법인세등경정거부처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2010.12.15 / 시행일:

【원고, 항소인】 현대중공업 주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 소순무 외 4인)
【피고, 피항소인】 동울산세무서장 (소송대리인 변호사 조봉국)
【제1심판결】 울산지방법원 2009. 11. 18. 선고 2009구합892 판결
【변론종결】2010. 10. 6.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 피고가 2007. 10. 1. 원고에 대하여 한 2004 내지 2006사업연도 법인세 및 농어촌특별세 경정청구에 대한 각 거부처분을 모두 취소한다.
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
가. 합병절차 진행
 1) 3자간 합병합의
 현대종합금융 주식회사(이하 ‘현대종금’이라고 한다), 주식회사 강원은행(이하 ‘강원은행’이라고 한다), 주식회사 조흥은행(이하 ‘조흥은행’이라고 한다)은 외환위기가 계속되던 1998. 12. 17. 3개의 금융기관이 합병하되 그 합병 방식은 1차로 강원은행이 현대종금을 합병하고, 2차로 조흥은행이 강원은행을 합병하여 조흥은행이 존속법인이 되는 방식으로 하며, 주식교환비율은 각 금융기관의 1998. 12. 31. 기준 순자산가액과 기준주가를 적절히 감안하여 산출하기로 하였다.
 2) 제1차 합병
 강원은행은 위 합의에 따라 1998. 12. 31. 현대종금과의 사이에, 강원은행이 현대종금을 흡수합병하고, 현대종금의 주주에 대하여 현대종금의 기명식 보통주식 1주(액면 5,000원)당 강원은행의 기명식 보통주식(액면 5,000원) 5.38839주씩을 신주 발행하여 합병대가로 교부하며, 합병기일은 1999. 2. 9.로 하는 내용의 합병계약을 체결하였고, 강원은행과 현대종금은 각 주주총회 결의를 거쳐 1999. 2. 11.을 합병기일로 하여 합병절차를 마치고(이하 ‘제1차 합병’이라 한다) 1999. 2. 26. 이를 등기하였다.
 3) 제2차 합병
 조흥은행은 1999. 5. 10. 강원은행과의 사이에, 조흥은행이 강원은행을 흡수합병하고, 강원은행의 주주에 대하여 강원은행의 기명식 보통주식(액면 5,000원) 9.587주당 조흥은행의 기명식 보통주식(액면 5,000원) 1주씩을 신주 발행하여 합병대가로 교부하며, 합병기일은 1999. 7. 16.로 하는 내용의 합병계약을 체결하였고, 조흥은행과 강원은행은 각 주주총회의 결의를 거쳐 1999. 9. 14.을 합병기일로 하여 합병절차를 마치고(이하 ‘제2차 합병’이라 한다), 1999. 9. 15. 이를 등기하였다.
나. 원고의 합병주식 취득
 원고는 현대종금 주식 21,446,770주(장부가액 112,211,334,080원)를 보유하고 있던 주주였는데, 제1차 합병에 따라 강원은행 주식 115,563,560주(액면가액 577,817,800,000원)와 합병교부금 2,220원을 교부받았고, 다시 제2차 합병에 따라 강원은행 보유주식에 대한 합병대가로 조흥은행 주식 12,089,238주(액면가액 60,446,190,000원, 이하 ‘이 사건 조흥은행 주식’이라 한다)와 합병교부금 10,662원을 교부받았다.
다. 제2차 합병과정 중 농특세 문제의 부각과 원고의 농특세분담금 지급
 1) 강원은행의 농특세 납부의무 승계
 현대종금이 제1차 합병으로 강원은행에 흡수합병되면서 현대종금에게 청산소득이 발생하였는데, 이에 대한 법인세는 개정된 조세특례제한법에 따라 비과세되었으나 법인세를 과세표준으로 하여 부과되는 농어촌특별세(이하 ‘농특세’라고 한다)는 비과세되지 않았던 관계로 현대종금은 농특세 납부의무를 부담한 상태로 소멸하게 되었고, 현대종금을 흡수합병한 강원은행에게 현대종금의 농특세 납부의무가 승계되었다. 
