관세등부과처분취소·관세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2016.01.14 / 시행일:

【원고, 피항소인】 ○○○ 주식회사 외 1인 (소송대리인 변호사 이재홍 외 6인)
【피고, 항소인】 서울세관장 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 세한 담당변호사 강남규 외 3인)
【제1심판결】 서울행정법원 2015. 1. 30. 선고 2013구합59576, 2014구합67529(병합) 판결 
【변론종결】2015. 10. 29.
【주 문】
 1. 피고들의 항소를 모두 기각한다.
 2. 항소비용은 피고들이 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 가. 피고 서울세관장이 원고 1 회사에게 한 별지 부과처분 제1목록 기재 관세 등 부과처분, 
 나. 피고 대구세관장이 원고 2 회사에게 한 별지 부과처분 제2, 3목록 기재 관세 등 부과처분을 
 모두 취소한다.
 2. 항소취지
 제1심 판결을 취소한다. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
가. 원고들의 개요
 (1) 원고 1 회사는 2005. 3. 8. 일본법인인 소외 1 회사가 투자하여 설립한 외국인투자기업(지분율 100%)으로, 액정디스플레이(LCD)용 소판(素板)유리를 구매, 연마·가공하여 완제품인 LCD 유리기판(두께 0.5~0.7㎜, 가로×세로 2m이상)을 생산·판매한다. 원고 2 회사는 2004. 6. 17. 소외 1 회사와 소외 2 회사가 합작설립한 외국인투자기업(소외 1 회사 지분율: 67%, 소외 2 회사 지분율: 33%, 소외 1 회사는 소외 2 회사의 지분 51.47%를 보유하고 있다)으로, 소판유리를 제조, 연마·가공하여 LCD 유리기판을 생산·판매하는 회사이다. 
 (2) LCD 유리기판은 크게 ① 유리 원료를 배합하여 용융시킨 다음 판 모양으로 성형하여 소판유리를 생산하는 소판공정(前공정)과 ② 소판유리를 보다 정밀하게 가공하여 평탄하게 만드는 연마공정(後공정)을 거쳐 생산된다. 원고들은 소판공정에서 ‘Float공법’을 이용하는데, 이는 규사(SiO2), 석회(CaO) 등 유리원료를 배합하여 섭씨 1,700도 의 고온으로 녹인 다음 유리보다 비중이 크고 유리에 젖지 않는 용융주석(Sn) 위에 띄워서(Float) 얇게 편 후 서서히 냉각시켜 절단하는 방식이다. 소외 1 회사로부터 제공받는 노하우를 바탕으로 원고 1 회사는 연마공정을, 원고 2 회사는 소판 및 연마 공정을 수행하고, 삼성, 엘지 등 디스플레이 패널 생산업체에 생산한 유리기판을 납품한다. 
나. 원고들의 설비수입 및 설치
 원고들은 소외 1 회사와 사이에 아래와 같이 설비매매계약을 체결하고 각 설비라인에 포함되는 기계 및 부품, 예비품들을 수입하였다(수입신고를 함에 있어서는 개별 구성품별로 수입신고를 하였다. 원고들이 수입한 설비를 통틀어 ‘이 사건 설비’라 한다). 
 원고 계약일구분설비명대금 (엔)공사완료 ADO2009. 1. 27. 연마설비DC0190억 6,000만2009. 12.경 원고 2 회사2004. 12. 1.연마설비DP1160억 6,600만2005. 5.경 2005. 9. 30.연마설비DP1275억 3,600만 2006. 5. 12. 2006. 5. 22.연마설비DP1395억 7,300만2007. 2. 28. 2007. 5. 7.연마설비DP1474억 2,100만2007.10. 22. 2007. 11. 27.연마설비DP14-E10억 1,600만2008. 2. 14. 2009. 1. 20.연마설비DP14-F10억 4,600만2009. 4. 24. 2006. 8. 4.소판제조설비DF101억 4,700만2007. 4. 12. 2007. 7. 23.소판제조설비FF141억 2,300만2008. 3. 14. 2008. 5. 30.소판제조설비HF168억 1,700만2009. 3. 4. 2008. 7. 25.소판제조설비IF182억 5,600만2010. 1. 12. 
