종합부동산세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2011.11.18 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 서초세무서장
【변론종결】2011. 10. 14. 
【주 문】
1. 원고의 청구를 모두 기각한다. 
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】피고가 2010. 6. 8. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 38,085,970원(11,559,030원 + 1,770,900원 + 3,628,960원 + 21,127,080원), 2009년 귀속 28,284,070원(9,404,450원 + 18,879,620원)의 각 양도소득세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 양도소득세 부과처분’이라 한다)을, 2010. 8. 1. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 4,165,650원, 2006년 귀속 12,824,070원, 2007년 귀속 16,806,040원, 2008년 귀속 23,460,200원의 각 종합부동산세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 종합부동산세 부과처분’이라 한다)을 각 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위 
 다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1 내지 6, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1 내지 4, 갑 제4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다. 
가. 원고는 1973. 11. 3. 서울 용산구 (주소 생략) 지상 단독주택(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)을 취득하였다. 
나. 이 사건 종전주택이 멸실하자, 원고는 2003. 4. 4. 그 지상에 별지 부동산 목록 제1항 내지 제8항 기재 각 주택(이하 이를 순차로 ‘이 사건 제1 내지 제8 각 신축주택’이라 하고, 이를 통틀어 ‘이 사건 각 신축주택’이라 한다)을 신축한 다음, 같은 해 4. 22. 이에 관하여 소유권보존등기를 경료하였다. 
다. 원고는 2003. 6. 30. 제3자에게 이 사건 제6 신축주택을 임대한 것을 비롯하여 별지 최초임대일 및 양도일 내역 최초임대일란 기재 각 일자에 이 사건 각 신축주택을 각 임대하여 부동산임대업을 영위하는 한편, 같은 해 10. 21. 용산세무서장에게 사업장소재지를 ‘서울 용산구 (주소 생략)’으로, 사업의 종류를 ‘업태 : 부동산, 종목 : 주택임대’로 하여 사업자등록을 한 다음, 2005. 11. 9. 서울특별시 서초구청장에게 임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였다. 
라. 원고는 2008. 7. 9. 소외 4에게 이 사건 제6 신축주택을 양도한 것을 비롯하여 별지 최초임대일 및 양도일 내역 양도일란 기재 각 일자에 이 사건 각 신축주택을 순차로 양도하는 한편, 이 사건 종전주택을 취득한 날부터 이 사건 각 신축주택의 취득일인 2003. 4. 4.로부터 5년이 경과한 날까지 발생한 양도소득금액을 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감되는 금액으로 보아 피고에게 이 사건 각 신축주택의 양도에 따른 양도소득세를 각 신고·납부하였다. 
마. 그런데 피고는 이 사건 종전 주택의 취득일부터 이 사건 각 신축주택의 취득일 전날인 2003. 4. 3.까지 발생한 양도소득금액은 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감되는 금액이 아니라고 보아, 2010. 6. 8. 원고에게 이 사건 각 양도소득세 부과처분을 하였다. 
바. 한편 원고는 피고에게 이 사건 각 신축주택이 구 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법 시행령’이라 한다) 제3조 제1항 제1호에서 정한 건설임대주택 또는 같은 조 제1항 제3호에서 정한 기존임대주택에 해당한다는 이유로 종합부동산세 합산배제 신청을 하였다. 그러나 피고는 이 사건 각 신축주택이 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항에서 정한 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못하였다는 이유로, 2010. 8. 1. 원고에게 이 사건 각 종합부동산세 부과처분을 하였다. 
2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부 
가. 원고의 주장 
1) 이 사건 각 양도소득세 부과처분
 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 둔 규정의 입법취지는 신축주택보급을 늘리는 한편 신축주택에 대한 수요를 높여 건설 및 부동산경기를 활성화하고자 하는 데에 있는 점, 거주자가 신축주택을 취득하여 5년 이내에 이를 양도한 경우 그에 따른 양도소득세 전액이 비과세되는 점에 비추어 신축주택 취득 후 5년이 경과한 시점에서 이를 양도하는 경우에도 5년 경과 후 발생한 양도소득에 대해서만 양도소득세를 부과하는 것이 타당한 점, 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어서 구조조정대상부동산 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정을 준용하고 있는데, 구조조정대상부동산을 취득한 자가 그 부동산을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 5년이 지난 후에 발생한 양도소득에 대해서만 양도소득세를 부과하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득한 후 5년이 경과한 시점에서 이를 양도하는 경우에는 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전날까지 발생한 양도소득 또한 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 것이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 선 피고의 이 사건 각 양도소득세 부과처분은 위법하다. 
2) 이 사건 각 종합부동산세 부과처분 
 종합부동산세법 등 관계 법령의 규정을 문언적으로 해석하면 합산배제 임대주택의 요건 중 하나로서 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제3호 나목에서 정하고 있는 의무임대기간 5년의 기산일은 주택임대업의 사업자등록을 한 날이지 임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 한 날로 볼 것은 아닌바, 원고가 2003. 4. 4. 이 사건 각 신축주택을 취득하고, 2003. 10. 21. 주택임대업으로 사업자등록을 한 다음, 이 사건 각 신축주택을 5년 이상 임대한 후 이를 순차로 양도한 이상, 이 사건 각 신축주택은 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제3호의 규정에서 정한 합산배제 임대주택에 해당함이 명백하다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 각 종합부동산세 부과처분은 취소되어야 한다. 
