종합부동산세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2015.06.24 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 대림산업주식회사 (소송대리인 변호사 김수형 외 4인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 종로세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 이재락 외 6인)
【원심판결】 서울고법 2012. 2. 22. 선고 2011누21609 판결
【주 문】
 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 원고의 상고이유에 관하여
 가. 이 사건 토지가 분리과세대상인지에 관한 상고이유에 관하여
 (1) 구 종합부동산세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제11조는 “토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제182조 제1항 제1호의 규정에 의한 종합합산과세대상과 동법 제182조 제1항 제2호의 규정에 의한 별도합산과세대상으로 구분하여 과세한다.”고 규정함으로써 분리과세대상 토지를 종합부동산세의 과세대상에서 제외하고 있다.
 한편 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제182조 제1항 제3호 (마)목의 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것) 제132조 제5항 제8호는 ‘주택법에 의하여 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 동법에 의한 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 공여되고 있는 토지’를 분리과세대상 토지의 하나로 들고 있다.
 그런데 구 주택법(2010. 4. 5. 법률 제10237호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 제1항, 구 주택법 시행령(2010. 7. 6. 대통령령 제22254호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항, 제2항 및 제21조 제1항은, 20세대 이상의 공동주택 건설사업을 시행하는 경우에는 원칙적으로 시·도지사 등으로부터 사업계획승인을 얻도록 규정하면서, 다만 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역 중 상업지역(유통상업지역은 제외한다) 또는 준주거지역에서 300세대 미만의 주택과 주택 외의 시설을 동일건축물로 건축하는 경우로서 공동주택 1세대당 주택의 규모가 297㎡ 이하이고 당해 건축물의 연면적에 대한 주택 연면적 합계의 비율이 90% 미만인 경우는 그 대상에서 제외하고 있다.
주택법 제16조 제1항 본문에 따른 사업계획승인 대상인 주택건설사업과 거기에 해당하지 않는 주택건설사업은 그 규모나 대지의 용도지역 등에 차이가 있어 국민의 주거생활에 미치는 영향이 다르기 때문에 주택법 제16조 제1항 단서는 상업지역 등에서 일정한 규모 이하의 주택과 주택 외의 시설을 동일건축물로 건축하는 주택건설사업만을 사업계획승인 대상에서 제외한 것으로 보이는 점, 주택법상 사업계획승인 대상인 주택건설사업의 경우에는 부대시설 및 복리시설의 설치나 주택건설기준의 준수 등과 같은 각종 규율이 뒤따르나 주택법상 사업계획승인 대상에서 제외되는 주택건설사업의 경우에는 그러한 규율을 받지 않는 점 등을 종합하여 보면, 구 지방세법 시행령 제132조 제5항 제8호는 주택건설사업에 공여되고 있는 토지 중 주택건설사업자가 국민 다수의 주거생활에 필요한 주택의 건설과 공급을 위하여 투기적 목적 없이 일시적으로 보유하는 토지로서 공익성이 클 뿐만 아니라 용도지역에 따라 일정한 규모 이상에 이른 경우에 주택법상 사업계획승인 대상으로 삼아 엄격한 규율을 받도록 한 정책적 결단을 반영하여 그와 같은 규모 이상의 사업이 시행되는 토지에 대하여만 분리과세의 혜택을 부여하고자 한 것으로 보인다. 따라서 주택법상 사업계획승인 대상이 아닌 토지는 그것이 주택건설사업에 공여되고 있는 토지라고 하더라도 구 지방세법 시행령 제132조 제5항 제8호에서 정한 분리과세대상 토지에 포함되지 아니한다고 할 것이다(대법원 2015. 4. 16. 선고 2011두5551 전원합의체 판결 등 참조).
 (2) 원심은 이 사건 토지가 건축법에 따른 건축허가의 대상일 뿐 주택법에 따른 사업계획승인 대상이 아니어서 분리과세대상 토지로 볼 수 없다는 이유로, 피고가 원고에게 2009년도 종합부동산세와 농어촌특별세를 부과하는 이 사건 처분을 하면서 이 사건 토지를 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 구분한 것은 적법하다고 판단하였다.
