종합토지세등부과처분취소 (일반행정, 부산고등법원)
공포일: 1998.04.08 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
기타
【주문】
1. 피고가 원고에 대하여, 1995. 9. 29.에 한 종합토지세 금 348,172,220원, 교육세 금 69,634,440원의 부과처분 중 종합토지세 금 235,567,780원, 교육세 금 47,113,550원를 초과하는 부분 및 같은 해 10. 25.에 한 종합토지세 금 481,455,360원, 교육세 금 96,291,070원, 농어촌특별세 금 71,218,300원의 부과처분 중 종합토지세 금 249,554,170원, 교육세 금 49,910,830원, 농어촌특별세 금 36,433,120원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 2분하여 그 1은 원고, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1 내지 4, 을 제4호증의 1 내지 5, 을 제5호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
가. 원고는 1984. 6. 29.구 외자도입법(1983. 12. 31. 법률 제3691호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘종전 외자도입법’이라 한다) 제6조 제1항의 규정에 의한 외국인 투자인가(투자금액 740억 원, 이하 ‘1차 인가’라 한다)를 받은 데 이어, 1988. 5. 17.구 외자도입법(1989. 6. 16. 법률 제4128호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 외자도입법’이라 한다) 제7조 제5항에 의한 외국인 증액투자인가(투자금액 금 1,700억 원, 이하 ‘2차 인가’라 한다)를 받은 후 목적사업을 수행하기 위하여 1989. 4. 20.부터 1994. 2. 18.까지 사이에 별지 제1목록 기재와 같이 토지 8필지를 취득하였다.
나. 피고는 원고에 대하여 1994년도 및 1995년도 과세기준일(6. 1.) 현재 원고가 소유하고 있는 토지에 대하여 1994년도 및 1995년도 종합토지세등을 부과하면서,종전 외자도입법 제15조 제1항및구 외자도입법 제14조 제4항의 규정에 의하여, 취득일 이후의 최초 과세기산일로부터 5년 미만의 토지는 100% 감면하고, 그 이후 3년 미만의 토지는, 1차 인가 투자비율(740억 원/ 2,440억 원)에 대하여는 50% 경감하고 2차 인가 투자비율(1,700억 원/2,440억 원)에 대하여는 100% 과세대상으로 보아 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감하는 방법으로, 1995. 9. 29. 1994년도 종합토지세 금 386,655,510원, 도시계획세 금 489,610원, 교육세 금 77,331,100원을 부과하고, 같은 해 10. 25. 같은 방법으로 1995년도 종합토지세 금 502,656,920원, 도시계획세 금 96,232,770원, 교육세 금 100,531,380원, 농어촌특별세 금 74,398,530원을 부과하였다.
다. 그후 피고는 1996. 2. 29. 위 부과 고지한 94, 95 종합토지세에 대하여, 1차 인가투자비율에 대한 50%의 경감을 과세표준에서 공제하지 않고 착오로 세액에서 공제한 사실을 발견하고, 이를 수정하여 1994년도 종합토지세에서 금 38,884,390원 및 교육세에서 금 7,776,880원을 감액하고(이에 다라 기납부세액을 차감하지 아니한 세액은, 종합토지세 금 348,172,220원, 도시계획세 금 91,718,010원, 교육세 금 69,634,450원이 된다), 1995년도 종합토지세에서 금 20,409,820원, 도시계획세에서 금 1,000원, 교육세에서 금 4,027,360원, 농어촌특별세에서 금 3,020,520원을 각 감액, 결정하였는데, 그 후 1995년 종합토지세등에 대하여는 같은 해 4. 24. 부산광역시장의 심사결정에서, 1995년도 종합토지세 부과대상 토지 중 부산부산진구 부전동 467의 4및같은 동 467의 6토지는 아직 감면기간이 경과하지 않았음에도 이를 과세표준에 합산한 잘못이 있다고 하여, 1995년도 종합토지세 중 금 791,740원, 교육세 중 금 212,950원, 농어촌특별세 중 금 159,710원을 다시 감액, 결정하였다(이에 따라 1995년도 종합토지세는 금 481,455,360원, 도시계획세는 금 96,232,770원, 교육세는 금 96,291,070원, 농어촌특별세는 금 71,218,300원으로 각 감액되었고, 이와 같이 감액된 1994년도 및 1995년도 종합토지세등을 이 사건 처분이라 한다).
