특허결정취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2004.11.24 / 시행일:

【원고, 항소인】 후지쯔 가부시끼가이샤외 1인(소송대리인 변호사 유주상외 2인)
【피고, 피항소인】 특허청장
【제1심판결】 서울행정법원 2003. 9. 4. 선고 2003구합4546 판결
【변론종결】2004. 11. 3.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2002. 2. 25. 특허출원번호 (출원번호 1 생략)에 대하여 한 특허결정을 취소한다.
3. 소송비용은 제1, 2심 모두 피고의 부담으로 한다. 

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 기초사실
 가. 특허결정의 경위
 (1) 원고들은 1996. 8. 5. 중간조 영상의 표시방법에 관하여 출원번호 (출원번호 2 생략)(이하 ‘원출원’이라고 한다)로 특허출원을 하였다가 2000. 3. 21. 거절사정을 받은 다음 이에 불복하여 심판을 청구하면서, 원출원의 일부를 같은 해 7. 21. 출원번호 (출원번호 3 생략)(이하 ‘분할출원 1’이라고 한다)와 (출원번호 1 생략)(이하 ‘분할출원 2’라고 한다)로 각 분할하여 출원하였다.
 (2) 원고들은 청구항이 41개이던 원출원에는 청구항 11개만 남겨 두고, 나머지 30개의 청구항 중 6개의 청구항을 분할출원 1로, 24개의 청구항을 분할출원 2로 각 분할하여 출원하려는 의도였으나, 당시 시행되고 있던 전자출원방식에 따라 분할출원을 전자문서로 변환하여 제출하는 과정에서 착오로 분할출원 2에 원래 첨부하기로 되어 있던 명세서 대신 분할출원 1에 첨부한 명세서를 다시 첨부하여 전송하는 바람에 결국 분할출원 1과 분할출원 2는 출원번호만 다를 뿐 똑같은 내용의 6개의 청구항을 가진 완전히 동일한 출원이 되었다.
 (3) 특허청 심사관은 원고들이 한 위 동일한 분할출원 중, 분할출원 2에 대하여는 분할출원 1과 동일하다는 사유로 거절이유의 통지를 하였으나, 분할출원 1에 대하여는 진보성이 없다는 사유로 거절이유의 통지를 하였으며, 그 후 원고들의 의견서, 보정서 제출에 따라 계속 심사를 진행한 끝에, 결국 아래 표와 같은 경위로 원출원과 분할출원 1, 2에 대하여 각각 특허결정( 2001. 2. 3. 개정된 특허법은 부칙 제3항에서 개정 전에 제출된 출원에 대하여는 종전 규정에 의하도록 하고 있으므로 이 사건에도 개정 전 법이 적용된다. 이하 종전의 규정에 따라 특허결정을 ‘특허사정’이라고 하고, 그 중 분할출원 2에 대한 2002. 2. 25.자 특허사정을 ‘이 사건 특허사정’이라고 한다)을 하였다. 
날짜 원출원 분할출원 1분할출원 22000. 7. 21. 심판청구 후 보정서(11개 청구항)분할출원 1 제출(6개 청구항) 분할출원 2 제출(6개 청구항) 2000. 9. 26. ？ 거절이유통지(사유 : 진보성 없음)거절이유통지(사유 : 분할출원 1과 동일)2000. 11. 14.？ ？ 의견서 제출(내용 : 분할출원 1과 분할 출원 2는 동일한 발명 아님)2000. 12. 15. ？ 보정서 제출(청구항 1, 2와 4, 5를 각 합쳐 4개 청구항으로 변경)？ 2001. 5. 2.？ ？ 거절이유통지(사유 : 진보성 없음)2001. 5. 30. ？ 거절사정(사유 : 진보성 없음)？ 2001. 8. 1.？ ？ 의견서 제출(내용 : 진보성 인정가능)2001. 8. 28. ？ 심판청구 후 보정서 제출(기존 청구항 1~6 모두 삭제하고 청구항 7, 8 신설) ？ 2001. 11. 1. 특허결정 (11개항)？ ？ 2001. 12. 24. ？ 특허결정 (2개항)？ 2002. 2. 25.？ ？ 특허결정 (6개항)특허설정등록일2002. 1. 22. 2002. 3. 20. 2002. 11. 8. 
