부가가치세경정결정거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2007.08.16 / 시행일:

【원 고】 원고 주식회사 (소송대리인 변호사 최병학) 
【피 고】 강남세무서장
【변론종결】2007. 6. 21.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2006. 1. 13. 원고에 대하여 한 2004년 1기분 부가가치세 18,000,000원의 감액경정거부처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 서울 강남구 논현동 (지번 생략)에서 광고 및 마케팅 대행업 등을 영위하는 회사로서 소외 1 주식회사와 2003. 11. 20. ‘(브랜드 생략) 상품권 이벤트 행사에 관한 업무 대행 계약’, 2003. 12. 1. ‘(브랜드 생략)스쿨 Gift Card KT DM광고 대행 계약’을 각 체결하고, 2004년 1기 과세기간 중 아래 내역 기재와 같이 소외 1 주식회사에게 공급가액 합계 410,000,000원의 매출세금계산서 2장(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)을 교부한 후 이를 부가가치세 과세표준에 산입하여 부가가치세를 신고하고, 부가가치세액 40,530,000원 중 2004. 8. 9. 18,000,000원, 2005. 12. 8. 1,002,300원 등 합계 19,002,300원을 납부하였다.
내 역 (단위 : 천원)
발행일자공급받는 자공급가액세액상호대표자사업자등록번호사업장주소2004. 1. 2.소외 1 주식회사소외 2생략서울 영등포구 당산동 3가 388 성화빌딩 3층 220,000 22,0002004. 2. 22. 190,000 19,000합계 410,000 41,000
 나. 그런데 피고가 원고에 대하여 부실 세금계산서 수수혐의 등을 사유로 하여 실시한 세무조사에서 ① 소외 1 주식회사가 2004. 1. 2. 15:37 하나은행 목동역지점에서 원고의 하나은행 대금수취계좌로 242,000,000원을 송금하자, 원고는 같은 날 15:53 하나은행 당산동지점에서 이를 모두 출금하여 그 중 42,000,000원은 1,000,000원권 수표 40장, 100,000원권 수표 20장으로 소외 1 주식회사에 지급하고, 나머지 200,000,000원은 소외 1 주식회사 대표자인 현명호의 신한은행계좌로 입금하였으며, ② 소외 1 주식회사가 2004. 2. 3. 15:17 하나은행 목동역지점에서 원고의 하나은행 대금수취계좌로 209,000,000원을 송금하자, 원고는 같은 날 15:56 이를 모두 출금하여 그 중 14,000,000원은 1,000,000원권 수표 14장으로 소외 1 주식회사에 지급하고, 나머지 195,000,000원은 위 현명호의 신한은행계좌로 입금한 것이 이 사건 세금계산서 관련 금융거래계좌 등의 조회내역에서 확인되었다.
 다. 이에 피고는 2005. 10. 14. 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 교부한 가공 매출세금계산서로 보아 원고를 주소지 관할 서초경찰서에 자료상으로 고발하고, 2005. 11. 16. 그 매출액을 부인하여 2004년 1기 부가가치세를 경정결의하였으나, 원고에게 납부세액을 환급하지 아니하였다.
 라. (1) 원고는 2005. 11. 14. 피고에게 부가가치세 과세표준 및 세액을 영(0)으로 하여 부가가치세 40,530,000원에서 당시 납부세액 18,000,000원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
 (2) 그러나 피고는 자료상 행위자가 가공 세금계산서에 의하여 신고·납부한 부가가치세는 환급해 줄 수 없다는 이유로 2006. 1. 13. 이미 납부한 19,002,300원에 대하여는 환급을 하지 아니하기로 하여 원고의 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
 마. 원고가 이에 불복하여 이의신청절차를 거쳐 2006. 5. 23. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2006. 11. 23. 원고의 심판청구를 기각하였다.
