양도소득세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2025.08.14 / 시행일:

【원고, 항소인】 원고 (소송대리인 변호사 정승민)
【피고, 피항소인】 종로세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2024. 9. 25. 선고 2023구단69186 판결 
【변론종결】2025. 6. 26.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 기각한다.
 2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 10. 7. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 389,621,730원(가산세 포함)의 부과처분 중 43,892,032원을 초과하는 부분을 취소한다.
【이 유】 1. 제1심판결의 인용 
 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심법원이 적법하게 채택하여 조사한 증거들을 원고의 주장에 비추어 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심판결 이유 중 일부를 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 포함하여 이를 그대로 인용한다.
 ○ 제1심판결의 별지를 이 판결의 별지로 교체한다.
 ○ 4면 아래에서 5행부터 7면 1행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.
『라. 판단 
 1) 이 사건 주택의 양도에 관한 장기보유특별공제액은 구 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되어 2022. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제95조에 따라 산정된다. 구 소득세법 제95조 제2항 단서는 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다."고 정하고, 같은 조 제4항에서는 같은 조 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 정하고 있다. 구 소득세법 시행령(2021. 11. 9. 대통령령 제32104호로 개정되어 2022. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제159조의4는 "법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다"고 정하고, 구 소득세법 제198조 전단, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제5호에서는 상속으로 취득한 자산의 취득시기를 상속개시일로 정하고 있다.
 2) 구 소득세법, 구 소득세법 시행령의 이러한 규정 내용을 종합하면, 구 소득세법 제95조 제2항 단서 및 같은 항 단서 표 2에서 정하는 ‘거주기간’은 양도자 자신이 그 보유기간(양도자산인 주택의 취득일부터 양도일까지) 동안 해당 주택에서 거주한 기간을 의미한다고 해석함이 타당하고, 이는 주택의 취득원인이 상속인 경우 마찬가지로 해석되므로, 이와 달리 양도자가 피상속인과 동일 세대로서 함께 거주하였던 기간(이하 ‘피상속인 거주기간’이라 한다)을 합산하여 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 ‘거주기간’을 산정할 수는 없다. 구체적인 이유는 다음과 같다.
 가) 구 소득세법 제95조 제2항 및 제4항 본문에 의하면, 장기보유특별공제액은 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 경우 그 자산의 양도차익에 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산하고(제2항 본문), 대통령령으로 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산하여 이를 계산하며(제2항 단서, 이하 ‘이 사건 단서 조항’이라 한다), 위 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 구 소득세법 시행령 제159조의4는 이 사건 단서 조항의 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것으로 정하고 있다. 그렇다면 이 사건 단서 조항에 의하여 거주기간에 따른 장기보유특별공제를 받기 위해서는 ‘양도자의 자산 취득일부터 양도일까지의 보유기간 중 거주기간’이 2년 이상이어야 한다는 점이 문언상 명백하고, 여기에 피상속인이 생전에 보유한 기간이나 피상속인 거주기간이 포함될 여지는 없다.
 나) 이 사건 단서 조항의 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’은 소득세법 시행령이 2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전에는 제159조의3에서 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택’으로 규정되어 있었다. 그런데 위 개정으로 인하여 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것’으로 변경되었고, 이후 소득세법 시행령이 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되면서 종전의 제159조의3은 제159조의4로 이동하여 현재에 이르고 있다.
 소득세법이 2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전에는 제95조 제2항 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)’에 적용되는 자산의 장기보유특별공제율을 보유기간이 3년 이상인 경우 100분의 24로 정하고, 보유기간이 길어질수록 단계적으로 100분의 8씩 상승하여 최종적으로 보유기간이 10년 이상인 경우에는 공제율이 100분의 80에 이르도록 규정되어 있었다. 그런데 위 개정으로 인하여 소득세법 제95조 제2항 단서는 보유기간에 따른 공제율을 종전의 절반 수준으로 축소하고, 대신에 거주기간에 따른 공제율을 추가하여 거주기간이 2년 이상인 경우 100분의 8로 정하고, 거주기간이 길어질수록 단계적으로 100분의 4씩 상승하여 거주기간이 10년 이상인 경우 공제율이 최대 100분의 40이 되는 것으로 변경되어 현재에 이르고 있다.
