법인세등부과처분취소·경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2023.05.18 / 시행일:

【원고, 피상고인 겸 상고인】 동부건설 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 성민영 외 3인)
【피고, 상고인 겸 피상고인】 용산세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 클라스 담당변호사 최승재)
【원심판결】 서울고법 2021. 12. 15. 선고 2020누55482, 55499 판결
【주 문】
 원심판결 중 2011 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분에 대한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 나머지 상고와 원고의 상고를 모두 기각한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다. 
 1. 원고의 제1 상고이유 및 피고의 제1 상고이유에 관한 판단 
 가. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 1) 원고는 2006. 10. 30. ○○도시환경정비조합(이하 ‘○○조합’이라 한다)과 사이에 ○○조합이 서울 중구 (주소 1 생략) 일대에서 시행하는 도시환경정비사업(이하 ‘○○동 사업’이라 한다)에 관하여 공사도급계약을 체결하고 ○○조합의 금융기관에 대한 프로젝트 파이낸싱(Project Financing, 이하 ‘PF’라 한다) 대출금채무에 대하여 연대보증을 하였다. 
 2) 그 후 원고는 2009. 5.경 위 대출금채무 282억 원을 대위변제하고 조합원 이주비 대출금 이자를 대납하는 등의 방법으로 ○○조합에 사업비를 대여하였으며, 조합원들이 제기한 소송 등을 이유로 공사가 중단된 2012. 12. 21. 기준으로 그 금액은 46,429,691,457원(= 원금 37,376,875,278원 + 이자 9,052,816,179원)에 이르렀다.
 3) 원고는 사업철수를 결정하고 2013. 4.경 ○○조합과 사이에, 위 대여금 등 채권 46,429,691,457원과 ○○동 사업 관련 지출 경비 30억 원을 합한 49,429,691,457원 중 383억 8천만 원만을 ○○조합으로부터 지급받는 조건으로 ○○동 사업에 관한 모든 채권채무관계를 정산하기로 합의하였다. 
 4) 그에 따라 원고는 2013년에 ○○조합으로부터 위 383억 8천만 원을 모두 지급받고, 이를 위 대여금 등 채권의 원금 37,376,875,278원과 원고가 ○○동 사업에 관하여 계상한 선급공사원가 2,781,086,606원 중 1,003,124,722원에 각 충당한 다음, 위 49,429,691,457원에서 383억 8천만 원을 뺀 나머지 금액 중 7,584,348,357원은 대손상각비로, 1,777,961,884원은 기술개발비로 각 계상하여 2013 사업연도의 손금에 산입하였는데, 위 7,584,348,357원(이하 ‘이 사건 미수이자’라 한다)은 위 대여금 등 채권의 미수이자 중 일부이고, 위 1,777,961,884원(이하 ‘이 사건 선급공사원가’라 한다)은 위 선급공사원가의 충당 후 잔액이다.
 5) 피고는 이 사건 미수이자와 이 사건 선급공사원가 합계 9,362,310,241원을 손금에 산입할 수 없다는 이유로 원고에게 2013 사업연도 법인세 과세표준 결손금을 감액경정하였다. 
 나. 원고의 제1 상고이유에 관한 판단 
 1) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조의2 제1항은 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등의 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 ‘대손금’이라 한다)은 해당 사업연도의 소득금액 계산에서 손금에 산입할 수 있도록 규정하는 한편, 제2항 제1호에서 ‘채무보증으로 인하여 발생하는 구상채권에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 
 2) 원심은 구 법인세법 제19조의2 제2항 제1호에서 규정한 ‘채무보증으로 인하여 발생하는 구상채권’에는 민법 제441조 제2항, 제425조 제2항에 따라 면책된 날 이후의 법정이자 상당액도 포함된다는 전제에서, 이 사건 미수이자 7,584,348,357원 중 원고가 ○○조합의 채무 282억 원을 대위변제하여 구상채권이 발생한 날부터 구상채권 원금 282억 원이 변제충당으로 소멸한 시점까지 발생한 연 6%의 상사법정이자 합계 6,753,599,999원 상당의 채권은 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권에 해당하여 손금에 산입할 수 없고, 나머지 830,748,358원(= 7,584,348,357원 - 6,753,599,999원)은 정당한 사유 없이 임의포기한 채권액으로 접대비 내지 비지정기부금에 해당하여 손금에 산입할 수 없다고 판단하였다. 
