취득세 등 부과처분 취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2021.10.01 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 제1심판결을 취소한다.
2. 피고가 2019. 4. 15. 원고에 대하여 한 취득세 1,021,678,670원, 지방교육세 102,167,870원, 농어촌특별세 51,083,930원, 가산세 126,841,390원 합계 1,301,771,860원의 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
【이유】
1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는 아래와 같이 고치는 외에는 제1심판결의 이유 중 해당 부분(제1심판결문 제2면 제6행부터 제4면 10행까지)의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

[고치는 부분]

○ 제1심판결문 제2면 제8~9행의 “「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다)”를 “「구 민간임대주택에 관한 특별법(2018. 12. 18. 법률 제16000호로 개정되기 전의 것」(이하 ‘구 민간임대주택법’이라 한다)”로 고치고, 제2면 제18행, 제3면 제6~7행, 제4면 제6~7행, 제7면 제5행의 각 “민간임대주택법”을 각 “구 민간임대주택법”으로 고친다.

○ 제1심판결문 제2면 제9~10행의 “「서울시 역세권 청년주택 공급지원에 관한 조례」”를 “「구 서울시 역세권 청년주택 공급지원에 관한 조례(2018. 10. 4. 서울특별시 조례 제6936호로 개정되기 전의 것)」”으로 고친다.

○ 제1심판결문 제2면 제20행의 “법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 따라”를 “구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조의2 제1항 제9호에 따라”로 고친다.

○ 제1심판결문 제3면 제5행의 “2019. 1. 17.”을 “2019. 1. 15.”로 고치고, 제3면 제8행의 “피고는” 다음에 “2019. 1. 17.”을 추가한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 감면규정 중 “해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여”라는 부분(이하 ‘임대목적물 등록요건’이라 한다)은 ‘기존 임대사업자’가 추가로 임대목적물을 취득하는 경우에 이 사건 감면규정이 적용될 수 있도록 그 대상을 확대하려는 취지에서 도입된 것으로, ‘신규 임대사업자’에 해당하는 원고에게는 적용될 여지가 없다. 더욱이 공공지원 민간임대주택의 신규 임대사업자가 사업시행자로 지정받기 위해서는 관계기관과의 협의, 환경 등 평가 협의, 주민 의견 청취, 도시계획위원회 등의 절차를 거쳐야 하고, 만약 도시ㆍ군 기본계획이 변경될 경우에는 공청회와 지방의회의 의견 청취 등 절차까지도 거쳐야 하는바, 신규 임대사업자가 60일 이내에 사업시행자 지정절차를 완료하는 것은 법률적ㆍ사실적으로 불가능하다. 따라서 공공지원 민간임대주택의 신규 임대사업자에 해당하는 원고에게는 이 사건 감면규정 중 임대목적물 등록요건은 적용되지 않는 것으로 보아야 한다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

2) 설령 이 사건 감면규정의 임대목적물 등록요건이 원고에게도 적용된다고 하더라도, 피고가 아무런 법률적 근거 없이 임대목적물이 기재되지 않은 임대사업자 등록증을 원고에게 발급한 것은 위법하다. 또한 납세의무 성립요건은 법률이 정한 규정에 따라 확정적으로 결정되어야 하고 그 성립 여부가 행정관청의 절차 지연 여부에 의하여 결정되는 것은 부당하므로, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 60일 이내인 2019. 1. 15. 피고에게 임대목적물 등록신청을 하였음에도 피고 및 유관 행정기관의 내부사정으로 그 등록절차가 지연된 이상, 원고는 이 사건 감면규정의 임대목적물 등록요건을 갖추었다고 보아야 한다(이하 ‘제2주장’이라고 한다). 

3) 만약 이 사건 감면규정 중 임대목적물 등록요건에 관한 부분을 이유로 이 사건 감면규정이 원고의 이 사건 토지 취득에 적용되지 않는다고 해석한다면, 이는 비례의 원칙을 위반한 것이고 재산권 및 직업의 자유에 대한 부당한 침해일 뿐만 아니라 자기 책임의 원칙 및 조세평등주의 원칙에도 반하여 헌법에 위배된다(이하 ‘제3주장’이라 한다). 

4) 설령 이 사건 토지에 대하여 취득세 등이 부과된다고 하더라도, 원고는 이 사건 토지 취득일로부터 60일 이내에 이 사건 토지를 임대목적물로 등록하기 위하여 최선을 다하였음에도 행정청 내부의 의사결정 지연이라는 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 사유로 임대목적물 등록을 마치지 못하게 된바, 원고에게는 가산세를 면할 정당한 사유가 인정된다 할 것이므로, 가산세를 부과할 수 없다(이하 ‘제4주장’이라 한다). 