2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 당사자의 주장

피고는 관계법령을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, 첫째, 원고는 1차와 2차로 나누어 외국인투자 인가를 받았으나, 이 사건 토지에 대한 취득계획은 1차 인가 내용에 포함되어 있을 뿐만 아니라 1차 인가에 따라 납입된 외국인투자금으로 토지를 매입하였으므로, 이 사건 과세를 함에 있어서는 1차 인가 당시의 종전 외자도입법에 의하여 조세가 감면되어야 함에도 불구하고, 이 사건 토지 매입자금이 1, 2차 투자금 중 어디에서 지출된 것인지 불명하다고 보아, 이를 1, 2차 투자금의 투자액으로 안분한 뒤, 2차 투자금에 해당하는 매입분에 대하여는 2차 인가 당시의 구 외자도입법을 적용하여 과세한 이 사건 처분은 위법하며, 둘째, 원고는 인가받은 자본재의 통관이 완료되지 아니하여 아직 종전 외자도입법 제9조 제1항에 의한 외국인투자기업 등록을 하지 못하고 있는바, 그러한 경우 외국투자가가 그 등록 이전에 취득한 재산에 대한 종합토지세등은 종전 외자도입법 제15조 제2항에 의하여 그 등록시까지는 면제되어야 하며, 가사 그렇지 않다고 하더라도 적어도 최초 과세기산일부터 5년간은 100%, 그 이후 3년간은 50% 면제되어야 한다고 주장한다.
나. 관계법령

종전 외자도입법 제6조 제1항은, 이 법에 의하여 외국인이 대한민국의 법인체기업또는 개인기업의 주식·지분을 인수 또는 소유하고자 할 때에는 경제기획원장관의 인가를 받아야 한다. 인가의 내용을 변경하고자 할 때에도 또한 같다고 규정하고, 제9조 제1항은, 외국투자가가 전조의 납입을 완료한 때에는 당해 기업은 지체없이 경제기획원에 등록하여야 한다고 규정하고, 같은 법 제15조 제1항은, 외국인투자기업에 대한 소득세·법인세 및 당해 사업 본래의 목적으로 취득한 재산에 대한 취득세·재산세의 과세는 다음 각 호의 규정에 따라 감면되며 그 감면은 조세부과 당시의 인가의 내용에 따라 당해 기업의 주식 또는 지분에 대한 외국투자가가 소유하고 있는 주식 또는 지분의 비율에 따른다. 다만, 증자의 경우 조세의 감면은 증자된 분에 한한다. 1. 소득세·법인세 또는 재산세는 당해 세법의 규정에 의한 최초과세기산일로부터, 취득세는 등록된 날로부터 5년간 면제한다. 2. 전호의 기간만료일부터 3년간은 당해 세법의 규정에 의하여 산출된 세액의 100분의 50을 경감한다고 규정하며, 제2항은, 제9조의 규정에 의한 등록 이전에 외국투자가가 출자한 기업이 당해 사업본래의 목적으로 취득한 재산에 대한 취득세·재산세는 면제되며 그 면제는 제6조의 인가를 받은 외국투자가의 주식 또는 지분의 비율에 따른다고 규정하고 있으며, 구 외자도입법 제14조 제4항은, 외국인투자기업이 인가받은 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하고 있는 재산에 대한 취득세 및 재산세는 당해 기업이 등록한 후에 취득·보유하는 재산에 한하여 당해 기업의 외국인투자비율에 따라 등록한 날로부터 5년간 면제한다. 다만, 외국인투자의 인가를 받은 외국투자가가 출자한 기업이 등록전에 당해 사업의 본래의 모적으로 취득한 재산이 있는 때에는 당해 재산에 대한 취득세 및 재산세는 당해 기업의 외국인투자비율에 따라 재산을 취득한 날로부터 5년간 면제한다고 규정하고, 같은 법 부칙 제4조는, 이 법 시행전에 종전의 법률에 의하여 인가·신고 또는 체결된 외국인투자·차관계약·기술도입계약 또는 공공차관협약에 대한 조세감면과 이에 대한 추징은 종전의 규정에 의한다고 규정하고 있다.
