법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2006.09.08 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 주식회사 ○○○ (소송대리인 변호사 장순호)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 충주세무서장
【원심판결】 대전고법 2003. 7. 24. 선고 2002누1661 판결 
【주 문】
원심판결의 원고 패소 부분 중 부가가치세의 세금계산서 부실기재로 인한 가산세 부과처분 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 대전고등법원에 환송한다. 원고의 나머지 상고와 피고의 상고를 각 기각한다.

【이 유】상고이유를 본다.
 1. 원고의 상고이유에 대하여
 가. 법인세법상 매출·매입처별 계산서 합계표 미제출로 인한 가산세 부과처분 부분에 대하여
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고는 배합사료의 제조 및 판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로 특정연도에 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우 그 거래에 따른 매출·매입처별 계산서 합계표를 다음연도 1. 31.까지 관할세무서장에게 제출해야 함에도 판시 1997년도분 및 1998년도분 거래액에 대한 매출·매입처별 계산서 합계표를 기한 내에 제출하지 아니하였으므로 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제41조 제14항 제2호 소정의 가산세 부과대상이 된다고 판단하고, 나아가 원고가 부가가치세법 제17조 제3항에 의한 매입세액공제신고를 하면서 계산서 합계표도 제출하였는데, 그때마다 피고 소속 담당공무원이 이를 반려하였으므로 원고로서는 법적인 의무 이행을 완료한 것으로 생각하고 기한 내에 계산서 합계표를 제출하지 못하게 된 것이어서, 결과적으로 계산서 합계표 미제출은 오로지 피고측의 귀책사유로 인한 것이므로 정당한 사유가 있다는 취지의 원고 주장에 대하여, 원고가 부가가치세법 제17조 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제를 받기 위하여 관할세무서에 계산서 합계표를 제출하였으나 그때마다 담당공무원이 이를 반려하였다는 점을 인정하기에 믿기 어렵거나 부족한 증거 이외에 달리 이를 인정할 증거가 없다는 이유로 원고의 위 주장을 배척하였다.
 관계 법령과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 사실인정과 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같은 채증법칙 위반, 법인세법상 계산서 합계표 미제출로 인한 가산세에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 나. 세금계산서 부실기재로 인한 가산세 부과처분 부분에 대하여
 부가가치세법 제22조 제2항 제1호에 의하면, 사업자가 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때에는 소정의 가산세를 부과하도록 규정하고 있고, 한편 같은 법 제16조 제1항 제2호에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 공급받는 자에게 세금계산서를 교부하여야 하는데, 그 세금계산서에는 필요적 기재사항으로서 ‘공급받는 자의 등록번호’를 기재하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제16조 제5항의 위임에 의하여 세금계산서의 작성·교부에 관하여 필요한 사항을 규정한 같은 법 시행령 제53조 제2항에 의하면, 재화 또는 용역을 공급받는 자가 사업자가 아닌 경우에는 같은 법 제16조 제1항 제2호의 등록번호에 갈음하여 같은 법 시행령 제8조 제2항에 의하여 부여받는 고유번호 또는 공급받는 자의 주소·성명 및 주민등록번호를 기재하도록 규정하고 있는바, 이러한 세금계산서 제도는 부가가치세 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하고 부가가치세를 부담한 사업자가 매입세액 공제를 받을 수 있도록 하기 위한 것인 점 등을 감안하면, 같은 법 제16조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 ‘등록번호’는 특별한 사정이 없는 한 부가가치세법상 사업자등록에 의하여 교부받은 등록번호라고 해석하여야 할 것이고, 따라서 같은 법 시행령 제53조 제2항에서 규정하고 있는 ‘사업자’ 역시 부가가치세 과세사업자로 해석하여야 할 것이다. 
 그렇다면 재화나 용역을 공급받는 자가 부가가치세 면세사업자에 해당하여 부가가치세법상 사업자등록에 의한 등록번호를 부여받지 않은 경우, 그러한 면세사업자가 소득세법 또는 법인세법상 사업자등록에 의하여 부여받은 등록번호가 있다 하더라도, 이를 기재하지 아니하고 부가가치세법상의 고유번호 또는 공급받는 자의 주소·성명 및 주민등록번호를 기재하였다면, 세금계산서 중 ‘공급받는 자의 등록번호’에 관한 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때에 해당한다고 볼 수 없으므로 부가가치세법 제22조 제2항 제1호 소정의 세금계산서 부실기재로 인한 가산세의 부과 대상이 될 수 없다 할 것이다. 
 원심이 적법하게 확정한 사실관계에 의하면, 피고가 원고에 대하여 이 사건 부가가치세법 제22조 제2항 제1호 소정의 세금계산서 부실기재로 인한 가산세를 부과한 것은 원고가 1997년부터 1999년까지 사이에 배합사료를 공급하면서 그 거래상대방에게 공급받는 자의 사업자등록번호 대신 주민등록번호를 기재한 세금계산서를 교부하였기 때문인데, 위와 같이 원고로부터 배합사료를 공급받은 거래상대방은 모두 축산업자들이라는 것인바, 그렇다면 이들 거래상대방은 일응 부가가치세법 제12조 제1항 제1호 소정의 가공되지 아니한 축산물의 공급업자로서 면세사업자에 해당될 여지가 있어 보인다. 
 따라서 원심으로서는 원고로부터 배합사료를 공급받은 이들 거래상대방들이 부가가치세 과세사업자에 해당하여 부가가치세법상 사업자등록에 의한 등록번호를 부여받았는지 여부에 관하여 심리를 한 다음, 만약 이들이 면세사업자에 해당함에 따라 부가가치세법상 사업자등록을 한 바 없다면, 비록 원고가 이들을 상대로 한 세금계산서에 공급받는 자의 부가가치세법상의 고유번호 또는 소득세법상 등록번호를 기재하지 아니한 채 주민등록번호를 기재하였다 하더라도 세금계산서의 필요적 기재사항인 ‘공급받는 자의 등록번호’를 기재하지 아니하거나 사실과 달리 기재하였다고 볼 수 없으므로, 위 세금계산서 부실기재 가산세를 부과할 것은 아니라 할 것임에도 불구하고, 원심은 이러한 심리를 제대로 하지 아니한 채 원고가 위 거래상대방들에게 교부한 세금계산서들이 필요적 기재사항 중 공급받는 자의 등록번호가 부실 기재된 세금계산서에 해당한다는 이유로 가산세를 부과한 피고의 처분이 적법하다는 취지로 판단하였는바, 이러한 원심판결에는 세금계산서 부실기재 가산세에 있어서 세금계산서의 필요적 기재사항인 공급받는 자의 등록번호에 관한 법리오해, 면세사업자 해당 여부에 관한 심리미진 등의 위법이 있다 할 것이고, 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다 할 것이다.
 2. 피고의 상고이유에 대하여
 원심은, 부가가치세법 제22조 제6항은 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 아니한 경우 가산세를 부과할 수 있도록 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라고 한다) 제64조 제9항, 제65조 제4항은 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 같은 법 시행령 제64조 제3항 또는 제65조 제2항 소정의 서류를 당해 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 과세표준의 신고로 보지 않는다고 규정하고 있으므로, 부가가치세법 제22조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제9항, 제65조 제4항에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 않은 것으로 간주하기 위하여는 그 신고 대상 과세표준이 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 거래에 관한 것이어야 할 것인데, 원고의 이 사건 배합사료 공급은 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율을 적용받는 거래가 아니고, 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것) 제99조 제4호 또는 조세특례제한법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문 개정된 것) 제105조 제5호에 의하여 영세율 적용을 받는 거래에 해당하므로, 원고의 이 사건 배합사료 공급이 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조에 의하여 영세율 적용을 받는 거래임을 전제로 한 피고의 이 사건 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세의 부과처분은 위법하다고 판단하였다. 
 관계 법령과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유 주장과 같은 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 3. 결 론
 그러므로 원심판결의 원고 패소 부분 중 부가가치세의 세금계산서 부실기재로 인한 가산세 부과처분 부분을 파기하여, 이 부분 사건을 원심법원에 환송하고, 원고의 나머지 상고와 피고의 상고를 각 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 안대희(재판장) 김영란 김황식(주심) 이홍훈

