초과부과금부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2009.07.14 / 시행일:

【원고, 항소인】 
【피고, 피항소인】 인천광역시장
【제1심판결】 인천지방법원 2008. 7. 17. 선고 2007구합5862 판결
【변론종결】2009. 6. 16.
【주 문】
1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다. 
 피고가 2007. 11. 9. 원고에 대하여 한 1,303,020,520원의 초과부과금 부과처분 중 858,460,577원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다. 
3. 소송총비용은 이를 3분하여 그 2는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】제1심 판결을 취소한다. 피고가 2007. 11. 9. 원고에 대하여 한 1,303,020,520원의 초과부과금부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 자동차 부품, 중장비 부품 등 제조업을 영위하고 있는 회사로서 공장 내에 제품의 제조과정에서 발생하는 대기오염물질의 배출 및 방지시설(이하 ‘이 사건 집진시설’이라 한다)에 관한 설치신고를 하고 이를 가동하여 오고 있다. 
 나. 피고가 2007. 7. 24. 원고의 이 사건 집진시설에 대한 오염물질 배출허용기준 준수 여부를 확인하기 위하여 인천광역시 보건환경연구원에 대기오염도 검사를 의뢰하여 2007. 7. 27. 검사를 실시한 결과, 이 사건 집진시설에서 먼지 배출허용기준인 100㎎/S㎥를 초과하는 2,879.3㎎/S㎥의 먼지가 배출되는 것으로 확인되었다. 
 다. 피고는 2007. 8. 1. 원고에게 이 사건 집진시설에 대한 개선명령을 내렸고, 원고는 2007. 8. 14. 피고에게 이 사건 집진시설에 대한 개선계획서(개선예정일 2007. 10. 31.)를 제출하고 그 보수공사를 완료한 뒤 2007. 10. 31. 피고에게 개선완료보고를 하였다.
 라. 피고는 2007. 11. 2. 원고의 사업장에 출장하여 이 사건 집진시설의 개선이행상태를 확인한 뒤 2007. 11. 9. 원고에 대하여 초과배출부과금 1,303,020,520원[=오염물질 1㎏당 부과금액 770원/㎏×배출허용기준초과 오염물질 배출량 64,532㎏{=(초과농도 2,779.3㎎/S㎥×일일유량 27,319㎥/hr×10hr/일×)×배출기간 85일}×5.4(초과율별 부과계수)×1(지역별 부과계수)×4.6249(연도별 부과금산정지수)×1.05(위반횟수별 부과계수)]을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 3, 갑 제10호증, 갑 제12 내지 15호증(가지번호 포함), 갑 제17, 20호증, 을 제2호증의 4, 을 제3호증, 을 제4호증의 3 내지 7, 을 제5 내지 7호증(가지번호 포함), 을 제8호증의 1 내지 4, 6, 12, 13, 을 제11 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 배출기간 산정의 오류
구 대기환경보전법(2007. 4. 27. 법률 제8404호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제19조는 대기오염물질을 배출하는 사업자가 배출허용기준을 초과하여 이를 배출하는 경우에 초과배출부과금을 부과한다고 규정하고,구 대기환경보전법 시행령(2007. 11. 15. 대통령령 제20383호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법 시행령’이라 한다) 제18조 제1항 제2호는 배출부과금의 산정시 배출기간에 관하여 ‘오염물질이 배출되기 시작한 날부터 개선명령 등의 이행완료예정일까지’로 규정하고 있는데, 위 이행완료예정일이라 함은 실제로 개선명령을 모두 이행한 날을 의미한다고 해석하여야 하므로, 원고가 이 사건 집진시설에 대한 개선·보수공사를 실제로 완료한 2007. 9. 3.을 배출기간의 종기로 보아야 함에도, 피고는 원고가 피고에게 개선완료를 보고한 날인 2007. 10. 31.을 배출기간의 종기로 보아 배출기간을 85일로 적용하여 이 사건 배출부과금을 산정하였으므로 위법하다.
