취득세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2011.07.01 / 시행일:

【원 고】 주식회사 한진중공업 (소송대리인 법무법인 양헌 외 1인)
【피 고】 서울특별시 용산구청장 (소송대리인 법무법인 한중 담당변호사 정은영)
【변론종결】2011. 5. 27.
【주 문】
1. 피고가 2008. 12. 12. 원고에 대하여 한 취득세 2,174,653,700원 및 농어촌특별세 217,465,360원의 각 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 법인등기부상 부산 영도구 봉래동5가(지번 1 생략)에 본점(이하 ‘부산 본점’)을 두고 선박의 건조, 수리, 창고업, 토목건축업 등을 목적사업으로 하는 법인이다.
 나. 한일개발 주식회사(1994. 3. 12. 한진건설 주식회사로 변경되나, 이하 변경 전후 모두 ‘한일개발’이라 한다)는 1991. 2. 26. 서울 광진구 구의동(지번 2 생략)에 지하 3층, 지상 7층 규모의 건물(이하 ‘구의동 사옥’)을 신축, 소유하면서 건설업 등을 하고 있었는데, 원고는 1999. 8. 1. 한일개발을 흡수합병하였고, 1999. 8. 6. 위 건물에 원고의 서울지점을 설치하여 건설업, 제조, 도소매업 등을 하였다.
 다. 원고는 2003. 3. 1. 건축허가를 받아 서울 용산구 갈월동(지번 3 생략)에 지하 6층, 지상 20층, 건축연면적 31,787.22㎡ 규모의 건물(이하 ‘이 사건 건물’)을 신축하여 2008. 5. 14. 사용승인을 받아 소유권을 취득하였고, 2008. 6.경 구의동 사옥의 인력, 조직 및 기능을 이 사건 건물로 모두 이전(이하 ‘이 사건 사옥이전’)하였다.
 라. 원고는 2008. 6. 13. 회장사무실로 사용하는 이 사건 건물의 20층에 대해서는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’) 과밀억제권역 내 본점 또는 주사무소 사업용 부동산으로 보아 중과세율을 적용하고, 나머지 층은 지점의 사업용 부동산으로 보아 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 972,379,430원, 농어촌특별세 97,237,950원 합계 1,069,617,380원(=972,379,430원+97,237,950원)을 피고에게 자진신고 납부하였다.
 마. 피고는 2008. 12. 12. 이 사건 건물 중 9층과 10층을 제외한 나머지 전체가 본점 사업용 부동산에 해당한다고 보아 전체에 중과세율을 적용한 세액에서 원고가 자진신고 납부한 세액을 제외한 취득세 2,174,653,700원(가산세 440,480,095원 포함), 농어촌특별세 217,465,360원(가산세 44,048,007원 포함) 합계 2,392,119,060원(=2,174,653,700원+217,465,360원)을 원고에게 부과고지(이하 ‘이 사건 처분’)하였다.
 바. 이에 원고는 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2010. 7. 29. 위 청구를 전부 기각(2010년 감심 제82호)하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 7, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 당사자들의 주장 및 쟁점
가. 원고의 주장
 1) 상법은 회사의 주소를 본점 소재지에 있는 것으로 규정하고 주식회사 본점의 소재지를 정관의 절대적 기재사항으로 명시하고 있는바, 원고가 부산 본점을 원고의 본점 소재지로 명확히 등기하고 있음에도 피고는 원고의 본점을 이와 달리 인정해야 하는 합리적 근거도 제시하지 않은 채 원고에 대하여 부산 본점 외에 별개의 본점이 존재한다고 간주한 이 사건 처분은 과세요건 명확주의 및 조세법률주의를 명백히 위반한 것으로 위법하다. 또한 이 사건 처분은 다른 회사와 달리 원고에 대하여 지점이 실질적인 본점에 해당되는지 여부를 판단하여 중과세를 한 것으로 조세공평주의에도 위배된다.
 2) 가사 이 사건 건물이 건설부문의 본점으로 인정된다고 하더라도, 이 사건 사옥이전은 과밀억제권역 내의 인구유입이나 산업집중을 유발하지 않는 것으로서 구 지방세법이 규율하고자 하는 과밀억제권역 안에서의 부동산의 취득에 해당하지 않으므로, 구 지방세법의 취득세 중과세 대상이 될 수 없어 이 사건 처분은 위법하다.
