법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2021.02.25 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 시도카캐리어서비스(Cido Car Carrier Service Ltd) (소송대리인 법무법인(유한) 민 담당변호사 김경선)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 서초세무서장 외 1인 (소송대리인 법무법인 남산 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2017. 2. 7. 선고 2014누3381 판결
【주 문】
1. 원심판결의 원고 패소 부분 중 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부분, 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 가운데 신고불성실가산세 부분, 2006 사업연도 법인세할 주민세(가산세 포함) 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 2. 원고의 나머지 상고와 피고들의 상고를 모두 기각한다.

【이 유】상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 및 법인세할 주민세(가산세 포함) 부과처분에 대하여(원고의 상고이유 제5점 및 피고들의 상고이유 관련)
 가. 원고의 이 부분 상고이유에 대한 판단
 (1) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제91조 제1항은 “국내사업장을 가진 외국법인 등의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 국내원천소득의 총합계액(제98조 제1항, 제98조의3 또는 제98조의5에 따라 원천징수되는 국내원천소득금액을 제외한다)에서 다음 각호의 규정에 따른 금액 또는 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 항 제3호는 “선박 또는 항공기의 외국항행으로 인하여 발생하는 소득. 다만 그 외국법인의 본점 또는 주사무소가 있는 외국이 우리나라의 법인이 운용하는 선박 또는 항공기에 대하여 동일한 면제를 하는 경우에 한한다.”라고 규정하고 있다. 
 (2) 원심은 원고의 2006 사업연도(2006. 1. 1. ~ 2006. 3. 31.) 소득과 관련하여 그 판시와 같은 이유로, 유도해운 주식회사(이하 ‘유도해운’이라 한다)에서 원고의 본질적이고 중요한 사업활동이 이루어졌으므로 원고는 유도해운을 국내사업장으로 가진 외국법인에 해당한다고 보고, 국외에서 화물을 선적하였는지를 불문하고 원고의 2006 사업연도 매출수익 전부를 유도해운에서 행하는 사업이나 유도해운에서 제공하는 인적 용역 또는 그곳에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익으로 인한 소득인 국내원천소득으로 인정하여, 2006 사업연도 법인세 부과처분 중 기타수익 부분을 공제한 금액을 과세표준으로 한 부분 및 2006 사업연도 법인세할 주민세(가산세 포함) 부과처분이 적법하다고 판단하였다.
 (3) 먼저 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단 중 원고가 국내사업장을 가진 외국법인에 해당한다는 부분은 정당하고 거기에 외국법인의 국내사업장에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 그러나 원심의 판단 중 원고의 2006 사업연도 매출수익 전부가 국내원천소득으로서 법인세 과세대상이라는 부분은 받아들이기 어렵다. 구 법인세법 제91조 제1항 제3호에 의하면, 외국법인의 국내원천소득 중 선박의 외국항행으로 발생하는 소득은 그 외국법인의 본점 또는 주사무소가 있는 외국이 우리나라의 법인이 운용하는 선박에 대하여 동일한 면제를 하는 경우(이하 ‘상호면세’라 한다)에 이를 국내원천소득에서 공제하여야 하므로, 원심으로서는 원고의 2006 사업연도 매출수익 중 선박의 외국항행으로 인하여 발생한 소득이 있었는지, 원고의 본점이 소재한 홍콩이 우리나라의 법인이 운용하는 선박에 대하여 동일한 면제를 하는지에 관하여 심리한 다음, 위 규정이 원고에게 적용되는지를 판단하여야 한다.
 따라서 이 부분 원심의 판단에는 외국법인의 ‘선박의 외국항행으로 발생한 소득’에 대한 상호면세에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 부분 원고의 상고이유 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다. 
 나. 피고들의 상고이유에 대한 판단
 원심은, 피고 서초세무서장이 원고의 2006 사업연도 손익계산서상의 기타수익에 관하여 원고가 선박에 의한 사업을 영위하면서 발생한 매출수익 이외의 수익으로서 국내원천소득이라고만 주장할 뿐 그 수익의 구체적인 내용이나 원고가 국내에서 행하는 사업이나 국내에서 제공하는 인적 용역 또는 국내에 있는 자산과의 관련성이나 유사성 등을 주장ㆍ증명하고 있지 아니하므로, 기타수익의 구체적인 내용 등이 밝혀지지 않은 이상 그 수익이 구 법인세법 제93조 제1호 (차)목에 해당하는 원고의 국내원천소득에 해당한다고 단정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다고 판단하였다. 
