취득세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2012.01.19 / 시행일:

【원고, 피상고인】 옥메도퍼시픽 비브이 (소송대리인 변호사 이임수 외 5인)
【피고, 상고인】 서울특별시 종로구청장 (소송대리인 변호사 김형성)
【피고보조참가인】 서울특별시장 (소송대리인 법무법인 대륙아주 담당변호사 김선중 외 5인)
【원심판결】 서울고법 2008. 4. 24. 선고 2007누32169 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 법령의 규정
 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항은 ‘법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다’고 규정하고, 구 지방세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제2항은 ‘이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 그 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다’고 규정하고 있다. 그리고 구 지방세법 제22조 제2호는 ‘과점주주라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다’고 규정하고, 그 위임에 의한 구 지방세법 시행령 제6조 제1항은 제12호에서 ‘주주 또는 유한책임사원 1인과 친족 기타 특수관계에 있는 자’의 하나로 ‘주주 또는 유한책임사원이 법인인 경우에는 그 법인의 소유주식수 또는 출자액이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상인 법인과 소유주식수 또는 출자액이 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상인 법인 또는 개인’을 규정하고 있다.
 2. 원심의 판단
 가. 원심은 그 채용 증거에 의하여 다음 각 사실을 인정하였다.
 1) 원고는 네덜란드 법인인 로담코 사우스코리아 비브이(이하 ‘로담코 코리아’라 한다)와 종로 비브이(이하 ‘종로’라 한다)의 각 지분을 100% 소유하고 있다(이하 로담코 코리아와 종로를 합하여 ‘이 사건 자회사들’이라 한다).
 2) 이 사건 자회사들은 2003. 5. 15. 내국법인인 칠봉산업 유한회사(이하 ‘칠봉산업’이라 한다)의 지분을 각 50%씩 나누어 취득하였고, 또한 종로는 2005. 7. 15. 로담코 코리아가 내국법인인 주식회사 아이엔지코리아 프로퍼티(이하 ‘아이엔지’라 한다)의 주식 75%를 소유하고 있는 상태에서 싱가포르 법인인 씨피엘 코리아 피티이로부터 그 나머지 주식 25%를 승계취득하였다(이하 이 사건 자회사들이 취득한 칠봉산업 지분 100%와 아이엔지 주식 25%를 합하여 ‘이 사건 주식 등’이라 한다).
 3) 이 사건 자회사들은 주소 및 전화번호와 대표이사가 서로 같고 그 외 직원은 전혀 없으며, 칠봉산업 지분을 50%씩 취득할 때나 2003. 5. 29. 그 지분 일부를 삼성생명 주식회사에 매도할 때 모두 동일인이 대리인으로 계약하였고, 2004. 3. 30. 개최된 칠봉산업의 사원총회에도 이 사건 자회사들로부터 위임을 받은 대리인 한 사람이 단독 출석하여 회의에 관여한 것으로 되어 있다.
 4) 이 사건 주식 등의 매입대금은 외형상 이 사건 자회사들의 통장에서 인출·지급된 것으로 되어 있으나, 이는 원고가 그 전액을 제공한 것이다.
 5) 피고는 아이엔지 주식 75%와 이 사건 주식 등이 형식상으로는 이 사건 자회사들이 보유하는 것으로 되어 있지만 실질적으로는 모두 원고에게 귀속되어 있으므로 원고가 칠봉산업과 아이엔지의 과점주주에 해당한다고 보아, 구 지방세법 제105조 제6항을 근거로, 이 사건 자회사들이 이 사건 주식 등을 취득함으로써 원고가 아이엔지 소유 부동산의 장부가액 중 25%, 칠봉산업 소유 부동산의 장부가액 100% 상당의 부동산을 취득한 것으로 보고, 이를 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
 나. 원심은 위 사실관계를 토대로 하여, 우선 구 지방세법 제22조 제2호가 규정한 ‘과점주주’에 해당하려면 그 본인도 당해 회사의 주식 등을 소유하는 주주나 사원이어야 하는데 원고는 이 사건 자회사들의 모회사일 뿐이고 아이엔지의 주주나 칠봉산업의 사원은 아니므로 구 지방세법상의 과점주주라고는 할 수 없다고 판단하였다. 그리고 나아가 이 사건 자회사들이 이 사건 주식 등을 취득함으로써 그로 인한 경제적 효과가 원고에게 미친다 하더라도, 이 사건 주식 등을 취득할 당시 원고와 이 사건 자회사들의 내심의 의사는 이 사건 주식 등은 원고가 아니라 이 사건 자회사들이 소유하게 하려는 것이었고 또한 이 사건 자회사들의 법인격을 부인할 수도 없다고 할 것임에도, 위와 같은 당사자의 의사를 무시하고 모회사를 과점주주로 보는 명문의 규정도 없이 실질과세의 원칙만을 근거로 원고를 아이엔지와 칠봉산업의 과점주주로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다. 
 3. 대법원의 판단
 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항은 ‘과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다’고 규정하고, 제2항은 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다’고 규정하고 있다. 
 위 규정이 천명하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다. 
 이러한 실질과세의 원칙 중 구 국세기본법 제14조 제1항이 규정하고 있는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이고, 이러한 원칙은 구 지방세법 제82조에 의하여 지방세에 관한 법률관계에도 준용된다. 따라서 구 지방세법 제105조 제6항을 적용함에 있어서도, 당해 주식이나 지분의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 위 규정의 적용을 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 당해 주식이나 지분은 실질적으로 이를 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 할 것이다. 그리고 그 경우에 해당하는지는 당해 주식이나 지분의 취득 경위와 목적, 취득자금의 출처, 그 관리와 처분과정, 귀속명의자의 능력과 그에 대한 지배관계 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다. 
