법인세부과처분취소 (세무, 청주지방법원)
공포일: 2014.08.14 / 시행일:

【원 고】 유한회사 ○○○ (소송대리인 법무법인 명덕 담당변호사 임재흥)
【피 고】 동청주세무서장
【변론종결】2014. 7. 10.
【주 문】
 1. 피고가 2013. 1. 2. 원고에게 한 2009년 귀속 법인세 부과처분 중 1,916,145,541원 및 각 소득금액변동통지 등 처분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고(변경전 상호: 유한회사 △△△)는 2005. 6. 1. 설립되어 주택건설업 등을 영위하는 회사이다. 원고는 2009. 9. 28. 주식회사 □□□을 흡수합병하였고, 2010. 4. 29. 주식회사 ◇◇◇, 주식회사 ☆☆☆(이하 ‘합병전 ☆☆☆’라 한다), 유한회사 ○○○(이하 ‘합병전 ○○○’이라 한다)을 흡수합병하였다. 이후 원고의 상호는 2010. 7. 12. 유한회사 △△△에서 유한회사 ○○○로 변경되었다(이하 합병전 원고 회사를 ‘합병전 △△△’이라 한다. 한편 원고는 합병 이후 합병전 ☆☆☆와 ○○○의 권리, 의무를 포괄적으로 승계하였으나, 아래에서는 편의상 원고를 위 각 합병전 법인으로 나누어 부르기로 한다).
 나. 합병전 ☆☆☆, ○○○, △△△ 등은 소외 11 회사의 계열회사로 2005년 김해시 소재 ▽▽지구 아파트 건설 및 분양을 목적으로 설립된 시행사인데, 아파트 분양이 완료된 이후 원고 회사로 합병되어 1개의 법인만 존속하게 되었다. 2009 사업연도 당시 위 각 합병전 법인의 주주현황은 아래 법인별 주주현황 표 기재와 같다.
 - 합병전 법인별 주주현황 - 합병전 법인 주주 주식수 합병전 법인 주주 주식수 합병전 법인 주주 주식수 △△△ 주식회사 ◇◇◇ 32,000 ☆☆☆ 소외 8 12,400 ○○○ 소외 8 13,950 소외 3 25,600 소외 1 6,200 주식회사 ▽▽▽ 12,400 ?? 소외 6 5,580 소외 2 3,100 소외 1 6,400 소외 2 3,100 ?? 소외 4 2,170 소외 9 1,550 ?? 소외 7 1,550 
 다. 합병전 ○○○의 정관 제21조(보수 및 퇴직금) 제2항은 ‘임원의 퇴직금은 사원총회 결의로 정하는 임원퇴직금 지급규정에 의한다’고 규정하고 있고, 제25조(경과규정)는 ‘제21조 제2항 퇴직금에 관한 규정은 2009. 7. 1.부터 적용한다’고 규정하고 있다. 위 회사는 2009. 10. 30. 임시사원총회를 개최한 후 임원(이사 및 감사) 퇴직 시 퇴직금 지급액을 ‘퇴직직전 3월의 평균임금 × 재임연수 × 지급율(20배)’로 하는 내용의 임원퇴직금 지급규정을 결의하였고, 그에 따라 2009. 12. 31. 퇴직한 임원 소외 2(입사일: 2005. 6. 1.)에게 퇴직금 1,795,711,600원을 지급하였다. 2009. 10. 30.자 임시사원총회 의사록 중 임원퇴직금 지급규정의 내용은 아래 표 기재와 같다. 
 - 임원퇴직금 지급규정 - 1. 임원(이사와 감사)의 보수는 주주총회의 결의로 정한다. 2. 퇴임한 임원에게는 다음과 같이 산정된 퇴직금을 지급한다. 지급대상 범위 지급방법 지급율 임원 이사 및 감사 퇴직전 3월의 평균임금 × 재임연수 × 지급율 20배 ? 3. 제2항의 재임연수는 취임일로부터 퇴임일까지로 하되 비상근기간은 제외하며 1년 미만의 기간은 월할계산하고, 1월 미만은 1월로 하여 적용한다. 4. 퇴직한 임원은 재임기간이 1년 미만인 경우에도 퇴직금을 지급한다. 5. 회사발전에 특별한 공로가 있는 임원이 퇴임할 경우에는 주주총회의 승인을 얻어 제2항에 정한 퇴직금의 100% 범위 내에서 별도 퇴직위로금을 지급할 수 있다. 6. 보수와 퇴직금에 관하여 회사와의 별도 계약에 따라 취임한 임원에 대하여는 제1항 내지 제6항의 규정을 대신하여 그 계약의 내용을 우선 적용한다. 
