양도소득세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2025.09.04 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 (소송대리인 변호사 이광훈)
【피고, 상고인】 중랑세무서장
【원심판결】 서울고법 2025. 1. 16. 선고 2023누61907 판결 
【주 문】
 원심판결 중에서 피고가 2021. 1. 25. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 292,618,250원의 경정거부처분 중 107,780,335원을 초과하는 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 나머지 상고를 기각한다. 

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거에 의하면 다음 사실을 알 수 있다.
 가. 원고와 그 어머니 소외 1은 1988. 5. 19. 서울 중랑구 (주소 1 생략)[○○동 (지번 1 생략)] 대 318.67㎡ 지상 다가구주택[이하 ‘○○동 (지번 1 생략) 부동산’이라 한다] 중 각 2분의 1 지분(이하 그중 원고가 보유한 지분을 ‘이 사건 ①부동산’이라 한다)에 관하여 소유권보존등기를 마쳤고, 그 건물에 관하여 1993. 7. 1. 사용이 승인되었다. 한편 원고는 1988. 5. 18. 서울 중랑구 (주소 2 생략)[○○동 (지번 2 생략)] 대 182㎡ 지상 주택(이하 ‘이 사건 ②부동산’이라 하고, 이 사건 ①부동산과 합하여 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에 관하여 소유권보존등기를 마쳤고, 그 건물에 관하여 1988. 4. 30. 사용이 승인되었다.
 나. 원고와 소외 1은 1994. 3. 18. ○○동 (지번 1 생략) 부동산에 관하여 당시 적용되던 구 「택지소유상한에 관한 법률 시행규칙」(1994. 12. 8. 건설부령 제571호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조에 따라 부동산임대를 사업내용으로 하는 사업자로 등록한 다음 1996. 1. 1. 주택임대 사업을 개시하였다가 2015. 3. 31. 폐업하였다. 한편 원고는 2005. 12. 12. 이 사건 ②부동산에 관하여 구 임대주택법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제6조에 따라 임대사업자로 등록한 다음 1996. 1. 1. 주택임대 사업을 개시하였다가 2015. 3. 31. 폐업하였다.
 다. 원고와 소외 1은 2015. 3. 9. 소외 2에게 ○○동 (지번 1 생략) 부동산에 관하여 2015. 2. 10. 자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주고, 원고는 같은 날 주식회사 △△△에 이 사건 ②부동산에 관하여 2015. 1. 5. 자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐줌으로써 이를 각각 양도하였다.
 라. 원고는 2015. 5. 31. 피고에게 이 사건 각 부동산의 양도와 관련하여 2015년 귀속 양도소득세 292,618,250원을 예정신고·납부하였다.
 마. 원고는 2020. 11. 24. 이 사건 각 부동산의 양도가 구 조세특례제한법(2015. 8. 28. 법률 제13499호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당한다는 이유로 납부세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2021. 1. 25. 위 조항에서 정한 감면 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다.
 2. 제1 상고이유에 대하여
 가. 원심은, 원고가 구 「택지소유상한에 관한 법률」(1994. 12. 22. 법률 제4796호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따라 이 사건 ①부동산에 관한 사업자등록증을 발급받았다면 이는 구 조세특례제한법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제97조 제4항 제1호에서 말하는 ‘임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록’을 한 것과 다름없다고 전제한 다음, 이 사건 ①부동산은 원고가 임대를 목적으로 건설하여 임대한 주택으로서 구 임대주택법(2015. 1. 6. 법률 제12989호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2호 (가)목이 정하는 건설임대주택에 해당하므로, 이 사건 ①부동산의 양도에 대하여는 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서에 따라 양도소득세가 면제되어야 한다고 판단하였다.
 나. 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
 1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석함이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결 등 참조).
