이월공제(에너지 절약시설 투자비) 효과의 법인지방소득세 적용 여부 (일반행정, 대구지방법원)
공포일: 2022.11.03 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
지방소득세
【주문】
1. 피고가 2020. 6. 22. 원고에 대하여 한 29,357,857원의 법인지방소득세 경정거부처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위 및 내용 등

가.원고는2011. 5. 13.설립되어 풍력 및 신재생에너지 개발사업 등을 영위하는 주식회사로서, 2012사업연도에 구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제25조의2제1항,구 조세특례제한법 시행령(2019. 2. 12.대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것)제22조의2의 에너지절약시설에 투자하였다(이하 위 투자비를‘이 사건 시설투자비’라 한다).
나.이 사건 시설투자비는 모두 구 조세특례제한법 제25조의2에 따른 세액공제 대상에 해당하나,원고는 이 사건 시설투자비 중 같은 법 제132조의 최저한세액 제한에 걸리는 부분에 관해서는2012사업연도 및2013사업연도 법인세에서 세액공제를 받지 못하였다.
다.한편,지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서(이하 법률 제12153호로 개정되기 전 지방세법을‘개정 전 지방세법’,개정된 후 지방세법을‘개정 지방세법’이라 한다) ‘법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액’을 과세표준으로 하는 부가세(10%)방식이던 지방소득세 법인세분은‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’(법인세의 과세표준)을 과세표준으로 하여 독자적인 누진세율을 적용한 돈을 법인지방소득세로 하는 독립세 방식으로 개정되었다.
라.원고는 피고에게 개정 지방세법이 정하는 방식에 따라2014사업연도 법인세 과세표준을 과세표준으로 적용하여 산출한 법인지방소득세 합계60,715,710원을 신고·납부하면서,이 사건 시설투자비 중2012사업연도 및2013사업연도 법인세에서 세액공제를 받지 못한 부분에 관해 개정 전 지방세법에 따른 세액공제를 적용하지 않았다.
마.그 후 원고는2020. 5. 1.피고에게 구 조세특례제한법 제25조의2,제144조 제1항 및 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라2014사업연도 법인지방소득세에 이월 세액공제를 적용하여 합계29,357,857원이 환급되어야 한다는 감액경정청구를 하였다.그러나 피고는2020. 6. 22.원고에 대하여 위 경정청구를 거부하는 처분(이하‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
바.원고는2020. 9. 15.피고에게 이의신청을 하였으나2020. 10. 26.기각되었고, 2021. 1. 19.조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2021. 11. 1.기각되었다.
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장

원고는 지방세법 개정 전에 이 사건 시설투자비를 지출함으로써 그 원인행위를 완료하여 법적 지위 또는 법률관계를 형성하였는바,기득권 내지 신뢰보호를 위한 개정 지방세법 부칙 제15조(이하‘이 사건 경과규정’이라 한다)에 따라 그 원인행위 시점에 시행 중이던 구 조세특례제한법 제25조의2,제144조 제1항의 이월 세액공제에 관한 규정이 적용되어야 하므로,이에 반하는 이 사건 처분은 위법하다.
나.관련 법령

