양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2016.08.19 / 시행일:

【원 고】 원고
【피 고】 동작세무서장
【변론종결】2016. 6. 8.
【주 문】
 1. 피고가 2013. 4. 11. 원고에게 한 2002년도 귀속 양도소득세 132,091,200원의 부과처분 중 112,293,883원을 초과하는 부분을 취소한다. 
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 부담한다. 

【청구취지】 피고가 2013. 4. 11.(소장 청구취지 기재 ‘2013. 4. 15.’은 오기로 보인다) 원고에게 한 2002년도 귀속 양도소득세 132,091,200원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 2002. 12. 24. △△세무서장에게 2002. 4. 10. 부산 □□□구(주소 1 생략) 토지와 지상 건물(이하 토지를 ‘이 사건 제1토지’, 건물을 ‘이 사건 제1건물’이라하고, 합쳐서 ‘이 사건 제1부동산’이라 한다)을, 2002. 4. 16. 부산 □□□구(주소 2 생략) 토지(이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다)를 취득하였다가 2002. 10. 10. 소외 1에게 양도하였다며 양도가액을 실지거래가액 336,600,000원, 취득가액을 실지거래가액 319,450,000원, 필요경비 15,957,350원으로 산정하여 양도소득세 예정신고를 하였다. 
 나. 피고는 2013. 4. 11. 원고에게 이 사건 제1부동산 및 이 사건 제2토지의 양도가액이 336,600,000원이 아닌 580,000,000원임을 전제로 취득가액 319,450,000원, 필요경비 15,957,350원으로 산정하여 2002년도 귀속 양도소득세 252,745,800원(신고불성실가산세 8,672,838원, 납부불성실가산세 156,919,613원 포함)을 추가 납부하도록 경정·고지하였다.
 다. 원고는 이 사건 제1부동산 및 이 사건 제2토지의 취득가액은 319,450,000원이 아니라 435,000,000원(=이 사건 제1부동산 168,000,000원+이 사건 제2토지 267,000,000원)이고 필요경비는 15,957,350원이 아니라 35,026,910원이라고 주장하며 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 제기하였고 조세심판원은 ‘이 사건 제1부동산의 취득가액은 168,000,000원으로 하고 이 사건 제2토지의 취득가액은 금융거래내역 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하며, 나머지 심판청구는 기각한다’는 취지로 결정하였다.
 라. 피고는 조세심판원의 결정에 따라 이 사건 제2토지의 취득가액 확인을 위한 재조사를 실시하여 2015. 5. 1. 원고에게 이 사건 제1부동산 및 이 사건 제2토지의 취득가액을 435,000,000원(=이 사건 제1부동산 168,000,000원+이 사건 제2토지 267,000,000원), 양도가액 580,000,000원, 필요경비 15,957,350원으로 산정하여 2002년 귀속 양도소득세 120,654,600원을 감액하는 내용의 경정결정을 하였다[이하 감액되고 남은 양도소득세 132,091,200원(신고불성실가산세 4,513,431원, 납부불성실가산세 82,022,414원 포함)의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다].
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증, 을 1 내지 3호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호 단서조항에서 예정신고기한을 과세표준신고기한에서 제외한 것은 양도소득세 결정방식이 신고납세제도로 변화된 것을 반영하지 못하고 예정신고의 확정력을 부인하는 것으로 위헌이다. 국세의 부과제척기간의 기산점을 정함에 있어 세목별 특성을 감안하지 않고 확정신고 다음날로 정한 것은 법률에서 정한 국세부과기간이 과도하게 연장되고 그로 인하여 조세법률관계의 조속한 안정을 저해하는 것으로 헌법 제11조의 평등권, 헌법 제23조의 재산권 부당침해금지, 헌법 제37조의 과잉금지원칙에 위배되는 위헌적 규정이고 양도소득세부과 제척기간은 확정신고 이후부터 진행되고 징수권의 소멸시효는 예정신고 이후부터 진행되어 논리적으로 모순된다. 예정신고 후 확정신고를 하지 아니하는 양도소득세신고건의 경우에는 신고내용이 확정신고와 동일하며 이미 과세관청에서 과세를 할 수 있는 상태이므로 예정신고기한 이후부터 제척기간이 기산되어야 한다. 따라서 이 사건 처분은 예정신고기한을 기준으로 10년이 지났으므로 제척기간을 도과하여 위법하다. 