 2) 강원은행의 농특세 문제 처리과정
 가) 그런데 제2차 합병에서 정해진 합병비율은 위와 같은 강원은행의 농특세 납부의무를 고려하지 않은 것이었고, 1999. 6.경 이러한 사실을 알게 된 조흥은행은 합병비율을 재조정하는 대신 현대그룹에게 농특세를 보전해 달라고 요구하였고, 금융기관 통합을 정책으로 하여 현대종금, 강원은행, 조흥은행 사이의 통합을 유도하고 촉구하던 정부의 담당공무원들도 현대그룹 측에 농특세 납부의무를 면제해 줄 것이니 조흥은행과 농특세 보전에 관한 합의를 하라고 종용하였고, 실제로 당시 여당인 국민회의의 소외인 의원이 위 농특세에 관한 감면청원을 하였고, 국회 재정경제위원회는 1999. 8. 9. 소외인 의원의 청원을 받아들여 이 세금은 3자간 합병을 밟지 않았더라면 발생하지 않았을 세금이므로 구조조정을 지원한다는 차원에서 위 농특세 감면안에 관한 법률 개정안을 통과시켰으며, 이에 강원은행 주식을 보유하고 있던 원고를 비롯한 현대그룹 계열사들은 1999. 9. 14.자 합병기일을 앞둔 1999. 8. 10. 조흥은행 및 강원은행과 다음과 같은 ‘농어촌특별세 보전합의서’를 작성하였다.
농어촌특별세 보전합의서전문조흥은행과 강원은행은 1999. 5. 10.자 합병계약에 따라 강원은행 주식 9.5870주당 조흥은행 주식 1주의 비율로 강원은행이 조흥은행에게 흡수 합병될 예정이다.강원은행은 현대종금을 합병하였는바, 이에 따라 강원은행은 농어촌특별세 납부의무가 일응 발생하였다. 다만 그러한 납부의무의 정당성에 의문이 있어, 향후 법령의 개정이나 과세처분에 대한 쟁송절차에서 세금 납부의무를 해결할 예정이다.조흥은행과 강원은행이 합병계약을 체결할 당시 이 건 세금 납부의무의 발생이 인지되지 않아, 그 만큼 강원은행의 순자산가액이 줄어드는 것을 감안하지 않은 채 위 합병비율을 정하였다.그러나 1999. 6. 8.자로 이 건 합병계약의 승인을 위하여 주주총회를 개최하기 직전에 이 건 세금 납부의무의 존재를 인지하여 조흥은행과 강원은행은 일단 합병승인을 위한 주주총회를 연기하였다.이러한 상태에서 조흥은행과 강원은행이 이 건 세금 상당액 만큼 줄어드는 강원은행의 순자산가액을 고려하여 이 건 합병계약에서 정하여진 합병비율을 변경하는 경우에는 이미 진행되어 온 합병절차를 번복하여 새로이 합병절차를 진행하여야 하는바, 그 경우 각 당사자들이 부담하여야 할 절차적, 시간적 비용이 막대하고, 또한 이미 공시 및 공고된 합병비율을 변경하는 경우 조흥은행과 강원은행의 기타 주주들과 일반 투자자들에게 대단한 혼란을 초래하게 된다. 또한 이 건 합병계약에서 정해진 합병비율에 따라 합병신주를 발행하여 강원은행과의 합병을 종결하고자 했던 조흥은행의 구조조종계획에도 불가피한 수정이 요구되고, 위와 같은 당초의 합병비율에 따라 조흥은행의 합병신주를 취득할 것으로 기대했던 강원은행의 주주인 원고, 현대캐피탈(주), 현대자동차(주), 현대건설(주), 현대산업개발(주), 정몽일(이하 이들을 합하여 ‘병’이라 한다)의 향후 경영 목표에도 예기치 못했던 차질이 초래된다. 이에 각 당사자들은 이 건 합병계약에서 정해진 합병비율대로 합병을 종결하는 것이 각 당사자들 모두에게 이익이 됨에 동의하고, 그와 같은 목적을 위하여 이 건 세금의 처리에 관하여 다음과 같이 합의한다.제1조당사자들은 조흥은행과 강원은행 사이에 체결된 이 건 합병계약상의 합병비율을 유지하여 병을 비롯한 강원은행의 주주들에게 그 합병비율에 따른 조흥은행의 합병신주를 교부하기 위하여, 강원은행이 현대종금으로부터 승계한 이 건 세금 납부의무와 관련하여 강원은행의 최대주주인 병이 아래 제3조에서 정하는 것과 같이 부담을 하는 조건으로 이 건 합병계약상의 합병비율을 변동함이 없이 이 건 합병을 진행함을 목적으로 한다.