양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2005.09.13 / 시행일:

【원고】 
【피고】 마포세무서장 
【변론종결】 2005. 8. 23.
【주문】
1. 피고가 2004. 6. 24. 원고에 대하여 한 양도소득세 340,550,820원의 부과처분을 취소한다. 
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】주문과 같다.
【이유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 1999. 12. 31. 현재 주식회사 엔씨소프트(이하 '소외 회사'라 한다) 발행주식 114,548주를 소유하였는데, 남편 소유의 소외 회사 발행주식 103,598주를 합하여 218,146주가 되어 소외 회사의 총발행주식 4,500,000주의 3%를 초과함에 따라 소외 회사의 대주주가 되었다. 
 나. 그런데 원고는 소외 회사가 2000. 7. 4. 한국증권업협회 중개시장(이하 '코스닥시장'이라 한다)에 등록되자 2000. 8. 9.부터 2000. 12. 26.까지 대신증권 목동지점(이하 '대신증권'이라 한다)에 개설된 위탁자계좌를 통하여 코스닥시장에서 소외 회사 발행주식 24,800주를 매수하고 55,508주를 양도한 후, 양도가액을 5,467,087,100원, 취득가액을 대신증권 위탁계좌원장에 기재된 소외 회사 주식의 입고일과 매수일을 기준으로 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것(후입선출법)으로 계산한 2,094,888,270원으로 하여 양도소득세 301,227,160원을 신고·납부하였다. 
 다. 이에 대하여 피고는, 위 양도주식의 취득시기가 주권발행번호 등으로 확인되지 아니하여 취득시기가 분명하지 아니하다는 이유로소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조,소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제5항에 의하여 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것(선입선출법)으로 보고 취득가액을 27,754,000원으로 재계산하여 2004. 6. 24. 원고에게 2000년도 귀속 양도소득세 340,550,820원을 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1
 2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장
 (1) 원 고
 모든 증권회사들이 증권예탁원에 예탁된 주식의 출고방식에 있어 후입선출법을 채택함에 따라 원고가 위탁자계좌를 개설한 대신증권은 소외 회사 발행주식을 양도함에 있어 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 처리하였음에도 불구하고, 이와 달리 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
 (2) 피 고
 코스닥시장에서의 주식거래는 증권회사의 계좌상으로만 입고 및 출고가 이루어져 주권이 직접 인도되지 아니하고, 주권발행번호 등에 의하여 양도된 주식이 특정되지도 아니하는데다가 주식의 양도행위가 실제로 후입선출법에 의하여 행해지는 것도 아니므로, 원고가 양도한 소외 회사 주식은 그 취득시기가 분명하지 아니하다고 할 것이어서소득세법 시행령 제162조 제5항의 규정에 의하여 선입선출법에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보고 한 이 사건 처분은 적법하다.
 나. 관련 법령
 별지 관련 법령 기재와 같다.
 다. 인정 사실
 (1) 원고는 1999. 7. 30. 소외 회사의 유상증자시 발행주식 114,548주를 주당 5,000원에 취득하여 소외 회사가 2000. 7. 4. 코스닥시장에 등록된 후 2000. 7. 20. 위 주식을 모두 대신증권에 개설된 원고의 위탁계좌(대신증권(계좌번호 생략))에 입고하였는데, 2000. 8. 9.부터 2000. 12. 26.까지 코스닥시장에서 24,800주를 추가로 매입하고 55,508주를 양도함에 따라 2000. 12. 31. 현재 80,840주를 보유하게 되었다.
 (2) 이에 원고는 아래 표 ①신고란 기재와 같이 양도가액은 5,467,087,100원, 취득가액은 후입선출법에 따라 2,094,888,270원으로 산정하여 양도차익을 계산한 후 양도소득세 301,227,160원을 신고·납부하였으나, 피고는 아래 표 ②결정란 기재와 같이 선입선출법에 따라 취득가액을 27,754,000원으로 산정하여 양도차익을 재계산한 후 이 사건 처분을 하였다. 
