부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.11.14 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 아케마 (소송대리인 변호사 이재홍 외 5인)
【피고, 피상고인】 창원세무서장
【원심판결】 부산고법 2013. 5. 16. 선고 (창원)2012누532 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제1, 2점에 대하여
 가. 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 제3항은 “세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다.”고 규정하고, 구 부가가치세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것) 제56조는 “법 제16조 제3항에 따라 교부하는 세금계산서는 법 제16조 제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 따른다.”고 규정하며, 그 위임에 따른 구 수입세금계산서 교부에 관한 고시(2009. 8. 20. 관세청고시 제2009-79호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 본문은 ‘세관장은 부가가치세를 징수, 환급, 충당하는 때에는 수입세금계산서(별지 제1호 서식)를 교부한다’고 정하면서 그 [별지 1호] 서식에서 ‘수입자의 등록번호, 상호, 성명, 사업장주소, 업태 및 종목’ 등을 세관장이 교부하는 수입세금계산서에 기재하도록 규정하고 있다.
 한편 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문은 ‘제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 ‘필요적 기재사항’이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액’은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있는데, 구 부가가치세법 제16조 제1항 제2호는 ‘공급받는 자의 등록번호’를 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로 규정하고 있다.
 이와 같이 부가가치세는 원칙적으로 사업장마다 신고·납부하여야 하므로 동일한 사업자라도 사업자단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다 사업자등록을 하여야 하고(구 부가가치세법 제4조 제1항, 제5조 제1항), 앞서 본 규정들의 문언내용상 수입자의 등록번호는 세관장이 교부하는 수입세금계산서의 필요적 기재사항의 하나에 해당하며, 구 부가가치세법 제16조 제3항에 의하여 수입되는 재화에 대하여 세금계산서를 교부받아야 할 ‘수입자’는 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자를 의미한다[대법원 2011. 4. 28. 선고 2009두11539, 2009두11546(병합) 판결 참조]. 따라서 이러한 법리들을 종합하여 보면, 2개 이상의 사업장이 있는 사업자가 재화를 수입하면서 당해 재화를 직접 사용·소비·판매할 사업장의 등록번호가 기재된 수입세금계산서가 아닌 단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과한 다른 사업장의 등록번호가 기재된 수입세금계산서를 교부받는 것은 수입세금계산서에 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이다.
 나. 원심은 (1) 원심 판시 원고 본점(이하 ‘본점’이라 한다)과 지점(이하 ‘지점’이라 한다)의 각 사업장을 보유한 원고가 아크릴수지 제조원료인 Methyl Metharcrylate(이하 ‘이 사건 MMA'라 한다)를 수입하면서 지점 명의로 수입절차를 진행하고 세관장으로부터 지점 명의로 이 사건 각 수입세금계산서를 교부받았지만, 본점에서 이 사건 MMA에 대한 구매계약을 체결하고 그 대금을 모두 지급하였으며, 이 사건 MMA는 수입 후 지점을 거치지 아니하고 바로 본점이 임차한 화학물질 저장고에 보관되었다가 본점의 출고지시에 따라 본점의 거래처 등에 운송된 사실을 비롯한 판시 사실들을 인정한 후, (2) 판시 사정들에 비추어 보면, 이 사건 MMA는 원고의 본점이 본점에서 판매하기 위한 목적으로 수입한 것으로서 울산항에 수입되는 시점에 이를 취득한 것은 지점이 아니라 본점이고, 단지 그 통관업무를 지점이 선임한 관세사가 처리하였으며 수입세금계산서를 지점이 교부받았다는 사정만으로 그 취득자를 지점으로 볼 것은 아니라고 판단하는 한편, (3) 이 사건 MMA를 실질적으로 수입하는 자(공급받는 자)는 본점임에도, 형식상의 수입자에 지나지 않는 지점을 공급받는 자로 하여 작성된 이 사건 각 수입세금계산서는 그 기재내용이 사실과 다른 경우에 해당하므로 이 사건 MMA의 수입에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니된다고 판단하고, 나아가 (4) 구 부가가치세법 기본통칙(2011. 2. 1. 개정되기 전의 것) 16-56-1은 ‘수개의 사업장이 있는 사업자가 재화를 수입하는 경우 수입신고필증상 기재된 사업장과 당해 재화를 사용 소비할 사업장이 상이한 때에는 수입재화를 실지로 사용 소비할 사업장 명의로 세금계산서를 교부받을 수 있다’라고 규정하고 있어 당해 재화를 실질적으로 수입하지 않았고 실지로 사용·소비하지도 않은 사업장은 수입재화에 관한 세금계산서를 교부받을 수 없으므로, 이와 달리 지점이 형식상의 수입신고 명의인에 불과함에도 지점 명의로 이 사건 각 수입세금계산서를 교부받은 이 사건에서 위 기본통칙만으로는 피고가 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해를 표명하였다고 인정하기에 부족하다고 판단하여, 위 기본통칙에 따라 지점 명의로 수입세금계산서를 발급받고 그 부가가치세를 납부하였는데 피고가 원심에 이르러 비로소 지점에서 이 사건 MMA의 수입에 대한 매입세액을 공제한 것이 부당하다고 주장하는 것은 신뢰보호원칙에 위배된다는 원고의 주장을 받아들이지 아니하여, (5) 결과적으로 2007년 제2기부터 2009년 제1기까지의 해당 부가가치세를 원고에게 부과한 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.
 원심판결 이유 및 기록에 의하면, ① 이 사건 각 수입세금계산서에는 지점의 등록번호가 기재되어 있으므로 이 사건 각 수입세금계산서는 지점을 공급받는 자로 하여 발급된 것으로 봄이 상당하고, 또한 ② 원고는 2010. 7. 2. 조세심판원에 심판청구를 할 때부터 이 사건 MMA를 취득한 사업장이 본점이라는 취지로 주장하여 왔으므로 그에 따른 절차를 취하거나 자료를 갖출 수 있었다고 할 것이어서, 피고가 원심에 이르러 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 각 수입세금계산서에 의한 매입세액 공제가 위법함을 예비적으로 주장하였다고 하여 이를 두고 원고의 신뢰에 반한다고 보기 어렵다.
 이러한 사정들과 아울러 적법하게 채택된 증거들에 비추어 원심판결 이유를 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단은 앞에서 본 규정과 법리에 기초한 것으로 보이고, 거기에 구 부가가치세법상 2개 이상의 사업장이 있는 경우의 재화 또는 용역을 공급받는 자 및 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2에서 정한 사실과 다른 세금계산서와 매입세액 불공제에 관한 법리나 신뢰보호의 원칙에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
 2. 상고이유 제3, 4점에 대하여
 수입세금계산서에 수입자의 등록번호가 사실과 다르게 기재되어 있더라도 납세의무자가 선의·무과실로 수입세금계산서를 교부받은 경우에는 그 매입세액을 공제하여야 한다는 취지의 주장과, 사실과 다른 세금계산서로 보게 되면 실질적으로는 납세의무자가 부가가치세를 이중으로 부담하게 되는 불이익을 입게 되는 점 등에 비추어 볼 때 적어도 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 보아야 한다는 취지의 주장은 모두 상고심에 이르러 처음 주장된 것으로서 적법한 상고이유가 될 수 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신영철(재판장) 이상훈 김용덕(주심) 김소영

2개 이상의 사업장이 있는 사업자가 재화를 수입하면서 당해 재화를 직접 사용·소비·판매할 사업장의 등록번호가 기재된 수입세금계산서가 아닌 단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과한 다른 사업장의 등록번호가 기재된 수입세금계산서를 교부받는 경우, 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 있는지 여부(소극)