 나. 전자출원방식에 의한 특허출원
 (1) 1999. 1. 경부터 시행되어 온 전자출원방식에 의하여 특허를 출원하는 절차는 다음과 같다.
 ① 출원인은 전자출원을 위해 먼저 발명의 상세자료인 명세서·도면 및 요약서를 HLT 문서로 작성하게 되는데, 이를 전송을 위해 변환시키면 HLZ 파일과 Fin 파일이 생성된다.
 ② 출원인은 발명의 명칭, 발명자, 출원인, 제출일자 등 서지적 사항을 담은 BIB 파일을 별도로 작성한 뒤 BIB 파일과 HLZ 파일을 결합하여 CNT 파일을 만든다.
 ③ 출원인은 CNT 파일에 전자서명을 한 후 이를 Zip 파일로 압축하여 특허청에 전송한다.
 (2) 출원인이 위와 같이 압축된 파일을 특허청에 전송한 뒤에는 출원인으로서도 압축된 파일을 열어볼 수 없으며, 오직 특허청 심사관만이 이를 열어 심사할 수 있게 되어 있다.
 【증거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6 내지 8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제14호증, 을 제1 내지 3호증, 을 제10호증의 각 기재, 변론의 전취지
2. 소의 적법 여부에 대한 판단
 가. 특허사정을 다투는 출원인의 행정소송이 허용되는지 여부
 (1) 피고의 주장
구 특허법(2001. 2. 3. 법률 제6411호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제224조의2는 “사정 등에 대하여는 행정심판법에 의한 불복을 할 수 없으며, 이 법의 규정에 의하여 불복할 수 없도록 규정되어 있는 처분에 대하여는 다른 법률의 규정에 의한 불복을 할 수 없다”고 규정하고 있고, 행정소송법 제8조 제1항은 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우는 행정소송법이 적용되지 아니한다고 규정하고 있으므로, 특허사정에 대한 출원인의 행정소송은 허용되지 않는다. 
 (2) 문제의 소재
 현행 특허법 제224조의2는 “특허여부결정 등에 대하여는 다른 법률에 의한 불복을 할 수 없으며, 이 법의 규정에 의하여 불복할 수 없도록 규정되어 있는 처분에 대하여는 다른 법률에 의한 불복을 할 수 없다”고 규정하여 특허사정에 대하여는 행정소송법에 의한 불복을 허용하지 않고 있는바, 이 사건에 적용되는 법 제224조의2도 그 문언은 현행 특허법과 다르지만 특허사정에 대하여 행정소송법에 의한 불복을 허용하지 않는다는 점에서는 동일한 취지를 규정한 것이라고 해석된다. 
 특허의 대상인 발명은 자연법칙을 이용한 고도의 기술적 사상의 창작인바, 특허를 받을 수 있는 발명에 해당하는지 여부를 비롯하여 특허의 정정, 특허의 유·무효 여부, 특허실시권의 범위 등에 관한 판단에 있어서도 고도의 전문지식을 요하므로, 법은 이러한 특허의 ‘내용’에 대한 불복을 전문기관인 특허심판원 및 특허법원에서 처리하도록 하기 위하여 위와 같은 규정을 두었다고 보여진다.
 그런데 특허사정에 대한 불복절차를 규정하고 있는 법조항의 내용을 살펴보면, 특허사정은 언제든지 출원인에게 유익한 것이라는 전제에서 출원인 이외의 제3자로 하여금 그 특허사정의 효력을 다툴 수 있는 기회를 주는데 그 목적을 두고 제정되었음을 알 수 있는바, 그렇다면 피고의 절차적 위법으로 인하여 출원인의 의도와 다른 특허사정이 이루어짐으로써 출원인의 권리가 침해되었다고 볼 수 있는 경우 출원인은 법 제224조의2의 규정에도 불구하고 그 특허사정을 취소받고 다시 특허심사절차를 진행하여 본래 의도대로의 특허사정을 받을 기회를 가질 수는 없는 것인지가 문제된다. 
