이월공제(연구비) 효과의 법인지방소득세 적용 여부 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2019.11.19 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
지방소득세
【주문】
1. 피고들이 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 각 법인지방소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고들이 부담한다.
【이유】

▣청 구 취 지

주문과 같다.
▣이 유

1.처분의 경위

가.원고는1983. 2.경 반도체 생산업 등을 목적으로 설립된 법인이다.
나.원고는2009사업연도부터2013사업연도까지 연구·인력개발비 등(이하‘이 사건 연구비 등’이라 한다)을 지출하였고,이는 구 조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제10조에 따라 세액공제의 대상에 해당하였으나, 2009사업연도부터2013사업연도까지 최저한세액 제한 등으로 인하여 원고는 해당 사업연도에 이 사건 연구비 등에 대한 세액공제를 받지 못하였다.
다.원고는 위와 같이 최저한세액 제한 등으로 공제받지 못한 이 사건 연구비 등에 관하여,구 조세특례제한법 제144조 제1항의 이월공제 규정에 따라 세액공제를 하여2014사업연도부터2017사업연도까지의 법인세를 신고·납부하였다.
라.한편 지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서(이하 법률 제12153호로 개정되기 전 지방세법을‘구 지방세법’,법률 제12153호로 개정된 지방세법을‘개정 지방세법’이라 한다),종전의 법인세액을 과세표준으로 하는 부가세(10%)방식이던 지방소득세 법인세분이 법인세 과세표준을 과세표준으로 삼는 독립세 방식의 법인지방소득세로 전환되었다.
마.원고는2014사업연도부터2017사업연도까지의‘법인세 과세표준‘을 과세표준으로 적용하여 산출한 법인지방소득세를 신고·납부하면서 이 사건 연구비 등의 이월에 따른 세액공제를 적용하지 않았다.
바.이후 원고는2018. 10. 5.피고들에게 법인지방소득세에 대하여도 구 조세특례제한법 제10조,제144조 제1항에 따라 이 사건 연구비 등이 이월공제되어야 한다고 주장하면서, 2014, 2017사업연도 법인지방소득세에 대하여 별지 목록‘세액’란 기재 각 금액을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
사.피고 서울특별시 종로구청장은2018. 11. 6.,피고 서울특별시 강남구청장은2018. 11. 7.원고에 대하여‘지방세법이2014. 1. 1.개정됨에 따라 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었으므로, 2014년 이후 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된 과세체계를 적용하여야 하고,개정 지방세법 제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항을 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나,지방세특례제한법에는 관련 규정이 없다’는 이유로 위 경정청구를 각 거부하였다(이하‘이 사건 각 처분’이라 한다).
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지4호증의 기재,변론 전체의 취지

2.처분의 적법 여부

가.원고의 주장

개정 지방세법 부칙 제15조(이하‘이 사건 경과규정’이라 한다)는‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있고,이 사건 경과규정은 구법에 의하여 납세의무 성립일 이전 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정이다.종전의 부가세 방식이었던 지방소득세 법인세분이 독립세 방식인 법인지방소득세로 전환한 취지가 세액공제 규정을 배제하기 위한 것이라고 하더라도,이는 종전의 세액공제의 혜택까지 배제하려는 취지라고 볼 수 없다.또한 원고는 이 사건 연구비 등을 지출함에 있어 법인세법에 따른 법인세액 이외에도 그에 부가되는 지방소득세 법인세분도5년간 이월하여 공제받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었다.따라서 이 사건 경과규정상의‘종전의 규정’에 구 조세특례제한법 제10조,제144조 제1항 등이 포함되어야 한다.따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.
나.관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다.판단

