법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2015.02.06 / 시행일:

【원 고】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 김의환 외 3인)
【피 고】 남대문세무서장 외 1인 (소송대리인 법무법인 제이앤씨 외 1인)
【변론종결】2014. 12. 12.
【주 문】
1. 가. 피고 남대문세무서장이 2013. 8. 22. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 273,924,529,094원의 부과처분 중 87,118,746,828원을 초과하는 부분 및 가산세 109,917,364,969원의 부과처분 중 1,939,747,462원을 초과하는 부분을 취소하고,
 나. 피고 인천세무서장이 원고에 대하여
 1) 2013. 7. 5. 한 2008년 1기분 부가가치세 4,155,604,066원의 부과처분 중 823,201,000원을 초과하는 부분 및 가산세 3,346,034,044원의 부과처분 중 중 544,816,028원을 초과하는 부분, 
 2) 2013. 8. 19. 한 2009년 2기분 부가가치세 75,000,000원 및 가산세 36,457,500원의 부과처분, 2010년 1기분 부가가치세 675,000,000원 및 가산세 292,868,390원의 부과처분을 
 모두 취소한다. 
2. 원고의 피고 인천세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 1/100은 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

【청구취지】 주문 제1의 가항, 제1의 나.2)항 및 피고 인천세무서장이 2013. 7. 5. 원고에 대하여 한 2008년 1기분 부가가치세 4,155,604,066원 및 가산세 3,346,034,044원의 부과처분을 취소한다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 1) 원고(원래 상호가 △△△ 주식회사였는데 2009. 4. 1.경 현재의 상호로 변경되었다)는 1959년경 소다회 등 각종 화학제품 제조, 판매 등을 목적으로 설립된 회사로 2001. 5. 1. □□□ 주식회사를, 2001. 12. 31. 주식회사 ◇◇◇를 각 합병한 후 2008. 5. 1. 총 10개의 공장 중 염화칼슘 및 시약제품의 제조·판매업 등을 영위하는 인천 남구 (주소 1 생략) 등 152필지상의 인천공장의 화학제품제조 사업부문과 도시개발 사업부문을 물적분할(이하 ‘이 사건 분할’이라 한다)하여 주식회사 ☆☆☆(이하 ‘분할후 회사’라 한다)를 설립하고 2008. 5. 6. 분할등기를 마쳤다(이하 편의상 분할 전후를 구분하지 않고 ‘원고’라 한다). 
 2) 원고는 이 사건 분할이 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제47조 제1항의 요건을 충족한 적격분할에 해당한다고 판단하고, 2008 사업연도 법인세 신고시 이 사건 분할로 발생한 자산양도차익 748,545,318,780원을 손금산입하였다. 
 나. 1) 한편, 원고는 1963. 6.경부터 1967. 2.경까지 인천공장에 대한 건설허가 및 공유수면매립면허를 받고 공장용지, 폐석회 투기장(소다회를 생산하는 공정에서는 석회석 잔류물인 폐석회가 나오게 된다), 저수지 조성 목적으로 공유수면을 매립하였다. 이 과정에서 원고는 공장용지는 해수면 + 10m, 폐석회 투기장은 해수면 + 6.5m로 매립하기로 하고 매립공사를 실시하여 1968. 4.경부터 1971. 6.경까지 준공인가를 받았다. 
 2) 원고는 2004. 3.경 인천공장의 소다회 생산을 중단하였는데, 그 이전까지 수십 년간 폐석회를 즉시 처리하지 못하고 인천공장 부지 내에 적치함에 따라 침전지(폐석회를 투석하여 매립된 토지)의 폐석회 적치 표고가 공유수면매립면허에서의 표고인 해수면 + 6.5m를 초과하게 되었다(이하 공유수면매립면허의 표고를 초과하여 적치된 폐석회를 ‘상부폐석회’라 하고, 공유수면매립면허의 표고 이하에 매립된 폐석회를 ‘지하폐석회’라 한다). 또한, 1991. 9.경부터 폐석회가 폐기물관리법상 폐기물로 분류됨에 따라 상부폐석회에 대한 처리의무가 발생하게 되었고, 인천공장 주변에 새로이 들어선 아파트의 주민들이 폐석회로 인하여 피해를 입었다는 이유로 민원을 제기하기 시작하였다. 
 3) 이러한 상황에서 2002. 11.경 ‘△△△ 폐석회의 적정 처리방안 모색을 위한 시민위원회’(이하 ‘시민위원회’라 한다)가 구성되었다. 원고는 시민위원회가 2003. 4.경 작성한 ‘△△△ 폐석회 처리 방안 보고서’를 토대로 2003. 12. 31. 인천광역시, 인천광역시 남구, 시민위원회와 ‘폐석회 처리 협약서’를 작성하였는데(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다), 그 주요내용은 ‘① 인천공장 내 해수저수지[원고가 공업용수로 사용하던 곳으로 인천 남구 (주소 2 생략), (주소 3 생략), (주소 4 생략), (주소 5 생략), (주소 6 생략)의 5필지 토지 합계 325,183㎡이다. 이하 ‘이 사건 유수지’라 한다]에 상부폐석회 전량을 매립하고, ② 인천 연수구 동춘동 앞 해상의 송도신도시 제8공구와 제1공구에 의해 포위되는 반월형 수면에 인천시민들이 사용할 보트장 시설을 건립하여 인천광역시에 기부채납하며, ③ 위 ①항에 따른 폐석회 매립부지를 녹지 및 유원지로 조성한 후 인천시민들이 자유롭게 이용할 수 있도록 관리기간 종료시점에 인천광역시 남구에 지상권을 설정하여 줌으로써 영구적으로 개방하고, ④ 인천공장의 폐쇄 및 공장 부지에 대한 도시계획과 용도지정 완료시점에 지역주민의 복지시설 및 공공시설용 부지로 사용할 수 있는 7,700평의 토지를 인천광역시 남구에 기부하는 것‘이다.
 이후 원고가 아래 라.항의 도시개발사업에 따른 공사를 진행하면서 터파기를 할 경우 지하폐석회가 노출되면 이 또한 원고가 처리해야 한다는 여론이 형성되었다. 또한, 보트장 설치 예정지가 경제자유구역과 중첩된다는 이유로 인천경제자유구역청이 보트장 건립에 반대의견을 표명함에 따라 보트장 건립 사업이 표류하다가 이 사건 분할 이후인 2008. 10.경 인천 남동구 장수동에 위치한 인천대공원의 호수에 대해 친환경 호수조성사업을 하여 인천광역시에 기부채납하는 것으로 결정되었다. 이에 따라 원고는 2009. 3. 17. 인천광역시, 인천광역시 남구, 시민위원회와 보트장 건립 대신 인천대공원 호수에 대한 친환경 호수조성사업을 하고, 지하폐석회가 노출되는 경우 이 사건 유수지에 매립하는 것을 주된 변경내용으로 하는 ‘폐석회 처리 변경협약서’를 작성하였다(이하 ‘이 사건 변경협약’이라 한다).
 다. 1) 원고는 이 사건 협약에 따른 폐석회 처리와 관련하여 2003 사업연도부터 2005 사업연도까지 총 845억 8,600만 원을 복구손실충당금으로 설정하였다. 당시 원고는 폐석회 처리비용을 추산하기 위해 2003년경 주식회사 삼윤이엔씨에 의뢰하여 인천공장에 부지에 적치되어 있는 폐석회의 양을 대략적으로 산정하도록 하였는데, 그 결과 5,830,000㎥(함수비 90% 적용시 고형물을 포함하여 4,800,000㎥)로 추정되었다. 
 2) 원고는 이 사건 협약에 따른 폐석회 처리의무를 이행하기 위하여 2005. 12. 29. 인천광역시 남구청장으로부터 이 사건 유수지를 포함한 인천 남구 (주소 6 생략) 외 9필지 토지에 관하여 폐기물처리시설인 관리형매립시설 설치승인(시설규격 : 4,810,000㎥, 처리예상량 : 3,000,000톤/년)을 받았다. 
 3) 이후 원고는 관리형매립시설을 설치하고 인천공장 부지에 적치되어 있는 폐석회를 탈수 및 건조한 후 운반하여 위 매립시설에 매립하기 위하여 2006. 9. 19. 소외 11 회사와 폐석회 매립시설 조성공사에 관하여 매립용량을 4,810,000㎥, 공사금액을 974억 3,800만 원(부가가치세 포함)으로 하는 공사도급계약을 체결하였다. 원고는 이 사건 분할시까지 소외 11 회사에 공사대금으로 총 28,977,574,030원(2007 사업연도 : 19,721,930,770원, 2008 사업연도 : 9,255,643,260원)을 지급하고, 이를 복구손실충당금에서 차감하였다. 
 4) 원고는 2008 사업연도에 폐석회 처리비용으로 지급한 9,255,643,260원을 복구손실충당금에서 차감한 후 세무조정을 통해 손금산입하여 2008 사업연도 법인세를 신고·납부하였고, 2008년 1기 폐석회 처리 관련 부가가치세 매입세액 823,201,000원을 매출세액에서 공제하여 2008년 1기분 부가가치세를 신고·납부하였다. 또한, 원고는 이 사건 변경협약에 따라 인천대공원 호수에 대한 친환경 호수조성사업을 시행하고, 이와 관련한 2009년 2기분 부가가치세 매입세액 75,000,000원, 2010년 1기분 부가가치세 매입세액 675,000,000원을 매출세액에서 공제하여 2009년 2기분 및 2010년 1기분 부가가치세를 신고·납부하였다.
 라. 1) 한편, 인천광역시장은 1997. 6. 30. 도시기본계획을 수립하면서 인천공장 부지가 포함된 인천 남구 학익동, 용현동, 옥련동 일대를 공업용지에서 주거 및 상업용지로 개발하기로 계획한 후 원고에게 2002. 9. 16. 도시개발법에 의한 토지소유자를 시행자로 하는 ‘용현·학익지구 개발계획(안)’을 통지하고, 2005. 3. 7. 용현·학익지구 도시개발사업 시행을 제안하였으며, 이에 따라 원고는 도시개발건의서를 제출하였고, 2006. 9. 17. 용현·학익구역기본계획이 수립되었다. 이후 원고는 2007. 4. 16. 인천광역시 남구청장에게 인천공장 및 인근 부지에 대한 도시개발구역지정 제안서를 제출하고, 2007. 5. 15. 싱가폴 투자회사인 소외 12 회사와 양해각서를 체결하였다. 
