법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2001.03.09 / 시행일:

【원고, 피상고인】 농업기반공사 (변경 전 명칭 : 한강농지개량조합) (소송대리인 변호사 김형진)
【피고, 상고인】 서인천세무서장 (소송대리인 변호사 박병휴)
【원심판결】 서울고법 1999. 11. 10. 선고 97구54521 판결
【주 문】
 상고를 기각한다.
 상고비용은 피고의 부담으로 한다.

【이 유】 상고이유를 본다.
 1. 제1점
구 조세감면규제법(1991. 12. 27. 법률 제4451호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라 한다.) 제67조의13 제1항은 법인이 2년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용(…)으로 직접 사용한 토지 등으로서 대통령령이 정하는 토지 등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하고, 같은 조 제2항 본문은 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다고 규정하면서 제1호에서 대통령령이 정하는 바에 의하여 고정자산을 취득하지 아니한 때를 규정하고 있으며, 구 조세감면규제법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다.) 제55조의11 제1항은 법 제67조의13 제1항의 규정에 의하여 특별부가세가 면제되는 토지 등은 다음 각 호의 1에 해당하는 것으로 한다고 규정하면서 제3호에서 재무부령이 정하는 농어민지원시설을 이전할 목적으로 양도하는 경우의 당해 토지 등을 규정하고, 같은 조 제3항 본문은 법 제67조의13 제1항 규정에 의한 특별부가세의 면제는 토지 등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지 등의 양도일로부터 3년 이내에 다음 각 호의 1에 해당하는 고정자산(이하 이 조에서 '대체취득자산'이라 한다.)을 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한한다고 규정하면서 제3호에서 제1항 제3호의 경우에는 재무부령이 정하는 농어민지원시설을 규정하고 있으며, 구 조세감면규제법시행규칙(1992. 3. 3. 재무부령 제1878호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 시행규칙'이라 한다.) 제20조의9 제1항 본문 및 구 조세감면규제법시행규칙(1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행규칙'이라 한다) 제20조의9 제2항 본문은 영 제55조의11 제1항 제3호 및 제3항 제3호에서 "재무부령이 정하는 농어민지원시설"이라 함은 … 소유하는 토지 등으로서 법령이나 정관 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 사업용 토지 등을 말한다고 규정하고 있는바, 법 제67조의13 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 다른 고정자산을 취득하지 아니한 때" 면제된 특별부가세를 추징한다고 규정하고 있을 뿐 달리 그 고정자산의 범위에 대하여 아무런 제한을 하지 아니하고 있음에 비추어, 농어촌지원시설을 이전할 목적으로 토지 등을 양도한 때의 대체취득자산에 대하여 규정하고 있는 구 시행규칙 제20조의9 제1항 본문 및 시행규칙 제20조의9 제2항 본문 소정의 대체취득자산으로서 '사업용 토지 등'은 토지 및 건물에 한정된다고 할 수 없고, 다른 고정자산도 포함된다고 하여야 할 것이다.
 원심판결에는 그 이유 설시에 있어서 다소 부적절한 점이 있으나, 원심이, 이 사건 기계장치 및 용배수로 모두 고정자산으로서 대체취득자산에 포함된다고 판단한 것은 앞서 본 법리 및 기록에 비추어 보면 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 대체취득자산에 대한 법리오해의 위법이 없다.
 2. 제2점
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 시행령 제55조의11 제3항이 토지 등의 양도가액에 상당하는 금액으로 대체취득자산을 취득할 것을 규정하고 있는 이상, 이 사건 토지의 양도가액에 상당하는 금액으로 대체취득자산을 취득하면 되고, 그 취득자금이 반드시 이 사건 토지를 양도한 대금이어야 하는 것은 아니라고 판단하였다.
관련법령 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 대체자산의 취득 여부에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 3. 제3, 4점
법 제67조의13 제2항 소정의 추징처분은 특별부가세를 면제받은 자가 당초의 면제받은 취지에 합당한 사용을 하지 아니할 것을 요건으로 하는 처분으로서 본래의 특별부가세 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라고 할 것이므로, 추징처분이 법상 추징요건을 갖추지 못하였다면 그 추징처분은 위법한 처분이 되는 것이고, 면제요건을 갖추지 못하여 본래의 부과처분을 할 사유가 있다고 하더라도 그와 같은 사정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 할 사유가 될 수 없다고 할 것이며(대법원 1998. 8. 21. 선고 97누1846 판결 참조), 특별부가세 면제대상인 이 사건 토지의 비업무용 부동산 해당 여부는 특별부가세의 추징요건이 아니라 면제요건이므로(대법원 1992. 10. 13. 선고 92누1735 판결 참조), 피고가 이 사건 소송에 이르러 이 사건 토지가 비업무용 부동산이라고 주장하는 것은 이 사건 추징처분의 동일성의 범위를 벗어난 것으로서 허용될 수 없다.
 같은 취지의 원심판결은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 비업무용 토지, 추징처분 및 감면배제처분에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 송진훈(재판장) 윤재식 이규홍(주심) 손지열

