양도소득세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2017.03.30 / 시행일:

【원고, 피상고인】 
【피고, 상고인】 북대전세무서장
【원심판결】 대전고법 2016. 10. 7. 선고 2016누11542 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제69조 제1항은 본문에서 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전부 면제한다고 규정하면서도, 그 단서에서는 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다)」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ‘주거지역 등’이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」또는 그 밖의 법률(이하 ‘도시개발법 등’이라 한다)에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하도록 정하고 있다.
 이처럼 구 조특법 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세 면제범위를 제한한 것은, 농지가 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다. 구 조특법 제69조 제1항 단서의 문언상 주거지역 등 편입과 환지예정지 지정 중 어느 하나의 요건만 충족되면 양도소득세 면제범위가 제한된다고 볼 수 있을 뿐만 아니라, 농지가 국토계획법에 따른 주거지역 등에 편입된 후 순차로 도시개발법 등에 따른 환지예정지 지정을 받은 경우 주거지역 등에 편입된 때부터 이미 사실상 농지 외의 토지로 취급되어 거래가 이루어지므로, 이 경우에는 환지예정지 지정이 아니라 그에 앞서 이루어진 주거지역 등 편입 전까지 발생한 양도소득에 대하여만 양도소득세 면제대상이 된다고 봄이 타당하다. 한편 여기에서 ‘주거지역 등’은 주거지역·상업지역 및 공업지역만을 의미하는데, 농지가 국토계획법에 따른 녹지지역에 편입되었다가 이후 도시개발법 등에 따른 환지예정지 지정을 받은 경우와 같이 주거지역 등에 편입됨이 없이 곧바로 환지예정지 지정이 이루어지는 경우도 있을 수 있으므로, 이와 같이 본다고 하여 구 조특법 제69조 제1항 단서 중 ‘환지예정지 지정을 받은 날까지’ 부분이 불필요하거나 무의미하게 되는 것도 아니다. 이러한 점들을 종합하여 보면, 구 조특법 제69조 제1항 단서에 따른 양도소득세 면제 제한은 국토계획법에 의하여 주거지역 등에 편입된 날과 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날 중 빠른 날을 기준으로 적용된다고 보아야 한다.
 2. 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면 아래와 같은 사실을 알 수 있다.
 가. 원고는 1990. 4. 23. 대전 유성구 (주소 1 생략) 답 523㎡에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마치고, 2003. 8. 7. 위 토지에 원고 소유의 인접 농지인 (주소 2 생략) 답 67㎡를 합병등기하였다. 합병 후 대전 유성구 (주소 1 생략) 답 590㎡는 그중 104㎡가 2013. 8. 1. (주소 3 생략)으로 분할되어 486㎡만 남게 되었다(이하 이처럼 분할되고 남은 토지를 ‘이 사건 토지’라 한다).
 나. 미래창조과학부장관은 2009. 7. 21. 구 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법(2012. 1. 26. 법률 제11232호로 법률 제명 변경되기 전의 것, 이하 ‘구 연구개발특구법’이라 한다)에 따라 이 사건 토지가 포함된 대전 유성구 ○○동 일대의 토지를 토지소유자에 의한 환지방식의 사업추진방식으로 개발한다는 내용으로 대덕연구개발특구 2단계 ○○지구 개발계획을 고시하였다.
 다. 대전광역시장은 2011. 12. 28. 구 연구개발특구법 제27조 제1항 등에 따라 ‘대덕연구개발특구2단계(○○지구) 개발사업 실시계획 승인고시’를 하였고, 이에 따라 이 사건 토지는 국토계획법상 대전광역시 공업지역으로 편입되었다.
 라. 대전광역시 유성구청장은 2012. 10. 25. ○○지구 개발사업조합장에게 ‘대덕연구개발특구2단계(○○지구) 환지계획 인가통보’를 하였고, ○○지구 개발사업조합은 2012. 11. 1. 조합원들에게 환지예정지 지정조서 및 환지예정지 지정설명서를 발송하였는데, 이에 따르면 이 사건 토지의 환지예정지는 △△블럭(가지번 □□□) 229.9㎡였다.
 마. 대전광역시 유성구청장은 2013. 6. 21. 그 효력 발생일을 공고 당일로 하는 대덕연구개발특구 2단계(○○지구) 환지예정지 지정 공고를 하였으며, 이때 이 사건 토지의 환지예정지는 위 환지예정지 지정조서와 동일하게 지정되었다.
 바. 원고는 2014. 9. 5. 주식회사 부원유앤아이에 이 사건 토지에 관하여 2014. 9. 1.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었고, 2014. 9. 26. 피고에게 이 사건 토지가 주거지역 등에 편입된 날을 기준으로 감면세액을 29,858,108원으로 계산하여 양도소득세를 신고하였다.
 사. 원고는 2014. 12. 31. 피고에게 이 사건 토지에 관한 환지예정지 지정일을 기준으로 감면세액을 43,964,080원으로 계산하여야 한다는 이유로 과다납부한 양도소득세 14,105,972원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 2. 25. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
 3. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 토지는 2013. 6. 21. 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받기에 앞서 2011. 12. 28. 이미 국토계획법에 따른 공업지역으로 편입되었으므로, 구 조특법 제69조 제1항 단서에 따라 원고의 이 사건 토지 양도소득 중 공업지역 편입일인 2011. 12. 28.까지 발생한 부분에 대해서만 양도소득세 면제대상이 될 수 있다고 보아야 한다.
 그럼에도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 토지에 관한 환지예정지 지정일인 2013. 6. 21.까지 발생한 양도소득에 대하여도 양도소득세가 면제된다고 보아 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 구 조특법 제69조 제1항 단서의 적용범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.
 4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김용덕(재판장) 김신 김소영(주심) 이기택