 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 외국법인의 국내원천소득에 대한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다. 
 2. 2007 내지 2009 사업연도 법인세 본세 부과처분에 대하여(원고의 상고이유 제1 내지 4점 관련) 
 가. 원고의 상고이유 제1점에 대한 판단
구 법인세법 제1조 제1호가 국내에 본점이나 주사무소를 둔 법인 외에도 ‘사업의 실질적 관리장소’를 둔 법인도 ‘내국법인’으로 규정하고 있더라도, 헌법상 조세법률주의 등을 위반하였다고 볼 수 없으므로(헌법재판소 2020. 2. 27. 선고 2017헌바159 전원재판부 결정 참조), 이 부분 상고이유 주장은 받아들이지 않는다.
 나. 원고의 상고이유 제2점에 대한 판단
 (1) 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전 법인세법 제1조 제1호는 ‘내국법인’을 ‘국내에 본점이나 주사무소를 둔 법인’으로 규정하였으나, 개정 후 2006. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용되는 구 법인세법 제1조 제1호는 ‘내국법인’을 ‘국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인’으로 규정하고 있다. 한편 위 개정 전후 법인세법 제94조 제1항은 “외국법인이 국내에 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정된 장소를 가지고 있는 경우에는 국내사업장이 있는 것으로 한다.”라고 규정하고 있다.
 (2) 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어, 사업의 실질적 관리장소와 외국법인의 국내사업장은 서로 그 입법 취지와 판단 기준을 달리한다는 전제하에 원고를 2006 사업연도에는 유도해운을 국내사업장으로 가진 외국법인으로, 2007 내지 2009 사업연도(2006. 4. 1. ~ 2009. 3. 31.)에는 국내에 사업의 실질적 관리장소를 둔 내국법인으로 인정하였다.
 (3) 앞서 본 규정과 관련 법리에 따라 기록을 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 사업연도별 외국법인 여부 판단에 관한 이유가 모순되는 등의 잘못이 없다. 
 다. 원고의 상고이유 제3, 4점에 대한 판단 
 (1) 내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 ‘실질적 관리장소’란 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소를 뜻하고, 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리ㆍ처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말한다. 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록ㆍ보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 1. 14. 선고 2014두8896 판결 참조). 
 (2) 원심은 적법하게 채택한 증거들에 의하여 인정한 사실관계를 바탕으로 그 판시와 같은 이유를 들어, 원고의 사업수행상 필요한 중요한 관리와 상업적 결정의 내용을 국내외 대리점의 개설 및 관리, 운송 및 대선영업에 관한 결정 등으로 특정하고, 그 주체를 원고의 실질적 설립자이자 대표이사였던 소외인으로 확정한 다음, 소외인의 주거지 및 사무실, 유도해운의 업무 수행상 역할, 지위 및 업무수행 내용, 원고의 영업, 경리ㆍ회계업무 및 관리업무, 원고의 임원이 통상적으로 활동을 수행하는 장소에 더하여 원고의 설립 경위와 조세회피 의도 등 설립 목적, 원고의 회계기록이 보관되는 장소와 같은 추가적인 고려요소 및 법인의 실질적 관리장소는 관리주체가 외국에서 한 행위의 다과에 따라 결정되는 것이 아니라는 점 등 여러 사정을 종합하여 원고의 실질적 관리장소가 일본을 비롯한 세계 각지라는 원고의 주장을 배척하고, 원고의 실질적 관리장소는 국내라고 판단하였다. 
