법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2012.08.17 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 농업협동조합중앙회 (소송대리인 변호사 손지열 외 6인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 한서 담당변호사 박우동 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2009. 7. 28. 선고 2008누28921 판결 
【주 문】
 원심판결 중 2000 하반기 사업연도와 2001 사업연도의 각 법인세 부과처분에 관한 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고의 나머지 상고와 피고의 상고를 모두 기각한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 원고의 상고이유에 관하여
 가. 대손충당금의 한도에 관하여
 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제34조 제1항은 ‘내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다’고 규정하고, 그 위임에 의한 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제2항은 ‘법 제34조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 원고 등의 금융기관의 경우 당해 사업연도 종료일 현재의 제1항의 규정에 의한 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 장부가액의 합계액(이하 ‘채권잔액’이라 한다)의 2%에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 말한다. 다만 원고 등의 금융기관의 경우에는 금융감독위원회가 재정경제부장관과 협의하여 정하는 대손충당금 적립기준(이하 ‘금융감독위원회 기준’이라 한다)에 따라 적립하여야 하는 금액으로 할 수 있다’고 규정하고 있다.
 원심은, (1) 제1심판결 이유를 인용하여, ① 원고는 각 사업연도에 대한 결산시 금융감독위원회 기준에 따라 대손충당금을 적립하면서, 2000 하반기 사업연도에는 국가 등에 대한 채권에 대하여 대손충당금을 적립하지 아니하고 세무조정시에도 이를 대손충당금 한도액 산정에 반영하지 아니하였으며, 2001 사업연도에는 국가 등에 대한 채권에 대하여 대손충당금을 적립하지 아니하였다가 세무조정시 대손충당금 적립액이 대손충당금 한도액을 초과하게 되자 국가 등에 대한 채권을 그 한도액 산정에 반영한 사실, ② 피고는 2000 하반기 사업연도 대손충당금 적립액에 대하여 국가 등에 대한 채권을 제외한 채권만을 대상으로 금융감독위원회 기준에 따라 산정한 한도액을 초과하는 금액을 손금불산입하고 2001 사업연도에 동액 상당을 손금산입하였으며, 2001 사업연도 대손충당금 적립액에 대하여도 같은 방법으로 산정한 한도액을 초과한 금액을 손금불산입하고 2002 사업연도에 동액 상당을 손금산입한 사실 등을 인정한 다음, (2) 금융기관은 결산시 채권잔액의 2%에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱한 금액 중 큰 금액의 범위 안에서 대손충당금을 적립하는 방법과 금융감독위원회 기준에 따라 대손충당금을 적립하는 방법 중 하나를 선택할 수 있으나 결산 당시 어느 한 방법을 선택하여 대손충당금을 적립한 후에는 법인세법상 대손충당금 한도액 산정시 다른 방법으로 변경할 수 없으므로 원고가 결산시 금융감독위원회 기준을 적용하여 대손충당금을 적립한 이상 채권잔액의 2%에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱한 금액 중 큰 금액을 법인세법상 손금산입 한도액으로 삼을 수 없고, 또한 원고가 결산시 국가 등에 대한 채권에 대하여는 대손충당금을 적립하지 아니한 이상 국가 등에 대한 채권이 다른 채권의 대손충당금 한도액을 늘려주는 방편이 되어서는 아니되므로 법인세법상 대손충당금 한도액 산정에 이를 반영할 수 없다고 판단하였다.
 그러나 앞서 본 규정은 원고 등 금융기관이 각 사업연도에 대한 결산시 적립한 대손충당금에 관하여 결산 회계목적으로 사용된 적립방법에 관계없이 법인세법의 고유목적을 위해서 손금산입할 수 있는 대손충당금 총액의 한도를 산정할 수 있는 방법을 선택적으로 정한 것으로 보아야 하므로, 원고로서는 결산시 어떠한 방법을 적용하여 대손충당금을 적립하였는지에 관계없이 법인세 산정시에는 가장 유리한 한도액을 선택하여 그 범위 내에서는 결산시 적립한 대손충당금액을 손금산입할 수 있다고 해석해야 할 것이다. 따라서 원고가 결산시에는 금융감독위원회 기준에 따라 대손충당금을 적립하였다 하더라도 법인세법상으로는 원고의 선택에 따라 채권잔액의 2%에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱한 금액 중 큰 금액을 한도로 결산시 적립한 대손충당금액을 손금산입할 수 있고, 원고가 결산시 국가 등에 대한 채권에 관하여는 대손충당금을 적립하지 아니하였다 하더라도 그것이 법인세법상 대손충당금 설정대상 채권에 해당한다면 위 한도액 산정의 기준이 되는 채권잔액에 포함시킬 수 있다고 보아야 한다.
