부가가치세환급거부처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2010.01.08 / 시행일:

【원고, 피항소인】 원고
【피고, 항소인】 강서세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2009. 5. 28. 선고 2009구합4197 판결 
【변론종결】2009. 12. 4.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 원고의 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2008. 9. 29. 원고에 대하여 한 2008년 제1기분 부가가치세 17,382,017원의 환급거부처분 중 5,521,854원을 초과하는 부분 및 1,738,201원의 가산세 부과처분 중 552,185원을 초과하는 부분을 각 취소한다[원고는 2008년 제1기분 부가가치세 13,046,179원의 환급거부처분의 취소를 구하고 있으나, 위 13,046,179원은 원고가 신고한 매입세액 17,382,017원 중 공제가 인정되지 아니한 11,860,163원 및 이에 대한 신고불성실 가산세 1,186,016원을 합한 금액으로서, 원고의 청구취지는 결국 17,382,017원의 환급거부처분 중 5,521,854원을 초과하는 부분(11,860,163원) 및 1,738,201원의 가산세 부과처분 중 552,185원을 초과하는 부분(1,186,016원)의 취소를 구하는 것으로 볼 것이다].
2. 항소취지
 주문과 같다. 
【이 유】1. 처분의 경위 
 가. 원고는 2004. 2. 17.부터 서울 강서구 화곡동 (지번 생략)에서 ‘○○○○○’이란 상호로 간이과세자로 사업자등록을 하고 패션디자인업, 여성용 구두·가방수입판매업 등을 영위하다가 2007. 12. 24. 피고에게 간이과세 포기신고를 하여 2008. 1. 1.부터 일반과세자로 전환되었다.
 나. 원고는 2008. 4. 23. 2008년 제1기분 부가가치세 예정신고시 17,382,017원을 재고매입세액으로 신고하고, 2008. 7. 23. 2008년 제1기분 부가가치세 확정신고시 재고매입세액 17,382,017원을 포함한 23,454,128원의 부가가치세 환급을 신청하였다.
 다. 이에 대하여 피고는 2008. 9. 29. 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 부가가치세법 시행령 제63조의3 제1항에 따라 그 변경되는 날 현재의 재고품 및 감가상각자산을 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 신고하여야 함에도 원고는 일반과세자로 변경되기 직전 과세기간에 대한 확정신고기한인 2008. 1. 25.까지 이를 신고하지 아니하였다는 이유로 위 17,382,017원을 매입세액으로 인정하지 않고 매출세액에서 449,685원을 감액하여 매출세액과 매입세액의 차액인 6,521,796원으로 환급세액을 경정결정하고, 원고가 위와 같이 환급세액을 초과하여 신고하였다는 이유로 신고불성실가산세 1,738,201원을 부과한 후(이하 위 17,382,017원을 매입세액으로 인정하지 아니하여 환급을 거부하고 위 가산세를 부과한 처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다), 이를 차감하여 원고에게 4,783,590원(= 6,521,796원 - 1,738,201원)을 환급하였다.
 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2008. 10. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2008. 12. 17. 기각되었다.
 【인정근거】 갑 제2호증(=을 제1호증), 갑 제4, 5, 7호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장
 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우 재고매입세액공제에 관하여 규정한 부가가치세법(이하 ‘법’이라고 한다) 제17조의3은 기한까지 재고품 등을 신고하지 아니한 경우 재고매입세액공제를 배제하는 취지가 아니므로, 법 시행령 제63조의3 제1항, 제3항 등이 재고매입세액의 공제를 위하여 재고품 등을 직전 과세기간에 대한 확정신고시까지 신고하도록 규정하고 있다고 하더라도 위 규정은 재고매입세액 공제를 위한 필요조건이 아니라 예시적 절차규정에 불과하다. 즉, 재고매입세액공제는 사업자가 간이과세자의 지위에서 부담한 매입세액 중 공제받지 못한 부분을 일반과세자 변경시 공제받도록 하는 절차이므로 일반과세자로의 변경시 신고서를 지연 제출하거나 신고누락한 경우라 할지라도 변경 당시 간이과세자로서 보유하던 재고품 및 감가상각자산에 대하여는 당연히 재고매입세액이 공제되어야 한다. 따라서 원고가 신고기한 내에 신고서를 제출하지 않았다는 이유만으로 일반과세자로 변경되는 때에 원고가 보유하던 재고품 등에 관한 재고매입세액을 공제하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다[다만, 원고는 2008년 제1기분 부가가치세 예정신고시 공제되어야 할 재고매입세액을 17,382,017원으로 신고하였으나 실제 공제되어야 할 재고매입세액은 11,860,163원이라고 주장하면서, 17,382,017원의 환급거부처분 중 5,521,854원을 초과하는 부분(11,860,163원) 및 17,382,017원에 대한 10%의 신고불성실가산세 1,738,201원의 가산세 부과처분 중 552,185원을 초과하는 부분{1,738,201원 - 1,186,016원(11,860,163원 × 0.1)}의 취소를 구하고 있다].
