법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2005.10.13 / 시행일:

【원 고】 주식회사 조선일보사 (소송대리인 법무법인 태평양 담당변호사 김승호외 1인)
【피 고】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 임승순외 2인)
【변론종결】2005. 7. 21.
【주 문】
1. 피고가 2001. 9. 1. 원고에 대하여 한 별지 1. 법인세, 부가가치세 기재 각 “전심결과”란의 “결정세액”란 기재 금액에 대한 각 법인세 및 부가가치세 부과처분 중 각 “정당한 세액”란의 “결정세액”을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 10등분하여 그 9는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】피고가 2001. 9. 1. 원고에 대하여 한 별지 1. 법인세, 부가가치세 기재 각 “전심결과”란의 “결정세액”란 기재 금액에 대한 각 법인세 및 부가가치세 부과처분 중 각 “원고 주장 세액”란의 “결정세액”을 초과하는 부분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 피고는 아래와 같은 사항 등을 조사·결정하고 이를 근거로 과소납부 세액을 산출한 후에 신고 및 납부불성실가산세를 추가하여 2001. 9. 1. 원고에게 1996 내지 1999 각 사업연도 귀속 법인세와 1996년 제2기분 내지 1999년 제2기분의 각 부가가치세를 별지 1. 법인세, 부가가치세 기재 각 ‘당초결정’란의 ‘결정세액’ 기재와 같이 부과하였다. 
 (1) 접대비 한도초과액 등 손금불산입
 원고가 파견사원에게 지급한 격려금 721,6000,0000원, 창간기념품 90,999,920원, 취재시 지출한 취재비 168,140,055원, 업무협의시 지출한 회의비 46,840,061원, 판촉물대 198,191,545원, 판촉행사 관련비용 432,653,919원 등 합계 1,658,425,500원(이하 “이 사건 접대비”라 한다)을 접대비로 보고 한도초과액 해당부분을 손금불산입하였다.
 (2) 단체퇴직보험료 손금불산입
 원고가 퇴직금 지급기준에 따라 계산한 퇴직급여 추계액에 근거하여 예치하고 1996년 손금산입한 단체퇴직보험료 16,355,513,650원(이하 “이 사건 단체퇴직보험료”라 한다)에 대하여 세무상 한도액을 초과하여 과다계상한 것으로 보아 이 사건 단체퇴직보험료 전액을 손금불산입하였고, 재계산된 퇴직금추계액으로 위 단체퇴직보험료의 손금추인액을 계산하였다.
 (3) 부외자금 익금산입
 원고가 수입누락 등의 방법으로 부외자금(이하 “이 사건 부외자금”이라 한다)을 조성한 것으로 단정하고, 1996년 부외자금 원금 3,902,735,341원에 대하여 익금산입 유보하고, 이와 관련하여 1996년에 발생한 수입이자 242,752,943원을 익금에 산입하고, 위 부외자금 중 당해연도 사용액 507,458,230원을 익금에 산입하여 상여로 처분하면서 위 금액을 손금에 산입하였다.
 (4) 업무무관비용 손금불산입
 원고가 사주 자택의 경비원 등에게 지급한 급여 등 3,098,332,762원을 업무와 무관하게 지출한 비용으로 보아 익금에 산입하고 이 중 2,973,983,820원에 대하여는 대표자 등에게 상여로 소득처분하고, 124,348,942원에 대하여는 유보로 처분하였으며, 복리후생비 및 접대비로 지출한 832,120,000원과 대표이사 등에게 변제한 예수금 870,777,422원을 손금불산입하여 상여로 처분하는 등 합계 4,801,230,184원(이하 “이 사건 업무무관비용”이라 한다)을 업무와 무관하게 지출한 비용으로 보았으며, 이 중 원고가 이미 접대비로 손금불산입한 바 있는 432,286,500원에 대하여 손금산입하였다. 
 (5) 무상제공 광고비 부당행위계산
 원고가 특수관계자인소외 6 주식회사에게 338,400,000원 상당의 광고를 무상제공하였다고 하여 이를 익금에 산입하였다.
 (6) 업무무관가지급금 등 인정이자 부당행위계산
 원고가소외 5 주식회사에 선급금 명목으로 지급한 500,000,000원과 임직원에 대한 가지급금을 특수관계자에 대한 대여금으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이에 대한 인정이자 377,478,957원(소외 5 주식회사 선급금 인정이자 249,005,476원 + 임직원 가지급금 인정이자 128,473,481원)을 익금에 산입하고, 위 선급금 및 가지급금과소외 6 주식회사에 대한 선급금 1,000,000,000원을 업무무관가지급금으로 보아 관련 지급이자 합계 321,745,199원을 손금불산입하였다.
 (7) 임원의 보수한도 초과액 익금산입
 원고가 주주총회 결의에 의하여 정해진 임원의 보수한도액을 초과하여 지급한 것으로 보고 298,583,000원을 손금불산입하였다.
 (8) 적정유보 초과소득 계산
 원고가 손금에 산입한 단체퇴직보험료를 부인하고 동 부인액을 기업회계상 유보소득에 가산한 것을 기초로 적정유보 초과소득을 계산하였다.
 (9) 외국광고주에 대한 광고용역료를 영세율 적용 대상거래가 아닌 일반세율 적용
 원고가 외국광고주에게 광고용역을 제공하고 국내광고대행사를 통해 지급받은 광고용역료 6,945,002,078원을 영세율 적용 대상거래가 아닌 것으로 보고 일반세율(10%)을 적용하였다.
 나. 이에 원고는 서울지방국세청장에게 2001. 11. 30. 피고가 2001. 9. 1. 원고에 대하여 결정·고지한 위 각 법인세, 부가가치세의 부과처분에 대하여 이의신청을 하였고, 서울지방국세청장은 2002. 3. 26. 피고가 2001. 9. 1. 원고에 대하여 결정·고지한 위 각 법인세의 부과처분은, ① 접대비성 경비로 보아 손금불산입한 2,462,041,668원 중 필요경비로 인정되는 745,505,064원을 손금산입하고, ② 부외자금의 사용액 3,155,917,908원을 손금산입하며, ③ 업무무관경비로 보아 손금불산입한 4,801,230,184원 중 필요경비로 인정되는 490,397,604원을 손금산입하고, ④ 조선일보 일본지사에게 광고대행료를 부당히 지급한 것으로 판단하여 익금산입한 광고대행료 2,654,377,417원과 관련이자 210,171,470원 합계 2,864,548,887원을 익금에서 제외하며, ⑤ 관계회사인소외 5 주식회사로부터 인쇄용역을 고가 매입한 것으로 보아 익금에 산입한 2,065,717,524원 상당액은 제주일보를 포함하여 일반 인쇄단가를 재계산하고 그에 따라 부당행위계산부인 금액을 산정하여 익금에 산입하고, ⑥ 관계회사인소외 6 주식회사에게 10억 원을 대여한 것으로 보아 익금산입한 인정이자 69,248,932원은 익금에서 제외하며, ⑦ 적정유보 초과소득을 계산함에 있어서 손금부인된 단체퇴직보험료를 반영하여 자기자본을 재계산하고 그에 따라 적정유보 초과소득을 재계산하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하였고, 위 같은 일자에 결정·고지한 위 각 부가가치세의 부과처분은, ① 용역회사 직원들에게 제공한 중·석식비를 접대비 성격으로 보아 불공제한 매입세액 45,680,175원은 공제되는 매입세액으로 하고, ② 조선일보 일본지사에 광고용역을 제공하고 시가보다 낮은 광고료를 지급받은 것으로 보아 부과한 영세율과세표준가산세 24,128,596원을 제외하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하였다.
 다. 다시 원고는 2002. 7. 5. 국세청장에게 1996 내지 1999 각 사업연도 귀속 법인세 539,716,430원, 1996년 제2기분 내지 1999년 제2기분까지의 부가가치세 834,957,810원 등 합계 1,390,866,770원에 대하여 심사청구를 하였고, 이에 대하여 국세청장은 2003. 7. 21. 1998 사업연도 귀속 법인세는 임원상여금 한도초과액 19,874,000원을 익금에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다는 내용의 결정을 하였다.
 라. 결국 피고는 서울지방국세청장, 국세청장의 위 각 결정에 따라, 별지 1. 법인세, 부가가치세 기재 각 “당초결정”란의 “결정세액”을 각 “전심결과”란의 “결정세액”으로 각 감액결정하였다(이하에서는 당초의 위 각 부과처분 중 감액경정으로 인하여 취소되고 남은 나머지 처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1 내지 11, 갑 2, 3호증, 을 1호증의 1 내지 4, 을 2호증의 1 내지 8의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 이 사건 법인세 부과처분에 관한 판단
 (1) 이 사건 접대비 한도초과액 손금불산입에 대하여
 (가) 관계 법령
[구 법인세법](1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)
제9조 (각 사업연도의 소득)
③제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.
[구 법인세법 시행령](1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것)
제12조 (수익과 손비의 정의)
②법 제9조 제3항에서 "손비"라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다.
 2. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용.
 3. 인건비
 14. 업무와 관련 있는 해외시찰·훈련비
[법인세법]
제19조 (손금의 범위)
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
②제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③제1항 및제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
[구 법인세법 시행령](2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것)
제19조 (손비의 범위)법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
 1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용
 3. 인건비
 14. 업무와 관련 있는 해외시찰·훈련비
[구 법인세법](1996. 12. 30 법률 제5192호로 개정되기 전의 것)
제18조의2 (접대비 등의 손금불산입)
① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비로서 다음 각 호의 금액의 합계액을 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 1. 2천 400만 원에 당해 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액
 2. 당해 사업연도 종료일 현재의 자기자본(50억 원을 한도로 한다)에 100분의 2를 곱하여 산출한 금액
 3. 당해 사업연도의 수입금액(대통령령이 정하는 수입금액을 제외한다)에 다음 표에 규정된 률을 곱하여 산출한 금액. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 수입금액에 대하여는 그 수입금액에 1만분의 5(대통령령이 정하는 중소기업으로서 다목의 규정에 해당하는 수입금액이 있는 경우에는 1천분의 1)를 곱하여 산출한 금액으로 한다.
 가. 대통령령이 정하는 부동산업에서 발생한 수입금액
 나. 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)에서 발생한 수입금액
 다. 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래에서 발생한 수입금액
③제1항 및제2항에서 "접대비라 함은 접대비 및 교제비·기밀비·사례금 기타 명목 여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 지출한 기밀비중 대통령령이 정하는 범위내의 금액은 업무와 관련하여 지출한 접대비로 본다.
[구 법인세법](1997. 12. 13. 법률 제5418호로 개정되기 전의 것)
제18조의2 (접대비 등의 손금불산입)
① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비로서 다음 각 호의 금액의 합계액을 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 1. 2천400만원에 당해 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액
 2. 당해 사업연도 종료일 현재의 자기자본(50억 원을 한도로 한다)에 100분의 1(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 2)을 곱하여 산출한 금액
 3. 당해 사업연도의 수입금액(대통령령이 정하는 수입금액을 제외한다)에 다음 표에 규정된 률을 곱하여 산출한 금액. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 수입금액에 대하여는 그 수입금액에 1만분의 5(대통령령이 정하는 중소기업으로서 다목의 규정에 해당하는 수입금액이 있는 경우에는 1천분의 1)를 곱하여 산출한 금액으로 한다.
 가. 대통령령이 정하는 부동산업에서 발생한 수입금액
 나. 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)에서 발생한 수입금액
 다. 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래에서 발생한 수입금액
③제1항 및제2항에서 "접대비라 함은 접대비 및 교제비·기밀비·사례금 기타 명목 여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 지출한 기밀비중 대통령령이 정하는 범위내의 금액은 업무와 관련하여 지출한 접대비로 본다.
[구 법인세법](1998. 12. 28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)
제18조의2 (접대비 등의 손금불산입)
① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비로서 다음 각 호의 금액의 합계액(조세감면규제법 제59조제1항에 규정된 공공법인 중동법 제61조 제4항의 규정을 적용받는 법인 및 동법 별표 제2호의 법인외의 법인의 경우에는 그 합계액의 100분의 70에 상당하는 금액)을 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 1. 1천 200만 원(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 1천 800만 원)에 당해 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액
 2. 삭제
 3. 당해 사업연도의 수입금액(대통령령이 정하는 수입금액에 한한다)에 다음 표에 규정된 적용률을 곱하여 산출한 금액. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 수입금액에 대하여는 그 수입금액에 다음표에 규정된 적용률을 곱하여 산출한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액으로 한다.
 가. 대통령령이 정하는 부동산업에서 발생한 수입금액
 나. 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)에서 발생한 수입금액
 다. 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래에서 발생한 수입금액
③제1항 및제2항에서 "접대비라 함은 접대비 및 교제비·기밀비·사례금 기타 명목 여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 지출한 기밀비 중 대통령령이 정하는 범위내의 금액은 업무와 관련하여 지출한 접대비로 본다.
[구 법인세법 시행령](1998. 12. 31 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것)
제44조(접대비의 범위)
④ 법인이 광고선전 목적으로 견본품·달력·수첩·부채·컵 또는 이와 유사한 물품을 불특정다수인에게 기증하기 위하여 지출한 비용은 지출한 사업연도의 소득금액계산상 손금에 산입한다. 이 경우법 제18조의4의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니하는 금액은 그러하지 아니하다.
[구 법인세법](2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것)
제25조 (접대비의 손금불산입)
① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액을 제외한다)로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 1. 1천 200만 원(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 1천 800만 원)에 당해 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액
 2. 당해 사업연도의 수입금액(대통령령이 정하는 수입금액에 한한다)에 다음 표에 규정된 적용률을 곱하여 산출한 금액. 다만,제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자와의 거래에서 발생한 수입금액에 대하여는 그 수입금액에 다음 표에 규정된 적용률을 곱하여 산출한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액으로 한다.
④제1항 내지제3항에서 "접대비"라 함은 접대비 및 교제비·사례금 기타 명목 여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.
[구 법인세법 시행령](2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)
제42조 (접대비의 범위)
⑤ 법인이 광고선전 목적으로 견본품·달력·수첩·부채·컵 기타 이와 유사한 물품을 불특정다수인에게 기증하기 위하여 지출한 비용은 이를 접대비로 보지 아니한다.
[법인세법 기본통칙(2-15-7 내지 18-2): 회의비에 대하여]
① 정상적인 업무를 수행하기 위하여 지출하는 회의비로서 사내 또는 통상 회의가 개최되는 장소에서 제공하는 다과 및 음식물 등의 가액 중 사회통념상 인정될 수 있는 범위 내의 금액(‘통상회의비’라 한다)은 이를 각 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입한다.
② 제1항에 규정하는 통상회의비를 초과하는 금액과 유흥을 위하여 지출하는 비용은 이를 접대비로 본다.
 (나) 파견사원 격려금 등에 대하여
 1) 원고의 주장 
 원고는 매년 말 경영성과에 따라 직원들에게 보수 이외에 일정액의 특별격려금을 지급해 왔고 이러한 격려금은 원고에게 파견된 사원에게도 직원들과 별다른 차별 없이 근속기간에 따라 적은 금액을 지급한 것으로서 이는 지난 1년간 성실히 근무한 파견사원의 노고에 대한 보상의 성격을 가진 인건비에 해당한다.
 2) 판단
 갑 5호증의 1 내지 6, 갑 8호증, 을 3호증의 1 내지 9의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1996. 12. 19. 외부 용역회사인소외 8 주식회사,소외 9 주식회사,소외 10 주식회사,소외 11 주식회사,소외 12 주식회사 등에서 파견되어 원고 본사에서 청소원, 경비원, 사무보조원 등으로 근무하고 있는 파견사원 240명의 사기를 진작시키기 위하여 일정한 기준에 의해 1인당 70만 원 또는 40만 원씩 합계 153,000,000원을 격려금의 명목으로 지급하였고, 1997. 12. 23.에는 같은 명목으로 파견사원 269명에게 1인당 70만 원 또는 40만 원씩 합계 173,000,000원을 격려금의 명목으로 지급하였으며, 1998. 12. 23.에는 같은 명목으로 파견사원 185명에게 1인당 60만 원 또는 30만 원씩 합계 106,200,000원을 지급하였고, 1999. 9. 21.에는 같은 명목으로 파견사원 261명에게 합계 102,500,000원을, 같은 해 12. 28.에는 같은 명목으로 파견사원 265명에게 186,900,000원을 각 지급하였으며, 같은 해 12. 7.경 창간 80주년 기념으로 파견사원 259명에게 시가 합계 107,958,996원인 김치냉장고 259대{원고의 기안용지(갑 8호증)에는 합계 117,845,000원을 지급한 것으로 기재되어 있으나, 위 금액 중 일부는 원고의 직원에게 지급하였다.(을 3호증의 1)}를 각 지급한 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다.
 법인세법상 접대비란 접대비 및 교제비·기밀비·사례금 기타 명목 여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말하는 것으로, 사업에 관련 있는 자들에게 접대 등의 행위를 함으로써 그들과 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위하여 무상으로 지출한 것을 말하는바, 위와 같이 원고가 이 사건 격려금 등을 파견사원에게 지급한 의도가 파견사원들의 노고를 치하하고 사기를 진작하여 파견사원들이 원고의 정규직원과의 급여차이 등 갈등이나 소외감을 줄이겠다는 것이라는 점, 원고와 파견사원 사이에 근로계약 등 아무런 계약도 체결된 바 없고, 위 격려금 등의 수액과 지급방법에 관하여 사전에 약정 없이 원고가 일방적으로 지급한 점 등의 사정을 종합하면 이 사건 격려금 등의 지출 목적이 고용관계 없는 파견사원으로 하여금 원고에 대한 호감과 원고 직원들과의 일체감을 갖도록 하여 그들과의 친목을 두텁게 함으로써 위 용역계약에 따른 근무관계를 보다 원활하게 하기 위한 데에 있는 것으로 인정되므로, 이 사건 격려금 등은 접대비에 해당한다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (다) 취재비에 대하여
 1) 당사자의 주장
 원고는, 취재비(이하 ‘이 사건 취재비’라 한다)는 원고 소속 취재기자들이 정상적인 취재업무를 수행하는 과정에서 지출한 통상의 다과 및 식비로서 취재기자들이 호화사치성 업소에서 취재원을 접대하기 위해 취재비를 지출한 것이 아니라 취재과정에서 취재를 위하여 통상적으로 발생하는 원고의 사업과 관련하여 직접 지출한 비용이라고 주장한다. 
 이에 대하여, 피고는, 이 사건 취재비는 원고가 취재원으로부터 정보를 원활히 취재하기 위하여 취재원에게 무상으로 지출한 비용이고, 이를 지출하지 않는다고 하여 취재가 불가능한 것은 아니므로 접대비에 해당한다고 주장한다. 
 2) 인정사실
 가) 원고의 취재기자들은 취재원과의 인터뷰 등을 목적으로 한명에서부터 여러 명에 이르는 취재원을 만나 차나 식사를 하면서 취재한 후 그 비용에 관하여 취재비신청서와 지출결의서를 작성하고 영수증 등 증빙서류를 첨부하여 원고에게 제출하고, 원고는 이를 근거로 분개전표를 작성하여 회계장부에 기장하였다.
