부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1990.03.09 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 현대유통 소송대리인 변호사 전정구 외 1인
【피고, 피상고인】 청량리세무서장
【원심판결】 서울고등법원 1989.4.17. 선고 87구293 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유에 대하여 판단한다.(보충상고이유는 상고이유서 제출기간도과후에 제출되었으므로 상고이유를 보충하는 범위에서만 판단한다)
 1. 심리미진 내지 채증법칙위배에 점을 본다.
 가. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고 회사는 부동산임대 및 매매업을 주된 사업목적으로 하는 회사로서 1984.12.17. 이 사건 토지 및 그 지상건물을 소외 한인의료재단에게 매도하고 토지대금 10,890,000,000원(1,089,000,000원의 착오기재로 보인다), 건물대금 800,000,000원(부가가치세 금 72,727,273원 포함)등 합계 금 1,889,000,000원을 수령하였다 하여 1984년도 제2기분 및 1985년도 제1기분 부가가치세를 신고납부한 사실, 피고는 원고 회사의 신고내용을 부인하고 실지조사한 후 원고 회사가 수령한 실지매도대금은 매매계약서에 표시된 합계 금 1,889,000,000원 이외에 매도당시 건물에 설정된 바 있는 임대차보증금과 건물의 개축비, 전기료 기타 공과금 등 합계 금 504,655,520원의 채무를 모두 매수인이 인수 부담케 함으로써 그것이 매매대금의 일부가 되었다 하여 그 매매대금의 총액을 금 2,393,655,520원으로 인정하는 한편, 그 토지와 건물의 매매대금가액의 구분도 불분명하다 하여 지방세과세시가표준액에 의거하여 안분한 후 이를 근거로 84년도 제2기분 및 85년도 제1기분 각 부가가치세액을 산출하고 거기에서 원고 회사가 기납부한 각 세액을 공제하여 각각 그 고지세액을 정하고 1986.5.1.자로 이 사건 부가가치세를 부과고지 한 사실을 당사자들 사이에 다툼이 없는 사실로서 확정한 다음, 원고의 주장 즉 첫째, 위 금 504,655,520원의 채무는 원고 회사의 채무가 아니므로 이 사건 매매대금에 포함시킬수 없고, 둘째, 이 사건 매매계약을 체결함에 있어 원고 회사와 위 한인의료재단은 그 토지대금과 건물대금을 위와 같이 명백하게 구분하였는데도 피고가 지방세 과세시가표준액에 의한 안분계산의 방법으로 그 토지대금과 건물대금을 정하여야 한 이 사건 과세처분은 위법하다는 점에 대하여, 먼저 거시증거를 종합하여 보면, 원고 회사는 1983.4.7. 이 사건 토지 및 건물에 관하여 소외 베데스타 기독병원설립위원회(이하 기독병원설립위원회라 약칭한다) 대표 소외인과의 사이에 이를 대금 2,350,000,000원으로 매수하는 매매계약을 체결하고 당일 계약금 240,000,000원을 지급받은 후 잔대금은 동년 6.30.까지 지급받기로 약정한 사실, 위 기독병원설립위원회는 당시의 이 사건 공장건물을 병원용건물로 개조한 후 동 병원의 식당과 영안실 등을 임대하고 동년 8월부터 병원을 개설 운영하면서 동년 9.12.까지 매매대금조로 위 계약금을 포함하여 금 737,000,000원을 지급하고 동년 10.6.과 11.7.에는 원고 회사의 승인을 얻어 이 사건 대지와 건물을 담보로 제공하고, 소외 조흥은행으로부터 합계 금 1,500,000,000원을 대출받아 그 중 금 1,345,323,266원을 매매대금조로 지급함으로써 매매대금 중에서 합계 금 2,082,323,266원을 지급하고 나머지 대금 267,676,734원은 그지급을 유예받아 오던 중 1984.10.