근로소득세부과처분취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2007.06.21 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 주식회사 풀무원 (소송대리인 변호사 김동묵)
【피고, 피항소인 겸 항소인】 충주세무서장
【제1심판결】 청주지법 2004. 10. 29. 선고 2003구합68 판결
【변론종결】2007. 5. 10.
【주 문】
1. 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 
2. 원고의 항소를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지 
 피고가 2002. 1. 10. 원고에 대하여 한 1996년도 귀속 근로소득세 2,595,147,220원의 부과처분을 취소한다. 
2. 항소취지
 가. 원고 : 제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2002. 1. 10. 원고에 대하여 한 1996년도 귀속 근로소득세 2,595,147,220원의 부과처분 중 1,617,593,478원의 부과처분을 취소한다.
 나. 피고 : 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 
【이 유】 1. 인정 사실
 가. 원고(구 상호 : 풀무원식품 주식회사)는 식품제조업 및 판매·유통업 등을 목적으로 하는 회사로, 1994. 11. 29. 연구소를 건립하기 위하여 원고의 대표이사이자 그 발행주식 총수의 100분의 47 이상을 소유하고 있던 대주주인 소외 1로부터 그 소유의 별지 1 토지목록 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 사용승낙을 받은 다음, 1995. 4. 3. 용인군수로부터 위 목록 중 제14, 15항 기재 토지에 관하여 보전임지전용허가를 받았고, 1995. 6. 22. 경기도지사로부터 이 사건 토지에 관하여 농지전용허가를 받았는데, 그 과정에서 농지전용부담금 등으로 200,938,390원을 지출하였다.
 나. 원고는 1995. 8. 25. 소외 1과 사이에 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하면서, 매매대금은 추후 원고가 그 부지조성공사를 마친 후 감정평가사의 감정평가를 거쳐 결정된 금액으로 하기로 약정하였다(이하 위 매매계약을 ‘이 사건 매매계약’이라 한다). 
 다. 이후 원고는 토목공사비 665,857,490원을 투입하여 부지조성공사를 완료한 후 나라감정평가법인에 이 사건 토지의 감정평가를 의뢰하였는데, 나라감정평가법인은 1996. 5. 9. 이 사건 토지에 관하여 보전임지전용허가 및 농지전용허가를 거쳐 연구소 신축을 위한 부지조성공사가 완료됨에 따라 그 현황이 대지로 변경되었음을 기준으로 하여 이 사건 토지의 가액을 ㎡당 500,000원인 8,770,000,000원으로 평가하였다. 
 이에 따라 원고는 1996. 5. 12. 소외 1과 사이에 이 사건 매매계약에 따른 매매대금을 8,700,000,000원(이하 ‘이 사건 매매대금’이라 한다)으로 확정하고, 1996. 6. 5. 위 금액에서 소외 1에게 계약금 및 중도금으로 이미 지급한 금원을 제외한 나머지 금원을 지급한 후 같은 달 19. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 경료하였다. 
 라. 그런데 피고는 이 사건 토지의 적정 시가를 합계 2,015,631,050원{지목이 대지인 토지들에 관하여는 위 나라감정평가법인의 평가액 500,000원/㎡, 지목이 전답인 토지들에 관하여는 중앙토지수용위원회의 의뢰에 따라 한국감정원 및 나라감정평가법인이 1996. 5. 3.을 가격시점으로 하여 평가한 인근 전답의 평균가액인 119,675원/㎡(전) 및 117,675원/㎡(답), 지목이 임야인 토지들에 관하여는 한국토지개발공사가 1995. 9. 28. 소외 1로부터 협의취득한 인근의 용인시 기흥읍 (지번 1 생략) 임야의 취득가액인 56,500원/㎡를 각 적용하여 산출한 금액}으로 보고, 원고가 소외 1로부터 이 사건 토지를 8,700,000,000원에 매입한 것은 특수관계자로부터 자산을 고가로 매입한 것이라는 이유로 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 및 구 법인세법 시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제2항 제4호에 의하여 그 차액 6,684,368,950원(8,700,000,000원-2,015,631,050원)을 익금에 산입한 후 위 차액에서 원고가 자산으로 계상한 토목공사비 665,857,490원과 기 상여처분금액 취소분 110,061,917원을 차감한 5,908,449,543원을 소외 1에게 상여처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였으나, 원고가 근로소득세 원천징수 납부를 하지 아니하자, 2002. 1. 10. 원고에게 1996년도 귀속 근로소득세 2,595,147,220원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
 마. 한편, 원고는 연구소 부지를 확보하는 과정에서 이 사건 토지에 인접한 소외 2 소유의 용인시 기흥읍 (지번 2 생략) 답 2,565㎡(약 776평)를 매입하기로 하면서, 1994. 6. 당시 위 일대 토지의 시가를 전과 답은 평당 300,000원에서 400,000원, 대지는 평당 1,300,000원에서 1,800,000원으로 파악하고, 소외 2 소유의 위 토지는 지목이 답으로 되어 있어 평당 350,000원이면 매입할 수 있는데 향후 대지로 전환하면 시가가 평당 1,400,000원 정도로 상승하게 되므로 위 토지를 조속히 매입하되 잔금은 대지조성이 완료된 후에 지급하기로 방침을 정하였다. 