다. 라이선스 계약 등
 (1) 원고들은 소외 1 회사와 아래와 같이 라이선스 계약(이하 ‘이 사건 라이선스 계약’이라 한다)을 체결하였다.
 
 (2) 2009. 12. 18.자 제4차 라이선스 계약의 주요내용은 아래와 같다(다만 제1차부터 제3차 라이선스 계약까지에는 사업운영 노하우는 포함되지 않았다).
 원고들과 소외 1 회사는 액정디스플레이용 유리기판의 플로트, 연마 관련 기술 및 사업운영 노하우를 실시허여 함에 관하여 다음과 같이 합의하여 본 계약을 체결한다. 제1조(정의) 5. "본 소판제조기술"이란, 본건특허 ① 및 본건 소판노하우를 말한다. 6. "본 연마기술"이란, 본건특허 ② 및 본건 연마노하우를 말한다. 7. "본건특허 ①"이란, 별지 1에 기재된 일본특허(일본국 특허청에게 계속되고 있는 것) 및 이와 실질적으로 동일한 발명인 전세계에서 출원된 특허출원 및 그 출원에 관하여 성립된 특허권을 말한다. 8. "본건특허 ②"란, 별지 3에 기재된 일본특허(일본국 특허청에게 계속되고 있는 것) 및 이와 실질적으로 동일한 발명인 전세계에서 출원된 특허출원 및 그 출원에 관하여 성립된 특허권을 말한다. 9. "본건 소판노하우"는 소외 1 회사가 본 계약 날짜에 있어서 보유 및 공업적으로 이용하고 있는 노하우이고, 본 소판제조에 관한 것을 말하며, 별지 2에 기재하고 있는 것을 포함한다(별지 2에 기재된 내용에 한하지 않음). 10. "본건 연마노하우"는 소외 1 회사가 본 계약 날짜에 있어서 보유 및 공업적으로 이용하고 있는 노하우이고, 본 연마에 관한 것을 말하며, 별지 4에 기재하고 있는 것을 포함한다(별지 4에 기재된 내용에 한하지 않음). 11. "사업운영 노하우"는 소외 1 회사가 본 제품을 제조하고 판매하기 위해서 보유하고 있는 사업운영일체에 관한 노하우이며, 본건 소판노하우 및 본건 연마노하우 이외의 것을 말한다. 제3조(실시허여) 1. 소외 1 회사는 본 소판 제조기술, 본 연마기술 및 사업운영 노하우에 대하여 다음 각호의 목적을 위해 원고 2 회사에 대해 비독점적, 양도불가, 재실시허여권이 없는 실시권을 허여한다. (1) 원고 2 회사가 소판제조를 행하여 그 결과물인 소판유리를 국내에서 판매하는 것 (2) 원고 2 회사가 연마를 행하여 그 결과물인 본 제품을 국내에서 판매하는 것 2. 소외 1 회사는 본 연마기술 및 사업운영 노하우에 대하여 원고 1 회사가 본 연마를 수행하고 그 결과물인 본 제품을 국내에서 판매하는 것에 대하여 원고 2 회사에 대해 비독점적, 양도불가, 재실시허여권이 없는 실시권을 허여한다. 제7조(비밀유지) 1. 원고들은 본 계약에 관하여 소외 1 회사로부터 알게 된 본건 소판노하우, 본건 연마노하우, 사업운영 노하우 및 소외 1 회사의 경영상, 영업상 또는 기술상 비밀을 제3자에게 보여주거나 누설해서는 안되고, 본 계약에서 명시적으로 허락된 범위 외에는 사용해서는 안된다. 2. 전항에 불구하고, 원고 2 회사는 본건 소판제조 및 본건 연마를 행하기 위하여 설비 혹은 공사의 발주 및 업무의 위탁을 행하는 경우에는 당해 제3자에 대해 필요최소한의 본건 소판노하우 및 본건 연마노하우를 공개할 수 있다. 3. 제1항에 불구하고, 원고 1 회사는 본건 연마를 행하기 위하여 제3자에 대해 설비 혹은 공사의 발주 및 업무의 위탁을 행하는 경우에는 당해 제3자에 대해 필요최소한의 본건 연마노하우를 공개할 수 있다. 별지1 본건특허 ①(주 1) 번호출원번호등록번호발명의 명칭상태 16(출원번호 1 생략)(등록번호 1 생략)플로트 유리의 제조장치등록확정 17(출원번호 2 생략)(등록번호 2 생략)플로트 유리의 제조장치 및 제조방법등록확정 18(출원번호 3 생략)(등록번호 3 생략)플로트 유리의 제조장치 및 제조방법등록확정 58(출원번호 4 생략)(등록번호 4 생략)플로트 판유리 제조장치등록확정 59(출원번호 5 생략)(등록번호 5 생략)플로트 판유리 제조장치등록확정 별지 2 본건 소판노하우 ① 원료종류/조합 플로우/조합장치/원료관리② 투입장치/투입관리 ③ 