부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2012.10.25 / 시행일:

【원고, 상고인】 국립공원관리공단
【피고, 피상고인】 성북세무서장 외 16인
【원심판결】 서울고법 2010. 1. 20. 선고 2009누19184 판결 
【주 문】
 상고를 모두 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 국가가 공급하는 용역으로서 부가가치세 면제 대상에 해당한다는 주장에 대하여
 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제17호는 부가가치세 면제 대상의 하나로 ‘국가·지방자치단체·지방자치단체조합(이하 ‘국가 등’이라고 한다)이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’을 규정하고 있다.
 위 규정의 문언 내용과 취지, 그리고 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제6호가 정부업무를 대행하는 단체(이하 ‘정부업무대행단체’라고 한다)가 공급하는 재화 또는 용역에 대한 부가가치세 면제제도를 별도로 마련하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호에 의하여 부가가치세가 면제되는 ‘국가 등이 공급하는 재화 또는 용역’이란 국가 등이 공급주체가 되어 국가 등의 명의와 계산으로 공급하는 재화 또는 용역을 의미하고, 국가 등으로부터 시설의 관리 등을 위탁받은 단체가 그 명의와 계산으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 여기에 해당하지 아니한다고 할 것이다.
 그런데 구 자연공원법(2008. 12. 31. 법률 제9313호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제10호, 제4조, 제42조 제1항 단서, 제44조, 제80조, 구 자연공원법 시행령(2009. 11. 2. 대통령령 제21807호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제5호, 제45조 제2항 제2호, 제15호 등은, 국립공원의 지정·관리권자인 환경부장관은 주차장을 포함한 국립공원시설의 유지관리와 공원사업의 시행, 공원입장료 및 공원시설사용료의 징수 등의 권한을 원고에게 위탁할 수 있다고 규정하면서 그 위탁에 따라 원고가 관리하는 국립공원의 입장료·사용료와 그 밖의 국립공원에서 생기는 수익은 원고의 수입으로 하도록 하고 있다.
 앞서 본 법리와 위와 같은 관련 규정의 내용에 비추어 보면, 원고가 국립공원 내에 주차장을 설치하고 그 운영업을 영위하는 것은 국가로부터 국립공원시설의 관리 등을 위탁받아 자신의 명의와 계산으로 용역을 공급하는 것일 뿐 국가의 산하기관의 지위에서 국가의 명의와 계산으로 용역을 공급하는 것으로 볼 수는 없으므로, 이는 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호에서 규정하는 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 볼 수 없다.
 같은 취지의 원심판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 부가가치세 면제 대상인 국가 등이 공급하는 용역에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 2. 정부업무대행단체가 공급하는 용역으로서 부가가치세 면제 대상에 해당한다는 주장에 대하여
 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호는 ‘정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’을 부가가치세 면제 대상으로 규정하고, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제106조 제8항(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라고 한다)은 "법 제106조 제1항 제6호에서 ‘재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’이라 함은 정부업무대행단체가 그 고유의 목적사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한다."고 하면서 제7호에서 ‘주차장운영업 및 자동차견인업’을 규정하였다. 한편 이 사건 시행령 조항 본문의 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항 [별표 10] 제25호(이하 ‘이 사건 시행규칙 조항’이라고 한다)는 정부업무대행단체의 면세사업의 하나로 원고가 영위하는 ‘자연공원법에 의한 국립공원에의 입장, 주차장 및 야영장의 사용에 관한 업무’를 규정하고 있다.
 그리고 이 사건 시행규칙 조항은 원심 판시 이 사건 처분의 과세기간 이후인 2009. 4. 7. 개정되어 면세사업 대상에서 주차장의 사용에 관한 업무는 제외되었다.
 이에 대하여 원심은, 원고가 영위하는 ‘국립공원 주차장의 사용에 관한 업무’를 정부업무대행단체의 면세사업의 하나로 규정한 이 사건 시행규칙 조항은 상위법령인 이 사건 시행령 조항의 개정으로 그에 배치되게 되어 효력이 없다고 판단하였다.
 그러나 하위법령의 규정이 상위법령의 규정에 저촉되는지 여부가 명백하지 아니한 경우에는, 규범이 무효라고 선언될 경우 생길 수 있는 법적 불안정과 규범 간 충돌은 최대한 배제하여야 하는 점 등을 감안하면, 관련 법령의 내용과 입법 취지 및 연혁 등을 종합적으로 살펴, 하위법령의 의미를 상위법령에 합치되는 것으로 해석하는 것이 불가능하지 않은 이상 하위법령이 상위법령에 위반된다는 이유로 무효를 선언할 것은 아니다(대법원 2001. 8. 24. 선고 2000두2716 판결 참조).
