법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1992.07.28 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 한국신송전타일주식회사 소송대리인 변호사 황영선
【피고, 피상고인 겸 상고인】 동래세무서장
【원심판결】 부산고등법원 1991.9.4. 선고 88구865 판결
【주 문】
 원심판결 중 소를 각하한 부분과, 피고의 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 부산고등법원에 환송한다.
 원고의 나머지 상고를 기각한다.
 상고가 기각된 부분의 상고비용은 원고의 부담으로 한다.

【이 유】 1. 원고소송대리인의 상고이유를 본다.
 제1점에 대하여
 가. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 피고가 이 사건 1982, 1983, 1984년의 3개 사업년도에 대한 법인세와 부가가치세를 실지조사한 결과 그 판시와 같은 매출누락사실이 있다고 인정하여 그 중 재료비를 공제한 도합 금 1,433,800,746원을 익금가산하고 귀속 당시의 대표이사에 대한 상여로 결정하여 1987. 5. 1. 원고 회사에 대하여 소득금액변동통지를 한 다음 1987. 7. 1.이 사건 갑종근로소득세의 부과처분을 하였음에도 원고는 그중 1987. 5. 11.자 법인세 및 그 방위세와 부가가치세 부과처분에 대하여만 이의신청(87. 7.1.), 심사청구(87. 9. 9.) 및 심판청구(87. 12. 28.)를 하면서 단지 소득금액변동통지로써 인정상여결정을 한 피고의 조치에 대하여 비의하였을 뿐이고 국세청장, 국세심판소장도 각기 그 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 기각하는 결정이유에서 소득금액변동통지 내지 인정상여결정이 타당하였음을 밝힌 데불과하므로, 1987. 7. 1.자 갑종근로소득세의 부과처분에 대하여는 적법한 전심절차를 마쳤다고 할 수 없을 뿐 아니라 이 경우가 행정소송법 제18조 제2항, 제3항에서 말하는 행정심판이나 행정심판재결을 거칠 필요가 없는 경우에 해당한다고 볼 수도 없고 또 가사 그와 같은 경우에 해당한다고 하더라도 처분이 있음을 안 날로부터 행정소송법 제20조 제2항의 제소기간인 180일이 지난 후에야 이 사건 소를 제기하였으므로 어느 모로 보나 부적법하다고 판단하였다.
 나. 납세의무자가 소득금액변동통지에 대하여만 이의신청이나 심사 및 심판청구를 한 것이라고 하여도 그 취지 중에 소득금액변동통지에 따른 과세처분의 취소까지 구하는 취지가 포함되어 있었다면 그 당부에 관한 결정에는 과세처분의 당부에 관한 실질적인 심리판단이 있었다고 볼 것이므로 그에 관한 과세처분 취소소송에 관하여는 국세기본법 소정의 전심절차를 거쳤다고 봄이 상당하다고 하겠고, 또한 납세의무자는 통상 소득금액변동통지 그 자체만을 상대로 국세기본법 소정의 전심절차를 거치려는 취지는 아닐 것이므로 특별한 사정이 없는 한 거기에는 필연적으로 뒤따르게 될 과세처분을 예견하여 그 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다고 보는 것이 합리적이라고 할 것이다(당원1991. 12. 24. 선고 90누10216판결 등 참조).
 이 사건 이의신청서(갑 제3호증의1), 심사청구서(갑 제4호증의1), 심판청구서(갑 제5호증의1)를 보면 그 취지가 인정상여금 1,433,800,746원에 대한 갑종근로소득세 금 796,532,480원의 부과처분 취소를 구한 것으로 되어 있으므로 비록 그 처분일자와 고지세액 등이 제대로 특정되어 있지 않기는 하나 소득금액변동통지 자체의 취소를 구하는 것이 아니라 그에 뒤따른 과세처분에 대하여 불복하는 취지임을 알아보기에는 충분하고 그 이의신청에 대한 결정과 심사청구, 심판청구 및 그에 대한 결정이 또한 모두 이 사건 과세처분의 고지 후에 있었으므로 결국 위 불복과 결정에는 과세처분의 당부에 관한 불복취지와 그에 대한 실질적인 심리판단이 있었다고 보아야 할 것이다.
