기업부설연구소 설치후 4년이내 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하는 지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2019.05.10 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2018. 12. 21. 선고 2018누61262 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다

【이유】

1. 제1심 판결 이유의 인용

이 판결 이유는, 제1심 판결 이유 중 아래와 같은 내용을 고치거나 추가하는 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
○ 5면 20행의 "피고가"를 "피고가 제1심"으로 고친다.
○ 6면 8행의 "같은 법 시행령"을 "구 지방세법 시행령"으로 고친다.
○ 6면 12행의 "정하고 있지는 않다" 다음에 아래 내용을 추가한다.
「(피고는 추징요건을 규정하고 있는 구 지방세법 제282조 단서의 ‘연구소’는 그 본문과 마찬가지로 ‘기업부설연구소의 인정’이라는 형식적 요건을 갖추어야 한다는 취지로 주장하나, 그와 같이 볼 만한 별다른 근거가 없다)」

○ 8면 7행 다음에 아래 내용을 추가한다.
「바) 피고는 원고가 ☆☆캠퍼스 18, 19층을 Convergence연구소로 사용하였다 하더라도 위 연구소는 원고가 2009. 4. 8. 협회장으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 Mechatronics&Storage연구소와는 다른 용도이고 원고가 그에 관하여 변경신청을 하여 인정서를 재발급받지 않았으므로 ‘다른 용도로 사용하는 경우’에 해당한다는 취지로 주장한다. 그러나 구 지방세법 제282조의 문언 내용과 취지 등을 고려하면 위 조항이 연구 분야를 구분하여 특정 연구 분야에 대해서만 취득세 및 등록세 면제의 혜택을 주려는 취지는 아닌 것으로 보이고, 나아가 원고가 ☆☆캠퍼스 18, 19층을 당초에 인정받은 명칭 및 내용의 기업부설연구소가 아닌 다른 명칭 및 내용의 기업부설연구소 용도로 사용한 것은 당해 연구소의 연구 분야 등이 변경된 것에 불과하므로 이를 두고 기업부설연구소용이 아닌 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.」

2. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울행정법원 2018. 7. 27. 선고 2017구합57134 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2014. 11. 10. 원고에게 한 취득세 200,138,320원(가산세 포함), 농어촌특별세 17,290,850원, 등록세 80,055,330원(가산세 포함), 지방교육세 14,921,860원의 부과처분을 모두 취소한다.
2. 피고가 2014. 11. 10. 원고에게 한 별지 1 기재와 같은 재산세 합계 456,462,380원, 지방교육세 합계 91,292,450원의 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 취득세 등 부과처분

1) 원고는 2009. 1. 20. 서울 ☆☆구 □□동 221 외 2필지 지상에 지하 5층, 지상 25층, 연면적 124,036.93㎡ 규모의 건물(이하 ‘☆☆캠퍼스’라 한다)을 신축하였다.
2) 원고는 2009. 2. 12. ☆☆캠퍼스 중 123,729.06㎡(지하 1층 매점 307.87㎡를 제외)를 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제228조에서 정한 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’으로 신고하여 취득세, 농어촌특별세, 등록세 및 지방교육세를 면제받았다.
3) 원고는 2009년 4월경 별지 2 [표 1] 기재와 같이 한국산업기술진흥협회장(이하 ‘협회장’이라 한다)으로부터 ☆☆캠퍼스 전체에 관하여 기업부설연구소 인정을 받았다.
4) ☆☆캠퍼스 18, 19층 3,775.74㎡는 2012. 4. 23.까지 기업부설연구소(명칭: ‘Mechatronics&Storage연구소’)로 인정되어 있다가, 원고의 취소 신청으로 2012. 4. 24. ‘연구활동 중단(자진 취소)’을 이유로 기업부설연구소 인정이 취소되었다. 그 후 ☆☆캠퍼스 18, 19층은 2013. 3. 22. 협회장으로부터 기업부설연구소(명칭: ‘Convergence연구소’)로 다시 인정받았다(☆☆캠퍼스 18, 19층에 관하여 기업부설연구소 인정이 없었던 기간은 2012. 4. 24.부터 2013. 3. 21.까지이다).
5) 피고는 원고가 ☆☆캠퍼스 18, 19층에 관하여 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하였다는 이유로, 2014. 11. 10. 구 지방세법 제282조 단서에 따라 원고에게 면제된 취득세 200,138,320원(가산세 포함), 농어촌특별세 17,290,850원, 등록세 80,055,330원(가산세 포함), 지방교육세 14,921,860원을 부과하였다(이하 모두 합하여 ‘이 사건 취득세 등 부과처분’이라 한다).
나. 재산세 등 부과처분

