경정청구거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.02.10 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 소순무 외 4인)
【피고, 상고인】 역삼세무서장
【원심판결】 서울고법 2009. 10. 9. 선고 2009누4687 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제3호 (다)목, 제96조 제2항은 비상장주식의 양도가액은 양도 당시의 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 제114조 제5항, 구 소득세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제176조의2 제1항 및 제3항은 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 등 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등으로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 그 양도가액을 매매사례가액, 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있다.
 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말하므로(대법원 1999. 2. 9. 선고 97누6629 판결 참조), 양도소득세의 과세대상이 되는 거래가 단순한 교환인 경우에는 그 실지거래가액을 확인할 수 없다고 할 것이나, 그 교환이 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환인 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에 해당하고(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두19841 판결, 대법원 2005. 1. 14. 선고 2004두5072 판결 등 참조), 이 경우 교환으로 취득하는 목적물의 금전가치와 지급받은 현금 등이 교환으로 양도되는 목적물의 실지양도가액이 된다(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누860 판결 등 참조).
 2. 원심은, 주권비상장법인인 알앤엘생명과학 주식회사(이하 ‘알앤엘’이라 한다)와 주권상장법인인 대원이엔티 주식회사(이하 ‘대원이엔티’라 한다)가 2005. 5. 31., 알앤엘의 주주들이 알앤엘 주식 전부를 같은 해 8. 31.에 대원이엔티에 이전하고 그 대신 대원이엔티가 발행하는 신주를 취득함으로써 대원이엔티를 완전모회사, 알앤엘을 완전자회사로 만들기로 하는 상법 제360조의2 소정의 주식의 포괄적 교환계약(이하 ‘이 사건 주식교환계약’이라 한다)을 체결한 사실, 알앤엘과 대원이엔티는 구 증권거래법 시행규칙(2008. 3. 3. 총리령 제875호로 개정되기 전의 것) 제36조의12가 정한 방법에 따라 대원이엔티 주식의 가액을 이 사건 주식교환계약 체결일인 2005. 5. 31.의 전일을 기산일로 하여 최근 1월간의 평균종가·최근 1주일간의 평균종가·최근일의 종가를 산술평균한 가액과 최근일의 종가 중 낮은 가액인 1주당 1,582.96원으로 산정하는 한편 삼화회계법인에 의뢰하여 알앤엘 주식의 가액을 1주당 15,973원으로 산정한 사실, 이에 주식교환의 비율은 알앤엘의 주주가 알앤엘 주식 1주당 대원이엔티가 발행하는 신주 10.09주(= 15,973원/1,582.96원)를 취득하는 것으로 결정되었고 알앤엘 주주들은 2005. 8. 31. 알앤엘 주식 전부를 대원이엔티에 양도함과 동시에 알앤엘 주식 1주당 대원이엔티가 발행하는 신주 10.09주를 취득한 사실(이하 ‘이 사건 주식교환’이라 한다), 원고는 알앤엘 주식 53,541주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 보유하고 있다가 이 사건 주식교환에 따라 2005. 8. 31. 이 사건 주식 전부를 대원이엔티에 양도하고 그 대신 대원이엔티가 발행한 신주를 취득한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 주식교환계약의 당사자는 알앤엘와 대원이엔티이고 원고는 알앤엘의 주주로서 상법규정에 따라 당연히 이 사건 주식을 대원이엔티에게 이전하고 새로운 주식을 취득한 것에 불과하여 원고와 대원이엔티 사이에는 이 사건 주식에 관한 교환계약이나 그 대가에 관한 합의가 있었다고 보기 어려우므로 이 사건 주식교환계약에서 정한 이 사건 주식의 가액을 당사자 사이의 약정가액인 실지거래가액으로 보기는 어렵고, 설령 원고와 대원이엔티 사이에 합의가 있었다고 가정하더라도 이 사건 주식교환계약에서는 알앤엘과 대원이엔티 주식의 등가적 교환에 중점을 둔 교환비율이 문제되었을 뿐 각 주식에 대한 객관적 가치평가는 별다른 문제가 되지 아니하였을 것으로 보이는 점, 대원이엔티의 주가는 이 사건 주식교환계약을 앞두고 폭등하던 상황이었으므로 그것이 대원이엔티 주식의 가치를 정확하게 반영하고 있다고 보기는 어렵고 위와 같은 사정은 알앤엘 주식의 가치를 평가함에 있어서도 어느 정도 반영되었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 이 사건 주식교환계약을 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 교환대상 목적물에 대한 시가감정 및 그 차액에 대한 정산절차가 이루어진 경우에 해당한다고 보기 어렵다고 할 것이므로, 이 경우에도 마찬가지로 실지거래가액을 확인할 수 없다고 판단하였다.
