취득세 등 부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2025.10.29 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】
1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 다음과 같이 추가하거나 고쳐 쓰는 것 외에는 제1심판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 3쪽 표 다음에 아래의 내용을 추가한다.

대상자산취득일자배관2015. 7. 1.(4탱크), 2015. 10. 26.(5탱크),2015. 10. 28.(6탱크), 2015. 12. 4.(7탱크)2016. 6. 21. ∼ 6. 22.(8, 9탱크)2017. 5. 10. ∼ 6. 30.(10∼12탱크)질소공급배관연료유공급배관수문2014. 7. 4.해수펌프2014. 7. 4. 및 2014. 12. 26.해수필터2014. 7. 4. 및 2014. 12. 26.질소저장조2014. 7. 4.부취제저장조2014. 7. 4.천연가스저장드럼2014. 7. 4. 및 2014. 7. 9.

『마. 한편 이 사건 자산은 전체적으로 2014. 7. 4.부터 2017. 6. 30.까지 사이에 취득되었으며, 개별 자산 종류별 각 취득일자는 아래와 같다'2).』

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주2) 피고는 2012∼2016년도 고정자산관리대장(갑 제7호증)에 기재된 각 자산(취득일자가 2016년도 이전인 자산들)에 대해서는 ‘자본화일’을 취득일로 확정하여 이 사건 처분을 하였다.

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○ 제1심판결문 3쪽 표 아래 1행의 ‘마.’를 ‘바.’로, 표 아래 3행의 ‘갑 제1 내지 3,’을 ‘갑 제1 내지 4, 7’로 각 고쳐 쓴다.

2. 원고 주장의 요지

가. 이 사건 처분의 절차상 하자

1) 이 사건 선행 세무조사에서 이 사건 자산에 대한 조사가 이루어졌으므로, 재차 이 사건 세무조사를 실시한 것은 구 지방세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제1항, 제2항에서 금지하는 재조사에 해당한다. 따라서 위법한 중복세무조사에 기초하여 이루어진 이 사건 처분에는 중대한 절차상 하자가 있다.

2) 이 사건 자산의 취득에 따른 취득세는 사전통지상 이 사건 세무조사의 조사범위(조사대상기간)에 포함되어 있지 않으므로, 조사대상을 임의로 확대하여 이루어진 세무조사에 터잡은 이 사건 처분에는 중대한 절차상 하자가 있다.

나. 이 사건 처분의 실체상 하자

1) 이 사건 자산의 구조와 기능을 고려할 때, 이 사건 자산은 모두 천연가스 제조에 필수적인 시설로서 다른 가스 생산설비와 유기적인 관련성을 가지고 분리할 수 없이 일체를 이루면서 연결되어 있으므로, 가스 생산설비에 부합되었거나 부착되어 일체화되었다. 따라서 이 사건 자산은 모두 천연가스 ‘생산설비’에 포함되는 것으로서 취득세 부과대상에서 제외되는 자산들임에도, 이 사건 자산에 대하여 취득세를 부과한 이 사건 처분에는 중대한 실체상 하자가 있다.

2) 설령 이 사건 자산이 취득세 부과 대상 자산에 해당한다고 보더라도, 과거 피고는 가스생산기지 내 배관에 대하여 취득세를 과세하지 않았는바, 이 사건 자산에 대하여 취득세를 과세하지 않기로 하는 내용의 비과세관행이 형성되었다고 볼 것이다. 그럼에도 이 사건 자산에 대하여 취득세를 부과한 이 사건 처분은 신뢰의 원칙을 위반한 것으로서 위법하다.

3. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 판단

가. 절차상 하자 주장에 관한 판단

1) 이 사건 처분이 위법한 중복세무조사에 의한 것인지 여부

가) 구 지방세기본법 제80조에 따라 금지되는 재조사의 의미

(1) 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다”고 규정하고, 제81조의7 제1항은 세무조사를 시작하기 전에 통지하여야 할 사항의 하나로 ‘조사대상 세목’을 규정함으로써 세무조사의 단위를 구분하는 원칙적인 기준이 과세기간과 세목임을 밝히고 있다. 

구 국세기본법상 관련 규정의 문언과 체계, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조).

(2) 한편 구 지방세기본법에 따르면, 지방세는 보통세와 목적세로 하고(제7조 제1항), 보통세의 세목으로 취득세, 등록세 등이 열거되어 있으며(제7조 제2항), 구 국세기본법과 마찬가지로 구 지방세기본법 제80조 제2항에서 “지방자치단체의 장은 다음 각 호의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다”고 규정하고, 제83조 제1항에서 세무조사를 시작하기 전에 통지하여야 할 사항의 하나로 ‘조사대상 세목’을 규정하고 있다. 따라서 앞서 본 기본 법리는 원칙적으로 구 지방세기본법 제80조 제2항의 재조사 금지에도 동일하게 적용된다.

(3) 그러나 국세와 지방세의 각 세목으로 법인세, 종합소득세, 부가가치세와 같이 일정한 기간을 단위로 과세표준과 세액을 산정하여 신고ㆍ납부하도록 하는 이른바 ‘기간과세’ 세목과 그렇지 않은 세목, 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 법정기한까지 이를 신고 및 납부하도록 하는 ‘신고납세’ 방식의 세목과 국가가 과세표준과 세액을 결정하여 납세의무자에게 세금을 부과하는 ‘부과과세’ 방식의 세목이 혼재되어 있고, 구 국세기본법 및 구 지방세기본법에서 개별 세목에 관한 별도의 규율 없이 공통적으로 세무조사의 단위를 구분하는 원칙적인 기준이 ‘과세기간’과 ‘세목’임을 밝히고 있기는 하나, 구 국세기본법 및 구 지방세기본법에서 금지하는 재조사의 의미를 확정함에 있어 문제되는 세목이 ① ‘기간과세’ 세목인지 여부 및 ② ‘신고납세’ 방식과 ‘부과과세’ 방식 중 어떠한 방식으로 조세채무가 확정되는지 여부에 따라 금지된 재조사의 범위에 관한 해석을 달리할 필요가 있다. 그 이유는 다음과 같다.

