법인세징수및부과처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2015.05.14 / 시행일:

【원 고】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 이인형 외 2인)
【피 고】 동수원세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 세한 담당변호사 강남규 외 1인)
【변론종결】2015. 4. 16.
【주 문】
 1. 피고가 2012. 3. 20. 원고에 대하여 한 2010년 사업연도 법인세 64,230,150,000원의 징수처분 및 가산세 6,423,015,000원의 부과처분을 모두 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】이하에서는 아래와 같은 약어를 사용한다. 1. (1 생략) → 소외 3 회사 2. (2 생략) → 소외 6 회사 3. (3 생략) → 소외 7 회사 4. (4 생략) → 소외 5 회사 5. (5 생략) → 소외 4 회사 6. (6 생략) → 소외 2 회사 7. 아일랜드 공화국 → 아일랜드 8. 키프로스 공화국 → 키프로스 9. 미합중국 → 미국 10. 대한민국과 아일랜드간의 소득 및 양도소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약 → 한·아일랜드 조세협약 11. 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약 → 한·미 조세협약
1. 기초 사실
가. 소외 3 회사, 소외 5 회사, 소외 2 회사의 설립 목적 및 지배구조 등
 (1) 소외 3 회사는 소외 6 회사, 소외 7 회사 등 5개의 펀드로부터 그들이 보유한 특허권의 관리를 위임받아 처리하는 미국에 거주하는 특허관리전문기업으로 2000년경 설립되었다.
 (2) 소외 2 회사는 2010. 6. 21. 아일랜드의 법률에 따라 설립되었는데, 키프로스의 법률에 따라 설립된 소외 4 회사가 소외 2 회사의 지분 전부를 보유하고 있다. 한편 미국 델라웨어주의 법률에 따라 2010. 5. 21. 설립된 소외 5 회사가 소외 4 회사의 지분 전부를 보유하고 있는데, 소외 5 회사는 소외 6 회사, 소외 7 회사 등이 지분 전부를 투자하여 자신들이 보유한 특허권을 관리할 목적으로 설립된 기업이다(갑 제6, 55호증 참조).
 (3) 소외 5 회사는 2010. 6. 29. 소외 4 회사와 소외 6 회사와 소외 7 회사가 보유한 특허권의 재허여 계약을 체결하였고(갑 제4호증 참조), 소외 4 회사는 2010. 6. 30. 소외 2 회사와 위 특허권의 재허여 계약을 체결하였다가 2010. 9. 22. 이를 해지하였다(갑 제1호증 참조).
 (4) 소외 5 회사는 2010. 11. 8. 소외 2 회사와 소외 6 회사, 소외 7 회사가 보유한 특허권의 재허여 계약을 체결하였다(갑 제2호증 참조).
나. 이 사건 계약의 체결 등
 (1) 원고는 2010. 9. 17. 소외 2 회사와 소외 6 회사, 소외 7 회사가 보유한 특허권의 사용에 관한 양해각서를 체결하였다(갑 제11호증 참조).
 (2) ① 원고는 2010. 11. 11. 소외 2 회사와 소외 6 회사, 소외 7 회사가 보유한 총 32,819개의 특허권(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다)의 침해에 따른 손해배상 및 특허권의 허여에 관한 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하고, 2010. 11. 30. 소외 2 회사에게 계약체결일 이전까지의 이 사건 특허권의 침해 및 사용에 대한 대가로 3억 7,000만 미국달러(이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)를 지급하였다(갑 제3, 27, 28, 56호증, 을 제5호증 각 참조). ② 이 사건 특허권 중 국내에 등록된 특허권은 1,902개로 그 비율이 약 5.7%(=1,902개/32,819개×100, 소수점 둘째짜리 이하 버림)]이다(갑 제66호증 참조).
 (3) 소외 2 회사는 소외 5 회사에게 원고로부터부터 지급받은 이 사건 사용료 소득 중에서 2010. 12. 21. 339,073,075미국달러를, 2011. 6. 29. 1,207,373미국달러를 각 지급하였고, 소외 5 회사는 소외 2 회사로부터 받은 사용료를 곧바로 소외 6 회사, 소외 7 회사에게 지급하였다.
