취득세부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2005.01.13 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 1995. 12. 10. 원고에 대하여 한 취득세 478,033,920원의 부과처분 중

303,469,920원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 이를 3분하여 그 2는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 이 사건 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증 내지 갑제3호증, 갑제6호증 내지 갑제9호증의 5, 갑제14호증의 1, 2, 3, 갑제59호증 내지 갑제66호증, 갑제70호증, 갑제71호증, 을제1호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론의 전취지를 모아보면 이를 인정할 수 있고 반증이 없다.
가. 원고는 주택건설 및 분양판매업 등을 목적으로 하는 법인인바, 주택건설ㆍ분양을 목적으로 1993. 1. 25. 서울지방법원 북부지원 92타경18436호 부동산강제경매사건절차에서 서울 노원구 상계동 320-9 전 128㎡, 320-17 전 4,985㎡, 320-38 대 175㎡, 320-74 전 129㎡(이하에서는 위 토지들을 합하여 ‘1차 경락토지’라고 한다)를 대금 1,945,320,000원에 경락받아 같은 해 4. 13. 그 경락잔대금을 완납한 후, 같은 달 20. 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.
나. 또한 원고는 1993. 4. 24. 위 같은 지원 92타경13141호 부동산임의경매사건절차에서 같은 동 319-4 전 551㎡, 320-70 전 499㎡, 320-72 전 543㎡, 191-4 전 1,345㎡(이하에서는 위 토지들을 합하여 ‘2차 경락토지’라고 한다)를 대금 1,119,000,000원에 경락받아 같은 해 10. 16. 그 경락잔대금을 완납한 후, 같은 해 12. 23. 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다(위 319-4 토지 및 위 320-70, 72, 74 토지는 1994. 2. 18. 합병되어 같은 동 319-4 전 1,722㎡로 되었다).
다. 그 후 원고는 1994. 6. 14. 위 320-9, 320-38 토지를 소외 노원지역주택조합(이하 ‘주택조합’이라 한다)의 조합장이던 소외 박태신에게 대금 182,000,000원에, 합병후의 위 319-4 전 1,722㎡를 소외 주식회사 중앙건설(이하 ‘중앙건설’이라 한다)에게 대금 930,000,000원에, 위 320-17, 191-4 토지를 위 박태신 및 중앙건설에게 대금 3,788,000,000원에 각 매도하는 내용의 매매계약을 체결하고 같은 날 계약금으로 합계 금 600,000,000원을 수령하였으며, 같은 해 8. 10. 위 합병후의 319-4, 320-17, 191-4 토지에 관하여, 같은 해 11. 17. 나머지 토지들에 관하여 위 각 매수인들 명의의 소유권이전등기를 경료해주었다.
라. 피고는, 원고가 1, 2차 경락토지 합계 8,355㎡(이하 1, 2차 경락토지를 합하여 ‘이 사건 토지’라 한다)를 주택건설용으로 취득한 후 정당한 사유 없이 법인의 고유업무에 직접사용하지 아니한 채 이를 매각하였으므로 법인의 비업무용 토지에 해당한다고 판단하여, 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제112조 제2항, 제1항, 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제84조의4 제1항에 의거하여 그 취득가액에 중과세율인 일반세율의 7.5배를 곱하여 산정한 취득세에서 기납부 취득세액 금 61,286,400원을 공제한 후, 1995. 12. 10. 원고에 대하여 취득세 금 478,033,920원(본세 398,361,600원 + 가산세 79,672,320원)을 부과·고지하는 이 사건 처분을 하였다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 매각에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부

(1) 원고의 주장

㈎ 원고 회사의 대표이사인 소외 김기환은 소외 서천수로부터, 아파트건설의 적지인 이 사건 토지가 경매물건으로 나와있는데 조합아파트 건축을 포기할 수 밖에 없는 주택조합내부의 사정에 비추어 진입로를 확보함에 필요한 인근 토지들도 추가로 매물로 나올 것이라는 정보를 듣고, 인근 토지의 취득이나 건축사업시행에 있어 조합원들의 방해가 있을 것을 전혀 예상하지 못한 채 시가에 비하여 저렴하고 입지조건이 좋은 이 사건 토지 등 약 5,000평의 토지를 취득하여 500세대 정도의 아파트를 건축하여 분양하면 사업성이 있을 것으로 판단하여 1차 경락토지를 취득하였다.
