법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2016.12.08 / 시행일:

【원 고】 씨케이 주식회사(소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 김근재)
【피 고】 1. 동대문세무서장, 2. 서울지방국세청장
【변론종결】2016. 11. 15.
【주 문】
1. 원고의 피고들에 대한 각 청구를 모두 기각한다. 
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청 구 취 지】피고 동대문세무서장이 2015. 4. 7. 원고에 대하여 한, 2007년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 14,977,510원, 2008년 1기분 부가가치세(가산세 포함) 61,921,420원, 2008년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 17,239,270원, 2009년 1기분 부가가치세(가산세 포함) 302,592,630원, 2009년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 420,775,290원의 각 부과처분, 2010년 1기분 부가가치세 부당과소신고가산세 43,362,068원 중 10,840,517원을 초과하는 부분, 2010년 2기분 부가가치세 부당과소신고가산세 89,019,011원 중 22,254,753원을 초과하는 부분, 2011년 1기분 부가가치세 부당과소신고가산세 43,853,353원 중 10,963,338원을 초과하는 부분, 2011년 2기분 부가가치세 부당과소신고가산세 62,860,870원 중 15,715,218원을 초과하는 부분, 2012년 1기분 부가가치세 부당과소신고가산세 99,704,432원 중 24,926,108원을 초과하는 부분, 2012년 2기분 부가가치세 부당과소신고가산세 61,135,056원 중 15,283,763원을 초과하는 부분, 2013년 1기분 부가가치세 부당과소신고가산세 50,344,559원 중 12,586,140원을 초과하는 부분, 2013년 2기분 부가가치세 부당과소신고가산세 1,695,471원 중 423,868원을 초과하는 부분에 해당하는 각 부과처분, 2010 사업연도분 법인세(가산세포함) 51,310,512원 중 12,827,628원을 초과하는 부분, 2011 사업연도분 법인세(가산세포함) 30,613,599원 중 7,653,400원을 초과하는 부분, 2012 사업연도분 법인세(가산세포함) 38,397,733원 중 9,599,433원을 초과하는 부분, 2013 사업연도분 법인세(가산세포함) 10,159,467원 중 2,539,866원을 초과하는 부분에 해당하는 각 부과처분을 각 취소하고, 피고 서울지방국세청장이 2015. 4. 10. 원고에 대하여 한 소득자를 소외인, 소득금액을 2007년 귀속 21,940,705원, 2008년 귀속 148,520,250원, 2009년 귀속 887,678,789원으로 하는 각 소득금액변동통지를 각 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위 
 가. 원고(변경 전 상호: 동경종합상사 주식회사)는 1992. 9. 15.부터 현재까지 서울 동대문구 (주소 생략)에서 한약재 수입, 제조 및 도매업을 영위하는 법인이다. 
 나. 서울지방국세청장은 2014. 6. 18.부터 2015. 3. 22.까지의 기간 동안 원고에 대하여 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 피고에게 법인세 및 부가가치세 신고시 ① 2007년부터 2008년까지 원고의 직원들 및 그 지인들의 개인계좌(이하 ‘이 사건 차명계좌’라고 한다)를 사용하여 2007년 86,347,750원 및 2008년 422,099,836원 합계 508,447,586원 상당의 매출금액(부외비용 378,350,560원)을 누락하고, ② 2009년부터 2013년까지 비즈프로그램을 사용하여 한약재 입출고를 관리하고 있었음에도 세무신고용인 더존프로그램에는 실제 매출 내역과 달리 세금계산서 발행분에 대해서만 매출금액을 입력하고 일부 자료를 삭제하는 방법으로 총 21,531,244,186원 상당의 매출금액(부외비용 19,082,352,694원)을 누락한 사실을 발견하고 피고에게 과세자료를 통보하였다. 
