법인세 부과 처분 취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2009.05.13 / 시행일:

【원 고】 유한회사 듀폰 (소송대리인 변호사 김수형 외 1인)
【피 고】 역삼세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김승아)
【변론종결】2009. 4. 8.
【주 문】
1. 피고가 2001. 3. 2. 원고에 대하여 한 1997년 사업연도 법인세 4,608,544,746원의 부과처분을 취소하고, 1998년 사업연도 법인세 7,717,812,081원의 부과처분 중 5,587,089,341원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2001. 3. 2. 원고에 대하여 한 1997년 사업연도 법인세 4,608,544,746원의 부과처분 및 1998년 사업연도 법인세 7,717,812,081원의 부과처분 중 5,507,287,675원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고는 건설 및 산업용 고품질 폴리머, 특수화합물, 불소화학물, 섬유 등의 제조업·도매업·일반무역업·일반무역대리업 등을 영위하는 것을 주업으로 하여 ‘듀폰폴리머 주식회사’라는 상호로 설립된 회사로서, 한국듀폰 주식회사(전자 커넥터 등 각종 전자제품의 제조, 판매 및 도매업, 부동산 임대업 등을 주업으로 하여 1985. 6. 26. 설립된 회사이다, 이하 ‘한국듀폰’이라고 한다)를 합병(이하 ‘이 사건 합병’이라고 한다)한 후, 1997. 3. 27. 합병등기(이하 ‘이 사건 합병등기’라고 한다)를 마치고 같은 날 그 상호를 ‘주식회사 듀폰’으로 변경등기(이하 ‘이 사건 변경등기’라고 한다)하였고 2000. 10. 5. 조직변경으로 유한회사 듀폰을 설립하고 해산하였다.
나. 이 사건 합병 당시, 미국듀폰사가 원고 회사와 한국듀폰에 대하여 총발행주식수의 100분의 30이상을 각 소유하고 있었고, 피합병법인인 한국듀폰의 이월결손금은 없었던 반면 원고의 이월결손금은 17,060,242,483원이었다.
다. 이 사건 합병에서의 존속법인인 원고는 1997년 및 1998년 사업연도 소득금액에서 위 이월결손금을 공제하여 위 각 해당 사업연도 법인세를 신고·납부하였으나, 피고는 이 사건 합병이구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 단서에 정한 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병으로서구 법인세법 시행령 (1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조의3 제1항에 정한 요건에 해당하여 이월결손금을 공제할 수 없음에도 불구하고 원고가 위 각 해당 사업연도 법인세의 과세표준을 계산함에 있어서 그 이월결손금을 공제하였다는 이유로, 원고의 위 각 해당 사업연도 법인세의 과세표준 계산에 있어 이월결손금 공제를 부인하여 2000. 11. 1. 원고에게 1997년 사업연도 법인세 5,038,378,220원, 1998년 사업연도 법인세 3,954,086,430원, 2001. 3. 2. 1997년 사업연도 법인세 2,115,263,530원, 1998년 사업연도 법인세 11,434,159,620원을 각 증액 경정하여 고지[1997년 사업연도 법인세 합계 7,153,641,750(= 5,038,378,220원 + 2,115,263,530원), 1998년 사업연도 법인세 합계 15,388,246,050원(= 3,954,086,430원 + 11,434,159,620원)은 이후 당사자 사이의 합의 및 조세심판원의 심판결정에 따라 감액되어 1997년 사업연도 법인세는 4,608,544,746원, 1998년 사업연도 법인세는 7,717,812,081원이 각 되었다, 위와 같이 감액되어 남은 위 각 해당 사업연도 법인세에 대한 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다]하였다.
【인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑제1호증의 1 내지 4, 갑제2, 3호증, 갑제5호증의 1, 2, 3, 을제1호증의 1 내지 5, 을제2 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지】
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 이 사건 합병이법인세법 시행령 제8조의3 제1항 제1,2호 요건에 해당한다는 점에 대해서는 원고도 다툼이 없으나,같은 항 제3호 요건, 즉, ‘합병등기 후 2년 이내에 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기할 것’의 요건에는 아래와 같은 이유로 해당하지 않는다고 할 것임에도 불구하고 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.
