법인(원천)세징수처분취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2021.01.29 / 시행일:

【원고, 피항소인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 하태흥 외 2인)
【피고, 항소인】 아산세무서장
【제1심판결】 대전지방법원 2020. 2. 6. 선고 2018구합104893 판결 
【변론종결】2020. 11. 4.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다. 
 2. 원고의 청구를 기각한다. 
 3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지 
 피고가 원고에게 한 2014. 12. 4.자 2009 사업연도 법인(원천)세 662,395,530원의 징수처분 및 2015. 3. 25.자 2010 사업연도 법인(원천)세 622,074,870원의 징수처분을 모두 취소한다.
 2. 항소취지 
 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 미국 소재 법인인 □□□ International Corporation(이하 ‘소외 1 회사’라 한다)과 ◇◇◇ 주식회사(이하 ‘소외 2 회사’라 한다) 사이의 합작투자계약에 의하여 정밀평판유리 및 기타 관련 제품의 제조·판매업을 목적으로 1995. 4. 20. 설립된 회사로서, 외국인투자 촉진법 제2조 제1항 제6호의 외국인투자기업이다.
 나. 원고는 2005. 9. 14. 재차 소외 1 회사로부터 미화 1억 달러 상당(현금 1,000억 원)의 외국인투자를 받아 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제121조의2 제1항 제1호의 조세감면사업으로 ‘TFT-LCD용 정밀평판유리 제조사업(이하 ‘이 사건 감면사업’이라 한다)‘을 영위하는 것에 대하여 조세감면결정을 받았다. 
 다. 한편, 소외 1 회사는 이 사건 감면사업 이전인 1995년과 1998년경 합계 120억 원(= 24억 원 + 96억 원)을 외국인투자하면서 취득한 원고 회사의 주식 120만 주(이하 ‘이 사건 기존주식’이라 한다)를 2005. 12. 12. 헝가리 소재 법인인 ☆☆☆ Company(이하 ‘소외 3 회사’라 한다)에 현물출자를 하고, 같은 해 12. 27. 외국인투자촉진법 제23조 제1항의 규정에 따라 위와 같은 주식양도에 관한 신고를 하였다. 아울러 원고와 소외 1 회사는, 소외 1 회사가 투자하려고 했던 이 사건 감면사업에 대한 위와 같은 외국인투자를 소외 1 회사가 아닌 소외 3 회사가 투자하기로 계획을 변경하고, 2006. 1. 17. 구 외국인투자촉진법(2007. 4. 27. 법률 제8401호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항에 따라 이 사건 감면사업에 미화 1억 달러(현금 1,000억 원)를 투자하는 외국투자가의 상호 또는 명칭, 국적을 기존의 ‘소외 1 회사, 미국’에서 ‘소외 3 회사, 헝가리’로 변경하는 내용으로 신주 등의 취득에 의한 외국인투자내용 변경신고를 하였다. 
 라. 그 후 원고는 이 사건 감면사업을 영위하기 위하여 2006. 2. 3. 소외 3 회사와 소외 2 회사로부터 총 1,500억 원의 증자를 받기로 하고 총 1,500만 주(주당 10,000원)의 주식을 발행하였는데, 소외 3 회사는 위와 같이 현금 1,000억 원을 투자하기로 한 계획을 변경하여 750억 원을 투자하고 증자 주식 중 750만 주를 배정받았다(소외 2 회사도 소외 3 회사가 배정받은 주식수와 동일하게 750만 주를 배정받았다. 이하 소외 3 회사가 배정받은 위 750만 주를 ‘이 사건 증자주식’이라 하고, 이 사건 기존주식을 포함하여 소외 3 회사가 보유하는 원고 회사의 주식 870만 주를 ‘소외 3 회사 보유 전체주식’이라 한다). 이어서 소외 3 회사는 2006. 2. 10. 외국인투자금액을 ‘기존 120억 원’에서 ‘신규 870억 원’으로 변경하는 내용으로 외국인투자기업 변경등록을 마쳤다. 
 마. 그 후 원고는 2009. 11.경 2006 사업연도의 이익인 371,667,652,410원과 2007 사업연도의 이익 중 일부인 358,332,347,590원의 합계 730,000,000,000원으로 주주들에게 배당금을 지급하였는데, 그 중 소외 3 회사에 지급된 배당금은 360,494,604,728원(2006년도에는 183,539,977,323원, 2007년도에는 176,954,627,405원으로, 이하 위 배당금을 모두 합하여 ‘1차 배당금’이라 한다)이었다. 
 또한, 원고는 2010. 3.경 2007 사업연도의 이익 중 일부인 398,000,000,000원으로 주주들에게 배당금을 지급하였는데, 그 중 소외 3 회사에 지급된 배당금은 195,246,916,569원(이하 ‘2차 배당금’이라 하고, 1차 배당금과 합하여 ‘이 사건 배당금’이라 한다)이었다.
 바. 한편, 원고는 2009. 11.경 위와 같이 소외 3 회사에 1차 배당금을 지급하면서 이에 대한 법인(원천)세를 원천징수하여 신고·납부하였는데, 그 당시 모든 주주들에게 배당할 총 배당금인 730,000,000,000원에 배당금 지급 당시 구분경리를 통해 산출된 각 사업연도별 감면사업 소득비율과 이 사건 감면사업을 위한 자본금 중 소외 3 회사의 지분율, 조세감면이 적용되는 소외 3 회사의 지분율을 각각 곱하는 방법으로 외국투자가인 소외 3 회사에 대한 감면대상 배당금을 산출하여[즉, 총 배당금 730,000,000,000원 × 각 사업연도별 감면사업소득비율(2006년에는 0.9997, 2007년에는 0.9984) × 이 사건 감면사업을 위한 자본금 중 소외 3 회사의 지분율(2006년에는 0.4987 , 2007년에는 0.4988 ) × 조세감면이 적용되는 소외 3 회사의 지분율(2006년에는 0.8504 , 2007년에는 0.8621 ], 소외 3 회사가 실제로 지급받은 배당금에서 위와 같이 계산한 감면대상 배당금을 공제하는 방법으로 감면대상이 아닌 배당금 즉, 과세대상 배당금을 구한 다음[계산식은 소외 3 회사가 실제 지급받은 배당금(2006년도에는 183,539,977,323원, 2007년도에는 176,954,627,405원) - 감면대상 배당금(2006년도에는 157,583,572,062원, 2007년도에는 153,844,430,981원) = 과세대상 배당금 49,066,601,685원(2006년도에는 25,956,405,261원, 2007년도에는 23,110,196,424원)], 여기에 법인세법상 원천징수세율 20%를 적용하여 법인(원천)세 9,813,320,337원(= 49,066,601,685원 × 20%)을 신고·납부하였다 . 
