제재처분취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2022.03.17 / 시행일:

【원 고】 ○○○ (소송대리인 법무법인(유한) 세한 담당변호사 고정욱)
【피 고】 교육부장관 외 1인 (소송대리인 정부법무공단 외 1인)
【변론종결】2022. 2. 24.
【주 문】
 1. 피고 교육부장관이 2020. 12. 10. ○○대학교 산학협력단장에 대하여 한 6,727,716원의 사업비 환수처분을 취소한다. 
 2. 피고 과학기술정보통신부장관이 2020. 12. 30., 
 가. (과제명 2 생략) 과제 관련 원고에 대하여 한 5년의 국가연구개발사업 참여제한 처분과 ○○대학교 산학협력단장에 대하여 한 3,471,877원의 연구비 환수처분 및 1,735,938원의 제재부가금 처분, 
 나. (과제명 3 생략) 과제 관련 원고에 대하여 한 3년의 국가연구개발사업 참여제한 처분과 □□□연구원 산학협력단장에 대하여 한 10,542,029원의 연구비 환수처분 및 976,172원의 제재부가금 처분을 
 각 취소한다.
 3. 원고의 피고 교육부장관에 대한 나머지 청구를 기각한다.
 4. 소송비용 중 원고와 피고 교육부장관 사이에 생긴 부분의 1/2은 원고가, 나머지는 피고 교육부장관이 각 부담하고, 원고와 피고 과학기술정보통신부장관 사이에 생긴 부분은 피고 과학기술정보통신부장관이 부담한다.

【청구취지】 ① 피고 교육부장관이 2020. 12. 10., ㉮ 원고에 대하여 한 2년의 학술지원 대상자 선정제외 처분, ㉯ ○○대학교 산학협력단장에 대하여 한 6,727,716원의 사업비 환수처분, ② 피고 과학기술정보통신부장관이 2020. 12. 30., ㉮ (과제명 2 생략) 과제 관련 ㉠ 원고에 대하여 한 5년의 국가연구개발사업 참여제한 처분, ㉡ ○○대학교 산학협력단장에 대하여 한 3,471,877원의 연구비 환수처분 및 1,735,938원의 제재부가금 처분, ㉯ (과제명 3 생략) 과제 관련 ㉠ 원고에 대하여 한 3년의 국가연구개발사업 참여제한 처분, ㉡ □□□연구원 산학협력단장에 대하여 한 10,542,029원의 연구비 환수처분 및 976,172원의 제재부가금 처분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 피고들은 재단법인 한국연구재단에 국가연구개발사업에 관한 업무를 대행하게 한다. 한국연구재단은 아래 표와 같은 각 국가연구개발사업에 관하여 주관 연구기관과 협약을 체결하고(이하 아래 표 기재 각 사업을 순번에 따라 차례로 ‘제○과제’라 지칭한다) 협약에 따라 연도별 사업비를 지급하였다. ○○대학교 산학협력단과 □□□연구원 산학협력단은 피고들로부터 사업비를 수령하여 참여연구원들 명의의 인건비 계좌로 인건비를 직접 입금하였다. 
순번소관부처사업명주관 연구기관과제명연구기간1교육부BK21 플러스사업○○대학교 산학협력단(과제명 생략)2016. 3. 1.~2017. 2. 28.2017. 3. 1.~2018. 2. 28.2018. 3. 1.~2019. 2. 28.2019. 3. 1.~2020. 2. 29.2020. 3. 1.~2020. 8. 31.2과학기술정보통신부나노·소재 원천기술개발사업○○대학교 산학협력단(과제명 2 생략)2017. 7. 1~2018. 3. 31.3과학기술정보통신부미래유망 융합기술 파이오니어사업□□□ 산학협력단(과제명 3 생략)2010. 7. 1.~2011. 2. 28.2011. 3. 1.~2012. 2. 29.2012. 3. 1.~2013. 2. 28.2013. 3. 1.~2014. 2. 28.2014. 3. 1.~2015. 2. 28.2015. 3. 1.~2016. 2. 29.
 나. 원고는 ○○대학교 기계공학부 교수로 제1과제의 연구책임자, 제2과제의 연구자, 제3과제의 공동연구원이었고, 이를 포함하여 피고들이 추진하는 다수의 국가연구개발사업에 연구자로 참여하였다.
 다. 원고가 연구자로 참여한 국가연구개발사업 연구원으로 등록된 원고 연구실 소속 학생들은 2014. 3.부터 2018. 3.까지 원고의 지시에 따라 인건비 계좌의 인터넷뱅킹 ID와 비밀번호를 동일하게 설정하여 원고 연구실 선임연구원(소외 8, 소외 9, 소외 10)에게 알려주고, 입금된 학생인건비 중 사전에 협의된 금액(석사과정 월평균 약 600,000원, 박사과정 월평균 약 800,000원)을 자신의 계좌로 이체하여 사용하였다. 원고 연구실 선임연구원은 인건비 계좌에 남은 금액을 연구실 비품 구입 등 운영비, 학회·출장 경비 등으로 사용하고 원고에게 입출금내역·잔액 등을 보고하였다. 원고는 2015. 7. 28. 인건비 계좌의 돈으로 연구원으로 등록되지 아니한 학생인 소외 10, 소외 11에게 등록금 지원 명목으로 700,000원씩을 지급하였다.
