법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1991.03.15 / 시행일:

【원 고】 재단법인 천주교성가회유지재단
【피 고】 성북세무서장
【주 문】
 1. 피고가 1989.7.18. 원고에 대하여 한 1989년 7월 수시분 법인세 금 386,871,570원 및 그 방위세 금 59,883,370원의 부과처분 중 법인세 금 91,280,938원 및 그 방위세 금 14,129,264원을 초과하는 부분을 취소한다.
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용은 이를 4분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1989.7.18. 원고에 대하여 한 1989년 7월 수시분 법인세 금 386,871,080원 및 그 방위세 금 59,883,370원의 부과처분 중 법인세 금 1,258,080원 및 방위세 금 14,129,260원을 초과하는 부분을 취소한다.
 소송비용은 피고의 부담으로 한다라는 판결.
【이 유】각 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증(납입고지서), 갑 제2호증, 갑 제3호증의 2(각 결정서), 갑 제3호증의 1(결정통지), 갑 제4호증(법인등기부등본), 갑 제5호증의 1내지3, 갑 제6호증(각 부동산 등기부등본), 을 제1, 2호증의 각 1(각 세액결정서), 2(각 세액계산서), 3(각 가산세액계산서), 4(각 특별부가세세액계산서), 5(각 과세표준세액계산내용)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고법인은 천주교 성가회에서 설립운영하는 전도, 교육, 자선기관 등의 사업을 위하여 필요한 토지와 건물 등 자산을 소유관리하고 공급하는 한편, 이를 위하여 중.고등학교, 병원, 보육원, 양로원 등을 유지경영함을 목적으로 하여 설립된 비영리종교법인으로서, 그 활동을 위하여 1967.2.8. 부천시 소사동 5 대 1,057.9평방미터, 같은 동 5의1 대 2,228.6평방미터, 같은 동 5의12 대 1,683.2평방미터(이하, 이 사건 소사동 토지라고 한다)를 소외 유금지 등으로부터 증여받고, 또한 1977.10.12. 서울 성북구 하월곡동 88의499 대 162평방미터(이하, 이 사건 하월곡동 토지라고 한다)를 액수불명 대금에 매수하여 각 소유하고 있다가 위 소사동 토지는 1987.10.24. 소외 삼양건설산업주식회사에게 금 1,000,000,000원의 공사비채무에 대한 대물변제로서, 위 하월곡동 토지는 1987.9.3. 소외 김영웅에게 금 51,450,000원에 매도함으로써 각 이를 양도하였으나 위 양도에 따른 법인세(특별부가세, 이하 법인세라고만 한다)와 그 방위세의 과세표준 및 세액확정신고를 하지 아니한 사실, 그리하여 피고는 위 각 토지의 양도사실에 대하여 1989.7.18.법인세법(개정 전의 1985.12.23.법률 제3794호) 제59조의2 제3항 단서,동법시행령 제124조의2 제6항,소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 다목,제170조 제1항 단서의 각 규정에 의하여 각 토지의 양도가액은 실지거래액을 확인할 수 있으므로 실지거래가액에 의하여 취득가액은 불분명하므로소득세법시행규칙 제56조의5 제5항의 규정에 의한 환산가액에 의하여 양도차익을 계산하여야 한다고 보고 위와 같은 방법으로 양도차익을 계산하여 당초 원고에게 1987년도 7월 수시분 특별부가세 금 389,281,980원과 그 방위세 금 60,256,480원의 부과처분을 하였으나, 그 직후 위 각 토지의 면적계산에 있어 약간의 오류가 있음을 발견하고 다시 별지세액계산표 피고결정세액란 제(9)항 및 제(14)항 기재와 같이 이 사건 소사동 토지의 양도에 대한 법인세 및 그 방위세를 각각 금 380,256,362원 및 금 58,859,418원으로, 이 사건 하월곡동 토지의 양도에 대한 특별부가세 및 그 방위세를 각각 금 6,615,214원 및 금 1,023,960원으로 각 경정하여 최종적으로 위 각 토지의 양도로 인한 세액을 법인세 금 386,871,570원 및 그 방위세 금 59,883,370원으로 각 확정하였던 사실을 인정할 수 있고 그 밖에 달리 반증이 없다.
