부가가치세부과처분취소 (세무, 부산지방법원)
공포일: 2013.04.18 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 삼덕 담당변호사 김백영)
【피 고】 북부산세무서장
【변론종결】2013. 3. 21.
【주 문】
 1. 피고가 2012. 9. 6. 원고에 대하여 한 2009년 제1기분 부가가치세 93,244,510원, 2012. 11. 15. 원고에 대하여 한 2009년 제1기분 부가가치세 가산세 59,695,130원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고와 소외 1(이하 ‘원고 등’이라고 한다)은 2005. 4. 13. 소외 2로부터 부산 강서구 (주소 생략) 대 941㎡ 및 그 지상의 지하 1층, 지상 6층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 하고, 위 토지 및 이 사건 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)의 각 1/2 지분에 관하여 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기를 마치고, 그 무렵부터 이 사건 부동산에서 모텔을 운영하여 오다가 2009. 7. 13. 폐업하였다.
 나. 부산광역시는 2008년경 이 사건 부동산을 포함한 부산 강서구 ○○동 일원에 ○○대교를 건설하기 위한 도시계획시설사업인 ‘○○대교건설민간투자사업(이하 ‘이 사건 도시계획시설사업’이라고 한다)’을 실시하기로 하고, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제88조에 의한 실시계획인가를 받고, 2008. 3. 26.과 2008. 5. 7. 이를 각 고시하였다.
 다. 부산광역시는 2008. 7.경 이 사건 도시계획시설사업에 편입되는 이 사건 부동산을 취득하기 위하여 원고 등과 협의하였으나 협의가 성립되지 아니하자 중앙토지수용위원회에 재결신청을 하였고, 중앙토지수용위원회는 2009. 4. 9. 수용개시일을 2009. 6. 2.로 하여 이 사건 부동산에 관한 수용재결을 하였다.
 라. 원고 등은 2009. 4. 29. 부산광역시가 위 수용재결에 따른 손실보상금으로 공탁한 아래 표 기재 금원을 각 수령하였는데, 그 중 이 사건 건물에 대한 손실보상금 합계 1,025,689,640원(이하 ‘이 사건 손실보상금’이라고 한다)에 관한 부가가치세는 신고·납부하지 않았다.
?소외 1원고 합계 토지 477,792,750원477,792,750원955,585,500원건물 512,844,820원512,844,820원1,025,689,640원영업손실10,500,000원 10,500,000원 21,000,000원 시설이전비7,875,000원7,875,000원15,750,000원 합계 1,009,012,570원1,009,012,570원2,018,025,140원
 마. 이 사건 손실보상금은 이 사건 건물을 다른 곳으로 이전하는 것이 어렵다고 보아 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘공익사업법’이라고 한다) 제75조 제1항 제1호 또는 제2호에 의하여 각 층별 1㎡당 단가에 면적을 곱하여 산출한 감정평가가액의 합계로 책정되었고, 위 보상가액에 부가가치세 매출세액은 포함되어 있지 않다.
 바. 부산광역시는 위 수용재결에 의하여 2009. 5. 11. 이 사건 부동산에 관하여 원고 등의 각 공유지분에 대한 이전등기를 마친 후 2010. 9.경 이 사건 건물을 철거하였고, 이에 따라 2010. 9. 6. 이 사건 건물의 일반건축물대장이 말소되었다.
 사. 피고는 이 사건 손실보상금을 부가가치세법에서 정한 재화의 공급에 따른 대가의 수령에 해당한다고 보고 2012. 9. 6. 2009년 제1기분 부가가치세 및 가산세 152,939,640원(93,244,510원 + 59,695,130원)을 원고 등을 연대납세의무자로 하여 부과처분하였다.
 아. 원고 등은 위 부과처분에 대한 이의신청을 거쳐 2012. 10. 8. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2012. 12. 6. 원고 등의 청구를 기각하였다.
