법인지방소득세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2023.11.30 / 시행일:

【원고, 피상고인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 조일영 외 4인)
【피고, 상고인】 서울특별시 종로구청장 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 바른 담당변호사 박창렬 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2020. 9. 11. 선고 2019누67823 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 가. 원고는 2009~2013 사업연도에 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제10조, 제11조, 제24조, 제26조, 제144조 제1항 및 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제26조, 제144조 제1항(이하 위 각 규정을 통틀어 ‘구 조특법 제144조 제1항 등’이라 한다)에 따른 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상인 연구·인력개발비 등(이하 ‘이 사건 연구비 등’이라 한다)을 지출하였다. 그러나 원고는 최저한세 미달 등으로 인하여 이 사건 연구비 등을 위 각 사업연도의 법인세에서 세액공제 또는 이월공제받지 못하였다.
 나. 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서(이하 ‘이 사건 개정’이라 하고, 이 개정 전 지방세법을 ‘구 지방세법’이라 한다), 내국법인의 소득에 관한 지방세 과세체계가 종래 ‘법인세액’을 과세표준으로 하고 ‘10%’의 세율을 적용하는 부가세 방식(지방소득세 법인세분)에서 ‘법인세의 과세표준’을 과세표준으로 하고 ‘법인세율의 10%’를 세율로 적용하는 독립세 방식(법인지방소득세)으로 변경되었다. 이 사건 개정으로 개정된 지방세법 부칙 제1조 본문은 ‘이 법은 2014. 1. 1.부터 시행한다.’고 규정하고, 부칙 제2조 단서는 ‘법인지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.’고 규정하는 한편, 부칙 제15조는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”라고 규정하였다(이하 ‘이 사건 경과규정’이라 한다). 
 다. 원고는 이 사건 연구비 등과 관련하여, 구 조특법 제144조 제1항 등에 따른 이월공제를 적용하여 2014, 2017 사업연도의 법인세를 신고·납부하였으나, 같은 기간의 법인지방소득세를 신고·납부할 때에는 독립세 방식으로 변경된 과세체계로 인하여 구 조특법 제144조 제1항 등에 따른 이월공제를 적용하지 않았다.
 라. 그 후 원고는 이 사건 경과규정을 근거로, 이 사건 연구비 등과 관련한 2014, 2017 사업연도 법인세 이월공제의 효과가 같은 기간 법인지방소득세에도 미친다고 주장하면서, 2018. 10. 5. 당초 신고·납부한 법인지방소득세액의 일부 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고들은 2018. 11. 6.과 2018. 11. 7. 이를 각각 거부하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
 2. 관련 법리
‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.’고 규정한 개정 세법 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰 보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등 참조). 
 3. 상고이유에 관한 판단
 가. 원심은, 지방소득세 법인세분의 산출방법에 관한 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항 외에도 법인세액을 산출하는 법인세법 규정과 구 조특법 제144조 제1항 등과 같은 법인세 감면규정이 일체로서 이 사건 경과규정의 ‘종전의 규정’에 해당하고, 구 조특법 제144조 제1항 등이 법인세뿐만 아니라 지방소득세 법인세분에 대하여도 5년이라는 장래의 한정된 기간 동안 이월공제를 명시한 조세감면 등 규정에 해당한다는 이유로, 위 구 지방세법 및 구 조특법 규정들에 대한 원고의 기득권 내지 신뢰 보호를 위해 2014, 2017 사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용하여야 한다고 판단하였다.
 나. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
 1) 이 사건 경과규정은 이 사건 개정에 따른 신구 법령의 적용관계를 정한 것이므로, 여기서 말하는 ‘종전의 규정’은 이 사건 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리킨다고 보아야 한다. 따라서 구 지방세법 본칙에 있지 않고 이 사건 개정 대상이 되지도 않은 구 조특법 제144조 제1항 등은 위 ‘종전의 규정’에 해당한다고 볼 수 없다.
 2) 또한 구 조특법 제144조 제1항 등은 법인세에 대한 세액공제·이월공제 규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 등을 정한 규정도 아니다.
 3) 구 지방세법 본칙에 있는 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항은 이 사건 개정의 대상이 된 규정이기는 하나, 지방소득세 법인세분의 산출방법만 규정하였을 뿐 그 규정에서 직접 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 명시하였다고 볼 수 없다.
 4) 결국 이 사건에는 ‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’이 존재한다고 볼 수 없으므로, 2014, 2017 사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없다.
 다. 그런데도 원심은 이 사건 경과규정을 근거로 원고에 대하여 구 지방세법을 적용하여야 한다는 전제에서 이 사건 거부처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 경과규정의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 4. 결론
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 오석준(재판장) 안철상 노정희(주심) 이흥구

[1] 개정된 세법 부칙조항을 근거로 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하기 위한 요건
 [2] 甲 주식회사가 2014. 1. 1. 지방세법 개정 전에 지출한 구 조세특례제한법에 따른 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상인 연구·인력개발비 등을 2014년 이후 사업연도에 이월공제를 적용하여 법인세를 신고·납부하였으나, 같은 기간의 법인지방소득세를 신고·납부할 때에는 이월공제를 적용하지 않았는데, 甲 회사가 경과규정인 2014. 1. 1. 개정 지방세법 부칙 제15조를 근거로 법인세 이월공제의 효과가 같은 기간 법인지방소득세에도 미친다고 주장하며, 당초 신고·납부한 법인지방소득세액의 일부 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 관할 구청장이 이를 거부한 사안에서, ‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’이 존재한다고 볼 수 없어 법인지방소득세에 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수 없다고 한 사례