 (2) 조업시간 산정의 오류
 피고는 원고가 형식적으로 작성한 배출시설 및 방지시설 운영일지를 근거로 이 사건 집진시설의 하루 조업시간을 10시간으로 산정하였으나, 실제로 원고는 위 조업시간 내내 이 사건 집진시설을 가동한 것이 아니라 제품의 제조공정 중 일부인 가우징 작업(주형틀에서 떼어낸 금속제품에 있는 불필요한 부분을 용접봉으로 녹이면서 고압의 산소를 불어넣음으로써 산소가 녹은 금속부분을 산화시켜 이를 제거하는 작업을 말한다)을 진행할 때에만 간헐적으로 위 집진시설을 가동하였고, 하루에 생산하는 제품의 수량에 제품당 가우징 작업을 하는 시간을 곱하여 작업시간을 산출하여 보면 이 사건 집진시설을 가동한 시간은 하루 평균 4시간에 불과하므로 실제 가동시간인 하루 4시간의 조업시간을 기준으로 하여 이 사건 배출부과금을 산정하여야 한다. 
 (3) 초과농도 측정결과의 신빙성
 피고는 인천광역시 보건환경연구원에 이 사건 집진시설에 대한 오염도 검사를 의뢰하여 2007. 7. 27. 이에 대한 오염도 검사를 실시한 결과 배출농도 2,879.3㎎/S㎥의 먼지가 검출되었다며 위 수치를 기준으로 이 사건 초과배출부과금을 산출, 부과하였으나, 원고는 대기오염물질 측정전문회사인소외 1 주식회사와 측정대행계약을 체결하여 1년에 2회씩 정기적으로 집진시설의 오염도 검사를 하여 왔는데,소외 1 주식회사에서 실시한 오염도 검사결과에서는 2007. 6. 20. 5.79㎎/S㎥으로 측정되어 허용범위 내에 있었고, 피고의 오염도검사 이후인 2007. 7. 30.소외 1 주식회사에서 실시한 검사에서도 피고의 검사결과보다 훨씬 낮은 수치인 158.58㎎/S㎥으로 측정된 점 등을 고려하여 보면, 배출허용기준치의 28배가 넘는 2,879.3㎎/S㎥의 먼지가 검출되었다는 인천광역시 보건환경연구원의 오염도 검사결과는 믿기 어렵다.
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실
 (1) 피고가 2007. 7. 27. 이 사건 집진시설에 대한 오염도 검사를 인천광역시 보건환경연구원에 의뢰하여 오염도 검사를 실시한 결과 이 사건 집진시설에서 배출허용기준인 100㎎/S㎥를 초과하는 2,879.3㎎/S㎥의 먼지가 검출되자, 피고는 2007. 8. 1. 원고에게 오염물질의 정도가 배출허용기준 이하로 내려가도록 필요한 조치를 취할 것을 명하였다. 
 (2) 이에 원고는 2007. 8. 14. 이 사건 집진시설의 노후된 충진층을 교체하고, 스프레이 라인을 교체하겠다는 등의 개선방안을 세워 2007. 10. 31.까지 이를 개선하겠다는 내용의 개선계획서를 피고에게 제출하였고, 위 개선계획에 따라 보수공사를 실시한 뒤 2007. 10. 31. 피고에게 개선완료보고를 하였다. 
 (3) 원고는소외 1 주식회사에 이 사건 집진시설에 대한 오염도 검사를 의뢰하여 2007. 7. 30., 2007. 9. 4., 2007. 9. 11., 2007. 9. 17., 2007. 10. 10. 각 오염도 검사를 실시하였는데, 위 각 검사에서 시료분석요원인소외 2가 시료채취요원인소외 3을 대신하여 시료를 채취하였고, 각 검사결과는 대기측정기록부가 아닌 시험성적서라는 간이한 형식의 서면에, 2007. 7. 30.자 검사에서는 158.58㎎/S㎥, 2007. 9. 4.자 검사에서는 61.5㎎/S㎥, 2007. 9. 11.자 검사에서는 52.78㎎/S㎥, 2007. 9. 17.자 검사에서는 44.69㎎/S㎥, 2007. 10. 10.자 검사에서는 47.44㎎/S㎥의 먼지가 각 검출된 것으로 기재되어 있다.
