법인세등부과처분취소[피고 이사회 규정에 의하면 보증행위에 관하여 이사회 결의를 거쳐야 하는데, 피고 대표이사가 이사회 결의를 거치지 않고 원고에게 피고가 甲의 채무를 보증한다는 의미의 확인서를 작성해 준 경우, 원고가 피고를 상대로 위 확인서에 기한 보증채무의 이행을 구한 사안] (세무, 대법원)
공포일: 2021.02.18 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 나이스정보통신 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 조일영 외 2인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 마포세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 조철호 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2017. 2. 10. 선고 2016누47361 판결
【주 문】
원심판결 중 2005년 제1기 내지 2008년 제1기 각 부가가치세(가산세 포함) 부분을 파기한다. 이 부분에 관한 제1심판결을 취소하고, 이 부분 소를 각하한다. 원심판결 중 2005 사업연도 내지 2010 사업연도 각 법인세 가운데 부당과소신고가산세 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고와 피고의 나머지 상고를 모두 기각한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 2005년 제1기 내지 2008년 제1기 각 부가가치세(가산세 포함) 부분에 관한 직권판단
 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하지 않은 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조).
 기록에 의하면, 피고는 이 사건 상고를 제기한 후인 2017. 6. 14.경 원심판결의 취지에 따라 2005년 제1기 내지 2008년 제1기 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 직권으로 취소한 사실을 알 수 있다. 따라서 이 부분 소는 이미 소멸하고 없는 처분의 취소를 구하는 것으로서, 그 소의 이익이 없어 부적법하게 되었다.
 2. 지급금액 손금불산입 관련 법인세(가산세 포함) 부분에 관한 판단 
 가. 사안의 개요와 쟁점
 1) 부정한 행위를 이유로 한 피고의 2005 사업연도 내지 2010 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분
 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 가) 원고는 밴(VAN, Value-Added Network) 서비스 제공사업을 영위하는 법인이다. 소외 1은 2000. 8.경부터 2012. 9.경까지 원고의 법인사업부 본부장, 전무로 근무하면서 가맹점 영업, 대리점 관리 등 업무를 총괄하여 왔고, 소외 2는 2001. 7.경부터 2010. 3.경까지 원고의 법인사업부 법인영업팀 대리, 팀장으로 근무하면서 가맹점 영업, 대리점 관리, 정산 업무 등을 담당하였다.
 나) 소외 1, 소외 2는 원고 법인의 대리점인 주식회사 엔젤인포(이하 ‘엔젤인포’라고 한다)의 대표이사 소외 3과 공모하여 원고 법인의 가맹점인 한국 미니스톱 주식회사에 재계약 지원금 30,000,000원, 통합동글 사인 패드 지원금 227,500,000원, 밴 수수료 841,552,185원을, 엔젤인포에 가맹점 수수료 863,569,159원을 각 지급해야 한다고 거짓으로 내부품의서를 작성하고 허위 세금계산서를 수취하는 등으로 원고 법인을 기망하였고 이에 속은 원고 법인으로 하여금 엔젤인포 명의 계좌로 위 각 돈을 송금하게 하여 이를 편취하였다. 계속해서 소외 1은 원고 법인의 대리점에서 가맹점 한국인삼공사에 반환해야 할 수수료임에도 불구하고 한국인삼공사 직원 소외 4와 공모하여 한국인삼공사가 원고 법인에 전산프로그램 개발비 지원을 요청하는 허위 내용의 공문을 작성하게 하고 허위 세금계산서를 수취하여 원고 법인으로 하여금 70,000,000원을 대신 지급하게 함으로써 업무상 임무에 위배하여 원고 법인에 재산상 손해를 가하였다. 위와 같은 원고 법인에 대한 사기 등의 범행으로 소외 1는 징역 3년, 소외 2는 징역 1년 6월의 유죄판결을 선고받아 확정되었다.
 다) 소외 1, 소외 2의 위와 같은 합계 약 20여억 원(이하 ‘이 사건 지급금액’이라고 한다) 상당의 사기 등 범행으로 원고 법인의 각 사업연도 소득이 누락된 채 법인세 신고ㆍ납부가 이루어졌다. 이에 피고는 2013. 11. 1. 이 사건 지급금액에 관하여 각 해당 사업연도 과세표준에서 손금불산입하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정하면서 소외 1, 소외 2의 위와 같은 허위 세금계산서 수취, 거래 조작 등의 부정한 행위를 원고 법인의 부정한 행위로 보아 10년의 장기 부과제척기간(2005 사업연도 내지 2007 사업연도)을 적용한 법인세 본세에다가 일반과소신고가산세액을 초과하는 부당과소신고가산세 및 납부불성실가산세를 더하여 원고에게 2005 사업연도부터 2010 사업연도까지의 법인세(가산세 포함)를 증액경정ㆍ고지하였다. 
 2) 이 부분 원심의 판단 
 원심은 소외 1, 소외 2의 부정한 행위가 원고 법인의 부정한 행위에 해당하고 가산세를 면할 정당한 사유도 없다고 보아 이 사건 지급금액과 관련하여 10년의 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세 등을 모두 적용한 위 법인세(가산세 포함) 부과처분이 적법하다고 판단하였다.
 3) 쟁점
 이 사건의 주된 쟁점은 법인의 사용인이 법인에 대하여 사기, 배임 등 범행을 저지르는 과정에서 법인 소득을 은닉하는 등 적극적으로 부정한 행위를 한 경우 이러한 사용인의 부정한 행위를 이유로, 범죄 피해자의 지위에 있는 법인에 부정한 행위로 조세를 포탈하였다고 보아 장기 부과제척기간을 적용할 수 있는지, 또한 부당한 방법으로 과세표준 또는 세액을 과소신고하였다고 보아 부당과소신고가산세를 부과할 수 있는지 여부(원고의 상고이유 제1점)이다. 
 나. 원고의 상고이유 제1점에 대하여
 1) 관련 규정의 내용 및 입법 취지
 가) 장기 부과제척기간 제도
구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하면서(제3호), ‘납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’에는 그 부과제척기간을 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 연장하였다(제1호). 위 규정의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로 해당 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결 참조).
 나) 부당과소신고가산세 제도
 한편 구 국세기본법 제47조의3 제1항은 납세자가 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 해당하는 일반과소신고가산세액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제하도록 규정하고, 제2항 제1호는 납세자가 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우 그 부당과소신고과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 부당과소신고가산세액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제하도록 규정하고 있다. 그리고 구 국세기본법 제47조의2 제2항은 여기에서 말하는 ‘부당한 방법’의 의미를 "납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 국세의 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반하는 것으로서 대통령령이 정하는 방법"이라고 정의하고 있는데, 그 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제2항은 ‘부당한 방법’의 하나로 ‘거짓 증명 또는 거짓 문서의 작성과 수취’(제2호ㆍ제3호), ‘소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐’(제5호), ‘그 밖에 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받기 위한 사기, 그 밖의 부정한 행위’(제6호)를 들고 있다[국세기본법이 2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되어 각 개별 세법에 흩어져 있던 가산세 제도를 통일적으로 규율하기 전에는 법인세법에서 부당과소신고금액에 해당하는 산출세액에 관하여 100분의 20 또는 100분의 30의 부당과소신고가산세를 징수하는 가산세 제도를 두고 있었는데, 부당과소신고금액의 하나로, 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 제2호, 구 법인세법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19815호로 개정되기 전의 것) 제118조 제4항 제6호가 "기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액"이라고 규정하고 있었다. 여기서 "기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액"이라 함은 ‘적극적으로 소득의 근거자료를 은폐, 조작하는 등의 방법으로 과세표준을 과소신고한 금액’을 의미하고(대법원 2007. 4. 26. 선고 2005두10545 판결 참조), 이는 구 국세기본법이 과세표준 또는 세액의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하여 과소신고한 경우 부당과소신고가산세로 중과하는 것과 동일하므로, 이하에서는 구 국세기본법상 부당과소신고가산세를 중심으로 본다].
구 국세기본법 제47조의3 제2항이 위와 같이 부당한 방법으로 과세표준을 과소신고하는 경우 가산세를 중과하는 이유는, 국세의 과세표준이나 세액 계산의 기초가 되는 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 ‘부정한 행위가 있는 경우’에 과세관청으로서는 과세요건사실을 발견하고 부과권을 행사하기 어려우므로 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위하여 ‘부당한 방법’에 의하지 아니한 일반과소신고의 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과하여 납세자를 무겁게 제재하는 데에 있다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결, 대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두44158 판결 등 참조).
 2) 사용인 등의 ‘부정한 행위’와 장기 부과제척기간 및 부당과소신고가산세 
이러한 장기 부과제척기간에서 말하는 ‘부정한 행위’, 부당과소신고가산세에서 말하는 ‘부당한 방법’(이하 통틀어 ‘부정한 행위’ 혹은 ‘부정행위’라고 한다)에는 납세자 본인의 부정한 행위뿐만 아니라, 특별한 사정이 없는 한 납세자가 스스로 관련 업무의 처리를 맡김으로써 그 행위영역 확장의 이익을 얻게 되는 납세자의 대리인이나 사용인, 그 밖의 종업원(이하 ‘사용인 등’이라고 한다)의 부정한 행위도 포함된다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2010두1385 판결 참조). 
