동일한 과세대상이 복수의 감면규정존재할 경우 하나가 추징대상이 되는경우 추징여부 (일반행정, 부산고등법원)
공포일: 2012.11.07 / 시행일:

【심급】
4심
【세목】
취득세
【주문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2009. 10. 19. 원고에 대하여 한 취득세 354,471,530원, 농어촌특별세 69,104,940원, 등록세 301,840,820원, 지방교육세 58,809,390원(가산세 포함)의 각 추징 내지 부과처분을 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 건설교통부장관은 2004. 12. 30. 0000공사가 00시 00읍 00리 780-1 일원 34,993.8㎡(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다)에 1세대당 면적이 36㎡ 내지 51㎡인 국민임대아파트 12개동 957세대를 건설하는 0000 국민임대주택건설사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 사업기간을 2004년 12월부터 2008년 12월까지로 하여 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법(2009. 3. 20. 법률 제9511호 보금자리주택건설 등에 관한 특별법으로 전면 개정되기 전의 것) 제23조의 규정에 따라 승인하고, 이를 2005. 1. 6. 건설교통부고시 2004-510호로 고시하였다.
나. 0000공사(2009. 10. 1. 000000공사법에 의하여 원고로 합병됨에 따라 원고가 0000공사의 재산과 세대권·세대무, 그 밖의 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다. 이하 ‘원고’라 한다)는 2006. 12. 22. 피고에게 이 사건 사업지구 내에 산지전용이 불가능한 토지가 있어 사업계획을 변경하고자 주택법 제16조 제7항에 따라 착공연기를 신청하였고, 이에 피고는 2006. 12. 26. 원고에게 이 사건 사업의 착공예정일을 2006년 7월에서 2007. 12. 30.로 한 착공연기 확인서를 교부하였다.
다. 건설교통부장관은 2007. 7. 3. 이 사건 사업의 착공예정일을 2008년 8월로, 사용검사예정일을 2011년 10월로 변경하는 사업계획 변경승인을 하였다.
라. 원고는 2008년 4월경 건설교통부장관에게 이 사건 사업지구내 산지전용이 불가능한 부분에 대해 녹지시설로 변경하는 내용의 사업계획변경승인 신청을 하였고, 이에 대하여 국토해양부장관은 2008. 10. 29. 이 사건 사업지구 내 산지전용 불가한 부분을 제척하여 이 사건 사업면적을 34,993.8㎡에서 33,431.5㎡로, 규모를 957세대에서 700세대로, 사업기간을 2004년 12월부터 2012년 5월까지로 변경하는 사업계획 변경승인을 하고, 이를 2008. 11. 5. 국토해양부 고시 제2008-621호로 이를 고시하였다.
마. 원고는 2007년 11월경 피고에게 자신이 사업부지로 취득할 예정인 00시 00읍 00리 748 외 146필지에 관하여 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산이라는 이유로, 구 지방세법(2009. 5. 13. 법률 제9669호로 개정되기 전의 것, ‘구 지방세법’이라 한다) 제289조 제1항, 같은 법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 21498호로 개정되기 전의 것, ‘구 지방세법 시행령’이라 한다) 제225조 제2호 등의 규정에 의하여 취득세, 등록세, 농어촌특별세의 감면신청을 하였고, 이에 피고는 2007. 11. 27. 지방세법 제289조 제1항의 ‘원고가 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산’에 해당되어 이 사건 토지에 대한 취득세 277,169,080원, 등록세 236,015, 970원을 면제하고 농어촌특별세 중 100,019,040원(취득세 감면에 따른 농어촌특별세 54,034,680원 + 등록세 감면에 따른 농어촌특별세 45,984,360원)을 비과세한다는 결정(이하 ‘이 사건 감면결정’이라 한다)을 하였고, 원고에게 지방세면제 확인서(지방교육세도 납세의무가 없다는 취지가 포함되어 있다)를 교부하였다.
바. 원고는 2007. 11. 28. 00시 00읍 00리 754 대 182㎡에 관하여 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권이전등기를 마친 것을 비롯하여 2009. 5. 14.까지 사이에 이 사건 사업의 부지인 00시 00읍 00리 748 외 130필지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 공공용지의 협의취득 또는 수용을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 2009. 6. 30. 이 사건 사업의 공사를 착공하였다.
사. 피고는 2009. 7. 22. 이 사건 사업의 국민임대주택은 1 가구당 건축면적이 60㎡ 이하인 소규모 공동주택에 해당되어 지방세법 제269조 제1항에 의해 그 부속토지에 관한 취득세, 등록세 등을 감면하였으나 원고가 이 사건 사업에 관한 사업계획승인을 받은 2004. 12. 31.로부터 4년 내에 착공하지 않았다는 이유로, 지방세법 제269조 제3항, 같은 법 시행령 제223조 제2항에 의해 면제된 취득세 등에 신고불성실 가산세를 더한, 취득세 332,602,890원, 취득세 감면에 따른 농어촌특별세 64,841,610원, 등록세 283,219,160원, 지방교육세 55,181,230원을 각 추징하겠다는 내용의 지방세 과세예고 통지를 한 다음, 2010. 10. 19. 원고에 대하여 취득세 354,471, 530원, 농어촌특별세 69,104,940원, 등록세 301,840,820원, 지방교육세 58,809,390원을 추징 또는 부과하는 납세고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10, 12, 21 내지 30호증, 을제2, 3호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