 3) 원심판결 이유를 관련 규정과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 대손금에서 제외되는 구상채권의 범위, 채권의 임의포기 및 접대비의 손금 산입에 관한 법리를 오해하거나 필요한 판단을 누락하는 등의 잘못이 없다. 
 다. 피고의 제1 상고이유에 관한 판단
 원심은 그 판시와 같은 이유로, 이 사건 선급공사원가 상당액은 원고가 수주하려고 시도한 건축공사 등 사업행위에 소요된 비용으로서 ‘법인이 수익과 직접 관련하여 지출한 비용’에 해당하여 손금에 산입할 수 있다고 판단하였다. 
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 자유심증주의의 한계를 벗어나는 등의 잘못이 없다. 
 2. 원고의 제2 상고이유에 관한 판단 
 가. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 1) 원고는 2007. 11. 21. △△주택재개발 정비사업조합(이하 ‘△△조합’이라 한다)과 사이에 △△조합이 서울 동작구 (주소 2 생략) 일대에서 시행하는 주택재개발 정비사업에 관하여 공사도급계약을 체결한 다음 그 공사를 완료하였으나, 일반분양 아파트 중 52세대가 미분양되었다. 
 2) 이에 원고는 △△조합과 위 미분양 아파트 52세대를 할인분양하고, 그에 따른 손실을 분담하기로 약정하였다. 
 3) 원고는 위 약정에 따른 원고의 손실분담금 채무 29억 2,100만 원을 원고의 △△조합에 대한 추가공사비 채권 21억 6,800만 원(이하 ‘이 사건 추가공사비 채권’이라 한다)과 상계하기로 하고, 상계한 이 사건 추가공사비 채권 상당액을 대손금으로 처리하여 2013 사업연도의 손금에 산입하였다. 
 4) 피고는 이 사건 추가공사비 채권 상당액을 손금에 산입할 수 없다는 이유로 원고에게 2013 사업연도 법인세 과세표준 결손금을 감액경정하였다. 
 나. 원심은 그 판시와 같은 이유로, 시공사인 원고가 △△조합과 할인분양에 따른 손해를 분담하기로 약정하고 이 사건 추가공사비 채권을 사실상 포기한 것은 객관적으로 정당한 사유가 인정되지 않으므로 이 사건 추가공사비 채권 상당액을 손금에 산입할 수 없고, 같은 전제에서 이루어진 피고의 2013 사업연도 법인세 과세표준 결손금 감액경정은 적법하다고 판단하였다. 
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 채권의 임의포기 및 접대비의 손금산입에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다. 
 3. 원고의 제3 상고이유에 관한 판단
 가. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 1) 원고는 ‘□□’ 입찰에 참여하면서 그중 일부 공구에 대하여 특정 사업자가 낙찰받을 수 있도록 일부러 낙찰 가능성이 낮은 입찰금액을 기재하는 속칭 ‘들러리 입찰’을 하였다. 원고는 위 들러리 입찰을 위하여 2010년경 설계용역비 39억 7,600만 원을 지출하고 그중 32억 9,940만 원(이하 ‘이 사건 설계용역비’라 한다)에 대한 매입세금계산서를 수취하여 그 매입세액을 2010년 제1기 매출세액에서 공제하였다. 
 2) 피고는 이 사건 설계용역비 관련 매입세액 공제를 부인하여 원고에게 2010년 제1기 부가가치세(가산세 포함)를 경정·고지하였다.
 나. 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항은 ‘사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다.’고 규정하면서, 같은 항 제1호에서 매출세액에서 공제하는 매입세액의 하나로 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’을 규정하는 한편, 제2항 제3호에서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 규정하고 있다. 따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항 제3호에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없으나, 여기에서 말하는 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2010두15902 판결 참조). 
