단지조성사업시행에 따른 지목변경 취득시 과표, 사업시행 중 감면축소시 신뢰보호 여부 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2021.07.13 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 2018. 4. 10. 원고에 대하여 한 취득세 1,881,659,930원(가산세 포함), 농어촌특별세 141,384,660원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.원고는 토지의 취득,개발,비축,공급 및 주택 등 건축물의 건설,개량,공급 및 관리 등을 목적으로 설립된 지방공사이다.원고는 서울 송파구 문정동649일대의 문정도시개발구역(이하‘문정지구’라 한다)의 사업시행자로서,문정지구 내 토지들을 취득하여 단지조성공사를 시행한 후 나대지로 제3자에게 분양 및 공급하고 있다.
나.원고는 문정지구 내에 있는[별지1]목록 기재 각 토지(이하‘이 사건 각 토지’라 한다)에 대한 단지조성공사(이하‘이 사건 단지조성공사’라 한다)를 시행하였고,이로 인하여 이 사건 각 토지의 지목이 대지로 변경되었지만,이 사건 각 토지의 경우 이 사건 단지조성공사 착공일인2010. 11. 1.당시 시행 중이던 구 서울특별시세 감면조례(2010. 3. 2.시행,서울특별시 조례 제4945호,이하‘이 사건 조례’라 한다)제19조 제1항에 따라‘지방공사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산’으로서 취득세가 면제되는 것으로 판단하여,이에 관한 취득세를 신고·납부하지 않았다.
다.피고는 이 사건 각 토지에 대한 사용승인일(2013. 12. 9.부터2015. 2. 3.까지)에 이 사건 각 토지의 지목이 변경됨으로써 원고가 이를 사실상 취득한 것으로 보아,구 지방세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정되기 전의 것)제85조의2제1항에 따른 지방세 경감비율을 적용하여2018. 4. 10.원고에 대하여 취득세2,015,290,380원(가산세 포함),농어촌특별세151,425,470원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.이때 피고는 문정지구 전체의 지목변경 관련 택지조성원가를 문정지구 전체 토지의 면적으로 나누어 계산한㎡당 단가에 이 사건 각 토지의 면적을 곱하여 취득세 과세표준을 산정하였다.
라.원고는 이에 불복하여2018. 7. 6.조세심판원에 조세심판청구를 하였고,조세심판원은 원고의 주장 중 판매비와 부가가치세를 이 사건 각 토지 취득가격에서 제외하여야 한다는 주장은 받아들이고 나머지 주장은 배척하여, 2019. 10. 1.피고에 대하여 판매비와 부가가치세를 제외한 후 과세표준 및 세액을 재계산하여 경정할 것을 명하고,나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다. (조심2018지1434)

마.피고는2019. 11. 12.조세심판원 결정 취지에 따라 취득세1,881,659,930원(가산세 포함),농어촌특별세141,384,660원(가산세 포함)의 합계2,023,044,590원을 제외한 나머지143,671,260원을 직권취소하였다(이하 직권취소 후 남아있는 부분을‘이 사건 부과처분’이라 한다).
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같다)및 을 제4호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.처분의 적법 여부

가.원고의 주장

1)취득세 과세표준 산정의 위법

원고는 이 사건 단지조성공사의 준공검사가 완료된2016. 8. 12.이 사건 각 토지를 사실상 취득하였는데,이 사건 각 토지는 구 지방세법(2016. 12. 27.법률 제14475호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제10조 제3항,제5항 제3호의‘법인장부에 의하여 취득가격이 증명되는 경우’에 해당하므로,구 지방세법 시행령(2016. 8. 31.대통령령 제27471호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제18조 제1항에 따라 법인장부상 지목변경공사에 실제로 소요된 비용을 기준으로 그 취득세 과세표준을 산정하여야 한다.그럼에도 피고는 추정원가에 불과한 택지조성원가를 기준으로 취득세 과세표준을 산정하여 이 사건 부과처분을 하였는바,이는 실질과세원칙에 반하는 것으로서 위법하다.
2)신뢰보호원칙 위반

