경정청구거부처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2024.12.20 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 ○○○
【피고, 피항소인】 남양주시장
【제1심판결】 의정부지법 2024. 5. 14. 선고 2022구합15511 판결
【변론종결】2024. 11. 15.
【주 문】
 1. 제1심판결을 취소한다. 
 2. 피고가 2020. 9. 22. 원고에게 한 취득세 19,208,000원, 지방교육세 1,920,800원, 농어촌특별세 960,400원의 경정청구 거부처분을 취소한다.
 3. 소송 총비용은 각자 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 주택건설매매 및 임대업 등을 목적으로 하는 상법상 주식회사로서, 농업경영이나 그와 유사한 사업은 원고의 법인등기부상 목적에 들어 있지 않다.
 나. 원고는 건설사업을 위하여 2019. 11. 26. 소외 1로부터 남양주시 △△동(지번 1 생략) 답 394㎡, 같은 동 (지번 2 생략) 전 47㎡(이상 두 토지를 통틀어 ‘이 사건 농지’라 한다), 같은 동 (지번 3 생략) 도로 56㎡, 같은 동 (지번 4 생략) 전 396㎡(이하 ‘기타 토지’라 한다)를 합계 9억 7,240만 원에 매수하고(이하 ‘제1매매계약’이라 한다), 소외 1에게 같은 날 계약금 1억 9,448만 원을, 2020. 2. 27. 잔금 7억 7,792만 원을 각각 지급하였으며, 같은 날 위와 같이 매수한 4개 필지의 취득세 등을 피고에게 신고·납부하였다.
 다. 원고는 2020. 2. 27. 소외 1과 제1매매계약을 변경하기로 합의하고, 매매목적물에서 이 사건 농지를 제외하는 대신, 매매대금을 4억 9,220만 원으로 감액하는 내용의 계약을 새로 체결하였고(이하 ‘제2매매계약’이라 한다), 2020. 3. 16. 기타 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.
 라. 원고는 제1매매계약이 원시 불능의 급부를 목적으로 하여 무효이고, 제2매매계약에 따라 기타 토지만 취득하였다며 2020. 7. 7. 피고에게 이 사건 농지에 관한 취득세 19,208,000원, 지방교육세 1,920,800원, 농어촌특별세 960,400원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2020. 9. 22. 이를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
 마. 원고는 2020. 12. 28. 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 하였으나, 경기도지사가 2021. 2. 26. 이를 기각하였고, 다시 2021. 5. 31. 제기한 조세심판청구도 조세심판원이 2022. 8. 3. 기각하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증부터 제10호증(이상 가지번호 있는 것은 가지번호 포함하며, 이하도 같다), 을 제1호증부터 제7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 1) 이 사건 농지는 보전녹지지역에 위치하는 농지로서, 소유권이전등기 신청을 하려면 "농지의 소유권이전등기에 관한 사무처리지침"(2018. 3. 7. 등기예규 제1635호, 이하 ‘등기예규’라 한다)에 따라 농지의 소재지를 관할하는 시장·구청장·읍장 또는 면장이 발행하는 농지취득자격증명을 소유권이전등기신청서에 첨부하여야 하나, 법인인 원고가 이 사건 농지를 취득하는 것은 처음부터 법령상 불가능하다. 따라서 이 사건 농지에 관한 한, 제1매매계약은 ① 원시 불능의 급부를 목적으로 하는 계약으로서 무효이거나, ② 제2매매계약의 체결로써 소급하여 효력을 상실하였으므로, 원고가 이 사건 농지를 사실상 취득하였음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 2) 설령 원고가 이 사건 농지를 사실상 취득하였다 하여도, 원고는 지방세기본법 제50조 제1항 제1호에 따라 경정청구를 할 수 있다. 
 나. 관련 법령 및 등기예규
 별지 관련 법령 및 등기예규 기재와 같다
 다. 판단
 먼저 제1매매계약이 원시적으로 무효인지 본다. 
 1) 매매계약이 무효인 경우에는 처음부터 취득세의 과세대상이 되는 사실상의 취득행위가 있다고 할 수 없다(대법원 2013. 6. 28. 선고 2013두2778 판결 등 참조).
