법인세부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 1999.02.25 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
기타
【주문】
1. 피고가 1993. 5. 6. 원고에 대하여 한 1988 사업연도 귀속 법인세 14,552,670원, 방위세 2,149,970원 및 1993. 10. 16.에 한 1990 사업연도 귀속 법인세 164,469,420원, 방위세 37,133,850원의 각 부과처분 중 1988 사업연도 귀속 법인세 12,167,330원, 방위세 1,797,570원 및 1990 사업연도 귀속 법인세 148,571,000원, 방위세 31,540,560원을 각 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 7등분하여 그 중 1은 피고의, 나머지는 원고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

갑 제1호증의 1, 2, 갑 제40호증의 1 내지 15, 갑 제41호증의 1 내지 3, 갑 제42호증의 1 내지 3, 갑 제43호증의 1 내지 19, 갑 제47호증, 갑 제52호증의 26, 을 제2호증의 1 내지 6, 을 제4호증의 1 내지 9, 을 제5호증, 을 제7호증의 1 내지 4, 을 제8호증의 1 내지 7, 을 제9호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실들을 인정할 수 있고, 반증이 없다.
가. 원고 회사는 원목판매업, 목재 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 1974. 1. 16.대양목재공업주식회사라는 상호로 설립된 회사로서 1982. 3. 31. 주식회사대양주택을흡수합병하였고, 1987. 11. 18. 현재의 상호인 주식회사대양개발로 상호를 변경하였으며, 1988. 3. 31. 주식회사대창주택을흡수합병하였다. 그리고 원고 회사는 1988. 3. 30. 목적사업을 목재 제조 및 판매업, 주택건설업, 관광산업(레저산업) 등으로 변경하였고, 1992. 12. 4. 다시 목적사업을 공원사업(관광레저), 공원 및 유원지 시설설치운영업, 체육시설업, 주택건설업 등으로 변경하고, 같은 해. 12. 14. 변경등기를 마쳤다.
나. 원고 회사는 1986. 경부터 1988. 12. 경까지 사이에 별지 부동산 제1목록 기재 토지들(이하 이 사건 제1토지라고 한다)을 취득하였고, 1984. 11. 22. 경 별지 부동산 제2목록 기재 토지들(이하 이 사건 제2토지라고 한다)을 취득하였으며, 1986. 2. 20. 경 별지 부동산 제3목록 기재 토지들(이하 이 사건 제3토지라고 한다)을 취득하였다.
다. 1988 사업연도 귀속분 부과처분 경위

피고는 원고에 대한 1988 사업연도(1988. 1. 1. - 1988. 12. 31.) 귀속 법인세 및 방위세의 과세표준과 세액을 결정하면서 원고가 이 사건 제1토지 중 101,697㎡, 이 사건 제2토지 중 23,283㎡ 및 이 사건 제3토지 중 3분의 2 지분에 해당하는 23,566㎡를 취득한 후 2년 이내에 원고 회사의 업무에 직접 사용한 사실이 없어 위 토지들은 비업무용 부동산에 해당한다고 인정하여 지급이자 74,279,014원, 관련 재산세 등 2,750,060원을 손금불산입하여 별지 세액산출내역표 1 기재와 같이 세액을 산출하여 1993. 5. 6. 법인세 14,552,670원, 방위세 2,149,970원을 부과하였다.
라. 1990 사업연도 귀속분 부과처분 경위

(1) 당초 처분

피고는 원고에 대한 1990 사업연도(1990. 1. 1. - 1990. 12. 31.) 귀속 법인세 및 방위세의 과세표준과 세액을 결정하면서 원고가 이 사건 제1 내지 제3토지를 취득한 후 2년 이내에 원고 회사의 업무에 직접 사용한 사실이 없어 위 토지들은 비업무용 부동산에 해당한다고 인정하여 지급이자 153,921,573원, 관련 재산세 등 22,263,328원을 손금불산입하여 별지 세액산출내역표 2-1 기재와 같이 세액을 산출하여 1993. 5. 6. 법인세 182,463,390원, 방위세 30,681,170원을 부과하였다.
(2) 1차 경정 처분