나. 피고의 주장
 1)구 지방세법 제112조 제3항의 ‘본점 또는 주사무소의 사업용 부동산’이란 본점 그 자체만을 일컫는 것이 아니라 본점의 기능을 수행하는 사업용 부동산을 의미하는 것인데, 이 사건 건물은 건설부문에 관한 영업활동 전체의 지휘·명령의 중심지로서 기능하고 있으므로 위 중과세 규정을 적용해야 한다. 또한 피고는 각종 내부 규율에 따라 취득세 부과대상 부동산의 사용현황 등을 조사하여 중과세 대상 여부를 결정하여 왔으므로 달리 원고만을 차별 대우한 것은 아니어서 이 사건 처분이 조세공평주의에 위배되는 것도 아니다.
 2) 원고의 구의동 사옥 취득 경위 및 원고의 분할설립 경위, 분할 당시의 구의동 사옥에 관한 사업자등록의 내용 및 이 사건 건물로의 이전경위, 이전시 신규 사업자등록의 내용 등을 고려하면 원고가 이 사건 건물에 이전함으로써 완비된 건설부문 본점 기능을 수행하게 되었고 이로 인하여 새로운 인구유입 및 산업집중을 유발시켰다 할 것이므로, 이 사건 사옥이전은구 지방세법 제112조 제3항의 입법취지에 비추어 취득세 중과세 대상에 해당하여 이 사건 처분은 적법하다.
다. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
라. 이 사건의 쟁점
 따라서 이 사건의 쟁점은 ① 이 사건 건물이 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산인지 여부 및 이 사건 처분이 조세공평주의에 반하는 것인지 여부, ② 이 사건 사옥이전이 과밀억제권역 내의 새로운 인구유입이나 산업집중을 유발하는지 여부이므로, 이에 관하여 순차로 살펴본다.
3. 인정사실
 가. 원고는 1999. 8. 1. 한일개발을 합병한 후 1999. 8. 6. ‘주식회사 한진중공업 서울사무소 건설부문 대표자소외 1’로 사업자등록을 하고, 구의동 사옥 3층 내지 7층을 사용하면서 7층에 사장실 및 부회장실 등 중역의 집무실을 배치하였다.
 나. 2007년 원고의 건설부문 사업장은 구의동 사옥이었고 산재보험 및 고용보험 가입대상 평균 인원은 363명이었으며, 2008년 원고의 건설부문 사업장은 이 사건 건물로 이전되었고 산재보험 및 고용보험 가입대상 평균 인원은 388명이었다.
 다. 원고가 구의동 사옥에서 이 사건 건물로 이전한 후 구의동 사옥은 전부 제3자에게 임대하였고 원고의 건설부문 조직과 인력도 모두 이 사건 건물로 이전하였는바, 원고의 건설부문 인력 총수는 2007. 12. 31. 419명, 2008. 7. 말경 402명, 2009. 12. 31. 336명이었다.
 라. 원고는 이 사건 사옥이전 후 2008. 6. 11. 이 사건 건물에 대하여 ‘주식회사 한진중공업 건설부문 대표자소외 2’로 사업자변경등록을 하였다.
 마. 원고의 구의동 사옥 전용 사용면적은 3층 4433.82㎡ 중 1247.71㎡, 4층 내지 7층 각 4433.82㎡ 합계 18982.99㎡였고, 이 사건 건물 전용 사용면적은 전체 19469.31㎡ 중 4층 1488.41㎡, 9층과 10층 각 1019.99㎡를 제외한 16977.97㎡이다.
 바. 피고는 2008. 11. 17.과 2008. 12. 5. 이 사건 건물이 원고의 본점 또는 주사무소의 용도로 사용되는지 여부와 각 층별 사용현황을 조사하였는데, 원고의 조선부문의 사업은 부산 본점에서, 건설부문의 사업은 이 사건 건물에서 각각 인적·물적설비를 갖추어 해당 사업을 수행하고 있으며 조선부문의 사업과 건설부문의 사업을 총괄하는 본점이 별도로 존재하지 않고, 이 사건 건물의 9층, 10층은 비어있는 상태이나 19층은 사장, 부사장 등의 집무실, 20층은 회장실, 나머지 층은 건설부문의 임원실 및 기획·인사·영업·회계 등 부서의 사무실로 사용 중인 것으로 사실을 인정하였다.
