공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 투자목적회사에 대한 과점주주 간주취득세 부과처분 적법여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.01.16 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 보충상고이유서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).
2. 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)는 ‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써「지방세법」제22조제2호의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우 당해 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한「지방세법」제105조제6항의 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는데, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조 제1호의2, 같은 법 시행령 제2조 제1항, 제2항은 지주회사를 ‘주식(지분을 포함한다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 등 현재의 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사’로 정의하면서, 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지는 ‘회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인지’를 기준으로 판단하도록 규정하고 있다.
한편 구 간접투자자산 운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 제정되어 2009. 2. 4.부터 시행된 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 부칙 제2조로 폐지. 이하 ‘구 간접투자법’이라 한다) 제144조의17 제1항은 ‘사모투자전문회사 또는 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있고, 여기에서 사모투자전문회사란 ‘회사의 재산을 주식 또는 지분 등에 투자하여 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등의 방법으로 투자한 기업의 가치를 높여 그 수익을 사원에게 배분하는 목적으로 설립된 합자회사로서 일정한 요건을 갖춘 회사’를 말하고( 제2조 제4호의2, 제144조의2 제1항, 제2항), 투자목적회사란 ‘그 주주 또는 사원의 전부가 사모투자전문회사이고 사모투자전문회사 재산의 운용방법과 동일하게 투자하는 주식회사 또는 유한회사’를 말한다( 제144조의9 제1항, 제144조의7 제1항 제1호 내지 제5호, 제7호).
지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다. 그런데 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사는 투자한 회사의 기업가치를 높여 창출한 수익을 투자자에게 배분하는 것을 주된 목적으로 하여 설립된 회사로서, 수직적 출자구조를 통하여 자회사의 사업을 지속적으로 지배함으로써 소유와 경영의 합리화를 도모하려는 목적으로 설립된 공정거래법상의 지주회사와는 설립목적이나 기능 등이 전혀 다르다. 이러한 이유로 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사의 경우에는 공정거래법 제2조 제1호의2 등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었다고 하여 이를 모두 지주회사로 취급하여 공정거래법상의 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것이 적절하지 아니하므로, 구 간접투자법 제144조의17 제1항은 위에서 본 것과 같이 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 10년간 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다.
그리고 구 간접투자법 제144조의17 제3항 본문은 ‘사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있고, 그 문언 내용과 이 사건 법률조항의 입법 취지 등에 비추어 보면 위 규정에 따라 금융지주회사로 보지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한데, 사모투자전문회사나 투자목적회사가 일반 지주회사인지 아니면 금융지주회사인지에 따라 이 사건 법률조항의 적용을 달리할 합리적 이유도 없다.
또한, 공정거래법상의 지주회사에 대하여는 이 사건 법률조항 외에, 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례( 구 조세특례제한법 제38조의2), 수입배당금액의 익금불산입제도( 법인세법 제18조의2) 등이 마련되어 있는 반면, 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도( 법인세법 제51조의2 제1항 제2호)나 등록세 중과배제제도( 구 조세특례제한법 제119조 제7항) 등이 규정되어 있는 등 세법상의 규율에도 차이가 있다.
위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법이 이 사건 법률조항(당시에는 제120조 제5항 제8호)을 신설할 당시에는 구 간접투자법에 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 없었던 점 등을 종합하면, 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.
3. 원심이, 구 간접투자법 제144조의17 제1항에 따라 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 투자목적회사인 원고에게는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니한다는 이유로 피고의 이 사건 간주취득세 부과처분이 적법하다고 판단한 것은 위와 같은 법리에 기초한 것으로서, 거기에 상고이유의 주장과 같이 공정거래법상 지주회사에 관한 법리 등을 오해한 위법이 없다.
4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-부산고등법원 2011. 6. 22. 선고 2010누6281 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 5. 10. 구 간접투자자산 운용업법[2007. 8. 3. 법률 제8635호로 폐지되기 전의 것(동법 부칙에 의해 공포 후 1년 6개월 경과한 날부터 시행), 이하 ‘간접투자법’이라 한다]에 기하여 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하고 있다.
나. 원고는 주식회사 ○○저축은행(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 주식 12,163,705주를 보유하고 있던 중 2008. 11. 3. 다시 이 사건 법인의 주식 7,676,395주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 추가로 취득하여 결국 이 사건 법인의 발행주식 총수인 24,952,195주 가운데 약 79.51%인 19,840,100주를 보유하게 되었다. 당시 원고의 자산은 1,000억 원 이상이었고, 그 후 2009. 6. 30. 기준으로는 2,000억 원을 상회하게 되었으며 그 중 주식이 자산총액의 약 80%를 차지하였다.
다. 원고는 2008. 12. 2. 피고에게 이 사건 주식의 취득이「지방세법」제22조제2호, 동법 제105조 제6항의 규정에 의해 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에 해당하는 것으로 보아 이 사건 법인 소유 부동산인 밀양시 삼문동 467 밀양코아루아파트 101동 102호 외 29호에 대한 취득세 73,418,590원 및 농어촌특별세 7,341,750원(이하 ‘이 사건 자진납부세액’이라 한다)을 신고ㆍ납부하였다.
라. 원고는 2009. 9.경 종전의 입장을 바꾸어 이 사건 주식의 취득이 "과점주주에 대한 취득세 감면규정인 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조에 의해 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우로서 취득세 면제대상에 해당한다"고 주장하면서, 법제처의 행정해석 등을 근거로 피고에게 이 사건 자진납부세액에 관하여 과오납금 환부신청을 하였고, 피고는 이를 받아들여 2009. 9. 30. 원고에게 이 사건 자진납부세액을 전액 환급(이하 ‘이 사건 환급결정’이라 한다)하였다.
마. 그러나 피고는 2010. 2. 16. 이 사건 환급결정이 잘못되었다는 이유로 원고에게 다시 취득세 75,907,430원 및 농어촌특별세 7,590,620원을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 5호증, 을 1, 3, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 공정거래법상 지주회사이고, 이 사건 주식의 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에 해당하므로, 그로 인하여 비록 원고가 이 사건 법인의 과점주주가 되었다고 하더라도 구 조세특례제한법에 따라 취득세가 면제되어야 한다. 간접투자법 제144조의17 제1항에서 투자목적회사에 대하여 일정한 경우 공정거래법상 지주회사 규정을 적용하지 않는다는 취지는, 그런 경우 아예 지주회사에 해당하지 않는다는 것이 아니라 투자목적회사의 특수성을 감안하여 예외적으로 공정거래법상 지주회사에 대한 규제를 풀어주겠다는 것이므로, 이는 오히려 투자목적회사가 지주회사임을 논리적 전제로 하고 있다. 따라서 투자목적회사가 공정거래법상 지주회사에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