용해조구조/기능/로재/오퍼레이션/메인터넌스④ 세정설비구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑤ 공해대책(가스배출/배출액처리)⑥ 연소장치/연소관리 ⑦ 메탈Bath설비/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑧ 레이어장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑨ 검사장치/구조/기능/메인터넌스 ⑩ 절단채판포장장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑪ 유틸리티장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑫ 계장장치/기능/메인터넌스⑬ 시험분석/기능/메인터넌스 별지 3 본건특허 ②(주2) 번호출원번호등록번호발명의 명칭상태 3(출원번호 6 생략)(등록번호 6 생략)판상체의 연마방법 및 장치등록확정 4(출원번호 7 생략)(등록번호 7 생략)유리판의 절단방법 및 장치등록확정 5(출원번호 8 생략)(등록번호 8 생략)유리판의 절단방법 및 장치 등록확정 별지 4 본건 연마노하우 ① 절·면취장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스② 연마장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ③ 검사·세정장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ④ 배수처리장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑤ 포장장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스⑥ 포장형태/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑦ 유틸리티장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑧ 계장장치/기능/메인터넌스⑨ 시험분석/기능/메인터넌스 
 별지1 본건특허 ① 
 별지 3 본건특허 ② 
 (3) 원고 2 회사의 연도별 권리사용료 지급현황은 아래와 같다.
 (단위: 원) 연도2005년2006년2007년2008년2009년 금액274,885,0013,545,997,83919,338,569,226191,304,159,389393,246,361,574 연도 2010년2011년2012년2013년합계 금액399,739,706,039357,845,871,106222,846,301,792103,876,870,3761,692,019,722,342 
 (4) 원고 1 회사의 연도별 권리사용료 지급현황은 아래와 같다. 
 (단위: 원) 연도2010년2011년합계 금액36,890,000,00031,659,000,00068,549,000,000 
라. 원고 1 회사에 대한 처분경위
 (1) 피고 서울세관장은 2012. 4. 19. 원고 1 회사에게 "2010년과 2011년에 지급한 권리사용료 약 685억 원이 이 사건 설비와 관련되고, 거래조건으로 지급되었다."는 이유로, ‘수입물품 과세가격 결정에 관한 고시’(관세청 고시 제2010-88호, 2010. 6. 10. 이하 ‘이 사건 고시’라 한다) 제3-4조 제3호 단서, 제4호 나목의 안분식을 적용하여, 권리사용료 전액을 수입가격에 가산하는 내용의 과세전통지를 하였다. 
 (2) 원고 1 회사는 이에 불복하여 적부심사청구를 하였고, 2012. 9. 27. 관세청장으로부터 "권리사용료는 최종 완제품인 LCD 유리기판을 제조하기 위한 제품개발 및 원료 선정에서 완제품 검사포장에 이르는 전 과정에 관련된 모든 특허 및 노하우 실시에 대한 대가로 지급된 것이므로, 처분청은 권리사용료 총액이 이 사건 설비에 관련된다고 보아 결정한 조정액을 이 사건 설비에 해당되는 부분만 가산될 수 있도록 권리사용료 안분 계산방식을 재조사하여 과세가격을 결정한다."는 재조사결정을 받았다.