 (2) 이 사건 처분 당시 필요경비로 인정된 것 외에 원고는 중개수수료로 400만 원(=이 사건 제1부동산 취득시 100만 원+이 사건 제2토지 취득시 100만 원+이 사건 제1부동산 및 이 사건 제2토지 양도시 200만 원), 건축수선비로 500만 원, 건축설계비로 1,000만 원, 법무사비용 등으로 69,560원을 지출하였으므로 19,069,560원이 추가로 필요경비로 인정되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제의 이 사건 처분은 위법하다. 
 (3) 세액에 일률적으로 부과하던 가산세를 납부지연일수에 가산세율을 곱하는 방식으로 개정한 것은 확정된 세액 미납부에 대해 금융기관 연체금 정도의 가산세를 부담하게 하는 것을 적정 규모의 제재로 규정하고 그 의무위반의 정도와 제재 사이에 적정한 비례관계가 유지되게 하기 위한 것으로 납부불성실가산세는 소득세법에서 시중 연체금리를 참작하여 시행령에서 그 세율을 정하도록 하였으며 2002. 12. 30. 소득세법 시행령이 개정되면서 납부불성실가산세율이 1만분의 5에서 1만분의 3으로 인하되었는데, 그 입법취지 등을 고려할 때 시행령 개정시점을 기준으로 이전 기간은 변동 전 세율로, 이후 기간은 변동 후 세율로 산정하여야 한다. 그런데 부칙 제13조에서 종합소득세의 가산세는 공포일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용하도록 하는 반면, 부칙 제4조에서 양도소득세의 가산세는 시행령 시행 후 최초 양도분부터 적용하게 하여 양도소득세의 경우 개정된 시행령의 가산세율 적용기준시점을 개정시기가 아닌 2004. 6. 1.부터 적용되도록 하였다. 부칙 제4조는 법률의 입법취지와 그 위임범위를 일탈하고 헌법 제11조의 평등권과 헌법 제23조의 재산권의 부당침해 금지에 위배된다. 따라서 이 사건 처분 중 납부불성실가산세 부분은 그 세율이 1만 분의 3으로 적용되어야 할 것이니 이와 다른 전제의 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 국세부과제척기간이 도과되었다는 주장에 대한 판단
 원고가 이 사건 제1부동산 및 이 사건 제2토지에 대한 양도소득세 예정신고 당시 실제 거래가액이 580,000,000원임에도 336,600,000원으로 기재된 허위의 매매계약서를 작성하여 과소신고한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 이는 사기 기타의 부정한 행위에 해당하여 10년의 제척기간이 적용되는 것은 인정된다. 
 다만 그 기산점에 관하여 보건대, 소득세법 제110조 제4항에 의해 양도소득세 확정신고 의무의 부담을 없앤 것은 예정신고 이후 변동이 없는 납세의무자에게 가중되는 신고부담을 줄이기 위한 예외적인 것으로 국세부과제척기간의 기산일 산정에까지 영향을 미친다고 볼 근거가 없는 점, 양도소득세 예정신고를 한 다음 같은 내용으로 다시 확정신고를 한 경우 예정신고에 의한 납세의무 확정의 효력은 그대로 유지되나(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두22850 판결 참조) 예정신고를 한 다음 다른 내용으로 확정신고를 한 경우 예정신고에 의한 납세의무 확정의 효력은 확정신고에 의한 납세의무 확정의 효력에 흡수되어 소멸하는 점(대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두1609 판결 참조),양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정되는 점, 예정신고를 이행한 경우에도 소득세법 제110조 제4항 단서, 소득세법 시행령 제173조 제4항 제1호 내지 제3호에 해당하는 때에는 반드시 확정신고를 하여야 하는 점 등을 고려하면 국세부과 제척기간의 기산일에서 예정신고를 제외한 것이 헌법 제11조의 평등권, 헌법 제23조의 재산권의 부당침해금지, 헌법 제37조의 과잉금지원칙에 위배된다고 볼 수 없다. 
