취득세등경정거부처분취소 청구의 소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2025.10.02 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】
1. 제1심판결의 인용

원고가 이 법원에서 주장하는 사유는 제1심에서 원고가 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 제1심법원에 제출된 증거들에 이 법원에서 제출된 증거를 보태어 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원의 판결이유는 아래와 같이 고치거나 원고가 이 법원에서 새로 하는 주장에 대한 판단을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지 2를 포함하여 이를 그대로 인용한다'1).

○ 제1심판결 제6쪽 아래에서 4행부터 3행까지의 “취득세의 면제에 대해서는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고”를 “등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고”로 고친다. 

○ 제1심판결 제8쪽 아래에서 2행과 1행 사이에 아래 내용을 추가한다.

“또한 부칙이란 원래 본칙에 부수하여 그 시행기일, 경과적 조치, 그 밖에 관련되는 법령의 개폐 등에 관한 사항을 그 내용으로 하고 있는 것인 만큼 본칙과 독립하여 존재할 수 없고 그 본칙에 대한 부수적, 보충적 효력을 지니고 있다고 할 것인데(대법원 1985. 10. 22. 선고 85누500 판결 등 참조), 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조 규정에 대하여 보면, 종전 조특법에서 규정하던 지방세 감면에 대한 사항을 지특법에서 규정하도록 일원화하면서 법체계의 통일성 및 개정의 시차에 따른 법 집행상의 혼란을 방지하기 위한 과정에서 법률 제12955호 지특법에 위 부칙과 관련된 본칙 규정이 존재하지 아니한 채 부칙만 규정하게 된 것이므로, 위 부칙 제23조 규정은 법률 제12955호 지특법보다 먼저 개정된 조특법 본칙 규정인 ‘법률 제12853호 조특법 제120조(삭제) 및 조특법 부칙 제76조(2010. 1. 1. 법률 제9921호)에 관한 개정조항’에 대하여 부수적, 보충적 효력만을 지니고 있다고 봄이 타당하다.”

2. 추가 판단

가. 원고 주장의 요지

2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사인 원고는 법률 제7216호 조특법 제120조 제4항 제3호에 따른 취득세 감면이 계속해서 유지되리라고 신뢰하면서 이 사건 사업에 따른 건축공사에 착공하는 등 이 사건 건물 취득의 원인행위를 하였다. 따라서 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조를 2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세의 감면을 인정하는 취지로 해석하여 원고의 취득세 감면을 인정하지 아니한 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다.

나. 판단

1) 관련 법리

가) 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전ㆍ후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라 할 것이나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결 등 참조).

나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조).

다) 일반적으로 법률은 현실상황의 변화나 입법정책의 변경 등으로 언제라도 개정될 수 있는 것이기 때문에 원칙적으로 법률의 개정은 예측할 수 있다고 보아야 한다(헌법재판소 2004. 8. 26. 선고 2003헌마337 결정 참조). 또한 납세의무자로서는 구법질서에 의거하여 적극적인 신뢰행위를 하였다든가 하는 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 과세기간 중에 변함없이 유지되리라고 신뢰하고 기대할 수는 없다. 그렇게 되면 국가 조세ㆍ재정정책의 탄력적ㆍ합리적 운용이 불가능하기 때문이다(헌법재판소 1998. 11. 26. 선고 97헌바58 결정 참조).

2) 구체적 판단

다툼 없는 사실, 갑 제1, 10, 15, 21호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위배되는 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

가) 2005. 4. 28. 설립ㆍ등기된 원고는 2006. 7. 11. 이 사건 부지 위에 이 사건 건물을 신축하는 내용의 건축허가를 받아 2007. 7. 2. 건축공사에 착공하였고, 위 공사는 2010. 12.경 중단되었다가 2016년경 재개되었으며, 원고는 2020. 7. 14. 이 사건 건물의 소유권을 취득하였다.

2014. 12. 23. 개정된 법률 제12853호 조특법은 2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사의 경우 2016. 12. 31.까지 취득한 부동산에 한하여만 취득세를 감면하여 주는 취지로 개정되었고, 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조도 이와 같은 취지로 해석하여야 한다는 점은 앞서 본 바와 같은바, 이는 원고와 같이 2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 불리한 법률의 개정에 해당한다. 그러나 위와 같은 원고의 설립일(2005. 4. 28.), 건축허가일(2006. 7. 11.), 착공일(2007. 7. 2.) 등에 비추어 볼 때, 2016. 12. 31.까지로 새롭게 부여된 일몰기한이 당초 일몰기한이 존재하지 않았을 당시 설립ㆍ등기되어 이 사건 사업에 착수한 원고의 신뢰를 침해할 정도로 부당하게 짧은 것으로 보이지 아니한다.

