취득세등 부과처분 취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2009.05.12 / 시행일:

【원 고】 주식회사 와이지씨 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 한준호)
【피 고】 서울특별시 중구청장 (소송대리인 변호사 박영식)
【변론종결】2009. 3. 31.
【주 문】
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】주위적 청구취지 : 피고가 별지 1-1 및 별지 1-2 각 처분내역표 각 대상토지에 대하여 ‘신고·납부일’란 기재 각 일자에 원고에 대하여 한 ‘전체금액’란 기재 각 금액의 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 부과처분 중 ‘귀속 해당분’란 기재 각 금액 부분은 각 무효임을 확인한다.
예비적 청구취지 : 피고가 별지 1-1 처분내역표 순번 4 내지 7 기재 각 대상토지 및 별지 1-2 처분내역표 순번 5 내지 7 기재 각 대상토지에 대하여 ‘신고·납부일’란 기재 각 일자에 원고에 대하여 한 ‘전체금액’란 기재 각 금액의 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 부과처분 중 ‘귀속 해당분’란 기재 각 금액 부분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1 내지 19, 갑제2호증의 1 내지 4, 갑제3, 4호증, 갑제5호증의 1, 2, 갑제6 내지 9호증, 을제1호증, 을제2호증의 1 내지 5의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
 가. 건설부장관은 1973. 9. 6. 건설부고시 제367호로 서울 중구 다동 및 남대문로 1가 59,000㎡에 대하여 서울도시계획 재개발구역 및 특정가구정비지구로 지정하였고(이하 '1차 결정'이라 한다), 다시 1980. 2. 12. 건설부고시 제46호로 종래의 면적을 50,500㎡로 일부 감축하는 등 그 재개발사업계획의 내용을 일부 변경하였다(이하 '2차 결정'이라 한다).
 나. 서울특별시장은 2007. 5. 25. 서울특별시 고시 2007-151호로 종래의 제1, 2, 3주차장을 폐지하고 제1 내지 5공공공지를 신설하며, 제7, 8지구를 통합하는 등의 내용을 포함하여 다동구역 및 다동구역 제7지구 도시환경정비구역을 변경지정하고(이하 ‘3차 결정'이라 한다), 지형도면을 고시하였다.
 다. 피고는 2008. 3. 14. 위 다동 156 일대 44필지 4,154.90㎡(다동구역 제7지구, 이하 ‘이 사건 사업구역’이라 한다)에 대하여 사업시행자를 원고로 하여, 대지 2,796.50㎡ 지상에 지상 23층, 지하 6층 규모의 업무시설, 근린생활시설, 판매시설을 신축하고, 도로 1,228.6㎡, 공공공지 129.8㎡ 등 합계 1,358㎡의 정비기반시설을 설치하는 것을 내용으로 하는 다동구역 제7지구 도시환경정비사업(이하 ‘이 사건 정비사업’이라 한다)에 대한 사업시행인가(이하 ‘이 사건 사업시행인가’라 한다)를 하고, 서울특별시 중구 고시 제2008-13호로 고시하였다.
 라. 원고는 이와 같은 사업시행인가가 있기 이전인 별지 2 토지 취득내역표 중 ‘취득월’란 기재 각 일자에 ‘대상토지’란 기재 각 토지 19필지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 매수하여 각 그 소유권을 취득하였는데, 이 사건 각 토지 중 이 사건 사업시행인가에 따라 새로 설치되는 정비기반시설 부지로 편입되는 부분(이하 ‘쟁점토지’라 한다)의 면적은 별지 2 토지 취득내역표 중 ‘귀속대상’란 기재 각 면적과 같다.
 마. 원고는 이와 같이 이 사건 각 토지를 취득하여 소유권이전등기를 경료하고 피고에게 별지 1-1 및 별지 1-2 각 처분내역표 중 ‘신고·납부일’란 기재 각 일자에 ‘전체금액’란 기재 각 금액의 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세(이하 통틀어 ‘취득세 등’이라 한다)를 각 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다).
 바. 원고는 이 사건 과세처분에 대하여 이의신청을 거쳐 행정자치부장관에게 심사청구를 하였으나, 2007. 12. 26. 각하 내지 기각되었다. 