 이 사건의 경우, 원심이 인정한 사실에 의하면 이 사건 자회사들이 아이엔지 및 칠봉산업의 주식 등을 취득하여 보유하고 있는 법적 형식만으로 볼 때는 원고는 아이엔지나 칠봉사업의 주식 등을 전혀 보유하고 있지 않은 반면, 종로가 취득한 아이엔지의 지분은 25%에 불과하고 이 사건 자회사들이 취득한 칠봉산업의 지분은 각 50%로서 그 지분보유 비율이 51% 이상인 경우에 적용되는 과점주주의 요건에도 해당하지 않기 때문에 원고 및 이 사건 자회사들 모두 구 지방세법 제105조 제6항이 규정한 이른바 간주취득세의 형식적 적용요건을 피해 가고 있다. 그러나 원심판결 이유와 기록에 의하면, 이 사건 자회사들이 이 사건 주식 등을 취득할 때 이 사건 자회사들의 지분은 원고가 100%를 소유하고 있었고, 그 전에 로담코 코리아가 아이엔지 주식 75%를 취득할 때도 그 지분 소유관계는 마찬가지였던 것으로 보인다. 또한 이 사건 자회사들은 위와 같이 아이엔지와 칠봉산업의 주식 등을 보유하다가 그 중 일부를 처분하는 방식으로 재산을 보유·관리하고 있을 뿐 그 외 별다른 사업실적이 없고, 회사로서의 인적 조직이나 물적 시설을 갖추고 있는 것도 없어서 독자적으로 의사를 결정하거나 사업목적을 수행할 능력이 없는 것으로 보인다. 그 결과 이 사건 주식 등의 취득자금은 모두 원고가 제공한 것이고 그 취득과 보유 및 처분도 전부 원고가 관장하였으며 로담코 코리아가 취득한 아이엔지 주식 75%의 경우도 이와 사정이 다르지 않을 것으로 보이고, 그 모든 거래행위와 이 사건 자회사들의 사원총회 등도 실질적으로는 모두 원고의 의사결정에 따라 원고가 선임한 대리인에 의하여 이루어진 것으로 보인다. 이러한 점 등으로 미루어 보면, 이 사건 주식 등을 원고가 직접 취득하지 않고 이 사건 자회사들 명의로 분산하여 취득하면서 이 사건 주식 등의 취득 자체로는 과점주주의 요건에 미달하도록 구성한 것은 오로지 구 지방세법 제105조 제6항에 의한 취득세 납세의무를 회피하기 위한 것이라고 보기에 충분하다.
 위와 같은 여러 사정을 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 자회사들에 대한 완전한 지배권을 통하여 아이엔지 주식 75%와 함께 이 사건 주식 등을 실질적으로 지배·관리하고 있으므로 원고가 그 실질적 귀속자로서 이 사건 주식 등의 취득에 관하여 구 지방세법 제105조 제6항에 의한 취득세 납세의무를 부담한다고 볼 여지가 상당하다. 
 그렇다면 원심으로서는 이 사건 자회사들의 설립목적과 그에 대한 원고의 지배관계 및 지배의 정도, 아이엔지 주식 75%와 이 사건 주식 등의 취득 경위와 목적 등을 자세히 심리하여 그 실질적 귀속관계를 밝히고, 그에 따라 원고에게 이 사건 주식 등의 취득에 관하여 구 지방세법 제105조 제6항에 의한 취득세의 납세의무가 있는지를 판단하였어야 할 것이다. 그럼에도 원심은 위와 같은 점에 대한 심리·판단을 하지 아니한 채 이 사건 자회사들이 이 사건 주식 등을 취득한 형식과 외관에만 치중한 나머지 원고에게 그 취득세의 납세의무가 없다고 단정하였으니, 이러한 원심판단에는 실질과세의 원칙에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다. 
 4. 결론
 이에 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 
 이 판결에는 대법관 전수안, 대법관 이상훈의 반대의견이 있는 외에는 관여 법관들의 의견이 일치되었고, 대법관 박병대의 다수의견에 대한 보충의견이 있다.
 5. 대법관 전수안, 대법관 이상훈의 반대의견
 다수의견은, 구 지방세법 제105조 제6항의 적용을 회피할 목적으로 이 사건 자회사들을 통하여 이 사건 주식 등을 분산하여 취득한 원고가 이 사건 자회사들에 대한 완전한 지배권을 통하여 이 사건 주식 등을 실질적으로 지배·관리하고 있다면, 실질과세의 원칙에 의하여 이 사건 주식 등이 실질적으로 원고에게 귀속되었다고 보아 원고가 위 규정에 의한 과점주주로서의 취득세 납세의무를 부담한다고 해야 한다는 이유로, 이와 다른 취지의 원심판결을 파기하겠다는 것인데, 이러한 다수의견에는 다음과 같은 이유로 찬성할 수 없다.
 가. 실질과세의 원칙은 조세공평의 원칙을 실현하기 위한 조세법의 기본원리로서 과세권의 행사가 실질적인 사실관계에 반하여 이루어지는 경우 이를 배제함으로써 납세자의 권리를 보호하는 긍정적인 측면이 있지만, 반대로 과세권의 남용을 정당화하는 도구가 되어 납세자의 재산권을 침해함으로써 과세요건 법정주의와 명확주의를 핵심으로 하는 조세법률주의와 충돌할 염려가 있다. 
 이러한 염려 때문에 그동안 대법원은, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 과세관청으로서는 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 하며, 실질과세의 원칙에 의하여 납세의무자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 한다는 견해를 거듭 밝혀 왔고, 모회사가 지배권을 행사하고 있는 자회사를 거래에 개입시킨 경우에도 그 예외를 인정하지 아니하였다(대법원 1991. 5. 14. 선고 90누3027 판결, 대법원 2000. 9. 29. 선고 97누18462 판결, 대법원 2005. 1. 27. 선고 2004두2332 판결, 대법원 2009. 4. 9. 선고 2007두26629 판결 등 참조). 이러한 법리는 법적 안정성과 예측가능성을 확보하고 이를 통해 납세자의 권리를 보호하며 과세권의 자의적 확장을 막고자 하는 조세법률주의의 권리보장적 기능에서 도출되는 당연한 이치이다. 
 납세의무자로서는 조세법률주의의 토대 위에서 조세의 부담을 제거하거나 완화하는 거래방법을 선택할 수 있으며, 그것이 가장행위나 위법한 거래로 평가되지 않는 한 납세의무자의 권리로서 존중되어야 한다. 그럼에도 본질적으로 불확정개념인 실질과세의 원칙을 내세워 납세의무자가 선택한 거래형식을 함부로 부인하고 법 문언에 표현된 과세요건의 일반적 의미를 일탈하여 그 적용범위를 넓히게 되면 조세법률주의가 형해화되어 이를 통해 실현하고자 하는 법적 안정성과 예측가능성이 무너지게 된다. 나아가 조세포탈죄 등의 구성요건해당성이 과세관청의 자의에 의하여 좌우될 수 있어 죄형법정주의의 근간이 흔들릴 수도 있다. 
 이러한 견지에서 대법원은 부동산 취득세에 관하여, 부동산 소유권의 이전이라는 외형 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세일 뿐 부동산의 취득자가 이를 사용·수익·처분함으로써 얻는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아닌 점을 고려하여, 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지와 관계없이 소유권 이전의 형식에 의한 부동산 취득의 경우를 그 과세대상으로 삼는 것으로 해석함으로써 소유권 이전의 형식을 중시하여 왔으므로(대법원 2007. 4. 12. 선고 2005두9491 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조), 이러한 부동산 취득세에 의제적 성격까지 보태어 그 납세의무자의 범위를 넓힌 구 지방세법 제105조 제6항의 부동산 등 간주취득세에 관하여는 더욱 당사자가 선택하여 취한 거래형식을 존중하여야 하며, 실질과세의 원칙을 이유로 함부로 납세의무자의 범위를 확장하거나 그 거래형식을 부인할 일이 아니다. 
