양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2004.10.22 / 시행일:

【원 고】 원고
【피 고】 영등포세무서장
【변론종결】2004. 8. 13.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】피고가 2003. 4. 1.(원고는 소장 청구취지에서 피고가 원고에게 이 사건 양도소득세 부과처분을 한 날을 2003. 4. 15.이라고 적었으나, 갑 제7호증 납세고지서 기재를 보면 피고가 원고에게 이 사건 양도소득세 부과처분을 한 날은 2003. 4. 1.인 것으로 보인다.) 원고에 대하여 한 2000년 귀속 양도소득세 25,573,860원의 부과처분을 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고는 토지구획정리사업 시행지구 안에 들어 있다가 1978. 3. 10. 환지예정지의 지정공고가 있은 인천 연수구 옥련동 (지번 1 생략) 대 753㎡(환지되기 전의 지번과 면적이다. 이하 “이 사건 종전 토지”라 한다. 이 종전 토지는 위 토지구획정리사업에 따라 1986. 12. 30. 인천 연수구 옥련동 (지번 2 생략) 대 436.9㎡로 환지되었다. 이와 같이 환지된 이 (지번 2 생략) 대지 436.9㎡를 이하에서는 “이 사건 토지”라 한다)를 1978. 4. 20.에 취득하여 이를 가지고 있다가, 2000. 3. 31. 다른 사람에게 양도하였다. 
나. 그후 원고는 이 사건 토지의 양도에 대한 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였는데, 그 때 원고는 이 사건 토지의 취득가액을 기준시가로 산정하여 신고하면서 그 면적을 환지예정된 면적인 436.9㎡로 하지 않고 종전 토지의 면적인 753㎡으로 하여 그 면적에 의제취득일인 1985. 1. 1. 당시의 종전 토지의 기준시가를 곱한 금액 153,739,257원을 취득가액으로 하여 신고하였다. 
다. 이와 같은 신고를 받은 피고는 위와 같은 취득가액 산정 방법이, 토지구획정리사업법에 의한 환지지구 내 토지의 양도 또는 취득가액 계산을 할 때 1984. 12. 31. 이전에 취득한 토지로서 1984. 12. 31. 이전에 환지예정지로 지정된 토지의 경우에는 환지예정면적에 취득 당시의 단위당 기준시가를 곱하여 취득가액을 산정하여야 한다는 옛 소득세시행규칙(2000. 4. 3. 재정경제부령 제138호으로 개정되기 전의 것) 제77조 제1항 단서 규정(이하 이 사건 규정이라 한다)에 어긋난 것으로 보고, 위 단서 규정에 따라 취득가액을 다시 산정하여, 2003. 4. 1. 원고에 대하여 2000년 귀속 양도소득세의 추가 고지분으로 25,573,860원(양도가액 341,655,800원, 취득가액 89,201,436원, 필요경비를 뺀 양도차익 249,778,321원, 장기보유특별공제를 뺀 양도소득금액 174,844,825원, 기본공제를 뺀 과세표준 172,344,825원, 산출세액 59,937,930원, 예정신고납부 세액공제를 뺀 결정세액 53,739,147원, 신고불성실 가산세 1,861,270원, 납부불성실 가산세 5,099,882원, 총결정세액 60,700,299원, 이미 납부한 세액 35,126,439원을 뺀 추가고지세액 25,573,860원)을 부과하였다(이하 이 양도소득세 부과처분을 “이 사건 처분”이라고만 한다). 
【인정 근거】갑4, 5(토지대장), 갑6(등기부등본), 갑7(납세고지서 겸 영수증), 을1(양도소득세결정결의서), 을2(감사결과 과세예고통지서), 을3(사업추진경위), 변론의 전체 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
원고가 이 사건에서 청구원인으로 주장하는 것은 다음과 같다. 
(1) 이 사건 단서 규정은 단위당 기준시가는 종전 토지대로 하면서 면적만을 환지예정면적으로 하고 있어, 합리적 이유 없이 환지예정지 지정으로 감소된 면적을 취득가액에서 제외시키고 그 만큼 취득가액을 적게 하여 모법의 근거 없이 국민의 재산권을 침해하는 무효의 규정이고, 이에 터잡은 이 사건 처분 역시 위법하여 취소되어야 한다. 
