양도소득세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2016.10.11 / 시행일:

【원고, 피항소인】 원고 (소송대리인 변호사 박주현)
【피고, 항소인】 동대문세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2016. 5. 20. 선고 2015구단56383 판결
【변론종결】2016. 8. 30.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 원고의 청구를 기각한다.
 3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2014. 10. 1. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 161,811,470원(가산세 67,040,485원 포함)의 부과처분을 취소한다.
2. 항소취지
 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위, 원고의 주장
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
나. 판단
1) 첫째 주장에 대하여
가) 이 사건 조사가 중복세무조사인지 여부
 (1) 세무조사는 세무공무원이 각 세법에 규정된 질문검사권 내지 질문조사권을 행사하여 납세의무자 등에게 직무상의 필요에 따라 질문을 하고 또 관계서류·장부 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미한다[구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의2, 조사사무처리규정(2015. 6. 30. 국세청훈령 제2105호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조사사무처리규정’이라 한다) 제3조 제1호]. 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있어 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있으므로(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결 참조), 구 국세기본법 제81조의4, 구 국세기본법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법 시행령’이라 한다) 제63조의2 및 구 조사사무처리규정 제12조에서 중복세무조사금지를 정하고 있다.
 위와 같은 입법취지와 관련규정들에 비추어 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 각호 및 구 국세기본법 시행령 제63조의2 각호에서 정한 예외적인 사유에 해당하지 않는 한 중복세무조사는 허용되지 않고, 과세관청은 세무조사 착수 후라도 중복세무조사 사실이 확인되는 경우에는 즉시 조사를 철회하고 조사반을 철수하는 등 필요한 조치를 취하여야 하며(구 조사사무처리규정 제12조 제1항), 부분조사가 이루어진 부분에 대하여 전부조사라는 명목으로 다시 조사할 수도 없다(구 조사사무처리규정 제12조 제3항). 다만 구 조사사무처리규정 제12조 제1항 단서 전단, 제3조 제2호는 자료상혐의자료, 위장가공자료, 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 않고 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무, 세무조사 과정에서 실시하는 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 사실 여부 확인, 민원처리 등을 위한 현지출장·확인이나 탈세제보자료, 과세자료등의 처리를 위한 일회성 확인업무 등은 현장확인으로서 세무조사에 해당하지 않는다고 규정하고 있다.
 (2) 이 사건 조사가 세무조사인지 현장확인인지에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거 및 을6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음의 사정, 즉 ① 조사담당공무원들은 이 사건 조사 당시 이 사건 부동산을 방문하여 이 사건 양수법인의 대표 소외 1에게 소외 1 명의로 작성된 확인서의 진정성립 여부를 확인한 이외에도 소외 1과 이 사건 양수법인의 직원에게 이 사건 공사 여부 등에 관하여 질문하고 답변을 들은 후 그 내용을 기재한 진술서를 받고, 옥외크레인의 설치여부와 관련하여 유형자산감가상각비명세서를 제출받았는데, 이는 단순히 이 사건 공사와 관련하여 기존에 과세관청이 확보하고 있는 소외 1 명의로 작성된 확인서 등의 과세자료 처리를 위한 일회성 확인이 아니라 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 거래사실 등 사실관계 여부를 확인한 업무에 해당한다고 보이는 점, ② 그런데 구 조사사무처리규정 제3조 제2호 다목에서는 위와 같은 거래상대방에 대한 거래사실 등 사실관계 여부 확인은 ‘세무조사 과정에서 실시하는’ 것으로 한정하고 있고, ‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제2호에서 예외적 재조사 허용사유 중 하나로 규정하고 있으므로, 세무조사가 종료된 이후 동일한 세목 및 과세기간에 대하여 거래상대방에 대한 거래사실 등 사실관계 여부를 추가로 확인하는 것은 현장확인이 아니라 세무조사에 해당한다고 할 것인데, 이 사건 조사는 1차 세무조사가 종료된 후 1년 8개월여가 지나 이 사건 공사비를 필요경비로 인정할지 여부에 관하여 거래상대방에 대하여 이루어진 점 등에 비추어 이 사건 조사는 금지되는 중복세무조사에 해당한다.
나) 이 사건 처분이 이 사건 조사에 기초한 것인지 여부
 (1) 납세자에 대한 부과처분이 종전과 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 중복하여 실시된 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 경우에는 위법하나(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결 참조), 과세관청이 중복하여 실시한 위법한 세무조사로 얻은 과세자료를 판단의 근거로 삼지 않고 부과처분을 하거나, 위법한 세무조사에 의한 과세자료를 배제하고서도 납세자에 대한 부과처분과 동일한 부과처분이 가능한 경우에는 납세자에 대한 부과처분은 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 것이 아니어서 허용된다고 할 것이다.
