양도소득세부과처분취소 (세무, 춘천지방법원)
공포일: 2005.12.15 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 춘천세무서장
【변론종결】2005. 11. 17.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】피고가 2004. 9. 10. 원고에 대하여 한 양도소득세 208,982,757원의 부과처분 중 141,191,130원을 초과하는 부분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 각 인정할 수 있다.
 가. 원고는 1992. 10. 8.소외 2로부터 1992. 9. 2. 매수한 서울 강남구 대치동 670 도곡 고층아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)(동 호수 생략)호(전용면적 94.91㎡, 이하 ‘기존주택’이라고 한다)에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마치고 그 무렵부터 기존주택에서 거주하여 왔다.
 나. 원고는 이 사건 아파트를 재건축하기 위하여 설립된 대치주공고층아파트재건축조합(이하 ‘재건축조합’이라고 한다)의 조합원으로서 2001. 8. 11. 재건축조합과 사이에 원고가 재건축조합에 기존주택을 신탁함과 아울러 청산금 149,890,000원을 추가로 납부하고, 재건축조합은 원고에게 향후 재건축될 동부센트레빌(동 호수 생략)호(전용면적 161.47㎡, 이하 ‘분양주택’이라고 한다)를 분양하는 내용의 아파트 공급계약을 체결하였다.
 다. 원고는 분양주택이 완공되기 이전인 2004. 3. 31.소외 1에게 분양주택에 입주할 수 있는 권리(이하 ‘이 사건 분양권’이라고 한다)를 1,850,000,000원에 매도하였고(잔금은 2004. 4. 20. 지급 받았다), 2004. 6. 24. 피고에 대하여 이 사건 분양권의 양도로 인한 양도차익 1,393,494,357원{＝양도가액 1,850,000,000원 － 취득가액 442,567,243원 － 필요경비 13,938,400원} 중 고가주택(주택 및 이에 부수하는 토지의 양도당시 실지거래가액의 합계액이 600,000,000원을 초과하는 것)에 해당하는 양도차익 941,550,241원{＝1,393,494,357원 × (1,850,000,000원－600,000,000원) / 1,850,000,000원}에서 기존주택의 면적을 기준으로 한 공제율 50%{1세대 1주택으로서 보유기간이 10년 이상이고 전용면적이 149㎡(이하 ‘기준면적’이라고 한다) 미만인 주택에 대하여 적용되는 공제율이다}를 적용하여 산정한 장기보유특별공제액 470,775,120원(＝941,550,241원 × 50%)을 공제하여 산출한 양도소득금액에 대한 양도소득세로 156,879,043원[＝17,100,000원 ＋ {941,550,241원(양도차익) － 470,775,120원(장기보유특별공제액) － 2,500,000원(기본공제) － 80,000,000원} × 36%(세율),구 소득세법(2004. 12. 31. 법률 제7289호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제1호,제55조 제1항 참조]을 신고하였고, 위 양도소득세액에서 예정신고납부세액공제(양도소득세액의 10% 공제)를 하고 남은 141,191,130원(＝156,879,043원 － 15,687,904원,국고금관리법 제47조에 의하여 10원 미만은 버린 금액임)을 납부하였다.
 라. 이에 대하여 피고는 이 사건 분양권은 부동산을 취득할 수 있는 권리로서 이에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다는 이유로, 이 사건 분양권의 양도로 인한 양도차익을 기존주택의 양도차익(240,296,938원)과 이 사건 아파트의 재건축사업 승인일인 2004. 4. 28.부터 이 사건 분양권의 양도일까지 사이에 발생한 이 사건 분양권의 양도차익(1,129,003,100원)으로 구분하여 각 산정{위 각 양도차익은 피고가소득세법(이하 ‘법’이라고 한다)시행령 제166조 제1항에 의하여 산정한 금액으로 보인다}한 후 기존주택의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제율 50%를 적용하여 양도소득금액을 산출한 다음 원고가 신고, 납부한 양도소득세 156,879,043원을 양도소득세 289,587,920원(위 예정신고납부세액공제액인 15,687,904원이 공제된 금액이다)으로 증액하는 결정(이하 ‘증액결정’이라고 한다)을 하였고, 2004. 9. 10. 원고에 대하여, 위와 같이 새로이 산출된 양도소득세액에서 원고가 자진납부한 세액을 공제한 148,396,790원을 추가로 납부할 것을 고지하는 처분을 하였다.
