부가가치세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2023.10.20 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인 홉스앤킴 담당변호사 김영진 외 1인)
【피고, 피항소인】 용산세무서장 (소송대리인 변호사 황인석)
【제1심판결】 서울행정법원 2023. 2. 14. 선고 2021구합57520 판결
【변론종결】2023. 8. 18.
【주 문】
 1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.
 피고가 2019. 12. 2. 원고에 대하여 한 2014년 제2기 부가가치세 1,690,362,960원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다. 
 2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
 3. 소송 총비용은 원고가 80%, 피고가 20%를 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 부가가치세(가산세 포함, 이하 같다) 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 제1심판결의 해당 부분(제1심판결문 제2쪽 제6행부터 제3쪽 제20행까지) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장 요지
 1) 피고는 2018. 4. 4. 원고에게 이 사건 통신용역의 영세율 신고 적정 여부를 확인할 필요가 있으니 관련 자료를 제출해 달라고 요청하였고, 그 무렵부터 2018. 6. 7.경까지 자료를 조사한 후 이 사건 각 처분과 동일한 사유를 들어 2013년 제1기분, 2013년 제2기분에 대하여만 부가가치세 부과처분을 하였다. 피고는 당시 조사대상이 되었던 2014년 제2기분에 대하여는 약 1년이 경과한 2019. 12. 2.에 이르러서야 부가가치세 부과처분을 하였는데 국세기본법상 과세예고통지의 예외사유인 국세부과 제척기간이 3개월 이내의 사유가 있다는 이유로 과세예고통지를 생략한 채 곧바로 2019. 12. 2.자 처분을 하였다. 
 그런데 구 국세기본법(2020. 12. 29. 법률 제17758호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제1항 제3호는 100만 원 이상의 납부고지에 대한 과세관청의 과세예고통지의무를 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 과세예고통지에 대한 납세자의 과세전적부심사 청구권을 규정하고 있으며, 같은 조 제3항 제3호는 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다. 위 조항에 따르면, 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 적용되지 아니하는 것은 과세전적부심사를 청구할 권리를 규정한 구 국세기본법 제81조의15 제2항이고, 이 경우에도 기본적으로 과세예고통지를 하는 것을 전제하고 있다. 만일 피고와 같이 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세예고통지를 생략할 수 있다고 해석한다면, 이는 과세관청의 자의적인 부과처분 시기에 따라 과세예고통지 여부가 결정되고 납세자의 과세전적부심사 청구권을 형해화시킬 수 있기 때문에 부당하다.
 결국 피고가 아무런 이유 없이 1년 이상 처분을 지연하였다가 부과제척기간 도과에 임박하여 2019. 12. 2.자 부과처분을 하면서 과세예고통지를 생략한 것은 원고의 절차적 권리를 침해한 것으로 위법하다. 
 2) 개정 부가가치세법 시행령이 2017. 2. 7. 시행되면서 이 사건 개정규정의 내용에 따라 주한미군이 비거주자의 범위에서 명시적으로 제외되게 되었으므로, 그 이전에 주한미군이 구 부가가치세법 시행령상 비거주자에 해당하는지는 소득세법령, 「대한민국과 아메리카합중국간의 상호방위조약 제4조에 의한 시설과 구역 및 대한민국에서의 합중국 군대의 지위에 관한 협정」(이하 ‘한미행정협정’이라 한다)에 따라 판정되어야 한다. 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 및 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것) 제1조의2, 소득세법 시행령 및 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조, 한미행정협정 제14조의 각 규정에 의하면 주한미군은 비거주자에 해당하므로, 개정 부가가치세법 시행령 시행 전에 공급된 이 사건 통신용역은 당시 시행 중이던 부가가치세법령상 영세율의 대상이 된다고 해석하여야 한다. 한편, 주한미군 등이 국내에 183일 이상 거주할 것을 통상적으로 필요로 하는 직업이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 원고로부터 이 사건 통신용역을 제공받은 주한미군들 중에는 국내에 단기파병된 사람들로 국내에 머무른 기간이 183일에 미치지 못하는 경우도 다수 포함되어 있는바, 이들의 체류기간에 비추어 주한미군을 모두 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제1조 제1항 제1호, 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것) 제1조 제1항 제1호 및 구 소득세법 시행령 제2조 제3항 제1호에서 규정하는 거주자라고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 처분은 위법하다. 