 2) 인천광역시장은 이 사건 분할 이후인 2009. 6. 15. 인천광역시 고시 제2009-181호로 인천 남구 용현동, 학익동 일원의 용현·학익 1블록 도시개발구역을 도시개발법에 따른 도시개발구역으로 지정하고, 2009. 12. 7. 분할후 회사를 시행자로 지정하였다. 
 마. 1) 피고 남대문세무서장은 2013. 8. 22. 원고에 대하여 이 사건 분할이 적격분할에 해당하지 않고, 2008 사업연도에 폐석회 처리비용으로 사용한 복구손실충당금 9,255,643,260원이 토지의 자본적 지출에 해당한다는 이유로, 이 사건 분할로 인한 자산양도차익 748,545,318,780원과 복구손실충당금 9,255,643,260원을 각 손금불산입하는 등으로 2008 사업연도 법인세 총부담세액을 383,841,894,063원으로 경정한 후 기납부세액 83,756,027,707원을 공제한 300,085,866,356원(가산세 109,917,364,969원 포함)을 고지하였다{피고 남대문세무서장의 2008 사업연도 법인세 본세 273,924,529,094원(= 383,841,894,063원 - 109,917,364,969원) 및 가산세 109,917,364,969원의 부과처분 중 이 사건 분할로 인한 자산양도차익 및 복구손실충당금과 관련된 부분으로서, 본세 87,118,746,828원 및 가산세 1,939,747,462원을 각 초과하는 부분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다}. 
 2) 피고 인천세무서장은 피고 남대문세무서장과 마찬가지로 상부폐석회를 수거하여 이 사건 유수지에 매립하는 데 소요된 폐석회 처리비용이 토지의 자본적 지출에 해당한다는 이유로 2008년 1기 폐석회 처리 관련 부가가치세 매입세액 823,201,000원을 불공제하고, 이 사건 분할이 적격분할에 해당하지 않을 뿐만 아니라 구 부가가치세법(2008년 1기 및 2009년 2기는 2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 2010년 1기는 2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’이라 한다) 제6조 제6항 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2008년 1기 및 2009년 2기는 2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 2010년 1기는 2010. 12. 30. 대통령령 제22578호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법 시행령’이라 한다) 제17조 제2항에서 재화의 공급으로 보지 않는 사업의 양도에 해당하지 않는다고 판단하여 2013. 7. 5. 원고에 대해 2008년 1기분 부가가치세 본세 4,155,604,066원 및 가산세 3,346,034,044원을 경정·고지하였다. 또한, 피고 인천세무서장은 인천대공원 호수에 대한 친환경 호수조성사업에 소요된 비용(이하 ‘인천대공원 호수재정비공사비’라 한다)이 토지의 자본적 지출에 해당한다고 보아 이와 관련한 매입세액을 불공제하고 2013. 8. 19. 원고에 대하여 2009년 2기분 부가가치세 본세 75,000,000원 및 가산세 36,457,500원, 2010년 1기분 부가가치세 본세 675,000,000원 및 가산세 292,868,390원을 각 경정·고지하였다(이하 2008년 1기분, 2009년 2기분, 2010년 1기분 각 부가가치세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 하고, 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 부가가치세 부과처분을 통틀어 언급하는 경우에는 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
 3) 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2013. 9. 23. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 
 바. 한편, 분할후 회사는 이 사건 분할로 인천 남구 (주소 1 생략) 등 152필지 토지 및 그 지상 건축물을 취득한 후 이 사건 분할이 적격분할에 해당한다는 이유로 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제119조 제1항 제10호, 제120조 제1항 제9호에 따라 취·등록세 감면신청을 하여 인천광역시 남구청장 및 연수구청장으로부터 취·등록세를 면제받았다가 이 사건 분할이 적격분할에 해당하지 않는다는 이유로 2012. 4.경 취·등록세 등을 부과고지받았다. 분할후 회사는 이에 불복하여 2012. 4. 26.경 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2013. 7. 10. 기각되었다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14, 18호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 25, 30, 31, 35 내지 43, 50호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장 
 1) 이 사건 법인세 부과처분 관련 주장
 가) 이 사건 분할이 적격분할에 해당한다는 주장
 (1) 피고들은 이 사건 분할이 적격분할의 요건 중 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것’, ‘분리하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것’, ‘분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 승계한 당해 사업에 직접 사용할 것‘이라는 세 가지 요건을 충족하지 못하여 적격분할에 해당하지 않는다고 주장한다. 즉, ① 피고들은 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것’이란 타인에 의존하지 않고 분할되는 사업부문의 인적·물적시설만으로 독립하여 사업을 영위할 수 있는 경우를 의미하고, ‘사업부문’이란 분할법인에 존재하는 사업부문 전체를 의미한다고 전제한 후, ㉠ 화학제품제조 사업부문의 경우 분할후 회사가 원고의 직원 95명 중 8명만을 승계하였을 뿐이고, 자체 생산인력, 공장유지보수인력, 구매부서, 영업부서조차 존재하지 않는 상태로 이 사건 분할 직후 원고와 용역위탁계약을 체결한 점, 분할후 회사의 영업구조가 원고로부터 원재료를 구매하여 원고의 인력으로 화학제품을 생산하고 이를 다시 원고에게 매출하는 형태인 점 등에 비추어, ㉡ 도시개발 사업부문의 경우 분할후 회사가 원고로부터 관련 부서 및 근로자를 승계하지 않았고, 도시개발사업과 관련한 부서를 만든 것이 2011. 3.경인 점, 이 사건 분할 이후 원고에게 도시개발 업무를 위탁한 점 등에 비추어 이 사건 분할이 독립된 사업부문의 분할에 해당하지 않고, 원고가 다른 지역 소재 공장에서 화학제품제조사업을 영위하고 있으므로 분할후 회사에 인천공장의 화학제품제조 사업부문을 분할한 것은 사업부문의 분할에 해당하지 않는다고 보았다. ② 또한, 피고들은 원고가 분할기일 5일 전인 2008. 4. 25. 은행으로부터 인천공장 부지 등을 담보로 9,000억 원을 대출받았는바, 위 대출금은 분할후 회사에 이전될 부동산을 담보로 빌린 금원이므로 분할하는 사업부문의 자산에 해당함에도 원고는 분할후 회사에 위 대출금 중 일부만을 승계하였고, 분할후 회사가 분할계약서 제2의 5)에 따라 이 사건 협약에 의한 의무, 폐석회 매립공사와 관련한 채무, 지하폐석회 처리 관련 채무를 승계하지 않음으로써 인천공장의 화학제품제조 사업부문에 관한 채무를 승계하지 않았다고 판단하여 분리하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계되지 않았다고 보았다. ③ 나아가 피고들은 분할후 회사가 화학제품제조 사업부문에 관하여 원고와 용역위탁계약을 체결하였으므로 승계한 고정자산을 ‘직접 사용’한다고 볼 수 없고, 분할후 회사가 도시개발사업을 승계할 당시에는 인천공장 부지가 도시개발구역으로 지정되지도 않은 상태였을 뿐만 아니라 2011. 3.경까지 도시개발사업을 담당하는 부서조차 갖추고 있지 못하였으므로, 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 승계한 사업에 직접 사용하지 않았다고 보았다. 
 (2) 그러나 ① ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것’의 요건과 관련하여, 분할 당시 독립된 사업부문이면 위 요건을 충족하는 것일 뿐 분할 당시 분할신설법인에 무엇을 승계시켰는지, 분할 이후 분할신설법인이 사업을 어떻게 운영하였는지는 위 요건과 무관하며, 법인세법이 인력의 승계를 적격분할의 요건으로 정하고 있지 않은 이상 분할신설법인이 분할법인에 업무를 위탁함으로써 승계되지 않은 인력으로 하여금 업무를 수행하게 하는 것은 허용되고, 분할법인과 분할신설법인과의 거래의존성을 이유로 적격분할을 부인하는 것은 법인세법상 아무런 근거가 없으므로, 원고가 분할후 회사에 인천공장의 화학제품제조 사업부문과 도시개발 사업부문을 분할한 것은 위 요건을 충족한다. ② 또한, ‘분리하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것’의 요건과 관련하여, 현금은 그 성질상 특정 사업부문의 자산이 될 수 없을 뿐만 아니라 원고의 경우 하나의 통합계좌로 현금을 관리하여 왔고, 원고는 분할대상 사업만을 위해서가 아니라 일반운영자금 조달을 위하여 금원을 차입하였으며, 분할대상 사업에 속한 자산을 담보로 금원을 차입하였다고 하여 그 금원이 해당 사업부문의 자산이라고 볼 수 없으므로, 원고가 차입금 중 사용하고 남은 금원에서 전체 사업과 관련하여 지출이 예상된 금액을 제외하고 남은 현금을 분할후 회사에 승계한 것은 분리하는 사업부문의 자산을 포괄적으로 승계한 경우에 해당하고, 피고들이 문제삼고 있는 분할계약서 제2의 5)는 원고가 폐석회 처리에 대한 책임을 다한다는 차원에서 그에 관한 비용을 부담하겠다는 의미로, 원고와 분할후 회사간 내부 비용분담에 관한 약정일 뿐 폐석회 처리와 관련된 채무는 모두 분할후 회사에 승계되었으며, 설령 그렇지 않다고 하더라도 폐석회 처리 관련 채무는 우발부채에 해당하여 이를 승계하였는지 여부는 이 사건 분할이 적격분할에 해당하는지 여부와 무관하다. ③ 나아가 ‘분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 승계한 당해 사업에 직접 사용할 것‘의 요건과 관련하여, 분할후 회사는 이 사건 분할로 승계한 고정자산으로 염화칼슘 등 화학제품을 제조·판매하고 있는바, 단지 생산업무만을 위탁하였다고 하여 승계한 자산이 제조업에 사용되었다는 사실 자체가 변할 수 없고, 사내도급이 일반화되어 있으며, 분할시 고용관계의 승계를 강제할 수 없을 뿐만 아니라 법인세법이 적격분할의 요건으로 고용관계 승계를 요구하고 있지도 않으므로, 분할후 회사는 승계한 고정자산을 화학제품 제조업에 직접 사용하였다고 할 것이고, 분할후 회사가 인천공장 부지를 승계하여 소유하면서 도시개발사업을 추진하여 시행자로 지정받은 이상 승계한 고정자산을 도시개발사업에 직접 사용하였다고 할 것이다. 
 (3) 따라서 이 사건 분할은 적격분할에 해당한다.
