법인세부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2001.11.14 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
기타
【주문】
1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
가. 피고가 1997. 4. 1. 원고에 대하여 한 1992년 귀속분 법인세 2,224,728,720원의 부 과처분 중 1,062,183,770원을 초과하는 부분을 취소한다.
나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송총비용은 이를 3분하여 그 2는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 이 사건 처분의 경위 등

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 1 내지 갑제4호증, 을제1호증의 1 내지 을제2호증의 18의 각 기재에 변론의 전취지를 모아보면 이를 인정할 수 있고 반증이 없다.
가. 원고는 1956. 9. 3. 토목건축공사업, 부동산매매 및 임대업, 무역업, 보세장치장업, 원목야적장업 등을 목적으로 설립된 법인인데, 1979. 12. 14. 원목야적장 및 임항저장시설부지 조성을 목적으로소외 대한준설공사(나중에 한진종합건설 주식회사로 명칭이 변경되었다)와 공동으로 인천 서구 율도 지선의 공유수면매립면허를 취득하여 매립공사를 한 후, 1985. 9. 13. 서울지방국토관리청장으로부터 준공인가를 받아 인천 서구원창동 381외 8필지 잡종지 면적합계 424,719㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 취득하였다.
나. 원고는 1992 사업연도 법인세의 과세표준을 5,282,108,813원으로, 총결정세액을 1,694,747,134원으로 하고, 여기에서 자진예납세액과 원천납부세액 등 공제세액합계 1,566,489,119원을 공제한 나머지 128,258,015원(= 1,694,747,134원 - 1,566,489,119원)을 추가로 납부할 세액으로 산출하여 이를 신고하였고, 1993 사업연도 법인세의 과세표준을 7,093,728,246원으로, 총결정세액을 2,370,591,225원으로 하고, 여기에서 자진예납세액과 원천납부세액 등 공제세액합계 금 2,370,591,225원을 공제하면 추가로 납부할 세액이 없는 것으로 신고한 바 있다.
다. 그 후 피고는, 원고가 원목 야적장 및 임항저장시설로 사용할 목적으로 매립하여 취득한 이 사건 토지를 원고의 업무에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 이 사건 토지를구 법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 한다) 제18조의3 제1항 제1호소정의 비업무용 부동산으로 보아, 1992 사업연도 및 1993 사업연도의 관련 지급이자부분과 관리유지비(종합토지세)를 각 손금불산입하여, 1992 사업연도 법인세의 과세표준을 9,258,654,538원으로, 총결정세액을 3,919,475,857원으로 하고, 여기에서 예납세액과 원천납부세액 등 공제세액합계 금 1,566,489,119원을 뺀 나머지인 2,352,986,738원(= 3,919,475,857원 - 1,566,489,119원)을 차감징수할 세액으로 하고, 다시 원고가 당초 신고한 추가납부세액 128,258,015원을 공제하여, 추가로 고지할 1992년 귀속분 법인세 2,224,728,723원(= 2,352,986,738원 - 128,258,015원)을 산출하고, 1993 사업연도 법인세의 과세표준을 9,659,783,276원으로, 총결정세액을 3,709,198,446원으로 하고 여기에서 예납세액과 원천납부세액 등 공제세액합계 금 2,370,591,225원을 공제하여 추가로 고지할 1993년 귀속분 법인세 1,338,607,221원(= 3,709,198,446원 - 2,370,591,225원)을 산출하여, 1997. 4. 1. 원고에 대하여 1992년 귀속분 법인세 2,224,728,720원과 1993년 귀속분 법인세 1,338,607,220원을 추가로 부과·고지하였다(이하에서는 위와 같이 증액경정되어 추가로 부과ㆍ고지된 위 세액부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

