부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2010.06.25 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 소순무외 3인)
【피고, 상고인】 양천세무서장 (소송대리인 법무법인 해마루 담당변호사 지기룡외 10인)
【원심판결】 서울고법 2007. 5. 22. 선고 2006누26495 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 관하여
 가. 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국세기본법’이라고 한다) 제65조 제1항, 제66조 제6항, 제81조는 이의신청이나 심사청구 또는 심판청구(이하 ‘이의신청 등’이라고 한다)에 대한 결정에 관하여 ‘이의신청 등이 신청기간 또는 청구기간이 경과한 후에 있었거나 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 신청이나 청구를 각하하는 결정을, 이의신청 등이 이유 없다고 인정되는 때에는 그 신청이나 청구를 기각하는 결정을, 이의신청 등이 이유 있다고 인정되는 때에는 그 신청이나 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 또는 필요한 처분의 결정을 한다’고 규정하고 있고, 제56조 제3항 본문, 제61조 제2항 본문, 제68조 제2항은 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간에 관하여 ‘이의신청을 거친 후 심사청구 또는 심판청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 하고, 행정소송은 행정소송법 제20조의 규정에 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정하고 있다.
 그런데 이의신청 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 처분청으로 하여금 하나의 과세단위의 전부 또는 일부에 관하여 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 후속 처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있다. 이에 따라 재조사결정을 통지받은 이의신청인 등은 그에 따른 후속 처분의 통지를 받은 후에야 비로소 다음 단계의 쟁송절차에서 불복할 대상과 범위를 구체적으로 특정할 수 있게 된다. 
 이와 같은 재조사결정의 형식과 취지, 그리고 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 복잡하고 전문적·기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성 등을 감안하면, 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없다. 
 그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이므로, 재조사결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이 상당하다. 
 이와 달리, 재조사결정에 따른 행정소송의 제소기간은 원칙적으로 납세자가 재결청으로부터 재조사결정의 통지를 받은 날부터 기산된다는 취지로 판시한 대법원 1997. 10. 24. 선고 96누10768 판결, 대법원 1998. 5. 26. 선고 98두3211 판결, 대법원 1999. 5. 28. 선고 99두1021 판결, 대법원 2007. 5. 10. 선고 2004두2837 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2005두3585 판결, 대법원 2009. 5. 28. 선고 2006두16403 판결 등을 비롯한 같은 취지의 판결들은 이 판결의 견해와 저촉되는 범위에서 이를 모두 변경하기로 한다.
 나. 원심판결 이유에 의하면, 원고가 2005. 6. 29. 피고에게 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 이의신청을 하자, 피고는 2005. 7. 27. 이 사건 재조사결정을 한 사실, 그 후 피고는 재조사결과 원고 등이 당초 조사내용을 번복할 자료를 제시하지 않았다는 이유로 이 사건 부가가치세 부과처분을 유지한다는 내용의 후속 처분을 하고, 2005. 10. 24. 원고에게 이를 통지한 사실, 이에 원고는 2005. 10. 28. 국세청장에게 이 사건 심사청구를 한 사실을 알 수 있다.
 이와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 심사청구는 원고가 피고로부터 이 사건 재조사결정에 따른 후속 처분의 통지를 받은 날인 2005. 10. 24.부터 90일 이내에 제기된 것으로서 적법하다고 할 것이다.
 다. 그렇다면 원심이 이 사건 심사청구가 적법한 기간 내에 제기되지 아니하여 이 사건 소가 부적법하다는 피고의 본안 전 항변을 배척한 결론은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 심사청구기간의 기산일 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 2. 상고이유 제2점에 관하여
 이 부분 상고이유는 결국 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택이나 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유가 될 수 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 이 판결에는 대법관 김영란, 대법관 양승태, 대법관 안대희의 별개의견이 있는 외에는 관여 법관들의 의견이 일치되었고, 대법관 이홍훈의 다수의견에 대한 보충의견이 있다.
 4. 대법관 김영란, 대법관 양승태, 대법관 안대희의 별개의견
 가. 다수의견은, 재조사결정이 이의신청 등에 대한 결정으로서 유효하다는 전제 아래 재조사결정은 그에 따른 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 보아, 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 재조사결정에 따른 심사청구기간 등이 기산된다고 한다. 그러나 재조사결정이 이의신청 등에 대한 결정으로서 유효하다는 다수의견의 전제는 다음과 같은 이유로 찬동할 수 없다.
