법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1991.11.20 / 시행일:

【원 고】 주식회사 시스코
【피 고】 용산세무서장
【주 문】
 피고가 1986.10.17. 원고에 대하여 한 별지 과세처분목록 기재 각 법인세, 부가가치세, 특별소비세, 방위세의 각 부과처분 및 같은 해 11.19. 원고에 대하여 한 같은 목록 기재 각 갑종근로소득세, 방위세의 각 부과처분을 각 취소한다.
 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 1 내지 6, 22 내지 24, 을 제2호증의 1 내지 6, 17, 18, 을 제3호증의 1 내지 6, 을 제4호증의 1, 을 제5호증, 을 제6호증, 을 제7호증, 을 제8호증의 1, 2, 을 제10호증, 을 제11, 12호증의 각 1, 2, 을 제16호증의 2, 4, 7, 8의 각 기재의 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 업무용 커피와 캔커피 등을 제조, 판매하는 회사인바, 피고는 원고 회사의 1983년도부터 1985년도까지의 법인세, 부가가치세 등의 신고에 대하여 실지조사를 하여 1983년도에는 금 104,781,788원 상당, 1984년도에는 금 63,849,829원 상당의 각 제품매출이 장부상 기장누락되고, 한편 이와는 별도로 1984년도에는 캔커피공관 350,190개 및 커피두 37,140kg의 매입이, 1985년도에는 커피두 13,992kg의 매입이 장부상 각 기장누락된 것으로 조사 적출하고 위 매입기장누락분에 대하여 1984년도에 캔커피 333,133개 금 70,719,870원 상당의 추가매출이 있었고, 1985년도에는 레귤러커피 11,553kg 금 37,448,050원 상당의 추감매출이 있었으나 그 기장이 각 누락된 것으로 간주하고, 위 매출누락액을 각 익금산입하여 이를 기초로 1986.10.17. 별지 세액 계산표 (1)기재와 같이 1983년도 귀속분 법인세 42,713,010원 및 그 방위세 5,761,600원, 1984년도 귀속분 법인세 19,126,960원 및 그 방위세 2,826,960원을 각 산출, 부과하기로 증액결정 고지하고, 나아가 위 매출누락액을 근거로 부가가치세액 등을 결정하면서 원고 회사가 1983년도 1기분 부가가치세신고시에 면세매입하여 투입한 커피원두에 관하여 의제매입세액공제를 신고한 금 1,189,636원에 대하여부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 단서에 의거하여 그 공제를 부인하여 위 같은 날짜로 별지 세액계산표 (2)기재와 같이 1983년도부터 1985년도까지의 부가가치세, 특별소비세 및 그 방위세를 산출, 부고하기로 증액결정 고지하고, 한편 위 매출누락액에 특별소비세 등 간접세액을 합산한 1983년도분 금 168,403,506원, 1984년도분 184,548,529원, 1985년도분 62,613,139원, 도합 415,565,174원이 장부상 기장누락되어 사외로 유출되었으나 그 귀속이 불분명하다 하여 이를 대표이사인 소외 박치홍에 대한 상여로 처분하여 이에 따라 1986.11.19.자로 갑종근로소득세 원천징수의무자인 원고에게 별지 세액계산표 (3)기재와 같이 갑종근로소득세 및 그 방위세를 산출, 부과하기로 결정고지한 사실을 인정할 수 있다.
 2. 피고는 위 과세사유 및 관계법령을 들어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 첫째로 피고가 원고 회사가 매입기장을 누락시켰다고 인정한 1984년도분 커피두 37,140kg과 1985년도분 커피두 13,992kg은 위 회사의 대표이사인 소외 박치홍이 원고 회사의 이름만 빌려 자신의 계산으로 개인적으로 수입하여 시중에 판매한 것으로서 원고 회사와는 무관한 것임에도 이를 원고회사가 매입한 것으로 본 것은 부당하고, 더구나 1984년도에 공관 350,190개의 매입기장이 누락되었다고 하여도 원·부자재를 투입하여 제품화시켜 매출하였다는 아무런 증거 없이 1984년도에는 캔커피 333,133개 금 70,719,870원 상당의 매출이 기장누락되고, 1985년도에는 레귤러커피 11,553kg 금 37,448,050원 상당의 매출이 기장누락되었다고 간주하여 이를 익금산입함은 부당하고, 둘째로 피고는 원고 회사에 비치된 장부와 실제 제품수불부를 조사 비교하여 1983년도분 매출누락액 104,781,788원, 1984년도분 매출누락액 63,849,829원을 각 적출하였다고 하나 위의 실제 제품수불부란 사실상 출처를 알 수 없는 제보자료에 불과하여 그 진정성립 내지는 신빙성을 인정할 수 없으니 이를 근거로 매출누락액을 산출한 것은 부당하며, 셋째로 원고 회사가 1983년도 1기분 부가가치세의 신고 당시 면세제품인 커피두의 투입비용에 관하여 금 1,189,136원의 의제매입세액공제신고를 한 데 대하여 피고가부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 단서를 적용하여 그 공제를 부인하였으나 위 시행규칙의 규정은 무효이므로 위 공제부인은 부당하며, 넷째로 피고가 원고 회사 대표이사 박치홍에 대하여 상여처분한 금 415,565,174원에는 특별소비세, 방위세, 부가가치세 등 간접세가 합계 금 138,765,637원 포함되어 있고 원·부자재의 투입비용이 대응원가로 손금처리되지도 아니하였으니 위 금액 전액을 상여처분한 것은 부당하고, 다섯째 1984.5월부터 같은 해 12월까지 자가 소비된 제품 1,089,357kg에 대한 특별소비세의 추징에 있어서 kg당 단가를 2,252.45원으로 신고하였음에도 근거 없이 단가를 3,283원으로 적용하여 세액을 결정, 부과한 것은 부당하다고 주장한다.
