법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2018.05.11 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 서울리거 (소송대리인 법무법인(유한) 현 담당변호사 강대형 외 3인)
【피고, 상고인】 북인천세무서장
【원심판결】 서울고법 2017. 7. 5. 선고 2016누67020 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 가. 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세한다[제17조 제1항 제3호 단서, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호]. 그리고 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 ‘상호 등’이라 한다)으로 사업상의 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 감가상각자산으로 한다(구 법인세법 시행령 제24조 제4항).
 나. 이러한 관계 법령 규정에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다. 그 상세한 이유는 다음과 같다.
 (1) 합병법인의 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 논리적으로 먼저 합병법인의 자산으로 인정되어야 한다. 법인이 내부의 사업 활동으로 무형의 가치가 있는 영업권을 창출하였다고 하더라도 세법상 자산으로 인식되는 것은 아니며, 합병으로 피합병법인의 영업권을 취득하는 때에는 위 구 법인세법 시행령에서 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 세법상 합병법인의 자산으로 인정된다.
 세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 달라 법인세법령에서 별도로 규정을 두는 경우가 있는데, 합병 시 영업권의 인식 요건도 그러한 경우에 속한다. 시행령에서 정한 ‘영업권에 관한 사업상 가치 평가 요건’은 1998. 12. 31. 법인세법 시행령 개정 시에 세법상 영업권을 제한적으로 인정하기 위해 도입된 것으로서, 합병 과세의 틀이 정비된 2010. 6. 8. 개정 법인세법 시행령에서도 제80조의3 제2항으로 옮겨 현재까지 유지되고 있다.
 (2) 합병의 경우 영업권을 세법상 자산으로 인정하기 위한 요건 문제는, 구체적 평가방법의 적절성을 판단할 때 영업권 가액을 합병대가 중 순자산가액을 초과한 차액으로 계산하는 것이 적절한지라는 문제와는 논의 단계를 달리한다. 따라서 상호 등에 대한 사업상 가치 평가를 요구하는 것은 차액설에 따른 영업권 평가의 적절성을 수긍한 판례와 모순되는 것이 아니다.
 (3) 합병평가차익 과세는 피합병법인이 합병 전까지 보유하던 유·무형의 자산에서 발생한 이득을 합병을 계기로 일정한 요건에 따라 과세하는 것으로서, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항이 그 계산법으로 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호를 인용하고 있을 뿐, 개념상 자본준비금[구 법인세법 제16조 제1항 제2호 (가)목] 등과는 아무런 관련이 없다. 합병법인이 피합병법인으로부터 인계받은 순자산가액과 합병신주 액면가액 사이의 단순 차액인 합병차익은 합병평가차익 과세의 요건이 될 수 없다.
 2. 가. 원심판결 이유와 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 (1) 원고는 전자제품 등 부품의 제조 및 판매업 등을 영위하는 코스닥상장법인으로 2008. 9. 16. 비상장법인인 주식회사 다코웰(이하 ‘다코웰’이라 한다)을 흡수합병하고 그 무렵 합병등기를 마쳤다. 당시 관련 법령에 따라 평가기준일인 2008. 6. 24.을 기준으로 원고의 주가와 다코웰의 자산가치와 수익가치 가중산술평균에 기초하여 합병비율을 산정하였고, 합병교부금은 따로 지급되지 않았다.
 (2) 원고는 기업회계기준에 따라 합병신주의 가액과 순자산 공정가액의 차액인 약 157억 원을 영업권으로 회계장부에 계상하였다.
 (3) 피고는 위 157억 원이 합병평가차익으로 2008 사업연도의 익금에 산입되어야 한다고 보아, 2014. 3. 13. 원고에게 2008 사업연도 법인세 약 11억 원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 나. 원심은 아래와 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였다.
 (1) 합병평가차익의 과세는 합병차익을 요건으로 하는데 이 사건의 경우 합병신주의 액면가액 합계가 다코웰의 순자산가액을 초과하여 합병차익이 없으므로 세법상 영업권 여부와 무관하게 합병평가차익 과세가 위법하다.
 (2) 관련 규정에 따라 합병대가가 산정되었고, 회계상의 영업권 금액 중 자산적 가치가 있는 부분이 확인되어야 비로소 세법상 영업권으로 인정할 수 있으나 초과수익력 있는 영업권에 대한 직접적인 인식이나 평가가 없었던 점 등에 비추어, 원고가 장부에 계상한 영업권이 세법상 자산으로 인정되는 영업권에 해당한다고 보기도 어렵다.
 3. 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 그대로 수긍하기 어렵다.
 가. 합병차익이 합병평가차익의 과세 요건으로 될 수 없음은 위에서 본 바와 같다. 그러므로 합병 시 영업권의 가액을 구 법인세법상 합병평가차익으로 과세할 수 있는지는 합병차익의 존부가 아니라 앞서 본 법리에 따라 합병법인이 피합병법인의 무형의 재산에 대한 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있는지를 살펴보아야 한다.
 나. 나아가 원심판결 이유와 기록에 의하면 아래와 같은 사정들을 알 수 있다.
 (1) 원고는 2006, 2007 사업연도에 연속하여 거액의 결손을 기록하여 당시 자본잠식에 따른 상장폐지의 가능성 등의 위기에 처해 있었고, 이를 극복하기 위한 새로운 사업 동력을 찾을 필요가 있었다.