 먼저 본안에 앞서 피고는, 원고가 이 사건 하월곡동 토지의 양도로 인한 과세처분에 대하여는행정소송법 제2조 제1항 소정의 전심절차를 거치지 아니하였으니 위 과세처분에 관한 이 사건 소는 부적법하다고 항변하므로 살피건대, 앞서 본 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 2의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 1989.7.21. 피고로부터 이 사건 소사동 및 하월곡동의 두 토지 양도로 인한 당초세액의 납부고지서(갑 제1호증)을 송달받고 이에 불복하여 제기한 심사청구 및 심판청구절차에서 그 청구원인으로 위 소사동 토지의 양도로 인한 과세처분에 관한 사유만을 주장하여 다투다가 이 사건 소송 도중 비로소 하월곡동 토지에 관한 과세처분도 그 세액계산이 잘못되었다고 주장하면서 이를 다투고 있는 사실을 일응 인정할 수 있으나, 한편 위 각 증거들에 위 갑 제1호증의 기재를 모아보면 피고는 1989.7.18. 원고에게 이 사건 과세처분을 고지하면서 위 두 토지의 양도로 인한 각 세액을 분리하지 아니하고 일괄하여 총세액을 기재한 납세고지서(갑 제1호증)를 발급 송달하였고 원고는 위 총세액에 대하여 모두 불복하면서 다만 소사동 토지에 관한 사유만을 전심절차에서 주장하다가 이 사건 소송절차에 이르러 하월곡동 토지에 관한 사유도 추가하여 주장하고 있는 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없는바, 이러한 사실관계하에서는 원고가 이 사건 전심절차에서 위 두 토지에 관한 총세액에 대하여 불복한 이상 비록 소송절차에 이르러 비로서 위 하월곡동 토지에 관한 새로운 주장을 추가하였다 하여 이 부분에 관한 전심절차를 거치지 않았다고는 볼 수 없으므로 피고의 위 항변은 이유없다 할 것이다.
 다음 본안으로, 피고는 위 처분사유와 적용법조를 들어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, 첫째 이 사건 소사동 토지는 그 양도 직전 원고법인이 운영하는 성가병원 등의 직원들을 위한 테니스코트 등 체육복지시설부지로 사용되던 토지이므로 이는 곧위 법인세법 제59조의 제1항 제17호 소정의 종교법인이 그 고유목적에 직접사용하는 토지에 해당한다 할 것이어서 그 양도로 인한 소득에 대하여는 동법조항에 따라 법인세를 부과할 수 없고, 둘째 원고는 원래 답이었던 위 소사동 토지를 앞서 본 바와 같이 증여받은 이래 그때부터 1983년경까지 사이에는 원고법인소속의 수녀들로 하여금 위 토지에 벼를 심어 수확하게 하는 등 이를 경작에 제공하여 왔고 그 후에도 위 양도시까지 위 토지일부에 무, 배추 등 야채를 재배하여 왔으므로위 법인세법 제53조의2 제1항 제4호의 규정에 따라 위 토지의 양도로 인한 소득에 대하여 과세할 수 없으며, 셋째 가사 이 사건 각 토지의 양도로 인한 소득에 대하여 과세함이 적법하다 하더라도 그 양도차익을 산정함에 있어서는 위 각 토지의 취득가액이 불분명하므로 취득 및 양도가액 모두를 기준시가에 의하여 계산하여야 할 것임에도 불구하고, 피고가 그 실지 양도가액이 확인되었다는 이유로 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은소득세법시행규칙 제56조의5 제5항의 규정에 의한 환산가액으로 각 계산하여 이 사건 과세처분을 한 것은 위법하다고 주장한다.
