양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2012.08.30 / 시행일:

【원고, 피상고인】 별지 원고 목록 기재와 같다. (소송대리인 법무법인 비앤에스 담당변호사 손우근)
【피고, 상고인】 서인천세무서장
【원심판결】 서울고법 2010. 11. 10. 선고 2010누16877 판결 
【주 문】
 상고를 모두 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 구 조세특례제한법(2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항은 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 농지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하되, 당해 농지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ‘주거지역 등’이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제7항은 위에서 말하는 ‘대통령령이 정하는 소득’을 산정하는 산식으로 ‘소득세법 제95조 제1항의 양도소득금액(이하 ‘양도소득금액’이라 한다) × (주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)라고 규정하고 있다.
 한편 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항은 ‘제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다’고 규정하면서, 그 제1호 (가)목에서 ‘토지’에 관하여는 ‘「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가’를 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 ‘법 제99조 제1항 제1호 (가)목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다’고 규정하고 있다.
 위 각 법령규정의 내용을 바탕으로, 이 사건 산식은 전체 양도소득금액을 ‘취득시부터 양도시까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득시부터 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날(이하 ‘편입시’라 한다)까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 면제대상인 취득시부터 편입시까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득시와 양도시 및 편입시의 각 기준시가는 그 각 시점이 속하는 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 바람직한 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 취득시 또는 양도시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 개별공시지가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 편입시에는 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않았더라도 사후에 그 연도의 개별공시지가를 알 수 있다면 위 규정을 유추·확대적용할 것이 아닌 점 등을 고려하면, 이 사건 산식에서의 ‘편입시의 기준시가’는 편입시가 속한 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 타당하고, 편입시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 아니하였다는 이유로 그 직전연도의 개별공시지가를 적용할 것은 아니다.
 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, ① 소득세법 시행령 제164조 제3항은 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에 직전의 기준시가에 의하도록 규정하고 있는데, 이 사건 농지는 모두 2005. 6.부터 2006. 7. 사이에 협의취득 또는 수용에 의하여 잔금이 청산되었으므로 그 양도시에는 이미 2005년 기준시가가 고시되어 있었던 점, ② 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 제한하는 규정이므로 엄격하게 해석·적용할 필요가 있는 점, ③ 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가가 이 사건 농지의 주거지역 등에 편입된 날이 속하는 2005년도의 토지가액을 더 정확히 반영하는데도 명확한 규정도 없이 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용하는 것은 부당한 점, ④ 원고들은 이 사건 농지가 주거지역에 편입되기 전인 2004. 1. 1. 기준으로 산정된 보상금액을 지급받았음에도, 양도시 기준시가는 2005년 또는 2006년의 기준시가를 적용하면서 편입시의 기준시가만을 2004년의 개별공시지가로 보는 것은 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문의 입법 취지에 어긋나는 점 등에 비추어, 이 사건 산식 중 ‘편입시의 기준시가’에 관하여는 소득세법 시행령 제164조 제3항이 적용되지 않으므로 이 사건 농지의 ‘편입시의 기준시가’는 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가로 보아야 한다는 이유로, 이와 달리 위 기준시가를 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가로 본 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였다.
 앞서 본 법령규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항의 산식에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
[[별 지] 원고 목록: 생략]

대법관 김용덕(재판장) 신영철 이상훈(주심)

구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항이 정한 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 되는 소득을 산정하는 산식의 ‘주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가’에 적용될 개별공시지가(=주거지역 등에 편입된 날 등이 속한 연도의 개별공시지가) 및 편입시 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않았다는 이유로 직전 연도의 개별공시지가를 적용하여야 하는지 여부(소극)

구 조세특례제한법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것) 제66조 제7항의 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 되는 소득을 산정하는 산식인 ‘소득세법 제95조 제1항의 양도소득금액(이하 ‘양도소득금액’이라 한다) × (주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)은 전체 양도소득금액을 ‘취득시부터 양도시까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득시부터 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날(이하 ‘편입시’라 한다)까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 면제대상인 취득시부터 편입시까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득시와 양도시 및 편입시의 각 기준시가는 그 각 시점이 속하는 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 바람직한 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 취득시 또는 양도시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 개별공시지가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 편입시에는 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않았더라도 사후에 그 연도의 개별공시지가를 알 수 있다면 위 규정을 유추·확대적용할 것이 아닌 점 등을 고려하면, 이 사건 산식에서 ‘편입시의 기준시가’는 편입시가 속한 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 타당하고, 편입시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 아니하였다는 이유로 그 직전연도의 개별공시지가를 적용할 것은 아니다.