보호조치기각결정처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2022.11.02 / 시행일:

【원고, 피항소인】 원고 (소송대리인 법무법인(유한) 한별 담당변호사 이예린)
【피고, 항소인】 국민권익위원회
【피고보조참가인】 ○○대학교병원 (소송대리인 법무법인 세승 담당변호사 한진)
【제1심판결】 서울행정법원 2021. 10. 8. 선고 2020구합68912 판결
【변론종결】2022. 8. 24.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다. 
 2. 원고의 청구를 기각한다. 
 3. 소송 총비용은 보조참가로 인한 비용을 포함하여 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2020. 5. 25. 원고에 대하여 한 보호조치 기각결정 처분을 취소한다.
2. 항소취지
 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고는 2009. 3. 1. 국립○○대학교(이하 ‘○○대’라 한다) 의과대학 전임강사로 신규 임용된 후 ○○대 총장의 겸직허가를 받아 2009. 4. 1.부터 ○○대가 설립한 국립대학병원인 피고보조참가인(이하 ‘참가인’이라 한다)의 재활의학과에서 근무하여 왔고, 2018. 4. 1. ○○대 교수로 승진 임용되었다.
나. 그런데 참가인이 2018. 7. 24. 실시한 ‘갑질·폭언·폭행·성희롱 근절을 위한 노사공동 캠페인 설문조사’에서, 원고가 재활의학과 소속 직원들에 대하여 지속적인 폭언과 폭행을 하였다는 답변이 다수 제출되었다. 그에 더하여 재활의학과 소속 작업치료사들은 2018. 9. 27. 참가인에게, ‘2016년 이후부터 원고로부터 폭행, 폭언, 직권남용 등을 당해왔다’는 내용의 고충민원을 정식으로 제기하였다(이하 ‘제1고충민원’이라 한다). 
다. 참가인 특별인사위원회는 2018. 10. 12. ○○대에 원고에 대한 징계 심의를 요구하기로 의결하였고, 원고는 그 소명과정에서 ‘작업치료사들이 원고 등 담당의로부터 처방받은 특수작업치료를 제대로 시행하지 않고 그보다 의료수가가 낮은 단순작업치료 또는 복합작업치료만 시행하였음에도 마치 특수작업치료를 한 것처럼 진료기록을 허위로 작성한 후 진료비를 과다청구하였다’는 사실을 참가인에게 신고하였다(이하 ‘1차 신고’라 한다).
라. 제1고충민원을 제기한 작업치료사들 중 일부는 원고가 폭언, 폭행을 하는 장면을 동영상으로 촬영해 두었는데, 2018. 11. 27. 그 동영상이 배포되었고, “○○대 병원 교수 ‘갑질’ 동영상 파문” 등의 제목으로 뉴스에도 보도되었다. 한편 참가인 소속 직원들은 그 무렵 원고를 작업치료사들 폭행 등의 사실로 고소·고발하였다[이후 원고는 의료법위반 및 폭행죄로 기소되어 2021. 6. 22. 1심에서 벌금 1,000만 원의 유죄판결을 선고받았다가(제주지방법원 2019고단2172), 2022. 1. 18. 그 항소심에서 벌금 5,000만 원의 유죄판결(제주지방법원 2021누426)을 받았는데, 위 항소심 판결은 2022. 7. 15. 그에 대한 원고의 상고가 기각됨으로써(대법원 2022도2060) 그대로 확정되었다]. 
마. ○○대 총장은 2018. 12. 24. 제1고충민원을 이유로 원고를 직위해제 하였다.
바. 참가인 특별인사위원회는 2018. 12. 27. ‘○○대 총장에게 원고의 참가인 재활의학과 직무 겸직해제를 요구하는 안건’을 심의하였으나, 부결되었다. 원고는 그 소명과정에서 ‘물리치료사가 의료기기 판매업 신고 없이 환자들에게 의료기기인 개인용 전기치료 패드를 판매하였다’는 사실을 참가인에게 신고하였다(이하 ‘2차 신고’라 한다). 
사. 또한 원고는 2019. 1.경 참가인 소속 물리·작업치료사들을 국민건강보험법위반, 사기 및 의료기기법위반, 의료법위반 혐의로 경찰에 고발하였다(이하 위 고발을 ‘3차 신고’라 하고, 1차, 2차 각 신고와 함께 ‘이 사건 각 신고’라 통칭한다). 
