법인세경정청구거부처분취소 (세무, 부산지방법원)
공포일: 2018.02.01 / 시행일:

【원 고】 쿠쿠홀딩스 주식회사(변경 전 상호: 쿠쿠전자 주식회사) (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 박영욱)
【피 고】 금정세무서장
【변론종결】2018. 1. 11.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2016. 9. 28. 원고에게 한 2014사업연도 법인세 1,018,434,402원의 경정거부처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 전열 기구류 제조 및 판매업 등을 영위하던 원고(변경 전 상호는 ‘쿠쿠전자 주식회사’로 2017. 12. 1. 상호변경 이후 지주사업을 영위하는 회사가 되었다. 변경 전후를 통틀어 ‘원고’라 한다)는 2012. 11. 30. 쿠쿠홈시스 주식회사(이하 ‘쿠쿠홈시스’라 한다)를 흡수합병하였다.
 나. 원고는 합병에 따라 쿠쿠홈시스가 보유하던 원고 주식 165,085주를 자기주식으로 취득하였고 2014. 3. 24. 액면분할을 통하여 위 주식이 1,650,850주가 되었는데, 2014. 8. 6. 그 중 45,346주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 4,692,404,080원에 양도한 후 2014사업연도 법인세 신고 시 이 사건 주식의 양도차익 2,888,463,089원(=양도가액 4,692,404,080원-장부가액 1,803,940,991원)을 익금에 가산하였다.
 다. 원고는 2016. 8. 29. 피고에게 ‘양도차익 2,888,463,089원과 2015. 6. 2.자 수정신고로 익금에 가산한 위 주식매각분에 관한 유보추인액 1,592,389,121원 합계 4,480,852,210원이 자본의 증감과 관련된 거래에서 발생하였으므로, 이를 2014사업연도 소득금액 계산상 익금에서 제외하여야 한다’고 주장하면서 2014사업연도 법인세 1,018,434,402원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2016. 9. 28. 법인세법 시행령 제11조 제2호의2에 따라 이를 익금에 산입하여야 한다는 사유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
 라. 원고는 이에 불복하여 2016. 10. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 3. 29. 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1~6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 주위적 주장
 대법원은 그동안 합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식(이른바 협의의 자기주식)을 취득하게 된 경우 그 처분이익을 법인세법이 정한 합병차익에 해당한다고 보아 익금에서 제외된다고 판시하여 왔는데, 2009. 2. 4.자 법인세법 시행령 개정으로 위 판시에 반하여 협의의 자기주식 양도금액을 익금으로 산입하도록 규정하였다(법인세법 시행령 제11조 제2호의2 중 괄호 부분, 이하 ‘이 사건 시행령 규정’이라 한다). 그러나 이러한 자기주식처분이익은 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제17조 제1항 제5호 또는 제1호가 정한 합병차익 내지 주식발행액면초과액에 해당하므로 익금불산입하여야 한다. 따라서 이 사건 시행령 규정은 모법인 법인세법의 위임 범위를 벗어나거나 조세법률주의에 반하여 무효이고, 이에 근거하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
 (2) 예비적 주장
 설령 이 사건 시행령 규정이 유효하더라도, 합병등기일 이전에는 쿠쿠홈시스가 보유하고 있던 이 사건 주식은 원고의 자기주식이 아니었고, 이 사건 주식의 당초 취득가액과 합병기일 당시 시가의 차액은 익금불산입대상에 해당하는 합병차익에 해당하므로, 익금에 산입되는 금액은 이 사건 주식의 양도차익 중 양도가액과 합병기일 당시 시가의 차액 부분에 한정되어야 한다.