다. 이 사건 처분의 경위
 (1) 피고는, 소외 2 회사는 조세회피를 목적으로 설립된 도관회사(Conduit Company)에 불과할 뿐 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자(beneficial owner)가 아니어서 한·아일랜드 조세협약이 적용될 수 없으므로 원고로서는 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제98조 제1항 제3호 본문에 따라 이 사건 사용료를 지급하면서 외국법인의 국내원천소득에 대한 법인세를 징수했어야 함에도 그러하지 않았다고 보아 2012. 3. 20. 구 법인세법 제98조 제3항에 의하여 원고에 대하여 2010년 사업연도 법인세 94,204,220,000원(= 본세 85,640,200,000원 + 원천징수불이행가산세 8,564,020,000원)을 징수 및 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다(갑 제4호증 참조).
 (2) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 6. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2013. 6. 4. ‘피고가 원고에게 한 이 사건 처분은, 1. 원고가 2010. 11. 30. 소외 2 회사에 특허권 침해 및 허여 대가로 지급한 3억 7,000만 미국달러의 수익적 소유자와 관련하여 동 대가가 소외 5 회사 내지 소외 6 회사 및 소외 7 회사의 최종투자자 등에게 귀속되었는지 여부와 수익적 소유자의 거주지국에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하고, 2. 나머지 청구는 이를 기각한다.’는 결정을 하였다(갑 제5호증 참조).
 (3) 피고는 위 조세심판원의 결정 취지에 따라 재조사를 하여 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자는 소외 6 회사, 소외 7 회사 및 그 투자자이고, 이들 대부분의 거주지가 미국이므로 한·미 조세협약 제14조 제1항에서 정한 원천세율(15%)이 적용되어야 한다고 보아 징수 및 부과세액을 70,653,165,000원(= 본세 64,230,150,000원 + 원천징수불이행가산세 6,423,015,000원)으로 감액하는 경정처분을 하였다(을 제1호증의 1, 2 참조).
 【인정 근거】 다툼 없는 사실, 위 각 거시 증거, 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장 및 관계 법령
가. 원고의 주장
 이 사건 처분은 아래와 같은 점에서 위법하므로 취소되어야 한다.
 ① 소외 2 회사는 물적·인적 시설을 갖추고 실질적인 사업활동을 수행하고 있는 아일랜드 거주자이자 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자이므로, 한·아일랜드 조세협약 제12조 제1항에 따라 이 사건 사용료 소득은 국내원천소득에 해당하지 아니하고, 따라서 원고에게 법인세 원천징수의무가 없다.
 ② 피고가 주장하는 것처럼 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자를 소외 5 회사 또는 소외 6 회사, 소외 7 회사의 투자자로 보아야 한다면, 이 사건 사용료 소득과 관련하여서는 한·미 조세협약이 적용되어야 할 것인데, 한·미 조세협약 제6조 제3항에 의하면, 미국 거주자가 국내 거주자로부터 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용에 대한 대가로서 받은 지급금은 국내원천소득에 해당하지 아니한다. 따라서 원고가 이 사건 특허권 중 국내에 등록되어 있지 않은 부분에 대한 사용의 대가로 지급한 금원은 국내원천소득에 해당하지 아니한다.
 ③ 설령 소외 2 회사가 도관회사라 하더라도 소외 2 회사와 특수관계에 있지 아니한 원고로서는 이를 알 수 있는 위치에 있지 아니하였고, 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자를 확인하기 위한 주의의무를 다하였으므로, 원고에 대한 원천징수불이행가산세 부과처분은 부당하다.
