종합소득세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2004.09.24 / 시행일:

【원고, 항소인】 
【피고, 피항소인】 종로세무서장
【제1심판결】 인천지방법원 2003. 5. 1. 선고 2001구2532 판결
【변론종결】2004. 8. 27.
【주 문】
1. 제1심 판결 중 다음에서 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.
 피고가 2000. 5. 27. 원고에 대하여 한 종합소득세 1998년 귀속 122,119,520원 중 121,185,776원을 초과하는 부분에 대한 부과처분을 취소한다. 
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】제1심 판결을 취소한다. 피고가 2000. 5. 27. 원고에 대하여 한 종합소득세 1995년 귀속 27,024,110원, 1996년 귀속 82,861,890원, 1997년 귀속 108,163,220원, 1998년 귀속 122,119,520원의 부과처분(이하 이 사건 부과처분이라고 하고 개별적으로는 각 이 사건 1995년도 부과처분 등이라고 한다)을 각 취소한다.
【이 유】1. 부과처분의 경위
【증거】다툼 없는 사실, 갑42-45호증, 3호증의 1-7, 을1-4호증(가지번호 포함)
 가. 원고는 1994. 2.경부터 인천 남동구(상세지번 생략) 위에 건물 7동을 소유하면서(상호 생략)이라는 상호로 부동산임대업을 해 온 사업자로서, 1995년부터 1998까지의 부동산소득금액으로 별지 1. 종합소득세 계산표의 ‘부동산소득신고’란 기재 각 금원을 신고하였다.
 나. 서울지방국세청장은 1999. 10. 15.부터 같은 해 11. 30.까지 원고에 대한 특별세무조사(이하 이 사건 세무조사라고 한다)를 실시한 결과 원고가 1995년부터 1998년까지 임대수입의 신고를 누락하고, 부동산임대업과 무관한 급여와 임차인이 부담한 수도광열비 부분까지 필요경비로 신고하였음을 밝혀내고 피고에게 과세자료를 통보하였다. 
 다. 이에 피고는 위 과세자료를 근거로 위 계산표의 ‘누락 임대수입’란 기재 각 금원을 총수입금액에 산입하고, 위 계산표의 ‘필요경비불산입’란 기재 각 금원을 필요경비에 불산입하여(단, 청소용역비, 지급이자 등은 필요경비에 산입하였다) 종합소득세 과세표준을 경정한 다음 2000. 5. 27. 경정된 과세표준을 기초로 산출된 종합소득세액에서 원고가 이미 납부한 종합소득세액을 공제한 나머지 금액인 위 계산표의 ‘고지세액’란 기재 각 금액을 결정ㆍ고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 ⑴ 서울지방국세청장은 1999. 10. 15. 원고의 사업장에서 원고의 예치동의서도 받지 아니하고 임대관련서류 일체를 압수한 후 이를 근거로 이 사건 세무조사를 하였는바, 이는 세무조사의 절차가 위법한 경우에 해당하므로 위 세무조사 결과에 근거한 이 사건 부과처분은 위법하다.
 ⑵ 남동세무서장은 1998년 경 이미 원고의 1995년 1기부터 1998년 1기까지의 부가가치세 및 개인제세에 대한 세무조사를 실시하였는바, 이 사건 세무조사 중 위에 해당하는 부분은 조세탈루의 명백한 자료도 없이 같은 세목, 같은 과세기간에 대하여 중복하여 실시한 위법한 조사에 해당하므로, 위 세무조사 결과에 근거한 이 사건 1995년도부터 1997년도 부과처분은 위법하다. 
 ⑶ 피고는, 원고로부터 예치해간 1998년 업무노트에 기재된 임대수입을 근거로 1995년부터 1997년까지의 종합소득세 과세표준을 산정하는 등 원고의 임대수입 탈루액을 과다계상하고, 원고가 실제로 이 사건 임대사업과 관련하여 지출한 비용 중 1995년부터 1998년까지 원고의 운전기사인 소외1에게 지급한 급여 54,600,000원 및 직원들에 대한 상여금 28,528,000원을 제외하는 등 일부 비용에 대한 손금산입을 부인하는 위법을 범하였다. 또 피고는, 원고와 임차인들이 1998년에 부담한 수도광열비의 비율을 근거로 원고가 신고한 1995년 1기부터 1997년 2기까지의 수도광열비 중 일부를 손금불산입하였으나, 이는 근거자료 없이 한 것으로 위법하다.