위와 같은 법리의 적용 범위와 관련하여 납세자 본인이 사용인 등의 부정한 행위를 방지하기 위하여 상당한 주의 또는 관리ㆍ감독을 게을리하지 아니하였다면, 납세자 본인은 이러한 사용인 등의 부정한 행위에 대하여 아무런 잘못이 없다고 볼 수 있다. 그러므로 이러한 경우에까지 이들의 부정한 행위를 장기 부과제척기간, 부당과소신고가산세에서 말하는 ‘부정한 행위’에 포함시켜 납세자 본인에게 해당 국세에 관하여 부과제척기간을 연장하고, 중과세율이 적용되는 부당과소신고가산세를 부과하는 것은 허용되지 아니한다.
 나아가 비록 납세자 본인이 사용인 등의 부정한 행위와 관련하여 상당한 주의와 관리ㆍ감독을 다하지는 못하였더라도 이 사건과 같이 법인의 대표자나 해당 법인을 실질적으로 경영하면서 사실상 대표하고 있는 자(이하 ‘사실상 대표자’라고 한다)가 아닌 사용인 등이 납세자 본인을 피해자로 하는 사기, 배임 등의 범행을 저지르는 과정에서 본인의 소득을 은닉하는 등 적극적인 부정행위(이하 ‘배임적 부정행위’라고 한다)를 한 경우, 이들의 배임적 부정행위가 존재함을 이유로 납세자 본인에게 해당 국세에 관하여 장기 부과제척기간을 적용하면서 중과세율의 부당과소신고가산세까지 부과할 수 있는지 문제 된다. 구 국세기본법에서는 단순히 ‘납세자가 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’ 내지는 ‘납세자가 부당한 방법으로 과소신고한 경우’라고만 규정하고 있어 납세자 본인이 아닌 사용인 등의 부정한 행위에 관하여 어느 정도까지 납세자에게 불이익하게 적용할 것인지에 대해서는 특별한 규정을 두지 않고 법률의 해석에 맡겨 놓고 있기 때문이다.
 3) 사용인 등의 ‘배임적 부정행위’와 부당과소신고가산세 
 먼저 부정한 행위를 이유로 일반과소신고에 비하여 중한 세율로 행정상 제재인 가산세를 부과하는 부당과소신고가산세에 관하여 본다. 대표자나 사실상 대표자가 아닌 사용인 등의 부정한 행위가 납세자 본인의 이익이나 의사에 반하여 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 납세자를 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행의 일환으로 행하여지고, 거래 상대방이 이에 가담하는 등으로 인하여 납세자가 이들의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 특별한 사정이 있는 경우라면, 사용인 등의 부정한 행위로 납세자의 과세표준이 결과적으로 과소신고되었을지라도 이들의 배임적 부정행위로 인한 과소신고를 ‘납세자가 부당한 방법으로 과소신고한 경우’에 포함된다고 볼 수는 없으므로, 이때에는 납세자에게 부정한 행위를 이유로 중과세율을 적용한 부당과소신고가산세의 제재를 가할 수 없다고 봄이 타당하다. 그 이유는 다음과 같다. 
 가) 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 위반한 납세자에게 세금의 형식으로 부과하는 일종의 행정상의 제재이다. 가산세는 위반행위와 제재 사이에 자기책임의 원리에 부합하는 정당한 상관관계가 있어야 할 뿐만 아니라 의무 위반의 정도와 부과되는 제재 사이에 적정한 비례관계도 유지되어야 한다. 과소신고세액에 100분의 10의 세율을 적용하여 가산하는 일반과소신고가산세와 달리, 과세표준의 기초가 되는 소득 등을 은닉하는 등 적극적인 부정행위의 존재를 이유로 그보다 훨씬 높은 100분의 40의 세율을 적용하여 가산하는 부당과소신고가산세는 그만큼 비난가능성이 큰 의무불이행에 대한 제재라는 점을 당연한 전제로 한다. 
 그런데 납세자의 사용인 등이 납세자의 의사나 이익에 반하여 독단적으로 부정한 행위를 하고 그로 인하여 납세자가 범행의 피해자가 됨과 아울러 그러한 범행을 미처 알지 못한 나머지 이를 소득에서 누락하여 과소신고에 이르게 된 상황이라면, 납세자 측이 인식하거나 예상하지 못했던 사용인 등의 배임적 부정행위 자체를 이유로 그 부정한 행위의 피해자에 불과한 납세자 본인에게 일반과소신고의 경우보다 훨씬 높은 세율의 부당과소신고가산세의 제재를 가하는 것은, 비난가능성 및 책임에 상응하지 않은 법적 제재를 가하는 것이어서 헌법상 자기책임의 원리에 반한다.
 나) 위 경우 비록 납세자 본인이 해당 국세를 과소신고하게 된 데에 사용인 등에 대한 선임, 관리ㆍ감독상의 주의의무를 다하지 못한 잘못이 있다 하더라도, 그에 대한 책임은 그로 인하여 발생한 과소신고의 결과에 대하여 일반과소신고가산세와 납부불성실가산세를 부담하는 것으로 족할 뿐, 그것을 넘어 타인인 사용인 등의 부정한 행위를 이유로 중한 세율의 부당과소신고가산세의 제재까지 부담하게 하는 것은, 그 귀책사유에 비하여 제재가 지나쳐서 과잉금지원칙에 반한다. 가산세 부과를 통하여 신고납세제도의 실효성과 조세행정의 원활한 운영을 확보하려는 공익 목적을 감안하더라도 위와 같은 경우까지 납세자에게 부당과소신고가산세의 제재를 가하는 것은 공익에 비하여 납세자가 입게 되는 불이익이 현저하게 크기 때문이다.
 다) 민사법적으로 보더라도 사용인 등이 업무에 관하여 한 행위라 하더라도 그러한 행위가 본인의 의사나 이익에 반하여 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적에서 행하여지고, 거래 상대방이 이에 가담하는 경우 사용인 등의 이러한 배임적 행위는 원칙적으로 본인에게 효력이 없어 본인은 이에 대하여 책임을 지지 아니한다(대법원 2007. 4. 12. 선고 2004다51542 판결, 대법원 2008. 7. 10. 선고 2006다43767 판결 등 참조). 또한 불법행위로 인한 손해배상청구권의 단기소멸시효의 기산점인 ‘손해 및 가해자를 안 날’을 정함에 있어서 법인의 대표자가 법인에 대하여 불법행위를 한 경우에는 법인과 그 대표자는 이익이 상반하게 되므로 현실로 그로 인한 손해배상청구권을 행사하리라고 기대하기 어려울 뿐만 아니라 일반적으로 그 대표권도 부인된다고 할 것이므로 단지 그 대표자가 그 손해 및 가해자를 아는 것만으로는 부족하고, 적어도 법인의 이익을 정당하게 보전할 권한을 가진 다른 임원 또는 사원이나 직원 등이 손해배상청구권을 행사할 수 있을 정도로 이를 안 때에 비로소 위 단기소멸시효가 진행한다(대법원 2002. 6. 14 선고 2002다11441 판결, 대법원 2015. 1. 15. 선고 2013다50435 판결 등 참조). 이처럼 사용인 등이 배임적 부정행위를 한 경우 상대방의 신뢰보호가 특별히 문제 되지 않은 사안에서는 그 행위의 효력을 부인하고 사용인 등의 인식을 법인의 인식으로 보지 않는 법리가 이미 구축되어 있다.
 사용인 등이 일반적인 권한 범위 내에서 업무에 관하여 정상적인 행위를 한 것이 아니라 납세자인 법인에 대한 불법행위를 저지르기 위한 수단으로서 법인의 이익과 상반되게 독단적으로 배임적 부정행위를 한 경우에는, 과소신고에 따른 일반과소신고가산세에 더하여 중한 세율의 부당과소신고가산세를 부과하지 못한다고 하여 특별히 과세관청의 신뢰가 침해되지 않는다. 앞서 본 배임적 부정행위로 인하여 침해되는 과세관청의 신뢰는 과소신고된 부분에 관하여 본래의 국세 부과권을 행사하는 것과 관련될 따름이지, 일반과소신고의 경우보다 훨씬 높은 세율의 부당과소신고가산세를 부과할 수 있다는 것과 반드시 결부된다고 볼 수 없기 때문이다. 따라서 이러한 부정한 행위의 효력까지 납세자 본인에게 귀속시켜 납세자 본인으로 하여금 부당과소신고가산세의 중과제재를 부담하게 하는 것은 정당화되기 어렵다.
 4) 사용인 등의 ‘배임적 부정행위’와 장기 부과제척기간
그러나 부정한 행위를 이유로 과세관청의 부과권을 연장해 주는 장기 부과제척기간에 있어서는, 사용인 등의 부정한 행위가 납세자 본인을 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행의 수단으로 행하여졌다고 하더라도 사용인 등의 부정한 행위로써 포탈된 국세에 관하여 과세관청의 부과권의 행사가 어렵게 된 것은 분명하므로, 특별한 사정이 없는 한 이러한 사용인 등의 배임적 부정행위는 장기 부과제척기간에서 말하는 부정한 행위에 포함된다. 따라서 납세자 본인에 대한 해당 국세에 관하여는 부과제척기간이 10년으로 연장된다. 그 이유는 다음과 같다.