 2) 구 농지법(2020. 3. 24. 법률 제17091호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항, 제2항에 따르면, 농지는, 같은 조 제2항 각호의 예외에 해당하지 않는 한, 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못하고, 같은 법 제2조 제4호에 따르면 ‘농업경영’이란 농업인(같은 조 제2호에 따르면, 농업에 종사하는 개인으로서 대통령령으로 정하는 자를 말하며, 농지법 시행령 제3조 각호에서 이를 구체화하여, 농지·시설·사육의 규모, 연중 농·축산업 종사 일수, 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액 등 객관적 수치를 기준으로 제시하고 있다) 또는 농업법인(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따라 설립한 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따라 설립하고 업무집행권자 중 3분의 1 이상이 농업인인 농업회사법인)이 자기 계산과 책임으로 농업을 영위하는 것을 말하는바, 원고는 농업법인이 아님이 명백한데다가, 구 농지법 제6조 제2항 각호의 어디에도 해당하지 않고, 그렇다고 이 사건 농지가 구 농지법 제6조 제2항 제9호의2 소정의 농지, 즉 농지법 시행령 제5조의2, 등기예규 제2항 가. (3)에서 말하는 ‘영농여건불리농지’에 해당한다고 볼 근거도 없으므로, 원고는 결국 제1매매계약 당시부터 이 사건 농지의 소유권을 취득할 수 없었다. 
 3) 따라서 이 사건 농지의 매도인이 제1매매계약에 따라 원고에 대하여 부담하는 소유권이전등기의무는 원시적으로 이행불능이라 할 것이고, 이렇듯 원시 불능인 급부를 목적으로 하는 이상 제1매매계약은 무효이다. [법인이어서 구 농지개혁법(1994. 12. 22. 법률 제4817호로 폐지한 것)에 따른 농지매매증명을 받을 수 없음에도 농지를 매수하였다면 이러한 매매계약은 원시 불능의 급부를 목적으로 하는 것이어서 무효라고 본 대법원 1961. 12. 21. 선고 4294민상213 판결, 대법원 1994. 10. 25. 선고 94다18232 판결 및 대법원 2008. 4. 24. 선고 2007다65665 판결 등 참조. 심지어 대법원 1989. 2. 14. 선고 87다카1128 판결은 법인이 농지를 매수하는 계약은 소재지 관서의 농지매매증명이 외형상 존재하더라도 무효라고 선언하고 있는바, 이는 요컨대, 통상의 법인은, 농지매매증명(구 농지법상 농지취득자격증명)의 유무를 따지기에 앞서, 농지를 매수·취득하여 소유하는 것 자체가 법령상 불가능하다는 의미, 즉 농지취득자격증명을 취득할 수 없어 농지를 취득하지 못하는 것이 아니라, 법령상 처음부터 농지를 취득하지 못하기 때문에 농지취득자격증명을 발급받을 여지조차 없다는 의미로 이해할 수 있고, 등기예규가 제2항 가. (1)에서 농지에 대하여 특정승계취득을 원인으로 소유권이전등기를 신청하는 경우, 자연인에게는 원칙상 농지취득자격증명의 제출을 요구하면서도, 법인의 경우 모든 법인이 아니라 구 농지법 제2조 제3호의 농업법인에만 이를 요구하는 것 또한 농업법인 아닌 주식회사 등 상사법인에 대하여 농지취득자격증명 없이 농지 소유권을 취득할 수 있게 하겠다는 의미가 아니라(등기예규 제3항은 소유권이전등기 신청에 농지취득자격증명을 첨부할 필요가 없는 경우를 열거하고 있으나, 거기에 농업법인 아닌 주식회사 등 상사법인이 농지에 관한 소유권이전등기를 신청하는 경우는 들어 있지 않다), 그러한 법인은 처음부터 농지 소유권을 취득할 여지가 없음을 당연히 전제하는 것으로 보아야 마땅하다.]
