부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2012.12.14 / 시행일:

【원 고】 재단법인 ○○○재단 (소송대리인 법무법인 충정 담당변호사 임치영)
【피 고】 송파세무서장
【변론종결】2012. 11. 23.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2010. 6. 8. 원고에게 한 2007년 제1기 부가가치세 323,071,800원(가산세 포함, 이하 같다), 2007년 제2기 부가가치세 211,125,910원, 2008년 제2기 부가가치세 46,546,280원, 2009년 제1기 부가가치세 732,489,110원의 각 부과처분 및 2009년 제1기 부가가치세 3,085,814,165원의 환급신청에 대한 거부처분을 모두 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 서울 송파구 (주소 생략)에서 △△△병원을 운영하고 있는 비영리 법인으로서, 면세사업인 의료사업과 과세사업인 부동산임대업, 주차장업, 장례식장업 등을 겸업하고 있다.
 나. 원고는 다음과 같은 규모의 서관, 동관 건물에서 병원을 운영하다가 2005. 5. 25.부터 종래 병원입구 나대지 23,366㎡에 신관건물 건축공사를 시작하여 2008. 4. 17. 지하 5층, 지상 15층, 건물연면적 89,691.13㎡, 지하주차장 연면적 42,961.16㎡(이하 ‘이 사건 신관건물’)를 완공하고, 같은 날 서울특별시 송파구청장으로부터 사용승인을 받고 취득세를 납부하였다.
 건물완공일규모건축연면적(㎡)대지면적(㎡)병상 서관1989. 5.경지상 13층79,854.7210,387.681,000개 지하 3층 동관1994. 10. 12.지상 18층112,391.5111,484.261,200개 지하 5층 
 다. 원고는 2008년 제1기 부가가치세를 신고하면서 이 사건 신관건물 신축과 관련된 공통매입세액 15,888,650,034원에 대하여 다음과 같이 처리하였다.
 과세기간공통매입세액(원)면세(불공제)관련 매입세액불공제매입세액(원) 기준비율(%) 2007년 제1기3,258,528,816예정사용면적88.462,882,549,986 2007년 제2기2,481,863,507예정사용면적90.812,253,804,359 2008년 제1기10,148,257,711확정사용면적(94.64)97.569,900,664,047 합계15,888,650,034정산94.6415,037,018,392 
 라. 원고는 서관건물 지하주차장 13,902.55㎡, 동관건물 지하주차장 27,569.96㎡, 교육연구관 지하주차장 8,944.45㎡, 중앙주차장 26,963.82㎡, 유수지주차장 6,366.74㎡, 장애인주차장 3,212㎡, 응급실 주차장 478.93㎡, 기숙사주차장 1,461.99㎡를 직영하였는데(이하 ‘직영주차장’), 이 중 서관, 동관, 교육연구관 건물 지하주차장은 원고 직원들이 직접 사용하고, 노상주차장인 중앙주차장, 유수지주차장, 장애인주차장은 내원객으로부터 주차료를 받아 수익으로 처리하였다.
 마. 원고는 2007년 제2기부터 2009년 제1기까지 부가가치세를 신고하면서, 원고가 지급한 주차장 관리 용역비 관련 부가가치세 매입세액에 대하여 유료주차분 공급가액과 무료주차분 주차요금 환산금액의 비율로 공제매입세액을 환산하여 공통매입세액 382,522,066원에 대하여 다음과 같이 처리하였다.
 과세기간공통매입세액(원)면세(불공제)관련 매입세액불공제매입세액(원) 기준비율(%) 2007년 제2기88,887,530주차요금 중 무료비율57.3951,012,553 2008년 제1기97,157,12558.7957,116,826 2008년 제2기107,808,59160.7564,489,498 2009년 제1기88,668,82057.2550,764,530 합계382,522,066--224,383,407 
 바. 원고는 2009. 1. 1. 이 사건 신관건물의 지하주차장 42,961.16㎡ 중 32,347.42㎡(이하 ‘신관주차장’)를 직영주차장 운영관리업체인 경일산업개발 주식회사(이하 ‘경일산업’)에게 임대하였다.