 가) 국세에 장기 부과제척기간을 둔 취지는 앞서 본 바와 같이 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 해당 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 통상 5년의 부과제척기간을 둔 것에 비하여 이와 같이 국세 부과기간을 연장하는 것은 부정한 행위를 이유로 납세자에게 불이익을 가하는 것이기는 하지만, 그보다는 납세자 측의 부정한 행위로 인하여 방해된 과세관청의 국세 부과권을 보장해 주는 데에 더 큰 의미가 있다.
 나) 납세자 본인의 사용인 등이 납세자의 의사나 이익에 반하여 독단적으로 부정한 행위를 하고 그로 인하여 납세자에게 사기, 배임 등의 피해를 입힘과 아울러 국세를 포탈한 결과가 발생한 경우, 납세자 측이 비록 이를 예상하거나 인식하지 못하였다고 하더라도 사용인 등의 부정한 행위를 방지하기 위한 선임, 관리ㆍ감독상의 주의의무를 다하지 못한 잘못이 있다면, 과세관청이 통상의 부과제척기간 내에 이를 발견하지 못함으로써 납세자가 국세의 부과와 징수를 면하는 것은 법적으로 보호할 가치가 있는 이익이라고 볼 수 없다. 이러한 경우 사용인 등의 부정한 행위를 이유로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호를 적용하여 포탈된 국세에 관한 부과제척기간을 연장하는 것은, 부정한 행위라는 방해행위가 없었더라면 당연히 행사되었을 부과권을 정상적으로 회복시켜 납세자로 하여금 포탈된 국세에 대한 납세의무를 이행하도록 하는 지극히 타당한 조치일 따름이다. 
 따라서 위와 같은 경우 납세자 본인의 의사나 이익에 반하는 사용인 등의 부정한 행위를 이유로 포탈된 국세에 관하여 장기 부과제척기간을 적용하였다고 하여 자기책임의 원리에 반한다거나 과잉금지의 원칙에 반한다고 볼 수는 없다. 
 다) 민사법적으로 보았을 때 채무자가 시효완성 전에 채권자의 권리행사나 시효중단을 불가능 또는 현저히 곤란하게 하였다면, 채무자가 소멸시효의 완성을 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 반하여 권리남용으로서 허용될 수 없다(대법원 2002. 10. 25. 선고 2002다32332 판결 등 참조). 부정한 행위로 인하여 과세관청의 국세 부과권 행사가 방해된 데에 부과제척기간을 연장해 주는 것은 이러한 법의 정신을 조세법률관계에 구현한 것으로도 볼 수 있다. 납세자의 사용인 등의 부정한 행위로 인하여 과세관청이 납세자의 국세가 포탈되었음을 알지 못하여 과세권을 행사할 수 없었던 반면, 납세자가 사용인 등에 대한 선임, 관리ㆍ감독상의 주의의무를 다하지 못하여 본래 납부하였어야 할 국세를 납부하지 않은 이익을 누리는 상황이라면, 사용인 등의 부정한 행위가 자신에 대한 범죄행위라는 이유만으로 장기 부과제척기간의 적용을 부정하는 것은 정의와 형평에 반한다고 볼 수 있다.
 라) 중한 세율의 부당과소신고가산세의 부과 여부가 문제 되는 국면과 달리 국세의 부과제척기간의 도과 여부가 문제 되는 국면에서는 국가는 법인의 사용인 등의 부정한 행위로 인하여 조세 부과권을 정당하게 행사하지 못하여 흡사 조세채권 행사를 방해받은 피해자의 지위와 유사하다고 볼 수 있다. 
 피용자가 사용자의 이익을 도모할 의사 없이 개인적 이익을 취하기 위하여 한 행위라도 외형상 피용자의 직무범위에 속한다고 볼 수 있는 경우에는 사용자는 민법 제756조에 따라 피용자가 제3자에 가한 손해를 배상할 책임이 있다(대법원 1984. 2. 28. 선고 82다카1875 판결 등 참조). 이와 마찬가지로 법인이 사용인 등에 대한 선임, 관리ㆍ감독상의 주의의무를 다한 것이 아니라면, 사용인 등의 부정한 행위로 인하여 방해된 조세 부과권에 대하여 부과제척기간이 연장되는 정도의 불이익을 감수하는 것이 마땅하다.
 5) 배임적 부정행위와 관련하여 부당과소신고가산세와 장기 부과제척기간의 적용을 달리하는 근거 
이와 같이 납세자에게 선임, 관리ㆍ감독상의 과실은 있었으나 납세자가 이를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 사용인 등 제3자가 행한 배임적 부정행위를 놓고, 부당과소신고가산세의 중과를 부정하는 한편, 장기 부과제척기간을 적용하는 해석은, 구 국세기본법 규정의 문언에 어긋나지 않으면서도 각 제도의 취지와 구체적 타당성을 고려한 합헌적 법률해석의 결과라고 보아야 한다. 
 가) 대법원은 장기 부과제척기간에서의 부정한 행위나 부당과소신고가산세에서의 부당한 방법에 대하여 조세범 처벌법상 조세포탈죄에서 말하는 ‘사기 기타 부정한 행위’와 마찬가지로 ‘조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 말한다.’고 판시하여(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결, 대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두44158 판결 등 참조), 그 행위 태양을 따로 구별하지는 않았다. 또한 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 국세기본법이 개정되면서, 장기 부과제척기간이나 부당과소신고가산세의 행위 요건을 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"라고 규정하였고, 그 위임에 따라 2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 개정된 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항은 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세포탈죄에 관한 조세범 처벌법 제3조 제6항 각호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다고 규정함으로써 입법적으로 세 개의 행위 태양이 일치하는 것처럼 보인다.
 나) 그러나 이 사건에 적용되는 구 국세기본법이나 그 이후 개정된 국세기본법 모두 단순히 ‘납세자가 부정한 행위로써 국세를 포탈’하거나, ‘납세자가 부정한 행위로써 과세표준을 과소신고’한 경우라고만 규정했을 뿐, 납세자 본인이 아닌 제3자의 부정한 행위를 어떻게 볼 것인지에 대해서는 아무런 규정을 두지 않았다. 이처럼 별도로 규정하고 있지 않은 제3자의 부정한 행위에 대해서는 관련되는 해당 제도의 도입목적과 그 취지를 고려하여 헌법 규범과 일반 법 원리에 부합하도록 정당한 해석을 한 다음 이를 기초로 구체적 타당성에 맞는 결론을 도출해야 할 것이다. 
 다) 부정한 행위를 이유로 그만큼의 제재를 중과하는 부당과소신고가산세에 있어서는 대표자나 사실상 대표자가 아닌 사용인 등의 배임적 부정행위를 납세자 본인의 부정한 행위로 볼 경우, 그 부정한 행위의 범죄 피해자 본인에게 적극적인 제재를 가하는 것이어서 헌법상 자기책임의 원리나 과잉금지 원칙에 위배된다. 이때에는 제3자의 부정한 행위를 납세자 본인의 부정한 행위에 포함되지 않는다고 헌법에 부합하는 방향으로 해석함으로써 납세자의 법적 권리가 침해되는 결과를 시정하지 않을 수 없다. 반면, 장기 부과제척기간에 있어서는 이러한 제3자의 배임적 부정행위를 납세자 본인의 부정한 행위로 보아 부과제척기간을 연장하여도 별다른 헌법 위반 문제는 발생하지 않고, 오히려 부과제척기간을 연장하지 않을 경우 납세자 본인이 손해배상청구 등을 통하여 피해를 회복하였음에도 이에 대한 조세의 부담까지 면하는 부당한 결과가 초래될 수 있다. 이때에는 장기 부과제척기간의 입법 취지를 고려하여 장기 부과제척기간 적용을 긍정하는 방향으로 해석하는 것이 타당하고 가능한 해석 범위 내에 있다. 
 비록 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세의 기본적인 적용 요건이 ‘납세자의 부정한 행위’라고 동일한 문언으로 이루어져 있더라도, 장기 부과제척기간은 부정한 행위로 방해된 조세 부과권의 행사기간을 보장하는 제도이고, 부당과소신고가산세는 부정행위 자체에 대하여 새로 무거운 제재를 부과하는 제도이므로, 양 제도의 운용에 있어서 모든 경우에 그 적용을 같이하여야 한다고 보는 것은 양 제도가 갖는 차이를 무시하는 것과 다름없다. 위와 같이 양자에 대하여 헌법에 위반되지 않으면서도 각 제도의 취지를 살려 구체적 타당성에 맞게 합리적으로 해석할 수 있는 방안이 있고 그것이 문언상으로도 충분히 가능함에도 양자의 규정 형태가 동일하다는 문언 형식에 얽매여 양자에 대하여 모두 납세자 본인의 부정한 행위로 보거나 혹은 모두 납세자 본인의 부정한 행위로 보지 않는 것은 다른 것을 다르게 취급하여야 한다는 정의의 요청에 반한다. 
 라) 위와 같이 해석하는 것이 사용자 등의 배임적 부정행위로 인하여 국세 부과권의 행사가 방해되었으나 사후에 그것이 드러나 국세를 부과하게 되는 경우 ‘사용자 등의 배임적 부정행위’로 생긴 비정상적 상황을 국세를 정상적으로 부과할 수 있는 상황으로 되돌리는 한편, 사용자 등의 배임적 부정행위로 피해를 입은 납세자 본인에게도 사용자 등의 배임적 부정행위로 인한 과소신고를 높은 세율이 적용되는 부당과소신고가 아니라 일반과소신고로 평가함으로써 공익과 사익의 조화를 도모하는 결과가 된다. 
