과징금부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2016.06.30 / 시행일:

【원 고】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 대륙아주 담당변호사 마지예 외 2인)
【피 고】 공정거래위원회 (소송대리인 변호사 박소은)
【변론종결】2016. 5. 12.
【주 문】
 1. 피고가 2014. 9. 15.자 의결 제2014-194호로 원고에 대하여 한 별지2 기재 과징금납부명령을 취소한다.
 2. 이 사건 소 중 별지1 기재 과징금납부명령에 관한 주위적, 예비적 청구 부분을 모두 각하한다.
 3. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.
 4. 소송비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】 1. 주위적으로, 피고가 2014. 9. 15. 의결 제2014-192호로 원고에 대하여 한 별지1 기재 시정명령 및 과징금납부명령은 모두 무효임을 확인한다. 예비적으로, 피고가 2014. 9. 15. 의결 제2014-192호로 원고에 대하여 한 별지1 기재 시정명령 및 과징금납부명령은 모두 취소한다. 
 2. 주위적으로, 피고가 2014. 9. 15.자 의결 제2014-194호로 원고에 대하여 한 별지2 기재 과징금납부명령은 무효임을 확인한다. 예비적으로, 피고가 2014. 9. 15.자 의결 제2014-194호로 원고에 대하여 한 별지2 기재 과징금납부명령을 취소한다.
【이 유】1. 기초사실 및 처분의 경위
 가. 원고 등의 지위
 원고, 소외 3 회사, 소외 4 회사(이하 ‘원고 등 3개사’라 한다)는 건설업을 영위하는 자로서 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2010. 3. 22. 법률 제10166호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조 제1호에서 규정한 사업자에 해당한다. 
 나. 호남고속철도 노반신설공사의 개요
 1) 호남고속철도 건설공사는 오송, 공주, 익산, 정읍, 광주송정을 잇는 전체 길이 184.534km의 고속철도 노반을 신설하는 공사로서, 총 8조 3,529억 원의 사업비가 들어가는 대규모 국책사업이다. 
 2) 호남고속철도 노반신설공사는 19개 공구로 나뉘어 발주되었다. 그 중 제1-2공구, 제1-4공구, 제2-3공구, 제4-2공구는 대안입찰 방식으로, 나머지 공구는 설계·시공 분리입찰 방식 또는 설계·시공 일괄입찰 방식으로 입찰이 진행되었다. 
 3) 대안입찰은 원안입찰과 함께 입찰자의 의사에 따라 대안이 허용되는 입찰 방식이다. 대안이라 함은 정부가 작성한 실시설계서상의 공종 중에서 대체가 가능한 공종에 대하여 기본방침의 변동 없이 정부가 작성한 설계에 대체될 수 있는 동등이상의 기능 및 효과를 가진 신공법·신기술·공기단축 등이 반영된 설계로서 해당실시설계서상의 가격이 정부가 작성한 실시설계서상의 가격보다 낮고 공사기간이 정부가 작성한 실시설계서상의 기간을 초과하지 아니하는 방법(공기단축의 경우에는 공사기간이 정부가 작성한 실시설계서상의 기간보다 단축된 것에 한한다)으로 시공할 수 있는 설계를 말한다. 대안 입찰은 경쟁을 통해 공사의 효율성을 제고하고 장기적으로 기술능력 개발을 유도하는 장점이 있다. 
 다. 호남고속철도 제1-2공구 노반신설 공사 입찰의 현황
 1) 호남고속철도 제1-2공구 노반신설 공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)는 철도시설공단의 2009. 7. 30.자 입찰공고에 따라 각 건설사가 2009. 8. 11. 입찰참가자격 사전심사 서류를 제출하고, 2009. 11. 6. 입찰이 이루어졌다. 이 사건 입찰은 대안입찰 방식으로 실시되었으며, 실시설계 적격자 결정은 설계점수 80점 이상을 받은 자 중에서 설계점수에 60%, 가격점수에 40%를 부여하여 평가한 후 총점이 가장 높은 자를 낙찰자로 결정하는 이른바 가중치 기준방식으로 수행되었다. 
 2) 원고 등 3개사는 아래와 같이 각각 별도의 공동수급체를 구성하여 이 사건 입찰에 참여하였는데, 소외 3 회사가 2009. 12. 8. 실시설계적격자로 선정되어 같은 해 12. 24. 한국철도시설공단과 이 사건 공사에 관하여 계약금액 274,205,000,000원(부가가치세 포함)으로 정한 도급계약을 체결하였다.
대표사공동수급체 구성현황 (지분율: %)원고원고(42), 소외 5 회사(9), 소외 6 회사(5), 소외 7 회사(13), 소외 8 회사(10), 소외 9 회사(9), 소외 10 회사(12)소외 3 회사소외 3 회사(50), 소외 11 회사(7), 소외 12 회사(5), 소외 13 회사(5), 소외 14 회사(5), 소외 15 회사(13), 소외 16 회사(15)소외 4 회사소외 4 회사(85), 소외 17 회사(15)
 3) 이 사건 입찰의 투찰금액, 투찰률 및 설계·가격·종합점수는 아래 각 표 기재와 같다. 
입찰자입찰내역설계점수가격점수종합점수결과투찰금액투찰율투찰시간원고273,99991.612009. 11. 6. 11:1152.9940.0092.99탈락소외 3 회사274,20591.682009. 11. 6. 11:2356.7939.9796.76낙찰소외 4 회사281,16094.002009. 11. 6. 10:1243.1638.9882.14탈락[단위: 백만 원(부가가치세 포함), %]
 라. 원고 등 3개사의 합의
 1) 합의의 배경
 원고는 이 사건 입찰이 공고되기 이전부터 호남고속철도 제1-1공구를 시공하고 있었는바, 이와 연결되는 구간인 이 사건 입찰에 참여하는 것이 시공경험 등 측면에서 타사에 비해 경쟁력이 있을 것이라고 판단하고, 이 사건 공사입찰에 참여하기로 결정하였다. 소외 3 회사도 이 사건 입찰이 공고되기 약 1개월 전에 업계 모임 등을 통해 파악한 정보를 바탕으로 이 사건 입찰에 참여하기로 결정하였고, 이를 원고에게 유선으로 통보하였다. 소외 4 회사는 충청남도에 지역기반을 둔 업체로서 가격경쟁을 할 경우 수주가능성이 있다고 판단하였고, 2009. 8.경 이 사건 입찰에 참여하기로 결정하였다. 원고와 소외 3 회사는 PQ신청서 제출일 이후에 이와 같은 사실을 알게 되었고, 소외 4 회사의 저가투찰 가능성에 대비할 필요성이 있었다.
