법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2011.12.16 / 시행일:

【원 고】 농업협동조합중앙회 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 강성모 외 1인)
【피 고】 남대문세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 손호철 외 1인)
【변론종결】2011. 9. 16.
【주 문】
1. 피고가 원고에게 한 별지1 목록 기재 각 과세처분 중,
 가. 2004 사업연도 법인세 121,015,707,770원의 부과처분 중 120,709,194,320원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 9,146,334,050원의 부과처분 중 8,321,897,290원을 초과하는 부분 및 2008 사업연도 법인세 2,720,707,170원의 부과처분,
 나. 2004년 4기 교육세 3,920,880원, 2005년 4기 교육세 12,230,920원, 2007년 4기 교육세 50,807,150원 및 2008년 4기 교육세 55,198,320원의 각 부과처분을
 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 95%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】피고가 원고에게 한 별지1 목록 기재 각 과세처분 중 각 정당세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 1961. 8. 15. 농업협동조합법에 의하여 전국 농업협동조합이 출자하여 설립된 비영리법인으로, 서울지방국세청장은 2009. 3. 23.부터 2009. 6. 8.까지 원고의 2004년, 2005년 사업연도에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 아래와 같은 사유로 2009. 11. 13. 법인세 76,440,526,790원, 2009. 7. 21. 및 2009. 11. 13. 교육세 530,134,930원, 2009. 7. 21. 및 2009. 8. 17. 부가가치세 5,367,580,140원을 경정·고지하였다.
 1) LG카드 주식회사(이하 ‘LG카드’)에 대한 채권금융기관의 약정에 따라 기존 채권의 출자전환으로 2004년과 2005년에 취득한 LG카드 주식의 취득가액을 출자전환일 현재 한국증권거래소의 최종시세가액이 아닌 한국채권평가 주식회사의 비시장성 지분증권평가액 등으로 평가함으로써 취득가액을 과소계상한 것으로 보아 343,524,269,603원{=321,035,830,000원(2004년)+22,488,439,603원(2005년)}을 익금산입한 후 2007년 당해 주식 처분시 동 금액을 손금산입하여 법인세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분1’).
 2) 2004년부터 2008년까지 최종거래일로부터 5년이 경과하여 시효완성된 예금을 잡이익으로 계상하지 아니한 것으로 보아 20,405,840,939원을 익금산입하고 5,258,689,977원을 손금산입하여 법인세 및 교육세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분2’).
 3) 원고를 발행권자로 하여 발행한 상품권(이하 ‘이 사건 상품권’)을 농협계열판매점(「농업협동 조합법」에 의하여 설립된 농업협동조합과 원고가 100% 출자한 주식회사 농협유통의 판매점인 ‘하나로클럽매장’ 등)으로부터 회수하면서 상품권 액면금액의 일정률(2005.3.31.이전 1.50%, 2005.4.1.이후 1.85%)에 상당하는 수수료 11,275,462,591원을 수취한 것을 「조세특례제한법」 제106조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것으로 신고하였으나, 이를 부가가치세가 과세되는 「부가가치세법 시행령」 제33조 제4항 제1호에 규정된 ‘상품권에 관한 대행용역을 제공하고 수령한 대가’로 보아 위 금액에 대한 부가가치세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분3’).
 4) 원고는 농약제조사로부터 취급관리비 명목으로 수취한 농약구매액의 일정률(2%)에 상당하는 23,878,895,678원을 판매장려금으로 보아 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것으로 신고하였으나, 피고는 이를 원고의 회원인 단위조합의 물적·인적자원과 영업망 등을 활용하여 농약을 계통판매 하는 것에 대한 일종의 농약취급에 따른 업무취급관리 수수료로 고유업무에 해당하지 않는 일반적인 부가가치세 과세대상인 용역제공의 대가로 보아 위 금액에 대한 부가가치세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분4’).
 5) 원고가 대여금의 일부를 변제받은 경우 ‘농협여신거래기본약관’에 의하여 원금, 이자의 순으로 충당순서를 달리한 대출금에 대한 이자수입 78,702,836,281원을 누락한 것으로 보아 익금산입하였다.
 나. 원고는 이 사건 각 처분 등에 불복하여 2009. 10. 15., 2009. 11. 13. 및 2010. 2. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는바, 조세심판원은 원고의 일부청구{가. 5)항}를 인용하고 나머지는 기각하는 결정을 하였고, 피고는 2011. 2. 28. 법인세 28,946,852,680원, 교육세 407,977,660원을 감액하였다. 이에 따라 당초 처분에 대하여 감액한 후의 처분(이하 ‘이 사건 각 처분’)액은 별지1 목록 기재와 같이 법인세 132,882,748,990원, 교육세 122,157,270원, 부가가치세 5,367,580,140원이 된다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1 내지 25호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 관계 법령
 별지2 기재와 같다.