 라. 합병전 △△△의 정관 제21조(보수 및 퇴직금) 제2항은 ‘임원의 퇴직금은 사원총회 결의로 정하는 임원퇴직금 지급규정에 의한다’고 규정하고 있고, 제25조(경과규정)는 ‘제21조 제2항 퇴직금에 관한 규정은 2009. 7. 1.부터 적용한다’고 규정하고 있다. 위 회사는 2009. 10. 30. 임시사원총회를 개최한 후 임원(이사 및 감사) 퇴직 시 퇴직금 지급액을 ‘퇴직직전 3월의 평균임금 × 재임연수 × 지급율(20배)’로 하는 내용의 임원퇴직금 지급규정을 결의하였고, 그에 따라 2009. 9. 28. 퇴직한 임원 소외 1(입사일: 2005. 6. 1.)에게 퇴직금 1,963,055,383원을 지급하였다. 2009. 10. 30.자 임시사원총회 의사록 중 임원퇴직금 지급규정의 내용은 위 다.항 표 기재와 같다. 
 마. 합병전 ☆☆☆의 정관 제34조(보수와 퇴직금)는 ‘임원의 보수 또는 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회의 결의로 정한다’고 규정하고 있고, 2009. 7. 1.자 주주총회 의사록에 의하면, 위 회사는 같은 날 주주총회를 개최한 후 임원(이사 및 감사) 퇴직 시 퇴직금 지급액을 ‘퇴직직전 3월의 평균임금 × 재임연수 × 지급율(20배)’로 하는 내용의 임원퇴직금 지급규정을 결의한 것으로 되어 있으며, 이후 위 회사는 2009. 12. 23. 퇴직한 임원 소외 4(입사일: 2005. 5. 27.)에게 퇴직금 1,812,193,286원을 지급하였다. 2009. 7. 1.자 주주총회 의사록 중 임원퇴직금 지급규정의 내용 또한 위 다.항 표 기재와 같다(아래에서는 합병전 ☆☆☆, ○○○, △△△의 위 각 임원퇴직금 지급규정을 통칭하여 ‘이 사건 각 임원퇴직금 지급규정’이라 하고, 임원 소외 1, 소외 2, 소외 4가 지급받은 위 각 퇴직금을 통칭하여 ‘이 사건 각 퇴직금’이라 한다). 
 바. 합병전 ☆☆☆, ○○○, △△△(아래에서는 이들을 통칭하여 ‘합병전 ☆☆☆ 등’이라 한다)으로부터 위 각 퇴직금을 수령한 임원 소외 2, 소외 1은 원고의 계열회사인 소외 11 회사의 회장 소외 3의 자녀이고, 임원 소외 4는 소외 3의 사위이다(아래에서는 임원 소외 1, 소외 2, 소외 4를 통칭하여 ‘임원 소외 1 등’이라 한다).
 사. 한편, 합병전 ☆☆☆ 등이 임원 소외 1 등에게 퇴직 직전인 2008년과 2009년에 지급한 급여내역은 아래 ‘임원 급여내역’ 표 기재와 같다. 
 - 임원 급여내역 - (단위: 천 원) 합병전 법인 임원 2008년 1월 ~ 12월 2009년 1월 ~ 7월 2009년 8월 2009년 9월 2009년 10월 2009년 11월 2009년 12월 △△△ 소외 1 5,389 5,389 30,000 30,000 5,000 - - ○○○ 소외 2 5,389 5,389 5,389 20,000 20,000 20,000 25,161 ☆☆☆ 소외 4 5,389 5,389 5,389 20,000 20,000 20,000 20,000 
 아. 피고는 합병전 ☆☆☆ 등이 임원 소외 1 등에게 지급한 퇴직급여가 사회통념상 과다한 것으로 보아 원고의 계열회사인 소외 11 회사가 2004 사업연도 당시에 적용하였던 임원퇴직금 지급기준인 ‘1년간 급여 × 1/10 × 근속연수 × 지급율(5배)’(이하 ‘구 퇴직금 지급기준’이라 한다)에 따라 아래 ‘퇴직급여 재계산 내역’ 표 기재와 같이 각 임원별 퇴직급여 지급한도액(이하 ‘퇴직금 지급한도액’이라 한다)을 계산한 다음, 임원 소외 1 등의 각 신고퇴직금에서 위 각 퇴직금 지급한도액을 초과하는 금액은 과다 지급된 퇴직금으로 보아 손금불산입하였다.
