부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2006.08.09 / 시행일:

【원 고】 서울중앙기계부품상협동조합(소송대리인 변호사 이준범외 1인)
【피 고】 구로세무서장
【변론종결】2006. 7. 20.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 원고에 대하여 한 별지 부가가치세 목록 기재 각 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 1996년 10월경 서울 구로구 구로본동 1258에 중앙유통단지를 조성하여 그 단지에 입주한 각 입주업체들에게 관리용역을 제공하고 있는 업체인 바, 한국전력공사와 전력수급계약을, 도시가스 사업자와 가스공급과 관련된 계약을 각 체결한 후 위 사업자들로부터 전기와 가스를 공급받아 왔다.
 나. 원고가 처음에는 전기요금과 가스요금 등을 포함한 관리비 전액을 부가가치세법상 과세표준으로 보고 입주업체들로부터 부가가치세를 거래징수하여 신고·납부하여 오다가, 1997년 2기분부터는 관리용역비(원고가 각 입주업체들에게 제공하는 관리용역에 대한 대금) 부분과 전기 및 가스 요금 부분을 분리하여 전자에 대하여만 부과가치세를 거래징수하여 신고·납부하고, 후자에 대하여는 부가가치세를 거래징수하지 아니하고, 신고·납부도 하지 않았다.
 다. 피고는 2002. 12. 2. 원고가 1997년 2기분부터 2002년 1기분까지 입주업체에게 전기 및 가스요금에 대하여 부가가치세를 포함시키지 않은 관리비를 부과하여 위 각 요금 부분에 대한 부가가치세를 신고·납부하지 않았음에도 한국전력공사나 도시가스사업자로부터 공급받은 전기 및 가스요금에 대한 세금계산서에 대하여는 전액을 매입세액으로 공제받는 것이 부당하다고 보아, 원고 자가사용분을 제외한 나머지 전기 및 가스요금에 대하여는 매입세액을 불공제하여, 가산세 571,054,980원을 포함하여 위 기간 동안 누락된 부가가치세 합계 1,485,084,980원을 경정·고지하였다.
 라. 원고가 위 부과처분에 불복하여 2003. 3. 3. 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2003. 8. 25. 위 부과처분 자체는 적법하다고 보아 그대로 유지하고, 다만 가산세 부분은 위법하다고 보아 이를 취소하였다.
 마. 원고는 2003. 11. 20.서울행정법원 2003구합35533호로 위 부가가치세 본세 부분의 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 위 법원은 2004. 9. 15. 입주업체들이 사용한 전기 및 가스 공급대금 부분도 원고의 사업과 관련된 직접 관련이 있는 매입세액이므로 이에 대한 매입세액 공제를 받을 수 있다고 보아 원고의 청구를 전부 인용하였다.
 바. 피고가 위 판결에 불복하여 일단 항소하였으나, 승소가능성이 높지 않다고 판단하여 부과제척기간이 도과한 1997년 2기분에서 1999년 1기분까지의 부가가치세에 대하여만 소송을 유지하는 한편(피고가 항소한 부분에 대하여도2005. 8. 12. 서울고등법원 2004누21137호로 항소가 기각되고, 피고가 상고하지 않아 위 판결이 확정되었다.), 2005. 1. 4. 원고의 주장과 같이 전기 및 가스요금 전액에 대한 매입세액 공제는 허용하여 주기로 하여 1999년 2기분부터 2002년 1기분까지의 매입세액불공제 처분을 직권으로 취소하되 원고가 이를 입주업체들에게 공급한 부분에 대하여는 매출누락이 있었다고 보아 부과제척기간이 거의 다 된 1999년 2기분에 대하여는 곧바로 매출누락에 따른 부가가치세 209,947,880원을 경정·고지하고, 부과제척기간이 다소 남아 있던 2000년 1기분부터 2002년 1기분까지에 대하여는 매출누락에 따른 부가가치세를 경정·고지할 예정이라는 취지의 과세예고통지를 하였다
 사. 원고가 이에 불복하여 2000년 1기분부터 2002년 1기분까지의 부가가치세 과세예고통지에 대하여는 2005. 1. 20. 국세청장에게 과세전적부심사청구를 하였고, 1999년 2기분 부가가치세 부과처분에 대하여는 2005. 3. 11. 피고에게 이의신청을 하였다.
 아. 원고는 이의신청에 대하여는 2005. 5. 2. 서울지방국세청장으로부터 기각결정을 받았고, 과세전적부심사에서는 2005. 6. 17. 원고가 입주업체들로부터 수령한 전기 및 가스 요금에는 이미 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 보아 위 요금에서 110분의 10에 해당하는 액수를 공제한 금액을 매출과세표준으로 보아 부가가치세를 경정·고지하고, 신고 및 납부불성실가산세는 부과하지 않겠다는 결정을 받았다.
