종합소득세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2021.01.28 / 시행일:

【원고, 항소인】 원고 (소송대리인 법무법인 태경 담당변호사 박주송)
【피고, 피항소인】 서초세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2020. 2. 25. 선고 2019구합58124 판결
【변론종결】2021. 1. 14.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다. 
 2. 피고가 2017. 9. 1. 원고에 대하여 한 2010년 귀속 556,080,900원, 2011년 귀속 261,252,740원, 2012년 귀속 222,585,850원, 2014년 귀속 90,471,650원의 각 종합소득세 부과처분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위 
가. 원고는 ‘□□□’라는 상호로 경영컨설팅업(서비스업)에 대한 사업자등록을 마치고, 2005년경부터 2013년경까지 주식회사 ○○○,주식회사 △△△, 주식회사 ◇◇◇(이하 주식회사 기재를 생략하고, 통틀어 ‘이 사건 회사들’이라 한다)로부터 원고가 등록한 위 회사들의 상호, 소유선박의 명칭, 로고디자인 등을 사용하도록 하는 대가 명목으로 사용료 합계 6,362,413,901원(이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)을 지급받고, 이 사건 사용료에 대하여 부가가치세 및 종합소득세(사업소득) 신고를 하였다. 
나. 원고는 인천지방법원 2014. 11. 5. 선고 2014고합517 판결에서, 원고가 이 사건 회사들로부터 실질적인 상표권 등의 제공 없이 이 사건 사용료를 지급받음으로써 이 사건 회사들의 자금을 횡령하였다는 등의 범죄사실이 유죄로 인정되어 징역 3년을 선고받았는데, 그 범죄사실 중 이 사건 사용료에 대한 부분은 아래와 같다.
〈〈 아래 범죄사실 생략 〉〉
다. 이에 원고와 검사가 서울고등법원 2014노3607호로 항소하였고, 검사는 항소심에서 횡령 금액 7,445,248,544원의 추징을 구하였는데, 위 법원은 2015. 5. 22. 피고인의 양형부당 주장을 받아들여 원심을 파기하고 피고인에게 징역 2년을 선고하는 한편, 추징 여부에 대하여는 ‘부패재산의 몰수 및 회복에 관한 특례법’ 제6조에서 정한 ‘범죄피해자가 재산반환청구권 또는 손해배상청구권 등을 행사할 수 없는 등 피해회복이 심히 곤란한 경우’에 해당한다고 보기 어렵다는 이유로 추징을 하지 아니한다는 내용의 판결을 선고하였다. 이에 원고와 검사가 대법원 2015도8319호로 상고하였으나, 대법원은 2015. 9. 24. 쌍방의 상고를 모두 기각하는 판결을 선고하였다(이하 ‘이 사건 형사사건’이라 한다). 
라. 피고는 2014. 4. 22.부터 2014. 9. 30.까지 이 사건 회사들을 비롯한 14개 회사와 이들 회사에 사실상 영향력을 행사한 소외인 1 및 그 장남인 원고 등에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 회사들이 2005~2013 사업연도에 원고로부터 실질적인 상표권 등을 제공받지 않고 이 사건 사용료를 지급한 것으로 보아, 이 사건 사용료를 손금불산입하고, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조에 따라 아래 표 기재와 같이 원고의 기타소득(△△△ 및 ○○○ 부분) 및 배당소득(◇◇◇ 부분)으로 소득처분하여 2014. 6. 11., 2014. 6. 26., 2014. 10. 30.경 이 사건 회사들에게 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였다. 