(가) ① 법인세, 종합소득세, 부가가치세와 같은 ‘기간과세’ 세목의 경우 해당 과세기간의 개개의 매출, 비용지출 등의 행위가 각각 납세의무의 대상이 되는 것이 아니라 해당 과세기간에 이루어진 영업활동에 대하여 통틀어 과세가 이루어지는 데 반하여(따라서 해당 과세기간에 대하여 단일한 납세의무가 성립하고, 단일한 과세처분이 있게 된다), 취득세와 같이 ‘기간과세’ 원칙과 무관한 세목의 경우 개개의 취득행위에 대하여 납세의무가 별개로 성립하고, 각 취득행위별로 별개의 취득세 부과처분이 있게 된다. 따라서 ‘기간과세’ 세목의 경우 세무조사가 이루어진 과세기간 내에 이루어진 영업활동 중 일부가 발견되지 않았거나 그에 대한 법률적 평가를 그르친 상태에서 과세표준 및 세액이 산정되었다 하더라도 해당 과세기간 내에 이루어진 영업활동 전반에 대응되는 조세 부과처분이 일단 이루어졌다고 볼 수 있는 반면(이후 일부 영업활동이 새로이 발견되었거나 그에 대한 법률적 평가를 달리함으로써 과세표준 및 세액이 변동되는 경우 세액의 증액ㆍ감액 경정이 문제될 뿐이다), ‘기간과세’ 원칙과 무관한 세목의 경우 일정 기간 내에 다수의 과세요건사실이 발생하였다 하더라도 개개의 과세요건사실마다 별도로 과세표준 및 세액이 계산되고 조세채무가 성립ㆍ확정되므로, 일정 기간을 대상으로 한 세무조사 과정에서 해당 기간 내에 발생한 다수의 과세요건사실 중 일부가 발견되지 않은 경우, 발견되지 않은 과세요건사실에 대해서는 과세처분 자체가 이루어지지 않았다고 볼 수 있다(따라서 추후 새로운 과세요건사실이 발견되는 경우 그에 대하여 별개의 새로운 조세 부과처분이 있게 된다).

② 과세처분이란 법률에 규정된 과세요건이 충족됨으로써 객관적ㆍ추상적으로 성립한 조세채권의 내용을 구체적으로 확인하여 확정하는 절차로(대법원 1990. 4. 13. 선고 87누642 판결 참조), ‘신고납세’ 방식의 조세는 법령상 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고ㆍ납부할 것이 요구되고 조세채무 또한 신고 시점에 확정되는 반면'3), ‘부과과세’ 방식의 조세는 과세관청이 과세표준과 세액을 결정함에 따라 그 세액이 확정되고, 납세의무자가 한 과세표준액의 신고는 과세관청이 과세처분을 하기 위한 참고자료에 불과하다'4). 납세의무자가 신고를 하지 않을 경우 과세관청이 과세행정을 위한 기초 정보를 파악하기 어려운 경우 해당 세목을 ‘신고납세’ 방식으로 규정하는 경우가 많고, 납세의무자가 과세표준과 세액을 자진하여 신고ㆍ납부할 의무를 위반하여 신고ㆍ납부를 하지 아니하거나 신고ㆍ납부하여야 할 금액에 미달하게 신고ㆍ납부한 경우에 신고불성실가산세, 납부불성실가산세와 같은 행정상의 제재가 부과될 수 있다'5).

(나) 앞서 살핀 내용을 기초로 구 국세기본법 및 구 지방세기본법에서 재조사 금지 조항을 둔 취지를 구체적으로 살펴본다. ① 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사가 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있다는 점과 관련하여, ‘기간과세’ 원칙과 무관한 세목의 경우에도 기존에 발견되지 않은 과세요건사실에 관한 어떠한 단서도 없는 상황에서 막연한 가능성에 기초하거나 납세자의 정당한 영업활동을 방해할 목적으로 같은 세목 및 과세기간에 대하여 모색적으로 거듭 세무조사를 하는 것은 허용될 수 없을 것이나, ‘기간과세’ 세목의 경우에는 특정 과세기간을 대상으로 조세 부과처분이 일단 내려지는 경우 동일한 과세기간에 대하여 중복된 조세 부과처분이 내려질 수 없다는 점에서, 개개의 과세요건사실 발생에 대응하여 별개의 조세 부과처분이 존재하는 여타 세목들에 비해 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사가 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 소지가 더욱 크다고 볼 수 있다. ② 그리고 세무조사기술의 선진화와 관련하여, 과세표준과 세액을 결정하여 과세처분을 할 책임이 전적으로 과세관청에 있는 ‘부과과세’ 방식의 조세의 경우, 법령상 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고ㆍ납부할 것이 요구되고 납세의무자가 신고를 하지 않을 경우 과세관청이 과세행정을 위한 기초 정보를 파악하기 어려운 경우가 많은 ‘신고납세’ 방식의 조세에 비하여 과세관청의 세무조사기술의 선진화가 더욱 요구되는 측면이 있다.