 (4) 피고는 2007. 11. 9. 원고에 대하여, 원고가 제출한 배출시설 및 방지시설 운영일지 및 조업일수 확인서 등을 기초로 하여 원고의 오염물질 배출기간은 이 사건 집진시설에 대한 오염물질 채취일인 2007. 7. 27.부터 원고의 개선완료보고일인 2007. 10. 31.까지의 97일 중 휴무일 12일을 뺀 85일로 정하고, 일일 조업시간은 배출시설 및 방지시설 운영일지상의 조업시간 11시간 30분에서 점심시간과 휴식시간을 제외한 10시간으로 정하여 초과배출부과금 1,303,020,520원을 산출, 부과하였다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1 내지 3, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1 내지 5, 갑 제11 내지 19호증, 갑 제22, 25호증, 을 제1 내지 3호증, 을 제4호증의 3 내지 7, 을 제5 내지 8호증, 을 제11호증의 각 기재(이상 각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 제1심 증인소외 2, 당심 증인소외 4의 각 증언, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 (1) 배출기간 산정의 오류
 (가)법 제16조,제19조 제1항,법 시행령 제13조 제1항,제14조 제1항,제17조 제2항 제2호,제18조 제1항 제2호,제28조 제1항 제1호,제2항은, ① 환경부장관은 대기오염물질을 배출하는 사업자가 배출허용기준을 초과하여 오염물질을 배출하는 경우 오염물질의 정도가 배출허용기준 이하로 내려가도록 필요한 조치를 취할 것(이하 ‘개선명령’이라 한다)을 명할 수 있고, ② 개선명령을 받은 사업자는 개선하고자 하는 내용 및 기간 등에 관한 개선계획서를 제출하여야 하고, 개선명령을 이행한 때에는 지체없이 이를 환경부장관에게 보고하여야 하며, ③ 환경부장관은 배출허용기준을 초과하여 오염물질을 배출한 사업자가 개선명령을 받은 경우 오염물질이 배출되기 시작한 날(배출되기 시작한 날을 알 수 없는 경우에는 배출허용기준 초과 여부의 검사를 위한 오염물질채취일을 말한다)부터법 제16조에 의한 개선명령의 이행완료예정일까지를 배출기간으로 보고 이를 기초로 배출허용기준초과 오염물질배출량을 산출하며, ④ 환경부장관은 개선기간 만료일 또는 명령이행완료예정일 이전에 개선 또는 명령의 이행이 완료되어 초과부과금 산정의 기초가 되는 오염물질 또는 배출물질의 배출기간이 달라진 경우 부과금을 다시 산정하여 조정하되, 이 경우 초과부과금산정을 위한 오염물질 또는 배출물질의 배출기간은 환경부령이 정하는 개선완료일 또는법 시행령 제14조 제1항의 규정에 의한 명령이행의 보고를 한 날까지로 한다고 규정하고 있는바, 위 관계법령의 내용을 종합하면, 배출허용기준을 초과한 오염물질배출량을 산정하는 기준이 되는 오염물질의 배출기간은 원칙적으로법 시행령 제18조 제1항 제2호에 의하여 오염물질이 배출되기 시작한 날(또는 오염물질채취일)로부터 개선계획서상의 이행완료예정일까지라고 볼 것이지만, 위 이행완료예정일이 도래하기 전에 개선명령의 이행이 완료된 경우에는 그 종기를 사업자가 행정청에 개선명령의 이행이 완료되었음을 보고한 날로 봄이 일응 타당하다.
 (나) 그런데법 제19조에 의하면, 초과부과금은 대기오염물질을 배출하는 사업자가 배출허용기준을 초과하여 이를 배출하는 경우에 오염물질의 배출량과 배출농도 등에 따라 부과되며 이때 오염물질의 종류, 배출기간과 배출량 등을 고려하도록 함으로써 초과부과금은 오염물질의 실제 배출량과 정도에 따라 종량제 방식으로 부과하도록 되어 있는 점, 이에 따라 초과부과금은 오염물질 배출에 대한 제재적 성질과 아울러 오염물질 배출시설의 신속한 개선을 압박하는 기능을 하는 점, 행정청 입장에서는 개선명령을 받은 사업자가 개선명령의 이행 여부를 보고하여야 그 이행상태를 실제로 확인할 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 사업자의 개선명령 이행보고는 실질적으로 행정청에 대하여 개선명령 이행 여부 사실의 확인을 요청하는 행정적 차원의 보고라 할 것이고, 그 보고 자체가 배출기간의 종기로 의제되는 법률요건적 효과를 갖는다고는 볼 수 없다(이행완료예정일이 도래하기 전에 사실상 개선작업이 완료되었음에도 단지 보고가 없었다는 이유만으로 이행완료예정일까지 배출허용기준을 초과한 오염물질이 계속 배출된 것으로 의제하여 초과배출부과금을 부과한다면 사업자는 개선작업 완료보고를 게을리하였다는 이유만으로 실제로 배출허용기준을 초과한 오염물질을 배출하지 아니한 기간에 대하여도 배출부과금을 부담하게 되는 결과가 되어 부당하다고 할 것이다).
