과세처분은 과세표준의 존재를 근거로 하여 되는 것이기 때문에 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의해 결정되어야 하는 것이고, 세무조사절차에 위법이 있다 하더라도 중대한 것이 아닌 한 과세처분의 취소사유로는 되지 않으며, 사무처리규정을 위반한 과세처분도 위법하다고 볼 수 없음 (일부국패) (보호, 서울고등법원)
공포일: 2008.12.19 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
국세
【주문】
1. 제1심 판결 중 다음에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.
피고가 원고에 대하여 2006. 4. 10.에 한 2005년 1기분 부가가치세 25,725,680원의 부과처분 중 23,452,328원을 초과하는 부분, 2005년 귀속 종합소득세 156,839,410원의 부과처분 중 149,720,005원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용 중 90％는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

【청구취지 및 항소취지】

제1심 판결을 취소한다.
피고가 원고에 대하여2006. 4. 10.에 한 별지⑴기재 부가가치세 합계309,663,140원,종합소득세 합계709,114,920원의 각 부과처분 및2007. 8. 13.에 한2005년 귀속 종합소득세156,839,410원의 부과처분을 모두 취소한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.원고는1995. 7. 1.○○ ○○구○○동15○-○4소재 지하1층,지상7층 상가 건물(이하‘이 사건 상가’이라고 한다)중3310.13/3311.13지분에 관하여 소유권보존등기를 마친 사람인데, 1002. 10. 1.자로 이 사건 상가를 사업장으로 부동산 임대업을 하는 것으로 사업자등록을 하였다.
나.피고는2005. 10. 26.부터2006. 2. 28.까지 실시한 원고의 이 사건 상가 임대업에 관한 세무조사 결과, 2001년1기192,201,681원, 2001년1기258,111,830원, 2003년2기168,863,804원, 2004년1기220,111,799원, 2004년2기155,599,352원, 005년1기201,770,117원, 2005년2기176,615,188원,합계1,825,883,499원의 이 사건 상가 임대 수입이 신고 누락되었음을 이유로2006. 4. 10.원고에 대하여 별지⑴기재와 같이 부가가치세 합계309,663,140원(2001년1기∼2005년2기)및 종합소득세 합계 금709,114,920원(2001년∼2004년 귀속)을 경정고지하였다.
다.원고는,이에 불복하여2006. 7. 5.이의신청을 하였으나 위 신청이 기각되었고, 2006. 11. 17.국세심판원에 심판청구를 제기하였으나2007. 3. 22.위 청구가 기각되었다.
라.피고는2007. 8. 13.원고에 대하여2005년 귀속 종합소득세156,839,410원을 부과하였다(이하에서는 원고에 대한2006. 4. 10.자 부가가치세 및 종합소득세 부과처분과2007. 8. 13.자 종합소득세 부과처분을 합하여‘이 사건 처분’이라고 한다).
[인정근거]갑 제1호증의1, 2,갑 제2호증,갑 제11호증,을 제1호증 내지 을 제9호증,을 제18호증,을 제19호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장

1)절차적 위법성

피고는 원고에 대한 세무조사를 실시함에 있어 당초에는2004년1기분부터2005년1기분까지의 원고의 부가가치세를 대상으로 세무조사를 하다가 임의로2001년1기분부터2005년2기분까지의 부가가치세 및 종합소득세를 대상으로 한 세무조사로 확대하였는바,그 과정에서 다음과 같은 절차적 위법을 범하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.
㈎국세기본법 및 세무조사사무처리규정에 의하면 세무조사에 착수하기 이전은 물론 세무조사 대상기간을 확대함에 있어 대상자에게 사전에 이를 통지하여야 하나 피고는 이를 통지하지 아니하였다.
또한 세무조사사무처리규정에 의하면 사전통지를 생략할 경우에는 세무조사 착수시에 사전통지 생략에 대한 안내를 하여야 하는데 피고는 이를 하지 아니하였다.
㈏피고는 과거에도2001. 6., 2003. 4., 2004. 6.등3차례에 걸쳐 원고에 대한 세무조사를 하였음에도 세무조사권을 남용하여 동일한 사유로 이 사건 세무조사를 하였다.
㈐국세기본법 및 조사사무서리규정에 의하면 부과처분을 위한 실지조사에 착수할 때에는 납세자에게 납세자권리현장을 교부하여야 하는데 피고는 이를 교부하지 않았다.
㈑세무조사사무처리규정에 의하면,세무조사기간은15일을 초과할 수 없음에도 피고는2005. 10. 26.부터2006. 2. 28.까지120일간 세무조사를 실시하였고,세무조사기간을 연장할 경우에는 납세자에게 이를 통지하고 관할관서장의 승인을 얻어야 함에도 피고는 세무조사기간을 연장하면서도 원고에게 이를 통지하거나 관할관서장의 승인을 받지 아니하였으며,산정통지를 생략할 경우에는 세무조사 착수시 서면으로 이를 안내하여야 하는데도 피고는 이를 지키지 아니하였다.
㈒피고의2005년 귀속 종합소득세 부과처분은 행정절차법 제21조의 처분의 사전 통지의무,같은 법 제23조의 문서제시의무를 준수하지 않고 이루어졌을 뿐 아니라,국세기본법에 따른 세무조사 착수 통지 및 조사결과 통지 없이 이루어졌고,납세고지서에도 세액산출근거가 기재되어 있지 아니하여 위법하거나 당연무효이다.
2)실체적 위법성