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제1주장에 대한 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 아래와 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 중 해당 부분(제1심판결문의 제6면 제16행부터 제8면 제10행까지 부분)의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

[추가하는 부분]

○ 제1심판결문 제8면의 제10행과 제11행 사이에 다음과 같은 내용을 추가한다.

『이에 더하여 이 사건 감면규정의 취지가 임대주택의 건설 및 분양을 촉진하여 서민의 장기적인 주거생활의 안정을 도모하기 위한 것임을 종합하여 볼 때, 임대목적물 등록요건이 추가된 것은 특별히 기존 임대사업자에게만 요건을 추가하는 취지라기보다, 지방세의 감면을 받고자 하는 임대사업자(신규 임대사업자 포함)는 당연히 해당 임대용 부동산을 그 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 하여야 한다는 전제하에, 기존 임대사업자가 임대주택을 추가 취득하는 경우에도 해당 임대주택을 임대목적물로 추가함으로써 지방세 감면을 받을 수 있음을 명시하고자 한 취지라고 봄이 타당하다. 

④ 원고는, 원고와 같은 공공지원 민간임대주택 개발사업자의 경우에는, 사업 예정부지 내 부동산을 취득한 후 60일 이내에 사업시행자 지정절차를 완료하거나 나아가 임대목적물 등록절차까지 완료하는 것이 사실상 불가능하여, 이 사건 감면규정 중 임대목적물 등록요건의 적용이 배제되어야 한다는 취지의 주장도 하고 있다.

살피건대, 구 민간임대주택법 제22조 내지 제26조는 공공지원 민간임대주택 사업에서 공급촉진지구를 지정 및 변경하는 경우에 요구되는 절차를 규정하고 있는데, 구 민간임대주택법 제24조 제2항 각호에 따른 별도의 전략환경영향평가, 재해영향평가 등 협의의 기간은 ‘30일 이내’로 정하여져 있다. 그리고 구 민간임대주택법 제25조에서 촉진지구 지정을 위한 주민 및 관계 전문가 등의 의견 청취와 전략환경평가를 위한 주민 등의 의견 수렴을 동시에 할 수 있도록 규정하는 등 위 협의 절차를 나머지 절차와 동시에 또는 병행하여 진행하는 것이 불가능해 보이지도 않으므로, 사업시행자 지정 및 촉진지구 지정절차에 반드시 60일 이상이 소요된다고 단정할 수는 없다. 

나아가 이 사건 사업의 경우에는 시행자가 변경되면서 도시ㆍ군 기본계획이 함께 변경되지도 아니하였으며, 원고가 이 사건 토지를 취득함과 동시에(또는 그 직후에) 이 사건 사업의 시행자 변경(재지정)을 신청하는 것이 금지되어 있거나 불가능하였다고 보기도 어렵다. 

또한 설령 원고 주장과 같이, 서울특별시가 이 사건 감면규정과 관련하여 “제도ㆍ법령 건의사항”을 제출하여, ‘인허가기간은 사업여건에 따라 60일을 초과하는 경우가 많아, 신축을 통해 실질적인 공급량 증가에 기여하는 건설임대주택은 취득세를 감면받는 것이 사실상 불가능하므로, 건설임대주택의 경우 임대사업자 등록기한을 1년으로 연장하여 취득세 감면 적용요건을 완화해야 한다’는 취지의 개정 의견을 밝혔다고 하더라도, 실제로 관계 법령이 위 의견과 같이 개정되지 아니한 상황에서 위와 같은 사정만으로 이 사건 토지의 취득 당시 시행ㆍ적용되던 이 사건 감면규정이 ‘건설임대주택을 신축하는 신규 임대사업자’에게는 적용되지 않는다고 제한적으로 해석할 수 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.』

2) 제2주장에 대한 판단 

원고가 이 사건 토지를 취득한 데에 대하여 지방세(취득세 등)를 감면해 주는 이 사건 감면규정을 적용하기 위하여는, 원고가 이 사건 감면규정에서 정하고 있는 ‘민간임대주택법에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다)’에 해당되어야 한다. 

이 사건의 경우, 원고가 이 사건 토지 취득일(2018. 11. 20.)부터 60일 이내인 2019. 1. 17. 피고로부터 임대사업자 등록증(갑 제4호증)을 발급받은 사실(이하 ‘이 사건 임대사업자 등록’이라고 한다)은 당사자 사이에 다툼이 없다.

