증여세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2013.12.06 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 강남세무서장
【변론종결】2013. 11. 8.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다. 
 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】 피고가 원고에게 한, ① 2010. 8. 4.자 별지 목록 기재 증여세, ② 2013. 10. 10.자 별지 목록 기재 가산세의 각 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 유상증자 등
 (1) 코스닥 상장법인인 주식회사 유아이에너지(이하 ‘유아이’라 한다)는 2007. 4. 17. 이사회를 개최하여 “기명식 보통주 10,000,000주(액면가: 500원)를 주주 배정방식으로 유상증자한다.”는 유상증자 결의를 하였다(이하 ‘1차 유상증자’라 한다). 유아이는 2007. 5. 28. ‘유가증권 발행 및 공시 등에 관한 규정’(2005. 4. 27. 금융감독위원회 공고 제2005-18호로 개정된 것, 이하 ‘유가증권발행규정’이라 한다) 제57조 제2항 제1호에 따라 산출한 가액에 할인율 10%를 적용하여 1주당 발행가액을 4,440원으로 확정하였다. 
 원고는 2007. 6. 4. 유아이의 이사회 결의에 따라 실권주 745,267주와 단주 2,462주 합계 747,729주를 주당 4,440원에 인수하였다. 
 (2) 유아이는 2007. 6. 5. 이사회를 개최하여 “원고에게 제3자 배정 방식의 유상증자를 실시한다.”는 결의를 하였고, 2007. 6. 28. 아래와 같은 ‘제3자 배정 유상증자 대상자 일부 변경의 건’을 결의하였다(이하 ‘2차 유상증자’라 하고, 1, 2차 유상증자를 통틀어 ‘이 사건 유상증자’라 한다). 
○ 신주의 종류와 수 및 1주의 금액: 기명식 보통주식 2,330,000주, 500원○ 신주의 발행방법: 제3자 배정방식(전량 증권예탁원에 1년간 보호예수)○ 신주의 발행가액: 6,440원(할인율 10%로 하여 ‘유가증권발행규정’에 의하여 산출되는 가액으로 하되, 그 가액이 액면가 이하일 경우에는 액면가로 한다)○ 신주의 배정자 및 주식수: 유아이 대표이사 원고 1,870,000주, 유아이 460,000주
 원고는 2차 유상증자로 소유주식수의 비율을 초과하여 1,818,139주를 배정받게 되었다. 
 나. 처분 등
 (1) 서울지방국세청장은 2010. 3. 8.부터 2010. 7. 3.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하고, 피고에게 “‘상속세 및 증여세법’(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제39조 제1항 제1호 가목, 다목, 제63조 제1항 1호, 동 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23591호로 개정되기 전의 것) 제29조 제3항 제1호, 제52조의2에 따라 아래와 같이 증자 전후의 1주당 평가가액을 산정한 후, ”원고가 기존 주주들로부터 시가와 발행가액의 차액인 4,042,907,277원[① 1차 유상증자: 2,206,675,232원{= 1주당 2,951원(= 7,391.16978451원 - 4,440원) × 747,729주}, ② 2차 유상증자: 1,836,232,045원{= 1주당 2,951원(= 7,449.9515277원 - 6,440원) × 1,818,139주(초과배정된 주식)}]을 증여받았다.”고 과세자료를 통보하였다. 
〈증자 전후의 1주당 평가가액〉구분1차 유상증자2차 유상증자증자 전 1주당 평가액(주식대금 납입일 전 2월이 되는 날부터 주식대금 납입일 전날까지의 평균종가)8,642원7,520원‘[(증자 전의 1주당 평가가액 × 증자 전의 발행주식총수) + (신주 1주당 인수가액 × 증자에 의하여 증가한 주식 수)] ÷ (증자 전의 발행주식총수 + 증자에 의하여 증가한 주식 수)’의 산식으로 계산한 1주당 가액과 증자 후 1주당 평가가액 중 적은 금액7,391.16978451원7,449.9515277원
 (2) 이에 피고는 2010. 8. 4. 원고에게 증여세(가산세 포함) 합계 1,772,733,200원을 부과·고지하였다.
 (3) 이에 불복하여 원고는 2010. 10. 6. 심판청구를 제기하였으나, 2011. 11. 14. 조세심판원으로부터 기각 결정을 받았다. 