 따라서법 시행령 제28조 제2항의 규정은 개선명령 이행보고일을 원칙적인 배출기간의 종기로 보되, 사업자가 사실상 개선작업을 완료하였으나 이행완료보고만을 뒤늦게 하였음이 제반증거에 의하여 명백하게 인정되는 등 특별한 사정이 있는 경우에는 사실상 개선작업을 완료한 날을 배출기간의 종기로 볼 수 있다고 해석함이 상당하다고 할 것이다(다만, 이와 같은 개선작업 완료일은 증거에 의하여 명백히 인정되는 경우만으로 엄격히 한정하여야 할 것이다).
 (다) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 위 각 증거 및 갑 제28, 29호증, 갑 제30호증의 1, 2, 갑 제31호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 집진시설에 대한 보수공사는 공사금액이 17,600,000원(부가가치세 포함)에 불과한 소규모 공사로서 그 공사내용 등에 비추어 3개월이 소요된다고 보기 어려운 점(피고 역시 위 보수공사의 기간은 최대한으로 잡아도 2개월을 넘지 않을 것이라고 인정하고 있다), ② 원고가 피고에게 제출한 개선명령 이행완료보고서에 보수공사기간이 ‘2007. 9. 1.부터 2007. 9. 30.까지’로 기재되어 있는 점(기록 134면), ③ 이 사건 보수공사는 보수공사를 한 후 먼지농도를 측정하여 관계법령에 의한 배출허용기준을 준수하는지 여부를 확인하고, 내부 보수 및 외관 도색상태, 팬(Fan), 펌프(Pump) 정상가동상태를 확인하도록 되어 있으며[이 사건 개선공사를 담당한소외 6 주식회사와 원고 사이의 보수공사계약서(갑 제14호증) 제9조], 공사대금은 공사 및 검수완료 합격 후 전자어음으로 결제하기로 하였고(위 계약서 제10조), 공사후 하자 발생시 공사범위 내에서 보완공사를 하도록 되어 있는바(위 계약서 제12조),소외 6 주식회사가 이 사건 집진시설의 액체를 분사하는 노즐을 교체하고 충전물(Pallring)을 전량 교체하며 기액분리장치(Demister)를 교체하고 도색작업 등을 한 후, 앞서 본 바와 같이 원고가소외 1 주식회사에 오염도 검사를 의뢰하여 오염도 검사를 실시하여 검수를 마친 다음,소외 6 주식회사가 2007. 9. 30. 원고에게 공사대금의 지급을 청구한 점, ④ 원고는 2007. 9. 30. 이후 이 사건 집진시설에 대하여 다른 공사를 한 적이 없었던바, 원고의 개선공사 완료보고 후 2007. 11. 6. 피고가 인천광역시 보건환경연구원에 의뢰하여 이 사건 집진시설의 오염도를 검사한 결과, 오염도가 배출허용기준 이하인 36.7㎎/S㎥로 내려간 것으로 확인되었으므로, 2007. 9. 30. 당시 이미 오염도가 배출허용기준 이하로 내려간 것으로 봄이 경험칙에 부합하는 점, ⑤ 이 사건에서 원고가 개선명령 이행보고를 지연한 데 대한 책임이 없다고 할 수는 없으나, 초과부과금은 시간이 경과할수록 늘어나게 마련인데 원고가 이러한 사정을 알면서도 개선명령 이행보고를 일부러 늦출 만한 아무런 합리적인 이유가 없음에 비추어(피고 역시 개선명령을 받은 업체가 개선완료보고를 개선완료기간 마지막 날에 한 사례는 거의 없고, 대개 초과부과금 부담을 줄이기 위해서 개선작업 완료 직후에 보고하는 것이 통상적이라고 하고 있다) 원고는 초과부과금이 부과되지 않거나 소액의 초과부과금만이 부과될 것으로 잘못 알고 개선명령 이행완료예정일에 가서야 보고를 한 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 2007. 9. 30.에 사실상 이 사건 집진시설에 대한 개선작업이 완료된 것으로 봄이 상당하다고 할 것이다(원고는 2007. 9. 3. 개선공사를 완료하였다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 원고와소외 6 주식회사 사이에 공사완공 후에 오염도 측정 등 검사, 하자가 있을 때 보수공사를 이행한 후 공사대금 지급을 하기로 약정한 점에 비추어 볼 때, 원고의 주장을 그대로 받아들일 수 없고,소외 6 주식회사가 공사대금의 지급청구를 한 2007. 9. 30.을 이행완료일로 볼 수밖에 없다).