 라. 교육부는 2019. 7. 17.부터 같은 달 30일까지 제1, 2, 3과제를 포함한 정부 R＆D 사업에 대한 감사를 하였다. 감사 결과, 제1, 2, 3과제 등에 참여한 원고 연구실 소속 연구원들의 인건비 계좌에 입금된 전체 인건비(국가연구개발사업 수행으로 수령한 인건비 외에 각종 장학금이 포함된 금액이다) 중 해당 연구원들이 출금하지 아니한 합계 118,754,769원을 원고 연구실에서 공동관리하고, 그중 2014. 3. 실험 물품 구매 재료비로 777,000원, 2014. 4. 사무용품비(A4 용지 구매)로 51,500원이 사용되는 등 2014. 3.경부터 2018. 3.경까지 306회에 걸쳐 합계 116,654,769원이 집행된 사실을 확인하였다.
 마. 피고 교육부장관은 대학원생 연구장학금을 공동관리하여 BK21 플러스 사업비를 용도 외로 사용하였다는 사유로 2020. 12. 10. 제1과제와 관련하여 아래와 같이 원고에게 2년의 학술지원 대상자 선정제외 처분(이하 ‘제1-1처분’이라 한다)을 하였고, ○○대학교 산학협력단장에게 6,727,716원의 사업비 환수 처분(이하 ‘제1-2처분’이라 하고, 이 사건 제1-1처분과 합하여 ‘제1처분’이라 한다)을 하였다.
 바. 피고 과학기술정보통신부장관은 2020. 12. 30. ‘2014. 3.~2018. 3.까지 국가연구개발과제 수행 중 석박사 통합과정 연구원에게 학생인건비를 공동관리하도록 지시하여 연구실 공통경비 등 연구비 용도 외로 사용하였다’는 사유로 제2과제와 관련하여 원고에게 5년의 국가연구개발사업 참여제한 처분(이하 ‘제2-1처분’이라 한다)을 하였고, ○○대학교 산학협력단에 3,471,877원의 연구비 환수 처분(이하 ‘제2-2처분’이라 한다)과 1,735,938원의 제재부가금 처분(이하 제2-3처분’이라 하고, 제2-1처분 및 제2-2처분과 합하여 ‘제2처분’이라 한다)을 하였으며, 제3과제와 관련하여 원고에게 3년의 국가연구개발사업 참여제한 처분(이하 ‘제3-1처분’이라 한다)을 하였고, □□□연구원 산학협력단에 10,542,029원의 연구비 환수 처분(이하 ‘제3-2처분’이라 한다)과 976,172원의 제재부가금 처분(이하 ‘제3-3처분’이라 하고, 제3-1처분 및 제3-2처분과 합하여 ‘제3처분’이라 한다)을 하였다.
 사. 관계 법령 및 협약의 내용은 별지 기재와 같다.
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 8, 10 내지 13호증, 을가 제1, 2, 5, 6, 9호증, 을나 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 피고 교육부장관의 본안전 항변에 관한 판단
가. 주장 요지
 6,727,716원의 연구비 환수를 명하는 내용의 제1-2처분 상대방은 ‘○○대학교 산학협력단’이므로 원고에게 원고적격 또는 처분의 취소를 구할 법률상의 이익이 존재하지 않는다. 따라서 원고가 제1-2처분의 취소를 구하는 부분의 소는 부적법하여 각하되어야 한다.
나. 판단
1) 행정처분의 직접 상대방이 아닌 제3자가 해당 행정처분의 취소 또는 무효확인의 소송을 제기하여 그 당부의 판단을 받으려면, 해당 행정처분으로 인하여 법률상 보호되는 이익, 즉 해당 행정처분의 근거 법규 및 관련 법규에 의하여 보호되는 개별적·직접적·구체적 이익을 침해당하거나 침해당할 우려가 있는 경우이어야 한다(대법원 2010. 4. 15. 선고 2007두16127 판결 등 참조). 
2) 앞서 본 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 앞서 든 법리에 비추어 보면, 제1-2처분으로 인하여 자신의 법률상 지위에 영향을 받는 원고로서는 위 처분의 취소를 구할 수 있는 개별적·직접적·구체적 이해관계가 있다고 볼 수 있다. 피고 교육부장관의 본안전항변은 이유 없다.
가) 학술지원사업에 대한 연구개발비의 지원은 대학에 소속된 일정한 연구단위(이하 ‘연구팀’이라 한다)별로 신청한 연구개발과제에 대한 것이지, 그 소속 대학을 기준으로 하는 것이 아니다. 
나) 대학은 구 학술진흥법(2020. 12. 22. 법률 제17669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 등에 정한 학술지원 사업비의 공식적 지원 대상이자 그 관리·집행의 대외적 주체로서 협약 당사자로 되어 있을 뿐이고 협약으로 인한 실질적 이해관계는 해당 연구개발과제의 수행 주체인 연구팀에 귀속되는 것으로 보인다. 
