종합소득세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2016.07.14 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 소순무 외 3인)
【피고, 상고인】 역삼세무서장 (소송대리인 법무법인 삼익 담당변호사 김홍철 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2014. 10. 29. 선고 2014누43143 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 서면들의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 대하여
 가. 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항 본문 및 그 제1호는 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자’는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있다.
 한편 소득세법 시행령 제134조 제1항은 "종합소득 과세표준확정신고기한이 지난 후에 「법인세법」에 따라 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당·상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 종합소득 과세표준확정신고 의무가 없었던 자, 세법에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인(제192조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 거주자가 통지를 받은 경우에는 그 거주자를 말한다)이 제192조 제1항에 따른 소득금액변동통지서를 받은 날(「법인세법」에 따라 법인이 신고함으로써 소득금액이 변동된 경우에는 그 법인의 법인세 신고기일을 말한다)이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고납부한 때에는 법 제70조 또는 제74조의 기한까지 신고납부한 것으로 본다."라고 규정하고 있다.
종합소득 과세표준 확정신고기한이 경과한 후에 소득처분에 의하여 소득금액에 변동이 발생하여 소득세법 시행령 제134조 제1항에 따라 과세표준 및 세액을 추가신고·자진납부한 경우 그에 대한 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호의 경정청구기간은 소득세법 시행령 제134조 제1항에 정한 추가신고·자진납부의 기한 다음 날부터 기산되는 점(대법원 2011. 11. 24. 선고 2009두20274 판결 참조), 원천납세의무자가 소득세법 시행령 제134조 제1항에 따라 추가신고하는 대상은 소득금액변동통지서를 받은 법인이 원천징수세액을 납부하였는지와 관계없이 소득처분에 의하여 소득금액이 변동됨에 따라 늘어나게 되는 종합소득 과세표준 및 세액 전부라고 할 것인 점, 구 국세기본법 제45조의2 제1항은 경정청구의 요건으로 해당 세액을 납부하였을 것을 요구하지 아니하는데, 소득금액변동통지서를 받은 법인이 그에 따른 소득세를 원천징수하지 아니한 채 이미 납부하였다고 하여 원천납세의무자가 경정청구권을 행사할 수 있는 범위가 자신이 실제로 납부한 세액의 한도로 제한된다고 볼 근거가 없는 점 등을 종합하여 보면, 종합소득 과세표준 확정신고기한이 경과한 후에 소득처분에 의하여 소득금액에 변동이 발생하여 원천납세의무자가 소득세법 시행령 제134조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 추가신고한 경우 원천납세의무자는 그가 실제로 납부한 세액의 한도 내에서가 아니라 추가신고의 대상이 된 과세표준과 세액 전부에 대하여 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구권을 행사할 수 있다고 보아야 할 것이다.
다만 원천징수의무자인 법인이 소득금액변동통지서를 받고 그에 따른 소득세를 납부한 경우 그 법인 명의로 납부된 세액의 환급청구권자는 소득금액변동통지로써 형성되는 과세관청과의 법률관계에 관한 직접 당사자인 원천징수의무자라고 할 것이므로, 원천납세의무자가 소득세법 시행령 제134조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 추가신고한 후에 추가신고의 대상이 된 과세표준과 세액 전부에 대하여 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구권을 행사함에 따라 환급청구권이 발생하는 경우에도 원천납세의무자는 자신 명의로 납부된 세액에 관하여만 환급청구권자가 될 수 있을 뿐이고 원천징수의무자 명의로 납부된 세액에 관하여는 원천징수의무자가 그 환급청구권자가 된다고 할 것이다.
 나. 원심은 그 채택 증거를 종합하여, ① 원고는 1985년 9월경 주식회사 ○○○(이후 상호가 ‘주식회사 △△△’로 변경되었다. 이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)을 설립하고, 2011. 5. 25.까지 대표이사로 재직한 사실, ② 중부지방국세청장은 이 사건 법인에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 법인이 공사비를 과다계상하고 차액을 업체로부터 돌려받는 방식으로 비자금을 조성하였음을 확인하고, 2012. 5. 30. 비자금 조성과정에서 발생한 매출누락금액 등을 이 사건 법인의 익금에 산입하는 한편 총 6,431,847,396원(이하 ‘이 사건 소득’이라 한다)이 사외유출되어 원고에게 귀속되었다고 보아 이를 원고에 대한 상여로 소득처분한 사실, ③ 용인세무서장은 이에 따라 2012. 7. 1.과 2012. 7. 2. 이 사건 법인에게 소득금액변동통지를 하였고, 이 사건 법인은 2012. 8. 10. 용인세무서장에게 소득금액변동통지에 따른 원천징수세액 2,505,486,800원을 납부하였다가 2012년 10월경 원고에 대한 연말정산 수정신고를 하여 그중 109,639,000원을 환급받아 결국 2,395,847,800원을 납부하게 된 사실, ④ 원고는 당초 2002년 내지 2010년 귀속 종합소득세 신고서를 법정신고기한 내에 제출하였는데, 이 사건 법인이 소득금액변통지를 받게 되자 이 사건 소득을 합산하여 2002년 내지 2010년 귀속 종합소득세를 다시 계산한 후 2012. 9. 28. 피고에게 종합소득세 추가신고를 하면서 19,035,100원을 납부한 사실, ⑤ 원고는 2012. 10. 31. 소득금액변동분 익금산입에 불복한다는 이유로 2002년 내지 2010년 귀속 종합소득세 수정신고세액 합계 4,199,883,939원을 2,024,730,882원으로 감액경정하여 줄 것을 청구하였으나 피고가 2012. 12. 26. 이를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
 이어서 원심은, 이 사건 법인이 2012. 7. 1. 및 2012. 7. 2.경 소득금액변동통지를 받은 후 원고가 소득세법 시행령 제134조 제1항에 의한 추가신고기한 내인 2012. 9. 28. 2002년 내지 2010년 귀속 종합소득세 추가신고서를 제출하였으므로 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 근거한 경정청구를 할 수 있고, 원천징수의무자가 소득금액변동통지에 대하여 다투는 것이 가능하다는 등의 이유만으로 원천납세의무자의 경정청구권이 제한되는 것은 아니라고 판단하였다.
