부가가치세부과처분취소청구사건 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1985.07.10 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 남산세무서장
【주 문】
 피고가 1983.7.1. 원고에 대하여 한 83년 수시분 부가가치세 금 13,231,351원의 부과처분중 금 5,670,579원을 초과하는 부분을 취소한다.
 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 소송비용은 이를 3등분하여 그 2는 피고의, 나머지 1은 원고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】 주문기재 부과처분을 취소한다.
 소송비용은 피고의 부담으로 한다라는 판결.
【이 유】 원고가 사업자등록없이 제주도 남제주군 서귀포읍(상세지번 생략) 토지 775평 지상에 정원주택 4동 총건평 143.9평을 신축하여 1979.11.8. 소외 기원관광주식회사위게 위 대지와 건물을 대금 140,000,000원에 분양하고 같은날 계약금 20,000,000원, 같은해 12.11.그 중도금 40,000,000원을 지급받고서도 79년도 제2기분 부가가치세 신고를 하지 아니하였다는 이유로 피고는 1983.7.1. 원고에 대하여, 위 실제거래가약 금 140,000,000원중 토지의 가액과 건물가액의 구분이 불분명하므로 1979.12.11. 현재 과세시가표준액인 토지 금 3,875,000원, 건물 금 14,367,208원에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금 110,261,275원(140,000,000x(14,367,208/(14,367,208+3,875,000))을 부가가치세 과세표준으로 정하고, 여기에 부가가치세율 10퍼센트를 적용하여 산출(매출)세액 금 11,026,127원을 산출한 다음 미등록가산세 1,102,612원(매출세약x(10/100)신고납부불성실 가산세 1,102,612원(매출세액x(10/100)을 가산하여 부가가치세 금 13,231,351원을 부과결정고지한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.
 원고소송대리인은, 원고는 1980.7.초경에 위 건축물의 사실상 준공을 보아 같은해 7.8. 그 잔대금을 수수한 다음 부가가치세의 납기인 1980.10.25.위 분양대금 140,000,000원중 건물분양대금 82,264,000원(20,566,000x4)을 과세표준으로 하여 80년도 제2기분 부가가치세 확정신고를 하고 이를 자진납부하였는데도 피고가 과세표준을 금 110,261,275원으로 정하고 이 사건 부과처분을 하였음은 동일 가세대상에 2중으로 부과처분한 것이고, 과세표준산정에 있어서도 적법한 근거없이 과다 책정하였으므로 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.
 그러므로 이러한 사실을 기초로 관계세법을 살피건대,부가가치세법(1980.12.13. 법률 제3273호로서 개정되기 이전의 법) 제3조 제1항은 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음과 같다.
 제1기 : 1월 1일부터 6월 30일까지, 제2기 : 7월 1일부터 12월 31일까지라고 규정한같은법 제3조 제2항,제19조,제1항은 신규 사업자는 사업개시일로부터 과세기간의 종료일까지 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간의 종료후 25일(외국법인의 경우에는 50일)내에 대통령령에 정하는 바에 의하여 정부에 신고하여야 한다.제19조 제2항은, 사업자는제1항의 규정에 의한 신고(이하 확정신고라 한다.)와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 납부하여야 한다고 규정하고 있으며같은법 제9조 제1항은 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 대로 한다.제1호는 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는데,제2호는 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는때,제3호는제1호와제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때로 규정하고,제4항은제1항과제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며,부가가치세법시행령(1980.12.31. 대통령령 제10121호로서 개정되기 이전의 령) 제21조 제1항 제4호는법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기를 완성도 기준지급 또는 중간지급 조건부로 재화를 공급하는 경우에 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 규정하고 있고,같은법 시행규칙(1980.2.9. 재무부령 제1419호로써 개정되기 이전의 규칙) 제9조는 제1호에서령 제21조 제1항 제4호에 규정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우로써 재화의 인도가 완료되기전에 계약금 이외에 대가를 분할하여 지급하는 경우라고 규정하고 있는 바, 위각 규정에 의하면 사업자가 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우에는 재화의 인도완료전에 계약금 이외에 대가를 분할하여 지급받기로 한때를 재화의 공급시기로 보고 각 그 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액을 그 과세기간 종료후 25일(외국법인의 경우에는 50일)내에 대통령령이 정하는 바에 따라 정부에 신고, 납부하도록 되어 있는 것이다.
