부가가치세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2009.07.07 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 
【피고, 피항소인 겸 항소인】 종로세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2008. 8. 19. 선고 2006구합39864 판결
【변론종결】2009. 6. 16.
【주 문】
 1. 당심에서 추가된 청구인 2004년 제2기분 부가가치세 493,370,200원의 환급거부처분취소청구 부분을 각하한다.
 2. 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다.
 당심에서 확장된 청구를 포함하여 피고가 2005. 10. 4. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 부가가치세 1,407,005,670원과 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 107,335,640원의 부과처분을 각 취소한다.
 3. 피고의 항소를 기각한다.
 4. 소송총비용 중 1/5는 원고가, 나머지 4/5는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 2005. 10. 4. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 부가가치세 1,407,005,670원의 부과처분, 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 107,335,640원의 부과처분, 2004년 제2기분 부가가치세 493,370,200원의 환급거부처분 및 2004년 사업연도 귀속 법인세 329,919,280원의 부과처분을 각 취소한다.(원고는 당심에서 부가가치세 환급거부처분취소청구를 추가하고 부가가치세 가산세 부과처분취소청구를 함에 있어 그 청구취지를 확장하였다)
 2. 항소취지
 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2005. 10. 4. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 부가가치세 1,407,005,670원과 2004년 제2기분 부가가치세 106,485,820원의 부과처분을 각 취소한다.
 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】 1. 제1심 판결 이유의 인용
 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 제5쪽 제16, 17행의 ‘이에 반하는 증인소외 8,9의 증언은 아래 인정사실에 비추어 믿기 어렵고’를 삭제하고, 제9쪽 제18행의 ‘2004. 3. 8.’을 ‘2004. 3. 3.’로, 제11쪽 제15행의 ‘같은 달 23.’을 ‘같은 달 18.’로(제1심 판결 별지 1.의 해당부분도 이와 같다), 같은 쪽 제18행의 ‘2003. 3. 30.‘을 ’2004. 3. 30.‘으로, 같은 쪽 제19행의 ‘1,863,423,193원’을 ‘1,868,423,193원’으로 각 고치며, ‘2. 라. 판단’ 이후의 부분을 아래와 같이 바꾸는 것 외에는 제1심 판결 이유의 각 해당 부분 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조에 의하여 이를 인용한다.
 2. 바꾸는 부분
 『라. 판단
 1) 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 적법 여부
 가)부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 ‘재화의 공급’을 규정하고 있고,제6조 제1항은 ‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다’고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때,부가가치세법 제6조 제1항 소정의 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결,대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 3. 12. 선고 2009두119 판결).
 앞에서 인정한 사실에 의하여 살피건대, 이 사건 금지금은 수입되어 수출되기까지 여러 단계의 업체들을 거치는 일련의 전체거래가 단 하루만에 이루어졌고, 그 중간 단계에 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입한 다음 면세추천을 받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 금지금을 공급하면서 세금계산서를 작성·교부하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 이른바 폭탄업체가 존재하고 있으며, 이 사건 금지금의 수출가격이 수입가격보다 낮고, 거래당사자들이 금지금을 거래하면서 물품매도확약서를 일부 작성하지 아니한 사정만으로는 이 사건 금지금거래가 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정하기 어렵고{원고가 2004. 3. 29.소외 10 주식회사로부터 지금 20kg,소외 1 주식회사로부터 지금 100kg을 각 매입하였음에도 운송장에는 물품수령장소가 ‘소외 28 주식회사’로 기재되어 있기도 하지만(갑 제3호증의 8, 9, 갑 제12호증의 1의 각 기재), 그러한 점만으로는 실질적으로 금지금의 인도 또는 양도가 없었다고 단정하기 어렵다}, 을 제2 내지 30호증(가지번호 포함), 을 제31호증의 1 내지 3, 을 제32 내지 34호증의 각 기재만으로는 이 사건 금지금거래가 명목상의 거래임을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.
 나) 피고는 당심에 이르러, 원고가 당초부터 부가가치세를 거래징수당한 적이 없으므로, 원고가 수취한 세금계산서는 공급가액만 있고 부가가치세가 당초부터 포함되어 있지 않음에도 불구하고 마치 부가가치세가 포함된 것처럼 허위로 기재된 세금계산서를 수취하였다고 주장하나, 이를 인정할 만한 증거가 없다.
 다) 따라서 이 사건 세금계산서가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 ‘위장세금계산서’이거나 실물거래 없이 수수된 ‘가공세금계산서’임을 전제로 한 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 위법하다.
 라) 당심에서의 청구취지변경 부분(청구의 추가와 청구취지의 확장부분)에 대하여
 (1) 원고는 2009. 6. 3. 청구취지 변경신청서를 통하여, 2004년 제2기분 부가가치세 106,485,820원의 부과처분의 취소를 구하던 것을 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 107,335,640원의 부과처분과 2004년 제2기분 부가가치세 493,370,200원의 환급거부처분의 각 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경하였다.
