법인세 등 부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2009.09.10 / 시행일:

【원 고】 주식회사 점프밀라노월드 (소송대리인 법무법인 청목 담당변호사 구해동)
【피 고】 영등포세무서장
【변론종결】2009. 8. 11.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2006. 8. 13. 원고에 대하여 한 2004 사업연도 법인세 1,562,380,900원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증, 을제1 내지 3호증의 각 1 내지 10, 을제4호증의 1 내지 11, 을제5호증의 1 내지 12, 을제6호증의 1 내지 11, 을제7호증의 1, 2, 을제8호증의 1 내지 5의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
 가. 서울지방국세청장은 2006. 1. 18.부터 2006. 5. 26.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 다음과 같이 ⓛ 토지원가 과다계상분 4,858,861,430원 손금불산입, ② 분양수입 신고누락분 130,000,000원 및 분양수입 지연계상분에 대한 가지급금 인정이자 61,049,269원 익금산입, ③ 반환받은 지급수수료 130,000,000원 손금불산입 등 원고의 2002, 2003, 2004 사업연도의 수입금액 및 대응원가를 분양률 및 공사 진행률로 재계산한 사항, 가공자산계상 사항, 잡손실 과다계상 사항, 기타 익금누락 및 비용 과다계상 사항 등을 각 사업연도 소득금액 계산 시 익금 및 손금에 산입하도록 하는 등의 과세자료를 피고에게 통보하였고, 피고는 이러한 통보에 따라 아래와 같이 원고의 2002, 2003, 2004 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여 2006. 8. 13. 원고에게 2004 사업연도 법인세 1,927,838,310원을 결정·고지하였다(2002, 2003 사업연도는 고지세액 없음).
 (1) 토지원가 과다계상분 4,858,861,430원 손금불산입
 ㈎ 실제 지급하지 않은 토지 매매대금 2,000,000,000원 손금불산입
 원고가 소외 1(대법원판결의 소외인) 및 주식회사 가우디(이하 통틀어 ‘소외 1 등’이라 한다)로부터 취득한 서울 영등포구 (이하 주소 생략) 외 5필지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 취득가액을 12,100,000,000원으로 계상하였으나, 그 중 원고가 실제 지급하지 않은 2,000,000,000원을 손금불산입
 ㈏ 토지원가에 산입된 주택채권가액 1,086,170,000원 손금불산입
 원고가 토지원가로 계상한 금액 44,206,000,000원에 토지 취득 시 구입한 채권가액 1,086,170,000원이 포함되어 있고, 이는 토지원가가 아니므로 손금불산입
 ㈐ 토지원가에 이중계상된 임차보증금 등 1,772,681,430원 손금불산입
 원고가 토지원가로 계상한 금액 중 임차보증금 등 1,772,681,430원(이는 뒤에서 보는 바와 같이 1,722,681,430원의 착오이다)은 토지 매매대금에 포함되어 있으나, 토지원가에 임차보증금을 별도로 계상하고 있어 이중으로 원가계상된 것이므로 이를 손금불산입
 (2) 분양수입 신고누락분 130,000,000원 및 분양수입 지연계상분에 대한 가지급금 인정이자 61,049,269원 익금산입 
 원고는 2002. 4. 15. 소외 3과 원고가 분양한 점프밀라노(영등포점) 상가 3구좌((층호수 1, 2, 3 생략), 이하 ‘이 사건 상가 구좌’라 한다)에 대하여 분양계약을 체결하고 2002. 4. 25.까지 분양대금 344,000,000원을 모두 현금으로 지급받았으나, 3구좌 중 1구좌의 분양대금 130,000,000원은 수입금액 신고누락 하고 2구좌의 분양대금 214,000,000원은 2005. 4. 6. 분양수입으로 지연계상한 바, 신고누락분 130,000,000원은 익금산입(건물분 부가가치세 6,708,000원을 포함한 136,708,000원을 익금산입하고, 부가가치세 6,708,000원은 손금산입)하고, 분양수입 지연계상분 214,000,000원에 대하여는 가지급금 인정이자 61,049,269원(2002년도 15,620,149원, 2003년도 22,714,560원, 2004년도 22,714,560원) 익금산입
 (3) 반환받은 지급수수료 130,000,000원 손금불산입 
 원고가 2004. 4. 22. 소외 4에게 신축중인 점프밀라노(영등포점) 상가건물과 지하상가의 연결통로 개설공사에 따른 피해보상 성격의 합의금으로 200,000,000원을 지급하고 지급수수료로 계상하였으나, 그 후 소외 4로부터 반환받은 130,000,000원 손금불산입