피고는 1993. 5. 24. 다시 1990 사업연도 귀속 법인세 및 방위세의 과세표준과 세액을 경정하면서 면세관련 부가가치세공통매입세액 11,593,249원을 손금에 추가산입하고, 비업무용부동산으로 인정한 이 사건 제1 내지 제3토지에 관한 지급이자 중 1,922,240원을 추가로 손금불산입하여 별지 세액산출내역표 2-2 기재와 같이 세액을 산출하여 법인세 18,970,630원을 감액하는 한편 방위세 4,089,380원을 추가고지하였다.
(3) 2차 경정 처분

피고는 1993. 10. 16. 다시 1990 사업연도 귀속 법인세 및 방위세의 과세표준과 세액을 경정하면서 비업무용부동산으로 인정하였던 이 사건 제1 내지 제3토지에 관한 지급이자 중 12,000,666원을 추가로 손금불산입하여 별지 세액산출내역표 2-3 기재와 같이 세액을 산출하여 법인세 5,151,670원과 방위세 10,077,550원을 각 추가고지하였다.
(4) 3차 경정 처분

피고는 1998. 10. 22. 당초 비업무용 부동산으로 인정하였던 이 사건 제2토지 중 8,937㎡를 비업무용 부동산에서 제외하여 별지 세액산출내역표 2-4 기재와 같이 세액을 다시 산출하여 법인세 4,175,010원과 방위세 7,714,260원을 각 감액고지하였다(위와 같은 3차에 걸친 경정 처분을 통하여 1990 사업연도 귀속 법인세는 164,469,420원으로 되었고, 방위세는 37,133,850원으로 되었다).
2. 당사자의 주장

가. 피고는 이 사건 처분들이 위 처분사유와 관계 법령에 따른 것으로서 적법하다고 주장한다.
나. 이에 대하여, 원고는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.
(1) 이 사건 제1토지에 관한 사유

첫째 이 사건 제1토지는 도시공원법에 의한 도시공원구역 내 토지들로서 원고 회사가 법인등기부상 목적사업인 공원사업을 목적으로 취득하였고, 공원관리청인 인천직할시(현 인천광역시, 이하 인천직할시라고 한다)가 도시공원법의 규정에 의하여 조성계획을 입안하여 자연상태 그대로 공원에 공하고 있으므로 이 사건 제1토지는 원고 회사의 “공원사업용”에 제공하고 있는 토지들로서 원고 회사의 사업목적과 관련이 없는 비업무용 부동산이 아니고, 둘째 원고는 이 사건 제1토지를 취득할 당시 그곳에 도시공원시설들을 설치하여 이를 일반에게 제공하여 공원을 더욱 더 편리하고 쾌적하게 이용할 수 있도록 할 목적으로 이 사건 제1토지를 취득하였고, 취득 이후 그와 같은 도시공원시설들을 설치하기 위하여 거액의 금원을 지출하여 각종 조사와 기본사업계획을 작성하는 등 준비작업을 거쳐 1990. 10. 경 도시공원조성허가신청서를 관할 인천직할시에 제출하였으나 인천직할시에서는 여러 가지 사항에 대한 보완을 요청하므로 원고가 1994. 7. 경까지 보완지시에 따른 수정보완, 인천직할시와 인천직할시의회의 각종 공청회 개최준비와 참석, 토론 등 작업을 진행하였으나인천직할시장은 1994. 7. 8.에 이르러 원고가 제출한 공원조성계획변경 및 공원설치신청을 반려하는 처분을 함으로써 원고의 공원시설설치사업과 공원조성 및 설치계획의 변경계획은 무산되고 말았는바, 그와 같이 목적사업의 실현을 위하여 업무를 수행한 기간 동안은 이 사건 제1토지를 목적사업에 제공하였다고 볼 것이므로 비업무용 부동산에서 제외되어야 하며, 셋째 그렇지 않다 하더라도 이 사건 제1토지에 대한 공원시설설치허가의 불허는 순전히 이 사건 제1토지의 취득 후에 시행된 환경정책기본법 및 환경영향평가법 등에 의하여 원고가 공원으로 사용하려고 한 것이 법령에 의하여 금지 또는 제한된 것이므로 이는 토지의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것으로서구 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호에 의하여 비업무용 부동산에서 제외되어야 하고, 넷째 이 사건 제1토지의 취득경위와 목적, 공원으로서 일반인에게 공하고 있는 용도, 사용실태 등 여러 사정을 종합하면 이 사건 제1토지는 대법원판례(1994. 2. 8. 선고, 93누19788)가 인정하고 있는 바와 같은구 법인세법시행규칙 제18조 제4항에 상당하는 경우로서 비업무용부동산의 적용대상에서 제외되어야 한다고 주장한다.
(2) 이 사건 제2토지에 관한 사유