나. 쟁점
 이 사건의 쟁점은 아래와 같은바, 이하에서 순차 살피기로 한다.
 1) 원고가 채권금융기관의 약정에 따라 LG카드에 기존 채권을 출자전환하면서 채권액에 상당한 LG카드의 신주를 취득하였는데, LG카드 주식의 취득가액을 한국채권평가 주식회사의 비시장성지분증권평가액 등으로 평가할 수 있는지, 아니면 거래소 종가를 기준으로 평가해야 하는지와, 거래소 종가를 기준으로 평가해야 하는 경우 원고에게 가산금을 면책할 수 있는 정당한 사유가 있는지 문제된다(쟁점①).
 2) 원고는 5년의 소멸시효가 완성된 예금채무 중 10만 원을 초과하는 부분에 대하여 예금채무 승인을 이유로 익금으로 산입하지 않았는데, 이를 잡이익으로 보아 익금에 산입하여야 하는지 문제된다(쟁점②).
 3) 원고는 이 사건 상품권을 발행하고 판매점으로부터 상품권을 회수할 때 수수료를 받았는데, 위 수수료를 상품권에 관한 대행용역에 대한 대가로 보아 이에 대한 부가가치세를 부과할 수 있는지 문제된다(쟁점③).
 4) 원고가 농약제조사로부터 취급관리비 명목으로 수취한 돈이 단순한 판매장려금인지, 아니면 제조사에 용역을 공급한 대가로 받은 것으로서 부가가치세 부과 대상인지 여부가 문제된다(쟁점④).
다. 쟁점①에 대한 판단
1) 원고의 주장
 가) 이 사건 출자전환 등의 특수성을 고려할 때 거래소 종가를 기준으로 주식의 가치를 평가하는 것은 실질과세원칙에 반하여 가공의 소득에 과세하는 결과를 가져오게 된다.
 나) 출자전환에 따라 취득한 이 사건 주식은 채권금융기관 사이의 처분제한 약정에 따라 거래소에서 거래가 불가능한 상태였으므로, 자유로운 거래를 전제로 한 거래소 종가를 이 사건 주식 가치 평가의 기준으로 삼을 수 없다. 
 다) 이 사건 주식의 가치를 거래소 종가로 계산한다면, 기존 채권이나 이 사건 주식을 실제 가치 이상으로 평가하게 되는데, 이는 세법이 출자전환과정에서 원고에게 분식회계 또는 배임에 따른 민형사상 책임을 부담할 것을 종용하는 결과가 된다.
2) 인정사실
 가) 원고를 비롯한 15개 채권금융기관들은 LG카드에 긴급자금을 대여한 후 2004. 2. 13.(1차)과 2004. 7. 28.(2차) 및 2005. 1. 31.(3차)에 채권금융기관 약정에 따라 기존 채권을 출자전환하면서, 채권액에 상당한 LG카드 신주를 취득하였는데, 원고는 취득한 LG카드의 주식(이하 ‘이 사건 주식’)을 한국채권평가 주식회사의 비시장성지분증권평가액 등으로 평가하여 다음과 같이 취득가액을 산정한 후 법인세 신고를 하였다.
구분발행가액한국증권거래소 종가채권평가기관 평가액취득가액 계상액1차5,000원1,500원-1원 1)2차5,000원5,550원56원2,430원 2)3차5,800원5,450원3,978원3,978원 3)
 1) 2003. 12. 31. 현재 LG카드가 완전 자본잠식 상태(자기자본 △3.2조원)인 점을 감안하여 주당 1원으로 계상
 2) 한국채권평가 주식회사의 2004. 3. 31. 기준 비시장성 지분증권 평가액(주당 56원)에 감자비율(43.4:1)을 적용
 3) 한국채권평가 주식회사의 2004. 12.31. 기준 비시장성 지분증권 평가액으로 산정
 나) 피고는 원고가 LG카드 주식의 취득가액을 과소계상한 것으로 보아 다음과 같이 거래소 종가와 원고의 취득가액 계상액의 차액을 익금으로 산입하였다.