［1］ 부가가치세법 제16조 제1항 제2호에서 규정하는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 ‘공급받는 자의 등록번호’의 의미(=부가가치세법상 사업자등록에 의하여 교부받은 등록번호) 및 면세사업자인 재화나 용역을 공급받는 자가 세금계산서에 소득세법 또는 법인세법상 사업자등록에 의한 등록번호가 아닌 부가가치세법상의 고유번호 또는 공급받는 자의 주소·성명 및 주민등록번호를 기재한 경우, 부가가치세법 제22조 제2항 제1호에 정한 세금계산서 부실기재에 해당하는지 여부(소극)
［2］ 배합사료의 공급은 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율을 적용받는 거래가 아니고, 구 조세감면규제법 제99조 제4호 또는 조세특례제한법 제105조 제5호에 의하여 영세율 적용을 받는 거래에 해당하므로, 배합사료 공급이 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조에 의하여 영세율 적용을 받는 거래임을 전제로 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세를 부과한 것은 위법하다고 한 사례

［1］ 부가가치세법 제16조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 ‘공급받는 자의 등록번호’는 특별한 사정이 없는 한 부가가치세법상 사업자등록에 의하여 교부받은 등록번호라고 해석하여야 할 것이고, 따라서 같은 법 시행령 제53조 제2항에서 규정하고 있는 ‘사업자’ 역시 부가가치세 과세사업자로 해석하여야 할 것이므로, 재화나 용역을 공급받는 자가 부가가치세 면세사업자에 해당하여 부가가치세법상 사업자등록에 의한 등록번호를 부여받지 않은 경우, 그러한 면세사업자가 소득세법 또는 법인세법상 사업자등록에 의하여 부여받은 등록번호가 있다 하더라도, 이를 기재하지 아니하고 부가가치세법상의 고유번호 또는 공급받는 자의 주소·성명 및 주민등록번호를 기재하였다면, 세금계산서 중 ‘공급받는 자의 등록번호’에 관한 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때에 해당한다고 볼 수 없으므로 부가가치세법 제22조 제2항 제1호 소정의 세금계산서 부실기재로 인한 가산세의 부과 대상이 될 수 없다.
［2］ 부가가치세법 제22조 제6항, 구 부가가치세법 시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것) 제64조 제9항, 제65조 제4항에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 않은 것으로 간주하기 위하여는 그 신고 대상 과세표준이 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 거래에 관한 것이어야 할 것인데, 배합사료의 공급은 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율을 적용받는 거래가 아니고, 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것) 제99조 제4호 또는 조세특례제한법 제105조 제5호에 의하여 영세율 적용을 받는 거래에 해당하므로, 배합사료 공급이 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조에 의하여 영세율 적용을 받는 거래임을 전제로 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세를 부과한 것은 위법하다고 한 사례.