취득세등부과처분취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2018.01.10 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 태광기업 (소송대리인 변호사 오세국)
【피고, 피항소인】 청주시 흥덕구청장
【제1심판결】 청주지방법원 2017. 7. 20. 선고 2017구합1402 판결
【변론종결】2017. 12. 13.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 이 사건 소 중 건물 부분 농어촌특별세 128,230원에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.
 3. 피고가 2016. 9. 13. 원고에 대하여 한 취득세 5,183,390원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
 4. 피고가 2016. 10. 19. 원고에 대하여 한 토지 부분 취득세 3,039,990원, 농어촌특별세 202,660원, 지방교육세 304,000원 합계 3,546,650원과 건물 부분 등록면허세(취득세) 2,564,770원, 지방교육세 769,430원 합계 3,334,200원에 대한 경정거부처분을 취소한다.
 5. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】제1심 판결을 취소한다. 주문 제3, 4항 및 피고가 2016. 10. 19. 원고에 대하여 한 건물 부분 농어촌특별세 128,230원에 대한 경정거부처분을 취소한다.
 {경정청구서(을 제4호증)의 건물 부분에 관한 기재 중 ① 당초 신고한 등록면허세를 5,129,530원에서 0원으로 감액하고, 당초 신고한 바 없는 취득세를 0원에서 2,564,760원으로 증액하는 부분은 당초 신고한 등록면허세 5,129,530원을 등록면허세의 성격도 겸하는 취득세 2,564,760원으로 감액하여 그 초과액의 감액경정을 구하는 취지로 볼 수 있고, ② 당초 신고한 지방교육세 1,025,900원를 0원으로 감액하고, 동일한 세목의 지방교육세를 0원에서 256,470원으로 증액하는 부분은 당초 신고한 지방교육세 1,025,900원을 256,470원으로 감액하여 그 초과액의 감액경정을 구하는 취지로 볼 수 있으므로, 원고가 이에 대한 거부처분의 취소를 구하는 것으로 선해한다.
 또한, 소장 청구취지에는 원고가 취소를 구하는 경정거부처분이 ‘(토지 부분) 취득세 5,340,920원, 농어촌특별세 267,040원, 지방교육세 534,090원 합계 6,142,500원과 (건물 부분) 등록면허세 5,129,530원, 지방교육세 1,025,900원 합계 6,155,430원에 대한 경정거부처분’으로 기재되어 있으나, 을 제2, 4호증의 각 기재에 의하면, 위 금액은 당초 신고한 과세물건 및 세목별 총세액이고, 원고는 그중 주문 제4항 기재 과세물건 및 세목별 금액이 정당한 세액을 초과한다는 사유로 그 초과액의 경정을 청구함과 아울러 당초 신고한 바 없는 주문 제2항 기재 농어촌특별세가 정당한 세액이라는 사유로 위 세액의 확정을 경정청구의 방식으로 구하였음이 분명하므로, 원고가 위 청구에 대한 거부처분의 취소를 구하는 것으로 선해한다.}
【이 유】1. 처분의 경위
가. 소외인은 2012. 5. 21. 청주시 (주소 1 생략) 대 565㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 (주소 2 생략) 대 185㎡[이하 ‘(주소 2 생략) 토지’라 한다]에 관하여 오송새마을금고에게 채권최고액 700,000,000원의 근저당권설정등기를 마치고, 2012. 7. 9. 이 사건 토지에 연면적 642.388㎡ 규모의 지상 5층 공동주택(다세대주택)을 신축하는 내용의 건축허가를 받아 2012. 11. 26. 착공하였다.
나. 오송새마을금고는 2014. 10. 20. 청주지방법원에서 이 사건 토지 및 (주소 2 생략) 토지에 관하여 임의경매개시결정을 받았고(이하 ‘이 사건 경매’라 한다), 위 결정에 따른 등기촉탁으로 위 건축허가에 따라 건축 중인 건물(이하 뒤에서 보는 추가공사 전의 건물 부분을 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여 같은 날 소외인 명의의 소유권보존등기가 마쳐졌다.
다. 원고는 이 사건 경매절차에서 위 각 부동산을 390,000,000원(이하 ‘전체 매각대금’이라 한다)에 일괄매수하고, 2015. 10. 21. 그 대금을 납부하여 같은 날 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다.