 나) 원고가 1996.부터 1999.까지 취재기자들에게 지출한 취재비는 적게는 2,000원에서 많게는 100만 원을 초과하는 것도 있는데, 이 중에는 취재기자들이 취재활동을 하면서 취재원에게 제공한 찻값 상당의 비용도 있고, 취재기자들이 검사들이나 판사들과의 회식을 하면서 지출한 회식비용도 있으며, 선물비나 부회식비 명목으로 지출된 비용도 있다. 또한 원고는 해외 특파원들에게 일률적으로 취재비라는 명목으로 일정액씩을 지급하였으나 그 사용처가 밝혀지지 않았고, 해외 특파원이 동료 기자들을 접대한 비용을 취재비로 지급한 내역도 있다. 
 다) 1997. 3. 1.부터 시행하고 있는 원고의 취재비 지급기준(갑 52호증)에 따르면 취재비는 기자의 직무상 취재활동을 위하여 사용된 경우에만 지급되는 것으로 하고, 취재비를 일일취재비와 실비취재비 등으로 분류하고 있다. 일일취재비는 편집국 외근기자 중 긴박한 뉴스를 취재하는 기자, 출입처가 회사에서 원거리인 기자 및 지방 근무 기자에게 일일 단위로 지급하되 그 한도액을 정당·경찰·법조·공항 출입기자, 사회부 행정부처 출입기자, 서울특별시청 출입기자 등과 지방근무 기자 등에게 각 25,000원으로 제한하고 있다. 실비취재비는 일일취재비를 지급받지 않은 기자가 교통비, 취재원 접대비, 통신비, 기자실 운영비 등에 대해 영수증 기타 증빙서류를 첨부하여 취재비를 청구하는 경우에 지급하되, 그 한도액을 수도권 특별취재비의 경우에 부장 이상 13,000원, 차장 12,000원, 차장대우 이하 평사원 11,000원으로 제한하고, 회의비의 경우에는 사회부 행정, 법조, 사건 데스크, 경찰 CAP, 지방취재본부 본부장 등에게 각 30,000원으로 제한하고 있다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 52호증, 갑 66, 67호증, 갑 80호증의 1 내지 105, 갑 81호증의 1 내지 76, 갑 82호증의 1 내지 30, 을 3호증의 11, 14의 각 기재, 변론 전체의 취지
 3) 판단
 신문인쇄업 등을 목적사업으로 하는 원고회사의 특성상 그 소속 취재기자들이 신문 보도를 위하여 기사로서 가치 있는 사건을 취재하기 위하여 취재원들과 만나는 것은 불가피한 일이다. 기자들이 취재원과 만나는 것은 당시의 사건을 취재하기 위하여 만나는 경우도 있으나, 장래 계속적으로 발생할 가능성이 있는 사건을 취재하거나 장기간 동안 취재를 위하여 수시로 만나는 경우도 있다. 이와 같이 기자들이 취재원과 만나 차를 마시거나 식사를 하는 경우 그 비용이 원고의 사업과 관련된 비용임에는 틀림 없으나, 그 비용이 모두 원고의 손금으로 산입될 수 있는 비용이라고 단정할 수는 없다. 기자가 취재원과의 식사 등에 지출하는 비용 중에는 당해 취재를 위한 장소 확보 등에 지출되는 필수적인 비용도 포함되어 있지만, 행정부나 사법부 직원들과의 회식 등과 같이 향후 취재활동을 원활히 하기 위하여 취재원들과 지속적인 친목을 도모하기 위하여 지출한 비용도 상당수 포함되어 있는데, 후자의 경우 그 비용은 접대비에 해당하기 때문이다. 또한 기자가 취재원으로부터 취재를 하는 과정에서 지출한 비용이라 하더라도 고가의 음식을 먹는 등 그 지출비용이 과다한 경우에는 그 비용에 접대비적 성격이 전혀 없다고 할 수도 없는 것이다. 따라서 원고가 소속 취재기자들이 취재비로 사용하였다고 주장하는 비용들 중에서 어디까지 비용으로 인정할 수 있는지를 판단하기 위해서는 당해 비용이 접대비로서의 성격이 있는지 여부를 가려야 할 것이다.
 원고의 취재기자들이 1996.부터 1999.까지 지출한 취재비는 적게는 2,000원에서 많게는 100만 원을 초과하는 것도 있는데, 이 중 일부(가령 2,000원 상당의 찻값)는 취재활동을 위하여 통상 소요되는 비용임이 명백하여 손금에 산입되어야 할 것도 있지만, 일부(가령 검사들이나 판사들과의 회식비용)는 명백히 접대비의 성격을 띠고 있는 것도 있고, 일부(가령 1997. 12. 24. 지출된 여러 건의 취재비나 해외 특파원들에게 일률적으로 일정액씩 지급한 취재비)는 그 사용처가 전혀 밝혀지지 않은 것도 있으며, 일부(가령 1997. 12. 5. 지출된 선물비 2,175,000원, 1997년 지출된 여러 건의 부회식비 및 해외 특파원이 동료 기자들을 접대한 비용)는 취재비로서의 성격이 전혀 없는 것도 있고, 그 나머지 비용도 반드시 접대비의 성격이 없는 것이라고 단정할 수 없다. 그러므로 과연 어느 범위 내에서 사용한 취재비가 일반적으로 통상 용인되는 취재비로 보아 전액을 손금에 산입하고, 나머지 비용은 접대비로 볼 것인지 살피건대, 원고의 위 취재비 지급기준(갑 52호증, 1996. 1. 1.부터 1997. 2. 28.까지 사이에 사용된 취재비에 관한 원고의 지급기준은 알 수 없으나 적어도 1997. 3. 1. 이후보다 물가 수준이 낮았을 것이므로, 위 취재비 지급기준을 적용한다고 하더라도 원고에게 불리하지는 않다.)에 따르면 일일취재비와 실비취재비의 각 한도액 중 최고액이 30,000원인 점 및 앞서 본 취재비의 이중적 성격 등 여러 사정을 종합하여 이 사건에서 일반적으로 통상 용인되는 취재비의 한도액을 30,000원으로 보기로 한다(물론 이 금액을 초과하는 취재비 중 전액 비용으로 인정하여야 할 것도 있고, 이 금액에 미달하는 취재비 중 접대비의 성격이 있는 것도 있을 수 있으나, 이 사건 취재비의 건수가 방대하고 이를 일일이 구분하는 것은 사실상 불가능하므로 일응 위와 같은 기준으로 구분하기로 한다.).
 따라서, 이 사건 취재비 중 1회 사용액이 30,000원을 초과하는 부분은 일반적으로 통상 용인되는 취재비에 해당하지 않아 이를 접대비로 볼 것이나, 1회 사용액이 30,000원 이하인 부분은 원고의 사업과 관련하여 지출한 비용으로서 전액 손금산입 되어야 하므로, 이 사건 취재비 중 1996 사업연도에는 합계 7,164,186원, 1997 사업연도에는 합계 7,704,284원, 1998 사업연도에는 합계 455,638원, 1999 사업연도에는 합계 400,499원 이 각 손금산입 되어야 할 것이어서, 원고의 위 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있고, 나머지 주장은 이유 없다.
 (라) 회의비에 대하여
 1) 당사자의 주장
 원고는 피고가 손금부인한 회의비(이하 ‘이 사건 회의비’라 한다)는 원고 소속 사원들이 업무수행을 위하여 지국장 등 업무관계자와의 회의 등을 하면서 발생한 통상적인 비용인 다과비와 식사비이거나, 원고가 신문독자들의 구매의욕을 자극하여 원고 발행 일간지, 주간지 등의 판매를 촉진하기 위한 광고 목적으로 개최한 조선일보 청소년교실, 청룡기 중고등학교야구선수권대회, 동인문학상, 신춘문예, 조선일보 광고대상 등 행사의 자원봉사자, 협회관계자, 야구심판, 문학상 심사위원들에게 제공한 식사와 음료수 등의 비용으로서 광고선전비에 해당한다고 주장한다.
 이에 대하여 피고는 이 사건 회의비 중 일부는 원고의 거래처인 지국장 등과 판매확장을 위한 단합대회 등에 지출되었고, 일부는 호텔이나 고급식당 등에서 음식접대를 한 것으로 지출규모가 수백만 원에 달하여 통상 회의가 개최되는 장소에서 제공하는 다과나 음식물 등의 가액 중 사회통념상 인정될 수 있는 범위 내의 금액으로서 통상적인 회의비의 규모를 넘어서고 있으므로, 결국 원활한 거래관계를 위하여 특정인에게 무상으로 지출된 접대비에 해당한다고 주장한다.
 2) 판단
 갑 53, 54호증, 갑 55호증의 1, 2, 갑 56호증의 1, 2, 을 3호증의 11, 12, 13, 14의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 해마다 연간 약 7회에 걸쳐 초등학교 4학년에서 중학교 3학년까지의 남녀학생들을 초청하여 “조선일보 청소년교실”을 열어 단체생활과 스포츠 활동 등을 통하여 올바른 역사관, 국가관, 질서의식, 신체단련 등 전인교육의 장을 마련한 사실, 원고는 해마다 6월경 청룡기 전국 중·고등학교 야구선수권대회를 개최하였고, 또한 동인문학상, 조선일보 신춘문예 시상식, 마라톤 대회, 이중섭미술상 시상식, 조선일보 음악콩쿨대회 등을 개최한 사실, 원고는 또한 신문 지국장들을 초청하여 신문판매의 확장을 독려하는 자리를 마련하였고, 기타 원고의 업무와 관련 있는 거래처 사람들과 회합을 가진 사실, 원고는 위와 같은 각종 대회를 개최하면서 그 행사의 운영에 필요한 자원봉사자, 협회관계자, 야구심판, 문학상 심사위원 등에게 강사료, 인건비, 홍보물, 물품구입비, 운동장사용료, 심판비, 심사위원 심사료, 원고료 등을 지급하였고, 이와는 별도로 그들에게 식사와 음료수 등을 제공하였으며, 지국장 등 거래처 업자들에게 식사를 대접한 사실 등을 인정할 수 있고, 반증이 없다.
 법인세법상 광고선전비란 당해 기업의 상표 또는 상품 등을 소개하거나 성가를 올리기 위한 활동 등 구매의욕을 자극하는 데에 불특정 다수인에게 지출한 무상의 비용을 말하고, 회의비란 정상적인 업무를 수행하기 위하여 법인의 거래처 업자 등을 초대하여 업무의 협의를 위하여 회의를 개최하는 데에 소요되는 비용으로서 사내 또는 통상 회의가 개최되는 장소에서 제공하는 다과 및 음식물 등의 가액 중 사회통념상 인정될 수 있는 범위 내의 금액을 말한다.
 살피건대, 원고가 각종 행사를 개최하면서 그 행사의 운영업무에 필요한 사항을 협의하기 위하여 자원봉사자, 협회관계자, 야구심판, 문학상 심사위원 등을 초대하여 회의를 개최하면서 식사와 음료수 등을 제공한 점, 원고 발행의 신문 등 인쇄매체의 판매확장과 광고를 위한 업무의 협의를 위하여 거래처 업자인 지국장 등을 초대하여 회의를 개최하고 식사를 제공한 점 등 위에서 인정한 사정을 종합하여 보면, 원고가 위 각 회의를 개최하면서 지출한 비용은 회의비라 할 것이고, 이 중 다과와 음료를 제공하는 데 소요된 비용은 사회통념상 용인할 수 있는 통상의 회의비에 해당한다고 할 것이다. 그러나, 식사 등을 제공하는 데 소요된 비용은 사회통념상 용인될 수 있는 통상의 회의비에 해당한다고 할 수 없고, 위 자원봉사자 등에게 제공한 식사비는 위와 같은 행사에 필수적으로 소요되는 비용이 아닐 뿐 아니라 그 지급대상도 특정되어 있어 광고선전비에도 해당되지 아니한다.
 따라서 이 사건 회의비 중 다과 또는 음료를 제공하면서 지출한 별지 2. 손금산입 회의비 기재 각 비용은 통상의 회의비에 해당한다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있고, 나머지 주장은 이유 없다.
 (마) 판촉물비용에 대하여
 1) 원고의 주장
 이 사건 판촉물은 신문배달용 카트가방, 창간기념일에 유공자에게 수여한 감사패, 상패, 손목시계 등으로 판촉물비용의 지출 상대방이 불특정 다수인이고 지출 목적이 구매의욕을 자극하는 데 있으므로 그에 소요된 비용은 광고선전비이다.
 2) 판단
 갑 7호증의 1 내지 5, 을 3호증의 10, 12의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1996. 1. 31.경 배달원들에게 시가 합계 2,430,000원 상당의 신문배달용 카트가방을 지급하고, 1996. 9. 30.경 파견사원 등에게 시가 합계 4,374,000원 상당의 지갑, 벨트 세트(1개당 27,000원 상당) 162개를, 내방객들에게 시가 합계 5,400,000원 상당의 비누 세트를 각 지급하였으며, 1996. 11. 30.경 내방객 등에게 시가 합계 2,660,000원 상당의 상패와 시가 합계 5,760,000원 상당의 손목시계를 지급하였고, 1996. 12. 31.경 창간기념일 내방객들에게 시가 합계 4,200,000원 상당의 시계와 시가 합계 6,813,000원 상당의 인삼주 세트 등을 지급하였고, 1999. 12. 31.경 배달원들에게 창간 80주년 기념품으로 시가 합계 145,454,545원 상당의 오리엔트 시계를 지급한 사실을 인정할 수 있고 반증이 없다.
 위 인정사실에 의하면, 원고는 거래처 직원들이나 창간기념일의 내방객 등 특정인에게 위 각 판촉물을 지급하였으므로, 원고가 지급한 위 각 판촉물은 업무와 관련 있는 특정인과의 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위하여 무상으로 지급한 것으로 접대비에 해당한다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 (바) 판촉행사비에 대하여
 1) 원고의 주장
 지국장대회는 접대용 행사가 아니라 전문가를 초청하여 판매전략과 전술을 배우고, 일선 지국에서의 판매 성공사례 등 경험을 나누는 자리이므로 이를 주관하면서 지출되는 비용은 접대비가 아니라 광고선전비, 교육훈련비 또는 회의비에 해당하고, 조선일보 광고대상 행사는 원고의 사업을 위하여 필요한 행사이고 이에 소요된 비용은 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용이다.
 2) 판단
 갑 9, 10호증, 을 3호증의 12의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1996.부터 1999.까지 매년 지국장 단합대회를 개최하면서 지국장들의 부부까지 초대하여 체육행사를 갖거나 부부 동반으로 여행을 다니게 하고, 물건을 나누어 주기도 하였고, 1999. 8. 31.경에는 수해를 입은 신문지국에 약 23,300,000원을 수해지원금으로 지급한 사실, 또한 원고는 1997.경에는 수차례에 걸쳐, 1999.경에는 두 차례에 걸쳐 광고주들을 초청하여 여러 팀으로 나누어 같은 날 여러 다른 골프장에서 골프대회를 개최하고 식사를 대접한 사실 등을 인정할 수 있고, 반증이 없다.
 원고가 중요한 사업상의 거래처인 지국장들에게 수해지원금을 지급하거나 부부동반의 체육대회와 여행에 필요한 경비를 부담하고, 선물을 나누어 주었으며, 또한 거래처인 광고주들에게 골프비용과 식사비용을 지급한 점 등 앞서 인정한 사정을 종합하여 보면, 원고는 업무와 관련 있는 지국장들 및 광고주들과의 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위하여 무상으로 수해지원금, 체육대회, 여행, 선물, 골프, 식사 등의 비용을 지급한 것으로서 이는 접대비에 해당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (2) 이 사건 단체퇴직보험료에 대하여
 (가) 당사자의 주장
 원고는 1996년 세무조정에서 1995. 5. 9.자 단체협약 제51조에 의한 퇴직금지급기준에 의하여 퇴직금 추계액을 122,225,216,684원으로 계산한 다음 1996년 당기말 현재 퇴직급여충당금 30,784,630,869원을 공제한 후의 금액 91,440,585,815원을 한도로 산정된 단체퇴직보험료의 손금산입 한도액인 이 사건 단체퇴직보험료 16,355,513,650원을 손금산입하였는데, 이 사건 퇴직금 추계액 산정에 있어 포함된 특별격려금은 1990년부터 매년 12.경 사원들의 사기진작을 위하여 지급하여 온 계속적이고 정기적인 급여이고, 단체협약 제51조에 따르면 지급기준율 산정시 퇴직금 누진율은 5년 이상 근속자에 대하여는 0.5, 10년 이상 근속자에 대하여는 0.8을 적용하여야 한다고 주장한다.
 이에 대하여 피고는, 원고가 계산한 퇴직금 추계액은, 임직원 개인의 종합소득세 산정에 있어서 기타 소득에 해당하여 퇴직금지급기준이 되는 급여가 아니기 때문에 평균급여에서 제외되어야 하는 특별격려금을 포함하였고, 단체협약 제51조는 현실적인 퇴직시에만 해당여부가 결정되는 예외 규정으로 현실적으로 퇴직시가 되어야 비로소 퇴직사유에 따라 가산율을 적용할 것인지 여부를 알 수 있는데도 10년 이상 근속자 모두의 평균급여액에 가산율 0.8 또는 그 이상의 비율을 적용한 잘못된 것이라고 주장한다. 
 (나) 관계 법령
[구 법인세법](1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)
제9조 (각 사업연도의 소득)
③제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.
[구 법인세법 시행령](1997. 12. 31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것)
제13조 (복리후생비)
① 법인이 그 임원 또는 사용인을 위하여 다음 각 호에 규정된 비용을 지출한 때에는 이를 손비로 한다.
 4. 임원 또는 사용인의 퇴직금을 지급하기 위하여 사외에 적립하는 다음 각 목의 지출금액. 다만, 신탁업법에 의하여 신탁업의 인가를 받은 금융기관외의 법인의 경우에는 가목의 지출금액에 한한다.
 가. 임원 또는 사용인의 퇴직을 보험금의 지급사유로 하고, 임원 또는 사용인을 피보험자와 수익자로 하는 보험(이하 "단체퇴직보험"이라 한다)의 보험료
②제1항 제4호의 규정에 의하여 단체퇴직보험 및 종업원퇴직신탁(이하 "단체퇴직보험 등"이라 한다)의 보험료 및 부금(이하 "보험료 등"이라 한다)으로서 손금에 산입하는 금액은 당해 사업연도 종료일 현재 재직하는 임원 또는 사용인의 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로서 지급되어야 할 금액의 추계액에서 당해 사업연도 종료일 현재의 퇴직급여충당금을 공제한 금액에 상당하는 보험금 및 신탁금(이하 "보험금 등"이라 한다)에 대한 보험료 등에서 직전 사업연도 종료일까지 지급한 보험료 등을 공제한 금액을 초과할 수 없다.
[근로기준법]
제18조 (임금의 정의)이 법에서 임금이라 함은 사용자가 근로의 대상으로 근로자에게 임금, 봉급 기타 여하한 명칭으로 던지 지급하는 일체의 금품을 말한다.
제19조 (평균임금의 정의)
① 이 법에서 평균임금이라 함은 이를 산정하여야 할 사유가 발생한 날 이전 3월간에 그 근로자에 대하여 지급된 임금의 총액을 그 기간의 총일수로 제한 금액을 말한다. 취업 후 3월 미만도 이에 준한다.