 이의신청 등에 대한 결정은 다른 행정처분과는 달리 쟁송에 대하여 행하여진 판단행위로서 그 본질은 준사법행위이므로 다툼이 있는 사실관계나 법률관계를 확정하여 당해 분쟁을 해결하는 것이어야 한다. 그러나 재조사결정은 다툼의 대상인 사실관계나 법률관계에 관한 최종적인 판단이 결여되어 있다. 그리고 심사청구 또는 심판청구의 경우 상급기관 내지 독립된 심판기구의 결정은 심사대상기관인 처분청의 처분에 대한 위법 또는 부당 여부를 심사하여 그에 따른 적절한 판단을 하는 것인데 처분청에 재조사를 명하는 결정은 심사 또는 심판의 속성에 부합하지도 않는다. 다수의견은, 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 등을 이유로 재조사결정은 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 일종의 변형결정이라고 하고 있으나, 준사법작용인 행정심판제도의 취지에 비추어 보면 이의신청 등에 대한 결정의 일부를 처분청의 후속 처분에 의하여 대체하거나 보완하는 것은 쟁송에 대한 판단이라는 이의신청 등에 대한 결정의 성격이나 그 독립성을 도외시하는 것이어서 받아들이기 어렵다.
 조세행정소송에서의 전심절차는 국세청장에 대한 심사청구와 국세심판원장에 대한 심판청구 중 어느 하나를 선택적으로 거치도록 되어 있고, 다만 심사청구나 심판청구에 앞서 그 처분을 한 세무서장이나 지방국세청장에게 이의신청을 할 수 있도록 하고 있다. 이 사건과 같이 당초의 처분청이 이의신청을 받아 재조사결정을 하고 그에 따라 스스로 재조사를 한 후 후속 처분을 하였고 이에 대하여 다시 국세청장에게 심사청구를 하거나 국세심판원장에게 심판청구를 하는 경우라면 행정심판의 자율적 행정통제기능을 이유로 처분청의 후속 처분을 이의신청에 대한 결정으로 볼 여지도 있고 그 내용을 보완하는 처분이라고 볼 수도 있을 것이다. 그러나 이러한 이론을 다수의견처럼 행정심판 일반으로 넓히는 것은 행정심판의 준사법적 성격을 훼손하는 것이어서 받아들이기 어렵다.
 다수의견은 복잡하고 전문적·기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성을 그 논리의 하나로 들고 있으나, 과세당국이 위와 같은 어려움 때문에 처분청에 재조사를 명하였다면 그 재조사결과에 따라 직접 최종적인 판단을 할 수 있을 것인데 그러한 절차를 밟지 아니하고 처분청의 후속 처분에 맡겨두고 있는 것이므로, 처분청의 후속 처분을 이의신청 등에 대한 결정의 일부로 의제할 필요성을 인정하기도 어렵다. 재결청이 재조사결과에 따른 최종적인 판단을 하지 않고 있다는 것은 오히려 재조사결정 자체의 완결성을 전제하고 있다는 점에서도 처분청의 후속 처분은 이의신청 등에 대한 결정의 일부라거나 그 내용을 보완하는 것이라 볼 수는 없다. 과세실무에 의하면 국세심판원은 심사청구나 심판청구에 대한 재조사결정 및 그에 따른 후속 처분이 있은 후 납세자가 후속 처분에 대한 심판청구를 하면 그 심판청구를 적법한 심판청구로 보아 본안판단을 다시 하고 있는바, 재결청 스스로 처분청의 후속 처분을 이의신청 등에 대한 결정의 일부라거나 그 내용을 보완하는 처분으로 보고 있지 않음은 이로써도 명백하다.