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주3) 대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두8180 판결, 대법원 2014. 2. 13. 선고 2013두19066 판결 등 참조

주4) 대법원 1985. 12. 24. 선고 84누242 판결, 대법원 1990. 4. 13. 선고 87누642 판결 등 참조

주5) 신고불성실가산세와 납부불성실가산세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 자진하여 신고ㆍ납부할 의무를 위반하여 신고ㆍ납부를 하지 아니하거나 신고ㆍ납부하여야 할 금액에 미달하게 신고ㆍ납부한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이므로, 자진하여 신고ㆍ납부할 의무 자체가 성립하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2011. 11. 10. 선고 2009다28738 판결 참조)
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나) 구체적 판단

(1) 먼저, 앞서 든 증거들, 갑 제8호증, 을 제2 내지 6, 13 내지 18호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 애당초 이 사건 선행 세무조사 당시 이 사건 자산에 관한 세무조사 자체가 이루어졌다고 보기 어려우므로, 이 사건 세무조사는 이 사건 선행 세무조사와 동일한 대상에 대하여 ‘재조사’한 것이 아니라고 봄이 타당하다.

(가) 앞서 살핀 바와 같이 취득세의 경우 개개 자산의 취득행위에 대하여 각 별개의 납세의무가 성립하는데, 이 사건 선행 세무조사가 실시된 2017. 11.경에는 이 사건 자산의 공사비 정산이 완료되지 않아 정확한 취득가액 산정이 객관적으로 어려운 상태였고, 이 사건 선행 세무조사 결과에도 이 사건 자산에 관한 내용이 없다. 원고가 이 사건 선행 세무조사 당시 고정자산관리대장(갑 제7호증)을 제출하였으나, 위 고정자산관리대장은 2016년 말까지 취득된 자산을 기재한 것으로, 이 사건 자산 중 2017년에 원고가 취득한 저장탱크 10∼12호기 관련 배관, 질소공급배관, 연료유공급배관의 취득가액이 아예 누락되어 있었다.

(나) 피고가 2018. 6. 12. 원고에게 ‘원고가 제출한 재산세 관련 자료에는 가스관에 관한 내용이 없어 재산세 과세대상인지 확인이 불가능하므로, 가스관 취득자료를 요청한다’는 취지의 공문을 보냈고(위 공문은 재산세에 관한 것이기는 하나 이 사건 선행 세무조사에서 피고가 취득세 부과를 위한 가스관 관련 자료를 취득하였는지 여부에 관한 간접사실로 고려할 수 있다), 이 사건 세무조사를 실시하기 전 원고에게 준비자료로 ‘생산기지 내 삼척시 전역에 설치한 가스관 배관 관련자료’를 요청하기도 하였다. 이는 피고가 이 사건 선행 세무조사를 통해 이 사건 자산에 관한 자료를 취득하지 못하였음을 뒷받침하는 사정이다.

(다) 공사비 정산이 완료된 이 사건 자산의 취득가액이 기재된 고정자산관리대장(을 제16호증)이 2019. 1.경에야 피고에게 제출되었는데, 해당 자료에는 동일한 자산임에도 그 취득가액이 이 사건 선행 세무조사 당시 제출된 고정자산관리대장(갑 제7호증)에 기재된 취득가액과 달리 기재된 경우가 상당수 있었다. 또한 원고는 일관되게 이 사건 자산이 과세대상이라는 점에 대해서 다투고 있으며, 2018. 7.경 이 사건 자산 중 ‘가스배관’의 과세대상 해당 여부에 관하여 행정안전부에 질의하기도 하였다.

(라) 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득일로부터 일정 기간 내에 그 과세표준에 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 하는바[구 지방세법(2019. 12. 3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제1항], 취득세는 ‘신고납세’ 방식의 조세에 해당한다. 따라서 이 사건 자산을 취득함으로써 추상적 납세의무를 부담하는 원고가 스스로 확정된 과세표준 및 세액을 신고하여야 비로소 조세채무가 확정되는데(납세의무자가 신고를 하지 않을 경우 과세관청이 과세행정을 위한 기초 정보 자체를 파악하기 어렵다), 이 사건 선행 세무조사 당시 이 사건 자산의 공사비 정산이 완료되지 않아 정확한 취득가액 산정이 어려운 상태로서 과세표준 및 이를 기초로 한 세액 자체가 확정되기 곤란한 상태였으므로(과세표준이 완전무결한 수준은 아니더라도 최소한 상당한 정도의 신뢰성이 있는 수준으로는 확정될 수 있는 상태였어야 비로소 이에 대한 조사가 가능했다고 평가할 수 있다), 이러한 점에서도 이 사건 선행 세무조사 당시 이 사건 자산 취득 관련 취득세가 세무조사 대상에 애당초 포함되었다고 보기 어렵다(이는 과세요건에 해당하는 사실이 모두 현출되고 과세표준이 모두 확정된 상태에서 과세관청이 세무조사를 한 후 동일한 과세대상에 관하여 그 법적 평가만을 달리하면서 재차 세무조사에 나아간 경우 등과는 본질적으로 다르다).

(2) 나아가, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 설령 이 사건 세무조사 당시 이 사건 선행 세무조사와 동일한 대상에 대하여 재조사한 것이라고 보더라도, 이 사건 선행 세무조사 당시 이 사건 자산에 관하여 세무조사를 하는 것이 무리였다는 특별한 사정이 있다고 인정되므로, 구 지방세기본법 제80조 제2항에서 금지하는 재조사에 해당한다고 보기 어렵다.