다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하다.
㈎이 사건 상가의 임대인은 소외○○○컨설턴 주식회사(이하‘○○○컨설턴’이라 한다)이고,피고가 과세근거로 삼은 노○○명의의 계좌는 원고와 무관하므로 원고는 이산 상가의 임대소득에 대한 납세의무자가 아니다.
㈏가사 위 노○○의 계좌가 원고의 임대료 수입과 관련된 것이라고 하더라도 피고가 구체적인 경위를 조사하지 아니하고 위 계좌에 입금된 금액 중3,000만 원 이상은 보증금으로 추정하고3.000만 원 미만의 금액은 모두 임대료로 분류한 것은 자의적인 기준에 의한 것이다.
㈐피고는 임차인별 임대료를 구체적으로 밝히지 아니한 채 이 사건 처분을 함으로써 원고로 하여금 나중에라도 임차인별로 부가가치세를 교부받을 수 없게 하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.
㈑이 사건 계좌에 입금된 과세기간별 임대료와 피고가 산정한 과세기간별 과세표준이 일치하지 아니하므로 피고의 과세표준 상정은 자의적이다.
㈒피고는 임차인별 보증금액을 알지 못하면서도 위 보증금에 대한 간주임대료를 계산하여 매출 과세표준으로 산정하였으므로 피고의 과세표준 산정은 자의적이다.
㈓이 사건 계좌에 입금된 금액 중에는 부가가치세 과세 대상이 아닌 이 사건 상가 및 원고 소유의 다른 상가의 각 전기료,수도요금 및 청소비,환경개선부담금,교통유발부담금,경비비,부가가치세,임대료 연체금 등과 원고 소유의 다른 상가에 대한 임대료, 1998년도 외상매출금 등이 포함되어 있고,원고는2001. 1. 1.부터2005. 12. 31.까지 과세기간 동안의○○○컨설턴의 대출금에 대한 이자(1,550,939,877원),이 사건 상가 부지의 공유자인 소외 송○○에게 토지 임차료,직원 급여(229,726,625원),일반지출비(231,491,334원)등을 지출하였고 이 사건 상가의 감가상각비(183,983,376원)가 발생하였는데도 원고는 부가가치세 및 종합소득세 과세표준에서 이를 공제하지 아니하였다.
나.관계법령

구 국세기본법 제81조의2 (납세자권리현장의 제정 및 교부)

구 국세기본법 제81조의4 (세무조사권 남용 금지)

구 국세기본법 제81조의7 (세무조사의 사전통지와 연기신청)

구 국세기본법 시행령 제863조의2 (중복조사의 금지)