(1) 지주회사와 투자전문회사 등의 도입배경 및 관련 법령

(가) 지주회사의 도입취지와 관련 법령

1) 지주회사의 일반적 정의 및 유형

지주회사(持株會社, holding company)란, 지배회사 또는 모회사라고도 하는데, 산하에 있는 종속회사(자회사)의 주식을 전부 또는 일부 지배가능 한도까지 매수함으로써, 기업합병에 의하지 않고 자회사를 지배ㆍ관리하는 회사를 말한다. 지주회사는 타 기업(자회사)의 주식을 보유함으로써 그 기업을 지배ㆍ관리하는 것을 유일한 업무로 하며 독립적인 사업을 할 수 없는 '순수지주회사(pure holding company)'와 직접 어떤 사업을 하면서 타 기업(자회사)의 주식을 보유함으로써 그 기업을 지배ㆍ관리하는 '사업지주회사(operating holding company, '혼합지주회사'라고도 함)로 나뉜다.
2) 지주회사 제도의 도입배경

가) 지주회사는 피라미드형의 기업지배를 가능하게 하여 소자본을 가지고도 거대한 생산과 자본에 대한 독점지배망을 넓힐 수 있고, 분사화를 통한 사업의 분리매각이 쉬워 구조조정을 촉진하는 기능이 있으며, 자회사별 책임경영을 촉진하여 경영효율성을 높이는 등의 장점이 있는 반면, 경제력 집중수단으로 악용되거나 이를 심화시키는 부작용이 있어 우리나라에서는 지주회사의 설립과 전환을 원칙적으로 금지해왔다.
나) 1990년대 말 외환위기 무렵, 기존의 대규모 기업집단이 계열기업간의 상호출자나 상호보증으로 인하여 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어질 위험성이 많았고, 실제로도 이런 이유로 인한 사회경제적 폐해가 적지 않았다. 이에 비하여 지주회사 제도는 투명경영이 가능한 수직적인 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄도산의 위험을 차단할 수 있고, 지주회사와 자회사의 특성을 통해 전략적인 의사결정과 일상적인 의사결정을 분리함으로써, 경영의 효율성을 제고하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지할 수 있는 점 등 장점이 크게 부각되었다. 이에 정부는 외국자본의 유치 및 기업구조조정의 필요성 등을 이유로 1999. 2. 5. 공정거래법 규정을 통하여 지주회사제도를 도입하게 되었다.
3) 지주회사와 취득세 면제규정

「지방세법」제22조, 제105조는 "법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ승마회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다"라고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법은 제120조 제6항 제8호에서 "공정거래법에 따른 지주회사의 경우 지방세법에 의한 과점주주의 취득세 부과규정을 적용하지 아니한다"라고 하여 과점주주에 대한 취득세 면제규정(이하 ‘취득세 면제규정’이라 한다)을 두고 있는데, 위 면제규정은 지주회사 제도의 도입에 따라 기존의 기업집단 내에서 지주회사로의 전환이나 또는 지주회사의 신규 설립을 촉진하기 위한 세제지원책으로 1999. 12. 28. 구 조세특례제한법에 신설된 규정이다.
4) 지주회사 관련 법령