2. 이 사건 과세처분의 적법 여부(원고의 주위적, 예비적 청구를 함께 본다)
 가. 원고의 주장
지방세법 제106조 제2항 및제126조 제2항은 국가나 지방자치단체에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산과 그 부동산 등기에 대하여는 취득세, 등록세를 각 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 사건 사업구역에 설치될 정비기반시설의 위치와 면적은 이 사건 2차 결정 당시 이미 구체적으로 특정되어 있었고, 최종적으로 2008. 3. 14. 사업시행인가가 이루어짐으로써 확정되게 되었는데, 원고는 2차 결정으로 이미 정비기반시설의 위치와 면적이 특정된 상태에서 이 사건 각 토지를 취득하였고 그 중 쟁점 토지 부분이 최종적으로 새로이 설치될 정비기반시설부지에 포함됨으로써 장차 사업이 완료되어 준공이 이루어지고 나면 관리청에 무상귀속이 예정되어 있으므로, 원고의 이 사건 각 토지의 취득은 지방세법상의 국가나 지방자치단체에 귀속을 조건으로 취득한 것으로 보아야 한다.
 따라서 주위적으로, 비과세 대상인 쟁점 토지에 대하여 취득세 등을 신고·납부한 것은 중대한 하자에 해당할 뿐만 아니라, 원고의 취득세 등 신고·납부 당시 귀속 대상 토지는 이미 특정되어 있었고, 이 사건 정비사업과 이 사건 과세처분 주체는 모두 피고이므로 피고로서는 원고가 취득세 등을 신고·납부할 당시 쟁점 토지가 국가 또는 지방자치단체에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산이라는 사실을 쉽게 알 수 있었다 할 것이므로, 원고의 이 사건 과세처분 가운데 쟁점 토지 해당분은 그 하자가 중대·명백하여 당연 무효이다.
 예비적으로, 쟁점 토지에 대하여 취득세 등을 신고·납부한 것이 당연 무효가 아니라 하더라도, 쟁점 토지는 국가 또는 지방자치단체에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산으로서 취득세 및 등록세 비과세 대상에 해당함에도 불구하고 그에 대하여 취득세 등을 신고·납부한 행위는 위법하다 할 것이므로, 이 사건 과세처분 가운데 쟁점 토지 해당분 중 원고가 제소기간을 준수한 2007. 3. 27. 이후 신고·납부 부분은 취소되어야 한다.
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 판단
 (1)지방세법 제106조 제2항에서 ‘국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다’고,제126조 제2항에서 ‘국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다’고 각 규정함으로써 ‘국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’을 취득세 및 등록세 비과세 대상으로 규정하고 있다.
 한편도정법 제64조 제1항,제65조 제2항은 사업시행자는 관할 지방자치단체장과의 협의를 거쳐 정비구역 안의 정비기반시설 설치의무를 부담하고, 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로이 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다고 규정하고 있는데, 도시환경정비사업에 있어서 사업시행자가 되고자 하는 토지등소유자가 사업시행자로 지정되기 전에 정비구역 내 토지를 취득하고, 그 후 이루어진 사업시행인가에서 실제 사업시행자로 지정되고 취득 토지 중 일부가 정비기반시설 부지로 편입됨에 따라도정법 제65조 제2항 전단에 따라 국가 등에 귀속되는 경우에 있어서 그 취득이 국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 것인지 여부가 문제된다.
 (2) 살피건대,지방세법 제106조 제1항,제126조 제1항은 국가 등이 취득하는 부동산 및 그 부동산 등기에 대하여는 취득세, 등록세를 부과하지 아니함을 원칙으로 하고,제106조 제2항,제126조 제2항은 국가 등에 귀속될 것을 조건으로 취득하는 부동산 및 그 부동산 등기에 대하여도 궁극적으로는 국가 등이 취득하는 부동산을 잠정적으로 일시 취득하는 것으로 보아 취득세, 등록세를 부과하지 않겠다는 것이므로, 취득세 및 등록세가 부과되지 않는 국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산 및 그 등기는 적어도 그 취득 당시에 확정적으로 국가 등에 귀속이 예정되어 있어야 할 뿐만 아니라, 당해 부동산의 취득자가 최종적으로 그 부동산의 국가 등에의 귀속의 부담을 지는 자(귀속 당시의 소유자)로 확정되어 있어야 할 것이다.
 이 사건에 대하여 보면, 1차 결정과 2차 결정시에 정비기반시설로 계획된 토지의 위치와 면적이 최종적으로 사업시행인가시에 확정된 정비기반시설의 위치와 면적과 상당 부분이 일치된다고 할지라도, 건설부장관이나 서울특별시장의 정비구역의 지정 및 변경(1차, 2차 결정)은 잠정적, 유동적인 것이고 적어도 관할 구청장의 사업시행인가시에 비로소 새로이 설치될 정비기반시설의 위치와 면적이 확정된다고 보아야 할 것이므로(최종적으로는 사업시행계획에 따라 사업이 이루어져 정비기반시설이 설치됨으로써 위치와 면적이 확정되는 것이고, 경우에 따라서는 사업시행 단계에서도 변경될 여지가 있다), 원고가 이 사건 각 토지를 취득할 당시에는 이 사건 쟁점 토지 부분이 정비기반시설로서 국가 등에 귀속이 확정적으로 예정되어 있었다고 볼 수 없다.