(2) 설사 위 규정이 무효가 아니라 하더라도, 소득세법시행규칙 제77조 제3항은, 소득세법시행규칙 제77조 제1항 제1호의 경우에 환지사업으로 인하여 감소되는 토지의 면적에 대한 가액은 자본적 지출로 계상하지 아니한다고 규정하고 있어, 위 소득세법시행규칙 제77조 제1항 제2호의 경우로 감소되는 토지의 면적에 대한 가액은 자본적 지출로 인정하여야 할 것으로 해석되므로, 이와 같이 감소된 면적에 대한 가액을 자본적 지출로 인정하지 않고 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 
나. 판 단
(1) 관련 법령
옛 소득세법 (2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것)
제97조 (양도소득의 필요경비계산) 
① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 
1. 취득가액
가. 제94조 제1호(토지를 말한다. 필자 주)...(중략)...의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가. (단서 생략) 
3. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것
소득세법 부칙 제8조(1994. 12. 22. 법률 제4803호 부칙 중 1995. 12. 29. 법률 제5031호로 전문개정된 것)
제8조 (양도자산의 취득시기에 관한 의제) 제94조 제1호에 규정하는 자산(이 사건의 경우와 같이 토지를 말한다. 필자 주)으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 ...(중략)...본다. 
옛 소득세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 17032호로 개정되기 전의 것)
제163조 (양도자산의 필요경비) 
④ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 자본적 지출액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. 
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적지출액 
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요한 경비에 산입된 것을 제외한 금액
제67조 (즉시상각의 의제) 
② (앞부분 생략) "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다. 
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구
5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 
옛 소득세법시행규칙(2000. 4. 3. 재정경제부령 제138호으로 개정되기 전의 것)
제77조 (환지예정지등의 양도 또는 취득가액의 계산) 
① 양도 또는 취득가액을 기준시가에 의하는 경우 토지구획정리사업법 또는 농어촌정비법등에 의한 환지지구내 토지의 양도 또는 취득가액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다. 다만, 1984년 12월 31일 이전에 취득한 토지로서 취득일 전후를 불문하고 1984년 12월 31일 이전에 환지예정지로 지정된 토지의 경우에는 제2호의 산식에 의한다. 
1. 종전의 토지소유자가 환지예정지구내의 토지 또는 환지처분된 토지를 양도한 경우
가. 양도가액 
환지예정(교부)면적 × 양도당시의 단위당 기준시가
나. 취득가액 
종전 토지의 면적 × 취득당시의 단위당 기준시가
2. 환지예정지구내의 토지를 취득한 자가 당해 토지를 양도한 경우
가. 양도가액 
환지예정(교부)면적 × 양도당시의 단위당 기준시가
나. 취득가액 
환지예정면적 × 취득당시의 단위당 기준시가
③ 제1항 제1호 및 제2항의 경우에 환지사업으로 인하여 감소되는 토지의 면적에 대한 가액은 자본적 지출로 계상하지 아니한다. 
옛 토지구획정리사업법(2000. 1. 28. 법률 제6252호로 폐지되기 전의 것)
제57조 (지정의 효과) 
① 환지예정지가 지정된 경우에는 종전의 토지에 관한 토지소유자 및 임차권자등은 환지예정지의 지정의 효력발생일로부터 환지처분의 공고가 있는 날까지 환지예정지 또는 그 부분에 대하여 종전과 동일한 내용의 권리를 행사할 수 있으며, 종전의 토지에 대하여는 이를 사용하거나 수익할 수 없다.
(2) 이 사건 단서 규정의 적법성 여부에 대한 판단
먼저 피고가 이 사건 단서 규정을 적용하여 이 사건 처분을 한 것이 적법한지에 관하여 보기로 한다. 