 사. 원고는 2009년 제1기 부가가치세를 신고하면서 신관주차장이 면세사업에서 과세사업으로 전환된 것으로 보아 아래와 같이 계산한 매입세액 3,085,814,165원을 반영하여 부가가치세 2,728,321,122원의 환급을 신청하였다.
 
 아. 피고는 2009. 8. 17.부터 2009. 8. 21.까지 원고에 대한 부가가치세환급 현지확인 조사를 실시하여, 원고의 부가가치세 신고 내역을 다음과 같이 재계산하였다.
 1) 원고가 이 사건 신관건물 전용사용면적을 기준으로 안분한 신관건물 신축관련 공통매입세액에 대하여 신관건물은 별도의 독립된 건물로서 건축된 것이라기보다는 기존 병원을 증축·확장하여 병원전체 중 일부로서 운영되고 있는 것으로 판단하여, 2007년 제1기와 2007년 제2기는 사용면적이 확정되지 않아 사용면적에 의하여 실지귀속이 구분되지 않으므로 신축관련 공통매입세액을 당해 과세기간의 병원전체 공급가액을 기준으로 하여 안분하고, 2008년 제1기에는 사용면적이 확정되어 실지귀속이 구분 가능하므로 공통매입세액을 면세, 과세, 공통부분의 면적에 따라 안분한 후 공통부분의 매입세액은 다시 병원전체의 과세·면세 공급가액의 비율에 따라 안분하는 2단계 절차를 거쳐 각 과세기간 매입세액 불공제액을 아래와 같이 재계산 하였다.
 (단위:원) 과세기간공통매입세액원고가 신고한 불공제매입세액피고가 재계산한 불공제매입세액증감내역 [면적비율][공급가액 비율](추가 불공제대상 매입세액) 2007년 제1기3,258,528,8162,882,549,9863,114,583,455232,033,469 (88.46%)(95.58%) 2007년 제2기2,481,863,5072,253,804,3592,377,557,660123,753,301 (90.81%)(95.80%) 2008년 제1기10,148,257,7119,900,664,0479,748,760,976-151,903,071 (97.56%)(96.06%) 합계15,888,650,03415,037,018,39215,240,902,091203,883,699 
 2) 피고는 의료업을 주업으로 하고 있는 원고의 주차장업은 의료업 등 여타 부분과 공간적으로 별도로 구분되지 않고, 환자와 응급실 내원차량에게 소정시간 주차료를 받지 아니한 것은 원고가 주차장을 의료업에 제공하기 때문이라고 볼 수 있는 것이므로, 주차장업도 의료업 등의 원활한 운영을 위한 것으로 보아야지 의료업 등과 별도로 운영하는 주차장업으로만 보기는 어렵다고 판단하여 직영주차장 공통매입세액을 아래와 같이 병원전체의 과세·면세 공급가액의 비율에 따라 재계산 하였다.
 (단위:원) 과세기간공통매입세액원고가 신고한 불공제매입세액피고가 재계산한 불공제매입세액증감내역 [주차요금 유·무료비율][공급가액 비율](추가 불공제대상 매입세액) 2007년 제2기88,887,53051,012,55385,151,83334,139,280 (57.39%)(95.80%) 2008년 제1기97,157,12557,116,82693,209,47536,092,649 (58.79%)(95.94%) 2008년 제2기107,808,59164,489,498103,413,78937,924,291 (60.75%)(95.92%) 2009년 제1기88,668,82050,764,53085,119,25134,354,721 (57.25%)(96.00%) 합계382,522,066224,383,407366,894,348142,510,941 
 3) 피고는 원고의 신관주차장에 관한 과세사업 전환에 따른 매입세액 공제신청에 대하여, 원고가 신관지하주차장을 외형상 임대하였다고 하나 실질상 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하고 있다고 판단하고, 납부세액 재계산 대상(면세비율의 변동 5%이상)에 해당하지 않는다고 보았다.
