벤처기업집적시설에 대한 취득세와 등록세의 감면여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2006.02.09 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에관한특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-서울고등법원 2005. 10. 13. 선고 2004누25535 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 당심에서 변경된 원고의 청구를 포함하여 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.
가. (1) 피고가 2003. 9. 15. 원고에 대하여 한 취득세 448,103,920원, 등록세 179,241,580원과 그 가산세 35,848,320원, 교육세 39,433,150원의 부과처분 중, 취득세 33,966,270원, 등록세 13,586,510원과 그 가산세 2,717,300원, 교육세 2,989,030원을 초과하는 부분 및 (2) 피고가 2004. 1. 4. 원고에 대하여 한 취득세 가산세 89,620,800원의 부과처분 중 6,793,250원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 제1, 2심 모두 이를 10분하여 그 중 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 1994. 9. 29. 피고로부터 서울 광진구 ○○동 546-4 지상에 지하 6층, 지상 39층의 연면적 259,730.85㎡인 ○○ 21 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)에 관한 건축허가를 받아 이 사건 건물을 신축한 후 1998. 8. 18. 이 사건 건물 전체에 대한 사용승인을 받았고, 같은 달 27일 이 사건 건물의 각 구분점포에 관하여 원고 명의로 소유권보존등기를 경료하였다.
그런데 원고는 1998. 7. 31. 서울특별시장으로부터 이 사건 건물 중 지상 20층부터 39층까지의 연면적 39,137.94㎡(실제 면적은 39,137.30㎡이다, 이하 ‘1차 벤처기업집적시설’이라고 한다)에 관하여 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 소정의 벤처기업집적시설로 지정받아 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제276조 제4항 본문에 따라 1차 벤처기업집적시설에 대한 취득세와 등록세를 면제받았다가, 2002. 2. 18. 서울특별시장으로부터 벤처기업집적시설 대상면적을 1차의 위 39,137.94㎡에서, 지상 20층부터 지상 37층까지(32층 제외)의 연면적 33,880.64㎡(이하 ‘2차 벤처기업집적시설’이라고 한다)로 축소지정받은 후 같은 해 3. 19. 피고에게 벤처기업집적시설 대상 면적 감소분 5,257.30㎡(이하 ‘축소부분’이라고 한다)에 대한 취득세와 등록세 등을 신고납부하였다.
나. 피고는 원고가 이 사건 건물 취득일인 1998. 8. 18.부터 3년 이내에 벤처기업집적시설을 개발조성하지 못했다는 이유로 구 지방세법 제276조 제4항 단서를 적용하여 2003. 9. 15. 원고에 대하여 1차 벤처기업집적시설에 대한 취득세와 등록세 등에서 원고가 이미 납부한 축소부분에 대한 취득세와 등록세 등을 공제한 나머지, 즉 2차 벤처기업집적시설 면적 전부인 33,880.64㎡에 대한 취득세 448,103,920원 및 가산세 89,620,800원, 등록세 179,241,580원 및 가산세 35,848,320원, 교육세 39,433,150원의 부과처분을 하였다.
그 후 헌법재판소에서 2003. 9. 25. 2003헌바16호로 취득세의 가산세 규정인 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정된 것) 제121조 제1항에 대한 헌법불합치 결정이 내려지자, 피고는 2003. 10. 15. 원고에 대하여 한 위 취득세 가산세 89,620,800원의 부과처분을 직권으로 취소하였다가, 그 후 헌법재판소의 결정 취지에 따라 2003. 12. 30. 개정된「지방세법」제121조제1항에 따라 2004. 1. 4. 다시 원고에 대하여 취득세에 대한 가산세 89,620,800원의 부과처분을 하였다.
‘취득세에 대한 가산세’ 부분에 관하여, 당초 원고는 이 사건 소 제기 이전에 이미 직권취소된 바 있던 위 2003. 9. 15.자 취득세 가산세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다가, 위 부과처분이 이미 직권취소되었다는 이유로 제1심 판결에서 그 부분 소의 각하 판결을 받게 되자, 당심에 이르러 위 2004. 1. 4.자 취득세 가산세 부과처분의 취소를 구하는 것으로 청구를 변경하였다. 이하 위 2003. 9. 15.자 취득세 가산세 부과처분을 제외한 나머지 각 부과처분(피고가 원고에 대하여 한 ① 2003. 9. 15.자 취득세 448,103,920원, 등록세 179,241,580원 및 그 가산세 35,848,320원, 교육세 39,433,150원의 부과처분 및 ② 2004. 1. 4.자 취득세 가산세 89,620,800원의 부과처분)을 합하여 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다.
【증거】다툼 없는 사실, 갑 1호증의 12, 갑 23호증, 갑 45호증의 각 12, 갑 45호증의 12, 을 12호증, 을 3호증의 123, 을 4호증, 을 5호증의 12, 을 6호증의 1 내지 4, 을 789호증의 각 12

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 벤처기업집적시설에 대한 취득세와 등록세의 감면에 대하여는 서울특별시장의 2차 벤처기업집적시설 지정이 2002. 2. 18.에 있었으므로 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정된 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것)이 적용되어야 하는데, 그 지방세법 제276조 제4항 단서의 규정에 의하면 벤처기업집적시설의 사업시행자가 부동산의 취득일로부터 3년 이내에 ‘정당한 사유 없이’ 벤처기업집적시설을 개발조성하지 아니 하는 경우 또는 부동산의 취득일로부터 5년 이내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우에 한하여, 벤처기업집적시설로 개발조성하지 아니한 ‘그 해당 부분에 대하여’ 감면된 취득세와 등록세를 추징할 수 있다고 규정하고 있다.
(1) ‘정당한 사유’에 관한 주장

원고는 1998. 7. 31. 1차 벤처기업집적시설 지정을 받은 후 막대한 광고비를 지출하여 벤처기업 유치를 위한 홍보활동을 하였고, 벤처기업에게는 일반기업에 적용되는 임대료의 10％를 감액해 주었으며, 금융기관을 통하여 임대보증금을 대출받을 수 있는 기회를 제공하는 등 최선을 다하여 벤처기업집적시설을 개발조성하기 위하여 노력하였으나, 당시는 IMF 경제위기로 인하여 우리나라 기업활동이 매우 위축되어 있었을 뿐만 아니라 서울특별시장이 벤처기업 육성을 위하여 벤처기업의 수에 비하여 상대적으로 넓은 면적의 벤처기업집적시설을 지정하는 바람에 벤처기업의 유치가 어려워졌고, 벤처기업들이 서울 광진구 ○○동에 위치한 이 사건 건물보다 서울 강남구 삼성동, 논현동, 양재동에 소재한 벤처기업집적시설을 보다 선호한 결과 벤처기업집적시설 지정요건을 충족시키지 못하였다. 서울특별시장도 이러한 사정을 감안하여 2002. 2. 18. 그 면적을 축소하여 2차 벤처기업집적시설 지정을 하면서 ‘2차 벤처기업집적시설에 대하여 지정요건을 이행하지 아니할 경우 시설 지정이 취소될 수 있다’는 취지로 통보하여 2차 벤처기업집적시설에 대하여는 그 이전의 지정요건 미충족을 이유로 하여 감면된 취득세와 등록세를 추징하지 않을 것이라고 하였다. 따라서 원고가 벤처기업집적시설 지정요건을 충족시키지 못한 데에는 지방세법 제276조 제4항 단서 소정의 정당한 사유가 있다.
(2) 취득세와 등록세 추징 대상 면적에 관한 주장

