법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2023.02.10 / 시행일:

【원고, 항소인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 이상우 외 2인)
【피고, 피항소인】 잠실세무서장 (소송대리인 법무법인 남산 담당변호사 이창 외 1인)
【제1심판결】 서울행정법원 2022. 4. 29. 선고 2021구합67619 판결 
【변론종결】2022. 11. 23.
【주 문】
1. 원고의 항소를 기각한다. 
2. 항소비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 1. 15. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세20,260,607,887원(가산세 포함, 이하 같다), 2014 사업연도 법인세 16,786,276,872원, 2015 사업연도 법인세 17,044,396,202원 및 2016 사업연도 법인세 4,711,322,862원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
가. 원고의 지위
 원고는 1976. 3. 16. 설립되어 화학제품의 제조·판매업 등을 영위하는 유가증권시장 상장법인이다.
나. 원고의 소외 1 회사 인수 및 소외 1 회사와 소외 2 회사, 소외 3 회사의 지분소유 및 거래 구조
1) 원고는 2010. 11.경부터 2011. 2.경까지 약 1조 5,051억 원을 투자하여 말레이시아 쿠알라룸푸르에 위치한 □□□ Sdn. Bhd.(2005년경 말레이시아 주식시장 상장, 이하 ‘소외 1 회사’라 한다)의 지분 100%를 매입하였다.
2) 소외 1 회사는 원고에게 인수될 당시 이미 18개의 자회사를 두고 있는 지주회사였는데, 1986년경 석유화학제품 제조법인인 ☆☆☆ Sdn. Bhd.(이하 ‘소외 2 회사’라 한다)를, 1988. 4. 27.경 석유화학제품 판매법인인 ◎◎◎ Sdn. Bhd.(이하 ‘소외 3 회사’라 한다)를 각 말레이시아에 설립하여 그 의결권 있는 주식 지분 100%를 모두 보유하고 있었다.
3) 소외 3 회사는 소외 2 회사로부터 석유화학제품을 매입하여 말레이시아 외부의 제3국으로 수출하는 도매업을 영위하여 왔다. 위와 같은 지분소유 및 거래 구조를 요약하면 아래와 같다.
 (표 1 생략) 
다. 소외 3 회사에 대한 조세특례제도 적용
 소외 3 회사는 석유화학제품의 수출기업으로서 2006년경 말레이시아 정부로부터 국제조달센터(International Procurement Center)로 지정되어 2007년부터 10년간 도매업 소득에 대한 과세를 면제받게 되었고, 이에 위 기간 중 말레이시아 세법에 따라 부담한 세액이 실제발생소득의 15%에 미달하게 되었다.
라. 유보소득 배당간주 규정 적용에 따른 법인세 부과처분
1) 서울지방국세청은 2017. 10. 30.부터 2018. 4. 27.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 소외 3 회사가 2007년부터 10년간 말레이시아 세법에 따라 부담한 세액이 실제발생소득의 15%에 미달하게 되어 구 국제조세조정에 관한 법률(2019. 12. 31. 법률 제16843호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국조법’이라 한다) 제17조 제1항 에서 정한 특정외국법인의 유보소득 배당간주 규정의 적용대상이 된다는 등의 과세자료를 피고에게 통보하였다.
2) 이에 피고는 소외 3 회사의 배당 가능한 유보소득 합계 180,420,920,864원을 원고가 배당받은 것으로 간주하여 원고의 2013 내지 2016 사업연도 익금에 산입하고, 그 밖에 원고와 소외 2 회사 사이의 기술이전에 따른 대가의 정상가격 조정, 원고의 고문인 소외 4의 인건비 손금불산입 등을 사유로 하여 아래와 같이 합계 약 2,330억 3,400만 원 상당을 익금산입 및 손금불산입하였으며, 이에 2019. 1. 15. 원고에게 2013 사업연도 법인세 20,338,786,590원(가산세 포함, 이하 같다), 2014 사업연도 법인세 16,803,541,450원, 2015 사업연도 법인세 25,442,673,060원, 2016 사업연도 법인세 13,774,353,480원을 각 경정·고지하였다.
 
마. 전심절차 경유 등
1) 원고는 2019. 3. 8. 조세심판원에 위 법인세 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2021. 3. 16. ‘기술이전에 따른 정상가격 조정액 부분을 익금산입액에서 제외하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 결정을 하였다.
2) 이에 원고는 이 사건 소를 제기하여 피고의 원고에 대한 위 법인세 부과처분 중 소외 3 회사의 유보소득 배당간주 규정 적용에 따른 아래와 같은 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)에 대한 취소를 구한다.