부동산의 양도차익 계산과 관련하여 우리 소득세법은 원칙적으로 기준시가로 양도가액과 취득가액을 산정하도록 하고 있고( 소득세법 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문), 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조(1995. 12. 29. 전문 개정된 것, 이하 '부칙 제8조'라 한다)는 1984. 12. 31. 이전에 취득한 토지 등 자산은 1985. 1. 1.에 취득한 것으로 보도록 의제하는 한편, 옛 소득세법시행규칙(2000. 4. 3. 재정경제부령 제138호, 이하 “시행규칙”이라고만 한다) 제77조 제1항은 양도 또는 취득가액을 기준시가에 의하는 경우 토지구획정리사업법 등에 의한 환지지구 내 토지의 양도 또는 취득가액의 계산에 관한 산식을 규정하면서 이 사건 단서 규정에서, 1984. 12. 31. 이전에 취득한 토지로서 취득일 전후를 불문하고 1984. 12. 31. 이전에 환지예정지로 지정된 토지의 경우에는 제2호의 산식에 따라, 그 취득가액을 “환지예정면적 × 취득 당시의 단위당 기준시가”에 의하여 산정하도록 규정하고 있는바, 이러한 규정의 내용을 종합하여 보면, 이 사건 단서 규정에서 취득가액을 “환지예정면적 × 취득 당시의 단위당 기준시가”의 산식에 의하여 산정하도록 규정한 것은 그 산정방법이 합리적일 뿐만 아니라 취득가액을 산정할 수 있는 가능한 방법 즉, 종전 토지의 면적을 기준으로 하는 방법과 환지예정면적을 기준으로 하는 방법 가운데 환지예정면적을 기준으로 하도록 한 것이므로, 기준시가에 따라 취득가액을 산정한다는 소득세법 규정이 예정하고 있는 범위 내에서 산정방법을 구체화·명확화한 것에 불과하여 상위 법령에 위임의 근거가 없다거나 상위 법령에 위배되어 무효라고 볼 수 없다( 대법원 2003. 12. 26. 선고 2002두4075 판결 참조). {한편으로 보면, 앞선 본 사실관계에 따르면, 원고는 이 사건 환지예정지 지정이 있은 후에 이 사건 종전 토지를 취득하였는바(환지예정지 지정공고일 1978. 3. 10., 원고 이 사건 토지 취득일 1978. 4. 20.), 이러한 경우 이 사건 단서규정을 적용할 것 없이, 원고는 이 사건 환지예정지구내의 토지를 취득한 자에 해당하여 곧바로 시행규칙 제77조 제1항 제2호가 적용될 것인바, 이 규정 역시 기준시가에 따라 취득가액을 산정한다는 소득세법 규정이 예정하고 있는 범위 내에서 산정방법을 구체화·명확화한 것으로서 상위 법령에 위임의 근거가 없다거나 상위 법령에 위배되어 무효라고 보여지지도 아니한다.} 
원고 주장은, 이 사건 단서 규정은 합리적인 이유 없이 환지예정지 지정으로 감소된 면적을 취득가액에서 제외시키고 그 만큼 취득가액을 적게 하여 위법하다는 것이다. 그러나 어떤 토지에 대하여 환지예정지가 지정되면 그 토지에 대한 가치는, 일반적으로 종전 토지의 위치나 면적이 감안되지 않고 토지구획정리사업에 따라 가치가 상승할 것으로 예정되는 환지예정지의 위치와 면적에 따라 결정되고, 종전 토지의 기준시가를 평가할 때에도 이러한 점을 감안하여 종전 토지의 위치나 면적을 기준으로 할 것이 아니라 환지예정지의 위치나 면적을 기준으로 평가하여야 하며, 이 경우 환지예정지의 가치를 반영하여 단위당 기준시가를 정하여야 하는바{예를 들어 환지예정지의 위치가 종전 토지의 위치보다 우수하여 환지로 말미암아 단위 면적당 가치는 1.25배로 증가되고, 면적은 환지예정지의 면적이 종전 토지 면적의 80%로 감소하는 경우, 종전 토지 가치는 환지예정지 지정과 관계 없이 변함이 없고(1.25×0.8=1.00) 기준시가 총액도 변함이 없어 원칙적으로 청산금을 받거나 납부할 것이 없겠지만, 단위 면적당 기준시가는, 환지예정지 지정으로 말미암아 종전 토지에 대한 사용·수익을 할 수 없고, 환지예정지에 대하여만 권리를 행사할 수 있어 환지예정지에 대한 권리 행사에 따른 가치 상승이 감안되어 1.25배 증가하게 된다}, 양도소득세의 양도차익 산정을 위하여 환지예정지가 지정된 토지의 취득가액을 산정할 때에도, 위와 같이 종전 토지의 단위당 기준시가를 환지예정지의 위치와 면적에 따라 결정하여야 한다는 것에 따라, 취득가액 산정을 위한 면적을 환지예정지의 면적으로 하여 취득가액을 산정하는 것이 합리적이다. 만일 원고 주장과 같이 종전 토지의 면적대로 취득가액 산정을 하여 종전 토지의 단위당 기준시가에 종전 토지의 면적을 곱하게 되면 부당하게 취득가액이 높아지거나(환지예정지의 단위 면적당 가치가 종전 토지보다 증가한 반면 면적은 종전 토지보다 줄어든 경우) 낮아지게(환지예정지의 단위 면적당 가치가 종전 토지보다 감소한 반면 면적은 종전 토지 면적보다 늘어난 경우) 되는 합리적이지 못한 결과가 된다. 