아. ○○대 총장은 작업치료사들의 제1고충민원을 징계사유로 징계위원회의 의결을 거쳐 2019. 2. 20. 원고에 대하여 정직 3개월의 징계처분을 하였다[원고는 위 직위해제와 정직 처분에 불복하여 각 교원소청심사를 청구하였으나 기각되었고, 위 각 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 2022. 7. 14. 원고 패소판결이 확정되었다[1심: 제주지방법원 2019구합6097호, 항소심: 광주고등법원(제주) 2021누1680호, 상고심: 대법원 2022두32610호]. 
자. 참가인 소속 재활의학과 전공의 2인은 2019. 4. 8. 참가인에게 ‘원고가 제1고충민원과 관련하여 자신에게 유리한 소명자료로 사용할 목적으로 전공의들에게 환자나 보호자로부터 탄원서를 받아 제출하도록 강요하였고, 근무시간 외의 시간에 전공의들에게 업무 외 사적인 지시 등으로 잦은 연락을 하였으며, 전공의들에게 욕설과 폭행을 하였고, 회식 또는 야유회 등의 명목으로 근무시간 중 근무지를 무단으로 이탈하도록 지시하였으며, 작업치료사 폭행 장면이 담긴 치료 동영상을 은폐하도록 지시하였다’는 등의 내용으로 고충민원을 제기하였다(이하 ‘제2고충민원’이라 한다). 
차. 참가인은 2019. 4. 17. 조사위원회를 구성하여 제2고충민원에 대한 조사를 실시하였고, 조사위원회는 2019. 5. 10. 참가인에게 그 조사결과보고서를 제출하였다. 이후 참가인 특별인사위원회는 2019. 5. 14. 원고에 대한 겸직해제 요구를 의결하였고, 참가인 원장은 2019. 5. 15. ○○대 총장에게 원고에 대한 겸직해제를 요구하였다. ○○대 총장은 2019. 5. 20. 원고에 대하여 겸직해제 처분을 하였다. 원고는 위 겸직해제 처분에 불복하여 교원소청심사를 청구하였는데, 교원소청심사위원회는 2019. 10. 10. 위 겸직해제 처분의 기초가 되는 원고의 구체적 행위, 처분 내용 및 법적 근거에 대하여 통지하지 않았고, 위 겸직해제 처분 시에도 어떠한 행위에 대한 것인지 적시하지 않아 절차상 하자가 있다고 판단하여 위 겸직해제 처분을 취소하였다.
카. 참가인 특별인사위원회는 2019. 11. 5. 아래와 같은 이유(이하 ‘이 사건 겸직해제 요구이유’라 한다)로 다시 원고에 대한 겸직해제 요구를 의결하였고, 참가인 원장은 2019. 11. 11. 국립대학병원 설치법 시행령 제7조에 따라 ○○대 총장에게 원고에 대한 겸직해제 요구(이하 ‘이 사건 겸직해제 요구’라 한다)를 하였다. 
1. 품위유지의무 및 성실의무 위반(참가인 정관 제33조) 가. 부당한 구명활동의 지시 또는 강요 재활의학과 작업치료사들이 원고를 상대로 제1고충민원을 제기하고, 원고는 그 작업치료사들을 상대로 작업치료 관련 신고를 하는 등 원고와 작업치료사들 간 갈등이 발생하여, 참가인이 이에 대한 사실 조사를 진행하는 과정에서, 원고가 자신에게 유리한 자료를 취합하기 위해 자신의 지시·감독을 받고 있는 전공의들에게 ① 2018. 9. 7. 23:00경 월례회의 자료 및 작업치료사들의 오더 변경 요청 사실을 수집하여 자신에게 제공할 것을 지시하였고, ② 2018. 9. 22. 21명 이상의 환자나 보호자로부터 자신에게 유리한 내용의 탄원서를 받아올 것을 요구하였으며, ③ 2018. 12. 1. 알리오(공공기관 경영정보 공개시스템)에 이미 공개되어 있는 규정을 찾아올 것을 지시하였고, ④ 2018. 12. 6. 23:15경 2015년 통계자료, 직원 폭행 영상이 담긴 외장하드, 제1고충민원을 제기한 작업치료사들의 연차일정, 작업치료사들의 집회사진, 의료수가별 통계 자료 등을 수집하도록 지시하였다. 나. 전공의에 대한 사적 지시 및 업무시간 외 빈번한 연락 - 2018. 5. 30. 22:11경 전공의들이 있는 카카오톡 단체대화방에서 업무지시를 하는 등 평일에는 근무시간 외에, 당직이 아닌 주말에는 이른 아침이나 늦은 밤 등 시간을 가리지 않고 업무지시를 하였다. - 2018. 