학교용지 부담금이 취득가격에 포함되는 지 여부 및 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2019.06.13 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

원심판결 및 상고이유서와 이 사건 기록에 의하면, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2019. 2. 22. 선고 2018누55328 판결】

【주문】 처분청승소

위 당사자 사이의 이 법원 2018누55328 취득세 등 부과처분취소 사건에 관하여 이 법원이 2019. 1. 31. 선고한 판결 중 5쪽부터 35쪽까지를 삭제한다.
【이유】

위 판결 중 주문 기재 부분은 잘못 첨부되었음이 분명하므로, 민사소송법 제211조 제1항에 따라 주문과 같이 결정한다.
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【하급심-수원지방법원 2018. 6. 27. 선고 2017구합70268 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 12. 31. ◇◇시 ◆◆구 ◈◈순환로 220 토지에 공동주택(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)을 신축하여 그 소유권을 취득하고, 2016. 1. 7. 피고에게 이 사건 아파트의 취득세 과세표준인 취득가격을 188,184,983,062원으로 하여 산정한 취득세 4,478,802,590원, 지방교육세 255,931,570원 및 농어촌특별세 477,989,850원 등 합계 5,212,724,010원을 신고·납부하였다.
나. 피고는 원고가 이 사건 아파트의 취득가격에서 학교용지부담금 합계 6,517,434,510원을 누락한 사실을 확인한 후, 2016. 6. 10. 원고에게 학교용지부담금 6,477,678,150원을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 177,023,780원, 지방교육세 9,079,210원, 농어촌특별세 16,956,760원 등 합계 203,059,750원(가산세 포함)을, 2016. 9. 7. 원고에게 학교용지부담금 39,756,360원을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 1,086,450원, 지방교육세 55,710원, 농어촌특별세 104,050원 등 합계 1,246,210원(가산세 포함)을 각 부과·고지(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다)하였다.
다. 원고는 감사원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 감사원은 2017. 8. 31. 위 심사청구를 모두 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 학교용지부담금은, 농지전용부담금이나 대체산림자원조성비와 달리 원고와 같이 공동주택을 신축·분양하는 자가 의무적으로 부담하는 비용이 아니라, 관할 시·도의 재량에 따라 부담여부가 결정되는 비용인 점, 공동주택의 분양여부에 따라 유동적으로 변동되는 것으로 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래 상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정되는 것이 아닌 점, 관할 시·도의 공유재산으로 편입되는 학교용지를 취득하는 데 소요되는 비용으로 원고가 취득하는 이 사건 아파트 자체의 가격이라고 볼 수 없는 점, 개발사업의 시행자는 학교용지를 조성·개발하여 이를 시·도에 공급하는 의무를 부담할 뿐, 이러한 학교용지의 취득에 필요한 비용은 당초 시·도가 부담하여야 하는 비용인 점, 개발사업의 시행자가 학교용지를 조성·개발하는 데 소요되는 비용은 공사원가에 포함되어 취득가격에 포함되는데, 이에 더하여 학교용지부담금까지 간접비용으로 취득가격에 포함시키면 학교용지의 공급 및 확보라는 동일한 사실관계에서 비롯된 학교용지의 조성·개발비용과 학교용지부담금 모두를 취득가격에 포함하여 과세처분이 이루어져 이중과세에 해당하게 되는 점 등에 비추어 보면, 학교용지부담금은 이 사건 아파트의 취득세 과세표준인 취득가격에 포함되지 않는 것이 타당하다. 따라서 학교용지부담금을 이 사건 아파트의 취득가격에 포함하여 취득세 등을 부과한 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
2) 가산세 부과의 위법주장

설령 학교용지부담금도 이 사건 아파트의 취득가격에 포함되어야 한다고 하더라도, 학교용지부담금을 과세표준에서 제외하는 비과세관행이 성립되어 있었던 점, 행정자치부가 2015. 12. 11.경 학교용지부담금이 취득세 과세표준에 포함된다는 내용의 유권해석을 한 이후에도 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함시키지 않는 지방자치단체도 있었던 점, 원고가 위와 같은 관행을 신뢰하고, 학교용지부담금을 이 사건 아파트의 취득가격에서 제외한 채 피고에게 취득세 등을 신고·납부한 것이므로, 원고에게는 이 사건 각 처분 중 가산세 면제의 정당한 사유가 존재한다.
나. 관련 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