 2) 합의의 내용 및 실행
 원고와 소외 3 회사는 PQ(입찰참가자격 사전심사)신청서 제출 마감일인 2009. 8. 11.경 가격경쟁은 배제하고 설계로만 경쟁하기로 합의한 후 입찰마감일을 앞둔 2009. 11. 1.~11. 2.경 유선 등으로 투찰률을 설계금액 대비 88.9%대로 정하였다. 또한 원고와 소외 3 회사는 2009. 10.경부터 소외 4 회사에 저가입찰을 하지 말 것을 지속적으로 요청하였다. 결국 소외 4 회사는 입찰일 직전인 2009. 11.초경 원고, 소외 3 회사와 사이에 각각 투찰률 등을 합의해 주는 대신 추후 별건 공사에서 일정한 보상을 받기로 약정함으로써 사실상 소외 4 회사가 이 사건 입찰에 형식적으로 참여하기로 하는 내용의 합의를 하였다. 원고 등 3개사는 입찰마감일인 2009. 11. 6. 사전에 합의한 투찰률을 전자입찰시스템에 입력함으로써 합의를 실행하였으며, 합의 이행 여부를 감시하기 위하여 경쟁사를 상호 방문하여 입찰과정을 감시하였다.
 마. 피고의 처분
 1) 피고는, 원고 등 3개사가 이 사건 입찰에 참여하면서 위와 같이 사전에 투찰률을 정하고 소외 4 회사는 형식적으로 입찰에 참여하기로 합의한 행위가 공정거래법 제19조 제1항 제8호에서 정한 부당한 공동행위(이하 ‘이 사건 공동행위’라 한다)에 해당한다는 이유로, 2014. 9. 15. 의결 제2014-192호로 원고에 대하여 별지1 기재 시정명령 및 과징금납부명령을 하였다(이하 시정명령을 ‘이 사건 시정명령’, 과징금납부명령을 ‘이 사건 선행 과징금납부명령’이라 한다).
 2) 피고는 기본적으로 공정거래법 제22조 및 제55조의3, 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령(2010. 2. 27. 대통령령 제22003호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘공정거래법 시행령’이라 한다) 제61조 및 [별표2], 구 과징금 부과 세부기준 등에 관한 고시(2010. 10. 20. 피고 고시 제2010-9호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘과징금 고시’라 한다)를 적용하되, 피고가 이미 처리한 다른 사건들과의 형평을 고려하여 구 과징금부과 세부기준 등에 관한 고시(2013. 6. 5. 피고 고시 제2013-2호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 과징금 고시’라고 한다)중 원고 등 3개사에 불리하지 아니한 사항도 고려하여 원고에 대한 과징금을 다음과 같이 산정하였다. 
 가) 산정기준
 (1) 관련매출액
 관련매출액은 이 사건 공사에 관한 계약금액 249,519,039,830원으로 본다(부가가치세 제외).
 (2) 부과기준율
 이 사건 공동행위는 위반행위의 내용 및 파급효과 등을 고려할 때 위반행위의 중대성의 정도가 ‘매우 중대한 위반행위’에 해당하므로 과징금 고시 Ⅳ.1.다.(1)의 (가) 규정에 따라 7~10%의 부과기준율을 적용하되, 이 사건 공사는 대형발주공사로서 국가재정에 미치는 영향이 크다는 점, 이 사건 공동행위는 입찰담합으로서 성격상 경쟁제한효과만 발생시키는 것이 명백한 경성 공동행위인 점 등을 종합적으로 고려하여 10%의 부과기준율을 적용한다. 다만 이 사건 공동행위에 참여하였으나 낙찰을 받지 못한 원고와 소외 4 회사에 대하여는 과징금 고시 Ⅳ.1.다.(1)(마)의 2) 규정에 따라 산정기준을 2분의 1로 감액한다.
 (3) 산정기준
 산정기준은 관련매출액에 부과기준율을 곱하여 아래 표와 같이 정한다.
(단위: 원, 부가가치세 제외)대표사관련매출액부과기준을탈락자 조정산정기준원고249,519,039,83010%△50%12,475,951,991
 나) 행위요소에 의한 1차 조정 산정기준
 원고에 대한 행위요소에 의한 조정사유가 없으므로 1차 조정 산정기준은 위 산정기준과 동일하다.
 다) 행위자 요소 등에 의한 2차 조정 산정기준
 원고의 소외 1 상무가 소외 2 팀장으로부터 이 사건 공동행위에 대한 사후보고를 받고도 이를 제지하지 않은 사실이 인정되는바, 원고의 고위임원이 이 사건 공동행위에 관여한 점을 감안하여 1차 조정 산정기준의 10%를 가중한다. 
 원고가 심사관의 조사단계부터 위원회의 심리 종결시까지 일관되게 행위사실을 인정하면서 위법성 판단에 도움이 되는 자료를 제출하거나 진술을 하는 등 적극적으로 조사에 협력한 점을 감안하여 1차 조정 산정기준의 20%를 감경한다.
(단위: 원)대표사1차 조정 산정기준조정율2차 조정 산정기준임원가담조사협조원고12,475,951,99110%△20%11,228,356,791
 라) 부과과징금의 결정
 원고의 재무제표 상 심의일 기준 직전 3년간 당기순이익을 가중 평균한 금액이 적자인 점을 감안하여 2차 조정 산정기준의 50%를 감경한다. 또한, 최근 경기 악화로 건설시장이 크게 위축되어 있는 점을 감안하여 2차 조정 산정기준의 10%를 감경한다. 최종 부과과징금은 아래 표와 같다.
