부가가치세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2014.07.03 / 시행일:

【원고, 항소인】 재단법인 아산사회복지재단 (소송대리인 법무법인 충정 담당변호사 임치영)
【피고, 피항소인】 송파세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2012. 12. 14. 선고 2012구합18936 판결
【변론종결】2014. 6. 12.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 기각한다.
 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2010. 6. 8. 원고에게 한, 2007년 제1기분 부가가치세 323,071,800원(가산세 포함, 이하 같다), 2007년 제2기분 부가가치세 211,125,910원, 2008년 제2기분 부가가치세 46,546,280원, 2009년 제1기분 부가가치세 732,489,110원의 각 부과처분 및 2009년 제1기분 부가가치세 3,085,814,165원의 환급신청에 대한 거부처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 제1심 판결의 인용
 이 법원이 이 판결에서 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 중에서, 그 일부를 아래 “제2항”과 같이 고쳐 쓰는 이외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
2. 고쳐 쓰는 부분
 가. 제1심 판결문 제6쪽 제15행의 “[부가가치세법 시행령(2009. 5. 6. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)]” 부분을 “[구 부가가치세법 시행령(2009. 7. 22. 대통령령 제21634호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘부가가치세법 시행령’이라 한다)]”라고 고쳐 쓴다. 
 나. 제1심 판결문 제8쪽 제3행부터 제20행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다. 
【 2) 판단
 가) 이 사건 각 처분에 적용되는 구 부가가치세법(2009. 4. 1. 법률 제9617호로 개정되기 전의 것) 제17조 제7항의 위임에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 정하기 위하여 공통매입세액의 안분계산방식 등을 규정한 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항은 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항에 관하여 헌법 제75조에 따라 대통령이 발한 법규명령이라 할 것이고, 한편 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항의 내용 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 위 각 규정은 거기서 정하고 있는 안분계산방식과 순서에 구애됨이 없이 언제든지 다른 방식으로 공통매입가액을 안분할 수 있는 예시규정에 불과한 것으로 볼 수는 없으므로, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 위 각 규정에서 정한 안분계산방식과 순서에 따르는 것이 현저하게 불합리하다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위 각 규정에 따라 안분계산하여야 한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두4810 판결 등 참조). 그러므로 원고의 주장처럼 이 사건 신관건물 관련 공통매입세액에 대하여, 위 시행령 제61조 제4항 단서에 따라 같은 항 제3호가 같은 조 제1항에 우선하여 적용되기 위해서는, 원칙적으로 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당되어야 할 것이다. 
 나) 그런데 앞서 인용한 사실과 증거 및 갑 제14호증(가지번호 생략), 을 제2호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합해 볼 때, 이 사건 신관건물은 원고가 서울아산병원을 운영하면서 사용해 오던 동관 건물 및 서관 건물(이하, ‘기존 건물’이라 한다)과는 연결 통로 등을 통하여 구조적으로 연결되어 있고, 원고는 기존 건물에서 환자를 진료하던 이비인후과·산부인과·치과·성형외과·피부과를 이 사건 신관건물에 재배치함과 아울러, 위 신관건물의 채혈실, 영상의학과, 주차장 등은 위 신관건물에 내원한 환자뿐만 아니라 기존 건물에 내원한 환자를 위하여도 제공되는 것으로 인정되고, 달리 반증이 없다. 사정이 그러하다면, 이 사건 신관건물에서 원고가 수행하는 사업은, 기존 건물에서 원고가 운영하던 서울아산병원의 의료업 등과 완전히 분리된 별개의 사업에 해당한다고 보기는 어렵고, 기존 건물에 내원하는 환자 등의 증가에 따라 기존 건물의 공간 부족 문제를 해결하기 위해 이 사건 신관건물을 신축하여 기존 건물의 부족한 진료 공간 등을 확장하여 기존 건물에서 수행하던 의료업 등을 좀 더 원활하고 효율적으로 운영하기 위한 것에 해당한다고 봄이 상당하다고 판단된다. 
