법인세등부과처분취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2003.07.24 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 주식회사 도드람비엔에프(소송대리인 변호사 장순호)
【피고, 피항소인 겸 항소인】 충주세무서장
【제1심판결】 청주지방법원 2002. 9. 19. 선고 2001구445 판결
【변론종결】2003. 6. 5.
【주 문】
1. 원고와 피고의 항소를 각 기각한다.
2. 항소비용은 각자의 부담으로 한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지 : 피고가 2000. 6. 13. 원고에게 부과한 법인세 중 계산서합계표 미제출로 인한 가산세 1997년도분 127,899,586원 부분, 1998년도분 157,344,280원 부분, 부가가치세 중 세금계산서 불실기재로 인한 가산세 1997년도 1기분 117,719,733원 부분, 1997년도 2기분 143,013,295원 부분, 1998년도 1기분 192,055,822원 부분, 1998년도 2기분 121,868,117원 부분, 1999년도 1기분 109,341,397원 부분, 1999년도 2기분 150,894,815원 부분, 영세율과세표준 불성실신고로 인한 가산세 1997년도 1기분 4,565,710원 부분, 1997년도 2기분 20,775,440원 부분, 1998년도 1기분 30,474,640원 부분, 1998년도 2기분 18,433,250원 부분, 1999년도 1기분 14,995,520원 부분, 1999년도 2기분 33,773,224원 부분을 각 취소한다.
2. 항소취지
 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2000. 6. 13. 원고에게 부과한 법인세 중 계산서합계표 미제출로 인한 가산세 1997년도분 127,899,586원 부분, 1998년도분 157,344,280원 부분, 부가가치세 중 세금계산서 불실기재로 인한 가산세 1997년도 1기분 117,719,733원 부분, 1997년도 2기분 143,013,295원 부분, 1998년도 1기분 192,055,822원 부분, 1998년도 2기분 121,868,117원 부분, 1999년도 1기분 109,341,397원 부분, 1999년도 2기분 150,894,815원 부분을 취소한다. 
 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 배합사료의 제조 및 판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로 특정연도에 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우 교부하거나 교부받은 매출·매입처별 계산서 합계표를 다음연도 1. 31.까지 관할세무서장에게 제출해야 함에도 별지목록 1. 기재와 같이 1997년도분 거래액 합계 32,822,289,799원, 1998년도분 거래액 합계 40,269,977,980원에 대한 매출·매입처별 계산서 합계표를 기한 내에 제출하지 않았다.
 이에 피고는 2000. 6. 13. 원고에게 매출·매입처별 계산서 합계표 미제출을 이유로 한 가산세 등을 포함하여 1997년도분 법인세 334,093,680원(이 중 계산서합계표 미제출로 인한 가산세 부분은 328,222,898원임), 1998년도분 법인세 649,696,280원(이 중 계산서합계표 미제출로 인한 가산세 부분은 402,699,780원임)을 각 부과하였다. 그 후 2001. 11. 17. 위 각 해당년도 계산서합계표 중 인천세관장·울산세관장으로부터 교부받은 당해연도 매입처별 계산서 합계액(1997년도 20,032,331,297원, 1998년도 24,535,550,609원)에 대하여 이에 상응하는 계산서합계표 미제출로 인한 가산세 부분 상당액(1997년도분 200,323,312원, 1998년도분 245,355,500원)만큼 감액·경정함으로써 원고에게 부과된 법인세 중 계산서합계표 미제출로 인한 가산세는 1997년도분 127,899,586원, 1998년도분 157,344,280원만 남게 되었다.
 나. 원고는 1997년부터 1999년 사이에 사업자에게 공급한 배합사료 매출액 중 별지목록 2. 기재와 같은 금액 부분에 관하여 거래상대방에게 거래상대방의 사업자등록번호를 기재한 세금계산서를 발행해야 함에도 사업자등록번호 대신에 주민등록번호를 기재하여 세금계산서를 발행하였고, 피고는 위와 같은 세금계산서 불실기재에 대하여 2000. 6. 13. 원고에게 별지목록 2. 기재와 같은 내용의 가산세를 부과하였다. 
 다. 원고는 1997년부터 1999년까지 농협·축협을 통하여 공급한 배합사료 매출액 중 별지목록 3. 기재와 같은 금액부분에 관하여 부가가치세 영세율 적용대상 과세표준을 신고함에 있어 당해 기관장의 납품확인서를 제출하지 아니하고 부가가치세 영세율적용을 받았다[원고는 위 배합사료 거래에 관하여구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 ‘조세특례제한법’으로 전면 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조 제4호 또는구 조세특례제한법(1999. 2. 8. 법률 제5825로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제5호의 규정에 의하여 영세율을 적용받는 것으로 판단한 것으로 보인다]. 이에 대하여 피고는 2000. 6. 13. 원고에게 원고가 위와 같은 영세율을 적용받음에 있어 첨부서류로 기관장의 납품확인서를 제출하지 않은 것을부가가치세법 제22조 제6항,구 부가가치세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제9항,제65조 제4항에 의율하여 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 않은 것으로 간주하고 별지목록 3. 기재와 같은 내용의 가산세를 부과하였다.
