등록세등부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2003.01.24 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
등록면허세
【주문】
1. 제1심판결을 취소한다.
2. 피고가 2001. 2. 7. 원고에 대하여 한 등록세 금 31,536,250원, 교육세 금 5,781,640원의 부과처분을 취소한다.
3. 소송비용은 제1, 2심 모두 피고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 기초사실 및 처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증, 갑제4호증 내지 갑제14호증, 갑제15호증의 1 내지 3, 갑제16호증, 을제1호증의 1 내지 5의 각 기재와 당심증인 이규호의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.
가. 소외 학교법인 한흥학원(이하 ‘소외 법인’이라고 한다)은 1997. 8.경소외 시흥제2-1구역주택개량재개발조합(이하 ‘소외 조합’이라고 한다) 소유의 서울금천구 시흥2동 산 92의 2외 467필지 지상 벽산아파트 유치원 4층 건물 면적 합계 1,121.98㎡ 및 그 대지공유지분 971.38㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를 매수하려고 하였으나, 소외 법인 명의로 매매계약을 체결하기 위하여는 이사회의 의결 등의 절차를 거치는 데 상당한 시일이 소요되어 그 사이에 다른 원매자가 나타날 경우 매매가 성사되지 못할 우려가 생기게 되자, 우선 소외 법인의 이사장인 원고 명의로 매매계약을 체결한 다음 소외 법인 명의로 전환하기로 하고, 1997. 8. 29. 원고 명의로 소외 조합과 사이에 이 사건 부동산을 대금 1,057,600,700원에 분양받기로 하는 내용의 분양계약을 체결하였다.
나. 소외 법인은 1997. 10. 30. 이 사건 부동산에 대한 임시사용승인이 나자, 1998. 2. 20. 관할 교육청장으로부터 원고 명의로 이 사건 부동산에 대한 유치원설립인가를 받아 1998. 3. 2.부터 유치원을 운영하였고, 1999. 7. 26. 원고와 사이에 ‘원고가 이 사건 부동산을 소외 법인에게 증여한다’는 내용의 증여계약을 체결한 다음, 1999. 7. 29. 관할 교육청장으로부터 위 유치원의 설립자 명의를 소외 법인 명의로 변경하였다.
다. 그런데 소외 조합이 2000. 2. 16. 이 사건 부동산에 대한 준공검사를 마치고, 2000. 6. 10. 소유권보존등기를 경료함에 따라 이 사건 부동산에 관하여 소외 법인 명의로 소유권이전등기를 경료하여야 할 상황에 이르렀는바, 이에 원고와 소외 법인은 당초 분양명의자인 원고 명의로 소유권이전등기를 경료한 다음 소외 법인 명의로 소유권이전등기를 경료하기로 하고, 이에 따라 이 사건 부동산에 관하여 2000. 8. 9. 원고 명의로 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 이전등기’라고 한다)를 경료한 후 2000. 8. 31. 소외 법인 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.
라. 한편, 원고는 2000. 8. 9. 피고에 대하여 이 사건 이전등기에 따른 등록세의 과세표준을 금 788,406,300원으로 신고하되, 그 세액은 이 사건 부동산이지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고만 한다) 제127조 제1항 제1호및같은법시행령(2000. 12. 29. 영 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고만 한다) 제79조소정의 용도구분에 의한 비과세대상임을 이유로 0원으로 신고하고, 등록세액을 과세표준으로 하는 교육세의 세액 또한 0원으로 신고하였다.
마. 그러나 피고는, 원고가 이 사건 이전등기 당시를 기준으로 할 때 위 법령 소정의비과세대상인 비영리사업자에 해당되지 않는 것으로 보고 2001. 2. 7. 원고에 대하여 과세표준을 금 876,007,000원으로 하여 등록세액을 금 31,536,250원(= 본세 26,280,210원 ＋ 가산세 5,256,040원), 교육세액을 5,781,640원으로 결정하여 위 등록세 및 교육세를 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 원고가 이 사건 부동산을 취득하고 소유권이전등기를 마치게 된 것은 법령상 등록세 비과세대상으로 규정된 공익사업에 사용하기 위한 것이므로, 이 사건 처분은 비과세대상에 대하여 과세한 것으로서 위법하다.
(2) 원고는 행정자치부장관으로부터 이 사건 이전등기가 비과세대상이라는 회신을 받아 비과세로 신고하였을 뿐더러, 금천구청 세무2과 담당직원으로부터도 이 사건 이전등기가 비과세대상이라는 확인서를 발급받아 비과세로 신고하였으므로, 이 사건 처분은 신의칙에 반하는 위법한 처분이다.
(3) 가사 이 사건 처분 중 본세 부분의 부과처분이 적법하다 할지라도, 원고가 이 사건 이전등기가 비과세대상인 것으로 알고 세액을 0원으로 신고하게 된 데에는 원고의 귀책사유가 없으므로, 이 사건 처분 중 가산세를 부과한 부분은 위법하다.
나. 관련 법령