가) 이 사건은 구 지방세법 제289조 제1항 소정의 면제요건에 해당하는바, 위 조항에 의한 지방세 면제에 대하여는 사후에 추징할 수 있는 근거규정이 없고, 구 지방세 법 제269조 제3항에 의한 추징은 같은 조 제1항의 감면을 전제로 하는 것인데, 피고가 구 지방세법 제269조 제1항에 의한 감면결정을 한 바 없으므로, 이 사건 처분은 그 처분사유가 존재하지 아니한다.
나) 구 지방세법 제269조 제3항에서 "대통령령이 정하는 기간"은 소규모의 주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종취득일을 말하며, 최종취득일이전에 사업계획승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말하는데, 원고는 사업계획 변경승인을 받은 2008. 10. 29.로부터 4년 이내인 2009. 6. 30. 공사에 착공하였으므로, 구 지방세법 제269조 제3항의 추징 요건에 해당하지 않는다.
다) 이 사건 면제결정은 공적인 견해표명에 해당하고, 건설교통부가 2004년 5월 작성하여 원고 등에게 배포한 국민임대주택 업무편람에도 이 사건 사업에 대한 취득세 등을 면제한다는 내용이 포함되어 있으므로, 원고는 이 사건 면제결정에 의해 착공여부와 관계없이 취득세 등의 면제가 유지되는 것으로 믿었으므로, 이 사건 처분은 위와 같은 비과세처리를 믿은 원고의 신뢰이익을 침해한 것으로서 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다.
라) 이 사건의 경우 구「지방세법」제7조의 위임에 따른 구 경상남도세 감면조례(2009. 7. 2. 조례 제3430호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘감면조례’라 한다) 제12조에 따른 면제요건에 해당하므로, 구 지방세법 제269조 제3항에 의한 추징은 허용되지 않는다(환송 후 당심에 이르러 이 주장을 추가하였다).
2) 피고의 주장