(단위: 원, 백만 원 미만 버림)대표사2차 조정 산정기준조정율부과과징금컨소시엄재정적자건설경기원고11,228,356,791-△50%△10%4,491,000,000
 3) 원고는 이 사건 공동행위에 대한 피고의 조사가 진행 중이던 2014. 4. 18. 원고 등 3개사 중에서 두 번째로 감면신청을 하였고, 이후 이를 입증하는데 필요한 공동행위 개요서, 담당 임직원의 진술서 등을 제출하였다. 이에 피고는 원고가 구 공정거래법(2014. 1. 24. 법률 제12334호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항 제2호, 구 공정거래법 시행령(2014. 7. 21. 대통령령 제25503호로 개정되기 전의 것) 제35조 제1항 제3호에서 정한 조사협조자에 해당한다는 이유로, 2014. 9. 15. 의결 제2014-194호로 원고에 대한 과징금을 4,491,000,000원에서 2,744,000,000원으로 변경하는 별지2 기재 과징금납부명령(이하 ‘이 사건 과징금납부명령’이라 하고, 이 사건 시정명령과 이 사건 선행 과징금납부명령을 포함하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 본안전 항변에 관한 판단
가. 이 사건 소 중 이 사건 선행 과징금납부명령에 대한 주위적, 예비적 청구 부분의 적법 여부
 1) 피고는, 자진신고 등을 이유로 한 과징금 감면처분은 처분 상대방이 실제로 납부하여야 할 최종적인 과징금액을 결정하는 종국적 처분이고, 선행 과징금 부과처분은 이러한 종국적 처분을 예정하고 있는 일종의 잠정적 처분으로서 과징금 감면처분이 있을 경우 선행 과징금 부과처분은 후행 과징금 감면처분에 흡수되어 소멸한다. 따라서 선행 과징금 부과처분의 무효 확인이나 취소를 구하는 소는 이미 효력을 잃은 처분에 대한 것으로 부적법하다고 주장한다. 
 2) 법리와 판단
 피고가 부당한 공동행위를 행한 사업자로서 공정거래법 제22조의2에서 정한 자진신고자나 조사협조자에 대하여 과징금 부과처분(이하 ‘선행처분’이라고 한다)을 한 뒤, 공정거래법 시행령 제35조 제3항 등에 따라 다시 자진신고자 등에 대한 사건을 분리하여 자진신고 등을 이유로 한 과징금 감면처분(이하 ‘후행처분’이라고 한다)을 하였다면, 후행처분은 자진신고 감면까지 포함하여 처분 상대방이 실제로 납부하여야 할 최종적인 과징금액을 결정하는 종국적 처분이고, 선행처분은 이러한 종국적 처분을 예정하고 있는 일종의 잠정적 처분으로서 후행처분이 있을 경우 선행처분은 후행처분에 흡수되어 소멸한다. 따라서 선행처분의 취소를 구하는 소는 이미 효력을 잃은 처분의 취소를 구하는 것으로 부적법하다(대법원 2015. 2. 12. 선고 2013두987 판결 참조). 
 그런데 피고가 2014. 9. 15. 이 사건 공동행위를 이유로 원고에 대하여 4,491,000,000원의 과징금납부명령을 하였다가 원고의 조사협조자 감면신청을 받아들여 같은 날 위 과징금액을 2,744,000,000원으로 변경한 사실은 앞서 본 바와 같으므로 이 사건 소 중 이 사건 선행 과징금납부명령에 대하여 무효 확인이나 그 취소를 구하는 청구부분은 이미 효력을 잃은 처분에 대한 것으로 모두 부적법하다. 따라서 피고의 이 부분 본안 전 항변은 이유 있다.
나. 이 사건 소 중 이 사건 과징금납부명령 취소청구 부분의 적법 여부
 피고는 원고가 2014. 9. 15. 무렵 이 사건 과징금납부명령을 통지받았으나 그로부터 30일이 훨씬 경과한 후인 2015. 6. 8. 비로소 위 처분의 취소를 구하는 청구취지를 추가하였으므로, 이 사건 소 중 이 사건 과징금납부명령의 취소를 구하는 부분은 공정거래법 제54조 제1항에서 정한 제소기간을 준수하지 못하였으므로 부적법하다고 항변한다.
 살피건대, 공정거래법 제54조 제1항에 의하면, 이 법에 의한 피고의 처분에 대하여 불복의 소를 제기하고자 할 때에는 처분의 통지를 받은 날 또는 이의신청에 대한 재결서의 정본을 송달받은 날부터 30일 이내에 이를 제기하여야 한다.
 또한 청구취지의 추가가 있는 경우 청구취지가 추가된 때에 새로운 소가 제기된 것으로 보게 되므로, 추가된 청구취지에 대한 제소기간의 준수 등은 원칙적으로 청구취지 변경이 있는 때를 기준으로 하여 판단하여야 한다(대법원 2004. 11. 25. 선고 2004두7023 판결 참조). 그런데 이에 대한 예외로서 선행처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다가 후행처분의 취소를 구하는 청구취지를 추가하는 경우, 선행처분과 후행처분이 일련의 절차로 이루어진 것으로서 서로 밀접한 관계가 있고, 선행처분의 취소를 구하는 소에 후행처분의 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다고 볼 수 있다면 후행처분의 취소를 구하는 소의 제소기간은 최초의 소가 제기된 때를 기준으로 정할 수 있다 할 것이다.
 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 거시한 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고가 2014. 9. 15. 원고에 대하여 의결 제2014-192호로 이 사건 시정명령 및 선행 과징금납부명령과 의결 제2014-194호로 이 사건 과징금납부명령을 한 사실, 원고는 이 사건 각 처분을 통지받은 날부터 30일 이내인 2014. 10. 17. 피고를 상대로 이 사건 시정명령 및 선행 과징금납부명령의 취소를 구하는 소를 제기하였다가 2015. 6. 8.에 이르러 주위적으로 이 사건 과징금납부명령의 무효확인을 구하고, 예비적으로 그 취소를 구하는 청구취지를 추가한 사실이 인정된다. 
 그러므로 보건대, 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 선행 과징금납부명령과 이 사건 과징금납부명령은 일련의 절차로 이루어진 것으로서 서로 밀접한 관계가 있고, 이 사건 선행 과징금납부명령의 취소를 구하는 소에 피고의 종국처분인 이 사건 과징금납부명령의 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다고 봄이 상당하다. 따라서 원고가 이 사건 소를 제기할 당시에는 이 사건 선행 과징금납부명령의 취소만을 구하였다가 이 사건 과징금납부명령의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 추가하였다고 하더라도 이 사건 과징금납부명령의 취소를 구하는 부분의 제소기간 준수 여부는 이 사건 소 제기시를 기준으로 판단함이 상당하고, 이 사건 소는 원고가 이 사건 각 처분을 통지받은 날부터 30일 이내에 제기되었음은 앞서 본 바와 같으므로, 피고의 이 부분 본안 전 항변은 이유 없다. 
