경정청구거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2018.06.15 / 시행일:

【원고, 상고인】 삼성생명보험 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 4인)
【피고, 피상고인】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 가온 담당변호사 강남규 외 2인)
【원심판결】 서울고법 2017. 11. 22. 선고 2017누45010 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항 본문은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있다.
 한편 고액의 부동산 보유자에 대하여 종합부동산세를 부과하여 부동산보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고, 부동산의 가격안정을 도모함으로써 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위한 목적으로 2005. 1. 5. 제정된 종합부동산세법은 당초 종합부동산세를 ‘납세의무자가 당해 연도 12월 1일부터 12월 15일까지 과세표준과 세액을 관할세무서장에게 신고하고 납부’하여야 하는 신고납부방식의 국세로 규정하고 있었다(위 법 제16조 제1항, 제2항).
 그런데 2007. 1. 11. 개정된 종합부동산세법은 종합부동산세가 원칙적으로 관할세무서장이 납부하여야 할 종합부동산세의 세액을 결정하여 당해 연도 12월 1일부터 12월 15일까지 부과·징수(위 개정된 법 제16조 제1항)하는 부과과세방식의 국세이나, 납세의무자가 신고납부방식으로 종합부동산세를 납부하고자 하는 경우 종합부동산세의 과세표준과 세액을 당해 연도 12월 1일부터 12월 15일까지 관할세무서장에게 신고하면 종전의 부과처분은 없었던 것으로 보는 선택적 신고납부방식의 국세로 규정하였다(위 개정된 법 제16조 제3항).
 이에 따라 구 종합부동산세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제21조는 관할세무서장의 납세의무자에 대한 종합부동산세 부과·징수를 용이하게 하기 위하여 시장·군수에게 ‘주택분 재산세의 부과자료는 7월 31일까지, 토지분 재산세의 부과자료는 9월 30일까지 국토교통부장관에게 제출할 의무’를(제1항), 국토교통부장관에게 ‘주택 및 토지에 대한 종합부동산세의 납세의무자를 조사하여 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산한 후, 주택분의 경우 매년 8월 31일까지, 토지분의 경우 매년 10월 15일까지 국세청장에게 통보할 의무’를(제2, 3항) 각 부과하고 있다.
 또한 구 종합부동산세법은 과세관청이 납세의무자가 보유한 주택 중 종합부동산세의 과세표준 합산대상에 포함되지 않는 주택(이하 ‘합산배제 대상주택’이라고 한다)을 파악하여 정당한 세액의 종합부동산세를 부과할 수 있도록 합산배제 대상주택을 보유한 납세의무자에게 당해 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 납세지 관할세무서장에게 당해 주택의 보유현황을 신고(이하 ‘합산배제신고’라고 한다)할 의무를 부과하고 있다(제8조 제3항).
 이와 같이 납세의무자의 합산배제신고는 과세관청이 정당한 세액의 종합부동산세를 부과하기 위하여 반드시 필요한 것으로서, 그 신고서 제출이 이루어지면 과세관청은 국토교통부장관 등으로부터 이미 제공받은 과세자료 등에 그 신고의 내용을 반영하여 비로소 정당한 종합부동산세 과세표준과 세액을 산출할 수 있게 된다. 이에 따라 부과된 종합부동산세에 이의가 없는 경우 납세의무자는 이를 그대로 납부하는 것이고, 단지 그 선택에 따라 합산배제신고를 하지 않고 있다가 신고납부방식으로 종합부동산세를 납부할 수도 있는 것이다. 이렇듯 종합부동산세의 경우 납세의무자가 합산배제신고를 하게 되면, 과세관청이 특별한 사정이 없는 한 이러한 신고의 내용과 시장 등으로부터 제공받은 과세자료 등을 토대로 납부하여야 할 세액을 그대로 산정할 수 있게 된다.
 이러한 종합부동산세법의 제정 및 개정 경위, 종합부동산세 관련 규정의 체계 및 내용에 비추어 보면, 과세관청이 정당한 세액을 특정할 수 있도록 구 종합부동산세법 제8조 제3항에서 정한 법정신고기한까지 합산배제신고서를 제출한 납세의무자는 합산배제신고를 하지 않고 종합부동산세가 부과된 이후 합산배제 대상주택을 반영하여 종합부동산세를 신고납부한 납세의무자와 마찬가지로 구 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에 따른 통상의 경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하다.
