경정청구거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2004.04.22 / 시행일:

【원 고】 김영기(소송대리인 변호사 우덕성)
【피 고】 마포세무서장
【변론종결】2004.3.25.
【주 문】
1. 피고가 2003.8.3. 원고에 대하여 한 “2000.8.10.자 1996년도 귀속 종합소득세부과처분의 경정청구에 대한 거부처분”을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
가. 피고는 2000.8.10. 원고에게, 원고가 1996.10.30. 의약품 및 의료용품 판매업 등을 영위하는 소외 주식회사 알티에스코리아에게 환자관리 및 의료보험청구업무에 관한 컴퓨터 프로그램의 저작권을 양도한 것 둥과 관련하여 1996년도 귀속 종합소득세 73,028,020원을 결정, 고지하였다.
나. 그런데 위 저작권 양도계약이 원고와 위 소외회사 사이의대법원 2003.4.22. 선고 2003다2390, 2406(병합) 손해배상청구 사건의 판결에서 무효임이 확인되었다.
다. 이에 원고는 2003. 6. 3, 피고에게국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 근거하여 위 종합소득세 부과를 취소하여야 한다는 취지의 경정청구를 구하였는데, 피고는 2003.8.3. 위 종합소득세 부과권의 제척기간이 2002.5.31. 경과하였기 때문에 비록 원고의 경정청구가 위 법령에 따른 후발적 경정청구사유에 해당하더라도 경정결정을 할 수 없다는 이유로 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 관련 법령
[국세기본법]
제45조의2 (경정 등의 청구)①과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 최초신고 및 수정 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고, 결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때
제26조의2 (국세부과의 제척기간)① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는국제조세조정에관한법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급, 공제 받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10연간
2. 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3.제1호 및제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
② 다음 각 호의 경우에는제1항의 규정에 불구하고제1호의 규정에 의한 결정 또는 판결이 확정되거나제2호의 규정에 의한 상호합의가 종결된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정, 판결 또는 상호합의에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.
1. 제7장의 규정에 의한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우
2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 의한 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 경우
나. 당사자의 주장 및 이에 대한 판단
(1) 피고는,국세기본법 제26조의2의 국세부과권의 제척기간에 관한 규정은 조세법률관계를 조속히 확정시키려는 취지에서 마련된 것이므로 그 기간이 경과하면 과세권자의 조세 부과권은 소멸하여 종액경정결정은 물론 감액경정결정을 포함한 세액을 변경하는 어떠한 처분도 할 수 없는 것이고, 이는 이 사건과 같이국세기본법 제45조의2 제2항에서 규정한 사유에 기한 감액경정결정의 경우에도 마찬가지라 할 것이어서 이에 따른 이 사건 처분은 적법하다고 주장하고 있다.
이에 대하여, 원고는국세기본법 제26조의2의 규정은 조세 “부과권”의 제척기간에 관한 규정일 뿐, 기왕에 한 부과처분을 취소하는 내용의 경정결정에 대한 제척기간의 규정이 아니므로 실질적으로 조세 부과처분의 전부 또는 일부 취소인 감액경정처분의 경우에는 위 제척기간의 제한을 받지 않는다고 보아야 함에도 피고는 이에 반하여 이 사건 처분에 이르렀으므로 위 처분은 위법하여 마땅히 취소되어야 한다고 다투고 있다.
(2) 살피건대, 앞서 본 바와 같이국세기본법 제26조의2 제1항은, ‘국세는 위 조항 소정의 국세를 부과할 수 있는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다’고 규정하고 있는바, 위 조항의 문언 및 국민의 재산권 보호라는 조세법률주의의 이념에 비추어 볼 때, 위 규정은 국세의 과세표준과 세액을 확정할 수 있는 과세권자의 권한 즉, 국세 부과권의 존속기간을 정한 것으로서 국세의 부과처분 또는 기존의 국세부과처분에 대한 증액경정처분 등 납세차에게 불리하게 국세를 부과할 권한의 존속기간을 정한 것에 그칠 뿐, 납세자에게 유리하게 기존의 국세부과처분의 전부 또는 일부를 실질적으로 취소하는 의미가 있는 감액경정처분의 권한까지 위 존속기간으로 제한한 취지라고는 보이지 아니한다. 따라서 과세관청이국세기본법 제45조의2의 규정에 따른 상대방의 경정청구를 받고서 정당한 세액으로 감액경정처분을 하거나 또는 경정청구와 무관하게 스스로 잘못을 시정하여 정당한 세액으로 감액경정처분을 하는 것은위 법 제26조의2에서 규정한 기간의 제한을 받지 아니하고 언제든지 가능하다고 보아야 할 것이다.
(3) 그렇다면,국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 근거하여 이 사건 종합소득세 부과처분을 취소하여야 한다는 취지에서 한 원고의 감액경정청구를 받은 피고로서는 그 적정성 여부에 관하여 실질적으로 판단하여 위 종합소득세부과처분에 대한 감액경정을 할 것인지 여부를 결정하여야 함에도 불구하고,국세기본법 제26조의2의 법리를 오해한 나머지 단지 위 종합소득세 부과권의 제척기간이 만료하였으니 감액경정처분을 포함한 어떠한 경정처분도 할 수 없다는 형식적인 이유를 내세워 이 사건 처분에 이르렀으므로, 위 처분은 위법하다.
3. 결론
그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 받아들여 주문과 같이 판결한다.

판사 성백현(재판장) 정성태 김정중