원고는 이 사건 제2토지를 취득하여 그 지상에 건축물을 건축하기 위하여 건축허가신청을 하였으나 도시계획입안중인 지역이라는 이유로 신청이 반려되었는바, 이는구 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 및 제10호소정의 당해 부동산 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것이거나 또는 조경보건위생도로교통 등의 공익상 공지상태로 둠이 타당하다고 인정한 토지에 해당하여 비업무용 부동산에서 제외되어야 한다고 주장한다.
(3) 이 사건 제3토지에 관한 사유

원고는 이 사건 제3토지를 주택건설의 목적으로 취득하였는데, 이 사건 제3토지 취득 후 제정된 관할 광주직할시(현 광주광역시, 이하 광주직할시라고 한다)의 토지형질변경등행위허가사무취급규정에 의하여 형질변경이 금지된 경사도 30%를 초과하는 부분이 25,058㎡나 되어 형질변경을 할 수 없는 바람에 건축을 할 수 없었으므로 이는구 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호소정의 당해 부동산취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것에 해당하여 비업무용 부동산에 제외되어야 한다고 주장한다.
3. 관계 법령

가. 구 법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라고 한 다) 제18조의 3 제1항은 다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 다음 각 호의 자산합계액 한도내에서 대통령령이 정하는 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서 그 제3호는 당해 법인의 업무에 직접 관련 없는 부동산을 들고 있고, 같은 조 제3항은 제1항 제2호 및 제3호에 규정한 자산의 범위는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다.
나. 법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 개정되기 전의 것) 제43조의 2 제1 항은 법 제18조의 3 제1항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액의 합계액을 말한다고 규정하면서 그 제1호는 ‘지급이자 × 법 제18조의 3 제1항 제3호에 해당하는 자산의 합계액(총차입금을 한도로 한다)/총차입금’을 들고 있고, 같은 조 제2항은 제1항의 산식 중 총차입금자기자본 및 법 제18조의 3 제1항 …제3호에 해당하는 자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말하며, …라고 규정하며, 같은 조 제5항은 법 제18조의 3 제1항 제3호에서 “당해 법인의 업무에 직접 관련 없는 부동산”이라 함은 당해 부동산 취득 후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물 등의 면적, 당해 법인의 업무와의 관련 정도 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산(이하 “비업무용 부동산”이라 한다)을 말한다고 규정하고 있다.
그리고 법시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 개정되어 1990. 12. 31. 대통령령 제13195호로 개정되기 전의 것) 제43조의 2 제1항은 법 제18조의 3 제1항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액의 합계액을 말한다고 규정하면서 그 제2호는 ‘지급이자 × 법 제18조의 3 제1항 제3호에 해당하는 자산의 합계액(총차입금을 한도로 한다)/총차입금’을 들고 있고, 같은 조 제2항은 제1항의 산식 중 총차입금자기자본 및 법 제18조의 3 제1항 …제3호에 해당하는 자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말하며, …라고 규정하며, 같은 조 제5항은 법 제18조의 3 제1항 제3호에서 “당해 법인의 업무에 직접 관련 없는 부동산”이라 함은 당해 부동산 취득 후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물 등의 면적, 당해 법인의 업무와의 관련 정도 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산(이하 “비업무용 부동산”이라 한다)을 말한다고 규정하고 있다(위와 같이 1989. 12. 30. 법시행령 제43조의 2가 개정되었으나 당초 같은 조 제1항 1호에 규정되었던 내용이 같은 조 제1항 제2호로 자리를 옮겼을 뿐 내용이 달라지지는 아니하였다).
다. 법시행규칙(1989. 3. 6. 재무부령 제1780호로 개정되기 전의 것) 제18조 제2항은 영 제43조의 2 제2항에 규정하는 적수는 월말현재액에 경과일수를 곱하여 계산할 수 있다고 규정하고, 같은 조 제3항은 영 제43조의 2 제5항에서 “비업무용 부동산”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 규정하면서 그 제1호는 취득 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지는 2년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용되지 아니하는 부동산(매매사업용 부동산을 포함한다)을 들고 있고, 그 제4호는 임업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 임야를 들고 있으며, 같은 조 제4항은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 아니한다고 규정하면서 그 제1호는 당해 부동산 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것과 그 금지 또는 제한이 해제된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 것을 들고 있고, 그 제10호는 취득 후 관할시장군수구청장의 조경보건위생도로교통 등의 공익상 공지상태로 둠이 타당하다고 인정한 토지를 들고 있다.
그리고 법시행규칙(1989. 3. 6. 재무부령 제1780호로 개정되어 1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것) 제18조 제2항은 영 제43조의 2 제2항에 규정하는 적수는 월말현재액(월중에 비업무용 부동산을 처분하거나 업무용으로 전환한 경우에는 그 처분일 또는 전환일의 직전일의 현재액)에 경과일수를 곱하여 계산할 수 있다고 규정하고, 같은 조 제3항은 영 제43조의 2 제5항에서 “비업무용 부동산”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 규정하면서 그 제1호는 취득 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지는 2년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용되지 아니하는 부동산(매매사업용 부동산을 포함한다)을 들고 있고, 그 제4호는 임업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 임야를 들고 있으며, 같은 조 제4항은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 아니한다고 규정하면서 그 제1호는 당해 부동산 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것과 그 금지 또는 제한이 해제된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 것을 들고 있고, 그 제10호는 취득 후 관할시장군수구청장의 조경보건위생도로교통 등의 공익상 공지상태로 둠이 타당하다고 인정한 토지를 들고 있다.
3. 판단