 이와 달리 본 원심은 이 점을 간과하고 증거판단을 소홀히 하여 전치절차의 경유여부에 관한 판단을 그르친 것이라 하지 않을 수 없다.
 이 점을 지적하는 주장은 이유 있다.
 그리고 원심이 행정소송법 제18조 제2,3항의 규정을 들어 전치경유의 필요여부를 판단한 것은 원고가 전치절차를 경유하였음이 위와 같은 이상 결국 불필요한 것으로 돌아가겠으나, 원심이 행정소송법 제20조의 규정을 들어 이 부분 소가 제소기간을 도과하여 위법하다고 판단한 것은 위 규정들이 조세소송에 있어 적용되는 규정이 아니라는 당원의 견해와도 어긋나는 것이다(국세기본법 제56조 제2항, 당원 1991.5.24. 선고 91누247판결; 1990.10.12. 선고 90누2383판결; 1989.11.10. 선고 88누7996판결 등 참조).
 제2점에 대하여
 원심이 을 제8호증의 1,2,3(비밀장부)과 을 제7호증의 4 내지 188(확인서) 등 관계증거에 의하여 원고가 그 판시의 합계 금 1,894,369,087원 상당을 매출누락한 사실을 인정하고 위 확인서 등이 세무공무원의 강박에 의하여 작성된 것이라는 원고주장을 배척한 것은 기록에 비추어 옳게 수긍이 되고, 또 부산지방국세청에서 그 문서작성관계자인 소외 1과 소외 2를 조사한 결과(을 제14호증의 4,5) 등에 비추어 보면 위 비밀장부의 원본존재와 진정성립도 인정되므로, 원심판결에 채증법칙을 어긴 위법이 없다.
 주장은 어느 것이나 원심의 전권인 사실의 인정과 증거의 취사를 탓하는 것에 돌아간다.
 제3점에 대하여
 가. 원고가 취소를 구하는 이 사건 1982년 제2기분 부가가치세에 관한 피고의 부과처분은 과세표준을 금 643,156,048원, 세액을 금 64,315,604원으로 하는 증액경정처분과 그로 인한 가산세 금 8,449,959원의 부과처분임이 기록상 명백하고, 원심은 위와 같은 피고의 과세표준과 세액의 부과처분이 이중과세가 아니라고 판단한 취지임을 알아볼 수가 있다.
 나. 피고가 위 부가처분을 고지함에 있어 원고에게 송달한 납세고지서(갑 제2호증의 3)를 보면 그 산출세액 금 64,315,604원과 가산세액 금 8,449,959원에서 매입세액 금 95,743,926원과 자진납부세액으로 부(마이너스)의 금 53,985,559원을 각 공제한 금 31,007,196원이 납부 및 징수할 세액인 것으로 기재되어 있고, 이는 한편으로 원고가 과세표준과 세액의 예정신고시에 환급세액을 금 22,173,422원으로, 확정신고시에 금 31,812,137원으로 각 신고하였으나(을 제4호증의2) 후에 환급세액을 금 16,090,487원으로 수정신고하면서 당초 환급세액과의 차액인 금 15,721,650원을 납부한 사실(갑 제21호증의 1,2)과 합쳐볼 때 원고가 수정신고시에 납부한 세액을 차감하지 아니한 채로 예정신고시와 확정신고시의 환급세액을 전부 환급받은 것으로 보아 잘못 산출된 세액의 고지임은 지적하는 바와 같다.
 그러나 위 납부고지서에 의한 세액의 고지는 부과고지인 동시에 징수고지의 성질을 겸하고 있고 위와 같이 잘못 산출된 납부 및 징수세액의 기재는 피고가 부과고지하는 세액 중 이미 납부 또는 환급으로 채무소멸된 세액과의 차액을 한도로 하는 이행과 징수세액에 관한 것이므로 그 징수고지처분의 위법사유로 됨은 별론으로 하고 이로써 피고가 부과고지할 과세표준과 세액의 범위가 달라지는 것이 아니다.
 다. 그 점에 관한 원심의 이유설시가 충분하다고는 할 수 없으나 피고의 부과처분에 과세표준이나 세액의 중복이 없다고 본 결론은 정당하므로, 거기에 판결에 영향을 미치는 판단유탈의 위법이 있다고 할 수 없다. 결국 주장은 이유 없다.