 2) 구 임대주택법 제2조는 제2호 (가)목에서 ‘건설임대주택’ 중 하나로 ‘임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택’을 규정하면서, 제4호에서 ‘임대사업자란 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사, 지방공사, 제6조에 따라 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제7조에 따라 설립된 임대주택조합을 말한다.’라고 규정하였고, 제6조 제1항은 ‘대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장에게 등록을 신청할 수 있다.’라고 규정하였다. 이러한 관련 규정들의 문언 및 체계와 함께, 특히 구 임대주택법 제2조 제4호가 인용하는 같은 법 제6조가 임대사업자등록에 관한 근거조문인 점 등을 종합하면, 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서에서 정한 ‘임대주택법에 따른 건설임대주택’에 해당하기 위해서는 특별한 사정이 없는 한 임대를 목적으로 해당 주택을 건설하여 임대하는 행위의 주체가 구 임대주택법 제6조 제1항이 정한 바에 따라 등록을 마친 임대사업자여야 한다.
 한편 임대주택건설촉진법은 임대주택의 건설·공급을 확대함으로써 국민 주거생활의 안정을 도모하기 위해 1984. 12. 31. 법률 제3783호로 제정되었는바, 1993. 12. 27. 법률 제4629호로 전부 개정되면서 그 명칭이 임대주택법으로 변경되었고, 이는 1994. 4. 1.부터 시행되었다. 위 개정 당시 부칙 제2항에서 기존 임대주택에 대한 경과조치로서 ‘종전의 임대주택건설촉진법에 의하여 건설·공급된 임대주택은 개정된 임대주택법에 의한 건설임대주택으로 본다.’고 규정하였으므로, 구 임대주택건설촉진법(1993. 12. 27. 법률 제4629호 임대주택법으로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의한 임대주택에 해당하는 경우 위 부칙 규정에 따라 ‘임대주택법에 따른 건설임대주택’에 해당할 수 있다.
 3) 그런데 원고가 이 사건 ①부동산에 관하여 구 「택지소유상한에 관한 법률」 제11조 제1항 제2호, 제2항, 구 「택지소유상한에 관한 법률 시행령」(1994. 8. 19. 대통령령 제14363호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자로서 1994. 3. 18. 사업자등록을 마쳤다는 것만으로는 이 사건 ①부동산이 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서에서 정한 ‘임대주택법에 따른 건설임대주택’이라는 요건을 충족한다고 단정할 수 없다. 
 원심이 판시한 것처럼 구 「택지소유상한에 관한 법률 시행령」이 제11조 제1항 제3호에서 ‘임대주택건설촉진법 제2조의 규정에 의한 임대주택사업자’를 구 「택지소유상한에 관한 법률」 제11조 제1항 제2호의 규정에 의한 사업자로 한다는 규정을 두고 있기는 하다. 그러나 ‘임대주택건설촉진법에 의한 임대주택사업자’에 해당하기 위해서는 당시 적용되던 구 임대주택건설촉진법 제2조, 구 임대주택건설촉진법 시행령(1994. 9. 13. 대통령령 제14381호 임대주택법 시행령으로 전부 개정되기 전의 것) 제1조의2 제1항, 구 주택건설촉진법(1995. 1. 5. 법률 제4919호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항, 구 주택건설촉진법 시행령(1994. 7. 30. 대통령령 제14349호로 개정되기 전의 것) 제32조 제1항에 따라 ‘20호 이상의 단독주택 또는 20세대 이상의 공동주택 건설에 대하여 건설부장관의 승인을 얻을 것’을 필요로 한다. 그런데 원고와 소외 1이 1994. 3. 18. ○○동 (지번 1 생략) 부동산에 관하여 사업자등록을 할 때의 사업내용은 ‘부동산임대[○○동 (지번 1 생략) 다가구주택 12세대]’였음이 분명하므로, 앞서 본 것과 같은 일정 호수 이상의 주택을 건설하여야 한다는 요건을 충족하지 못하여 구 임대주택건설촉진법에 따른 임대주택사업자 지위에 있지 않았다고 볼 여지가 크기 때문이다.
