취득세등부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2003.06.05 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.
가. 원고는 건축자재 제조판매업, 건설기자재 제조판매업, 전자부품 제조 및 납품업 등을 목적으로 1991. 2. 9. 설립된 회사로서 (원고 회사의 상호는 원래 ‘평산공영 주식회사’였는데, 2000. 7. 23.에 현재의 명칭으로 변경되었다), 1999. 5. 20.경 서울 금천구시흥동 113-15소재 아파트형공장 301호(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 그 설립자인새한건설주식회사로부터 최초로 분양받아 취득하고 그 무렵 이에 관한 소유권이전등기를 마치면서, 피고에게 취득세 및 등록세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)에 대한 면제를 신청하여, 구 서울특별시세감면조례(2000. 3. 31. 조례 제3731호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정전 조례’라 한다) 제19조 제2항 본문의 규정을 근거로 하여 피고로부터 취득세 등을 면제받았다.
나. 그런데, 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 사업에 사용하지 않고 본점사무실 및 설계사무소로 사용하였다는 이유로, 원고에게, 2000. 7. 10. 이 사건 부동산 중 본점사무실부분에 대한 취득세 등을 추징하였으며, 2001. 10. 9. 이 사건 부동산 중 설계사무소부분에 대하여도 같은 이유로 취득세 12,163,200원, 등록세 18,244,800원, 지방교육세(지방세법에 의하여 납부하여야 할 등록세액을 과세표준으로 한다) 3,344,880원을 추징하는 이 사건 처분을 하였다 (피고는 처음에는 농어촌특별세 1,114,960원도 부과고지하였으나, 위 농어촌특별세는 취득신고시 이미 납부하였다는 이유로 그 후 이에 관한 부과처분을 취소하였다).
다. 원고는 이 사건 처분에 대하여 2001. 12. 11. 서울특별시장에게 이의신청을 하였으나, 2002. 1. 30. 위 이의신청을 기각한다는 결정의 통지를 받았다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 처분이 위 처분사유와 관계법령에 따른 것으로서 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같이 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.
즉, 피고는 개정전 조례 제19조 제2항 단서에 의하여, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 면제된 취득세 등을 추징하였으나, 공업배치및공장설립에관한법률에 의하면 벤처기업을 영위하기 위한 시설도 아파트형공장에 입주할 수 있는 시설 중의 하나이고, 이에 따라 서울특별시세감면조례가 2000. 3. 31.에 개정되어 아파트형공장용 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 벤처기업용에 사용하는 경우에도 면제된 취득세 등을 추징할 수 없게 되었으며, 원고는 벤처기업으로서 이 사건 부동산을 벤처기업을 영위하기 위한 시설로 이용했음에도 불구하고 이를 간과한 채 면제된 취득세 등을 추징한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계법령

지방세법

제7조(공익등 사유로 인한 과세면제 및 불균일과세) ①지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다.
②지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 필요한 때에는 불균일과세를 할 수 있다.
제9조(과세면제등을 위한 조례)제7조및제8조의 규정에 의하여 지방자치단체가 과세면제 불균일과세 또는 일부과세를 하고자 할 때에는 행정자치부장관의 허가를 얻어 당해지방자치단체의 조례로써 정하여야 한다.
구 서울특별시세감면조례(2000. 3. 31. 조례 제3731호로 개정되어 2000. 12. 30. 조례 제3813호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘개정후 조례’라 한다)

제1조(목적)

이 조례는지방세법 제9조의 규정에 의하여 서울특별시세의 과세면제 및 불균일과세에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제19조(아파트형공장 및 협동화공장에 대한 감면)

② 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가공업배치및공장설립에관한법률 제28조의5 제1항 제1호및제2호의 규정에 의한 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 아파트형공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하거나 취득일부터 5년 이내에 정당한 사유없이 타인에게 양도 또는 임대하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
구 서울특별시세감면조례(2000. 3. 31. 조례 제3731호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정전 조례’라 한다)

제19조(아파트형공장에 대한 감면)

② 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 공장설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나, 취득일부터 5년 이내에 타인에게 양도 또는 임대하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
공업배치및공장설립에관한법률

제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "공장"이라 함은 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 부대시설(이하 "제조시설등"이라 한다)을 갖추고 대통령령이 정하는 제조업을 영위하기 위한 사업장으로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.
6. "아파트형공장"이라 함은 동일 건축물 안에 다수의 공장이 동시에 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.
제28조의5 (아파트형공장에의 입주) ①아파트형공장에 입주할 수 있는 시설은 다음 각호의 시설로 한다.
1. 제조업 기타 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설