 자. 피고는 이 사건 변론이 계속 중이던 2012. 11. 15. 위 부과처분 중 가산세 부분을 취소한 후 가산세의 종류와 산출 근거 등을 명시하여 같은 금액을 재부과처분하였다(이하 위 2012. 9. 6.자 부가가치세 부과처분과 2012. 11. 15.자 가산세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제4호증(각 가지번호 포함), 을 제1호증 내지 제8호증의 2(각 가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 중앙토지수용위원회 및 부산광역시 건설본부에 대한 각 사실조회 결과, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 1) 이 사건 손실보상금이 부가가치세 과세대상이 아니라는 전제에 선 주장
 첫째, 이 사건 손실보상금은 원고 등이 이 사건 건물의 소유권을 상실하는 것에 대한 대가일 뿐이지 ‘재화의 공급’에 대한 대가가 아니므로 부가가치세의 과세대상이 될 수 없다.
 둘째, 원고 등은 이 사건 건물을 포괄적으로 수용당하였으므로 이는 부가가치세법 제6조 제6항 제2호에서 규정하고 있는 사업의 양도에 해당하여 부가가치세의 과세대상이 될 수 없다.
 2) 이 사건 손실보상금이 부가가치세 과세대상이라는 전제에 선 주장
 첫째, 원고가 이 사건 손실보상금을 수령할 당시 부산광역시와 국세청 민원센터 등에 이 사건 손실보상금이 부가가치세 과세대상인지 여부에 관하여 문의한 결과 과세대상이 아니라는 답변을 듣고 이를 납부하지 않고 있었는데, 피고가 지금에 이르러서야 이 사건 처분을 함으로써 원고는 부담하지 않아도 될 가산세를 부담하게 되었고, 소외 1이 무자력이 됨으로써 그가 부담하여야 할 부분까지 원고가 모두 부담하게 되었으므로, 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.
 둘째, 원고 등이 수령한 이 사건 건물에 대한 손실보상금은 합계 988,168,260원임에도 피고는 합계 1,025,689,640원이라고 보고 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 과세표준 산정을 잘못하였다.
 셋째, 원고는 부산광역시로부터 이 사건 손실보상금을 수령하면서 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 교부하려고 하였으나 이를 거부당하여 세금계산서를 발행하지 못한 것이므로, 이 사건 처분 중 세금계산서 미발행을 이유로 한 가산세 부과처분은 위법하다.
 넷째, 원고는 이 사건 손실보상금을 수령하면서 당시의 판례와 법령에 대한 나름대로의 해석에 따라 부가가치세를 신고·납부하지 않은 것이고, 그와 같은 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이 사건 처분 중 가산세 부과처분은 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 먼저, 이 사건 손실보상금이 부가가치세의 과세대상인지 여부에 관하여 본다.
구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항에 의하면, 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급이라고 하고, 부가가치세의 성질에 비추어 그 인도 또는 양도는 재화를 사용·소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하는 것이다(대법원 1999. 2. 9. 선고 98두16675 판결 등 참조).
구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항은 ‘법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다’라고 규정하면서 제4호에서 ‘경매·수용·현물출자 기타 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것’이라고 규정하는 한편, 같은 조 제4항(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라고 한다)에서 ‘제1항 제4호에도 불구하고 도시 및 주거환경정비법·공익사업법 등에 따른 수용절차에 있어서 수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다’라고 규정하고 있다.
 부산광역시가 공익사업법의 수용에 관한 규정을 준용하는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 이 사건 건물을 수용하고 원고 등에게 손실보상금을 지급한 후 이 사건 건물을 철거한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이 경우가 이 사건 시행령 조항이 재화의 공급으로 보지 아니하는 경우로 규정하고 있는 ‘수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우’에 해당하여 부가가치세의 과세대상에서 제외되는지 여부가 문제된다.