 다) 따라서 이러한 사정을 위 법리와 종합해 볼 때, 이 사건 신관건물의 신축과 관련된 원고의 2007년 1기분, 2007년 2기분 매입세액 중 면세사업 내지 과세사업으로 명확히 구분하기 어려운 공통매입세액에 대하여는 위 각 과세기간 동안 원고가 기존에 운영하던 서울아산병원 전체의 공급가액을 기준으로 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 안분하여 계산함이 타당하다고 할 것이다. 결국, 이러한 방식에 기초한 이 사건 각 처분의 해당 부분은 위법하다고 볼 수 없고, 그와 다른 전제로 주장하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 라) 이에 대해 원고는, 이 사건 신관건물은 기존 건물을 허물고 재축조한 건물이 아님에도 위 신관건물이 원고의 기존 건물에서의 의료업 중 일부분에 해당된다는 이유만으로 기존 건물에 관한 공급가액을 기준으로 위와 같이 공통매입세액을 안분하는 것은 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서 및 같은 항 제3호에 명문으로 반하는 것일 뿐만 아니라, 실지 귀속의 원칙을 견지하고자 하는 부가가치세법령의 입법 취지에도 반하여 부당하다는 취지로 주장한다. 
 살피건대, 앞서 살핀 여러 사정 등에 비추어 볼 때, 이 사건 신관건물의 신축에 관한 공통매입세액 중에서 면세사업에만 해당되는 부분을 별도로 산출할 수 있는 방법을 발견할 수 없고, 이 사건 신관건물은 원고가 기존 건물에서 운영하던 의료업의 공간 부족 문제를 해결하기 위하여 추가로 설치한 것임과 아울러, 기존 건물과 완전히 별개로 의료업 등을 영위하기 위한 독립된 사업장으로 설치한 것도 아니라고 판단되는 이상, 원고가 기존 건물에서 영위한 면세공급가액 등이 이 사건 신관건물의 신축과 관련된 공통매입세액의 안분에 필요한 위 시행령 제61조 제1항에서 정한 면세공급가액 등에 해당한다고 볼 수 있다 할 것이므로, 위 시행령 제61조 제1항을 같은 조 제4항 단서 등에 우선하여 적용할 수 있다고 할 것이다. 결국, 그와 다른 전제로 주장하는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다(한편 원고는, 피고가 이 사건 각 처분 당시 산정한 이 사건 신관건물의 신축과 관련된 2008년 1기분의 공통매입세액 안분방식의 위법도 주장하는 것으로 보이나, 이 사건 청구취지에는 위 2008년 1기분과 관련된 피고의 처분의 취소를 구하는 내용은 포함되어 있지 아니한 이상, 위 2008년 1기분과 관련된 원고의 주장에 대하여는 별도로 판단하지 않기로 한다). 】
 다. 제1심 판결문 제9쪽 제14행부터 제18행까지의 “위 인정사실에 의하면, 직영주차장은 원고가 의료사업과 전혀 관련 없이 주차장업만을 영위하기 위하여 설치하였다고 할 수 없고, 원고의 주차장관리규정에 따라 서울아산병원에서 면세사업인 의료사업에 관련된 것으로 확인된 경우에는 일정한 시간 무료로 주차를 허용하나, 위 확인이 없는 경우에는 주차요금을 징수하여 과세사업에 제공하고 있음을 알 수 있다.” 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다. 
【 앞서 인정한 사실과 증거 및 갑 제17호증의 기재와 변론 전체의 취지 등에 의하면, 직영주차장은 원고의 내부 관련 규정에 근거하여 서울아산병원의 의료업에 관련된 것으로 확인된 경우에는 일정 시간 무료로 주차를 허용하는 방법으로 위 병원에 내원하는 환자 등의 편의를 도모하는 한편, 그와 관련 없이 주차한 경우에는 주차요금을 받고 있는 것으로 보인다. 나아가, 원고가 직영주차장에서 주차요금을 받는 경우라고 하더라도, 위 병원에 입원한 환자를 찾아온 문병객의 경우에는 면세사업인 의료업과 전혀 관련이 없다고 단정할 수 없음과 아울러, 직영주차장에서 주차요금을 받지 않는 경우에도 내원환자나 응급환자는 아니지만 위 주차장에 입차한 후 30분 이내인 경우가 포함될 수 있으므로(갑 제17호증, 기록 329쪽 참조), 위 주차장에서 무료로 주차를 한 경우라고 하여 반드시 면세사업인 의료업에만 해당된다고 단정할 수 없다고 판단된다. 