 4) 피고는 농지취득자격증명은 농지를 취득하는 자가 그 소유권에 관한 등기를 신청할 때에 첨부하여야 할 서류로서, 농지를 취득하려는 자에게 농지취득의 자격이 있음을 증명하는 것일 뿐, 농지취득의 원인이 되는 매매 등 법률행위의 효력 발생 요건이 아니므로, 제1매매계약이 원시 불능의 급부를 목적으로 한다고 볼 수는 없다고 주장한다. 그러나 피고가 그 주장의 근거로 들고 있는 대법원 1998. 2. 27. 선고 97다49251 판결이나 대법원 2008. 2. 29. 선고 2007도11029 판결은 모두 매수인이 개인이어서, 절대 농지취득자격증명을 받을 수 없는 경우에는 해당하지 아니하며(구 농지법 제6조 제1항에 따르면, 개인은 본래 농업인이 아니었어도, 자기의 농업경영에 ‘이용할’ 목적으로 농지를 취득함으로써 얼마든지 새로 농업인이 될 수 있고, 농지법 시행령 제7조 제2항 제5호가 농지취득자격증명 발급 ‘신청 당시 농업경영을 하지 아니하는 자가 자기의 농업경영에 이용하고자 하여 농지를 취득하는 경우’ ‘해당 농지의 취득 후 농업경영에 이용하려는 농지의 총면적’ 요건을 그 각 목에서 따로 정하고 있는 것도 이를 당연히 전제한 것이며, 따라서 추후 농지취득자격증명을 발급받을 여지가 있는 반면, 법인, 특히 주식회사는 처음부터 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따라 농업회사법인으로 설립하지 아니한 이상, 그 자체 명의로 농지를 취득하는 것 자체가 불가능하다), 특히 전자의 판결은 농지 소유권이전등기절차이행 소송에서 매수인인 원고가 사실심 변론종결까지 농지취득자격증명을 발급받지 못하였어도, 민사소송절차 종료 후 얼마든지 농지취득자격증명을 발급받아 농지 소유권을 취득할 수 있는 이상, 그가 농지취득자격증명을 발급받은 바 없다는 이유로 소유권이전등기청구를 배척할 것이 아니라는 취지이고, 후자도 같은 취지에서 농지에 관한 명의신탁자가 명의신탁을 해지하고 그 반환을 청구하는 경우 수탁자는 신탁자 명의로 농지취득자격증명을 발급받지 아니하였다는 사정을 내세워서 그 청구를 거부할 수 없어, 신탁자에 대한 관계에서 해당 농지를 보관하는 자의 지위에 서게 된다는 것이므로, 원고가 법인으로서 처음부터 농지를 취득할 수 없었던 데다가 취득세의 과세요건인 사실상 취득의 존부가 문제인 이 사건과는 사안이나 쟁점이 모두 판연히 달라, 그 판시 법리를 이 사건에 원용하기에 적절치 않다. 피고의 주장은 농지법상 농지 소유 제한에 관한 법령의 규정 취지와 판례의 법리를 과세편의주의적으로 오해한 것이어서 받아들일 수 없다.
 5) 이에 대하여 피고는 다시, ‘농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우’에는 농지법 제6조 제2항 제7호에 따라 농업 경영에 이용하거나 이용할 자가 아니라도 농지의 취득이 가능한바, 이 사건 농지는 농업진흥구역에 속하지 아니하여 농지전용허가를 받을 수 있고, 원고도 이를 전제로 제1매매계약을 체결한 것이므로, 제1매매계약은 원시 불능의 급부를 목적으로 하고 있다고는 볼 수 없다고 주장한다. 이러한 주장은 이른바 ‘유동적 무효’의 법리를 제1매매계약에도 적용하여야 한다는 취지로 선해할 수 있으나, 제1매매계약은, 설령 그것이 유동적 무효 상태에 있다 하더라도, 농지전용허가를 실제로 받을 때까지는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 확정적 무효의 경우와 다를 바 없다 할 것이고(대법원 1993. 6. 22. 선고 91다21435 판결 참조), 따라서 원고가 매매대금 전액을 매도인에게 지급하였어도, 이 사건 농지를 취득하였다 할 수 없다(취득세에 관한 대법원 1997. 11. 11. 선고 97다8427 판결 참조). 또한 유동적 무효 상태의 계약은 농지전용을 불허하는 처분이 있는 경우는 물론, 당사자 쌍방이 농지전용허가를 신청하지 아니하기로 의사표시를 명백히 한 경우에도 확정적으로 무효가 된다 할 것인데(대법원 1993. 9. 10. 선고 93다8412 판결 등 참조), 앞서 인정한 사실들에 따르면, 제2매매계약의 체결로써 이 사건 농지에 대한 농지전용허가를 신청하지 아니하기로 원고와 매도인이 합의하였다고 볼 수밖에 없으므로(이는 유효한 계약의 효력을 소급하여 소멸시키는, 민법상의 ‘해제’가 아니라, 유동적 무효 상태의 계약을 종국적 무효로 확정하는 계약 당사자 간 합의이다), 제1매매계약은 이미 확정적으로 무효가 되었다고 봄이 상당하다(참고로 우리 법원의 등기정보열람 결과에 따르면 제2매매계약 체결과 같은 날 원고의 사내이사인 소외 2 개인이 이 사건 농지를 매수하여 그 명의로 소유권이전등기까지 마친 사실을 알 수 있고, 그에 따르는 취득세도 피고에게 신고·납부하였을 것임은 그로부터 어렵지 않게 추단할 수 있는바, 이러한 상황에서 이 사건 처분을 그대로 유지할 경우, 피고는 원고와 소외 2에게서 각각 취득세를 수취하여 보유하는 결과가 된다). 