[이 사건 사용료에 대한 소득처분 내역](단위: 원)법인 사업연도소득세 과세연도합계이 사건 사용료 소득처분액기타소득배당소득○○○△△△◇◇◇2005년2006년488,993,404-296,993,404192,000,0002006년2007년568,968,894-360,968,894208,000,0002007년2008년562,157,335- 418,157,335144,000,0002008년2009년993,479,995313,768,401 493,711,594186,000,0002009년2010년1,411,768,321762,985,535475,476,144173,306,6422010년2011년888,869,858282,215,511467,713,135138,941,2122011년2012년508,694,019-372,848,531135,845,4882012년2013년526,960,359-374,877,359152,083,0002013년2014년412,521,716-279,875,576132,646,140합 계6,362,413,9011,358,969,4473,540,621,9721,462,822,482
마. 피고는 2017. 9. 1. 원고에 대하여, 이 사건 사용료에 대하여 기 신고된 사업소득을 부인하고, 이 사건 소득금액변동통지의 내용을 원고의 소득에 반영하여 아래 표 기재와 같이 종합소득세 부과처분(가산세 포함, 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 
[이 사건 처분(종합소득세) 내역](단위: 원)사업연도소득귀속이 사건 처분액(종합소득세)소득처분 합계이 사건 사용료 소득처분액이 사건 사용료 외 소득처분액○○○△△△ ◇◇◇2009년2010년556,080,9001,599,300,079762,985,535475,476,144173,306,642187,532,4002010년2011년261,252,740791,209,046282,215,511467,713,135138,941,21241,280,4002011년2012년222,585,850537,391,431-372,848,531135,845,48828,697,9002013년2014년90,471,650412,521,716-279,875,576132,646,140-합계1,130,391,1403,340,422,2721,045,201,0461,595,913,386580,739,482257,510,700
바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 6. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 12. 14. 기각되었다. 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장요지
1) 원고는 2015. 5. 19. ○○○에 1,358,969,417원을 변제공탁하고, 2015. 5. 11. 대한민국에 대한 3,534,936,636원의 경매배당금 채권을 양도하고 그 대항요건을 갖춤으로써 이 사건 사용료를 반환하였다. 이는 국세기본법 제45조의2 제2항의 후발적 경정청구 사유에 해당함에도, 피고가 이와 다른 전제에서 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.
2) 이 사건 처분 중 2010년 및 2011년 귀속 소득에 대한 부분은 제척기간이 도과하여 위법하다. 원고는 15년 넘게 이 사건 사용료에 대하여 사업소득으로 인한 종합소득세 및 부가가치세를 신고·납부하였으며, 이 사건 사용료가 위법소득으로 분류된 것은 이 사건 형사사건에 따른 판결이 확정된 이후이다. 따라서 원고는 이 사건 사용료와 관련하여 조세포탈의 결과가 발생한다는 점을 인식하지도 못하였고, 이를 위하여 사기 기타 부정한 방법을 사용하였다고 볼 수도 없다. 그러므로 이 사건 사용료에 대한 과세처분에 대하여는 5년의 제척기간이 적용되어야 한다. 
3) 위 2)항 기재와 같은 사정을 고려하면 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 인정된다고 보아야 하고, 설령 가산세를 부과할 수 있다고 하더라도 부당과소신고가산세가 아니라 일반과소신고가산세가 부과되어야 한다. 
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
다. 후발적 경정청구사유의 인정 여부에 관한 판단
1) 인정사실
 갑 제7, 8, 10 내지 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 다음과 같은 사실이 인정된다.
가) 이 사건 형사사건이 진행되던 중 2015. 5. 19. 원고는 이 사건 사용료의 반환을 위하여 ○○○에 1,358,969,417원을 변제공탁하였고, 그 무렵 ○○○는 위 공탁금을 전액 출급하였다.
나) 한편, 서울 강남구 (지번 생략) 소재 원고 소유 부동산에 대한 서울중앙지방법원 2014타경22896 경매절차에서 원고의 가압류권자인 대한민국(소관청: 인천지방검찰청)에 배당금 3,534,608,922원을 배당하는 내용으로 배당표가 작성되었으나, 원고가 이에 대하여 배당이의의 소를 제기한 결과 민사집행법 제160조 제1항 제5호에 따라 이자를 포함한 3,534,936,636원이 공탁되었고, 위 배당이의의 소에서 원고가 승소하여 위 배당금을 원고에게 배당하는 내용으로 배당표가 경정되었다. 
