등록세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1995.06.16 / 시행일:

【원고(선정당사자), 피상고인 겸 부대상고인】 
【피고,상고인 겸 부대피상고인】 서울특별시 도봉구청장 소송대리인 변호사 신영무
【원심판결】 서울고등법원 1994.7.13. 선고 93구13249 판결
【주 문】
 상고 및 부대상고를 모두 기각한다. 
 상고비용은 피고의, 부대상고비용은 원고(선정당사자)의 각 부담으로 한다. 

【이 유】 1. 피고의 상고이유를 판단한다. 
 가. 상고이유 제1점에 대하여
 원심판결 이유에 의하면 원심은, 이 사건 원고선정자들은 소외 공영토건 주식회사가 건축하여 분양한 서울 도봉구 (주소 생략) 지상 동아아파트 600세대를 최초로 분양받았거나 최초 분양받은 자로부터 전득한 사람들인 사실, 이 사건 아파트는 상계택지개발사업지구 내에 위치하여 있어 아파트가 준공되어 입주한 후에도 구획정리사업에 따른 환지절차가 완료되지 않아 피분양자들은 1989.1.13. 건물보존등기만을 마치고 등록세도 건물부분에 관하여서만 납부하였고, 그 후 1991.10.17. 구획정리사업이 완료됨에 따라 분양자인 위 소외 회사는 1991.12.7. 이 사건 아파트의 대지에 관하여 부동산등기법시행규칙 제60조의2의 규정에 따라 그 대지사용권의 등기와 함께 대지권변경등기를 신청함으로써 1992.1.15.자로 당해 대지를 이 사건 아파트 및 상가로 사용한다는 취지 및 각 개별아파트의 대지권표시란에 대지권의 표시를 추가하는 등기가 각 마쳐진 사실, 위 소외 회사는 위 등기시에 이를 변경등기라고 하여 등록세 금 3,000원 및 교육세 금 600원만을 납부하였으나 피고는 위 대지권변경등기가 부동산소유권의 취득등기에 해당된다고 하여 이 사건 아파트의 분양가 중 토지부분 상당액을 과표로 하여 등록세액을 산출하고 그 세액에 가산세로 100분의 20을 더하여 이 사건 등록세 및 가산세 부과처분을 한 사실을 인정한 다음, 가산세 부과대상인지의 여부에 대하여 판단하기를, 이 사건 대지권변경등기에 있어 외형상으로는 납세의무자의 신고가 없는 모습을 취하고 있기는 하나, 위 변경등기절차에 있어 그 납세의무자인 선정자들은 법규상 등기신청절차에서 원천적으로 배제되어 있고, 등기사실조차 알 수 없는 위치에 있었으므로, 이러한 선정자들이 등록세 과세표준 등의 신고의무를 위반하였다고는 도저히 볼 수 없으므로 이 사건 가산세 부과처분은 위법하다고 판단하였다. 
지방세법상 가산세는 지방세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 의무를 이행하지 아니한 경우에 같은 법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액(지방세법 제1조 제13호의2)으로서, 그 목적은 납세의무자에게 일정한 신고·납부 등의 의무를 부과하고 정당한 이유 없이 위반하는 경우에 행정상의 제재를 가함으로써 과세권 행사의 적정과 세채권의 실현을 용이하게 하기 위함에 있고, 의무위반에 있어서 납세의무자의 고의·과실은 원칙적으로 고려되지 않는다고 하더라도, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없는 것이다(대법원 1987.2.24.선고 85누229 판결; 1989.4.25.선고 88누4218 판결; 1992.10.23.선고 92누2936, 2943 판결 등 참조). 
 원심이 확정한 사실관계에 비추어 보면, 당해 선정자들이 등록세 등을 자진신고납부하지 아니한 데는 정당한 사유가 있어 그 의무해태를 탓할 수 없는 경우에 해당한다고 할 것이므로, 원심의 판단은 정당하고 거기에 소론과 같은 가산세에 관한 법리오해의 위법은 없다. 
 나. 상고이유 제2점에 대하여
 원심판결 이유에 의하면 원심은, 그 판시 별지 제3목록 기재 선정자들(선정자 조순한 제외)은 이 사건 대지권변경등기일자인 1992.1.15. 이전 또는 그 이후에 당초의 피분양자로부터 매매, 상속 또는 증여를 원인으로 아파트를 전득하여 그 건물에 관한 소유권이전등기를 마쳤고, 그 각 등기시에 주로 아파트 전체의 취득가액을 과세표준으로 신고함에 있어 건물과 대지의 가액을 나누지 않고 일괄 기재함으로써 대지분에 대한 등록세도 함께 납부하였으며, 대지분에 대한 납부세액은 위 전득자들이 대지권변경등기시에 납부하여야 할 대지권 취득에 관한 등록세액과 일치하는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다고 한 후, 이 사건 아파트의 대지권이 등기부상 건물등기와 함께 등재되지 아니한 것은 토지구획정리사업이 절차상 미처 완료되지 못하였기 때문일 뿐, 아파트의 대지권은 이미 확보되어 있어(분양계약서상에도 토지분에 대한 분양가액이 명시되어 있다) 조만간 등기절차가 마쳐질 예정이었으며 그 납부액수도 대지권 등기시 납부하여야 할 액수와 같고, 결국 분양자의 등기신청에 의하여 짧은 기간 내에 대지권변경등기가 예정대로 마쳐졌다면 이 사건 아파트 전득자들이 건물에 관한 소유권이전등기시에 납부한 대지분 등록세는 일응 정당한 효력을 갖는 것이라고 봄이 상당하다 하여, 이미 등록세가 납부되었으므로 재차 위 전득자들에 대하여 한 부과처분은 위법하다고 판단하였다. 