 그리고 원고는 2010. 3.경에도 소외 3 회사에 지급된 2차 배당금에 대한 법인(원천)세를 신고·납부하면서 위와 같이 총 배당금인 398,000,000,000원에 배당금 지급 당시 구분경리를 통해 산출된 2007 사업연도별 감면사업 소득비율과 이 사건 감면사업을 위한 자본금 중 소외 3 회사의 지분율, 조세감면이 적용되는 소외 3 회사의 지분율을 각각 곱하는 방법으로 감면대상 배당금을 산출하여[즉, 총 배당금 398,000,000,000원 × 2007 사업연도별 감면사업소득비율(2007년의 0.9984) × 이 사건 감면사업을 위한 자본금 중 소외 3 회사의 2007년 지분율 0.4988 × 조세감면이 적용되는 소외 3 회사의 2007년 지분율 0.8621 ], 소외 3 회사가 실제로 지급받은 배당금에서 위와 같이 계산한 감면대상 배당금을 공제하는 방법으로 과세대상 배당금을 구한 다음(계산식은 소외 3 회사가 실제 지급받은 배당금 195,246,916,569원 - 감면대상 배당금 170,875,121,776원 = 과세대상 배당금 24,371,794,793원), 여기에 법인세법상 원천징수세율 20%를 적용하여 법인(원천)세 4,874,358,959원(= 24,371,794,793원 × 20%)을 신고·납부하였다 .
 사. 그러나 피고는 원고가 감면대상 배당금을 산출하는 과정에서 배당금 총액에 소외 3 회사가 실제로 지급받은 배당금에 따른 실배당율 을 곱하지 아니하고 위와 같이 배당금 총액에 이 사건 감면사업을 위한 자본금 중 소외 3 회사의 지분율을 곱함으로써, 감면대상 배당금을 부풀리고 결과적으로 과세대상 배당금을 축소시켜 소외 3 회사의 배당소득에 대한 법인(원천)세의 원천징수세액이 과소하게 산출되었다고 판단하고 , 2014. 12. 4.에는 2009년 귀속 1차 배당금에 대한 법인(원천)세 662,395,530원 을(이하 ‘1차 처분’이라 한다), 2015. 3. 25.에는 2010년 귀속 2차 배당금에 대한 법인(원천)세 622,074,870원을 각 추가 경정·고지하였다 (이하 ‘2차 처분’이라 하며, 1차 처분과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 
 아. 이에 대하여 원고는 조세심판원에 2015. 3. 4. 1차 처분의 취소를 구하는 심판청구를, 2015. 6. 22. 2차 처분의 취소를 구하는 심판청구를 각 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 5. 2. 2차 처분에 대한 심판청구에 대하여, 2018. 5. 15. 1차 처분에 대한 심판청구에 대하여 각 기각하는 결정을 하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑1~3(가지번호 포함), 을1, 변론 전체의 취지
 2. 원고의 주장 요지 
 가. 먼저 원고는, 원고가 위와 같이 소외 3 회사의 배당소득에 대한 감면대상 배당금을 산정하면서 모든 주주들에게 배당할 배당금 총액에 소외 3 회사가 실제로 지급받은 배당금에 따른 실배당율을 곱하지 아니하고 배당금 총액에 이 사건 감면사업을 위한 자본금 중 소외 3 회사의 지분율을 곱하여 계산함으로써 결과적으로 과세대상 배당금이 축소되어 소외 3 회사의 배당소득에 대한 법인(원천)세의 원천징수세액이 과소하게 산출되었다는 피고의 주장에 대해서는 그대로 인정하면서 이를 다투지 않고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항의 "외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금"이라 함은 외국투자가인 원고의 주주가 실제로 지급받은 배당금을 기준으로 하여야 한다고 해석함이 타당하므로 피고가 이 사건 각 처분을 하면서 소외 3 회사가 실제 지급받은 배당금에 따른 실배당율로 감면대상 배당금을 산출한 부분은 적법하다고 할 것이다. 
 나. 다만 원고는, 원고가 당초 위와 같이 소외 3 회사의 배당소득에 대한 법인(원천)세를 신고·납부할 당시 ‘대한민국 정부와 헝가리 인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약’(이하 ‘한·헝가리 조세조약’이라고 한다)상 제한세율인 5%가 아니라 우리나라의 법인세법상 원천징수세율 20%를 적용하여 납부하였는데, 납세의무자는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있고(대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결), 외국투자가인 소외 3 회사가 원고로부터 지급받은 이 사건 배당금에 대해서는 국제조세조정에 관한 법률 제29조 제1항에 따라 법인세법상 원천징수세율인 20%와 한·헝가리 조세조약상 제한세율인 5% 중 낮은 세율인 5%가 적용되어야 하므로, 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세 납부세액은 이 사건 배당금에서 조세특례제한법 제121조의2 제3항에 따른 감면대상 배당금을 공제한 나머지 과세대상 배당금에 한·헝가리 조세조약상 제한세율인 5%를 곱하는 방법으로 계산되어야 하고, 그렇게 계산하면 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세액은 원고가 당초에 신고·납부한 금액보다 더 적게 나오는데도 피고는 원고의 신고·납부세액을 증액 경정하는 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이 사건 각 처분은 위법하여 모두 취소되어야 한다고 주장한다. 
 다. 따라서 이하에서는 이 사건 각 처분에 적용되는 법령에 의하여 원고의 주장과 같이 소외 3 회사의 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세가 이 사건 배당금에서 조세특례제한법 제121조의2 제3항에 따른 감면대상 배당금을 공제한 나머지 과세대상 배당금에 한·헝가리 조세조약상 제한세율인 5%를 곱하는 방법으로 계산되어야 하는지 여부를 살펴 이 사건 각 처분의 위법성을 따져 보기로 한다 .
