1) 노인복지시설 감면 후 1년 이내 직접 사용하지 않아 취득세를 추징당한 경우, 정당한 사유로 볼 수 있는지 여부2) 각 지분 1/2을 소유한 원고들(공동소유자)의 직접 사용 여부 (일반행정, 수원지방법원)
공포일: 2022.07.20 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 2021. 3. 2. 원고들에 대하여 한 취득세 등 경정거부처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

▣ 청 구 취 지

주문과 같다.
▣ 이 유

1.처분의 경위

가.원고들의 취득세 등 면제 및 신고

1)원고들은 용인시 기흥구 ○○동 ○○○-○임야3201㎡및 같은 동 ○○○-○임야27㎡중18분의17지분을 주식회사 두○○으로부터,나머지18분의1지분을 주식회사 송○○○○으로부터 각 매수하고(이하,통틀어‘이 사건 토지’라 하고, ‘○○동’이하만 기재한다), 2019. 1. 22.이 사건 토지 중 각2분의1지분에 관하여 매매를 원인으로 지분이전등기를 마쳤다.원고들은‘노인복지시설’에 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득한다는 이유로 취득세 감면을 신청하여,구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것,이하‘구 지방세특례제한법’이라 한다)제20조 제1호에 따라 취득세 등을 면제받았다.
2)피고 소속 공무원은 취득세 감면 사후관리 대상 부동산에 대한 이용현황 확인을 위해2020. 1. 23.이 사건 토지 현황을 확인하고, ‘2019. 12. 30.건축허가는 받았으나,현재 미착공 나대지 상태’라는 이유로 원고들에게 취득세 등의 자진 신고를 안내하였다.원고들은2020. 3. 4.피고에게 이 사건 토지의 취득세 등 합계115,000,000원(취득세100,000,000원,지방교육세10,000,000원,농어촌특별세5,000,000원)을 신고하였다.원고들은 피고의 납부고지에 따라2020. 6. 23. 118,716,480원(납부불성실가산세258,750원,가산금3,457,730원)을 납부하였다.
나.원고들의1차 경정청구 등

1)원고들은2020. 9. 17.피고에게, ‘이 사건 토지를 해당 용도로 사용하기 위하여 건축허가를 받는 과정에서 건축심의 과정 등의 사유로 지체되었을 뿐 해당 용도로 목적에 맞게 사용하였기 때문에 정당한 사유가 있으므로 감면된 취득세의 추징은 위법’하다는 이유로 경정청구를 하였고,피고는2020. 11. 12. ‘청구인의 인허가 서류미비 등 건축에 필요한 준비 부족으로 수차례 보완 연기신청에 따라 유예기간을 넘기게 된 것으로,이와 같은 사유는 구 지방세특례제한법 제178조 제1호에 따른 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 감면된 취득세를 추징하는 것은 적법’하다는 이유로 경정청구를 거부하였다(이하, ‘1차 경정청구, 1차 거부처분’이라 한다).
2)원고들은2021. 1. 29.피고를 상대로1차 거부처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였다(수원지방법원2021구합61360).
다.이 사건 처분

1)위 소송 과정에서 피고가 필요적 전심절차를 거치지 않았음을 주장하자 원고들은2021. 2. 24. 1차 경정청구와 동일한 사유로 피고에게 재차 경정청구를 하였고,피고는2021. 3. 2.원고에게‘이 경정청구는1차 경정청구와 동일하여1차 거분처분서로 갈음한다’고1차 거부처분서를 첨부하여 통지하였다(이하‘이 사건 경정청구’, ‘이 사건 처분’이라 한다).
2)원고들은2021. 3. 5.이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2021. 8. 24.같은 내용의 경정청구를 반복하는 것은 불복청구 기간을 단기의 불변기간으로 규정한 취지에 반한다는 이유로 각하결정을 받았다.원고들은2021. 9. 16.이 사건 소를 제기하고, 2021. 10. 1.수원지방법원2021구합61360소를 취하하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 10내지13, 18, 23호증,을 제1, 3, 7호증의 각 기재,이 법원에 현저한 사실,변론 전체의 취지

