등록세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2012.05.24 / 시행일:

【원고, 피상고인】 사단법인 △△△교회 (소송대리인 법무법인(유한) 로고스 담당변호사 양승국 외 1인)
【피고, 상고인】 서울특별시 서초구청장 (소송대리인 법무법인(유한) 산경 담당변호사 김성준 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2011. 6. 1. 선고 2010누45394 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 및 제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세·등록세 비과세사유를 규정하면서 그 중 하나로 제1호에서 ‘제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기’를 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있는데, 위 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산을 비영리사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다( 대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결, 대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결 등 참조). 
 2. 원심은, ① 원고의 종교사업은 기독교 복음전파, 선교지원자에 대한 사역훈련, 선교지역의 정탐사역 및 한국선교단체와 상호 정보교류, 협력, 연대사업 등인데, 대표선교사의 임무는 이사회의 지휘를 받아 선교회 본부의 업무를 관장하고 집행하는 것이므로, 대표선교사는 그 종교사업을 수행함에 있어 필요불가결한 인적요소인 점, ② 원고는 2008. 9. 1. 소외 1로부터 이 사건 아파트를 증여받은 후 2008. 10. 16. 이사회를 개최하여 "이 사건 아파트를 정관 제10조 제4호의 대표인 대표선교사의 사택으로 사용하기로 한다."라는 의안을 가결한 후 대표선교사인 소외 2에게 이 사건 아파트를 사택으로 제공하였고, 소외 2는 그 가족들과 함께 2009. 2. 20.부터 이 사건 아파트에서 거주하다가 대표선교사의 임기가 만료될 무렵인 2009. 5. 29. 이 사건 아파트에서 퇴거한 점에 비추어 보면, 원고는 이 사건 아파트를 비영리사업인 종교사업의 용도에 직접 사용한 것이므로 비과세대상에 해당한다고 판단한 제1심판결을 유지하였다. 
 3. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 이를 수긍할 수 없다.
 가. 제1심 및 원심이 적법하게 채택한 증거들에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 (1) 원고는 언어적 영역으로서의 불어권 지역선교를 지향하며 불어권지역의 미전도종족과 무교회지역에 대한 선교를 목적으로 설립되었다.
 (2) 원고의 정관은, ① 본 회의 본부는 서울특별시 송파구 거여동 (지번 생략)에 두고 국내 및 국외에 지부를 둘 수 있다(제2조), ② 본 회의 회원은 사역회원과 후원회원으로 분류하고, 사역회원은 실행이사, 대표, 본부장, 상임간사, 비상임간사, 장·단기선교사, 예비선교사, 자원봉사자로 구분하며 실제사역에 헌신하거나 하였던 회원을 말한다(제4조), ③ 임원으로 이사장 1인, 이사 5인 이상 15인 이내, 감사 1인, 대표 1인, 본부장 1인을 둔다(제10조), ④ 대표는 이사회의 결의로 이사 중에서 선출한다(제11조), ⑤ 이사장으로 선출된 자 이외에는 대표권이 없다(제11조의1), ⑥ 이사장은 본 회를 대표하고 총회 및 이사회의 의장이 되며, 대표는 이사회의 지휘를 받아 선교회 본부의 업무를 관장하고 집행한다(제15조), ⑦ 임원에 대하여는 보수를 지급하지 아니한다(제38조), ⑧ 본 회는 본 회의 사무를 처리하기 위하여 본부를 두고 본부에 대표 1인, 본부장 1인과 필요한 직원을 둘 수 있다(제39조)고 규정하고 있다. 
 (3) 원고가 이 사건 아파트를 취득할 당시 소외 2는 대표로 선임되어 있었는데, 당시 소외 2는 대한예수교장로회총회 산하 안주노회 소속 ○○○교회의 위임목사로 재직하고 있었고, 이 사건 처분 당시에도 위임목사로 계속 재직하였다. 
 나. 이러한 사실과 기록에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, ① 원고의 대표자는 이사장이고, 원고의 임원 중 하나인 대표는 이사회 결의로 이사 중에서 선출되어 이사회의 지휘를 받아 선교회 본부의 업무를 관장하고 집행하는 기관에 불과한 점, ② 이 사건 아파트 취득 당시 대표이던 소외 2는 ○○○교회의 위임목사로 재직하고 있었던 점, ③ 원고는 이사장이나 이사들은 상근하지 않고 대표(원고는 ‘대표선교사’라고 표현하나 정관에는 대표선교사라는 직책은 없다)가 상근하면서 원고의 실질적인 업무를 총괄한다고 주장하지만, 대표의 구체적인 업무내용이나 소외 2가 실제로 대표로 활동하면서 한 구체적인 업무내용을 알 수 있는 자료 또는 대표가 선교사를 대표하는 지위에 있다는 자료가 없는 점, ④ 원고의 설립목적은 불어권 지역에 대한 선교활동에 관한 것으로서 이사회의 지휘를 받아 본부의 업무를 관장한다는 대표에 대한 사택 제공이 원고의 종교사업에 반드시 필요하다고 보이지 않는 점을 종합해 보면, 원고의 대표는 원고의 종교사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 지위에 있다고 보이지 않고, 원고의 사업목적을 고려하더라도 이 사건 아파트는 그 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없으므로, 이 사건 아파트는 위 각 규정에 정한 비과세대상에 해당하지 않는다고 할 것이다. 
 다. 그럼에도 불구하고 원심은 이 사건 아파트가 원고의 사업에 직접 사용되는 것으로 판단하여 비과세대상이 된다고 판단하였는바, 이러한 원심의 판단에는 위 각 규정의 비과세대상의 범위에 관한 법리를 오해한 잘못이 있고, 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 4. 결론
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박일환(재판장) 신영철 민일영(주심) 박보영

불어권 지역에 대한 선교활동을 목적으로 설립된 甲 사단법인이 증여받은 아파트를 임원인 대표 乙의 사택으로 사용하면서 취득세·등록세 등을 신고·납부하지 않자, 관할행정청이 취득세 등 부과처분을 한 사안에서, 제반사정에 비추어 위 아파트는 甲 법인의 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없어 구 지방세법 제107조 및 제127조 제1항에서 정한 비과세대상에 해당하지 않는다는 이유로, 이와 달리 본 원심판결에 법리오해의 위법이 있다고 한 사례