 (3) 그런데 피고 서울세관장은 2013. 6. 22. 원고 1 회사에게 과세전통지 내용과 같이 권리사용료 전액을 수입가격에 가산하기로 하여 관세 등을 부과·고지하였다. 
 (4) 원고 1 회사는 2013. 7. 17. 심사청구를 하였으나, 2013. 10. 30. 관세청장으로부터 기각결정을 받았다. 이에 따라 원고 1 회사에 대한 관세 등 부과처분은 별지 부과처분 제1 목록 기재와 같이 되었다.
마. 원고 2 회사에 대한 처분경위
 (1) 피고 대구세관장은 원고 2 회사가 2005년부터 2013년까지 소외 1 회사에게 지급한 권리사용료를 각 설비별로 아래 표와 같이 나눈 다음(다만, 2008년 이후 분은 각 설비의 가동 일수 및 설비별 가격에 따라 안분함), 부과제척기간이 도과한 수입설비 DP11과 DP12에 대하여 지급된 권리사용료 합계 303,518,078,882원(=135,640,248,255원 + 167,877,830,627원)을 제외하고, "2007년부터 2013년까지 소외 1 회사에게 지급한 권리사용료 (이하 원고 1 회사가 지급한 권리사용료와 함께 ‘이 사건 권리사용료’라 한다)가 이 사건 설비와 관련되고, 거래조건으로 지급되었다."는 이유로, 이 사건 고시 제3-4조 제3호 단서, 제4호 나목의 안분식을 적용하여, 각 해당설비별로 처분시까지 지급된 권리사용료 전액을 수입가격에 가산하여 관세 등을 부과·고지하였다. 그 후 원고 2 회사는 다음 항에서 보는 바와 같이 재조사결정을 받았으나, 원처분이 그대로 유지되었고, 원고 2 회사에 대한 관세 등 부과처분은 감액 등을 받아 별지 부과처분 제2, 3 목록 기재와 같이 되었다(이하, 원고들에 대한 별지 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 권리사용료안분(단위 : 원) 구분2005년2006년2007년2008년2009년2010년2011년2012년2013년합계 금액274,885,0013,545,997,83919,338,569,226191,304,159,389393,246,361,574399,739,706,039357,845,871,106222,846,301,792103,876,870,3761,692,019,722,342 설비 DP11연마(05.5.)274,885,0011,769,135,4785,529,630,43922,235,016,31634,142,636,98926,552,859,95823,594,088,90114,693,031,7976,848,963,376135,640,248,255 DP12연마(06.5.12)?1,776,862,3616,999,438,83427,623,323,92942,416,569,79032,987,529,28529,311,745,44918,253,657,7038,508,702,275167,877,830,627 DP13연마(07.2.28)??6,184,300,98735,089,978,76553,881,876,67241,904,142,49637,234,785,19323,187,667,88610,808,626,178208,291,379,178 DP14연마(07.10.22)??234,490,79727,201,789,66041,769,289,33332,484,136,78728,864,446,70917,975,105,3358,378,858,756156,908,117,378 DP14_E계(08.2.14)???3,149,088,2155,718,582,1274,447,363,2903,951,795,9652,460,949,6051,147,139,26620,874,918,469 DP14_F계(09.4.24)????4,156,569,4944,578,683,0724,068,482,8542,533,615,4401,181,011,48916,518,362,348 DF가마(07.4.12)??390,708,16937,194,028,58257,112,717,97544,416,780,19039,467,442,00624,578,035,59111,456,728,250214,616,441,763 FF가마(08.3.14)???38,810,933,92179,491,668,67761,820,976,12854,932,297,65134,208,652,83115,945,913,247285,210,442,455 HF가마(09.3.4)????74,556,450,51773,617,016,31665,413,911,35740,735,994,66318,988,547,726273,311,920,579 IF가마(10.1.12)?????76,930,218,51671,007,873,02344,219,589,93920,612,379,812212,770,061,290 
 (2) 원고 2 회사는 심사청구를 하였는데, 아래와 같이 결정을 받았다.