다) 원고는 2015. 5. 11. 이 사건 사용료의 반환을 위하여 위 나)항 기재 배당금 채권 전액을 △△△에 양도하는 내용의 채권양도계약을 체결하였고, 2015. 7. 21. 그 채권양도사실을 채무자인 대한민국(소관: 서울중앙지방법원)에 통지하여 2015. 7. 29. 그 채권양도통지서가 서울중앙지방법원에 도달하였다.
2) 검토
 앞서 처분의 경위에서 인정한 바에 따르면 원고는 △△△ 및 ○○○로부터 이 사건 사용료에 상당하는 각 해당 금액을 횡령하였다고 할 것이고, 이를 원고의 기타소득으로 처분하는 내용의 구 법인세법 제67조에 따른 피고의 소득처분에 의하여 각 해당 소득은 원고에게 귀속된 것으로 볼 수 있다(과세연도는 2010년 내지 2014년).
 그러나 위와 같이 2015년에 이루어진 원고의 사후적인 ○○○에 대한 변제공탁 및 △△△에 대한 경매배당금채권의 양도에 의하여 이에 관하여 합계 4,893,906,053원(= 1,358,969,417원 + 3,534,936,636원, 이하 ‘이 사건 반환금’이라고 한다)이 ○○○ 및 △△△에 반환되었는데, 아래에서 보는 여러 사정들에 비추어 보면, 이는 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당한다. 한편, 후발적 경정청구사유가 존재함에도 과세관청이 당초에 위법소득에 관한 납세의무가 성립하였던 적이 있음을 이유로 과세처분을 하였다면 이러한 과세처분은 위법하므로 납세자는 항고소송을 통해 그 취소를 구할 수 있으므로(대법원 2015. 7. 16. 선고 2014두5514 전원합의체 판결 등 참조), 원고에게 종합소득세를 부과한 2017. 9. 1.자 이 사건 처분 중 이 사건 반환금에 의하여 ○○○ 및 △△△의 원고에 대한 채권이 변제된 금액 상당의 소득에 해당하는 부분(민법 제477조에 의한 법정변제충당에 따르면 ○○○ 및 △△△에 대한 횡령금 중 대부분은 반환된 것으로 볼 수 있다)은 위법하다고 보아야 한다. 
가) 횡령 등 범죄행위에 의하여 얻은 위법소득에 대하여 과세처분을 하는 것이 허용되는지에 관하여 우리나라를 비롯한 여러 국가에서 다양한 주장이 제기되어 왔다. 즉, 위와 같은 범죄행위에 기한 위법소득은 대부분 몰수·추징의 대상이 되거나 반환이 강제되어 그로 인한 경제적 이익이 납세자에게 확정적으로 귀속되었다고 볼 수 없다거나 위법소득에 대하여 과세하는 것은 해당 위법행위를 국가가 시인하는 결과가 되어 법질서에 혼란을 가져온다는 등의 이유로 과세처분이 허용되지 않는다는 주장도 제기되고 있으나, 범죄행위에 기하여 위법소득을 얻은 자가 그 소득을 종국적으로 보유할 권리를 갖지 못함에도 그가 얻은 소득을 과세대상으로 삼는 것은, 그가 사실상 소유자나 정당한 권리자처럼 경제적 측면에서 현실로 이득을 지배·관리하고 있음에도 불구하고 이에 대하여 과세하지 않거나 그가 얻은 위법소득이 더 이상 상실될 가능성이 없을 때에 이르러야 비로소 과세할 수 있다면 이는 위법하게 소득을 얻은 자를 적법하게 소득을 얻은 자보다 우대하는 셈이 되어 조세정의나 조세공평에 반하는 측면이 있음을 고려한 것이고, 사후에 위법소득이 정당한 절차에 의하여 환수됨으로써 그 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화된 경우에는 그때 소득이 종국적으로 실현되지 아니한 것으로 보아 이를 조정하면 충분하므로, 위와 같은 위법소득에 대한 과세가 허용된다는 견해가 타당하다(위 대법원 2014두2214 전원합의체 판결 등 참조).
