부가가치세부과처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 1988.03.04 / 시행일:

【원 고】 코리아 타코마 조선공업주식회사
【피 고】 마산세무서장
【주 문】
 피고가 1987.4.16.자로 원고에 대하여 한 1987년 수시분 부가가치세 금 12,450,000원의 부과처분은 이를 취소한다.
 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 과세처분의 경위
 각 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5 내지 9호증, 을 제1, 2호증의 각 기재에 당사자 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 여러가지 목적을 가진 특수합금 알루미늄 선박 및 기타 선박의 수리 및 건조업 등을 영위하는 법인으로서 1985.4.20. 해양경찰대(계양담당자 재무관 총경 조용규)로부터 신예 250톤급 경비함정 1척의 건조공사를 총도급금액 금 2,739,000,000원(공급가액 금 2,490,000,000+부가가치세 금 249,000,000원)에 수급한 후 1986.2.17. 그 선수금 1,245,000,000원을 수령하면서 당해 부가가치세 금 124,500,000원을 징수하고 공급가액을 금 1,245,000,000원, 부가가치세를 금 124,500,000원으로 기재한 일반세율 세금계산서를 작성 교부한 다음 같은 해 4.25. 1986년 제1기분 부가가치세 예정신고시에 위 선수금 1,245,000,000원을 일반세율 과세표준금액에 포함시켜 신고하고 징수한 위 부가가치세 금 124,500,000원을 자진납부하였다가 같은 해 5.13. 해양경찰대에 대한 감사원 감사결과 위 경비함정은조세감면규제법 제73조 제1호에 의하여 부가가치세 영세율이 적용되는 방위산업물자인데도 위 계약체결시 해양경찰대가 원고에게 부가가치세를 징수당한 것은 잘못이라는 지적이 있고 이를 통보받자 같은 해 5.21. 위 경비함정 건조공사의 총도급금액을 금 2,490,000,000원(당초의 총도급금액 금 2,739,000,000원-부가가치세 금 249,000,000원)으로 수정하는 계약서를 다시 작성하고 이에 따른 영세율 세금계산서를 작성 교부한 다음 같은해 5.26.국세기본법 제45조에 의하여 위 선수금 1,245,000,000원을 영세율과세표준금액에 포함시켜 과세표준 수정신고를 한 사실, 이에 대하여 피고는 위 경비함정이 감사원의 위 지적과 같이 부가가치세영세율 적용대상 물자인 것이 분명하다하여 위 선수금에 대한 매출세액을 영세율을 적용하여 감액갱정하면서 다만 원고가 위 수정신고시에조세감면규제법시행령 제58조 제4항 제1호 소정의 납품증명서를 첨부하지 아니하였으므로 이를 적법한 수정신고로 볼 수 없고 따라서 원고는 위 예정신고시나 수정신고시에 위 거래에 따른 영세율과세표준을 신고하지 아니한 셈이 된다 하여부가가치세법 제22조 제4항에 따라 영세율과세표준신고불성실가산세 금 12,450,000원(신고하지 아니한 영세율과세표준금액 1,245,000,000X100분의 1)을 산출하여 이를 1987.4.16.자로 원고에 대하여 부과고지한 사실을 인정할 수 있고 반증이 없다.
 2. 과세처분의 적법여부
 원고는 이 사건 청구원인으로서,국세기본법 제49조에 의하면 정부는같은 법 제45조의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 제출한 자에 대하여는 당초 신고의 과소로 인하여 부과하여야 할 가산세를 그 수정된 범위내에서 면제하도록 되어 있고, 다만조세감면규제법시행령 제58조 제4항 제1호에 의하면같은 법 제73조 제1호에 의하여 영세율이 적용되는 재화의 공급에 관하여는 그 부가가치세예정신고, 확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고를 하는 때에 당해 신고서에 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서를 첨부하여 제출하도록 규정되어 있으나 그 취지는 과세관청이 영세율 신고의 진정여부를 확인하여야 하는 행정력의 낭비를 막기 위한 것에 불과하므로 당해 재화가 영세율 적용대상 물자인 것이 분명한 이상 영세율을 증명하는 서류를 첨부하지 아니하였다 하여 그 수정신고를 부적법하다고는 볼 수 없을 뿐 아니라 위 예정신고 또는 수정신고 당시 원고는 아직 위 경비함정을 납품은 커녕 건조조차 하지 못하여 그 납품증명서를 발급받을 수 없는 상태에 있었으므로 납품증명서의 미첨부를 원고의 귀책사유로 돌릴 수는 없는 것임에도 피고가 원고의 위 수정신고를 납품증명서의 첨부가 없다는 이유로 부적법하다고 보아 이 사건 가산세부과처분을 한 것은 위법하다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 위와 같은 경위로 한 이 사건 부과처분은 적법하다고 주장한다.
