부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2005.11.10 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고
【피고, 상고인】 서인천세무서장
【원심판결】 서울고법 2004. 7. 16. 선고 2003누2856 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제2점에 대하여
 원심은 그 채택 증거에 의하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 제출한 매입세금계산서들의 공급자로 기재된 소외 1, 소외 2는 그 거래시점에 이미 폐업된 것으로 처리된 점, 원고가 그 거래대금으로 발행하였다는 약속어음의 발행일이 매입세금계산서의 거래일자와 일치하지 않으며, 그 최종 지급제시인이 모두 원고인 점, 원고가 그 거래대금으로 교부하였다는 타인 발행의 약속어음 중 일부의 최종지급제시인도 원고인 점 등에 비추어 보면, 위 매입세금계산서들이 사실과 다르게 기재된 것으로 볼 여지가 있기는 하지만, 우선 위 거래처의 폐업이 자진폐업이 아니라 직권폐업이었고, 어음을 원고의 주장처럼 할인으로 회수하여 보관하다가 만기에 제시할 가능성도 있으며, 자기 발행 어음이든 타인 발행 어음이든 반드시 거래일자에 발행하여야 하는 것은 아니고 선일자 어음도 있을 수 있으며, 한편 원고는 1997년 2기분 부가가치세를 신고하면서 소외 2에 대한 매출로 1997. 10.분 39,000,000원(같은 기간 매입은 44,000,000원), 1997. 11.분 23,000,000원(같은 기간 매입은 27,000,000원), 1997. 12.분 13,000,000원(같은 기간 매입은 25,000,000원)을 신고한 점, 소외 2의 경우 피고가 폐업 여부를 조사한 시점은 1997. 7. 25.부터 같은 해 9. 30. 사이로서 피고가 폐업한 것으로 처리한 1997. 6. 30. 이후에도 실제 영업을 하고 있었을 가능성이 있는 점, 위 거래대금의 결제를 위하여 원고가 발행한 약속어음에 소외 1과 소외 2의 배서가 있는 점, 원고 이외에도 몇 개 업체가 1997년 2기분 부가가치세를 신고하면서 소외 1과 소외 2로부터 매입이 있었다는 신고를 한 점 등을 감안하면, 위 매입세금계산서들이 사실과 다르게 기재된 것이라고 단정하기 어렵다고 판단하였다.
 그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
 기록에 의하면, 소외 1은 1997. 4. 25. 1997년 1기분(예정) 부가가치세까지 신고를 한 후 부가가치세 신고를 하지 아니하자, 피고는 실지조사를 한 뒤 소외 1이 영업을 하고 있지 않다는 이유로 1997. 6. 23. 직권폐업처리하면서 폐업일을 1996. 12. 31.로 정리한 사실, 소외 2는 1997. 7. 25. 1997년 1기분(확정) 부가가치세까지 신고를 한 후 부가가치세 신고를 하지 아니하자, 피고는 실지조사를 한 뒤 소외 2가 영업을 하고 있지 않다는 이유로 1997. 9. 30. 직권폐업처리하면서 폐업일을 1997. 6. 30.로 정리한 사실을 알 수 있으며, 국세청훈령인 부가가치세 사무처리규정에 의하면, 세무서장은 사업자등록 표본점검 결과 사업자가 폐업한 것으로 확인된 때에는 사업자등록을 말소하고 지체 없이 사업자등록증을 회수(회수할 수 없는 경우에는 등록말소의 사실을 공시)하도록 되어 있다.
 그런데 원고가 제출한 이 사건 매입세금계산서의 기재와 원고의 주장 및 기록에 의하면, 원고가 소외 1로부터 재화를 매입하였다는 일시는 모두 소외 1이 직권폐업처리된 날인 1997. 6. 23. 이후이고, 그 전에는 소외 1과 사이에 거래관계가 없었다는 것이며, 원고가 소외 2로부터 매입한 재화의 가액은 1997. 7. 25. 6,820,000원, 같은 해 8. 27. 5,640,000원, 같은 해 9. 30. 6,280,000원의 수준에 머물다가, 소외 2가 직권폐업처리된 이후인 1997. 10. 31. 44,000,000원, 같은 해 11. 29. 27,000,000원, 같은 해 12. 31. 25,000,000원으로 오히려 급증하였고, 또한 원고는 소외 2에게 1997. 10. 31. 39,000,000원, 같은 해 11. 30. 23,000,000원, 같은 해 12. 31. 13,000,000원 상당의 물품을 매출하였음에도 불구하고, 그 대금의 결제에 있어서는, 1997. 10. 31. 매입한 물품대금을 1997. 12. 31.에, 1997. 11. 29. 및 같은 해 12. 31. 매입한 물품대금을 1998. 1. 31.에 각 타인 발행 약속어음으로 결제하면서 위 각 매출대금을 상계하지 아니하고 매입대금 전액을 지급(나아가 어음액면금액과 물품대금의 차액은 현금으로 지급)하였다는 것이며, 원고는 소외 1 및 소외 2에게 물품대금으로 지급한 약속어음을 그 즉시 원고 자신이 할인하여 소지하게 되었다는 것인바, 이와 같은 일들은 모두 위에서 살펴본 부가가치세 사무처리규정의 내용이나 상관습, 경험칙 등에 비추어 매우 이례적인 것이라 할 것이다.