 이와 같이 과세소득은 경제적 측면에서 보아 현실로 이득을 지배·관리하면서 이를 향수하고 있어 담세력이 있다고 판단되면 족하고 그 소득을 얻게 된 원인관계에 대한 법률적 평가가 반드시 적법·유효하여야 하는 것은 아니기 때문에, 법인의 임원 등이 법인의 자금을 횡령함으로써 얻은 이익은 위법한 소득으로서 그 임원 등이 이를 보유할 적법한 권원을 가지지 못하는 것이지만, 그럼에도 불구하고 일단 그 임원 등에게 납세의무가 성립한다고 할 수 있다. 다만, 국가의 법체계는 그 자체로 통일체를 이루고 있는 것인데(대법원 2018. 6. 21. 선고 2015두48655 전원합의체 판결 등 참조), 위와 같은 횡령 등에 의한 위법소득에는 그 성질상 몰수·추징 또는 정당한 권리자의 요구에 따른 반환 등에 의하여 그 경제적 이익이 상실될 가능성이 내재되어 있어 있으므로, 그러한 가능성이 현실화되어 납세의무자가 위법소득에 따른 이익을 실제로 상실하게 되었다면 위와 같은 위법소득을 과세대상으로 삼는 근거, 즉 납세의무자가 현실로 이익을 지배·관리하고 있다는 전제가 상실될 뿐 아니라, 국가가 주도적으로, 또는 국가의 조력 하에 형사법 또는 민사법적으로 불법적인 이익이 용인되지 아니하고 박탈되는 결과에 이르렀음에도 여전히 납세자에게 그 이익이 남아있다는 전제에서 이를 과세대상으로 삼는다면 오히려 법체계에 모순을 초래하게 된다. 따라서 납세의무자가 위와 같이 횡령하였던 위법소득을 정당한 권리자에게 반환함으로써 이에 따른 이익을 실제로 상실한 경우, 해당 위법소득은 더 이상 과세대상이 되지 않는다고 봄이 타당하다.
나) 헌법 제38조는 "모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다"고 규정하고, 헌법 제59조는 "조세의 종목과 세율은 법률로 정한다"고 규정함으로써, 조세법률주의를 천명하여 조세징수로부터 국민의 재산권을 보호하고 법적 생활의 안전을 도모하고 있다. 조세법률주의는 과세요건법정주의와 과세요건명확주의를 그 핵심적 내용으로 하는 것이지만, 오늘날의 법치주의는 실질적 법치주의를 의미하므로 헌법상의 조세법률주의도 과세요건이 형식적 의미의 법률로 명확히 정해질 것을 요구할 뿐 아니라 나아가 조세법의 목적이나 내용이 기본권보장의 헌법이념과 이를 뒷받침하는 헌법상의 여러 원칙에 합치될 것을 요구한다. 이러한 실질적 조세법률주의의 정신에 비추어 볼 때, 조세법규에서 정한 과세요건이 충족됨으로써 일단 조세채무가 성립·확정되었다 하더라도 후발적 사유의 발생으로 과세의 기초가 해소되거나 감축되었다면 결과적으로 조세채무의 전부 또는 일부가 실체적으로 존재하지 않은 것으로 된다. 따라서 이러한 경우 그 조세채무를 그대로 유지하여서는 정의와 형평의 관념에 반하게 되므로 납세의무자에게 사후적인 구제수단이 인정되어야 한다[헌법재판소 2000. 2. 24. 선고 97헌마13, 245(병합) 결정 참조. 