 (3) 판단
 예컨대, 갑과 을이 같은 날 동일한 출원을 하였음에도 피고가 이를 간과하여 법 제36조 제6항의 규정에 의한 협의명령도 하지 아니하고 두 출원에 대하여 모두 특허사정을 하였다면, 이는 법 제69조 제1항 제1호, 제133조 제1항 제1호에 정한 특허이의신청과 특허무효심판청구의 사유가 되고, 따라서 이해관계인이나 특허청 심사관 등이 특허이의를 신청하거나 무효심판을 청구할 경우에는 법 제36조 제2항 후단의 규정에 따라 두 특허가 모두 취소되거나 무효가 됨을 면치 못할 것인바, 이의신청에 대한 특허취소결정이나 무효심판청구에 대한 특허무효심결이 확정된다 하더라도 그 특허권은 처음부터 없었던 것으로 보게될 뿐, 출원공개에 의한 공개의 효과는 남게 되므로 갑과 을은 다시 협의를 한다 하더라도 새로운 특허출원을 할 수 없고, 따라서 자신들에 대한 특허사정의 취소를 구하여 그 승소판결을 받아 특허심사절차를 다시 거치지 아니하는 한 갑과 을은 모두 특허를 상실하고 더 이상 특허를 유지할 방법이 없게 된다. 
 만일 위와 같이 협의명령을 누락한 절차상의 위법으로 인하여 특허사정이 무효로 되고 그러한 무효인 특허사정으로 말미암아 신규성이 상실되어 특허에 관한 권리를 침해당할 우려가 있는 출원인에게 그 특허사정의 취소를 구하는 행정소송이 허용되지 아니한다면, 행정청이 의무규정을 불이행함으로써 침해될 처지에 놓인 출원인의 특허에 관한 권리가 구제받지 못하게 되는 명백히 부당한 결과를 초래하므로, 적어도 이러한 경우에는 무효인 특허사정을 취소하고 다시 특허심사절차를 진행할 수 있는 길을 열어 주어야 할 것이고, 이러한 구제의 필요성은 동일인이 같은 날 동일한 출원을 하였을 경우에도 마찬가지라고 할 것이다.
 그러므로, 법 제224조의2의 규정은 피고의 ‘절차’위법으로 인하여 특허가 무효가 됨으로써 출원인이 권리를 침해당하게 된 경우에는 그 적용이 없다고 보아야 할 것인바, 아래 3.항에서 보는 바와 같이 이 사건에서 원고들이 위와 같은 사유를 주장하여 특허사정의 취소를 구하고 있는 이상 원고들의 이 사건 소는 적법하다고 할 것이므로, 피고의 위 주장은 이유 없다. 
 나. 원고들에게 특허사정의 취소를 구할 법률상 이익이 있는지 여부
 (1) 피고의 주장
 원고들이 분할출원 2라는 특허출원을 한 데 대하여 피고가 이를 수용하는 취지의 이 사건 특허사정을 한 것이므로, 이미 자신들이 구하는 바에 따라 특허사정을 받은 원고들로서는 이 사건 특허사정의 취소를 구할 법률상 이익이 없다.
 (2) 판단
 위 인정사실에 의하면, 원고들은 본래 자신들이 의도한 사항에 대하여 특허출원을 하고 이 사건 특허사정을 받은 것이 아니라 착오로 다른 사항에 대하여 특허출원을 하고 이 사건 특허사정을 받은 것이므로 이를 두고 자신들이 구하는 바에 따라 특허사정을 받은 것으로 보기는 어렵다고 할 것이고, 한편 원고들로서는 이 사건 특허사정이 취소되고 특허심사절차가 다시 진행될 경우 자신들이 본래 의도한 사항으로 특허출원을 보정할 기회를 가질 수 있어 이 사건 특허사정의 취소를 구할 법률상 이익이 있다고 할 것이므로, 피고의 위 주장도 이유 없다.
 다. 기타
 (1) 피고는, 특허사정에 대한 출원인 자신의 불복을 허용할 경우 이는 출원인 스스로의 자유의사에 의해 작성한 특허출원의 내용을 부정하는 것이 되어 금반언의 원칙에 반하고, 자신의 잘못으로 인한 책임을 타인에게 전가하는 것이 되어 신의칙에도 반한다고 주장하므로 살피건대, 출원인 자신이 특허사정을 다툴 수 있는 경우는 위에서 본 바와 같이 특허사정에 절차위법이 있는 경우로서 특허사정의 절차위법을 주장하는 것이 금반언의 원칙에 반한다거나 신의칙에 반한다고 볼 수 없으므로, 피고의 위 주장도 이유 없다.
