법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.09.26 / 시행일:

【원고, 상고인】 ○○○유동화전문 유한회사 (소송대리인 변호사 손지열 외 4인)
【피고, 피상고인】 영등포세무서장 외 1인
【원심판결】 서울고법 2011. 5. 12. 선고 2009누40034 판결
【주 문】
 원심판결 중 법인세 및 부가가치세 부과처분과 소득금액변동통지에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점 내지 제3점에 대하여
 가. 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제14조 제1항이 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이므로, 재산의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 하고(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조), 이러한 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두11948 판결 등 참조).
 한편 외국의 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것) 제119조 또는 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제93조에서 규정한 국내원천소득을 얻어 이를 구성원들에게 분배하는 영리단체에 해당하는 경우, 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있다면 그 단체를 납세의무자로 하여 국내원천소득에 대하여 법인세를 과세하여야 하고, 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 없다면 단체의 구성원들을 납세의무자로 하여 그들 각자에게 분배되는 소득금액에 대하여 그 구성원들의 지위에 따라 소득세나 법인세를 과세하여야 한다. 그리고 여기서 그 단체를 외국법인으로 볼 수 있는지 여부에 관하여는 구 법인세법상 외국법인의 구체적 요건에 관하여 본점 또는 주사무소의 소재지 외에 별다른 규정이 없는 이상 단체가 설립된 국가의 법령 내용과 단체의 실질에 비추어 우리나라의 사법(私法)상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리·의무의 귀속주체로 볼 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두5950 판결, 대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두3159 판결 등 참조).
 나. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 말레이시아 라부안에 설립된 (단체명 1 생략)의 설립 목적과 원고의 설립 경위, (단체명 1 생략)의 이사 및 직원 현황과 사업활동 내역 등에 비추어 보면, (단체명 1 생략)은 원고에 대한 이 사건 지분(79%)의 취득에 관하여 형식상 거래당사자의 역할만을 수행하였을 뿐 그 실질적 보유 주체는 미국 델라웨어주의 (회사명 2 생략) 또는 영국령 케이만군도의 회사로서 법인인 이 사건 파트너십 양수인이고, 이러한 형식과 실질의 괴리는 오로지 조세회피의 목적에서 비롯되었으므로, 이 사건 배당소득에 대한 원천징수분 법인세(이하 ‘이 사건 원천징수분 법인세’라 한다)의 원천납세의무자는 이 사건 파트너십 양수인으로 봄이 타당하다고 판단하였다.
 다. 앞서 본 법리와 관련 규정 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 실질과세의 원칙이나 대한민국 정부와 말레이시아 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약 제10조 등의 해석·적용에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
 2. 상고이유 제4점에 대하여
 판결서의 이유에는 주문이 정당하다는 것을 인정할 수 있을 정도로 당사자의 주장, 그 밖의 공격방어방법에 관한 판단을 표시하면 되고 당사자의 모든 주장이나 공격방어방법에 관하여 판단할 필요가 없다(민사소송법 제208조). 따라서 법원의 판결에 당사자가 주장한 사항에 대한 구체적·직접적인 판단이 표시되어 있지 아니하더라도 판결 이유의 전반적인 취지에 비추어 그 주장을 인용하거나 배척하였음을 알 수 있는 정도라면 판단누락이라고 할 수 없고, 설령 실제로 판단을 하지 아니하였더라도 그 주장이 배척될 경우임이 분명한 때에는 판결 결과에 영향이 없어 판단누락의 위법이 있다고 할 수 없다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009다88631 판결 등 참조).
 위 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 비록 원심이 ‘이 사건 원천세 결정결의서에는 이 사건 배당소득의 원천납세의무자가 기재되어 있지 아니하므로 이 사건 원천징수분 법인세 징수처분은 위법하다’는 원고의 주장에 대하여 명시적으로 판단하지 아니하였더라도, 과세관청의 내부문서에 불과한 이 사건 원천세 결정결의서에 원천납세의무자가 기재되지 아니하였다고 하여 이 사건 원천징수분 법인세 징수처분이 위법하다고 할 수는 없으므로, 이 부분 원고의 주장은 배척될 경우임이 분명하다. 따라서 원심의 위와 같은 판단누락은 판결 결과에 영향을 미친 위법이라고 할 수 없다.
