양도소득세경정거부처분취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2016.10.07 / 시행일:

【원고, 항소인】 
【피고, 피항소인】 북대전세무서장
【제1심판결】 대전지방법원 2016. 6. 23. 선고 2016구단99 판결
【변론종결】2016. 9. 8.
【주 문】
 1. 제1심판결을 취소한다. 
 2. 피고가 2015. 2. 25. 원고에 대하여 한 양도소득세 14,105,972원의 경정청구 거부처분을 취소한다. 
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 1990. 4. 23. 대전 유성구 (주소 1 생략) 답 523㎡를 매수한 후 2003. 8. 7. 인접 농지인 (주소 2 생략) 답 67㎡를 합병하였다. 
 대전 유성구 (주소 1 생략) 답 590㎡는 그 중 104㎡가 2013. 8. 1. (주소 3 생략)로 분할되어 486㎡만이 남게 되었고(이하 이처럼 분할되고 남은 위 토지를 ‘이 사건 토지’라 한다), 원고는 2014. 9. 5. 주식회사 부원유앤아이에게 2014. 9. 1.자 매매를 원인으로 하여 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 경료하여 주었다(거래가액 305,812,000원). 
 나. ⑴ 원고는 2014. 9. 26. 피고에게 이 사건 토지가 주거지역 등에 편입된 날인 “2011. 12. 28.”의 기준시가를 적용하여 감면세액을 29,858,108원으로 계산하여 양도소득세를 신고하였다. 
 ⑵ 그후 원고는 2014. 12. 31. 피고에게 이 사건 토지에 관하여 환지예정지 지정을 받은 날인 “2013. 6. 21.”의 기준시가를 적용하여 감면세액을 43,964,080원으로 계산한 후, 과다납부한 양도소득세 14,105,972원(= 43,964,080원 - 29,858,108원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다. 
 다. 피고는 2015. 2. 25. 원고에게 ‘당초 신고가 타당하다고 판단되어 원고의 경정청구를 불채택한다’는 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 
 라. 원고는 2015. 4. 15. 조세심판원에 심판을 신청하였으나, 2015. 11. 10. 기각되었다. 
【인정근거】갑 제1 내지 3호증, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 이 사건 토지의 경우 8년 이상 자경한 농지로서 연구개발특구의 육성에 관한 특별법(이하 ‘연구개발특구특별법’이라 한다)에 따라 환지예정지 지정을 받고 그 지정일로부터 3년 이내에 양도하였으므로, 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제69조 제1항 단서의 ‘「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우’에 해당하여 양도소득세를 산정함에 있어 감면소득을 계산할 때 ‘환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가’를 적용하여야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이를 같은 조항의 ‘「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ‘주거지역 등’이라 한다)에 편입된 경우‘로 보아 ’주거지역 등에 편입된 날의 기준시가‘를 적용하는 것이 타당하다는 이유로 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다. 
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다. 
 다. 인정사실
 ⑴ 미래창조부 장관은 2009. 7. 21. 연구개발특구특별법에 따라 아래와 같이 대덕연구개발특구 2단계 ○○지구 개발계획을 고시하였다. 
 · 사업의 명칭 : 대덕연구개발특구 2단계 ○○지구 개발사업
 · 사업위치 : 대전 유성구 (주소 5 생략) 일원
 · 사업지정권자 : 정부(미래창조과학부 장관)
 · 사업시행자 : ○○지구 개발사업조합
 · 사업추진방식 : 토지소유자에 의한 환지방식
 · 개발면적 : 298,137㎡(이 사건 토지가 포함됨)
 ⑵ 2009. 11. 5. ○○지구 개발사업조합의 조합설립인가가 이루어졌다. 
 ⑶ 대전광역시장은 2011. 12. 28. 연구개발특구특별법 제27조 제1항 등에 따라 아래와 같은 내용의 ‘대덕연구개발특구2단계(○○지구) 개발사업 실시계획 승인고시‘를 하였고, 이에 따라 이 사건 토지는 대전광역시 공업지역으로 편입되었다. 
 · 사업위치 : 대전 유성구 (주소 5 생략) 일원
 · 토지이용계획

 · 개발사업시행자 : ○○지구 개발사업조합
 · 시행방법 : 토지소유자에 의한 환지방식
 · 시행기간 : 실시계획승인일 ∼ 2013. 12. 31.
 ⑷ 대전광역시 유성구청장은 2012. 10. 25. ○○지구 개발사업조합장에게 ‘대덕연구개발특구2단계(○○지구) 환지계획 인가 통보’를 하였다.
 ⑸ ○○지구 개발사업조합은 2012. 11. 1. 조합원들에게 환지예정지 지정조서 및 환지예정지 지정설명서를 발송하였는데, 이 사건 토지의 환지예정지는 아래와 같다. 