 살피건대, 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 시행령 조항에 의한 ‘수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우’란 사업시행자가 해당 건물의 사용가치를 취득하는 것이 아니라 그 대지를 취득하는 것이 궁극적 목적인데 그 대지상의 건물의 이전이 물리적으로 불가능하거나(공익사업법 제75조 제1항 제1호), 경제적으로 불가능한 경우(같은 항 제2호) 등의 사유가 있기 때문에 해당 건물을 철거할 수밖에 없어 그 철거를 조건으로 해당 건물의 대가를 지급하는 경우를 의미하는 것으로 판단되고, 해당 건물의 소유자가 직접 철거 비용을 부담하였는지 여부나 건물 철거를 수행하였는지 여부는 이 사건 시행령 조항의 적용 여부와 관계가 없는 것으로 보아야 할 것이다(실제로 이 사건 시행령 조항은 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되면서 ‘해당 재화를 철거하는 조건으로’라는 문구가 삭제되어 현재는 ‘수용절차에 있어서 수용대상인 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다’라고 규정하고 있다).
 ① 2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 신설된 이 사건 시행령 조항은 사업시행으로 인해 해당 건물이 철거될 것이 예정되어 있어 매매대금 중 건물 가치에 상당하는 부분은 재화의 공급에 따른 대가가 아니라 건물철거에 따른 손실보상금의 성격을 가진 경우에는 부가가치세법에서 규정하는 재화의 공급으로 볼 수 없다는 종래 대법원 판례의 입장을 반영하여 종전에 수용절차와 관련하여 재화의 공급에 해당하는지 여부가 논란이 되었던 사안에 대하여 사업시행자가 재화의 사용가치를 취득하는 것이 아니라 재화를 철거할 경우에는 재화의 공급에 해당하지 않음을 분명히 함으로써 납세의무자를 보호하기 위한 입법 목적을 가진 것으로 보인다.
 ② 도시정비사업 등 통상의 대규모 개발사업에서는 사업시행자가 전문 철거업체에 사업대상지역의 철거작업을 일괄하여 위임하는 경우가 보통이므로, 이 사건 시행령 조항을 문리적으로만 해석하여 수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 직접 철거하는 주체가 되는 경우만을 규정한 것으로 볼 경우 납세의무자를 보호하기 위하여 신설된 이 사건 시행령 조항이 유명무실해질 가능성이 높다.
 ③ 이 사건에서와 같이 도시계획사업 시행자가 토지수용위원회의 수용재결에 따른 손실보상금을 지급하거나 공탁하는 경우 자진하여 손실보상금에 대한 부가가치세를 가산하여 지급·공탁하지 않고, ‘사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 한다’라고 규정하는 구 부가가치세법 제15조 규정이 사업자로부터 징수하고 있는 부가가치세 상당액을 공급을 받는 자에게 차례로 전가시킴으로써 궁극적으로 최종 소비자에게 이를 부담시키겠다는 취지에 불과하여 위 규정만으로는 공급을 받는 자가 거래의 상대방이나 국가에 대하여 부가가치세를 지급하거나 납부할 의무가 있다고 볼 수는 없다(대법원 1997. 4. 25. 선고 96다40677, 40684 판결, 대법원 2004. 2. 13. 선고 2003다49153 판결 등 참조)고 해석되는 이상 토지소유자가 협의절차가 아닌 수용재결절차를 거치는 경우에는 도시계획사업 시행자로부터 건물의 손실보상금에 대한 부가가치세 상당액을 지급받을 수 있는 법률적 수단은 존재하지 않는 것으로 보인다.
 2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 교량건설을 목적으로 하는 이 사건 도시계획사업에서 이 사건 건물은 철거될 것이 예정되어 있었고, 실제로 부산광역시가 이 사건 건물을 철거하였고, 그에 따라 이 사건 건물의 일반건축물대장이 말소된 점, 이 사건 건물의 이전이 불가능하다고 보아 이 사건 건물의 감정가액 상당으로 이 사건 수용보상금이 책정된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 수용보상금은 사업시행자가 해당 건물의 사용가치를 취득하는 것이 아니라 그 대지를 취득하는 것이 궁극적 목적인데 그 대지상의 건물의 이전이 물리적으로 불가능하거나, 경제적으로 불가능한 경우 등의 사유가 있기 때문에 해당 건물을 철거할 수밖에 없어 그 철거를 조건으로 해당 건물의 대가를 지급한 경우에 해당하므로, 이 사건 시행령 조항에 따라 재화의 공급에서 제외된다고 봄이 상당하다.