2.관계 법령

별지 기재와 같다.
3.본안전항변에 대한 판단

가.피고 주장의 요지

동일한 내용의 경정청구를 반복하여 할 수 있다면 경정청구 거부처분에 대한 불복기간이 연장되는 결과가 되어 지방세기본법에서 불복기간을 단기로 규정하는 취지에 반하고,이 사건 처분은1차 거부처분을 상기하는 단순한 민원회신에 불과하여 취소소송의 대상인 처분에 해당하지도 않으므로,이 사건 소는 부적법하다.
나.판단

거부처분은 관할 행정청이 국민의 처분신청에 대하여 거절의 의사표시를 함으로써 성립되고,그 이후 동일한 내용의 새로운 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 한 경우에는 새로운 거부처분이 있는 것으로 보아야 할 것이다(대법원2002. 3. 29.선고2000두6084판결 등 참조).
원고들이 피고에게1차 경정청구와 동일한 내용의 이 사건 경정청구를 하였다고 하더라도 피고가 이에 대하여 다시 거절의 의사표시를 하였다면 이는 단순한 사실행위가 아닌 행정소송의 대상이 되는 독립된 처분으로 보아야 한다.납세자는 구 지방세기본법(2019. 12. 31.법률 제16854호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제50조 제1항에 따라 과세표준신고서의 법정신고기한 후5년 이내에 경정을 청구할 권리가 있는데,경정청구제도는 납세자가 과다신고된 과세표준 및 세액의 감액을 주장할 수 있는 유일한 권리구제수단이고 경정청구를 토대로 행정소송에 의한 구제의 길이 있게 되므로,경정청구의 기간 내인 이상 반복하여 경정청구를 할 수 있다고 보는 것이 타당하다.적법한 신청권에 기한 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 단순한 민원회신이 아니라,원고들의 권리관계에 영향을 미치는 공권력의 행사 또는 그 거부에 해당하는 것으로서 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 보아야 한다.피고의 본안전항변은 이유 없다.
4.이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가.인정사실

1)이 사건 토지의 전 소유자인 김○○는2015. 7. 6.자연녹지지역인 ○○동 ○○○-○임야3201㎡(구 ○○동 산 ○○-○)지상에 연면적501.1㎡인 일반철골구조 공장2동을 신축하기 위한 건축허가를 받았다.김○○와 이 사건 토지와 붙어있는 ○○동 ○○○-○임야 소유주는 주식회사 ○○○○종합건설에 산지 개발 및 토목공사를 도급하였고,위 회사는2019년2월경부터8월경까지 이 사건 임야 및 ○○동 ○○○-○임야에서 토사 채취,도로 정비 등 공사를 진행하였다.
2)원고들은2019. 6. 11.피고에게 이 사건 토지 지상에 지상4층 규모의 노인복지시설(이하‘이 사건 건물’이라 한다)신축 및 도로 부지 조성을 목적으로 하는 건축허가 신청서를 제출하였다.원고들은 피고로부터2019. 6. 13.부터2019년11월까지 장애인편의시설 보완,오수량 산정내역 및 오수처리시설 설치신고서 보완,소방보완,개발행위보완 등의 요청을 받고 이를 완료하고, 2019. 11. 13.도시계획위원회 심의 결과를 통보받아 조건부 허가 내용을 반영한 후2019. 12. 30.건축허가(신축/개발,산지의제)허가를 받았다.
3)원고들은2020. 1. 3.주식회사 ○○종합건설에 착공일은2020년2월,준공일은2020년10월로 정해 이 사건 건물의 신축 공사를 도급하였고, 2020. 1. 29.착공신고서를 제출하여2020. 3. 19.착공신고가 수리되었다.원고들은2020. 11. 23.이 사건 건물의 사용승인을 받았고, 2020. 12. 4.이 사건 토지의 지목이 대지 등으로 변경되었다.원고들은2020. 12. 11.이 사건 건물의 소유권보존등기를 마쳤고, 2020. 12. 28.경부터 현재까지 이 사건 건물에서 노인요양시설인‘○○○○○○○○요양원’을 운영하고 있다.
[인정근거]갑 제1, 3, 5, 6, 14, 15, 16, 18, 19, 20, 25, 26, 34호증,을 제3, 6, 11호증의 각 기재,변론 전체의 취지