[단체협약]
제51조(퇴직금 지급액)
 ① 5년 이하 근속자의 퇴직금은 근속년수 1년에 대하여 퇴직당시의 평균임금 30일분을 지급한다. 
 ② 5년 초과 근속한 조합원이 퇴직하는 때에는 평균임금 30일분에 다음 공식에 의하여 계산된 지급기준율을 곱하여 산출된 금액을 퇴직금으로 지급한다. 
 지급기준율 = 근속년수 + (근속년수 - 5) × 1/2
 ③ 10년 이상 근속하고 정년으로 퇴직하는 때, 15년 이상 성실히 근속하였으나 건강장애 또는 불가피한 사정으로 퇴직할 수 밖에 없다고 인정되는 사유로 퇴직하는 때, 직접적인 업무상 상병 또는 임원 취임으로 퇴직하거나 이 협약의 인원정리규정에 따라 퇴직하는 때 또는 특별한 퇴직사유나 공로가 있는 조합원이 퇴직하는 때에는 퇴직당시의 평균임금 30일분에 다음 공식에 의하여 계산된 지급기준율을 곱하여 산출된 금액을 퇴직금으로 지급한다. 
 지급기준율 = 근속년수 + (근속년수 - 5) × 4/5
 ④ 징계해임으로 퇴직하는 조합원은 근속년수 1년에 대하여 평균임금 30일분을 지급한다. 
[인사관리규정]
제34조(정년)
 ① 직원의 등급별, 직종별 연령 정년은 다음과 같다. 
 1. 관리자급
 가. 국장 60세 나. 부국장 59세 다. 부장 58세 라. 차장 57세 마. 과장 56세
 2. 평사원급 55세
 3. 별정급 
 가. 논설직 60세 나. 논설직 이외의 위원직 57세 다. 기타 별정직 사원 55세
 4. 준사원급 
 가. 청소잡역직 50세 나. 사환급 20세
 ② 관리자급 중 국장, 부국장, 부장의 직급에는 직급별 직급정년제를 두고 이를 각각 10년으로 한다.
제38조(퇴직일자)
 ① 직원의 퇴직일자는 다음의 기준에 의한다.
 5. 정년으로 퇴직하는 자는 정년에 달한 월의 익월 말일
 (다) 인정사실
 1) 원고는 1990년부터 사원들의 사기진작을 위하여 월급여 및 정기 상여금과 별도로 회사 내규에 따라 매년 12.경 특별격려금을 지급해 오고 있다. 특별격려금은 1990년부터 1992년까지는 지급제한에 관한 특별한 내규 없이 일부 직원을 제외하고 나머지 직원들에게 지급되었으나, 1993년부터는 ‘지급제한원칙’이라는 내규를 제정하여 지급하다가 1997년부터는 ‘특별격려금 지급제한에 관한 내규(특별격려금 등의 지급에 관한 내규로 변경됨)’를 제정하여 지급제한자나 지급제외자에 해당하지 아니하는 한 모든 본사 임직원과 일용직 등 근무자에 대하여 1인당 지급기준을 정하여 연말 또는 필요한 시기에 정액으로 특별격려금을 지급하는 것으로 정하고, 그에 따라 지급해 오고 있다.
 2) 원고의 단체협약 제51조에는 5년 이상 근속자가 퇴직할 경우 원칙적으로 0.5의 누진율을, 10년 이상 근속자가 퇴직할 경우 예외적으로 일정한 요건하에 0.8의 누진율을 적용하도록 규정되어 있고, 이에 원고는 1992년부터 2003년경까지 10여 차례에 걸친 명예퇴직이나 사업양도시 퇴직하는 임직원들에 대한 퇴직금을 산정함에 있어 10년 이상 근속자에게 0.8의 누진율을 적용하였으며, 또한 1995년부터 1999년까지의 10년 이상 근속 퇴직자 중 0.8의 누진율이 적용된 인원의 비율은 77.4%에 달한다.
 3) 원고의 1996 사업연도 퇴직급여 충당금은 30,784,630,869원이고 그 직전인 1995 사업연도 종료일까지 납입한 단체퇴직 보험료는 83,846,220,884원이며, 원고의 1996 사업연도 퇴직금 추계액수 설정대상 임원 및 사용인의 근속년수, 3개월 급여액수, 상여금·연월차수당액수, 특별격려금 액수는 별지 3. 퇴직급여 추계액 산정내역 기재와 같다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 11, 12, 23호증, 갑 24호증의 1 내지 20, 갑 25호증, 갑 26호증의 1 내지 59, 갑 27호증의 1 내지 37, 갑 28호증의 1 내지 21, 갑 29호증의 1 내지 35, 갑 30호증의 1 내지 29, 갑 31호증의 1 내지 129, 갑 32호증의 1 내지 20, 갑 33호증의 1 내지 7, 갑 34호증의 1 내지 4, 갑 35호증의 1 내지 15, 갑 36호증, 갑 62, 63호증의 각 1, 2, 3, 을 13호증의 1, 2, 3, 4, 을 18, 19, 20호증의 각 1, 2, 3, 을 21호증의 1, 2, 3, 4의 각 기재, 변론 전체의 취지
 (라) 판단
 1) 근로기준법상의 임금이라 함은 사용자가 근로의 대상으로 근로자에게 임금, 봉급 기타 여하한 명칭으로든지 지급하는 일체의 금품을 말하는바(근로기준법 제18조), 위 인정사실과 같이 이 사건 특별격려금은 원고가 근로자들에게 매년 12.경 정기적·계속적으로 근로의 대가로 지급한 임금의 일종이라 할 것이므로 평균임금에 포함되어야 한다.
 2) 기업회계에서는 당기 수익에 대응하는 비용으로서 장래에 지출될 것이 확실한 것과 당기의 수익이 차감되는 것이 합리적인 것에 대하여 그 금액을 추산하여 계상하도록 하는 부채성 충당금으로 회계연도 말 현재 전 임직원이 일시에 퇴직할 경우 지급하여야 할 퇴직금 추계액을 퇴직급여 충당금으로 계상하도록 하고 있고, 단체퇴직급여 충당금의 부채성 충당금으로서의 성질과 법인세법상의 기간손익계산의 원칙에 비추어 단체퇴직 보험료의 손금산입을 규정한구 법인세법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 개정된 것) 제13조 제1항 제4호 가.목의 규정을 해석하여 보면 위 규정에 의하여 손금산입이 인정되는 보험료는 당해 사업연도에 지출한 보험료 중 당해 사업연도말 현재 재직하고 있는 임직원의 퇴직금의 지급을 위하여 사외에 적립되어 있는 단체퇴직보험금에 대한 보험료에 한한다고 봄이 상당하고,같은 조 제2항이 그 손금산입 한도액의 계산요소인 퇴직금 추계액과 퇴직급여 충당금 및 보험료를 모두 당해 또는 직전 사업연도 종료일을 기준으로 하여 계산하고 있다고 해석하여야 하는 점(대법원 2000. 4. 25. 선고 98두19858 판결 등 참조), 만약 위 조항의 퇴직급여를 당해 사업년도 종료일 현재로부터 ‘장래 퇴직할 경우’에 지급하는 금액이라는 의미라면 실제 퇴직일이 언제인지 알 수 없어 퇴직금 추계 자체가 불가능하다는 점, 단체협약 제51조에 의하면 모든 10년 이상 근속자의 누진율로 0.8을 적용하는 것이 아니라 일정한 요건을 갖춘 경우에만 이를 적용하도록 규정되어 있는 점, 원고로서도 모든 10년 이상 근속 퇴직자에 대하여 0.8의 누진율을 적용한 것은 아니라는 점 등을 종합하여 보면 이 사건 퇴직금 추계액을 산정함에 있어 10년 이상 근속자의 경우 0.5의 누진율을 적용함이 타당하다고 할 것이다.
 3) 따라서, 특별격려금을 평균임금에 포함하고 10년 이상 근속자의 퇴직금 누진율로 0.5를 적용하여 1996 사업연도 퇴직금 추계액(원고의 임원 및 사용인의 근속년수, 평균임금을 기초로 한 퇴직금 추계액은 별지 3. 퇴직급여 추계액 산정내역 기재 “퇴직추계액”란의 (2) “10년 이상자도 누진율 0.5 적용”란의 기재와 같다.)을 계산하면 합계 80,515,716,684원이 되므로 여기서 퇴직급여 충당금과 직전 사업연도 종료일까지 지급한 단체퇴직보험료를 합한 114,630,851,753원(30,784,630,869원 + 83,846,220,884원)을 공제하면 남는 금액이 없음은 계산상 분명하므로 이 사건 단체퇴직 보험료는 손비로 산입될 수 없고, 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다(가사 10년 이상 근속자의 퇴직금 누진율로 0.8을 적용하는 것이 타당하다 하더라도 별지 3. 퇴직급여 추계액 산정내역 기재 “퇴직추계액”란의 (1) “10년 이상자만 누진율 0.8 적용”란 기재에 의하면 그 퇴직금 추계액이 90,228,836,084원이 됨을 알 수 있어 결국 퇴직급여 충당금과 직전 사업연도 종료일까지 지급한 단체퇴직 보험료를 공제하면 남는 금액이 없음은 계산상 분명하다).
 (3) 이 사건 부외자금에 대하여 
 (가) 당사자의 주장
 1) 원고의 주장
 이 사건 부외자금이 원고 대주주 일가의 공동자금이고 그 자금의 대부분은 1970년대부터 존재하던 것으로서 대주주 일가의 공과금, 세금납부, 증자대금 등에 사용되어 온 것이므로 이를 부외자금이라고 단정할 수 없다. 가사 부외자금이라고 하더라도 그 원천이 부과제척기간의 만료로 과세할 수 없다는 점에서 피고는 부외자금의 유출액(상여처분)에 대하여 과세한 부분에 오류가 있었다고 인정하여 이에 대한 법인세를 2002. 4.경 감액결정하고, 부외자금과 관련된 수입이자 부분에 대하여도 2002. 7.경 법인세를 감액결정하였는데, 1996년분 수입이자 역시 법인세 감액경정 대상이나 부과제척기간이 만료되어 감액경정하지 않은 것이다. 
 사내에 유보된 것으로 보지 않는 부외자금에서 발생한 수입이자 역시 이미 사외유출된 후 이루어진 결과물에 불과하여 원고에게 귀속될 성질의 것이 아니므로 원고의 익금에 산입할 수 없다. 
 2) 피고의 주장
 원고에 대한 조사과정에서 부외자금을 관리하던 원고의 임직원들로부터 부외자금이 원고의 광고수입을 누락하거나 인건비 등을 가공계상 하는 등의 방법으로 조성되었다는 전말서를 징취하고, 금융조사를 실시하여 1992년 이후 부외자금이 임직원의 가·차명계좌에서 자금세탁 등의 방법을 거쳐 원고의 대주주 일가에 유출된 것이 확인되었다. 피고는 부외자금의 조성시점에서 이를 대상으로 삼아 과세하였어야 하나, 이미 부과제척기간이 도과하여 원금에 대하여는 과세를 하지 아니하고, 부외자금에서 발생한 수입이자와 위 자금의 사용액에 대하여만 과세처분을 한 것이다.
 (나) 관계 법령
[구 법인세법](1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)
제9조 (각 사업연도의 소득)
②제1항에서 "익금"이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.
[구 법인세법 시행령](1996. 12. 31. 대통령령 제15192호로 개정되기 전의 것)
제12조 (수익과 손비의 정의)
①법 제9조 제2항에서 "수익"이라 함은 법 및 이 영에 규정하는 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다.
 10.제1호 내지제9호 외의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액.
 (다) 인정사실
 1) 원고의 감사소외 13이 1990년 이전부터 조성되어 온 출처불명의 자금을 1993년 하반기까지 관리하다가 전무소외 14에게 인계하였고,소외 14는 재경국장소외 15를 통하여 임직원 명의 계좌나 가명 계좌로 관리해 오고 있었는데,소외 15가소외 13으로부터 위 자금을 인수받을 당시에는 국민은행 태평로지점에소외 16 명의의 계좌에 약 30억 원,소외 17 명의의 계좌에 약 5억 7천만 원, 국민은행 춘천지점에 약 2억 원 합계 약 37억 7천만 원이 예치되어 있었고, 1995. 12.경에는 위 출처불명의 자금이 원리금 합하여 약 39억 원으로 증가되어 있었다.
 2)소외 16 명의의 계좌에는 1992. 7. 4.부터 1993. 7. 14.까지 사이에 위 약 30억 원이 입금되었고, 그 중 약 455,322,838원의 입금 배서자가 원고와 그 거래처 또는 임직원 명의로 되어 있으며,소외 16 명의 계좌의 돈은 3억 원 내지 5억 원씩 여러 계좌로 나뉘어졌다.
 3)소외 16 명의 계좌의 돈 중 3억 2천만 원이 1993. 7. 14. 국민은행 태평로지점에 개설된소외 18 명의의 계좌로 입금되었다가 1993. 10. 12. 원고 명의로 실명화되었고, 그 중 5억 원은 서울은행 노원지점에서소외 15·9 명의로 관리되다가소외 14의 지시로 1998. 1. 16. 원고의 경리직원소외 20이 776,658,195원을 수표로 인출하여 조흥은행 광화문지점에 입금시켰다가소외 4의 삼성상호신용금고와 조흥은행 광화문지점에 대한 대출금채무를 변제하는 데에 사용하였다.
 4)소외 16 명의 계좌로 입금된 돈 약 30억 원 중 국세청의 금융자료 추적에서 그 원천의 약 14.77%가 밝혀졌다. 또한 원고의 사주 일가가 1986. 12. 17. 원고의 무기명사채 70억 원을 인수하였다가 1991. 12.경에 30억 원을, 1996. 12.경에 나머지 40억 원을 상환받은 적이 있고, 원고가 1998. 12.경 회장인소외 1에게 예수금 명목으로 변제하면서 광고대금으로 받은 약속어음 5매를 지급한 적도 있었다.
 5) 피고는 원고에 대한 세무조사결과 1995. 12.말경 조성된 위 출처불명의 자금 합계 3,902,735,314원을 부외자금으로 보고 1996년부터 1999년까지 위 자금 중 합계 3,155,917,908원이 자금관리계좌에서 인출되어 사외유출된 것으로 보아, 원고의 1996 내지 1999 각 사업연도 귀속 법인세를 계산함에 있어 위 인출액 약 31억 원과 위 기간 동안의 수입이자 약 11억 원 합계 약 43억 원을 익금산입하고 그 인출액을 상여처분하면서, 위 각 사업연도에 발생한 수입이자에 대하여 법인세를 부과하였으나, 그 원천인 위 약 39억 원에 대하여는 법인세 부과제척기간의 도과로 법인세를 부과하지 못하였다. 
 6) 피고는 위 출처불명의 자금 중 인출되어 사외유출되었다고 본 약 31억 원 중소외 14가소외 4의 대출금채무의 상환으로 인출한 776,658,195원을 제외한 나머지 인출액의 사용처를 확인하지는 못하였다.
 7) 원고는, 피고가 위 출처불명의 자금을 부외자금으로 보아 그 수입이자 등에 대하여 법인세를 부과한 처분에 대하여 서울지방국세청장, 국세청장에게 각각 이의신청, 심사청구를 하였고, 피고는 이의신청의 심리과정에서 부외자금 유출에 대해 과세한 부분에 오류를 인정하고 2002. 4. 9.경 법인세 감액경정을 하였으며, 심사청구(부외자금의 지급이자 부분에 대한)의 심리 중 위 출처불명의 자금을 부외자금이라고 단정하기 어렵고, 위 자금이 부외자금이라고 하더라도 그 원천이 부과제척기간의 만료로 과세할 수 없으며 유출분에 대하여도 이의신청에 대한 결정으로 감액경정을 하면서 수입이자만을 별도로 과세함은 부당하다고 스스로 판단한 피고가 같은 해 7. 20.경 1996 사업연도의 수입이자 부분을 제외하고 1997, 1998, 1999 각 사업연도의 수입이자 부분에 대한 법인세를 취소하는 감액경정을 하였다. 
 8) 피고는 1996 사업연도의 수입이자 부분에 대한 법인세도 이를 취소하는 감액경정을 하려고 하였으나 이미 법인세 부과제척기간이 도과하여 취소하지 못하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 3, 13호증, 갑 37호증의 1, 3, 6, 갑 38호증의 1, 2, 3, 4, 을 10호증의 1 내지 10의 각 기재, 변론 전체의 취지
 (라) 판단
 위에서 본 바와 같이 이 사건 출처불명의 자금이 원고, 임직원 등의 명의로 관리되어 왔고,소외 16 계좌의 돈 중 3억 2천만 원이소외 18 명의의 계좌로 입금되었다가 1993. 10. 2. 원고 명의로 실명 전환된 점, 위 자금이 여러 사람 명의의 계좌로 바뀌어 가면서도 원고의 임원이 이를 관리하여 온 점 등에 비추어 보면 이 사건 출처불명의 자금이 원고의 부외자금일 가능성은 있다.
 하지만, 국세청의 금융자료 추적으로 위 자금의 원천이 밝혀진 부분이 미미하고, 원고의 사주 일가가 1986년경 원고의 무기명사채 70억 원을 인수하였다가 1991. 12.경 30억 원과 1996. 12.경 40억 원을 각 상환 받은 점, 원고가 1998. 12.경소외 1에게 예수금 명목으로 변제하면서 광고대금으로 받은 약속어음 5매를 지급한 적도 있는 점, 피고가 이 사건 출처불명의 자금을 부외자금으로 보고 그 수입이자를 익금산입하여 법인세를 부과하였다가 위 자금의 원천이 불분명하여 원고의 부외자금이라고 단정하기 어렵다는 이유로 1997 내지 1999 각 사업연도의 수입이자 부분에 대한 법인세를 취소하였으나, 1996 사업연도의 수입이자 부분에 대한 법인세는 법인세 부과제척기간의 도과로 취소할 수 없어 이를 취소하지 못한 점 등 앞서 본 사정을 종합하여 보면 이 사건 출처불명의 자금을 부외자금이라고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
 따라서, 이 사건 출처불명의 자금이 부외자금이라는 전제에서 그 수입이자에 대하여 법인세를 부과한 피고의 처분은 더 나아가 살필 필요 없이 위법하고, 이를 지적하는 원고의 위 주장은 이유 있다.
 (4) 이 사건 업무무관비용에 대하여
 (가) 경비원, 기사 및 차량비용 등에 대하여 
 1) 당사자의 주장
 원고는 국내의 반대세력과 북한의 위협으로 인하여 회사 업무를 수행하는데 지장을 받지 않도록 원고의 대표이사를 보호하려는 차원에서 최고 경영자의 자택에 경비원을 파견하였고, 대표이사의 사저 차량과 그 기사도 원고의 업무와 관련하여 사용된 것이다. 그리고 이 사건 경비원 등 비용에는 원고의 대표이사가 개인적으로 선물 받은 승용차의 가액 및 이에 대한 감가상각비까지 포함하고 있다고 주장한다.
 이에 대하여 피고는 경비원들이 모두 1980년 초경 고용된 이후 줄곧 원고의 사주 일가의 사저에서 근무하였고, 기사들도 사주 가족의 개인기사로서의 역할을 수행해 온 것이므로, 사주 개인 및 사주 가족만을 위하여 지출된 사적인 비용이라고 주장한다.
