종합소득세부과처분취소 (세무, 의정부지방법원)
공포일: 2012.04.17 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 남양주세무서장
【변론종결】2012. 3. 27.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2009. 11. 3. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 종합소득세 94,944,380원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 2005. 1. 28.부터 2006. 6. 2.까지 주식회사 셀렉타(이하 ‘소외 회사’라 한다)의 단독대표이사, 2006. 6. 2.부터 2006. 11. 8.까지 소외 2와 함께 소외 회사의 공동대표이사로 재직하였다.
 나. 중부지방국세청장은 소외 회사에 대하여 2004-2006 사업연도에 대한 세무조사를 실시한 후, 2006사업연도 가공매입금액으로 확인된 332,377,061원에 대하여 소외 회사에게 법인세와 부가가치세를 과세하는 한편, 법인소득금액 계산상 익금 산입한 위 가공매입금액 중 299,139,355원을 원고에게 상여로 소득처분하고(나머지 33,237,706원은 소외 2에게 상여처분하였다), 소외 회사에게 소득금액변동통지를 하였다.
 다. 그런데 소외 회사는 위 근로소득세를 원천징수하여 납부하지 아니한 채 폐업하였고, 이에 중부지방국세청장은 2007. 7. 3. 다시 원고에게 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였으며, 원고 역시 이에 대한 종합소득세를 신고·납부하지 아니하자, 피고는 2009. 11. 3. 원고에게 2006년 귀속 종합소득세 135,385,260원을 결정·고지하였다.
 라. 원고는 이에 불복하여 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2011. 6. 29. ‘피고가 2009. 11. 3. 원고에게 한 2006년 귀속 종합소득세 135,385,260원의 부과처분은 원고에 대한 상여 처분액을 법인세법 시행규칙 제54조에 의하여 재직기간의 일수에 따라 재계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다’는 내용의 일부인용 결정을 하였으며, 이에 피고는 종합소득세를 94,944,380원으로 감액하는 경정처분을 하였다(이하 2009. 11. 3.자 2006년 귀속 종합소득세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 17호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 첫째, 원고는 2006. 1. 1.부터 2006. 11. 8.까지 소외 회사의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있기는 하였으나, 위 기간 동안 소외 회사의 경영을 사실상 지배한 것은 위 회사의 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있던 소외 1, 소외 2이고, 원고는 형식상의 대표자에 지나지 아니하였으므로, 원고에 대한 인정상여 처분 및 이를 기초로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 (2) 둘째, 원고에 대한 소득금액변동통지는 소외 회사의 등기부상 본점 소재지를 관할하는 동청주세무서장 또는 대전지방국세청장에 의해 행해져야 하는 것임에도, 중부지방국세청장은 권한 없이 이를 행하였다. 따라서 이 사건 처분 중 적법한 소득금액변동통지를 전제로 하는 가산세 부분은 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령의 기재와 같다.
 다. 판 단
 (1) 원고의 첫째 주장에 관한 판단
 대표이사로서의 권한을 일정 부분 실제로 행사하고 경영에 실질적으로 관여한 자는 대표자 인정상여 처분의 대상이 되는 대표자에 해당하고, 지배주주가 따로 있다는 이유만으로 명목상의 대표이사로 볼 수는 없다(대법원 2008. 1. 18. 선고 2005두8030 판결 참조). 그리고 인정상여로 소득처분을 할 법인의 대표이사에 해당한다는 사실은 과세관청이 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 증명하면 되고, 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있음에도 불구하고 실질적인 대표자가 아닌 사정에 관하여는 이를 주장하는 자가 증명하여야 할 것이므로, 그 명의상의 대표자가 사실은 명의만을 빌려주었을 뿐 실질적인 대표권을 행사하지 아니하였다는 점을 증명하여야 한다(대법원 1984. 6. 26. 선고 84누68 판결, 대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결 등 참조). 
 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제5, 13, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 소외 회사의 운영에 필요한 자금을 조달하기 위하여 소외 1(2005. 10. 4.), 소외 2(2006. 4. 25.)와 사이에 각 투자계약을 체결하면서 소외 1, 소외 2로부터 투자를 받는 대신에 소외 1, 소외 2에게 대주주의 지위를 부여하고 소외 1, 소외 2와 사전 협의하여 소외 회사의 업무를 집행하며 소외 1, 소외 2에게 경영현황 등을 보고하고 임원선임 요구권 등을 부여하기로 한 사실은 인정된다. 그러나 위 인정사실에 원고가 제출한 다른 증거들을 종합하여 보아도 원고는 명목상의 대표이사에 지나지 않고 2006. 1. 1.부터 2006. 11. 8.까지 소외 회사의 경영을 실제 지배한 것은 소외 1, 소외 2임을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.