8. 18. 소외 2 교수가 청와대 정책실장으로 내정된 것과 관련하여 위 교수와 청와대를 비난하는 취지의 인터넷 기사 등 업무와 관련 없는 정치·경제적 이슈에 대한 자신의 생각에 동조할 것을 요구하는 취지의 카카오톡 메시지를 보내거나 전화를 하였다. - 2018. 9.경부터 2018. 11.경까지 전공의 중 1인에게 약 2,000통의 전화를 하였는데 그 통화 내용의 대부분은 업무와 관련이 없는 개인적인 내용이었다. - 전공의에게 빵을 만들어 먹자고 하여 전공의가 06:00경부터 빵을 굽기도 하였고, 2017. 6. 28.경에는 근무시간 중에 토스트와 빵 28개를 굽겠다고 하면서 21:00경 관련 지시를 하였으며, 그 밖에도 떡볶이, 부대찌개 등을 만들기 위한 재료를 구매하도록 시키는 등 업무와 무관한 지시를 하였다. 다. 전공의 및 작업치료사에 대한 폭언, 욕설, 폭행 - 제1고충민원으로 징계 등 논의가 이루어지던 시기에 전공의 중 1인에게 “이 새끼가 나한테 왜 그러는 거냐? 얘네들이 얘네 셋이 A, B, C? 야 B 완전 개쓰레기 새끼네”, “C, C 이 개새끼가 그냥 진짜 욕나온다. 아예 죽여버렸어야 됐는데 봐줬더니 그런 그지같은 새끼들한테 내가 사과를 해야 하는 게 짜증나는 거지”라고 하여 민원을 제기한 작업치료사들에 대한 욕설을 한 바 있다. - 그 밖에도 2017년경 환자, 보호자, 의료진, 의료기사 및 간호사, 선후배 전공의들이 보는 앞에서 전공의의 등을 때리거나 꼬집고 밟는 등의 행위를 하였다. 라. 전공의에 대한 근무지 무단이탈 지시 및 이와 관련한 허위 진술 종용 - 전공의들에게 ① 2017. 7. 21. 물놀이를 가자고 하여 11:30경 제주시 외도동 월대천으로 물놀이를 갔고, ② 2018. 4. 2. 벚꽂놀이를 가자고 하여 17:00경 제주시 삼도동 전농로로 벚꽃놀이를 갔으며, ③ 2018. 6. 1. 놀러가자고 하여 15:00경 제주시 삼양동에 있는 해수욕장에 갔고, ④ 2018. 7. 11. 회식을 하자고 하여 17:20경 도남오거리 식당에서 회식을 하였으며, ⑤ 2018. 7. 31. 회식을 하러 가자고 하여 17:20경 제주시 금복촌 횟집에 가게 하는 등 전공의들의 의사에 반하여 근무시간 중 무단이탈을 지시한 사실이 있다. - 제1고충민원 처리과정에서 위 ③의 삼양동 해수욕장 무단이탈 건이 문제되자 2018. 10. 2. 13:00경 전공의에게 전화를 걸어 “나머지 애들이랑 절대 같이 갔다는 소리하면 안 되고”라고 허위 진술을 종용하였다. 마. 관련 동영상 은폐 시도 - 제1고충민원 관련 환자평가를 녹화한 동영상과 관련하여, ① 전공의에게 언어치료사가 관리하는 작업치료 과정 촬영 동영상이 저장된 캠코더 및 컴퓨터 외장하드의 위치를 파악하고 그 자료를 가져오라고 강요하였고, ② 근전도실에 보관되어 있는 작업치료 과정 촬영 동영상이 저장된 외장하드를 가져가 2018. 9. 7. 16:00경 재활센터 내 제2진료실의 컴퓨터로 옮긴 후 2017년까지의 동영상을 삭제하였으며, 2018. 9. 27. 그 컴퓨터로 옮긴 동영상까지 모두 삭제하였고, ③ 작업치료 동영상 외장하드를 보관하고 있던 언어치료사에게 연락하여 동영상 은폐를 시도하였음에도 이후 조사과정에서 그 혐의를 모두 부인하였다. 2. 소속 직원에 대한 지휘·감독 능력 부족 - 위와 같은 전공의 관련 건 뿐만 아니라 재활의학과 소속 직원들에 대한 폭행 건 등으로 이미 정직처분을 받은 사실과 아울러 병원 전공의, 재활의학과 의료진(교수), 의료기사 및 병동 간호사 등이 원고가 정직처분을 마친 후 복귀하면 사직을 하고 다른 병원으로 옮기겠다는 취지의 탄원서를 제출하였다. - 그 밖에 졸업생들이 제출한 탄원서를 감안할 때 원고는 지도교수 및 겸직교원으로서 더 이상 소속 직원에 대한 지휘·감독을 할 수 없는 상황이다.