 (2) 다시 피고는, 특허사정의 취소는 법적 안정성을 저해하며 특허 분야의 혼란 및 불신을 초래하는 등 공익을 해할 우려가 있으므로 허용되어서는 안된다고 주장하므로 살피건대, 피고가 주장하는 위와 같은 사정을 인정할 만한 아무런 증거가 없을 뿐 아니라, 설령 피고의 주장과 같이 어느 정도 공익을 해할 우려가 있다고 하더라도, 특허사정의 취소를 통해 그에 못지 않은 출원인의 사익을 보호할 수 있는 이상 특허사정의 취소를 허용하지 아니할 근거가 없다고 할 것이므로, 피고의 위 주장도 이유 없다.
3. 이 사건 특허사정의 적법 여부
 가. 원고들의 주장
법 제36조 제2항, 제6항은 동일한 발명에 대하여 같은 날 중복출원이 있는 경우에 이중특허를 방지함과 동시에 협의를 통해 하나의 특허는 보장한다는 공익적 목적에서 둔 강행규정이라고 할 것이므로, 특허청 심사관은 완전히 동일한 분할출원 1과 분할출원 2 각각에 대하여 법 제36조 제6항, 제63에 의하여 협의명령과 거절이유의 통지를 하였어야 할 것임에도, 이러한 절차를 제대로 취하지 아니한 채 심사를 진행한 결과 분할출원 1에 대하여는 거절사정을 하고(후에 보정된 출원에 대하여 특허사정), 분할출원 2에 대하여는 이 사건 특허사정을 하는 등 재량권을 남용하여 서로 모순되는 결정을 하였는바, 원고들은 심사관이 위와 같이 필요한 절차를 제대로 취하지 아니한 채 이 사건 특허사정을 하는 바람에 분할출원 2에 착오로 분할출원 1의 명세서가 첨부된 사실을 모르고 있다가 분할출원 2를 본래 의도대로 24개 청구항으로 보정할 기회를 놓치게 되었고, 이로 인하여 만약 분할출원 2에 대한 특허사정이 그대로 확정될 경우 법 제64조의 출원공개 규정에 따라 위 24개 청구항이 포함되어 있던 원출원이 공개됨으로써 신규성을 상실한 위 24개 청구항에 대하여 특허를 받을 기회를 상실하게 될 처지에 있으므로, 다시 특허심사절차로 되돌아가 24개 청구항에 대한 보정의 기회를 부여받아 본래 의도한 대로 특허사정을 받기 위하여 분할출원 2에 대한 이 사건 특허사정의 취소를 구한다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 동일인이 동일한 발명에 대하여 같은 날 복수의 특허출원을 한 경우 출원인의 절차적 권리
법 제36조 제2항은 “동일한 발명에 대하여 같은 날에 2 이상의 특허출원이 있는 때에는 특허출원인의 협의에 의하여 정하여진 하나의 특허출원인만이 그 발명에 대하여 특허를 받을 수 있다. 협의가 성립하지 아니하거나 협의를 할 수 없는 때에는 어느 특허출원인도 그 발명에 대하여 특허를 받을 수 없다”, 같은 조 제6항은 “특허청장은 제2항의 경우에는 특허출원인에게 기간을 정하여 협의의 결과를 신고할 것을 명하고 그 기간 내에 신고가 없는 때에는 제2항의 규정에 의한 협의는 성립되지 아니한 것으로 본다”고 규정하고 있는바, 이는 경합된 출원 중 시기적으로 앞서는 출원에 대하여만 특허를 부여하는 선원주의의 원칙 및 하나의 발명에 대하여는 하나의 특허만을 인정하는 1발명 1특허의 원칙상 동일한 발명에 대하여 동일 일자로 신청된 복수의 특허출원이 있을 경우 임의로 어느 출원인에 대하여만 특허를 부여할 수 없으므로 당사자의 협의에 의해 이를 조정하되, 협의가 성립하지 않거나 협의를 할 수 없을 때에는 어느 출원인에 대하여도 특허를 부여하지 않는다는 취지로서, 동일인이 동일한 발명에 대하여 같은 날 복수의 특허출원을 한 경우에도 원칙적으로 적용되지만, 동일인 사이의 협의는 있을 수 없으므로 협의절차에 관한 부분은 적용되지 않는다고 할 것이다. 
