취득세 등 경정청구 거부처분 취소 청구의 소 (일반행정, 수원지방법원)
공포일: 2020.10.08 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.지식경제부장관은2009. 3. 30.○○시□□읍△△리 일원1,428,915㎡을 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률(이하‘자유무역지역법’이라 한다)제4조에 따라○○·당진항 자유무역지역으로 지정·고시(지식경제부고시 제2009-53호)하였고,○○지방해양항만청장은2010. 4. 1.원고에게 위○○·당진항 자유무역지역 중○○시□□읍△△리940번지36,231.9㎡토지(○○·당진항 항만배후단지11B,이하‘이 사건 토지’라 한다)를30년간 임대하고 원고로 하여금 그 토지에 입주자시설을 건설하여 운영하도록 하는 내용의 실시협약을 원고와 체결하였다.
나.원고는2016. 5.경부터2017. 11.경까지 이 사건 토지 지상에 정비공장,사무실,세차장 등의 건축물 및 부속시설(이하‘이 사건 건축물’이라 한다)을 신축 및 증축하고,피고에게 이 사건 건축물에 대한 취득세,지방교육세,농어촌특별세(이하‘이 사건 취득세 등’이라 한다)를 아래 표 기재와 같이 신고·납부하였다.
아래표

다.원고는2018. 3. 13.피고에게 이 사건 건축물은 지방세법 제9조 제2항이 정한 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하여 취득세가 부과되지 않는다고 주장하면서 이미 신고·납부한 이 사건 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
라.이에 대하여 피고는2018. 5. 4.원고에 대하여 이 사건 건축물은 지방세법 제9조 제2항에 따른 국가에 귀속 또는 기부채납되는 부동산에 해당하지 않으므로 이 사건 취득세 등에 대하여 취소결정을 하지 않는다는 내용의 경정청구 거부처분(이하‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
마.원고는 이에 불복하여2018. 7. 31.조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나,조세심판원은2019. 9. 10.원고의 심판청구를 기각하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑1내지8호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장

원고가○○지방해양항만청장과 사이에 체결한 실시협약 및 관련 법령의 내용에 비추어 봤을 때 원고는 이 사건 토지의 임대기간이 종료되면 이 사건 건축물을 국가에 귀속시키는 것을 전제로 이 사건 건축물을 취득한 것이므로 지방세법 제9조 제2항에 따라 취득세가 비과세되어야 한다.
나.관계 법령

별지2기재와 같다.
다.인정사실

1)원고와○○지방해양항만청장이2010. 4. 1.체결한 실시협약(이하‘이 사건 실시협약’이라 한다)의 주요 내용은 아래와 같다.
제4조(임대기간 등) ① 임대기간은 본 협약을 체결한 날로부터 30년간을 원칙으로 한다. 다만, 토지임대기간의 연장이 필요한 경우에는 상호 협의하여 20년 범위 내에서 그 기간을 연장할 수 있다.제8조(입주자시설) ① 을(원고)은 본 사업을 위하여 사업계획서 내용대로 입주자시설을 설치하여야 한다.제9조(입주자시설의 소유, 귀속 및 원상회복의무) ① 을은 입주자시설에 대해 을 명의로 소유권보존등기를 할 수 있으며, 갑(○○지방해양항만청)의 사전 동의 없이 타인명의로 소유권보존등기 또는 이전등기를 할 수 없다. ② 을은 본 사업과 관련하여 설치한 입주자시설의 소유권을 임대기간이 종료됨과 동시에 갑에게 무상으로 귀속시켜야 한다. 다만 갑이 입주자시설의 철거를 요구할 경우, 을은 조건 없이 을의 부담으로 철거하여 임대토지를 원상회복하여야 한다. ③ 임대기간 종료 후 을 소유의 입주자시설 등이 방치될 경우 갑이 이를 임의로 처분할 수 있으며 입주자시설의 처분시 발생되는 비용은 을이 예치한 임대보증금에서 충당하고 부족분이 발생할 경우에는 추가로 청구할 수 있다. 제10조(입주자시설의 양도 및 임대) ① 을은 입주자시설을 제3자에게 양도 또는 임대하고자 할 경우 사전에 갑이 승인을 받아야 한다. 이 경우 을은 시설물 전부를 임대(물류관련시설개발업 및 임대업자의 경우 예외)하여서는 아니 된다.

