토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 1999.11.23 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
원심판결 중 원고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.
피고의 상고를 기각한다.
【이유】

1. 원고의 상고이유를 본다.
원심판결 이유에 의하면, 원심은, 전기부품제조업 등을 목적사업으로 하는 법인인 원고가 1991. 11. 1. 공장을 신축하기 위하여 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지 내의 공장용지인 이 사건 토지를 취득하고 1993. 10. 9.경 공장신축공사에 착수하였다가 1994. 1.경 공사하자와 관련하여 공사수급인인 시공회사와 사이에 분쟁이 생겨 공사가 중단되자 1994. 6.경 공사도급계약을 해제하고 시공회사를 상대로 손해배상등 청구소송을 제기하여 일부승소 판결을 받아 1996. 2. 9. 위 판결이 확정되었으나 그 후로도 1년 가까이 재공사에 착수하지 아니한 사실, 피고는 원고가 이 사건 토지를 소정의 유예기간 내 공장용 및 고유업무에 직접 사용하지 아니하여 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라 한다) 제110조의3 제2항 제1호 단서 소정의 면제된 취득세의 추징대상에 해당됨은 물론 법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다) 제84조의4 제1항 소정의 법인의 비업무용 토지로서 취득세 중과대상에 해당된다고 보고 1996. 10. 11. 원고에 대하여 이 사건 토지에 대한 취득세를 중과한 사실을 인정한 다음, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 공장용 및 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼 수 없어 유예기간 내에 이를 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 수 없으므로 이 사건 취득세 중과처분은 적법하다고 판단하였다.
취득세 중과대상이 되는 법인의 비업무용 토지 등에 관한 판정기준이 되는 '정당한 사유'의 유무는, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1999.11.23. 선고 98두7817 판결참조).
원심이 확정한 사실에 의하더라도, 원고는 1991. 11. 1. 이 사건 토지를 취득한 후 1993. 10. 9.경 공장신축공사에 착수하였다가 1994. 1.경 공장건물의 토대가 되는 기초공사 부분의 중대한 하자가 발생하여 이를 철거하지 않을 수 없는 상황에서 위 하자와 관련하여 시공회사와 사이에 분쟁이 생겨 공사가 중단되었고 1994. 6.경 공사도급계약을 해제하고 시공회사를 상대로 민사소송을 제기하였는데, 그 소송에서 하자발생원인 등에 관한 다툼이 치열하여 소송이 종결되기 전까지는 하자 있는 기시공분을 철거하여 재공사에 착수하는 것이 사실상 불가능하였으며, 1996. 2. 9. 공사대금반환 및 철거비용 상당의 손해배상청구 부분이 인용된 원고 일부승소 판결이 확정되자, 원고는 1996. 5.경 공장신축에 관한 새로운 설계용역을 의뢰하고 그 후 기존의 시공분을 모두 철거한 뒤 1997. 1.경 다른 시공업체를 선정하여 공장신축을 위한 재공사에 착수하고 1997. 12.경 공사를 완료하여 결국 이 사건 토지를 공장건물의 부지로 사용하고 있다는 것이므로, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 공장신축공사를 완공하여 사용하기까지의 과정을 전체적으로 파악하면 원고는 이를 공장용 및 고유업무에 사용하기 위하여 꾸준히 노력해 온 것이라 할 것이고, 따라서 원고가 이를 법 제110조의3 제2항 제1호 단서 및 시행령 제84조의4 제1항 소정의 유예기간 내에 공장용 및 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다.
그럼에도 불구하고 원심은, 원고가 이 사건 토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 수 없어 이 사건 취득세 중과처분이 적법하다고 판단하고 말았으니, 원심판결에는 법인의 비업무용 토지 및 정당한 사유에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
2. 피고의 상고이유를 본다.
원심이 적법하게 인정한 사실관계에 의하면, 원고가 이 사건 토지에 관하여 1992. 10. 29. 소유권이전등기를 경료한 후 1993. 10. 9.경 공장신축공사에 착수하였다가 1994. 1.경부터 1996. 2. 9.경까지 공사하자와 관련한 분쟁과 민사소송 등으로 인하여 공사가 중단되었으나 그 후 공장신축에 관한 새로운 설계용역을 의뢰하고 기존의 시공분을 모두 철거한 다음 다른 시공업체를 통하여 공장신축을 위한 재공사에 착수하여 1997. 12. 공사를 완료하고 결국 이 사건 토지를 공장건물의 부지로 사용함으로써 공장용에 직접 사용하기 위한 노력을 다하여 온 것을 알 수 있으므로, 원고가 위 등기일로부터 2년 이내에 이를 공장용에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이고, 따라서 이 사건 토지는 법 제128조의2 제2항 제1호 단서 소정의 면제된 등록세의 추징대상에 해당하지 않는다 할 것이다.
원심판결의 이유에는 다소 부적절한 점이 있으나, 이 사건 토지가 법 제128조의2 제2항 제1호 단서 소정의 면제된 등록세의 추징대상에 해당하지 않는다고 한 판단 자체는 정당하고, 거기에 상고이유에서 지적하는 바와 같은 등록세 추징 및 정당한 사유에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다. 피고의 상고이유의 주장은 모두 이유 없다.
3. 그러므로 원심판결 중 원고 패소부분을 파기하여 이 부분 사건을 원심법원에 환송하고, 피고의 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 1998. 4. 2. 선고 97구30549 판결】