제3조① 제2조에 따른 공동의 노력에도 불구하고 다음과 같은 절차를 모두 거쳐 조흥은행이 이 건 세금을 최종적으로 납부하여야 하는 것으로 확정된 경우, 병의 구성원인 각 주주는 제2항에서 정하는 금액을 조흥은행에게 즉시 연대하여 지급하기로 한다. ⅰ) 재정경제부로부터 이 건 세금의 면제에 대한 유권해석을 받는 절차를 진행하고, ⅱ) 관계법령의 개정에 의하여 이 건 세금의 면제를 받을 수 있도록 노력하고, ⅲ) 합병전 강원은행이나 합병후 조흥은행에 대해 부과될 이 건 세금 부과처분의 취소를 구하는 모든 쟁송절차(헌법소원을 포함)를 진행한다② 병이 부담하여야 할 금액은 이 건 세금 상당액 전액 및 제7조에 따라 조흥은행 또는 강원은행이 선이행한 이 건 세금 상당액에 대하여 그 선이행한 날로부터 병이 제3조 제1항 또는 제3항에 따라 조흥은행에게 이 건 세금 상당액을 지급하는 날까지 조흥은행의 은행계정 대기업 일반자금대출 Prime rate 이율에 의한 이자상당액으로 한다. 다만 본 합의서 체결 이후 법률적 검토의 결과 이 건 합병계약에 정해진 합병비율이 유지되는 경우에 조흥은행이 이 건 합병계약의 당사자의 지위에서 이 건 세금중의 일부를 부담할 의무(합병으로 인한 포괄적 승계에 의한 의무부담은 제외)가 있는 것으로 인정되는 경우에는 그 해당금액은 공제하기로 한다.③ 만일 2000. 12. 31.까지 제1항에 기재된 모든 절차가 종료되지 않아 조흥은행이 이 건 세금을 납부하여야 하는지 여부가 최종 확정되지 않는 경우에는, 병은 제2항에 기재된 금액을 조흥은행에게 우선 지급한다. 그후 위 절차들을 통하여 조흥은행이 이 건 세금납부의무가 없는 것으로 최종 확정되어 이 건 세금을 환급받는 경우에는 조흥은행은 환급받은 금액 전부를 병에게 즉시 지급한다.
 나) 그후 1999. 8. 16. 원고를 비롯하여 강원은행 주식을 보유하고 있던 현대그룹 계열사들인 현대건설 주식회사, 현대캐피탈 주식회사, 현대자동차 주식회사, 현대산업개발주식회사는 조흥은행에게 보전하여 줄 이 사건 농특세 상당액을, 강원은행 발행주식 총수 375,855,640주 중 그들이 보유한 강원은행 주식수에 따른 아래의 비율(현대그룹계열사들 사이의 주식점유 비율이다)에 따라 분담하기로 합의하였고, 분담 내용은 다음 표와 같다.
회사별강원은행 주식수 (1999. 8. 9. 현재)분담비율비고합계213,146,580100%?원고115,899,54254.4%?현대캐피탈35,892,12916.8%?현대자동차25,226,54511.8%?현대건설24,890,28111.7%?현대산업개발11,238,083 5.3%?
 3) 남대문세무서장의 농특세 부과와 납부
 그후 남대문세무서장은 현대종금이 강원은행에 흡수합병됨으로 인하여 얻은 청산소득에 관한 법인세를 조세특례제한법 제49조의 규정에 따라 비과세하면서, 1999. 10. 2. 강원은행에 대하여 위 감면받은 법인세액을 과세표준으로 하여 결정한 1999년 귀속분 농특세 78,860,603,601원, 무납부가산세 7,886,060,360원 등 합계 86,746,663,960원을 부과하였고, 조흥은행은 제2차 합병의 존속법인으로서 1999. 11. 1. 이를 납부하였다.
 4) 원고의 농특세분담금 지급
 앞서 본 농특세 감면 법률개정안은 국회 본회의에서 소급입법이라는 이유로 폐기되었고, 원고는 위와 같은 농특세 분담합의에 따라 2000. 12. 29.과 2001. 12. 29.에 두차례에 걸쳐 합계 54,276,470,263원을 조흥은행에게 지급하였다. 