 나. 원고가 이 사건 주식 등을 직접 취득하지 아니하고 이 사건 자회사들이 이를 분산하여 취득한 동기가 구 지방세법 제105조 제6항의 부동산 등 간주취득세 납세의무를 회피하고자 하는 데 있었음이 의심되거나 나아가 인정된다고 하더라도 그와 같은 거래가 사법(私法)상 효과를 인정받을 수 없는 가장행위 등에 해당한다고 평가할 수 없는 한 원고와 이 사건 자회사들이 선택한 법적 형식을 부인하는 것은 옳지 않다. 다수의견이 원고에게 이 사건 주식 등이 귀속되었다고 보는 것은 결과적으로 이 사건 자회사들의 법인으로서의 존재를 부인하고 그 법인이 이 사건 주식 등을 취득한 거래형식을 부인하는 것과 마찬가지인데, 그와 같이 보려면 이 사건 주식 등의 취득에 따르는 경제적 효과가 원고에게 귀속된다는 점만으로는 부족하고, 이 사건 주식 등의 취득 거래에 관한 법률상의 효과까지 이 사건 자회사들이 아닌 원고에게 귀속시킬 의사가 있었다고 볼 수 있어야 할 것이다. 하지만 원심이 적절히 밝힌 바와 같이 이 사건 주식 등의 취득거래에 있어 원고 및 이 사건 자회사들의 진의가 그 법률상의 효과까지도 원고에게 귀속시키는 것이었다고 볼 수 없음은 분명하다. 
 그리고 이러한 다수의견의 견해는 2007. 12. 31. 신설된 국세기본법 제14조 제3항, 즉 ‘제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다’라는 규정을 이 사건에 적용한 것과 같은 결과인데, 위 규정은 문언상 납세의무의 주체까지 바꿀 수 있다는 취지의 규정으로 보기도 어려울 뿐만 아니라 그 시행일이 2008. 1. 1.로서 그보다 훨씬 전에 이루어진 이 사건 주식 등의 취득에 관하여 곧바로 적용될 수는 없는 것이므로, 다수의견에 대하여는 위 규정을 입법 취지에 반하여 소급적용함으로써 조세법률주의를 위반하였다는 비판을 가할 수도 있겠다. 
 다. 다수의견은, 이 사건 주식 등의 취득에 관하여 이 사건 자회사들의 주체성을 부인하면서도 그에 해당하기 위한 요건과 그 법적인 효과가 무엇인지에 대한 객관적이고 합리적인 기준을 제시하지 않은 채 법령상의 구체적 근거 없이 만연히 실질과세의 원칙만을 그 이유로 앞세운 것이어서 논리의 전개가 충실하지 못하며, 그 결론은 필경 과세요건명확주의에 반할 수밖에 없다. 
 더구나 기록에 의하면, 이 사건 자회사들이 이 사건 주식 등을 취득할 당시, 로담코 코리아의 경우 설립 후 이미 상당한 기간이 경과한 상태였고, 종로의 경우도 적법하게 설립절차를 마친 상태였으며, 이들은 모두 상당한 금액의 수권자본과 납입자본을 가지고 적법한 사업활동을 수행할 능력을 갖추었고, 이 사건 주식 등의 취득, 보유 및 처분의 전(全) 과정에서 원고와 별개로 독립한 회계를 가지고 주주나 사원으로서의 각종 법률행위를 행하여 왔음을 알 수 있다. 따라서 이 사건 자회사들은 원고와 독립된 별개의 법적 지위를 가지고 이 사건 주식 등을 취득하여 보유하고 있었다고 보아야 한다. 그럼에도, 다수의견은 이 사건 주식 등의 취득에 따른 경제적 효과가 모회사인 원고에 궁극적으로 귀속된다는 점에 경도된 나머지 이 사건 자회사들은 원고가 이 사건 주식 등을 분산 취득하기 위하여 만들어 놓은 명목상의 회사에 불과하고 원고가 이 사건 주식 등의 실질적인 취득자라고 판단하였다.
 그리고 이러한 다수의견의 견해는 사실상 이 사건 자회사들에 대하여 그 주주와는 별개의 독립된 법적 실체로서의 법인격을 부인하는 것과 같다고 할 것인데, 법인격 부인론은 회사법상 여전히 논란이 많은 법리로서 아직 그 적용요건에 관하여 견해가 확립된 상태라고 하기 어렵고, 대법원도 법인격 부인의 법리를 적용한 것은 채무면탈 등의 위법한 목적으로 법인격을 형해화하거나 남용하는 예외적인 경우에 국한하여 왔음을 고려할 때(대법원 1988. 11. 22. 선고 87다카1671 판결, 대법원 2004. 11. 12. 선고 2002다66892 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2007다90982 판결 등 참조), 이와 같은 예외적인 경우에 해당한다고 보기 어려운 이 사건 자회사들에 대하여 그 법인격을 사실상 부인하는 다수의견의 태도는 수긍하기 어렵다. 
 최근의 대법원 2011. 4. 14. 선고 2008두10591 판결은 선박에 대한 취득세 등을 회피하기 위하여 조세피난처인 파나마에 설립한 법인의 명의로 선박을 취득한 사건에서 실질과세의 원칙을 적용하여 그 법인은 명목상의 회사에 불과하다고 판시한 바 있으나, 그 법인은 이 사건 자회사들과는 달리 자본금이 1달러에 불과하고 아무런 인적 조직이나 물적 설비를 갖추지 아니하였으며, 당사자들의 내심의 의사도 그 법인을 거래의 당사자로 삼는 것이라고 보기 어려운 사정이 있고, 특히 선박의 경우는 조세피난처로의 편의치적이 남용되는 사례가 많아 이를 규제할 필요성이 크다는 점에서 위 판결의 취지를 이 사건에 원용하는 것은 적절하지 않아 보인다. 
 오히려 대법원 2009. 4. 9. 선고 2007두26629 판결 이래 다수의 판례는, 구 지방세법 제138조 제1항이 규정하는 대도시 안에서의 등록세 중과를 회피하기 위하여, 설립등기를 마친 후 폐업하여 사업실적이 없는 상태에 있는 기존법인의 주식을 제3자가 전부 인수한 다음 기존법인의 상호, 정관, 임원, 자본, 목적사업을 전부 변경하였다고 하더라도 이를 위 규정상의 ‘법인의 설립’에 해당한다고 볼 수 없고, 설령 이를 규제할 필요가 있다고 하더라도 그와 같은 행위의 효력을 부인하는 개별적이고 구체적인 법률 규정을 두고 있지 않은 조세법하에서 그러한 행위에 대해 등록세를 중과하는 것은 조세법규를 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것으로 허용될 수 없다고 판시한 바 있다. 위 판례들의 사안은 이 사건과 유사한 조세회피 사안임이 분명한데, 실질과세의 원칙을 내세워 구 지방세법 시행령이 규정한 바 없는 ‘과점주주’의 개념을 새로이 인정한 다수의견은 위 판결들과 조화로운 것이라고 할 수 없다. 