 (라) 그렇다면, 원고에 대한 이 사건 초과부과금을 산정함에 있어 배출허용기준을 초과한 오염물질의 배출기간은 원고의 사업장에서 오염물질을 채취한 2007. 7. 27.부터 2007. 9. 30.까지라고 할 것이므로[그 중 휴무일은 8/6~8/8(하계휴가), 9/1~9/2(방지시설 보수공사), 9/23~9/26(추석연휴), 9/30(정기휴무)이다. 기록 144면], 배출일수는 56일(66일-휴무일 10일)이 된다. 
 (2) 조업시간 산정이 잘못되었는지 여부에 대하여
법 시행령 제18조 제1항,제3항, [별표 4]에서는, 배출허용기준초과 오염물질배출량의 산정의 기초가 되는 일일유량은 오염물질채취일 당시의 측정유량에 일일 조업시간을 곱하여 산출하고, 이때 일일 조업시간은 배출량을 측정하기 전 최근 조업한 30일 동안의 배출시설 조업시간 평균치를 시간으로 표시하도록 규정하고 있는바, 갑 제19호증, 을 제2호증의 4, 을 제8호증의 12, 13의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 집진시설에 대한 배출시설설치신고 당시 그 조업시간을 10시간으로 기재하였고, 원고의 사업장에서 작성한 이 사건 집진시설의 운영일지에는 그 조업시간이 08:30부터 20:00까지로 기재되어 있으며, 원고의 직원이 작성한 오염물질 배출량 산정을 위한 조업일수 확인서에도 하루 평균 조업시간이 11시간 30분에서 12시간으로 기재되어 있는 사실, 피고는 위 운영일지의 기재를 기초로 점심시간 및 휴식시간을 제외한 일일 조업시간을 10시간으로 산정하여 이 사건 배출부과금을 산출한 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면, 피고가 이 사건 집진시설의 조업시간에 관하여 원고가 작성, 제출한 객관적인 자료를 토대로 이를 10시간으로 산정하여 이 사건 처분을 한 것은 정당하다고 할 것이다.
 이에 대하여 원고는 이 사건 집진시설은 원고의 제품 생산공정 중 가우징 작업을 할 때에만 간헐적으로 가동하는 것이고, 원고의 사업장에서 작성한 생산일지상 생산된 제품의 수량에 제품당 가우징 작업을 하는 시간을 곱하여 작업시간을 산출하여 보면 이 사건 집진시설을 가동한 시간은 하루 평균 4시간에 불과하여 실제 가동시간인 4시간을 기준으로 하여 일일 조업시간을 산정하여야 한다고 주장하므로 살피건대, ① 원고가 작성한 생산일지는 작업의 연속성 등의 업무 편의를 위하여 작성한 것일 뿐, 조업시간에 관한 객관적인 자료라고는 볼 수 없는 점, ② 또한 위 생산일지에는 생산물량만이 기재되어 있고 작업시간은 기재되어 있지 않을 뿐만 아니라, 원고가 개선명령이행완료시 피고에게 제출한 생산일지와 이 사건 소송에서 증거자료로 제출한 생산일지가 일부 불일치하여 그 생산물량에 차이가 있는 것으로 보이는 점(을 제28호증 참조), ③구 대기환경보전법 시행규칙(2007. 12. 31. 환경부령 제270호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제1항 제1호가 환경기술인으로 하여금 배출시설 및 방지시설의 운영에 관한 업무일지를 사실에 기초하여 작성할 의무를 부과하고 있는 점, ④ 피고가 제1심 소송계속 중이던 2008. 1. 28., 2008. 1. 29., 2008. 2. 4. 