 (3) 앞서 본 법리에 따라 기록을 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 실질적 관리장소의 판단요소 및 적용기준, 실질적 관리장소의 소재지 결정 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 3. 각 부가가치세 가산세 부과처분 관련 사업자등록의무 및 영세율 과세표준 신고의무의 범위에 대하여(원고의 상고이유 제7점 관련) 
 가. 원고의 사업자등록의무의 존부에 대한 판단
 원심은 그 판시와 같은 이유로, 운수업을 영위하는 법인의 사업장이 그 법인의 등기부상 소재지에 한정된다고 볼 수 없고, 원고는 사업연도에 따라 국내에 실질적 관리장소를 둔 내국법인 또는 국내사업장을 가진 외국법인으로서 유도해운을 통해 사업을 계속해서 수행하였으므로 부가가치세법상 사업장이 있는 법인으로서 사업자등록의무가 있다고 판단하였다.
 관련 규정과 법리에 따라 기록을 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 부가가치세법상 사업장의 의미와 판단 기준에 관한 법령 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 나. 원고의 영세율 신고의무 존부에 대한 판단
 (1) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제3호 및 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제1항에 의하면 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 외국항행 용역의 공급에 대하여는 영세율이 적용된다. 한편 구 부가가치세법 제10조 제2항 제2호는 국내외에 걸쳐 용역이 제공되는 국제운송의 경우에 사업자가 비거주자 또는 외국법인인 때에는 여객이 탑승하거나 화물이 적재되는 장소를 용역이 공급되는 장소로 규정하고 있고, 같은 법 제11조 제2항은 사업자가 비거주자 또는 외국법인인 경우에는 그 외국에서 대한민국의 거주자 또는 내국법인에 동일한 면세를 하는 경우에 한하여 영세율을 적용하도록 규정하고 있다(이하 대한민국의 거주자 또는 내국법인에 동일한 면세를 하는 외국을 ‘상호면세국’이라 한다). 
위와 같은 관련 규정의 체계와 문언을 종합하면, 비거주자 또는 외국법인에 의하여 제공되는 외국항행 용역의 경우에는 여객의 탑승이나 화물의 적재가 국내에서 이루어지는 경우에 한하여 부가가치세 과세대상이 되고, 특히 해당 외국법인이 상호면세국의 사업자인 경우에는 우리나라에서 여객이나 화물이 탑승 또는 적재되는 경우에만 영세율이 적용되므로, 외국항행 용역을 제공하는 외국법인은 위와 같은 경우에만 영세율이 적용되는 과세표준을 신고할 의무가 있다고 봄이 타당하다.
 (2) 원심은 그 판시와 같은 이유로, 원고는 과세연도에 따라 국내에 실질적 관리장소를 두고 자동차해상운송사업과 용대선사업을 하는 내국법인 또는 국내사업장을 가진 외국법인으로서 원고가 영위한 사업은 부가가치세법령상 영세율이 적용되는 용역의 제공에 해당하므로 피고 서초세무서장이 원고의 손익계산서상 매출 전체를 영세율 신고대상 거래로 보고 가산세를 산출한 것은 적법하다고 판단하였다. 
 (3) 그러나 원심의 판단은 앞서 본 법리에 비추어 받아들이기 어렵다. 원고는 2006 사업연도(2006. 1. 1. ~ 2006. 3. 31.)에는 국내사업장을 둔 외국법인으로서, 국내뿐 아니라 국외에서도 화물을 수송하는 사업을 수행하여 왔으므로 2006 사업연도에 국외에서 선적된 화물의 운송에 관한 원고의 매출분에 대해서는 영세율 신고의무가 없다. 따라서 원심으로서는 2006년 제1기분 영세율미신고로 인한 신고불성실가산세와 관련하여 2006. 1. 1.부터 2006. 3. 31.까지는 원고의 매출수익 중 화물의 국외 선적과 관련하여 발생한 금액을 따져 본 다음, 위 신고불성실가산세 부과처분의 위법 여부를 판단하였어야 한다. 
 따라서 원심의 위와 같은 판단에는 부가가치세 과세표준 산정에 관한 법리 등을 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 부분 원고의 상고이유 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.