 6) 원고의 상고이유 제1점에 관한 판단
 가) 장기 부과제척기간 부분에 대하여
 원심은 앞서 본 사실관계에 기초하여, 원고 법인의 사용인 소외 1, 소외 2가 한 허위 세금계산서 수취 등의 부정한 행위는 원고의 직원으로서 회사 담당 업무를 처리하는 과정에서 이루어진 것으로서, 원고 제출 증거들만으로는 원고가 실행행위자인 이들의 부정한 행위를 방지하기 위하여 상당한 주의와 감독을 다하였음을 인정하기에 부족하고, 원고가 이들의 부정한 행위로 인하여 이 사건 지급금액 상당의 범죄 피해자임이 밝혀졌다 하더라도 이들의 부정한 행위를 납세자 본인인 원고 법인의 부정한 행위로 봄이 타당하다는 이유로, 위 2005 사업연도 내지 2007 사업연도 법인세에 관하여 10년의 장기 부과제척기간이 적용된다고 판단하였다. 
 앞서 본 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 장기 부과제척기간에서 말하는 ‘부정한 행위’에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 나) 부당과소신고가산세 부분에 대하여
 반면, 앞서 본 사실관계를 위와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 원고 법인의 사용인 소외 1, 소외 2의 부정한 행위는 납세자 본인인 원고 법인의 이익이나 의사에 반하여 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 원고 법인에 대한 사기 등 범행의 수단으로 행하여졌을 뿐 아니라 거래 상대방까지 이에 가담함으로써 원고 법인이 이들의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었다고 보인다. 그러므로 이들의 배임적 부정행위로 인한 과소신고를 부당과소신고가산세에서 말하는 부당한 방법에 의한 과소신고라고 보기 어렵고, 이 사건 지급금액이 원고 법인의 2005 사업연도 내지 2010 사업연도 법인세 신고에서 누락되었다고 하더라도 원고 법인에 대하여는 일반과소신고가산세액을 초과하는 부당과소신고가산세의 제재를 가할 수 없다고 봄이 타당하다.
 그런데도 원심은 이와 달리 원고 법인이 소외 1, 소외 2 등의 부정한 행위를 방지하기 위하여 상당한 주의와 감독을 다하였음을 인정하기 부족하다는 판시 사정만을 들어 위 2005 사업연도 내지 2010 사업연도 법인세에 더하여 부당과소신고가산세를 부과한 것이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 부당과소신고가산세에서 말하는 ‘부당한 방법’에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.
 다. 원고의 상고이유 제2점에 대하여
 원심은 소외 1, 소외 2가 원고의 지배범위 내에 있는 직원들이고 원고가 주의를 기울여 이들의 업무를 감독하였다면 이들의 부정한 행위를 방지하거나 시정할 수 있었다는 등의 사정에 비추어 보면 원고에게 이 사건 지급금액에 관한 법인세 신고ㆍ납부의무를 제대로 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단하였다.
 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 가산세를 면할 정당한 사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 3. 감가상각비 손금불산입 관련 법인세(가산세 포함) 부분에 관한 판단
 가. 원고의 상고이유 제3점에 대하여
 원심은 판시와 같은 이유로 원고의 밴 서비스 제공사업이 한국표준산업분류상 통신업에 해당한다고 보고, 원고의 감가상각자산에 대하여 구 법인세법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재정부령 제325호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제3항 [별표 6]에서 정한 통신업에 대한 기준내용연수를 적용하여 계산한 부분을 초과하여 계상된 감가상각비를 손금불산입한 조치가 적법하다고 판단하였다. 
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심판단에 상고이유 주장과 같이 구 법인세법 시행규칙 제15조 제3항 [별표 6]에서 정한 업종구분과 한국표준산업분류의 통신업 등 범위에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 나. 피고의 나머지 상고이유에 대하여
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 감가상각비 관련 법인세 부분 가산세에 관한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 가산세 면제에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 4. 결론
 그러므로 원심판결 중 2005년 제1기 내지 2008년 제1기 각 부가가치세(가산세 포함) 부분을 파기하되, 이에 대하여는 대법원이 직접 재판하기에 충분하므로 자판하기로 하여 이 부분에 관한 제1심판결을 취소하고, 이 부분 소를 각하하며, 원심판결 중 2005 사업연도 내지 2010 사업연도 각 법인세 가운데 부당과소신고가산세 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하며, 원고와 피고의 나머지 상고를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 이 판결에는 대법관 이기택, 대법관 김재형, 대법관 박정화, 대법관 안철상, 대법관 노정희의 2005 사업연도 내지 2007 사업연도 부당과소신고가산세 부분에 대한 별개의견, 장기 부과제척기간의 적용 부분[2005 사업연도 내지 2007 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 부당과소신고가산세를 제외한 부분]에 대한 반대의견이 있는 외에는 관여 법관의 의견이 일치되었다.
 5. 부당과소신고가산세와 장기 부과제척기간에 대한 대법관 이기택, 대법관 김재형, 대법관 박정화, 대법관 안철상, 대법관 노정희의 별개 및 반대의견 
 가. 별개 및 반대의견의 요지
다수의견은, 사용인 등이 납세자 본인의 이익이나 의사에 반하여 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 납세자를 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행을 저지르는 과정에서 납세자의 소득을 은닉하는 등 적극적으로 납세자 본인이 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 부정한 행위를 한 경우, ‘납세자가 부당한 방법으로 과소신고를 하였다.’고 볼 수 없어 부당과소신고가산세를 부과할 수는 없다고 보면서도, ‘납세자가 부정한 행위로써 국세를 포탈하였다.’고 보아 장기 부과제척기간은 적용된다고 한다.
그러나 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세 모두 국세기본법에서 함께 규율하고 있는 제도로서 ‘납세자의 부정한 행위’라는 요건이 동일하게 규정되어 있으므로, 사용인 등의 위와 같은 배임적 부정행위를 이유로 납세자에게 부당과소신고가산세를 부과할 수 없다면 장기 부과제척기간도 적용할 수 없다고 해석하는 것이 옳다. 그 이유는 다음과 같다. 
 나. 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세에 관한 규정의 통일적 해석
 1) 이 사건에서 쟁점이 되는 사안은 다음과 같다. 대표자나 사실상 대표자가 아닌 사용인 등이 납세자 본인의 이익이나 의사에 반하여 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 납세자에 대한 사기, 배임 등 범행을 저지르고 거래 상대방이 이에 가담하는 등으로 납세자는 이들의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었다. 이러한 경우 사용인 등의 배임적 부정행위로 인한 과소신고가 부당과소신고가산세에서 말하는 ‘납세자가 부당한 방법으로 과소신고한 경우’에 포함되는지 여부, 그리고 이러한 배임적 부정행위로 국세를 포탈하게 된 것이 장기 부과제척기간에서 말하는 ‘납세자가 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’에 포함되는지 여부가 이 사건의 쟁점이다. 이 두 문제를 통일적으로 판단할 것인지 아니면 다르게 판단할 것인지 문제 된다. 
 국세기본법 관련 규정의 문언과 체계, 입법자의 의도 등을 고려하면, 위와 같은 사용인 등의 배임적 부정행위가 있는 경우에는 납세자에 대한 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세에 관한 해석ㆍ적용을 통일적으로 함이 타당하다.
 2) 구 국세기본법은 ‘납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’에 그 부과제척기간을 10년으로 연장하고(구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호), ‘부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우(납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 국세의 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반하는 것)’ 과소신고세액에 일반과소신고가산세율 100분의 10이 아닌 그보다 중한 100분의 40의 세율을 적용하여 계산한 부당과소신고가산세를 가산하도록 규정하고 있었다(구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호, 제47조의2 제2항). 
 사전(辭典)적 의미로는 ‘부당’은 이치에 맞지 않는 것을 뜻하고, ‘부정’은 올바르지 않거나 옳지 못한 것을 뜻한다. 따라서 부당과소신고가산세에서 말하는 ‘부당한 방법’에 해당하지 않는다면 장기 부과제척기간에서 말하는 ‘부정한 행위’에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이다. 그러나 판례는 장기 부과제척기간에서 말하는 ‘부정한 행위’와 부당과소신고가산세에서 말하는 ‘부당한 방법’을 ‘조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위’(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결, 대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두44158 판결 등 참조)라고 하여 두 적용 요건을 통일적으로 해석하고 있다.
 3) 대법원은 원래 구 조세범 처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조 제1항의 조세포탈죄에서 말하는 ‘사기 기타 부정한 행위’를 ‘조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위’(대법원 2000. 4. 21. 선고 99도5355 판결 등 참조)라고 판단하였는데, 장기 부과제척기간에서 말하는 ‘부정한 행위’나 부당과소신고가산세에서 말하는 ‘부당한 방법’에 대해서도 조세포탈죄의 부정한 행위 개념에 대한 위와 같은 법리를 그대로 인용하여 조세포탈죄, 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세에서 사용하고 있는 동일한 법률 개념을 통일적으로 해석한 것으로 볼 수 있다. 