 그런데 위에서 본 다툼이 없는 사실과 성립에 다툼이 없는 갑 제4호증의 1(부가가치세 확정신고서), 갑 제5호증(영수증), 갑 제8호증의 1 내지 4(등기부등본), 을 제7호증(확인통보), 변론의 전취지에 의하여 진정성립이 인정되는 갑 제7호증의 1 내지 4(계약서 및 영수증), 을 제3호증의 3(정원주택 매입현황), 을 제4호증(호텔매입현황), 을 제5호증(투자내력)의 각 기재 및 증언 박연욱의 증언(단, 아래에서 믿지 아니하는 부분은 제외)에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 위 서귀읍(상세지번 생략) 지상에 정원주택 4동을 건축하여 1979.11.8. 소외 기원관광주식회사에게 대금 총 합계 140,000,000원에 분양함에 있어 당일 계약금 20,000,000원을, 같은해 12.11. 중도금 40,000,000원을, 나머지 잔대금 80,000,000원은 건물완공후 등기완료시에 지급하기로 약정하고 이에 따라 계약당일 계약금조로 20,000,000원을, 1979.12.11. 중도금 40,000,000원을 각 지급받은 사실, 원고는 1980.4.25.경 위 정원주택 4동의 건축을 완공하여 준공허가를 받고 같은해 7.8. 위 소외회사로부터 잔대금 80,000,000원을 지급받은 후 위 주택 4동에 관하여 같은해 8.14. 위 소외회사 명의로 그 소유권이전등기를 넘겨 준 사실, 원고는 1980.10.25. 관할세무서인 피고에게 80년도 제2기분(1980.7.1.-10.20.) 부가가치 과세표준액을 107,404,000원, 매출세액 10,740,400원, 사업자미등록 가산세 1,074,040원, 부가가치세 합계 금 11,814,440원으로 확정신고하고 같은날 이를 납부한 사실(원고는 위 정원주택 4동의 분양에 따른 부가가치세 표준액을 금 82,264,000원, 매출세액 8,226,400원, 사업자등록 가산세 822,640원, 부가가치세 합계 금 9,049,040원을 신고납부하였다)을 인정할 수 있고 위 인정에 반하는 증인 박연욱의 증언부분(단, 위에서 믿는 부분은 제외)은 위 인정사실에 비추어 믿을 수 없으며 달리 위 인정을 뒤집을 증거가 없는 바로서, 중간지급조건부로 재화를 공급하기로 한 이 사건에 있어서 이 사건 재화의 계약금 이외에 중도금지급시기인 1979.12.11.은 79년도 제2기분 과세기간에 해당되어부가가치세법 제3조,제19조 제1항에 따라 그 과세가간 종료후 25일내인 1980.1.25.까지 부가가치세 과세표주과 납부세액을 신고하여야 함에도 원고가 이를 이행하지 아니하였음은 위에 설시에 비추어 분명한 바이고, 해당과세기간이 경과한 이후인 1980.10.25. 원고가 80년 2기분 부가가치세를 신고 납부한 사실이 있다고 하여도 당연히 이 사건 79년도 제2기분 부가가치세를 신고납부한 것으로 볼 수 없어 이 사건 과세에 영향을 미친다고 할 수 없으니 부가가치세 신고에 따른 문서제출명령에 관련된 원고의 주장과 이 사건 과세처분이 동일 과세대상에 대한 중복과세라는 주장은 모두 이유없다.
 다음으로, 피고가 조사결정한 이 사건 재화의 공급에 대한 부가가치세 과세표준이 적법한 근거없이 과다 책정되었는지에 관하여 보건대 이 사건에 있어서와 같이 토지와 건물을 양도하면서 전체 양도가액은 분명하고 토지의 가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우 건물에 대한 부가가치세 과세표준의 산정방법에 관하여는 재화의 공급당시 토지시가표준액과 건물시가표준액의 합계액에서 건물시가표준액이 차지하는 비율을 전체 양도가액에 곱하여 산출한 금액을 건물의 과세표준으로 할 것이바, 피고는 원고의 79년도 2기분 재화의 총공급가액을 위 토지와 건물의 매매대금인 140,000,000원으로 보고 위와 같은 건물에 대한 공급가액의 산정방법에 따라 건물공급가액 금 110,261,275원을 산출하여, 이를 과세표준으로 하여 이 사건 부과처분을 하였음은 앞서 설시한 바와 같으나 원고의 79년도 2기분 재화의 공급가액은 위 계약금 20,000,000원과 중도금 40,000,000원, 합계 금 60,000,000원이고 그 금액중 토지의 가액과 건물가액의 구분이 불분명하므로 위 설시와 같은 산정방법으로 산출한 이 사건 건물에 대한 과세표준액은 금 47,254,832원{60,000,000x14,367,208(건물시가표준액)/(14,367,208(건물시가표준액)+3,875,000원(토지시가표준액)}이고 여기에 부가가치세율을 적용하여 산출한 원고의 79년도 2기분 부가가치세는 별지세액산출표 기재와 같이 금 5,670,579원이라고 할 것이므로, 위 인정의 부가가치세액을 초과하는 피고의 이 사건 부과처분은 위법하여 취소를 면할 수 없다(감사원 당국의 세무사찰과정에서 이사건 정원주택의 조세관계는 문제삼지 않겠다는 언질 때문에 법정기일내에 부가가치세의 신고납부를 하지 아니하였다는 원고주장은 당원에서 그대로 받아들이지 아니한다).
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위내에서 이유있어 이를 인용하고, 그 나머지는 이유없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는행정소송법 제14조,민사소송법 제89조,제92조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

판사 이영모(재판장) 이기현 김시수

토지와 건물을 양도하면서 전체 양도가액은 분명하고 토지의 가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우 건물에 대한 부가가치세과세표준의 산정방법에 관하여는 재화의 공급당시 토지시가표준액과 건물시가표준액의 합계액에서 건물시가표준액이 차지하는 비율을 전체 양도가액에 곱하여 산출한 금액을 건물의 과세표준으로 하여야 한다.