나) 조특법은 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 도모하고 조세재정을 효율적으로 수행하는 것을 목표로 하고 있고(조특법 제1조), 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면은 기업의 구조조정 및 건설경기 활성화를 위한 정책적 고려에서 마련된 제도인바, 조특법 제120조 제4항 제3호의 삭제 및 그에 관한 경과조치는 원칙적으로 조세의 부과에 관한 입법자의 입법형성권의 범위 내에 속한다고 봄이 타당하다. 나아가 이와 같이 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면은 한시적인 경제적 상황에 대처하기 위한 제도로서 그 취지상 정책 목적이 달성되었다고 판단될 경우 지방재정의 확보 및 조세형평을 위해 취득세의 감면을 축소하거나 중지할 것을 당초부터 어느 정도 예정하고 있었는바, 원고로서도 위와 같은 취득세 감면 제도의 취지에 비추어 장래의 어느 시점에 있어서는 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면의 혜택이 변경되거나 중지될 것을 예측할 수 있었을 것으로 보인다.

다) 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 조특법 제120조 제4항 제3호는 2010. 1. 1. 이후 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 2012. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세의 감면을 인정함으로써 프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 감면이 한시적인 조치 내지 혜택임을 분명히 하였고, 이후에도 조특법은 몇 번의 개정을 거치면서 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면의 범위와 대상을 제한하였다. 이와 같은 입법개정 경과에 비추어 원고와 같이 2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기된 프로젝트금융투자회사에 대하여도 취득세 감면의 혜택이 축소되거나 중단될 수 있으리라는 예상은 충분히 가능하였을 것으로 보이므로, 이후 조특법 개정으로 취득세 감면의 혜택이 종료되었다고 하더라도 원고가 종전 규정을 믿고 이 사건 사업을 진행하기 위하여 과도한 비용을 지출하는 등으로 불의의 손해를 입는다거나 납세의무자의 권리가 과도하게 제한되는 것으로 보이지는 않는다.

라) 원고의 주장과 같이 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 반하는 것이라고 해석한다면 2010. 1. 1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 부동산을 취득할 경우 영구히 취득세 감면대상이 된다는 것이어서, 법인 설립ㆍ등기가 특정 시점 이전에 이루어졌다는 사정만으로 과도한 감면 혜택이 주어지는 결과에 이르게 된다. 따라서 설령 원고가 설립ㆍ등기 시점의 취득세 감면 제도가 계속하여 동일한 내용으로 시행될 것으로 믿었다고 하더라도, 이는 주관적 기대에 불과할 뿐 그 신뢰가 마땅히 법적인 보호를 받아야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 없다.

마) 조특법이 법률 제9921호로 개정되기 이전인 2007. 7. 2.경 원고가 이 사건 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였음은 앞서 본 바와 같다. 그러나 착공은 건축물에 대한 공사에 착수하는 행위로서 사실행위에 불과하고, 건축공사의 착공이 이루어진 이후에도 사업이 완료되기 이전에는 사업계획의 변경 등으로 공사의 종기나 내용이 변경될 여지가 있으며, 실제 이 사건 건물의 신축공사도 5년 이상 중단되었다가 착공한 때로부터 13년가량이 지나 완공되었다. 따라서 2010. 1. 1. 이전에 건축공사에 착공하였다고 하여 이 사건 건물의 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아갔다고 보기 어려우므로, 착공 시점에 적용되던 취득세 감면의 혜택이 장래에도 계속해서 동일한 내용으로 유지될 것이라는 원고의 기대는 법적인 보호가치 있는 신뢰로 보기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 모두 기각한다.

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주1) 이 사건과 동일한 쟁점에 관한 수원지방법원 2023. 7. 6. 선고 2022구합67976 판결은 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’ 및 ‘종전의 규정’은 모두 법률 제12853호 조특법의 해당 부분을 가리키는 것이며, 법률 제12955호 지특법 부칙 제23조는 법률 제12853호를 통해 개정된 조특법 부칙<법률 제9921호, 2010. 1. 1.> 제76조 중 ‘2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산’ 부분 역시 인용하고 있다고 판단하여 해당 사건 원고의 청구를 기각하였다. 이에 대하여 위 원고가 항소하였으나 2025. 1. 8. 항소가 기각되었고(수원고등법원 2023누14127), 2025. 6. 12. 위 원고의 상고도 기각되어(대법원 2025두33157) 위 판결이 확정되었다.