관세등부과처분취소·관세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2015.01.30 / 시행일:

【원 고】 △△△ 주식회사 외 1인 (소송대리인 변호사 김의환 외 4인)
【피 고】 서울세관장 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 세한 담당변호사 강남규 외 1인)
【변론종결】2015. 1. 14.
【주 문】
 1. 가. 피고 서울세관장이 원고 1 회사에게 한 별지 부과처분 제1목록 기재 관세 등 부과처분, 
 나. 피고 대구세관장이 원고 2 회사에게 한 별지 부과처분 제2, 3목록 기재 관세 등 부과처분을 
 각 취소한다.
 2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고들의 개요
 (1) 원고 1 회사는 2005. 3. 8. 일본법인인 소외 8 회사가 투자하여 설립한 외국인투자기업(지분율 100%)으로, 액정디스플레이(LCD)용 소판(素板)유리를 구매, 연마·가공하여 완제품인 LCD 유리기판(두께 0.5~0.7㎜, 가로×세로 2m이상)을 생산·판매한다. 원고 2 회사는 2004. 6. 17. 소외 8 회사와 소외 9 회사가 합작설립한 외국인투자기업(소외 8 회사 지분율: 67%, 소외 9 회사 지분율: 33%, 소외 8 회사는 소외 9 회사의 지분 51.47%를 보유하고 있다)으로, 소판유리 제조, 연마·가공하여 LCD 유리기판을 생산·판매하는 회사이다. 
 (2) LCD 유리기판은 크게 ① 유리 원료를 배합하여 용융시킨 다음 판 모양으로 성형하여 소판유리를 생산하는 소판공정(前공정)과 ② 소판유리를 보다 정밀하게 가공하여 평탄하게 만드는 연마공정(後공정)을 거쳐 생산된다. 원고들은 소판공정에서 ‘Float공법’을 이용하는데, 이는 규사(SiO2), 석회(CaO) 등 유리원료를 배합하여 1,700도 고온으로 녹인 다음 유리보다 비중이 크고 유리에 젖지 않는 용융주석(Sn) 위에 띄워서(Float) 얇게 편 후 서서히 냉각시켜 절단하는 방식이다. 소외 8 회사로부터 제공받는 노하우를 바탕으로 원고 1 회사는 연마공정을, 원고 2 회사는 소판 및 연마 공정을 수행하고, 삼성, 엘지 등 디스플레이 패널 생산업체에 생산한 유리기판을 납품한다. 
 나. 라이선스 계약 등
 (1) 원고들은 소외 8 회사와 아래와 같이 라이선스 계약(이하 ‘이 사건 라이선스 계약’이라 한다)을 체결하였다.
 
 (2) 2009. 12. 18.자 제4차 라이선스 계약의 주요내용은 아래와 같다(다만 제3차 라이선스 계약까지 사업운영 노하우는 포함되지 않았다).
 원고들과 소외 8 회사는 액정디스플레이용 유리기판의 플로트, 연마 관련 기술 및 사업운영 노하우를 실시허여 함에 관하여 다음과 같이 합의하여 본 계약을 체결한다. 제1조(정의) 5. "본 소판제조기술"이란, 본건특허 ① 및 본건 소판노하우를 말한다 6. "본 연마기술"이란, 본건특허 ② 및 본건 연마노하우를 말한다. 7. "본건특허 ①"이란, 별지 1에 기재된 일본특허(일본국 특허청에게 계속되고 있는 것) 및 이와 실질적으로 동일한 발명인 전세계에서 출원된 특허출원 및 그 출원에 관하여 성립된 특허권을 말한다. 8. "본건특허 ②"란, 별지 3에 기재된 일본특허(일본국 특허청에게 계속되고 있는 것) 및 이와 실질적으로 동일한 발명인 전세계에서 출원된 특허출원 및 그 출원에 관하여 성립된 특허권을 말한다. 9. "본건 소판노하우"는 소외 8 회사가 본 계약 날짜에 있어서 보유 및 공업적으로 이용하고 있는 노하우이고, 본 소판제조에 관한 것을 말하며, 별지 2에 기재하고 있는 것을 포함한다(별지 2에 기재된 내용에 한하지 않음). 10. "본건 연마노하우"는 소외 8 회사가 본 계약 날짜에 있어서 보유 및 공업적으로 이용하고 있는 노하우이고, 본 연마에 관한 것을 말하며, 별지 4에 기재하고 있는 것을 포함한다(별지 4에 기재된 내용에 한하지 않음). 11. "사업운영 노하우"는 소외 8 회사가 본 제품을 제조하고 판매하기 위해서 보유하고 있는 사업운영일체에 관한 노하우이며, 본건 소판노하우 및 본건 연마노하우 이외의 것을 말한다. 별지1 본건특허 ① 번호출원번호등록번호발명의 명칭상태 16(출원번호 1 생략)(등록번호 1 생략)플로트 유리의 제조장치등록확정 17(출원번호 2 생략)(등록번호 2 생략)플로트 유리의 제조장치 및 제조방법등록확정 18(출원번호 3 생략)(등록번호 3 생략)플로트 유리의 제조장치 및 제조방법등록확정 58(출원번호 4 생략)(등록번호 4 생략)플로트 판유리 제조장치등록확정 59(출원번호 5 생략)(등록번호 5 생략)플로트 판유리 제조장치등록확정 별지 2 본건 소판노하우 ① 원료종류/조합 플로우/조합장치/원료관리② 투입장치/투입관리 ③ 용해조구조/기능/로재/오퍼레이션/메인터넌스④ 세정설비구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑤ 공해대책(가스배출/배출액처리)⑥ 연소장치/연소관리 ⑦ 메탈Bath설비/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑧ 레이어장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑨ 검사장치/구조/기능/메인터넌스 ⑩ 절단채판포장장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑪ 유틸리티장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑫ 계장장치/기능/메인터넌스⑬ 시험분석/기능/메인터넌스 별지 3 본건특허 ② 번호출원번호등록번호발명의 명칭상태 3(출원번호 6 생략)(등록번호 6 생략)판상체의 연마방법 및 장치등록확정 4(출원번호 7 생략)(등록번호 7 생략)유리판의 절단방법 및 장치등록확정 5(출원번호 8 생략)(등록번호 8 생략)유리판의 절단방법 및 장치등록확정 별지 4 본건 연마노하우 ① 절·면취장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스② 연마장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ③ 검사·세정장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ④ 배수처리장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑤ 포장장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스⑥ 포장형태/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑦ 유틸리티장치/구조/기능/오퍼레이션/메인터넌스 ⑧ 계장장치/기능/메인터넌스⑨ 시험분석/기능/메인터넌스 제3조(실시허여) 1. 소외 8 회사는 본 소판 제조기술, 본 연마기술 및 사업운영 노하우에 대하여 다음 각호의 목적을 위해 원고 2 회사에 대해 비독점적, 양도불가, 재실시허여권이 없는 실시권을 허여한다. (1) 원고 2 회사가 소판제조를 행하여 그 결과물인 소판유리를 국내에서 판매하는 것 (2) 원고 2 회사가 연마를 행하여 그 결과물인 그 결과물인 본 제품을 국내에서 판매하는 것 2. 소외 8 회사는 본 연마기술 및 사업운영 노하우에 대하여 원고 1 회사가 본 연마를 수행하고 그 결과물인 본 제품을 국내에서 판매하는 것에 대하여 원고 2 회사에 대해 비독점적, 양도불가, 재실시허여권이 없는 실시권을 허여한다. 제7조(비밀유지) 1. 원고들은 본 계약에 관하여 소외 8 회사로부터 알게 된 본건 소판노하우, 본건 연마노하우, 사업운영 노하우 및 소외 8 회사의 경영상, 영업상 또는 기술상 비밀을 제3자에게 보여주거나 누설해서는 안되고, 본 계약에서 명시적으로 허락된 범위 외에는 사용해서는 안된다. 2. 전항에 불구하고, 원고 2 회사는 본건 소판제조 및 본건 연마를 행하기 위하여 설비 혹은 공사의 발주 및 업무의 위탁을 행하는 경우에는 당해 제3자에 대해 필요최소한의 본건 소판노하우 및 본건 연마노하우를 공개할 수 있다. 3. 제1항에 불구하고, 원고 1 회사는 본건 연마를 행하기 위하여 제3자에 대해 설비 혹은 공사의 발주 및 업무의 위탁을 행하는 경우에는 당해 제3자에 대해 필요최소한의 본건 연마노하우를 공개할 수 있다. 