 제4점에 대하여
 수입이자 등 영업외 수익도 법인의 과세소득이 되는 것이므로 이와 다른 전제에서 한 주장은 법률상 이유가 없으나, 원심이 그 판시와 같이 추계로 세액산출한 자체가 유지될 수 없음이 뒤에서 보는 바와 같으므로 이에 대하여는 따로 판단하지 아니한다(다만 이 부분 영업외 수익에 소득표준율을 적용한 원심의 조치는 법인의 소득과 추계에 관한 법리를 오해한 것임이 피고상고이유 제3점으로 지적된 바와 같지만, 그 또한 원래 유지될 수 없는 부분에 관한 지적임은 위와 마찬가지다).
 2. 피고 소송수행자의 상고이유에 대하여 본다.
 가. 원심판결 이유에 의하면 원심은 피고가 원고의 1982, 1983, 1984년도 수입금액을 실지조사하여 그 과세표준을 결정함에 있어서 신고된 수입금액에 대한 손금은 실지조사결정하였으나 매출누락분에 대한 손금은 원고가 위 각 사업년도의 법인세신고시에 제출한 손익계산서상 매출원가(기초제품재고액+당기제품제조원가-기말제품재고액)의 매출액에 대한 원가율을 산출한 다음 신고된 매출분에 대한 원가율을 가지고 매출누락금에 대한 매출원가 상당액을 산출하여 다시 이 금액에다가 제조원가 중 재료비가 차지하는 구성비율을 곱하여 계산한 재료비 상당액을 손금으로 가산하였고 위 매출누락분에 대한 기초제품재고액과 기말제품재고액의 존부나 그 금액을 별도로 조사하지 아니한 사실을 인정하고 나서, 매출원가는 기초제품재고액에 당기의 제품제조원가를 합친 금액에서 기말제품재고액을 공제하여 산출하는 것으로서 원가율은 위와 같은 매출원가의 매출액에 대한 백분비를 말하는 것이므로 매출누락에 대한 매출원가를 계산하려면 매출누락분에 대한 당기의 제품제조원가 외에 기초제품재고액과 기말제품재고액이 확정되어야 할 것인데 그와 같은 매출누락분에 대한 기초제품재고액과 기말제품재고액의 존부나 금액에 대한 법인의 장부와 증빙서류에 의한 조사를 함이 없이 법인이 당초에 신고한 원매출분에 대한 제조원가와 기초제품재고액 및 기말제품재고액을 기초로 산출한 원가율을 가지고 매출누락분에 대한 매출원가를 산출함은 실지조사의 방법에 의한 손금계산이라고 볼 수 없을 뿐 아니라 손금실액을 반영한 것이라고 볼 수도 없으므로 피고는 신고수입에 대한 손금은 실지조사하고 매출누락분에 대한 손금은 추계하여 각기 그 과세표준을 합산한 것이니 이는 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계과세를 혼합한 것이어서 위법하다고 판단한 다음, 원고는 1982년 매출총액 금 3,486,106,183원 중 금 381,417,570원, 1983년 매출총액 금 4,242,924,575원 중 금 715,738,342원, 1984년 매출총액 금 4,561,687,367원중 금 797,213,175원의 매출액을 신고누락하였고 위 매출누락액에 대하여 그 제조원가등을 기장하지 아니하였으며 달리 현존하는 장부와 증빙서류들에 의하여 매출누락분에 대응하는 제조원가 등을 밝혀 실액에 의한 수지계산을 할 방법도 없으니 법인세법 시행령 제93조 제1항 제1호 소정의 추계요건을 갖추었다고 보아, 원고가 신고한 수입금액과 매출누락금액을 합한 금액에 소득표준율을 곱하여 소득금액을 산출한 다음 대표자급료 등을 공제하는 방법으로 정당세액을 산출하였다.
나. 그러나 납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할수 있고 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이다(1992. 3. 27. 선고 91누12912 판결; 1987. 10. 13. 선고 85누1004 판결 등 참조).