 3. 관련 법령과 이 사건 각 처분과 관련된 규정의 주요 내용 
 관련 법령은 별지 기재와 같다. 다만, 관련 법령 중 이 사건 각 처분과 관련된 주요 내용은 다음과 같다.
 가. 국제조세조정에 관한 법률 
 이 사건 1차 처분 시에는 구 국제조세조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것)이 적용되었다가, 2차 처분 시에는 법률이 변경되어 구 국제조세조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정된 것)이 적용되었다 . 
 1) 구 국제조세조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항 본문은 "조세조약의 규정상 외국법인의 국내원천소득 중 이자, 배당 또는 지식재산권 등의 사용대가에 대하여는 조세조약상의 제한세율과 다음 각 호의 1에 규정된 세율 중 낮은 세율을 적용한다"고 규정하면서, 제1호에서 "조세조약의 대상 조세에 주민세가 포함되지 아니하는 경우에는 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제98조 제1항 제3호에서 규정하는 세율"을, 제2호에서 "조세조약의 대상 조세에 주민세가 포함되는 경우에는 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에서 규정하는 세율에 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제176조 제2항의 세율 을 반영한 세율"을 각 규정하고 있었다. 
 2) 그런데 구 국제조세조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정된 것, 이하에서는 위 2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 구 국제조세조정에 관한 법률을 포함하여 모두 ‘구 국제조세조정에 관한 법률’이라고 통칭하되, 필요한 경우에는 개정 시기를 특정하여 지칭하기로 한다) 제29조 제1항 본문은 "조세조약의 규정상 외국법인의 국내원천소득 중 이자, 배당 또는 지식재산권 등의 사용대가에 대해서는 조세조약상의 제한세율과 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 세율 중 낮은 세율을 적용한다"로, 제1호는 "조세조약의 대상 조세에 지방소득세 소득분이 포함되지 아니하는 경우에는 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에서 규정하는 세율"로, 제2호는 "조세조약의 대상 조세에 지방소득세 소득분이 포함되는 경우에는 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에서 규정하는 세율에 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정된 것) 제176조의12 제1항의 세율 을 반영한 세율"로 각 변경되었다.
 3) 한편, 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제12호에서는 제한세율을 "조세조약에 따라 체약상대국의 거주자 또는 법인에 대하여 과세할 수 있는 최고세율"을 의미하는 것으로 규정하였는데, 위 규정은 국제조세조정에 관한 법률이 제정된 때부터 2020. 12. 22. 법률 제17651호로 개정되기까지 그대로 유지되고 있었다.
 나. 한·헝가리 조세조약 
 한·헝가리 조세조약 제2조에서는 이 협약이 적용되는 조세로 ‘소득세, 법인세, 주민세’를 규정하면서, 같은 조약 제10조는 제1항에서 "일방체약국의 거주자인 법인이 타방체약국의 거주자에게 지급하는 배당은 동 타방체약국에서 과세될 수 있다", 제2항에서 "그러나, 그러한 배당은 또한 배당을 지급하는 법인이 거주자인 체약국에서 동 국의 법에 따라 과세될 수 있다. 다만, 수령인이 그 배당의 수익적 소유자인 경우에 그렇게 부과되는 조세는 다음을 초과하지 아니한다"고 규정하고 있다. 그리고 한·헝가리 조세조약 제10조 제2항 가.목에서는 "그 수익적 소유자가 배당을 지급하는 법인의 자본의 최소한 25%를 직접 소유하는 법인인 경우에는 총 배당액의 5%"를 정하고 있다. 
 다. 조세특례제한법 
 구 조세특례제한법(1차 처분에 대하여는 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 2차 처분에 대하여는 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 것이 적용되나, 개정 전후로 변경이 없으므로 통칭하여 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제121조의2 제3항은 "외국인투자촉진법 제2조 제1항 제5호에 따른 외국투자가가 취득한 주식 또는 출자지분에서 생기는 배당금에 대한 법인세 또는 소득세는 해당 외국인투자기업의 각 과세연도의 소득에 대하여 그 기업이 제1항에 따라 법인세 또는 소득세 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득의 비율에 따라 감면하되, 제2항에 따라 법인세 또는 소득세의 감면대상세액의 전액이 감면되는 동안은 세액의 전액을, 법인세 또는 소득세 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 동안은 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다"고 규정하고 있다. 
 라. 법인세법 
 구 법인세법 제98조 제1항 본문은 외국법인에 대하여 제93조 제2호의 규정에 따른 국내원천소득의 금액을 지급하는 자의 법인세 원천징수의무를 규정하고 있고, 같은 법 제93조 제2호는 "내국법인으로부터 지급받는 소득세법 제17조 제1항에 규정하는 배당소득"을 외국법인의 국내원천소득의 하나로 규정하고 있다. 또한, 구 법인세법 제91조는 외국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준을 정하면서, 제3항에서 "제1항에 해당하는 외국법인의 국내원천소득으로서 제98조 제1항에 따라 원천징수 되는 소득에 대한 법인세의 과세표준은 제93조 각 호의 구분에 의한 각 국내원천소득의 금액으로 한다"고 규정하고 있고, 제98조 제1항 제3호는 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수할 금액에 관하여 "제93조 제2호의 규정에 따른 소득에 있어서는 그 지급액의 100분의 20"을 규정하고 있다.
 4. 이 사건 각 처분의 위법 여부에 관한 판단 
 가. 관련 법리 
 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 또한, 우리나라가 가입한 조약의 해석에 관한 비엔나 협약 제26조, 제27조, 제31조는 "조약은 반드시 준수되어야 하고, 조약 불이행을 정당화하는 방법으로 국내법 규정을 원용해서는 안 되며, 조약의 문구는 그 통상적 의미에 따라 성실하게 해석되어야 한다"고 규정하고 있다는 점을 고려할 때, 이러한 조세법률주의원칙(내지 엄격해석 원칙)은 조세 법률의 일종인 조세조약에 있어서도 마찬가지로 적용된다고 봄이 타당하다(대전고등법원 2010. 10. 28. 선고 2010누755 판결 ).