 나) 폐석회 처리비용이 자본적 지출에 해당하지 않는다는 주장
 토지에 대한 자본적 지출에 해당하기 위해서는 토지 자체의 객관적 가치를 증가시켜야 하므로, 공장을 운영하는 사업자가 임의로 적치했던 폐기물을 폐기물관리법에 의하여 처리한 비용은 자본적 지출에 해당하지 않고, 토지를 조성할 목적으로 공장 내의 유수지를 매립한 경우에는 그 처리비용이 토지에 대한 자본적 지출에 해당할 것이나 단순히 폐기물관리법에 따라 폐기물을 처리하는 과정에서 토지가 조성된 경우 그 비용은 자본적 지출에 해당하지 않는다고 할 것이다. 이 사건에 있어 원고와 분할후 회사는 폐석회가 발생할 때마다 폐기물관리법에 따라 이를 처리하였어야 함에도 야적상태로 방치해 오다가 이를 침전지에서 수거하여 이 사건 유수지에 매립하게 된 것이므로, 폐석회 처리비용은 기본적으로 원고가 폐기물관리법에 따른 폐기물을 처리하는 데 소요된 비용으로서 자본적 지출에 해당하지 않는다. 
 2) 이 사건 부가가치세 부과처분 관련 주장
 가) 이 사건 분할이 사업의 양도에 해당한다는 주장
 이 사건 분할은 앞서 주장한 바와 같이 적격분할에 해당하므로 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하지 않는 사업의 양도에 해당한다. 설령 이 사건 분할이 적격분할에 해당하지 않는다고 하더라도, 원고는 사업의 동일성을 유지하면서 자산과 부채를 포괄적으로 분할후 회사에 승계시켰으므로 이 사건 분할은 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하지 않는 사업의 양도에 해당한다.
 나) 폐석회 처리비용, 인천대공원 호수재정비공사비 관련 매입세액이 공제되어야 한다는 주장
 (1) 앞서 주장한 바와 같이 폐석회 처리비용은 인천공장 부지에 대한 자본적 지출에 해당하지 않으므로 해당 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.
 (2) 또한, 인천대공원 호수재정비공사는 인천시민들에게 휴식시설을 제공한다는 공익적인 차원에서 이루어진 것으로 인천공장으로부터 멀리 떨어진 인천 남동구 장수동에 위치한 인천대공원을 대상으로 한 것일 뿐만 아니라 인천대공원은 원고나 분할후 회사의 소유가 아니라 인천광역시의 소유이므로 인천대공원 호수재정비공사비는 인천공장 부지에 대한 자본적 지출에 해당하지 않는다. 
 3) 가산세 부과처분 관련 주장
 원고는 2008년 도시개발사업을 효율적으로 수행하기 위해 이 사건 분할을 추진하게 되었는데, 그 과정에서 회계법인과 법무법인으로부터 자문을 받았고, 이 사건 분할을 결의한 직후부터는 관할관청인 인천광역시 남구청, 연수구청과 적격분할 요건의 충족 여부에 관하여 여러 차례 합의하였으며, 인천광역시 남구청장, 연수구청장은 이 사건 분할이 적격분할임을 이유로 취·등록세를 면제하여 주었는바, 원고로서는 당연히 이 사건 분할이 적격분할이라고 인식할 수밖에 없었던 점, 이 사건에서 문제되고 있는 적격분할 요건 관련 세부 쟁점들이 이제까지 법원에서 판단된 적이 없어 원고로서는 과세관청의 예규 및 분할실무 등에 따라 이 사건 분할을 수행하였는바, 이 사건 분할은 세법의 해석상 의의(疑意)가 있는 경우에 해당하는 점 등에 비추어 보면, 원고에게는 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 존재한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 각 처분 중 가산세 부과처분은 위법하다. 
 나. 관계 법령 
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실 
 1) 원고가 이 사건 분할과 관련하여 작성한 분할계약서의 주된 내용은 아래와 같다.
 1. 분할의 목적 - 인천공장 사업부문을 독립법인으로 분리 경영함으로써 경영효율성 및 전문성을 제고하고 책임 경영체제의 토대 마련 - 인천공장 사업부문을 단순·물적분할 방식으로 분할하여 차후 실행될 도시개발 사업부문의 전문화 및 투자자 유치를 용이하게 하는 데 있음 2. 분할의 방법 2) 분할기일은 2008. 5. 1.로 한다. 3) 신설회사의 자산, 부채, 자본의 결정방법은 사업부문별 고유의 영업자산, 영업부채를 분할되는 회사와 신설회사로 각각 목적에 부합하게 배분하는 것을 원칙으로 한다. 4) 상법 제530조의3 제1항 및 제2항에 의거 주주총회의 특별결의에 의해 분할하며, 동법 제530조의9 제1항 및 제2항에 의거 신설회사는 분할되는 회사의 채무 중에서 이 분할계획서 및 분할대차대조표에서 정한 바에 따라 분할로 인해 이전되는 재산에 관한 채무(책임을 포함한다)만을 부담하며, 분할되는 회사의 채무 중 신설회사로 이전되지 아니하는 재산에 관한 채무에 대해서는 분할되는 회사와 연대하여 변제할 책임을 부담하지 아니한다. 또한, 분할되는 회사도 분할되는 회사의 채무 중 위와 같이 신설회사로 이전되지 아니한 재산에 관한 채무만을 부담하고, 분할되는 회사의 채무 중 신설회사로 이전된 재산에 관한 채무에 대해서는 신설회사와 연대하여 변제할 책임을 지지 아니한다. 5) 분할되는 회사의 사업과 관련하여 분할기일 이전의 행위 또는 사실로 인하여 분할기일 이후에 발생/확정되는 채무 또는 분할기일 이전에 이미 발생/확정되었으나 이를 인지하지 못하는 등의 여하한 사정에 의하여 이 분할계획서 및 분할대차대조표에 반영되지 못한 채무(공·사법상의 우발채무 기타 일체의 채무를 포함하며 이하 ‘우발채무’라 한다)에 관하여 인천공장 사업부문과 관련한 채무 중 아래 기재의 채무는 분할되는 회사(존속회사)에, 그 이외의 것은 모두 분할신설법인인 분할후 회사에 귀속한다. 가. 2003. 12. 31. 인천광역시장, 인천광역시 남구청장, 분할되는 회사 및 시민위원회간에 체결된 이 사건 협약서에 의거 이행하기로 결정된 채무 나. 분할기일 현재 진행 중인 폐석회 매립공사와 관련하여 추가로 발생되는 채무로서 분할기일 현재 분할대차대조표에 반영된 복구손실충당금을 초과하여 지출하게 되는 채무 다. 신설회사 분할후 회사가 도시개발사업 실시계획에 따른 건축행위 등으로 인하여 지하에 적치된 폐석회를 폐기물관리법에 의한 방법에 따라 적정하게 처리함으로써 추가로 부담하게 된 비용 중 분할기일로부터 10년 이내에 지급하기로 하거나 집행한 채무 3. 분할일정 구분일자 이사회 결의일2007. 12. 12. 주주명부 폐쇄 및 기준일 공고2007. 12. 14. 분할주주총회를 위한 주주확정기준일2007. 12. 31. 주식명의개서 정지기간2008. 1. 1. ~ 2008. 1. 15. 주주총회 소집통지·공고 및 분할대차대조표 등 공고2008. 2. 19. 분할계획서 승인을 위한 주주총회일2008. 3. 5. 채권자 이의제출 공고일2008. 3. 6. 채권자 이의제출기간2008. 3. 6. ~ 2008. 4. 30. 분할기일2008. 5. 1. 분할보고 이사회2008. 5. 2. 이사회 결의 공고2008. 5. 3. 분할(변경, 설립)등기일2008. 3. 8. 분할종료보고2008. 5. 8. * 상기 사항은 관계 법령 및 관계기관과의 협의에 의해 조정될 수 있음 4. 분할되는 회사에 관한 사항 3) 분할로 인하여 이전할 재산과 그 가액 (중략) (주1) 분할되는 회사의 부채 : 퇴직급여충당금, 국민연금전환금, 퇴직보험예치금, 이연법인세부채 및 복구손실충당금임. 단, 분할신설법인의 사업부문은 분할 시점 이전에 감정평가를 받아 공정가액으로 승계되며, 총 차입금 중 일부(공정가액으로 이전되는 분할후 회사의 순자산가액 범위 내)는 분할신설법인 분할후 회사에 승계될 수 있음. 
 2) 원고는 상법 제530조의9 제4항, 제527조의5에 따라 2008. 3. 6. 채권자들에 대하여 이 사건 분할에 이의가 있을 경우 2008. 4. 30.까지 이를 제출할 것을 공고하였다. 원고의 회사채 1,100억 원을 보유하고 있던 농업협동조합중앙회(이하 ‘농협’이라 한다)로부터 회사채를 신탁받은 소외 12 회사 등은 농협의 요청에 따라 사채권자집회를 소집하기 위하여 2008. 4. 25. 서울중앙지방법원 2008비합176호로 채권자이의제출기간 연장신청을 하였다. 원고는 위 신청이 받아들여질 경우 이 사건 분할이 지연되는 등 여러 문제가 발생할 것을 우려하여 2008. 4. 30. 농협과, 원고가 위 회사채 1,100억 원을 상환하는 대신 농협은 위 신청을 취하하기로 합의하였다. 
 3) 원고는 이 사건 분할 이전인 2008. 4. 25.경 현금성 자산으로 약 217억 원을 보유하고 있었다. 그런데 원고는 2008. 5. 중으로 농협에 회사채 1,100억 원을 상환하고, 약 551억 원 상당의 해외 기자재를 구입해야 했으며, 그 밖에 법인세 등으로 약 151억 원, 금융비용으로 약 89억 원을 지출해야 하는 등 현금성 자산의 부족이 예상되는 상황이었다. 
 4) 이에 원고는 2008. 4. 22. 소외 13 은행, 소외 14 은행, 소외 15 은행과 대출계약을 체결한 후 2008. 4. 25. 인천공장 부지를 담보로 위 은행들로부터 6,000억 원을 대출받고, 위 대출금 중 3,000억 원을 위 은행들에 예금으로 예치한 후 위 예금을 담보로 다시 3,000억 원을 대출받았는데, 대출계약서(을 제18호증의 1)의 주된 내용은 아래와 같다.