 자. 피고는 2005. 7. 4. 위 과세전적부심사의 취지에 따라 2000년 1기분부터 2002년 1기분까지의 부가가치세를 별지 부가가치세 목록 기재와 같이 경정·고지하였으며, 1999년 2기분에 대하여는 같은 이유에서 직권으로 부가가치세를 86,637,181원으로감액경정하였다.
 차. 원고는 2005. 8. 4. 국세심판원에 2005. 1. 4.자 1999년 2기분 부가가치세 부과처분과 2005. 7. 4.자 2000년 1기분부터 2002년 1기분까지의 부가가치세 부과처분(이하 위 각 부과처분을 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 2006. 2. 13. 기각결정을 받았다.
 [인정 근거] 갑 제1 내지 11호증, 을 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 주장 및 판단
 가. 원고의 주장
 (1) 원고는 입주업체로부터 전기요금과 가스요금을 관리용역비와 분리하여 징수하고 있고 위 각 요금은 입주업체들이 한국전력공사나 가스공급자에 직접 납부하여야 하는 것을 원고가 통합 징수하여 대신 납부하여 주는 것에 불과하므로 이를 부가가치세법상 원고의 매출로 볼 수 없다.
 (2) 원고는 전기요금 등 공공요금은 부가가치세법상 과세대상이 아니라는 국세청의 유권해석을 신뢰하고 그 동안 부가가치세 징수 및 납부를 하지 않고 있었는데 이를 매출누락으로 보아 다시 이 사건 각 처분을 한 것은 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙에 위반되어 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지와 같다.
 다. 판단
 (1) 과세요건의 적법성에 관한 판단
 원고가 한국전력공사 등 전기 및 도시가스사업자와 전기 및 가스공급과 관련된 계약을 체결하고, 위 사업자들로부터 부가가치세가 포함된 요금을 납부하고 전기 및 도시가스를 공급받아 왔으며, 입주업체들로부터 1999년 하반기부터 2002년 상반기까지 관리비를 징수하면서, 전기요금 항목과 냉·난방비 항목 및 온수사용료 항목(가스요금을 사용 용도에 따라 분류한 것으로 보인다.)에 대하여는 부가가치세를 거래징수하지 않았던 사실은 위에서 살펴본 바와 같고, 갑 제8호증, 갑 제10호증, 갑 제13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 중소기업중앙유통단지 내의 상가관리업체로서 단순 부동산 임대용역 뿐만 아니라 행정관리, 시설관리, 경비 및 주차관리, 청소관리 등의 업무를 종합적으로 수행하고 있는 사실, 전기 및 가스요금 부과와 관련하여서는 입주업체별로 모두 전용계량기를 설치하고 그 수치에 따라 요금을 부과하고 있는 것이 아니라, 전용계량기에 나타난 수치 및 전체 입주업체들의 사용량을 면적비례로 배분한 사용량을 통합하여 전기 및 가스 요금을 납부하도록 입주업체들에게 고지하고 있는 사실을 각 인정할 수 있다.
 위 각 인정사실을 종합하면, 원고는 단순히 입주업체들이 사용한 전기 및 가스요금에 대하여 납부 업무만을 대행한 것이 아니라, 자신이 원래 영위하는 임대용역 업무에 부가하여 전기 및 도시가스사업자로부터 전기와 가스를 공급받아 다시 이를 각 입주업체들에게 공급한 것이고, 각 입주업체들이 원고에게 지급한 관리비 총액은 원고가 제공하는 전기 및 가스의 공급용역을 포함한 전체 임대용역과 대가관계에 있다고 할 것이므로, 원고는 종전 소송에서 그 주장이 받아들여진 바대로 위 전기 및 수도요금에 대하여 매입세액 공제를 받을 수 있을 뿐만 아니라, 원고가 각 입주업체들에게 제공한 전체 용역에 포함되는 전기 및 가스 공급용역에 대하여서도 부가가치세를 거래징수하여 신고·납부함이 타당하다.
 따라서, 같은 취지에서 이루어진 이 사건 각 처분은 정당하고 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (2) 신의성실의 원칙이나 소급과세의 금지 원칙에 관한 판단
 과세관청은 국세부과제척기간 내에부가가치세법 제21조 제1항 제2호의 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 새로이 부과처분을 할 수 있는 것이며, 피고가 이 사건 각 처분과 관련하여 원고에 대하여 납세자의 신뢰의 대상이 되는 견해 표명을 하고 그 견해 표명에 반하는 행위를 하였다거나 세법에 관한 해석을 소급적으로 변경하였다는 사실을 인정할 아무런 자료가 없으므로, 이 사건 각 처분이 신의성실의 원칙이나 소급과세 금지 원칙에 위배된다는 원고의 주장도 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
 [별지 부가가치세 목록 생략]

판사 이승영(재판장) 한정훈 김명섭