농지전용부담금부과처분취소 (일반행정, 대법원)
공포일: 2002.10.25 / 시행일:

【원고, 상고인】 한국산업철강 주식회사
【피고, 피상고인】 농업기반공사 (소송대리인 변호사 최용성)
【원심판결】 서울고법 2000. 10. 10. 선고 99누16735 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 이 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 원심판결의 요지
 원심은 소외 대한강관 주식회사(이하 '소외 회사'라고 한다)가 1993. 5. 4. 및 1995. 1. 24. 중소기업창업지원법 제21조에 의하여 공장설립사업계획승인을 받아 중소기업을 창업하면서 농지인 그 판시의 이 사건 토지를 공장시설용지로 전용하고 그 전용부담금의 50%인 4,693,870원을 면제받은 사실, 이에 따라 이 사건 토지는 1995. 9. 20. 공장용지로 지목이 변경되었으나 그 후 소외 회사는 경영부실·자금사정악화 등으로 1998. 초 부도를 내고 종업원들에 대한 임금이 체불되는 등으로 폐업위기에 처하자, 소외 회사의 종업원들이 원고 회사를 설립하여 소외 회사의 사업을 인수하기로 하고 같은 해 3. 2. 우선 이 사건 토지를 임차하여 공장시설용지로 그대로 사용함과 동시에 소외 회사의 기계 등 설비와 영업권 등을 양수하여 같은 해 4. 14. 기업활동규제완화에관한특별조치법 제9조에 따라 공장설립사업계획승인을 받아 이 사건 토지를 당초와 같은 업종의 공장시설용지로 사용하면서 1999. 3. 8. 이 사건 토지를 낙찰받은 사실, 농어촌진흥공사(1999. 2. 5. 법률 제5759호로 제정된 농업기반공사및농지관리기금법이 2000. 1. 1. 시행됨에 따라 피고가 그 권리의무를 포괄 승계하였다)가 1998. 12. 23. 원고 회사의 이 사건 토지의 사용은 농지전용허가를 받아 농지전용목적사업에 사용되고 있는 토지를 농지전용 목적이 완료된 날부터 8년 이내에 다른 목적으로 사용하고, 당초 전용부담금의 50%가 면제되는 시설의 용지로 전용된 토지를 전용부담금의 감면대상이 아닌 일반공장시설의 용지로 사용한 것에 해당한다는 이유로 구 농지법(2000. 1. 28. 법률 제6188호로 개정되기 전의 것) 제42조, 구 농어촌발전특별조치법(1999. 2. 5. 법률 제5758호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제45조의2 제4항, 법시행령(1999. 12. 28. 대통령령 제16646호로 개정되기 전의 것) 제52조의2 제1항에 의하여 면제된 전용부담금을 부과·고지한 이 사건 처분을 한 사실을 인정한 다음, 원고 회사는 중소기업창업지원법 제21조에 의한 사업계획승인을 받아 창업하면서 이 사건 토지를 농지에서 공장시설용지로 전용한 것이 아니고, 이미 그와 같은 사업계획승인을 받아 이 사건 토지를 농지에서 공장시설용지로 전용하고 그에 따른 전용부담금의 50%를 면제받은 소외 회사를 사실상 인수하여 이 사건 토지를 사용한 자에 불과하여 법 제45조의2 제4항, 농지법 제42조 제1항에 의하여 관할 행정청으로부터 용도변경승인을 받아야 하며, 원고 회사의 이 사건 토지의 사용은 전용부담금의 50%가 면제되는 시설의 용지로 전용된 토지를 전용부담금이 감면되지 않는 일반공장시설용지로 사용한 것이므로 소외 회사가 면제받은 전용부담금을 납부하여야 한다고 판단하면서, 이 사건 토지를 소외 회사로부터 임차하여 소외 회사와 동종의 사업을 영위하고 있으므로 원고 회사가 이 사건 토지를 농지전용목적과 다른 목적으로 사용한 것이 아니어서 용도변경에 해당하지 아니한다거나 용도변경에 해당한다 하더라도 원고 회사는 소외 회사로부터 이 사건 토지를 임차하여 이 사건 토지상에 공장신설사업을 승인받아 공장을 운영하다가 이 사건 토지를 낙찰받은 것뿐이어서 전용부담금의 추가 납부의무자가 아니라는 원고 회사의 주장을 배척하고, 나아가 추가 납부하여야 할 전용부담금은 이 사건 토지에 대한 용도변경 승인 당시의 공장용지로서의 실제 현황에 의한 개별공시지가를 적용하여 산정한 이 사건 처분이 정당하다고 판단하였다.
 2. 상고이유 제1점에 관하여
 관계 법령의 규정의 취지에 비추어 살펴보면, 원고 회사가 이 사건 토지를 소외 회사로부터 임차하여 사용하고 있는 이상 소외 회사와 동종의 사업을 영위하고 있다 하더라도 법 제45조의2 제4항 소정의 전용부담금의 부과가 면제되는 시설의 부지로 전용된 토지를 전용부담금의 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하는 것에 해당한다고 한 원심의 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 농지법 제42조 및 법 제45조의2 제4항에 관한 법리오해 등의 위법이 없다. 이 점에 관한 상고이유의 주장은 받아들이지 않는다. 
 3. 상고이유 제2점에 관하여
법 제45조의2 제4항은 "농지법 제42조 제1항의 규정에 의하여 승인을 얻어야 하는 자 중 전용부담금의 부과가 면제되는 시설의 부지로 전용된 토지를 전용부담금의 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자는 그에 상당하는 전용부담금을 납부하여야 한다."라고 규정하고, 법시행령 제52조의10 제1항은 "법 제45조의2 제4항의 규정에 의하여 전용부담금의 부과가 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 전용부담금의 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자가 납입하여야 하는 전용부담금은 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 면적에 대하여 구 농지법 제42조 제1항의 규정에 의한 용도변경승인 당시의 해당 부과기준을 적용하여 산출한 금액에서 이미 납입한 해당 전용부담금을 뺀 금액으로 한다."라고 규정하고 있는바, 법 제45조의2 제4항이 전용부담금의 부과가 면제되는 시설의 부지로 전용된 토지를 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자에 대하여 감면된 전용부담금을 납부하도록 한 입법 취지는, 당초 전용부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용·사용되는 것을 전제로 감면하였으나 단기간 내에 부득이하게 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 보다 낮은 다른 시설의 부지로 사용함에 따라 전용부담금을 감면할 필요성이 없어져 당초 감면한 전용부담금을 추가로 납부하게 함으로써 처음부터 그 변경된 용도로 전용허가를 받은 것과의 실질적 형평을 이루고자 함에 있는 점에 비추어보면, 법시행령 제52조의10 제1항 소정의 전용부담금의 부과가 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 보다 낮은 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자가 납입하여야 하는 전용부담금은 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 면적에 대하여 전용된 당해 농지에 대한 전용부담금의 부과기준일 당시의 전용부담금의 단위당 금액과 용도변경 승인 당시의 해당 감면비율을 적용하여 산출한 금액에서 이미 납입한 해당 전용부담금을 뺀 금액이 된다고 풀이되는데, 원심이 법시행령 제52조의10 제1항 소정의 '용도변경승인 당시의 해당부과기준을 적용하여 산출한 금액'이라 함은 '용도변경승인 당시의 공장용지로서의 실제 현황에 의한 개별공시지가를 적용하여 산출한 금액'을 의미하는 것이라고 판단한 것은 법 제45조의2 제4항, 법시행령 제52조의10 제1항에 의하여 납부하여야 할 전용부담금의 산정기준에 관한 위 법리를 오해한 것이라 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 정당하다.
 4. 결 론
 그러므로 원심판결을 파기하고, 이 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 조무제(재판장) 유지담 강신욱(주심) 손지열