 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장 요지 
1) 구 국조법 제17조 제1항은 법인의 부담세액이 실제발생소득의 15% 이하인 ‘국가 또는 지역’에 소재하는 외국법인을 특정외국법인 세제의 적용대상으로 규정하고 있으므로, 먼저 조세부담률이 15% 이하인 ‘국가 또는 지역’을 먼저 확정한 후 대상 외국법인이 해당 국가나 지역에 소재하는지를 확인하여야 한다. 그런데 말레시이아의 기본 법인세율은 25%(2016년은 24%)이므로, 말레이시아는 위 규정의 적용대상인 ‘국가 또는 지역’에 해당하지 않고, 따라서 한시적 특례규정의 시행으로 조세부담률이 낮아진 것에 불과한 소외 3 회사에 대하여 위 규정을 적용할 수 없다. 그런데도 피고는 소외 3 회사가 구 국조법 제17조에서 정한 특정외국법인이라는 전제에서 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.
2) 설령 소외 3 회사가 특정외국법인에 해당한다고 하더라도, 소외 3 회사는 말레이시아에고정된 시설을 가지고 실질적으로 도매업의 영업활동을 하는 법인에 해당하여 구 국조법 제18조 제1항 본문에 따라 유보소득 배당간주 규정의 적용이 배제되는데, 다시 구 국조법 제17조에 따라 소외 3 회사의 유보소득을 원고에게 배당간주하기 위해서는 소외 3 회사가 구 국조법 제18조 제1항 제1호, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27837호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국조법 시행령’이라 한다) 제35조 제2항 각 호에서 정한 요건을 충족하여야 하는바, 그 전제로 소외 3 회사와 소외 2 회사 사이에 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호 소정의 특수관계가 인정되어야 한다. 그런데 조세피난처에 소득을 유보시켜 조세를 회피하는 행위를 차단하기 위한 특정외국법인세제의 도입 취지, 특정외국법인 소재 국가에서 제조된 제품의 판매로부터 발생한 소득은 과세기반 잠식 및 소득이전 우려를 발생시키지 않는다는 취지의 OECD BEPS[Base Erosion and Profit Shifting(과세기반 잠식 및 소득이전), 이하 ‘BEPS’라 한다] 프로젝트 보고서의 내용, 미국 등 선진국의 특정외국법인세제[이른바 ‘CFC(Controlled Foreign Corporation) 세제’라고도 한다], 특정외국법인에 대한 특수관계 규정의 개정 경과 등을 종합적으로 고려하면, 특정외국법인과 제3의 외국법인이 서로 다른 국가에 소재하는 경우에만 특수관계가 성립한다고 보아야 하므로, 같은 국가에 소재한 소외 3 회사와 소외 2 회사 사이에는 특수관계가 성립하지 않는다. 따라서 소외 3 회사는 구 국조법 시행령 제35조 제2항 제2호의 요건을 충족하지 못하여 구 국조법 제18조 제1항 제1호에서 정한 특정외국법인에 해당하지 않으므로, 구 국조법 제17조의 적용 대상에서 배제된다. 그런데도 피고는 소외 3 회사의 유보소득에 대하여 구 국조법 제17조를 적용하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
 나. 관계 법령 
 별지 기재와 같다.
 다. 판단 
 1) 한시적 특례규정의 적용을 받는 소외 3 회사가 특정외국법인에 해당하는지 여부 
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결의 해당 이유 부분["2. 다. 1)항" 부분] 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.
 2) 소외 3 회사의 구 국조법 제18조 제1항 제1호, 구 국조법 시행령 제35조 제2항 제2호 요건 충족 여부 
가) 관련 규정
 &#10102; 구 국조법 제17조 제1항은 ‘특정외국법인의 각 사업연도 말 현재 배당 가능한 유보소득 중 내국인에게 귀속될 금액은 내국인이 배당받은 것으로 본다’고 규정하고, 같은 조 제2항은 ‘제1항을 적용받는 내국인의 범위는 특정외국법인의 각 사업연도 말 현재 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상을 직접 또는 간접으로 보유한 자로 한다’고 규정하여 내국인이 조세피난처에 소재한 특정외국법인에 배당 가능한 소득을 유보한 경우 실제 이를 배당하지 않더라도 그 내국인에게 귀속될 금액이 배당된 것으로 보고 유보소득 배당간주 규정을『적용』하여 소득세나 법인세를 과세하도록 정하고 있다. &#10103; 그런데 구 국조법 제18조 제1항 본문은 ‘제17조 제1항의 국가 또는 지역에 사업을 위하여 필요한 사무소, 점포, 공장 등의 고정된 시설을 가지고 있고, 그 법인이 스스로 사업을 관리하거나 지배 또는 운영을 하며, 그 국가 또는 지역에서 주로 사업을 하는 경우에는 제17조를 적용하지 아니한다’고 규정하여 고정시설을 가지고 실질적으로 현지에서 사업을 영위하는 특정외국법인에 대해서는 유보소득 배당간주 규정의 적용을『배제』하고 있다. &#10104; 다만 그 단서 제1호에서 ‘도매업, 금융 및 보험업, 부동산업 및 임대업, 전문, 과학 및 기술 서비스업, 사업시설관리 및 사업지원서비스업을 하는 특정외국법인으로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 법인’의 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하여 상대적으로 손쉽게 소득을 조세피난처의 특정외국법인에 이전할 수 있는 업종(이른바 ‘조건부 능동소득업종’이라고도 한다)에 대해서는 일정 요건을 충족하는 경우 다시 유보소득 배당간주 규정을『적용』하고 있다.