가. 이 사건 제1토지에 대한 판단

(1) 인정되는 사실관계

앞서 채택한 증거들에 갑 제3 내지 38호증, 갑 제39호증의 1, 2, 갑 제50호증, 갑 제64호증, 갑 제66호증의 1 내지 3의 각 기재와 증인김충섭의 증언 및 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실들을 인정할 수 있고, 반증이 없다.
(가) 이 사건 제1토지 일대 335,000㎡는 1944. 1. 8. 조선총독부령 제13호로 계양공원으로 결정고시되었다.
(나) 원고는 이 사건 제1토지를 비롯한 일대의 토지 지상에 휴식, 휴양, 위락, 교양, 체육시설 기능을 갖춘 대단위 종합휴양공원(가칭인천대양월드)을 조성할 목적으로 1986. 경부터 1988. 12. 경까지 사이에 이 사건 제1토지를 취득하였다.
(다) 원고는 이 사건 제1토지를 취득한 이후 1990. 4. 11.에 이르러서소외 주식회사 코리아 메이쇼와 사이에 공원개발에 대한 기본구상 및 기본계획 작성에 따른 용역계약을 체결하였고, 또한 같은 해. 9. 3.소외 주식회사 건축계획연구소와 사이에 기초설계위탁계약을 체결하였다.
(라) 한편 원고는 1990. 8. 20.인천직할시장에게 계양공원 민자조성 사업승인 신청을 하였으나, 같은 해. 9. 21. 반려되었다. 원고는 다시 같은 해. 11. 19. 사업계획승인신청을 하였으나인천직할시장은 1991. 1. 16. 간이골프장을 유보하고, 유희시설규모를 축소하는 등 시설과 규모에 대한 재검토 조정이 필요하다는 이유로 원고의 신청을 다시 반려하였다. 이에 따라 원고는 간이골프장 설치계획을 취소하는 등인천직할시장의 보완요구사항을 보완하여 1991. 3. 4. 다시인천직할시장에게 도시계획사업(도시공원조성공원시설설치)허가신청을 하였다. 이에 대하여인천직할시장은 1991. 4. 2.도시공원법 제4조 제5항의 규정에 의하여 계양공원조성기본계획변경이 선행되어야 하므로 기본계획변경에 따른 제반 절차를 거쳐 건설부장관의 변경결정이 있은 후 변경결정된 기본계획에 따라 별도의 도시계획사업허가를 얻도록 통지하였다. 그리고 인천직할시는 1991. 6. 7. 계양공원조성 기본계획변경 및 민자유치계획에 대한 공청회를 개최한 다음 같은 해. 6. 15. 그 공청회 결과에 따라 원고에 대하여 자연보존측면에서 훼손 극소화 등 사업계획서의 수정보완을 요구하였고, 이에 대하여 원고는 같은 해. 6. 21. 보완 및 조정사항을 제출하였다.
(마)인천직할시장은 1991. 7. 5. 지방도시계획위원회의 자문결과에 따라 문제점을 통보하면서 조치를 요청하였고, 이에 대하여 원고는 같은 해. 7. 6. 그와 같은 문제점에 대한 조치사항을 통보하였다. 또한인천직할시장은 1991. 8. 10. 건설부장관의 보완요구에 따른 사업계획의 보완을 통지하였고, 이에 대하여 원고는 같은 해. 8. 21. 보완서류를 제출하였다. 다시인천직할시장은 1991. 9. 14. 신청면적 중 20% 미만에 해당하는 시설구역을 정하는 사업계획의 보완을 요구하였고, 원고는 같은 해. 9. 17. 보완서류를 제출하였다.