 한편, 법 제63조는 “심사관은 제62조의 규정에 의하여 거절사정을 하고자 할 때에는 그 특허출원인에게 거절이유를 통지하고 기간을 정하여 의견서를 제출할 수 있는 기회를 주어야 한다”고 규정하고 있으며, 법 제47조 제2항 제3호는 “ 제63조의 규정에 의한 의견서 제출기간 내에 그 요지를 변경하지 아니하는 범위 안에서 특허출원서에 첨부된 명세서 또는 도면을 보정할 수 있다”고 규정하고 있는바, 위 규정들을 종합하면 동일인이 동일한 발명에 대하여 같은 날 복수의 특허출원을 한 경우 심사관은 모든 출원이 동일하여 어느 출원도 특허를 받을 수 없다는 사유를 들어 거절사정을 하여야 하고, 다만 거절사정 전에 출원인에게 의견서를 제출하거나 필요한 사항을 보정할 기회를 부여하기 위하여 미리 위와 같은 사유를 기재한 거절이유의 통지를 하여야 한다고 할 것이다. 
 따라서, 동일한 발명에 대하여 같은 날 복수의 특허출원을 한 동일 출원인이 받는 위와 같은 거절이유의 통지는 출원인이 거절사정의 이유를 미리 알고 이에 대하여 의견을 진술하거나 미비한 사항을 보정하기 위한 전제가 되는 것으로서 출원인에게 인정되는 절차적 권리라고 할 것이므로, 특허청 심사관이 적정한 거절이유의 통지를 하지 아니한 경우 출원인의 절차적 권리를 침해한 것이 된다.
 (2) 심사관이 분할출원 2에 대하여 한 거절이유의 통지가 적정한 것인지 여부
 (가) 2000. 9. 26.자 거절이유의 통지
 분할출원 1과 분할출원 2가 완전히 동일한 출원임에도 심사관이 2000. 9. 26. 원고들에게 거절이유를 통지함에 있어 분할출원 2에 대하여는 분할출원 1과 동일하다는 사유( 법 제36조 제2항)를 들었으나 분할출원 1에 대하여는 진보성이 없다는 사유( 법 제29조 제2항)를 들었음은 위에서 본 바와 같으며, 갑 제6호증의 기재에 의하면, 심사관은 분할출원 2에 대하여 위와 같이 분할출원 1과 동일하다는 사유를 표시함에 있어서도 간단명료하게 분할출원 2가 분할출원 1과 동일하다고 표시하지 않고 분할출원 2가 분할출원 1과 구성요소, 목적 및 작용효과에 있어 동일하다고 표시하고, 나아가 부가적으로 “분할출원 2는 단지 ‘중간조 영상을 표현할 때 서로 결합되어 있는 서브프레임들 중 적어도 하나를 턴 오프하는 수단’을 ‘중간조 영상을 표현할 때 서로 결합되어 있는 서브프레임들 중 적어도 하나를 턴 온하는 수단’으로 변경하여 출원하고 있으나 이는 분할출원 1의 의견제출통지서에서 지적하였듯이 단순한 소프트웨어의 변경 정도에 불과하(여 진보성이 없)다”는 취지의 사유를 부가한 사실을 인정할 수 있다(분할출원 1과 분할출원 2가 완전히 동일한 출원임에도 심사관이 위와 같은 취지의 사유를 부가한 것은 분할출원 1의 청구항 1과 분할출원 2의 청구항 4가 서로 대응하는 것으로 착각하였거나 분할출원 1 또는 분할출원 2에서의 청구항 1, 4의 차이를 분할출원 1, 2의 차이로 착각하였기 때문으로 보이며, 이는 달리 말하면 심사관이 분할출원 1과 분할출원 2가 완전히 동일한 출원임을 인식하지 못하고 있었음을 보여주는 것이라고 할 수 있다). 