(단위 : 원)구분 ＼ 사업연도2002사업연도2003사업연도2004사업연도당 초경 정당 초경 정당 초경 정수 입 금 액 4,113,130,307 6,656,983,527 34,744,925,042 35,037,617,785 41,419,165,355 43,934,470,345 소 득 금 액 -15,031,603,099-13,520,979,1035,883,257,011 8,098,158,074 14,606,579,159 16,009,876,347 이월결손금？ ？ 5,818,142,011 8,033,043,074 9,560,179,075 5,487,936,029 과 세 표 준 -15,029,203,099-13,520,979,10365,115,00065,115,0005,046,400,084 10,521,940,318 총결정세액1,091,240 1,091,240 13,059,78913,059,7891,366,927,989 3,294,766,302 고 지 세 액 ？ ？ ？ ？ ？ 1,927,838,310 
 나. 원고는 이에 불복하여 2006. 11. 8. 국세심판원에 심판청구를 하였고, 국세심판원은 2008. 8. 29. 피고가 2002 사업연도 가공자산(토지원가 과다계상분)으로 손금불산입한 금액 중 100,000,000원(당초 소외 1 등에 대한 미지급금을 2,000,000,000원으로 보아 이를 손금불산입하였으나, 실제 미지급한 것으로 확인된 금액은 1,900,000,000원이라고 판단하여 그 차액인 100,000,000원을 토지원가로 추가 손금산입), 2003 사업연도에 잡손실 과다계상으로 손금불산입한 금액 중 860,000,l000원을 각각 익금에서 제외하여 2002, 2003, 2004 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다고 결정하였다.
 다. 피고는 국세심판원의 결정에 따라 아래와 같이 원고의 2002, 2003, 2004 사업연도까지의 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여 2008. 10. 20. 원고에게 2004 사업연도 법인세를 1,562,380,900원으로 365,457,412원 감액하여 고지하였다(이하 위와 같이 감액되고 남은 세액에 대한 2004 사업연도 법인세 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).
(단위: 원)구분 ＼ 사업연도2002사업연도2003사업연도2004사업연도당 초경 정당 초경 정당 초경 정수 입 금 액 6,656,983,527 6,656,983,527 35,037,617,785 35,037,617,785 43,934,470,345 43,934,470,345 소 득 금 액 -13,520,979,103-13,525,097,6248,098,158,074 7,216,166,434 16,009,876,347 15,982,689,774 이월결손금？ ？ 8,033,043,074 7,216,466,434 5,487,936,029 6,433,009,915 과 세 표 준 -13,520,979,103-13,525,097,62465,115,0000 10,521,940,318 9,549,679,859 총결정세액1,091,240 1,091,240 13,059,7890 3,294,766,302 2,929,308,890 고 지 세 액 ？ ？ ？ -13,033,798 1,927,838,313 -365,457,412 
 2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 토지원가 관련
 ㈎ 실제 지급하지 않은 토지매매대금 19억 원
 당초 원고의 관계회사인 주식회사 점프밀라노(이하 ‘점프밀라노’라 한다)가 소외 1 등과 이 사건 토지 매매계약을 체결하고 계약금 18억 5,000만 원을 지급하였으나, 점프밀라노가 잔금을 지급하지 못하여 계약금을 몰취 당하게 될 상황에 처하게 되자, 원고는 소외 1 등과 협상을 통하여 이 사건 토지에 관하여 매매대금을 121억 원으로 하여 매매계약을 체결하면서, 점프밀라노가 소외 1 등에 지급한 18억 5,000만 원(계약금 명목)을 매매대금에서 공제하고 나머지 잔금 102억 5,000만 원만을 현실적으로 지급하기로 하였으며, 위 잔금 중 에스크로우 에이전트(Escrow Agent)인 법무법인 태평양(이하 ‘태평양’이라 한다)이 82억 5,000만 원을 소외 1 등에게 지급하고 원고가 2002. 7. 27.부터 2003. 5. 23.까지 19억 5,000만 원을 지급하였으므로, 원고가 이 사건 토지 매매대금으로 소외 1 등에게 지급한 금액은 모두 120억 5,000만 원(18억 5,000만 원 + 82억 5,000만 원 + 19억 5,000만 원)이 된다 할 것이므로, 이 사건 토지의 매매대금 중 19억 원이 지급되지 않았다고 보아 위 금액을 손금불산입한 것은 위법하다.
