단지조성사업시행에 따른 지목변경 취득시 과표, 사업시행 중 감면축소시 신뢰보호 여부 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2023.05.11 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.2. 피고가 2018. 4. 10. 원고에 대하여 한 취득세 1,881,659,930원(가산세 포함)의 부과처분 중 886,298,580원(가산세 포함)을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 141,384,660원(가산세 포함)의 부과처분 중 70,490,860원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 각 취소한다.
3. 피고의 나머지 항소를 기각한다.
4. 소송총비용은 각자 부담한다.
【이유】

▣청구취지 및 항소취지

1.청구취지

피고가2018. 4. 10.원고에 대하여 한 취득세1,881,659,930원(가산세 포함),농어촌특별세141,384,660원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.
2.항소취지

제1심판결을 취소한다.원고의 청구를 기각한다.
▣이 유

1.처분의 경위

가.원고는 토지의 취득·개발·비축·공급 및 관리,주택 등 건축물의 건설·개량·공급 및 관리 등을 목적으로 설립된 지방공사이다.원고는 서울 송파구 문정동649일원1)의 문정도시개발구역(이하‘문정지구’라 한다)의 사업시행자로서 문정지구 내 토지들을 취득하여 단지조성공사를 시행한 후 나대지로 제3자에게 분양 및 공급하고 있다.
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주1)최초2007. 6. 28.서울특별시고시 제2007-207호로 문정도시개발구역지정 및 개발계획이 수립될 당시에는 사업 면적이548,313㎡이었다가 이후548,239.0㎡로 변경된 후2022. 12. 29.서울특별시고시 제2022-526호로 현재 면적이548,239.7㎡로 되었다.
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나.원고는 문정지구 내에 있는 별지1목록 기재 각 토지(이하‘이 사건 각 토지’라 한다)에 대한 단지조성공사(이하‘이 사건 단지조성공사’라 한다)를 시행하였고,이로 인하여 이 사건 각 토지의 지목이 대지로 변경되었다.다만 원고는 이 사건 각 토지가 이 사건 단지조성공사 착공일인2010. 11. 1.당시 시행 중이던 구「서울특별시세 감면조례」(2010. 12. 31.서울특별시조례 제5062호로 전부개정되기 전의 것,이하‘이 사건 조례’라 한다)제19조 제1항에 따라‘지방공사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산’으로서 취득세가 면제되는 것으로 판단하여,이에 관한 취득세를 신고·납부하지 않았다.
다.피고는 이 사건 각 토지에 대한 사용승인일(토지에 따라2013. 12. 9.부터2015. 2. 3.까지 각각 다름)에 이 사건 각 토지의 지목이 변경됨으로써 원고가 이를 사실상 취득한 것으로 보아,구 지방세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정되기 전의 것)및 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 개정되기 전의 것)제85조의2제1항에 따른 지방세 경감비율을 적용2)하여2018. 4. 10.원고에 대하여 취득세2,015,290,380원(가산세 포함),농어촌특별세151,425,470원(가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하 취득세와 농어촌특별세를 통틀어 지칭할 경우에는‘취득세 등’이라 한다).이때 피고는2016. 10. 8.기준으로 문정지구 지정고시일인2007. 6. 28.부터 조성사업 준공예정일인2016. 12. 31.까지의 문정지구 전체 택지조성원가 중 지목변경 관련 항목을 선별한 후,이를 문정지구 전체 토지 면적으로 나누어1㎡당 단가를1,150,849원으로 산정하고,여기에 개별 토지의 면적을 곱하여 산출한 가액을 이 사건 각 토지의 취득세 과세표준으로 하였다.
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주2)피고는2013년부터2014년까지 취득분에 대하여는75%, 2015년 취득분에 대하여는50%의 각 감경율을 적용하였다.
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라.원고가 이에 불복하여2018. 7. 6.조세심판청구를 제기하자,조세심판원은 원고의 주장 중 판매비와 부가가치세를 이 사건 각 토지의 취득가격에서 제외하여야 한다는 주장은 받아들이고 나머지 주장은 배척하여, 2019. 10. 1.피고에 대하여 판매비와 부가가치세를 제외한 후 과세표준 및 세액을 다시 계산하여 경정할 것을 명하고,나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다.
마.그 후 피고는2019. 11. 12.조세심판원 결정 취지에 따라 취득세1,881,659,930원(가산세 포함),농어촌특별세141,384,660원(가산세 포함)의 합계2,023,044,590원을 제외한 나머지143,671,260원을 직권취소하였다(이하 직권취소 후 남아 있는 부분을‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 2, 3, 16호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같다),을 제4, 5호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.당사자들의 주장 요지

