후발적 경정청구사유 해당 여부 (일반행정, 대구지방법원)
공포일: 2024.08.14 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위 등

가.원고는2013. 6. 26.부동산투자 및 컨설팅사업,주택건설 및 분양업 등을 목적으로 설립된 법인이다.
나.원고와○○○○○○주식회사 사이의 매매계약 체결 경위

1)원고는2020. 6. 29.○○○○○○주식회사(이하‘○○○○○○’이라 한다)와 사이에,원고가○○○○○○이 소유한 대구○구○○동○○-○외2필지 지상에 위치한 집합건물인○○○○○(이하‘○○○○○’라 한다)내11개 구분소유건물(제비01호,제101호,제201호,제301호,제401호,제434호,제541호,제601호,제701호,제801호,제901호,이하‘이 사건 매매목적물’이라 한다)을 매수하고,○○○○○의 구분소유건물 중 이 사건 매매목적물 이외의 나머지 부분(이하‘기타 구분소유건물’이라 한다)도○○○○○○이 기타 구분소유건물 소유자들로부터 매수한 뒤 그 매수인의 지위를 승계받을 목적으로 아래와 같은 내용의 양해각서를 체결하였다.
제1조(거래의 요지)○○○○○○은 이 사건 매매목적물을 소유하고 있다. 또한 ○○○○○○은 기타 구분소유건물 소유자가 소유한 기타 구분소유건물에 관하여 부동산매매계약을 체결할 예정이다. ○○○○○○은 (ⅰ) 본건 부동산 내 ○○○○○○이 소유하고 있는 이 사건 매매목적물 및 (ⅱ) ○○○○○○이 기타 구분소유건물 소유자와 매매계약에 따라 가지게 될 매수인의 지위를 원고 및 원고가 지정한 자에게 매도하고자 한다. 
제4조(본 계약의 체결 및 주요 조건)(2) ○○○○○○과 원고는 이 사건 매매목적물에 관한 매매대금 및 기타 구분소유건물에 관한 매매대금 합계 잠정 매매대금을 금 일천오십억(105,000,000,000)원으로 합의한다.(3) 제2항의 매매대금의 금액은 어떠한 경우에도 조정될 수 없다. 다만, 잔금의 지급시기 및 방법은 본건 거래의 종결에 관하여 제한 사항 등이 있는 경우 당사자들의 협의에 의하여 조정될 수 있다. ○○○○○○은 원고가 본 계약에 따른 매매대금을 조달하는 데에 있어 필요한 경우 최대한 협조하기로 한다.(4) 본 계약상 매매대금 지급시기와 방법은 본 계약 체결일에 계약금 금 오십억(5,000,000,000)원을, 본 계약에서 정하는 거래종결일에 잔금 금 일천억(100,000,000,000)원을 지급하는 것으로 한다. 계약금은 원고가 본 계약상의 의무를 위반하는 경우 ○○○○○○에 의하여 몰취될 수 있는 위약금으로 하기로 한다. 

2)원고는2020. 10. 12.○○○○○○과○○○○○의 이 사건 매매목적물과 기타 구분소유건물에 관하여 아래와 같은 내용의 부동산매매계약(이하‘이 사건 부동산 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.

