법인세 부과처분 취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2008.12.31 / 시행일:

【원 고】 에스에이피코리아 주식회사 (소송대리인 법무법인 양헌 담당변호사 최경준 외 2인)
【피 고】 역삼세무서장 외 1 (소송대리인 법무법인 지평지성 담당변호사 김재광 외 1인)
【변론종결】2008. 12. 12.
【주 문】
1. 피고 역삼세무서장이 2004. 10. 1. 원고에 대하여 한 2001 사업연도 법인세 2,136,661,410원의 부과처분, 피고 서울지방국세청장이 2004. 10. 5. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 4,897,103,000원의 이전소득금액(배당)통지를 각 취소한다.
2. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 각 기각한다.
3. 소송비용 중 20%는 원고가, 80%는 피고들이 각 부담한다.

【청구취지】주문 제1항 및 (1) 피고 역삼세무서장(이하 ‘피고 서장’이라 한다)이 2004. 10. 1. 원고에 대하여 한 2000 사업연도 법인세 21,330,130원의 부과처분, (2) 피고 서울지방국세청장(이하 ‘피고 청장’이라 한다)이 2004. 10. 5. 원고에 대하여 한 ① 2000년 귀속 46,450,633원의 이전소득금액통지, ② 2002년 귀속 1,496,098,244원의 이전소득금액(대여금)통지, ③ 2002년 귀속 2,825,747원의 소득금액변동통지, ④ 2003년 귀속 1,150,314원의 소득금액변동통지, ⑤ 2004년 귀속 22,667,914원의 소득금액변동통지를 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고는 독일 회사인 에스에이피 에이지(SAP AG; 이하 ‘이 사건 모회사’라 한다)의 100% 출자로 설립된 회사이고, 싱가포르 회사인 에스에이피 아시아(SAP Asia; 이하 ‘아시아본부’라 한다)는 이 사건 모회사의 아시아지역 통합본부이다.
나. 1) 원고는 이 사건 모회사와 소프트웨어 배급계약(Software Distribution Agreement; 이하 ‘이 사건 배급계약’이라 한다)을 체결하고 그에 따라 이 사건 모회사로부터 이알피(ERP; 전사적 자원관리) 시스템용 소프트웨어(R/2, R/3, mySAP.com 등; 이하 ‘이알피 소프트웨어’라 한다)의 판매권을 부여받아 이를 국내에 판매하면서 이 사건 모회사에게 이알피 소프트웨어의 사용료(이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)로 매출액 중 2000년까지는 40%를, 2001년부터는 50%(다만 R/2에 대하여는 40%)를 각 지급하여 왔다.
2) 원고는 아시아본부와 서비스계약(Services Agreement; 이하 ‘이 사건 서비스계약’이라 한다)을 체결하고 그에 따라 아시아본부로부터 용역을 제공받으면서 아시아본부에게 그 공통경비 중 예상매출액을 기준으로 배분받은 부분을 지급하여 왔다.
다. 피고 청장은 2003. 10. 18.부터 같은 해 11. 12.까지 원고의 2000 내지 2002 사업연도에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 다음과 같이 조치하였다.
1) 이 사건 사용료의 정상가격을국제조세조정에 관한 법률(이하 ‘법’이라 한다) 제5조 제1항 제4호 및구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 18628호로 개정되기 전의 것; 이하 ‘시행령’이라 한다) 제4조 제2호에서 정한 거래순이익률방법으로 산출한 뒤, “원고가 이 사건 모회사에게 이 사건 사용료 명목으로 위 정상가격을 초과하여 2001 사업연도에 4,897,103,000원(이하 ‘이 사건 과다사용료’라 한다)을 과다지급하였다”고 보아, 이 사건 과다사용료를 원고의 2001 사업연도 익금에 산입하는 한편 “이 사건 모회사에 대한 2002년 귀속 배당”으로 소득처분하여, 2004. 10. 5. 원고에게 이러한 소득처분의 내용을 통지하였다.
2) 아시아본부의 공통경비를 실제매출액을 기준으로 배분하여 그 중 원고의 부담부분을 산출한 뒤, “원고가 아시아본부에게 공통경비 명목으로 자신의 부담부분을 초과하여 2000 사업연도에는 46,450,633원, 2002 사업연도에는 1,496,098,244원(이하 통틀어 ‘이 사건 과다공통경비’라 한다)을 각 과다지급하였다”고 보아, 이 사건 과다공통경비를 원고의 각 해당 사업연도 손금에 불산입하는 한편 “아시아본부에 대한 각 사업연도 귀속 대여금”으로 소득처분하고 나아가 이 사건 과다공통경비에 대한 인정이자(2002년 귀속분 2,825,747원, 2003년 귀속분 1,150,314원, 2004년 귀속분 22,667,914원)를 “아시아본부에 대한 각 귀속연도 기타소득”으로 소득처분하여, 2004. 10. 5. 원고에게 이러한 소득처분들의 내용을 통지하였다.
