법인세경정고지처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2022.11.17 / 시행일:

【원고, 피상고인】 파산회사 주식회사 디케이코퍼레이션의 파산관재인 원고 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 유철형 외 1인)
【원고보조참가인】 원고보조참가인 1 외 1인 (소송대리인 법무법인 소울 담당변호사 안성욱 외 1인)
【피고, 상고인】 역삼세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 바른 담당변호사 손삼락 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2019. 8. 14. 선고 2018누42957 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 원고보조참가인들의 보조참가신청을 각하한다. 상고비용 중 보조참가로 인한 부분은 원고보조참가인들이 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다.

【이 유】 1. 상고이유(제출기간이 지난 상고이유보충서 기재는 이를 보충하는 범위 내에서)에 대한 판단
 가. 사안의 개요
 원심판결 이유에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 (1) 주식회사 디케이코퍼레이션은 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제1항 제1호에서 정한 중소기업으로 2006 사업연도에 결손금이 발생하자 2007. 3. 무렵 같은 법 제72조 제1항에 따라 결손금의 소급공제에 의한 환급을 신청하여 그 무렵 피고로부터 2005 사업연도의 법인세액을 한도로 계산한 3,679,636,470원(이하 ‘이 사건 환급세액’이라 한다)을 환급받았다.
 (2) 서울중앙지방법원은 2014. 10. 16. 주식회사 디케이코퍼레이션에 대하여 파산을 선고하고 원고를 파산관재인으로 선임하였다(이하 편의상 파산선고 전후를 묻지 않고 주식회사 디케이코퍼레이션과 원고를 ‘원고’로 같이 부른다).
 (3) 원고는 2005 사업연도 법인세의 과세표준과 세액에 영향을 미치는 법원의 화해권고결정이 확정되었다는 이유로 2016. 9. 1. 피고에게 2005 사업연도 법인세의 환급을 구하는 취지의 후발적 경정청구를 하였다. 피고는 이를 받아들여 2016. 10. 무렵 원고에게 이 사건 환급세액에 상당하는 2005 사업연도 법인세에 국세환급가산금을 더한 4,035,527,260원을 환급하기로 결정하였다. 
 (4) 한편 피고는 이처럼 이 사건 환급세액 계산의 기초가 된 2005 사업연도 법인세액이 달라져 이 사건 환급세액이 과다하게 환급된 결과가 되었다는 이유로, 2016. 10. 17. 원고에게 구 법인세법 제72조 제5항, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제5항, 제6항에 따라 이 사건 환급세액과 이에 대한 그 통지일 다음 날부터의 1일 0.03%의 비율에 따른 이자 상당액을 합한 7,530,008,080원을 2006 사업연도 법인세로 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 나. 이 사건 처분의 법적 성격 등에 관하여(상고이유 제1, 2점) 
 (1) 구 법인세법 제72조 제1항은 ‘중소기업은 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다.’고 규정하고, 그 제3항은 관할 세무서장이 이러한 환급신청을 받은 때에는 지체 없이 환급세액을 결정하여 환급하도록 규정하고 있다. 구 법인세법 제72조 제5항은 ‘제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우’에는 관할 세무서장이 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수하도록 규정하고, 그 제6항은 ‘결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항’을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다. 구 법인세법 시행령 제110조 제6항은 ‘당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우’에는 관할 세무서장이 즉시 당초의 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하도록 규정하면서, 과다하게 환급한 세액상당액을 징수할 때에는 제5항의 규정을 준용하도록 하고, 그 제5항은 구 법인세법 제72조 제5항에서 위임한 이자 상당액의 계산방법을 정하고 있다.
 이러한 법인세법 관련 규정의 내용과 체계 등에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따른 이 사건 처분은 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분으로 보아야 한다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다.
 (가) 납세의무자가 조세를 납부할 의무는 조세법규에서 정한 과세요건이 충족되면 성립한다. 그러나 국가가 납세의무자에 대한 조세채권으로 징수절차에 나아가기 위해서는 그 납세의무의 내용을 구체적으로 확인하는 확정절차로서 납세의무자의 신고행위나 과세권자의 결정·경정 등의 부과처분이 필요하다. 그러한 절차를 통해 그 납세의무와 관련된 과세표준과 세액이 구체적으로 확정되어야 구체적 조세채무·채권관계가 발생한다.