라. 원고는 2015. 10. 21. 피고에게 이 사건 경매로 취득한 이 사건 토지 및 (주소 2 생략) 토지에 대하여 전체 매각대금 중 시가표준액 비율로 환산한 위 각 토지의 매각대금 133,523,247원을 과세표준으로 하여 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호 나.목이 정한 1천분의 40의 취득세율을 적용한 취득세 5,340,920원, 농어촌특별세 267,040원, 지방교육세 534,090원을 신고·납부하였고, 이 사건 건물에 대하여는 전체 매각대금 중 시가표준액 비율로 환산한 위 건물의 매각대금 256,476,753원을 과세표준으로 하여 구 지방세법 제28조 제1항 제1호 나.목 1)이 정한 1천분의 20의 등록면허세율을 적용한 등록면허세 5,129,530원, 지방교육세 1,025,900원을 신고·납부하였다.
마. 원고는 이 사건 건물에 관하여 280,500,000원의 비용을 들여 추가공사를 완료한 후 2016. 6. 8. 사용승인을 받았고, 위 건물은 2016. 6. 10. 건축물대장에 등록되었다. 
바. 원고는 2016. 6. 29. 사용승인으로 취득한 추가공사 부분에 대하여 위 비용을 과세표준으로 하여 구 지방세법 제11조 제1항 제3호가 정한 1천분의 28의 취득세율을 적용한 취득세 7,854,000원, 농어촌특별세 448,800원, 지방교육세 561,000원을 신고하고, 2016. 7. 1. 이를 납부하였다.
사. 그런데 피고는 이 사건 건물 또한 원고가 사용승인 시점에 이르러 비로소 취득하였음을 전제로 2016. 9. 13. ‘이 사건 건물은 이 사건 경매로 인한 소유권이전등기로 등록면허세 납부의무가 성립한 후 취득시기가 도래하였으므로, 구 지방세법 제15조 제2항 제7호, 지방세법 시행령 제30조 제2항 제5호가 적용되어야 한다’는 이유로 원고에게 이 사건 건물에 대하여 전체 매각대금 중 건물 부분에 해당하는 256,476,753원을 과세표준으로 하여 구 지방세법 제6조 제19호가 정한 1천분의 20의 중과기준세율을 적용한 취득세 5,183,390원, 가산세 53,860원 합계 5,183,390원의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 취득세부과처분’이라 한다).
 마. 한편 원고는 이 사건 건물은 이 사건 경매 당시 이미 원시취득 시기가 도래한 주택으로서 매각대금을 납부함으로써 이를 승계취득을 하였음을 전제로 2016. 10. 17. 피고에 대하여 '이 사건 건물에 관한 소유권이전등기는 취득을 원인으로 이루어진 것이므로, 위 건물의 취득 또는 등기는 등록면허세가 아닌 취득세의 과세대상이고, 그 취득에 대한 정당한 세액은 구 지방세법 제11조 제1항 제8호(이하 ‘이 사건 세율 규정’이라 한다)가 정한 1천분의 10의 주택 유상거래 취득세율을 적용한 취득세 2,564,760원, 농어촌특별세 128,230원, 지방교육세 256,470원이다. 또한 이 사건 토지는 주택인 위 건물의 부속토지에 해당하므로, 그 취득에 대한 정당한 세액은 위 주택 유상거래 취득세율을 적용한 취득세 1,013,320원, 농어촌특별세 0원, 지방교육세 101,330원 합계 1,114,650원이다‘라고 주장하면서 당초 신고한 세액 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분 즉, 이 사건 토지 및 (주소 2 생략) 토지에 대한 취득세 3,039,990원, 농어촌특별세 202,660원, 지방교육세 304,000원 합계 3,546,650원과 이 사건 건물에 대한 등록면허세(취득세) 2,564,770원, 지방교육세 769,430원 합계 3,334,200원의 경정을 구함과 아울러 이 사건 건물에 대하여 당초 신고한 바 없는 농어촌특별세를 0원에서 128,230원으로 증액을 구하는 경정을 청구하였다.
아. 이에 피고는 2016. 10. 19. 원고에게 ‘이 사건 경매 당시 사용승인 전이어서 이 사건 건물의 취득시기가 도래하지 아니한 이상 위 건물의 경매에 대하여 취득세를 부과할 수 없고, 다만 그로 인한 소유권이전등기가 등록면허세 등의 과세대상이 된다. 또한 취득시기가 도래하지 않은 주택의 부속토지인 이 사건 토지에 대하여는 이 사건 세율 규정이 적용되지 않는다. 따라서 원고가 당초 신고한 세액이 정당한 세액이다.’는 사유로 위 경정청구에 대한 거부처분을 하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 하고, 위 처분과 이 사건 취득세부과처분을 통칭하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 6호증, 을 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고의 주장
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제4면 제4행과 제5행의 각 “감면규정”을 “세율 규정”으로, 같은 면 제12행의 “이 사건 처분”을 “이 사건 각 처분”으로 각 고치는 외에는 제1심 판결의 이유 해당 부분{제1의 가.항} 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
3. 이 사건 소 중 건물 부분 농어촌특별세에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부에 대한 직권판단
지방세기본법 제50조 제1항 제1호, 농어촌특별세법 제11조에 의하면, 지방세를 본세로 하는 농어촌특별세에 관한 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준 신고서에 기재된 세액이 신고하여야 할 세액을 초과할 때 세액의 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.