 (3) 원고 2 회사의 권리사용료 지급현황은 아래와 같다.
 
 원고 1 회사의 권리사용료 지급현황은 아래와 같다. 
 연도2010년2011년합계 금액36,890,000,000원31,659,000,000원68,549,000,000원 
 다. 원고들의 설비수입 및 설치
 원고들은 소외 8 회사로부터 아래와 같이 설비(원고들이 수입한 설비를 통틀어 ‘이 사건 설비’라 한다)를 수입하고, 2010. 11.경 ‘사용전 수입신고’를 모두 마쳤다. 
 원고계약일구분설비명대금 (엔)공사완료 원고 1 회사2009. 1.27.연마설비DC0190억 6,000만2009. 12.경 원고 2 회사2004. 12. 1.연마설비DP1160억 6,600만2005. 5.경 2005. 9. 30.연마설비DP1275억 3,600만2006. 5.12. 2006. 5.22.연마설비DP1395억 7,300만2007. 2.28. 2007. 5. 7.연마설비DP1474억 2,100만2007.10.22. 2007.11.27.연마설비DP14-E10억 1,600만2008. 2.14. 2009. 1.20.연마설비DP14-F10억 4,600만2009. 4.24. 2006. 8. 4.소판제조설비DF101억 4,700만2007. 4.12. 2007. 7.23.소판제조설비FF141억 2,300만2008. 3.14. 2008. 5.30.소판제조설비HF168억 1,700만2009. 3. 4. 2008. 7.25.소판제조설비IF182억 5,600만2010. 1.12. 
 라. 원고 1 회사에 대한 처분경위
 (1) 피고 서울세관장은 2012. 4. 19. 원고 1 회사에게 "2010년과 2011년에 지급한 권리사용료 약 685억 원이 이 사건 설비와 관련되고, 거래조건으로 지급되었다."는 이유로, ‘수입물품 과세가격 결정에 관한 고시’(관세청 고시 제2010-88호, 2010. 6. 10. 이하 ‘이 사건 고시’라 한다) 제3-4조 제3호 단서, 제4호 나목의 안분식을 적용하여, 권리사용료 전액을 수입가격에 가산하는 내용의 과세전통지를 하였다. 
 (2) 원고 1 회사는 이에 불복하여 적부심사청구를 하였고, 2012. 9. 27. 관세청장으로부터 "권리사용료는 최종 완제품인 LCD 유리기판을 제조하기 위한 제품개발 및 원료 선정에서 완제품 검사포장에 이르는 전 과정에 관련된 모든 특허 및 노하우 실시에 대한 대가로 지급된 것이므로, 처분청은 권리사용료 총액이 이 사건 설비에 관련된다고 보아 결정한 조정액을 이 사건 설비에 해당되는 부분만 가산될 수 있도록 권리사용료 안분 계산방식을 재조사하여 과세가격을 결정한다."는 재조사결정을 받았다.
 (3) 그런데 피고 서울세관장은 2013. 6. 22. 원고 1 회사에게 과세전통지 내용과 같이 권리사용료 전액을 수입가격에 가산하기로 하여 관세 등을 부과·고지하였다. 
 (4) 원고 1 회사는 2013. 7. 17. 심사청구를 하였으나, 2013. 10. 30. 관세청장으로부터 기각결정을 받았다. 이에 따라 원고 1 회사에 대한 관세 등 부과처분은 별지 부과처분 제1 목록 기재와 같이 되었다.
 마. 원고 2 회사에 대한 처분경위
 (1) 피고 대구세관장은 원고 2 회사에게 "2007년부터 2013년까지의 소외 8 회사에게 지급한 권리사용료 약 1조 3,226억 원(이하 원고 1 회사의 권리사용료 약 685억 원과 통틀어 ‘이 사건 권리사용료’라 한다)이 이 사건 설비와 관련되고, 거래조건으로 지급되었다."는 이유로, 이 사건 고시 제3-4조 제3호 단서, 제4호 나목의 안분식을 적용하여, 권리사용료 전액을 수입가격에 가산하는 내용(부과제척기간 도과분 제외)으로 관세 등을 부과·고지하였다. 그 후 원고 2 회사는 아래에서 보는 바와 같이 재조사결정을 받았으나, 원처분이 그대로 유지되었고, 원고 2 회사에 대한 관세 등 부과처분은 감액 등을 받아 별지 부과처분 제2, 3 목록 기재와 같이 되었다(이하, 원고들에 대한 별지 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 (2) 원고 2 회사는 심사청구를 하였는데, 아래와 같이 결정을 받았다.
 순번처분일심사청구 결정일결과 12012. 2. 15.2012. 9. 27.재조사 결정 이후 원처분 유지 22012. 5. 9.2012. 9. 27. 32012. 8. 7.2012. 11. 20. 42012. 11. 4.2013. 3. 19. 52013. 2. 6.2013. 6. 11. 62013. 4. 30.2013. 6. 11. 72013. 6. 28.2013. 10. 30.기각 2013. 6. 29. 2013. 7. 4. 2013. 7. 8. 82013. 10. 25.2014. 6. 17. 2014. 1. 27. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 23, 53, 74 내지 78호증(가지번호 포함), 을 제1, 2, 3, 12 내지 15호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 원고들의 주장 
 가. 관련성
 소외 8 회사의 방법에 관한 특허를 실시할 목적으로 적합하게 고안되어 수입시점에 이미 이 사건 설비에 체화, 구현되어야 관세법 시행령(2011. 4. 1. 대통령령 제22816호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제3항에서 정한 관련성이 인정된다. 그러나 Float 공법은 1950년 영국 필킹톤사, 감압탈포 원천기술은 Cole-french에 의하여 개발된 공지의 기술이고, LCD 유리제조설비에 사용되는 백금설비도 공지의 기술이므로, 이러한 특허가 사용되었다 하더라도 소외 8 회사의 특허가 구현된 것이 아닌 점, 소외 8 회사는 이 사건 수입설비의 설계를 하지 아니하고, 제작업체들에게 유리의 종류, 치수, 사이즈, 스피드 등을 기재한 기본사양서만 제공한 점, 제작업체들은 이 사건 설비의 설계를 하여 제작한 점, 이 사건 설비는 소외 8 회사의 특허와 관계없는 범용설비에 해당하고, 제작에 관한 노하우는 이 사건 권리사용료의 대상이 아닌 점, LCD 유리제조의 핵심은 공정관리 노하우이고, 이 사건 권리사용료는 이에 대한 것인 점 등을 고려할 때, 이 사건 권리사용료는 제품개발, 원료선정에서 완제품 검사·포장에 이르는 전 과정에 관련된 특허, 노하우의 실시와 그 밖에 사업운영의 노하우에 대한 것이고, 이 사건 설비에 체화되었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 설비와 관련성이 없다.
