등록세등 부과처분 취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2011.02.17 / 시행일:

【원 고】 골든시그너스 주식회사 (소송대리인 법무법인 대륙아주 담당변호사 박국수 외 1인)
【피 고】 경기도 하남시장 (소송대리인 법무법인 하나로 담당변호사 백강수 외 1인)
【변론종결】2011. 1. 13.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2009. 2. 11. 원고에 대하여 한, 하남시 신장동(지번 3 생략) 외 73필지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 관한 등록세 824,787,760원, 지방교육세 153,132,530원, 농어촌특별세 3,913,260원의 부과처분을 모두 취소한다(갑 제1호증의 2 기재 고지일을 처분일로 특정한다).
【이 유】 1. 처분 경위
 가. 원고는 2006. 3. 21.수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역인 서울특별시에 설립된 회사로서,주택법 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 영위하는 과정에서 2006. 6. 15.부터 2007. 7. 12.까지 이 사건 각 토지를 취득하여 이에 관하여 각 원고 명의의 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 각 등기’)를 마쳤다.
 나. 원고는 2006. 5. 17. 피고에게 원고 외 72인 명의로 이 사건 각 토지상에 주상복합아파트 1동을 건설하는 내용의 건축허가 신청을 하였고, 2007. 4. 2. 피고로부터 원고 외 5인 명의로 이 사건 각 토지 중 일부토지를 하남시에 무상귀속하는 것을 조건으로 연면적 99,201.67㎡(주거 면적 49.4%, 판매시설 면적 50.6%)의 하남두산위브파크 주상복합아파트 1동(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 건축허가를 받았는데, 위 허가는 2007. 8. 3. 건축연면적이 99,247.07㎡(주거 면적 49.47%, 판매시설 면적 50.53%)로 변경되었다. 
 다. 한편 원고는 이 사건 각 토지의 취득과 관련하여 2006. 5. 16.경부터 2007. 7. 25.경까지 취득가액 29,948,003,410원을 과세표준으로 하여지방세법 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 등록세 583,081,090원, 지방교육세 117,016,210원, 농어촌특별세 2,775,790원 등 합계 704,873,090원을 신고·납부하였다.
 라. 피고는 2009. 2. 11. 원고에 대하여 ‘이 사건 각 토지 중 주택건설용으로 사용되지 않는 판매시설 50.53%에 해당하는 토지 2,961.05㎡(이하 ‘이 사건 쟁점토지’라 한다)는 지방세법상 등록세 중과세 예외대상에 해당하지 아니한다’는 이유로 청구취지 기재와 같이 각 부과처분(이하 ‘이 사건 각 처분’)을 하였다.
 마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2009. 3. 31. 조세심판원에 심판을 청구하였으나 2010. 5. 24. 기각되었다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 18, 41, 47 내지 73호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 본안전 항변에 관한 판단
 가. 피고 주장 
지방세법 제72조 제1항,행정소송법 제20조 제1항에는 ‘지방세법에 의한 신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 보며, 취소소송은 처분 등이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정되어 있는데, 원고는 이 사건 각 토지를 취득하면서 2007. 7. 25.경까지 등록세 등을 신고·납부하였음에도 그로부터 90일이 경과하도록 불복 신청을 하지 아니하였으므로, 이 사건 소는 제소기간이 도과된 소로서 부적법하다.
 나. 판단 
 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석함이 타당하다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조).
 이 사건에서, 이 사건 각 처분은 원고가 2006. 5. 16.경부터 2007. 7. 25.경까지 이 사건 토지에 관하여 신고·납부한 등록세 등에 대한 증액경정처분이라 할 것이므로, 이 사건 각 처분만이 이 사건 소송의 심판대상이 되는 것이어서 이와 다른 전제에 선 피고의 본안전 항변은 이유 없다. 
 3. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 원고 주장
 원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.
 1) 원고는주택법 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 영위하고 있고 이 사건 토지는 주택건설용으로 취득한 것이므로지방세법 시행령 제101조 제1항 제5호의 규정에 의해 등록세 중과세 제외대상에 해당하고, 주상복합아파트의 경우 토지의 용도비율에 따라 안분하여 등록세를 중과하도록 한 법령상 근거가 없다(이하 ‘제①주장’이라 한다).
 2) 원고는 이 사건 건물에 대한 건축허가를 받기 전인 교통영향평가 및 건축심의, 건축허가신청 단계에서 이미 하남시와 무상귀속 또는 기부채납(이하 통틀어 ‘기부채납’이라 한다)할 토지 및 면적을 특정하였고, 그 이후에 이 사건 토지를 취득한 것이므로 이 사건 토지 중 하남시에 무상으로 귀속된 1,118.02㎡(무상귀속분 649.69㎡ + 기부채납분 114.63㎡ + 제척분 353.7㎡, 이하 ‘이 사건 귀속토지’라 한다)에 대하여는지방세법 제126조 제2항 규정에 의해 등록세가 비과세 되어야 한다(이하 ‘제②주장’이라 한다).