 재조사결정은 실무상의 관행으로 정착된 것일 뿐 국세기본법상 열거된 이의신청 등에 대한 결정의 유형이 아니다. 국세기본법 제65조 제1항, 제66조 제6항, 제81조는 이의신청 등에 대한 결정의 유형으로 각하결정, 기각결정, 처분의 취소·경정 또는 필요한 처분의 결정만을 규정하고 있다. 그런데 재조사결정은 본안에 관한 판단이므로 각하결정에 해당하지 아니하고, 이의신청인 등의 주장을 전부 배척하고 처분의 적법성을 확인한 것이 아니므로 기각결정에도 해당하지 않는다. 일반적으로 재조사결정은 이의신청인 등의 주장이 일부 이유 있다고 인정될 때에 이루어지므로 인용결정 중의 어느 하나에 해당한다는 견해가 있을 수 있지만, 재조사결정에 의하여 곧바로 처분이 취소·경정되거나 어떠한 경정기준이 제시되는 것도 아니므로 취소결정이나 경정결정에도 해당하지 않는다. 과세당국은 재조사결정이 ‘필요한 처분의 결정’에 해당한다고 보고 있는 듯하나, ‘필요한 처분의 결정’은 처분청의 거부처분이 있음을 전제로 처분청이 행하여야 할 직무행위의 구체적 내용을 밝혀 필요한 처분을 하도록 명함으로써 직접적인 권리구제를 실현하고자 하는 것이므로 재조사결정이 여기에 해당한다고 볼 수도 없다.
 다수의견과 같이 행정심판의 자율적 행정통제기능을 중시하여 재조사결정이 이의신청 등에 대한 결정으로서 유효하다고 보게 되면, 처분청이 재조사결과에 따라 위법한 당초 처분을 바로잡는 과정에서 당초 세액과 과세표준을 증액하는 후속 처분을 하는 것도 가능하다고 보는 과세실무를 국세기본법 제79조 제2항이 규정한 불이익변경금지원칙과 관련지어 설명하기 어렵다.
 국세기본법 제79조 제2항은 ‘국세심판관회의 또는 국세심판관합동회의는 심판결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다’고 규정하여 심판청구에 관하여 불이익변경금지원칙을 명문화하고 있고, 이러한 불이익변경금지원칙은 명문의 규정이 없는 이의신청이나 심사청구의 경우에도 적용된다고 보는 것이 일반적이다(대법원 2007. 11. 16. 선고 2005두10675 판결 등 참조). 그런데 과세실무에서는 처분청이 재조사결정에 따른 재조사과정에서 얻은 새로운 과세자료를 근거로 증액경정처분을 하는 경우도 많은데 이는 새로운 조사에 근거한 새로운 처분이라고 보아 받아들여지고 있는 실정이다. 행정심판의 자율적 행정통제기능을 강조하는 다수의견의 입장에서도 이를 부정할 이유가 없을 것으로 보인다. 그러나 재조사결정이 이의신청 등에 대한 결정으로서 유효하다는 다수의견에 따르면, 재조사결정에 따른 후속 처분이 증액경정처분인 경우 당초 처분액수를 초과하는 부분은 새로운 과세자료를 근거로 하였음에도 불구하고 불이익변경금지원칙에 위배되는 결과가 되어 당연무효라고 보아야 하는데(대법원 2004. 12. 9. 선고 2003두278 판결 참조), 이는 다수의견이 행정심판의 자율적 행정통제기능을 강조하는 것과는 모순된다.
 재조사결정에 따른 후속 처분으로 증액경정처분이 허용되는지 여부는 일률적으로 결정할 수 없고 재조사의 실질적 내용에 따라 그 결론이 달라져야 한다. 처분청이 재결청의 심리과정에서 재조사의 필요성이 인정된 범위 내에서 재조사를 하여 후속 처분을 하는 경우, 별개의견의 입장에서는 이를 이의신청 등에 대한 결정의 일부라고 보지는 않으나, 재결청의 지시에 따라 재조사한 것을 토대로 한 이상 심판청구 등을 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다는 법리는 여전히 적용되어 그에 위반되는 증액경정처분을 할 수 없다고 본다. 그러나 처분청의 재조사가 새로운 조사로서의 실질적 요건을 갖춘 경우에는 그 결과에 따라 증액경정처분을 하는 것도 가능하다고 보는 것이 처분청의 고유한 경정권을 부인하지 않으면서 불이익변경금지원칙의 입법취지를 고려한 합리적인 해석이라고 할 것이다.