 나. 거래조건성 
 구매자인 원고들이 판매자인 소외 8 회사에게 이 사건 권리사용료를 지급하지 않고서는 이 사건 설비를 구매할 수 없거나, 이 사건 설비를 구매하기 위해서는 소외 8 회사에게 이 사건 권리사용료를 지급하여야 하여야만 관세법 시행령 제19조 제5항에서 정한 거래조건성이 인정된다. 그러나 설비매매계약서에 권리사용료 지급이 구매조건이나 대가로 되어 있지 아니하고, 이 사건 라이선스 계약서에 소외 8 회사로부터만 구매하도록 되어 있지 아니한 점, 원고들은 소외 8 회사 이외의 업체들로부터 제조에 필요한 일부 설비를 구매하여 설치한 점, 이 사건 설비의 가격에 권리사용료를 가산할 경우 이 사건 설비 가격 보다 4배나 많은 이 사건 권리사용료가 가산되는 점 등을 고려할 때, 원고들은 자유롭게 구매선택권을 행사하여 설비를 구매할 수 있으므로, 이 사건 권리사용료와 이 사건 설비는 거래조건성이 없다.
 다. 권리사용료의 안분
 이 사건 고시 제3-4조 제3호 단서는 권리사용료 전부가 설비에 관련된 경우 권리사용료 중 수입설비와 관련 있는 부분만을 구분하여 권리사용료를 안분하는 규정이다. 따라서 이 사건 권리사용료에는 이 사건 설비와 관련 없는 공정관리 노하우에 대한 부분이 있고, 이를 분리하여 설비에 관한 권리사용료를 특정할 수 없으므로, 이 사건 고시에 따라 권리사용료를 안분하여 계산할 수 없다.
 3. 관계법령 
 별지 관계법령 기재와 같다.
 4. 인정사실 
 가. 이 사건 설비의 제작 등
 (1) 이 사건 설비의 수입거래도는 아래와 같다.
 
 (2) 소외 8 회사는 별지 기본사양서 기재와 같이 설비의 종류, 구조, 사이즈, 스피드, 생산능력, 구성품의 사양, 기본디자인 등이 구체적으로 기재된 기본사양서(Basic Specification)를 작성하여 소외 10 회사 등 제작업체에 Tailor Made(특정 의뢰인의 목적에 맞춤) 방식으로 제작의뢰 하였고, 제작업체와 설계도면, 자료반환 및 기밀유지에 관한 협약을 체결하였다. 소외 8 회사는 기본사양서의 외부유출을 금지하고 있고, 제작업체로부터 설계도면을 교부받아 소유하였다. 소외 8 회사는 견적을 요청할 때 기본사양서를 제공하였다가 견적이 완료된 후 이를 회수하였다. 소외 8 회사는 제작업체로 하여금 설계도면에 소외 8 회사의 명칭을 표시하도록 하였다. 
 (3) 소외 8 회사는 한국 특허청에 LCD Float 유리 제조에 관하여 ‘원료공급, 내화물, 백금tube 용융유리 공급장치: 12건, 주석조 성형공정 및 서냉: 25건, 절단 및 연마공정: 4건’을 등록하였다. 이 사건 설비에는 아래와 같이 소외 8 회사 소유 19건의 특허가 적용되었다.
 
 (4) 소외 10 회사의 2014. 11. 17.자 기술견해서, 소외 11 회사의 2014. 7. 29.자 기술견해서에는 아래와 같이 기재되어 있다. 
 ○ 소외 10 회사는 소외 8 회사로부터 제공 받은 기본사양정보에 따라 각 설비를 설계하고, 상세도면을 작성한 후에 제작하여, 현지에서의 최종설치 조정작업을 거쳐 납품했다. (중략) 교반기, 교반조 및 정제기 등의 백금 가공 설비는 당사의 팜플렛에도 게재하고 있는 전형적인 제품의 하나이다. ○ 액정유리 제조장치는 용해부, 청정부, 교반부로 구성되어, 각각이 세라믹 또는 백금으로 제조된다. 소외 11 회사는 다양한 유리제조용 백금장치를 제조하고 있고, 여러가지 장치디자인에 대응할 수 있도록 독자적으로 재료개발이나 공법개발을 실시하고 있다. 
 (5) 원고들은 소외 8 회사와 설비매매계약서를 체결하였는데, 여기에는 ‘매매대금 및 지급조건, 설비의 인도, 소유권이전, 보증’ 등에 관하여 규정하고 있을 뿐, 설비 관련 특허와 노하우에 관한 조항은 없다. 
 (6) 원고들은 피고들에게 이 사건 설비 외에도 아래와 같이 생산공정을 구성하는 설비를 수입신고하였다. 
 연번수입신고번호해외공급자상호수출국품명 1521712062001383소외 12 회사대만PARTS FOR FURNACE 3421712068002535소외 13 회사대만PARTS FOR FURNACE 1392171207100084U소외 13 회사대만CONVEYORS 1432171207300322U소외 13 회사대만CUTTING M/C 
 나. 출장지도(SV) 기본계약
 (1) 원고들은 소외 8 회사와 아래와 같이 ‘출장지도(SV) 기본계약’을 체결하고, 소외 8 회사로부터 생산·운전 등에 관한 실지지도, 제조라인 오퍼레이션 관리 및 지도, 설비공사, maintenance 관리 및 지도, 품질관리 총괄지도 등의 명목으로 인력(Supervisor)를 파견받았다.
