양도소득세 환급경정 거부 처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2009.12.17 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 영등포세무서장
【변론종결】2009. 11. 26.
【주 문】
 1. 피고가 2008. 8. 12. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 9,338,590원의 환급경정거부처분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가.(1) 원고는 2007. 12. 3. 한국토지공사에 수용(협의양도)된 인천 중구 중산동 (지번 생략) 토지 40,338㎡ 중 1,609.50㎡를 양도하고, 한국토지공사로부터 현금보상액 338,729,100원, 채권보상액 720,000,000원 합계 1,058,729,100원을 수령하였다. 원고는 2008. 2. 27. 1,058,729,100원을 위 토지의 양도가액으로 하여 양도소득세과세표준 예정신고 및 자진납부를 하였다(양도시기는 최종적으로 2008. 1. 18.로 수정되었다). 
 (2) 한편 위 채권보상액은 원고가 수용으로 인하여 취득한 보상채권{인천도시개발공사보상(영종)07-12, 토지개발337타14, 이하 ‘이 사건 보상채권’이라 한다}의 액면 합계이고, 이 사건 보상채권의 취득 당시의 평가차손은 28,822,824원이다.
 나.(1) 원고는 2008. 5. 1. 위와 같이 수용으로 인하여 취득한 보상채권의 취득시 발생한 평가차손 또는 매각차손(매각차손은 34,646,400원이나 평가차손을 한도로 한다)을 필요경비로 공제하거나 양도가액에서 차감하여 보상채권의 시가평가액을 양도가액으로 하여야 한다고 주장하면서, 피고에게 2008년 귀속 양도소득세 9,338,590원을 환급해 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였다.
 (2) 이에 피고는 2008. 8. 12. 수용으로 취득한 보상채권의 평가차손 또는 매각차손은 소득세법시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제5항 규정에 의한 필요경비로 볼 수 없으며, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(2008. 3. 28. 법률 제9053호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의해 적정한 평가과정을 거쳐 당사자 사이의 계약에 의하여 확정한 매매금액(실지거래가액)으로 양도가액을 산정한 당초 원고의 신고내용이 적법하다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 8호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 이 사건 보상채권의 평가차손 또는 매각손실은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제1항의 규정에 따라 현금기준으로 산정된 보상금을 같은 조 제7항에 따라 채권으로 지급하는 과정에서 불가피하게 발생한 수용에 필수적으로 부수하는 비용으로 소득세법 제97조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제163조 제5항 제1호의 ’자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용‘에 해당하므로 양도차익을 계산함에 있어 공제되는 필요경비에 해당한다.
 (2) 채권보상은 수용의 대가를 채권으로 보상하는 것으로서 원고의 이 사건 보상채권의 취득은 본인의 의사와 관계없이 현금보상금의 투기자금화를 방지하기 위한「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 취지에 따라 의무적으로 취득하는 것이므로 토지수용의 대가로 받은 것으로 보아야 한다. 따라서 채권보상의 경우 양도가액을 산정함에 있어서도 거래 당시의 가액을 평가하여 이를 양도가액으로 보아야 한다.
 나. 관련법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 먼저 원고의 위 가.(1) 주장에 관하여 본다. 소득세법 제97조 제1항 제4호는 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비 중 하나로 ‘양도비 등으로 대통령령이 정하는 것’을 규정하고 있고, 소득세법시행령 제163조 제5항 제1호는 "양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 ‘자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과「증권거래세법」에 의하여 납부한 증권거래세’라고 규정하고 있으며, 소득세법기본통칙 97-12는 ‘자산을 양도하기 위하여 지출하는 비용에는 자산을 양도하기 위한 계약서작성비용, 공증비용, 인지대, 소개비 등을 포함한다’고 규정하고 있는바, 위 각 법령 등의 규정 취지에 비추어 보면 ‘자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용’이란 계약서 작성비용, 공증비용, 인지대, 소개비 등 당해 자산을 양도하기 위하여 지출할 수밖에 없었던 비용을 의미한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고가 주장하는 사유만으로 이 사건 보상채권의 평가차손 또는 매각차손이 양도차익을 계산함에 있어 공제되는 필요경비로 볼 수 없다 할 것이므로 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 (2) 다음으로 원고의 위 가.(2) 주장에 관하여 본다. ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제1, 6, 7항, 같은 법률 시행령(2008. 4. 17. 대통령령 제20771호로 개정되기 전의 것) 제27조에 의하면, 사업시행자가 공익사업을 위하여 토지를 수용하는 경우 손실보상금은 원칙적으로 현금으로 지급하여야 하나, 일정한 경우 채권으로 지급할 수 있으며, 토지투기가 우려되는 지역의 부재 부동산소유자의 토지에 대한 보상금 중 1억 원을 넘는 부분에 대하여는 의무적으로 사업시행자가 발행하는 채권(토지보상채권)을 지급하도록 규정하고 있는바, 원고는 위 법령들이 규정한 토지투기가 우려되는 지역의 부재 부동산소유자로서 현금보상금의 투기자금화를 예방하기 위한 취지에 따라 강제적으로 이 사건 보상채권을 취득한 점, ② 자산의 양도로 인한 소득의 총수입금액을 양도가액이라 하고(소득세법 제95조), 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(실지거래가액)으로 하며(소득세법 제96조 제1항), 총수입금액을 계산함에 있어 금전 외의 것을 수입한 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액인 시가에 의하여 계산하여야 하는 점{소득세법 제118조, 제24조, 소득세법시행령 제51조, 소득세법시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 15호로 개정되기 전의 것) 제22조의2, 법인세법시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제89조 참조}, ③ 실무상 부동산거래와 관련되고 강제로 취득한다는 점에서 이 사건 보상채권과 유사한 성질을 갖는 국민주택채권의 경우 채권의 액면가액과 취득 당시 시장평가액의 차액을 취득비용으로 보았고, 매입비용과 이를 처분하여 회수한 금액의 차액을 주택의 취득을 위하여 지출된 필요경비로 보아 왔던 점, ④ 소득세법시행령 제163조 제5항 제2호에 의하면 자산을 취득함에 있어서 법령 등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기 전에 양도함으로써 발생하는 매각차손을 양도자산의 필요경비로 인정하여 주고 있는 점, ⑤ 이 사건 보상채권에 비록 확정된 이자율이 정해져 있다고 하더라도 만기가 정해져 있어 시장이자율이 변동함에 따라 취득 당시의 현재가치로 환산할 경우 채권의 액면금액보다 작은 것이 통상적인데, 보상채권의 액면가액을 양도가액으로 보는 것은 현금으로 보상을 받는 경우와 비교하여 합리적인 이유 없이 차별하는 것에 해당한다는 점 등에 비추어 보면, 강제적으로 이 사건 보상채권을 취득한 이 사건의 경우 채권보상시 보상금의 액수에 따라 보상채권의 액면가액 상당액을 지급받았다고 하더라도 보상채권의 액면가액을 양도가액으로 볼 것이 아니라 보상채권의 액면가액에서 취득시의 평가차손 또는 평가차손을 한도로 한 매각차손을 공제한 가액(시가)을 양도가액으로 봄이 상당하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 있고, 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
 3. 결론
 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 관련 법령 생략]

판사 전대규