그런데 이 사건 임대사업자 등록(2019. 1. 17.자)에 대하여, 원고는 이 사건 감면규정에서 정하고 있는 요건을 모두 충족한(임대목적물 등록요건도 충족한) 임대사업자 등록을 한 것이므로 이 사건 감면규정이 적용되어야 한다고 주장하는 반면, 피고는 이 사건 임대사업자 등록은 임대목적물 등록요건을 갖추지 못한 것이어서 이 사건 감면규정에서 정하고 있는 요건을 충족하지 못하였으므로 이 사건 감면규정을 적용할 수 없다고 주장하므로 살펴본다. 

가) 관련 규정

○ 구 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 의하면, 위 법에서 정하는 ‘임대사업자’는 공공주택사업자가 아닌 자로서 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 대통령령이 정하는 기준과 절차에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 등록을 한 자를 의미한다. 

○ 구 민간임대주택법 시행령(2018. 12. 31. 대통령령 제29460호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1항은 ‘민간임대주택법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각호와 같다.’고 규정하면서, ① 같은 항 제2호에서 ‘민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자’라고 규정하고, 다시 같은 호 가목에서 ‘민간임대주택을 건설하기 위하여 주택법 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 자’라고 규정하고 있으며, ② 같은 항 제3호에서 ‘민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 제2호 외의 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자’라고 규정하고, 다시 같은 호 다목에서 ‘구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 투자회사’라고 규정하고 있다.

○ 구 민간임대주택법 시행규칙(2018. 12. 31. 국토교통부령 제573호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항은, 민간임대주택법 제5조 제1항 및 같은 법 시행령 제4조 제3항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자가 제출할 서류로, ① 시행령 제4조 제1항 제2호 가목의 경우에는 주택사업계획승인서 사본을(제1호), ② 시행령 제4조 제1항 제3호 다목의 경우에는 투자회사임을 확인할 수 있는 서류 사본을(제6호) 각 제출하도록 정하고 있다. 

나) 인정사실

갑 제2 내지 10, 19, 21 내지 29호증, 을 제5, 9, 10, 11호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 서울특별시 주택공급과 및 영등포구청에 대한 각 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실들을 인정할 수 있다.

○ 원고는 이 사건 토지에 관하여 주택건설사업계획승인을 받은 ○○○○○○○○에 의하여, 이 사건 사업의 수행을 위한 자산의 매입 및 운용, 계약의 체결 등을 목적으로 설립된 프로젝트 금융투자회사로서, 당초부터 이 사건 토지를 취득하여 그 지상에 공공지원민간임대주택을 건축한 후 이를 임대하기 위한 목적으로 2018. 11. 5. 설립되었다. 

원고는 2018. 11. 20. 이 사건 토지에 관하여 종전 토지소유자이자 사업시행자(공동)이던 ○○○으로부터 소유권이전등기를 받았으며, 같은 날 바로 피고에게 이 사건 토지를 임대목적물(민간임대주택의 소재지)로 하여 임대사업자 등록신청을 하면서(이하 ‘이 사건 1차 등록신청’이라고 한다), 위와 같은 내용을 확인할 수 있는 법인등기사항증명서 및 정관 등을 함께 제출하였다. 

원고는 이 사건 1차 등록신청 당시, ○○○○○○○○ 및 이 사건 토지의 종전 소유자인 ○○○이 승인받은 사업계획의 내용에 따라 이 사건 토지를 ‘민간임대주택의 소재지’로 하여 이 사건 토지에 건설될 임대주택의 각 유형별, 면적별 세대 수를 상세하게 기재한 임대사업자 등록신청서를 제출하면서, 위 신청서에 ○○○○○○○○ 및 ○○○ 명의로 받은 주택건설사업계획승인서 사본 및 서울특별시 승인고시 사본을 첨부함으로써(위 주택건설사업계획승인서 및 서울특별시 승인고시에는 이 사건 사업에 따라 건설될 임대주택의 소재지, 유형, 면적, 세대수 등이 확정되어 있고 이를 확인할 수 있다) 이 사건 토지를 이 사건 사업과 관련하여 민간임대주택으로 등록할 임대목적물로 특정하였다.

○ 원고는 위와 같은 목적으로 설립된 후, 이 사건 사업의 시행을 위하여 이 사건 토지를 ○○○으로부터 취득하고 위와 같이 임대사업자 등록신청(이 사건 1차 등록신청)을 하였는데, 피고는 ‘주택건설사업계획승인서 상의 명의인(사업시행자)과 임대사업자등록 신청 명의인이 다르다’는 이유로 위 등록신청을 처리하지 않은 채 보류하였고, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 사업에 관한 사업시행자 변경(종전 ‘○○○○○○○○ 및 ○○○’에서 ‘○○○○○○○○ 및 원고’로 변경)이 지연되자, 원고는 피고 측 담당자의 의견 등을 고려하여 일단 1차 등록신청을 취하하고 추후 사업시행자 변경에 따라 원고가 사업시행자 지위를 취득하면 다시 임대사업자 등록신청을 하기로 하여, 2018. 12. 7.경 이 사건 1차 등록신청을 취하하였다.

