법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2012.05.04 / 시행일:

【원 고】 주식회사 남영비비안 (소송대리인 법무법인 디카이온 담당변호사 서정호)
【피 고】 용산세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 이재락 외 1인)
【변론종결】2012. 4. 13.
【주 문】
1. 피고가 2009. 6. 1. 원고에 대하여 한 2004. 6. 30.자로 종료하는 사업연도 법인세 1,179,368,610원의 부과처분을 취소한다. 
2. 소송비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지】 주문과 같다. 
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고는 2003. 7. 2. 현재 미국 델라웨어주에 소재한 Vivien International Inc.(이하 'VI'라 한다)의 주식을 150,040주(지분율 88.2%) 보유하고 있었고, 나머지 20,000주(지분율 11.8%)는 법인세법상 원고의 특수관계자인 남영산업 주식회사(이하 ‘남영산업’이라 한다)가 보유하고 있었다. VI는 2003. 7. 3. 남영산업의 주식은 그대로 둔 채 원고가 보유한 주식 중 131,040주만을 1주당 미화 50달러에 감자하였는바(이하 ‘이 사건 유상감자’라 한다), 유상감자로 일어난 VI의 지분율 변동은 다음과 같다. 
주주유상감자 전감자주식 수유상감자 후주식 수지분율(%)주식 수지분율(%)원고150,04088.2131,04019,00048.7남영산업20,00011.8？20,00051.3합계170,040100.0？39,000100.0
나. VI는 이 사건 유상감자 직전인 2003. 6. 18. VI가 100%의 지분을 보유한 자회사로서 코스타리카 법인인 Conceptos Textile(이하 ‘CT’라 한다)을 흡수합병하였는데(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다), CT의 합병 전 3년간의 당기순손실은 미화 247,530달러(2000년), 미화 379,183.94달러(2001년), 미화 543,115.84달러(2002년)에 달하였다. 
다. 서울지방국세청장은 원고에 대한 법인세 조사를 실시하면서, VI와 CT는 법률상 합병한 것이 아니므로 VI의 주식평가시 CT의 순손익가치를 반영할 수 없고, 따라서 VI의 순손익가치만으로 이 사건 유상감자 당시의 VI 주식을 평가하면 1주당 가액이 미화 83.51달러가 되는데, 원고는 VI의 주식평가시 CT의 순손익가치를 합산하여 원고가 보유한 주식만 1주당 미화 50달러의 가격에 불균등감자함으로써 결과적으로 원고가 남영산업에게 2,675,468,735원의 이익을 공여{=(정당한 주식평가액 83.51달러 - 유상감자 주식가액 50달러) × 131,040주(감자주식 수) × 51.36%(지분율) × 1,188.1원(환율)}하고 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다는 이유로 법인세법 제52조의 부당행위계산부인규정을 적용하여 2009. 6. 1. 원고에게 2004. 6. 30.자로 종료하는 사업연도의 법인세 1,179,368,610원을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
라. 원고는 이에 불복하여 2009. 9. 1. 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2011. 3. 30. 이를 기각하는 결정을 하였다. 
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 다음과 같은 사정을 고려하여 볼 때 이 사건 합병은 법률상 또는 사실상의 합병에 해당하므로 합병후 VI의 주식을 평가함에 있어 CT의 결손금을 반영하여야 하는바, VI와 CT의 합병 전 3년간의 순손익가치를 합산하여 이를 가중평균하면 VI 주식의 1주당 가액은 미화 57.68달러가 된다. 따라서 그와 비슷하게 1주당 미화 50달러에 한 이 사건 유상감자는 특수관계자와의 거래로 인하여 원고의 조세부담을 부당히 감소시키는 경우에 해당하지 아니하므로, 이 사건 처분은 부당하여 취소되어야 한다. 
1) VI는 2003. 6. 16. CT와 합병하기로 하는 내용의 이사회 결의를 마치고 이에 대한 공증을 받았다. 
2) 원고의 2004. 6. 30.로 종료되는 사업연도의 연결재무제표에 대한 감사보고서 주석에서는 CT에 대한 투자자산이 CT와 VI가 합병함에 따라 감소되었다고 기재되어 있다. 
