법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1991.10.22 / 시행일:

【원고, 상고인겸 피상고인】 재단법인 천주교성가회유지재단 소송대리인 변호사 유현석
【피고,상고인겸 피상고인】 성북세무서장
【원심판결】서울고등법원 1991.3.15. 선고 90구6035 판결
【주 문】
 상고를 모두 기각한다.
 상고비용은 상고인 각자의 부담으로 한다.

【이 유】 1. 원고의 상고이유를 본다.
 (1)법인세법 제1조 제1항 단서,제4항,제5항,제59조의 2 및제59조의3의 각 규정을 종합하면,법인이 소유하고 있던 자산을 판매하거나 매각하게 되면 그 차액은 영리법인에 있어서는 영업수익 또는 영업외 수익으로서, 비영리법인에 있어서는법인세법 제1조 제1항 단서 각호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하는 경우에 한하여 각 그 법인의 각 사업년도의 소득으로 법인세가 부과되는 한편, 특히 법인이 토지 등을 양도한 때에는 그 양도차익에 대하여 위 각 사업년도의 소득에 대한 법인세와는 별도로 특별부가세가 다시 부과되는 것으로서,모든 법인(국가·지방자치단체 등 제외)은 토지 등을 양도한 때에는 그 양도차익에 대하여 특별부가세를 납부할 의무가 있고, 이 경우 비영리내국법인이 토지 등을 양도함으로써 생기는 양도차익은 이것이법인세법 제1조 제1항 단서 각호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당되지 아니하여 그 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세 과세소득에 해당되지 않는 경우에도 그 양도차익은같은 법 제59조의3에서 정한 비과세 및 면제에 해당되지 않는 한 특별부가세의 과세대상이 되는 것이다(당원 1982.10.26. 선고 80누455 판결 참조).
 그리고,법인세법 제59조의 3 제1항 제17호(1989.12.30.조세감면규제법 부칙 제19조 제2항에 의하여 삭제되었음)는 특별부가세의 비과세 사유의 하나로 "종교의 보급. 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격없는 사단 재단 기타 단체를 포함한다)이 고유목적에 직접 사용하는 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득"을 들고 있는바,원심이 확정한 바와 같이판시 소사동 토지는 그 일부에 테니스코트와 배구코트를 설치하여 인근 성가병원에서 근무하는 직원들의 체육시설로 사용하고, 나머지 일부는 나대지 상태로 방치한 것이라면 위 토지는 원고법인의 고유목적에 직접 사용하는 토지 등이라고는 할 수 없다 할 것이다.
 원심이 그 이유기재에서 원고는 비록 비영리법인이라 할지라도 그 소득에대하여 법인세의 과세대상이 되는법인세법 제1조 제1항 단서 제2호 소정의 의료업에 종사하는 직원들의 복지시설에 위 토지를 제공하거나 나대지상태로 방치한 것이므로, 원고법인의 고유목적에 사용된 토지로 보기 어렵다고 한 것은 위에서 본 바와 같이 비영리법인에 있어 각 사업년도의 소득에 대하여 부과되는 법인세와 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 양도차익에 대하여 부과되는 특별부가세를 혼동한 듯하여 어색한 표현이기는 하나, 위 토지를 원고법인의 고유목적에 직접 사용하는 토지에 해당되지 않는다고 본 결론은 정당한 것이다. 논지는 이유없다.
