부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2006.08.30 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 삼성세무서장외 1인
【변론종결】2006. 8. 23.
【주 문】
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】원고를 상대로, 피고 삼성세무서장이 한 별지 부가가치세 목록 기재 각 부과처분과, 피고 원주세무서장이 한 별지 종합소득세 목록 기재 각 부과처분을 각 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 서울 강남구 대치동(지번 생략) 대 971.8㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 소유자인데, 원고가 이사로 있고 원고의 아들이 대표이사로 있는소외 주식회사와 1994. 6. 1.자 지상권설정계약에 터잡아 같은 해 7. 22. 철근콘크리트조 건물소유를 목적으로 하고 존속기간은 1994. 6. 1.부터 10년간, 지료를 20,000,000원으로 하는 지상권설정등기를 마쳤다.
 나.소외 주식회사는 이 사건 토지 위에 철근콘크리트조 R.C 슬라브 지붕 4층 상가건물을 신축하여 소유하면서 부동산임대업을 영위하고 있다.
 다. 원고와소외 주식회사는 1996. 12. 31. 지상권설정계약의 내용을 변경하여 이 사건 토지를 1997. 1. 1.부터 2003. 12. 31.까지 사용하는 대가로서 1년에 50,000,000원씩을 원고에게 지급하기로 약정하였으나, 지상권설정등기에 관한 변경등기를 마치지는 않았다.
 라. 원고는 위 약정을 근거로 지급받은 금액을 매출 또는 소득으로 신고하여 부가가치세 및 종합소득세를 납부하여 왔는데, 피고들은 원고가 이 사건 토지를 특수관계자에게 시가보다 낮게 임대한 것으로 보고, 원고가 신고한 위 소득금액을 부당행위계산부인하고,부가가치세법 제13조,같은 법 시행령 제50조,소득세법 제41조,구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법 시행령’이라 한다) 제98조 제4항 및법인세법 제89조 제4항을 적용 또는 준용하여 이 사건 토지의 가액(각 해당년도의 공시지가)의 50%에 상당한 금액에 해당년도의 정기예금이자율을 곱하여 임대수입을 계산한 다음 청구취지 기재와 같은 각 과세처분을 하였다(이하 ‘이 사건 각 과세처분’이라 한다).
 다. 원고가 이에 불복하여 2004년 11월경 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2005. 7. 15. 원고의 청구를 기각하였다.
 [인정근거] 갑 제1호증 내지 갑 제4호증, 갑 제7호증 내지 갑 제9호증의 5의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 원고의 주장 및 판단 
 가. 원고의 주장 
 (1) 원고가소외 주식회사에게 이 사건 토지에 관한 지상권을 설정하고 받은 금액은 부동산 임대소득이 아니라소득세법 제21조 제1항 제9호에서 규정한 기타소득에 해당하므로, 피고 원주세무서장이 이 사건 토지를 특수관계자에게 임대한 것으로 보아법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에서 정한 방법으로 이 사건 토지에 대한 임료를 산정한 것은 위법하다.
 (2) 원고는 이 사건 토지를소외 주식회사로 하여금 사용하게 하면서 적정한 지료를 징수하였으므로,소득세법 제41조 제1항에서 규정된 부당행위계산의 요건이 충족되지 않고부가가치세법 제13조 제1항 제3의2호에서 규정된 부당하게 낮은 대가를 받은 것도 아니므로 이 사건 각 과세처분은 위법하다.
 (3) 처분청이 부당행위계산부인을 하는 경우에도 부가가치세법 및 소득세법에 의하여 준용되는부가가치세법 시행령 제50조 제1항,소득세법 시행령 제98조 제3항에 의하여 준용되는법인세법 시행령 제89조 제1항,제4항에 의하여 유사거래사례가 있는 경우에는 그 가격에 의하고, 그것이 없는 경우에만 당해 자산의 시가의 50%에 정기예금이자율을 곱한 금액으로 과세표준을 정하도록 규정되어 있음에도 피고들이 인근 유사사례를 면밀히 검토하지 않고 막연히 유사사례가 없는 것으로 보고 위와 같은 기준에서 세액을 산정한 것은 위법하다.
