양도소득세부과처분취소 (세무, 대구지방법원)
공포일: 2007.05.23 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 남대구세무서장
【변론종결】2007. 4. 11.
【주 문】
1. 피고가 2004. 11. 1. 원고에 대하여 한 2003년도 귀속 양도소득세 66,987,210원의 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】주문과 같다. 
【이 유】 1. 처분의 경위
 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 을 제1호증의 1 내지 6, 을 제2호증, 을 제3호증의 1, 2, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.
 가. 원고는 1990. 12. 15. 서울 강남구 역삼동 755-1 개나리3차아파트(동호수 생략)(이하 ‘기존개나리아파트’라 한다)를 취득하여 이를 보유하고 있었고, 1991. 12. 16. 대구 남구 봉덕동 1329-1 대덕맨션(동호수 생략)(이하 ‘대덕맨션’이라고만 한다)를 취득하여 이를 보유하고 있었다.
 나. 개나리3차아파트의 소유자들은 2003년 초에 개나리3차아파트를 재건축하기로 결의하고 개나리3차단지아파트재건축조합(이하 ‘개나리아파트재건축조합’이라 한다)을 결성하였는데, 개나리아파트재건축조합은 2003. 3. 11. 강남구청장으로부터구 주택건설촉진법(2002. 12. 30. 법률 제6841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조 제1항의 규정에 따라 개나리3차단지아파트재건축사업에 관한 사업계획승인(이하 ‘개나리아파트재건축사업계획승인’이라 한다)을 받았고, 이에 따라 원고는 재건축사업대상아파트인 기존개나리아파트의 소유자로서 기존개나리아파트에 관한 재건축아파트의 분양권(이하 ‘재건축개나리아파트분양권’이라 한다)을 취득하게 되었다.
 다. 한편, 원고는 2003. 7. 1. 대덕맨션을 양도하고, 그 무렵 대덕맨션의 양도에 관한 양도소득세 금 2,323,970원을 신고·납부하였다. 
 라. 원고는 2003. 7. 29.소외인에게 재건축개나리아파트분양권을 금 600,000,000원에 양도하였는데, 그 당시 자신이 재건축개나리아파트분양권 이외에 다른 주택을 보유하고 있지 않았기 때문에 재건축개나리아파트분양권의 양도는 비과세대상인 1세대 1주택의 양도로 의제되어 양도소득세의 부과대상이 되지 않는다고 판단하고 피고에게 재건축개나리아파트분양권의 양도에 관한 양도소득세를 신고·납부하지 않았다.
 마. 그런데 피고는, 원고가 개나리아파트재건축사업계획승인일인 2003. 3. 11. 기존개나리아파트 이외에 대덕맨션도 소유하고 있음으로써 1세대 2주택을 보유하고 있어서 원고의 재건축개나리아파트분양권의 양도를 비과세대상인 1세대 1주택의 양도로 의제할 수 없다는 이유로 2004. 11. 1. 원고에게 재건축개나리아파트분양권의 양도에 관한 2003년 귀속 양도소득세 66,987,210원(대덕맨션의 양도에 관한 기납부 양도소득세 금 2,323,970원을 제외한 금액임)을 추가로 부과하기로 하는 경정결정(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하고, 그 무렵 원고에게 이를 고지하였다.
 2. 처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장
 피고는, “구 소득세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제155조 제16항은 구 주택건설촉진법에 의한 주택재건축조합의 조합원이 사업계획승인일 현재 기존주택 이외에 다른 주택을 소유하지 아니한 상태, 즉 1세대 1주택을 보유한 상태에서 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이하 ‘분양권’이라 한다)를 양도하는 경우에 한하여 분양권이 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고, 그 분양권의 양도를 1세대 1주택의 양도로 의제하여 양도소득세의 비과세대상으로 보도록 규정하고 있다. 따라서 원고의 재건축개나리아파트분양권의 양도가 위 규정에 의한 1세대 1주택의 양도로 의제되어 양도소득세의 비과세대상에 해당하려면, 원고가 개나리아파트재건축사업계획승인일인 2003. 3. 11. 현재 기존개나리아파트 이외에 다른 주택을 보유하지 않아야 한다. 그런데 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고는 그 당시 기존개나리아파트 이외에 대덕맨션을 소유하고 있음으로써 1세대 2주택을 보유하고 있었으므로, 원고의 재건축개나리아파트분양권의 양도가 양도소득세의 비과세대상인 1세대 1주택의 양도로 의제할 수 없다는 이유에서 한 피고의 원고에 대한 이 사건 처분은 관련 법령의 규정에 따른 처분으로서 적법하다.”고 주장한다.