○○○○○○은 본 계약의 조건에 따라 이 사건 매매목적물을 원고에게 매도하고자 하며 원고는 본 계약의 조건에 따라 이를 ○○○○○○으로부터 매수하고자 한다(이하 ‘본건 매매 거래’라 한다). 또한 이 사건 매매목적물의 매매와 별개로 ○○○○○○은 본 계약의 조건에 따라 기타 구분소유건물의 매수인 지위를 원고에게 이전하고자 하고 원고는 본 계약에 따라 이를 ○○○○○○으로부터 이전받고자 한다(이하 ‘본건 매수인지위 이전 거래’라하고, 본건 매매 거래와 본건 매수인지위 이전 거래를 통칭하여 ‘본건 거래’라 한다) 
제1조 본건 매매 거래
1.1 매매: 본 계약의 조건에 따라 그리고 본 계약 조건의 적용을 조건으로 하여, ○○○○○○은 이 사건 매매목적물을 허용된 부담을 제외한 일체의 부담이 없는 상태로 원고에게 매도하며, 원고는 이 사건 매매목적물을 같은 조건으로 ○○○○○○으로부터 매수한다.
1.2 매매대금: 이 사건 매매목적물의 매매대금은 부가가치세를 제외하고[금 칠백팔십억(78,000,000,000)원]으로 한다.
1.3 매수인은 매도인에게 매매대금을 다음의 일정에 따라 지급한다.(후략) 구분금액(원)지급기일계약금[3,000,000,000][2020년 11월 6일]잔금[75,000,000,000][2021년 6월 30일] 1.5 (전략)...○○○○○○과 원고는 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률에 따라 설립된 관리단 채무의 청산 및 ○○○○○의 명도와 관련하여 관리단에게 금 이십삼억((원)2,300,000,000)원의 한도 안에서 ○○○○○○과 원고가 함께 관리단에게 합의금을 지급하기로 하는 합의서를 체결하기로 하고, 원고가 관리단 합의금을 지급하는 경우에는 원고가 지급한 금액과 동액을 매매대금에서 감액하기로 한다. 또한 ○○○○○○은...(중략)...거래종결일을 기준으로 원고가 제4.2조에 따라 ○○○에 대하여 채무를 부담하게 되는 경우 그 채무액과 동액의 금액을 원고에게 지급하기로 하며 이와 같은 ○○○○○○의 원고에 대한 금전 지급 채무는 원고의 ○○○○○○에 대한 잔금 지급 채무와 상계될 수 있다. 
제2조 본건 매수인지위 이전 거래 
2.2 (전략)...기타 구분소유건물 부분 중 본건 부동산 제414호, 제415호, 제416호, 제522호, 제523호, 제524호, 제402호, 제520호(이하 ‘원고 책임 취득 부분’이라 한다)는 ○○○○○○이 기타 구분소유건물 소유자 매매계약을 체결하여 원고가 그 계약상 지위를 이전 받는 방법을 통해서가 아니라, 원고가 직접 경매 등의 절차를 통하여 그 소유권을 취득한다.
2.5 기타 구분소유건물 소유자 매매계약의 매매대금 총액 및 원고 책임 취득 부분의 경락대금(원고가 경매의 방법인 아닌 방법으로 취득하는 경우에는 그 취득을 위한 대금)의 합계액(이하 ‘기타 구분소유건물 매매대금 등’이라 한다)이 금[이백칠십억((원)270,000,000,000)]원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 ○○○○○○이 원고에게 거래종결일에 지급하기로 하고, 그 미만인 경우 그 차액을 원고가 ○○○○○○에게 거래종결일에 지급하기로 한다. 

3)그 후 원고는2021. 6. 2.1)○○○○○○과 이 사건 부동산매매계약의 내용을 아래와 같은 내용으로 변경하는 계약(이하‘이 사건 부동산매매변경계약’이라 한다)을 체결하였다.

제1조 목적
본 변경계약은 이 사건 부동산매매계약의 일부 조건을 변경하고, 새로운 사항을 정하는 것을 그 목적으로 한다. 
제3조 매매대금 및 지급일정의 변경 변경 전매매대금: 이 사건 매매목적물의 매매대금은 부가가치세를 제외하고 금 칠백팔십억((원)78,000,000,000)원으로 한다.변경 후매매대금: 이 사건 매매목적물의 매매대금은 부가가치세를 제외하고 금 팔백팔십오억((원)88,500,000,000)원으로 한다. 
1.1 이 사건 부동산매매계약 제1.2조는 다음과 같이 변경한다. 변경 전 구분금액(원)지급기일계약금3,000,000,0002020년 11월 6일잔금75,000,000,0002021년 6월 30일 변경 후 구분금액(원)지급기일계약금3,000,000,0002020년 11월 6일잔금85,500,000,0002021년 6월 30일 
1.2 본건 부동산매매계약 제1.3조의 지급 일정은 다음과 같이 변경한다. 

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1) 갑 제6호증의2기재에 의하면 이 사건 부동산매매변경계약 체결일이‘2020. 6. 2.’로 되어 있으나,이는‘2021. 6. 2.’의 오기로 보인다.
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다.원고의○○○○○○에 대한 이 사건 매매목적물의 매매대금 지급

원고는2021. 6. 30.까지 원고 책임 취득 부분을 포함한 기타 구분소유건물 취득을 위하여 합계32,824,000,000원을 지출하였고,같은 날○○○○○○에게 이 사건 매매목적물의 매매대금인88,500,000,000원에서 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 따라 원고가 기타 구분소유건물 취득을 위하여 지출한32,824,000,000원 중27,000,000,000원을 초과하는 나머지 부분인5,824,000,000원(= 32,824,000,000원-27,000,000,000원)을 공제한82,676,000,000원(= 88,500,000,000원-5,824,000,000원)을 지급하였다.
라.원고의 이 사건 매매목적물에 대한 취득세 신고 및 경정청구 등