 3) 설령 이 사건 각 처분 중 본세 부분이 적법하더라도, 한미행정협정 제16조 제4항의 해석상 주한미군에 대한 통신용역의 공급이 부가가치세 영세율의 적용대상이라는 점에 대한 과세실무 및 법원의 견해조차 엇갈리고 있었던 점에 비추어 원고에게는 가산세를 면할 만한 정당한 사유가 있었으므로, 이 사건 각 처분 중 가산세 부분은 위법하다. 
 나. 관계 법령 
 별지 2 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 2019. 12. 2.자 처분에 절차적 위법이 있는지 여부
 가) 관련 규정
 (1) 구 국세기본법 제81조의15 제1항은 "세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 ‘과세예고통지’라 한다)하여야 한다."고 규정하면서, 같은 항 제1호에서 "세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우"를, 제2호에서 "세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우"를, 제3호에서 "납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우(단서 생략)"를 규정하고 있다. 
같은 조 제2항은 "다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 이 조에서 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다."고 규정하면서, 같은 항 제1호에서 "제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지"를, 제2호에서 "제1항 각 호에 따른 과세예고통지"를 규정하고 있다. 
 또한, 같은 조 제4항은 "과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지"할 의무를 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 "과세전적부심사 청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다."고 규정하면서, 같은 항 제3호에서 과세전적부심사 청구가 부적법한 경우로 "청구기간이 지났거나 보정기간에 보정하지 아니한 경우: 심사하지 아니한다는 결정"을 규정하고 있다.
 한편, 같은 조 제3항은 "다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다."고 규정하면서, 같은 항 제3호에서 "세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우"를 규정하고 있고, 같은 조 제8항은 "제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하고 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정하거나 경정결정해 줄 것을 신청할 수 있다."고 규정하고 있다.
 (2) 구 국세기본법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의15 제4항은 "법 제81조의15 제2항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다."고 규정하고 있고, 위 시행령 제63조의15 제5항은 ‘법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자가 과세전적부심사 청구를 할 때 해당 통지를 한 세무서장·지방국세청장(같은 항 단서에 해당하는 경우에는 국세청장을 말한다)에게 다음 각 호의 사항을 적은 과세전적부심사청구서를 제출하여야 한다."고 규정하면서, 위 제5항 제2호에서 "세무조사 결과 통지 또는 법 제81조의15 제1항 각 호의 통지를 받은 날짜"를 규정하고 있다. 
 나) 관련 법리
 (1) 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 성질을 가진다. 또한 과세처분 이후에 행하여지는 심사·심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가진다. 이러한 과세예고통지와 과세전적부심사 제도는 1999. 8. 31. 법률 제5993호로 국세기본법이 개정되면서 납세자의 권익 향상과 세정의 선진화를 위하여 도입되었는데, 과세예고통지를 받은 자가 청구할 수 있는 과세전적부심사는 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대상으로 삼고 있어 행정소송과 같은 사후적 구제절차에 비하여 그 권리구제의 폭이 넓다.
 이와 같이 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 구 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조).
