법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2010.03.25 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 주식회사 중앙일보사 (소송대리인 변호사 이임수외 4인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 남대문세무서장
【원심판결】 서울고법 2007. 7. 25. 선고 2006누21537 판결 
【주 문】
 원심판결의 원고 패소 부분 중 법인세 부과처분 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고의 나머지 상고와 피고의 상고를 모두 기각한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 원고의 상고이유 제1점에 대하여
 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조 제4항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15192호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항은 지출한 금액을 일정 기간 균등액 이상 상각할 수 있는 이연자산의 하나로 제4호에서 ‘연구개발비는 신제품·신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것으로 한다’고 규정하고 있다.
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고 주장의 조간화 경비는 원고 발행 신문의 부수확장을 위한 목적으로 배달센터(지국과 같다)에 지급된 지원성 경비의 성격을 갖는 것으로서 특별히 원고 발행 신문의 조간화와 관련된 비경상적 비용이라고 보기 어려운 점 등에 비추어, 위 조간화 경비는 판매부대비용으로서 실제 지출한 사업연도에 손금산입되어야 한다고 판단하였다.
 관계 법령 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 이연자산에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 2. 원고의 상고이유 제2점에 대하여
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거를 종합하여 ① 원고가 1999. 8. 1. 삼성물산 주식회사로부터 종합방송프로그램 공급사업(채널번호 31, 채널명 캐치원, 이하 ‘캐치원 사업부’라 한다)을 양수한 다음, 1999. 11. 18. 주식회사 오리온시네마네트워크(이하 ‘시네마네트워크’라 한다)에게 캐치원 사업부를 74억 원에 양도하고, 시네마네트워크의 주식 1,480,000주(총 발행주식의 33%, 이하 ‘이 사건 시네마네트워크 주식’이라 한다)를 액면가액 74억 원에 제3자배정에 의한 유상증자 방식으로 취득하면서 1999. 11. 23. 캐치원 사업부 양도대금과 상계처리하는 방법으로 주금을 납입하고, 이 사건 시네마네트워크 주식의 취득가액을 74억 원으로 회계처리한 사실, ② 원고가 캐치원 사업부의 양도가액과 장부상 가액과의 차액 2,601,856,391원을 자산처분손실로 보아 1999 사업연도에 손금산입하여 그 법인세를 신고하자, 피고는 2001. 8. 1. 원고의 캐치원 사업부 양도 및 이 사건 시네마네트워크 주식의 취득은 서로 별개의 거래가 아닌 교환에 해당하고 이 사건 시네마네트워크 주식의 취득가액은 캐치원 사업부의 장부상 가액으로 보아야 한다는 전제하에, 원고의 손금산입을 전액 부인하는 등으로 1999 사업연도 법인세 부과처분(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)을 한 사실 등을 인정한 다음, 원고의 캐치원 사업부의 양수 및 양도 경위, 이 사건 시네마네트워크 주식의 취득 경위와 그 거래 시기 및 당사자의 관계 등에 비추어, 원고의 캐치원 사업부 양도 및 이 사건 시네마네트워크 주식의 취득은 서로 별개의 거래가 아니라 실질적으로는 캐치원 사업부와 이 사건 시네마네트워크 주식의 교환거래로 봄이 상당하고, 나아가 교환거래의 경우 실지양도가액을 인정받기 위해서는 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하였어야 할 것인데, 원고가 캐치원 사업부 또는 이 사건 시네마네트워크 주식에 대하여 위와 같은 절차를 거친 바 없으므로, 피고가 캐치원 사업부의 처분손실상당액에 대한 원고의 손금산입을 부인한 것은 위법하다고 보기 어렵다고 판단하였다.
 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 사실인정과 원고의 캐치원 사업부 양도 및 이 사건 시네마네트워크 주식 취득을 교환거래로 본 것은 정당한 것으로 수긍이 가고, 상고이유의 주장과 같은 거래의 성격에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 그러나 원심이 원고의 캐치원 사업부 양도로 인한 처분손실의 손금산입을 부인하면서 든 이유는 수긍하기 어렵다.
 법인세법 제14조는 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 법인세법 제15조 제1항, 제3항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 이 항에서 같다) 제11조 제2호는 익금의 요소인 수익의 하나로 ‘자산의 양도금액’을 규정하고 있으며, 법인세법 제41조 제1항, 제2항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호는 현물출자에 의하여 주주가 취득한 주식에 대하여, 같은 항 제5호는 ‘제1호 내지 제4호 외의 방법으로 취득한 자산’에 대하여 각 취득 당시의 시가를 취득가액으로 한다고 규정하고 있다.
