법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2012.03.29 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 케이피케미칼 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 소순무 외 6인)
【피고, 피상고인】 울산세무서장
【원심판결】 부산고법 2011. 1. 14. 선고 2010누4414 판결
【주 문】
 원심판결의 원고 패소 부분 중 2004 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 부산고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”고 규정하고 있다. 
 위 규정의 문언 및 위 규정의 입법 취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간이나 경정청구기간의 경과 등으로 더 이상 다툴 수 없게 된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데에 있음에 비추어 보면, 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로는 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있으나, 불복기간이나 경정청구기간의 도과로 더 이상 다툴 수 없게 된 세액에 관하여는 그 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 범위 내에서만 취소를 구할 수 있다고 할 것이다( 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결, 대법원 2011. 4. 14. 선고 2008두22280 판결, 대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결 등 참조). 
 2. 가. 원심은 제1심판결을 인용하여, ① 원고가 2002 사업연도 법인세 2,649,499,491원, 2003 사업연도 법인세 3,981,470,934원, 2004 사업연도 법인세 34,402,958,929원을 각 신고·납부한 사실, ② 부산지방국세청장은 원고에 대한 2002 내지 2005 사업연도 법인세 정기조사를 실시한 후 원고에 대한 과세자료를 통보하였고, 이에 피고는 2006. 12. 5. 원고에게 2002 사업연도 법인세 4,019,324,090원, 2003 사업연도 법인세 357,344,570원, 2004 사업연도 법인세 83,562,320원을 각 증액경정한 사실(이하 ‘이 사건 증액경정처분’이라 한다), ③ 원고는 2007. 3. 2. ‘분할과정에서 유형자산감액손실 중 151,246,262,765원(이하 ‘이 사건 감액손실액’이라 한다)을 세무상유보사항으로 승계받았으나 이에 대하여 2002 사업연도 이후 별도로 세무조정을 하지 않았으므로 이 사건 감액손실액을 감가상각부인액으로 보아 감가상각범위액을 재계산하여야 하고 2002 내지 2004 사업연도별 감가상각시인부족액 범위 내에서 이를 손금으로 추인하여야 한다’고 주장하며 국세심판원에 심판청구를 하였고, 국세심판원이 2008. 1. 21. ‘원고가 2002 내지 2004 사업연도의 법인세신고시 자본금과 적립금 조정명세서상 세무상유보로 관리하고 있는 이 사건 감액손실액을 감가상각부인액으로 보아 각 사업연도별 감가상각범위액을 재계산하고 각 사업연도별 감가상각시인부족액 범위 내에서 이를 손금으로 추인하되, 2006. 12. 5. 고지된 법인세 경정액을 경정세액의 한도로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다’는 결정을 함에 따라 피고는 2008. 2.경 이 사건 각 증액경정처분 중 2002 사업연도 법인세 4,019,324,090원, 2003 사업연도 법인세 357,344,570원, 2004사업연도 법인세 83,562,320원을 각 감액경정한 사실(이하 ‘제1차 감액경정처분’이라 한다), ④ 한편 원고는 2006. 4. 20. 피고에게, ‘이 사건 감액손실액을 감가상각부인액으로 보아 감가상각범위액을 재계산하여야 하고 2003, 2004 사업연도별 감가상각시인부족액 범위 내에서 이를 손금으로 추인하여야 한다’고 주장하며 2003, 2004 사업연도 법인세에 대한 감액경정청구를 하였고, 피고는 2008. 3.경 과대신고로 인한 부분을 제외한 원고의 감액경정청구를 받아들여 2003 사업연도 법인세를 0원으로, 2004 사업연도 법인세를 22,138,020,000원으로 각 감액경정한 사실(이하 ‘제2차 감액경정처분’이라 한다) 등을 인정한 다음, 2002 사업연도 법인세 부과처분에 관하여는, 원고가 당초 신고한 세액은 불복기간의 경과로 더 이상 그 변경이 허용될 수 없고 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 전액에 대해 제1차 감액경정처분을 한 이상 2002 사업연도 법인세에 대한 증액경정처분은 이로써 취소되어 더 이상 존재하지 아니함에도 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액이 존재함을 전제로 그 취소를 구하는 청구는 부적법하다고 판단하고, 나아가 2004 사업연도 법인세 부과처분에 관하여도, 원고가 당초 신고한 세액에 대해 감액경정청구를 하였으나 피고는 이 사건 증액경정처분 이후 제1차 감액경정처분을 한 후 2008. 3.경 과대신고로 인한 부분을 제외한 원고의 감액경정청구를 받아들여 제2차 감액경정처분을 한 이상 2004 사업연도 법인세에 대한 증액경정처분은 제1차 감액경정처분에 의해 취소되어 더 이상 존재하지 아니함에도 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액이 존재함을 전제로 그 취소를 구하는 청구는 부적법하다고 판단하여 이 사건 소를 각하하였다.