 이후 2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부 개정된 조세범 처벌법은 조세포탈죄의 부정한 행위 개념에 대한 판례 법리를 법 규정으로 들여와 제3조(조세포탈 등) 제6항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 "다음 각호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다."라고 명시적인 규정을 두었다. 그 각호에는 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’(제2호), ‘재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐’(제4호), ‘그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위’(제7호) 등 구 국세기본법 시행령 제27조 제2항 각호가 부당과소신고가산세의 부당한 방법의 하나로 열거했던 방법들이 규정되어 있다. 그리고 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법(이하 ‘개정 국세기본법’이라고 한다)은 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세의 요건을 모두 "대통령령이 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"라고 통일하여 규정하였고, 그 위임에 따라 2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 개정된 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항은 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세포탈죄에 관한 제3조 제6항 각호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다고 규정함으로써 입법적으로 세 개의 행위를 일치시켰다. 
 이러한 입법 경위에서 드러나는 입법자의 의사는 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세의 요건을 조세범 처벌법상 조세포탈죄의 부정한 행위와 일치시킴으로써 위 각 제도를 동일하게 규율하고자 했던 것임을 알 수 있다. 장기 부과제척기간은 부과권의 제척기간을 연장하는 제도이고 부당과소신고가산세는 가산세라는 행정상의 제재를 중과하는 제도로서 각 제도의 고유 취지나 특성에 맞게 양자를 구분하여 규정할 수도 있다. 그런데도 입법자는 구 국세기본법상 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세에 대한 대법원의 기존의 태도를 적극 반영하여 개정 국세기본법에서 그 적용 요건을 ‘납세자의 사기 그 밖의 부정한 행위’라고 완전히 동일한 문언으로 규정하였다. 비록 이 사건에는 구 국세기본법이 적용될 뿐 이러한 개정 국세기본법이 바로 적용되는 것은 아니지만, 구 국세기본법상 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세에 대한 대법원의 기존 태도를 반영한 개정 국세기본법에 관한 입법자의 의사를 도외시해서는 안 된다.
 4) 법률의 의미ㆍ내용과 적용 범위가 어떠한 것인지를 정하는 권한, 곧 법령의 해석ㆍ적용 권한은 법원이 갖는 사법권의 본질적 내용이지만, 법원의 법률해석 권한이 무제한적인 것은 아니다. 입법자는 헌법이 허용한 한계 내에서 광범위한 입법형성권을 가지고 있으므로, 법관은 이를 존중하는 방향으로 법률을 해석하여야 하고 법률에 나타난 입법자의 의사를 법률해석을 통해서 왜곡ㆍ변형하거나 대체해서는 안 된다. 동일한 문언을 두고 한쪽에서는 적용을 긍정하면서 다른 한쪽에서는 적용을 부정한다면, 수범자로서는 어느 것을 따라야 할지 알 수 없다. 법문에 충실하면서도 법체계 전체와 관련하여 통일적이고 모순 없이 법을 해석하여 적용함으로써 법질서의 통일성과 일관성을 확보하는 것이 법치주의의 최후의 보루로서 사법부가 해야 할 일이다. "같은 것은 같게, 다른 것은 다르게" 대우하는 것은 정의의 고전적 명제이다. 합리적 이유 없이 같은 것을 다르게 대우하는 것은 평등의 원칙을 침해한다. 입법자가 같은 문언으로 같게 규율하고자 한 법률을 합리적 이유 없이 다르게 취급한다면 법질서의 통일성을 유지할 수 없다.
 어떤 경우에 장기 부과제척기간을 적용하고 부당과소신고가산세를 부과할 것인지는 근본적으로 입법 정책의 영역에 속하는 문제이다. 이에 관한 법해석을 할 때에는 법률 문언에 나타난 입법자의 의사를 최대한 존중하여 법질서의 통일성과 체계적 정당성을 유지하는 방향으로 해야 한다. 
 5) 위에서 본 국세기본법 규정의 문언과 체계, 그리고 입법 경위와 과정에서 드러나는 입법자의 의도 등을 종합하면, 장기 부과제척기간의 ‘부정한 행위’와 부당과소신고가산세의 ‘부당한 방법’을 달리 해석할 수 없다는 것은 너무도 명확하다(위에서 보았듯이 ‘부당’과 ‘부정’이라는 단어의 문구를 중시할 경우 부당과소신고가산세에서 말하는 ‘부당한 방법’에 해당하지 않는다면 장기 부과제척기간에서 말하는 ‘부정한 행위’에 해당하지 않는다고 보아야 할 것이다). 이는 납세자 본인이 부정한 행위를 한 경우뿐만 아니라 납세자의 사용인 등이 배임적 부정행위를 한 경우에도 마찬가지이다. 국세기본법에서 양자에 대해 달리 정하고 있지 않는 이상, 납세자가 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 사용인 등의 배임적 부정행위를 이유로 하여 납세자 본인에게 부당과소신고가산세의 제재를 부과할 수 없다고 보았다면, 장기 부과제척기간에서도 이들의 배임적 부정행위로 납세자 본인의 해당 국세에 관한 부과제척기간이 연장되지 않는다고 해석하는 것이 자연스럽다. 위와 같은 사용인 등의 배임적 부정행위를 두고 납세자 본인에게 부당과소신고가산세의 제재는 부과되지 않는다고 보면서도 장기 부과제척기간의 적용은 긍정한 다수의견은 법의 통일적 해석 원칙을 저버린 것이라서 받아들일 수 없다.
 다. 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세에 관한 차별적 취급의 문제점
 1) 장기 부과제척기간을 적용하여 부과제척기간을 연장하는 것은 부당과소신고가산세와 마찬가지로 납세자에 대한 불리한 조치로서 납세자의 법적 안정성과 예측가능성을 침해한다.
 2) 조세는 국민이 국가공동체의 일원으로서 국가의 일반적 과제수행에 필요한 재정수요를 각자의 경제적 능력에 따라 반대급부 없이 염출하는 것이다. 국가의 과세권은 사인의 재산과 경제적 자유를 필연적으로 제한한다. 조세법은 근본적으로 국민에게 경제적 부담을 지우는 납세의무에 관하여 과세요건을 설정하는 침해규범이므로 가급적 법적 안정성과 예측가능성을 보장하는 방향으로 조세법률관계를 규율하여야 한다.
 일반적으로 제척기간은 권리자로 하여금 해당 권리를 신속하게 행사하도록 함으로써 법률관계를 조속히 확정하려는 것으로(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012다47074 판결 등 참조), 국세 부과권의 제척기간 역시 조세법률관계를 신속히 확정하여 납세자의 법적 안정성을 보장하려는 데 그 취지가 있다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결 등 참조). 국세 부과권의 통상적인 제척기간은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이고(국세기본법 제26조의2 제1항 제3호), 이러한 부과제척기간이 지나도록 국세가 부과되지 않으면 국세를 납부할 의무는 소멸한다(국세기본법 제26조 제2호). 즉, 부과제척기간은 과세관청의 국세 부과권에 대한 기간적 제한이지만, 그 기간이 지나면 과세관청이 부과권을 행사하지 못할 뿐만 아니라 해당 국세에 관한 납세자의 조세채무도 소멸한다. 부과제척기간이 지난 다음에 이루어진 과세처분은 당연무효이다(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결 등 참조). 
 3) 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우 국세의 부과제척기간을 5년에서 10년으로 연장하는 장기 부과제척기간을 따로 규정한 이유는 일반적으로 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 만들어 내는 등의 부정한 행위를 한 경우에 과세관청의 부과권 행사를 기대하기 어렵기 때문이다(위 대법원 2013두7667 판결 등 참조). 그러나 그 주된 취지가 부정한 행위로 방해받은 국세 부과권을 보장하는 것에 있다고 하더라도, 조세법률관계를 신속히 확정하여 납세자의 법적 안정성을 보장하려고 제한을 두었던 부과제척기간을 5년에서 그 2배인 10년으로 연장하는 조치는 납세자에게 불리한 조치일 수밖에 없다. 통상 5년이 지나면 과세관청이 부과권을 행사할 수 없고 국세에 관한 납세자의 조세채무가 소멸한다. 그러나 장기 부과제척기간이 적용되면, 납세자는 10년 동안 조세법률관계가 확정되지 않고 포탈된 국세 본세는 물론 그에 부수하는 각종 가산세 등을 계속 부과당할 수 있어 장기간 법적 불안 상태에 있게 된다.