○ 이 사건 토지의 소유권 이전에 따른 이 사건 사업의 시행자를 변경(지위 이전)하는 것은 서울특별시 주택공급과에서 담당하는 업무인데, 그 사업시행자 변경 방법(절차)에 관하여, ‘이 사건 사업의 시행자를 종전 사업시행자(종전 토지소유자)에서 새로이 이 사건 사업 수행을 위하여 토지를 취득한 자(현재 토지소유자)로 단순히 변경하는 방법’과 ‘종전 사업시행자(종전 토지소유자)에 대한 사업시행자 지정을 취소하고, 다시 필요한 절차를 거쳐서 현재 토지소유자(토지취득자)를 새로이 사업시행자로 재지정하는 방법’ 중 어느 방법에 의할 것인지에 관하여 서울특별시의 방침이 정해지지 않은 채 담당 부서나 관계자들 사이에서 논의 내지 검토가 지속되면서1), 이 사건 사업의 시행자를 ○○○에서 원고로 변경(재지정)2) 하는 절차가 계속 지연되었다.

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1) 당시에 서울특별시의 처리방침이 정해지지 않았다는 점은, ○○○○○○○○의 이사로서 이 사건 사업에 관여한 정하진의 진술서의 기재나, 서울특별시가 위 처리방침에 관하여 2019. 2. 1. 국토교통부에 질의(갑설, 을설의 대립의견 기재 포함)를 하여 2019. 2. 13. 그 질의내용에 대한 회신을 받은 점 등을 통해 확인할 수 있다(갑 제7, 8, 21호증 참조). 

2) 구체적으로는, 공동사업시행자로서, 종전의 ‘○○○○○○○○ 및 ○○○’에서 ‘○○○○○○○○ 및 원고’로 변경(재지정)하는 것이다.

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○ 원고가 이 사건 감면규정에 기한 지방세 감면 혜택을 받기 위해서는 이 사건 토지를 취득한 2018. 11. 20.부터 60일이 되는 2019. 1. 19.이 경과하기 전까지 임대사업자 등록이 이루어져야 할 것인데, 위와 같이 사업시행자 변경 내지 재지정과 관련한 서울특별시의 처리방침이 정해지지 않자, 원고는 2019. 1. 15. 이 사건 사업시행자로 지정(변경 내지 재지정)이 되지 않은 상태에서 다시 이 사건 토지를 임대목적물로 기재하여 임대사업자등록 신청을 하였다(이하 ‘이 사건 2차 등록신청’이라고 한다). 

원고는 이 사건 2차 등록신청 당시 원고의 사업자등록증과 정관 등 투자회사임을 확인할 수 있는 서류의 사본을 첨부하여 제출하는 한편,3) 이 사건 토지를 ‘민간임대주택의 소재지’로 기재하여 이 사건 토지를 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 하여 줄 것을 피고 측에 요청하였다. 한편 이 사건 2차 등록신청 당시 임대사업자 등록신청서에 첨부된 위임장4)의 ‘민원내용’란에는 “상기 위임법인은 [민간임대주택에 관한 특별법 시행령] 제4조 제1항 3호 다목 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 따른 ‘투자회사’로서 영등포구 ○○○○○(○○○○○) 소재 사업장에 [민간임대주택에 관한 특별법] 제2조 제5항 ‘장기일반민간임대주택’ 사업자로 등록하고자 합니다.”라고 기재되어 있다. 

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3) 원고는, 이 사건 2차 등록신청 당시에도 이 사건 1차 등록신청 때와 동일하게 서류를 제출하였다는 취지의 주장을 하고 있으나(원고의 2021. 4. 13.자 준비서면의 제24면, 2021. 5. 21.자 참고서면의 제7면 등 참조), 을 제5호증의 기재에 의하면 이 사건 2차 등록신청 당시 원고가 원고의 법인등기부등본, 사업자등록증 및 정관 등을 제출한 사실은 인정되나, 그 외에 주택건설사업계획승인서(○○○○○○○○와 ○○○이 사업시행자로 되어 있는 것) 사본이나 서울특별시 승인고시 사본도 첨부하어 제출하였음을 인정할 만한 자료는 없다.

4) 을 제5호증의 제4면 참조.

