부가가치세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1988.11.08 / 시행일:

【원고, 상고인】 사단법인 서울특별시 새마을교통회관 소송대리인 변호사 김진우
【피고, 피상고인】 강동세무서장
【원심판결】 서울고등법원 1987.4.14. 선고 85구180 판결
【주 문】
 원심판결의 1983년 제1기분 부가가치세 금 82,710,596원의 환급거부처분취소청구에 대한 부분 중 금 24,105,134원을 초과하는 부분을 파기하고, 이 부분의 소를 각하한다.
 그 나머지 부분(1983년 제1기분 부가가치세 금 24,105,134원 및 같은 해 제2기분 부가가치세 금 98,012,580원)에 대한 상고를 기각한다.
 상고비용은 원고의 부담으로 한다.

【이 유】 1. 먼저 직권으로 살펴본다.
 기록에 의하면, 원고법인은 시민교통서비스 향상과 수도교통발전에 기여할 목적으로 1978.7.21.에 설립허가를 받은 비영리 사단법인으로서 위 목적사업의 수행을 위하여 1979. 서울 강동구 (주소 생략) 지상에 지하 2층 지상 14층 건물(교통회관건물)을 신축하고, 1983.10.29. 준공검사까지 마친 사실, 그 준공검사를 마치기 이전인 1983.6.경부터 위 건물의 일부를 다른 사람에게 임대하고 그 나머지는 원고법인의 고유목적인 교통종업원의 교육훈련, 복리증진 및 상호친목을 위한 사업 등에 사용함으로써 부가가치세법상의 과세사업과 면세사업을 겸업하여 왔는데 위 회관건물을 신축하기 위하여 공급받은 각종 재화 또는 용역에 대한 부가가치세를 신고하면서, 1983.4.25.에 한 1983. 제1기분 부가가치세의 예정신고시에는 위 건물 중 과세사업에 제공될 건물면적을 전체의 46.42퍼센트로, 같은 해 7.25.에 한 확정신고시에는 그 확정분의 공제비율을 34퍼센트로 각 잠정계산하여 그에 해당하는 부가가치세의 매입세액 합계 금 80,925.616원의 환급신청을 하여 이를 환급받았고 1983.10.25.에 한 1983. 제2기분 부가가치세의 예정신고시에는 과세사업용 공제비율을 34퍼센트로 잠정계산하여 이에 대한 매입세액을 공제, 환급받았으나 1984.1.25.에 이르러 이 사건 건물의 과세사업용 공제비율을 모두 55.25퍼센트로 상향 수정하여 1983. 제1기 확정분으로서 금 38,064,144원, 1983. 제2기 예정분으로서 금 50,257,445원의 매입세액을 추가로 환급을 신청하는 수정신고를 함과 동시에 1983. 제2기 확정분으로서 금 72,209,358원의 매입세액의 환급신청을 한 사실, 그 후 원고는 1984.4.9. 또다시 이 사건 건물의 과세사업용공제비율을 79.3퍼센트임을 전제로 계산한 1983. 제2기분(예정분 및 확정분 포함) 매입세액 금 64,722,250원을 추가환급하여 달라는 수정신고를 하기에 이른 사실 및 피고는 원고의 위 수정신고 및 확정신고에 대하여 1984.4.11. 이 사건 건물의 과세사업용 공제비율을 42.91퍼센트로 보고 이를 전제로 계산한, 1983. 제1기분 부가가치세 금 13,959,010원을 추가로 환급하였고 같은 제2기분 부가가치세 금 89,178,470원을 환급한 사실이 각 인정된다.
 원고는 이 사건 청구로서, 위 건물의 과세사업용공제비율이 79.3퍼센트임을 내세우면서 그에 따라 계산한 환급세액 중 아직 지급받지 못한 1983. 제1기분 부가가치세 금 82,710,596원, 같은 제2기분 부가가치세 금 98,012,580원의 환급을 피고가 거부하고 있다는 이유로 그 거부처분의 취소를 구하고 있다.