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
3. 소외 2 회사가 조세회피를 목적으로 설립된 도관회사인지 여부에 관한 판단
가. 실질과세원칙과 수익적 소유자
 한·아일랜드 조세협약 제12조 제1항에서는 일방체약국내의 원천으로부터 발생하는 사용료에 대하여 타방국에서만 과세되기 위한 요건으로 그 사용료를 받은 자가 타방체약국의 ‘거주자’이어야 할 뿐만 아니라 ‘수익적 소유자’일 것을 요구하고 있다. 한·아일랜드 조세협약에서는 ‘수익적 소유자’의 의미에 관하여 따로 정의하고 있지 아니하나, 위 협약 제3조 제2항에 의하면, 협약에서 정의되지 아니한 용어는 - 문맥에 따라 달리 해석되지 아니하는 한 - 일방체약국의 국내법에 따른 의미를 가지게 되므로, ‘수익적 소유자’의 의미를 국내법상의 실질과세원칙을 통해 파악해 보기로 한다. 
국세기본법 제14조 제1항과 구 법인세법 제4조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이므로, 재산의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 할 것이고, 이러한 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두11948 판결 등 참조).
 이 사건의 경우, 위에서 본 것처럼 한·아일랜드 조세협약 제12조 제1항에서 아일랜드 거주자가 국내 거주자로부터 받은 사용료 소득에 관하여 자국에서만 조세부담을 지기 위한 요건으로 아일랜드 거주자가 ‘수익적 소유자’일 것을 요구하는 취지는 조세회피 및 탈세를 방지하기 위한 것으로 이해되고, 이는 실질과세원칙과 그 맥락을 같이 하는 것으로 볼 수 있다. 
 따라서 위에서 본 실질과세원칙의 법리와 한·아일랜드 조세협약 제12조 제1항에서 수익적 소유자일 것을 요구하는 취지에 비추어 보면, 한·아일랜드 조세협약 제12조 제1항에서 말하는 ‘수익적 소유자’라 함은 ‘실질과세원칙을 적용한 결과 소득이 실질적으로 귀속된 것으로 평가되는 자’라고 봄이 상당하다.
나. 입증책임
 소득의 귀속이 명목뿐이고 사실상 그 소득을 얻은 자가 따로 있다는 점은 이를 주장하는 자에게 입증책임이 있으므로(대법원 1984. 12. 11. 선고 84누505 판결 참조), 소외 2 회사가 조세회피를 목적으로 설립된 도관회사로서 이 사건 계약의 형식상 거래당사자에 불과하고, 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자가 따로 있으므로 이 사건 계약에 관하여 한·아일랜드 조세협약이 적용될 수 없다는 점에 관하여는 이를 주장하는 피고에게 입증책임이 있다고 봄이 타당하다.
 이에 대하여 피고는 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자가 소외 2 회사이고, 따라서 이 사건 계약에 관하여 한·아일랜드 조세협약이 적용되어야 하며, 그 결과 원고에게는 법인세 원천징수의무가 없다는 점을 원고가 주장·입증하여야 한다고 주장한다. 
 살피건대, 구 법인세법 제98조 제1항, 제93조 제9호 가목, 제98조의4, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 22577호로 개정되기 전의 것) 제138조의4의 각 규정에 의하면, 과세관청으로서는 외국법인이 국내에서 지급받은 특허권 사용의 대가에 대한 법인세의 과세요건 사실로 그 대가를 받은 자가 외국법인 즉, 국내에 본점 또는 주사무소를 두지 아니한 법인이라는 점을 주장·입증함으로써 충분하고, 더 나아가 그 외국법인의 주된 사무소가 구체적으로 어느 곳인지까지 확정하여야 하는 것은 아니므로, 소외 2 회사가 아일랜드 거주자로서 한·아일랜드 조세협약이 적용된다는 점에 관하여는 원고가 이를 적극적으로 입증해야 할 것이지만, 갑 제21, 29, 30, 57호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고는 소외 2 회사로부터 아일랜드 과세당국이 발행한 거주자증명서 등을 받아 피고에게 비과세·면제신청을 한 사실을 인정할 수 있으므로, 원고로서는 소외 2 회사가 아일랜드 거주자라는 점을 충분히 입증하였다고 할 것이고, 그럼에도 불구하고 소외 2 회사가 오로지 조세회피만을 목적으로 설립된 도관회사에 불과하여 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자로 볼 수 없다는 특별한 사정은 피고에게 그 입증책임이 있다고 봄이 타당하다. 