1) 원고는 서울 ☆☆구 ◆◆동 16 토지 지상에 지하 1층, 지상 3층, 연면적 32,278.62㎡ 규모의 건물(이하 ‘◆◆캠퍼스’라 한다)을 소유하고 있다.
2) 원고가 2009. 6. 1.(2009년 재산세 과세기준일) 협회장으로부터, ☆☆캠퍼스에 관하여 기업부설연구소로 인정받은 내역은 별지 2 [표 1] 기재와 같고, ◆◆캠퍼스에 관하여 기업부설연구소로 인정받은 내역은 별지 2 [표 2] 기재와 같다.
3) 원고는 ☆☆캠퍼스 중 123,729.06㎡, ◆◆캠퍼스 중 31,148.70㎡에 관하여, 2010년 과세분에 대하여는 구 지방세법 제282조, 2011년부터 2013년까지 과세분에 대하여는 구 지방세특례제한법(2011년, 2012년분은 2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 2013년분은 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 합하여 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제46조에서 정한 ‘과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산’이라는 이유로 2010년 내지 2013년분 재산세와 지방교육세를 면제받았다.
4) 피고는 ☆☆캠퍼스와 ◆◆캠퍼스 중 재산세 과세기준일에 기업부설연구소로 인정되지 않았던 면적(구체적인 내역은 별지 3 [표 1], [표 2] 기재와 같다)은 재산세, 지방교육세의 면제대상에 해당하지 않는다는 이유로, 2014. 11. 10. 원고에게 별지 1 기재와 같은 재산세 합계 456,462,380원, 지방교육세 합계 91,292,450원을 부과하였다(이하 재산세 부과처분과 합하여 ‘이 사건 재산세 등 부과처분’이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 4 내지 8, 을 1 내지 5호증의 기재, 한국산업기술협회장에 대한 사실조회회신 결과, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 4 기재와 같다.
3. 이 사건 취득세 등 부과처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

구 지방세법 제282조 단서에 따라 면제된 취득세와 등록세를 추징하기 위해서는 ‘연구소를 폐쇄’하거나 해당 부동산을 ‘다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하여야 한다. 그런데 원고는 ☆☆캠퍼스 18, 19층에 관한 기업부설연구소 인정이 취소된 기간(2012. 4. 24.부터 2013. 3. 21.까지) 동안에도 계속하여 연구소로 사용하였다. 또한 원고는 연구소를 폐쇄하거나 기업부설연구소용이 아닌 다른 용도로 사용한 사실이 없다.
나. 피고 주장의 요지

원고의 신청에 따라 ☆☆캠퍼스 18, 19층에 관한 기업부설연구소 인정이 취소되었고, 인정취소 공문(갑 8호증의3)에는 취소 사유로 ‘연구활동 중단-자진취소’라 기재되어 있다. 따라서 원고가 ☆☆캠퍼스 18, 19층에 관하여 ‘정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄’한 것으로 보아야 한다.
다. 판단