타. 한편 참가인 원장은 2019. 11. 6. 제2고충민원과 관련하여 해당 전공의들로부터 원고와 분리해 달라는 요구가 있음을 이유로 「전공의의 수련환경 개선 및 지위 향상을 위한 법률」(이하 ‘전공의법’이라 한다) 제11조, 제11조의2, 「전공의 폭력과 성희롱 등 예방 관리를 위한 지침」 제8조에 근거하여 원고에 대하여 ‘① 입원환자 주치의 배정에서 제외, ② 재활의학과 전공의들에 관한 회의 등 참여 제한, ③ 전공의들의 의사에 반한 연락 금지’를 내용으로 하는 전공의와의 분리명령(이하 ‘이 사건 분리명령’이라 한다)을 하였다. 
파. 원고는 2019. 12. 3. 피고에게 ‘보호조치 및 불이익조치 금지 신청’이라는 제목의 신청서를 제출하여 ‘① 참가인 특별인사위원회가 공익신고자 보호법 제12조를 위반하여 원고가 이 사건 각 신고를 한 사실을 해당 치료사들에게 유출(이하 이를 ‘비밀보장의무 위반’이라 한다)함으로써 그 치료사들이 원고가 나온 영상을 악의적으로 편집해 인터넷에 유포하여 언론에서 ‘○○대병원 갑질 교수’라는 제목으로 기사화되어 원고가 정신적 피해를 입게 되었는데, 도리어 참가인은 언론 기사로 참가인의 명예가 훼손된 데에 원고에게 책임이 있다는 명분으로 원고에 대한 일련의 부당한 조치가 이루어지게 하였다(이하 ‘① 신청사유’라 한다). ② 참가인 특별인사위원회 위원장은 원고에게 이 사건 각 신고의 취하를 종용하고, 사직을 권유하였고(이하 ‘② 신청사유’라 한다), ③ 관련된 허위사실(원고가 치료사들을 폭행하는 장면이 저장된 외장하드 은폐 시도)을 유포하여 참가인 소속 구성원들로부터 집단 따돌림을 당하게 하였다(이하 ‘③ 신청사유’라 한다). ④ 또한 참가인은 이 사건 분리명령 등 조직적인 진료방해를 하다가(이하 ‘④ 신청사유‘라 한다), ⑤ ○○대 총장에게 이 사건 겸직해제 요구까지 하였다(이하 ‘⑤ 신청사유’라 한다). 이와 같은 참가인의 일련의 부당한 조치는 공익신고인 이 사건 각 신고를 이유로 한 것이다’라고 주장하면서 공익신고자 보호법 제17조 제1항에 따른 원상회복 등 보호조치를 신청하는 한편(이하 ‘이 사건 보호조치 신청’이라 한다), ‘이 사건 겸직해제 요구로 인해 ○○대 총장이 곧 겸직해제 조치를 취할 우려가 명백한 상황이다’라고 하면서 공익신고자 보호법 제22조 제1항에 따른 불이익조치(겸직해제) 금지도 신청하였다(이하 ‘이 사건 불이익조치 금지 신청’이라 하고, 이 사건 보호신청 조치와 함께 ‘이 사건 각 신청’이라 한다). 