(바)인천직할시장은 1991. 10. 8. 공원조성사업도 환경영향평가대상이 된다는 환경처의 유권해석이 있음을 통보하면서 환경영향평가서를 작성협의하도록 통지하였다. 이에 대하여 원고는 1992. 5. 29. 환경영향평가서 초안 및 교통영향평가서를 제출하고 그 심의를 신청하였다.인천직할시장은 이에 대하여 1992. 6. 1. 환경영향평가서의 보완을 요구하였고, 원고는 같은 해. 7. 28. 보완서류를 제출하였다.
(사) 한편 인천직할시의회 청원심사특별위원회는 1992. 9. 2. 계양산개발에 관한 청원서와 관련하여 원고로부터 공원개발계획을 청취하였고, 1993. 4. 29. 공원개발에 관한 추진상황을 청취하였다.
(아)인천직할시장은 1992. 10. 7. 환경영향평가서의 재검토와 보완을 요구하였고, 원고는 1993. 5. 6. 보완서류를 제출하였다. 그리고 원고는 1993. 5. 22. 서울지방환경청 등에 환경영향평가서를 제출하였음을 인천직할시에 통보하였다.
(자) 한편 인천직할시 북구청장은 1993. 6. 9. 환경영향평가서 초안에 대한 주민의견 수렴을 위한 설명회를 개최하였고, 같은 해. 7. 27. 주민의견수렴결과를 원고에게 통보하였다. 그리고 서울지방환경청장은 1993. 6. 23. 환경영향평가서 초안 검토의견을 회신하였다.
(차) 인천직할시의회 청원심사특별위원회는 1994. 6. 9. 특별위원회를 개최하고 원고와 원고의 사업을 반대하는 청원인 측으로부터 의견을 청취하였다. 그리고 1994. 7. 5. 청원서를 본회의에 부의하지 않기로 의결하였다.
(카)인천직할시장은 1994. 7. 8. 대다수 시민의 확고한 의지가 자연환경은 필히 보존되어야 한다는 것이라고 판단되며, 인천직할시 도시개발계획도 시민 다수가 원하는 바와 같이 자연환경을 최대한 보존하는 측면에서 전면 재검토중에 있고, 원고의 사업계획과 유사한 휴식공간 확보방안의 일환으로 송도유원지 개발사업 착수, 인천대공원의 조기개발, 영종해양관광단지 조성계획 등을 추진하고 있는 상황에서 인천직할시의 부족한 산림지대 훼손이 전제된 계양공원 민자사업을 수용하기 위하여 기존 기본계획변경은 적절하지 못한 실정이라는 이유로 원고의 사업계획허가신청에 따른 관련 서류, 도면 등 일체를 최종적으로 반려하였고, 이에 따라 원고의 사업계획은 무산되었다.
(2) 판단

(가) 첫째 주장에 대한 판단

이 사건 제1토지가 도시공원구역 내의 토지로서 자연상태 그대로 공원에 제공되고 있다 하더라도 위에서 인정한 바와 같은 원고의 이 사건 제1토지의 취득목적과 그곳에 공원시설을 설치하려 하였다가 반려된 경위 등에 비추어 볼 때 그러한 사정만으로 이 사건 제1토지가 원고의 업무에 ‘직접’ 사용되고 있었다고 할 수 없으므로 비업무용 부동산에서 제외된다고 보기 어렵다. 그러므로 원고의 첫째 주장은 그 이유 없다.
(나) 둘째 주장에 대한 판단