다) 구 학술진흥법 제19조 제2항은 국가연구개발사업에 참여한 학교뿐만 아니라 연구자(고등교육법 제14조 제2항에 따른 대학의 교수·부교수·조교수 및 강사 등이 이에 해당한다)에 대하여도 참여제한 및 사업비 환수처분을 할 수 있도록 규정하고 있으므로 피고가 사업비 환수처분의 상대방을 누구로 지정하는지는 형식적인 문제일 뿐이다. 오히려 제1-2처분은 제1과제의 연구책임자인 원고가 자신의 관리·감독하에 있는 연구팀 소속 학생연구원들의 인건비 중 일부를 공동관리하도록 하는 방법으로 사업비를 용도 외로 사용하였음을 처분사유로 하고 있고, 이처럼 제1-2처분의 근본적인 처분사유는 제1과제의 연구책임자인 원고에서 비롯되었으므로 원고는 제1-2처분의 실질적인 당사자의 지위에 있다고 볼 수 있다.
라) 앞서 보았듯이 제1-2처분은 원고와 직접적으로 관련이 있을 뿐만 아니라, 향후 위 처분에 의한 환수금을 납부한 ○○대학교 산학협력단에서 원고를 상대로 구상청구를 할 가능성이 존재하는 등 원고는 제1-2처분으로 인하여 권리·의무에 직접적인 영향을 받게 된다. 만약 원고에게 제1-2처분의 취소를 구할 수 있는 법률상 이익이 인정되지 않는다고 본다면 원고로서는 제1-2처분이 적법함을 전제로 이루어진 ○○대학교 산학협력단의 구상청구에 대한 효과적인 방어가 어려워지고 그에 따른 불이익을 그대로 감수할 수밖에 없게 되어 부당하다.
3. 처분의 적법 여부
가. 원고 주장 요지
1) 다음과 같은 이유에서 제1, 2, 3처분은 처분사유가 없고, 재량권을 일탈·남용하여 위법하다. 
가) 피고들은 아무런 근거 없이 공동관리금액 118,754,769원을 용도 외 사용으로 의제하였고, 공동관리금액 중 학생연구원 인건비 지급, 재료비, 연구실 홈페이지 관리비 등 연구실 공동비용으로 사용된 금원을 조사하지 않았다. 공동관리금액은 원고의 연구실 소속 전체 학생들을 위해 사용되었고, 원고가 개인적으로 사용한 돈이 없으며, 오히려 원고의 사비를 지출하였으므로 이 사건은 위법성이 낮을 뿐만 아니라 학생인건비를 용도 외로 사용하였다고 단정할 수 없다. 
나) 공동관리된 금액의 집행내역 출처가 제1, 2, 3과제의 학생인건비라고 볼 근거가 없고, 피고들이 임의로 원고에 대한 참여제한 및 학술지원 대상자 선정제외 기간과 환수금과 제재부가금의 액수를 정하였다.
다) 피고들은 원고가 수행한 제1, 2, 3과제의 성과가 매우 우수한 사정을 전혀 반영하지 않은 채 원고에 대하여 관련 법령상 최대한도의 국가연구개발사업 참여제한 처분을 하였다.
라) 교육부 감사로 원고에게 부과된 국가연구개발사업 참여제한기간은 총 21년에 달하여 원고에게 지나치게 가혹하다.
마) 현재 ○○대학교 산학협력단에서는 학생인건비 통합관리제도(학생인건비 풀링제도)가 시행되어 학생인건비 공동관리가 제도화되는바, 이 사건은 원고 개인의 문제보다는 학교 차원의 제도적인 뒷받침 미비에서 비롯된 것이다. 
2) 피고들은 알 수 없는 피고들만의 자료를 토대로, 피고들만의 방법으로 계산한 금액을 제1, 2, 3처분 금액으로 하였는바, 원고에게 처분의 사전통지가 이루어지지 않았고, 본 처분 과정에서 처분의 근거 및 이유 제시가 되었다고 볼 수 없어 원고가 실질적으로 제1, 2, 3처분을 다툴 기회가 박탈되었으므로 위 각 처분은 절차적으로도 위법하다.
나. 처분 절차의 적법 여부에 관한 판단
1) 관련 법리
 행정청이 처분을 할 때에는 원칙적으로 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하여야 한다(행정절차법 제23조 제1항). 이 경우 행정청은 처분의 원인이 되는 사실과 근거가 되는 법령 또는 자치법규의 내용을 구체적으로 명시하여야 한다(행정절차법 시행령 제14조의2).
 다만 행정청의 자의적 결정을 배제하고 당사자로 하여금 행정구제절차에서 적절히 대처할 수 있도록 하는 처분의 근거 및 이유제시 제도의 취지에 비추어, 처분을 하면서 당사자가 그 근거를 알 수 있을 정도로 이유를 제시한 경우에는 처분의 근거와 이유를 구체적으로 명시하지 않았더라도 그로 말미암아 그 처분이 위법하다고 볼 수는 없다. 이때 ‘이유를 제시한 경우’는 처분서에 기재된 내용과 관계 법령 및 당해 처분에 이르기까지의 전체적인 과정 등을 종합적으로 고려하여, 처분 당시 당사자가 어떠한 근거와 이유로 처분이 이루어진 것인지를 충분히 알 수 있어서 그에 불복하여 행정구제절차로 나아가는 데 별다른 지장이 없었다고 인정되는 경우를 뜻한다(대법원 2019. 1. 31. 선고 2016두64975 판결 등 참조).