나.판단

1)구 지방세특례제한법 제20조 제1호는 대통령령으로 정하는 무료 노인복지시설을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는2020. 12. 31.까지 취득세를 면제하도록 규정하면서,같은 법 제178조 제1항에서‘정당한 사유 없이 그 취득일로부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다.
위 규정에서 정하고 있는‘정당한 사유’에는 법령에 의한 금지,제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다.그리고 이러한 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는,납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않은 입법 취지를 충분히 고려하면서,그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,목적사업에 사용할 수 없는 법령상,사실상의 장애사유 및 장애정도,납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원2017. 8. 18.선고2017두42293판결 등 참조).
2)위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들에 비추어 보면,원고들은 노인복지시설을 완공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 사업의 규모,법령상 제한에 따른 협의 절차 이행 등으로 인하여 유예기간을 경과하여,이 사건 토지의 취득일로부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다.
①원고들은2019. 1. 22.이 사건 토지를 취득한 후2019. 6. 11.피고에게 건축허가신청서를 제출하였다.이 사건 건물은 김○○가 받았던 종전 건축허가 상 공장 건물보다 규모가 훨씬 크고 건물의 용도도 다른 점,개발행위 및 산지전용허가를 함께 받기 위해 준비가 필요했던 점 등에 비춰 원고들이 건축허가신청을 부당하게 지연하였다고 볼 수 없다.
②피고는 원고들에게 법상 요구되는 장애인편의시설,오수량 산정내역 및 오수처리시설 설치신고서,소방시설 등의 보완을 요구하였고 원고는 해당 내용을 설계에 반영하였으며,피고는 관계 부서의 협의를 거쳐 보완 내용이 완료되었음을 확인하였다.이 사건 토지는 자연녹지지역 내 임야로서 개발행위허가 및 산지전용허가 요건을 갖춰야 건축허가를 통해 위 허가도 의제된다.도시계획위원회 심의 등 의제되는 허가를 위한 절차를 거쳐야 했고 심의 내용 보완도 필요하였다.보완 요구 내용,협의 내용,절차 등에 비춰보면,원고들은 건축허가를 받기 위하여 정상적인 노력을 다하였고,통상적인 범주를 벗어난 원고들의 귀책사유로 인하여 건축허가가 지연된 것이라 보이지 않는다.
③원고들은 건축허가를 받고1개월 내에 착공신고서를 제출하고,건축공사 도급계약 당시 예정한 준공일에 가까운2020. 11. 23.이 사건 건물의 사용승인을 받아 예정한 기한 내에 신축공사를 마쳤다.원고는 이후 현재까지 당초 이 사건 토지의 취득 목적과 같이 이 사건 건물을 노인복지시설로 운영하고 있다.원고들은 건축허가를 받고 가능한 빠른 시일 내에 이 사건 토지를 취득한 목적에 따라 사용하였다.원고들이 이 사건 토지를 노인복지시설이 아닌 다른 목적으로 사용하려 한 사정도 없다.
④피고는 원고들이 노인복지시설 운영자가 아니어서 이 사건 토지를 해당 용도로‘직접 사용’하는 것으로 볼 수 없다고 주장한다.그러나 지방세특례제한법상‘직접 사용’의 정의1),취득세 감면의 목적 등에 비춰,원고들이 시설장을 고용하여 운영하거나 원고들 본인이 시설장으로서 운영하거나 상관없이 이 사건 건물을 노인복지시설 용도에 맞게 사용한 이상 모두 직접 사용에 해당한다(대법원2011. 1. 27.선고2008두15039판결 참조).
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주1) 지방세특례제한법 제2조(정의)