 구 국조법의 위와 같은 위임에 따라 구 국조법 시행령 제35조 제2항은 구 국조법 제18조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이라 함은 ① 구 국조법 제18조 제1항 제1호에서 열거하는 업종에서 발생한 수입금액의 합계 또는 매입원가의 합계가 총수입금액 또는 총매입원가의 100분의 50을 초과할 것(제1호), ② 구 국조법 제18조 제1항 제1호에서 열거하는 업종에서 발생한 수입금액의 합계 또는 매입원가의 합계 중 특수관계인과 거래한 금액이 이들 업종에서 발생한 총수입금액 또는 총매입원가의 합계의 100분의 50을 초과할 것(제2호)을 말한다고 규정하고 있다.
나) 사안의 쟁점
 소외 3 회사가 특정외국법인에 해당함은 앞서 본 바와 같고, 소외 3 회사가 말레이시아에 사무소 등 고정된 시설을 가지고 실질적으로 영업활동을 수행하며 도매업을 영위하는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 소외 3 회사는 구 국조법 제18조 제1항 제1호에 따른 구 국조법 시행령 제35조 제2항 각 호의 요건을 충족하는 경우에 한하여 유보소득 배당간주 규정의 적용대상이 된다. 이때 소외 3 회사가 구 국조법 시행령 제35조 제2항 제1호의 요건을 충족하는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 같은 항 제2호의 요건을 충족하는지 여부와 관련하여서는 그 전제로 소외 3 회사와 소외 2 회사 사이에 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호의 특수관계가 성립하는지에 관한 다툼이 있는바, 피고는 소외 3 회사와 소외 2 회사 사이에 특수관계가 성립한다고 주장하는 반면, 원고는 소외 3 회사와 소외 2 회사가 같은 국가에 소재하고 있어 특수관계가 성립하지 않는다고 주장한다. 따라서 이 사건의 쟁점은, 소외 3 회사와 소외 2 회사 사이에 구 국조법 시행령 제35조 제2항 제2호의 요건을 충족하는지 여부와 관련하여 그 전제로 소외 3 회사와 소외 2 회사 사이에 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호의 특수관계가 성립하는지 여부에 있다고 할 것인바, 특히 이와 관련하여 구 국조법 시행령 제35조 제2항 후문의 해석이 문제된다. 
다) 구 국조법 시행령 제35조 제2항 후문의 해석
(1) 구 국조법 제2조 제1항 제8호는, ‘특수관계’란 ① 거래당사자의 어느 한 쪽이 다른 쪽의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 관계(가목), ② 제3자가 거래당사자 양쪽의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 각각 소유하고 있는 경우 그 양쪽 간의 관계(나목), ③ 자본의 출자관계, 재화·용역의 거래관계, 자금의 대여 등에 의하여 거래당사자 간에 공통의 이해관계가 있고 거래 당사자의 어느 한 쪽이 다른 쪽의 사업 방침을 실질적으로 결정할 수 있는 관계(다목), ④ 자본의 출자관계, 재화·용역의 거래관계, 자금의 대여 등에 의하여 거래 당사자 간에 공통의 이해관계가 있고 제3자가 거래 당사자 양쪽의 사업 방침을 실질적으로 결정할 수 있는 경우 그 거래 당사자 간의 관계(라목)의 어느 하나에 해당하는 관계를 말하며 그 세부기준은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다.