 (4) 피고는 이 사건 소 제기 이후 증여세 가산세의 부과처분을 직권취소하고, 2013. 10. 10. 원고에게 가산세의 종류, 세율 및 세액 등을 명시하여 별지 목록 기재와 같이 가산세를 재부과 고지하였다(별지 목록 기재 증여세와 가산세의 각 부과처분을 이 사건 처분이라 한다). 
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 6호증, 을 제1, 2, 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 상증세법 제60조에 정한 시가 해당성
 ① 증권거래법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제192조 제1항, 제2항, 제193조, 동 시행령(2008. 1. 18. 대통령령 제20551호로 개정되기 전의 것) 제9조의3 제2호 내지 제6호, 제84조의25 제1항, 제84조의26에 의하면 금융감독위원회는 유상증자의 요건에 관한 사항 등에 관하여 재무관리기준을 정하였는데, 여기에 유상증자에 따른 신주 발행가액에 관한 사항이 포함되어 있고, 재무관리기준은 강행규정인 점, ② 유가증권발행규정 제57조 제2항은 “주권상장법인 등이 시가발행에 의하여 유상증자를 하는 경우 그 발행가액은 ‘이론권리락주가’{(기준주가 + 발행가액 × 유상증자비율) ÷ (1 + 증자비율)} 또는 ‘기준주가’에 주권상장법인 등이 정하는 할인율(일반공모방식은 100분의 30 이내, 제3자 배정 증자방식은 100분의 10 이내)을 적용하여 산정한다.”고 규정하고 있고, 이에 따라 산정된 발행가액은 유상증자시 선택할 수 있는 유일한 공정가액인 점, ③ 이사회 결의로 유상증자를 결정할 무렵 상증세법상 증여세가 과세되지 않기 위한 발행가액인 ‘증자 전의 1주당 평가가액’을 예측할 수 없음에도, 그 발행가액이 사후적으로 평가된 ‘증자 전의 1주당 평가가액’과 다르다는 이유로 증여세를 과세하는 것은 납세자의 예측가능성에 반하는 점 등을 고려할 때, 유가증권발행규정에 따라 산정된 신주 발행가액은 상증세법 제60조에 정한 시가에 해당하고, 이와 달리 동 시행령 제29조 제3항 제1호에 따라 계산한 유상증자 이익을 토대로 과세한 이 사건 처분은 위법하다. 
 (2) 미실현이익에 대한 과세
 2차 유상증자로 취득한 주식은 보호예수기간 적용을 받아 1년간 처분 제한을 받았으므로, 이 사건 처분은 미실현이익에 대한 과세로 위법하다. 
 (3) 증여세 비과세 요건인 ‘정당한 사유’의 존재
 ① 상증세법 제35조 제2항, 제42조 제3항은 “거래의 관행상 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우에는 증여세를 과세하지 아니한다.”고 규정하는 점, ② 대법원도 명문의 규정이 없더라도 정당한 사유를 이유로 한 비과세를 인정하는 점, ③ 강행규정인 증권거래법령과 유가증권발행규정에 따라 산정된 발행가액을 토대로 이 사건 유상증자가 실시된 점 등을 고려할 때, 증여세 비과세 요건인 ‘정당한 사유’가 존재하므로, 이 사건 처분은 위법하다. 
 (4) 유가증권의 모집방법에 의한 주식 배정
 ① 1차 유상증자는 증권거래법에 따른 유가증권 모집방법으로 실시되었고, 1차 유상증자와 함께 실권주가 원고에게 배정된 점, ② 실권주는 50인 미만에게 청약의 권유를 하였으나, 예탁일부터 1년간 인출하거나 매각하지 않기로 하는 내용의 예탁계약이 체결되지 아니하였으므로, 발행일부터 1년 이내에 50인 이상의 자에게 양도될 수 있었던 점 등을 고려할 때, 실권주의 배정은 증권거래법 제2조 제3항에서 정한 유가증권의 모집(간주모집)에 해당하므로, 상증세법 제39조 제1항 제1호에 따라 증여세를 과세할 수 없다. 