다.인정사실

1)피고는,이 사건 상가의 임대수입 탈세에 관한 제보를 받고 그 내용을 검토한 결과,이 사건 상가의 임대료가 원고의 누나인 노○○명의의 계좌(제일은행○○지점6○○-○○-4○○○○5,이하‘이 사건 계좌’라고 한다)로 송금되고 관리되어 온 정황을 확인하고2005. 10. 26원고에 대하여 세무조사대상 및 과세기간을2004년1기∼2005년1기로 하고,조사세목을 부가가치세로 하는 세무조사에 착수하였다.
2)피고는 세무조사 진행 중 송금사실 확인 등을 위해 원고에게 연락을 취하였으나 원고와 통화를 하지 못하였고,지인 및 세무대리인을 통해서도 연락을 시도하였으나 원고는 위 조사에 응하지 아니하였다.
3)피고는,원고에 대한 세무조사결과 당초 조사대상기간인2004. 1. 1.부터2005. 6. 30.사이에 이 사건 상가에 대한 임대료 등이 이 사건 계좌로 송금된 사실 뿐만 아니라,원고가2000년부터 이 사건 계좌를 이용하여 임대수입을 은폐하여 온 사실을 파악하고,원고에 대한 조사대상기간을2000. 1. 1.부터2005. 6. 30.까지로 확대하여 조사를 실시하였다.
4)이에 따른 피고의 세무조사 결과는 다음과 같다.
가)원고는 이 사건 상가의 임차인들과의 임대차계약을 체결하면서 이중계약서를 작성하였고,임차인의 사업자등록 신청시 임대료 및 관리비 액수를 실제보다 축소한 허위계약서를 제출하도록 함으로써 자신의 임대소득을 축소ㆍ은폐하였다.
나)이 사건 상가의 임차인들은 이 사건 상가 건물에 주소를 둔○○○컨설턴 대표이사인 원고의 누나 노○○,위 회사 직원인 김○○,도○○등에게 임대료 및 관리비를 지급하였고,그 다음날 노○○,김○○,도○○등은 위 금원을 모두 이 사건 계좌에 입금하였으며,위 계좌를 실질적으로 관리하는 사람은 원고이다.
다)피고가 이 사건 상가의 실제 임대차계약서상의 임대료,관리비와 원고와 세무서에 신고한 임대료를 비교한 결과, 2005. 1.한달 간 원고가 신고누락한 임대료 및 관리비 수입금액은40,753,500원(실제 월 임대료 및 관리비 합계액57,343,500원과 세무서에 신고한 월 임대료16,590,000원과의 차액)이었다.
라)피고가2005. 2. 4.부터2005. 7. 18.까지의 이 사건 계좌에의 입금금액을 분석한 결과,이 사건 상가의 실제 임대차계약서상의 임대료 및 관리비 금액과 일치하였고,위 기간 동안 입금된58건이 모두 임대료 및 관리비 입금액으로 밝혀졌으며,달리 보증금 변동액이나 다른 용도의 금전 거래로 확인된 금액은1건도 없었다.
특히 위 기간 중 입금된 금액 중 비교적 큰 액수의2005. 2. 11.자22,398,500원, 2005. 3. 9.자26,182,000원, 2005. 6. 9.자13,102,000원은 각 이 사건 상가의‘○○○일식’과‘○○○노래바’임차인의 미납 임대료와 그에 대한 연체금인 합한 금액임이 확인되었다.
이에 피고는 이 사건 계좌에 입금된 금액 중3,000만 원 이상은 보증금의 변동사항으로 보아 임대료 수입에서 제외하였다.
마) 2005. 2. 4.부터2005. 7. 18.사이에 이 사건 계좌에 입금된 내역을 보면,대부분1,000만 원 이하의 금액이고,일부1,000만 원 이상의 금액이 있으나 그 경우에도 십만원 단위에서 십원 단위까지 입금되었으며,이와 같은 입금 유형은2001. 1. 1.부터 거의 동일한 형태로 이 사건 계좌거래명세표상 나타나고 있다.
5)피고는 위와 같은 조사결과를 토재로 이 사건 계좌에 입금된 금원 중 보증금조로 지급된 금원 및 객관적으로 임대료가 아닌 것으로 인정되는 금원 등을 제외한 금원을 원고가 신고누락한 임대소득으로 보아 원고에 대하여 이 사건 처분을 하였다.
6)원고는2000년1기분부터2005년2기분까지 이 사건 상가 임대에 관한 부가가치세를 신고하였다.
7)○○○컨설턴은1995. 8. 17.설립등기가 경료되었으나 세무서에 사업자등록이 되어 있지 아니하였고 이 사건 이 사건 상가 임대료 수입에 관한 부가가치세신고 등을 한 사실이 없다.
원고의 누나인 노○○과 노○○의 남편인 김○○등이○○○컨설턴의 임원으로 등기되어 있었는데,노○○은2002.부터2004.까지,노○○의 남편인 김○○은2000.부터2006.까지,김○○는2005.부터 및2006.까지 이 사건 상가의 직원으로서 근로소득을 얻는 것으로 세무서에 신고되어 있다.
원고는 원고의 모인 송○○와○○ ○○구○○동○○○-○○○소재 건물을 공유하고 있으나,손○○만이 위 건물에 관하여 임대사업자로 등록을 하였다가2004. 6. 30.폐업하였다.
이 사건 계좌의 예금주인 노○○는2000년도부터2006년까지 별다른 소득자료가 없다.
8)원고는 이 사건 소송과정에서 이 사건 상가 중 일부 점포에 관하여 임대인 명의가○○○컨설턴 명의로 된 임대차계약서(갑 제5호증의1, 2)와 원고가 임대인 지위를○○○컨설턴에 양도한다는 내용의 약정서(갑 제3호증의2,갑 제4호증의2,갑 제6호증의2)를 제출하였다.
[인정근거]갑 제1호증의1내지 갑 제2호증,갑 제3호증의1내지 갑 제7호증의4,갑 제9호증,갑 제11호증,갑 제12호증,을 제1호증의1내지 을 제51호증의 각 기재,변론 전체의 취지

