법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1995.06.13 / 시행일:

【원고, 상고인】 사회복지법인 자매여숙 (소송대리인 변호사 김유현)
【피고, 피상고인】 서부산세무서장
【원심판결】 부산고등법원 1993.11.3. 선고 93구944 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하여 사건을 부산고등법원에 환송한다. 

【이 유】 상고이유를 본다. 
 1. 원심이 확정한 바에 의하면, 피고는 사회복지법인인 원고가 그 소유의 기본재산인 이 사건 토지에서 정신요양시설을 설치하여 운영하여 오다가 1990.4.14. 그 중 일부를 소외인에게 금 2,440,090,000원에 양도한데 대하여, 양도금액을 실지거래가액인 위 양도금액으로 하고, 취득가액을 구 법인세법시행령 제124조의 2 제7항(1989.12.30. 대통령령 제12878호로 신설되어 1990.5.1. 제12995호 개정되기 전의 것, 이 뒤에는 "영"이라고 약칭한다)에 따라 환산한 가액으로 하여 이 사건 특별부가세 및 교육세 부과처분을 하였다. 
 2. 원심은 위 처분의 취소를 구하는 원고의 청구에 대하여, 구 법인세법(1990.12.31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것, 이 뒤에는 "법"이라고 약칭한다) 제59조의 2 제3항 단서에 의하면 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있고, 영 제124조의 2 제7항은 "법 제59조의 2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 한쪽이 불분명한 경우에는 그 불분명한 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다"고 규정하여 그 불분명한 가액을 환산하여 정하도록 규정하였고, 그 기준시가의 산식은 상당히 실지거래가액에 접근할 수 있도록 마련되어 있어서, 양도가액과 취득가액 중 어느 한쪽이 불분명한 경우에 분명한 가액은 실지거래가액에 의하고 불분명한 가액은 영 제124조의 2 제7항에 의하여 환산한 가액으로 하여 양도차익을 산정한다고 하여도 형평에 맞지 않거나 형평상 허용할 수 없다고는 할 수 없게 되었을 뿐만 아니라 법 제59조의 2 제3항의 규정취지에 비추어 보아 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우에는 그 양쪽 모두를 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액으로 양도차익을 산정하고, 양도가액과 취득가액 중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에는 분명한 쪽은 실지거래가액에 의하고 불분명한 쪽만을 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액으로 양도차익을 산정하여야 한다고 보아야 할 것이며, 이렇게 해석한다고 하여 영 제124조의 2 제7항이 신설되기 이전의 법 제59조의 2 제3항에 관한 대법원의 판례에 배치된다고 할 수 없을 것이므로 영 제124조의 2 제7항이 조세법률주의 내지 국세기본법의 정신에 반하거나 모법인 법 제59조의 2 제3항에 위반한 규정이라고 할 수 없다는 이유로, 위 영의 규정이 무효라는 원고의 주장을 배척하고 이 사건 과세처분이 적법하다고 판단하였다. 
 3. 살피건대, 법 제59조의 2 제3항은 본문에서 "제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다"고 규정하고 있고, 그 단서에서 "양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다"고 규정하고 있으며, 위 법의 규정은 1974.12.21. 법률 제2686호로 특별부가세가 도입됨에 따라 신설된 규정으로서 그 단서의 규정은 1978.12.5. 법률 제3099호로 위와 같이 개정된 이래 1994.12.22. 법률 제4804호로 개정될 때까지 시행된 것인바, 위 법 제59조의 2 제3항 단서의 "양도가액과 취득가액이 불분명한 경우"라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 형평상 두 가액 중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다고 함이 당원의 확립된 견해이므로(당원 1983.4.26. 선고 82누557 판결; 1983.12.13. 선고 81누200 판결; 1986.10.28. 선고 86누935 판결; 1987.2.10. 선고 85누42 판결; 1987.12.12. 선고 87누662 판결; 1988.11.22. 선고 86누201 판결; 1991.7.12. 선고 90누8527 판결; 1992.7.24. 선고 92누3762 판결; 1993.7.27. 선고 93누8511 판결 등 참조), 법 제59조의 2 제3항의 해석상 특별부가세의 과세표준인 양도차익의 산정은 양도가액과 취득가액을 모두 실지거래가액에 의함이 원칙이고, 양도가액과 취득가액이 모두 분명하지 아니한 경우는 물론 어느 한쪽의 가액이 분명하지 아니한 경우에도 양도가액과 취득가액을 모두 대통령령이 정하는 기준시가에 의하여야 하는 것이지, 설사 대통령령이 정하는 기준시가가 실지거래가액에 상당한 정도로 근접되었다 하더라도 실지거래가액이 분명한 쪽의 가액은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액이 분명하지 아니한 쪽의 가액은 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 것으로 볼 것은 아니므로, 영 제124조의 2 제7항이 "법 제59조의 2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중의 어느 하나가 불분명한 경우에 그 불분명한 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다"고 규정하고 있는 것은 법 제59조의 2 제3항의 해석상 허용되지 않는 양도차익산정방법을 규정한 것이어서 모법의 규정에 부합하지 않는 것일 뿐만 아니라 그와 같은 양도차익산정방법을 규정할 수 있도록 위임한 근거도 찾아볼 수 없으므로, 이 규정은 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다는 조세법률주의 원칙에 위반되어 효력이 없는 것이라고 보아야 할 것이다. 
 그럼에도 불구하고, 원심은 영 제124조의2 제7항의 규정이 유효함을 전제로 그 규정에 의하여 양도차익을 산정한 이 사건 과세처분이 적법하다고 판단하고 말았으니, 원심판결에는 법 제59조의2 제3항에 관한 법리를 오해하였거나 영 제124조의 2 제7항을 잘못 해석한 위법이 있다고 할 것이고, 이와 같은 위법은 판결에 영향을 미친 것임이 분명하므로 이 점을 지적하는 취지의 논지는 이유 있다. 
 4. 그러므로 원심판결을 파기하고 다시 심리판단하게 하기 위하여 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법원장 윤관(재판장) 김석수 박만호 천경송 정귀호(주심) 안용득 박준서 이돈희 김형선 지창권 신성택 이임수