[1] 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 규정 취지
[2] 농지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역 등에 편입되고 또한 도시개발법 등에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따른 양도소득세 면제 제한이 적용되는 시점(=주거지역 등에 편입된 날과 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날 중 빠른 날)
[3] 甲이 8년 이상 자경한 농지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 공업지역으로 편입된 후 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정 공고가 난 상태에서 甲이 토지를 양도하고는 공업지역에 편입된 날을 기준으로 양도소득세를 신고하였다가 다시 환지예정지 지정일을 기준으로 과다납부한 양도소득세를 환급해 달라는 경정청구를 하였으나 거부처분을 받은 사안에서, 위 토지는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따라 甲의 토지 양도소득 중 공업지역 편입일까지 발생한 부분에 대해서만 양도소득세 면제대상이 될 수 있다고 한 사례

[1] 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세 면제범위를 제한한 것은, 농지가 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다.
[2] 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제69조 제1항 단서의 문언상 주거지역 등 편입과 환지예정지 지정 중 어느 하나의 요건만 충족되면 양도소득세 면제범위가 제한된다고 볼 수 있을 뿐만 아니라, 농지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다)에 따른 주거지역 등에 편입된 후 순차로 도시개발법 등에 따른 환지예정지 지정을 받은 경우 주거지역 등에 편입된 때부터 이미 사실상 농지 외의 토지로 취급되어 거래가 이루어지므로, 이 경우에는 환지예정지 지정이 아니라 그에 앞서 이루어진 주거지역 등 편입 전까지 발생한 양도소득에 대하여만 양도소득세 면제대상이 된다. 한편 여기에서 ‘주거지역 등’은 주거지역·상업지역 및 공업지역만을 의미하는데, 농지가 국토계획법에 따른 녹지지역에 편입되었다가 이후 도시개발법 등에 따른 환지예정지 지정을 받은 경우와 같이 주거지역 등에 편입됨이 없이 곧바로 환지예정지 지정이 이루어지는 경우도 있을 수 있으므로, 이와 같이 본다고 하여 구 조특법 제69조 제1항 단서 중 ‘환지예정지 지정을 받은 날까지’ 부분이 불필요하거나 무의미하게 되는 것도 아니다. 이러한 점들을 종합하여 보면, 구 조특법 제69조 제1항 단서에 따른 양도소득세 면제 제한은 국토계획법에 의하여 주거지역 등에 편입된 날과 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날 중 빠른 날을 기준으로 적용된다고 보아야 한다.
[3] 甲이 8년 이상 자경한 농지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 공업지역으로 편입된 후 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정 공고가 난 상태에서 甲이 환지 전에 토지를 양도하고는 공업지역에 편입된 날을 기준으로 양도소득세를 신고하였다가 다시 환지예정지 지정일을 기준으로 과다납부한 양도소득세를 환급해 달라는 경정청구를 하였으나 거부처분을 받은 사안에서, 위 토지는 환지예정지 지정을 받기에 앞서 이미 공업지역으로 편입되었으므로 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 단서에 따라 甲의 토지 양도소득 중 공업지역 편입일까지 발생한 부분에 대해서만 양도소득세 면제대상이 될 수 있다고 보아야 하는데도, 환지예정지 지정일까지 발생한 양도소득에 대하여도 양도소득세가 면제된다고 보아 처분이 위법하다고 본 원심판단에 법리를 오해한 잘못이 있다고 한 사례.