가) 공정거래법상 지주회사의 요건

현행 공정거래법은 지주회사에 대하여, ‘주식(지분을 포함)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상이고, 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50이상 이상인 경우’라고 정의하고 있으므로( 공정거래법 제2조 제1의2, 같은 법 시행령 제2조), 현행 공정거래법상 지주회사는 ‘① 주식소유를 통한 국내회사의 사업내용 지배를 주된 사업으로 할 것(실질적 요건), ② 자산총액 1,000억 원 이상, 자산총액 중 자회사 주식가액 합계의 비율이 50% 이상일 것(외형적 요건)’의 2가지 요건을 충족하여야 한다. 나) 공정거래법상 지주회사에 대한 행위제한 규정 등

공정거래법은, 제2조에서 지주회사 및 자회사라는 용어에 대하여 정의한 다음 제8조에서 지주회사를 설립한 경우 공정거래위원회에 신고하도록 하고 있고, 제8조의2 제2항 내지 제5항에서는 부채비율, 자회사 주식 보유비율, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있으며, 같은 법 제66조, 제68조에서는 신고의무를 위반하거나 행위제한규정을 위반한 자에 대하여 벌칙을 부과하는 등 지주회사에 대하여 각종 행위제한의무를 부여하고 있다. 입법자는 1990년대 말 외환위기를 맞아 공정거래법을 개정하여 그 동안 금지하여 오던 지주회사제도를 허용하는 대신, 지주회사가 초래할 수 있는 경제력 집중 폐해를 방지하기 위하여 부채비율 제한 등 각종 규제규정을 마련한 것이다.
(나) 투자전문회사 등의 도입취지와 간접투자법 등의 규율

1) 사모투자전문회사(Private Equity Fund, ‘PEF')의 정의 등

사모투자전문회사는, 공모가 아닌 사모의 방식, 즉 소수의 투자자에게서 자금을 모아 그 재산을 주식 또는 지분에 투자하고, 투자한 회사의 기업가치를 제고하여 수익을 사원에게 배분하는 것을 목적으로 하는 간접투자기구(펀드)를 의미한다. 일반 사모펀드가 소수 투자자들로부터 단순 투자 목적으로 자금을 모아 운용하는 펀드임에 반해(주식형 사모펀드), 사모투자전문회사는 자기재산으로 경영권 참여 등에 투자하고 기업의 가치를 높여 사원에게 배분하는 상법상 합자회사로서, 특정한 소수의 투자자에게 비공개적으로 거액의 자금을 장기로 조달한 뒤 주식이나 채권, 부동산, 부실채권, 기업경영권 등에 투자하면서 높은 수익을 추구하는 펀드이다. 특정기업 및 금융기관의 주식을 대량 인수하고 인수기업을 구조조정한 뒤 기업 가치를 높여 이를 되팔거나 재상장시켜 투자자금을 회수하는 전략을 주로 취한다. 사모투자전문회사는 통상 기업인수ㆍ합병을 전문으로 '바이아웃 펀드(Buyout Fund)'와 단기시세차익을 목적으로 하는 '헤지 펀드(Hedge Fund)'로 구분되는데, 간접투자법 개정에 의하여 2004년 12월 경 도입된 우리나라의 사모투자전문회사는 전자에 속한다.
간접투자법은, 사모투자전문회사에 대하여 ‘투자대상 회사의 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분 또는 증권 등에 투자 및 그것을 운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발생하는 집합투자기구’라고 규정하고 있고, 투자목적회사에 대하여 ‘회사자산을 사모투자전문회사의 재산운용방법과 같이 투자하는 주식회사 또는 유한회사’라고 정의하고 있다( 간접투자법 제2조, 제144조의2, 제144조의9, 이하 ‘투자전문회사 등’이라 한다).
2) 투자전문회사 등의 도입배경

투자전문회사 등은, 1990년대 말 외환위기 이후 해외의 거대 헤지펀드들이 국내 주요 금융기관, 기업 등을 매입하여 경영정상화 후 재매각함으로써 거액의 차익을 실현하고, 그 과정에서 해외자본에 의한 국내금융기관 지배ㆍ국부유출 등의 논란이 발생하게 된 것을 계기로, 풍부한 시중의 부동자금을 생산적인 자금으로 전환될 수 있도록 유도하여 투자를 활성화하고, 금융기관과 기업의 구조조정 등의 과정에서 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급하여 투자자들에게 중장기로 기업주식 및 경영권에 투자할 수 있는 다양한 투자기회를 제공하며, 자산운용업의 경쟁력확보와 관련하여 외국 자본과 동등하게 경쟁하면서 자산운용산업의 발전계기를 마련하고자 도입되었다.
3) 간접투자법 등 관련 규정

