양도소득세부과처분취소[청산금납부분 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 중 거주기간이 문제된 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2026.01.08 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 효천 담당변호사 이종수 외 2인)
【피고, 피상고인】 송파세무서장
【원심판결】 서울고법 2025. 6. 20. 선고 2024누60680 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 관련 규정 및 법리
 가. 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제1호는 과세대상인 양도소득의 하나로 ‘토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득’을 규정하고 있고, 제95조 제1항은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액인 ‘양도차익’에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 구 소득세법 제95조 제2항은 양도차익에서 차감할 장기보유 특별공제액에 대해 규정하면서 본문에서 ‘소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 표 1에 따른 보유기간별 공제율(보유기간에 따라 6/100부터 30/100까지)을 곱하여 계산한 금액’을, 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2에 따른 보유기간별 공제율(보유기간에 따라 24/100부터 80/100까지)을 곱하여 계산한 금액’을 각각 규정하고 있고, 제95조 제4항 본문은 "제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다."라고 규정하고 있다.
 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제159조의3은 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’을 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.’고 규정하고 있다.
 나. 2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 제159조의3은 구 소득세법 제95조 제2항 표 외 부분 단서에서의 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’을 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다.’고 규정하고 있었으나, 위와 같이 소득세법 시행령이 개정되면서 ‘보유기간 중 거주기간이 2년 이상’이어야 한다는 거주요건이 추가되었고, 부칙 제1조 단서 및 제3조에서 위 개정규정은 2020. 1. 1. 이후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하였다. 이와 같이 거주요건이 추가된 것은 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유 특별공제율을 적용받기 위한 요건을 엄격히 강화함으로써 1주택 보유자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하는 데에 취지가 있다.
 다. 한편 구 소득세법 시행령 제166조 제2항은 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지(이하 ‘기존건물’이라 한다)를 제공하고 관리처분계획 등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지(이하 ‘신축주택’이라 한다)를 양도하는 경우의 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하는 방식을 규정하고 있는데, 그중 제1호는 청산금이 납부된 경우 ‘청산금납부분 양도차익’과 ‘기존건물분 양도차익’으로 구분하여 계산하도록 규정하고 있다.
 또한 구 소득세법 시행령 제166조 제5항 제2호는, 같은 조 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간에 관하여 규정하고 있는데, 이때 청산금납부분 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 관리처분계획 등 인가일부터 신축주택의 양도일까지의 기간[(가)목]으로, 기존건물분 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 기존건물의 취득일부터 신축주택의 양도일까지의 기간[(나)목]으로 정하는 등 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익의 각 장기보유 특별공제액을 별도로 산정하고 이를 위해 보유기간 역시 구분하여 정하고 있다.
 라. 위와 같은 관련 규정의 문언과 체계 및 청산금을 납부한 경우의 신축주택의 양도차익에 관하여는 ‘청산금납부분’과 ‘기존건물분’으로 구분하여 각 보유기간별로 장기보유 특별공제를 달리 적용하도록 정해져 있을 뿐 아니라, ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유 특별공제율을 정하면서 거주요건을 추가한 개정 취지 등을 종합적으로 고려하면, 재건축사업으로 청산금을 납부하고 취득한 신축주택을 양도하는 경우, 구 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서 및 이에 따른 구 소득세법 시행령 제159조의3에서 정한 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 하는 요건은, 기존건물분 양도차익에 대해서는 기존건물에서의 거주기간과 신축주택에서의 거주기간을 통산하여 살펴야 하지만, 청산금납부분 양도차익에 대해서는 신축주택에서의 거주기간만을 가지고 그 요건의 충족 여부를 판단하여야 한다.
 2. 판단
 원심은 판시와 같은 이유로 청산금납부분 양도차익에 대한 장기보유 특별공제는 신축주택에서의 거주기간이 2년 이상이어야만 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유 특별공제를 적용받을 수 있고, 이와 달리 신축주택에서의 거주기간이 2년이 되지 아니할 경우에는 같은 항 본문 표 1에 따른 장기보유 특별공제만을 적용받을 수 있다고 보아, 이를 전제로 한 피고의 이 사건 처분을 적법하다고 판단하였다.
 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이와 같은 원심의 판단은 정당하고 거기에 상고이유 주장과 같이 장기보유 특별공제의 요건에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 3. 결론
 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 노태악(재판장) 서경환 신숙희(주심) 마용주

[1] 2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정된 구 소득세법에 거주요건이 추가된 취지

 [2] 재건축사업으로 청산금을 납부하고 취득한 신축주택을 양도하는 경우, 구 소득세법 시행령 제159조의3에서 정한 ‘보유기간 중 거주기간이 2년 이상’이어야 하는 요건의 충족 여부를 판단할 때 포함되는 범위(=신축주택에서의 거주기간)

[1] 2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 제159조의3은 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항 표 외 부분 단서에서의 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’을 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다.’고 규정하고 있었으나, 소득세법 시행령이 개정되면서 ‘보유기간 중 거주기간이 2년 이상’이어야 한다는 거주요건이 추가되었고, 부칙 제1조 단서 및 제3조에서 위 개정규정은 2020. 1. 1. 이후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하였다. 이와 같이 거주요건이 추가된 것은 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유 특별공제율을 적용받기 위한 요건을 엄격히 강화함으로써 1주택 보유자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하는 데에 취지가 있다.

 [2] 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제1호, 제95조 제1항, 제2항, 제4항, 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것) 제159조의3, 구 소득세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제159조의3, 제166조 제2항, 제5항 제2호, 부칙 제1조 단서, 제3조의 문언과 체계 및 청산금을 납부한 경우의 신축주택의 양도차익에 관하여는 ‘청산금납부분’과 ‘기존건물분’으로 구분하여 각 보유기간별로 장기보유 특별공제를 달리 적용하도록 정해져 있을 뿐 아니라, ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유 특별공제율을 정하면서 거주요건을 추가한 개정 취지 등을 종합적으로 고려하면, 재건축사업으로 청산금을 납부하고 취득한 신축주택을 양도하는 경우, 구 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서 및 이에 따른 구 소득세법 시행령 제159조의3에서 정한 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 하는 요건은, 기존건물분 양도차익에 대해서는 기존건물에서의 거주기간과 신축주택에서의 거주기간을 통산하여 살펴야 하지만, 청산금납부분 양도차익에 대해서는 신축주택에서의 거주기간만을 가지고 그 요건의 충족 여부를 판단하여야 한다.