법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2024.10.31 / 시행일:

【원고, 상고인】 인천국제공항공사 (소송대리인 변호사 김의환 외 3인)
【피고, 피상고인】 인천세무서장
【원심판결】 서울고법 2022. 10. 28. 선고 2017누33253 판결
【주 문】
 원심판결의 주위적 청구 부분 가운데 2004년 제2기 부가가치세 27,530,560원 부분, 2005년 제1기 부가가치세 210,693,660원 부분을 각 파기하고, 그에 해당하는 경정처분을 각 취소한다. 나머지 상고를 기각한다. 소송총비용 중 85%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 제1, 2, 4 상고이유에 관한 판단
 가. 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니라 할 것이고, 경정처분이 불이익한 것인지 여부는 납세자가 부담하여야 할 세액이 증가하였는지를 기준으로 판단하여야 할 것인바, 신고납부방식의 조세에 있어서 납세자가 당초 신고한 내용대로 과세표준과 세액이 확정된 이후 과세관청이 직권으로 경정결정을 함에 있어 일부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체로서 세액이 감소된 때에는 납세자에게 불이익을 미치는 것이 아니므로, 특별한 사정이 없는 한 그 감액경정처분의 취소나 무효확인을 구할 소의 이익이 없다(대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 참조).
 나. 원심은 제1심판결 이유를 인용하고 일부를 수정·추가하여, 2003년 제2기~2004년 제1기, 2005년 제2기~2007년 제2기 각 부가가치세에 관한 주위적 청구 및 2003년 제2기~2004년 제1기 각 부가가치세에 관한 예비적 청구에 대하여 제소기간이 경과하였거나 감액경정결정 중 일부 증액된 부분(이하 ‘쟁점 부분’이라고 한다)만을 분리하여 취소나 무효확인을 구할 수 없다고 보아 이 부분 소를 부적법하다고 판단하였다. 
 다. 위 주위적 및 예비적 청구에 대한 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이 부분 소가 제소기간 경과 또는 소의 이익이 없어 부적법하다고 판단한 원심의 결론은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 경정처분, 재조사결정에 따른 행정소송의 제소기간 기산일 등에 관한 법리오해, 심리미진, 석명의무 위반 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 2. 제3 상고이유에 관한 판단
 가. 관련 법리
심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 재결청의 해당 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로, 처분청의 후속 처분에 따라 그 내용이 보완됨으로써 심판청구 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 등 참조). 따라서 재조사결정의 취지에 따른 후속 처분이 심판청구를 한 당초 처분보다 청구인에게 불리하면 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 위배되어 후속 처분 중 당초 처분의 세액을 초과하는 부분은 위법하게 된다(대법원 2004. 12. 9. 선고 2003두278 판결, 대법원 2016. 9. 28. 선고 2016두39382 판결 등 참조).
 나. 원심의 판단
 원심은 판시와 같은 이유로, 2004년 제2기~2005년 제1기 각 부가가치세에 관한 주위적 및 예비적 청구에 대하여 제소기간이 경과하였거나 쟁점 부분만을 분리하여 취소나 무효확인을 구할 수 없다고 보아 이 부분 소를 부적법하다고 판단하였다. 
 다. 대법원의 판단
 1) 먼저, 원심판단 중 주위적 청구 부분을 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 2004년 제2기 부가가치세 27,530,560원 부분, 2005년 제1기 부가가치세 210,693,660원 부분에 관한 원심판단은 다음과 같은 이유에서 그대로 수긍하기 어렵다.
 가) 2004년 제2기 및 2005년 제1기 부가가치세에 관한 이 사건 경정처분은 원고에게 유리한 감액경정결정에 해당하여 그에 대하여 다툴 소의 이익이 없고, 증액경정결정에 해당하는 같은 기간의 이 사건 후속 처분만이 항고소송의 심판대상이 된다. 따라서 원고가 이 사건 후속 처분에 대한 적법한 심판청구를 제기하여 2014. 9. 12. 그 기각결정을 받고 2014. 12. 11. 이 사건 소를 제기하였으므로, 구 국세기본법 제56조 제3항 본문에서 정한 90일의 제소기간을 준수하였음이 명백하다.
 나) 그런데 재조사결정에 따른 이 사건 후속 처분 중 2004년 제2기 부가가치세 27,530,560원, 2005년 제1기 부가가치세 210,693,660원 부분은 심판청구를 한 당초 이 사건 경정처분보다 원고에게 불이익하므로, 위와 같이 당초 처분 액수를 초과하여 증액된 부분은 구 국세기본법 제79조 제2항에서 정한 불이익변경금지 원칙에 위배되어 위법하다. 
 그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 이 부분 취소를 구하는 주위적 청구의 소를 각하하였다. 이러한 원심판단에는 제소기간, 불이익변경금지원칙 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 2) 다음으로, 원심판단 중 위 인용부분을 제외한 나머지 주위적 및 예비적 청구 부분을 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이 부분 소는 감액경정결정 중 일부 증액된 부분만을 분리하여 다투는 것으로 그 취소나 무효확인을 구할 소의 이익을 인정할 수 없으므로, 이 부분 소를 부적법하다고 판단한 원심의 결론은 정당하고, 거기에 소의 적법요건 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결의 주위적 청구 부분 가운데 2004년 제2기 부가가치세 27,530,560원 부분, 2005년 제1기 부가가치세 210,693,660원 부분을 각 파기하되, 이 부분은 대법원이 직접 재판하기에 충분하므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제437조에 따라 자판하기로 하여, 위 파기 부분에 해당하는 이 사건 후속 처분을 각 취소한다. 원고의 나머지 상고를 기각하고, 소송총비용 중 85%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 박영재(재판장) 김상환 오경미(주심)

[1] 감액경정처분에 따른 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상 / 경정처분이 불이익한 것인지 판단하는 기준 및 신고납부방식의 조세에 있어서 납세자가 당초 신고한 내용대로 과세표준과 세액이 확정된 이후 과세관청이 직권으로 경정결정을 함에 있어 일부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체로서 세액이 감소된 경우, 그 감액경정처분의 취소나 무효확인을 구할 소의 이익이 있는지 여부(원칙적 소극)
 [2] 재조사결정의 취지에 따른 후속 처분이 심판청구를 한 당초 처분보다 청구인에게 불리한 경우, 후속 처분 중 당초 처분의 세액을 초과하는 부분이 위법한지 여부(적극)