이사회결의무효확인청구 (민사, 대법원)
공포일: 2007.05.17 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 1 외 4인 (소송대리인 변호사 윤재식외 7인)
【피고, 상고인】 학교법인 상지학원 (소송대리인 변호사 장준철외 2인)
【원심판결】 서울고법 2006. 2. 14. 선고 2004나30776 판결
【주 문】
상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다. 

【이 유】상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다. 
 1. 소의 이익에 관한 상고이유에 대하여
 가. 학교법인의 이사회결의에 대한 무효 확인의 소를 제기할 수 있는 자가 누구인지에 관하여 구 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 사립학교법’이라고만 한다)이나 민법 등에 특별한 규정은 없다. 따라서 통상의 확인의 소의 경우처럼 확인의 이익 내지 법률상 이해관계를 갖는 자는 누구든지 원고적격을 가진다고 보아야 할 것이다. 
 나. 법인의 경우 이사는 그들에게 부여된 직무상의 권한과 의무, 즉 직무수행권에 기하여 확인의 이익을 갖는다고 인정할 수 있다. 그리고 임기만료로 이사가 퇴임한 경우에도 민법 제691조를 유추하여 그 퇴임이사에게 후임이사가 선임될 때까지 종전의 직무를 계속하여 수행할 긴급처리권이 인정되는 때에는 그 퇴임이사는 직무수행의 일환으로 다른 이사를 해임하거나 후임이사를 선임한 이사회결의의 하자를 주장하여 그 무효 확인을 구할 법률상의 이익이 있다고 할 수 있을 것이다(대법원 2005. 3. 25. 선고 2004다65336 판결 등 참조). 그러나 일단 기존 정식이사의 퇴임이 확정되고 구 사립학교법상의 절차에 따라 임시이사가 적법하게 선임되었다면 그 선임사유가 무엇이든 통상적인 업무에 관한 이사로서의 권한은 임시이사에게 속하게 되므로, 민법 제691조를 유추하여 그 퇴임이사에게 종전의 직무를 계속 수행한다는 차원에서 일반적인 사무를 처리할 권한으로서의 긴급처리권을 인정할 여지가 없고, 나중에 임시이사가 그 임무를 종료한다고 하더라도 그 시점에 이르러 과거에 퇴임하였던 이사에 대하여 그와 같은 긴급처리권이 새로이 부여된다고 할 수도 없으며, 일반적인 사무처리권한 중 후임이사 선임권한만을 분리하여 그에 관한 일종의 부분적인 긴급처리권이 인정되거나 새로 부여된다고 할 수도 없다. 따라서 학교법인의 경우 구 사립학교법상의 임시이사가 선임되기 전에 적법하게 선임되었다가 퇴임한 최후의 정식이사(이하 ‘종전이사’라고만 한다)에게 민법 제691조를 유추한 긴급처리권이 있다거나, 나아가 이를 전제로 하여 구 사립학교법상의 임시이사들이 정식이사를 선임하는 내용의 이사회결의의 효력 유무를 다툴 소의 이익이 인정된다고 할 수는 없다.
 다. 그러나 종전이사에게 민법 제691조를 유추한 긴급처리권이 인정되지 않는다 할지라도, 위와 같은 이사회결의의 효력 유무를 다툴 소의 이익이 인정되는지 여부는 다른 각도에서 별도로 살펴보아야 할 문제이다.
구 사립학교법 제25조는 "교육인적자원부장관은 학교법인이 이사의 결원보충을 하지 아니한 경우에, 이로 인하여 당해 학교법인의 목적을 달성할 수 없거나 손해가 생길 염려가 있다고 인정한 때에는 이해관계인의 청구 또는 직권에 의하여 임시이사를 선임하여야 한다."(제1항), "임시이사는 조속한 시일 내에 제1항의 규정에 의한 사유가 해소될 수 있도록 노력하여야 한다."(제2항), "임시이사는 제1항의 규정에 의한 사유가 해소될 때까지 재임한다. 이 경우 그 사유가 장기간 지속되는 경우에도 그 재임기간은 2년 이내로 하되, 1차에 한하여 연임할 수 있다."(제3항) 그리고 "임시이사는 제20조의 규정에 의한 임원으로 선임될 수 없다."(제4항)라고 차례로 규정하고 있다. 민법 제63조의 내용과 비교해 볼 때 이 조항은 학교법인의 임시이사에 대한 특칙이라 할 수 있는데, 이처럼 기본적으로 민법상의 재단법인의 일종으로 이해되는 학교법인에 대하여 민법 제63조에 대한 특칙으로서 임시이사의 선임사유, 임무, 재임기간 그리고 정식이사로의 선임제한 등에 관한 별도의 제한적인 규정을 두고 있는 것은, 궁극적으로는 교육의 자주성·전문성·정치적 중립성 및 대학의 자율성을 보장한다는 헌법 제31조 제4항에 따라 인정되는 학교법인의 설립자 및 학교법인 그리고 그 운영주체인 이사들의 사학의 자유, 즉 사학의 설립 및 운영의 자유를 두텁게 보장하려는 취지라고 이해할 수 있다. 즉, 학교법인은 민법상 재단법인의 일종으로서 재단법인법의 영역에서 사적 자치의 자유를 누리고, 또한 국가에 대한 관계에서 기본권을 주장할 수 있는 사법인(私法人)으로서의 성격을 갖고 있으며, 구체적으로 사학의 설립 및 운영의 자유, 재산권 등이 인정되는데, 우리 헌법은 사학의 설립 및 운영의 자유에 대한 별도의 규정을 두지는 않고 있으나 헌법 제10조(일반적 행동의 자유), 제31조 제1항(교육받을 권리), 제31조 제4항(교육의 자주성·전문성·정치적 중립성 및 대학의 자율성) 등에 의하여 인정되는 기본권이라 할 수 있다. 요컨대, 사립학교는 설립자의 의사와 재산으로 독자적인 교육목적을 구현하기 위해 설립되는 것이므로 사립학교 설립의 자유와 운영의 독자성을 보장하는 것은 그 무엇과도 바꿀 수 없는 본질적 요체이기 때문에, 이와 같은 헌법 정신은 학교법인과 관련된 법률을 해석할 때의 기본 원칙이 되어야 할 것이다. 또한, 구 사립학교법 제1조는 "이 법은 사립학교의 특수성에 비추어 그 자주성을 확보하고 공공성을 앙양함으로써 사립학교의 건전한 발달을 도모함을 목적으로 한다."라고 규정하여 사립학교의 특수성·자주성·공공성을 선언하고 있는데, 위 헌법 정신에 충실하자면 학교법인의 공공성을 해치지 않는 범위 내에서 그 자주성은 최대한 존중되어야 할 것이다. 그리고 학교법인은 사립학교를 설치·경영하기 위한 목적으로 설립된 재단법인의 일종으로서 그 운영시 설립 당시의 설립자의 의사, 즉 설립목적을 존중함이 마땅하고, 이러한 학교법인의 설립목적은 그 의사결정기관 및 의사집행기관을 구성하는 자연인인 이사들에 의하여 실현되는 것이므로, 설립자가 최초의 이사들을, 그 다음에는 그 이사들이 후임이사들을, 또 그 다음에는 그 후임이사들이 자신의 후임이사들을 선임하는 방식으로 순차적으로 이사를 선임함으로써 학교법인의 설립목적이 영속성 있게 실현되도록 하는 것이 학교법인의 이사 제도의 본질이라 할 수 있다. 
 이러한 이해를 바탕으로 생각해 보면, 학교법인에게 인정되는 헌법상의 사학의 자유는 순차로 선임되는 관계에 있다는 점에서 연결선 상에 있다고 볼 수 있는 이사들에 의하여 실질적으로 구현되는 것이고, 그 중 종전이사는 보통 학교법인의 자주성과 정체성을 확보하는 임무와 가장 근접한 위치에 있는 자라 할 수 있으므로, 이처럼 학교법인의 자주성과 정체성을 대변할 지위에 있다고 할 수 있는 종전이사로서는, 구 사립학교법 제20조의2 제1항에 의한 이사취임승인의 취소 등에 뒤이어 같은 법 제25조에 의하여 교육인적자원부장관이 선임한 임시이사들로만 구성된 임원진이 존재하다가 임시이사 선임사유가 해소된 경우, 자신이 정식이사로서의 지위를 회복하는지 여부 또는 스스로 새로운 정식이사를 선임할 권한이 있는지 여부와 관계없이 학교법인의 설립목적을 구현함에 적절한 정식이사를 선임하는 문제와 관련하여 직접적인 이해관계를 가지는 사람이라 할 것이다.구 사립학교법 제25조 소정의 임시이사 선임사유가 발생하였을 때 종전이사들이 교육인적자원부장관에 대하여 임시이사 선임청구를 할 이해관계인에 해당한다고 해석할 수 있고, 또한 그 임시이사 선임사유가 해소되었음에도 교육인적자원부장관이 부당하게 임시이사를 계속 유임시키고 있을 때 역시 종전이사들이 교육인적자원부장관에게 임시이사의 해임신청을 할 수 있는 이해관계인에 해당한다고 해석할 수 있는 것도 모두 종전이사의 위와 같은 지위에 터잡은 것이라 할 수 있다. 
결국, 종전이사들은 위와 같은 이사회의 결의에 대하여 법률상의 이해관계를 가진다고 할 수 있으므로, 그 무효 확인을 구할 소의 이익이 있다고 할 것이다.
 라. 원심판결의 이유를 기록에 비추어 살펴보면, 민법 제691조를 유추하여 인정되는 임무종료시의 긴급처리권을 근거로 하여 원고들에게 이 사건 이사회결의의 효력 유무를 다툴 법률상의 이익이 인정된다는 취지로 판단한 부분은 앞서 본 바와 같은 이유에서 부적절하지만, 원심이 그 판시의 1990. 4. 28. 자 이사회결의에 의한 선임이사들의 직전 이사로서 임기만료로 퇴임한 원고들에게 피고 학원의 이해관계인으로서 이 사건 이사회결의의 효력 유무를 다툴 법률상의 이익이 있다고 본 결론은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 소의 이익에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다. 이 부분 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다. 
 2. 구 사립학교법상 임시이사의 정식이사 선임권한에 관한 상고이유에 대하여 
 가. 구 사립학교법은 임시이사 선임사유가 해소된 경우의 정상화 방법에 대하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하므로, 이 문제는 구 사립학교법의 체계적인 해석을 통하여 그 결론을 도출하여야 할 것이다. 
 앞서 본 바와 같은 학교법인의 기본권과 구 사립학교법의 입법목적, 그리고 구 사립학교법 제25조가 민법 제63조에 대한 특칙으로서 임시이사의 선임사유, 임무, 재임기간 그리고 정식이사로의 선임제한 등에 관한 별도의 규정을 두고 있는 점 등에 비추어 보면, 같은 조 제1항에 의하여 교육인적자원부장관이 선임한 임시이사는 이사의 결원으로 인하여 학교법인의 목적을 달성할 수 없거나 손해가 생길 염려가 있는 경우에 임시적으로 그 운영을 담당하는 위기관리자로서, 민법상의 임시이사와는 달리 일반적인 학교법인의 운영에 관한 행위에 한하여 정식이사와 동일한 권한을 가지는 것으로 제한적으로 해석하여야 할 것이고, 따라서 정식이사를 선임할 권한은 없다고 봄이 상당하다. 위 조항에 의하면, 임시이사의 임기가 만료된 경우에 그 후임 임시이사를 선임할 권한은 교육인적자원부장관에게 있으므로 자신의 후임 임시이사를 선임할 권한도 없는 임시이사에게 정식이사를 선임할 권한이 있다고 보는 것은 무리일 뿐만 아니라, 위 조항의 해석상 임시이사 선임사유가 존속하는지의 판단권도 임시이사가 아닌 교육인적자원부장관에게 있는데, 그 점에서도 임시이사가 스스로 임시이사 선임사유가 소멸하였다고 판단하여 정식이사를 선임할 수 있다는 해석은 가능하지 않다. 이와 달리 구 사립학교법상의 임시이사에게 정식이사와 다름없는 무제한적인 권한을 부여한다면, 예컨대 구 사립학교법 제20조의2에 의하여 기존 이사 전원의 취임승인을 취소할 수 있는 조항과 함께 발동될 경우 단순히 학교 경영을 정상화하는 수준을 넘어서서 학교법인을 운영할 권한과 임무가 손쉽게 제3자에게 넘어가게 되어 학교법인에 본질적인 변화를 가져 오게 되고, 그것은 학교법인의 설립목적 및 이념의 변질로 이어져 독립된 법인격체로서의 학교법인 등에게 보장된 헌법상의 기본권으로서 교육의 자주성·전문성·정치적 중립성 등을 본질적으로 침해하는 것이 될 수 있기 때문이다. 