 3) 등록세 중과세 여부를 결정하는 토지의 용도에 대한 판단기준 시점은 건물사용승인시임에도 이 사건 각 처분은 건축허가시를 기준으로 판단하였으므로 위법하다(이하 ‘제③주장’이라 한다). 
 나. 쟁점 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 제①주장에 관한 판단
지방세법(2009. 2. 6. 법률 9433호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항,지방세법 시행령(2009. 5. 6. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제5호에는 ‘수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시)내에서의 법인의 설립 이후의 부동산등기에 대하여는지방세법 제131조,제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300을 부과하되, 다만주택법 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 위하여 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다.
 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).
 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 주상복합아파트인 이 사건 건물을 건설하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 점, 이 사건 건물 총 연면적 중 주택 면적은 49.47%, 판매시설 면적은 50.53%인 점을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면 이 사건 토지 중 주택건설용도로 사용되는 면적 비율은 49.47%에 불과하므로, 그 부분에 대해서만지방세법 제138조의 등록세 중과세 규정이 적용되지 않는다고 할 것이다.
 이에 대하여 원고는 주상복합아파트의 경우 토지의 용도비율에 따라 안분하여 등록세를 중과하도록 한 법령상 근거가 없으므로 이 사건 토지 전체가 등록세 중과의 예외에 해당한다고 주장하나, 집합건물의 경우 구분소유권에 부종하는 대지지분을 특정할 수 있으므로 주상복합아파트의 경우 주택건설용도로 사용되는 대지 면적과 판매시설건설용도로 사용되는 대지 면적을 구분 산정할 수 있고, 주택건설용도로 사용되는 대지 부분에 대하여만 중과세 예외를 인정하는 것이 위 지방세법령의 취지와 조세공평의 원칙에도 부합하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 2) 제②주장에 관한 판단 
 가)지방세법 제126조 제2항에 의하면 ‘국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다.
 이 사건과 같이 기부채납 조건이 있는 건축허가 이전에 취득한 토지에 관하여지방세법 제126조 제2항 소정의 등록세 비과세 조항이 적용되기 위하여는, 그 토지 취득 이전에 이미 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지 토지의 위치나 면적이 특정되고, 기부채납에 관한 구체적인 의사의 합치가 있었다는 등의 특별한 사정이 있어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 각 토지의 취득 당시 위와 같은 특별한 사정이 있었는지를 살펴보기로 한다.
 나) 기부채납의 대상이 되는 도로의 위치나 면적의 특정 여부
 먼저, 이 사건 귀속토지가 그 취득 이전에 기부채납의 대상이 되는 도로가 개설될 토지로서 위치나 면적이 특정된 상태였는지에 관하여 보건대, 이에 부합하는 듯한 증거로서 갑 제6 내지 17, 19 내지 39호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인소외인의 일부 증언이 있으나, 위 증거들은 그 자체로도 원고의 이 사건 건물신축허가를 받기 이전 과정에서 기부채납 토지의 위치나 면적이 계속 변경된 사정을 엿볼 수 있고, 그 중 일부 증거는 사설 건축사사무소에서 작성한 계획도에 불과하여, 원고의 이 사건 귀속토지 취득 이전에 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 특정되었다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
 다) 기부채납 의사의 합치 여부
 설령 이 사건 귀속토지가 그 취득 이전에 기부채납의 대상이 되는 도로가 개설될 토지로서 위치나 면적이 특정된 상태였고 원고가 이러한 사정을 감안하여 이 사건 귀속토지를 취득하였다 하더라도, 하남시장 등과 사이에 기부채납에 관한 구체적인 의사의 합치가 있었다는 점에 관하여, 위 증거들만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 아무런 증거가 없다.
 라) 소결
 따라서 이 사건 귀속토지는 기부채납을 조건으로 취득된 것이라고 볼 만한 사정이 없어,지방세법 제126조 제2항 소정의 등록세 비과세 대상이라 할 수 없으므로, 이를 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.
 3) 제③주장에 관한 판단
지방세법 제29조 제1항 제2호는 ‘등록세 납세의무의 성립시기는 재산권 기타 권리를 등록하는 때’라고 규정하고 있다. 그리고 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2006. 6. 15.부터 2007. 7. 12.까지 이 사건 각 토지를 취득하여 이에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 이 사건 건물에 대하여는 2007. 4. 2. 건축허가일에 건축허가서 및 설계도 등을 통하여 주거 면적과 판매시설 면적이 특정되었음을 인정할 수 있다.
 위 인정사실에, 등록세 중과세 규정 적용 여부를 판단하는 비주거 면적의 기준시점에 대한 특별한 규정이 없는 점을 감안하면, 건축허가시에 특정된 원고의 토지 취득목적을 기준으로 하여 등록세 중과세 적용 여부를 결정한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다. 
4. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.
[별지 생략]

판사 윤종구(재판장) 명재권 김민아