 그러므로 살피건대,부가가치세법 제22조 소정의 가산세는 같은법에 의한 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자에게 일정한 사항의 의무를 과하고 그 이행을 확보하기 위하여 납세의무자가 이들 의무를 해태하였을 때 그에 대하여 가해지는 일종의 행정벌적인 성격을 가지는 제재로서 그 의무를 해태함에 있어 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다고 할 것인 바, 이 사건에 있어 앞에 나온 각 증거에다 각 성립에 다툼이 없는 갑 제3호증의 1, 2의 각 기재 및 증인 김형철의 증언과 당사자변론의 전취지를 종합하면, 원고는 당초 이 사건 경비함정이조세감면규제법 제73조 제1호에 의한 부가가치세영세율 적용대상물자인 줄을 알지 못하고 위 도급계약을 맺었다가 계약 후 1986.3.8. 그 부가가치세예정신고에 즈음하여 혹시나 위 함정이 부가가치세영세율 적용대상물자가 아닌가 하고 국세청장에게 질의까지 하였으나 국세청장으로부터 명확한 답변을 듣지 못하자 위 선수금의 수령에 관하여 우선 일반세율을 적용한 부가가치세예정신고를 하고 징수한 위 부가가치세 금 124,500,000원을 자진납부까지 하였다가 그 후 감사원의 지적을 받은 해양경찰대로부터 위 함정이 부가가치세영세율 적용대상물자라는 이유로 위 계약의 수정요청을 받고는 즉시 위 계약을 수정함과 동시에 영세율을 적용한 수정세금계산서를 작성 교부하고는 납부한 위 부가가치세를 환급받아 해양경찰대에 반환한 다음 다시 적법한 기간내인 1986.5.26. 영세율과세표준 수정신고까지 마쳤으나 다만 도급계약에서 정한 기한에 따라 같은 해 12.20.에야 위 함정의 건조를 완성하여 이를 인도하였던 관계상 위 수정신고 당시 그 납품증명서를 첨부하지는 못하였던 사실을 인정할 수 있고 달리 위 인정을 뒤집을 증거가 없으니, 따라서 위 인정사실과 같이 위 경비함정이 부가가치세영세율 적용대상물자인 것이 위와 같은 경위를 거쳐 원고와 피고 쌍방에게 분명해진 이상 그 수정신고시에 원고가 그 영세율임을 증명하는 서류를 첨부하지 아니하였다 하여 이 점만으로 원고에게 행정벌로서 제재를 가할 만한 세법상의 어떠한 의무해태가 있었다고는 볼 수 없다 할 것이고, 가사 원고의 위 수정신고가 납품증명서를 첨부하지 아니함으로써 조세감면규제법시행규칙의 위 조항을 위반한 불성실한 신고가 된다고 하더라도 그 수정신고당시 납품증명서를 첨부할 수 없었던 사정이 있었음이 위 인정과 같은 이상 앞에서 본 가산세의 성질에 비추어 거기에는 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보는 것이 또한 상당하므로 어느 모로 보나 원고에 대한 이 사건 가산세부과처분은 위법함을 면할 수가 없다고 할 것이다.
 3. 결론
 그렇다면, 이 사건 부과처분이 위법하다 하여 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유있으므로 이를 인용하고 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 안용득(재판장) 이영석 김태기

부가가치세법 제22조 소정의 가산세는 같은 법에 의한 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자에게 일정한 사항의 의무를 과하고 그 이행을 확보하기 위하여 납세의무자가 이들 의무를 해태하였을 때 그에 대하여 가해지는 일종의 행정벌적인 성격을 가지는 제재로서, 그 의무를 해태함에 있어 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없는 것이다.