1)구 지방세법 제85조는‘지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다’고 규정하고,제1호에서‘"소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다’,제4호에서‘"법인세분"이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다’고 규정하고 있었고,제89조 제1항은 법인세분의 표준세율을 법인세액의100분의10으로 규정하고 있었다.이후 개정 지방세법 제85조는‘지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다’고 규정하면서 제2호에서‘"법인지방소득"이란 법인세법 제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다’고 규정하고,제103조의20제1항은‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다’고 규정하면서 법인세율의1/10을 표준세율로 규정하며,제103조의22제1항은‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다.이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득,법인세법 제56조 및 조세특례제한법 제100조의32제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다.이하 이 조에서 같다)에서 공제한다’고 규정하고,부칙<법률 제12153호, 2014. 1. 1.>제1조 본문은‘이 법은2014년1월1일부터 시행한다’고 규정하며,제15조(이 사건 경과규정)는‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있다.
구 조세특례제한법 제10조 제1항 본문은‘내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다)또는 법인세에서 공제한다’고 규정하면서 각 호에서 세액공제의 비율을 규정하고 있고,제132조 제1항은‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준에100분의16을 곱하여 계산한 세액(이하"법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다’고 규정하면서 제3호에서‘제5조,제7조의2,제8조의3,제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다.이하 이 조에서 같다),제11조,제12조 제2항,제24조,제25조,제25조의2부터 제25조의4까지,제26조,제29조의2,제30조의2,제30조의4,제31조 제6항,제32조 제4항,제94조,제104조의8,제104조의14,제104조의15,제104조의18,제104조의22및 제104조의25에 따른 세액공제금액’을 들고 있으며,제144조 제1항은‘제10조에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있다.
한편,조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 예에 의한다’는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로,여기서‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나,비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고,이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원2015. 10. 15.선고2015두36652판결 등 참조).
2)위와 같은 법리에다가 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 비추어 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면,이 사건 경과규정의‘종전의 규정’에는 구 조세특례제한법 제10조,제144조 등이 포함되고,원고의 이 사건 연구비 등에 대한 지출은 지방소득세 법인세분의 과세표준인 법인세액의 공제 등을 신뢰하여 이루어진 것으로,그와 같은 신뢰는 보호되어야 한다고 봄이 상당하다.따라서 원고의 주장은 이유 있고,이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.
①지방소득세 법인세분은 당초 법인세액을 과세표준으로 하여10/100을 세율로 하는 지방세였는데(구 지방세법 제85조,제89조 참조),지방세법이2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서 내국법인의 각 사업연도 소득에 관하여 개정 지방세법에서는 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하여 법인세율의10/100을 세율로 하는 법인지방소득세가 도입되었다(개정 지방세법 제85조,제103조의19,제103조의20참조).위와 같이 법인지방소득세가 도입된 취지는 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과·징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환하여 재원을 확보하고,지방자치발전에 기여하려는 것이다.