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(납부세액)은 당해 과세기간 내에 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 등에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 하되 이 경우 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(환급세액)으로 하는 것이므로, 납부세액의 계산시 매입세액은 실제의 거래시기와 과세기간을 달리하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없음이 원칙이다.
 그런데 법 제17조의3 제1항은 이러한 예외의 하나로서 "재고매입세액공제"라는 표제하에 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액(재고매입세액)으로 공제할 수 있다고 규정하고 있는바, 이는 일반과세자가 간이과세자로 변경되는 경우 당해 변경 당시의 재고매입세액을 납부세액에 가산하도록 한 법 제26조의2에 대응하는 규정으로서, 간이과세자로서 재화 또는 용역을 공급받거나 재화를 수입하는 때에 거래상대방 또는 세관장으로부터 징수당하는 부가가치세는 매입세액으로서 공제되지 않기 때문에 당해 재화 또는 용역의 원가에 포함되는데, 이를 일반과세자로서 공급하는 때에는 그 매입세액이 포함된 공급가액에 대하여 다시 부가가치세를 거래징수하여야 하므로 결과적으로 중복과세현상이 일어나게 되어 이를 방지하려는 데에 그 입법취지가 있는 것이다. 
 (2) 한편, 법 제17조의3 제2항은 제1항의 재고매입세액의 공제에 관하여 재고품의 범위, 그 적용시기 기타 필요한 사항을 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 법 시행령 제63조의3 제1항은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 재고품(상품, 제품, 재료)과 감가상각자산을 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하도록 하고, 제3항은 제1항의 규정에 의하여 신고한 자에 대하여는 그 각호의 방법에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제한다고 규정하며, 제6항은 제1항의 규정에 의한 신고를 받은 관할세무서장은 재고매입세액으로서 공제할 수 있는 재고금액을 조사·승인하고 제1항에 규정하는 기한 경과 후 1월 이내에 당해 사업자에게 공제될 재고매입세액을 통지하여야 하되 그 기한 내에 통지하지 아니하는 때에는 당해 사업자가 신고한 재고금액을 승인한 것으로 보고, 제7항은 제6항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 그 승인을 얻은 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제한다고 각각 규정하고 있다.
 (3) 위와 같이 재고매입세액공제는 당해 과세기간의 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액 또는 환급세액을 결정하는 원칙에 대한 예외로서 인정되는 것인 점, 법 제17조의3은 재고매입세액의 공제에 관하여 재고품의 범위, 그 적용시기 기타 필요한 사항을 대통령령에 위임하고 있고, 이에 따른 법 시행령 제63조의3 제1항은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 재고품 및 감가상각자산을 ‘변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께’ 일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 제3항은 제1항의 규정에 의하여 신고한 자에 대하여 재고매입세액을 공제한다고 규정하고 있는 점, 계속 사업을 영위하는 사업자의 재고품은 수시로 증감·변동되는 것이어서 간이과세자가 일반과세자로 전환되는 경우에 이를 신속히 조사·확정하지 않으면 그 진실성을 담보할 수 없게 될 우려가 있는데, 위 시행령이 재고품 등을 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 신고하도록 하고 과세관청이 일정 기간 내에 조사·승인을 하고 공제될 재고매입세액을 통지하지 않은 경우에는 신고한 재고금액을 그대로 승인한 것으로 보도록 규정하고 있는 것은 이를 방지하기 위한 것이라고 할 수 있는 점 등을 종합적으로 검토하면, 법 제17조의3의 위임을 받은 법 시행령 제63조의3 제1항, 제3항이 재고품 및 감가상각자산을 일반과세자로 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 신고한 경우에 한하여 재고매입세액을 공제할 수 있도록 정한 것을 가리켜 훈시규정 또는 절차적 예시규정에 불과하다고 볼 수는 없으므로, 결국 법 제17조의3의 규정에 의한 재고매입세액의 공제를 받기 위해서는 법 시행령 제63조의3의 규정에 따라 재고품 및 감가상각자산을 일반과세자로 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 신고하여야 한다고 보아야 할 것이다. 
 (4) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 앞에서 인정한 바와 같이 원고는 일반과세자로 변경되기 직전 과세기간(2007년 제2기)에 대한 확정신고기한인 2008. 1. 25.까지 재고매입세액공제신고를 하지 아니하다가 2008. 4. 23.에서야 이를 신고하였으므로, 원고는 법 제17조의3의 규정에 의한 재고매입세액의 공제를 받을 수 없다고 보아야 할 것이다. 따라서 같은 취지의 이 사건 처분은 적법하다. 
3. 결론 
 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 관계 법령 생략]

판사 심상철(재판장) 황병헌 김인택