양도소득세부과처분취소 (세무, 광주지방법원)
공포일: 1999.08.26 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 변호사 이승채)
【피 고】 목포세무서장
【변론종결】1999. 3. 25.
【주 문】
1. 피고가 1997. 1. 16. 자로 원고에 대하여 한 양도소득세 금 18, 716,630원의 부과처분 중 금 8,070,950원을 초과하는 부분은 이를 취소한다
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용은 이를 5분하여 그 2는 원고의, 나머지는 피고의 각부담으로 한다.

【청구취지】피고가 1997. 1. 16.자로 원고에 대하여 한 양도소득세 금 18,716,630원의 부과처분은 이를 취소한다는 판결.
【이 유】1. 부과처분의 경위 
아래 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 
가. 원고가 1989. 12. 16. 목포시 (주소 생략) 잡종지 1,321㎡ 중 1/2지분(이하 ‘종전토지’라 한다)을 취득하였으나, 토지구획정리사업으로 1990. 5. 8. 종전토지에 대한 환지예정지로 목포시 상동 하당지구 ○○○블록 9노트 대 306.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 중 1/2지분(이하 ‘쟁점토지’라 한다)을 지정받았다.
나. 그 후 원고는 1991. 7. 20. 위 하당지구 ○○○블록 9노트 대 306.4㎡중 나머지 1/2 지분(이하 ‘쟁점외 토지’라 한다)을 취득한 다음, 1995. 12. 20. 다른 사람에게 이 사건 토지를 양도하였다. 
다. 원고가 이 사건 토지의 양도에 따른 실지거래가격에 의한 양도소득세를 신고하지 아니하자, 피고는 1997. 1. 16.자로 원고에 대하여 구 소득세법 제23조 제4항, 제1호, 제45조, 같은법시행령 제170조 제4항의 각 규정에 따라 기준시가에 의하여 이 사건 토지의 취득가액 및 양도가액을 산정하고 이를 기초로 하여 산출된 양도소득세 금 34,028,650원을 부과, 고지하였다가, 이 사건 토지를 1989. 12. 16. 일괄 취득한 것으로 보아 위 세액을 산출한 잘못이 있음을 발견하고 같은 해 3. 24. 위 양도소득세를 금 18,716,630원으로 감액결정(이하 위와 같이 감액되어 유효하게 존속하는 당초처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 
라. 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 [1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 종전토지의 토지등급가격/1990.1. 1.을 기준으로 한 개별고시지가 고시일인 1990. 8. 30. 현재의 쟁점토지의 토지등급가격)]의 산식에 따라 쟁점토지의 취득당시 기준시가(㎡당 가액)를 산출한 후 이를 기초로 이 사건 토지의 취득가액을 산정하였다.
마. 한편, 이 사건 토지의 1990. 1. 1. 기준 개별공시지가는 금 97,000원이고, 1991. 1. 1. 개별공시지가는 금 221,000원이며, 1995. 1. 1. 기준 개별공시지가는 292,000원이고, 위 1990. 1. 1. 기준 개별공시지가 고시일인 1990. 8. 30. 현재 이 사건 토지의 잠정토지등급가격은 금 47,300원(190등급, 1991.경에도 동일)이며, 종전토지의 취득당시 토지등급가격은 금 4,340원이다.
2. 이 사건 처분의 적법여부
가. 당사자의 주장
피고는 이 사건 처분이 위 처분사유와 관계법령에 따른 적법한 처분이라고 주장함에 대하여, 원고는, 쟁점토지의 취득당시 기준시가의 산출근거 규정인 소득세법시행령(1990. 5. 1. 대통령령 제12994호) 부칙 제3항에 따른 공식인 [1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 과세시가표준액/1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별고시지가고시일 현재의 과세시가표준액]을 이 사건에 적용함에 있어서 과세시가표준액은 단위당 토지가액인 토지등급가격에 그 토지면적을 곱한 금액이고, 또 환정예정지는 종전토지와 지목, 품위, 정황 등이 현저하게 달라 종전토지와 단위당 토지의 경제적 가치가 동일하다고 볼 수 없는데도, 피고는 이러한 사정을 고려하지 아니한 채 위와 같이 쟁점토지의 토지등급가격과 종전토지의 토지등급가격을 비교하여 이 사건 토지의 취득당시 기준시가를 산정하였으므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 
 나. 관계법령
별지 1 기재와 같다.
 다. 판 단
(1) 이 사건의 쟁점은 1990. 9. 1.(개별공시지가 시행일) 이전에 취득한 토지가 그 취득 후 환지예정지로 지정된 경우 취득당시의 기준시가를 어떻게 산정하는 것이 적법하지 여부에 있다. 
(2) 이 사건과 같이 위 소득세법시행령이 시행된 1990. 9. 1. 이전에 취득한 토지의 취득당시 기준시가는 위 시행령 부칙 제3항에 따라 [1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 과세시가표준액/1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별고시지가고시일 현재의 과세시가표준액]의 공식에 따라 산정되는바, 위 산식은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 1990. 8. 30. 최초로 고시된 같은 해 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가를 기준으로 하여 취득시점과 위 개별공시지가가 고시된 시점에 함께 적용할 수 있는 지가산정기준인 과세시가표준액에 의하여 시간경과에 따른 가격조정을 함으로써 위 최초 고시일 이전에 취득한 토지로서 개별공시지가가 고시되지 않은 토지의 기준시가를 추정하는 방식이다. 