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그러나 피고의 담당자(주택과)는, ‘“이 사건 토지를 임대목적물로 하여” 임대사업자 등록을 할 수 있는지’에 관하여는 국토교통부에 질의를 하여 그 회신결과에 따라 처리하기로 하면서 일단 내부 전산상으로만 이 사건 토지를 임대목적물로 가등록 해 놓은 채 임대목적물 기재(등록)가 없는 임대사업자 등록증(갑 제4호증)을 발급하였고(이 사건 임대사업자 등록이다), 그 후 국토교통부에 대한 질의 및 그 회신(갑 제5, 6호증)에 따라 원고에게 ‘이 사건 토지를 임대목적물로 하여 등록’하는 것은 불가하다고 통보하고 내부 전산상 임대목적물로 가등록해 놓았던 이 사건 토지를 삭제하였다.

○ 국토교통부는, 서울특별시의 ‘촉진지구 시행자 변경 및 재지정 절차에 관한 질의(2019. 2. 1.자)’에 대하여는 2019. 2. 13.에, 영등포구청의 ‘임대목적물 등록 가능 여부에 관한 질의(2019. 1. 23.자)’에 대하여는 2019. 4. 1.에 각 회신을 하였고, 원고는 위 각 질의에 대한 국토교통부의 각 회신이 모두 이루어진 직후인 2019. 4. 3. 서울특별시에 이 사건 사업에 관한 기존 사업시행자 지정을 취소하고 사업시행자를 재지정하는 절차를 요청하여, 2019. 5. 30. 서울특별시 고시 제2019-167호로 원고를 이 사건 사업의 시행자로 재지정하는 내용의 주택건설사업계획변경 승인을 받았다.

○ 위 서울특별시 고시 제2019-167호(갑 제10호증)의 기재에 의하면 “역세권 청년주택(공공지원 민간임대주택) 공급촉진지구의 원활한 사업 진행 및 공공지원 민간임대주택의 공급ㆍ관리업무를 수행하기 위해 시행자가 출자한 투자회사 및 주택건설사업자(기존 시행자)의 공동시행으로 변경”되고, “시행자 재지정(변경) 절차 이행으로 사업시행기간이 연장”된 것 이외에는, 주택건설사업계획의 내용과 관련하여서는 달리 변경된 사항이 없다. 이에 따라 원고가 이 사건 사업의 시행자(공동시행자)가 된 이후에도 이 사건 사업은 당초 ○○○○○○○○와 ○○○ 명의로 받은 주택건설사업계획과 동일한 내용으로 진행되어, 2021. 5. 31.을 기준으로 공정률 22.4%의 공정이 진행되었다. 

○ 한편 원고는 위와 같이 이 사건 사업의 시행자로 재지정된 이후에 2019. 8. 14. 당시 관할 행정청인 마포구청장에게 임대사업자 등록사항 변경신청을 하였고, 2019. 8. 25. 마포구청장은 원고에 대하여 이 사건 토지를 임대목적물로 한 임대사업자등록(등록사항 변경)을 하였다. 

다) 구체적 판단

(1) 이 사건 임대사업자 등록 경위

앞서 본 바와 같은 원고의 설립 경위 및 이 사건 토지의 취득 경위, 원고가 이 사건 1차 등록신청을 하였다가 이를 취하하고 다시 이 사건 2차 등록신청을 하게 된 경위 내지 그 경과, 원고가 이 사건 2차 등록신청 당시 원고의 법인 등기부등본, 사업자등록증, 정관 등 원고가 투자회사임을 확인할 수 있는 서류들을 제출한 점, 이 사건 2차 등록신청 당시 임대사업자 등록신청서에 첨부된 위임장의 ‘민원내용’란에 기재한 위 내용 등을 위 관련 규정의 문언과 내용 등에 기초하여 살펴볼 때, 원고는 이 사건 2차 등록신청 당시 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호 다목에 해당하는 투자회사로서 이에 근거하여 임대사업자 등록을 신청하였고, 피고는 이 사건 2차 등록신청에 대하여 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호 다목에 근거하여 이 사건 임대사업자 등록을 한 것으로 봄이 타당하다.