2) 판단
 앞서 본 증거와 을가 제3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 피고들은 제1, 2, 3처분을 하며 해당 처분을 사전에 통지하였고, 원고를 포함한 관련자들의 이의신청을 받아 의견제출의 기회를 부여한 점, ② 원고도 피고들로부터 제1, 2, 3처분의 사전통지를 받았고, 그 과정에서 위 각 처분의 계기가 된 교육부의 종합감사 결과 처분서 등 자료를 확인하여 2020. 7. 29.경 피고 교육부장관에게, 2020. 8. 10.경 피고 과학기술정보통신부장관에게 각각 학생연구원 인건비 공동관리 대상 과제와 비대상 과제 구분하여 연구비 반납 및 제재가 이루어져야 한다는 취지의 이의신청을 하며 공동관리금액 산정 오류 등에 관하여도 의견을 개진한 점, ③ 피고들이 원고에게 보낸 각 처분서(갑 제1, 2호증)에는 처분의 기준이 되는 근거 법령 내용과 처분사유가 분명하게 제시된 점 등에 비추어 보면, 원고는 어떠한 근거와 이유로 제1, 2, 3처분이 이루어졌는지를 충분히 알 수 있었다고 판단되므로 위 각 처분 과정에 처분의 근거나 이유를 제시하지 않은 절차상 위법이 있다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
다. 처분 사유의 존부에 관한 판단
 앞서 본 사실과 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 의하면 원고가 학생인건비를 공동관리하여 용도 외로 사용하였다는 제1, 2, 3처분의 처분사유가 인정된다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1) 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고의 지시 및 관여에 따라 원고 연구실 차원에서 제1, 2, 3과제의 학생인건비 등이 입금된 인건비 계좌가 공동관리되었고, 사전에 협의된 일부 금액만을 해당 연구원에게 지급하고 나머지 금액은 원고 연구실 운영비 등으로 사용되었으며, 원고가 인건비 계좌에 입금된 돈을 연구원으로 등록되지 않은 학생에게 지급하기도 하는 등 공동관리된 학생인건비는 제1, 2, 3과제의 용도 외로 사용되었다. 원고가 위와 같이 공동관리된 학생인건비를 개인적인 용도로 사용하지 않았다거나 원고의 연구실 공동비용으로만 사용하였다는 점만으로는 원고가 제1, 2, 3과제의 학생인건비를 용도 외로 사용하였다는 처분사유가 부정된다고 볼 수 없다. 
2) 중앙행정기관이 지급하는 연구개발비 비목별 사용 용도를 정하고 있는 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2019. 3. 19. 대통령령 제29625호로 개정되기 전의 것) 제12조 제5항 [별표 2]는 비고 제2호에서 ‘대학, 특정연구기관 및 학연협동 석사·박사 과정을 운영하는 정부출연연구기관의 학생연구원에게 지급되는 학생인건비는 연구책임자가 공동관리해서는 안 된다’고 정하고 있다. 또한, 학술진흥법 제7조 등에 따라 추진되는 ‘BK(두뇌한국)21 플러스 사업’을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 세부사항을 정함을 목적으로 하는 ‘BK(두뇌한국) 21 플러스 사업 관리 운영에 관한 훈령’ 제25조 제7항은 ‘사업단의 장 및 대학의 장이 연구장학금을 지급할 때에는 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」에서 정하고 있는 관련 기준을 준수하여야 한다’고 규정한다. ‘BK(두뇌한국)21 플러스 사업 관리 운영 지침’ 제28조 제4항은 ‘대학원생 연구장학금은 BK21 플러스 사업 참여 대학원생 개인에게 지급되는 연구장학금이므로 각 개인의 통장이나 도장을 일괄관리하거나 대학원생들로부터 일정 금액을 회수하는 등의 행위는 엄격히 제한된다. 사업단(팀)이 이를 위반하였다고 판단될 경우 전문기관의 장은 해당 사업단과의 협약을 해지할 수 있다’고 정하고 있다. 한국연구재단 이사장과 ○○대학교 총장 사이에 제1과제에 관하여 체결된 BK21 플러스 사업 협약서 제8조에 의하면 제1과제는 위 훈령과 지침에 따라 수행되어야 한다. 
3) 위 각 규정은 공동관리를 개시하게 된 동기, 공동관리금액의 사용 용도 및 연구책임자의 횡령 여부 등을 불문하고 명시적으로 공동관리 자체를 금지하고 있다. 이처럼 위 각 규정이 학생인건비의 공동관리를 엄격하게 금지하는 취지는, 교수가 학생인건비를 전용함으로써 학생들에게 지급되어야 할 인건비 중 일부라도 지급되지 아니한다면 학생인건비를 통하여 확보하고자 하는 학생연구원의 경제적 기반과 연구의욕이 무너지거나 저하될 수 있으므로 이를 사전에 차단하여 학생연구원들의 권리를 보호하는 한편, 연구비 집행의 투명성을 제고하기 위함이라고 보인다. 위 각 규정의 내용과 취지에 비추어 학생인건비를 공동관리하는 것은 그 자체로 사업비를 용도 외에 사용한 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 
4) 설령 피고들이 용도 외 사용금액 산정에 잘못이 있다 하더라도, 이는 재량권 행사의 전제가 되는 사실의 인정에 관한 오류가 있어 재량권 일탈·남용이 있다고 볼 수 있는지는 별론으로 하고, 처분사유 자체는 존재한다고 봄이 옳다.