 나. 관련 규정의 의미 
 1) 위 구 국제조세조정에 관한 법률 제29조 제1항 본문의 "조세조약상의 제한세율과 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 세율 중 낮은 세율을 적용한다"는 규정과 같은 법 제2조 제1항 제12호의 "제한세율이라 함은 조세조약에 따라 체약상대국의 거주자 또는 법인에 대하여 과세할 수 있는 최고세율"을 의미한다는 규정에 의하여 소외 3 회사의 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세에 대하여 구 법인세법상 원천징수세율인 20%와 한·헝가리 조세조약상 제한세율인 5% 중 낮은 세율인 5%가 적용되어, 곧바로 이 사건 배당금에서 감면대상 배당금을 제외한 과세대상 배당금에 한·헝가리 조세조약상 제한세율인 5%를 곱하는 방법으로 법인(원천)세액이 계산되어야 한다고 볼 수는 없고, 그 이유는 다음과 같다. 
 첫째, 위 구 국제조세조정에 관한 법률에서 규정한 ‘낮은 세율’인 조세조약상의 제한세율에 관한 규정 즉, 한·헝가리 조세조약 제10조 제2항의 문언을 보면 "부과되는 조세가 총 배당액의 5%를 초과하지 아니 하도록" 규정하고 있고, 구 법인세법 제98조 제1항 제3호의 "그 지급액의 100분의 20"과 같이 특정한 값으로 적용될 세율을 규정하지 않고 있다. 이는 조세조약의 내용 자체가 원천지국의 법률에 의한 과세를 전제로 하면서 거기에 단지 상한을 설정하는 기능을 하는 것이기 때문이다. 즉, 위 구 국제조세조정에 관한 법률과 한·헝가리 조세조약의 의미는 외국법인이 내국법인으로부터 지급받은 배당소득에 대하여 국내 법률에 따라 조세를 부과할 수 있되, 다만 최종 납부세액은 국내 법률에 따라 산정한 조세의 금액이 한·헝가리 조세조약이 과세의 상한으로 설정한 총 배당액의 5%를 초과하는지 여부를 확인하여, 초과하지 않는 경우에는 국내 법률에 따라 산정한 조세의 금액이 그대로 최종 납부세액이 되고, 그렇지 않고 국내 법률에 따라 산정한 조세의 금액이 총 배당액의 5%를 초과할 경우에는 총 배당액의 5%에 해당하는 금액이 최종 납부세액으로 결정된다는 의미라고 봄이 타당하다. 
 둘째, 구 국제조세조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항 본문은 "외국법인의 국내원천소득 중 배당에 대하여는 조세조약상의 제한세율과 다음 각 호의 1에 규정된 세율 중 낮은 세율을 적용한다"고 규정하고 있고, 같은 항 제1호는 "조세조약의 대상 조세에 주민세가 포함되지 아니하는 경우에는 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에서 규정하는 세율"을, 제2호는 "조세조약의 대상 조세에 주민세가 포함되는 경우에는 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에서 규정하는 세율에 구 지방세법 제176조 제2항의 세율을 반영한 세율"을 각 규정하여 조세조약상의 제한세율과 비교하여야 할 세율을 주민세가 포함된 경우와 포함되지 아니하는 경우로 나누어 규정하고 있고, 한·헝가리 조세조약의 대상 조세에는 주민세가 포함되어 있으므로(제2조 제3항 가.목), 결국 위 규정들에 따르면 소외 3 회사의 이 사건 배당금에 대하여는 구 법인세법상의 원천징수세율 20%에 구 지방세법상 법인세할의 표준세율 10% 를 반영한 세율 즉, 2%를 더한 세율이 한·헝가리 조세조약상의 제한세율 5%와 비교대상이 된다. 그런데 구 국제조세조정법 제29조 제1항은 위와 같이 비교한 세율 중 낮은 세율을 구체적으로 어떤 종류의 조세에 적용하여야 하는지 즉, 법인(원천)세 산정을 위한 세율로 적용하여야 하는지, 주민세 산정을 위한 세율로 적용하여야 하는지 아니면 법인(원천)세와 주민세를 합한 세율로 적용하여야 하는지 여부에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하다. 따라서 원고의 주장과 같이 한·헝가리 조세조약상의 제한세율 5%가 구 법인세법상의 원천징수세율 20%보다 낮은 세율이라고 하여, 주민세 산정을 위한 세율에 대해서는 언급하지 않은 채 이를 곧바로 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세 산정을 위한 세율로 적용한다는 것은 위 법률 조항의 문언의 한계를 넘는 해석으로 허용될 수 없다. 
 셋째, 위와 같이 한·헝가리 조세조약 제10조 제2항 가.목에 의하면 외국법인의 배당소득에 대하여 국내 법률에 따라 부과되는 조세는 총 배당액의 5%를 초과하여서는 아니 되고, 한·헝가리 조세조약은 대상 조세에 법인세와 주민세를 포함하고 있으므로, 결국 소외 3 회사의 배당소득에 대한 법인(원천)세액뿐만 아니라 주민세액을 합산한 세액은 총 배당액의 5%를 초과할 수 없게 되는 것이다. 그런데 원고의 주장과 같이 소외 3 회사의 배당소득에 대하여 한·헝가리 조세조약상의 제한세율 5%를 법인(원천)세 산정을 위한 세율로만 적용하게 된다면, 산술적으로 주민세액이 0원이 나오지 않는 이상 감면사업소득비율이 0%에 근접한 일부의 구간에서는 법인(원천)세액과 주민세액을 합산한 세액이 총 배당액의 5%를 초과하게 되는 경우가 발생하게 되는데, 이는 한·헝가리 조세조약을 위반하는 것이다[다만, 이 사건 배당금에 대하여는 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항의 조세감면규정이 적용되어 법인(원천)세액과 주민세액을 합산하더라도 그 세액이 총 배당액의 5%를 초과하지는 않으나, 이는 원고의 감면사업소득비율이 약 99%에 이르러 소외 3 회사가 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세액의 대부분을 감면받기 때문에 나타난 결과에 불과하다]. 또한 외국법인의 배당소득에 대한 법인(원천)세 산정 시에 적용되는 세율은 구 조세특례제한법상의 조세감면과 관계없이 국제조세조정에 관한 법률과 해당 조세조약에 의하여 결정되는 것인데, 원고의 계산방법은 조세감면규정이 적용되어 감면사업소득비율이 일정한 규모 이상인 경우에 한하여 조세조약이 정한 과세의 상한을 준수할 수 있게 된다는 점에서도 타당하지 아니하다[다만, 위에서 본 바와 같이 구 국제조세조정에 관한 법률이 2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되어 같은 법 제29조 제1항 제1호는 "조세조약의 대상 조세에 지방소득세 소득분이 포함되지 아니하는 경우에는 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에서 규정하는 세율"로, 제2호는 "조세조약의 대상 조세에 지방소득세 소득분이 포함되는 경우에는 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에서 규정하는 세율에 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정된 것) 제176조의12 제1항의 세율을 반영한 세율"로 각 변경되었고, 대상 조세에 법인세와 주민세만을 규정하고 있는 한·헝가리 조세조약은 변경되지 않고 그대로 있어 구 국제조세조정에 관한 법률이 변경된 이후에는 원고의 주장과 같이 과세대상 배당금에 5%를 곱하는 방법으로 법인(원천)세액을 계산하더라도 위와 같이 계산되는 주민세액을 별도로 감안할 필요가 없어 법인(원천)세액만으로는 과세대상 배당금의 5%를 초과하는 구간이 발생하지 않게 되었다고 볼 수 있으나, 이는 한·헝가리 조세조약이 대상 조세를 법인세와 주민세만을 규정하고 있어서 비롯된 것이지 구 국제조세조정에 관한 법률 제29조 제1항 본문과 한·헝가리 조세조약 제10조 제2항 가.목의 규정이 변경된 것이 아니므로 그 적용에 있어서는 구 국제조세조정에 관한 법률의 개정과 상관이 없다고 할 것이다]. 