 따라서 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
다. 도관회사 여부를 판단하는 기준
 외관상 과세의 근거가 되는 거래행위로 인한 소득이 거래 명의자에게 귀속된 경우 그 소득의 귀속이 명목뿐이어서 도관에 해당하고, 실질적으로 그 소득을 얻은 자 즉 수익적 소유자가 따로 있는지 여부를 판단하기 위해서는, 도관으로 지목된 명의자가 법인인 경우 그 설립 목적과 설립 경위, 사업활동 내역, 그 임직원 및 사무소의 소재를 비롯한 인적·물적 시설, 문제된 당해 거래행위와 관련한 의사결정 과정, 거래행위의 대가로 지급된 자금의 이동 내역 등 제반 사정을 고려하여야 하고, 특히 설립 목적과 관련하여서는 조세회피의 목적이 주된 것인지 여부를 중점적으로 살펴보아야 할 것이다. 이하에서는 위에서 든 기준을 적용하여 이 사건의 경우 소외 2 회사가 도관회사인지 여부를 개별적으로 검토한다. 
라. 소외 2 회사의 설립 경위 및 사업 활동 내역
 (1) 아일랜드는 2010년경 부동산 경기침체로 촉발된 금융위기를 극복하기 위한 노력의 일환으로 외국 기업의 투자를 유치하기 위해 법인세율을 인하하는 등 조세부담을 줄이는 조치를 취하였고, 그러한 노력의 결과로 2013. 7.에는 미국 경제전문지 포보스가 선정한 기업하기 좋은 나라 1위에 선정되기도 하였다(갑 제36, 제37호증 참조). 
 이러한 아일랜드의 적극적인 기업우대조치에 호응하여 다수의 다국적 기업이 아일랜드에 자회사를 설립하였는데, 이는 영리를 추구하는 다국적 기업이 조세부담을 줄이기 위하여 취한 당연한 노력으로 평가할 수 있을지언정 조세회피라고 단정할 수는 없다.
 (2) 2010. 9. 16. 개최된 소외 2 회사의 이사회에서 참석자들은 지역 고객관리 지원, 지역 IP ecosystem의 개발과 함께 유럽 및 아시아 법인을 상대로 소외 3 회사가 보유하는 상품을 적극적으로 마케팅하는 것이 소외 2 회사의 주요 목적임을 확인하고, 재무관리인 및 사무실관리인을 우선 채용하는 것을 포함하여 8명의 직원을 고용하기로 결의하였는데(갑 제7호증 참조), 이는 소외 2 회사가 설립 당시부터 지주회사라고 볼 수 있는 소외 5 회사와는 구별되는 사업목적과 별개의 인적 구성원을 보유하고 있었다는 점을 의미하는 것으로 볼 수 있다. 
 (3) 실제로 소외 2 회사는 이 사건 계약을 체결하기 이전에도 핀란드 소재 법인인 소외 8 회사, 프랑스 소재 법인인 소외 11 회사를 상대로 매출을 올린 것으로 보이고(갑 제26, 27호증 참조), 원고와 이 사건 계약을 체결한 이후에도 독일연방공화국 거주자인 소외 10 회사와, 일본국 거주자인 소외 9 회사와 특허권 허여계약을 체결하였을 뿐만 아니라 캐나다 법인으로 보이는 소외 12 회사와도 특허권 허여계약을 체결하는 등 계속적으로 사업활동을 해오고 있는 것으로 보인다(갑 제58, 59, 60호증 참조). 이 점에서 소외 2 회사는 주식취득 및 양도 외에는 영업활동이 없거나 매각 차익을 실현한 후 청산과정을 밟는 통상의 도관회사들과는 그 태양을 달리하고 있으므로, 소외 2 회사가 이 사건 계약의 체결을 위해 급조된 일회성 회사라고는 할 수 없다. 
