부가가치세매입세액불공제(환급)거부처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2006.10.18 / 시행일:

【원고, 항소인】 
【피고, 피항소인】 반포세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2005. 10. 28. 선고 2005구합5994 판결
【변론종결】2006. 9. 27.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2004. 5. 11. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 부가가치세 매입세액 금 1,013,630,116원에 대한 환급거부처분을 취소한다. 
3. 소송총비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지 및 항소취지】주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위 
 가. 원고는 2004. 3. 29.경 주식회사 명진건영 및 주식회사 에스비제이(이하 ‘명진건영’과 ‘에스비제이’라 한다)와 그들로부터 부산 부산진구 부전동(이하 생략) 소재 ‘효성맥스아일랜드 복합상가 신축공사’에 대한 사업시행권 등 일체의 제반권리를 대금 10,136,301,161원에 양도받는 계약(이하 ‘이 사건 양도계약’이라 한다)을 체결하였다.
 나. 원고는 같은 날 명진건영으로부터 공급가액 10,136,301,161원의 세금계산서 1장(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)을 교부받아 2004년 1기분 부가가치세 예정신고 시 공급가액의 10%인 금 1,013,630,116원을 매입세액으로 신고하면서 위 매입세액의 환급신청을 하였다.
 다. 그러나 피고는 2004. 5. 11. 이 사건 양도계약에 의한 위 제반권리의 양도가 비과세대상을 규정한부가가치세법(이하 ‘법’이라 한다) 제6조 제6항 제2호 소정의 ‘사업의 양도’에 해당하고, 명진건영이 이에 대한 부가가치세를 납부하지 않았다는 이유로 원고에 대하여 위 매입세액에 대한 환급을 거부하는 이 사건 처분을 하는 한편, 추가로 10%의 신고불성실 가산세를 부과하여 합계 금 1,114,993,127원을 환급세액에서 차감하는 결정을 하였다.
 라. 이에 불복하여 원고가 2004. 8. 3. 심판청구를 제기하였는데, 국세심판소에서는 2004. 12. 1. 위 신고불성실가산세 부분만을 취소하고 이 사건 처분에 대한 원고의 심판청구를 기각하였다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6, 7호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1 내지 3의 각 기재 
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1)법 제6조 제6항 제2호 소정의 재화의 공급으로 보지 않는 ‘사업의 양도’라 함은 사업자등록증 상 명진건영의 사업장을 단위로 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는바, 이 사건 양도계약은 그 실질에 있어서 명진건영과 체결된 사업약정서에 따라 프로젝트 파이낸싱 사업을 양수한 것에 불과한 것으로서 이 사건 양도계약에 의하더라도 원고는 명진건영으로부터 일부의 권리의무만 승계하였을 뿐 인적시설을 포함한 모든 권리의무를 양도받은 것이 아니라는 점, 또한 이 사건 양도계약 이후 명진건영은 종전과 마찬가지로 법인등기부상 사무소에서 건설업 등을 영위하고 있는 한편, 원고는 아무런 고용승계 없이 분양대행계약을 새로 체결하고 수분양자들과 사이의 분양계약을 상당수 해지하였던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 양도계약에 따른 양도는 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업의 양도가 아니라, 부가가치세의 과세대상인 재화의 공급에 해당한다.
 (2) 설령 사업의 양도로 본다 하더라도, 사업양도인이 사업양수인으로 하여금 부가가치세를 납부하도록 강제할 수 있는 규정이 없는 점 등을 고려할 때 사업양도인이 부가가치세를 납부한 경우에 한하여 사업양수인에게 환급하도록 한법 제6조 제6항 제2호 단서 및법시행령 제17조 제3항의 규정은 사업양수인에 대하여 지나치게 환급을 제한하는 것으로서 조세법률주의에 위배되므로, 명진건영이 공제받은 매입세액 금 215,956,876원 만큼은 원고에게 환급되어야 한다.