 (3) 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 구 지방세법 시행령 제132조 제5항 제8호가 규정한 분리과세대상 토지의 범위에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
 상고이유에서 들고 있는 대법원 2008. 6. 26. 선고 2006두2626 판결은 이 사건과 사안이 다르므로, 이 사건에서 원용하기에 적절하지 아니하다.
 나. 재산세 공제 과정의 위법 여부에 관한 상고이유에 관하여
 (1) 먼저 원심은, 피고가 2009. 11. 16. 원고에게 2009년도 주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지(이하 ‘주택 등’이라 한다)에 대한 종합부동산세와 농어촌특별세를 부과하는 이 사건 처분을 하면서, 주택 등의 종합부동산세액에서 공제할 각각의 재산세액을 구 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]에서 정한 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식(이하 ‘이 사건 시행규칙 산식’이라 한다)에 따라 산정한 사실 등을 인정하였다.
 그런 다음 원심은, (가) 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 ‘주택분 종합부동산세액, 토지분 종합합산세액 및 토지분 별도합산세액(이하 ‘주택 등 종합부동산세액’이라 한다)에서 공제되는 주택 등의 재산세로 부과된 세액’을 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 ‘이 사건 시행령 산식’이라 한다)에 따라 각각 계산한 금액으로 하도록 정하고 있는데, 공제되는 재산세액 산정의 기준이 되는 금액이 ‘과세기준금액을 초과하는 공시가격’이라면 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 하지만, 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항이 재산세액 산정의 기준이 되는 금액을 ‘종합부동산세의 과세표준’으로 정하였으므로 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 함은 이 사건 시행령 산식과 이 사건 시행규칙 산식의 문언상 분명하고, (나) 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항은 ‘과세기준금액을 초과하는 공시가격’ 전부가 아니라 그중 종합부동산세 공정시장가액비율에 해당하는 금액만을 종합부동산세의 과세대상으로 한 것이므로 ‘과세기준금액을 초과하는 공시가격’ 전부에 대한 재산세액을 공제하지 아니하였다고 하여 이중과세의 문제가 발생하는 것은 아니며, (다) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액은 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 것만 공제하여야 하는데, 만약 공제되는 재산세액을 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정할 경우에는 종합부동산세의 과세표준에서 제외된 부분, 즉 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × (1 - 종합부동산세 공정시장가액비율)’ 부분에 대하여는 종합부동산세가 부과되지 않음에도 재산세만 공제되는 불합리한 결과가 발생한다는 등의 이유로, 피고가 공제되는 재산세액을 이 사건 시행규칙 산식에 따라 산정한 것은 적법하다고 판단하면서, 공제되는 재산세액을 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다는 원고의 주장을 배척하였다.
 (2) 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 그대로 수긍하기 어렵다.
 (가) 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위하여 재산세 과세표준을 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 공시가격으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대한 연도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 하였고, 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다.
 그런데 위 적용비율이 매년 단계적으로 인상되도록 확정되어 있어 적정한 수준의 세부담이 될 수 있게 탄력적으로 조정하는 데에 어려움이 있었으므로, 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 지방세법, 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였고, 다만 위 지방세법 부칙 제5조는 재산세 연도별 적용비율 제도에 관한 경과조치를 두었다가 2009. 2. 6. 이를 폐지함으로써 2009년도 과세분부터 재산세와 종합부동산세에 관한 공정시장가액비율 제도가 전면 시행되도록 하였다. 이에 따라 구 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항의 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제2조의4 제1항은 주택 및 종합합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 80으로, 제2항 단서는 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대한 별도합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 70으로 각각 정하고 있고, 구 지방세법 제187조 제1항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령 제138조 제1호는 토지 및 건축물의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로, 주택의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 60으로 각각 정하고 있다.
