법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2023.03.30 / 시행일:

【원고, 상고인】 이천낙농영농조합법인 (소송대리인 법무법인 송담 담당변호사 이덕형)
【피고, 피상고인】 이천세무서장
【원심판결】 수원고법 2019. 10. 2. 선고 2019누11565 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 수원고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 가. 원고는 구 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」(2020. 2. 11. 법률 제16965호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 농어업경영체법’이라 한다) 제16조에 따라 설립된 영농조합법인으로, 2015, 2016 사업연도 각 법인세를 신고하면서 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제66조 소정의 식량작물재배업소득 등에 대한 법인세의 면제를 신청하였다.
 나. 피고는 원고가 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)에서 정한 ‘농업경영체 등록확인서’를 제출하지 않았다는 이유로 해당 법인세를 면제하지 않고, 2018. 3. 20. 원고에게 2015, 2016 사업연도 각 법인세를 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
 2. 관련 규정 
 가. 구 조특법 제66조는 제1항에서 ‘농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 ‘농어업경영체법’이라 한다)에 따른 영농조합법인에 대해서는 2018. 12. 31. 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.’고 정하는 한편, 제8항에서 ‘제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.’고 정하고 있다. 그 위임에 따른 이 사건 규정은 ‘법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체법 제4조에 따른 농업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.’고 규정하고 있다(조세특례제한법 시행령이 2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되면서 이 사건 규정에 법인세를 면제받으려는 영농조합법인이 제출하여야 할 서류로 ‘농어업경영체법 제4조에 따른 농업경영체 등록확인서’가 추가되었다). 
 나. 구 농어업경영체법은 제16조 제3항에서 ‘영농조합법인은 법인으로서 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.’고 정하고 있다. 그리고 구 농어업경영체법 제16조에 따라 설립된 영농조합법인은 농어업경영체 중 하나에 해당하는데(제2조 제2호, 제3호, 제7호), 구 농어업경영체법은 제4조 제1항에서 ‘농어업·농어촌에 관련된 융자·보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 농어업경영정보를 등록하여야 한다.’고 정하고 있다. 
 3. 제1 상고이유에 관하여 
 가. 앞서 본 관련 규정의 내용, 체계, 취지 및 개정 경과 등을 고려하면, 구 농어업경영체법에 따른 영농조합법인의 식량작물재배업소득 등에 대해서는 법인세 면제에 관한 구 조특법 제66조 제1항이 적용되고, 면제 신청 절차에 관한 규정인 구 조특법 제66조 제8항 및 이 사건 규정은 납세의무자로 하여금 면제 신청에 필요한 서류를 관할 세무서장에게 제출하도록 협력의무를 부과한 것이므로, 영농조합법인이 법인세 면제 신청을 하면서 이 사건 규정이 정한 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 과세 관청이 해당 법인세 면제를 거부할 수는 없다.
 1) 구 조특법 제66조 제1항은 법인세 면제 대상을 ‘농어업경영체법에 따른 영농조합법인’으로 규정할 뿐이고, 영농조합법인이 구 농어업경영체법 제4조에 따라 농업경영정보를 등록할 것을 법인세 면제 요건으로 규정하지 않았다.
 2) 원고는 농어업경영체법에 따른 영농조합법인으로, 이 사건 규정이 개정되기 전까지 구 조특법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받아 왔다.
 3) 이 사건 규정이 영농조합법인에게 법인세 면제 신청 시 농어업경영체법에 따른 농업경영체 등록확인서를 추가로 제출하도록 정한 취지는 제출된 농업경영체 등록확인서를 통해 해당 법인이 농어업경영체법에서 정한 영농조합법인의 요건을 갖추었는지를 확인하려는 데에 있는 것으로 보인다. 이와 달리 그 취지가 구 조특법 제66조 제1항이 정한 법인세 면제 대상을 ‘농어업경영체법 제4조에 따라 농업경영정보를 등록한 영농조합법인’으로 제한하려는 데에 있는 것으로 보이지 않는다.
 4) 이 사건 규정이 농업경영체 등록확인서의 제출을 해당 법인세의 면제 요건으로 정한 것이라고 본다면, 법인세 면제 신청의 절차만을 위임한 모법의 위임범위를 벗어나게 된다.
 나. 그런데도 원심은 농어업경영체법에 따른 영농조합법인이 식량작물재배업소득 등에 대하여 법인세를 면제받기 위해서는 농업경영체 등록확인서를 반드시 제출하여야 한다는 잘못된 전제에서 이 사건 각 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 조특법 제66조 제1항이 정한 법인세 면제 대상 영농조합법인의 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 4. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 천대엽(재판장) 조재연 민유숙(주심) 이동원

구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제66조 제1항, 제8항, 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항, 구 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2020. 2. 11. 법률 제16965호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 농어업경영체법’이라 한다) 제16조 제3항, 제4조 제1항의 내용, 체계, 취지 및 개정 경과 등을 고려하면, 구 농어업경영체법에 따른 영농조합법인의 식량작물재배업소득 등에 대해서는 법인세 면제에 관한 구 조특법 제66조 제1항이 적용되고, 면제 신청 절차에 관한 규정인 구 조특법 제66조 제8항 및 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항은 납세의무자로 하여금 면제 신청에 필요한 서류를 관할 세무서장에게 제출하도록 협력의무를 부과한 것이므로, 영농조합법인이 법인세 면제 신청을 하면서 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항이 정한 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 과세 관청이 해당 법인세 면제를 거부할 수는 없다.