[1] 중소기업을 창업하면서 그 공장시설용지에 대한 농지전용부담금을 감면받은 회사로부터 설비와 영업권 등을 양수하고 공장시설용지를 임차하여 동종의 영업을 영위한 경우, 구 농어촌발전특별조치법 제45조의2 제4항 소정의 전용부담금의 추가 납부의무가 있다고 한 사례
[2] 구 농어촌발전특별조치법시행령 제52조의10 제1항 소정의 전용부담금의 부과가 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 보다 낮은 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자가 납입하여야 하는 전용부담금의 산정 기준

[1] 중소기업을 창업하면서 그 공장시설용지에 대한 농지전용부담금을 감면받은 회사로부터 설비와 영업권 등을 양수하고 공장시설용지를 임차하여 동종의 영업을 영위한 경우, 구 농어촌발전특별조치법(1999. 2. 5. 법률 제5758호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제4항 소정의 전용부담금의 추가 납부의무가 있다고 한 사례.
[2] 구 농어촌발전특별조치법(1999. 2. 5. 법률 제5758호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제4항이 전용부담금의 부과가 면제되는 시설의 부지로 전용된 토지를 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자에 대하여 감면된 전용부담금을 납부하도록 한 입법 취지는, 당초 전용부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용·사용되는 것을 전제로 감면하였으나 단기간 내에 부득이하게 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 보다 낮은 다른 시설의 부지로 사용함에 따라 전용부담금을 감면할 필요성이 없어져 당초 감면한 전용부담금을 추가로 납부하게 함으로써 처음부터 그 변경된 용도로 전용허가를 받은 것과의 실질적 형평을 이루고자 함에 있는 점에 비추어 보면, 같은법시행령(1999. 12. 28. 대통령령 제16646호로 개정되기 전의 것) 제52조의10 제1항 소정의 전용부담금의 부과가 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 전용부담금이 감면되지 아니하거나 감면비율이 보다 낮은 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 자가 납입하여야 하는 전용부담금은 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하고자 하는 면적에 대하여 전용된 당해 농지에 대한 전용부담금의 부과기준일 당시의 전용부담금의 단위당 금액과 용도변경 승인 당시의 해당 감면비율을 적용하여 산출한 금액에서 이미 납입한 해당 전용부담금을 뺀 금액이 된다.