 살피건대, 특허출원에 있어 복수의 출원이 동일하다는 것은 상대적인 개념으로서 복수의 출원이 그 체제, 문구가 일치하는 등 형식적으로 완전히 동일한 경우뿐만 아니라 그 기술적 구성이 일치하는 등 실질적으로 동일한 경우도 포함하며, 후자의 경우 기술적 구성이 전면적으로 일치하는 경우는 물론, 부분적으로 일치하더라도 그 일치하는 부분을 제외한 나머지 부분만으로 별개의 발명을 이룰 수 없을 때에는 역시 동일하다는 평가를 받게 되는 것이므로 심사관이 거절이유의 통지에서 복수의 출원이 동일하다는 취지를 언급하였다고 하더라도 그것이 반드시 형식적으로 동일한 경우를 말한다고 단정할 수 없는 점, 그런데 출원인의 입장에서는 심사관이 거절이유의 통지에서 말한 동일성이 형식적 동일성을 의미하느냐 아니면 실질적 동일성을 의미하느냐에 따라 의견서 작성 또는 보정의 방법이 완전히 달라지게 되는 점, 전자출원제도 하에서는 출원인이라고 하더라도 자신이 전송한 출원 파일을 쉽게 확인해 볼 수 없는 점, 그리고 위에서 본 바와 같이 동일 일자로 제출된 복수의 출원이 서로 동일함에도 이 문제를 해결하지 않은 채 특허심사절차를 진행할 경우 종국적으로 복수의 출원 모두 특허에 관한 권리를 상실하게 될 우려가 있으므로, 특히 복수의 출원이 형식적으로 동일한 경우에는 발명의 진보성 등 실질적 문제에 나아가 심사하는 것은 적절하지 않은 점 등에 비추어 보면, 위와 같이 심사관이 거절이유를 통지함에 있어 분할출원 1에 대하여 분할출원 2와 동일하다는 사유 대신 진보성이 없다는 사유를 들고, 분할출원 2에 대하여는 분할출원 1과 동일하다는 사유를 들기는 하였으나 이를 간단명료하게 표시하지 아니하고, 게다가 동일성 이외의 사유까지 부가한 것은, 출원인에게 거절사정의 사유로서 동일성 사유와 함께 다른 사유(진보성 사유)까지 알려주는 친절한 통지가 아니라 오히려 출원인으로 하여금 거절사정의 사유를 명확히 파악할 수 없게 하고 그 출원이 다른 사유로 거절되었다고 오인할 수 있게 하는 위법한 통지에 해당한다고 할 것이다.
 피고는 법 제216조에 따라 분할출원 1과 분할출원 2의 청구항에 관한 서류의 복사를 신청할 수 있었으므로, 비록 전자출원제도에 있어 출원인이 특허청에 전송한 압축파일을 열어볼 수 없게 되어 있다고 하더라도, 원고들로서는 분할출원 1과 분할출원 2가 동일하다는 것을 확인할 방법이 있었다고 주장하나, 위 인정사실에 의하면, 심사관의 거절이유의 통지는 법 제36조의 통지로서 미흡하여 원고들로 하여금 서류의 복사를 통해 분할출원 1과 분할출원 2의 동일성 여부를 확인해 볼 생각을 불러일으킬 정도에 이르지 못하였다고 보이므로, 피고의 위 주장은 이유 없다. 
 (나) 2001. 5. 2.자 거절이유의 통지
 위에서 본 바와 같이 심사관이 분할출원 2에 대하여 분할출원 1과 동일하다는 사유로 거절이유의 통지를 한 데 대하여 원고들이 분할출원 2가 분할출원 1과 동일한 발명이 아니라는 의견서를 제출하였을 뿐(원고들은 분할출원 2의 명세서가 잘못 첨부된 것을 알지 못한 상태에서 분할출원 2가 분할출원 1과 동일하다는 피고의 지적을 형식적으로 동일하다는 취지가 아니라 실질적으로 그 기술사상이 동일하다는 취지로 받아들였기 때문에 위와 같은 의견서만을 제출하게 된 것으로 보인다) 달리 보정기한 내에 분할출원 2를 보정한 바 없으므로 심사관으로서는 바로 분할출원 2에 대하여 거절사정을 하였어야 할 것임에도 2001. 5. 2. 거절사정 대신 다시 거절이유의 통지를 하고, 그 사유도 이제는 분할출원 2가 분할출원 1과 동일하다는 것이 아니라 진보성이 없다는 것을 들었는바[피고는 심사관이 거절이유의 통지를 할 때 분할출원 2가 분할출원 1과 동일하다는 사유도 재차 언급하였다고 주장하므로 살피건대, 갑 제7호증의 기재에 의하면, 심사관이 2001. 5. 2. 