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 관련 법리
 특정 사안과 관련하여 법률에서 하위 법령에 위임을 한 경우 하위 법령이 위임의 한계를 준수하고 있는지 여부를 판단할 때는 당해 법률 규정의 입법 목적과 규정 내용, 규정의 체계, 다른 규정과의 관계 등을 종합적으로 살펴야 하는바, 위임 규정 자체에서 그 의미 내용을 정확하게 알 수 있는 용어를 사용하여 위임의 한계를 분명히 하고 있는데도 그 문언적 의미의 한계를 벗어났는지 여부나, 수권 규정에서 사용하고 있는 용어의 의미를 넘어 그 범위를 확장하거나 축소하여서 위임 내용을 구체화하는 단계를 벗어나 새로운 입법을 하였는지 여부 등도 고려되어야 한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두17797 판결 등 참조).
 (2) 주위적 주장에 관하여
 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 시행령 규정이 무효라고 볼 수 없으므로, 이를 전제로 한 원고의 주위적 주장은 받아들이지 아니한다.
 (가) 법인세법 제15조 제1항은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익을 익금으로 하고 있고, 같은 조 제3항은 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정할 것을 위임하고 있다. 이와 같은 모법의 위임에 따라 제정된 법인세법 시행령 제11조 제2호의2는 합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한 자기주식의 양도금액을 익금산입대상으로 규정하고 있다.
 (나) 그런데 이와 같은 협의의 자기주식은 피합병법인의 자산으로서 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 하지만, 합병 이후 합병법인에 의하여 이루어지는 자기주식의 처분행위는 합병거래와는 구별되는 후속거래일 뿐만 아니라, 합병으로 승계취득하는 자기주식의 처분이익에는 합병 이후 합병법인의 영업활동으로 인한 가치증가분이 포함되어 있으므로, 합병 당시 합병법인이 피합병법인으로부터 인계받는 순자산의 가액과 존속법인의 증자액 등의 차액으로 정의되는 합병차익의 범위에 이러한 자기주식처분이익이 모두 포섭된다고는 보기 어렵다.
 (다) 협의의 자기주식이 종전부터 합병법인이 보유하고 있던 주식이 아니라 합병을 통한 자산의 포괄승계로 인하여 부득이 취득하게 된 사정을 감안하면, 협의의 자기주식을 처분함으로써 얻는 이익은 다른 법인의 주식 또는 자산의 처분이익과는 구별되는 면이 있다. 그러나 합병으로 인하여 취득하는 자기주식 역시 양도성과 자산성을 가질 뿐만 아니라, 합병법인의 입장에서는 자기주식을 자산으로 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것이 영업전부 양수 등과 같은 사유로 자기주식을 취득하여 처분하는 경우와 본질적으로 다르지 아니한 점, 회사가 자기주식을 부득이하게 취득하였다는 사정은 주주가 주식매수청구권을 행한 경우에도 역시 마찬가지인 점 등에 비추어, 합병으로 협의의 자기주식을 취득하는 것과 상법상 여타의 사유로 자기주식을 취득하는 것을 구별하여 전자의 경우에만 그 처분거래가 오직 자본의 납입에 관한 것으로서 순수한 자본거래에 해당한다고 단정하기는 어렵고, 손익거래로서의 성질을 가지고 있는 것으로 평가할 수 있다.
 (라) 이러한 사정들에 비추어 협의의 자기주식에 관한 처분이익을 이 사건 시행령 규정에서 익금산입대상으로 정하였더라도, 그것이 반드시 법인세법 제15조 제1항에서 익금에서 제외하는 자본 또는 출자의 납입에 해당한다거나 같은 법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 시행령 규정이 모법인 위 법률조항의 위임 범위를 벗어났다거나 조세법률주의에 반하여 무효라고 볼 수 없다. 
 (마) 원고가 인용하는 대법원 2004두3755 판결은 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제17조 제3호 및 협의의 자기주식처분이익의 익금산입대상 여부에 관하여 달리 명문으로 정하고 있지 아니한 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제11조 제2호 등의 규정 체계와 취지에 따른 것으로, 이와 달리 현재 이 사건 시행령 규정이 모법의 적법한 위임하에 제정되어 법규로서의 효력을 가지고 있는 이상(헌법 제75조 참조) 과거 법인세법령에 관한 종전의 재판례를 그대로 원용할 수는 없다. 
