부가가치세 경정처분 취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.06.13 / 시행일:

【원고, 피상고인】 한일산업운수 주식회사 (소송대리인 법무법인 위민 담당변호사 최선교)
【피고, 상고인】 금천세무서장
【원심판결】 서울고법 2010. 7. 22. 선고 2009누32699 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 상고이유 제2점에 대하여
 가. 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다.) 제106조의4는 제1항에서 ‘여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 2008년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다.’고 규정하고, 제2항에서 ‘제1항에 의한 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.’고 규정하는 한편, 제3항에서 ‘건설교통부장관은 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자가 제1항의 규정에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 제2항의 규정에 따라 사용하지 아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할세무서장에게 통보하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할세무서장은 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하지 아니한 경감세액 상당액(제1호), 제1호의 경감세액 상당액의 이자 상당액(제2호), 제1호의 경감세액 상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세(제3호)의 합계액을 추징한다.’고 규정하고 있다.
 나. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택 증거를 종합하여, ① 일반택시 운송사업자인 원고가 2007. 11. 1. 그 노동조합과 ‘2008. 12. 31.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여 원고가 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 1인당 월 5만 원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하고, 근로자 회식비 명목으로 2007년 제1기 부가가치세 경감세액에서 500만 원을 지급한다.’는 내용의 합의(이하 ‘2007. 11. 1.자 합의’라 한다.)를 한 사실, ② 원고는 2008. 6. 20. 그 노동조합과 2007. 11. 1.자 합의에 추가하여 ‘2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여 전액 현금을 지급함을 원칙으로 한다. 원고는 조세특례제한법에 의하여 부가가치세 경감세액을 지급하여 왔으나 2007. 11. 1. 노사협의회에서 그동안 지급해오던 부가가치세 경감세액의 지급기일을 맞추기 위하여 2007. 1.부터 2008. 12.까지 2년분의 부가가치세 경감세액을 2007. 11.부터 2009. 3.까지 17개월에 걸쳐 근로자 1인당 월 5만 원씩을 지급하기로 합의한 것이다. 다만 차액은 제 간접비용·조합원 후생복리기금·임금에 일부 포함하여 지급된 것으로 한다. 본 합의서의 효력은 2007. 11. 1.로 소급하여 적용한다.’는 내용의 합의(이하 ‘2008. 6. 20.자 합의’라 하고, 2007. 11. 1.자 합의와 함께 부를 때에는 ‘이 사건 각 합의’라 한다.)를 한 사실, ③ 이 사건 각 합의에 따라 원고는 2007. 11.부터 17개월간 근로자 개인에게 1인당 월 5만 원씩을 모두 지급한 사실, ④ 원고는 2007년 제1기 예정분·확정분, 제2기 예정분 부가가치세에 관하여 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감받는 것으로 신고납부하였으나, 피고는 2007년 제1기 예정분 부가가치세 경감세액 26,241,560원에 관하여는 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 사용한 금액이 없는 것으로 보고, 2007년 제1기 확정분 부가가치세 경감세액 24,594,530원에 관하여는 2007. 11.부터 2008. 1.까지 매월 20일경 3차례에 걸쳐 근로자들에게 직접 지급한 14,717,625원과 회식비 등으로 추가 지급한 금액의 합계 20,253,880원을 사용액으로, 2007년 제2기 예정분 부가가치세 경감세액 25,558,630원에 관하여는 2008. 2.부터 2008. 4.까지 매월 20일경 3차례에 걸쳐 근로자들에게 직접 지급한 16,092,480원을 사용액으로 보아, 원고에게 2008. 6. 2. 2007년 제1기 예정분·확정분 부가가치세 합계 40,286,710원(가산세 포함), 2008. 9. 5. 2007년 제2기 예정분 부가가치세 12,256,770원(가산세 포함)을 추징하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
 원심은 위와 같은 사실관계를 토대로 하여, 원고가 그 노동조합과 이 사건 각 합의를 하고 그에 따라 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 1인당 월 5만 원씩을 기존 임금에 추가하여 지급한 이상, 원고는 2007년 제1기 예정분·확정분, 제2기 예정분 부가가치세 경감세액 전부를 원고의 일반택시 운수종사자에게 직접 지급하거나 임금 등에 포함하여 지급하는 방법으로 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한 것으로 봄이 상당하고, 비록 원고가 일부 부가가치세 경감세액을 부가가치세 신고납부기한 종료일부터 6개월 이후에 사용하였다고 하더라도 원고가 2007년 제1기 예정분·확정분 및 제2기 예정분 부가가치세 경감세액을 부가가치세 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 모두 사용하지 못한 것은 상급 사용자단체와 노동조합의 협상, 원고와 그 노동조합의 개별 협상이 모두 지연됨에 따른 부득이한 것이므로 이를 추징할 수 없다고 판단하였다.
