특수관계자간의 부당행위계산 취득세 과세표준 (일반행정, 대법원)
공포일: 2019.02.14 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2018. 10. 17. 선고 2018누54073 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 제1심판결의 인용 등

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 이 법원에서의 새로운 주장에 관하여 아래와 같이 추가 판단을 하는 이외에는 제1심판결 중 이 법원의 심판대상이 되는 해당 부분(그 별지를 포함하되, ‘3. 결론’ 부분 제외) 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
2. 추가 판단

가. 원고의 주장 요지

구「지방세법」제10조제5항은, 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외하고는 그 각 호의 취득에 대하여 같은 조 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 ‘사실상의 취득가격 또는 연부금액’을 취득세의 과세표준으로 삼고 있는바, 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항은 ‘부당행위계산의 부인’에 관한 규정으로서 거주자 또는 법인이 특수관계인과의 거래로 인하여 자산을 ‘저가양도’하거나 ‘고가양수’한 경우에 적용되는 것이다. 그런데 거주자 또는 법인이 자산을 ‘저가양도’한 경우, 그 자산을 ‘저가양수’한 거래 상대방은 위 소득세법 및 법인세법 규정의 부당행위계산 부인의 대상이 되지 아니하여 소득세 또는 법인세가 부과되지 아니하므로, 원고가 이 사건 건물을 취득한 것은 구「지방세법」제10조제5항의 적용이 배제되는 경우에 해당하지 아니한다. 따라서 이 사건 건물의 과세표준은 구「지방세법」제10조제5항 제3호에 따라 ‘매도법인의 장부가액’이 되어야 하므로, 이와 전제를 달리한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
나. 판단

구「지방세법」제10조제5항이 ‘다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및「소득세법」 제101조제1항 또는「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다’며, 소득세법 및 법인세법의 위 특정 규정을 지방세법상 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 삼을 수 있는 ‘취득’에서 배제하는 판단의 기준으로 정하고 있는 것은 특수관계인 간의 부당거래를 이용하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킴으로써 지방세를 탈루하는 것을 방지하기 위함이다. 그런데 소득세법 제101조 제1항 및 법인세법 제52조 제1항에 의하여 부당행위계산 부인의 대상이 되는 거래는 양도인에게는 ‘저가양도’로, 그 거래의 상대방이 되는 양수인에게는 ‘저가양수’로 나타나는바, 구「지방세법」제10조제5항은 그 적용이 배제되는 경우로서 위와 같이 문언적으로도 "소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 ‘인한’ 취득"이라고만 표현하고 있을 뿐인 데다가, 자산을 저가양도한 거주자나 법인이 부담하게 되는 소득세 또는 법인세와 저가양수한 해당 거래의 상대방이 부담하는 취득세는 납세의무자나 과세주체 및 과세요건을 달리하는 각 독립적인 세금이고, 취득세의 경우 취득가액을 적게 신고하여야 조세부담이 감소된다는 점을 고려하면 매수인의 부당한 저가 양수행위는 지방세법으로 규제할 필요성이 크며 위 규정도 근본적으로 그러한 취지에서 마련된 것인 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 주장과 달리 부당행위계산 부인의 대상이 되는 거래의 상대방인 양수인도 오히려 그 적용 대상에 포함하고 있는 것으로 보아야 한다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
3. 결론

그렇다면 원고의 청구 중 이 법원의 심판대상 부분은 이유 없어 이를 기각함이 타당하다. 그 부분 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.
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【하급심-수원지방법원 2018. 6. 14. 선고 2018구합60091 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고의 원고에 대한 2017. 5. 16.자 취득세 부과처분(가산세 포함) 중 34,770,880원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 1/5은 피고가, 나머지 4/5는 원고가 각 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 원고의 자매인 배○주가 대표이사인 주식회사 ○○○○(이하 ‘매도법인’이라 한다)과의 사이에서 2015. 10. 1. 원고가 매도법인으로부터 ○○시 ○○구 ○○동 301-3 대 357㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 지상의 건물 971.67㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 대금 5,000만 원에 매수하기로 하는 부동산매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 매매계약의 특약사항에는 ‘2003년 계약당시 토지 무상임대후 건물 5,000만 원에 판매한다는 조건’임이 명시되어 있다.
나. 원고는 2015. 10. 29. 이 사건 매매계약의 취득가액 5,000만 원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 2,153,810원을 신고·납부하면서 피고에게 아래와 같은 내용으로 매도법인의 계정별원장을 제출하였다.
계정별 원장

