업연도를 매년 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지로 정하고 있다.
나. 피고는 1998.경 원고에 대하여 1993사업연도 내지 1997사업연도 법인세 실지조사를 실시하여, 다음과 같이 각 법인세 과세기간별로 익금산입ㆍ불산입 또는 손금산입ㆍ불산입하여 과세소득을 조정하고, 그에 따라 각 과세기간별 법인세 및 농어촌특별세를 증액 또는 감액경정한 다음, 1998. 12. 15. 원고에 대하여 위와 같이 증액 또는 감액된 세액에서 기납부세액을 차감한 나머지 세액을 별지 과세현황표 중 당초처분란 기재와 같이 부과고지 또는 환급고지하였다.
(1) 전기오류수정이익의 귀속사업연도 조정

원고는 회계처리의 오류로 인하여 손금으로 이중계상된 1994사업연도의 8,528,128,000원, 1995사업연도의 5,471,872,000원 등 분양주택의 공사원가(다대4지구 토지매입비 5,471,872,000원, 개금2지구 토지매입비 4,579,838,000원, 동삼1지구 토지매입비 3,948,290,000원) 합계 140억원을 1996사업연도 결산시 전기오류수정이익으로 익금산입하여 1996사업연도 귀속 법인세를 자진신고ㆍ납부하였다. 이에 대하여 피고는, 손금으로 과다계상된 140억원을 1996사업연도 전기오류수정이익으로 익금산입할 것이 아니라 과다계상되었던 1994사업연도 및 1995사업연도에서 손금불산입하여야 한다며 손익의 귀속사업연도를 재조정하였다.
(2) 선납금이자의 익금산입

원고는 소외 시로부터 공동주택건설용지로 사용할 택지를 공급받으면서, 1996. 12. 16. 소외 시에 화명3지구 택지대금 중 5,017,900,000원, 화명4지구 택지대금 중 5,284,000,000원, 만덕3지구 택지대금 중 7,387,000,000원 등 합계 17,688,900,000원을 선납금으로 지급하였고, 소외 시의 ‘부산직할시택지공영개발선수금운영규정’에 의하면 소외시가 택지를 공급받는 자로부터 택지대금의 전부 또는 일부를 미리 받은 경우, 택지공급계약체결시 이러한 선납금 및 이에 대하여 선납금 납부일로부터 토지사용승낙일 또는 택지공급계약체결일까지 민법 제379조 소정의 연 5%의 이율로 계산한 이자(이하, “선납금이자”라 한다)를 택지공급대금으로 대체하고, 그 과부족액은 공급계약체결 즉시 환급 또는 납부하도록 하고 있었다. 그런데 원고는, 택지공급계약체결시 선납금이자 상당액을 감액하여 택지공급가격을 확정하고, 이와 같이 감액된 가격으로 택지공급계약을 체결한다는 이유로 위 각 택지의 취득원가를 원고가 소외 시에 실제로 지급한 현금가액(=선납금+공급계약체결시의 정산금)으로 계상하는 한편, 선납금이자 역시 1996사업연도 및 1997사업연도 결산시 수입이자로 익금산입하지 아니하였다. 이에 대하여 피고는, 일단 선납금이자를 각 사업연도의 수입이자로서 익금산입하였다가, 차후 택지공급대금 정산시 또는 위 각 사업지구의 택지개발사업 및 공동주택건설사업 종료시 선납금이자 상당액을 택지매입비용에 포함시켜 손금산입하는 것이 타당하다는 이유로, 이 사건 선납금이자 920,692,745원 중 1996사업연도분 36,247,745원 및 1997사업연도분 884,445,000원을 각 사업연도에 익금산입하고, 향후 택지매입비용에 산입할 수 있도록 유보처분하였다.
(3) 감가상각부인