1)원고는2021. 6. 30.피고에게 이 사건 매매목적물의 취득과 관련하여 이 사건 매매목적물의 매매대금88,500,000,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세3,540,000,000원,지방교육세354,000,000원,농어촌특별세177,000,000원 합계4,071,000,000원(이하 이 사건 매매목적물에 대한 취득세,지방교육세,농어촌특별세를‘취득세 등’이라 한다)을 신고·납부하였다.
2)원고는2022. 12. 5.피고에게 이 사건 매매목적물의 매매대금88,500,000,000원에서 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 따라 공제된5,824,000,000원을 제외한82,676,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등이 산정되어야 하므로 취득세232,960,000원,지방교육세23,296,000원,농어촌특별세11,648,000원 합계267,904,000원이 환급되어야 한다는 내용의 경정청구를 하였으나,피고는2023. 1. 26.원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
3)원고는 이 사건 처분에 불복하여2023. 3. 20.조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은2023. 8. 29.원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지3, 5내지46호증(각 가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장

원고는○○○○○를 매수한 뒤에 철거 후 그 토지에 주상복합건물 신축사업을 할 목적이었으므로 이 사건 매매목적물뿐만 아니라 기타 구분소유건물까지 모두 매수하여야 했다.이에 원고는 이 사건 부동산매매계약 및 이 사건 부동산매매변경계약을 통하여○○○○○○과 사이에○○○○○의 총 매매대금을 이 사건 매매목적물의 매매대금으로88,500,000,000원,기타 구분소유건물의 매매대금 등으로27,000,000,000원 합계1,155,000,000,000원으로 정하되,이 사건 부동산매매계약 제2.5조에서 원고가 지급한 기타 구분소유건물의 매매대금 등이27,000,000,000원을 초과하는 경우 초과 부분을 이 사건 매매목적물의 매매대금에서 감액하고,기타 구분소유건물의 매매대금 등이27,000,000,000원에 이르지 못하는 경우 미달하는 부분을 이 사건 매매목적물의 매매대금에 더하여 지급하기로 합의하였다.즉,이 사건 매매목적물의 매매대금은88,500,000,000원으로 확정된 것이 아니라 잠정적인 매매가격에 불과하고,기타 구분소유건물의 매매대금 등이27,000,000,000원을 초과하는지 아닌지에 따라 이 사건 매매목적물의 매매대금이 확정되는데,기타 구분소유건물의 매매대금이32,824,000,000원으로 이 사건 부동산매매계약 제2.5조의27,000,000,000원에서5,824,000,000원이 초과되었으므로,이 사건 매매목적물의 매매대금은 위와 같이 초과된 금액을 공제한 나머지82,676,000,000원(= 88,500,000,000원-5,824,000,000원)으로 확정되었다.
원고는 당초 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 따라 감액되는 부분을 고려하지 않고 이 사건 매매목적물의 매매대금을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고하였으나,앞서 본 바와 같이 이 사건 매매목적물의 취득세 등에 대한 과세표준은82,676,000,000원이므로,원고가 취득세 등으로 초과납부 한267,904,000원은 환급되어야 한다.그럼에도 불구하고 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
나.관계 법령