구 분①신고 (원)②결정 (원)비고(②-①) (원)양도가액5,467,087,1005,467,087,1000취득가액2,094,888,270 27,754,0002,067,134,270필요경비 22,730,270 22,730,3820양도차익3,349,468,4485,416,602,7182,067,134,270결정세액 301,227,160 641,777,980 340,550,820(3) 코스닥시장에서도 한국증권거래소에 상장된 주식과 마찬가지로 주식의 실물보유에 따른 분실·도난 등 사고의 위험, 실물교부로 인한 거래시 수납업무의 복잡함, 주권발행비용의 증가 등 실물을 수반한 주식의 양도는 비효율적이라는 이유로증권거래법 제174조,제174조의2의 각 규정에 따라 증권회사 또는 고객이 소유한 주식을 모두 증권예탁원에 예탁하면서(대신증권도 2000. 7. 20. 원고로부터 예탁입고받은 소외 회사의 주식실물 114,548주를 예탁하였다.) 예탁자 또는 고객의 계좌부에 그들이 예탁한 주식의 발행인, 종류, 종목 및 수량을 기재하도록 하고, 그 이후의 주식거래에 있어서는 주식실물의 교부를 수반하지 않고 코스닥시장의 주식거래시스템에서 이루어져 계좌부상으로 주식을 매수한 경우 그 주식이 입고된 것으로, 주식을 매도한 경우 그 주식이 출고된 것으로 기재하게 된다.
 (4) 그런데 1997. 12. 31. 신설된구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것, 이하 '구 조감법'이라 한다, 이하 같다) 제81조의3{조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제91조와 거의 같다.}은 특정한 주식을 3년 이상 보유한 경우에는 그 주식에 대한 배당소득을 종합소득과세표준에 합산하지 아니한 채 분리하여 과세할 뿐만 아니라, 원천징수세율도 100분의 10으로 감경하도록 규정하여 주식소유자로서는 주식의 일부를 양도하는 경우 나중에 취득한 주식을 먼저 양도하고 먼저 취득한 주식을 계속 소유하는 방식으로 회계처리하여야 장기보유하는 주식의 수가 많아지게 되어 보다 많은 세제상의 혜택을 받을 수 있는데, 저축지원책의 일환인 위 구 조감법의 취지를 살리기 위하여구 조감법 시행령(1998. 12. 31. 조세특례제한법 시행령으로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제7항{조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 제92조 제7항과 같다.}은 주식의 보유기간 중에 동종주식의 보유주식수에 변동이 있는 경우에는 먼저 취득한 주식을 나중에 양도한 것으로 보아 장기보유한 주식수를 계산한다고 규정하고 있었다.
 (5) 위 법령이 시행됨에 따라 증권회사는 주권상장법인이나 협회등록법인이 배당을 실시하는 경우 주식소유자의 주식이 장기보유주식인지 여부를 구분하여 그 내용을 증권예탁원에 통지하여야 하였는데, 증권회사로서는 고객의 계좌에 입고되어 있는 주식을 종목과 수량만으로 특정하여서는 그 주식이 장기보유주식인지 여부를 확인할 수 없으므로구 조감법 제81조의3이 시행된 1998. 1. 1. 이후부터 고객이 소유한 잔고 주식의 매수일자를 고객계좌부에 기재하여야 하였고, 또 증권회사가 잔고 주식의 매수일자를 특정하기 위해서는 고객이 같은 종목의 주식 중 일부만을 양도하는 경우, 양도한 주식을 취득일자별로 특정하여 양도되는 것으로 처리할 수밖에 없게 되었다.
 (6) 결국, 모든 증권회사는 구 조감법의 시행 이후 현재까지구 조감법 시행령 제80조 제7항의 규정 취지와 고객의 이익을 고려하여, 고객이 주식의 양도 당시 특별히 양도되는 주식을 특정하지 아니하는 이상 나중에 취득한 주식이 먼저 출고되는 방식으로 처리하여 고객의 계좌를 관리하여 오고 있다.