라.판단

1)이 사건 처분의 절차적 위법 여부에 관한 판단

가)사전통지절차 위반 여부

구 국세기본법(2007. 12. 31.법률 제8830호로 개정되기 전의 것,이하‘구 국세기본법’이라 한다)제81조의7제1항,구 국세기본법 시행령(2007. 12. 31.대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것,이하‘동법 시행령’이라 한다)제63조의6각 규정을 종합하면,세무공무원은 국세에 관한 조사를 위하여 당해 장부ㆍ서류 기타 물건 등을 조사하는 경우에는 조사를 받은 납세자에게 조사개시10일 전에 조사대상 세목,조사기간 및 조사사유 등을 서면으로 통지하여야 하고,다만,범칙사건에 대한 조사 또는 사전통지의 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지의무가 면제되는바,앞서 본 바와 같이 원고에 대한 이 사건 세무조사가 탈세혐의 제보로 개시되었고,원고가 장기간에 걸쳐 차명계좌를 이용하여 임대수입을 축소,은폐하여 온 사정 등에 비추어 이 사건은 원고에게 사전통지를 하는 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없는 경우에 해당한다 할 것이므로 피고가 원고에 대한 세무조사에 착수하거나 조사범위를 확대하면서 사전통지를 하지 아니한 것에 위법이 있다고 할 수 없다.
나)세무조사권의 남용 여부

구 국세기본법 제81조의4제2항에 의하면,세무공무원은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없으나 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등에는 예외적으로 재조사를 실시할 수 있는데,이 사건에 있어서 피고가 탈세제보에 따라 원고에 대하여 세무조사를 진행하던 중 조사대상기간인2004. 1. 1.부터2005. 6. 30.사이에 이 사건 상가의 임대료가 원고가 아닌 노○○명의의 이 사건 계좌로 송금된 사실 및 원고가 위 과세기간 이전에도 위 계좌를 이용하여 지속적으로 임대료 등을 받아온 사실을 확인하였는바,이는 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 피고가 종전에 세무조사를 한 기간까지 포함시켜 다시 세무조사를 하였다고 하더라도 세무조사권을 남용한 것이라고 볼 수 없다.
다)납세자권리헌장 교부절차 위반 여부