가사 원고가 정당한 사유 없이 1차 벤처기업집적시설 전부에 관하여 벤처기업집적시설 지정요건을 충족시키지 못하였다고 하더라도 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것) 제276조 제4항 단서에 의하면 벤처기업집적시설을 개발조성하지 못한 부분에 대하여만 감면된 취득세와 등록세를 추징할 수 있다고 규정되어 있으므로 피고가 취득세와 등록세를 추징할 수 있는 대상은 1차 벤처기업집적시설 중 원고가 벤처기업집적시설로 개발조성하지 못한 부분, 즉 이 사건 부과처분 당시 2차 벤처기업집적시설로 지정되어 여전히 벤처기업집적시설로 유지되고 있는 부분을 제외한 나머지 축소부분 5,257.30㎡에 제한된다고 하여야 할 것이고, 원고가 축소부분에 대한 취득세와 등록세 등을 이미 납부하였으므로 이 사건 부과처분은 위법하다.
(3) 가산세 부과처분에 관한 주장

이 사건 부과처분 중 취득세에 대한 가산세 부과처분의 근거규정인「지방세법」제121조제1항은 위헌이고, 등록세에 대한 가산세 부과처분의 근거규정인「지방세특례제한법」제151조역시 위헌이라 할 것이므로 이 사건 가산세 부과처분은 이 점에서도 위법하다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 인정사실

(1) 원고는 1998. 7. 31. 서울특별시장으로부터 이 사건 건물 중 지상 20층부터 39층까지의 연면적 39,137.94㎡(벤처면적 32,316.39㎡, 지원면적 1,779.96㎡, 관련면적 5,041. 59㎡, 이하 ‘1차 벤처기업집적시설’이라고 한다)에 관하여 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 소정의 벤처기업집적시설(시설명 : ○○ 21 벤처연구개발단지)로 지정받은 후 같은 해 8. 18. 피고로부터 이 사건 건물 전체에 대한 사용승인을 받고, 같은 해 8. 26. 취득세 868,280,750원, 등록세 347,312,310원을 면제받았다.
(2) 원고는 1차 벤처기업집적시설의 사업시행자가 된 후 원고의 인터넷 홈페이지에 벤처기업에 대하여는 평당 임대료를 34,200원으로 하여 일반기업보다 10％ 적은 임대료를 받고, 층별 공동회의실 및 휴게실전용회선24시간 근무가능대형회의실당사 직영의 체육관 이용시 할인혜택 등의 지원을 한다고 홍보하였고, 주식회사 프라임상호신용금고를 통하여 벤처기업이 부담할 임대보증금의 90％를 연 12％의 이율로 대출해 주는 금융지원을 하기로 하여 1999. 4. 26.부터 2000. 11. 25.까지 1차 벤처기업집적시설에 입주한 벤처기업에게 57회에 걸쳐 80억 이상의 임대보증금 대출을 하였다.
또한 1999. 1. 23.부터 2000. 12. 22.까지 한국경제신문 등 경제전문 일간지와 경향신문 등 전국 일간지에 15회에 걸쳐 1차 벤처기업집적시설에 관한 기사가 게재되도록 하였다.
(3) 그런데 이 사건 건물에 대한 사용승인일로부터 3년이 되는 2001. 8. 18. 현재 1차 벤처기업집적시설에는 별지 표의 기재와 같이 67개의 벤처기업이 19,441.77㎡를 임차한 후 입주하여 벤처기업이 1차 벤처기업집적시설 실제 면적의 49.67％(19,441.77㎡/ 39,137.3㎡)를 차지하였고, 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 시행규칙(2000. 8. 16. 산업자원부령 제109호로 개정되기 전의 것) 제4조 제2호 소정의 중소기업상담회사인 ○○ 주식회사가 1999. 12. 24. 1차 벤처기업집적시설 중 25층 401.57㎡를 임차하여 벤처기업 및 지원시설이 19,843.34㎡(19,441.77 ＋ 401.57)를 차지하였으며, 그밖에 공동휴게실 및 회의실 등 벤처기업 관련시설 면적이 5,334.99㎡를 차지함으로써[ 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 시행규칙 제5조 제1항 제4호의 위임에 의하여 중소기업청장이 고시하는 벤처기업집적시설 지정관리 등에 관한 지침(중소기업청 고시 제99∼11호) 제3조는 벤처기업의 업무활동을 위해 필요한 회의장, 전시장, 공동이용장비시설 등의 공동이용시설, 기타 벤처기업과 관련 있는 편의시설 등을 벤처기업 등의 관련시설로 정하고 있다], 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적은 25,178.33㎡에 불과하였고, 벤처기업은 아니지만 지식산업정보통신 관련 분야의 일반기업이 7,658.44㎡를 차지하였으며, 4,298.57㎡는 공실로, 나머지 2,001.96㎡는 원고가 차지하였다.(갑 34호증의 3 참조)

원고는 위 7,658.44㎡ 부분의 지식산업정보통신 관련 분야의 일반기업에 관하여, 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항은 벤처기업의 정의를 ‘ 같은 법 제2조 제1항 각 호에 해당하는 기업 및 그 기업으로 전환 중이거나 창업 중인 기업’으로 정의하고 있으므로 위 지식산업정보통신 관련 분야의 일반기업도 일반기업이 아니라 벤처기업으로 보아야 한다고 주장하나, 위 지식산업정보통신 관련 분야의 일반기업이 위 법 제2조 제1항 각 호 소정의 기업으로 전환 중이거나 창업 중이었던 기업임을 인정할 자료가 없으므로 위 주장은 이유 없다.
원고는 또, 2000. 8. 16. 개정된 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 시행규칙 제5조 제3항에 의하면, ‘건축 중인 건축물을 벤처기업집적시설로 지정하는 경우에는 건축법의 규정에 의한 건축물의 사용승인을 얻은 날로부터 1년 이내에 연면적의 100분의 70 이상을 벤처기업 산업입지및개발에관한법률 제2조 제2호의 규정에 의한 지식산업을 영위하는 중소기업 정보화촉진기본법 제2조제3호의 규정에 의한 정보통신과 관련된 산업을 영위하는 중소기업이 차지하여야 한다’고 규정되어 있으므로, 위 7,658.44㎡ 부분의 지식산업정보통신 관련 분야의 일반기업도 일반기업이 아니라 벤처기업으로 보아야 한다고 주장하나, 위 시행규칙 부칙에 의하면, ‘시행규칙은 공포일인 2000. 8. 16.부터 시행하되, 위 시행규칙 제5조의 개정규정은 규칙 시행 후 최초로 지정하는 벤처기업집적시설부터 적용한다’고 되어 있어, 위 규칙의 시행 이전인 1998. 7. 31.에 이미 벤처기업집적시설로 지정되었던 이 사건 건물에 관하여는 위 규칙이 적용될 여지가 없으므로 이 부분 주장도 이유 없다.
한편 1차 벤처기업집적시설에 1999. 11. 1.경 입주한 ㈜ ○○와 2001. 7. 1.경 입주한 ㈜ ○○ 등 9개 기업은 1차 벤처기업집적시설에 입주할 당시에는 벤처기업이 아니었으나 입주 후 인증을 받음으로써 벤처기업이 되었다(갑 31호증의 1).
(4) 원고는 위와 같이 벤처기업 및 지원시설 등의 입주실적이 미진하자 2002. 2. 18. 서울특별시장으로부터 벤처기업집적시설 대상면적을 1차 39,137.94㎡에서 2차 33,880.64㎡로 축소지정받은 후 같은 해 3. 19. 피고에게 축소부분에 대한 취득세 등 합계 74,849,780원을 추가로 신고납부하였고, 그 후 2003. 6. 10. 피고로부터 축소부분에 대한 취득세 등이 과소신고되었다는 사유로 취득세 44,741,990원, 가산세 8,948,390원, 농어촌특별세 4,921,600원 등 합계 58,611,980원의 부과처분을 받자 이를 납부함으로써, 축소부분에 대하여는 합계 133,461,760원의 취득세 등을 모두 납부하였다.
원고는 다시 2002. 12. 28. 서울특별시장으로부터 벤처기업집적시설 대상면적을 2차 33,880.64㎡에서 지상 20층부터 지상 36층까지(32층 포함)의 연면적 33,915.63㎡(실제 면적은 33,914.99㎡이다, 이하 ‘3차 벤처기업집적시설’이라고 한다)로 변경지정받았다.
위와 같은 1차에서 3차에 걸친 벤처기업집적시설 면적의 변경은 아래 표의 ‘분양면적’란 기재와 같다.
(표생략)