2)○○지방해양수산청(○○지방해양항만청에서 명칭 변경됨)장이2015. 10. 19.및2016. 12. 22.원고에게 한 이 사건 건축물에 대한 건축 허가(비관리청 항만공사 시행허가 등)에는‘본 공사의 시행으로 준공된 시설은 항만법 시행령 제18조 제1항 제7호에 따라 국가에 귀속되지 아니하는 항만시설에 해당되어 국가에 귀속하지 않으며 투자비는 보전하지 않습니다’라는 허가 조건이 포함되어 있다.
3)○○지방해양수산청장은2016. 4. 7.및2017. 5. 15.원고에게 이 사건 건축물의 국가귀속 여부에 대하여‘국가 비귀속(비보전)’이라고 기재된 준공확인증명서를 발급하였다.
4)○○지방해양수산청장은2018. 4. 9.피고에게○○·당진항1종 항만배후단지 입주업체 건물 등에 대한 국가 귀속 여부에 대하여‘○○·당진항 배후물류단지(1단계)내 입주업체 사업시행에 관한 실시협약서 제9조의 내용만으로 입주자시설에 대하여 무상귀속 여부 등을 판단하기 어려운 측면이 있고,준공확인서의 국가 비귀속은 항만법 제15조 및 동법 시행령 제18조에 따른 것이다’라고 회신하였다.
5)원고와 같이○○·당진항 배후물류단지에 입주한 업체들 중 일부는 자신들이 설치한 입주자시설에 대하여 지방세법 제9조 제2항에 따라 피고에게 취득세를 납부하지 않았는데,이후 피고는 위와 같은 입주자시설은 지방세법 제9조 제2항이 정한 국가 등의 귀속을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하지 않는다는 이유로 취득세를 다시 부과하였고,다만 부과제척기간이 도과한 입주업체들에 대해서는 취득세를 부과하지 못하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑3호증,을1내지4호증(가지번호 있는 것은 이를 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

라.판단

1)지방세법 제9조 제2항에 의하면,국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하‘국가 등’이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.위 규정의 입법 취지는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세를 비과세하는 지방세법 제9조 제1항과 같은 취지에서 취득세를 비과세하겠다는 데에 있으므로,위 규정에 의하여 취득세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 취득자가 그 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다(대법원2011. 7. 28.선고2010두6977판결 등 참조).
2)이러한 법리에 비추어 이 사건을 보건대,항만법령의 내용과 앞서 본 인정사실들에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면,원고가 이 사건 건축물에 관한 소유권보존등기를 마칠 당시에 그 건축물을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있었다고 보기 어렵다.따라서 피고가 이 사건 건축물에 대해서는 지방세법 제9조 제2항이 적용되지 않는다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이므로,원고의 위 주장은 이유 없다.
가)이 사건 실시협약 제9조 제2항 본문에 의하면,원고는 이 사건 건축물의 소유권을 이 사건 토지의 임대기간이 종료됨과 동시에○○지방해양수산청 즉 국가에 무상으로 귀속시켜야 하므로,이 사건 건축물이 지방세법 제9조 제2항의 국가에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산이라고 볼 여지가 있긴 하다.그러나 이 사건 실시협약 제9조 제2항 단서는‘다만○○지방해양수산청이 입주자시설(이 사건 건축물)의 철거를 요구할 경우,원고는 조건 없이 원고의 부담으로 철거하여 임대토지(이 사건 토지)를 원상회복하여야 한다’라고 정하고 있어서,이 사건 실시협약의 내용에 따르더라도 원고가 이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받거나 소유권보존등기를 마칠 당시에 이 사건 건축물의 국가 귀속이 사실상 확정되어 있다고 보기 어렵다.
나)여기에 구 항만법 시행령(2018. 9. 4.대통령령 제29138호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제18조 제1항 제7호는 비관리청의 전용 목적이 강하여 국가에 귀속시킬 필요가 없다고 해양수산부장관이 인정하는 항만시설은 국가에 귀속되지 아니한다고 정하고 있는데,이 사건 건축물은 자동차를 수입하여 판매하는 사업에 필요한 정비공장,세차장,사무실 등의 건축물로서 원고의 전용 목적이 강한 시설로 보이는 점,이에○○지방해양수산청장도 원고에게 비관리청 항만공사 시행허가 및 준공확인을 하면서 이 사건 건축물은 국가에 귀속되지 않는다는 의사를 명확히 표시한 점 등에 비추어 보면,원고가 이 사건 건축물에 대한 소유권보존등기를 마칠 당시까지 이 사건 건축물의 국가 귀속 여부는 확정되지 않았다고 보인다.
다)원고는,이 사건 실시협약에서 원고가 입주자시설을 제3자에게 양도 또는 임대하고자 할 경우에 사전에○○지방해양수산청의 승인을 받아야 하고,입주자시설을 소유·운영하는 기간 동안 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하여야 하며,건축물의 배치,외부색채계획,울타리(담장)및 외부 사인물 등의 색채,형태,크기 등은○○지방해양수산청과 사전 협의하여 결정해야 하고,이 사건 실시협약이 해제 또는 해지될 경우 원고가 소유하고 있는 입주자시설을○○지방해양수산청의 사전승인을 받아 자유무역지역 입주자격이 있는 제3자에게 양도하거나○○지방해양수산청이 지정하는 제3자에게 양도해야 하는 것으로 정하고 있으므로,원고가 설치한 입주자시설이 임대기간 동안 형식적으로 원고의 소유일 뿐 실질적으로는 국가의 소유이고 임대기간이 종료되면 실질적인 소유자인 국가에 귀속되는 것이라고 주장한다.
하지만 이 사건 실시협약은 자유무역지역법에 따라 자유무역지역으로 지정된○○·당진항 항만배후단지의 토지를 임차하여 입주자시설을 건설·운영하는 원고와○○·당진항 항만배후단지의 관리기관인○○지방해양수산청 사이에 필요한 사항을 정한 것으로,자유무역지역법 및 항만법에 따라○○지방해양수산청은 항만배후단지 입주업체의 관리 및 사업활동의 지원,공동시설의 유지 및 관리 등의 항만배후단지 관리와 운영에 관한 업무를 하므로 이 사건 실시협약에서 입주자시설과 관련하여 정한 위와 같은 규정은○○지방해양수산청의 항만배후단지 관리업무를 위한 것으로 보일 뿐이지 입주업체가 설치한 입주자시설이 실질적으로 국가 소유임을 전제로 위와 같은 규정을 정한 것이라고 판단되지는 않는다.
라)또한 원고는,○○지방해양수산청이 원고에게 교부한 비관리청 항만공사 시행허가서 및 준공확인증명서에 이 사건 건축물이 국가에 귀속되지 않는 것으로 기재되어 있는 것은,이 사건 실시협약에서 정한 바와 같이 원고가 일단 이 사건 건축물의 소유권을 갖는다는 것을 확인한 것에 불과할 뿐이고,토지의 임대기간이 종료된 후에도 국가에 귀속되지 않는 것으로 정한 것은 아니며,만일○○지방해양수산청이 이 사건 실시협약의 내용과는 다르게 원고에게 항만공사 시행허가나 준공확인을 할 당시에 이 사건 건축물이 종국적으로 국가에 귀속되지 않는 것으로 정한 것이라면 이는 신의성실의 원칙 및 신뢰보호의 원칙에 반하여 효력이 없다는 취지로 주장한다.
살피건대,앞서 인정한 사실,특히○○지방해양수산청장의2018. 4. 9.회신 취지에 비추어 보면,원고의 주장대로○○지방해양수산청장은 항만법령의 규정 및 비관리청 항만공사 시행허가 등에 관한 업무처리요령에 따라 항만공사 시행허가 등을 할 때 그 공사 대상 항만시설의 국가 귀속 여부를 검토하여 국가에 귀속하지 않는 것으로 결정한 다음 허가조건으로 명시한 것으로 보이고,토지의 임대기간이 종료한 이후에도 확정적으로 이 사건 건축물이 국가에 귀속되지 않는다고 결정한 것으로 보이지는 않는다.다만 비관리청 항만공사 시행허가서 및 준공확인증명서에 있는‘국가비귀속’의 의미를 원고의 주장과 같이 해석한다고 하더라도○○지방해양수산청장은 이 사건 건축물에 대한 건축 허가 당시나 준공 확인 당시에 이 사건 건축물의 경우 비관리청의 전용 목적이 강하여 국가에 귀속시킬 필요가 없는 시설물이라고 인정한 것이므로 이 사건 토지의 임대기간이 종료한 이후에도 국가에 귀속시키지 않고 원고에게 철거를 요구하거나 제3자에게 양도하게 할 가능성이 있다고 보이므로,이러한 점을 고려하더라도 원고가 이 사건 건축물에 대한 소유권보존등기를 마칠 당시에 사실상 이 사건 건축물이 국가 등에 귀속되는 것이 확정되었다고 보기 어렵다.
3.결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지1 :목록

