취득세등부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2005.01.13 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고와 피고의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 각자의 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

[인정 근거] 갑1호증 내지 5호증, 갑8호증

가. 서울특별시장은 2000. 4. 28. 원고가 서울 중구회현동 1가 197-2외 18필지의 토지(이후 지번이회현동 1가 204로 변경됨) 위에 신축중이던 지하 9층, 지상 23층의메사(MESA)빌딩(이하 ‘이 사건 건물’이라 함) 47,584.58㎡를벤처기업육성에관한특별조치법(이하 ‘벤처기업법’이라 한다) 제18조에 의한 ‘벤처기업집적시설’로 지정하였다.
나. 원고는 2000. 7. 13.미성교역으로부터 서울 중구회현동 1가 197-4중 9.8㎡의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 함. 이는 이 사건 건물의 부지 중 극히 일부에 해당하는데, 이를 제외한 나머지 부지는 원래부터 원고의 소유였다)를 취득하였고, 같은 해 7. 24. 이 사건 건물에 대하여 건축물사용승인을 받았으며, 피고는 같은 해 8. 22.지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의 것, 이하 지방세법이라 한다) 제276조 제4항에 의하여 이 사건 건물에 대한 취득세, 등록세 등을 면제한다고 통지하였다.
다. 피고는 2000. 10. 10. 이 사건 건물이 벤처기업집적시설 지정요건에 부합하지 아니한다는 이유로 별지 과세처분내역표 중 ‘이 사건 과세처분세액’란 기재와 같이 이 사건 토지 및 건물에 대한 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 교육세 등을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① 취득세 등 본세에 관한 주장

지방세법 제276조 제4항단서에 의하면, 벤처기업집적시설로 지정받아 취득세를 면제받게 된 경우에 취득일로부터 3년 이내에 벤처기업집적시설을 개발, 조성하지 아니하는 경우에 감면된 세금을 추징할 수 있도록 되어 있는데, 이 사건 처분 당시 위와 같은 3년의 유예기간이 경과하지 않았을 뿐만 아니라, 서울특별시에서 이 사건 건물 중 일부에 대하여 벤처기업집적시설의 지정을 취소하지도 않은 상태였으므로 이 사건 처분은 위법하며, 가사 그렇지 않다고 하더라도, 원고는 원래 이 사건 건물을 의류 및 잡화, 액세서리 전문매장을 가진 쇼핑센타로 개발하려 하였고 패션디자인업체 중 벤처기업을 유치하기 위하여 다각도로 노력하였으나, 당시 전반적으로 벤처기업의 경기가 위축되었던 상황이었고 특히 패션디자인업체들의 벤처기업등록 실적이 미미하여 당초 벤처기업집적시설로 지정받았던 면적 중 상당 부분에 대하여는 실제 벤처기업이 입점하지 않았을 뿐이며, 이 사건 처분 당시에도 일부 면적에 대하여는 실제로 벤처기업이 입점하여 있었고 이 사건 과세처분이 있었던 직후 서울특별시장이 당초 벤처기업집적시설로 인정하였던 면적 중 36,885.29㎡를 제외한 나머지 10,699.29㎡에 대하여는 계속 벤처기업집적시설로 인정하였던 점에 비추어 보면, 적어도 위 10,699.29㎡ 부분에 대한 취득세, 등록세 등은 면제되어야 한다.
② 가산세에 관한 주장

이 사건 처분이 감면된 취득세 등의 추징 유예기간인 3년이 경과하기 이전에 이루어졌고, 이 사건 건물 중 일부에 대한 벤처기업집적시설 지정이 취소도 되기 전에 행해졌을 뿐만 아니라, 취득세 등을 납부하라는 예고도 없이 가산세를 포함하여 부과처분을 하였으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 전체가 위법하여 취소되어야 한다.
나. 관련법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

(1) 본세 부분에 관한 판단

(가)지방세법 제276조 제4항단서에서 정한 3년의 유예기간이 경과하기 이전 및 서울특별시에서 벤처기업집적시설 지정을 취소하기 이전에도 면제된 세금의 추징이 가능한지