라. 재량권 일탈·남용 여부에 관한 판단
1) 재량권 행사의 전제가 되는 공동관리금액의 산정에 관한 위법 유무
 앞서 든 증거와 갑 제33호증의 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고의 연구실 인건비 공동관리 현황을 고려할 때 피고들이 제1, 2, 3과제의 공동관리금액을 산정한 방법은 합리적인 것으로 볼 수 있으므로 금액 산정에 오류가 있어 재량권을 일탈·남용하였다고 볼 수 없다.
가) 원고가 연구자로 참여한 국가연구개발사업 연구원으로 등록된 원고 연구실 소속 학생들은 인건비 계좌에서 사전에 협의된 금액을 자신의 계좌로 인출하였고, 해당 계좌에 남은 금액은 선임연구원이 관리하며 원고 연구실 공동경비 등으로 사용하였다. 그런데 인건비 계좌에는 제1, 2, 3과제뿐 아니라 다른 국가연구개발사업의 인건비도 입금되었다. 인건비 계좌에는 ○○대학교 강의 조교 장학금 등 각종 장학금도 입금되었고, 이는 공동관리가 금지되는 국가연구개발 사업비에 해당한다고 볼 수 없는데, 교육부 감사에서 확인된 원고 연구실 공동관리금액 118,754,769원은 연구실 소속 학생들이 자기 몫을 인출한 후 인건비 계좌에 남은 잔액의 집행내역을 확인하여 특정된 것이므로 위 공동관리금액에는 공동관리가 금지되는 국가연구개발 사업비가 아닌 각종 장학금도 포함되어 있다. 
나) 그러나 제1, 2, 3과제를 비롯한 여러 사업 또는 과제의 학생인건비와 각종 장학금이 장기간 여러 차례에 걸쳐 인건비 계좌에 나누어 입금되어 혼합 보관되고, 자금의 출처를 구분하지 않고 비정기적으로 일정하지 않은 금액이 집행되어 인건비 계좌에서 자금의 출처별로 그 집행내역 또는 공동관리금액을 특정하는 것은 불가능하거나 현저히 어렵다고 판단된다. 따라서 확인가능한 자료, 예를 들어 이 사건에서는 자금 출처별 인건비 계좌 입금내역과 공동관리금액의 집행내역(용도 외 사용내역)을 과제별로 일정한 기준에 따라 안분하는 방식 등으로 문제가 된 개별 과제의 공동관리금액을 산정하는 것이 불가피하다고 보인다. 
다) 피고들은 원고 연구실 학생연구원별로 ‘해당 연구원의 인건비 계좌에 지급된 학생인건비 및 각종 장학금 합계액’에서 ‘특정 과제와 관련하여 특정월 또는 특정일에 위 계좌에 지급된 학생인건비’가 차지하는 비율(개별 학생 내 지분율)을 계산한 후 여기에 교육부 감사에서 확인된 해당 연구원 인건비 계좌 공동관리금액을 곱해 특정월 또는 특정일에 지급된 해당 과제의 학생인건비에 대응하는 공동관리금액을 산정하였다. 즉, 원고 연구실 연구원 소외 10의 경우 소외 10 명의 인건비 계좌에 제1과제 학생인건비로 2017. 1. 지급된 650,000원을 위 계좌에 지급된 학생인건비 및 각종 장학금 합계 28,040,000원으로 나누어 위 650,000원이 28,040,000원에서 차지하는 비율을 2.32%(소수점 둘째 자리 미만 반올림)로 계산하여 이를 소외 10 인건비 계좌 공동관리금액 3,716,280원에 곱해 2017. 1. 송금된 학생인건비 650,000원 중 공동관리된 금액을 86,148원(= 650,000원 ÷ 28,040,000원 × 3,716,280원, 원 미만 반올림)으로 산정하였다. 피고들은 위와 같이 산정된 개개의 공동관리금액을 과제별로 합산해 제1, 2, 3과제별 공동관리금액을 산정하였다. 이처럼 피고들은 해당 과제의 송금 건마다 그 송금액이 해당 인건비 계좌 총지급액에서 차지하는 비율을 산정한 후 위 계좌 공동관리금액 합계액을 위 비율에 따라 안분한 금액을 과제별로 합산하였는바, 원고 연구실에서 공동관리한 여러 과제의 학생인건비에 각종 장학금까지 혼재되어 이를 일일이 구분하기 어려운 이상 위와 같은 산정방법을 취하는 것은 합리적이라고 판단된다.
라) 원고의 연구실에는 석사과정 700,000원, 박사과정 800,000원으로 학생연구원 몫의 인건비가 별도로 책정되어 있었고, 학생연구원들은 대학교 산학협력단으로부터 원고가 참여한 각 과제별로 매월 지급받은 인건비 중, 위 기준에 따른 인건비를 초과하는 돈을 계좌에 남겨두었다. 그렇다면 학생연구원들이 각자 참여한 과제에서 지급된 인건비를 구별하거나 특정 과제에서 지급된 인건비를 특정하여 회수하는 등의 방법으로 인건비의 공동관리가 이루어졌다고 볼 수 없고, 학생연구원들의 입장에서도 어떠한 과제에서 지급받은 인건비가 회수되어 공동관리가 이루어지는지를 고려하지는 않았던 것으로 보인다. 