별지 기재와 같다.
다. 원고의 주장에 대한 판단

(1) 이 사건 이전등기가 비과세대상에 해당하는지 여부

㈎ 위 관련 법령에 의하면, 유치원의 설립자가 유치원 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하여 등기하는 경우에 등록세를 면제받기 위하여는, 그 등기명의자가 초·중등교육법 제2조 제1호에 따른 사립유치원의 설립자로 인가받은 자 또는 초·중등교육법 제4조 제3항,같은법시행령 제6조 제1항,제3항,제4항의 각 규정에 의하여 설립자로 변경인가받은 자이어야 하고, 당해 부동산의 등기가 유치원 사업에 사용하기 위한 것이어야 하며, 이와 같은 요건의 충족 여부는 그 조세채무의 성립시기인 등기시를 기준으로 하여야 할 것이다.
㈏ 그런데 앞서 인정한 바와 같이 원고는 1998. 2. 20. 이 사건 부동산에 관하여 자신을 설립자로 하는 유치원 설립인가를 받았다가, 1999. 7. 29. 설립자를 소외 법인으로 변경하는 내용의 변경인가를 하였으므로, 원고가 이 사건 부동산에 관하여 자신의 명의로 소유권이전등기를 경료한 2000. 8. 9. 당시에는 원고는 이미 위 유치원의 설립자 지위를 상실하였다 할 것이어서, 이 사건 이전등기가 결과적으로 공익사업에 사용하기 위한 방편으로 경료된 것일지라도 위와 같은 비과세요건을 충족한다고 볼 수는 없다 할 것이다[조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 엄격하게 문언대로 해석하여야 하고, 이는 비과세요건 또는 조세감면요건의 경우라 하여 달라지지 않는다 할 것이며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다고 할 것이므로(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결,2000. 12. 26. 선고 98두1192 판결등), 원고가 주장하는 이 사건 부동산의 취득, 위 유치원의 설립, 이 사건 부동산의 증여, 설립자 변경인가 및 이 사건 이전등기에 이르기까지의 경위를 참작하여 이 사건 이전등기가 비과세대상에 해당한다고 해석할 수는 없다].
㈐ 따라서 이 사건 이전등기가 비과세대상에 해당함을 전제로 하는 원고의 위 주장은 이유 없다.
(2) 이 사건 처분이 신의칙에 위반되는지 여부