 제1조 (정의) 2. "계약업무"라 함은 소외 8 회사가 원고 2 회사의 공장 또는 병설사무소에 SV를 파견해서 실행하는 액정용 유리기판의 연마설비(DP14 연마라인)의 설치조립, 운전, 액정용 유리기판의 연마, 검사작업 등에 관한 현장 지도를 말하며, 상세사항은 별지1에 정한다. 4. "SV"라 함은 계약업무를 실시하기 위하여, 소외 8 회사가 원고 2 회사의 공장 또는 병설사무소에 출장 보내는 소외 8 회사의 종업원을 말한다. 제6조 (지급) 1. 원고 2 회사는 계약대가로서 SV가 계약업무를 실시하는데 소요된 일수(SV 각 개인에게 있어서, 일본을 출발한 날부터 귀국하는 날까지의 총 일수, 즉 이동일 및 한국 내에서 체재한 휴일을 포함한다)에 대하여, 1인 1일당 육만오천 일본엔 (65,000엔)을 소외 8 회사에게 지급한다. 2. 소외 8 회사는 계약대가에 추가하여 아래의 계약업무에 소요되는 비용(이하, 비용 총액을 청구비용이라 한다)을 원고 2 회사에게 청구할 수 있다. (1) 일본국내의 SV자택에서 한국 내 숙박지로의 왕복교통비실비 (2) 한국 내의 숙박지와 원고 2 회사의 공장 또는 병설사무소 간 왕복교통비실비 (3) 한국 내의 숙박비실비 (4) 한국 내에서의 식비상당액(소외 8 회사의 출장규정에 정하는 금액)(원고 2 회사가 SV에게 실제로 현물 제공한 부분을 제외) (5) 계약업무를 실시하는 데에 필요로 하는 기기류로 수하물로 이동시킬 경우, 그에 소요되는 추가운임, 관세, 기타 이에 상응하는 비용의 실비 (6) 계약업무를 재위탁하는 경우, 소외 8 회사가 재 위탁처에 지급하는 실비 
 (2) 소외 8 회사에게, 원고 1 회사는 합계 27억 원, 원고 2 회사는 합계 548억 원을 출장지도 용역비로 지급하였다. 
 다. 소외 8 회사의 가처분소송 
 (1) 소외 8 회사는 2003. 12. 3. 미국 오하이오주법원(2005WL646076)에 소외 14 회사를 상대로 아래와 같이 소장을 제출하였다. 
 ○ 소외 8 회사는 현재 자신만의 독점적인 Float공법의 변형을 이용하여 고품질의 TFT-LCD 유리 생산 노하우를 가지고 있는 유일한 제조 회사이다. 소외 14 회사 및 그 자회사는 유리 용해로 및 다양한 타입의 제조 장비를 설계하고 제작하는 사업을 영위하고 있다. ○ 소외 8 회사는 유리 생산장비 제조회사인 소외 14 회사가 소외 8 회사의 노하우를 남용하고 불공정한 경쟁에 관여되어 있다고 생각할 근거를 가지고 있다. 소외 8 회사는 그런 정보가 소외 8 회사의 자산임을 알면서도, 소외 14 회사가 제3자로부터 소외 8 회사의 노하우에 관한 정보를 취득했으며, Float bath 설비를 설계, 제작 및 설치하기 위해 그러한 정보를 사용했으며 지금도 사용하고 있다고 생각할 근거를 가지고 있다. 소외 8 회사는 소외 14 회사가 현재 행하고 있는 위법행위를 중지시키고, 부당하게 취득한 정보를 회복하며, 본 소송의 비용을 보상받기 위하여, 사용 금지 가처분 명령을 청구한다. 
 (2) 미국 오하이오주법원은 2005. 3. 21. "소외 14 회사 및 그 자회사들은 어떤 목적으로든지(Float bath 설비의 설계, 제작, 설치, 선적, 수출이나 인도 등과 관련된 목적을 포함하여 제한 없이), a) 소외 8 회사가 소유한, b) 소외 8 회사와 □□□사 사이에 그와 같은 기술의 사용과 공개를 제한하는 라이선스 협약에 명시된, c) 소외 14 회사가 □□□사로부터 취득한 독점적인 Float 유리 제조 기술을 사용해서는 안된다."는 결정을 하였다.
 라. 관계자의 진술 등
 (1) 원고 2 회사의 경리재무섹션 담당부장 소외 1 등은 2011. 10. 12. 법인심사시 아래와 같이 진술하였다. 
 ○ 시설재 도입과 관련된 구매 품의서 또는 견적서는 없다. 설비팀 부서장이 있지만, 설비 도입을 결정하게 된 것은 소외 8 회사 내에서 정하게 된 것이다. 그 다음에 원고 2 회사에서 이사회를 열어서 도입하는 것으로 결의하였다. 소외 8 회사 본사에서는 일본 국내에서도 여러 회사가 있기 때문에 어디에다 건설할 건지, 어디다 설비를 도입할 것인지 검토한 다음, 그것이 한국이라고 결정이 되면 그 다음에 원고 2 회사에서 이사회에서 결정을 하게 된다. ○ 소외 8 회사가 투자를 하겠다고 결정을 하고 원고 2 회사를 만들었다고 생각한다. 설비매매계약서는 소외 8 회사에서 작성한다. 시설재 가격은 소외 8 회사에서 계약서를 작성하기 때문에 원고 2 회사에서는 그 금액 그대로를 받아들이고 있다. 소외 8 회사는 판매하고 원고 2 회사는 구매하는 형태이기 때문에 그 판매가격은 소외 8 회사가 결정한다. 
 (2) 군산대학교 교수인 소외 2는 2014. 10. 10. 이 사건 설비에 관하여 아래와 같은 의견을 제시하였다.
 ○ Fusion Process는 약 50년의 역사를 지니는 공법으로서 1960년~70년대에 등록된 Corning의 원천특허의 유효기간은 1990년대에 모두 만료되어 동 발명의 핵심 성형기술은 이미 공지의 사실이 되었으며, 일본의 ◇◇◇사는 1992년부터, ☆☆☆사는 1999년부터 Fuison공법을 사용하여 일본에서 LCD Fusion 유리를 제조하고 있다. ○ LCD Float 유리는 1996년 일본의 소외 8 회사에 의해 Float공법을 이용하여 최초로 상용화된 LCD 유리로서 역사가 18년에 불과하며, LCD Float 유리 업계에서는 거의 독점적인 위치에 있다. (중략) 아울러, 소외 8 회사 LCD Float 유리는 역사가 짧고 차지하는 생산점유율과 시장점유율이 거의 독점적인 위치에 있기 때문에 조성, 생산설비에 대한 특허 및 설비의 운전기술에 대한 Know-How가 상당히 잠재되어 있다. (중략) 소외 15 회사가 2011년도 말부터 독일 □□□사의 용해기술과 자체 노력에 의해 Float Process를 가동하고 있으나 조성과 대부분의 핵심설비는 소외 8 회사와 전혀 다를 뿐만 아니라 운전기술의 경험도 부족하여 생산수율은 현재까지 손익분기점에 도달하지 못하고 있다. 이러한 사실은 후발업체로서 LCD 유리 Float Process에서 극복해야 할 기술장벽이 매우 높음을 의미한다. ○ LCD 패널 업계의 품질기준에 부합하는 LCD 유리를 Float공법에 의해 안정적으로 생산하기 위해서는 건축용 판유리 제조와는 상당히 차별화된 조성, 설비 및 운전기술이 결합되어야 한다. ○ (생략) 모든 유리공업에서와 마찬가지로 LCD Float 유리사업의 초기는 경험이 부족하여 이러한 핵심설비와 운전기술이 대등한 관계(50:50)에 있을 수밖에 없다. 그러나 소외 8 회사는 (중략) 현재까지 16년간 동일한 조성으로 그리고 독창적인 설비로 LCD Float 유리를 생산하고 있기 때문에, 운전기술은 이미 10년 전에 안정된 단계에 들어섰다고 판단할 수 있다. 반면에 운전기술과 달리 설비는 수명이 있기 때문에 LCD 유리의 원가, 품질이 고려된 설비의 수명연장이라는 목표를 달성하기 위한 설비의 개선은 지속되어야 한다. 이러한 점을 고려해 볼 때, LCD Float 유리 사업의 성숙단계에서 설비와 운전의 배분은 70대 30으로 간주하는 것이 적절하다. 