 ⑹ 대전광역시 유성구청장은 2013. 6. 21. 아래와 같은 내용의 ‘대덕연구개발특구2단계(○○지구) 환지예정지 지정 공고’를 하였다. 
 · 사업명 : 대덕연구개발특구2단계(○○지구) 개발사업
 · 사업위치 : 대전 유성구 (주소 5 생략) 일원
 · 사업면적 : 298,137㎡
 · 사업시행자 : ○○지구 개발사업조합
 · 평균감보율 : 50%
 · 환지예정지 지정의 효력 발생일 : 2013. 6. 21. 
 · 환지예정지 지정으로 인한 효과
 : 도시개발법 제36조(환지예정지 지정의 효과)에 의거 효력발생일로부터 환지처분의 공고가 있는 날까지 환지예정지 또는 당해 부분에 대하여 종전과 동일한 내용의 권리를 행사할 수 있으며 종전의 토지에 대하여는 이를 사용하거나 수익할 수 없다. 
 · 시행방법 : 토지소유자에 의한 환지방식
 · 시행기간 : 실시계획승인일 ∼ 2013. 12. 31.
 ⑺ ○○지구 개발사업조합은 원고 등 공동주택용지(환지분) 현금청산 신청자 26명으로부터 그 매매계약에 관한 일체의 권한을 위임받아 2014. 6. 26. 주식회사 부원유앤아이에게 이 사건 토지를 포함한 대전 유성구 (주소 4 생략) 대지 21,418.5㎡를 총 28,515,680,000원(이 사건 토지 매매대금은 305,812,811원)에 매도하는 내용의 계약을 체결하였는데, 그 계약서(갑 제8호증의 2, 이하 ‘이 사건 매매계약서’라 한다)의 제1조 2)항에는 ‘주식회사 부원유앤아이는 ○○지구 개발사업조합으로부터 위 부동산을 매입하여 체비지와 함께 공동주택사업을 하려는 매수자의 지위에 있음을 상호 인정한다.’라고 기재되어 있다. 
【인정근거】갑 제1호증, 제4 내지 7호증, 제8호증의 1, 2, 변론 전체의 취지 
 라. 판단
 위에서 본 사실관계 및 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 이 사건과 같이 도시개발법에 따라 환지방식에 의해 사업을 시행하는 경우에는 ‘주거지역 등에 편입된 날’을 기준으로 할 것이 아니라 ‘환지예정지 지정을 받은 날’을 기준으로 하여 그 기준시가에 따라 양도소득 감면세액을 산정함이 타당하고, 이에 따라 원고가 환지예정지 지정을 받은 날인 “2013. 6. 21.”의 기준시가를 적용하여 산정한 감면세액 43,964,080원을 공제하면, 원고가 과다납부한 양도소득세 14,105,972원(= 43,964,080원 - 29,858,108원)이 환급되어야 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다. 
 ① 대덕연구개발특구2단계(○○지구) 개발사업은 ‘토지소유자에 의한 환지방식’에 의해 시행되는 사업이고, 이 사건 토지에 관하여 2013. 6. 21. ‘대전 유성구 (주소 4 생략) A1블럭 229.9㎡’로 환지될 예정이라는 내용의 환지예정지 지정 공고가 이루어졌다. 
 ② 원고가 매각한 이 사건 토지는 ‘환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지’이지 체비지가 아니다{이 사건 매매계약서 제1조 2)항에서도 ‘주식회사 부원유앤아이가 ○○지구 개발사업조합으로부터 (체비지가 아닌) 위 부동산을 매입하여 체비지와 함께 공동주택사업을 하려 한다는 취지로 기재되어 있다}. 
 ③ 대덕연구개발특구는 연구개발특구특별법 제43조에서 규정한 ‘국가산업단지’에 해당하고, 국가산업단지의 개발에 필요한 사항을 규정하고 있는 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산업입지법’이라 한다)은 제16조의2(조합의 설립 등) 및 제24조(토지소유자에 대한 환지)의 경우 도시개발법을 준용하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 토지는 ‘「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라’ 환지예정지 지정을 받은 경우라고 볼 수 있다. 
 ④ 도시개발법은 도시개발사업을 환지방식에 의해 실시하는 경우에도 그 실시계획에 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 지구단위계획을 작성하여 포함하도록 규정하고 있고(도시개발법 제24조 제1항, 제17조 제1항), 실시계획 승인이 난 뒤에 환지계획이 수립되므로, 지구단위계획의 작성(주거지역 등의 지정)이 언제나 환지예정지 지정보다 선행할 것으로 보인다. 따라서 이 사건과 같이 도시개발법에 따라 환지방식에 의해 사업을 실시하는 경우, 그 과정의 일부로 지구단위계획의 작성(주거지역 등의 지정)이 이루어진다는 이유만으로, 이를 구 조세제한특례법 제69조 제1항 단서 전단의 ‘「국토 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역 등에 편입‘된 경우로 보게 된다면, 같은 항 단서 후단의 ’「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우’라는 규정은 불필요한 규정이 되는 불합리한 결과가 발생한다{언제나 환지예정지 지정에 앞서 지구단위계획의 작성(주거지역 등의 지정)이 이루어지므로 결과적으로 후단이 적용될 여지가 없어진다}. 
 ⑤ 국토 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 주거지역 등으로 편입되고, 이후 해당 토지가 수용되는 경우 등에는 해당 토지 소유자의 별다른 노력이나 관여 없이 이러한 주거지역 등 지정만으로 개발이익이 발생하므로 ‘주거지역 등 지정일’을 기준으로 하여 그 이후 발생되는 소득에 대해 과세함이 타당하나, 이 사건과 같이 도시개발법에 따른 환지방식에 의해 사업을 실시하는 경우에는 감보율 등을 고려한 환지예정지 지정이 이루어진 후에야 비로소 그 개발이익 산정이 가능하다고 볼 수 있으므로 오히려 ‘환지예정지 지정일’을 기준으로 그 이후의 발생되는 소득에 대해 과세함이 타당한 것으로 보이며, 구 조세제한특례법 제69조 제1항 단서가 ‘「국토 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역 등에 편입‘된 경우와는 별도로 ’「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우’를 규정한 것도 이러한 취지에서라고 볼 수도 있다.
 ⑥ 결국 도시개발법에 따라 환지방식에 의해 사업이 실시되고 이 사건 토지에 관하여 환지예정지 지정이 이루어진 이상 이는 조세제한특례법 제69조 제1항 단서 후단의 ’「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우’라고 봄이 타당하다. 
3. 결 론
 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 허용석(재판장) 김형작 박준범