1)원고

가)취득세 과세표준 산정의 위법

이 사건 각 토지는 이 사건 단지조성공사의 준공검사가 완료된2016. 8. 12.그 지목이 사실상 변경되었는데,구 지방세법(2016. 12. 27.법률 제14475호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제10조 제5항 제3호와 구「지방세법 시행령」(2016. 8. 31.대통령령 제27471호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제17조에 의하면 토지의 지목변경에 따른 취득세 과세표준은 법인장부로 지목변경 공사에 든 비용이 증명되는 경우 이를 우선적으로 적용하여야 한다.특히 원고의 법인장부가 공기업 및 준정부기관 회계기준에 따라 적정하게 작성된 것으로 매년 회계감사를 통해 그 신뢰성을 인증 받은 점 등을 고려할 때,이 사건 각 토지에 대한 취득세 과세표준은 구 지방세법 시행령 제18조 제1항에 따라 이 사건 단지조성공사 착공 시점인2010. 11. 1.부터 준공이 완료된 시점인2016. 8. 12.까지 원고의 법인장부상 지목변경공사에 실제로 소요된 비용을 기준으로 산정하여야 한다.
그럼에도 피고는 추정원가에 불과하고 실제 대지조성 완료 시점에서의 지목변경에 소요된 비용과는 차이가 있는 택지조성원가를 기준으로 취득세 과세표준을 산정하여 이 사건 처분을 하였는데,이는 실질과세원칙에 반하는 것으로 위법하다.
나)신뢰보호원칙 등의 위반

이 사건 단지조성공사가 착공된2010. 11. 1.에는 지방공사가 그 고유업무에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 관하여 취득세와 등록세를 면제하는 이 사건 조례가 시행되고 있었고,이는 장기간 유지되던 제도였으므로 원고는 향후에도 이 사건 각 토지에 관하여 취득세가 면제될 것으로 예상하고 거액의 비용을 지출하여 단지조성공사에 착공하였다.그런데 이 사건 단지조성공사가 진행 중이던2011. 9. 9.경 지방공기업에 대한 취득세 감면비율을 축소한 지방세특례제한법 제85조의2가 신설되는 내용의 입법예고가 이루어졌고, 2011. 12. 31.법률 제11138호로 개정된 지방세특례제한법이 시행되면서 부칙 제8조에 따라 위 법률 시행 전에 분양한 부동산에 관하여만 종전의 감면비율이 적용되게 되었다.
그러나 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 경우 지목변경행위를 부동산 취득행위로 보아 과세하는 것인데,이 사건 각 토지의 지목변경행위는 이 사건 단지조성공사가 진행된6년간 계속되었음에도 재산취득행위가 이루어지던 중간에 불리하게 개정된 법률을 적용하는 것은 원고의 신뢰를 침해하는 것이고,소급입법금지원칙에 위배되며,부동산 분양시기라는 우연한 사정에 따라 법률의 적용 여부가 다르게 되어 신의성실의 원칙에도 위반된다.
2)피고

가)취득세 과세표준 산정의 적법

택지조성원가는 비록 추정원가이기는 하나,택지개발촉진법령에 따라 토지 준공 시점의 실제 발생원가에 수렴할 수 있도록 산정되고,법인장부와 등가적인 자료로서 객관적이고 합리적인 가액에 해당한다.따라서 이 사건 각 토지의 취득세 과세표준을 택지조성원가로 산정한 이 사건 처분은 적법하다.
설령 택지조성원가가 아닌 시가표준액에 해당하는 이 사건 각 토지의 개별공시지가를 기준으로 취득세 등의 세액을 산정하더라도,그 금액이 이 사건 처분에 따른 세액을 훨씬 초과하므로 결과적으로 이 사건 처분은 적법하다.
나)신뢰보호원칙 등에 위반되지 아니함

이 사건 각 토지에 관하여 취득세 등이 면제된다고 예상할 수 있을 만한 피고의 공적 견해표명이나 신뢰보호의 대상이 존재하지 아니하고,지방공사가 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 등을‘면제’에서‘감경’으로 변경함으로써 달성하려는 공익이 이로 인한 원고의 불이익보다 훨씬 크다.또한 이 사건 조례가 시행될 당시에는 원고가 이 사건 단지조성공사에 착공했을 뿐이고,지방세특례제한법에 제85조의2가 신설되고 이 사건 조례가 개정된 이후에 이 사건 단지조성공사가 준공되었다.따라서 이 사건 처분이 신뢰보호원칙이나 소급입법금지원칙,신의성실원칙에 위반된다고 볼 수 없다.
나.관계 법령