 이에 따라 원고는 1994. 6. 11. 소외 2와 사이에 위 토지에 관하여 매매대금을 271,600,000원(㎡당 약 105,887원, 평당 350,000원)으로 정하여 매매계약을 체결한 다음 소외 2로부터 위 토지에 관한 사용승낙을 받고, 이후 1995. 6. 22. 위 토지에 관하여 농지전용허가를 받았다. 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3 내지 6호증의 각 1, 2, 갑 제13호증의 1 내지 27, 갑 제14호증의 1 내지 5, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증, 을 제4호증의 1 내지 7, 을 제5호증의 1, 2, 을 제8 내지 10호증, 을 제15 내지 17호증의 각 기재, 제1심 증인 이상부의 증언, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 이 사건 매매계약 당시 이 사건 토지의 시가가 불분명하여 관계 법령에 따라 감정평가법인의 감정을 거쳐 매매대금을 정하였는데, 토지의 거래가격은 당해 토지의 효용이 최고로 발휘될 가능성이 있는 이용을 전제로 형성되는 것으로 토지의 개발 등으로 인한 이익을 거래가격에 반영하는 것은 정상적인 거래관행인 점, 이 사건 토지와 입지조건을 같이하는 인근 토지들이 개별공시지가의 5배 내지 10배에 이르는 가격에 거래된 점, 소외 1은 이 사건 토지를 전원주택 부지로 조성할 계획이었으나 연구소 부지를 물색하고 있던 원고의 요청에 따라 이 사건 매매계약을 체결한 점 등을 고려하면, 대지로 조성된 현황을 기준으로 산정된 이 사건 매매대금은 객관적인 시가에 상당하는 금액이다. 따라서 이 사건 토지의 적정 시가는 이 사건 매매대금 8,700,000,000원 중 원고가 부지조성 등을 위하여 지출한 비용 866,795,880원을 공제한 7,833,204,120원이다. 설령, 이 사건 매매대금이 객관적인 시가에 상당하는 것으로 볼 수 없다고 하더라도, 당심 감정인이 1996. 6. 5.을 가격시점으로 하여 이 사건 각 토지의 현황이 연구소용 부지 내지 전원주택 부지임을 전제로 평가한 이 사건 각 토지의 감정가액인 6,840,600,000원 내지 6,051,300,000원에서 각 원고가 부지조성 등을 위하여 지출한 비용 866,795,880원을 공제한 5,973,804,120 내지 5,184,504,120원을 시가로 보아야 한다. 
 반면에, 피고가 이 사건 토지의 적정 시가라고 주장하는 2,015,631,050원은 관계 법령에서 허용되지 않는 방법으로 평가한 것일 뿐만 아니라, 인근 토지의 거래사례나 개발 등으로 인한 이익을 반영하지 아니하여 이를 이 사건 토지의 적정 시가로 볼 수 없다. 
 따라서 위 2,015,631,050원이 이 사건 토지의 적정 시가임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 
 나. 관계 법령
 별지 2 기재와 같다. 
 다. 판 단
 (1) 구 법인세법 제20조 소정의 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보여지는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다( 대법원 1997. 5. 28. 선고 95누18697 판결, 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조). 
 한편, 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 제4호는 부당행위계산 부인 대상의 하나로 출자자 등 특수관계에 있는 자로부터 자산을 시가를 초과하여 매입한 경우를 들고 있고, 여기서 시가라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미하는 것으로, 시가가 불분명한 경우에는 구 법인세법 시행규칙(1997. 3. 29. 총리령 제622호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조의2에 의하여 ‘지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률’에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법 시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의하도록 되어 있다. 