 (3) 또한 명진건영이 거래를 통하여 원고로부터 부가가치세를 징수하고 이에 대한 세금계산서를 원고에게 교부한 다음 그 세액을 신고한 것만으로도법 제6조 제6항 제2호 단서에서 정한 “사업자가제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우”에 해당한다 할 것임에도, 이러한 모법의 취지에 반하여 그 납부까지 하도록법시행령 제17조 제3항에서 요구하고 있는 것은 헌법상 보장된 국민의 재산권이나 비례, 평등의 원칙에 반하여 위법하다.
 (4) 가사 명진건영이 거래를 통하여 징수한 부가가치세를 신고하고 실제 납부까지 하여야법 제6조 제6항 제2호 단서에 해당된다고 하여도, 명진건영은 이미 매입세액 215,956,876원을 공제한 금액을 부가가치세로 신고하였으므로 최소한 위 공제된 매입세액 부분은 납부한 것으로 간주되어야 할 것이고, 따라서 위 공제된 매입세액에 상당한 금액에 관한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관계법령
법
제6조 (재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.
⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 
 2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.
법 시행령
제17조 (담보제공·사업양도 및 조세의 물납) ②법 제6조 제6항 제2호 본문에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.
 1. 미수금에 관한 것 
 2. 미지급금에 관한 것 
 3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것
 ③법 제6조 제6항 제2호 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 사업양도자가법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을법 제18조 또는법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우를 말한다.
 다. 인정사실
 (1) 명진건영은 서울 서초구 반포동(이하 생략)빌딩 5층을 본점으로 토목공사업 등을 영위하는 회사인데, 프로젝트 파이낸싱(project financing, 대규모 위험사업에 대한 자금조달수법으로서, 자금조달의 기초가 프로젝트를 추진하려는 사업주의 신용이나 물적 담보에 있지 않고 프로젝트 자체의 경제성에 두는 금융기법, 이러한 경우 금융기관으로서는 당해 사업의 프로젝트 자체를 담보로 장기간 대출을 해주는 것이므로, 당해 사업계획의 조사와 입안 단계부터 참여하여 프로젝트의 수익성이나 해당 업체의 사업수행능력 등을 포함한 광범위한 분야에 걸쳐 심사를 한다는 점에 특색이 있다.) 방식으로 자금을 조달하여 부산 부산진구 부전동(이하 생략) 지상에 ‘효성맥스아일랜드 복합상가를 신축하는 사업’(이하 ‘쟁점사업’이라 한다)을 진행하기로 하고 2002. 12. 30. 에스비제이와 이를 공동시행하기 위한 공동사업시행계약을 체결한 후 2003. 3. 18. 쟁점사업의 시행자로서 시공회사인 원고, 자금관리신탁사인 케이비부동산신탁 주식회사(이하 ‘신탁회사’라 한다)와 사이에 사업의 효율적이고 안정된 수행을 위하여 각자의 역할 및 책임을 명확히 하고 쟁점사업의 추진을 위한 세부사항을 정하기 위하여 아래와 같은 내용의 사업약정을 체결하였다(이하 ‘사업약정’이라 한다).
 ① 업무분담 및 협력의무 : 명진건영은 사업시행자로서 사업부지를 제공하고 건축허가 등 인허가 업무, 분양업무, 자금입출금관리업무를 신탁회사에 위임, 명진건영 명의의 대출원리금 상환의무 등 기타 사업시행을 위하여 필요한 업무를 책임진다. 원고는 시공회사로서 공사를 수행하고, 그 밖에 사업시공을 위하여 필요한 업무를 책임진다. 신탁회사는 명진건영과 사이에 담보신탁으로 사업부지 소유권을 확보하고 분양대금수납 등을 내용으로 하는 대리사무계약을 체결한다. 
 ② 공사도급계약 및 신탁등기 : 명진건영은 원고와 사이에 평당 금 4,000,000원으로 정한 공사도급계약을 체결하고, 사업부지인 부산 부산진구 부전동(이하 생략) 대 1,652.70㎡에 관하여 신탁회사 앞으로 담보(관리)신탁등기를 경료한다.