 원심이 확정한 바와 같이 원고가 1982년 매출총액 금 3,486,106,183원 중 금 381,417,570원, 1983년 매출총액 금 4,242,924,575원 중 금 715,738,342원, 1984년 매출총액 금 4,561,687,367원 중 금 797,213,175원의 매출액을 신고누락하였으나 위 매출누락액에 대하여 그 제조원가 등이 특별히 기장되어 있지 않고 달리 현존하는 장부와 증빙서류들에 의하여 매출누락분에 대응하는 제조원가 등이 밝혀진 바가 없다면 매출누락분에 대응하는 제조원가 등 비용도 원고가 장부기장한 비용에 포함되어 원고가 과세표준 등 신고시에 이미 손금에 산입하여 비용신고하였다고 보는 것이 옳다.
 원고가 특별히 이 사건 매출누락수입에 대응하는 제조원가 등 경비를 일일이 구분산출하여 별도기장해 두고서 이를 비용신고시에 누락시킨 사정이 있다면 원고가 그 별도기장해 둔 비용의 기장과 증빙 등에 의해 비용의 존재와 비용액을 입증할 책임이 있고, 원고의 그와 같은 입증이 없는 이상 사실상 그와 같은 별도비용은 없는 것이라고 단정하여도 좋을 것이며, 혹 그와 같은 별도비용이 있기는 한데 원고가 그 비용의 존재를 입증할 수 없거나 비용액을 확정할 수 없는 경우라 하더라도 그 또한 매출누락에 관한 증빙제출 등의 입증이 용이한 원고의 불이익으로 돌리는 것이 형평에 맞는다.
매출누락수입에 대응하는 별도비용의 지출이 있다는 납세의무자의 입증이 없는 한 그 누락수입에 대응하는 비용을 다시 공제할 필요가 없이 누락수익 전액을 누락소득으로 보면 된다고 하는 당원의 견해는 바로 이와 같은 경우를 가리키는 것이고, 이는 납세의무자가 그 수입 중 일부의 신고를 누락하여 과소신고하는 경우에도 비용만큼은 누락 없이 전부 신고하는 것이 통상적이라는 경험칙을 바탕으로 그와 다른 이례적 사정 즉 납세의무자가 손금에 산입할 비용 중 일부를 스스로 누락하여 과소신고하였다는 특별한 사정에 관하여는 납세의무자인 원고가 입증케 함이 타당하다는 입증책임 일반의 원칙에 부합하는 것이기도 하다.
 원심이 단일한 과세목적물에 대하여 실지과세와 추계과세방식을 혼합하여 과세표준 등을 정하는 것은 소득세법 등의 관계 법령이 인정하는 과세방식이 아니라고 한 것은 잘못이라고 할 수 없으나, 원심이 매출누락수입에 대응하는 제조원가 등 비용에 관한 장부기장이 없고 달리 증빙이 없다는 이유로 이를 추계조사결정의 요건이 있다고 보고서 신고수입금액과 누락수입금액을 합한 금액을 기초로 그 소득과 세액의 추계에 나아간 것은 우선 누락수입에 대하여 반드시 별도 비용공제되어야 함을 전제로 한 입장이라는 점에서 수긍될 수 없는 것이고, 그와 같이 반드시 비용공제되어야 한다는 전제에 서지 않는 한 이 사건 수입과 비용은 전부 그 실지조사결정이 가능하므로 이 사건 과세표준을 추계조사결정할 사유는 전혀 없는 것이어서 또한 긍인될 수 없다.
 다. 납세의무자가 세법의 규정에 의해 부담하는 납세의무를 확정짓는 절차로서 과세관청이 그 과세표준과 세액을 구체적으로 산출, 결정하게 되는 과정에 있어 과세청의 계산방식 등에 잘못이 있다 하더라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 원래 당해 납세의무자가 부담하여야 할 정당세액의 범위를 넘지 아니하는 결과로 되고 그 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 그 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 취소할 것은 아니라고 하겠다(당원 1989. 3. 28. 선고 88누6504판결등 참조).
 원고가 당초 신고한 수입 이외에 원고가 신고누락한 수입이 발견되었으나 원고가 당초 손금에 산입할 것으로 신고한 비용 이외에 누락수입에 대응하는 별도비용액이 결국 밝혀지지 아니한 이상 신고된 비용만을 공제하면 되는 것이므로 피고가 추가로 비용을 공제한 방식이 위법하다고 하더라도 그로 인한 세액이 정당세액의 범위를 초과하게 될 여지는 없다고 할 것인즉, 원심이 피고가 누락수입의 대응비용을 공제하여서 한 처분이 위법하다고 단정하여서 부과처분의 일부를 취소한 조치는 이 점에서도 유지될 수가 없다.