 1) 공정거래법 제21조, 제22조에 의하면 부당한 공동행위의 금지 규정을 위반한 행위가 있을 때에는 피고가 당해 사업자에 대하여 시정조치를 명하거나 과징금을 부과할 수 있고, 공정거래법 제22조의2 제1항, 공정거래법 시행령 제35조 제1항, 제3항에 의하면 부당한 공동행위에 대한 피고의 조사 시작 전에 신고하거나 조사 시작 후에 조사에 협조한 자로서 일정한 요건을 갖춘 경우에는 과징금과 시정조치를 감경하거나 면제할 수 있으며, 피고는 자진신고자나 조사에 협조한 자의 신청이 있으면 자진신고자 등의 신원이 공개되지 아니하도록 해당 사건을 분리 심리하거나 분리 의결할 수 있다. 
 이에 따라 자진신고감면이 있어도 감액된 하나의 과징금부과처분을 하는 것이 원칙이나 당사자의 비밀보호요청이 있는 경우에는 피고는 다른 사업자들이 알지 않도록 하기 위해, 우선 자진신고 등이 없음을 전제로 하여 공동행위 참여자 전체에 대하여 선행처분을 한 후, 자진신고자 등에 대해서만 따로 다시 감면처분을 한다. 이와 같이 선행처분 당시에 감면처분이 처음부터 예정되어 있었고, 감면처분에 의해 결정된 과징금이 처분 상대방이 실제 납부하여야 할 최종적인 것인 점을 더하여 보면, 이 사건 선행 과징금납부명령과 이 사건 과징금납부명령은 원고에 대한 최종적인 과징금을 결정하기 위한 일련의 절차로 이루어진 것으로서 서로 밀접한 관계가 있다고 보아야 한다.
 2) 원고는 제2014-194호 의결서를 통하여 이 사건 과징금납부명령에 의하여 과징금액이 4,491,000,000원에서 2,744,000,000원으로 변경되었음을 인지하였고, 실제로 피고에게 2,744,000,000원을 납부하였다. 곧 원고가 소송을 통해 다투고자 하는 대상은 이 사건 과징금납부명령에 의해 결정된 과징금 액수라 할 것이다.
 3) 원고는 이 사건 선행 과징금납부명령의 취소만을 구하는 절차에서 관련매출액을 실제 매출액을 기준으로 산정하여야 한다거나 이 사건 입찰의 특성상 부과기준율을 더 낮게 산정하여야 한다는 주장 및 임원 가중사유가 없다는 주장을 하였는바, 이는 모두 종국적인 과징금부과처분의 재량권 일탈·남용에 관한 것이다. 원고는 이 사건 과징금납부명령의 취소를 구하는 청구취지를 추가한 이후에도 이 사건 선행 과징금납부명령과 이 사건 과징금납부명령에 공통하는 위법사유로 위 주장을 계속 유지하였다. 따라서 이 사건 선행 과징금납부명령을 구하는 소에 후행처분인 이 사건 과징금납부명령의 취소를 구하는 취지가 포함되어 있었다고 선해할 수 있다.
 4) 제2014-192호 의결서에는 이 사건 공동행위의 성립, 과징금의 산정과정, 시정조치 등 관련 부분이 모두 기재되어 있는 반면, 제2014-194호 의결서에는 감면대상 해당여부 및 감경 범위만 기재되어 있는바, 원고는 위 제2014-192호 의결서에 기재된 구체적인 처분사유를 다투기 위하여 당초의 청구취지에 ‘제2014-192호 의결’을 기재한 것으로 보인다. 
 5) 원고는 같은 날 제2014-192호 의결서와 제2014-194호 의결서를 모두 송달받았으나, 의결서가 2개로 분리된 이상 선행처분과 후행처분이 별개로 성립한 것처럼 보여 각 처분의 실질적인 의미를 파악하기는 어려웠을 것으로 보인다. 또한 이 사건 선행 과징금납부명령의 처분서(제2014-192호 의결서)에는 시정명령과 과징금납부명령의 내용이 별지1 기재와 같이 구체적으로 명시되어 있는 반면, 이 사건 과징금납부명령의 처분서(제2014-194호 의결서)에는 주문이 별지2 기재와 같이 "……원고에 대한 과징금을 4,491,000,000원에서 2,744,000,000원으로 변경한다." 정도로 기재되어 있다. 이러한 사정들에 비추어 보면 원고로서는 이 사건 과징금납부명령이 종국적 처분으로서 소송의 대상이 된다는 점을 쉽게 알 수 없었을 것으로 보인다.
 6) 피고가 원고에게 이 사건 과징금납부명령을 하면서 공정거래법 제53조 제1항 및 제54조에 규정된 불복절차를 고지하지 않았다.
다. 소결론
 따라서 이 사건 소 중 이 사건 선행 과징금납부명령에 관한 주위적 무효 확인이나 예비적 취소를 구하는 부분은 모두 부적법하여 각하되어야 하므로 이 부분에 대한 피고의 본안 전 항변은 이유 있으나, 이 사건 소 중 이 사건 과징금납부명령 취소청구 부분에 관한 피고의 본안 전 항변은 이유 없으므로 받아들이지 아니한다.
3. 본안에 관한 판단
가. 이 사건 시정명령의 적법 여부
 1) 원고의 주장
 평가비중이 큰 설계부문에서 실제로 치열한 경쟁이 이루어졌고 그 결과 발주처는 고품질의 결과물을 얻을 수 있었던 점, 이 사건 공동행위는 최저가낙찰제 입찰에서의 투찰가격합의, 일반적인 들러리 합의에 비하여 경쟁제한성의 정도가 매우 낮은 점, 설계·시공 일괄방식 공사, 1사 1공구 낙찰제의 특성상 처음부터 제한될 경쟁이 한정되어 있었던 점, 이 사건 공사는 실행률이 높아 가격경쟁이 발생할 여지가 거의 없었던 점, 소외 4 회사는 설계점수 미달로 입찰에서 실격 처리되었는바 소외 4 회사와의 투찰률 합의는 이 사건 입찰에서의 경쟁에 아무런 영향을 미치지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 공동행위는 경쟁을 제한하는 행위에 해당하지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 시정명령은 무효이거나 위법하므로 취소되어야 한다.
 2) 관련 법령
 별지3 관련 법령 기재와 같다.
 3) 판단
 가) 어떠한 공동행위가 경쟁제한성을 가지는지 여부는 당해 상품의 특성, 소비자의 제품선택 기준, 당해 행위가 시장 및 사업자들의 경쟁에 미치는 영향 등 여러 사정을 고려하여, 당해 공동행위로 인하여 가격·수량·품질 기타 거래조건 등의 결정에 영향을 미치거나 미칠 우려가 있는지를 살펴, 개별적으로 판단하여야 한다. 한편, 사업자들이 공동으로 가격을 결정하거나 변경하는 행위는 그 범위 내에서 가격경쟁을 감소시킴으로써 그들의 의사에 따라 어느 정도 자유로이 가격결정에 영향을 미치거나 미칠 우려가 있는 상태를 초래하므로, 부당하다고 볼 수밖에 없다(대법원 2011. 4. 14. 선고 2009두7912 판결 등 참조). 
