법인세경정거부처분취소[법인세법상 자산의 취득가액에 관한 조세심판원 재조사 결정의 기속력이 문제된 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2024.07.25 / 시행일:

【원고, 피상고인】 ○○○구역 주택재개발정비사업조합 (소송대리인 변호사 이강민)
【피고, 상고인】 동래세무서장
【원심판결】 부산고법 2022. 9. 21. 선고 2021누23770 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 부산고등법원에 환송한다. 

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 따르면, 다음의 사실을 알 수 있다. 
 가. 원고는 부산 동래구 (주소 생략) 일대를 사업시행구역으로 하는 주택재개발정비사업조합으로서, 관할관청으로부터 2006. 6. 28. 사업시행계획인가를, 2007. 12. 27. 관리처분계획인가를 각 받고 주택재개발정비사업을 시행하여 2013. 12.경 준공인가를 받았다.
 나. 원고는 2014. 3. 31. 피고에게 2013 사업연도 법인세를 신고·납부하면서 조합원들이 현물출자한 토지 및 건물(이하 ‘이 사건 자산’이라 한다)의 취득가액을 ‘사업시행계획인가일’을 기준으로 감정평가한 46,440,094,077원으로 하여 손금에 산입하였다. 
 다. 원고는 2019. 4. 1. 피고에게 이 사건 자산의 취득가액을 ‘관리처분계획인가일’을 기준으로 감정평가한 57,743,357,440원으로 보아야 한다고 주장하면서 2013 사업연도 법인세의 감액경정을 청구하였다.
 라. 피고는 2019. 6. 3. ‘이 사건 자산의 취득가액은 법인세 신고 시의 감정가액이 적정하고, 원고가 경정청구 시 제출한 감정가액은 객관성·합리성이 결여된 소급감정가액에 해당한다.’는 이유로 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다)하였다. 
 마. 원고는 조세심판원에 이 사건 경정거부처분에 대한 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2020. 5. 15. 원고가 법인세를 신고하면서 제출한 감정가액과 경정청구 시 제출한 감정가액 모두 이 사건 자산의 취득 당시의 시가로 볼 수 없다고 판단하면서, ‘이 사건 경정거부처분은 이 사건 자산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.’는 주문의 결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라 한다)을 하였다. 
 바. 부산지방국세청장은 2020. 7. 9. ‘이 사건 재조사 결정에 따른 처리결과 이 사건 자산에 관한 객관적·합리적인 감정평가액이 존재하지 않으므로, 「상속세 및 증여세법」(이하 ‘상증세법’이라 한다)에 따른 보충적 평가방법을 적용해야 하나, 이 경우 원고가 당초 신고한 과세표준 및 세액보다 원고에게 불리하므로 불이익변경금지 원칙에 따라 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지한다.’는 취지의 통지(이하 ‘이 사건 처리결과통지’라 한다)를 하였다. 
 2. 제1 상고이유에 관하여 
 원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 소는 이 사건 처리결과통지가 아니라 이 사건 경정거부처분을 불복대상으로 하여 제기한 것이어서 부적법하다는 취지의 피고의 본안전항변을 배척하였다. 
 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 재조사 결정에 따른 후속 처분 이후 불복대상 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 3. 제2, 3, 6 상고이유에 관하여 
 가. 관련 규정 및 법리
구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제81조에서 ‘심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다.’고 규정하고, 제80조 제1항, 제2항에서 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 ‘제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.’고 규정하고 있다. 그리고 구 국세기본법 제65조 제1항 제3호는 "심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만 취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다."라고 규정하고 있다. 
이와 같이 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있으므로, 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다(대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결 참조). 
 나. 원심의 판단
 원심은, ‘이 사건 자산에 관하여 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격이 없더라도 공신력 있는 감정기관에 의한 시가의 산정이 가능한 경우에는 감정평가를 하여야 하고, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 감액경정하라.’는 것이 이 사건 재조사 결정의 취지라고 전제한 다음, 피고가 이 사건 자산에 관한 감정평가를 하지 않은 채 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지한 것은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법하다고 판단하였다. 
 다. 대법원의 판단
 1) 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다. 
