법인세특별부가세부과처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 1989.10.27 / 시행일:

【원 고】 학교법인 원곡학원(소송대리인 변호사 문재인외 1인)
【피 고】 남부산세무서장
【변론종결】 1989. 9. 29.
【주 문】
 원고의 청구를 기각한다.
 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1988.6.28.자로 원고에 한 법인세 특별부가세 금265,704,370원의 부과처분은 이를 취소한다는 판결.
【이 유】 1. 과세처분의 경위
 원고는 학교법인으로서 산하에 동천고등학교를 두고있고 그 수익사업의 기본재산으로 부산 북구 삼락동 410의1의4필지의 토지8,179.9평방미터와 그지상의 공장보일러실 구축물 6,128.16평방미터를 소유하면서 흥산제과공사를 경영해 오다, 1987.1.14. 위 수익용기본자산을 소외주식회사 동양고무에 1,900,000,000원에 양도한 사실. 위 자산의 취득가액은 391,320,250원이고 양도소득특별공제액이 216,791,418원이어서 원고가 위 자산의 양도로 1,291,888,332원의 양도차익을 얻은 사실은 당사자간에 다툼이 없고 각 그성립에 다툼이 없는 을제1호증의1 내지 8의 을제2호증의1 내지 12의 각기재에 의하면, 원고는 위 양도차익중 금597,415,000원을 교육사업에 사용했다하여 법인세인 특별부가세(이하 특별부과세라고 말한다)는 전액면제되고 그 방위세만 96,891,624원이 되는것으로 신고했으나, 피고는 교육사업이외의 목적에 사용한 부분에 대해서도 특별부가세가 면제되는 것으로 신고한 오류가 있다고하여 이를 받아 들이지 않고 위 양도차익인 금1,291,888,332원을 과세표준으로 하여, 거기에법인세법(이하 법이라고만 한다) 제59조의4 제1항 제2호에 정한 25/100의 세율을 곱한 금322,972,083원의 세액을 산출한 다음, 거기에서 원고가 교육사업목적에 사용했다고 신고한 금597,415,000원에 대해법인세법시행령(이하 령이라고만 한다) 제124조의8 제3항의 산식에 따라(위 산식은 직접적으로는 비교육사업에 사용된 금액만큼의 특별부가세를 추징할때 쓰일 산식이지만 뒤집어보면 이는 교육사업에 쓰인 금액의 면제를 받을때 쓰는 산식으로도 사용될 수 있고 뒤에 보는 바와같이 그리해도 결론을 같이 하게된다.) 산출된 금101,551,772원(322,972,083×(597,415,000/1,900,000,000))의 세액을법 제59조의3 제2항 제3호에 의해 면제하며, 금221,420,311원(322,972,083－101,551,772)을 추징할 세액으로 산출한 다음 이에 자진납부기한인 1987.5.29.을 넘겨 1988.7.1. 고지결정송달일까지의 400일간에 대한법 제41조 제1항 제3호,제113조의3에 따른 미납부가산세 금44,284,062원(221,420,311×(5/10,000)×400)을 합한(10원미만은 버림)금265,704,370원의 특별부가세를 부과처분한 사실이 인정되고, 반증없다.
 2. 과세처분의 적법성판단
 피고는 앞서본 과세근거에 따라 이건 부과처분을 한 것은 적법하다고 주장하고, 원고는법 제59조의2 제1항에서 특별부가세의 과세표준액을 양도차익으로 한다고 규정하였고,같은조 제3항에서 양도차익은 양도가액에서 취득가액양도비용 양도소득특별공제액(취득가액에 대통령령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액)을 공제한 금액으로 한다고 규정하였고,법 제59조의3 제2항 제3호에서 학교법인이 소유하던 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 생한 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다고 규정하였음에 비추어보면 양도소득금액 즉 양도차익을 교육사업에 사용하면 사용한만큼의 비율에 의한 특별부가세가 면제된다고 하여야 할 것인데,령 제124조의8 제1항에서 양도차익(즉 양도소득금액)이 아닌 양도금액전체를 양도일부터 3년이내에 교육사업에 사용하는 경우에 한하여법 제59조의3 제2항 제3호의 규정을 적용한다고 규정하는 한편그 제2항에서 양도차익 아닌 양도금액을 교육사업이외의 목적에 사용한때 또는 위 3년이내에 사용하지 아니한때에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하였고,그 제3항에서는 추징하는 세액은 비교육사업용 토지등에대한 특별부과세 면제세액×(제2항각호에해당하는 금액/비교육사업용토지등의 양도가액)이라고 규정하여 양도금액전액을 교육사업에 사용한때에 비로소 특별부가세가 면제되겠끔 하고있어 령의 각 규정들이 그 모법의 위임한계를 벗어나서 모법이 정하지 아니한 납세의무를 정하고 있으므로 무효의 규정들이라고 보아야 할 것이고 따라서 원고의 이건 특별부가세도 앞서본 양도가액인 금19,000,000,000원이 아니라 양도차액인 금1,291,888,332원중에서 원고가 교육사업에 쓴 금685,500,000원(원고가 애초 교육사업에 쓴 것으로 신고한 금액은 금597,415,000원이나, 납부방위세액으로 신고한 금96,891,624원을 합한 금액을, 액수에 약간의 차이가 있긴 하나, 교육사업에 썼다고 주장한다)을 뺀 금606,388,332원이 비교육사업에 쓰여진 금액이므로, 양도가액이 아닌 양도소득에 대한 위 금액비율만큼 특별부가세를 추징 부과하면 된다고 주장한다.