1) 이 사건 변경등기는 이 사건 합병등기와 함께 그 신청서류가 제출되어 같은 날인 1997. 3. 27. 경료되었으므로 ‘합병등기 후 2년 이내에 변경등기를 한 경우’에 해당하지 아니한다.
2) 합병법인인 원고의 종전 상호는 ‘듀폰폴리머 주식회사’로 등기되어 있었고 피합병법인의 상호는 ‘한국듀폰 주식회사’로 등기되어 있었는데, 합병법인의 상호가 ‘주식회사 듀폰’으로 변경등기되었으므로 법인등기부에 변경등기된 합병법인의 상호가 피합병법인의 상호가 다르다는 사실은 자구상 명백하므로 ‘합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기한 경우’에 해당하지 아니한다.
나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
다. 판단
1) 이 사건의 쟁점
구 법인세법 제8조 제1호는 내국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 내에서 각 사업연도개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 공제하여 산정하도록 규정하고 있으나, 같은 조 단서는 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병이라고 인정되는 합병으로서 대통령령이 정하는 합병의 경우에 합병법인 자신의 이월결손금을 공제하지 못하도록 규정하고 있으며, 이에 따라구 법인세법 시행령 제8조의3 제1항은 각호에서 그 요건을 구체화하고 있다.
 그런데, 이 사건 합병이구 법인세법 시행령 제8조의3 제1항 제1,2호의 요건을 충족함은 당사자 사이에 다툼이 없으나,같은 항 제3호의 요건, 즉, ‘합병등기 후 2년 이내에 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기할 것’의 요건을 충족하는지에 관하여 다툼이 있으므로, 이 사건의 쟁점은 합병등기일에 상호변경등기를 한 경우도 ‘합병등기 후 2년 이내에 변경등기를 한 경우’에 해당하는지 여부와 합병법인이 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호와 유사하거나 실질적으로 동일하다고 평가되는 상호로 변경한 것이 ‘합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기한 경우’에 해당하는지 여부에 있다.
2) 조세법규 해석의 원칙
 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장·유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이고(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결), 조세법률주의의 내용인 과세요건 명확주의에 의하면 과세요건과 부과·징수절차를 규정한 법률 또는 그 위임에 따른 명령, 규칙은 그 내용이 일의적이고 명확하여야 하며 함부로 불확정개념이나 개괄조항을 사용하여서는 안 되는바, 과세관청의 자의를 배제하고 법적 안정성과 국민의 예측가능성을 보장하기 위해서는 과세요건이 명확하게 규정될 것이 요구되며 그렇지 않을 경우 조세법률주의는 형해화될 수밖에 없기 때문이다.
 이와 같은 과세요건 명확주의 및 엄격해석원칙의 취지에 비추어,구 법인세법 시행령 제8조의3 제1항 제3호에 정한 ‘합병등기 후 2년 이내에 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기할 것’의 요건을 해석하여 보기로 한다.