별지2기재와 같다.
다.판단

1)취득세 과세표준 산정의 기준

가)관련 규정과 법리

(1)구 지방세법에 따르면,취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하고(제10조 제1항),취득 당시의 가액은 원칙적으로 취득자가 신고한 가액에 의하되(제10조 제2항 본문),그 신고가액이 구 지방세법 제4조가 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액을 과세표준으로 하며(제10조 제2항 단서),판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 구 지방세법 제10조 제2항에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다(제10조 제5항3호).위 규정의 취지는 취득자가 사실상 취득가액으로 신고한 금액을 취득세의 과세표준으로 하되,구 지방세법 제10조 제5항의 요건이 충족된 경우에는 납세의무자의 신고 유무나 금액 등과 관계없이 증명된 사실상의 취득가격으로 과세표준이 정하여진다는 의미이다(대법원2006. 7. 6.선고2005두11128판결 등 참조).
한편 구 지방세법은 토지의 지목변경의 경우 그 지목을 사실상 변경함으로써 가액이 증가한 경우를‘취득’으로 보고(제7조 제4항),지목변경으로 인하여 증가한 가액을 과세표준으로 하되(제10조 제3항 전문),신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액을 과세표준으로 한다고 정하고 있다(제10조 제3항 후문).지목변경으로 인하여 증가한 가액의 구체적인 산정 방법에 관하여는 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액으로 하되(구 지방세법 시행령 제17조 본문),판결문 또는 법인장부로 지목변경에 든 비용이 증명되는 경우에는 그 비용으로 한다(구 지방세법 시행령 제17조 단서).
이처럼 토지의 지목변경의 경우 구 지방세법 제10조 제3항에 따라 시가표준액을 적용하여야 할 때에도 법인장부에 의하여 취득가격이 증명되는 경우에는 시가표준액이 아닌 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하는데(구 지방세법 제10조 제5항 제3호,구 지방세법 시행령 제18조 제3항 제2호),이는 토지의 지목변경에 따른 가액 증가분을 원칙적으로 토지의 시가표준액을 기준으로 산정하되,판결문이나 법인장부 등에 의하여 그 비용이 객관적으로 증명되는 경우에는 시가표준액을 기준으로 한 산정방식에 우선하여 위와 같이 증명된 가액으로서 과세표준을 산정하여야 함을 규정한 것이다.이때‘취득가격’이란 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 구 지방세법 시행령 제18조 제1항 각 호에 열거된 금융비용 등 간접비용의 합계액으로 산정한다(구 지방세법 시행령 제18조 제1항).결국 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 경우 법인장부에 의하여 토지의 지목변경에 든 비용(직접비용과 간접비용의 합계액)이 증명되는 경우에는 그 비용을 과세표준으로 하고,신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액을 기준으로 과세표준을 산정하여야 한다.
(2)구 지방세법령이 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이다.따라서 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니지만(대법원1993. 4. 27.선고92누15895판결 등 참조),법인의 장부가액이 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 신빙성이 있는 경우에는 이를 기준으로 과세표준을 산정하여야 한다(대법원2017. 1. 12.선고2015두45380판결 등 참조).
나)인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제3, 5, 7, 8, 11내지16호증,을 제6내지9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.
(1)문정지구 개발사업 진행 현황

(가)서울특별시장은2007. 6. 28.서울특별시고시 제2007-207호로 원고를 사업시행자로 하여 문정지구 지정 및 개발계획 수립을 고시하였다.당초 문정지구 개발사업은 서울 송파구 문정동350외405필지를 대상으로 하여 사업 공구가 따로 구분되지 아니한 채 조성공사가 진행되다가, 2019. 12. 26.서울특별시고시 제2019-447호‘문정도시개발구역 개발계획 변경 및 실시계획변경인가 고시’에 따라1, 2, 3공구로 나누어졌는데,이 사건 각 토지는 문정지구2공구에 속해 있다.
(나)문정지구 개발사업의 개발계획 및 실시계획은 여러 차례 변경되었고,가장 최근에는2022. 12. 29.서울특별시고시 제2022-526호로 변경되었는데,문정지구1, 2, 3공구별 사업시행기간은 아래 표와 같다.문정지구1, 2공구는 준공이 완료되었으나, 3공구는 이 사건 변론종결일 현재 공사가 완료되지 않은 상태이다.
구분1공구2공구3공구면적(548,239.7㎡)149,005.5㎡309,377.1㎡89,857.1㎡사업시행기간2007. 6. 28.∼2017. 5. 18.2007. 6. 28.∼2022. 7. 14.2007. 6. 28.∼2024. 12. 31.

(다)한편 원고는2016. 7. 31.이 사건 단지조성공사를 준공하여2016. 8. 12.준공검사를 완료하였다.
(2)원고의 법인장부 내역

(가)원고가 이 사건 단지조성공사에 관하여 작성한 법인장부(갑 제15호증)에 따르면,원고는 다음과 같은 방식으로 이 사건 각 토지의 지목변경에 따른 취득세 과세표준 관련 직접비와 간접비를 산정하였다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025028"></img>

<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025030"></img>

(나)구체적으로 원고는 취득세와 관련된 직접비용에 관하여,문정지구 전체 토지에 대하여 최초로 토지 관련 비용이 발생한 시점부터2019. 12. 31.까지 발생한 총 원가를 집계한 후1㎡당 지출액을 산출하였다.원고의 위 직접비용 집계 방식에 따르면 전체 토지에 대한1㎡당 지출액이 일정하게 산출되는데,여기에 이 사건 각 토지의 면적을 곱하면 이 사건 단지조성공사에 소요된 직접비용이 계산된다.
또한 원고는 취득세와 관련된 간접비용에 관하여, 2014년부터2019년까지의 개발간접비는 법인장부에 문정지구와 그 외 사업지구의 간접비가 포함되어 있어 해당 연도 전체 개발간접비에서 문정지구의 단지조성비 비율을 곱한 금액으로 개발간접비를 배분하는 방식에 따라 산정하였고, 2007년부터2013년까지의 간접비는 자료가 존재하지 아니함에 따라 위 방식을 적용할 수 없어 부득이 문정지구와 그 외 사업지구의 전체 간접비(개발간접비와 보상간접비의 합계)중 문정지구의 간접비 비율을 곱한 금액으로 개발간접비를 산정하였다.
(3)이 사건 각 토지별 취득세 등 부과내역