 2) 한·헝가리 조세조약 제10조 제1항은 "일방체약국의 거주자인 법인이 타방체약국의 거주자에게 지급하는 배당은 동 타방체약국에서 과세될 수 있다"고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 "그러나, 그러한 배당은 또한 배당을 지급하는 법인이 거주자인 체약국에서 동 국의 법에 따라 과세될 수 있다. 다만, 수령인이 그 배당의 수익적 소유자인 경우에 그렇게 부과되는 조세는 다음을 초과하지 아니한다"고 하면서, 가.목에서 "그 수익적 소유자가 배당을 지급하는 법인의 자본의 최소한 25%를 직접 소유하는 법인인 경우에는 총 배당액의 5%"를 규정하고 있는데, 위 규정의 취지는 배당소득에 대하여 거주지국 과세 및 원천지국 과세를 모두 허용하되, 다만 이중과세를 최소화하고 국제투자를 촉진하기 위하여 제한세율의 한도 내에서만 원천지국 과세를 인정하며, 특히 배당의 수익적 소유자가 배당을 지급하는 법인의 자본의 최소한 25%를 직접 소유하는 법인인 경우에는 그와 같은 필요성이 크다고 보아 일반적인 경우보다 낮은 세율, 즉 5%의 제한세율을 적용하도록 한 것으로 볼 수 있다(대법원 2013. 5. 24. 선고 2012두24573 판결 참조). 이러한 한·헝가리 조세조약의 문언상 제한세율 5%의 적용대상은 ‘총 배당액’ 즉, 이 사건 배당금임이 명백하고(한·헝가리 조세조약의 영문본에도 ‘the gross amount of the dividend’라고 기재되어 있음), 이 사건 배당금에서 감면대상 배당금을 공제한 과세대상 배당금이라고 볼 수 없다. 
 3) 원고도 당초 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세액을 신고·납부할 당시에는, 이 사건 배당금에서 감면대상 배당금(비록 피고가 주장하는 방식과는 다르게 계산하였지만)을 공제한 나머지 과세대상 배당금에 한·헝가리 조세조약상 제한세율인 5%가 아니라 구 법인세법상 원천징수세율인 20%를 곱하여 계산하였다. 원고는 피고로부터 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세액을 경정·고지하는 이 사건 각 처분을 받게 되자, 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하면서 과세대상 배당금에 한·미 조세조약상의 제한세율인 10%를 적용하여야 한다고 주장하였다가, 이 사건 소송에 이르러서야 비로소 한·헝가리 조세조약상의 제한세율인 5%를 적용하여야 한다고 주장하였다. 이와 같은 원고의 주장 경위를 보면, 원고 스스로도 당초 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세를 계산할 때에는 과세대상 배당금에 구 법인세법상 원천징수세율인 20%를 곱하는 방식이 타당하다고 판단하였던 것으로 보인다.
 다. 원고가 주장하는 구체적 논거에 관하여 
 1) 구 국제조세조정법 기본통칙 등 과세관청의 유권해석과 관련된 주장 
 원고는, 이 사건 배당금이 지급될 당시 적용되던 구 국제조세조정에 관한 법률 기본통칙 29-0…1에서 감면소득에 대한 제한세율 적용에 대하여 "제한세율은 당해 총 배당액에 적용될 수 있는 최고 한도율이므로 배당액이 과세소득과 조세특례제한법 제121조의2의 규정에 의한 감면소득으로 혼합되어 있는 경우에는 그 배당액 별로 각각 제한세율을 적용하여 계산한 세액 합계액을 납부할 세액으로 한다"고 규정하였고, 과세관청도 위 기본통칙과 동일하게 "제한세율은 당해 총 배당액에 적용될 수 있는 최고 한도율이므로 배당액이 과세소득과 감면소득으로 혼합되어 있는 경우에는 그 배당액 별로 각각 제한세율을 적용하여 계산한 세액을 합계한 금액이 납부할 세액"이라고 해석하였는바(국조 1234-3464, 1978. 11. 21. 등), 결국 이러한 자료에 의하면 외국법인에 지급되는 국내원천 배당소득에 대하여는 법인세법이 규정하는 20%의 세율과 조세조약상의 제한세율 중 낮은 세율을 적용하여야 하고, 만일 국내원천 배당소득 중 다른 법률에 의해 과세되지 않거나 세액이 감면되는 부분이 있는 경우에는 비과세 또는 감면되는 부분을 제외한 배당소득 즉, ‘과세대상 배당소득’을 기준으로 법인세법상 세율 또는 제한세율 중 낮은 세율을 적용하여야 한다고 주장한다. 