 그런데 원고의 경정청구 중 건물 부분 농어촌특별세에 대한 부분은 경정청구의 형식을 취하고 있으나, 그 실질은 이 사건 건물에 대하여 당초 신고한 등록면허세 및 지방교육세와 전혀 별개의 세목인 농어촌특별세의 납부의무가 성립한다는 사유로 당초 신고한 바 없는 위 세금 128,230원을 납부하게 하여 달라는 내용으로 위 농어촌특별세 납부의무의 확정을 구하는 새로운 신고에 해당할 뿐이다.
 따라서 이는 당초 신고에 대하여 그 감액을 구하는 경정청구에 해당되지 아니하고, 피고가 원고의 주장과 달리 농어촌특별세 128,230원이 납부의무가 없는 세금이라는 이유로 이의 수납을 거부하였다고 하여 원고로서는 이를 다툴 이익도 없으므로, 이 사건 경정거부처분 중 건물 부분 농어촌특별세 부분에 대한 원고의 취소청구는 부적법하다. 
4. 관계 법령
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 해당 부분{제1의 나.항} 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
5. 이 사건 취득세부과처분의 적법 여부에 대한 판단
가. 처분의 근거법령 및 쟁점
지방세법 시행령 제30조 제2항 제5호는 구 지방세법 제15조 제2항 제7호의 위임에 따라 ‘건축물을 건축하여 취득하는 경우로서 그 건축물에 대하여 소유권의 이전 등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후 제20조에 따른 취득시기가 도래하는 건축물의 취득에 대한 취득세는 1천분의 20의 중과기준세율을 적용한 세액으로 한다’고 규정하고 있고, 지방세법 시행령 제20조 제6항 본문은 ‘건축물을 건축하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다’라고 규정하고 있으며, 지방세기본법 제34조 제1항 제2호 가.목은 ‘재산권과 그 밖의 권리를 등기하는 때 등록면허세 납부의무가 성립한다’고 규정하고 있다.
 따라서 이 부분 쟁점은 ① 이 사건 건물의 취득시기가 피고의 주장과 같이 사용승인일에 도래하는지, ② 위 취득시기 전인 소유권이전등기일에 원고의 등록면허세 납부의무가 성립하는지 여부이다. 
나. 이 사건 건물의 취득시기
1) 지방세기본법 제34조 제1항 제1호는 취득세는 과세물건을 ‘취득하는 때’ 납세의무가 성립한다고 규정하고 있는바, ① 지방세법 제6조 제1호는 건축을 원시취득의 일례로 규정하고 있는데, 같은 조 제5호는 건축을 건축법 제2조 제1항 제8호에 따른 건축 즉, 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 토지 정착물의 신축 등으로 정의하고 있는 점, ② 최소한의 기둥과 지붕 그리고 둘레 벽이 이루어져 독립한 부동산으로서의 건물의 요건을 갖추었다면 공사가 완공되기 전이라도 건축주는 그 건물의 소유권을 원시취득한다는 것이 민법상 확립된 법리인 점(대법원 2007. 4. 26. 선고 2005다19156 판결 등 참조) 등에 비추어 보면, 건물의 경우 이와 같이 독립한 부동산으로서의 요건을 갖춘 시점에 원시취득으로 인한 취득세 납세의무가 성립한다고 보는 것이 취득의 개념 정의에는 부합하는 해석이라 할 것이다.
2) 그러나 ① 취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종인데, 건물은 독립한 부동산의 요건을 갖추었더라도 소유권보존등기가 마쳐지기 전에는 소유권 이전이 불가능하여 유통의 대상이 되는데 제약이 있는 점, ② 취득시기는 취득세의 납부의무자, 과세표준 및 가산세의 과세요건인 신고·납부기한 등을 정하는 중요한 기준이 되는데(지방세법 제7조 제1항, 제10조 제1항, 제20조 제1항, 제21조 제1항 참조) 특정 일자로 확정하기 어려운 ‘최소한의 기둥과 지붕 그리고 둘레 벽이 이루어지는 때’라는 불분명한 시점을 기준으로 각종 규정을 적용한다면, 조세행정의 명확성과 납세자의 법적 안정성과 예측가능성이 저해될 수 있는 점 등의 사정을 고려하면, 독립한 부동산의 요건을 갖추었음은 물론 가까운 장래에 거래되어 유통의 대상이 될 개연성이 있다고 공적 장부나 객관적인 자료에 의해 명백하게 인정되는 일자를 건물의 건축에 대한 취득세 납세의무가 성립하는 취득시기로 보아야 할 것이다.