 순번처분일심사청구 결정일결과 1 2012. 2. 15.2012. 9. 27.재조사 결정 이후 원처분 유지 22012. 5. 9.2012. 9. 27. 32012. 8. 7.2012. 11. 20. 42012. 11. 4.2013. 3. 19. 52013. 2. 6.2013. 6. 11. 62013. 4. 30.2013. 6. 11. 72013. 6. 28.2013. 10. 30.기각 2013. 6. 29. 2013. 7. 4. 2013. 7. 8. 82013. 10. 25.2014. 6. 17.기각 2014. 1. 27. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 23, 26 내지 37, 53, 74 내지 78호증(가지번호 포함), 을 제1, 2, 3, 5, 6, 12 내지 15호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 원고들의 주장 
 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당부분(제1심 판결문 제8쪽 표 아래 제3행부터 제10쪽 제1행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
 3. 관계법령 
 별지 관계법령 기재와 같다.
 4. 인정사실 
 이 부분에 관하여 설시할 이유는 그 일부를 아래와 같이 고쳐 쓰는 이외에는 제1심 판결의 해당부분(제1심 판결문 제10쪽 제4행부터 제15쪽 표 아래 제8행까지, 제51쪽) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
〈고쳐 쓰는 부분〉
○ 제11쪽 두 번째 표 아래 제4행, 제5행을 다음과 같이 고친다.
 【 (6) 원고들의 이 사건 설비에 대한 수입신고 내역에 의하면, 아래와 같이 이 사건 설비 중 해외공급자가 소외 1 회사가 아닌 대만의 업체도 포함되어 있었다(을제18호증의 5).】 
○ 제12쪽 제5행 "인력(Supervisor)를"을 "인력(Supervisor)을"로 고친다.
○ 제12쪽 마지막 행부터 제13쪽 표 아래 제6행까지(‘다. 소외 1 회사의 가처분소송 부분’)를 삭제한다.
○ 제13쪽 표 아래 제7행 "라. 관계자의 진술"을 "다. 관계자의 진술"로, 제14쪽 두 번째 표 아래 "마. 이 사건 고시적용과 관련한 과세당국의 의견 등"을 "라. 이 사건 고시적용과 관련한 과세당국의 의견 등"으로 각 고친다.
 5. 판단 
가. 관련 법령의 규정
 (1) 관세법(2010. 12. 30. 법률 제10424호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제30조 제1항 제4호는 "수입물품의 과세가격은 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 다음 각 호의 금액을 더하여 조정한 거래가격으로 하되, 다만, 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 및 이와 유사한 권리를 사용하는 대가로 지급하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 산출된 금액을 더할 때에는 객관적이고 수량화할 수 있는 자료에 근거하여야 하며, 이러한 자료가 없는 경우에는 이 조에 규정된 방법으로 과세가격을 결정하지 아니하고, 제31조부터 제35조까지에 규정된 방법으로 과세가격을 결정한다."고 규정하고 있다.
 (2) 관세법 시행령 제19조 제1항은 관세법 제30조 제1항 제4호에서 규정한 ‘이와 유사한 권리’에 관하여 규정하면서, 제2호에서 ‘법적 권리에는 속하지 아니하지만 경제적 가치를 가지는 것으로서 상당한 노력에 의하여 비밀로 유지된 생산방법·판매방법 기타 사업활동에 유용한 기술상 또는 경영상의 정보 등’이라고 규정하고 있고, 제2항은 "관세법 제30조 제1항의 규정에 의하여 당해 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 가산하여야 하는 특허권·실용신안권·디자인권·상표권 및 이와 유사한 권리를 사용하는 대가는 당해 물품에 관련되고 당해 물품의 거래조건으로 구매자가 직접 또는 간접으로 지급하는 금액으로 한다."고 규정하고 있으며, 제3항 제1호 라목은 "제2항의 규정을 적용함에 있어서, 권리사용료가 특허권에 대하여 지급되는 때에는 수입물품이 방법에 관한 특허를 실시하기에 적합하게 고안된 설비·기계 및 장치(그 주요특성을 갖춘 부분품 등을 포함한다)인 경우에 권리사용료가 당해 물품과 관련되는 것으로 본다."고, 제5항 제1호는 "제2항의 규정을 적용함에 있어서 구매자가 수입물품을 구매하기 위하여 판매자에게 권리사용료를 지급하는 경우에는 권리사용료가 당해 물품의 거래조건으로 지급된 것으로 본다."고 각 규정하고 있다. 