따라서 합리적 이유 없이 이 사건 단서 규정이 환지예정지 지정으로 감소된 면적을 취득가액에서 제외시키고 그 만큼 취득가액을 적게 하여 상위 법령에 위반되어 무효이고, 이에 따른 이 사건 처분이 위법하다는 원고 주장은 받아들이지 아니한다. 
(3) 자본적 지출액 인정 여부
자본적 지출액이라 함은 자산의 취득활동이 종료된 이후 보유하는 단계에서 발생하는 여러 가지 지출액으로서 일반적으로 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 그 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다. 그리하여 옛 소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제3호는 양도가액에서 공제할 필요경비의 하나인 자본적 지출액으로 인정할 수 있는 것을 대통령령으로 정한다고 하고 있고, 이에 따라 마련된 옛 소득세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 17032호로 개정되기 전의 것) 제163조 제4항, 제67조 제2항은 그와 같이 필요경비로 할 수 있는 자본적 지출액으로, “사업자가 소유하는 감가 상각 자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비”라고 하면서, 그것에는 “① 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, ② 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치, ③ 빌딩 등의 피난시설 등의 설치, ④ 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구, ④ 기타 개량·확장·증설 등 ① 내지 ④와 유사한 성질의 것”을 포함한다고 하고 있으며, 또한 “양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요한 경비에 산입된 것을 제외한 금액”을 자본적 지출액으로 규정하고 있다. 하지만 이 사건의 경우와 같이 환지예정지 지정으로 감소되는 토지의 면적에 대한 가액과 같은 것이 자본적 지출로 인정될 수 있음을 엿볼 수 있는 대통령령 규정은 찾아볼 수가 없다. 그리고 앞서 본 바와 같이 환지예정지 지정으로 말미암은 면적의 감소는, 이에 대응하여 토지구획정리사업으로 인한 단위 면적당 가치 상승이나 면적 감소에 대응하는 바에 따라, 위치가 우세하고 단위 면적당 가치가 높은 토지를 환지받는 것이 예정되어 있어, 그 보유자로서는 어떠한 재산상 손실을 입지 않았고{만일 손실이 있다면 옛 토지구획정리사업법(2000. 1. 28. 법률 제6252호로 폐지되기 전의 것) 제52조, 제68조에 따라 청산금을 교부받을 것이다}, 토지 보유자로서는 그 가치 유지를 위하여 어떠한 비용을 지출하지도 않았으므로, 그 면적 감소분의 토지 가액이 있다고 볼 수 없을 뿐 아니라, 설령 관념적으로 그 면적 감소분의 토지 가액을 산정한다 하더라도 그 금액 상당액을 토지 보유자가 실제 지출하지도 않았으므로, 그 금액을 자본적 지출액로 인정할 수도 없다. 옛 소득세법시행규칙(2000. 4. 3. 재정경제부령 제138호로 개정되기 전의 것) 제77조 제3항은 이러한 점을 말하고 있을 뿐이지, 그 반대해석으로 이 사건 단서 규정이나 시행규칙 제77조 제1항 제2호에 따라 취득가액을 산정할 때 면적 감소분에 대한 가액을 자본적 지출로 계상하여야 할 것은 아니다. 이 부분 원고 주장 역시 받아들이지 아니한다. 
3. 결 론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 최은배