 그러므로 우선 원고의 위 첫째 주장에 관하여 살피건대, 을 제18호증의 2 내지 17, 을 제19호증의 2 내지 11, 을 제20호증의 2 내지 11의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 1984년도에 원고 회사가 매입한 캔커피공관 350,190개의 매입기장이 누락되고 원고 회사 명의로 수입된 1984년도분 커피두 37,140kg 및 1985년도분 커피두 13,992kg의 매입기장이 누락된 사실은 인정되나 위와 같이 공관이나 커피두의 매입기장이 누락된 사실만으로 1984년도에 캔커피 333,133개가 추가매출되고 1985년도에 레귤러커피 11,553kg이 추가매출되어 그 기장이 누락되었다고 단정할 수는 없다 할 것이고 달리 위와 같은 매출누락사실을 인정할 증거도 없으니 원고의 위 주장은 이유 있다.
 다음 원고의 둘째 주장에 관하여 보건대, 을 제1호증의 16, 을 제3호증의 15의 각 기재와 증인 이가강의 증언을 종합하면 피고는 당초성명불상의 제보자가 제출한 을 제27호증 등 제보자료와 원고 회사에 비치된 장부를 비교하여 원고 회사의 1983년도분 매출액 중 104,781,788원이, 1984년도분 매출액 중 63,849,829원이 각 기장누락된 것으로 조사 적출하여 원고 회사의 대표이사 소외 박치홍에게는 제보자료를 충분히 제시하지도 아니하고 이에 대한 확인서(을 제1호증의 21 내지 24)를 작성받은 후 이를 매출누락액으로 확정하여 익금산입함으로써 이 사건 과세처분을 한 사실이 인정되는바, 위 을 제27호증은 1983년도분에 한한 자료(매출처원장)이고 그 작성자가 불명으로서 진정성립을 인정할 자료가 없을 뿐 아니라 아무런 결재인도 찍혀 있지 아니하는 등 그 문서의 형식과 내용에 비추어 이를 원고 회사의 장부로 보기 어려워 과세처분의 자료로 삼을수 없다 할 것이고, 을 제1호증의 21은 피고가 제보자료를 충분히 제시하지도 아니한 채 대표이사에게 날인을 요구하여 작성한 문서이니 이는 독립하여 과세근거가 될 수 없다 할 것이고, 그 밖에 피고는 위 매출누락을 인정한 과세자료로 을 제22 내지 25호증, 을 제26호증, 을 제28호증의 1, 2, 을 제29, 30, 32호증을 제출하고 있으나 을 제22, 24, 25호증, 을 제28호증의 1, 2는 모두 위 을 제27호증을 근거로 작성한 집계표에 불과하고, 을 제26호증의 1 내지 973, 을 제30,32호증은 원고 회사의 1983-1984년도분 출하지시서, 매출결의서철이고, 을 제29호증은 위 매출결의서 등의 집계표인바, 동 매출결의서에 의한 매출금액은 앞서 피고가 이 사건 매출누락금액으로 조사 적출한 확인서상의 금액과 상호 연관성이 없을 뿐 아니라 이로써 그 매출누락 부분을 특정하여 금액을 확정할 수도 없으니 위 확인서와 위 매출결의서 등을 종합하여도 피고가 주장하는 위 매출기장누락사실은 인정할 수 없다 할 것이고 달리 이를 인정할 만한 증거도 없으므로 원고의 위 주장도 이유 있다.
 다음 원고의 위 셋째 주장에 관하여 살피건대,부가가치세법 제17조 제3항은 제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물 등을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다고 규정하고, 이에 따라동 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물 등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 공제하도록 규정하고, 재무부령인동 시행규칙(1984.5.1. 부령 제1609호로써 개정되기 전의 것) 제19조 제1항 본문은 그 율을 110분의 10(수출에 공하는 경우는 105분의 5)으로 정하고 그 단서에서 다만 별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바,부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액계산방법만을 시행령에 위임하였고동 시행령 제62조 제1항도 공제하여 할 의제매입세액이 존재 할 것을 전제로 하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것임에도 불구하고,위 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은 항 본문이 정한 원칙적인 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고 나아가 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 건이라 할 것이고 따라서 원고 회사의 우 의제매입세액공제신고에 대하여위 시행규칙 제19조 제1항 단서를 적용하여 그 공제를 부인한 피고의 위 과세처분은 위법하고 이 부분 원고의 주장 역시 이유있다 할 것이다.
 3. 그렇다면 위 매입기장누락으로 인하여 1984년도분 70,719,807원, 1985년도분 37,448,050원의 각 매출기장누락이 되고, 그 외에 1983년도분 104,781,788원, 1984년도분 63,849,829원의 각 제품매출기장이 누락되었음을 전제로 하고 또 1983년도 1기분 부가가치세액에 대하여는 부당하게 의제매입세액의 공제를 부인하여 산출한 이 사건 법인세, 부가가치세, 특별소비세, 방위세 및 갑종근로소득세의 각 부과처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 나아가 살필 것 없이 위법하다 할 것인즉 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 지홍원(재판장) 김선중 이길수

커피공관, 커피두 등 원·부자재의 매입기장이 누락되었다는 사실만으로 캔커피, 레귤러커피 등 완제품이 제조되어 매출되었으나 그 기장이 누락된 것으로 단정하고 위 매출누락액을 익금산입할 수는 없다.