 결국, 임시이사는 그 지위의 한시적·임시적인 특성으로 인하여 그 권한에 내재적인 한계를 가지고 있다고 할 것인바, 적어도 설립목적의 본질적인 변경이나 임시이사 선임사유 해소시의 정식이사 선임과 같이 학교법인의 일반적인 운영을 넘어서는 사항은 임시이사의 권한 밖의 일이라 할 것이다. 이처럼 학교법인 등에게는 헌법이 그 기본권을 보장하고 있으므로 학교법인에 대한 국가의 감독권도 학교법인 설립자가 작성한 정관 기타 설립 당시의 설립자의 의사에 부합하게 운영될 수 있도록 이를 보장하기 위한 범위 내에서 행사되어야 하고, 헌법은 제37조 제2항에서 국가안전보장·질서유지 또는 공공복리를 위하여 필요한 경우에 한하여 국민의 자유와 권리를 제한할 수도 있다는 점을 분명히 함으로써 사학의 자유도 기본권 제한사유가 발생하는 경우 예외적으로 제한할 수 있는 가능성을 열어 두고 있으나, 임시이사는 그 선임사유가 해소될 때까지만 존속한다는 점에서 임시이사가 선임되는 단계에서는 학교법인에게 보장되는 헌법상 사학 운영의 자유는 한시적·잠정적으로 제한되는 것으로 볼 수 있음에 반하여, 임시이사들로 이루어진 임원진이 존재하다가 임시이사 선임사유가 해소된 경우 그 임시이사들이 독자적으로 정식이사 전원을 선임하는 내용의 이사회결의를 하였다면 이러한 이사회결의에 의한 정식이사 체제로의 전환은 임시이사가 선임됨으로써 한시적·잠정적으로 제한되었던 학교법인의 사학 운영의 자유가 영구적·확정적으로 제한되는 것을 의미하게 되므로 비례의 원칙에 반할 우려가 크다는 점에서, 임시이사에 의한 정식이사의 선임은 교육인적자원부장관에 의한 임시이사의 선임과 같은 차원에서 논의할 수 있는 수준의 문제가 아니라고 할 것이다. 그리고 이처럼 임시이사에게는 정식이사의 선임권한이 없다고 보고, 또한 앞서 본 바와 같이 과거에 퇴임한 이사들에게 긴급처리권이 인정되어 그들이 정식이사 선임권을 갖는다고 볼 수도 없는 이상, 임시이사 선임사유가 해소된 경우의 정상화 방법에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하던 구 사립학교법하에서는 민법의 일반 원칙으로 돌아와 해결함이 상당할 것이고, 다만 이 판결이 선고됨으로써 이 사건 이사회결의가 무효로 확정되고 그 결의에 따라 선임되었던 정식이사들이 모두 자격을 상실하여 임시이사 선임사유 해소 당시의 상태로 되돌아가게 되면 다시 정상화 방법이 강구되어야 하고, 그 방법은 정상화가 이루어지는 시점에 유효한 사립학교법, 민법 등을 종합적으로 고려한 일반 원칙에 따라야 할 것이다.
 이와 달리 구 사립학교법 제25조에 의하여 교육인적자원부장관이 선임한 임시이사는 특히 장관의 결정에 의하여 그 권한에 제한이 없는 이상 정식이사와 동일한 결의권이 있다 할 것이므로 그 임시이사로 구성된 이사회에서 정식이사를 선임하였다 하더라도 무효로 볼 수 없다는 취지로 판시한 대법원 1970. 10. 30. 선고 70누116 판결 등은 이 판결의 견해에 배치되는 범위 내에서 이를 변경하기로 한다. 
 나. 같은 취지에서, 구 사립학교법 제25조에 의하여 교육인적자원부장관이 선임한 임시이사들로만 구성된 임원진이 존재하다가 임시이사 선임사유가 해소되었다는 이유로 종전이사로 구성된 이른바 구 재단측을 배제한 채 임시이사들이 정식이사 전원을 선임해 버린 이 사건 이사회결의가 무효라고 한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 임시이사의 지위와 권한에 관한 법리 또는 국가감독권의 한계에 대한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다. 상고이유에서 지적하는 대법원 1963. 3. 21. 선고 62다800 판결 및 대법원 2005. 4. 16. 자 2005마53 결정 등은 모두 이 사건과 사안을 달리하는 것으로서, 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다. 이 부분 상고이유의 주장도 받아들일 수 없다. 
 3. 결 론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 주문과 같이 판결하는바, 이 판결에는 대법관 김영란, 대법관 박시환, 대법관 김지형, 대법관 이홍훈, 대법관 전수안의 반대의견이 있는 외에는 관여 법관의 의견이 일치되었으며, 대법관 양승태, 대법관 김황식, 대법관 박일환의 다수의견에 대한 보충의견과 대법관 이홍훈의 반대의견에 대한 보충의견이 있다.
 4. 대법관 김영란, 대법관 박시환, 대법관 김지형, 대법관 이홍훈, 대법관 전수안의 반대의견
 가. 다수의견의 요지는, 첫째 종전이사는 학교법인의 정식이사를 선임하는 문제와 관련하여 직접적인 이해관계를 가지는 자로서 구 사립학교법상 임시이사들이 정식이사를 선임하는 내용의 이사회결의의 효력 유무를 다툴 소의 이익이 있고, 둘째 같은 법 제25조 제1항에 의하여 교육인적자원부장관이 선임한 임시이사는 민법 제63조에 의한 임시이사와 달리 일반적인 학교법인의 운영에 관한 행위에 한하여 정식이사와 동일한 권한을 가지는 것으로 제한적 해석을 하여야 하므로 정식이사를 선임할 권한이 없다는 것이다. 다수의견의 견해에는 동의할 수 없다. 
 나. 소의 이익에 관하여 본다.
 (1) 확인의 소에 있어서는 권리보호요건으로서 확인의 이익이 있어야 하고, 확인의 이익은 원고의 권리 또는 법률상의 지위에 불안, 위험이 있어 이를 즉시 제거하여야 할 필요성이 있고 그 불안, 위험을 제거함에는 확인판결을 받는 것이 가장 유효·적절한 수단일 때에만 인정된다(대법원 1995. 8. 11. 선고 94다21559 판결, 2005. 12. 22. 선고 2003다55059 판결 등 참조). 따라서 확인의 소에 있어서는 원고가 확인소송의 대상이 되는 법률관계 및 피고에 대하여 단순한 이해관계를 갖는 것만으로는 부족하고 그와 관련하여 권리 또는 법률상 지위를 보유하고 있어야 한다는 것이 확립된 법리이다.
 이 사건에서 원고들은 장기화된 학내분규에 대한 책임을 지고 스스로 정식이사의 직에서 사임하였고 원고 4를 제외한 나머지 원고들은 이사취임승인마저 취소된 자들로서, 이 사건 학교법인이 10년 이상 임시이사 체제로 지속되어 오다가 임시이사들로 구성된 이사회에서 정식이사들이 선임되자 원고들은 그 취임승인이 취소되기 전에 이사로 근무하다가 임기가 만료된 이사들이라는 이유로 그와 같이 임기 만료된 이사의 지위에서 이 사건 이사회결의의 무효 확인을 구하고 있다. 그러나 이 사건 이사회결의가 무효라고 하더라도 원고들은 사임하거나 임기 만료 후 취임한 이사직에 대하여 이사취임승인의 취소가 확정되고 그 후 임시이사들이 순차로 선임되어 직무를 수행하였던 이상, 원고들이 정식이사로서의 지위를 회복하거나 스스로 새로운 정식이사를 선임할 수 있는 권한을 보유하게 된다고 볼 수 없으므로, 원고들에게는 이 사건 이사회결의의 효력을 다툴 확인의 이익이 부정된다. 
 (2) 다수의견은, 소의 이익과 관련하여, 구 사립학교법상 기존 정식이사의 퇴임이 확정되고 임시이사가 적법하게 선임되었다면 민법 제691조를 유추하여 종전이사에게 종전의 직무를 계속 수행한다는 차원에서의 긴급처리권을 인정할 여지가 없고, 임시이사의 임무 종료 후 과거에 퇴임하였던 이사에 대하여 민법 제691조의 유추적용에 따른 긴급처리권이 새로이 부여된다고 할 수도 없으므로, 종전이사에게 위 긴급처리권이 있다거나 이를 전제로 임시이사들이 정식이사를 선임하는 내용의 이사회결의의 효력 유무를 다툴 소의 이익이 없다고 하면서, 오히려 학교법인은 사학의 설립 및 운영의 자유, 재산권 등을 보유하는 점, 학교법인의 설립자가 순차적으로 이사를 선임함으로써 그 학교법인의 자주성을 확립하고 설립목적이 영속성 있게 실현되도록 하는 것이 이사 제도의 본질이라는 점, 임시이사의 선임사유, 임무, 재임기간, 정식이사로의 선임제한 등을 규정한 구 사립학교법 제25조는 민법 제63조의 특칙으로서 학교법인, 설립자, 그 운영주체인 이사들의 사학의 자유를 두텁게 보장하려는 취지로 이해되는 점 등을 근거로, 원고들은 학교법인의 자주성과 정체성을 확보하는 임무와 가장 근접한 위치에 있어 그 자주성과 정체성을 대변할 지위에 있는 종전이사로서, 학교법인의 설립목적을 구현함에 적절한 정식이사를 선임하는 문제와 관련된 이 사건 이사회결의에 대하여 직접적인 이해관계를 가진다고 주장한다.
 (가) 그런데 이 사건 원고들은 위와 같이 이미 오래전 정식이사의 직에서 퇴임함으로써 학교법인의 자주성과 정체성을 대변할 지위를 상실하였다고 보아야 하는데, 다수의견이 지적하고 있는 바와 같이 민법 제691조를 유추한 긴급처리권이 부여될 여지도 없는 원고들에게 위와 같은 권리 내지 지위가 부활한다고 볼 수도 없는 이상, 이들을 학교법인의 자주성과 정체성을 확보하는 임무와 가장 근접한 위치에 있는 자라고 볼 근거가 없고 따라서 이 사건 이사회결의에 대하여 직접적인 이해관계를 가진다고 볼 수 없다.
 나아가, 종전이사의 이해관계에 대한 다수의견의 주장을 그대로 받아들인다 하더라도, 그 주장과 같은 이해관계가 있다는 점이 어떻게 이 사건 이사회결의의 효력 유무를 다툴 수 있는 법률상 이해관계를 긍정할 수 있는 근거가 될 수 있다는 것인지 의문이 아닐 수 없다. 다수의견은 원고들이 개인적으로는 이 사건 이사회결의의 영향을 받지 않는다는 점을 전제하면서도 학교법인의 자주성과 정체성을 대변한다는 측면에서 위 이사회결의의 영향을 받는다고 주장하는 것으로 보이는바, 소의 이익에 관한 종래의 경직된 태도를 시정할 필요성이 있다고 하더라도 이러한 경우의 이익까지 법률상 이익이라고 할 것인지 여부에 대하여는 민사소송인 이 사건의 성격을 감안할 때 보다 신중한 접근이 필요하다.
 소의 이익을 지나치게 좁게 인정하는 것은 국민의 재판청구권의 행사를 제한하는 결과로 될 것이므로 합리적인 범위 내에서 소의 이익을 확대하여 나가려는 최근의 추세에 동의하지 않을 이유가 없다. 그러나 이사들이 임기만료로 퇴임하여 다음 이사들에게 직위가 옮겨지고 그 후임이사들의 취임승인이 취소된 경우, 해당 후임이사들이 다수의견이 내세우는 바와 같이 학교법인의 정체성을 대변할 수 있는 이사로서의 지위를 회복하기 위해서는 이사취임승인 취소처분의 효력을 다투는 행정소송으로 권리를 회복하는 길이 열려 있으므로 이를 통하여야 하는 것이 원칙이다. 종전의 판례들이 그와 같은 경우 소의 이익을 좁게 인정하여 왔던 탓에 권리회복이 어려웠다면 그 부분을 넓혀 주는 방법으로 문제를 해결하여야 한다. 후임이사들의 이사취임승인 취소처분이 그대로 유효하게 확정된 경우 그들이 임시이사의 정식이사 선임결의를 다툴 수 있는 법률상의 지위를 갖지 않는다는 것은 다수의견도 전제하고 있는 것으로 보이는바, 그렇다고 하여 그 이전의 이사들에게 거슬러 올라가 학교법인의 정체성을 대변한다는 명목으로 임시이사의 정식이사 선임결의를 다툴 수 있는 법률상의 지위를 부여하려는 다수의견의 견해는 우회적으로 무리하게 소의 이익을 확장하는 것으로서 방법론으로도 적절하지 않다. 왜냐하면, 이사 전원이 임시이사로 구성되는 임시이사 체제는 뒤에서 지적하는 바와 같이 학교법인의 해산에 갈음하는 것으로서 기존의 정식이사 체제와는 그 성격을 달리하는 이상, 이러한 임시이사 체제를 더 이상 다툴 수 없게 되었다면 종전의 이사는 그 어느 누구도 현재의 학교법인의 정체성을 대변할 수 있는 위치에 설 수 없다고 하여야 하기 때문이다. 더욱이 본안에 관한 문제로서 뒤에서 보는 바와 같이 임시이사에게 정식이사를 선임할 수 있는 권한이 있다면, 이러한 점에서도 임시이사 체제 이전의 종전이사들은 누구라도 더 이상 학교법인의 정체성을 대변하는 지위를 갖는다고 볼 수 없음이 명백하다.
 (나) 다음으로, 학교법인의 설립목적을 영속성 있게 실현되도록 하는 것이 이사 제도의 본질이라는 다수의견의 견해에는 찬성할 수 없다. 설립자는 학교법인에 대한 관계에 있어서 그 설립목적을 담은 정관에 의하여 사학의 설립 및 운영의 자유 등을 실현하는 것이지 그 외의 다른 방법으로 학교법인 및 이를 운영하는 주체인 이사의 업무에 영향을 주어서는 안 될 것이고, 이사 역시 학교법인에 대한 관계에서 관계 법령과 위와 같이 설립자의 설립목적이 화체된 정관에 따라 선량한 관리자의 주의의무로써 업무를 처리하면 될 뿐 그 권한을 설립자로부터 위임받거나 설립자를 위하여 업무를 처리하여야 하는 것은 아니므로, 다수의견이 파악하고 있는 이사 제도의 본질에 관한 견해에는 동의할 수 없는 것이다.