 나) 위 법리에 비추어 앞서 인정한 사실, 앞서 거시한 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 공동행위의 경쟁제한성을 충분히 인정할 수 있다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 (1) 이 사건 공동행위는 원고 등 3개사가 사전에 투찰가격을 정하고 그 중 한 사업자가 형식적으로 입찰에 참여하기로 합의한 행위로서 그 성격상 경쟁제한 효과만 발생시키고 효율성 증대효과가 전혀 없는 이른바 경성 공동행위에 해당한다. 입찰에 참가한 원고 등 3개사가 모두 이 사건 공동행위에 가담함으로써 이 사건 공사 입찰에서의 가격경쟁 자체가 소멸되고 설계경쟁 역시 불완전하게 되었다.
 (2) 이 사건 공동행위는 입찰 참여자 사이의 경쟁을 제한하여 안정적인 수익을 창출하기 위한 목적 이외에는 다른 의도를 찾아볼 수 없다. 또한 이 사건 공사는 대형 공공 발주공사로서 국가 재정에 미치는 영향 및 사회·경제적 파급 효과가 크다. 소외 3 회사는 공사금액이 274,205,000,000원에 이르는 공사를 수주하였는바, 이 사건 공동행위에 따른 부당이득의 규모도 적지 않을 것으로 보인다. 
 (3) 이 사건 공사는 실행률이 높아 가격경쟁이 이루어질 여지가 제한적이라는 원고의 주장을 인정할 만한 증거가 없을 뿐 아니라, 또한 이 사건 입찰의 낙찰자 결정 방식에서 가격점수가 차지하는 비중이 40%에 이르러 가격부문에서 경쟁이 갖는 의미가 결코 작지 않다. 원고 등 3개사 사이에 가격 경쟁이 제대로 이루어졌다면 발주처로서는 훨씬 낮은 가격으로 계약을 체결할 수 있었다고 보인다. 또한 투찰률 합의가 있는 경우 설계 단계에서 다른 사업자와 합의한 가격을 고려하지 않을 수 없게 되므로, 담합이 설계 부문에도 영향을 미쳤을 것으로 보인다.
 (4) 이 사건 입찰의 경우 1사 1공구 낙찰제, 설계비용의 부담으로 인하여 경쟁이 어느 정도 제한되어 있었다는 사정은 인정된다. 그러나 그러한 사정만으로는 이 사건 공동행위의 경쟁제한성이 경미하다고 볼 수 없다. 또한 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 공동행위로 인하여 발주처가 고품질의 결과물을 얻게 되었다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 설계 부문 경쟁이 촉진되었다거나 경제 전반의 효율성이 증진되었다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 
 (5) 소외 4 회사가 설계점수로 71.94점을 받아 설계점수 미달(80점)로 이 사건 입찰에서 실격 처리된 사실은 인정된다. 그런데 원고는 스스로 저가투찰을 방지할 목적으로 소외 4 회사에게 들러리 참여를 요청한 사실을 인정하고 있다. 소외 4 회사는 설계경쟁력 및 시공실적 면에서 원고, 소외 3 회사에 뒤처지고 있었으므로 이 사건 공사를 수주하기 위해서는 저가투찰을 할 수 밖에 없는 상황이었다. 원고와 소외 3 회사는 이를 우려하여 지속적으로 소외 4 회사에게 저가투찰을 하지 말 것을 요청하였고, 결국 입찰일 직전인 2009. 11.초경 소외 4 회사에게 별건 공사의 수주 및 설계비 보전을 약정함으로써 소외 4 회사로 하여금 이 사건 입찰에 들러리로 참여하게 하였다. 이러한 행위는 경쟁제한 의도가 명백하고, 이 사건 입찰에서의 경쟁을 제한하여 낙찰가격을 상승시키는 효과만 발생시켰다 할 것이다.
나. 이 사건 과징금납부명령의 적법 여부
 1) 원고의 주장
 이 사건 과징금납부명령은 아래와 같은 사유로 무효이거나 취소되어야 한다.
 가) 관련매출액 산정의 위법
 (1) 처분 근거법률의 위헌
 이 사건 과징금납부명령의 근거법률인 공정거래법 제22조(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)는 과징금의 상한인 매출액 부분을 불명확하게 정하고 있어 명확성 원칙에 위배될 뿐만 아니라, 매출액 부분을 대통령령에 포괄적으로 위임하고 있어 포괄위임입법금지 원칙 및 법률유보 원칙에 위배된다. 따라서 위헌인 법률에 근거한 이 사건 과징금납부명령은 무효이거나 위법하다.
 (2) 재량권의 일탈·남용
 이 사건 공동행위로 인한 원고의 매출액이 존재하지 않으므로, 피고는 원고에 대하여 공정거래법 제22조 단서에 따라 20억 원의 한도에서 과징금을 부과하여야 한다. 그렇지 않더라도 관련매출액은 이 사건 공사에 관한 계약금액 전체가 아니라 공동수급체 내 원고의 지분율인 42%에 상응하는 금액을 기준으로 산정하여야 한다. 공정거래법 시행령 제9조 제1항 단서에서 정한 "계약금액"은 수권 법률인 공정거래법 제22조에서 정한 "매출액"의 취지에 맞게 "부당한 공동행위 주체인 사업자가 실제 얻은 매출액에 상응하는 금액"으로 해석하여야만 위임입법의 한계를 벗어나지 않게 된다. 따라서 원고가 취득한 부당이익의 규모 등을 고려하지 않은 채 계약금액 전체를 관련매출액으로 산정한 이 사건 과징금납부명령은 관련 법령 및 비례의 원칙 등에 위배된다. 
 나아가 과징금 고시 Ⅳ.1.다.(1)의 (마)항은 들러리 사업자에 대하여도 계약금액을 관련매출액으로 산정하도록 한 것으로서 상위법령에 반하여 무효이다. 또한 과징금 고시는 피고 내부의 사무처리준칙에 불과하여 대외적인 구속력이 없는바, 비례의 원칙 등에 반하여 무효이다. 따라서 위법한 과징금 고시를 적용하여 계약금액 전체를 관련매출액으로 산정한 이 사건 과징금납부명령은 무효이거나 위법하다.