 나. 관련 법령
 별지 2. 관련 법령 기재와 같다.
 다. 원고의 첫 번째 주장에 관하여
 ⑴ 인정사실
 을6호증의 1-5각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 서울지방국세청 조사반 소속 직원은 1999. 10. 15. 원고의 사업장인 인천 남동구(상세지번 생략) 소재(상호 생략) 사무실에서 현장에 있던 관리책임자소외 2에게 이 사건 세무조사와 관련하여 조사자, 조사대상, 조사유형, 조사기간, 조사범위 및 조사방법이 기재되어 있는 서울지방국세청장 직인이 날인된 조사원증을 제시하여 신분을 밝힌 후 세무조사통지서, 납세자권리헌장, 납세자가 알아야 할 사항 등의 서류를 교부하면서 이 사건 세무조사의 이유를 설명하고, 사무실에 부재 중인 원고에게는 전화로 세무조사의 이유를 설명한 다음 조사에 착수한 사실, 위 조사반 소속 직원은소외 2가 입회한 상태에서 임대사업 관련 장부, 예금통장, 임대차계약서 등을 검토한 후 보관증을 교부하고 원고의 임대사업 관련자료를 교부받아 예치한 사실을 인정할 수 있고 이에 반하는 갑54호증의 일부 기재는 믿기 어려우며 갑41호증의 1-4의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없다.
 ⑵ 판단
 위에서 인정한 바와 같이, 서울지방국세청 조사반 소속 직원이국세기본법 제81조의2 제2항,제81조의6 제1항 단서의 각 규정에 따라 납세자 권리헌장과 세무조사통지서를(상호 생략)의 관리책임자인소외 2에게 교부하고 임대사업 관련 장부 등을 제출받아 검토한 후 원고가 부재 중인 관계로소외 2에게 보관증을 작성하여 주고 이를 예치받았다면 원고의 예치동의서를 받지 아니하였다고 하여 이 사건 세무조사의 절차에 위법이 있다고 보기 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 라. 원고의 두 번째 주장에 관하여
 ⑴ 인정사실 
 갑53, 58, 59호증, 을5, 14, 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 남동세무서장은 1998년 4월 경 원고와 원고의 처, 아들 2명(소외 3,소외 4)에 대한 주거관계, 1981년 2월부터 1997년 9월까지의 부동산 취득 및 양도현황, 소득자료 현황, 위 각 상가신축과 관련한 부가가치세 부당공제여부,소외 3의 취득재산명세와 위 상가1동 등에 대한 증여세의 누락여부, 원고의 위 각 상가에 대한 임대소득누락여부 등에 관하여 광범위한 내사를 한 사실, 남동세무서장은 1998. 11. 6.부터 같은 달 24.까지 위 내사를 근거로 세무조사를 실시하여 이 사건 임대사업과 관련하여 1995년 1기부터 1998년 1기까지의 임대수입누락 등을 밝혀내고 같은 해 12. 경 원고로부터 그에 따른 부가가치세를 경정한 사실, 서울지방국세청장은 1999. 10. 15. 원고의 1995년 1월부터 시작하는 과세기간동안의 개인제세를 조사하는 이 사건 세무조사를 실시하여 과세자료를 통보하였고, 그에 따라 남인천세무서장은 2000. 6. 2. 원고에 대하여 1995년 1기부터 1999년 1기까지의 부가가치세를 재경정하였고, 피고는 이 사건 부과처분을 한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.