 또한, 소외 2 회사는 이 중 일본국 거주자인 소외 9 회사와 특허권 허여계약을 체결하고 받은 특허사용료에 대하여 아일랜드와 일본 사이에 체결된 조세조약 제13조 제2항에 따라 일본 과세당국에 법인세(세율 10%)를납부하였는데, 만약 소외 5 회사가 소외 2 회사를 통하지 않고 직접 일본국 거주자인 소외 9 회사와 특허권 허여계약을 체결하고 특허사용료를 받았을 경우를 가정해 보면, 소외 5 회사는 일본 정부와 미국 사이에 체결된 조세조약 제12조 제1항에 따라 일본국에게 법인세를 납부할 의무가 없다(갑 제53, 64, 65호증 참조)는 점에서 소외 2 회사의 숨은 설립 목적이 조세조약을 이용한 조세회피(Treaty Shopping)에 있다고 보기는 어렵다. 
마. 소외 2 회사의 인적·물적 시설
소외 2 회사는 회사 설립 직후 소외 3 회사, 소외 5 회사 등 관련 회사와는 특별한 관계가 없었던 것으로 보이는 사람들(소외 2, 소외 3, 소외 4, 소외 5, 소외 6, 소외 7, 소외 8, 소외 9 등)을 임직원으로 채용하였는데, 그들 중 상당수는 아일랜드 거주자였고, 이들에 대한 임금 지급에 따른 소득세를 원천징수하였다(갑 제10호증의 1, 2, 3, 제15, 16, 40, 78, 79, 80호증 참조).
 또한 별도의 사무실(주소 생략)을 임차하여 사용하였고(갑 제17, 18호증, 제19호증의 1, 2, 3, 제41호증의 1 내지 6, 제68, 69, 70, 73호증, 제74호증의 1, 2, 제75, 77호증 참조), 수시로 의자, 컴퓨터, 프린터 등 필요한 비품들을 구매하였다(갑 제42호증의 1에서 18 참조).
 위와 같은 점에 비추어 보면, 소외 2 회사는 피고가 수익적 소유자라고 의심하는 소외 5 회사와는 독립된 인적·물적 시설을 갖추고 있는 것으로 볼 수 있고, 이 점에서 인적 구성원이 없거나 모회사의 임직원이 겸직하는 통상의 도관회사와는 그 태양을 달리한다. 
바. 이 사건 계약의 의사결정 과정
 (1) 소외 2 회사가 설립되기 훨씬 이전인 2004년경부터 소외 3 회사가 원고와 특허권 침해에 대한 손해배상 및 특허권 허여에 관한 협상을 진행해 온 사실은 원고도 이를 다투지 아니한다. 그리고 2010년 소외 5 회사가 설립된 이후에는 소외 5 회사가 협상을 담당한 것으로 보이고, 소외 2 회사가 설립된 2010. 6. 21. 이후로는 소외 2 회사가 협상을 주도하여 소외 2 회사의 명의로 2010. 9. 17. 원고와 양해각서를 작성하고, 2010. 11. 11. 이 사건 계약을 체결하기에 이르렀는데, 그 과정에서 소외 2 회사의 2010. 9. 16. 이사회에 소외 3 회사의 직원들이 참석하였고, 그 회의록에는 소외 2 회사가 앞으로 소외 5 회사가 세운 계획에 따라 운영될 것이며, 같은 날 오전에 원고에 대한 특허권 허여와 관련한 일부 사항에 대한 합의가 이루어졌다는 내용이 기재되어 있으며(갑 제7호증), 소외 2 회사가 이 사건 계약 3일 전인 2010. 11. 8.이 되어서야 소외 5 회사로부터 특허권 재허여를 받은 사실은 인정된다(다툼 없음). 