 특히, 대법원은 학교법인의 설립에 있어서 연고를 갖는다는 이유만으로 법인의 이사회결의의 무효 확인을 구할 법률상 이익이 있다고 할 수 없으며, 특별한 사정이 없는 한 학교법인의 설립자라는 지위에서 이사회결의의 무효 확인을 구할 수도 없다고 판시하여 왔는바(대법원 2003. 1. 10. 선고 2001다1171 판결 등 참조), 다수의견과 같이 종전이사가 학교법인의 설립목적이 영속성 있게 실현되도록 하기 위하여 그 설립 취지를 구현함에 적절한 정식이사를 선임하는 문제와 관련된 이 사건 이사회결의에 대하여 법률상 이해관계를 갖는다고 본다면, 설립자 또는 그 지위 승계자 역시 이사회결의의 무효 확인을 구할 수 있다고 보아야 할 것이라는 점에서도 다수의견은 문제를 안고 있다고 본다. 
 (다) 다수의견은, 종전이사가 이 사건 이사회결의에 대하여 직접적인 이해관계를 갖는 자이고 이와 같은 지위에 터잡아 구 사립학교법 제25조 소정의 이해관계인으로서 임시이사 선임청구권 및 해임신청권을 갖는다고 주장한다. 
구 사립학교법 제25조 제1항은 이해관계인에게 임시이사 선임청구권이 있음을 규정하면서 이해관계인의 의의 및 범위에 관하여는 아무런 규정을 하고 있지 않으므로 이를 정확히 파악하기는 어렵다. 우선, 학교법인의 임원 및 임시이사, 교수 등은 그 이해관계인에 해당한다고 볼 수 있겠으나, 이 사건 원고들은 종전이사이기는 하지만 이미 임기가 만료되어 학교법인의 업무를 더 이상 수행하지 않는 자들이므로, 종전이사가 이 사건 이사회결의에 대하여 직접적인 이해관계를 갖는지 여부에 관계없이 적어도 위와 같은 지위의 원고들이 임시이사의 선임청구권 및 해임신청권을 보유하는 이해관계인에 해당한다고 보는 것은 부당하다.
 한편, 원고들이 임시이사의 선임청구권 및 해임신청권을 보유하는 이해관계인에 해당한다는 다수의견의 견해가 만일 이 점에 기대어 원고들이 이 사건 이사회결의의 무효확인을 구할 법률상 이해관계가 있다는 논거를 끌어내기 위한 것이라면 그러한 시도 또한 부당하다는 지적을 하고자 한다. 이해관계인이 교육인적자원부장관에 대하여 갖는 임시이사 선임청구권 및 해임신청권은 이 사건 이사회결의의 무효 확인으로써 보호되는 권리가 아닐 뿐더러, 정식이사를 선임하는 내용의 이 사건 이사회결의가 있었다고 하여 이해관계인의 임시이사 선임청구권 및 해임신청권이 침해되거나 침해될 염려가 있다고 볼 수도 없는 등 이 사건 이사회결의의 효력을 다툴 법률상 이해관계의 유무와 구 사립학교법 제25조 제1항의 이해관계인에 해당하는지 여부는 직접적인 관련성이 없기 때문이다.
 (3) 그렇다면 달리 원고들에게 이 사건 이사회결의에 의하여 불안·위험을 초래하거나 초래할 염려가 있는 권리 또는 법률상 지위가 있다고 볼 수 없는 이상 이 사건 소의 이익은 부정되어야 한다. 
 다. 임시이사의 정식이사 선임권한 유무에 관하여 본다.
 원고들에게 이 사건 이사회결의의 효력을 다툴 소의 이익이 있다고 가정하는 경우에도 임시이사에게 정식이사를 선임할 권한이 있다고 보아야 하므로 그 결의를 무효라고 할 수는 없다.
 (1) 우선, 구 사립학교법 제16조 제1항은 이사를 포함한 임원의 임면에 관한 사항을 이사회가 의결할 수 있다고 규정하고 있는바, 위 조항을 비롯하여 구 사립학교법 어디에도 임시이사로 구성된 이사회가 임원의 임면을 결의할 수 없다는 취지의 규정은 찾아볼 수 없다.
 또한, 구 사립학교법은 제25조에서 임시이사의 선임, 임무 및 임기, 정식이사로의 선임제한 등 임시이사와 관련된 내용만 규정하고 있을 뿐 정식이사의 선임 등 학교법인의 정상화에 대하여는 직접적인 규정이 없으며, 다만 2005. 12. 29. 법률 제7802호 개정에 의하여 신설된 제25조의3에서 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화에 관하여 규정하고 있다. 학교법인은 기본적으로 민법상 재단법인에 해당하는 것이고, 다만 그 조직·운영에 관하여 법적 규제와 행정감독을 강화함으로써 사학의 공공성을 높이기 위하여 사립학교법이라는 특별법에 의하여 설립·운영되는 특수법인으로 규정하고 있는 것으로 보아야 한다. 따라서 학교법인에 대하여는 사립학교법이 우선 적용되나 그 외 사립학교법에 규정되지 않은 사항에 관하여는 민법의 재단법인에 관한 규정이 적용되어야 한다.
그런데 민법 제63조에 의하여 법원이 선임한 임시이사는 일반 이사와 동일한 결의권이 있다는 것이므로(대법원 1963. 3. 21. 선고 62다800 판결 등 참조), 비록 그 선임 주체가 다르다 하더라도 사립학교법 소정의 임시이사들 역시 정식이사와 동일한 권한이 있는 것으로 해석하여야 하고 따라서 임시이사들로 구성된 이사회에서 정식이사를 선임한 이 사건 이사회결의를 무효라고 볼 수 없다.
 특히, 대법원은 구 사립학교법 제25조에 의하여 선임된 임시이사는 교육인적자원부장관의 결정에 의하여 그 권한에 제한이 없는 이상 정식이사와 동일한 권한과 의무를 보유하므로 임시이사가 이사회에서 정식이사를 선임하였다 하여도 그 선임이 무효로 될 수 없다고 판시하여 왔으며(대법원 1970. 10. 30. 선고 70누116 판결, 2005. 4. 16. 자 2005마53 결정 등 참조), 이와 같은 법해석을 전제로 2003년 이후 임시이사 파견사유가 해소되어 정식이사 체제로 전환한 7개 대학 모두 그 전환방식은 이 사건과 마찬가지로 임시이사들로 구성된 이사회에서 정식이사를 선임하는 결의를 통하여 이루어진 바 있다.
 이 사건에서 그 동안의 대법원의 견해를 변경하여야 할 필요성이나 특별한 사정변경이 있다고 볼 만한 자료가 없는 이상 위와 같은 내용의 기존 판례 취지는 존중되어야 한다. 종전 판례 취지와 달리 임시이사에게 정식이사 선임의 권한이 없다고 본다면 학교법인의 정상화와 관련하여 이루어지던 사실적 관행이 무시되는 결과로 되어 법적 안정성의 측면에서 많은 문제가 발생하지 않을까 우려된다.
 (2) 다수의견은, 학교법인의 기본권과 구 사립학교법의 입법목적 그리고 구 사립학교법 제25조가 민법 제63조에 대한 특칙으로서 임시이사의 선임사유, 임무, 재임기간, 정식이사로의 선임제한 등에 관한 별도의 규정을 두고 있는 점 등을 근거로, 같은 조 제1항의 임시이사는 민법상 임시이사와 달리 일반적인 학교법인의 운영에 관한 행위에 한하여 정식이사와 동일한 권한을 가지는 것으로 제한적으로 해석하여야 하므로 임시이사 선임사유 해소시의 정식이사 선임권한은 없다고 주장한다.
 (가) 우선, 구 사립학교법 제25조의 내용에 관하여 살펴본다.
 앞서 살핀 바와 같이 구 사립학교법 어디에도 임시이사로 구성된 이사회가 임원의 임면을 결의할 수 없다는 취지의 규정은 없는 점, 임시이사가 이사회결의에 의하여 선임한 정식이사 역시 정식이사가 선임한 경우와 마찬가지로 관할청의 승인을 얻어야만 취임할 수 있고 그 승인 여부의 적법성을 항고소송에 의하여 다툴 수 있는 것도 마찬가지이므로, 굳이 정식이사의 선임에 관하여 임시이사의 권한을 제한할 이유는 없는 점, 구 사립학교법상 정식이사의 선임 등 학교법인의 정상화에 대한 규정이 없다고 보더라도 같은 법에 의하여 선임된 임시이사는 민법의 일반 원칙으로 돌아가 정식이사와 동일한 권한이 있고 따라서 정식이사를 선임할 수 있는 권한을 갖는다는 점 등에 비추어 볼 때, 정식이사의 선임에 관한 규정도 아닌 구 사립학교법 제25조의 내용을 근거로 임시이사의 정식이사 선임 등 권한을 제한적으로 해석하고 있는 다수의견은 사립학교법의 해석 또는 법률의 적용에 있어서 입법행위에 버금가는 월권행위를 하고 있다고 볼 수밖에 없다.
 더욱이 구 사립학교법 제25조의 내용이 임시이사의 권한을 민법상 임시이사와 달리 제한적으로 해석할 수 있는 근거가 될 수 있는지 여부에 관하여 보건대, 원래 사립학교법 제25조는 1963. 6. 26. 법률 제1362호로 제정될 당시 임시이사의 권한이 정식이사와 동일하다는 법리를 전제로 민법 제63조에 대응하여 제정된 것으로서 이 사건 구 사립학교법 제25조 제1항과 거의 동일한 내용의 규정으로 존재하다가 1999. 8. 31. 법률 제6004호로 같은 조가 전문 개정이 되면서 임시이사의 선임사유에 관한 제1항의 내용은 거의 동일하게 유지되는 한편 임무, 재임기간, 정식이사로의 선임제한에 관한 제2항 내지 제4항이 신설되었는바, 위와 같은 전문 개정은 객관적이고 중립적인 법원에 의하여 선임되는 민법상 임시이사와 달리 구 사립학교법상 임시이사는 교육인적자원부장관에 의하여 선임된다는 점, 학교법인은 민법상 재단법인과 달리 그 특수성을 인정받고 있다는 점 등을 참작하여, 구 사립학교법 제25조의 기본 틀을 유지하면서 임시이사가 그 선임사유의 해소를 위하여 노력하여야 한다는 당연한 임무를 확인한 외에 재임기간과 정식이사로서 선임될 수 없다는 제한을 추가한 것에 불과한 것이어서, 이처럼 일부 조항들이 추가되었다고 하여 구 사립학교법상 임시이사의 권한이나 성질 자체가 변경된다고는 할 수 없는 만큼, 위 전문 개정 후에도 여전히 구 사립학교법상 임시이사는 민법상 임시이사와 마찬가지로 정식이사와 동일한 권한을 갖는다고 보아야 한다. 따라서 구 사립학교법 제25조의 내용이 임시이사의 권한을 민법상 임시이사와 달리 볼 근거가 될 수는 없다.
 특히, 재임기간에 관한 제3항 후단은 임시이사 선임사유가 장기간 지속되는 경우에도 그 재임기간은 2년 이내로 하되 1차에 한하여 연임할 수 있다고 규정함으로써 임기를 최대 2년으로 규정하고 있었으나, 오히려 2005. 12. 29. 법률 제7802호 개정에 의하여 위 2년 및 1차 연임에 관한 부분이 삭제됨으로써 재임기간의 제한이 대폭 완화되었음을 부기하여 둔다.
 (나) 학교법인의 기본권 침해에 관하여 본다.
 이와 관련된 다수의견의 입장은, 구 사립학교법 제20조의2에 의하여 기존 이사 전원의 취임승인이 취소되고 그에 의하여 선임된 임시이사들이 정식이사들을 선임할 수 있다고 본다면 교육의 자주성·전문성·정치적 중립성 등 학교법인의 기본권이 본질적으로 침해된다고 우려하는 것으로 보인다.
 그러나 임시이사에게 정식이사와 동일한 권한을 인정하는 것이 과연 학교법인의 기본권을 본질적으로 침해하는 것인지는 의문이다. 학교법인의 목적 달성이 불가능한 때 구 사립학교법이 예정하고 있는 시정 방안으로는 임시이사의 선임 외에 학교법인이 이사 정수의 3분의 2 이상의 동의를 얻어 교육인적자원부장관의 인가를 받아 해산할 수 있는 제도(같은 법 제34조), 교육인적자원부장관이 당해 학교법인에 대하여 해산을 명할 수 있는 제도(같은 법 제47조) 등이 있으므로, 임시이사는 위와 같은 해산에 갈음하여 학교법인을 정상화시키기 위하여 사립학교법이 특별히 규정하고 있는 제도로서 임시이사의 선임행위 자체에 학교법인의 정상화라는 목적을 위한 정식이사의 선임이 예정되어 있다고 볼 수 있으며, 또한 사학의 자유라는 측면에서 학교법인은 그 정관에 이사 등 임원의 선임에 관한 제한 규정을 둘 수 있을 것이고 관할청에 의하여 선임된 임시이사 역시 그 정관의 규정에 따라야 하므로 정식이사의 선임에 관한 임시이사의 권한은 정관에 의하여도 그 통제가 가능하다는 측면에서 굳이 다수의견과 같이 임시이사의 정식이사 선임 권한을 부인할 필요가 없기 때문이다. 