 ⑵ 판단
 위에서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 세무조사 중 종합소득세 부분은 남동세무서에서의 세무조사와 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 중복조사라고 보기 어렵다고 할 것이어서 위구 국세기본법 제81조의3 및구 국세기본법시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17830호로 개정되기 전의 것) 제63조의2에서 정하고 있는 중복조사의 예외사유에 해당하는지 여부에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
 마. 원고의 세 번째 주장에 관하여
 ⑴ 인정사실 
 을7-12호증, 13호증의 1,2의 각 기재와 당심 증인소외 5,소외 6의 각 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 서울지방국세청장은 원고로부터 예치받은 장부, 임대계약서사본과 임차인들로부터 받은 확인서 등을 근거로 원고가 1995년부터 1998년까지 일부임대수입의 신고를 누락하고, 부동산임대업과 무관한 급여, 임차인이 부담한 수도광열비 등을 필요경비로 신고한 사실을 밝혀내고, 피고에게 통지하였는데 그 내용은 별지 2. 종합소득세 계산표의 ‘누락 임대수입’란 및 ‘필요경비불산입’란 기재와 같은 사실, 원고는 위 과세기간에(명칭 생략)협회 회장,(학원명 생략)학원 이사장,소외 7 주식회사 대표이사를 겸임하고 있어(상호 생략)의 관리는 위소외 2에게 위임하고 1, 2개월에 한 번 정도 그 사업장을 방문할 뿐이었고, 원고의 운전기사인소외 1은 1997. 9.부터 한국기상협회에서도 급여를 수령해오고 있는 사실, 원고는 1995년부터 1997년까지의 수도광열비를 원고가 부담한 부분과 임차인이 부담한 부분으로 구분하지 아니한 채 모두 필요경비에 산입하여 종합소득세를 신고하였는바, 서울지방국세청장은 원고 사업장의 1998년 수도광열비 중 원고가 부담한 비율이 전체 수도광열비의 18.80%에 불과한 사실을 밝혀내었고, 이에 피고는 1995년부터 1997년까지의 과세기간 동안에는 위 비율을 적용하여 원고가 신고한 위 사업장의 수도광열비 중 81.20%인 36,705,394원을, 1998년에는 관련 장부를 근거로 21,587,420원을 각 필요경비에 불산입한 사실, 그런데 피고는 누락임대수입을 산출하는 과정에서 별지 3. 정정된 종합소득세 계산표의 ‘각 기별 경정할 과세표준’란 기재와 같이 1995년부터 1997년까지는 실제 누락분보다 과소계상하고 1998년에는 과다계상한 사실을 인정할 수 있고 이에 반하는 듯한 갑6-41, 52호증(가지번호 포함), 48호증의 1-4, 51호증의 1-3의 각 기재와 당심증인소외 5,소외 6의 각 일부증언은 믿기 어렵고 달리 반증이 없다.
 ⑵ 판단
 위에서 인정한 사실에 의하면 이 사건 부과처분 중 1998년 귀속 종합소득세는 별지 3. 정정된 종합소득세 계산표의 ‘각 기별 경정할 과세표준’란 기재와 같이 누락 임대수입이 1,805,000원 과다계상되었으므로 이를 제외하고 종합소득세액을 계산하면 기 고지세액 122,119,520원에서 과다계상한 임대수입에 대한 세액 933,744원(위 계산표 ‘경정감할세액’란 기재 금원)을 공제한 121,185,776원이 된다.
 한편, 원고가 주장하는 바와 같이 원고가(상호 생략) 소속 직원들에게 상여금 28,528,000원을 지급하였음을 인정할 아무런 증거가 없고, 위에서 인정한 사실에 의하면소외 1은(명칭 생략)협회 소속 운전기사이거나 원고 개인이 고용한 운전기사로 보이므로, 그에게 지급된 급여를 이 사건 부동산임대업과 관련된 비용이라고 보기 어렵다.
 그리고 원고가 1995년부터 1997년까지의 수도광열비를 원고가 부담한 부분과 임차인이 부담한 부분으로 구분하지 아니한 채 모두 원고의 필요경비에 산입하여 종합소득세를 신고한 사실은 위에서 본 바와 같고, 한편 원고 사업장의 1998년 수도광열비 중 원고가 부담한 부분이 일부에 지나지 않는 점에 비추어 보면 원고는 위 과세기간 동안에도 1998년과 마찬가지로 수도광열비의 일부만을 부담하였음을 넉넉히 추인할 수 있는바, 원고가 이 사건 세무조사 절차에서뿐만 아니라 이 사건 소송에 이르러서도 원고의 부담분을 산출할 수 있는 관련 장부와 증빙서류를 전혀 제출하지 아니하고 있는 이상 피고가 1998년 장부에 의해 확인되는 원고의 수도광열비 부담비율에 기하여 1995년부터 1997년까지의 원고의 수도광열비 부담분을 산정하는 방법으로 위 과세기간 동안의 과세표준과 세액을 경정한 것은 합리적이라고 보여지고 이를 근거자료 없이 필요경비를 불산입한 것이라고 볼 수 없다.
3. 결론
 그렇다면, 이 사건 부과처분 중 1998년 귀속 122,119,520원 중 121,185,776원을 초과하는 부분은 위법하므로 원고의 청구를 받아들여 이를 취소하고 그 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리 하여 부당하므로 제1심 판결 중 위에서 취소를 명한 부분에 관한 원고 패소부분을 취소하고 원고의 나머지 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 김능환(재판장) 오석준 한숙희