부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.08.25 / 시행일:

【원고, 피상고인】 디브이에스코리아 주식회사 (소송대리인 법무법인 동인 담당변호사 이준근 외 1인)
【피고, 상고인】 평택세무서장
【원심판결】 서울고법 2009. 6. 23. 선고 2008누34896 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 

【이 유】 상고이유에 대하여 판단한다.
 1. 구 부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제13조 제1항 제1호는 "재화의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받은 경우에는 그 대가로 한다."고 규정하고, 같은 조 제5항의 위임에 의한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제48조 제8항은 "사업자가 보세구역 내에서 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하는 경우에 당해 재화가 수입재화에 해당되어 세관장이 부가가치세를 징수한 때에는 공급가액 중 수입에 대한 과세표준에 해당하는 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다."고 규정하고 있다. 한편 법 제22조 제3항은 사업자가 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 ‘법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액’을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하도록 규정하고 있다. 
 시행령 제48조 제8항의 내용과 취지 및 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 사업자가 보세구역 내에서 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하고 그 공급을 받은 자가 이를 수입함으로써 세관장이 부가가치세를 징수한 경우 사업자는 당해 재화의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준으로 되는 공급가액, 즉 원래의 공급가액에서 당해 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준에 해당하는 금액을 공제한 금액을 매출처별세금계산서합계표의 공급가액으로 기재하여야 한다. 따라서 사업자가 이와 달리 당해 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준에 해당하는 금액을 공제하지 아니한 금액을 매출처별세금계산서합계표의 공급가액으로 기재하였다면, 이는 사업자가 그 거래 부분에 대하여 부가가치세 납세의무를 부담하는지 여부와 상관없이 법 제22조 제3항 소정의 ‘매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액이 사실과 다르게 기재된 경우’에 해당한다고 할 것이다. 
 2. 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 원고는 보세구역 내의 사업자로서 2003년 제1기분 부가가치세 과세기간 동안 보세구역 외의 국내 사업자인 마이크로파이어스 주식회사(이하 ‘마이크로파이어스’라 한다)에 수차례에 걸쳐 이 사건 재화를 공급하고 그 대가를 공급가액으로 하는 이 사건 세금계산서를 교부한 후 피고에게 부가가치세를 신고하면서 이 사건 세금계산서의 공급가액 합계액인 2,682,733,000원을 마이크로파이어스에 대한 공급가액 합계액으로 기재한 매출처별세금계산서합계표를 제출한 사실, 한편 마이크로파이어스는 위 과세기간 동안 평택세관장에게 이 사건 재화의 수입신고를 하고 평택세관장으로부터 공급가액 합계액이 2,682,733,000원인 이 사건 수입세금계산서를 교부받으면서 그 부가가치세를 징수당한 사실을 알 수 있다. 
 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 재화를 공급하고 받은 대가의 합계액과 그 공급을 받은 마이크로파이어스의 이 사건 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준에 해당하는 금액의 합계액이 동일하여 2003년 제1기분 매출처별세금계산서합계표에 기재해야 할 원고의 마이크로파이어스에 대한 공급가액 합계액은 0원이라 할 것임에도 2,682,733,000원으로 잘못 기재하였으므로, 이는 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 기재한 경우에 해당한다. 
 나아가 원고가 이 사건 재화의 대가를 회수하기 위하여 거래 은행으로부터 내국신용장에 의한 환어음을 할인받는 과정에 거래 은행의 요구에 따라 이 사건 세금계산서를 발행하였다거나 원고가 이 사건 재화를 공급하고 받은 대가의 합계액이 매출처별세금계산서합계표의 공급가액란에 기재된 가액이라는 사정만으로는 원고에게 시행령 제48조 제8항에 따라 매출처별세금계산서합계표의 공급가액을 사실대로 정확하게 기재하는 것을 기대하는 것이 무리였다고 보기도 어렵다. 
 그럼에도 원심은 그 판시와 같은 이유로, 원고가 매출처별세금계산서합계표의 공급가액에 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니한 금액을 포함하여 기재하였다고 하더라도 그 공급가액을 사실과 다르게 기재한 경우에 해당한다고 할 수 없다거나, 그와 같이 기재하게 된 데에 정당한 이유가 있다고 보아 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 매출처별세금계산서합계표 부실기재가산세에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 피고의 상고이유 주장에는 정당한 이유가 있다.
 3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 김능환(재판장) 안대희 이인복(주심)

