등록세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1988.12.22 / 시행일:

【원 고】 주식회사 대화산업
【피 고】 보령군수
【주 문】
 1. 피고가 1987.2.17. 원고에 대하여 한 등록세 금 2,043,160원 및 동 방위세 금 408,630원의 부과처분 중 등록세 금 1,743,600원 및 동 방위세 금 348,720원을 초과하는 부분을 취소한다.
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용은 4분하여 그중 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1987.2.17. 원고에 대하여 한 등록세 금 2,043,160원 및 동 방위세 금 408,630원의 부과처분 중 등록세 금 871,800원 및 동 방위세 금 174,360원을 초과하는 부분을 취소한다.
 소송비용은 피고의 부담으로 한다라는 판결.
【이 유】 1. 피고는 원고가 등기를 경료하기 위하여 지방세법상 관련조항에 따라 스스로 이 사건 등록세 및 동 방위세를 신고납부하였음에도 피고가 원고에 대하여 부과처분하였음을 전제로 그 취소를 구하는 것은 부적법하다는 취지로 다투므로 살핀다.
지방세법 제124조,제125조에 의하면 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받은 자에게 등기, 등록일 현재등기 또는 등록할 재산의 소재지나 등기, 등록권자의 주소지, 해당사무소 또는 영업소 등의 소재지를 관할하는 도에서 부과한다는 취지로 규정되어 있고,같은법시행령 제90조 제1항에 의하면 등록세는 납부서를 갖추어 납세지를 관할하는 시, 군이나 당해 시, 군의 금고 또는 대리점에 납부하여야 하고,같은 조 제2항에 의하면,제1항의 규정에 의하여 시, 군 또는 시, 군 금고가 등록세를 징수한 때에는 등기용영수필통지서 1통, 영수필확인서 1통 및 납세자보관용영수증 1통을 납세자에게 교부하여야 하고, 시, 군 금고는 영수필통지서를 지체없이 당해 시, 군의 세입징수관에게 송부하여야 한다고 규정되어 있다.
 위 각 규정을 종합하여 보면 등록세는 원칙적으로 납세의무자가 자진신고납부하게 되어 있는 바, 이와 같이 납세의무자가 등록세를 과세행정청인 시, 군(또는 그 대리기관인 시, 군의 금고)에 자진납부할 경우에는 납부자와 과세행정청 사이에는 그 납부시에 납세자가 납부하여야 할 등록세액을 확정하는 확인적 행정행위 즉 구체적인 조세채무를 확정하는 부과권자의 부과행위가 있다고 보아야 할 것이다.
 따라서 이 사건 등록세 등 자진신고납부의 경우에도 그 부과처분으로서의 행정처분이 존재하는 것이므로 그 위법을 주장하여 항고 소송으로서 취소를 구할 수 있을 것이어서 피고의 위 항변은 이유 없다.
 2. 성립에 다툼이 없는 갑 제3호증(매매계약서), 을 제6호증(공장등록증), 을 제10호증(영수증)의 각 기재 및 변론의 전취지를 종합하면, 소외 한보산업주식회사가 적벽돌생산을 위하여 소유하던 별지목록 기재의 공장용 대지 및 건물(이하 이 사건 부동산이라 한다)과 그 부속기계, 기구류를 소외 중소기업은행이 1985.3.18. 경매에 의하여 취득하고 있었는데, 원고가 1986.11.29. 소외 중소기업은행으로부터 이 사건 부동산과 그 부속기계, 기구류를 다시 매수하여 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 신청하면서 1987.2.17. 과세표준을 지방세법상의 과세시가표준액에 따라 산정하고 등록세율 30/1000을 적용하여 세액을 산출하여 피고에게 등록세 금 2,043,160원 및 동 방위세 금 408,630원을 자진신고납부한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증없다.
 원고는 첫째, 원고회사는 건축자재의 제조 및 판매를 목적사업으로 1986.11.5. 법인설립등기를 하고, 같은 달 20일 사업자등록을 한중소기업창업지원법 제25조 제1항 소정의 농어촌지역의 창업중소기업으로서 창업일로부터 2년 이내에 사업용 재산으로 앞에서 본 바와 같이 이 사건 부동산을 매수하여 소유권이전등기를 하였으므로조세감면규제법 제84조 제2항에 의하여 등록세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여야 함에도 피고가 위와 같은 감면을 하지아니하여 이 사건 부과처분은 위법하고 둘째, 원고가 이 사건 부동산을 대금 58,120,000원에 매수하였는데도 피고가 등록세의 과세표준을 실지거래가액에 의하지 아니하고 과세시가표준액에 따라 결정하였으므로 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.
 먼저 원고의 첫째 주장에 대하여 살펴본다.
중소기업창업지원법 제25조 제1항에는 기술집약형 중소기업과 농어촌지역의 중소기업의 창업자에 대하여는 조세감면규제법이 정하는 바에 의하여, 법인세, 소득세, 취득세, 재산세, 및 등록세를 감면할 수 있다고 규정되어 있고,조세감면규제법 제84조 제2항에는 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기 및 창업중소기업의 법인 설립의 등기에 대하여는 등록세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정되어 있어서 중소기업창업지원법 소정의 농어촌지역의 중소기업의 창업자에 대하여는 일정한 범위내에서 등록세의 감면혜택이 있음 원고의 주장과 같다.
 그런데, 한편중소기업창업지원법 제21조에는 대통령령이 정하는 기술집약형 중소기업 및 농어촌지역의 중소기업의 창업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업계획서를 작성하고, 이에 대한 시장, 군수, 구청장의 승인을 얻어 사업을 개시할 수 있다고 규정되어 있고(다만같은 법 제22조 제4항 단서에는농어촌소득원개발촉진법 제10조 및제18조의 규정에 의한 승인 또는 지정을 받은 창업자는 위 사업계획의 승인을 얻은 것으로 본다고 되어 있다),제22조에는 창업자가제21조의 규정에 의한 사업계획의 승인을 얻은 때에는 그 각호 게기의 이른바 환경정서행정관계법의 각종 신고, 허가, 해제, 인가, 면허, 동의 또는 결정 등의 처분을 받은 것으로 보고(제1항),제21조 제1항의 규정에 의한 시장, 군수, 구청장의 사업계획승인을 얻은 공장에 대하여는 건축법에 의한 건축허가 또는 준공검사를 받은 때에는 그 게기 각호의 허가, 신고, 검사 등을 받은 것으로 본다고(제2항) 규정되어 있으며,제23조 제1항에는 사업계획의 승인을 받은 자가 그 사업계획승인내용과 현저하게 다르게 사업을 영위하거나 사업계획승인후 2년이 지나도록 공장을 건설하지 않음으로써 사업계획승인의 효과를 기대하기 어렵다고 인정되는 경우에는 시장, 군수, 구청장은 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 사업계획승인 및 공장건축허가를 취소할 수 있으며, 당해 토지의 원상회복을 명할 수 있다고 규정되어 있는 바, 위 각 규정의 내용에 의하면 농어촌지역 중소기업의 창업자에 대한 사업계획서의 승인은 임의적 절차가 아니라 중소기업창업지원법상의 각종 지원을받기 위한 필수적 절차라고 보아야 할 것인데, 이 사건에 있어서 원고가같은 법 제21조 제1항의 규정에 의한 사업계획서의 승인이나농어촌소득원개발촉진법 제10조 및제18조의 규정에 의한 승인 또는 지정을 받았다는 점에 관하여 아무런 주장, 입증이 없으므로 나머지점에 관하여 더 살필 것 없이 원고의 위 주장은 이유없다.
 다음 원고의 둘째 주장에 관하여 살펴본다.
지방세법 제130조 제1항,제2항,제3항,제111조 제5항의 각 규정을 종합하면,제130조 제1항에서 등록세의 과세표준으로 규정한 취득당시의 가액은 원칙적으로 부동산을 취득함에 소요된 사실상의 취득가액을 의미하고,제2항은 등기자가제1항의 과세표준 즉 취득 당시의 가액을 신고하여야 하는데 그 신고가 없거나 신고 가액이 과세시가표준액에 미달하는 경우에는 그 과세시가표준액에 의한다는 규정이고, 한편제111조 제5항에 게기한 각호의 취득에서는 그 취득가액이 명백하게 드러나는 것이어서 이 경우에는 취득자의 신고에 관계없이 사실상의 취득가액에 의하여 그 과세표준을 정한다는 것으로 풀이되므로 등기자가 등록세 부과대상인 부동산을 취득한 후제130조 제2항에 의한 신고를 하였다 하더라도 대통령령으로 정하는 계약서 등에 의하여 취득가액이 입증되면 그 입증된 사실상의 취득가액으로 과세표준이 정해진다 할 것인 바(대법원 1988.1.12. 선고 87누953 판결 참조), 위 갑 제3호증의 기재에 의하면 앞에서 본 바와 같이 원고가 소외 중소기업은행으로부터 이 사건 부동산 및 그 부속기계, 기구류를 매수하면서 대금을 이 사건 부동산은 금 58,120,000원, 부속기계, 기구류는 금 110,880,000원으로 각 정하여 도합 금 170,000,000원으로 정한 사실을 인정할 수 있어서 이 사건 부동산의 사실상의 취득가액을 입증할 수 있음에도 피고는 과세시가 표준액에 의하여 과세표준을 정하였으므로 이 사건 부과처분은 세액산출방법이 잘못되어 위법하다 할 것이다.
 나아가 원고가 부담할 정당한 세액을 산출하여 보면 등록세 금 1,743,600원(58,120,000×30/1000), 방위세 금 348,720(1,743,600×20/100)이 된다 할 것이므로 이 사건 부과처분 중 위 인정세액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이다.
 3. 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유있어 이를 인용하고, 그 나머지는 이유없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제89조,제92조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