 (7) 한편, 원고는 대신증권의 대신홈트레이딩 시스템을 설치한 컴퓨터를 이용하여 코스닥시장 내에서 주식을 직접 전산매매 주문하였고(원고는 장내에서 매도할 경우 이미 위탁계좌에 입고되어 증권예탁원에 예탁된 주식잔고수량의 한도 내에서 코스닥시장에 컴퓨터로 매도주문을 할 수 있다.), 매매거래가 되면 사후에 원고의 위탁계좌를 관리하는 대신증권과 주식을 예탁하고 있는 증권거래소 간에 주식수량에 대해서 정산이 이루어지게 된다. 
 (8) 원고의 계좌를 관리하던 대신증권 역시 '(라) 주식출고시 매수일자를 입력하지 않으면 후입선출법에 의해 자동출고처리됨'이라고 기재되어 있는 1999. 2. 18.자 업무메뉴얼에 따라, 원고가 소외 회사 주식을 매도한 경우 후입선출법에 의하여 고객계좌부(거래원장)의 기재일(입고일 또는 매수일)상 나중에 매수 또는 입고한 주식부터 매도한 것으로 자동처리되는 방식으로 원고의 계좌를 관리하여 왔는데(2000. 12. 31. 현재 원고의 엔씨소프트주식잔고증명서상에는 취득일자에 의하여 후입선출법이 적용되었다.), 원고는 이에 대하여 아무런 이의를 제기하지 않았다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑2, 3(일부), 4-1·2(일부), 5, 6-1·2, 7, 8, 9-1·2, 10-1·2, 을 2-1∼4, 증인 김진효, 변론 전체의 취지
 [배척 증거] 갑 3(일부), 갑 4-2(일부)
 라. 판 단
 (1)증권거래법 제174조 제4항은 예탁원은 예탁유가증권을 종류·종목별로 혼합하여 보관할 수 있다고,제174조의3 제1항은 고객계좌부와 예탁자계좌부에 기재된 자는 각각 그 유가증권을 점유하는 것으로 본다고,제2항은 고객계좌부와 예탁자계좌부에의 대체의 기재가 유가증권의 양도 또는 질권설정을 목적으로 하는 경우에는 유가증권의 교부가 있었던 것과 동일한 효력을 가진다고,제174조의4 제1항은 예탁자의 고객과 예탁자는 각각 고객계좌부와 예탁자계좌부에 기재된 유가증권의 종류·종목 및 수량에 따라 예탁유가증권에 대한 공유지분을 가지는 것으로 추정한다고 각 규정하고 있다.
 따라서 주식의 보유자가 코스닥시장에서 매매거래를 하기 위하여는 의무적으로 주식을 증권예탁원에 집중예탁하여야 하고, 주식의 혼합보관에 의하여 예탁주식에 대한 고객이나 예탁자의 단독소유권은 소멸되고 공유지분권으로 변경되므로, 주식의 집중예탁은 수수료를 받고 주식을 보관하는 혼장임치계약과 주식의 계좌대체, 원리금의 수령 등의 임무를 수행하는 위임계약관계이고, 고객과 예탁자는 주식의 총량에 대한 공유자로서 예탁한 주식과 동일한 주식의 반환을 청구할 수 있는 것이 아니라 동종·동량의 주식만을 청구할 수 있다. 
 그런데 고객이 예탁주식을 양도하기 위하여 예탁자를 통하여 증권예탁원으로부터 주권을 반환받아 이를 다시 거래상대방에게 현실적으로 인도해야 한다면 계속적으로 이루어지는 대량거래는 불가능할 것이므로, 이러한 증권예탁제도하에서는 목적물반환청구권의 양도에 의하여 예탁주식에 대한 지분을 이전하는 방식이 이용되고, 고객계좌부나 예탁자계좌부에의 계좌대체 기재로서 주식의 교부와 동일한 효력이 발생한다. 