등록세는 이른바 자진신고납세방식에 의한 조세로서 납세의무자의 신고·납부에 의하여 그 조세채무가 확정되고 이행되므로 납세의무자의 신고·납부가 본인의 의사와 상관없이 이루어진 것이라면 그 효력을 인정하기 어렵다고 할 것이지만, 현행법상 등록세의 납부시기는 등기시까지라고 할 것이며, 원심이 확정한 바와 같이 아파트를 취득하였으나 대지권 등기가 마쳐지지 아니한 까닭에 우선 건물에 대한 소유권이전등기를 경료하면서 신고납부한 등록세액에 장차 등기가 예정되어 있는 대지권 부분이 포함되어 있다는 것이고, 더구나 이 사건 아파트는 집합건물로서 대지사용권은 전유부분의 처분에 따르게 되어 있어 그 취득과 등기가 일체로 이루어져야 한다는 사정을 고려하면, 설사 그 신고·납부시에 등록세 과세대상에 대한 명확한 구분이 되어 있지 아니하였다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 납세의무자의 추정적 의사에 합치되는 것이라고 봄이 상당하므로, 같은 취지의 원심의 판단은 수긍이 가고 거기에 상고이유로 지적하는 등록세에 대한 법리를 오해한 위법은 없다. 
 2. 원고(선정당사자)의 부대상고이유를 판단한다. 
 가. 상고이유 제1점에 대하여
지방세법 제124조는 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 되어 있는바, 여기에서 "등기 또는 등록을 받는 자“는 부동산등기법에 의하여 공동신청을 요하는 등기가 아닌 한 반드시 등기신청자와 일치하여야 하는 것으로 해석할 수는 없다. 
 또한 같은 법 제151조는 등록세 납세의무자가 신고를 하지 아니하거나 산출세액에 미달하여 신고한 때에는 산출세액 또는 미달세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수하도록 규정하고 있는바, 위와 같은 보통징수는 언제나 가산세를 수반하는 것은 아니고 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 제외한 금액에 대하여 보통징수하도록 하는 의미이므로, 이와는 달리 이 사건 선정자들은 대지권변경등기의 신청자가 아니므로 같은 법 제124조에서 정하는 등록세 납세의무자가 아니라거나, 등기신청에 참여하지 아니하여 신고납부의 기회를 갖지 못한 경우에는 같은 법 제151조를 적용하여 등록세를 징수할 수 없다는 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다. 
 나. 상고이유 제2점에 대하여
부동산등기법시행규칙 제60조의2는 “집합건물의소유및관리에관한법률 제1조의 규정에 의한 1동의 건물을 건축하여 분양한 자가 구분한 각 건물에 대한 소유권이전등기를 분양을 받은 자에게 경료하면서 그 건물의 대지사용권의 등기와 함께 부동산등기법 제101조 제2항의 규정에 의한 대지권변경등기를 신청한 때에는 등기공무원은 그 1동의 건물에 대한 최초의 등기신청시에 그 분양한 자에게 대지사용권이 있었던 것으로 보고 부동산등기법 제57조 및 제57조의2의 규정에 의한 등기를 하여야 한다.“고 규정하고 있는바, 위 규정에 의하여 분양자의 신청에 기하여 각개의 구분소유건물의 등기부에 행하여지는 대지권변경등기는 그 등기에 의하여 대지권 취득의 효력이 생기는 것으로서 그 성질은 지방세법 제131조 제1항 제3호 목 소정의 소유권취득에 관한 등기로서 그에 정하는 세율이 적용된다고 할 것이고, 그 명칭에 구애되어 이를 매건 당 3,000원의 등록세를 납부하는 같은 항 제8호 소정의 기타의 등기로 볼 것은 아니다. 
 또한 분양자가 단독으로 대지권변경등기를 신청하도록 한 것은 당사자 사이의 약정을 전제로 하는 것이므로 위 규정이 모법에 위배되거나 혹은 피분양자의 권리를 부당하게 제약한 것으로 무효라고 볼 수도 없다. 
 같은 취지의 원심의 판단은 정당하고, 거기에 소론과 같은 조세법률주의에 반하여 해석하거나 위 규칙에 대한 법리를 그르친 위법이 있다고 할 수 없다. 
 논지는 어느 것이나 이유 없다. 
 3. 그러므로 피고의 상고 및 원고(선정당사자)의 부대상고를 모두 기각하고, 상고비용 및 부대상고비용은 각 패소자의 부담으로 하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다. 