 ㈏ 토지원가에 산입된 주택채권가액 1,086,170,000원
 원고가 계상한 토지원가는 사업부지 토지·건물 매입비용(세금과 공과금 포함) 40,859,685,430원, 임대차보증금 1,675,801,430원, 명도비용 1,220,790,000원 및 기타부대비용 951,524,690원 등 44,707,801,550원으로서, 원고는 피고가 토지원가로 계상하였다고 본 토지 취득 시 구입한 주택채권가액 1,708,860,000원을 토지원가로 산입하여 계상한 것이 아니라, 유가증권으로 계상한 다음 이를 시공사인 주식회사 대림산업에서 위탁 관리하였다가 처분 시 유가증권처분손실로 계상하였으므로, 주택채권가액 1,086,170,000원이 토지원가에 산입되었다는 보아 이를 손금불산입한 것은 위법하다.
 ㈐ 토지원가에 이중계상된 임차보증금 등 1,772,681,430원
 원고의 토지원가는 위와 같이 사업부지 매입비용, 임차보증금과 명도비용, 기타 부대비용으로서 이에 대한 자금집행을 에스크로우 에이전트인 태평양에서 수행하면서 각 부동산의 채무액을 변제한 후 각 임차보증금 중 반환해야 할 부분을 공제한 나머지 금원만은 매도인에게 지급하였다 할 것이어서, 피고가 주장하는바와 같이 임차보증금을 이중으로 계상하여 법인세 신고한바 없으므로, 임대차보증금 등 1,772,681,430원을 이중계상하였다고 보아 이를 손금불산입한 것은 위법하다.
 (2) 분양수입 신고누락 및 지연계상 가지급금 인정이자 관련
 원고는 소외 3으로부터 토지를 매수하는 과정에서 매매대금의 일부로 상가 3구좌로 대물 변제하였고, 피고가 주장하는바와 같이 위 3구좌의 분양대금을 현금으로 지급받은 사실이 없으므로, 분양수입 신고누락분 130,000,000원 및 분양수입 지연계상분에 대한 가지급금 인정이자 61,049,269원을 익금산입한 것은 위법하다.