한편 지방소득세 법인세분은 법인세액의10/100을 세율로 하였으므로 법인세법에 따라 법인세 과세표준이 일응 산출되었더라도 조세특례제한법에 규정된 세액 공제·감면을 거쳐 최종적으로 확정된 법인세액의10/100이 지방소득세 법인세분을 구성하였다.그런데 법인지방소득세로 변경된 후 과세표준을 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로,세율은 법인세율의10/100으로 규정하면서 지방세특례제한법에 법인지방소득세에 대한 세액 공제·감면 규정이 없는 이상 기존의 조세특례제한법에 따른 세액 공제·감면은 이루어지지 않게 되었다(개정 지방세법 제103조의22참조).나아가 지방세특례제한법은 개인지방소득세와는 달리 법인지방소득세에 있어서는 연구비 등에 대한 세액 공제·감면을 포함하여 대부분의 세액 공제·감면을 배제하고 있다.따라서 납세의무자인 내국법인으로서는 지방소득세 법인세분에 있어 종전에는 세액 공제·감면을 받았으나 법인지방소득세에 있어서는 세액 공제·감면을 받지 못하게 되었다.
②지방소득세 법인세분과 법인지방소득세는 명칭의 차이는 있지만 내국법인의 소득에 대하여 내국법인이 지방자치단체에 납부하는 세목으로 그 실질에 있어 차이가 있다고 보기 어렵다.지방소득세 법인세분은 부가세 형식 즉,법인세액에 종속하는 방식이었으므로 최종적인 세액을 산출하기 위하여는 법인세액이 확정되어야 한다.또한 위와 같은 법인세액의 확정을 위하여는 법인세법 이외에도 조세특례제한법에서 정한 세액 공제·감면 규정에 따라 내국법인의 과세표준에 따라 산출한 일응의 세액에서 공제·감면이 이루어지게 된다.
한편 이 사건 경과규정은‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있고 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것으로 종전의 지방세 중 지방소득세 법인세분에 있어서는 그 구조상 법인세법과 조세특례제한법에 따른 규정에 의하여 산출된 법인세액에 대한 신뢰가 있었다고 보는 것이 타당하다.따라서 지방소득세 법인세분 내지 법인지방소득세에 있어 이 사건 경과규정상의‘종전의 규정’에는 지방세법만이 아닌 법인세법 내지 조세특례제한법의 제반 규정이 포함된다고 해석하는 것이 타당하다.
만약 위와 같이 해석하지 아니하는 경우 납세의무자인 내국법인으로서는 종전의 지방소득세 법인세분에 있어 법인세법 내지 조세특례제한법에 따라 공제·감면받을 수 있었던 부분을 개정 지방세법에 의하여 법인지방소득세가 도입되면서는 전혀 공제·감면받을 수 없게 되어 부당하다.또한 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하는 세목이어서 법인세법과 조세특례제한법에 따라 과세표준 즉,법인세액이 산출되었다는 측면에서도 더욱 그러하다.
③원고의 이 사건 연구비 등의 지출이 신뢰를 보호하여야 할 정도에 이르는지 관하여 보면,㉠당초 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하였던 점,㉡납세의무자로서는 이 사건 연구비 등의 지출에 있어 최저한세 등의 제한으로 감면받지 못한 연구비가 추후 공제될 수 있다는 구 조세특례제한법 제10조,제144조를 신뢰하여 이 사건 연구비 등에 대하여 세액공제를 받을 수 없는 상황에서도 연구비를 지출한 점,㉢납세의무자의 이 사건 연구비 등에 대하여 추후 세액 공제·감면이 이루어질 수 있다는 신뢰는 법인세 뿐만 아니라 그에 부가하는 지방소득세 법인세분에 있어서도 동일한 점,㉣연구비 등에 대한 세액의 공제·감면은 연구나 개발을 통한 국가경쟁력의 확보를 위하여 이루어지는 것이므로 원고의 신뢰에 보호가치가 없다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면,원고의 이 사건 연구비 등의 지출에 대한 신뢰는 보호되어야 하는 신뢰에 해당한다고 봄이 상당하다.
④피고들은 구 지방세법에서는 법인지방소득세의 세액 공제·감면에 대한 규정이 별도로 존재하지 않고,원고의 신뢰는 단순한 기대이익에 불과하다는 취지로 주장한다.그러나㉠구 지방세법에서 연구비 등에 대한 세액 공제·감면 규정을 별도로 규정하지 않은 이유는 지방소득세 법인세분이 법인세에 부가하는 형태의 세목이었기 때문으로 과세표준이 법인세액인 이상 구 지방세법에 별도의 세액 공제·감면 조항이 존재하지 않았더라도 법인세액을 산출하기 위한 법인세법과 조세특례제한법의 세액 공제·감면 조항 역시 세액 공제·감면 조항에 포함되는 것인 점,㉡연구비 등에 대하여 최저한세 등의 적용으로 당해 사업연도에 세액공제를 받지 못하더라도 구 조세특례제한법 제10조,제144조 등에 의하면5년간 이월하여 세액공제를 받을 수 있었고,법인세액에 부가하여 이루어지는 지방소득세 법인세분에 있어 그와 같은 신뢰가 단순한 기대이익에 불과하다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면,피고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
3.결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 각 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