 가) 조세심판원은 ‘경정청구 시 제출한 감정가액을 이 사건 자산의 취득가액으로 보아야 한다.’는 원고의 주장과 ‘법인세 신고 시 제출한 감정가액을 이 사건 자산의 취득가액으로 보아야 한다.’는 피고의 주장을 살핀 후, ‘두 감정가액 모두 시가로 볼 수 없다.’고 보아 이 사건 재조사 결정을 하면서 ‘주문’에서 이 사건 자산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하라고 하였을 뿐, 재조사 방법을 공신력 있는 감정기관의 감정평가로 제한하지는 않았다. 부산지방국세청장은 이 사건 재조사 결정의 취지에 따라 원고에게 시가 재조사에 필요한 서류의 제출을 요구한 다음 원고로부터 제출받은 서류 등을 검토하고, 원고가 경정청구 시 제출한 감정가액을 비롯하여 시가로 볼 수 있는 감정가액이 있는지 재확인하는 등의 방법으로 이 사건 자산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하였다. 
 나) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항 제3호 및 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제2항 제3호 (나)목은 ‘내국법인이 현물출자에 따라 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시 해당 자산의 시가로 한다.’고 규정하고 있는데, 구 법인세법 시행령은 위 규정에서 말하는 ‘시가’의 개념이나 그 산정방법을 별도로 규정하지 않은 채, 다만 제14조 제1항 제1호 (라)목의 괄호에서 ‘법 제52조의 규정에 의한 시가’를 그 이하의 조문에서 ‘시가’로 약칭하도록 규정하고 있다. 
 이러한 관련 규정의 문언 내용과 체계 등을 종합하여 보면, 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제3호 (나)목에서 말하는 ‘시가’ 역시 구 법인세법 제52조의 규정에 의한 시가를 의미한다고 봄이 타당하므로, 원칙적으로는 구 법인세법 제52조 제2항에 따라 ‘건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’에 의하여야 하고, 시가가 불분명한 경우에는 구 법인세법 제52조 제4항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 각호에 따라 먼저 제1호에서 규정한 ‘「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)’을, 그 다음으로 제2호에서 규정한 ‘상증세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액’을 차례로 적용하여 계산한 금액에 의하여야 한다. 
 그리고 시가가 불분명한 경우에 감정기관의 감정가액을 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 시가로 볼 수 있기 위해서는 그 감정가액이 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 가액이라는 점이 인정되어야 한다. 
 위에서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 재조사 결정은 원피고가 이 사건 자산의 취득가액으로 주장하는 두 감정가액 모두 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 시가로 볼 수 있는 감정가액에 해당하지 않음을 전제하고 있고, 재조사 결과 이 사건 자산의 취득 당시 시가가 불분명하고, 객관적·합리적인 방법으로 평가된 감정가액도 별도로 존재하지 않음이 밝혀졌으므로, 부산지방국세청장 등 관계 행정청은 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호에 따라 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 이 사건 자산의 취득가액을 산정할 수 있다. 이와 달리 부산지방국세청장 등에게 이 사건 자산의 취득가액을 산정하기 위하여 새롭게 감정평가를 의뢰하여야 할 의무가 있다고 볼 수는 없다. 
 다) 이 사건 재조사 결정의 ‘주문’은 재조사 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라고 하였을 뿐, 후속 처분의 내용을 감액경정으로 제한하지 않았다. 이 사건 재조사 결정에 대하여 구 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지 원칙이 적용된 결과, 원고에게 불리한 증액경정이 허용되지 않는다고 하여 이 사건 재조사 결정에서 말하는 세액의 경정이 ‘감액경정’만을 의미한다고 볼 수는 없다. 
 2) 그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 경정거부처분이 이 사건 재조사 결정의 기속력에 저촉된 상태로 유지되어 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 재조사 결정의 기속력 및 구 법인세법상 시가 판단 규정에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 
 4. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 신숙희(재판장) 이동원 김상환(주심) 권영준

[1] 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것이 재조사 결정의 기속력에 저촉되는지 여부(적극)
 [2] 甲 주택재개발정비사업조합이 관할 세무서장에게 법인세를 신고·납부하면서 조합원들이 현물출자한 토지 및 건물(자산)의 취득가액을 ‘사업시행계획인가일’을 기준으로 감정평가하여 손금에 산입하였다가, 이후 자산의 취득가액을 ‘관리처분계획인가일’을 기준으로 감정평가한 금액으로 보아야 한다고 주장하며 법인세 감액경정을 청구하자, 관할 세무서장이 자산의 취득가액은 법인세 신고 시의 감정가액이 적정하다는 이유로 경정청구를 거부하였는데, 甲 조합이 조세심판원에 위 경정거부처분에 대한 심판청구를 하여 조세심판원이 ‘위 경정거부처분은 자산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.’는 주문의 결정을 하였고, 관할 지방국세청장은 ‘조세심판원의 재조사 결정에 따른 처리결과 자산에 관한 객관적·합리적인 감정평가액이 존재하지 않으므로, 상속세 및 증여세법에 따른 보충적 평가방법을 적용해야 하나, 이 경우 甲 조합이 당초 신고한 과세표준 및 세액보다 甲 조합에 불리하므로 불이익변경금지 원칙에 따라 위 경정거부처분을 그대로 유지한다.’는 취지의 통지를 한 사안에서, 관할 세무서장이 자산에 관한 감정평가를 하지 않은 채 경정거부처분을 그대로 유지한 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법하다고 본 원심판단에 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례

[1] 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제81조에서 ‘심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다.’고 규정하고, 제80조 제1항, 제2항에서 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 ‘제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.’고 규정하고 있다. 그리고 구 국세기본법 제65조 제1항 제3호는 "심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만 취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다."라고 규정하고 있다. 