가) 원고의 이 사건 토지 취득은 제3자 공급 목적이 아니라 제3자 임대목적인데다가 일시취득도 아니므로 구 지방세법 제289조 제1항의 면제 요건에 해당하지 않는다.
나) 원고의 최초 사업승인과 변경된 사업승인은 사업규모나 내용의 본질적인 변경이 없으므로 최초 사업승인일인 2004. 12. 30.이 구 지방세법 시행령 제223조 제2항 소정의 사업계획승인일이고, 원고는 이로부터 4년이 지나서야 공사에 착공하였으므로, 구 지방세법 제269조 제3항의 추징 요건에 해당한다.
다) 이 사건의 경우에 감면조례가 적용되지는 않는데, 그 이유는 다음과 같다. ① 감면조례 제12조는 임대주택법 제2조 제4호에 따른 임대사업자에게 한정적으로 적용되는데, 원고는 위 임대사업자가 아니고, 이 사건 사업은 임대주택법이 아닌 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법에 의한 것이므로, 감면조례 제12조의 적용대상이 아니다. ② 피고는 원고에게 감면조례에 의하여 취득세·등록세를 추징하는 것이 아니다. ③ 원고는 감면조례에 따른 취득세·등록세 감면을 피고에게 신청하지도 않았고, 감면조례에는 직권에 의한 감면규정도 없다. ④ 조례에 의한 지방세 감면은 법령의 위임에 의해서나 법령에 규정이 없는 사항에 대하여 법령에 위배되지 않는 범위에서 제정될 수 있는데, 감면조례 제12조는 구 지방세법 제269조 제3항, 구 지방세법 시행령 제223조 제2항에 위배되어 무효이거나 구 지방세 법령보다 먼저 적용될 수 없다. ⑤ 감면조례 제12조 제1항은 토지를 취득한 날로부터 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우에는 적용되지 않는데, 여기서 ‘토지를 취득한 날’에 관하여 원고를 위한 임대주택 감면 특별 규정인 구 지방세법 제269조, 구 지방세법 시행령 제223조 제2항이 취득세의 취득시기에 관한 일반규정인 구「지방세법 시행령」제73조제1, 3항보다 우선 적용되어야 하고, 이에 따르면 원고는 최초 사업승인일로부터 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니하였으므로, 감면조례의 감면요건에 해당하지 않는다.
나. 관계 법령

■ 구 지방세법(2009. 5. 13. 법률 제9669호로 개정되기 전의 것)

제7조 (공익등 사유로 인한 과세면제 및 불균일과세)

① 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다.
제269조(소규모 임대주택 등에 대한 감면)

① 「0000공사법」에 의하여 설립된 0000공사(이하 이 조에서 "0000공사"라 한다)가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령이 정하는 소규모주택(이하 이 조에서 "소규모주택"이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다.
③ 제1항 및 제2항의 경우 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간내에 소규모주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.
제289조(공공사업용 토지 등에 대한 감면) ①「한국토지공사법」에 의하여 설립된 한국토지공사와 「0000공사법」에 의하여 설립된 0000공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다.
제292조 (감면신청)

이 장의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 지방세감면신청을 하여야 한다. 다만, 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다.
■ 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 21498호로 개정되기 전의 것)

제73조 (취득의 시기등)

①유상승계취득의 경우에는 다음 각호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날). 다만, 취득후 30일 이내에 「민법」제543조 내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.
③제1항·제2항 및 제5항의 규정에 의한 취득일전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다. 다만, 수입 또는 건조에 의하여 연부로 취득하는 선박에 대하여는 그러하지 아니하다.
제223조 (소규모 공동주택의 범위 등)

① 법 제269조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 이 조에서 "소규모 공동주택"이라 한다)용 부동산"이란은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터이하의 공동주택(당해 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용에 사용하는 토지와 영구임대주택단지안의 복리시설중 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계법령의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다.
②법 제269조제3항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 소규모 공동주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종취득일을 말하며, 최종취득일이전에 사업계획승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다.
■ 구 농어촌특별세법(2010. 1. 1. 법률 제9909호로 개정되기 전의 것)

제3조 (납세의무자)

다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1. 제2조제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

제4조 (비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
9. 대통령령이 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록세의 감면

■ 구 농어촌특별세법 시행령(2012.05.22 대통령령 23799호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세)

④법 제4조제9호 및 제11호에서 "대통령령이 정하는 서민주택"이라 함은「주택법」 제2조제3호의 규정에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」별표 1 제1호 다목의 규정에 의한 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다)이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지 (국가·지방자치단체 또는 「0000공사법」에 의하여 설립된 0000공사와 「한국토지공사법」에 의하여 설립된 한국토지공사가 동 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트·연립주택등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분·사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 별표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지를 말한다.
■ 주택법

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
3. "국민주택"이라 함은 제60조의 규정에 의한 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 의한 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하의 주택을 말한다. 이하 "국민주택규모"라 한다)을 말한다. 이 경우 주거전용 면적의 산정방법은 건설교통부령으로 정한다.
■ 임대주택법