 따라서 이와 달리 원고가 결산시 금융감독위원회 기준에 의하여 대손충당금을 적립하면서 국가 등에 대한 채권에 대하여 대손충당금을 적립하지 아니한 이상 2000 하반기 사업연도와 2001 사업연도에 관한 법인세법상 대손충당금의 한도액은 국가 등에 대한 채권을 제외한 나머지 채권에 대하여 금융감독위원회 기준에 따라 적립하는 대손충당금에 국한된다는 원심판단에는 대손충당금의 한도에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있고, 2000 하반기 사업연도와 2001 사업연도의 각 법인세 부과처분에 관하여 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 나. 자산재평가차액의 익금산입 여부 등에 관하여
 자산재평가법 제33조 제1항, 제13조 제1항 제1호, 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조 제1호, 제39조 제1항, 구 법인세법 시행령 제67조 제1항, 제2항, 제64조 제3항 제2호, 제4항 제2호에 의하면, 내국법인은 자산재평가법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지의 재평가차액을 법인세법에 의한 소득금액의 계산상 익금에 산입하되, 같은 금액을 손금에 산입하면서 압축기장충당금으로 계상해 두었다가 당해 토지를 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입할 수 있다.
 원심은 채용 증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 구 법인세법 제18조 제1호, 제39조, 제42조 제1항 제1호는 모두 주체를 비영리내국법인이 포함되는 ‘내국법인’이라고 규정하고 있고, 자산재평가법 제13조 제1항 제1호, 제33조 제1항 단서도 그 문언상 영리법인에게만 적용되고 비영리법인에게는 적용되지 아니한다고 할 수 없으므로, 비영리법인인 원고에 대하여도 자산재평가법에 의한 재평가차액을 대상으로 한 법인세를 부과할 수 있고, 이러한 부과처분이 위 규정들에 근거를 두고 있는 이상 조세법률주의 등에 반한다고 할 수 없다고 판단하였다.
 앞서 본 각 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 비영리법인의 재평가차액에 대한 법인세 과세근거, 재평가적립금의 성질 및 조세법률주의에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
 다. 원고는 2002 사업연도의 법인세 부분에 대하여 상고하였으면서도 적법한 상고이유의 기재가 없다.
 2. 피고의 상고이유에 관하여
 가. 휴면예금의 소멸시효 완성 여부에 관하여
 채권 시효중단 사유로서의 승인은 시효이익을 받을 당사자인 채무자가 그 시효의 완성으로 권리를 상실하게 될 자 또는 그 대리인에 대하여 그 권리가 존재함을 인식하고 있다는 뜻을 표시함으로써 성립한다고 할 것이며, 이때 그 표시의 방법은 아무런 형식을 요구하지 아니하고, 또한 명시적이건 묵시적이건 불문하며(대법원 1992. 4. 14. 선고 92다947 판결), 승인으로 인한 시효중단의 효력은 사회관념상 채무자가 그 승인의 내용을 알 수 있는 객관적인 상태에 놓일 때 발생한다고 할 것이다(대법원 1997. 11. 25. 선고 97다31281 판결 등 참조).
 원심은 제1심판결을 인용하여, 채용 증거를 종합하여, ① 원고가 1999 내지 2003 사업연도에 대한 법인세를 신고하면서 최종거래일부터 5년이 경과한 고객의 예금 중 잔액 100,000원 이상의 것에 대하여는 상법상 소멸시효완성에 따른 익금을 계상하지 아니하고, 잔액 100,000원 미만의 것에 대하여는 그 잔액의 크기에 따라 최종거래일부터 6년 내지 8년이 경과하였을 때 익금으로 계상한 사실, ② 이에 대하여 피고는 잔액 100,000원 이상의 예금에 대하여는 최종거래일부터 5년이 경과된 시점의 각 사업연도에 익금산입하고, 잔액 100,000원 미만인 예금에 대하여는 최종거래일부터 5년이 경과된 시점의 각 사업연도에 익금산입하되 원고가 최종거래일부터 6년 내지 8년이 경과한 사업연도에 이미 익금산입한 부분에 대하여 손금산입한 사실, ③ 원고는 고객의 예금 중 최종거래일부터 5년이 경과하기 전의 것에 대하여 이자를 계산하여 이자소득세를 원천징수한 후의 금액을 그 예금계좌에 정기적으로 입금하였고, 5년이 경과한 후의 것에 대하여도 고객이 언제라도 인터넷 뱅킹 등을 통하여 잔액을 조회하고 인출할 수 있도록 한 사실 등을 인정하였다.
 원심은 이러한 사실관계를 토대로 하여, 원고가 고객의 예금계좌에 이자를 입금한 것은 예금채권의 존재를 인식하고 있다는 것을 나타낸 것이어서 채무의 승인에 해당하며, 이자가 예금계좌에 입금되면 예금주는 인터넷 뱅킹 등에 의한 잔액조회를 함으로써 그 사실을 확인할 수 있고 그에 대한 처분권도 취득하게 되므로 그로 인한 채무승인의 통지는 그 시점에 예금주에게 도달하였다고 할 수 있으므로 이로써 그 예금에 대한 소멸시효는 중단되었다고 보아, 이와 다른 전제에서 피고가 고객의 예금이 최종거래일로부터 5년이 경과되었을 때 소멸시효가 완성되었다는 이유로 이를 모두 그 시점의 사업연도에 익금산입한 것은 위법하다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 적법하게 채택된 증거들에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 위의 법리에 따른 것으로서 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 채무승인 및 의사표시 도달에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니하는 등의 위법이 없다.