 4) 그렇다면 원심으로서는 이 사건 ①부동산에 관한 원고의 사업자등록이 실제로 구 「택지소유상한에 관한 법률 시행령」 제11조 제1항 제3호에 따른 사업자등록에 해당하는지를 구체적으로 심리한 다음, 그 결과에 따라 원고의 사업자등록이 구 임대주택건설촉진법령에 따른 사업자등록의 요건을 충족하는지 여부를 판단하였어야 한다.
 그런데도 원심은, 원고가 이 사건 ①부동산에 관하여 구 「택지소유상한에 관한 법률 시행규칙」 제5조에 따라 부동산임대를 사업내용으로 하는 사업자로 등록한 사실에만 근거하여, 구 임대주택법 제6조 제1항에 따라 임대사업자로 등록한 것인지 살펴보지 않은 채 곧바로 이 사건 ①부동산이 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서에서 정한 ‘임대주택법에 따른 건설임대주택’의 요건을 충족한다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 조세특례제한법 제97조 제1항의 적용 요건 및 구 임대주택법에 따른 임대사업자 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.
 3. 제2 상고이유에 대하여
 원심은, 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서는 ‘임대주택법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택’과 ‘같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995. 1. 1. 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택’을 별개의 적용 대상으로 하고 있는데, 그 문언상 ‘1995. 1. 1. 이후 취득 및 임대를 개시하여야 한다.’는 요건은 매입임대주택에 관하여만 적용될 뿐 건설임대주택에 대해서는 적용되지 않는다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 구 조세특례제한법 제97조 제1항의 해석 및 적용에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 4. 결론
 원심판결 중에서 피고가 2021. 1. 25. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 292,618,250원의 경정거부처분 중 107,780,335원을 초과하는 피고 패소 부분을 파기하고(피고는 원심에서 이 사건 ②부동산에 관한 세액만이 면제될 경우 이 사건 ①부동산에 관한 세액을 184,837,915원으로 산출하였으므로 이 부분이 파기의 대상이 되고, 이 사건 ②부동산에 관한 세액 부분, 즉 292,618,250원에서 184,837,915원을 제외한 나머지 107,780,335원 부분에 관하여는 경정거부처분의 취소가 확정된다), 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하며, 피고의 나머지 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 오경미(재판장) 권영준 엄상필(주심) 박영재

[1] 조세감면요건에 관한 법규의 해석 기준

 [2] 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서에서 정한 ‘임대주택법에 따른 건설임대주택’에 해당하기 위해서는 임대를 목적으로 해당 주택을 건설하여 임대하는 행위의 주체가 구 임대주택법 제6조 제1항이 정한 바에 따라 등록을 마친 임대사업자여야 하는지 여부(원칙적 적극) / 구 임대주택건설촉진법에 의한 임대주택에 해당하는 경우 구 임대주택법 부칙(1993. 12. 27.) 제2조에 따라 ‘임대주택법에 따른 건설임대주택’에 해당하는지 여부(적극)

 [3] 甲이 1988. 5. 19. 다가구주택에 관하여 소유권보존등기를 마친 후 1994. 3. 18. 구 택지소유상한에 관한 법률 시행규칙 제5조에 따라 부동산임대를 사업내용으로 하는 사업자로 등록한 다음 1996. 1. 1. 주택임대 사업을 개시하였다가 2015. 3. 9. 매도하여 양도소득세를 예정신고·납부하였는데, 이후 위 부동산의 양도가 구 조세특례제한법 제97조의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당한다는 이유로 납부세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 관할 세무서장이 이를 거부한 사안에서, 부동산에 관한 甲의 사업자등록이 실제로 구 택지소유상한에 관한 법률 시행령 제11조 제1항 제3호에 따른 사업자등록에 해당하는지를 구체적으로 심리한 다음, 그 결과에 따라 甲의 사업자등록이 구 임대주택건설촉진법령에 따른 사업자등록의 요건을 충족하는지를 판단하였어야 한다고 한 사례