 그러므로 보건대, 부가가치세법 제24조, 같은법시행령 제72조에 의하면, 정부는 각 과세기간별로 당해과세기간에 대한 확정세액을 확정신고기간 경과후 일정기간내에 사업자에게 환급하도록 규정하고 있으나 이 규정은 어디까지나 정부가 이미 부당이득으로써 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액을 납세의무자의 환급신청을 기다릴 것없이 이를 즉시 반환하는 것이 정의와 공평에 합당하다는 법리를 선언하고 있는 것일뿐 정부에 대하여 과오납부액의 존부 및 범위를 조사결정할 의무 즉 납세의무자의 권리 내지 법적 이익에 영향을 주는 행정행위를 할 의무가 있음을 규정하고 있는 것은 아니라 할 것이므로 이를 가지고 과오납금의 환부결정신청권을 인정하는 근거로 삼을 수 없고 따라서 정부가 부가가치세액의 환급신청을 거부하였다 하여 이를 가지고 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수는 없다 할 것이며(당원 1988.2.23. 선고 87누438 판결; 1987.9.22. 선고 86누619 판결; 1987.9.8. 선고 85누565 판결 등 참조), 한편 국세기본법 제45조 제1항, 제2항, 같은법시행령 제25조 제2항, 제10조의2 제1호에 의하면, 납세자가 법정신고기한내에 부가가치세 등의 과세표준 및 세액을 신고한 다음 그 신고사항에 누락, 오류가 있음을 발견한 경우 이를 수정할 기회를 주고, 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 60일 내에 그 신고인에게 통지하는 동시에 갱정할 사항은 갱정할 의무가 있음을 밝히고 있으므로 만약 정부가 위 수정신고에 대한 조사, 결정을 하여 위 법정기한내에 그 결과를 통지하지 아니하는 경우에는 납세자는 위 법조항에 의한 갱정청구를 정부가 거부한 것으로 보아 그 거부처분의 취소를 구하는 항고소송(또는 부작위 위법확인소송)을 제기할 수 있다고 보아야 할 것인바(대법원 1987.1.20. 선고 83누571 판결 참조), 앞서 본 사실에 의하면, 원고는 1983. 제2기분에 대하여는 국세기본법 제45조 제1항 소정의 수정신고 기간내에 이 사건 건물의 과세사업용 공제비율을 79.3퍼센트로 하여 계산한 매입세액을 환급하여 줄 것을 신청하는 수정신고를 하였으나, 1983. 제1기 예정분에 대하여는 일체의 수정신고를 한 사실이 없고, 1983. 제1기 확정분에 대하여는 적법한 수정신고기간내에 이 사건 건물의 과세사업용 공제비율을 55.27퍼센트로 하여 부가가치세 금 38,064,144원의 추가환급을 신청하는 수정신고를 하였을 뿐(원고는 1984.4.11. 위 금원 중 금 13,959,010원을 환급받았다) 이 사건 건물의 과세사업용 공제비율이 79.3퍼센트임을 전제로 계산한 부가가치세의 환급을 신청하는 수정신고는 한 사실이 없음이 분명하므로 그렇다면 원고가 이 사건 소에서 추가환급을 받았어야 한다고 주장하는 1983. 제1기분 부가가치세 금 82,710,596원 중 적법한 수정신고가 있었음에도 환급받지 못한 금24,105,134원(38,064,144-13,959,010)및 1983. 제2기분 부가가치세 금 98,012,580원에 대하여는 피고가 국세기본법 제45조 제2항에 의하여 조사하고 환급세액을 결정, 통지하여야 할 의무가 있음에도 피고가 1984.4.11.자로 이를 거부한 것이 되므로 원고의 이 사건 청구 중 위 금원부분에 한하여는 피고가 갱정거부처분에 대하여 항고소송을 제기한 것으로 볼 수도 있다할 것이나, 원고가 추가환급을 주장하는 1983. 제1기분 부가가치세 금 82,710,596원중 위 금 24,105,134원을 초과하는 부분을 국세기본법 제45조 제1항 소정의 적법한 수정신고가 없어 위 수정신고에 따른 피고의 갱정거부처분이 있다고도 할 수 없다.
 따라서 1983. 제1기분 부가가치세 금 82,710,596원 중 금 24,105,134원을 초과하는 부분에 대한 원고의 이 사건 청구는 어느모로 보나 부적법하므로 본안판단에 들어갈 필요도 없이 각하되어야 할 것이고, 나머지 1983. 제1기분 부가가치세 및 1983. 제2기분 부가가치세 금 98.012,580원에 대한 원고의 이 사건 청구는 앞서 본 바와 같이 국세기본법 제45조 제1항 소정의 수정신고에 따른 원고의 갱정청구에 대한 1984.4.11. 자 피고의 거부처분에 대하여 항고소송을 제기한 것으로 보아 판단하기로 한다.
 2. 상고이유를 판단한다.
부가가치세가 과세되는 사업과 면제되는 사업을 경영하는 사업자가 건물을 신축 또는 취득하여 그 중 일부를 임대사업 등 과세사업에 제공하거나 제공할 예정인 경우에 공제되는 매입세액의 계산은 그 매입세액이 과세사업 또는 면세사업 중 실제로 어느 곳에 귀속되었는지가 분명한 때에는 그 실지귀속에 따라 계산하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법시행령 제61조 제1항, 제4항에 따라 안분계산하여야 할 것인바, 이 사건의 경우와 같이 당해 과세기간의 면세사업공급가액이 없는 경우에는 위 시행령 제61조 제4항에 의하여 과세사업 또는 면세사업으로 제공되거나 제공될 건물의 면적비율에 따라 안분계산함이 타당하다 할 것이다.
