법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.02.10 / 시행일:

【원고, 상고인】 현대건설 주식회사 (소송대리인 변호사 이임수 외 5인)
【피고, 피상고인】 종로세무서장
【원심판결】 서울고법 2007. 12. 28. 선고 2006누20770 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 이 사건의 사실관계는 다음과 같다.
 원고는 소외 1 주식회사의 주식 2,850,191주를 19,748,517,600원에 취득하여 보유하던 중, 1998. 12. 31. 소외 1 주식회사가 소외 2 주식회사에 흡수합병됨에 따라 위 소외 1 주식회사 주식에 갈음하여 소외 2 주식회사의 주식 301,293주[= 2,850,191주 × 0.10571(소외 1 주식회사 주식 1주에 대한 소외 2 주식회사 주식의 배정비율)]를 취득하였다. 위 합병의 기준일 당시 한국증권거래소에서 소외 2 주식회사 주식의 최종시세가액은 주당 5,980원이었다.
 원고는 1998사업연도 법인세를 신고하면서 원고가 위와 같은 주식 교체를 통하여 종전의 소외 1 주식회사 주식을 양도하는 대가로 소외 2 주식회사 주식을 취득한 것으로 보고, 소외 2 주식회사 주식의 시가 1,801,732,140원(= 5,980원 × 301,293주)을 소외 1 주식회사 주식의 양도가액으로 계산하여 소외 1 주식회사 주식의 취득가액 19,748,517,600원과의 차액인 17,946,785,460원(이하 ‘이 사건 쟁점 차액’이라 한다)을 투자자산의 특별손실로 손금에 산입하였다.
 2. 상고이유 제1점에 대하여 본다.
 피합병회사의 주주인 법인이 회사 합병으로 피합병회사의 주식(이하 ‘합병구주’라고 한다)에 갈음하여 존속회사 또는 신설회사의 주식(이하 ‘합병신주’라고 한다)을 취득하는 경우에, 그러한 합병구주와 합병신주의 교체는 당해 법인이 자신의 의사에 따라 합병구주를 처분하고 합병신주를 취득하는 것이 아니라, 피합병회사가 다른 회사와 합병한 결과 당해 법인이 보유하던 자산인 합병구주가 합병신주로 대체되는 것에 불과하다고 할 것이다. 따라서 합병신주의 시가가 합병구주의 취득가액에 미치지 못한다고 하더라도 그 차액은 자산의 평가차손에 불과하여 당해 사업연도의 소득금액을 산정함에 있어서 이를 손금에 산입할 수 없다. 
 또한 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제19조 제5호, 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부 개정되기 전의 것) 제45조의3 제2항 제1호에서 합병신주의 액면금액이 합병구주의 취득가액을 초과하는 부분을 배당으로 간주하도록 규정하고 있을 뿐이고, 그 반대로 위와 같이 회사의 합병으로 인한 주식의 교체 자체를 과세의 계기로 삼아 피합병회사의 주주이었던 법인의 손실을 손금에 산입하는 명문의 규정이 없는 이상, 합병신주의 가액이 합병구주의 취득가액에 미달하더라도 손실이 실현된 것이라고 하여 그 차액을 손금에 산입할 수는 없다. 
 이러한 법리에 비추어 보면, 원심이 이 사건 쟁점 차액은 자산의 평가차손에 불과하여 투자자산 특별손실로 손금에 산입할 수 없다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 합병의 성격 등에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
 3. 상고이유 제2점에 대하여 본다.
 원심은, 구 법인세법이 원칙적으로 자산의 평가손익을 실현된 손익으로 인정하지 아니하고 있고, 또 피합병회사의 주주인 법인이 보유한 자산인 합병구주가 합병으로 인하여 합병신주로 대체되는 것과 관련하여 앞서 본 대로 구 법인세법 등에서 정하는 의제배당의 경우 외에는 달리 이를 손익이 실현된 것으로 보는 명문의 규정을 두고 있지 아니한 이상, 합병구주의 취득가액과 합병신주의 시가와의 차액을 손금으로 계상한 원고의 이 사건 회계처리는 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용한 것이라고 볼 수 없고, 또한 위 합병 당시 이 사건 회계처리와 같은 기업회계관행이 존재하였다고 볼 수도 없다고 판단하였다.
 관련 규정 및 기록에 비추어 살펴보면, 이와 같은 원심의 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유에서 주장하는 기업회계기준의 적용 등에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 4. 상고이유 제3점에 대하여 본다.
 법인세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의 의무를 부과하면서 그 확보책으로 그 의무이행을 게을리하였을 경우에 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이다. 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법의 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 도저히 당사자에게 기대할 수 없다고 평가되는 사정이 있을 때와 같이 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 등 참조).
 원심은 앞서 본 바와 같이 구 법인세법상 합병으로 인하여 합병구주가 합병신주로 대체될 경우 합병구주와 합병신주의 가액 차이는 원칙적으로 자산의 평가손익에 해당하여 당해 사업연도의 손익에 산입되지 아니하는 것으로 해석되는 점, 국세청장이 원고의 이 사건 법인세 신고 전에 이미 합병신주의 가액이 합병구주의 취득가액을 하회하더라도 그 차액을 당해 사업연도에 계상하지 아니하는 것으로 해석하고 있었던 점, 이 사건 회계처리와 같은 회계관행이 존재하고 있었다고 인정되지 아니하는 점 등을 종합하면, 원고의 이 사건 회계처리는 법률의 부지나 오해에 따른 것일 뿐이고 원고가 이 사건 법인세 신고·납부의 의무를 게을리한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다고 판단하였다.
 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이와 같은 원심의 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 가산세 면제의 정당한 사유에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 5. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김지형(재판장) 전수안 양창수(주심)