【주문】 처분청일부패소

1. 피고가 원고에 대하여 한 1996. 10. 11.자 등록세 금20,032,700원 및 교육세 금 4,006,540원의 부과처분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 5분하여 그 4는 원고의, 나머지는 피

고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 이 사건 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1 내지 3, 갑제3, 7호증의 각 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 반증 없다.
가. 원고회사(원래의 상호는 충남전기공업 주식회사였으나 1997. 11. 1.자로 현재와 같이 상호변경되었다)는 전기부품 제조업 등을 사업목적으로 설립된 주식회사인데, 피고는 원고가 1991. 11. 1. 소외 한국수출산업공단으로부터 매입·취득한 인천남동국가공업단지 제2단계 개발사업지구 내인 ○○ ○○구 ○○동 665의 14공장용지 5,708.9㎡(이하 이 사건 토지라고 한다)를 취득한 후 4년이 경과할 때까지 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 이 사건 토지를 법인의 비업무용토지로 보고, 1996. 10. 11. 구지방세법(1991. 12. 14. 법률 제4415호로 개정되기 전의 것) 제110조의 3 제2항 제1호 단서, 제112조 제2항, 동시행령(1991. 12. 31. 대통령령 제13536호로 개정되기 전의 것) 제84조의 4 제1항을 적용하여 중과취득세 금 120,196,240원을, 이 사건 토지에 관하여 원고 회사 앞으로 소유권이전등기를 경료한 날인 1992, 10. 29.로부터 2년이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접사용하지 아니하였다는 이유로, 같은 날 구지방세법(1993. 6. 11. 법률 제4561호로 개정되기 전의 것) 제128조의 2 제2항 제1호 단서, 제131조 제1항 제3호, 교육세법 제5조 제1항 제4호를 적용하여 각 가산세가 포함된 등록세 금 24,039,240원, 교육세 금 4,407,190원을 각 부과하는 처분을 하였다.
나. 그런데, 원고가 위 각 부과처분에 불복하여 이의신청을 하자 인천광역시장은 1997. 2. 19.자로 위 취득세는 그대로 두고 위 등록세와 교육세에 대하여는 그 가산세를 부가할 법적근거가 없다는 이유로 가산세를 공제한 등록세 금 20,032,700원, 교육세 금 4,006,540원으로 경정하는 결정을 하였다(이하 위 취득세부과처분과 위와 같이 감액되고 남은 등록세 및 교육세 부과처분을 이 사건 처분이라 한다).
2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