2010. 11. 1.이 사건 단지조성공사 착공 무렵에는 지방공사가 그 고유업무에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 관하여 취득세 등을 면제하는 이 사건 조례가 시행되고 있었고,이는 장기간 유지되던 제도였으므로 원고는 향후에도 이 사건 각 토지에 관하여 취득세 등이 면제될 것이라고 예상하고 거액의 비용을 지출하여 단지조성공사에 착공하였다.그런데 공사가 진행 중이던2011. 9. 9.경 지방공기업에 대한 취득세 감면비율을 변경한 지방세특례제한법 제85조의2를 신설하는 내용의 입법예고가 이루어졌고, 2011. 12. 31.법률 제11138호로 개정된 지방세특례제한법이 시행되면서 부칙<법률 제11138호, 2011. 12. 31.>제8조에 따라 위 법률 시행 전에 분양한 부동산에 관하여만 종전의 감면비율이 적용되게 되었다.
그러나 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 경우 지목변경행위를 부동산 취득행위로 보아 과세하는 것인데,이 사건 각 토지의 지목변경행위는 이 사건 단지조성공사가 진행된6년간 계속되었음에도 재산취득행위가 이루어지던 중간에 불리하게 개정된 법률을 적용하는 것은 원고의 신뢰를 침해하는 것이고,소급입법금지원칙에 위배되며,부동산 분양시기라는 우연한 사정에 따라 법률의 적용시기가 달라지게 되어 신의성실의 원칙에도 위반된다.
나.관계 법령

[별지2]기재와 같다.
다.판단

1)취득세 과세표준 산정 기준

구 지방세법 제10조 제3항은 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 과세표준으로 하되,신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 구 지방세법 시행령 제17조에 따른 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다고 규정하고 있다.토지의 지목변경의 경우 시가표준액은 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액으로 산정하되,감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 등의 법인장부에 의하여 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다(구 지방세법 시행령 제16조 제3호,제17조,제18조 제3항 제2호).
한편 구 지방세법 제10조 제3항에 따라 시가표준액을 적용하여야 하는 경우에도,위 법인장부에 의하여 취득가격이 증명되는 취득의 경우에는 시가표준액이 아닌‘사실상의 취득가격 또는 연부금액’을 과세표준으로 하는데(구 지방세법 제10조 제5항 제3호,구 지방세법 시행령 제18조 제3항 제2호),이때 취득가격이란 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 구 지방세법 시행령 제18조 제1항 각 호에 열거된 금융비용 등 간접비용의 합계액으로 산정한다(구 지방세법 시행령 제18조 제1항).
즉,토지의 지목변경으로 인한 취득세의 경우 법인장부에 의하여 토지의 지목변경에 든 비용(직접비용과 간접비용의 합계액)이 입증되는 경우에는 그 비용을 과세표준으로 하고,이에 해당하지 않는 경우 신고가액이 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액을 기준으로 과세표준을 산정하여야 한다.
2)인정 사실

가)원고는 자신의 법인장부에 의하여 이 사건 각 토지의 취득가격이 산정되어야 한다고 주장하면서,취득세 과세표준을 산정한 내역을 제출하였는데,여기에는 직접비와 간접비의 산정기준에 관하여 다음과 같이 기재되어 있다.
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나)원고가 제출한 법인장부에는 문정지구 전체 토지에 대한 단지조성공사 비용이 기재되어 있고,그중 이 사건 단지조성공사에 소요된 비용이 따로 구분되어 있지 않으며,이를 기초로 원고가 취득세를 재산정한 내역에 의하면 간접비 항목에 이 사건 각 토지에 관한 사용승인과 준공검사가 모두 완료된 이후인2018년경 지출된 비용도 포함되어 있다.
다)문정지구의 사업시행기간은 당초2007. 6. 28.부터2019. 12. 31.까지였으나 공사가 지연되면서2022. 6. 30.까지로 변경되었다.
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제7, 8호증 및 을 제5호증의 각 기재,변론 전체의 취지