 다. 피고는 위 과세자료를 기초로 원고의 위와 같은 행위가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 보아 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조2 제1항 제1호의 10년의 부과제척기간 및 제47조의3 제2항에 따른 40%의 부당과소신고가산세율을 적용하여 원고에 대하여 2015. 4. 7. 별지 기재와 같이 법인세 총 1,416,430,275원 및 부가가치세 총 3,017,635,784원의 각 부과처분을 하고, 2015. 4. 10. 3,020,127,265원을 대표자상여로 소득처분하여 2007년, 2008년, 2009년의 각 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 각 소득금액변동통지’라 한다)를 하였다(이하 위 법인세 및 부가가치세 각 부과처분과 이 사건 각 소득금액변동통지를 통칭하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 
 라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 2015. 12. 23. 위 심판청구가 기각되었다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 2호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 
 가. 원고 주장의 요지 
 1) 원고가 피고들 주장과 같은 매출금액을 누락한 것은 사실이나, 이 사건 차명계좌 사용의 경우 원고가 관리한 적이 없고 단지 원고의 영업사원들이 자신들의 개인적인 필요와 편의에 따라 관리ㆍ사용한 것에 불과하므로, 이는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하지 아니한다. 또한 이중 프로그램 사용 및 자료 삭제의 경우 원고로서는 한약재 재고관리의 효율화를 위하여 기존의 세무신고용인 더존프로그램 외에 비즈프로그램을 사용하면서 세무신고 완료 후에는 프로그램상의 오류를 방지하기 위하여 과거 자료를 삭제한 것에 불과하므로, 이 역시 단순한 신고누락일 뿐 부정행위에는 해당하지 아니한다. 따라서 10년의 부과제척기간을 적용하고 부당과소신고가산세를 부과한 이 사건 각 처분은 위법하다. 
 2) 설령 피고들 주장과 같은 부정행위가 있었다고 하더라도, 적어도 이 사건 각 소득금액변동통지 중 2007년, 2008년 부분의 경우 원고의 대표이사로서는 장차 은닉된 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 그 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기 어려우므로 사기나 그 밖의 부정한 행위가 있었던 것으로 볼 수 없다. 또한 2011. 12. 31. 국세기본법이 개정되면서 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단 규정에 ‘사기 기타 부정한 행위에 의하여 법인세를 포탈한 경우에는 그에 따른 소득처분금액에 대한 소득세 또는 법인세도 10년의 부과제척기간이 적용된다’는 내용이 추가되었고, 이와 함께 같은 법 부칙 제2조 제1항은 ‘위 개정규정을 2012. 1. 1. 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다’고 규정하고 있는바, 위 부칙 규정을 이미 제척기간이 진행 중에 있던 2007년과 2008년에 각 귀속되는 상여에 대한 소득세에 대해서까지 적용하는 것은 재산권을 박탈하는 소급입법에 해당하므로 허용되어서는 아니 된다. 따라서 그 인정상여처분으로 인한 소득세에 관하여는 5년의 부과제척기간이 적용되므로, 2007년, 2008년의 각 소득금액변동통지는 그 부과제척기간이 도과하여 위법하다. 
 나. 관계 법령 
 별지 기재와 같다. 
 다. 판 단 
 1) 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하는지 여부 
 가) 관련 법리 
구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호는 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우 국세부과권의 제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년이라고 규정하고 있고, 구 국세기본법 제47조의3 제2항은 위와 같은 부정행위로 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고한 경우 해당 세액의 40%의 비율에 의한 금액을 가산세로 한다고 규정하고 있는바, 이때의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 포탈을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위, 즉 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는데, 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순한 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 하는 데에 그치는 것은 이에 해당하지 않으나, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 수표 등 지급수단의 교환반복 행위, 여러 개의 차명계좌를 반복적으로 이용하는 행위 등 적극적 은닉 의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 인정할 수 있다(대법원 2011. 3. 24. 선고 2010도13345 판결 등 참조).
 나) 이 사건 차명계좌 사용 부분 
 (1) 인정사실
 (가) 원고는 2007년부터 2013년까지 원고의 법인계좌뿐만 아니라 원고의 직원 소외 2 외 13인의 17개 개인계좌를 통하여 거래처로부터 돈을 지급받았다. 위 17개 계좌 중 5개는 직원 명의의 계좌이고 나머지는 직원들의 동생, 배우자 및 직계존속 등 명의의 계좌이다. 
 (나) 원고는 법인계좌에 입금된 매출대금에 대해서는 전부 매출세금계산서를 발행하고 세금신고를 하였으나, 이 사건 차명계좌를 통해 지급받은 매출대금에 대해서는 세금계산서 등 증빙서류를 발급하지 아니하고 과세관청에 세금신고도 하지 아니하였다. 