 나. 그렇다면, 재조사결정은 단지 효율적인 사건의 심리를 위하여 처분청에 재조사를 지시하는 사실상의 내부적 명령에 불과하다고 보아야 할 것이므로 그로써 이의신청 등에 대한 결정이 있었다고 할 수 없고, 후속 처분에 의하여 그 효력이 발생한다고 의제할 수도 없다. 따라서 이의신청인 등에게 재조사결정이나 후속 처분이 통지되었다고 하더라도 그 후 다시 재결청이 국세기본법에 규정된 유형의 결정을 하여 이의신청인 등에게 이를 통지할 때까지는 심사청구기간 등이 진행하지 않는다고 보아야 한다. 이러한 결론에 대해서는 재결청이 재조사결정이나 후속 처분 이후 다시 국세기본법에 규정된 유형의 결정을 하지 않을 경우 불복청구기간이나 제소기간의 종기가 확정되지 않아 법률관계가 장기간 불안정한 상태에 놓이게 된다는 비판이 있으나, 이러한 결과는 재결청이 국세기본법에 규정된 유형의 결정을 하지 아니하여 발생한 것에 불과하고 재결청이 재조사결과에 따른 최종적인 판단을 함으로써 얼마든지 시정될 수 있는 것이므로, 재조사결정을 사실상의 내부적 명령으로 보는 데에 장애가 된다고 할 수 없다.
 이와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 심사청구는 원고가 결정기간 내에 이의신청에 대한 결정의 통지를 받지 못하여 국세기본법 제61조 제2항 단서에 따라 결정기간이 경과한 날 이후에 제기한 것으로서 적법하므로, 피고의 본안 전 항변을 배척한 원심의 결론은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 심사청구기간의 기산일 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 다. 이상과 같은 이유로 다수의견의 결론에는 찬성하나 그 이유에 관해서는 견해를 달리하므로 별개의견으로 이를 밝혀둔다.
 5. 대법관 이홍훈의 다수의견에 대한 보충의견
 가. 행정소송은 행정청의 위법한 처분 등을 취소·변경하거나 그 효력 유무 또는 존재 여부를 확인함으로써 국민의 권리 또는 이익의 침해를 구제하고, 공법상의 권리관계 또는 법 적용에 관한 다툼을 적정하게 해결함을 목적으로 하는 것인바(대법원 2008. 3. 20. 선고 2007두6342 전원합의체 판결 참조), 이러한 행정소송의 제소기간이나 그 전심절차인 행정심판에서의 불복청구기간에 관해서는 행정법관계의 안정성과 국민의 권리 또는 이익의 침해 구제를 적절하게 조화하는 선에서 합리적인 결론이 도출되어야 한다.
 종래 대법원은 재조사결정 이후 처분청이 감액경정처분을 한 경우에도 당초 처분과 감액경정처분의 관계에 관한 판례이론을 그대로 적용하여 원칙적으로 재조사결정의 통지를 받은 날부터 제소기간이 기산된다고 판시하여 왔다. 즉, 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초 처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과가 있는 처분이므로 그 감액경정처분으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상은 당초 처분 중 경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고 경정처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니므로, 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부나 제소기간의 준수 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 하고, 이러한 법리는 재조사결정에 따라 이루어진 감액경정처분의 경우에도 그에 대하여 별도의 쟁송수단을 인정하여야 할 특별한 사정이 없는 한 마찬가지로 적용되므로, 제소기간은 납세자가 재조사결정의 통지를 받은 날부터 기산된다는 것이다(대법원 1997. 10. 24. 선고 96누10768 판결, 대법원 2009. 5. 28. 선고 2006두16403 판결 등 참조). 이러한 종래의 대법원 판례는 재조사결정이 이의신청 등에 대한 결정으로서 유효함을 전제로 하는 것으로서, 재조사결정 이후 처분청이 감액경정처분이 아닌 당초 처분을 유지하는 내용의 후속 처분을 한 경우에도 그대로 적용되고, 행정심판에서의 불복청구기간에 관해서도 같은 법리가 적용되는 것으로 이해되고 있다.
 그러나 재조사결정의 통지를 받았다고 하더라도 납세자는 재조사결정 그 자체만으로는 불복의 대상과 범위를 구체적으로 특정하기 어려우므로 일단 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 보고 다음 단계의 불복절차로 나아갈 것인지 여부를 결정하는 것이 일반적이라고 할 것인데, 위와 같은 종래의 대법원 판례는 납세자로 하여금 후속 처분의 통지를 받기도 전에 곧바로 불복 여부를 결정할 수밖에 없도록 함으로써 헌법에 보장된 납세자의 재판청구권이 침해되는 결과를 초래한다는 문제점이 지적되어 왔다.
