법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1986.03.25 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 한국식품산업주식회사 외 13인 원고들 소송대리인 변호사 정동윤
【피고, 상고인 겸 피상고인】 안양세무서장
【원심판결】 서울고등법원 1984.2.22 선고 82구399 판결
【주 문】
 상고를 모두 기각한다.
 상고 소송비용은 상고인 각자의 부담으로 한다.

【이 유】 1. 원고 소송대리인의 상고이유를 본다.
 제1점에 대하여,
구 법인세법(1979.12.28 법률 제3200호) 제59종의 3 제7호는 대통령령이 정하는 바에 의하여 2년 이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위 안의 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니한다고 규정하고 같은법시행령 제124조의 5 제1항 제1호는 법 제59조의 3 제7호의 규정은 당해 공장용에 직접 이용되는 토지와 건물로서 그 양도한 토지면적 이상의 공장부지를 확보하고 이전전의 당해공장에 직접 이용되던 기계장치등의 시설에 상당하는 가치의 공장을 양도전에 시공하거나 양도일로부터 1년내에 시공하는 경우(다만 양도전에 공장을 시공한 경우에는 그 시공일로부터 2년내에 그 시설을 준공하고 준공일로부터 1년내에 이전전의 공장부지 및 공장건물을 양도한 때에 한한다)에 한하여 적용한다고 규정하고 있다. 소론 논지는 원고 한국식품산업주식회사(아래에서는 원고회사라고 한다)의 이 사건 토지, 건물의 양도가 법인세법시행령 제124조의 5(상고이유서에 제124조의 6으로 된 것은 오기로 보여진다) 소정의 이전목적의 공장용토지, 건물의 양도에 해당한다는 것이나 기록에 나타난 전증거를 살펴보아도 원고회사가 이 사건 공장용 토지, 건물의 양도 전후에 걸쳐 어떤 새로운 공장을 시공한 사실을 인정할 아무 자료 없으므로 이점 논지는 이유없다.
 제2점에 대하여,
조세의 종목과 과세기간에 의하여 구분되는 각 과세단위에 관한 개개의 부과처분이 조세소송의 소송물이 되는 것이므로(당원 1984.5.29 선고 83누31판결 참조) 이 사건 법인세, 특별부가세, 방위세 및 부가가치세의 부과처분이 1개의 소송물이라고 하면서 원심이 정당한 부가가치세액을 초과하여 납부한 금액을 특별부가세액에서 공제하지 아니하였음이 위법이라고 주장하는 소론 논지는 독자적인 견해에 불과하여 받아들일 것이 못된다.
 2. 피고 소송수행자의 상고이유를 본다.
 제1점에 대하여,
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 거시증거에 의하여 원고회사는 이 사건 과세기간인 1979.7.1-1980.6.30 사업연도에 총계정원장, 매입매출장, 제조비원장, 일반관리비대장등 법인세법 소정의 제장부와 증빙서류를 비치, 기장하였고 피고의 이 사건 법인세 결정전에 피고의 요청에 따라 위 장부와 증빙서류 모두를 피고에게 제출한 사실을 인정한 다음 위 장부와 증빙서류가 미비 또는 허위라는 주장입증이 없는 이 사건에서 피고가 원고회사의 사업소득을 위장부등에 의하여 실지 조사하지 아니하고 소득표준율에 의하여 추계결정하였을뿐 아니라 단일 과세대상에 대하여 추계조사와 실지조사를 혼합하여 과세표준을 결정하여서 한 이 사건 법인세부과처분은 위법하다고 판단하였다.
위 법인세법 제32조 제3항 단서 및 같은법시행령 제93조 제2항 제1호의 소득표준율에 의한 추계과세는 과세표준과 세액결정의 근거가 되는 납세자의 장부와 증빙서류등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 과세할 수 없는 경우에 한하고 이와 같은 추계과세의 요건에 관한 입증책임은 과세관청인 피고에게 있다 할 것이므로 피고가 소송에서 그 추계과세의 요건에 관하여 입증하지 못하였다면 법원은 피고가 한 추계과세가 위법하다 하여 이를 전부 취소할 수 밖에 없는 것이고 실지조사에 의할 경우의 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니라 할 것이며(당원 1985.7.9 선고 85누62 판결 참조) 또한 법인세법상 단일한 과세목적 물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 허용되지 아니하는 바(당원1978.12.26 선고 78누381 판결 참조), 위와 같은 취지에서 피고의 이 사건 법인세부과처분이 추계의 요건을 갖추지 못하였을 뿐 아니라 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정한 위법한 것이라하여 취소한 원심의 조치는 수긍이 가고 거기에 소론과 같은 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없으므로 위 논지는 이유없다.
 제2점에 대하여,
구 부가가치세법시행령(1978.12.30 대통령령 제9233호) 제49조의 2의 규정은 과세대상인 건물 기타구축물의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액의 구분이 불분명한 경우에만 적용되는 규정이라 할 것이므로(당원 1984.4.24선고 83누80 판결 참조) 당사자가 토지가격과 건물의 가격을 명확히 구분하여 거래한 경우에는 위 시행령의 규정이 아니라 부가가치세법 제13조의 규정에 따라 과세표준을 계산하여야 할 것인바, 원심이 적법히 확정한 사실에 의하면, 원고가 이 사건 토지와 건물을 양도함에 있어 토지의 가격을 금 471,728,000원, 건물의 가격은 감정가격인 금 51,909,091원으로 정하여 거래하였다는 것이므로 피고로서는 위 건물의 가격이 시가보다 부당하게 낮다는 등의 특별사정이 없는 한 부가가치세법 제13조 제1항에 따라 당사자의 건물양도가격인 위 금 51,909,091원을 이 사건 부가가치세 과세표준으로 삼아야 할 것임에도 피고가 이에 의하지 아니하고 위 시행령 제49조의 2의 규정에 따라 토지, 건물의 총양도가액에서 토지의 기준시가에 의한 가액을 공제하여 부가가치세 과세표준을 산정하였음은 위법하다 할 것이므로 이와 같은 취지로 판단한 원심의 조치는 정당하고, 또한 원심이 위 건물의 양도가액을 과세표준으로 하여 계산한 세액을 넘는 원고회사의 부가가치세 신고, 납부가 있었음에도 피고가 이 사건 부가가치세를 추가로 부과하였음은 위법이라 하여 위 추가부과처분을 취소한조치에 어떤 법리 오해의 위법이 있다고 할 수 없으므로 위 논지는 이유없다.
 제3점에 대하여,
 원심은 그 거시증거를 종합하여 원고회사의 위 사업연도중 주주는 13인이고 발행주식총수는 53,000주이었으며, 그중 원고 3, 원고 2, 원고 4, 원고 5, 원고 6, 원고 7, 원고 8, 원고 9, 원고 10, 원고 11, 원고 12, 원고 13, 원고 14의 피상속인인 망 소외인은 23,900주, 원고 2는 1,750주 원고 4와 원고 9는 각 300주를 소유한 사실을 인정할 수 있다고 한 다음, 위 인정사실에 의하면 위 소외인, 원고 2, 원고 4, 원고 9의 소유주식금액의 발행주식총액에 대한 비율이 100분의 49.5에 불과하므로 위 4인은 국세기본법 제39조 제2호 소정의 과점주주에 해당한다 할 수는 없음에도 피고가 이들이 원고회사의 과점주주로서 원고회사의 체납국세에 대한 제2차 납세의무있다고 보아서 한 납부고지처분은 위법하다고 판단하고 있는바, 기록에 의하여 살펴보면 원심의 위 인정과 판단은 정당하고 거기에 소론과 같은 사실오인의 위법이 있다고 할 수 없으므로 위 논지도 이유없다.
 3. 그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고 소송비용은 상고인 각자의 부담으로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이정우(재판장) 정태균 신정철 김형기