 이와 같이 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있으므로, 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다.
 [2] 甲 주택재개발정비사업조합이 관할 세무서장에게 법인세를 신고·납부하면서 조합원들이 현물출자한 토지 및 건물(이하 ‘자산’이라 한다)의 취득가액을 ‘사업시행계획인가일’을 기준으로 감정평가하여 손금에 산입하였다가, 이후 자산의 취득가액을 ‘관리처분계획인가일’을 기준으로 감정평가한 금액으로 보아야 한다고 주장하며 법인세 감액경정을 청구하자, 관할 세무서장이 자산의 취득가액은 법인세 신고 시의 감정가액이 적정하고, 甲 조합이 경정청구 시 제출한 감정가액은 객관성·합리성이 결여된 소급감정가액에 해당한다는 이유로 경정청구를 거부하였는데, 甲 조합이 조세심판원에 위 경정거부처분에 대한 심판청구를 하여 조세심판원이 ‘위 경정거부처분은 자산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.’는 주문의 결정을 하였고, 관할 지방국세청장은 ‘조세심판원의 재조사 결정에 따른 처리결과 자산에 관한 객관적·합리적인 감정평가액이 존재하지 않으므로, 상속세 및 증여세법에 따른 보충적 평가방법을 적용해야 하나, 이 경우 甲 조합이 당초 신고한 과세표준 및 세액보다 甲 조합에 불리하므로 불이익변경금지 원칙에 따라 위 경정거부처분을 그대로 유지한다.’는 취지의 통지를 한 사안에서, 조세심판원은 甲 조합이 경정청구 시 제출한 감정가액과 법인세 신고 시 제출한 감정가액 모두 시가로 볼 수 없다고 보아 재조사 결정을 하며 ‘주문’에서 자산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하라고 하였을 뿐, 재조사 방법을 공신력 있는 감정기관의 감정평가로 제한하지는 않았고, 관할 지방국세청장은 재조사 결정의 취지에 따라 甲 조합에 시가 재조사에 필요한 서류의 제출을 요구한 다음 甲 조합으로부터 제출받은 서류 등을 검토하고, 甲 조합이 경정청구 시 제출한 감정가액을 비롯하여 시가로 볼 수 있는 감정가액이 있는지 재확인하는 등의 방법으로 자산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사한 점, 재조사 결과 자산의 취득 당시 시가가 불분명하고, 객관적·합리적인 방법으로 평가된 감정가액도 별도로 존재하지 않음이 밝혀졌으므로, 관할 지방국세청장 등 관계 행정청은 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항 제2호에 따라 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법을 적용하여 자산의 취득가액을 산정할 수 있어, 이와 달리 관할 지방국세청장 등에게 자산의 취득가액을 산정하기 위하여 새롭게 감정평가를 의뢰하여야 할 의무가 있다고 볼 수는 없는 점, 재조사 결정의 ‘주문’은 재조사 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라고 하였을 뿐, 후속 처분의 내용을 감액경정으로 제한하지 않았고, 재조사 결정에 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 제79조 제2항의 불이익변경금지 원칙이 적용된 결과, 甲 조합에 불리한 증액경정이 허용되지 않는다고 하여 재조사 결정에서 말하는 세액의 경정이 ‘감액경정’만을 의미한다고 볼 수는 없는 점을 종합하면, ‘자산에 관하여 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격이 없더라도 공신력 있는 감정기관에 의한 시가의 산정이 가능한 경우에는 감정평가를 하여야 하고, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 감액경정하라.’는 것이 재조사 결정의 취지라고 전제한 다음, 관할 세무서장이 자산에 관한 감정평가를 하지 않은 채 경정거부처분을 그대로 유지한 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법하다고 본 원심판단에 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례.