 이러한 배경 아래 다수의견은 재조사결정의 형식과 취지, 그리고 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 조세법률관계의 특수성 등을 두루 감안하여, 재조사결정은 그에 따른 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 비로소 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생하는 것으로 보아, 재조사결정이 있었을 경우에는 납세자가 처분청으로부터 그에 따른 후속 처분의 통지를 받은 날부터 불복청구기간이나 제소기간이 기산된다는 내용으로 종래의 대법원 판례를 변경하여 납세자의 재판청구권을 실질적으로 보장하고자 하는 것이다.
 나. 그런데 별개의견은 이 사건에 관한 다수의견의 결론에는 찬성하면서도, 재조사결정은 단지 효율적인 사건의 심리를 위하여 처분청에 재조사를 지시하는 사실상의 내부적 명령에 불과하므로 그로써 이의신청 등에 대한 결정이 있었다고 볼 수 없다고 주장하나, 이러한 별개의견의 해석론은 다음과 같은 이유로 이를 받아들이기가 어렵다.
 첫째, 행정심판전치주의는 행정행위의 특수성, 전문성 등에 비추어 행정청으로 하여금 행정처분이 적법한 것인지 여부를 심리하여 스스로 재고·시정할 수 있는 기회를 부여함으로써 행정의 자율성을 존중함과 동시에 소송비용과 시간 등을 절감시켜 국민에게 편의를 주고 법원의 부담을 줄이려는 데 그 근본취지가 있다.
 또한 재조사결정은 복잡하고 기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성이 반영된 것으로서, 이의신청인 등이 내세우는 법률적 주장을 뒷받침하는 사실관계나 증거자료가 실제로 존재하는지 여부 등에 관하여 더 조사할 필요가 있는 경우에 처분청으로 하여금 재조사를 거쳐 필요한 처분을 하도록 하는 것이 이의신청인 등에 대한 신속한 권리구제에 더 직접적이고 효과적일 수 있다는 점 등에서 그 필요성과 유용성이 긍정되어 왔다. 그에 따라 재조사결정은 실무상의 오랜 관행으로 정착되어 납세자도 이를 이의신청 등에 대한 결정으로 받아들이고 있는 실정이며, 종래의 대법원 판례도 이러한 사정을 고려하여 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력을 인정하여 왔다.
 이와 같은 행정심판전치주의의 근본취지와 조세법률관계의 특수성, 재조사결정의 형성 배경 및 그에 대한 납세자의 인식 등에 비추어 보면, 국세기본법이 정한 재결청이 그 권한을 행사하여 한 결정으로서 외부적으로 표시되어 납세자에게 통지까지 된 재조사결정을 사실상의 내부적 명령에 불과하다고 할 수는 없다.
 둘째, 행정심판제도는 행정심판절차를 통하여 행정청의 위법 또는 부당한 처분 그 밖에 공권력의 행사·불행사 등으로 인한 국민의 권리 또는 이익의 침해를 구제하고, 아울러 행정의 적정한 운영을 기함을 목적으로 하고 있다(행정심판법 제1조).
 이와 같이 행정심판은 그 제도의 취지에 있어 국민의 권리구제기능과 자율적 행정통제기능을 목적으로 하고 있기 때문에 행정상의 분쟁에 관하여 사실을 인정하고 법을 적용하여 그 분쟁을 심리·판단한다는 점에서는 심판작용적 성격을 가지고 있지만, 한편으로는 다툼이 있는 행정법관계를 규율하고 행정법질서를 유지 또는 형성하여 행정 목적을 실현한다는 점에서는 행정작용적 성격을 아울러 가지고 있고, 행정소송법 제2조 제1항 제1호 후단 및 제19조 단서 역시 행정심판의 행정작용적 성격을 전제로 한 것이다.
 우리 헌법 제107조 제3항은 "재판의 전심절차로서 행정심판을 할 수 있다. 행정심판의 절차는 법률로 정하되, 사법절차가 준용되어야 한다."고 규정함으로써 심판작용으로서의 성격을 강조하고 있지만, 행정심판은 어디까지나 행정소송의 전심절차로서 행정의 적정한 운영을 목적으로 하는 행정의 내부절차라는 점에서 보면 행정심판의 위와 같은 행정작용적 성격을 도외시할 수는 없다. 별개의견은 행정심판의 심판작용적 성격만을 지나치게 강조하였다는 점에서 문제가 있다.