 ③ 사업시행권 양도 등 : 명진건영이 대출금상환에 대한 기한의 이익을 상실하는 등의 사유 발생시 원고와 신탁회사는 사업시행권 양도를 요청할 수 있는데, 사업시행권 양도로 명진건영이 보유하고 있던 사업부지 및 관련 건축물의 소유권과 수분양자 등과 체결한 계약상 일체의 권리의무 등이 원고에게 이전되고, 이 경우 건축허가상의 사업주체 변경, 사업부지의 소유권이전, 분양대금채권의 양수도 등에 관하여 명진건영이 협조하여야 한다.
 (2) 또한 자금대출기관인 효성캐피탈 주식회사(이하 ‘효성캐피탈’이라고 한다)는 같은 날 이 사건 사업약정의 당사자들(원고, 명진건영, 신탁회사)과 쟁점사업을 위하여 대출되는 자금이 정상적으로 상환될 수 있도록 당사자간 필요한 업무분담 및 책임을 정한 대출약정을 체결하였다.
 (3) 사업약정에서 정한 바에 따라 명진건영은 쟁점사업에 관하여 사업시행자로서 원고와 공사도급계약을 체결하고 신탁회사와 대리사무계약을 체결하면서 쟁점사업을 영위하였으나, 사업부진 등으로 대출금상환을 연체하게 되자 사업약정에 의하여 2004. 3. 28. 에스비제이와 함께 사업시행권을 포기하고 시공회사인 원고에게 조건 없이 사업시행권 일체를 양도하기로 하는 사업권포기 및 양도동의서를 작성하였다.
 (4) 그리고 명진건영은 2004. 3. 29.자로 아래에서 보는 바와 같이 에스비제이, 원고, 효성캐피탈과 원고가 쟁점사업에 대한 사업시행권 등 일체의 권리를 양도받는 취지의 이 사건 양도계약을 체결하였다.
 ① 양도의 범위 : 사업부지 상의 건축허가권 등을 포함한 제반권리(시행권 및 시공권 등), 사업부지 상의 지상 및 지하를 포함하여 진행 중인 공사 부분, 건축주 및 설계변경 허가 등 각종 인허가권, 수분양자 등으로부터 받게 될 분양대금, 제3자와 체결한 용역계약권리 등
 ② 양도대금 : 금 10,136,301,161원(사업부지의 소유권은 포함되지 않음), 사업부지의 소유권확보를 위하여 원고는 신탁회사와 별도의 부동산매매계약을 체결하고 명진건영은 이의 없이 이를 수용하고 협조한다.
 ③ 양도대금의 내역 : 쟁점사업과 관련한 명진건영의 투입비용을 포함한 사업권 비용을 금 4,210,000,000원(명진건영 3,045,000,000원 + 에스비제이 1,165,000,000원)으로 정산하여 원고가 지급하기로 한 다음, 양도대금 중 나머지 금원에 관하여 명진건영의 공사비 1,178,000,000원을 상계처리하고, 용역대금 등 미지급금채무 금 1,747,931,026원(에스비제이에 대한 분양수수료 450,838,256원과 사업손실보상금 880,000,000원 + 종합토지세 57,092,770원 + 부동산중개수수료 90,000,000원 + 엘지투자증권 주식회사에 대한 손해배상금 100,000,000원 + 신탁회사에 대한 보수 70,000,000원 + 건축사무소 등에 대한 설계비 100,000,000원)과 명진건영의 효성캐피탈에 대한 대출금상환채무 중 원고가 사업부지 토지대금에 갈음하여 채무인수하고 추가로 효성캐피탈에게 상환하여야 할 대출원리금 3,000,370,135원을 원고가 명진건영 대신 지급하는 방법으로 양도대금을 결제하기로 한다.