피고가 이 사건 세무조사를 함에 있어 원고에게 납세자권리헌장이 수록된 문서를 교부한 사실을 인정할 자료는 없으나,구 국세기본법 제81조의2제2항에 의하면,세무공무원은 조세범처벌절차법의 규정에 의한 범칙사건에 대한 조사를 하는 경우(제1호),법인세의 결정 또는 경정을 위한 조사 등 부과처분을 위한 실지조사를 하는 경우(제2호),사업자등록증을 교부하는 경우(제3호),기타 대통령령이 정하는 경우(제4호)에는 납세자에게 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 교부하여야 하는 것으로 규정되어 있는바,이 사건 세무조사는 위 각 호 규정에 해당하지 않으므로 피고가 원고에게 이 사건 세무조사를 함에 있어 납세자권리헌장이 수록된 문서를 교부하지 아니하였다고 하더라도 이를 국세기본법 위반이라고 볼 수 없을 뿐 아니라(또한 원고가 주장하는 세무조사사무처리규정에 납세자권리헌장 교부의무가 규정되어 있다고 하더라도,다음에 보는 바와 같은 사유로 위 규정에 정한 절차에 위반한 세무조사라고 하여 바로 위법한 세무조사라고 볼 수 없다),과세처분은 과세표준의 존재를 근거로 하여 되는 것이기 때문에 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의해 결정되어야 하는 것이고,세무조사절차에 어떠한 위법이 있다고 하더라도 그것이 전혀 조사를 결한 경우나 사기나 강박 등의 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한,과세처분의 취소사유로는 되지 않는다고 할 것이므로 피고가 원고에게 납세자권리헌장을 교부하지 아니하였다는 사유만으로 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수도 없다.
라)기타 절차 위반 여부

원고가 주장하는 세무조사사무처리규정은 국세청 훈령으로서 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기 어려우므로 피고가 이 사건 세무조사를 함에 있어 위 규정에 정한 세무조사 기간의 제한,세무조사기간 연장절차,납세자권리헌장 교부절차,사전통지 생략의 안내절차 등에 위반하였다고 하더라도 그러한 사유만으로 이 사건 처분을 위법하다고 볼 수 없다.
마) 2005년 귀속 종합소득세 부과처분의 절차적 위법 여부

행정절차법 제3조는 법의 적용범위를 규정하면서 그 제2항 제9호 소정의‘당해 행정작용의 성질상 행정절차를 거치기 곤란하거나 불필요하다고 인정되는 사항과 행정절차에 준하는 절차를 거친 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항’에 대하여는 행정절차법의 적용을 배제하고 있고,같은 법 시행령 제2조 제5호는 위 대통령령으로 정하는 사항으로‘조세관계법령에 의한 조세의 부과ㆍ징수에 관한 사항’을 들고 있는바,피고의2005년 귀속 종합소득세 부과처분에 대하여는 행정절차법 제21조,제23조의 규정들이 적용되지 않는다고 할 것이다.
또한 앞서 본 사실에 의하면2005년 귀속 종합소득세 부과처분은 이 사건 세무조사 결과에 따라 나타난 원고의2005년 누락 임대료 수입에 대한 것임을 알 수 있는바,이 사건 세무조사 결과 드러난2005년 누락 임대료 수입에 대한 종합소득세를 부과함에 있어 이 사건 세무조사와 별도의 세무조사 착수사실을 통지하여야 한다고 볼 수 없고,한편 갑 제11호증(납세고지서)기재에 의하면 위 납세고지세에는 세액산출근거는 기재되어 있지 않고 세액만 기재되어 있는 사실은 인정되나,을 제40호증,을 제52호증의 각 기재에 의하면 피고는2007. 5. 1.원고의2005년 귀속 종합소득세 납세고지서를 원고의 주소지로 우편송달하였으나2회 이상 폐문부재 등의 사유로 반송(2007. 5. 8., 2007. 5. 27., 2006. 6. 1., 2007. 6. 15.)되자2007. 7. 16.이를 공시송달한 사실이 인정되는바, 2005년도 종합소득세 납세고지서의 하자에 관한 원고의 주장도 이유 없다.
2)이 사건 처분의 실체적 위법 여부에 관한 판단