원고는, 고정자산(임대아파트)을 각 사업연도별로 감가상각함에 있어, 임대주택건설공사를 모두 일반주택건설업자에게 도급하여 시공하도록 하고, 공사의 진척도가 100% 되는 시점에 일반주택건설업자로부터 준공계를 제출받은 뒤, 국가를당사자로하는계약에관한법률에 따라 검사를 마치고 사실상 사용하기 시작하였다는 이유로 실제사용일을 기준으로 임대아파트의 감가상각비를 산정하여 1993사업연도에 385,904,585원, 1994사업연도에 438,935,950원, 1996사업연도에 1,335,027,610원을 각 감가상각비로 손금산입하였다. 이에 대하여 피고는, 원고가 소외 부산광역시장으로부터 사용검사필증을 교부받은 날을 기준으로 감가상각비를 계상하여야 함에도 위와 같이 실제사용일을 기준으로 감가상각비를 계상하고 또한 상각률 적용시 월할계산에 착오가 있어 감가상각비가 과대계상되었다는 이유로 위 각 감가상각액 중 1993사업연도 128,634,862원(다대3지구임대아파트), 1994사업연도 112,059,570원{덕천2지구임대아파트(82,960,941원), 개금2지구임대아파트(29,098,629원)}, 1996사업연도 667,513,805원(다대5지구임대아파트)을 각 감가상각부인하여 손금불산입하고, 유보처분하였다.
(4) 즉시상각의제

원고가 소외 시에 보고한 국고보조금 사용내역서에 의하면 다대4지구 등 7개 지구의 영구임대주택 총사업비로 아파트 및 상가 건축비 중 직접비로 183,745,682,516원, 건축비 중 간접비로 6,042,380,477원, 부지매입비로 63,452,010,931원 등 합계 253,250,073,924원이 소요되었으나, 원고는 결산서상 위 직접비 및 부지매입비 등 합계 247,197,693,447원만을 영구임대주택의 취득원가로 계상하고, 간접비 6,042,380,477원은 각 사업연도의 당기비용으로 계상하였다. 이에 대하여 피고는, 위 간접비 역시 영구임대주택의 취득원가에 포함시켜 자산으로 계상하여야 함에도 이를 비용처리한 것은 자산누락에 해당하는 것으로 보아 이를 당해 사업연도별로 즉시상각의제하여(1994사업연도 1,163,016,058원, 1995사업연도 2,531,341,421원, 1996사업연도 2,348,022,998원), 각 사업연도 당기감가상각시인범위액을 산출한 다음, 위 각 즉시상각의제액 중 당해 사업연도의 당기감가상각시인범위액을 초과하는 부분(1994사업연도 1,122,192,043원, 1995사업연도 2,500,674,360원, 1996사업연도 2,318,672,713원)을 각 손금불산입하고, 유보처분하였다.
(5) 한편, 피고는 위와 같이 유보된 감가상각부인액 중 277,068,077원을 1997사업연도에 감가상각비로 손금산입하였다.
(6) 피고는, 원고의 각 사업연도 손금산입액 중 1993사업연도의 12,929,400원, 1994사업연도의 24,126,000원, 1995사업연도의 21,480,000원, 1996사업연도의 28,980,000원 등 증빙자료 없는 정액접대비 및 기밀비에 대하여 이를 손금불산입하고, 상여처분하였다.
(7) 피고는, 원고가 손금산입한 1996사업연도의 공사원가 중 10,276,300,148원 및 1997사업연도의 공사원가 중 710,553,829원은 원고가 소외 시로부터 택지개발촉진법에서 정한 방법에 의하여 산정한 분양가보다 고가로 택지를 매입한 것이라는 이유로 부당행위계산부인을 한 다음, 1996사업연도 부당행위계산부인액 중 7,225,533,234원 및 1997사업연도 부당행위계산부인액 710,553,829원은 각 익금산입 후 기타사외유출처분하고, 1996사업연도 부당행위계산부인액 중 나머지 3,050,766,914원은 익금산입 및 유보처분 후 다시 손금산입하였다.
(8) 피고는, 접대비조정명세서상 신용카드미달사용분인 1993사업연도의 23,744,972원, 1994사업연도 27,270,671원, 1995사업연도 31,647,363원, 1996사업연도의 76,672,171원을 각 손금산입하였다.
다. 피고의 위와 같은 처분에 대하여, 원고는 심사청구를 제기하였는바, 국세청장은 1999. 7. 9. ‘위 1. 나. (4)항의 간접비는 기간비용일 뿐 자산누락이 아니므로 이를 즉시상각의제액에서 제외하고, 위 1. 나. (7)항의 부당행위계산부인 부분은 부당행위계산부인대상이 아니므로 부당행위계산부인대상에서 제외하여, 각 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지로 심사결정을 하였고, 그에 따라 피고는 1999. 7. 31. 별지 과세현황표 중 1차경정처분란의 기재와 같이 각 사업연도의 법인세 및 농어촌특별세를 감액경정하였다.
라. 또한, 원고는 심판청구를 제기하였는바, 국세심판원은 2000. 8. 28. ‘위 1. 나. (3)항의 감가상각부인액 중 다대3지구임대아파트 및 다대5지구임대아파트에 대한 부분은 실제사용일을 기준으로 감가상각비를 재산정하고, 위 1. 나. (2)항의 이 사건 선납금이자 중 화명3지구 토지대금 5,017,900,000원에 관한 부분은 위 토지대금이 선납금이 아니라 잔금이므로 위 토지대금에 대한 선납금이자 상당액을 이 사건 선납금이자에서 제외하여, 각 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 심판결정을 하였고, 그에 따라 피고는 2000. 10. 6. 별지 과세현황표 중 2차경정처분란의 기재와 같이 각 사업연도의 법인세 및 농어촌특별세를 감액경정하였다(이하, 심사결정 및 심판결정을 통하여 감액되고 남은, 별지 과세현황표 중 잔액란 기재 1994사업연도, 1995사업연도 및 1997사업연도 귀속 각 법인세 및 농어촌특별세의 부과처분을 “이 사건 처분”이라 한다).
[증거] : 갑제1호증의 1, 2, 갑제3, 4호증, 을제1호증의 1 내지 12, 을제2호증의 1 내지 13, 을제3호증의 1 내지 18, 을제4호증의 1 내지 11, 을제5호증의 1 내지 10, 을제6호증의 1 내지 9, 을제7호증의 1 내지 8, 을제8호증의 1 내지 9, 을제9호증의 1 내지 3, 을제10, 11호증의 각 1 내지 4의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