㈏ 그 후 주택조합이 중앙건설로부터 자금지원을 받을 수 있게되자 조합원들은 1차 경락토지를 되돌려 줄 것을 요구하기 시작하였고, 진입로로 사용할 인근 토지들도 함께 취득하지 못하면 건축허가를 받을 수 없어 아파트를 건축하는 것이 불가능하였으므로 원고는 인근 토지를 취득하기 위하여 전력을 기울였으나 조합원들의 방해로 인근 토지를 매수하지 못하였으며, 조합원들은 원고 회사에 몰려와 농성을 벌이고, 수사기관에 진정서를 제출하여 김기환을 무고하였을 뿐만 아니라, 김기환의 집을 점거하여 농성을 벌이면서 김기환과 가족들을 감금하고 협박하여 생명의 위협을 느낀 김기환은 결국 이에 굴복하여 주택조합의 운영위원장인 소외 유금창과 사이에 합의서를 작성하게 되었고, 그 후 원고는 위 합의를 무효화시키려 하였지만 주택조합측의 협박에 못이겨 이 사건 토지를 조합측에 시가의 1/3 정도에 매각하였으며, 이에 따라 원고는 금 203,682,701원을, 김기환은 개인적으로 188,065,501원의 손해를 보았다.
㈐ 따라서 원고가 이 사건 토지를 매각하지 아니할 수 없었던 사정과 이로 인한 원고나 김기환의 손실 및 지방세법이 법인의 비업무용 토지에 대하여 중과세를 하는 입법 취지 등을 종합해 보면, 이 사건 토지의 매각은 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 이 사건 토지는 시행령 제84조의4 제1항 소정의 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니한다.
(2) 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.
(3) 인정사실

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제7호증 내지 갑제9호증의 5, 갑제14호증의 1 내지 갑제22호증의 3, 갑제59호증 내지 갑제67호증, 갑제70호증의 각 기재, 증인 김용재, 윤소영, 박성삼, 서천수의 각 증언(증인 서천수의 증언 중 뒤에서 믿지 아니하는 부분은 제외)에 변론의 전취지를 모아보면 이를 인정할 수 있고 이에 반하는 증인 서천수의 일부 증언은 이를 믿지 아니하고 달리 반증이 없다.
㈎ 이 사건 토지는 원래 약 900명의 조합원들로 구성된 주택조합의 소유였는데, 조합장이던 소외 송동호 등이 횡령행위 등 범죄를 저지르는 바람에 이 사건 토지에 관한 경매절차가 시작되었다.
㈏ 원고 회사의 대표이사인 김기환은 평소 알고 지내는 서천수로부터 이 사건 토지가 경매물건으로 나오게된 주택조합의 사정을 듣고, 주택조합이 인근 토지들을 매수하여 중도금까지 지불하였으나 주택조합이 파산지경이므로 인근 토지들도 이어서 추가로 매물로 나올 것이니 이 사건 토지를 경매를 통하여 취득하라는 권유를 받았고, 이에 김기환은 이 사건 토지가 조합아파트를 지으려고 하던 토지여서 입지조건이 좋은데도 당시 시세(평당 약 2,000,000원)에 비하여 저렴한 가격으로 취득할 수 있어 이 사건 토지와 그 일대의 토지들을 취득하여 아파트를 건축하여 분양하면 사업성이 있을 것으로 판단하고, 앞서 인정한 바와 같이 1차 경락토지를 1,945,320,000원(평당 약 1,185,000원 가량)에, 2차 경락토지를 1,119,000,000원(평당 약 1,257,000원 가량)에 각 경락받았다.
㈐ 원고가 1차 경락토지의 경락대금을 납부한 후, 주택조합 조합원들이 김기환에게 경락받은 금액에 은행이자 정도만 더한 금액을 받고 조합측에 다시 매각할 것을 요청하였으나 김기환은 평당 2,200,000원을 요구하여 타협이 이루어지지 않고 있던 중, 주택조합의 운영위원장인 소외 유금창 등이 조합원들의 대표자로서 김기환을 상대로 서울지방검찰청 북부지청에 원고 회사의 사업현황으로 보아 경락대금을 납부할 자력이 없는 점에 비추어 송동호 등과 관련이 있는 것으로 보이므로 이를 엄정 조사해 달라는 진정을 제기하기도 하였으며(위 북부지청은 나중에 1993. 9. 3. 김기환을 소환 조사하기도 하였으나 혐의점을 발견하지 못하고 진정사건을 종결처리하였다), 원고는 인근 토지를 매입하기위하여 서천수를 통하여 그 소유자와 접촉하기도 하였으나 매입제의를 거절당하였다(결국 나중에 주택조합과 제휴한 중앙건설이 인근 토지를 매수하였다).