위 표 기재와 같이, 1차 벤처기업집적시설에는 2002년 1월경 현재 주식회사 유니버설엔터테인먼트가 이 사건 건물 21층 중 1,779.96㎡를 임차한 것을 비롯하여 75개 벤처기업이 23,913.38㎡를 차지하였고, 벤처기업 지원시설인 ○○ 주식회사의 임차부분 401.57㎡가 그대로 유지된 결과 벤처기업 및 지원시설이 24,314.95㎡(23,913.38 ＋ 401.57)를 차지하였으며, 벤처기업 관련시설이 6,249.52㎡를 차지하여 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 위 표의 ‘합계’란 기재와 같이 30,564.47㎡에 달하였고, 나머지 3,316.17㎡는 다른 일반기업에 임대되지 않고 비어 있었다(갑 38호증의 4).
한편 3차 벤처기업집적시설에는 2003. 2. 12. 현재 109개 벤처기업이 24,681.8㎡를 차지하였고, 공동휴게실 및 회의실 등 벤처기업 관련시설이 6,629.68㎡를 차지하여 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적은 31,311.48㎡에 달하였으며, 나머지 벤처기업집적시설 2,603.51㎡ 중 223.82㎡는 주식회사 여흥전자 등 벤처기업이 아닌 3개의 일반업체가 차지하였고, 그 나머지 2,379.69㎡는 임대되지 않고 비어 있었다(갑 40호증의 2).
또한 2003. 7. 8. 현재에는 58개 벤처기업이 18,880.43㎡를 차지하였고, 공동휴게실 및 회의실 등 벤처기업 관련시설이 5,503.61㎡를 차지하여 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적은 24,384.04㎡에 달하였으며, 벤처기업은 아니지만 벤처기업으로 전환 중에 있는 52개 정보처리 및 기타 컴퓨터운용 관련기업이 7,699.29㎡를 차지하였고, 나머지 1,831.66㎡는 임대되지 않고 비어 있었으며(갑 41호증의 2), 2004. 1. 15. 현재에는 60개 벤처기업이 19,125.98㎡를 차지하였고, 3차 벤처기업집적시설 실제 면적의 35.89％에 해당하는 12,171.85㎡를 차지하고 있는 55개 일반업체는 대부분 컴퓨터, 정보통신 분야의 기업으로 입주 후 벤처기업으로 전환하는 과정에 있으며, 공동휴게실 및 회의실 등 벤처기업 관련시설이 5,573.63㎡였고, 나머지 1,749.87㎡는 비어 있다(갑 42호증의 2).
(6) 한편 서울특별시장은 벤처기업 관련 법령에 따라 1998. 2. 3. 서울 구로구 구로3동 소재 ○○센터 27,100㎡를, 같은 해 7. 31. 이 사건 1차 벤처기업집적시설을 벤처기업집적시설로 지정한 이후 2004. 2. 20.까지 34개 벤처기업집적시설을 지정하였는데, 원고가 1차 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정될 당시인 1998년경에는 서울특별시에 소재한 벤처기업집적시설은 2개로 면적 합계 61,015㎡였고, 서울특별시에 소재한 벤처기업의 수는 719개였는데 반하여, 1999년에는 벤처기업집적시설은 6개로 면적 합계 98,976㎡, 벤처기업의 수는 1,858개로 증가하는 등 2004년경까지 다음 표와 같이 증가하였다.
(표생략)

【증거】갑 810호증, 갑 12호증, 갑 13호증의 12, 갑 18호증의 1 내지 11, 갑 20호증의 1 내지 17, 갑 31호증의 1 내지 11, 갑 3435호증의 각 123, 갑 36호증의 12, 갑 37호증, 갑 38호증의 1 내지 4, 갑 39 내지 42호증의 각 12, 갑 43호증의 1 내지 5, 갑 44호증의 12, 을 12호증, 을 3호증의 123, 을 4호증, 을 5호증의 12, 을 6호증의 1 내지 4, 을 89호증의 각 12, 제1심 증인 류희범, 제1심 법원의 사실조회(서울특별시장)

라. 판단

(1) 본세 부분에 관한 판단

㉮ 지방세법이 벤처기업집적시설의 경우 취득세와 등록세를 면제하는 등의 혜택을 주고 있는 것은 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 제고하는 데 기여함을 목적으로 하여 제정된 벤처기업 육성에 관한 특별조치법의 입법취지에 부응하기 위하여 벤처기업을 세제상 우대하기 위한 목적에서 비롯된 것이라 할 것이고, 한편 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 시행규칙 제5조의 규정에 의하면, 벤처기업집적시설로 지정한 건축물의 경우 연면적의 100분의 50 이상을 벤처기업이 차지하여야 하고, 연면적의 100분의 75 이상을 벤처기업 및 지원시설이 차지하여야 하며, 나머지 면적도 벤처기업 등과 관련이 있는 시설로서 중소기업청장이 정하여 고시하는 시설이 차지하도록 규정되어 있다.
따라서 이러한 지방세법의 입법취지, 벤처기업 관련 법령의 규정 내용 등에 비추어 보면, 구 지방세법(1999. 2. 8. 법률 제5827호로 개정되기 전의 것, 이 사건 부과처분의 기준일은 2001. 8. 18.이나 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정된 지방세법 부칙 제10조의 경과규정에 의하여 종전 규정이 적용되므로 이 사건에서 2000. 12. 29. 개정된 지방세법을 적용할 수는 없다) 제276조 제4항에서 ‘벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 뒤 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발조성하지 아니하는 경우에는 감면된 세금을 추징할 수 있다’고 규정하고 있는 것은, 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발조성하여 이를 벤처기업에게 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 경우에는 3년의 유예기간을 두어 그 기간 내에 당해 부동산을 벤처기업 등에게 분양하거나 임대하는 등으로 목적사업을 이행하는 경우에는 취득세 등을 감면하되, 그 기간 내에 목적사업을 이행하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 당시부터 취득세 등의 감면 대상에서 이를 제외하여 감면하였던 취득세 등을 추징하겠다는 취지라고 할 것이고, 나아가 벤처기업집적시설의 사업시행자가 3년 이내에 그 목적사업을 이행하지 아니한 경우라 하더라도, 그 개발조성에 상당한 노력을 기울였다는 등의 정당한 사유가 있다면 감면하였던 취득세 등을 다시 추징할 수 없을 것임은 물론, 벤처기업집적시설로 지정받은 면적 중 일부에 대하여 벤처기업집적시설로 개발조성하고 있고 나머지 부분만을 벤처기업집적시설로 개발조성하지 아니한 경우에는 벤처기업집적시설로 개발조성되지 아니한 부분에 대하여만 감면하였던 취득세 등을 다시 추징할 수 있다고 보아야 할 것이다.[제1심 법원의 서울특별시장에 대한 사실조회결과에 의하면 서울특별시장은 이 사건 건물 이외에도 건축물의 일부만을 벤처기업집적시설로 지정하였고, 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 시행규칙의 위임에 의하여 중소기업청장이 고시한 벤처기업집적시설 지정관리에 관한 지침(중소기업청 고시 제2000∼15호) 제6조도 건축물의 일부만을 벤처기업집적시설로 지정하는 것을 인정하고 있으며, 참고로 2000. 12. 29. 개정된 지방세법 제276조 제3항에서는 ‘벤처기업 육성에 관한 특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세등록세를 추징한다’고 규정되어 있다.]