경에는 자료사정의 악화로 위 은행이 자금의 지급이 지체되어 그 대출은행이 원리금채권을 회수하기 위하여 담보권실행에 착수하고 또 위 병원의 전기료, 수도료 등 공과금 20,655,520원이 체불되어 단전, 단수조치를 받아 그 병원경영을 중단하자 위 공사금 채권자들과 임차인들이 위 기독병원설립위원회는 물론 원고 회사에게까지 몰려와위 공사금 252,000,000원의 지급과 임차보증금 232,000,000원의 반환을 강요한 사실, 이렇게 되자 위 기독병원설립위회는 원고 회사와 그 해결책을 강구한 끝에 소외 한인의료재단에게 위 매매계약상 자신의 매수자의 지위를 승계시켜 위 은행대출원리금 채무와 이 사건 문제의 공사금, 임차보증금, 공과금 등 합계 금 504,655,520원을 인수케 하고, 그간 원고 회사가 입은 손해를 감안하여 위 잔금 267,676,734원을 금 300,000,000원으로 올려받기로 합의한 후 이를 교섭하였던 바, 위 한인의료재단은 매수자의 지위를 승계하는 것을 거절하고 대신 원고 회사와의 종전 매매계약을 해제하고 자신이 그 매수자의 지위를 승계하는 것과 같은 조건으로 원고 회사와 직접 매매계약을 체결하도록 하여줄 경우 원고회사와의 합의하에 그 채무를 인수하겠다고 제의한 사실, 위 기독병원설립위원회는 그 제의를 수락하고 1984.12.17 원고 회사와 위 매매계약을 해제한 후 그 해제는 오로지 자신의 귀책사유에 기인한 것으로 인정하고 위 계약금 상당액인 금 240,000,000원을 배상하고 그밖에도 위해제로 인하여 원고 회사가 입은 손해가 밝혀지면 이를 배상하기로 하고 원고 회사는 위 병원설립위원회가 당일까지 부담하고 있는 위 은행원리금 1,588,286,862원의 채무를 인수하고 그간 수령한 매매대금 중에서 위 인수채무액과 위 배상금을 공제한 잔액을 반환하되 당시 위 병원에 부과된 종합소득세등 문제가 해결되고 위 배상금이외의 원고 회사가 입은 손해가 밝혀질 때까지 그 반환을 보류하기로 하고, 또 이 사건 토지와 건물을 소외 한인의료재단에게 매도하되 그 대금은 종전대금에 준하여 위 은행의 원리금 및 이 사건 문제의 채무금 상당액에 위 잔대금 상당액을 합한 금액 (1,588,286,862원 + 504,655,520원 +300,000,000원 = 2,392,942,382원)으로 한정하고, 동 매수자로 하여금 이 사건 문제의 채무를 변제하여 그 금액을 그 매매대금의 일부에 충당하게 하기로 약정한 사실, 원고 회사는 위 약정에 따라 당일 위 한인의료재단과의 사이에 이 사건 매매계약을 체결하는 한편 동 의료재단이 위 기독병원설립위원회를 위하여 이 사건 문제의 채무를 인수하여 변제하여 주기로 하고 그 대가로 그 매매대금을 위 기독병원설립위원회와 합의한 금액에서 위 인수채무대금을 공제한 금 1,889,000,000원(실제는 1,988,286,862원이나 위 금액으로 인상)으로정한 사실, 위 한인의료재단은 동일 위 기독병원설립위원회와 이 사건 문제의 금 504,655,520원의 채무를 인수하는 계약을 체결하고, 그 무렵 동 채권자들의 승낙을 받아 전액 변제한 사실을 확정한 다음, 위 금 504,655,520원의 채무를 둘러싼 사실관계가 위와 같다면 원고 회사와 소외 한인의료재단과의 실지의 이 사건 매매대금은 그 매매계약서상에 표시된 금 1,889,000,000원에 위채무금을 합한 금 2,393,655,520,원이 명백하다 하여 원고의 첫째 주장을 배척하고, 다음 원고의 둘째 주장에 대하여는 원고대리인은 이 사건 토지대금과 건물대금은 그 매매대금 총액을 금 1,889,000,000원임을 전제로 1982.3.5.자에 작성한 이에 대한 감정서(갑제29호증)에 터잡아 그 액수를 구분하였다는 것인 바, 동 감정서는 위 인정사실에 비추어 볼 때 이 사건 건물에 금252,000.000원의 공사비를 들여 병원용 건물로 개조하기 이전의 공장용용건물을 대상으로 감정한 것이므로 그것은 이 사건 가액구분의 기초가 될 수 없고, 또 이 사건 매매대금은 토지와 건물을 구분하여 그 가액을 정하지 아니하고 일괄하여 금 2,393,655,520원으로 정한 것임은 위에서 본 바와 같으므로 결국 이 사건은 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항 단서에서 규정한 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 판단하여 원고의 둘째 주장도 배척하였다.