(가) ① 원고가 원시취득한 이 사건 자산은 법령상 등록 의무가 없고, 거대한 생산기지 내에 있어 피고로서는 이 사건 자산이 취득세 대상이라는 것을 3일 간의 세무조사 기간 내에 확인하기 현실적으로 어려웠을 것으로 보이고, ② 앞서 살핀 바를 종합하면 피고가 이 사건 선행 세무조사 과정에서 이 사건 자산에 대한 취득세 부과 여부를 검토하기 위해 원고에게 이 사건 자산의 취득가액, 규모, 위치 등을 확인할 수 있는 제반 자료를 요청하였으나 원고가 아직 공사비 정산이 완료되지 않았고 취득세 부과 대상도 아니라는 이유로 그 제출을 거부함에 따라 피고가 이 사건 선행 세무조사 당시 이 사건 자산에 관한 자료를 제출받지 못한 것으로 보이며, ③ 실제로 이 사건 선행 세무조사 당시 공사비 정산이 완료되지 아니하여 원고의 취득세 신고자료에는 정확한 취득가액이 아닌 추정가액(정산 예상 금액)이 작성되어 있었을 뿐 확정된 가액이 기입되지 아니하였다.

(나) 과세관청은 납세자가 신고납부한 내용의 정확성 검증을 통해 적정과세와 공평과세를 할 수 있게 되어 경정을 통한 무용한 절차의 반복을 방지할 수 있다. 이 사건 건설사업 과정에서 원시취득한 이 사건 자산은 공사비 정산이 되어야 비로소 그 취득가액을 확정할 수 있는바, 원고의 주장과 같이 이 사건 선행 세무조사 당시 이 사건 자산에 대한 세무조사가 가능하였다고 보게 된다면, 과세관청으로서는 예비율에 따라 산정되어 아직 확정되지 아니한 금액을 토대로 과세를 하게 되어 적정과세와 공평과세라는 행정목적을 달성하기 어려울뿐더러, 추후 세액 경정 등의 불필요한 절차가 강제되는 결과에 이른다(추산한 과세표준을 기초로 산정한 세액에 비해 정당세액이 적은 것으로 추후 판명되는 경우 납세자의 경정신청을 통해 감액경정이 이루어질 가능성이 있지만, 정당세액이 더 많은 것으로 추후 판명되는 경우 납세자가 자발적으로 증액경정을 신청할 것을 기대하기 어려워, 과세관청으로서는 정당세액을 산정하기 위해 필연적으로 해당 세목 관련 세무조사를 재차 수행할 수밖에 없다). 공사비 정산이 완료된 이후에 이 사건 자산에 대한 세무조사를 하는 것이 효율적이고 공정한 세무조사를 도모할 수 있는 바, 세무조사기술의 선진화 내지 납세의무의 일회적 확정이라는 재조사 금지의 입법 취지에도 부합한다.

(다) 원고는, 이 사건 선행 세무조사 당시 피고에게 2016년도 기준 고정자산관리대장(갑 제7호증)을 제출하였고, 이에는 이 사건 자산의 위치, 이름, 취득가액이 기재되어 있었으며(다만 공사비 정산이 완료되지 않은 시점인 관계로 간접비를 예비율에 따라 분배하여 계산하였다), 이 사건 자산의 도면 자료 등도 모두 제출하였으므로, 이 사건 선행 세무조사 당시 이 사건 자산에 대한 조사가 가능하였고, 실제 조사가 이루어졌다고 주장한다. 그러나 위 고정자산관리대장은 이 사건 기지에 관하여 취득한 자산의 목록을 총망라한 것으로 그 분량이 방대한 점에 비추어 볼 때 위 고정자산관리대장 목록 중 이 사건 자산에 관한 내역이 포함되어 있었다는 사정만으로 곧바로 이 사건 자산에 대한 세무조사가 가능하였다고 단정하기는 어렵다. 또한 이 사건 기지가 LNG저장탱크 12기, 시간당 1,320톤 규모의 기화송출설비를 구비한 대규모 시설이라는 점을 고려하면, 이 사건 선행 세무조사 기간인 2∼3일간 이 사건 기지의 공정도를 열람하고 현장을 답사하였다고 하더라도 이 사건 자산에 대한 세무조사가 가능하였다고 보기는 어렵다(나아가 위 고정자산관리대장에 이 사건 자산 중 원고가 2017년 취득한 저장탱크 10∼12호기 관련 부분의 취득가액이 아예 누락되어 있었음은 앞서 살핀 바와 같다). 원고도 이 사건 선행 세무조사 당시 이 사건 자산에 관하여 위 고정자산관리대장 외에 어떠한 도면이나 현황 자료가 제출되거나 검사ㆍ조사 대상이 되었다는 것인지 구체적으로 명확히 특정하지 못하고 있다.

(라) 또한 원고는, 이 사건 선행 세무조사 당시 세무조사를 하는 것이 무리였다는 사정이 인정되더라도 재조사가 이루어질 수는 없고, 이 사건 선행 세무조사를 중지 또는 연장하였어야 한다고 주장한다. 살피건대, 구 지방세기본법 제84조 제1항 제1호에서 ‘납세자가 장부ㆍ서류 등의 은닉, 제출지연, 제출거부 등 조사를 기피하는 행위가 명확한 경우’를, 같은 조 제2항 및 구 지방세기본법 시행령(2019. 12. 31. 대통령령 제30317호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조 제3호 다목에서 ‘납세자가 장부ㆍ서류 등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부하는 경우’를 각 세무조사 중지사유로 삼고 있기는 하나, 피고는 이 사건 선행 세무조사 당시 이 사건 자산에 관하여 자료 은닉 내지 제출지연 등 조사 기피 행위가 아닌 공사비 미정산으로 인하여 세무조사를 할 수 없었던 것이므로 위 각 세무조사 중지사유에 해당한다고 단정하기 어렵고, 위 규정은 임의규정에 불과하여 세무조사를 중지 또는 연장하여야 할 법령상 의무가 피고에게 있었다고 보기도 어렵다.

