종합소득세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2022.07.19 / 시행일:

【원고, 피항소인】 원고 (소송대리인 법무법인 평안 담당변호사 이재환)
【피고, 항소인】 도봉세무서장 (소송대리인 법무법인 남산 담당변호사 최석원)
【제1심판결】 서울행정법원 2021. 10. 12. 선고 2020구합85108 판결 
【변론종결】2022. 6. 10.
【주 문】
 1. 피고의 항소를 기각한다.
 2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 2019. 3. 11. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 양도소득세 6,591,661,190원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
 2. 항소취지
 제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결 이유 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 당사자들의 주장 요지 
 이 사건 조항에서 ‘소멸하는 사업장의 순자산가액’과 비교하는 ‘주식 또는 지분의 가액’의 의미에 대하여, 피고는 주식 또는 지분의 ‘시가’를 의미한다고 주장하고, 원고는 시가가 아니라 소멸하는 사업장의 중소기업자와 통합 후 존속하는 법인 사이에서 정한 주식의 ‘발행가액’을 의미한다고 주장한다. 
 나. 관계 법령 
 별지 관계 법령 기재와 같다.
 다. 인정사실 
 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결 이유 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
 라. 판단 
1) 구 조특법 제31조 제1항은 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 ‘사업용고정자산’이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 ‘통합법인’이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 그 위임을 받아 제정된 이 사건 조항은 "통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것"이라고 규정하고 있는 한편, 위 규정에 따라 이월과세를 적용받은 경우 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 통합법인이 승계받은 사업을 폐지하거나 중소기업자가 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도에 이월과세액을 양도소득세로 납부하도록 하고 있다(구 조특법 제31조 제7항). 이 사건 조항은 개인이 중소기업 간의 통합을 위하여 사업용 고정자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 과세시기를 통합법인이 이를 양도하는 시점으로 늦추고, 아울러 그 납세의무자도 개인이 아닌 통합법인으로 변경함으로써 중소기업 간의 원활한 구조조정을 지원하려는 데 그 취지가 있다(대법원 2014. 12. 24. 선고 2014두40661 판결 참조). 
2) 이 사건 조항의 취지에 더하여 아래에서 보는 사정을 종합하면, 이 사건 조항에서 말하는 ‘통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액’이란 ‘시가’가 아니라 ‘통합 당시 당사자 사이의 합의에 의하여 정하여진 발행가액’을 의미한다고 인정된다. 결국 원고의 주장은 이유 있다.
가) 이 사건 조항의 전신인 구 조세감면규제법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것) 제28조 제2항 제2호는 이월과세의 요건으로 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 1년간 평균 순자산가액(통합일이 속하는 월의 직전 월 말일부터 소급하여 1년간 매월 말일 현재의 사업용자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액의 합계액을 12로 나눈 금액을 말한다) 이상일 것’이라고 규정하고 있다가, 1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되면서 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 사업용자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액의 합계액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것’으로 변경되었다. 이는 소멸하는 사업장의 순자산가액을 장부가액으로 평가하던 것을 시가로 평가하도록 변경한 것인데, 그 목적은 당사자 사이에 시가와 장부가액의 차액 상당액을 현금 등으로 수수하는 경우 유상양도에 해당함에도 양도소득세를 과세하지 못하게 되는 것을 방지하고, 법인의 자본을 충실히 하기 위한 것이다(갑 제10호증). 
나) 그렇다면 이 사건 조항을 통하여 달성하고자 하는 주된 목적은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액의 적정한 평가에 있는 것이고, 이로 인하여 중소기업자가 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 위 순자산가액을 양도하고 취득한 대가(양도가액)로서의 의미를 가질 뿐이다. 즉, 이 사건 조항에서 ‘시가’는 순자산가액을 적정하게 평가하기 위한 기준이 될 뿐, 그에 대한 대가에 불과한 주식 또는 지분의 가액에 대해서까지 평가기준이 된다고 볼 수 없다.
다) 이 사건과 같이 통합법인이 신주발행 시 액면미달 발행을 할 경우 통합법인의 자본충실을 해할 우려가 있기는 하다. 그러나 통합으로 법인을 새로 설립하는 경우가 아닌 이상 통합법인은 요건을 갖춰 액면미달 발행을 하는 것이 가능하고, 이 사건 조항에서 ‘주식 또는 지분의 가액’에 관하여 별다른 평가방법이나 액면미달 발행 제한을 규정하고 있지 않은 이상, 법원으로부터 액면미달 주식의 발행을 인가받고 그 발행 주식의 발행가액 총액이 순자산가액 이상이라면, 이 사건 조항에서 요구하는 양도소득세 이월과세 요건을 충족한다고 보아야 한다(피고는 이 사건 조항이 순자산가액의 평가방법과 동일한 방법으로 주식 또는 지분의 가액을 평가하여야 함을 당연한 전제로 하여 순자산가액의 평가방법을 정해둔 것이라고 주장하나, 이는 오히려 법문에 부합하지 않는 해석이다. 또한 피고 주장과 같이 주식의 가액을 시가로 평가할 경우에도 시가가 액면가에 미달하는 때에는 동일하게 자본충실의 문제가 발생할 수 있다). 
라) 이 사건 조항에 따라 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자가 제출하여야 하는 이월과세적용신청서 서식[구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 10. 21. 기획재정부령 제373호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 제13조 별지 제12호 서식]은 양도하는 사업용자산의 취득가액 및 양도가액(통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액을 의미한다. 이하 같다)을 기재하는 난, 사업용자산의 순자산가액을 기재하는 난을 두고 있는데, 그 작성요령에서 사업용자산의 순자산가액에 대해서는 ‘소멸하는 사업장의 사업용자산에 대한 시가의 합계액에서 부채의 합계액을 차감한 금액’을 기입하도록 설명하고 있으나, 양도가액의 산정에 관하여는 ‘취득가액란 및 양도가액란은 이월과세란의 금액을 기준시가로 산정하는 경우 기준시가를 기재하고, 실지거래가액으로 산정하는 경우 실지거래가액을 기입한다’고만 되어 있다. 그런데 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1항은 자산의 양도가액은 원칙적으로 그 자산의 양도 당시 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액, 즉 실지거래가액에 따르도록 규정하고 있으므로, 실지거래가액을 확인할 수 있는 계약서 등이 존재하는 경우에는 계약서에 표시된 실지거래가액(이 사건의 경우 주식의 발행가액)이 그 양도가액이 된다(실지거래가액이 시가보다 과다하거나 과소하다고 하더라도 이는 고가매입 또는 저가양도의 문제일 뿐, 양도소득세 이월과세 적용요건과 관련하여 과세관청이 주식의 가액을 사후적으로 재평가할 이유가 될 수 없다). 
3) 이에 대하여 피고는, 이 사건 통합계약에서 정한 발행가액은 위법한 회계처리에 기초하여 산정된 것으로서 양도소득세의 이월과세 요건 충족여부를 판단하기 위한 기준이 될 수 없다는 취지로도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 조항에서 주식 또는 지분의 가액은 양도되는 사업용자산의 순자산가액과 비교하는 데에 그 의미가 있을 뿐이므로, 이 사건에서 분식회계에 기초하여 주식의 발행가액이 정해졌다는 이유만으로 양도소득세 이월과세 요건 충족여부를 달리 볼 수 없다.
 3. 결론 
 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소를 기각한다.

판사 이승한(재판장) 심준보 김종호