 다. 원심은 그 판시와 같은 이유로, 원고가 속칭 ‘들러리 입찰’을 위하여 설계용역비를 지출한 것은 사업의 수행에 필요한 것이었다고 보기 어려워 원고의 사업과 직접 관련이 없는 지출이었다고 봄이 타당하므로, 이 사건 설계용역비 상당액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제3호에서 규정한 불공제대상 매입세액에 해당한다고 판단하였다. 
 라. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이유 설시에 일부 부적절하거나 미흡한 부분이 있지만, 이 사건 설계용역비 상당액이 불공제대상 매입세액에 해당한다고 본 원심의 결론은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 부가가치세법상 매입세액 불공제에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 4. 원고의 제4 상고이유에 관한 판단 
 가. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 1) 원고는 ‘동부’ 상표(이하 ‘이 사건 상표’라 한다)를 등록한 상표권자임에도, 동부그룹의 계열사들이 2010년부터 2014년까지 이 사건 상표를 사용한 것에 대하여 그들로부터 상표권 사용료를 지급받지 않았다. 
 2) 피고는 원고가 이 사건 상표권 사용료를 지급받지 않은 것이 구 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인 대상에 해당한다고 보고, 위 계열사들의 각 사업연도별 순매출액 등을 기준으로 산정한 65,669,016,689원을 원고가 지급받지 않은 이 사건 상표권 사용료의 시가로 보아 원고의 2010 내지 2014 사업연도의 익금에 산입하였다가, 조세심판원의 결정 등에 따라 익금산입액을 7,247,131,508원으로 경정하였다. 
 나. 구 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조). 
상표는 자기의 상품과 타인의 상품을 식별하기 위하여 사용하는 표장으로, 상표제도는 상표를 보호함으로써 상표 사용자의 업무상 신용 유지를 도모하여 산업발전에 이바지함과 아울러 수요자의 이익을 보호함을 목적으로 한다. 상표에 화체된 업무상의 신용이나 고객흡인력 등 무형의 가치는 상표권자나 상표 사용자가 상표의 사용과 관련하여 투여한 자본과 노력 등에 의하여 획득되고 상표 사용의 정도, 거래사회의 실정, 상표의 인지도 등에 따라 변동될 수 있다. 따라서 상표권자가 상표 사용자로부터 상표권 사용료를 지급받지 않았다는 이유만으로 곧바로 그 행위가 경제적 합리성을 결여하였다고 단정할 것은 아니고, 상표권 사용의 법률상·계약상 근거 및 그 내용, 상표권자와 상표 사용자의 관계, 양 당사자가 상표의 개발, 상표 가치의 향상, 유지, 보호 및 활용과 관련하여 수행한 기능 및 그 기능을 수행하면서 투여한 자본과 노력 등의 규모, 양 당사자가 수행한 기능이 상표를 통한 수익 창출에 기여하였는지 여부 및 그 정도, 해당 상표에 대한 일반 수요자들의 인식, 그 밖에 상표의 등록·사용을 둘러싼 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 상표권자가 상표권 사용료를 지급받지 않은 행위가 과연 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부를 판단하여야 한다.
 다. 원심은 원고가 이 사건 상표의 상표권자로서 이를 영업에 이용하여 왔고, 이 사건 상표의 신용 및 인지도를 형성하는 데 상당한 기여를 하였다는 등의 이유로, 원고가 동부그룹 계열사들로부터 이 사건 상표권 사용료를 지급받지 않은 것은 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래행위에 해당한다고 판단하였다. 그런 다음 원심은, 피고가 위 계열사들의 각 사업연도별 순매출액에서 광고선전비를 공제한 금액에 일정한 사용요율을 곱하는 방법으로 산정한 7,247,131,508원은 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액으로서 이 사건 상표권 사용료의 시가에 해당한다고 판단하였다. 
 라. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 부당행위계산 부인 규정의 적용요건 및 상표권 사용료의 산정 방법에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.
 5. 피고의 제2 상고이유에 관한 판단 
 가. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 1) 원고는 2009. 4. 30. 강현건설 주식회사(이하 ‘강현건설’이라 한다)와 사이에 용인시 (행정구역 생략)에 아파트를 건축하는 공사도급계약을 체결한 다음 위 계약에 따라 2011. 5.경까지 강현건설에 약 538억 원을 이자 연 10%의 조건으로 대여하였고, 그때까지 발생한 위 대여금에 대한 이자 4,024,518,783원(이하 ‘이 사건 면제이자’라 한다)을 미수수익으로 계상하였다. 