㉯ 이 사건에 관하여 보건대, 우선 위 2. 다.의 (3)항에서 본 바와 같이 이 사건 부과처분의 기준일(사업승인일로부터 3년이 되는 날)인 2001. 8. 18. 현재 1차 벤처기업집적시설에는 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 25,178.33㎡에 달하였으므로, 적어도 위 25,178.33㎡ 부분은 이 사건 부과처분이 있기 이전부터 벤처기업집적시설로 이용되고 있었다고 할 것이다.
㉰ 더 나아가 보건대, 위 2001. 8. 18. 현재 1차 벤처기업집적시설 중 위 25,178.33㎡ 이외의 부분은 벤처기업집적시설로 개발조성되어 있지 않았었지만, 그 후 입주하는 벤처기업의 수가 증가하면서 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 2002년 1월 현재 30,564.47㎡로 증가하였던 점, 서울특별시장도 1차 벤처기업집적시설이 구 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 시행규칙 제5조 제1항의 지정요건을 충족하지 못하였음에도 불구하고 나름대로의 사정이 있다고 보아 그 지정을 취소하지 않고 2002. 2. 18.에 1차 벤처기업집적시설 면적 39,137.94㎡ 중 5,257.3㎡를 축소하여 33,880.64㎡로 변경지정하여 주었으며, 다시 2002. 12. 28. 벤처기업집적시설 면적을 그 직전인 위 2002년 1월경의 벤처기업 점유면적 30,564.47㎡를 포함하는 33,915.63㎡(실제 면적 33,914.99㎡)로 변경지정하였던 점, 그 후 계속적으로 입점하는 벤처기업의 수가 증가하면서 2003. 2. 12. 현재에는 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 최고치인 31,311.48㎡에 달하였던 점 등을 감안하여 보면, 부과기준일인 2001. 8. 18. 현재 실제로 벤처기업집적시설로 조성된 바 있던 위 25,178.33㎡ 부분을 초과하여 2003. 2. 12. 현재의 위 31,311.48㎡에 이르는 부분에 관하여는, 비록 그 부분을 원고가 2001. 8. 18. 이전에 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지는 못하고 있었다 하더라도 원고가 당초부터 그 부분을 벤처기업집적시설로 개발조성하여 분양하기 위해서 나름대로 상당한 노력을 기울였던 것으로 봄이 상당하고, 따라서 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지 못한 것에 관하여 정당한 사유가 있었던 것으로 봄이 타당하다고 할 것이다.
벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 그 이후 감소되기는 하였으나 원고는 2003. 2. 12. 현재 3차 벤처기업집적시설에 입주하였던 벤처기업 등에게 위에서 본 바와 같은 임대료의 할인, 금융지원 등을 하였을 것이고, 따라서 위 31,311.48㎡에 대한 취득세와 등록세 감면 혜택은 당시에 입주하였던 벤처기업 등에게 돌아갔을 것으로 보이는데, 그 후 벤처기업 등의 입주 면적이 감소하였다는 이유로 감소된 부분에 대하여 취득세와 등록세를 추징할 수 있다고 한다면 벤처기업 육성에 관한 특별조치법의 입법취지에 부응하기 위하여 벤처기업을 세제상 우대하기 위한 지방세법 제276조 제4항의 입법목적에 반할 뿐만 아니라, 위에서 본 바와 같이 1998년부터 2004년까지 서울특별시 소재 벤처기업집적시설 면적의 증가율이 벤처기업 수의 증가율보다 높은 점, 2000년도 이후 이른바 벤처기업 붐이 쇠퇴하였던 점 등을 감안하면 원고가 2003. 2.경까지 개발조성된 벤처기업집적시설을 그 이후 그대로 유지하지 못한 것에는 위 구 지방세법 제276조 제4항 단서 소정의 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다.
다만 위 31,311.48㎡를 제외한 나머지 2,569.16㎡(33,880.64 － 31,311.48)에 관하여 보면, 2004. 1. 15. 현재에도 3차 벤처기업집적시설 중 1,749.87㎡가 임대되지 않고 비어 있을 뿐만 아니라, 12,171.85㎡를 차지하고 있는 55개 일반기업들은 비록 대부분 컴퓨터정보통신 등의 분야에 속하는 기업이기는 하나 벤처기업 인증을 받지 못하여 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되지 않는 기업이므로 위 2,569.16㎡는 벤처기업집적시설로 개발조성되지 않았다고 보아야 하고, 앞서 본 바와 같은 원고의 노력이나 벤처기업과 관련된 제반 사정을 감안하더라도 원고가 위 2,569.16㎡를 벤처기업집적시설로 개발조성하지 못한 것에 관하여 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
결국 2차 벤처기업집적시설인 33,880.64㎡ 전부에 대하여 취득세등록세 등을 부과한 이 사건 부과처분 중 위 31,311.48㎡ 부분은 취득세등록세 등을 추징할 수 없는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 위 31,311.48㎡ 부분에 대한 이 사건 부과처분은 위법하다.
(2) 가산세 부분에 관한 판단

지방세법 제276조 제4항 단서에 의하면, 벤처기업집적시설의 사업시행자가 취득세등록세를 면제받았던 건물을 그 사용승인일로부터 3년의 유예기간이 경과하도록 벤처기업집적시설로 개발조성하지 못한 때에는 당초 면제되었던 취득세등록세를 추징할 수 있고,「지방세법」제120조, 제121조, 150조의 2, 151조의 각 규정에 의하면, 이러한 경우 당해 부동산의 소유자는 위와 같은 사정이 발생한 때로부터 30일 이내에 면제받았던 취득세등록세를 신고납부하도록 되어 있으며, 이를 위반한 경우 취득세와 등록세의 각 100분의 20에 해당하는 가산세를 부과징수하도록 규정되어 있으므로, 이 사건의 경우 취득세등록세에 대한 가산세를 부과하려면 원고가 이 사건 부과처분이 있기 이전에 당초 면제되었던 취득세등록세의 추징사유가 생겼음을 알았거나 알 수 있어서 그러한 사정이 발생한 때로부터 30일 이내에 취득세등록세를 신고납부하였어야 함에도 불구하고 이를 이행하지 않았을 경우에 해당하여야 한다.
따라서 원고가 이 사건 부과처분이 있기 이전에 당초 면제되었던 취득세등록세의 추징사유가 생겼음을 알았거나 알 수 있었다고 볼 것인지에 관하여 보면, 앞서 본 바와 같이 부과기준일인 2001. 8. 18. 현재 25,178.33㎡ 부분만이 벤처기업집적시설로 간주되어 벤처기업집적시설의 지정요건을 갖추지 못하게 되었는데도 서울특별시장이 벤처기업집적시설의 지정을 취소하지 않고 그 면적을 변경지정하여 주었던 점, 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설에 입주하는 기업이 입주 당시부터 벤처기업 인증을 받아야 하는 것으로 규정되어 있지는 않고, 실제로 1차 벤처기업집적시설에 입주하였던 일반기업들 중 일부 기업은 입주 후에 벤처기업으로 전환되었던 점, 이 사건 벤처기업집적시설에 입주한 벤처기업과 일반기업의 현황이 계속해서 변경되어온 점 등 지방세 추징사유의 발생 시점을 정확히 확정하기 어려운 듯이 보이는 사정도 있기는 하지만, 다른 한편 원칙적으로 건물 사용승인일로부터 3년이 경과된 부과기준일 현재 벤처기업집적시설의 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 곧바로 면제되었던 취득세등록세를 추징할 수 있는 것인 점, 당초 부과기준일인 2001. 8. 18. 현재 25,178.33㎡ 부분만이 벤처기업집적시설로 간주되어 벤처기업집적시설 지정의 요건을 갖추지 못하게 되자 피고가 2002. 1. 25. 원고에게 벤처기업집적시설지정 취소를 위한 청문절차를 통지하였고(갑 36호증의 1, 2), 그 청문 절차에서 원고는 관련 법령의 문제점 등을 적시하면서 벤처기업집적시설 지정을 취소하지 말아 줄 것을 요청하여 2002. 2. 18. 피고로부터 벤처기업집적시설 지정을 취소당하지 않고 그 면적을 변경지정하는 처분을 받으면서 향후 벤처기업집적시설 지정요건을 준수할 것과 그 요건을 갖추지 못할 경우 지정이 취소될 수 있고 감면된 지방세가 추징될 수 있음을 통보받았던 점(갑 10, 37호증), 그 후 원고가 벤처기업에 대한 임대를 계속하여 2003. 2. 12. 현재 벤처기업 등의 점유면적이 최고치인 31,311.48㎡까지 이르렀으나 그 후로는 벤처기업 등의 점유면적이 계속 감소하고 있었던 점, 그러던 중인 2003. 6. 23. 피고로부터 벤처기업집적시설 요건을 충족하지 못하였음을 이유로 이 사건 부과처분이 있을 것이라는 과세예고통지를 받았고(갑 2호증), 과세 전 적부심사 청구를 하여 그 절차를 거치기도 하였던 점, 그 후 2003. 9. 15.에 이르러 이 사건 부과처분이 이루어진 점 등의 제반 사정에 비추어 보면, 원고는 2002. 2. 18. 서울특별시장으로부터 벤처기업집적시설 면적을 축소변경하는 처분을 받으면서 이후 벤처기업집적시설 지정요건을 충족하지 못할 경우 당초 면제되었던 취득세등록세가 추징될 것임을 통보받은 이래 벤처기업 등의 점유면적이 최고치에 달하였다가 계속 감소하던 무렵인 위 2003. 2. 12.경 이후 또는 적어도 과세예고통지를 받았던 위 2003. 6. 23.경에는 당초 면제되었던 취득세등록세의 면제사유가 소멸되어 그것이 추징될 수 있는 사정이 발생하였음을 알았거나 알 수 있었다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다.
그런데 원고가 그로부터 30일이 지나도록 취득세와 등록세를 신고납부하지 않았던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 법원에서 정당한 사유를 인정한 위 31,311.48㎡를 제외한 나머지 부분의 취득세등록세에 관하여는 피고가 그 각 가산세를 부과할 수 있다 할 것이고, 피고의 가산세 부과처분 전부가 위법하다는 원고의 주장은 위 인정범위 내에서만 이유 있다.
(3) 정당한 세액의 계산