피고는 위 처분사유 및 관계법령에 비추어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여 원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하므로 이 사건 처분 중 청구취지 기재의 정당한 세액부분을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다고 주장한다.
(1) 원고의 공유수면매립목적은 매립후 원목야적장 및 임항저장시설을 설치, 경영하는 것이었고 이를 위해서는 세관장의 설영특허를 받아야만 하는 것이나, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후인 1989. 7. 15. 세관청사로부터 자동차 주행거리 10km 이내에 있는 지역에 한하여 설영특허를 하도록 하는 내용의 관세청 고시 제89-578호가 제정되어 당시 세관청사로부터 10km 이상 떨어져 있던 이 사건 토지에 관하여 설영특허를 받을 수 없게됨에 따라 이를 본래의 취득목적대로 사용하지 못하였으며, 나중에 새로운 도로가 개설되어 세관청사로부터 자동차 주행거리 10km 이내에 있는 지역으로 된 후에야 이 사건 토지 중 일부에 관하여 설영특허를 받아 당초 사용목적대로 이 사건 토지를 사용하고 있다.
(2) ㈎ 법령에 의하여 사용이 제한된 때는 그 제한된 기간 동안은 비업무용 부동산에서 제외된다는 취지로 1995. 3. 30. 총리령 제492호로 개정된 시행규칙은 그 경과규정에 불구하고 당연히 이 사건 처분에 소급 적용되어야 할 것이므로 이 사건 토지는 1992. 1. 1.부터 1994. 12. 31.까지의 기간 중 비업무용 부동산에 해당 되지 아니한다.
㈏ 만약 1995. 3. 30. 총리령 제492호로 개정된 시행규칙이 이 사건 처분에 소급적용 되지 않는다면,구법시행규칙 제18조 제4항 제1호(1990. 10. 22. 재무부령 제1835호로 개정된 후 1995. 3. 30. 총리령 제492호로 개정되기 전의 것, 이하 법인세법시행규칙은 '시행규칙'이라고만 한다)에 의하여 정부가 법령에 의하여 사용을 제한한 부동산에 대하여 그 사용제한의 규제를 풀지도 않은 채 3년 이내에 처분을 강요하는 것이 되므로 위시행규칙 제18조 제4항 제1호는헌법 제37조 제2항의 과잉금지원칙에 위반되어 무효이다.
㈐ 이 사건 토지는 법령에 의하여 그 사용이 제한됨에 따라 사용하지 못한 것으로 정당한 사유가 있는 것이므로 비업무용 부동산의 보유에 대한 제재규정인구법 제18조의3 제1항 제1호가 적용되어서는 아니되고, 그렇지 않다면구법 제18조의3 제1항 제1호는 그 적용에 있어 정당한 사유가 있음에도시행규칙 제18조 제4항각 호의 1에 해당하지 아니하다는 이유만으로 비업무용 부동산의 보유에 대한 제재를 받게 되는 것이므로구법 제18조의3 제1항 제1호는헌법 제37조 제2항의 과잉금지 원칙에 위배되어 위헌이다.
(3) 그렇지 않더라도 적어도 이 사건 토지는 사용이 제한된 날로부터 3년이내인 1992. 1. 1.부터 같은 해 7. 14.까지 비업무용 부동산에 해당하지 아니하므로 위 기간에 해당하는 지급이자부분은 손금산입되어야 하고, 이 사건 토지에 관한 386,887,980원의 종합토지세 과세기준일인 1992. 6. 1. 현재 이 사건 토지는 비업무용 부동산이 아니고, 따라서 위 종합토지세액은 비업무용 부동산의 유지비가 아니므로 위 종합토지세액도 손금산입되어야 한다.
나. 관계법령

