법인세등환급거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2004.06.11 / 시행일:

【원고, 피상고인】 ○○○ 유한회사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 신동찬)
【피고, 상고인】 중부세무서장
【원심판결】 서울고법 2003. 4. 22. 선고 2002누9652 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 이 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 본다.
 1. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있고, 또 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사·결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니므로, 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다고 할 것(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결 참조)이라고 전제한 다음, 원고가 피고를 상대로 한 원고의 1989 사업연도(1989. 7. 1.부터 1990. 6. 30.까지) 및 1991 사업연도(1991. 1. 1.부터 1991.
12. 31.까지) 법인세 등 부과처분에 대한 취소소송의 판결(서울고등법원 1999. 1. 29. 선고 95구27471 판결, 대법원 2001. 10. 23. 선고 99두3423 판결)에 의하여 인정된 영화 및 비디오 저작권에 대한 정당한 사용료율에 의한 결손금은 1988 사업연도(1988. 7. 1.부터 1989. 6. 30.까지)에는 260,839,734원이고, 1990 사업연도(1990. 7. 1.부터 1990. 12. 31.까지)에는 645,225,236원인바, 이 사건 1989 사업연도 및 1991 사업연도에 대한 선행처분에서 그 법인세액 산출시 공제된 1988 사업연도와 1990 사업연도에서 발생한 이월결손금은 232,384,927원(1988 사업연도 49,045,054원 + 1990 사업연도 183,339,873원)이므로 미공제된 이월결손금 673,680,043원은 차 사업연도에 소득 발생시 그 소득금액에서 순차 공제되어야 할 것인데, 1992 사업연도에는 1,133,306,705원의 결손금이 발생하였으므로 공제되어야 할 소득금액이 없고, 1993 사업연도에는 866,522,561원의 소득금액이 발생하였으므로 이 소득금액에서 1988 사업연도 및 1990 사업연도에서 먼저 발생된 이월결손금 673,680,043원을 우선 공제하고, 1993 사업연도의 나머지 소득금액 192,842,518원을 1992 사업연도에서 발생한 이월결손금 1,133,306,705원으로 공제하면 1994 사업연도의 소득금액에서 공제할 이월결손금은 940,464,187원이 되어 결국, 1994 사업연도의 법인세 과세표준은 소득금액 2,389,399,561원에서 이월결손금 940,464,187원을 공제한 1,448,935,374원이 되고, 이에 따라 산정된 정당한 법인세는 449,659,319원, 농어촌특별세는 18,978,707원이라고 판단하여, 이를 초과하는 부분에 대한 1994 사업연도 법인세 경정청구 및 환급신청 거부처분의 취소를 구하는 원고의 청구를 인용한 제1심판결을 유지하였다.
 2. 그러나 위 대법원 2001두2652 판결의 취지와 같이, 법인세법상 결손금은 반드시 법인의 과세표준 확정신고나 정부의 조사·결정에 의한 과세표준 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 아니라 어느 사업연도의 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 경우 그 금액은 당연히 결손금에 해당한다고 보아야 하는 것이고, 또한 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 하는 것인 데다가 어느 사업연도에 이월결손금을 공제할 것인가를 납세자의 선택에 맡길 경우 소득발생 여부에 따라 자의로 각 사업연도의 과세표준 및 세액을 왜곡시킬 가능성이 있어 객관적으로 존재하는 이월결손금의 액수를 산정하는 것이 상당하다는 점 등을 감안하면, 비록 원고의 1989, 1991 사업연도의 과세표준 및 세액이 확정되었더라도 그 후 사업연도의 과세표준 등을 산출함에 있어서는 전의 사업연도에 공제가능하였던 정당한 이월결손금이 순차로 공제되었음을 전제로 당해 연도에 공제할 결손금을 계산하여야 하는 것이다.
 따라서 원심이 확정한 사실관계를 토대로 위와 같은 방법에 의하여 5년의 공제기간 범위 내에서 공제가능한 원고의 각 사업연도 이월결손금을 계산하면, 1991 사업연도의 경우 1988년부터 1990년까지의 누적된 이월결손금 잔액이 1,505,438,262원(1988 사업연도 260,839,734원 + 1989 사업연도 599,373,292원 + 1990 사업연도 645,225,236원)인데 여기에서 당해연도 소득금액 1,584,661,869원을 공제하면 1992 사업연도에는 공제가능한 이월결손금은 없게 되고, 1992 사업연도에 발생한 결손금 1,133,306,705원에서 1993 사업연도 소득금액 866,522,561원을 공제하면 1994 사업연도에 공제가능 이월결손금은 266,784,144원인데 다시 1994 사업연도 소득금액 2,389,399,561원을 공제하면 결국 1994 사업연도 법인세 과세표준은 2,122,615,417원이 된다. 
 그럼에도 불구하고, 원고의 1988 사업연도 및 1990 사업연도에서 발생한 결손금 합계 906,064,970원 중 피고가 실제로 인정한 232,384,927원과의 차액 673,680,043원(이는 1988년도 결손금 211,794,680원과 1990년도 결손금 461,885,363원으로 구성되어 있다)을 1991 사업연도 소득에서 추가로 순차 공제되었음을 전제로 하지 아니한 채 그대로 이월하여 1993 사업연도 소득에서 공제한 다음 1994 사업연도의 과세표준을 계산한 결과 이를 1,448,935,374원이라고 판단한 원심판결에는 법인세의 과세표준산출이나 이월결손금의 공제방법에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 취지의 상고이유의 주장은 이유 있다. 
 3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김용담(재판장) 유지담 배기원(주심)

법인세법상 결손금은 반드시 법인의 과세표준 확정신고나 정부의 조사·결정에 의한 과세표준 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 아니라 어느 사업연도의 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 경우 그 금액은 당연히 결손금에 해당한다고 보아야 하는 것이고, 또한 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 하는 것인 데다가 어느 사업연도에 이월결손금을 공제할 것인가를 납세자의 선택에 맡길 경우 소득발생 여부에 따라 자의로 각 사업연도의 과세표준 및 세액을 왜곡시킬 가능성이 있어 객관적으로 존재하는 이월결손금의 액수를 산정하는 것이 상당하다는 점 등을 감안하면, 비록 과세연도의 과세표준 및 세액이 확정되었더라도 그 후 사업연도의 과세표준 등을 산출함에 있어서는 전의 사업연도에 공제가능하였던 정당한 이월결손금이 순차로 공제되었음을 전제로 당해 연도에 공제할 결손금을 계산하여야 한다.