지방세법이 벤처기업집적시설의 경우 취득세, 등록세를 면제하고 재산세, 종합토지세의 50%를 감면하는 등의 혜택을 주고 있는 것은, 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 제고하는데 기여함을 목적으로 하여 제정된 벤처기업법의 입법취지에 부응하기 위하여 벤처기업을 세제상 우대하기 위한 목적에서 비롯된 것이라 할 것이고, 한편벤처기업법 시행규칙 제5조의 규정에 의하면, 벤처기업집적시설로 지정한 건축물의 경우 연면적은 100분의 50 이상을 벤처기업이 차지하여야 하고, 100분의 75 이상의 벤처기업 및 지원시설이 차지하여야 하며, 나머지 면적도 벤처기업 등과 관련이 있는 시설로서 중소기업청장이 정하여 고시하는 시설이 차지하도록 규정하고 있다.
따라서 이러한 지방세법의 입법취지, 벤처기업법령의 규정 내용 등을 고려하면,지방세법 제276조 제4항에서 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 뒤 3년 이내에 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우에는 감면된 세금을 추징할 수 있다고 규정하고 있는 것은, 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 이를 벤처기업에게 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 경우에는 3년의 유예기간을 두어 그 기간 내에 당해 부동산을 벤처기업 등에게 분양하거나 임대하는 등 목적사업을 이행하는 경우에는 취득세 등을 감면하되, 그 기간 내에 목적사업을 이행하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 당시부터 취득세 등의 감면 대상에서 이를 제외하여 감면하였던 취득세 등을 추징한다는 취지라고 할 것이고(즉 위 유예기간 동안 취득세 등의 부과 여부에 대한 판정을 보류하겠다는 취지라고 보아야 할 것이고, 부동산을 벤처기업집적시설로 개발·조성하거나, 벤처기업에게 임대, 분양할 의사가 없으면서도 형식적으로만 벤처기업집적시설을 개발·조성하겠다고 신고하여 취득세를 면제받고 있음이 객관적으로 명백한 경우에도, 3년의 유예기간 동안에는 감면된 취득세 등을 추징하지 않겠다는 취지는 아니라고 볼 것이다), 따라서 유예기간이 경과하기 전에 당해 부동산을 벤처기업집적시설로 사용하지 않았음이 명백해진 경우에는 즉시 감면되었던 취득세 등을 추징할 수 있다고 보아야 할 것이다.
다만 앞서 본 벤처기업법 시행규칙의 규정 내용 등에 비추어 볼 때, 벤처기업집적시설로 개발·조성된 건물의 분양이나 임대가 부진하여 당해 건물에 벤처기업이 입주하지 않고 비어 있는 상태인 불과한 경우라면, 그러한 사정만으로는 당해 건물을 벤처기업에 분양, 임대한다는 목적사업을 수행하지 않은 경우에 해당한다고 보아 감면된 취득세 등을 추징할 수는 없다고 할 것이고, 적어도 당해 건물의 상당 부분을 벤처기업법 시행규칙에서 정한 벤처기업 및 지원시설 등이 아닌 일반업체에 분양, 임대함으로써 당해 건물을 벤처기업집적시설로 지정한 목적을 달성할 수 없거나, 벤처기업집적시설의 지정요건을 구비하지 못한 것임이 객관적으로 명백한 경우에 3년의 유예기간의 경과 여부에 관계없이 즉시 감면되었던 취득세 등을 추징할 수 있다고 할 것이다.
(나) 이 사건의 경우 3년의 유예기간이 경과하기 이전에 취득세 등을 추징할 수 있는 사정이 있는지 여부

나아가 이 사건에 관하여 보건대, 갑7호증, 갑10, 11호증, 갑13호증 내지 31호증의 각 기재에 의하면, 2000. 8. 24. 현재 이 사건 건물의 전체 면적 46,837.69㎡ 중 14,105.71㎡가 임대되었는데, 그 중 위주식회사 이오리스, 주식회사대원하이테크, 주식회사웹커뮤니티등 3개의 벤처기업만이 입점하였고, 벤처기업집적시설에 직접 해당하지 아니하는 지원시설, 관련시설 등의 면적을 모두 포함하더라도 벤처기업법 시행규칙상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 6,246.27㎡에 불과하였던 사실, 이 사건 처분 이후 서울특별시장이 당초 벤처기업집적시설로 인정하였던 면적 47,584.58㎡ 중 36,885.29㎡에 대한 지정을 취소하고, 10,699.29㎡(벤처기업, 지원시설, 관련시설, 공용시설 등 포함)에 대해서만 벤처기업집적시설로 지정한 사실 등을 인정할 수 있는바, 위와 같이 이 사건 건물 중 벤처기업집적시설이 입주한 면적과 일반 시설이 입주한 면적, 이 사건 처분 이후 벤처기업집적시설로 지정되었던 부분 중 3/4 이상에 대하여 벤처기업집적시설 지정 자체가 취소된 사정 및 이 사건 건물의 사용승인을 받은 직후부터 위와 같이 벤처기업집적시설이 아닌 시설이 상당 부분 입주를 한 점 등을 종합하여 보면, 비록 지방세법이 정한 3년의 유예기간이 경과하지 않았고, 서울특별시로부터 벤처기업집적시설의 지정이 취소되기 전이라고 하더라도, 이 사건 건물은 이 사건 처분 당시 적어도 벤처기업법에서 정한 벤처기업집적시설로 개발·조성하여 분양 또는 임대하는 것이 객관적으로 불가능한 경우에 해당하였다고 봄이 상당할 것이므로, 피고가 이를 이유로 이 사건 처분을 한 것은 정당하다고 할 것이다.
(다) 추징의 범위