 이와 관련하여 만일 원고가 보유하는 이 사건 자회사들의 지분 비율이 100%에 이르지 못하였다고 하더라도 다수의견이 그대로 유지될 수 있겠는지, 이 경우에는 구체적 사실관계와 정황에 따라 다시 개별적으로 판단하여야 한다고 한다면 과연 조세법률주의의 존재의의가 무엇인지 묻지 않을 수 없다.
 라. 우리 세법이 과점주주에 대하여 국세와 지방세의 제2차 납세의무를 부담하도록 함은 물론 구 지방세법 제105조 제6항에 의한 부동산 등 간주취득세의 납세의무까지 부담하도록 하는 것은 과세의 형평을 제고하고 조세징수의 적절한 수단을 확보한다는 공익적 목적을 달성하기 위하여 회사 제도의 근간이 되는 주주유한책임의 원리에 대한 중대한 예외를 인정한 것이므로 과점주주의 범위에 관한 법령의 규정은 엄격하게 해석하여야 하며, 다수의견과 같이 구체적인 법령의 근거도 없이 해석을 통하여 그 적용범위를 함부로 확장하는 것은 허용될 수 없다고 하겠다. 같은 취지에서 대법원도 과점주주의 요건에 관한 규정을 함부로 확장해석하거나 유추해석할 수 없다고 하면서 그 범위를 엄격하게 제한하는 태도로 일관하여 왔다(대법원 1981. 1. 13. 선고 80누403 판결, 대법원 1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결, 대법원 1995. 5. 12. 선고 94누4356 판결, 대법원 2004. 2. 27. 선고 2002두1144 판결 등 참조).
 특히 구 지방세법 제105조 제6항은 부동산 등을 취득한 것이 아니라 부동산 등을 보유하고 있는 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 것에 불과함에도 그 부동산 등을 취득한 것으로 의제하여 취득세의 과세범위를 예외적으로 확장한 규정으로서 유사한 입법례를 찾기 어려운 이례적인 제도인 점을 고려해 볼 때 그 적용요건을 한층 더 엄격하게 제한하는 것이 바람직하다고 할 것이다. 그럼에도 실질과세의 원칙을 이유로 위 규정에서 정하는 과점주주의 범위에 속하지 않는 자임이 명백한 경우까지 그 외연을 확대하여 과점주주로 보게 되면 부동산 등 취득세에 관한 과세요건 해당성을 실상과 다르게 이중으로 의제하는 부당한 결과가 되어 헌법상 과잉금지의 원칙 등에 어긋날 수 있다. 
 이러한 견지에서 구 지방세법 제22조 제2호를 보면, 위 규정은 과점주주를 정의하면서 주주 또는 유한책임사원이어야 함을 전제로 하고 있는데, 여기서 ‘주주’ 또는 ‘유한책임사원’은 회사법에서 차용한 개념으로서 조세법에 고유한 별도의 정의규정이 없으므로 법적 안정성과 예측가능성을 확보하기 위해서는 회사법상의 ‘주주’ 또는 ‘유한책임사원’의 의미로 제한하여 해석되어야 하며, 대법원과 헌법재판소도 같은 취지의 견해를 밝힌 바 있다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2008두983 판결, 헌법재판소 2006. 6. 29. 선고 2004헌바8 결정 등 참조). 따라서 위 규정이 정하는 과점주주에 해당하기 위해서는 우선 그 전제로서 원칙적으로 당해 법인의 주주명부나 사원명부에 등재되어 회사법상 주주나 사원으로서의 지위가 인정되어야 한다고 할 것이다. 
 또한 구 지방세법 제22조 제2호에 의하면 당해 법인의 주주 또는 유한책임사원 1인을 중심으로 그와 특수관계에 있는 자들이 합하여 그 법인의 지분을 51% 이상 보유하여야 그 법인의 과점주주가 될 수 있으므로, 모회사와 자회사들의 관계에서는 그 중심이 되는 모회사가 당해 법인의 지분을 일부라도 보유하는 주주나 사원이 아닌 한 자회사들이 합하여 51% 이상의 지분을 보유하더라도 이를 이유로 모회사와 자회사들이 합하여 과점주주가 된다고 할 수는 없다. 이는 법인세법상 부당행위계산부인에 있어서 자회사들 상호 간에 이루어진 거래는 비록 모회사가 그 거래의 당사자가 아니더라도 부당행위계산부인의 적용대상으로 삼는 것과 대조를 이룬다. 이러한 규정의 차이는 단순한 입법상의 부주의나 오류에 기인한 것이라기보다는 과점주주로서의 제2차 납세의무나 간주취득세 납세의무가 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외인 점을 고려하여 그 확대를 가급적 제한하고자 하는 입법의도가 반영된 것으로 보는 것이 타당하다. 
 이러한 입법 취지에 비추어 볼 때 비록 구체적 사건에서 제2차 납세의무나 간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주의 범위를 확대할 필요성이 있다고 하더라도 이는 관련 법령의 개정을 통해 입법적으로 해결할 문제이지 그 해석을 통하여 해결할 것은 아니라고 할 것이다(물론 그 입법의 타당성 여부는 별론으로 한다). 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서가 인정상여처분의 상대방인 법인 대표자의 범위에 법인등기부상의 대표자 외에도 실질적인 대표자를 포함할 필요가 있어 그 괄호규정에서 30% 이상의 지분을 소유하면서 법인의 경영을 사실상 지배하는 자를 포함한다고 명시적으로 규정한 것도 이러한 취지에 따른 것으로 볼 수 있다. 그러나 이와 달리 구 지방세법 제22조 제2호에서는 실질적인 과점주주를 과점주주의 범위에 포함하는 명문의 규정을 두고 있지 않으므로, 다수의견과 같이 함부로 실질과세의 원칙을 들어 위 규정의 해석을 통하여 과점주주의 외연을 확대하여서는 안된다. 
 이 사건에서 원고는 칠봉산업 지분이나 아이엔지 주식을 취득한 바가 없어 그 사원명부나 주주명부에 등재되지 아니하였고, 칠봉산업과 아이엔지가 이 사건 자회사들을 놔두고 원고를 그들의 사원이나 주주로 인정해줄 리도 없을 것이므로 원고는 회사법상 칠봉산업과 아이엔지의 사원이나 주주가 될 수 없어 그 과점주주가 될 수 있는 전제요건을 갖추지 못하였다. 그리고 이와 같이 원고가 칠봉산업과 아이엔지의 사원이나 주주가 아닌 이상 이 사건 자회사들이 합하여 칠봉산업 지분과 아이엔지 주식을 51% 이상 보유하게 되었다 하더라도 위에서 살펴본 바와 같이 이를 이유로 이 사건 자회사들이 과점주주에 해당한다고 할 수도 없다. 그럼에도 원고가 칠봉산업과 아이엔지의 과점주주에 해당함을 전제로 하여 원고에게 구 지방세법 제105조 제6항에 의한 부동산 등 간주취득세의 납세의무가 있다고 하는 다수의견은 위 규정의 입법 취지에 반한다. 