이 사건 처분에 관계된 법령은 별지 기재와 같은 바, 이 사건에 적용할 법률과 시행령은,구법 제18조의3 제1항 제1호와구법시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13541호로 개정되어 1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘구법시행령’이라 한다) 제43조의2 제1항 제1호이다.
또한 1992 사업연도의 법인세에 대하여 적용될 시행규칙은 1993. 2. 27. 재무부령 제1911호로 개정되기 전의시행규칙 제18조 제3항 제1호와제18조 제4항 제1호이고, 1993 사업연도의 법인세에 대하여 적용될 시행규칙은 1993. 2. 27. 재무부령 제1911호로 개정되어 1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의시행규칙 제18조 제3항 제1호와제18조 제4항 제1호이다(그런데 위 각시행규칙 제18조 제3항 제1호는 1990. 4. 4. 재무부령 제1818호로 개정된 후 1993. 2. 27. 재무부령 제1911호로 개정되었으나 이 사건 토지의 비업무용 부동산 해당여부나 그 유예기간을 판단함에 있어 별다른 영향이 없는 내용의 개정이었고, 위 각시행규칙 제18조 제4항 제1호는 1990. 10. 22. 재무부령 제1835호로 개정된 이래 1995. 5. 30. 총리령 제492호로 개정되기까지는 개정된바 없었으므로, 이하에서는 위 각시행규칙 제18조 제3항 제1호와제18조 제4항 제1호는 이를 구별하지 아니하고 ‘구법시행규칙 제18조 제3항 제1호와제18조 제4항 제1호’라고만 한다).
다. 인정사실

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제5호증의 1, 갑제7호증 내지 갑제9호증의 3, 갑제22호증의 1 내지 8의 각 기재 및 영상, 제1심법원의 인천세관장, 인천광역시 종합건설본부장에 대한 각 사실조회결과에 변론의 전취지를 모아보면 이를 인정할 수 있고, 을제3호증의 기재는 위 인정에 방해되지 아니하며 달리 반증이 없다.
(1) 관세청장은 보세장치장과 보세창고의 특허와 관리에 관한 업무를 능률적으로 집행하기 위하여 보세구역집단화의 원칙을 세우고 원고가 이 사건 토지를 취득한 후인 1989. 7. 15. 관세청 고시 제89-578호로 특허보세구역운영세칙을 개정하였는데, 위 개정된 운영세칙 제10조 제1호는 종전과는 달리 세관장이 보세구역의 설영특허를 하는 기준으로, 영업용 보세구역의 경우 원칙적으로 세관청사로부터 자동차 주행거리 기준으로 10km 이내이어야 하고, 다만 자동차 주행거리 10km 이내에 다른 영업용 보세장치장이 없거나 지정보세구역 또는 기존 영업용 보세장치장의 수용능력이 부족한 때에는 그 거리를 초과한 지역에 대하여도 특허할 수 있다고 규정하였다.
(2) 이 사건 토지는 1992. 3. 4.이전에는 당시 인천세관이 사용하던 구 청사로부터 자동차 주행거리 기준으로 약 12km 가량 떨어져 있었고, 1992. 3. 4. 인천세관청사이전이후에는 현 인천세관청사로부터 자동차 주행거리 12.75km 떨어져 있어 위 운영세칙의 기준을 충족하지 못하였을 뿐만 아니라 1995. 6.경까지 기존 영업용 보세장치장의 수용능력이 부족한 것도 아니어서 원고는 이 사건 토지에 관한 설영특허를 받을 수 없어 이 사건 토지 지상에 원목야적장 및 임항저장시설을 설치하지 못하였다.
반면 원고와 공동으로 인천 서구 율도 지선의 공유수면매립공사를 한한진종합건설 주식회사는 1994. 7. 25. 인천세관청사로부터 자동차 주행거리 기준으로 10km 이내의 토지 지상에 보세장치장 설영특허 사전승인을 받아 원목, 각재등 야적에 적합한 화물을 장치물품으로하는 영업용 보세장치장 3개를 설치하였다.
(3) 그 후 이 사건 토지와 현 인천세관청사 사이에 개설된 새로운 도로의 일부구간이 1995. 6. 30.부터 개통되어 자동차통행이 개시됨에 따라(준공일자는 1997. 4. 15.이다) 이 사건 토지와 인천세관청사 사이의 거리가 자동차주행거리 기준으로 8.1km로 단축되어 비로소 설영특허의 요건이 충족되자, 원고는 인천세관장으로부터 1995. 7. 4. 이 사건 토지 중 128,986.2㎡에 관하여, 1996. 1. 25. 이 사건 토지 중 208,436㎡에 관하여 각 보세구역설영특허를 받아 그 지상에 수출입자동차 야적장과 사무실 건물 등을 설치하였다.
라. 판단