(3) 우선, 위 산식의 과세시가표준액의 결정방법에 대하여 보건대, 지방세법시행령 제80조 제1항 제1호에서 "토지의 과세시가표준액은 … 토지등급가격으로 한다"고 규정하고 있어 [토지의 과세시가표준액 = 토지등급가액(단위당 토지가액)]으로 해석될 여지도 있으나, 과세시가표준액은 취득세에 있어서 사실상의 취득가액을 입증하기 어려운 경우 그 과세표준액을 결정하기 위한 가액으로서, 사실상의 취득가액이 취득자에 의하여 신고되지 않은 경우 등에 그 과세표준이 되도록 규정되어 있고( 지방세법 제111조 제2항), 또 토지 이외에 광업권 및 어업권 등에 있어서는 이를 취득하기 위하여 지급한 대가, 즉 그 재산가액 전체를 과세시가표준액으로 보고 있으며( 지방세법시행령 제80조 제3항), 종합토지세의 경우 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 … 토지의 가액( 제111조의 규정에 의한 과세시가표준액을 말한다)을 합한 금액을 말한다고 하면서( 지방세법 제234조의 15 제2항), 2천만원 이하부터 500억원을 초과하는 금액을 각 과세표준액으로 하여 과세표준별로 세율을 달리하는 규정( 지방세법 제234조의 16 제1항)을 두고 있는데, 과세시가표준액을 단위당 토지가액인 토지등급가액과 같다고 본다면 현재 ㎡당 500억원을 초과하는 토지가 존재하지 않는 점 등 지방세법상의 관련규정과 위 과세시가표준액을 설정하게 된 경위 등 제반사정에 비추어 볼 때, 과세시가표준액은 토지등급가격에 그 토지 면적을 곱한 금액이라 할 것이고, 위 시행령 규정은 "토지등급가격을 기준으로 하여 토지의 과세시가표준액을 결정한다"는 의미로 볼 것이다. 
(4) 다음, 취득당시나 양도당시에 토지면적의 변화가 없는 일반적인 경우에는 피고와 같이 과세시가표준액 대신 단위당 토지가액인 토지등급가격을 그대로 위 취득당시 기준시가 의 산정방식에 적용하더라도 그 산출결과가 동일하나, 이 사건과 같이 환지예정지로 지정되어 그 토지의 면적뿐 아니라, 지목, 정황 등이 변경되어 단위당 토지의 경제적 가치가 변화된 경우에는 그 면적까지 고려하여야 시간경과에 따른 합리적인 토지가격 조정결과를 도출할 수 있다고 할 것이다. 
(5) 또, 1990. 1. 1. 기준 개별공시지가와 그 개별공시지가 고시일 현재의 과세시가표준액이 모두 환지예정지인 쟁점토지를 조사대상으로 하여 산출된 것이라면 피고가 적용한 위 산식을 적용하더라도 환지예정지 지정에 따른 면적의 변화 등이 취득당시 기준시가 산정에 고려되었다고 볼 수 있겠으나, 1990. 1. 1. 기준 개별공시지가는 환지예정지로 지정된 사실을 반영하지 않은 종전토지의 면적과 정황 등을 기초로 하여 결정된 가격인 반면, 1990. 1. 1.자 기준 개별공시지가 고시일 현재 토지등급가격은 환지예정지로 지정된 쟁점토지의 면적와 정황 등을 기초로 하여 결정된 가격이어서, 이 점에서도 토지등급가격을 그대로 적용하여 취득당시 기준시가를 산정하는 것은 위 가격조정 계수로서의 역할을 다할 수 없다고 볼 것이다.
(6) 따라서, 쟁점토지의 취득당시 기준시가는 [1990. 1. 1. 기준 개별공시지가 × {종전토지등급가액 × 종전토지면적(=취득당시 과세시가표준액)}/ {1990. 1. 1. 기준 개별공시지가 고시일 현재의 쟁점토지등급가액 × 쟁점토지면적(=1990. 1. 1. 기준 개별공시지가 고시일 현재의 과세시가표준액)}]의 산식에 따라 산정되어야 할 것이어서, 이와 달리 쟁점토지의 토지등급가격과 종전토지의 토지등급가격을 비교하여 취득당시 기준시가를 산정하고 이를 기초로 이 사건 양도소득세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다. 
3. 정당한 세액
나아가, 위 취득당시 기준시가의 산정방식을 기초로 정당한 양도소득세액을 산출하면 별지 2 기재와 같이 양도소득세는 금 8,070,950원이 되므로 이 사건 부과처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이다.
4. 결론
 그렇다면, 피고가 부과한 이 사건 양도소득세 금 18,716,630원 중 금 8,070,950원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소되어야 할 것이므로 원고의 이 사건 청구 중 위 초과부분에 대한 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 일부 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 김관재(재판장) 최영남 문혜정

개별공시지가가 시행일인 1990. 9. 1, 이전에 취득한 토지가 그 취득 후 환지예정지로 지정된 경우, 환지예정지의 취득 당시 기준시가는[1990. 1. 1. 기준 개별공시지가×{종전 토지등급가액x종전 토지면적(=취득 당시 과세시가표준액)}/{1990. 1 1 기준 개별공시지가 고시일 현재의 환지예정지등급가액×환지예정지면적(=1990. 1. 1. 기준 개별공시지가 고시일 현재의 과세시가표준액)}]의 산식에 따라 산정되어야 한다.