 나. 원심판결 이유를 기록과 대조하여 살펴보면, 원심이 들고 있는 갑제22호증의1(해약서), 제3항에 의하면 을(위 병원설립위원회를 지칭한다)이 사용기간중 갑(원고 회사를 지칭한다)의 부동산에서 발생된 건물수리비, 건물개축비, 건물임대보증금 기타 채무는 상호간 면책적 채무금으로 하여 갑은 을이 지정하는 제3자에게 매도처분토록 하되 그 제3자가 동 채무를 인수하지 않을 때에는 재협의토록 한다. 단, 을은 본조에 의한 사유로 인하여 갑에게 일체 청구를하지 아니한다고 되어 있는 바, 그 취지를 원심이 확정한 사실관계와 기록에 비추어 살펴보면, 위 인수채무금 504,655,520원은 원래 위 병원설립위원회의 채무로서 원고 회사와는 무관하고, 다만 원고 회사가 그 채권자들로부터 이를 해결해 달라는 압력을 받고 있었으며, 위 병원설립위원회의 복잡한 채무관계에 휘말려들지 않을 의도에서 위 병원을 직접 인수하는 대신 위 병원설립위원회가 원고 회사와 사이에 맺었던 매매계약을 해제한 다음 원고 회사로부터 이 사건 부동산을 직접 매수하기를 희망하는 위 한인의료재단의 제의에 따라 위 병원설립위원회가 원고와 사이에 매매계약을 합의해제 하면서 원고 회사로서는 위 공사금 및 임대차보증금 등의 채권,채무관계가 원만히 해결되도록 배려할 필요가 있었고, 또 위 한인의료재단은 위 병원설립위원회로 하여금 이미 체결된 매매계약을 해제하게 한 다음 그가 경영하던 병원시설을 인수하는 터이어서 그 운영권자인 병원설립위원회에 어떤 형태로든 대가를 지급하여야 할 사정이 있었던 것이었으니 원고와 위 한인의료재단과의 이 사건 부동산의 매매대금은 금1,889,000,000원으로 하였음이 인정되고(갑제23호증의1, 같은 15호증의 2, 3, 5, 8), 위 채무인수금 504,855,520원은 위 매매대금과는 별도로 위 한인의료재단이 병원운영권을 양수한다는 차원에서 위 병원설립위원회에게 지급한 대가라고 보여지며, 원심이 들고 있는 그밖의 증거에 의하더라도 원고와 위 한인의료재단간의 이 사건 부동산의 매도대금에 위 인수채무금상당액을 포함한 판시의 금 2,392,942,382 원을 한도로 하기로 약정하였다고 인정할 수 없으니 원심의 조치는 결국 증거에 의하지 아니하고 사실을 인정하였거나 또는 논리칙과 경험칙에 반하는 증거의 채택으로 사실을 오인하여 판결결과에 영향을 미친 위법을 범하였다 할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유있다.
 2. 그러므로 원고의 나머지 상고이유에 대하여는 판단을 하지 아니하고, 원심판결을 파기하여 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 이회창(재판장) 배석 김상원 김주한