 (3) 위 각 규정을 종합하면, 권리사용료를 수입물품의 과세가격에 가산하기 위해서는 권리사용료가 당해 물품에 관련되고(관련성), 당해 물품의 거래조건으로(거래조건성) 구매자가 지급하여야 한다. 
나. 관련성에 관하여
 (1) 이 사건 설비와 이 사건 권리사용료의 관련성을 인정하기 위해서는 해당 수입설비가 권리사용료 지급대상이 되는 특허를 실시하기에 적합하게 고안되어야 한다(관세법 시행령 제19조 제3항 제1호 가, 라목). 즉 권리사용료 지급대상인 특허가 수입신고 시점에 이미 설비에 체화·구현되어 있어야 한다. 
 (2) 이 사건의 경우, ① 이 사건 라이선스 계약에 의하면, 제3조는 "소외 1 회사는 원고들에게 소판제조 및 연마 기술, 사업운영 노하우의 실시권을 허여한다."고, 제1조는 "소판제조 및 연마 기술은 본건 특허 및 본건 노하우를 말한다. 본건 특허 및 본건 노하우란 별지에 기재된 특허와 노하우를 말한다."고 규정하고 있는데, 그 별지에는 설비제작과 직접 관련된 특허와 노하우가 포함되어 있는 점, ② 이 사건 설비는 일체로서 일련의 공정을 구성하고, 소외 1 회사가 보유한 Float공법으로 유리기판을 생산하기 위한 것인 점, ③ 유리기판을 생산하기 위해서는 원료 혼합, 투입량 조절, 버너조절, 가마 온도, 압력조절, 기포제거(감압탈포), 절단, 연마, 표면결함방지, 세정, 검사, 포장 등의 각종 공정을 거쳐야 하는데, 소외 1 회사가 보유한 특허나 노하우는 이러한 유리기판을 생산하기 위한 전 공정에 걸쳐져 있고, 특허나 노하우가 이 사건 설비를 통하여 구현되는 것인 한 이 사건 설비는 이러한 특허나 노하우의 실시에 적합하도록 고안될 수밖에 없는 점, ④ 원고들이 소외 1 회사와 설비매매계약을 체결하고, 이 사건 라이선스 계약과 별도로 7%의 이윤을 지급하였으나, 여기에는 설비 관련 특허와 노하우에 관한 것이 포함되어 있지 아니한 점, ⑤ 소외 1 회사가 원고들에게 판매한 설비의 제작과 관련하여 설비제작업체에게 제공한 기본사양서(Basic Specification)는 소외 1 회사가 그 동안의 제작 노하우를 동원하여 작성한 것으로서 설비의 종류와 사양 등이 구체적으로 기재되어 있고, 제작업체는 이 기본사양서를 토대로 설계를 하여 이 사건 설비를 제작한 점, ⑥ 소외 1 회사는 기본사양서를 비밀로 취급하여 세무조사나 이 법원에 그 일부만 제시하였고, 기본사양서에 의하여 작성된 설계도면도 제작업체들로부터 교부받아 비밀로 취급하고 있으며, 이 사건 라이선스 계약에도 장치 제작, 설치에 관한 부분이 노하우로 기재되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 설비는 이 사건 라이선스 계약에 의하여 제공되는 특허와 노하우에 의하여 고안되었거나, 이를 구현하기 위한 설비, 기계 및 장치를 포함하고 있고, 이 사건 권리사용료는 이 사건 유리기판 제조에 필요한 모든 특허와 노하우 제공대가로 지급되었으므로, 이 사건 설비 중 위 설비, 기계 및 장치 등에 관한 한 이 사건 권리사용료와 관련성을 인정할 수 있다.