다) 소결

따라서 이 사건 세무조사를 실시한 것이 구 지방세기본법 제80조 제1항, 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하여 이 사건 처분이 위법한 중복세무조사에 터잡아 이루어졌다는 취지의 원고의 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 세무조사에서 사전통지와 달리 조사대상이 임의로 확대되었는지 여부

가) 이 사건 선행 세무조사가 2017. 11. 6.부터 같은 달 8일까지 사이에 이루어진 사실은 앞서 ‘처분의 경위’에서 살핀 바와 같고, 이 사건 선행 세무조사 및 이 사건 세무조사 관련 각 사전통지서(갑 제4호증의 1, 2)의 기재에 의하면, 위 각 세무조사와 관련하여 조사대상세목이 ‘지방세 전 세목’으로, 조사대상기간이 ‘부과제척기간 5년 내(기 세무조사분 이후)’로 각 동일하게 기재되어 있는 사실, 이 사건 세무조사 관련 사전통지가 2018. 10. 하순경 있었던 사실이 각 인정된다.

나) 이 사건 쟁점 세목인 ‘취득세’가 조사대상세목인 ‘지방세 전 세목’에 포함됨은 분명하고, 이 사건 자산의 취득 시기가 2018. 10. 하순경 기준으로 ‘부과제척기간 5년 내’에 모두 포함되어 있음은 역수상 명백하므로, 이 부분 판단의 쟁점은 위 조사대상기간 기재 중 ‘기 세무조사분’의 해석에 있다고 할 것이다. 살피건대, ① 앞서 살핀 바와 같이 취득세의 경우 개개 자산의 취득행위에 대하여 각 별개의 납세의무가 성립하는 점, ② ‘기간과세’ 원칙과 무관한 세목의 경우 개개 과세요건사실에 대한 조사 및 이를 기초로 한 조세채무의 확정이 요구되는 점, ③ 조사대상기간을 원칙적으로 ‘부과제척기간 5년 내’로 특정하면서 ‘기 세무조사분 이후’라고 괄호로 부기한 취지는 세목의 특성(특히 기간과세 세목인지 여부)과 무관하게 기계적으로 선행 세무조사 당시 조사대상기간에 포함된 기간 전체를 후행 세무조사 대상기간에서 제외하고자 하는 것이 아니라, 이미 세무조사가 이루어진 과세요건사실을 후행 세무조사 대상에서 제외함으로써 구 지방세기본법에 따라 금지되는 재조사를 방지하기 위한 것이라고 봄이 상당하므로, ‘기 세무조사분’이라는 문언 또한 기계적ㆍ일률적으로 해석할 것이 아니라 ‘구 지방세기본법에 따라 금지되는 재조사의 범위’를 고려하여 해석함이 타당한 점을 종합하면, 취득세와 같이 ‘기간과세 원칙과 무관한 세목’과 관련한 ‘기 세무조사분’ 기재의 의미는 단순히 기존에 세무조사 대상기간으로 특정된 기간 내에 발생한 과세요건사실 전부가 아니라, 실제로 기존에 세무조사가 이루어진 개개의 과세요건사실을 의미한다고 봄이 타당하다.

다) 이를 기초로 구체적으로 살피건대, ① 이 사건 선행 세무조사의 결과로 피고는 원고에게 공작동 및 중장비차고, 공장용지, 차량운반구, 홍보관 등의 자산에 관한 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세를 징수하였을 뿐, 이 사건 자산에 관한 취득세 등 부과ㆍ고지는 이루어지지 않은 점, ② 위 1)항에서 살핀 바에 따르면 이 사건 선행 세무조사 당시 이 사건 자산의 취득에 관한 사항에 대해서는 조사 자체가 이루어지지 않았다고 볼 수 있음은 물론, 이 사건 자산 취득에 따른 취득세의 과세표준 및 세액이 구체적으로 확정되지도 않은 상태였던 점을 고려하면, 이 사건 자산의 취득에 관한 사항은 이 사건 세무조사 관련 사전통지서에 기재된 ‘기 세무조사분’에 포함되지 아니하여 이 사건 세무조사 대상에 포함된다고 봄이 타당하다. 결국 이 사건 세무조사 과정에서 이 사건 자산의 취득에 관하여 조사한 것이 사전통지와 달리 조사대상을 임의로 확대한 것이라고 보기 어려우므로, 이 부분에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

나. 실체상 하자 주장에 관한 판단

1) 관련 법령의 해석

가) 구 지방세법 제6조 제4호는 ‘건축물’을 ‘건축법'6) 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수ㆍ배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다’고 규정하고, 이에 따라 구 지방세법 시행령(2019. 12. 31. 대통령령 제30318호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항에서는 취득세 과세대상이 되는 건축물에 해당하는 시설로, 건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물 외에도 ‘저장시설: 수조, 저유조, 저장창고, 저장조 등의 옥외저장시설(다른 시설과 유기적으로 관련되어 있고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 포함한다)’(제2호), ‘도관시설(연결시설을 포함한다): 송유관, 가스관, 열수송관’(제4호), ‘급수ㆍ배수시설: 송수관(연결시설을 포함한다), 급수ㆍ배수시설, 복개설비’(제5호)를 각 열거하고 있다. 조세법률주의의 원칙상, 어떠한 시설이 위 법령에 열거된 설비에 해당한다면 취득세 과세대상 물건에 해당하고, 위 법령에 열거된 시설에 해당하지 않는다면(혹은 위 법령에 열거되지 않은 시설의 불가분적 구성요소에 해당하거나 위 설비에 부합되어 독립된 물건이라고 보기 어려운 경우) 취득세 과세대상 물건에 해당하지 않는다.