 마. 이 사건 고시 적용과 관련한 과세당국의 의견 등
 (1) 관세청장은 2012. 9. 27. 아래와 같이 재조사결정을 하였다.
 ○ 주문 - 이 사건 권리사용료는 최종 완제품인 유리기판을 제조하기 위해 제품개발 및 원료 선정에서 완제품 검사·포장에 이르는 전 과정에 관련된 모든 특허 및 노하우 실시에 대한 대가로 지급된 것이므로, 처분청은 권리사용료 총액이 쟁점설비에만 관련된다고 보아 결정한 조정액을 이 사건 설비에 해당하는 부분만 가산할 수 있도록 권리사용료 안분 계산방식을 재조사하여 과세가격을 결정한다. ○ 이유 - 현재 사용 중인 노하우는 주로 설비의 운영·유지에 관련된 노하우로 판단되며, 이러한 운전기술에 관한 노하우가 설비에 실시될 수 있도록 일정 부분 고안되었다고 하더라도, 모든 노하우를 고려하여 사전에 이 사건 설비가 고안되었다고 보기는 어려움이 있다. - 본 건은 먼저, 전체 권리사용료 가운데 설비와 관련된 권리사용료를 안분한 다음 안분된 권리사용료를 전체설비에서 수입설비가 차지하는 비율만큼 다시 안분하여 이 사건 설비 과세가격에 가산하여야 할 것으로 판단되나, 전체설비 가운데 수입설비가 차지하는 비율은 이 사건 고시에 따라 안분 계산할 수 있다 하더라도, 이 사건 라이선스 계약서 등을 보면 현재 사용 중인 특허·노하우 가운데 설비 관련 특허·노하우가 명확하지 않을 뿐만 아니라, 총 권리사용료에서 설비 관련 권리사용료 비율이 규정되어 있지 않아 이 사건 고시에서 규정한 계산방식으로는 총 권리사용료에서 설비와 관련된 권리사용료를 안분 계산할 수 없다. - 따라서 처분청은 전체 권리사용료에서 쟁점설비와 관련되는 일부 특허·노하우에 상당하는 권리사용료를 합리적으로 안분할 수 있는 별도의 계산방식을 재조사하여 그에 따라 이 사건 설비 과세가격에 가산되어야 할 권리사용료 금액을 산정하여 과세가격을 결정하여야 할 것으로 판단된다. 
 (2) 당시 담당공무원이었던 소외 3은 2014. 8. 20. 이 법원에서 "서류상 원고들은 소외 8 회사에 설비가격에 7% 이윤을 따로 주는 것을 계산이 되어 있었다. 이 사건의 경우에는 현재 순수한 제품제조 과정에 들어가는 권리사용료 부분과 제조설비에 대한 것을 구분하여 배분할 수 있는 관세법상 규정 자체가 없기 때문에 원고 측과 계속 협상한 것이다,"고 진술하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제24 내지 39, 44, 56, 58 내지 61, 64, 86, 93호증(가지번호 포함), 을 제4 내지 11, 16, 18 내지 23, 26, 27, 28, 34 내지 40호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 5. 판단 
 가. 관련 법령의 규정
 (1) 관세법(2010. 12. 30. 법률 제10424호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제30조 제1항 제4호는 "수입물품의 과세가격은 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 다음 각 호의 금액을 더하여 조정한 거래가격으로 하되, 다만, 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 및 이와 유사한 권리를 사용하는 대가로 지급하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 산출된 금액을 더할 때에는 객관적이고 수량화할 수 있는 자료에 근거하여야 하며, 이러한 자료가 없는 경우에는 이 조에 규정된 방법으로 과세가격을 결정하지 아니하고, 제31조부터 제35조까지에 규정된 방법으로 과세가격을 결정한다."고 규정하고 있다.
 (2) 관세법 시행령 제19조 제1항은 관세법 제30조 제1항 제4호에서 규정한 ‘이와 유사한 권리’에 관하여 규정하면서, 제2호에서 ‘법적 권리에는 속하지 아니하지만 경제적 가치를 가지는 것으로서 상당한 노력에 의하여 비밀로 유지된 생산방법·판매방법 기타 사업활동에 유용한 기술상 또는 경영상의 정보 등’이라고 규정하고 있고, 제2항은 "관세법 제30조 제1항의 규정에 의하여 당해 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 가산하여야 하는 특허권·실용신안권·디자인권·상표권 및 이와 유사한 권리를 사용하는 대가는 당해 물품에 관련되고 당해 물품의 거래조건으로 구매자가 직접 또는 간접으로 지급하는 금액으로 한다."고 규정하고 있고, 제3항 제1호 라목은 "제2항의 규정을 적용함에 있어서, 권리사용료가 방법에 관한 특허를 실시하기에 적합하게 고안된 설비·기계 및 장치(그 주요특성을 갖춘 부분품 등을 포함한다)인 경우에는 권리사용료가 당해 물품과 관련되는 것으로 본다."고 규정하고 있다. 
 (3) 위 규정을 종합하면, 권리사용료를 수입물품의 과세가격에 가산하기 위해서는 권리사용료가 당해 물품에 관련되고(관련성), 당해 물품의 거래조건으로(거래조건성) 구매자가 지급하여야 한다. 
 나. 관련성에 관하여
 (1) 이 사건 설비와 이 사건 권리사용료의 관련성을 인정하기 위해서는 해당 수입설비가 권리사용료 지급대상이 되는 특허를 실시하기에 적합하게 고안되어야 한다(관세법 시행령 제19조 제3항 제1호 가, 라목). 즉 권리사용료 지급대상인 특허가 수입신고 시점에 이미 설비에 체화·구현되어 있어야 한다. 
 한편 처분문서는 그 성립의 진정함이 인정되는 이상 법원은 그 기재 내용을 부인할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없는 한 그 처분문서에 기재되어 있는 문언대로의 의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 하고, 당사자 사이에 계약의 해석을 둘러싸고 이견이 있어 처분문서에 나타난 당사자의 의사해석이 문제되는 경우에는 문언의 내용, 그와 같은 약정이 이루어진 동기와 경위, 약정에 의하여 달성하려는 목적, 당사자의 진정한 의사 등을 종합적으로 고찰하여 논리와 경험칙에 따라 합리적으로 해석하여야 한다(대법원 2002. 6. 11. 선고 2002다6753 판결 참조). 
