취득세등 부과처분 취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.06.13 / 시행일:

【원고, 피상고인 겸 상고인】 의왕새마을금고 (소송대리인 법무법인 광교 담당변호사 김철현 외 1인)
【피고, 상고인 겸 피상고인】 의왕시장
【원심판결】 서울고법 2011. 7. 8. 선고 2010누35465 판결
【주 문】
 원심판결의 원고 패소 부분 중 소매점 부분의 취득과 관련된 취득세 319,870원, 등록세 합계 13,492,760원, 지방교육세 합계 2,500,080원 및 농어촌특별세 29,660원의 각 부과처분 부분과 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고의 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】 1. 원고의 상고이유를 판단한다.
 가. 소매점 부분이 취득세 및 등록세 면제 대상인지에 관하여
구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제272조 제3항 본문은 새마을금고법에 의하여 설립된 새마을금고가 같은 법 제28조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, 구 새마을금고법(2011. 3. 8. 법률 제10437호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘새마을금고법’이라 한다) 제28조 제1항은 “새마을금고는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다.”고 규정하면서 그 각 호에서 신용사업(제1호), 문화복지 후생사업(제2호), 회원에 대한 교육사업(제3호), 지역사회 개발사업(제4호) 등을 들고 있다. 한편 새마을금고법 제1조, 제2조 제1항은, 같은 법에 따라 설립된 새마을금고는 국민의 자주적인 협동 조직을 바탕으로 우리나라 고유의 상부상조 정신에 입각하여 자금의 조성과 이용, 회원의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상, 지역사회 개발을 통한 건전한 국민정신의 함양과 국가경제 발전에 이바지함을 목적으로 하는 비영리법인이라고 규정하고 있다.
 이러한 규정의 문언 내용과 취지 등에 비추어 보면, 새마을금고법에 의하여 설립된 새마을금고가 취득하는 부동산이 새마을금고법 제28조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 업무에 사용하기 위한 것으로서 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하기 위하여는 그 부동산을 취득하여 직접 사용하기 위한 업무의 주된 목적이 자금의 조성과 이용, 회원의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 지역사회개발 등에 있어야 한다.
 원심은 그 채택 증거에 의하여, ① 원고가 이 사건 신축건물을 건축하면서 소매점 부분에 대하여는 금융업소 부분과 달리 제1종 근린생활시설인 소매점 용도로 건축허가를 받았고, 취득세 등도 스스로 납부하였던 사실, ② 원고는 이 사건 신축건물이 준공된 이후 1년이 경과하도록 소매점 부분을 새마을금고법 제28조 제1항 제1호 내지 제4호에서 정하는 사업에 사용하지 아니하고 공실로 남겨 두었던 사실, ③ 이 사건 신축건물이 준공되기 전에 개최된 원고의 이사회에서 소매점 부분을 임대하자는 의견이 제시되기도 한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 기존건물의 취득 당시 원고의 이사회에서 소매점 부분을 회원들이나 인근 주민들의 복지시설 등으로 사용하기로 하는 논의가 있었다거나 현재는 소매점 부분을 실제로 지역사회단체의 무료국악연습실이나 회의실 용도로 사용하고 있다는 사정만으로는 이 사건 신축건물 중 소매점 부분이 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당한다고 보기 어렵다고 판단하였다.
 앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 원고가 상고이유에서 주장하는 바와 같이 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 나. 365 자동화코너 시설의 설치비용을 소매점 부분과 금융업소 부분의 사실상 취득가액에 안분하여야 하는지에 관하여
 (1) 원심은, 이 사건 신축건물 중 365 자동화코너 시설(이하 ‘이 사건 시설’이라 한다)은 그 구조와 위치, 용도 등에 비추어 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분의 부속시설에 해당한다고 봄이 상당하지만, 향후 내부시설의 교체나 용도 변경 등에 따라 이 사건 신축건물 전체에 공하는 부속시설로도 얼마든지 사용될 수 있으므로, 피고가 그 설치비용 중 이 사건 신축건물의 연면적에서 소매점 부분과 금융업소 부분이 각 차지하는 비율에 해당하는 금액을 안분하여 취득세와 등록세의 과세 대상인 이 사건 소매점 부분의 사실상 취득가액과 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상인 금융업소 부분의 사실상 취득가액을 산정한 것은 옳고, 따라서 피고가 이 사건 신축건물 중 소매점 부분의 취득과 관련하여서 한 취득세 319,870원, 등록세 합계 13,492,760원(= 127,940원 + 13,364,820원), 지방교육세 합계 2,500,080원(= 23,730원 + 2,476,350원) 및 농어촌특별세 29,660원의 각 부과처분(이하 ‘소매점 관련 부과처분’이라 한다)과 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분의 취득세 및 등록세의 면제를 이유로 한 농어촌특별세 합계 61,480원(= 43,910원 + 17,570원)의 부과처분(이하 ‘금융업소 관련 부과처분’이라 한다)은 모두 적법하다고 판단하였다.