피고는, 원고가 이 사건 토지를 매수·취득한 이후 4년이 지나도록 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 방치하였고, 공장용지로 취득한 이 사건 토지를 정당한 사유없이 등기일로부터 2년 이내에 공장용에 직접 사용하지 아니하였으므로 이 사건 처분은 관계법령에 비추어 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같이 주장한다.
즉, 원고회사는 이 사건 토지상에 원고회사 제2공장을 신축하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 후 1992. 10. 29.자로 소유권이전등기를 마치고, 1993. 9. 15. 소외 신용종합건설주식회사(이하 신용건설이라고 한다)에게 공장신축공사도급을 주어 공사에 착수하였다. 그러나 신용건설의 부실공사로 인하여 기초공사에 하자가 발생하여 원고는 1994. 6. 13. 신용건설을 상대로 위 공사부분을 철거하는 비용 상당의 손해배상등을 구하는 민사소송을 제기하였고 그로부터 1996. 2. 9.자 대법원 판결에 의하여 원고 일부승소판결이 확정될 때까지 1년8개월여 동안 공사가 중단되었는데, 신용건설이 위 소송의 계속중에 줄곧 공사장출입을 막고 위 공사의 하자는 시공상의 잘못이 아닌 설계상의 잘못이라고 주장하면서 항소심에서는 재감정신청을 하는 등의 이유로 원고로서는 위 소송 기간 중에 공사업자를 변경하여 위 공사를 계속할 수가 없는 형편이었다. 위 확정판결 이후에 원고회사는 새로운 공사업자와 공장신축공사도급계약을 체결하여 공장을 신축하였고 현재 이 사건 토지를 공장부지로 사용하고 있다. 한편 피고는 이 사건 토지에 대하여 법인의 비업무용토지에서 제외되는 유예기간을 1996. 6. 30.까지로 연장하여 주었다. 이와 같이 원고회사로서는 위 유예기간 내에 이 사건 토지를 공장용이라는 원고회사 고유의 사업에 직접사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는데도 공사착공 후 시공업체와의 소송 때문에 공사가 중단되어 부득이 위 유예기간까지 이 사건 토지를 원고 회사의 사업에 직접 사용하지 못하고, 위 이전등기일로부터 2년 이내에 이를 공장용에 직접 사용하지 못하게 된 것이므로, 그러한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이고 따라서 피고의 이 사건 처분은 모두 위법한 것이다.
나. 관계 법령

(1) 취득세 부과처분 관계 법령

구 지방세법(1991. 12. 14. 법률 제4415호로 개정되기 전의 것) 제110조의 3 【과세면제】

① 다음 각호의 재산에 대하여는 취득세를 면제한다.
(이하 생략)

1. 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국립공업단지 및 지방공업단지와 공업배치및공장신설에관한법률의 규정에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 당해 지역 안에서 최초로 취득하는 공업용토지 (이하 생략). 다만 최초의 공장용토지의 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.
제112조【세율】① 취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1000분의 20으로 한다.
② 대통령령으로 정하는 별장·골프장·고급오락장·법인의 비업무용 토지·고급자동차 ….을 취득한 경우의 취득세율을 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다. (이하 생략)

구 지방세법 시행령(1991. 12. 31. 대통령령 제13536호로 개정되기 전의 것)제84조의 4【법인의 비업무용 토지의 범위】

① 법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(내무부장관이 상공부장관과 협의하여 정하는 공장용부지는 2년)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접사용하지 아니하는 토지를 말한다.
제73조【취득의 시기등】① 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일에취득한 것으로 본다. (이하 생략)

(2) 등록세 및 교육세 부과처분 관계법령

구 지방세법(1993. 6. 11. 법률 제4561호로 개정되기 전의 것)제128조의 2【과세면제】

① 다음 각호의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다.(이하 생략)

1. 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지 및 지방공업단지와 공업배치및공장설립에관한법률의 규정에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 최초로 취득하는 공장용토지..(중간 생략)..에 대한 등기. 다만 최초로 취득한 공장용토지의 등기일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접사용하지아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다.
제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
3. 제1호(상속) 및 제3호(상속 이외의 무상취득)이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 농지 이외의 부동산 : 부동산 가액의 1,000분의 30

교육세법 제5조【과세표준과 세율】교육세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
4. 지방세법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액(과세표준)에 대하여 100분의 20(세율)

