부가 가치세 부과 처분 취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.05.13 / 시행일:

【원고, 상고인】 대전광역시 도시개발공사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 소순무 외 4인)
【피고, 피상고인】 서대전세무서장
【원심판결】 대전고법 2008. 6. 26. 선고 2007누2478 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 관하여
구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항,부가가치세법 시행령 제48조 제1항은, 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다고 규정하고 있다.
 원심은, ① 지방공기업인 원고가 1994년경부터 대전광역시와 폐기물 처리시설의 운영·관리업무 등을 대행 하기로 하는 내용의 이 사건 대행계약을 체결하고 대전광역시 일원에서 배출되는 폐기물의 처리업무를 수행하여 온 사실, ② 원고는 이 사건 대행계약과 관련하여 대전광역시로부터 매년 사업비, 인건비, 경비, 대행수수료 등으로 구성된 이 사건 대행사업비를 총액으로 일괄 지급받아 온 사실, ③ 원고는 이 사건 대행사업비 전체를 수입으로 회계처리하고 있는 사실, ④ 이 사건 대행사업비 중 인건비의 지급대상이 되는 직원은 모두 원고 소속으로서 원고의 대표이사가 임명하는 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 대행사업비 중 시설비, 인건비, 경비 등은 원고가 단순히 대전광역시를 위하여 지출을 대행하는 것이 아니라 대전광역시에 제공한 이 사건 사업장폐기물 처리용역의 수행과정에서 원고의 계산으로 지출하는 것이므로, 이를 포함한 이 사건 대행사업비 전체가 원고가 제공한 이 사건 사업장폐기물 처리용역의 대가로서 부가가치세의 과세표준이 된다고 판단하였다. 이어 원심은, 이 사건 대행계약상 원고가 전년도 8월 말까지 미리 대행사업에 필요한 예산을 편성하여 대전광역시의 승인을 받아 집행하고, 승인된 집행계획 중 중요한 변경사항이 있는 경우 대전광역시의 재승인을 받도록 약정되어 있다고 하더라도, 이는 대전광역시가 출자한 지방공기업인 원고가 이 사건 대행사업비의 지출에 관하여 대전광역시로부터 통제를 받는 것에 불과하므로, 위와 같은 사정만으로 이 사건 대행사업비에 포함된 시설비, 인건비, 경비 등과 원고가 제공한 이 사건 사업장폐기물 처리용역과의 대가관계를 부정할 수는 없다고 판단하였다.
 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 부가가치세의 과세대상 및 실질과세의 원칙 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 상고이유에서 들고 있는 대법원 판결은 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절한 것이 아니다.
 2. 상고이유 제2점에 관하여
세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지·착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2007두3107 판결 등 참조).
 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 사업장폐기물 처리용역의 제공은 부가가치세 면제대상이 아님에도 원고가 착오로 부가가치세 면제대상에 해당한다고 보아 세금계산서를 교부하지 아니하고 부가가치세도 신고·납부하지 아니하였으므로 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다는 취지로 판단하였다.
 앞서 본 법리와 기록, 그리고 원고 주장대로 원고가 이 사건 사업장폐기물 처리용역의 제공과 관련하여 계산서를 교부하였다고 하더라도 계산서와 세금계산서는 그 기재사항이나 기능 등에 차이가 있으므로 계산서의 교부로써 세금계산서 교부의무를 실질적으로 이행하였다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 가산세 부과에 있어 정당한 사유에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 민일영(재판장) 이홍훈(주심) 김능환 이인복

[1] 대전광역시와 폐기물 처리시설의 운영·관리업무 등을 대행하기로 하는 계약을 체결하고 폐기물 처리업무를 수행하여 온 甲 지방공기업이 부가가치세를 신고하면서 대전광역시에게서 지급받은 사업비, 인건비, 경비, 대행수수료 등의 대행사업비를 면세 대상으로 신고하였는데, 이에 대하여 과세관청이 대행사업비를 부가가치세 과세대상으로 보아 과세표준에 산입하고 신고불성실가산세 등을 가산한 부가가치세 부과처분을 한 사안에서, 대행사업비 중 시설비, 인건비, 경비 등은 甲 공사가 단순히 대전광역시를 위하여 지출을 대행하는 것이 아니라 대전광역시에 제공한 사업장폐기물 처리용역의 수행과정에서 甲 공사의 계산으로 지출하는 것이므로, 대행사업비 전체가 甲 공사가 제공한 사업장폐기물 처리용역의 대가로서 부가가치세의 과세표준이 된다고 본 원심판단을 정당하다고 한 사례
[2] 세법상 가산세를 부과하기 위해 납세자의 고의·과실을 요하는지 여부(소극) 및 법령의 부지·착오 등이 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당하는지 여부(소극)
[3] 대전광역시와 폐기물 처리시설의 운영·관리업무 등을 대행하기로 하는 계약을 체결하고 폐기물 처리업무를 수행하여 온 甲 지방공기업이 부가가치세를 신고하면서 대전광역시에게서 지급받은 사업비, 인건비, 경비, 대행수수료 등의 대행사업비를 면세 대상으로 신고하였는데, 이에 대하여 과세관청이 대행사업비를 부가가치세 과세대상으로 보아 과세표준에 산입하고 신고불성실가산세 등을 가산한 부가가치세 부과처분을 한 사안에서, 甲 공사가 사업장폐기물 처리용역의 제공과 관련하여 계산서를 교부하였다고 하더라도 계산서와 세금계산서는 기재사항이나 기능 등에 차이가 있으므로 계산서의 교부로써 세금계산서 교부의무를 실질적으로 이행하였다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 사업장폐기물 처리용역의 제공은 부가가치세 면제대상이 아님에도 착오로 부가가치세 면제대상에 해당한다고 보아 세금계산서를 교부하지 아니하고 부가가치세도 신고·납부하지 아니하였으므로 甲 공사에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다고 본 원심판단을 수긍한 사례