라. 조흥은행의 농특세 부과처분 취소소송 경과
 조흥은행은 남대문세무서장을 상대로 서울행정법원 2000구10822호로 농특세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여, 2001. 7. 13. 위 법원으로부터 “피고(남대문세무서장)가 1999. 10. 2. 강원은행에 대하여 한 1999년 귀속분 농특세 86,746,663,960원의 부과처분 중 54,887,982,805원을 초과하는 부분을 취소한다”는 내용의 일부승소판결을 선고받았다. 그 항소심인 서울고등법원(2001누13920호)은 2002. 5. 9. 항소기각판결을 선고하였으나, 상고심인 대법원(2002두5573호)은 2004. 7. 8. 위 항소심판결 중 원고 승소부분을 원고 패소취지로 파기하여 서울고등법원에 환송하는 판결을 하였고, 이에 따라 2004. 12. 28. 서울고등법원(2004누15200호)은 위 대법원의 환송판결 취지에 따라 원고 승소부분을 취소하고 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였으며, 대법원(2005두1220호)은 2005. 4. 15. 조흥은행의 상고를 기각함으로써 원고패소판결이 그대로 확정되었다. 
마. 원고의 조흥은행 주식 매각과 이 사건 법인세 등 경정청구
 1) 그후 원고는 2004. 5. 21.과 2004. 6. 18. 이 사건 조흥은행 주식 전부를 합계 38,449,692,416원에 매각하고 이를 결산에 반영하여 2004사업연도 법인세 신고를 하였다.
 2) 원고는 2007. 6. 29.에 이르러 피고에게, 이 사건 조흥은행 주식의 취득가액에는 ① 제1차 합병시 강원은행 주식 취득으로 인해 발생한 의제배당금액 465,606,468,140원과 ② 원고가 조흥은행에게 지급한 농특세분담금 중 30,780,019,720원이 각 포함되어 있음에도 2004사업연도 법인세 및 농특세 과세표준과 세액 신고 당시 이를 간과하여 위와 같은 각 해당금액을 처분손실로서 손금에 산입하지 않았으니, 이를 손금에 산입하여 원고의 2004 내지 2006사업연도 법인세 및 농특세의 과세표준과 세액을 경정하여 줄 것을 청구하였다. 
 3) 이에 피고는, ① 의제배당금액 465,606,468,140원 부분에 대하여는 2007. 7. 23. 원고의 청구를 받아들여 2004사업연도 귀속 손금으로 인정하여 위와 같은 해당사업연도의 과세표준과 세액을 경정하였으나, ② 이 사건 농특세분담금 부분에 대하여는 2007. 10. 1. “원고가 지급하기로 한 농특세분담금은 합병에 의하여 주주가 취득하는 주식의 취득가액에 포함되지 아니한다”는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
바. 전심절차
 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2008. 12. 31. 기각결정을 받았다.
 [인정근거] 갑 1, 3 내지 14호증의 각 기재
2. 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 1) 취득가액 산입
 원고가 취득한 이 사건 조흥은행 주식은 형식적으로는 모두 합병에 따라 취득한 것으로 볼 수도 있다. 그러나 당초 고려되지 않은 강원은행의 농특세 부담의무를 감안할 경우 강원은행의 자산가치는 하락하고 이에 따라 조흥은행과의 합병비율이 조정되었어야 함에도 이럴 경우 합병기일이 연기되는 등으로 여러 문제가 발생할 수 있어 이를 방지하고 당초 정해진 대로 합병을 추진하기 위하여 합병비율을 조정하는 대신 강원은행의 농특세 부담액을 원고를 비롯하여 강원은행의 주식을 보유하던 현대그룹계열사들이 분담하기로 하여 합병을 그대로 추진하기로 하였고, 이에 따라 원고가 당초 정해진 합병비율대로 이 사건 조흥은행 주식을 취득하고 그 대가로 농특세분담금을 조흥은행에 지급하게 되었다.
 그러므로, 원고가 조흥은행에 지급한 농특세분담금은 이 사건 조흥은행 주식의 취득대가로 지급된 것이고 정당한 합병비율에 따라 취득할 합병신주를 초과하는 부분은 실질적으로는 원고가 조흥은행으로부터 매입한 자산에 해당하며, 원고가 지급한 농특세분담금은 이 사건 조흥은행 주식을 취득하기 위하여 지출한 돈으로서 이 사건 조흥은행 주식 취득가액에 산입되어야 한다.