 (다) 2007년부터 2013년까지의 기간 동안 신고 누락된 매출금액은 아래 [표]에서 보는 바와 같이 총 약 30억 4,000만 원에 이른다(다만, 위 금액과 처분의 경위에서 본 금액이 차이나는 것은 2009년 이후 신고 누락된 매출금액은 이중 프로그램 사용 및 자료 삭제 부분과 관련하여 신고 누락된 매출금액과 중복되어 계산상 제외되었기 때문인 것으로 보인다).
이 사건 차명계좌 및 이중 프로그램 관련 매출누락 내역(단위: 백만 원)구 분합계2007년2008년2009년2010년2011년2012년2013년이 사건 차명계좌를 이용한 매출누락액3,04093456243920662480186이중 프로그램 등을 이용한 매출누락액21,531--4,4614,6223,9375,5912,920
 (라) 이 사건 차명계좌 중 원고의 직원 동생인 소외 3의 국민은행계좌(계좌번호: (계좌번호 1 생략))와 원고의 직원 어머니의 지인인 소외 4의 농협계좌(계좌번호: (계좌번호 2 생략))에서 원고의 운반비, 무자료 매입비용, 교육비, 일용급여 및 복리후생비 등이 계좌이체 형태로 지출되었다(피고들은 이 부분을 부외경비로 보아 필요경비에 산입해주었다). 
 (마) 원고는 2015. 12. 18. 서울북부지방법원으로부터 ‘원고가 거래처에 세금계산서를 발행하지 아니한 채 한약재를 공급하고 원고의 직원들이나 그 지인들 명의의 이 사건 차명계좌로 그 대금을 지급받은 후 피고 동대문세무서장에게 부가가치세 등 신고시 그 매출을 누락시키는 등 사기 기타 부정한 방법으로 조세를 포탈하였다’는 내용의 조세범처벌법위반죄로 벌금 1억 원의 약식명령(2015고약15722)을 발령받았고, 2016. 1. 23. 위 약식명령이 그대로 확정되었다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 을 제3 내지 11호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지 
 (2) 판 단 
 위 인정사실에 의하여 추단할 수 있거나 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 약 7년간 이 사건 차명계좌를 번갈아 사용하였는데, 위 차명계좌의 명의가 원고의 직원들과 그 지인들로 되어 있고 더구나 매출누락의 포착이 어려운 현금매출을 차명계좌에 입금시키는 경우에는 통상의 세무조사로 탈세사실을 밝혀내기는 어려울 것으로 보이는 점, ② 이 사건 차명계좌에 입급된 매출대금에 대해서 원고는 과세관청이 매출사실을 확인할 수 있는 세금계산서 등 증빙서류를 발행하지 아니함으로써 거래내역을 은폐한 것으로 보이는 점, ③ 누락 신고된 매출금액이 약 30억 원을 초과하는 등 단순한 신고 누락이라고 보기 어려운 점, ④ 이 사건 차명계좌 중 일부 계좌에서 원고의 무자료 매입비용 등이 지출된 것에 비추어 위 차명계좌는 원고가 자신의 필요에 따라 직접 관리한 것으로 보이는 점, ⑤ 원고는 이미 이 사건과 관련하여 조세범처벌법위반죄로 형사처벌을 받은 점 등을 종합하여 보면, 원고는 장기간 이 사건 차명계좌를 이용하여 세금계산서를 발행하지 아니한 채 거래처로부터 매출대금을 입금받아 그 수입을 은닉함으로써 조세의 부과징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하였다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이러한 행위는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 다) 이중 프로그램 사용 및 자료 삭제 부분
 (1) 인정사실
 (가) 원고는 2009년부터 2013년까지의 기간 동안 세무신고용 더존프로그램과는 별개로 비즈프로그램에 거래일자, 거래처, 품목, 수량, 출고가 및 재고가 등을 입력하여 한약재를 관리하고 있었음에도 더존프로그램에는 세금계산서 발행분만 입력한 채 피고에게 매출금액을 신고하였다. 
 (나) 서울지방국세청장의 원고에 대한 세무조사 당시, 비즈프로그램의 매출ㆍ매입자료 중 2013년 11월 이전자료는 원고가 삭제한 상태였다. 