 (5) 비과세관행의 존재
 ① 상장법인이 제3자 배정방식으로 유상증자를 하는 경우 증권거래법령에 따라 산정한 신주 발행가액과 상증세법 시행령 제29조 제3항 제1호에 따라 산정한 가액 사이에 차이가 발생하여 증여세 과세요건이 성립하는데, 증여세를 부과하지 않는 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속된 점, ② 상장법인이 제3자 배정방식으로 유상증자를 실시하는 경우 증여이익을 산정하는 데 필요한 유상증자의 신주 발행가액, 주금납입일, 증자주식수 등이 공시되므로, 과세관청은 이러한 자료들을 기초로 증여세 과세대상을 쉽게 파악할 수 있는 점 등을 고려할 때, 유가증권발행규정에 따른 유상증자에 관한 증여세의 비과세 관행이 존재하므로, 이 사건 처분은 위법하다. 
 (6) 상증세법 제39조 제2항의 위헌성
상증세법 제39조 제2항은 과세 편의를 위하여 유상증자에 따른 증여이익의 계산에 관하여 “소액주주가 2인 이상인 경우에는 소액주주 1인이 포기하거나 미달되게 배정받은 것으로 보아 이익을 계산한다.”고 규정하고 있는데, 납세자는 이러한 규정에 따른 과세로 증여자별로 실제 증여이익을 개별적으로 산정하는 경우보다 더 많은 증여세를 부담하여야 하고, 증여이익의 합계액을 소액주주의 수로 나눈 금액을 각 증여하는 것으로 보아 증여세를 과세하는 방법 등 납세자의 피해를 최소화하는 방법을 선택하지 아니하였다(최소침해성원칙 위반). 따라서 상증세법 제39조 제2항은 위헌이고, 이에 기초한 이 사건 처분은 무효이다. 
 (7) 가산세를 부과할 수 없는 ‘정당한 사유’의 존재
 증여세를 과세할 수 있다 하더라도, ① 신주 발행가액은 강행규정인 증권거래법령과 유가증권발행규정에 따라 적법하게 산정된 점, ② 유가증권발행규정에 따라 발행가액을 정하여 제3자 배정방식의 유상증자를 실시한 경우 증여세가 거의 과세되지 아니한 점, ③ 이러한 상황에서 원고가 상증세법 시행령 제29조 제3항에 따라 증여이익을 계산하여 증여세를 납부할 것을 기대하기는 어려운 점 등을 고려할 때, 증여세신고의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부과처분은 위법하다. 
 나. 관계법령
별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 인정사실 
 (1) 원고의 2010. 4. 5. 서울지방국세청 세무조사 과정에서 진술 
○ 1차 유상증자는 주주 배정방식이었으므로 1차적으로 주주를 대상으로 공모하였고, 그 중 실권된 주식 747,729주를 이사회 결의를 통하여 본인이 배정받았다.○ 실권주를 본인에게 배정하기 전에 기존주주 및 기타 제3자 등에게 청약의 권유를 한 사실이 있다. 유아이의 기존 우호적인 대주주들을 대상으로 청약을 권유하였으나 사양하였다. 그리고 당해 1차 유상증자는 주주들에게만 배정하기로 되어 있어 기타 제3자 등에게는 청약의 권유를 할 수 없었다.○ 소외 1, 소외 2 등 10여 명에게 청약을 권유하였다. 실권주가 발생한 사실을 알리며, 추가로 청약할 의사가 있는지 구두로 문의하였다.○ 인수한 실권주 747,729주는 보호예수의무가 없는 주식이었다.○ 1년간 보호예수의무가 있는 제3자 배정 방식의 유상증자는 금감원의 허가사항이 아닌 신고사항 이었으므로, 2차 유상증자 당시 청약의 권유를 하지 않았다.
 (2) 보호예수계약의 체결
 (가) 원고는 한국예탁결제원과 실권주에 관한 예탁계약을 체결하지 아니하였다. 
 (나) 유아이는 2007. 7. 18. 한국예탁결제원과 “예탁일부터 1년간 2차 유상증자로 배정받은 1,870,000주를 인출하거나 매각하지 않는다.”는 내용의 예탁계약을 체결하였다. 