 (2) 법은 원칙적으로 불특정 다수인에 대하여 동일한 구속력을 갖는 사회의 보편타당한 규범이므로 이를 해석함에 있어서는 법의 표준적 의미를 밝혀 객관적 타당성이 있도록 하여야 하고, 가급적 모든 사람이 수긍할 수 있는 일관성을 유지함으로써 법적 안정성이 손상되지 않도록 하여야 한다. 한편 실정법은 보편적이고 전형적인 사안을 염두에 두고 규정되기 마련이므로 사회현실에서 일어나는 다양한 사안에서 그 법을 적용함에 있어서는 구체적 사안에 맞는 가장 타당한 해결이 될 수 있도록 해석할 것도 또한 요구된다. 요컨대 법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 한다. 나아가 그러기 위해서는 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하면서, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 위와 같은 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석을 하여야 한다(대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결, 대법원 2022. 10. 27. 선고 2022두44354 판결 등 참조).
 다) 구 국세기본법 제81조의15의 해석
 구 국세기본법과 구 국세기본법 시행령 규정의 내용과 체계 및 취지, 법률 규정의 제·개정 연혁과 이를 통해 알 수 있는 입법 취지 및 목적, 납세의무자에 대한 절차적 권리 보호의 필요성 등을 종합적으로 고려하면, 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에서 "과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다."라는 규정으로 인해 그 제2항에 규정된 ‘과세전적부심사’와는 별개의 절차인 과세예고통지를 생략할 수 있다고 해석할 수는 없다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다. 
 (1) 구 국세기본법 제81조의15 제1항은 구 국세기본법이 2018. 12. 31. 법률 제16097호로 일부 개정되면서 신설된 조항이다. 위 개정 전 국세기본법 및 같은 법 시행령에서는 과세예고통지가 언급되어 있기는 하나, 과세전적부심사에 관한 규정에서 과세전적부심사의 심사 대상, 그 전제가 되는 절차, 그 적부심사 신청기간의 기산점을 규정하는 취지에서 언급되어 있을 뿐이었고, 과세예고통지의 구체적인 요건과 절차에 대한 것은 국세청 훈령인 과세전적부심사 사무처리규정에 규정되어 있었다. 
 그런데 구 국세기본법 제81조의15 제1항이 신설되기 이전에도 대법원은 "과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 성질을 가진다."라고 판시함으로써(위 대법원 2015두52326 판결 참조) 과세예고통지의 절차적 중요성을 강조한 바 있다. 
 그렇다면 구 국세기본법은 제81조의15 제1항에서 "각 호에 해당하는 경우 세무서장 또는 지방국세청장은 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(’과세예고통지‘)하여야 한다."는 규정을 신설함으로써 일정한 요건 하에 과세관청의 과세예고통지 의무를 명시적으로 규정하여 과세예고통지가 과세전적부심사와 별개의 독자적인 절차임을 명확히 한 것으로 보아야 한다.
 (2) 구 국세기본법 제81조의15 제8항은 "제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하고 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정하거나 경정결정해 줄 것을 신청할 수 있다."고 규정하고 있다. 
 과세예고통지를 받은 납세자로서는 그 통지 내용에 대해 다투고자 하는 경우에는 과세전적부심사를 청구할 수 있으나, 만약 그 통지 내용에 대해 다투지 않을 경우에는 위 규정에 따라 조기에 결정 등을 해줄 것을 신청함으로써 과세처분이 늦춰짐에 따라 납부불성실가산세 등이 가산되는 불이익을 피할 수 있는 이점이 있다고 할 것이다. 
 이러한 규정에 비추어 볼 때, 과세관청이 과세예고통지를 누락하는 경우에는 납세자의 위와 같은 사전 선택권을 침해하는 결과를 초래하게 되므로, 과세예고통지가 단순히 과세전적부심사의 전단계의 부수적인 절차로서의 의미를 가지는 것이 아니라, 납세자로 하여금 과세표준과 세액을 조기에 결정하거나 경정결정해 줄 것을 신청할 수 있는 권리를 보장하는 독자적인 절차로 봄이 상당하다. 
 (3) 한편, 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결, 대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결 등 참조) 등에 비추어 볼 때, 과세전적부심사의 예외를 규정하는 것은 납세자가 가지는 절차적 권리를 배제하는 중대한 규정이므로, 법률에 명시적인 규정이 없는 한 납세자의 권리를 축소하는 해석은 엄격히 금지되어야 한다. 