 (4) 피고 삼성세무서장이 2003년도 이전의 부가가치세를 과세함에 있어2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정된 부가가치세법 제50조 제1항에 의하여 준용되는법인세법 제89조 제4항을 적용하여 과세표준액을 산출하는 것은 위 부가가치세법 시행령 규정을 소급하여 적용하는 것으로 위법하다.
 (5) 피고 원주세무서장이 원고가소외 주식회사에게 이 사건 토지를 저가의 지료로 사용하게 하였다 하여 부당행위계산부인을 하고 원고의 수입을 증가시킨 이상 합리적인 방법으로 비용을 산출하여 이를 제외한 나머지 수입만을 과세표준으로 삼아야 하고, 그 방법은 결국소득세법 제80조 제3항 단서에 의하여 추계조사결정을 원용할 수밖에 없으므로 1999년도와 2000년도는 수입금액에 소득표준율을 곱하여 소득을 산정하여야 하고, 2001년도부터는 수입금액에 기준경비율을 곱하여 소득을 산정하여야 함에도 증가된 수입 전체를 과세표준으로 삼은 것은 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 부동산임대소득인지 기타소득인지에 관한 판단
소득세법 제18조 제1항 제1호에서는 ‘부동산 또는 부동산상의 권리의 대여로 인하여 발생하는 소득’을 부동산 임대소득으로 규정하고,같은 조 제3항에서는 “제1항에서의 대여라 함은 전세권 기타 권리를 설정하고 그 대가를 받는 것과 임대차계약 기타 방법에 의하여 물건 또는 권리를 사용 또는 수익하게 하고 그 대가를 받는 것을 말한다”라고 규정하고 있다.
 한편소득세법 제21조 제1항은 “기타소득은 이자소득·배당소득·부동산임대소득·사업소득·근로소득·양도소득 및 산림소득 외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다”라고 규정하면서제9호에서 ‘지역권·지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정 또는 대여하고 받는 금품’을 규정하고 있다.
 살피건대, 원고가 1994. 6. 1. 이 사건 토지에 지상권을 설정하기는 하였으나 매년 일정액의 지료로 지급하기로 하였을 뿐만 아니라, 위에서 살펴본 바와 같이 1996. 12. 31.소외 주식회사와 약정에 의하여 매년 50,000,000원씩의 지료를 받도록 약정하면서도 그에 따른 변경등기절차를 마치지 않았던 이상 이 사건 토지의 대여로 원고가 받은 대가는 그 명목에 관계 없이 그 실질이소득세법 제18조 제1항 제1호,제3항에 규정된 부동산 임대소득으로 봄이 타당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (2) 과세요건에 관한 판단
소득세법 제41조의 부당행위계산부인 규정은 거주자의 행위 또는 계산이 객관적인 사실에 합치되고, 또는 법률상 유효, 적법한 것으로서 회계상으로는 정확한 계산이라 하더라도 그 행위나 계산이소득세법 시행령 제98조 제1항 각 호 소정의 특수관계자 간의 거래이고 객관적으로같은 조 제2항 각 호 소정의 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당되는 경우에는 세법상 이를 부인하여 정부가 법령이 정하는 방법으로 소득금액을 계산하는 제도로서 이는 실질과세원칙을 보충하여 공평과세를 실현하고자 하는 데 그 입법 취지가 있으므로 부당행위계산은 일정한 특수관계자 사이의 일정한 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 족한 것이지 당사자에게 조세회피의 목적이 있거나 경제적 손실이 있어야 하는 것은 아니다(대법원 2004. 10. 28. 선고 2004두4772판결 등 참조).