위 헌법재판소 결정에서 재판관 5인은 후발적 사유에 의한 경정청구제도를 도입한 국세기본법 제45조의2가 시행되기 이전에 과세표준신고서를 제출한 경우에도 조리상 후발적 사유에 의한 경정청구권이 인정된다는 입장(본안에서 헌법소원청구 인용결정을 해야 한다는 입장)을 취하였고, 재판관 4인은 민법상 부당이득의 법리에 따라 법원에서 권리구제가 가능하므로 조리상의 후발적 사유에 의한 경정청구권은 인정되지 않는다는 입장(보충성 원칙에 따라 헌법소원청구를 각하해야 해야 한다는 입장)을 취하였으나, ‘후발적 사유에 의한 과세기초의 변동이 이루어진 경우, 적어도 납세자에게 어떠한 방식으로든 사후적인 구제수단이 인정되어야 한다는 점’에 관하여는 재판관 전원의 의견이 일치하였다]. 구 국세기본법 제45조의2 제2항에서 정하는 후발적 경정청구제도는 납세의무 성립 후 과세표준 및 세액의 산정기초에 일정한 후발적 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 그 취지가 있는바(대법원 2017. 9. 7. 선고 2017두41740 판결 등 참조), 이러한 후발적 경정청구제도는 앞에서 살펴본 실질적 조세법률주의의 헌법적 요청을 실현하는 제도라고 할 수 있다. 
 그렇다면 횡령 등에 기하여 납세의무자의 위법소득이 일단 성립한 경우에도, 후발적인 사정으로 그로 인한 이익이 실제로 상실되었다면 후발적 경정청구제도에 따른 구제의 대상이 된다고 보는 것이 헌법상 실질적 조세법률주의에 부합하는 법해석이다.
다) 대법원은 뇌물, 알선수재, 배임수재 등의 범죄로 인한 위법소득에 대하여 몰수 또는 추징이 이루어진 경우, 이는 그 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화되는 후발적 사유가 발생하여 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립하였던 납세의무가 그 전제를 잃게 된 것이므로, 특별한 사정이 없는 한 납세자는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 등이 규정한 후발적 경정청구를 하여 그 납세의무의 부담에서 벗어날 수 있다고 보아야 한다고 판시하였다(위 대법원 2014두5514 전원합의체 판결). 이와 같이 ‘위법소득에 내재된 경제적 이익의 상실가능성이 현실화됨으로써 일단 성립하였던 납세의무가 그 전제를 상실하게 된다는 측면’에 관하여 ‘뇌물 등으로 인한 위법소득에 대하여 몰수 또는 추징이 이루어지는 경우’와 ‘횡령 등으로 인한 위법소득 상당의 이익이 정당한 권리자에게 반환되는 경우’를 비교하여 보면, 양자 사이에 본질적인 차이가 있다고 볼 수 없다. 오히려 전자의 경우는 위법소득 상당의 이익이 원귀속자가 아닌 국가에 귀속되는 반면에, 후자의 경우는 그 위법소득 상당의 이익이 정당한 권리자인 원귀속자에게 귀속되는 것인데, 전자의 경우에는 납세의무자의 후발적 경정청구를 허용하면서도 후자의 경우에는 후발적 경정청구를 허용하지 않는다고 해석하는 것은 평가모순에 해당한다고 볼 수 있다.
라) 한편, 횡령 등 범죄의 경우에도 ‘부패재산의 몰수 및 회복에 관한 특례법’이 적용되므로 당사자가 범죄피해자로부터 취득한 재산은 ‘범죄피해재산’으로서 일정한 요건이 구비되면 몰수 또는 추징의 대상이 될 수 있고, 위와 같은 국가의 몰수 또는 추징은 범죄피해재산을 피해자에게 환부할 것을 예정하고 이루어진다(같은 법 제6조 제2, 3항 참조). 