 이는 구 국세기본법 제81조의2에 따라 국세청장이 제정하여 고시한 ‘제81조의15 등에 규정된 사항과 그 밖에 납세자의 권리보호에 관한 사항을 포함하는 납세자권리헌장’에도 "납세자는 위법·부당한 처분 또는 절차로 권익을 침해당하거나 침해당할 우려가 있을 때 그 처분의 적법성에 대하여 불복을 제기하여 구제받을 수 있으며"라고 규정되어 있는 내용과도 부합한다. 
 위와 같은 과세전적부심사 제도의 취지와 더불어, 아래와 같은 사정을 고려하면, 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 "과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우(이하 ‘이 사건 쟁점문구’라 한다)에는 제2항을 적용하지 아니한다."라는 규정이 이 사건 쟁점문구에 해당하기만 하면 ‘과세예고통지를 받은 자는 과세전적부심사 청구권이 없으므로 과세전전적부심사를 청구할 수 없다’거나 또는 ‘과세예고통지를 받은 자는 과세전적부심사 청구권이 있지만 과세전적부심사를 청구할 수 없다’는 의미(이하 이러한 해석을 통틀어 ‘과세전적부심사를 청구할 수 없다’는 의미로 표현한다)라고 단정할 수 없고, 그 ‘제2항을 적용하지 아니한다.’라는 규정의 취지는 이 사건 쟁점문구에 해당하면 ‘과세예고통지를 받은 자가 과세전적부심사 청구권에 기해 과세전적부심사를 청구하더라도 과세관청으로서는 과세전적부심사에 대한 결정 없이 과세처분으로 나아갈 수 있다’는 의미로 한정적으로 해석하는 것이 타당하다.
 (가) 구 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항은 "법 제81조의15 제2항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다."고 규정하고 있다. 
 만약 구 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 납세자가 과세전적부심사를 청구할 수 없다고 해석한다면, 구 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항의 단서규정 중 ‘법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우’ 부분은 무의미한 규정이 된다. 
 따라서 구 국세기본법 제81조의15 제3항의 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우라도 원칙적으로 ‘과세예고통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 다만 과세관청은 그러한 과세전적부심사 청구가 있더라도 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하지 아니하고 과세처분으로 나아갈 수 있다’고 해석하는 것이 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 하는 법해석의 목표에 따라 관련조문 전체를 유기적·체계적으로 종합하여 해석하는 방법일 것이다. 
 (나) 한편, 과세전적부심사 청구를 할 때 제출하여야 하는 과세전적부심사청구서 등을 규정한 구 국세기본법 시행령 제63조의15 제5항은, 구 국세기본법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자가 과세전적부심사 청구를 함에 있어 구 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항과는 달리 단서규정을 두고 있지 아니한바, 이에 비추어 보면, 구 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우라고 하더라도 원칙적으로 구 국세기본법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 구 국세기본법 시행령 제63조의15 제5항에서 규정한 방식에 따라 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 봄이 타당하다.