 2) 손금성과 손금의 귀속시기
 조흥은행은 제2차 합병이 진행 중이던 1999. 6.경 강원은행에게 거액의 농특세납부의무가 승계된다는 사실을 발견한 후 합병비율을 조정하는 대신 원고를 포함한 강원은행의 법인주주인 구 현대그룹 계열사들에게 위 농특세를 보전해 달라고 요구하였고, 나아가 금융기관의 신속한 구조조정을 위해 위 3자합병을 강력하게 추진하던 정부 역시 현대그룹 계열사들에게 조흥은행과 농특세 보전에 관한 합의를 하라고 종용하였다. 이에 원고는 1999. 8.경 농특세분담에 관한 약정을 체결하고, 2000. 12. 29.과 2001. 12. 29. 위 분담약정에 따라 조흥은행에게 이 사건 지급금을 지급하였는바, 이러한 경위에 비추어 볼 때, 이 사건 지급금은 당초 합병비율에 따라 산정된 이 사건 조흥은행 주식을 그대로 보유하고, 위 합병절차의 조기종결이라는 정부정책에 협조함으로써 안정적인 사업환경을 조성하기 위한 비용으로서, ‘원고의 사업을 위해 지출한 통상적이고 필요불가결한 경비’로서 손금성을 갖는다.
 그런데, 조흥은행은 농특세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 조흥은행이 소송에 승소할 경우 원고가 농특세분담금을 돌려받을 수 있었는데, 위 소송에서 조흥은행의 청구를 기각하는 취지의 대법원의 파기환송 판결(2002두5573호)이 선고된 2004. 4. 8. 또는 원고의 청구를 전부 기각한 파기환송심 판결에 대한 대법원의 상고기각 판결(2005두1220호)이 선고된 2005. 4. 15. 무렵에 비로소 원고가 조흥은행으로부터 농특세분담금을 반환받을 수 없는 것으로 확정되었다고 할 것이다. 
 따라서, 원고가 지급한 농특세분담금은 권리의무확정주의에 따라 2004 내지 2005사업연도 귀속 손금으로 산입되어야 한다.
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
다. 판단
 1) 취득가액 산입
 가) 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항, 제2항, 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항 제4호에 의하면, 합병으로 취득한 주식의 경우에는 종전의 장부가액에 의제배당액을 가산한 금액이 합병주식의 취득가액이 된다. 그리고 법인세법 제16조 제1항 제5호, 법인세법 시행령 제14조 제1항 제1호 가.목에 의하면, 의제배당금은 합병으로 취득하는 주식의 액면가액과 금전 기타 합계액이 그 피합병법인의 주식 등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액이다. 
 이에 의하면, 원고는 제1차 합병으로 현대종금 주식(장부가액 112,211,334,080원)에 대한 대가로 강원은행 주식 115,563,560주(액면가액 577,817,800,000원)와 합병교부금 2,220원을 교부받았으니, 의제배당금은 강원은행 주식 액면가액 577,817,800,000원과 합병교부금 2,220원을 더한 금액에서 현대종금 주식의 장부가액 112,211,334,080원을 공제한 465,606,468,140원이고, 강원은행 주식의 취득가액은 현대종금 주식의 종전의 장부가액인 112,211,334,080원에 의제배당금 465,606,468,140원을 더한 577,817,802,220원이라고 할 것이다.
 원고는 취득가액이 577,817,802,220원인 강원은행 주식을 보유하다가 제2차 합병에 따라 형식적으로는 위 강원은행 주식의 대가로 조흥은행 주식 12,089,238주(액면가액 60,446,190,000원, 이하 ‘이 사건 조흥은행 주식’이라 한다)와 합병교부금 10,662원을 교부받았는바, 합병으로 취득한 조흥은행의 주식 액면과 합병교부금의 합계가 피합병법인인 강원은행 주식의 종전 장부가액이라 할 수 있는 위 취득가액 577,817,802,220원에 훨씬 미치지 못하므로 의제배당금은 발생하지 않았고, 조흥은행 주식의 취득가액은 강원은행의 장부가액인 577,817,802,220원이 된다고 할 것이다.