위에서 본 바와 같이 2차 벤처기업집적시설로 인정되었던 면적 33,880.64㎡ 중 위 31,311.48㎡ 부분은 이 사건 부과처분 당시 벤처기업집적시설로 이용되고 있었거나 또는 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지 아니하였다 하더라도 그에 관하여 정당한 사유가 있었던 부분이므로, 이 사건 부과처분 중 위 31,311.48㎡ 부분에 대하여 취득세등록세 및 그 각 가산세를 부과한 것은 위법하다 할 것이고, 이를 제외한 정당한 세액을 계산하면 다음 표 중 ‘정당한 세액’란 기재와 같다.
(표생략)

3. 결론

그렇다면 이 사건 부과처분 중 위 표의 정당한 세액란 기재 합계 60,052,360원을 초과하는 부분은 위법하여 취소하여야 할 것이므로, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 당심에서 변경된 원고의 청구(취득세의 가산세 부분) 중 일부와 피고의 항소 중 일부를 각 받아들여 제1심 판결의 주문을 이 사건 부과처분 중 위 표의 정당한 세액란 기재 각 세액을 초과하는 부분을 취소하는 것으로 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-서울행정법원 2004. 10. 29. 선고 2004구합3380 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 이 사건 소 중 취득세 가산세 89,620,800원의 부과처분 취소청구 부분을 각하한다.
2. 피고가 2003. 9. 15. 원고에 대하여 한 취득세 448,103,920원, 등록세 179,241,580원 및 가산세 35,848,320원, 교육세 39,433,150원의 부과처분 중 취득세 33,966,270원, 등록세 13,586,510원, 교육세 2,989,030원을 초과하는 부분을 취소한다.
3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
4. 소송비용은 10분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 1994. 9. 29. 피고로부터 서울 광진구 ○○동 546-4 지상에 지하 6층, 지상 39층의 연면적 259,730.85㎡인 ○○ 21 건물(이하 이 사건 건물’이라고 한다)에 대한 건축허가를 받아 이 사건 건물을 신축한 후 1998. 8. 18. 이 사건 건물 전체에 대한 사용승인을 받았고, 같은 달 27. 이 사건 건물의 각 구분점포에 관하여 원고 명의의 소유권보존등기를 경료하였다.
그런데 원고는 1998. 7. 31. 서울특별시장으로부터 이 사건 건물 중 지상 20층부터 39층까지의 연면적 39,137.94㎡(실제 면적은 39,137.30㎡이다, 이하 1차 벤처기업집적시설’이라고 한다)에 대하여 벤처기업육성에관한특별조치법 소정의 벤처기업집적시설로 지정받아 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제276조 제4항 본문에 따라 1차 벤처기업집적시설에 대한 취득세와 등록세를 면제받았다가, 2002. 2. 18. 서울특별시장으로부터 벤처기업집적시설 대상면적을 1차 39,137.94㎡로부터 지상 20층부터 지상 37층까지(32층 제외)의 연면적 33,880.64㎡(이하 2차 벤처기업집적시설’이라고 한다)로 축소ㆍ지정받은 후 같은 해 3. 19. 피고에게 벤처기업집적시설 대상 면적 감소분 5,257.30㎡(이하 축소부분’이라고 한다)에 대한 취득세와 등록세 등을 납부하였다.
나. 피고는 원고가 이 사건 건물 취득일인 1998. 8. 18.부터 3년 이내에 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 못했다는 이유로 구 지방세법 제276조 제4항 단서를 적용하여 2003. 9. 15. 원고에게 1차 벤처기업집적시설에 대한 취득세와 등록세 등에서 원고가 이미 납부한 축소부분에 대한 취득세와 등록세 등을 공제한 나머지, 즉 2차 벤처기업집적시설 면적 전부에 대한 취득세 448,103,920원 및 가산세 89,620,800원, 등록세 179,241,580원 및 가산세 35,848,320원, 교육세 39,433,150원의 부과처분(이하 이 사건 부과처분’이라고 한다)을 하였다.
그 후 피고는, 헌법재판소가 2003. 9. 25. 2003헌바16호로 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정된 것) 제121조 제1항에 대하여 헌법불합치 결정을 내리자, 같은 해 10. 15. 원고에 대하여 한 취득세에 대한 가산세 89,620,800원의 부과처분을 직권으로 취소하였다.
【증거】다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1ㆍ2, 갑 2ㆍ3호증, 갑 4ㆍ5호증의 각 1ㆍ2, 을 1ㆍ2호증, 을 3호증의 1ㆍ2ㆍ3, 을 4호증, 을 5호증의 1ㆍ2, 을 6호증의 1 내지 4, 을 7ㆍ8ㆍ9호증의 각 1ㆍ2

2. 이 사건 소 중 취득세에 대한 가산세 부과처분 취소청구 부분의 적법 여부

과세관청이 당초의 과세처분을 직권으로 취소한 경우에는 납세의무자에게 부과되었던 조세채무는 존재하지 아니하므로 납세의무자가 과세처분의 취소를 구할 법률상 이익이 없다고 할 것인바, 이 사건에서 피고가 원고에게 했던 취득세에 대한 가산세 부과처분을 2003. 10. 15. 직권으로 취소한 이상 원고가 그 부분에 대한 취소를 구할 법률상 이익이 없다고 할 것이므로 이 사건 소 중 취득세에 대한 가산세 부과처분의 취소청구 부분은 부적법하다.
3. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 벤처기업집적시설에 대한 취득세와 등록세의 감면에 대하여는 서울특별시장의 2차 벤처기업집적시설 지정이 2002. 2. 18.에 있었으므로 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정된 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것)이 적용되어야 하는데, 그 지방세법 제276조 제4항 단서의 규정에 의하면 벤처기업집적시설의 사업시행자가 부동산의 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니 하는 경우 또는 부동산의 취득일로부터 5년 이내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우에 한하여, 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하지 아니한 그 해당 부분에 대하여 감면된 취득세와 등록세를 추징할 수 있다고 규정하고 있다.
(1) 정당한 사유’에 관한 주장