 과세권 행사를 방해하는 부정한 행위를 납세자 본인이 직접 저질렀다면 납세자가 해당 국세에 관하여 장기 부과제척기간을 적용받는 불이익을 감수해야 한다고 볼 수 있다. 그러나 이 사건과 같이 부정한 행위를 납세자가 직접 행한 것이 아니고 사용인 등이 납세자 본인을 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행을 저지르는 과정에서 납세자 본인의 소득을 은닉하는 등 부정한 행위를 저질러 결과적으로 납세자의 해당 국세가 포탈된 경우에도 장기 부과제척기간이 적용되어야 한다고 볼 수는 없다. 이러한 경우에는 납세자에게 국세 포탈에 관한 인식과 의사는 없고 단지 사용인 등의 부정한 행위를 방지하기 위한 선임, 관리ㆍ감독상의 주의의무를 다하지 못한 과실만 인정될 여지가 있을 뿐이다. 더욱이 이 사건에서는 사용인 등의 배임적 부정행위에 거래 상대방이 적극 가담했던 터라 납세자 본인은 설령 사용인 등에 대한 선임, 관리ㆍ감독상의 주의의무를 다했더라도 이들의 기망적이고 배임적인 부정행위를 방지하기 쉽지 않았을 것이다. 국세를 포탈한다는 인식이나 의도가 없었던 납세자로서는 통상의 부과제척기간이 지나 이미 그 전의 자신에 관한 조세법률관계가 정리되어 그에 대한 조세채무가 모두 소멸하고 추가로 부담할 조세채무는 없다고 생각하는데, 자신을 상대로 사기, 배임의 범행을 저지른 사용인 등의 배임적 부정행위 때문에 그 이후에도 계속해서 10년이 다 되도록 자신이 예상하지 못했던 국세 부과권 행사 아래 놓이게 된다는 것은 받아들이기 어려운 불이익이다. 
 4) 장기 부과제척기간이 적용될 때 따라오는 가산세 제재를 함께 고려하면 부과제척기간을 연장하여 납세자의 조세법률관계를 장기간 불안정한 상태에 두는 것은 결국 납세자에게 징벌적으로 작용할 수 있음을 알 수 있다. 즉, 부정한 행위로 신고납세방식의 법인세를 포탈한 경우 통상 포탈된 법인세 부분에 관하여 과소신고와 납부불이행이 함께 존재한다. 이 사건에 적용되는 법령에 따르면, 포탈된 법인세액, 즉 법인세 과소신고세액의 40%에 해당하는 부당과소신고가산세가 가산되고, 거기에 과소신고세액과 같은 액수의 과소납부액에 납부기한(법인세는 신고기한까지 납부해야 한다) 다음 날부터 납세고지일까지 일 10,000분의 3, 즉 연 10.95%의 비율로 계산한 납부불성실가산세까지 가산된다(구 국세기본법 제47조의5 제1항, 구 국세기본법 시행령 제27조의4). 결국 포탈된 법인세에 10년의 장기 부과제척기간이 적용된다는 의미는 포탈된 법인세액에 대한 법인세 본세와 더불어 포탈된 법인세액의 40%에 해당하는 부당과소신고가산세와 함께 포탈된 법인세액에 대한 최대 10년간 연 10.95%의 비율로 계산한 납부불성실가산세까지 부과될 수 있다[법인세에 대한 부과권은 신고기한 다음 날부터 행사할 수 있으므로(구 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항) 최대 10년간의 납부불성실가산세가 부과될 수 있다]는 것을 뜻한다. 이러한 가산세의 제재는 포탈된 본세를 초과할 수도 있어 특히 사용인 등의 배임적 부정행위를 방지하지 못한 과실만 있을 뿐 자신의 법인세가 포탈되었다는 것조차 인지하지 못했던 납세자 본인에게는 감당하기 어려운 재산적 침해에 해당한다. 본세를 초과하는 가산세의 부담이 장기 부과제척기간 제도의 직접적인 적용 결과가 아니고 가산세라는 별도의 규정에 따른 결과라 할지라도 이는 부과제척기간 연장을 허용함으로써 조세법률관계가 장기간 확정되지 않아서 생기는 결과이다. 이와 같이 부과제척기간이 연장됨에 따라 납세자가 부담해야 하는 조세 부담이 걷잡을 수 없게 늘어나므로, 장기 부과제척기간의 적용은 납세자에게는 불리한 징벌적 조치라고 할 수 있다.
 5) ‘납세자의 부정한 행위’를 요건으로 납세자에게 가산세를 중과하고 부과제척기간을 연장하는 양 제도의 적용 여부를 결정할 때 제3자의 부정한 행위에 대해서는 구 국세기본법에서 특별히 규정하고 있지 않아 어느 쪽으로 해석해야 하는지 결론을 내리기 어렵다. 기본적으로 납세자 본인의 행위가 아닌 제3자의 부정한 행위를 이유로 납세자에게 가산세 중과제재를 하고 부과제척기간이 연장되는 불이익을 가하는 데에는 신중을 기해야 한다. 부당과소신고가산세는 납세자에 대한 제재임이 분명하므로 납세자를 피해자로 하는 사용인 등의 배임적 부정행위를 이유로 납세자에게 부정행위 자체에 대한 제재인 부당과소신고가산세를 부과해서는 안 된다는 결론을 비교적 쉽게 도출할 수 있다. 그런데 부정행위 자체에 대한 제재가 분명한 부당과소신고가산세와는 달리 부정한 행위로 방해된 국가의 조세 부과권을 보장하는 제도인 장기 부과제척기간에서는 제3자의 배임적 부정행위를 두고 납세자에 대한 해당 국세의 부과권을 연장시킬 것인지를 판단하기가 쉽지 않다. 
 그러나 법질서는 모순이 없어야 한다는 대원칙을 고려하여 장기 부과제척기간에 대해서도 부당과소신고가산세와 동일하게 결론을 내려야 한다. 동일한 문언을 요건으로 하는 두 제도에 대해 다수의견과 같이 한쪽 영역인 부당과소신고가산세에서는 납세자의 부정한 행위로 보지 않으면서 다른 한쪽인 장기 부과제척기간에서는 납세자의 부정한 행위로 보는 것은 국세기본법 전체의 체계와 통일성을 무시한 모순적인 해석이다. 나아가 장기 부과제척기간 역시 납세자에 대한 직접적인 제재는 아니더라도 오랜 기간 납세자의 조세법률관계를 확정하지 않음으로써 납세자로 하여금 포탈된 국세 본세는 물론 그에 부수하는 각종 가산세 등을 계속 부과당할 법적 불안에 처하게 하는 불이익한 조치라는 점을 고려하면 부당과소신고가산세뿐만 아니라 장기 부과제척기간에서도 사용인 등의 배임적 부정행위를 납세자의 부정한 행위로 보지 않고 그 제도의 적용을 부정하는 것이 법질서의 통일성과 일관성을 확보하는 것일 뿐만 아니라 결국 납세자의 법적 안정성과 예측가능성을 보장하는 길이다. 
 다수의견은 부당과소신고가산세와 장기 부과제척기간에 대하여 동일한 문언으로 규율하고자 하는 입법자의 의도와 입법 목적을 외면한 채 사용인 등의 배임적 부정행위를 이유로 납세자에게 중과세율의 부당과소신고가산세를 부과할 수 없다고 보면서도 장기 부과제척기간을 적용하여 차별적 취급을 하는 근거로 합헌적 법률해석을 제시하였다. 그러나 법률의 명확한 근거가 없는데도 과세관청의 과세권을 강화ㆍ확장하는 방향으로 합헌적 법률해석을 끌어들이는 것은 납득할 수 없다. 납세자에 대한 사용인 등의 배임적 부정행위를 이유로 부당과소신고가산세를 부과해서는 안 된다는 결론을 도출하기 위하여 굳이 합헌적 법률해석까지 동원할 필요가 없다. 더군다나 납세자에게 장기 부과제척기간을 적용함으로써 조세 부과권의 행사기간을 연장시키는 것은 위에서 보았듯이 법의 통일적 해석에 반할 뿐만 아니라 합헌적 법률해석의 범주에 속한다고 볼 수 없다. 헌법은 국민의 기본권을 보장하기 위한 체계이다. 국민의 기본권을 보장하기 위한 것이 아니라 국민의 기본권을 약화시키는 합헌적 법률해석은 방향착오이다. 과세당국으로서는 사용인 등의 배임적 부정행위에 대한 부당과소신고가산세나 장기 부과제척기간의 적용 문제를 입법을 통해 해결할 수 있는데도 법률을 무리하게 확대 적용하여 과세권을 행사하고 있다. 지나침은 모자람만 못하다. 
 라. 대한민국 국세기본법 관련 규정과 다른 나라의 관련 법률의 비교
 1) 조세포탈이나 부정행위에 대한 조세 부과권과 관련하여 다른 나라의 입법례를 살펴볼 필요가 있는데, 특히 독일이나 미국에서는 이 사건과 같이 사용인 등이 권한을 남용하여 납세자의 이익에 반하는 배임적 부정행위를 한 경우 사용인 등의 배임적 부정행위를 이유로 납세자의 해당 조세에 관한 부과제척기간이 연장되지 않는다고 보고 있는 점은 위에서 본 해석론과 일치한다. 반면, 일본에서는 이러한 사용인 등의 배임적 부정행위를 이유로 납세자에게 중가산세를 부과할 수 없다고 하면서도 장기 부과제척기간은 적용된다고 하는데, 일본 국세통칙법은 중가산세와 장기 부과제척기간의 적용 요건을 다르게 규정하고 있어, 이 둘을 동일한 문언으로 규율하고 있는 대한민국 국세기본법을 해석ㆍ적용할 때 일본과 같은 방식을 택할 이유가 없다. 