2015. 1. 1. ~ 2015. 12. 31.
날짜

적요

차변

대변

잔액

전기이월

384,095,943원

384,095,943원

10-1

건물매각

50,000,000원

334,095,943원

월계

50,000,000원

334,095,943원

누계

384,095,943원

50,000,000원

나. 피고는 매도법인이 피고에게 제출한 아래와 같은 2015년 재무상태표와 계정별원장의 내용이 원고가 제출한 계정별원장의 내용과 다른 것을 확인한 후, 원고가 이 사건 건물에 대하여 취득신고를 하면서 이중장부를 작성·제출한 것은 사기 그 밖의 부정한 행위로 부정과소신고한 경우에 해당한다는 이유로 2017. 2. 16. 원고에게 기 신고 취득가액 5,000만 원과 이 사건 건물의 시가표준액 785,212,422원의 차액인 735,212,422원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 47,195,790원(부정과소신고가산세 포함)의 과세예고를 통지하였다.
<2015년 재무상태표 및 계정별원장>

과목

제14(당)기

제13(전)기

금액

금액

자 산

Ⅱ. 비유동자산

(2) 유형자산

건 물

0

384,095,943

감가상각누계액

(96,023,985)

부 채

Ⅰ. 유동부채

미지급금

0

195,000

Ⅱ. 비유동부채

장기차입금

260,000,000

220,000,000

계정과목: [202] 건물

날짜

적요

차변

대변

잔액

전기이월

384,095,943원

384,095,943원

10-1

건물매각

384,095,943원

[월계]

384,095,943원

[누계]

384,095,943원

384,095,943원

다. 원고는 2017. 3. 9. 경기도지사에게 과세전적부심사 청구를 하면서 경기도지사에게 아래와 같은 매도법인의 대체전표와 계정별원장을 제출하였으나, 경기도지사는 2017. 4. 12. 불채택 결정을 하였다.
(대체) 전표

일자: 2015. 10. 1. (단위: 원)

계정과목

적요

금액

차변

대변

미지급금

건물매각 배○주

50,000,000

건 물

건물매각

384,095,943

감가상각누계액

건물매각

96,023,985

장기차입금

건물매각시차입금대체 배○주

238,071,958

합 계

384,095,943

384,095,943

계정별원장

2015. 1. 1. ~ 2015. 12. 31.
계정과목: [293] 장기차입금

날짜

적요란

거래처

차변

대변

잔액

전기이월

220,000,000

220,000,000

01-01

차입금대체

배○주

260,000,000

480,000,000

01-01

대체

신한(배○주)

220,000,000

260,000,000

[월계]

220,000,000

260,000,000

[누계]

220,000,000

480,000,000

10-01

건물매각시

차입금대체

배○주

238,071,958

21,928,042

[월계]

238,071,958

[누계]

458,071,958

480,000,000

라. 원고는 2017. 4. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 피고는 2017. 5. 16. 위 과세예고통지대로 원고에게 취득세 43,007,170원(가산세 포함), 지방교육세 3,202,540원(가산세 포함), 농어촌특별세 1,563,270원(가산세 포함)의 합계 47,772,980원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
마. 조세심판원은 2017. 10. 10. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.
[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

원고는 이 사건 토지를 매도법인에게 10년간 무상으로 임대하여 매도법인이 그 지상에 이 사건 건물을 신축하게 하였는바, 이 사건 건물의 실질적인 양도가액은 원고가 이 사건 토지를 매도법인에게 무상으로 제공한 기간 동안의 월차임(180만 원)의 합계액 266,400,000원과 원고가 매도법인에게 빌려 주었다가 이 사건 건물의 처분으로 더 이상 회수가 불가능하게 된 장기차임금 220,000,000원을 합한 536,400,000원(= 50,000,000원 + 266,400,000원 + 220,000,000원)이므로, 위 실질 양도가액과 이 사건 건물의 ‘매매사례가’ 또는 ‘감정가액’(462,517,000원)을 비교하면 이 사건 매매계약은 법인세법 제52조 제1항의 부당행위계산의 부인 대상에 해당하지 아니한다.
설령 원고가 이 사건 건물을 취득한 것이 부당행위계산에 해당한다 하더라도 매매사례가액 또는 감정가액이 아닌 이 사건 건물의 ‘시가표준액’을 과세표준으로 본「지방세법」제10조제2항 단서는 평등원칙, 과잉금지원칙에 위배되어 원고의 재산권을 침해하는 규정으로 위헌이므로, 이에 근거하여 ‘시가표준액’을 과세표준액으로 삼은 이 사건 처분 역시 위법하다.
또한 원고가 피고의 과세전적부심사 과정에서 매도법인의 거래처 원장을 제시한 것은 실질적인 건물의 취득가액을 소명하는 과정에서 이루어진 것이고, 확정된 회계처리에 따라 작성된 것도 아니어서 ‘사기나 그 밖에 부정한 행위’로 과소신고한 것에 해당하지 아니하므로, 부정과소신고가산세를 적용한 이 사건 처분은 위법하다.
2) 피고의 주장