 2) 관계 법령
[구 법인세법](1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)
제9조 (각 사업연도의 소득)
③제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.
제16조 (손금불산입)다음 각 호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 7. 법인이 각 사업연도에 지출한 경비 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액
 12. 법인의 각 사업연도에 계상한 고정자산의 감가상각비로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 초과하는 부분의 금액
제20조 (부당행위계산의 부인)정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
[구 법인세법 시행령](1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것)
제12조 (수익과 손비의 정의)
②법 제9조 제3항에서 "손비"라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다.
 5. 고정자산에 대한 감가상각비.
제30조 (업무에 관련 없는 지출)법 제16조 제7호에서 "직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액"이라 함은 다음 각 호에 규정하는 것을 말한다.
 2. 그 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(출자자가 아닌 임원과제46조의2에 규정된 소액주주인 임원 및 사용인을 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소·건물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이에 관련되는 지출금. 다만, 법인이중소기업의사업영역보호및기업간협력증진에관한법률 제9조에 해당하는 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에게 이양하기 위하여 무상으로 당해 중소기업에 대여하는 생산설비에 관련된 지출금등을 제외한다.
제46조 (법인의 부당한 행위 또는 계산)
①법 제20조에서 "특수 관계 있는 자"라 함은 다음 각 호의 관계에 있는 자를 말한다.
 1. 출자자(소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족.
②법 제20조에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
 7. 출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때. 다만, 법인이 무주택 사용인에게 주택건설촉진법에 규정하는 국민주택규모 이하의 주택(그 주택에 부수된 토지를 포함한다)의 취득·임차에 소요된 자금(재정경제부령이 정하는 금액을 한도로 한다)을 대부하는 경우는 제외한다.
제48조 (상각액의 범위)
①법 제16조 제12호와제12조 제2항 제5호의 규정에 의한 감가상각비(이하 "상각액"이라 한다)의 계산은 법인이 고정자산(토지를 제외한다. 이하 같다)의 상각액을 손금에 계상하였을 경우에 고정자산의 내용연수에 따른 상각비율에 의하여 계상한 액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 한도로 하여 이를 소득계산상 손금으로 계산한다.
제49조 (내용연수와 상각비율)
①제48조 제1항의 규정에 의한 고정자산의 내용연수와 상각비율은 다음 각 호의 1에 의한다. 이 경우법 제5조의 규정에 의한 사업연도가 1년 미만인 경우에는 재정경제부령이 정하는 내용연수에 의한 상각비율에 의한다.
 2.제1호의 규정을 적용받는 자산외의 고정자산
구조 또는 자산별·업종별로 재정경제부령이 정하는 기준내용연수(이하 "기준내용연수"라 한다)에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감한 범위 안에서 재정경제부령이 정하는 내용연수범위(이하 "내용연수범위"라 한다)안에서 법인이 선택 적용하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수(이하 "신고내용연수"라 한다)와 그에 따른 상각비율. 다만,제2항 각 호의 신고기한 내에 신고를 하지 아니한 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각비율로 한다.
[법인세법]
제19조 (손금의 범위)
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
②제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③제1항 및제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제23조 (감가상각비의 손금불산입)
① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
②제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다.
제27조 (업무와 관련 없는 비용의 손금불산입)내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 당해사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용등 대통령령이 정하는 금액
제52조 (부당행위계산의 부인)
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
②제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
④제1항 내지제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
[구 법인세법 시행령](1999. 12. 31. 대통령령 제16658호로 개전되기 전의 것)
제24조 (감가상각자산의 범위)
①법 제23조 제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각 호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
 1. 다음 각 목의 1에 해당하는 유형고정자산
 나. 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품
② 감가상각자산은 다음 각 호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다.
 1. 사업에 사용하지 아니하는 것(유휴설비를 제외한다)
제26조 (상각범위액의 계산)
①법 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 의한 상각방법중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다.
 2. 건축물 외의 유형고정자산(제4호의 광업용 유형고정자산을 제외한다)에 대하여는 정률법 또는 정액법
②제1항 각호의 규정에 의한 상각방법은 다음과 같다.
 1. 정액법 : 당해 감가상각자산의 취득가액(제72조의 규정에 의한 취득가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 균등하게 되는 상각방법
 2. 정률법 : 당해 감가상각자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 체감되는 상각방법
제49조 (업무와 관련이 없는 자산의 범위 등)
①법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각 호의 자산을 말한다.
 2. 다음 각 목의 1에 해당하는 동산
 나. 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차·선박 및 항공기
제87조 (특수관계자의 범위)
①법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.
제88조 (부당행위계산의 유형 등)
①법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
 6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.
 3) 인정사실 
 가) 원고는 1971.경소외 21을 원고의 직원으로 채용하여 1991. 8.경부터 회장소외 1의 사저(사직동 소재)에서소외 1의 처소외 22를 위하여 아카디아 승용차와 체어맨 승용차를 운전하게 하고, 1971.경소외 23을 원고의 직원으로 채용하여 1992. 8.경부터 사장소외 2의 사저(흑석동 소재)에서소외 2의 처소외 24를 위하여 엔터프라이즈 승용차와 그랜져 승용차를 운전하게 하였다.
 나) 또한 원고는소외 25(1982. 5.경 경비과 직원으로 채용),소외 26(1976.경 직원으로 채용)을 채용하여 그 시기부터소외 1의 사저에서 경비업무를 담당하게 하였고,소외 27(1977.경 직원으로 채용),소외 28(1980.경 직원으로 채용),소외 29(1997.경 직원으로 채용),소외 30(1982.경 직원으로 채용)을 채용하여 각 그 시기부터소외 2의 사저에서 경비업무를 담당하게 하였는데, 위 경비원들은소외 1과소외 2의 사저를 경비하고, 사저의 잡다한 일을 처리하였다.
 다)소외 1,2의 사저에서 기사로 근무하는소외 21,23은 주로소외 22와소외 24 등소외 1,2의 가족들의 사적인 일을 위하여 운전하거나 사저의 정원을 가꾸는 일 등을 하였고, 가끔소외 1,2의 개인기사가 휴가나 질병으로 차를 운전할 수 없게 되는 경우에는 대신하여소외 1,2를 위하여 운전하기도 하였으며, 원고 직원들의 애경사에 참석하는소외 22,24를 위하여 운전한 적도 있다.
 라) 원고는 처음부터소외 1 사저에서 운행하는 아카디아 승용차와소외 2 사저에서 운행하는 엔터프라이즈, 그랜져 승용차를 원고의 비용으로 구입하여 원고 명의로 소유권등록을 하였고,소외 1 사저에서 운행하는 체어맨 승용차는 1998.경소외 1이소외 31로부터 칠순 선물로 받아 이를 원고에게 증여하여 원고 명의로 소유권등록을 하게 된 것이다. 피고는 위 체어맨 승용차가 원고의 자산계정에서 누락되어 있는 것을 발견하고 1998. 12. 31.자로 원고의 자산계정에 체어맨 승용차를 계상하였다.
 마) 원고는 별지 4. 손금산입 감가상각비 등 기재와 같이 위 각 승용차의 감가상각비와 위 아카디아 승용차를 판매하여 발생한 처분손실금을 각 손비로 계상하였다.
 바) 조선일보의 기사와 논설에 대하여 불만을 품은 사람들이소외 1과소외 2의 각 사저에 돌을 던져 유리창을 파손하거나 키우는 개를 독살하는 사건이 발생하기도 하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 37호증의 4, 5, 6, 을 5호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지
 4) 판단
 ① 먼저 위 각 비용 중 위 기사들과 경비원들에 대한 각 급여 및 퇴직급여 부분에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 위 기사들은 간혹 원고 회사의 업무에 투입된 일도 있으나 대부분의 시간을소외 1,2의 가족들의 쇼핑 등 주로 사적인 일을 위하여 승용차를 운전하거나 사저의 정원을 가꾸는 등소외 1과소외 2의 개인적인 일에 종사하였고, 위 경비원들도 24시간 교대로소외 1,2 사저를 경비하거나 사저의 잡다한 일을 처리해 주는 등 개인적인 일에 종사하였다고 할 것인바, 그렇다면 원고는 주로소외 1,2 가족들의 개인적인 업무에 종사한 위 기사들과 경비원들에게 급여 및 퇴직급여를 지출한 것이므로, 위 각 급여 및 퇴직급여 부분은 원고의 업무와 관련하여 지급한 비용이 아니어서 이를 원고의 손금에 산입하여서는 안 된다고 할 것이다.
 ② 다음으로 원고 명의의 이 사건 각 승용차(아카디아, 체어맨, 엔터프라이즈, 그랜져)의 자동차세, 자동차보험료 부분에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고가 위 각 승용차를 취득한 후(원고는 체어맨 승용차를 원고 소유가 아니라고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 체어맨 승용차는소외 1이 원고에게 증여하였고, 이를 기초로 원고는 체어맨 승용차에 대하여 감가상각을 하였다.) 원고 자신이 직접 사용하지 아니하고 곧바로소외 1,2의 가족들로 하여금 위 각 승용차를 주로 사용하게 하고 그 유지비 또는 관리비인 자동차세, 자동차보험료를 대신 납입하였으므로 이 부분 비용은 원고가 업무에 직접 사용하지 아니하는 자산인 자동차를 유지 또는 관리하면서 발생한 비용으로서 손금산입할 수 없다.
 ③ 나아가 피고가 손금불산입한 이 사건 각 승용차의 감가상각비 부분, 아카디아 승용차의 처분손실비용 부분에 관하여 보건대, 1999. 1. 1.부터 시행된법인세법 제23조 제1항,제2항,구 법인세법 시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16658호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항,제2항 제1호에 의하면 법인의 사업에 사용하지 아니하는 유형고정자산인 차량은 감가상각자산에 포함되지 아니하여 그 감가상각비를 손비로서 손금산입할 수 없게 되었으므로 앞서 인정한 바와 같이 원고의 사업에 사용되지 아니한 위 각 승용차에 대하여 1999 사업연도에 감가상각을 한 부분은 손금산입할 수 없으나, 그러한 규정이 없는구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제16조 제12호,구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 제12조 제2항 제5호,제48조,제49조에 의하여 1996 내지 1998 각 사업연도에 계상된 위 각 승용차에 대한 감가상가비 부분은 계상된 원고의 고정자산에 대한 정당한 감가상각비이고 이를 위 각 승용차의 유지비 또는 관리비라고 할 수도 없으므로(손금불산입 항목을 규정한같은 법 제16조는 제7호에 업무무관비용을,제12호에 감가상각비 초과금을 각 규정하고 있어, 감가상각비가제7호 소정의 업무무관비용에 해당한다고 할 수 없다.) 이를 손금산입한 것은 정당하다. 또한 위 아카디아 승용차를 원고의 자산계정에 계상한 이상 이는 원고의 자산이고 이를 처분하여 발생한 손실이 위 차량의 유지비나 관리비에 해당하여 업무와 관련이 없는 비용이라고 할 수 없으므로 그 처분손실금도 손비로서 손금산입한 것은 정당하다.
 ④ 마지막으로 위 체어맨 승용차의 자산 누락 부분에 관하여 보건대, 위 인정사실과 같이 원고는소외 1이 증여한 위 체어맨 승용차를 원고의 자산계정에 기입하지 아니하였으므로 이를 원고의 자산계정에 계상하는 의미로 손금불산입한 피고의 처분은 정당하다.
 ⑤ 따라서 이 사건 경비원, 기사 및 차량비용 등 중 기사들과 경비원들의 급여 등 부분과 위 각 승용차의 자동차세, 자동차보험료, 1999 사업연도의 감가상각비 부분은 손금산입하지 아니하고, 체어맨 승용차의 자산누락 부분은 익금산입하며, 별지 4. 손금산입 감가상각비 등 기재 비용 부분(1996 내지 1998 각 사업연도의 감가상각비, 처분손실비용 부분)은 손금산입하여야 하므로, 원고의 위 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다. 
 (나) 기밀비에 대하여
 1) 당사자의 주장
 원고는 기밀비란 그 사용을 법인의 임원 등에게 일임한 금전으로서 그 지출의 내용을 명시하지 않는 사업상 기밀한 용도에 소요되는 비용이므로, 지출증빙이 없어도 사업목적을 위한 지출이라는 점에서 손금으로 인정되어야 하고, 지출내용 중 1997. 7. 28.부터 1998. 6. 18.까지의 경조비 및 병원비는 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위 내의 것이므로 손금에 산입되어야 한다고 주장한다.
 이에 대하여 피고는 원고가 주장하는 기밀비는 지출자료가 없고 그 지출내용이 경조비, 연말선물대금 등으로 원고 업무와 직접적인 관련이 없다고 주장한다.
 2) 관계 법령
[구 법인세법](1998. 12. 28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)
제18조의2 (접대비 등의 손금불산입)
③제1항 및제2항에서 "접대비라 함은 접대비 및 교제비·기밀비·사례금 기타 명목 여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 지출한 기밀비 중 대통령령이 정하는 범위 내의 금액은 업무와 관련하여 지출한 접대비로 본다.
[구 법인세법 시행령](1997. 12. 31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것)
제44조의2 (기밀비의 범위)
①법 제18조의2 제3항에 규정하는 기밀비는 법인의 정관, 사규 또는 주주총회·사원총회나 이사회의 결의로 그 지급기준이 정하여지고 그 기준에 의하여 실지로 지급된 금액으로서 다음 각 호의 금액의 합계액을 한도로 한다.
 1. 당해 사업연도 종료일 현재의 자기자본(50억 원을 한도로 한다)에 100분의 1을 곱하여 산출한 금액
 2. 당해 사업연도의 수입금액(제43조 제1항의 금액을 제외한다)에 10만분의 35(제68조에 규정하는 중소기업의 경우에는 1만분의 5)를 곱하여 산출한 금액
[구 법인세법 시행령](1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것)
제44조의2 (기밀비의 범위)
①법 제18조의2 제3항에 규정하는 기밀비는 법인의 정관, 사규 또는 주주총회·사원총회나 이사회의 결의로 그 지급기준이 정하여지고 그 기준에 의하여 실지로 지급된 금액으로서법 제18조의2 제1항의 규정에 의한 합계액의 100분의 20에 상당하는 금액을 한도로 하되, 다음 각 호의 금액의 합계액을 초과할 수 없다.
 1. 당해 사업연도 종료일 현재의 자기자본(50억 원을 한도로 한다)에 100분의 1을 곱하여 산출한 금액
 2. 당해 사업연도의 수입금액(제43조 제1항의 수입금액을 말한다)에 10만분의 35(제68조에 규정하는 중소기업의 경우에는 1만분의 5)를 곱하여 산출한 금액
 3) 판단
 세법상 기밀비란 접대비의 일종으로서 업무와 관련하여 지출된 것이기는 하나 그 사용이 법인의 임원에게 일임되어 있고 사업상 기밀한 용도에 소요되는 비용으로서 그 지출처를 구체적으로 밝히기가 곤란한 비용을 말한다. 그러한 이유로 법인세법에서는 업무와 관련하여 지출된 개연성이 확인되면 구체적인 지출증빙이 없어도 접대비로 손금산입하는 것을 인정한다. 그러나 기밀비에는 구체적인 지출 증빙이 필요 없다는 점을 악용하여 업무와 관련 없는 비용을 과다하게 기밀비로 계상함으로써 법인의 소득을 부당하게 감소시킬 위험이 있으므로 법인세법에서는 접대비에 포함시켜 손금산입할 수 있는 기밀비의 범위를 정하고 있는데,구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제18조의2 제3항 단서,같은 법 시행령 제44조의2 제1항에 의하면 세법상 기밀비란 법인의 정관, 사규 또는 주주총회·사원총회나 이사회의 결의로 그 지급기준이 정하여지고 그 기준에 따라 실제로 지급된 금액으로서 일정한 금액을 한도로 한다고 규정하고 있다.
 갑 12호증, 을 5호증의 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 제정하여 1985. 1. 1.부터 시행하고 있는 “기밀비 지급내규”(갑 12호증 말미에 첨부)에는 기밀비의 목적, 개념, 사용자에 따라 1회 사용한도액 및 사용목적, 사용방법 등을 규정하고 있고, 원고의 임원들은 위 지급내규에 따라 그 사용목적과 사용한도액 등을 벗어나지 아니하는 범위 내에서 기밀비를 다양한 용도로 사용하였는데, 그 중에는 경조비, 식대, 병원비 등의 명목으로 비밀비를 사용하기도 하였으나 그 지출증빙은 없는 사실 등을 인정할 수 있는바, 그렇다면, 원고의 임원들은 원고의 사규로서 기밀비의 지급기준인 “기밀비 지급내규”에 따라 기밀비의 명목으로 비용을 지급하였고, 그 내용이 명백히 업무와 무관하다고 볼 사유도 없으므로, 위와 같은 비용들은 모두 법인세법상 기밀비에 해당한다(원고는 경조비, 식대, 병원비 등의 명목으로 지급된 위 비용은 원고의 업무와 관련하여 지급된 비용으로 손비로 인정되어야 한다고 주장하나, 위 기밀비가 그와 같은 용도로 지출되었음을 증명할 수 있는 자료가 없으므로 위 주장은 이유 없다.). 
 (다) 경조비에 대하여
 1) 당사자의 주장
 원고는 원고의 거래처 또는 임직원에 대한 결혼축의금, 부의금 등 경조비는 원고가 당연히 부담할 성질의 것이고 지출규모가 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위를 벗어난 것도 아니므로, 위 경조비는 접대비 또는 복리후생비에 해당한다고 주장한다.
 이에 대하여 피고는 이 사건 경조비는 모두 지출규모가 100만 원 이상이어서 사회통념상 인정될 수 있는 범위를 벗어난 금액이므로 복리후생비로서 손금산입할 수 없고 그 지출 사유도 원고의 업무와 관련이 없어 접대비에도 해당하지 아니하므로 손금에서 제외되어야 한다고 주장한다.
 2) 관계 법령
[구 법인세법 시행령](1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것)
제13조 (복리후생비)
① 법인이 그 임원 또는 사용인을 위하여 다음 각 호에 규정된 비용을 지출한 때에는 이를 손비로 한다.
 9.제1호 내지제8호의 비용에 준하는 복리후생비
[법인세법 시행령]
제45조 (복리후생비의 손금불산입)
① 법인이 그 임원 또는 사용인을 위하여 지출한 복리후생비 중 다음 각 호의 1에 규정하는 비용 외의 비용은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 8. 기타 임원 또는 사용인에게 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위 안에서 지급하는 경조사비 등제1호 내지제7호의 비용과 유사한 비용
 3) 판단 
 복리후생비란 당해 기업에 소속하는 종업원의 복지증진과 원활한 노사관계의 유지를 통하여 종업원의 노동력 확보와 향상을 위하여 지출되는 비용으로서 사내의 종업원에 대한 임금·급료 이외의 여러 가지 서비스, 제시설에 요하는 비용이다.