【인정근거】다툼 없는 사실, 을 제3호증의 기재, 이 법원의 한국예탁결제원에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 (1) 상증세법 제60조에 정한 시가 해당성에 관하여 
 (가) 상증세법 제39조 제1항 제1호 가목, 다목은 법인이 자본을 증가시키기 위하여 새로운 주식을 발행함에 있어 신주를 시가보다 낮은 가액으로 발행하는 경우에는 당해 법인으로부터 신주를 배정받음으로써 얻는 이익에 상당하는 금액을 증여받은 것으로 보도록 하면서, 제3항은 제1항의 규정에 의한 이익의 계산방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 이에 따라 제정된 동 시행령 제29조 제3항 제1호는 신주를 인수한 자가 받은 이익을 ① ‘[(증자 전의 1주당 평가가액 × 증자 전의 발행주식 총수) + (신주 1주당 인수가액 × 증자에 의하여 증가한 주식수)] ÷ (증자 전의 발행주식 총수 + 증자에 의하여 증가한 주식수)’의 산식에 의하여 계산한 1주당 가액과 증자 후 1주당 평가가액 중 적은 금액에서 ② 신주 1주당 인수가액을 차감한 가액에 ③ 배정받은 실권주수 또는 신주수(균등한 조건에 의하여 배정받을 신주수를 초과하여 배정받은 자의 경우에는 그 초과 부분의 신주수)를 곱하여 계산하도록 규정하고 있고, 제4항은 주금납입을 기준으로 이익계산을 하도록 규정하고 있다. 
또한 상증세법 제60조 제1항은 상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 ‘평가기준일’이라 한다) 현재의 시가에 의하되, 제63조 제1항 제1호 가목, 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액은 이를 시가로 본다고 규정하고 있고, 제63조 제1항 제1호 가목, 나목은 대통령령이 정하는 협회등록법인의 주식의 평가방법은 한국증권거래소에서 거래되는 주식의 평가방법을 준용하여 평가기준일 이전·이후 각 2개월간에 공표된 매일의 증권업협회 기준가액의 평균액으로 하되, 다만 평균액 계산에 있어서 평가기준일 이전·이후 각 2월의 기간 중에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2월의 기간 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액에 의하도록 규정하고 있다. 이에 따라 제정된 동 시행령 제52조의2 제1호는 평가기준일 이전에 증자·합병 등의 사유가 발생한 경우에는 동 사유가 발생한 날의 다음날부터 평가기준일 이후 2월이 되는 날까지의 기간의 평균액으로, 제2호는 평가기준일 이후에 증자·합병 등의 사유가 발생한 경우에는 평가기준일 이전 2월이 되는 날부터 동 사유가 발생한 날의 전일까지의 기간의 평균액으로 하도록 규정하고 있다.
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, ‘증자 전의 1주당 평가가액’은 ‘주식대금 납입일 전 2월이 되는 날부터 주식대금 납입일 전날까지의 평균종가’로 산정되는데, 유상증자를 위한 이사회 결의 당시에는 ‘증자 전의 1주당 평가가액’을 알 수 없고, 증자에 관한 이사회결의일 또는 공시일 이후 주가가 급등하는 경우 신주를 배정받은 자가 이사회 결의 당시에는 예상하지 못하였던 증여세를 부담하여야 하는 점이 발생할 수도 있다. 그리고 유가증권발행규정 제57조는 유상증자를 위한 이사회결의의 전일을 기산일로 하여 기준주가를 산정하도록 규정하고 있다. 
 그러나 ① 상증세법 제39조, 동 시행령 제29조의 입법취지는 유상증자에 있어 제60조, 제63조에 따라 평가한 시가보다 낮은 가액으로 신주를 발행하는 경우 주식납입금액과 시가와의 차액 상당이 증여되는 것으로 보아 이를 과세하고자 하는 것이므로, 주식의 저가 발행 여부를 판단할 때에도 주식납입금액이 기준이 되어야 하는 점, ② 따라서 상증세법 제60조 제1항, 동 시행령 제29조 제4항이 증여일 현재의 시가에 의하여 증여세가 부과되는 재산의 가액을 정하고, 주금납입일을 기준으로 증여이익을 계산하도록 규정하고 있는 것은 단지 증여이익만을 계산하기 위한 규정이라고 볼 수 없는 점, ③ 신주인수인은 주금납입일에 대금을 납입함으로써 비로소 주식을 취득하고, 납입하지 않을 경우 이를 상실하므로, 이사회의 신주발행 결의만으로 증여이익이 실현되었다고 볼 수 없는 점, ④ 유가증권발행규정은 