1) 구 지방세법 제282조 본문은 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고, 구 지방세법 시행령 제228조는 기업부설연구소를 ‘토지 또는 건물을 취득한 후 4년 이내에·기술개발촉진법」제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것’이라 규정하고 있다. 이에 의하면 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 후 4년 이내에 연구소로 인정받은 경우에는 취득세와 등록세가 면제되나, 그 기간 동안 연구소로 인정받지 못한 경우에는 취득세와 등록세 면제대상에서 제외되어 원칙대로 과세된다.
한편, 구 지방세법 제282조 단서는 ‘연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 이때의 추징 처분은 면제된 취득세 등을 새로운 부과처분의 형태로 추징하는 것으로, 구 지방세법 제282조 본문에 해당하지 않을 경우 과세되는 원칙적인 취득세와 등록세 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이다.
원고가 2009. 1. 20. ☆☆캠퍼스를 신축하고, 2009년 4월경 협회장으로부터 ☆☆캠퍼스 전체에 관하여 기업부설연구소로 인정받은 사실은 앞서 본 바와 같으므로, ☆☆캠퍼스에 관한 취득세와 등록세는 면제되었다(인정취소는 장래를 향하여 효력이 있다 할 것이므로, 원고가 ☆☆캠퍼스 18, 19층에 관하여 인정취소를 받았다고 하더라도 피고가 취득세와 등록세를 원칙대로 과세할 수 있는 것은 아니다. 따라서 피고가 제3회 변론기일에서 한 기업부설연구소로 인정받은 면적에 한하여 취득세, 등록세가 면제된다는 주장은 받아들일 수 없다). 피고는 구 지방세법 제282조 단서에 따라 면제된 취득세, 등록세 등을 추징하는 이 사건 취득세 등 부과처분을 하였으므로, 그 추징 요건인 ‘연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하는지에 관하여 본다.
2) 아래와 같은 이유로 기업부설연구소 인정취소가 있다 하더라도 해당 부동산을 기업부설연구소로 계속 사용하는 경우에는 면제된 취득세, 등록세를 추징할 수 없다고 본다.
가) 구 지방세법 제282조 본문, 같은 법 시행령 제228조가 기업부설연구소로의 인정을 취득세와 등록세의 면제 요건으로 정하고 있는 것과 달리, 구 지방세법 제282조 단서는 추징의 요건으로 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 ‘연구소를 폐쇄’하거나 ‘다른 용도로 사용’한 경우로 정하고 있을 뿐, 기업부설연구소의 인정취소를 추징의 요건으로 정하고 있지는 않다.
나) 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 관하여 취득세, 등록세를 면제하는 것은 기업의 과학기술연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이룩하는 데 그 취지가 있다(대법원 2008.11.27. 선고 2006두19570 판결참조). 이와 같은 취지와 앞서 본 법률의 문언을 종합하여 보면, 취득세, 등록세를 면제받은 부동산을 기업부설연구소용뿐 아니라 다른 용도로도 더 이상 사용하지 않거나(‘연구소 폐쇄’), 기업부설연구소용이 아닌 다른 용도로 사용하는 경우(‘다른 용도 사용’)에 면제된 취득세와 등록세를 추징할 수 있다.
3) 앞서 인정한 사실과 갑 4, 5, 8, 12, 16, 17, 31호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 또는 사정을 종합하여 보면, 원고의 신청에 따라 2012. 4. 24. ☆☆캠퍼스 18, 19층이 연구활동 중단(자진 취소)을 이유로 기업부설연구소 인정이 취소되었더라도 원고의 주장과 같이 ☆☆캠퍼스 18, 19층은 연구소(Convergence연구소)로 계속 사용되었다고 보이므로, 이 사건 취득세 등 부과처분은 구 지방세법 제282조 단서의 추징 요건을 갖추지 못하여 위법하다.
가) ☆☆캠퍼스 18, 19층이 2009. 4. 8. 기업부설연구소로 인정된 명칭은 ‘Data&Storage연구소’이다. 원고는 2010년 12월경 위 연구소의 명칭을 ‘Mechatronics&Storage연구소’로 변경하고, 2011. 2. 24. 변경한 명칭으로 인정을 받았다. 원고는 ☆☆캠퍼스 5층(명칭: CDMA단말연구소), 6층(명칭: PC연구소)을 2011년 3월경부터 ‘Convergence연구소’로 사용하였다. ☆☆캠퍼스 18, 19층은 2012. 4. 24. 기업부설연구소 인정이 취소되었으나, 그로부터 1년이 지나지 않은 2013. 3. 22. ‘Convergence연구소’로 인정받았다.
나) 2012년경 작성된 것으로 보이는 ☆☆캠퍼스 18, 19층의 도면(갑 31호증)에는 ‘컨버젼스(연)_기존 M&S(연) 통합 후 배치’라 기재되어 있다.
다) Convergence연구소 소속 연구원들(강○주, 권○두, 김○형 등)은 "☆☆캠퍼스는 2009년 완공 후 계속하여 기업부설연구소로 사용되었고, 중간에 일부 층을 사용하지 않은 적이 없다. 18, 19층은 ‘Mechatronics&Storage연구소’에서 ‘Convergence연구소’로 계속 사용되었고, 공실로 두거나 연구소가 아닌 다른 용도로 사용된 적은 없다.", "☆☆캠퍼스의 경우 최신 연구소라 입주를 희망하는 부서도 많아 여유 공간을 둘만한 상황이 아니었기 때문에 중간에 일부 층을 아예 사용하지 않은 적은 없다."는 등의 내용이 기재된 사실확인서를 제출하였다.
라) ☆☆캠퍼스는 2009년 4월경 건물 전체가 기업부설연구소로 인정되었다. ☆☆캠퍼스는 지하 5층, 지상 25층, 연면적 124,036.93㎡의 규모인데, 그 전부가 기업부설연구소로 인정되어 사용되다가, 그로부터 얼마 지나지 않은 시점(약 3년이 지난 시점)에서 18, 19층 연면적 3,775.74㎡만을 약 1년이 안 되는 기간(2012. 4. 24.부터 2013. 3. 21.까지) 동안 공실로 두거나 다른 용도로 사용하여야 할 이유가 보이지 않는다.
마) 위 가) 내지 라)항에 비추어, 인정취소 공문(갑 8호증의 3)에 기재된 취소 사유인 ‘연구활동 중단-자진취소’만으로, 원고가 ☆☆캠퍼스 18, 19층을 더 이상 연구소로 사용하지 않겠다는 취지로 인정취소 신청을 하였다고 보기는 어렵다.
4. 이 사건 재산세 등 부과처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