3) VI는 지분풀링법에 따라 이 사건 합병의 회계처리를 하면서 CT로부터 승계한 자산과 VI의 인수가액과의 차이를 이익잉여금 계정으로 기장하였다. 
4) VI는 CT 주식의 100%를 소유하였으므로 VI의 주식평가시 CT의 결손금을 반영하는 것이 경제적 실질에도 부합한다. 
5) 미국 델라웨어주 회사법은 사실상의 합병을 인정하고 있으므로, 합병계획서에 이사회의 결의 및 주주총회의 승인을 받은 때 합병의 효력이 발생하는 것으로 보아야 한다. 
6) 원고는 2009. 3. 9. 델라웨어주 법인부에 2003. 6. 18.이 합병일로 기재되어 있는 합병계약서를 제출하였는데, 이에 대하여 델라웨어주 법인부는 “for accounting purpose only”라는 문구를 부가하여 위 문서의 접수를 허락하였는바, 델라웨어주 법률에 의하더라도 VI와 CT는 적법한 합병을 한 것에 해당한다. 
나. 피고의 주장
 델라웨어주 회사법 제252조에서는 회사와 회사의 합병시에는 합병계약서를 체결하도록 규정하고 있고, 같은 법 제103조에서는 작성된 합병계약서를 국무장관에게 제출하여야 하며 그 제출일로부터 제출된 문서의 효력이 발생한다고 규정하고 있다. 그런데 원고는 이 사건 합병 당시에는 델라웨어주 법인부에 합병계약서를 제출하지 아니하다가 원고에 대한 세무조사가 종결된 이후인 2009. 3. 9.에 이르러 합병계약서를 제출하였고, 델라웨어주 법인부는 “for accounting purpose only”라는 문구를 부가하여 VI와 CT의 합병계약서를 접수하였다. 따라서 이 사건 유상감자 당시 VI와 CT는 적법하게 합병한 상태가 아니므로 조세법률주의의 원칙에 따라 VI의 주식가치 산정시 CT의 결손금을 반영하여서는 안 된다. 그러므로 VI의 순손익가치만으로 다시 주식의 가액을 정한 후 이 사건 유상감자대가와의 차액만큼을 특수관계자간의 거래로 인한 부당행위계산으로 보아 법인세를 과세한 이 사건 처분은 적법하다. 
다. 관계 법령
 별지 관계법령 기재와 같다. 
라. 인정사실
1) 원고는 1995. 7. 19. VI의 주식 중 30%(1주당 미화 55.53달러)를 인수한 후, 1995. 9. 중순경 20.05%(1주당 미화 55.53달러), 1999. 6. 1. 나머지 49.95%(1주당 미화 15달러)를 인수하여 VI의 주식을 100% 소유한 모회사가 되었는데, VI의 경영이 악화되어 추가적인 증자가 필요해지자 남영산업이 VI의 신주를 인수하여 18.18%(1주당 미화 50달러)의 주식을 보유하게 되었고, 그 후 증자를 거듭하여 최종적으로는 원고가 88.24%(총 출자금액 미화 6,177,500달러), 남영산업이 11.76%(총 출자금액 미화 1,000,000달러)를 보유한 주주가 되었다. 
2) VI는 원고가 VI의 주식을 취득한 때부터 뚜렷한 영업성과를 보이지 못하고 오히려 2000, 2001년에는 당기순손실이 발생하다가 2002년도에 이르러서야 영업이익이 발생하기 시작하였다. VI의 경영개선으로 그 주식평가액이 상승함에 따라 원고는 VI에 대한 투자금을 회수하기로 결정하고 이 사건 유상감자를 추진하게 되었다. 
3) 한편 VI는 CT의 지분 100%를 소유한 모회사였는데, CT의 자금난이 심화되자 CT를 흡수합병하는 방법으로 CT를 정리하기로 하고, 이사 전원이 참석한 가운데 2003. 6. 16. 이사회를 열어 다음과 같은 내용의 이사회 결의를 한 후 2003. 6. 20. 그 회의록의 공증을 받았다. 
 ▶ CT는 VI에게 합병되면서 완전히 해산, 청산한다.