 그런데 ‘범죄피해자가 그 재산에 관하여 범인에 대한 재산반환청구권 또는 손해배상청구권 등을 행사할 수 없는 등 피해회복이 심히 곤란하다고 인정되는 경우’라는 요건이 구비되어(같은 법 제6조 제1항) 국가가 몰수·추징을 한 경우에는 납세의무자의 후발적 경정청구가 허용되는 반면에(위 대법원 2014두5514 전원합의체 판결 참조), 피해회복이 심히 곤란하다고 인정되지 않는 등 같은 법 제6조 제1항의 요건이 구비되지 않아서 국가의 몰수·추징이 이루어지지는 아니하였지만 범죄피해자에게 횡령금 등 범죄수익이 실제로 반환된 경우에는 후발적 경정청구가 허용되지 않는다고 해석하는 것은 타당하다고 볼 수 없다. 양자를 비교하여 보면, ① 납세의무자의 입장에서 일단 위법소득이 성립하였다가 후발적인 사정으로 그로 인한 이익이 실제로 상실되었다는 점은 동일하고, ② 다만 범죄피해자의 입장에서 ㉮ 전자의 경우 ‘국가의 몰수·추징 및 이를 토대로 한 범죄피해자에 대한 환부’라는 2단계의 방식에 따라 그 이익을 반환받는 것인 반면에, ㉯ 후자의 경우 납세의무자로부터 직접 그 이익을 반환받는 것으로서, 결국 범죄피해자에 대한 반환방식에서 차이가 있을 뿐인데, 위와 같이 반환방식상의 차이가 있다는 사정만으로 양자를 달리 취급하여 후자에 대해서만 후발적 경정청구를 허용하지 않는 것은 현저하게 불합리하기 때문이다(앞서 본 바와 같이 이 사건 형사사건에서 같은 법 제6조 제1항에서 정한 요건이 갖추어지지 않았다는 이유로 국가의 추징이 이루어지지 않았다). 
마) 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항은 사외유출된 법인의 익금을 그 귀속자에 따라 배당 등으로 처분하도록 하고, 다만 같은 조 제4항은 내국법인이 수정신고기한 내에 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우 이를 사내유보로 처분하되, 세무조사의 통지를 받은 경우 등 그 단서 각 호에서 정한 사정을 미리 알고 위와 같은 조치를 취하는 등 법인의 자발적인 노력에 의한 사외유출금의 회수로 볼 수 없는 경우에는 다시 원칙으로 돌아가 같은 조 제1항에 의한 소득처분을 하도록 하고 있다. 이는 법인으로 하여금 사외유출된 자금을 자발적으로 회수하여 시정하도록 유도함으로써 해당 법인의 재정건전성을 확보하고자 하는 데에 그 취지가 있다고 볼 수 있다. 그러나 위 구 법인세법 시행령 규정은 사외유출된 법인자금의 소득처분에 관한 규정일 뿐이고, 횡령 등에 의하여 법인자금이 사외유출됨으로써 소득처분이 이루어져 해당 과세연도를 기준으로 하여 해당 귀속자의 위법소득에 대한 소득세 납세의무가 일단 성립한 이후에 그 납세의무자가 사후적으로 위법소득 상당 이익을 실제로 상실함에 따라 발생하게 되는 후발적 경정청구에 대해서까지 규정한 것이라고 보기는 어렵다. 