 이에 대하여 원고는, “원고의 재건축개나리아파트분양권의 양도가 양도소득세의 비과세대상인 1세대 1주택의 양도로 의제할 수 있음에도 불구하고, 피고가 원고의 재건축개나리아파트분양권의 양도에 관하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.”고 주장한다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판 단
 (1)구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제3호는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 양도로 인하여 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하도록 규정하고 있다. 개정 전 구 시행령{2002. 10. 1. 대통령령 제17751호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정전 구 시행령’이라 한다. 다만, 재건축개나리아파트분양권의 양도 당시는 2002. 10. 1. 대통령령 제17751호로 개정된 구 시행령이 시행되고 있었다. 그런데개정된 구 시행령 제154조 제1항의 규정에 따르면 1세대 1주택의 양도로서 비과세대상에 해당하기 위해서는 ‘보유기간 3년 이상’의 요건 이외에 ‘거주기간 1년 이상’의 요건을 충족하여야 한다. 그러나개정된 구 시행령(2002. 10. 1.자 대통령령 제17751호) 부칙 제3조 제1항은 개정된 구 시행령 시행 후 1년이 되는 날까지 당해 주택을 양도하는 경우에는제154조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있으므로, 원고의 재건축개나리아파트분양권의 양도에 관하여개정전 구 시행령 제154조 제1항의 규정이 적용된다.}제154조 제1항은 ‘소득세법 제89조 제3호에서 대통령령이 정하는 1세대 1주택’이라 함은 1세대가 양도일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것으로 규정하고 있으며,구 시행령 제155조 제16항은 도시 및 주거환경 정비법에 의한 정비사업조합의 조합원(주택재건축사업의 경우 사업시행인가일 현재개정전 구 시행령 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 조합원에 한한다.)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 이를개정전 구 시행령 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 보도록 규정하고 있다. 그렇다면 원고의 재건축개나리아파트분양권의 양도가 1세대 1주택의 양도로 의제되어 양도소득세 비과세대상이 되는지의 여부는 사업계획승인 당시에는 분양권 이외 다른 주택을 추가로 소유하고 있었으나 그 후 분양권의 양도 전에 다른 주택을 양도하여 분양권의 양도 당시에는 분양권 이외에 다른 주택이 없는 경우에 그 조합원을 ‘주택재건축사업의 경우 사업계획승인일 현재개정전 구 시행령 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 조합원’에 해당하는 것으로 해석할 수 있을지의 여부에 달려 있다고 할 것이다.
 (2) 살피건대, ① 양도소득세를 과세함에 있어 양도차익은 자산의 양도 당시를 기준으로 산출하게 되므로 당해 자산의 양도가 과세요건 내지 면세요건에 해당하는지 여부도 양도 당시를 기준으로 판정하여야 한다고 봄이 상당한 점(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누20816 판결 참조), ②개정전 구 시행령 제154조 제1항은 1세대 1주택 양도의 양도소득세 비과세요건을 충족하였는지의 여부를 당해 주택의 ‘양도일’ 현재 1세대 1주택의 보유 여부에 따라 결정하도록 규정하고 있고,구 시행령 제155조 제16항은 정비사업조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위, 즉 분양권을 양도하는 경우 1세대 1주택의 양도로 의제할 것인지의 여부를 분양권의 ‘양도일’ 현재 다른 주택을 보유하고 있는지의 여부에 따라 결정하도록 명시적으로 규정하고 있는 점, ③구 시행령 제155조 제16항은 정비사업조합의 조합원을 사업계획승인일 현재개정전 구 시행령 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다고 규정하고 있을 뿐 1세대 1주택을 보유하는 자에 한한다고 규정하고 있지는 아니한 점, ④구 시행령 제155조 제16항은, 재개발조합 또는 재건축조합의 조합원이 분양권을 양도하는 경우 그 분양권은 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 불과하고 이는 ‘주택’과는 구별되므로 ‘1세대 1주택’에 관한 비과세규정인구 소득세법 제89조 제3호 및개정전 구 시행령 제154조 제1항을 직접 적용하여 양도소득세 비과세대상으로 하는 데에 어려움이 있기 때문에 이를 해소하여 일반 주택의 양도와 형평성을 유지하고 서민가계를 지원할 목적으로 분양권의 양도에 관하여도개정전 구 시행령 제154조 제1항의 규정을 적용하여 분양권 양도를 양도소득세 비과세대상으로 삼으려는 