 사. 피고가 이 사건 건물에 대한 사용현황을 조사할 당시 4층은 비어있는 상태로 제3자에 대한 임대가 예정되어 있었으나 피고는 원고의 비품이 놓여 있었다는 이유로 4층에 대해서도 취득세 138,325,224원을 중과하였다. 원고는 2008. 12. 23. 위 4층을 부동산 컨설팅회사인 ERA KOREA REALTY, INC에 임대하였다.
 아. 한편, 피고는구 지방세법 제112조 제3항의 해당여부에 관하여 서울특별시세부과징수규칙 등 각종 내부 규율에 따라 해당 부동산의 사용현황 등을 조사하여 왔으며, ‘본점의 사업용 부동산’에 해당하는지 여부에 관하여 지점 등의 명칭과 상관없이 그 현황 및 기능이라는 기준에 따라 중과세 대상 여부를 결정하여 왔다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제11 내지 24호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
4. 첫 번째 쟁점에 대한 판단
가. 이 사건 건물이 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산인지 여부
 상법규정은 단순히 본점의 소재지를 등기사항으로 규정하고만 있을 뿐, 단일한 법인에 본점이 반드시 1개만 존재하여야 한다는 것을 의미하는 것은 아니고,구 지방세법 제112조 제3항의 ‘본점 또는 주사무소의 사업용 부동산’에 해당하는지 여부는 실질적으로 사업의 내용이 본점의 기능을 수행하는지 여부를 살펴 판단해야 할 것이다.
 살피건대, ① 원고는 조선부문과 건설부문을 명확히 구분하여 각 본사로 부산본점, 이 사건 건물을 내세우면서 각 대표자를 따로 두고 독립적으로 사업을 하고 있으며, 2개 부문을 통할하는 인적·물적 설비를 따로 두고 있지는 않는 점, ② 이 사건 건물에서의 원고 건설부문 사업이 부산 본점의 지휘 또는 명령에 따라 이루어진다고 보이지도 않는 점, ③ 원고가 구의동 사옥을 취득한 후 위 건물에서 건설사업을 독자적으로 영위하였고 그 인력과 조직이 동일성을 유지한 채 이 사건 건물로 이동한 것으로 보이는 점, ④ 이 사건 건물은 20층 회장실과 19층 사장, 부사장 등의 집무실을 비롯하여 공실을 제외하고 모두 원고의 건설부문의 모든 조직이 모인 사무소로 사용되고 있는 점, ⑤ 원고의 이 사건 건물에 대한 사업자등록증에는 ‘주식회사 한진중공업 건설부문’으로 기재되어 있어 이 사건 건물을 단순한 지점으로 보기는 어려운 점, ⑥ 원고의 법인등기부 기재에 의하더라도 7개의 지점 중 6개 지점(울산지점, 괌지점, 로스엔젤레스지점, 젯다지점, 마닐라지점, 방콕지점)은 그 명칭에 지역명을 넣어 등기한 반면, 이 사건 건물은 ‘서울지점’이 아닌 ‘건설지점’으로 등기한 점 등을 종합하면, 이 사건 건물에서 실질적으로 원고의 건설부문에 대한 본점의 기능이 수행된다고 할 수 있으므로, 이 사건 건물은구 지방세법 제112조 제3항의 ‘본점 또는 주사무소의 사업용 부동산’에 해당한다고 보아야 한다. 이에 반하는 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.
나. 이 사건 처분이 조세공평주의에 위배되는지 여부
 앞서 본 바와 같이 피고는 내부 규율에서 정하는 기준에 따라구 지방세법 제112조 제3항의 해당여부에 관하여 지점 등의 명칭과 상관없이 그 현황 및 기능이라는 공통된 기준에 의해 중과세 대상 여부를 결정하여 온 것으로 보이고 달리 원고만을 차별 대우한 것으로 볼만한 자료가 없으므로, 이 사건 처분이 특히 원고만을 차별하여 조세공평주의에 반하는 것으로 보기는 어렵다. 원고의 위 주장도 받아들이지 않는다.