 따라서 피고가 이 사건 수용보상금이 부가가치세 과세대상에 해당한다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다[이 사건 건물의 수용이 부가가치세 부과 제외대상인 사업의 양도에 해당한다는 원고의 주장에 대하여는, 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 본문 및 같은 법 시행령 제17조 제2항에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’라 함은 사업장별로 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체하는 것을 말하는바(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두17895 판결 등 참조), 이 사건의 경우 사업의 동일성을 유지하면서 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도한 경우로 볼 수 없으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 또한 이 사건 수용보상금이 부가가치세의 과세대상이 아니라는 이유로 이 사건 처분을 취소하는 이상 과세대상이라는 전제에 선 원고의 나머지 주장은 더 나아가 살펴보지 아니한다].
 3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판단한다.
[[별 지] 관계 법령: 생략]

판사 김상국(재판장) 신윤주 장성욱

[1] 구 부가가치세법 시행령 제14조 제4항에 의한 ‘수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우’의 의미
[2] 甲 등이 소유한 토지와 건물에 대한 중앙토지수용위원회의 수용재결로 지방자치단체가 甲 등에게 손실보상금을 지급한 후 건물을 철거하였는데, 甲 등이 위 건물의 손실보상금에 관한 부가가치세를 신고·납부하지 않자 과세관청이 위 건물의 손실보상금을 재화의 공급에 따른 대가의 수령으로 보아 부가가치세 부과처분을 한 사안에서, 위 손실보상금은 구 부가가치세법 시행령 제14조 제4항에 따라 재화의 공급에서 제외되므로, 위 처분이 위법하다고 한 사례

[1] 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제14조 제4항(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라고 한다)에 의한 ‘수용대상인 재화의 소유자가 해당 재화를 철거하는 조건으로 그 재화에 대한 대가를 받는 경우’란 사업시행자가 해당 건물의 사용가치를 취득하는 것이 아니라 그 대지를 취득하는 것이 궁극적 목적인데 그 대지상의 건물의 이전이 물리적으로 불가능하거나(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제75조 제1항 제1호), 경제적으로 불가능한 경우(같은 항 제2호) 등의 사유가 있기 때문에 해당 건물을 철거할 수밖에 없어 그 철거를 조건으로 해당 건물의 대가를 지급하는 경우를 의미하는 것으로 판단되고, 해당 건물의 소유자가 직접 철거 비용을 부담하였는지 여부나 건물 철거를 수행하였는지 여부는 이 사건 시행령 조항의 적용 여부와 관계가 없는 것으로 보아야 할 것이다.
[2] 甲 등이 소유한 토지와 건물에 대한 중앙토지수용위원회의 수용재결로 지방자치단체가 甲 등에게 손실보상금을 지급한 후 건물을 철거하였는데, 甲 등이 위 건물의 손실보상금에 관한 부가가치세를 신고·납부하지 않자 과세관청이 위 건물의 손실보상금을 재화의 공급에 따른 대가의 수령으로 보아 甲 등을 연대납세의무자로 하여 부가가치세 부과처분을 한 사안에서, 교량건설을 목적으로 하는 도시계획사업에서 위 건물은 철거될 것이 예정되어 있었고, 실제로 지방자치단체가 건물을 철거하였고, 그에 따라 위 건물의 일반건축물대장이 말소된 점, 위 건물의 이전이 불가능하다고 보아 건물의 감정가액 상당으로 손실보상금이 책정된 점 등에 비추어 보면, 위 손실보상금은 사업시행자가 해당 건물의 사용가치를 취득하는 것이 아니라 그 대지를 취득하는 것이 궁극적 목적인데 그 대지상의 건물의 이전이 물리적으로 불가능하거나 경제적으로 불가능한 경우 등의 사유가 있기 때문에 해당 건물을 철거할 수밖에 없어 그 철거를 조건으로 해당 건물의 대가를 지급한 경우에 해당하므로, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제14조 제4항에 따라 재화의 공급에서 제외된다고 봄이 타당하다는 이유로 위 처분이 위법하여 취소되어야 한다고 한 사례.