구분1차2차3차일반공모출자전환일2004. 2. 13.2004. 7. 28.2005. 1. 31.2005. 1. 25.채권금액(천원)183,850,000426,150,00050,299,94438,800,000① 주식수(주)36,770,00085,230,0006,689,6658,672,413② 청구법인의 주당평가액(원)12,4303,9783,978③ 한국증권거래소 종가(원)1,5005,5505,4505,800(발행가)④ 과소계상액(천원) [=①×(③-②)]55,118,230265,917,6009,847,18615,801,136⑤ 익금산입액(원) [=④]321,035,830,00022,488,439,603 *
 * 2005년도의 과소계상액 25,648,322천원(9,847,186천원 + 15,801,136천원)에서 일부 매각(847천주, 0.98%)하여 손금산입(추인)된 3,159,883천원을 차감한 금액임
 다) 원고의 각 출자전환일 당시 LG카드 주식의 채권금융기관 지분율은 2004. 2. 13.(1차) 54.8%, 2004. 7. 28.(2차) 99.3%, 2005. 1. 31.(3차) 86.9%였고, 출자전환일을 전후한 LG카드 주식의 종가와 거래량은 별지3과 같다. 2차 출자전환일인 2004. 7. 28. 거래된 LG카드 주식은 발행주식 517,117,922주 중 658,231주(1.27%)였고, 우리금융지주의 주식은 발행주식 784,076,182주 중 845,561주(0.11%)가 거래되었다.
 라) 출자전환일을 전후하여 이 사건 주식을 제외한 나머지 LG카드 주식에 대해서는 다음과 같이 세 차례 매매정지가 이루어졌고, 그 외에는 정상적으로 거래되었다.
구분1차2차3차정지기간2004. 3. 9.부터2004. 5. 6.부터2005. 3. 4.부터2004. 3. 29.까지2004. 5. 18.까지2005. 3. 21.까지정지사유자본전액잠식감자자본전액잠식공시일2004. 3. 8.2004. 4. 27.2005. 3. 9.
 라) 이 사건 각 출자전환의 주식 발행가액은 「유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정」에 따라 이루어졌는데, 1차의 경우는 거래소 종가가 액면가보다 낮다는 점을 고려하고, 2차의 경우는 경영 정상화를 꾀하는 LG카드의 고유한 사정을 고려하여 각 액면가(5,000원)로 발행하였으나, 3차의 경우는 위 규정의 기준에 따라 1개월 평균종가, 1주일 평균종가 및 기산일 종가(거래량 가중평균) 중 높은 가격을 기준으로 산정한 보통주의 기준주가에 30%의 할인율을 적용한 가액인 5,800원{≒기준주가8,175원×(1-할인율30%)}을 발행가액으로 하였다.
 마) 한편, 원고를 비롯한 채권금융기관들은 LG카드의 경영 정상화를 위하여 LG카드의 매각절차가 완료될 때까지 이 사건 출자전환 주식의 처분을 제한하기로 협약하였는데, 도중에 채권단 회의를 통해 출자전환으로 취득한 LG카드 주식 중 일부 주식에 대하여 처분 제한을 해제한 후, 원고는 2005. 1. 3.부터 2005. 1. 12.까지 별지4와 같은 내역으로 주식(847,325주)을 처분하여 차익을 실현하였다.
[인정근거] 갑 제8호증, 을 제26 내지 32호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
3) 판단
 가) 시가라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미한다 할 것이어서, 상장주식의 경우에는 특별한 사정이 없는 한 평가기준일 당일의 증권거래소의 종가에 따라 시가가 정해진다 할 것이고, 당해 법인이 평가기준일 이전에 부도난 경우라 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2002. 5. 31. 선고 2001두6715 판결 등 참조). 또한, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때, 즉 책임을 물을 만한 기대가능성이 없을 때에 가산세를 면책할 만한 정당한 사유가 있다고 할 것이나, 구체적으로 무엇이 정당한 사유에 해당될 것인지 여부는 가산세 제도의 취지를 중심으로 모든 사정을 종합하여 판단하여야 한다.
 나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 주식의 거래소 종가와 원고의 출자전환에 따른 주식 취득가액 계상액의 차액을 익금으로 산입하여 법인세를 산정하고 이에 대한 가산세를 부과한 이 사건 처분1은 적법하다.
 ⑴ 거래소에 상장된 주식의 경우 거래시장의 상황에 따라 거래량이 없는 경우 또는 소수의 주식만 거래되는 경우도 있어 적은 양의 주식이 거래된다고 하여 그 거래가격을 시가로 볼 수 없다고 할 수 없는데다가, 원고의 각 출자전환일에는 LG카드 주식의 거래량이 다소 감소하기는 하였으나 그 전후에 거래량과 거래소 종가가 시장상황에 따라 변동하는 사정(별지3)을 살펴보면, 결코 적은 양이 거래되었다고 할 수 없다.
 ⑵ 다른 금융회사(우리금융지주)의 주식 거래량과 비교하더라도 원고의 출자전환일을 전후한 LG카드 주식의 거래량이 객관적 가치를 반영하지 못할 만큼 비정상적으로 적다고 볼 수도 없다.
 ⑶ LG카드 주식이 3차례에 걸쳐 매매거래가 정지되기는 하였으나, 원고가 출자전환을 할 당시에는 매매거래가 정지되거나 투자유의종목 또는 관리종목으로 지정·고시되지 않고 정상적으로 거래되었다.