 자. 위 환급 현지확인 조사 결과에 따라, 피고는 2010. 6. 8. 원고에게 부가가치세 2007년 제1기 323,071,800원, 2007년 제2기 211,125,910원, 2008년 제2기 46,546,280원, 2009년 제1기 732,489,110원을 경정·고지하고, 신관주차장과 관련하여 원고가 신청한 매입세액공제액 3,085,814,165원의 환급을 거부하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’).
 차. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2010. 9. 3. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 위 청구는 2012. 3. 16. 기각되었다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 7, 10, 15호증, 을 제1, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 
 가. 관계 법령 
 [부가가치세법 시행령(2009. 5. 6. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)] 
 제61조 (매입세액의 안분계산)
① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.
 
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
 1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
 2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율
 [부가가치세법 시행규칙] 
 제18조의2(매입세액의 안분계산)
① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.
 나. 쟁점 
 앞서 본 처분의 경위에서 나타난 이 사건 각 처분의 쟁점은, ① 이 사건 신관건물과 관련된 공통매입세액 중 불공제매입세액의 산정방법, ② 직영주차장과 관련된 공통매입세액 중 불공제매입세액의 산정방법, ③ 신관주차장 임대와 관련된 법률관계 및 이와 관련된 공통매입세액 중 불공제매입세액의 산정방법이므로 이에 대하여 순차 살피기로 한다.
 다. 이 사건 신관건물 관련 공통매입세액 
 1) 원고의 주장
 이 사건 신관건물에는 공급가액이 없었고, 과세사업과 면세사업에 사용할 예정사용면적이 명확히 구분되고 있었으므로 부가가치세법 시행령 제61조 제4항에서 정하고 있는 바에 따라 신축공사비 매입세액 불공제액은 예정사업면적 비율이 적용되어야 함에도 이를 배척하고 공급가액 비율을 적용하여 부가가치세 불공제매입세액을 계산한 피고의 계산은 위법하다.
 2) 판단 
 우선 2007년 제1기, 2007년 제2기에는 이 사건 신관건물이 신축되었다고 할 수 없고, 2008. 4. 17. 이 사건 신관건물이 완공된 후 원고가 영위한 의료사업은 기존의 서관, 동관건물에서 영위한 의료사업과 완전히 분리된 별개의 의료사업이 아니라(특히 면세사업 매출과 관련하여) △△△병원 전체의 의료사업에 포함되는 것이라고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 주장과 같이 이 사건 신관건물과 관련된 공통매입세액에 대하여 부가가치세법 시행령 제61조 제4항은 적용될 여지가 없고, 같은 조 제1항에서 규정한 바와 같이 실지귀속을 구분할 수 없는 2007년 제1기, 2007년 제2기에 대하여는 당해 과세기간의 병원전체 공급가액을 기준으로 하여 안분하고, 사용면적이 확정되어 실지귀속이 구분 가능한 2008년 제1기에는 공통매입세액을 이 사건 신관건물의 면세, 과세, 공통부분의 면적에 따라 안분한 후, 공통부분의 매입세액은 다시 병원전체의 과세·면세 공급가액의 비율에 따라 안분하여 불공제매입세액을 계산함이 타당하다.
 피고는 이 사건 신관건물이 기존건물을 확장하여 증축된 것이므로 귀속이 불분명한 공통매입세액은 병원 전체의 과세·면세 공급가액의 비율에 따라 안분해야 한다고 보았는바, 공통매입세액의 안분은 신관건물의 독립성 여부가 아니라 영위하는 사업의 독립성 여부로 판단해야 하는 문제로서 처분의 경위에 잘못된 점이 있긴 하지만, 앞서 본 정당한 불공제매입세액 계산과 결론에 있어 동일하므로, 이 사건 각 처분 중 이와 관련된 부분이 위법하다고 할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 라. 직영주차장 관련 공통매입세액 
 1) 원고의 주장
 원고의 직영주차장은 병원의 다른 사업과는 명백하게 구분되는 사업으로서 ‘실지귀속을 구분할 수 있는 경우’에 해당되고, 설령 이와 관련된 매입세액을 공통매입세액으로 보더라도 부가가치세법 시행령에 의하면 직영주차장의 유료주차분 공급가액과 무료주차분 주차요금의 환산금액을 적용하여 안분된 금액으로 불공제매입세액이 산정되어야 하는바, 피고가 이러한 방법을 적용하지 않고 불공제매입세액을 산정한 것은 위법하다.