 ▶ VI는 CT의 자산을 인수하고, 장부에 명시된 대로의 부채를 떠맡는다. 
 ▶ 합병 이후 VI는 CT의 모든 자산과 부채를 승계한다. 
 ▶ 합병은 2003. 6. 30.까지 완료한다. 
4) VI는 재무제표에 2003. 6. 18.자로 CT와 합병하였다고 기재하면서 다음과 같이 지분풀링법에 따라 그와 관련된 회계처리(CT의 자산만큼 VI의 자산 증가, CT에 관한 VI의 투자주식 감소, VI의 CT에 대한 대여금과 CT의 VI에 대한 차입금을 상계처리)를 하였는바, 이때 CT로부터 승계한 자산과 부채의 장부가치간의 차액을 이익잉여금(유보이익의 조정)으로 처리하였다. 
(단위 : 미화 달러)차변대변자산4,086,894.37대여금1,450,937.83(현금성 자산, 재고자산, 토지, 건축물, 기계장치 등)투자주식4,948,844.55이익잉여금2,312,88801합계6,399,782.38합계6,399,782.38
5) 또한 VI는 미국 국세청에 세무신고를 하면서 CT에 대한 투자자산이 감소하고 CT로부터 인수한 자산만큼 VI의 자산이 증가한 것으로 보고하고 동 자산의 감가상각비 등을 자신의 손금으로 인정받았다. 
6) 원고 역시 관계기업에 대한 투자자산을 지분법에 따라 회계처리 하면서 VI와 CT의 합병 이후 CT가 소멸하였다고 보아 CT에 관한 투자자산이 감소하고 대신 VI에 관한 투자자산이 증가하는 것으로 기장하였다. 
7) VI는 원고에 대한 세무조사가 종료된 후인 2009. 3. 9. VI와 CT의 합병계약서를 델라웨어주 국무장관에게 제출하였는데, 국무장관은 이를 접수하면서 “회계상의 목적에 한정하여(for accounting purpose only)”라는 문구를 부가하는 조건으로 합병 유효일을 2003. 6. 18.로 소급하여 인정하도록 하였다. 
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제5, 7, 8, 9, 11, 12, 19호증, 갑 제20호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
마. 판단
1) 법인세법상 특수관계자와의 자본거래 등으로 인하여 조세를 부당히 감소시킨 경우에 해당하는지 여부를 판단하려면(법인세법 제52조 제1항, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제9호) 당해 거래가 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(이하 ‘시가’라 한다)을 기준으로 이루어졌는지를 먼저 살펴보아야 한다(법인세법 제52조 제2항). 이때 시가를 산정함에 있어 ‘당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격’ 또는 ‘특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’을 알 수 없는 경우에는 감정평가법인이 평가한 감정가액을, 감정가액의 산정이 불가능한 경우에는 상속세및증여세법상의 자산의 평가규정을 적용하여 계산한 가액을 시가로 보아야 하는바(법인세법 시행령 제89조 제1, 2항), 상속세및증여세법 및 같은 법 시행령은 비상장법인의 주식 시가를 평가시점 이전 3년간의 순손익가치 또는 순자산가치를 가중평균하는 방법으로 산정하도록 규정하고 있다(상속세및증여세법 제63조, 같은 법 시행령 제54조). 
 한편 회사의 합병은 둘 이상의 회사가 1개의 회사로 합일되는 것을 말하는데, 흡수합병이 이루어지면 피합병법인의 인격은 소멸하고 피합병법인의 유·무형 자산 및 부채와 자본이 모두 합병법인에게 승계되므로, 흡수합병이 이루어진 후 합병법인의 주식에 대한 평가가 이루어질 경우 피합병법인의 경제적 성과가 모두 반영되어야 한다. 피고 역시 비상장주식 평가에 있어 합병 후 3년이 경과되지 않은 합병법인의 주식을 평가할 때에는 평가기준일 전 1년 내지 3년이 되는 날이 속하는 사업연도별로 합병법인과 피합병법인의 순손익액을 합계하여 합병후 발행주식총수로 나누어서 계산하도록 해석하고 있다(국세청 서일 46014-10352, 2001. 10. 24. 등).