 ⑷ 이 사건 각 출자전환의 발행가액을 결정함에 있어서도 LG카드 주식의 거래소 종가가 기본적인 기준이 되었다.
 ⑸ 이 사건 주식의 처분이 제한되었다는 사정은 원고를 비롯한 LG카드에 대한 채권단들이 원활한 채권회수를 위하여 체결한 내부적인 약정에 의한 것으로서 대외적 구속력이 있다고 볼 수 없고, 처분이 제한되었다고 하여 객관적으로 형성된 가치가 달라진다고 할 수도 없으며, 채권단 회의를 통해 일부 주식에 대하여 처분 제한을 해제한 후 원고는 2005. 1.경 출자전환 당시 시가보다 높은 가격으로 주식을 처분하여 차익을 실현하기도 하였다.
 ⑹ 원고가 이 사건 주식의 가치를 거래소 종가 기준으로 회계처리할 경우 객관적 가치에 부합하게 되므로 분식회계 또는 배임에 따른 각종 민·형사상 책임문제가 생기지 않는다.
 ⑺ 원고는 이 사건 출자전환 당시 법인세법(2004. 12. 31. 법률 제7289호로 개정되기 전의 것) 제41조, 같은 법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제72조에 따라 ‘취득당시의 시가’로 취득한 주식의 가액을 계산해야 하고, 대법원 판례, 기획재정부 및 국세청의 해석사례 등을 참고하여 ‘취득당시의 시가’를 거래소 종가를 기준으로 평가해야 함을 충분히 알 수 있었을 것으로 보이므로, 이 사건의 경우를 ‘해석상의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립’이 있는 경우로 보기 어렵다.
라. 쟁점②에 대한 판단
1) 원고의 주장
 가) 원고는 이 사건 예금에 대하여 이자를 지급함으로써 채무를 승인하였고, 예금주들은 잔액조회를 통하여 이를 확인할 수 있게되어 원고의 채무승인표시가 예금주들에게 도달하였으므로 소멸시효가 중단되었다고 볼 수 있다.
 나) 휴면예금이라고 하더라도 예금주가 청구하면 언제든지 지급하고 있고, 감독당국 또한 휴면예금을 잡수익으로 편입하는 것을 지양할 것을 요구하고 있으며, 예금주도 자신의 예금을 찾을 수 있다는 신뢰가 형성되어 원고가 소멸시효의 완성을 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 반하는 점 등에 비추어, 소멸시효의 완성에도 불구하고 원고가 실질적으로 예금 채무를 계속 부담하고 있는 이상 소멸시효 완성예금을 수익으로 인식할 만큼 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 볼 수 없다.
2) 인정사실
 가) 원고는 고객이 예치한 예금 중 최종거래일로부터 5년이 경과하기 전의 예금에 대하여 이자가 발생한 경우 이자를 계산하여 이자소득세를 원천징수한 다음 나머지 금액을 그 예금계좌에 정기적으로 지급하였고, 5년이 경과한 예금에 대하여도 고객이 언제라도 인터넷 뱅킹, 텔레 뱅킹 등을 통하여 잔액을 조회하고 거래를 할 수 있도록 하였으며, 고객정보조회표 전산출력시 3년 이상 거래가 없는 기명식 예금을 ‘휴면’으로 표시하고 있으나 그러한 계좌를 거래중지계좌에 편입시켜 거래를 중지시키지는 않았다.
 나) 금융감독원은 2003. 8. 28.경 각 금융기관에게 ‘휴면예금처리에 대한 업무협조 요청(은감금 9120-00997, 2003. 8. 28.)’이라는 공문을 보내어 각 금융기관이 ‘휴면예금 찾아주기운동’에 적극 협조하여 줄 것을 요청하면서 소멸시효완성예금의 잡이익처리업무를 합리적으로 설정·운영하는 등 소멸시효 완성을 이유로 기계적인 잡이익 편입을 지양하고, 일정 금액 이상 예금의 잡이익 편입시 예금주에게 서면통지할 것을 요청하였고, 이에 원고는 2003. 9. 15.부터 2003. 12. 31.까지 사이에 ‘잊고 계신 고객예금 찾아주기’ 추진운동을 실시하여 각 영업장에 홍보용 포스터 및 안내문을 게시하고 인터넷 홈페이지에 홍보하며 언론에 보도되도록 하였다.
 다) 원고의 소멸시효완성 예금 관련 회계처리에 대한 질의에 대하여 금융감독원은 2004. 9. 15. ‘상법상 소멸시효가 완성된 예금이라고 하더라도 예금거래의 공공성, 동종업계의 관행, 감독당국의 지침 등으로 인하여 사실상의 예금지급의무를 부담하고 있다면 그 예금을 상법상 소멸시효 완성시점이 아닌 실질적으로 부담하는 예금지급의 경제적 의무가 소멸되었다고 추정되는 시점에 수익으로 인식하는 것이 타당하고, 예금지급에 대한 경제적 의무가 사실상 소멸되었다고 추정되는 시점은 예금잔액의 규모, 예금청구기간, 과거의 예금지급실적 및 은행의 예금지급정책 등을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다’고 회신하였다.