1) 학교용지부담금이 취득가격에 포함되는지 여부

가) 구 지방세법 시행령(2016. 4. 26. 대통령령 제27102호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조 제1항은 취득세의 과세표준인 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하면서, 농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용(제3호), 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용(제7호) 등을 취득가격에 포함되는 간접비용으로 규정하고 있다.
위와 같은 구 지방세법 시행령 관련 규정의 내용 및 체계 등에 비추어 보면, 취득가격에 포함되는 간접비용으로 규정되어 있는 ‘농지보전부담금’, ‘대체산림자원조성비’는 예시적인 것으로서, 학교용지부담금이 이 사건 아파트의 취득시기 이전에 이 사건 아파트를 취득하기 위하여 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용에 해당한다면 취득가격에 포함되는 간접비용에 해당한다고 할 것이다.
나) 그러므로 살피건대, 앞서 든 증거와 을 제4 내지 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들, 즉 ① 원고가 2014. 4.경부터 2015. 8.경까지 총 5회에 걸쳐 관할 ◇◇시에 각 납부한 학교용지부담금은 원고가 이 사건 아파트를 취득하기 이전에 그 지급원인이 발생하거나 확정된 것인 점, ② 설령 처분권자가 학교용지부담금을 부과·징수할 것인지 여부에 재량의 여지가 있다고 하더라도, 일단 이 사건 아파트의 신축·분양과 관련하여 원고에게 학교용지부담금이 부과된 이상, 원고로서는 해당 학교용지부담금을 납부하지 않고서는 이 사건 아파트에 대한 사용승인을 받지 못하는 등으로 이 사건 아파트의 신축·분양사업을 시행할 수 없었을 것으로 보이는 점[도로법이 규정한 도로원인자부담금, 하수도법이 규정한 하천원인자부담금 등도 처분권자가 각 부담금을 부담시킬지 여부 자체에 관하여는 재량의 여지가 있는 것으로 규정되어 있으나, 일단 각 부담금이 부과되어 해당 물건을 취득하기 위해서는 그 부담금을 납부하여야만 하는 경우, 이는 취득가격에 포함된다(대법원 2015.11.26. 선고 2015두47386 판결참조)], ③ 학교용지부담금은 자연적인 원인이 아니라 개발사업의 시행으로 인하여 학생 수가 증가하거나 증가가 예상되는 경우, 이를 수용하기 위한 학교용지의 확보 또는 기존 학교의 증축이라는 공익사업에 필요한 재원을 그 원인자인 개발사업의 시행자에게 부담하게 하는 데 그 도입취지가 있는바, 학교용지를 조성·개발하는 데 소요되는 비용과는 그 부과 목적이 다르므로, 이를 두고 이중과세라고 볼 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 납부한 학교용지부담금은 이 사건 아파트를 취득하기 위하여 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용으로서 취득가격인 간접비용에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와는 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
2) 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

가) 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다(대법원 2009.12.24. 선고 2008두15350 판결참조).
한편 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없으나(대법원 1996.2.9. 선고 95누3596 판결등 참조), 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결등 참조).
나) 위와 같은 법리를 기초로 하여 살피건대, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들, 즉 ㉮ 행정자치부장관은 2015. 12. 11. ‘부동산 취득 과정에서 지급한 학교용지부담금은 구「지방세법 시행령」제18조제1항이 규정한 취득세 과세표준이 되는 취득가격에 해당한다’는 내용의 유권해석(이하 ‘이 사건 관련 유권해석’이라고 한다)을 한 점, ㉯ 종전에 경기도의 일부 과세관청이 학교용지부담금에 대한 취득세의 부과를 누락하였던 것으로 보이나, 행정자치부가 2016년경 경기도에 학교용지부담금에 대한 취득세의 부과를 누락하지 않도록 하라는 취지의 요구를 한 점에 비추어 보면, 위와 같은 취득세의 부과 누락은 단순한 과세대상의 누락 내지 간과가 있었던 데에 불과한 것으로 보일 뿐, 비과세관행이 성립되었다고 보기는 어려운 점, ㉰ 피고는 이 사건 관련 유권해석이 있은 이후인 2016. 6. 10 및 같은 해 9. 7. 원고에 대하여 학교용지부담금을 이 사건 아파트의 취득가격에 포함하여 산정한 취득세 등을 부과하는 이 사건 각 처분을 한 점 등을 종합하여 보면, 피고가 원고에 대하여 이 사건 각 처분을 할 당시 학교용지부담금이 공동주택 등의 취득가격에 포함되지 않는다는 법령의 해석 또는 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다고 볼 수는 없고, 피고가 학교용지부담금을 공동주택 등의 취득가격에 포함하여 취득세 등을 부과할 수 있음을 알면서도, 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사를 표시하였다고 보기도 어렵다. 따라서 원고가 이 사건 아파트의 취득가격에 학교용지부담금이 포함되지 않는다고 판단하여 이를 제외하고, 이 사건 아파트의 취득세 등을 신고·납부한 것은 법령의 부지 또는 오인으로 인한 것으로 보일 뿐, 원고에게 이 사건 각 처분 중 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 지방세법