 마. 결국, 이 사건 자회사들이 이 사건 주식 등을 취득한 데 따른 경제적 효과가 원고에게 미친다고 하더라도 이 사건 자회사들의 법인격을 부인할 수 없을 뿐만 아니라 원고와 이 사건 자회사들의 의사는 이 사건 주식 등을 이 사건 자회사들이 소유하기로 하는 것임을 알 수 있고, 과점주주의 범위에 관한 구체적 규정이 있음에도 불구하고 원고가 이 사건 주식 등의 취득으로 인한 경제적 효과를 받는다는 이유만으로 이 사건 자회사들을 배제한 채 원고를 칠봉산업과 아이엔지의 과점주주로 보는 것은 실질과세의 원칙의 본질에 어긋난다고 할 것이다. 따라서 원고는 칠봉산업과 아이엔지의 과점주주에 해당하지 않는다고 보아 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분이 위법하다고 한 원심판단은 정당하고, 거기에 실질과세의 원칙에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 이상과 같은 이유로 다수의견에 찬성할 수 없음을 밝혀 둔다.
 6. 대법관 박병대의 다수의견에 대한 보충의견
 가. 실질과세원칙의 적용범위 및 효과와 관련하여
 조세법에서 실질과세의 원칙은 조세회피행위를 규제하여 과세의 형평을 실현하는 것을 목적으로 한다. 거래의 내용이나 그에 따른 재산과 소득의 귀속이 실질적인 면에서 동일하다면 납세의무의 부담 여부도 그 형식이나 외관과 무관하게 같아야 한다. 그래야만 조세정의와 조세공평의 이념이 실현될 수 있다. 조세회피를 목적으로 비합리적이고 비정상적인 형식을 취하였음에도 외관이 그렇다는 이유만으로 납세의무를 면할 수 있고 그 반면 실질에 부합하는 정상적인 거래형식을 취하는 경우에는 납세의무를 부담할 수밖에 없다고 하는 것은 매우 부당하다. 실질과세의 원칙은 바로 그러한 불합리를 제거하는 수단이 되는 조세법의 기본원리이고, 국세기본법의 관련 규정은 실정법적으로 이를 확인한 규정이라고 할 수 있다. 물론 실질과세의 원칙을 지나치게 확장하여 적용하게 되면 조세법률주의가 형해화되고 과세권이 남용될 수 있다는 부작용이 생길 수 있다. 하지만 다수의견이 밝힌 바와 같이 그 적용범위를 납세의무자가 조세를 회피할 목적으로 실질과 괴리되는 비합리적인 거래의 형식이나 외관을 취하였다는 등의 예외적 사정이 증명되는 경우로 한정한다면, 위와 같은 부작용의 우려가 현실화되는 것은 필요한 범위에서 적절하게 통제될 수 있다. 실질과세의 원칙을 확장 적용할 때 나타날 수 있는 부작용은 당연히 경계해야 할 일이지만, 그 법적 원리가 작동되어야 할 가장 전형적인 장면에서조차 그것과 상호보완적 관계에 있는 조세법률주의의 요청만을 강조하는 것이야말로 오히려 실질적 정의에 어긋나는 결과를 초래할 수 있다. 
 실질과세원칙의 적용과 그 원인된 행위의 민사법적 구성을 반드시 연계하여 인식할 필요는 없다. 당사자가 선택한 거래형식이나 거래주체 등 민사법적인 행위의 내용을 굳이 부정하여 재구성하지 않더라도 조세법적 관점에서 과세요건의 해당 여부를 판단하기 위한 목적 범위 내에서 실질적인 내용과 귀속관계를 파악하는 것으로 족하다. 실질과세의 원칙에 그 법리적 근거가 있는 것으로 이해되고 있는 법인세법상 부당행위계산부인의 경우, 당해 거래가 부당행위계산으로 부인된다고 하더라도 당사자들 사이에 약정한 사법상 법률행위의 효과 그 자체를 부인하거나 새로운 법률행위를 창설하는 것은 아니다. 과세소득계산을 위한 범위 내에서 사법상 법률행위의 내용과 달리 조세법적 인식을 할 뿐이다. 따라서 다수의견이 실질과세의 원칙에 의하여 원고에게 구 지방세법 제105조 제6항에 의한 취득세 납세의무가 있다고 하는 것은, 그 규정을 적용하는 조세법률관계의 범위 내에서 이 사건 주식 등이 실질적으로 원고에게 귀속된 것으로 본다는 취지일 뿐이고, 거기에서 더 나아가 원고를 회사법상 칠봉산업의 사원이나 아이엔지의 주주로까지 인정한다는 취지는 결코 아니다. 다시 말해 다수의견이 이 사건 주식 등 취득에 대하여 원고에게 간주취득세 납세의무를 인정한다고 하여 상법상 그 주주나 지분보유자가 이 사건 자회사들이 아닌 원고라고 하는 것은 아니고, 나아가 이 사건 자회사들의 법인격을 부인하는 것도 물론 아니다. 민사적 법률관계에서 주주권의 귀속이나 법인격 부인론이 적용될 수 있느냐의 문제는 이 사건 과세처분의 국면에서는 관건이 되는 관심의 대상이 아니다. 단지 조세법적 관점에서 그 권리 귀속의 실질적 주체가 원고라고 인정할 수 있는 분명한 사실적 토대가 존재한다면 그 실질에 따라 납세의무를 인정할 수 있다는 것을 말하고 있는 것뿐이다. 존재하는 것은 존재하는 그대로 보면 된다. 세법에 존재하는 실질과세원칙을 적용하는 데 상법 등 사법관계의 권리귀속을 반드시 묶어서 인식할 필요는 없다. 그런 점에서 원고가 회사법상 칠봉산업의 사원이나 아이엔지의 주주가 될 수 없는 한 위 규정에 의한 취득세 납세의무를 부담하게 할 수 없다고 하는 반대의견은 수긍할 수 없다.
 반대의견은 같은 맥락에서 이 사건 주식 등의 취득 거래에 관한 법률상의 효과까지 이 사건 자회사들이 아닌 원고에게 귀속시킬 의사가 있었다고 볼 수 있어야만 원고에게 이 사건 취득세의 납세의무를 인정할 수 있을 것인데, 원고나 이 사건 자회사들의 진의는 그렇지 않았다는 점을 들어 다수의견의 결론이 잘못되었다는 취지로 지적하고 있다. 그러나 앞에 다수의견에서 살펴본 사실관계로 볼 때, 과연 원고와 이 사건 자회사들의 내심의 의사가 진정 이 사건 주식 등을 이 사건 자회사들에게 실질적으로 귀속시키는 데 있다고 할 수 있는지는 매우 의문이다. 오히려 진실된 내심의 의사는 원고가 법적·경제적·사실적으로 완전하게 아이엔지와 칠봉산업, 더 직접적으로는 그 회사들 소유의 빌딩 등 부동산에 대한 지배권을 획득하는 데 있다고 볼 여지가 더 커 보인다. 칠봉산업과 아이엔지가 이 사건 자회사들을 놔두고 원고를 그들의 사원이나 주주로 인정해 줄 리도 없다는 이유로 다수의견을 비판하는 것은 그야말로 형식적·피상적 관찰로 보인다.