 라) 원고의 은행거래기본약관에는 소멸시효로 인한 잡수입 처리에 대하여 규정하고 있지는 않으나, 자체 내부규정에는 최종거래일로부터 5년 이상 경과하여 시효가 완성된 예금은 잡이익으로 처리하되, 예금주로부터 환급청구가 있으면 시효를 주장하지 않고 원금에 이자(잡이익 처리전까지는 약정이율로, 잡이익 처리일로부터 지급일 전일까지는 지급시점의 보통예금이율로 계산)를 가산하여 지급하고 잡손실로 처리하도록 규정하고 있다.
[인정근거] 을 제33, 34호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
3) 판단
 가) 시효중단사유로서의 채무의 승인과 시효이익 포기의 일반론
 ⑴ 시효중단사유로서의 승인이란 시효의 이익을 받을 자가 시효에 의하여 권리를 잃게 될 자에 대하여 그 권리의 존재를 인식하고 있다는 것을 표시하는 행위로서 관념의 통지이고, 그 방법은 권리의 존재를 인식한다는 것을 상대방에게 표시함으로써 족하고 아무런 형식이 요구되지 않으며, 명시적 승인뿐만 아니라 묵시적인 승인도 가능하고, 승인으로 인한 시효중단의 효력은 그 승인의 통지가 상대방에게 도달하는 때에 발생하나, 관념의 통지와 같은 준법률행위의 도달은 의사표시와 마찬가지로 사회관념상 상대방이 통지의 내용을 알 수 있는 객관적 상태에 놓였을 때를 지칭하고, 그 통지를 상대방이 현실적으로 수령하였거나 그 통지의 내용을 알았을 것까지는 필요하지 않으며(대법원 1983. 8. 23. 선고 82다카439 판결 취지 참조), 승인으로 인하여 시효가 중단되면 다시 새로이 시효가 진행하게 된다.
 ⑵ 시효이익의 포기는 상대방에 대한 의사표시에 의하여 행하여지나 특별한 방식이 요구되지는 않고, 명시적인 포기뿐만 아니라 묵시적인 포기도 가능하며, 단독행위인 점에서 관념의 통지인 시효중단사유로서의 승인과는 구별되나 구체적인 태양에 있어서는 승인과 유사하고, 시효이익은 시효완성 전에 미리 포기하지 못한다.
 나) 채무의 승인 내지 시효이익의 포기 여부 
 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 최종거래일로부터 5년이 지났다고 하더라도 예금채무가 소멸하는 것은 아니라는 내용을 언론이나 영업장을 통하여 홍보하거나, 5년이 지난 예금에 대하여 고객이 언제라도 인터넷 뱅킹, 텔레 뱅킹 등을 통하여 잔액을 조회하고 고객이 원하면 거래할 수 있도록 하고 고객예금(휴면예금) 찾아주기 운동을 실시하면서 각 영업장 및 인터넷 팝업창에 홍보용 포스터 및 안내문을 게시하고 언론기관에 보도자료를 배포하여 보도되도록 하였다고 하더라도, 이런 방법만으로는 직접 상대방인 예금주에 대하여 통지 내지는 의사표시가 행하여졌다고 보기는 어려우므로, 이로써 채무의 승인이나 시효이익의 포기가 있다고 할 수는 없다.
 그러나 원고는 최종거래일로부터 5년이 경과하기 전의 예금에 대하여 이자가 발생한 경우 이자를 그 예금계좌에 정기적으로 입금하는 방식으로 지급하고, 3년 이상 거래가 없는 기명식 예금계좌를 거래중지계좌에 편입시켜 거래를 중지시키지는 않았는데, 위와 같은 원고의 이자 지급행위는 원고가 예금주의 예금채권의 존재를 인식하고 있다는 것을 전제로 한 것이어서 채무의 승인에 해당한다고 할 것이고, 이자가 예금계좌에 입금되면 예금주는 영업소를 방문하거나 온라인 자동화 기기, 인터넷 뱅킹, 텔레 뱅킹 등을 통한 잔액조회를 함으로써 이자 지급사실을 확인할 수 있고, 지급된 이자는 원칙적으로 예금주 이외에 누구도 인출할 수 없어 예금주가 그 처분권을 취득하게 되므로, 설령 상대방인 예금주가 이자 지급사실을 알지 못하였다고 하더라도, 이자의 지급행위에 의하여 원고가 예금채권의 존재를 인식하고 있다는 통지의 내용을 예금주가 객관적으로 알 수 있는 상태에 놓였다고 할 것이어서 이자의 지급으로 인한 채무 승인의 통지는 예금주에게 도달하였다고 할 것이다.