원고는 1998. 7. 31. 1차 벤처기업집적시설 지정을 받은 후 막대한 광고비를 지출하여 벤처기업 유치를 위한 홍보활동을 하였고, 벤처기업에게는 일반기업에 적용되는 임대료의 10％를 감액해 주었으며, 금융기관을 통하여 임대보증금을 대출받을 수 있는 기회를 제공하는 등 최선을 다하여 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하기 위하여 노력하였으나, 당시는 IMF 경제위기로 인하여 우리나라 기업활동이 매우 위축되어 있었을 뿐만 아니라 서울특별시장이 벤처기업 육성을 위하여 벤처기업의 수에 비하여 상대적으로 넓은 면적의 벤처기업집적시설을 지정하는 바람에 벤처기업의 유치가 어려워졌고, 벤처기업들이 서울 광진구 ○○동에 위치한 이 사건 건물보다 서울 강남구 삼성동, 논현동, 양재동에 소재한 벤처기업집적시설을 보다 선호한 결과 벤처기업집적시설 지정요건을 충족시키지 못하였다. 서울특별시장도 이러한 사정을 감안하여 2002. 2. 18. 그 면적을 축소하여 2차 벤처기업집적시설 지정을 하면서 2차 벤처기업집적시설에 대하여 지정요건을 이행하지 아니할 경우 시설 지정이 취소될 수 있다’는 취지로 통보하여 2차 벤처기업집적시설에 대하여는 그 이전의 지정요건 미충족을 이유로 하여 감면된 취득세와 등록세를 추징하지 않을 것이라고 하였다. 따라서 원고가 벤처기업집적시설 지정요건을 충족시키지 못한 데에는 지방세법 제276조 제4항 단서 소정의 정당한 사유가 있다.
(2) 취득세와 등록세 추징 대상 면적에 관한 주장

가사 원고가 정당한 사유 없이 1차 벤처기업집적시설 전부에 대하여 벤처기업집적시설 지정요건을 충족시키지 못하였다 하더라도 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것) 제276조 제4항 단서에 의하면 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 못한 부분에 대하여만 감면된 취득세와 등록세를 추징할 수 있다고 규정되어 있으므로 피고가 취득세와 등록세를 추징할 수 있는 대상은 1차 벤처기업집적시설 중 원고가 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하지 못한 부분, 즉 이 사건 부과처분 당시 2차 벤처기업집적시설로 지정되어 여전히 벤처기업집적시설로 유지되고 있는 부분을 제외한 나머지 축소부분 5,257.30㎡에 제한된다고 하여야 할 것이고, 원고가 축소부분에 대한 취득세와 등록세 등을 이미 납부하였으므로 이 사건 부과처분은 위법하다.
(3) 가산세 부과처분에 관한 주장

이 사건 부과처분 중 취득세에 대한 가산세 부과처분의 근거규정인「지방세법」제121조제1항은 위헌이고, 등록세에 대한 가산세 부과처분의 근거규정인「지방세특례제한법」제151조역시 위헌이므로 이 사건 가산세 부과처분은 이 점에서도 위법하다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 인정사실

(1) 원고는 1998. 7. 31. 서울특별시장으로부터 이 사건 건물 중 지상 20층부터 39층까지의 연면적 39,137.94㎡(벤처면적 32,316.39㎡, 지원면적 1,779.96㎡, 관련면적 5,041. 59㎡, 이하 1차 벤처기업집적시설’이라고 한다)에 대하여 벤처기업육성에관한특별조치법 소정의 벤처기업집적시설(시설명 : ○○ 21 벤처연구개발단지)로 지정받은 후 같은 해 8. 18. 피고로부터 이 사건 건물 전체에 대한 사용승인을 받고, 같은 해 8. 26. 취득세 868,280,750원, 등록세 347,312,310원을 면제받았다.
(2) 원고는 1차 벤처기업집적시설의 사업시행자가 된 후 원고의 인터넷 홈페이지에 벤처기업에 대하여는 평당 임대료를 34,200원으로 하여 일반기업보다 10％ 적은 임대료를 받고, 층별 공동회의실 및 휴게실ㆍ전용회선ㆍ24시간 근무가능ㆍ대형회의실ㆍ당사 직영의 체육관 이용시 할인혜택 등의 지원을 한다고 홍보하였고, 주식회사 프라임상호신용금고를 통하여 벤처기업이 부담할 임대보증금의 90％를 연 12％의 이율로 대출해 주는 금융지원을 하기로 하여 1999. 4. 26.부터 2000. 11. 25.까지 1차 벤처기업집적시설에 입주한 벤처기업에게 57회에 걸쳐 80억 이상의 임대보증금 대출을 하였다.
또한 1999. 1. 23.부터 2000. 12. 22.까지 한국경제신문 등 경제전문 일간지와 경향신문 등 전국 일간지에 15회에 걸쳐 1차 벤처기업집적시설에 관한 기사가 게재되도록 하였다.
(3) 그런데 이 사건 건물에 대한 사용승인일로부터 3년이 되는 2001. 8. 18. 현재 1차 벤처기업집적시설에는 별지 표의 기재와 같이 67개의 벤처기업이 19,441.77㎡를 임차한 후 입주하여 벤처기업이 1차 벤처기업집적시설 실제 면적의 49.67％(19,441.77/ 39,137.3 × 100％)를 차지하였고, 벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙(2000. 8. 16. 산업자원부령 제109호로 개정되기 전의 것) 제4조 소정의 중소기업상담회사인 ○○ 주식회사가 1999. 12. 24. 1차 벤처기업집적시설 중 25층 401.57㎡를 임차하여 벤처기업 및 지원시설이 19,843.34㎡(19,441.77 ＋ 401.57)를 차지하였으며, 그밖에 공동휴게실 및 회의실 등 벤처기업 관련시설 면적이 5,334.99㎡를 차지하여 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적은 25,178.33㎡에 불과하였고{ 벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙 제5조 제1항 제4호의 위임에 의하여 중소기업청장이 고시하는 벤처기업집적시설지정ㆍ관리등에관한지침(중소기업청 고시제99∼11호) 제3조는 정보처리 및 기타 컴퓨터운용 관련업을 영위하는 중소기업, 벤처기업과 관련이 있는 연구기관ㆍ사업자단체ㆍ지원단체 및 공공기관 등의 업무시설, 벤처기업의 업무활동을 위해 필요한 회의장, 전시장, 공동이용장비시설 등 공동이용시설과 벤처기업의 인력교육과 양성에 필요한 시설, 기타 벤처기업 등과 관련 있는 편의시설 등을 벤처기업 등의 관련시설로 정하고 있다}, 벤처기업은 아니지만 컴퓨터ㆍ정보통신 관련 분야의 일반기업이 7,658.44㎡를 차지하였으며, 4,298.57㎡는 공실로, 나머지 2,001.96㎡는 원고가 차지하였다(갑 34호증의 3).