판사 김연호(재판장) 이원국 김영식

가. 등록세의 자진납부시에 과세행정청의 부과처분이 있었다고 볼 수 있는지 여부(적극)
나. 농어촌지역의 중소기업의 창업자가 중소기업창업지원법상의 각종 지원을 받기 위하여는동법 제21조 제1항 소정의 사업계획서의 승인을 받아야 하는지 여부(적극)

가.지방세법 제124조,제125조,동법시행령 제90조 제1항,제2항의 각 규정을 종합하여 보면 등록세는 원칙적으로 납세의무자가 자진신고납부하게 되어 있는 바, 납세의무자가 등록세를 과세행정청인 시, 군(또는 그 대리기관인 시, 군의 금고)에 자진납부할 경우에는 납부자와 과세행정청 사이에는 그 납부시에 납세자가 납부하여야 등록세액을 확정하는 확인적 행정행위 즉 구체적인 조세채무를 확정하는 부과권자의 부과행위가 있다고 보아야 한다.
나.중소기업창업지원법 제21조,제22조,제23조의 각 규정에 의하면 농어촌지역 중소기업의 창업자에 대한 사업계획서의 승인은 임의적 절차가 아니라 중소기업창업지원법상의 각종 지원을 받기 위한 필수적 절차라고 보아야 한다.