 다음 당사자들은 2008. 4. 22. 다음과 같이 이 대출계약(이하 ‘이 계약’이라 한다)을 체결한다. 1. 차주 대한민국 법에 따라 설립되어 존속하고 있는 주식회사로서 그 본사를 서울 중구 (주소 13 생략)에 두고 있는 △△△ 주식회사 (이하 중략) 전문 차주는 일반운영자금 등의 조달을 위하여 대주들로부터 이 계약에서 정한 조건으로 자금을 차입하고자 하고 대주들은 차주에게 여신을 제공하고자 한다. 제9조 차주의 물적분할 제1항 물적분할에 대한 승인 (1) 차주는 분할계획서에 따라 차주의 인천공장 사업부문을 단순 물적분할 방식으로 분할하고자 하며, 분할계획서에 기재된 분할대차대조표와 승계대상 목록에 기재된 바에 따라 일체의 적극적 재산(신탁대상 부동산 및/또는 부동산 담보신탁계약상의 위탁자 및 수익자의 지위를 포함한다), 소극적 재산과 기타의 권리의무와 재산적 가치 있는 사실관계를 분할신설회사에 이전하고, 이 계약에 따른 차주로서의 지위 기타 금융계약(다만, 계좌 질권설정계약은 제외한다)상의 의무를 분할신설회사에 승계하고자 한다. 대주들, 대리은행 및 담보대리은행은 이의 없이 이를 승인한다. (2) 분할계획서에 따라 물적분할 절차의 이행을 완료하는 경우 분할기일 이후에는 이 계약상 차주의 지위 및 권리의무는 분할신설회사에게 승계되고 차주는 면책된다. (이하 생략) 
 한편, 원고가 대출을 받기 전인 2008. 4.경 작성된 기안서(을 제17호증의 3)의 내용은 아래와 같다.
 인천공장 사업부문 분할과 관련하여 대출을 위한 채권단 모집을 완료, 아래와 같이 채권단 구성 및 대출절차를 진행하고자 하오니 승인하여 주시기 바랍니다. -아래- 1. 목적 인천공장 사업부문의 물적분할과 관련하여 신규 차입금을 조달하여 대출원리금 채무 및 기타 금융계약의무를 분할신설법인(DCRE)에 승계함으로써 향후 신설법인의 사업 수행을 원활하게 하기 위함. 
 이후 원고는 약 931억 원의 현금성 자산을 추가로 확보하였으나 2008. 4. 30.까지 약 1,715억 원을 지출하는 등으로 이 사건 분할일인 2008. 5. 1. 당시 총 차입금 중 약 8,433억 원을 보유하고 있었다. 원고는 약 8,433억 원 중에서 이 사건 분할 직후 지출이 예정된 약 2,841억 원을 제외한 나머지 5,592억 원을 분할후 회사에 승계시켰다. 한편, 분할후 회사는 이 사건 분할을 통해 원고로부터 자산 총 1,720,687,429,524원, 잔존 복구손실충당금 55,608,425,970원(= 84,586,000,000원 - 28,977,574,030원)을 포함하여 부채 총 963,890,108,221원을 승계하였다. 
 5) 이 사건 분할 전 인천공장의 화학제품제조 사업부문에는 95명의 직원이 근무하고 있었는데, 그중 8명(소외 2, 소외 3, 소외 4, 소외 5, 소외 6, 소외 7, 소외 8, 소외 9)이 전적동의서(갑 제40호증)를 작성하고 분할후 회사에 승계되었다. 이와 관련하여 1992. 2. 25.경부터 원고의 노조위원장이었던 소외 10은 2014. 3. 31. 아래와 같은 내용의 진술서(갑 제39호증)를 작성하였다. 한편, 이 사건 분할 당시 분할후 회사의 조직도에 의하면, 대표이사 이외에 위와 같이 승계된 8명을 포함하여 2개 팀 총 11명(업무팀 : 9명, 관리팀 : 2명)으로 되어 있고, 그중 도시개발사업 담당 직원은 1명이다. 
 이 사건 분할 당시 진술인을 비롯한 인천공장의 생산, 기술직 노조원들뿐만 아니라 관리직 직원들은 이 사건 분할 후 신설될 회사로 자리를 옮길 경우 인력 구조조정 가능성 등이 있어 불안감이 매우 컸습니다. 이는 특히 신설회사가 화학제조업 외에 도시개발사업을 함께 영위하는 것이었기 때문이기도 하였습니다. 이에 따라 거의 모든 직원들이 분할후 회사로 가는 것에 반대하였고 실제로 분할후 회사로 간 직원은 별로 없었습니다. 
 6) 분할후 회사는 이 사건 분할 직후인 2008. 5. 9. 원고와 아래와 같은 내용의 용역위탁계약을 체결하였다. 
 제2조 계약기간 2.1. 본 계약의 계약기간(이하 ‘본 계약기간’)은 2008. 5. 1.부터 2009. 4. 30.까지로 한다. 2.2 본 계약기간 만료 전 1개월부터 계약기간 만료일까지 분할후 회사 또는 원고가 상대방에 대하여 계약해지의 의사를 서면으로 통지하지 아니하는 경우 본 계약은 양 당사자의 별도의 의사표시 없이 자동으로 갱신된다. 제4조 위탁업무의 수행 4.1. 원고가 본 계약에 따라 수행하여야 할 위탁업무의 범위는 다음 각 호의 업무와 그에 부수하는 업무(이하 ‘위탁업무’)로 하고, 추후 분할후 회사와 원고가 협의하여 위탁업무의 범위를 조정할 수 있다. ?가. 염화칼슘, 아염소산소다 및 각종 시약류(이하 계약제품) 생산업무 ?나. 위 가.호의 생산업무에 부대하는 환경관리, 제조설비 유지보수, 시설경비 등 제반 관리업무 ?다. 위 가 및 나.호의 생산 및 관리업무에 수반되는 자금 및 회계업무 ?라. 폐석회 매립공사의 관리 감독업무 제5조 위탁대금 및 그 지급 방법 5.1 본 계약의 위탁업무 중 제4.1항 가.호 내지 다.호의 위탁업무에 대한 수수료(이하 ‘위탁대금)는 매월 533,000,000원(부가가치세 별도)으로 하며, 동항 라.호의 위탁업무에 대해서는 위탁수수료를 계산하지 아니하며 이는 분할후 회사의 비용 부담 없이 원고가 전적으로 책임지고 이행하여야 한다. 5.3. 제5.1항의 위탁대금은 원고가 계약제품을 최소한 다음 각 호의 수량을 생산 납품하는 경우를 기준으로 책정된 것으로 연간 실적이 이에 미달함으로 말미암아 분할후 회사에 손실이 발생되는 경우에는 당사자간의 협의로 당해 위탁대금을 감액 조정하기로 한다. ?가. 아염소산소다 : 3,000톤 ?나. 염화칼슘 : 15,000톤 ?다. 각종 시약류 : 매출가능액 100억 원 
 분할후 회사는 원고로부터 원재료를 구매하였는데, 분할후 회사가 2008. 5.경 원고와 위 용역위탁계약의 이행과 관련하여 작성한 ‘생산 위·수탁 업무 운영지침’의 주요 내용은 아래와 같다.
 제2조(원부재료 등에 대한 권리) (1) 원고가 위탁계약서 이행을 위하여 그 정해진 바에 따라 정상적으로 구매 조달하는 원부재료는 구내에 입고된 정상품인 물량에 대해서는 분할후 회사의 책임재산으로 한다. (2) 제1항의 원부재료의 대금은 매월 실사용량을 기준으로 정산하기로 한다. (3) 위탁계약이 종료되었음에도 대금을 정산하지 않은 원부재료가 잔존하는 경우 분할후 회사는 위탁계약 종료 1개월 이내에 그 대금을 원고의 구입가액 및 그 부대비용을 기준으로 정산 지급하는 것을 원칙으로 한다. 제3조(제품 판매) (1) 위탁계약에 따라 생산된 제품은 분할후 회사가 원고에게 판매할 수 있으며 그 제품의 인수도 시점에 위험부담은 원고에게 이전되는 것으로 한다. (2) 그 공급가액은 매월 말일 정산하기로 한다. 
 7) 분할후 회사에 대한 감사보고서에 의하면, 분할후 회사는 2008 사업연도 제품매출액 215억 원 중 210억 원(97.6%)을, 2009 사업연도 제품매출액 270억 원 중 256억 원(94.8%)을 원고에게 판매하였다.
 피고들이 제출한 분할후 회사의 ‘거래처별 원료매입 내역’(을 제11호증의 1)과 ‘거래처별 제품 매출내역’(을 제11호증의 2)에 의하면, 이 사건 분할 이후 2011년까지 분할후 회사의 원고에 대한 의존비율은 92.9% ~ 95.7%(원료 매입의 경우), 93% ~ 96.5%(제품 매출의 경우)이다. 
 8) 분할후 회사는 2008. 8. 31. 원고와 아래와 같은 내용의 개발대행업무위탁계약을 체결하였다.
 제1조 이 계약의 목적 이 계약은 분할후 회사가 인천 남구 (주소 7 생략) 일원에 위치한 용현 · 학익 1블록구역(이하 ‘본건 사업부지’라 한다) 및 그 인근 사업부지에서 진행하고 있는 도시개발사업(이하 ‘본건 사업’이라 한다)과 관련하여 원고가 분할후 회사에게 제공하는 개발대행업무(이하 ‘본건 업무’라 한다)의 범위, 업무대행수수료의 지급조건 기타 제반 사항을 규정함에 그 목적이 있다. 제2조 본건 업무의 범위 및 기간 (1) 분할후 회사는 다음 각 호의 업무를 원고에게 위탁하고, 원고는 이를 분할후 회사를 위하여 이 계약의 제반 조건에 따라 수행한다. ?1. 본건 사업부지의 도시개발구역지정을 포함한, 본건 사업의 진행 및 개발 관련 제반 인허가 업무 ?2. 본건 사업부지 이외에 분할후 회사가 소유한 인근 사업부지에 대한 개발 관련 제반 업무 ?3. 본건 사업의 홍보 업무 ?4. 기타 본건 사업과 관련하여 상호 합의 하에 위·수탁하는 업무 (2) 이 계약에 따른 본건 업무의 위탁기간은 2008. 9. 1.부터 분할후 회사와 원고의 합의에 따른 본건 사업의 완료시(이하 ‘계약기간’이라 한다)까지로 한다. 
 9) 피고들이 제출한 원고의 조직도(을 제14호증)에 의하면, 원고는 도시개발사업과 관련하여 2008년에 인천개발추진본부(사업기획팀, 개발추진팀)를, 2009년에 인천개발추진본부(개발기획팀, 개발추진팀)를 보유하고 있었다. 
