부가가치세 부과처분 취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2011.04.07 / 시행일:

【원고, 피항소인】 
【피고, 항소인】 남인천세무서장
【제1심판결】 인천지방법원 2010. 8. 12. 선고 2009구합3013 판결
【변론종결】2011. 3. 17.
【주 문】
 1. 피고의 항소를 기각한다.
 2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2008. 9. 17. 원고에 대하여 한 부가가치세 97,810,440원, 근로소득세 1,028,130원, 퇴직소득세 2,814,560원의 부과처분을 각 취소한다.
2. 항소취지
 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 비상장법인인 대명산업종합 주식회사(2006. 12. 27. 주식회사 씨엘에스티피로 상호가 변경되었다. 이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)의 대표이사이자 이 사건 회사 총 발행주식 30만 주 중 21만 주를 소유한 주주였는데, 2006. 8. 24.소외인과 사이에 이 사건 회사의 경영권 및 주식에 관하여 주식 및 경영권 양도양수계약(이하 ‘이 사건 양도양수계약’이라 한다)을 체결하고 주주명부상 명의개서도 마쳤다.
 나. 한편, 피고는 이 사건 회사에 대한 2007년 귀속의 부가가치세, 근로소득세, 퇴직소득세가 납부되지 않자 2008. 9. 17. 원고를 이 사건 회사의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 원고 소유의 지분 범위 내에서 아래 표 기재와 같은 세액의 납부를 부과하는 처분(이하 '이 사건 각 부과처분‘이라고 한다)을 하였다.
？ ？ 법인고지세액 (단위 : 원) 원고 분(70%) (단위 : 원) 가산금 포함 세액 (단위 : 원)납부세액 (단위 : 원)부가가치세2007년 1기44,499,00831,149,30536,195,35036,264,00095,23766,66568,6502007년 2기25,746,76918,022,73820,293,57061,546,44054,066,68937,846,68241,252,870근로소득세？ 745,870522,100537,7501,028,130 ？ 680,150476,100490,380퇴직소득세？ 3,729,950 2,610,960 2,814,560 2,814,560합계101,653,130
 다. 이에 원고는 이 사건 각 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판 청구를 하였으나, 조세심판원은 2009. 6. 2. ‘이 사건 양도양수계약이 2007. 11. 14.(’2007. 11. 7.‘의 오기이다) 원고와소외인 사이의서울중앙지방법원 2006가합109938 판결로 취소되어 이 사건 각 체납액의 납세의무성립일 현재 이 사건 회사의 과점주주는 원고’라는 이유로 위 심판 청구를 기각하였다.
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 7, 갑 제2, 10, 11, 12호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 이 사건 양도양수계약이 판결로 취소되었다고 하더라도 원고는 과세기간인 2007년도 당시 주주의 지위에 있지 않았고, 또한 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사할 수도 없었으므로 제2차 납세의무자의 지위에 있지 않다.
 나. 관련 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 ⑴ 인정사실
 ㈎소외인은 원고와 이 사건 양도양수계약을 체결하기 전인 2006. 8. 23. 이 사건 회사의 대표이사로 취임하고, 이 사건 양도양수계약 체결 직후인 같은 달 24. 이 사건 회사로부터 20억 원을 대여받기로 하는 이사회 결의를 주도하는 등 이 사건 회사를 실질적으로 경영하여 오다가 2006. 12. 22. 원고가 분식회계 등으로 이 사건 회사의 자금사정을 속였다는 이유로 원고를 상대로서울중앙지방법원 2006가합109938호로 이 사건 양도양수계약에 따른 양도대금 잔금에 대한 채무부존재확인의 소를 제기하였고, 위 소송 중에도 이 사건 회사의 상호를 원고 회사로 변경한 다음 이를 협력업체 등에 안내장을 통하여 알리는 등 이 사건 회사의 경영을 계속하였다.
 ㈏소외인은 2007. 8. 16. 위 소송에서 청구취지변경 신청서를 통해 이 사건 양도양수계약이 사기 또는 착오에 의한 의사표시라는 이유로 이를 취소하는 의사표시를 하였고, 위 청구취지변경신청서는 그 무렵 원고에게 송달되었다.