마) 원고도 피고들이 산정한 방식과 별도로 과제별 공동관리금액을 특정하거나 산정하는 합리적인 방법을 제시하고 있지 못하다
바) 한편, 원고는 피고들이 주장하는 학생인건비 지급액이 실제 인건비 계좌에 입금된 돈과 차이가 있다고 주장하나, 원고가 그 근거로 제시하는 갑 제33호증의 기재만으로는 피고들이 전제로 삼은 학생인건비 또는 공동관리금액에 오류가 있다고 볼 수 없다. 
2) 피고 교육부장관의 참여제한 처분
 앞서 본 사실과 증거에 갑 제26호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면 원고가 제출한 증거만으로는 제1-1처분에 재량권을 일탈·남용한 위법이 있다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
가) 피고 교육부장관이 구 학술진흥법에 따라 학술기반을 강화하고, 학문의 균형적인 발전을 유도하며, 새로운 지식 창출에 이바지함을 목적으로, 학술진흥을 위한 사업을 개발하고 추진하기 위하여 대학, 연구기관, 학술단체 또는 연구자에게 지급하는 학술지원사업비는 궁극적으로 국가경쟁력을 강화함으로써 국민경제의 발전을 도모하고 국민의 삶의 질을 높이기 위한 것으로서, 그 지급 목적과 용도에 따라 적정하게 지출되도록 규율해야 할 필요성이 인정된다. 특히 학생인건비 공동관리로 인한 폐단을 해결하기 위해 국가연구개발규정이나 BK21 플러스 사업 관리운영지침 등 관련 규정은 "대학원생의 연구장학금이나 인건비는 대학원생 개인에게 지급되는 것이므로 각 개인의 통장이나 도장을 일괄 관리하거나 대학원생들로부터 일정 금액을 회수하는 등의 행위는 엄격히 제한된다."라고 명확하게 규정하고 있음에도 관행이라는 이유로 학생인건비 공동관리가 만연히 행해지고 있는 것으로 보이는바, 이에 대해 엄격한 제재를 가하여 잘못된 관행을 바로 잡을 공익상의 필요가 존재한다.
나) 연구에 참여하여 연구실의 지도를 책임지고 있는 원고로서는 위와 같은 관련 규정을 준수하여 학생인건비가 공동관리되지 않도록 관리할 권한과 책임이 있다.
다) 학술진흥법 시행령 제20조 제3호 (나)목은 사업비를 의도적으로 부정 집행한 경우의 학술지원 대상자 선정제외 기간을 2년 이상 3년 이하로 규정하고 있고, 위 제재기준들이 그 자체로 헌법 또는 법률에 합치되는 않는 것으로 보이지 않는다. 앞서 인정한 사정들에 의하면, 원고는 학생인건비를 의도적으로 부정 집행한 경우에 해당하고, 피고 교육부장관이 원고에게 부과한 학술지원 대상자 선정 제외기간은 법령에서 예정하고 있는 최소한의 기간이다.
라) 원고는 향후 학술진흥법에 따라 교육부가 시행하는 학술지원사업에 참여하는 것이 제한되는 것일 뿐, 교육부 이외의 다른 중앙행정기관이나 공공기관, 기업 등이 시행하는 연구사업에의 참여까지 제한되는 것은 아니다.
마) 국가연구개발사업 학생인건비통합관리제도 매뉴얼(갑 제26호증)은 학생연구자에게 지급된 학생인건비를 회수하여 관리 또는 사용하는 학생인건비부당회수 행위가 제재처분 대상임을 명시하고, 이를 방지하기 위한 주기적 관리사항을 예시하고 있는 점(14쪽), ○○대학교 연구비 관리규정 시행세칙도 ‘인건비와 학생 인건비는 매월 연구원 명의의 개인 통장으로 지급하며, 연구원에게 지급된 인건비를 회수하여 공동관리 할 수 없다’고 규정(제9조)한 점 등에 비추어 원고의 주장과 같이 원고의 연구실에서 학생인건비 공동관리가 이루어진 것이 ○○대학교 산학협력단에서 학생인건비 통합관리제도가 시행되지 않아 발생한 문제라고 볼 수는 없다.
3) 피고 과학기술정보통신부장관의 참여제한 처분 
가) 관련 법리
 제재적 행정처분이 사회통념상 재량권의 범위를 일탈하였거나 남용하였는지 여부는 처분사유로 된 위반행위의 내용과 당해 처분행위에 의하여 달성하려는 공익목적 및 이에 따르는 제반 사정 등을 객관적으로 심리하여 공익침해의 정도와 그 처분으로 인하여 개인이 입게 될 불이익을 비교 교량하여 판단하여야 한다(대법원 2001. 3. 9. 선고 99두5207 판결 등 참조).