 10) 원고는 이 사건 분할 전인 2008. 4.경 인천광역시장, 인천광역시 남구청장, 시민위원회에 이 사건 분할을 통해 분할후 회사를 설립하기로 하였음을 알리는 한편, 이에 따라 이 사건 협약의 당사자 지위가 분할후 회사에 당연 포괄승계됨을 통지하였다. 또한, 원고는 2008. 4.경 소외 11 회사에도 이 사건 분할을 통해 분할후 회사를 설립하기로 하였다는 점과 이에 따라 2006. 9. 19.자 공사도급계약상의 당사자 지위가 분할후 회사에 당연 포괄승계됨을 통지하였다. 
 11) 이 사건 분할 이후인 2008. 5. 22. 시민위원회가 개최한 회의에서 원고의 직원으로서 시민위원회 간사로 활동하던 소외 1은 폐석회 처리 등 이 사건 협약에 관련된 사항이 원고에서 분할후 회사로 그대로 승계된다고 보고하였다. 이에 대해 시민위원회 위원장은 ‘일반 시민들에게 원고의 폐석회로 알려져 있고 (분할후 회사로 변경하는 경우) 분할후 회사의 폐석회 문제로 새로운 사건이 생긴 것처럼 오해를 일으킬 우려가 있으므로 (원고와 분할후 회사를) 병기해서 쓰면 될 것 같다’라는 취지로 진술하였다. 
 시민위원회는 2009. 3. 16. 이 사건 변경협약 체결을 위한 회의 소집 통지를 하면서 인천광역시장과 인천광역시 남구청장, 원고에게 통지문을 보냈을 뿐 분할후 회사에는 통지문을 보내지 않았고, 원고는 2009. 3. 17. 이 사건 변경협약서에 서명하였다. 이후 인천광역시 남구청장은 2009. 3. 26. 원고와 분할후 회사에 아래와 같은 내용의 공문을 보냈다. 
 1. 원고의 소다회 생산과정에서 발생된 폐석회를 이 사건 협약에 의해 원고에서 처리해 왔으나 현재 2008. 5. 1. 원고에서 법인분할된 분할후 회사에서 승계하여 처리하고 있음. 2. 이에 대해 기존 협약에 의거 분할후 회사에서 처리하고 있는 폐석회에 대해 법률적인 자문을 구한 결과 원고와 분할후 회사는 별개의 법인으로 분할후 회사와도 협약을 체결해야 된다는 법률적인 견해에 따라 법적인 효력을 갖추고자 한다. 
 이에 따라 분할후 회사는 2009. 5. 28.경 인천광역시 남구청장에게 아래와 같은 내용의 ‘폐석회 처리에 관한 약정서’를 작성·제출하였다.
 인천광역시 남구와 분할후 회사는 인천공장의 부지 또는 그 인접토지에 있는 폐석회 처리에 관하여 다음과 같이 약정한다. -다 음- 폐석회 매립시설의 설치공사가 준공되기 이전에 도로, 공원, 녹지를 제외한 지역의 지하 폐석회 전량을 매립시설에 매립 완료하여야 하고 매립공사가 완료되고 난 후에라도 발생하는 폐석회 및 폐기물에 대해서는 분할후 회사에서 처리하여야 한다. 만일 그렇지 아니할 경우에는 정확한 잔량 산출(성분 분석 포함)과 함께 이의 처리를 위한 담보물건을 인천광역시 남구청장의 요구에 따라 제공하여야 한다. 
 12) 분할후 회사는 이 사건 분할 후 폐기물처리시설 설치 변경승인 신청을 하여 2008. 5. 26. 인천광역시 남구청장으로부터 승인을 받았고, 2009. 1. 29.에는 매립용량을 4,810,000㎥에서 5,270,000㎥으로 증설하는 승인을 받았다. 또한, 원고는 2008. 5. 19. 인천광역시장에게 이 사건 협약에 따른 유원지 조성을 위한 인천도시계획시설사업 실시계획상의 사업시행자를 원고에서 분할후 회사로 변경하여 줄 것을 신청하였고, 인천광역시장은 2008. 8. 11. 사업시행자를 분할후 회사로 변경하는 인천도시계획시설사업 실시계획 변경인가를 고시하였으며, 분할후 회사는 2010. 11. 10. 소외 16 회사와 이 사건 협약에 따른 유원지 조성공사(1-1단계)에 관하여 공사금액을 657,800,000원(부가가치세 포함)으로 정하여 공사도급계약을 체결하였다. 한편, 분할후 회사는 2009. 8.경 원고에게 이 사건 변경협약에 따른 인천대공원 친환경 호수재정비사업의 시행을 위임하였다. 분할후 회사가 도시개발사업을 영위하기 위하여 2011. 7.경 제출한 ‘용현·학익 1블록 도시개발사업 환경영향평가서’에는 사업지구 내에 적치된 폐석회 처리의 이행주체가 분할후 회사로 기재되어 있다. 
 13) 원고는 2008. 1.경 ‘용현·학익 구역(1BL) 도시개발사업 사전환경성검토서(초안)’를 제출하였는데, 이에 의하면 인천광역시 개발계획과에서 폐석회 처리 및 폐석회 침전지 매립방안을 구체적으로 제시할 것을 요구한 것으로 기재되어 있고, 이에 따라 원고는 위 검토서에 폐석회 처리방안을 포함시켰다. 
 14) 원고는 이 사건 분할 이후인 2008. 5.경 인천지역환경기술개발센터 등 도시개발사업과 관련하여 용역계약을 체결한 업체들에게 이 사건 분할에 의해 용역계약상 당사자 지위가 분할후 회사에 당연 포괄승계됨을 통지하였다. 이후 분할후 회사는 2008. 5. 29.경 인천지역환경기술개발센터와 계약변경합의서를 작성하였다.
 15) 한편, 원고는 2007. 12. 27.경 인천광역시 남구청장에게 폐기물처리시설(매립시설) 사용개시 신고를 하였고(1단계 면적 : 115,670㎥, 1단계 용량 : 1,925,000㎥), 이 사건 분할 이후인 2009. 3. 6.경과 2009. 5. 22.경에는 분할후 회사가 사용개시 신고를 하였다(2-1단계 면적 : 18,000㎥, 2-1단계 용량 : 335,000㎥/2-2단계 면적 : 162,000㎥, 2-2단계 용량 : 3,010,000㎥). 소외 11 회사는 이 사건 유수지 등에 폐기물처리시설을 설치한 후 인천공장 내 침전지[인천 남구 (주소 8 생략) 등 18필지 토지 합계 736,471㎡]에 적치되어 있던 폐석회를 탈수 등의 과정을 거쳐 단계별로 매립하고 있으며, 2010. 6. 21.경 1단계 매립이 완료되었다. 
 16) 인천광역시 남구청장은 2010. 10. 27. 이 사건 유수지 중 1단계로 매립된 129,650㎡를 유원지 시설로 이용할 수 있도록 결정하여 분할후 회사에 통보하였고, 2010. 11. 10. 유원지 조성공사 착공신고가 이루어졌다. 이 사건 유수지 중 13,006.09㎡가 도시개발구역에 편입되어 있다. 
 17) 원고는 이 사건 분할에 앞서 주식회사 ▽▽▽감정평가법인(이하 ‘감정인’이라 한다)에 인천공장 부지 등에 대한 시가감정을 의뢰하였는데, 감정인은 원고의 요청에 따라 이 사건 침전지를 이 사건 협약에 따른 폐석회 처리의무의 이행이 완료되어 폐석회가 존재하지 않는 공업나지 상태임을 전제로 하여 588,712,190,000원으로 평가하였고(가격시점 : 2008. 2. 1.), 분할후 회사는 위 금액으로 승계하였다. 피고들은 이 사건 침전지를 폐석회가 쌓인 상태로 평가할 경우 323,583,207,924원이라고 하면서 ‘침전지 감정평가 금액 재조정’(을 제33호증)을 제출하였다. 이 사건 침전지 중 722,716㎡가 도시개발구역에 편입되어 있다. 
 이 사건 유수지 인근의 인천공장 부지 중 지목이 유지인데 이미 매립된 상태인 토지[이 사건 침전지 중 일부로서 인천 남구 (주소 9 생략), (주소 10 생략), (주소 11 생략), (주소 12 생략) 토지이다]의 ㎡당 감정평가금액은 69만 원 ~ 88만 원이다. 이에 반해 이 사건 유수지 중 지목이 유지인 토지[인천 남구 (주소 2 생략), (주소 3 생략), (주소 5 생략), (주소 6 생략) 토지]의 ㎡당 감정평가금액은 21만 원 ~ 22만 원이다(가격시점이 2008. 2. 1.이므로 매립이 완료되지 않은 상태로 평가된 금액이다).
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 13, 17 내지 24, 26 내지 46, 59, 65, 68호증, 을 제1 내지 31, 33, 34호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 라. 판단 
 1) 이 사건 법인세 부과처분 관련 주장에 대하여
 가) 이 사건 분할이 적격분할에 해당한다는 주장에 대하여
 (1) 법인의 분할의 경우 분할로 인하여 발생한 자산양도차익에 대하여는 법인세가 과세되는 것이 원칙이다. 그러나 법인세법 제47조, 제46조 제1항, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제82조 제3항, 제83조, 구 법인세법 시행규칙(2010. 6. 30. 기획재정부령 제159호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행규칙’이라 한다) 제41조의2는, 분할법인이 분할신설법인의 주식 전부를 취득하는 물적분할의 경우 ① 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할’하는 경우로서 ‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계’되고(다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 법인세법 시행규칙이 정하는 것, 즉 ㉠ 자산으로서 변전시설·폐수처리시설·전력시설·용수시설·증기시설, 사무실·창고·식당·연수원·사택, 기타 물리적으로 분할이 불가능한 공동의 생산시설 및 사업자원시설과 그 부속토지, ㉡ 부채로서 지급어음, 차입조건상 차입자의 명의변경이 제한된 차입금, 분할로 인하여 약정상 차입자의 차입조건이 불리하게 변경되는 차입금, 분할되는 사업부문에 직접 사용되지 아니한 공동의 차입금은 제외), 분할법인만의 출자에 의하여 분할하며, ② 분할대가의 전액이 주식이고, ③ 분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위하는 등의 요건을 갖춘 적격분할에 대하여는, 주식의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어 손금에 산입할 수 있도록 하면서 손금산입금액을 당해 주식의 압축기장충당금으로 계상하도록 하고, 다만 분할법인이 분할신설법인의 주식을 처분하는 경우에는 해당 사업연도에 위 압축기장충당금을 익금에 산입하도록 함으로써 과세특례(과세이연)를 규정하고 있다. 이는 적격분할에 해당하는 물적분할의 경우 어느 회사가 영업의 일부를 자회사로 옮기는 것으로서 분할 전후를 비교하여 경제적 실질에 아무런 변화가 없기 때문이다. 나아가 법인세법 시행령 제83조 제4항, 제80조 제3항은 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 처분하거나 승계한 당해 사업에 직접 사용하지 않는 경우에는 위 ③의 요건에 해당하지 않는 것으로 한다고 규정함으로써 ‘합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 처분하거나 승계한 당해 사업에 직접 사용할 것’을 적격분할의 요건으로 규정하고 있다. 