3) 따라서 건물에 관하여 소유권보존등기가 경료되기 전이라도 가까운 장래에 건축물대장이 작성되어 위 등기의 신청이 가능해질 것이 확실시되는 사용승인일 등은 위 취득시기에 해당한다고 할 것이고, 이런 이유로 지방세법 시행령은 제20조 제6항 본문에 이를 반영한 규정을 둔 것으로 보인다. 그런데 구 지방세법 제10조 제7항의 위임에 따라 취득시기에 관하여 정한 지방세법 시행령 제20조 각항의 규정들은 지방세법의 규정 내용이나 해석만으로는 취득의 시기가 불분명한 때에 대한 의제일 뿐, 현저하고 명백한 취득시기를 배제하는 것은 아니므로(대법원 1994. 5. 24. 선고 93누23527 판결 등 참조), 위 시행령 제20조 제6항 본문 조항이 정한 사용승인일 등과는 다른 명백한 원시취득 시기가 인정된다면 위 시행령 조항을 배제하고 그 인정된 취득시기에 건물을 취득하였다고 보아야 한다. 
4) 그런데 아래와 같은 민사집행법의 제정 경위 및 적용 대상, 지방세법령의 규정 내용 등의 근거들을 종합하여 보면, 이 사건과 같이 건축 중에 경매의 대상이 된 건물의 원시취득 시기는 그 경매절차에서 소유권보존등기가 마쳐진 날임이 명백하므로, 이와 같은 경우에는 지방세법 시행령 제20조 제6항 본문이 정한 사용승인일을 취득시기로 볼 수 없다고 할 것이다.
가) 민사집행법이 2002. 1. 26. 법률 제6627호로 제정되기 전의 구 민사소송법 제602조는 미등기 부동산에 관하여 경매를 신청할 때 즉시 채무자 명의로 등기할 수 있음을 증명할 서류 즉, 구 부동산등기법(2002. 1. 26. 법률 제6631호로 개정되기 전) 제131조가 정한 건축물대장 등을 첨부하도록 규정하고 있었기 때문에 사용승인을 받지 아니한 건물에 대한 경매는 사실상 불가능한 상태였다. 그러나 민사집행법이 제정되면서 미등기 건물에 대해서는 그 건물이 채무자의 소유임을 증명할 서류, 그 건물의 지번·구조·면적을 증명할 서류 및 그 건물에 관한 건축허가 또는 건축신고를 증명할 서류를 첨부하면 경매신청을 할 수 있도록 규정한 제81조 제1항 제2호 단서가 신설되고, 부동산등기법의 관련 등기촉탁 규정이 개정되면서 완공되지 아니하여 사용승인을 받지 아니한 건물이라고 하더라도 최소한 건축허가와 같은 층수의 골조공사가 완공되고, 주벽과 기둥 등의 공사가 이루어져 건축허가의 내역과 같은 건물로서의 외관을 갖춘 건물로 인정될 수 있는 정도의 공사가 이루어진 경우에는 이를 경매의 대상으로 삼을 수 있게 되었으며(대법원 2004. 10. 14. 자 2004마342 결정 참조), 민사집행법 제268조는 강제경매에 관한 위 규정을 임의경매에도 준용하고 있다. 
 이러한 민사집행법 제81조 제1항 제2호 단서의 적용에 관한 법리에 비추어 보면, 사용승인 전에 경매의 대상이 된 건물은 소유권보존등기가 마쳐질 당시 주벽과 기둥 등의 공사가 이루어져 독립한 부동산의 요건을 갖춘 상태가 되었다고 볼 수 있고, 소유권보존등기에 의해 건물의 지번·구조·면적 및 용도와 이를 건축한 원시취득자가 공시되며, 등기사실이 과세관청과 원시취득자에게도 통지되므로(지방세법 시행령 제38조, 부동산등기법 제30조, 부동산등기규칙 제53조 제1항 제4호), 사용승인 전에 이와 같은 소유권보존등기가 마쳐진 건물의 경우 그것이 경매라는 유상거래의 대상이 되었음이 공적 장부에 의해 명백하게 인정되는 시점은 등기일이라고 봄이 타당하다.