간접투자법 제144조의17(지주회사 규제의 특례) 제1항에 의하면, " 간접투자법 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건, 즉 투자전문회사 등이 다른 회사의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상 되도록 투자하거나 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 투자하는 경우에는 그 요건을 충족한 날부터 10년간 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 적용하지 아니한다"고 규정하는 한편, 제144조의17 제2항에서는, 투자목적회사가 위 요건을 충족하는 경우에 금융위원회에 신고하여야 하고, 금융위원회는 그 사항을 공정거래위원회에 통보하도록 되어 있으며, 또한 간접투자법 제144조의7, 제144조의8, 제144조의9에서는 채무보증한도, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있다.
(2) 투자전문회사 등에 대한 취득세 면제규정의 적용 여부

(가) 이 사건 주식을 취득함으로써 지방세법 제105호 제6항에 의하여 이 사건 법인의 과점주주가 된 원고가, 공정거래법상 지주회사의 외형적 요건(자산총액 1,000억 원 이상, 자산총액 중 자회사 주식가액 합계의 비율이 50% 이상일 것)을 충족한 점에 대하여는 다툼이 없으므로, 투자목적회사인 원고에 대한 취득세 면제규정의 적용 여부는, 원고가 공정거래법상 지주회사의 실질적 요건(주식소유를 통한 국내회사의 사업내용 지배를 주된 사업으로 할 것)을 충족하는지 여부에 달려 있다.
(나) 간접투자법 등 관련 규정이 공정거래법상 지주회사의 판단기준이 될 수 있는지 여부

1) 간접투자법 제144조의17 제1항에서는 "투자전문회사 등이 일정한 요건을 갖춘 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다"고 규정하고 있고, 같은 법 제144조의 17 제3항 및 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다) 제276조 제3항 본문은 "투자전문회사 등에 대하여는 일정한 요건을 충족하는 투자를 하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다"고 규정하고 있다.
2) 간접투자법 등 위 관련 규정은 투자전문회사 등을 지주회사와 달리 취급한 규정으로서, 그 내용상 투자전문회사 등과 지주회사를 구별할 일응의 기준으로 볼 여지가 있다. 그러나 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는, 공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사 주식을 취득하는 경우를 취득세 면제사유로 들고 있을 뿐이고, 공정거래법에 의한 지주회사는 공정거래법 제2조 제1의2호에서 ‘주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사’라고 정의하고 있으므로, 구 조세특례제한법 제120조에서 규정한 지주회사는 구 조세특례제한법 제120조 및 공정거래법 제2조 제1의2호에 따라 해석하면 충분하다.
3) 즉, 구 조세특례제한법상 취득세가 면제되는 지주회사가 공정거래법 제2조에 명확히 정의되어 있는 이상, 공정거래법상 지주회사의 외형상 요건을 갖춘 원고와 같은 투자목적회사가 공정거래법상 지주회사인지 여부는, 공정거래법이 지주회사의 요건으로 요구하는 실질적 요건(주식소유를 통한 국내회사의 사업내용 지배를 주된 사업으로 할 것)을 갖추고 있는지를 판단하면 족한 것이므로, 간접투자법 등 관련 규정의 내용에 따라 공정거래법상 지주회사 해당여부가 좌우된다고 볼 수는 없다(다만, 간접투자법 등 관련 규정은 공정거래법상 지주회사의 실질적 요건을 판단하는 참고규정으로서의 의미는 있다).
(다) 원고가 공정거래법상 지주회사에 해당하는지 여부

1) 앞서 살펴본 공정거래법상 지주회사의 요건, 관련 법령, 지주회사와 투자전문회사 등의 본질과 취지, 도입배경 등을 종합하여 보면, 원고와 같은 투자목적회사는 ‘주식소유를 통한 국내회사의 사업내용 지배를 주된 사업으로 하는 회사’가 아니어서 공정거래법상 지주회사로서의 실질적 요건을 갖추지 못하였으므로, 취득세 면제규정이 적용되지 않는 경우로 봄이 상당하다. 구체적 이유는 다음과 같다.
2) 투자전문회사 등을 공정거래법상 지주회사로 볼 수 없는 이유