3)구 법인세법 시행령 제8조의3 제1항 제3호의 해석
가) 우선, ‘합병등기 후 2년 이내’의 의미에 관하여 보건대,국세기본법 제4조는 “이 법 또는 세법에 규정하는 기간의 계산은 이 법 또는 그 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 의한다.”고 규정하고 있고,민법 제157조는 “기간을 일, 주, 월 또는 연으로 정한 때에는 기간의 초일은 산입하지 아니한다. 그러나 그 기간이 오전 영시로부터 시작하는 때에는 그러하지 아니하다.”고 규정하고 있는 반면, 국세기본법이나 법인세법에는 기간의 기산점에 관한 특별한 규정이 없으므로,구 법인세법 시행령 제8조의3 제1항 제3호에 정한 ‘합병등기 후 2년 이내의 기간’을 계산하기 위하여민법 제157조 본문에 의하여 초일인 합병등기일은 산입하지 아니한 채 합병등기 다음날 오전 영시로부터 기산하여 2년의 기간을 산정함이 타당하나,민법 제157조는 기간 전체의 계산, 즉, 기간의 종기(終期)를 계산하기 위한 전제로서 기산점을 정하는 데에 그 의미가 있다고 할 것이어서 그 기산점 자체가 바로 기간의 시기(始期)가 된다고 할 수 없고 오히려 기간 계산에서는 산입되지 아니하는 초일이 기간의 시기(始期)가 된다고 보는 것이 기간을 정한 당사자들의 의사(계약)나 입법자의 의도(법령)에 부합하는 해석이 될 경우도 있으므로, 결국 그 시기(始期)는 법규의 문언 및 전체 법규의 체계, 합목적성 등을 염두에 두고 법규의 올바른 해석을 통하여 확정하여야 할 것이다.
 그런데, 이 사건 변경등기가 이 사건 합병등기와 같은 날 이루어지기는 하였으나, 이 사건 변경등기는 이 사건 합병등기를 전제로 하여 이루어진 것이므로(원고가 신청한 상호변경 등기의 목적이 ‘합병으로 인한 변경등기’이다) 그 논리적 선후관계에 있어 이 사건 변경등기가 이 사건 합병등기의 ‘후’에 이루어졌다고 볼 수밖에 없는 점(두 등기의 접수번호가 동일하다는 점이 위와 같이 해석하는 데 있어 장애가 될 수 없다), 합병등기시점 이후인데도 합병등기일에 이루어진 상호변경 등기를 이월결손금 공제제한 요건에서 제외하여야 할 아무런 합리적 이유도 찾아볼 수 없는 점(오히려 이른 시일 내에 변경등기함으로써 역합병에 따른 경제적 효과는 누리면서 조세를 부당하게 감소시키고자 한 것으로서 공제제한 요건을 더욱 더 충족한다고 볼 여지도 있다), 따라서 만일 위와 같은 상호변경의 등기가구 법인세법 시행령 제8조의3 제1항 제3호 소정의 ‘합병등기 후 2년 이내에 상호 변경등기’에 해당하지 아니한다고 한다면 이월결손금 공제제한 요건을 탈법적으로 회피하는 행위를 용인하여주는 결과가 되어 위 시행령 조항의 취지에 부합하지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때,구 법인세법 시행령 제8조의3 제1항 제3호에 정한 ‘합병등기 후 2년 이내의 기간’이라 함은 합병등기를 마친 시점 이후부터 2년 이내의 기간이라고 봄이 상당하다.
 이 사건에서, 원고는 1997. 3. 27. 합병등기를 마치고 그날 이 사건 변경등기를 마친 사실은 앞서 본 바와 같으므로 이 사건 변경등기는 ‘합병등기 후 2년 이내’에 이루어진 변경등기에 해당한다 할 것이니 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
나) 다음으로,구 법인세법 시행령 제8조의3 제1항 제3호에 정한 ‘합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기할 것’이라 함은 피합병법인의 상호와 동일한 상호로 변경등기할 것을 의미한다고 해석하는 것이 자연스러운 문언해석이라 할 것이고, 이와 달리 당해 상호가 가지는 실질적 의미와 가치가 계속 유지되고 있느냐를 기준으로 실질적으로 동일한 상호로 변경등기하는 것도 포함된다고 해석하는 것은 위 법문을 확장·유추해석하는 것이 되어 허용되지 아니한다(피고가 주장하는 상호 속용에 관한상법 제42조의 규정은 채권자 보호를 위하여 영업양도에 있어 양수인이 양도인의 상호를 계속 사용하는 경우에 양수인의 영업으로 인한 제3자의 채권에 대한 변제책임을 인정하는 규정으로서, 엄격해석의 원칙이 적용되어야 하는 위 시행령 조항과는 그 취지가 전혀 다르므로 그와 같은 법리를 이 사건에 원용할 수는 없다).