 따라서 자산의 양도에 따른 양도소득세 부과의 제척기간은 그 과세표준 확정신고기한이 종료하는 시점의 익일인 당해 자산의 양도시기 다음연도 6. 1.부터 진행되고 원고가 이 사건 제1부동산 및 이 사건 제2토지를 2002. 10. 10. 양도한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 이 사건 제1부동산 및 이 사건 제2토지의 양도로 인한 양도소득세의 부과 제척기간은 2002년 귀속 양도소득세의 과세표준 확정신고기한이 종료하는 시점인 2003. 5. 31.의 다음날인 2003. 6. 1.부터 10년이 지난 2013. 5. 31. 만료되고, 2013. 5. 31. 이전인 2013. 4. 11. 행해진 이 사건 처분은 적법하다. 
 그렇다면 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 라. 필요경비 주장에 대한 판단
 (1) 인정사실
 (가) 원고는 2002. 4. 10. 이 사건 제1부동산을 취득하였고, 2002. 4. 16. 이 사건 제2토지를 취득하였는데, 이 사건 제2토지 취득 당시 이 사건 제2토지 지상에는 단층주택(이하 ‘이 사건 제2건물’이라 한다)이 있었고 원고는 이 사건 제2건물을 포함하여 양수하였다. 
 (나) 원고는 2002. 4. 16. □□□구청장에게 이 사건 제1토지와 이 사건 제2토지 지상에 숙박시설을 신축하겠다며 건축·대수선·용도변경신청서를 제출하여 2002. 5. 10. □□□구청장으로부터 허가를 받았다. 
 (다) 원고는 2002. 10. 10. 숙박시설을 신축할 토지를 물색하고 있던 소외 1에게 이 사건 제1부동산과 이 사건 제2토지 및 이 사건 제2건물(이하 이 사건 제2토지 및 이 사건 제2건물을 합쳐서 ‘이 사건 제2부동산’이라 한다)을 모두 양도하였고, 다만 양도소득세 예정신고를 하면서 양도자산 중 이 사건 제2건물을 누락하였다. 
 (라) 소외 1은 2002. 10. 15. □□□구청장에게 건축관계자 변경신고를 한 후 이 사건 제1건물과 이 사건 제2건물을 모두 철거하고 이 사건 제1, 2토지 지상에 모텔을 신축하였다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 8, 14, 17호증, 을 1, 7호증의 각 기재, 증인 소외 1의 증언, 변론 전체의 취지 
 (2) 중개수수료에 대한 주장에 관한 판단
 살피건대, 갑 6, 17호증의 각 기재, 증인 ○○○의 증언에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 부동산에 관하여 매매계약을 체결하는 과정에서 중개인이 없는 것은 이례적인데 원고와 매도인, 매수인의 관계를 고려할 때 중개인이 있었던 것으로 보이는 점, 부동산을 양도할 때 중개인이 있는 경우 중개인에게 중개수수료를 지급하는 것이 일반적이므로 중개수수료가 0원이라는 것은 쉽게 납득하기 어려운 점, 원고가 이 사건 제2부동산을 양수할 때 관여한 중개인 소외 2는 자신은 이 사건 제1, 2부동산의 양수와 양도 당시 관여하였으며 중개수수료로 총 400만 원을 받았다는 취지의 진술서를 제출한 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 제1, 2부동산의 양도, 양수시 중개수수료로 400만 원을 지급한 사실이 인정된다.