법시행규칙 제18조 제3항소정의 “법인의 업무에 직접 사용되지 아니하는 부동산”이라 함은 법인의 정관이나 법인등기부에 규정된 당해 법인의 목적사업 그 자체에 직접 사용되지 않는 경우를 의미하고, 단지 법인의 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 위하여 그 토지를 보유사용한 것에 불과한 경우도 비업무용 부동산에 포함된다고 할 것이다(대법원 1986. 10. 14. 선고 85누388 판결 등 참조).
그런데 원고는 위에서 인정한 바와 같이 이 사건 제1토지 지상에 도시공원시설을 설치할 목적으로 그에 따른 허가를 받는 과정에서 이 사건 제1토지를 보유한 것이므로 이는 원고의 사업에 직접 사용하기 위한 ‘준비’를 위하여 그 토지를 보유한 것이고, 원고의 사업에 직접 사용하였다고 할 수 없으므로 위와 같은 법리에 따르면 비업무용 부동산에 해당한다 할 것이다. 그러므로 원고의 둘째 주장도 그 이유 없다.
(다) 셋째 주장에 대한 판단

원고의 주장과 같이 원고가 이 사건 제1토지 지상에 공원시설설치허가를 받을 수 없었던 것이 환경정책기본법이나 환경영향평가법에 의한 것이라고 인정할 증거는 없고, 다만 위에서 인정한 사실에 의하면 원고가 이 사건 제1토지 지상에 공원시설설치허가를 받을 수 없었던 것은 환경보존의 측면에서 이루어진인천직할시장의 판단에 따른 것이라고 보여진다. 그러므로 원고의 셋째 주장도 그 이유 없다.
(라) 넷째 주장에 대한 판단

원고가 이 사건 제1토지를 취득한 이후 공원시설설치허가를 받기 위하여 허가신청을 하고, 관할 관청의 보완요청에 응하며, 환경영향평가나 주민의견수렴을 위한 설명회에 참석하는 등 4년간에 걸쳐 노력을 기울였다가인천직할시장의 판단에 의하여 그 공원조성 및 설치사업계획이 무산된 것은 위에서 인정한 바와 같다. 그러나 그러한 사실이 인정된다 하더라도 그러한 사정만으로 이 사건 제1토지가 대법원판결(1994. 2. 8. 선고, 93누19788)이 인정하는 바와같은 법시행규칙 제18조 제4항에 ‘상당’하는 경우라고 보기는 어렵다. 왜냐하면 위 판결의 사안은 토지상에 세워질 건물이 고층의 대규모 복합건물이라서 설계기간이 도합 37 내지 42개월이 소요되는 경우인데 반하여, 이 사건에는 그와 같은 사정이 있음을 인정할 자료가 없고, 더욱이 이 사건 원고는 위에서 인정한 바와 같이 이 사건 제1토지를 취득한 이후법시행규칙 제18조 제3항 제1호에 의하여 비업무용 부동산으로 되는 2년이 거의 경과할 무렵에서야 비로소 공원시설을 설치하기 위한 설계나 기본계획에 착수하고 허가신청을 하였다는 점에 비추어 보아도 이 사건 토지가법시행규칙 제18조 제4항에 ‘상당’하는 경우라고 보기는 어렵다. 그러므로 원고의 넷째 주장도 그 이유 없다.
나. 이 사건 제2토지에 대한 판단