사정이 그러하다면 원고는 직영주차장을 서울아산병원의 의료업을 위하여 제공하되, 그 의료업과 무관하게 주차하는 차량으로부터 주차요금을 받는 방법으로 차량의 출입을 통제함으로써 위 병원에 내원하는 환자 등의 직영주차장 이용을 원활하게 하고 그 편의를 증진시키려는 것이 주된 목적이고, 그 과정에서 주차요금을 징수하는 것은 부수적인 것에 해당한다고 봄이 타당하다. 결국, 원고가 직영주차장을 설치한 것은 원고의 주장과 같이 서울아산병원의 의료업과 명백하게 구분되는 별도의 사업단위(부분)를 설치한 것이라고 볼 수는 없다 할 것이다(한편, 원고가 이 사건에서 들고 있는 ‘대법원1982. 9. 28. 선고 82누170 판결’은 이 사건과는 그 사실관계가 달라 이 사건에 원용하기에는 적절하지 아니한 판결이다). 】
 라. 제1심 판결문 제12쪽 제4행부터 제10행까지의 “다만, 이 사건 임대차계약에 따라 주차장을 관리하는 경일산업이 직영주차장의 요금 체계와 같이 서울아산병원에서 면세사업인 의료사업에 관련된 것으로 확인된 경우에는 일정한 시간 무료로 주차를 허용하나, 위 확인이 없는 경우에는 주차요금을 징수하여 과세사업에 제공하고 있는바, 신관주차장 역시 원고가 의료사업과 전혀 관련 없이 부동산임대업만을 영위하기 위하여 설치하였다고 할 수 없고, 원고의 부동산임대업에 제공되는 신관주차장과 관련된 매입세액을 과세사업인 부동산임대업에만 관련된 매입세액으로 볼 수는 없다.” 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다. 
【 나아가, 비록 원고가 신관주차장을 직영하다가 이 사건 임대차계약에 따라 2009. 1. 1.부터 경일산업에게 위 주차장을 임대한 것이라고 하더라도, 앞서 인정한 바와 같이 경일산업이 신관주차창에서 위 직영주차장의 요금 체계처럼 면세사업인 서울아산병원의 의료업에 관련된 것으로 확인된 경우에는 일정한 시간 무료로 주차를 허용하고, 위 확인이 없는 경우에만 주차요금을 징수하여 과세사업에 제공하고 있으며, 달리 신관주차장이 서울아산병원의 기존 건물 등과 공간적으로 구분되어 있는 것으로도 보이지 아니한 사정 등에 의할 때, 신관주차장은 운영주체에 차이가 있을 뿐, 그 운영 체계·방식 등 운영의 실질에 있어서는 직영주차장과 별다른 차이를 발견할 수 없다. 또한, 위에서 살핀 바와 같이 이 사건 임대차계약의 체결 목적이 서울아산병원을 이용하는 환자 등 내원객의 주차 편의와 효율적인 주차장 운영 서비스 제공을 위한 것이라는 점을 명시하고 있고, 그 내용에 있어서도 경일산업이 신관주차장의 이용객으로부터 징수할 주차요금에 관하여 원고와 협의하도록 정하고 있는 사정 등에 비추어 보면, 원고가 신관주차장을 경일산업에게 임대한 것이 순전히 그 임대로 인한 수입을 얻기 위한 목적만을 위한 것이라기보다는, 서울아산병원에 설치된 여러 주차장들에 관한 관리·운영의 효율성을 위해 경일산업에게 그 관리를 위탁한 측면도 존재한다고 할 것이다. 그와 함께, 앞서 본 증거 등에 의하면 신관주차장도 서울아산병원에 내원한 환자 등에게는 무료로 제공되는 시설인 것으로 보이는 사정까지 종합해 볼 때, 신관주차장이 원고가 운영하는 의료업에는 제공되지 아니하는 시설이라고 단정할 수 없다 할 것이다. 결국, 위와 같은 사정들을 앞에서 본 여러 사정과 종합해 볼 때, 위 직영주차장과 같이 신관주차장과 관련된 매입세액도 서울아산병원의 의료업과 명백하게 구분되는 별도의 과세사업인 부동산임대업에만 해당되는 매입세액에 해당한다고 볼 수는 없다고 봄이 합리적이라 할 것이다(따라서 이 사건 각 처분 중 신관주차장과 관련된 부분이 헌법 제59조 조세법률주의, 국세기본법 제14조 실질과세의 원칙, 제16조 근거과세의 원칙, 제18조 세법해석 기준 원칙에 위배된다는 원고의 주장은 받아들이지 않는다). 】
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인데, 제1심 판결은 위와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각한다.

판사 김동오(재판장) 강경구 임영우