 과세관청이 납세자가 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액이나 환급세액에 누락·오류가 있다고 하여구 부가가치세법 제21조 제1항 등에 의하여 환급세액을 줄이거나 납부세액을 증액하는 경정결정을 한 경우에는 당초의 신고에 의하여 발생한 조세채무의 확정력은 더 이상 유지될 수 없는 것이라 할 것이므로 납세자가 위와 같은 과세관청의 경정결정에 대하여 불복하여 당초 신고한 환급세액을 지급받기 위하여는 경정결정에 대한 취소소송을 제기하는 방법에 의하여야 할 것이고, 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재이므로, 징수절차의 편의상 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 하여 그 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐, 세법이 정하는 바에 의하여 성립 확정되는 국세와 본질적으로 그 성질이 다른 것이므로, 가산세 부과처분은 본세의 부과처분과 별개의 과세처분이라 할 것이다(대법원 2001. 10. 26. 선고 2000두7520 판결).
 이 사건 2004년 제2기분 부가가치세 106,485,820원의 부과처분은 원고의 환급신고에 대하여 피고가 당초 신고한 환급세액에 누락·오류가 있다고 하여구 부가가치세법 제21조 제1항에 의하여 경정한 환급거부처분과 가산세 부과처분이 혼합된 것인바, 부가가치세 가산세 부과처분은 본세에 대한 환급거부처분과 별개의 과세처분이고, 피고가 환급거부처분을 한 경우 원고의 신고에 의하여 발생한 조세채무의 확정력은 더 이상 유지될 수 없는 것이므로, 원고가 피고의 환급거부처분에 불복하여 환급세액을 지급받기 위하여는 환급거부처분에 대한 취소소송을 별도로 제기하여야 한다.
 그러므로 원고가 당초 구하던 2004년 제2기분 부가가치세 106,485,820원의 부과처분취소청구 부분은 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 부과처분만의 취소를 구하는 것으로 보아야 하고, 2009. 6. 3.자 청구취지변경은 부가가치세 가산세 부과처분취소청구의 범위를 849,820원(107,335,640원-106,485,820원) 확장함과 동시에 그와 별개로 부가가치세 환급거부처분의 취소를 구하는 새로운 청구를 추가하는 것으로 보아야 한다.
 (2) 나아가 2004년 제2기분 부가가치세 493,370,200원의 환급거부처분 취소청구의 적법여부에 관하여 살피건대, 위 부가가치세 환급거부처분이 부가가치세 가산세 부과처분과는 다른 별개의 과세처분임은 위에서 본 바와 같고, 그에 대한 취소소송 역시 별개로 전심절차를 거치고 제소기간을 준수하여야 하는데, 부가가치세 경정결의서(을 제1호증의 2)가 제1심 법원 제1차 변론준비기일이 열린 2006. 12. 15. 제출되었으므로 원고는 최소한 이 무렵에는 위 환급거부처분이 있음을 알았다 할 것이고, 원고가 그로부터 1년이 훨씬 지난 2009. 6. 3.에서야 이 사건 환급거부처분취소소송을 제기하고 있음은 기록상 분명한바, 과연 원고가 위 환급거부처분에 대한 전심절차를 거쳐야 하는지에 관하여 판단할 필요 없이 이 부분 소는 제소기간을 도과한 것으로서 부적법하다. (2004년 제2기분 부가가치세 가산세 부과처분취소청구의 범위를 확장한 부분은, 행정소송의 원고는행정소송법 제8조 제2항에 의하여 준용되는민사소송법 제235조에 따라 청구의 기초에 변경이 없는 한도에서 청구취지 또는 원인을 변경할 수 있는 것인바, 동일한 처분의 범위 내에서 청구의 기초에 변경이 없이 이루어진 소의 변경에 해당하여 적법하다.)
 2) 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부
법인세법 제76조 제5항,제116조 제2항 제2호에 의하면, ‘납세지 관할세무서장은 법인이 사업과 관련하여 사업자로부터 재화를 공급받고부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 수취하지 아니한 경우에는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다’고 규정하고 있고,부가가치세법 제16조에 의하면, ‘납세의무자로 등록한 사업자가 재화를 공급하는 때에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액 등을 기재한 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다’고 규정하고 있다.
 앞에서 본 바와 같이 이 사건 금지금거래가 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 볼 수 없는 이상 그에 따라 수취한 이 사건 세금계산서 역시부가가치세법 제16조의 규정에 의한 적법한 세금계산서에 해당하므로, 이 사건 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’임을 전제로 하여 법인세 가산세 331,636,458원을 적용한 것은 위법하고, 가산세가 취소되는 이상 이 사건 법인세 329,919,280원의 부과처분 역시 취소되어야 한다.』
 3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 당심에서 추가된 2004년 제2기분 부가가치세 493,370,200원의 환급거부처분취소청구 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 당심에서의 확장된 청구를 포함한 나머지 청구는 이유있어 이를 모두 인용할 것인바, 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소하고, 당심에서 확장된 청구를 포함하여 피고가 2005. 10. 4. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 부가가치세 1,407,005,670원과 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 107,335,640원의 부과처분을 각 취소하며, 피고의 항소는 이유없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 안영률(재판장) 신헌석 조정현