 (3) 반환받은 지급수수료 1억 3,000만 원 관련
 원고는 소외 4에게 2억 원을 지급하였을 뿐, 그 중 1억 3,000만 원을 반환받은 사실이 없으므로, 지급수수료 1억 3,000만 원을 손금불산입한 것은 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 토지원가 관련
 ㈎ 실제 지급하지 않은 토지매매대금 19억 원
 갑제2호증, 갑제3호증의 1 내지 29, 갑제4호증, 갑제5호증의 1 내지 4, 갑제6 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 점프밀라노는 2001. 7. 5. 소외 1 등으로부터 이 사건 토지를 매매대금 105억 원으로 하여(그 중 계약금은 10억 5,000만 원으로 하며 나머지 잔금은 2001. 8. 10.까지 지급하기로 함) 매수하기로 하는 매매계약을 체결하였고(2001. 6. 22. 매매계약을 체결하였다가 일부 내용을 변경하여 새로 체결하였다), 그 무렵에 소외 1 등에게 계약금을 분할하여 지급하였는데, 소외 1 등은 잔금 지급기일이 경과한 후에도 점프밀라노로부터 잔금을 지급받지 못하자 2001. 9. 10. 매매계약 해제를 통지한 사실, 그 후 원고는 상가건물 신축, 분양사업을 추진하는 과정에서 2002. 2. 19. 소외 1 등 및 에스크로우 에이전트 태평양, 시공사 대림산업 주식회사와 사이에, 원고가 소외 1 등으로부터 이 사건 토지를 대금 121억 원에 매수하되 2002. 2. 27.까지 대금지급이 이행될 경우에 한하여 매매대금에서 18억 5,000만 원을 공제하여 주기로 하는 특약사항을 포함한 합의각서를 작성하였고(갑제4호증), 그 무렵 계약일자를 2001. 7. 5.자로 소급하여 원고가 소외 1 등으로부터 매매대금 121억 원, 계약금 18억 5,000만 원, 잔금 102억 5,000만 원으로 하는 매매계약서를 작성하였던 사실(갑제2호증), 그 후 원고는 소외 1 등에게 태평양을 통하여 82억 5,000만 원을 지급하고, 직접 19억 5,000만 원을 지급하였던 사실을 각 인정할 수 있다.
 손금이란 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용이라 할 것인데, 위 인정사실에 따르면 원고는 소외 1 등으로부터 전제 매매대금 121억 원 가운데 102억 원(82억 5,000만원 + 19억 5,000만 원)만을 현실적으로 지급하였을 뿐, 계약금 명목의 18억 5,000만 원은 공제받고 나머지 잔금 가운데서도 5,000만 원은 지급하지 않았을 뿐만 아니라, 원고 주장과 같이 소외 1 등이 점프밀라노와의 이 사건 토지 매매계약을 해제함에 따라 몰취한 계약금 18억 5,000만 원을, 원고와의 이 사건 토지 매매계약상의 계약금으로 충당하기로 특약하였더라도 위 금원은 원고가 이 사건 토지를 매수함에 있어 실질적으로 소요된 비용이 아니므로 이를 손금으로 산입할 수는 없다.
 원고는 위 금 18억 5,000만원은 점프밀라노로부터 차입하여 지급한 것으로서 대표자 가수금으로 회계처리하였으니 결국 위 금원도 토지매입비용으로 손금에 산입하여야 한다는 취지로도 주장하나, 이와 같은 자금의 차입내역이나 가수금으로 회계처리하였다는 점에 대하여 이를 인정할 아무런 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
 따라서 피고가 이 사건 토지의 매입가격으로 손금으로 산입한 121억 원 중 19억 원을 손금불산입한 것은 정당하다.
 ㈏ 토지원가에 산입된 주택채권가액 1,086,170,000원 및 토지원가에 이중계상된 임차보증금 등 1,772,681,430원
 법인의 각 사업연도의 소득금액을 산정함에 있어서 공제하여야 할 손비의 구체적인 항목에 관한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이지만, 그 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 그 입증의 필요를 돌리는 경우가 있다 할 것이다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결 참조).
