양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2010.09.30 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 
【피고, 피상고인】 서인천세무서장
【원심판결】 서울고법 2008. 12. 18. 선고 2008누21791 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간 경과 후에 제출된 상고이유보충서는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 살펴본다.
 1. 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제55조는 불복이라는 제목으로 제1항, 제3항에서 위 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있고, 위 처분이 국세청장이 조사·결정 또는 처리하거나 하였어야 할 것인 경우를 제외하고는 심사청구 또는 심판청구에 앞서 이의신청을 할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 제66조 제1항, 제4항은 이의신청은 대통령령이 정하는 바에 의하여 불복의 사유를 갖추어 당해 처분을 하거나 하였어야 할 세무서장에게 하거나 당해 세무서장을 거쳐 소관 지방국세청장에게 하여야 하고, 이의신청을 받은 세무서장과 지방국세청장은 이의신청심의위원회의 심의를 거쳐 이를 결정하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제6항은 위와 같은 결정을 함에 있어 심사청구에 대한 결정절차(제64조 제1항 단서, 제2항) 및 결정(제65조)의 규정을 준용하도록 규정하고 있다.
 과세처분에 관한 불복절차과정에서 과세관청이 그 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는, 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 위와 같은 법 규정들의 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없는 것이므로, 과세처분에 관한 이의신청 절차에서 과세관청이 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 과세처분을 직권으로 취소한 이상 그 후 특별한 사유 없이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 1978. 1. 31. 선고 77누266 판결, 대법원 2010. 6. 24. 선고 2007두18161 판결 등 참조).
 2. 원심은 제1심판결을 인용하여, ① 원고의 남편인 소외 1은 1983. 9. 10. 인천 서구 (주소 1 생략) 답 1,460㎡를 취득하였고, 원고는 1999. 4. 18. 소외 1로부터 위 토지를 상속받았는데, 위 토지에 관하여 토지구획정리사업이 시행되어 위 토지가 인천 서구 (주소 2 생략) 837.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)로 환지된 사실, ② 원고는 2003. 1. 30. 이 사건 토지를 소외 2에게 양도한 다음 2003. 2. 19. 양도소득세 예정신고를 하였다가 2003. 4. 17. 이 사건 토지가 8년 이상 자경한 농지임을 이유로 피고에게 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항에 의하여 이 사건 토지에 관한 양도소득세의 감면을 신청한 사실, ③ 이에 피고는 2003. 10. 1. 이 사건 토지는 원고가 소외 1로부터 상속받은 것인데, 소외 1이 1991년경부터 부동산임대업에 종사하였을 뿐 재촌자경(在村自耕)하였다는 사실에 관한 증빙이 부족하다는 이유로 원고의 위 감면신청을 받아들이지 아니하고, 원고에게 2003년 귀속 양도소득세 106,341,950원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 종전 처분’이라 한다)을 한 사실, ④ 원고가 2003. 12. 16. 이에 불복하여 소외 1이 8년 이상 재촌자경한 사실이 있다고 다투며 이의신청을 하자, 피고는 소외 1이 부동산임대업을 영위하였다고 하여 재촌자경하지 않았다고 단정할 수 없고, 1975년경부터 농지소재지 인근에서 25년을 거주하였다는 사실을 근거로 이 사건 토지를 8년 이상 자경한 것으로 인정하여 2004. 1. 12. 이 사건 종전 처분을 직권으로 취소하였고, 이에 원고는 2004. 1. 13. 이의신청을 취하한 사실, ⑤ 그런데 국세심판원은 2004. 11. 16. 종전의 입장을 변경하여, 이 사건 토지가 속해 있는 검단지구는 6개의 지구로 구분되고, 각 개별지구는 100만㎡에 못 미쳐 구 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18207호로 개정되기 전의 것) 제66조 제3항 제1호, 구 조세특례제한법 시행규칙(2003. 3. 24. 재정경제부령 제306호로 개정되기 전의 것) 제27조에서 정한 대규모 개발사업지역에 해당하지 않으므로 개별지구에 속해 있는 토지의 소유자들이 그 토지를 8년 이상 자경하였다고 하더라도 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지나서 양도한 경우 양도소득세 감면대상이 아니라는 내용의 새로운 심판을 한 사실, ⑥ 원고와 같이 위 개별지구에 속해 있는 토지의 소유자들인 소외 3 등이 북인천세무서장을 상대로 하여 제기한 양도소득세부과처분취소소송(인천지방법원 2004구합4233)에서도, "대규모 개발사업지역과 관련된 예외적 감면대상이 되는 농지는 대규모 개발사업지역 안에 소재하여야 하는데 위 6개의 지구는 사업지구별로 별개의 사업시행지역이라 할 것이고, 위 개별지구들은 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모인 100만㎡에 못 미치므로 소외 3 등의 토지는 대규모 개발사업지역 안에 소재하지 않아 양도소득세 감면대상이 되는 농지에 해당하지 않는다"는 이유로 패소판결이 선고되었고, 위 판결은 항소심을 거쳐 2006. 10. 26. 대법원에서 그대로 확정된 사실, ⑦ 그러자 피고는 2007. 10. 4. 이 사건 토지가 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지나 양도되었고 구 조세특례제한법 제69조, 구 조세특례제한법 시행령 제66조에서 규정하고 있는 양도소득세 감면 대상 토지에 해당하지 않는다는 이유로 원고에 대하여 다시 이 사건 종전 처분과 동일한 내용의 이 사건 처분을 한 사실을 인정한 다음, 이 사건 종전 처분은 소외 1의 재촌자경 사실을 인정할 증거가 부족하다는 이유에서 내려진 것이었는데, 이에 대해 원고가 소외 1이 8년 이상 재촌자경한 사실이 있다고 다투며 이의신청을 하자, 피고는 원고의 위 이의사유가 옳다고 인정하여 이 사건 종전 처분을 직권으로 취소하였는바, 그 후 피고가 한 이 사건 처분은 이 사건 토지가 대규모 개발사업지역과 관련한 예외적 감면 대상 농지가 아니라는 이유에서 내려진 것으로서, 원고의 이의신청에 의해 시정된 이 사건 종전 처분의 사유와는 별개의 다른 사유에 기한 처분이므로, 이와 같이 납세자의 불복에 의하여 시정된 종전 과세처분의 사유와 별개의 다른 사유에 기하여 종전과 동일한 내용의 과세처분을 하는 것은 종전 처분 반복 금지의 원칙에 위배되지 않는다는 취지의 이유로, 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.