3)판단

가)구 지방세법령이 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니다(대법원1993. 4. 27.선고92누15895판결 등 참조).
나)위 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면,원고의 법인장부에 의하여 이 사건 각 토지의 지목변경에 든 비용이 충분히 증명된다고 볼 수 없으므로,구 지방세법 제10조 제5항 제3호에 따라 법인장부에 의하여 취득세 과세표준을 산정할 수 있는 경우에 해당하지 않는다.그렇다면 피고는 원칙으로 돌아가 이 사건 각 토지의 시가표준액을 근거로 취득세 과세표준을 산정하였어야 함에도,아무런 법적 근거 없이 택지조성원가를 기준으로 취득세 과세표준을 산정하였으므로,이 사건 부과처분은 위법하다.원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
①법인장부에 의한 토지의 취득가격은 직접비용과 간접비용의 합계액으로 구성된다.그런데 원고가 제출한 법인장부에는 문정지구 전체 토지에 대한 단지조성공사를 위해 발생한 직접비용이 모두 기록되어 있고,이 사건 단지조성공사에 관한 비용이 따로 구분되어 있지 않아 원고가 이 사건 각 토지를 취득하기 위하여 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용을 산출할 수 없다.이에 원고도 문정지구 전체에 투입된 총 원가를 전체 토지의 면적으로 나누어㎡당 지출액을 산정한 후 이 사건 각 토지의 면적을 곱하여 간접적으로 직접비용을 산출하였다.
②토지의 취득가격에 포함시킬 간접비용으로는 건설자금에 충당한 차입금의 이자,할부 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료,법령에 따라 의무적으로 부담하여야 하는 부담금 등이 있는데,이와 같은 비용은 이 사건 단지조성공사가 완료되었다고 하더라도 문정지구 전체 토지에 대한 단지조성공사가 완료되기 전까지는 계속하여 발생하는 비용이므로,최종적으로 발생한 총 간접비용이 확정될 때 비로소 이 사건 각 토지에 배분되어야 할 간접비용을 산정할 수 있다.그런데 아직 문정지구 전체 토지에 대한 단지조성공사가 완료되지 않았고,이에 관련된 간접비용도 계속하여 발생하고 있는바,이 사건 변론종결일 현재까지 비용의 지출이 완료되지 않은 이상 원고의 법인장부로는 이 사건 각 토지의 지목변경에 든 전체 비용을 산정하기 어렵다.
③이 사건 각 토지에 대한 단지조성공사 착공일은2010. 11. 1.인데,원고가 간접비의 배분을 위해 제출한 자료는2014년 이후의 자료에 한정되어 있어,이것만으로는2010. 11. 1.부터2013. 12. 31.까지 발생한 간접비를 이 사건 각 토지에 적절히 배분할 수도 없다.
다)한편 피고는 원고가 이 사건 각 토지를 제외한 문정지구 내 다른 토지에 관하여 취득세를 신고할 때 택지조성원가를 기준으로 과세표준을 산정하여 신고하였을 뿐만 아니라,택지조성원가가 이 사건 각 토지의 지목변경으로 인하여 증가된 가액을 가장 잘 반영하고 있으므로,이 사건 각 토지의 경우에도 택지조성원가를 기준으로 취득세 과세표준을 산정하여야 한다고 주장한다.
그러나 이 사건 각 토지를 제외한 문정지구 내 다른 토지의 경우,원고가 택지조성원가를 기준으로 구 지방세법 제10조 제3항 전문에 의한‘토지의 지목변경으로 인하여 증가된 가액’을 산정하여 취득세를 신고한 것이고,피고는 위 신고가액이 시가표준액보다 적은 경우에 해당한다고 보지 않아 이를 그대로 신고가액으로 인정한 것인바,원고가 먼저 취득세를 신고하지 않은 이 사건에 있어서 구 지방세법령에 따른‘법인장부에 의하여 입증되는 실제 취득비용’이나‘시가표준액’이 아닌 택지조성원가를 취득세 과세표준 산정 기준으로 삼을 아무런 근거가 없다.따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.
4)소결론

이 사건 부과처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하고,이 사건 기록에 현출된 자료만으로는 정당한 세액을 계산할 수 없으므로,이 사건 부과처분 전체를 취소하기로 한다.
3.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지1]

[별지2]

관 계 법 령

■구 지방세법(2016. 12. 27.법률 제14475호로 개정되기 전의 것)

제6조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. "취득"이란 매매,교환,상속,증여,기부,법인에 대한 현물출자,건축,개수(改修),공유수면의 매립,간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득,승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.
제7조(납세의무자 등)

④선박,차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.
제10조(과세표준)

①취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.다만,연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며,취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다.이하 이 절에서 같다)으로 한다.
②제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다.다만,신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
③건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박,차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다.이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부,그 밖의 무상취득 및「소득세법」제101조 제1항 또는「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
3.판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

제21조(부족세액의 추징 및 가산세)

①취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서"산출세액"이라 한다)또는 그 부족세액에「지방세기본법」제53조의2부터 제53조의4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.
■구 지방세법 시행령(2016. 8. 31.대통령령 제27471호로 개정되기 전의 것)

제16조(증축 등의 과세표준)

법 제10조 제3항 후단에서"대통령령으로 정하는 시가표준액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.
1.취득세 납세의무자나 그 취득물건에 관하여 그와 거래관계가 있었던 자가 관련 장부나 그 밖의 증명서류를 갖추고 있는 경우에는 이에 따라 계산한 가액

2.제1호에 따른 관련 장부나 증명서류를 갖추고 있지 아니하거나 그 내용 중 취득경비 등의 금액이 해당 취득물건과 유사한 물건을 취득하는 경우에 일반적으로 드는 것으로 인정되는 자재비,인건비,그 밖에 취득에 필요한 경비 등을 기준으로 시장·군수가 산정한 가액보다 부족한 경우에는 시장·군수가 산정한 가액