신주의 발행조건 및 청약권유절차의 공정성과 투명성을 확보하기 위하여 신주발행의 기준 등에 대한 일정한 제한을 둔 것에 불과하여 상증세법, 동 시행령의 증여이익 산정규정과는 목적을 달리하는 점, ⑤ 만일 유가증권발행규정과 같이 이사회 결의일을 저가 발행 평가기준일로 본다면, 이사회 결의일을 기준으로 주식의 가액을 산정하여 주식의 저가 발행 여부를 판단한 뒤, 저가 발행으로 판단된 경우 다시 주금납입일을 기준으로 주식의 가액을 산정하여 증여이익을 계산하게 되는바, 이렇게 저가 발행에 관한 주식의 가액 산정방식과 증여이익에 관한 주식의 가액 산정방식을 달리할 합리적인 근거가 없는 점, ⑥ 증자를 위한 이사회결의 당시에는 시가발행을 결정하더라도 그 이후의 주가 변동으로 인하여 신주인수인인 제3자가 이익을 얻을 경우 그 이익에 관하여 과세하는 것이 상속세법 제39조 제1항 제1호의 입법 취지에도 부합하고, 그와 반대로 증자를 위한 이사회결의 당시에는 저가발행을 결정하였더라도 그 이후의 주가 변동으로 인하여 신주인수인인 제3자가 얻는 이익이 없을 경우 과세하지 않는 것이 실질과세의 원칙에도 부합하는 점, ⑦ 이사회결의일을 시준으로 주가를 산정할 경우 이사회결의일 이후 주가를 상승시킬만한 정보들을 공개하여 주가를 상승시킴으로써 부당하게 이익을 취하더라도 과세할 수 없게 되는 문제점이 생기게 되는 점 등을 고려할 때, 유가증권발행규정 제57조 제2항에 의하여 산정한 신주 발행가액은 상증세법 제60조에 정한 시가에 해당하지 아니하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 (2) 미실현이익에 대한 과세에 관하여 
 ① 상증세법 시행령 제29조 제4항은 증여이익 산정의 기준일을 주식대금 납입일(주식대금 납입일 이전에 실권주를 배정받은 자가 신주인수권증서를 교부받은 경우에는 그 교부일을 말한다)로 명시하고 있고, 달리 예외 규정을 두지 않은 점, ② 이 사건 유상증자로 인한 증여이익은 신주를 저가 발행하여 발생하는 자본이득이라고 할 것이므로, 신주 발행 시점에 이미 실현되었다고 볼 것이지, 그 대가로 취득한 주식을 처분할 때에 실현되었다고 볼 것은 아닌 점, ③ 보호예수는 주식가치 하락으로 인한 소수주주 보호 등에 그 목적이 있고, 만약 보호예수기간 경과일을 평가기준일로 한다면 증여재산가액이 당사자의 의사에 따라 변동될 우려가 있는 점 등을 고려할 때, 주식대금 납입일을 기준으로 증여이익을 산정하여 증여세를 부과한 이 사건 처분은 미실현이익에 대한 과세라고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (3) 증여세 비과세 요건인 ‘정당한 사유’의 존재에 관하여 
 ① 상증세법 제35조 제2항, 제42조 제3항은 “거래의 관행상 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우에는 증여세를 과세하지 아니한다.”고 규정하고 있으나, 이 사건 처분의 근거규정인 상증세법 제39조는 이러한 규정을 두고 있지 아니한 점, ② 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항은 “정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.”고 규정하고 있을 뿐인 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점 등을 고려할 때, 증여세 비과세 요건인 ‘정당한 사유’가 존재하지 아니하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 (4) 유가증권의 모집방법에 의한 주식 배정에 관하여 
 (가) 상증세법 제39조 제1항 제1호 가목은 “증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인이 동법 제2조 제3항의 규정에 의한 유가증권의 모집방법으로 배정하는 경우에는 당해 법인의 주주가 실권주를 배정받아 얻은 이익에 관하여 증여세를 부과하지 아니한다.”고 규정하고 있다. 증권거래법 제2조 제3항은 “유가증권의 모집이라 함은 대통령령이 정하는 바에 따라 신규로 발행되는 유가증권의 취득의 청약을 권유함을 말한다.”