 갑 12, 14, 43호증, 을 5호증의 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 원고 직원의 자녀 결혼축의금 등으로 100만 원 내지 500만 원을, 전직원의 투병위로금, 결혼축의금, 부의금 등으로 100만 원 내지 1,000만 원을, 거래처의 축의금, 부의금 등으로 100만 원 내지 1,000만 원을 각 지급한 사실, 원고의 단체협약(갑 12호증, 유효기간 1995. 12. 1.부터 2년간) 제72조에는 축의금으로 조합원 본인 및 자녀 결혼시 각 30만 원, 출산 20만 원, 부모 및 배우자의 부모 회갑시 각 10만 원을 지급하고, 조의금으로 본인 300만 원, 배우자상 100만 원, 부모상 40만 원, 조부모상 30만 원, 배우자부모상 30만 원, 자녀상 20만 원, 조부모상 및 형제상 각 15만 원을 지급하는 것으로 규정되어 있고, 임직원의 임의단체인 ‘○○○’에서도 비슷한 금액의 경조비를 지급하고 있는 사실 등을 인정할 수 있다.
 위 인정사실을 종합하여 보면, 이 사건 경조비 중 원고의 거래처에 대한 경조비 부분은 그 성질상 거래처 사람들과 친목을 도모하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위하여 무상으로 지출한 비용으로서 접대비라 할 것이고, 직원에 대한 경조비 부분은 원고 직원의 복지증진과 원활한 노사관계의 유지를 통하여 직원의 노동력 확보와 향상을 위하여 지출되는 비용으로서 복리후생비라 할 것이나 원고가 지출한 경조비 중 이 사건에서 문제된 부분은 적게는 100만 원에서 많게는 500만 원에 이르러 원고의 단체협약 등에서 정하고 있는 기준을 훨씬 상회할 뿐 아니라 일반 사회통념상 타당성이 인정되는 범위를 벗어난 것이므로 손금에 산입할 수 없으며, 전직원에 대한 경조비 부분은 업무와 관련하여 지출된 비용이라고 할 수 없으므로 이를 손금에 산입할 수 없다.
 따라서 위 경조비 중 원고의 거래처에 대한 경조비인 별지 5. 접대비 산입 경조비 기재 비용 부분이 접대비에 해당한다는 범위 내에서 원고의 위 주장은 이유 있고, 그 나머지 경조비에 대한 원고의 주장은 이유 없다. 
 (라) 해외여비에 대하여 
 1) 당사자의 주장
 원고는 이 사건 해외여비는 원고의 임직원이 해외 언론계 시찰 및 회의 참가시 지출한 것으로서 업무와 관련된 것이므로 손금산입되어야 하고, 특히 해외 여비 중 1997. 1. 7. 지출된 20,000,000원은 같은 달 13. 취소됨으로써 원고가 이를 손금으로 계상하지 아니하였음에도 손금에 계상한 것을 전제로 손금불산입한 것은 위법하다고 주장한다.
 이에 대하여 피고는 이 사건 해외여비에 대한 증빙자료가 없으므로 손금산입할 수 없다고 주장한다.
 2) 관계 법령
[구 법인세법](1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)
제9조 (각 사업연도의 소득)
③제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.
[구 법인세법 시행령](1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것)
제12조 (수익과 손비의 정의)
②법 제9조 제3항에서 "손비"라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다.
 14. 업무와 관련 있는 해외시찰·훈련비 
[법인세법]
제19조 (손금의 범위)
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
②제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③제1항 및제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
[구 법인세법시행령](2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것)
제19조 (손비의 범위)법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
 14. 업무와 관련 있는 해외시찰·훈련비
 3) 판단
 갑 15호증의 1, 2, 3, 갑 16호증의 1, 2, 을 3호증의 15, 16의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 회장소외 1, 사장소외 2와 고문소외 3이 1996년부터 1999년까지 해외회의, 시찰 등을 위하여 해외여행을 한다는 명목으로 원고에게 여행경비를 신청하면, 원고는 지출결의서에 의하여 해외여비를 지급하고 분개전표를 작성한 사실,소외 1 등이 원고에게 해외여행을 하면서 달러나 엔화 등 외환을 매수한 외국환매도계산서를 제출하거나 여행사로부터 여행경비를 지급받았음을 나타내는 입금표(실질적으로 세금계산서)를 제출하기도 하였으나 이는 일부에 해당하고 일부 여행경비와 관련하여서는 외국환매도계산서나 입금표를 제출하지 아니한 사실,소외 3은 건강이 좋지 않아 비서실에 근무하는 여직원소외 32,33,34를 간호사로서 대동하고 해외여행을 다녀오기도 하였고,소외 2는 1997. 1. 7. 해외여비로 2,000만 원을 신청하였다가 여행을 취소하고 원고에게 반환한 사실 등을 인정할 수 있다.
 소득세나 법인세 과세처분 취소소송에 있어서 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그 입증이 손쉽다는 것을 감안해 보면 납세의무자가 그에 관한 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 하는 것이 마땅하고 이와 같은 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것은 공평의 관념에도 부합된다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결 등 참조).
 위 인정사실에 의하면, 피고가 원고의 손금계정에 계상되어 있지 아니한 2,000만 원이 손금계상되었다는 사유로 이를 손금불산입한 것은 위법하고, 이 사건 해외여비 중 외국환매도계산서나 입금표가 구비되어 있는 부분은소외 1 등이 해외시찰 등의 목적으로 지출한 해외여비로 추정할 수 있을 것이나, 위와 같은 증빙자료조차 구비되어 있지 않은 해외여비 부분에 대하여는소외 1 등이 실제로 해외시찰 등의 목적으로 해외여행을 하면서 지출한 것인지 알 수 없고, 달리 이를 인정할 자료도 전혀 없다.
 따라서, 이 사건 해외여비 중 외국환매도계산서나 입금표가 증빙으로서 구비되어 있는 별지 6. 손금산입 해외여비 기재 비용 부분은 원고의 업무와 관련하여 지출한 비용으로서 이를 손금산입하고, 피고가 임의로 손금불산입한 위 2,000만 원 부분도 손금산입하여야 할 것이므로, 원고의 위 주장은 위 인정부분에 한하여 이유 있고, 나머지 부분에 대하여는 이유 없다.
 (마) 물품대에 대하여 
 1) 원고의 주장
 이 사건 물품대는 임원들이 개인적 용도로 사용하기 위해 지출된 것이 아니라, 촌각을 다투는 조간신문의 특성상 고도의 긴장상태에서 주로 야간작업을 하는 일선 기자, 데스크, 논설위원들이 신문편집회의 및 그 이후에 긴장을 해소하려는 목적에서 지출한 것으로서 업무상 지출한 비용이다.
 2) 판단
 을 3호증의 15, 16, 17의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 별지 7. 물품대 기재와 같이 주류구입비, 출장지 선물대금, 사진대금, 서화, 출장비, 행사경비, 구급약품, 화장품 등 구입비용을 지급하고 이를 손비로 계상한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 이 사건 물품대의 대부분은 원고의 업무와 관련 없이 직원들의 술자리 회식을 위하여 지출한 비용이고, 나머지 부분도 구입물품의 구체적인 사용 내역과 지출비용의 사용처를 정확히 알 수 없고 그 사용액이 상당히 고가인 점에 비추어 원고의 업무와 관련하여 지출된 비용이라고 추정하기 힘들고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 결국 위 물품대 전부는 원고의 업무와 관련하여 지출한 비용이라고 할 수 없다.
 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 (바) 출판기념회 비용에 대하여 
 1) 원고의 주장 
 원고 회사의 회장소외 1이 45년간 재직하면서 발생한 각종 사건에 대해 다룬 “조선일보와 45년”이라는 책은 단순히 개인의 문집수준을 벗어나 원고의 사료로서 가치를 가지는 역사적인 것이므로, 위 책의 출판기념회는 개인적 목적을 위한 출판기념행사가 아니라 조선일보의 역사와 성가를 알리는 행사이므로 그 행사에 소요된 비용을 업무무관비용으로 보는 것은 위법하다.
 2) 판단
 갑 17호증, 을 5호증의 28의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1998. 1. 22. 원고 본사 강당에서소외 1이 사보에 게재한 ‘생각나는 대로’를 내용별로 재분류·편집하여 자료사진까지 곁들여 저술한 “조선일보와 45년”이라는 책의 출판기념회를 개최하기 위하여 재계, 문화계, 언론계 등 주요인사 750여명에게 초청장을 보내 600여명이 참석할 것으로 예상하고, 식음료대, 행사대행료, 실내외장식, 영상물제작, 책자편지, 인쇄비 등 이 사건 출판기념회 비용을 지출한 사실을 인정할 수 있다.
 위 인정사실에 의하면, 위 책자에 비록 원고와 관련된 자료가 수록되어 있다고 하더라도 그 주된 부분은소외 1의 개인적 생각을 담은 저술이므로 원고가소외 1을 위하여 개최한 위 출판기념회는 원고의 업무와 관련된 것이라기보다는소외 1 개인의 업무라고 할 것이어서 위 출판기념회를 위하여 지출한 비용은 원고의 업무와 관련 없이 지출한 비용이라고 할 것이다.
 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 (사) 기타 업무무관경비(주식가치산정 등을 위한 용역대금 등)에 대하여 
 1) 당사자의 주장
 원고는, 원고가 비서실에서 근무한 여직원들에게 지급한 급여와 퇴직금, 배임죄 등으로 고발된 원고의 사장인소외 2 등 3인에 대한 변론을 변호사에게 맡기면서 착수금으로 지급한 소송사건 착수금, 원고 회사의 주식가치산정을 위하여 지급한 신용평가용역료, 세무사에게 세금에 관한 자문을 구하면서 지급한 세무사 자문료, 원고의 국제부 소속 기자로 근무하던소외 4를 해외연수자로 선발하여 지급한 해외연수비용 등은 그 성질상 당연히 원고의 업무상 필요에 의하여 지출된 비용이라고 주장한다.
 이에 대하여 피고는 위 비용이 원고의 사주 일가의 가정부에 대한 급여, 사주 일가의 병원비, 해외연수비, 조경관리비, 공기구입비 등이므로 원고의 업무와 무관한 비용이고, 또한 신용평가 용역료, 세무사 자문료, 소송사건 착수금 등도 원고 주주들 개인이 부담할 비용으로서 업무무관비용이며, 특히 원고가 해외연수자 선발 및 처우에 관한 내규를 위반하여 선발한소외 1 회장의 아들인소외 4에게 사비연수자라 하여 연수비용(체재비, 항공비, 학비) 및 급여를 지급하였으나,소외 4는 원고가 비용을 부담할 초청연수 대상자가 아니고 개인 연수자 또는 유학생에 해당되므로, 연수기간 중의 급여, 체재비, 학비 등은 업무무관경비에 해당한다고 주장한다.
 2) 인정사실
 가) 원고는소외 35(1996. 4.경 채용),소외 33(1996. 10.경 채용),소외 32(1996. 10경 채용),소외 34(1997. 10.경 채용)를 임시계약직 사원으로 채용하여 고문소외 3의 비서실에서 근무하도록 하였고, 간호사 경험이 있는소외 35,33,32로 하여금소외 3의 건강을 돌보게 하기도 하였으며, 이들에게 급여와 퇴직급여를 지급하였다.
 나) 원고는소외 3의 병원비, 진료비, 치료비 등의 비용을 지출하였고, 방씨 일가의 송덕비와 조경관리비 등을 지출하였으며, 선물대, 연회비 등을 지출하였다. 또한 원고는 사내방송용으로 위성방송공청 시스템을 구입하는데 비용을 지출하였다.
 다) 원고는 1997. 11. 17.경 원고 회사의 주식을 보유하고 있던소외 2,1 일가 사이에 주식을 양도 또는 증여하면서 주식 양도·증여세 신고서 작성, 세금 관련 자문 등을 위하여 세무사소외 36에게 2,000만 원을 지급하였고, 1999. 12. 28.경에는소외 2가소외 37에게 명의신탁해 두었던 원고 회사 주식을 아들인소외 38에게 증여하기 위해 그에 관한 양도·양수계약서를 작성하면서 주식의 양도가액 산정을 위하여 한국신용평가 주식회사에 용역료(평가수수료) 32,703,000원을 지급하였으며, 1998. 12. 24.경에는 사장소외 2 외 3인이 배임죄, 사기죄 등으로 검찰에 고발되자 그 변호를 위한 변호사 비용 1,000만 원을 지출하였다.
 라) 원고의 해외연수자 선발 및 처우에 관한 내규(갑 59호증)에는 원고 직원으로서 입사한 지 5년이 경과하지 아니한 자는 해외연수자로 선발할 수 없도록 규정되어 있으나, 원고는 1996. 9. 16. 입사한소외 4에 대하여 1997. 3. 1. 일본 해외연수 발령을 내었고, 1998. 3. 2. 해외연수 기간을 1년 더 연장하였으며, 1998. 9. 1. 조선일보사 일본지사의 파견근무를 명하였다. 원고는소외 4의 일본 체재비, 학비, 항공료, 체재하는 기간 동안의 급여 등을 지급하였고,소외 4는 일본 체재시 기사를 작성하기도 하였으며, 현재까지 원고 회사에 근무하고 있다.
[인정 근거] 갑 57호증의 1, 2, 3, 4, 갑 58호증의 1, 2, 갑 59, 60호증, 을 3호증의 16, 17, 을 5호증의 1, 19, 20 내지 25, 30의 각 기재, 변론 전체의 취지
 3) 판단
 위 인정사실에서 보는 바와 같이, 원고가 지출한소외 3의 병원비, 진료비, 치료비, 치료약품대와 방씨 일가의 송덕비와 조경관리비 등 부분은 원고의 업무와 관련 없는소외 3 등의 개인적인 업무와 관련한 비용이고, 선물대, 연회비 등도 원고의 업무와 관련하여 지출된 비용이라고 보기 어려우므로, 위 각 비용을 원고의 업무비용으로서 손금산입할 수 없다.
 그리고, 원고가 지출한 세무사 자문료는소외 2 등 원고 회사 주주 사이에 주식을 양도, 증여하면서 납부해야 할 세금에 관한 자문과 세금신고서 작성 등과 관련하여 지출한 것으로서 이는 주주들이 부담하여야 할 비용이지 원고가 그 업무와 관련하여 지출할 비용이 아니고, 원고가 지출한 신용평가 용역료도소외 2가 명의신탁한 원고 회사 주식을 아들인소외 38에게 증여하기 위하여 형식상 양도·양수계약을 체결하면서 그 양도가액을 산정하기 위하여 지출한 것으로서 이는소외 2 등이 부담하여야 할 비용이지 원고가 그 업무와 관련하여 지출할 비용이 아니다.
 또한 사장소외 2 외 3인이 배임죄, 사기죄 등으로 검찰에 고발되자 그 변호를 위하여 원고의 계산으로 지출한 변호사비용 부분에 관하여 보건대, 법인의 구성원은 적법한 방법으로 그 법인을 위한 업무를 수행하여야 하므로, 법인의 구성원이 업무수행에 있어 관계 법령을 위반함으로써 형사재판을 받게 되었다면 그의 개인적인 변호사비용을 법인자금으로 지급하는 것은 횡령에 해당하고, 그 변호사비용을 법인이 부담하는 것이 관례라고 하여도 그러한 행위가 사회상규에 어긋나지 않는다고 할 만큼 사회적으로 용인되어 보편화된 관례라고 할 수 없으므로(대법원 2003. 5. 30. 선고 2002도235 판결 등 참조), 원고가소외 2 등을 위하여 지출한 위 변호사비용은 업무와 관련 없는 비용이다.
 그러나, 원고가 그 직원으로 채용하여소외 3의 비서실 근무를 명한소외 35,33,32,34에게 지급한 급여 및 퇴직급여 부분은 원고 직원에 대한 정당한 인건비이므로 손금산입되어야 하고(피고는 이들이 사주 일가의 가정부에 불과하다고 주장하나, 이를 인정할 증거가 없다.), 위성방송공청 시스템의 구입비용 등도 원고의 업무와 관련하여 지출한 비용으로서 사회통념상 용인할 수 있는 한도 내의 것이므로 손금산입되어야 한다.
 나아가 원고가 그 내규(갑 59호증)에 위반하여소외 4를 해외연수자로 선발하였다고 하더라도 이는 내부 지침을 위반한 것일 뿐이므로 그러한 사유만으로소외 4에게 지급한 비용이 업무와 무관한 것이라고 단정할 수 없고, 오히려 원고가 위 내부 지침에 규정된 금액을소외 4의 일본 체재비, 학비, 항공료, 급여 등으로 지급하였고,소외 4가 당시는 물론 현재까지 원고 직원으로 근무하고 있는 이상 위와 같은 비용은 인건비로서 손금산입되어야 한다(원고가 특수관계자인소외 4에게 자신의 내규에 위배하여 자격이 주어지는 시점보다 빨리 해외연수자로 선발함으로써 부당한 이익을 분여한 것이라면 이를 부당행위로 보아 부인하고소외 2에 대한 상여금 등으로 처분할 수 있는 지 여부는 별론으로 하더라도, 위 내규에 위반하였다는 사정만으로소외 4의 체재비 등을 원고의 업무와 관련 없는 비용이라고 할 수는 없으므로 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.).
 따라서 이 사건 업무무관경비 중 별지 8. 손금산입 기타 업무무관경비 기재 각 비용(소외 35 등 직원들의 급여,소외 4의 일본 체재비 등, 위성방송공청 시스템의 구입비용 등)은 모두 원고의 업무와 관련하여 지불한 비용이지만, 나머지 비용 부분은 원고의 업무와 관련하여 지출된 비용으로 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 위 범위 내에서 이유 있고, 나머지 부분에 대한 주장은 이유 없다.
 (아) 복리후생비에 대하여
 1) 원고의 주장 
 원고는 1995. 10.경 이전까지는 임원의 손수운전 교통비를 원고의 대주주 일가의 개인자금에서 빌려서 지급하였고 그 이후에야 비로소 원고의 비용으로 위 교통비를 지급하였는데, 그 지출내역이 확인되는 금원 중 1992. 1.경부터 1995. 9.경까지 지급된 임원의 손수운전 교통비만이라도 대주주 일가에게 반환할 생각으로 복리후생비 명목으로 계산하여 실제로 이와 같이 조성된 자금을 대주주 일가에 반환하였으므로, 이 사건 복리후생비는 그 실질이 1992. 1.경부터 1995. 9.경까지 업무와 관련하여 해당임원에게 지급된 손수운전 교통비에 다름 아니고, 원고가 손익의 귀속시기를 착오 적용한 것에 불과하며, 비록 귀속시기를 달리하여 손금으로 계상되었다고 하여도 이를 손금불산입한 것은 위법하다.
 2) 관계 법령
[구 법인세법](1996. 12. 30. 법률 제5192호로 개전되기 전의 것)
제9조 (각 사업연도의 소득)
① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.
제17조 (손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산)
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
제32조 (결정과 경정)
① 정부는 내국법인이제26조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할세무서장은제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
 1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
 2.제63조의 규정에 의한 지급조서,제66조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서 합계표 또는 매출·매입처별세금계산서 합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때
③ 정부는제1항 및제2항의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.
④ 정부는 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.
⑤제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나제1항 내지제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다.
[구 법인세법](1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것)
제32조 (결정과 경정)
① 정부는 내국법인이제26조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
② 정부는제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
 1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
 2.제63조의 규정에 의한 지급조서 또는제66조의 규정에 의한 계산서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때
③ 정부는제1항 및제2항의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.