원고는, ① 전기오류수정이익의 귀속사업연도 조정과 관련하여,구 법인세법(1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개정되고, 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전면개정되기 전의 것, 이하 “법”이라 한다) 제17조 제3항단서 및구 법인세법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15192호로 개정되고, 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전면개정되기 전의 것, 이하 “법시행령”이라 한다) 제37조의2 제1항 제5호를 적용하여 위 1. 나. (1)항과 같이 1996사업연도 전기오류수정이익의 귀속사업연도를 조정하고, 그에 따라 법인세 및 가산세를 부과한 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되는 것으로서 위법하며, 가사 법시행령을 적용하는 것이 타당하다 하더라도, 전기오류수정이익이 발생한 것은 외부회계감사인의 단순착오에 기인한 것이어서 원고에게 의무이행의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다 할 것이므로, 전기오류수정이익의 귀속연도 조정에 따른 법인세의 가산세까지 부과하는 것은 위법하고, ② 선납금이자의 익금산입과 관련하여, 원고의 택지취득원가는 원고와 소외 시 사이에 체결한 택지공급계약에서 정한 공급가액, 즉 원고가 소외 시에 현실적으로 지급한 선납금 및 계약체결시의 정산금의 합계액이라 할 것이므로, 이 사건 선납금이자를 별도로 익금산입할 수 없는 것임에도, 이를 익금산입하여, 그에 대한 법인세 및 가산세를 부과한 것은 위법하며, ③ 감가상각부인과 관련하여, 원고가 일반주택공사업자에게 건축공사를 도급하여 취득한 임대주택의 취득시기는 공사가 완료되어 실제 사용하기 시작한 날이라고 할 것이므로, 감가상각비 역시 실제사용일부터 계상하는 것이 타당한 것임에도 소외 시로부터 사용검사필증을 교부받거나 임시사용승인을 받은 날을 취득시기로 보아 그때부터 감가상각비를 계상하여야 함을 전제로 위 1. 나. (3)항과 같이 원고가 감가상각비로 계상한 금액 중 일부에 대하여 감가상각부인하여 손금불산입하고, 그에 따른 법인세 및 가산세를 부과한 것은 위법하다고 주장한다. 이에 대하여, 피고는 ① 전기오류수정이익의 귀속사업연도 조정과 관련하여, 법시행령 부칙에 의하면 이 사건 전기오류수정이익의 경우 법시행령 제37조의2 제1항 제5호가 적용되는 것이므로, 법시행령 제37조의2 제1항 제5호에 따라 1994 및 1995 사업연도에 이중계상된 공사원가를 당해 각 사업연도에 손금불산입한 것은 적법하고, ② 선납금이자의 익금산입과 관련하여, 이 사건 선납금이자 역시 택지공급가액에 포함되는 것이므로, 이 사건 선납금이자를 각 사업연도의 수입이자로 익금산입하고, 차후 택지공급대금 정산시 또는 위 각 사업지구의 택지개발사업 및 공동주택건설사업 종료시 이 사건 이자 상당액을 택지매입비용에 포함시켜 손금산입하도록 한 것은 적법하며, ③ 감가상각부인과 관련하여, 국세심판원에서 이미 원고가 주장하는 바와 같이 실제사용일을 감가상각의 기산일로 하여 과세표준 및 세액을 경정하도록 결정하였고, 그에 따라 피고가 이미 감가상각부인액을 재산정하여 법인세 등을 감액경정하였으며, 현재 문제되는 1994사업연도 감가상각부인액은 원고의 월할계산 오류로 인하여 과대계상된 감가상각액을 부인한 것이므로, 이에 대한 원고의 주장은 이유 없다고 주장한다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