가)원고가 이 사건 상가의 임대인인지 여부

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나,과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 그 증명이 있다고 하여야 할 것이며,따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간첩사실이 밝혀진 이상,세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못하다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한,당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단절할 수는 없다(대법원2006. 9. 22.선고, 2006두6383판결 등 참조).
이 사건에 관하여 살피건대,원고는 이 사건 상가 지분의 대부분을 소유한 소유자로서,이 사건 상가에 관한 임대사업자로 사업자등록을 한 후2001년1기분부터2005년2기분까지 이 사건 상가의 임대료 수입에 대한 부가가치세신고를 한 사실,이 사건 계좌에 입금한 노○○,이○○는 이 사건 상가의 직원으로서 근로소득을 얻은 것으로 신고된 사실,○○○컨설턴은 이 사건 상가의 임대사업에 관한 사업자등록 및 이 사건 상가 임대료에 관한 부가가치세 신고를 하지 아니한 사실,이 사건 계좌의 예금주인 노○○는 피고의 과세기간 동안 별다른 소득자료가 없는 사실 등에 비추어 보면,원고는 이 사건 상가의 임대인으로서 그 피용자인 노○○,이○○등으로 하여금 이 사건 상가의 임대료를 지급받아 이 사건 계좌에 입금하게 한 후 이 사건 계좌를 실질적으로 관리하여 오면서 임대료 수입을 축소ㆍ은폐하여 온 사실이 충분히 추정되고,이 사건 상가의 일부 점포에 관한○○○컨설턴 명의의 임대차계약서(갑 제5호증의1, 2)및 원고가 임대인 지위를○○○컨설턴에게 양도한다는 내용의 약정서(갑 제3호증의2,갑 제4호증의2,갑 제6호증의2)만으로는 이를 뒤집기에 부족하므로 원고가 이 사건 상가 임대인이 아니라는 원고의 주장은 이유 없다.
나)임대료 수입 산정기준의 적정여부

원고가 임대료 수입 중 일부를 축소,은폐하여 온 사실은 앞서 본 바와 같고,원고가 이 사건 세무조사 과정에서는 물론이고 이 사건 소송에 이르러서도 원고의 임대료 수입을 산출할 수 있는 관련 장부나 진정한 계약서 등의 증빙서류를 전혀 제출하고 아니하고 있는 이 사건에 있어,피고가 보증금으로 인정되는 금원 및 인출시기 및 방식에 비추어 임대료 수입으로 보이지 아니하는 금원 등을 임대료 수입에서 제외하고,탈세제보 과정에서 확보한 실제 계약서 내용과 이 사건 계좌 내역을 대조하여 고액이라도 연체된 임대료 및 관리비로 인정되는 부분을 구별하는 등의 방법을 통해3,000만 원 이하 금액은 임대료 및 관리비로 추정하여 과세표준으로 삼은 것은 고도의 개연성을 토대로 한 것으로서 합리성이 있다고 보여지므로 피고가 자의적 기준에 의하여 임대료 수입 여부를 판단한 것이라는 원고 주장도 이유 없다.
다)임차인별로 임대료를 구분하여야 하는지 여부

피고가 이 사건 상가의 임차인별 임대료를 구체적으로 밝히지 아니한 채 부가가치세 부과처분을 한 결과 원고가 임차인으로부터 이전의 임대료 등에 대한 부가가치세를 교부받을 수 없게 되었다 하더라도,부가가치세의 과세표준은 사업장별 용역의 공급대가의 합계액(부가가치세법 제4조,제13조)이어서 피고가 임차인별 임대료를 밝혀야 하는 것은 아니므로 원고 주장의 사유만으로는 피고의 부가가치세 부과처분이 위법하다고 볼 수 없으므로 이에 관한 원고의 주장도 이유 없다.
라)과세표준에서 공제할 금액