[1] 피합병회사의 주주인 법인이 회사 합병으로 피합병회사의 주식에 갈음하여 존속회사 또는 신설회사의 주식을 취득하는 경우에, 대체하여 취득한 주식의 시가가 기존에 보유하던 주식의 취득가액에 미치지 못한다면 그 차액을 투자자산의 특별손실로서 손금에 산입할 수 있는지 여부(소극)
[2] 법인세법상 가산세의 성질 및 납세의무자에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우 가산세를 과할 수 있는지 여부(소극)

[1] 피합병회사의 주주인 법인이 회사 합병으로 피합병회사의 주식에 갈음하여 존속회사 또는 신설회사의 주식을 취득하는 경우에, 그러한 피합병회사의 주식과 존속회사 또는 신설회사의 주식의 교체는 당해 법인이 자신의 의사에 따라 피합병회사의 주식을 처분하고 존속회사 또는 신설회사의 주식을 취득하는 것이 아니라, 피합병회사가 다른 회사와 합병한 결과 당해 법인이 보유하던 자산인 피합병회사의 주식이 존속회사 또는 신설회사의 주식으로 대체되는 것에 불과하다고 할 것이다. 따라서 존속회사 또는 신설회사의 주식의 시가가 피합병회사의 주식의 취득가액에 미치지 못한다고 하더라도 그 차액은 자산의 평가차손에 불과하여 당해 사업연도의 소득금액을 산정함에 있어서 이를 손금에 산입할 수 없다. 또한 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것) 제19조 제5호, 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부 개정되기 전의 것) 제45조의3 제2항 제1호에서 존속회사 또는 신설회사의 주식의 액면금액이 피합병회사의 주식의 취득가액을 초과하는 부분을 배당으로 간주하도록 규정하고 있을 뿐이고, 그 반대로 위와 같이 회사의 합병으로 인한 주식의 교체 자체를 과세의 계기로 삼아 피합병회사의 주주이었던 법인의 손실을 손금에 산입하는 명문의 규정이 없는 이상, 존속회사 또는 신설회사 주식의 가액이 피합병회사 주식의 취득가액에 미달하더라도 손실이 실현된 것이라고 하여 그 차액을 손금에 산입할 수는 없다.
[2] 법인세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의 의무를 부과하면서 그 확보책으로 그 의무이행을 게을리하였을 경우에 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이다. 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법의 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 도저히 당사자에게 기대할 수 없다고 평가되는 사정이 있을 때와 같이 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다.