 마. 원고는 피고의 증액결정에 불복하여 2004. 12. 3. 국세심판원에 심판청구를 하였고, 국세심판원은 2005. 3. 10. 이 사건 분양권은 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당하나, 1세대 1주택자인 원고가 기존주택을 제공하고 취득한 것으로서소득세법시행령 제155조 제16항에 의하여 1세대 1주택으로 의제되므로, 이 사건 분양권의 양도차익 전부에 대하여 장기보유특별공제를 적용하되, 분양주택의 면적이 기준면적을 초과하는 이상 그 공제율은 30%를 적용하는 계산방식에 따라 증액결정의 과세표준 및 세액을 경정한다는 취지의 결정을 하였다.
 바. 피고는 2005. 3. 15. 국세심판원 결정에 따라 당초 증액결정된 양도소득세 289,587,920원을 이 사건 분양권의 양도로 인한 총 양도차익 1,393,494,357원 중 고가주택에 해당하는 양도차익 941,550,241원에서 분양주택의 면적을 기준으로 하여 공제율 30%(1세대 1주택으로서 보유기간이 10년 이상이고 기준면적을 초과하는 주택에 대하여 적용되는 공제율이다)를 적용하여 산정한 장기보유특별공제액 282,465,072원(＝941,550,241원 × 30%)을 공제하여 산출한 양도소득금액에 대한 양도소득세 208,982,750원으로 감액경정(이하 208,982,750원으로 감액된 피고의 2004. 9. 10.자 양도소득세 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다. 
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는, 이 사건 분양권에 의하여 장차 입주하게 될 분양주택의 면적은 분양주택이 준공된 후 실제로 분양주택에 입주하였을 때에 실현되는 것으로서 원고가 이 사건 분양권을 양도할 당시에는 분양주택의 면적에 대한 권리가 확정되지 아니한 상태였고, 원고가 10년 이상 거주한 곳은 분양주택이 아닌 기준면적 미만의 기존주택으로서 부동산을 취득할 수 있는 권리인 분양권을 1세대 1주택으로 의제하는 취지는 장기보유자의 양도소득세 부담을 완화하여 주기 위한 것인 점, 국세청은 예규에서 장기보유특별공제액 산정의 기초가 되는 기준면적은 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 제공한 기존주택의 면적을 기준으로 판정하여야 한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 1세대 1주택으로 의제되는 분양권의 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제함에 있어 공제율을 선택하기 위한 기준면적은 객관적이고 확실한 면적을 산정할 수 있는 기존주택의 면적을 기준으로 판정하여야 할 것이므로, 이와 달리 확정되지 아니한 분양주택의 면적을 기준으로 하여 공제율 30%를 적용하여 장기보유특별공제액을 산정한 이 사건 처분은소득세법 제95조 제2항에 정한 기준면적의 판정에 관한 잘못된 해석을 전제로 한 것으로서 위법하다고 주장한다.
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 이 사건의 쟁점은법시행령 제155조 제16항에 의하여법시행령 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택(이하 ‘1세대 1주택’이라고 한다)으로 의제되는 분양권의 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제함에 있어 장기보유특별공제액 산정의 기준이 되는 공제율을 기존주택의 면적을 기준으로 할 것인지 아니면 분양주택의 면적을 기준으로 할 것인지 여부에 있다고 할 것이고,법 제89조 제3호,제94조 제1항,95조 제1항,제2항,제3항은 토지 또는 건물의 양도로 인한 양도소득금액은 위와 같은 양도로 인한 총수입금액(양도가액)에서 필요경비를 공제하고, 다시 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 하며, 장기보유특별공제액은 양도되는 자산이 토지 또는 건물로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 당해 자산의 보유기간 등에 따라 공제율을 적용하되, 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 경우에는 양도차익의 100분의 30의, 당해 자산이 기준면적 미만의 1세대 1주택으로서 그 보유기간이 10년 이상인 경우에는 양도차익의 100분의 50의 공제율을 적용하여 산정하도록 규정하고 있고(다만,법 제95조 제3항,법시행령 제160조 제1항은 1세대 1주택으로서 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시 실지거래가액의 합계액이 600,000,000원을 초과하는 고가주택에 대하여는 600,000,000원을 초과하는 부분에 대하여만 양도차익 및 장기보유특별공제액을 산정하도록 규정하고 있다),법 제94조 제1항 제2호,법시행령 제155조 제16항은 도시및주거환경정비법에 의한 주택재건축사업 등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 위와 같이 입주자로 선정된 지위가 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대 1주택으로 보도록 규정하고 있다.