 한편 대법원은 그동안 당사자가 선택한 법률관계에 대하여 그것이 가장행위에 해당하지 않는 한 개별적이고 구체적인 부인 규정 없이 실질과세의 원칙에 의하여 조세회피행위에 해당한다는 이유로 그 효력을 부인할 수 없다는 입장을 여러 사건에서 밝힌 바가 있다. 그러나 거기에서 언급하고 있는 가장행위를 민법 제108조 등에서 그 효력을 인정하지 않는 가장행위와 동일한 개념으로 이해할 필요는 없다. 당사자들 사이에 내심의 의사가 결여된 민법상의 통정허위표시는 그 사법상의 효력도 없으므로 굳이 실질과세의 원칙을 적용할 필요도 없이 그 과세요건 해당성은 가장행위의 배후에 은닉된 실제거래행위를 기준으로 판단하면 된다. 정작 실질과세의 원칙을 적용할 필요가 있는 영역은 그와 같은 민법상 가장행위의 정도에는 이르지 못하지만 외관과 실질이 괴리되어 있고 그 실질을 외면하는 것이 심히 부당하다고 볼 수 있는 경우이다. 실제로 대법원 판례에는 그 외관이 민법상 가장행위에 해당한다고 보기 어려운 경우에도 실질과세의 원칙을 적용하여 과세요건사실을 그 외관과 다르게 파악하여 인정한 사례가 많고, 이 경우에는 명시적으로 가장행위에 해당한다는 것을 전제하고 있지는 않다(대법원 2002. 4. 9. 선고 99도2165 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두19628 판결, 대법원 2010. 11. 25. 선고 2009두19564 판결 등). 따라서 판례가 실질과세원칙의 적용과 관련하여 가장행위가 아닌 한 행위의 효력을 부인하여서는 안 된다고 한 것을 역으로 민법상 가장행위에 해당하는 경우에만 실질과세원칙을 적용할 수 있다고 이해할 것은 아니라고 할 것이다. 이 사건에서도 설사 이 사건 자회사들이 이 사건 주식 등의 취득에 의한 법률적 효과까지 원고에게 귀속시키고자 하는 내심의 의사가 있었던 것은 아니어서 이 사건 주식 등의 취득이 민법상 가장행위에 해당한다고는 할 수 없다고 하더라도 그것만으로 실질과세의 원칙에 의하여 원고에게 납세의무를 인정하는 것이 종전 판례 법리에 어긋난다고 할 것은 아니라고 하겠다.
 또한 이 사건 주식 등의 취득으로 인한 조세법상의 효과를 원고에게 귀속시킨다고 하기 위해서 굳이 이 사건 자회사들의 법인격을 부인하는 것이 전제조건이 된다고 할 것도 아니다. 실질과세의 원칙은 문제가 되는 거래 명의자의 배후에 있는 실질 귀속자가 누구인지를 따지는 것일 뿐, 명의자의 회사법상 법인격까지 부인하는 법리적 토대 위에 서 있는 것이 아니다. 실질과세의 원칙이 정작 존재의의를 가지는 것은 오히려 거래 명의자의 법인격까지 부인할 정도에는 이르지 않지만 그 실질적 귀속주체가 따로 있다고 볼 수 있는 경우에 그 실질 주체를 납세의무자로 인정하는 근거를 제공해 주는 데 있다고 할 것이다.
 그리고 다수의견이 2007. 12. 31. 신설된 국세기본법 제14조 제3항을 조세법률주의에 반하여 소급적용한 것에 해당한다는 비판도 수긍하기 어렵다. 다수의견은 이 사건 과세처분을 할 당시 시행되던 구 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 따라 이 사건 주식 등의 취득으로 인한 간주취득세의 납세의무자가 그 명의인인 이 사건 자회사들이 아니라 실질적 귀속주체인 원고라고 한 것일 뿐이다. 설사 반대의견처럼 이 사건 처분 이후 신설된 국세기본법 제14조 제3항을 적용하면 다수의견과 같은 결과에 이른다고 하더라도, 다수의견은 그 규정을 근거로 한 것은 아니므로 위와 같은 지적은 적절하지 아니하다. 더구나 위 국세기본법 제14조 제3항은 자본의 국제적 이동 과정에서 명목회사를 이용한 조세회피행위를 규제하고자 하는 국제사회의 논의 결과를 바탕으로 우리나라에서도 국제조세조정에 관한 법률 제2조의2가 신설되고 같은 취지의 규정이 국세기본법에도 도입된 것으로서, 기존의 실질과세원칙이 적용되는 국면을 좀 더 구체화하려 한 것일 뿐 전혀 새로운 과세근거를 창설한 것이라고 볼 것만도 아니다. 그런 점에서 국세기본법 제14조 제3항이 신설되기 전에 이루어진 이 사건 주식 등 거래에 대해서는 실질귀속자에게 납세의무를 인정하는 것이 곤란하다는 비판을 수긍할 수는 없다. 
 나. 적용요건의 불명확성에 관하여
 다수의견이 이 사건 주식 등의 취득에 관하여 이 사건 자회사들의 주체성을 부인하면서도 그에 해당하기 위한 요건이 무엇인지에 대한 객관적이고 합리적인 기준을 제시하지 못하고 있다는 반대의견의 지적은 경청할 만한 것이기는 하다. 
 그러나 실질과세의 원칙이 작동하는 영역에 발을 들여 놓는 순간 그 판단의 요체는 실질과 형식의 괴리가 존재하느냐 하는 사실인정과 평가의 문제가 등장할 수밖에 없다. 실질과세원칙의 적용은 구체적 과세근거법규에서 정한 과세요건에 해당하는지 여부가 일견 분명함에도 그 외관과 다르게 납세의무를 인정하거나 부정할 사유가 존재하느냐 하는 평가 영역의 문제이고 그 한도에서 과세대상에 해당하는지 여부가 불명확해지는 것은 본래적 속성이다. 그것조차 과세요건 명확주의에 반한다고 하는 것은 실질과세의 원칙을 선언한 근원적인 이유를 부정하는 논리에 가까운 것이다. 과세요건 명확주의에도 불구하고 실질과세원칙이 작동하는 것은 과세근거규정의 요건에 형식적 해당성이 있더라도 실질이 그와 다르다는 이유로 납세의무를 부정함으로써 납세의무자를 보호해 주는 기능을 하거나, 반대로 형식적으로는 과세요건에 해당하지 않지만 실질이 그렇지 않다고 하여 그 형식에도 불구하고 납세의무를 인정함으로써 조세의 공평을 기할 수 있기 때문이다. 말하자면 과세요건 명확주의는 개별적인 과세근거규정의 적용 영역에서 주로 작동하는 원리라면 실질과세원칙은 개별 과세규정의 형식성에서 생기는 부당함과 불공정을 다른 차원에서 시정하고자 하는 것이다. 그러니 개별사건의 사실관계와 거래실질 등에 따라 적용 여부가 결정되는 것은 그 당연한 속성일 뿐이다. 실질의 존부를 판단하는 기준을 일의적으로 또는 개별적으로 구체화하여 규정할 수 있다면 법률이 구태여 실질과세원칙이라는 일반규정을 따로 마련하여 선언해 둘 이유가 없다. 실질과세원칙은 개별 과세규정의 형식성에서 오는 한계를 극복하여 구체적 사건에서 납세의무자를 보호하거나 과세권이 적정하게 행사되도록 하기 위한 것이니 여기에 일의적인 기준이 없다고 하여 논리전개가 부실하다고 비난할 일은 아닌 것이다. 지분 보유율이 100%이면 되고 90%면 안 된다는 식으로 단언할 수는 없다. 지분율 외에도 ‘실질’에는 따질 요소가 너무나 많고 다양하다. 그것을 따져 주는 것이 개별사건에서 법원이 할 몫이다.
