부가가치세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2007.06.20 / 시행일:

【원고, 항소인】 
【피고, 피항소인】 수원세무서장
【제1심판결】 수원지방법원 2006. 9. 27. 선고 2005구합8031 판결
【변론종결】2007. 5. 30.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2004. 1. 19. 원고에게 한 1999년 제1기 부가가치세 50,016,180원, 1999년 제2기 부가가치세 30,063,760원, 2000년 제1기 부가가치세 33,981,240원, 2000년 제2기 부가가치세 54,847,800원, 2000 사업연도 법인세 52,699,650원의 각 부과처분을 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 운송주선 등을 영위하는 법인으로 1999년부터 2000년까지 사이에 운송업자인소외 2 주식회사로부터 공급가액 1,085,815,037원 상당의 세금계산서 24장을 수취하여 이를 공제대상 매입세액 및 손금으로 산입하여 부가가치세와 법인세를 각 신고 납부하였다.
 나. 이에 대하여 피고는 위 세금계산서 중 공급가액 867,922,221원 상당(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)은소외 2 주식회사에 지입된 개인차량의 차주들로부터 운송용역을 공급받고서도 사실과 달리소외 2 주식회사로부터 이를 수취하였다는 이유로 그 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 산출하고, 증빙불가산세(증빙미수취금액 526,996,532원의 10%)를 적용하여 법인세를 산출하여, 2004. 1. 19. 원고에게 주문 기재와 같은 1999년 1·2기, 2000년 1·2기 각 부가가치세 및 2000 사업연도 법인세를 각 경정 고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다) 하였다.
 [인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑제2, 3호증의 각 1 내지 12, 갑제4호증의 1 내지 4, 갑제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]
2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단
 가. 원고의 주장
 (1) 원고는소외 1 주식회사로부터 운송용역을 수주받아소외 2 주식회사 소속 차량을 이용하여 운송용역을 제공한 후소외 1 주식회사에게는 원고 명의의 매출세금계산서를 발행 교부하고소외 2 주식회사로부터는소외 2 주식회사 명의의 매입세금계산서를 교부받는 방법으로 정상거래하여 왔는바,소외 2 주식회사 명의로 발행 교부받은 이 사건 세금계산서는 허위의 세금계산서라 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
 (2)소외 2 주식회사가 신고·납부한 부가가치세액은 그대로 둔 채 이 사건 매입세액을 불공제하여 이 사건 처분을 한 것은 이중과세로서 위법하다.
 나. 관계법령 
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실
 (1) 원고는 1998. 6. 1.소외 1 주식회사와의 사이에 원고가소외 1 주식회사의 제품을 운송하고,소외 1 주식회사는 구간별 운송요금표에 따라 원고에게 운송요금을 지불하기로 하는 내용의 운송계약을 체결하고 해마다 운송요금을 변경하여 위 계약을 갱신하여 왔다.
 (2) 이 사건 세금계산서에 상응하는 물품운송용역에 제공된 차량은소외 2 주식회사에 지입되어소외 2 주식회사 명의로 등록되어 있던 차량들이었는데, 그 지입차주는 종래소외 5 주식회사(1998년 2월경 부도가 났다) 소속이던소외 3을 비롯한 개인차주였다.
 (3)소외 3 등 개인차주(이하, ‘소외 3 등’이라고만 한다.)는소외 2 주식회사 소속 지입차주로서 원고와의 사이에 개별운송계약을 체결한 후 원고로부터 수주받은 물량에 대한 배차계획을 세워 운송용역을 제공하였다.
 (4) 원고가소외 1 주식회사로부터 받은 운송료 중 알선수수료 등을 공제한 금액을소외 3 등에게 주면,소외 3 등은 그 중 일부를소외 2 주식회사에게 관리비, 보험료, 유류대 등의 명목으로 지급한 다음 나머지 금액을 분배하여 가졌다.
 특히 원고는소외 1 주식회사로부터 받은 운송료에 대한 10%의 부가가치세를 분기별로소외 3 등에게 송금하였고,소외 3 등은 이를소외 2 주식회사에게 지급하였으며,소외 2 주식회사는 일괄하여 부가가치세를 신고하고 원고에게 이 사건 세금계산서를 발행·교부하였다.
[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑제7호증, 갑제8호증, 갑제9호증의 1 내지 20, 갑제10호증의 1 내지 3, 갑제12호증 내지 갑제16호증, 을제1호증 내지 을제8호증, 을제13호증의 각 기재, 원심증인소외 3,6,7의 각 증언, 당심에서의 영등포구청장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지]
 라. 판 단
 (1)부가가치세법 제16조,제17조는 용역을 공급하는 때에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일을 기재한 세금계산서를 교부하여야 하고, 위 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.
 (2) 살피건대, 화물자동차운송사업면허를 가진 운송사업자와 실질적으로 자동차를 소유하고 있는 차주간의 계약으로 외부적으로는 자동차를 운송사업자 명의로 등록하여 운송사업자에게 귀속시키고 내부적으로는 각 차주들이 독립된 관리 및 계산으로 영업을 하며 운송사업자에 대하여는 지입료를 지불하는 운송사업형태(이른바 지입제)에 있어, 그 지입차주가 지입된 차량을 직접 운행·관리하면서 지입회사 명의로 화물운송계약을 체결하였다고 하더라도, 대외적으로는 그 차량의 소유자인 지입회사의 위임을 받아 운행·관리를 대행하는 지위에 있는 지입차주가 지입회사를 대리한 행위로서 그 법률효과는 지입회사에 귀속된다고 할 것이고, 이는 화물운송계약에 따른 부가가치세 등의 부담의 측면에서도 달리 볼 바는 아니라 할 것이다.
 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실에 의하면,소외 2 주식회사와소외 3 등은 외부적으로는 자동차를소외 2 주식회사 명의로 등록하고 운송계약 기타 법률행위의 대외적 법률효과는소외 2 주식회사에 귀속시키며, 내부적으로는소외 3 등이 독립된 관리 및 계산으로 영업을 하고소외 2 주식회사에는 지입료로서 관리비, 보험료 등을 지불하는 형태의 지입계약을 체결하고 원고에게 화물운송용역을 제공하였다 할 것인바, 위 지입계약에 따라 운송용역 제공의 기초가 되는 화물운송계약의 법률효과는 원고와소외 2 주식회사 사이에 발생한다고 보아야 할 것이고, 실제 운송용역의 이행이나 운송계약의 체결행위가 지입차주들에 의하여 이루어진 것이라 하여도 이는 지입계약에 따른 것에 불과하고 화물운송계약에 따른 운송용역의 제공자는 지입회사인소외 2 주식회사가라 보아야 할 것이므로, 같은 견지에서 원고가소외 2 주식회사로부터 수취한 세금계산서는 허위의 세금계산서라고 볼 수 없다.
 따라서,소외 2 주식회사 발행의 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결 론
 그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 조용호(재판장) 김지영 박우종