 2. 원심판결 이유와 기록에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 가. 원고는 2012년 귀속 종합부동산세와 관련해서는 2012. 9. 28.경, 2013년 귀속 종합부동산세와 관련해서는 2013. 9. 30.경, 각 국세청 종합부동산세 신고서 작성 프로그램(CRTAX-C)을 통하여 피고에게 자신이 보유한 합산배제 대상주택에 관한 합산배제신고서를 제출하였다.
 나. 피고는 원고의 위 각 합산배제신고를 반영하여 원고에게, 2012. 11. 21.경 2012년 귀속 종합소득세 등을, 2013. 11. 26.경 2013년 귀속 종합소득세 등을 각 부과하였고, 원고는 그 무렵 위 각 세금을 납부하였다.
 다. 원고는 2015. 11. 2. 피고에게 2012년 귀속 및 2013년 귀속 종합부동산세 등에 재산세액 공제방식의 위법이 있음을 주장하며 위 각 종합부동산세 등의 감액경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라고 한다)를 하였다.
 라. 그러나 피고는 이 사건 경정청구가 2012년 귀속 및 2013년 귀속 종합부동산세 등 결정처분이 있음을 안 날부터 90일이 지난 이후 제기되었다는 이유로 2015. 12. 21. 이 사건 경정청구를 각하하는 이 사건 처분을 하였다.
 3. 이러한 사실관계를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 2012년, 2013년 귀속 각 종합부동산세에 관하여, 구 종합부동산세법 제8조 제3항에서 정한 법정신고기한까지 합산배제신고서를 제출하고 이를 반영한 납세고지서에 따른 종합부동산세를 아무런 이의 없이 납부하였으므로, 동일한 세액을 합산배제신고 없이 신고납부한 경우와 마찬가지로 구 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에 따라 2012년 귀속 종합부동산세에 관하여는 그 법정신고기한인 2012. 9. 30.부터 5년 이내인 2017. 9. 30.까지, 2013년 귀속 종합부동산세에 관하여는 그 법정신고기한인 2013. 9. 30.부터 5년 이내인 2018. 9. 30.까지 각 통상의 경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 2015. 11. 2. 제기된 이 사건 경정청구가 통상의 경정청구기간을 도과하였음을 이유로 이를 각하한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
 그럼에도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 사정을 들어, 원고가 합산배제신고를 한 것만으로는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에서 정한 경정청구를 할 수 있는 자에 해당한다고 볼 수 없고, 이와 같이 납세자의 경정청구권이 인정되지 않는 경우 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없으므로, 이 사건 경정청구를 각하한다는 피고의 통지는 항고소송의 대상이 되는 거부처분이라고 볼 수 없다는 등의 이유로 그 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에 따른 경정청구권에 대한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 4. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 권순일(재판장) 고영한(주심) 김소영 조재연

구 종합부동산세법 제8조 제3항에서 정한 법정신고기한까지 합산배제신고서를 제출한 납세의무자가, 합산배제신고를 하지 않고 종합부동산세가 부과된 이후 합산배제 대상주택을 반영하여 종합부동산세를 신고납부한 납세의무자와 마찬가지로 구 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에 따른 통상의 경정청구를 할 수 있는지 여부(적극)

종합부동산세법의 제정 및 개정 경위, 종합부동산세 관련 규정의 체계 및 내용에 비추어 보면, 과세관청이 정당한 세액을 특정할 수 있도록 구 종합부동산세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제8조 제3항에서 정한 법정신고기한까지 합산배제신고서를 제출한 납세의무자는 합산배제신고를 하지 않고 종합부동산세가 부과된 이후 합산배제 대상주택을 반영하여 종합부동산세를 신고납부한 납세의무자와 마찬가지로 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 본문에 따른 통상의 경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하다.