나) 판단
 앞서 본 사실과 증거에 갑 제6, 18, 19, 20, 23, 24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면 원고 연구실에서 학생인건비 공동관리가 이루어진 것에 의하여 학생인건비의 공동관리를 금지하는 공익 목적을 침해하는 정도나 그 위법성의 정도가 높다고 보기는 어려운바, 피고 과학기술정보통신부장관이 관련 규정이 정한 제재기준의 상한인 3년 또는 5년으로 국가연구개발사업 참여제한 처분을 하는 것은 원고에게 지나치게 가혹하므로 제2-1처분과 제3-1처분은 비례원칙을 위반하여 재량권을 일탈·남용한 것으로 위법하다. 
(1) 구 과학기술기본법(2020. 6. 9. 법률 제17343호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 사업비를 용도 외로 사용한 경우 5년의 범위에서 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있다고 규정하고(제11조의2 제1항 제5호), 구 과학기술기본법의 위임에 따라 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(이하 ‘관리규정’이라 약칭한다)은 제2, 3과제 관련 참여제한기간에 관하여 아래 표의 기재와 같이 상한을 규정한다(대법원 2020. 1. 16. 선고 2018두56237 판결, 대법원 2021. 11. 11. 선고 2021두45909 판결 등 참조). 피고는 그 상한을 적용하여 제2-1처분 및 제3-1처분을 하였다. 
참여 제한 기간관리 규정2015. 8. 24. 개정되기 전의 것2019. 3. 19. 개정되기 전의 것용도 외 사용액이 해당 연도 연구개발비의 20% 이하인 경우: 3년주2)용도 외 사용액에 학생인건비가 포함된 경우: 5년해당 부분제3과제(연구기간 2015. 3. 1.~2016. 2. 29.)주3)제2과제
(2) 구 과학기술기본법은 과학기술발전을 위한 기반을 조성하여 과학기술을 혁신하고 국가경쟁력을 강화함으로써 국민경제의 발전을 도모하며 나아가 국민의 삶의 질을 높이고 인류사회의 발전에 이바지함을 목적으로 하므로, 국가연구개발 사업비가 지급 목적과 용도에 따라 지출되지 아니할 경우 이를 제재할 필요는 있으나, 국가연구개발사업 참여제한 처분의 적극적 활용으로 역량 있는 연구자를 장기간 국가연구개발사업에서 배제하여 오히려 같은 법의 궁극적인 목적을 저해할 우려도 있으므로, 행정청은 참여제한 여부 및 그 기간 등을 신중하게 정할 것이 요구된다.
(3) 이와 관련하여 피고 과학기술정보통신부장관이 산정한 용도 외 사용액은 제2과제 3,471,877원, 제3과제(연구기간 2015. 3. 1.~2016. 2. 29.) 4,880,860원인바, 이는 같은 기간 위 과제에 대해 수령한 정부출연금(292,500,000원 및 180,000,000원)의 약 1.11% 및 2.71%(소수점 둘째 자리 미만 버림)에 해당하여 전체 정부출연금에서 차지하는 비율이 높지 않다. 
(4) 학생인건비 중 공동관리 된 돈은 연구실의 운영비, 학회·출장 경비, 학생들의 등록금 등 원고 연구실 소속 전체 학생들을 위해 사용되었다. 소속 학생들도 학생인건비를 공동관리 하여 연구원으로 등록되지 아니한 학생들에게 지급하는 것에 동의하였다. 공동관리는 교육부의 감사(2019. 7. 17.~30.)가 있기 전인 2018. 3.경 중단되어 인건비 계좌 명의 학생들의 계좌에 남아있던 돈 합계 29,023,302원은 해당 인건비를 받아야 할 참여연구원들에게 반환되어 연구원들 각자가 자신의 계좌에 남아있는 잔액을 사용하였다.
(5) 원고의 SCI 논문 게재실적과 국내 특허출원 등에 비추어 원고는 성실히 제2, 3과제를 수행한 것으로 보인다.
(6) 원고는 인건비 계좌의 입출금내역·잔액 등을 사후에 보고받았으나 구체적 관리·운영에 관여하거나 공동관리액을 개인적 용도로 사용하였다고 볼 만한 자료는 없다. 원고는 2014년경 연구실 소속 학생들에게 연구실 비용으로 합계 28,000,000원을 전달하기도 하였다. 원고는 연구실 소속 학생들이 생활에 곤란을 겪게 되는 것을 방지하고 학업과 연구에 전념할 수 있게 하기 위하여 학생인건비 등을 공동 경비로 모아 유연하게 사용하고자 하였던 것으로 보인다. 따라서 학생인건비를 공동관리한 것에 관한 원고에 대한 개인적인 비난가능성이 크다고 보기 어렵다. 
4) 피고들의 환수 및 제재부가금 처분
 앞서 든 증거에 갑 제14 내지 17, 31, 32호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면 제1-2처분, 제2-2처분, 제2-3처분, 제3-2처분, 제3-3처분을 통해 얻게 될 공익보다 원고가 입게 될 불이익이 지나치게 크고, 그 결과가 처분사유인 위반행위의 내용 및 관계 법령의 규정과 취지에 비추어 현저히 부당한 경우에 해당하므로, 위 각 처분은 비례의 원칙을 위반하여 재량권을 일탈·남용한 것으로서 위법하다. 