데에 그 입법 취지가 있는 점, ⑤구 소득세법 제89조 제3호는 ‘1세대 1주택’을 비과세 대상으로 규정하고, 그 위임에 따른개정전 구 시행령 제154조 제1항은 ‘1세대가 양도일 현재 1주택을 보유하고 보유기간이 3년 이상’인 경우에 이를 ‘1세대 1주택’으로 본다고 규정하는 한편,구 시행령 제155조는 상속, 혼인 등으로 일시적으로 2주택이 되거나 또는 대체취득을 위하여 일시적으로 2주택이 되는 경우와 같이 예외적으로 ‘1세대 2주택’이 되는 경우에도 일정한 요건하에서 이를 ‘1세대 1주택’으로 취급하여 비과세한다고 규정하고 있는데, 이와 같은 규정의 형식에 비추어 보면,구 시행령 제155조 제16항은 분양권은 ‘주택’이 아니기 때문에개정전 구 시행령 제154조 제1항 소정의 ‘1세대 1주택’에 해당하지는 않지만 예외적으로 이를 ‘주택’으로 취급(의제)하여개정전 구 시행령 제154조 제1항 소정의 요건, 즉 양도일 현재 다른 주택이 없고 사업계획승인일 현재 기존주택에 관한 3년 이상 보유기간요건을 갖춘 경우에는 양도소득세를 비과세한다는 규정으로 해석되고, 따라서구 시행령 제155조 제16항은 같은 조의 다른 항과 마찬가지로개정전 구 시행령 제154조 제1항 소정의 ‘1세대 1주택’의 범위를 확장하는 특례조항의 하나로 봄이 상당한 점, ⑥ 종전 주택이 노후하여 이를 멸실하고 재건축하던 중에 새로운 주택을 취득한 경우 재건축한 주택을 종전 주택의 연장으로 보아서 재건축주택 완공 후부터 일정한 기간 내에 재건축한 주택을 양도하면 양도소득세를 부과하지 않고 있는 것이 과세실무인바, 재건축된 주택뿐만 아니라 재건축 중의 분양권도 종전 주택의 연장 내지 변환된 것임에도 불구하고, 재건축한 주택이 완공된 후 그 주택을 양도하면 비과세되는데 반하여 재건축 중인 주택이 완공되기 전에 분양권을 양도하면 과세되는 것은 합리적이지 못한 점 등에 비추어 볼 때,구 시행령 제155조 제16항의 규정 중 정비사업조합의 조합원의 자격을 제한하는 부분에 해당하는 ‘주택재건축사업의 경우 사업계획승인일 현재개정전 구 시행령 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자’라 함은 분양권 취득 당시인 사업계획승인일 당시 1세대 1주택을 보유하는 자로 한정하는 취지라기보다는 주택재건축사업을 시행하기 위한 정비사업조합의 조합원을 사업계획승인일 현재 개정전구 시행령 제154조 제1항 소정의 기존주택에 관한 보유기간 3년 이상의 요건을 갖춘 자로 한정하는 취지라고 봄이 상당하다 할 것이다.
 따라서 조합원이 분양권을 양도함에 있어 위 특례가 적용되기 위해서는 ① 사업계획승인일 현재 기존주택의 보유기간이 3년 이상일 것, ② 양도일 현재 다른 주택이 없을 것의 요건을 충족하면 되고, 사업계획승인일 현재 분양권 이외에 다른 주택이 없어야 하는 것은 아니라고 할 것이다. 
 (3) 그런데 앞서 본 바와 같이 원고는 재건축개나리아파트분양권 취득 당시, 즉 개나리아파트재건축사업계획승인 당시 대덕맨션을 소유하고 있었지만 재건축개나리아파트분양권 양도 이전에 이미 이를 양도하여 재건축개나리아파트분양권 양도 당시에 재건축개나리아파트분양권 이외에 다른 주택을 보유하지 않았고, 원고가 재건축개나리아파트분양권 취득일인 사업계획승인일 현재 기존개나리아파트를 3년 이상 보유하고 있었으므로, 원고의 재건축개나리아파트분양권 양도는구 소득세법 제89조 제3호,개정전 구 시행령 제154조 제1항,구 시행령 제155조 제16항의 각 규정에 따라 ‘1세대 1주택’에 의한 양도소득세의 비과세대상으로 의제됨에도 불구하고, 원고에게 재건축개나리아파트분양권의 양도에 관한 양도소득세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.
 3. 결 론
 그렇다면 이 사건 처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유가 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 이기광(재판장) 김태균 박정대

1세대 1주택의 양도소득세 비과세 특례를 규정하고 있는구 소득세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항에서, 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합의 조합원의 자격을 제한하는 부분에 해당하는 ‘주택재건축사업의 경우 사업계획승인일 현재구 소득세법 시행령(2002. 10. 1. 대통령령 제17751호로 개정되기 전의 것) 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자’라는 규정은, ‘분양권 취득 당시인 사업계획승인일 당시 1세대 1주택을 보유하는 자’로 한정하는 취지라기보다 주택재건축사업을 시행하기 위한 정비사업조합의 조합원을 ‘사업계획승인일 현재위 시행령 제154조 제1항 소정의 기존주택에 관한 보유기간 3년 이상의 요건을 갖춘 자’로 한정하는 취지라고 봄이 상당하므로, 조합원이 분양권을 양도함에 있어 위 특례가 적용되기 위해서는 첫째, 사업계획승인일 현재 기존주택의 보유기간이 3년 이상일 것, 둘째 양도일 현재 다른 주택이 없을 것의 요건을 충족하면 되고, 사업계획승인일 현재 분양권 이외에 다른 주택이 없어야 하는 것은 아니다.