 한편 2005. 1. 5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있다. 이와 같이 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다. 이에 구 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제되는 재산세액을 ‘주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 ‘종전 시행령 산식’이라 한다)에 따라 산정하도록 규정하였다.
 그 후 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항이 개정되면서 공제되는 재산세액의 계산방법을 이 사건 시행령 산식, 즉 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 의하도록 변경하였는데, 이는 연도별 적용비율 제도를 폐지하고 재산세와 종합부동산세 모두 과세기준금액을 초과하는 분에 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 과세표준을 산정하게 됨에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법을 변경하기 위한 것이다.
 이러한 지방세법, 종합부동산세법 및 종합부동산세법 시행령 관련 규정의 개정 경위와 취지 등에 비추어 보면, 종전 시행령 산식의 분자에 기재된 ‘주택 등 과세기준금액을 초과하는 분’이 이 사건 시행령 산식의 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준’으로 변경되었다고 하더라도, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없으므로, 공제되는 재산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 이 사건 시행령 산식으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.
 (나) 나아가 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법을 살펴본다.
종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 ‘공시가격 - 과세기준금액’ 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 부분을 뜻하므로, 그중 서로 중첩되는 부분, 즉 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당한다. 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다.
이러한 점을 종합하여 볼 때, 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 할 것이다. 따라서 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다.
 (다) 한편 법령에서 행정처분의 요건 중 일부 사항을 부령으로 정할 것을 위임한 데 따라 시행규칙 등 부령에서 이를 정한 경우에 그 부령의 규정은 국민에 대해서도 구속력이 있는 법규명령에 해당한다고 할 것이지만, 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 한다. 따라서 어떤 행정처분이 그와 같이 법규성이 없는 시행규칙 등의 규정에 위배된다고 하더라도 그 이유만으로 처분이 위법하게 되는 것은 아니라 할 것이고, 또 그 규칙 등에서 정한 요건에 부합한다고 하여 반드시 그 처분이 적법한 것이라고 할 수도 없다. 이 경우 처분의 적법 여부는 그러한 규칙 등에서 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 9. 12. 선고 2011두10584 판결 등 참조).
 앞서 본 바와 같이 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 이 사건 시행령 산식에 따라 산정하여야 하므로 이를 이 사건 시행규칙 산식에 따라 산정하였다는 이유만으로 이 사건 처분 중 그에 관한 부분이 적법하다고 볼 수는 없다.
 (3) 그런데도 원심은 이와 달리, 피고가 이 사건 시행규칙 산식을 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 것이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 것이다. 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 2. 피고의 상고이유에 관하여
 가. 구 지방세법 제182조 제1항 제2호는 별도합산과세대상인 토지를 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지’ 등으로 규정하고, 구 지방세법 시행령 제131조의2 제1항 제2호는 ‘건축물의 바닥면적(건물 외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 일정한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지’를 들고 있다.
구 건축법(2009. 6. 9. 법률 제9774호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제2호가 “건축물이란 토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가(高架)의 공작물에 설치하는 사무소·공연장·점포·차고·창고, 그 밖에 대통령령으로 정하는 것을 말한다.”고 규정함으로써 건축물의 범위에 지하에 설치한 공작물을 포함하고 있고, 구 건축법 시행령 제119조 제1항 제3호 본문이 “바닥면적: 건축물의 각 층 또는 그 일부로써 벽, 기둥, 그 밖에 이와 비슷한 구획의 중심선으로 둘러싸인 부분의 수평투영면적으로 한다.”고 규정함으로써 바닥면적의 계산에 관하여 특별히 지하층을 배제하고 있지 않은 점, 구 지방세법은 건축물의 부속토지와 같이 경제활동에 제공되고 있는 토지에 대하여 조세정책상 낮은 세율을 적용하고자 이러한 토지를 별도합산과세대상으로 정하였는데, 건축물의 부속토지를 경제활동에 이용한다는 측면에서 볼 때 토지소유자가 토지의 지상을 활용하는 경우와 지하를 활용하는 경우를 달리 취급할 이유가 없는 점 등에 비추어 보면, 구 지방세법 시행령 제131조의2 제1항 제2호에서 규정한 건축물의 바닥면적은 지하층을 포함한 각 층의 바닥면적 중 가장 넓은 것으로 보아야 한다.
