부가가치세부과처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2012.02.21 / 시행일:

【원 고】 주식회사 새미랑 (소송대리인 법무법인 충정 담당변호사 김중곤 외 1인)
【피 고】 용인세무서장
【변론종결】2012. 1. 19.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다. 
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】피고가 원고에 대하여 2008. 12. 1.에 한 2006년도 제1기 부가가치세 9,286,270원, 2006년도 제2기 부가가치세 220,796,450원, 2007년도 제1기 부가가치세 9,924,820원, 2007년도 제2기 부가가치세 34,066,100원, 2008년도 제1기 부가가치세 35,987,370원의 부과처분을 모두 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 주택신축판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 2006. 4.경부터 용인시 기흥구 (주소 생략) 일원에서 아파트를 신축·분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 진행하였다. 
 나. 원고는 2008. 7. 25. 피고에게 위 사업추진 과정에서 지출한 PM(Project Management) 용역비, 금융자문수수료 등(이하 이들을 통틀어 ‘이 사건 용역비’라고 한다)에 대한 부가가치세 매입세액을 공제하고, 공통 매입세액에 대한 면세 관련 불공제 세액을 ‘0’으로 하여, 2006년도 제1기부터 2008년도 제1기까지 부가가치세 신고를 하였다. 
 다. 피고는 2008. 8. 13.부터 8. 22.까지 원고의 부가가치세 신고분에 대하여 ‘부가가치세 환급 현지확인’을 실시한 결과, 이 사건 용역비 총 4,691,600,000원에 대하여 별지 매입가액 불공제 내역표(이하 ‘내역표’라고만 한다) 기재와 같이, ① PM 용역비에 대한 부가가치세 매입세액을 사실과 다른 세금계산서로 보아 1,600,000,000원을 매입세액 불공제하고, ② 토지취득 목적의 금융조달을 위한 금융자문수수료, 감정평가수수료, 신용평가수수료, 법률자문수수료 중 토지취득 사용비율에 대한 부가가치세 매입세액, 토지신탁등기 및 소유권이전등기 수수료에 대한 부가가치세 매입세액, 지구단위계획수립용역비에 대한 부가가치세 매입세액은 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 및 동법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제6항에서 정한 토지 관련 매입세액에 해당하는 것으로 보아 총 2,327,930,000원을 불공제하였으며, ③ 과세·면세 겸영하는 사업인 아파트 신축·분양사업에 따른 공통매입세액은 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제2호에 따라 예정공급가액 비율로 안분계산하여 면세관련 매입세액 763,670,000원을 불공제하였다. 
 라. 피고는 위 조사결과에 따라 원고에게 2008. 12. 1. 2006년도 제1기 부가가치세 9,286,270원, 2006년도 제2기 부가가치세 220,796,450원, 2007년도 제1기 부가가치세 9,924,820원, 2007년도 제2기 부가가치세 34,066,100원, 2008년도 제1기 부가가치세 35,987,370원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2010. 7. 14. 위 청구는 기각되었다. 
 【인정근거】다툼 없는 사실, 을 제1 내지 10호증의 각 전부 또는 일부 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고 주장 
 (1) 대망컨설팅에 대한 PM용역비에 관한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. 
 (2) 각종 수수료 등 피고가 토지매입 관련 비용으로 불공제한 매입세액(별지 내역표 참조)은 그에 따른 각 용역이 토지의 가치를 현실적으로 증가시켰다고 볼 만한 요소가 없어 토지 조성을 위한 자본적 지출이 아니므로, 매입세액 불공제 대상이 아니다.
 가사, 그렇지 않다 하더라도, 피고가 대출관련 수수료 등 비용에 관하여 대출금에 대한 토지 취득자금에 해당하는 돈의 비율을 기준으로 불공제 대상 매입세액을 산출한 것은 법적 근거가 없어 조세법률주의에 위배된다. 
 (3) 원고는 아파트 사업승인을 받지 않아 예정공급물량이 없음에도 피고가 이 사건 용역비 중 일부를 과세·면세사업 공통매입으로 보아 예정공급가액 비율로 안분계산한 것은 부당하다. 또한 피고가 공통매입비용으로 본 비용은 실질귀속을 구분할 수 있는 당해기간의 관리비용이므로 매입세액으로 공제하여야 한다. 
 나. 관련법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 대망컨설팅에 대한 PM 용역비 부분 
 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2006. 4. 17.부터 대망컨설팅이 아닌 미등록 사업자로부터 토지매입 및 사업부지 확보·관리를 위한 컨설팅 용역을 제공받았음에도 용역계약상 용역제공 완료시점(2008. 3. 25.) 직전인 2008. 3. 10. 비로소 개업한 대망컨설팅으로부터 용역을 제공받은 것으로 작성된 세금계산서를 수취한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 위 대망컨설팅의 PM 용역비에 대한 세금계산서는 공급하는 사업자가 사실과 다른 세금계산서라 할 것이므로, 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호에 따라 그에 기재된 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다. 따라서 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 
 (2) 수수료 등 토지관련 매입세액 부분 
 (가) 관련법리
부가가치세법 제17조 제2항은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 제4호에서 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’을 들고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항은 위 규정에서 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액이라 함은 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’을 말한다고 규정하고 있는바, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다(대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결 참조). 
 (나) 인정사실 
 다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들 및 갑 제1 내지 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다. 