 이 사건 처분의 과세 대상인 거래가 사실상 원고에게 귀속된다고 볼 수 있느냐는 다수의견에서 지적한 바와 같은 여러 관련요소들을 더 심리하여 평가·판단할 문제이고, 다수의견에서는 그 판단의 기준이 되는 요소들을 예로 들어 제시하였다. 반대의견에서 말하고 있는 것처럼 이 사건 자회사들이 이 사건 주식 등을 취득한 때로부터 상당 기간 전에 설립되었다거나 독자적인 납입자본금이 있다는 등의 요소만으로 이 사건 주식 등 거래의 실질적 귀속도 그 명의자인 이 사건 자회사들에게 있다고 단언할 것은 아니라고 본다. 법인이 형식적으로라도 거래의 주체가 되려고 할 때 상법상 회사설립의 요건이 되는 수권자본이나 별도의 회계와 같은 기본적 외형조차도 갖추지 않는 그런 경우는 오히려 매우 드물 것이기 때문이다.
 다. 과점주주의 개념 확장 문제와 관련하여
 다수의견도 ‘과점주주’의 개념 범위를 해석에 의하여 함부로 확장해도 좋다는 것이 아니다. 또한 구 지방세법 제22조 제2호가 규정한 ‘과점주주’에 해당하려면 그 당사자 본인도 당해 회사의 주식 등을 소유하는 주주나 사원의 지위를 가지고 있어야 하는데, 원고는 이 사건 자회사들의 모회사일 뿐이고 아이엔지의 주주나 칠봉산업의 사원은 아니므로 위 규정에 의한 과점주주에 곧바로 해당하지는 않는다고 하는 분석은 백번 옳다. 반대의견에서 종래 과점주주의 개념을 회사법상의 주주 등 개념에 기초하여 이해해야 한다고 한 근거로 들고 있는 대법원 판례들도 같은 맥락에서 이해되어야 할 것이다. 
 그러나 형식상 과점주주가 아니라는 것과 그럼에도 실질과세원칙의 적용대상이 되어 결과적으로 과점주주인 것과 같은 법적 효과가 주어진다는 것은 논리적으로 전혀 별개이다. 다수의견도 원고가 직접적으로 아이엔지나 칠봉산업의 과점주주라고 하고 있는 것은 아니다. 과점주주에게 간주취득세 납세의무를 부과하는 근거조항인 구 지방세법 제105조 제6항과 과점주주의 개념범위를 정한 구 지방세법 제22조 제2호만으로는 과점주주가 아니지만, 실질과세원칙을 정한 구 국세기본법 제14조 제1항을 겹쳐서 적용하게 되면 원고가 과점주주인 것과 같은 법적 효과가 생기게 된다는 것이 이 사건 처분의 과세논리이다. 그것이 과점주주의 개념을 엄격하게 해석해야 한다는 기존 판례의 견해와 충돌하는 바는 없다.
 반대의견은, 법인세법상 자회사들 상호간의 거래에 대하여 모회사가 거래당사자로 관여하지 않더라도 부당행위계산부인의 적용대상으로 명시하여 규정한 것과 대비해 보면, 구 지방세법 제22조 제2호가 간주취득세와 관련하여 모회사와 자회사의 관계를 과점주주의 개념범위에 포섭하여 규정하지 않은 것은 그 적용범위의 확대를 가급적 제한하고자 하는 입법의도가 반영된 것으로 보아야 한다고 한다. 그러나 입법경과가 과연 그러한지, 또 그렇게 해석해야만 하는지는 의문이다. 오히려 입법 당시에는 이 사건과 같은 모회사·자회사의 다단계 구조를 통한 거래형태의 변형까지는 미처 예상하지 못하여 그와 같이 규정한 것일 뿐이고, 거래당사자들이 그 빈 공간을 파고들어 조세부담을 회피하려는 행위를 한 것일 뿐이라고 보는 것이 사실에 더 가깝다고 보인다. 그렇다면 거기에 조세법의 일반원칙인 실질과세의 원칙을 투영하는 것이 반드시 입법 취지에 배치된다고 할 것은 아니라고 할 것이다.
 라. 간주취득세의 특수성과 관련하여
 과점주주가 되면 당해 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로 이 점에서 담세력이 나타난다고 보고 취득세를 부담하게 하는 것이 간주취득세 제도의 취지이다(대법원 1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결 참조). 이는 특히 우리나라 조세체계상 부동산의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지만 주식 등의 취득에 대해서는 과세하지 아니하는 점에 착안하여, 부동산을 취득하기 위한 방편으로 그 부동산을 소유하는 법인을 인수하는 방법이 거래계에서 성행하는 등의 과세현실에 대응하기 위해 마련된 제도라고 할 수 있다. 원고가 이 사건 자회사들을 통하여 이 사건 주식 등을 취득한 거래도 바로 그러한 목적으로 이루어진 전형적인 경우라고 보인다.
 이와 같은 간주취득세 제도의 취지 등에 비추어 보면, 부동산의 소유권을 직접 취득한 당해 법인에 부과하는 취득세는 그 법인이 실물 부동산을 취득한 데 대한 과세인 반면, 간주취득세는 그 후 그 법인의 주식 등을 인수함으로써 우회적인 방법으로 그 법인이 소유한 부동산에 대한 지배권을 실질적으로 취득하는 것을 과세계기로 삼는 것이므로 이는 서로 별개이다. 이 사건에서 아이엔지나 칠봉산업이 그 소유부동산을 취득한 것은 이 사건 자회사들이 그 주식이나 지분을 취득하기 이전이어서 당시 부담한 취득세는 원고나 이 사건 자회사들과는 무관한 일이고, 이 사건 자회사들이 이 사건 주식 등을 취득함으로써 위 부동산에 대한 실질적 지배권을 획득한 것은 새롭게 발생한 과세원인일 뿐이다. 따라서 간주취득세를 실질과세의 원칙에 의하여 그 권리나 거래의 실질적 귀속주체에게 부과한다고 하여 그것이 반드시 이중으로 의제하는 결과가 된다고 할 것은 아니라고 본다. 만약 이 사건 주식 등 거래가 아이엔지나 칠봉산업이 소유한 부동산의 취득에 실질적인 목적이 있는데도 취득세는 모회사·자회사 관계의 다단계 법인 구조를 이용하여 피해감으로써 의도적으로 조세부담을 회피하고자 한 경우에 해당한다면, 그에 대해 실질과세의 원칙을 동원하여 과세하는 것이 헌법상 과잉금지의 원칙이나 간주취득세 제도의 취지에 어긋난다고는 보이지 않는다.
