부가가치세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2022.03.17 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 한국환경공단 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 송우철 외 4인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 서인천세무서장 외 5인 (소송대리인 정부법무공단 외 2인)
【원심판결】 서울고법 2017. 9. 21. 선고 2017누40565 판결
【주 문】
 원심판결 중 부가가치세(가산세 포함) 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고와 피고 서인천세무서장의 나머지 상고를 모두 기각한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 뒤에 제출된 상고이유보충서 등의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 환경관리공단은 환경오염방지사업을 수행하기 위하여 설립된 비영리법인으로, 2004년부터 2009년까지 수행한 정부업무대행사업, 정부위탁사업, 환경시설설치지원사업, 환경시설수탁운영사업, 연구용역사업 등(이하 환경시설수탁운영사업을 제외한 나머지 사업을 ‘이 사건 사업’이라 한다)과 관련하여 공급한 재화 또는 용역이 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급된 것으로서 부가가치세 면세 대상이라고 보아 부가가치세를 신고·납부하지 않았고, 위 각 사업을 수익사업과 비수익사업으로 구분한 다음 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세를 신고·납부하여 왔다.
 나. 원고는 2010. 1. 1. 한국환경공단법에 따라 설립되어 환경관리공단의 모든 재산과 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다(이하 환경관리공단과 원고를 통칭하여 ‘원고’라 한다).
 다. 피고들은 원고가 이 사건 사업과 관련하여 공급한 재화 또는 용역이 실비로 공급된 것이 아니어서 부가가치세 면세 대상이 아니라고 보아 각각 원고에게 원심판결 별지 1 제1항 기재와 같이 2004년 제2기부터 2009년 제2기까지의 부가가치세(가산세 포함, 이하 같다)를 경정·고지하였다.
 라. 피고 서인천세무서장은 원고가 정부 또는 지방자치단체로부터 지급받은 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적인 귀속자는 원고가 아니라 정부 또는 지방자치단체이므로 그와 관련된 익금 및 손금 산입, 기납부세액 공제는 부인되어야 하고, 원고의 수익사업에 사용된 정부출연금은 수익사업의 익금에 산입되어야 한다는 등의 이유로, 원고에게 2006, 2007, 2008 및 2010 사업연도 각 법인세(2008 사업연도는 농어촌특별세 포함)를 경정·고지하였다.
 2. 부가가치세 관련 상고이유에 관하여(원고 상고이유 제2점 및 피고들 상고이유 제1점)
 가. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 종교·자선·학술·구호 등 공익을 목적으로 하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다[구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제16호, 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 전부 개정되기 전의 것) 제11조의5 제1항].
 나. 원심은 여기에서 ‘실비’란 ‘재화 또는 용역을 공급받은 자로부터 받은 공급대가가 그 공급에 필요한 비용을 초과하지 않는 경우’를 의미한다고 전제하였다. 그런 다음 이 사건 사업을 정부대행사업, 정부위탁사업, 환경시설설치지원사업, 기타 용역사업의 4개 사업 분야로 구분한 후 위 각 사업 분야 단위로 재화 또는 용역이 실비로 공급되었는지 여부를 따져서 이 사건 사업 중 정부대행사업, 정부위탁사업, 기타 용역사업은 부가가치세 면세 대상에, 환경시설설치지원사업은 부가가치세 과세 대상에 해당한다고 판단하였다.
 다. 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
 1) 구 부가가치세법 제1조 제1항은 부가가치세의 과세 대상에 관하여 “부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.”라고 규정하면서 제1호에서 ‘재화 또는 용역의 공급’을 규정하고, 구 부가가치세법 제12조 제1항은 일정한 ‘재화 또는 용역의 공급’을 부가가치세 면세 대상으로 규정하고 있다. 위 각 규정의 문언에다가 세금계산서 교부 및 부가가치세 거래징수는 부가가치세 면세 여부에 따라 그 의무의 존부가 달라지는데 이는 모두 재화 또는 용역을 공급할 때 이루어지는 점 등의 사정을 보태어 보면, 부가가치세 면세 여부는 원칙적으로 ‘개별적인 재화 또는 용역의 공급’을 기준으로 판단하여야 한다.