나. 관계 법령 
 별지 관계 법령 기재와 같다. 
다. 판단
1) 이 사건 각 양도소득세 부과처분 부분 
 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인데(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 참조), 구 조세특례제한법 제99조의3은 제1항에서 “거주자가……해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 차감한다”고 정하고 있는바, 위 규정은 취득일부터 5년이 경과한 후 신축주택을 양도하는 경우 과세대상금액에서 차감되는 금액은 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이라고 명확하게 정하고 있어 이와 달리 신축주택 취득일 이전에 발생한 양도소득금액이 과세대상금액에서 차감되는 금액이라고 해석할 여지는 전혀 없는 점, 신축주택의 수요를 촉진하여 침체된 주택건설경기를 부양하고자 한 위 과세특례 규정의 입법취지를 고려하면 신축주택 취득일부터 5년 이내에 이를 양도하는 경우 감면되는 세액 역시 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액으로 한정되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 자기가 건설한 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 시점에서 양도하는 경우 신축주택 취득일 이전에 발생한 양도소득금액이 구 조세특례법 제99조의3 제1항의 규정에서 정한 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감되는 금액에 포함된다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
2) 이 사건 각 종합부동산세 부과처분 부분 
 살피건대, 관계 법령의 규정 및 형식과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 임대주택법 제6조의 규정에 의하여 임대사업자로 등록하기 이전에 사업자등록을 하거나 임대주택을 임대하였다고 하더라도 그 기간은 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제3호 나목에서 정하고 있는 5년의 의무임대기간에 포함된다고 볼 수 없다 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 원고가 2005. 11. 9. 서초구청장에게 임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 한 이상, 원고가 임대사업자로 등록한 후 이 사건 각 신축주택을 임대한 기간이 5년의 의무임대기간에 이르지 못하였음이 역수상 명백하다. 따라서 이 사건 각 신축주택은 종합부동산세 과세대상에서 제외되는 합산배제 임대주택에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장 또한 이유 없다. 
가) 종합부동산세법 제8조 제2항은 제1호에서 ‘임대주택법 제2조 제1호의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택’을 종합부동산세 과세대상에서 제외되는 합산배제 임대주택으로 규정하고 있고, 구 종합부동산세법 시행령 제3조는 제1항에서 법 제8조 제2항 제1호의 ‘대통령령이 정하는 주택’이란 임대주택법 제2조 제4호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택이라고 정하고 있는 한편, 제3호에서 그 주택 중의 하나로 ‘임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이 3억 원 이하일 것(가목) 및 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것(나목)의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우의 그 주택’을 들면서, 같은 조 제7항에는 위 나목의 규정에 의한 5년의 의무임대기간의 기산점을 ‘임대사업자로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날’이라고 명시하고 있으며, 임대주택법 제2조 제4호는 “임대사업자란 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사, 지방공사, 제6조에 따라 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제7조에 따라 설립된 임대주택조합을 말한다”고 규정하고 있는바, 위 각 조항의 내용을 문리적으로 보더라도 합산배제 임대주택의 요건 중 하나로 규정하고 있는 5년의 의무임대기간은 임대주택법 제6조의 규정에 의하여 등록하여 임대사업자의 자격을 갖춘 상태에서 임대주택을 임대한 기간을 기준으로 산정하는 것으로 해석될 뿐 임대주택법상 임대사업자의 자격을 갖추지 않은 상태에서 임대주택을 임대한 기간까지 포함하여 산정하는 것으로 해석되지는 않는다. 이는 위 각 조항에 부합하는 임대주택이 종합부동산세 과세대상에서 제외되는 특혜를 받게 되는 것이므로 그 요건을 판단함에 있어서 더욱 엄격하게 해석해야 한다는 점에서 더욱 그러하다. 
나) 반면 대통령령이 정하는 일정 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장에게 임대사업자 등록을 신청할 수 있고 임대사업자로 등록하게 되면 종합부동산세 비과세 등 각종 세제혜택을 부여받는 대신에, 임대사업자로 등록한 자에 대하여 임대주택의 매각제한(임대주택법 제16조), 임대조건의 제한(같은 법 제20조), 표준임대차계약서의 사용강제(같은 법 제32조) 등 많은 공법적인 감독을 받게 되고, 이를 위반할 경우 과태료 또는 형사처벌을 받는 것을 예정하고 있는바, 이와 같이 임대주택법상 임대사업자로 등록을 하게 되면 관계 법령에서 정한 각종 세제혜택과 규제를 동시에 받는 임대사업자로서의 자격을 부여받는다는 점에서 임대사업자의 등록은 단순한 요식행위라고 볼 것은 아니고, 원고 주장과 같이 임대사업자 등록을 하지 않은 상태에서 임대주택을 임대한 기간도 5년의 의무임대기간에 포함하되 임대사업자 등록은 임대기간과는 별개로 종합부동산세 과세기준일까지 마치면 족한 것으로 해석한다면, 오히려 임대주택법에 따라 임대주택을 임대하여 각종 세제혜택을 받고자 하는 자로 하여금 임대사업자 등록신청을 의도적으로 늦춤으로써 임대주택법에서 정한 각종 제한 규정을 상당기간 회피할 수 있는 길을 열어주게 되어 부당하다.
3. 결론 
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 김홍도(재판장) 한원교 성원제