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주6) ‘부동산’을 취득한 자에게 취득세가 부과되며(구 지방세법 제7조 제1항), ‘부동산’이란 ‘토지 및 건축물’을 말한다(같은 법 제6조 제2호).
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나) 한편, 특정 시설이 문언상 구 지방세법 및 같은 법 시행령에 열거된 취득세 과세대상 물건에 포함되더라도, 해당 시설이 다른 생산설비와 유기적인 관련을 가진 생산과정의 일부로서 생산공정의 일부기능을 수행하는 경우라면 취득세 과세대상 물건에서 제외될 가능성이 있다(대법원 1999. 2. 26. 선고 98두18664 판결 및 대법원 1999. 6. 11. 선고 99두5023 판결의 각 취지 참조). 따라서 해당 시설이 문언적으로 저장시설, 도관시설, 급수ㆍ배수시설 등에 해당한다 하더라도, 해당 시설이 생산시설에 필수불가결한 요소로서 그와 일체를 이루는 시설이거나 생산시설에 부합(유기적으로 결합)되어 있다면 이는 그 자체가 ‘생산시설’에 해당하는 것으로 위 법리에 따라 취득세 과세대상 물건에서 제외될 가능성이 있겠으나, 앞서 열거된 ‘저장시설, 도관시설, 급수ㆍ배수시설 등’이 생산시설의 가동에 일부 기여한다거나 천연가스의 제조(기화)과정과 밀접하게 연관된 하역, 저장, 기화, 송출 등 기능을 수행함으로써 생산시설과 전체적으로 연관되어 있다는 점만으로 이를 ‘생산시설’의 일부로 볼 수 없음은 물론이고, 위와 같은 생산시설과의 연관성만을 이유로 해당 자산을 취득세 과세대상 물건에서 제외한다는 취지의 명문규정은 없으므로, 해당 시설이 생산시설에 부합되거나 유기적으로 결합되지 않은 상태에서 단순히 생산기지 영내에 위치해 있다거나 생산공정을 위해 필요한 보조적 기능을 일부 수행하는 데에 그치는 경우는 취득세 과세대상 물건에 여전히 포함된다고 봄이 타당하다(‘생산과정을 수행하는 시설’이라고 하여 곧바로 구 지방세법에 규정된 ‘배관’, ‘급ㆍ배수시설’, ‘저장시설’, ‘가스관’에 해당하지 않는다고 볼 것은 아니므로 위 구 지방세법령에 규정된 개념들과 양립불가능한 관계에 있다고 볼 수도 없다).

2) 구체적 판단

가) 이 사건 자산이 취득세 부과대상 자산에 해당하는지 여부

이 사건 자산은 배관, 질소공급배관, 연료유공급배관, 수문, 해수펌프, 해수필터, 질소저장조, 부취제저장조, 천연가스저장드럼 등이다. 피고는 이 사건 기지의 배관, 질소공급배관, 연료유공급배관(이하 통칭하여 ‘제1 시설’이라 한다)을 구 지방세법상 ‘도관시설’로서 취득세 과세대상이 되는 ‘가스관’ 또는 ‘송유관’에, 수문, 해수펌프, 해수필터(이하 통칭하여 ‘제2 시설’이라 한다)를 구 지방세법상 취득세 과세대상이 되는 ‘급ㆍ배수시설’에, 질소저장조, 부취제저장조, 천연가스저장드럼(이하 통칭하여 ‘제3 시설’이라 한다)을 구 지방세법상 취득세 과세대상이 되는 ‘저장시설’ 또는 ‘건축물에 딸린 시설물’에 각 해당한다고 보아 이 사건 처분을 하였다.

앞서 든 증거들, 갑 제5, 6, 9, 12 내지 18호증, 을 제7 내지 12, 19 내지 21호증의 각 기재 내지 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 자산은 모두 구 지방세법상 취득세 부과대상 자산(‘도관시설’, ‘가스관’, ‘송유관’, ‘급ㆍ배수시설’, ‘저장시설’, ‘건축물에 딸린 시설물’ 중 하나)에 해당한다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없다.

(1) 제1 시설에 관하여

(가) 제1 시설 중 ‘배관’은 수송선박에 선적된 액화천연가스를 저장탱크로 운송하거나, 저장탱크에서 고압으로 압축된 액화천연가스를 기화시설로 운송하거나, 액화천연가스를 수송선박으로 운송하는 역할을 하고, ‘질소공급배관’은 질소저장조, 질소기화기 등을 연결하여 천연가스 생산과정에서 필요한 질소를 운반하는 역할을 하며, ‘연료유공급배관’은 연소식 기화설비, 하역설비 등에 연료를 공급하기 위하여 종유, 종질유를 운반하는 역할을 한다. 이와 같은 제1 시설의 기능 및 용도 등에 비추어 볼 때 이는 모두 가스 또는 연료를 운반하는 데 사용되는 관으로서 지방세법령에서 정하는 ‘도관시설’의 문언 내용에 부합한다고 보기 충분하다.