 다수의견이 강조하는 학교법인의 자주성 외에 공공성 역시 매우 중요한 법리일 뿐 아니라 사립학교법의 주된 입법 취지 역시 사학의 공공성 확보에 있는바, 구 사립학교법상 임시이사들에게 정식이사와 다름없는 무제한적인 권한을 부여하면 학교법인에 본질적인 변화를 가져 오게 되고 그것은 학교법인의 설립목적 및 이념의 변질로 이어져 그 기본권을 본질적으로 침해하는 결과가 될 수 있을 것이라는 다수의견의 견해는 학교법인의 자주성에 지나치게 경도된 견해로서 임시이사 제도를 비롯한 학교법인의 공공성 강화를 위한 각종 제도 자체를 부인하는 것으로 귀착될 염려가 있다.
 이는 결국 학교법인의 정상화 방안과 관련된 문제로서, 구 사립학교법상 정식이사의 선임 등 학교법인의 정상화에 대한 직접적인 규정은 없으나 임시이사의 업무 자체가 학교법인의 정상화를 목적으로 하고 있는 이상 구 사립학교법에 정상화를 위한 아무런 규정을 두고 있지 않다고 단정할 수 없을 뿐 아니라 구 사립학교법이 정상화에 관한 아무런 규정을 두고 있지 않다고 보더라도 같은 법에 의하여 선임된 임시이사는 민법의 일반 원칙으로 돌아가 정식이사와 동일한 권한이 있고 따라서 정식이사를 선임할 수 있는 권한을 갖는다고 하여야 하는바, 이러한 기본 법리 및 기존 판례의 취지와 달리, 교육의 자주성·전문성·정치적 중립성 등 학교법인에게 보장된 헌법상의 기본권 침해 또는 헌법상 기본원칙 위반 등을 이유로 구 사립학교법상 임시이사가 정식이사를 선임할 권한이 없다고 보는 다수의견의 견해는 합헌적 법률해석의 범위를 벗어나는 무리한 해석이라고 볼 수밖에 없다.
 (다) 마지막으로 다수의견은, 임시이사 선임사유가 해소된 경우의 정상화 방법에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하던 구 사립학교법하에서는 민법의 일반 원칙으로 돌아와 해결함이 상당하다고 주장하는바, 구 사립학교법하에서 민법의 일반 원칙에 따른다는 것은 민법 제63조에 의한 임시이사 선임을 가리키고 그 임시이사에게는 정식이사와 동일한 전면적 권한이 인정된다는 취지로 보이는데, 이와 같은 취지라면 오히려 민법 제63조에 의한 임시이사를 대체하는 기능을 가진 사립학교법상 임시이사에게도 정식이사와 동일한 권한이 있는 것으로 해석하여야 한다. 다수의견이 구 사립학교법의 해석론에 관하여 민법의 일반 원칙이 적용됨을 긍정하면서도 사립학교법상 임시이사의 권한에 대하여서는 민법의 일반 원칙의 적용을 배제하는 것은 논리적으로 모순이라고 생각된다.
 라. 이상의 이유로 다수의견에는 찬성할 수 없다.
 돌이켜 이 사건에 관하여 보면, 앞서 본 각 법리에 비추어 종전이사인 원고들은 이 사건 이사회결의의 무효 확인을 구할 소의 이익이 없다고 할 것이며, 설령 소의 이익이 긍정된다고 하더라도 학교법인의 정상화를 위하여 임시이사들이 정식이사들을 선임한 이 사건 이사회결의는 무효라고 볼 수 없고, 이와 같은 취지로 판시한 대법원 1970. 10. 30. 선고 70누116 판결 등의 견해는 그대로 유지되어야 한다.
 결국, 이와 달리 원고들에게 이 사건 이사회결의의 효력 유무를 다툴 법률상 이익이 있고 그 이사회결의가 무효라고 본 원심판결에는 소의 이익이나 구 사립학교법상 임시이사의 지위에 관한 법리오해 및 대법원판례를 위반한 위법이 있으므로, 이를 지적하는 상고이유는 모두 받아들여야 하는 것이다.
 5. 대법관 김황식, 대법관 박일환의 다수의견에 대한 보충의견
 가. 우리나라에서 사립학교는 중등 및 고등교육의 상당한 부분을 담당하고 있는데 그 중 대부분은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인의 형태로 설립·운영되고 있다. 그리고 과거에도 그러하였을 뿐만 아니라 현재에도 적지 않은 사립학교에 임시이사가 선임되어 있는 상황이다. 따라서 이 사건 재판은 단순히 상지학원이라는 어느 특정 학교법인의 운영주체를 결정하는 방법을 정하는 데에 그치는 것이 아니라, 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화 방법과 관련하여 아무런 규정을 두지 아니하였던 구 사립학교법하에서 헌법합치적이며 사회적 타당성을 지닌 방법이 무엇인가를 모색하여야 하며 그 결과는 향후 학교법인의 운영주체의 변경에 관한 법률적 분쟁의 발생시 중요한 해결기준을 제시하게 되리라는 점에서, 이 사건 재판의 중요성을 강조하지 않을 수 없다. 
 나. 소의 이익 및 임시이사의 정식이사 선임권한의 유무라는 이 사건의 두 쟁점은 모두 학교법인 및 이사 제도의 본질과 헌법상 기본권으로서의 사학의 자유라는 공통의 원리와 관련이 되어 있고, 이에 대한 정확한 이해 없이는 이 사건의 올바른 해결을 바랄 수 없다. 그 출발점이라 할 수 있는 이 문제와 관련하여 반대의견은 다수의견과 기본 인식을 달리하고 있으므로, 소의 이익 문제에 대한 다수의견을 보충함에 있어서도 먼저 이 문제를 짚고 넘어가기로 한다. 
 사학의 자유, 즉 사립학교의 설립 및 운영의 자유는 학교법인이 자신의 정체성을 외부의 간섭 없이 자율적으로 결정할 자유를 포함한다. 학교법인의 정체성은 학교법인의 설립목적에서 두드러지게 나타나고 학교법인의 이사를 통하여 구체적으로 실현된다. 따라서 정체성에 대한 학교법인의 자기결정의 자유는 학교법인이 정관으로 정하여진 설립 당초의 이사를 잇는 다음 차례의 후임이사들을 자율적으로 선임할 자유를 포함한다. 구 사립학교법은 설립자로 하여금 정관을 작성하도록 하면서 그 정관에 학교법인의 설립 당초의 이사를 정하도록 하고(제10조 제2항) 그 이사회가 그 후의 이사를 선임하도록 하여(제16조 제1항 제4호, 제20조) 최초의 이사회로부터 차례로 다음 이사회를 구성하는 이사들을 선임하도록 함으로써 이러한 자유를 법률로써 구체화하고 있다. 이 점에서 학교법인은 사단법인 및 다른 재단법인과 구분되는 특수성을 갖는다. 즉, 의사결정기구로서 이사회만을 두고 있다는 점에서 이사회 외에 최종적인 의사결정기구로서 사원총회를 두고 있는 사단법인과 차이가 있고, 이 점은 사원이 없는 다른 재단법인과의 공통점이지만, 학교법인의 경우 최초 이사가 설립자에 의하여 직접 정관에 규정되도록 되어 있다는 점에서 다른 재단법인의 경우와도 다르다는 점에 주목할 필요가 있다.
 그런데 관할청이 취임승인한 이사에 대하여 사후에 취임승인을 취소하는 행위(구 사립학교법 제20조의2 참조), 이로 인하여 이사가 결원된 경우에 교육인적자원부장관이 임시이사를 선임하는 행위(구 사립학교법 제25조 참조), 위 임시이사로 구성된 이사회에서 정식이사를 선임하는 행위 등은 모두 학교법인의 자기결정의 자유를 타율적으로 제한한다. 이때 설립자로부터 연유하는 학교법인의 정체성은 종전이사에까지 승계된 후 정지된 상태로 남아 있어 그가 여전히 학교법인의 정체성을 대변할 지위에 있다고 볼 수 있다. 새로이 정식이사를 선임하는 행위는 학교법인의 정체성을 대변할 지위를 승계할 자를 정하는 행위이다. 그러므로 정식이사를 선임할 권한이 없는 임시이사로 구성된 이사회에서 정식이사를 선임하는 위법행위를 하고 이로 인하여 헌법과 법률이 정하지 아니한 방법으로 학교법인의 정체성에 대한 자기결정의 자유를 제한하는 결과를 초래하는 경우에 종전이사는 학교법인의 이익을 대변하여 위 제한의 위법성 여부를 다툴 이해관계를 갖는다. 또한, 종전이사는 비록 위 결의의 시점에는 이미 이사의 지위에 있지 않다는 점에서 개인적으로는 위 결의의 영향을 받지는 않는다고 할 수 있으나, 학교법인의 정체성의 대변자라는 측면에서 위 결의의 직접적인 영향을 받는 것이다. 
 사학 운영에 관한 법의 이념 역시 이러한 해석을 뒷받침한다. 즉, 사학 운영에 관한 법의 이념은 구 사립학교법 제1조가 선언하고 있듯이 사립학교의 특수성에 비추어 그 자주성을 확보하고 공공성을 앙양함으로써 사립학교의 건전한 발달을 도모하는 데 있다. 여기서 사립학교의 특수성이란 국가와 지방자치단체가 아닌 학교법인이나 사인이 설립·운영하는 학교라는 법적 성격과 독자적인 건학 정신, 전통 및 학풍을 가지고 있음을 지적하는 것이다. 전통적으로 사립학교와 관련하여 설립자의 건학 정신이 강조되고 독특한 전통과 학풍이 존중되는 것은 이러한 의미에서이다. 물론, 반대의견이 지적하는 바와 같이 정관을 통하여 설립자의 건학 정신이나 설립목적이 조문화될 수 있음은 물론이다. 그러나 설립자의 설립목적이 항상 완전히 조문화되는 것도 아닌데, 이 점은 종래 학교법인의 설립자들이 스스로 이사회에 참여하거나 또는 자신과 뜻을 같이하는 사람을 이사회에 참여시키고 이후 그 이사들이 참여한 이사회를 통하여 같은 자격을 갖춘 후임이사가 선임되리라는 기대를 하고 있어서 굳이 정관에 그 내용을 담아둘 필요성을 느끼지 못하였기 때문이라고 봄이 상당하다. 그리고 설립목적에 관하여 정관에 규정을 둔다 한들 사후에 임시이사들 또는 반대의견에 의할 경우 적법하다고 인정되는 임시이사들에 의하여 선임된 정식이사들에 의하여 변경 불가능하다고까지 해석하지 않는 이상 그 자체로 완전한 보장책이 되지 못하는 한계는 여전히 남는다. 따라서 정관에 설립목적에 관한 구체적인 정함이 없다는 이유로 이사 제도의 본질을 달리 볼 수는 없고, 또한 반대의견의 주장처럼 정관에 의하여도 임시이사의 권한에 대한 통제가 가능하다고 본다 하더라도 법률의 규정에 의하여 주어진 임시이사의 권한을 통상적인 학교법인의 운영을 예정하여 규정한 정관에서 어느 정도나 제한할 수 있겠는가에 관하여 의문이 제기될 수 있으므로, 정관의 구체적인 규정을 상정할 필요 없이 법률의 해석상 임시이사에게 주어진 권한이 어디까지인가를 명확히 할 필요가 있는 것이다. 그리고 다수의견은, 앞서 본 바와 같이 정관에 의하여 정하여진 설립 당초의 이사 그리고 그 이후에는 차례로 선임되는 후임이사들에 의하여 순차적으로 학교법인의 설립목적이 구현된다는 입장일 뿐, 이와 달리 설립자나 그 상속인이라는 이유만으로 항구적으로 학교법인의 정체성을 대변한다거나 이사회결의와 관련하여 이해관계를 가진다고 풀이하는 것도 아니다. 그러므로 종전이사가 이 사건 이사회결의에 대하여 법률상 이해관계를 갖는다고 본다면 설립자 또는 그 지위 승계자 역시 마찬가지로 보아야 한다는 반대의견의 비판은 이사 제도의 본질에 관한 다수의견의 입장을 다소 오해한 데에서 비롯된 것으로 보인다.
 그리고 이 사건의 사실관계와 관련된 내용으로서, 먼저 원고들이 이미 오래전에 정식이사의 직을 스스로 사임하였고 원고 4를 제외한 나머지 원고들은 이사취임승인이 취소되었음을 지적하는 반대의견의 주장에 관하여 살펴본다. 원심이 적법하게 인정한 사실관계에 의하면, 원고들은 1993. 5. 1. 이사회에서 후임이사들을 선임하고 동시에 전원 사임을 의결하였는데 그렇게 선임된 자신들의 후임이사들에 대하여 당시 관할청은 승인을 거부하고 나아가 원고 4를 제외한 나머지 원고들에 대한 1990. 6. 9. 자 이사취임승인처분을 취소하기까지 하였다는 것인바, 이처럼 자신들의 후임이사가 선임되어 정상적으로 취임하는 것을 전제로 사임하였는데 후임이사들이 취임하지 못한 상황에서는 원고들이 스스로 설립 목적의 실현자로서의 지위를 포기함으로써 상실한 것이라고 평가할 수는 없다. 또한, 이사취임승인처분의 취소가 있었다 하여 그 사유의 내용 및 경중을 가리지 아니한 채 무조건 신뢰관계가 파괴되어 학교법인의 업무를 수행하게 함이 부적당하다고 단정할 수도 없을 뿐만 아니라, 개별적으로 살펴보더라도 우선 원고 4의 경우에는 그 취임승인처분이 취소된 바 없이 임기가 만료된 바 있으므로 신뢰관계가 파괴되었다고 할 수 없음이 명백하고, 나머지 원고들의 경우에도 당시 관할청이 취소한 것은 그들에 대한 연임결의에 기한 1990. 6. 9. 자 이사취임승인처분이었으므로, 그 전임자로서의 지위의 근거가 되는 이사취임승인처분까지 취소된 것이 아닌 이 사건의 경우 전임자의 지위에서 이 사건 소송을 제기하는 데에 연임결의의 하자 기타 연임 이후 발생한 사정이 그 자체로 장애사유가 된다고 할 수는 없다.