㈑ 주택조합 조합원들은 1993년 7월과 8월에 몇차례에 걸쳐 원고 회사 사무실에 몰려와서 1차 경락토지를 조합측에 되돌려줄 것을 요구하며 소란을 피웠고, 그 후 주택조합의 조합원들 약 40여명이 1993. 8. 30. 19:00경 김기환의 집으로 찾아와 10여명은 거실을, 나머지는 마당을 각 점거하고 흥분된 상태에서 1차 경락 토지를 주택조합에 되돌려줄 것을 강력히 요구하면서 김기환과 그의 가족에게 욕설을 퍼붓거나 매달려 애원을 하기도 하고 김기환의 멱살을 잡고 흔드는 등 소동을 피웠는데, 신고를 받고 현장에 도착한 경찰관들은 김기환의 요구에도 불구하고 폭력사태 등 불상사를 우려하여 농성중인 조합원들을 강제로 퇴거시키지 못하고 김기환과 조합원들에게 원만한 합의를 종용함에 따라, 김기환과 유금창은 ① 1차 경락토지를 주택조합측에 매도하되, 주택조합측이 같은 해 9. 30.까지 1차 경락토지의 경락대금에 월 2.5%의 이자를 가산하여 정산하고, ② 2차 경락토지에 대한 경매보증금을 원고가 되찾을 수 있도록 주택조합이 책임을 지고, 되찾지 못할 경우 주택조합이 부담하되 이자는 월 2.5%로 하며, ③ 주택조합과 원고사이에 원만한 합의서가 작성되면 즉시 북부지청에 제출한 진정을 취하하고, ④ 취득세문제도 주택조합이 책임지기로 한다는 내용의 합의서(갑제16호증)을 작성하였고, 이에 따라 조합원들은 농성을 풀고 김기환의 집에서 퇴거하였다.
㈒ 그런데 주택조합측이 1993. 9. 30.이 지나도록 위 합의서에 따른 경매대금 등을 지급하지 않자, 원고는 같은 해 10. 16. 2차 경락토지에 대한 경락잔대금을 경매법원에 납부하는 한편, 같은 해 12. 27. 위 합의서에 따른 1차 경락토지의 매도약정을 파기하여 없던 것으로 하겠다고 주택조합측에 통고하였나, 유금창은 같은 달 31. 금명간 약속을 이행할 것이라면서, “1993. 9. 30.을 도과하더라도 위 합의사항이 무효로 되는 것은 아니며, 위 합의로 북부지청에 제출한 진정서에 대한 내사를 중단시켜 놓은 상태인데 합의가 무효로 되면 다시 수사가 진행될 것이고, 조합이 입지심의, 건축심의를 필하였기 때문에 조합의 사업포기각서 없이는 원고가 이 사건 토지에서 사업을 할 수 없다”는 내용의 답변서를 원고에게 보냈다.
㈓ 이에 원고는 1994. 1. 17. “주택조합은 현재까지도 합의조항을 이행하지 않았을 뿐아니라 이행할 의사나 능력도 없으므로 본건은 추후 재론하지 말 것”을 통보하는 최고서를 다시 유금창에게 보냈고, 유금창은 같은 달 22. “원고가 선의로 이 사건 토지를 취득한 것으로 보기 어렵고, 조합측이 합의내용대로 빠른 해결을 하지 못한 것은 사실이나 어차피 합의서 내용대로 월 2.5%의 고리이자를 부담하게 되므로 원고는 손해가 없을 것이며, 굳이 법적 대응을 한다면 모든 수단과 방법을 동원하여 대응하겠다”는 내용의 답변서를 원고에게 보냈다.