거절이유의 통지를 할 때 “본원은 상기 언급하였듯이 원출원[특허 (출원번호 4 생략)]이 거절사정된 후 분할출원된 것이나 청구범위의 기재내용에 별다른 차이가 없음을 먼저 알려드립니다”고 기재한 사실을 인정할 수 있으나, 위와 같은 기재는 분할출원 2가 원출원과 동일하다는 것인지 아니면 분할출원 1과 동일하다는 것인지, 그리고 그 동일성의 기준 및 정도가 실질적으로 동일하다는 것인지 아니면 형식적으로 동일하다는 것인지, 완전히 동일하다는 것인지 아니면 대체로 비슷하다는 것인지 불분명하여 이를 분할출원 2가 분할출원 1과 동일하다는 점을 지적한 기재로 보기에는 극히 미흡하다고 할 것이다], 이러한 통지는 출원인인 원고들로 하여금 분할출원 2가 분할출원 1과 동일한 발명이 아니라는 자신들의 주장이 심사관에 의해 받아들여진 것이라는 착오를 일으키게 하고, 이로써 분할출원 2의 명세서가 잘못 첨부되었다는 것을 의심할 여지를 더욱 줄어들게 하는 것일 뿐 아니라, 이제는 더 이상 분할출원 1과 분할출원 2의 동일성을 문제삼지 않음으로써(원고들이 2000. 12. 15. 분할출원 1을 보정하면서 청구항을 6개에서 4개로 감축하였지만 여전히 분할출원 1과 분할출원 2의 동일성 문제는 남아 있는 상태이다) 만일 위 출원들에 대한 특허사정이 있을 경우 법 제69조 제1항 제1호, 제133조 제1항 제1호에 의하여 그 특허가 모두 취소되거나 무효가 될 수도 있는 운명에 놓이게 하는 것으로서 역시 위법한 통지에 해당한다고 할 것이다. 
 (3) 2001. 8. 28. 원고들의 분할출원 1에 대한 보정서 제출에 의하여 심사관이 분할출원 2에 대하여 한 거절이유 통지의 위법이 치유되는지 여부
 위에서 본 바와 같이 심사관의 위법한 거절이유 통지로 인하여 원고들이 분할출원 2의 명세서가 잘못 첨부되었음을 인식할 수 없었고, 따라서 원고들의 절차적 권리가 침해된 이상, 그 후 분할출원 1, 2 사이의 동일성 문제가 해결됨으로써 심사관의 거절이유 통지의 위법이 치유된 것으로 보기 위해서는 위와 같은 동일성 문제의 해결이 그러한 문제에 대한 충분한 인식을 전제로 이루어진 것이 아니면 안된다고 할 것이다.
 그런데, 원고들이 2001. 8. 28. 분할출원 1에 대한 거절사정을 다투는 심판절차에서 기존의 청구항 1～6을 모두 삭제하고 청구항 7, 8을 신설함으로써 그 시점부터 분할출원 1과 분할출원 2의 동일성 문제가 해소되기는 하였으나 이는 원고들이 분할출원 1과 분할출원 2가 동일하다는 것을 인식하고 그 문제를 해결하기 위해 필요한 조치를 취한 것이 아니라 분할출원 1의 진보성 문제를 해결하기 위해 우연히 청구항 1～6을 삭제하는 바람에 결과적으로 동일성 문제가 해소된 것이라는 점은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 그렇다면 이로써 심사관의 거절이유 통지의 위법이 치유된 것으로 보기는 어렵다고 할 것이다(원고들은 2001. 8. 28. 분할출원 1과 관련한 보정서 제출이 심사단계가 아닌 심판단계에서 이루어졌으므로 이를 법 제47조의 규정에 의한 보정으로 볼 수 없고, 따라서 분할출원 2와 분할출원 1의 동일성 문제가 해소된 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 분할출원 1의 보정으로 인해 분할출원 2가 분할출원 1과 동일하지 않게 된다면 이로써 동일성 문제는 해소되는 것이고, 그것이 심사단계에서 이루어졌는지 아니면 심판단계에서 이루어졌는지 하는 것은 아무런 관계가 없다고 할 것이므로, 원고들의 위 주장은 받아들이지 않는다). 
4. 결론
 그렇다면, 이 사건 특허사정은 심사관의 거절이유 통지의 위법이 치유되지 아니한 채 이루어진 것으로서 역시 위법하다고 할 것이므로, 그 취소를 구하는 원고들의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하고 이 사건 특허사정을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 이종찬(재판장) 김우진 이성구