 - 퇴직급여 재계산 내역 - (단위: 원) 임원 신고퇴직금(a) 직전년도 1년간 급여(b) 근속년수(c) 퇴직금 추계액(d) (= b×c /10) 퇴직금 지급한도액(e) (= d×5) 과다지급액 (손금불산입) (= a-e) 소외 1 1,963,055,383 64,674,400 4.3년 28,025,400 140,126,999 1,822,928,384 소외 2 1,795,711,600 64,674,000 4.5년 29,103,300 145,516,500 1,650,195,100 소외 4 1,812,193,286 64,674,000 4.5년 29,103,300 145,516,500 1,666,676,786 
 자. 이에 피고는 2013. 1. 2. 합병전 ☆☆☆ 등에게 임원 소외 1 등의 각 신고퇴직금에서 위 각 퇴직금 지급한도액을 초과하는 금액에 대하여 손금불산입하여 아래 ‘법인세 및 소득금액변동통지 내역’ 표 기재와 같이 2009 사업연도 법인세를 각 경정·고지하였고, 위 각 초과액을 각 임원에 대한 인정상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다(이하 위 법인세 부과처분과 소득금액변동통지 처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 - 법인세 및 소득금액변동통지 내역 - (단위: 원) 합병전 법인 귀속연도 법인세 소득금액변동통지 소득자 소득금액 △△△ 2009년 680,205,033 소외 1 1,822,928,384 ○○○ 2009년 621,075,397 소외 2 1,650,195,100 ☆☆☆ 2009년 614,865,111 소외 4 1,666,676,786 
 차. 합병전 ☆☆☆ 등은 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 조세심판원장은 2013. 12. 12, 2014. 2. 13. 위 각 심판청구를 기각하였다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 6, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장
 1) 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제19조, 제26조는 인건비는 원칙적으로 손금에 산입하되, 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 인건비를 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있고, 그에 따른 법인세법 시행령(2009. 12. 31. 대통령령 제21972호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제44조 제4항은 정관에 퇴직급여로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 정관에 정하여진 금액을 초과한 금액을 손금에서 제외하도록 규정하고 있으며, 임원 퇴직급여의 상한을 따로 규정하고 있지는 않은바, 합병전 ☆☆☆ 등은 정관에서 정한 임원퇴직금 지급규정에 따라 임원들에게 퇴직금을 지급하였으므로 이를 전부 손금에 산입하여야 할 것임에도, 피고가 위 정관의 내용과 다르게 임의로 임원퇴직금 지급한도를 정한 후 그 한도를 초과한 금액을 손금불산입하여 한 이 사건 처분은 조세법률주의 원칙에 반하여 위법하다. 
 2) 법인세법 제52조에서 규정한 부당행위계산부인은 특정 법인이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 적용되는 것인데, 합병전 ☆☆☆ 등이 정관에 따라 임시사원총회 등을 거쳐 임원들에게 퇴직급여를 지급한 것을 두고 개별 거래라고 볼 수 없을 뿐만 아니라 위 임원들이 위 각 회사에 대하여 특수관계자의 지위에 있지도 아니하므로, 합병전 ☆☆☆ 등의 퇴직금지급 행위에 대하여는 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 없음에도, 퇴직금지급이 특수관계자에 대한 부당행위에 해당함을 전제로 손금불산입하여 이루어진 이 사건 처분은 조세법률주의 원칙 등에 반하여 위법하다. 
 3) 합병전 ☆☆☆ 등이 임원들에게 지급한 퇴직금 중 과다한 금액을 손금불산입한다 하더라도, 피고가 임원별 퇴직급여 지급한도액을 산정하면서 적용한 구 퇴직금 지급기준은 아무런 법적 근거가 없으므로, 이 사건 처분은 위법하다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 관련 규정 및 법리
 가) 법인세법 제52조 제1항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있고, 제2항은 ‘제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다’고 규정하고 있으며, 제4항은 ‘제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제87조 제1항은 ‘법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다’고 규정하면서 제1호로 ‘임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족’, 제2호로 ‘주주 등(소액주주 등을 제외한다)과 그 친족’ 등을 들고 있으며, 제88조 제1항은 부당행위계산의 유형을 구체적으로 나열하면서 제9호로 ‘그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 규정하고 있다. 