2) 따라서 이 사건 유상감자가 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당하는지 여부를 판단하려면, VI와 CT의 합병 직후 행한 이 사건 유상감자시 VI의 주식을 평가함에 있어 ① VI가 CT와 합병하지 않은 것으로 보아 유상감자 전 3년간의 CT의 순손익액을 반영하지 아니하고 VI의 순손익액만을 가중평균하여 산정하여야 하는 것인지, 아니면 ② VI와 CT가 적법하게 합병하였으므로 VI와 CT의 순손익액을 합산하여 그 가중평균치로 산정하여야 하는지를 살펴보아야 한다. 
3) 앞서 본 인정사실과 변론 전체의 취지를 종합하여 나타나는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 합병 후 이루어진 이 사건 유상감자시의 감자대가가 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부를 판단하기 위하여 VI의 주식을 평가함에 있어서는 VI와 CT가 합병한 것으로 봄이 상당하므로, 이 사건 유상감자시 VI의 주식평가액을 산정할 때 유상감자 전 3년간 VI와 CT의 순손익액을 합산한 후 이를 가중평균하여야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소를 면할 수 없다. 
가) VI는 CT의 100% 모회사이므로 미국 델라웨어주 회사법 제253조에 따라 합병계약서 작성에 갈음하여 모회사인 VI 이사회의 합병결의서 등본 및 흡수합병증명서의 작성·제출만으로 VI와 CT의 합병이 성립되고 그 효력이 발생한다. 이에 따라 VI는 2003. 6. 16. 이사회를 열어 CT와 VI가 합병하고 CT는 완전히 청산(소멸)하며, VI는 CT의 모든 자산과 부채를 포괄적으로 승계한다는 내용의 이사회 결의를 마치고 2003. 6. 20. 이를 공증받았다. 
나) 다만 같은 법 제103조에 따라 합병계약서나 이에 갈음하는 이사회 합병결의서 및 흡수합병증명서 등을 주무장관에게 제출하고 주무장관이 그 제출사실을 확인해 준 때에 비로소 그 문서가 목적하는 법률행위의 대외적 효력이 발생하게 된다. VI는 2009. 3. 9.에 이르러 델라웨어주 국무장관에게 VI와 CT의 합병계약서를 제출하고 회계상의 목적에 한정하여(for accounting purpose only) 합병 유효일을 2003. 6. 18.로 하는 조건으로 그 제출을 승인받았으므로 적어도 회계상으로는 2003. 6. 18.자로 VI와 CT가 합병한 것으로 보아야 할 것이다. 
다) VI는 이 사건 합병으로 인하여 CT와 동일한 인격체로 되었음을 전제로 재무제표상 CT의 자산 및 부채를 자신의 것으로 계상하고 그 차액을 이익잉여금 계정으로 처리하였으며, CT에 대한 대여금과 CT의 차입금을 서로 상계처리 하는 한편 투자자산 계정에 있던 CT 주식을 소멸하는 것으로 회계처리 하였고, 그러한 재무상황을 기초로 미국 국세청에 이 사건 합병이 일어난 회계연도의 세무신고를 완료하였다. 원고 역시 이 사건 합병 이후 작성한 재무제표에서 CT와 VI가 합병하였음을 확인하면서, 지분법에 따른 회계처리에 의거하여 CT에 대한 투자자산이 감소하고 VI에 대한 투자자산이 증가하는 것으로 기장하였다.
라) 이 사건 유상감자시 VI의 주식을 불균등감자하게 된 것은, VI에 대한 투자가 별다른 성과를 거두지 못함에 따라 상장회사인 원고 회사의 주주들이 경영진에 대한 책임을 추궁하는 등의 압박을 하였던 반면 비상장회사인 남영산업의 경우 그러한 부담이 없었던 점과, 미국은 유보가 있음에도 (균등)유상감자를 하게 되면 배당으로 간주하여 과다한 조세가 부과되는 사정이 있었던 점을 감안하여 행하여졌던 것으로 보이고, 달리 원고가 이 사건 유상감자를 통하여 조세를 회피하고자 하는 의도가 있었음을 추단할 만한 사정은 보이지 아니한다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 함상훈(재판장) 한원교 김태희