 그러나 과세관청은 ‘비거주자·외국법인의 국내원천소득 과세제도 해설(2010)’을 발행하면서 "제한세율은 총액(gross amount)에 대하여 적용되는 것", "조세특례제한법에 의한 배당소득 감면을 받는 경우에는 조세조약상의 제한세율을 적용한 세액과 국내세법의 세율을 적용 후 감면한 세액 중 적은 금액을 원천징수하면 됩니다"라는 문구를 기재하기도 하였고, "조세특례제한법 제121조의2 제3항의 적용을 받는 외국인투자가의 배당소득에 대한 원천세 산정에 관하여 조세특례제한법 제121조의2의 적용을 받는 외국인투자기업이 국내사업장이 없는 외국투자가의 배당소득에 대하여 원천징수하는 금액은 같은 법 제121조의2에 의한 배당소득에 대한 감면 후의 세액과 조세협약상 제한세율을 적용한 세액 중 적은 금액을 원천징수하는 것"이라고 해석을 한 바도 있다(서면인터넷방문상담2팀-72, 2005.01.10., 제도46017-11837, 2001.07.02., 서면인터넷방문상담2팀-1858, 2006.09.20. 참조). 
 또한, 위 구 국제조세조정에 관한 법률 기본통칙 29-0…1 문언 중 ‘제한세율은 당해 총 배당액에 적용될 수 있는 최고 한도율’이라는 부분은 오히려 피고가 일관되게 주장하는 바이고, "제한세율은 당해 총 배당액에 적용될 수 있는 최고한도율이므로 배당액이 과세소득과 조세특례제한법 제121조의 2의 규정에 의한 감면소득으로 혼합되어 있는 경우에는 그 배당액 별로 각각 제한세율을 적용하여 계산한 세액 합계액을 납부할 세액으로 한다"라는 부분을 과세소득과 감면소득 별로 각각 제한세율을 적용하여 계산한 세액의 합계액 즉, 총 배당액(= 감면대상 배당금 + 과세대상 배당금)에 제한세율 5%를 곱한 금액이 국내 법률에 따라 산정한 조세의 금액보다 적을 경우에는 그 금액이 최종 납부세액으로 결정된다는 의미라고 해석한다면 오히려 피고의 주장과 부합한다고 볼 여지도 있다 . 
 2) 구 조세특례제한법 시행령의 개정과 관련된 주장 
 2013. 2. 15. 신설된 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 일부 개정된 것) 제116조의2 제13항은 "법 제121조의2 제3항에 따른 외국투자가의 배당금등에 대한 법인세 또는 소득세의 감면액은 해당 외국인투자기업의 각 과세연도 소득 중 감면대상사업에서 발생한 소득의 비율에 따른 배당금등에 대한 법인세 또는 소득세에 해당 과세연도의 감면율을 곱하여 계산된 금액으로 하되, 조세조약에 따른 제한세율이 적용되는 외국투자가의 경우에는 감면을 적용한 후의 전체 배당금등에 대한 법인세 또는 소득세와 국제조세조정에 관한 법률 제29조에 따라 전체 배당금등에 대하여 제한세율을 적용하여 계산한 법인세 또는 소득세 중 적은 금액을 해당 배당금등에 대하여 납부할 세액으로 한다"는 규정을 신설하고, 부칙 제15조에서 위 신설규정은 개정 시행령 시행 후 배당을 받는 분부터 적용한다고 명시하였다. 
 원고는 위 시행령 규정의 개정 전 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항에 따라 법인세 감면이 이루어지는 경우에는 원고의 주장과 같은 계산방법에 따라야 한다고 주장하면서, 과세관청에서도 2013년 발행된 국세청 개정세법 해설에서 "2013. 2. 15. 이전 배당을 받는 경우에 대하여는 총 배당액을 과세소득분과 감면소득분으로 각각 구분하고 제한세율을 적용하여 납부세액을 산출하고, 2013. 2. 15. 이후 배당을 받는 분에 대하여는 감면 후 배당세액과 총 배당액을 기준으로 제한세율을 적용한 금액 중 적은 금액을 납부세액으로 산출"하도록 하여 외국투자가의 배당에 대한 납부세액 계산방식을 ‘개선’하기 위하여 시행령 규정이 신설되었음을 분명히 하였다고 한다. 
 그러나 2013년 발행된 국세청 개정세법 해설의 "총 배당액을 과세소득분과 감면소득분으로 각각 구분하고 제한세율을 적용하여 납부세액을 산출"이라는 문구를 위에서 본 바와 같이 과세소득과 감면소득 별로 각각 제한세율을 적용하여 계산한 세액의 합계액 즉, 총 배당액(= 감면대상 배당금 + 과세대상 배당금)에 제한세율(5%)을 곱한 금액이 국내 법률에 따라 산정한 조세의 금액보다 적을 경우에는 그 금액이 최종 납부세액으로 결정된다는 의미라고 해석한다면, 기획재정부가 개정취지에서 밝힌 바와 같이 위 시행령 규정은 배당소득에 대한 감면 적용방법을 ‘명확화’하기 위하여 개정된 것으로 볼 수 있고, 위 구 조세특례제한법 시행령과 부칙의 경과규정만으로 위 시행령이 시행되기 이전에 배당을 받은 이 사건 배당금에 대하여 반드시 원고의 주장과 같이 계산해야 한다고 단정할 수 없다. 또한 위에서 언급한 서면인터넷방문상담2팀-72, 2005.01.10., 제도46017-11837, 2001.07.02., 서면인터넷방문상담2팀-1858, 2006.09.20. 등과 같이 구 조세특례제한법 시행령 제116조의2 제13항의 신설 전에도 피고의 주장과 같은 유권해석이 개별적인 질의회신을 통해 수년간 공표되었던 것도 사실이어서, 위 2013년 발행된 국세청 개정세법 해설만으로 원고가 주장하는 방식이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 관행이라고 볼 수도 없다. 