가. 조세소송의 소송물
나. 법인세추계과세의 요건 및 위 요건에 관한 입증이 없는 경우의 법원의 조처
다. 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것의 당부
라. 구 부가가치세법시행령(1978.12.30 대통령령 제9233호로 개정된 것) 제49조의 2 규정의 적용범위

가. 조세의 종목과 과세기간에 의하여 구분되는 각 과세단위에 관한 개개의 부과처분이 조세소송의 소송물이 된다.
나. 구 법인세법 (1979.12.28 법률 제3200호로 개정된 것) 제32조 제3항 단서 및 같은법시행령 제93조 제2항 제1호 소정의 추계과세의 요건에 관한 입증책임은 과세관청에게 있다 할 것이므로 과세관청이 소송에서 그 추계과세의 요건에 관하여 입증하지 못하였다면 법원은 과세관청이 한 추계과세가 위법하다 하여 이를 전부취소할 수 밖에 없는 것이고 실지조사에 의할 경우의 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다.
다. 법인세법상 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 허용되지 아니한다.
라. 구 부가가치세법시행령(1978.12.30 대통령령 제9233호로 개정된 것) 제49조의 2의 규정은 과세대상인 건물 기타 구축물의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액의 구분이 불분명한 경우에만 적용되는 규정이고 당사자가 토지가액과 건물의 가격을 명확히 구분하여 거래한 경우에는 위 시행령의 규정이 아니라 부가가치세법 제13조의 규정에 따라 과세표준을 계산하여야 한다.