라. 한편, 피고 서장은 피고 청장으로부터 위 다.항의 과세자료를 통보받고, 이를 근거로 2004. 10. 1. 원고에 대하여 2000 사업연도 법인세 21,330,130원, 2001 사업연도 법인세 2,136,661,410원을 각 부과하였다{이하 이를 위 다.항의 소득처분 내용통지들과 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다}.
마. 원고는 2004. 12. 30. 이 사건 각 처분에 관하여 국세심판원에 심판을 청구하였으나, 국세심판원은 2006. 3. 20. 원고의 심판청구를 모두 기각하였다.
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증(각 가지번호 포함), 을 제1 내지 4호증의 각 기재
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 요지
원고는 이 사건 각 처분이 다음과 같이 모두 위법하다고 주장한다.
1) 이 사건 과다사용료를 이유로 한 부분에 관하여
가) 이 사건 사용료의 정상가격은 ‘비교가능 제3자 거래방법’으로 산출될 수 있고, 또한 이는법 제5조 제1항 제1호에서 정한 ‘비교가능 제3자 가격방법’에 해당하므로, 이 사건 사용료의 정상가격을 산출함에 있어서는법 제5조 제1항 단서에 따라 시행령에서 정한 다른 방법을 적용할 수 없다. 그럼에도 불구하고 피고 청장은시행령 제4조 제2호에서 정한 거래순이익률방법으로 위 정상가격을 산출한 뒤, 이를 기초로 이 사건 과다사용료를 위법하게 산정하였다.
나) 설령 이와 달리 보더라도, 피고 청장은시행령 제4조 제2호를 위반하여 “특수관계가 없는 제3자간의 국제거래 중 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래의 거래순이익률”을 사용하지 아니함으로써 이 사건 과다사용료를 위법하게 산정하였다.
2) 이 사건 과다공통경비를 이유로 한 부분에 관하여
가) 아시아본부의 공통경비를 배분하는 방식은 관계법령에 규정되어 있지 아니한바, 이를 예상매출액을 기준으로 배분하는 방식은 합리적이므로, 이와 다른 전제에서 원고가 아시아본부에게 공통경비를 과다지급하였다고 볼 수는 없다.
나) 설령 이와 달리 보더라도, ① 이 사건 각 처분의 전제에 따르면 원고는 2001 사업연도에 아시아본부에게 공통경비를 과소지급하였다고 보아야 하는데, 이러한 과소지급액을 추가로 손금에 산입하지 아니한 채 이 사건 과다공통경비만을 추가로 익금에 산입하는 것은 형평에 반하고, ② 2000 사업연도의 이 사건 과다공통경비는 비교적 소액임에도 불구하고 이에 대해서까지 법인세 부과처분이나 소득처분을 하는 것은 지나치게 가혹하다.
나. 관계법령
별지 기재와 같다.
다. 인정사실
1) 이 사건 모회사는 이알피 소프트웨어를 개발하고 그에 관한 모든 기술 및 지적재산권을 가지면서 전세계를 대상으로 이알피 소프트웨어를 광고·선전하여 왔다. 한편 원고는 이 사건 배급계약에 따라 국내에서 이 사건 모회사의 이알피 소프트웨어를 광고·선전하고, 국내 시장을 개발하여 이를 판매하며, 판매된 이알피 소프트웨어에 관한 유지·관리 서비스를 제공하는 한편, 고객들에 대한 훈련·상담서비스를 제공하여 왔다.
2) 이 사건 모회사는 2001년에 원고를 비롯하여 이 사건 모회사로부터 이알피 소프트웨어의 판매권을 부여받은 세계 41개의 자회사 모두에 대하여 이 사건 사용료의 비율을 ‘매출액의 50%(다만 R/2에 대하여는 40%)’로 동일하게 적용하였고, 2003년에는 이를 ‘매출액의 55%’로 높였다. 한편 원고는 2000, 2003 사업연도에는 영업이익을, 2001, 2002 사업연도에는 영업손실을 각 기록하였다.