 3. 상고이유 제5점에 대하여
 가. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고는 2001. 3. 10. 설립된 유동화전문회사로서, 2001. 3. 30. ◇◇◇빌딩을 매입하여 임대업을 운영하다가 2003. 1. 6. 호주 (회사명 3 생략)이 설립한 △△△제1차 유동화전문회사에 이를 매각한 사실, 원고는 그와 관련하여 □□□ 유한회사(이하 ‘(회사명 4 생략)’이라 한다)에 2001. 4.경부터 지급한 합계 321,567,000원의 용역대가, 소외인 및 (회사명 5 생략)에 2001. 4.경 지급한 합계 115,000,000원의 재무자문 용역비, 법률회사인 (회사명 6 생략)에 2001. 4.경부터 2002. 3.경까지 지급한 합계 275,202,213원의 법률수수료 등의 비용(이하 이들 비용을 합하여 ‘이 사건 용역비용’이라 한다)을 손금에 산입하여 법인세를 신고하고, (회사명 4 생략)에 지급한 용역대가와 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고한 사실 등을 인정한 다음, ① (회사명 4 생략)이 제공한 용역은 그 대부분이 원고의 설립 전에 이루어진 용역결과물로 보이고, 그 내용을 보더라도 원고의 설립 전 투자와 관련하여 ◇◇◇빌딩 취득에 대한 사업상의 타당성 검토에 초점이 맞추어진 것으로 보이며, 원고가 수령한 세금계산서에도 원고의 설립 전과 후를 구별하여 각 용역의 내역·사항별로 나누어 공급가액이 기재되어 있지 아니한 점, ② 소외인 및 (회사명 5 생략)이 제공하였다는 유동화증권의 인수와 관련된 재무자문 용역의 경우에는, 그 사채를 인수한 (회사명 7 생략)이 이미 원고의 설립 전인 2001. 2. 22.경 사채를 인수하는 방식으로 원고에게 230억 원을 대출하기로 결정이 된 상태였던 사정 등에 비추어 보면, 원고의 설립 직후인 2001. 3. 12. 원고와 소외인 등이 작성한 이 사건 재무자문 용역계약서는 이미 자금조달이 완료된 상태에서 그 비용을 인정받기 위하여 사후적으로 작성된 것으로 보이는 점, ③ (회사명 6 생략)이 제공하였다는 법률자문 용역은, 원고의 설립 전에 이루어진 용역과 원고의 설립 후에 이루어졌을 것으로 보이는 용역이 혼재되어 있고, 원고의 설립 전 투자와 관련하여 ◇◇◇빌딩 취득에 대한 사업상의 경제성·타당성 검토에 상대적으로 더 초점이 맞추어진 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 이 사건 용역비용은 원고가 지출하여야 하는 비용이 아닐 것이라는 점이 상당한 정도로 증명되었으므로, 그 비용이 원고의 업무와 관련성이 있다는 점에 대한 증명의 필요가 원고에게 돌아감에도 원고가 그 점을 증명하지 못하고 있다는 이유로, 이 사건 용역비용의 손금산입을 부인하고 (회사명 4 생략)에 지급한 용역대가와 관련된 매입세액의 공제를 부인하여서 한 피고들의 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분과 소득금액변동통지는 적법하다고 판단하였다.
 나. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 그대로 수긍하기 어렵다.
 (1) 구 법인세법 제19조 제1항은 "손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다."고 규정하고, 제2항은 "제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다."고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제6조 제6항의 위임에 따라 사업연도의 개시일 등에 관한 사항을 정하고 있는 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제3조 제2항은 ‘최초 사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있으며, 이 경우 최초 사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다’고 규정하고 있다. 한편 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항은 매출세액에서 공제하는 매입세액의 하나로 제1호에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’을 들고 있고, 제2항은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 제2호에서 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 들고 있다.
이러한 법령 규정의 문언 내용과 취지 및 관련 규정의 체계 등을 종합하여 보면, 법인의 설립 전에 지출원인이 발생한 비용이라도 그 법인의 설립 목적과 설립 후의 영업 내용 등에 비추어 구 법인세법 제19조 제2항에서 규정한 손비의 요건을 갖추었다고 인정되는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그 법인에 귀속되는 손비로 보아야 하고, 그에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제하는 매입세액에 해당한다고 봄이 타당하다.