 3) 과세표준을 달리하여 과세범위를 부당하게 확대한다는 주장 
 원고는, ‘조세조약이라 함은 일정한 거래 등에 관하여 여러 국가의 과세권이 문제될 때 이들 국가의 과세권을 조정함으로써 이중과세와 조세회피를 방지하고, 이를 통하여 국제거래의 여건을 조성하기 위하여 체결되는 것이므로, 원칙적으로 독자적인 과세권을 창설하는 것이 아니라 각국의 세법에 의하여 이미 창설된 과세권을 배분하거나 제약하는 기능을 하여야 하고’, 또한 ‘조세조약은 국내 세법에 의하여 이미 발생한 과세권을 규율 대상으로 하므로 조세조약의 일방체약국의 조세에 대하여 조세조약을 적용함에 있어서는 조세조약에서 달리 정의하는 경우이거나 문맥상 달리 해석하여야 하는 경우가 아닌 한, 그 국가의 과세권의 근거가 되는 국내 세법의 규정에 내포된 의미대로 적용되는 것’으로 보아야 하는데, 피고의 주장에 따르면 국내 세율이 적용되는 과세표준은 감면 후 배당금을 기준으로 하는 반면, 한·헝가리 조세조약상 제한세율이 적용되는 과세표준은 감면 전의 배당금을 기준으로 한다는 것으로서, 이는 세법상 근거 없이 한·헝가리 조세조약에 근거하여 과세범위를 부당하게 확대하는 것이라고 주장한다. 
 그러나 피고가 주장하는 방식의 계산에서 국내 세율이 적용되는 과세표준은 감면 후 배당금이 되는 것이 분명하고, 다만 한·헝가리 조세조약상 제한세율이 적용되는 감면 전의 배당금은 과세표준이 아니라 국내 법률에 따라 산정한 조세의 상한으로서만 기능하는 것이라고 할 것이므로 이를 두고 한·헝가리 조세조약에 근거하여 과세범위를 부당하게 확대한다고 할 수 없다.
 4) 피고의 주장이 구 조세특례제한법의 목적과 취지에 반한다는 주장 
 원고는, 피고의 주장에 따르면 감면사업소득비율이 일정 비율을 초과하지 아니하는 한 감면사업소득으로부터 발생한 배당금에 대한 법인(원천)세 감면 효과가 발생하지 않게 되는바, 이는 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항의 목적과 취지에 정면으로 반한다고 주장한다. 즉, 아래의 표와 같이 감면사업에서 발생한 소득이 전혀 없고(감면사업소득비율 0%), 감면 전 배당금이 100(= 과세대상 배당금 100)이라고 가정할 경우, 원고 또는 피고 어느 쪽 주장에 따르더라도 해당 배당금에 대하여 납부하여야 할 법인(원천)세액은 5로 동일하게 되는데[원고 주장에 따르면 과세대상 배당금 100에 제한세율 5%를 적용한 금액인 5가 법인(원천)세액이 되고, 피고 주장에 따르더라도 (i) 총 배당금 100에 제한세율 5%를 적용한 금액(= 5)과 (ii) 과세대상 배당금 100에 법인세율 20%를 적용한 금액(= 20) 중 적은 금액인 5가 법인(원천)세액이 된다], 감면사업소득비율이 0%부터 10%씩 증가함에 따라(즉, 과세대상 배당금이 10%씩 감소함에 따라), 원고의 주장에 의하면 구 조세특례제한법에 따라 감면되는 금액을 제외한 과세대상 배당금에 5%의 제한세율을 적용하여 법인(원천)세가 산정되므로 감면사업소득비율에 정비례하여 납부할 법인(원천)세가 감소하는 결과가 되는데 반하여, 피고가 주장하는 방식에 따르면 과세대상 배당금에 법인세율 20%를 곱한 금액이 감면 전 배당금에 제한세율 5%를 곱한 금액보다 적게 되는 시점에서야 비로소 법인(원천)세가 감소하게 되므로, 감면사업소득비율이 전체 소득의 75%를 초과하는 시점부터 감면사업소득비율에 비례하여 법인(원천)세 감소효과가 발생하여 감면사업소득비율을 고려하여 배당금에 대한 법인(원천)세액을 감면하도록 규정한 구 조세특례제한법 제121조의2의 목적과 취지에 맞지 않는다는 것이다. 
 
 그러나 원고의 주장과 같이 감면사업 소득비율에 정비례하여 반드시 납부할 법인(원천)세가 감소하는 결과가 되어야만 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항의 목적과 취지에 부합한다고 볼 만한 아무런 근거가 없다. 오히려 아래의 표에서 보는 바와 같이 원고가 주장하는 방식은 한·헝가리 조세조약 제10조와 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항에서 유리한 부분만 선택적으로 취한 것으로서, 한·헝가리 조세조약에 따른 제한세율이 과세의 상한으로서의 기능을 전혀 하지 않는다고 볼 수 있다. 또한, 원고가 주장하는 제한세율 산정방식은 법령의 명시적인 근거 없이 제한세율의 적용에 있어서 조세조약상 ‘총 배당액’을 ‘과세대상 배당금’으로 축소해석함으로써 외국투자가에 부여되는 감면 혜택을 부당히 넓힌다고 할 것이어서 조세법률주의에도 반한다. 
 
 5) 감면사업소득과 과세사업소득이 동시에 발생한다는 사정만으로 배당금에 대해 더 많은 세액을 부담시킨다는 주장 
 원고는, 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항은 감면사업에서 발생한 소득이 외국투자가에게 배당되었을 경우 그 외국투자가가 받은 배당금에 대한 법인(원천)세를 감면함으로써 고도기술 수반사업 등 감면사업에 대한 외국인 투자를 촉진하기 위한 규정으로서, 외국인투자법인이 원천징수하여 납부할 법인(원천)세는 배당금의 원천이 되는 감면사업소득의 많고 적음에 따라 결정되어야 하지 외국인투자기업의 사업구조에 따라 결정되어서는 아니 되는데, 피고의 주장에 따라 감면사업소득을 원천으로 한 배당금에 대하여 법인(원천)세를 산정하게 되면, 외국투자가가 동일한 배당금을 (i) 과세사업소득 또는 감면사업소득만이 발생한 별개의 기업으로부터 분할하여 받는 경우와 (ii) 과세사업소득과 감면사업소득이 동시에 발생한 하나의 기업으로부터 받는 경우에 부담하는 법인(원천)세액이 서로 달라지게 되어, 결국 외국인투자기업에 구 조세특례제한법상 과세사업소득과 감면사업소득이 동시에 발생한다는 우연한 사정만으로 배당금에 대해 더 많은 세액을 부담시키는 불리한 결과가 발생하여 감면사업에서 발생한 소득을 원천으로 한 배당금에 대해 조세감면을 적용하는 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항 규정의 취지에 배치된다고 주장한다. 