 이 사건 토지의 공시지가가 1999. 1. 1. 기준으로 6,166,440,000원( = 978.8㎡ × 6,300,000원/㎡ )이고, 매년 상승하여 2002. 1. 1. 기준으로 8,721,108,000원( = 978.8㎡×8,910,000원/㎡ )에 이른 점에 비추어 보건대, 원고가 수령한 50,000,000원의 임대소득의 연수익률은 0.81%(1999. 1. 1. 기준) 내지 0.57%(2002. 1. 1. 기준)에 불과하고, 위 기간 동안의 정기예금 이자율 7.50%(1999. 1. 1. 기준) 및 4.20%(2002. 1. 1. 기준)와 비교하여 보아도 현저하게 저액이며,소외 주식회사가 1999사업연도에 28,937,000원, 2000사업연도에 29,114,000원, 2001사업연도에 53,674,000원, 2002사업연도에 89,519,000원, 2003사업연도에 132,173,000원을 각 당기순이익으로 신고한 사실에 비추어 보아도 원고가 이 사건 토지를 특수관계자인소외 주식회사에 저가로 임대함으로 인하여 제3자에게 시가로 임대하였다면 얻을 수 있었던 임대소득과의 차액에 대한 부가가치세 및 종합소득세 부분에 관하여 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다고 보여지므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (3) 유사임대사례 존재 주장에 관한 판단
 이 법원의 서울특별시 강남구청장에 대한 각 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 유사임대사례라고 주장하고 있는 서울 강남구 역삼동(지번 1 생략) 토지와 같은 동(지번 2 생략) 토지(이하 ‘(지번 1 생략) 토지’와 ‘(지번 2 생략) 토지’라 한다)와 이 사건 토지의 단위면적당 개별공시지가가 유사하고, 법정건폐율이나 용적율이 동일한 사실을 인정할 수 있기는 하나, 갑 제1호증, 갑 제5호증의 1 내지 갑 제7호증의 각 기재 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 토지와(지번 1 생략) 토지와(지번 2 생략) 토지는 4차선 도로를 사이에 두고 있고, 이 사건 토지의 면적은 971.8㎡이고, 그 지상 건물은 철근콘크리트조 R.C 슬라브 지붕 4층 상가건물이며 건물의 연면적이 1,725.91㎡(용적율 177.58%)인데 비하여,(지번 1 생략) 토지는 면적이 562㎡이고, 그 지상건물은 1층 경량 철골조 건물이며 건물의 연면적이 72.9㎡에 불과하고,(지번 2 생략) 토지의 면적은 896.9㎡이고, 그 지상 건물은 철근콘크리트조 아스팔트슁글 지붕 3층 주유소 건물이며 건물의 연면적이 1,016.25㎡(용적율 91.4% : 원고는 연면적을 단순히 대지 면적으로 나누어 용적율이 113%라고 주장하고 있으나 용적율 계산에 포함되지 않는 연면적을 제외하면 위 수치가 정확하다)인 사실을 각 인정할 수 있는 바, 위 인정사실을 종합하면, 이 사건 토지와(지번 1 생략) 토지 및(지번 2 생략) 토지는 그 위치 및 이용현황에 있어 차이가 커서 위 거래사례에서 정해진 가격으로 이 사건 토지의 시가를 산정하는 것은 부적합하다고 판단되므로, 인근 유사거래사례가 존재한다는 원고의 위 주장도 이유 없다.
 (4) 과세표준 산정방식의 적법성에 관한 판단
 과세관청이 각 법령의 규정에 의하여 거주자가 특수관계에 있는 자에게 토지를 무상으로 대여하거나 제공한 행위를 부인하고, 그로 인한 거주자의 임대료 상당 소득금액을 추계의 방법으로 계산함에 있어서는 거주자가 그와 특수관계에 있지 아니한 자와의 정상적인 거래를 하는 경우에 형성되는 가격을 기준으로 하여 산정하여야 할 것이므로, 그에 관한 실례가 있는 경우에는 그 가격을 기준으로 하고, 그와 같은 실례가 없는 경우에는 당해 토지의 지목, 위치, 주위환경, 이용상황, 사용범위 등 제반 여건을 고려하고 부동산의 가격을 형성하는 지역 및 개별요인, 인접 및 유사지역 내의 유사물건에 대한 적정 거래가능가격을 조사·검토하는 등의 합리적인 방법으로 산정한 가격을 기준으로 삼으면 족하다고 할 것인바(대법원 1992. 1. 21. 선고 91누7637 판결 등 참조), 당해 토지 인근 유사토지의 실제 임대사례가 없는 경우에 언제나 감정에 의하여 적정임대료를 산정하여야 하는 것은 아니라 할 것이다.