 그리고 다수의견이 재조사결정의 성격을 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완되는 변형결정으로 보는 것은 재결청의 의사를 그렇게 추단하거나 일반 행정심판절차에서 처분청이 재결의 권한을 대신 행사하는 것이 전면적으로 허용된다는 법리를 선언하고자 하는 것이 아니다. 다만 재조사결정이 다음 단계의 불복절차로 나아갈 것인지 여부를 결정해야 하는 납세자에게 유용한 판단기준을 제시하지 못하는 한계가 있는 반면, 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력을 아예 부인하기는 어려운 사정이 있으므로 납세자의 재판청구권을 실질적으로 보장하기 위하여 재조사결정과 후속 처분의 관계를 그와 같이 해석하자는 것이다. 따라서 별개의견의 지적과 같이 다수의견이 행정심판의 준사법적 성격을 훼손한다고 볼 수는 없다.
 셋째, 행정심판법 제32조 제3항은 "행정심판위원회는 취소심판의 청구가 이유 있다고 인정할 때에는 처분을 취소 또는 변경하거나 처분청에게 취소 또는 변경할 것을 명한다."고 규정하고, 같은 조 제5항은 "행정심판위원회는 의무이행심판의 청구가 이유 있다고 인정할 때에는 지체 없이 신청에 따른 처분을 하거나 이를 할 것을 명한다."고 규정함으로써 명문으로 취소심판 및 의무이행심판에 대한 인용재결의 유형으로 형성재결뿐만 아니라 이행재결도 인정하고 있다.
 그에 비하여 국세기본법은 제65조 제1항 제3호에서 "심사청구가 이유 있다고 인정되는 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 또는 필요한 처분의 결정을 한다."고만 규정하고, 제66조 제6항 및 제81조에서는 이의신청 및 심판청구에 관해서도 위 제65조 제1항 제3호를 준용하도록 규정하고 있어 그 문언상으로는 인용재결의 유형으로 이행재결이 허용되는지 여부가 분명하지 않지만, 국세기본법상의 불복절차에서도 이행재결이 허용된다고 보는 것이 일반적이다. 이 점에서 국세기본법이 이의신청 등에 대한 결정의 유형을 제한적·열거적으로 규정하고 있다고 단정할 수 없다. 그리고 2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정된 국세기본법은 제81조의4 제2항 제4호로 재조사결정에 따라 조사를 하는 경우를 중복 세무조사 금지의 예외사유로 추가하는 취지의 규정을 신설하였다. 위와 같은 사정에 비추어 보면, 재조사결정이 국세기본법상 허용되지 않는 결정형식이라고 할 수 없다.
 넷째, 재조사결정이 하나의 과세단위의 전부뿐만 아니라 일부에 관해서도 이루어지고 있는 과세실무에 비추어 보더라도 별개의견은 받아들이기 어렵다. 과세실무상 재결청이 하나의 과세단위의 일부에 관해서만 재조사결정을 하고, 나머지 부분에 관해서는 일부 기각결정 또는 일부 인용결정을 하거나 혹은 일부 기각결정과 일부 인용결정을 함께 하는 경우도 흔히 있다. 이와 같이 재결청이 다수의 쟁점에 관해서는 최종적인 판단을 하고 특정한 쟁점에 관해서만 재조사를 명한 경우에도 별개의견과 같이 이의신청 등에 대한 결정이 아닌 사실상의 내부적 명령에 불과하다고 할 수 있는지 의문이다.
 다섯째, 별개의견은, 재조사결정은 사실상의 내부적 명령에 불과하므로 재조사결정이나 그에 따른 후속 처분이 납세자에게 통지되었다고 하더라도 재결청이 다시 국세기본법에 규정된 유형의 결정을 하여 통지를 할 때까지는 불복청구기간이나 제소기간이 진행하지 않는다고 주장한다. 그러나 이러한 별개의견에 따르면, 재조사결정 이후의 절차에 관하여 아무런 규정을 두지 않고 있는 현행 국세기본법하에서 재결청이 다시 국세기본법에 규정된 유형의 결정을 하지 않을 경우에는 불복청구기간이나 제소기간의 종기가 확정되지 아니함으로써 법률관계가 장기간 불안정한 상태에 놓이게 된다. 이러한 결과는 행정법관계를 신속하게 확정함으로써 법적 안정성을 확보하려는 불복청구기간제도나 제소기간제도의 취지에 어긋나는 것이다.