다. 인정되는 사실

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제8호증, 갑제9호증의 1, 2, 갑제10호증의 1 내지 6, 갑제11호증의 1 내지 10, 갑제12호증의 1 내지 5, 갑제13호증의 1 내지 3, 을제3, 4호증, 을제5호증의 1 내지 8, 을제6호증의 1 내지 5의 각 기재 또는 영상에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 이에 반하는 듯한 갑제14호증의 기재와 증인 이대원의 일부 증언은 이를 각 믿지 아니하며 달리 반증이 없다.
(1) 원고회사는 이 사건 토지 상에 원고회사 제2공장을 신축하기 위하여 1990. 10. 23. 소외 한국수출산업공단으로부터 금 667,756,960원에 이 사건 토지를 매수하고 1991. 11. 1. 까지 위 매매대금을 완납한 후 1992. 10. 29.자로 소유권이전등기를 마쳤다.
(2) 원고회사는 1993. 3. 11. 피고로부터 공장건축허가를 받아 같은 해 9. 15. 신용건설과, 공사기간 : 1993. 9. 15.부터 1994. 1. 31.까지, 공사대금 858,000,000원으로 정하여 공장신축공사도급계약을 체결하였고, 신용건설은 같은 해 10. 9. 원고회사로부터 가설공사대금 8,868,000원을 지급받고 그무렵 공사에 착수하였으나, 신용건설은 같은 해 11. 11. 에야 피고에 대하여 착공신고를 하였다.
(3) 신용건설은 1994. 1.경까지 위 공사 중 중량 200톤급의 프레스기 4대와 110톤급 프레스기 1대를 설치하기 위한 프레스 피트 공사 및 공장건물의 기초공사 등을 하였는데, 그때까지 진행된 공사에 ① 설계도상 피트벽의 철근배근을 20㎝ 간격으로 하여야 함에도 22 내지 35㎝ 간격으로 하였고, 거푸집 존치기간을 충분히 두지 아니한 채 이를 제거함으로써 피트벽에 균열이 발생하였고, ② 설계도상 공장건물 및 프레스 피트 기초판 하단부에 시공하도록 되어 있는 잡석 및 버팀콘크리트가 시공되지 아니하였으며 기초의 크기 및 두께도 설계도와 달리 엷게 시공되었으며 건물 기초하단부의 철근이 노출되어 있는 등 설계도와 달리 부실시공되었고 ③ 기초파일이 수직이 아닌 비스듬하게 타설되어 있는 등 많은 하자가 있었으며, 이에 원고회사는 신용건설에 대하여 수차레에 걸쳐 하자의 시정을 요구하였으나, 신용건설은 위 하자가 시공상의 잘못이 아닌 설계상의 잘못에 의한 것이라면서 기성고의 지급만을 주장할 뿐 하자의 시정에 대하여는 아무런 조치를 취하지 않다가 1994. 3. 4. 경 위 프레스 피트의 벽체부분만을 재시공하여 주겠다며 위 벽체부분만을 철거하였다.
(4) 원고는 1994. 6. 경 신용건설을 상대로 민사소송을 제기하면서 신용건설의 채무불이행을 원인으로 위 도급계약을 해제하고, 이미 지급된 공사대금 97,868,000원의 반환을 구함과 동시에, 위 하자부분의 보수가 사실상 불가능하여 철거하는 수 밖에 없다는 이유로 그 철거비용 상당의 손해금 25,635,000원 등 기타 공장 완공 지연으로 인한 영업상의 손해금에 대한 배상을 청구하였다.
(5) 제1심 법원은 1995. 2. 23. 원고의 청구중 위 공사대금반환청구와 철거비용 상당의 손해배상청구 부분만을 인용하는 원고 일부 승소판결을 내렸고, 신용건설은 이에 불복 항소하면서(원고도 항소함) 위 하자가 시공상의 잘못이 아닌 설계상의 잘못임을 입증하기 위한 재감정신청을 하는 한편 기성공사대금청구 등의 반소를 제기하였으나 항소심 법원은 1995. 9. 15. 쌍방의 항소를 기각하고 신용건설의 반소를 각하하는 판결을 하였으며, 이에 대하여도 신용건설이 상고를 하였으나 대법원이 1996. 2. 9. 상고기각판결을 함으로써 위 제1심 판결은 그대로 확정되었다.
(6) 원고 회사는 위 대법원 확정판결을 받고 나서 같은 해 5. 2. 소외 주식회사 미래환경종합건축사무소와, 용역기간 1996. 5. 2.부터 같은 달 30.까지, 용역대금 27,000,000원으로 정하여 건축물설계용역계약을 체결하였으나, 같은 해 12. 10.경까지 이 사건 토지상에 이미 시공되어 있던 기초공사시설물을 철거하지도 않은 채 그대로 방치하여 놓고 있다가, 그 이후에 위 기존 시설물을 철거하고 1997. 1. 29. 소외 신생종합건설주식회사와, 공사기간 1997. 1. 29.부터 같은 해 7. 31.까지, 공사대금 1,540,000,000원에 공장신축공사도급계약을 체결한 후 공사에 착수하여, 같은 해 말 위 공사가 완료되었으며, 원고회사는 현재 이 사건 토지를 공장건물 부지로 사용 중이다.
(7) 한편, 피고는 1994. 12. 12. 원고회사를 비롯한 위 공업단지 입주 업체들의 건의에 따라 중소기업체의 어려운 여건을 감안하여 이 사건 토지 등 위 공업단지 내의 공장용지에 대하여 법인의 비업무용토지에 대한 취득세의 부과를 공업단지조성공사 준공 인가일로부터 4년이 되는 1996. 6. 30.까지 유예하되, 위 기간까지 공장용에 직접사용하지 않을 경우에는 법인의 비업무용 토지로서 중과취득세를 부과할 것이라는 통고를 하였다.
라. 판단