 이 사건 토지의 인근 유사토지의 실제 임대사례가 없는 이 사안에서 피고들이2002. 12. 30. 개정된 부가가치세법 시행령 제50조 제1항 및소득세법 시행령 제98조 제4항의 규정에 따라법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호를 적용 또는 준용하여 이 사건 토지의 공시지가의 50%에 정기예금이자율을 곱하여 적정임대료를 산출한 것은 적법한 것이고, 다만 2003년분을 제외한 그 이전의 부가가치세의 과세표준의 산출에 있어서는 외형상 위 각 규정을 소급적용한 것처럼 보이지만, 그 실질을 살펴보면 공시지가가 일반적으로 실거래가보다는 저액이고, 이 사건 토지의 임대가 나대지에 대한 임대이고 실거래과정에서 다양한 계약조건에 따라 임료가 감액되더라도 일반적인 자본수익율의 기준으로 사용되는 정기예금이자율의 50%보다 아래로 임료가 감액되는 경우를 상정하기는 어렵다는 점 등을 고려하건대, 위와 같은 추계방법도 합리성과 타당성을 갖춘 것이라고 봄이 상당하고, 원고가 이 사건 토지를 특수관계인에게 저가로 사용하게 한 행위가 부당행위계산부인을 통하여 부가가치세법상 과세요건에 해당하는 이상 구체적인 세액을 산정하는 과정에서 그 평가방법만을 소급적용하였다고 하여 소급과세금지의 윈칙에 위반되지는 아니하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.
 (5) 비용공제 주장에 관한 판단
 을 제1호증의 1 내지 10, 을 제2호증의 1 내지 5의 각 기재를 종합하면, 피고 원주세무서장은 피고 삼성세무서장으로부터 통보받은 과세자료에 따라 원고에 대한 종합소득세액을 결정함에 있어 부가가치세 경정과정에서 증가시킨 매출액 전부를 원고의 수입으로 인정하면서도 따로 비용 부분을 증가시키지 아니하고 처음 원고가 신고한 금액에 따라 종합소득세를 산정한 사실을 인정할 수 있다.
 그렇지만,소득세법 제80조 제3항 단서에 의하여 소득금액을 추계할 경우같은 법 시행령 제143조 제2항,제3항 제1호 (다)목에 의하여 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 비용으로 공제하여 주는 제도(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정됨으로써 신설되었고, 그 이전에는 수입금액에 표준소득율을 곱한 금액을 비용으로 공제하여 주는 제도가 있었다)는 신고누락된 수입이 과세관청에 의하여 발견되었으나 이에 대응하는 비용은 산정하기가 불가능한 경우에 합리적인 범위 내에서 수입과 대응한다고 보여지는 비용공제를 인정하여 주는 제도이므로, 이 사건의 경우와 같이 원고가 거래내용, 수입금액 및 지출비용 등을 사실대로 신고하였음에도 과세관청이 부당행위계산부인을 통하여 수입액만을 증가시킨 경우까지도 이를 준용하여 실제 발생하지도 않았던 비용을 공제하여 줄 수는 없다.
 원고는 위와 같은 비용공제를 인정하여 주지 않을 경우 거래내용을 성실히 신고하였으나 부당행위계산부인을 당한 자가 허위로 세금신고를 하는 자보다 더 불리한 지위에 서게 되므로 불합리하다고 주장하나, 원고가 부당행위계산부인을 당하여 수입이 증가되게 됨으로써 추가로 부담하게 되는 비용이 있다면, 얼마든지 이를 주장, 입증하여 비용공제를 받을 수 있다고 할 것인데, 원고가 여기에 대하여 아무런 주장, 입증을 하고 있지도 아니하므로, 결국 원고의 위 주장은 이유없다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 이승영(재판장) 한정훈 김명섭