이에 대하여 원고는, 이 사건 2차 등록신청 당시 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제2호 가목에 근거하여 임대사업자 등록을 신청한 것이라는 취지의 주장을 하나, 앞서 본 바와 같이 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제2호 가목에 해당하려면 ‘(민간임대주택을 건설하기 위하여) 주택법 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 자’임을 요건으로 하고 있는데, 원고는 이 사건 2차 등록신청 당시에 위 요건을 갖추고 있지 못하였던 점, 원고가 이 사건 1차 등록신청을 하였다가 신청취하를 한 것도 원고가 당시에 ‘주택법 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 자’에 해당하지 못하였음이(원고 앞으로 사업시행자 명의가 변경 내지 재지정되지 못하였음이) 주된 이유였던 것으로 보이는 점, 원고는 여전히 원고 앞으로 사업시행자 명의가 변경(재지정)되지 못한 상태에서 이 사건 감면규정에서 정하고 있는 기한(이 사건 토지 취득일로부터 60일 이내)이 다가오자 이 사건 2차 등록신청을 한 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다(다만, 원고의 위 주장을, ‘원고가 이 사건 2차 등록신청 당시, 주위적으로는 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제2호 가목에 근거하여 신청한 것이고, 예비적으로는 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호 다목에 근거하여 신청한 것’이라고 선해하여 볼 수 있고, 이와 같이 보더라도, 원고가 이 사건 2차 등록신청 당시 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호 다목에 해당하는 투자회사로서 이에 근거하여 임대사업자 등록을 신청한 것으로 보는 것이 타당하다는 판단은 마찬가지이다).

(2) 임대목적물 등록요건에 관한 판단

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조). 

위 법리에 기초하여 살피건대, 이 사건 감면규정의 목적, 취지, 문언과 내용, 구 민간임대주택법령의 규정 취지, 문언과 내용, 그리고 앞서 본 이 사건의 특별한 사정 등을 종합해 보면, 이 사건의 경우, 다음과 같은 이유에서, 비록 원고가 구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호 다목에 해당하는 투자회사로서 임대사업자 등록을 신청하였고 이에 대하여 피고가 임대사업자 등록증에 해당 임대용 부동산(이 사건 토지)을 기재하지 않은 채 임대사업자 등록을 하였다고 하더라도, 임대사업자 등록 신청 당시에 실질적으로 원고는 이 사건 사업의 시행자 지위를 승계하여 사업을 시행할 자로서, 종전의 사업시행자가 이미 승인받은 사업계획에 따라 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 상황에서 이 사건 토지를 임대목적물로 특정하여 임대사업자 등록을 신청한 것이므로, 그 임대사업자 등록 신청 및 이에 따른 등록 당시에 (비록 이 사건 임대사업자 등록증에 이 사건 토지가 임대목적물로 특정되어 기재되지 않았다고 하더라도) 이미 원고는 이 사건 감면규정 상 임대목적물 등록요건을 충족하였다고 봄이 타당하다(이와 달리 ‘구 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제2호에 기해 임대사업자 등록을 하는 경우에만 임대목적물 등록요건을 충족할 수 있고, 같은 항 제3호에 기해 임대사업자 등록을 하는 경우에는 임대목적물 등록요건을 충족할 수 없다’는 취지의 피고 주장은 받아들일 수 없다). 

○ 이 사건 감면규정의 취지는 임대주택의 건설 및 분양을 촉진하여 서민의 장기적인 주거생활의 안정을 도모하기 위하여 임대사업자가 취득한 임대주택에 대하여 취득세 등 감면의 혜택을 주되, 그 감면 대상 범위를 일정한 기준에 따라 제한하기 위한 것으로서, 구 민간임대주택법에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우)를 그 대상으로 하고 있다. 

○ 이 사건 감면규정은, 그 개정 전에는 ‘임대목적물 등록요건’이 포함되어 있지 않다가 2016. 12. 27. 해당 조문의 개정을 통하여 ‘임대목적물 등록요건’이 추가되었다. 이는 기존 감면 대상 임대사업자가 임대용 부동산을 추가로 취득한 경우에도 이 사건 감면규정이 적용될 수 있음을 명확히 하는 한편,5) 개정 전에는 단순히 ‘임대용 부동산의 취득’과 ‘임대사업자 등록’만을 일정 기한 내에 하면 감면 요건을 충족한 것으로 정하였던 것에 비교하여, 개정 후에는 ‘취득한 해당 부동산(임대용 부동산)을 임대사업의 목적물로 특정하여’ 일정한 기한 내에 임대사업자 등록을 하는 경우에만 이 사건 감면규정을 적용하도록 한 것으로 해석함이 타당하다.

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5) 갑 제11호증의 기재 등 참조. 다만, 위와 같은 개정 경위를 고려하더라도, 이 사건 감면규정의 규정 취지, 내용, 문언 등을 고려해 볼 때 이 사건 감면규정은 기존 임대사업자뿐만 아니라 신규 임대사업자에게도 적용된다고 봄이 타당하다. 