 따라서 이 사건 양도자산의 처분손익을 계산함에 있어서도 주주가 취득한 주식의 취득가액은 원칙적으로 취득 당시의 시가로 하여야 한다.
 그런데도 원심은 이와 달리 양도소득세와 관련하여 실지양도가액을 인정받기 위한 절차들이 법인세법상의 자산 등의 처분손익의 계산에도 그대로 적용되고 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 정산절차를 수반하였어야 함을 전제로 원고 주장의 자산처분손실을 양도손실로 인정하지 않은 채, 위 주식의 취득가액이 원고가 주장하는 액면가액인지 피고가 전제하고 있는 캐치원 사업부의 장부상 가액과 동등한 것인지에 대해서는 나아가 심리하지 않았는바, 이러한 원심판결에는 교환거래로 신주를 취득하면서 양도하는 자산의 처분손익에 관한 법리를 오해한 나머지 원고가 취득한 주식의 시가에 대한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 3. 원고의 상고이유 제3점에 대하여
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고가 1995 사업연도에 지출한 단체퇴직보험료를 신고조정에 의해 1995 사업연도에 손금불산입하고 1996 사업연도에 손금으로 산입한 것이 과세관청의 공적인 견해표명에 근거한 것임을 인정할 만한 증거가 부족하고 달리 이를 인정한 증거가 없다고 판단하여, 이 사건 법인세 부과처분이 신의성실의 원칙에 위반된다는 원고의 주장을 배척하였다.
 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 상고이유의 주장과 같은 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 4. 원고의 상고이유 제4점에 대하여
 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 이 항에서 같다) 제18조의3은 법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 일정한 금액을 손금에 산입하지 아니하는 사유로 제1항 제1호에서 ‘법인이 업무와 직접 관련 없이 자산을 취득하거나 보유하는 경우’를, 제2항에서 ‘대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우’를 각 규정하고 있고, 그 제2항 제3호는 ‘임야·농경지·목장용 부동산 등으로서 대통령령이 정하는 용도에 사용하는 부동산(제1항 제1호의 규정을 적용받는 부동산의 부분을 제외한다)’을 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부 개정되기 전의 것) 제43조의2 제11항의 위임을 받은 구 법인세법 시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전부 개정되기 전의 것) 제18조 제21항 제8호(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)는 차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입의 사유가 되는 구 법인세법 제18조의3 제2항 제3호 소정의 부동산의 하나인 임대전용 부동산에 ‘건물 기타 지상정착물을 임대한 경우로서 임대한 법인이 임대건물 등의 연면적의 100분의 10 이상을 직접 사용하지 아니하는 경우 당해 건물 등과 그 부속토지를 포함한다’고 규정하고 있다(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되기 전의 법인세법 시행규칙 제18조 제21항 제8호도 같은 내용이다).
 위 각 규정의 내용과 구 법인세법 제18조의3 제2항의 입법 취지 등을 종합하여 보면, 이 사건 조항 소정의 ‘임대한 경우로서 법인이 직접 사용하지 아니하는 경우’에는 법인이 보유하는 건물 등을 업무와 관련하여 타인에게 무상으로 사용하게 한 부분도 포함된다고 봄이 상당하다.
 같은 취지에서 원심이, 원고가 보유한 건물 등을 업무와 관련하여 독립된 사업자인 원고 배달센터에게 무상으로 사용하게 한 부분도 이 사건 조항 소정의 ‘임대한 경우로서 법인이 직접 사용하지 아니하는 경우’에 해당한다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 임대전용 부동산에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 5. 원고의 상고이유 제5점 및 피고의 상고이유 제1점에 대하여
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 특수관계에 있는 중앙일보미디어인터내셔널 주식회사 및 중앙방송 주식회사에게 자신의 임차가격보다 훨씬 낮은 가격으로 임차건물을 전대한 것은 저가전대로서 부당행위계산 부인의 대상이 되나, 한편 원고가 특수관계에 있는 해외 현지법인에 파견한 직원의 인건비를 부담한 것은 그 파견 직원이 현지법인의 업무 외에도 원고의 고유업무를 수행한 점과 원고 및 해외 현지법인 사이의 경비 분담비율 등에 비추어, 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 보기는 어렵다고 판단하였는바, 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 각 상고이유의 주장과 같은 법인세법상 부당행위계산 부인에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 6. 원고의 상고이유 제6점에 대하여
 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제17조 제6항의 위임을 받은 부가가치세법 시행령 제61조는 매입세액의 안분계산 방법으로, 제1항 본문에서 "사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산한다"고 규정하고 있다.