 그리고 반대의견의 주장처럼 원고들이 임시이사의 선임청구 및 해임신청권을 보유하는 이해관계인에 해당한다는 점에 기대어 원고들에게 이 사건 이사회결의의 무효 확인을 구할 법률상 이해관계가 인정된다는 논거를 끌어내려고 하는 것이 다수의견이라고 이해하는 것도 잘못이다. 왜냐하면, 다수의견은 원고들에게 경우에 따라 임시이사 선임청구권 및 해임신청권 그리고 이 사건 이사회결의의 무효 확인을 구할 법률상 이해관계가 인정될 수 있는 것이 모두 종전이사라는 원고들의 지위에서 비롯된다는 공통점이 있음을 지적하는 것뿐이기 때문이다. 이 부분 반대의견의 가정적 주장도 다수의견에 대한 오해에서 비롯된 것이다. 
확인의 소에 있어서 ‘법률적 사항 내지 법률관계’에 관한 ‘확인의 이익’을 요구하는 것은 국민에게 재판청구권을 인정하면서도 남소를 억제하여 재판제도가 합리적이고 효율적인 분쟁해결수단으로 자리할 수 있도록 하기 위함이다. 따라서 확인의 이익의 문제는 국민의 재판청구권의 행사와 밀접한 관계를 갖게 되며, 국민의 재판청구권을 합리적인 범위 내에서 확대해 나아가는 노력이 필요하므로, 확인의 이익에 관한 종래의 경직된 태도를 시정할 필요가 있다. 대법원의 최근 판례도 이러한 방향으로 나아가고 있다. 임시이사들에 의한 정식이사 선임에 대하여 종전이사들이 문제를 제기하며 법원의 판단을 구하여 온 이 사건에서, 종전이사들에게 확인의 이익을 부정함으로써 사실상 제기된 문제에 대하여 법적 판단의 길을 원천적으로 봉쇄하여 버리는 것이 과연 올바른 재판권의 행사인지, 이 점에서도 반대의견에 대하여 의문을 갖지 않을 수 없다. 반대의견은 종전이사들에게 확인의 이익을 인정하는 것과 같은 우회적인 방법 대신 이사취임승인이 취소된 이사들에게 이사취임승인 취소처분에 대한 행정소송에서의 소의 이익을 넓혀 주는 원칙적인 방법으로 권리회복이 가능하므로 그와 같은 방법으로 문제를 해결하면 된다고 지적하기도 한다. 그러나 실무상 이사 전원에 대한 취임승인 취소처분에 뒤이어 임시이사들이 선임되는 사례가 많다고 알려져 있기는 하지만 이 사건에서의 원고 4의 경우처럼 이사취임승인의 취소처분 없이 임시이사가 선임되는 사례도 있을 수 있고, 이 사건에서 소의 이익을 인정받고자 하는 나머지 원고들도 이사취임승인이 유효하게 취소된 상태인 당해 이사들의 지위가 아니라 그 전임자의 지위에서 소를 제기하는 것일 뿐만 아니라, 이사취임승인 취소처분이나 그에 뒤이은 임시이사 선임처분의 취소를 구하는 행정소송과 임시이사 선임사유가 종료한 때에 임시이사들로 구성된 이사회에서 정식이사를 선임하는 내용의 이사회결의의 적법성을 다투는 민사소송은 분쟁의 단계, 소송의 주체 및 목적 그리고 심판의 대상 등을 달리하는 전혀 별개의 소송으로서 상호 대체성을 가진 것으로 볼 수 없어서, 어느 것이 원칙적인 방법이고 어느 것이 우회적인 방법인지를 따지는 것은 적절하지 않다.
 다. 다음으로, 임시이사의 정식이사 선임권한과 관련하여 살펴본다. 
 반대의견은 다수의견이 법률의 해석과 관련하여 입법행위에 버금가는 월권행위를 한다거나 합헌적 법률해석의 범위를 벗어나는 무리한 해석을 한다고 주장한다. 그러나 이러한 견해에도 동의할 수 없다. 
 현행 사립학교법 제25조의3은 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화를 위한 정식이사의 선임방법에 관하여 명문의 규정을 두고 있으나 구 사립학교법은 이에 대하여 직접적인 규정을 두지 아니하였으므로, 구 사립학교법하에서 학교법인의 정상화를 위한 정식이사의 선임방법은 구 사립학교법을 비롯한 관련 법령의 합리적인 해석을 통하여 밝힐 수밖에 없다는 점에 대하여는 반대의견도 기본적으로 동의하는 듯하다. 그런데 여기서 중요한 점은, 헌법은 국가의 최고규범으로서 법률해석의 기준이 되므로 어떠한 법률조항에 대하여 그 문언상 위헌적인 해석과 합헌적인 해석의 가능성이 모두 열려 있는 경우 법원으로서는 마땅히 위헌적인 해석을 배제하고 합헌적인 해석을 함으로써 가능한 한 법률조항을 유효하게 유지할 의무가 있다는 사실이다. 이사회의 권한에 관한 일반규정인 구 사립학교법 제16조 제1항 제4호는 이사회가 임원의 임면에 관한 사항을 심의·의결한다고 하여 후임이사의 선임권이 이사회에 있음을 규정하면서 위 이사회의 범위에 관하여 특별한 제한을 두고 있지는 아니하다. 반대의견은 이 조항을 비롯하여 구 사립학교법 어디에도 임시이사로 구성된 이사회가 임원의 임면을 결의할 수 없다는 취지의 규정을 찾아볼 수 없다는 전제하에, 결론적으로 정상화시에도 이 규정이 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 합헌적 법률해석에 의할 경우 다음과 같이 위 이사회에는 임시이사로 구성된 이사회가 포함되지 않는다고 해석함이 상당하며, 이와 같이 합헌적 법률해석이 가능함에도 불구하고 이를 거부하여 위헌적인 상태를 초래한다는 것은 앞서 본 법률해석의 기본 원칙에 반한다.
 앞서 다수의견이 적절히 밝힌 바와 같이, 학교법인의 의사가 반영되지 아니한 채 타율적인 방식으로 이루어진 임시이사 선임에 의하여 강제적으로 정지되어 있던 학교법인의 설립 및 운영의 자유, 그리고 학교법인의 정체성은 임시이사 선임사유가 종료됨에 따라 회복되어야 함에도 불구하고, 임시이사가 이와 같은 사정을 전혀 고려하지 아니하고 정식이사를 선임한다면 이는 학교법인의 정체성의 단절을 가져와 학교법인의 설립 및 운영의 자유가 영구적으로 박탈되어 형해화하는 결과를 초래하므로, 학교법인의 설립 및 운영의 자유에 대한 본질적인 침해 문제가 제기될 수 있다. 
 나아가, 본질적 내용이 침해된다고까지 하지 않더라도 학교법인의 정체성의 단절을 초래할 수 있는 그와 같은 정상화 방법은 비례의 원칙에 위배되어 위헌 상태에 이를 수 있다. 학교법인의 자기결정의 자유가 경우에 따라서 다소 제한될 수 있다는 점은 얼마든지 수긍할 수 있기 때문에, 오로지 종전이사만이 정식이사를 선임할 수 있고 그 외에는 모두 헌법에 위반된다고 할 수는 없다. 반면, 임시이사 선임 이전의 학교법인의 정체성의 승계 내지는 회복에 관한 의견을 반영하는 절차적인 고려 없이 임시이사만으로 구성된 이사회에서 새로운 정식이사를 선임하는 것은 학교법인의 자유를 제한하는 방법 중 가장 중대한 것인바, 임시이사 체제의 운영 결과 학교법인을 정상화하는 시점에서는 그보다 완화된 방법에 의하더라도 사립학교의 공공성을 확보하고 학교법인을 정상화할 수 있는 여지가 충분히 있을 것이므로 피해의 최소성을 갖춘 방법이라고 할 수 없을 뿐만 아니라, 학교법인의 자기결정의 자유를 제한함으로써 학교법인을 정상화시킨다는 공익을 고려하더라도 그 제한되는 설립 및 운영의 자유가 워낙 커서 법익 사이의 균형을 갖추지 못하므로 비례의 원칙에 위배될 수 있기 때문이다. 
 그러므로 만일 구 사립학교법 제16조 제1항 제4호의 이사회에 임시이사만으로 구성된 이사회가 포함된다고 이해하고 이에 따라 이러한 이사회도 정식이사로 구성된 이사회와 마찬가지로 아무런 제한 없이 새로운 정식이사를 선임할 수 있다고 해석한다면, 이는 학교법인의 설립 및 운영의 자유를 위헌적으로 침해할 수 있는 방법을 허용하는 것으로서 합헌적 법률해석의 견지에서 허용될 수 없다.
 또한, 다수의견의 입장은 법률 조항의 흠결시 법률문제를 해결하기 위한 사법 해석의 일반 원칙에 충실한 것이기도 하다. 민법 제1조는 "민사에 관하여 법률에 규정이 없으면 관습법에 의하고 관습법이 없으면 조리에 의한다."라고 규정하고 있고, 여기서 조리라 함은 사물의 본성을 말하며 흔히 사물·자연의 이치, 사물의 본질적 법칙, 사람의 이성에 기하여 생각되는 규범 등으로 표현된다. 우리 민법은 이처럼 법률과 관습법이 존재하지 않는 경우 조리에 대하여 보충적인 법원성을 인정하고 있고, 이는 성문법주의하에서 법률의 흠결이 불가피하다는 고려에 기인하는 것으로 이해할 수 있다. 돌이켜 이 사건의 경우를 보면, 구 사립학교법상 임시이사가 파견된 사립학교의 정상화방안에 대하여 법률에 흠결이 있는 셈이고, 이 때 관계 법령인 구 사립학교법의 규정 취지와 함께 관련된 사물의 본성, 즉 학교법인이나 이사 제도의 본질에서 그 해답을 찾고자 하는 것은 보충적 법원으로서 조리를 원용하는 것과 다름없어서 민법 제1조의 일반 원칙에 부합하는 것이기도 하다. 
 그리고 반대의견에서 언급하는 정상화 방법에 관한 이른바 ‘사실적 관행’에 대하여도 살펴볼 필요가 있다. 원심이 인정한 바에 의하자면, 피고 학원의 정상화 방법을 둘러싸고 원고들과 관할청 등 사이에 분쟁이 생기기 이전에는 종래 관할청은 행정지도의 형식으로 임시이사로 하여금 종전이사들을 정식이사로 선임하는 결의를 하게 하거나, 학교법인의 부채가 많아서 문제가 발생하였던 경우에는 설립자 또는 종전이사들의 양해 아래 학교법인의 부채를 인수하는 자를 정식이사로 선임하는 등 사실상 종전이사들과의 실질적 협의를 거쳤었다는 것이므로, 이 사건 이사회결의 당시의 상황은 그 이전의 ‘사실적 관행’과 배치되는 사정이 있었다고 볼 수 있다. 즉, 종전에는 아무런 제한 없이 임시이사에 의하여 정식이사를 선임할 경우에 예상되는 위헌적인 상태를 염려하여 이를 해소하기 위하여 여러 이해관계인들의 이해를 적절히 조정하기 위한 노력이 반영되고 있었고 그 결과 분쟁이 발생하지 아니하여 소송에 이르지 아니하였던 것과 달리, 이 사건에서는 이해관계인들의 이해조정에 실패하여 소송에 이른 이상 헌법과 구 사립학교법의 원칙에 충실하게 해석하여야 할 것이며, 다른 한편으로 이 사건의 소송 결과를 가지고 종전에 정상화된 학교법인에 관한 법률관계에 대하여 일률적으로 논의하는 것은 적절하지 않다. 
 반대의견은, 학교법인의 기본권 침해 여부와 관련하여, 임시이사는 구 사립학교법상의 해산에 갈음하여 학교법인을 정상화시키기 위하여 구 사립학교법이 특별히 규정하고 있는 제도이어서 공공성의 측면에서 정당화될 수 있다는 점도 지적한다. 그러나 구 사립학교법의 관련 규정을 대조하여 보면 임시이사 선임사유와 해산명령의 사유는 서로 상이하고 또한 법률이 정하는 절차 및 효과 면에서도 차이가 있음을 알아볼 수 있는바, 임시이사를 선임하는 조치를 취한다는 것은 해산명령을 할 정도에 이르지 아니함을 전제로 하는 것인데 해산명령을 이용하여도 좋다거나 이를 고려하여야 한다는 점에서 임시이사 제도의 정당성을 찾는 것은 균형에 맞지 않는 측면이 있다. 만약, 해산명령이 필요할 정도인 학교법인에 대하여 이사 전원의 취임승인을 취소하고 전원 임시이사를 선임하여 그들로 구성된 이사회에서 정식이사를 선임하게 하는 정상화 방법을 거친다고 한다면, 복잡한 해산절차를 밟지 않고도 해산과 같은 부수적인 효과의 발생을 얻을 수 있다 할 것이지만, 이는 법률이 정한 해산절차를 형해화시키고 임시이사 제도를 편법적으로 이용하는 것과 다름없어 그 자체로 온당하지 못한 일이라 할 수 있을 뿐 아니라, 해산명령시 필수적으로 거쳐야 하는 청문절차, 잔여재산의 귀속 등과 같이 해산절차에서 요구되는 이해관계의 조정절차를 배제하는 결과가 되어 또 다른 문제를 낳는다 할 것이다.