 따라서 원고가 예금계좌에 이자를 지급하는 방법으로 예금채무를 승인하였으므로 그 예금채무에 대한 소멸시효는 중단되었다고 할 것이다(원고의 내부 규정에 최종거래일로부터 5년 이상 경과하여 시효가 완성된 예금은 잡수익으로 처리하되, 예금주로부터 환급청구가 있으면 잡손실로 처리하도록 규정하고 있다고 하더라도, 위와 같은 이자 지급으로 인한 채무의 승인에 영향을 미치지는 않는다).
 다) 시효의 완성과 권리의무 확정주의와의 관계
 ⑴ 소멸시효가 완성되면 그 효과로서 당사자의 원용이 없어도 사법상 채권자의 권리는 소멸한다고 할 것이나(절대적 소멸설), 법인세법상 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위해서는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙, 확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상·사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 할 것이다(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결 등 참조).
 ⑵ 이 사건에 관하여 보건대, ㈎ 원고가 이자를 계속 지급하면서 고객의 청구가 있으면 언제든지 시효완성예금을 지급하고 인터넷 뱅킹이나 텔레 뱅킹을 통하여 그 권리를 고객으로 하여금 확인할 수 있도록 하는 상태에 계속 두고 있는 점, ㈏ 고객예금이 5년이 경과하여 소멸시효가 완성하였다고 하더라도, 원고는 최종거래일로부터 5년이 지났어도 예금채무가 소멸하는 것은 아니라는 내용을 언론이나 영업장 등을 통하여 홍보하고 고객의 휴면예금 찾아주기 운동을 실시하고 있고, 원고의 감독기관인 금융감독원은 휴면예금에 대하여 소멸시효 완성을 이유로 잡수익에 편입하는 것을 지양하고 고객에게 돌려줄 것을 요구하고 있으며, 원고도 휴면예금에 대하여 예금주의 청구가 있으면 언제든지 지급하고 있고 예금주도 자신의 예금을 찾을 수 있다는 신뢰가 어느 정도 형성되어 있는 것으로 보이는 점, ㈐ 위와 같은 상태에서 원고가 소멸시효의 완성을 주장하는 것은 예금주의 신뢰를 저버리는 것으로서 신의성실의 원칙에 반하는 점 등에 비추어 보면, 소멸시효의 완성에도 불구하고 원고가 실질적으로 예금채무를 계속 부담하고 있는 이상 소멸시효가 완성된 때에 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 볼 수도 없다.
 라) 소결론
 따라서 원고의 예금채무의 승인으로 인하여 예금채무에 대한 소멸시효가 중단되었거나, 소멸시효가 완성된 예금도 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분2는 위법하다.
마. 쟁점③에 대한 판단
1) 원고의 주장
 원고는 근거 법률의 수권에 따라 자신의 업무로 상품권을 발행하였고, 이 사건 판매점은 발행권자가 아니어서 원고에게 발행 및 판매 등을 위탁할 수 없으므로, 이 사건 판매점이 원고에게 ‘상품권에 관한 대행용역’을 공급하였다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분3은 위법하다.
2) 인정사실
 가) 원고는 발행권자를 원고로 하여 ‘농촌사랑 상품권’이라는 이름의 이 사건 상품권을 발행하였다. 소비자가 농협계열판매점에 이 사건 상품권을 제시하면, 농협계열판매점은 상품권의 액면 금액에 상응하는 물품이나 용역을 공급하였다.
 나) 농협계열판매점이 소비자로부터 받은 이 사건 상품권 액면 금액을 원고의 지정 영업점에 청구하면, 원고는 일정 비율의 금액(2005. 3. 31.이전 1.5%, 2005. 4. 1.이후 1.85%에 의한 돈, 이하 ‘이 사건 상품권 수수료’)을 공제한 나머지를 위 판매점에 송금하였다. 원고가 받은 이 사건 상품권 수수료 내역은 별지5와 같다.
 다) 원고는 농협계열판매점이 아닌 일반가맹점으로부터 받은 상품권 수수료는 납세대상으로 보아 이에 대한 부가가치세를 신고하였다.
 라) 원고의 내부문서(을 제35호증의1)에서는 상품권 교환, 판매 수수료율을 1.5%에서 1.85%로 상향조정하면서 ‘내부수수료율 현실화로 농산물 상품권 사업활성화 도모’를 그 사유로 들고 있고, 원고는 「농산물상품권 관련 주요 질의사항 해설(을 제35호증의2)」을 통하여 상품권 취급수수료가 용지대, 수입인지 등 원가부담(1%) 및 홍보, 판촉비용(0.5%)으로 구성되어 있음을 밝히고 있다.