 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 
 (2) ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 경우’에 해당하는지 여부
 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 분할은 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 경우’에 해당한다고 봄이 상당하다. 
 ① 법인세법 시행령 제82조 제3항은 적격분할의 요건으로 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것’이라고 규정하고 있는바, 그 문언상 분할대상이 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문이기만 하면 위 요건에 해당하고, 분할 당시 분할신설법인에 무엇이 승계되는지, 분할신설법인이 분할 이후 어떠한 방식 또는 형태로 사업을 영위하는지 여부는 위 요건과 무관한 것으로 보인다(오히려 위와 같은 사정들은 ‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것’ 및 ‘분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것’의 요건과 관련된다고 할 것이므로, 인력 승계 문제, 분할후 회사의 영업구조나 방식에 관하여는 아래에서 판단하기로 한다). 그런데 인천공장의 화학제품제조 사업부문과 도시개발 사업부문은 이 사건 분할 당시 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문이었다. 
 ② 피고들은 위 규정의 ‘사업부문’이 분할법인에 존재하는 사업부문 전체를 의미하는데, 이 사건 분할이 있기 전 화학제품제조 사업부문은 원고의 다른 지역 소재 공장에서도 영위하고 있었고, 이는 각 공장의 공장등록증에 기재된 한국표준산업분류기준상 동일사업부문인 ‘기초 무기화학물질 제조업’(분류코드 : 2012)을 영위하는 공장으로 인천공장 이외에 익산공장, 군산공장, 광양공장이 있는 점에 비추어 명백하므로, 이 사건 분할은 위 요건에 해당하지 않는다는 취지로 주장한다. 그러나 법인세법 시행령은 제82조 제3항에서 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것’이라고 규정하고 있을 뿐 그 사업부문이 분할법인에 존재하고 있던 동종의 사업부문 전체일 것을 요건으로 규정하고 있지 않다. 뿐만 아니라 기획재정부와 국세청 예규는 사업장별 분할(예를 들어 임대사업과 기타사업을 영위하는 법인이 각각의 사업장으로 구분된 임대사업장 중 하나의 사업장을 물적분할하는 것)이 가능하다는 입장이었다. 또한, 피고들은 이 사건 2014. 3. 12.자 준비서면에서 주식회사 신세계가 백화점 사업부문과 대형마트 사업부문 중 대형마트 사업부문을 주식회사 이마트에 분할한 경우가 적격분할에 해당함을 전제로 위 사례를 그 주장의 근거로 내세웠으나, 백화점 사업부문과 대형마트 사업부문은 모두 한국표준산업분류기준상 ‘대형 종합 소매업’{분류코드 : 4711, 단일 경영체제하에서 대형매장(3,000㎡ 이상)을 갖추고 주된 취급품목이 없이 식료품, 가구, 가전제품, 의류, 서적, 귀금속, 의약품 등의 각종 유형의 상품을 종합적으로 소매하는 산업활동}으로 동일하다. 
 (3) ‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계된 경우’에 해당하는지 여부
 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 갑 제49 내지 64호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 분할은 ‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계된 경우’에 해당한다고 봄이 상당하다. 
 ① 분할후 회사가 이 사건 협약에 의한 의무, 폐석회 매립공사와 관련한 채무, 지하폐석회 처리 관련 채무를 승계하였는지 여부에 관하여, 다음과 같은 사정에 비추어 보면 분할후 회사가 위 각 채무를 승계하였다고 할 것이다. ㉠ 분할계약서 제2의 4)는 신설회사가 분할로 인해 이전되는 재산에 관한 채무만을 부담하는 것으로 정하였는데, 이 사건 협약에 의한 의무, 폐석회 매립공사와 관련한 채무, 지하폐석회 처리 관련 채무는 분할후 회사에 승계되는 인천공장 부지와 관련된 채무이다. ㉡ 원고는 이 사건 분할 전인 2008. 4.경 인천광역시장, 인천광역시 남구청장, 시민위원회에 이 사건 분할을 통해 이 사건 협약의 당사자 지위가 분할후 회사에 당연 포괄승계됨을 통지하였고, 이 사건 분할 직후인 2008. 5. 22. 원고의 직원인 소외 1은 시민위원회가 개최한 회의에 참석하여 폐석회 처리 등 이 사건 협약에 관련된 사항이 분할후 회사에 승계되었다고 보고하였다. ㉢ 인천광역시 남구청장이 이 사건 분할 이후인 2009. 3. 26. 분할후 회사에 ‘폐석회 처리에 관한 약정서’ 작성을 요구하면서 보낸 공문에 ‘원고가 이 사건 협약에 따라 폐석회를 처리해 왔으나, 현재는 원고에서 분할된 분할후 회사가 승계하여 처리하고 있다’라고 기재되어 있고, 분할후 회사는 인천광역시 남구청장의 요구에 따라 2009. 5. 28.경 ‘폐석회 처리에 관한 약정서’를 작성하기도 하였다. ㉣ 원고는 이 사건 협약을 통해 상부폐석회를 이 사건 유수지에 매립하고, 이와 같이 매립한 토지를 녹지 및 유원지로 조성하여 영구적으로 개방하며, 송도신도시 제8공구와 제1공구에 의해 포위되는 반월형 수면에 보트장 시설을 건립하여 인천광역시에 기부채납하고, 추후 7,700평의 토지를 인천광역시 남구에 기부하기로 약정하였으며, 이에 따라 먼저 폐석회를 매립하기 위해 2005. 12. 29. 인천광역시 남구청장으로부터 폐기물처리시설인 관리형매립시설 설치승인을 받은 후 2006. 9. 19. 소외 11 회사와 폐석회 매립시설 조성공사에 관하여 공사도급계약을 체결하였는데, 이 사건 분할 직전인 2008. 4.경 소외 11 회사에 이 사건 분할에 통해 위 공사도급계약상의 당사자 지위가 분할후 회사에 당연 포괄승계됨을 통지하였고, 분할후 회사는 이 사건 분할 이후인 2008. 5. 26. 인천광역시 남구청장으로부터 폐기물처리시설 설치 변경승인을 받아 소외 11 회사를 통해 매립공사를 진행하였다. ㉤ 인천광역시장은 이 사건 분할 이후인 2008. 8. 11. 이 사건 협약에 따른 유원지 조성을 위한 인천도시계획시설사업 실시계획상의 사업시행자를 원고에서 분할후 회사로 변경하였고, 분할후 회사는 1단계 매립이 완료됨에 따라 2010. 11. 10. 이 사건 협약에 따른 유원지 조성을 위해 착공신고를 하는 한편 소외 16 회사와 유원지 조성공사에 관하여 공사도급계약을 체결하였다. ㉥ 이 사건 협약에 따른 보트장 건립은 이 사건 분할 이후 인천대공원 호수에 대한 친환경 호수조성으로 변경되었는데, 분할후 회사는 자신이 인천대공원 호수재정비사업의 주체임을 전제로 2009. 8.경 원고에게 그 시행을 위임하였다. ㉦ 원고는 분할계약서 제2의 5)가 폐석회 처리에 대한 책임을 다한다는 차원에서 그에 관한 비용을 부담하겠다는 취지로, 원고와 분할후 회사간 내부 비용분담에 관한 약정이라고 주장하고 있는바, 이는 분할후 회사의 원고에 대한 구상채권에 관한 사항으로 분할후 회사가 폐석회 처리에 관한 채무를 승계하였는지 여부와는 무관하다고 할 것이다. 