㈔ 원고는 결국 이 사건 토지상에서의 아파트건축사업을 포기하고 주택조합측과 협의한 끝에, 앞서 인정한 바와 같이 1994. 6. 14. 박태신 및 중앙건설에게 이 사건 토지를 합계 금 49억원에 매도하는 매매계약을 체결한 후 이 사건 토지에 관하여 각 매수인들 명의의 소유권이전등기를 경료해주었다.
(4) 판단

㈎ 법 제112조 제2항 소정의 법인의 비업무용 토지의 구체적 범위는 시행령 제84조의4 제1항 내지 제4항 규정에 의하여 결정되고, 위 규정은 규정의 체계와 내용상 제4항(비업무용 토지로 보지 아니하는 경우)에 해당하지 않는다고 하여 바로 비업무용 토지가 되는 것이 아니고 제3항(비업무용 토지로 보는 경우)에 해당하지 않는 한 제1항(비업무용 토지의 일반적인 범위)으로 돌아가 정당한 사유의 유무 등에 따라 비업무용 토지에서 제외될 여지가 있는 것이고, 시행령 제84조의4 제1항, 제4항 제10호에 의하면, 주택의 건설·공급 또는 임대를 목적사업으로 하는 법인이 주택건설을 목적으로 취득한 토지를 그 취득일로부터 4년이 경과되도록 주택건설에 사용하지 않거나 4년 이내에 타에 매각처분한 경우 당해 토지는 '법인의 비업무용 토지로 보지 아니하는 토지'에 해당하지 아니하지만, 그 불사용 또는 매각처분에 정당한 사유가 있으면 비업무용 토지의 범위에서 제외된다고 할 것인바, 이 사건의 경우 앞서 인정한 바와 같이 주택건설 및 분양판매업 등을 목적사업으로 하는 원고가 주택건설을 목적으로 취득한 이 사건 토지를 그 취득일로부터 4년 이내에 주택건설에 사용하지 않고 바로 타에 매각처분하였으므로, 결국 원고가 이 사건 토지를 매각한 데 정당한 사유가 있는지 여부가 이 사건의 쟁점이 된다.
그런데 위에서 말하는 '정당한 사유'는 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유·무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지의 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다.
㈏ 그러므로 살피건대, ‘정당한 사유’에 관한 원고의 주장은 이 사건 토지상에서 아파트건축사업을 하기 위하여 이 사건 토지를 경락받고 아파트 건축에 필요한 인근토지까지 취득하려고 하였으나 조합원들의 방해로 취득하지 못한 상태에서 조합원들이 수사기관에 진정을 하고 회사 및 대표이사의 집으로 몰려와 소란을 피우고 농성을 하자 이를 견디지 못하고 이 사건 토지를 주택조합측에 매도하였다는 것이나, 위 인정사실에 의하면, 원고가 주택조합 소유의 이 사건 토지를 각 경락받을 당시 이미 주택조합의 내부사정이나 주택조합이 인근 토지를 매수하고 중도금까지도 지급하였던 사정, 이에 따라 원고가 이 사건 토지를 경락받아 건축사업을 하려할 경우에는 인근토지의 취득이나 건축사업시행에 있어 조합원들의 방해가 있을 것이고 또한 인근 토지를 취득하지 못하면 건축허가 등 건축사업을 진행하기 어려울 것이라는 점은 어느 정도 예상할 수 있었던 것으로 보이고, 조합원들의 진정, 농성 등이 이 사건 토지를 사용할 수 없게 할 정도에 이른 것으로 볼 수는 없으며, 원고는 서천수를 통하여 인근토지를 취득하려고 시도한 것 외에는 아파트 건축을 위하여 별다른 노력을 하지 아니하였고, 시행령 제84조의4 제4항 제10호 소정의 유예기간이 4년임에도 이 사건 토지를 취득한 후 얼마되지 않아 이를 매도하였는바, 이러한 사정을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 고유목적에 사용하기 위하여 정상적이고 진지한 노력을 다하였으나 부득이한 사정으로 이 사건 토지에 아파트를 건축하지 못하고 이를 매각하게 된 것이라고 보기 어렵고, 가사 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 토지를 매도함에 따라 원고 회사나 그 대표이사인 김기환이 손해를 보았다고 하더라도 달리 볼 것은 아니라 할 것이다.