④ 정부는 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.
⑤제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나제1항 내지제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다.
 3) 판단
 갑 18호증, 갑 37호증의 2, 6, 을 5호증의 7, 9, 10, 11의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 1996. 11. 15.부터 같은 달 30.까지의 기간 동안 20회에 걸쳐 10만 원권 수표로 수백만 원에서 수천만 원까지 합계 832,120,000원을 인출하면서 부서별 복리후생비를 지급한 것처럼 허위전표를 작성하여 회계처리를 하였고, 10만 원권 수표 8,321장 중 5,200장인 520,000,000원을 1996. 12. 19.소외 38 등 사주일가 8명의 증자대금으로 사용하였으며, 나머지 3천만 원은 현금인출 형식으로 자금 세탁한 사실 등을 인정할 수 있고, 반증이 없다.
구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정된 것 및 개정되기 전의 것) 제9조 제1항,제17조 제1항,제32조의 각 규정은 법인에 대해 각 사업연도 별로 그 해당 사업연도에 귀속되는 익금총액에서 손금총액을 공제하여 산출되는 소득에 대하여만 법인세부과처분을 할 수 있도록 규정하고 있는바, 원고가 그 대주주 일가로부터 빌려서 임원에게 지급한 손수운전 교통비(1992. 1.경부터 1995. 9.경까지의 금액)라고 주장하는 이 사건 복리후생비는 원고의 주장이 사실이라고 하더라도 1992 내지 1995 각 사업연도의 손금으로 산입하여야 하지, 위 금액이 1996. 11.경 복리후생비라는 허위의 명목으로 인출되었다고 하여 이를 1996 사업연도의 손금에 산입할 수 없는 것이므로, 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.
 (자) 채무변제금액 등에 대하여 
 1) 당사자의 주장
 가) 원고의 주장
 ① 원고가 1992. 3. 27. 구입한 서버밴 승합차 매입대금 45,100,000원을 그 당시 원고 회사 대표이사였던소외 1이 원고 대신 지급해 주었고, 그 후 원고가소외 1에게 채무변제조로 위 매입대금에 상당한 금원을 정당하게 지급하였음에도, 피고가 위 매입대금을 가공채무로 보아 이를 익금산입한 것은 위법하다.
 ② 원고는 외상매입금 잔액 중 채권자 확인이 불가능했던 75,756,560원 및 원고의 광고 선수금 중 그 실소유자에게 반환하는 것이 현실적으로 불가능하여 예수금으로 처리해 두었던 179,830,862원을 현실적으로 반환하거나 변제하기가 곤란하다고 보고 이를 인출하여 원고 소속 기자들에 대한 사장 격려금과 포상금 등 회사 업무를 위한 경비로 사용하였는데 이를 각 익금산입한 것은 위법하다.
 ③ 원고는 1980년대부터 대표이사 예수금으로 처리해 왔던 570,080,000원을 대표이사에게 정당하게 변제하였는데 이를 손금불산입한 것은 위법하다. 
 ④ 채무변제금액을 채무면제이익 등으로 보아 과세하려면 피고는 채무면제이익이 존재하는지 또는 그와 같은 채무면제이익이 원고의 1996 또는 1998 각 사업연도에 귀속된 것인지에 관하여 입증하여야 하는데, 피고가 아무런 입증 없이 채무변제금액을 익금산입한 것은 위법하다.
 나) 피고의 주장 
 ① 원고는 자신이 위 서버밴 승합차 매입대금 45,100,000원을 지급하였음에도소외 1이 대신 위 매입대금을 지급한 것처럼 하여소외 1에게 채무변제조로 위 매입대금 상당액을 지급한 것으로 허위 회계처리 하였다.
 ② 원고가 광고료환불을 가장하여 유출한 179,830,862원과 가공인물을 내세워 유출한 75,766,560원은 각 가공부채이므로 익금산입되어야 한다. 
 ③ 원고가소외 1에게 유출한 570,080,000원은 1995. 1. 20. 현금 입금 없이 예수금으로 계상했던 가공부채이고 이를 변제한 것처럼 처리하고 자금을 유출하였으므로, 이와 관련된 비용은 손금에서 제외되어야 한다.
 2) 관계 법령
[구 법인세법](1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)
제32조 (결정과 경정)
⑤제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나제1항 내지제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다.
[구 법인세법 시행령](1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것)
제94조의2 (소득처분)
①법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
 1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(출자자인 임원과 그와제46조의2 제3항의 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 총 발행주식 또는 총 출자지분의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고,조세감면규제법 제36조 제5항 및제40조의5 제6항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 출자자인 이사중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
 3) 인정사실
 가) 원고는 1992. 3. 27.소외 7 주식회사로부터 비서실에서 사용할 서버벤 9인승 승합차를 45,100,000원에 매입하고 세금계산서를 교부받았으나 위 승합차에 대한 매입대금이 회계상 미처리되어 장기채무로 내려오던 중 1996. 1. 17.경 원고 대표이사인소외 1이 위 승합차 매입대금을 지급하였다는 이유로 매입대금에 상당한 금액을소외 1에게 변제해 준 것으로 회계처리 하였다.
 나)소외 7 주식회사가 발행한 세금계산서상의 매입자란에는 ‘(주) 조선일보사소외 1’, 대금지급란에는 ‘청구’가 아닌 ‘영수’로 각 기재되어 있고,소외 1이소외 7 주식회사에 위 승합차 매입대금을 대신 지급해 주었다는 자료는 없다.
 다) 원고는 1998. 12. 7.부터 같은 달 11.까지 미확인 예수금으로 환불 또는 변제해 줄 수 없을 뿐만 아니라 환불 또는 변제의무가 없음에도 광고료를 환불한 것처럼 허위 분개전표 5매를 작성하여 합계 179,830,862원을 유출한 후 광고국의 경조비나 주차비 등으로 사용하게 하였다.
 라) 원고는 외상매입금 계정 중 ‘일반’으로 기재되어 있는 75,766,560원은 변제해 줄 대상자를 확인할 수 없어 변제할 수 없을 뿐만 아니라 변제의무가 없음에도 물품대금지불 명목으로 허위의 분개전표를 작성하도록 하고 가공인물인 ‘소외 39’ 명의로 허위 작성한 영수증을 첨부하여 위 금액을 유출하여 사용하였다.
 마) 원고는 장기채무로 소멸시효가 완성된 대부분의 다른 외상매입채무는 잡이익으로 계상하였음에도 위 각 외상매입금에 대하여는 원고의 잡이익으로 계상하지 아니하였다.
 바) 1995. 1. 20.자 분개전표상으로는 원고가 당시 대표이사였던소외 1로부터 570,080,000원을 현금으로 입금받아 같은 금액을 임직원들에게 가불금으로 대여한 것으로 기재되어 있으나, 1995. 1. 20.자 입금내역에는 원고가소외 1로부터 570,080,000원을 입금받았는지 여부가 확인되지 않는다.
 사) 원고는 1995. 12. 30. 결산시 종업원 단기대여금 467,858,620원을 대표이사 예수금 570,080,000원과 상계하여 종업원 단기대여금 계정을 “0”으로, 대표이사 예수금 계정 잔액을 102,221,380원으로 처리한 다음 1996. 1. 중 다시 차변에 대표이사 예수금 467,858,620원, 대변에 종업원 단기대여금 467,858,620원으로 원상회복시켰다.
 아) 그 후 원고는 1996. 12. 30.에 대표이사 예수금 307,710,000원을 반환한 것으로, 1997. 1. 16.에는 위 예수금 307,710,000원을 입금한 것으로, 1997. 12. 31.에는 대표이사 예수금 201,837,420원을 반환한 것으로, 1998. 1. 20.에는 위 예수금 201,837,420원을 입금한 것으로 각 분개전표를 처리하였으나, 위 기간 동안에는 현금의 입금이나 출금이 없었다.
 자) 원고는 1998. 12. 29. 대표이사 예수금 2억 원을, 같은 달 29. 대표이사 예수금 370,080,000원을소외 1의 수기영수증에 의하여소외 1에게 지급한 것으로 분개전표 처리를 하였는데, 위 2억 원은 현금으로, 위 370,080,000원은 현금 11,154,150원과 거래처로부터 수령한 약속어음 5장 합계 358,925,850원으로 각 인출되었다.
 차) 원고의 1994. 12. 31.자 예수금 명세서상에는소외 1의 예수금이 별도로 구분되어 표시되어 있지 아니하고, 당시소외 1이 원고에 대하여 가지고 있는 예수금 채권의 액수를 증명할 수 있는 전표나 구분명세서 등의 자료는 현재 존재하지 아니한다.
 카) 피고는 1996 사업연도 귀속 법인세를 계산하면서 원고의 위 외상매입금 45,100,000원을 허위채무로 보아 익금산입하면서 대표이사에 대한 상여로 소득처분하였고, 1998 사업연도 귀속 법인세를 계산하면서 원고의 위 외상매입금 75,766,560원, 미확인 예수금 179,830,862원, 대표이사 예수금 570,080,000원 합계 825,677,422원을 모두 허위채무로 보아 익금산입하면서 대표이사에 대한 상여로 소득처분하였다.
[인정 근거] 갑 19호증, 갑 37호증의 6, 갑 79호증, 을 5호증의 12 내지 18의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 4) 판단
 ①소외 1이 원고를 대신하여 위 매입대금을 지급하였다는 점에 대하여 증빙 등 일체의 자료가 없는 점,소외 1이 서버밴 승합차의 매매대금을 지급하였다면 이를소외 1의 예수금으로 회계처리하여 두는 것이 원칙이나 원고는 이와 같이 회계처리하지 아니하였는데 그와 같이 회계처리하지 않은 납득할 만한 사유가 없는 점 등 앞서 본 사정을 종합하여 보면 원고가 자신의 비용으로 위 승합차 매입대금 45,100,000원을 지급한 것으로 봄이 상당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.
 ② 원고가 외상매입금 계정에 ‘일반’으로 처리해 두었던 75,766,560원과 미확인 예수금으로 처리해 두었던 179,830,862원은 현실적으로 환불 또는 변제해 줄 대상을 확인할 수 없어 환불 또는 변제해 줄 수 없을 뿐만 아니라 환불 또는 변제의무가 없는 채무임에도 각 허위의 분개전표를 작성하여 위 각 금원을 인출하여 임의로 사용하였음은 앞서 본 바와 같은바, 원고는 허위채무이거나 변제의무가 없는 위 각 외상매입금에 대하여 채무의 소멸을 인식하는 회계처리를 하면서 그 상대계정으로 채무면제이익 등으로 계상하여 그 상당액을 원고의 익금으로 산입하여야 함에도 불구하고 이를 익금산입하지 아니하고 당해 채무에 상당하는 현금이 지출된 것처럼 허위로 회계처리를 함으로써 부당하게 원고의 현금자산을 감소시켰으므로, 피고가 위 각 외상매입금 상당액을 원고의 익금에 산입하고 부당하게 유출된 현금에 대하여 소득처분한 것은 적법하다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.
 ③ 또한 위 인정사실에서 보는 바와 같이 원고가소외 1로부터 이 사건 대표이사 예수금 570,080,000원을 지급받은 사실을 인정할 증거가 없으므로 이 사건 대표이사 예수금이 허위채무임이 상당한 정도 입증되었다고 할 것인데, 원고가소외 1로부터 위 금원을 실제로 지급받았다는 점을 입증할 만한 증거를 제시하지 못하고 있으므로 위 대표이사 예수금은 허위채무라고 할 것이어서 피고가 이를 원고의 익금에 산입한 것은 적법하고, 원고의 위 주장도 이유 없다.
 ④ 위 각 외상매입금과 예수금이 허위채무이거나 변제의무가 없는 채무임은 앞서 본 바와 같은바, 위 각 외상매입금은 그 채무가 허위인지, 아니면 진실한 채무인데 채권자가 불명인지 여부도 불분명하여 위 채무가 언제 소멸한 것으로 보아 익금으로 산입하여야 하는지 단정할 수 없지만, 일응 원고가 어느 회계연도에 위와 같은 사정을 인식하여 위 각 외상매입금이 소멸한 것으로 회계처리하였다면 그 회계연도에 그로 인한 이익도 계상하는 것이 타당하다고 할 것이고, 원고가 변제의무 없는 위 각 외상매입금이나 예수금을 변제한 것으로 보아 그에 상응하는 금원이 지급된 것으로 회계처리하였다면 허위로 지급처리된 위 금원 상당액은 당해 사업연도에 실제로 지급된 일이 없으므로 적어도 그 금액은 손금산입되어서는 아니되는 금원이어서 이에 대한 손금산입을 부정하는 의미에서 당해연도에 이를 익금산입하는 것이 타당하다고 할 것이므로 위 각 외상매입금과 예수금의 익금산입 연도가 잘못되었다는 원고의 주장도 이유 없다. 
 (5) 무상제공 광고비 부당행위계산에 대하여
 (가) 원고의 주장
 피고는 원고가 특수관계자인소외 6 주식회사에게 공급한 무상광고 합계 846건에 대하여 “조선일보 광고요금표”상의 돌출광고단가(1단 × 1cm, 광고요금 400,000원)를 적용한 금액을 부당행위계산부인 대상금액으로 보았으나, 위 요금표상 광고단가는 원고가 실제로 지급받을 금액이 아니라 영업목표로 삼기 위하여 정해 놓은 금액에 불과하므로, 이 사건에 있어서 원고가소외 6 주식회사에게 무상으로 제공한 광고용역의 시가를 산정함에 있어서는 원고가 영업목표로 삼기 위하여 산정한 광고요금표 상의 단가를 적용할 것이 아니라, 원고가 실제로 특수관계 없는 제3자에게 판매한 광고판매단가(“1단 × 1cm” 광고의 실제 광고 판매단가는 1998년경에는 201,394원이고, 1999년경에는 184,332원이다.)를 적용하여야 한다.
 (나) 관계 법령
[구 법인세법](1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)
제20조 (부당행위계산의 부인)정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
[구 법인세법 시행령](1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것)
제46조 (법인의 부당한 행위 또는 계산)
①법 제20조에서 "특수 관계 있는 자"라 함은 다음 각 호의 관계에 있는 자를 말한다.
 1. 출자자(소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족.
②법 제20조에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
 7. 출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때. 다만, 법인이 무주택 사용인에게 주택건설촉진법에 규정하는 국민주택규모 이하의 주택(그 주택에 부수된 토지를 포함한다)의 취득·임차에 소요된 자금(재정경제부령이 정하는 금액을 한도로 한다)을 대부하는 경우는 제외한다.
[법인세법]
제52조 (부당행위계산의 부인)
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
②제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
④제1항 내지제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
[구 법인세법 시행령](2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)
제87조 (특수관계자의 범위)
①법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.
 2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
제88조 (부당행위계산의 유형 등)
①법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
 6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.
제89조 (시가의 범위 등)
①법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
 (다) 판단 
 갑 2, 3, 44호증, 갑 45호증의 1 내지 71, 을 6호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1998. 4. 11.부터 1999. 12. 31.까지 특수관계자인소외 6 주식회사의 안내 돌출광고와소외 6 주식회사가 운영하는 700서비스광고(야구속보, 영화티켓예매, 주식정보) 및 인터넷포털사이트 인포? 돌출광고를 각 무상으로 제공하였는데, 1998년 502건, 1999년 344건 합계 846건인 사실, 원고의 “광고요금표”상의 돌출광고단가(1단 × 1cm)는 400,000원이었으나 이는 원고가 실제로 지급받을 금액이 아니라 영업목표로 삼기 위하여 정해 놓은 금액에 불과하였고, 실제 원고가 1998년 한해 동안 게재한 총돌출광고의 평균단가(1단 × 1cm)는 201,294원이었으며, 1999년 한해 동안의 평균단가는 184,332원인 사실, 피고는 원고가소외 6 주식회사에 무상으로 제공한 돌출광고 총 846건에 대하여 “조선일보 광고요금표”상의 돌출광고단가 400,000원으로 계산한 금액을 부당행위계산부인 대상금액으로 본 사실 등을 인정할 수 있다.
 무상으로 제공된 이 사건 돌출광고용역의 시가는 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격으로서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 의미한다.
 위 인정사실에서 본 바와 같이 원고가 특수관계 없는 제3자에게 돌출광고용역을 제공하고 지급받은 평균광고단가(1단 × 1cm)가 1998년 한 해 동안 201,294원이고, 1999년 한해 동안 184,332원으로서 원고의 광고요금표상의 광고단가 40만 원과 차이가 많이 나고 있으므로, 이 사건 부당행위계산부인의 대상금액을 정하는 데 있어서는 원고가 특수관계 없는 제3자와 거래를 하고 지급받은 평균광고단가를 시가로 하여 계산함이 타당하다. 따라서 원고가 제3자에게 제공한 돌출광고용역의 평균광고단가를 시가로 하여 다시 광고료를 계산하면 합계 168,977,796원{1998 사업연도 105,567,588(502건 × 201,294원) + 1999 사업연도 63,410,208원(344건 × 184,332원)}이고, 이를 익금산입해야 함에도 이 부분을 초과하는 부분까지도 익금산입하여 법인세를 부과한 피고의 처분은 위법하고, 원고의 주장은 이유 있다.
 (6) 부당행위계산 부인 및 업무무관 가지급금의 지급이자 손금불산입에 대하여
 (가) 원고의 주장
 ①소외 5 주식회사의 선급금에 대한 부당행위계산 부인에 의한 인정이자 익금산입과 업무무관가지급금으로서 지급이자 손금불산입 부분에 대하여
소외 5 주식회사는 원고와 스포츠조선이 발간하는 신문의 호남지역판을 인쇄하기 위하여 원고가 설립한 회사인데,소외 5 주식회사가 자금난에 처하여 가동이 중단될 경우 그 영향이 원고에게 직접 미치기 때문에 원고는소외 5 주식회사로부터 안정적인 인쇄용역을 제공받기 위하여 일시적 소요자금이 필요했던소외 5 주식회사에게 보증금 또는 인쇄용지대 등의 명목으로 선급금 400,000,000원(1998. 11. 이전에 선급금으로 지급한 금액이고, 그 이후 650,000,000원을 지급)을 지급하였고, 이 후소외 5 주식회사가 자금난에서 벗어나는 시점에 회수할 계획이었으며,소외 5 주식회사와 월평균 16억 원에 이르는 거래관계를 유지하고 있었으므로, 경제적 합리성이 결여된 부당한 행위에 해당하지 아니한다.
 또한 원고가소외 5 주식회사에게 선급금을 지급한 것은 자금을 대여하기 위한 것이 아니라 마땅한 인쇄처가 없는 호남지역에서 원활하게 인쇄용역을 제공받기 위해 원고가 출자하여소외 5 주식회사를 설립하고 일시적인 소요 자금을 불가피하게 선지급한 것이므로 원고의 선급금 지급행위에는 경제적 합리성이 있어 위 선급금이 업무무관가지급금에 해당하지 아니한다.