3.제1호 및 제2호에도 불구하고 토지의 지목변경의 경우에는 제17조에 따른 가액

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준)

법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다.다만,제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.
1.지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 말한다)

2.지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

제18조(취득가격의 범위 등)

①법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다.다만,취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
1.건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2.할부 또는 연부(年賦)계약에 따른 이자 상당액 및 연체료.다만,법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.
3.「농지법」에 따른 농지보전부담금,「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4.취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료

5.취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6.부동산을 취득하는 경우「주택도시기금법」제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손.이 경우 행정자치부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서"금융회사등"이라 한다)외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
7.제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

②제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.
1.취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2.「전기사업법」,「도시가스사업법」,「집단에너지사업법」,그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3.이주비,지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4.부가가치세

5.제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용

③법 제10조 제5항 제3호에서"대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2.법인장부:금융회사의 금융거래 내역 또는「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」제32조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서.다만,법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변,화재,교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수가 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.
■구 서울특별시세 감면조례(2010. 3. 2.시행,서울특별시 조례 제4945호)

제19조(지방공사 등에 대한 감면)

① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 및 지방공단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 궤도차량에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고,그 법인등기와 구분지상권 설정등기(지하철공사에 한한다)에 대하여는 등록세를 면제하며,과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 도시계획세와 공동시설세를 면제한다.다만,총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.
■구 지방세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정되기 전의 것)

제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면)

① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라2013년12월31일까지 지방세를 경감한다.
1.그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의75(100분의75의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(「지방공기업법」제53조제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다)수의 비율을 말한다.이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다.
■구 지방세특례제한법 부칙<법률 제11138호, 2011. 12. 31.>

제8조(지방공사에 대한 감면 적용특례)

이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 감면한다.
1.취득세의100분의100에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(「지방공기업법」제53조제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다)수의 비율을 말한다.이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 감면한다.
2.재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의100분의100에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 감면한다.
■지방세기본법

제17조(실질과세)

②이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.
제34조(납세의무의 성립시기)

①지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
1.취득세:과세물건을 취득하는 때

■농어촌특별세법

제2조(정의)

①이 법에서“감면”이란「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」또는「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1.비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

제3조(납세의무자)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1.제2조 제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자

제5조(과세표준과 세율)

①농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
1.「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」또는「지방세특례제한법」에 따라 감면을 받는 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액: 100분의20

원고가 제출한 법인장부에는 문정지구 전체 토지에 대한 단지조성공사비용이 기재되어 있고, 이 사건 단지조성공사에 관한 직접비용이 따로 구분되어 있지 않기는 함. 그러나 문정지구 개발사업은 총 406개 필지를 대상으로 하고, 면적도 총 548,239.7㎡에 이름. 이 사건 각 토지의 지목변경에 든 비용을 정확하게 산정하려면 개별 토지별로 사용승인일을 기준으로 해당 토지의 조성공사에 든 비용을 확인한 후 이를 합산하는 것이 원칙이나, 대규모 택지개발사업에서 개별 토지별로 지목변경 비용을 일일이 산정하는 것은 현실적으로 불가능함. 이에 원고는 문정지구 전체에 투입된 총 원가를 전체 토지의 면적으로 나누어 1㎡당 지출액을 산정한 후 이 사건 각 토지의 면적을 곱하여 간접적으로 직접비용을 산출하였는데, 개별 토지의 사용승인일을 기준으로 엄밀하게 증명된 비용은 아니라고 하더라도, ① 앞서 본 것처럼 문정지구 전체가 하나의 공구로 사업이 진행되다가 2019. 12. 26.에서야 사업 편의상 1, 2, 3공구로 나누어진 점, ② 문정지구 개발사업은 2007. 6. 28. 시행되어 이 사건 변론종결일 기준으로 약 15년이 지났고, 원고의 법인장부(갑 제15호증)가 작성될 무렵인 2022. 8. 11.경에는 3공구 일부 토지를 제외하고 문정지구 개발사업 대상 토지의 상당수가 준공되었는데, 3공구 전체 토지를 제외하더라도 총 면적의 83.60%가 준공되어 대부분의 공사가 마무리된 것으로 보이는 점, ③ 원고는 법인장부에서 문정지구 개발사업에 따른 단지조성공사에 소요된 직접비용을 2016. 12. 31.까지의 집계 기준과 2019. 12. 31.까지의 집계 기준으로 구분하기도 한 점 등을 고려하면, 원고가 법인장부에서 위와 같은 방식으로 직접비용을 산정한 것은 합리적인 것으로 수긍할 수 있음