 [증거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 갑 제39호증의 1 내지 8, 갑 제40호증의 1 내지 7, 갑 제42호증의 1 내지 12, 갑 제43호증, 갑 제48호증의 1, 2, 3, 갑 제50호증의 2, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1 내지 6, 을 제4호증의 1 내지 5, 을 제5, 6호증의 각 1 내지 4, 을 제7, 9, 10, 11호증, 을 제14호증의 1 내지 40, 을 제15호증의 1, 2의 각 기재, 갑 제10호증의 일부기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
 가. 법인세법상 계산서합계표 미제출로 인한 가산세 부과처분 부분에 관하여
 (1) 원고의 주장
 원고는 배합사료제조업을 영위하는 중소기업으로 배합사료 원료인 농산물을 대부분 수입하면서 세관장으로부터 계산서를 교부받았고 부가가치세 신고시마다 부가가치세법상 의제매입세액공제신고를 함께 하면서 아울러 계산서합계표도 제출한 바 있는데, 그 때마다 피고 소속 담당직원이 부가가치세신고서를 검토한 후 계산서합계표를 되돌려 주곤 하여 원고로서는 법적인 의무이행을 완료한 것으로 생각하고 계산서합계표를 제출하지 못하게 된 것이므로, 결과적으로 계산서합계표 미제출은 오로지 피고측의 귀책사유로 인한 것이다. 따라서 피고가 원고에게 계산서합계표 미제출을 이유로 가산세를 부과한 위 처분은 위법하다.
 (2) 관계법령
 별지 관계법령 1. 기재와 같다.
 (3) 판단
 (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 것이며, 법령의 부지 또는 오인은 가산세를 배척할 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.
 (나) 위에서 본 바와 같이 원고는 법정기한 내에 별지목록 1. 기재 매출·매입처별 계산서합계표를 제출하지 못하여 법인세법이 정하는 의무를 위반하였다고 할 것이고, 원고가 부가가치세 신고시마다부가가치세법 제17조 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제를 받기 위하여 관할세무서장에게 계산서합계표를 제출하였으나 그 때마다 피고 소속 담당공무원이 이를 반려하였다는 점에 관하여는 이에 부합하는 갑 제38, 51호증의 각 기재, 갑 제10호증의 일부기재, 제1심 증인 원종식의 증언은 믿기 어렵고, 갑 제15호증의 1 내지 18, 갑 제16호증의 1 내지 12의 각 기재만으로는 이 점을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 설사 원고가부가가치세법 제17조 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제를 받기 위하여 관할세무서장에게 계산서합계표를 제출한 바 있다 하더라도 그러한 사정만으로 법인세법이 정한 계산서합계표를 제출할 의무를 이행한 것이라고 보기 어려운 데다가 원고가 그것으로 계산서합계표 제출의무를 다하는 것으로 알았다고 하더라도 법인세법상 계산서합계표를 제출하지 않은 데 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
 나. 세금계산서 불실기재로 인한 가산세 부과처분 부분에 관하여
 (1) 원고의 주장
 원고는 거래상대방인 축산농가의 비협조로 인하여 사업자등록번호를 알 수 없었고 피고측도 비밀유지 등을 이유로 상대방의 사업자등록번호를 알려주지 않아 부득이 세금계산서에 주민등록번호를 기재한 세금계산서를 교부하게 된 것이므로 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있었을 뿐만 아니라, 세금계산서의 그 밖의 기재사항으로 보아 실제 거래사실이 확인되므로 사업자등록번호가 기재되지 않은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보기도 어렵다. 따라서 피고가 원고에게 세금계산서 불실기재를 이유로 가산세를 부과한 위 처분은 위법하다.
 (2) 관계법령
 별지 관계법령 2. 기재와 같다.
 (3) 인정사실
 ① 원고는 1991. 4. 17. 사료제조·판매업을 영위할 목적으로 설립된 주식회사로 그 무렵부터 축산업자들인 거래상대방과 계속적으로 사료거래를 하여 오면서 1997년 이래 몇 차례 거래상대방에게 사업자등록을 할 것 및 사업자등록을 할 경우 원고에게 이를 알려줄 것 등을 촉구하는 서면을 보냈을 뿐 사업자등록이 되어 있으나 그 사업자등록번호를 알려주지 않는 거래상대방의 사업자등록번호를 알기 위한 별다른 노력은 하지 않았다. 