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
4. "임대사업자"란 국가, 지방자치단체, 000000공사, 지방공사, 제6조에 따라 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제7조에 따라 설립된 임대주택조합을 말한다.
■ 구 국민임대주택 건설 등에 관한 특별조치법(2009. 3. 20. 법률 제9511호 보금자리 주택건설 등에 관한 특별법으로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "국민임대주택"이라 함은 국가 또는 지방자치단체의 재정 및 주택법 제60조의 규정에 의한 국민주택기금(이하 "국민주택기금"이라 한다)을 지원받아 30년 이상 임대할 목적으로 건설 또는 매입되는 주택을 말한다.
제3조(국민임대주택의 건설재원 등)

②국가 또는 지방자치단체의 장은 저소득층의 주거안정을 위하여 국민임대주택의 건설·취득 또는 관리와 관련한 국세 또는 지방세를 감면할 수 있다.
■ 구 경상남도세 감면조례 (2009. 7. 2. 조례 제3430호로 개정되기 전의 것)

제1조(목적)

이 조례는「지방세법」(이하 "법"이라 한다) 제7조 및 제9조에 따라 경상남도세(이하 "도세"라 한다)의 과세 면제 및 불균일 과세에 관한 사항을 규정하여 법령 기능을 보완하고 과세의 공평을 기함으로써 지역 사회의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제12조(임대주택에 대한 감면)

①「임대 주택법」제2조제4호에 따른 임대사업자(임대용부동산 취득일로부터 30일 이내에 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 "임대사업자"라 한다) 및 「공무원연금법 시행령」제74조제1항제4호에 따른 임대사업을 하는 공무원연금관리공단이 임대할 목적으로 공동주택(아파트·연립주택 및 다세대주택을 말하며, 해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 해당 공동주택(그 부속토지를 포함하되 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1. 전용면적 60제곱미터 이하의 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제하고, 해당 공동주택을 과세기준일 현재「임대주택법」 제16조제1항제1호 및 제2호에 따른 임대주택용 및 「공무원연금법시행령」제74조제1항제4호의 규정에 의한 공무원 임대주택용으로 사용하는 경우에는 공동시설세를 면제한다.
③ 제1항 및 제2항에서 규정한 공동주택을 취득한 날(건축한 경우에는 사용승인서 교부일)부터 2개월(보존등기가 되지 아니한 공동주택을 취득한 경우에는 건축주가 보존등기한 날부터 2개월, 법령의 규정이나 천재·지변·사변·화재 그 밖에 이와 유사한 사유로 소유권이전등기를 할 수 없는 경우에는 이전등기가 가능한 날부터 2개월)이내에 보존등기 또는 이전등기를 하지 아니하거나,「임대주택법」 제16조제1항 및 같은 법 시행령 제13조제1항에 따른 임대의무기간 내에「임대주택법」 제16조제3항 및 같은 법 시행령 제13조제2항에서 규정한 경우가 아닌 사유로 임대 이외의 용도로 사용하거나 매각하는 경우에는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.
다. 판 단

1) 취득세, 등록세의 감면규정에 정한 감면요건의 충족 여부

가) 이 사건의 쟁점

동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 의한 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다.
따라서 원고가 주장하는 취득세, 등록세의 감면규정 중 먼저 구「지방세법」제7조, 감면조례 제12조에 정한 감면요건이 충족되는지에 관하여 본다.
나) 감면조례에 정한 감면요건의 해당 여부

(1) 감면조례 규정의 내용

구「지방세법」제7조제1항은 "지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다."고 규정하고 있고, 구 지방세법의 위임에 따라 제정된 감면조례 제12조 제1항 제1호는 "임대주택법 제2조 제4호에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택을 건축하는 경우 해당 공동주택(그 부속토지를 포함하되 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우를 제외한다.)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다."고 규정하고 있다.
(2) 임대주택법 제2조 제4호에 따른 임대사업자

임대주택법 제2조 제4호는 "임대사업자란 국가, 지방자치단체, 000000공사, 지방공사, 제6조에 따라 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제7조에 따라 설립된 임대주택조합을 말한다."고 규정하고 있으므로, 원고는 임대주택법 제2조 제4호가 정한 임대사업자에 해당한다.
(3) 임대목적의 공동주택의 부속토지 취득

앞서 본 바와 같이, 이 사건 사업은 1세대당 면적이 36㎡ 내지 51㎡인 국민임대아파트를 건설하는 사업이므로, 임대할 목적으로 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택을 건축하고 그 부속토지를 취득하는 경우에 해당한다.
(4) 이 사건 토지취득일로부터 2년 이내 공사의 착공