 ② 원고가 인천공장 부지를 담보로 차입한 금원 중 일부만을 분할후 회사에 승계시킨 것과 관련하여, 다음과 같은 사정에 비추어 보면 이는 ‘분할하는 사업부문의 자산이 포괄적으로 승계된 경우’에 해당한다고 할 것이다. ㉠ 현금은 법인의 계좌로 입금되는 순간 그것이 A 사업부문의 매출이건 또는 A 사업부문의 자산을 담보로 차입한 것이건 다른 현금과 혼화되므로 이를 A 사업부문만의 현금이라고 볼 수 없다. ㉡ 피고들의 주장에 의할 경우, A 사업부문과 B 사업부문을 가지고 있는 어떤 법인이 A 사업부문의 자산을 담보로 100만 원을 차입한 후 A 사업부문을 분할하면서 A 사업부문(분할신설법인)에 현금 60만 원, B 사업부문(분할법인)에 현금 40만 원을 승계시키고 분할 후 B 사업부문(분할법인)이 위 현금 40만 원으로 설비(자산)를 구입하는 때에는 적격분할에 해당하지 않게 됨에 반하여, 분할 전 차입금 중 40만 원으로 B 사업부문의 설비(자산)를 구입하고 분할시 A 사업부문에 나머지 현금 60만 원, B 사업부문에 위와 같이 구입한 설비를 승계시키는 때에는 적격분할에 해당하게 되는 불합리한 결과가 초래된다(만약 후자의 경우에도 적격분할에 해당하지 않는다고 한다면, 분할시 법인이 보유하고 있는 모든 자산에 대하여 어떠한 경위를 통해 취득한 현금으로 구입한 것인지를 구분하여야 하는, 또다른 불합리한 결과가 발생하게 된다). ㉢ 뿐만 아니라 원고는 이 사건 분할을 앞둔 2008. 4.경 농협에 대한 회사채 1,100억 원의 상환, 법인세 납부, 금융비용, 기자재 구입대금 등 영위하는 사업 전반에 걸쳐 현금성 자산의 부족이 예상되자 일반운영자금을 조달하기 위해 2008. 4. 25. 인천공장 부지를 담보로 대출을 받은 것으로 보이므로, 위 차입금이 인천공장과 관련된 사업부문에 속한다거나 인천공장 부지를 승계받은 분할후 회사에 속한다고 단정할 수 없다(피고들은 대출일자와 이 사건 분할일의 시간적 근접성, 대출계약서에 이 사건 분할에 관한 내용이 기재되어 있는 점 등에 비추어 실제 차주는 분할후 회사라고 주장하면서 위 차입금이 분할후 회사에 속한다고 주장하나, 피고들이 주장하는 사정이나 을 제17호증의 3의 기재만으로는 실제 차주가 원고가 아닌 분할후 회사라고 볼 수 없으므로, 피고들의 위 주장은 이유 없다). ㉣ 원고는 이 사건 분할일인 2008. 5. 1. 당시 보유하고 있던 차입금 약 8,443억 원 중 장차 지출이 예정된 2,841억 원을 제외한 나머지 5,592억 원을 분할후 회사에 승계시키는 등 이 사건 분할을 통해 자산 총 1,720,687,429,524원, 부채 총 963,890,108,221원을 승계시켰다(다른 물적분할 사례들과 비교할 때 분할후 회사의 자기자본비율이나 부채비율은 평균이거나 평균보다 양호한 수준이다). ㉤ 앞서 본 적격분할에 대한 과세특례(과세이연)의 취지에 비추어 분할하는 사업부문의 필수적인 자산 또는 분할하는 사업부문의 영업활동과 직접적인 관계가 있는 자산이 승계되었다면 분할하는 사업부문에 자산이 포괄적으로 승계되었다고 할 것이고, 분할하는 사업부문의 자산 전부가 승계되어야만 위 요건에 해당한다고 볼 것은 아니다(법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호 단서, 법인세법 시행규칙 제41조의2도 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 채무 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 분할되는 사업부문에 직접 사용되지 아니한 공동의 차입금 등에 대하여 포괄적 승계의 예외를 인정하고 있다). ㉥ 피고들은 원고가 인천공장 부지를 담보로 차입한 금원은 그중 일부만을 분할후 회사에 승계시키면서 대출금 채무는 그 전부를 분할후 회사에 승계시킴으로써 조세를 회피하였다는 취지로 주장한다. 그러나 법인세법 시행령 제83조 제1항에 의하면 분할법인이 손금에 산입하는 금액은 분할신설법인으로부터 취득한 주식의 가액과 자산의 양도차익 중 적은 금액인바(법인세법 시행규칙 별지 제43호 서식 참조), 법인이 A 사업부문을 분할하면서 부채를 고의적으로 많이 승계시키는 경우 자산양도차익은 그대로이나 분할신설법인의 주식가치가 낮아지게 되어 오히려 분할법인이 손금에 산입할 금액이 감소할 가능성이 높아지게 된다. 또한, 자산양도차익은 자산의 공정가액(시가)에서 장부가액을 차감한 금액인바(위 서식 참조), 현금의 경우 공정가액(시가)과 장부가액이 동일하므로 분할신설법인에 승계시키는 현금이 얼마인지에 따라 자산양도차익은 달라지지 않는다. 따라서 피고들이 주장하는 사정만으로는 원고가 조세를 회피하였다고 단정하기 어렵다. ㉦ 국세청 예규는 분할하는 사업부문에 직접 사용되지 아니한 공동차입금을 분할신설법인에 승계시킨 경우에도 포괄승계의 요건에 해당한다거나(법인세과-1880, 2008. 8. 7.) 분할하는 사업부문의 자산 및 부채 이외에 분할법인의 부채를 일부 승계시킨 경우에도 포괄승계의 요건에 해당한다는(서이 26012-10148, 2003. 1. 22.) 입장이었다{뿐만 아니라 피고들이 이 사건 2014. 5. 30.자 준비서면(2)에서 적격분할의 예시로 거시한 사례를 포함하여 다수의 기업들이 분할 전 신규로 금원을 차입한 후 그중 일부만을 분할신설법인에 승계시키면서 차입금 채무는 전부 승계시킨 것으로 보인다}. ㉧ 피고들은 분할법인인 원고의 연대책임을 배제한 이 사건 분할이 통상적이지 않으므로 원고에게 조세회피목적이 있었다는 취지로 주장한다. 그러나 상법 제530조의9 제2항에 의하면 분할시 분할신설법인과 분할법인의 연대책임을 배제할 수 있으므로 이 사건 분할에 어떠한 문제가 있다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 원고의 이 사건 2014. 9. 17.자 준비서면에 의하면 물적분할을 실행하면서 분할법인의 연대책임을 배제하는 실제 사례가 적지 않은 것으로 보이므로, 피고들이 주장하는 사정만으로는 원고에게 조세회피목적이 있었다고 보기 어렵다. 
 ③ 피고들은 분할후 회사가 원고의 인력을 대부분 승계하지 않았으므로 적격분할의 요건을 충족하지 못하였다고 주장하나, 다음과 같은 사정에 비추어 보면 피고가 주장하는 사정만으로는 분할하는 사업부문의 자산이 포괄적으로 분할후 회사에 승계되지 않았다고 할 수 없다. ㉠ 법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호는 분할하는 사업부문의 자산 및 부채의 포괄적 승계를 그 요건으로 규정하고 있을 뿐 분할하는 사업부문의 인력 또는 직원의 포괄적 승계를 그 요건으로 규정하고 있지 않다(‘자산’이란 과거 사건의 결과로 기업이 통제하고 있는 미래 경제적 효익이 유입될 것으로 기대되는 자원을 의미하는 것으로, 인력 또는 직원은 ‘자산’에 해당하지 않는다. 한편, 일본은 적격분할의 요건 중 하나로 분할되는 사업에 관계되는 종업원 중 약 80% 이상이 분할신설법인의 업무에 종사할 것으로 전망될 것을 규정하고 있다). ㉡ 뿐만 아니라 이 사건 분할이 있기 전 대법원은 시내버스회사가 경영 악화로 그 소유 버스를 다른 회사에 양도하면서 버스와 함께 운전사를 양수회사가 인수하기로 합의함에 따라 해당 운전사에게 양수회사에서 근무하도록 통지한 사안에서 위와 같이 통지한 것을 ‘전적명령’으로 보면서 「전적은 근로자를 고용된 기업으로부터 다른 기업으로 적을 옮겨 다른 기업의 업무에 종사하게 하는 것으로서, 종래에 종사하던 기업과의 근로계약을 합의해지하고 이적하게 될 기업과 새로운 근로계약을 체결하는 것이거나 근로계약상의 사용자의 지위를 양도하는 것이므로, 사용자가 근로자의 동의를 얻지 아니하고 다른 회사로 전적시키는 관행이 있어서 그 관행이 근로계약의 내용을 이루고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 근로자의 동의를 얻어야 효력이 생기는 것이다」라고 판시하였고(대법원 1996. 4. 26. 선고 95누1972 판결), 상법상 영업양도에 관한 사안에서 「영업양도에 의하여 양도인과 근로자 사이의 근로관계는 원칙적으로 양수인에게 포괄승계되는 것이지만 근로자가 반대의 의사를 표시함으로써 양수기업에 승계되는 대신 양도기업에 잔류하거나 양도기업과 양수기업 모두에서 퇴직할 수도 있는 것이다」라고 판시하기도 하였다(대법원 2002. 3. 29. 선고 2000두8455 판결). 또한, 한국전력공사가 발전 부분을 분할하여 6개의 발전 자회사(한국중부발전 주식회사, 한국남부발전 주식회사, 한국남동발전 주식회사, 한국서부발전 주식회사, 한국동서발전 주식회사, 한국수력원자력 주식회사)를 신설한 후 자회사로의 고용승계에 동의하지 않는 일부 근로자들에 대해 자회사로의 고용승계를 명령한 사안에서, 1심 법원(서울중앙지방법원 2004가합84103)은 2006. 2. 9. 위 대법원 95누1972 판결을 인용하면서 「회사분할의 경우에도 근로관계에 있어서 업무지휘권의 주체가 변경됨으로 인하여 근로자가 받을 불이익을 방지할 필요가 있으므로, 회사 분할로 인한 고용승계도 사용자가 회사 분할 시 근로자의 동의를 얻지 아니하고 다른 회사로 고용승계시키는 관행이 있어서 그 관행이 근로계약의 내용을 이루고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 민법 제657조 제1항과 구 근로기준법(2007. 4. 11. 법률 제8372호로 전부개정되기 전의 것) 제30조 제1항에 근거하여 전적의 경우와 마찬가지로 근로자의 동의를 얻어야 효력이 발생하는 것으로 봄이 상당하다」라고 판단하였고, 항소심 법원(서울고등법원 2006나33021)도 2006. 9. 22. 「회사분할에 있어 분할계획서 등에 승계할 근로자의 범위를 기재한 경우는 물론 그와 같은 기재가 없는 경우에도 합병과 마찬가지로 그 분할되는 사업부문에 속한 근로관계는 원칙적으로 분할로 인하여 설립되는 회사에 승계된다고 보아야 할 것이지만, 개별근로자의 처지에서 보면 분할의 대상으로 되지 아니한 나머지 사업부문에서 계속 근무할 가능성이 남아 있음에도 근로관계의 승계 여부에 대하여 선택의 기회를 박탈당하는 것은 직업선택의 자유 내지는 강제근로금지원칙의 침해가 될 수 있으므로, 회사분할의 경우에도 민법 제657조 제1항의 규정이 적용되어 개별근로자의 동의가 있어야만 근로관계를 승계할 수 있다고 보아야 할 것이다(분할로 인하여 설립되는 회사에서 근무할 것인지 여부는 어디까지나 개별근로자의 결정에 맡겨진 것이기에 노동조합이 근로자들로부터 개별적인 동의나 수권을 받지 않는 이상, 회사와 사이에 그 조합원들의 고용승계에 대한 포괄적인 동의를 할 수는 없다)」라고 판단하였으며, 대법원(2006다66968)이 2007. 1. 25. 심리불속행 기각판결을 선고함에 따라 위 판결이 그대로 확정되었다. ㉢ 그런데 이 사건 분할 당시 인천공장의 화학제품제조 사업부문의 직원들이 분할후 회사에 승계되는 것을 반대하였던 것으로 보이는바, 위와 같은 일련의 판결에 따라 직원들에게 분할후 회사로의 승계를 강제할 수 없었던 원고로서는(특히 위 대법원 2006다66968 사건은 발전 부문을 분할하여 자회사를 설립한 사안으로 이 사건과 유사할 뿐만 아니라 이 사건 분할일로부터 불과 1년 3 ~ 4개월 전에 확정되었다) 전적동의서를 제출한 핵심인력 8명 이외의 다른 직원들까지 분할후 회사에 승계시킬 수는 없었을 것으로 보인다. 