고 규정하고 있으며, 동 시행령 제2조의4 제1항은 “법 제2조 제3항의 규정에 의한 유가증권의 모집을 함에 있어서는 신규로 발행되는 유가증권의 취득의 청약을 권유받는 자의 수가 50인 이상이어야 한다.”, 제5항은 “제3항에서 청약의 권유라 함은 권유받는 자에게 유가증권을 취득하도록 하기 위하여 신문·방송·잡지 등을 통한 광고, 안내문·홍보전단 등 인쇄물의 배포, 투자설명회의 개최, 전자통신 등의 방법으로 유가증권을 발행 또는 매도한다는 사실을 알리거나 취득의 절차를 안내하는 활동을 말한다.”고 규정하고 있다. 그런데 증권거래법 시행령 제2조의4 제4항은 “제3항의 규정에 의하여 산정한 결과 청약의 권유를 받는 자의 수가 50인 미만으로서 유가증권의 모집에 해당되지 아니할 경우에도 당해 유가증권이 발행일로부터 1년 이내에 50인 이상의 자에게 양도될 수 있는 경우로서 금융감독위원회가 정하는 전매기준에 해당하는 때에는 유가증권의 모집으로 본다.”고 규정하고 있다. 그리고 유가증권발행규정 제12조 제1항 제1호는 “주권 또는 신주인수권증서, 그와 동일한 종류의 주권 또는 신주인수권증서가 유가증권시장, 코스닥시장에 상장, 모집 또는 매출된 사실이 있는 경우에 증권거래법 시행령 제2조의4 제4항의 규정에 의하여 당해 유가증권이 그 발행일부터 1년 이내에 50인 이상의 자에게 양도될 수 있는 것으로 본다. 다만, 유가증권을 발행한 후 지체없이 증권예탁결제원에 예탁하고 그 예탁일부터 1년간 당해 유가증권을 인출하거나 매각하지 않기로 하는 내용의 예탁계약을 증권예탁원과 체결한 후 그 예탁계약을 이행하는 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정하고 있다. 
 한편 상증세법 제39조 제1항 제1호 가목 소정의 저가발행으로 인한 이득을 증여재산가액에 포함시키지 않는 예외사유인 ‘유가증권의 모집방법에 의한 배정’에 해당되기 위하여는 증권거래법 시행령 제2조의4 제5항의 규정에 따른 청약의 권유절차, 즉 신문·방송·잡지 등을 통한 광고, 안내문·홍보전단 등 인쇄물의 배포, 투자설명회의 개최, 전자통신 등의 방법에 국한되는 것은 아니나, 적어도 이에 준하거나 이와 유사한 방법으로 유가증권을 발행 또는 매도한다는 사실을 알리거나 취득의 절차를 안내하는 활동이 있어야만 할 것이다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2003도7554 판결 참조). 
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 실권주에 관하여는 예탁일부터 일정 기간 인출하거나 매각하기 아니하기로 하는 예탁계약이 체결되지 아니한 사실이 인정된다. 그러나 다음과 같은 사정에 비추어 증권거래법 제2조 제3항에 의한 유가증권의 모집방법으로 실권주를 배정받았다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 ① 입법취지: 주권상장법인 또는 협회등록법인이 증권거래법 등 관계법령에 따라 공모절차에 의하여 신주를 발행하는 경우에는 할인발행을 하더라도 불특정 다수인 간에 한국증권거래소 또는 협회중개시장 내에서 공정한 경쟁매매과정을 거쳐 다시 적정한 가액이 결정되고, 일반인 및 제3자의 투자보호를 위하여 정당한 방법으로 공시, 홍보 등을 취하게 되며, 일정한 한도 내에서의 할인발행은 증권거래법 등 관계법령이 상장법인 또는 협회등록법인의 자금조달을 용이하게 하기 위하여 허용되는 점 등을 고려할 때, 주권상장법인 또는 협회등록법인이 증권거래법 등 관계법령에 따라 공모절차에 의하여 신주를 발행하는 경우는 증여세의 과세대상에서 제외하려는 취지라고 봄이 상당하다. 
 ② 간주모집의 도입배경: 증권거래법 시행령 제2조의4 제4항의 간주모집 규정은 과거에 발행인이 50인 미만의 소수인을 상대로 1차로 신주를 발행한 다음 이를 다시 50인 이상에게 2차적으로 전매하는 경우 등은 공모의 개념에 포함되지 않아 투자자보호를 위한 발행공시 규제를 회피하는 것을 방지하기 위하여 1998. 2. 24. 일부 개정 당시 새롭게 도입된 제도이므로, 상증세법 제39조 제1항 제1호 가목 소정의 저가발행으로 인한 이득을 증여재산가액에 포함시키지 않는 예외사유인 ‘유가증권의 모집방법에 의한 배정’에는 투자자보호 목적으로 발행공시규제를 회피하는 것을 방지하기 위한 간주모집에 의한 배정은 포함되지 않고, 증권거래법 시행령 제2조의4 제1항에서 정한 신규로 발행되는 유가증권 취득의 청약을 권유받은 자의 수가 50인 이상인 일반적인 공모의 경우만을 가리키는 것으로 제한적으로 해석하는 것이 상증세법 제39조 제1항 제1호 가목의 취지에 부합한다.
