영농조합법인 취득세 감면 부동산 3년 미만내 다른 용도로 사용하였는지 여부 (일반행정, 의정부지방법원)
공포일: 2023.04.04 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 2020. 1. 23. 원고에 대하여 한 취득세 236,053,060원, 지방교육세 29,706,190원 및 농어촌특별세 4,951,030원의 부과처분을 각 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

▣ 청 구 취 지

주문과 같다.
▣ 이 유

1.처분의 경위

가.원고는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 의하여2015. 5. 26.설립된 영농조합법인이다.
나.원고는2015. 5. 30.구리시 ○○동(이하‘○○동’이라 한다) ○○○-7등9필의 토지를 취득하면서 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것,이하 같다)제11조 제1항에 따라 위 토지의 취득세를 면제받았다.
다.피고 소속 공무원은2019. 8. 27.원고 사업장에 현장출장하였고,그 결과 위9필지 중 ○○동 ○○○-7, ○○동 ○○○-9, ○○동 ○○○-10(이하 위3필의 토지를 총칭하여‘이 사건 각 토지’라고 한다)이 목적용도로 사용되지 않고 있다고 판단하여 피고는2019. 10. 24.원고에게 위3필지에 대한 취득세와 가산세를 부과한다는 내용의 과세예고 통지를 하였다.
라.원고는2019. 11. 26.경기도지사에게 과세전적부심사를 청구하였으나 경기도지사는2020. 1. 13.원고의 청구를 불채택하였다.
마.피고는2020. 1. 23.원고에게 주문 기재 처분(이하 이 사건 각 토지에 대한 과세처분을 총칭하여‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)을 하였고,원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나2021. 9. 15.기각되었다.(조심2020지1241)

[인정근거]갑 제1내지3, 8, 10호증의 기재,변론 전체의 취지

2.원고의 주장 요지

가.피고가2019. 8. 27.실시한 조사는 세무조사로,다음과 같은 이유로 위법하다.
1)피고는2016. 6. 14.세무조사를 실시하고서도2019. 8. 27.다시 세무조사를 실시하여 이 사건 각 부과처분을 하였는바, 2019. 8. 27.자 조사는 위법한 중복 세무조사에 해당한다.
2) 2019. 8. 27.자 조사는 원고가 이 사건 각 토지를 영농에 직접 사용하기 시작한 지3년이 지나 추징사유가 사라진 이후 이루어진 세무조사로서 세무조사대상 선정사유가 없음에도 개시된 것이어서 지방세기본법 제82조 및 제80조에 위반하여 세무조사권을 남용한 때에 해당한다.
나.원고는 아래와 같이 이 사건 각 토지를 영농에 사용하였다.
1)원고는 ○○동 ○○○-7을 농로로 이용하였다.
2)원고는 ○○동 ○○○-9를 아로니아 재배에 이용하였고,아로니아가 고사한 이후에는 감자와 고구마를 심었다.
3)원고는 ○○동 ○○○-10을 배 저장 창고 및 귀뚜라미 양식에 사용하였다.
3.관계법령

별지1기재와 같다.
4.처분의 적법 여부

가. 2019. 8. 27.자 세무조사의 적법 여부

1)주장 가. 1)에 대한 판단

세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위,질문조사의 대상과 방법 및 내용,조사를 통하여 획득한 자료,조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데,세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인,기장 여부의 단순 확인,특정한 매출사실의 확인,행정민원서류의 발급을 통한 확인,납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는‘세무조사’로 보기 어렵다.
갑 제4호증의 기재에 의하면,피고 소속 공무원들은2016. 6. 14.원고의 사업장에 와서 취득세를 면제받은 ○○동 ○○○-7등9필의 토지 사용현황을 살펴 영농에 사용하는지 여부를 확인하였을 뿐인 사실이 인정된다.이는 단순한 사업장의 현황 확인에 불과하여 재조사가 금지되는‘세무조사’로 보기 어렵다.따라서 위 조사가 세무조사에 해당하지 않는 이상2019. 8. 27.자 조사가 중복 세무조사에 해당한다고 볼 수 없다.이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.
2)주장 가. 2)에 대한 판단

조세를 감면받기 위하여 일정기간 요건을 유지하여야 하는 경우 그 요건의 유지 여부에 관한 과세관청의 조사가 그 기간 이내에만 이루어져야 한다고 볼 아무런 근거가 없다.원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.
나.처분사유의 존재 여부