① 간접투자법이나 자본시장법은, ‘투자전문회사’를 ‘경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자ㆍ운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구’로, ‘투자목적회사’를 ‘경영권 참여, 사모투자전문회사 등이 투자한 기업이 발행한 증권에 대한 파생상품에 대한 투자 등을 목적으로 하는 주식회사 또는 유한회사’로 규정함으로써, 투자전문회사 등을 공정거래법상 지주회사와 명확히 구별하여 정의하고 있다.
② 지주회사는 1987년 이래로 금지되어 오던 것을 기업구조조정 등의 필요성에 따라 1999년부터 허용하되, 이로 인한 과도한 경제력 집중 우려를 방지하기 위해 부채비율 제한, 자회사 지분율 요건 등 각종 장치를 마련하여 도입된 것이므로, 지주회사는 본연의 기능을 수행하면서도 한편으로 지주회사를 허용함에 따른 부작용을 최소화하려는 정책의 목적에 부합하여야 한다. 따라서 구 조세특례제한법상 취득세 면제규정은 공정거래법상의 규제나 제한을 감수하고서라도 지주회사로 전환ㆍ설립하려는 기업에 적용될 때 그 의미를 갖는다 할 것이다. 즉, 공정거래법상 지주회사는 법에서 정한 형식적인 요건을 갖춘 것만 가지고는 부족하고 거기에 더하여 부작용 위험의 방지를 위한 각종 규제까지 함께 적용을 받을 때에야 비로소 공정거래법에서 말하는 진정한 의미의 지주회사에 해당한다고 해석하는 것이 정의와 형평의 이념 및 실질과세원칙에 부합한다.
③ 지주회사가 자회사의 장기간 사업지배를 주된 목적으로 함에 반하여, 투자전문회사 등은 단기간의 수익극대화를 목적으로 하는 점에서 양자 간에 본질적인 차이가 있고, 투자전문회사 등의 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익의 창출이라는 주된 목적을 취하는데 따른 수단으로 발현되는 것에 불과하다. 즉, 지주회사는 수직적인 단순한 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄 도산의 위험을 차단하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지하는 측면이 있어 그 전환이나 설립을 촉진하기 위하여 과점주주인 지주회사에 대하여 조세특례제한법상 세제지원을 하는 것인데, 투자전문회사 등은 자회사의 지배보다는 투자에 의한 수익창출이 본질적인 목적이라 할 수 있고, 지주회사의 외관을 갖추는 것도 결국 투자목적으로 자산을 운용하는 과정에서 나타나는 현상일 뿐이므로, 간접투자법이나 자본시장법에 따라 공정거래법상 규제를 받지 않는 기업에까지 이러한 세제혜택을 주는 것은 취득세 면제규정의 입법취지에 부합하지 않는다.
④ 지주회사의 경우 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지면서 자회사에 대한 지속적인 지배로 경영합리화를 이루려는 것이 주된 목적이고, 지주회사의 취득세 면제 규정은 기존 기업집단 내에서 지주회사로의 전환 또는 지주회사의 설립을 활성화하기 위해 장려책으로 도입되었다. 이에 비하여 원고와 같은 투자목적회사는 처음부터 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사의 실체를 가지지 않는 투자기구(Paper company)로서 회사의 경영권을 한시적으로 확보한 후 기업가치를 최대한 높여 투자자들의 이익을 극대화시키는 것이 주된 목적이므로, 투자전문회사 등이 형식적으로 공정거래법상 지주회사의 외형적 요건을 충족시킨다고 하더라도, 이를 지주회사와 동일하게 취급할 수는 없다.
⑤ 지주회사가 소액의 자본으로 거대자본을 지배하는 등의 폐단을 방지하고자 공정거래법은 각종의 행위제한을 규정하고 있으나, 간접투자법은 투자전문회사 등이 지주회사의 형식 요건을 갖추었다고 하더라도 다른 회사에 대한 지배력 행사가 가능한 형태의 투자를 한 경우에는 그로부터 10년간 이러한 규제를 받지 않도록 명시하고 있다. 이는 투자전문회사 등이 투자활동 과정에서 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖추었다 하더라도 그 본질이 지주회사와는 달리 투자활동을 통한 수익창출을 목적으로 하고 있으므로 이를 반영하여 원칙적으로 지주회사와 달리 취급하겠다는 것이고, 다만 이러한 투자 상태가 10년 이상 장기간 지속되는 경우에는 그 투자대상회사에 대한 지속적인 지배기능을 수행하는 사실상 지주회사의 성격을 갖는 것으로 보아 공정거래법상의 지주회사 규정을 적용하겠다는 취지의 규정이지, 투자전문회사 등이 지주회사임을 전제로 한 규정이 아니다. 간접투자법 등에서 투자전문회사 등에 대하여 각종 행위제한규정을 둔 것은 공정거래법과는 별도로 이러한 형태의 회사를 규율하겠다는 것이므로, 관련 법령은 지주회사와 투자전문회사 등을 명백히 별개의 제도로 인식하고 규율하고 있다.
⑥ 우리나라가 1990년대 말 외환위기를 맞아 지주회사 제도를 도입하고 이를 뒷받침하기 위해 과점주주에 대한 취득세 부과규정의 적용을 면제하는 특례규정을 둘 당시 투자전문회사 등의 특수한 형태의 회사는 아예 존재하지도 않았고, 아울러 장래 그런 특수한 회사 제도가 도입될 것을 예정하였던 것도 아니다.
(라) 소결