 3. 그러나 이와 같은 원심의 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다.
 가. 우선 관련 규정과 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 알앤엘과 대원이엔티는 상법 제360조의3에 따라 주식을 포괄적으로 교환하여 대원이엔티를 완전모회사, 알앤엘을 완전자회사로 하는 내용의 이 사건 주식교환계약을 체결하였고, 그 이행과정에서 원고 소유의 이 사건 주식 또한 대원이엔티 주식으로 교환된 점, 상법상 주식의 포괄적 교환은 그 소정의 절차와 요건을 충족하면 주식이 강제적으로 이전되는데, 원고로서는 이를 회피하기 위하여 상법 제360조의5에 따라 알앤엘의 주주총회에서 이 사건 주식교환계약의 승인을 결의한 날로부터 20일 이내에 이 사건 주식의 매수를 청구할 수 있었음에도 그 매수청구를 하지 아니한 점 및 실지거래가액은 반드시 거래 당사자 간에 직접 목적물을 평가하여 합의한 가액이어야만 하는 것은 아닌 점 등을 함께 고려하면, 원고와 대원이엔티 사이의 이 사건 주식교환은 결국 원고의 의사에 기한 것이라 할 수 있어 원고가 이 사건 주식교환계약의 직접적인 당사자가 아니라고 하더라도 이 사건 주식의 실지거래가액이 없는 것은 아니라고 할 것이다.
 나. 또한 앞서 본 법리와 관련 규정 및 원심이 적법하게 채택한 증거 등에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 주식의 포괄적 교환에 있어서 주식의 교환비율은 교환계약의 가장 중요한 내용으로서 각 회사의 재산상태와 그에 따른 주식의 실제적 가치에 비추어 공정하게 정함이 원칙이며, 만일 그 교환비율이 각 회사의 일방에 현저하게 불공정한 경우에는 무효가 될 수 있는 점, 이와 같은 교환비율 산정에 있어 각 회사 주식의 실질적인 가치는 자산가치 이외에 시장가치, 수익가치, 상대가치 등 다양한 요소를 고려하여 결정되어야 하는 만큼 엄밀한 객관적 정확성에 기하여 유일한 수치로 확정할 수 없고, 그 제반 요소의 고려가 합리적인 범위 내에서 이루어졌다면 결정된 교환비율이 현저하게 부당하다고 할 수 없으며, 교환당사자 회사의 일부가 주권상장법인인 경우 증권거래법과 그 시행령 등 관련 법령이 정한 요건과 방법 및 절차 등에 기하여 교환가액을 산정하고 그에 따라 교환비율을 정하였다면 그 교환가액 산정이 허위자료에 의한 것이라거나 터무니 없는 예상수치에 근거한 것이라는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 가치나 교환비율이 현저하게 불공정하다고 볼 수 없는 점(대법원 2008. 1. 10. 선고 2007다64136 판결 등 참조), 그런데 이 사건 주식교환 과정에서 주권비상장법인인 알앤엘의 주식 1주당 가치는 삼화회계법인이 구 증권거래법 등 관련 법령에 따라 적정하게 평가한 감정평가액을 기초로 하여 산정되었고, 주권상장법인인 대원이엔티의 주식 1주당 가치는 실제 증권시장에서 거래되는 가액을 기준으로 평가되어 그 가치평가가 객관성을 지니고 있다고 할 것이고, 당시 대원이엔티의 주가가 이 사건 주식교환계약을 앞두고 급상승한 사정이 있더라도 달리 그 주식가치가 허위로 조작된 자료 등에 의하여 과다하게 산정되었다고 볼 자료는 없는 점, 이러한 포괄적 주식교환의 방법으로 교환되는 주식들의 가치를 평가하여 평가된 가치에 해당하는 수의 주식을 새로 취득하고 그 과정에서 발생하는 단주에 대하여는 현금으로 정산된다면 이는 결국 합의된 가치의 교환에 해당한다고 보는 것이 당사자의 의사나 거래관념상 타당하고, 이와 달리 단순한 교환비율이나 교환차액에 대한 합의만 존재하는 것은 오히려 예외적인 경우라고 할 것인 점 등을 고려하면, 이 사건 주식교환 과정에서 대원이엔티의 주식 1주당 가액으로 평가된 1,582.96원은 이 사건의 주식의 교환거래에 있어서 적용된 실지거래가액이고 그 가액은 관련 서류에 의하여 확인 가능한 것이어서, 원고가 이 사건 주식과의 교환으로 취득한 위 평가액 1,582.96원으로 산정된 대원이엔티 주식의 가액과 1주 미만의 단주 처분대금은 원고가 이 사건 주식교환으로 대원이엔티에 양도한 이 사건 주식의 실지거래가액으로 봄이 상당하다.