 나. (1) 우선 이 사건 증액경정처분 중 증액된 세액 부분이 제1차 감액경정처분에 의해 취소되었다고 하더라도 당초 신고한 세액은 이 사건 증액경정처분에 흡수되어 증액경정처분의 일부를 구성하고 있는 것이므로, 원심이 이 사건 증액경정처분이 제1차 감액경정처분에 의하여 전부 취소되어 더 이상 존재하지 아니한다고 판단한 것은 잘못이라고 하겠다.
 (2) 다만 앞서 본 바와 같이 증액경정처분이 있더라도 불복기간이나 경정청구기간의 경과 등으로 인하여 더 이상 다툴 수 없게 된 당초의 신고세액이나 결정세액에 대하여는 그 취소를 구할 수 없으므로, 이 사건 취소청구 중에 이미 그러한 세액에 대하여도 취소를 구하는 부분이 있는지에 관하여 본다.
 2005. 7. 13. 법률 제7528호로 개정되기 전의 구 국세기본법 제45조의2 제1항(이하 ‘개정 전 규정’이라 한다)은 경정청구기간을 법정신고기한 경과 후 2년 이내로 규정하고 있었으나, 위와 같이 개정된 국세기본법 제45조의2 제1항(이하 ‘개정규정’이라 한다)은 경정청구기간을 법정신고기한 경과 후 3년 이내로 규정하는 한편 그 부칙 제2항에서 종전의 규정에 따른 경정청구기간이 경과하지 아니한 결정 또는 경정의 청구에 관하여는 개정규정을 적용한다고 하고 있으므로, 위 개정 국세기본법 시행일인 2005. 7. 13. 현재 그 결정 또는 경정의 경정청구기간이 경과하지 아니한 경우에는 그 경정청구기간이 3년으로 연장되었다. 
 그런데 이 사건 2002 사업연도 법인세의 경우 그 법정신고기한인 2003. 3. 31.부터 그 개정 전 규정에 의한 2년의 경정청구기간이 경과한 후인 2006. 12. 5. 이 사건 증액경정처분이 있었으므로, 원고로서는 2002 사업연도 법인세신고에 의해 신고한 세액 범위 내에서는 더 이상 이를 다투거나 그에 불복하여 취소를 구할 수 없다고 할 것이다. 그렇다면 2002 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분의 소를 각하한 원심의 결론은 결국 정당하고, 위에서 본 원심의 잘못은 판결결과에 영향을 미친 바 없다. 이 부분 상고이유는 받아들일 수 없다.
 그러나 이 사건 2004 사업연도 법인세의 경우에는 그 법정신고기한인 2005. 3. 31.부터 그 경정청구기간이 경과하기 전인 2006. 12. 5. 이 사건 증액경정처분이 있었으므로, 원고는 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액뿐만 아니라 당초 신고한 세액에 대해서도 취소를 구할 수 있다고 할 것임에도, 이와 달리 원심은 2004 사업연도 법인세에 대한 증액경정처분이 제1차 감액경정처분에 의해 취소되어 더 이상 존재하지 아니한다고 전제한 다음 그 취소를 구하는 청구를 부적법하다고 배척하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제22조의2 제1항에 관한 법리를 오해함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 부분 상고이유는 이유 있다[당초 신고한 세액이 증액경정처분에 흡수되어 증액경정처분의 일부를 구성하고 있는 이상, 납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어져서 그 증액경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 별도로 감액경정청구 거부처분 취소의 소를 유지할 이익이 없다고 할 것이므로( 대법원 2005. 10. 14. 선고 2004두8972 판결 참조), 이에 배치되는 원심의 부가적 설시 또한 적절하다고 할 수 없음을 아울러 지적해 둔다]. 
 3. 그러므로 원심판결의 원고 패소 부분 중 2004 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 원고의 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이상훈(재판장) 전수안(주심) 양창수 김용덕

과세관청이, 甲 주식회사가 당초 신고한 2004 사업연도 법인세액에 대해 2006. 12. 5. 법인세 증액경정처분을 하였다가 다시 2008. 2.경 동일한 금액을 감액하는 제1차 법인세 감액경정처분을 하였고, 2008. 3.경 甲 회사가 이전에 한 감액청구 중 과대신고로 인한 부분을 제외한 부분을 받아들여 제2차 법인세 감액경정처분을 한 사안에서, 2004 사업연도 법인세의 법정신고기한인 2005. 3. 31.부터 경정청구기간이 경과하기 전인 2006. 12. 5. 증액경정처분이 있었으므로 甲 회사는 증액경정처분에 의하여 증액된 세액뿐만 아니라 당초 신고한 세액에 대해서도 취소를 구할 수 있는데도, 이와 달리 보고 2004 사업연도 법인세에 대한 증액경정처분이 제1차 감액경정처분에 의해 취소되어 더 이상 존재하지 아니한다는 전제하에 그 취소청구를 부적법하다고 본 원심판결에 법리오해의 위법이 있다고 한 사례