 2) 인정사실
 직영주차장의 요금 체계는 다음과 같다(갑 제2호증, 을 제4호증).
 무료주차주차요금 구분무료시간구분이용시간무료시간요금내역 내원환자당일 1회주간06:00∼22:00입차 후 30분 무료초과시 10분당 500원 응급환자당일 입차후 24시간(1회)야간22:00∼06:00일괄 1,000원 
 3) 판단
 위 인정사실에 의하면, 직영주차장은 원고가 의료사업과 전혀 관련없이 주차장업만을 영위하기 위하여 설치하였다고 할 수 없고, 원고의 주차장관리규정에 따라 △△△병원에서 면세사업인 의료사업에 관련된 것으로 확인된 경우에는 일정한 시간 무료로 주차를 허용하나, 위 확인이 없는 경우에는 주차요금을 징수하여 과세사업에 제공하고 있음을 알 수 있다.
 따라서 직영주차장 관련 공통매입세액은 원고의 면세사업인 의료사업과 과세사업인 주차장업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하므로, 그 중 면세사업에 관련된 불공제매입세액은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 규정된 산식에 따라 주차장업에 대한 공급가액과 의료사업에 대한 수입금액의 합계액 중 의료사업에 대한 수입금액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산함이 타당하다(대법원 2001. 7. 13. 선고 99두11615 판결 참조).
 공통매입세액으로 본다고 하더라도 유료주차분의 공급가액과 무료주차분의 주차요금 환산금액 비율로 안분하여 불공제매입세액을 계산해야 한다는 원고 주장의 방법은, 주차장 영업이 의료사업과 독립된 별개의 사업으로서 과세사업과 면세사업을 동시에 하는 경우에 적용될 뿐이고, 앞서 본 운영형태에 비추어 원고의 직영주차장에는 적용할 만한 법적 근거가 없다. 결국 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 마. 신관주차장 관련 법률관계 및 공통매입세액 
 1) 원고의 주장
 신관주차장은 경일산업에게 실질적으로 임대되어 운영되고 있으므로 신관주차장의 과세전환(과세사업인 부동산임대업)에 따른 부가가치세 매입세액 환급은 인정되어야 하고, 2009년 제1기 부가가치세 환급을 인정하지 않는 것을 전제로 이루어진 부과처분은 취소되어야 하며, 원고의 환급신청에 대한 거부처분 또한 취소되어야 한다.
 2) 인정사실
 가) 원고는 2009. 1. 1. 경일산업과 사이에 신관주차장을 보증금 5,000만 원, 월 차임 5,280만 원으로 정하여 임대하기로 하는 임대차계약(갑 제3호증, 이하 ‘이 사건 임대차계약’)을 체결하였다. 이 사건 임대차계약의 주요 내용은 다음과 같다.
제1조(계약의 목적) ‘갑’(원고를 지칭함)은 ‘갑’의 신관주차장을 ‘을’(경일산업을 지칭함)에게 임대하고 ‘을’은 이를 임차하여 환자 및 내원객에게 주차 편의를 제공하고 쾌적한 환경조성과 효율적인 주차장 운영 서비스를 제공함을 목적으로 한다.
제6조(임대료 지급이외의 부수의무)
1. 본 계약의 이행과정에서 매월 발생하는 주차장 수익금과 관련하여 임대료 지급시 ‘을’은 임대차 계약상의 부수의무로서 다음과 같은 서류를 ‘갑’에게 제출하여야 한다.