(1) 이 사건 토지의 비업무용 부동산 해당여부

㈎ 법인세법상 비업무용 부동산에 관한 규정과 그 해석

구 지방세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15982호로 전문개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항,제3항의 각 규정에 정당한 사유 없이 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우를 비업무용 토지로 규정함으로써 ‘정당한 사유’ 를 비업무용 토지의 일반적 예외사유로 규정하고 있는 것과는 달리,구법시행규칙 제18조 제3항은 법인의 비업무용 부동산을 개별적으로 열거하고, 그 예외사유에 대하여는 제4항에서 이를 열거하여 규정하고 있는바,구법 제18조의3 제1항 제1호,구법시행령 제43조의2 제1항 제1호,시행규칙 제18조 제3항각 호의 규정을 종합하여 보면, 어떤 부동산이구법시행규칙 제18조 제3항각 호의 어느 하나에 해당하면 그것은 바로구법 제18조의3이 정하는 것에 해당한다고 보아야 하고, 법인의 업무에 직접 사용하는 부동산이라 하더라도구법시행규칙 제18조 제3항각 호의 1에 해당한다면 제4항의 예외사유가 없는 한 당해 부동산은 비업무용 부동산으로 판정될 수밖에 없어 정당한 사유의 존재는 법인세법상 비업무용 부동산 해당 여부를 좌우하는 예외사유로 되지 아니하는 것이다(대법원 1999. 7. 9. 선고 97누7219 판결참조, 따라서 정당한 사유의 존재가 법인세법상 비업무용 부동산 해당 여부를 좌우하는 일반적인 예외사유가 됨을 전제로, 법령에 의하여 그 사용이 제한됨에 따라 이 사건 토지를 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로구법 제18조의3 제1항 제1호가 적용되어서는 아니된다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다). 그런데 앞서 인정한 바와 같이 이 사건 토지는 1992 및 1993 사업연도 당시에는 원고가 이를 취득한 후 1년(이는 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우 유예기간이다)이 경과한 부동산으로서 원고 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산이므로,구법시행규칙 제18조 제3항 제1호소정의 비업무용 부동산에 해당한다 할 것이고, 다만 이 사건 토지가 비업무용 부동산으로 보지 않는 예외사유인구법시행규칙 제18조 제4항 제1호에 해당하는지 여부가 문제된다 할 것이다.
㈏구법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 예외사유 해당여부