 (2) 원심이 인용한 제1심판결 이유 및 적법하게 채택된 증거에 의하면 다음과 같은 사정을 알 수 있다.
 ① (회사명 4 생략)이 제공한 용역은 ◇◇◇빌딩을 자산유동화 목적으로 취득하는 것과 관련된 자문 및 컨설팅 서비스로서, 원고가 ◇◇◇빌딩을 취득하여 자산유동화업무를 영위하기 위하여는 그 용역을 제공받을 필요가 있었다.
 ② 소외인 및 (회사명 5 생략)이 제공한 용역은 원고가 장차 ◇◇◇빌딩을 기초로 발행할 유동화증권을 인수할 금융기관의 물색과 인수조건에 대한 협상 및 관련 서류의 준비 등으로 이루어져 있는데, 이는 원고의 유동화자산 취득 및 유동화증권 발행에 필요한 것이었다.
 ③ (회사명 6 생략)이 제공한 법률자문 용역은 자산관리계약서·사업신탁계약서·부동산관리계약서·양수도 계약서·임대차 계약서 및 관련 부수 계약서·자산유동화계획 등록 관련 서류 등의 작성 또는 검토 및 수정, 거래구조 관련 자문, 관련자와의 유선상 회의 및 논의 등으로 이루어져 있다. 이러한 용역은 원고의 설립 및 자산유동화계획의 등록과 그에 따른 자산유동화업무의 수행에 필요한 것이었다.
 (3) 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 용역비용은 비록 원고의 설립 전에 그 지출원인이 발생하였더라도 원고의 사업과 관련된 것으로서 구 법인세법 제19조 제2항에서 규정한 손비의 요건을 갖추었다고 볼 여지가 크다.
 다. 그런데도 원심은, 이 사건 용역비용이 구 법인세법 제19조 제2항에서 규정한 손비의 요건을 갖추었는지를 구체적으로 심리·판단하지 아니한 채 이 사건 용역비용의 상당 부분이 원고의 설립 전 투자와 관련된 것이라는 이유만으로 이 사건 용역비용은 원고의 업무와 관련이 없다는 것이 상당한 정도로 증명되었다고 보아 피고들이 그 손금산입을 부인하고 그와 관련된 매입세액의 공제를 부인하여서 한 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분과 소득금액변동통지가 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 손비의 요건 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 4. 상고이유 제6점에 대하여
 가. 원천징수의무자인 법인에 대한 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 조세행정처분으로서, 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세 또는 법인세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수의무자인 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 그 다음 달 10일까지 관할 세무서장 등에게 납부하여야 할 의무를 부담한다(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결 등 참조). 이러한 원천징수의무자인 법인에 대한 소득금액변동통지의 성격과 효과, 그리고 구 법인세법 시행령 제137조 제1항, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제192조 제1항, 구 소득세법 시행규칙(2007. 4. 17. 재정경제부령 제554호로 개정되기 전의 것) 제100조 제24호 등이 소득금액변동통지서에 ‘소득자의 성명·주소 등’과 소득금액을 기재하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 과세관청이 소득금액변동통지서에 소득의 귀속자나 소득의 귀속자별 소득금액을 특정하여 기재하지 아니한 채 소득금액변동통지를 하였다면 특별한 사정이 없는 한 그 소득금액변동통지는 위법하다고 할 것이다.
 나. 원심판결 이유에 의하면, 피고 서울지방국세청장은 이 사건 용역비용 중 합계 390,202,213원이 사외유출되어 (단체명 1 생략)을 당초 설립하였던 5개의 (회사명 2 생략)(이하 ‘이 사건 파트너십’이라 한다)에 귀속되었다고 보아 ‘배당’으로 소득처분을 하고 원고에게 그에 따른 소득금액변동통지를 한 사실, 그런데 당시 위 피고가 원고에게 보낸 이 사건 소득금액변동통지서에는 소득의 귀속자가 ‘(펀드명 1 생략) 외 4개 펀드’로, 소득금액이 2001 사업연도분 ‘335,422,455원’, 2002 사업연도분 ‘54,779,758원’으로 각 기재되어 있을 뿐 (펀드명 1 생략)을 제외한 나머지 4개 (회사명 2 생략)의 명칭이나 이 사건 파트너십별 소득금액은 기재되어 있지 아니한 사실(특히 이 사건 용역비용 중 위 54,779,758원은 이 사건 파트너십이 (단체명 1 생략)에 대한 보유지분을 이 사건 파트너십 양수인에게 양도한 후에 지급되었다)을 알 수 있다.