 2) 원심이 구분한 각 사업 분야에 속한 개별 사업들은 구체적인 계약 내용이 서로 다르고, 사업의 기간이나 내용 등에서도 차이가 난다. 이들을 묶어서 하나의 공급 단위로 보고 실비 공급 여부를 판단할 합리적인 근거가 없다.
 3) 원심이 각 사업 분야 전체를 기준으로 실비 공급 여부를 판단한 주된 이유는 각 사업 분야에 속한 개별 사업들은 그 수수료 산정방식이 비슷하다고 보았기 때문이다. 그런데 환경시설설치지원사업만 보더라도 위 사업 분야에 속한 많은 개별 사업에서는 손실이 발생한 반면, 이익의 발생은 일부 개별 사업에 집중되어 있다. 이 점에 비추어 보더라도 하나의 사업 분야에 속한 개별 사업들의 수수료 산정방식이 비슷하다고 단정할 수 없다.
 4) 따라서 이 사건 사업에 관한 재화 또는 용역이 실비로 공급되어 부가가치세 면세 대상에 해당하는지 여부는 개별 재화 또는 용역을 기준으로 판단하여야 하고, 각 사업 분야 전체를 기준으로 판단할 수 없다.
 라. 그런데도 원심은 이 사건 사업을 구성하는 각 사업 분야를 기준으로 실비 공급 여부를 따져 부가가치세 면세 대상인지 여부를 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 실비 공급 여부의 판단 대상이 되는 재화 또는 용역의 단위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 원고와 피고들의 각 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 법인세 관련 상고이유에 관하여
 가. 수익사업에 사용된 정부출연금이 수익사업의 익금에 해당하는지 여부(원고 상고이유 제5점)
 원심은 판시와 같은 이유로 원고가 교부받은 정부출연금 중 수익사업에 사용된 부분은 수익사업의 익금에 해당한다는 취지로 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유 주장과 같이 비영리내국법인의 법인세 과세소득의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 나. 이자소득의 실질적 귀속자(피고 서인천세무서장의 상고이유 제2점)
 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 정부업무대행사업을 수행하기 위하여 정부나 지방자치단체로부터 지급받은 선급 사업비를 원고 명의의 계좌로 예치한 이상 이는 원고의 소유로 귀속되며 그에 대한 처분권한 역시 원고가 갖는 것이므로 위 사업비에서 발생한 이자소득의 귀속자는 원고로 보아야 하고, 원고가 사업비 정산약정에 따라 사업이 종료된 후 원천징수세액을 공제한 나머지 이자를 정부나 지방자치단체에 반환할 의무를 부담한다는 사정만으로는 이자소득의 실질적 귀속자를 이와 달리 볼 수 없다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유 주장과 같이 이자소득의 실질적 귀속자에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 4. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하며, 원고와 피고 서인천세무서장의 나머지 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김재형(재판장) 노정희 이흥구(주심)

구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제1항은 부가가치세의 과세 대상에 관하여 “부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.”라고 규정하면서 제1호에서 ‘재화 또는 용역의 공급’을 규정하고, 구 부가가치세법 제12조 제1항은 일정한 ‘재화 또는 용역의 공급’을 부가가치세 면세 대상으로 규정하고 있다. 위 각 규정의 문언에다가 세금계산서 교부 및 부가가치세 거래징수는 부가가치세 면세 여부에 따라 그 의무의 존부가 달라지는데 이는 모두 재화 또는 용역을 공급할 때 이루어지는 점 등의 사정을 보태어 보면, 부가가치세 면세 여부는 원칙적으로 ‘개별적인 재화 또는 용역의 공급’을 기준으로 판단하여야 한다.