법인세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2020.05.28 / 시행일:

【원고, 피상고인】 대한지방행정공제회 (소송대리인 법무법인(유한) 광장 담당변호사 김명섭 외 5인)
【피고, 상고인】 용산세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 서평 담당변호사 조인호 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2017. 11. 23. 선고 2017누60859 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점 관련 원심의 판단
 가. 원심은 채택 증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
 1) 원고는 지방자치단체의 공무원 등에 대한 효율적인 공제제도를 확립·운영함으로써 이들의 생활안정과 복리증진을 도모하기 위해 대한지방행정공제회법에 따라 설립된 비영리내국법인(이하 ‘비영리법인’이라고 한다)이다.
 2) 원고는 회원들로부터 수취한 퇴직급여 부담금, 한아름목돈예탁급여 부담금 등을 재원으로 각종 금융상품이나 부동산 등에 투자하고 이로써 얻는 수익으로 회원들에게 일정한 사유가 발생한 경우 회원들이 납부한 부담금에 원고의 정관 등에서 정한 지급기준에 따른 부가금을 합한 금액을 퇴직급여, 한아름목돈예탁급여 등으로 지급하는 급여사업을 하여 왔다. 그 구체적 내용은 다음과 같다.
 가) 퇴직급여의 경우, 원고의 회원은 100구좌 이내에서 구좌 수를 선택하여 1구좌당 매월 10,000원의 비율로 산정한 부담금을 납부할 의무를 부담한다. 회원이 퇴직 등을 하면 그동안 납부한 부담금에 퇴직급여율 등에 따라 계산한 부가금을 더한 퇴직급여를 지급받게 된다.
 나) 한아름목돈예탁급여의 경우, 원고의 회원이거나 회원이었다가 퇴직한 자는 5억 원 이내에서 100만 원 단위로 정한 부담금을 일시에 납부하고, 만기 등이 되면 납부한 부담금에 일정한 지급률에 따라 산정한 부가금을 더한 한아름목돈예탁급여를 지급받게 된다. 
 3) 원고는 2010 사업연도 손익계산서상 고유목적사업준비금 전입액 240,392,668,398원(= 퇴직급여준비금 205,504,862,880원 + 한아름목돈예탁급여준비금 30,443,295,340원 + 제급여준비금 4,444,510,178원)을 계상하고, 그중 고유목적사업준비금 한도액 239,180,777,128원을 초과하는 1,211,891,270원을 손금불산입하여 피고에게 법인세를 신고·납부하였다.
 4) 원고는 2014. 3. 27. 피고에게, 위 고유목적사업준비금 전입액 중 위 퇴직급여준비금 및 한아름목돈예탁급여준비금 합계 235,948,158,220원(이하 ‘이 사건 부가금’이라고 한다)은 수익사업의 손금(이자비용)으로 산입하고 나머지 제급여준비금 4,444,510,178원만 고유목적사업준비금으로 계상하는 것으로 고유목적사업준비금 조정명세서를 수정한 후 제급여준비금은 고유목적사업준비금 한도액의 범위 내에 있으므로 이를 전액 손금산입하여야 한다는 이유로, 당초 2010 사업연도 법인세 신고 시 고유목적사업준비금 한도초과액으로 손금불산입 신고한 부분인 1,211,891,270원을 손금으로 인정하여 2010 사업연도 법인세 등 374,972,628원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
 5) 피고는 2014. 5. 15. ‘비영리법인인 원고가 그 설립 목적에 따라 회원들을 위해 영위하는 공제사업은 수익사업에 해당하지 아니하고, 고유목적사업 부문에서 지출한 비용인 부가금은 수익사업 부문의 손금으로 처리할 수 없다’는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다)하였다.
 나. 위와 같이 인정한 사실을 바탕으로, 원심은, 비영리법인이 회원들로부터 수취한 부담금에 이를 재원으로 한 수익사업에서 발생한 운용수익으로 해당 회원의 부담금, 납입기간, 약정이율에 따라 계산된 부가금을 더하여 지급하는 경우 그 부가금이 이자비용으로 인정된다면 그 이자비용을 그 수익사업에 관한 손금으로 산입할 수 있다고 전제한 다음, 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 부가금은 이자비용으로서 원고의 수익사업에 관한 손금으로 산입할 수 있다는 이유로 이와 다른 전제의 이 사건 거부처분이 위법하다고 판단하였다.
 1) 원고는 회원이 부담금을 예치한 데 대한 대가로서 그 운용실적과 관계없이 사전 약정에 따라 그 부담금에 일정한 지급률에 의하여 산정한 금액을 이 사건 부가금으로 설정하였으므로, 이 사건 부가금의 지급은 차입금에 대한 이자의 지급과 본질적으로 유사하다.
 2) 이 사건 부가금은 금전의 사용에 따른 대가로서 지급받는 회원들의 입장에서는 소득세법상 이자소득세의 과세대상이 되므로, 이를 지출하는 원고의 입장에서는 이자비용에 해당한다고 보는 것이 논리적이다.
 3) 원고가 회원으로부터 부담금을 예치받아 이를 각종 금융기관과 부동산 등에 투자하여 얻는 수익금으로 부가금을 지급하는 운용방식을 취하고 있는데, 이와 같은 운용방식은 은행 기타 다른 금융기관의 운용방식과 별로 다를 바 없다.
 2. 대법원의 판단
 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다.
 가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조는 제1항에서 비영리법인에 대하여는 ‘각 사업연도의 소득’ 및 ‘토지 등 양도소득’에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 제3항에서 비영리법인의 각 사업연도 소득은 그 각호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라고 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 제113조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 해당 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있다.
한편 구 법인세법 제29조 제1항은 비영리법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 제3항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이와 같은 규정들은 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조).