 6) 그렇다면 이 사건 농지에 대해서는 처음부터 취득세의 과세대상이 되는 원고의 사실상 취득행위 자체가 유효하게 존재한다 할 수 없으므로, 그와 정반대의 전제에서 한 이 사건 처분은, 원고의 나머지 주장에 관하여 판단할 것 없이, 위법하므로 취소하여야 한다(대법원이 2017. 8. 24. 자 2017두43166 심리불속행 상고기각 판결로 확정한 서울고등법원 2017. 4. 13. 선고 2016누70347 판결 참조).
 3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하다. 원고의 항소는 이유 있으므로, 이를 받아들여 주문과 같이 판결한다. 
[별 지] 관련 법령 및 등기예규: 생략

판사 심준보(재판장) 김종호 이승한

농업경영이나 그와 유사한 사업은 법인등기부상 목적에 들어 있지 않고, 주택건설매매 및 임대업 등을 목적으로 하는 甲 주식회사가 건설사업을 위하여 乙로부터 농지와 기타 토지를 매수하고 잔금 지급 후 관할 지방자치단체장에게 취득세 등을 신고·납부하였는데, 乙과 합의로 계약을 변경하여 매매목적물에서 농지를 제외하는 대신 매매대금을 감액하는 내용의 계약을 새로 체결하고 기타 토지에 관해서만 소유권이전등기를 마친 후, 관할 지방자치단체장에게 농지를 포함한 변경 전 계약은 원시 불능의 급부를 목적으로 하여 무효이고, 이후 변경한 계약에 따라 기타 토지만 취득하였으므로 농지에 관한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 관할 지방자치단체장이 이를 거부한 사안에서, 위 농지에 대해서는 처음부터 취득세의 과세대상이 되는 甲 회사의 사실상 취득행위 자체가 유효하게 존재하지 않는다는 이유로, 위 처분은 위법하다고 한 사례

농업경영이나 그와 유사한 사업은 법인등기부상 목적에 들어 있지 않고, 주택건설매매 및 임대업 등을 목적으로 하는 甲 주식회사가 건설사업을 위하여 乙로부터 농지와 기타 토지를 매수하고(이하 ‘제1매매계약’이라 한다) 잔금 지급 후 관할 지방자치단체장에게 취득세 등을 신고·납부하였는데, 乙과 합의로 계약을 변경하여 매매목적물에서 농지를 제외하는 대신 매매대금을 감액하는 내용의 계약을 새로 체결하고(이하 ‘제2매매계약’이라 한다) 기타 토지에 관해서만 소유권이전등기를 마친 후, 관할 지방자치단체장에게 제1매매계약은 원시 불능의 급부를 목적으로 하여 무효이고, 제2매매계약에 따라 기타 토지만 취득하였으므로 농지에 관한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 관할 지방자치단체장이 이를 거부한 사안이다.
 매매계약이 무효인 경우에는 처음부터 취득세의 과세대상이 되는 사실상의 취득행위가 있다고 할 수 없는데, 甲 회사는 농업법인이 아니고 구 농지법(2020. 3. 24. 법률 제17091호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제2항 각호에도 해당하지 않으며, 위 농지가 구 농지법 제6조 제2항 제9호의2 소정의 농지인 ‘영농여건불리농지’에 해당한다고 볼 근거도 없어, 甲 회사는 제1매매계약 당시부터 위 농지의 소유권을 취득할 수 없었으므로, 乙이 제1매매계약에 따라 甲 회사에 대하여 부담하는 소유권이전등기의무는 원시적으로 이행불능이라 할 것이어서, 원시 불능인 급부를 목적으로 하는 이상 제1매매계약은 무효인 점, 제1매매계약이 유동적 무효 상태에 있다 하더라도, 농지전용허가를 실제로 받을 때까지는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 확정적 무효의 경우와 다를 바 없다 할 것이어서, 甲 회사가 매매대금 전액을 매도인에게 지급하였어도 위 농지를 취득하였다 할 수 없고, 제2매매계약의 체결로써 위 농지에 대한 농지전용허가를 신청하지 아니하기로 甲 회사와 乙이 합의하였다고 볼 수밖에 없으므로, 제1매매계약은 이미 확정적으로 무효가 되었다고 봄이 상당한 점 등을 종합하면, 위 농지에 대해서는 처음부터 취득세의 과세대상이 되는 甲 회사의 사실상 취득행위 자체가 유효하게 존재하지 않는다는 이유로, 위 처분은 위법하다고 한 사례이다.