 (2)법인세법 제59조의 3 제1항 제4호(1988.12.26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것)는"양도할 때까지 8년이상 계속하여 당해 법인이 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세감면과 소액불징수의 경우를 포함한다)이 되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득"에 대하여 특별부가세를 부과하지 않는다고 규정하고 있는 바,위 규정의 취지는 육농정책의 일환으로 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주자는 데 있는 것이므로,위 제4호의 비과세요건에 해당되기 위하여는 공부상 지목에 관계없이 양도일 현재 실제로 경작에 사용한 토지인 경우이어야 할 것이고(당원 1987.11.10. 선고 87누777 판결,당원 1989.2.14.선고 88누6252 판결 및당원 1990.2.13.선고 89누664 판결 참조), 따라서법인세법시행령 제124조의 4 제3항(1988.12.31. 대통령령 제12565호로 개정되기 전의 것)이 위 모법상의 토지라 함은 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 당해 법인이 경작한 사실이 있는 양도일 현재의 농지를 말한다고 한 것은 위와 같이 모법의 해석상 당연한 내용을 규정한 데 불과한 것일 뿐더러, 나아가 위 시행령의 조항이 환지처분에 의하여 농지에 해당되지 않게 된 경우에는 환지처분공고일로부터 1년 이내에 양도한 토지는 양도일 현재의 농지에 포함되도록 규정한 것은 양도일 현재 농지가 아닌 것을 납세의무자의 이익을 위하여 양도일 현재의 농지에 포함시킨 것이므로 위 시행령 규정이 모법의 비과세요건을 축소시킨 것이라거나 모법에 부합되지 않는 무효의 규정이라고 할 수는 없다 할 것이다.
 원심이 위 소사동 토지는 양도일 현재 실제로 경작에 사용된 토지가 아니어서 그 양도로 인한 소득은 위 조항 소정의 비과세소득에 해당되지 않는다고 판단한 것은 위와 같은 취지에 따른 것으로서 정당하게 수긍되고, 이와 반대의 견해에서 원심판결에 법률해석을 그르친 위법이 있다는 논지는 이유없다.
 2. 피고의 상고이유를 본다.
 (1) 원심판결 이유에 의하면,원심은 원고법인이 판시 소사동 토지와 하월곡동 토지를 양도함으로 인하여 생긴 양도차익 전부에 대하여 피고가 이 사건 과세처분을 하였고, 원고는 국세심사 및 심판청구를 함에 있어 이 사건 과세처분 전부에 대하여 불복하면서 위 소사동 토지에 대한 위법사유만을 전심절차에서 주장하다가 이 사건 소송절차에 이르러 위 하월곡동 토지에 대한 위법사유를 추가한 사실을 인정한 다음, 원고가 이 사건 과세처분 전부에 대하여 불복한 이상 비록 소송절차에서 위 하월곡동 토지에 대한 위법사유를 추가하였다 하여 이 부분에 대한 전심절차를 경유하지 않은 흠이 있다고는 볼 수 없다고 판단하고 피고의 본안전항변을 배척하였는 바, 기록에 대조하여 보면 원심의 위와 같은 인정판단은 정당하고 거기에 논지와 같은 심리미진이나 전심절차에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 (2)법인세법시행령 제124조의2 제7항이 1989.12.30. 대통령령 제12878호로 신설되기 전의법인세법 제59조의2 제3항과 그시행령 제124조의2 제6항의 규정은 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 계산함에 있어서, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가에 의한금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 하고, 위 기준시가는소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 하고 있을 뿐 위 법령 어디에도소득세법시행령 제170조 제4항 제1,2호의 거래유형에 따른 양도차익의 계산방법을 규정한동 시행령 제170조 제1항 단서와 같은 조항이나 위 시행령의 조항을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세의 과세표준을 계산함에 있어, 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐 아니라 어느 한 쪽만이 불분명한 경우에도 위 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 산정하여야 할 것이다(당원 1989.4.11.선고 88누6399 판결,당원 1989.8.8.선고 88누9800 판결 및1991.7.12.선고 90누8527 판결 참조).
 이와 같은 취지에서 나온 원심의 판단은 정당하고 반대의 견해를 내세운 소론 주장은 이유없다. 논지는 모두 이유없다.