 을제9 내지 11, 13 내지 15호증, 을제16호증의 1, 2, 을제17 내지 20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 당초 법인세 신고를 하면서 점프밀라노(영등포점) 상가(이하 ‘이 사건 상가’라 한다) 신축, 분양사업을 함에 있어 토지원가로 2002 사업연도까지의 용지매입액 41,641,979,830원, 2003 사업연도 용지매입액 2,563,816,999원 등 합계 44,205,796,829원을 계상한 사실, 서울지방국세청장은 원고에 대한 세무조사 당시 원고에게 이 사건 상가 사업부지 매입과 관련하여 원고가 지출한 구체적인 내역 제출을 요구하였고 원고는 그 내역으로 원고 및 에스크로우 에이전트인 태평양이 각 지출한 자금내역을 정리한 자료(을 제11호증, 이하 ‘토지원가내역’이라 한다) 및 일부 매매계약서만을 제출하였고 그 밖에 장부기장과 증빙 등 구체적인 자료를 제출하지 아니한 사실, 토지원가내역에는 매매대금으로 태평양 지급액 32,420,906,095원(명도비용 2,920,000원을 포함한 금액)과 회사 지급액 4,500,928,905원 등 합계 36,921,635,000원이 지급되고(총매매대금 38,921,635,000원 중 미지급금액 2,000,000,000원), 그와 별도로 임차보증금 합계 1,722,681,430원이 지급된 것으로 계상되어 있으나, 원고가 토지 등 매도인들과 사이에 체결한 매매계약서상 매매대금(위 토지원가내역상 매매대금과 같다)은 임차보증금을 포함한 금액인 사실, 위 토지원가내역에는 그 외에도 소유권이전비용 항목으로 2. 22.자로 주택채권 1,086,170,000원, 근저당설정비용 500,000,000원 및 3. 5.자로 주택채권 122,690,000원을 각 계상하였음을 인정할 수 있다.
 위 사실관계에 의하면, 원고가 토지매입원가 등 존재에 관한 장부기장과 증빙 등 구체적인 자료를 제출하지 못하는 상황 하에서, 피고로서는 원고가 제출한 토지원가내역에 기초하여 원고가 그에 따라 실제 비용 지출이 이루어졌고 대차대조표 등상에도 용지매입액으로 계상하여 법인세 신고가 이루어졌다고 보아, 원고가 토지원가로 계상하여 신고한 금액 가운데 이중으로 계상된 임대차보증금 1,772,681,430원(토지원가내역상 계상된 임차보증금이 1,722,681,430원임에도 착오로 손금불산입된 금액이 5,000만 원 증가되었으나, 다른 한편 토지원가내역상 계상된 주택채권가액 및 근저당설정비용은 총 1,708,860,000원임에도 착오로 622,690,000원을 누락하여 1,086,170,000원만을 손금불산입하였으므로 위 5,000만원 부분만을 취소할 것은 아니라할 것이다) 및 투자자산으로서 토지원가에 해당하지 않음에도 토지원가로서 계상된 것으로 보이는 주택채권비용 1,086,170,000원을 손금불산입하였음은 정당하다할 것이고, 원고로서는 피고가 토지원가로서 손금 인정한 부분을 초과하여 추가적으로 다른 무엇인가의 비용 지출이 있었다고 주장하려면, 그 다른 비용의 존재와 액수에 관해서는 장부기장과 증빙 등 구체적인 자료를 제시하기 용이한 원고가 이를 입증한 필요가 있다고 봄이 합리적이라 할 것이다.