특수관계에 있는 원고와 매도법인 사이의 저가양도에 해당하는 이 사건 매매계약은 부당행위계산의 유형에 해당하고, 따라서 원고가 이 사건 건물의 시가표준액보다 적은 금액을 신고하였더라도 구 지방세법(2016. 1. 19. 법률 제13797호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 단서 규정에 따라 원고가 납부할 취득세의 과세표준액은 이 사건 건물의 시가표준액이 된다.
또한 원고가 최초 실제 매도법인의 계정별원장과 다른 내용의 계정별원장을 작성·제출한 것이나, 과세전적부심사 청구 당시 매도법인의 재무상태표와 다른 내용으로 작성된 계정별원장을 추가 제출한 것 등은 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장’을 한 것이거나 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 또는 수취’하여 지방세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 한 것으로서 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하므로, 구 지방세기본법(2015. 12. 29. 법률 제13635호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조의3 제2항에 따라 부정과소신고가산세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.
나. 관련 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

1) 이 사건 건물의 취득가액

살피건대, 이 사건 매매계약에서 매매대금을 5,000만 원으로 정한 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고의 주장대로 원고가 매도법인으로 하여금 10년 이상 이 사건 토지를 ‘무상’으로 사용하게 하였다고 하더라도, 그 사용기간 동안의 차임이 이 사건 건물을 저가에 양도하는 사유는 될 수 있을지언정 이 사건 건물의 양도가액에 포함된다고 볼 수는 없다. 또한 원고가 이 사건 건물의 양도가액에 포함된 것이라 주장하는 장기차입금 220,000,000원은 이 사건 매매계약의 내용에 포함되어 있지 않을 뿐만 아니라 앞서 본 바와 같이 원고 제출의 계정별원장의 기재와 매도법인 제출의 재무상태표 기재가 일치하지도 않는 점에 비추어 역시 이 사건 건물의 양도가액에 포함된 것이라 보기 어렵다.
따라서 이 사건 건물의 실질 양도가액 536,400,000원으로 저가양도 여부를 판단하여야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없고, 원고가 신고한 취득가액 5,000만 원과 원고 주장의 시가(감정가액)의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상임은 계산상 명백한바, 특수관계에 있는 원고와 매도법인 사이의 저가양도에 해당하는 이 사건 매매계약은 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호, 제88조 제1항 제3호, 제3항에 따라 부당행위계산의 부인 대상이므로, 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하도록 규정한 구「지방세법」제10조제5항의 적용도 받을 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장 역시 받아들이지 아니 한다.
그렇다면 원고가 신고한 취득가액 5,000만 원이 구「지방세법」제4조에 따라 정한 이 사건 건물의 시가표준액 785,212,422원 보다 적으므로, 구「지방세법」제10조제2항 단서에 따라 취득세 과세표준은 이 사건 건물의 시가표준액이 된다.
2) 구「지방세법」제10조제2항 단서의 위헌 여부