 (다) 또한, 과세전적부심사 제도는 오랜 운영 경험을 토대로 높은 채택 비율을 보이는 등 실무상 실효성 있게 정착된 것으로 평가되고 있는 현 상황에서, ① 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우라 하더라도 과세예고통지를 받은 자가 과세전적부심사를 청구하는 경우 과세관청이 그 청구의 내용(예컨대, 일견하여 바로 당부를 판단할 수 있는 사안)이나 과세관청의 처리능력(예컨대, 그 심사를 바로 진행할 있는 인력이 다수인 경우) 등에 비추어 이를 수용할 수 있다면 구 국세기본법 제81조의15 제5항 제2호에 따라 과세전적부심사 청구를 채택하거나 일부 채택하는 결정을 하는 것이 바람직하고, ② 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하라는 이유만을 들어 ‘과세전적부심사 청구를 할 수 없으므로 그 청구가 이유 없다’고 인정하여 구 국세기본법 제81조의15 제5항 제1호에 따라 채택하지 아니한다는 결정을 하는 것은 ‘청구가 이유 없다’는 의미와는 다소 모순된 판단으로 보이며(즉, ‘청구할 수 없다’는 것은 통상적으로 ‘그 청구가 부적법하다’는 것을 의미한다고 보인다), ③ 또한 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하라는 이유만으로 그러한 상황 하에서의 과세전적부심사 청구는 부적법하다고 보아 ‘심사하지 아니하는 결정’을 하여야 한다고 볼 근거도 없을 뿐만 아니라(즉, 구 국세기본법 제81조의15 제5항 제3호의 부적법 사유인 ‘청구기간이 지났거나 보정기간에 보정하지 아니한 경우’에 해당한다고 단정할 수 없다), ‘심사하지 아니하는 결정’을 할 사유에 해당한다고 확대해석하는 것은 납세자의 절차적 권리를 부당하게 침해하는 것으로 판단된다.
 (4) 나아가 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 규정한 "국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우"의 그 기간의 기산점은 "과세예고통지를 하는 날"이므로, 과세전적부심사 청구권을 규정한 구 국세기본법 제81조의15 제2항을 적용할지 여부는 "과세예고통지"가 있어야 판단할 수 있다. 
구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 규정의 문언상 "과세예고통지를 하는 날"을 "과세처분일" 또는 "과세예고통지를 할 수 있었던 날"로 해석할 수는 없는바(대법원 2020. 4. 9. 선고 2018두57490 판결의 취지 등 참조), 과세예고통지가 없는 이상 구 국세기본법 제81조의15 제2항의 적용 여부를 판단할 수는 없다. 
 따라서 설령 구 국세기본법 제81조의15 제3항의 "제2항을 적용하지 아니한다."라는 규정을 이 사건 쟁점문구에 해당하면 과세전적부심사를 청구할 수 없다는 의미로 보더라도, 그 판단의 전제가 되는 과세예고통지를 생략할 수 있다고 해석하는 것은 논리적으로 모순되므로(즉, 이 사건 쟁점문구는 과세관청이 과세예고통지를 하는 것 내지 납세자가 과세예고통지를 받은 것을 전제로 하므로, 과세예고통지가 없는 경우에는 이 사건 쟁점문구에 해당하지 않고, 이 사건 쟁점문구에 해당하지 않으면 과세전적부심사를 청구할 수 있는지 여부를 나아가 판단할 수 없다는 의미이다), 이 사건 쟁점문구에 해당하면 과세전적부심사를 청구할 수 있는지 여부와 무관하게 과세예고통지는 생략할 수 없는 절차로 보아야 한다.
 라) 구체적 판단 
 (1) 을 제4호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 서울지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 후 원고에 대하여 2019. 12. 3. 이 사건 각 처분의 과세기간 중 2014년 제2기분을 제외하고 나머지 기간(2015년 제1기부터 2017년 제1기까지)에 대한 과세예고통지를 하였고, 2014년 제2기 부가가치세에 대하여는 과세예고통지 없이 2019. 12. 2.자 처분을 한 사실을 인정할 수 있다. 
 2014년 제2기 부가가치세에 관한 부과제척기간의 만료일이 부가가치세법 제49조 제1항, 구 국세기본법 제26조의2 제1항에 따라 그 과세기간이 끝난 후 25일이 지난 때부터 5년이 되는 날인 2020. 1. 25.까지인바, 2014년 제2기 부가가치세에 대한 부과제척기간 만료일까지의 기간은 2019. 12. 2.자 처분 당시 3개월 이하였음이 역수상 명백하다. 