다. 거래조건성에 관하여
 (1) 당해 물품에 관련되고 당해 물품의 거래조건으로 구매자가 직접 또는 간접으로 지급하는 권리사용료는 당해 물품의 과세가격에 포함되는데, 여기서 "권리사용료를 당해 물품의 거래조건으로 지급한다."고 함은 구매자가 수입물품을 구매하기 위하여 판매자에게 권리사용료를 지급하는 경우로서 사실상 구매자에게 수입물품의 구매선택권이 없는 경우를 말한다(대법원 1993. 4. 27. 선고 91누7958 판결 참조). 
 (2) 이 사건을 보건대, ① 이 사건 라이선스 계약은 소외 1 회사가 보유한 특허나 노하우를 제공받아 Float공법으로 유리기판을 생산하기 위한 것인데, 원고들이 소외 1 회사로부터 제공받는 특허나 노하우는 이러한 유리기판을 생산하기 위한 모든 공정에 걸쳐져 있고, 제공되는 특허나 노하우가 설비나 기계, 장치를 통하여 구현되는 것인 경우 당해 설비는 이러한 특허나 노하우의 실시에 적합하도록 고안될 수밖에 없는 점, ② 이 사건 설비 중 포장장치, 계장장치, 면취장치, 검사·세정장치, 배수처리장치 등에는 이 사건 라이선스 계약에 따른 소판노하우와 연마노하우가 포함되어 있는 점(이 사건 라이선스 계약 별지 2, 4), ③ 소외 1 회사가 원고들에게 판매한 설비의 제작과 관련하여 설비제작업체에게 제공한 기본사양서(Basic Specification)는 소외 1 회사의 노하우가 체화된 것인 점, ④ 소외 1 회사는 원고들에 대하여 사실상 100%의 의결권을 행사하고 있고, 원고들은 소외 1 회사의 자회사로 볼 수 있는바, 이 사건 설비의 도입은 소외 1 회사에 의하여 결정되어 원고들은 소외 1 회사의 의사와 무관하게 설비를 구매할 가능성은 거의 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 설비 중 적어도 이 사건 특허와 노하우에 의하여 고안되었거나, 이를 구현하기 위한 설비, 기계 및 장치들에 관한 한, 원고들은 자유롭게 구매선택권을 행사하여 이를 구매할 수 있었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 권리사용료와 거래조건성이 있다.
라. 권리사용료의 안분에 관하여
 이 부분에 관하여 설시할 이유는 그 일부를 아래와 같이 고쳐 쓰는 이외에는 제1심 판결의 해당부분(제1심 판결문 제20쪽 제2행부터 제27쪽 제3행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다. 
○ 제26쪽 제17행 "이 사건 설비에 관한 권리사용료"를 "이 사건 설비 중 앞서 본 바 와 같이 관련성과 거래조건성이 인정되는 설비, 기계 및 장치에 관한 권리사용료"로 고친다.
 6. 피고의 항소심 주장에 관한 추가 판단 부분 
가. 피고 주장의 요지
 (1) 이 사건 고시 제3-4조 제3호 단서는 ‘설비’에만 국한된 것이 아니라 ‘전체방법이나 제조공정’을 전제로 한 것으로 설비 이외에도 ‘공정관리 노하우’ 등에 관한 권리사용료를 포함하여 해당 수입물품의 과세가격에 가산될 권리사용료를 안분하는 규정이다. 즉, 이 사건 고시 제3-4조 제3호 단서는 지급되는 권리사용료가 특정한 완제품을 생산하기 위한 ‘전체방법이나 제조공정’(설비 및 설비 이외의 모든 방법 및 공정)에 관한 대가인 반면, 수입물품은 ‘그 중 일부공정을 실시하기 위한 설비’에 불과한 경우 수입물품의 과세가격에 가산될 권리사용료를 안분하기 위한 규정으로 라이선스 계약상 수입물품과 ‘관련성’을 가지는 권리사용료와 그렇지 않은 권리사용료가 명확하게 구분되어 있지 않은 경우에는 ‘전체설비 등의 가격’ 중 ‘당해 수입설비 등의 가격’이 차지하는 비율로 안분한 권리사용료만을 수입물품과 ‘관련성’을 가지는 대가로 보아 수입물품의 과세가격에 가산하도로 입법적으로 방안을 제시하는 규정이다.