[별지]관련 법령 기재와 같다.
다.판단

1)조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서“이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로,여기서‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나,비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고,이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원1994. 5. 24.선고93누5666전원합의체 판결,대법원2001. 5. 29.선고98두13713판결,대법원2015. 10. 15.선고2015두36652판결 등 참조).
2)개정 전 지방세법 제85조 제1호는‘소득분’이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것이라고 규정하고 있고,같은 조 제2호는‘법인세분’이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세라고 규정하고 있으며,같은 법 제89조 제1항은 법인세분의 표준세율은 법인세액의100분의10으로 한다고 규정하고 있고,구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제55조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 소득의 범위에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 소정의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있다.한편,구 조세특례제한법 제25조의2제1항은 내국인이 대통령령으로 정하는 에너지절약시설에2013년12월31일까지 투자하는 경우에는 그 투자금액의100분의10에 상당하는 금액을 법인세 등에서 공제한다고 규정하고 있고,같은 법 제132조 제1항 제3호는 내국법인의 각 사업연도의 법인세를 계산할 때 제25조의2에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 법인세 최저한세액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며,같은 법 제144조 제1항은 제132조에 따른 법인세 최저한세액 등에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하는 것으로 규정하고 있다.
그런데 개정 지방세법 제85조 제2호는‘법인지방소득’이란 법인세법 제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득이라고 규정하고 있고,같은 법 제103조의19는 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액이라고 규정하고 있으며,같은 법 제103조의21제1항은 법인지방소득세는 위 과세표준에 제103조의20에 따른 소정의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하‘법인지방소득세 산출세액’이라 한다)을 그 세액으로 한다고 규정하고 있고,같은 법 제103조의22제1항은 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하되 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있다.한편,개정 지방세법 부칙 제2조 본문에서는“이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 규정하면서도,이 사건 경과규정에서는“이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있다.
이에 의하면,개정 전 지방세법에 의하여 지방소득세 법인세분을 산정할 때에는 법인세의 과세표준에 소정의 세율을 적용한 산출세액에 조세특례제한법상의 세액감면,세액공제 등을 한 금액을 그 과세표준으로 하게 되므로 결과적으로 위와 같은 세액감면,세액공제 등이 지방소득세 법인세분 산정에도 적용될 수 있었으나,개정 지방세법은 법인지방소득세의 과세표준을‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’으로 규정하고 구 조세특례제한법상의 세액감면,세액공제 등은 법인지방소득세의 산정에 더 이상 영향을 미치지 못하게 되었으며,세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하면서 법인지방소득세에 대한 세액 공제·감면 규정을 지방세특례제한법에 따로 두지 않았다.
따라서 납세의무자는 에너지절약시설 투자비를 지출하고도 법인세 최저한세액의 제한으로 당해 과세연도에 지방소득세 법인세분에서 이를 공제받지 못한 부분에 대하여 개정 전 지방세법에 따르면 이월공제를 받을 수 있었으나 개정 지방세법 하의 법인지방소득세에서는 더 이상 이월공제를 받지 못하게 되었고,이러한 경우 법령이 지방세의 납세의무자에게 불리하게 변경된 경우라 할 수 있다.
3)앞서 본 대로 개정 전 지방세법은 지방소득세 법인세분에 관하여 그 과세표준을‘법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액’으로 규정하여 법인세의 부가세 방식을 취하고 있었고,법인세법의 과세표준,구 조세제한특례법상의 세액감면이나 세액공제 규정 등을 유기적으로 결합하여 적용하여야 지방소득세 법인세분의 최종적인 세액을 확정할 수 있었는바,지방소득세 법인세분의 과세표준인 법인세액의 산정에 관한 구 법인세법 제13조,제55조뿐만 아니라 산출세액의 공제에 관한 구 조세제한특례법 제25조의2,제144조 제1항 등도 개정 전 지방세법 관련 조항들과 일체로서 지방소득세 법인세분의 부과 또는 감면에 관한 규정에 해당한다고 할 것이므로,위 구 조세제한특례법 제25조의2,제144조 제1항 등은 이 사건 경과규정의‘종전 규정’에 해당한다고 봄이 상당하다.
4)원고는 지방세법이 개정되기 이전인2012사업연도에 이 사건 시설투자비를 지출하였는데 당시 시행 중이던 개정 전 지방세법에 의하면 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하고 있었던 점,납세의무자인 원고로서는 개정 전 지방세법 하에서 당해 사업연도에 구 조세특례제한법 제25조의2에서 정한 이 사건 시설투자비를 지출하면서 법인세 최저한세액을 초과하는 금액을 당장 공제받지 못한다고 하더라도,제144조 제1항에 의하여 추후 이를 공제받을 수 있다고 믿고 이를 지출하였을 것으로 보이는 점,납세의무자가 가지고 있는 세액공제에 관한 신뢰는 법인세에 대한 것인지 지방소득세에 대한 것인지에 따라 본질적으로 다르다고 보이지 않는 점,개정 전 지방세법 시행 중에 이미 법인세액에서 공제할 대상인 이 사건 시설투자비의 지출이라는 원인행위가 있었고 법인세에서 공제할 금액이 산정되었으며 법인세의 최저한세액을 초과하는 부분에 대하여 이월공제를 허용하는 규정에 따라 장래 이월공제가 이루어질 것이 이미 확정되어 있었다는 점 등을 종합하면,종전 지방소득세 법인세분에 적용되었던 이 사건 시설투자비에 대한 이월세액 공제에 대한 원고의 신뢰는 보호할 만한 가치가 있는 신뢰에 해당한다고 봄이 상당하고,이를 단순한 기대 또는 반사이익에 불과하다고 할 수 없다.
따라서 개정 전 법령에 의한 이 사건 시설투자비에 관한 이월공제에 대한 원고의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당한다고 봄이 타당하므로,개정 지방세법 시행 이후에 납세의무가 성립한2014사업연도 법인지방소득세에 대하여는 종전 규정인 개정 전 지방세법 제85조,제89조,구 법인세법 제13조,제55조,구 조세특례제한법 제25조의2,제132조,제144조에 따라 이 사건 시설투자비가 이월공제되어야 하는바,이에 반하는 이 사건 처분은 위법하고,이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
3.결론