(1) 전기오류수정이익의 귀속사업연도 조정의 당부

(가) 위 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고의 사업연도는 매년 12. 31. 종료하므로, 1996 사업연도의 사업종료일자는 1996. 12. 31.라고 할 것인바, 법시행령 부칙 제1조 단서에 의하면법시행령 제37조의2 제1항 제5호의 규정은 법시행령 공포일자인 1996. 12. 31.부터 시행하도록 하고 있고, 같은 부칙 제5조에 의하면 위제37조의2 제1항 제5호의 규정은 법시행령 시행 후 최초로 종료하는 사업연도의 소득에 대한 법인세를 신고하는 분부터 적용하도록 하고 있으므로, 원고의 1996사업연도 법인세 신고분에 대하여는법시행령 제37조의2 제1항 제5호의 규정이 적용된다고 봄이 상당하다.
(나) 한편,법 제17조 제3항단서 및법시행령 제37조의2 제1항 제5호에 의하면, “기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금과 손금에 산입함에 따라 그 익금과 손금의 귀속사업연도가법시행령 제36조 제1항에 규정하는 귀속사업연도(익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도)와 다르게 된 경우”에는 기업회계기준에 의하지 아니하고 법인세법에서 정하는 바, 즉 당해 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입하도록 하고 있다. 그런데 원고가 1996사업연도에 익금산입한 이 사건 전기오류수정이익은 1994사업연도 및 1995사업연도에 공사원가를 이중계상한 것에 기인하는 것이므로, 그 귀속 사업연도 역시 1994사업연도 및 1995사업연도로 봄이 상당하다 할 것이다. 따라서 이 사건 전기오류수정이익은, 1996사업연도에 전기오류수정이익으로 익금산입할 것이 아니라 손익의 귀속시기에 관하여 법인세법이 취하고 있는 권리의무확정주의 및법 제17조 제3항단서와법시행령 제37조의2 제1항 제5호에 따라 1994사업연도 및 1995사업연도에 손금불산입하는 것이 타당하다 할 것이므로, 이와 다른 견해를 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.
(다) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 할 것이다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두403 판결).
이 사건의 경우, 원고는 외부회계감사인의 착오로 인하여 1994사업연도 및 1995사업연도에 공사원가를 이중계상하게 되었다고 주장하고 있는바, 원고가 주장하는 바와 같은 사유만으로는 원고에게 위와 같은 공사원가의 이중계상으로 인하여 1994사업연도 및 1995사업연도 과세소득을 과소신고한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없고, 달리 원고에게 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있음을 인정할 자료도 없으므로, 원고에게 과세소득의 과소신고에 대한 정당한 사유가 있음을 전제로 법인세가산세부과처분의 위법을 주장하는 원고의 위 주장 역시 이유 없다.
(2) 선납금이자의 익금산입의 당부