 2) 대한민국 국세기본법은 다른 나라에 비해 국세 부과권의 제척기간을 상당히 장기로 규정하고 있다. 독일은 통상 부과제척기간이 4년인데, 조세를 포탈한 경우에는 10년, 경솔하게 조세를 누락한 경우(조세포탈에 대한 고의가 인정되지 않는 경우)에는 5년으로 연장된다(독일 조세기본법 제169조 참조). 미국은 부과권의 행사기간이 통상 3년이지만, 조세포탈의 의도로 기망적(fraud, 부정한 행위에 상응하는 개념이다) 신고행위를 하거나 고의적인 조세포탈 또는 조세 침해를 시도한 경우 부과징수기간의 제한을 받지 않고 언제든지 세금을 부과할 수 있다(미국 내국세법 제6501조 참조). 일본은 통상 부과제척기간이 5년인데, 허위 그 밖의 부정행위가 개입된 경우 7년으로 연장된다(일본 국세통칙법 제70조 참조). 
 조세 부과권의 제척기간 제한을 어느 정도 둘 것인지는 입법 정책에 속하는 영역이지만 조세법률관계를 신속히 확정하여 납세자로 하여금 납세자의 재산과 경제적 자유를 제한하는 조세 부과의 위험으로부터 벗어나게 하는 것이 원칙적인 모습이다. 그런데도 부정행위, 조세포탈, 기망행위 등을 이유로 제척기간을 그보다 장기로 연장하는 것은 납세자로 하여금 오랜 기간 조세법률관계에 대해 불안정한 상태에 놓이게 하는 것이어서 불이익한 조치라고 할 수 있다. 국세기본법이 10년의 장기 부과제척기간을 둔 것은 고의에 의한 조세포탈 등의 경우 부과기간을 무제한으로 연장하는 미국에서와 같은 강력한 제재에 해당하지는 않더라도 고의에 의한 포탈의 경우와 구분하여 경솔하게 조세를 누락한 경우는 10년이 아닌 5년의 제척기간을 설정해 둔 독일이나, 부정행위가 있을 때 제척기간을 7년으로 연장하는 일본에 비해서는, 부정한 행위를 이유로 일률적으로 부과제척기간을 10년으로 연장하는 것이어서 그 불이익의 정도가 매우 강하다고 할 수 있다.
 3) 이 사건과 같이 사용인 등이 권한을 남용하여 납세자의 이익에 반하는 배임적 부정행위를 하였을 경우 미국과 독일은 사용인 등의 배임적 부정행위를 이유로 납세자의 해당 조세에 관한 부과제척기간이 연장되지 않는다고 보고 있다. 
 먼저 미국은 법인을 대표하거나 지배하는 주주가 아닌 임직원이 회사의 이해관계와 대립하여 자신의 이익을 위해 기망행위를 한 경우 그 행위가 회사에 귀속되지 않고 회사가 임직원의 기망적 행위에 대해 책임지지 않으므로 그 부과기간이 도과되었다고 보았다. 미국은 과소신고세액의 20%에 해당하는 가산세를 부과하지만 거기에 기망행위가 개입하여 과소납부한 경우 과소납부액의 75%에 해당하는 중가산세의 제재를 하는데(미국 내국세법 제6662조, 제6663조 참조), 이와 같은 임직원의 배임적 기망행위가 있는 경우 회사에 중가산세도 부과되지 않는다고 보고 있다.
 독일에서는 ‘제3자가 조세를 포탈하거나 누락한 경우 조세채무자가 제3자의 행위를 통해 어떠한 재산상의 이익도 획득하지 않았고, 조세채무자가 조세탈루를 방지하기 위해 거래에서 요구되는 예방조치를 다하지 않았기 때문에 조세포탈 또는 조세탈루가 발생한 것이 아니라는 점을 증명’하면, 제척기간 연장 규정이 적용되지 않는다고 명문의 규정을 두고 있다(독일조세기본법 제169조 제2항 2문 참조). 이 사건과 같이 임직원이 납세의무자인 법인의 자금을 편취함으로써 조세포탈의 결과가 발생한 경우 납세자 법인이 제3자의 이와 같은 행위로 재산상 이득을 획득하였다고 볼 수 없고, 이들의 편취범행에 따른 납세자의 조세포탈의 결과가 납세자가 조세포탈을 방지하기 위해 거래에서 요구되는 예방조치를 하지 않았기 때문에 발생한 것이라고는 볼 수 없어 납세자에게 부과제척기간 연장 규정이 적용되지 않을 것이다. 
 일본의 경우 누락된 과소신고액의 10%에 해당하는 과소신고가산세를 부과하지만(일본 국세통칙법 제65조 제1항 참조) 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부에 대하여 은폐 또는 가장이 있는 경우, 즉 대한민국 국세기본법과 같이 부정한 행위가 개입된 경우 과소신고세액의 35%에 해당하는 중가산세를 부과하는데(일본 국세통칙법 제68조 참조), 납세자와 상관없이 대리인이 무단으로 은폐ㆍ가장행위를 하여 납세자금을 착복하고 과소신고를 한 경우 이러한 은폐ㆍ가장행위를 예측하거나 인식할 수 없었던 납세자에게 대리인에 대한 선임 또는 감독에 대한 과실이 있다고 하더라도 대리인의 은폐ㆍ가장행위를 납세자 본인의 행위와 동일시할 수 없어 중가산세 부과요건을 충족시키지 못한다고 보고 있다. 그런데 일본은 부과제척기간 연장과 관련해서는 제3자의 부정행위에 대해 납세자의 인식이 없었더라도 장기의 제척기간이 적용된다는 입장이다. 이는 일본 국세통칙법이 중가산세와 관련해서는 그 적용 요건을 ‘납세자의 은폐ㆍ가장행위’라고 규정하고 있는 데 반하여, 부과제척기간 연장에서는 주체 문언을 빼고 단순히 ‘허위 그 밖의 부정행위’라고 규정하여 납세자의 행위로 귀속되지 않더라도 납세자 영역에서의 부정행위만 있으면 제척기간을 연장하겠다는 입법자의 의사가 반영된 결과라고 볼 수 있다. 이와 달리 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세에서 모두 ‘납세자의 부정한 행위’라는 동일한 문언을 요건으로 하고 있는 대한민국 국세기본법에서 사용인 등의 배임적 부정행위를 이유로 납세자에 대한 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세의 적용 여부를 판단할 때 일본의 예를 받아들일 이유가 없다.
 마. 조세채무의 특성에 관한 고려
 납세자의 조세채무, 즉 납세의무는 조세법률이 정한 과세요건을 충족하면 일단 성립한다(국세기본법 제21조 제1항). 그러나 이것은 납세자의 납세의무가 추상적으로 성립한 상태에 불과하고 국가가 이에 대해 이행의 청구를 시작으로 징수절차에 나아가기 위해서는 납세의무의 내용을 구체적으로 확인하는 확정절차를 밟아야 한다. 즉, 납세의무의 확정절차로서 납세자의 신고행위나 과세권자의 결정ㆍ경정 등의 부과처분을 거쳐 납세의무의 과세표준과 세액이 구체적으로 확정되어야 구체적 조세채무ㆍ채권관계가 발생한다. 과세표준과 세액의 계산이 복잡하고 또 이를 둘러싼 견해의 차이가 있는 경우가 적지 않아 이와 같은 확정절차가 반드시 필요하고 납세자와 과세권자의 지위는 이와 같은 확정절차 전후로 분명히 구분된다. 부과처분이나 신고행위 등으로 납세의무가 확정되기 전 단순히 납세의무가 성립한 시점에서는 과세관청은 납세의무의 이행을 청구할 수도 집행단계에 나아갈 수도 없다. 납세자도 추상적으로 납세의무를 부담하고 있다고는 하지만, 과세표준과 세액이 확정되지 않아 특정 액수의 납부의무를 이행할 필요가 없는 상태이고, 추상적이나마 성립한 납세의무에 대해 다툴 방법도 없다. 부과처분이나 신고행위 등 납세의무의 확정이 있어야 비로소 과세권자는 구체적인 조세채권을 행사할 수 있고, 납세자가 납세의무를 이행하지 않는 경우 쟁송절차를 거치지 않고 바로 강제징수 절차에 나아갈 수 있다. 납세자도 납세의무가 확정되어야 비로소 구체적으로 납세의무의 존부와 범위를 다툴 수 있는데, 단순히 납부를 하지 않는 방법으로 다툴 수는 없고, 부과처분에 대해서는 제소기간 내의 항고소송으로, 신고의 경우는 정해진 기간 내에 경정청구를 하거나 경정거부처분에 대한 항고소송으로만 다툴 수 있다.
 이처럼 조세 부과권이 행사되기 전 조세법률에 따라 단순히 납세의무가 추상적으로 성립한 상태에서 조세 부과권자의 지위는 민사법상 계약이나 법률규정에 따라 바로 성립ㆍ확정되는 일반 채권자의 지위와는 준별된다. 납세의무 확정 전에 납세자 영역에서 부정한 행위가 있다고 하더라도 구체적 조세채권이 발생하기 전이기 때문에 이미 성립하고 있는 채권이 방해받는 것과는 다르다. 다수의견과 같이 납세자와 조세 부과권자의 지위를 사법상 채무자ㆍ채권자의 지위와 유사하게 보아 사용인 등의 부정한 행위에 대해 납세자 본인이 사용자책임의 일환으로 장기 부과제척기간의 적용을 감수해야 하고, 장기 부과제척기간의 적용을 부정하면서 부과제척기간이 지났다고 주장하는 것은 채무자의 소멸시효 항변이 권리남용에 해당하는 것과 유사하다고 보는 근거들은 사뭇 받아들이기 어렵다. 