 1) 원고는 2006. 12.경 우리은행 등으로부터 토지취득 및 사업비 사용 명목으로 930억 원을 대출받아 토지 취득자금으로 750억 원을 사용하였고, 그 과정에서 현대증권 주식회사에 금융자문 수수료 1,350,000,000원, 주식회사 미래새한감정평가법인에 감정평가수수료 61,499,090원, 현민법률사무소에 법률자문수수료 30,000,000원, 한국신용평가 주식회사에 신용평가수수료 50,000,000원을 지불하였다. 이에 피고는 위 대출관련 비용 중 토지 취득 비율에 해당하는 80.65%의 매입세액을 별지 내역표 기재와 같이 해당 분기에 불공제하였다. 
 2) 원고는 2008. 5.경 우리은행 등으로부터 토지취득 및 사업비 사용 명목으로 2,650억 원을 대출받아 토지 취득자금으로 1,930억 원을 토지취득자금으로 사용할 예정이었고, 그 과정에서 한양증권 주식회사에 금융자문수수료 700,000,000원, 주식회사 미래새한감정평가법인에 감정평가수수료 70,000,000원을, 법무법인 세하에 법률자문수수료 30,000,000원을, 한국신용평가 주식회사에 신용평가수수료 35,000,000원을 지불하였다. 이에 피고는 위 대출관련 비용 중 토지 취득 비율에 해당하는 72.83%의 매입세액을 별지 내역표 기재와 같이 해당 분기에 불공제하였다. 
 3) 원고는 2006년도 제2기부터 2008년도 제1기까지 사이에는 법무사 소외 2에게 토지 신탁등기 및 소유권이전등기 수수료로 합계 233,245,750원을 지불하였고, 피고는 이를 토지취득비용으로 보고 별지 내역표 기재와 같이 해당 분기에 매입세액 불공제하였다. 
 4) 원고는 이 사건 사업을 위한 아파트 신축 부지를 완전히 소유하고 있지 아니한 상태에서 지구단위계획수립 용역비로 2006년 제2기 기간 중 도솔테크 주식회사에게 75,000,000원을, 2007년 제2기 기간 중 주식회사 우대이엔피에게 206,000,000원을 지급하였고, 피고는 이를 토지매입관련 비용으로 보고 별지 내역표 기재와 같이 해당 분기에 매입세액 불공제하였다. 
 (다) 판단 
 위 인정사실을 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 동법 시행령 제60조 제6항 및 앞서 본 법리에 비추어 보건대, 자금을 금융기관으로부터 대출받는 데 수반된 자문용역의 성격은 조달자금의 사용용도에 따라 정해진다고 봄이 상당하므로, 원고가 금융기관으로부터 대출받는 과정에서 지출한 자문용역 등에 대한 이 사건 각 수수료는 그 대출금 중 토지취득을 위하여 사용되는 비율만큼 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제1호 소정의 토지취득을 위하여 지출된 돈이라 보는 것이 타당하고, 총 대출금 중 토지 취득자금에 해당하는 돈의 비율을 기준으로 이 사건 각 수수료에 대하여 매입세액을 불공제한 것은 그 각 수수료 중 가장 합리적으로 토지 취득에 소요된 비용을 산출한 것이어서, 이를 두고 조세법률주의에 위배된다고 할 수 없다. 
 아울러 위 인정사실에 의하면, 법무사에게 지급한 등기 수수료 등은 당연히 토지의 취득에 소요된 매입세액이라 할 것이고, 지구단위계획수립 관련 용역비도 토지 취득 전 사전평가 용역비에 해당하여 위 시행령 조항 소정의 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액으로 봄이 상당하다. 
 덧붙여 원고가 스스로 위 각 비용을 수익적 지출로 회계처리한 것은 위 판단에 방해가 되지 못한다. 
 결국 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 (3) 공통매입세액 부분 
 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 과세대상인 국민주택규모를 초과하는 아파트와 면세대상인 위 규모 이하 아파트를 모두 신축할 예정이었고, 그 예정공급가액의 비율이 과세분 20.9%, 면세분 79.1%인 사실, 이에 피고는 별지 내역표 기재와 같이 대출관련 수수료 중 토지취득 비율을 차감한 잔액 및 토지 관련 불공제분을 제외한 설계비 등에 대한 매입세액 합계 965,450,000원을 원고의 사업계획서상 예정공급가액에 위 비율대로 안분계산하여 면세분에 해당하는 매입세액(763,673,000원)을 공제한 사실, 한편 이 사건 아파트의 예정사용면적에 관한 자료가 없어 피고가 이를 확인할 수 없는 사실을 인정할 수 있는바, 이 같은 사실을 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항에 비추어 보면, 원고는 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 소정의 과·면세 사업을 겸영하는 경우에 해당하고, 이 사건 사업의 경우 그 매입세액은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없고 아울러 예정사용면적을 확인할 수 없으므로, 예정공급가액의 면세, 과세분 비율대로 안분계산하여 면세사업 매입세액을 불공제한 것은 위 시행령 제61조 제4항 제2호에 따른 것으로 여기에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다. 
 덧붙여 사업승인을 받았는지 여부 등이 위와 같은 판단에 영향을 미친다고 볼 수 없다. 
 따라서 원고의 주장을 받아들이지 아니한다. 
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 이준상(재판장) 이형석 허익수