구 지방세법 제282조 본문과 구「지방세특례제한법」제46조본문은 재산세 면제의 요건으로 기업부설연구소용에 ‘직접 사용할 것’만 규정할 뿐, ‘기업부설연구소로 인정을 받았을 것‘을 규정하지 않고 있다. 원고는 2009년경 ☆☆캠퍼스와 ◆◆캠퍼스를 기업부설연구소로 인정받아 기업부설연구소로 사용하였는데, 그 후 원고가 시장상황 및 경영계획·전략을 반영하여 연구소 조직을 개편하는 과정에서 기업부설연구소 변경신고를 일부 누락하였다. 그러나 원고는 ☆☆캠퍼스와 ◆◆캠퍼스 전체를 기업부설연구소용에 직접 사용하였으므로, 피고가 ☆☆캠퍼스와 ◆◆캠퍼스 중 기업부설연구소로 인정받지 않은 부분은 재산세 면제 대상이 아니라는 이유로 한 이 사건 재산세 등 부과처분은 위법하다.
나. 피고 주장의 요지

기업부설연구소로 재산세 등이 면제되기 위해서는 그 당연한 전제로 기업부설연구소로 인정받아야 한다. ☆☆캠퍼스와 ◆◆캠퍼스 중 재산세 과세기준일에 기업부설연구소로 인정되지 않았던 부분(구체적인 내역은 별지 3 기재와 같다)은 재산세 등이 부과되어야 한다.
다. 판단