 나. 이 사건 토지의 면적이 이 사건 건물의 지하 1층 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 계산한 면적을 초과하지 아니하여 이 사건 토지 전부가 별도합산과세대상에 해당한다는 이유로, 이 사건 처분 중 이 사건 토지의 일부만을 별도합산과세대상으로 구분하여 2009년도 종합부동산세와 농어촌특별세를 부과한 부분이 위법하다고 본 원심의 판단은 이와 같은 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 구 지방세법 시행령 제131조의2 제1항 제2호가 정한 ‘건축물의 바닥면적’에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 원고의 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김창석(재판장) 이상훈 조희대 박상옥(주심)

[1] 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법을 변경한 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 개정 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것인지 여부(소극)
[2] 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에서 정한 산식에 따라 공제되는 재산세액의 산정방법 / 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택분 종합부동산세액, 토지분 종합합산세액 및 토지분 별도합산세액에서 공제되는 재산세액의 산정방법
[3] 별도합산과세대상 토지에 관한 구 지방세법 시행령 제131조의2 제1항 제2호에서 정한 ‘건축물의 바닥면적’을 지하층을 포함한 각 층의 바닥면적 중 가장 넓은 것으로 보아야 하는지 여부(적극)

[1] 지방세법, 종합부동산세법 및 종합부동산세법 시행령 관련 규정의 개정 경위와 취지 등에 비추어 보면, 구 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에서 정한 공제되는 재산세액을 계산하기 위한 산식[주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지(이하 ‘주택 등’이라 한다) 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액, 이하 ‘종전 시행령 산식’이라 한다]의 분자에 기재된 ‘주택 등 과세기준금액을 초과하는 분’이 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에서 정한 공제되는 재산세액을 계산하기 위한 산식(주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액, 이하 ‘개정 시행령 산식’이라 한다)의 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준’으로 변경되었다고 하더라도, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없으므로, 공제되는 재산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 개정 시행령 산식으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.
[2] 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 ‘공시가격 - 과세기준금액’ 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 부분을 뜻하므로, 그중 서로 중첩되는 부분, 즉 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당한다. 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다.
 이러한 점을 종합하여 볼 때, 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에서 정한 산식에 따라 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 할 것이다. 따라서 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택분 종합부동산세액, 토지분 종합합산세액 및 토지분 별도합산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다.
[3] 구 건축법(2009. 6. 9. 법률 제9774호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제2호가 “건축물이란 토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가(高架)의 공작물에 설치하는 사무소·공연장·점포·차고, 그 밖에 대통령령으로 정하는 것을 말한다.”고 규정함으로써 건축물의 범위에 지하에 설치한 공작물을 포함하고 있고, 구 건축법 시행령(2009. 6. 30. 대통령령 제21590호로 개정되기 전의 것) 제119조 제1항 제3호 본문이 “바닥면적: 건축물의 각 층 또는 그 일부로써 벽, 기둥, 그 밖에 이와 비슷한 구획의 중심선으로 둘러싸인 부분의 수평투영면적으로 한다.”고 규정함으로써 바닥면적의 계산에 관하여 특별히 지하층을 배제하고 있지 않은 점, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)은 건축물의 부속토지와 같이 경제활동에 제공되고 있는 토지에 대하여 조세정책상 낮은 세율을 적용하고자 이러한 토지를 별도합산과세대상으로 정하였는데, 건축물의 부속토지를 경제활동에 이용한다는 측면에서 볼 때 토지소유자가 토지의 지상을 활용하는 경우와 지하를 활용하는 경우를 달리 취급할 이유가 없는 점 등에 비추어 보면, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것) 제131조의2 제1항 제2호에서 규정한 건축물의 바닥면적은 지하층을 포함한 각 층의 바닥면적 중 가장 넓은 것으로 보아야 한다.