법인세법상 자산을 취득·보유함에 따라 차입금에 대한 지급이자 및 제세공과금 등 자산의 유지관리비가 손금불산입되는 비업무용 부동산에 해당하는 여부를 판정함에 있어, 비업무용 부동산에서 제외되는 사유의 하나인구법 제18조 제4항 제1호에서 말하는 '당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의한 사용의 금지 또는 제한'에는 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지 또는 제한되는 경우뿐만 아니라 행정청이 그 행정작용의 일환으로 건축허가나 그 전단계인 설영특허 등을 통제하여 현실적으로 토지의 사용을 금지하거나 제한하는 경우도 포함된다고 할 것이고, 위와 같은 토지사용의 제한조치가구법시행규칙 제18조 제4항 제1호소정의 법령의 규정에 의한 사용제한에 해당되는지의 여부를 판정하기 위하여는 법인세법상의 지급이자의 손금불산입은 각 과세기간마다 하는 것이므로, 특별한 사정이 없는 한, 과세기간을 중심으로 하여 그 전후에 걸친 원고의 설영특허 및 건축관련 행위에 나타난 신축하고자 하는 건축물의 규모, 용도 및 면적 등의 내용, 그에 관한 위 건축제한조치나 설영특허 제한조치의 내용 등 여러 가지 사정을 종합적으로 고려하여야 할 것이다(대법원 2000. 2. 28. 선고 98두6029판결,대법원 1999. 6. 8. 선고 98두3648 판결,대법원 1996. 6. 11. 선고 95누7918 판결등 참조).
위 인정사실에 의하면, 관세청장은 원고가 이 사건 토지를 취득한 후인 1989. 7. 15. 특허보세구역운영세칙을 개정하여 종전과는 달리 원칙적으로 세관청사로부터 자동차 주행거리 기준으로 10km 이내에 한하여 영업용 보세구역에 대한 설영특허를 하되, 다만 자동차 주행거리 10km 이내에 다른 영업용 보세장치장이 없거나 지정보세구역 또는 기존 영업용 보세장치장의 수용능력이 부족할 경우에만 예외적으로 그 거리를 초과한 지역에 대하여도 설영특허를 할 수 있도록 규정하였으나, 이 사건 토지의 경우에는 인천세관청사로 연결되는 새로운 도로가 개설되기 전까지는 신·구 인천세관청사로부터 10km 이상 떨어져 있었을 뿐만 아니라 기존 영업용 보세장치장의 수용능력이 부족한 것도 아니어서 위 운영세칙의 설영특허기준을 충족하지 못함에 따라 원고가 설영특허를 받을 수 없어 이 사건 토지 지상에 원목야적장 및 임항저장시설을 설치하지 못한 것이므로, 이 사건 토지는 위 운영세칙 제정일인 1989. 7. 15.이후 관세청장이 행정작용의 일환으로 설영특허의 사유를 제한하여 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한된 경우에 해당된다 할 것이다.
㈐구법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 예외사유에 해당하는 기간

구법은 해당 부동산이 법인세과세기간 중 일부 기간동안구법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 예외사유에 해당할 경우의 처리방법에 관하여 별다른 명문의 규정을 두고 있지 아니하나,구법시행령 제43조의2 제4항,제8항규정에 의하면 지급이자 중 손금불산입 금액은 총차입금 중 비업무용 부동산의 자산가액이 차지하는 비율에 의하도록 되어 있고, 이 경우 총차입금 및 자산가액 등은 적수(일정기간의 매일 매일의 금액을 합산한 것)로 계산한 금액에 의하도록 규정하고 있는 점에 비추어보면, 지급이자 등의 손금산입여부를 결정하기 위한구법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 예외사유 해당여부의 판단은 당해 과세기간 중 1일 단위로 판단하여야 한다고 봄이 상당하다 할 것이다.
그런데,구법시행규칙(1990. 10. 22. 재무부령 제1835호로 개정되어 1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것) 제18조 제4항 제1호는, 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 부동산을 비업무용 부동산에서 제외하고 있으므로, 이 사건 부동산이구법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 예외사유에 해당하는 기간은 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 위 운영세칙에 따라 사용이 금지 또는 제한된 1989. 7. 15.부터 1992. 7. 14.까지의 기간이 된다 할 것이고, 따라서 1992. 1. 1.부터 1992. 12. 31.까지를 사업연도로 하는 1992 사업연도 중 1992. 1. 1.부터 1992. 7. 14.까지의 196일은 이에 해당하나, 그 제한일로부터 3년이 경과된 1992. 7. 15. 이후부터 1993. 12. 31.까지는구법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 예외사유에 해당하지 아니하게된다 할 것이다.
㈑ 1995. 3. 30. 총리령 제492호로 개정된 시행규칙의 소급적용 주장에 대한 판단