 그러므로 먼저 원고의 위 첫째주장에 관하여 살피건대,위 법인세법 제59조의3 제1항은 다음 각호의 소득에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다라고 규정하는 한편, 그 각호 중 제17호에서 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 고유의 목적에 직접사용하는 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득을 들고 있으므로 과연 위 토지가 위 법조 소정의 원고법인의 고유목적에 직접사용되던 토지에 해당하는가 하는 점에 관하여 보건대, 앞서 본 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1 내지 3, 성립에 다툼이 없는 을 제3호증(조사복명서), 을 제4호증(감정평가서),을 제5호증의 1(제증빙서류요구공문), 2(답변문)의 각 기재 (다만 위 갑 제5호증의 2는 그 중 뒤에서 믿지 않는 부분 제외) 및 증인 강한영, 노희원의 각 증언(다만 뒤에서 믿지 않는 부분 제외)에 변론의 전취지를 종합하면, 원고법인은 앞서 본 바와 같은 설립목적하에 천주교의 보급 기타 교화활동을 하여 오던 중, 이 사건 소사동 토지를 취득하여 1983년경 인근 부천시 소사동 2 지상에 카톨릭의과대학부속 성가병원을 신축하면서부터 위 토지의 일부에 테니스코트와 배구코트 등을 설치하여 위 병원에서 근무하는 수녀들의 체육복지시설로 이를 사용하는 한편, 나머지 부분은 나대지 상태로 방치하여 오다가 위 병원신축공사비채무에 대한 대물변제로서 소외 삼양건설산업주식회사에 위 토지를 양도한 사실을 인정할 수 있고 이에 반하는 위 을 제5호증의 2의 일부 기재와 위 증인들의 각 일부 증언은 모두 이를 믿지 아니하고 그 밖에 달리 반증이 없는바, 위 인정사실에 의하면 원고는 위 토지를 비록 비영리법인이라 할지라도 그 소득에 대하여 법인세의 과세대상이 되는 위위 법인세법 제1조 제1항 제2호 소정의 의료업에 종사하는 직원들의 복지시설에 제공하거나 나대지 상태로 방치한 것이므로 이를 원고법인의 고유목적인 종교의 보급 기타 교화활동에 직접 사용된 토지로 보기는 어렵다 할 것이어서 원고의 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 그 이유가 없다.
 다음으로 원고의 위 둘째주장에 관하여 살피건대, 위법인세법 제59조의3 제1항에 의하여 비과세되는 소득으로동법조항 제4호에서 양도할 때까지 8년 이상 계속하여 당해 법인이 경작한 토지로서 농지세의 과세대상이 되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득을 들고 있는바, 위 규정은 육농정책의 일환으로서 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주자는 데 그 취지가 있다 할 것이므로 어떠한 토지의 양도가 위 법조 소정의 비과세대상이 되기 위하여는 당해 토지가 양도일 현재 실제로 경작에 사용되는 토지로서 자경하는 경우라야 한다고 해석함이 상당하다 할 것이니, 그러므로 먼저 원고법인이 위 소사동 토지를 그 양도일 현재까지 자경하고 있었는가 하는 점에 관하여 보건대, 당원이 믿지 아니하여 배척하고 있는 위 증인들의 각 일부 증언을 제외하고는 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없는 반면, 위 토지의 양도일 훨씬 전인 1983년경부터 위 토지에는 테니스코트 등이 설치되어 그 양도 당시까지 위 성가병원 직원들의 체육시설로 사용되거나 나대지 상태로 방치되어 온 사실이 인정됨은 앞서 본 바와 같으므로 원고의 위 주장 역시 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유없음에 돌아간다.