(원고의 산식에 따르면 322,972,083(특별부가세액)×(606,388,332(비교육사업에사용한소득)/1,291,888,332(양도소득)))
 판단컨대, 위법의 각조항은 특별부가세의 과세표준액과 일정한 경우의 면제를 규정하였을뿐이고 그 면제의 구체적인 방법 내지 범위에 관하여는 따로 규정함이 없이 오직 령에 위임하였고 이에따라 위와같은 면제의 방법 내지 범위에 관한 구체적인 령의 규정이 나왔는데 원고주장과 같이 특별부가세의 과세표준액을 양도가액에서 취득가액과 양도비용을 공제한 양도차익 내지 양도소득으로 하였다고하여(또 일정한 경우에 한하여 양도소득에 대한 특별부가세를 면제한다고하여) 면제방법 내지 범위를 정하는 령에서도 반드시 양도차익 내지 양도소득을 기준삼아 면제액을 산출하여야 한다는 논리가 당연히 성립한다고 할 수 없고 특별부가세의 부과와 면제는 각 그 목적에 따라 독자적이고 합리적으로 그 방법을 정할 수 있다고 할 것이므로령 제124조의8 제3항이 추징세액의 계산방법에 관하여 총양도금액분의 비교육사업에 사용된 양도금액비율만큼의 추징방법을 택하고 있다해서 모법인법 제59조의3 제2항 제3호에 위반하였다거나 무효라고 볼 근거를 찾아볼 수 없다.
 다음으로 원고가 공제받을 범위를 정하기 위해(위에서 말하는 추징의 범위를 정하기 위해서와 같은 의미다) 위 양도소득중 원고가 교육사업에 사용한 금액이 얼마인지를 가려내야 할 것인바, 원고는 앞서 본 방위세납부 금96,891,624원과 교육사업에 쓴 것으로 신고한 금597,415,000원을 포함한 금685,500,000원을(합계액의 계산상 잘못이 있었음은 앞서 본 바와같다) 교육사업에 사용했다하나,법 제59조의3 제3항에 의하면 특별부가세를 면제해주기 위해서는 당사자의 신청이 있어야 하도록 규정해 놓고 있는데 원고가 면제신청을 위해 교육사업에 쓴것으로 신고한 금액은 금597,415,000원뿐이고, 위 방위세액에 대해서는 면제신청을 하지도 않았을 뿐더러(을제2호증의11, 12) 위 방위세납부금을 교육사업에 쓴 것으로 볼 수도 없는 이치이니, 결국 원고가 이건 양도소득에서 교육사업에 사용한 금액은 금597,415,000원이라 봄이 옳다.
 위 법률적 판단과 사실 인정하에서 원고가 부담해야 할 특별부가세액을 산출해 본다.
법 제59조의2 제1항에 의하면 특별부가세 과세표준은 양도차익으로 한다하고 있으므로 이사건에서의 당사자간에 다툼없는 양도차익인 앞서본 금1,291,888,332원이 과세표준이 됨은 명백하고, 거기서법 59조의4 제1항 제2호에 의한 세율25%를 곱하면 금322,972,083원(1,291,888,332×(25/100))의 특별가치세가 산출되는데, 원고는 이건 양도소득을 교육사업에 사용했다고 신고하여법 제59조의3 제2항 제3호에 의해 위 특별부가세의 면제를 받았으나, 원고가 교육사업에 쓴것은 금597,415,000원에 지나지 아니하므로령 제124조의8 제1항,제2항에 의해 교육사업에 사용되지 아니한 금액에 대한 특별부가세는 추징해야 할 것이고, 그 금액을동조 제3항의 산식에 의해 계산하면 금221,420,311원(322,972,083원(특별부가세액)×(1,900,000,000－597,415,000(교육사업에사용되지아니한금액)/1,900,000,000(양도가액))＝221,420,311)이 되며, 가산세도법 제41조 제1항 제3호의그시행령 제113조의3에 따라 을제1호증의5의 기재에 의해 인정되는 400일간의 것을 계산하면 금44,284,062원(221,420,311×(5/10,000)×400)이 되므로 결국 원고에 부과해야 할 특별부가세는 총 금265,704,370원이 되어 애초 피고가 부과한 과세액과 같아서 위 특별부가세 부과처분은 적법하다 할 것이다.(피고는 위와같은 추징방법으로 경정과세 하지 않고 교육사업에 쓰인 금액을 특별부가세에서 공제하는 계산방법을 씀으로써 그 방법이 우회적이긴 하나, 결론에 있어 아무런 차이가 없다.)
 3. 결론
 그렇다면 피고의 이건 특별부가세 부과처분은 적법하다 할 것이니, 그 처분의 취소를 구하는 원고의 이건 청구는 이유없어 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.
1989. 10. 27.

판사 조수봉(재판장) 황익 김종대