 ② 원고는 이 사건 소를 제기하기 직전인 2001. 3. 초순경에 이르러서야 비로소 과세관청인 피고에게 거래상대방의 사업자등록증 유무 확인 및 열람신청을 하여 같은 달 13. 피고로부터 비공개 및 비밀유지사항에 해당한다는 이유로 알려줄 수 없다는 취지의 회신을 받았다.
 ③ 원고가 사업자등록번호 대신 주민등록번호를 기재하여 발행한 세금계산서에는 공급받는 자의 상호와 성명, 사업장 주소, 업태 및 종목이 기재되어 있으나 등록번호란은 공란으로 두고 비고란에 공급받는 자의 주민등록번호가 기재되어 있다.
 [채택 증거] 갑 제12호증의 1 내지 5, 갑 제14호증, 갑 제39호증의 1 내지 8, 갑 제40호증의 1 내지 7, 갑 제42호증의 1 내지 12, 갑 제43호증, 갑 제48호증의 1, 2, 3, 을 제5호증의 1 내지 4의 각 기재, 제1심 증인 김성룡의 일부증언, 변론 전체의 취지 
 [배척 증거] 제1심 증인 김성룡의 일부증언
 (4) 판단
 위 인정사실에 의하면, 원고는 축산업자인 거래상대방과 계속적으로 거래관계를 유지해 왔고, 거래의 규모나 횟수 등으로 보아 사업자인 거래상대방의 사업자등록번호를 알아 낼 수 있었음에도 노력을 다하지 아니한 채 세금계산서에 사업자등록번호 대신 주민등록번호를 기재하였다고 보이므로 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 또한, 위 인정사실만으로는 원고가 ‘착오로’ 세금계산서의 필요적 기재사항인 사업자등록번호 대신에 주민등록번호를 잘못 기재하였다고 보기 어렵고 위와 같은 세금계산서의 기재사항은 그것만으로 거래상대방이 사업자등록을 한 사업자인지 여부를 알 수 없어 원고와 사업자와의 거래사실을 확인할 수 있는 경우에 해당한다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.
 다. 영세율과세표준 불성실신고로 인한 가산세 부과처분 부분에 관하여
 (1) 원고의 주장
 부가가치세 영세율첨부서류인 기관장의 납품확인서를 제출하지 않았다는 이유로 가산세를 부과할 수 있는 근거규정이 없을 뿐만 아니라, 원고는 기관장의 납품확인서를 제출하지는 못했지만 그 대신 영세율적용대상과 금액의 확인이 충분히 가능한 월별판매액합계표를 제출하였으므로 과세표준의 신고누락과 동일하게 영세율과세표준 불성실신고로 볼 수 없음에도 원고가 기관장의 납품확인서를 제출하지 않았다는 이유로 피고가 가산세를 부과한 것은 위법하다.
 (2) 관계법령
 별지 관계법령 3. 기재와 같다.
 (3) 판단
 피고가 원고에게 영세율과세표준 불성실신고로 인한 가산세를 부과한 근거법령인부가가치세법 제22조 제6항,구 부가가치세법시행령 제64조 제9항,제65조 제4항에 관하여 살피건대,부가가치세법 제22조 제6항은 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 아니하거나 과세표준에 미달하여 신고한 경우 가산세를 부과할 수 있도록 규정하고 있고,구 부가가치세법시행령 제64조 제9항,제65조 제4항은 ‘부가가치세법 제11조 제1항과구 부가가치세법시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준’에 관하여 수출대금입금증명서, 수출실적명세서 등구 부가가치세법시행령 제64조 제3항에 규정된 관련서류를 당해 신고서에 첨부하지 않으면 과세표준의 신고로 보지 않는다고 규정되어 있으므로,부가가치세법 제22조 제6항,구 부가가치세법시행령 제64조 제9항,제65조 제4항에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 않은 것으로 간주하기 위하여는 그 신고대상 과세표준이부가가치세법 제11조 제1항과구 부가가치세법시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 거래에 관한 것이어야 할 것이다. 그런데 원고의 위 배합사료 공급은 법문 해석상부가가치세법 제11조 제1항과구 부가가치세법시행령 제26조에 의하여 영세율적용을 받는 거래가 아니다(원고의 위 배합사료 공급은구 조세감면규제법 제99조 제4항 또는구 조세특례제한법 제105조 제5호에 의하여 영세율적용을 받는 거래로 보인다). 따라서 원고의 위 배합사료 공급이부가가치세법 제11조 제1항과구 부가가치세법시행령 제26조에 의하여 영세율적용을 받는 거래임을 전제로 한 피고의 위 가산세 처분은 위법하다.
3. 결론
 그렇다면, 피고가 원고에게 부과한 이 사건 부가가치세 중 별지목록 3. 기재 영세율과세표준 불성실신고로 인한 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고와 피고의 항소를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[각 별지 목록 생략]

판사 김용헌(재판장) 금덕희 최정기