구「지방세법 시행령」제73조제1, 3항은 취득세의 기준이 되는 취득시기에 대하여 원칙적으로 잔금지급일이나 잔금지급일 전에 등기한 경우에는 그 등기일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 갑 제21 내지 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 협의취득의 경우 토지소유자와 매매계약서를 작성·날인한 다음, 먼저 소유권이전등기절차에 필요한 각종 서류에 날인을 받아 등기접수하여 등기가 완료된 직후 약정된 대금을 일시에 지급하였고, 수용의 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 따라 수용개시일인 2009. 5. 6.에 토지소유권을 취득하되 그 대금은 수용개시일까지 지급 또는 공탁한 사실을 인정할 수 있고, 원고가 2007. 11. 28.부터 2009. 5. 14.까지 사이에 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마친 사실은 앞에서 본 바와 같으므로, 취득세의 기준이 되는 취득시기는 2007. 11. 28.부터 2009. 5. 14.경까지이다.
한편, 원고가 2009. 6. 30. 이 사건 사업의 공사를 착공한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 이 사건 토지 취득일로부터 2년 이내에 이 사건 사업을 착공하였다.
다) 추징사유의 부존재

감면조례 제12조 제1항의 감면규정 중 ‘토지를 취득한 날로부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우를 제외한다.’는 괄호 안 규정은 임대사업자가 임대주택을 건설할 목적으로 취득한 토지에 대하여 그 취득일로부터 2년 이내에 착공을 하지 않으면 당해 토지는 위 감면규정에 의하여 처음부터 지방세감면대상에서 배제되는 것으로서, 이 경우에 과세관청이 하는 지방세 부과처분은 추징처분이 아닌 본래의 부과처분이라고 할 것인데(대법원 2010. 6. 24. 선고 2010두4094 판결 참조), 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 토지를 취득한 날로부터 2년 이내에 착공하였으므로 괄호안 규정에 해당하지 아니하고, 달리 감면조례에서 정한 추징사유에 해당한다고 볼 아무런 자료가 없다.
라) 피고의 주장에 대한 판단

(1) 위 ① 주장에 대한 판단

감면조례 제12조는 임대주택법 제2조 제4호에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우에 적용한다고 규정되어 있을 뿐, 그 사업의 근거법령이 임대주택법에 의한 것이어야 한다는 제한규정을 두고 있지 아니하고, 건설교통부 작성의 2006년 8월자 국민임대주택 업무편람(갑 제12호증의 2, 기록 제165면)은 임대주택 등에 대하여 지방세 감면조례에 따라 취득세 및 등록세가 면제될 수 있다는 것을 밝히고 있으므로, 이 사건 사업의 근거법령이 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법이어서 감면조례가 적용되지 않는다는 피고의 주장은 이유 없다.
(2) 위 ② 주장에 대한 판단

앞서 본 바와 같이 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 의한 추징처분을 하는 것은 허용되지 아니하는바, 피고가 감면조례에 따라 이 사건 취득세와 등록세를 감면하였거나 추징한 것이 아니라 하더라도, 원고의 이 사건 토지 취득이 감면조례의 감면요건에 해당하는 한, 구 지방세법 제269조 제3항에 의한 추징처분은 허용되지 아니하므로, 피고의 위 주장도 이유 없다.
(3) 위 ③ 주장에 대한 판단

감면신청에 관한 규정방식은 ‘…감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.’고 규정한 방식과 ‘…감면을 받고자 하는 자는…그 감면신청을 하여야 한다.’고 규정한 방식으로 나눌 수 있는데, 후자의 경우 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라고 할 것이고, 그 감면신청에 관한 규정은 사업의 시행자로 하여금 과세표준 및 세액을 결정할 때 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로, 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 같은 법이 정한 감면요건에 해당되는 경우에는 그 세금을 감면하여야 한다(대법원 2004. 11. 12. 선고 2003두773 판결, 2003. 5. 16. 선고 2001두3006 판결 등 참조).
위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 감면조례 제28조 제1항은 "이 조례에 따라 도세를 감면받고자 하는 자는 별지 제1호 서식에 따른 경상남도세 감면 신청서 및 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 시장·군수에게 신청하여야 한다. 다만, 이 조례 제2장(제2조 ~ 제6조)의 경우에는 시장·군수가 감면 대상임을 알 수 있는 때에는 신청이 없는 경우라도 직권으로 감면할 수 있다."고 규정하고 있을 뿐이므로, 감면조례 제12조에 의한 감면의 경우 피고 주장과 같이 직권에 의한 감면규정이 없다 하더라도, 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라고 할 것이므로, 피고의 위 주장도 이유 없다.
(4) 위 ④ 주장에 대한 판단

