민원인 - 「근로기준법 시행령」 제22조제1항제4호에 따른 고용ㆍ해고ㆍ퇴직에 관한 서류가 「국세기본법」 제85조의3제1항에 따른 장부 및 증거서류에 해당하는 경우, 「근로기준법」 제42조와 「국세기본법」 제85조의3제2항이 모두 적용되는지(「근로기준법」 제42조 등 관련) (법령해석례, 법제처)
공포일: 2025.11.06 / 시행일:

「근로기준법」 제42조에서는 사용자1)1) 사업주 또는 사업 경영 담당자, 그 밖에 근로자에 관한 사항에 대하여 사업주를 위하여 행위하는 자를 말하며(「근로기준법」 제2조제2호 참조), 이하 같음는 근로자 명부와 대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류를 3년간 보존하여야 한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 마련된 같은 법 시행령 제22조제1항에서는 “대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류”란 같은 항 각 호의 서류를 말한다고 규정하면서, 같은 항 제4호에서는 고용·해고·퇴직에 관한 서류를 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 근로계약에 관한 중요한 서류의 보존기간은 같은 항 각 호에 해당하는 날부터 기산한다고 규정하면서, 같은 항 제4호에서는 고용, 해고 또는 퇴직에 관한 서류는 근로자가 해고하거나 퇴직한 날로 규정하고 있는 한편,「국세기본법」 제85조의3제1항 전단에서는 납세자2)2) 납세의무자(연대납세의무자와 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 경우의 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)와 세법에 따라 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자를 말하며(「국세기본법」 제2조제10호 참조), 이하 같음는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다고 규정하면서, 같은 조 제2항 본문에서는 같은 조 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간) 보존하여야 한다고 규정하고 있는바,「근로기준법 시행령」 제22조제1항제4호에 따른 고용·해고·퇴직에 관한 서류가 「국세기본법」 제85조의3제1항에 따른 장부 및 증거서류에 해당하는 경우(이하 “이 사안의 경우”라 함), 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조와 「국세기본법」 제85조의3제2항이 모두 적용되는지?

이 사안의 경우, 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조와 「국세기본법」 제85조의3이 모두 적용됩니다.

먼저 입법목적을 달리하는 법률들이 일정한 행위에 관한 요건을 각각 규정하고 있는 경우에는 어느 법률이 다른 법률에 우선하여 배타적으로 적용된다고 해석되지 않는 이상 어떤 행위가 둘 이상의 법률의 요건에 모두 해당한다면 둘 이상의 법률이 모두 적용된다고 할 것인바1)1) 대법원 1995. 1. 12. 선고 94누3216 판결례, 대법원 2010. 9. 9 선고 2008두22631 판결례 참조, 「근로기준법」은 근로자의 기본적 생활을 보장, 향상시키며 균형 있는 국민경제의 발전을 꾀하는 것을 목적(제1조)으로 하는 법률인 반면, 「국세기본법」은 납세자의 권리·의무 및 권리구제에 관한 사항을 규정함으로써 국세에 관한 법률관계를 명확하게 하고, 과세(課稅)를 공정하게 하며, 국민의 납세의무의 원활한 이행에 이바지함을 목적(제1조)으로 하는 법률로서 두 법은 입법목적을 달리하고 두 법 중 어느 법이 다른 법에 대해 우선적 효력을 가진다거나 어느 법에서 다른 법의 적용을 배제한다는 규정은 없습니다.그리고 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조에서 사용자에게 근로계약에 관한 중요한 서류를 보존하도록 의무를 부과하고 있는 취지는 근로자의 권익을 보호하고 근로관계의 투명성을 확보하기 위한 것으로 보이고, 「국세기본법」 제85조의3에서 납세자가 세법에서 정한 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하고 일정 기간 동안 보존하도록 한 취지는 납세자가 세법에서 정한 신고 및 납부 의무를 성실하게 이행하도록 하기 위한2)2) 광주고등법원 2007. 3. 9. 선고 2006누332 판결례 참조것으로 보이는바, 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조와 「국세기본법」 제85조의3은 서류를 보존하도록 하고 있는 규정의 취지와 목적이 각각 다르므로, 이 사안의 경우 서류의 보존기간에 대해서는 「근로기준법」과 「국세기본법」의 관련 규정이 모두 적용된다고 보아야 할 것입니다.아울러 서류의 보존기간과 관련하여 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조제2항4호에 따르면 사용자는 고용·해고·퇴직에 관한 서류를 근로자가 해고되거나 퇴직한 날부터 3년간 보존하도록 하고 있고3)3) 「근로기준법」 제42조를 위반한 자에게는 500만원 이하의 과태료가 부과됨(「근로기준법」 제116조제2항 참조), 「국세기본법」 제85조의3제2항에 따르면 장부 및 증거서류를 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하도록 하고 있어4)4) 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 「국세기본법」 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있음( 「국세기본법」 제47조제1항 참조)서류의 보존기간 기산일이 각각 다른데, 이 사안과 같이 어느 법이 다른 법에 대해 우선적 효력을 가진다거나 어느 법에서 다른 법의 적용을 배제한다는 명문의 규정이 없음에도 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조와 「국세기본법」 제85조의3 중 하나의 규정만이 적용된다고 해석한다면, 「근로기준법」과 「국세기본법」 중 하나의 법률에 따른 서류의 보존기간만이 적용되어, 다른 하나의 법률에서 규율하고자 하는 서류 보존 규정의 목적을 달성할 수 없게 된다는 점도 이 사안을 해석할 때 고려할 필요가 있습니다.따라서 이 사안의 경우, 「근로기준법」 제42조 및 같은 법 시행령 제22조와 「국세기본법」 제85조의3이 모두 적용됩니다.<관계 법령>근로기준법제42조(계약 서류의 보존) 사용자는 근로자 명부와 대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류를 3년간 보존하여야 한다.근로기준법 시행령제22조(보존 대상 서류 등) ① 법 제42조에서 “대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류"란 다음 각 호의 서류를 말한다.1. ～ 3. (생 략)4. 고용·해고·퇴직에 관한 서류5. ～ 9. (생 략)② 법 제42조에 따른 근로계약에 관한 중요한 서류의 보존기간은 다음 각 호에 해당하는 날부터 기산한다.1. ～ 3. (생 략)4. 고용, 해고 또는 퇴직에 관한 서류는 근로자가 해고되거나 퇴직한 날5. ～ 8. (생 략)국세기본법제8조의3(장부 등의 비치와 보존) ① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다. 이 경우 장부 및 증거서류 중「국제조세조정에 관한 법률」제16조제4항에 따라 과세당국이 납세의무자에게 제출하도록 요구할 수 있는 자료의 경우에는「소득세법」제6조 또는「법인세법」제9조에 따른 납세지(「소득세법」제9조 또는「법인세법」제10조에 따라 국세청장이나 관할지방국세청장이 지정하는 납세지를 포함한다)에 갖춰 두어야 한다.② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간(역외거래의 경우 7년간) 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2제3항에 해당하는 경우에는 같은 항에서 규정한 날까지 보존하여야 한다.③·④ (생 략)