 장기보유특별공제의 적용 대상 및 공제율 산정에 거주기간 요건을 추가한 것은, 실제 거주 목적의 주택 소유를 장려하고 고가 주택에 대한 갭 투자 유인을 억제하여 주택시장의 안정을 도모하고자 한 것으로 보인다. 위와 같은 관계 법령의 개정 경위에 비추어 보더라도 이 사건 단서 조항이 정하는 ‘거주기간’은 양도자가 주택을 보유한 기간 중 실제로 거주한 기간을 기준으로 엄격하게 해석함이 타당하다.
 다) 이 사건 단서 조항이 정하는 ‘거주기간’은 장기보유특별공제액 산정 기준에 관한 규정으로서 1세대 1주택의 양도소득 비과세 규정과는 입법취지를 달리하므로, 1세대 1주택 양도소득 비과세에 적용되는 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제3호를 이 사건 단서 조항의 ‘거주기간’에 유추적용할 수 없다. 즉, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 (가)목, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 본문, 제8항 제3호에 의하면, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년)이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]의 양도로 발생하는 소득에 대한 소득세는 해당 주택의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택에 해당하지 않는 한 과세하지 아니한다. 이는 주택이 국민의 주거생활의 기초가 되는 것임을 감안하여 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는, 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하고자 한 것이다(대법원 1994. 9. 13. 선고 94누125 판결 참조). 이때 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간을 통산한다(구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제3호). 
 반면, 장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함되어 있는 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 줌과 동시에(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두52504 판결 등 참조) 실제 거주 목적의 주택 소유를 장려하고 고가 주택에 대한 갭 투자 유인을 억제하여 주택시장의 안정을 도모하고자 하는 데 그 취지가 있다. 장기보유특별공제는 1세대 1주택의 양도소득 비과세 대상에 해당하지 않는 경우에도 적용되는 것으로 구 소득세법 제95조 및 구 소득세법 시행령 제159조의4에서 공제 대상이 되는 1세대 1주택의 범위, 보유기간 및 거주기간의 계산 등이 별도로 규정되어 있다. 이와 같이 1세대 1주택의 양도소득 비과세 규정과 장기보유특별공제 규정은 입법취지와 규정 체계, 적용 대상 등이 상이하므로 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 (가)목, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 본문, 제8항 제3호에서 거주기간 계산 규정을 두고 있다고 하여 이를 장기보유특별공제의 거주기간 계산에 유추적용할 수는 없다.
 2) 원고가 이 사건 주택을 상속으로 취득한 이후 이 사건 주택에 거주한 기간은 1개월에 불과하므로, 장기보유특별공제의 거주기간별 공제율은 적용되지 않는다. 이에 대하여 원고는, 피상속인이나 원고는 지구단위계획 및 부모봉양 등의 사유로 이 사건 주택에서 부득이 거주하지 못하였던 것이므로, 이러한 사정을 반영하여 장기보유특별공제액의 산정에서 배려해주어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 원고가 주장하는 사정만으로는 피상속인 거주기간과 원고의 거주기간을 통산하여 장기보유특별공제액을 산정하는 것은 허용될 수 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다. 
 3) 원고는 나아가, 2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정된 소득세법에 따라 보유기간 및 거주기간을 토대로 장기보유특별공제율을 산정하는 것은, 개정 전 소득세법에 따라 보유기간의 충족만으로 장기보유특별공제를 받을 수 있을 것이라고 기대한 원고의 신뢰를 소급적으로 해치는 것으로서 위법하다는 취지로 주장한다. 그러나 양도소득세는 자산의 양도가 이루어져야 과세요건이 충족되어 납세의무가 성립하는 조세로서, 납세자가 양도소득세 납세의무가 성립하지도 아니한 상태에서 세법 규정이 향후에도 그대로 존속할 것으로 신뢰하였다가 납세의무가 성립한 시점에 종전과 다른 세법이 시행되더라도 이는 소급과세금지의 원칙 내지 신뢰보호원칙을 위반한 것에 해당하지 않는다. 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.』
 2. 결론 
 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 항소를 기각한다. 
[별지 관계법령 생략]

판사 윤강열(재판장) 김형진 김선아