 원고는 이 사건 소송에 이르러 토지원가는 사업부지의 토지 건물 매입비용 40,859,685,430원, 임대차보증금과 명도비용 2,896,591,430원(임대차보증금 1,675,801,430원 + 명도비용 1,220,790,000원) 및 기타 부대비용 951,524,690원(중개수수료 550,000,000원 + 법무사수수료 26,974,690원 + 철거비용 319,550,000원 + ESCROW AGENT FEE 55,000,000원)으로서 합계 44,707,801,550원(원고는 실제 토지원가보다 적은 44,205,796,829원만을 신고하였다는 것이다)으로서, 원고는 피고가 주장하는 바와 같이 토지원가를 신고함에 있어서 주택채권가액을 포함하였다거나 임대차보증금액을 이중으로 계상한바 없어, 피고가 토지원가에 포함된 주택채권가액 및 이중계상된 임대차보증금액으로 보아 토지원가에서 각 1,086,170,000원, 1,772,681,430원을 제외한 것은 위법하다는 것이나, 태평양이 작성한 자금지출부(갑제11호증, 태평양이 ESCROW AGENT로서 사업 관련 자금 지출 내역을 정리한 자료로서 이는 피고가 원고가 태평양을 통하여 지출하였다고 인정한 금액, 즉 원고가 제출한 자금집행내역에서 태평양 금액 부분과 일치한다)와 원고가 토지, 건물 매도인들과 사이에서 매매계약서와 별도로 작성한 각 합의각서(갑제12호증의 1 내지 7)의 각 기재만으로는 원고가 피고가 임대차보증금을 포함하여 토지 등 매입대금(일부 명도비용 포함)으로서 손금으로 인정한 36,921,635,000원을 초과하여 매입대금, 임대차보증금 및 명도비용으로 43,756,276,860원(40,859,685,430원 + 2,896,591,430원)을 지출하였다거나, 그 밖에 중개수수료 550,00,000원, 철거비용 319,550,000원을 지출하였다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으니, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
 (2) 분양수입 신고누락 및 지연계상 가지급금 인정이자 관련
 원고는 매도인 소외 3으로부터 토지를 매수하는 과정에서 매매대금의 일부를 상가 3구좌로 대물변제한 것으로서 분양대금을 현금으로 지급받은 사실은 없다는 것이나, 을제17, 20, 21호증의 각 기재에 의하면, 원고와 소외 3 외 3인 사이의 토지 매매계약서 및 원고와 소외 3 사이의 이 사건 상가 3구좌에 관한 매매계약서에는 대물변제에 관한 내용이 전혀 나타나지 않고, 소외 3은 세무 조사 과정에서 이 사건 상가의 분양대금은 매도한 부동산의 매매대금과는 별도로 지급하였다고 진술한바 있는 사실을 인정할 수 있는 바, 이러한 사실관계에 비추어 보면, 원고는 이 사건 상가 구좌 매매계약서(을제20호증)에 기재된 바대로 소외 3으로부터 매매대금 3억 4,400만 원 중 계약금 3,000만 원은 계약 시(2002. 4. 15.), 중도금 1억 원은 2002. 4. 20., 잔금 2억 1,400만 원은 2002. 4. 25. 각 현금으로 지급받았다고 봄이 상당하다.
 따라서 원고는 이 사건 상가 3구좌의 분양대금을 2002. 4. 25. 이전에 모두 지급받고서도 1구좌 분양대금 1억 3,000만 원은 수입금액 신고누락하고, 2구좌 분양대금 2억 1,400만 원은 2005. 4. 6. 분양수입으로 계상하였다 할 것이므로, 피고가 신고누락분을 익금산입하고, 분양수입 지연계상분에 대한 가지급금 인정이자를 익금산입한 것은 정당하다. 
 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (3) 반환받은 지급수수료 1억 3,000만 원 관련
 원고는 소외 4에게 피해보상 합의금으로 2억 원을 지급하였고 1억 3,000만 원을 반환받은 사실이 없다는 것이나, 을제22호증, 을제23호증의 1, 2, 을제24, 25호증의 각 기재에 의하면, 소외 4는 원고로부터 2억 원을 지급받았다가 2004. 4. 23. 원고에게 500만 원권 수표 20장, 2004. 4. 30. 3,000만 원권 수표 1장을 각 교부함으로써 합계 1억 3,000만 원을 반환한 사실은 넉넉히 인정되고, 그럼에도 원고가 소외 4에게 2억 원을 지급한 후, 1억3,000만 원을 반환받았음에도 2억 원을 지급수수료로 계상하였으므로, 피고가 이와 같이 반환받은 지급수수료 1억 3,000만 원을 손금불산입한 것은 정당하다.
 원고의 위 주장 또한 이유 없다.
 (4) 소결론
 따라서 이 사건 부과처분은 적법하다.
 3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 정형식(재판장) 이예슬 허이훈