 나) 부과기준율 산정의 위법
 앞서 주장한 여러 사정과 피고가 1사 1공구 낙찰제가 명시된 다수의 사건에서 7%의 부과기준율을 적용한 적이 있는 점, 2013. 6. 5. 개정된 구 과징금부과 세부기준 등에 관한 고시는 기본과징금 부과기준율 산정 시 위반행위의 중대성 정도를 구분할 수 있는 세부평가 기준표를 규정하고, 이러한 기준표에 따른 산정 점수에 따라 위반행위의 중대성 정도를 달리하고 있는데 이에 따른 이 사건 공동행위의 위반정도를 보면 ’매우 중대한 위반행위‘가 아닌 ’중대한 위반행위‘에 해당하는 점 등을 종합하여 볼 때, 피고가 이 사건 공동행위를 ‘매우 중대한 위반행위’로 보아 10%의 부과기준율을 적용한 것은 위반행위의 내용 및 정도, 기존의 심결례 등에 비추어 비례 원칙 및 형평의 원칙에 위배된다. 
 다) 고위임원 가중의 위법
 원고의 소외 1 상무는 소외 2 부장으로부터 사후보고만 받았을 뿐 이 사건 공동행위에 직접 관여한 바가 없다. 또한 소외 1 상무는 고위 임원에 해당하지 않는다.
 라) 부과과징금 결정의 위법
 피고는 이 사건 입찰의 낙찰자인 소외 3 회사에 대하여는 공동수급체 구성을 이유로 2차 조정 산정 기준의 10%를 감경하면서도 원고에 대하여는 이러한 감경을 하지 않았는바, 이는 형평의 원칙에 위배된다.
 2) 판단
 가) 관련매출액 산정의 위법 주장에 관하여
 (1) 처분 근거법률 위헌
 명확성 원칙은 모든 법률에 있어서 동일한 정도로 요구되는 것은 아니고, 개개의 법률이나 법조항의 성격에 따라 요구되는 정도에 차이가 있을 수 있으며, 각각의 구성요건의 특수성과 그러한 법률이 제정되게 된 배경이나 상황에 따라 달라질 수 있다(헌법재판소 2012. 2. 23. 선고 2008헌마500 결정, 헌법재판소 2014. 8. 28. 선고 2011헌바32 결정 등 참조). 이 사건의 경우, 공정거래법이 공정하고 자유로운 경쟁을 촉진함으로써 창의적인 기업 활동을 조장하고 소비자를 보호함과 아울러 국민경제의 균형 있는 발전을 도모하고자 부당한 공동행위를 규제하는 입법목적, 다양한 위반행위를 적용대상으로 하여 행위유형과 위반행위의 정도 등에 비례하는 과징금을 부과하면서도 과다한 재산권 침해를 방지하고자 과징금 부과한도액을 마련하게 된 입법경위, 위와 같은 입법취지를 적정하고 효율적인 방법으로 달성하기 위하여 ‘관련매출액’ 개념을 설정한 다음 이를 기초로 과징금 부과한도액과 과징금 부과기준을 정하게 된 배경 등을 고려할 때, 원고가 내세우는 사유만으로 이 사건 조항의 규정 방식이 수범자에게 예측가능성을 주지 못하거나 법을 해석·집행하는 기관에게 자의적인 법해석이나 법집행을 허용하는 경우에 해당하는 정도로 명확성 원칙에 위배된다고 보기는 어렵다. 또한 관련 공정거래법 조항들을 유기적·체계적인 관점에서 검토하여 볼 때 ‘매출액’의 구체적인 산정 방법을 하위 법령인 대통령령에 위임한 것을 가리켜 포괄위임입법금지 원칙 및 법률유보 원칙을 위반하였다고 볼 수도 없다. 따라서 이 사건 조항이 헌법이 요구하는 명확성 원칙, 포괄위임입법금지 원칙 및 법률유보 원칙에 위배된다고 볼 수는 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다. 
 (2) 재량권 일탈·남용
공정거래법 제22조, 제55조의3 제1항, 제3항은 부당한 공동행위에 의하여 얻은 불법적인 경제적 이익을 박탈하고 이에 더하여 부당한 공동행위의 억지라는 행정목적을 실현하기 위하여, 피고가 부당한 공동행위를 행한 사업자에 대하여 ‘대통령령이 정하는 매출액’에 100분의 10을 곱한 금액(매출액이 없는 경우 등에는 20억 원)을 한도로 과징금을 부과할 수 있도록 하는 한편, 이를 부과함에 있어서 위반행위의 내용 및 정도, 기간 및 횟수, 위반행위로 인해 취득한 이익의 규모 등을 참작하여 과징금의 부과기준을 시행령으로 정할 수 있도록 위임하였다. 이에 따라 공정거래법 시행령 제9조 제1항은 "대통령령이 정하는 매출액이란 위반사업자가 위반 기간 동안 일정한 거래분야에서 판매한 관련 상품이나 용역의 매출액 또는 이에 준하는 금액을 말한다. 다만 위반행위가 입찰 담합 및 이와 유사한 행위인 경우에는 계약금액을 말한다."라고 규정하고 있고, 과징금 고시 IV.1.다.(1).(마).의 1)항은 부당한 공동행위에 관한 기본과징금 산정 방식을 정하면서 "입찰 담합의 경우 낙찰이 된 경우에는 계약금액을, 낙찰은 되었으나 계약이 체결되지 아니한 경우에는 낙찰금액을, 낙찰이 되지 아니한 경우에는 예정금액(예정금액이 없는 경우에는 응찰금액)을 당해 입찰 담합에 참여한 각 사업자의 관련매출액으로 본다."라고 정하고 있다. 이러한 관계 법령의 전반적인 체계와 내용 및 취지·목적, 연혁 등을 종합해 보면, 위 시행령 제9조 제1항 단서는 공정거래법 제22조 및 제55조의3 제1항, 제3항의 위임에 따라 공정거래법 제22조에서 정한 위 과징금 부과한도액을 초과하지 않음을 전제로 입찰담합 등에 해당하는 행위 유형에 대하여 '계약금액'이라는 별도의 과징금 산정기준을 둔 것으로 볼 수 있고, 입찰담합 등의 구조적인 특수성과 그에 대한 제재의 필요성 등에 비추어 볼 때, 공동수급체를 구성하여 입찰에 참여한 후 낙찰받거나 탈락한 자에 대해 이러한 기준이 적용된다고 하더라도 모법의 위임 범위를 벗어나 그 수범자에게 불리하게 과징금 산정기준을 변경하는 것으로 볼 수는 없다(대법원 2014. 12. 24. 선고 2014두8193 판결 참조). 