 (2) 돌이켜 이 사건을 보건대, ① 이 사건 라이선스 계약에 의하면, 제3조는 "소외 8 회사는 원고들에게 소판제조 및 연마 기술, 사업운영 노하우의 실시권을 허여한다."고, 제1조는 "소판제조 및 연마 기술은 본건 특허 및 본건 노하우를 말한다. 본건 특허 및 본건 노하우란 별지에 기재된 특허와 노하우를 말한다."고 규정하고 있는데, 그 별지에는 설비제작과 직접 관련된 특허와 노하우가 포함되어 있는 점, ② 이 사건 설비는 일체로서 일련의 공정을 구성하고, 소외 8 회사가 보유한 Float공법으로 유리기판을 생산하기 위한 것인 점, ③ 유리기판을 생산하기 위해서는 원료 혼합, 투입량 조절, 버너조절, 가마 온도, 압력조절, 기포제거(감압탈포), 절단, 연마, 표면결함방지, 세정, 검사, 포장 등의 각종 공정을 거쳐야 하는바, 이 사건 설비 자체에 (소외 8 회사가 보유한 특허나 노하우가 반영되지 않은) 범용설비로 소외 8 회사가 요구하는 수준의 제품을 생산할 수 있다고 보이지 않는 점, ④ LCD 유리기판은 두께 0.5~0.7㎜, 크기 가로×세로 2m이상의 고정밀 대형 박판 특수유리인데, 소외 8 회사는 소외 15 회사를 제외하고는 Float공법에 의해 유리기판을 대량생산하여 거의 유일한 업체이므로, 원고들은 Float공법으로 유리기판 생산시 이 사건 권리사용료 지급 외에 선택할 방법이 없는 점, ⑤ 원고들이 소외 8 회사와 설비매매계약을 체결하고, 이 사건 라이선스 계약과 별도로 7%의 이윤을 지급하였으나, 여기에는 설비 관련 특허와 노하우에 관한 것이 포함되어 있지 아니한 점, 이 사건 라이선스 계약은 특허와 노하우에 관한 것이므로, 설비제작을 위한 비용 등을 받기 위해 별도 계약이 필요한 점, ⑥ 소외 8 회사는 "설비제조업체인 소외 14 회사가 소외 8 회사의 노하우를 남용하여 유리 용해로 및 다양한 타입의 제조 장비를 설계·제작하였다."는 이유로 가처분소송을 제기하는 등 Float공법에 관한 특허 등을 보유한 것으로 보이는 점, ⑦ 기본사양서(Basic Specification)에 의하면 설비의 종류 등이 구체적으로 기재되어 있고, 제작업체는 기본사양서를 토대로 설계를 하여 이 사건 설비를 제작한 점, 소외 8 회사는 기본사양서를 비밀로 취급하여 세무조사나 이 법원에 그 일부만 제시하였고, 기본사양서에 의하여 작성된 설계도면도 제작업체들로부터 교부받아 비밀로 취급하고 있는 점, 소외 8 회사는 그 동안의 제작 노하우를 동원하여 기본사양서를 작성하였고, 이 사건 라이선스 계약에도 장치 제작, 설치에 관한 부분이 노하우로 기재되어 있는 점 등을 고려할 때, 이 사건 설비는 이 사건 라이선스 계약에 의하여 제공되는 소판 및 연마 공정 관련 특허와 노하우에 의하여 고안된 설비, 기계 및 장치이고, 이 사건 권리사용료는 특허와 노하우 제공대가로 지급되었으므로, 이 사건 권리사용료와 관련성을 인정할 수 있다. 
 다. 거래조건성에 관하여
 (1) 당해 물품에 관련되고 당해 물품의 거래조건으로 구매자가 직접 또는 간접으로 지급하는 권리사용료는 당해 물품의 과세가격에 포함되는데, 여기서 "권리사용료를 당해 물품의 거래조건으로 지급한다."고 함은 구매자가 수입물품을 구매하기 위하여 판매자에게 권리사용료를 지급하는 경우로서 사실상 구매자에게 수입물품의 구매선택권이 없는 경우를 말한다(대법원 2006. 10. 26. 선고 2004두2547 판결, 대법원 1993. 4. 27. 선고 91누7958 판결 참조). 
 (2) 돌이켜 이 사건을 보건대, ① 소외 8 회사는 원고들에 대하여 사실상 100%의 의결권을 행사하고 있고, 원고들은 소외 8 회사의 자회로로 볼 수 있는바, 원고들은 소외 8 회사의 의사와 무관하게 설비를 구매할 가능성은 거의 없는 점(증인 소외 4의 진술에 의하면, 소외 8 회사와 공동으로 합의하여 결정한다고 하나, 소외 8 회사와 원고들과의 관계에 비추어 그대로 믿기 어렵다), ② 소외 8 회사는 소외 15 회사를 제외하고는 Float공법에 의해 유리기판을 대량생산하여 거의 유일한 업체이므로, 원고들은 Float공법으로 유리기판 생산시 이 사건 권리사용료 지급 외에 선택할 방법이 없는 점, ③ 소외 1의 진술에 의하면, 이 사건 설비의 도입은 소외 8 회사에 의하여 결정된 점, ④ 이 사건 라이선스 계약 중 별지 2, 4에 의하면 포장장치, 계장장치, 면취장치, 검사·세정장치, 배수처리장치 등도 소판노하우와 연마노하우에 포함되어 있는 점, 이 사건 설비가 없으면 이 사건 라이선스 계약에 따른 이행이 사실상 불가능한 점, ⑤ 원고들은 "소외 8 회사 이외의 업체들로부터 일부 설비를 구매하였다."고 주장하나, 이 사건 설비는 소외 8 회사 이외에 다른 업체들로부터 조달할 수 있는 것이 아니고, 소외 8 회사의 노하우가 체화된 기본사양서(Basic Specification)에 의하여 특별히 제작되었으며, 소외 8 회사 이외의 업체들로부터 구매한 설비도 소외 8 회사의 검토와 의견에 따른 것인 점 등을 고려할 때, 원고들은 자유롭게 구매선택권을 행사하여 설비를 구매할 수 있었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 권리사용료와 이 사건 설비는 거래조건성이 있다.
 라. 권리사용료의 안분에 관하여
 (1) 관련 규정
 이 사건 고시 제3-4조는 관세법 시행령 제19조 제6항의 규정에서 ‘관세청장이 정하는 권리사용료의 산출방법’을 구체적으로 나열하고 있는데, 제2호는 "수입물품이 국내에서 생산될 물품의 부분품, 원재료, 구성요소 등이라 할지라도 당해 권리가 수입물품에만 관련되는 경우에는 이와 관련하여 지급되는 권리사용료의 전액을 가산한다. 다만, 지급되는 권리사용료 중 당해 수입부분품 등과 관련이 없는 우리나라에서의 생산, 기타 사업 등의 활동대가가 포함되어 있는 경우에는 지급되는 권리사용료에 완제품의 가격 중 당해 수입부분품 등의 가격이 차지하는 비율을 곱하여 산출된 권리사용료 금액을 가산한다."고, 제3호는 "수입물품이 방법에 관한 특허를 실시하기에 적합하게 고안된 설비, 기계 및 장치(그 주요특성을 갖춘 부분품 등을 포함한다)인 경우에는 이와 관련하여 지급되는 권리사용료의 전액을 가산한다. 다만, 지급되는 권리사용료는 특정한 완제품을 생산하는 전체방법이나 제조공정에 관한 대가이고, 수입하는 물품은 그 중 일부공정을 실시하기 위한 설비 등인 경우에는 지급되는 권리사용료에 전체설비 등의 가격 중 당해 수입설비 등의 가격이 차지하는 비율을 곱하여 산출된 권리사용료를 가산한다."고 규정하고 있다. 