한편 1차 벤처기업집적시설에 1999. 11. 1.경 입주한 ㈜○○와 2001. 7. 1.경 입주한 ㈜○○ 등 9개 기업은 1차 벤처기업집적시설에 입주할 당시에는 벤처기업이 아니었으나 입주 후 인증을 받음으로써 벤처기업이 되었다(갑 31호증의 1).
(4) 원고는 위와 같이 벤처기업 및 지원시설 등의 입주실적이 미진하자 2002. 2. 18. 서울특별시장으로부터 벤처기업집적시설 대상면적을 1차 39,137.94㎡에서 2차 33,880.64㎡로 축소ㆍ지정받은 후 같은 해 3. 19. 피고에게 축소부분에 대한 취득세 등 합계 74,849,780원을 추가로 신고ㆍ납부하였고, 피고가 2003. 6. 10. 축소부분에 대한 취득세 등이 과소신고되었다는 사유로 취득세 44,741,990원, 가산세 8,948,390원, 농어촌특별세 4,921,600원 합계 58,611,980원의 부과처분을 하자 이를 납부하여, 축소부분에 대하여 합계 133,461,760원의 취득세 등을 납부하였다.
원고는 다시 2002. 12. 28. 서울특별시장으로부터 벤처기업집적시설 대상면적을 2차 33,880.64㎡에서 지상 20층부터 지상 36층까지(32층 포함)의 연면적 33,915.63㎡(실제 면적은 33,914.99㎡다, 이하 3차 벤처기업집적시설’이라고 한다)로 변경ㆍ지정받았다.
(5) 1차 벤처기업집적시설에는 2002년 1월 현재 주식회사 유니버설엔터테인먼트가 2001. 11. 1. 이 사건 건물 21층 중 1,779.96㎡를 임차한 것을 비롯하여 75개 벤처기업이 23,913.38㎡를 차지하였고, 벤처기업 지원시설인 ○○ 주식회사의 임차부분 401.57㎡가 그대로 유지된 결과 벤처기업 및 지원시설이 24,314.95㎡(23,913.38 ＋ 401.57)를 차지하였으며, 벤처기업 관련시설이 6,249.52㎡를 차지하여 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 30,564.47㎡에 달하였고, 나머지 3,316.17㎡는 다른 일반기업에 임대되지 않고 비어 있었다(갑 38호증의 4).
한편 3차 벤처기업집적시설에는 2003. 2. 12. 현재 109개 벤처기업이 24,681.8㎡를 차지하였고, 공동휴게실 및 회의실 등 벤처기업 관련시설이 6,629.68㎡를 차지하여 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적은 31,311.48㎡에 달하였으며, 나머지 벤처기업집적시설 2,603.51㎡에는 주식회사 여흥전자 등 벤처기업이 아닌 3개의 일반업체가 223.82㎡를 차지하고, 그 나머지 2,379.69㎡는 임대되지 않고 비어 있었다(갑 40호증의 2). 또한 2003. 7. 8. 현재 58개 벤처기업이 18,880.43㎡를 차지하였고, 공동휴게실 및 회의실 등 벤처기업 관련시설이 5,503.61㎡를 차지하여 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적은 24,384.04㎡에 달하였으며, 벤처기업은 아니지만 벤처기업으로 전환 중에 있는 52개 정보처리 및 기타 컴퓨터운용 관련기업이 7,699.29㎡를 차지하였고, 나머지 1,831.66㎡는 임대되지 않고 비어 있었으며(갑 41호증의 2), 2004. 1. 15. 현재에는 60개 벤처기업이 19,125.98㎡를 차지하였고, 3차 벤처기업집적시설 실제 면적의 35.89％에 해당하는 12,171.85㎡를 차지하고 있는 55개 일반업체는 대부분 컴퓨터, 정보통신 분야의 기업으로 입주 후 벤처기업으로 전환하는 과정에 있으며, 공동휴게실 및 회의실 등 벤처기업 관련시설이 5,573.63㎡였고, 나머지 1,749.87㎡는 비어 있다(갑 42호증의 2).
(6) 서울특별시장은 벤처기업 관련 법령에 따라 1998. 2. 3. 서울 구로구 구로3동 소재 ○○센터 27,100㎡를, 같은 해 7. 31. 이 사건 1차 벤처기업집적시설을 벤처기 업집적시설로 지정한 이후 2004. 2. 20.까지 34개 벤처기업집적시설을 지정하였는데, 원고가 1차 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정될 당시인 1998년경에는 서울특별시에 소재한 벤처기업집적시설은 2개로 면적 합계 61,015㎡였고, 서울특별시에 소재한 벤처기업의 수는 719개였는데 반하여, 1999년에는 벤처기업집적시설은 6개로 면적 합계 98,976㎡, 벤처기업의 수는 1,858개로 증가하는 등 2004년경까지 다음 표와 같이 증가하였다.
【증거】갑 8ㆍ10호증, 갑 12호증, 갑 13호증의 1ㆍ2, 갑 18호증의 1 내지 11, 갑 20호증의 1 내지 17, 갑 31호증의 1 내지 11, 갑 34ㆍ35호증의 각 1ㆍ2ㆍ3, 갑 36호증의 1ㆍ2, 갑 37호증, 갑 38호증의 1 내지 4, 갑 39 내지 42호증의 각 1ㆍ2, 갑 43호증의 1 내지 5, 갑 44호증의 1ㆍ2, 을 1ㆍ2호증, 을 3호증의 1ㆍ2ㆍ3, 을 4호증, 을 5호증의 1ㆍ2, 을 6호증의 1 내지 4, 을 8ㆍ9호증의 각 1ㆍ2, 증인 류희범, 사실조회결과(서울특별시장)