구 법인세법(1990.12.31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것) 제59조의2 제3항 단서의 "양도가액과 취득가액이 불분명한 경우"라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 형평상 두 가액 중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다고 함이 대법원의 확립된 견해이므로, 같은 법 제59조의2 제3항의 해석상 특별부가세의 과세표준인 양도차익의 산정은 양도가액과 취득가액을 모두 실지거래가액에 의함이 원칙이고, 양도가액과 취득가액이 모두 분명하지 아니한 경우는 물론 어느 한쪽의 가액이 분명하지 아니한 경우에도 양도가액과 취득가액을 모두 대통령령이 정하는 기준시가에 의하여야 하는 것이지, 설사 대통령령이 정하는 기준시가가 실지거래가액에 상당한 정도로 근접되었다 하더라도 실지거래가액이 분명한 쪽의 가액은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액이 분명하지 아니한 쪽의 가액은 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 것으로 볼 것은 아니므로, 구 법인세법시행령(1990.5.1. 대통령령 제12995호로 개정되기 전의 것) 제124조의2 제7항이 "법 제59조의2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중의 어느 하나가 불분명한 경우에 그 불분명한 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다"고 규정하고 있는 것은 같은 법 제59조의2 제3항의 해석상 허용되지 않는 양도차익 산정방법을 규정한 것이어서 모법의 규정에 부합하지 않는 것일 뿐만 아니라 그와 같은 양도차익 산정방법을 규정할 수 있도록 위임한 근거도찾아볼 수 없으므로, 이 규정은 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다는 조세법률주의 원칙에 위반되어 효력이 없는 것이라고 보아야 할것이다.