 나) 그런데, 앞서 처분의 경위에서 본 것처럼, 제2차 합병과정에서 당초 고려되지 않은 강원은행의 농특세 부담의무 문제가 불거졌고, 이를 감안할 경우 강원은행의 자산가치는 하락하고 이에 따라 조흥은행과의 합병비율이 조정되었어야 함에도 이렇게 할 경우 합병기일이 연기되는 등으로 여러 문제가 발생할 수 있는 관계로 이를 방지하고 당초 정해진 대로 합병을 추진하기 위하여 합병비율을 조정하는 대신 강원은행의 농특세 상당액을 원고를 비롯하여 강원은행의 대주주들이던 현대그룹계열사들이 분담하기로 하여 합병을 예정대로 추진하기로 하였고, 이에 따라 원고가 당초 정해진 합병비율대로 이 사건 조흥은행 주식을 취득하고 그 대가로 농특세분담금을 조흥은행에 지급한 것이므로, 원고가 조흥은행에 지급한 농특세분담금은 이 사건 조흥은행 주식의 취득대가로 지급된 것이고 이 사건 조흥은행 주식 가운데 농특세 부담의무가 반영된 합병비율을 초과하는 부분은 실질적으로는 원고가 조흥은행으로부터 매입한 자산에 해당한다. 
 즉, 원고는 이 사건 조흥은행 주식을 취득하기 위하여 피합병법인인 강원은행 주식(장부가액 577,817,802,220원)을 제공하고 이와 함께 이 사건 농특세분담금까지 지급하였던 것이다.
 그러므로 원고가 지급한 농특세분담금은 실질적으로 이 사건 조흥은행 주식을 취득하기 위하여 지출한 돈으로서 조흥은행 주식의 취득가액에 해당한다고 봄이 마땅하다.
 2) 손금성과 손금의 귀속시기
 가) 법인세법 제19조는 손금을 “당해법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액”으로서, 원칙적으로 “사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것”으로 규정하고 있다. 
 그리고 법인세법 제40조는 “익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도”라고 규정하여, 익금과 손금의 귀속시기를 정하는 원칙인 권리의무확정주의를 선언하고 있다. 권리의무확정주의란, 익금과 손금의 원인이 되는 권리의무의 확정시기와 그 실현시기 사이에 시간적 간극이 있는 경우 익금과 손금이 실현된 때가 아닌 권리의무가 발생한 때 익금과 손금이 있는 것으로 보고 당해 연도의 익금과 손금을 산정하는 방식을 말하는 것으로, 실질적으로는 불확실한 익금과 손금에 대하여 장래 실현될 것을 전제로 하여 미리 익금과 손금에 산입하는 것을 허용하는 원칙이기는 하나, 법이 선언하고 있는 법적 기준으로서의 권리의무확정주의의 “확정”의 개념을 수입이나 지출의 귀속시기에 대한 예외 없는 일반원칙으로 단정하여서는 아니 되고, 구체적 사안에 있어 익금과 손금에 대한 관리, 지배와 익금과 손금의 객관화 정도 등까지도 함께 고려하여 익금과 손금이 현실적으로 실현될 것까지는 필요 없다고 하더라도 실현가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙 확정되었는지 여부를 기준으로 귀속시기를 합리적으로 판단함이 상당하다(대법원 1993. 6. 22. 선고 91누8180 판결 등 참조)
 나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 보유하던 이 사건 조흥은행 주식 전량이 어디까지나 합병절차에 따라 취득된 것일 뿐이어서 원고가 지급한 이 사건 농특세분담금을 이 사건 조흥은행의 취득가액에 산입할 수 없다고 하더라도, 앞서 본 사실관계와 갑 2, 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 농특세분담금은 원고의 2004년 귀속 손금으로 봄이 상당하고, 이와 달리 이 사건 농특세분담금을 2004사업연도 귀속 손금으로 산입될 수 없음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다. 
 ① 앞서 본 것처럼 원고는 강원은행의 대주주로서 강원은행의 농특세 부담의무 문제가 발견되어 별다른 조치가 없는 한 강원은행과 조흥은행 사이에 당초 정해진 합병비율이 그대로 유지되기 어렵고 합병비율이 조정될 경우 합병이 지체되는 등의 여러 문제가 발생될 상황에서 조흥은행의 요청과 정부 시책에 부응하여 조흥은행이 납부하게 될 농특세를 부담하기로 하였고, 이에 따라 당초 정해진 합병비율대로 제2차 합병이 완료되었는바, 이러한 경위에 비추어 볼 때, 이 사건 농특세분담금은 당초 합병비율에 따라 산정된 이 사건 조흥은행 주식을 그대로 보유하고, 위 합병절차의 조기종결이라는 정부정책에 협조함으로써 안정적인 사업환경을 조성하기 위한 비용으로서, ‘원고의 사업을 위해 지출한 통상적이고 필요불가결한 경비’로서 손금성을 갖는다.