 다. 이와 달리 원심은 원고와 대원이엔티 사이에 이 사건 주식교환계약이나 대가에 관한 합의가 없었다거나 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환이 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없다는 이유로 이 사건 주식의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 판단하였는바, 이러한 원심의 판단에는 교환에 있어 실지거래가액에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유는 이유 있다.
 4. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 양창수(재판장) 김지형 전수안(주심)

[1] 양도소득세 과세표준인 양도차익 산정에 기준이 되는 실지거래가액의 의미 및 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환의 경우 실지거래가액을 확인할 수 있는지 여부(적극)
[2] 주권상장법인인 甲 회사와 주권비상장법인인 乙 회사가 교환비율을 10.09:1로 하여 甲 회사를 완전모회사, 乙 회사를 완전자회사로 하는 주식의 포괄적 교환을 한 사안에서, 乙 회사의 주주가 주식교환으로 취득한 甲 회사 주식의 가액과 1주 미만의 단주 처분대금을 乙 회사의 주주가 주식교환으로 甲 회사에 양도한 주식의 실지거래가액으로 보아야 한다고 한 사례

[1] 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말하므로, 양도소득세의 과세대상이 되는 거래가 단순한 교환인 경우에는 그 실지거래가액을 확인할 수 없으나, 그 교환이 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환인 경우에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에 해당한다. 이 경우 교환으로 취득하는 목적물의 금전가치와 지급받은 현금 등이 교환으로 양도되는 목적물의 실지양도가액이 된다.
[2] 주권상장법인인 甲 회사와 주권비상장법인인 乙 회사가 교환비율을 10.09:1로 하여 甲 회사를 완전모회사, 乙 회사를 완전자회사로 하는 주식의 포괄적 교환을 한 사안에서, 그 주식교환 과정에서 甲 회사와 乙 회사가 구 증권거래법 시행규칙(2008. 3. 3. 총리령 제875호로 개정되기 전의 것) 제36조의12에서 정한 방법에 따라 산정한 甲 회사 주식의 1주당 평가액 1,586.96원이 그 주식의 교환거래에서 적용된 실지거래가액이고, 그 가액은 관련 서류에 의하여 확인가능하므로, 乙 회사의 주주가 위 주식교환으로 인하여 취득한 甲 회사 주식의 가액과 1주 미만의 단주 처분대금을 乙 회사의 주주가 주식교환으로 甲 회사에 양도한 주식의 실지거래가액이라고 보아, 주주 개인과 회사 사이에 직접 주식교환 계약이나 대가에 관한 합의가 없었다거나, 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환이 있는 경우에 해당하지 아니한다는 등의 이유로 위 주식의 실지거래가액을 확인할 수 없다고 본 원심판단에 법리오해의 위법이 있다고 한 사례.