 (2) 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
구 지방세법 제272조 제3항 본문의 문언 내용과 취지, 그리고 같은 항 단서가 ‘취득한 부동산을 그 사용일부터 2년 이상 그 업무에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 면제된 세액을 추징’하도록 별도로 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하는지는 원칙적으로 부동산의 취득 당시를 기준으로 그 현황과 용도, 취득 목적 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.
 원심판결 이유 및 기록에 의하면, 이 사건 시설은 1층 금융업소 부분의 내부와 연결되어 있는 무인자동화점포로서 현금자동출납기 등이 설치되어 영업시간 중에는 금융업소 부분과 일체로 사용되고 영업시간 후에는 여닫이문으로 구분되어 무인점포로 사용되고 있는 반면, 소매점 부분은 2층 또는 지하에 위치하고 있어 이 사건 시설과는 분리되어 있는 사실, 원고는 이 사건 신축건물에 관하여 내부시설공사비 107,010,000원 외에 별도로 이 사건 시설의 설치비용 27,830,000원을 지출한 사실 등을 알 수 있다.
 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 시설은 그 현황과 용도, 취득 목적 등을 종합적으로 고려할 때 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분의 일부분으로서 원고가 새마을금고의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 봄이 타당하므로, 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당한다. 따라서 그 설치비용은 취득세와 등록세의 과세대상인 이 사건 소매점 부분의 사실상 취득가액에 포함될 수 없고, 그 전부가 취득세와 등록세의 면제 대상인 금융업소 부분의 사실상 취득가액에 포함되어야 한다.
 (3) 그럼에도 원심은, 그 판시와 같은 이유로 피고가 이 사건 시설의 설치비용을 안분하여 소매점 부분과 금융업소 부분의 사실상 취득가액을 산정한 것이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상인지를 판단하는 기준시점 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 있고, 이는 소매점 관련 부과처분 부분의 판결 결과에 영향을 미쳤음이 분명하다(아울러 소매점 관련 부과처분 중 등록세 127,940원 및 13,364,820원 부분과 지방교육세 23,730원 및 2,476,350원 부분은 각각 동일한 과세단위를 대상으로 하는 것으로서 세목별로 후자가 전자의 증액경정처분임을 지적하여 둔다).
 다만 금융업소 관련 부과처분은 구 농어촌특별세법(2010. 12. 30. 법률 제10422호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1호, 제5조 제1항 제1호에 따라 금융업소 부분의 취득과 관련하여 감면된 취득세액 또는 등록세액을 과세표준으로 하여 거기에 20%의 세율을 곱하여 산정한 농어촌특별세를 부과한 것이므로, 이 사건 시설의 설치비용 전부를 금융업소 부분의 사실상 취득가액에 포함하여 정당한 세액을 산정하더라도 그 세액은 피고가 당초 부과한 세액(합계 61,480원)을 초과할 것임이 분명하다. 따라서 원심의 위와 같은 잘못은 금융업소 관련 부과처분 부분의 판결 결과에는 영향을 미치지 아니하였다 할 것이다.
 결국 이 부분 원고의 상고이유의 주장은 소매점 관련 부과처분 부분에 대하여만 이유 있다.
 다. 등록세 중과 대상 여부에 관하여
구 지방세법 제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정하고, 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제102조 제2항 전단은 ‘법인 또는 지점 등의 설립·설치·전입에 따른 부동산등기’란 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다. 여기서 말하는 ‘일체의 부동산등기’란 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립 등과 관련하여 그 이전에 취득한 부동산에 관한 등기이면 그 요건이 충족되고, 그 부동산의 전부가 당해 업무에 사용될 것인지의 여부를 묻지 아니한다고 해석된다(대법원 1994. 6. 14. 선고 92누15796 판결 등 참조).
 원심은, 원고가 부곡지점을 설치하기 위하여 이 사건 신축건물을 취득하는 등기를 하였으므로 이 사건 신축건물에 대한 등기는 금융업소 부분과 소매점 부분을 모두 포함하여 구 지방세법 제138조 제1항 제3호, 구 지방세법 시행령 제102조 제2항 전단이 규정하는 대도시 내에서의 지점 설치에 따른 부동산등기에 해당하고, 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분은 새마을금고 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서 등록세 면제 대상에 해당되어 중과세가 문제 될 여지가 없지만, 소매점 부분은 등록세 면제 대상에 해당하지 아니하는 이상 중과세를 면할 수 없다고 판단하였다.
 원심의 판단은 앞서 본 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 원고가 상고이유에서 주장하는 바와 같이 등록세가 중과세되는 부동산등기에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 2. 피고의 상고이유를 판단한다.
구 지방세법 제272조 제3항 단서는 새마을금고가 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산을 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 업무에 직접 사용하지 아니한 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 본문에 규정된 새마을금고가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 새마을금고에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 새마을금고가 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두1948 판결 등 참조).
