법인세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2010.05.27 / 시행일:

【원고, 피상고인】 삼성엔지니어링 주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 소순무 외 4인)
【피고, 상고인】 역삼세무서장 (소송대리인 법무법인 동인 담당변호사 이준근)
【원심판결】 서울고법 2009. 12. 15. 선고 2009누18617 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 관하여
 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제15조 및 법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 제13조는 창업자, 신기술사업자 등의 내국법인과 증권거래법에 의한 주권상장법인 등 일정한 요건을 갖춘 법인(이하 ‘창업법인 등’이라고 한다)의 종업원이 주식매입선택권을 2003. 12. 31.까지 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익 중 매입가액 합계 3,000만 원 한도에서는 이를 근로소득·사업소득 또는 기타소득으로 보지 아니하도록 규정하는 한편, 이 경우 창업법인 등에 대하여는 매입가액 합계 5,000만 원 한도에서 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.
 위와 같은 법 제15조의 규정 내용 및 그 입법 취지에 비추어 볼 때, 법 제15조는 창업법인 등의 설립·경영과 기술혁신에 기여하는 종업원들에 대하여 주식매입선택권을 부여하는 것을 장려하고 이를 조세정책적으로 뒷받침하기 위하여 종업원이 주식매입선택권 행사로 얻은 이익에 대하여 비과세의 특례를 부여하면서, 그 비과세 특례에 해당하는 부분에 대하여는 이를 실효성 있게 보장하기 위하여 법인세법상의 부당행위계산 부인 규정을 적용하지 아니한다는 뜻을 소극적으로 명시한 것에 불과하다고 할 것이므로, 위 조항 후단을 위 특례 한도액을 넘는 금액에 대해서는 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인의 요건에 해당하는지 여부를 묻지 않고 부당행위계산 부인을 하여야 한다는 취지라고 해석할 수는 없다. 따라서 법 제15조 규정에 의하여 주권상장법인의 종업원이 2003. 12. 31.까지 부여받은 주식매입선택권을 행사한 경우에 1인당 연간 행사가액 5,000만 원 한도까지는 일률적으로 법인세법 제52조의 규정의 적용을 배제하여 법인세를 감면하되, 위 특례에 정한 요건에 해당하지 않는 경우, 즉 1인당 연간 행사가액 5,000만 원을 초과하는 경우 등에는 원칙으로 돌아가 그것이 법인세법 제52조의 적용대상이 되는지 여부를 따져보아야 할 것이다. 
 위와 같은 법리에 따른 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법 제15조 및 법인세법 제52조의 규정에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
 2. 상고이유 제2점에 관하여
 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제3호는 법인세법 제52조가 정하고 있는 부당행위계산 부인 대상의 하나로 법인이 주주 등 특수관계에 있는 자에게 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우를 들고 있다. 여기에서 ‘시가’라고 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하고(대법원 2007. 5. 17. 선고 2006두8648 전원합의체 판결 등 참조), 그 판단은 거래 당시를 기준으로 하므로(대법원 1999. 1. 29. 선고 97누15821 판결 등 참조), 만약 거래계약 체결 시기와 양도 시기가 다르다면 그것이 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 하고, 다만 익금에 산입하여 소득처분할 금액은 특별한 사정이 없는 한 취득 시기를 기준으로 산정하여야 할 것이다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결 참조). 한편, 이와 같은 법리는 법인이 임직원 등에게 주식매수선택권을 부여한 경우에도 동일하게 적용되므로, 주식매수선택권의 부여가 저가양도로서 부당행위계산 부인의 대상이 되는지 여부는 주식매수선택권의 행사 시기가 아니라 그 부여 시기를 기준으로 판단하여야 할 것이어서, 만약 주식매수선택권의 부여 당시에 정한 선택권의 행사가격이 부여 당시의 주식의 시가보다 높은 경우에는, 그것이 미공개 내부정보로 인하여 단기간 내에 주가가 상승할 것이 예상되는 경우임에도 이를 반영하지 아니한 채 행사가격을 약정하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 이를 부당행위계산 부인의 대상이 되는 저가양도에 해당한다고 보기는 어렵다고 할 것이다. 
 원심이 적법하게 확정한 사실에 의하면, 원고 회사는 정관에서 주식매입선택권을 부여함에 있어 필요한 사항을 모두 정하여 이를 등기한 사실, 원고 회사는 소외 1, 소외 2에게 주식매입선택권을 부여함에 있어 각각에 대하여 교부할 주식의 종류와 수, 주식매입선택권의 부여방법, 행사가격, 행사기간에 관하여 주주총회의 특별결의를 거친 다음, 소외 1, 소외 2와 사이에 주식매입선택권을 부여하기로 하는 내용의 이 사건 계약을 체결한 사실, 이 사건 계약 당시 원고 회사의 발행주식총수는 4,000만 주로서 그 15/100에 해당하는 600만 주의 한도 내에서 소외 1, 소외 2를 비롯한 임직원들에게 주식매입선택권을 부여한 사실, 이 사건 계약 체결 당시의 구 증권거래법 시행령(2000. 9. 8. 대통령령 제16966호로 개정되기 전의 것) 제84조의9 제2항에 정한 방법에 따라 평가한 원고 회사 주식의 시가가 6,238원이었으므로 이 사건 계약에서 행사가격을 주당 6,300원으로 정한 사실, 이 사건 계약 체결 후 소외 1은 2003. 3. 5.까지, 소외 2는 2004. 1. 16.까지 각 원고 회사에 재직한 사실, 이 사건 계약에 따라 소외 1은 2005. 9. 7. 10,000주에 관하여, 소외 2는 2005. 11. 4. 20,000주에 관하여 각 주당 6,300원에 주식매입선택권을 행사하였고, 이에 원고 회사는 소외 1, 소외 2로부터 행사금액을 납입받은 후 기존에 취득하여 놓은 자기주식 10,000주, 20,000주를 각각 교부한 사실을 알 수 있다.
 위와 같은 사실관계를 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고 회사가 소외 1, 소외 2에게 위 각 주식매입선택권을 부여할 당시 원고 회사의 주가가 단기간 내에 급격히 상승할 것이 명확히 예상되었다는 등의 특별한 사정이 엿보이지 아니하는 이 사건에서, 관계 법령 등에 따라 당시의 시가보다 높은 행사가격을 정하여 주식매입선택권을 부여한 것은 부당행위계산 부인의 대상이 되는 저가양도에 해당하지 않는다고 할 것이다. 원심판결은 비록 그 이유를 다소 달리하고 있기는 하나, 원고 회사의 위 각 주식매입선택권 부여가 부당행위계산 부인의 대상이 되지 않는다고 판단한 결론에 있어서는 정당하므로, 이를 탓하는 피고의 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신영철(재판장) 박시환 안대희(주심) 차한성