대법관 박만호(재판장) 박준서 김형선(주심)

가. 지방세 신고·납부의무를 위반하였더라도 가산세를 부과할 수 없는 경우
나. 아파트 소유권이전등기시 등록세를 신고·납부하면서 등록세 과세대상에 대한 명확한 구분이 없었더라도 장차 등기가 예정된 대지권 부분에 대한등록세 신고·납부의 추정적 의사에 합치된다고 보아 그 효력을 인정한 사례
다. 등록세 납세의무자가 반드시 등기신청자와 일치하여야 하는지 여부
라. 지방세법 제151조의 보통징수는 언제나 가산세를 수반하는 것인지 여부
마. 부동산등기법시행규칙 제60조의2 소정의 대지권변경등기의 성질

가. 지방세법상 가산세는 지방세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 의무를 이행하지 아니한 경우에 같은 법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액으로서, 그 목적은 납세의무자에게 일정한 신고·납부 등의 의무를 부과하고 정당한 이유 없이 위반하는 경우에 행정상의 제재를 가함으로써 과세권 행사의 적정과 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위함에 있고, 의무위반에 있어서 납세의무자의 고의·과실은 원칙적으로 고려되지 않는다고 하더라도, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다. 
나. 등록세는 이른바 자진신고 납세방식에 의한 조세로서 납세의무자의 신고·납부에 의하여 그 조세채무가 확정되고 이행되므로 납세의무자의 신고·납부가 본인의 의사와 상관없이 이루어진 것이라면 그 효력을 인정하기 어렵다고 할 것이지만, 현행법상 등록세의 납부시기는 등기시까지라고 할 것이며, 아파트를 취득하였으나 대지권 등기가 마쳐지지 아니한 까닭에 우선 건물에대한 소유권이전등기를 경료하면서 신고·납부한 등록세액에 장차 등기가 예정되어 있는 대지권 부분이 포함되어 있고, 더구나 그 아파트는 집합건물로서 대지사용권은 전유부분의 처분에 따르게 되어 있어 그 취득과 등기가 일체로 이루어져야 한다는 사정을 고려하면, 설사 그 신고·납부시에 등록세 과세대상에 대한 명확한 구분이 되어 있지 아니하였다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 납세의무자의 추정적 의사에 합치되는 것이라고 봄이 상당하다고 하여 위 소유권이전등기시 미리 납부한 대지분 등록세는 정당한 효력을 갖는다고 한 원심판결을 수긍한 사례.
다. 지방세법 제124조 소정 등록세 납세의무자인 "등기 또는 등록을 받는자“는 부동산등기법에 의하여 공동신청을 요하는 등기가 아닌 한 반드시 등기신청자와 일치하여야 하는 것으로 해석할 수는 없다. 
라. 지방세법 제151조는 등록세 납세의무자가 신고를 하지 아니하거나 산출세액에 미달하여 신고한 때에는 산출세액 또는 미달세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수하도록 규정하고 있는바, 위와 같은 보통징수는 언제나 가산세를 수반하는 것은 아니고 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 제외한 금액에 대하여 보통징수하도록 하는 의미이다. 
마. 부동산등기법시행규칙 제60조의2의 규정에 의하여 분양자의 신청에 기하여 각개의 구분소유건물의 등기부에 행하여지는 대지권변경등기는 민법상 그 등기에 의하여 대지권 취득의효력이 생기는 것으로서 그 성질은 지방세법 제131조 제1항 제3호 (2)목 소정의 소유권 취득에 관한 등기로서 그에 정하는세율이 적용되고, 그 명칭에 구애되어 이를 매 건당 3,000원의 등록세를 납부하는 같은 항 제8호 소정의 기타의 등기로 볼 것은 아니다.