 마. 결론
 요컨대 실질과세의 원칙은 조세법률주의와의 관계에서 상호 보완적인 관계에 있는 반면 이를 지나치게 강조할 경우 서로 충돌될 우려가 있다는 점은 충분히 공감한다. 그러나 이 사건 주식 등의 취득에 있어서는 그 외관과 실질의 괴리가 현저한데다가 구 지방세법 제105조 제6항에 의한 취득세를 회피하고자 하는 데에 거래방식을 변형시킨 가장 주된 목적이 있다고 보이고, 그 취득세의 회피를 용인하는 것은 조세공평의 원칙에 현저히 반한다는 점 등을 고려하여 볼 때, 아무리 실질과세의 원칙은 제한적으로 엄격하게 적용해야 한다고 하더라도 이 사건 주식 등의 취득에 그 원칙을 적용한 것이 위법하다고 할 것은 아니라고 할 것이다.

대법원장 양승태(재판장) 박일환 김능환 전수안 안대희 양창수 신영철 민일영 이인복 이상훈 박병대(주심)

[1] 구 국세기본법 제14조에서 정한 실질과세 원칙과 조세법률주의의 관계 및 구 지방세법 제105조 제6항에 따른 취득세 납세의무자를 판단하면서 실질귀속자 과세의 원칙을 적용할 것인지 여부(적극)와 그 판단 기준

[2] 모회사 甲 외국법인이 100% 지분을 소유하고 있는 자회사들인 乙 외국법인과 丙 외국법인이 丁 내국법인의 지분 50%씩을 취득하고, 乙 회사가 75% 지분을 소유하고 있는 戊 내국법인의 나머지 지분 25%를 丙 회사가 취득하자, 관할 행정청이 甲 회사가 丁 및 戊 회사의 과점주주라고 보고 甲 회사에 대하여 구 지방세법 제105조 제6항에 따라 취득세 등 부과처분을 한 사안에서, 주식 등을 취득한 형식과 외관에만 치중하여 甲 회사에 취득세 납부의무가 없다고 단정한 원심판결에 실질과세 원칙에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 한 사례

[1] [다수의견] (가) 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항, 제2항이 천명하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다. 
(나) 실질과세의 원칙 중 구 국세기본법 제14조 제1항이 규정하고 있는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이고, 이러한 원칙은 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조에 의하여 지방세에 관한 법률관계에도 준용된다. 따라서 구 지방세법 제105조 제6항을 적용함에 있어서도, 당해 주식이나 지분의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 위 규정의 적용을 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 당해 주식이나 지분은 실질적으로 이를 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 할 것이다. 그리고 그 경우에 해당하는지는 당해 주식이나 지분의 취득 경위와 목적, 취득자금의 출처, 그 관리와 처분과정, 귀속명의자의 능력과 그에 대한 지배관계 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. 
[대법관 전수안, 대법관 이상훈의 반대의견] (가) 실질과세의 원칙은 조세공평의 원칙을 실현하기 위한 조세법의 기본원리로서 과세권의 행사가 실질적인 사실관계에 반하여 이루어지는 경우 이를 배제함으로써 납세자의 권리를 보호하는 긍정적인 측면이 있지만, 반대로 과세권의 남용을 정당화하는 도구가 되어 납세자의 재산권을 침해함으로써 과세요건 법정주의와 명확주의를 핵심으로 하는 조세법률주의와 충돌할 염려가 있다. 
(나) 납세의무자로서는 조세법률주의의 토대 위에서 조세의 부담을 제거하거나 완화하는 거래방법을 선택할 수 있으며, 그것이 가장행위나 위법한 거래로 평가되지 않는 한 납세의무자의 권리로서 존중되어야 한다. 그럼에도 본질적으로 불확정개념인 실질과세의 원칙을 내세워 납세의무자가 선택한 거래형식을 함부로 부인하고 법 문언에 표현된 과세요건의 일반적 의미를 일탈하여 그 적용범위를 넓히게 되면 조세법률주의가 형해화되어 이를 통해 실현하고자 하는 법적 안정성과 예측가능성이 무너지게 된다. 나아가 조세포탈죄 등의 구성요건 해당성이 과세관청의 자의에 의하여 좌우될 수 있어 죄형법정주의의 근간이 흔들릴 수도 있다. 이러한 견지에서 대법원은 부동산 취득세에 관하여, 부동산 소유권의 이전이라는 외형 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세일 뿐 부동산의 취득자가 이를 사용·수익·처분함으로써 얻는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아닌 점을 고려하여, 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지와 관계없이 소유권 이전의 형식에 의한 부동산 취득의 경우를 과세대상으로 삼는 것으로 해석함으로써 소유권 이전의 형식을 중시하여 왔으므로, 이러한 부동산 취득세에 의제적 성격까지 보태어 납세의무자의 범위를 넓힌 구 지방세법 제105조 제6항의 부동산 등 간주취득세에 관하여는 더욱 당사자가 선택하여 취한 거래형식을 존중하여야 하며, 실질과세의 원칙을 이유로 함부로 납세의무자의 범위를 확장하거나 그 거래형식을 부인할 일이 아니다. 

[2] 모회사 甲 외국법인이 100% 지분을 소유하고 있는 자회사들인 乙 외국법인과 丙 외국법인이 丁 내국법인의 지분 50%씩을 취득하고, 乙 회사가 75% 지분을 소유하고 있는 戊 내국법인의 나머지 지분 25%를 丙 회사가 취득하자, 관할 행정청이 甲 회사를 丁 및 戊 회사의 과점주주로 보고 甲 회사에 대하여 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항에 따라 취득세 등 부과처분을 한 사안에서, 자회사들의 설립목적과 그에 대한 甲 회사의 지배관계 및 지배의 정도, 丁 및 戊 회사 주식의 취득 경위와 목적 등을 심리하여 실질적인 귀속관계를 밝히고 그에 따라 甲 회사에 구 지방세법 제105조 제6항에 따른 취득세 납부의무가 있는지를 판단하였어야 함에도, 이러한 조치 없이 주식 등을 취득한 형식과 외관에만 치중하여 甲 회사에 취득세 납부의무가 없다고 단정한 원심판결에 실질과세의 원칙에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 한 사례.