라. 판단

(1) 본세 부분에 관한 판단

지방세법이 벤처기업집적시설의 경우 취득세와 등록세를 면제하는 등의 혜택을 주고 있는 것은 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 제고하는 데 기여함을 목적으로 하여 제정된 벤처기업육성에관한특별조치법의 입법취지에 부응하기 위하여 벤처기업을 세제상 우대하기 위한 목적에서 비롯된 것이라 할 것이고, 한편 벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙 제5조의 규정에 의하면, 벤처기업집적시설로 지정한 건축물의 경우 연면적은 100분의 50 이상을 벤처기업이 차지하여야 하고, 100분의 75 이상의 벤처기업 및 지원시설이 차지하여야 하며, 나머지 면적도 벤처기업 등과 관련이 있는 시설로서 중소기업청장이 정하여 고시하는 시설이 차지하도록 규정하고 있다.
따라서 이러한 지방세법의 입법취지, 벤처기업 관련 법령의 규정 내용 등에 비추어 보면, 구 지방세법(1999. 2. 8. 법률 제5827호로 개정되기 전의 것, 이 사건 부과처분의 기준일은 2001. 8. 18.이나 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정된 지방세법 부칙 제10조에 의하여 종전 규정이 적용되므로 이 사건에서 2000. 12. 29. 개정된 지방세법을 적용할 수는 없다) 제276조 제4항에서 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 뒤 3년 이내에 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에는 감면된 세금을 추징할 수 있다고 규정하고 있는 것은, 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 이를 벤처기업에게 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 경우에는 3년의 유예기간을 두어 그 기간 내에 당해 부동산을 벤처기업 등에게 분양하거나 임대하는 등 목적사업을 이행하는 경우에는 취득세 등을 감면하되, 그 기간 내에 목적사업을 이행하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 당시부터 취득세 등의 감면 대상에서 이를 제외하여 감면하였던 취득세 등을 추징하겠다는 취지라고 할 것이고, 나아가 벤처기업집적시설의 사업시행자가 3년 이내에 그 목적사업을 이행하지 아니한 경우라 하더라도, 그 개발ㆍ조성에 상당한 노력을 기울였다는 등의 정당한 사유가 있다면 감면하였던 취득세 등을 다시 추징할 수 없을 것임은 물론, 벤처기업집적시설로 지정받은 면적 중 일부에 대하여 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하고 있고 나머지 부분만을 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하지 아니한 경우에는 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성되지 아니한 부분에 대하여만 감면하였던 취득세 등을 다시 추징할 수 있다고 보아야 할 것이다{이 법원의 서울특별시장에 대한 사실조회결과에 의하면 서울특별시장은 이 사건 건물 이외에도 건축물의 일부만을 벤처기업집적시설로 지정하였고, 벤처기업집적시설로 벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙의 위임에 의하여 중소기업청장이 고시한 벤처기업집적시설지정ㆍ관리에관한지침(중소기업청 고시 제2000_15호) 제6조도 건축물의 일부만을 벤처기업집적시설로 지정하는 것을 인정하고 있다}.
이 사건에서 보면, 이 사건 부과처분의 기준일인 2001. 8. 18. 현재 1차 벤처기업집적시설에는 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 25,178.33㎡로서 1차 벤처기업집적시설 중 13,958.97㎡(39,137.3 － 25,178.33)가 벤처기업집적시설로 개발&ㆍ조성되지 않았지만, 그 후 입주하는 벤처기업의 수가 증가하면서 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 2002년 1월 현재 30,564.47㎡로 증가하였고, 2003. 2. 12. 현재에는 31,311.48㎡에 달하였으며, 서울특별시장도 1차 벤처기업집적시설이 구 벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙 제5조 제1항의 지정요건을 충족하지 못하였음에도 그 지정을 취소하지 않고, 2002. 2. 18. 1차 벤처기업집적시설로 인정하였던 실제 면적 39,137.94㎡ 중 5,257.3㎡를 축소하는 것으로 변경ㆍ지정하였으며, 다시 같은 해 12. 28. 벤처기업집적시설 면적을 33,915.63㎡로 변경ㆍ지정하면서 위 31,311.48㎡를 포함하는 33,915.63㎡(실제 면적 33,914.99㎡)에 대하여 계속 벤처기업집적시설로 인정하였으므로, 적어도 위 31,311.48㎡ 부분은 이 사건 부과처분이 있기 이전부터 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성되었다고 보아야 할 것이다(벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 그 이후 감소되기는 하였으나 원고는 2003. 2. 12. 현재 3차 벤처기업집적시설에 입주하였던 벤처기업 등에게 위에서 본 바와 같은 임대료의 할인, 금융지원 등을 하였을 것이고, 따라서 위 31,311.48㎡에 대한 취득세와 등록세 감면 혜택은 당시에 입주하였던 벤처기업 등에게 돌아갔을 것으로 보이는데, 그 후 벤처기업 등의 입주 면적이 감소하였다는 이유로 감소된 부분에 대하여 취득세와 등록세를 추징할 수 있다고 한다면 벤처기업육성에관한특별조치법의 입법취지에 부응하기 위하여 벤처기업을 세제상 우대하기 위한 지방세법 제276조 제4항의 입법목적에 반할 뿐만 아니라, 위에서 본 바와 같이 1998년부터 2004년까지 서울특별시 소재 벤처기업집적시설 면적의 증가율이 벤처기업 수의 증가율보다 높은 점, 2000년도 이후 이른바 벤처기업 붐이 쇠퇴하였던 점 등을 감안하면 원고가 2003. 2.경까지 개발ㆍ조성된 벤처기업집적시설을 그 이후 그대로 유지하지 못한 것은 위 구 지방세법 제276조 제4항 단서 소정의 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다).
따라서 원고가 2001. 8. 18. 현재 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성한 25,178.33㎡를 포함한 위 31,311.48㎡ 부분은 원고가 이 사건 건물의 사용승인을 얻은 때부터 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하여 분양하기 위하여 나름대로 상당한 노력을 기울였던 것으로 봄이 상당하고, 따라서 2001. 8. 18. 이전에 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지 못한 것에 관하여 정당한 사유가 있었던 것으로 봄이 타당할 것이다.
나아가 위 31,311.48㎡를 제외한 나머지 2,569.16㎡(33,880.64 － 31,311.48)에 관하여 보면, 2004. 1. 15. 현재에도 3차 벤처기업집적시설 중 1,749.87㎡가 임대되지 않고 비어 있을 뿐만 아니라, 12,171.85㎡를 차지하고 있는 55개 일반기업들은 비록 대부분 컴퓨터ㆍ정보통신 등의 분야에 속하는 기업이기는 하나 이 사건 변론종결 당시까지 벤처기업 인증을 받지 못하여 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되지 않는 기업이므로 위 2,569.16㎡는 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성되지 않았다고 하여야 하고, 앞서 본 바와 같은 원고의 노력이나 벤처기업과 관련된 제반 사정을 감안하더라도 원고가 위 2,569.16㎡를 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하지 못한 것에 대하여 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
결국 이 사건 부과처분 중 위 31,311.48㎡ 부분은 취득세 등을 추징할 수 없는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 위 부분에 대한 이 사건 부과처분은 위법하다.
(2) 등록세에 대한 가산세 부분에 관한 판단

이 사건에서와 같이 지방세법에 의하여 등록세를 면제받았던 건물을 3년의 유예기간을 훨씬 넘은 기간이 경과하도록 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성하지 못한 때에는 벤처기업집적시설로 개발ㆍ조성되지 않은 부분에 대하여 면제되었던 등록세를 추징할 수 있는 사정이 발생하였다고 보아야 할 것이지만, 한편 구 지방세법(1999. 2. 8. 법률 제5827호로 개정되기 전의 것) 제150조의2 제3항, 제151조는 등록세를 비과세ㆍ과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일부터 30일 이내에 등록세액을 신고납부하여야 한다고 규정하고 있으므로 과세관청이 등록세를 추징하면서 등록세에 대한 가산세를 부과하기 위해서는 등록세 납세의무자가 등록세의 추징사유가 발생하였음을 인식하였거나 인식할 수 있었음에도 그 사유발생일로부터 30일 이내에 등록세액을 신고납부하지 않을 것을 요한다고 할 것이다.
그런데 원고는 2001. 8. 18. 현재 1차 벤처기업집적시설 중 벤처기업집적시설로 간주되는 부분과 원고가 사용하고 있는 부분, 공실로 남겨두고 있어 앞으로 벤처기업 등이 입주할 가능성이 있었던 부분을 제외한 나머지 7,658.44㎡를 벤처기업 등이 아닌 일반 기업에 임대하였지만, 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설에 입주하는 기업이 입주 당시부터 벤처기업 인증을 받아야 하는 것으로 규정하고 있지도 않을 뿐만 아니라 실제로 1차 벤처기업집적시설에 입주하였던 일반기업들 중 일부 기업은 입주 후에 벤처기업으로 전환하였음은 위에서 본 바와 같으므로, 서울특별시장이 벤처기업집적시설 지정을 취소하지 않은 이상, 2001. 8. 18. 당시 위 7,658.44㎡가 일반기업에 임대되었다는 사정만으로 그 부분을 더 이상 벤처기업집적시설로 개발하는 것이 불가능하게 되었다고 단정할 수 없고, 그 이후에도 서울특별시장이 벤처기업집적시설 면적을 변경ㆍ지정하고, 위에서 본 바와 같이 이 사건 벤처기업집적시설에 입주한 벤처기업과 일반기업의 현황이 계속해서 변경되어온 사정하에서는 원고가 이 사건 부과처분이 있기 이전에 등록세의 감면사유가 소멸되고, 이미 면제되었던 등록세를 추징할 수 있는 사정이 발생하였음을 알았거나 알 수 있었다고 보기 어렵다.
따라서 피고가 원고에 대하여 등록세를 부과하면서 그에 대한 가산세를 부과한 것은 위법하다고 할 것이다.
(3) 정당한 세액의 계산

따라서 2차 벤처기업집적시설로 인정되었던 면적 33,880.64㎡ 중 적어도 위 31,311.48㎡ 부분은 이 사건 부과처분 당시 벤처기업집적시설로 이용되고 있었거나 또는 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지 아니하였다 하더라도 그에 관하여 정당한 사유가 있었던 것이므로, 이 사건 부과처분 중 위 31,311.48㎡ 부분에 대하여 취득세 등을 추징한 것과 그 나머지 부분에 대한 등록세의 가산세를 부과한 것은 위법하다 할 것이고, 이를 제외한 정당한 세액을 계산하면 다음 표 중 정당한 세액’란 기재와 같다.
4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 취득세에 대한 가산세 부과처분의 취소청구 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 이 사건 부과처분 중 위 합계 50,541,810원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이므로, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

원고의 노력이나 벤처기업과 관련된 제반 사정을 감안하더라도 원고가 위 2,569.16㎡를 벤처기업집적시설로 개발조성하지 못한 것에 관하여 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 결국 2차 벤처기업집적시설인 33,880.64㎡ 전부에 대하여 취득세등록세 등을 부과한 이 사건 부과처분 중 위 31,311.48㎡ 부분은 취득세등록세 등을 추징할 수 없는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 위 31,311.48㎡ 부분에 대한 이 사건 부과처분은 위법하다.