제10조(과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.
② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및「소득세법」 제101조제1항 또는「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
■ 구 지방세법 시행령(2016. 4. 26. 대통령령 제27102호로 개정되기 전의 것)

제18조(취득가격의 범위 등)

① 법 제10조제5항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(연부) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.
3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우「주택도시기금법」제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정자치부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

■ 구 학교용지 확보 등에 관한 특례법(2017. 3. 21. 법률 제14604호로 개정되기 전의 것)

제1조(목적)

이 법은 공립 초등학교·중학교 및 고등학교용 학교용지(학교용지)의 조성·개발·공급과 관련 경비의 부담 등에 관한 특례를 규정함으로써 학교용지의 확보를 쉽게 하고 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 기존 학교의 증축을 쉽게 함을 목적으로 한다.
제2조(정의)

3. "학교용지부담금"이란 개발사업에 대하여 특별시장·광역시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다)가 학교용지를 확보하거나, 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 학교를 증축하기 위하여 개발사업을 시행하는 자에게 징수하는 경비(이하 "부담금"이라 한다)를 말한다.
제5조(부담금의 부과ㆍ징수)

① 시ㆍ도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자에게 부담금을 부과ㆍ징수할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개발사업분의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 이주용(이주용) 택지나 이주용 주택을 분양하는 경우

2. 임대주택을 분양하는 경우

3.「도시개발법」제2조제1항제2호에 따른 도시개발사업 시행 결과 해당 도시개발구역 내 가구 수가 증가하지 아니하는 경우

4.「도시 및 주거환경정비법」 제2조제2호가목에 따른 주거환경개선사업의 경우

5.「도시 및 주거환경정비법」 제2조제2호나목부터 라목까지의 규정에 따른 정비사업 시행 결과 해당 정비구역 내 가구 수가 증가하지 아니하는 경우

6.「주택법」 제2조제11호다목에 따른 리모델링주택조합의 구성원에게 분양하는 경우

③ 제1항에 따른 부담금 부과ㆍ징수의 방법ㆍ절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
④ 시ㆍ도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부담금을 면제할 수 있다. 다만, 제1호ㆍ제3호 및 제4호의 경우에는 부담금을 면제하여야 한다.
1. 개발사업시행자가 제3조제3항에 따른 교육감 의견으로 제시된 학교용지를 시ㆍ도 교육비특별회계에 기부채납하는 경우

2. 최근 3년 이상 취학 인구가 지속적으로 감소하여 학교 신설의 수요가 없는 지역에서 개발사업을 시행하는 경우

3.「노인복지법」제32조에 따른 노인복지주택 등 취학 수요가 발생하지 아니하는 용도의 개발사업을 시행하는 경우

4. 개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 시ㆍ도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우. 끝

학교용지부담금이 아파트의 취득시기 이전에 아파트를 취득하기 위하여 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용으로 취득가격에 포함되는 간접비용에 해당하여 취득세 부과처분은 타당하다. 또한 아파트의 취득가격에 학교용지부담금이 포함되지 않는다고 판단하여 이를 제외하고, 아파트의 취득세 등을 신고·납부한 것은 법령의 부지 또는 오인으로 인한 것으로 보일 뿐, 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.