 여기서 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조).
 또한 법인세법 제26조는 ‘다음 각 호의 손비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하면서 제1호로 ‘인건비’를 들고 있고, 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제43조는 상여금 등의 손금불산입과 관련하여 제2항에서 ‘법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있으며, 제3항에서 ‘법인이 지배주주 등(특수관계에 있는 자를 포함한다, 이하 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있고, 제4항에서 ‘상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다’고 규정하고 있다. 
 위 관련 규정의 문언 및 체계, 입법 취지와 아울러 앞서 살핀 부당행위계산 부인의 내용과 그 취지 등에 따른 다음과 같은 사정들, 즉 ① 법인이 임직원에게 지급하는 인건비(보수, 급료 및 수당, 상여금, 연금 또는 퇴직금 기타 이와 유사한 성질의 급여)라고 하여 모두 발생한 사업연도의 손금에 해당한다고 볼 수 없고 인건비에 관하여 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 손금불산입하도록 하고 있는 점, ② 법인세법 시행령 제43조 제4항은 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수라고 하더라도 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인의 대상에 해당하는 경우에는 이를 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는 점, ③ 법인의 임원에게 퇴직금을 지급할 경우 당해 법인과 퇴직금을 지급받는 임원은 법인세법상 특수관계자이고, 임원에게 지급하는 퇴직금이 일정기준을 초과하여 부당하게 고액을 지급하면 그로 인해 당해 법인의 소득금액이 낮아지고 법인세가 부당하게 감소하는 결과가 발생하는 점 등을 고려하면, 법인이 특수관계자인 특정 임원 등에게 지급한 보수나 상여금, 퇴직금 등이 정당한 이유 없이 동일직위에 있는 임원 등에게 지급하는 금액을 현저히 초과하는 등 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 경우라면 특정 임원 등에게 이익을 분여하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위로서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호의 ‘그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’에 해당된다고 보아 이를 부인할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 합병전 ☆☆☆ 등이 특수관계자인 임원 소외 1 등에게 지급한 이 사건 각 퇴직금에 대하여도 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인의 적용대상이 될 수 있다고 할 것이다. 
 나) 한편, 법인세법 시행령 제44조 제4항은 ‘법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하면서 제1호로 ‘정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액’을, 제2호로 ‘제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액[「소득세법」제20조 제1항 제1호 가목 및 나목에 따른 금액(같은 법 제12조에 따른 비과세소득은 제외한다)으로 하되, 제43조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다]의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액. 이 경우 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 ‘제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다’고 규정하고 있으며, 법인세법 시행규칙(2010. 3. 31. 기획재정부령 제138호로 개정되기 전의 것) 제22조 제4항은 ‘영 제44조 제4항 제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수"란 역년에 의하여 계산한 근속연수를 말한다. 이 경우 1년 미만의 기간은 월수로 계산하되, 1개월 미만의 기간은 이를 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다. 