하. 이에 피고는 조사를 거친 후 2020. 5. 25. 이 사건 보호조치 신청의 취지를 ‘참가인이 ○○대 총장에게 원고에 대한 겸직해제를 요구한 것(이 사건 겸직해제 요구)은 공익신고로 인한 불이익조치이므로 원상회복을 신청한다’로 정리한 후 ‘공익신고자 보호법상 이 사건 각 신고는 공익신고에, 이 사건 겸직해제 요구는 불이익조치에 각 해당하나, 이 사건 각 신고와 이 사건 겸직해제 요구 사이에 인과관계가 인정되지 않는다’는 이유로 이 사건 보호조치 신청을 기각하는 결정을 하였다(이하 ‘이 사건 결정’이라 한다). 그러나 피고는 이 사건 불이익조치 금지 신청에 대한 판단을 별도로 명시하지는 않았다. 
 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 7, 9, 15, 21호증, 을 제1 내지 4, 7, 12, 13 내지 15, 17, 18, 23호증, 을나 제2, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 결정의 적법 여부 
가. 원고의 주장 요지 
1) 절차상 하자 
 이 사건 결정에는 다음과 같은 절차상 하자가 있으므로 취소되어야 한다. 
가) 다른 불이익조치(①~④ 신청사유)에 대한 판단누락 
 원고가 이 사건 보호조치 신청을 통해 원상회복 등 보호조치의 대상으로 삼은 불이익조치에는 이 사건 겸직해제 요구(⑤ 신청사유) 외에 비밀보장의무 위반, 이 사건 신고 취하 종용, 사직 권고, 집단 따돌림, 이 사건 분리명령 등 조직적 진료방해(①~④ 신청사유)도 있었다. 그럼에도 피고는 이 사건 겸직해제 요구에 대하여만 판단하고, 비밀보장의무 위반 등 다른 불이익조치에 대하여는 아무런 판단을 하지 않았으므로 이 사건 결정은 위법하다. 
나) 불이익조치 금지 신청에 대한 판단누락 
 원고는 공익신고자 보호법 제22조 제1항에 근거하여 원고가 받을 우려가 있는 겸직해제의 금지를 구하는 불이익조치 금지 신청(이 사건 불이익조치 금지 신청)도 하였는데, 이 사건 결정에는 그에 대한 판단이 누락되어 위법하다. 
다) 처리기한을 준수하지 않은 위법
공익신고자 보호법 시행령 제16조 제1항, 제18조 제2항에 의하면, 피고는 접수된 민원을 60일 이내에 처리하여야 하고, 부득이한 사유가 있는 경우에 한하여 그 처리기한을 60일까지 연장할 수 있다. 그럼에도 피고는 위 처리기한을 위반하여 이 사건 각 신청이 접수된 때로부터 5개월이 훨씬 경과한 후에야 비로소 이 사건 결정을 하였으므로 위법하다. 
2) 실체상 하자 
 다음과 같은 점에서 피고가 이 사건 각 신고와 이 사건 겸직해제 요구 사이에 인과관계가 인정되지 않는다고 판단한 것은 잘못이다. 참가인이 주장한 이 사건 겸직해제 요구이유는 모두 사실이 아니고, 원고가 참가인 소속 치료사들의 비위행위를 지적하고 그에 대한 개선을 시도하는 과정에서 해당 치료사들과 갈등을 겪게 되었고, 이에 그 치료사들이 제1고충민원을 제기한 점 등 이 사건 겸직해제 요구에 이르게 경위를 보면, 이 사건 겸직해제 요구는 원고가 이 사건 각 신고를 하였기 때문으로 볼 수밖에 없다. 전공의들의 제2고충민원은, 치료사들의 원고에 대한 고소로 진행된 경찰 수사과정에서 전공의들이 참고인 신분으로 조사를 받다가 피의자로 전환될 수 있다는 말에 제기한 것으로, 이 사건 각 신고와 무관하다고 보기 어렵다. 이 사건 겸직해제 요구의 주된 이유는 전공의들이 분리수련 요구를 하였다는 것인데, 당시 원고는 이 사건 분리명령으로 이미 분리수련이 이루어지고 있었는데도, 참가인은 피고에게 그러한 사실을 고의로 은폐하였다. 또한 참가인은 참가인에게 육아휴직신청 수리권한이 있는데도 원고의 육아휴직신청마저 반려한 채 이 사건 겸직해제 요구를 하였다. 그런데도 피고는 위와 같은 사실들을 제대로 조사하지 않은 채 이 사건 겸직해제 요구가 정당하다고 판단한 것은 위법하다. 