피고가 택지조성원가를 기초로 이 사건 각 토지별로 취득세 등을 부과한 이 사건 처분의 세부내역은 아래 표 기재와 같다.
141,384,6602,023,044,590

다)구체적 판단

위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 갑 제4, 6, 9, 10호증,을 제1내지3호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면,원고의 법인장부에 의하여 이 사건 각 토지의 지목변경에 든 비용이 엄밀하게는 아니지만 어느 정도 증명된다고 볼 수 있으므로,이 사건 각 토지의 경우 구 지방세법 제10조 제5항 제3호에 따라 법인장부에 의하여 취득세 과세표준을 산정할 수 있는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다.따라서 피고는 원고의 법인장부를 근거로 취득세 과세표준을 산정하였어야 함에도,택지조성원가를 기준으로 취득세 과세표준을 산정하였으므로 이 사건 처분은 위법하고,이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
(1)앞서 본 것처럼 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합하는지 여부와 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니나,법인의 장부가액이 특별히 취득가격을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 만한 신빙성이 있어 이를 기준으로 과세표준을 산정할 수 있다.한편 법인장부는 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서를 말하고(구 지방세법 시행령 제18조 제3항 제2호),세무공무원은 지방세의 과세표준과 세액을 조사·결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행이 일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 것이면 이를 존중하여야 한다(구 지방세법 제22조 본문).
원고는 토지의 취득·개발·비축·공급 및 관리 등을 목적으로 하는 지방공사로서「공공기관의 운영에 관한 법률」제39조3)와 기획재정부령인「공기업·준정부기관 회계사무규칙」에 따라 법인장부를 작성하였고,매년 회계감사를 통해 그 적정성을 인정받았다.또한 원고의 법인장부에는 직접비 원장과 간접비 원장이 모두 포함되어 있어 문정지구 개발사업에 소요된 비용 항목을 세부적으로도 확인할 수 있다.실제로 조세심판원도 조심2018지835사건과 조심2020지1367사건에서‘대규모 개발사업에서 택지조성비용 등은 외부감사인의 회계감사를 받는 법인장부로 증명되므로,과세관청은 법인장부에 의한 비용을 재조사한 후 이를 취득세의 과세표준으로 하여야 한다’는 취지로 판단하기도 하였다(갑 제9, 10호증 참조).
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주3)공공기관의 운영에 관한 법률

제39조(회계원칙 등)

①공기업ㆍ준정부기관의 회계는 경영성과와 재산의 증감 및 변동 상태를 명백히 표시하기 위하여 그 발생 사실에 따라 처리한다.
②공기업ㆍ준정부기관은 공정한 경쟁이나 계약의 적정한 이행을 해칠 것이 명백하다고 판단되는 사람ㆍ법인 또는 단체 등에 대하여2년의 범위 내에서 일정기간 입찰참가자격을 제한할 수 있다.
③제1항과 제2항의 규정에 따른 회계처리의 원칙과 입찰참가자격의 제한기준 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
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(2)비록 원고가 제출한 법인장부에는 문정지구 전체 토지에 대한 단지조성공사비용이 기재되어 있고,이 사건 단지조성공사에 관한 직접비용이 따로 구분되어 있지 않기는 하다.
그러나 문정지구 개발사업은 총406개 필지를 대상으로 하고,면적도 총548,239.7㎡에 이른다.이 사건 각 토지의 지목변경에 든 비용을 정확하게 산정하려면 개별 토지별로 사용승인일을 기준으로 해당 토지의 조성공사에 든 비용을 확인한 후 이를 합산하는 것이 원칙이나,대규모 택지개발사업에서 개별 토지별로 지목변경 비용을 일일이 산정하는 것은 현실적으로 불가능하다.이에 원고는 문정지구 전체에 투입된 총 원가를 전체 토지의 면적으로 나누어1㎡당 지출액을 산정한 후 이 사건 각 토지의 면적을 곱하여 간접적으로 직접비용을 산출하였는데,개별 토지의 사용승인일을 기준으로 엄밀하게 증명된 비용은 아니라고 하더라도,①앞서 본 것처럼 문정지구 전체가 하나의 공구로 사업이 진행되다가2019. 12. 26.에서야 사업 편의상1, 2, 3공구로 나누어진 점,②문정지구 개발사업은2007. 6. 28.시행되어 이 사건 변론종결일 기준으로 약15년이 지났고,원고의 법인장부(갑 제15호증)가 작성될 무렵인2022. 8. 11.경에는3공구 일부 토지를 제외하고 문정지구 개발사업 대상 토지의 상당수가 준공되었는데, 3공구 전체 토지를 제외하더라도 총 면적의83.60%4)가 준공되어 대부분의 공사가 마무리된 것으로 보이는 점,③원고는 법인장부에서 문정지구 개발사업에 따른 단지조성공사에 소요된 직접비용을2016. 12. 31.까지의 집계 기준과2019. 12. 31.까지의 집계 기준으로 구분하기도 한 점 등을 고려하면,원고가 법인장부에서 위와 같은 방식으로 직접비용을 산정한 것은 합리적인 것으로 수긍할 수 있다.
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주4)= [(문정지구1공구 면적149,005.5㎡+문정지구2공구 면적309,377.1㎡) /문정지구 총 면적548,239.7㎡] × 100,소수점 이하 둘째자리 미만 버림