 위 관련 규정의 내용 및 취지 등과 함께, ① 법인세법이 정관에 명시한 임원퇴직금 지급규정을 손금산입에 대한 기준으로 인정한 이유는 정관이란 법인의 운영에 관한 근본규칙으로서 퇴직금을 증가시키기 위해서는 상법 제433조 이하에서 정한 엄격한 정관변경절차를 거쳐야 하므로, 임원이라도 임의로 임원퇴직금을 과다하게 지급하는 것이 비교적 어려워 법인의 소득을 부당히 감소시킬 위험이 적기 때문인 점, ② 앞서 본 바와 같이 법인이 특수관계자인 특정 임원 등에게 지급한 보수나 상여금, 퇴직금 등이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 경우 특정 임원 등에게 이익을 분여하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위로서 법인세법 제52조에 따라 부당행위계산 부인의 대상이 되는 점 등을 고려해 보면, 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호에 따른 ‘정관에 의한 임원퇴직금 지급규정’이란, 상법상 의결절차와 의결내용이 정당할 뿐 아니라, 임원의 퇴직 시마다 퇴직금(퇴직위로금 포함)을 임의로 지급할 수 없도록 정한 일반적이고 구체적인 기준으로서 당해 법인이 계속적이고 반복적으로 적용하여 온 규정이라고 봄이 타당하다. 따라서 만일 임원퇴직금 지급규정을 신설하거나 개정한 직후 곧바로 대표이사가 퇴직을 한 경우와 같이 특정 임원에게 임의로 퇴직금을 지급하기 위한 방편으로 지배주주 등의 지배력에 의해 정관이 급조되었다거나, 정관에서 특정 임원에게만 정당한 이유 없이 퇴직금액을 고액으로 정하거나 지급배율을 차별적으로 높게 정하였다는 등의 특별한 사정이 있다면, 위와 같은 정관은 특정 임원에게 임의로 고액의 퇴직금을 지급하기 위한 수단일 뿐 당해 법인이 계속적·반복적으로 적용하여 온 일반적이고 구체적인 규정이라고 볼 수 없으므로, 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호에 따른 ‘정관에 의한 임원퇴직금 지급규정’이라고 볼 수 없다. 그러나 개별 기업마다 주주총회 등 상법 소정의 절차를 거쳐 임원들이 달성한 성과나 기업의 발전전망 등을 감안하여 임원의 보수와 퇴직금의 지급범위를 결정·변경할 수 있는 광범위한 재량권이 있는 점, 법인세법 등 관련 법령에서는 정관에서 정한 퇴직금액을 손금에 전부 산입하도록 규정하면서 정관에 의한 임원퇴직금의 지급한도(상한액)를 따로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 특별한 사정이 입증되지 않는 한 적법한 주주총회 등을 거쳐 마련된 임원퇴직금 지급규정은 사적자치의 원칙 및 조세법률주의의 원칙상 마땅히 존중되어야 할 것이고, 이는 설령 해당 기업이 다른 유사한 종류나 규모의 기업보다 평균적으로 많은 액수의 퇴직금을 임원들에게 지급한다고 하더라도 마찬가지이다. 그리고 위와 같은 특별한 사정은 과세관청인 피고가 이를 주장·입증하여야 할 것이다. 
 2) 부당행위계산 부인의 대상 여부 및 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정의 적용 여부
 이 사건을 위 법리 등에 비추어 보건대, 먼저 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 보태어 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 합병전 ☆☆☆ 등의 주요 주주가 계열회사인 소외 11 회사의 회장 소외 3과 그 가족, 친척들로 구성되어 있는 등 소외 11 회사는 합병전 ☆☆☆ 등의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있고, 특히 임원 소외 2, 소외 1은 소외 11 회사 회장 소외 3의 자녀이며, 임원 소외 4는 소외 3의 사위인 점, ② 합병전 ☆☆☆ 등에서 4년 남짓 근무한 임원 소외 1 등의 퇴직 직전년도 1년간 급여액은 총 6,400여만 원에 불과한 반면, 이들이 위 각 회사로부터 수령한 퇴직금은 약 18억 원에서 19억 원 사이에 달하는 점, ③ 합병전 ☆☆☆ 등이 임원 소외 1 등에게 위와 같이 고액의 퇴직급여를 지급할 만큼 임원 소외 1 등이 위 각 회사에 기여한 성과나 특별한 공로가 있다고 볼 만한 정황을 발견할 수 없는 점 등을 고려하면, 합병전 ☆☆☆ 등이 임원 소외 1 등에게 매월 약 538만 원의 급여를 지급하다가 퇴직 직전 3~4개월 동안 매달 평소보다 4~6배가량 많은 2,000만~3,000만 원 상당의 급여를 지급한 행위 자체는 계열회사인 소외 11 회사의 회장과 친족관계에 있는 임원 소외 1 등에게 고액의 퇴직급여를 지급하기 위한 것으로 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 갖춘 정상적인 거래라고 볼 수는 없으므로, 이는 특정 임원 등에게 이익을 분여하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위로서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호의 ‘그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’로 보아 이를 부인할 수 있다고 봄이 타당하다. 