위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 특히 구 법인세법이 비영리법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업 등을 구분하고 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하면서도 고유목적사업 등에 지출하기 위한 고유목적사업준비금을 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 한 취지 등을 종합하면, 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 봄이 타당하다.
 나. 위 법리에 비추어, 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 사건 부가금은 원고가 고유목적사업인 급여사업에 지출한 것으로서 수익사업의 소득을 얻기 위해 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 원고의 수익사업에 관한 손금에 산입할 수는 없다.
 1) 구 대한지방행정공제회법(2012. 10. 22. 법률 제11491호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 규정과 원고의 정관 등에 의하면, 퇴직급여사업과 한아름목돈예탁급여사업은 회원들의 생활안정과 복지증진을 도모할 목적으로 하는 ‘회원에 대한 급여의 지급’을 위한 사업으로서 원고의 고유목적사업에 해당한다. 이 사건 부가금은 이와 같은 원고의 고유목적사업인 급여사업에 지출된 것이므로, 이를 원고가 수익사업과 관련하여 수익을 얻기 위하여 지출한 비용이라고 볼 수 없다.
 2) 구 법인세법 제29조 제1항 및 구 대한지방행정공제회법의 규정 등에 의하면, 원고는 퇴직급여와 한아름목돈예탁급여에 포함되는 부가금의 지급을 위하여 고유목적사업준비금을 계상·적립하여야 하고, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에만 그 한도액의 범위 안에서 수익사업에 관한 손금에 산입할 수 있을 뿐이다. 만약 이 사건 부가금을 수익사업의 손금에 모두 산입할 수 있다고 본다면, 이와 같은 고유목적사업준비금에 대한 손금산입 한도액 규정을 둘 이유가 없다.
 3) 앞서 본 바와 같이 이 사건 부가금은 원고의 고유목적사업인 급여사업에 지출되는 것이므로, 구 법인세법 제113조 제1항 등에서 정한 비영리법인의 구분경리 원칙에 따라 고유목적사업, 즉 비수익사업의 회계에 구분하여 기장되어야 한다. 원고는 2010 사업연도 지급준비금 전입액 240,392,668,398원을 ‘고유목적사업준비금 전입액’으로 수익사업 부문의 비용항목에 회계처리하였을 뿐 수익사업 부문에서 발생하는 별도의 ‘이자비용’ 항목으로 회계처리하지는 않았다. 그럼에도 위 전입액이 수익사업 부문의 비용항목에 회계처리되었다는 사정만으로 이 사건 부가금을 이자비용과 동일하게 보아 수익사업에 관련된 손금에 해당한다고 단정하기 어렵다.
 4) 설령 원고의 회원들이 지급받는 이 사건 부가금이 이자소득세의 과세대상에 해당한다고 하더라도, 이 사건 부가금이 이를 지급받는 회원들의 이자소득세의 과세대상에 해당하는지 여부와 이를 지급하는 원고의 수익사업의 손금으로 인정되는지 여부는 별개의 문제이므로, 이를 지급하는 원고의 수익사업의 손금으로 반드시 인정되어야 한다고 볼 수 없다.
 다. 그런데도 원심은 이와 달리 판시와 같은 이유만으로 고유목적사업 부문에서 지출된 이 사건 부가금이 수익사업 부문의 손금으로 산입할 수 없음을 전제로 한 이 사건 거부처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 이 사건 부가금 지급의 법적 성질 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 정당하다.
 3. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김상환(재판장) 박상옥 안철상(주심) 노정희

비영리법인이 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한 경우, 그 지출금을 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 범위 안에서 손금에 산입하는 것과 별도로 비영리법인의 선택에 따라 이를 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것이 허용되는지 여부(소극)

구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조는 제1항에서 비영리법인에 대하여는 ‘각 사업연도의 소득’ 및 ‘토지 등 양도소득’에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 제3항에서 비영리법인의 각 사업연도 소득은 그 각호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 제113조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 해당 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있다.
 한편 구 법인세법 제29조 제1항은 비영리법인이 각 사업연도에 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 제3항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이와 같은 규정들은 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다.
 위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 특히 구 법인세법이 비영리법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업 등을 구분하고 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하면서도 고유목적사업 등에 지출하기 위한 고유목적사업준비금을 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 한 취지 등을 종합하면, 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 봄이 타당하다.