 그리고 제4호 가목은 ‘수입물품이 제2호 단서에 해당하는 물품인 경우’에 권리사용료의 지급원인이 되는 물품이 장기간 반복하여 수입되는 경우에는 권리사용료의 안분을 위한 조정액은 ‘총지급로열티×당해 수입물품가격÷완제품가격(세금 및 당해 권리사용료 제외)’, 가산율은 ‘조정액÷당해 수입물품가격’이라고, 나목은 수입물품이 제3호 단서에 해당하는 물품인 경우에 권리사용료의 지급원인이 되는 물품이 장기간 반복하여 수입되는 경우에는 권리사용료의 안분을 위한 조정액은 ‘총지급로열티×당해 수입설비가격÷총설비등 가격’, 가산율은 ‘조정액÷당해 수입설비가격’이라고 규정하고 있다. 
 한편 법령의 규정이 특정 행정기관에 그 법령내용의 구체적 사항을 정할 수 있는 권한을 부여하면서 그 권한 행사의 절차나 방법을 특정하고 있지 않은 관계로 수임 행정기관이 행정규칙의 형식으로 그 법령의 내용이 될 사항을 구체적으로 정하고 있는 경우에는, 그 행정규칙이 당해 법령의 위임한계를 벗어나지 않는 한, 그와 결합하여 대외적으로 구속력이 있는 법규명령으로서 효력을 가지는바(대법원 1999. 7. 23. 선고 97누6261 판결 참조), 이 사건 고시는 관세법 시행령 제19조 제6항과 결합하여 대외적으로 구속력이 있는 법규명령에 해당한다. 
 (2) 이 사건 고시 제3-4조 제3호 단서의 해석 
 아래와 같은 사정에 비추어, 이 사건 고시 제3-4조 제3호는 관세법 시행령 제19조 제2항 및 제6항에 따라 "권리사용료가 수입설비와 관련성 및 거래조건성 요건(설비에 특허와 노하우가 체화된 경우)을 모두 충족하는 경우를 전제로, ‘권리사용료’ 전부가 ‘당해 수입설비’에만 관련된 경우 수입설비의 과세가격에 전액 가산하되(본문), 권리사용료가 당해 수입설비를 포함한 전체 설비와 관련되어 지급된 경우에는 수입설비의 과세가격에 전액 가산하지 말고, 전체설비 가격 중 당해 수입설비 가격이 차지하는 비율의 권리사용료만 가산한다(단서)."는 뜻으로 해석함이 타당하다.
 ① 관세법 제30조 제1항, 동 시행령 제19조 제2항 및 제6항은 수입물품과의 관련성 및 거래조건성을 동시에 충족하는 권리사용료만을 과세가격에 가산하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 고시 제3-4조 제3호는 ‘관련성과 거래조건성이 충족되는 권리사용료’ 중에서 수입물품의 과세가격에 가산할 금액을 산출하기 위한 세부사항을 정한 것으로 보아야 한다.
 ② 이 사건 고시 제3-4조 제2호는 "수입물품이 국내에서 생산될 물품의 부분품, 원재료, 구성요소 등이라 할지라도 당해 권리가 ‘수입물품에만 관련되는 경우’에는 이와 관련하여 지급되는 권리사용료의 전액을 가산한다."고 규정하고 있는바, 수입물품과 관련성이 있는 것을 전제로 가산하도록 되어 있다. 그리고 같은 호 단서는 "다만, 지급되는 권리사용료 중 수입부분품 등과 관련이 없는 우리나라에서의 생산, 기타 사업 등의 활동대가가 포함되어 있는 경우에는 지급되는 권리사용료에 완제품의 가격 중 당해 수입부분품 등의 가격이 차지하는 비율을 곱하여 산출된 권리사용료 금액을 가산한다."고 규정하여, 지급되는 권리사용료가 수입물품 이외의 것에 관련되어 있는 경우에는 그 권리사용료(우리나라에서의 생산, 기타 사업 등의 활동대가)를 배제하고, 해당 권리사용료가 지급되는 전체 대상에서 수입물품인 부분품이 차지하는 비율만큼만 가산하도록 규정하고 있다.
 ③ 관세법 시행령 제19조 제3항 제1호 라목의 ‘방법에 관한 특허를 실시하기에 적합하게 고안된 설비·기계 및 장치’에서 의미하는 ‘방법’이란 특정 제품을 생산·제조하는 방법을 의미하는 것을 의미한다. 그런데 수입부분품은 그 부분품이라는 물리적 토대 위에 특허 및 노하우를 적용하여 완성품이 되므로, 특허와 노하우가 체화될 대상이 고정되어 있는 반면, 이 사건 설비는 불특정의 원료를 혼합, 화학적 가공을 통해 새로운 제품을 생산해내는바, 조성기술 및 운전기술, 검사 등 공정에 관한 특허와 노하우는 수입설비라는 물품에 종속되는 것이 아닌 독자적 영역이 인정되므로, 수입부분품과는 사안을 달리한다.
 ④ 이 사건 처분과 같이 "권리사용료는 설비에 체화되지 않은 우리나라에서의 생산, 기타 사업 등의 활동대가 전부가 포함된다."고 해석하면 수입설비와 관련성이 인정되지 않는 권리사용료 전부가 과세가격에 포함되어 부당하다. 
 ⑤ ‘관세’는 수입물품에 대해서만 과세되는 ‘대물세’이기 때문에 유체물이 아닌 권리나 정보 등 무체재산권에 대해서는 과세할 수 없음이 원칙이나, 무체재산권의 내용이 수입물품에 체화되어 수입물품의 가격의 일부를 구성하는 경우에는 관세의 부과대상이 되는 점, 이에 따라 관세법 제30조 제1항은 수입물품 과세가격에 가산할 수 있는 요소를 특정하고 있는 점, 수입자가 먼저 외국의 특허권자로부터 특정제품의 제조공정에 관한 특허제법의 사용권리를 얻고, 그 대가로 그 제법에 의거 생산한 제품의 수량에 따라 권리사용료를 지급하기로 하고, 제법의 구현방편으로서 특허제법 사용계약과는 별도로 다른 업자로부터 특허제법을 적용하기에 적합하게 고안된 기계를 수입할 경우, 기계가 특허제법을 적용하기에 적합하게 만들어진 것이라고 하더라도, 그 권리사용료 지급은 기계의 판매조건이 아니라 특허제법에 기인한 것이므로, 이러한 경우에는 기계의 과세가격에 가산할 수 없는 점, ‘관세 및 무역에 관한 일반협정 제7조의 시행에 관한 협정 및 의정서’ 제8조 제3항에 대한 주해는 "제8조 규정에 따른 가산조건과 관련하여 객관적이고 수량화할 수 있는 자료가 없는 경우, 거래가격은 제1조의 규정에 따라 결정될 수 없다. (중략) 만약 권리사용료가 일부분은 수입물품에, 나머지 부분은 해당 수입물품과 전혀 관련이 없는 다른 요소에, 부분적으로 근거하고 있다면(중략), 권리사용료에 대한 가산을 하려는 시도는 부적절하다."고 규정하고 있는 점{Where objective and qualifiable data do not exist with regard to the additions required to be made under the provisions of Article 8, the transaction value cannot be determined under the provisions of Article 1. (중략) If the royalty is based partially on the imported goods and partially on other factors which have nothing to do with the imported goods(중략), it would be inappropriate to attempt to make an addition for the royalty.} 등을 고려할 때, 수입물품에 체화되어 수입물품의 가격의 일부를 구성하고 있다고 보이는 범위를 넘어설 경우 과세가격에 권리사용료 전액을 가산할 수 없다. 
