법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1998.05.08 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 우창록 외 2인)
【피고, 피상고인】 동수원세무서장
【원심판결】 서울고법 1996. 4. 3. 선고 94구18739 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 원심판결 이유에 의하면 원심은, 폐기물처리업허가를 받아 폐기물처리업을 영위하는 원고 회사가 1991사업연도 법인세과세표준 신고시 차량유지비 금 2,403,487,680원 및 수도광열비 금 1,992,302,607원을 처리원가의 일부로 각 계상하여 신고한 사실, 이에 대하여 피고는 1993. 8. 20. 위 차량유지비 중 금 708,636,210원, 수도광열비 중 금 497,061,160원은 가공으로 계상한 것이라 하여 이를 손금부인하는 등으로 위 사업연도 법인세액을 금 895,090,846원으로 증액경정하여 기납부세액을 공제한 금 591,632,340원을 납부고지한 사실을 인정한 다음, 법인세과세표준 신고시 손금으로 계상한 위 차량유지비 및 수도광열비 중 합계 금 1,205,697,370원이 실제 지출되지 아니한 가공의 것이라고 하더라도 위 사업연도에 난지도 쓰레기종합처리장에 상주하는 넝마주이인 소외 1 등에게 폐기물의 매립을 위탁하고 그 대가로 합계 금 240,000,000원을 지급하였으므로 이를 손금에 산입하여야 한다는 원고의 주장에 대하여는, 원고가 위탁처리비로 금 240,000,000원을 지급하였다고 인정할 증거가 없고, 다만 1991. 4. 27.부터 같은 해 12. 10.까지 사이에 특정산업폐기물의 경우 소각로에서 소각 후 그 잔재물을 매립하는 등 법령에 정한 처리기준 및 방법에 따라 처리하여야 함에도 불구하고, 소각로에 넣어 약간 그을린 후 일반폐기물의 소각잔재물과 혼합하여 난지도 쓰레기종합처리장으로 운반한 다음 그 곳에서 폐기물처리업허가 없이 불법으로 폐기물처리업을 하던 소외 1 등에게 매립을 위탁하고 그 대가로 합계 금 125,000,000원을 지급한 사실은 인정되나, 원고가 위와 같이 가공계상한 것이 바로 위탁처리비로 지출되었다고 단정하기 어렵고, 가사 그 주장과 같이 위탁처리비를 지급하였다 하더라도 이는 결국 불법 폐기물처리업자인 소외 1 등과 야합하여 적법한 처리절차에 의하지 아니하고 특정산업폐기물 등을 투기하는 일종의 범법행위를 위하여 지급한 비용으로서 법인세법 소정의 손비에 해당한다고 볼 수 없다고 하여 이를 배척하였다.
 그러나 법인소득액 산정시 손금에 산입할 비용에 관하여 납세의무자가 신고한 비용 중 일부가 허위임이 밝혀지거나 스스로 허위임을 시인하면서 다른 비용으로 소요되었다고 주장하는 경우 그 다른 비용의 존재를 납세의무자가 입증하면 이는 손금으로 산입될 수 있는 것이므로(대법원 1994. 10. 28. 선고 94누5816 판결, 1995. 5. 23. 선고 94누9283 판결 등 참조), 원고가 당초 신고시 손금으로 계상한 위 차량유지비 등이 가공계상된 것으로 손금산입이 부인된다 하더라도, 다른 비용인 위탁처리비가 실제 지출된 사실이 인정되면 이를 손금에 산입할 수 있다고 할 것인바, 원심이 원고가 소외 1 등에게 폐기물 매립에 대한 대가를 지급한 사실을 인정하고서도 위와 같이 가공계상한 것이 바로 위탁처리비로 지출되었다고 단정하기 어렵다는 이유만으로 손금에 산입될 수 없다고 판단한 것은 위와 같은 법리를 오해한 위법이 있다 할 것이다. 
 그리고 법인세법 제9조 제1항은 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액으로 하도록 하고, 그 제3항은 "제1항에서 '손금'이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다."고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제12조 제2항은 "법 제9조 제3항에서 '손비'라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것을 말한다."고 하면서 그 제16호에서 "제1호 내지 제15호 이외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액"을 규정하고 있을 뿐, 일반적으로 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용의 손금산입을 부인하는 내용의 규정이 없을 뿐만 아니라, 법인세는 원칙적으로 다른 법률에 의한 금지의 유무에 관계없이 담세력에 따라 과세되어야 하고 순소득이 과세대상으로 되어야 하는 점 등을 종합하여 보면, 위와 같은 비용에 대하여도 그 손금산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다 할 것이다.