별지2

관계 법령

■지방세법

제9조(비과세)

①국가 또는 지방자치단체(다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제되는 법인은 제외한다.이하 같다),「지방자치법」제159조 제1항에 따른 지방자치단체조합(이하"지방자치단체조합"이라 한다),외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.다만,대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대해서는 취득세를 부과한다.
②국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서"국가 등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다.이하 이 항에서"귀속 등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.
1.국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2.국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

■항만법

제15조(항만시설의 귀속 등)

①제9조 제2항 본문에 따른 비관리청의 항만개발사업으로 조성되거나 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가에 귀속된다.다만,대통령령으로 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다.
■구 항만법 시행령(2018. 9. 4.대통령령 제29138호로 개정되기 전의 것)

제18조(국가에 귀속되지 아니하는 항만시설 및 토지)

①법 제15조 제1항 단서에 따라 국가에 귀속되지 아니하는 항만시설은 다음 각 호와 같다.
3.비관리청이 전용(專用)할 목적으로 설치한 계류시설,항행 보조시설,화물의 유통시설ㆍ판매시설,선박보급시설 및 항만의 관제(管制)ㆍ정보통신ㆍ홍보ㆍ보안시설로서 해양수산부령으로 정하는 시설.이 경우 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 해양수산부령으로 정하는 시설을 설치하여 사용할 목적으로 전단에 따라 비관리청에 귀속된 시설을 임차하여 사용하는 경우에는 비관리청이 전단에 따른 시설을 전용하는 것으로 본다.
가.비관리청의 자회사(「상법」제342조의2에 따른 자회사를 말한다)

나.비관리청의 계열회사(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제2조제3호에 따른 계열회사를 말한다)

7.제1호부터 제6호까지에서 규정한 시설 외에 비관리청의 전용 목적이 강하여 국가에 귀속시킬 필요가 없다고 해양수산부장관이 인정하는 시설