 (2) 이 사건 권리사용료 중 ‘사업운영노하우’에 대한 대가가 존재하지 않을 뿐만 아니라, 가사 사업운영노하우에 대한 대가가 포함되어 있다면 이는 특정한 완제품을 생산하는 ‘전체방법이나 제조공정’에 관한 대가가 아니므로 이 사건 고시 제3-4조 제3호 단서의 안분산식에 포함될 수 없는 것이다. 따라서 그와 같은 대가의 존재 및 액수는 원고에게 유리한 사정일 뿐 아니라 그에 대한 사실관계 대부분은 원고가 지배하는 영역 내에 존재하므로 ‘사업운영 노하우’의 존재 및 금액에 대한 입증책임은 원고에게 있다.
나. 판단
 (1) 피고의 첫 번째 주장에 관하여 본다.
 피고의 주장에 따르면 이 사건 고시 제3-4조 제3호 단서가 방법에 관한 특허를 실시하기에 적합하게 고안된 설비와 ‘관련성이 있는 권리사용료’와 그 설비와 ‘관련성이 없는 권리사용료’가 혼재되어 있는 경우에 수입설비와 관련성이 있는 권리사용료를 산출하기 위하여 입법자가 제시한 방안이라는 것인데, 이에 따르면 이 사건 제3-4조 제3호 단서의 산식(지급되는 권리사용료 X 당해 수입설비 등의 가격/ 전체설비 등의 가격)은 오로지 ‘전체설비 등의 가격’과 ‘수입설비 등의 가격’만을 기준으로 수입가격에 가산할 권리사용료를 산출하는 것이어서, 수입설비와 전혀 관련이 없는 권리사용료를 제거하기 위하여(수입설비와 관련이 있는 권리사용료를 산출해 내기 위하여) 논리적으로 연관성이 없는 ‘설비가격’만을 이용하여 그 비율에 따라 산정한다는 점에서 부당하다. 이는 수입설비와 전혀 관련성이 없는 권리사용료 부분도 위 산식에 해당하는 비율(당해 수입설비 등의 가격/ 전체설비 등의 가격) 만큼은 언제나 수입물품가격에 가산하는 권리사용료에 포함되는 결과가 되고, 만일 수입되는 설비가 전체공정을 실시하기 위한 설비인 경우라면 수입설비와 전혀 관련 없이 지급되는 권리사용료 전액이 수입물품의 가격에 가산된다는 이상한 결론에 이르게 된다. 피고의 주장은 받아들일 수 없다.
 (2) 피고의 두 번째 주장에 관하여 본다.
 이 사건 권리사용료 중 ‘사업운영노하우’에 대한 대가가 존재함은 앞에서 본바와 같고, 사업운영노하우에 대한 대가는 특정한 완제품을 생산하는 ‘전체방법이나 제조공정’에 관한 대가가 아니므로 이 사건 고시 제3-4조 제3호 단서의 안분산식에 포함될 수 없는 것임은 피고 주장과 같다. 그런데 이 사건 고시(수입물품 과세가격 결정에 관한 고시)는 관세법 제30조 제1항 제4호, 관세법시행령 제19조 제2항, 제3항, 제6항에 따라 수입물품의 과세가격에 ‘가산할’ 권리사용료를 산출하는 방법을 규정한 것이므로, 그 제3-4조 제3호는 단서의 ‘지급되는 권리사용료’가 특정한 완제품을 생산하는 ‘전체방법이나 제조공정에 관한 대가’라는 점에 관하여 과세관청에서 이를 입증하여야 하는 것이지 전체방법이나 제조공정에 관한 대가가 아니라는 점 및 그 금액을 납세자가 입증하여야 한다고 볼 수는 없다. 이 점에 관한 피고의 주장도 이유 없다.
 7. 결론 
 그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로, 피고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각한다.
[별지 각 생략]

판사 정형식(재판장) 강경구 남양우