법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2003.06.24 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 이랜드 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 전오영 외 1인)
【피고, 피상고인】 영등포세무서장
【원심판결】 서울고법 2001. 8. 21. 선고 2000누13602 판결
【주 문】
원심판결 중 피고가 1996. 12. 16. 원고에게 한 1993 사업년도 귀속 법인세 금 3,777,496,599원의 부과처분 중 금 3,595,985,268원을 초과하는 부분(매출누락금 444,131,932원에 대한 법인세 상당액)에 관한 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고의 나머지 상고를 각하한다.

【이 유】상고이유를 본다(기간 후에 제출된 상고이유보충서는 보충의 범위 내에서).
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 제1심판결을 인용하여, 원고는 의류를 제조하여 판매하는 회사로서, 1993 사업년도 1년 동안 약 3,000여 종의 의류를 생산하여 이를 전국 277개 대리점을 통하여 판매하면서 제품의 입·출고 내역을 모두 포함하는 서면수불(受拂)부를 작성하는 대신, 물류부 및 영업부에서 'Wang'이라는 전산프로그램을 이용하여 각 품목별로 '생산입고→출고→반품입고→재출고(세일판매)→기말재고'의 순서대로 입·출고되는 제품을 전산입력하는 방법으로 재고자산을 관리하여 온 사실, 한편, 원고는 매 사업년도말에 결산서의 작성을 위하여 실지재고조사를 실시하여 재고자산의 수량을 파악하여 왔는데, 1993.말에 파악한 실제 재고자산의 수량이 위 전산프로그램에 기초한 재고자산 수량과 일치되지 아니하자, 원고는 실지재고수량이 장부상의 수량보다 부족한 수량에 대하여는 영업형태상 당연히 발생할 수 있는 컴퓨터 입력의 착오, 도난, 손실 등의 원인으로 발생한 원가성이 있는 재고감모손실로 보고 이를 당기 매출원가에 반영하여 비용으로 회계처리하는 한편, 실지재고수량이 장부상의 재고수량을 초과하는 수량에 대하여는 매출원가에서 이를 차감하는 방법으로 1993 사업년도의 법인세 과세표준과 세액을 계산하여 이를 신고한 사실, 피고는 1995. 11.경 실시된 원고에 대한 세무조사 과정에서 위 전산프로그램에 기초하여 1993 사업년도의 제품 수불내역을 소급하여 장부로 작성한 결과, 실지재고수량이 전산수불부상의 재고수량보다 일부 제품은 71,498개(이하, '이 사건 재고부족분'이라고 한다)가 부족하고, 다른 일부 제품은 오히려 38,408개가 과다한 것으로 확인된 사실, 이에 피고는 이 사건 재고부족분이 발생한 원인에 대하여 소명을 요구하였으나, 원고가 그 원인을 제대로 소명하지 못하자 그 재고부족분 전부가 매출누락에 기인한 것으로 판단하고, 원고로부터 이 사건 재고부족분 71,498개의 매출누락금이 금 488,545,126원이 된다는 취지의 확인서를 제출받아 이를 근거로 위 매출누락액을 익금에 산입하여 이 사건 법인세 증액경정처분을 한 사실을 인정한 다음, 이 사건 재고부족분이 원고 회사 영업형태상 불가피한 컴퓨터 입력의 착오, 도난, 훼손 등으로 인한 정상적인 감모손실이라는 원고의 주장에 대하여, 조세소송에 있어서의 입증책임은 증거와의 거리를 고려하여 구체적 이익상황에 따라 수정을 가할 필요가 있으므로, 피고는 매출누락수입의 존재와 범위를 입증함에 있어 매출시기에 관하여는 당해 사업년도에 매출되었다는 정도만 입증하면 족하고 구체적 일시에 관하여까지 입증할 필요는 없으며, 매출상대방은 원고의 통상 거래내용에 비추어 그 범위를 확정할 수 있는 것이면 족하고 상대방을 일일이 특정하여야 하는 것은 아니라고 전제한 다음, 원고 회사의 직원 및 대표이사가 날인한 확인서에 이 사건 재고부족분의 매출시기(1993년), 매출상대방(대리점), 매출누락금액(금 488,545,126원) 등에 관한 구체적인 사실을 담고 있으며, 원고가 이 사건 재고부족분이 매출 이외의 다른 사유로 불가항력적으로 발생하였다고 주장하면서도 구체적으로 그 발생원인을 소명하고 있지 못하는 점 등을 고려하면 위 확인서의 내용에 신빙성이 있다고 보이므로, 위 확인서를 근거로 한 이 사건 경정처분이 적법하다고 판단하였다. 