 (2) 또한, 앞서 인정한 사실관계에 의하면,구 조감법 제81조의3의 시행으로 장기보유 주식의 배당소득에 대한 과세상의 혜택이 부여됨에 따라 소유주식이 장기보유주식인지를 구분하여야 할 필요성이 생겨 대신증권을 포함한 모든 증권회사들은 고객계좌의 잔고주식을 취득일자별(입고일 또는 매수일)로 구분·관리하게 되었고,구 조감법 시행령 제80조 제7항에 따라 그 중 일부가 양도되는 경우 후입선출법에 따라 계좌상 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 관리하는 방식으로 회계처리하는 것이 관행으로 자리잡아 왔음을 알 수 있는데, 이와 같이 증권회사들이 1998. 1. 1. 이후 현재까지 업무처리의 기준으로 채택되어 관행화되어 온 위와 같은 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식은구 조감법 시행령 제80조 제7항 및 고객의 이익을 고려한 것으로서 공정·타당하므로국세기본법 제20조 규정의 취지에 비추어 과세관청은 이를 존중하여야 할 것이다.
 (3) 결국, 증권예탁제도하에서 증권예탁원에 예탁(혼장임치)된 주식의 양도는 목적물반환청구권의 양도에 의하여 예탁주식의 지분을 이전하는 방식으로 이루어져 실제 주권을 양도하지 아니함에 따라 양도주식을 주권 자체로 특정할 수는 없는 점, 또한 예탁자인 증권회사의 고객계좌부상 계좌대체의 기재는 주식교부와 동일한 효력이 있어 이를 단순히 주식의 양도가 행해지지 않는 계좌상의 이동에 불과하다고 볼 수 없는 점, 대신증권은 다른 증권회사들과 마찬가지로 고객의 장기보유주식 확인을 위하여 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식을 업무처리 기준으로 채택하여 운영하여 왔고 원고는 이에 대하여 아무런 이의를 제기하지 아니한 점, 위와 같은 방식에 따라 고객의 계좌가 관리되고 있는 이상 수회에 걸쳐 취득한 같은 종목의 주식 중 일부를 양도한 경우라도 양도된 주식을 그 취득일자에 의하여 특정할 수 있는 점, 한편 양도주식은 그 취득당시의 취득가액이 서로 다를 것이어서 적어도 양도소득세 산정을 위한 양도차익 계산에 있어서는 주식을 취득일자별로 특정하여 구분·관리하는 것이 의미가 있다는 점 등을 고려하면, 원고가 양도한 소외 회사 주식이 그 취득일자를 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수는 없다 할 것이다. 
 (4) 따라서 원고가 양도한 소외 회사 주식의 취득시기가 분명하지 아니하다는 이유로소득세법 시행령 제162조 제5항에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도하였다고 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
 3. 결 론 
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 조성권

한국증권업협회 중개시장에 상장된 주식을 양도한 경우, 그 취득가액을 산정함에 있어 양도주식의 취득일자를 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로 선입선출법이 아닌 후입선출법을 적용하여야 한다고 한 사례

한국증권업협회 중개시장에 상장된 주식을 양도한 경우, 그 취득가액을 산정함에 있어 증권예탁제도의 취지나 운영방법, 증권회사의 고객계좌부상 계좌대체 기재의 법적성질, 증권회사들이 고객의 장기보유주식 확인을 위하여 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식을 업무처리 기준으로 채택하여 운영하여 온 점, 따라서 양도주식을 그 취득일자에 의하여 특정할 수 있는 점, 한편 양도소득세 산정을 위한 양도차익 계산에 있어서는 주식을 취득일자별로 특정하여 구분·관리하는 것이 의미가 있다는 점 등에 비추어, 양도주식의 취득일자를 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로 선입선출법이 아닌 후입선출법을 적용하여야 한다고 한 사례.