등 3일간에 걸쳐 원고의 사업장을 방문하여 확인한 결과 휴게시간 및 점심시간을 제외하고는 이 사건 집진시설에서 흄(연기)이 지속적으로 배출되고 있었고(이에 대하여 원고는 당시는 월말 및 명절 직전으로서 평소보다 생산물량이 많았기 때문이라고 주장하나, 원고가 제조하는 물품의 특성에 비추어 위와 같은 설명은 설득력이 있다고 보기 어렵다), 2007. 7. 27. 인천광역시 보건환경연구원의 오염물질 시료채취시 시료채취확인서에도 배출시설 가동(예정)시간이 12시간으로 기재되어 있는 점(기록 203면) 등을 종합하면, 이 사건 집진시설에 관한 운영일지의 조업시간에 관한 기재를 배척하고 위 생산일지를 기초로 일일 조업시간을 산정하여야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
 (3) 초과농도 측정결과의 신빙성 
 갑 제7호증의 1 내지 5, 갑 제11호증, 갑 제12호증의 3, 을 제5호증의 3의 각 기재, 제1심 증인소외 2의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는구 대기환경보전법 시행규칙 제35조의3 제2항에 의한 오염도 검사기관인 인천광역시 보건환경연구원에 원고의 이 사건 집진시설에 대한 오염도 검사를 의뢰하였고, 위 보건환경연구원에서는 2007. 7. 27.소외 5 등 4인이 원고의 사업장을 방문하여 원고의 담당자 입회 아래 환경부고시 제2007-54호 대기오염 공정시험방법에서 규정하고 있는 먼지 시료채취방법에 의거하여 자동식 시료채취기로 이 사건 집진시설의 먼지시료를 채취한 뒤 이를 분석한 결과 이 사건 집진시설에서 2,879.3㎎/S㎥의 먼지가 검출된 사실, 원고는소외 1 주식회사와 측정대행계약을 체결하여소외 1 주식회사에서 이 사건 집진시설에 대하여 오염도 검사를 실시한 결과 2007. 6. 20.까지 배출허용기준 범위인 100㎎/S㎥ 이하로 측정된 사실, 원고는 피고의 위 오염도 검사 이후 2007. 7. 30.소외 1 주식회사에 이 사건 집진시설에 대한 오염도 검사를 의뢰하여 검사한 결과 이 사건 집진시설에서 158.58㎎/S㎥의 먼지가 검출된 것으로 시험성적서를 교부받았으나, 위 2007. 7. 30.자 검사(용도가 ‘참고용’으로 되어 있다)에서는환경분야 시험·검사 등에 관한 법률 시행규칙 제17조에서 규정하는 측정대행업자의 준수사항에 위반하여 시료채취요원인소외 3이 아닌 시료분석요원인소외 2가 시료를 채취하였고, 그 검사결과도 대기측정기록부가 아닌 시험성적서라는 간이한 형식의 서면으로 작성된 사실을 인정할 수 있는바, 공인기관인 인천광역시 보건환경연구원의 시료채취 및 결과 분석에 있어 어떠한 위법사유를 찾아볼 수 없는 이상 위 검사결과는 매우 공신력이 높은 것으로 보아야 하고, 합리적인 이유 없이 그 신빙성이 배척하여서는 아니 될 것이며(대법원 1993. 7. 16. 선고 93누814 판결 참조), 원고가 사적으로 의뢰한소외 1 주식회사의 검사결과는 위와 같이 그 시료채취방법 등에 하자가 있거나(대법원 1995. 11. 10. 선고 94누5380 판결 참조) 피고의 오염도 검사와는 그 검사시기를 달리하고 있어 원고 주장과 같은 사정만으로는 인천광역시 보건환경연구원의 검사결과를 배척할 수 없다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면, 정당한 초과부과금은 858,460,577원(1,303,020,520원×56/85, 원 미만 버림)이 되어 이 사건 처분 중 858,460,577원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 주문과 같이 판결한다. 

판사 윤재윤(재판장) 한정훈 이광영