양도 소득세 과세 표준 과세액의 경정 (세무, 대법원)
공포일: 2011.05.26 / 시행일:

【원고, 피상고인】 
【피고, 상고인】 마포세무서장
【원심판결】 서울고법 2009. 7. 21. 선고 2009누2056 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 

【이 유】구「조세특례제한법」(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조 제5호,구「조세특례제한법 시행령」(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제79조의2 제1항은, 거주자가구「소득세법」(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을구「도시 및 주거환경정비법」(2007. 12. 21. 법률 제8785호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘도시정비법’이라 한다) 제4조의 규정에 의하여 정비구역을 지정한 날 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 도시정비법에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우에는 양도소득세 과세표준을 산정함에 있어 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 과세특례규정’이라 한다).
 한편도시정비법 제8조 제3항,제4항은 도시환경정비사업은 토지등소유자로 구성된 조합 또는 토지등소유자가 시행할 수 있으며 시장·군수는 일정한 사유가 있는 경우 토지등소유자를 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행하게 할 수 있다고 규정하고,제28조 제1항은 사업시행자가 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 사업시행계획서 등을 시장·군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다고 규정하면서,제38조는 사업시행자는 정비사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 토지·물건 또는 그 밖의 권리를 수용 또는 사용할 수 있다고 각 규정하고 있다. 그리고도시정비법 제85조 제7호는 사업시행인가를 받지 아니하고 정비사업을 시행한 자는 2년 이하의 징역 또는 2천만 원 이하의 벌금에 처한다고 규정하고 있다.
 위 각 규정의 문언 내용과 입법 취지, 특히 도시정비법상 사업시행자에게는 부동산에 대한 수용 권한 등을 인정하고 있어 양도인이 부동산을 사업시행자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권한이 제한될 수밖에 없으므로 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 양도소득세 부담을 완화함과 동시에 정비사업의 원활한 시행을 도모하는 데 이 사건 과세특례규정의 입법 취지가 있는 점,도시정비법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가를 받지 아니하고는 정비사업을 시행할 수 없는 것이 원칙인 점, 토지등소유자가 사업시행자가 되고자 하는 경우도시정비법 제8조 제4항에 의하여 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 사업시행자를 토지등소유자로 하는 사업시행인가를 받은 때에 비로소 구체적으로 사업시행자로 확정되는 것이므로 사업시행인가 전까지는 사업시행자를 특정하기 어려울 뿐만 아니라 사업시행인가가 예정되어 있다고 할 수도 없고 사업시행자에게 부여되는 수용 권한 등이 인정된다고 보기도 어려운 점, 사업시행인가를 받기 전의 토지등소유자에게 부동산을 양도한 경우에도 이 사건 과세특례규정을 적용하게 되면 그 기준시점이 불분명하여 이 사건 과세특례규정의 감면요건 자체가 불명확해질 수 있는 점, 도시정비법상 조합이 설립인가를 받아 사업시행자가 되거나 시장·군수의 지정을 받은 사업시행자 등이 있을 수 있고, 사업시행을 계속 하려면 사업시행인가를 받도록 규정하려는 데 그 입법 목적이 있다는 점을 염두에 둔다면,도시정비법 제28조는 그 전후 문맥상 위와 같은 경우 등을 포함하여 일반적으로 사업시행인가를 신청하는 절차를 규정하고 있는 것으로 해석될 뿐이고, 토지등소유자가 사업시행을 하는 경우에까지도 반드시 사업시행인가를 받기 전의 사업시행의 개념을 인정하고 있는 것으로 단정하기는 어려운 점 등을 고려하면,토지등소유자가 시행하는 도시환경정비사업에 있어서는 사전에 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 사업시행인가를 받은 토지등소유자에게 부동산을 양도한 경우에만 이 사건 과세특례규정이 적용될 수 있고, 그 양도 당시 토지등소유자가 사업시행인가를 받지 아니한 경우라면 사후에 사업시행인가를 받았다고 하더라도 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 될 수 없다고 해석함이 상당하다.
 원심판결 이유에 의하면, 원고가 1985. 11. 9.경과 1988. 3. 19.경 서울 마포구 서교동 소재 이 사건 각 토지를 취득하였다가 2005. 6. 20.경 소외 주식회사 메이저디벨로프먼트(이하 ‘소외 회사’라 한다)에 이를 매도하기로 하고 2006. 12. 7. 그 잔대금을 지급받음으로써 이 사건 각 토지를 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)한 사실, 서울 마포구가 2005. 6. 30.자로구「소득세법」제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역으로 지정된 후, 이 사건 각 토지가 속한 마포구 합정1구역이 2006. 3. 13. 도시정비법상 도시환경정비구역으로 지정·고시된 사실, 소외 회사는 2006. 12. 22. 마포구청장에게 합정1구역 도시환경정비사업 시행인가신청을 하였고 마포구청장은 2007. 5. 25. 소외 회사를 사업시행자로 하는 도시환경정비구역 사업시행인가를 한 사실, 이 사건 양도에 관하여 원고는 실지거래가액에 의한 양도소득세를 신고·납부하였다가 이 사건 과세특례규정의 적용대상이라는 이유로 기준시가에 의한 양도소득세와 당초 납부한 세액과의 차액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나 피고는 이 사건 양도 당시까지 소외 회사가 도시환경정비사업의 사업시행자로 지정되지 아니하여 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 알 수 있다.
 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 양도 당시에는 소외 회사가 토지등소유자로서 도시환경정비사업을 준비하고 있었지만 그 사업시행인가를 받기 전이었으므로 이 사건 양도가 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라고 할 것임에도, 원심은도시정비법 제28조가 사업시행인가를 받기 전에도 사업시행자로 인정될 수 있음을 전제로 한 규정으로 보이고, 소외 회사가 사업시행인가를 받기 이전에 사업시행인가를 위하여 토지소유권의 취득 등이 요구될 뿐만 아니라 사후에 실제로 사업시행인가를 받았다는 등의 이유로 이 사건 양도가 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 된다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분이 부적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 이 사건 과세특례규정에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.
 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 양창수(재판장) 김지형(주심) 전수안 이상훈

[1] 구 도시 및 주거환경정비법상 사업시행인가를 받은 토지등소유자에게 부동산을 양도한 경우만구 조세특례제한법 제85조 제5호가 적용되는지 여부(원칙적 적극) 및 부동산 양도 당시 토지 등 소유자가 사업시행인가를 받지 않고 사후에 사업시행인가를 받은 경우구 조세특례제한법 제85조 제5호가 적용되는지 여부(소극)
[2] 서울 마포구 합정1구역이 구 도시 및 주거환경정비법상 도시환경정비구역으로 지정·고시되어 甲 주식회사가 2006. 12. 22. 마포구청장에게 합정1구역 도시환경정비사업 시행인가신청을 하여 2007. 5. 25. 사업시행인가를 받았는데, 합정1구역에 토지를 소유하고 있던 乙이 2006. 12. 7. 잔대금을 받고 위 토지를 甲 회사에 양도한 후 실지거래가액에 의한 양도소득세를 신고·납부하였다가 위 토지의 양도가구 조세특례제한법 제85조 제5호의 적용대상이라는 이유로 기준시가에 의한 양도소득세와 당초 납부한 세액과의 차액을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나 과세관청이 이를 거부하는 처분을 한 사안에서, 토지 양도 당시 甲 회사가 사업시행인가를 받기 전이었으므로구 조세특례제한법 제85조 제5호의 적용대상이 아닌데도, 甲 회사의 경정청구를 거부한 처분이 부적법하다고 본 원심판결에 법리오해의 위법이 있다고 한 사례