 위 법리에 더하여 앞서 인정한 사실, 앞서 거시한 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 피고가 공정거래법 제19조 제1항 제8호에 해당하는 공동행위를 한 원고에게 과징금을 부과하기 위하여 공정거래법 제22조 본문, 공정거래법 시행령 제9조 제1항 단서를 적용하여 이 사건 공사에 관한 계약금액 전체를 관련매출액으로 산정한 것은 관련 법령에 따른 조치로서 적법하고, 비례의 원칙 등에 위배된다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (가) 입찰담합 등을 포함한 부당한 공동행위에 부과되는 과징금은 부당한 공동행위의 억지라는 행정목적을 실현하기 위하여 그 위반행위에 제재를 가하는 행정상의 제재금의 성격과 부당이득 환수의 성격을 모두 가지고 있으므로(대법원 2014. 5. 16. 선고 2012두14545 판결 등 참조), 과징금 부과의 기준이 되는 관련매출액이 반드시 입찰담합에 의하여 사업자에게 발생한 부당이득에 국한된다고 보기는 어렵다. 
 (나) 최종적인 과징금 액수를 결정하기 위해서는 위반행위의 내용과 정도, 기간과 횟수, 그로 인하여 취득한 이익의 규모 등 공정거래법 제55조의3에서 규정하고 있는 다른 사정들도 함께 참작하여 산정될 뿐만 아니라, 공정거래법 제22조 단서에 의하면 매출액이 없는 경우에도 20억 원이 초과되지 아니하는 범위 안에서 과징금을 부과할 수 있도록 정하고 있다. 결국, 관련매출액은 과징금 산정의 일단의 기초가 되는 것에 불과하고, 그러한 관련매출액으로부터 시작하여 최종적으로 부과과징금이 도출되는 과정에서 행위자가 취득한 이익의 규모를 참작하여 일부 과징금을 감액하는 등 공평을 기할 수 있는 여러 단계가 존재한다.
 (다) 원고는 공정거래법 제22조에 규정된 ‘매출액’이 당해 위법행위로 인하여 발생한 실제 매출액을 의미하며, 들러리 사업자와 같이 매출액이 없는 경우에 대하여는 제22조 단서를 적용하여 20억 원을 초과하지 아니하는 범위 안에서 과징금을 부과할 수 있을 뿐이라고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 공정거래법 제22조의 위임에 따른 공정거래법 시행령 제9조 제1항 단서는 "공정거래법 제22조에 규정된 ‘매출액’이란 위반행위가 입찰담합 및 이와 유사한 행위인 경우에는 계약금액을 말한다."고 규정하고 있을 뿐, 위반사업자가 실제로 낙찰을 받았는지 여부에 따라 관련매출액을 다르게 산정하도록 정하고 있지 않다. 또한 원고의 주장과 같이 위 규정을 해석한다면 당해 위반행위의 대상인 입찰의 규모와 상관없이 20억 원 이하의 과징금을 부과할 수 있을 뿐이므로 입찰 담합에 대한 제재의 실효성을 확보하지 못하게 되고, 오히려 구체적 타당성을 잃게 되는 결과가 발생한다. 따라서 실제 낙찰을 받은 낙찰자가 있어 계약이 체결된 경우에는 위반사업자가 낙찰자인지 탈락자인지 여부를 불문하고 공정거래법 제22조 본문을 적용하는 것이 타당하다. 
 (라) 탈락한 사업자의 경우 그 담합으로 직접적인 이익을 얻는 것은 아니지만 그로 인한 경제적 이익이 없다고 할 수 없을 뿐만 아니라, 탈락한 사업자에 대한 과징금 부과기준을 위반행위의 대상이 된 당해 입찰의 규모를 반영하는 것으로 볼 수 있는 계약금액으로 한다고 하여 타당성이 없는 것이라고 할 수 없다. 또한 원고 등 3개사는 이 사건 입찰에 참여하면서 사전에 투찰률을 정하고 소외 4 회사는 들러리로 참여하기로 합의하였는바, 이 사건 공사에 관한 계약금액 전체에 대하여 직·간접적으로 이해관계가 있다고 볼 수 있다. 
 (마) 공동수급체 내 지분의 비율에 따른 이득의 규모가 적정하게 고려되지 않고 취득한 이득액에 비추어 과다한 과징금이 산정된 경우에는 비례의 원칙을 위반하여 재량권을 일탈·남용하였다고 볼 여지가 있을 것이나, 앞서 본 바와 같이 피고는 원고가 낙찰 받지 못한 사정을 감안하여 부과기준율을 10%의 절반인 5%로 감경하여 적용하였고, 그 외에도 여러 가지 사유로 감액을 한 점에 비추어 보면, 과징금의 액수 산정에 있어 현저한 불균형이 있다고 단정하기 어렵다. 
 (바) 앞서 본 관계 법령의 체계, 취지 및 목적, 그 규정내용 등에 비추어 볼 때, 공정거래법 시행령의 해석상으로도 여전히 입찰담합에 관하여는 관련매출액에 준하는 금액으로서 계약금액을 과징금부과기준으로 정한 것이므로, 과징금 고시 IV.1.다.(1).(마).의 1)항이 상위법령에 반하는 것으로서 무효라고 할 수 없다. 나아가 과징금 고시의 입찰담합에 관한 부분을 과징금 산정기준을 정한 피고의 내부 사무처리준칙에 불과한 것으로 보더라도 구체적인 사안에서 위 기준을 적용한 결과가 비례의 원칙이나 형평의 원칙에 반하지 아니하는 이상 일반적인 부당한 공동행위보다 중한 기준을 규정하고 있다거나 그와는 다른 새로운 기준을 규정하고 있다는 것만으로는 무효라고 할 수 없는바(대법원 2004. 10. 27. 선고 2002두6842 판결, 대법원 2004. 11. 12. 선고 2002두5627 판결 등 참조), 앞서 본 사정들에 비추어 보면, 과징금 고시 중 입찰담합에 관한 부분이 비례의 원칙이나 형평의 원칙에 반하는 것으로서 무효라고 할 수도 없다.