㈐ 따라서 원고의 이 사건 토지 매각에 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다 할 것이므로 이 사건 토지의 매각에 정당한 사유가 있음을 전제로 이 사건 토지가 시행령 제84조의4 제1항 소정의 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니한다는 원고의 주장은 이유없다 할 것이다.
나. 매각으로 법인의 고유업무에 직접 사용된 것인지 여부

(1) 원고의 주장

㈎ 가사 이 사건 토지의 매각에 정당한 사유가 인정되지 않더라도, 이 사건 토지의 취득당시인 1993년경 법인등기부상 원고 회사는 부동산매매업을 그 목적사업으로 하고 있었고, 원고는 이 사건 토지를 취득한 날로부터 1년이내인 1993. 8. 30.(갑제16호증 합의서의 작성일이다) 주택조합측에 매각하였으므로 원고는 이 사건 토지를 취득한 날로부터 1년이내에 법인등기부상 목적사업으로 정하여져 고유업무에 해당하는 부동산매매업에 직접 사용한 것이고, 따라서 이 사건 토지는 법인의 비업무용 토지에서 제외되어야 한다.
㈏ 부동산매매업을 주업으로 하는 법인의 경우 당초 주택건설용으로 토지를 취득하였다가 그 취득일로부터 1년 이내에 매매용으로 전환하여 이를 매각하였다면 그 토지는 시행령 제84조의4 제1항 소정의 유예기간내에 법인의 고유업무에 직접 사용된 토지로서 법인의 비업무용 토지에서 제외되는 것인바, 원고는 이 사건 토지를 당초 제3자에게 매도할 목적으로 취득한 것이 아니고 주택건설용으로 취득한 것이었으나 나중에 이를 매매용으로 전환하여 주택조합측에 매각하였고, 부동산매매업은 법인등기부상 목적사업으로 정하여져있는 원고 회사의 고유업무에 해당하며, 법시행규칙(1994. 12. 31. 내무부령 제633호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행규칙’이라고 한다) 제46조의6 제1호에는 직전 사업연도 말일 현재 당해 법인의 총자산가액 중 당해업종에 공여되는 자산가액이 100분의 50이상인 경우에는 시행령 제84조의4 제3항 제7호에서 규정하는 주업에 해당한다고 규정하고 있고, 원고가 이 사건 토지를 매매하기 직전의 사업연도인 원고 회사의 1993년말 총자산가액 3,326,544,026원 중 부동산 매매업에 공여되는 자산인 이 사건 토지 가액은 3,239,754,960원으로 그 비율이 50%를 넘어 시행규칙 제46조의6 제1호에 의하여 부동산매매업은 원고 회사의 주업임이 명백할 뿐 아니라, 시행규칙 제46조의6 제2호에는 직전 사업연도의 총매출액 중 당해 업종의 매출액이 100분의 50이상인 경우에는 시행령 제84조의4 제3항 제7호에서 규정하는 주업에 해당한다고 규정하고 있고, 이 사건 토지를 취득하기 직전의 사업연도인 1992 사업연도의 매출액은 33,000,000원이나 이는 의정부시 용현동 402-7 답 59㎡의 매각에 따른 것으로 부동산매매업으로 인한 매출이 100%이므로 시행규칙 제46조의6 제2호에 의하여 부동산매매업은 원고 회사의 주업임이 명백하며, 1차 경락토지의 취득일은 그 대금완납일인 1993. 4. 13.이고 2차 경락토지의 취득일은 그 대금완납일인 같은 해 10. 16.인데, 이 사건 토지의 매각일은 같은 해 8. 30.로 보아야 하므로 원고는 이 사건 토지를 취득한 날로부터 1년이내에 매각하여 주업인 부동산매매업에 직접 사용한 것이고, 따라서 법인의 비업무용 토지에서 제외되어야 한다.