1) 아래와 같은 이유로, 구 지방세법 제282조 본문 및 구「지방세특례제한법」제46조본문에서 정한 재산세 면제 대상이 ‘기업부설연구소로 인정받은 면적’에 한정된다고 보기는 어렵고, 과세기준일 현재 ‘기업부설연구소용’에 ‘직접 사용’하는 부동산이라면 재산세 면제 대상이라 본다.
가) 구 지방세법 제282조 본문 및 구「지방세특례제한법」제46조본문은 ‘과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산’에 대하여 재산세를 면제한다고 규정하고 있다. 위 규정의 문언 자체는 ① 기업부설연구소용에 ② 직접 사용하는 부동산일 것을 요건으로 하고 있을 뿐, 기업부설연구소로 인정받을 것을 요건으로 하고 있지는 않다(취득세, 등록세 면제 대상으로 기업부설연구소로 인정받을 것을 요건으로 하는 것과 다르다). 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여 재산세를 면제하는 것은 재산세를 면제해 줌으로써 기업의 과학기술연구를 장려하여 국가과학기술경쟁력의 강화와 경제·사회 발전에 이바지하려는 데에 그 취지가 있다.
재산세 면제 대상에 해당하는지 여부는 이와 같은 법률의 문언과 그 취지를 우선적으로 고려하여야 한다.
나) 기업부설연구소란 기업부설 연구기관으로 일정한 연구전담요원을 상시 확보하고, 일정한 기준에 적합한 연구시설을 갖추어 인정받은 기관을 말한다(·기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 제2호, 제14조의2 제1항, 같은 법 시행령 제16조의2 참조). 즉 기업부설연구소는 ‘연구전담요원’과 ‘연구시설’을 필수적인 요건으로 하고 있고, 연구시설로 사용되는 부동산의 면적은 적합한 연구시설을 갖추었는지에 관한 하나의 기준이다.
앞서 본 바와 같이 구 지방세법 제282조 본문 및 구「지방세특례제한법」제46조가 ‘기업부설연구소로 인정받은 면적’에 한하여 재산세를 면제한다고 규정하지 않았음에도, 기업부설연구소가 적합한 연구시설을 갖추었는지에 관한 기준에 불과한 부동산의 면적을 재산세의 면제 대상을 정하는 기준으로 볼 수는 없다.
다) 재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 상이한 경우에는 사실상의 현황에 의하여 재산세를 부과한다(구 지방세법 시행령 제143조). 기업부설연구소로 인정된 면적보다는 기업부설연구소용에 직접 사용되는 부동산인지를 기준으로 재산세의 면제 대상을 정하는 것이 이른바 재산세의 현황부과 원칙에도 부합한다.
2) 앞서 인정한 사실, 갑 4, 5, 6, 9 내지 50호증, 을 2, 6호증의 기재, 한국산업기술진흥협회장에 대한 사실조회회신 결과와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 또는 사정을 종합하여 보면, 피고가 이 사건 재산세 등의 과세대상으로 삼은 별지 3 [표 1], [표 2]의 각 해당 부분(면적이 표시되어 있는 부분)은 해당 과세기준일(해당 년도의 6월 1일)에 기업부설연구소용에 직접 사용된 부동산으로 보인다. 따라서 지방세법 제282조 본문 및 구「지방세특례제한법」제46조본문에 따라 그 재산세 등은 면제된다 할 것이므로, 이 사건 재산세 등 부과처분은 위법하다.
가) 원고는 전자업 등을 주목적으로 하는 회사로 연구소 설치를 목적으로 ☆☆캠퍼스와 ◆◆캠퍼스를 건축하였고, ☆☆캠퍼스와 ◆◆캠퍼스의 등기부등본상 건물내역은 연구소로 되어 있으며, 2009년경 ☆☆캠퍼스 전부와 ◆◆캠퍼스 대부분(연면적 중 일부 편의시설 면적 제외)을 기업부설연구소로 인정받았다. 원고는 홈페이지에서 ☆☆캠퍼스와 ◆◆캠퍼스 전체를 국내 연구소로 소개하고 있고, 국내 언론도 ☆☆캠퍼스와 ◆◆캠퍼스를 연구소(R&D)로 언급하고 있다.
기업부설연구소의 인정은, 기업이 도면(층 전체도면, 기업부설연구소 내부도면), 전용출입구 현판사진, 내부사진 등 구비서류를 첨부하여 인정신청을 하면, 협회장이 제출된 구비서류 등을 통해 인정요건을 갖추었는지 검토한 후, 부족한 경우 자료보완을 요청하거나 기업을 방문하여 인정요건 구비 여부를 확인한다. 원고는 2014. 5. 9. 협회장에게 ☆☆캠퍼스 중 인정이 없었던 부분에 대한 보완신고를 하였고, 협회장은 2014. 5. 26. 이를 수리하였다. 반면 기업이 인정취소를 요청한 경우 협회장은 별도의 확인 절차 없이 그 인정을 취소한다.