 그러나 법인의 소득금액을 결정함에 있어 익금에 산입할 수익이 있었는지의 여부나 그 수익액이 얼마인지에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이고(대법원 1993. 2. 23. 선고 92누15161 판결 등 참조), 또 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 진정성립과 내용의 합리성이 인정되는 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있지만, 납세의무자가 제출한 매출누락사실을 자인하는 확인서에 매출사실의 구체적 내용이 들어 있지 않아 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없을 정도의 신빙성이 인정되지 아니한다면, 비록 납세의무자의 확인서라고 하더라도, 이는 실지조사의 근거로 될 수 있는 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료에 해당되지 아니한다고 할 것인데(대법원 1998. 7. 10. 선고 96누14227 판결 참조), 기록에 의하면 이 사건 과세처분의 자료가 될 만한 것으로는 원고 회사에 대한 세무조사 당시 담당 공무원의 요구에 의하여 원고 회사 직원들과 대표이사가 날인한 확인서(을 제25호증)밖에 없는데, 위 확인서에는 "재고부족에 따른 매출누락 : 71,498개 pcs 488,545,126원(부가세포함된 판매가)"이라는 결론적인 내용만이 기재되어 있을 뿐, 구체적인 거래시기나 거래금액, 거래방법 등에 관하여는 아무런 기재가 없을 뿐만 아니라 그 기재 내용을 뒷받침하는 구체적인 매출사실에 대한 증빙자료도 전혀 없으며, 오히려 원고 회사가 1년 동안 약 3,000여 종의 의류를 판매하면서 약 1,500만 개의 제품이 입·출고되는 등 그 영업형태나 거래규모 등에 비추어 보면, 도난, 폐기, 훼손 등으로 인한 정상적인 감모손실분도 당연히 있을 것이라고 추정되는데 위 확인서의 기재 내용은 재고부족분 전부가 매출된 것이라는 내용이어서 이는 거래통념에 비추어 객관적 진실에도 반하는 것이라고 할 것이므로, 위 확인서만 가지고서는 이 사건 재고부족분이 감모손실 등의 사유로 인한 것이 아니라거나 그 부족분 전부가 매출되어 피고가 익금에 가산한 금액만큼의 매출수익이 있었다고 인정하기는 어렵다.
 그렇다면 원심이 위 확인서와 그 설시한 바와 같은 사정만으로는 피고의 처분사유가 입증되었다고 할 수는 없을 것이니, 원심으로서는 원고가 감모손실로 처리한 재고자산액 상당의 물품이 상품이나 제품으로 매출된 것인지, 매출되었다면 그 매출수익이 얼마인지, 피고가 익금에 산입한 금액이 당해 사업년도에 발생한 원고 회사의 실지수익인지를 심리하여 그 사실관계를 확정하고 이에 터잡아 피고의 이 사건 과세처분이 적법한 것인지 판단하여야 할 것인데, 원심이 이에 이르지 아니한 채 원고가 이 사건 재고부족분이 정상적인 감모손실이라는 점을 소명하지 못하였다는 이유만으로 위 확인서를 근거로 하여 피고의 이 사건 과세처분이 적법하다고 판단한 것은, 과세처분의 적법성에 관한 입증책임을 전도한 것이 아니면 법인의 매출누락수입의 익금 산입에 관한 법리를 오해한 나머지 증거가치의 판단을 그르쳤거나 증거 없이 사실을 인정한 것이라 하지 않을 수 없고, 따라서 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 그러므로 원심판결 중 피고가 1996. 12. 16. 원고에게 한 1993 사업년도 귀속 법인세 금 3,777,496,599원의 부과처분 중, 원고가 원심에서 취소를 청구하는 금액 범위 내인 금 3,595,985,268원을 초과하는 부분(매출누락금 444,131,932원에 대한 법인세 상당액)에 관한 원고 패소 부분을 파기하여 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하고, 나머지 상고는 원심에서의 청구취지 범위를 벗어난 부적법한 상고이므로 이를 각하하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 서성(재판장) 이용우 배기원(주심) 박재윤

과세처분에 대한 입증책임(=과세관청) 및 납세의무자가 제출한 매출누락사실을 자인하는 확인서에 매출사실의 구체적 내용이 들어 있지 않을 경우, 그 확인서가 실지조사의 근거가 될 수 있는 증빙서류에 해당하는지 여부(소극)

법인의 소득금액을 결정함에 있어 익금에 산입할 수익이 있었는지의 여부나 그 수익액이 얼마인지에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이고, 또 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 진정성립과 내용의 합리성이 인정되는 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있지만, 납세의무자가 제출한 매출누락사실을 자인하는 확인서에 매출사실의 구체적 내용이 들어 있지 않아 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없을 정도의 신빙성이 인정되지 아니한다면, 비록 납세의무자의 확인서라고 하더라도, 이는 실지조사의 근거로 될 수 있는 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료에 해당되지 아니한다.