 ②소외 6 주식회사의 선급금에 대한 업무무관가지급금의 지급이자 손금불산입 부분에 대하여
 원고가소외 6 주식회사에 선급금을 지급한 것은 외환위기로 인하여 원고가 용역을 제공받고 있는소외 6 주식회사가 자금난에 처하자 원활한 용역수급을 위해 상관례에서 벗어나지 않는 수준의 용역비를 선지급하여소외 6 주식회사로 하여금 자금난에서 벗어나도록 도와 주고자 하는 목적이었고, 이러한 자금거래는 원고가 업무를 원활히 수행하기 위해 불가피하게 발생한 것이므로, 이는 업무무관 가지급금에 해당하지 아니한다.
 (나) 관계 법령
[구 법인세법](1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)
제18조의3 (지급이자의 손금불산입)① 다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 3.제20조의 규정에 의한 특수관계에 있는 자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것
제20조 (부당행위계산의 부인)정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
[구 법인세법 시행령](1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것)
제43조의2 (지급이자의 손금불산입)
②법 제18조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 업무와 관련 없는 자산 및동항 제3호의 규정에 의한 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등의 범위는 다음과 같다.
 2.법 제18조의3 제1항 제3호의 규정에 의한 업무와 관련 없는 가지급금 등은 명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제19조제3항 각호의 1에 해당하는 법인의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다). 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전에는, “다만, 총리령이 정하는 금액을 제외한다.”라고 규정되어 있었다.)
제46조 (법인의 부당한 행위 또는 계산)
①법 제20조에서 "특수 관계 있는 자"라 함은 다음 각 호의 관계에 있는 자를 말한다.
 1. 출자자(소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족.
②법 제20조에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
 7. 출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때. 다만, 법인이 무주택 사용인에게 주택건설촉진법에 규정하는 국민주택 규모 이하의 주택(그 주택에 부수된 토지를 포함한다)의 취득·임차에 소요된 자금(재정경제부령이 정하는 금액을 한도로 한다)을 대부하는 경우는 제외한다.
[법인세법]
제28조 (지급이자의 손금불산입)
① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 4. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
 나.제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것
제52조 (부당행위계산의 부인)
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
②제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
④제1항 내지제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
[법인세법 시행령]
제53조 (업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입)
①법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.
[구 법인세법 시행령](2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)
제87조 (특수관계자의 범위)
①법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.
 2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
제88조 (부당행위계산의 유형 등)
①법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
 6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.
 (다) 인정사실
 1)소외 5 주식회사는 원고와 주식회사 스포츠조선이 발간하는 신문의 호남지역판을 인쇄하기 위하여 원고의 출자자이고 대표이사인소외 2와 그의 일가 등 특수관계자들이 100% 출자하여 설립한 회사인데, 원고는 1996.부터 1999.경까지 사이에소외 5 주식회사로부터 합계 약 670억 원 상당의 인쇄용역을 제공받아 월 평균 거래액이 약 16억 원이고,소외 5 주식회사의 총매출액에서 원고에 대한 매출액이 차지하는 비율은 약 67%다.
 2) 원고는 1995. 1. 11.소외 5 주식회사에 대한 1994년 외상매입금 5억 원과 인쇄비 선급금 5억 원을 상계한 후 같은 달 12. 다시 5억 원을 현금으로소외 5 주식회사에 대한 인쇄비 선급금으로 지출하였고, 같은 해 12. 11. 위 선급금 중 1억 원을 선급금 환입으로 회수하였으며, 1996. 1. 12. 외상매입금 4억 원과 인쇄비 선급금 4억 원이 잔존하고 있는 것으로 분개전표 처리를 한 후 같은 해 12. 31. 외상매입금 4억 원과 위 선급금 4억 원을 상계하였으며, 1997. 1. 11. 외상매입금 4억 원과 인쇄비 선급금 4억 원이 잔존하고 있는 것으로 분개전 처리를 한 후 같은 해 12. 31. 외상매입금 4억 원과 위 선급금 4억 원을 상계처리하였으며, 1998. 2. 4. 다시 외상매입금 4억 원과 인쇄비 선급금 4억이 잔존하고 있는 것으로 분개전표 처리를 하고, 같은 해 11. 6. 선급금 2억 5천만 원을 현금으로 추가로 지급한 후 같은 해 12. 31. 외상매입금 6억 5천만 원과 위 선급금 합계 6억 5천만 원을 상계처리하였으며, 1999. 1. 6. 외상매입금 6억 5천만 원과 위 선급금 6억 5천만 원이 잔존하고 있는 것으로 분개전표 처리를 한 후 같은 해 12. 31. 외상매입금 6억 5천만 원과 선급금 6억 5천만 원이 상계된 것으로 분개전표 처리를 하였다.
 3) 원고와 특수관계인(원고 회사의 대표이사인소외 2가 원고 회사의 출자 지분 30.03%,소외 6 주식회사 출자 지분 5.86%를 각 보유하고 있음)인소외 6 주식회사는 설립일인 1995. 10.경부터 현재까지 원고에게 인터넷 조선일보 제작 및 운영사업, 기사와 사진의 데이터베이스 구축 등의 서비스, 시티비젼 광고용역 등을 제공하고 있다.소외 6 주식회사가 원고에게 공급한 용역 등의 거래규모는 1998년에만 약 118억 원이었다.
 4)소외 6 주식회사는 1998. 4.경 원고와 사이에 원고의 기존 CTS 조판체제에서 취재, 편집, 지면을 기자가 의도하는 대로 제작하기 위한 기자 직접 조판체제로 전환되는 시스템 도입 및 개발용역계약을 체결하고 1998. 6. 5. 원고로부터 계약금 1,279,850,000원을 지급받았다.소외 6 주식회사는 위와 같은 대형계약을 수행하기 위하여 17명의 특급기술자들을 투입하였고 그들의 인건비 등을 지출하느라 자금사정이 악화되었다.
 5) 원고는 1998. 4. 29.소외 6 주식회사에 이율을 연 19%로 정하여 선급금 명목으로 10억 원을 지급한 후소외 6 주식회사로부터 1998. 8. 31. 위 선급금 중 416,776,900원을, 같은 해 9. 30. 위 선급금 중 342,429,485원과 약정이자 73,655,765원을, 같은 해 10. 1. 위 선급금 중 나머지 240,955,540원을 각 지급받아 위 채무는 소멸하였다.
[인정 근거] 갑 2, 3호증, 갑 20호증의 1, 2, 3, 4, 갑 37호증의 6, 갑 46, 47, 48호증, 갑 49호증의 1 내지 41, 갑 72, 73, 74호증의 각 1, 2, 갑 75호증의 1 내지 9, 갑 76호증의 1, 2, 3, 4, 갑 77호증의 1 내지 15, 갑 78호증의 1 내지 5, 을 7호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
 (라) 판단
 ① 법인세법상의 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위 계산을 말하고, 그 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하고,구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항 제3호,같은 법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 제43조의2 제2항 제2호 본문에 따라 그 지급이자가 손금에 산입되지 아니하는 '특수관계에 있는 자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금'으로서 '명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액'에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 또 특수관계에 있는 자로부터 적정한 이자율에 따른 이자를 받으면서 가지급금을 제공한 경우도 포함되며, 이때 가지급금의 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결 등 참조).
 위 인정사실에서 보는 바와 같이 원고가 특수관계자인소외 5 주식회사에 1995. 1.경 인쇄비 선급금 형식으로 5억 원을 지급하고, 같은 해 12.경 이 중 1억원을 회수한 이후 나머지 4억 원에 대하여 1999. 12. 31.까지 매년 초에는 선급금을 지급하고 그 해 말에는 변제한 것처럼 장부를 조작하여 회계처리하였을 뿐 위 선급금을 장기간 회수하지 아니한 점 등을 종합하면, 원고가소외 5 주식회사에게 있어서 인쇄용역을 공급받은 주된 거래처인 사정을 고려하더라도, 원고가소외 5 주식회사에게 이 사건 선급금을 지급한 것은 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래로서 부당한 행위라고 보아야 할 것이므로, 실질적으로 원고가소외 5 주식회사에 위 선급금을 무상으로 대여한 것으로 봄이 상당하다. 또한 위 선급금의 지급행위는 신문인쇄업 등을 목적으로 하는 원고 회사의 업무와 관계가 없고, 경제적 합리성도 없어 위 선급금은 업무무관가지급금에 해당한다.
 ② 또한 위 인정사실에서 보는 바와 같이 원고가 특수관계자인소외 6 주식회사에게 약정이율에 의하여 선급금 10억 원을 지급하여 실제로 이자를 지급받았고, 또소외 6 주식회사가 위 선급금을 지급받을 당시에는 외환위기 직후로서 자금난이 극심한 시기였던 점 등을 고려하더라도, 원고 회사의 목적사업이나 영업내용,소외 6 주식회사의 영업내용 및 원고와의 거래관계 등에 비추어 볼 때, 특수관계자인소외 6 주식회사의 경제적 어려움을 도와주기 위하여 지급한 위 선급금은 원고의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 해당한다.
 따라서 원고의 위 각 주장은 모두 이유 없다. 
 (7) 임원의 보수한도 초과액의 익금산입에 대하여 
 (가) 당사자의 주장
 원고는, 원고가 1999년 임원들에게 지급한 추석 떡값이나 특별격려금은 직급과 근속년수에 따라 모든 사원들에게 지급하면서 동시에 임원들에게도 같은 기준으로 지급한 것이고, 특히 연말 특별격려금은 1990년 이래 현재에 이르기까지 한해도 거르지 않고 매년 12월에 정기적으로 지급되어 관행으로 정착되어 있으므로 경영성과나 근로제공의 성과에 따라 임시적으로 지급되는 “상여금”이라 할 수 없다. 따라서 원고가 1999년에 임원들에게 지급한 특별격려금에 대하여 별도로 주주총회에서 그 지급을 승인받아 두지 아니하였다 하여법인세법 시행령 제33조 제2항에서 말하는 지급기준을 초과하는 “상여금”으로 보는 것은 부당하다고 주장한다.
 이에 대하여 피고는, 원고가 임원상여금 지급규정을 가지고 있고, 이와 별도로 매년 정기 주주총회시 임원보수(상여금 포함) 총액한도를 정하고 있는데, 원고가 1999년도 주주총회에서 정한 임원보수한도를 초과하여 지급한 임원상여금은 손금산입되어서는 아니된다고 주장한다.
 (나) 관계 법령
[상법]
제388조 (이사의 보수)이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니한 때에는 주주총회의 결의로 이를 정한다.
[법인세법]
제26조 (과다경비 등의 손금불산입)다음 각 호의 손비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 1. 인건비
[법인세법 시행령]
제43조 (상여금 등의 손금불산입)
② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 (다) 판단
 갑 2, 3호증, 을 8호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 제51기(1998. 4. 1.부터 1999. 3. 31.까지) 정기 주주총회에서 임원의 보수 한도액을 연봉 15억 원, 교통비 2억 5천만 원 합계 17억 5천만 원으로 결의하였고, 제52기(1999. 4. 1.부터 2000. 3. 31.까지) 정기 주주총회에서 임원의 보수 한도액을 연봉 20억 원으로 결의하여 1999년도 임원의 보수 한도액을 정하였으나 임원의 상여금 한도액을 정하지 아니한 사실, 원고는 1999. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 임원들에게 보수 등 합계 2,283,704,730원을 지급하였는데, 그 중 345,000,000원을 임원들의 추석 떡값 및 연말 특별격려금으로 지급한 사실, 추석 떡값과 연말 특별격려금은 모든 사원들에게 직급과 근속연수에 따라 지급되면서 동시에 임원들에게도 같은 기준으로 지급된 것이고, 특히 연말 특별격려금은 1990년부터 매년 연말에 한 해도 거르지 않고 정기적으로 지급되어 온 사실 등을 인정할 수 있다.
 상여금이란 봉급 이외에 노동의 대가로서 법인의 영업실적과 사용인의 공로에 따라 부정기적으로 또는 임시적으로 지급되는 급여를 말한다.법인세법 시행령 제43조 제2항에는 임원의 상여금 중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 정해진 급여지급기준을 초과하여 지급한 상여금 부분은 손금불산입되는 것으로 규정되어 있고,상법 제388조에는 임원의 보수액은 정관에서 정하게 되어 있으나 정하지 아니하는 때에는 주주총회의 결의로서 정하도록 규정되어 있어 정관이나 주주총회의 결의에서 정한 보수 한도액을 초과하는 금액은 손금불산입된다.
 위 인정사실에 의하면, 원고가 임원들에게 지급한 추석 떡값과 연말 특별격려금은 직급과 근속년수에 따라 오랫동안 정기적으로 지급되어 온 급여로서 임원들의 추가 보수라고 할 것인데, 원고는 제51기, 제52기의 각 주주총회 결의 등에 의하여 1999년도 임원의 보수 한도액을 연봉 한도액 1,875,000,000여원, 교통비 한도액 62,500,000여원, 복리후생비 한도액 47,600,000여원 합계 1,985,121,230원(갑 3호증 참조)으로 정하였을 뿐, 임원의 상여금에 대하여는 아무런 지급기준을 정하지 아니하였으므로, 위 ?값 및 특별격려금 345,000,000원 중 원고의 주주총회 결의에서 정한 임원의 보수한도액을 초과하는 부분 298,583,500원(1999년 임원들에게 지급한 총 금액 2,283,704,730원 - 주주총회 결의에 의한 임원의 보수한도액 1,985,121,230원)은 손금산입할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (8) 적정유보초과소득에 대하여 
 (가) 당사자의 주장
 1) 원고의 주장 
구 법인세법 시행령 제70조 제3항에 의하면제1항 소정의 이른바 세무상 유보소득금액이 기업회계기준을 준용하여 계산한 당기순이익 및 전기손익 수정이익의 합계액에서 제1호 내지 제7호 각 호의 금액을 공제한 금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다고 규정하고 있고, 위 기업회계기준을 준용하여 계산한 당기순이익은 기업회계기준에 의거 작성된 손익계산서상 당기순이익을 의미하는 것인바, 위 규정은 단체퇴직보험료의 세무상 손금부인 사항을 기업회계기준상 유보소득 계산시 조정항목에 포함하고 있지 않으므로, 단체퇴직보험료 손금부인 항목을 조정사항에 포함하여 기업회계상 유보소득을 계산하는 것은 세무상 유보소득금액을 과대산정함으로써 납세자에게 불리한 결과를 초래하게 되어 위법하다.
 또한 기업회계기준 위반여부에 대하여는 과세관청이 판단할 사항이 아니고 외부회계감사인이 판단할 사항이다.
 2) 피고의 주장 
 법인의 적정유보초과소득에 대한 법인세를 계산함에 있어서 기업회계기준을 위배하여 작성한 재무제표상의 당기순이익을 기초로 적정유보소득을 계산한 경우에는구 법인세법 시행령 제70조 제3항의 규정에 따라 기업회계기준을 준용하여 계산한 당기순이익을 기초로 하여 적정유보소득을 재계산하여야 하므로, 이에 따라 이루어진 피고의 위 계산은 적법하다.
 (나) 관계 법령
[구 법인세법](1997. 12. 13. 법률 제5418호로 개정되기 전의 것)
제22조의2 (적정유보초과소득에 대한 법인세)
① 상장법인(증권거래법에 의하여 한국증권거래소에 주식을 상장하고 있는 법인을 말한다. 이하 같다)외의 내국법인(비영리법인을 제외한다)으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 법인에 있어서 대통령령이 정하는 각 사업연도의 유보소득이 적정유보소득을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액(이하 "적정유보초과소득"이라 한다)에 100분의 15를 곱하여 산출한 세액과제22조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액을 합한 금액을 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로 한다.
 1. 각 사업연도 종료일 현재의 자기자본이 100억 원을 초과하는 법인
 2. 각 사업연도 종료일 현재 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 대규모 기업집단에 속하는 법인
②제1항에서 "적정유보소득"이라 함은 각 사업연도의 소득금액(제15조 제1항 제8호 및제10호의 규정에 의한 금액을 포함한다)에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액의 100분의 50에 상당하는 금액과 당해 법인의 자기자본의 100분의 10에 상당하는 금액 중 큰 금액을 말한다.
 1. 당해 사업연도의 법인세액, 법인세의 감면액 또는 과세표준에 부과되는 농어촌특별세액 및 소득할주민세액
 2.상법 제458조의 규정에 의하여 적립하는 이익준비금
 3. 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 의무적으로 적립하는 적립금
 4. 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 기업발전 적립금으로 적립한 금액
[구 법인세법 시행령](1997. 12. 31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것)
제70조 (유보소득의 계산)
①법 제22조의2 제1항에서 "대통령령이 정하는 각 사업연도의 유보소득"이라 함은법 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득(법 제15조 제1항제 8호 및제10호의 규정에 의한 금액을 포함한다. 이하 이 조에서 "당해 사업연도의 소득금액"이라 한다)에서 다음 각 호의 소득을 공제한 금액을 말한다.
 1.제9조 제1항의 이월결손금
 2.법 제22조의2 제2항 각호의 금액
 3. 잉여금처분에 의한 배당·상여 및 퇴직급여
 4.제94조의2의 규정에 의하여 배당·상여·기타소득 및 기타 사외유출로 처분된 금액. 다만, 법인세와 주민세를 기타 사외유출로 처분한 경우에 그 상당액을 제외한 금액으로 한다.
②제1항의 경우에 그 공제할 금액의 합계액이 당해 사업연도의 소득금액을 초과하는 때에는 그 초과액은 없는 것으로 보며, 잉여금처분에 의한 배당 등은 당해 사업연도의 소득금액에서 먼저 배당된 것으로 본다.
③제1항의 규정에 의하여 계산한 유보소득금액이 기업회계기준을 준용하여 계산한 당기순이익 및 전기손익 수정이익의 합계액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.
 1. 전기손익 수정손실
 2. 전기이월결손금
 3.상법 제458조의 규정에 의하여 적립한 이익준비금
 4. 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 의무적으로 적립하는 적립금
 5.제84조 제2항의 규정에 의한 금액
 6. 잉여금처분에 의한 배당·상여 및 퇴직급여
 7. 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 기업발전적립금으로 적립한 금액
 (다) 인정사실
 갑 2, 3, 21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1996 사업연도 귀속 법인세를 신고함에 있어 적정유보초과소득이 없는 것으로 신고하면서 1996 사업연도에 퇴직급여 충당금 4,922,286,810원과 단체퇴직급여 충당금 16,355,513,650원 합계 21,277,800,460원을 새로 설정하여 위 금액을 제외하고 재무제표상의 당기순이익을 계산한 사실, 피고는 당기순이익을 재계산하는 방법으로 단체퇴직급여 충당금 등 21,277,800,460원을 기업회계상 유보소득에 포함시켜 세무상 유보소득 23,340,783,995원과 기업회계상 유보소득 37,502,866,199원(원고 손익계산서상의 유보소득 16,225,065,739원 + 단체퇴직급여충당금 등 21,277,800,460원) 중 적은 금액인 세무상 유보소득에서 적정유보소득{구 법인세법(1997. 12. 13. 법률 제5418호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제2항} 16,380,474,900원을 공제한 6,960,264,095원에 세율 15%로 계산한 법인세 1,044,039,614원을 1996 사업연도의 법인세에 가산한 사실, 원고의 1996 사업연도 임직원의 퇴직급여 충당금, 단체퇴직충당금 등의 내역은 아래 표와 같은 사실 등을 인정할 수 있고, 1996 사업연도 퇴직금 추계액이 합계 80,515,716,684원인 사실은 앞서 본 바와 같다( 2의 가. (2) (라) 3)항 참조).