 원심이 인용한 당원의 1988. 12. 27. 선고 86누499 판결은 이 사안에 적절치 아니하다.
 라. 결국 원심은 법인세법상의 비용산입과 추계사유 등에 관한 법리를 오해한 위법이 있고 이는 원심판결 중 피고패소부분에 영향을 미쳤음이 분명하므로 나머지 상고이유에 대하여 판단할 것도 없이 파기할 수 밖에 없다.
 이 점을 지적하는 주장은 이유 있다.
 그러므로 원심판결 중 소를 각하한 부분과 피고의 패소부분을 파기하여 이 부분 사건을 원심법원에 환송하고 원고의 나머지 상고를 기각하며 상고가 기각된 부분의 상고비용은 원고의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김용준(재판장) 최재호 윤관 김주한

가. 납세의무자가 소득금액변동통지에 대하여만 이의신청이나 심사 및 심판청구를 한 경우, 과세처분취소소송에 있어서도 전심절차를 거쳤다고 봄이 상당한지 여부(적극)
 나. 납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고 누락한 매출액 등의 수입에 대응하는 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락하였다는 점에 대한 입증책임의 소재(=납세의무자)
 다. 매출누락수입에 대응하는 별도비용의 지출이 있다는 납세의무자의 입증이 없는 한 그 누락수입에 대응하는 비용을 다시 공제할 필요가 없이 누락수익 전액을 누락소득으로 보면 된다고 하는 견해의 근거
 라. 과세관청이 그 과세표준과 세액을 산출, 결정함에 있어 계산방식 등에 잘못이 있다 할지라도 부과고지된 세액이 정당세액의 범위를 넘지 아니하며 그 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아닌 경우, 그 부과고지처분의 취소의 가부(소극)

가. 납세의무자가 소득금액변동통지에 대하여만 이의신청이나 심사 및 심판청구를 한 것이라고 하여도 그 취지 중에 소득금액변동통지에 따른 과세처분의 취소까지 구하는 취지가 포함되어 있었다면 그 당부에 관한 결정에는 과세처분의 당부에 관한 실질적인 심리판단이 있었다고 볼 것이므로 그에 관한 과세처분취소소송에 관하여는 국세기본법 소정의 전심절차를 거쳤다고 봄이 상당하다고 하겠고, 또한 납세의무자는 통상 소득금액변동통지 그 자체만을 상대로 국세기본법 소정의 전심절차를 거치려는 취지는 아닐 것이므로 특별한 사정이 없는 한 거기에는 필연적으로 뒤따르게 될 과세처분을 예견하여 그 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다고 보는 것이 합리적이다.
 나. 납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고 누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이다.
 다. 매출누락수입에 대응하는 별도비용의 지출이 있다는 납세의무자의 입증이 없는 한 그 누락수입에 대응하는 비용을 다시 공제할 필요가 없이 누락수익 전액을 누락소득으로 보면 된다고 하는 견해는 납세의무자가 그 수입 중 일부의 신고를 누락하여 과소신고하는 경우에도 비용만큼은 누락 없이 전부 신고하는 것이 통상적이라는 경험칙을 바탕으로 그와 다른 이례적 사정 즉 납세의무자가 손금에 산입할 비용 중 일부를 스스로 누락하여 과소 신고하였다는 특별한 사정에 관하여는 납세의무자가 입증케 함이 타당하다는 입증책임 일반의 원칙에 부합하는 것이기도 하다.
 라. 납세의무자가 세법의 규정에 의해 부담하는 납세의무를 확정짓는 절차로서 과세관청이 그 과세표준과 세액을 구체적으로 산출, 결정하게 되는 과정에 있어 과세청의 계산방식 등에 잘못이 있다 하더라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 원래 당해 납세의무자가 부담하여야 할 정당세액의 범위를 넘지 아니하는 결과로 되고 그 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 그 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 취소할 것은 아니다.