원고는, 구「지방세법」제10조제2항 단서가 위헌임을 전제로 이 사건 처분의 위법을 다투므로, 위 규정의 위헌 여부에 관하여 본다.
이 사건 처분의 근거가 된 구「지방세법」제10조제2항 단서는 토지와 건축물에 대한 취득세의 과세표준을 산정할 때 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액보다 적은 경우 시가표준액으로 한다고 규정하고 있다.
취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 유통세의 일종으로, 취득세는 취득자가 물건을 사용하거나 수익, 처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 조세가 아니라 취득행위가 이루어진 경우 취득 당시의 과세물건의 가치를 과세표준으로 하여 세금을 부과하는 조세이므로, 그 과세표준은 취득을 위하여 실제로 지출한 금액이 아니라 취득재산의 객관적인 가치를 기준으로 산정되어야 한다(대법원 2008. 6. 12.자 2008아17 결정 참조). 구「지방세법」제10조제2항 단서는 개별 부동산의 실제 가액을 일일이 조사하기보다 획일적인 시가표준액에 의해서 과세표준을 산정함으로써 안정된 세수를 확보하며 실질적인 조세부담의 공평을 실현하고자 하는 것으로, 지방세법이나 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 등 관계 법령은 객관적인 평가가치인 시가표준액이 시가를 정확하게 반영할 수 있도록 하는 장치를 마련하고 있고,*주3)

납세의무자는 개별공시지가결정 자체를 다투거나 부과처분취소소송에서 개별공시지가결정의 위법을 독립된 위법사유로 다툴 수 있는 등 시가표준액을 다툴 수 있는방법이 있으므로, 위 규정으로 인한 불이익이 달성하고자 하는 공익에 비하여 크다고 보기 어려워 위 규정이 과잉금지원칙에 위반되었다거나 헌법 제23조가 보장하는 재산권을 침해한다고 볼 수 없다.*주4)

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주3)시가표준액에 대한 결정이 시가의 변동 등으로 현저하게 불합리한 것으로 인정되는 경우에는 위법하다(대법원 1997. 7. 8. 선고 95누17953 판결 참조).
주4)시가표준액을 기준으로 토지와 건축물에 대한 재산세의 과세표준을 산정하면서, 보충적으로 시가를 기준으로 하는 규정을 두지 아니한 구 지방세법(2009. 2. 6. 법

률 제9422호로 개정되고, 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제187조 제1항 제1호이 재산권을 침해하지 않는다고 판단한 헌법재판소 2014. 5. 29. 선고 2012헌바432 전원재판부 결정 참조.
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또한 구「지방세법」제10조제2항 단서는 취득세 납세의무자라는 하나의 집단에 대하여 시가표준액이라는 단일한 기준에 의하여 과세표준을 산정한다는 점에서 본질적으로 같은 집단에 대하여 동일하게 취급하는 것이므로, 특정의 납세의무자를 차별취급하고 있다고 보기 어렵고, 거래 상대방인 양도인에 대하여 ‘시가’를 기준으로 소득과세가 이루어진다고 하더라도 취득세와 소득세·법인세는 전혀 별개의 세금이므로 그 과세표준이 달라진다고 하여 조세평등주의에 위배된다고 볼 수도 없다.
따라서 구「지방세법」제10조제2항이 위헌임을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.
3) 원고의 부정과소신고 여부

구「지방세기본법」제53조의3의 규정 체계, 구「지방세기본법」제38조제5항 각 호의 문언 내용, 과소신고가산세의 법적 성질 등을 종합하면, 구「지방세법」제53조의3 제2항이 규정하는 부정과소신고가산세의 요건인 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 과소신고한 경우’란 납세의무자가 지방세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우로서 조세포탈의 목적에서 비롯된 것을 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 지방세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적 행위에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다. *주5)