①8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」제2조에 따른 수탁자를 포함하며,신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
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5.결론

그렇다면,원고들의 청구는 이유 있으므로,이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

■구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것)

제20조(노인복지시설에 대한 감면)

「노인복지법」제31조에 따른 노인복지시설을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를2020년12월31일까지 감면한다.
1.대통령령으로 정하는 무료 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고,과세기준일 현재 노인복지시설에 직접 사용(종교단체의 경우 해당 부동산의 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 해당 부동산을 노인복지시설로 사용하는 경우를 포함한다.이하 이 조에서 같다)하는 부동산에 대해서는 재산세의100분의50을 경감한다.다만,노인의 여가선용을 위하여 과세기준일 현재 경로당으로 사용하는 부동산(부대시설을 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)및 같은 법 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.
2.제1호 외의 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의25를 경감하고,과세기준일 현재 제1호 외의 노인복지시설에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의100분의25를 경감한다.
제178조(감면된 취득세의 추징)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1.정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■구 지방세기본법(2019. 12. 31.법률 제16854호로 개정되기 전의 것)

제50조(경정 등의 청구)

①이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터90일 이내(법정신고기한이 지난 후5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.
1.과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2.과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

②과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1.최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2.조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3.제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③제1항 및 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 지방자치단체의 장은 청구받은 날부터2개월 이내에 그 청구를 한 자에게 과세표준 및 세액을 결정ㆍ경정하거나 결정ㆍ경정하여야 할 이유가 없다는 것을 통지하여야 한다.다만,청구를 한 자가2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청,심사청구,심판청구 또는「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.
④ 「국세기본법」제45조의2제4항에 따른 원천징수대상자가 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하여 그와 관련된 지방소득세의 결정 또는 경정의 청구를 하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다.이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중“과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”는“「지방세법」제103조의13,제103조의18,제103조의29,제103조의52에 따라 특별징수를 통하여 지방소득세를 납부한 특별징수의무자 또는 해당 특별징수 대상 소득이 있는 자”로,제1항 각 호 외의 부분 중“법정신고기한이 지난 후”는“「지방세법」제103조의13,제103조의29에 따른 지방소득세 특별징수세액의 납부기한이 지난 후”로,제1항제1호 중“과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은“지방소득세 특별징수 계산서 및 명세서 또는 법인지방소득세 특별징수 명세서에 기재된 과세표준 및 세액”으로,제1항제2호 중“과세표준 신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액”은“지방소득세 특별징수 계산서 및 명세서 또는 법인지방소득세 특별징수 명세서에 기재된 환급세액”으로 본다.
⑤결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
끝.

원고들은 건축허가를 받고 1개월 내에 착공신고서를 제출하고, 건축공사 도급계약 당시 예정한 준공일에 가까운 2020. 11. 23. 이 사건 건물의 사용승인을 받아 예정한 기한 내에 신축공사를 마쳤다. 원고는 이후 현재까지 당초 이 사건 토지의 취득 목적과 같이 이 사건 건물을 노인복지시설로 운영하고 있다. 원고들은 건축허가를 받고 가능한 빠른 시일 내에 이 사건 토지를 취득한 목적에 따라 사용하였다. 원고들이 이 사건 토지를 노인복지시설이 아닌 다른 목적으로 사용하려 한 사정도 없다.
피고는 원고들이 노인복지시설 운영자가 아니어서 이 사건 토지를 해당 용도로 ‘직접 사용’하는 것으로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 지방세특례제한법상 ‘직접 사용’의 정의, 취득세 감면의 목적 등에 비춰, 원고들이 시설장을 고용하여 운영하거나 원고들 본인이 시설장으로서 운영하거나 상관없이 이 사건 건물을 노인복지시설 용도에 맞게 사용한 이상 모두 직접 사용에 해당한다