 (2) 그러므로 살피건대, 이 사건 분양권은 분양주택을 취득할 수 있는 권리로서 원칙적으로 장기보유특별공제가 적용되지 아니하나,법시행령 제155조 제16항에 의하여 1세대 1주택으로 의제됨으로써 장기보유특별공제는 기존주택이 아닌 위와 같이 의제된 이 사건 분양권에 대하여 적용되는 점, 이 사건에 있어서 양도소득세 발생의 근거가 되는 양도소득은 기존주택의 양도로 인한 것이 아니라 이 사건 분양권을 양도함으로써 발생한 것인 점, 원고가 기존주택을 장기간 보유함으로 인하여 발생한 양도차익과 이 사건 분양권에서 발생한 양도차익(고가주택에 해당하는 양도차익)의 비율은 약 2.5 : 7.5(피고가 증액결정을 할 당시 구분하여 산정한 기존주택 및 분양권의 각 양도차익을 근거로 한 비율이다)로서 이 사건 분양권의 양도로 인한 총 양도차익의 대부분이 기존주택의 장기보유와는 무관하게 이 사건 분양권에서 발생한 것인 점, 원고가 재건축조합으로부터 분양주택을 분양받을 당시 이미 분양주택의 동호수 및 그 면적이 확정되어 있었음은 앞서 인정한 바와 같으므로, 분양주택의 면적이 분양주택이 준공된 후 실제로 분양주택에 입주할 때에 확정되는 것이라고 보기는 어려운 점, 원고가 들고 있는 국세청 예규는 행정청 내부의 사무처리준칙으로서 법원 및 일반국민에 대한 구속력이 없는 것일 뿐만 아니라 재건축 조합원이 분양권을 양도한 경우에 있어서 기존주택의 양도차익과 분양권의 양도차익을 구분하여 산정한 후 기존주택의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용함을 전제로 한 것으로서 그 전제를 달리하는 이 사건에 적용될 수는 없다고 할 것인 점, 만일, 원고가 주장하는 바와 같이 1세대 1주택으로 의제되는 기준면적을 초과하는 분양권의 양도차익에서 공제되는 장기특별공제액을 산정함에 있어 기준면적 미만의 기존주택의 면적을 기준으로 공제율을 선택할 경우, 분양권을 양도하는 경우에는 위 기존주택의 면적을 기준으로 한 보다 높은 공제율(이 사건의 경우에는 50%)이 적용되는 반면에 완공 이후 또는 입주 이후의 분양주택을 양도하는 경우에는 분양주택의 면적을 기준으로 보다 낮은 공제율(이 사건의 경우에는 30%)이 적용되는 결과가 되어 장기간 보유한 자산의 양도로 인하여 얻은 소득에 대하여 과세상 우대하기 위하여 마련된 장기보유특별공제의 취지에 부합하지 아니할 뿐만 아니라 이 사건과 같이 1세대 1주택으로서 기존주택의 면적은 기준면적 미만이고 분양주택의 면적은 기준면적을 초과하는 경우 1세대 1주택으로 의제되는 분양권을 양도하느냐 아니면 당해 분양권이 실현된 완공 이후 또는 입주 이후의 분양주택을 양도하느냐 하는 우연한 사정에 의하여 양도소득세액이 달라지게 되는 불합리한 결과가 발생하는 점{이 사건의 경우 분양주택의 면적을 기준으로 하는 경우와 기존주택의 면적을 기준으로 하는 경우의 양도소득세 차액은 67,791,620원{＝ 208,982,750원(이 사건 처분의 양도소득세액) － 141,191,130원(원고가 납부한 양도소득세액)에 달한다} 등에 비추어 볼 때 이 사건 분양권의 양도차익에서 공제되는 장기보유특별공제액을 산정함에 있어 기준면적을 초과하는 분양주택의 면적을 기준으로 한 공제율인 100분의 30을 적용하여야 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은법 제95조 제2항,법시행령 제106조 제1항 제2호에 따른 적법한 처분이라고 할 것이다.
3. 결론
 그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 홍승철(재판장) 송혜정 안복열