이상에서 본 바와 같이, 지주회사와 투자전문회사 등이 실제 기업지배나 자산운용 과정에서 외형상 유사성이 발현될 수 있다는 점을 감안한다 하더라도, 지주회사와 투자전문회사 등은 제도의 취지와 본질, 기능과 법적 근거를 달리하고 있음이 명백하므로, 원칙적으로 원고와 같은 투자목적회사를 취득세 면제규정이 적용되는 공정거래법상 지주회사라고 볼 수는 없다 할 것이고, 원고가 이 사건 주식을 취득하여 10년 이상 이 사건 법인을 사실상 지배함으로써 공정거래법상 지주회사로 볼 수 있는 경우에도 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-창원지방법원 2010. 10. 28. 선고 2010구합1741 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 5. 10. 구 간접투자자산 운용업법[2007. 8. 3. 법률 제8635호로 폐지되기 전의 것(동법 부칙에 의해 공포 후 1년 6개월 경과한 날부터 시행), 이하 '간접투자법'이라 한다]에 기하여 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하고 있다.
나. 원고는 주식회사 ○○저축은행(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 주식 12,163,705주를 보유하고 있던 중 2008. 11. 3. 다시 이 사건 법인의 주식 7,676,395주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 추가로 취득하여 결국 이 사건 법인의 발행주식 총수인 24,952,195주 가운데 약 79.51%인 19,840,100주를 보유하게 되었다. 당시 원고의 자산은 1천억 원 이상이었고, 그 후 2009. 6. 30. 기준으로는 2천억 원을 상회하게 되었으며 그 중 주식이 자산총액의 약 80%를 차지하였다.
다. 원고는 2008. 12. 2. 피고에게 이 사건 주식의 취득이 ‘「지방세법」제22조제2호, 동법 제105조 제6항의 규정에 의해 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에 해당’하는 것으로 보아 이 사건 법인 소유 부동산인 밀양시 삼문동 467 밀양코아루아파트 101동 102호 외 29호에 대한 취득세 73,418,590원 및 농어촌특별세 7,341,750원(이하 ‘이 사건 자진납부세액’이라 한다)을 신고ㆍ납부하였다.
라. 원고는 2009. 9.경 종전의 입장을 바꾸어 이 사건 주식의 취득이 "과점주주에 대한 취득세 감면규정인 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조에 의해 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우로서 취득세 면제대상"에 해당한다고 주장하면서, 법제처의 행정해석 등을 근거로 피고에게 이 사건 자진납부세액에 관하여 과오납금 환부신청을 하였다. 피고는 이를 받아들여 2009. 9. 30. 원고에게 이 사건 자진납부세액을 전액 환급(이하 ‘이 사건 환급결정’이라 한다)하였다.
마. 그러나 피고는 2010. 2. 16. 이 사건 환급결정이 잘못되었다는 이유로 원고에게 다시 취득세 75,907,430원 및 농어촌특별세 7,590,620원을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증, 을 제1, 3, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 공정거래법상 지주회사이고 이 사건 주식의 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에 해당하므로 그로 인하여 비록 이 사건 법인의 과점주주가 되었다고 하더라도 조특법에 따라 취득세가 면제되어야 한다. 간접투자법 제144조의17 제1항에서 투자목적회사에 대하여 일정한 경우 공정거래법상 지주회사 규정을 적용하지 않는다는 취지는 그런 경우 아예 지주회사에 해당하지 않는다는 것이 아니라 투자목적회사의 특수성을 감안하여 예외적으로 공정거래법상 지주회사에 대한 규제를 풀어주겠다는 것이므로 이는 오히려 투자목적회사가 지주회사임을 논리적 전제로 하고 있다. 따라서 투자목적회사가 공정거래법상 지주회사에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

(1) 지주회사와 투자목적회사에 대한 관련 법령의 규율

(가) 지주회사와 취득세 특례

「지방세법」제22조, 제105조는 ‘법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다’고 규정하는바,조특법 제120조제6항 제8호는 ‘공정거래법에 따른 지주회사의 경우 지방세법에 의한 과점주주의 취득세 부과규정을 적용하지 아니한다'고 하여 위 취득세의 특례규정을 두고 있다.
정부는 1990년대 말의 외환위기를 맞아 외국자본의 유치 및 기업구조조정의 필요성 때문에 1999. 2. 5. 공정거래법에 그 동안 금지하여오던 지주회사제도를 도입하였다. 기존의 대규모 기업집단은 계열기업간의 상호출자나 상호보증으로 인하여 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어질 위험성이 많았고 실제로도 이런 이유로 인한 사회경제적 폐해가 적지 않았다. 이에 비하여 지주회사는 투명경영이 가능한 수직적인 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄도산의 위험을 차단할 수 있고, 지주회사와 자회사의 특성을 통해 전략적인 의사결정과 일상적인 의사결정을 분리함으로써 경영의 효율성을 제고하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지할 수 있는 점 등 장점이 크게 부각되었기 때문에 위와 같이 공정거래법을 통해 제도화하기에 이르렀다. 그리고 정책당국은 이런 시대상황과 제도의 변화에 따라 기존의 기업집단 내에서 지주회사로의 전환이나 또는 지주회사의 신규 설립을 촉진하기 위해 세제지원책으로 1999. 12. 28. 조특법에 공정거래법상 지주회사에 대하여 과점주주라도 취득세를 면제하는 규정을 신설하게 되었다.
현행 공정거래법에 의하면 ‘지주회사’라 함은 주식(지분을 포함)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상이고, 그 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50이상 이상인 경우를 말하고( 공정거래법 제2조 제1의2, 같은 법 시행령 제2조), 제8조에서는 지주회사의 설립 또는 지주회사로 전환할 때 공정거래위원회에 신고하도록 하여 그 절차를 감시하고 필요한 경우 시정조치를 할 수 있도록 하는 한편, 그밖에 부채비율의 제한과 자회사 지분 소유기준 및 자회사 외의 다른 회사주식 소유에 대한 제한 등과 같은 직접적인 규제와 더불어 자회사 및 손자회사에 대하여도 일정한 규제규정을 두고 있다.
(나) 투자목적회사의 도입취지와 간접투자법의 규율