(가) 위 1. 나. (2)항에서 본 바와 같이 소외 시의 ‘부산직할시택지공영개발선수금운영규정’에 의하면 소외시가 택지를 공급받는 자로부터 택지대금의 전부 또는 일부를 선납 받은 경우, 택지공급계약체결시 이러한 선납금 및 이에 대하여 선납금 납부일로부터 토지사용승낙일 또는 택지공급계약체결일까지 민법 제379조 소정의 연 5%의 이율로 계산한 이자를 택지공급대금으로 대체하고, 그 과부족액은 공급계약체결 즉시 환급 또는 납부하도록 하고 있었던 점에 비추어, 선납금이자 역시 택지공급가액에 포함된다고 봄이 상당하다.
(나) 이와 같이 택지공급가액에 이 사건 선납금이자(국세심판원의 결정에 따라 감액된 금액, 이하 같다) 상당액이 포함되는 이상, 과세소득의 계산에 관하여 법인세법이 취하고 있는 총액주의의 원칙에 비추어 일단 이 사건 선납금이자를 각 사업연도의 수입이자로서 익금산입하였다가, 차후 택지공급대금 정산시 또는 당해 택지상의 공동주택건설사업 종료시 이 사건 선납금이자 상당액을 택지매입비용에 포함시켜 손금산입하는 것이 타당하다고 할 것이므로, 이와 다른 견해를 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.
(3) 감가상각부인의 당부

(가) 위 1. 나. (3)항 및 1. 라.항에서 본 바와 같이 원고가 실제사용일을 기준으로 감가상각비를 계상한 것에 대하여, 피고는, 소외 시로부터 사용검사필증을 교부받은 날을 기준으로 감가상각비를 계상하여야 하고 또한 상각률 적용시 원고의 월할계산에 착오가 있었다는 이유로 원고가 계상한 각 사업연도의 감가상각비 중 1993사업연도 128,634,862원, 1994사업연도 112,059,570원, 1996사업연도 667,513,805원을 각 감가상각부인하여 손금불산입하였다가, 실제사용일을 기준으로 감가상각비를 재산정하라는 국세심판원의 결정에 따라, 2000. 10. 6. 실제사용일을 기준으로 감가상각비를 재산정하여 상각률 적용시 월할계산 착오분을 제외한 감가상각부인액을 모두 감가상각비로 인정하고 이를 손금산입하여 1993사업연도 법인세 및 농어촌특별세를 감액경정하였고, 다만 1994사업연도 및 1996사업연도 각 감가상각부인액은 모두 상각률 적용시 월할계산 착오로 인한 것이어서 별도의 조치를 취하지 아니하였다.
(나) 이에 대하여 원고는 1994사업연도의 감가상각부인액 역시 피고가 사용검사필증 수령일을 임대아파트의 취득일로 보고 감가상각비를 산정한 결과이므로, 이 역시 감가상각비로 인정하여 1994사업연도에 손금산입하여야 한다는 취지로 주장한다. 살피건대, 을제3호증의 11의 기재에 의하면 1994사업연도 감가상각부인액의 경우, 피고는, 덕천2지구임대아파트 및 개금2지구임대아파트의 취득일을 각 1994. 11. 25. 및 1994. 7. 9.로 보고 위 각 임대아파트의 1994사업연도 감가상각비를 산출한 다음, 원고가 결산서에 계상한 위 각 임대아파트의 1994사업연도 감가상각비와 피고가 위와 같이 산출한 감가상각비의 차액을 감가상각부인한 사실이 인정되는바, 피고의 위와 같은 감가상각부인이 위법하다고 하려면 피고가 인정한 위 각 임대아파트의 위 각 취득일자가 위 각 임대아파트의 실제사용일자와 다르다는 점이 인정되어야 할 것인데, 이에 관하여 원고가 아무런 주장ㆍ입증을 하지 아니하였고, 달리 이를 인정할 자료도 없는 이상, 피고의 위와 같은 감가상각부인을 위법한 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장 역시 이유 없다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

공동주택의 신축ㆍ분양ㆍ장기 및 영구 임대주택의 임대 등의 사업을 영위하는 공기업이 법인세 실지조사에 따라 법인세 등을 경정당하였다. 전기오류수정이익은 세법에서 정하는 권리의무확정주의에 따라 틀림이 없는 점, 과세소득의 과소신고에 대한 정당한 사유가 있음을 전제로 법인세가산세부과처분의 위법을 주장할 수 없는 점 등으로 볼 때 모든 주장은 이유 없고 법인세 과세처분은 정당하다.