3) 피고 청장은 원고가 ㉠ 이 사건 모회사와 그 자회사들이 전체적으로 영업이익을 기록하고 있음에도 불구하고 2001, 2002 사업연도에 지속적인 영업손실을 기록한 점, ㉡ 법인세과세표준신고 당시 신고한 정상가격의 산출근거를 비치하고 있지 아니한 점, ㉢ 높은 영업비용으로 인하여 영업이익률이 저조한 점 등에 착안하여, 다음과 같은 과정으로 거래순이익률방법을 적용하여 이 사건 과다사용료를 산정하였다.
① 이 사건 사용료의 산출에 있어서법 제5조 제1항에서 정한 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법 등을 적용하는 것은 불가능하거나 불합리하고,시행령 제4조 제2호에서 정한 거래순이익률방법을 적용하는 것이 타당하다고 판단하였다.
② 이알피 관련 소프트웨어 및 컨설팅 용역을 주업으로 수행하는 업체를 원고의 비교대상으로 선정하기 위하여, 한국소프트웨어산업협회 산하 이알피 협의회의 회원사로 등록된 17개 업체 중 “주업종이 이알피 관련 소프트웨어 개발·판매·자문업인 법인”, “3개 사업연도(2000년~2002년)의 재무자료가 모두 있는 법인”, “외부감사 결과 적정의견을 받은 법인”, “관계회사와의 거래내용이 없거나 소액인 법인”, “분석대상 연도 중 합병 등 특수한 사항이 없는 법인”에 해당하는 주식회사 뉴소프트기술, 미래소프트웨어, 비디에스인포컴, 소프트파워 주식회사, 중앙정보처리, 지앤텍, 코인텍, 한국하이네트 등 8개 이알피 소프트웨어 업체(이하 ‘이 사건 비교업체들’이라 한다)를 비교가능대상기업으로 선정하였다.
③ 원고의 공시 재무자료상 매출액, 매출원가, 판매관리비 등을 조정한 결과(법인세 신고시의 세무조정내역, 경정청구에 따른 변동내역, 관련 판관비 조정내역, 적출된 매출누락내역, 영업비용 중 직부인액 등을 반영), 원고가 2000 사업연도에는 7.27%, 2001 사업연도에는 -1.67%, 2002 사업연도에는 -12.58%의 각 영업이익률을 기록한 것으로 산정하였다.
④ 이 사건 비교업체들의 2000 내지 2002 사업연도 영업이익률의 사분위범위를 다음과 같이 산정하였다.
구 분2000 사업연도2001 사업연도2002 사업연도상위사분위24.88%16.06%6.82%중앙값6.94%4.78%-2.86%하위사분위5.04%2.75%-28.28%
⑤ 원고의 영업이익률이 2000, 2002 사업연도에는 각 이 사건 비교업체들의 영업이익률 하위사분위 이상인 반면 2001 사업연도에는 그 미만이라는 이유로, “원고의 2001 사업연도 매출액에 당해 사업연도의 영업이익 중앙값 4.78%를 곱한 금액”을 정상영업이익으로 간주하고, “위 정상영업이익과 원고의 2001 사업연도 영업손실 사이의 차액”을 이 사건 과다사용료로 산정하였다.
4) 한편, 이 사건 비교업체들은 각 이알피 소프트웨어의 연구개발활동, 제조활동, 판매활동 등을 모두 직접 수행하면서 국제거래 없이 국내거래만을 하여 왔다.
5) 아시아본부는 원고를 비롯한 이 사건 모회사의 아시아 지역 12개 자회사들에게 인사·회계·컨설팅·기술지원 등의 용역을 제공하여 왔는데, 구체적으로는 위 자회사들의 주요관리자 채용, 주요재무변동 등을 주도하거나 승인하고, 비용절감 및 판매·판촉을 위한 대형행사를 기획·주관하며, 60%이상의 매출할인율이 적용되는 계약체결을 승인하고, 내부경영컨설팅을 행하며, 정보기술부문에 관한 서비스를 제공하여 왔다.
6) 이 사건 서비스계약에 따르면, 원고에게는 공통경비 중 “아시아본부의 총수입금액에서 원고의 총수입금액(아시아본부의 연결재무제표에 기초하여 계산된다)이 차지하는 비중”에 따라 계산된 부분이 배분되기로 되어 있다. 그런데 아시아본부는 공통경비를 각 자회사의 실제매출액이 아닌, 사업연도 개시 전에 보고된 예상매출액(매출예산)의 비율에 따라 배분하여 왔다.
