법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1982.03.03 / 시행일:

【원 고】 주식회사 삼양사(소송대리인 변호사 조영일)
【피 고】 서울 북부세무서장
【변론종결】 1982. 2. 17.
【주 문】

 피고가 1980. 8. 1 원고에 대하여 한 1980년도 수시분 법인세 금 16,163,097원의 부과처분중 금 16,075,197원에 대한 부분은 이를 취소한다.
 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 피고가 1980. 8. 1 원고에 대하여 1980년도 수시분 법인세 금 16,163,097원의 부과처분(이하, 이사건 과세처분이라 한다)을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 각 그 성립에 다툼이 없는 을제1호증의 1(세액결정결의서), 같은호증의 3(보충조서), 갑제4호증(영수증서), 갑제6호증의 1, 2, 3(사용결과검토통보 및 그 내용), 갑제7호증의 1, 2(사용계획확인통보 및 그 내용)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 설탕 화학섬유의 제조 판매 등을 목적으로 설립된 주식회사로서 기술의 개발 및 혁신에 소용되는 비용에 충당하기 위하여 1976사업연도 법인세액산출시 기술개발 준비금으로 금 301,601,000원을 설정하여 이를 손금으로 계상하였다가 1977년부터 1978년까지 2년간 합계금 220,050,831원을 기술 개발을 위하여 적법하게 사용하고 그 미사용잔액 금 81,559,169원을 1979사업년도 법인세액 산출시 익금으로 산입하여 이에따른 법인세를 신고 납부한 사실, 그런데 피고는 위와같은 경우조세감면규제법 제4조의9 제6항,동법시행령 제23조의2 제3항,제24조 제4항을 적용하여 그 이자상당액을 법인세로 추가징수하여야 한다고 보고 위 익금 가산한 금 81,559,169원에 대한 1976사업연도분 법인세로 금 22,020,819원(위 금 81,559,169원을 익금 가산할 경우 납부하여야 할 1976 사업연도 법인세 산출세액 금 585,501,739원 - 1976 사업연도 법인세 결정세액 금 563,480,920원)을 산출한다음 이에대하여 1978. 1. 1부터 1979. 12. 31까지의 730일간 100원에 대하여 일변 10전의 비율에 의하여 계산한 금 16,075,197원(금 22,020,819원 × 01./100 × 730일)을 이자상당액(이하, 이자상당액으로 약칭한다)으로 결정하고 이에 미제출가산세 금 87,900원을 가산하여 합계 금 16,163,097원을 추가로 부과하는 이사건 과세처분을 한 사실을 인정할 수 있다.
 원고는,조세감면규제법 제4조의9 제6항은 같은법이 1978. 3. 5자로 개정되면서 신설된 규정이고같은법 부칙 제2조는 "이법은 1978. 1. 1부터 개시하는 과세기간분 또는 사업연도분 부터 적용한다"고 규정되어 있을뿐이므로 이사건에서와 같이 기술준비금의 계상은 1978. 1. 1이전에 개시된 사업연도에 이루어지고 그중 미사용잔액의 익금산입은 1978. 1. 1이후에 개시되는 사업연도에 이루어진 경우에는 위 신설규정을 적용할 수 없으므로 위 이자상당액의 법인세 부과처분은 위법이라고 주장함에 대하여, 피고는 1978. 1. 1 이전에 기술개발준비금을 계상하였다 하더라도 그 미사용잔액을 1978. 1. 1 이후에 개시되는 사업연도에 익금산입할 경우에는 위 신설규정을 적용하여 이에대한 이자상당액을 법인세로 추징하여야 한다고 다툰다.
 살피건대, 원래조세감면규제법 제4조의9 제1항의 규정에 의하여 기술개발준비금을 계상한 회사는 그후 이를 모두 기술개발에 사용하지 아니하고 그 미사용 잔액을 익금에 가산한다 하더라도 이에대한 통상의 법인세만을 납부하면 족하였고 그이상 이자상당액을 추가 납부할 필요가 없었던 것인데 1978. 3. 25 법률 제3096호로 개정된 조세감면규제법(이하 개정조세감면 규제법이라 한다)에제4조의9 제6항(이하 신설규정이라 칭한다)을 신설함으로써 비로소 위 익금가산한 금액에 대한 이자상당액을 추가로 납부토록 되었고 위개정조세감면규제법 부칙 제2조는 "이법은 1978. 1. 1이후 최초로 개시하는 과세기간분 또는 사업연도분부터 적용한다"라고만 규정하고 있을 뿐 달리 경과조치에 관한 아무런 규정도 두지 아니하였다. 그러므로 1978. 1. 1 이전에 기술개발준비금을 계상하였을 뿐 아니라 그 미사용잔액의 익금산입마저 끝마친 경우에는 위 신설규정을 적용할 여지가 없고, 1978. 1. 1 이후에 개시되는 사업연도에 기술개발준비금을 계상한 경우 위 신설규정이 적용됨은 명백하다 할 것이나 이 사건에서와 같이 기술개발준비금의 계상은 1978. 1. 1 이전에 이루어지고 그 미사용잔액의 익금가산은 1978. 1. 1 이후에 개시되는 사업연도에 이루어진 경우 위 신설규정을 적용할 것인지는 해석상 문제가 된다 할 것이다.
 그러나 국세기본법은 "세법의 해석, 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다"(같은법 제18조 제1항)" 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다"(같은법 제18조 제2항)고 규정하여 세법해석의 기준 및 소급과세금지의 원칙을 명시하고 있을 뿐 아니라 납세자에게 불리한 세법규정의 해석 적용은 엄격하게 하여야 하고 그 규정취지나 내용이 모호하여 의심스러울 때에는 이를 "납세자의 이익으로" 해석하여야 할 것인바 위 신설규정의 내용을개정 조세감면규제법 부칙 제2조의 규정과 아울러 검토하여도 1978. 1. 1 이전에 계상된 기술개발준비금에 대하여 위 신설규정을 적용하여야 한다는 결론이 쉽사리 나오지 아니할 뿐 아니라 1978. 1. 1 이전에 개시된 사업연도 법인세액 산출시 기술개발준비금을 계상한 회사는 당시의 조세감면규제법의 규정에 따라 후에 미사용잔액을 익금가산한다 하더라도 이에대한 통상의 법인세만을 부담하면 족하고 그 이상의 이자상당액을 추가로 부담하는 일은 있을수 없다는 법적보장하에서 기술개발준비금을 계상하였다고 보여지므로 1978. 1. 1 이전에 기술개발준비금으로 계상하였다가 1978. 1. 1 이후에 개시되는 사업연도에 그 미사용잔액을 익금산입하는 경우에는 위 신설규정을 적용할 수 없다 할 것이다.
 그렇다면, 원고가 1976 사업연도에 기술개발준비금으로 손금계상하였다가 1979사업연도 법인세액 산출시 그 미사용잔액으로서 익금산입한 금 81,559,169원에 대하여 신설규정인개정 조세감면규제법 제4조의9 제6항의 규정을 적용하여한 이사건 과세처분은 위법하다 할 것이고 같은규정에 의하여 산출된 이자상당액이 금 16,075,197원임은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 이사건 과세처분중 위 금 16,075,197원에 대한 부분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유있어 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.
1982. 3. 3.

판사 황도연(재판장) 유효봉 이문재