목록

피고처분일귀속연도세액(원)서울특별시 종로구청장2018. 11. 6.2017894,708서울특별시 강남구청장2018. 11. 7.2014328,440,419

별지

관계 법령

■지방세법(2018. 12. 24.법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제85조(정의)①지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "개인지방소득"이란 소득세법 제3조 및 제4조에 따른 거주자 또는 비거주자의 소득을 말한다.
2. "법인지방소득"이란 법인세법 제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다.
제91조(과세표준)①거주자의 종합소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 소득세법 제14조 제2항부터 제5항까지에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.
제94조(세액공제 및 세액감면)종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다.다만,종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
제103조의19(과세표준)내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.
제103조의20(세율)①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.
제103조의22(세액공제 및 세액감면)①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다.이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득,법인세법 제56조 및 조세특례제한법 제100조의32제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다.이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.
부칙<법률 제12153호, 2014. 1. 1.>

제1조(시행일)이 법은2014년1월1일부터 시행한다.다만,제92조 제2항,제103조의3제4항의 개정규정은2020년1월1일부터,제103조의20제2항의 개정규정은2017년1월1일부터 시행하고 제123조의 개정규정은 공포 후3개월이 경과한 날부터 시행하며,제103조의29의 개정규정은2015년1월1일부터 시행한다.
제15조(일반적 경과조치)이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
■지방세법(2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제85조(정의)지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다.
3. "소득세분"이란 소득세법에 따라 납부하여야 하는 소득세액(소득세 과세표준 예정신고자 또는 확정신고자로서 해당 신고세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 데 대한 납부불성실가산세는 제외한다)을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
4. "법인세분"이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
제86조(납세의무자)①소득분은 지방자치단체에서 소득세 및 법인세의 납세의무가 있는 자에게 부과한다.
제89조(세율)①소득분의 표준세율은 다음과 같다.
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■조세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)①내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다)또는 법인세에서 공제한다.이 경우 제1호 및 제2호는2015년12월31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1.연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서"신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에100분의20(중소기업의 경우에는100분의30)을 곱하여 계산한 금액

2.연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서"원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에100분의20(중소기업의 경우에는100분의30)을 곱하여 계산한 금액

3.제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서"일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.다만,해당 과세연도의 개시일부터 소급하여4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가.해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의100분의40(중소기업의 경우에는100분의50)에 상당하는 금액

나.해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1)중소기업인 경우: 100분의25

2)중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우:다음의 구분에 따른 비율

가)최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의15

나)가)의 기간 이후부터2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의10

3)대통령령으로 정하는 중견기업이2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의8

4) 1)부터3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우:다음 계산식에 따른 비율(100분의6을 한도로 한다)

100분의3 +해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율× 2분의1

②제1항 제3호에 따른4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비,원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.
제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제)①내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액,가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며,대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며,이하 이 조에서"과세표준"이라 한다)에100분의16[과세표준이100억원 초과1천억원 이하 부분은100분의12,과세표준이100억원 이하 부분은100분의10,중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는100분의7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터3년 이내에 끝나는 과세연도에는100분의8,그 다음2년 이내에 끝나는 과세연도에는100분의9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하"법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
1.제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금

2.제8조,제8조의2,제10조의2,제13조,제14조,제55조의2제4항,제60조 제2항,제61조 제3항,제62조 제1항,제63조의2제5항에 따른 소득공제금액,손금산입금액,익금불산입금액 및 비과세금액

3.제5조,제7조의2,제8조의3,제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다.이하 이 조에서 같다),제11조,제12조 제2항,제24조,제25조,제25조의2부터 제25조의4까지,제26조,제29조의2,제30조의2,제30조의4,제31조 제6항,제32조 제4항,제94조,제104조의8,제104조의14,제104조의15,제104조의18,제104조의22및 제104조의25에 따른 세액공제금액

4.제6조,제7조,제12조의2,제21조,제31조 제4항·제5항,제32조 제4항,제33조의2,제62조 제4항,제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다),제64조,제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다),제85조의6,제102조 및 제121조의22에 따른 법인세의 면제 및 감면

②거주자의 사업소득(제16조를 적용받는 경우에만 해당 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다.이하 이 항에서 같다)과 비거주자의 국내사업장에서 발생한 사업소득에 대한 소득세(가산세와 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며 사업소득에 대한 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 소득세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 사업소득(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함한다)에 대한 산출세액에100분의45(산출세액이3천만원 이하인 부분은100분의35)를 곱하여 계산한 세액(이하"소득세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
1.제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금

2.제8조,제10조의2,제16조,제86조의3및 제122조의3및 제132조의2에 따른 손금산입금액 및 소득공제금액

3.제5조,제7조의2,제10조,제11조,제12조제2항,제24조,제25조,제25조의2부터 제25조의4까지,제26조,제29조의2,제30조의2,제30조의4,제31조 제6항,제32조제4항,제94조,제104조의8,제104조의14,제104조의15,제104조의18및 제126조의3제2항에 따른 세액공제금액

4.제6조,제7조,제12조의2,제21조,제31조 제4항·제5항,제32조 제4항,제33조의2,제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다),제64조,제85조의6,제102조 및 제121조의22에 따른 소득세의 면제 및 감면