위와 같은 ☆☆캠퍼스, ◆◆캠퍼스의 설치 목적, 공부상의 기재와 외부의 인식, 인정의 경우 협회장이 인정요건을 심사·확인함에 반하여, 인정취소에는 별도의 확인을 하지 않는 점, ☆☆캠퍼스, ◆◆캠퍼스 연면적 중 일부만이 기업부설연구소로 인정되지 않았고 그 기간도 길지 않은 점(별지 3 [표 1], [표 2] 참조) 등을 고려하면, 원고가 ☆☆캠퍼스, ◆◆캠퍼스 중 일부 인정받지 않은 부분을 연구소가 아닌 다른 용도나 목적으로 사용하였다고 보기보다는, 원고의 주장과 같이 조직 변경 과정에서 일부 변경신고를 누락한 것으로 보는 것이 보다 합리적이다.
나) ① ☆☆캠퍼스 24층은 2009년경부터 '△△전자기술원‘으로 사용되다가, '△△전자기술원‘이 ◆◆캠퍼스로 이전한 2011. 4. 5.경부터 ☆☆캠퍼스 24층이 'Software Platform연구소‘로 다시 인정받은 2014. 5. 26.경까지 기업부설연구소 인정이 없는 상태였다. ☆☆캠퍼스 24층은 2011년 3월경부터 ‘미래IT융합연구소’로 사용되었고, 2013년 3월경부터 'Software Platform연구소‘로 사용되었다. ② ☆☆캠퍼스 21층은 2009년경부터 ’멀티미디어연구소‘로 사용되었다가, 2011년 3월경부터 'Software Platform연구소‘로 사용되었고, 2014년 5월경부터는 ’Creative Innovation Center‘로 사용되고 있다. ③ ☆☆캠퍼스 18, 19층은 2012년 과세기준일에 ‘Convergence연구소’로 사용되었다[위 3. 다. 3) 참조]. ④ ☆☆캠퍼스 6층은 2009년경부터 ‘CDMA단말연구소’로 사용되다가 2011년 3월경부터 ‘Convergence연구소’로 사용되었다. 원고는 2013. 9. 7. 협회장으로부터 ☆☆캠퍼스 6층에 관하여 기업부설연구소로 인정(명칭: 차세대통신연구소)받았다. ⑤ ☆☆캠퍼스 3, 4층은 2009년경 ‘CDMA단말연구소’로 사용되다가, 2011년 4월경부터 ‘LCD TV연구소’로 사용되었으나 2012. 12. 26.에 이르러 기업부설연구소로 인정받았다. ⑥ ☆☆캠퍼스 지하 4층은 ☆☆캠퍼스의 연구원들을 위한 주차장으로 사용되었다[기업부설연구소로 인정받은 전용부분의 정상적인 이용에 필요한 공용부분 역시 기업부설연구소용에 직접 사용되고 있다고 보아야 한다(대법원 2015. 6. 23. 선고 2015두39477판결, 서울고등법원 2015. 1. 29. 선고 2014누50189판결 참조)].
◆◆캠퍼스가 2009년경 기업부설연구소로 인정받은 내역은 별지 2 [표 2] 기재와 같다. ① 2009년 하반기 이후 ‘멀티미디어연구소’는 ☆☆캠퍼스로 이전하였고, 멀티미디어연구소가 사용하던 부분을 입주해 있던 ‘△△전자기술원’, ‘Display연구소’, 새로 입주한 ‘SIC연구소’, ‘제품시험연구소’가 나누어 사용하였다(2010년도 재산세 관련). ② 2011년 3월경 SIC연구소는 ☆☆캠퍼스로 이전하였고, SIC연구소가 사용하던 부분은 △△전자기술원이 사용하게 되었다(2011년도 재산세 관련). ③ 2011년 하반기 조직 개편으로 △△전자기술원이 사용하던 부분의 일부를 ‘솔라연구소’가 사용하게 되는 등 연구소별 사용 면적이 변경되었다(2012년도 재산세 관련). ③ 2012년 말경 ☆☆캠퍼스에 있던 ‘미래IT융합연구소’가 ◆◆캠퍼스로 이전하면서 △△전자기술원에 통합되고, △△전자기술원이 다시 ‘소재부품연구소’와 ‘미래IT융합연구소’로 분리되는 등으로 연구소별 사용 면적이 변경되었다(2013년도 재산세 관련).
이와 같은 조직 개편 과정에서 원고는 연구소가 변경되었다는 사실만을 협회장에게 신고하여 인정을 받았고, 연구소별로 면적이 변경된 부분을 정확히 반영하여 변경신고를 하지는 않았다.
다) 원고 소속 연구원들은 "☆☆캠퍼스는 2009년 완공되어 기업부설연구소로 사용되기 시작하였고, 중간에 일부 층을 사용하지 않은 적은 없는 것으로 알고 있다. ☆☆캠퍼스 지하 1층에서 지하 5층은 모두 연구원들이 사용하는 주차장이다.", "◆◆캠퍼스는 공기도 좋고 주변도 조용하여 연구원들이 근무하기 좋은 환경을 가지고 있고, 연구소로 사용하지 않고 비워두었던 공간이나 다른 용도로 사용한 공간은 없었다.", "인사부서 직원들이 기업부설연구소 신고를 담당하였는데, 전문연구요원 관리를 위해 기업부설연구소 변경신고를 하는 것으로 알고 있었을 뿐, 취득세나 재산세와 관련이 있다는 사실을 알지 못하여 건물의 어느 부분을 사용하는지는 정확히 확인하지 않았고, 면적의 변경 여부는 신고하지 않았다."는 취지의 사실확인서를 제출하였다.
라) 과세기준일이 속한 2010년 내지 2013년까지의 기간 동안 ☆☆캠퍼스와 ◆◆캠퍼스의 근무인원은 증가하였고, 전기사용량은 같은 수준으로 유지되었다. ☆☆캠퍼스와 ◆◆캠퍼스의 근무인원은 2009년경 1,708명, 702명, 2010년경 1,928명, 730명, 2011년경 2,892명, 552명, 2012년경 3,065명, 602명, 2013년경 3,816명, 636명이다.
5. 결론