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이에 대하여 피고는 택지조성공사비,택지조성이설비,택지조성감리비,택지조성자재비와 같이 택지조성공사를 위한 비용이 꾸준히 지출되는 등 지목변경 공사에 들어가는 비용이 계속해서 발생하고 있음에도,원고가 제출한 법인장부에는2019. 12. 31.까지의 비용만 기재되어 있어 정확한 취득세 과세표준 산정이 어렵다는 취지로 주장한다.그러나 이 사건 단지조성공사는2016. 8. 12.준공검사가 완료되었고,그 이후에는 시설물 인수인계 전 유지관리비용과 대지로 조성이 된 토지의 지하에 연결통로 공사를 하는 데 소요되는 비용 등이 지출된 것으로 보이며,앞서 본 것처럼 문정지구 의 사업시행기간에 비추어 볼 때 문정지구 개발사업 대상 토지의 상당수에 예정된 비용이 투입됨으로써 택지조성이 완료된 상태로 판단된다.따라서 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
(3)구 지방세법 시행령 제18조 제1항에서 들고 있는 간접비용으로는‘건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용’(제1호), ‘할부 또는 연부 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료’(제2호), ‘농지보전부담금,대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용’(제3호), ‘취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료’(제4호), ‘취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액’(제5호), ‘부동산을 취득하는 경우 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손’(제6호), ‘제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용’(제7호)이 있다.
앞서 본 것처럼 원고는 법인장부에서2014년 이후의 간접비용은 해당 연도 문정지구와 그 외 사업지구의 전체 개발간접비에서 문정지구의 단지조성비 비율을 곱한 금액으로 배분하는 방식에 따라 산정하였고, 2014년 이전의 간접비용은 자료가 존재하지 아니함에 따라 부득이 문정지구와 그 외 사업지구의 전체 간접비(개발간접비와 보상간접비의 합계)중 문정지구의 간접비 비율을 곱한 금액으로 산정하였다.비록 원고가 법인장부에 문정지구와 그 외 사업지구의 간접비용을 엄밀하게 구분하여 기재하지는 않았으나,①원고는 문정지구뿐만 아니라 그 외 사업지구에서도 대규모 택지조성사업을 시행한 것으로 보이고,간접비용이 전체 사업지구에 공통적으로 발생하여 위와 같이 전체 개발간접비에서 문정지구의 단지조성비 비율을 곱한 금액으로 개발간접비를 배분한 방식이 부당하다고 보기 어려운 점,②문정지구 전체는 하나의 공구로 사업이 진행되다가2019. 12. 26.에서야 사업 편의상1, 2, 3공구로 나누어짐으로써 이 사건 단지조성공사 내지는2공구 조성공사에 들어간 간접비용을 엄밀하게 구분하는 것은 사실상 불가능한 점,③이 사건 단지조성공사는2010. 11. 1.착공되어2016. 8. 12.준공검사가 완료되었고,문정지구 전체 토지의 상당수도 준공이 완료된 점,④원고의 법인장부에는 간접비용이 분기별로 결산처리가 되기도 한 점 등을 고려할 때,원고의 법인장부에2007년부터2013년까지의 간접비 자료가 없더라도 원고가 법인장부에서 위와 같은 방식으로 간접비용을 산정한 방식은 합리적인 것으로 수긍할 수 있다.
(4)설령 문정지구 단지조성공사와 관련된 비용이 계속해서 발생하여 이 사건 변론종결일 현재까지 비용의 지출이 완료되지 아니하였다고 하더라도,앞서 본 것처럼 문정지구 단지조성공사의 대부분이 마무리됨으로써 직접비용이나 간접비용이 대규모로 추가 발생할 여지가 많지는 않은 것으로 판단된다.더욱이 위와 같이 대규모 택지조성사업에서 비용이 계속해서 발생한다는 사정만으로 이미 사용승인이 되어 준공까지 마친 개별 토지에 대하여 법인장부로 해당 토지의 지목변경에 든 비용을 산정할 수 없다고 한다면,무조건 시가에 의하여 취득세 과세표준을 산정하거나 모든 토지의 준공이 완료될 때까지를 기다려 취득세 등이 부과되어야 한다는 것이 되는데,이는 구 지방세법령의 취지나 부과제척기간 등의 측면에 비추어 볼 때 부당하다.