2.벤처기업육성에관한특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 영위하기 위한 시설

공업배치및공장설립에관한법률시행령

제2조(공장의 범위) ①공업배치및공장설립에관한법률 제2조 제1호의 규정에 의한 제조업의 범위는 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 표준산업분류에 의한 제조업으로 한다. 다만 석탄산업법에 의한 석탄가공업은 이를 제조업으로 본다.
②법 제2조 제1호의 규정에 의한 공장의 범위에 포함되는 것은 다음 각 호와 같다.
1. 제조업을 영위함에 필요한 제조시설(물품의 가공, 조립, 수리시설을 포함한다, 이하 같다) 및 시험생산시설

2. 제조업을 영위함에 있어서 그 제조시설이 관리, 지원, 종업원의 복지후생을 위하여 공장용지 안에 설치하는 부대시설로서 산업자원부령이 정하는 것

3. 제조업을 영위함에 있어서 관계법령에 의하여 설치가 의무화된 시설

4. 제1호 내지 3호의 시설이 설치된 공장용지

제4조의 3(아파트형공장)법 제2조 제6호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 3층 이상의 집합건축물로서 6이상의 공장이 입주할 수 있는 건축물을 말한다.
제36조의4(아파트형공장에의 입주) ①법 제28조의5 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각호의 사업을 말한다.
1.소프트웨어개발촉진법 제2조 제4호의 규정에 의한 소프트웨어사업

2. 제6조 제2항 및 동조 제3항의 규정에 의한 지식산업 및 정보통신산업

3.영화진흥법 제4조의 규정에 의한 영화제작업

4. 음반·비디오물및게임물에관한법률 제4조의 규정에 의한 음반·비디오물·게임물제작업

5. 기타 특정 산업의 집단화 및 지역경제의 발전을 위하여 아파트형공장에의 입주가 필요하다고 시장·군수 또는 구청장이 인정하는 사업

구 벤처기업육성에관한특별조치법 (2001. 2. 3. 법률 제6416호로 개정되기 전의 것, 이하 벤처기업육성에관한특별조치법이라 한다)

제2조(정의) ①이 법에서 "벤처기업"이라 함은중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.
1. 당해 기업의 자본금 중 다음 각목의 1에 해당하는 자의 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 대통령령이 정하는 기준이상인 기업

가.중소기업창업지원법 제2조 제4호의 규정에 의한 중소기업창업투자회사(이하"중소기업창업투자회사"라 한다)

나.중소기업창업지원법 제2조 제5호의 규정에 의한 중소기업창업투자조합(이하"중소기업창업투자조합"이라 한다)

다.여신전문금융업법 제2조 제14호의 규정에 의한 신기술사업금융업을 영위하는자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)

라.여신전문금융업법 제41조 제3항의 규정에 의한 신기술사업투자조합(이하"신기술사업투자조합"이라 한다)

마. 제4조의2의 규정에 의한 한국벤처투자조합

바. 제4조의3의 규정에 의한 다산벤처주식회사

2. 당해 기업의 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 비율이 대통령령이 정하는 기준 이상인 기업

3. 다음 각목의 권리·신기술 또는 지식을 이용하여 사업화하는 기업으로서 사업화의 정도가 제3조의 규정에 의한 기준에 적합한 기업

가. 특허권 또는 실용신안권(특허출원 또는 실용신안등록출원중인 기술로서 특허청장이 인정하는 기술을 포함한다)

나.외국인투자촉진법 제25조의 규정에 의하여 도입된 기술로서동법 제26조의 규정에 의한 조세면제 대상인 고도기술

다. 다른 법률에 의한 기술개발사업으로서 대통령령이 정하는 사업에 의하여 개발된 신기술 또는 지식

4. 다음 각목의 1에 해당하는 기업으로서 대통령령이 정하는 기관으로부터 기술성 또는 사업화능력이 우수한 것으로 평가받은 기업

가. 창업중인 기업이거나 자체개발한 기술을 응용하여 사업화하는 기업

나. 의장권(의장등록출원중인 기술로서 특허청장이 인정하는 기술을 포함한다)을 이용하여 사업화하는 기업

다. 제3호 가목 내지 다목에 해당하는 권리·신기술 또는 지식을 이용하여 사업화하는 기업으로서 사업화의 정도가 제3조의 규정에 의한 기준에 미달하는 기업