이 사건 청구는 이유 있으므로 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

▣ 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)

제282조(기업부설연구소용 부동산에 대한 면제)

대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
▣ 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제228조(기업부설연구소)

법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기술개발촉진법」제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.
제143조(재산세의 현황부과)

재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 상이한 경우에는 사실상의 현황에 의하여 재산세를 부과한다.
▣ 구 기술개발촉진법(2011. 3. 9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것)

제7조(특정연구개발사업의 추진 등)

① 교육과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.
2. 연구인력ㆍ시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다) 및 기업의 연구개발전담부서

▣ 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제46조(연구개발 지원을 위한 감면)

대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
▣ 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것)

제46조(연구개발 지원을 위한 감면)

① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
▣ 지방세특례제한법 시행령(2014. 1. 1. 대통령령 제25060호로 개정되기 전의 것)

제23조(기업부설연구소)

① 법 제46조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

구 지방세법 제282조의 문언 내용과 취지 등을 고려하면 위 조항이 연구 분야를 구분하여 특정 연구 분야에 대해서만 취득세 및 등록세 면제의 혜택을 주려는 취지는 아닌 것으로 보이고, 나아가 원고가 ☆☆캠퍼스 18, 19층을 당초에 인정받은 명칭 및 내용의 기업부설연구소가 아닌 다른 명칭 및 내용의 기업부설연구소 용도로 사용한 것은 당해 연구소의 연구 분야 등이 변경된 것에 불과하므로 이를 두고 기업부설연구소용이 아닌 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.