(1) 인정되는 사실관계

앞서 채택한 증거들에 갑 제44호증의 1 내지 12의 각 기재와 증인김충섭의 증언(다만 증인김충섭의 증언 중 뒤에서 믿지 않는 부분 제외) 및 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실들을 인정할 수 있고, 위 인정에 일부 반하는 증인김충섭의 증언 부분은 믿지 아니하며, 달리 반증이 없다.
(가) 원고 회사에 합병되기 전의 주식회사대창주택(이하대창주택이라고 한다)은 그 지상에 주택을 건설할 목적으로 1984. 11. 22. 경 이 사건 제2토지를 취득하였다.
(나)대창주택은1985. 경 인천직할시 남구청장에 대하여 이 사건 제2토지 지상에 주택건설을 위한 입지심의신청을 하였으나 위 남구청장은 당해 지역이 상수도급수불가지역으로대창주택의 이 사건 제2토지 취득 이전부터 적용되던 인천직할시 공동주택입지여건및현장확인지침에 의하여 공동주택 건립이 불가하다는 이유로 신청서류를 반려하였다.
(다)대창주택은1985. 12. 6. 다시인천직할시장에 대하여 입지심의신청을 하였으나인천직할시장은 같은 해. 12. 9. 위 남구청장과 같은 이유를 들어 심의를 할 수없다고 통보하였다.
(라)대창주택은1986. 7. 경 다시 인천직할시 남구청장에 대하여 입지심의신청을 하였으나 위 남구청장은 같은 해. 7. 28. 전과 같은 이유를 들어 신청을 반려하였다.
(마)대창주택은1986. 9. 1. 다시인천직할시장에 대하여 입지심의를 신청하였으나인천직할시장은 같은 해. 9. 30. 입지심의결과 이 사건 제2토지 경계에 접하여 공해공장이 위치하고 있어 극심한 공해가 예상되며 현재 급수제외지역이라는 등의 이유로 부결되었다고 통지하였다. 이에 대하여대창주택은1986. 11. 17. 건설부장관에 대하여 입지심의거부처분취소심판을 제기하였다가 이후 이를 취하하였다.
(바) 원고는대창주택을합병한 다음 1989. 1. 경인천직할시장에 대하여 다시 입지심의신청서를 제출하였으나인천직할시장은 같은 해. 1. 21. 이 사건 제2토지가 현재 급수제외지역이며 도시계획입안중인 지역이라는 이유로 일건 서류를 반송하였다.
(2) 판단

위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 제2토지 지상에 주택을 건축하지 못한 주된 이유는 원고 주장과 같이 이 사건 제2토지에 관하여 도시계획입안중이었기 때문보다는 상수도급수제외지역이었기 때문으로 보이고, 그러한 제한은 이 사건 제2토지 취득전부터 있었던 것이다. 사정이 그러하다면 원고가 이 사건 제2토지 지상에 주택을 건축하지 못한 것이 이 사건 제2토지의 “취득 후” 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 경우라거나 이 사건 제2토지가 관할시장군수구청장의 조경보건위생도로교통 등의 공익상 공지상태로 둠이 타당하다고 인정한 토지라고 인정하기는 어렵다. 그러므로 원고의 이 사건 제2토지에 관한 주장은 그 이유 없다.
다. 이 사건 제3토지에 대한 판단

(1) 인정되는 사실관계

앞서 채택한 증거들에 갑 제45호증, 갑 제52호증의 9 내지 17, 21, 28 내지 32, 35의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실들을 인정할 수 있고, 반증이 없다.
(가)소외 대덕진흥주식회사,대창주택, 원고는 1986. 2. 20. 이 사건 제3토지를 각 지분 3분의 1 씩 취득하였고,소외 박보영은 같은 해. 6. 2. 이 사건 제3토지 중 위대덕진흥주식회사의 지분 3분의 1을 취득하였으며, 원고는 1988. 3. 31.대창주택을흡수합병하였다(그러므로 합병 이후 이 사건 토지 중 원고의 지분은 3분의 2가 되었다).
(나) 위대덕진흥주식회사,대창주택및 원고는 이 사건 제3토지를 취득한 후 1986. 3. 21. 그 지상에 다세대주택을 공동으로 건립하기로 약정하였고, 위대덕진흥주식회사로부터 이 사건 제3토지의 3분의 1 지분을 취득한 위박보영도 같은 해. 6. 26.대창주택및 원고와 사이에 위와 마찬가지의 약정을 체결하였다.
(다) 관할 광주직할시는 1987. 10. 27. 토지형질변경등행위허가사무취급규정(훈령 제387호, 이하 훈령이라고 한다)을 제정하였는데 훈령 제5조 제1항 제2호는 출원지가 경사도 30% 이상인 지역은 토지형질변경을 허가하지 아니한다고 규정하고 있었다. 원고는 그러한 제한규정을 1987. 12. 경 알게 되었고, 이 사건 제3토지는 자연녹지지역이고, 자연녹지지역 안에서 건축할 수 있는 건축물로서 1985. 8. 16. 개정된건축법시행령 제66조 제1항 제3호의 별표 3은 단독주택, 다세대주택, 연립주택, 기숙사 등을, 1988. 2. 24. 개정된건축법시행령 제66조 제12호의 별표 12는 단독주택(다중주택을 제외한다) 및 다세대주택, 연립주택, 기숙사 등을 규정하고 있었는데 원고는 이 사건 제3토지의 취득 이후 그 지상에 다세대주택을 건립하기 위한 행정적인 절차 등을 밟지 아니하고 있다가 1989. 8. 28. 광주직할시동구청장에 대하여 이 사건 제3토지 지상에 다세대주택 또는 연립주택의 건축가능여부를 질의하여 같은 해. 9. 6. 광주직할시동구청장으로부터 자연녹지지역에서는건축법시행령 제66조의 규정에 의하여 다세대주택의 건축은 가능하나, 연립주택은 위 토지가 녹지보존을 위하여 지장이 없다고 인정된 지역으로 시장에 의하여 아직 지정공고되지 않고 있어 건축허가가 불가능하다는 회신을 받았다. 그리고 위박보영은 1990. 6. 15. 광주직할시장에 대하여 이 사건 제3토지에 대한 연립주택허용구역 지정공고를 요망한다는 청원서를 제출하였으나 1991. 11. 25. 광주직할시장으로부터 연립주택건축허용구역지정불가라는 회시를 받았다.
(라) 이 사건 제3토지 35,439㎡ 중 경사도 30% 미만인 부분은 10,291㎡, 경사도 30% 이상인 부분은 25,058㎡인데, 경사도 30% 미만인 10,291㎡의 토지는 그 지형형태가 일부분씩 따로 떨어져 있는 것은 아니고 일정한 정도의 넓이로 인접, 연결되어 있어 그 지상에 다세대주택을 건축할 수 있다.
(2) 판단