 그 위임에 따른 구 국조법 시행령 제2조 제1항은, 구 국조법 제2조 제1항 제8호에 따른 ‘특수관계’라 함은 ① 외국에 거주하거나 소재하는 자가 내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인의 의결권 있는 주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다)의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우 그 내국법인 또는 국내사업장과 외국주주의 관계(제1호), ② 거주자·내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인이 다른 외국법인의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우 그 거주자·내국법인 또는 국내사업장과 다른 외국법인의 관계(제2호), ③ 내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 자가 제3의 외국법인의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우 그 내국법인 또는 국내사업장과 제3의 외국법인(그 외국법인의 국내사업장을 포함한다)의 관계(제3호), ④ 거주자·내국법인 또는 국내사업장과 비거주자·외국법인 또는 이들의 국외사업장의 관계에서 어느 한 쪽과 다른 쪽 간에 자본의 출자관계, 재화·용역의 거래관계, 자금의 대여 등에 의하여 소득을 조정할 수 있는 공통의 이해관계가 있고, 어느 한 쪽이 각 목 어느 하나의 방법으로 다른 쪽의 사업 방침 전부 또는 중요한 부분을 실질적으로 결정할 수 있는 경우 그 어느 한 쪽과 다른 쪽의 관계(제4호), ⑤ 거주자·내국법인 또는 국내사업장과 비거주자·외국법인 또는 이들의 국외사업장의 관계에서 어느 한 쪽과 다른 쪽 간에 자본의 출자관계, 재화·용역의 거래관계, 자금의 대여 등에 의하여 소득을 조정할 수 있는 공통의 이해관계가 있고 제3자, 어느 한 쪽 및 다른 쪽 간의 관계가 각 목 어느 하나에 해당하는 경우 그 어느 한 쪽과 다른 쪽의 관계(제5호)의 어느 하나에 해당하는 관계를 말한다고 규정하고 있다.
 즉, 구 국조법 제2조 제1항 제8호는 ‘특수관계’에 관하여 규정하면서 그 세부기준을 대통령령에 위임하였고, 이에 따라 구 국조법 시행령 제2조 제1항이 특수관계의 세부기준을 규정하였는바, ① 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제1호, 제2호는 구 국조법 제2조 제1항 제8호 가목의, ② 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호는 구 국조법 제2조 제1항 제8호 나목의, ③ 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제4호는 구 국조법 제2조 제1항 제8호 다목의, ④ 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제5호는 구 국조법 제2조 제1항 제8호 라목의 각 세부기준에 해당한다.
(2) 원고가 소외 1 회사의 의결권 있는 주식 지분 100%를 소유하고 있고, 소외 1 회사가 소외 3 회사와 소외 2 회사의 각 의결권 있는 주식 지분 100%를 모두 소유하고 있는 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건에서는 소외 3 회사와 소외 2 회사 사이에 구 국조법 제2조 제1항 제8호 나목, 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호에서 정한 특수관계의 성립 여부가 문제된다. 이때 구 국조법 시행령 제35조 제2항 제2호 후문은 "이 경우 특수관계에 관하여 제2조를 적용할 때에는 ‘내국법인’은 ‘특정외국법인’으로 본다"(이하 ‘쟁점 후문 규정’이라 한다)라고 규정하고 있다. 
(3) 쟁점 후문 규정의 해석과 관련하여 원고는, ① 구 국조법상 특수관계에 관한 규정인 구 국조법 제2조 제1항 제8호, 구 국조법 시행령 제2조는 "내국법인"을 기준으로 특수관계를 규율하는 규정이므로, 쟁점 후문 규정에 따라 특수관계에 관하여 구 국조법 시행령 제2조를 적용할 때에도 "특정외국법인"을 기준으로 특수관계를 규율하여야 하는 점, ② 당초 국조법 제정 당시 특정외국법인세제를 도입한 것은 조세피난처에 설립된 특정외국법인과 내국법인 사이의 거래를 규율하기 위함이었던 점, ③ 그런데 쟁점 후문 규정에 따라 구 국조법 시행령 제2조 제1항 각 호에 규정된 "내국법인"만을 단순히 "특정외국법인"으로 치환(置換)할 경우에는 특정외국법인과 내국법인 사이의 특수관계는 성립할 여지가 없어 특정외국법인과 내국법인 사이의 거래에 대해서는 과세를 할 수 없게 되는 중대한 과세 공백이 발생하는 점 등에 비추어 보면, 쟁점 후문 규정에 따라 특수관계에 관하여 구 국조법 시행령 제2조를 적용함에 있어서 단순히 해당 조항에 규정된 "내국법인"만을 "특정외국법인"으로 치환할 것이 아니라 "특정외국법인"을 기준으로 해당 조항의 특수관계를 규율하여야 한다는 취지로 주장한다. 