[1] 창업법인 등의 종업원이 2003. 12. 31.까지 부여받은 주식매입선택권을 행사한 때에 그 행사가액이 5,000만 원을 초과하는 등 구 조세특례제한법 제15조 제2항에 정한 과세특례의 요건을 갖추지 못한 경우, 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인의 요건에 해당하는지 여부를 묻지 않고 부당행위계산 부인을 하여야 하는지 여부(소극)
[2] 부당행위계산 부인의 대상의 하나로 ‘자산을 시가보다 낮은 가격으로 양도한 경우’를 정한 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호에서 말하는 ‘시가’의 의미와 그 기준 시기(=거래 당시) 및 체결 시기와 양도 시기가 다른 거래계약이 부당행위계산에 해당하는지 여부의 기준 시기
[3] 주식매수선택권의 부여가 저가양도로서 부당행위계산 부인의 대상이 되는지 여부의 기준 시기(=주식매수선택권의 부여 시기)

[1] 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제15조의 규정 내용 및 그 입법 취지에 비추어 볼 때, 구 조세특례제한법 제15조는 창업법인 등의 설립·경영과 기술혁신에 기여하는 종업원들에 대하여 주식매입선택권을 부여하는 것을 장려하고 이를 조세정책적으로 뒷받침하기 위하여 종업원이 주식매입선택권 행사로 얻은 이익에 대하여 비과세 특례를 부여하면서, 그 비과세 특례에 해당하는 부분에 대하여는 이를 실효성 있게 보장하기 위하여 법인세법상의 부당행위계산 부인 규정을 적용하지 아니한다는 뜻을 소극적으로 명시한 것에 불과하므로, 위 조항 후단을 위 특례 한도액을 넘는 금액에 대해서는 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인의 요건에 해당하는지 여부를 묻지 않고 부당행위계산 부인을 하여야 한다는 취지라고 해석할 수는 없다. 따라서 구 조세특례제한법 제15조에 의하여 주권상장법인의 종업원이 2003. 12. 31.까지 부여받은 주식매입선택권을 행사한 경우에 1인당 연간 행사가액 5,000만 원 한도까지는 일률적으로 법인세법 제52조의 적용을 배제하여 법인세를 감면하되, 위 특례에 정한 요건에 해당하지 않는 경우, 즉 1인당 연간 행사가액 5,000만 원을 초과하는 경우 등에는 원칙으로 돌아가 그것이 법인세법 제52조의 적용대상이 되는지 여부를 따져보아야 한다.
[2] 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제3호는 법인세법 제52조가 정하고 있는 부당행위계산 부인 대상의 하나로 법인이 주주 등 특수관계에 있는 자에게 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우를 들고 있다. 여기에서 ‘시가’란 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하고, 그 판단은 거래 당시를 기준으로 하므로, 만약 거래계약 체결 시기와 양도 시기가 다르다면 그것이 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 하고, 다만 익금에 산입하여 소득처분할 금액은 특별한 사정이 없는 한 취득 시기를 기준으로 산정하여야 한다.
[3] 법인이 임직원 등에게 주식매수선택권을 부여한 경우에 주식매수선택권의 부여가 저가양도로서 부당행위계산 부인의 대상이 되는지 여부는 주식매수선택권의 행사시기가 아니라 그 부여 시기를 기준으로 판단하여야 할 것이어서, 만약 주식매수선택권의 부여 당시에 정한 선택권의 행사가격이 부여 당시의 주식의 시가보다 높은 경우에는, 그것이 미공개 내부정보로 인하여 단기간 내에 주가가 상승할 것이 예상되는 경우임에도 이를 반영하지 아니한 채 행사가격을 약정하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 이를 부당행위계산 부인의 대상이 되는 저가양도에 해당한다고 보기는 어렵다.