법인세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2023.10.26 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 대한전설 (소송대리인 변호사 조용건)
【피고, 피상고인】 아산세무서장
【원심판결】 대전고법 2023. 5. 16. 선고 2022누13693 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 원고는 2010 내지 2018 사업연도 법인세를 신고하면서, 특수관계인인 대표이사에게 가지급금을 대여한 것으로 보아 2010 내지 2016 사업연도에는 당좌대출이자율을, 2017 및 2018 사업연도에는 가중평균차입이자율을 각각 이자율의 시가로 적용하여 가지급금 인정이자를 계산하고, 이를 위 각 사업연도의 익금에 산입하였다. 
 나. 피고는 원고에게 ‘2016 사업연도에 가지급금 인정이자 계산 시 당좌대출이자율을 시가로 선택하였으므로, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제3항 단서 제2호에 따라 이후 2개 사업연도인 2017 및 2018 사업연도에도 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 한다.’는 내용의 수정신고 안내를 하였다. 
 다. 이에 원고는 2019. 11. 19. 2017 및 2018 사업연도의 가지급금에 대하여 당좌대출이자율을 적용하여 인정이자를 계산하고, 당초 신고액과의 차액을 익금산입하여 2017 및 2018 사업연도의 법인세를 수정신고·납부하였다. 
 라. 그 후 원고는 2020. 10. 6. ‘2017 및 2018 사업연도에는 가중평균차입이자율을 시가로 적용할 수 있다.’고 주장하면서, 2017 및 2018 사업연도 법인세의 일부 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2020. 12. 3. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 2. 상고이유에 관한 판단
 가. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항 및 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 본문, 제89조 제5항 본문은 ‘법인이 특수관계인에게 무상 또는 시가보다 낮은 이율로 금전을 대여함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 과세관청이 이를 부당행위계산으로 보아 그에 관한 인정이자를 계산하여 익금에 산입한다.’고 규정하고 있다. 
 그리고 구 법인세법 제52조 제2항은 ‘부당행위계산의 부인을 적용함에 있어서 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함한다)인 시가를 기준으로 한다.’고 규정하고 있다. 구 법인세법 제52조 제4항 등의 위임에 따라 시가의 범위 등에 관하여 정하고 있는 구 법인세법 시행령 제89조는, 제3항 본문에서 ‘특수관계인에 대한 금전의 대여 등의 경우에는 가중평균차입이자율을 시가로 한다.’고 규정하고, 제3항 단서 제2호(이하 ‘이 사건 규정’이라고 한다)에서 ‘다만 해당 법인이 법인세법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.’고 규정하고 있다. 
 나. 앞서 본 관련 규정에 따르면, 금전의 대여 등에 대하여 부당행위계산의 부인을 적용할 때 원칙적으로 ‘가중평균차입이자율’을 그 기준이 되는 시가로 하면서도, 법인이 법인세 신고와 함께 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 예외적으로 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 ‘당좌대출이자율’을 시가로 하도록 정하고 있다. 이는 납세편의를 도모하고자 법인에 시가에 대한 선택권을 부여하되, 일단 선택권을 행사한 경우 일정기간 동안 그 시가를 의무적으로 적용하게 함으로써 조세회피를 방지하는 데 그 취지가 있다. 
따라서 법인이 어느 사업연도에 위와 같은 방법으로 당좌대출이자율을 시가로 선택하였다면, 이 사건 규정에 따라 해당 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 하고, 가중평균차입이자율을 시가로 적용할 수는 없다. 나아가 그 이후의 사업연도에 대하여도 원칙으로 돌아가 가중평균차입이자율을 시가로 하되, 법인이 위와 같은 방법으로 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 다시 이 사건 규정에 따라 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 하고, 이와 달리 법인이 최초로 당좌대출이자율을 시가로 선택한 경우에 한하여 이 사건 규정이 적용된다고 볼 수는 없다. 
 다. 원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 규정이 1회 이상 적용될 수 있다는 전제에서 원고가 2010 사업연도와 2013 사업연도에 법인세를 신고하면서 당좌대출이자율을 시가로 선택하였다 하더라도, 2016 사업연도에 법인세를 신고하면서 다시 당좌대출이자율을 시가로 선택한 이상, 이 사건 규정에 따라 2017 및 2018 사업연도에도 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 한다고 판단하였다. 
 라. 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 규정 등의 해석에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 김선수(재판장) 노태악 오경미(주심) 서경환

금전 대여 등에 부당행위계산의 부인을 적용할 때 시가로 하는 인정이자율을 정한 구 법인세법 시행령 제89조 제3항 제2호의 취지 / 법인이 위 규정에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하여 적용한 후 그 이후 사업연도에 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우, 다시 위 규정에 따라 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 하는지 여부(적극)

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항 및 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제6호, 제89조 제3항, 제5항에 따르면, 금전의 대여 등에 부당행위계산의 부인을 적용할 때 원칙적으로 ‘가중평균차입이자율’을 그 기준이 되는 시가로 하면서도, 법인이 법인세 신고와 함께 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 예외적으로 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 ‘당좌대출이자율’을 시가로 하도록 정하고 있다. 이는 납세편의를 도모하고자 법인에 시가에 대한 선택권을 부여하되, 일단 선택권을 행사한 경우 일정기간 동안 그 시가를 의무적으로 적용하게 함으로써 조세회피를 방지하는 데 그 취지가 있다.
 따라서 법인이 어느 사업연도에 위와 같은 방법으로 당좌대출이자율을 시가로 선택하였다면, 구 법인세법 시행령 제89조 제3항 단서 제2호에 따라 해당 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 하고, 가중평균차입이자율을 시가로 적용할 수는 없다. 나아가 그 이후의 사업연도에 대하여도 원칙으로 돌아가 가중평균차입이자율을 시가로 하되, 법인이 위와 같은 방법으로 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 다시 위 규정에 따라 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 하고, 이와 달리 법인이 최초로 당좌대출이자율을 시가로 선택한 경우에 한하여 위 규정이 적용된다고 볼 수는 없다.