(4) 그런데 앞서 본 관련 법령의 체계 및 문언 내용, 특정외국법인세제의 도입 취지, 그 개정 경과 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 쟁점 후문 규정에 따라 특수관계에 관하여 구 국조법 시행령 제2조를 적용할 때에는 위 제2조 제1항 각 호에 규정된 "내국법인"만을 "특정외국법인"으로 치환(置換)하여 적용하면 되고, 그 밖에 제2조 제1항 각 호에 "내국법인"으로 규정되지 않은 부분까지 이를 모두 "특정외국법인"을 기준으로 치환(置換)하여 해석하여야 한다고 볼 수는 없다. 따라서 이에 반하는 취지의 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다. 
 ① 법문언상으로 쟁점 후문 규정은 유보소득 배당간주 규정의 적용 요건으로 구 국조법 시행령 제35조 제2항 제2호를 판단함에 있어서, "특수관계에 관하여 제2조를 적용할 때에는 ‘내국법인’은 ‘특정외국법인’으로 본다"라고 규정하여 치환(置換)하여 적용할 부분을 분명히 특정하고 있다. 법 해석은 어디까지나 법적 안정성을 해치지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 방향으로 이루어져야 하는바, 이를 위해서는 가능한 한 원칙적으로 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하여야 한다. 특히 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).
 ② 쟁점 후문 규정과 유사한 문언 형식으로 규정되어 있는 다른 법 규정 의 일반적인 법 해석 적용 방식을 살펴보더라도, 쟁점 후문 규정에 따라 구 국조법 시행령 제2조의 특수관계 해당 여부를 판단할 때에는 위 제2조 제1항 각 호에 규정된 "내국법인"만 "특정외국법인"으로 치환(置換)하여 적용하는 것이 법 문언에 보다 충실한 해석으로 보인다. 
 ③ 또한 구 국조법은 제2조 제1항 제2호에서, "국내사업장"이란 소득세법 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장(가목) 및 법인세법 제94조에 따른 외국법인의 국내사업장(나목)을 말한다고 정의하고 있고, 소득세법 제120조 및 법인세법 제94조는 모두 이에 관하여 ‘국내에 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정 장소를 가지고 있는 경우’라고 규정하고 있는바, 원고가 주장하는 바와 같이 쟁점 후문 규정에 따라 특수관계에 관하여 구 국조법 시행령 제2조를 적용함에 있어서 해당 조항을 전부 "특정외국법인"을 기준으로 치환(置換)하여 해석하게 된다면, 구 국조법 시행령 제2조 제1항 각 호에 규정된 "국내사업장"을 위 국조법 제2조 제1항 제2호의 정의규정에 반하여 ‘비거주자가 특정외국법인 소재 국가에 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정 장소를 가지고 있는 경우’로 해석하는 결과를 낳게 된다. 그런데 문언 형식에 비추어 보더라도 쟁점 후문 규정이 위 국조법 제2조 제1항 제2호의 정의규정의 예외를 규정하고 있다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 법적 근거를 찾을 수 없다. 
 ④ 원고는 쟁점 후문 규정에 따라 구 국조법 시행령 제2조의 특수관계 해당 여부를 판단함에 있어서 위 제2조 제1항 각 호에 규정된 "내국법인"만 단순히 "특정외국법인"으로 치환(置換)할 경우에는 특정외국법인과 내국법인 사이에 특수관계가 성립할 여지가 없어 특정외국법인과 내국법인 사이의 거래에 대해서는 과세를 할 수 없게 되는 중대한 과세 공백이 발생한다는 취지로 주장한다. 
 앞서 본 바와 같이 구 국조법 시행령 제2조 제1항 각 호는 특수관계가 성립하는 주주와 대상회사를 각각 요건을 달리하여 규정하고 있는바, 쟁점 후문 규정에 따라 구 국조법 시행령 제2조의 특수관계 해당 여부를 판단함에 있어서 위 제2조 제1항 각 호에 규정된 "내국법인"만 "특정외국법인"으로 치환(置換)할 경우에는 아래 표에서 보는 바와 같이 특정외국법인과 내국법인 사이에 특수관계가 성립할 여지가 없어 보이기는 한다. 
 ?주주대상회사 제1호비거주자 또는 외국법인특정외국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인 제2호거주자·특정외국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인다른 외국법인 제3호특정외국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인제3의 외국법인(그 국내사업장 포함) 제4, 5호거주자·특정외국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인비거주자·다른 외국법인 또는 비거주자·다른 외국법인의 국외사업장 
 그러나 입법자는 세법의 제·개정에 있어 여러 가지 정책적 요소를 고려하여 이를 정할 수 있는 입법형성의 재량을 가지고 있고, 그러한 입법재량의 결과가 기본권 보장의 헌법이념과 이를 뒷받침하는 헌법상의 원칙에 위반되지 않는 한 이는 존중되어야 한다(헌법재판소 2011. 10. 25. 선고 2010헌바21 결정 참조). 