 ㈐ 서울중앙지방법원은 2007. 11. 7. 이 사건 양도양수계약을 취소하는 판결을 하였고, 원고는 이에 불복하여서울고등법원 2007나122065호로 항소를 제기하였다가 2008. 1. 7.소외인과 사이에 ‘이 사건 양도양수계약을 위 판결에 근거하여 취소하고 위 항소를 취하’하는 내용의 합의서를 작성한 다음, 2008. 1. 8. 위 항소를 취하함으로써 위 판결은 항소기간의 만료시인 2007. 12. 4. 확정되었다(민사소송법 제393조 제2항,제267조 제1항 참조).
 ㈑ 한편, 천안세무서장은 2008. 3. 17. 이 사건 회사의 아산공장에서 발생한 2007년도 부가가치세, 근로소득세, 퇴직소득세에 대하여소외인을 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지를 하였다가소외인이 ‘이 사건 양도양수계약이 취소되어 소급하여 과점주주로서의 지위를 상실하였다’는 이유로 제기한 이의신청이 조세심판원에 의하여 받아들여지자소외인에 대한 부과처분을 취소하였다.
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제3호증(갑 제16호증과 같다), 갑 제4호증의 1, 2(갑 제17호증의 1, 2와 같다), 갑 제6, 7, 8, 9, 11, 13, 14, 15호증, 을 제3호증, 을 제5호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지
 ⑵구 국세기본법(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것) 제39조의 입법 취지 및 개정경과 등에 비추어,제1항 단서 및같은 항 제2호 가목 규정의 의미는같은 조 제2항에서 말하는 과점주주 중 발행주식 총수의 100분의 50 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 과점주주에 해당하는 자들은 모두 제2차 납세의무를 부담하되, 다만 그 책임 범위는 자신의 소유지분 범위 내로 제한된다는 취지로 봄이 상당하고, 과점주주에 해당하는 주주 1인이 100분의 50 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사할 것을 요구하는 것은 아니며 위 가목에서 말하는 100분의 50 이상의 주식에 관한 권리 행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 할 것이다(대법원 2008. 1. 10. 선고 2006두19105 판결,대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두8418 판결 등 참조).
 ⑶ 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음의 사정들 즉, ① 제2차 납세의무는 원래의 납세의무자와 특수관계가 있는 제3자에 대하여 원래의 납세의무자로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제도로서, 형식적으로 제3자에게 귀속되어 있는 경우라고 하더라도 실질적으로는 원래의 납세의무자에게 그 재산이 귀속되어 있는 것으로 보아도 공평을 잃지 않는 경우 등 형식적 권리의 귀속을 부인하여 사법질서를 어지럽히는 것을 피하면서 그 권리귀속자에게 보충적으로 납세의무를 부담케 하여 징수절차의 합리화를 아울러 도모하려는 제도인데(대법원 1982. 12. 14. 선고 82누192 판결 참조), 과점주주에 대한 제2차 납세의무제도의 입법목적은 우리나라 비상장법인이 대부분 친족, 친지 등을 주주로 하여 구성된 소규모의 폐쇄회사들로서 회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 그 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있는 점(헌법재판소 1997. 6. 26. 선고 93헌바49,94헌바38·41,95헌바64 전원재판부 결정), ② 원고가 이 사건 각 부가가치세, 근로소득세, 퇴직소득세의 납부의무 성립일(2007. 6. 31. 또는 2007. 12. 