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
다. 절차상 하자 주장에 대한 판단 
1) 다른 불이익조치(①~④ 신청사유)에 대한 판단누락 주장에 대하여 
가) 이 사건 신청서에는 원고가 받은 불이익조치로 이 사건 겸직해제 요구 외에도 이 사건 겸직해제 요구 시까지 입은 불이익조치로, ‘① 참가인의 비밀보장의무 위반(이 사건 각 신고 사실 유출), ② 이 사건 각 신고의 취하 종용 및 사직 권유, ③ 관련 허위 사실 유포에 따른 집단 따돌림, ④ 이 사건 분리명령 등 조직적인 진료방해’(①~④신청사유)가 기재되어 있는 사실, 이 사건 결정은 이 사건 겸직해제 요구에 대한 보호조치 신청을 기각한다는 취지로 되어 있고, 그 외 원고가 ①~④ 신청사유에서 주장한 각 불이익조치가 이 사건 각 신고로 인한 것인지에 대한 명시적 판단이 포함되어 있지 않은 사실은 앞서 본 바와 같다. 
나) 그러나 원고가 ①~④ 신청사유에서 주장한 각종 불이익조치가 공익신고자 보호법 제2조 제6호 각 목에서 정한 불이익조치에 해당한다 하더라도, 피고는 이에 대해 추가로 결정할 수 있으므로 ①~④ 신청사유에 대한 명시적 판단을 하지 않았다는 이유만으로 이 사건 결정을 취소하여야 할 절차상 위법이 있다고 볼 수 없다(공익신고자 보호법 제18조 제1항 제4호에 의하면 각하결정, 보호조치결정 또는 기각결정을 받은 동일한 불이익조치에 대하여 다시 신청한 경우에 결정으로 신청을 각하할 수 있다고 규정하고 있는바, 원고가 판단이 누락되었다고 주장하는 개별 불이익조치에 대한 보호신청에 대해서는 그에 대한 결정을 받은 바 없다는 이유로 다시 보호조치를 신청하는 데에 제약이 있다고 볼 수도 없다). 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 
2) 불이익조치 금지 신청에 대한 판단누락 주장에 대하여 
가) 앞서 살펴본 바와 같이 원고는 참가인 원장의 이 사건 겸직해제 요구와 관련하여 공익신고자 보호법 제17조 제1항의 보호조치와 제22조 제1항의 불이익조치(○○대 총장의 겸직해제) 금지 신청(이 사건 불이익조치 금지 신청)을 하였으나, 불이익 금지 신청에 대하여는 따로 결정하지 않았다.
나) 그러나 공익신고자 보호법 제17조 제1항의 보호조치 신청은 공익신고자등이 이미 받았다고 주장하는 불이익조치에 대해 원상회복 등 필요한 조치를 신청하는 것이고, 같은 법 제22조 제1항에서 정한 불이익조치 금지 신청은 ‘불이익조치를 받을 우려가 명백한 경우’에 해당하여 불이익조치의 금지를 신청하는 것으로, 형식적으로 하나의 신청서에 보호조치 신청과 불이익조치 금지 신청을 하였다 하더라도 양자는 별개의 신청에 해당하고, 이에 대해 반드시 동시에 하나의 결정으로 하여야 하다거나, 하나의 결정으로 하지 않을 경우 위법하다고 볼 근거를 발견할 수 없다. 따라서 이 사건 결정으로써 이 사건 보호조치 신청을 기각하는 취지의 결정만 하였더라도 이 사건 결정을 취소하여야 할 절차상 하자가 있다고 볼 수 없다[보호조치 신청과 불이익조치 금지 신청이 별개라고 하면서 불이익조치 금지 신청에 대한 판단을 하지 않았다는 이유로 보호조치 신청을 기각하는 결정이 위법하다고 하는 것은 모순이다. 한편 원고가 금지를 요구한 불이익조치는 참가인 원장의 이 사건 겸직해제 요구에 따라 ○○대 총장으로부터 받을 우려가 있는 겸직해제 처분으로, 이는 이 사건 겸직해제 요구를 전제로 하는 것이므로, 이 사건 각 신고와 이 사건 겸직해제 요구 사이에 인과관계가 인정되지 않아 그에 대한 보호조치 신청을 기각한다는 취지의 이 사건 결정의 취지에는 이 사건 겸직해제 요구에 따른 불이익조치(○○대 총장의 겸직해제)의 금지 신청 역시 받아들일 수 없다는 취지도 포함되어 있다고 볼 수도 있다]. 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다. 