 원심판결 이유 및 기록에 의하면, 원고가 1991. 4. 27.부터 같은 해 12. 10.까지 사이에 배출업체들로부터 수거한 폐합성수지 등 특정산업폐기물을 처리함에 있어, 이를 소각하거나 고온열분해 후 그 잔재물을 매립하는 등 구 폐기물관리법시행규칙(1991. 12. 13. 총리령 제397호로 전문 개정되기 전의 것) 제12조 제5항 제3호에 정한 처리기준 및 방법에 따라 처리하여야 함에도, 특정산업폐기물을 용인공장에 설치된 소각로에 넣어 약간 그을린 후 일반폐기물의 소각잔재물과 혼합하여 난지도 쓰레기종합처리장으로 운반하여 왔고, 당시 위 종합처리장에는 진입로를 확보하고 구덩이를 파서 폐기물을 매몰한 후 흙으로 덮어 고르는 작업을 해주는 공식적인 기관이나 업체가 없어 그 곳에 상주하는 넝마주이들이 진입로를 닦아놓고 그들에게 이러한 매립 등을 위탁하여 처리할 것을 요구하면서 차량의 출입을 방해하므로 원고도 넝마주이인 소외 1 등에게 위와 같이 혼합한 특정산업폐기물 및 일반폐기물의 매립을 위탁하고 그에 대한 대가를 지급하였으며, 이에 따라 원고 법인 및 회장인 소외 2 등은 적법한 처리기준 및 방법에 따르지 아니하고 특정산업폐기물을 처리한 행위로 처벌받았음에 비하여 소외 1 등은 관할 관청으로부터 허가를 받지 아니하고 폐기물처리업을 한 것으로 처벌받았고, 그 후 1992년부터는 김포 수도권매립장을 이용하면서 위와 같은 용역제공에 대한 대가로 폐기물 반입수수료를 공식적으로 지급하고 회계장부상으로도 이를 처리원가의 일부인 매립비로 계상하였음을 알 수 있는바, 이러한 사정들을 종합하여 보면, 원고가 위와 같이 특정산업폐기물을 처리함에 있어서의 주된 위법성은 특정산업폐기물을 중간처리함에 있어 완전소각 등을 하지 아니한 채 일반폐기물의 소각잔재물과 혼합하여 처리하는 과정에 있는 것으로 그와 같이 처리된 것을 위 종합처리장에서 최종적으로 매립하는 일을 소외 1 등에게 위탁한 데에 있다고 보기 어렵고, 무허가로 폐기물처리업을 영위하고 있던 소외 1 등으로 하여금 특정산업폐기물을 매립케 한 점만으로는 그 지출한 대가를 법인세법상 손금에 산입하는 것이 사회질서에 심히 반하는 것이라고 볼 수도 없다 할 것이다.
 그럼에도 불구하고 원심이, 위 위탁처리비의 손금산입을 부인하고 원고의 1991사업연도 소득금액을 계산한 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였음은, 손금산입 대상이 되는 손비에 관한 법리를 오해하고 심리를 미진하여 판결 결과에 영향을 미친 위법을 저지른 것이라 할 것이므로, 이 점을 지적하는 취지의 상고이유의 주장은 이유 있다.
 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리 판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 정귀호(재판장) 박준서 김형선(주심) 이용훈

[1] 법인세 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액의 다른 비용 지출을 주장하는 경우의 손금 인정 여부(적극)
[2] 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용의 법인세법상 손금 산입 여부(적극)

[1] 법인소득액 산정시 손금에 산입할 비용에 관하여 납세의무자가 신고한 비용 중 일부가 허위임이 밝혀지거나 스스로 허위임을 시인하면서 다른 비용으로 소요되었다고 주장하는 경우 그 다른 비용의 존재를 납세의무자가 입증하면 이는 손금으로 산입될 수 있다. 
 [2] 법인세법 제9조 제1항, 제3항, 같은법시행령 제12조 제2항의 각 규정에 따르면 일반적으로 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용의 손금산입을 부인하는 내용의 규정이 없을 뿐만 아니라, 법인세는 원칙적으로 다른 법률에 의한 금지의 유무에 관계없이 담세력에 따라 과세되어야 하고 순소득이 과세대상으로 되어야 하는 점 등을 종합하여 보면, 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대하여도 그 손금산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다.