 또한, 임시이사 선임 단계와 정상화 단계 사이에는 그 권리보호의 요건과 효과 면에서 큰 차이가 있다. 즉, 임시이사 선임 단계에서 그 선임사유가 있는지의 여부를 다투는 것과 정상화절차를 누가, 어떻게 수행하는 것이 옳은가의 문제는 전혀 다른 문제이고, 특히 학교법인의 기본권 침해 정도의 측면에서 보면 양자 사이에 근본적인 차이가 있다는 점은 앞서 다수의견이 적절히 지적한 바와 같다. 그리고 만약 이와 같이 단계별로 차별화된 고려를 할 필요가 없다면, 구 사립학교법 제25조 제1항 소정의 사유가 발생하였을 때 교육인적자원부장관이 애당초 임시이사를 선임하도록 할 것이 아니라 바로 정식이사를 선임하는 입법 방식을 취하였을 터인데 그렇게 하지 아니하였고, 이는 현행 사립학교법의 경우도 마찬가지이다. 여기서 임시이사의 선임행위 자체에 학교법인의 정상화라는 목적을 위한 정식이사의 선임이 예정되어 있다고 볼 수 있다는 반대의견의 지적이 구 사립학교법과 잘 들어맞지 않는다는 점을 쉽게 알아볼 수 있다. 그리고 전체적으로 반대의견의 입장은 구 사립학교법하에서 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화와 관련하여 종전이사들의 의견을 반영하는 방법이 적절하지 않다는 것처럼 보이고, 그 바탕에는 종전이사들의 의견을 반영하는 방법으로 선임된 이사가 학교법인을 운영할 수 있는 적임자가 아닐 것이라는 예단 때문이 아닌가 생각되기도 한다. 그러나 여기서 종전이사들은 정상적으로 취임하였다가 임기 만료와 같은 통상적인 사유로 임기를 마친 최후의 퇴임이사들을 의미하는데, 학교법인의 이익을 대변할 수 있는 최후의 지위에 있었던 그들이 임시이사 선임사유가 해소되는 때에 학교법인의 설립목적에 충실하게 학교법인을 운영할 수 있는 적임자가 정식이사로 선임될 수 있도록 노력한다면 이를 배제할 이유가 없다. 만약, 이들의 의견을 반영하는 방법으로 선임된 사람이 적임자가 아니라면 관할청은 구 사립학교법에 정해진 바에 따라 그들의 이사취임승인을 거부할 수 있고 또한 승인한 후라도 그 승인취소사유가 존재하는 경우 그 승인을 취소하는 방법으로 얼마든지 견제할 여지가 있기 때문이다. 이 점을 생각해 보더라도, 학교법인의 자율성을 고려할 경우에 문제가 생길 수 있다는 이유로 자율성을 완전히 배제하기보다는 학교법인의 자율성을 존중하면서도 이를 적절히 견제함으로써 서로 조화를 이루도록 하는 방법이 더 합리적이고 헌법합치적인 해석이라는 점을 강조하지 않을 수 없다.
 라. 사립학교가 공공적 성격을 갖는다는 것은 국민의 교육받을 권리를 보장하는 기관으로서 공교육기관의 하나라는 점을 말하는 것과 같다. 앞서 본 바와 같이 구 사립학교법에서 공공성을 앙양하라고 하는 것도 사립학교가 교육이라는 공공적 가치에 이바지한다는 점을 강조한 것이라 할 것이다. 그러나 운영주체의 선정과 관련한 국가 기타 외부의 참여를 지나치게 확대하는 것, 심지어 학교법인 자체의 사법인으로서의 본질 및 정체성을 외면하는 것은 자칫 이러한 공공성의 요청을 왜곡하는 결과를 낳을 수 있다. 다수의견은 학교법인을 단순히 설립자나 그 이사들의 사유재산으로 보고자 하는 시각에서 비롯된 것이 결코 아니다. 오히려 국민의 교육받을 권리를 제대로 보장하기 위해서는 학교법인 자체의 사법인으로서의 정체성과 자주성을 확보하는 것이 중요하고 그것이 헌법 정신에 부합하므로, 공공성을 추구한다고 하더라도 학교법인의 자주성을 침해하지 않고 서로 적절히 조화를 이루도록 하여야 한다는 점을 강조하는 입장이라고 이해함이 타당하다. 누구든지 최소한의 필요요건을 갖춘 사람이면 특성 있는 학교들을 자유롭게 설립하고 자율적으로 운영할 수 있어야 학교 간의 선의의 경쟁을 통하여 교육 소비자인 학생들이 좋은 교육을 선택하여 받을 기회를 갖게 되고, 교육의 공공성도 이러한 경쟁과 선택을 배제하는 개념이 아닌 만큼 공공성을 지나치게 강조한 나머지 공공성이 추구하는 진정한 가치 그 자체를 훼손하여서는 아니 될 것이다. 
 요컨대, 이 사건의 핵심은 학교법인의 정체성과 자주성을 대변할 지위에 있는 자들의 의견을 완전히 배제한 채 임시이사들에 의하여 사립학교의 운영주체가 변경되어 버리는 결과를 그대로 용인할 것인가, 아니면 학교법인의 정체성과 자주성을 충분히 존중하되 필요에 따라 적절한 통제를 함에 그치도록 할 것인가에 있다. 일부에서는 이사들의 비리가 발생하였거나 경영상의 문제 등으로 학내 분규가 발생한 학교법인에 대하여는 운영책임을 물어 이사들의 취임승인을 취소하고 임시이사를 선임하는 제도가 정책적으로 반드시 필요하다고 주장한다. 그러나 설립의 인가 이외에 이사의 취임승인 및 그 승인취소제도와 함께 임시이사 제도를 사립학교 관련 법령에서 채택하고 있는 나라는 찾기 어렵다. 우리 구 사립학교법과 현행 사립학교법에 들어 있는 이들 조항은 일제 강점기에 민족 사학을 억압하기 위한 식민정책에서 그 연원을 찾을 수 있고, 5·16 직후인 1961년에 사립학교법의 전신이라 할 수 있는 교육에 관한 임시특례법에서 부활된 것이다. 이들 조항이 학교법인의 정체성과 자주성을 침해하는 방향으로 잘못 남용될 경우에는 그에 대한 적절한 사법적 통제가 행해져야 한다. 비리를 저지른 학교법인의 임원에 대하여 그에 합당한 민·형사상의 책임을 묻고 행정적 제재를 부과하는 것은 당연하지만, 이를 시정하기 위한 수단이 지나쳐 함부로 학교법인의 정체성까지 뒤바꾸는 단계에 이르면 앞서 본 바와 같이 위헌적 상태를 초래하는 것이 되어 허용될 수 없음이 당연하다. 이상과 같이 다수의견에 대한 보충의견을 밝혀 둔다. 
 6. 대법관 양승태의 다수의견에 대한 보충의견
 나는 대법관 김황식, 대법관 박일환의 보충의견을 모두 원용하면서 그에 추가하여 아래의 의견을 덧붙이고자 한다.
 비록 사립학교 제도에 교육의 공공성이 크게 강조되고 있다 하여도, 사학의 설립과 운영의 자유는 법률이 정하는 바에 따라 교육의 자주성을 보장하고 있는 우리 헌법(헌법 제31조 제4항)에 의해 보장된 기본적 권리이다. 사학은 그 설립자에 의해 설립됨으로써 건학 이념이 투영된 독자적이고도 자율적인 인격체로 성립되고, 그 자율성은 학교법인의 특성상 이사회라는 기관을 통하여 구체적으로 발현되고 유지·계승된다. 따라서 이사회의 구성과 조직을 당해 학교법인의 의사와는 관계없이 환골탈태할 수 있다면 이로써 사학의 자율성은 심각한 타격을 받아 헌법이 보장하는 교육의 자주성이 위태롭게 될 우려가 있다. 이러한 관점에서 사립학교법 제25조에 의해 교육인적자원부장관이 선임하는 임사이사 제도는 그 자체가 사학의 자율성에 대한 중대한 위험요소로 발전될 수 있고, 자유민주주의를 신봉하는 다른 나라에서 이러한 입법례가 드물다는 점은 바로 이와 같은 위험요소 때문이라고 생각된다. 그럼에도 불구하고, 우리나라에서는 사학의 불합리한 운영 행태가 적지 않게 사회문제로 불거져 온 그 간의 경험 등으로 인하여 교육의 공공성이 강조되면서 합리적인 범위 안에서 사학에 대한 조정과 견제가 필요하다는 데 공감대가 형성되어 임시이사 제도가 저항 없이 받아들여져 온 것으로 보인다. 그러나 사립학교법이 이러한 제도를 도입함에 있어서는 위 제도가 헌법이 보장하는 사학의 자주성을 해할 요소가 있다는 점을 직시하여 그 위험을 방지하기 위해 임시이사의 권한 범위나 그 임무 종료시의 복귀 방법 등에 관하여 상세한 규정을 두는 것이 필수적이라 할 것인데도 그에 관해 아무런 규정을 두지 않은 것은 큰 입법 불비라 할 것이다. 이러한 경우 위 법률을 해석함에 있어서는 사학의 존재 의의, 임시이사 제도의 취지 등에 관한 헌법 및 관련 법률 규정을 유추하여 가능한 범위 안에서 그 입법 불비를 최소화함으로써 조화롭고 합리적이며 합헌적인 의미를 도출하는 것이 법원에 부여된 의무일 것이다.
 나는 사학제도의 공공성과 이에 따른 사학에 대한 합리적인 견제 제도의 필요성에 대하여는 충분히 공감하는 바이나, 그러한 이유가 임시이사에게 정식이사를 선임할 권한을 부여하였다고 해석할 근거가 될 수 없음에 관하여 다수의견과 뜻을 같이 하면서, 특히 다음 몇 가지 논거를 더 생각해 볼 수 있다고 본다. 
 우선, 구 사립학교법 제25조에 의하면 임시이사는 조속한 시일 내에 임시이사 선임사유가 해소될 수 있도록 노력하여야 하고, 임시이사는 그 사유가 해소될 때까지 재임하되(제2항), 그 사유가 장기간 지속되는 경우에도 그 재임기간은 2년으로 하되 1차에 한하여 연임할 수 있다(제3항)고 규정되어 있는데, 임시이사로 하여금 정식이사를 선임할 권한을 주는 것은 결국 위 규정이 임시이사 재임기간의 기준으로 삼는 임시이사의 선임사유가 해소되었는지 여부의 판단 권한을 임시이사 자신에게 주는 셈으로서, 이는 아무 법적 근거도 없고 성질상 임시이사에게 그 권한을 부여하는 것이 매우 불합리하기도 하다. 또한, 국가권력이 파견한 임시이사에 의해 학교법인의 두뇌에 해당하는 이사회의 조직이 전면 개편될 수 있다면 결과적으로 국가가 간접적인 방법으로 사학을 접수하는 것이나 마찬가지로서 사학의 자율성은 근본적으로 훼손되고 말 것이므로 결국 헌법이 보장하는 교육의 자주성은 무너지고 말 것이다. 이 점에 관한 헌법 및 법률상의 논거에 관하여는 이미 다수의견과 대법관 김황식, 대법관 박일환의 보충의견에 자세한 설명이 있으므로 중언을 피하고, 다만 우리가 신봉하는 자유민주주의의 역사에서 도를 넘는 국가권력의 간섭은 항상 경계의 대상이 되어 왔고, 결과에 있어서도 효율적인 처방이 되지 못하는 경우가 대부분이었음을 부언하고자 한다. 나아가 학교법인에는 적지 않은, 때로는 막대한 기본재산이 있게 마련인데, 임시이사가 정식이사를 선임함으로써 사학의 운영 주체가 변경되는 것은 그 재산의 귀속 주체에 실질적인 변경이 있는 것이나 마찬가지로서 재산권 침해의 문제도 야기된다. 물론 그 기본재산은 개인의 재산이 아니라 학교법인의 소유로서 공적인 성격의 재산임에 다언을 요하지 아니하지만, 정부기관이 학교법인의 의사를 배제한 채 선임한 임시이사가 다시 정식이사를 선임하여 학교법인의 이사회를 전혀 새로이 구성할 수 있다면 과연 그 전후의 법인 사이에 동일한 정체성이 유지되는지 심히 의문이 아닐 수 없고, 이러한 경우 비록 그 재산의 소유자가 형식상 동일한 학교법인이라 하여도 실질적으로는 귀속주체가 달라진 것에 다름없다 할 것이니, 이러한 결과는 결국 헌법 제23조가 보장하는 재산권에 관한 침해로서 허용되어서는 아니 되는 것이다.
 이상의 이유를 임시이사에게 정식이사 선임권이 있다고 해석하여서는 아니 된다는 근거로 추가하고자 다수의견에 대한 보충의견을 밝히는 바이다.
 7. 대법관 이홍훈의 반대의견에 대한 보충의견
 대법관 이홍훈은 다음과 같이 반대의견을 보충하고자 한다.