 한편 새마을금고가 업무에 직접 사용하기 위한 건물을 신축할 목적으로 기존건물과 토지를 취득한 후 기존건물을 철거하고 그 토지 위에 건물을 신축하는 경우에 기존건물과 토지의 취득일부터 1년 이내에 건물을 신축하지 못하였더라도 거기에 정당한 사유가 있다면 기존건물과 토지에 대하여 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 추징사유가 발생하였다고 볼 수 없지만, 일단 건물이 신축되고 나면 특별한 사정이 없는 한 그때는 바로 신축건물을 업무에 직접 사용하여야 할 것이므로 신축건물의 전부 또는 일부를 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 기존건물과 토지 중 신축건물의 연면적에서 업무에 직접 사용되지 아니하는 건물 부분이 차지하는 비율에 해당하는 부분도 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 취득세와 등록세의 추징대상이 된다고 봄이 타당하다(대법원 1992. 6. 23. 선고 91누13281 판결 참조).
 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 이 사건 기존건물 임차인들의 인도 거부와 이 사건 토지 지하 1.2m에 존재하는 지하수면 등으로 인하여 이 사건 신축건물 건축공사의 착공이 지연된 사실 등을 인정한 다음, 원고가 이 사건 토지와 기존건물을 그 취득일부터 1년 이내에 업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로, 피고가 구 지방세법 제272조 제3항 단서를 적용하여 원고에게 이 사건 토지 및 기존건물의 취득과 관련하여 취득세와 등록세 등을 부과한 것은 위법하다고 판단하였다.
 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 원고가 이 사건 토지와 기존건물을 그 취득일부터 1년 이내에 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 판단한 부분은 정당하고, 거기에 피고가 상고이유에서 주장하는 바와 같이 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 ‘정당한 사유’에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 다만 원심이 인정한 사실관계에 의하더라도, 이 사건 토지 위에 건축된 이 사건 신축건물 중 소매점 부분은 그 건축공사가 완료되어 원고가 이를 취득한 날부터 1년이 경과하도록 정당한 사유 없이 업무에 직접 사용하지 아니하였으므로, 이 사건 토지와 기존건물 중 이 사건 신축건물의 연면적에서 소매점 부분이 차지하는 비율에 해당하는 부분은 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 취득세와 등록세의 추징대상이 된다고 할 것이다.
 그럼에도 원심은, 이와 다른 전제에서 이 사건 토지 및 기존건물의 취득과 관련된 취득세와 등록세 등의 부과처분은 그 전부가 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 취득세와 등록세의 추징대상에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 피고의 상고이유 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다.
 4. 결론
 그러므로 원심판결의 원고 패소 부분 중 소매점 부분의 취득과 관련된 취득세 319,870원, 등록세 합계 13,492,760원, 지방교육세 합계 2,500,080원 및 농어촌특별세 29,660원의 각 부과처분 부분과 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 원고의 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김소영(재판장) 신영철 이상훈(주심) 김용덕

[1] 새마을금고가 취득하는 부동산이 구 새마을금고법 제28조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 업무에 사용하기 위한 것으로서 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하기 위한 요건
[2] 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하는지를 판단하는 방법
[3] 새마을금고가 업무에 직접 사용하기 위한 건물을 신축할 목적으로 기존건물과 토지를 취득한 후 기존건물을 철거하고 그 토지 위에 건물을 신축하였으나 신축건물의 전부 또는 일부를 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 업무에 직접 사용하지 아니한 경우, 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 정한 취득세와 등록세 추징대상의 범위

[1] 구 새마을금고법(2011. 3. 8. 법률 제10437호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘새마을금고법’이라 한다)에 의하여 설립된 새마을금고가 취득하는 부동산이 새마을금고법 제28조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 업무에 사용하기 위한 것으로서 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하기 위하여는 그 부동산을 취득하여 직접 사용하기 위한 업무의 주된 목적이 자금의 조성과 이용, 회원의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 지역사회개발 등에 있어야 한다.
[2] 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제272조 제3항 본문의 문언 내용과 취지, 그리고 같은 항 단서가 ‘취득한 부동산을 그 사용일부터 2년 이상 그 업무에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 면제된 세액을 추징’하도록 별도로 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하는지는 원칙적으로 부동산의 취득 당시를 기준으로 그 현황과 용도, 취득 목적 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.
[3] 새마을금고가 업무에 직접 사용하기 위한 건물을 신축할 목적으로 기존건물과 토지를 취득한 후 기존건물을 철거하고 그 토지 위에 건물을 신축하는 경우에 기존건물과 토지의 취득일부터 1년 이내에 건물을 신축하지 못하였더라도 거기에 정당한 사유가 있다면 기존건물과 토지에 대하여 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제272조 제3항 단서가 규정하는 추징사유가 발생하였다고 볼 수 없지만, 일단 건물이 신축되고 나면 특별한 사정이 없는 한 그때는 바로 신축건물을 업무에 직접 사용하여야 할 것이므로 신축건물의 전부 또는 일부를 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 기존건물과 토지 중 신축건물의 연면적에서 업무에 직접 사용되지 아니하는 건물 부분이 차지하는 비율에 해당하는 부분도 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 취득세와 등록세의 추징대상이 된다고 봄이 타당하다.