(나) 원고가 생산ㆍ공급하는 천연가스는 수입ㆍ하역된 액화천연가스(LNG)를 기화시키는 과정을 통해 생산되는 것으로, ‘기화설비’가 직접적인 생산시설로서 취득세 부과대상 자산에서 제외된다고 봄이 타당하다. 그런데 제1 시설 모두 생산과정을 수행하기 위해 생산과정 전후로 요구되는 일련의 역할들을 수행하고 있음은 앞서 본 바와 같으나, 위 시설들 모두 그 자체가 생산(기화)과정 자체를 수행하는 시설은 아닐 뿐만 아니라, 기화설비와 직접 연결되지 않은 배관이 상당수 있으며, 일부가 기화설비와 직접 연결되어 있다 하더라도 기화설비에 부합되어 기화설비의 일부를 구성하고 있다고 보기는 어렵다. 따라서 제1 시설 모두 생산과정에 어느 정도 기여하는 것을 넘어서, 생산시설과 일체를 이루는 시설이거나 생산시설에 부합(유기적으로 결합)된 시설로서 취득세 과세대상에서 제외된다고 보기 어렵다.

(다) 원고는, 1999. 12. 31. 지방세법 시행령 개정(대통령령 제16673호로 개정)을 통해 취득세 과세대상인 ‘옥외저장시설’의 범위에 ‘다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 포함한다’는 문언이 추가된 것과 관련하여, 옥외저장시설이 아닌 다른 시설(제1 시설 모두 ‘옥외저장시설’이 아니다)의 경우에는 위와 같은 문언이 추가되지 않았으므로 ‘생산시설과 유기적인 관련성’이 인정된다면 여전히 취득세 과세대상에서 제외된다는 취지로 주장한다. 그러나 특정 시설이 생산시설에 필수불가결한 요소로서 그와 일체를 이루는 시설이거나 생산시설에 부합된 경우 이를 취득세 과세대상에서 제외된다고 볼 수 있는 근거는, ‘생산시설’이 취득세 과세대상으로 열거되어 있지 않고, 특정 시설이 위와 같은 정도로 생산시설과 일체가 되어 불가분적인 관계에 이르렀다면 이 또한 ‘생산시설’에 포섭되는 것으로 볼 수 있다는 데에 있다. 그렇다면, ‘옥외저장시설’의 범위와 관련하여 개정 법령에 추가된 ‘다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 포함한다’는 문언은, 생산시설과 일체가 되어 불가분적인 관계에 이르지 않은 상태에서 ‘유기적인 관련성’ 정도만이 인정되는 시설에 대해서는 그것이 취득세 과세대상에 포함된다는 점을 명확히 하는 확인적 규정이라고 해석함이 타당하다. 따라서 해당 문언이 지방세법 시행령 개정을 통해 추가되었는지 여부에 따라 취득세 과세대상에 포함되는 시설의 범위가 달라진다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(라) 또한 원고는, 지방세법령상 ‘가스관’은 도시가스사업법상 ‘배관’으로 보아야 하는데, 도시가스법 시행규칙 제2조에서 위 ‘배관’을 ‘도시가스를 공급하기 위하여 배치된 관(管)으로서 본관, 공급관, 내관 또는 그 밖의 관을 말한다’고 정하고 있고(제1항 제1호), 그중 ‘본관’은 (도시가스)제조사업소의 부지 경계에서부터 시작되는 것으로 정하고 있으며(같은 항 제2호 각 목), ‘가스제조시설’과 ‘가스배관시설’을 명확히 구분하고 있는바(제5항), 위 규정들의 내용에 비추어 볼 때 ‘배관’에는 도시가스를 ‘공급’하기 위하여 생산기지의 부지 경계 ‘이후’에 설치된 것만이 포함되므로, 도시가스 ‘생산’을 위하여 생산기지 ‘내부’에 위치한 제1 시설은 위 ‘배관’에 포함되지 않는다고 주장한다. 그러나 지방세법령과 도시가스법령은 그 입법 취지와 규율 대상 및 법적 효과를 달리하는 것으로, 지방세법령상 ‘가스관’의 범위를 도시가스법령상 ‘배관’과 반드시 동일하게 보아야 할 근거가 없다. 원고는 액화석유가스의 안전관리 및 사업법(이하 ‘액화석유가스법’이라 한다) 시행규칙 제2조 제1항 제19호 이하에서 ‘가스제조시설’을 ‘액화천연가스의 저장설비, 하역설비, 기화설비 및 그 부속설비’로 명시하고 있으므로 위 열거된 설비가 모두 취득세 과세대상에서 제외되는 ‘생산시설’에 해당한다는 취지로도 주장하나, 액화석유가스법은 액화석유가스의 수출입ㆍ충전ㆍ저장ㆍ판매ㆍ사용 및 가스용품의 안전 관리에 관한 사항을 정하여 공공의 안전을 확보하고 액화석유가스사업을 합리적으로 조정하여 액화석유가스를 적정히 공급ㆍ사용하게 함을 목적으로 하는 것으로(위 법 제1조), 액화석유가스법령과 지방세법령 역시 입법 취지와 규율 대상 및 법적 효과를 달리하므로 액화석유가스법령에서 ‘가스제조시설’로 정의한 시설들을 앞서 살핀 법리에서의 ‘생산시설’과 반드시 동일하게 해석해야 할 근거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 전부 받아들일 수 없다.

(2) 제2 시설에 관하여

(가) 제2 시설은 액화천연가스를 해수의 온도를 이용하여 기화시키는 ‘해수식 기화설비’에 해수를 여과, 공급, 차단하는 역할을 수행하고 있는데, 그 기능 및 용도 등에 비추어 볼 때 지방세법령에서 정하는 ‘급ㆍ배수시설’의 문언 내용에 부합한다고 보기 충분하다.