(1) 앞서 본 이 사건 처분 관계 법령들의 규정 취지는 산업입지의 원활한 공급과 공업 기타 산업의 합리적 배치를 통하여 균형있는 국토개발과 지속적인 공업발전을 촉진하기 위하여 국가 및 지방자치단체 등이 조성한 공업단지에 기업의 입주적극 유치할 목적으로 입주기업이 그 사업에 직접 사용하기 위한 공업용지의 취득과 그 취득에 따른 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하는 혜택을 주되, 취득세에 대하여는 취득일로 간주되는 잔금지급일로부터, 등록세에 대하여는 등기일로부터 2년 이상 이를 정당한 사유없이 목적사업인 공장용에 직접 사용하지 아니하고 방치하는 등의 경우에는 면제하였던 취득세와 등록세, 그리고 이에 따른 교육세를 부과함으로써 많은 비용을 들여 조성된 공업단지의 효용가치를 증대시키고 부동산투기 등을 근절하는데 있다고 할 것인데, 위「지방세법」제110조의 3, 제128조의 2에서 말하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어서 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 취득세 및 등록세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적 사업에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해법인이 토지를 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13204 판결 등 참조).
(2) 취득세부과처분의 적법 여부에 관한 판단

앞서 인정된 바와 같이 피고는 원고에게 이 사건 토지에 대하여 법인의 비업무용 토지로서 면제된 취득세의 부과유예기간을 법령상 2년에서 연장된 1996. 6. 30.까지로 하되 위 기간 내에 고유업무인 공장용으로 직접사용하지 않는 경우에는 법인의 비업무용 토지의 취득으로 보아 중과취득세를 부과하겠다고 통지한 이상 이는 과세관청의 공신력있는 견해 표명으로서 피고에 대하여도 구속력이 있다고 할 것이므로, 피고의 이 사건 취득세 부과처분의 적법 여부를 따지기 위하여는 원고회사가 위 1996. 6. 30. 당시 이 사건 토지를 그 고유업무인 공장용으로 직접사용하고 있었는지 여부와 그렇지 않았다면 그에 대한 정당한 사유가 존재하였는지의 여부를 살펴 보아야 할 것이다.
그런데 원고회사는 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지를 취득한 지 거의 2년 동안 이를 방치하여 놓고 있다가 이 사건 토지상에 공장건물신축공사에 착수하였으나, 공사업자와 일부 기초공사부분에 대하여 하자유무 및 그 발생사유 등에 대한 분쟁이 생겨 1994. 1.경부터 1996. 2.경까지 2년 이상 원고회사가 제기한 민사소송이 계속되는 동안 위 공사가 중단되었는 바, 위 분쟁이 공사업자의 시공상의 잘못으로 인하여 공장건물의 토대가 되는 기초공사부분에 중대한 하자가 발생하여 이를 철거하지 않을 수 없는 상황에서 생겨난 것이고 이를 전제로 원고가 제기한 민사소송에서 상대방인 공사업자가 위 하자의 발생원인이 시공상의 잘못이 아닌 설계상의 잘못이 있다며 치열하게 응소하여 와 원고로서는 그 주장에 대한 중요한 증거가 되는 공사 현장의 철거가 사실상 어려웠을 것으로 보이고, 위 공사업자와의 도급계약의 해제 여부가 소송의 결과에 의하여 판가름이 나게 되어 있어 원고로서는 소송도중에 새로운 공사업자를 선정하여 공사를 다시 시작하기가 매우 어려웠을 것으로 보여지는 점 등을 감안하여 볼 때 위 공사업자와의 민사상 분쟁으로 인한 공사의 중단에는 정당한 사유가 있었다고 판단된다.
그러나 앞서 인정된 사실에 의하면 원고회사는 1996. 2. 9.자 대법원 판결이 있은 이후 1997. 1. 29. 새로운 공사도급계약을 체결하여 재공사에 착공할 때까지 거의 1년 동안이나 이 사건 토지를 방치하여 놓고 있었다고 보여진다. 원고회사는 그 사이에 다시 공장을 설계하고, 하자가 있는 기존의 공사부분을 철거하였으며 새로운 공사업자를 선정하느라고 공사의 착공이 늦어졌다고 주장하나, 기존의 공사부분의 하자가 설계상의 잘못이 아닌 시공상의 잘못이었던 이상 새로운 공장설계절차를 거칠 필요가 있었는지 의문이고, 가사 그럴 필요가 있었다고 하더라도 설계에 필요한 기간은 앞서 본 두 번째 설계용역 기간인 1개월 정도라고 보여지며, 기존 공사부분의 철거에 필요한 기간 또한 앞서 본대로 2개월이 넘지 않을 것으로 보이는데(왜냐하면 원고회사는 1996. 12. 10.경까지 위 기존 시설물을 방치하여 놓고 있다가 그후 이를 철거한 다음 1997. 1. 29. 새로운 공사계약을 체결하였으므로) 위 설계와 철거행위는 동시에 이루어 질 수 있는 것이므로 위 위 설계 및 철거 이후에 공사업자의 선정기간을 고려한다고 하더라도 원고로서는 위 대법원 판결을 받은 지 4개월이 훨씬 지난 1996. 6. 30.(피고의 취득세 과세 유예기한) 이전에는 적어도 새로운 공사에 착공할 수 있었다고 판단된다. 그럼에도 불구하고 원고는 그로부터도 7개월이 경과한 1997. 1. 29.에야 공사에 착수한 것이니, 이 점과 함께 당초의 공사를 착공함에 2년 가까이 걸린 점을 아울러 감안하여 보면 원고가 이 사건 토지를 그 고유사업에 직접사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고는 도저히 보여지지 아니한다.
따라서 원고가 피고로부터 위 중과취득세의 과세유예기간으로 인정받은 1996. 6. 30.까지 이 사건 토지를 정당한 사유없이 그 고유의 사업인 공장용으로 직접사용하지 않았음을 원인으로 피고가 원고에게 이 사건 중과취득세를 부과한 처분은 적법하다 할 것이다.
(3) 등록세 및 교육세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단