 특히2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정된 구 법인세법 시행령 제81조 제5항 제1호에 이르러 비로소 합병법인의 상호와 피합병법인의 상호 중 피합병법인의 상호만 포함된 다른 상호를 포함하는 방식으로 합병법인의 상호를 변경하는 경우도 피합병법인의 상호와 동일한 상호로 변경하는 것과 같게 규율하도록 규정하고 있는 것에 비추어 볼 때, 이러한 명시적인 규정 없이 ‘합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기할 것’이라는 의미를 피합병법인의 상호 일부가 포함되는 등 유사한 경우까지 확장하여 해석하는 것은 타당하지 아니하다고 할 것이다.
다) 다만, 위 나)항에서 본 바와 같이 엄격해석의 원칙을 고수하는 것이 우리 조세법체계의 또 하나의 지도원리인 실질과세의 원칙이나 공평과세의 원칙 등에 비추어 지극히 불합리한 결과를 초래하는 특별한 사정이 있는 경우에는 문언해석에 구속되기보다는 입법의 취지를 잘 살려 합목적적으로 해석하는 것이 요청된다고 할 것이고, 결손법인의 이월결손금을 사용하여 법인세를 줄이기 위하여 결손법인이 오히려 흑자법인을 역으로 합병하는 경우 이는 기업윤리에 어긋나고 조세정의에도 반하는 것으로서 이러한 행위에 대하여 규율할 필요성이 있다고 생각할 수도 있다.
 그리하여 이를 규율할 목적으로 법인세법상 앞서 본 바와 같은 법률 규정 및 시행령 규정을 두어 위 규정에서 정한 부당 역합병의 경우 이월결손금 공제를 부인하고 있는 것이고, 위 각 규정의 시행에 따라 기업현실과의 관계 속에서 다양한 문제점이 노출되자 보다 합리적이고 공평한 규제를 위하여 수차례에 걸친 법령의 개정을 통하여 역합병 규제의 폭과 내용을 계속하여 정비하였던 것인데, 기업의 조세부담을 경감하기 위하여 결손법인이 흑자법인을 합병함으로써 위 각 규정에 정한 규제요건을 다소 의도적으로 회피한 면이 없지 아니하다고 하더라도, 합병 후 존속법인이 사업소득금액에서 이월결손금을 공제받는 것이 원칙이고 이월결손금 공제 부인은 명문의 법 규정에 따라 예외적으로 적용되는 것인 점, 따라서 이 사건 합병 당시 원고 회사로서는 이러한 규제환경을 신뢰하여 기업활동을 하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 앞서 본 바와 같은 엄격해석의 원칙을 고수하는 것이 실질과세의 원칙이나 공평과세의 원칙 등에 비추어 지극히 불합리한 결과를 초래하는 특별한 사정이 있는 경우라고 단정짓기 어렵다.
 따라서, 변경등기된 합병법인의 상호(주식회사 듀폰)가 피합병법인의 상호(한국듀폰 주식회사)와 동일하지 아니하다는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
 4) 소결론
 결국, 이 사건 합병이구 법인세법 제8조 단서 및구 법인세법 시행령 제8조의3 제1항 각호의 요건에 해당한다는 것을 전제로 원고의 이월결손금을 공제하지 아니하고 한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이어서 원고의 이월결손금을 공제하여 1997년 및 1998년 사업연도 법인세의 정당한 세액을 계산하면 별지 법인세 산출내역 기재와 같이 피고가 부과한 1997년 사업연도 법인세 4,608,544,746원은 세액이 없게 되고, 1998년 사업연도 법인세 7,717,812,081원은 5,587,089,341원만이 정당한 세액이 되므로, 이 사건 처분 중 1997년도 사업연도 법인세 부과처분은 전부 취소되고 1998년도 사업연도 법인세 부과처분 중 위 금원을 초과하는 부분이 취소되어야 한다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 서태환(재판장) 송민경 김선아