 이러한 관점에서 이 사건 시행령 및 시행규칙 조항의 내용 및 개정 연혁 등을 종합하여 보면, 정부업무대행단체의 면세사업의 범위는 일단 이 사건 시행령 조항의 본문과 그 위임에 의한 시행규칙 규정에 의하여 정해지고, 그 중 일부는 이 사건 시행령 조항의 단서 규정에 의하여 면세사업의 범위에서 제외되는 형식으로 규정된 것이라고 못 볼 바 아니다. 그렇게 보면 원고가 영위하는 ‘국립공원 주차장의 사용에 관한 업무’는 이 사건 시행령 조항 본문과 이 사건 시행규칙 조항에 따라 일단 면세사업의 범위에 포함되었다가 이 사건 시행령 조항 단서 제7호에서 면세제외 대상 사업으로 규정됨으로써 결국 면세사업에 해당하지 않게 되었다고 할 것이다.
 따라서 원심이 이 사건 시행규칙 조항이 상위법령에 위배되어 효력이 없다고 판단한 것은 부적절하지만, 원고가 영위하는 국립공원 내 주차장운영업이 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체의 면세사업에 해당하지 않는다고 본 결론은 정당하므로, 원심판결에는 상고이유에서 주장하는 바와 같이 정무업무대행단체의 면세사업의 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법은 없다.
 그리고 이 사건 시행령 단서 제7호에 규정된 ‘주차장운영업’은, 그 문언 내용 뿐 아니라 부가가치세의 납부의무는 영리목적의 유무에 불구하고 발생하는 것으로 규정한 구 부가가치세법 제2조 제1항의 취지 등에 비추어 볼 때 반드시 정부업무대행단체가 사경제주체로서 영리를 목적으로 하는 경우만을 의미한다고 볼 수 없으므로 이와 다른 취지의 상고이유의 주장도 받아들일 수 없다.
 3. 신뢰보호의 원칙에 위배된다는 주장에 대하여
 원심은, ① 지방공기업법상의 시설관리공단이 공영주차장을 운영하고 이용자로부터 받은 대가에 대해서는 부가가치세가 면제된다는 내용의 재정경제부의 유권해석이 있고, ② 조세특례제한법 시행령 제106조 제8항이 2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되면서 그 단서 제7호에서 ‘주차장운영업 및 자동차견인업’을 정부업무대행단체의 면세사업의 범위에서 제외한 후에도 이 사건 시행규칙 조항이 여전히 원고가 영위하는 ‘국립공원 주차장의 사용에 관한 업무’를 면세사업의 하나로 규정하고 있었다고 하더라도, 위 유권해석은 원고의 주차장운영업에 대한 부가가치세 과세 여부에 관한 견해 표명이 아니고, 원고는 조세특례제한법 시행령의 위와 같은 개정으로 인하여 원고가 영위하는 국립공원 내 주차장운영업이 과세로 전환되었음을 충분히 알 수 있었던 점 등에 비추어 보면, 피고가 원고의 국립공원 내 주차장 사용료 징수에 대하여 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되지 않는다고 판단하였다.
 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 신뢰보호의 원칙에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 4. 형평의 원칙에 위배된다는 주장에 대하여
 원심은, 설령 시·도지사가 관리하는 국립공원의 주차장운영업과 정부업무대행단체인 원고가 관리하는 국립공원의 주차장운영업 간에 부가가치세 부과에 있어 차이가 있다고 하더라도, 두 기관의 고유한 특수성과 국립공원이 시·도지사에 의하여 관리되는 것은 이례적인 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 처분이 형평의 원칙에 위배되어 위법하다고 볼 수는 없다고 판단하였다.
 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 형평의 원칙에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 5. 결론
 그러므로 상고를 모두 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김창석(재판장) 양창수 박병대(주심) 고영한

구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제17호의 문언 내용과 취지, 그리고 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제6호가 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역에 대한 부가가치세 면제제도를 별도로 마련하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호에 의하여 부가가치세가 면제되는 ‘국가·지방자치단체·지방자치단체조합(이하 ‘국가 등’이라고 한다)이 공급하는 재화 또는 용역’이란 국가 등이 공급주체가 되어 국가 등의 명의와 계산으로 공급하는 재화 또는 용역을 의미하고, 국가 등으로부터 시설의 관리 등을 위탁받은 단체가 그 명의와 계산으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 여기에 해당하지 아니한다.