 다. 그러나 원고가 2007년 제1기 예정분·확정분, 제2기 예정분 부가가치세 경감세액 전부를 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한 것으로 본 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
1995. 8. 4. 법률 제4952호로 개정된 조세감면규제법 제100조의2는 일반택시 운수종사자의 열악한 처우를 개선하고 복지를 향상하기 위하여 부가가치세 납세의무자인 일반택시 운송사업자로 하여금 임금인상의 재원(財源) 등으로 사용할 수 있도록 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감하는 제도를 도입하였다. 그러나 본래 취지와 달리 일반택시 운송사업자가 부가가치세 경감세액을 종전에는 자신이 부담해 왔던 후생복지비용에 충당하는 등의 문제로 노사분규가 자주 발생하자, 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 조세특례제한법 제106조의4 제2항은 부가가치세 경감세액 전부를 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로만 사용하도록 하는 규정을 두게 되었고, 건설교통부장관이 2005. 4. 제정한「택시 부가가치세 경감세액 사용지침」도 ‘원칙적으로 부가가치세 경감세액을 근로자 개인에게 기본급, 수당 등의 명목으로 현금으로 지급하되, 사업장별 과반수의 근로자들이 현금 이외의 다른 방법으로 그 일부를 사용하도록 요구하는 경우에는 예외를 인정하며, 사용자가 부가가치세 경감 이전부터 부담해 왔던 부분에 사용하는 것을 금지한다.’는 등의 규정을 두었으며, 나아가 2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정된 조세특례제한법 제106조의4 제3항은 일반택시 운송사업자가 부가가치세 경감세액을 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하지 아니한 경우에는 일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세를 경감하여야 할 아무런 이유가 없으므로 일반택시 운송사업자로부터 사용하지 아니한 부가가치세 경감세액 상당액을 추징하는 규정을 두게 되었다.
일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세 납부세액 경감제도를 마련한 입법 취지와 관련 규정의 제·개정경위 등에 비추어 볼 때, 노사간에 부가가치세 경감세액 중 일부만을 직접 지급하고 나머지는 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 본다는 합의를 하였다고 하더라도, 노사간에 이미 지급된 부가가치세 경감세액의 액수에 대하여 다툼이 있어 그 부분은 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 본다고 합의를 한 경우와 같이 합의에 이르게 된 동기와 경위 등에 비추어 부가가치세 경감세액 전부가 실질적으로 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용된 것으로 평가할 수 있는 특별한 사정이 없는 한 실제로는 지급하지 아니한 채 단지 노사간 합의에 의하여 지급된 것으로 보기로 한 부가가치세 경감세액 상당액은 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 볼 수 없어 조세특례제한법 제106조의4 제3항에서 규정한 부가가치세의 추징대상에 해당한다고 할 것이다.
 앞서 본 법리와 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고를 비롯한 16개 운수회사와 원고의 노동조합이 속한 전국택시노동조합연맹 서울지역택시노동조합(이하 ‘지역노동조합’이라 한다.)이 기본급 및 제 수당을 인상하는 1995년도 임금협정을 체결하면서 그 부칙에 ‘부가가치세 경감세액 중 직접수혜분은 임금에 포함하여 계산하였으며, 부가가치세 경감세액 중 간접수혜분은 사업자가 조합원의 복리후생 증진에 사용한다.’고 명시하였고, 원고와 지역노동조합이 체결한 1996년도 임금협정의 부칙에도 같은 내용이 있었으나, 2001년도 이후의 단체협약이나 임금협정에는 부가가치세 경감세액에 관한 명시적인 규정이 없었던 점, 2006년경까지는 원고와 그 노동조합 사이에 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금 인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액 상당액(월 13,112원 또는 32,611원)이 그 후에도 계속하여 부가가치세 경감세액의 지급액 명목으로 임금에 포함되어 있었는지 여부를 둘러싼 다툼이 있었고, 그 과정에서 원고와 그 노동조합은 2006. 11. 14. ‘부가가치세 경감분에 대하여 2006. 11.부터 2007. 6.까지 잠정적으로 1인당 33,000원을 지급하되, 그 이전이라도 상급단체에서 2007년도 임금협정 및 부가가치세 경감분에 대한 교섭이 체결되면 그에 따르고 미지급에 대하여 재협의한다.’고 합의하기도 한 점, 그 후 원고와 그 노동조합은 ‘부가가치세 경감세액은 임금과 별도로 직접 지급하되, 그 지급액이 실제 부가가치세 경감세액과 차이가 나는 경우 그 차액은 제 간접비용·조합원 후생복리기금·임금에 일부 포함하여 지급된 것으로 본다.’는 내용의 이 사건 각 합의를 하였고, 이러한 합의는 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금 인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액 상당액이 적어도 2007년도부터는 부가가치세 경감세액의 지급액 명목으로 임금에 포함되어 있지 아니함을 전제로 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 합의에 의하여 지급된 것으로 보기로 한 부가가치세 경감세액 상당액은 실질적으로 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 평가될 수 있는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.