3) 처리기간을 준수하지 않아 위법하다는 주장에 대한 판단 
공익신고자 보호법 시행령 제16조 제1항은 “위원회는 법 제17조 제1항에 따라 보호조치 신청을 받은 경우에는 그 신청을 접수한 날부터 60일 이내에 법 제20조 제1항에 따른 보호조치결정 및 같은 조 제2항에 따른 보호조치 권고(이하 ‘보호조치결정등’이라 한다)를 하여야 한다. 다만, 필요한 경우에는 그 기간을 30일 이내에서 연장할 수 있다”고 정하고 있다. 이와 같이 보호조치 신청에 대한 처리기간을 정하는 것은 가능한 한 조속히 처리하도록 하기 위한 것으로, 처리기간에 관한 위 규정은 훈시규정에 불과할 뿐 강행규정이라고 볼 수 없다. 따라서 피고가 위 처리기간을 지나 이 사건 결정을 하였더라도 그러한 사유만으로 이 사건 결정이 위법하게 된다고 할 수 없다.
4) 소결 
 위와 같이 원고가 주장하는 사유만으로 이 사건 결정을 취소하여야 할 절차상 하자가 있다고 볼 수 없고, 그밖에 이 사건 결정을 취소하여야 할 어떤 절차상 하자가 있다고 볼 만한 자료가 없다. 따라서 원고의 절차상 하자 주장은 이유 없다. 
라. 실체상 하자 주장에 대한 판단
1) 공익신고자 보호법 제2조 제6호 다목은 ‘전보, 전근, 직무 미부여, 직무 재배치, 그 밖에 본인의 의사에 반하는 인사조치’를 불이익조치로 규정하고 있다. 한편 국립대학병원 설치법 제17조 제1항, 제2항 및 같은 법 시행령 제7조에 의하면, 관련대학에 근무하는 교육공무원은 대학병원 원장의 요청에 따라 관련대학 총장이 허가할 경우 대학병원의 직무를 겸할 수 있고, 대학병원 원장은 국가공무원법 제78조 제1항 각 호에서 정한 징계 사유가 있거나 대학병원의 정관 등을 위반하거나 성실의무를 위반한 경우 관련대학 총장에게 겸직교원의 겸직해제를 요청할 수 있다. 위 각 규정에 의하면, 원고의 의사에 반하는 참가인 원장의 이 사건 겸직해제 요구는 공익신고자 보호법 제2조 제6호 다목에서 정한 불이익조치에 해당한다고 봄이 타당하다. 
2) 나아가 이 사건 겸직해제 요구가 이 사건 각 신고를 이유로 한 것인지, 즉 이 사건 각 신고와 이 사건 겸직해제 요구 사이에 인과관계가 인정되는지에 관하여 본다. 
가) 공익신고자 보호법 제23조는 공익신고등이 있은 후 2년 이내에 공익신고자등에 대하여 불이익조치를 한 경우(2호), 공익신고자등이 공익신고자 보호법에 따라 공익신고등을 한 후 같은 법 제17조 제1항에 따라 피고에게 보호조치를 신청하거나 법원에 원상회복 등에 관한 소를 제기하는 경우(4호) 등에는 공익신고자등이 해당 공익신고등을 이유로 불이익조치를 받은 것으로 추정한다고 규정한다. 이 사건 각 신고는 2019. 1.에 이루어졌고, 이 사건 겸직해제 요구일은 그로부터 2년 이내인 2019. 11. 11.이므로 이 사건 각 신고와 이 사건 겸직해제 요구 사이의 인과관계가 추정된다. 