앞서 본 바와 같이 이 사건 토지에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기가 경료된 것이 1992. 10. 29. 이므로, 위 법령의 규정에 의한 이 사건 등록세 및 교육세부과처분이 적법하기 위하여는 정당한 사유없이 원고회사가 위 등기일로부터 2년 이내에 그 고유목적인 공장용에 직접사용하지 않은 사실이 인정되어야 한다.
그런데 원고회사는 위 등기일로부터 2년 이내인 1993. 9.경 이 사건 토지상에 공장신축공사를 착공하였으나, 1994. 1.경부터 1996. 2.경까지 공사업자와 공사하자의 유무 및 발생원인 등의 문제로 분쟁이 발생하여 소송이 계속되었던 까닭에 위 공사가 중단되었고, 위 공사가 중단된 데에는 정당한 사유가 있다고 판단됨은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 등록세의 부과기준일인 등기일로부터 2년이 경과한 1994. 10. 29. 당시에는 원고회사로서는 이 사건 토지를 그 고유목적인 공장용으로 직접사용하고 있었다고 보아야 할 것이고, 따라서 위 부과기준일 당시 공장용으로 직접사용하고 있었던 이상 그 등기로 인한 등록세는 확정적으로 면제되며, 그 이후에 위와 같이 상당기간 동안 원고가 정당한 사유없이 이 사건 토지를 방치하여 둔 사정이 있었다고 하더라도 확정적으로 면제된 등록세를 다시 추징할 수는 없는 것이라고 할 것이다.
따라서 원고가 이 사건 토지에 관한 위 등기일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 이 사건 토지를 그 고유목적인 공장용으로 직접사용하지 않았음을 전제로 피고가 원고에게 이 사건 등록세 및 교육세를 부과한 처분은 위법하여 취소를 면치 못할 것이다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 등록세 및 교육세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유있어 이를 인용하고, 나머지인 취득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는행정소송법 제8조, 민사소송법 제92조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

토지를 취득한 후 공장신축공사를 완공하여 사용하기까지의 과정을 전체적으로 파악하면 납세의무자는 이를 공장용 및 고유업무에 사용하기 위하여 꾸준히 노력해 온 것이므로 토지를 지방세법 제110조의3 제2항 제1호 단서 및 지방세법 시행령 제84조의4 제1항 소정의 유예기간 내에 공장용 및 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다. 그럼에도 불구하고 원심은 토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 수 없어 취득세 중과처분이 적법하다고 판단하고 말았으니 원심판결에는 법인의 비업무용 토지 및 정당한 사유에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.