 마) 한편, 이 사건 상품권은 농민은 물론 일반인도 아무런 제한 없이 구입하여 사용할 수 있고, 농·축산물을 비롯한 가공식품, 각종 생활용품 등 원고가 직접 운영하는 유통센터 및 자회사·회원조합에서 운영하는 매장에서 판매하는 다양한 물품을 구입할 수 있으며, 2008. 8. 1.부터는 음식점, 숙박업소 등 일반유통가맹점과도 가맹계약을 맺어 일반 상품권과 같이 유통되고 있다.
[인정근거] 갑 제11호증, 을 제35호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
3) 판단
 살피건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 상품권 수수료는 부가가치세 부과 대상인 상품권에 관한 대행용역에 대한 대가로 볼 수 있으므로, 이 사건 처분3은 적법하다.
 가) 원고는 일반가맹점으로부터 받은 상품권 수수료에 대해서는 이 사건의 경우와 달리 부가가치세를 신고하였다.
 나) 원고의 내부문서(을 제35호증의1)와 「농산물상품권 관련 주요 질의사항 해설(을 제35호증의2)」의 내용은 이 사건 상품권 사업을 더욱 활성화하기 위하여 상품권 발행, 유통 원가에 적정한 이윤을 덧붙일 필요성이 있음을 지적한 것으로서, 그 내용에 의하더라도 이 사건 수수료의 성격이 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조, 같은 법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조에서 규정한 용역제공의 대가로 보인다.
 다) 부가가치세법 시행령 제33조 제4항은 상품권에 관한 대행용역과 그와 유사한 용역을 부가가치세 면세대상에서 제외하고 있다.
 라) 원고의 이 사건 상품권 발행사업은 원고의 설립목적인 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고, 국민경제의 균형있는 발전(농업협동조합법 제1조)과 직접적인 관련이 없을 뿐 아니라, 사업범위를 규정하고 있는 농업협동조합법 제134조에도 열거되어 있지 않아 이를 원고의 고유한 목적사업으로 볼 수 없다.
 마) 이 사건 상품권은 백화점 상품권, 주유상품권, 문화상품권 등 일반적인 상품권과 같이 발행된 것으로, 은행법에서 규정한 금융기관이 발행하는 유가증권의 일종(예컨대 은행채, 양도성예금증서 등 일반적인 자금조달의 수단으로 제시된 증서)으로서 발행된 것이 아니다(다만, 2010. 11. 15. 대통령령 제22493호로 개정된 은행법 시행령 제18조 제1항에서는 ‘상품권 등의 판매 대행’을 은행의 부수업무로 규정하였다).
바. 쟁점④에 대한 판단
1) 원고의 주장
 원고는 매매계약을 통하여 농약제조사로부터 농약을 매수하였을 뿐 농약제조사에게 어떠한 용역을 공급할 의무도 없고 실제로 공급한 용역도 없으며, 원고가 지급받은 농약취급관리비는 기본장려금, 추가약정장려금과 같은 판매장려금의 일종이므로, 이를 용역제공의 대가로 전제한 이 사건 처분4는 위법하다.
2) 인정사실
 가) 원고는 주식회사 영일케미컬 등 농약제조사와 구매납품계약을 체결하여 농약제조사로부터 농약을 대량으로 받은 후 그 대가를 지급하였고, 농약제조사는 원고에게 금액의 2%를 농약취급관리비 명목으로 지급하였다. 이 사건 농약취급관리비 내역은 다음과 같다.
〈이 사건 농약취급관리비 내역〉과세기간농약취급관리비(원)2004년 제2기4,458,429,6952005년 제2기4,429,843,0162006년 제2기4,465,956,0772007년 제2기4,799,819,0122008년 제2기5,724,846,978합계23,878,895,678
 나) 원고가 위와 같이 2004년 2기부터 2008년 2기까지 농약제조사들로부터 받은 농약취급관리비의 근거가 되는 농약 구매납품계약서(갑 제12호증) 규정은 다음과 같다.
 제11조(취급관리비)
 ① 을은 갑에게 납품한 총액(납품수량 × 계약단가)의 2.0%에 해당액을 중앙회 취급관리비로 갑에게 지급한다.
 ② 갑은 제1항의 금액 중 0.5%에 해당액을 회원조합의 불가항력적인 사고(수해, 화재 등)에 의한 농약손실 등의 재원으로 활용하고 0.1% 해당액은 농약공급 촉진 등의 시장개척비로 활용하도록 한다.
 제12조(기본장려금) 농약공급을 촉진하기 위하여 을은 갑에게 납품품목별로 납품액의 일정율에 해당하는 금액을 판매장려금으로 갑에게 지급하되 을의 거래처(시판상)에 지급하는 수준으로 지급한다.