 가. 우리 헌법 제31조 제4항은 "교육의 자주성·전문성·정치적 중립성 및 대학의 자율성은 법률이 정하는 바에 의하여 보장한다."라고 규정하고, 교육기본법 제5조 제1항은 "국가 및 지방자치단체는 교육의 자주성 및 전문성을 보장하여야 하며, 지역의 실정에 맞는 교육의 실시를 위한 시책을 수립·실시하여야 한다."라고 규정하는 한편, 사립학교법 제1조는 "이 법은 사립학교의 특수성에 비추어 그 자주성을 확보하고 공공성을 앙양함으로써 사립학교의 건전한 발달을 도모함을 목적으로 한다."라고 규정하여, 교육의 자주성이 보장됨을 선언하고 있다. 
 그리고 앞서 본 바와 같이 헌법 제31조 제4항은 ‘대학의 자율성’이 보장된다고 규정하고, 교육기본법 제5조 제2항은 "학교운영의 자율성은 존중되며, 교직원·학생·학부모 및 지역주민 등은 법령이 정하는 바에 의하여 학교운영에 참여할 수 있다."라고 규정하여, 대학 및 학교운영의 자율성 보장에 관하여 규정하고 있다.
 위와 같은 교육의 자주성 및 학교운영의 자율성 보장의 원칙은 이른바 교육자치의 보장을 의미하는 것인데, 위 헌법 및 법률의 관련 규정을 종합하면, 교육자치란 교육공동체인 학교에서 교육 및 학교생활에 관련된 사항이 교육의 주체인 교직원, 학생, 학부모 및 지역주민 등의 참여하에 외부의 부당한 간섭이 없이 자치적으로 결정되고 수행되도록 하는 것을 말하며, 이는 최대한 존중되어야 마땅할 것이다.
 나. 그러나 다른 한편으로 헌법은 제31조 제1항에서 "모든 국민은 능력에 따라 균등하게 교육을 받을 권리를 가진다."라고 규정하고, 같은 조 제3항, 제5항, 제6항에서 "의무교육은 무상으로 한다.", "국가는 평생교육을 진흥하여야 한다.", "학교교육 및 평생교육을 포함한 교육제도와 그 운영, 교육재정 및 교원의 지위에 관한 기본적인 사항은 법률로 정한다."라고 규정하며, 교육기본법 제9조 제2항은 학교는 공공성을 가진다고 규정하고, 같은 법 제11조 제1항은 국가 및 지방자치단체에게 학교를 설립·경영할 의무를 부과하는 한편, 사립학교법 제1조는 사립학교의 공공성을 앙양함으로써 그 건전한 발달을 도모하여야 한다고 규정하고 있다. 위 규정들을 통하여 우리 헌법 및 법률은 국민에게는 천부적으로 교육을 받을 권리가 있고, 국가는 이를 위하여 교육제도를 운영할 책임이 있으며, 교육에는 공공성이 있음을 분명히 밝히고 있다. 
 이에 따라 교육 및 사립학교 관계 법령은, 교육의 다양성과 창의성을 지향하는 사립학교의 특수성을 존중하면서도, 사립학교는 국가나 지방자치단체의 위임을 받아 공교육의 일익을 담당하는 교육기관으로서 공공성이 있으므로 그 운영 주체에 대하여 교육목적에 적합하게 사립학교를 설치·경영할 의무를 부과하고 그에 따라 엄격한 통제를 하고 있다. 정규의 사립학교는 원칙적으로 학교법인만이 설치·경영할 수 있도록 규정하여(사립학교법 제3조) 사립학교와 그 설립자의 연관성을 단절시킴으로써 사립학교가 사적 지배의 대상으로 전락하는 것을 방지하는 한편, 학교법인의 설치·운영에 있어 민법상의 재단법인보다 높은 공익적 통제를 가하여 학교교육이라는 그 본래의 설립목적에 적합한 형태로 운영되는 것을 확보하기 위하여 필요한 여러 가지 제도적 장치를 마련하고 있다. 학교법인의 이사는 엄격한 자격요건을 구비하여야 하고, 이사의 취임에는 민법상 재단법인의 이사취임과 달리 관할청의 취임승인이 필요하며 취임승인을 받은 이후라도 일정한 사유가 발생하면 관할청이 취임승인을 취소할 수 있도록 규정되어 있다. 이는 학교법인의 이사에게 국가공무원에 준하는 청렴성과 함께 관련 법률과 정관에서 정한 의무의 준수를 요구하고, 그러한 의무를 준수하지 아니할 경우 엄격한 통제를 가하여 학교법인이 설립목적에 적합하게 운영되도록 제도적으로 보장하려는 것이다.
 따라서 사립학교에서의 교육의 자주성 및 학교운영의 자율성은 교육의 공공성에 저촉되지 아니하는 한도 내에서만 존중될 수 있는 것이라고 보아야 한다.
 다. 학교법인은 정관을 가진 독립된 재단법인이다. 사립학교에서의 교육의 자주성 및 학교운영의 자율성은 교육의 주체인 교직원, 학생, 학부모 및 지역주민 등이 같이 참여하여 그 학교법인의 정관에 담겨 있는 설립목적과 교육 이념 및 목적의 취지에 맞게 학교법인을 운영함으로써 실현되는 것이지, 설립자나 그의 영향력하에 임명된 이사가 학교법인의 운영에 참여할 것을 보장함으로써 확보되는 것은 아니다. 설립자나 그의 영향력하에 임명된 이사가 순차적으로 후임이사들을 선임하여 나아가야만 학교법인의 설립목적이 영속성 있게 실현되는 것이며, 그것이 학교법인의 이사 제도의 본질인 것이자 사립학교에서의 교육의 자주성 및 학교운영의 자율성에 부합하는 것이라고 해석하는 것은, 개인이 직접 정규의 사립학교를 설립하는 것을 원칙적으로 금지하고 학교법인을 별도로 두어 그 정관에 정해진 교육 이념과 목적에 따른 교육이 실시되도록 하여 사립학교와 그 설립자의 연관성을 단절시킴으로써 사립학교가 사적인 인적 지배나 재산권의 대상으로 전락하는 것을 방지하는 한편, 교직원, 학생, 학부모 및 지역주민 등이 법령에 정하는 바에 의하여 학교운영에 참여할 수 있도록 함으로써, 교육의 자주성 및 전문성을 보장하고 아울러 교육의 공공성을 확보하려는 우리 헌법의 정신을 무시하는 위헌적인 해석이라고 아니 할 수 없다.
 라. 학교법인의 이사는 선량한 관리자의 주의의무로써 학교법인의 정관에 따라 업무를 처리하여야 하는 수임자의 지위에 있는 것이고, 사립학교에서의 교육의 자주성 및 학교운영의 자율성은 그 이사들이 정관의 취지에 따라 자주적이고 자율적으로 각자의 임무를 충실히 함으로써 달성되는 법리인 것이다.
 마. 우리의 법제는, 공익법인에 관하여는 공익법인의 설립·운영에 관한 법률을 별도로 두어 재단법인 또는 사단법인에 관한 민법의 규정을 보완하도록 함으로써 그 공익성을 유지하며 건전한 활동을 할 수 있도록 하고 있는 한편(공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제1조), 공익법인 중 학교법인에 관하여는 사립학교의 자주성을 확보하고 공공성을 앙양하여 그 건전한 발달을 도모하기 위하여 사립학교법에 더 엄격한 규정들을 두고 있다(사립학교법 제1조).
그런데 우리 헌법과 구 사립학교법뿐만 아니라 공익법인의 설립·운영에 관한 법률의 그 어디에도 구 사립학교법 제25조 제1항에 의하여 교육인적자원부장관이 선임한 임시이사의 권한을 정식이사의 권한보다 제한하는 규정은 전혀 두고 있지 아니하다. 그러므로 법의 일반 원칙에 따라서 구 사립학교법상의 임시이사는 민법상의 임시이사와 마찬가지로 정식이사와 동일한 권한을 가진다고 해석되어야 한다. 이와 같은 해석은 사립학교의 공공성 및 그 건전한 발달을 도모하기 위한 사립학교법의 입법목적과도 부합할 뿐만 아니라, 사립학교에서의 교육의 자주성 및 학교운영의 자율성에도 맞는다고 할 것이다. 구 사립학교법상의 임시이사는 정식이사와 완전히 동일한 권한을 가지게 됨으로써 학교법인의 정관 및 그 교육 이념과 목적에 따라 더 자주적이고 자율적으로 사립학교를 운영할 수 있을 것이기 때문이다.
 바. 우리 법제는 사립학교에 관하여 위와 같이 엄격한 규정들을 두고 있으므로 만약 사립학교의 임시이사의 권한에 제한이 필요하다고 생각하였다면 그에 관한 명시적인 규정을 두었을 것이다.
 다수의견은, 사립학교의 임시이사 선임사유가 해소된 경우의 정상화 방법에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하던 구 사립학교법하에서는 민법의 일반 원칙으로 돌아와 해결함이 상당할 것이라고 한다. 민법 제63조는, "이사가 없거나 결원이 있는 경우에 이로 인하여 손해가 생길 염려 있는 때에는 법원은 이해관계인이나 검사의 청구에 의하여 임시이사를 선임하여야 한다."라고 규정하고 있는데, 다수의견은 이 규정을 유추적용하여 해결하자는 취지로 보여진다. 좀더 자세히 말하면, 민법 제63조에 의하여 법원이 임시이사를 선임하면 그 임시이사는 정식이사를 선임할 수 있는 권한을 가지는 임시이사가 되므로 그들로 하여금 정식이사를 선임하도록 하여 사립학교를 정상화시키자는 견해로 보인다.
 그러나 구 사립학교법 제27조 본문은 "민법 제59조 제2항·제61조·제62조·제64조 및 제65조의 규정은 학교법인의 이사장과 이사에게 이를 준용한다."라고 규정하여, 민법 제63조를 준용대상에서 명시적으로 제외하고 있으므로, 다수의견과 같은 해석은 무리한 해석이라고 하지 아니할 수 없다. 
구 사립학교법 제25조에 의하면, 임시이사는 교육인적자원부장관이 임명하도록 되어 있다. 그런데 다수의견과 같이 보게 되면 교육인적자원부장관에게 있던 임시이사 선임 권한이 일부 법원으로 옮겨지게 된다. 헌법이 보장하고 있는 권력분립의 원칙에 비추어 볼 때 명시적인 입법적 근거도 없이 이러한 해석이 과연 가능한 것인지 심히 의문이다.
 나아가 구 사립학교법 제20조 제2항은 "임원은 관할청의 승인을 얻어 취임한다."라고 규정하고 있는바, 민법 제63조에 의하여 법원이 임시이사를 선임한 경우에도, 다시 구 사립학교법에 의하여 관할청의 승인을 얻어야만 취임할 수 있다고 해석하는 견해가 있을 수 있는 것이다. 그런데 구 사립학교법상 관할청은 교육인적자원부장관 또는 교육감이다(구 사립학교법 제4조). 만약, 관할청의 승인이 필요하다는 해석론을 취하게 되면, 다수의견과 같이 민법 제63조에 의하여 법원이 임시이사를 선임하더라도, 교육인적자원부장관의 승인을 얻어야 취임할 수 있다는 결과가 된다. 그렇게 되면 결국에는 교육인적자원부장관의 승인을 얻어야만 취임할 수 있는데, 그 임시이사가 처음부터 교육인적자원부장관에 의하여 선임된 임시이사와 무엇이 다르다는 것인지, 의문이라고 할 것이다.
 다수의견에 대한 보다 근본적인 의문은, 민법 제63조에 의하여 법원이 선임한 임시이사가 후임 이사를 선임하면 학교법인의 정체성과 자주성이 유지될 수 있고, 구 사립학교법에 의하여 교육인적자원부장관이 선임한 임시이사가 후임 이사를 선임하면 위 정체성과 자주성이 침해될 우려가 있다고 보는 점이다. 이와 같은 견해에 합리적인 근거나 법적인 정당성이 있다고 보기는 어렵다고 할 것이다(또한, 우리 헌법은 모든 국민은 능력에 따라 균등하게 교육을 받을 권리를 보장하고 있는데, 학교법인의 정체성에 대한 지나친 강조는 교육의 평등권을 보장하고 있는 헌법 정신에 위반될 우려도 있다).
 법은 정의에 대한 의지이고 정의에 봉사하기 위한 질서와 규칙이다. 법의 이념은 정의 이외의 다른 것이 될 수 없고, 모름지기 법을 해석함에 있어서는 법의 내용에 담긴 정의의 이념이 훼손되지 않도록 조심하여야만 한다. 우리 교육기본법은 교육의 이념을 홍익인간의 이념 아래 모든 국민으로 하여금 인격을 도야하고 자주적 생활 능력과 민주 시민으로서 필요한 자질을 갖추게 하여 인간다운 삶을 영위하게 하고 민주국가의 발전과 인류 공영의 이상을 실현하는 데 이바지하게 함을 목적으로 하는 것이라고 선언하고 있다(교육기본법 제2조). 이와 같은 교육의 이념, 그리고 앞서 본 교육의 공공성과 아울러 정의로운 법해석에 의한 법적 안정성 및 법적 정당성의 보장은 우리가 추구하여야 할 궁극적 가치 내지 정신이라는 점 등을 종합하여 생각하여 보면, 비영리 공익법인이면서 공법관계와 사법관계가 혼합되어 적용되는 특수법인인 학교법인의 임시이사에 대한 지위와 권한을 명시적인 법적 근거가 없음에도 불구하고 자의적인 해석에 의하여 제한하는 것은 법 해석의 한계를 일탈한 위법한 해석이라고 아니할 수 없다.