위 인정사실에 의하면, 이 사건 제3토지 중 경사도 30% 이상인 25,058㎡ 토지는 원고가 취득 후 제정된 법령인 훈령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되었다고 할 것이므로법시행규칙 제18조 제4항 제1호에 의하여 비업무용 부동산에서 제외된다 할 것이나, 이 사건 제3토지 중 경사도 30% 미만 부분 10,291㎡는 그 지상에 다세대주택을 건축할 수 있고, 다른 법령상의 제한이 있었다고 인정할 증거가 없으므로 비업무용 부동산에 해당한다 할 것이다. 그러므로 원고의 이 사건 제3토지에 관한 주장은 위 인정범위 내에서만 그 이유가 있다.
라. 정당한 세액의 계산

나아가 이 사건 제3토지 중 25,058㎡를 비업무용 부동산에서 제외하여 원고에 대한 정당한 법인세와 방위세를 다시 계산하기 위하여 먼저 이 사건 제3토지에 관하여 지출된 재산세 액수임에 대하여 당사자 사이에 다툼이 없는 1988년분 224,760원, 1989년분 236,040원, 1990년분 5,558,460원(1989년분은 다음해인 1990 사업연도 귀속 법인세 등의 계산 전제가 되는 이월결손금을 산출하는데 필요하다) 중 위와 같이 비업무용 부동산에서 제외되는 25,058㎡ 부분에 해당하는 재산세액을 손금에 추가산입하고, 다시 위와 같이 비업무용 부동산에서 제외되는 25,058㎡ 부분에 해당하는 차입이자를 손금에 추가산입하면 별지 세액산출내역표 3과 같이 1988 사업연도 귀속 법인세는 12,167,330원, 방위세는 1,797,570원이 되고, 별지 세액산출내역표 4와 같이 1990 사업연도 귀속 법인세는 148,571,000원, 방위세는 31,540,560원이 된다.
4. 결론

그렇다면, 이 사건 각 처분 중 1988 사업연도 귀속 법인세 12,167,330원, 방위세 1,797,570원, 1990 사업연도 귀속 법인세 148,571,000원, 방위세 31,540,560원을 각 초과하는 부분은 위법하므로 이를 취소하기로 하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하며 소송비용의 부담에 관하여는행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제89조,제92조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

토지 중 경사도가 30% 이상인 토지 부분은 토지 취득 후 제정된 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되었다고 할 것이므로 해당부분은 법인의 비업무용토지에 해당하지 않는다고 할 것이다. 따라서 정당한 세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.