 따라서 원심으로서는, 원고가 이 사건 각 합의에 따라 2007년분 및 2008년분 부가가치세 경감세액으로서 2007. 11.부터 17개월간 근로자 개인에게 지급한 월 5만 원을 해당 기간으로 안분하여 원고가 일반택시 운수종사자에게 매월 직접 지급한 부가가치세 경감세액을 계산하고, 여기에 그 밖에 조세특례제한법 제106조의4 제2항 및 건설교통부장관의 지침에 따라 직접 지급한 것으로 볼 수 있는 금액을 더하는 방법으로 원고가 2007년 제1기 예정분·확정분 및 제2기 예정분 부가가치세 경감세액 중 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용한 금액을 확정한 다음, 그 금액이 이 사건 처분에서 피고가 인정한 사용액을 초과하는지를 판단하였어야 했다.
 그럼에도 원심은 이와 달리 부가가치세 경감세액과 직접 지급분의 차액은 이 사건 각 합의에 의하여 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 볼 수 있다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용한 것으로 볼 수 있는 부가가치세 경감세액의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 2. 상고이유 제1점에 대하여
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 그 노동조합과 사이에 2007년분 부가가치세 경감세액의 지급에 관하여 합의하면서 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금 인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액 상당액이 그 후에도 계속하여 부가가치세 경감세액의 지급액 명목으로 임금에 포함되어 지급되었는지 여부에 관하여 원고가 위 각 임금협정에 따라 임금에 포함하여 계산하기로 한 부가가치세 경감세액을 위 각 임금협정과는 달리 임금에 포함하여 계산하지 않았다고 볼 사정이 인정되지 않는 이상, 원고가 2007년도에 지급한 임금에는 적어도 월 13,112원 이상의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있다고 보아야 한다고 판단하였다.
 그러나 원심의 위와 같은 판단도 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
 단체협약이 실효되었다고 하더라도 임금 등 개별적인 노동조건에 관한 부분은 그 단체협약의 적용을 받고 있던 근로자의 근로계약의 내용이 되어 여전히 사용자와 근로자를 규율하지만, 그것을 변경하는 새로운 단체협약이 체결될 경우에는 더는 개별적인 근로계약의 내용으로 남아 있지 않게 되므로(대법원 2007. 12. 27. 선고 2007다51758 판결 등 참조), 임금 등 개별적인 노동조건에 관한 1995년도 또는 1996년도 임금협정의 효력이 그 후에 새로 체결된 단체협약 또는 임금협정의 효력발생일 이후까지 그대로 미친다고 단정하기는 어렵고, 오히려 이 사건 각 합의는 앞서 본 바와 같이 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금 인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액 상당액이 적어도 2007년도부터는 부가가치세 경감세액의 지급액 명목으로 임금에 포함되어 있지 아니함을 전제로 한 것으로 보인다.
 그럼에도 원심은 1995년도 및 1996년도 임금협정 중 부가가치세 경감세액을 임금 인상분에 포함하여 계산한다고 한 부분이 2001년도 단체협약 및 임금협정의 효력발생일 이후까지 당연히 효력을 미친다고 보아 2007년도 임금에도 부가가치세 경감세액이 일부 포함되어 있다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 새로운 단체협약의 체결에 따른 종전 단체협약의 효력에 관한 법리를 오해하거나 증거 없이 사실인정을 함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 결론
 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이상훈(재판장) 신영철 김용덕 김소영(주심)

실제로는 지급하지 아니한 채 단지 노사간 합의에 의하여 지급된 것으로 보기로 한 부가가치세 경감세액 상당액이 구 조세특례제한법 제106조의4 제3항에서 규정한 부가가치세의 추징대상에 해당하는지 여부(원칙적 적극)

일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세 납부세액 경감제도를 마련한 입법 취지와 관련 규정의 제·개정경위 등에 비추어 볼 때, 노사간에 부가가치세 경감세액 중 일부만을 직접 지급하고 나머지는 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 본다는 합의를 하였다고 하더라도, 노사간에 이미 지급된 부가가치세 경감세액의 액수에 대하여 다툼이 있어 그 부분은 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 본다고 합의를 한 경우와 같이 합의에 이르게 된 동기와 경위 등에 비추어 부가가치세 경감세액 전부가 실질적으로 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용된 것으로 평가할 수 있는 특별한 사정이 없는 한 실제로는 지급하지 아니한 채 단지 노사간 합의에 의하여 지급된 것으로 보기로 한 부가가치세 경감세액 상당액은 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 볼 수 없어 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제106조의4 제3항에서 규정한 부가가치세의 추징대상에 해당한다.