 오히려 갑 제3, 5, 13, 14, 17, 19 내지 27호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고와 소외 1, 소외 2 사이에 작성된 투자계약서나 원고와 소외 1, 이동택 사이에 오간 메일 등에 의하더라도, 원고의 소외 회사에 대한 경영권이 박탈된 것으로 보기는 어렵고, 소외 회사는 종전과 동일하게 원고에 의해 계속 운영된 것으로 보이며, 다만 소외 회사 및 원고는 위 투자계약에 따라 투자자이자 대주주인 소외 1, 소외 2에 대하여 사전협의의무, 보고의무, 임원선임 요구 등에 응할 의무를 추가로 부담하게 된 것으로 보일 뿐인 점, 소외 1이 약속한 투자금의 지급을 지체하자 원고가 소외 회사의 경영자의 지위에서 즉시 새로운 투자자인 소외 2와 투자계약을 체결할 수 있을 정도로 소외 1의 소외 회사에 대한 지배력이 미약하였던 점, 소외 1에 대한 소외 회사의 급여지급내역은 확인되지 않고 소외 2 역시 2006. 10. 1.부터 2006. 12. 31.까지 470만 원의 급여를 수령한 것에 지나지 않는 반면에, 원고는 2006. 1. 1.부터 2006. 11. 30.까지 소외 회사로부터 8,470만 원의 급여를 수령한 점, 소외 회사에 대한 2007. 6. 8. 세무조사 당시 원고가 영업, 생산, 자금관리, 세금계산서 수취 및 발행 등이 원고의 책임하에 이루어졌다는 사실을 확인하고, 주요 매입처와 주요 매출처와의 거래 흐름과 그 과정을 상세하게 설명하면서 자료상 확정업체로부터 실물거래 없이 세금계산서를 수취한 사실을 인정하고, 실질적인 대표이사로서의 역할과 책임을 다하고 있음을 진술하면서 전말서에 서명 날인한 점 등에 비추어 보면, 원고는 소외 회사의 대표이사로서의 권한을 계속 행사하면서 소외 회사의 경영에 실질적으로 관여한 것으로 보일 뿐이다.
 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 (2) 원고의 둘째 주장에 관한 판단
 이 사건 소득금액변동통지에 대하여 이미 불가쟁력이 발생하였고, 소득금액변동통지에 대한 하자가 후행처분인 징수처분에 그대로 승계되는 것도 아니므로(대법원 2012. 1. 26. 선고 2009두14439 판결 참조), 이 부분 주장의 당부는 관할 없는 과세관청에 의한 소득금액변동통지처분을 당연무효로 볼 것인지 여부에 있다.
 그러므로 살피건대, ① 과세관청의 소득처분에 따른 소득금액변동통지가 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분으로 보기 시작한 것은 대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결이 선고된 때부터이므로, 위 판결이 선고되기 이전에는 소득금액변동통지의 처분성 자체가 인정되지 아니하였고, 따라서 관할 위반으로 인한 행정처분의 위법 문제도 발생할 수 없었으며, 위와 같이 소득금액변동통지를 처분으로 보게 된 이후에도 관계 법령의 정비 등이 제대로 이루어지지 않는 바람에 처분주체에 대하여도 명확한 규정이 없었고, 단지 앞서 본 바와 같이 관계 법령의 해석을 통하여 그 처분주체를 가릴 수 있었을 뿐이었던 점, ② 위 전원합의체 판결이 선고된 이후부터는 소득금액변동통지가 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분으로 취급되기 시작하였지만, 소득금액변동통지의 처분성 자체가 인정되지 아니하던 시기에 있었던 업무 처리 절차가 모두 변경된 것은 아니었으며, 국세청 훈령인 조사사무처리규정도 2010. 3. 30. 개정되면서 비로소 그 제53조 제1항에서 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 통지 주체임을 명시하게 되었던 점, ③ 이 사건의 경우 중부지방국세청장으로서는 적법한 권한을 가지고 소외 회사에 대한 세무조사를 하던 중 이 사건 소득금액변동통지처분을 하였는데, 2010. 3. 3. 개정되기 이전의 국세청 훈령 제55조 제1항은 ‘세무서장 또는 지방국세청장이 법인세 조사시 과세표준을 결정·경정함에 따라 익금에 산입한 금액을 배당·상여·기타소득으로 처분하는 경우에는 동 소득금액에 대하여 소득금액변동통지서를 작성하여 그 결정일 또는 경정일로부터 15일 내에 해당 법인에게 통지하여야 한다’라고 규정함으로써 ‘세무조사를 실시한 세무서장 또는 지방국세청장’도 소득금액변동통지를 할 권한이 있는 것으로 해석될 여지가 있었던 점, ④ 원고 역시 이 사건 소송계속 중인 2011. 11. 14.에 이르러 비로소 이 사건 소득금액변동통지의 처분주체가 잘못되었다고 다투기 시작한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 소득금액변동통지의 위와 같은 하자는 일견하여 객관적으로 명백한 것이라고 할 수는 없으므로 당연무효사유는 아니라고 보아야 할 것이다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두15800 판결 참조). 
 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.
3. 결 론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계법령 생략]

판사 김수천(재판장) 나청 김유정