 (2) 반면 원고의 계열사인 다코웰은 2007년 말 기준의 자산 총계 약 51억 원 중 현금성 자산과 매출채권 등 당좌자산이 약 39억 원으로 대부분을 차지하고 기계 등 유형자산은 약 2,800만 원에 불과함에도, 2006, 2007 사업연도에 잇달아 급격한 매출의 성장과 함께 각각 12.5%와 20.9%이라는 높은 영업이익률을 보였고, 세무상으로도 연속하여 상당한 규모의 소득금액을 신고하였다. 이러한 사정은 관련 규정에 따라 다코웰 주식의 수익가치를 계산할 때 반영이 되었다.
 (3) 원고는 합병대가와 다코웰로부터 승계한 순자산가액의 차액인 157억 원을 회계장부에 영업권으로 계상하였을 뿐만 아니라, 합병이 이루어진 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지 각 법인세를 신고할 때에도 스스로 세법상 자산인 영업권으로 계상하여 4개 연도에 걸쳐 위 157억 원 전액을 감가상각비로 손금산입 처리를 하였다. 피고의 이 사건 처분 전까지 여러 해가 지나도록 수정신고를 한 바도 없다.
 다. 위와 같은 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 당시 다코웰이 가지고 있던 거래관계 등 무형의 재산에 전체로서 사업상 가치를 인정하여 대가를 지급하고 합병하였다고 볼 여지가 크다. 특히 합병비율에 관하여는 증권거래법 등 관련 규정을 따라야 하고, 무형적 자산에 대한 가치평가액을 전체 합병대가에서 순자산가액을 공제한 금액으로 적절히 정하는 것이 가능하므로, 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정 시 별도의 적극적인 초과수익력 계산 과정이 수반되어야 하는 것은 아니다. 또한 세법상 영업권의 평가 여부는 합병 당시를 기준으로 판단하여야 하므로, 합병 이후 합병법인의 결손이 확대되었다는 점만으로 달리 보기 어렵다.
 4. 그런데도 원심은 이러한 사정을 구체적으로 살펴보지 않은 채 잘못된 전제에서 세법상 영업권이 인정되지 않는다고 보아 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였다. 원심의 판단에는 합병 시 세법상 영업권의 인식 요건 등에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 5. 피고의 상고는 이유 있으므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김창석(재판장) 조희대 김재형(주심) 민유숙

[1] 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위한 요건 및 이때 사업상 가치의 평가 여부를 판단하는 방법 / 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 있는지 여부(소극)
[2] 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정 시 별도의 적극적인 초과수익력 계산 과정이 수반되어야 하는지 여부(소극) / 세법상 영업권의 평가 여부를 판단하는 기준 시기(=합병 당시) 및 합병 이후 합병법인의 결손이 확대되었다는 점만으로 이를 달리 볼 수 있는지 여부(소극)
[3] 코스닥상장법인인 甲 주식회사가 비상장법인인 乙 주식회사를 흡수합병하고 기업회계기준에 따라 합병신주의 가액과 순자산 공정가액의 차액을 영업권으로 회계장부에 계상하였는데, 과세관청이 위 금액은 합병평가차익으로 익금에 산입되어야 한다고 보아 甲 회사에 법인세 부과처분을 한 사안에서, 甲 회사가 장부에 계상한 영업권이 세법상 자산으로 인정되는 영업권에 해당한다고 보기 어렵다고 한 원심판단에 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례

[1] 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 제3호 단서, 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제1호, 제15조 제2항, 제24조 제4항에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다.
[2] 합병 시 영업권의 가액을 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것)상 합병평가차익으로 과세할 수 있는지는 합병차익의 존부가 아니라 합병법인이 피합병법인의 무형의 재산에 대한 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있는지를 살펴보아야 한다.
 특히 합병비율에 관하여는 증권거래법 등 관련 규정을 따라야 하고, 무형적 자산에 대한 가치평가액을 전체 합병대가에서 순자산가액을 공제한 금액으로 적절히 정하는 것이 가능하므로, 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정 시 별도의 적극적인 초과수익력 계산 과정이 수반되어야 하는 것은 아니다. 또한 세법상 영업권의 평가 여부는 합병 당시를 기준으로 판단하여야 하므로, 합병 이후 합병법인의 결손이 확대되었다는 점만으로 달리 보기 어렵다.
[3] 코스닥상장법인인 甲 주식회사가 비상장법인인 乙 주식회사를 흡수합병하고 기업회계기준에 따라 합병신주의 가액과 순자산 공정가액의 차액을 영업권으로 회계장부에 계상하였는데, 과세관청이 위 금액은 합병평가차익으로 익금에 산입되어야 한다고 보아 甲 회사에 법인세 부과처분을 한 사안에서, 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등을 종합하면, 甲 회사가 당시 乙 회사가 가지고 있던 거래관계 등 무형의 재산에 전체로서 사업상 가치를 인정하여 대가를 지급하고 합병하였다고 볼 여지가 크고, 특히 합병비율에 관하여는 증권거래법 등 관련 규정을 따라야 하며, 무형적 자산에 대한 가치평가액을 전체 합병대가에서 순자산가액을 공제한 금액으로 적절히 정하는 것이 가능하므로, 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정 시 별도의 적극적인 초과수익력 계산 과정이 수반되어야 하는 것은 아니며, 세법상 영업권의 평가 여부는 합병 당시를 기준으로 판단하여야 하므로 합병 이후 합병법인의 결손이 확대되었다는 점만으로 달리 보기 어려운데도, 甲 회사가 장부에 계상한 영업권이 세법상 자산으로 인정되는 영업권에 해당한다고 보기 어렵다고 한 원심판단에 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례.