[1] 보세구역 내 사업자가 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하면서 원래 공급가액에서 재화 수입에 대한 부가가치세 과세표준에 해당하는 금액을 공제하지 아니한 금액을 매출처별세금계산서합계표의 공급가액으로 기재한 것이 구 부가가치세법 제22조 제3항에서 정한 ‘매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액이 사실과 다르게 기재된 경우’에 해당하는지 여부(적극) 
[2] 보세구역 내 사업자인 甲 주식회사가 보세구역 이외의 국내 사업자인 乙 주식회사에 재화를 공급하였고, 乙 회사가 수입신고를 하면서 세관장에게서 위 공급가액과 같은 금액의 수입세금계산서를 교부받고 부가가치세를 납부하였는데, 甲 회사가 원래 공급가액에서 수입세금계산서상 공급가액을 공제하지 아니한 채 세금계산서를 발행한 후 과세관청에 위 금액을 기재한 매출처별세금계산서합계표를 제출하자, 과세관청이 甲 회사에 구 부가가치세법 제22조 제3항에 따라 부실기재가산세 등을 부과하는 처분을 한 사안에서, 위 처분이 위법하다고 본 원심판결에 법리오해의 위법이 있다고 한 사례

[1] 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제48조 제8항의 내용과 취지 및 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 사업자가 보세구역 내에서 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하고 공급을 받은 자가 이를 수입함으로써 세관장이 부가가치세를 징수한 경우, 사업자는 재화 공급에 대한 부가가치세 과세표준이 되는 공급가액, 즉 원래 공급가액에서 재화 수입에 대한 부가가치세 과세표준에 해당하는 금액을 공제한 금액을 매출처별세금계산서합계표의 공급가액으로 기재하여야 한다. 따라서 사업자가 이와 달리 재화 수입에 대한 부가가치세 과세표준에 해당하는 금액을 공제하지 아니한 금액을 매출처별세금계산서합계표의 공급가액으로 기재하였다면, 이는 사업자가 그 거래 부분에 대하여 부가가치세 납세의무를 부담하는지와 상관없이 구 부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항에서 정한 ‘매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액이 사실과 다르게 기재된 경우’에 해당한다. 
[2] 보세구역 내 사업자인 甲 주식회사가 보세구역 이외의 국내 사업자인 乙 주식회사에 수차례에 걸쳐 합계 2,682,733,000원의 재화를 공급하였고, 乙 회사가 수입신고를 하면서 세관장에게서 위 공급가액과 같은 금액의 수입세금계산서를 교부받고 부가가치세를 납부하였는데, 甲 회사가 원래 공급가액에서 수입세금계산서상 공급가액을 공제하지 아니한 채 위 2,682,733,000원의 세금계산서를 발행한 후 과세관청에 부가가치세 신고를 하면서 이를 乙 회사에 대한 공급가액 합계액으로 기재한 매출처별세금계산서합계표를 제출하자, 과세관청이 甲 회사가 매출처별세금계산서합계표의 공급가액을 사실과 다르게 기재하였다며 구 부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제22조 제3항에 따라 부실기재가산세 등을 부과하는 처분을 한 사안에서, 甲 회사가 乙 회사에게서 받은 대가 합계액과 乙 회사의 재화 수입에 대한 부가가치세 과세표준에 해당하는 금액 합계액이 2,682,733,000원으로 동일하여 매출처별세금계산서합계표에 기재해야 할 甲 회사의 乙 회사에 대한 공급가액 합계액은 0원임에도 2,682,733,000원으로 잘못 기재하였으므로, 이는 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 기재한 경우에 해당하고, 그와 같이 기재한 데에 정당한 이유가 있다고 보기 어렵다는 이유로, 이와 달리 위 처분이 위법하다고 본 원심판결에 법리오해의 위법이 있다고 한 사례.