 (바) 원고는 이 사건 주식의 합병기일과 양도시점 사이의 차액 부분이 법인세법 제17조 제1항 제1호의 주식발행액면초과액에 해당하여 익금불산입하여야 한다고도 주장한다. 그러나 주식발행액면초과액이란 위 법률조항의 문언 그대로 액면금액 이상으로 주식을 발행한 경우 그 액면금액을 초과한 금액을 의미하므로, 이 사건과 같이 이미 발행된 자기주식의 처분이익을 주식발행액면초과액이라고 볼 수 없다.
 (3) 예비적 주장에 관하여 
 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 주식의 양도차액 중 양도금액과 합병기일 당시 시가의 차액 부분을 익금불산입대상이라고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다. 
 (가) 법인세법 제44조, 제44조의3, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제80조의4 제1항에 의하면, 이른바 합병매수차익 내지 합병양도차익은 과세하되, 적격합병과 같이 과세이연 요건을 갖추는 경우 피합병법인은 자산을 순자산 장부가액으로 합병법인에 양도하는 것으로 하여 양도손익을 없는 것으로 할 수 있고, 합병법인은 그 자산을 장부가액으로 양도받는 것으로 하며 자산양도시 감가상각자산 외 자산에 설정된 자산조정계정의 경우 장부가액과 양도가액의 차익은 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금으로 산입된다. 
 (나) 위와 같은 적격합병 및 과세이연 규정에 따라 쿠쿠홈시스는 합병 당시 양도가액을 순자산장부가액으로 하여 양도손익이 없는 것으로 신고하고 원고는 이를 장부가액으로 양도받았으며, 원고는 이 사건 주식을 승계취득한 이후 타에 양도하면서 이 사건 주식의 장부가액과 시가의 차이에 관하여 자산조정계정으로 조정하여 주식양도시 유보로 추인한 바 없다. 따라서 앞서 본 법인세법령에 따라 이 사건 주식의 처분일이 속하는 2014사업연도에는 과세이연된 부분을 포함하여 이 사건 주식의 양도금액과 승계취득 당시의 장부가액, 즉 이 사건 주식의 양도차익 전액이 익금으로 산입되어야 한다.
 (다) 원고는, 법인세법령상 과세이연 및 익금산입 규정은 익금에 해당하는 양도차익을 전제로 양도차익을 어느 시점에 과세할 것인가라는 과세시기의 문제에 불과할　 뿐 익금에 해당하지 아니한 양도차익은 적격합병 요건의 충족 여부에 따라 그 성질이 익금에 해당하는 것으로 바뀔 수 없다고 주장한다. 그러나 앞서 보았듯이 협의의 자기주식을 처분한 이익은 법인세법령에 따른 익금으로 보아야 하므로, 이와 다른 전제에 있는 위 주장은 받아들일 수 없다. 
 (라) 또한 원고는 합병기일 이전에는 이 사건 주식이 원고의 자기주식이라고 할 수 없어 당초 취득가액과 합병기일 당시 시가의 차액 상당액은 과세할 수 없다거나 해당 부분은 합병차익에 해당한다고 주장한다. 그러나 이 사건 주식에 관한 양도시가와 장부금액의 차액이 익금산입대상이 된 것은 원고가 이 사건 주식을 취득할 당시 이를 장부가액으로 승계한 것에서 기인한 것이지, 이를 두고 자기주식이 아닌 주식에 과세하였다거나 합병차익에 과세한 것이라고 볼 수 없다(만약 원고가 합병 당시 이 사건 주식을 시가로 승계하였다면, 합병시의 시가평가금액과 장부가액의 차액은 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금으로, 합병 이후 주식처분시 위 익금산입대상을 제외한 나머지 처분이익은 처분일이 속하는 사업연도의 익금으로 산입되는바, 가액평가방법에 따라 익금에 산입되는 전체 금액의 범위가 달라진다고 볼 수 없다).
3. 결론
 그렇다면 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김문희(재판장) 백효민 최승훈