한편지방세법 제234조의8은, 종합토지세의 과세대상은 모든 토지로 한다고 규정하고, 같은 법 제234조의9 제1항은, 종합토지세 과세기준일 현재 제234조의8의 규정에 의한 토지를 사실상 소유하고 있는 자는 종합토지세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 제234조의15 제1항은, 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준·별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법(1989. 6. 16. 법률 제4128호) 부칙 제3조 제4항은, 외자도입법중 다음과 같이 개정한다. 제14조 제1항 본문 제4항 및 제17조 제3항 분문중 취득세 및 재산세를 각각 취득세, 재산세 및 종합토지세로 한다고 규정하고 있다.
다. 당원의 인정사실

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제6호증의 1 내지 3, 갑 제7호증의 1 내지 4, 갑 제8호증의 1 내지 5, 갑 제9호증의 1 내지 8, 갑 제10호증의 1, 2, 갑 제19호증, 갑 제20호증의 1 내지 3, 갑 제23 내지 29호증, 갑 제30 내지 33호증의 각 1, 2, 갑 제34호증의 1 내지 3, 갑 제35호증, 갑 제36호증의 1 내지 7의 각 기재와 증인 정기태의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.
(1) 원고는 1984. 6. 경 부산지역에 국제 수준의 대규모 관광호텔과 이에 부수하는 위락시설을 건축하여 한국을 찾아오는 외래객들에게 쾌적하고 안락한 편의시설을 제공하여 한국 관광사업의 국제경쟁력을 높임과 아울러 외화획득에 기여한다는 취지에서, 토지 구입비로 금 300억 원을 사용할 계획이라는 내용의 사업계획서를 첨부하여, 외국인투자 인가를 신청하였고, 재무부장관은 같은 달 29. 제출한 사업계획서 대로 1차 인가를 하여 1987년까지 1차 인가분 740억 원의 외투자본금 납입이 완료되었다.
(2) 그 후 원고는 1988. 5. 위 관광호텔의 규모를 대폭 확대하여 건축 공사비 등이 증액되었으므로 이에 따라 외국인 투자금 1,700억 원이 추가 소요된다는 내용의 사업계획서를 첨부, 외국인 투자인가를 신청하여, 같은 해 5. 17. 재무부장관으로부터 그 사업계획서 대로 2차 인가를 받았으며, 위 2차 인가분의 외투자본금은 1989. 3. 30.에 금 202억 원, 같은 해 9. 8.에 365억 원, 같은 해 10. 12.에 금 90억 원, 1990년도에는 금 215억 원, 1992년도에는 금 328억 원, 1993년도에는 금 325억 원, 1994년도에는 금 170억 원이 각 납입 완료되었고, 현재 약 5억 원의 외투자본금이 미납된 상태이다.
(3) 원고는 그 후 외자사용계획 변경신청을 하여, 1989. 3. 27. 재무부장관으로부터 1차 인가분 740억 원 중 현금 540억 원, 자본재 200억 원을, 현금 720억 원, 자본재 20억 원으로, 2차 인가분 1,700억 원 중 현금 1,050억 원, 자본재 650억 원을 현금 870억 원, 자본재 830억 원으로 변경승인을 받았다.