 앞서 본 바와 같이 구 국조법상 특정외국법인세제의 규정 체계가『적용, 배제, 적용』의 형식으로 순차적으로 규정되어 있고, 쟁점 후문 규정을 두고 있는 ‘구 국조법 시행령 제35조 제2항 제2호’는 유보소득 배당간주 규정이 배제되었다가 다시 예외적으로 일정한 경우 유보소득 배당간주 규정이 적용되는 요건에 관한 규정이므로, 입법자로서는 예외적으로 일정한 경우 유보소득 배당간주 규정이 다시 적용되는 요건에 관해 규정함에 있어서 특정외국법인세제의 입법 목적이나 규제의 범위, 입법 당시 해외진출 국내법인의 사업규모나 규제 필요성 등을 종합적으로 고려하여 특정외국법인과 내국법인 사이의 거래는 규율하지 않기로 입법형성의 재량권 범위 내에서 입법 정책적 결단을 내릴 수 있다고 보인다. 특별히 그러한 입법재량의 결과가 기본권 보장의 헌법이념과 이를 뒷받침하는 헌법상의 원칙에 위반된다고 보기도 어렵다. 
라) 소외 3 회사와 소외 2 회사 사이에 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호의 특수관계 성립 여부
 살피건대, 구 국조법 및 구 국조법 시행령의 문언에 따른 특수관계의 범위, 쟁점 후문 규정의 해석, 특정외국법인세제의 도입 취지, 관련 법령의 개정 경과, 이중과세를 방지하기 위한 규정 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 소외 3 회사와 소외 2 회사 사이에 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호의 특수관계가 성립한다고 봄이 타당하다. 따라서 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 
(1) 이 사건의 경우 구 국조법 제2조 제1항 제8호 나목, 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호에서 정한 특수관계가 문제됨은 앞서 본 바와 같으므로, 쟁점 후문 규정에 따라 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호의 "내국법인"을 "특정외국법인"으로 치환(置換)할 경우 위 규정에 따른 특수관계는 ‘특정외국법인의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 자가 제3의 외국법인의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우 그 특정외국법인과 제3의 외국법인의 관계’를 의미하게 된다. 결국 특정외국법인 소외 3 회사의 의결권 있는 주식 지분 100%를 보유하고 있는 소외 1 회사가 소외 2 회사의 의결권 있는 주식 지분 100%도 보유하고 있음은 앞서 본 바와 같으므로, 특정외국법인 소외 3 회사와 소외 2 회사는 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호의 특수관계에 있다고 봄이 타당하다. 
(2) 이에 대해 원고는, 쟁점 후문 규정에 따라 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호의 특수관계를 판단함에 있어서 ‘제3의 외국법인’은 특정외국법인을 기준으로 한 외국법인, 즉 특정외국법인 소재 국가 외의 국가에 소재하는 법인으로 해석해야 한다고 주장한다. 그러나 쟁점 후문 규정에 따라 특수관계에 관하여 구 국조법 시행령 제2조를 적용함에 있어서 제2조 제1항 각 호에 규정된 "내국법인"만 "특정외국법인"으로 치환(置換)하면 되고, 그 밖에 제2조 제1항 각 호에 "내국법인"으로 규정되지 않은 부분까지 이를 모두 "특정외국법인"을 기준으로 치환(置換)하여 해석할 수 없음은 앞서 본 바와 같다. 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호의 문언에서 ‘제3의 외국법인’이라는 용어는 ‘내국법인’ 및 ‘국내사업장을 두고 있는 외국법인’과 구별되는 ‘다른 외국법인’을 지칭하기 위한 것으로 보이고, 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호가 제3자의 의결권 있는 주식 소유를 기준으로 제3자와 관련되어 있는 양쪽 거래당사자 간의 특수관계 해당 여부를 규율하기 위한 세부기준임을 고려하면, 쟁점 후문 규정에 따라 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호의 ‘내국법인’을 ‘특정외국법인’으로 치환하더라도 ‘제3의 외국법인’을 반드시 특정외국법인 소재 국가를 기준으로 외국에 소재한 법인으로 한정할 필요는 없다고 할 것이다. 또한 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제1조 제3호 는 ‘외국법인’이란 본점 또는 주사무소가 외국에 있는 단체로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 법인을 말한다고 규정하고 있고, 구 국조법 및 구 국조법 시행령 역시 일관되게 ‘외국법인’을 우리나라가 아닌 외국에 본점 또는 주사무소가 위치한 법인을 의미하는 용어로 사용하고 있을 뿐이므로, 유독 쟁점 후문 규정에 따라 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호를 적용할 때에만 ‘외국법인’의 의미를 특정외국법인 소재 국가를 기준으로 하여야 한다고 보기도 어렵다. 앞서 본 바와 같이 문언 형식에 비추어 보더라도 쟁점 후문 규정이 ‘외국법인’에 관한 위 법인세법 규정 등의 예외를 규정하고 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 법적 근거를 찾을 수도 없다. 따라서 이에 반하는 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다. 