나) 외형상 등기까지 마쳐진 건물을 경매절차 이후 사용승인을 받기 전에는 원시취득 시기가 도래하지 않았다고 본다면, 이는 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지와 관계없이 소유권 변동의 외형 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 취득세의 본질에 어긋날 뿐만 아니라, 독립한 부동산으로서 법원이 주도하는 매매의 대상이 되었음이 분명한 건물을 원시취득조차 이루어지지 않았다고 하는 것이어서 실질과도 괴리된다. 
다) 또한, 건축주가 소유권보존등기일까지 자금을 들여 건축한 부분이 매각되면 건축주가 배당을 통해 채무가 소멸되는 이익을 누리게 되는바, 위 시점까지 건축한 부분에 대해서는 그 이익이 귀속되는 건축주가 원시취득자로서 취득세를 부담하고, 경매를 통해 이를 매수한 승계인은 사용승인일까지 비용을 추가공사를 함으로써 가액이 증가한 부분에 대해서만 ‘건축 또는 개수로 인하여 건축물 면적이 증가한 때에는 그 증가된 부분에 대하여 원시취득으로 보아 1천분의 28의 세율을 적용한다’고 규정한 구 지방세법 제11조 제3항의 취지에 따라 취득세를 부담하도록 하는 것이 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 과세의 형평을 제고하는 것을 목적으로 하는 실질과세원칙에 부합한다.
라) 한편, ‘부동산의 취득은 등기를 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 취득한 것으로 본다’고 규정한 구 지방세법 제7조 제2항 및 부동산 승계취득에 관하여 진금지급일 등의 사실상 취득일 전에 등기를 한 경우에는 그 등기일에 취득한 것으로 보도록 규정한 지방세법 시행령 제20조 제13항에 의하면, 지방세법령은 취득에 관한 사항이 등기된 시점에는 취득이 완료되었음을 전제로 언제라도 등기를 마칠 수 있는 사실상 소유자가 등기를 지연하여 자의로 취득세 신고·납부를 미루는 행위를 방지하기 위하여 취득시기를 등기 전의 일자로 앞당기는 의제규정들을 두고 있음을 알 수 있는바, 건물의 원시취득의 경우 의제 취득일인 사용승인일 전에 소유권보존등기가 먼저 마쳐졌다면 등기일을 취득시기를 보는 것이 지방세법의 태도에 부합한다. 
5) 위에서 본 법리에 의하면, 이 사건 건물을 건축하여 원시취득한 시기는 사용승인일인 2016. 6. 8.이 아니라 이 사건 경매절차에서 소유권보존등기가 마쳐진 2014. 10. 20.이고, 원시취득의 주체 또한 원고가 아니라 위 건물 부분을 신축한 등기명의신 소외인이라 할 것이므로, 원고는 피고가 주장하는 등록면허세 납부의무 성립일 즉, 소유권이전등기가 마쳐진 2015. 10. 21. 이후 사용승인일에 비로소 이 사건 건물을 건축하여 원시취득하였다고 할 수는 없다.
다. 소유권이전등기에 대한 원고의 등록면허세 납부의무 성립 여부
1) 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정된 지방세법의 개정이유는 ‘현행 등록세 중 취득과 관련된 과세대상을 취득세로 통합하여 납세편의를 제고함’이라고 되어 있는바, 현재의 취득세 중 등록과 관련 있는 것은 등록면허세의 성격도 겸하게 되었고, 이에 따라 구 지방세법은 제23조 제1호 단서에서 취득세 과세대상인 취득을 원인으로 이루어진 등기를 등록면허세 과세대상인 등록의 개념에서 제외하도록 규정하고 있다. 
2) 그런데 원고가 마친 소유권이전등기는 소외인이 원시취득한 이 사건 건물을 이 사건 경매를 통해 승계취득함에 따라 이루어진 것이므로, 위 규정에 의하면 위 등기에 대하여는 등록면허세 납부의무가 성립하지 않는다고 할 것이고, 다만 원고의 위 취득행위에 대하여 뒤에서 보는 바와 같은 세율의 취득세 납부의무가 성립할 뿐이다.
라. 처분의 적법 여부
 결국 ① 원고가 이 사건 건물을 건축하여 사용승인일에 취득한 것으로 볼 수 없고, ② 사용승인일 전에 소유권이전등기에 대한 등록면허세 납부의무가 성립하였다고 할 수도 없어 원고의 이에 관한 주장은 이유 있고, 이 사건 취득세부과처분은 그 과세요건이 인정되지 아니하여 위법하므로 취소되어야 한다. 