 바. 판례 저촉 여부
 납세자 본인과의 의사 연락 없이 이루어진 대리인 등 제3자의 배임적 부정행위를 이유로 납세자 본인에게 장기 부과제척기간을 적용할 것인지에 관해 대법원은 ‘납세의무자의 대리인이나 이행보조자 등의 부정한 행위도 특별한 사정이 없는 한 장기 부과제척기간에서 말하는 부정한 행위에 포함된다.’고 판결하였다(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두15104 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2010두1385 판결 참조). 그러나 위 두 판결은 이 사건과 같이 사용인 등의 부정한 행위가 납세자를 피해자로 하는 사기, 배임 등의 범행을 저지르는 과정에서 이루어지고 납세자 본인이 이들의 배임적 부정행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 경우와는 그 사안을 달리하므로, 별개 및 반대의견은 위 대법원판결의 취지에 배치되지 않는다. 
 사. 이 사건에 대한 판단 
 위에서 본 법리에 비추어 원심판결을 살펴본다. 위에서 본 사실관계에 따르면, 원고 법인의 사용인 소외 1, 소외 2의 부정한 행위는 납세자 본인인 원고 법인의 이익이나 의사에 반하여 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 원고 법인에 대한 사기 등 범행의 수단으로 행하여졌을 뿐만 아니라 거래 상대방까지 이에 가담함으로써 원고 법인이 이들의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었다. 따라서 이들의 배임적 부정행위로 납세자가 국세를 포탈하게 되었더라도, 장기 부과제척기간에서 말하는 ‘납세자가 부정한 행위로써 포탈한 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 그 부과제척기간이 10년으로 연장되지 않는다.
 그러므로 이 사건 지급금액에 관한 법인세 부과처분 중 2005 사업연도부터 2007 사업연도까지의 법인세(가산세 포함) 부과처분은 5년의 부과제척기간이 지난 것으로서 위법하다.
 그런데도 원심은 원고 법인이 소외 1, 소외 2 등의 부정한 행위를 방지하기 위하여 상당한 주의와 감독을 다하였음을 인정하기 부족하다는 사정을 들어 위 2005 사업연도부터 2007 사업연도까지의 법인세(가산세 포함) 부과처분에 10년의 장기 부과제척기간이 적용되어 적법하다고 판단하였다. 원심판결에는 장기 부과제척기간에서 말하는 ‘부정한 행위’에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 
 아. 결론
 다수의견이 파기ㆍ환송하는 2005 사업연도부터 2010 사업연도까지의 법인세 가운데 부당과소신고가산세 부분뿐만 아니라 2005 사업연도부터 2007 사업연도까지는 가산세를 포함한 법인세 부과처분 전부를 파기하고 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하여야 한다.
 이상과 같은 이유로 2005 사업연도부터 2007 사업연도까지의 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 부당과소신고가산세를 제외한 부분에 대한 다수의견에 반대한다. 2005 사업연도부터 2007 사업연도까지의 부당과소신고가산세 부분에 대해서 별개의견으로 하는 이유는 이 부분이 파기되어야 한다는 결론에 관해서는 다수의견과 같지만 그 이유가 다르기 때문이다.

대법원장 김명수(재판장) 박상옥 이기택 김재형 박정화 안철상 민유숙 김선수 이동원(주심) 노정희 김상환 노태악 이흥구

[1] 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 장기 부과제척기간에서 말하는 ‘부정한 행위’, 제47조의3 제2항 제1호의 부당과소신고가산세에서 말하는 ‘부당한 방법’에 납세자 본인의 부정한 행위 외에 그 대리인이나 사용인, 그 밖의 종업원의 부정한 행위도 포함되는지 여부(원칙적 적극) / 납세자 본인이 사용인 등의 부정한 행위를 방지하기 위하여 상당한 주의 또는 관리ㆍ감독을 게을리하지 않은 경우, 납세자 본인에게 해당 국세에 관하여 부과제척기간을 연장하고, 중과세율이 적용되는 부당과소신고가산세를 부과할 수 있는지 여부(소극)
[2] 법인의 대표자나 사실상 대표자가 아닌 사용인 등의 부정한 행위가 납세자 본인의 이익이나 의사에 반하여 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 납세자를 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행의 일환으로 행하여지고, 거래 상대방이 이에 가담하는 등으로 인하여 납세자가 이들의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 경우, 사용인 등의 배임적 부정한 행위로 인한 과소신고에 대하여 납세자에게 부정한 행위를 이유로 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호의 중과세율을 적용한 부당과소신고가산세의 제재를 가할 수 있는지 여부(소극) 및 사용인 등의 배임적 부정행위가 같은 법 제26조의2 제1항 제1호의 장기 부과제척기간에서 말하는 부정한 행위에 포함되는지 여부(적극)

[1] 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호의 장기 부과제척기간에서 말하는 ‘부정한 행위’, 제47조의3 제2항 제1호의 부당과소신고가산세에서 말하는 ‘부당한 방법’(이하 통틀어 ‘부정한 행위’ 혹은 ‘부정행위’라 한다)에는 납세자 본인의 부정한 행위뿐만 아니라, 특별한 사정이 없는 한 납세자가 스스로 관련 업무의 처리를 맡김으로써 그 행위영역 확장의 이익을 얻게 되는 납세자의 대리인이나 사용인, 그 밖의 종업원(이하 ‘사용인 등’이라 한다)의 부정한 행위도 포함된다.
위와 같은 법리의 적용 범위와 관련하여 납세자 본인이 사용인 등의 부정한 행위를 방지하기 위하여 상당한 주의 또는 관리ㆍ감독을 게을리하지 아니하였다면, 납세자 본인은 이러한 사용인 등의 부정한 행위에 대하여 아무런 잘못이 없다고 볼 수 있다. 그러므로 이러한 경우에까지 이들의 부정한 행위를 장기 부과제척기간, 부당과소신고가산세에서 말하는 ‘부정한 행위’에 포함시켜 납세자 본인에게 해당 국세에 관하여 부과제척기간을 연장하고, 중과세율이 적용되는 부당과소신고가산세를 부과하는 것은 허용되지 아니한다.
[2] [다수의견] 법인의 대표자나 해당 법인을 실질적으로 경영하면서 사실상 대표하고 있는 자가 아닌 납세자의 대리인이나 사용인, 그 밖의 종업원(이하 ‘사용인 등’이라 한다)의 부정한 행위가 납세자 본인의 이익이나 의사에 반하여 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 납세자를 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행의 일환으로 행하여지고, 거래 상대방이 이에 가담하는 등으로 인하여 납세자가 이들의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 특별한 사정이 있는 경우라면, 사용인 등의 부정한 행위로 납세자의 과세표준이 결과적으로 과소신고되었을지라도 이들의 배임적 부정행위로 인한 과소신고를 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제2항 제1호의 ‘납세자가 부당한 방법으로 과소신고한 경우’에 포함된다고 볼 수는 없으므로, 이때에는 납세자에게 부정한 행위를 이유로 중과세율을 적용한 부당과소신고가산세의 제재를 가할 수 없다. 
 그러나 부정한 행위를 이유로 과세관청의 부과권을 연장해 주는 장기 부과제척기간의 경우에는, 사용인 등의 부정한 행위가 납세자 본인을 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행의 수단으로 행하여졌더라도 사용인 등의 부정한 행위로써 포탈된 국세에 관하여 과세관청의 부과권 행사가 어렵게 된 것은 분명하므로, 특별한 사정이 없는 한 이러한 사용인 등의 배임적 부정행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 장기 부과제척기간에서 말하는 부정한 행위에 포함된다. 따라서 납세자 본인에 대한 해당 국세에 관하여는 부과제척기간이 10년으로 연장된다. 
이와 같이 납세자에게 선임, 관리ㆍ감독상의 과실은 있었으나 납세자가 이를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 사용인 등 제3자가 행한 배임적 부정행위를 놓고, 부당과소신고가산세의 중과를 부정하는 한편, 장기 부과제척기간을 적용하는 해석은, 구 국세기본법 규정의 문언에 어긋나지 않으면서도 각 제도의 취지와 구체적 타당성을 고려한 합헌적 법률해석의 결과라고 보아야 한다. 
[대법관 이기택, 대법관 김재형, 대법관 박정화, 대법관 안철상, 대법관 노정희의 별개 및 반대의견] 다수의견은, 사용인 등이 납세자 본인의 이익이나 의사에 반하여 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 납세자를 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행을 저지르는 과정에서 납세자의 소득을 은닉하는 등 적극적으로 납세자 본인이 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 부정한 행위를 한 경우, ‘납세자가 부당한 방법으로 과소신고를 하였다.’고 볼 수 없어 부당과소신고가산세를 부과할 수는 없다고 보면서도, ‘납세자가 부정한 행위로써 국세를 포탈하였다.’고 보아 장기 부과제척기간은 적용된다
그러나 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세 모두 국세기본법에서 함께 규율하고 있는 제도로서 ‘납세자의 부정한 행위’라는 요건이 동일하게 규정되어 있으므로, 사용인 등의 위와 같은 배임적 부정행위를 이유로 납세자에게 부당과소신고가산세를 부과할 수 없다면 장기 부과제척기간도 적용할 수 없다고 해석하는 것이 옳다.