나) 그러나 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 겸직해제 요구는 원고의 공익신고와 무관하게 이루어진 것으로서, 원고의 이 사건 각 신고가 없었어도 불이익조치를 했을 만한 다른 뚜렷한 사유가 인정되므로, 공익신고자 보호법 제23조에 의한 인과관계의 추정이 번복되었다고 봄이 타당하다. 따라서 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 
(1) 이 사건 각 신고는 주로 참가인 소속 치료사들의 국민건강보험법위반, 의료기기법위반, 의료법위반 등 비위행위와 관련된 것이다. 그런데 이 사건 겸직해제 요구를 하게 된 계기는 참가인 소속 전공의들이 원고로부터 폭언·폭행 등을 당했다는 등의 제2고충민원을 제기한 데에 있다. 참가인은 조사위원회를 구성하여 제2고충민원에 대한 조사를 실시하였고, 참가인의 특별인사위원회는 그 조사결과를 토대로 원고에 대한 겸직해제 요구를 의결하였는바, 이 사건 겸직해제 요구는 그 의결에 따른 것이다. 
(2) 국립대학병원 설치법 시행령 제6조 제1항은, 대학병원의 직무를 겸하는 교육공무원(이하 ‘겸직교원’이라 한다)은 대학병원의 정관 및 각종 규정을 준수하고, 성실하게 병원업무를 수행하여야 한다고 규정한다. 또한 국립대학병원 설치법 시행령 제7조에 의하면, 대학병원 원장은 국가공무원법 제78조 제1항 각 호에서 정한 징계 사유가 있거나 대학병원의 정관, 그밖에 각종 규정을 위반하거나 성실의무를 위반한 경우 관련대학 총장에게 겸직교원의 겸직해제를 요청할 수 있다. 참가인의 인사규정 제55조에 의하면, 겸직교원에게 국가공무원법 제78조 제1항 각 호의 사유가 있는 경우뿐만 아니라 ‘소속 직원에 대한 지휘 감독 능력이 현저하게 부족하다고 인정되는 경우’를 겸직해제를 요청할 수 있는 경우로 정하고 있다. 
(3) 그런데 을 제1, 2, 21, 23, 25, 26호증, 을나 2, 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 겸직해제 요구이유 중 피고가 증거가 불충분하여 혐의를 인정할 수 없다고 본 이유(‘동영상 은폐 시도’)를 제외한 나머지 이유에 대해서는 그 판단의 기초가 된 사실관계가 모두 인정된다[나아가 원고는 참가인의 치료사들을 폭행한 사실로 기소되어 유죄판결을 받고, 그 판결이 확정된 사실도 인정된다]. 
 그와 같은 사실관계에 더하여 전공의들은 지도전문의의 지도 수련을 받는 지위에 있고, 전공의 수련 과정은 의료인력 양성을 위한 것인데, 수련환경은 환자안전과도 직결되는 점, 대학병원의 겸직교원이 대학병원 직원에 대해 제대로 지휘·감독을 할 수 없다면 환자안전을 담보하기 어려운 점, 그밖에 의료 분야의 전문성과 공익성 등 그 특수성을 고려하면, 이 사건 각 신고가 없었더라도 참가인의 특별인사위원회가 이 사건 겸직해제 요구를 의결하였을 것임이 충분히 인정된다. 
(4) 원고는, 이 사건 분리명령으로 이미 분리수련이 이루어지고 있었다는 사정을 들어 이 사건 겸직해제 요구가 부당하고, 이 사건 결정 과정에서 그와 같은 사정이 충분히 고려되지 않았으므로 이 사건 결정이 위법하다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 분리명령은 제2고충민원을 제기한 해당 전공의들의 요구에 따라 전공의법 제11조, 제11조의2와 관련 지침에 근거하여 이루어진 것으로서 그 내용이나 효과가 이 사건 겸직해제 요구와 전혀 다르고, 이 사건 분리명령에 따라 분리수련이 이루어지고 있었다는 사정이 이 사건 겸직해제 요구이유와 양립할 수 없는 사정이라고 볼 수 없으므로, 원고 주장의 위 사정이 이 사건 각 신고와 이 사건 겸직해제 요구 사이의 인과관계 추정을 번복하는 데에 아무런 방해가 되지 않는다. 오히려 이 사건 분리명령이 이루어지기까지의 경위를 보면, 원고 주장의 위 사정은 이 사건 각 신고와 이 사건 겸직해제 요구 사이의 인과관계가 없음을 뒷받침한다. 
3) 결국 이 사건 각 신고와 이 사건 겸직해제 요구 사이에 인과관계를 인정할 수 없으므로, 이 사건 결정은 적법하다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 배준현(재판장) 이은혜 배정현