〈‘05년 계통농약 추가약정 확약서(2005. 1. 18.)〉
 1. 관련호(자재 27103 - 26, ‘05. 1. 16.)에 의거 ’05계통농약 기본장려금(농약구매납품계약서 제12조)외의 추가약정장려금은 3.0% 이상을 운영하기로 확약한다.
 다) 원고는 위 농약구매와 비슷한 형태로 유류, 사료, 비료 등의 제조회사와 거래하고 지급받은 취급수수료에 대하여는 다음과 같이 부가가치세가 당연히 과세됨을 전제로 계약서에 ‘부가세 포함’ 또는 ‘부가세 별도’의 표시를 하여, 그에 대하여 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부하였다.
하우스용필름 구매계약서(을 제36호증의 1)
 제10조(취급관리비) 을은 갑에게 총공급 금액의 0.8%에 해당하는 금액(부가세 별도)을 취급관리비로 갑에게 지급하여야 하며, 정산방법은 갑의 회계처리방법에 의한다.
토지계량제 구매납품계약서(을 제36호증의 2)
 제7조(대금청구 및 지급)
 ⑤ 을은 갑에게 총공급 금액의 0.88%(부가세 포함)에 해당하는 금액을 취급수수료로 갑에게 지급하여야 하며, 정산방법은 갑의 회계처리방법에 의한다.
상토 구매납품계약서(을 제36호증의 3)
 제8조(대금청구 및 지급)
 ⑤ 을은 갑에게 총공급 금액의 1.3%(부가세 별도)에 해당하는 금액을 취급수수료로 갑에게 지급하여야 하며, 정산방법은 갑의 회계처리방법에 의한다.
[인정근거] 갑 제12, 13, 14호증, 을 제36호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
3) 판단
 살피건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 농약취급관리비도 부가가치세 부과 대상인 용역제공에 대한 대가로 볼 수 있으므로, 이 사건 처분4는 적법하다.
 가) 농약구매자인 원고가 농약을 판매한 농약제조사들로부터 농약판매와 관련하여 취급관리비를 지급받을 아무런 이유가 없음에도 계약에 명시적인 근거를 두고 이를 지급받은 것에 비추어, 원고는 그 대가로서 어떠한 용역의 공급이 전제되는 것으로 보인다.
 나) 이 사건 농약취급관리비에 대하여 농약 구매납품계약서상 명칭이 ‘중앙회 취급관리비’로 되어 있어, 원고가 어떠한 취급 또는 관리의 대가로 비용을 지급받는 것으로 해석할 수 있다.
 다) 이 사건 농약취급관리비의 용도를 농약손실 등의 재원 또는 농약공급 촉진 등 시장개척비로 지정한 것은 농약제조사들이 수행하여야 하는 마케팅 등을 대신 하여 주고 그 대가를 받은 것으로 보이고, 농약제조사가 원고의 회원인 단위조합과 직접 거래할 경우의 번거로움과 그 밖의 재고위험이나 대금수취 등을 대신 수행하여 준 대가의 성격도 있는 것으로 해석된다.
 라) 원고는 이미 판매촉진을 위한 기본 판매장려금(농약제품의 판매실적에 따라 각 제품마다 일정률로, 농약 구매납품계약서 제12조 참조), 추가약정장려금 등을 농약제조사로부터 받고 있고, 이는 아무런 대가나 조건도 없이 일방적으로 지급하는 것으로 약정되어 있다는 점에 비추어, 사용용도를 특정한 이 사건 취급관리비를 위와 같은 성격의 장려금으로 보기 어렵다.
 마) 원고가 다른 물품의 제조회사와 거래하며 계약에 의해 지급받는 비용과 이 사건 농약취급관리비의 성격이 유사하여 이를 달리 취급할 이유가 없는 것으로 보인다.
사. 정당한 세액 산출
 따라서 이 사건 각 처분 중 이 사건 처분2는 위법하고 나머지 처분은 모두 적법하다 할 것이므로, 피고가 제출한 과세자료를 토대로 정당한 세액을 계산하면, 별지6 기재와 같이 2004 사업연도 법인세 121,015,707,770원의 부과처분 중 120,709,194,320원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 9,146,334,050원의 부과처분 중 8,321,897,290원을 초과하는 부분 및 2008 사업연도 법인세 2,720,707,170원의 부과처분과 2004년 4기 교육세 3,920,880원, 2005년 4기 교육세 12,230,920원, 2007년 4기 교육세 50,807,150원 및 2008년 4기 교육세 55,198,320원의 각 부과처분은 각 위법하다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 이 사건 처분2로 인한 법인세 및 교육세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 이인형(재판장) 정재희 손철