 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 
 (3) 수선비에 대한 주장에 관한 판단
 살피건대, 갑 7호증의 기재에 의하면, 원고는 2002. 5.경 ◇◇◇◇◇ 공업사의 대표인 소외 3에게 이 사건 제1, 2건물에 대한 건물수리공사를 도급주고 500만 원을 지급한 사실이 인정되는바, 위 비용은 양도 자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용이라 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 
 (4) 건축설계비에 대한 주장에 관한 판단
 살피건대, 갑 8호증의 기재와 증인 소외 1의 증언에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 □□□구청장으로부터 이 사건 제1, 2토지 지상에 숙박시설을 신축하는 것에 대해 허가를 받은 점, 원고는 건축허가를 받기 위해 건축설계비용으로 1,000만 원을 지출한 점, 소외 1은 이 사건 제1, 2부동산에 대해 숙박시설 신축에 대한 건축허가가 있어 이 사건 제1, 2부동산을 구입한 것으로 보이는 점, 실제로 소외 1은 2002. 10. 15. 건축관계자 변경신고 후 이 사건 제1, 2토지 지상에 모텔을 완공한 점 등을 종합하면, 원고가 지출한 1,000만 원은 양도 자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용이라 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
 (5) 법무사비용에 대한 주장에 관한 판단
 원고는 양도소득세 예정신고시 필요경비에서 누락된 법무사 등기수수료 69,560원을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 원고가 제출한 갑 5호증의 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 (6) 소결론
 따라서 중개수수료 400만 원, 수선비 500만 원, 건축설계비 1,000만 원은 필요경비에 해당한다고 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 1,900만 원의 범위 내에서 이유 있고, 1,900만 원은 양도가액에서 공제되어야 할 것이다. 
 마. 납부불성실가산세율이 1만 분의 3으로 적용되어야 한다는 주장에 대한 판단
구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제115조 제2항에서 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액을 산출세액에 가산하도록 규정하였고, 2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 구 소득세법 시행령이 개정되면서 제146조의2에 규정되어 있는 종합소득세에 관한 납부불성실가산세율과 제178조 제3항에 규정되어 있는 양도소득세에 관한 납부불성실가산세율 모두 1일 1만분의 5의 비율에서 1만분의 3의 비율로 낮추어졌는데 그 부칙에서 위 개정 시행령은 2003. 1. 1.부터 시행하고(제1조), 양도소득세에 관한 위 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용하며(제4조) 종합소득세에 관한 위 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다(제13조)고 규정하였다.
 구 소득세법이 가산세율을 대통령령에 위임한 것은 시간과 거래 사정에 따라 변화하는 금융기관의 대출연체이율을 적절히 참작하여 가산세율을 정하기 위해서이고 개정 시행령이 부칙에서 그 적용의 시기를 별도로 정한 것은 과세관청이 언제 부과처분을 하느냐에 따라 가산세율이 달라지는 불합리함을 막고 조세부과의 명확성을 보장하기 위한 것으로 부칙 제4조가 구 소득세법의 입법취지에 반한다거나 재산권을 부당하게 침해한다고 할 수 없다. 또한 종합소득세와 양도소득세에 관하여 달리 규정한 것은 종합소득세와 양도소득세가 과세단위를 달리하고 있는데다가 장기간 미실현된 소득이 일시에 실현된다는 양도소득의 특성 때문에 종합과세방법의 예외로서 별도의 계산 구조하에서 개별적으로 과세하도록 분류과세되도록 규정한 취지에 비추어 보면, 양도소득세에 관한 납부불성실가산세율을 종합소득세에 관한 납부불성실가산세율과는 달리 적용하도록 한 부칙 제4조가 합리적인 이유 없이 차별을 둔 규정이라고도 볼 수 없다. 
 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 바. 정당한 양도소득세의 계산
 위 인정사실을 기초로 하여 원고가 납부해야 할 양도소득세를 계산하면, 별지 양도소득세액 계산 기재와 같으므로, 결국 이 사건 처분 중 112,293,883원을 초과하는 부분은 위법하다. 
3. 결론
 그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각한다. 
[별지 생략]

판사 이승윤