 2) 원고의 착공 이후 분양가 하락, 사업성 악화 등을 이유로 위 공사는 두 차례나 중단되었고, 이에 원고는 2011. 5.경 강현건설과 사이에 이 사건 면제이자를 면제하기로 약정하였다. 
 3) 그에 따라 원고는 미수수익으로 계상한 이 사건 면제이자 상당액을 2011 사업연도 소득금액을 계산하면서 잡손실로 회계처리하였다. 
 4) 피고는 이 사건 면제이자 상당액을 손금에 산입할 수 없다는 이유로 원고에게 2011 사업연도 법인세(가산세 포함)를 경정·고지하였다.
 나. 원심은 그 판시와 같은 이유로, 원고가 강현건설에 대하여 이자채권인 이 사건 면제이자를 면제하여 준 것은 강현건설의 누적된 경영악화로 인한 사업의 실패가능성과 그에 따른 위 대여금채권의 회수가능성 등을 감안한 조치로서 객관적으로 정당한 사유가 인정되므로 이 사건 면제이자 상당액을 손금에 산입할 수 있다는 취지로 판단하였다. 
 다. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 채권의 임의포기 및 대손금의 손금산입에 관한 법리 등을 오해한 잘못이 없다.
 6. 피고의 제3 상고이유에 관한 판단
 가. 과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로, 사실심 변론종결 시까지 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 경우에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하고 그 전부를 취소할 것은 아니다(대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결 등 참조). 
 나. 기록에 의하면, 제1심은 2011 사업연도 법인세 부과처분에 관한 원고의 주장 중 이 사건 면제이자 상당액을 손금에 산입하여야 한다는 부분만이 이유 있다고 판단하면서도, 관련 정당세액을 산출할 만한 과세자료가 부족하다는 이유로 2011 사업연도 법인세 부과처분 중 원고가 취소를 구하는 부분 전부를 취소한 사실, 이에 대하여 피고는 항소이유서에서 주위적으로 이 사건 면제이자 상당액은 손금에 산입할 수 없다고 주장하면서 예비적으로 2011 사업연도 법인세 부과처분은 정당세액을 초과하는 부분만 취소되어야 한다고 주장한 사실, 피고가 원심에서 제출한 2011 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서에는 제1심판결의 취지에 따라 이 사건 면제이자 상당액(4,024,518,783원)을 원고의 2011 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 손금에 산입하여 해당 사업연도의 소득금액과 법인세 과세표준을 각 산정한 내역 및 산출된 정당세액 등이 상세히 기재되어 있는 사실, 원고는 이러한 피고의 정당세액 산정 방법에 대해서는 다투지 않은 사실을 알 수 있다. 
 다. 그렇다면 원심으로서는 피고가 새롭게 제출한 자료에 의하여 정당한 세액을 충분히 산정할 수 있었다고 봄이 타당하다. 그런데도 원심은 관련 정당세액을 산출할 만한 과세자료가 부족하다는 이유로 2011 사업연도 법인세 부과처분 중 원고가 취소를 구하는 부분 전부를 취소한 제1심판결의 결론을 그대로 유지하였다. 이러한 원심의 판단에는 정당세액에 대한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있고, 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 7. 결론
 그러므로 원심판결 중 2011 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분에 대한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하며, 피고의 나머지 상고와 원고의 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 오경미(재판장) 박정화 김선수(주심) 노태악

[1] 사업 관련성이 없는 지출을 불공제대상 매입세액으로 규정한 구 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항 제3호에서 말하는 ‘사업 관련성’의 유무를 판단하는 방법
 [2] 구 법인세법 제52조에서 정한 부당행위계산 부인의 의미 및 이때 경제적 합리성의 유무를 판단하는 방법 / 상표권자가 상표 사용자로부터 상표권사용료를 지급받지 않은 행위가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 판단하는 방법
 [3] 과세처분 취소소송에서 사실심 변론종결 시까지 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 경우, 과세처분 취소의 범위(=정당한 세액을 초과하는 부분)