1996 사업연도 임직원의 퇴직급여 충당금 등 내역
 구 분 퇴직급여 충당금 단체퇴직급여 충당금 합 계 1. 당기 초 잔액 25,875,739,759원 83,846,220,884원 109,721,906,643원 2. 당기 지급액 13,395,700원 8,780,319,500원 8,793,715,200원 3. 당기 설정액 4,922,286,810원 16,355,513,650원 21,277,800,460원 4. 당기 말 잔액 30,784,630,869원 91,421,415,034원 122,206,045,903원 
 (라) 판단
구 법인세법(1997. 12. 13. 법률 제5418호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항,제2항,같은 법 시행령 제70조 제1항,제3항은 비상장 영리법인의 각 사업연도 유보소득(세무상 유보소득)은 각 사업연도의 소득 등에서 이월결손금 등을 공제한 것으로 하고, 기업회계상 유보소득은 기업회계기준을 준용하여 계산한 당기순이익 등에서 전기손익 수정손실 등을 공제한 것으로 하여 위 세무상 유보소득과 기업회계상 유보소득 중 적은 금액이, 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액에서 당해 사업연도의 법인세액, 법인세의 감면액 또는 과세표준에 부과되는 농어촌특별세액 및 소득할주민세액 금액 등을 공제한 금액의 100분의 50에 상당하는 금액과 당해 법인의 자기자본의 100분의 10에 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액 중 큰 금액(적정유보소득)을 초과하는 경우, 그 초과한 금액(적정유보초과소득)에 100분의 15를 곱하여 산출한 세액을 당해 법인에 부과하도록 규정하고 있다.
구 법인세법 제22조의2가 자본금액이 일정한 범위를 넘는 대기업 또는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 대규모 기업집단에 속하는 비상장 영리법인에 대하여 여타 법인에 대한 통상의 법인세 이외에 적정유보초과소득에 대한 법인세를 추가하여 과세하도록 정한 근거는 위와 같은 비상장 영리법인이 당해 사업연도의 소득 중 배당이 가능한 소득이 있음에도 적정수준을 초과하여 과다하게 유보함으로써 의도적으로 배당으로 인한 조세부담을 회피하는 것을 방지하는 한편, 정상적으로 이익배당을 하는 상장법인과의 조세부담의 형평을 기하기 위한 데에 있다고 할 것이다(대법원 1997. 2. 11. 선고 95누6847 판결 참조).
 기업회계에서는 당기의 수익에 대응하는 비용으로서 장래에 지출될 것이 확실한 것과 당기의 수익에서 차감되는 것이 합리적인 것에 대하여 그 금액을 추산하여 계상하도록 하는 부채성 충당금으로, 회계연도 말 현재 전임직원이 일시에 퇴직할 경우 지급하여야 할 퇴직금에 상당하는 금액을 퇴직급여 충당금으로 계상하도록 하고 있고, 회계연도 말 현재 전임직원의 퇴직금 소요액과 퇴직급여 충당금의 설정잔액 및 기중의 퇴직금 지급액과 임직원 퇴직금의 처리방법 등을 주석으로 기재하도록 하고 있다.
 위와 같은 적정유보초과소득에 대하여 통상의 법인세 외에 추가하여 법인세를 부과하는 이유 및 기업회계기준의 내용 등을 종합하여 보면,구 법인세법 시행령 제70조 제3항에서 기업회계상 유보소득을 계산하기 위한 기준으로 규정하고 있는 “기업회계기준을 준용하여 계산한 당기순이익”이란 원고가 주장하고 있는 바와 같이 원고가 임의로 기업회계기준에 의하여 계산한 당기순이익이 아니라 객관적인 기업회계기준에 의하여 합리적으로 계산된 당기순이익을 의미한다고 할 것이다.
 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 1996 사업연도 초 총퇴직급여 충당금으로 합계 109,721,960,643원(퇴직급여 충당금 25,875,739,759원 + 단체퇴직급여 충당금 83,846,220,884원)을 보유하고 있다가 1996 사업연도 중 퇴직금으로 합계 8,793,715,200원(퇴직급여 충당금 중에서 13,395,700원 + 단체퇴직급여 충당금 중에서 8,780,319,500원)을 지급하였고, 1996 사업연도 중 새로이 퇴직급여 충당금 4,922,286,810원 및 단체퇴직급여 충당금 16,355,513,650원 합계 21,277,800,460원을 설정하였는바, 원고가 1996 사업연도 초에 적립하고 있던 총퇴직급여 충당금 109,721,960,643원에서 당해 사업연도에 실제로 지급한 퇴직금 합계 8,793,715,200원을 공제하더라도 당해 사업연도의 퇴직급여 추계액 80,515,716,684원을 훨씬 상회하는 100,928,245,443원(109,721,960,643원 - 8,793,715,200원)의 퇴직급여 충당금을 보유하게 되므로 원고로서는 당해 사업연도에 퇴직급여 충당금과 단체퇴직급여 충당금의 명목으로 위 21,277,800,460원을 추가로 유보할 필요가 없음에도 불구하고 위 금액을 사내에 유보하였으므로, 합리적인 기업회계기준에 어긋나게 계상된 위 21,277,800,460원의 퇴직급여 충당금 및 단체퇴직급여 충당금은 원고의 당해 사업연도 비용에서 제외되어 당기순이익에 포함되어야 한다. 
 따라서 위 금원이 당기순이익에 포함되지 않음을 전제로 하는 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (9) 정당한 세액
 따라서, 원고가 1996 내지 1999 각 사업연도에 납부하여야 할 정당한 법인세액에 관하여 보건대, 피고가 손금부인한 이 사건 접대비 한도초과액의 취재비 중 3만 원 이하에 해당하는 부분 합계 15,724,607원(1996 사업연도 : 합계 7,164,186원 + 1997 사업연도 : 합계 7,704,284원 + 1998 사업연도 : 합계 455,638원 + 1999 사업연도 : 400,499원), 회의비 중 별지 2. 손금산입 회의비 기재와 같이 다과 또는 음료를 제공하는 데에 소요된 비용 1,082,695원, 이 사건 부외자금 지급이자 242,752,943원, 이 사건 업무무관비용의 경비원, 기사 및 차량비용 등 중 별지 4. 손금산입 감가상각비 등 기재 비용 부분 69,024,280원, 이 사건 업무무관비용 중 별지 6. 손금산입 해외여비 기재 부분 210,971,048원, 이 사건 업무무관경비 중 별지 8. 손금산입 기타 업무무관경비 기재 부분 287,076,765원을 각 손금산입하고, 이 사건 무상제공 광고비 부당행위계산 부인액 338,400,000원 중 168,977,796원을 초과하여 익금산입된 부분 169,422,204원(338,400,000원 - 168,977,796원)을 익금산입에서 제외하며, 이 사건 기밀비 전부와 이 사건 경조비 중 별지 5. 접대비 산입 경조비 기재 부분 50,500,000원을 각 접대비에 산입하면, 결국 1996 내지 1999 각 사업연도 귀속 법인세의 정당한 세액은 별지 1. 법인세, 부가가치세 기재 가. 법인세의 각 “정당한 세액”란의 “결정세액”이 된다. 
 나. 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 판단
 (1) 당사자의 주장
 (가) 원고의 주장 
 원고는 광고대행사와 사이의 광고대행에 관한 위수탁계약에 의하여 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 광고용역을 공급하였고, 광고대행사가 원고를 대신하여 외국법인 등으로부터 외국환은행을 통하여 광고료를 원화로 수령한 후 이를 원고에게 전달하였는바, 이와 같이 광고대행사는 원고의 준위탁매매인에 해당하므로부가가치세법 제6조 제5항에 따라 위탁자인 원고가 직접 외국법인에게 광고용역을 공급한 것으로 보아야 하고, 광고대행사가 외국법인으로부터 외국환은행을 통하여 원화로 지급받은 광고료는상법 제103조에 의하여 원고에게 귀속되므로 원고가 지급받은 것과 동일하다. 그럼에도 불구하고 피고가 영세율 적용대상 거래를 용역의 공급자가 그 대가를 ‘직접’ 외국환은행을 통해서 원화로 지급받은 것으로 축소해석하는 것은 잘못된 것이어서, 이 사건 광고용역의 공급은 영세율적용의 대상에 해당한다.
 (나) 피고의 주장
 원고는 국내의 광고대행사로부터 광고용역을 수주받아 원고의 매체에 게재하고 그 대가를 국내의 광고대행사로부터 원화로 받은 사실이 있을 뿐 그 이외에 원고가 외국광고주와 사이에서 광고와 관련한 일체의 계약행위 등을 한 사실이 없으므로, 이 사건 광고용역의 공급은 원고와 국내 광고대행사 사이에서 수행된 국내거래에 불과하여 영세율적용의 대상이 되지 아니한다.
 (2) 관계 법령
[부가가치세법]
제6조 (재화의 공급)
⑤ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 있어서는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다.
제11조 (영세율적용)
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.
 1. 수출하는 재화
 2. 국외에서 제공하는 용역
 3. 선박 또는 항공기의 외국항행용역
 4.제1호 내지제3호 이외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것
[구 부가가치세법 시행령](2000.12.29 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것)
제26조 (기타 외화획득재화 및 용역 등의 범위)
①법 제11조 제1항 제4호에 규정하는 외화를 획득하는 재화 또는 용역은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 단서 생략.
 1. 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 공급되는 재화 또는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받는 것. 
[부가가치세법 시행령]
제58조 (위탁판매 등의 경우의 세금계산서의 교부)
① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도하는 때에는 수탁자 또는 대리인이 세금계산서를 교부하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 교부할 수 있다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다. 
② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.
 (3) 인정사실
 (가) 원고는소외 40 주식회사 등 광고대행사들과 사이에 원고가 발행하는 신문에 광고를 게재하는 광고용역계약의 대행을 위탁하는 내용의 광고대행계약을 체결하였는데, 그 주된 내용은 다음과 같다.
 제1조(목적) “갑”(원고를 말한다. 이하 같다)은 “을”(광고대행사를 말한다. 이하 같다)이 신문광고대행 자격을 갖춘 대행사로 인정하고, 갑과 을이 지켜야 할 사항을 명시하고자 함을 목적으로 한다.
 제2조(매체) 본 계약은 갑이 발행하는 조선일보, 소년조선일보 및 중학생 조선일보에 한하여 적용한다.
 제3조(영업의 대행 및 광고게재)
 ① 을은 을과 광고대행계약을 체결한 광고주에 한해 갑을 대신하여 제2조에 규정된 매체의 광고영업을 대행하고, 그에 따른 광고료를 광고주로부터 수령한다.
 ② 을은 수주한 광고를 갑에게 신탁하고, 갑은 이를 성실히 게재한다.
 ③ 을이 수주한 광고가 그 내용, 형태 등이 관계 법령, 윤리도덕, 미풍양속 등에 어긋나거나, 갑의 사시, 제작방침, 영업기준에 맞지 아니할 경우 그 광고에 대하여 게재거부, 게재연기 또는 변경을 요구할 수 있으며, 이로 인해 광고주와 문제가 발생할 경우 을의 책임하에 해결한다.
 제4조(광고요금의 결정) 을이 갑에게 지불하는 광고료는 갑이 정한 요금을 기준으로, 갑과 을이 협의하여 결정한다.
 제5조(광고료의 청구, 지불)
 ① 갑은 을로부터 신탁받아 게재한 광고료를 매월 말일자를 기준으로 합산하여 을에게 청구하며, 을은 청구받은 광고료를 광고게재월 익월 15일까지 현금, 자기앞수표 또는 은행도어음으로 갑에게 지불하여야 한다.
 ② 어음납부시는 광고주 발행어음을 원칙으로 하며, 결제기일은 광고게재월 익월 1일부터 90일 이내어야 한다.
 ③ 을이 광고료로 납부한 광고주의 어음 중 부도가 발행할 경우, 을은 이에 책임을 지고, 즉시 현금으로 변제하여야 한다.
 제6조(광고대행 수수료) 
 ① 광고대행 수수료는 광고요금의 15%로 한다.
 ② 을이 제5조 ①항에서 규정한 납금기일을 넘겨 이월지급하거나, 같은 조 ②항에서 규정한 어음결제기일 90일을 초과한 경우 등 본 계약서상의 의무를 성실히 수행하지 않은 경우에는 차기 계약시 수수료율을 감액 조정한다.
 ③ 차기 계약시 수수료율 감액은 별첨 “수수료율 조정기준”에 따른다.
 (나) 이에 따라 광고대행사들은 광고주와 광고계약을 체결한 후 광고를 제작하여 광고매체사인 원고에게 제공하면서 광고의 게재일자, 규격, 횟수, 단가 기타 게재에 필요한 사항을 협의하여 결정하고, 그에 따라 원고가 광고를 게재하여 왔다.
 (다) 광고대행사들은 원고가 광고를 게재한 후 광고대금 청구서와 광고제작비 청구서를 별도로 작성하여 광고주에게 청구하고, 광고주로부터 지급받은 대금 중 광고제작비는 자신의 수입으로 하며, 광고대금은 그 중 수수료(광고료의 15%)를 제외한 나머지를 원고에게 지급하였다.
 이때 광고대행사들은 광고대금에 대하여 원고를 공급자로, 자신을 원고의 수탁자로, 광고주를 공급받는 자로 하는 세금계산서를 발행 교부하고 있으며, 광고주가 외국법인인 경우에는 광고대금에 대하여 영세율이 적용되는 것으로 보아 별도의 세금계산서를 발행하지 않고 있다.
 (라) 그에 따라 광고대행사들은 결산시 광고제작비와 원고로부터 받은 광고대행수수료만 자신의 수입으로 계상하고 있으며, 광고대행수수료에 대하여는 자신을 공급자로, 원고를 공급받는 자로 하는 세금계산서를 발행 교부하고 있다.
 (마) 원고는 1996년부터 2000년까지 광고대행사들로부터 외국법인의 광고를 게재한 광고대금으로 7,876,000,000여원을 지급받은 후 광고대행사에게 그 광고대금의 15%에 해당하는 광고대행 수수료를 지급하였다.
 위 광고대금에 대하여 영세율을 적용하지 않고 1996년 2기분부터 1999년 2기분까지의 부가가치세를 계산하면 별지 1. 법인세, 부가가치세 기재 나. 부가가치세의 각 “전심결과”란의 “결정세액”란 기재 각 금액이 되고, 영세율을 적용하여 계산하면 같은 표의 각 “정당한 세액”란의 “결정세액”란 기재 각 금액이 된다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 22호증, 갑 39호증의 1 내지 20, 갑 40호증의 1, 2, 갑 41호증의 1 내지 11, 42호증의 1 내지 10, 갑 61호증, 을 9호증의 1 내지 4, 을 11호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지
 (4) 판단
 (가) 준위탁매매인이란 자기명의로써 타인의 계산으로 매매 아닌 행위를 영업으로 하는 자를 말하고, 준위탁매매인에 대하여는 상법의 위탁매매업에 관한 규정이 준용이 된다(상법 제113조). 따라서 위탁매매인은 자기명의로 영업을 하여 법률관계의 당사자가 되므로(상법 제102조) 위탁자는 상대방에게 직접 청구권을 행사할 수 없으며, 위탁매매인이 위탁매매로 인하여 취득한 물건, 유가증권 또는 채권은 위탁자와 위탁매매인 간의 관계에서 위탁자의 소유 또는 채권으로 보며(상법 제103조), 위탁매매인은 위탁자를 위한 매매에 관하여 상대방이 채무를 이행하지 아니하는 경우에는 위탁자에 대하여 이를 이행할 책임이 있다(상법 제105조).
 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실과 같이 광고대행사들이 원고를 대신하여 광고영업을 대행하고, 광고가 게재된 후 원고와 협의된 광고대금을 직접 광고주에게 청구하며, 광고주로부터 지급받은 광고대금 중 약정된 대행수수료를 공제한 나머지를 원고에게 지급하고, 그 과정에서 원고로부터 지급받은 대행수수료와 자신들의 광고제작비만 수입으로 삼고 원고에게 지급한 나머지 광고대금은 자신의 수입으로 계상하지 않는 등 원고와 광고대행사들의 대행계약관계, 광고대금 대행수수료 지급방법, 기업회계 및 결산내역 등 제반 사정에 비추어 볼 때 광고대행사는 자기명의로써 원고의 계산으로 광고용역을 공급하는 것을 영업으로 하는 준위탁매매인에 해당한다고 할 것이다. 
 (나)부가가치세 제6조 제5항은 “위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 있어서는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다”고 규정하고 있는 취지가 실질과세의 원칙에 따라, 재화를 공급함으로 인한 경제적인 효과가 실질적으로 귀속되는 자에게 부가가치세를 부담시키고자 하는 것이므로 용역의 공급이라고 하여 달리 볼 것은 아니어서, 이 사건과 같이 준위탁매매인인 광고대행사들에 의하여 광고용역을 제공한 경우에도 원고가 직접 용역을 공급한 것으로 보는 것이 타당하다.
 그리고 위탁매매인은 위탁자의 계산으로 영업을 하며, 위탁매매인이 위탁매매로 인하여 취득한 물건, 유가증권 또는 채권은 위탁자와 위탁매매인간의 관계에서 위탁자의 소유 또는 채권으로 보므로, 광고주가 외국환은행에 입금한 광고대금은 위탁자인 원고의 소유라 할 것인바, 피고의 주장과 같이 광고대행자가 외국환은행에서 광고대금을 원화로 받아 원고에게 교부한다 하더라도 이는 위탁매매에 따른 대금정산의무의 이행에 불과하므로 이러한 사정 때문에 광고용역의 공급자가 달라지게 되는 것은 아니라 하겠다. 
 (다) 그렇다면 외국광고주에게 광고용역을 공급한 주체는 원고이고, 준위탁매매인인 광고대행사가 외국광고주로부터 외국환은행을 통하여 원화로 받은 광고료는 결국 원고가 지급받은 것이라고 볼 것이므로, 원고가 지급받은 이 사건 광고대금에는 영세율이 적용되어야 한다고 할 것이며, 설령 피고의 주장과 같이 광고대행사가 광고용역을 공급한 것으로 보고 이에 대하여 영세율을 적용한다 하더라도 피고는 원고에게 부과하였던 부가가치세를 광고대행사에게 매입세액으로 전액 환급하여 주게 되므로, 피고로서는 원고가 광고용역을 공급한 것으로 보아 원고에게 매입세액을 환급하는 경우와 동일한 효과를 갖게 될 뿐이다. 
 따라서 피고가 이 사건 광고대금에 영세율을 적용하지 않고 일반세율을 적용하여 원고에 대하여 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하며, 위 광고대금에 영세율을 적용하여 정당한 세액을 산출하면 별지 1. 법인세, 부가가치세 기재 나. 부가가치세의 각 “정당한 세액”란의 “결정세액”란 기재 각 금액이 된다.
 다. 소결론
 따라서, 이 사건 각 처분 중 별지 1. 법인세, 부가가치세 기재 각 “전심결과”란의 “결정세액” 중 각 “정당한 세액”란의 “결정세액”을 초과하는 부분에 대한 각 부과처분은 위법하다. 
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[법인세 부가가치세 생략]

판사 신동승(재판장) 김정중 마옥현