 (2) 이 사건의 경우, 위 인정 사실에서 나타나는 다음과 같은 사정, 즉 원고 회사의 대표이사였던 소외 1은 연구소 부지를 확보하는 과정에서 이 사건 토지를 포함한 주변 토지의 시가에 관하여 전과 답은 평당 300,000원에서 400,000원 정도, 대지는 평당 1,300,000원에서 1,800,000원 정도에 거래되고 있으며 지목이 전 또는 답인 토지를 매수하여 대지로 조성할 경우 그 시가가 급격히 상승하리라는 사정을 잘 알고 있었던 점, 이 사건 매매계약은 지배주주 겸 대표이사와 회사 간의 자기거래행위에 해당하므로 소외 1로서는 자신의 지위를 불공정하게 이용하여 회사의 이익을 해하는 일이 없도록 직무를 충실하게 수행하여야 할 의무가 있다는 점, 원고가 연구소를 건립하기 위하여 반드시 이 사건 토지를 사용하지 않으면 안 되는 부득이한 사정이 있었다고는 보이지 않는 점 등을 종합하여 보면, 소외 1이 개인 소유의 이 사건 토지에 대하여 회사 비용을 들여 보전임지전용허가와 농지전용허가를 받은 이후 이 사건 매매계약을 체결하고 그 매매대금 역시 회사 비용을 들여 이 사건 토지를 대지로 조성한 후 그 변경된 현황을 기준으로 산정한 행위는 상법상 이사 및 지배주주로서의 충실의무에 위배된 행위이고, 이와 같이 산정된 이 사건 매매대금 중 보전임지전용허가 및 농지전용허가, 부지조성공사 등으로 인한 지가상승분에 해당하는 부분은 회사의 노력과 비용으로 이루어진 지가상승분을 대표이사 개인에게 귀속시킨 것으로서 시가를 초과한 부분으로 보아야 할 것이어서, 결국 이 사건 매매계약은 정상적인 경제인의 합리적인 거래형식이 아닌 비정상적인 행위에 해당한다고 보아야 한다. 
 (3) 나아가 고가매입의 기준이 되는 이 사건 토지의 시가에 관하여 살피건대, 이 사건 토지의 객관적 교환가치를 인정할 자료가 없는 이상 시가가 불분명한 경우에 해당하므로, 구 법인세법 시행규칙 제16조의2에 따라 ‘지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률’에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하거나, 감정한 가액이 없는 경우에는 개별공시지가에 의하여 그 시가를 평가하여야 할 것이다. 
 그런데 갑 제7호증의 기재와 제1심 감정인 소외 3, 소외 4의 각 감정결과, 당심의 소외 5에 대한 감정촉탁 결과에 의하면, ① 나라감정평가법인은 원고의 의뢰에 의하여 1995. 8. 25.을 가격시점으로 이 사건 토지의 현황을 보전임지전용허가 및 농지전용허가를 받은 이후 부지조성공사 시행 전의 상태로 상정하여 그 가액을 6,994,760,000원으로 평가한 사실, ② 제일감정평가법인은 제1심법원의 의뢰에 의하여 1995. 8. 25. 및 1996. 6. 5.을 각 가격시점으로 이 사건 각 토지의 현황을 그 지목에 따라 상정하여 그 시가를 1,930,880,000원 및 2,294,118,000원으로 평가한 사실, ③ 태평양감정평가법인은 제1심법원의 의뢰에 의하여 1995. 8. 25. 및 1996. 6. 5.을 각 가격시점으로 하면서, 보전임지전용허가 및 농지전용허가로 인하여 연구소 건축이 가능하게 된 경우와 이미 이 사건 토지가 대지로 조성된 경우를 각 상정하여, 1995. 8. 25. 당시의 가액을 전자의 경우 2,515,880,000원, 후자의 경우 4,981,360,000원으로 평가하고, 1996. 6. 5. 당시의 가액을 전자의 경우 3,027,572,000원, 후자의 경우 5,104,140,000원으로 평가한 사실, ④ 당심 감정인 소외 5는 1995. 8. 25. 및 1996. 6. 5.을 각 가격시점으로 하면서, 이 사건 토지가 단독주택용 대지임을 전제로 한 경우와 연구소용 대지임을 전제로 한 경우를 각 상정하여, 1995. 8. 25. 당시의 가액을 전자의 경우 5,858,360,000원, 후자의 경우 6,665,200,000원으로 평가하고, 1996. 6. 5. 당시의 가액을 전자의 경우 6,051,300,000원, 후자의 경우 6,840,600,000원으로 평가한 사실을 인정할 수 있다. 