살피건대, 법인세는 과세기간인 사업연도 개시와 더불어 과세요건이 생성되어 사업연도 종료시에 완성하고, 그 때 납세의무가 성립하며 그 확정절차도 과세기간 종료 후에 이루어지므로, 사업연도 진행 중 세법이 개정되었을 때에도 그 사업연도 종료시의 법에 의하여 과세 여부 및 납세의무의 범위가 결정된다고 할 것이고(대법원 1996. 7. 9. 선고 95누13067 판결참조), 더욱이 1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정된 시행규칙과 1995. 3. 30. 총리령 제492호로개정된 시행규칙은 각 부칙 제2조에서 각 개정규칙 시행후 최초로 개시하는 사업연도분 또는 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용한다는 경과규정까지 두고 있으므로, 원고의 주장과 같이 이 사건 법인세의 각 사업연도 종료 이후에 개정된 시행규칙을 위 경과규정에 불구하고 이 사건에 소급하여 적용할 수는 없다고 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장은 이유없다 할 것이다.
㈒구법 제18조의3 제1항 제1호의 위헌 또는구법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 무효 주장에 대한 판단

구법 제18조의3 제1항 제1호는 법인이 비업무용 부동산을 보유하는 것을 법인의 차입금에 대한 지급이자 일부를 손금에 산입하지 아니하는 요건의 하나로 규정하면서 그 비업무용 부동산의 범위를 시행령에서 정하도록 위임하고, 그 위임을 받은구법시행령 제43조의2는 비업무용 부동산에 관한 일반적인 기준을 제시하는 한편 그 구체적인 내용을 재무부령에서 정하도록 다시 위임하고 있으며, 이에 따라구법시행규칙 제18조 제3항은 비업무용 부동산을 열거하고,같은 조 제4항은 비업무용 부동산의 예외가 되는 경우를 구체적으로 열거하여 규정하고 있는바, 이와 같은 구 법인세법 규정의 입법취지는 타인 자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고, 대기업의 금융자산에 의한 부동산투기 및 비생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제하여 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하고, 아울러 국토의 효율적 이용을 도모하기 위한 데에 있다고 할 것이며(대법원 2000. 8. 22. 선고 99두4006 판결참조),구법 제18조의3 제1항 제1호,구법시행령 제43조의2 제1항 제1호,구법시행규칙 제18조 제3항 제1호의 각 규정이,구 지방세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15982호로 전문개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항,제3항에서 ‘정당한 사유’를 비업무용 토지의 일반적 예외사유로 규정하고 있는 것과는 달리,구법시행규칙 제18조 제3항각 호의 1에 해당한다면같은 조 제4항의 예외사유가 없는 한 당해 부동산을 비업무용 부동산으로 판정하도록 하여 정당한 사유의 존재를 법인세법상 비업무용 부동산 해당 여부를 좌우하는 예외사유로 규정하지 아니한 것은, 가능하면구법시행규칙 제18조의3 제4항의 예외사유 이외의 경우에는 법인의 비업무용 부동산 보유를 원천적으로 금지하겠다는 취지로 보여지고, 또한 위와 같은 입법취지를 달성하기 위하여 법인이 부동산을 취득한 후 법령에 의하여 사용이 제한되는 경우 일정기간 내에 이를 처분하도록 유도하는 것은 무분별한 기업확장의 억제라는 시대 경제적 요구를 조세 정책적인 측면에서 반영한 것으로서, 그 내용이 반드시 불합리하다거나 부당한 것이라고 단정하기 어려울 뿐 아니라, 법인의 비업무용 부동산 보유에 대한 제한여부나 그 제한의 범위 및 정도를 결정하는 것은 입법정책의 문제로서 당해 법률이 제·개정되던 당시의 금융시장이나 실물경제의 상황 등 국가의 경제사정이나 부동산정책 및 기업정책 등 여러 가지 경제사정을 종합하여 결정되어야 하는 점을 아울러 고려하여보면,구법 제18조의3 제1항 제1호가 ‘정당한 사유’를 비업무용 부동산의 일반적인 예외사유로 규정하고 있지 않았다고 하여 그 내용에 있어 재산권에 대한 통상의 사회적 제약의 정도를 넘어 재산권의 본질적인 내용을 침해하는 것으로서 헌법의 과잉금지 원칙에 반한다고 볼 수 없고,구법시행규칙 제18조 제4항 제1호역시 헌법의 재산권 보장 원칙이나 과잉금지의 원칙을 위반하여 무효라고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유없다 할 것이다.
(2) 손금불산입되는 차입금 지급이자 및 관리유지비의 범위