[1] 구 조세감면규제법상 특별부가세 면제요건으로서 농어민지원시설을 이전할 목적으로 토지 등을 양도한 때의 대체취득자산의 범위(=토지 및 건물 외에 다른 고정자산도 포함) 및 토지의 양도대금과 대체취득자산 취득자금의 연관성 여부(소극)
[2] 구 조세감면규제법 제67조의13 제2항 소정의 특별부가세 추징처분이 추징요건을 갖추지 못한 경우, 면제요건을 갖추지 못하여 본래의 특별부가세 부과처분을 할 사유가 있으면 그 추징처분이 적법한 것인지 여부(소극)

[1] 구 조세감면규제법(1991. 12. 27. 법률 제4451호로 개정되기 전의 것) 제67조의13 제1항은 법인이 2년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지 등으로서 대통령령이 정하는 토지 등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하고, 같은 조 제2항 본문은 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다고 규정하면서 제1호에서 대통령령이 정하는 바에 의하여 고정자산을 취득하지 아니한 때를 규정하고 있으며, 같은법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 개정되기 전의 것) 제55조의11 제1항은 같은 법 제67조의13 제1항의 규정에 의하여 특별부가세가 면제되는 토지 등은 다음 각 호의 1에 해당하는 것으로 한다고 규정하면서 제3호에서 재무부령이 정하는 농어민지원시설을 이전할 목적으로 양도하는 경우의 당해 토지 등을 규정하고, 같은 조 제3항 본문은 같은 법 제67조의13 제1항 규정에 의한 특별부가세의 면제는 토지 등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지 등의 양도일로부터 3년 이내에 다음 각 호의 1에 해당하는 고정자산(이하 이 조에서 '대체취득자산'이라 한다.)을 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한한다고 규정하면서 제3호에서 제1항 제3호의 경우에는 재무부령이 정하는 농어민지원시설을 규정하고 있으며, 구 조세감면규제법시행규칙(1992. 3. 3. 재무부령 제1878호로 개정되기 전의 것) 제20조의9 제1항 본문 및 구 조세감면규제법시행규칙(1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 개정되기 전의 것) 제20조의9 제2항 본문은 같은법시행령 제55조의11 제1항 제3호 및 제3항 제3호에서 "재무부령이 정하는 농어민지원시설"이라 함은 … 소유하는 토지 등으로서 법령이나 정관 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 사업용 토지 등을 말한다고 규정하고 있는바, 같은 법 제67조의13 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 다른 고정자산을 취득하지 아니한 때" 면제된 특별부가세를 추징한다고 규정하고 있을 뿐 달리 그 고정자산의 범위에 대하여 아무런 제한을 하지 아니하고 있음에 비추어, 농어촌지원시설을 이전할 목적으로 토지 등을 양도한 때의 대체취득자산에 대하여 규정하고 있는 구 조세감면규제법시행규칙(1992. 3. 3. 재무부령 제1878호로 개정되기 전의 것) 제20조의9 제1항 본문 및 구 조세감면규제법시행규칙(1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 개정되기 전의 것) 제20조의9 제2항 본문 소정의 대체취득자산으로서 '사업용 토지 등'은 토지 및 건물에 한정된다고 할 수 없고, 다른 고정자산도 포함된다고 하여야 하고, 구 조세감면규제법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 개정되기 전의 것) 제55조의11 제3항이 토지 등의 양도가액에 상당하는 금액으로 대체취득자산을 취득할 것을 규정하고 있는 이상, 토지의 양도가액에 상당하는 금액으로 대체취득자산을 취득하면 되고, 그 취득자금이 반드시 토지를 양도한 대금이어야 하는 것은 아니다. 
[2] 구 조세감면규제법(1991. 12. 27. 법률 제4451호로 개정되기 전의 것) 제67조의13 제2항 소정의 추징처분은 특별부가세를 면제받은 자가 당초의 면제받은 취지에 합당한 사용을 하지 아니할 것을 요건으로 하는 처분으로서 본래의 특별부가세 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라고 할 것이므로, 추징처분이 같은 법상 추징요건을 갖추지 못하였다면 그 추징처분은 위법한 처분이 되는 것이고, 면제요건을 갖추지 못하여 본래의 부과처분을 할 사유가 있다고 하더라도 그와 같은 사정이 위법한 추징처분을 적법한 것으로 할 사유가 될 수 없다.