 바. 한편, 이 사건 세금계산서를 교부받은 소외 1 주식회사는 이 사건 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받았다가, 강남세무서에서 자료상 혐의 조사를 받고 2005. 10. 13. 당해 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 과세표준수정신고서를 작성한 후 그 무렵 수정신고를 하였으나, 당초 공제받은 부가가치세 매입세액은 납부하지 아니하였다. 이에 영등포세무서장은 무납부고지를 하였고, 소외 1 주식회사는 현재까지 체납상태에 있다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 2-각 1, 2, 갑3, 4, 갑5-1, 2, 갑6, 갑7-1, 2, 갑8～10, 갑11-1～3, 갑12～15, 을1, 을4-1, 2, 을5-1～3, 을6-1～8, 을7-1～7, 을8, 변론 전체의 취지
 2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고가 납부한 부가가치세 18,000,000원은 부가가치세법상 과세물건인 재화 또는 용역의 공급 없이 단순히 세금계산서만 교부한 것으로서 과세물건이 존재하지 아니하여 실질과세의 원칙상 조세채권이 확정될 수 없는 것이므로 이 사건 처분은 취소되어야 한다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판 단
 (1) 국세기본법 제15조 전문은 "납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다."고 규정하고 있는바, 따라서 조세소송에 있어서 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세실체법과 관련하여 신의성실의 원칙은 합법성의 원칙을 희생해서라도 납세자가 한 신고 등을 신뢰한 과세관청을 보호할 필요성이 인정되는 경우에는 납세자에 대하여도 적용된다고 할 것이다.
 (2) 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 이 사건 세금계산서를 허위로 발행하고(원고는 소외 1 주식회사와 정상적으로 계약을 체결하고 선급금으로 위 돈을 지급받고 이 사건 세금계산서를 발행하였으나 소외 1 주식회사가 회사 내부결정 과정에서 문제가 있었다면서 위 돈을 회수해가고 계약이행을 보류시킨 것이라고 주장하나, 위 인정 사실에 의하면 원고가 이 사건 세금계산서를 허위로 발행한 것이 명백하다) 실제 거래에 의한 것이라 하여 이에 대한 부가가치세를 신고·납부하였고, 피고는 이에 따라 원고가 이 사건 세금계산서를 실제 거래에 의한 것이라 하여 부가가치세를 신고·납부한 것을 진정한 것이라고 믿고서 이 사건 세금계산서를 교부받은 거래상대방인 소외 1 주식회사의 부가가치세 매입세액 공제를 인정하였으며, 그 후 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서로 밝혀졌음에도 소외 1 주식회사는 당초 이 사건 세금계산서와 관련하여 공제받은 매입세액을 납부하지 아니함으로써 국고에 손실이 발생하였는바, 사정이 이와 같다면 원고가 발행한 이 사건 세금계산서를 실제 거래에 의한 것이라 하여 부가가치세를 신고·납부한 것을 진정한 것이라고 믿고서 거래상대방에게 매입세액을 공제하여 준 피고의 신뢰는 합법성의 원칙을 희생시켜서라도 보호받아야 할 필요성이 인정된다고 할 것이므로 신의성실의 원칙상 원고의 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다.
 3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[[별 지] 관계 법령 : 생략]

판사 정종관(재판장) 권창영 홍성욱

허위의 세금계산서로 부가가치세를 신고·납부한 것을 진정한 것이라고 믿고서 거래상대방에게 매입세액을 공제하여 주었고, 그 후 위 세금계산서가 허위로 밝혀졌음에도 거래상대방이 이와 관련하여 공제받은 매입세액을 납부하지 않고 있는 경우, 과세관청의 신뢰는 합법성의 원칙을 희생시켜서라도 보호받아야 할 필요성이 인정되므로, 가공의 세금계산서에 의하여 신고·납부한 부가가치세액을 환급하여 달라는 납세의무자의 청구에 대한 거부처분이 신의성실의 원칙상 적법하다고 한 사례.