6. 이 사건 경정거부처분 중 건물 부분 농어촌특별세를 제외한 나머지 부분의 적법 여부에 대한 판단
가. 이 사건 세율 규정의 내용 및 쟁점
 원고는 당초 이 사건 건물에 대하여 1천분의 20의 세율을 적용하여 등록면허세 신고를, 이 사건 토지에 관하여 1천분의 40의 세율을 적용하여 취득세 신고를 하였는데, 원고가 경정청구를 통해 1천분의 10이 정당한 세율이라고 주장하면서 적용을 구한 이 사건 세율 규정은 ‘유상거래를 원인으로 취득 당시의 가액이 6억 원 이하인 주택 [「주택법」 제2조 제1호에 따른 주택으로서 「건축법」 제38조에 따른 건축물대장에 주택으로 기재되고, 건축물의 용도가 주거용으로 사용하는 건축물과 그 부속토지를 말한다.]을 취득하는 경우’를 그 요건으로 규정하고 있다(이 사건 세율 규정은 취득가액별로 다른 세율을 적용하도록 규정하고 있으나, 이 사건과 관련된 6억 원 이하인 주택에 관한 부분만 표시한다, 이하 같다). 
 따라서 이 부분 쟁점은 이 사건 세율 규정의 주택 부분 괄호에 기재된 문언의 의미가 이 사건 건물과 같이 등기부에 주택으로 기재되고, 실제 용도도 주거용인 공동주택이라도 건축물대장이 작성되지 않았다면 그 요건에 해당하지 않는다고 해석해야 하는지 여부이다. 
나. 조세법규 해석의 원칙
 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하나, 객관적이고 합리적인 근거와 이유가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 보충적으로 목적론적 해석이 허용된다고 보아야 할 것이다. 
 특히 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 감면규정과 달리 침익적인 처분의 근거가 되는 과세요건에 관한 규정은, 규율대상 자체가 수시로 변하고 또 다양한 경제현상인 한편 여러 가지 정책적 목적을 수행하고 있는 조세법규의 특성상 규율대상을 획일적으로 기준을 정하여 법령에 명문화하는 것이 현실적으로 불가능한 사정을 감안하여 문언의 의미를 입법의 경위, 취지 및 목적에 따라 전체 법질서와 조화를 이룰 수 있도록 해석해야 한다.
다. 주택 유상거래 세율 규정의 신설 및 개정 경위와 취지
1) 종래 지방세특례제한법은 주택거래 활성화를 위해 제40조의2에서 주택을 취득하여 1주택이 되거나 일시적으로 2주택이 되는 경우 지방세법을 적용하여 산출한 취득세를 100분의 25에서 100분의 75까지 한시적으로 감면하는 내용의 규정을 여러 차례 두었으나, 감면기간 동안만 일시적으로 거래가 증가하는 등 효과에 한계가 있었다.
2) 이에 지방세법이 2013. 12. 26. 법률 제12118호로 개정되면서 주택거래에 따른 취득세를 ‘영구히’ 인하함으로써 주택 취득자의 경제적 부담을 완화하는 한편, 장기적으로 주택거래를 활성화하여 주거안정을 이루는 데 긍정적인 영향을 주기 위해서 부동산 취득세 표준세율을 정한 지방세법 제11조에 제8호를 신설하여 ‘제7호 나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 6억 원 이하인 주택을 취득하는 경우에는 1천분의 10의 세율을 적용한다’라는 내용의 주택 유상거래 세율 규정을 도입하였다. 
3) 위 신설 당시 그 적용 대상이 되는 주택에 관하여 별도의 정의 규정을 두지 않았으나, 지방세특례제한법 제40조의2의 적용과 관련한 판례가 축적되어 있었기 때문에(예를 들어 사실상 용도는 주거용이나 건축법상 용도는 주택이 아닌 오피스텔은 세액 경감의 대상이 되는 주택이 아니라는 대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두13945 판결 참조), 과세관청은 특별한 의문 없이 공부상 용도와 실제 용도가 모두 주택인 경우에 대해서 위 세율 규정을 적용하였다.
4) 이러한 실무에 대해서 주택의 범위에 관한 규정이 명문화되어 있지 않아 논란과 민원이 발생하자 취득세 과세와 관련한 납세자의 예측가능성을 보장하는 차원에서 위 주택 유상거래 세율 규정이 2015. 7. 24. 법률 제13427호로 이 사건 세율 규정으로 개정되면서 주택 부분의 괄호에 기존의 실무를 반영한 정의 문언 즉, ‘주택은 건축물대장에 주택으로 기재되고, 건축물의 용도가 주거용으로 사용하는 건축물과 그 부속토지를 말한다’는 문언이 추가되었다.