(2) 판단

㈎ 살피건대, 시행령 제84조의4 제1항이 법인의 비업무용 토지의 일반적인 범위를 정함에 있어 당해 토지의 당초 취득목적에 아무런 제한을 두고 있지 아니한 점 및 같은 조 제3항 제2호(부동산 매매업이 주업이 아닌 경우에는 제3자에게 매도할 목적으로 매매용 토지를 취득할 경우 정당한 사유가 없는 한 제1항, 제2항에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 된다), 제4항 등의 내용을 종합하여보면, 부동산매매업을 주업으로 하는 법인의 경우 당초 주택건설용으로 토지를 취득하였다가 그 취득일로부터 1년 이내에 매매용으로 전환하여 이를 매각하였다면 그 토지는 시행령 제84조의4 제4항 규정에 의하여 비업무용 토지에서 제외될 수는 없다고 하더라도 제1항 소정의 유예기간내에 법인의 고유업무에 직접 사용된 토지로서 법인의 비업무용 토지에서 제외된다고 할 것(대법원 1997. 7. 11. 선고 96누17561 판결 참조)이나, 부동산매매업을 주업으로 하지 않는 법인의 경우에는 비록 법인등기부상 부동산매매업을 그 목적사업으로 하고 있었다고 하여도 이에 해당하지 아니하는 것이므로, 원고 회사의 법인등기부상 목적사업의 하나로 되어있는 부동산매매업에 사용되었다는 이유로 당연히 법인의 비업무용 토지에서 제외되어야 함을 전제로 하는 원고의 위 첫 번째 주장은 이유없다 할 것이다.
㈏ 여기에서 ‘주업’여부는 과세요건성립당시 법인등기부상의 목적사업으로 정해진 것을 전제로 하여 시행규칙 제46조의6에 의하여 당해 토지의 취득하기 직전 사업연도(따라서 원고의 주장과 같이 매각시점을 기준으로 하는 것이 아니다)의 총자산가액 중 당해 업종에 공여되는 자산가액이 100분의 50이상을 차지하는지 여부(제1호), 직전 사업연도의 총매출액 중 당해 업종의 매출액이 100분의 50이상을 차지하는지 여부(제2호) 등을 기준으로 하는 것이므로 먼저 원고가 주장하는 바와 같이 원고 회사의 직전 사업연도의 총자산가액 중 부동산매매업에 공여되는 자산가액이 100분의 50이상을 차지하는가의 여부와 직전 사업연도의 총매출액 중 당해 업종의 매출액이 100분의 50이상을 차지하는가의 여부에 관하여 본다.
살피건대, 갑제6호증, 갑제55호증의 1 내지 갑제56호증의 5, 갑제71호증 내지 갑제73호증, 갑제76호증의 1 내지 갑제80호증의 3, 갑제83호증의 1 내지 갑제86호증의 4, 갑제97호증의 1 내지 갑제98호증의 7의 각 기재, 증인 윤소영의 증언에 변론의 전취지를 모아보면, 이 사건 토지를 취득하거나 매각할 당시 원고 회사의 법인등기부상 목적사업은 “1. 주택건설 및 분양판매업, 2. 건설자재판매업, 3. 부동산 매매 및 임대업, 4. 위 각 항에 부대하는 일체의 사업”으로 되어 있었던 사실, 원고는 1987년과 1988년경 서울 중랑구 신내동에 5층 아파트 210세대를 신축하여 분양하였고, 1990. 10. 30. 의정부시 용현동 402-1, 5, 6, 8 합계 면적 8,003㎡지상에 5층 아파트 200세대 및 상가를 신축, 준공하여 그 무렵 이를 분양하였던 사실, 그후 대표이사인 김기환이 충북 청원에서 레미콘회사를 따로 운영하게 됨에 따라 원고 회사는 아파트 신축분양사업을 중단하였고, 의정부시에서 위와 같이 아파트를 신축 분양할 당시 매수하였으나 아파트 부지로 사용되지 않은 의정부시 용현동 402-7 답 59㎡(아파트 부지인 같은 동 402-1 토지에서 분할된 것이다)를 1992. 7. 3. 소외 송용곤에게 33,000,000원에 매각한 사실, 원고가 법인세과세표준 및 세액신고를 위하여 세무서에 제출한 대차대조표, 손익계산서 등에 의하면, 1992년의 경우 원고 회사는 용지매출 33,000,000원이 있었을 뿐 다른 매출실적은 전혀 없었고(따라서 수입금액은 33,000,000원뿐이었다), 1992. 12. 31.현재 원고 회사의 유동자산은 194,697,902원, 투자와 기타자산은 149,284,460원, 고정자산은 27,202,710원으로 자산총계는 371,185,072원이었고 그 중 재고자산(용지)은 전혀 없었던 사실, 그 후 이 사건 토지의 취득으로 인하여 1993. 12. 31. 현재 원고 회사의 자산총계는 3,326,544,026원으로 증가하였고 그 중 재고자산(용지)은 3,239,754,960원(이는 이 사건 토지의 경락대금, 취득세, 등록세, 등기촉탁비용을 합한 금액이다)이었던 사실을 각 인정할 수 있고 반증이 없으며, 원고는 주택건설ㆍ분양을 목적으로 1993. 