 사. 앞서 본 법리와 같이 학교법인의 임시이사들은 법령상의 제한이 없는 한 정식이사와 완전히 동일한 권한을 가지는 것이므로, 이 사건에서 피고 학원의 임시이사들이 피고 학원의 정상화를 위하여 정식이사들을 선임한 이사회결의는 적법하여 그 효력이 있다고 보아야만 한다. 
 아. 이상과 같은 이유로, 법적인 근거도 없이 구 사립학교법상 임시이사들의 권한을 제한하여 해석하려는 다수의견에는 동의할 수 없다. 

대법원장 이용훈(재판장) 고현철 김용담 김영란 양승태 김황식(주심) 박시환 김지형 이홍훈 박일환 김능환 전수안 안대희

[1] 구 사립학교법상의 절차에 따라 선임된 임시이사들이 그 선임사유가 종료한 때에 정식이사를 선임하는 내용의 이사회결의를 한 경우, 임시이사들이 선임되기 전에 적법하게 선임되었다가 퇴임한 최후의 정식이사들에게 위 이사회결의의 하자를 다툴 소의 이익이 있는지 여부(적극)
[2] 구 사립학교법상의 임시이사에게 정식이사를 선임할 권한이 있는지 여부(소극)

[1] [다수의견] (가) 일단 기존 정식이사의 퇴임이 확정되고 구 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호로 개정되기 전의 것)상의 절차에 따라 임시이사가 적법하게 선임되었다면 그 선임사유가 무엇이든 통상적인 업무에 관한 이사로서의 권한은 임시이사에게 속하게 되므로, 민법 제691조를 유추하여 그 퇴임이사에게 종전의 직무를 계속 수행한다는 차원에서 일반적인 사무를 처리할 권한으로서의 긴급처리권을 인정할 여지가 없고, 나중에 임시이사가 그 임무를 종료한다고 하더라도 그 시점에 이르러 과거에 퇴임하였던 이사에 대하여 그와 같은 긴급처리권이 새로이 부여된다고 할 수도 없으며, 일반적인 사무처리 권한 중 후임이사 선임 권한만을 분리하여 그에 관한 일종의 부분적인 긴급처리권이 인정되거나 새로 부여된다고 할 수도 없다. 따라서 학교법인의 경우 구 사립학교법상의 임시이사가 선임되기 전에 적법하게 선임되었다가 퇴임한 최후의 정식이사(이하 ‘종전이사’라고 한다)에게 민법 제691조를 유추한 긴급처리권이 있다거나, 나아가 이를 전제로 하여 구 사립학교법상의 임시이사들이 정식이사를 선임하는 내용의 이사회결의의 효력 유무를 다툴 소의 이익이 인정된다고 할 수는 없다. 
 (나) 그러나 종전이사에게 민법 제691조를 유추한 긴급처리권이 인정되지 않는다 할지라도, 위와 같은 이사회결의의 효력 유무를 다툴 소의 이익이 인정되는지 여부는 다른 각도에서 별도로 살펴 보아야 할 문제이다. 학교법인에게 인정되는 헌법상의 사학의 자유는 순차로 선임되는 관계에 있다는 점에서 연결선상에 있다고 볼 수 있는 이사들에 의하여 실질적으로 구현되는 것이고, 그 중 종전이사는 보통 학교법인의 자주성과 정체성을 확보하는 임무와 가장 근접한 위치에 있는 자라 할 수 있으므로, 이처럼 학교법인의 자주성과 정체성을 대변할 지위에 있다고 할 수 있는 종전이사로서는, 구 사립학교법 제20조의2 제1항에 의한 이사취임승인의 취소 등에 뒤이어 같은 법 제25조에 의하여 교육인적자원부장관이 선임한 임시이사들로만 구성된 임원진이 존재하다가 임시이사 선임사유가 해소된 경우, 자신이 정식이사로서의 지위를 회복하는지 여부 또는 스스로 새로운 정식이사를 선임할 권한이 있는지 여부와 관계없이 학교법인의 설립목적을 구현함에 적절한 정식이사를 선임하는 문제와 관련하여 직접적인 이해관계를 가지는 사람이라 할 것이다.
 (다) 결국, 종전이사들은 구 사립학교법상의 임시이사들이 정식이사를 선임하는 내용의 이사회 결의에 대하여 법률상의 이해관계를 가진다고 할 수 있으므로 그 무효 확인을 구할 소의 이익이 있다.
 [대법관 김영란, 박시환, 김지형, 이홍훈, 전수안의 반대의견] 
 (가) 학교법인의 설립자는 학교법인에 대한 관계에 있어서 그 설립목적을 담은 정관에 의하여 사학의 설립 및 운영의 자유 등을 실현하는 것이지 그 외의 다른 방법으로 학교법인 및 이를 운영하는 주체인 이사의 업무에 영향을 주어서는 안 될 것이고, 이사 역시 학교법인에 대한 관계에서 관계 법령과 위와 같이 설립자의 설립목적이 화체된 정관에 따라 선량한 관리자의 주의의무로써 업무를 처리하면 될 뿐 그 권한을 설립자로부터 위임받거나 설립자를 위하여 업무를 처리하여야 하는 것은 아니므로, 학교법인의 설립목적을 영속성 있게 실현되도록 하는 것이 이사 제도의 본질이라는 다수의견의 견해에는 찬성할 수 없다.
 (나) 종전이사들은 이미 오래전 정식이사의 직에서 퇴임함으로써 학교법인의 자주성과 정체성을 대변할 지위를 상실하였다고 보아야 하는데, 민법 제691조를 유추한 긴급처리권이 부여될 여지도 없는 종전이사들에게 위와 같은 권리 내지 지위가 부활한다고 볼 수도 없는 이상, 이들을 학교법인의 자주성과 정체성을 확보하는 임무와 가장 근접한 위치에 있는 자라고 볼 근거가 없고, 따라서 종전이사들은 구 사립학교법상의 임시이사들이 정식이사를 선임하는 것을 내용으로 하는 이사회결의에 대하여 직접적인 이해관계를 가진다고 볼 수 없다. 
 (다) 또한, 이미 임기가 만료하여 학교법인의 업무를 더 이상 수행하지 않는 종전이사들이 위 이사회결의에 대하여 직접적인 이해관계를 갖는지 여부에 관계없이 구 사립학교법 제25조 제1항에 정한 임시이사의 선임청구권 및 해임신청권을 보유하는 이해관계인에 해당한다고 보는 것은 부당하다.
 [다수의견에 대한 대법관 김황식, 박일환의 보충의견] 확인의 소에 있어서 ‘법률적 사항 내지 법률관계’에 관한 ‘확인의 이익’을 요구하는 것은 국민에게 재판청구권을 인정하면서도 남소를 억제하여 재판제도가 합리적이고 효율적인 분쟁해결수단으로 자리할 수 있도록 하기 위함이다. 따라서 확인의 이익의 문제는 국민의 재판청구권의 행사와 밀접한 관계를 갖게 되며, 국민의 재판청구권을 합리적인 범위 내에서 확대해 나아가는 노력이 필요하므로, 확인의 이익에 관한 종래의 경직된 태도를 시정할 필요가 있다. 임시이사들에 의한 정식이사 선임에 대하여 종전이사들이 문제를 제기하며 법원의 판단을 구하여 온 이 사건에서, 종전이사들에게 확인의 이익을 부정함으로써 사실상 제기된 문제에 대하여 법적 판단의 길을 원천적으로 봉쇄하여 버리는 것이 과연 올바른 재판권의 행사인지 의문을 갖지 않을 수 없다.
[2] [다수의견] 학교법인의 기본권과 구 사립학교법(2005. 12. 29. 법률 제7802호로 개정되기 전의 것)의 입법목적, 그리고 같은 법 제25조가 민법 제63조에 대한 특칙으로서 임시이사의 선임사유, 임무, 재임기간 그리고 정식이사로의 선임제한 등에 관한 별도의 규정을 두고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 사립학교법 제25조 제1항에 의하여 교육인적자원부장관이 선임한 임시이사는 이사의 결원으로 인하여 학교법인의 목적을 달성할 수 없거나 손해가 생길 염려가 있는 경우에 임시적으로 그 운영을 담당하는 위기관리자로서, 민법상의 임시이사와는 달리 일반적인 학교법인의 운영에 관한 행위에 한하여 정식이사와 동일한 권한을 가지는 것으로 제한적으로 해석하여야 하고, 따라서 정식이사를 선임할 권한은 없다고 봄이 상당하다.
 [대법관 김영란, 박시환, 김지형, 이홍훈, 전수안의 반대의견] 학교법인은 기본적으로 민법상 재단법인에 해당하는 것이고, 다만 그 조직·운영에 관하여 법적 규제와 행정감독을 강화함으로써 사학의 공공성을 높이기 위하여 사립학교법이라는 특별법에 의하여 설립·운영되는 특수법인으로 규정하고 있는 것으로 보아야 한다. 따라서 학교법인에 대하여는 사립학교법이 우선 적용되나 그 외 사립학교법에 규정되지 않은 사항에 관하여는 민법의 재단법인에 관한 규정이 적용되어야 한다. 그런데 민법 제63조에 의하여 법원이 선임한 임시이사는 일반 이사와 동일한 결의권이 있다는 것이므로, 비록 그 선임 주체가 다르다 하더라도 사립학교법 소정의 임시이사들 역시 정식이사와 동일한 권한이 있는 것으로 해석하여야 하고, 따라서 임시이사들로 구성된 이사회에서 정식이사를 선임한 이사회결의를 무효라고 볼 수 없다.
 [다수의견에 대한 대법관 김황식, 박일환의 보충의견] 이사회의 권한에 관한 일반규정인 구 사립학교법 제16조 제1항 제4호는 이사회가 임원의 임면에 관한 사항을 심의·의결한다고 하여 후임이사의 선임권이 이사회에 있음을 규정하면서 위 이사회의 범위에 관하여 특별한 제한을 두고 있지는 아니한데, 만일 같은 호의 이사회에 임시이사만으로 구성된 이사회가 포함된다고 이해하고 이에 따라 이러한 이사회도 정식이사로 구성된 이사회와 마찬가지로 아무런 제한 없이 새로운 정식이사를 선임할 수 있다고 해석한다면, 이는 학교법인의 설립 및 운영의 자유를 위헌적으로 침해할 수 있는 방법을 허용하는 것으로서 합헌적 법률해석의 견지에서 허용될 수 없다. 
 [다수의견에 대한 대법관 양승태의 보충의견] 임시이사로 하여금 정식이사를 선임할 권한을 주는 것은 결국 구 사립학교법 제25조가 임시이사 재임기간의 기준으로 삼는 임시이사의 선임사유가 해소되었는지 여부의 판단 권한을 임시이사 자신에게 주는 셈으로서, 이는 아무 법적 근거도 없고 성질상 임시이사에게 그 권한을 부여하는 것이 매우 불합리하기도 하다. 또한, 국가권력이 파견한 임시이사에 의해 학교법인의 두뇌에 해당하는 이사회의 조직이 전면 개편될 수 있다면 결과적으로 국가가 간접적인 방법으로 사학을 접수하는 것이나 마찬가지로서 사학의 자율성은 근본적으로 훼손되고 말 것이므로 결국 헌법이 보장하는 교육의 자주성은 무너지고 말 것이다. 나아가 학교법인에는 적지 않은, 때로는 막대한 기본재산이 있게 마련인데, 임시이사가 정식이사를 선임함으로써 사학의 운영 주체가 변경되는 것은 그 재산의 귀속 주체에 실질적인 변경이 있는 것이나 마찬가지로서 재산권 침해의 문제도 야기된다. 물론 그 기본재산은 개인의 재산이 아니라 학교법인의 소유로서 공적인 성격의 재산임에 다언을 요하지 아니하지만, 정부기관이 학교법인의 의사를 배제한 채 선임한 임시이사가 다시 정식이사를 선임하여 학교법인의 이사회를 전혀 새로이 구성할 수 있다면 과연 그 전후의 법인 사이에 동일한 정체성이 유지되는지 심히 의문이 아닐 수 없고, 이러한 경우 비록 그 재산의 소유자가 형식상 동일한 학교법인이라 하여도 실질적으로는 귀속주체가 달라진 것에 다름없다 할 것이니, 이러한 결과는 결국 헌법 제23조가 보장하는 재산권에 관한 침해로서 허용되어서는 아니 되는 것이다.
 [반대의견에 대한 대법관 이홍훈의 보충의견] 사립학교에서의 교육의 자주성 및 학교운영의 자율성은 교육의 공공성에 저촉되지 아니하는 한도 내에서만 존중될 수 있는 것이라고 보아야 한다. 그리고 우리 헌법과 구 사립학교법뿐만 아니라 공익법인의 설립·운영에 관한 법률의 그 어디에도 구 사립학교법 제25조 제1항에 의하여 교육인적자원부장관이 선임한 임시이사의 권한을 정식이사의 권한보다 제한하는 규정은 전혀 두고 있지 아니하므로 법의 일반 원칙에 따라서 구 사립학교법상의 임시이사는 민법상의 임시이사와 마찬가지로 정식이사와 동일한 권한을 가진다고 해석하여야 한다. 비영리 공익법인이면서 공법관계와 사법관계가 혼합되어 적용되는 특수법인인 학교법인의 임시이사의 지위와 권한을 명시적인 법적 근거도 없이 자의적인 해석에 의하여 제한하는 것은 법 해석의 한계를 일탈한 위법한 해석이라고 아니할 수 없다.