7) 피고 청장은 아시아본부의 공통경비 중 일본 자회사에게 배분된 금액을 공제(일본 자회사는 2001년 이후부터 판매·판촉을 자체적으로 수행하고 있어 일본 자회사가 수입금액 창출에 기여한 정도를 합리적으로 측정하기 불가능한 점을 감안하였다)한 나머지를 실제매출액의 비율에 따라 다른 자회사들에게 배분한 뒤, 이와 같이 산출된 원고의 부담부분과 2000, 2002 사업연도에 원고에게 실제 배분된 공통경비 사이의 차액을 이 사건 과다공통경비로 산정하였다. 한편 2001 사업연도의 경우, 원고에게 실제 배분된 아시아본부의 공통경비는 피고 청장의 위 7)항 기재 방식에 따라 원고에게 배분된 공통경비보다 약 9,300만 원 적다.
【인정근거】 갑 제6, 7호증, 갑 제19호증의 1, 2, 갑 제30호증, 을 제5호증, 을 제12호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
라. 판 단
1) 이 사건 과다사용료를 이유로 한 부분에 관하여
가)법 제4조 및제5조에 의하면, 과세당국은 거주자와 국외특수관계자 사이에 행하여진 국제거래의 정상가격을 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산하되, 만약 위 방법들로 정상가격을 산출할 수 없으면 시행령에서 정한 다른 합리적인 방법으로 계산할 수 있다. 나아가시행령 제4조 제2호에 의하면, 거래순이익률방법이란 원칙적으로 “거주자와 특수관계가 없는 자간의 거래 중 당해 거래와 유사한 거래에서 실현된 거래순이익률(매출, 자산, 매출원가 등에 대한 비율)을 기초로 산출한 거래가격”을 정상가격으로 보되, 다만 거주자가 당해 거래와 유사한 거래를 특수관계 없는 자와 행하지 아니한 경우에는 “특수관계가 없는 제3자간의 국제거래 중 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격”을 정상가격으로 보는 방법이다. 이상과 같은 관계법령의 효력은 한국과 독일 사이에 체결된 조세조약 또는 경제협력개발기구(OECD)의 이전가격지침 등의 내용이나 효력과 무관하다.
나) 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 사용료는 거주자인 원고와 국외특수관계자인 이 사건 모회사 사이에 행하여진 국제거래의 거래가격인바, 설령 피고 청장이 그 정상가격을 비교가능 제3자 가격방법 등으로 산출할 수 없다고 하더라도, 원고가 이 사건 배급계약에 따른 거래와 유사한 거래를 특수관계 없는 자와 행하였음을 인정할 자료가 없는 이상, 이 사건 사용료의 정상가격을 거래순이익률방법으로 산정하려면 피고 청장으로서는 “특수관계가 없는 제3자간의 국제거래 중 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래”의 거래순이익률을 비교하여야 한다. 그런데 피고 청장이 비교대상으로 삼은 이 사건 비교업체들은 국내거래만을 하여 왔으므로, 피고 청장의 거래순이익률 산출근거인 거래들은 모두 국제거래에 해당하지 아니한다. 또한 일반적으로 소프트웨어 관련 사업에 있어서는 연구개발활동이 영업에 중대한 영향을 미치는 점에 비추어 보면, 제3자로부터 판매권을 부여받지 아니하고 직접 연구개발활동·판매활동을 모두 수행하는 이 사건 비교업체들의 거래는, 직접 연구개발활동을 수행하지 아니하고 제3자로부터 판매권을 부여받아 판매활동만을 수행하는 원고의 거래와 그 조건과 상황이 유사하다고 보기도 어렵다.
다) 따라서 피고 청장은시행령 제4조 제2호를 위반하여 이 사건 과다사용료를 위법하게 산정하였다고 판단되므로, 이 사건 각 처분 중 이 사건 과다사용료를 이유로 한 부분은 원고의 다른 주장에 관하여 나아가 살필 필요 없이 위법하다.