 즉, 구 법인세법 제106조 제4항의 경우, 횡령금 등 범죄수익의 사후적 환원이 실제로 이루어진 사안에서 구 국세기본법 제45조의2 제2항에 의한 후발적 경정청구를 배제하는 규정이라거나 그와 모순되는 규정이라고 볼 수 없다. 예컨대, 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 본문의 요건을 갖추어 법인이 횡령 등으로 사외유출된 금액을 회수하여 이를 익금산입하여 신고하는 경우 과세관청은 이를 사내유보로 소득처분하면 되므로 법인의 소득세원천징수의무나 해당 귀속자의 소득세원천납세의무가 발생할 여지가 없다. 그러나 법인이 이러한 요건을 갖추지 못하거나 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서 각 호의 경우에 해당되는 경우 과세관청은 구 법인세법 시행령 제106조 제1항에 의한 소득처분 및 소득세법 시행령 제192조 제1항에 의한 소득금액변동통지를 할 수 있는데, 이 경우 법인의 소득세원천징수의무 및 해당 귀속자의 해당 과세기간 소득에 대한 소득세원천납세의무가 일단 성립하고(이 경우 소득세원천납세의무의 성립시기는 소득금액변동통지가 이루어진 시기가 아니라 법인자금이 유출된 사업연도의 결산확정일이 속하는 과세기간 종료일 등에 소급하여 성립한다. 대법원 2006. 7. 27. 선고 2004두9944 판결, 대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결 및 소득세법 제131조 제2항, 제135조 제4항, 제145조, 제145조의2, 소득세법 제24조 제3항, 소득세법 시행령 제46조 제6호, 제49조 제1항 제3호, 제50조 제1항 제2호, 국세기본법 제21조 제2항 제1호 등 참조), 다만 사후적으로 해당 범죄수익이 법인에 회수되는 경우이거나 소득금액변동통지 당시 이미 해당 범죄수익이 법인에 회수된 경우에는 해당 소득의 귀속자가 위와 같이 일단 성립한 소득세원천납세의무에 관하여 구 국세기본법 제45조의2 제2항에 의한 후발적 경정청구를 할 수 있을 뿐이다. 그런데 법인의 입장에서는 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 본문의 요건을 갖추어 원천징수의무의 발생 자체를 저지하는 것이 상대적으로 유리하다고 할 수 있으므로, 위와 같이 횡령금 등 범죄수익의 사후적 환원이 실제로 이루어진 사안에서 납세의무자의 후발적 경정청구를 인정한다는 사정만으로 법인의 자발적 사외유출 자금의 회수 노력이 저해되는 등 구 법인세법 시행령 제106조 제4항의 취지가 몰각된다고 할 수는 없다.
바) 횡령금 등 범죄수익의 사후적 환원이 이루어지는 경우 이에 관하여 납세의무자에게 일단 성립하였던 소득세 납부의무를 조정하는 것이 허용된다면 해당 범죄행위에 대한 제재 효과가 실질적으로 감소한다는 취지의 주장이 제기될 여지가 있다. 그러나 범죄행위에 대한 제재의 목적은 원칙적으로 형벌로써 달성하는 것이 타당하고, 이에 관하여 세금을 부과하는 방법으로 위와 같은 목적을 달성하고자 하는 것은 바람직하다고 보기 어렵다(조세의 경우 엄격한 과세요건에 따라 일률적인 세금이 부과되어야 하므로 위법행위자의 책임의 정도, 개별 위법행위에 대한 제재의 필요성 및 그 효과 등 제반 사정을 고려한 법집행이 어려운 반면에, 형벌의 경우 형사재판을 담당하는 법원이 일정한 법정형의 테두리 내에서 위와 같이 다양한 사정들을 구체적·개별적으로 고려하는 방식으로 개별 범죄에 대응하여 적절한 형의 양정을 하게 된다). 