1. 25. 1차 경락토지를 대금 1,945,320,000원에 경락받아 같은 해 4. 13. 그 경락대금을 완납한 후, 같은 달 20. 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였고, 같은 달 24. 2차 경락토지를 대금 1,119,000,000원에 경락받아 같은 해 10. 16. 그 경락잔대금을 완납한 후, 같은 해 12. 23. 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였으나, 1994. 6. 14. 이 사건 토지를 박태신 및 중앙건설에게 합계 49억원에 매도하는 내용의 매매계약을 체결하고 같은 날 계약금으로 합계 금 600,000,000원을 수령하고, 같은 해 8. 10.과 같은 해 11. 17. 이 사건 토지에 관하여 각 매수인들 명의의 소유권이전등기를 경료해준 사실은 앞서 인정한 바와 같다.
위 각 인정사실에 의하면, 주로 아파트 신축분양사업을 영위해오던 원고 회사는 이 사건 토지를 취득하기 직전 사업연도인 1992년말 현재 재고자산(용지)이 전혀 없었고 달리 원고 회사의 총자산가액 중 부동산매매업에 공여되는 자산가액이 100분의 50이상이라고 볼 별다른 자료도 없으므로(원고는 1992년말 현재 유동자산 등 다른 자산이 부동산매매업에 공여되었다고 주장하지도 않는다), 시행규칙 제46조의6 제1호 소정의 직전 사업연도의 총자산가액 중 당해 업종에 공여되는 자산가액이 100분의 50이상인 경우에는 해당하지 아니하나, 원고 회사의 1992 사업연도의 총매출액은 의정부시 용현동 402-7 답 59㎡의 매각에 따른 용지매출 33,000,000원이 있었을 뿐 다른 매출실적은 전혀 없었으므로 시행규칙 제46조의6 제2호에 따라 직전 사업연도의 총매출액 중 부동산매매업의 매출액이 100분의 50이상인 경우에 해당하여 원고는 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 되는 것이다.
㈐ 나아가 이 사건 토지가 그 취득일로부터 1년 이내에 매매용으로 전환되어 매각된 것인지의 여부에 관하여 살펴본다.
부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용 토지를 매각하는 경우 특별한 사정이 없는 한 당해 토지를 매도하는 매매계약을 체결하고 그 계약금을 수령하였다면 그로써 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 것인바, 위 인정사실에 의하면, 원고는 주택건설ㆍ분양을 목적으로 이 사건 토지를 취득하였고, 1차 경락토지의 취득일은 그 대금완납일인 1993. 4. 13.이고 2차 경락토지의 취득일은 그 대금완납일인 같은 해 10. 16.이 될 것이며, 원고는 결국 이 사건 토지상에서의 아파트건축사업을 포기하고 1994. 6. 14. 박태신 및 중앙건설에게 이 사건 토지를 합계 금 49억원에 매도하는 매매계약을 체결하고 같은 날 계약금으로 합계 금 600,000,000원을 수령하였으므로, 2차 경락토지는 그 취득일로부터 1년 이내에 매매용으로 전환, 매각되어 시행령 제84조의4 제1항 소정의 유예기간내에 법인의 고유업무에 직접 사용된 토지로서 법인의 비업무용 토지에서 제외된다고 할 것이나, 1차 경락토지는 그 취득일로부터 유예기간인 1년이 이미 경과된 후 매매용으로 전환, 매각되었음이 명백하므로 시행령 제84조의4 제1항 소정의 유예기간내에 법인의 고유업무에 직접 사용된 토지라고 볼 수 없다 할 것이다(이에 대하여 원고는 이 사건 토지의 매각일을 1993. 8. 30.로 보아야 한다고 주장하나, 앞서 인정한 바와 같이 김기환이 1993. 8. 30. 유금창과 위 합의서를 작성한바 있지만, 그 작성경위나 내용에 비추어 보면 이는 당시 농성중이던 조합원들을 대표한 유금창과 이 사건 토지의 처리방향에 관한 일응의 합의를 한 것에 불과한 것으로 보이고, 당시는 원고가 2차 경락토지를 취득하기전일 뿐만 아니라 그 후 비교적 장기간의 협의 끝에 비로소 원고가 이 사건 토지상에서의 아파트건축사업을 포기하고 1994. 6. 14. 위 합의서와 상이한 내용으로 이 사건 토지를 박태신 및 중앙건설에게 매각하기에 이른 사정에 비추어보면, 1993. 8. 30. 위 합의서의 작성에 의하여 이 사건 토지가 매각되었다거나 원고 법인의 고유업무에 직접 사용되었다고 보기는 어려우므로 원고의 위 주장은 이유없다 할 것이다).