 (3) 이 사건 권리사용료의 구성
 이 사건 라이선스 계약 중 별지에 의하면, 제공되는 특허, 소판노하우, 연마노하우가 열거되어 있고, 여기에 이 사건 설비제작에 관한 특허와 노하우도 기재되어 있다. 한편 아래와 같은 사정에 비추어, 이 사건 라이선스 계약에는 이 사건 설비 제작 이외에 공정관리 노하우와 사업운영 노하우도 함께 제공되는 것으로 되어 있으므로, 이 사건 권리사용료는 이 사건 설비 제작 및 공정관리 노하우와 사업운영 노하우에 대한 대가로 제공되었다고 봄이 타당하다.
 ① 대학교수인 소외 2, 소외 5, 소외 6의 각 의견서(갑 제87, 88호증), 소외 2의 진술, 증인 소외 7의 진술을 종합하면, 유리기판은 초정밀 특수유리 제품이기 때문에 미세한 환경변화로도 불량이 발생할 수 있으므로, 거품없이 평탄하게 제조되도록 공정을 관리·유지하는 조성기술 및 운전기술이 설비 못지않게 중요한 점, 생산기술에 관한 특허는 공지의 공법이 되었음에도 유리기판을 생산할 수 있는 업체는 매우 제한적인 점, 원고들이 주장하는 소판제조시 공정관리 노하우는 원료의 배합·용융 시험결과 축적정보, 원료입자 균질화, 소외 8 회사 소속 회사들의 연구결과자료, 불량원인 감지기술, 용융조의 열대류 조절, 연소상태 관측·분석, 내화벽돌 관리, 기포의 성장과 부상 조절, 주석농도 조절, 이물분석, 냉각제 조합·분사 등으로 그 독자성이 인정되는 점 등을 고려할 때, 공정관리 노하우는 그 자체로서 설비에 관한 특허, 노하우와 별개로 중요한 부분을 차지한다.
 ② 원고들은 소외 8 회사가 실질적으로 지배하는 특수관계 법인인바, 원고들은 소외 8 회사가 제공하는 전체 생산공법에 의하여 유리기판을 생산·판매한다는 목적에 따라 이 사건 설비를 수입한 것인 점, 설비매매계약서(을 제26 내지 37호증)에는 ‘이 사건 권리사용료의 지급’과 ‘설비의 구매’의 조건이나 대가로 규정하지 않고, 이 사건 라이선스 계약에 특허와 노하우 일체를 포괄적으로 포함한 것으로 보이는 점, 이 사건 라이선스 계약서 별지에 기재된 특허와 노하우에 의하면, 이 사건 설비 제작·운영에 필요한 것뿐만 아니라, 원료의 선정·조합, 원료투입관리, 연소관리, 기계작동, 연소관리, 검사, 연마, 절단, 세정, 포장, 시험분석 등 LCD 유리기판 전반을 관통하는 특허와 노하우가 포함되어 있는 점(별지에 기재된 오퍼레이션, 메인터넌스, 투입·원료·연소 관리부분은 이 사건 설비제작에 관한 특허와 노하우로 볼 수 없고, 공정관리 노하우로 보인다), 소외 8 회사는 이 사건 라이선스 계약에 따라 원고들에게 LCD 유리기판 생산에 필요한 설비뿐만 아니라 공정관리, 사업운영에 관한 노하우를 제공한 점, 피고들은 "공정관리 노하우는 실체가 없다." 또는 "출장지도 계약에 의하여 대금이 모두 지급되었다."고 주장하나, 출장지도(SV) 기본계약서에 의하면, 출장인원 및 체류일수에 따른 금액산정, 일본과 국내 왕복교통비, 숙박비, 식비, 수하물비 등 실비변상적 비용에 관하여 규정하고 있을 뿐, 출장인원이 제공한 노하우에 관한 대가를 규정하고 있지 않은 점 등을 고려할 때, 설비매매계약서와 출장지도(SV) 기본계약서도 이 사건 라이선스 계약의 이행을 위해 부가적으로 체결된 것에 불과하다고 봄이 타당하므로, 이 사건 라이선스 계약에는 설비에 관한 특허와 노하우, 공정관리 노하우가 모두 포함되어 있다. 
 ③ 제1, 2차 라이선스 계약은 순매출액의 5% 또는 10%, 제3차 라이선스계약은 영업이익률의 8~30%, 제4차 라이선스 계약은 영업이익률의 8~43%로 되어 있어 통상의 특허와 노하우의 대가에 비하여 상당히 높은 수준이고, 제4차 라이선스 계약시 ‘사업운영 노하우’(소외 8 회사가 제품을 제조하고, 판매하기 위해서 보유하고 있는 사업운영일체에 관한 노하우이며, 소판노하우 및 연마노하우 이외의 것을 말한다)가 추가로 기재된 점, 제4차 라이선스 계약은 2009. 1. 1.부터 효력이 발생하였는데, 원고 2 회사가 지급한 권리사용료는 2009년부터 매년 평균 약 3,000억 원을 지급하였고, 이는 2005년부터 2008년까지 매년 지급한 권리사용료 평균 약 200억 원보다 상당히 많은 점 등을 고려할 때, 소외 8 회사의 사업운영 노하우 제공으로 원고들의 영업이익률이 상승하였고, 이로 인한 원고들의 권리사용료 지급액도 많았다고 보인다.
 ④ 과세당국도 위와 같은 사정을 고려하여 당초에는 "모든 노하우를 고려하여 이 사건 설비가 고안되었다고 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 고시를 그대로 적용할 수 없으므로, 과세가격에 가산할 수 있는 권리사용료를 재산정하라."고 판단하였다.
 (4) 이 사건 권리사용료의 안분 가능성
 이 사건 권리사용료는 이 사건 설비 제작, 공정관리, 사업운영에 관한 특허와 노하우에 대한 대가이므로, 이 사건 설비에 관한 권리사용료를 분리하여 산정하여야 한다. 그런데 을 제30 내지 33호증(가지번호 포함)의 기재와 같이 피고들도 여러 가지 방안을 가지고 검토하였으나, 이를 구분하지 못하였고(결국, 피고들은 이 사건 라이선스 계약에 의하여 이 사건 설비에 관한 특허와 노하우에만 이 사건 권리사용료가 지급되었고, 공정관리 노하우에 대한 대가는 포함되어 있지 않다고 해석하였다. 이에 따라 원고들이 지적하는 바와 같이 이 사건 설비의 가격에 가산되는 권리사용료 가액이 설비가격에 약 1.7배에 달하게 되는 결과를 초래하였다.), 제출된 증거만으로는 이를 구분할 수 없으므로, 이 사건 처분을 전부 취소할 수밖에 없다.
 6. 결론 
 그렇다면 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 각 생략]

판사 문준필(재판장) 김형원 손화정