1) ○○동 ○○○-7

가)원고는 별지2지적도에 점선으로 표시된 농로를 이용하여 ○○동 산○○등에서 영농을 하였다고 주장하고 있고,위 농로는 ○○동 ○○○-7을 통해 공도와 연결되는 것으로 보인다.또한 ○○동 ○○○-7은 공도에서 ○○동 ○○○-10에 이르는 도로이기도 하다.따라서 이하에서는 ○○동 ○○○-7을①공도에서 위 농로에 이르는 부분,②위 구간을 지나 ○○동 ○○○-10에 이르는 부분,③나머지 부분으로 나누어 살펴본다.
○○동 ○○○-7중 공도에서 위 농로에까지 이르는 구간에 관하여 본다.갑 제4호증의 기재 또는 영상,변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사실 및 사정,즉,위 농로는 ○○동 ○○○-7과 연결되어 공도로 이어지는 것으로 보이는 점,피고가2016. 6. 14. ○○동 ○○○-7을 조사한 결과 농지진입을 위한 농로로 이용되고 있었던 점, ○○동 ○○○-7는 도로이므로 ○○동 ○○○-4의 음식점 영업에 병용되었다는 것만으로는 이 구간이 영농에 이용되지 않았다고 볼 수 없고,달리 원고가 이 부분 토지를 영농에 전혀 이용하지 않았고 이 부분 토지는 오로지 ○○동 ○○○-4에 있는 음식점 영업에만 사용되었다고 볼 자료도 없는 점 등을 더하여 보면,피고가 제출한 증거로는 원고가 ○○동 ○○○-7토지 중 이 부분을 영농에 이용하지 않았다고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
위 구간을 지나 이 사건 각 토지 중 ○○동 ○○○-10에 이르는 구간에 관하여 보면,아래에서 보는 바와 같이 원고가 ○○동 ○○○-10을 영농 용도로3년 미만 사용하였다고 볼 수 없는 이상 피고가 제출한 증거로는 원고가 이 부분을 영농에 이용하지 않았다고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
그 외의 나머지 부분에 관하여 보면,을 제1, 7호증,갑 제8호증의 기재,을 제2호증의1내지4의 영상에 의하면, ○○동 ○○○-7이 ○○동 ○○○-4에 위치한 음식점의 도로로 쓰기 위해1998. 4. 29. ○○동 ○○○-4에서 분할되었고,위 시점부터2018. 12. 31.까지 ○○동 ○○○-4에서 음식점 영업이 이루어진 사실, 2019. 8. 27. ○○동 ○○○-7중 ○○동 ○○○-4에 있는 음식점 앞쪽 부분에는 정원이 조성되어 있었고,구조물이 설치되어 있었으며, ○○동 산○○과의 사이에는 옹벽 등이 설치되어 있었던 사실,위 구조물은2015년경부터 설치되어 있었던 사실이 인정된다.위 인정사실을 종합하면,이 부분 토지가3년 이상 영농에 사용되었다고 볼 수 없다.
나)구 지방세특례제한법의 문언 중“그 해당 부분에 대해서는”이라는 부분에 의하면,해당 용도로 직접 사용하지 않음을 이유로 감면된 취득세를 추징하기 위해서는 해당 용도로 직접 사용하지 않는 부분을 정하여야 하고,그러한 부분이 실질적으로 토지 전부가 아니라면 그 부분에 해당하는 취득세만을 추징할 수 있다.
피고는 ○○동 ○○○-7토지 중 다른 용도로 사용한 부분의 면적을 특정하지 않고 원고 소유 면적 전체에 대한 취득세 및 가산세를 추징하였는바,이 사건 각 부과처분 중 위 토지에 대한 부분은 원고가 영농에 직접 사용한 부분에 한하여 위법하다.
다)원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있고,나머지 주장은 받아들이지 않는다.그러나 법원에 제출된 자료에 의하더라도 영농에 직접 사용하지 않은 부분의 면적이 특정되지 않으므로,결국 이 사건 각 부과처분 중 위 토지에 대한 취득세 및 가산세 추징 부분은 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에 해당하여 모두 취소할 수밖에 없다.
2) ○○동 ○○○-9