특히 이 사건 각 토지의 경우 시가표준액을 근거로 취득세 과세표준을 산정할 경우에는 별지3기재와 같이 취득세액이4,656,482,156원(=취득세 본세2,104,330,300원+무신고 가산세1,668,341,120원+납부불성실 가산세883,810,736원),농어촌특별세액이298,814,094원(=농어촌특별세 본세210,433,020원+납부불성실 가산세88,381,074원)이 되는데,이는 피고가 스스로 택지조성원가를 기초로 산정한 취득세액의 약2.5배,농어촌특별세액의 약2배에 달하기도 한다.
(5)앞서 본 것처럼 원고가 지목변경에 든 비용을 개별 토지별로 법인장부에 계상하지 아니하였고,추후에라도 전체 비용에서 이 사건 단지조성공사에 들어간 비용만을 정확히 구분해 내는 것이 불가능하여 이 사건 각 토지의 경우 지목변경에 든 정확한 비용을 알 수 없으므로,엄밀한 의미에서 구 지방세법 시행령 제17조 단서에서 정한‘법인장부로 지목변경에 든 비용이 증명되는 경우’에 해당한다고 볼 수 없다는 사정이 있기는 하다(대법원2021. 11. 25.자2021두48014판결의 원심판결인 수원고등법원2021. 7. 9.선고2020누14690판결 참조).
그런데 위 수원고등법원2020누14690판결은,하남시장이 한국토지주택공사로부터 제출받은 법인장부에 기초하여1단계 사업 준공일을 기준으로 지목변경이 완료된1단계 사업부지에 투입된 직접비용과 간접비용 합계를 산출한 뒤 이를1단계 사업부지 면적으로 나누어1㎡당 단가를 산정하고,여기에 개별 토지의 면적을 곱하여 산출한 금액을 과세표준으로 삼아서 한 부과처분은 엄밀한 의미에서의 증명이 불가능한 지목변경 비용에 근사한 금액을 산출한 차선책으로 평가할 수 있다고 보았다.
앞서 본 것처럼 문정지구가2019년에서야1, 2, 3공구로 나누어져 이 사건 각 토지가 속한2공구만의 지목변경 비용을 산출하는 것이 사실상 불가능하여 부득이 문정지구 전체에 소요된 비용을 기준으로 이 사건 각 토지의 지목변경 비용을 계산할 수밖에 없는 사정이 고려될 필요가 있는 점,이 사건 변론종결일 현재 문정지구 전체 토지의 대부분 공사가 완료된 점 등 이 사건의 특수성을 종합해 볼 때,원고의 법인장부에 기초한 지목변경 비용 산정방식도 위 수원고등법원2020누14690판결과 마찬가지로 엄밀한 의미에서의 증명이 불가능한 지목변경 비용에 근사한 금액을 산출한 나름의 차선책으로 평가할 수 있다.
(6)한편 피고는 원고가 이 사건 각 토지를 제외한 문정지구 내 다른 토지에 관하여 취득세를 신고할 때 택지조성원가를 기준으로 과세표준을 산정하여 신고하였을 뿐만 아니라,택지조성원가가 이 사건 각 토지의 지목변경으로 인하여 증가된 가액을 가장 잘 반영하고 있으므로,이 사건 각 토지의 경우에도 택지조성원가를 기준으로 취득세 과세표준을 산정하여야 한다고 주장한다.
비록 원고는2014. 4. 3.문정지구 추정 택지조성원가를 공개하였고, 2016. 10. 10.개발계획의 변경 등을 반영하여 택지조성원가를 재산정하여 공개하기는 하였으나,이 사건 각 토지를 제외한 문정지구 내 다른 토지의 경우에는 원고가 택지조성원가를 기준으로 구 지방세법 제10조 제3항 전문에 의한‘토지의 지목변경으로 인하여 증가된 가액’을 산정하여 취득세를 신고한 것이고,피고는 위 신고가액을 그대로 세액으로 인정한 것으로 보인다.따라서 원고가 먼저 취득세를 신고하지 않은 이 사건 각 토지에 대하여는 택지조성원가를 취득세 과세표준 산정 기준으로 삼을 만한 법적 근거가 없다.더구나 택지조성원가는 택지개발촉진법에 따라 공급하는 국민주택 등의 건설용지를 조성하는 데 소요되는 직·간접비와 투자비에 대한 자본비용을 사전적으로 산출한 추정원가로서,택지개발지구에 설치하는 간선시설의 기본설계를 종료한 이후에 최초로 택지를 공급하고자 할 때 산정하고,수용재결금액의 변경 등 특별한 사정변경으로 인하여 조성원가의 증감이 발생하는 경우에 재산정할 수 있으므로,실제 택지조성이 완료된 시점에서의 지목변경에 소요된 비용과는 차이가 발생할 수 있다.또한 피고는 원고의 법인장부를 조사하지 아니한 채 만연히 원고가 공개한 택지조성원가만을 근거로 취득세 과세표준을 산정하기도 하였다.
2)신뢰보호원칙 등의 위반 여부