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○ 이 사건 감면규정을 적용받기 위해서는 임대용 부동산 취득일로부터 60일 이내에 민간임대주택법령에 따라 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록이 되어야 하는데, 민간임대주택법 제5조에 의하여 임대사업자등록의 기준과 절차 등에 필요한 사항을 정하고 있는 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항은 ‘민간임대주택법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자’에 관하여, ① 민간임대주택으로 등록할 주택을 소유한 자(제1호), ② 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(제2호), ③ 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 제2호 외의 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(제3호)를 그 대상으로 정하고 있다. 따라서 위 각 호(민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 각호)에 해당하는 경우 위 규정에 따라 임대사업자등록을 할 수 있는데, 나아가 어떠한 경우에 해당 임대용 부동산을 ‘임대목적물로 하여’ 임대사업자등록을 할 수 있는지에 관하여는 그 기준이나 절차를 명확하게 규정하고 있지 않다(피고는, 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 해당 임대용 부동산을 ‘임대목적물로 하여’ 임대사업자 등록을 하고, 같은 항 제3호에 해당하는 경우에는 해당 임대용 부동산을 ‘임대목적물로 하지 않은 채’ 임대사업자 등록을 하여야 한다는 취지의 주장을 하고 있으나, 위 법령에서 그와 같은 기준이 바로 도출된다고 보기는 어렵다).

○ 한편, 앞서 본 바와 같은 이 사건 감면규정의 취지나 내용, 관련 민간임대주택법령의 문언과 내용 등을 종합해 보면, 이 사건 감면규정 상 임대목적물 등록요건을 갖추었는지 여부를 판단함에 있어 임대사업자 등록증에 임대목적물이 특정되어 기재되었는지 여부가 필수적인 요소라고 볼 것은 아니다(즉, 통상적으로 임대사업자 등록증에 임대목적물이 특정되어 기재되어 있는 경우에는 임대목적물 등록요건을 갖추었다고 볼 수 있지만 이는 하나의 증명방법일 뿐이며, 그 기재가 없다고 하더라도 당연히 임대목적물 등록요건을 갖추지 못한 것으로 볼 것은 아니고, 구체적인 실체관계를 살펴보아 판단할 수 있다는 의미이다).

따라서, 임대목적물 등록요건의 충족 여부를 판단함에 있어서는, 임대사업자 등록증에 임대목적물이 특정되어 기재되어 있지 않더라도, 임대사업자 등록신청 당시 그 등록 신청인(임대사업자)이 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 상황에서(즉, 임대사업자가 해당 임대용 부동산을 특정하여 이를 해당 임대사업의 목적물로 삼아 구체적인 임대사업을 영위할 것이 확실시되는 상황에서) 해당 임대용 부동산을 ‘임대목적물로 하여’ 임대사업자 등록신청을 한 것인지 여부를 구체적으로 살펴서 판단함이 타당하다.

○ ‘통상적으로, 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 해당 임대사업자가 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 경우가 많고, 같은 항 제3호에 해당하는 경우에는 그러한 계획이 확정되어 있다고 보기 어려운 경우가 많다’는 사정이나, ‘민간임대주택법 시행규칙 제2조에서 임대사업자 등록신청 시 제출하는 서류를 위 시행령 제4조 제1항 각 호에 따라 달리 정하고 있다’는 사정 등만으로는 위와 같이 판단하는 데에 장애가 되지 아니한다. 

또한, 이 사건 임대사업자 등록에 관한 피고의 질의에 대한 국토교통부의 회신(갑 제6호증) 내용과 관련하여, 피고나 법원이 위 회신 내용에 기속되어야 할 의무가 있는 것도 아니고, 위 회신 내용에 의하더라도 ‘해당 사항은 지방세 감면에 관한 사항으로서 행정안전부에 문의하는 것이 적절하다’는 취지이므로, 어느 모로 보나 위 국토교통부의 회신만으로는 위와 같이 판단하는 데에 방해가 되지 아니한다.