(3) 조세피난처에 소득을 유보시켜 조세를 회피하는 행위를 차단하기 위한 특정외국법인세제의 도입 취지에 비추어 보더라도, 특정외국법인과 같은 국가에 소재한 국가에서 제조된 제품의 판매로부터 발생한 소득의 경우에도 소득유보에 따른 과세기반 잠식 우려의 발생 가능성은 충분하므로, 특정외국법인세제의 유보소득 배당간주 규정을 통해 이를 규율할 필요성이 없다고 볼 수도 없다. 
(4) 한편 원고가 주장하는 바와 같이, OECD BEPS 프로젝트 보고서, 및 미국의 특정외국법인세제 규정 에 의하면, 도매업을 영위하는 특정외국법인과 특수관계인이 같은 국가에 소재할 경우에는 특정외국법인세제의 적용 대상에서 이를 배제하고 있는 것으로 보인다. 그러나 특정외국법인에 대한 유보소득 배당간주 규정은 내국인이 조세부담이 낮은 외국 국가 또는 지역에 자회사 등을 설립·인수하여 소득을 유보하는 방법으로 조세를 회피하는 행위에 대응하기 위한 규정으로, 구체적인 조세피난처의 기준, 특정외국법인에 해당하기 위한 요건, 과세대상소득의 범위, 유보소득 배당간주 규정의 적용 범위 등은 원칙적으로 각국의 조세정책에 따라 입법으로 정하여질 문제이다. 설령 국조법 제정 당시 특정외국법인세제를 도입하면서 미국의 특정외국법인세제 규정 등을 입법적으로 참고한 사정이 있다 하더라도, 특정외국법인세제에 따른 과세대상 및 과세 범위는 개별 국가의 사정을 고려하여 정책적·합목적적으로 결정되어야 할 문제이고, OECD BEPS 프로젝트 보고서의 내용이나 외국의 입법례가 조세정책의 수립이나 입법과정에서의 참고자료가 될 수 있음은 별론으로 하고 그 자체로 우리 국조법에서 규정하고 있지 않은 새로운 과세 요건을 창설하는 효력을 가진다고 볼 수는 없으므로, 앞서 본 사정만으로 쟁점 후문 규정에 따라 구 국조법 시행령 제2조 제1항 제3호의 특수관계를 판단함에 있어서 그 문언 형식에 반하여 해석할 수는 없다. 
(5) 더구나 2006. 5. 24. 법률 제7956호로 개정된 국조법은 제18조 제4항을 신설하여 ‘제1항 제1호에 해당하는 도매업을 영위하는 특정외국법인이 동일지역에 있는 제조업을 영위하는 특수관계자로부터 매입 등 대통령령이 정하는 요건을 충족하는 경우에는 제17조의 유보소득 배당간주 규정을 적용하지 아니한다’라고 규정하였고, 이에 따라 2006. 8. 24. 대통령령 제19650호로 개정된 국조법 시행령 역시 제36조의2를 신설하여 ‘동일한 지역 또는 국가에 소재하는 제조업 등을 영위하는 특수관계가 있는 자로부터 매입한 금액이 총매입원가의 100분의 50을 초과할 것’(제1호), ‘동일지역 등에 소재하는 특수관계가 없는 자에게 판매한 금액이 총매출액의 100분의 50을 초과할 것’(제2호)의 요건을 모두 충족한 경우에 유보소득 배당간주 규정의 적용을 배제하도록 규정하고 있었다. 