 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 소득금액변동통지는 소득의 귀속자나 소득의 귀속자별 소득금액이 특정되지 아니하여 위법하다고 할 것이다.
 다. 그런데도 원심은 이와 달리, 이 사건 소득금액변동통지서에는 원고가 그 소득의 귀속자 및 원천징수세액 등을 충분히 알 수 있을 정도의 기재가 되어 있다고 볼 수 있다는 이유로, 이 사건 소득금액변동통지에 절차상의 위법이 있다는 원고의 주장을 배척하였다. 이러한 원심의 조치에는 소득금액변동통지의 절차상 적법요건에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장도 이유 있다.
 5. 결론
 그러므로 원심판결 중 법인세 및 부가가치세 부과처분과 소득금액변동통지에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김소영(재판장) 신영철 이상훈(주심) 김용덕

[1] 외국의 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 구 소득세법 제119조 또는 구 법인세법 제93조에서 규정한 국내원천소득을 얻어 구성원들에게 분배하는 영리단체인 경우, 해당 소득에 대하여 과세하는 방법 및 그 단체가 외국법인인지 판단하는 기준
[2] 법인 설립 전에 지출원인이 발생한 비용이 구 법인세법 제19조 제2항에 규정한 손비의 요건을 갖춘 경우, 법인에 귀속되는 손비로 볼 수 있는지 여부(원칙적 적극) 및 그에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제되는지 여부(적극)
[3] 과세관청이 소득금액변동통지서에 소득의 귀속자나 귀속자별 소득금액을 특정하여 기재하지 않고 한 소득금액변동통지의 적법 여부(원칙적 소극)

[1] 외국의 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것) 제119조 또는 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조에서 규정한 국내원천소득을 얻어 이를 구성원들에게 분배하는 영리단체에 해당하는 경우, 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있다면 그 단체를 납세의무자로 하여 국내원천소득에 대하여 법인세를 과세하여야 하고, 구 법인세법상 외국법인으로 볼 수 없다면 단체의 구성원들을 납세의무자로 하여 그들 각자에게 분배되는 소득금액에 대하여 그 구성원들의 지위에 따라 소득세나 법인세를 과세하여야 한다. 그리고 여기서 그 단체를 외국법인으로 볼 수 있는지에 관하여는 구 법인세법상 외국법인의 구체적 요건에 관하여 본점 또는 주사무소의 소재지 외에 별다른 규정이 없는 이상 단체가 설립된 국가의 법령 내용과 단체의 실질에 비추어 우리나라의 사법(私法)상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리·의무의 귀속주체로 볼 수 있는지에 따라 판단해야 한다.
[2] 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 제2항, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2항, 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 제1호, 제2항 제2호 규정의 문언 내용과 취지 및 관련 규정의 체계 등을 종합해 보면, 법인의 설립 전에 지출원인이 발생한 비용이라도 그 법인의 설립 목적과 설립 후의 영업 내용 등에 비추어 구 법인세법 제19조 제2항에서 규정한 손비의 요건을 갖추었다고 인정되는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그 법인에 귀속되는 손비로 보아야 하고, 그에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제하는 매입세액에 해당한다고 보는 것이 타당하다.
[3] 원천징수의무자인 법인에 대한 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 조세행정처분으로서, 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세 또는 법인세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수의무자인 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 그 다음 달 10일까지 관할 세무서장 등에게 납부하여야 할 의무를 부담한다. 이러한 원천징수의무자인 법인에 대한 소득금액변동통지의 성격과 효과, 그리고 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제137조 제1항, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제192조 제1항, 구 소득세법 시행규칙(2007. 4. 17. 재정경제부령 제554호로 개정되기 전의 것) 제100조 제24호 등이 소득금액변동통지서에 ‘소득자의 성명·주소 등’과 소득금액을 기재하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 과세관청이 소득금액변동통지서에 소득의 귀속자나 소득의 귀속자별 소득금액을 특정하여 기재하지 않은 채 소득금액변동통지를 하였다면 특별한 사정이 없는 한 그 소득금액변동통지는 위법하다.