사모투자전문회사는 투자대상 회사의 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분 또는 증권 등에 투자 및 그것을 운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발생하는 집합투자기구이고, 투자목적회사는 회사자산을 사모투자전문회사의 재산운용방법과 같이 투자하는 주식회사 또는 유한회사를 말한다( 간접투자법 제2조, 제144조의2, 제144조의9, 이하 ‘투자전문회사 등’이라 한다).
이와 같이 투자전문회사 등은 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 사원들에게 배분하는 것을 목적으로 하여 간접투자를 활성화하고 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하며 회사의 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급함으로써 자산운용산업이 발전할 수 있는 계기를 만들고 궁극적으로 투자산업을 발전시키기 위해 2004. 10. 5. 도입된 것으로 간접투자법에 근거 규정을 두고 있다.
간접투자법 제144조의17(지주회사 규제의 특례) 제1항에 의하면, 간접투자법 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건, 즉 투자전문회사 등이 다른 회사의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상 되도록 투자하거나 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 투자하는 경우에는 그 요건을 충족한 날부터 10년간 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 적용하지 아니한다고 규정하는 한편, 제144조의17 제2항에서는 투자목적회사가 위 요건을 충족하는 경우에 금융위원회에 신고하여야 하고, 금융위원회는 그 사항을 공정거래위원회에 통보하도록 되어 있으며, 또한 간접투자법 제144조의7, 제144조의8, 제144조의9에서는 채무보증한도, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있다.
(2) 투자목적회사에 대한 취득세 특례의 적용 여부

(가) 해석기준

원고가 이 사건 주식을 취득함으로써 지방세법 제105호 제6항에 의하여 이 사건 법인의 과점주주가 되었고 공정거래법상 지주회사의 외형적 요건을 충족한 점에 대하여는 다툼이 없다. 그런데 간접투자법 제144조의17 제1항(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)에서는 원고와 같은 투자목적회사가 일정한 요건을 갖춘 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고,조특법 제120조제6항 제8호(이하 ‘이 사건 면제조항’이라 한다)에서는 공정거래법에 따른 지주회사가 된 경우 취득세를 면제하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 특례조항의 의미를 살펴 원고와 같은 투자목적회사에 대하여도 공정거래법상의 지주회사로서 이사건 면제조항을 적용할 것인지가 이 사건의 쟁점이 된다. 이러한 조세법규를 해석함에 있어서는 조세법률주의의 원칙상 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 참조).
(나) 판단