(나) 제2 시설 중 ① ‘해수펌프’는 해수취수구로 유입된 해수를 양수하기 위한 설비로서 해수취수구와 함께 결합하여 급수ㆍ배수의 기능을 수행하는 시설이고, ② ‘해수필터’는 해수취수구로 유입된 이물질을 걸러내어 펌프나 배관의 막힘을 방지하기 위하여 설치된 것으로 해수취수구 상단에 연결되어 취수와 배수를 원활히 하는 기능을 수행하는 시설이며, ③ ‘수문’은 해수펌프와 해수필터 등의 보수 시 해수 유입을 차단하기 위한 것으로, 해수펌프, 해수필터와 결합하여 급수ㆍ배수 기능을 수행하는 시설이다. 제2 시설 모두 생산설비인 기화설비와 직접 연결되어 있지 않으며, 생산기능을 위해 필요한 급ㆍ배수 기능을 수행함으로써 전체적인 일련의 생산과정에 기여하는 것을 넘어서, 생산기능을 직접 수행하는 시설이라거나 생산시설인 ‘기화설비’와 일체를 이루는 시설 내지 그에 부합된 시설이라고 보기는 어렵다.

(다) 원고는 ‘옥외저장시설’이 아닌 제2 시설에 대하여도 위 (1)의 (다)항에서 살핀 바와 동일한 취지의 주장을 하나, 위 항에서 살핀 바와 같은 이유로 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 제3 시설에 관하여

(가) 제3 시설은 천연가스 생산에 필요한 질소, 부취제를 저장하거나 하역 과정에서 천연가스를 저장하는 역할을 하는데, 그 기능 및 용도 등에 비추어 볼 때 구 지방세법령에서 정하는 ‘저장시설’(질소저장조, 천연가스저장드럼) 또는 ‘건축물에 딸린 시설물’(부취제저장조의 경우 건축물 콘크리트 벽체 내에 부취제저장조를 매립하는 방법으로 설치되어 있어 건축물에 딸린 시설물에 해당한다)의 문언 내용에 부합한다고 보기 충분하다(원고는 부취제저장조가 설치되어 있는 부취제공급시설이 옥내에 설치되어 있으므로 옥외저장시설에 해당하지 아니한다고 주장하나, 부취제저장조는 구 지방세법 제7조 제3항에서 규정하고 있는 건축물 중 조작 설비, 그 밖의 부대설비에 해당하고, 부취제공급시설이 설치된 건축물 벽체에 매립되어 있으므로 건축물과 하나가 되어 건축물의 효용 가치를 증대시키는 부대설비에 해당한다. 또한 원고는 천연가스저장드럼이 하역시설에 해당하여 저장시설에 해당하지 아니한다고 주장하나, 천연가스저장드럼은 하역 후 남아 있는 액화천연가스(LNG)를 모아 일시 저장하는 시설이므로 저장시설에 해당한다).

(나) 제3 시설 중 ① ‘질소저장조’는 원고의 삼척기지 내 시설 운영ㆍ보수 시 가스의 착화ㆍ폭발환경을 차단하기 위해 필요한 액체상태의 질소를 일정 기간 동안 저장하는 시설이고, ② ‘천연가스저장드럼’은 액화천연가스 하역이 완료되고 수송선박과 하역설비(하역암)가 분리된 후 저장탱크로 이송되지 못하고 하역설비에 남아 있는 액화천연가스가 있을 때 이러한 액화천연가스를 모아 일시적으로 저장하는 시설이며, ③ ‘부취제저장조’는 부취탈취실 건축물 신축 과정에서 해당 건물 부취탈취실 내에 함께 설치되어 주입구를 통해 질소를 투입하는 기능을 수행하는 시설로, 부취탈취실 건축물에 부합되었거나 이에 부수되는 시설이다. 이들 모두 생산기능을 위해 필요한 저장기능을 수행함으로써 전체적인 일련의 생산과정에 기여하는 것을 넘어서, 생산기능을 직접 수행하는 시설이라거나 생산시설인 ‘기화설비’와 일체를 이루는 시설 내지 그에 부합된 시설이라고 보기는 어렵다.

(다) 원고는 제3 시설 중 ‘옥외저장시설’에 해당하지 않는 부분에 대하여도 위 (1)의 (다)항에서 살핀 바와 동일한 취지의 주장을 하나, 위 항에서 살핀 바와 같은 이유로 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

나) 이 사건 자산에 관하여 비과세관행이 형성되었는지 여부

구 국세기본법 제18조 제3항에서 말하는 비과세관행이 성립되었다고 하려면 상당한 기간에 걸쳐 그 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재하여야 할 뿐 아니라 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다(대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체 판결 참조). 이는 구 지방세기본법 제20조 제3항에서 말하는 비과세관행에 관하여도 마찬가지이다.

위 가)항에서 살핀 사정들을 종합할 때, 지방세법 시행령 개정 경과를 비롯하여 원고가 주장하는 사정들을 종합하여 보더라도, 원고가 주장하는 사정들만으로 피고가 이 사건 자산 등에 관하여 취득세를 부과하지 아니할 것이라는 취지의 공적 견해를 표명함으로써 비과세관행이 형성되었다거나, 원고가 이 사건 자산 등에 관하여 취득세가 부과되지 아니할 것을 신뢰한 데에 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분이 신뢰의 원칙을 위반한 것이라고 보기 어렵다. 따라서 이에 반하는 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3) 소결

따라서 이 사건 처분에 실체상 하자가 있다는 취지의 원고의 주장도 전부 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.