 1) 수입현황
 2) ‘을’ 소속 인원현황 및 근무내역서, 인건비 내역서
 3) 기타 ‘갑’이 요청하는 증빙서류
2. ‘을’은 매일 주차 수입 현황을 ‘갑’에게 제출하여야 하며, 주차 수입에 대하여 ‘갑’이 필요하다고 판단하는 경우 실사할 수 있다. 이때 ‘갑’은 실사에 필요한 자료를 ‘을’에게 요구할 수 있으며, ‘을’은 특별한 사정이 없는 한 자료를 제출해야 한다.
제10조(주차요금) ‘을’은 ‘갑’과 ‘을’이 협의하여 정한 주차금액을 징수하며, 그 외의 비용을 주차장 이용객에게 청구해서는 아니 된다.
제12조(시설관리 운영비 및 제비용)
1. ‘을’은 임대 목적물을 사용함에 있어 발생되는 제반 조세에 관한 책임을 지며 주차 관제실운영 및 제반경비(주차권)와 시설관리 유지비를 자신의 비용으로 처리해야 한다.
2. ‘을’은 임대 목적물 유지 관리에 있어 선량한 관리자로서의 주의 의무를 다하여야 하며 ‘을’의 종업원이 고의 또는 과실로 주차장 등 관련 시설물의 손실 및 파손, 화재 등의 사고 발생시 ‘을’은 지체없이 변상 및 원상회복토록 한다.
3. ‘을’이 ‘갑’의 시설물을 사용해야 할 경우, ‘갑’과 ‘을’이 협의하여 ‘을’은 ‘갑’에게 그 비용을 납부하여야 한다.
 나) 신관주차장의 요금 체계는 앞서 본 직영주차장의 요금 체계와 동일하다.
 [인정근거] 갑 제2, 3호증의 각 기재
 3) 판단
 가) 신관주차장 관련 법률관계
 살피건대, 원고는 이 사건 임대차계약에 따라 경일산업으로부터 보증금 및 차임만을 지급받을 뿐이어서 이에 대한 세금관계만 정산하면 족한 점, 반면 경일산업은 신관주차장에서 발생한 주차요금에 대한 관리권이 있고 이에 대한 부가가치세 및 법인세를 신고·납부해야 하는 점, 신관주차장의 시설관리 운영비 및 제비용 또한 경일산업이 부담하도록 되어 있는 점 등을 종합하면, 원고가 신관주차장을 직영하고 있다고 할 수 없고 경일산업에게 임대하여 부동산임대업을 하고 있다고 봄이 타당하다.
 나) 불공제매입세액 산정 방법
 다만, 이 사건 임대차계약에 따라 주차장을 관리하는 경일산업이 직영주차장의 요금 체계와 같이 △△△병원에서 면세사업인 의료사업에 관련된 것으로 확인된 경우에는 일정한 시간 무료로 주차를 허용하나, 위 확인이 없는 경우에는 주차요금을 징수하여 과세사업에 제공하고 있는바, 신관주차장 역시 원고가 의료사업과 전혀 관련없이 부동산임대업만을 영위하기 위하여 설치하였다고 할 수 없고, 원고의 부동산임대업에 제공되는 신관주차장과 관련된 매입세액을 과세사업인 부동산임대업에만 관련된 매입세액으로 볼 수는 없다.
 따라서 신관주차장 관련 공통매입세액은 원고의 면세사업인 의료사업과 과세사업인 부동산임대업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하므로, 그 중 면세사업에 관련된 불공제매입세액은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 규정된 산식에 따라 부동산임대업에 대한 공급가액(임대료)과 의료사업에 대한 수입금액의 합계액 중 의료사업에 대한 수입금액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산함이 타당하다.
 피고는 원고가 신관주차장을 임대하였으나 실질적으로 직영하고 있다고 보았는바, 원고가 이 사건 임대차계약을 체결함으로써 실질적으로 신관주차장을 임대하였다고 보아야 하므로 처분의 경위에 잘못된 점이 있긴 하지만, 앞서 본 정당한 불공제매입세액 계산과 결론에 있어 동일하므로, 이 사건 각 처분 중 이와 관련된 부분이 위법하다고 할 수는 없다. 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.
 3. 결론 
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 이인형(재판장) 정재희 손철