5) 그런데 위 문언에 의하면 ① 건축물대장에 주택으로 기재되지 않았으나, 사용승인서·임시사용승인서 또는 등기부에 주택으로 기재된 주택과 ② 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우 취득 당시 건축물대장에 주택으로 기재되지 않아 이 사건 세율 규정의 적용이 배제된다고 이해될 여지가 있었다.
6) 이에 실질과세의 원칙을 실현하는 한편, 납세자의 편익을 도모하기 위해서 이 사건 세율 규정이 2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되면서 위 괄호의 ‘건축물대장에 주택으로 기재되고’에 해당하는 문언이 ‘건축물대장·사용승인서·임시사용승인서 또는 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}되고’로 바뀌었다.
7) 이와 같이 개정된 현행 지방세법에 의하면, 건축물대장에 기재된 주택(건축물대장에 기재된 것으로 의제되는 구 건축법에 의해 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택을 포함한다)이 아니라고 하더라도 등기부에 기재되거나 사용승인 등을 받음으로써 승계취득이 가능한 상태에 이르렀다면 주택 유상거래 세율이 적용되는 주택에 해당함이 분명하게 되었다. 
라. 이 사건 세율 규정의 해석 
1) 이 사건 세율 규정은 문언상 다른 법률 조항에 의해 산출된 세액을 감면하는 방식이 아니라 일정한 요건에 해당할 경우 적용될 세율을 정하는 방식으로 되어 있는바, ① 이 사건 세율 규정은 지방세 각 세목의 과세요건 및 부과·징수 등에 관한 사항을 정한 지방세법의 부동산 취득세 표준세율 조항이 분류한 과세대상 중 한 유형으로 되어 있는 점, ② 따라서 지방세 감면 및 특례에 관한 사항과 이의 제한에 관한 사항을 정한 지방세특례제한법이 제40조의2에서 정한 기존의 감면규정과는 규율대상과 체계를 달리하는 점, ③ 주택 유상거래 세율 규정은 일시적인 정책적 목적을 달성하기 위해서가 아니라 주택 취득에 대해서 영구히 다른 부동산의 경우보다 낮은 세율을 적용할 목적으로 신설된 점 등의 사정에 비추어 보면, 이 사건 세율 규정은 특혜적인 감면규정이 아니라 1천분의 10의 세율에 의한 취득세를 부과하는 침익적 처분의 과세요건에 관한 규정이라 할 것이므로, 위 세율 적용의 대상이 되는 주택은 문언의 가능한 의미 범위 내에서 규정의 입법 경위 및 목적에 따라 해석되어야 한다. 
2) 이러한 조세법규 해석의 원칙에 따라 보건대, 이 사건 세율 규정에 주택을 ‘건축물대장에 주택으로 기재된 건축물과 그 부속토지를 말한다’라고 정의하는 문언이 있으나, ① 위 문언은 적용 대상인 주택의 범위를 기존의 규정보다 축소하기 위해서 창설된 제한 요건이 아니라 입법 목적에 따라 구체화·명확화될 수 있는 기존 규정의 의미를 부연하여 확인하는 내용에 불과한 점, ② 이 사건 세율 규정의 입법 목적은 주택을 유상거래로 취득한 납세의무자의 세부담을 완화하는 한편, 주택거래를 활성화하는 데 있는 것이지 건축물대장 기재를 유인 또는 강제하여 건축행정의 편의를 도모하고자 하는 데 있지 않은 점, ③ 당초부터 주거용으로 건축되어 일반인 누구든 통상 주택으로 거래하는 건축물과 달리 특정인의 주관적 의도에 따라 사실상 주거용으로 사용될 뿐인 건물은 주택거래 활성화와 거리가 있기 때문에 특별한 사정이 없는 한 건축 내지 원시취득과 결부되어 작성된 공적 장부나 문서를 통해 주거용으로만 사용되도록 건축되었음이 확인된 건축물만을 주택의 범위에 포함된다고 보아 세부담을 완화하는 것이 입법 목적에 따른 해석인 점, ④ 그런데 위 해석을 완벽하게 구체화하기 위해서는 복잡한 관련 법령 및 사실상태를 정확히 파악한 다음 상정할 수 있는 모든 사안을 검토하여 기준에 맞는 사례를 명문화하여야 하나, 이 사건 세율 규정은 그것이 여의치 않아 입법의 미비를 감수하고 개정의 계기가 된 민원에 대해서 우선적으로 대처하고자 위 기준에 맞는 대표적인 사례인 건축물대장만을 공적 장부로 명시한 것으로 보이는 점, ⑤ 앞서 본 바와 같이 민사집행법 제정 이후로는 사용승인을 받지 않아 건축물대장이 작성되지 않은 주택도 건축허가의 내역과 같은 외관을 갖추면 경매의 대상으로 삼을 수 있게 되었고, 그것이 등기되면 취득시기가 도래하여 유상거래의 대상으로도 상정할 수 있게 되었으며, 등기부의 