 한편 2010. 12. 30. 대통령령 제22574호로 개정된 국조법 시행령에서 제35조 제2항 제2호에 쟁점 후문 규정을 신설하기 이전에 이미 2007. 12. 31. 대통령령 제20494호로 개정된 국조법 시행령에서 제35조의2에 쟁점 후문 규정과 동일한 내용의 규정을 신설하였는바, 당시 구 국조법 시행령 35조의2는 "국조법 제18조 제4항에서 ‘동일지역에 있는 제조업을 영위하는 특수관계자로부터 매입 등 대통령령이 정하는 요건을 충족하는 경우’라 함은 다음 각 호의 요건을 갖춘 경우를 말한다. 이 경우 다음 각 호의 특수관계에 관하여 제2조를 적용함에 있어서 ‘내국법인’은 ‘특정외국법인’으로 본다"고 규정하고 있었다. 이후 2008. 12. 26. 법률 제9266호로 국조법이 개정되면서 위 국조법 제18조 제4항이 유보소득 배당간주 규정 배제 요건으로 정하고 있던 ‘도매업을 영위하는 특정외국법인이 동일지역에 있는 제조업을 영위하는 특수관계자로부터 매입 등 대통령령이 정하는 요건을 충족하는 경우’가 ‘도매업을 영위하는 특정외국법인이 같은 지역에 있는 특수관계가 없는 자에게 판매하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 경우’로 개정되었다. 그 개정이유를 살펴보면, ‘도매업을 영위하는 해외진출 법인이 같은 지역의 특수관계가 없는 자에게 판매하는 경우에는 같은 지역뿐만 아니라 같은 지역이 아닌 곳에 있는 특수관계자로부터 재화를 매입하더라도 조세피난처세제의 적용을 배제하기 위함’이라고 밝히고 있는바, 이는 해외진출시 일반적으로 현지 판매법인을 설립하여 사업을 시작하였고 충분한 제품 수요, 판로 및 시장이 형성된 후에 제조법인을 추가 설립하는 형태로 해외투자가 이루어지는 점을 감안하여 소재지국에 특수관계 없는 자에 주로 판매하는 경우에는 조세회피 목적이 없는 것으로 고려하여 적용요건을 완화한 것이다. 
 이에 따라 2009. 2. 4. 대통령령 제21299호로 개정된 구 국조법 시행령 제36조의2 역시 기존의 제1호 요건을 삭제하여 ‘같은 지역 또는 국가에 있는 특수관계가 없는 자에게 판매한 금액이 총매출액의 100분의 50을 초과하는 경우’에만 해당하면 유보소득 배당간주 규정의 적용을 배제하도록 개정되었고, 이와 같은 취지의 규정은 이 사건 처분 적용 시는 물론 현재 까지도 유지되고 있다. 
 결국 2007. 12. 31. 개정된 국조법 시행령 제35조의2에 쟁점 후문 규정과 동일한 내용의 규정을 신설한 이후에도, 유보소득 배당간주 규정의 배제요건으로서 2008. 12. 26. 개정된 국조법 제18조 제4항 및 같은 법 시행령 제35조의2를 해석함에 있어서 ‘같은 지역의 특수관계가 없는 자에게 판매하는 경우에는 같은 지역뿐만 아니라 같은 지역이 아닌 곳에 있는 특수관계자로부터 재화를 매입하는 경우’에도 위 배제요건에 해당하는 것으로 해석하고 있었다고 볼 것인바, 이는 그 전제로 같은 지역에 소재한 특수관계의 성립을 전제로 하고 있음을 알 수 있다. 
 구 국조법 시행령 제35조 제2항 제2호에 동일한 내용으로 규정된 쟁점 후문 규정을 적용함에 있어서도 충분히 동일한 해석이 가능하고, 구 국조법 시행령 제35조 제2항 제2호가 구 국조법 시행령 제35조2와 달리 유보소득 배당간주 규정의 적용요건을 규정하고 있다고 하여 이와 달리 볼 수는 없다. 
(6) 특정외국법인의 유보소득을 배당간주함으로 인하여 발생할 수 있는 이중과세를 방지하기 위하여, 구 국조법 제20조 제1항은 내국인이 특정외국법인으로부터 유보소득을 실제로 배당받은 경우 이월익금으로 보거나(내국인이 법인인 경우) 배당소득에 해당하지 않는 것으로 본다고(내국인이 개인인 경우) 규정하여 과세대상에서 제외하고 있고, 구 국조법 제19조 제2항은 특정외국법인이 내국인에게 실제로 배당을 지급할 때 외국에 납부한 세액이 있는 경우 외국납부세액에 대한 세액공제를 허용하도록 규정하고 있다. 따라서 원고는 이후 소외 3 회사로부터 유보소득을 실제 배당받을 경우 그에 대한 납세의무를 부담하지 않게 되고, 말레이시아에 납부한 세액 역시 공제받을 수 있으므로, 이 사건 처분이 원고에게 지나치게 가혹하다거나, 부당하게 과중한 조세 부담을 지우고 있다고 보기도 어렵다.
마) 소결론
 그렇다면 특정외국법인 소외 3 회사는 구 국조법 제18조 제1항 제1호, 구 국조법 시행령 제35조 제2항 제2호의 요건을 충족하여 구 국조법 제17조의 유보소득 배당간주 규정이 적용된다고 할 것이므로, 이에 근거하여 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.
 3. 결론 
 따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 관계법령 생략]

판사 배준현(재판장) 이은혜 배정현