 사정이 그러하다면 원심으로서는 소외 1이 직권폐업처리된 이후에 어떤 경위로 원고와의 새로운 거래관계가 시작되었는지, 소외 2가 직권폐업처리된 이후에 오히려 원고와의 거래규모가 급증하였고, 동일 당사자 간에 매출, 매입거래가 있었음에도 불구하고 대금을 상계처리하지 않은 이유, 원고가 소외 1 및 소외 2에게 대금지급을 위하여 발행, 교부한 어음을 그 즉시 자신이 할인하게 된 경위 등을 자세히 심리한 후에 이 사건 매입세금계산서들이 사실과 다르게 기재된 것인지 여부를 판단하였어야 함에도, 원심은 이러한 점에 심리 없이 이 사건 매입세금계산서들이 사실과 다르게 기재된 것이라고 보기 어렵다고 판단하였으니, 거기에는 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 관한 법리를 오해하거나 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유가 있다.
 2. 상고이유 제1점에 대하여
 원심은 가정적 판단으로, 위 매입세금계산서들이 사실과 다르게 기재된 것이라고 하더라도, 원고가 매입 및 매출이 있었다고 신고한 거래처와 관련하여 그 거래처가 폐업하였음을 전제로 매입신고는 가공의 거래로서 세금계산서의 기재가 사실과 다르다는 이유로 부인하면서 매출신고는 그대로 인정하는 것은 형평에 맞지 않으므로, 원고에 대한 부가가치세를 산정함에 있어서 적어도 원고가 그 거래처에 대한 매출로 신고한 부분은 전체 매출액에서 공제함이 형평의 원칙상 타당하다고 판단하였다.
 그러나 원심의 위와 같은 판단도 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
부가가치세법 제17조의 규정에 의하면, 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은, 실제로 재화 또는 용역을 공급받았더라도 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는 데 비하여, 매출신고의 경우는 납세의무자가 스스로 매출로 신고한 이상 그러한 매출은 실제 있었던 것으로 봄이 상당하고, 가사 실제 매출이 없었다고 하더라도 신고납세방식의 조세인 부가가치세에 있어서 납세의무자가 매출로 신고한 부분은 그대로 확정되는 것이어서(매출세액 등이 과다신고된 경우라면 납세의무자가 감액경정청구 등의 절차를 밟아야 할 것이다.) 그 매출로 신고한 부분을 형평의 원칙상 전체 매출액에서 공제하여야 한다고 볼 것도 아니므로, 이와 달리 판단한 원심판결에는 부가가치세의 세금계산서와 납부세액에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유가 있다. 
 3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 고현철(재판장) 강신욱(주심) 김영란

[1] 사업자가 부가가치세를 신고하면서 제출한 매입세금계산서들의 기재와 재화의 매입에 관한 사업자의 주장 등이 국세청훈령인 부가가치세 사무처리규정의 내용이나 상관습, 경험칙 등에 비추어 매우 이례적이라는 이유로, 위 매입세금계산서들이 사실과 다르게 기재된 것이라고 보기 어렵다고 한 원심판결을 파기한 사례
[2] 사업자가 매입 및 매출이 있었다고 신고한 거래처가 폐업한 경우, 부가가치세법상 그 매출신고분을 전체 매출액에서 공제하여야 하는지 여부(소극)

[1] 사업자가 부가가치세를 신고하면서 제출한 매입세금계산서들의 기재와 재화의 매입에 관한 사업자의 주장 등이 국세청훈령인 부가가치세 사무처리규정의 내용이나 상관습, 경험칙 등에 비추어 매우 이례적이라는 이유로, 위 매입세금계산서들이 사실과 다르게 기재된 것이라고 보기 어렵다고 한 원심판결을 파기한 사례.
[2] 사업자가 매입 및 매출이 있었다고 신고한 거래처가 폐업한 경우, 부가가치세법 제17조의 규정에 의하면, 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은, 실제로 재화 또는 용역을 공급받았더라도 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는 데 비하여, 매출신고의 경우는 납세의무자가 스스로 매출로 신고한 이상 그러한 매출은 실제 있었던 것으로 봄이 상당하고, 가사 실제 매출이 없었다고 하더라도 신고납세방식의 조세인 부가가치세에 있어서 납세의무자가 매출로 신고한 부분은 그대로 확정되는 것이어서(매출세액 등이 과다신고된 경우라면 납세의무자가 감액경정청구 등의 절차를 밟아야 할 것이다.) 그 매출로 신고한 부분을 형평의 원칙상 전체 매출액에서 공제하여야 한다고 볼 것은 아니다.