 나) 부과기준율 산정의 위법 주장에 관하여
 위 3.가.3)의 나)항에서 본 사정들에 다음과 같은 사정들을 더하여 보면, 피고가 이 사건 공동행위를 ‘매우 중대한 위반행위’로 보아 10%의 부과기준율을 적용한 것에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 (1) 피고는 해당 사건의 구체적 내용과 위법성의 정도 등을 감안하여 과징금 부과기준을 결정할 수 있는 재량이 있다. ‘매우 중대한 위반행위’의 경우 과징금 고시에 따라 7~10%의 부과기준율이 적용된다. 원고는 유사 사건에서 피고가 7%를 적용한 적이 있음을 들어 최고기준율인 10%를 적용한 것은 위법하다고 주장하나, 피고가 이 사건 공동행위의 구체적 내용, 위법성의 정도 및 파급 효과 등을 고려한 결과 최고 기준율인 10%를 적용한 것은 관계 법령 내에서 재량에 따른 처분이라 할 것이고, 달리 원고가 제출한 증거만으로 피고가 합리적인 이유 없이 자의적으로 이 사건 과징금납부명령을 함에 있어 동일하거나 유사한 위반행위를 한 사업자들과 원고를 다르게 취급하였다거나 재량권을 일탈·남용하였다고 볼 만한 사정이 없다. 
 (2) 개정 과징금 고시의 부칙 제2항은 "이 고시 시행일 전의 법 위반 행위에 대하여 과징금을 부과하는 경우에는 종전의 규정에 의한다."라고 규정하고 있으므로 위 고시의 시행일 이전에 이루어진 이 사건 공동행위에 개정 과징금 고시의 ‘부당한 공동행위에 대한 세부평가 기준표’가 적용될 여지는 없다.
 다) 고위임원 가중의 위법 주장에 관하여
 (1) 공정거래법 및 공정거래법 시행령의 위임에 따라 제정된 피고의 과징금 고시 Ⅳ.3.나.의 (5)항은 ‘위반사업자의 이사 또는 그 이상에 해당하는 고위 임원(등기부 등재 여부를 불문한다)이 위반행위에 직접 관여한 경우’라는 가중사유가 있을 때 1차 조정된 과징금에 100분의 10 이내의 가중비율을 곱하여 산정된 금액을 1차 조정된 과징금에 더하는 방법으로 과징금을 가중하도록 규정하고 있다. 위 규정의 구체적 내용과 문언 상 의미를 토대로 상위 법령인 공정거래법 및 공정거래법 시행령의 위임 취지, 과징금 고시에 고위 임원 가중 조항을 둔 규정 목적 등을 종합하여 볼 때, 위 가중사유는 ‘고위 임원이 관련 회사의 직원 등을 직접 만나 합의를 하였거나 이에 준하는 정도로 해당 위반행위에 실질적으로 가담한 경우’를 가리키는 것으로 한정하여 해석하여야 한다. 과징금 부과처분 등 침익적 행정처분에 있어서는 국민의 재산권 등 권리보호라는 헌법적 요청 및 법치행정의 원리에 따라 근거 규정에 대한 엄격한 심사를 요하는 점(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두10621 판결 등 참조) 등에 비추어 보면, 피고는 위와 같은 해석을 전제로 하여 고위 임원 가중의 인정 근거를 엄격하게 심사하여야 할 것이다. 
 (2) 갑 제1호증의 기재에 의하면 피고는 "원고의 소외 1 상무는 소외 2 팀장으로부터 이 사건 공동행위에 대해 사후보고를 받고도 이를 제지하지 않았다."라는 사실을 인정한 다음 원고의 고위 임원이 이 사건 공동행위에 직접 관여하였음을 이유로 해당 과징금 고시 규정에 따라 원고에 대한 1차 조정 산정기준의 10%를 가중하였다. 
 그러나 원고의 소외 1 상무가 이 사건 공동행위에 관하여 관련 회사의 직원 등을 직접 만나 합의를 하였거나 이에 준하는 정도로 해당 위반행위에 실질적으로 가담하였다고 볼 만한 객관적인 자료가 없고, 을 제11호증의 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다. 
 설령 원고의 소외 1 상무가 통상적인 업무의 일환으로 이 사건 공동행위에 관하여 사후 보고를 받고 특별한 조치를 하지 않았다 하더라도, 위와 같은 행위만으로 소외 1 상무가 이 사건 공동행위에 관하여 고위 임원 가중 조항에 해당할 만큼 실질적으로 가담하였다고 보기는 어렵다. 
 그렇다면 이 사건 공동행위에 원고의 고위 임원이 직접 관여하였음을 인정할 증거가 없음에도 피고가 위 가중사유에 기초하여 원고에 대하여 1차 조정 산정기준의10%를 가중한 것은 과징금 부과의 기초가 되는 사실을 오인하였거나 비례·평등의 원칙을 위반하여 재량권을 일탈하거나 남용한 경우에 해당한다고 볼 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 나머지 주장에 관하여 나아가 판단할 필요 없이 위법하다. 
 라) 부과과징금 결정의 위법 주장에 관하여
 앞서 본 바와 같이 피고가 비록 부과과징금 결정 단계에서 원고에게 낙찰자와 달리 공동수급체 구성을 이유로 추가적 감경을 하지 않았다고 하더라도, 산정기준을 정하는 단계에서 원고가 입찰에서 낙찰 받지 못한 사정을 반영하여 감경조치를 하였으므로 원고가 취득한 이득이 없다는 사정은 이 사건 과징금납부명령에 이미 반영되었다. 따라서 원고가 내세우는 사정만으로 피고가 합리적 이유 없이 원고를 차별하였다고 볼 수 없으므로 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다. 
 3) 소결론
 따라서 이 사건 공동행위가 고위 임원의 직접 관여를 이유로 한 가중사유에 해당한다고 볼 수 없는 이상 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 과징금납부명령은 재량권을 일탈·남용한 것으로서 위법하다 할 것이다. 다만 그 하자의 정도가 중대하거나 명백하다고 보기는 어려우므로, 이를 당연 무효라고 할 수는 없고, 취소사유에 해당한다. 따라서 원고의 위 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다.
4. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 과징금납부명령의 취소를 구하는 예비적 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 이 사건 소 중 이 사건 선행 과징금납부명령에 관한 주위적 무효 확인이나 예비적 취소를 구하는 청구는 모두 부적법하여 각하한다. 또한 원고의 이 사건 소 중 이 사건 시정명령에 관한 주위적 무효 확인이나 예비적 취소를 구하는 청구 및 이 사건 과징금납부명령의 무효 확인을 구하는 주위적 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 한다. 이상의 이유로 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 윤성원(재판장) 유헌종 김관용