제3조(중소기업창업투자회사의 투자비율) ① 제2조 제1항 제1호 내지 3호의 규정에 의한 기업의 자본금 중 중소기업창업투자회사등의 투자금액의 합계액이 차지하는 비율과 기업의 연간매출액에 대한 연구개발비의 비율의 산정, 권리, 신기술 또는 지식을 이용한 사업화의 정도에 관한 기준과 동조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 지원시설의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 산업자원부령으로 정한다.
구 벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙(2001. 5. 22. 산업자원부령 제126호로 개정되기 전의 것)

제3조(권리 등을 이용한 사업화의 정도에 관한 기준)법 제2조 제1항 제3호및법 제3조 제1항의 규정에 의한 사업화의 정도는 권리, 신기술 또는 지식을 이용하여 생산한 제품의 직전 사업연도의 매출액 또는 수출액이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다. 이하생략

1. 매출액 : 당해기업의 직전 사업연도 총매출액의 100분의 50이상인 경우

2. 수출액 : 당해기업의 직전 사업연도 총매출액의 100분의 25이상인 경우

다. 추징사유의 존부에 대한 판단

개정전 조례 제19조 제2항 단서가 ‘부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하는 경우’에 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있을 뿐인데 반하여, 개정후 조례 제19조 제2항 단서는 ‘제조업 등 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 취득하는 아파트형공장용 부동산’이 취득세 등의 면제대상임을 전제로, ‘부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우’에 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있다.
그런데, 당사자 사이에 다툼이 없는 사실 및 을 제1호증(취득신고 겸 자진납부 세액계산서)의 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1999. 5. 20.경 이 사건 부동산에 대한 취득신고를 할 때, 위 부동산을 원고 회사의 목적사업인 건축자재 등 제조업을 영위하기 위한 제조시설을 갖춘 공장으로 사용한다면서 개정전 조례에 의하여 취득세 등을 면제받았던 것이지, 벤처기업을 영위할 목적으로 취득하였다면서 취득세 등을 면제받았던 것은 아닌 점, 그럼에도 불구하고 그로부터 1년 이내에 위 부동산을 건축자재 등 제조업을 영위하기 위한 제조시설을 갖춘 공장으로 사용한 바는 없고, 오히려 위 부동산을 본점사무실 내지 설계사무소로 사용한 사실을 인정할 수 있으므로, 개정전 조례 제19조 제2항 단서와 개정후 조례 제19조 제2항 단서에 규정된 취득세 등의 추징사유가 발생하였다고 할 것이다.
원고는, 이 사건 부동산을 벤처기업을 영위하기 위한 시설로 사용했으므로 취득세 등의 추징사유에 해당하지 않는다고 주장하나, 원고가 이 사건 부동산을 벤처기업을 영위할 목적으로 취득한 것이 아님은 위에서 본 바와 같을 뿐만 아니라, 나아가 원고가 이 사건 부동산을 그 취득한 날로부터 1년 이내에 벤처기업용에 직접 사용하였는가 하는 점에 관하여 보건대, 갑 제3호증(기업부설연구소인정서), 갑 제4호증(벤처기업확인서)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 서울지방중소기업청장에게 요청하여 2001. 6. 25. 원고 회사가 기술평가기업으로서 벤처기업에 해당한다는 확인서를 받았는데, 위 확인서에 정하여진 유효기간은 이 사건 부동산을 취득한 날로부터 1년이 되는 날인 2000. 5. 20. 이후로서 2000. 7. 6.부터 2002. 7. 5.까지인 사실, 원고는 2000. 12. 19. 한국산업기술진흥협회장에게 평산구조기술연구소(이 사건 부동산을 그 소재지로 한다)를 기업부설연구소로 신고하여서, 2001. 1. 12. 기업부설연구소로 인정받은 사실은 인정되나, 위 인정사실만으로는 앞서 본 관계법령의 규정취지에 비추어 원고 회사가 이 사건 부동산을 취득한 날로부터 1년이 되는 날인 2000. 5. 20. 이전에벤처기업육성에관한특별조치법 제2조 제1항소정의 벤처기업에 해당하기 위한 요건을 갖추었다거나 원고가 이 사건 부동산을 2000. 5. 20. 이전에 벤처기업용에 직접 사용하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거도 없으므로, 원고의 위 주장은 이유가 없다.