원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여,주문과 같이 판결한다.
[별지]

관련 법령

▣구 지방세법(2020. 12. 29.법률 제17769호로 개정되기 전의 것)

제85조(정의)

①지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "법인지방소득"이란「법인세법」제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다.
제94조(세액공제 및 세액감면)

종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다.다만,종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
제103조의19(과세표준)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.
제103조의20(세율)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025062"></img>

제103조의21(세액계산)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액,「조세특례제한법」제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인지방소득세 세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다.이하“법인지방소득세 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.
제103조의22(세액공제 및 세액감면)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다.이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득,「조세특례제한법」제100조의32제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다.이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.
부칙(제12153호, 2014. 1. 1.)

제1조(시행일)

이 법은2014년1월1일부터 시행한다.다만,제92조제2항,제103조의3제4항 및 제103조의20제2항의 개정규정은2017년1월1일부터 시행하고 제123조의 개정규정은 공포 후3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)

이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.다만,제8장 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제15조(일반적 경과조치)

이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
▣구 지방세법(2014. 1. 1.법률 제12153호로 전부 개정되기 전의 것)

제85조(정의)지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다.
3. "소득세분"이란「소득세법」에 따라 납부하여야 하는 소득세액(소득세 과세표준 예정신고자 또는 확정신고자로서 해당 신고세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 데 대한 납부불성실가산세는 제외한다)을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
4. "법인세분"이란「법인세법」에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
제89조(세율)

①소득분의 표준세율은 다음과 같다.
<img src="https://www.olta.re.kr:443/raonkeditordata/2023/12/20231212_144054817_19554.png" style="width: 270px; height: 81px;"/>

제94조(소득분의 계산방법)

①소득분은「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조제1항의 세율을 적용하여 계산한다.다만,제87조제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.
▣구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것)

제13조(과세표준)

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.
1.각 사업연도의 개시일 전10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액.이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나,「국세기본법」제45조에 따라 수정 신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
2.이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3.이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

제55조(세율)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 표의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다.이하"산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025064"></img>

▣구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

제25조의2(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제)

①내국인이 대통령령으로 정하는 에너지절약시설에2013년12월31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의100분의10에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다)또는 법인세에서 공제한다.
제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제)

①내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과「법인세법」제91조제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인세법」제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액,가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며,대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며,이하 이 조에서"과세표준"이라 한다)에100분의16[과세표준이100억원 초과1천억원 이하 부분은100분의12,과세표준이100억원 이하 부분은100분의10,중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는100분의7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터3년 이내에 끝나는 과세연도에는100분의8,그 다음2년 이내에 끝나는 과세연도에는100분의9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하"법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
3.제5조,제7조의2,제8조의3,제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다.이하 이 조에서 같다),제11조,제12조제2항,제24조,제25조,제25조의2부터 제25조의4까지,제26조,제29조의2,제30조의2,제30조의4,제31조제6항,제32조제4항,제94조,제104조의8,제104조의14,제104조의15,제104조의18,제104조의22및 제104조의25에 따른 세액공제금액

제144조(세액공제액의 이월공제)

①제5조,제7조의2,제8조의3,제10조,제11조,제12조제2항,제24조,제25조,제25조의2부터 제25조의4까지,제26조,제29조의2,제30조의2,제30조의4,제94조,제104조의5,제104조의8,제104조의14,제104조의15,제104조의18,제104조의22,제104조의25,제126조의6및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는「소득세법」제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다]또는 법인세에서 공제한다.

개정 전 법령에 의한 이 사건 시설투자비에 관한 이월공제에 대한 원고의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당한다고 봄이 타당하므로, 개정 지방세법 시행 이후에 납세의무가 성립한 2014 사업연도 법인지방소득세에 대하여는 종전 규정인 개정 전 지방세법 제85조, 제89조, 구 법인세법 제13조, 제55조, 구 조세특례제한법 제25조의2, 제132조, 제144조에 따라 이 사건 시설투자비가 이월공제되어야 하는바, 이에 반하는 이 사건 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.