 ④ 양도대금의 집행 : 용역대금 등 미지급금 및 대출원리금상환은 원고가 확인절차 등을 거쳐 당해 용역제공자 및 효성캐피탈에게 직접 계좌이체 등의 방법으로 지급하고, 명진건영에 지급할 사업권비용 3,045,000,000원은 채권양수자 등을 지급대상자로 하고, 위 양수도금액은 원칙적으로 토지소유권이전등기 경료와 동시에 지급하기로 한다.
 ⑤ 분양수입금 등의 처리 등 : 명진건영이 신탁회사 계좌를 통하여 수납한 분양수입금 8,688,677,936원과 위 계좌에서 토지매입비 등으로 지출된 금액을 원고가 각 인정하고, 양도계약 현재 위 계좌 잔액을 원고가 대출원리금상환 등에 사용한다. 
 (5) 이와 함께 원고는 당초 사업약정에 기하여 2004. 3. 29.자로 신탁회사와 사이에, 원고가 신탁회사로부터 사업부지를 대금 22,225,000,000원에 매수하되 사업약정상 원고의 제반의무를 원고가 이행하는 조건으로 그 지급에 갈음하기로 하는 내용의 부동산매매계약을 체결한 다음, 이 사건 양도계약에 따라 수분양자들에 대하여 명진건영과 체결한 분양계약을 승계하였으나 그 중 일부 수분양자들에 대하여는 그들로부터 사업시행자변경을 이유로 계약해지 통보를 받고 중도금 등을 반환하였고, 또한 에스비제이로부터 분양대행업무를 승계하지 않고 2004. 6. 21. 주식회사 강경엔지니어링과 새로이 분양대행용역계약을 체결하였다.
 (6) 그 후 이 사건 양도계약에서 정한 양수도대금 내역과 관련하여 아래 〈표〉 기재와 같이 에스비제이 등 채권자들에게 미지급금채무 등이 지급되었다.
 [〈표〉 생략]
 (7) 한편 명진건영은 2004. 4. 25.경 이 사건 세금계산서 상의 매출세액을 포함하여 계산한 차감납부세액 828,868,395원(매출세액 1,044,825,271원 - 매입세액 215,956,876원)을 2004년 제1기 부가가치세로 신고하였으나, 차감납부세액에 해당하는 부가가치세를 납부하지 않고 있다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거, 갑 제8호증의 1 내지 9, 갑 제9, 10호증, 갑 제11 내지 13호증의 각 1, 2, 갑 제14호증의 1 내지 10, 갑 제15, 16호증, 갑 제17호증의 1, 2, 갑 제18 내지 22호증, 갑 제23호증의 1, 2, 갑 제24호증, 갑 제25호증의 1 내지 7, 갑 제26호증의 1 내지 3, 갑 제27호증의 1 내지 11, 갑 제28호증의 1 내지 5, 갑 제29호증의 1 내지 4, 갑 제30, 31호증의 각 1, 2, 갑 제32호증, 갑 제33호증의 1 내지 7, 갑 제34호증, 갑 제35호증, 을 제3 내지 6호증의 각 기재, 제1심 증인 정범식의 증언, 제1심 법원의 케이비부동산신탁회사 부산지사장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 (1) 부가가치세의 과세대상이 되는 재화나 용역의 공급행위라고 하더라도 공급의 대상인 재화나 용역이 부가가치세의 성질상 재화나 용역으로 볼 수 없거나 그 공급의 내용이 부적당한 경우에는 이를 비과세대상으로 하는 것인데, 법이 사업의 양도를 재화의 공급으로 보지 아니하고 비과세대상으로 보고자 하는 취지는 사업의 양도는 특정 재화의 개별적 공급을 과세요건으로 하는 부가가치세에 있어서 공급의 본질적 성격에 맞지 아니할 뿐만 아니라, 일반적으로 거래금액 및 그에 관한 부가가치세액이 커서 양수자는 거의 예외 없이 매입세액을 공제받을 것이 예상되므로 이와 같은 거래에 대하여도 매출세액을 징수하도록 하는 것은 사업양수자에게 불필요한 자금압박을 주게 되어 이를 피하여야 한다는 조세 내지 경제정책상의 배려에 연유하는 데 있는 것이다.