 (나) 구 법인세법 제72조 제5항 및 구 법인세법 시행령 제110조 제5항, 제6항에 따르면, 결손금 소급공제에 의하여 환급세액이 결정된 후 당초의 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준이 감소한 경우 관할 세무서장은 과다하게 환급한 세액상당액에 그에 대한 이자 상당액을 가산하여 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수하게 된다. 이러한 법인세 납부의무는 관할 세무서장이 직전 사업연도 법인세액의 감소 등 그 요건의 충족 여부를 판단하여 환급세액을 재결정한 후 과다환급세액 및 그에 대한 이자 상당액을 계산하여 세액을 확정하는 절차를 거쳐야 비로소 구체적 조세채무로 확정된다. 
 (다) 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조 제8항은 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 세무서장이 이미 충당되거나 지급된 금액의 반환을 청구하는 경우에는 국세징수법의 고지·독촉 및 체납처분의 규정을 준용하도록 정하고 있다. 그런데 위 규정에 따른 국세환급금의 환수와 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따른 환급세액의 환수는 그 부과 또는 징수하는 세액의 계산방법, 환수절차 등에서 서로 구분되므로, 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따라 이루어진 이 사건 처분이 구 국세기본법 제51조 제8항에 따라 국세징수법이 준용되는 징수처분에 해당한다고 볼 수도 없다.
 (2) 원심은 같은 취지에서 이 사건 처분이 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분에 해당한다고 보고, 그에 관한 부과제척기간이 경과하여 위법하다고 판단하였다. 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 이 사건 처분의 법적 성격에 대한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 다. 부과제척기간의 경과 여부에 관하여(상고이유 제3점)
 (1) 후발적 경정청구에 관한 특례제척기간 규정의 적용 여부
구 국세기본법 제26조의2 제2항 제3호는 ‘제45조의2 제1항 및 제2항에 따른 경정청구가 있는 경우 경정청구일부터 2개월 내에 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.’고 규정하고 있다.
 원심은 그 판시와 같은 이유로 원고의 후발적 경정청구의 대상과 과세기간을 달리하는 이 사건 처분에는 위 규정이 적용될 수 없다고 보고, 이 사건 처분이 원고의 후발적 경정청구일부터 2개월 내에 이루어져 적법하다는 취지의 피고 주장을 배척하였다. 
 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 특례제척기간 규정의 적용 여부에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 (2) 부과제척기간 기산일에 관한 특례 규정의 적용 여부
구 국세기본법 시행령(2009. 2. 6. 대통령령 제21316호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3은 부과제척기간의 기산일을 ‘세액을 신고하는 국세’의 경우 원칙적으로 ‘당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날’로 하되(제1항 제1호), ‘공제·면제·비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우’에는 제1항의 규정에도 불구하고 ‘당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날’로 정하고 있다(제2항 제3호).
이러한 관련 규정의 문언과 체계 및 입법 취지, 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합적으로 고려하면, 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무를 이행할 것을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 당초의 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에만 적용되는 규정으로 보아야 한다.