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 증거에 의하여 원고는 이 사건 건물을 앞서 본 원고법인의 목적달성을 위하여 서울특별시 택시운송사업조합 등 6개의 각종 운송사업조합이 공동출연한 기금으로 건축하여 1983년에 위 건물 중 합계 2,352,97평을 출연자인 위 조합들에게 각 사무실로 배정, 사용케 하여 왔고 그들로부터는 임대료가 아닌 사용면적에 비례한 관리비만을 징수해온 사실, 위 건물 중 대회의장(건평288.12평)은 주로 위 운송조합원들의 교육, 집회, 회의장소로 사용되어 왔고 단지 2회에 걸쳐 외부인에게 위 회의장을 빌려주고 소액의 관리비만을 지급받은 사실, 위 건물지하에 설치된 주차장(2,041.33평)은 그 중 680.44평만을 유료주차장으로 제공하고 나머지 부분은 모두 원고법인의 관계임원의 전용주차장으로 사용하고 있는 사실, 위 건물 중 원고법인의 사무국 사무실로 사용되는 부분(124.15평)은 면세사업인 원고법인의 고유목적사업에 종사하는 직원과 과세사업에 종사하는 직원이 함께 사용하고 있는 사실 및 위 건물의 직매장 및 직매장 창고(합계 288.35평)는 부가가치세 면세품목과 과세품목을 함께 보관, 판매하고 있는 사실을 각 인정한 다음 위 조합사무실 및 대회의장은 전부, 위 주차장은 그 중 유료주차장으로 사용되는 부분을 제외한 나머지 부분, 사무국 사무실은 그 중 사무국을 제외한 나머지 건물면적 중 면세사업용 공제비율에 따른 부분, 직매장 및 직매장 창고는 그 중 과세공급가액 및 면세공급가액을 합한 총 공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율에 해당하는 부분은 모두 면세사업인 원고법인의 소유목적사업에 제공된 부분이라고 판단하고 그렇게 되면 이 사건 건물의 과세사업용 공제비율이 42.91퍼센트가 되니 이를 전제로 공통매입세액 중 공제세액을 이 사건 건물의 과세업무용 공제비율에 따라 안분계산하여 환급세액을 결정하고 원고의 위 수정신고에 따른 환급세액의 갱정청구를 거부한 처분은 적법하다고 판단하였다.
 기록에 비추어 위와 같은 원심의 판단은 정당하고 거기에 주장과 같은 법리의 오해나 채증법칙위배,이유모순의 위법이 없다.
 주장은 이유없다.
 3. 그렇다면 원심의 1983. 제1기분 부가가치세 금 82,710,596원의 환급거부처분 취소청구에 대한 판결부분 중 금 24,105,134원 및 1983. 제2기분 부가가치세 금 98,012,580원 부분에 대한 상고는 이유 없으므로 이를 기각하고, 원고의 청구 중 위 부분을 초과하는 부분의 청구는 소가 부적법하여 각하되어야 할 것임에도 원심이 본안판단을 한 것은 위법하여 파기하여야 할 것인바, 그 파기부분은 당원이 자판하기로 하여 그 부분의 소를 각하하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김상원(재판장) 윤관 김용준

가. 부가가치세법 제24조의 규정에 의한 부가가치세액의 환급신청의 거부가 행정소송의 대상이 되는지 여부(소극)
나. 정부가 납세자의 국세기본법 소정의 수정신고에 대하여 조사결정을 하여 그 결과를 통지하지 아니한 경우 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 있는지 여부
다. 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산방법

가. 부가가치세법 제24조, 같은법시행령 제72조의 규정은 어디까지나 정부가 이미 부당이득으로써 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액을 납세의무자의 환급신청을 기다릴 것 없이 이를 즉시 반환하는 것이 정의와 공평에 합당하다는 법리를 선언하고 있는 것일뿐 정부에 대하여 과오납부액의 존부 및 범위를 조사결정할 의무 즉 납세의무자의 권리 내지 법적 이익에 영향을 주는 행정행위를 할 의무가 있음을 규정하고 있는 것은 아니라 할 것이므로 이를 가지고 과오납금의 환부결정신청권을 인정하는 근거로 삼을 수 없고 따라서 정부가 부가가치세액의 환급신청을 거부하였다 하여 이를 가지고 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수는 없다.
나. 정부가 납세자의 국세기본법 제45조 제1항, 제2항, 같은법 시행령 제25조 제2항, 제10조의2 제1호에 의한 수정신고에 대한 조사, 결정을 하여 위 법정기한내에 그 결과를 통지하지 아니하는 경우에는 납세자는 위 법조항에 의한 갱정청구를 정부가 거부한 것으로 보아 그 거부처분의 취소를 구하는 항고소송(또는 부작위위법확인소송)을 제기할 수 있다.
다. 부가가치세가 과세되는 사업과 면제되는 사업을 경영하는 사업자가 건물을 신축 또는 취득하여 그중 일부를 임대사업 등 과세사업에 제공하거나 제공할 예정인 경우에 공제되는 매입세액의 계산은 그 매입세액이 과세사업 또는 면세사업 중 실제로 어느 곳에 귀속되었는지가 분명한 때에는 그 실지귀속에 따라 계산하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법시행령 제61조 제1항, 제4항에 따라 안분계산하여야 할 것이므로 당해과세기간의 면세사업공급가액이 없는 경우에는 위 시행령 제61조 제4항에 의하여 과세사업 또는 면세사업으로 제공되거나 제공될 건물의 면적비율에 따라 안분계산함이 타당하다.