 (다) 원고의 영업관리직원은 한약재 입출고 내역이 포함된 영업수당 산정내역을 엑셀파일로 만들어 원고의 컴퓨터가 아닌 USB에 따로 저장하여 보관하고 있었다. 
 (라) 앞서 본 바와 같이 원고는 조세범처벌법위반죄로 형사처벌받았다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 을 제5 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지
 (2) 판 단 
 위 인정사실에 의하면, 원고가 피고에게 세무신고용인 더존프로그램을 통하여 부가가치세 및 법인세 신고를 할 당시 더존프로그램에는 입출고 관리용인 비즈프로그램상의 실제 매출 내역 중 세금계산서가 발급되지 아니한 부분은 누락되어 있었음을 알 수 있는바, 원고가 이와 같이 실제 매출 내역이 기재된 전산장부인 비즈프로그램을 작성, 보관하는 외에 그보다 매출금액이 적게 기재된 허위의 전산장부인 더존프로그램을 작성하여 이를 근거로 피고에게 매출금액을 실제보다 과소하게 신고한 행위는 이중장부 작성 및 거짓 기장에 기초한 것으로서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 구 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항, 조세범 처벌법 제3조 제6항의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’의 유형 중 하나인 ‘이중장부의 작성 등 거짓 기장’(제1호)에 해당한다고 봄이 타당하다(원고는, 더존프로그램과 달리 비즈프로그램의 경우 그 작성 형식이 복식부기에 따른 것이 아니어서 이중장부가 아니라는 취지의 주장을 하나, 이중장부의 작성을 부정행위의 하나로 규정한 위 국세기본법령의 취지상 여기서 말하는 ‘이중장부’를 반드시 복식부기에 의한 장부로 한정할 것은 아니라고 할 것이다). 또한 원고는 비즈프로그램의 매출ㆍ매입자료 중 일부를 삭제하였는바, 구 국세기본법 제85조의3 제2항이 장부 및 증거서류를 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존해야 한다고 규정하고 있는 것에 비추어 볼 때, 원고에게는 위와 같은 자료 삭제를 통하여 신고ㆍ납부기한 경과 후에 있을지도 모르는 세무공무원의 조사에 대비하여 사전에 소득을 감추려는 의도가 있었던 것으로 보이므로, 원고의 위와 같은 행위는 ‘장부와 기록의 파기’(제3호)에 해당한다고 할 것이다. 그리고 원고는 매출누락액이 실제 신고매출액 대비 약 12~13%밖에 되지 아니하므로 이는 단순한 신고 누락일 뿐 적극적인 소득은닉행위는 아니라고 주장하나, 원고가 위와 같이 세금을 적게 납부하기 위하여 전산장부를 거짓 기장하거나 삭제한 행위가 단순히 세법상 신고를 하지 않거나 허위 신고를 한 정도에 불과한 것으로 보기는 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 2) 이 사건 각 소득금액변동통지의 부과제척기간 도과 여부 
구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것)은 제26조의2 제1항 제1호에서 국세의 부과제척기간에 관하여 ‘납세자가 사기, 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’이라고만 규정하고 있다가, 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되면서 ‘이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다’는 내용이 추가되었고, 그 부칙 제2조는 ‘제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다’고 규정하고 있다.
 살피건대, 소득금액변동통지에 따른 원고의 대표이사 소외인의 2007년 및 2008년 귀속 각 소득세 납세의무는 개정규정의 시행일인 2012. 1. 1. 당시 개정 전 규정에 의한 부과제척기간 5년이 만료되기 전이었으므로 피고 서울지방국세청장이 이 부분 소득금액변동통지를 함에 있어 개정규정에 따라 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 이른바 ‘부진정소급입법’의 적용에 해당하여 허용된다고 봄이 원칙이고(대법원 2004. 3. 26. 선고 2001두10790 판결 참조), 달리 이 부분 소득금액변동통지가 신뢰보호의 원칙에 반하여 개정규정의 적용을 제한하여야 할 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 볼 자료도 없다. 이를 다투는 원고의 주장도 이유 없다. 
 라. 소결론
 같은 취지의 이 사건 각 처분은 적법하다. 
3. 결 론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
 (별지 생략)

판사 강석규(재판장) 김유정 김대원