 원심은 같은 취지에서 이 사건 처분에는 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호가 적용될 수 없다고 보고, 위 규정에 따라 이 사건 처분의 부과제척기간 기산일을 원고의 후발적 경정청구일로 보아야 한다는 취지의 피고 주장을 배척하였다. 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 부과제척기간 기산일에 관한 특례 규정의 적용 여부에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 2. 보조참가신청의 적법 여부에 대한 판단
 특정 소송사건에서 당사자 일방을 보조하기 위하여 보조참가를 하려면 해당 소송의 결과에 대하여 이해관계가 있어야 하고, 여기서 말하는 이해관계란 사실상·경제상 또는 감정상의 이해관계가 아니라 법률상의 이해관계를 가리킨다(대법원 2007. 6. 28. 선고 2007다16885 판결 등 참조). 원고보조참가인들의 그 주장과 같은 이해관계는 이 사건 소송결과에 대한 법률상 이해관계라고 할 수 없으므로 원고보조참가인들의 보조참가신청은 참가의 요건을 갖추지 못하여 부적법하다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고 원고보조참가인들의 보조참가신청을 각하하며, 상고비용 중 보조참가신청으로 인한 부분은 원고보조참가인들이 부담하고 나머지는 피고가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박정화(재판장) 김선수 노태악(주심) 오경미

[1] 구 법인세법 제25조 제1항 제1호에서 정한 중소기업인 甲 주식회사는 2006 사업연도에 결손금이 발생하자 구 법인세법 제72조 제1항에 따라 결손금의 소급공제에 의한 환급을 신청하여 2005 사업연도의 법인세액을 한도로 계산한 금액을 환급받았는데, 이후 甲 회사에 대한 파산선고로 선임된 파산관재인이 2005 사업연도 법인세의 과세표준과 세액에 영향을 미치는 법원의 화해권고결정이 확정되었다는 이유로 2005 사업연도 법인세의 환급을 구하는 취지의 후발적 경정청구로 환급을 받자, 관할 세무서장이 결손금 소급공제 환급세액 계산의 기초가 된 2005 사업연도 법인세액이 달라져 과다하게 환급된 결과가 되었다는 이유로, 구 법인세법 제72조 제5항, 구 법인세법 시행령 제110조 제5항, 제6항에 따라 환급세액과 그 이자 상당액을 2006 사업연도 법인세로 경정·고지한 사안에서, 위 처분은 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분에 해당하고 그에 관한 부과제척기간이 경과하여 위법하다고 한 사례
 [2] 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무를 이행할 것을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 당초의 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에만 적용되는 규정인지 여부(적극)

[1] 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제1항 제1호에서 정한 중소기업인 甲 주식회사는 2006 사업연도에 결손금이 발생하자 구 법인세법 제72조 제1항에 따라 결손금의 소급공제에 의한 환급을 신청하여 2005 사업연도의 법인세액을 한도로 계산한 금액을 환급받았는데, 이후 甲 회사에 대한 파산선고로 선임된 파산관재인이 2005 사업연도 법인세의 과세표준과 세액에 영향을 미치는 법원의 화해권고결정이 확정되었다는 이유로 2005 사업연도 법인세의 환급을 구하는 취지의 후발적 경정청구로 환급을 받자, 관할 세무서장이 결손금 소급공제 환급세액 계산의 기초가 된 2005 사업연도 법인세액이 달라져 과다하게 환급된 결과가 되었다는 이유로, 구 법인세법 제72조 제5항, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제5항, 제6항에 따라 환급세액과 그 이자 상당액을 2006 사업연도 법인세로 경정·고지한 사안에서, 국가가 납세의무자에 대한 조세채권으로 징수절차에 나아가기 위해서는 그 납세의무의 내용을 구체적으로 확인하는 확정절차로서 납세의무자의 신고행위나 과세권자의 결정·경정 등의 부과처분이 필요한 점, 법인세 납부의무는 관할 세무서장이 직전 사업연도 법인세액의 감소 등 그 요건의 충족 여부를 판단하여 환급세액을 재결정한 후 과다환급세액 및 그에 대한 이자 상당액을 계산하여 세액을 확정하는 절차를 거쳐야 비로소 구체적 조세채무로 확정되는 점, 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제51조 제8항에 따른 국세환급금의 환수와 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따른 환급세액의 환수는 그 부과 또는 징수하는 세액의 계산방법, 환수절차 등에서 서로 구분되므로, 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따른 위 처분이 구 국세기본법 제51조 제8항에 따라 국세징수법이 준용되는 징수처분에 해당한다고 볼 수도 없는 점 등을 종합하면, 위 처분은 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분에 해당하고 그에 관한 부과제척기간이 경과하여 위법하다고 한 사례.
 [2] 구 국세기본법 시행령(2009. 2. 6. 대통령령 제21316호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3은 부과제척기간의 기산일을 ‘세액을 신고하는 국세’의 경우 원칙적으로 ‘당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날’로 하되(제1항 제1호), ‘공제·면제·비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우’에는 제1항의 규정에도 불구하고 ‘당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날’로 정하고 있다(제2항 제3호).
 이러한 관련 규정의 문언과 체계 및 입법 취지, 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합적으로 고려하면, 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무를 이행할 것을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 당초의 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에만 적용되는 규정으로 보아야 한다.