 (4) ‘합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 승계한 당해 사업에 직접 사용한 경우’에 해당하는지 여부
 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 분할후 회사는 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일인 2008. 12. 31. 이전에 원고로부터 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 승계한 사업인 인천공장의 화학제품제조 사업부문, 도시개발 사업부문에 직접 사용하였다고 봄이 상당하다.
 ① 분할후 회사는 원고로부터 인천공장의 화학제품제조 사업부문을 분할받은 후 자신의 비용으로 원재료를 구입하여 자신의 사업장에서 설비를 갖추고 자신의 명의로 화학제품을 제조하였으며, 다만 원고와 용역위탁계약을 체결하여 그 인력을 사용하고 원고로부터 원재료를 구입하였으며 생산된 화학제품의 상당 부분을 원고에게 판매하였을 뿐이다(제조업의 경우 자신의 생산설비를 이용하여 제품을 생산하면서도 하도급업체에 생산업무를 위탁하는 사내도급이 많이 이용되고 있고, 앞서 본 바와 같이 적격분할로 인정받기 위해 고용관계의 승계가 요구되지 않는다). 
 ② 도시개발사업은 도시개발구역에서 주거, 상업, 산업, 유통, 정보통신, 생태, 문화, 보건 및 복지 등의 기능이 있는 단지 또는 시가지를 조성하기 위하여 시행하는 사업을 말하는 것으로, 도시개발사업계획 수립, 도시개발구역의 지정 제안 및 지정, 도시개발사업의 시행자 지정, 도시개발사업에 관한 실시계획 작성, 인가 및 고시, 도시개발사업의 시행 및 준공 등의 순서로 진행되는 만큼 오랜 시간이 소요된다. 또한, 이 사건에서의 도시개발사업은 토지소유자를 시행자로 하는 것인데, 분할후 회사는 원고로부터 그 대상 토지인 인천공장 부지의 소유권을 이전받았다. 
 ③ 원고는 2007. 4. 16. 인천광역시 남구청장에게 도시개발구역의 지정을 제안한 후 2007. 5. 29. 인천지역환경기술개발센터와 도시개발구역 지정을 위한 사전환경성검토 학술연구용역을 체결하였는데, 분할후 회사는 이 사건 분할 직후 위 업체와 계약변경합의서를 작성하였다. 또한, 원고는 ‘도시개발사업 용역비 세부 집행 실적’(갑 제46호증)을 제출하였는바, 이에 의하면 분할후 회사는 여러 용역회사들을 통해 도시개발사업을 추진하였던 것으로 보인다. 그 결과 인천광역시장은 이 사건 분할 이후인 2009. 6. 13. 인천 남구 용현동, 학익동 일원을 도시개발구역으로 지정하는 한편 2009. 12. 7. 분할후 회사를 시행자로 지정하였다. 
 ④ 원고가 2008. 1.경 제출한 ‘도시개발사업 사전환경검토서(초안)’에 의하면 도시개발사업의 진행을 위해서 폐석회 처리가 필요한 것으로 보이므로 폐석회 처리는 이 사건 협약에 따른 의무임과 동시에 도시개발사업의 일부에도 해당한다고 할 것인바, 분할후 회사는 이 사건 분할 이후 소외 11 회사를 통해 폐석회 매립시설을 설치한 후 침전지에 적치되어 있던 폐석회를 위 매립시설에 매립하는 등 폐석회 처리 업무를 수행하였다. 
 ⑤ 분할후 회사가 2008. 3. 31. 원고와 도시개발사업과 관련하여 개발대행업무위탁계약을 체결하기는 하였으나, 그러한 사정만으로 도시개발사업의 주체가 분할후 회사에서 위탁받은 업무를 수행한 원고로 변경되는 것은 아니다. 또한, 피고들이 그 주장의 근거로 내세우고 있는 부산고등법원 2013누20325 판결은 폐기물최종처리사업부문 등이 분할되고, 도시개발사업이 아닌 도시계획시설사업(폐기물처리시설)이 문제된 것으로 이 사건과는 사안이 달라 이를 그대로 받아들이기 어렵다. 
 (5) 결국 이 사건 분할은 적격분할에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 이 사건 분할에 관한 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 
 나) 폐석회 처리비용이 자본적 지출에 해당하지 않는다는 주장에 대하여
 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 토지에 대한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말하는 점(대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결, 대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두5502 판결 참조), ② 원고는 이 사건 협약에서 침전지 위에 적치되어 있던 상부폐석회를 해수저수지인 이 사건 유수지에 매립하고, 이와 같이 매립된 부지 위에 녹지 및 유원지 시설을 조성하여 영구적으로 개방하기로 약정하였는바, 이 사건 협약에 따라 녹지 및 유원지 시설을 조성하기 위해서는 부지조성을 위한 폐석회 수거, 운반 및 매립이 반드시 선행되어야 하는 점, ③ 폐석회 수거, 운반 및 매립 과정을 통해 이 사건 유수지가 해수저수지에서 유원지를 조성할 수 있는 상태로 바뀌었고, 그 결과 가치가 대폭 상승한 것으로 보이는 점, ④ 이 사건 침전지 중 722,716㎡가 도시개발구역에 편입되었는데, 도시개발사업을 위해서는 폐석회 처리가 필수적인 선행요건이었던 점, ④ 폐석회 수거로 인하여 이 사건 침전지는 도시개발사업이 가능한 상태가 되었고, 그 가치가 대폭 상승한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 폐석회 처리비용은 택지 조성 등 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 것으로서 인천공장 부지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 2) 이 사건 부가가치세 부과처분 관련 주장에 대하여
 가) 이 사건 분할이 사업의 양도에 해당한다는 주장에 대하여
 살피건대, 부가가치세법 제6조 제6항 제2호, 부가가치세법 시행령 제17조 제2항은 사업을 양도하는 것으로서 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정하면서 법인세법 제46조 제1항 제1호의 요건을 갖춘 분할, 즉 적격분할도 이에 포함하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 이 사건 분할은 적격분할에 해당하므로 이 사건 분할은 재화의 공급에 해당하지 않는 사업의 양도라고 할 것이다. 따라서 이 사건 2008년 1기분 부가가치세 부과처분 중 이 사건 분할에 관한 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 
 나) 폐석회 처리비용, 인천대공원 호수재정비공사비 관련 매입세액이 공제되어야 한다는 주장에 대하여 
 (1) 살피건대, 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제6호, 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제4호, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 등의 경우 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있다. 
 (2) 그런데 폐석회 처리비용이 택지 조성 등 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 것으로서 인천공장 부지에 대한 자본적 지출에 해당함은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 (3) 그러나 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’은 토지소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미하는데(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두20744 판결 참조), 원고는 인천대공원의 소유자가 아닌 점, ② 인천대공원은 인천공장 부지와 멀리 떨어져 있으므로 인천대공원 호수재정비공사가 인천공장 부지의 가치를 증가시켰다고 보기 어려운 점, ③ 인천대공원 호수재정비공사는 원고의 폐석회 적치로 피해를 입었다고 주장하는 인천시민들을 위해 이 사건 협약 및 변경협약에 따라 공익적인 차원에서 이루어진 것에 불과한 점 등에 비추어 보면, 인천대공원 호수재정비공사비는 인천공장 부지에 대한 자본적 지출에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다. 따라서 인천대공원 호수재정비공사비 관련 매입세액은 공제되어야 할 것이므로, 이 사건 2009년 2기분 및 2010년 1기분 부가가치세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다. 
 3) 가산세 부과처분 관련 주장에 대하여
 가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하며, 또한 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당화할 수 있는 사정이 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없는 것이지만, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 등 참조).
 나) 살피건대, 폐석회 처리비용이 인천공장 부지에 대한 자본적 지출에 해당하는 것은 앞서 본 바와 같은바, 원고가 이와 다르게 판단한 것은 법령의 부지 또는 오인에 불과하므로, 원고가 폐석회 처리비용이 자본적 지출에 해당하지 않고 비용에 해당한다고 보아 2008 사업연도 법인세를 신고·납부하면서 이를 손금산입하고, 2008년 1기분 부가가치세를 신고·납부하면서 이와 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제한 것에 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 4) 취소의 범위 
 가) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론 종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니어서 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조). 그런데 이 사건 분할의 경우 적격분할에 해당하나 폐석회 처리비용이 자본적 지출에 해당하지 않음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 이 사건 분할에 관한 부분만이 위법하여 취소되어야 할 것인바, 이 사건 변론에 나타난 자료만으로는 폐석회 처리비용에 관한 2008 사업연도 법인세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 법인세 부과처분 전부를 취소할 수밖에 없다. 
 나) 한편, 이 사건 분할이 적격분할이어서 재화의 공급에 해당하지 않는 사업의 양도일 경우 2008년 1기분 부가가치세는 아래 〈표〉 기재와 같이 1,368,017,028원[= {7,501,638,110원(= 경정·고지된 본세 4,155,604,066원 + 경정·고지된 가산세 3,346,034,044원) - 6,133,621,082원}. 가산세 544,816,028원 포함]이 되므로, 피고 인천세무서장이 2013. 7. 5. 원고에 대하여 한 2008년 1기분 부가가치세 본세 4,155,604,066원 중 823,201,000원(= 1,368,017,028원 - 544,816,028원)을 초과하는 부분 및 가산세 3,346,034,044원 중 544,816,028원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 또한, 피고 인천세무서장이 2013. 8. 19. 원고에 대하여 한 2009년 2기분 부가가치세 본세 75,000,000원 및 가산세 36,457,500원의 부과처분, 2010년 1기분 부가가치세 본세 675,000,000원 및 가산세 292,868,390원의 부과처분은 위법하므로 모두 취소되어야 한다. 
 〈표〉 (단위 : 원) 구분경정정당한 세액증감액 과세표준51,718,059,37918,394,028,716-33,324,030,663 납부(환급)세액매출세액 계5,096,562,4371,764,159,371-3,332,403,066 매입세액 계3,636,668,0253,636,668,025? 차가감계1,459,894,412-1,872,508,654-3,332,403,066 경감·공제세액 계10,00010,000? 기납부세액 계4,805,918,4564,805,918,456? 가산세액 계3,346,034,044544,816,028-2,801,218,016 차감고지(환급)세액?-6,133,621,082-6,133,621,082 
 3. 결론 
 그렇다면, 원고의 피고 남대문세무서장에 대한 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 피고 인천세무서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하며 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 소송비용은 이 사건 법인세 부과처분 전부를 취소하는 경위 등을 참작하여 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제98조, 제101조, 제102조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 함상훈(재판장) 강희경 주대성