 (2) 그러나 어떤 법률행위의 주체가 그 법률행위에 이르게 된 의사결정 과정에서 제3자의 영향력을 받았다 하더라도 그러한 사정만으로 곧 그 법률행위로 인한 소득의 지배·관리·처분권이 제3자에게 귀속된다고 볼 수는 없고, 이는 지주회사(Holding Company)가 자회사를 설립하여 자회사에 대하여 실질적인 지배권을 행사하는 경우에도 마찬가지이다.
 지주회사는 자회사의 지배주주로서 자회사의 의사결정에 영향력을 행사하는데 필요한 정도의 인적·물적 조직을 갖추고, 통합적이고 장기적인 관점에서 자회사를 지배하는 역할을 수행하는 것을 그 특징으로 하므로, 자회사가 법률행위를 함에 있어 그 의사결정에 영향력을 행사하는 지위에 있지만, 자회사가 독립한 법인격체로서 독립적인 사업 활동을 하는 이상 자회사의 사업 활동으로 인한 이익 및 손실은 원칙적으로 그 자회사에 귀속되는 것이고, 지주회사가 그 자회사의 주주로서 배당을 받는 등 이익을 분배받는 경우에 비로소 그 지주회사의 이익으로 귀속될 수 있는 것이다. 
 이러한 관점에서 볼 때, 다국적 기업이 조세부담이 적은 나라에 자회사를 설립하고, 그 자회사를 통해 거래하였다고 하여 쉽사리 그 자회사를 도관회사로 단정할 수는 없다. 조세부담을 낮추려는 노력은 경제적 이윤추구를 주목적으로 하는 기업의 본질상 당연하기 때문이다. 
 따라서 다국적 기업이 특정 국가에 설립한 회사가 도관회사에 불과하다고 하기 위해서는, 그 회사가 소재한 국가가 해외원천소득에 대하여 저율과세 또는 비과세하는 등 그 국가에 조세피난처(Tax Haven)적 요소가 있다는 점만으로는 부족하고, 그 회사가 조세조약을 이용한 조세회피(Treaty Shopping)를 주된 목적으로 하여 미리 설계한 투자구조 및 지배구조에 따라 형식적으로 만들어졌다는 사정이 인정되어야 한다. 
 (3) 이 사건에서, 소외 2 회사가 설립된 후 원고와 막바지 협상을 거쳐 그 명의로 이 사건 계약을 체결한 것은 미국 외 시장에 대한 사업을 위해 설립된 소외 2 회사가 그 설립 목적에 따라 자신의 명의로 사업 활동을 한 것으로 볼 수 있으므로, 앞서 본 사정만으로 소외 2 회사가 이 사건 계약의 체결만을 위해 급조된 서류상의 회사 즉 도관에 불과하다고 인정하기에는 부족하다. 
사. 소외 2 회사의 매출실적과 법인세 납부
소외 2 회사는 2010 사업연도 및 2011 사업연도(상반기)에 원고로부터 지급받은 이 사건 사용료 소득을 포함한 513,325,670 미국달러의 매출을 올린 이래 2011 사업연도(하반기) 이후 2013 사업연도까지 합계 5억 미국달러에 가까운 매출을 올렸고(갑 제12, 20, 43호증 참조), 매출에 따른 법인의 사업이익에 대하여 이 사건 사용료 소득의 수수료 부분을 포함하여 매년 아일랜드 과세당국에 법인세를 신고·납부해 오고 있다(갑 제22 내지 25호증 참조). 
 이 점에서도 소득원천지국이나 거주지국에 세금을 납부하지 않는 통상의 도관회사와는 구별된다.
아. 이 사건 사용료 소득의 이동
소외 2 회사는 소외 5 회사에게 원고 등으로부터 받은 특허사용료 등의 총수입에서 총수입액에 따라 정한 비율의 금액을 제외한 나머지 돈을 사용료로 지급한 것(갑 제2호증 참조)을 비롯하여 소외 2 회사가 미국 외 지역에서 얻은 순이익의 85% ~ 95%를 소외 5 회사에게 지급해 오고 있는데, 소외 2 회사가 특허권 재허여 계약 등을 통해 얻은 수입 중 상당 부분을 소외 5 회사에 송금하였다 하더라도 이는 양 회사 사이의 특허권 재허여 계약에 따른 것으로 보일 뿐 그 자체로 소외 2 회사가 도관회사라는 징표라 할 수는 없고, 소외 2 회사와 소외 5 회사가 특수관계에 있음을 고려할 때 소외 2 회사의 이익률(5% ~ 15%)이 소외 2 회사의 독립성을 의심할 정도로 부당하게 과소한 것으로 보기도 어렵다. 