가) ○○동 ○○○-9에 대해서는 별지3사진과 같이 쌍방이 크게 세 부분으로 나누어 처분사유의 존부를 다투고 있으므로 나누어서 살펴본다.
별지3사진에서 붉은 선으로 표시된 부분에 관하여 본다.피고가 이 부분 토지는 인근 음식점의 접객용 시설이 설치되어 있거나 과거 음식점의 별관이 존재하고 있었으므로 원고가 이를 영농에 사용하지 않았다고 주장함에 대하여 원고는 이 부분을 원고가 영농을 하고 있는 ○○동 산○○등에 출입하는 농로로 이용하였다고 주장하고 있는바,피고가 제출한 증거로는 이 부분 토지에 피고가 주장하는 건물 또는 시설물이 설치되어 있었다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
별지3사진에서 노란 선으로 표시된 부분에 관하여 본다.을 제4호증의5,을 제8호증의 영상,변론 전체의 취지에 의하면, 2017. 12.경 위 부분은 주차장으로 이용되고 있었고 위 부분 입구쪽에는‘○○강 주차장’이라는 표시가 부착되어 있었던 사실, 2019. 8. 27.자 조사보고서에는“○○강 숯불민물장어의 주차장으로 사용”하는 것으로 기재되어 있는 사실이 인정된다.위 인정사실에 의하면,이 토지 부분이2017. 12.경부터2019. 8. 27.까지 인근 음식점의 주차장으로 이용되어 영농에 이용되지 않았음이 추인되고 원고가 제출한 증거로는 위 추인을 뒤집기에 부족하다.위 사실에 비추어 보면,원고가 이 부분 토지를 영농에 이용한 기간이3년에 미달한다고 봄이 타당하다.
별지3사진에서 녹색 선으로 표시된 부분에 관하여 본다.원고는,이 부분에 식재된 수목들은 원고가 이를 취득할 당시부터 존재하던 것으로 인접 토지와의 경계표시를 위해 남겨둔 것인바,이와 같은 부분은 추징 대상에 해당하지 않는다고 주장한다.이 부분에 영농에 무관한 수목이 식재되어 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고,앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음의 사정,즉,①이 부분 중 ○○동 ○○○-7, ○○동 산○○과 접하고 있는 부분의 경우,두 토지 모두 원고의 소유이므로 수목을 식재함으로써 경계를 표시하여야 할 별다른 이유가 없어 보이는 점,② ○○동 □□□, ○○동 ○○○-3, ○○동 ○○○-5와의 경계 부분의 경우,항공사진에 의하면 실제로 원고 취득 당시 수목이 상당 부분 제거되었고,위 토지들의 이용현황도 ○○동 ○○○-9와는 달라 쉽게 경계구분이 가능한 것으로 보이며 달리 영농을 위하여 위 토지들과 경계구분을 명확히 하여야 할 이유가 없어 보이는 점,③경계를 표시하기 위해서는 수목을 남겨두는 것 외에도 담장을 설치하는 등의 더 효율적인 방법도 존재하는 점 등을 더하여 보면,원고가 이 부분을3년 이상 영농에 사용하였다고 볼 수 없다.
나)피고는 ○○동 ○○○-9중 원고가 아로니아를 식재하였다고 주장하여 처분대상에서 제외한 부분을 뺀 나머지에 관하여 다른 용도로 사용한 부분의 면적을 특정하지 않고 위 부분 면적 전체에 대한 취득세 및 가산세를 추징하였는바,이 사건 각 부과처분 중 위 토지에 대한 부분은 원고가 영농에 직접 사용한 부분에 한하여 위법하다.
다)원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있고,나머지 주장은 받아들이지 않는다.그러나 법원에 제출된 자료에 의하더라도 영농에 직접 사용하지 않은 부분의 면적이 특정되지 않으므로,결국 이 사건 각 부과처분 중 위 토지에 대한 취득세 및 가산세 추징 부분은 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에 해당하여 모두 취소할 수밖에 없다.
3)사노동 ○○○-10

갑 제4, 8, 16호증의 기재에 의하면,피고 소속 공무원들의2016. 6. 14.자 현장조사 당시 위 토지에 있는 건축물은 배 저장고,농업용 창고로 이용되고 있던 사실, 2019. 8. 27.조사 당시에는 위 건축물에 식당에서 사용하는 환풍기 등 자재가 적재되어 있던 사실,원고가2017. 4.경부터 쌍별귀뚜라미 축산업에 종사하는 박○○과 거래를 한 사실이 인정되고,일정 시점 이후부터2018. 12.경까지 위 토지가 귀뚜라미 사육장으로 쓰였다는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.
위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사정,즉,원고는2015. 5. 30.이 사건 토지를 취득한 직후부터 이를 배 저장고로 사용하고 왔다고 주장하고 있는 점 등을 더하여 보면,피고가 제출한 증거로는 원고가 ○○동 ○○○-10토지를 영농 용도로3년 미만 사용하였다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
피고는 귀뚜라미 사육은‘영농’에 포함되지 않는다고 주장하나,원고와 같은 영농조합법인의 설립근거법률인 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조 제1호는 농업인을‘농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호에 따른 농업인’으로 정의하고 있고,농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호는 농업인을‘농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자’로,제1호는 농업을‘농작물재배업,축산업,임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것’이라고 정의한다.같은 법 시행령 제2조 제2호는‘수생동물을 제외한 동물의 사육업’을 축산업으로서 농업의 일부로 규정하고 있다.귀뚜라미는 곤충으로 수생동물이 아닌 동물에 해당하므로 원고가 이를 사육하는 업을 영위한 것은‘영농’에 포함된다고 봄이 타당하다.
따라서 이 사건 각 부과처분 중 사노동465-10에 관한 부분은 처분사유가 있다고 볼 수 없으므로 위법하다.원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
5.결론

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 모두 인용한다.
별지1

관계법령

■구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것)

제11조(농업법인에 대한 감면)

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서"농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를,농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각2015년12월31일까지 면제한다.
③제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1.정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2.해당 용도로 직접 사용한 기간이3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■구 지방세기본법(2021. 12. 28.법률 제18654호로 일부개정되기 전의 것)

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
36. "세무조사"란 지방세의 부과·징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건(이하"장부등"이라 한다)을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.
제80조(조사권의 남용 금지)

①지방자치단체의 장은 적절하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며,다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
②지방자치단체의 장은 다음 각 호의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1.지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2.거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3.둘 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4.제88조제4항제2호 단서 또는 제96조제1항제3호 단서(제100조에 따라「국세기본법」제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5.납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6.그 밖에 제1호부터 제5호까지의 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025314"></img>

<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025316"></img>