 또한 원고는 피고로부터 사업시행인가를 받음으로써 비로소 이 사건 사업의 사업시행자로 지정되었으므로, 이 사건 각 토지를 취득할 당시에는 장차 사업시행자가 되고자 하는 정비구역 내 토지등소유자 지위에 있었을 뿐 사업시행자로서 정비기반시설을 설치하고 그 시설을 국가 등에 귀속시키는 부담을 지는 자로 확정되었다고 할 수 없다.
 나아가 취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 세목이고, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득 등에 관한 사항을 공부에 등기하는 행위에 대하여 세금을 부과하는 세목이므로 그 과세요건(취득 또는 등기)의 성립시기에 납세의무가 성립된다고 할 것인데, 인가된 사업시행계획상의 정비기반시설의 위치와 면적이 그 이전에 이루어진 도시계획지구 지정상태의 그것과 상당부분 일치된다는 사후적 사정에 기하여 사업시행인가 이전에 취득 및 등기가 이루어진 부동산에 대한 취득세 등이 비과세된다고 보는 것은 납세의무의 성립 자체를 사후적 사정에 따라 소급하여 판단하는 것이 되어 취득세, 등록세의 취지에 반하게 된다.
 따라서 원고의 이 사건 각 부동산의 취득은 국가 등에의 귀속을 조건으로 한 것으로 볼 수 없다.
 (3) 한편, 원고는 비록 기부채납에 대한 최종승인 이전이라도, 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는, 그 이후에 취득하여 국가 등에 기부채납한 토지도 ‘기부채납을 조건으로 취득한 토지’로서 비과세대상에 해당한다 할 것이고, 쟁점 토지는 비록 ‘기부채납’이 아닌 ‘귀속’을 조건으로 취득한 토지 해당 여부가 문제된다 할지라도, 사업시행자로 지정되어 사업을 시행하고자 하던 원고가 피고와 사이에 이 사건 사업시행인가 신청에 앞서 정비기반시설의 위치와 면적 등에 대하여 구역변경지정 요청 등을 통해 협의를 진행하고 협의 내용이 정비계획에도 반영되었으며 정비계획상 정비기반시설 설치 계획이 거의 그대로 사업시행계획으로 인가된 사정에 비추어 보면, ‘기부채납’에 관한 위 법리가 이 사건의 경우에도 그대로 적용될 수 있다는 것이나, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 각 토지를 취득할 당시 귀속 대상 토지의 위치나 면적이 확정되었다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 기부자가 그의 소유재산을 국가 등에 증여하는 의사표시를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 함으로써 성립하는 증여계약으로서 ‘기부채납’과 달리, 이 사건과 같이 특정 부동산이 사업시행계획에 따라 새로이 설치되는 정비기반시설 부지로 편입됨으로써도정법 제65조 제2항 전단에 따라 국가 등에 ‘귀속’되는 경우에 있어서는 관할청이 정비사업을 원활하게 추진하기 위하여 행정지도 등을 통하여 장차 사업시행자가 되고자 하는 토지등소유자에 대하여 정비계획 수립 등 과정에서 의견제출 등 관여 기회를 부여한 바 있다 할지라도, 이를 ‘기부채납’에 있어서의 협의와 마찬가지로 볼 것은 아니다. 원고의 주장은 이유 없다.
 (4) 따라서 원고의 이 사건 각 토지의 취득과 그에 대한 소유권이전등기는지방세법 제106조 제2항,제126조 제2항 소정의 취득세 및 등록세 비과세사유인 ‘국가 등에 대한 귀속을 조건으로 한 부동산의 취득’ 또는 ‘그 부동산에 관한 등기’에 해당하지 않는다 할 것이므로 이 사건 과세처분(농어촌특별세법 제2조 제1항 제1호,제3조 제1호,제4조 제8호,제5조 제1항,같은 법 시행령 제4조 제3항에 의하면, 지방세법에 의하여 취득세가 비과세되는 경우에도 지방세법에 의하여 납부하여야 할 취득가액의 10%에 해당하는 농어촌특별세는 비과세되지 아니하므로, 이 사건 각 토지의 취득이 국가 등에의 귀속을 조건으로 한 것이었다 하더라도 농어촌특별세의 신고·납부는 적법하다)은 적법하다.
3. 결론
 그렇다면, 이 사건 과세처분이 위법함을 전제로 무효확인 내지 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 주위적 및 예비적 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 정형식(재판장) 정혜은 허이훈