등록세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2014.04.10 / 시행일:

【원고, 피상고인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 3인)
【피고, 상고인】 성남시 분당구청장 (소송대리인 법무법인(유한) 바른 담당변호사 이충상 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2012. 8. 22. 선고 2012누9729 판결
【주 문】
 원심판결 중 판시 제1처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 원심판시 제1처분에 대한 상고이유에 관하여
 가. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호는 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’를 등록세 중과대상으로 규정하고, 같은 조 제3항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항 전문은 “법 제138조 제1항 제3호에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기를 말한다.”고 규정하고 있다. 한편 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 후문, 구 지방세법 시행규칙(2010. 12. 23. 행정안전부령 제177호로 전부 개정되기 전의 것) 제55조의2 본문에 의하면, 여기에서 말하는 ‘지점 등’은 ‘법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소’를 말한다.
이들 규정의 문언 내용, 입법 취지 및 개정 연혁, 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 전문에서 말하는 ‘법인이 본점의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에는 법인이 본점의 사무실 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산뿐만 아니라 법인이 인적·물적 설비를 갖추어 본점의 사업활동 장소로 사용하기 위하여 취득하는 부동산도 포함된다고 해석함이 상당하다.
 나. 원심은 제1심판결을 인용하여, 노인주거 및 의료복지 시설사업(이하 ‘노인복지시설사업’이라 한다) 등을 영위하는 법인인 원고가 이 사건 사업부지 지상에 노인복지법에 따른 주거복지시설인 “더 △△△”(이하 ‘이 사건 주거시설’이라 한다)와 은행, 편의점, 식당 등이 구비된 커뮤니티시설(이하 ‘이 사건 커뮤니티시설’이라 한다) 및 노인복지법에 따른 노인요양시설인 “□□□”(이하 ‘이 사건 요양시설’이라 하고, 이 사건 주거시설, 커뮤니티시설, 요양시설을 모두 통틀어 ‘이 사건 사업시설’이라 한다)을 건축하여 2009. 9. 18. 사용승인을 받고 2009. 10. 6. 이 사건 사업시설에 대한 소유권보존등기를 마쳤으며, 피고에게 이 사건 사업시설에 관하여 일반세율에 따른 취득세 및 등록세 등을 신고·납부한 사실, 원고가 이 사건 커뮤니티시설 내 일부와 이 사건 요양시설 내 일부(이하 통틀어 ‘이 사건 사무실’이라 한다)를 본점 사무소로 사용한 사실(원고는 이 사건 사업시설을 취득하면서 그 본점을 법인등기부상 소재지인 용인시 수지구 (주소 생략)에서 성남시 내에 있는 이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설 가운데 일부인 이 사건 사무실로 사실상 이전하여 그곳에서 본점 업무를 수행하였다), 피고는 2011. 2. 10. 원고에게 이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설에 관한 원고 명의의 등기가 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 전문에서 규정한 ‘법인이 대도시 내로의 본점의 전입 이전에 그 본점의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기’에 해당한다고 보아, 위 등기에 관하여 구 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 952,536,240원, 지방교육세 177,130,260원 및 농어촌특별세 189,303,300원을 각 부과하는 판시 제1처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 원고가 대도시에 속하는 성남시 내로 본점을 전입하면서 본점의 직접적 용도인 그 사무소로 사용하기 위하여 취득한 이 사건 사무실 부분에 관한 등기는 구 지방세법 제138조 제1항 제3호, 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 전문에 따른 등록세 중과대상으로 보는 것이 타당하나, 이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설 중 이 사건 사무실 부분을 제외한 나머지 부분은 노인복지법에 따른 노인복지시설로서 본점의 직접적 용도인 사무소와는 구분되는 별도의 영업용 부동산에 해당하므로 그에 관한 등기는 등록세 중과대상이라고 할 수 없다는 이유로, 판시 제1처분 중 이 사건 사무실 부분을 제외한 나머지 부분은 위법하다고 판단하였다.