 그리고 여기에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’라 함은 사업장별로 사업용 재산을 비롯한 물적 · 인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하고, 그 사업은 인적·물적시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있어야 한다(대법원 2004. 12. 10. 선고 2004두10593 판결,1998. 7. 10. 선고 97누12778 판결 등 참조).
 그런데 이와 같은 사업의 양도에 있어서의 사업장이라 함은 단순히 장소상의 구분을 말하는 것이 아니라 사업단위별이라는 뜻으로 새겨야 한다. 따라서 같은 장소 내의 사업이라고 하더라도 두 종목 이상의 사업을 서로 구분하여 운영하다가 그 중 한 종목의 사업을 포괄하여 양도한 경우에는 이를 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 사업의 양도에 해당한다고 할 수가 있고(대법원 1983. 10. 25. 선고 83누104 판결 참조), 한편 양도자가 하나의 사업으로 운영한 사업이라고 하더라도 그 사업대상이 객관적으로 구분될 수가 있고 또 부문별로 독립하여 사업단위가 될 수 있어 실질적으로 수개의 사업과 동일시 될 수 있는 경우에는 각 부문별로 구분하여 양도되더라도 그것이 포괄적으로 이루어지는 한 위 법령에서 가리키는 동일성이 유지되는 사업의 양도에 해당한다고 할 수가 있다.
 (2) 이 사건의 쟁점은 명진건영과 에스비제이가 공동시행자로서 추진하던 복합상가 신축공사의 신축현장과 함께 그와 관련된 제반 권리, 의무를 원고가 양수한 것(통상 거래 현장에서는 이러한 경우를 새로운 시행자가 현장을 인수한다고 표현한다.)이 과연 부가가치세법상의 ‘사업의 양도’에 해당하는 것인가에 있다.
 그런데 위 인정사실에서 나타난 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 명진건영, 에스비제이로부터 양수한 것은 사업시행자로서의 지위와 건축공사의 기반이 되는 사업부지 및 관련 건축물의 소유권과 그로부터 파생되는 각종 권리, 의무 등의 물적 요소에 한정되고, 나아가 이와 결합하여 하나의 유기체로 인정받기 위한 인적 요소의 양수에 대하여는 이 사건 양도계약 상 별다른 언급이 없는 점, ② 수분양자들이 명진건영과 체결한 분양계약을 원고가 승계하였으나 그 중 일부 수분양자들의 경우 사업시행자 변경을 이유로 계약해지를 통보하여 원고가 중도금 등을 반환하였을 뿐 아니라, 원고는 에스비제이로부터 분양대행업무를 승계하지 않고 주식회사 강경엔지니어링과 새로이 분양대행용역계약을 체결한 점, ③ 부가가치세는 사업장마다 신고, 납부하여야 하고(법 제4조 제1항), 여기서 사업장이란 “사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소”를 의미하는바, 명진건영과 같은 건설업을 운영하는 법인의 경우 법인의 등기부상 소재지(지점소재지를 포함한다)를 그 사업장으로 하는데(법 시행령 제4조 제1항 제3호), 쟁점사업의 복합상가에 대하여는 별도의 등기가 마쳐지지 아니하여 과세대상으로서의 사업장이 존재하지 아니하므로 이를 하나의 독립된 사업단위로 보기 어려운 점 등의 제반사정을 종합하여 보면, 이 사건 양도는 부가가치세법상의 독립적이고도 유기적인 사업의 양도에 해당한다고 보기 어렵다.
 따라서 원고의 나머지 주장에 대하여 나아가 살펴볼 필요 없이, 이 사건 양도를 ‘사업의 양도’라는 전제 하에서 한 피고의 이 사건 처분은 부당하다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 조용호(재판장) 안승호 이정호