이 사건 특례조항의 문언, 투자목적회사와 지주회사의 도입취지와 본질에 기초한 법적 지위의 동일성 여하, 금융지주회사 등 다른 관련 제도와의 체계조화성의 관점에서 본 아래의 사정을 종합하면, 원고와 같은 투자목적회사에 대하여는 이 사건 면제조항이 적용되지 아니한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.
1) 이 사건 특례조항은 "투자목적회사에 대하여는 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다"고 규정하고 있는바, 법문에 비추어 보더라도 ‘지주회사에 관한 규정’에 공정거래법에서 정한 지주회사의 정의규정과 행위제한규정이 모두 포함된다고 봄이 상당하다. 이를 기술적으로 구분하여 지주회사의 정의규정은 포함되지 아니하고 이를 제외한 나머지 행위제한규정만 포함된다고 해석하는 것은 법문에 어긋날 뿐만 아니라, 지나치게 기교적인 구분으로 보인다. 법문 그대로 지주회사의 정의규정과 행위제한규정을 따로 구분할 것 없이 모두 포괄하여, 투자목적회사 등이 비록 공정거래법에 의한 지주회사의 요건에 형식적으로 부합하더라도 이를 지주회사로 보지 아니하고, 따라서 당연히 지주회사에 관한 각종 행위제한규정도 적용하지 아니하겠다는 의미로 해석하는 것이 자연스럽다.
2) 지주회사의 경우 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지면서 자회사에 대한 지속적인 지배로 경영합리화를 이루려는 것이 주된 목적이고, 지주회사의 취득세 면제 규정은 기존 기업집단 내에서 지주회사로의 전환 또는 지주회사의 설립을활성화하기 위해 장려책으로 도입되었다. 이에 비하여 원고와 같은 투자목적회사 등은 처음부터 간접투자법 제144조의9 제1항 제4호에 의해 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사의 실체를 가지지 않는 투자기구(paper company)로서 회사의 경영권을 한시적으로 확보한 후 기업가치를 최대한 높여 투자자들의 이익을 극대화시키는 것이 주된 목적이므로, 투자목적회사 등이 형식적으로 공정거래법에 의한 지주회사의 외형적 기준을 충족시킨다고 하더라도 지주회사의 취득세 면제 규정의 도입 취지에 비추어 이를 그대로 적용하기에는 부적합하다.
3) 공정거래법 제2조 제1의2는 ‘지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업내용으로 하는 회사’라고 규정하고 있다. 지주회사가 자회사의 지배를 목적으로 함에 반하여, 투자목적회사 등의 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익의 창출이라는 주된 목적을 취한 수단에 불과한 것이므로 공정거래법이 당초 예정한 지주회사 본래의 모습에는 본질적으로 부합하지 않는 요소가 있다.
4) 지주회사가 소액의 자본으로 거대자본을 지배하는 등의 폐단을 방지하고자 공정거래법은 각종의 행위제한을 규정하고 있으나, 간접투자법은 투자목적회사 등이 지주회사의 형식 요건을 갖추었다고 하더라도 다른 회사에 대한 지배력 행사가 가능한 형태의 투자를 한 경우에는 그로부터 10년간 이러한 규제를 받지 않도록 명시하고 있다. 이는 투자전문회사 등이 투자활동 과정에서 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖추었다 하더라도 그 본질이 지주회사와는 달리 투자활동을 통한 수익창출을 목적으로 하고 있으므로 이를 반영하여 원칙적으로 지주회사와 달리 취급하겠다는 것이고, 다만 이러한 투자 상태가 10년 이상 장기간 지속되는 경우에는 그 투자대상회사에 대한 지속적인 지배기능을 수행하는 지주회사의 성격을 갖는 것으로 보아 공정거래법상의 지주회사 규정을 적용하겠다는 취지이다. 또한 간접투자법에서 투자목적회사 등에 대하여 각종 행위제한규정을 둔 것은 공정거래법과는 별도로 이러한 형태의 회사를 규율하겠다는 의미로 보아야 한다.
5) 지주회사는 제대로 본연의 기능을 수행하면서도 한편으로 지주회사를 허용함에 따른 부작용을 최소화하려는 정책의 목적에 부합하여야 하므로, 공정거래법에서 정하는 형식적인 지주회사의 요건을 갖춘 것만 가지고는 부족하고 거기에 더하여 부작용 위험의 방지를 위한 각종 규제까지 함께 적용을 받을 때 비로소 공정거래법에서 말하는 진정한 의미의 지주회사에 해당한다고 해석하는 것이 정의와 형평의 이념 및 실질과세원칙에 부합한다.
6) 간접투자법 제144조의17 제3항은 "투자전문회사 등에 대하여는 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다"고 규정하고 있다. 이 규정의 취지가 앞서 본 이 사건 특례조항의 취지와 다르지 아니한 점에 비추어, 간접투자법 제144조의17 제3항의 ‘금융지주회사로 보지 아니한다’는 문언을 이 사건 특례조항 소정의 ‘공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’의 의미와 동일하게 보는 것이 자연스러운 해석이다. 만일 이와 같이 해석하지 않고 투자전문회사 등을 금융지주회사로 보지는 않지만 지주회사로는 보는 것이라고 해석한다면, 지주회사와 금융지주회사를 구분하지 아니하고 취득세 면제대상으로 규정한 이 사건 면제조항의 문언상 투자전문회사 등이 지주회사의 요건을 갖춘 경우에는 취득세가 면제되고 금융지주회사의 요건을 갖춘 경우에는 취득세가 과세되는 결과에 이르게 된다. 그러나 투자전문회사 등이 투자하는 투자대상기업의 종류에 따라 취득세의 특례 여부를 다르게 정할 합리적인 이유가 없는 점에 비추어 보더라도 그와 같은 해석은 부당하다.
7) 우리나라가 외환위기를 맞아 지주회사 제도를 도입하고 이를 뒷받침하기 위해 과점주주에 대한 취득세 부과규정의 적용을 면제하는 특례규정을 둘 당시 투자목적회사라는 특수한 형태의 회사는 아예 존재하지도 않았고 아울러 장래 그런 특수한 회사 제도가 도입될 것을 예정하였던 것도 아니다. 따라서 이 사건 면제조항은 가능한 한 관련 법규 본래의 입법취지와 목적에 맞도록 해석하는 것이 정의와 형평의 이념에 부합한다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있는 것이다. 따라서 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이러한 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당하므로 과세관청이 지주회사와 다름을 들어 간주취득세를 부과한 처분은 적법하다.