⑴임대료 연체금을 제외한 원고 주장의 항목에 관한 판단

과세처분 취소소송에서 과세근거로 된 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고,과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나,필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로,그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다고 할 것이며(대법원2007. 10. 26.선고, 2006두16137판결 등 참조),또한 임대인이 임차인들과 사이에 자신이 목적물에 대한 전기료 등 공공요금의 납부를 포함한 일체의 운영ㆍ관리업무를 자기의 계산으로 수행하고 그 대가로 임차인들로부터 실제 공공요금의 액수와 무관하게 나름대로 기준을 정하여 산정한 전기ㆍ수도요금 등을 지급받기로 약정한 경우에는 임대인이 임차인들을 위하여 전기요금 및 수도요금 등의 납부를 대행한 데 불과하다고 할 수는 없고 전기요금 및 수도요금 등의 공공요금과 운영ㆍ관리용역 사이에 대가관계가 인정된다 할 것이어서 임차인으로부터 지급받은 전기ㆍ수도요금 명목의 사이에 대가관계가 인정된다 할 것이어서 임차인으로부터 지급받은 전기ㆍ수도요금 명목의 금원도 부가가치세 과세대상이 된다고 할 것이다(대법원1996. 12. 6.선고, 96누13판결 참조).
이 사건에 관하여 살피건대,을 제16호증,을 제20호증,을 제20호증 내지 을27호증의2,을 제58호증의 각 기재를 종합하면,원고는 이 사건 상가 임차인들과 관리비(경비,청소 등 건물관리비 및 환경개선부담금,교통유발부담금)를 매월 정액제로 지급받기로 약정하였고, 2005년1기분 부가가치세 신고를 하면서 과세표준에 관리비를 포함시켰으며, 2001년1기분부터2005년2기분까지 이 사건 상가의 전기료에 관한 매입세액 공제를 받은 사실이 인정되는바,이에 비추어 보면 원고는 임차인들과 사이에 자신이 이 사건 상가에 대한 전기료 등 공공요금의 납부를 포함한 일체의 운영ㆍ관리업무를 자기의 계산으로 수행하고 그 대가로 임차인들로부터 실제 공공요금의 액수와 무관하게 나름대로 기준을 정하여 산정한 관리비(경비,청소 등 건물관리비 및 환경개선부담금,교통유발부담금),전기ㆍ수도요금 등을 지급받기로 약정한 것이므로,원고가 임차인들을 위하여 전기요금 및 수도요금 등의 납부를 대행한 데 불과하다고 할 수는 없고 전기요금 및 수도요금 등의 공공요금과 운영ㆍ관리용역 사이에 대가관계가 인정된가 할 것이어서,가사 이 사건 계좌에 입금된 금액 중에 관리비(경비,청소 등 건물관리비 및 환경개선부담금,교통유발부담금),전기ㆍ수도요금이 포함되어 있다고 하더라도 이는 부가세과세대상이 된다고 할 것이며,또한 이 사건 상가 임대와 관련한 경비 등은 대부분 원고의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청인 피고로서는 그 입증이 어려우므로 원고에게 그 입증의 필요가 있다고 봄이 타당한데,이 사건 계좌에 입금된 금액 중에 원고가 주장하는 원고 소유의 다른 상가의 전기료,수도요금 및 청소비,환경개선부담금,교통유발부담금,경비비,부가가치세 등과 이 사건 상가 임대료에 관한 부가가치세,이 사건 상가 임대료와 관련 없는 원고 소유의 다른 상가에 대한 임대료, 1998년도 외상매출금 상가의 임대수입이 포함되어 있다는 사실을 인정할 증거가 없으므로 위 항목 해당금액이 과세표준에서 공제되지 아니하여 이 사건 처분이 위법하다는 원고 주장은 이유 없다.
또한 을 제53호증 내지 을 제57호증의 각 기재를 종합하면,원고는2001년 내지2005년 귀속 종합소득세를 신고하면서 이 사건 상가의 감가상각비 합계183,983,376원,급여지출비 합계229,726,625원,일반지출비 합계686,788,045원,토지임차료 합계29,200,000원을 필요경비로 신고하여 종합소득세 과세표준에서 이를 공제받은 사실이 인정되는바,원고가 위 각 금액을 초과하여 위 항목의 금액을 지급하였음을 인정할 증거가 없으므로 위 항목에 관한 원고 주장의 금액이 종합소득세 과세표준에서 공제되지 아니하였다는 원고 주장도 이유 없다.
⑵임대료 연체금에 관한 판단

원고 주장의 임대료 연체금에 관하여 살피건대,부동산 임대료에 관한 연체금은 용역의 공급대가로 볼 수 없으므로 부가가치세 과세대상이 되지 아니한다고 할 것인데,을 제10호증,을 제38호증의1내지8의 각 기재를 종합하면,이 사건 계좌에는 다음 표 기재와 같이 합계2,184,725원의 임대료 연체금이 입금되었고,피고는2005년1기분 부가가치세 과세표준에 위 금액을 포함시킨 사실이 인정되는바,위 임대료 연체금은 위 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 할 것이어서 원고의 연체금에 관한 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.
마)과세기간별 임대료 수입과 과세표준의 불일치 여부