○ 앞서 인정사실에서 본 바에 의하면, 원고는 오로지 이 사건 토지 등을 임대목적물로 하여 임대사업을 시행하기 위하여 설립된 법인이고, 임대사업 시행을 위하여 이 사건 토지를 종전 소유자이자 종전 사업시행자인 ○○○으로부터 취득하였으며, 원고가 ○○○의 지위를 승계하여 이 사건 사업의 시행자로 변경(재지정)되는 데에 아무런 장애가 없는 상황이었고, 이 사건 사업은 이미 서울특별시장의 사업계획승인 및 고시 등을 통하여 그 구체적 내용이 특정되어 있었고 이를 함부로 변경, 폐지할 수 없는 상황이었으며, 피고도 원고가 제출한 임대사업자 등록신청 서류를 통하여 이러한 사정을 확인할 수 있는 상태였다[더욱이 피고로서는, ‘원고가 사실상 “민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자” 중 “주택법에 따른 사업계획승인을 받은 자”로서(민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제2호 가목에 기하여) “임대목적물을 특정하여” 임대사업자로 등록하려고 하였으나, 행정청(서울특별시)의 처리방침이 정해지지 않음에 따른 사업시행자 명의 변경(재지정) 절차 지연 문제로 사업계획승인의 명의자(사업시행자 재지정)가 되지 못하여 부득이 “민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호 다목”에 기하여 임대사업자등록 신청을 하되 여전히 위와 같은 이유에서 “이 사건 토지를 임대목적물로 하여” 등록신청을 하는 것‘임을 알고 있었던 것으로 보이고,6) 피고도 그러한 사정을 고려하여 이 사건 임대사업자 등록을 할 당시에 내부 전산상으로는 이 사건 토지를 임대목적물로 가등록을 하였었다가, 추후 국토교통부의 질의회신 등을 이유로 위 가등록을 삭제하였던 것으로 보인다].

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6) 갑 제5호증의 기재에 의하더라도 피고는 이 사건 임대사업자 등록 당시 위와 같은 사정을 모두 알고 있었고, 이를 전제로 이 사건 임대사업자 등록을 한 후, 국토교통부에 관련 질의를 한 것으로 보인다.

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○ 이 사건 임대사업자 등록 이후에, 결국 위와 같은 이 사건 토지의 소유권 이전에 따라 원고가 이 사건 사업의 사업시행자로 재지정되었고, 원고에 대하여 이 사건 토지를 임대목적물로 하여 임대사업자 등록(변경)이 이루어졌으며, 이 사건 사업은 실제 사업계획의 내용(사업시행자 및 사업기간 제외)은 달라진 것 없이 예정대로 진행되고 있는 바, 위와 같은 사정들은 이 사건 임대사업자 등록 이후의 사정으로서 위 판단에 직접적인 영향을 미치는 것은 아니지만, 위와 같은 사정들에 비추어 보더라도, 이 사건 임대사업자 등록 당시 이미 원고가 임대목적물 등록요건을 갖추고 있었다고 보는 데에 무리가 없다. 

○ 이 사건과 유사한 사안에서, 민간임대주택 개발사업자가 사업시행자로 지정ㆍ고시되기 이전임에도 관할 행정청이 민간임대주택 개발사업자에 대하여 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 한 사례도 찾아볼 수 있다(갑 제16 내지 18호증 참조).

(3) 이 사건 감면규정의 적용 여부에 관한 판단

앞서 본 바와 같이, 원고는 이 사건 토지를 취득한 날로부터 60일 이내에 이 사건 임대사업자 등록을 하였는데, 당시 원고는 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 상황에서 이를 확인할 수 있는 자료와 함께 해당 임대용 부동산인 이 사건 토지를 임대목적물로 특정하여(즉 임대목적물 등록요건을 충족한 상태에서) 이 사건 임대사업자 등록을 신청하였고, 피고는 이 사건 임대사업자 등록을 하면서 이 사건 임대목적물이 기재되지 않은 이 사건 임대사업자 등록증을 교부하였다. 

이 사건의 쟁점인 ’원고에게 이 사건 감면규정을 적용하여 조세감면의 혜택을 인정할 것인지 여부‘를 판단함에 있어서는, 앞서 본 바와 같은 이 사건 감면규정의 취지와 이 사건의 특별한 사정들을 종합하여 고려해 볼 때, 비록 이 사건 임대목적물이 기재되지 않은 이 사건 임대사업자 등록증이 발급되었다고 하더라도, 이 사건의 경우 원고로서는 이 사건 토지의 취득일로부터 60일 이내에 이 사건 토지를 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 한 것으로(즉, 이 사건 감면규정을 적용받을 수 있는 것으로) 봄이 타당하다. 

3) 소결론 

원고가 이 사건 감면규정(그 중 임대목적물 등록요건)을 충족하지 못하였음을 전제로 한 이 사건 처분 중 각 본세(취득세, 지방교육세, 농어촌특별세)에 관한 각 부과처분은 모두 위법하여 취소되어야 하고, 위 각 본세에 관한 각 부과처분이 위법하여 취소되는 이상, 이 사건 처분 중 각 가산세에 관한 부과처분 역시 위법하여 취소되어야 한다.

그리고 위와 같이 이 사건 처분이 모두 위법하여 취소되어야 한다고 판단하는 이상, 원고의 나머지 주장(제3, 4주장)에 관하여는 나아가 판단하지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 원고의 이 사건 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.