구 지방세법 제294조는 "동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다."고 규정하여 복수의 감면조항을 긍정하고 있고, 감면조례는 구「지방세법」제7조의 위임에 따라 제정된 것으로서, 구 지방세법 제269조 제3항, 구 지방세법 시행령 제223조 제2항의 감면율과 동일하므로, 위 법령과 감면 요건을 달리한다 하여 무효라거나 위 법령보다 나중에 적용되어야 한다고 볼 수 없다. 따라서 피고의 위 주장도 이유 없다.
(5) 위 ⑤ 주장에 대한 판단

구 지방세법 시행령 제223조 제2항은 "구 지방세법 제269조 제3항에서 ‘대통령령이 정하는 기간’이라 함은 소규모의 주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종취득일을 말하며, 최종취득일이전에 사업계획승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다."고 규정하고 있으나, 이 규정은 구 지방세법 제269조에 따라 취득세와 등록세를 면제하는 경우에 적용되는 것으로 봄이 상당하고, 감면조례는 구「지방세법」제7조의 위임에 따라 마련된 것이어서 그 취득시기에 관하여는 구 지방세법상 취득시기에 관한 일반규정인 구「지방세법 시행령」제73조에 따라 결정되어야 할 것이므로, 피고의 위 주장도 이유 없다.
2) 농어촌특별세의 비과세요건의 충족 여부

구 농어촌특별세법(2010. 1. 1. 법률 제9909호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1호에 의하면 "지방세법에 의하여 취득세, 등록세의 감면을 받은 자"는 농어촌특별세법의 납세 의무가 있으나, 같은 법 제4조 제9호, 구 농어촌특별세법 시행령(2012. 5. 22 대통령령 23799호로 개정되기 전의 것) 제4조 제4항은 "주거전용면적이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가·지방자치단체 또는 「0000공사법」에 의하여 설립된 0000공사와 한국토지공사법」에 의하여 설립된 한국토지공사가 동 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지를 포함한다)에 대한 감면의 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다."고 규정하고 있는바, 원고가 1세대당 면적이 36㎡ 내지 51㎡인 국민임대아파트를 건설하기 위하여 이 사건 토지를 취득하는 경우로서 구 농어촌특별세법 제4조 제9호가 정한 비과세 요건에 해당하므로, 원고가 농어촌특별세의 납세의무가 없다.
3) 지방교육세 부과 여부

구 지방세법(2009. 4. 22. 법률 9636호로 개정되기 전의 것) 제260조의3에 따르면, 지방교육세는 지방세법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액의 100분의 20을 부과할 수 있는데, 원고가 감면조례 제12조에 따라 등록세를 면제받아야 함은 위에서 본 바와 같으므로, 원고는 지방교육세의 납세의무가 없다.
4) 소결

따라서 원고의 이 사건 토지의 취득에 관한 취득세, 등록세에 관하여는 구「지방세법」제7조, 감면조례 제12조 제1항의 면제 요건이 충족되는 이상 구 지방세법 제269조 제3항에 의한 추징처분은 허용되지 아니하고, 농어촌특별세에 관하여는 구 농어촌특별세법 제4조 제9호에 정한 비과세요건이 충족되고, 지방교육세는 납세의무가 없으므로, 원고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

감면규정을 바꾸어 감면주장이 가능하므로 추징을 할 수 없다.동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 의한 추징처분을 하는 것은 허용되지 아니하는바, 피고가 감면조례에 따라 이 사건 취득세와 등록세를 감면하였거나 추징한 것이 아니라 하더라도, 원고의 이 사건 토지 취득이 감면조례의 감면요건에 해당하는 한, 구 지방세법 제269조 제3항에 의한 추징처분은 허용되지 아니하므로, 피고의 위 주장도 이유 없다