 그러나 앞서 본 바와 같이, 과세예고통지는 생략할 수 없음에도 불구하고, 피고가 과세예고통지를 하지 아니함으로써 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 2019. 12. 2.자 처분을 하였으므로, 이는 납세자인 원고의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당한다. 따라서 2019. 12. 2.자 처분은 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 보아야 한다.
 (2) 이에 대하여, 피고는 위 대법원 2015두52326 판결 등을 원용하면서, 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세관청이 과세예고통지를 생략하고 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다는 취지로 주장하므로 살펴본다. 
 (가) 대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결은 "사전구제절차로서 과세예고 통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 구 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이다."라고 판시하고 있다.
 그런데 위 대법원 판결이 "국세기본법 및 구 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정"이 있는 경우에는 ‘과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 생략할 수 있다’라고 단정적으로 판시한 것이 아니라, 예컨대, 납세고지하려는 세액이 100만 원 미만인 경우 등 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않는 경우 등 과세예고통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 경우에 해당하지 않는 특별한 사정이 있을 수 있는 경우가 있음을 표현하고자 한 것이라고 판단되고, 또한 앞서 본 관련 법령의 해석 등에 비추어 볼 때, 위 대법원 판시 내용을 이와 같이 해석함이 타당하다. 
 (나) 나아가, 앞서 본 바와 같이 과세전적부심사를 청구할 수 있는지 여부와 무관하게 과세예고통지는 생략할 수 없는 절차로 봄이 타당하므로, 설령 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호가 과세전적부심사를 청구할 수 없는 사유에 해당한다고 해석할 수밖에 없다고 하더라도, 과세예고통지를 생략한 2019. 12. 2.자 처분은 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 보아야 한다.
 (다) 따라서 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. 
 (3) 한편, 피고는, 원고 회사에서 세금 관련 실무를 담당했던 세무회계팀장은 원고에 대한 부과처분의 과세업무를 담당했던 국세청 공무원에게 "100억 원이 넘는 세금이 한 번에 고지되면 회사 자금사정에 부담이 갈 수 있으니까 최대한 분할하여 천천히 고지해 달라"는 요청을 한 바 있는데, 만일 원고가 그와 같은 요청을 하지 않았거나, 피고가 원고의 요청을 받아들이지 않고 피고의 당초 의도대로 부과처분을 하였다면, 최초 과세예고통지를 한 2018. 6. 15.에 2013년 제2기 부가가치세뿐만 아니라 2014년 제2기분을 포함한 나머지 과세기간에 대하여도 모두 과세예고통지를 하였을 것임이 분명하므로, 원고도 이를 알고 과세기간 전체에 대한 과세예고통지가 이루어지기 전에 피고에게 위와 같은 요청을 하였던 것으로 보이는바, 위와 같은 원고의 요청에는 2014년 제1기분 이후에 대한 과세예고통지를 하지 말아 달라는 것이 당연히 포함되고, 결국 원고와 피고는 늦게 부과처분을 하는 과세기간에 대하여 과세전적부심사 청구를 하지 않기로 묵시적으로 합의하였고, 과세전적부심사 청구의 기회를 부여하기 위한 과세예고통지도 생략할 수 있도록 묵시적으로 합의하였다고 해석하는 것이 타당하다는 취지로 주장한다(피고의 이 부분 주장은, 원고가 그러한 합의를 하였음에도 과세예고통지를 생략한 2019. 12. 2.자 처분이 위법하다고 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 위반된다는 취지의 주장으로 선해하고, 이는 위 대법원 2015두52326 판결에서 판시한 ‘특별한 사정’에 해당한다고 보고 이를 판단하기로 한다). 
 살피건대, 을 제6호증의 기재에 의하면, 이 사건 처분 관련 업무의 피고 측 담당자가 ‘원고 측에서 "100억 원이 넘는 세금이 한 번에 고지되면 회사 자금사정에 부담이 갈 수 있으니까 최대한 분할하여 천천히 고지해 달라"는 요청을 하였다’는 취지의 사실확인서를 작성하여 제출한 사실이 인정된다. 