 여섯째, 별개의견과 같이 재조사결정을 사실상의 내부적 명령에 불과한 것으로 보게 되면, 국세기본법 제79조 제2항이 규정한 불이익변경금지원칙과의 조화로운 해석이 곤란해지는 문제가 있음을 지적하지 않을 수 없다. 왜냐하면 별개의견과 같이 재조사결정이 이의신청 등에 대한 결정이 아니라고 한다면 그에 따른 후속 처분은 불이익변경금지원칙이 적용되지 아니하므로 감액경정처분은 물론 증액경정처분도 제한 없이 가능하다고 볼 수밖에 없기 때문이다. 그러나 이러한 해석은 불복을 제기한 납세자에게 불이익한 처분을 허용하는 것으로서 쟁송제도 본래의 취지나 국세기본법 제79조 제2항의 입법취지에 비추어 받아들일 수 없다.
 별개의견은, 처분청이 재결청의 심리과정에서 재조사의 필요성이 인정된 범위 내에서 재조사를 하여 후속 처분을 하는 경우에는 불이익변경금지의 법리상 증액경정처분을 할 수 없다는 견해를 밝히고 있으나, 별개의견이 재조사결정을 이의신청 등에 대한 결정이 아니라고 보면서도 처분청의 후속 처분에 대하여 불이익변경금지의 법리가 적용된다고 하는 것은 논리적으로 모순되는 측면이 있다.
 그리고 다수의견이 행정심판의 자율적 행정통제기능을 중시한다고 하여 별개의견의 주장과 같이 납세자에게 불이익한 증액경정처분도 제한 없이 허용되는 것으로 해석하여야 하는 것은 아니다. 오히려 재조사결정에 따른 처분청의 재조사는 재결청의 심리과정에서 재조사의 필요성이 인정된 범위 내로 제한되고, 처분청이 재조사결정을 근거로 새로운 과세요건사실을 조사하거나 당초 처분액수를 증액하는 후속 처분을 하는 것은 원칙적으로 허용되지 않는다고 보는 것이 행정심판의 자율적 행정통제기능과 국민의 권리구제기능의 조화를 도모하는 다수의견의 취지에 부합한다.
 다. 결국 위와 같은 여러 사정을 종합하여 보면, 재조사결정은 사실상의 내부적 명령에 불과하여 그로써 이의신청 등에 대한 결정이 있었다고 볼 수 없다고 하는 별개의견은 받아들이기가 어렵고, 오히려 다수의견과 같이 재조사결정은 그에 따른 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 비로소 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 보는 것이 국민의 권리구제와 자율적 행정통제기능을 하는 행정심판제도의 본질에 보다 합당한 해석이라는 점을 지적하면서, 이상과 같이 다수의견에 대한 보충의견을 밝혀둔다.

대법원장 이용훈(재판장) 김영란 양승태 박시환 김지형 이홍훈(주심) 김능환 전수안 안대희 차한성 양창수 신영철 민일영

[다수의견] 이의신청 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 처분청으로 하여금 하나의 과세단위의 전부 또는 일부에 관하여 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 후속 처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있다. 이에 따라 재조사결정을 통지받은 이의신청인 등은 그에 따른 후속 처분의 통지를 받은 후에야 비로소 다음 단계의 쟁송절차에서 불복할 대상과 범위를 구체적으로 특정할 수 있게 된다. 이와 같은 재조사결정의 형식과 취지, 그리고 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 복잡하고 전문적·기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성 등을 감안하면, 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없다. 그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이므로, 재조사결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이 타당하다.
[대법관 김영란, 대법관 양승태, 대법관 안대희의 별개의견] 재조사결정은 단지 효율적인 사건의 심리를 위하여 처분청에 재조사를 지시하는 사실상의 내부적 명령에 불과하다고 보아야 할 것이므로 그로써 이의신청 등에 대한 결정이 있었다고 할 수 없고, 후속 처분에 의하여 그 효력이 발생한다고 의제할 수도 없다. 따라서 이의신청인 등에게 재조사결정이나 후속 처분이 통지되었다고 하더라도 그 후 다시 재결청이 국세기본법에 규정된 유형의 결정을 하여 이의신청인 등에게 이를 통지할 때까지는 심사청구기간 등이 진행하지 않는다고 보아야 한다.