③이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.
④제1항 및 제2항에 따른 최저한세의 적용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제144조(세액공제액의 이월공제)①제5조,제7조의2,제8조의3,제10조,제11조,제12조제2항,제24조,제25조,제25조의2부터 제25조의4까지,제26조,제29조의2,제30조의2,제30조의4,제94조,제104조의5,제104조의8,제104조의14,제104조의15,제104조의18,제104조의22,제104조의25,제126조의6및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다]또는 법인세에서 공제한다.
②각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조,제7조의2,제10조,제11조,제12조 제2항,제24조,제25조,제25조의2부터 제25조의4까지,제26조,제29조의2,제30조의2,제30조의4,제94조,제104조의5,제104조의8,제104조의14,제104조의15,제104조의18,제126조의6및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.
■지방세특례제한법

제102조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)①내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의100분의10을 해당 과세연도의 개인지방소득세(사업소득에 대한 개인지방소득세만 해당한다)에서 공제한다.이 경우 제1호는2018년12월31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.
1.연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서"신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 다음 각 목의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

가.중소기업의 경우: 100분의30

나.중소기업에 해당하지 아니하는 경우:다음의 계산식에 따른 비율(100분의30을 한도로 한다)

100분의20 + (해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 비율×대통령령으로 정하는 일정 배수)

3.제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서"일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.다만,해당 과세연도의 개시일부터 소급하여4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가.해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의100분의40(중소기업의 경우에는100분의50)에 상당하는 금액

나.해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1)중소기업인 경우: 100분의25

2)중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우:다음의 구분에 따른 비율

가)최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의15

나)가)의 기간 이후부터2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의10

3)대통령령으로 정하는 중견기업(이하"중견기업"이라 한다)이2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의8

4) 1)부터3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우:다음 계산식에 따른 비율(100분의3을 한도로 한다)

100분의2 +해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율× 2분의1

②제1항 제3호에 따른4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.
제167조의2(개인지방소득세의 세액공제ㆍ감면)①소득세법 또는 조세특례제한법에 따라 소득세가 세액공제ㆍ감면이 되는 경우(조세특례제한법 제144조에 따른 세액공제액의 이월공제를 포함한다)에는 이 장에서 규정하는 개인지방소득세 세액공제ㆍ감면 내용과 이 법 제180조에도 불구하고 그 공제ㆍ감면되는 금액(조세특례제한법 제127조부터 제129조까지,제132조 및 제133조가 적용되는 경우에는 이를 적용한 최종 금액을 말한다)의100분의10에 해당하는 개인지방소득세를 공제ㆍ감면한다.
②소득세법 또는 조세특례제한법에 따라 세액공제ㆍ감면받은 소득세의 추징사유가 발생하여 소득세를 납부하는 경우에는 제1항에 따라 세액공제ㆍ감면받은 개인지방소득세도 납부하여야 한다.이 경우 납부하는 소득세에 소득세법 또는 조세특례제한법에서 이자상당가산액을 가산하는 경우에는 그 가산하는 금액의100분의10에 해당하는 금액을 개인지방소득세에 가산한다.
■법인세법(2018. 12. 24.법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제13조(과세표준)내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.다만,조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의100분의60(2018년1월1일부터2018년12월31일까지 개시하는 사업연도는100분의70을 말한다)으로 한다.
1.각 사업연도의 개시일 전10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액.이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나,국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
2.이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3.이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액.끝.

원고의 이 사건 연구비 등의 지출이 신뢰를 보호하여야 할 정도에 이르는지 관하여 보면, ㉠ 당초 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하였던 점, ㉡ 납세의무자로서는 이 사건 연구비 등의 지출에 있어 최저한세 등의 제한으로 감면받지 못한 연구비가 추후 공제될 수 있다는 구 조세특례제한법 제10조, 제144조를 신뢰하여 이 사건 연구비 등에 대하여 세액공제를 받을 수 없는 상황에서도 연구비를 지출한 점, ㉢ 납세의무자의 이 사건 연구비 등에 대하여 추후 세액 공제·감면이 이루어질 수 있다는 신뢰는 법인세 뿐만 아니라 그에 부가하는 지방소득세 법인세분에 있어서도 동일한 점, ㉣ 연구비 등에 대한 세액의 공제·감면은 연구나 개발을 통한 국가경쟁력의 확보를 위하여 이루어지는 것이므로 원고의 신뢰에 보호가치가 없다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 사건 연구비 등의 지출에 대한 신뢰는 보호되어야 하는 신뢰에 해당한다고 봄이 상당하다.