가) 구 학술진흥법 또는 구 과학기술기본법에 따른 사업비 환수처분과 제재부가금 처분을 통해 학생인건비 공동관리의 관행을 바로 잡을 공익상 필요가 존재하나, 이를 적극적으로 활용하는 것은 앞서 본 참여제한 처분과 마찬가지로 위 각 법의 궁극적인 목적을 저해할 우려도 있으므로 사업비 환수 및 제재부가금 처분을 할지 여부나 그 범위를 정할 때 행정청의 신중한 판단이 요구된다.
나) 제1과제와 관련하여 구 학술진흥법은 사업비를 용도 외로 사용한 경우 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있다고 규정하고(제19조 제2항 제1호), 학술진흥법 시행령은 이 경우 해당 연도의 출연금 전액 이내를 환수할 수 있다고 규정한다. 제2, 3과제와 관련하여 구 과학기술기본법은 사업비를 용도 외로 사용한 경우 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있고(제11조의2 제1항 제5호), 용도 외 사용액의 5배 이내의 범위에서 제재부가금을 부과할 수 있다고 규정하고 있고(같은 조 제7항), 구 과학기술기본법의 위임에 따라 관리규정은 제2, 3과제 관련 사업비 환수금액, 제재부가금에 관하여 아래 표의 기재와 같이 규정하고 있다. 위 각 규정에 따라 제1, 2, 3과제의 용도 외 사용액으로 산정한 금액을 기초로 피고들은 용도 외 사용액 전액에 대해 환수처분을 하는 한편, 피고 과학기술정보통신부장관은 용도 외 사용액의 20% 또는 50%의 제재부가금 부과처분을 하였다. 
사업비 환수 금액관리 규정2020. 11. 24. 개정되기 전의 것해당 연도 출연금 전액 이내해당 부분제2, 3과제제재 부가금관리 규정2015. 12. 22. 개정되기 전의 것2020. 11. 24. 개정되기 전의 것용도 외 사용액 1억원 미만: 용도 외 사용액의 20%주4)연구용도 외 사용금액 5천만 원 이하: 용도 외 사용액의 50%해당 부분제3과제(연구기간 2015. 3. 1.~2016. 2. 29.)제2과제
다) 구 과학기술기본법 제11조의2 제9항의 위임을 받은 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2020. 11. 24. 대통령령 제31169호로 개정되기 전의 것) 제27조 제11항은 위반행위의 경중과 연구개발과제의 목표달성 가능성 등을 고려하여 사업비 환수금액을 감액할 수 있다고 정하고 있다. 또한, 같은 규정 [별표 6] 제3호는 부과권자는 연구개발성과 평가 결과가 우수한 것으로 판정된 경우[(가)목], 연구용도 외로 사용한 동기, 방법 및 그 결과 등을 고려하여 제재부가금을 줄일 필요가 있다고 인정되는 경우[(다)목] 등에 해당할 때 산정된 제재부가금의 2분의 1 범위에서 그 금액을 감경할 수 있다고 정하고 있다.
라) 제2, 3과제와 마찬가지로 제1과제에 대해 수령한 정부출연금에서 용도 외 사용액이 차지하는 비율이 높지 않은 것으로 보이고, 앞서 본 바와 같이 원고 연구실에서 학생인건비를 공동관리한 것으로 인하여 이를 금지하는 공익 목적을 침해하는 정도나 그 위법성의 정도가 높다고 볼 수 없으며, 원고에 대한 개인적인 비난가능성 역시 크다고 보기 어렵다(위 3.라.3)나)의 (4)항 및 (6)항). 
마) 제1과제 수행 성과를 바탕으로 ○○대학교 산학협력단은 한국연구재단과 사업기간 2020. 9. 1.부터 2027. 8. 31.까지 후속 과제에 관한 협약을 체결하였고, 여기에 원고도 중요한 기여를 한 것으로 보인다. 원고는 제2, 3과제를 성실히 수행하였음은 앞서 본 바와 같다(위 3.라.3)나)의 (5)항). 이에 비추어 원고는 자신이 맡은 제1, 2, 3과제를 충실하게 수행하였다고 판단된다.
바) 교육부 감사 결과 확인된 학생인건비 공동관리로 인하여 피고들이 원고에게 부과한 학술지원 대상자 선정제외 또는 국가연구개발사업 참여제한의 기간 합계는 이 사건을 포함해 21년에 이르는바, 위 각 처분 일부가 원고에게 지나치게 가혹하여 재량권 일탈·남용으로 취소된다고 하더라도 판결 결과를 반영한 재처분을 통하여 원고가 장기간 피고들이 시행하는 국가연구개발사업 등에 참여할 수 없게 되는 것은 분명해 보인다.
사) 따라서 피고들이 제1, 2, 3과제와 관련하여 원고에 대한 국가연구개발사업 참여제한 처분에 더하여 원고 연구실의 공동관리금액 전액에 대하여 환수처분을 하고, 피고 과학기술정보통신부장관이 위 공동관리금액의 20% 또는 50%로 산정한 제재부가금을 감경하지 않은 채 그대로 부과한 것은 원고에게 지나치게 가혹하다.
4. 결론
 그렇다면 원고의 피고 교육부장관에 대한 청구 중 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하며, 원고의 피고 과학기술정보통신부장관에 대한 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[[별지] 관계 법령 등]

판사 이상훈(재판장) 이아영 변이섭