양도소득세부과처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2008.11.07 / 시행일:

【원고, 피항소인】 
【피고, 항소인】 서부산세무서장
【제1심판결】 부산지법 2008. 4. 17. 선고 2006구합1464 판결
【변론종결】2008. 9. 12.
【주 문】
 1. 피고의 항소를 기각한다.
 2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 2005. 10. 5. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 양도소득세 269,351,360원의 부과처분을 취소한다.
 2. 항소취지
 제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 2000. 2. 1.창원지방법원 99타경12693호 부동산임의경매 절차에서 별지1 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 경락대금 582,000,000원에 낙찰받아 이를 소유하다가 2002년 7월 초경부터 8월 말경까지 사이에 별지1 제2항 기재 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)의 내부 및 외부를 리모델링한 후 2002. 10. 14.경소외인에게 이 사건 부동산을 대금 1,268,000,000원에 매도하였는데, 위 대금은 이 사건 부동산의 가액을 565,000,000원으로, 원고가 이 사건 건물을 리모델링하는 데 소요된 비용을 약 680,000,000원으로, 이 사건 건물 중 목욕탕 내의 각종 비품을 23,000,000원으로 평가하여 정하였다.
 나. 원고와소외인은 위 매매계약을 체결할 당시 매매대금이 1,268,000,000원으로 된 매매계약서 외에 양도인과 양수인의 각종 세금 부담을 줄이기 위하여 매매대금이 550,000,000원으로 된 매매계약서를 작성하였다.
 다. 원고는 2002. 11. 8. 피고에게 이 사건 부동산에 대한 양도소득세를 실지거래가액으로 신고하면서 취득가액을 582,000,000원, 양도가액을 550,000,000원으로 신고하였는데, 피고는 2005년 8월경 이 사건 부동산의 실지거래가액에 대한 조사를 거쳐 취득시의 실지거래가액을 582,000,000원으로, 양도시의 실지거래가액을 1,278,000,000원으로 확인하고, 원고가 신고한 양도가액이 확인된 실지거래가액보다 적게 신고되었다는 이유로 확인된 실지거래가액에 따라 양도소득세를 계산하여 2005. 10. 5. 원고에게 2002년 귀속 양도소득세 269,351,364원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 8호증(각 가지번호 포함), 을1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 처분의 적법 여부
 가. 당사자들의 주장
 (1) 원고의 주장
구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제114조 제4항 단서의 규정은헌법재판소 1995. 11. 30. 선고 94헌바40 결정 등에 비추어 실지거래가액으로 확인된 가액에 의한 세액이 당해 자산의 기준시가에 의한 세액을 초과하지 아니하는 범위 내에서만 적용된다고 해석하여야 할 것인데, 원고의 경우 이 사건 부동산에 대한 실지거래가액에 의하여 산출한 양도소득세가 기준시가에 의하여 산출한 양도소득세를 초과하므로, 이 사건 부동산에 대한 양도소득세는 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 산정되어야 한다.
 (2) 피고의 주장
 원고 주장의 위 한정위헌결정에서 시행령에 규정되었다는 이유로 문제가 되었던 조항은, 1999. 12. 28. 법률 제6051호로소득세법 제96조에 규정하는 것으로 개정되었고, 그 후 2001. 12. 31. 법률 제6557호로소득세법 제114조 제4항 단서가 신설됨으로써 입법 보완되었는바, 피고는구 소득세법 제114조 제4항 단서의 규정에 따라 실지거래가액을 확인하여 그에 따라 양도소득세를 부과하였으므로 이 사건 처분은 적법하고, 이 사건 부동산의 양도소득세를 기준시가에 의하여 산정하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.
 나. 관계 법령
 별지2 기재와 같다.
 다. 판 단
 (1)구 소득세법 제114조 제4항 단서의 해석
 살피건대, ①2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 구 소득세법 제96조는 양도차익의 산정방식에 관하여 원칙적으로 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의하되 같은 조 단서에 의하여 실지거래가액에 의할 수 있는 예외적 경우의 하나로 ‘양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우’를 들고 있는바, 이는 그 규정형식상 일정한 자산을 양도한 경우에 그 양도차익 산정에 관하여 기준시가 과세원칙에 대한 실질과세의 예외로서 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하기 위한 취지의 규정으로 보아야 할 것인 점(대법원 2000. 4. 11. 선고 99두7227 판결 등 참조, 다만2005. 12. 31. 법률 제7837호로 소득세법 제96조가 개정됨으로써 그 때부터 양도차익의 산정방식에 관한 원칙이 종전의 기준시가방식에서 실지거래가액방식으로 전환된 것으로 보이므로, 위 개정 이후의 양도분에 대하여는 더 이상 위와 같은 해석이 유지될 수 없을 것이다), ② 따라서2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 구 소득세법 제96조 제1항 제6호는 그 규정취지로 보아 실지거래가액에 의한 양도차익이 기준시가에 의한 그것보다 낮아 납세자에게 유리한 경우를 전제로 하는 것으로 양도자의 신고가 있으면 어떤 경우이든 그 실지거래가액을 조사하여 조사된 가액을 기초로 하여 양도소득세를 부과할 수 있다는 취지는 아닌 것으로 보아야 하는 점, ③ 비록 2001. 12. 31. 법률 제6557호로구 소득세법 제114조 제4항 단서를 신설한 입법의도가 납세자가 실지거래가액을 허위로 신고한 경우에 과세관청이 조사·확인한 실지거래가액에 의하여 과세표준과 세액을 경정하여도 그로 인한 양도소득세가 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세보다 높은 경우 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세로 과세하여야 한다는 종래의 대법원 판결을 변경하기 위한 것이라 하더라도, 구 소득세법상 인정되는 기준시가 과세원칙, 당해 조문의 문언내용과 구 소득세법상의 조문체계 및 규정형식(특히, 양도소득과세표준 확정신고기한까지 신고한 경우에만 적용되도록 한 점) 등에 비추어, 위 단서 조항은 그와 같은 입법의도에도 불구하고소득세법 제96조 제1항 제6호의 규정취지에 부합되게 해석하여야 할 것으로 보이는 점 등을 종합하면,구 소득세법 제114조 제4항 단서는 양도자가 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액에 의하되, 다만 그 확인된 가액에 의하여 산정한 양도소득세가 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세를 초과하지는 못하는 것으로 해석함이 상당하다. 따라서 원고의 주장은 이유 있다.
 (2) 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세의 산정
 이 사건 부동산에 대한 양도소득세를 기준시가를 기준으로 산정하면 별지3 세액계산표의 기재와 같이 0원이 되는바, 따라서 피고가 확인한 취득 및 양도시의 각 실지거래가액을 기준으로 산정한 세액이 269,351,364원이라 하더라도, 이 사건 부동산에 대한 양도소득세는 기준시가에 의하여 산정하여야 하고 이와 달리 피고가 확인한 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 산정한 이 사건 처분은 위법하다.
 3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 김신(재판장) 강석규 김원수

구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제114조 제4항 단서는 양도자가 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인한 가액에 의하되, 다만 그 확인한 가액에 의하여 산정한 양도소득세가 기준시가에 의하여 산정한 양도소득세를 초과하지는 못하는 것으로 해석함이 상당하다.