 다. 원심판결 이유를 앞서 본 법률규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 소득세법 시행령 제134조 제1항의 추가신고납부의 사유 및 그에 대한 경정청구권의 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 없다.
 2. 상고이유 제2점에 대하여
 원심은 그 채택 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, ① 피고가 이 사건 법인이 공사원가를 과다계상한 후에 사외유출한 것으로 보아 과세한 금액 중에서 원고에게 실제로 귀속된 것으로 볼 수 있는 것은 일부에 불과하고, ② 업무무관 대여금 부분은 원고가 이를 횡령하는 등의 방법으로 그 전액을 개인적으로 사용하여 해당 인정이자가 원고에게 귀속되었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 소득 중 2007년 내지 2010년 귀속 부분이 원고에게 모두 귀속되었음을 전제로 한 이 사건 처분 중 해당 부분은 위법하다고 판단하였다.
 이 부분 상고이유는 원심의 위와 같은 판단이 잘못이라는 취지이나, 이는 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택이나 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유가 될 수 없다. 나아가 원심판결 이유를 기록에 비추어 살펴보아도 거기에 상고이유의 주장과 같은 채증법칙위반으로 인한 사실오인의 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 조희대(재판장) 이상훈(주심) 김창석 박상옥

종합소득 과세표준 확정신고기한이 경과한 후 소득처분에 의하여 소득금액에 변동이 발생하여 원천납세의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추가신고한 경우, 원천납세의무자가 추가신고 대상이 된 과세표준과 세액 전부에 대하여 경정청구권을 행사할 수 있는지 여부(적극) / 이때 원천납세의무자가 경정청구권을 행사함에 따라 환급청구권이 발생하는 경우, 원천징수의무자 명의로 납부된 세액에 관한 환급청구권자(=원천징수의무자)

종합소득 과세표준 확정신고기한이 경과한 후에 소득처분에 의하여 소득금액에 변동이 발생하여 소득세법 시행령 제134조 제1항에 따라 과세표준 및 세액을 추가신고·자진납부한 경우 그에 대한 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항 제1호의 경정청구기간은 소득세법 시행령 제134조 제1항에 정한 추가신고·자진납부의 기한 다음 날부터 기산되는 점, 원천납세의무자가 소득세법 시행령 제134조 제1항에 따라 추가신고하는 대상은 소득금액변동통지서를 받은 법인이 원천징수세액을 납부하였는지와 관계없이 소득처분에 의하여 소득금액이 변동됨에 따라 늘어나게 되는 종합소득 과세표준 및 세액 전부인 점, 구 국세기본법 제45조의2 제1항은 경정청구의 요건으로 해당 세액을 납부하였을 것을 요구하지 아니하는데, 소득금액변동통지서를 받은 법인이 그에 따른 소득세를 원천징수하지 아니한 채 이미 납부하였다고 하여 원천납세의무자가 경정청구권을 행사할 수 있는 범위가 자신이 실제로 납부한 세액의 한도로 제한된다고 볼 근거가 없는 점 등을 종합하면, 종합소득 과세표준 확정신고기한이 경과한 후에 소득처분에 의하여 소득금액에 변동이 발생하여 원천납세의무자가 소득세법 시행령 제134조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 추가신고한 경우 원천납세의무자는 그가 실제로 납부한 세액의 한도 내에서가 아니라 추가신고의 대상이 된 과세표준과 세액 전부에 대하여 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구권을 행사할 수 있다.
 다만 원천징수의무자인 법인이 소득금액변동통지서를 받고 그에 따른 소득세를 납부한 경우 법인 명의로 납부된 세액의 환급청구권자는 소득금액변동통지로써 형성되는 과세관청과의 법률관계에 관한 직접 당사자인 원천징수의무자이므로, 원천납세의무자가 소득세법 시행령 제134조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 추가신고한 후에 추가신고의 대상이 된 과세표준과 세액 전부에 대하여 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구권을 행사함에 따라 환급청구권이 발생하는 경우에도 원천납세의무자는 자신 명의로 납부된 세액에 관하여만 환급청구권자가 될 수 있을 뿐이고 원천징수의무자 명의로 납부된 세액에 관하여는 원천징수의무자가 환급청구권자가 된다.