앞서 본바와 같이, 이 사건 토지가시행규칙 제18조 제4항 제1호의 예외사유에 해당하는 기간은 1992 사업연도 중 1992. 1. 1.부터 같은 해 7. 14.까지의 196일간이고, 같은 해 7. 15. 이후부터 같은 해 12. 31.까지와 1993 사업연도에 해당하는 기간은구법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 예외사유에 해당하지 아니하므로, 1992년 귀속분 법인세액을 산출함에 있어 1992. 1. 1.부터 같은 해 7. 14.까지의 196일간에 대하여는 이 사건 토지가 비업무용 부동산에서 제외됨을 전제로 하여 그 소득금액을 계산함에 있어 해당기간의 지급이자를 손금에 산입하여야 하고, 또한 법인이 소유하는 토지가 지방세법에 따른 종합토지세 과세기준일 현재 법인세법상의 비업무용 부동산에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 부동산에 대한 종합토지세는 비업무용 부동산의 관리유지비라고 볼 수 없고, 이 사건 토지에 관하여 1992. 6. 1.을 과세기준일로 한 종합토지세 386,887,980원의 부과처분이 있은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으며, 위 1992. 6. 1.은 이 사건 토지가구법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 예외사유에 해당하는 기간에 포함되는 것은 앞서 본바와 같으므로 법인세법상 1992 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어 이를 손금에 산입하여야 할 것임에도, 이와 달리 1992 사업연도 전체의 기간에 대하여 이 사건 토지를 비업무용 부동산으로 보아 관련 지급이자 전액과 위 종합토지세액을 손금에 산입하지 아니한 이 사건 처분 중 1992년 귀속 법인세 부과처분부분은 위법하다 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유있다 할 것이다.
(3) 정당한 1992년 귀속 법인세액

원고의 1992 사업연도 중 1992. 1. 1.부터 같은 해 7. 14.까지의 196일간 이 사건 토지를 비업무용 부동산에서 제외하고, 이 사건 토지에 대한 종합토지세 386,887,980원을 손금에 산입하면, 1992 사업연도 법인세의 과세표준은 7,181,199,149원, 총결정세액을 2,756,930,908원이 되는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 여기에서 앞서 인정한 예납세액과 원천납부세액 등 공제세액합계 금 1,566,489,119원과 원고가 당초 신고한 추가납부세액 128,258,015원을 공제하면, 추가로 고지할 1992년 귀속분 법인세액은 1,062,183,770원(= 2,756,930,908원 - 1,566,489,119원 - 128,258,015원, 국고금단수계산법에 따라 10원 미만은 버림)이 됨은 계산상 명백하고, 1993 사업연도에 있어서 이 사건 토지를 비업무용 부동산으로 보는 경우의 1993년 귀속분 법인세액이 금 1,338,607,220원이 되는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 피고가 1997. 4. 1. 원고에 대하여 한 1992년 귀속분 법인세 2,224,728,720원의 부과처분 중 1,062,183,770원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이고, 나머지 부과처분은 적법하다고 할 것이다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고와 피고의 항소 중 원고의 항소만을 일부 받아들여 원고의 청구를 위에서 인정한 범위 내에서 인용하고 나머지 청구를 기각하는 것으로 제1심판결을 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1992 사업연도 전체의 기간에 대하여 토지를 비업무용 부동산으로 보아 관련 지급이자 전액과 위 종합토지세액을 손금에 산입하지 아니한 처분 중 1992년 귀속 법인세 부과처분부분은 위법하다.