을 제20호증 내지 을 제27호증의2의 각 기재에 의하면,원고는 이 사건 상가 임차인들과 월차임을 매월 말일에 지급받기로 약정한 사실이 인정되는바,매월 중간에 이 사건 계좌에 입금된 금액은 전월의 임대료라고 보아야 하므로 피고가2001.부터2005.까지 매년2. 1.부터7. 31.까지 이 사건 계좌에 입금된 임대료 및 관리비를1기분 용역의 공급대가로,매년8. 1.부터 다음 해1. 31.까지 입금된 금액은 매년2기분 용역의 공급대가로 보아 과세표준을 산정한 것은 정당하다.
다만,을 제5호증의1,을 제10호증,을 제38호증의7의 각 기재에 의하면, 2005. 3. 9.김○○가 이 사건 계좌에 입금한26,182,000원은 이 사건 상가 중‘○○○노래바’의2004. 9.부터2005. 2.까지의 미납 임대료 및 관리비와 연체금의 합계액인데 그 중2004. 9.부터2004. 12.까지의 임대료와 관리비 합계는15,645,549원이고, 2005. 1.및2005. 2.분 임대료 및 관리비는 합계9,114,000원인 사실,그런데 피고는 위26,182,000원 전부를2005. 2.분 임대료 및 관리비,연체금으로 보아2005년1기분 부가가치세 및2005년 귀속 종합소득세 과세표준에 합산한 사실이 인정되는바, 2004. 9.부터2004. 12.까지의 임대료와 관리비는2004년2기분 부가가치세 및2004년 귀속 종합소득세 과세표준으로 산정되어야 하는 것인데 피고는 이를2005년1기분 부가가치세 및2005년 귀속 종합소득세 과세표준으로 산정하였으므로 원고의 임대료 및 관리비 수입의 과세기간별 배분에 관한 주장은2005년1기분 부가가치세 및2005년 귀속종합소득세 부과처분 중2004년2기분 부가가치세 및2004년 귀속 종합소득세 과세표준으로 산정되어야 할15,645,549원 부분 해당 세액에 한하여 이유 있다.
바)간주임대료 산정의 위법 여부

을 제1호증의1내지 을 제5호증의2,을 제10호증,을 제42호증 내지 을 제51호증의 각 기재를 종합하면,피고는 부가가치세 과세표준을 산정함에 있어 원고가 신고한2001년1기분부터2005년2기분 부가가치세 과세표준에 세무조사 결과 원고가 탈루한 것으로 인정되는 임대료 및 관리비만을 추가하여 과세표준을 산정한 사실이 인정되는바,결국 피고가 새로 산정한 과세표준 중 임차인별 임대보증금에 대한 간주임대료는 원고가 신고한 대로 인정된 것이므로 피고의 간주임대료 계산이 잘못되었다는 원고의 주장도 이유 없다.
사)소결론

이 사건 처분의 실체적 위법 사유에 관한 원고 주장은2005년1기분 부가가치세 과세표준에 잘못 산정된 임대료 연체금2,184,725원, 2005년1기분 부가가치세 및2005년 귀속 종합소득세 과세표준에 잘못 산정된15,645,549원 부분에 한하여 이유 있고,이를 기초로 정당한2005년1기분 부가가치세 및2005년 귀속 종합소득세를 계산하면 다음 각 표 기재와 같다(2004년2기분 부가가치세 및2004년 귀속 종합소득세 과세표준에 위15,645,549원을 합산하면 위 각 해당 연도의 부가가치세액 및 종합소득세액이 증가할 것이 명백하므로 위 각 세액은 따로 계산하지 아니한다).
○2005년1기분 부가가치세

연체료2,184,725원,임대료 및 관리비 합계15,645,549원(2004. 9.귀속∼2004. 12.귀속)을 부가가치세 과세표준에서 제외

○2005년 귀속 종합소득세

임대료 및 관리비 합계15,645,549원(2004. 9.귀속∼2004. 12.귀속)을 종합소득세 과세표준에서 제외

3.결론

그렇다면,원고의 이 사건 청구는2005년 제1기분 부가가치세25,725,680원의 부과처분 중23,452,328원을 초과하는 부분 및2005년 귀속 종합소득세156,839,410원의 부과처분 중149,720,005원을 초과하는 부분에 한하여 이유 있어 이를 인용하고,나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바,원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 및 이 사건 각 처분을 위 범위 내에서 취소하기로 하고,원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.