가)관련 법리

국세기본법 제15조가 규정하는 신의성실의 원칙은 자기의 언동을 신뢰하여 행동한 상대방의 이익을 침해하여서는 아니 된다는 법 원리로서 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되려면 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고,과세관청의 위 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 후에 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.그런데 조세법령의 규정 내용 자체는 과세관청의 견해표명에 해당하지 아니하고,과세요건을 정하는 법령의 규정을 개정하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 볼 수 없으며,조세법규가 납세자에게 불리하게 개정되었다 하여 곧바로 조세법률주의에 위배된다고 할 수 없다(대법원1989. 11. 28.선고88누8937판결 등 참조).이는 지방세기본법 제18조에서 규정하는 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 경우에도 마찬가지이다.
나)구체적 판단

위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면,이 사건 단지조성공사가 착공된 이후 진행되는 과정에서 이 사건 조례가 개정되고,지방세특례제한법에 제85조의2가 신설되어 이 사건 각 토지에 취득세가 부과되었더라도,그러한 사정이 신뢰보호의 원칙이나 소급입법금지의 원칙,신의성실의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다.따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
(1)취득세는 과세물건을 취득하는 때 성립하고(지방세기본법 제34조 제1항 제1호),취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하므로(구 지방세법 제10조 제1항),이 사건 각 토지의 지목변경에 따른 취득세는 지목이 변경될 때를 기준으로 과세 여부와 납세의무의 범위가 결정된다.따라서 이 사건 단지조성공사 도중인2011. 12. 31.법률 제11138호로 지방세특례제한법이 개정되어 지방공사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세를 경감하여 부과되는 규정이 신설되었더라도,위 법률의 개정이 이 사건 각 토지의 지목변경 이전에 이루어진 이상,위와 같이 개정된 지방세특례제한법을 적용해서 한 과세가 소급과세라거나 소급입법이라고 볼 수 없다(대법원1994. 1. 11.선고93누11005판결,대법원1996. 7. 9.선고95누13067판결 등 참조).
(2)이 사건 단지조성공사 착공 무렵 시행되고 있던 이 사건 조례의 규정 내용 자체가 과세관청의 견해표명에 해당한다고 볼 수 없고,이 사건 조례나 지방세특례제한법의 개정으로 원고에게 취득세가 부과되었다는 사정만으로 조세법률주의에 위반된다고 보기도 어렵다.
3)소결(정당세액의 계산)

가)과세처분취소 소송의 심판대상은 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는지 여부에 있으므로 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고,이러한 자료에 의하여 산출된 정당한 과세표준과 세액이 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액에 미달하는 때에는 과세처분 중 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다(대법원1993. 9. 10.선고93누12718판결 등 참조).
나)을 제11호증의 기재에 의하면,원고의 법인장부를 기초로 할 때 이 사건 처분일인2018. 4. 10.기준으로 이 사건 각 토지에 관한 취득세 등 세액 산출내역이 별지4기재와 같은 사실이 인정된다.따라서 이에 근거한 이 사건 각 토지에 대한 정당한 취득세액은886,298,580원(=취득세 본세496,680,760원+무신고 가산세181,387,980원+납부불성실 가산세208,229,840원)이 되고,정당한 농어촌특별세액은70,490,860원(=농어촌특별세 본세49,668,000원+납부불성실 가산세20,822,860원)이 된다.따라서 피고의 이 사건 처분 중 위 각 정당한 세액에 해당하는 금액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.
3.결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고,나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 이 사건 처분 중 위 각 정당세액을 초과하는 부분을 취소하고,피고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지1

목 록

별지2

관계 법령

■구 지방세법(2016. 12. 27.법률 제14475호로 개정되기 전의 것)

제4조(부동산 등의 시가표준액)

①이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공시된 가액(價額)으로 한다.다만,개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다.이하"시장ㆍ군수"라 한다)이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고,공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 시장ㆍ군수가 산정한 가액으로 한다.
제6조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. "취득"이란 매매,교환,상속,증여,기부,법인에 대한 현물출자,건축,개수(改修),공유수면의 매립,간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득,승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.
제7조(납세의무자 등)

①취득세는 부동산,차량,기계장비,항공기,선박,입목,광업권,어업권,골프회원권,승마회원권,콘도미니엄 회원권,종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서"부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.
④선박,차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.
제10조(과세표준)

①취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.다만,연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며,취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다.이하 이 절에서 같다)으로 한다.
②제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다.다만,신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
③건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박,차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다.이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부,그 밖의 무상취득 및「소득세법」제101조 제1항 또는「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
3.판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

제21조(부족세액의 추징 및 가산세)

①취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서"산출세액"이라 한다)또는 그 부족세액에「지방세기본법」제53조의2부터 제53조의4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.
제22조(기업회계의 존중)

세무공무원이 지방세의 과세표준과 세액을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행이 일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 것이면 존중하여야 한다.다만,지방세관계법에서 다른 규정을 두고 있는 경우에는 그 법에서 정하는 바에 따른다.
■구 지방세법 시행령(2016. 8. 31.대통령령 제27471호로 개정되기 전의 것)

제16조(증축 등의 과세표준)

법 제10조 제3항 후단에서"대통령령으로 정하는 시가표준액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.
1.취득세 납세의무자나 그 취득물건에 관하여 그와 거래관계가 있었던 자가 관련 장부나 그 밖의 증명서류를 갖추고 있는 경우에는 이에 따라 계산한 가액

2.제1호에 따른 관련 장부나 증명서류를 갖추고 있지 아니하거나 그 내용 중 취득경비 등의 금액이 해당 취득물건과 유사한 물건을 취득하는 경우에 일반적으로 드는 것으로 인정되는 자재비,인건비,그 밖에 취득에 필요한 경비 등을 기준으로 시장·군수가 산정한 가액보다 부족한 경우에는 시장·군수가 산정한 가액

3.제1호 및 제2호에도 불구하고 토지의 지목변경의 경우에는 제17조에 따른 가액

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준)