원고는, 파형강판을 제조하는 기술은 신기술인데 원고가포스코신기술연구조합과 재단법인포항산업과학연구원으로부터 ‘파형강판 구조물 제작기술’에 관한 기술이전계약을 체결하고 파형강판을 사업화하기 시작한 1998. 9. 1.부터는 원고 회사가 벤처기업에 해당하기 위한 요건을 갖추었다는 취지로 주장하나, 앞서 본 관계법령의 규정에 의하면 특허권 또는 실용신안권, 신기술 또는 신지식을 이용하여 사업화하는 기업으로서 사업화의 정도가벤처기업육성에관한특별조치법 제3조의 규정에 의한 기준에 적합한 기업이 벤처기업에 해당하고,벤처기업육성에관한특별조치법 제3조 제1항은제2조 제1항 제1호내지3호의 규정에 의한 권리, 신기술 또는 지식을 이용한 사업화의 정도에 관한 기준은 산업자원부령으로 정한다고 규정하고,벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙(산업자원부령) 제3조는 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조 제1항 제3호 및 같은 법 제3조 제1항의 규정에 의한 사업화의 정도는 권리, 신기술 또는 지식을 이용하여 생산한 제품의 직전 사업연도의 매출액이 당해기업의 직전 사업연도 총매출액의 100분의 50이상인 경우 또는 수출액이 당해기업의 직전 사업연도 총매출액의 100분의 25이상인 경우에 해당하는 경우로 한다고 규정하고 있는바, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증, 갑제7호증의 1, 2, 3, 갑 제8호증의 1 내지 5, 갑 제9호증의 각 기재에 의하면 원고 회사가 이 사건 부동산을 취득한 날로부터 1년이 되는 날인 2000. 5. 20. 이전인 2000. 2. 3.에 강판용 횡방향 이송장치, 파형강판 제조장치, 강판용 파형 및 홀성형장치, 파형강판용 벤딩장치 등에 대하여 실용신안등록을 하고, 그 이후에 파형강판 제조장치 및 그 사용방법, 강판용 파형 및 홀성형장치 및 그 사용방법, 파형강판용 벤딩장치 및 그 사용방법 등에 대한 특허등록과 파형강판 연결용 가스켓에 대하여 실용신안등록을 한 사실, 원고가 1998. 9. 1.경부터포스코신기술연구조합과 재단법인포항산업과학연구원으로부터 ‘파형강판 구조물 제작기술’에 관한 기술이전계약을 체결하고 파형강판을 사업화하기 시작한 사실은 인정되나, 위 인정사실만으로는 원고 회사가 이 사건 부동산을 취득한 날로부터 1년이 되는 날인 2000. 5. 20. 이전에 위 벤처기업육성에관한특별조치법 등 관계법령이 정하는 벤처기업의 해당요건을 갖추었다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.
원고는, 1998.경부터포스코신기술연구조합과 기술이전계약을 체결하고포스코에서 개발한 ‘파형강판 구조물제작기술’을 이전 받아 파형강판을 제조하고 있는데 파형강판의 생산은 1회 설계에 1회의 파형강판이 생산되고 설계를 떠난 제조공정은 있을 수 없으므로 파형강판의 설계작업은 파형강판을 생산하는 공정의 첫 단계이고, 이 사건 부동산 중 파형강판 설계를 하는 사무실로 사용하고 있는 부분은 직접 제조공정에 사용하고 있는 부분에 해당한다고 보아야 하므로, 취득세 등의 추징사유에 해당하지 않는다고 주장하나, 원고가 이 사건 부동산 중 설계사무실로 사용하는 부분에서 파형강판제조를 위한 설계작업을 한다고 하더라도 앞서 본 관계법령의 규정의 취지에 비추어 이 사건 부동산 중 설계사무실로 사용하는 부분이공업배치및공장설립에관한법률 제28조의 5 제1항 제1호,제2호,같은 법 시행령 제36조의 4 제1항에 정해진 제조업 기타 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설로 보기 어렵고, 따라서 이 사건 부동산 중 설계사무실로 사용하고 있는 부분이 개정전 조례 제19조 제2항과 개정후 조례 제19조 제2항에 정해진 당해 사업에 사용되고 있지 않고 있다고 할 것이어서 취득세 등 추징사유에 해당한다고 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

부동산 중 설계사무실로 사용하고 있는 부분이 개정전 조례 제19조 제2항과 개정후 조례 제19조 제2항에 정해진 당해 사업에 사용되고 있지 않고 있다고 할 것이므로, 처분은 적법하다.