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주5)조세포탈죄에 관한 대법원 2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결, 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 ‘사기 기타 부정한 행위’의 의미에 관한 대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 등 참조.
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이때 적극적 은닉의도가 객관적으로 드러난 것으로 볼 수 있는지 여부는 수입이나 매출 등을 기재한 기본 장부를 허위로 작성하였는지 여부뿐만 아니라, 당해 조세의 확정방식이 신고납세방식인지 부과과세방식인지, 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상위한 정도, 허위신고의 경우 허위 사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 가장한 방식, 허위 내용의 첨부서류를 제출한 경우에는 그 서류가 과세표준 산정과 관련하여 가지는 기능 등 제반 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결 참조).
위와 같은 법리에 따라 살피건대, 위 인정사실과 변론 전체의 취지에 의해 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 취득세 신고 과정에서 매도법인 제출의 계정별원장 등과 다른 내용이 기재된 계정별원장 등을 피고에게 제출한 행위가 단순히 허위의 신고에 그치는 것에서 나아가 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적 행위로 과세요건사실의 발견을 곤란하게 한 것이라 보기 어렵고, 달리 원고의 위 행위가 구「지방세기본법」제53조의3 제2항의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 볼 증거가 없다.
따라서 이 사건 처분 중 부정과소신고가산세 부분은 위법하고 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
① 구「지방세법」제10조제2항 단서는 신고가액이 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액을 과세표준으로 함을 원칙으로 규정하고 있고, 동법 제10조 제3항에서 부당행위계산의 유형에 속하는 거래로 인한 취득의 경우를 납세의무자가 법인장부 등을 제출하여 위 원칙의 예외가 되는 경우에서 제외하고 있는바, 원고가 이 사건 건물의 취득가액을 5,000만 원으로 신고하였다 하더라도 피고로서는 이 사건 건물의 시가표준액인 785,212,422원을 과세표준으로 보아 취득세를 과세하여야 하므로, 원고의 매도법인 장부 제출로 인해 피고의 조세 부과 및 징수 업무가 불능 또는 현저히 곤란하게 되었다고 보기는 어렵다.
② 또한 원고는 이 사건 처분의 과세표준액으로 시가표준액이 아닌 실제 거래가액이 적용되어야 한다고 주장하면서 이 사건에서 이를 계속해서 다투고 있는바, 이 사건 건물의 취득 신고 당시에도 과연 원고에게 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 할 적극적 은닉의도가 있었는지는 의문이다.
③ 비록 원고가 매도법인 제출 장부와 다른 내용의 장부를 피고에게 제출하기는 하였으나, 위 장부는 매도법인이 작성할 의무가 있는 서류로서 위 장부의 기재 오류가 적극적 은닉의도를 가진 원고의 행위에 의한 것이라 장담할 수도 없다.
④ 한편 피고는, 원고가 특수관계에 있는 매도법인으로부터 시세보다 훨씬 저렴한 5,000만 원에 이 사건 건물을 취득한 것은 허위 계약이거나 그 자체가 원고의 적극적인 조세회피 의도를 뒷받침한다는 취지로도 주장하나, 원고가 이 사건 토지의 소유자였고 이를 매도법인이 10년 이상 무상으로 사용한 사정 및 이 사건 건물의 용도 등을 감안하면 이 사건 매매계약이 허위라고 보기는 어려워 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다.
3. 정당한 세액의 계산

가. 과세처분취소소송에서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론 종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누19496 판결 등 참조).
나. 원고가 이 사건 건물의 취득 당시 정당하게 신고하여야 할 시가표준액인 785,212,422원보다 적은 금액인 5,000만 원을 취득가액으로 신고한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고에게 구「지방세기본법」제53조의3 제1항에 따른 과소신고가산세가 부과되어야 하고, 이를 적용하여 정당한 세액을 산정하면 아래와 같다.
구분

(단위 원)

본세

과소신고 가산세(10%)

납부가산세

합계

취득세

27,454,310

2,745,430

4,571,140

34,770,880

농특세

1,340,140

223,130

1,563,270

교육세

2,745,430

47,110

3,202,540

합계

31,539,880

2,745,430

5,251,380

39,536,690

다. 따라서 이 사건 처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 취득세(가산세 포함) 중 34,770,880원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 한다.
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【관계법령】

▣ 구 지방세법(2016. 1. 19. 법률 제13797호로 개정되기 전의 것)

제4조(부동산 등의 시가표준액)

① 이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 공시된 가액(價額)으로 한다. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 "시장·군수"라 한다)이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다.·<개정 2013.3.23.>

② 제1항 외의 건축물(새로 건축하여 건축 당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다), 선박, 항공기 및 그 밖의 과세대상에 대한 시가표준액은 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격 등을 고려하여 정한 기준가격에 종류, 구조, 용도, 경과연수 등 과세대상별 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액으로 한다.
제10조(과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.·<개정 2010.12.27.>

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및「소득세법」 제101조제1항 또는「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.·<개정 2015.7.24.>

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

▣ 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것)

제2조(토지 및 주택의 시가표준액)

「지방세법」(이하 "법"이라 한다) 제4조 제1항 본문에 따른 토지 및 주택의 시가표준액은「지방세기본법」제34조에 따른 세목별 납세의무의 성립시기 당시에 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 공시된 개별공시지가, 개별주택가격 또는 공동주택가격으로 한다.
제4조(건축물 등의 시가표준액 결정 등)

① 법 제4조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 과세대상별 구체적 특성을 고려하여 다음 각 호의 방식에 따라 행정자치부장관이 정하는 기준을 말한다.·<개정 2013.3.23., 2014.3.14., 2014.11.19.>