 횡령 등 범죄행위에 관한 형사재판을 담당하는 법원은 형법을 비롯한 처벌규정에 근거하여 개별 사안별로 당사자에 대하여 자유형에 의한 처벌을 할 수 있을 뿐 아니라, 앞서 본 바와 같이 부패재산의 몰수 및 회복에 관한 특례법상 일정한 요건이 구비되면 그 범죄피해재산을 몰수 또는 추징할 수도 있다. 특히 이 사건 형사사건에 적용된 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률 제3조에 의하면, 형사재판을 담당하는 법원은 구체적·개별적인 사정을 고려하여 피고인에게 징역형을 선고함과 동시에 그 횡령 범죄행위로 인한 이득액 이하의 벌금을 병과할 수 있도록 규정되어 있다. 즉, 이 사건 형사사건을 담당한 법원의 입장에서, 관련된 구체적·개별적인 사정을 고려할 때 원고의 자유를 박탈하는 징역형만을 선고하는 것은 바람직하지 않고, 그 횡령으로 인한 이득에 관한 재산적 제재를 함께 가하는 것이 타당하다고 판단하였다면, 위 이득액 이하의 벌금형을 병과하는 것이 충분히 가능하였다는 취지이다(다만, 앞서 본 바와 같이 이 사건 형사사건을 담당한 재판부는 원고에게 징역형만을 선고하면서 그 횡령으로 인한 이득액 이하의 벌금형을 병과하지는 않았는데, 이는 담당 재판부가 해당 범죄에 관한 구체적·개별적인 사정을 고려하여 적절한 형의 양정을 한 결과로 평가함이 타당하다). 
 국가의 법체계는 그 자체로 통일체를 이루는 것이고(위 대법원 2015두48655 전원합의체 판결 등 참조), 세금의 부과를 벌금의 선고와 동일시하는 것은 적절하지 않다. 세금은 벌금이 아니기 때문이다. 이 사건 형사사건에 적용될 수 있는 형사법 관련 규정들에 비추어 볼 때, 횡령으로 인한 범죄수익의 사후적 환원을 후발적 경정청구 사유로 해석한다는 사정만으로 원고의 횡령 범죄에 대한 제재 효과가 실질적으로 감소한다고 단정하기는 어렵다. 오히려 이 사건 형사사건을 담당한 재판부가 원고에게 징역형과 함께 위와 같은 횡령으로 인한 이득액 상당의 벌금형을 병과할 수 있는 형사법 규정이 존재함에도 불구하고, 원칙적으로 해당 횡령 범죄에 대한 제재와는 관련이 없는 조세법을 해석하면서 해당 범죄에 대한 제재 효과 감소 등을 이유로 원고가 실제로 범죄피해자에게 반환한 이득에 대해서까지 후발적 경정청구를 허용할 수 없다고 보는 경우, 헌법상 과잉금지원칙이나 실질적 조세법률주의에 위배되는 법해석이 될 위험성이 있다.
사) 앞서 본 후발적 경정청구제도의 취지, 권리확정주의의 의의와 기능 및 한계 등에 비추어 보면, 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 그 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립하였던 납세의무가 그 전제를 잃게 되었다면, 특별한 사정이 없는 한 납세자는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 등이 규정한 후발적 경정청구를 하여 납세의무의 부담에서 벗어날 수 있다고 보아야 한다(대법원 2014. 1. 29. 선고 2013두18810 판결 등 참조). 이 사건과 같이 횡령에 의한 소득에 대하여 납세의무의 성립 후 피해액의 변제 등을 통하여 그 소득이 사후적으로 상실되었다면, 이는 구 국세기본법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27833호로 개정되기 전의 것) 제25조의2 제2호에 준하는 사유로서 같은 조 제4호가 규정한 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 볼 수 있다(대법원 2011. 7. 21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결 중 다수의견의 보충의견 등 참조).
3. 취소의 범위
 이와 같이 이 사건 처분 중 일부는 위법하나, 이 법원의 변론종결일에 이르기까지 나타난 자료만으로는 이 사건 처분 중 위법하지 아니한 부분에 해당하는 종합소득세의 정당세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분은 전체가 취소되어야 한다(그러한 이상 원고의 나머지 주장에 대하여는 더 나아가 판단하지 아니한다).
4. 결론
 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소한다.
[별지 생략]

판사 김시철(재판장) 민정석 이경훈