 3. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 이를 수긍하기 어렵다.
 기록에 의하면, 피고가 제1심에서 진술한 답변서(2008. 4. 24. 자)와 원심에서 진술한 답변서(2008. 9. 19. 자)의 각 기재에 의하더라도, 원고의 이의신청을 검토할 당시 재촌자경 요건과 함께 이 사건 토지가 구 조세특례제한법 시행령 및 시행규칙이 정한 대규모 개발사업지역에 속하는지 여부에 관하여도 검토한 결과 양도소득세 감면 대상 농지에 해당하는 것으로 판단하였기 때문에 이의신청에 대한 결정 없이 직권으로 이 사건 종전 처분을 취소하였다는 것이다(기록 제70-71면, 제131면).
 그렇다면, 원심이 이 사건 처분의 새로운 처분 사유라고 판단한 이 사건 토지가 대규모 개발사업지역에 속하는지 여부에 관한 사항은 이미 이 사건 종전 처분을 직권으로 취소할 당시 판단의 대상이 되었던 사유라 할 것이므로, 앞서 본 법리에 비추어 피고가 이 사건 종전 처분에 관한 이의신청 절차에서 원고의 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 이 사건 종전 처분을 직권으로 취소하였음에도, 특별한 새로운 사유 없이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이하여 한 이 사건 처분은 위법하다고 봄이 상당하다.
 그럼에도 원심은, 이와 달리 이 사건 처분이 적법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심판결에는 과세처분의 직권취소에 있어서의 재처분 제한에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다.
 4. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 관하여 살펴볼 필요 없이 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이홍훈(재판장) 김능환 민일영(주심) 이인복

[1] 과세처분에 관한 이의신청 절차에서 과세관청이 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 과세처분을 직권으로 취소한 후, 특별한 사유 없이 이를 번복하여 종전 처분과 동일한 내용의 처분을 할 수 있는지 여부(소극)
[2] 과세관청이 甲에게 재촌자경(在村自耕) 사실을 인정할 증거가 부족하다는 이유로 양도소득세 감면신청을 받아들이지 않는 채 토지에 대한 양도소득세를 부과하였다가, 甲이 재촌자경한 사실이 있다고 다투며 이의신청을 하자 이의사유를 받아들여 위 처분을 직권으로 취소한 후, 甲의 토지가 대규모 개발사업지역과 관련한 양도소득세의 예외적 감면 대상이 아니라는 이유로 종전과 동일한 내용의 과세처분을 한 사안에서, 위 처분이 적법하다고 본 원심판결에 법리를 오해한 잘못이 있다고 한 사례

[1] 과세처분에 관한 불복절차과정에서 과세관청이 그 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는, 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항, 제3항 등 규정들의 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없는 것이므로, 과세처분에 관한 이의신청절차에서 과세관청이 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 과세처분을 직권으로 취소한 이상 그 후 특별한 사유 없이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이하는 것은 허용되지 않는다.
[2] 과세관청이 甲에게 재촌자경(在村自耕) 사실을 인정할 증거가 부족하다는 이유로 양도소득세 감면신청을 받아들이지 않는 채 토지에 대한 양도소득세를 부과하였다가, 甲이 재촌자경한 사실이 있다고 다투며 이의신청을 하자 이의사유를 받아들여 위 처분을 직권으로 취소한 후, 甲의 토지가 대규모 개발사업지역과 관련한 양도소득세의 예외적 감면 대상이 아니라는 이유로 종전과 동일한 내용의 과세처분을 한 사안에서, 위 토지가 대규모 개발사업지역에 속하는지 여부에 관한 사항은 종전 처분을 직권으로 취소할 당시 판단의 대상이 되었던 사유이므로, 과세관청이 특별한 사유 없이 종전 처분을 직권으로 취소한 것을 번복하고 다시 종전과 동일한 내용으로 한 위 과세처분은 위법함에도 위 처분이 적법하다고 본 원심판결에 과세처분의 직권취소 후 재처분 제한에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다고 한 사례.