 4. 각 법인세 가산세 및 부가가치세 가산세(그중 2006년 제1기분 신고불성실 가산세의 경우 영세율 신고의무가 있는 부분에 한정) 면제의 정당한 사유에 대하여(원고의 상고이유 제6점 관련)
 원심은 그 판시와 같은 사정을 들어, 원고에게 세법상 의무를 인정하는 데에 전제가 된 구 법인세법 제1조 제1항의 ‘실질적 관리장소’ 개념이 원고가 설립된 직후 도입되었고 당시 그 해석에 관한 견해가 확립되지 않았다고 하더라도 이는 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그러한 사정만으로 원고가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있거나 그 의무 해태를 정당화할 수 있는 사정이 있는 경우에 해당한다고 볼 수는 없다는 이유로, 이 부분 각 가산세를 면할 정당한 사유가 있다는 원고의 주장을 배척하였다(다만 원심은 원고의 2006 사업연도 법인세 본세와 2008, 2009 사업연도 법인세 부당무신고가산세 중 일부는 납세의무가 인정되지 않는다고 보아 정당한 세액을 초과하는 위 각 사업연도 법인세 가산세 부과처분과 위 각 사업연도 법인세할 주민세 부과처분의 일부를 취소하였다). 
 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 가산세를 면할 정당한 사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 5. 근거과세원칙 위배 여부에 대하여(원고의 상고이유 제8점 관련)
 판결서의 이유에는 주문이 정당하다는 것을 인정할 수 있을 정도로 당사자의 주장, 그 밖의 공격ㆍ방어방법에 관한 판단을 표시하면 되고 당사자의 모든 주장이나 공격ㆍ방어방법에 관하여 판단할 필요가 없다(행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제208조). 따라서 법원의 판결에 당사자가 주장한 사항에 대한 구체적ㆍ직접적인 판단이 표시되어 있지 아니하더라도 판결 이유의 전반적인 취지에 비추어 그 주장을 인용하거나 배척하였음을 알 수 있는 정도라면 판단누락이라고 할 수 없고, 설령 실제로 판단을 하지 아니하였더라도 그 주장이 배척될 경우임이 분명한 때에는 판결 결과에 영향이 없어 판단을 누락한 위법이 있다고 할 수 없다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2013두22482 판결 등 참조).
 원심판결 이유를 기록에 비추어 살펴보면, 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어 이 사건 각 부가가치세 가산세 부과처분이 근거과세원칙에 위배된다는 원고의 주장을 배척하였고, 위와 같은 판단과 이 사건 각 법인세 부과처분이 위법하다는 원고의 주장에 대하여 2006 사업연도 법인세 부과처분 중 일부를 제외한 나머지 주장을 배척한 판단에는 홍콩에서 작성된 원고의 재무제표를 법인세법상 적법한 장부에 해당한다고 볼 수 없으므로 원고의 재무제표에 근거하여 과세표준 및 세액을 산정한 위 각 처분은 근거과세원칙에 위배되어 위법하다는 원고의 주장도 배척하는 취지가 포함되어 있다고 볼 것이다. 설령 원심이 그에 관한 명시적 판단을 하지 아니하였다고 보더라도, 원고가 원심에서 홍콩에서 작성된 원고의 재무제표에 적용된 회계기준이 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제79조 각호의 회계기준에 배치된다거나 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 관행에 해당하지 않는다는 등의 구체적인 주장이나 증명을 하지 아니한 이상 원고의 주장이 배척될 수밖에 없음이 분명하므로, 그러한 사정이 판결 결과에 영향을 미쳤다고 할 수 없다. 따라서 원심의 판단에 상고이유 주장과 같은 판단을 누락한 잘못이 있다고 할 수 없다. 
 6. 결론 
 그러므로 원심판결의 원고 패소 부분 중 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부분, 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 가운데 신고불성실가산세 부분, 2006 사업연도 법인세할 주민세(가산세 포함) 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하며, 원고의 나머지 상고와 피고들의 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 민유숙(재판장) 김재형 이동원 노태악(주심)

[1] 내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 구 법인세법 제1조 제1호, 제3호에서 정한 ‘실질적 관리장소’의 의미 및 법인의 실질적 관리장소가 어디인지 판단하는 방법
[2] 외국항행 용역을 제공하는 외국법인에 부가가치세법령상 영세율이 적용되는 과세표준을 신고할 의무가 있는 경우