별지‘관계 법령’기재와 같다.
다.판단

앞서 든 증거,갑 제47, 48호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면,이 사건 매매목적물의 매매대금은 기타 구분소유건물의 매매대금 등에 따라 증감되는 것이 아니라 이 사건 부동산매매변경계약에 따른88,500,000,000원으로 확정되었다고 보는 것이 타당하므로 원고가 처음 신고·납부한 취득세 등이 과다 납부되었다고 보기 어렵다.따라서 이와 다른 전제의 원고의 주장은 이유 없다.
1)원고가 피고에게 신고·납부하거나 경정청구를 한 취득세 등에 대한 과세물건은 기타 구분소유물건에 관한 것이 아니라 이 사건 매매목적물이다.이 사건 부동산매매계약 및 이 사건 부동산매매변경계약에 의하면,이 사건 매매목적물의 매매대금은88,500,000,000원이므로,원고가 납부해야 할 취득세 등에 대한 과세표준 역시 위 매매대금88,500,000,000원이 되어야 한다.
2)원고가○○○○○○과 체결한 이 사건 부동산매매계약은 크게① ○○○○○○이 신탁계약을 통해 소유하고 있는 이 사건 매매목적물에 관한‘본건 매매 거래’에 관한 것과,② ○○○○○○이 이 사건 매매목적물을 제외한 기타 구분소유건물의 소유자들로부터 받은 매수인의 지위를 원고에게 이전하는 것을 목적으로 하는‘본건 매수인지위 이전 거래’에 관한 것으로 구별된다.그리고 기타 구분소유건물의 매매대금 등이27,000,000,000원을 초과하거나 미달하는지 여부에 따라 초과액은○○○○○○이,미달액은 원고가 각 부담하기로 한 이 사건 부동산매매계약 제2.5조는‘본건 매수인지위 이전 거래’에 관한 것을 규정하고 있는 제2조 이하에서 규정되어 있으므로,이는 이 사건 매매목적물의 매매대금 그 자체에는 영향을 미친다고 보기 어렵다.
3)이 사건 부동산매매계약 제2.5조에서는 기타 구분소유물건 매매대금 등이27,000,000,000원을 초과하는 경우 그 초과 부분을○○○○○○이 원고에게,미달하는 경우 그 미달부분은 원고가○○○○○○에게 각 지급한다고 규정하고 있을 뿐이고,이러한 초과 또는 미달금액만큼 이 사건 매매목적물의 매매대금에서 감액하거나 증액한다고는 규정하고 있지 않다.
4)이 사건 부동산매매계약은 제1조에서‘본건 매매 거래’에 관해 정하고 있는데,제1.2조에서 이 사건 매매목적물의 매매대금을 정하고,제1.5조에서 원고가○○○○○관리단에게 합의금을 지급하는 경우에는 원고가 지급한 합의금을 이 사건 매매목적물의 매매대금에서 감액할 수 있다고 정하고 있다.즉,이 사건 매매목적물의 매매대금은 원고가○○○○○관리단에게 합의금을 지급한 경우 그 합의금의 범위 내에서만 감액될 수 있는 경우를 예정하고 있을 뿐이고,다른 감액 예정 사유를 정하고 있지 않다.
5)이 사건 매매목적물 거래 종결 시 원고의 준비물에 관해 정하고 있는 이 사건 부동산매매계약 제7.3조는 원고가○○○○○○에게 제1조에 따른 이 사건 매매목적물 매매대금의 잔금과 부가가치세의 합계액에서 이 사건 매매목적물의 임대차계약의 임대보증금(○○○의 임대보증금8,000,000,000원)을 공제한 금액에 대해 제6조의 비례배분일까지 발생한 세금,관리비,임대료 등을 최종 정산한 금액을 지급한다고 규정하고 있을 뿐이고,제2.5조에 따른 금액이 원고가○○○○○○에 지급해야 할 이 사건 매매목적물 매매대금에서 증액 또는 감액된다거나,이 사건 매매목적물의 잔금 지급 시에 위 금액을 공제하거나 증액하여 지급한다고 정하고 있지도 않다.
6)위와 같은 이 사건 부동산매매계약의 내용 등을 종합적으로 고려하여 보면,원고가○○○○○○에게 이 사건 매매목적물 매매대금88,500,000,000원에서 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 따른27,000,000,000원의 초과액5,824,000,000원을 공제한82,676,000,000원만을 지급하고 이 사건 매매목적물에 대한 소유권을 이전받은 것은,원고가 감액된 이 사건 매매목적물의 매매대금을 지급한 것이 아니라 거래의 편의를 위하여 이 사건 부동산매매계약 제2.5조에 의하여○○○○○○에게 가지는5,824,000,000원의 채권을 자동채권으로 하여○○○○○○의 원고에 대한 잔금 채권과 대등액에서 상계한 잔액을 지급한 것으로 보아야 한다.
7)법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로,법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니다(대법원1993. 4. 27.선고92누15895판결).원고가 작성한 재무상태표 및 계정 조정조서에 이 사건 매매목적물 매매대금으로 원고가○○○○○○에82,676,000,000원을 지급하였다고 기재되어 있다고 하더라도,앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 부동산매매계약 및 이 사건 부동산매매변경계약에 따라 실제로○○○○○○에게 지급한 이 사건 매매목적물의 매매대금은88,500,000,000원이므로,원고가 작성한 재무상태표 및 계정 조정조서에도 불구하고 이 사건 매매목적물에 대한 취득세 등의 과세표준 역시88,500,000,000원으로 보는 것이 합리적이다.
3.결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

■지방세기본법

제50조(경정 등의 청구)

①이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터90일 이내(법정신고기한이 지난 후5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.
2.과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

■구 지방세법(2021. 12. 28.법률 제18655호로 개정되기 전의 것)

제10조(과세표준)

①취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.다만,연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며,취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다.이하 이 절에서 같다)으로 한다.
②제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다.다만,신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부,그 밖의 무상취득 및「소득세법」제101조제1항 또는「법인세법」제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
3.판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

■구 지방세법 시행령(2021. 12. 31.대통령령32293호로 개정되기 전의 것)

제18조(사실상취득가격의 범위 등)

③법 제10조 제5항 제3호에서“대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2.법인장부:금융회사의 금융거래 내역 또는「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서.다만,법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변,화재,교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.
끝.