5. 두 번째 쟁점에 대한 판단
 가.구 지방세법 제112조 제3항에서 과밀억제권역 내의 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산의 취득세를 중과하는 것은 과밀억제권역 내에서 인구유입에 따른 인구팽창과 산업집중을 막고, 인구와 산업의 분산을 촉진하여 국민경제의 균형 있는 발전과 국토의 효율적인 이용·개발 및 보전을 위하여 인구팽창과 산업집중을 유발시키는 본점 또는 주사무소의 신설 및 증설을 억제하려는 것인바(헌법재판소 2000. 12. 14. 선고 98헌바104 결정 참조), 이미 과밀억제권역 내에 본점 또는 주사무소용 사무실을 가지고 있다가 같은 권역 내의 다른 곳으로 사무실을 이전하는 경우에는 두 사무실의 규격·형태·가격 등을 비교하고, 사무실 이전의 이유·경위 등 사무실 이전과 관련된 모든 사정을 종합·참작하여 사무실의 이전이 위와 같은 입법취지에 어긋나지 아니하면,구 지방세법 제112조 제3항이 정한 취득세 중과대상에 해당하지 않는다(대법원 2000. 10. 10. 선고 99두5269 판결 등 참조).
 나. 위 법리에 비추어 이 사건 사옥이전이 과밀억제권역 내의 새로운 인구유입이나 산업집중을 유발하는지 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 구의동 사옥과 이 사건 건물은 수도권정비계획법상 같은 구역(서울특별시) 내에 있는 점, ② 원고 건설부문의 조직과 인력이 동일성을 유지한 상태로 구의동 사옥에서 이 사건 건물로 이전하면서 오히려 인력 총수는 다소 감소하였고, 전용 사용면적도 축소된 점, ③ 구의동 사옥에서 이루어진 원고 건설부문의 본점 또는 주사무소로서의 기능이 이 사건 사옥이전 후에도 이 사건 건물에 새로운 기능의 추가나 확장됨이 없이 그대로 유지된 것으로 보이는 점, ④ 원고가 이 사건 건물로 이전한 후에도 여전히 구의동 사옥을 소유하면서 ‘주식회사 한진중공업 서울사무소’의 사업자등록을 유지하고 있다고 하더라도, 원고는 구의동 사옥에서 완전히 퇴거한 후 제3자에게 위 건물을 임대하였고, 위 건물에서 건설부문 사업은 전혀 영위하고 있지 않은 점 등 원고가 건설부문 사업의 본점을 이전한 지역, 구의동 사옥과 이 사건 건물의 규모와 사업의 내용, 이 사건 사옥이전 전후 원고 건설부문의 조직과 인력, 이 사건 사옥이전 후 구의동 사옥의 현황 등을 종합하면, 이 사건 사옥이전이 과밀억제권역 내에 인구유입과 산업집중을 억제하려는구 지방세법 제112조 제3항의 입법취지에 반한다고 볼 수 없으므로 위 조항이 규정한 취득세 중과대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.
 다. 나아가 피고는, 원고의 경우 구의동 사옥을 합병을 통해 승계취득하였을 뿐이어서구 지방세법 제112조 제3항에 따른 중과세 대상에 해당하지 않아 구의동 사옥 취득시 중과세된 취득세를 전혀 납부하지 않았음에도 동일한 과밀억제권역 내에 본점용 사무실을 이전한 것에 대하여구 지방세법 제112조 제3항이 적용되지 않는다고 해석하는 것은 위 조항의 입법취지에도 어긋날 뿐만 아니라 중과세된 취득세를 잠탈할 우려까지 있어 부당하다는 취지의 주장을 한다.
 살피건대, 한일개발이나 원고가 구의동 사옥에 대한 취득세를 중과납부하지 않은 것은 ① 한일개발이 구의동 사옥을 신축하여 소유권을 취득할 당시에는 당시 지방세법(1990. 12. 31. 법률 제4269호로 개정된 것)에 수도권정비계획법상의 일정한 권역 내에서 본점의 사업용 부동산을 취득하는 경우 취득세를 중과하는 규정이 존재하지 않았고, ② 원고가 한일개발을 흡수합병한 것에 대해서는 당시 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정된 것)에서 취득세를 부과하지 않도록 규정하고 있었기 때문인데다가, 이 사건에서 문제되는 과세요건사실은 이 사건 건물을 원고의 본점용 사무실로 사용한 것이 중과세 대상인지 여부로서 그 판단기준은 앞서 본 바와 같이구 지방세법 제112조 제3항의 입법취지에 비추어 새로운 인구유입과 경제력 집중의 효과 유무이다. 따라서 구의동 사옥 취득시에 취득세가 중과되었는지 여부는 이 사건 처분과 무관하며, 만일 그 취득시에 한일개발 또는 원고에 대하여 중과세 처분이 이루어지지 아니하였음을 이유로 이 사건 처분에 이른 것이라면 이는 사실상 소급과세가 되어 위법한 것이 된다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.
6. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 이인형(재판장) 정재희 손철