 다. 원심판결 이유를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고의 본점은 이 사건 사업시설에서 노인복지시설사업을 영위한 것으로 보이므로, 이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설 중 이 사건 사무실 부분을 제외한 나머지 부분의 경우에도 원고가 인적·물적 설비를 갖추어 본점의 사업인 노인복지시설사업에 사용하는 곳은 구 지방세법 제138조 제1항 제3호, 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 전문에 따른 등록세 중과대상에 해당한다고 볼 여지가 크다. 따라서 원심으로서는, 이 사건 커뮤니티시설 및 요양시설 중 이 사건 사무실 부분을 제외한 나머지 부분에 대하여 원고가 인적·물적 설비를 갖추어 본점의 사업인 노인복지시설사업에 사용하기 위하여 취득한 곳이 있는지를 심리하여 판시 제1처분의 위법 여부 및 그 범위를 판단하였어야 한다.
 라. 그런데도 원심은 이 점에 관하여 나아가 심리하지 아니한 채 그 판시와 같은 이유만으로, 판시 제1처분 중 이 사건 사무실 부분을 제외한 나머지 부분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 등록세 중과대상 및 요건의 해석에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 2. 원심판시 제2처분에 대한 상고이유에 관하여
구 지방세법 제120조 제1항은 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일 이내에 그 세액을 신고하고 납부하도록 규정하고 있다. 위 규정 내용과 입법 취지에 비추어 볼 때, 토지거래 허가구역지역 내의 토지에 관한 매매계약이 토지거래 허가를 받지 아니하여 유동적 무효 상태에 있다면, 구 지방세법 시행령 제73조 제1항 각 호에서 취득 시기로 정한 사실상 또는 계약상 잔금지급일이 도래하였다고 하더라도 그 매매계약이 확정적으로 유효하게 되었다고 할 수 없으므로 취득세 신고·납부의무가 있다고 할 수 없고, 그 후 토지거래 허가를 받거나 토지거래 허가구역 지정이 해제되는 등의 사유로 그 매매계약이 확정적으로 유효하게 되었을 때 비로소 취득세 신고·납부의무가 있다고 할 것이므로, 구 지방세법 제120조 제1항에 따른 취득세 신고·납부는 그때부터 30일 이내에 하면 된다고 해석함이 타당하다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2012두16695 판결 참조).
 원심이 같은 취지에서 이 사건 사업부지에 대한 취득세 등의 신고·납부가 그 토지거래 허가를 받은 날로부터 30일 이내에 이루어졌으므로 그 신고·납부의무를 해태하였다고 볼 수 없고, 이와 다른 전제에서 신고·납부불성실가산세를 부과한 원심판시 제2처분이 위법하다고 판단한 것은 정당하며, 거기에 상고이유 주장과 같이 토지거래허가구역 내의 토지의 취득시기, 취득세 신고·납부기한 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 3. 원심판시 제3처분에 대한 상고이유에 관하여
 이 부분 상고이유는 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택과 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유로 볼 수 없다.
 4. 결론
 원심판결 중 판시 제1처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이상훈(재판장) 신영철 김용덕 김소영(주심)

구 지방세법 시행령 제102조 제2항 전문에서 정한 ‘법인이 본점의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 법인이 인적·물적 설비를 갖추어 본점의 사업활동 장소로 사용하기 위하여 취득하는 부동산이 포함되는지 여부(적극)

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호, 제3항, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령’이라 한다) 제102조 제2항, 구 지방세법 시행규칙(2010. 12. 23. 행정안전부령 제177호로 전부 개정되기 전의 것) 제55조의2의 문언 내용, 입법 취지 및 개정 연혁, 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 전문에서 말하는 ‘법인이 본점의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에는 법인이 본점의 사무실 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산뿐만 아니라 법인이 인적·물적 설비를 갖추어 본점의 사업활동 장소로 사용하기 위하여 취득하는 부동산도 포함된다.