31.,국세기본법 제21조 제1항 제7호,제2항 제1호,부가가치세법 제3조 제1항) 무렵에는 이 사건 회사의 주주나 대표이사가 아니었고 실제소외인이 2008. 1. 7.까지는 이 사건 회사의 주식 21만 주에 대한 주주명부상 명의개서도 마친 상태에서 이 사건 회사의 대표이사로 취임하여 경영권 및 주주권을 행사하였으므로 원고로서는 그 무렵 주주권을 행사하거나 경영권을 행사할 수 있는 권한이나 지위를 갖지 않았던 점, ③ 설령 원고와소외인 사이의 이 사건 양도양수계약이 위 법원의 판결 또는 위 2008. 1. 7.자 합의로 취소됨으로써 그 계약의 효력이 소급하여 무효가 되어 원고가 위 각 조세의 납세의무 성립일을 기준으로 이 사건 회사의 과점주주로서의 지위를 회복하게 된다고 하더라도, 이는 이 사건 양도양수계약의 효력이 소급하여 무효가 됨으로써 처음부터 주식을 양도하지 않은 것으로 보게 되는 결과 누리게 되는 지위의 회복에 불과할 뿐인 점, ④ 만약 이로 인하여 원고가 이미 성립한소외인의 과점주주로서의 2차 납세의무까지 소급하여 부담하게 된다면, 주주권을 행사할 지위에 있지 않았던 자가 사업 양도양수계약의 취소라는 우연한 사정으로 종전에 사실상 경영을 지배하는 실질적인 운영자로서 과점주주의 권리를 누리던 자를 두고 그 의무를 대신 부담하게 됨으로써 앞서 본 과점주주의 2차 납세의무제도의 취지에 비추어 불합리한 사정이 발생하게 되는 점, ⑤ 이 사건 양도양수계약의 취소를 명하는 위 판결이 2007. 12. 4. 확정되어 원고가 그 무렵 과점주주로서의 지위를 회복하였으므로 적어도 2007. 12. 31. 납부의무가 성립한 2007. 2기분 부가가치세, 근로소득세 및 퇴직소득세에 대한 2차 납세의무를 부담하여야 한다는 의문이 있을 수 있으나, 이는 원고가 위 판결에 대한 항소를 제기하였다가 2008. 1. 8. 항소기간 도과 후 항소를 취하함에 따라 법률상 위 판결의 확정일이 소급한 것에 불과하므로 앞서 ④항에서 본 바와 같이 2007. 12. 31. 무렵 원고가 이 사건 회사의 과점주주로서의 지위에 있었다고 할 수 없는 점, ⑥ 또한, 원고와소외인 사이에 작성된 2008. 1. 7.자 합의서에 따르면, 원고와소외인이 이 사건 양도양수계약을 위 판결의 취지에 따라 합의해제한 것으로 볼 여지도 있는바, 계약의 합의해제는 계약에 의하여 발생한 권리관계의 변동을 원상으로 회복시키기로 하는 새로운 계약에 불과하고 계약의 효력은 원칙적으로 당사자 사이에서만 발생할 뿐 다른 사람의 권리관계에 영향을 미칠 수 없는 법리이므로, 국가의 조세채권이 발생한 이후에 계약의 당사자가 그 계약을 합의해제하였다 하더라도 그로 인하여 이미 발생한 국가의 조세채권에 아무런 영향을 줄 수가 없는 점(대법원 1987. 11. 10. 선고 87누607 판결 참조), ⑦ 피고는 소득세법 기본통칙 88-2에서 법원의 확정판결에 의하여 매매계약이 원인무효가 될 경우 유상양도로 보지 않는다고 규정하고 있으므로, 이 사건 양도양수계약이 취소되어 이 사건 회사의 주식이 원고에게 환원됨으로써 애초부터 양도가 있었던 것으로 볼 수 없어 원고가 이 사건 회사의 주식을 처음부터 보유하고 있었다고 보아 이 사건 회사의 과점주주라는 취지로 주장하나, 소득세법 기본통칙은 과세관청 내부에 있어 세법해석의 기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 지나지 않아 법원을 구속하지는 않고, 위 기본통칙은 매매계약이 원인무효가 될 경우 그 과세대상의 유상양도가 처음부터 없었던 것으로 보아 과세하지 않는다는 것을 의미하는 것이지, 이 사건처럼 계약의 취소로 과세의 직접대상이 아닌 법률상 지위의 회복에 불과한 경우에 적용될 것도 아닌 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 각 조세의 납세의무 성립일 당시에 이 사건 회사의 주식에 관한 주주권을 행사할 수 있는 지위에는 있는 자로서 제2차 납세의무자라고 볼 수 없다고 함이 상당하다. 따라서, 원고가 제2차 납세의무자임을 전제로 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관련 법령 생략]

판사 이대경(재판장) 오상용 이한일