 ② 원고가 다른 현대그룹계열사들과 함께 조흥은행과 농특세 보전에 관하여 합의할 당시 국회 재정경제위원회에서 위 농특세 감면안이 가결되는 등으로 위 농특세 부담의무가 소멸될 가능성이 상당히 있었다.
 ③ 그후 위와 같은 농특세 감면안이 국회 본회의에서 부결되기는 하였지만, 조흥은행은 서울행정법원 2000구10822호로 농특세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여, 2001. 7. 13. 위 법원으로부터 “농특세 86,746,663,960원의 부과처분 중 54,887,982,805원을 초과하는 부분을 취소한다”라는 내용의 일부승소판결을 선고받았고, 그 항소심인 서울고등법원(2001누13920호)은 2002. 5. 9. 항소기각판결을 선고하였다. 그런데 상고심인 대법원(2002두5573호)은 2004. 7. 8. 위 항소심판결 중 원고 승소부분을 원고 패소취지로 파기하여 서울고등법원에 환송하는 판결을 하였고, 이에 따라 2004. 12. 28. 서울고등법원(2004누15200호)은 위 대법원의 환송판결 취지에 따라 원고 승소부분을 취소하고 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였으며, 대법원(2005두1220호)은 2005. 4. 15. 위 항소심 판결을 상고기각으로 확정시켰는바, 대법원에서 원고 패소 취지의 판결이 선고된 2004. 7. 8.경 내지 이러한 대법원의 판결취지에 따라 서울고등법원에서 원고 패소판결이 선고된 2004. 12. 28.경에는 조흥은행이 제기한 농특세 부과처분 취소소송은 사실상 패소한 것으로 볼 수 있다. 
 ④ 원고는 이 사건 농특세분담금을 조흥은행에게 지급하면서 이를 되돌려 받을 수 있는 가능성 때문에 그 지급시기인 2000, 2001사업연도 귀속 손금으로 처리하지 않고 미수금채권으로 기장하여 회계처리하였다.
 ⑤ 한편, 원고의 2000년과 2001년 법인세 신고액은 각각 430억 원, 316억 원 정도로서 과세표준이 마이너스 금액이 아니었기 때문에 손금의 귀속시기를 조작할 만한 상황도 아니었다.
 ⑥ 이처럼 원고는 이 사건 조흥은행 주식의 취득과 관련하여 당초 합병비율에 따라 산정된 이 사건 조흥은행 주식을 그대로 보유하고, 위 합병절차의 조기종결이라는 정부정책에 협조함으로써 안정적인 사업환경을 조성하기 위한 비용으로서, 이 사건 농특세분담금을 지급한 것이므로 이는 ‘사업을 위해 지출한 통상적이고 필요불가결한 경비’에 해당하는 점, 정부의 법률안 개정이나 소송절차를 통하여 강원은행이 부담한 농특세 납부의무가 소멸될 가능성이 있어 이에 따라 원고가 조흥은행에게 지급한 농특세분담금도 환급될 수 있었던 점, 조흥은행의 농특세부과처분 취소소송은 그 경위나 내용 등에 비추어 명백히 부당한 것이라고 볼 수 없는 것인 점, 원고의 회계처리 역시 이를 전제로 농특세분담금으로 지급한 돈을 미수금채권으로 기장하였던 점, 원고가 농특세분담금을 지급한 시기에 과세표준이 마이너스로서 손금의 귀속시기를 조작할 상황이 아니었던 점 등을 고려하면, 원고가 지급한 농특세분담금은 대법원에서 원고청구 기각 취지의 판결이 선고되고 파기환송심에서 원고 패소판결이 선고된 2004사업연도에 귀속될 손금으로 볼 수 있다.
 3) 소결
 따라서 이 사건 농특세분담금 상당액이 원고의 2004사업연도 귀속 손금으로 볼 수 없음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결 론
 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 피고의 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 
[별지 관계 법령 생략]

판사 한승(재판장) 권기철 김종수