 이에 의하면, 제일감정평가법인의 감정평가액을 제외한 나머지 감정평가액은 이 사건 각 토지에 관하여 보전임지전용허가 및 농지전용허가를 받은 상태 내지 대지로 조성된 상태, 나아가 단독주택용 대지 및 연구소용 대지로 조성된 상태를 기준으로 평가한 것으로서, 앞서 살핀 것처럼 이 사건 토지의 매매가액을 산정함에 있어서 보전임지전용허가 및 농지전용허가, 부지조성공사 등으로 인한 지가상승분은 제외되어야 할 것이므로, 제일감정평가법인의 감정평가액을 제외한 나머지 감정평가액은 이 사건 토지의 매매계약 당시의 객관적인 교환가격을 정당하게 평가한 것으로 볼 수 없다. 반면, 제일감정평가법인의 감정평가액은 ‘지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률’에 의한 감정평가법인이 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 감정가액으로 봄이 상당하므로, 구 법인세법 시행규칙 제16조의2의 규정에 따라 이 사건 매매계약 당시인 1995. 8. 25.을 가격시점으로 한 감정평가액 1,930,880,000원을 이 사건 각 토지의 이 사건 매매계약 당시의 시가로 본다. 
 한편, 갑 제12호증의 1, 2, 4, 5, 6의 각 기재에 의하면, 원고가 1996. 7. 4. 소외 6으로부터 용인시 기흥읍 (지번 3 생략) 전 262㎡를 280,000,000원에 매입한 사실, 이 사건 매매계약 체결을 전후로 1995. 6. 15. 용인시 기흥읍 (지번 4 생략) 임야 8,826㎡가 1,468,500,000원에, 같은 리 (지번 5 생략) 답 863㎡가 104,400,000원에, 같은 리 (지번 6 생략) 답 916㎡가 110,800,000원에, 같은 리 (지번 7 생략) 답 3,236㎡가 391,600,000원에, 같은 리 (지번 8 생략) 답 3,246㎡가 343,700,000원에, 같은 리 (지번 9 생략) 임야 19,567㎡가 1,538,940,000원에, 1995. 8. 17. 용인시 기흥읍 (지번 101 생략) 임야 559㎡가 176,000,000원에, 1995. 10. 9. 용인시 기흥읍 (지번 11 생략) 답 1,376㎡가 560,100,000원에, 1995. 11. 1. 용인시 기흥읍 (지번 12 생략) 답 1,686㎡, 같은 리 (지번 13 생략) 전 490㎡가 862,800,000원에 각 거래된 사실은 인정되나, 위 각 토지와 이 사건 각 토지가 위치, 규모, 용도, 거래시점 등 토지가 갖는 개별성에 비추어 동일 조건 아래에 있다고 볼 아무런 증거가 없으므로, 인근 토지의 매매사례에 비추어 볼 때 이 사건 매매대금이 객관적 시가에 상당하다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.
 (4) 따라서 피고가 이 사건 매매계약을 구 법인세법 시행령 제46조 제2항 제4호 소정의 ‘출자자 등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입한 때’에 해당되어 구 법인세법 제20조의 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 보아, 이 사건 매매계약 당시의 시가인 1,930,880,000원을 상회하는 2,015,631,050원과 이 사건 매매대금의 차액을 소외 1에 대한 상여로 소득처분한 후 근로소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.
 3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고 그 부분에 해당하는 원고의 청구 및 원고의 항소를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 권순일(재판장) 송인혁 이미선

[1] 법인이 지배주주인 대표이사 소유의 토지에 법인 비용으로 대지조성공사를 마치고 그 현황을 기준으로 매매대금을 정하여 토지를 매수한 경우, 위 매매계약이 구 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상인 자산의 고가매입에 해당한다고 한 사례
[2] 법인이 지배주주인 대표이사 소유의 토지에 법인 비용으로 대지조성공사를 마치고 그 현황을 기준으로 매매대금을 정하여 토지를 매수한 경우, 감정평가법인이 위 계약시를 기준으로 대지조성공사로 인한 지가상승분을 제외하여 평가한 금액을 구 법인세법 시행규칙 제16조의2에 따른 매매계약 당시의 시가로 본 사례

[1] 법인이 대표이사이자 지배주주인 자 소유의 토지에 대하여 법인의 비용으로 대지조성공사를 마친 후 그러한 현황을 기준으로 매매대금을 정하여 위 토지를 매수한 경우, 위 매매계약은 대지조성공사로 인한 지가상승분을 대표이사에게 귀속시키는 것으로서 정상적인 경제인의 합리적인 거래형식이 아닌 비정상적인 행위이므로 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것)상 부당행위계산 부인의 대상인 자산의 고가매입에 해당한다고 한 사례.
[2] 법인이 대표이사이자 지배주주인 자 소유의 토지에 대하여 법인의 비용으로 대지조성공사를 마친 후 그러한 현황을 기준으로 매매대금을 정하여 위 토지를 매수한 경우, 감정평가법인이 위 계약시를 기준으로 대지조성공사로 인한 지가상승분을 제외하여 평가한 금액을 구 법인세법 시행규칙(1997. 3. 29. 총리령 제622호로 개정되기 전의 것) 제16조의 2에 따른 매매계약 당시의 시가로 본 사례.