법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다.다만,제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.
1.지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 말한다)

2.지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

제18조(취득가격의 범위 등)

①법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다.다만,취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
1.건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2.할부 또는 연부(年賦)계약에 따른 이자 상당액 및 연체료.다만,법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.
3.「농지법」에 따른 농지보전부담금,「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4.취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료

5.취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6.부동산을 취득하는 경우「주택도시기금법」제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손.이 경우 행정자치부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서"금융회사등"이라 한다)외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
7.제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

②제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.
1.취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2.「전기사업법」,「도시가스사업법」,「집단에너지사업법」,그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3.이주비,지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4.부가가치세

5.제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

③법 제10조 제5항 제3호에서"대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2.법인장부:금융회사의 금융거래 내역 또는「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」제32조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서.다만,법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변,화재,교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수가 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.
■구 서울특별시세 감면조례(2010. 12. 31.서울특별시조례 제5062호로 전부개정되기 전의 것)

제19조(지방공사 등에 대한 감면)

① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 및 지방공단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 궤도차량에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고,그 법인등기와 구분지상권 설정등기(지하철공사에 한한다)에 대하여는 등록세를 면제하며,과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 도시계획세와 공동시설세를 면제한다.다만,총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.
■구 지방세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정되기 전의 것)

제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면)

① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라2013년12월31일까지 지방세를 경감한다.
1.그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의75(100분의75의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(「지방공기업법」제53조제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다)수의 비율을 말한다.이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다.
부칙<법률 제11138호, 2011. 12. 31.>

제8조(지방공사에 대한 감면 적용특례)

이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 감면한다.
1.취득세의100분의100에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(「지방공기업법」제53조제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다)수의 비율을 말한다.이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 감면한다.
2.재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의100분의100에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 감면한다.
■구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 개정되기 전의 것)

제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면)

① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라2016년12월31일까지 지방세를 경감한다.
1.그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의50(100분의50범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(「지방공기업법」제53조제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다)수의 비율을 말한다.이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다.
■지방세기본법

제17조(실질과세)

②이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.
제18조(신의ㆍ성실)

납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다.
제20조(해석의 기준 등)

③이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.
제34조(납세의무의 성립시기)

①지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
1.취득세:과세물건을 취득하는 때

■구 농어촌특별세법(2021. 12. 21.법률 제18589호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

①이 법에서“감면”이란「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」또는「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1.비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

제3조(납세의무자)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1.제2조 제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자

제5조(과세표준과 세율)

①농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
1.「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」또는「지방세특례제한법」에 따라 감면을 받는 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액: 100분의20

■택지개발촉진법

제2조(용어의 정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “택지”란 이 법에서 정하는 바에 따라 개발ㆍ공급되는 주택건설용지 및 공공시설용지를 말한다.
3. “택지개발지구”란 택지개발사업을 시행하기 위하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역과 그 주변지역 중 제3조에 따라 국토교통부장관 또는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사ㆍ특별자치도지사(이하“지정권자”라 한다)가 지정ㆍ고시하는 지구를 말한다.
4. “택지개발사업”이란 일단(一團)의 토지를 활용하여 주택건설 및 주거생활이 가능한 택지를 조성하는 사업을 말한다.
제18조(택지의 공급)

③시행자는「주택법」제2조제5호의 국민주택 중「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금으로부터 자금을 지원받는 국민주택의 건설용지로 사용할 택지를 공급할 때 그 가격을 택지조성원가 이하로 할 수 있다.
제18조의2(택지조성원가의 공개)

①제18조에 따라 택지를 공급하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라 택지조성원가를 공시하여야 한다.이 경우 택지조성원가는 다음 각 호의 항목으로 구성된다.
1.용지비

2.조성비

3.직접인건비

4.이주대책비

5.판매비

6.일반관리비

7.그 밖에 국토교통부령으로 정하는 비용

■택지개발촉진법 시행규칙

제11조(택지조성원가의 산정방법 등)

①법 제18조의2제1항제7호에서“그 밖에 국토교통부령으로 정하는 비용”이란 다음 각 호의 비용을 말한다.
1.용지부담금

2.기반시설 설치비

3.자본비용

4.택지개발사업과 관련하여 발생하는 그 밖의 비용

①법인의 장부가액이 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 신빙성이 있는 경우에는 이를 기준으로 과세표준을 산정하여야 함. 원고는 문정지구 전체에 투입된 총 원가를 전체 토지의 면적으로 나누어 1㎡당 지출액을 산정한 후 이 사건 각 토지의 면적을 곱하여 간접적으로 직접비용을 산출하였는데, 원고의 법인장부가 작성될 무렵인 2022. 8. 11.경에는 문정지구 개발사업 대상 토지의 상당수가 준공되어 대부분의 공사가 마무리된 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 원고가 법인장부를 바탕으로 직접비용을 산정한 것은 합리적임
② 단지조성공사가 착공된 이후 진행되는 과정에서 조례가 개정되고, 지특법(§85-2)이 신설되어 취득세가 부과되었더라도, 그러한 사정이 신뢰보호의 원칙이나 소급입법금지의 원칙, 신의성실의 원칙에 위반된다고 볼 수 없음