 그리고 원고는, 원고의 세무회계팀장이 피고 측에게 ‘최대한 분할하여 천천히 고지해 달라’는 단순한 요청을 전달하였을 뿐이라는 취지로 다투고 있어, 위 사실확인서의 기재 내용이 상당 부분 사실로 보이기는 한다. 그러나 위와 같은 사실확인서의 기재 내용대로 실제 원고의 요청이 있었다고 하더라도 피고는 2020. 1. 9.자 처분에 관하여는 모두 과세예고통지를 하였을 뿐만 아니라, 그러한 원고의 요청 등만으로는 원고와 피고 사이에 과세예고통지를 생략하기로 하는 합의에 이르렀다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 
 나아가 설령 피고 주장과 같은 합의가 있었다고 하더라도, ‘과세관청이 부과처분의 불복에 대한 판결 후 그에 따라 다시 부과처분을 하려는 시점’에 국세의 부과제척기간이 지났더라도, 구 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 내지 제1의2호에 따라 과세관청은 판결확정일부터 1년 내에 일정한 범위에서 새로이 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는바(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결, 대법원 2002. 1. 25. 선고 2001두9059 판결, 대법원 2010. 6. 24. 선고 2007두16493 판결의 각 취지 등 참조), 위와 같은 특례제척기간에 관한 규정이 이 사건에 적용된다고 해석할 경우, 과세관청으로서는 이 부분 처분에 관하여 과세예고통지와 과세전적부심사를 통해 새로이 원고에게 충분히 해명할 기회를 부여한 다음 재처분 여부 등을 결정할 수 있으므로, 이 부분 처분의 취소로 인해 신의성실의 원칙의 요건에 해당하는 과세관청의 보호받을 가치가 있는 신뢰가 훼손되었다고 단정하기는 어렵다고 봄이 상당하다. 
 따라서 피고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 받아들일 수 없다. 
 (4) 결국 피고가 과세예고통지 없이 곧바로 2019. 12. 2.자 처분을 한 것은 원고의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 2019. 12. 2.자 처분은 위법하다.
 2) 이 사건 개정규정 시행 전에는 주한미군이 구 부가가치세법 시행령 제33조 제2항 제1호의 비거주자에 해당하는지 
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는, 제1심판결의 해당 부분(제1심판결문 제7쪽 제4행부터 제15쪽 제1행까지) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
 ○ 제1심판결문 제14쪽 제15행의 "원고는 일부"부터 제14쪽 제19행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다. 
 『원고는 일부 주한미군이 단기체류자에 해당하여 비거주자라는 취지로도 주장한다. 그런데 앞서 본 바와 같이 소득세법 시행령 제2조 제3항 제1호에 따르면 국내에 거주하는 개인이 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때에는 국내에 주소를 가진 것으로 보아 소득세법상 거주자가 되는데, 주한미군이라 함은 대한민국과 미합중국간의 상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말하므로, 주한미군 등은 국내에 주소를 두거나 183일 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 거주자에 해당한다고 봄이 상당하다. 또한 원고가 제출한 갑 제10호증의 1, 2에 기재되어 있는 과금기간만으로는 해당 주한미군 등의 체류 기간을 인정하기 어렵고, 일부 예외가 존재한다고 하더라도 주한미군 등이 국내에 주소를 두거나 183일 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 거주자에 해당한다는 점을 부정할 수는 없다.』
 3) 원고에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 제1심판결의 해당 부분(제1심판결문 제15쪽 제3~20행) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 
 4) 소결론
 따라서 2019. 12. 2.자 처분은 절차적 하자가 존재하므로 위법하여 취소되어야 하고, 나머지 처분은 적법하다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 달리하는 제1심판결은 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 2019. 12. 2.자 처분에 관한 원고 패소 부분을 취소하고, 2019. 12. 2.자 처분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 조진구(재판장) 신용호 정총령