 (2) 갑1 내지 4, 6, 8호증, 을1 내지 3, 5, 10 내지 12호증(가지번호가 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1차 세무조사 당시 이 사건 공사비와 관련하여 이 사건 공사에 대한 공사계약서 및 공사내역서, 이 사건 부동산에 리모델링 공사가 되어 있었다는 소외 1 명의의 확인서, 금융거래내역을 제출한 사실, 국세청은 이 사건 공사에 대한 공사계약서의 시공업체가 실체가 불분명하고 세금계산서도 발행하지 않았으며 이 사건 공사비가 전액 현금으로 지급되어 허위계상한 혐의가 있다는 이유로 이 사건 공사여부를 다시 검토하라고 시정지시한 사실, 국세청 시스템 조회결과 시공업체는 사업자등록을 한 업체이나 이 사건 공사와 관련하여 세금계산서를 발행하지 않았음이 밝혀진 사실, 원고가 1차 세무조사 당시 이 사건 공사비 지출내역이라면서 제출한 금융거래내역상 합계 1억 3,000만 원은 현금으로 출금되어 있어 그 사용내역을 확인하기가 어렵고, 나머지 1억 5,900만 원(원고가 대금지급명세로 정리한 금액보다 2005. 1. 5., 2015. 1. 13. 각 200만 원씩 더 송금되어 있다)은 인터넷출금이체되었는데 금융거래내역상의 다른 인터넷출금이체와 달리 공사비 지출이라고 수기로 기재된 부분에는 이체의 상대방이 삭제되어 있는 사실, 원고는 이 사건 조사 전 강동세무서장으로부터 거래상대방을 확인할 수 있는 입·출금내역 등 이 사건 공사 여부를 확인할 수 있는 자료를 제출하여 달라는 요구를 받았으나 현재까지 이를 제출하지 않고 있는 사실, 소외 1의 명의의 확인서의 서명은 이 사건 부동산에 대한 매매계약서상의 소외 1의 서명과 육안으로 구별될 정도로 다른 사실, 포항시장은 이 사건 조사 전인 2014. 7. 17. 강동세무서장에게 이 사건 부동산 소재지에서 건축물 개축·증축 공사 신고나 허가 관련 서류가 없다고 회신한 사실, 강동세무서의 조사담당공무원은 원고가 강동세무서장의 요구에도 불구하고 이 사건 공사비 관련 자료를 제출하지 않고 있고, 금융거래내역이 조작되었음이 명백하며, 시공업체가 매출세금계산서 신고한 내역이 확인되지 않고, 현장확인결과 이 사건 공사 여부도 확인되지 않는다는 이유로 이 사건 공사비를 필요경비로 인정하지 않은 사실이 각 인정된다.
 위 법리와 인정사실에 비추어 살펴보면, 피고는 이 사건 처분을 하면서 이 사건 양수업체의 대표인 소외 1과 그 직원의 진술, 제출받은 장부를 근거로 원고가 이 사건 공사를 하지 않았다고 판단한 것이 아니라, 이미 확보한 과세자료로 확인되는 사실관계에 현장에서도 이 사건 공사가 있었다는 점이 확인되지 않는다는 점을 보태어 이 사건 공사비를 부인한 후 이 사건 처분을 한 것이어서 이 사건 조사로 얻은 과세자료를 판단의 근거로 삼았다고 보이지 않고, 피고가 이 사건 조사에 의하여 얻은 과세자료인 소외 1과 그 직원의 진술서(을6호증), 유형자산감가상각비명세서(을7호증)를 제외하더라도 아래 둘째 주장에 대한 판단에서 보는 바와 같이 이 사건 공사비를 필요경비로 인정하지 않은 이 사건 처분을 하는 것이 가능하였다고 봄이 상당하므로, 원고의 주장은 이유 없다.
2) 둘째 주장에 대하여
 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하지만, 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 참조).
 앞서 본 인정사실에서 알 수 있는 다음의 사정, 즉 원고가 이 사건 공사비를 지출하였다면서 제출한 자료들은 그에 부합되는 객관적인 자료가 없고, 금융거래내역은 현금출금내역이거나 과세관청이 그 내역이 실체에 부합하는지 확인할 수 없도록 중요내용이 삭제된 채 제출되었으며, 이 사건 공사가 실제 있었다는 소외 1의 확인서의 서명은 매매계약서의 소외 1의 서명과 육안으로도 다르다는 점을 알 수 있는 점에 비추어, 이 사건 공사가 실제로 이루어졌고 그에 따라 공사비가 지출되었다는 점은 원고로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적이라고 할 것인데, 위와 같이 믿기 어렵거나 이 사건 공사가 있었다는 점을 인정하기 부족한 자료들 외에는 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 공사비를 필요경비로 인정할 수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각한다.
[별지 생략]

판사 최상열(재판장) 정봉기 조용래