 위 각 규정의 내용과 입법 취지 등을 종합하여 보면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 그 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 있는 경우 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 따라 안분계산하여야 한다(대법원 1996. 2. 23. 선고 95누13319 판결 등 참조).
 같은 취지에서 원심이, 가스·전기료와 건물의 관리비로서 실지 귀속을 구분할 수 없는 이 사건 공통매입세액은 과세사업과 면세사업의 공급가액이 있는 경우에 해당하므로 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 따라 안분계산하여야 한다고 판단한 것은 정당하고, 상고이유의 주장과 같은 공통매입세액 안분계산에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 7. 피고의 상고이유 제2점에 대하여
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거를 종합하여 원고가 1990년 이전에 취득한 부외(簿外)부동산의 처분대금으로 1990. 10.경부터 1993. 12. 15.까지 합계 19억 5천만 원에 차명으로 취득한 주식회사 서해리조트의 발행주식 39만 주를 1997 사업연도에 이르러 실명으로 전환하면서 그 차명주주로부터 위 주식을 현금 23억 4천만 원에 매입한 것으로 회계처리(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)한 사실 등을 인정한 다음, 원고의 1997 사업연도에는 현금이라는 자산이 주식이라는 자산으로 대체되었을 뿐이므로 이 사건 거래로 인하여 원고의 1997 사업연도 사업소득에는 아무런 영향도 없다고 판단하였는바, 관계 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 상고이유의 주장과 같은 부외자산과 관련한 익금산입시기에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 8. 결론
 그러므로 원심판결의 원고 패소 부분 중 법인세 부과처분 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 원고의 나머지 상고와 피고의 상고를 모두 기각하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 김능환(재판장) 김영란(주심) 이홍훈 민일영

[1] 법인이 일부 사업부를 양도하면서 주식을 교환거래로 취득한 사안에서, 법인세법상 양도자산의 처분손익을 계산하는 경우 주주가 취득한 주식의 취득가액은 원칙적으로 취득 당시 주식의 시가로 하여야 한다고 한 사례
[2] 차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입의 사유로서 구 법인세법 시행규칙 제18조 제21항 제8호에서 정한 ‘임대한 경우로서 법인이 직접 사용하지 아니하는 경우’에는, 법인이 보유하는 건물 등을 업무와 관련하여 타인에게 무상으로 사용하게 한 부분도 포함된다고 한 사례
[3] 법인이 특수관계에 있는 회사에 자신의 임차가격보다 훨씬 낮은 가격으로 임차건물을 전대한 것은 저가전대로서 부당행위계산 부인의 대상이 되나, 특수관계에 있는 해외 현지법인에 파견한 직원의 인건비를 부담한 것은 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 보기 어렵다고 한 사례
[4] 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 안분계산 방법

[1] 법인이 일부 사업부를 양도하면서 주식을 교환거래로 취득한 사안에서, 법인세법상 양도자산의 처분손익을 계산하는 경우 주주가 취득한 주식의 취득가액은 원칙적으로 취득 당시 주식의 시가로 하여야 한다고 한 사례.
[2] 차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입의 사유로서 구 법인세법 시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전부 개정되기 전의 것) 제18조 제21항 제8호에서 정한 ‘임대한 경우로서 법인이 직접 사용하지 아니하는 경우’에는, 법인이 보유하는 건물 등을 업무와 관련하여 타인에게 무상으로 사용하게 한 부분도 포함된다고 한 사례.
[3] 법인이 특수관계에 있는 회사에 자신의 임차가격보다 훨씬 낮은 가격으로 임차건물을 전대한 것은 저가전대로서 부당행위계산 부인의 대상이 되나, 특수관계에 있는 해외 현지법인에 파견한 직원의 인건비를 부담한 것은 그 파견 직원이 현지법인의 업무 외에도 그 법인의 고유업무를 수행한 점과 그 법인 및 그 현지법인 사이의 경비 분담비율 등에 비추어 볼 때 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 보기 어렵다고 한 사례.
[4] 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제17조 제6항, 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 각 규정의 내용과 입법 취지 등을 종합하여 보면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 그 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 있는 경우 위 시행령 제61조 제1항에 따라 안분계산하여야 한다.