 ③ 청약의 권유: 원고는 “유아이가 기존주주인 소외 1, 소외 2 등 10여 명에게 실권주의 청약을 권유하였다.”고 진술하고 있고, 달리 50인 이상에게 실권주 취득의 청약을 권유한 사실을 인정할 증거가 없으므로, 유아이는 증권거래법 시행령 제2조의4 제5항에서 정한 ‘청약의 권유’ 절차를 거쳤다고 할 수 없다. 
 (5) 비과세관행의 존재에 관하여
 (가) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 국세기본법 제15조, 제18조 제3항의 규정이 정하는 신의칙 내지 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요한다고 해석되며, 제18조 제3항 규정에서의 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다(대법원 2010. 4. 15. 선고 2007두19294 판결 참조). 
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 갑 제7, 8, 9호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 과세관청이 제3자 배정방식에 의한 유상증자에 관하여 1주당 평가가액과 1주당 인수가액의 차액 상당액의 이익에 대해 상당한 기간에 걸쳐 증여세를 과세하지 아니하였다는 사실을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다. 
 (6) 상증세법 제39조 제2항의 위헌성에 관하여 
 (가) 조세 관련 법률이 헌법 제38조 및 제59조에서 선언하고 있는 조세법률주의의 원칙에 따라 과세요건을 명확히 규정하고 있다 하더라도, 그 법률의 목적이나 내용이 기본권 보장의 헌법이념과 이를 뒷받침하는 과잉금지의 원칙 등 헌법상의 제반 원칙에도 합치되어야 하므로(헌법재판소 1997. 6. 26. 선고 94헌바38, 헌법재판소 1993. 2. 25. 선고 90헌가69 결정 참조), 조세 관련 법률이 과잉금지원칙 등에 어긋나 국민의 재산권을 침해하는 때에는 헌법 제38조에 의한 국민의 납세의무에도 불구하고 헌법상 허용되지 아니한다.
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, ① 필요성: 소액주주들이 신주 인수를 포기하는 경우 실무상 증여자별로 증여가액을 계산하는 것이 어려울 뿐만 아니라, 소액주주별로 증여가액을 계산할 경우 과세최저한에 미달되어 증여세를 과세하지 못하는 문제가 있는 점, ② 합리적 제한: 상증세법 제39조 제2항, 제3항에 따라 제정된 동 시행령 제29조 제2항은 소액주주를 “당해 법인의 발행주식총수 등의 100분의 1미만을 소유하는 경우로서 주식 등의 액면가액의 합계액이 3억 원 미만인 주주”로 한정하고 있으므로, 그 적용범위로 최소화한 점, ③ 하자의 중대·명백성 : 일반적으로 법령이 헌법에 위반된다는 사정은 헌법재판소에 의한 위헌결정이 있기 전에는 객관적으로 명백한 것이라고 할 수는 없는 점 등을 고려할 때, 상증세법 제39조 제2항이 위헌이라거나, 이에 기초한 이 사건 처분이 무효라고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (7) 가산세를 부과할 수 없는 ‘정당한 사유’에 관하여 
 (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 참조). 
 (나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 제3자 배정방식 유상증자의 경우에도 주금납입일을 기준으로 저가 발행 여부를 판단하는 것이 타당하고, 이에 관한 규정(상증세법 시행령 제29조 제4항)이 2002. 1. 30.부터 있었던 점, 유가증권발행규정 제57조 제2항 제3호는 신주 발행조건 및 청약권유절차의 공정성과 투명성을 확보하기 위하여 신주발행의 기준 등에 대한 일정한 제한을 둔 것에 불과하여 상증세법 및 동 시행령의 증여이익 산정 규정과는 그 목적을 달리하므로, 위 규정에 따라 정한 신주 발행가액을 상증세법의 시가로 볼 수 없는 점 등을 고려할 때, 원고가 법률의 부지로 증여세를 신고·납부하지 못한 것이고, 원고 주장과 같은 사정만으로 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. 
3. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 문준필(재판장) 장승혁 손화정