2) 이 사건 과다공통경비를 이유로 한 부분에 관하여
가) 비록 아시아본부의 공통경비를 배분하는 방식은 관계법령에 직접 규정되어 있지 아니하나, ① 법인세법상 외국법인의 국내사업장이 부담하는 공통경비는 원칙적으로 실제 발생한 비용을 기준으로 배분되어 손금에 산입되는 점, ② 이 사건 서비스계약상 아시아본부의 공통경비는 총수입금액의 비율에 따라 배분되도록 정하여진바, 위 총수입금액은 원칙적으로 실제의 수입금액을 의미하는 것으로 해석되고, 이러한 해석을 방해하는 사정에 관한 주장·입증이 없는 점, ③ 만약 아시아본부의 공통경비를 예상매출액을 기준으로 배분한다면, 자회사들이 예상매출액을 적게 또는 (아시아본부의 지시 등에 따라)많게 산정함으로써 공통경비의 배분비율을 자의적으로 결정할 소지가 있는 점 등에 비추어 보면, 이를 예상매출액을 기준으로 배분하는 방식은 합리적이라고 보기 어렵고, 따라서 피고 청장으로서는 이를 실제매출액을 기준으로 배분하여 (예상매출액을 기준으로 배분·지급된 공통경비가 모두 손금에 산입된)법인세 과세표준을 경정할 수 있다.
나) 위 판단을 다투는 원고의 주장들은 다음과 같이 모두 받아들일 수 없다.
① 원고는, 공통경비 중에는 사업연도의 개시와 동시에 집행되거나 향후 실제매출액이 예상매출액과 다르다는 이유로 정산될 수 없는 부분이 있다고 주장한다. 그러나 그러한 부분이 구체적으로 어떤 부분인지에 관하여는 아무런 주장·입증도 없을 뿐만 아니라, 설령 그러한 부분이 실제 있다고 하더라도 이를 제외한 나머지 부분은 실제매출액에 따라 정산되어야 한다.
② 원고는, 만약 공통경비를 실제매출액을 기준으로 배분한다면 각 사업연도의 비용이 해당 사업연도에 지급되지 못하고 다음 해에 지급될 수밖에 없어 결과적으로 회계원칙에 어긋난다고 주장한다. 그러나 공통경비를 실제매출액을 기준으로 배분하는 것이 반드시 이를 다음 해에 지급하는 결과가 되지는 아니하므로(예상매출액을 기준으로 해당 사업연도에 일단 이를 배분·지급한 뒤 다음 사업연도에 실제매출액을 기준으로 이를 정산하는 것은 충분히 가능하다), 이와 다른 전제에서 그것이 회계원칙에 어긋난다고 볼 수는 없다.
③ 원고는, 이 사건 모회사의 자회사들은 이 사건 모회사의 엄격한 감독 아래 객관적이고 공정한 기준에 따라 예상매출액을 산정하기에 자의적으로 예상매출액을 산정할 수 없다고 주장한다. 그러나 2004 사업연도 이후에 작성된 갑 제28호증의 1 내지 3, 갑 제29호증의 1 내지 12의 각 기재만 가지고는 2001 사업연도 당시에 이 사건 모회사의 자회사들이 예상매출액을 산정함에 있어서 객관적이고 공정한 기준을 따랐는지 여부를 확인할 수 없고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없을뿐더러, 설령 이와 달리 보더라도 이 사건 모회사의 자의적 판단이나 의도가 자회사들의 예상매출액 산정에 영향을 미칠 가능성을 합리적으로 배제할 수 없는 이상, 이와 다른 전제에서 공통경비를 예상매출액을 기준으로 배분하는 방식이 합리적이라고 볼 수는 없다.
다) 또한, ① 이 사건 각 처분의 전제에 따를 때 원고가 2001 사업연도에 아시아본부에게 공통경비를 과소지급한 사실은 앞에서 본 바와 같으나, 피고 청장이 이러한 과소지급액을 추가로 원고의 손금에 산입하지 아니한 채 이 사건 과다공통경비만을 추가로 익금에 산입하였다는 사정만 가지고 이 사건 각 처분이 형평에 반한다고 보기는 어렵고, ② 2000 사업연도의 이 사건 과다공통경비(46,450,633원)가 비교적 소액이라는 사정만 가지고 이에 대한 법인세 부과처분이나 소득처분이 지나치게 가혹하다고 볼 수는 없으므로, 결국 원고의 이 부분 주장들도 받아들일 수 없다.
3) 소결론
따라서 이 사건 각 처분 중 이 사건 과다사용료를 이유로 한 부분은 위법한 반면, 이 사건 과다공통경비를 이유로 한 부분에는 원고의 주장과 같은 위법이 있다고 할 수 없다.
3. 결 론
 그렇다면, 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 피고 서장의 2001 사업연도 법인세 부과처분 및 피고 청장의 2002년 귀속 이전소득금액(배당)통지의 취소를 구하는 범위 내에서 이유 있으므로 인용하고 나머지 부분은 모두 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 이경구(재판장) 이진석 정욱도