1. 건축물:「소득세법」 제99조제1항 제1호 나목에 따라 산정ㆍ고시하는 건물신축가격기준액에 다음 각 목의 사항을 적용한다.
가. 건물의 구조별ㆍ용도별ㆍ위치별 지수

나. 건물의 경과연수별 잔존가치율

다. 건물의 규모ㆍ형태ㆍ특수한 부대설비 등의 유무 및 그 밖의 여건에 따른 가감산율(加減算率)

제18조(취득가격의 범위 등)

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.·<개정 2013.1.1, 2014.1.1>

1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」제32조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서

▣ 구 지방세기본법(2015. 12. 29. 법률 제13635호로 개정되기 전의 것)

제34조(납세의무의 성립시기)

① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
1. 취득세: 췩득세 과세물건을 취득하는 때

제38조(부과의 제척기간)

① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.·<개정 2014.1.1.>

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급 또는 경감받은 경우에는 10년

⑤ 제1항 제1호에 따른 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 지방세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다(이 조, 제53조의2, 제53조의3 및 제129조에서 같다).·<신설 2013.1.1>

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 또는 수취

3. 장부 또는 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위

6. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위

제53조의3(과소신고가산세)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 산출세액을 신고한 경우로서 신고하여야 할 산출세액보다 적게 신고(이하 "과소신고"라 한다)한 경우에는 과소신고분(신고하여야 할 산출세액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.·<개정 2014.1.1.>

② 제1항에도 불구하고 사기나 그 밖의 부정한 행위로 과소신고한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다.
1. 사기나 그 밖의 부정한 행위로 인한 과소신고분(이하 "부정과소신고분"이라 한다) 세액의 100분의 40에 상당하는 금액

2. 과소신고분 세액에서 부정과소신고분 세액을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

▣ 법인세법

제52조(부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.·<개정 2011.12.31.>

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.·<개정 2011.12.31.>

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.·<개정 2011.12.31.>

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
▣ 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것)

제87조(특수관계인의 범위)

① 법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도「국세기본법」제2조제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.·<개정 2001.12.31., 2002.12.30., 2005.2.19., 2011.6.3., 2012.2.2.>

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

제88조(부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.··<개정 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28, 2008.2.22, 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.6.8, 2011.6.3, 2012.2.2>

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.
③ 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.··<신설 2007.2.28>

제89조(시가의 범위 등)

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.·<개정 2007.2.28., 2009.2.4., 2012.2.2.>

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.·<개정 2002.12.30., 2003.12.30., 2005.2.19., 2010.12.30., 2013.2.15., 2014.2.21.>

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.
2. 「상속세 및 증여세법」제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우「상속세 및 증여세법」제63조제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」제63조제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. 끝.

구 지방세법 제10조 제5항이 ‘다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」제101조 제1항 또는 「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다’며, 소득세법 및 법인세법의 위 특정 규정을 지방세법상 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 삼을 수 있는 ‘취득’에서 배제하는 판단의 기준으로 정하고 있는 것은 특수관계인 간의 부당거래를 이용하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킴으로써 지방세를 탈루하는 것을 방지하기 위함이다. 그런데 소득세법 제101조 제1항 및 법인세법 제52조 제1항에 의하여 부당행위계산 부인의 대상이 되는 거래는 양도인에게는 ‘저가양도’로, 그 거래의 상대방이 되는 양수인에게는 ‘저가양수’로 나타나는바, 구 지방세법 제10조 제5항은 그 적용이 배제되는 경우로서 위와 같이 문언적으로도 "소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 ‘인한’ 취득"이라고만 표현하고 있을 뿐인 데다가, 자산을 저가양도한 거주자나 법인이 부담하게 되는 소득세 또는 법인세와 저가양수한 해당 거래의 상대방이 부담하는 취득세는 납세의무자나 과세주체 및 과세요건을 달리하는 각 독립적인 세금이고, 취득세의 경우 취득가액을 적게 신고하여야 조세부담이 감소된다는 점을 고려하면 매수인의 부당한 저가 양수행위는 지방세법으로 규제할 필요성이 크며 위 규정도 근본적으로 그러한 취지에서 마련된 것인 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 주장과 달리 부당행위계산 부인의 대상이 되는 거래의 상대방인 양수인도 오히려 그 적용 대상에 포함하고 있는 것으로 보아야 한다.