(4) 원고는 1차 인가분 중 현금 540억 원과 사용계획이 변경인가된 현금투자분 180억 원 및 2차 인가분을 별도의 장부에 기장하여 관리하면서, 1984년경부터 1차 인가받은 외국인투자금으로 이 사건 토지들을 매수하였으며, 그 중 이 사건 토지 전체면적의 97%가량을 차지하는 부산 부산진구 부전동 503의 15 토지에 대하여는 소외 부산직할시 교육위원회 교육감과 사이에 1984. 11. 6. 매매대금을 금 348억 원(원고는 소외 롯데쇼핑 주식회사와 이를 공동매입하였고, 그 중 원고의 지분은 55%이므로 그 대금은 191억 4천만 원이 된다)으로 정하여, 당일 계약금으로 50억 원(원고 몫은 27억 5천만 원), 1985. 1. 4. 중도금 243억 6천만 원(원고 몫은 133억 9천 8백만 원), 1989. 5. 27. 잔금 54억 4천만 원(원고 몫은 29억 9천 2백만 원)을 각 지급하여 그 대부분이 2차 인가 외투자본금이 납입되기 이전에 이미 청산되었으며, 그 나머지 토지들도 대부분 2차 인가 외투자본금의 1차 납입(1989. 3. 30.) 직후 2차 납입 이전에 그 대금이 청산되었는데, 1차 인가분은 주로 토지대금으로, 2차 인가분은 건물 건축비용으로 사용되었다.
라. 판단

(1) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 토지의 매수대금은 1차 인가받은 외국인투자금 중에서 지급되었음을 알 수 있으므로, 비록 그 중 일부의 지출이 구 외자도입법 시행 후에 이루어졌다 하더라도, 그 부칙 제4조에 따라 이에 대한 조세감면은 1차 인가 당시의 법률인 종전 외자도입법의 규정에 의하여야 할 것이다.
(2) 한편종전 외자도입법 제15조 제1항은 외국인투자가가 인가받은 외자도입을 완료하여 외국인투자기업 등록을 한 이후 취득한 재산에 대하여 일정기간 조세감면의 해택을 준다는 원칙규정이고,제2항은 외국투자가가 인가받은 출자 목적물의 납입을 완료하여 외국인투자기업 등록을 하기까지는 상당한 시일이 소요되는 점을 고려하여 외국투자가가 출자한 기업이 등록 이전에 당해 사업 본래의 목적으로 취득한 재산에 대하여 조세감면의 혜택을 준다는 예외규정이라 할 것인데, 그 규정취지에 비추어 보면제2항에서 ‘면제되며’라고 한 것은 인가 후 등록 전에 취득한 재산에 대하여 그 취득시부터 제1항 소정의 등록 후에 취득한 재산과 같은 내용의 감면혜택을 주는 것이라고 해석함이 상당하다 할 것이다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누11156 판결참조).
(3) 따라서 이 사건 토지는 원고가 인가 후 등록 전에 당해 사업본래의 목적으로 취득한 재산이므로, 이 사건 토지에 대한 종합토지세등은 최초과세기산일로부터 5년간 면제되고, 위 기간만료일로부터 3년간은 당해 세법의 규정에 의하여 산출된 세액의 100분의 50이 경감되어야 할 것인바, 이에 따라 이 사건 토지에 대한 종합토지세등의 정당세액을 산출하면 별지 제2 목록 기재와 같이 94년도 종합토지세 금 235,567,780원, 교육세 금 47,113,550원, 95년도 종합토지세 금 249,554,170원, 교육세 금 49,910,830원, 농어촌특별세 금 36,433,120원이 된다.
3. 결론

그렇다면, 이 사건 과세처분 중 1994년도 종합토지세 금 235,567,780원, 교육세 금 47,113,550원 및 1995년도 종합토지세 금 249,554,170원, 교육세 금 49,910,830원, 농어촌특별세 금 36,433,120원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 각 취소할 것인바, 원고의 이 사건 청구는 위 취소부분의 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제92조를 각 적용하여 주문과 같이 판결한다.

토지는 납세자가 인가 후 등록 전에 당해 사업본래의 목적으로 취득한 재산이므로, 토지에 대한 종합토지세등은 최초과세기산일로부터 5년간 면제되고, 위 기간만료일로부터 3년간은 당해 세법의 규정에 의하여 산출된 세액의 100분의 50이 경감되어야 한다.