 그런데 앞서 본 바와 같이 합병전 ☆☆☆ 등은 2009. 10. 30. 또는 그 무렵 정관의 위임에 따라 주주총회 또는 임시사원총회에서 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정을 새로이 정한 후 그에 따라 임원 소외 1 등에게 이 사건 각 퇴직금을 지급하였는바, 을 제7 내지 10호증의 각 기재 등 피고가 제출한 증거들만으로는 합병전 ☆☆☆ 등이 마련한 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정이 특정 임원에게 임의로 퇴직금을 지급하기 위한 방편으로 지배주주 등의 지배력에 의해 급조되었다거나 특정 임원에게만 정당한 이유 없이 퇴직금액을 고액으로 정하거나 지급배율을 차별적으로 높게 정하는 등 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호에 따른 ‘정관에 의한 임원퇴직금 지급규정’이라고 보기 어려운 특별한 사정이 있다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 보태어 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정은 특정 지배주주 또는 임원에게만 차별적으로 적용되는 것이 아니라 합병전 ☆☆☆ 등의 이사와 감사 등 모든 임원들에게 적용하도록 되어 있고, 퇴직금 산정기준도 모든 임원에 대하여 근속연수별로 동일한 지급율을 적용하고 있는 점, ② 비록 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정이 임원 소외 1 등이 퇴직할 무렵에 마련되어 임원 소외 1 등에게 최초로 적용되었다고는 하나, 그러한 사정만으로는 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정이 임원 퇴직 시마다 계속적·반복적으로 적용될 수 없는 규정이라고 단정할 수 없는 점, ③ 소외 11 회사의 또 다른 계열회사인 주식회사 ▽▽▽과 주식회사 ◎◎◎ 역시 2009. 10. 30. 주주총회를 개최하여 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정과 동일한 내용의 퇴직금 지급규정을 마련한 다음, 위 규정에 따라 임원 소외 10에게 6억 4천만 원, 임원 소외 5에게 2억 원 상당의 퇴직금을 지급하였고, 합병전 △△△은 임원 소외 1뿐만 아니라 임원 소외 5에게도 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정을 동일하게 적용하여 2억 9천만 원 상당의 퇴직금을 지급하였던 점, ④ 위 주식회사 ▽▽▽ 등이 2012. 12. 12.과 2013. 3. 6. 임원 소외 10, 소외 5의 위 각 퇴직금을 손금에 불산입한 처분은 위법하다는 이유로 조세심판원장에게 제기한 법인세 부과처분 등에 관한 조세심판청구 사건[2013전333, 1305, 1310, 1311호(병합)]에서, 조세심판원장은 2013. 12. 12. "주식회사 ▽▽▽ 등이 적용한 임원퇴직금 지급규정은 특정 지배주주에게만 현저하게 차별적으로 적용되는 것이 아니라 이사와 감사 등 모든 임원들에게 보편적으로 적용되는 일반적인 규정으로 보이고, 회사의 규모가 작아 임원이 소수인 것과 특정 임원을 대상으로 하는 것은 구별되어야 한다"는 등의 이유를 들어 주식회사 ▽▽▽ 등이 임원퇴직금 지급규정에 따라 임원 소외 10, 소외 5에게 지급한 위 각 퇴직금을 손금에 불산입한 처분은 위법하다고 결정한 점 등을 종합해 보면, 합병전 ☆☆☆ 등이 정관의 위임에 따라 임시사원총회 또는 주주총회에서 마련한 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정은 위 각 법인이 임원의 퇴직 시마다 퇴직금을 임의로 지급할 수 없도록 정한 일반적이고 구체적인 기준으로서 향후 얼마든지 계속적·반복적으로 적용할 수 있는 이상, 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호에 따른 ‘정관에 의한 임원퇴직금 지급규정’으로 봄이 타당하고, 결국 피고로서는 위와 같은 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정에 따라 임원별 퇴직금 중 손금에 산입되는 금액이 얼마인지 따져보았어야 할 것이다. 따라서 피고가 합병전 ☆☆☆ 등의 정관 및 이 사건 각 임원퇴직금 지급규정의 적용을 배제한 채 임원 소외 1 등에게 지급된 이 사건 각 퇴직금에 대하여 원고의 계열회사인 소외 11 회사가 2004 사업연도 당시 적용한 구 퇴직금 지급기준이 적용됨을 전제로 한 이 사건 처분은 법인세법 제19조, 제26조, 동법 시행령 제44조 제4항 제1호 등을 위반한 것으로서 위법하다. 
 3. 결론 
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 방승만(재판장) 박원철 정혜원