자. 소외 5 회사가 이 사건 계약을 체결하였을 경우와의 비교
 (1) 소외 2 회사가 조세조약을 이용한 조세회피의 목적으로 설립된 법인인지를 판단하기 위해서는 소외 2 회사가 아니라 소외 5 회사가 이 사건 계약을 체결하였을 경우에 소외 5 회사가 지게 되는 국내 세법상의 조세부담과 비교해 보는 것이 유의미하다.
 (2) 구 법인세법 제93조 제9호 단서 후문은 외국법인이 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 ‘특허권 등’이라 한다)를 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 국제조세조정에 관한 법률 제28조는 "비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다."고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미 조세협약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한·미 조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결 등 참조).
 (3) 위와 같은 법리에 비추어 볼 때, 소외 5 회사가 소외 2 회사를 설립하지 아니하고 직접 원고와 이 사건 계약과 같은 내용으로 계약을 체결하고 원고로부터 특허권의 사용에 대한 대가를 받았다고 하더라도 그 대부분은 국내원천소득에 해당하지 아니한다. 즉 이 사건 특허권 중 국내에 등록된 특허권은 약 5.7%이고, 이 부분에 해당하는 원천징수액은 13억 8,000여만 원에 불과한데, 이 사건 사용료 소득액과 비교할 때 소외 5 회사가 위 정도의 원천징수액을 회피하기 위해 아일랜드에 도관회사인 소외 2 회사를 설립하여 그 명의로 원고와 이 사건 계약을 체결하였다고 보기는 어렵다. 
 (4) 이 점과 관련하여 피고는, 원고가 소외 2 회사에게 지급한 이 사건 사용료 소득이 특허권 사용에 대한 대가가 아니라 미등록 특허권의 사실상 사용에 따른 대가라거나, 이 사건 사용료 소득 중 미국 외에 등록된 특허의 사용료에 대해서는 한·미 조세협약이 적용되지 않으므로 국내원천소득으로 과세되어야 한다는 취지로도 주장한다.
 그러나 이 사건 계약서에 의하면, 특허권의 허여에 관한 계약임이 명시되어 있을 뿐만 아니라 달리 특허권의 사용료와 구분되는 의미에서 사실상 사용에 관한 대가를 지급한 것이라는 점에 부합하는 증거도 없고, 앞서 본 것처럼 미국법인이 특허 사용에 대한 대가로 지급받은 소득이 국내원천소득으로 되기 위해서는 그 특허가 국내에 등록되어야 하므로 특허가 국내에 등록되지 않은 이상 특허 등록국이 미국이든 다른 제3국이든 그 사용에 대한 대가를 국내원천소득으로 볼 수 없다는 점에서는 마찬가지이다.
 따라서 피고의 위 주장들은 모두 이유 없다.
차. 소결론
 위에서 살펴본 소외 2 회사의 설립 목적과 경위, 사업활동 내역, 인적·물적 시설의 구비 이 사건 계약과 관련한 의사결정 과정, 이 사건 사용료 소득의 이동 내역, 소외 5 회사가 원고와 이 사건 계약을 체결하였을 경우와의 비교 등을 두루 참작할 때 피고가 제출한 증거만으로는 소외 2 회사가 도관회사로서 이 사건 사용료 소득의 귀속 명의와 실질의 괴리가 있는 경우에 해당한다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이 점을 인정할 만한 증거가 없으므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 살펴볼 필요 없이 위법하므로 취소되어야 한다.
4. 결 론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 장순욱(재판장) 정경희 이승원