표제부에 건물의 용도가 기재되므로, 이와 같은 등기부에 주택으로 기재된 건물은 위 해석 기준에 맞는 주택에 해당함이 분명한 점, ⑥ 현행 지방세법은 건축물대장이 작성되기 전에 승계취득이 이루어질 수 있는 경우에 대해서는 원시취득 시점에 작성된 사용승인서 등과 등기부에 주택으로 기재되었는지 여부를 기준으로 주택 유상거래 세율의 적용 대상에 포함시키고, 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하여 애초에 공적 장부의 작성이 예정되어 있지 않은 주택의 경우에 대해서는 건축물대장이 작성된 것으로 의제하여 그 적용 대상에 포함시킴으로써 이 사건 세율 규정의 입법 미비를 해소한 점 등의 사정에 비추어 보면, 이 사건 세율 규정 중 건축물대장에 관한 부분은 주택 유상거래 세율 적용의 대상이 되는 주택의 범위를 건축물대장이 작성된 주택으로 한정하는 문언이 아니라, 공적 장부에 주택으로 기재된 건축물과 그 부속토지가 위 세율의 적용 대상이라는 당연한 이치를 명문화 함에 있어 건축물대장이 그에 해당함을 주의적으로 확인하는 문언에 불과하다고 할 것이고, 따라서 이 사건 세율 규정의 입법 경위 및 목적에 따라 그 적용 대상 주택에 경매의 등기촉탁으로 작성된 등기부에 주택으로 기재된 건물이 포함된다고 해석하는 것이 법적 안정성 및 예측가능성을 해친다고 할 수 없다. 
마. 처분의 적법 여부
1) 위에서 본 법리에 의하면, 이 사건 건물은 그 원시취득 시점인 2014. 10. 20. 작성된 등기부에 그 용도가 공동주택으로 기재되어 있고, 원고는 2015. 10. 21. 유상거래인 이 사건 경매를 원인으로 이 사건 건물과 그 부속토지인 이 사건 토지를 취득하였으므로, 위 취득에 대하여는 이 사건 세율 규정이 정한 1천분의 10의 취득세율이 적용되어야 하고, 이 사건 (주소 2 생략) 토지의 취득에 대해서만 원고가 당초 신고한 바와 같이 1천분의 40의 취득세율이 적용되어야 하므로, 이에 관한 원고의 주장도 이유 있다.
2) 그런데 토지 부분에 관하여 위 세율을 적용하여 세액을 산출하면 정당한 세액은 별지 기재와 같이 취득세 2,300,930원, 농어촌특별세 64,380원, 지방교육세 230,090원이 되고, 원고가 당초 신고한 세액 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 취득세 3,039,990원(= 5,340,920원 - 2,300,930원), 농어촌특별세 202,660원(= 267,040원 - 64,380원) 지방교육세 304,000원(= 534,090원 - 230,090원) 합계 3,546,650원이 된다.
3) 또한 건물 부분에 관하여 위 세율을 적용하여 세액을 산출하면 정당한 세액은 별지 기재와 같이 취득세 2,564,760원, 지방교육세 256,470원이 되고, 원고가 당초 신고한 세액 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 등록면허세(취득세) 2,564,770원(= 5,129,530원 - 2,564,760원), 지방교육세 769,430원(= 1,025,900원 - 256,470원) 합계 3,334,200원이 된다.
4) 따라서 위 초과액의 경정청구에 대한 피고의 거부처분은 위법하므로, 이 사건 경정거부처분 중 건물 부분 농어촌특별세를 제외한 나머지 부분은 전부 취소되어야 한다. 
7. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 경정거부처분 중 건물 부분 농어촌특별세 부분에 대한 취소청구는 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 소 중 위 건물 부분 농어촌특별세에 대한 경정거부처분의 취소청구 부분을 각하하며, 이 사건 취득세부과처분과 이 사건 경정거부처분 중 나머지 부분을 취소하기로 하되, 소송비용의 부담에 관하여는 이 사건 각 처분의 위법성을 다툰 원고의 청구가 대부분 인용되었고, 쟁점과 무관한 극히 일부가 각하된 것에 불과하므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제98조, 제101조 단서, 제105조를 적용하여 소송비용의 전부를 피고의 부담으로 하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 신귀섭(재판장) 류희상 장원석