다만 이와 같이 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 부동산을 취득한 뒤 3년 이내에 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하여 감면된 세금을 추징하여야 하는 경우라고 하더라도, 그 개발·조성에 나름대로 상당한 노력을 기울였다는 등의 정당한 사유가 있다면 감면하였던 취득세 등을 다시 추징할 수 없다고 할 것이고(지방세법 제276조 제4항단서 참조), 벤처기업집적시설로 지정받은 면적 중 일부에 대하여는 실제로 벤처기업집적시설로 개발·조성하고 있고 그 나머지 부분만 벤처기업집적시설로 개발·조성하지 아니한 경우에는 후자의 부분에 대하여만 감면하였던 취득세 등을 다시 추징할 수 있다고 보는 것이 타당할 것이다[벤처기업법시행규칙의 위임에 의하여 중소기업청장이 고시한 벤처기업집적시설지정·관리에관한지침(중소기업청 고시 제2000-15호) 제6조도 건축물의 일부만을 벤처기업집적시설로 지정하는 것을 인정하고 있다].
이 사건에 관하여 보건대, 피고가 이 사건 처분을 하기에 앞서 현장출장조사를 실시한 결과를 기재한 복명서에는 이 사건 건물에 단 1개의 벤처기업(지상 11층의주식회사 이오리스)만이 입점한 것처럼 기재되어 있으나, 앞서 본 바와 같이 2000. 8. 24. 현재 이 사건 건물에는 위주식회사 이오리스외에 주식회사대원하이테크, 주식회사웹커뮤니티등 2개의 벤처기업이 더 입점하여 있었고, 그밖에 벤처집적시설에 직접 해당하지는 아니하나 그 지원시설, 관련시설 등의 면적을 포함하면 벤처기업법상 벤처집적시설로 간주되는 부분의 면적이 6,246.27㎡에 달하였으므로, 적어도 위 6,246.27㎡ 부분은 이 사건 처분이 있기 이전부터 벤처기업집적시설로 이용되고 있었다고 보아야 할 것이다.
또한 갑7호증, 갑10, 11호증, 을6호증의 각 기재에 의하면, ①서울특별시장이 2001. 4. 12. 당초 벤처기업집적시설로 인정하였던 면적 47,584.58㎡ 중 36,885.29㎡에 대한 지정을 취소하면서도 나머지 10,699.29㎡(3개 벤처기업의 입주면적, 지원시설, 관련시설, 공용시설 등)에 대하여는 계속 벤처기업집적시설로 인정하였고(갑7호증), ② 2001. 7. 31. 현재 6개의, 2001. 9. 17. 현재 12개의 벤처기업이 입주하는 등 이후 위 10,699.29㎡ 부분이 벤처기업집적시설로 이용되고 있으며(갑10호증, 을6호증), ③ 이에 따라 서울특별시장이 2001. 10. 15. 위 10,699.29㎡ 부분을 계속하여 벤처기업집적시설로 지정하였던 사실(갑11호증)이 인정되는바, 이와 같이 이 사건 건물에 대한 건축물사용승인 및 이 사건 처분이 있고 나서 얼마 지나지 아니한 시점에서서울특별시장이 10,699.29㎡ 부분이 벤처기업집적시설로 사용되고 있음을 인정하였던 점이나, 이후 계속적으로 입점하는 벤처기업의 수가 증가하면서 위 10,699.29㎡ 부분이 계속 벤처기업집적시설로 사용되었던 점을 감안한다면, 위 10,699.29㎡ 부분 중 이 사건 처분이 있기 이전에 벤처기업집적시설로 이용되지 아니하였던 부분(즉 10,699.29㎡ 부분에서 위 6,246.27㎡ 부분을 공제한 부분) 역시 원고가 당초부터 벤처기업집적시설로 개발·조성하여 분양하기 위하여 나름대로 상당한 노력을 기울였던 것으로 봄이 상당하고, 따라서 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지 못한 것에 관하여 정당한 사유가 있었던 것으로 봄이 타당할 것이다.
결국 이 사건 처분 중 위 10,699.29㎡ 부분은 취득세 등을 추징할 수 없는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 위 부분에 대하여도 취득세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
(2) 가산세 부분에 대한 판단