 피고는 나아가, 원고가 고객의 예금계좌에 이자를 입금한 것이 채무승인에 해당하여 소멸시효가 중단되었다 하더라도, 원심은 그로부터 다시 소멸시효기간 5년이 경과할 때까지 원고가 어떠한 조치를 취하였는지 여부를 심리하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다는 취지의 주장도 한다. 그러나 위 각 사업연도별로 문제된 예금채권의 소멸시효가 완성되지 아니한 이상 그 소멸시효 완성을 전제로 한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하고, 위 각 사업연도 후에 발생된 사정은 이 사건 법인세 부과처분의 위법 여부에 관한 결론에 영향을 미칠 수 없으므로, 이 부분 주장도 이유 없다.
 나. 소멸시효 완성 공제금에 관하여
 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 공제계약자 및 공제수익자에 대하여 소멸시효가 완성된 공제금을 찾아가라는 내용의 개별 안내서를 일괄하여 발송함으로써 공제계약자 및 공제수익자는 원고가 그 공제금에 대하여 시효이익을 포기하였음을 객관적으로 알 수 있는 상태에 놓였으므로 이로써 원고는 그 시효이익 포기의 의사표시를 한 것으로 볼 수 있어, 피고가 위 공제금을 소멸시효가 완성된 시점의 각 사업연도에 익금으로 산입한 것은 위법하다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 적법하게 채택한 증거들에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 시효이익의 포기 등에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험의 법칙에 반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나 사실을 잘못 인정하고 필요한 심리를 다하지 아니하는 등의 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결 중 2000 하반기 사업연도와 2001 사업연도의 각 법인세(가산세 포함) 부과처분에 관한 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하며, 원고의 나머지 상고와 피고의 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 양창수(재판장) 이상훈 김용덕(주심)

[1] 구 법인세법 제34조 제1항, 구 법인세법 시행령 제61조 제2항의 취지 및 금융기관이 손금에 산입할 대손충당금의 범위를 산정함에 있어서, 결산시 적용한 대손충당금 산정 방법에 관계없이 구 법인세법 시행령 제61조 제2항이 정한 방법 중 어느 하나를 선택할 수 있는지 여부(적극)

[2] 농업협동조합중앙회가 잔액의 크기에 따라 차등을 두어 고객의 일부 휴면예금 중 최종거래일부터 5년이 경과한 예금을 익금불산입하였으나 과세관청이 익금산입한 사안에서, 휴면예금에 대한 소멸시효가 농업협동조합중앙회의 채무승인으로 중단되었다고 보아 과세관청이 이를 익금산입한 것은 위법하다고 본 원심판단을 수긍한 사례

[1] 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제34조 제1항, 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제61조 제2항 규정은 금융기관이 각 사업연도에 대한 결산시 적립한 대손충당금에 관하여 결산 회계목적으로 사용된 적립방법에 관계없이 법인세법의 고유목적을 위해서 손금산입할 수 있는 대손충당금 총액의 한도를 산정할 수 있는 방법을 선택적으로 정한 것으로 보아야 하므로, 금융기관으로서는 결산시 어떠한 방법을 적용하여 대손충당금을 적립하였는지에 관계없이 법인세 산정시에는 가장 유리한 한도액을 선택하여 그 범위 내에서는 결산시 적립한 대손충당금액을 손금산입할 수 있다고 해석해야 할 것이다.

[2] 농업협동조합중앙회가 잔액의 크기에 따라 차등을 두어 고객의 일부 휴면예금 중 최종거래일부터 5년이 경과한 예금을 익금불산입하였으나 과세관청이 익금산입한 사안에서, 농업협동조합중앙회가 고객의 예금계좌에 이자를 입금한 것은 예금채권의 존재를 인식하고 있다는 것을 나타낸 것이어서 채무의 승인에 해당하고, 이자가 예금계좌에 입금되면 예금주는 인터넷 뱅킹 등에 의한 잔액조회를 함으로써 그 사실을 확인할 수 있고 그에 대한 처분권도 취득하게 되므로 그로 인한 채무승인의 통지는 그 시점에 예금주에게 도달하게 되어 그 예금에 대한 소멸시효는 중단되었다고 보아, 과세관청이 고객의 예금이 최종거래일부터 5년이 경과되었을 때 소멸시효가 완성되었다며 모두 그 시점의 사업연도에 익금산입한 것은 위법하다고 본 원심판단을 수긍한 사례.