이에 원고는 1차 경락토지의 매각이 늦어진 것은 주택조합이 합의서에서 정한 약속을 이행하지 아니하는 등 매각 지연에 정당한 사유가 있다고 주장하므로 살피건대, 앞서 본바와 같이 원고가 1차 경락토지를 취득할 당시 이미 주택조합의 내부사정이나 인근토지의 취득, 또는 건축사업시행에 있어 조합원들의 방해 등을 어느 정도 예상할 수 있었고, 그 후 원고는 아파트 건축을 위하여 별다른 노력을 하지 아니하였을 뿐 아니라, 1993. 8. 30. 유금창과 사이에 위 합의서를 작성하고도 주택조합측이 경매대금 등을 지급하지 않자, 2차 경락토지에 대한 경락잔대금을 경매법원에 납부하는 한편, 내용증명을 수차례 교환한 끝에 아파트건축사업을 포기하고 박태신 및 중앙건설에게 이 사건 토지를 매각하기에 이른 사정 등에 비추어보면, 원고가 1차 경락토지를 취득한 후 매매용으로 전환하여 이를 매각하려 하였으나 부득이한 사정으로 유예기간인 1년을 경과하게 된 것이라고 보기 어렵다 할 것이므로 매각지연에 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다 할 수 없다.
㈑ 피고는, 이 사건 토지가 시행령 제84조의4 제3항 제2호에 따라 제1항, 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 보는 경우에 해당한다는 취지의 주장을 하나, 시행령 제84조의4 제3항 제2호 소정의 ‘매도할 목적으로 취득한 매매용 토지’에는 건물을 건축하여 그 부지로서 건물과 함께 양도할 목적으로 취득한 건설용 토지까지 포함되는 것은 아니라 할 것인데 앞서 본바와 같이 원고는 당초 주택건설ㆍ분양을 목적으로 이 사건 토지를 취득하였고 또한 원고 회사는 부동산 매매업을 주업으로 하는 법인에 해당되므로 이 사건 토지는 시행령 제84조의4 제3항 제2호에 따라 법인의 비업무용 토지로 보는 경우에 해당하지 아니한다 할 것이다.
다. 정당한 세액의 계산

위에서 본 바와 같이, 2차 경락토지는 그 취득일로부터 1년 이내에 매매용으로 전환, 매각되어 시행령 제84조의4 제1항 소정의 유예기간내에 법인의 고유업무에 직접 사용된 토지에 해당하므로 이를 법인의 비업무용 토지에서 제외하고, 1차 경락토지만을 대상으로 그 취득가액에 중과세율인 일반세율의 7.5배를 곱하여 산정한 취득세에서 기납부 취득세액 38,906,400원(= 258,060원 + 38,648,340원, 갑제11호증의 1, 2, 을제1호증의 2)을 공제하여 원고에 대한 정당한 취득세액을 계산하면, 가산세를 포함한 취득세액은 303,469,920원{= (1,945,320,000원 × 20/1000 × 7.5 - 38,906,400원) × 1.2}이 되므로 피고의 원고에 대한 이 사건 처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이다.
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 정당한 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

경락토지는 취득일로부터 1년 이내에 매매용으로 전환, 매각되어 시행령 제84조의4 제1항 소정의 유예기간내에 법인의 고유업무에 직접 사용된 토지에 해당하므로 납세의무자에 대한 처분 중 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하다.