(가) 살피건대, 이 사건과 같이 지방세법에 의하여 취득세와 등록세를 면제받았던 건물을 벤처기업집적시설이 아닌 다른 용도로 분양 또는 임대함으로써 그 부동산을 벤처기업집적시설로 개발하는 것이 불가능해진 때에는 그 부동산에 관하여 면제되었던 취득세와 등록세 등을 추징할 수 있는 사정이 발생하였다고 보아야 할 것이고, 한편지방세법 제120조,제121조,150조의 2,151조, 농어촌특별세법, 교육세법의 각 규정에 의하면, 이러한 경우 당해 부동산의 소유자는 위와 같은 사정이 발생한 때로부터 30일 이내에 면제받았던 취득세와 등록세 등을 신고, 납부하도록 되어 있고, 이를 위반한 경우 취득세와 등록세의 100분의 20에 해당하는 가산세를 부과, 징수하도록 규정하고 있으며, 농어촌특별세 및 교육세는 본세인 취득세 및 등록세에 따라 부과되는데, 이 사건의 경우 앞서 본 바와 같이 늦어도 2000. 8. 24. 당시에는 이 사건 건물 중 상당 부분에 벤처기업집적시설이 아닌 일반 시설이 입주함으로써 이 사건 건물을 벤처기업집적시설로 개발하는 것이 불가능해졌다고 볼 것이고, 따라서 이 사건 건물 등에 대한 취득세 등의 감면사유가 소멸되고, 이미 면제되었던 취득세 등을 추징할 수 있는 사정이 발생하였다고 할 것인데, 원고가 그로부터 30일이 지나도록 취득세 및 등록세(취득세 및 등록세를 과세표준으로 한 농어촌특별세와 교육세 포함) 등을 신고, 납부하지 않았던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 피고가 이에 대하여 지방세법 등의 규정에 따라 가산세를 각 부과한 것은 정당하다고 할 것이어서, 가산세를 부과한 것이 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.
(나) 한편 원고가 주장하는 사정이 국세기본법 및 시행령의 각 규정에서 정하는 가산세 감면사유에 해당한다고도 볼 수 없으며, 나아가 원고의 주장과 같은 사정이 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부에 관하여 보더라도, 가산세를 면제할 만한 사유로서 정당한 사유가 있는 경우란 조세법상 협력의무를 불이행한 것에 불가피한 사정이 있어서 결과적으로 그 의무해태자에게 가산세를 부과하는 것이 가혹하게 되는 사정이 있는 경우를 의미한다고 할 것인데, 벤처기업집적시설에 대한 취득세 등의 면제규정 및 3년의 유예기간을 인정한 취지, 가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세금을 신고, 납부하도록 유도하고 그 납부의무의 이행을 확보하기 위하여 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상 제재인 점 등을 종합하면, 원고가 주장하는 바와 같은 사정만으로는 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없다.
(다) 다만 농어촌특별세에 대한 가산세의 경우 당초 원고가 취득세를 면제받으면서 납부하였던 농어촌특별세액(당초 면제된 취득세액의 100분의 20, 별지 과세처분내역 중 이 사건 과세처분세액의 농어촌특별세 본세 해당액)이 정당한 농어촌특별세액(일부 면제된 취득세액의 100분의 20, 별지 과세처분내역 중 정당한 세액의 농어촌특별세 본세 해당액)을 초과함이 명백하므로, 그에 대하여는 신고, 납부의무의 지연으로 인한 가산세의 문제가 발생할 여지가 없어 농어촌특별세에 대하여는 가산세를 부과할 수 없다고 할 것이다.
(3) 토지 부분에 대한 판단

한편 이 사건 토지에 관하여 부과된 취득세 등의 경우, 앞서 본 바와 같이 이 사건 건물 중 일부가 여전히 벤처기업집적시설로 인정되어 취득세 등의 면제가 인정되는 이상, 이 사건 토지는 그 전체가 위와 같이 벤처기업집적시설로 인정되는 건물 부분의 부지로서 벤처기업집적시설이 조성된 부동산에 해당한다고 볼 것이므로, 이 사건 토지는 그 전체에 대한 취득세 등을 면제하는 것이 상당할 것이다.
3. 정당한 세액

따라서 당초 벤처기업집적시설로 인정되었던 47,584.58㎡ 중 적어도 10,699.29㎡ 부분은 이 사건 처분 당시 벤처기업집적시설로 이용되고 있었거나 또는 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지 아니하였다 하더라도 그에 관하여 정당한 사유가 있었던 것이므로, 이 사건 처분 위 10,699.29㎡ 부분에 대하여 취득세 등을 추징한 이 사건 처분은 위법하다 할 것이고, 위 부분을 제외하고 정당한 세액을 계산하면 별지 과세처분내역 중 ‘정당한 세액’란 기재와 같이 합계 1,699,373,600원이 된다.
4. 결론

그렇다면 이 사건 처분 중 위 1,699,373,600원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고와 피고의 항소를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

납세의무자가 벤처기업집적시설로 개발,조성하여 분양하기 위하여 노력을 기울였던 것으로 보이므로 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지 않았다 하더라도 이에 관하여 ‘정당한 사유’가 있다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 처분은 위법하다.