 3. 그러므로 쌍방의 상고를 모두 기각하고 상고비용은 상고인 각자의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김주한(재판장) 최재호 윤관 김용준

가. 비영리 내국법인의 토지 등의 양도로 생긴 양도차익이법인세법 제1조 제1항 단서 각호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당되지 아니하는 경우의 특별부가세 과세대상 여부
나. 일부는 테니스코트 등의 체육시설로 사용되고, 나머지 일부는 나대지 상태로 방치된 종교법인 소유 토지가구 법인세법 제59조의3 제1항 제17호(1989.12.30. 삭제되기 전의 것) 소정의 법인의 고유목적에 직접 사용하는 토지에 해당하는지 여부(소극)
다.구 법인세법시행령 제124조의4 제3항(1988.12.31. 대통령령 제12565호로 개정되기 전의 것)의 규정이 모법의 비과세 요건을 축소시킨 것이라거나 모법에 부합되지 않는 무효의 규정인지 여부(소극)
라. 갑, 을 토지에 대한 특별부가세의 과세처분 전부에 대해 전심절차에서 불복한 이상 비록 을 토지에 대한 위법사유를 소송절차에서 추가하였다 하여 이 부분에 대한 전심절차를 경유하지 않은 흠이 있다고는 볼 수 없다고 한 사례
마. 양도가액과 취득가액 중 어느 한 쪽만이 불분명한 경우,구 법인세법시행령 제124조의2 제6항(1989.12.30. 대통령령 제12878호로 개정되기 전의 것)에 의한 특별부가세의 과세표준인 양도차익 산정방법

가. 모든 법인(국가·지방자치단체 등 제외)은 토지 등을 양도한 때에는 그 양도차익에 대하여 특별부가세를 납부할 의무가 있고, 이 경우 비영리내국법인이 토지 등을 양도함으로써 생기는 양도차익은 이것이법인세법 제1조 제1항 단서 각호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당되지 아니하여 그 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세 과세소득에 해당되지 않는 경우에도 그 양도차익은같은 법 제59조의3에서 정한 비과세 및 면제에 해당되지 않는 한 특별부가세의 과세대상이 된다.
나. 종교법인 소유의 토지 일부에 테니스코트 등을 설치하여 직원들의 체육시설로 사용하고, 나머지 일부는 나대지 상태로 방치한 경우, 위 토지는구 법인세법 제59조의3 제1항 제17호(1989.12.30.조세감면규제법 부칙 제9조 제2항에 의하여 삭제되기 전의 것) 소정의 특별부가세 비과세 대상인 위 법인의 고유목적에 직접 사용하는 토지 등이라고 할 수 없다.
다.구 법인세법 제59조의3 제1항 제4호(1988.12.26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것) 소정의 비과세요건에 해당되기 위하여는 공부상 지목에 관계없이 양도일 현재 실제로 경작에 사용한 토지인 경우이어야 할 것이므로,구 법인세법시행령 제124조의4 제3항(1988.12.31. 대통령령 제12565호로 개정되기 전의 것)의 규정내용은 모법의 해석상 당연한 내용을 규정한 데 불과한 것일 뿐더러, 나아가 환지처분에 의하여 농지에 해당되지 않게 된 경우에는 일정한 경우 양도일 현재 농지가 아닌 것을 납세의무자의 이익을 위하여 양도일 현재의 농지에 포함시킨 것이므로 위 시행령 규정이 모법의 비과세요건을 축소시킨 것이라거나 모법에 부합되지 않는 무효의 규정이라고 할 수 없다.
라. 피고 세무서장이 갑, 을 토지의 양도차익 전부에 대하여 한 특별부가세의 과세처분에 대해 원고가 국세심사 및 국세심판절차에서 과세처분 전부에 대하여 불복한 이상, 비록 전심절차에서 주장하지 아니 하였던 을 토지에 대한 위법사유를 소송절차에서 추가하였다 하여 이 부분에 대한 전심절차를 경유하지 않은 흠이 있다고는 볼 수 없다.
마.구 법인세법시행령 제124조의2 제7항이 1989.12.30. 대통령령 제12878호로 신설되기 전의구 법인세법 제59조의2 제3항과 그시행령 제124조의2 제6항의 규정은 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 계산함에 있어서, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 하고 있을 뿐위 시행령 제170조 제1항 단서와같은 조항이나 위 시행령의 조항을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세의 과세표준을 계산함에 있어, 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐 아니라 어느 한 쪽만이 불분명한 경우에도 위 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 산정하여야 한다.