㈎ 인정사실

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제17호증 내지 갑제22호증, 을제1호증의 3의 각 기재와 당심증인이규호의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.
① 소외 법인은 2000. 7. 20.경 이 사건 부동산에 관하여 소외 조합으로부터 소유권이전등기를 경료받음에 있어 원고 명의로 소유권이전등기를 경료한 다음 소외 법인 명의로 소유권이전등기를 경료하는 방법과 분양계약자 명의를 소외 법인 명의로 변경하여 소외 조합으로부터 직접 소외 법인 명의로 소유권이전등기를 경료하는 방법 중 어느 방법을 선택하여야 세금 등 비용부담이 적게 될 것인지에 관하여 검토하던 중 위 법인의 이사인소외 이규호를 통하여 금천구청의 담당직원인 소외 이양수에게 문의를 하였던바, 이에 위 이양수는 행정자치부장관에게 질의하여 원고 명의로 이전등기를 하였다가 소외 법인 명의로 이전등기를 하는 경우에도 등록세 비과세대상에 해당한다는 회신이 오면 등록세를 비과세로 처리해 주겠다면서 위이규호에게 질의서 초안을 작성해 주었다.
② 이에 원고는 2000. 7. 24. 행정자치부장관에게, ‘원고가 당초 이 사건 부동산을 개인 명의로 취득하였다가 소외 법인에게 증여하였고, 유치원 설립인가도 원고 명의로 받았다가 위 법인을 설립자로 하는 변경인가를 받았는데, 장차 원고 앞으로 먼저 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마친 후 위 법인 명의로 소유권이전등기를 마칠 경우 원고 명의 등기에 대하여 등록세를 면제받을 수 있는지 여부’를 질의하였는바, 이에 대하여 행정자치부장관은 2000. 8. 9. 원고에게 ‘유치원설립인가를 받아 운영하는 개인이 유치원용 부동산을 등기한 후 그 사업과 동일한 사업을 하는 법인을 설립하여 이를 증여한다 하더라도 계속 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되므로 당해 부동산등기에 대하여는 등록세가 비과세된다’라는 취지의 회신을 하였다.
③ 그런데 금천구청의 담당공무원인 소외 윤종길은 위 회신의 작성일자보다 하루 앞선 2000. 8. 8. 위이규호에게 ‘행정자치부장관으로부터 비과세에 해당한다는 회신이 왔다’고 하면서 이 사건 부동산에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 등록세 비과세에 해당한다는 등록세비과세 확인서(갑제20호증)를 발급하여 주었고, 이에 원고는 다음날인 2000. 8. 9. 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 신청함에 있어 위 이전등기에 따른 등록세를 0원으로 신고하였다.
㈏ 판단

① 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다. 또한, 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있는 것이므로, 위 요건의 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1996. 1. 23. 선고 95누13746 판결등).
② 그런데 행정자치부장관의 위 회신은, 원고의 질의를 잘못 이해하여 원고가 유치원 설립자의 지위에 있는 상태에서 유치원용 부동산의 등기를 하였다가 다시 이를 학교법인에 증여한다 하더라도 이는 법 제127조 제1항 단서 규정상의 정당한 사유가 있는 경우에 해당하여 다시 등록세가 부과되지는 않는다고 답변한 것에 불과하여, 정작 원고가 질의한 내용인 유치원 설립자 지위를 상실한 상태에서 등기를 한 경우에 등록세가 비과세되는지의 여부에 대하여는 아무런 회신을 하지 않은 결과가 되었다 할 것이어서, 행정자치부장관의 위 회신만으로는 이 사건 이전등기가 등록세 비과세대상에 해당한다는 점에 관하여 과세관청의 공적인 견해 표명이 있었다고 볼 수는 없다.
③ 그러나 금천구청의 담당공무원은 비록 행정자치부장관의 위 회신 내용을 잘못 이해한 점이 있기는 하지만 원고에게 이 사건 이전등기가 비과세대상에 해당한다는 등록세비과세 확인서를 발급하여 줌으로써 납세자인 원고에게 신뢰의 대상이 될 공적인 견해를 표시하였고(금천구청의 담당공무원이 원고에게 발급한 등록세비과세 확인서에는 납세자, 과세대상, 등기원인 등이 구체적으로 기재되어 있다), 원고는 위와 같은 견해가 정당한 것으로 신뢰하고 그에 따라 이 사건 이전등기에 따른 등록세를 0원으로 신고하였으며, 원고의 위와 같은 신뢰에 어떠한 귀책사유가 있다고 보기도 어려우므로, 피고가 위와 같은 견해표명에 반하여 이 사건 이전등기에 대하여 등록세를 부과함으로써 원고의 이익을 침해하는 것은 신의성실의 원칙상 허용될 수 없다 할 것이다.
④ 따라서 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 반하는 위법한 과세처분으로 취소되어야 할 것이므로, 원고의 주장은 이 점에서 이유 있다.
3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

구청의 담당공무원은 비록 행정자치부장관의 위 회신 내용을 잘못 이해한 점이 있기는 하지만, 이전등기가 비과세대상에 해당한다는 등록세비과세 확인서를 발급하여 줌으로써 납세자에게 신뢰의 대상이 될 공적인 견해를 표시하였고, 납세자의 위와 같은 신뢰에 어떠한 귀책사유가 있다고 보기도 어려우므로, 이전등기에 대하여 등록세를 부과함으로써 납세자의 이익을 침해하는 것은 신의성실의 원칙상 허용될 수 없다.