 마지막으로 원고의 위 셋째주장에 관하여 살피건대,위 법인세법 제59조의2 제3항은 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액을 각 양도가액과 취득가액으로 하도록 규정하는 한편,동법부칙 제13조에서 1974.12.31.이전에 취득한 토지는 1975.1.1.에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 이에 근거한동법시행령 제124조의2 제6항은법 제59조의2 제3항에서 규정하는 기준시가는소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 규정하고 있는바,위 법인세법 제59조의2 제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라, 형평상 위 두 가액 중 어느 한쪽만 이 불분명한 경우도 포함된다고 해석함이 상당하다 할 것이므로 그러한 경우 위 두 가액을 모두위 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 가목 또는나목 소정의 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고,동령조항 다목에 따라동령 제170조 제1항 단서를 준용하여 실지거래가액이 밝혀지는 쪽의 가액은 위 가액에 의하여 실지거래가액이 불분명한 쪽의 가액은소득세법시행규칙 제56조의5 제5항에 따라 환산한 가액에 의하는 것은 조세법률주의의 원칙상 허용되지 아니한다고 보아야 할 것이므로(대법원 1989.4.11.선고 88누6399 판결 참조), 이 사건 각 토지의 양도당시의 실지거래가액은 확인되나 취득 당시의 그것은 불분명한 이 사건에 있어서, 피고가 앞서 본 바와 같이 위 각 토지의 양도가액은 실지거래가액에 의하고 취득가액은위 소득세법시행규칙 제56조의5 제5항의 환산가액에 의하여 양도차익을 계산한 다음 이를 기초로 하여 산정된 법인세 및 그 방위세를 원고에게 부과한 이 사건 과세처분은 결국 양도 및 취득가액 모두를 위 기준시가에 의하여 계산한 아래 세금을 초과하는 범위에서 위법하다고 하겠다.
 그러므로 나아가 원고가 이 사건 각 토지의 양도로 인하여 부담하여야 할 법인세 및 그 방위세의 각 액수에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 소사동 토지를 1967.2.8.에, 하월곡동 토지를 1977.10.12.에 각 취득하여 각각 1987.10.24. 및 같은 해 9.3.에 각 양도한 사실은 앞서 본 바와 같고, 한편 위에 나온 을 제1, 2호증의 각 1 내지 5의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 위 각 토지들은 그 취득 당시에는 물론 양도 당시에도 국세청장이 고시한 특정지역에 위치하고 있지 아니한 토지들로서,위 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 나목에 따른 취득당시의 기준시가(다만 소사동 토지는위 법인세법부칙 제13조에 의하여 의제되는 1975.1.1. 당시의 기준시가임) 및 위 양도당시의 기준시가가 각각 별지세금계산표 당원인정세액란 제(2)항 및 제(1)항 기재 금액인 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없으므로 위 각 기준시가를 기초로 하여 위 법인세법의 각 해당법조에 따라 원고가 부담하여야 할 정당한 세액을 계산하면 위 세금계산표 당원인정세액란 제(9)항 및 제(14)항 기재와 같이 위 소사동 토지의 양도로 인한 법인세는 금 90,022,851원, 그 방위세는 금 13,934,527원이 되고, 위 하월곡동 토지의 양도로 인한 법인세는 금 1,258,087원, 그 방위세는 금 194,737원이 되어 결국 법인세 총액은 금 91,280,938원, 그 방위세 총액은 금 14,129,264원이 된다고 할 것이다.
 그렇다면, 피고의 이 사건 과세처분 중 위에서 인정한 법인세와 그 방위세를 초과하는 부분은 그 취소를 면하지 못한다고 할 것이므로 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유있어 이를 인용하고 그 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제89조,제92조를 각 적용하여 주문과 같이 판결한다.

판사 최공웅(재판장) 나천수 여상규

천주교의 보급 기타 교화활동을 위하여 학교, 병원 등을 유지경영함을 목적으로 하여 설립된 비영리종교법인이 대학부속병원을 운영하면서 인접토지의 일부에 테니스코트와 배구코트 등을 설치하여 위 병원에서 근무하는 수녀들의 체육복지시설로 이를 사용한 경우, 비록 비영리법인이라 할지라도 위 토지를 그 소득에 대하여 법인세의 과세대상이 되는법인세법 제1조 제1항 제2호 소정의 의료업에 종사하는 직원들의 복지시설에 제공한 것이므로 이를구 법인세법 제59조의3 제1항 제17호(1989.12.30. 법률 제4165호로 삭제) 소정의 법인의 고유목적인 종교의 보급 기타 교화활동에 직접 사용하는 토지로 보기는 어렵다.