 즉, 아래의 표와 같이 가령 외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금이 총 100이고, 이 중 구 조세특례제한법상 감면사업소득을 원천으로 한 배당금이 50, 감면되지 않는 사업소득(과세사업소득)을 원천으로 한 배당금이 50으로 그 실질이 동일한 경우라 하더라도, 피고의 주장에 따르면 (i) 외국투자가가 과세사업소득 또는 감면사업소득만 발생한 별개의 기업으로부터 각 50의 배당금을 받는 경우에는 합계 2.5[계산식은 과세소득기업에 대하여는 과세대상 배당금 50 × 법인세율 20%(= 10)과 전체배당금 50 × 제한세율 5%(= 2.5) 중 적은 금액인 2.5가 되고, 감면소득기업에 대하여는 100% 감면되는 것으로 보아 0의 법인(원천)세이 최종 납부할 세액이 됨]의 법인(원천)세를 납부하여야 하는 반면, (ii) 과세사업소득과 감면사업소득이 동시에 발생한 기업으로부터 배당금을 지급 받는 경우에는 합계 5[계산식은 과세대상 배당금 50 × 법인세율 20%(= 10)과 전체배당금 100 × 제한세율 5%(= 5) 중 적은 금액인 5가 최종 법인(원천)세의 세액이 됨]의 법인(원천)세를 납부하여야 하므로, 외국인투자기업에서 과세사업소득과 감면사업소득이 동시에 발생한다는 우연한 사정만으로 배당금에 대해 더 많은 세액을 부담한다는 것이다. 
 
 그러나 위와 같은 사례에서 외국투자가가 부담하는 법인(원천)세액이 서로 달라지게 되는 이유는, (i) 외국투자가가 과세사업소득 또는 감면사업소득만 발생한 별개의 기업으로부터 각 50의 배당금을 받는 경우에는 기업별로 산정되는 총 배당액이 각 50이기 때문에 제한세율 5%가 적용되어 과세의 상한이 각 2.5가 되고, (ii) 과세사업소득과 감면사업소득이 동시에 발생한 기업으로부터 배당금을 지급 받는 경우에는 총 배당액이 100이기 때문에 제한세율 5%가 적용되어 과세의 상한이 5가 되기 때문에 발생하는 것으로, (ii)의 경우와 달리 (i)의 경우에는 총 배당액이 기업별로 나누어지기 때문에 생기는 자연스러운 결과에 지나지 않는다. 따라서 이를 두고 투자대상기업의 소득 구조에 따라 외국인투자가가 납부해야 할 세액이 왜곡되는 부당한 결과가 발생함으로 인하여 당초 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항이 예정한 법인(원천)세 감면의 취지와도 배치된다고 할 수 없다. 또한, 구 조세특례제한법 제121조의2 제2항 및 제3항에 의하면, 외국인투자기업에 대한 법인세는 감면사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하고, 외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금에 대한 법인(원천)세는 해당 외국인투자기업의 감면사업소득비율에 따라 감면하므로, 외국투자가로서는 감면사업소득만 발생하는 기업에 투자하는 것이 과세사업소득과 감면사업소득이 동시에 발생하는 기업에 투자하는 것보다 훨씬 유리하다. 왜냐하면 외국인투자기업이 감면사업만 수행하는 경우 구 조세특례제한법 제121조의2 제2항에 따라 법인세액의 전액을 감면받을 수 있으므로 외국투자가는 법인세가 차감되지 않은 배당가능이익을 기초로 배당을 받을 수 있고, 다시 외국투자가는 구 조세특례제한법 제121조의2 제3항에 따라 해당 기업으로부터 지급받은 배당금에 대하여 법인(원천)세액의 전액을 감면받을 수 있기 때문이다. 실제로 소외 3 회사가 750억 원을 투자하여 이 사건 감면사업을 수행한 원고도 2006 사업연도와 2007 사업연도에 각 감면사업소득비율이 0.9997과 0.9984이었고, 이에 따라 소외 3 회사는 거의 대부분이 감면사업에서 발생하는 소득으로 지급받은 이 사건 배당금에 대하여 법인(원천)세액을 감면받을 수 있었던 점에 비추어 보면, 외국투자가가 위 사례에서와 같이 과세사업소득과 감면사업소득이 각 50씩 동시에 발생하는 기업에 투자하는 경우는 현실적으로 찾기 어려울 것으로 보인다. 따라서 위와 같은 외국인투자기업의 소득구조에 관한 가정적 상황을 이유로 원고의 주장이 타당하다고 볼 수도 없다.
 라. 소결 
 따라서 구 국제조세조정에 관한 법률 제29조 제1항 본문의 "조세조약상의 제한세율과 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 세율 중 낮은 세율을 적용한다"는 규정과 같은 법 제2조 제1항 제12호의 "제한세율이라 함은 조세조약에 따라 체약상대국의 거주자 또는 법인에 대하여 과세할 수 있는 최고세율"을 의미한다는 규정에 의하여 소외 3 회사의 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세에 대하여 구 법인세법상 원천징수세율인 20%와 한·헝가리 조세조약상 제한세율인 5% 중 낮은 세율인 5%가 적용되어, 곧바로 이 사건 배당금에서 감면대상 배당금을 제외한 과세대상 배당금에 한·헝가리 조세조약상 제한세율인 5%를 곱하는 방법으로 법인(원천)세액이 계산되어야 한다고 볼 수는 없다. 
 결국 피고의 주장과 같이 이 사건 배당금 중 과세대상 배당금에 구 법인세법상 원천징수세율 20%를 적용한 후 그 세액이 한·헝가리 조세조약이 과세의 상한으로 정한 총 배당액의 5%를 초과하지 않음을 확인하여 최종 납부세액으로 결정한 피고의 이 사건 각 처분은 적법하다고 할 것이다. 
 5. 결론 
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각한다.

판사 신동헌(재판장) 문봉길 이흥주