재산세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1991.05.10 / 시행일:

【원고, 상고인】 재단법인○○장로교선교회 소송대리인 변호사 박승서
【피고, 피상고인】 부산직할시 동구청장
【원심판결】 부산고등법원 1990.5.16. 선고 89구2394 판결
【주 문】
 1. 원심판결 중 사업소세를 제외한 나머지 부분을 파기하여 이 부분 사건을 부산고등법원에 환송한다.
 2. 원고의 나머지 상고를 기각한다.
 3. 상고기각된 부분의 상고비용은 원고의 부담으로 한다.

【이 유】 상고이유를 본다.
 1. 원심판결 이유에 의하면 원심은 원고법인이 ○○장로교선교회의 한국선교사업을 위하여 필요한 토지, 건물, 비품 등의 자산을 소유, 관리, 공급함을 목적으로 민법 제32조에 의하여 설립된 비영리재단법인으로서 위 목적을 달성하기 위하여 전도, 교육, 의료, 자선사업을 행하고 있고 이러한 사업은 원고법인이 운영하고 있는 △△기독병원을 통하여 이루어지고 있는 사실, 위 병원은 원고법인이 1952.9.17. 산부인과 진료를 담당하는 △△부인병원으로 설립되어 1962.12.24. 조산사 수습기관으로 지정되고, 1963.10.1. 산부인과 레지던트수련병원으로 지정된 후 규모가 지속적으로 확대되어 1980.3.17. 보건사회부장관에 의하여 인턴 및 레지던트 수련병원으로 지정되었으며, 1982.11.10.에는 현재의 △△기독병원으로 그 명칭을 바꾼 다음 1984.7.2. 종합병원으로 승격되어 오늘에 이르게 된 사실, 원고법인은 호주국 기독교연합교회 등으로부터 기부되는 기부금 수입이나 위 병원 경영에 따른 일반 기부금 수입을 재원으로 하여 그 목적사업을 수행하여 온 사실 등을 인정한 다음, 위 인정사실에 의하면 위 △△기독병원의 건물 등 재산은 원고법인의 목적사업으로 되어 있는 종교 자선 또는 교육 목적에 직접 사용되는 것이라 할 수 없다고 판단하고, 나아가 원고법인은 의료법시행령(1973.9.20. 대통령령 제686호) 부칙제2항의 적용을 받는 재단법인으로서 지방세법시행령 제79조 제1항 제21호 소정의 "의료법에 의하여 설립된 의료법인"에 해당하므로 위 △△기독병원의 시설 등 재산은 원고법인의 목적사업에 직접 사용되는 것이고 따라서 이에 대하여는 취득세, 재산세, 도시계획세, 공동시설세 등을 부과할 수 없다는 원고 주장에 대하여, 의료법시행령의 위 부칙 규정은 당시 시행중이던 의료법(1973.2.16. 법률 제2533호로 개정된 것) 소정의 의료법인은 아니지만 기왕에 병원 등을 개설하여 운영하여 온 재단법인에 대하여는 별도의 의료법인설립절차를 거치지 않고서도 그 병원 등을 운영할 수 있는 법적지위를 부여함으로써 이를 의료법상 병원 등의 개설주체로 인정되지 않은 자에 의하여 개설한 병원으로 취급하지 않겠다는 취지에 불과하고 더 나아가 위 규정에 의하여 그 개설주체인 재단법인의 성격이 의료법상의 의료법인으로 전환되는 것으로 볼 수는 없으므로, 원고법인이 위 부칙규정의 적용을 받는다 하여 원고법인을 지방세법시행령 제79조 제1항 제21호 소정의 의료법인이라 할 수는 없다는 이유로 이를 배척하였다.
 2. 그러나 위 부칙 제2항은 "이 영 시행 당시 종합병원 또는 병원을 개설한 사립학교법에 의한 학교법인, 사회복지사업법에 의한 사회복지법인, 대한적십자사조직법에 의한 대한적십자사 및 민법 제32조의 규정에 의한 재단법인에 대하여는 이 영의 규정에 따른 의료법립절차를 거친 것으로 한다 "라고 규정하고 있는바, 위 규정의 취지는 그 적용대상인 재단법인등에 대하여는 같은 영의 규정에 따른 별도의 절차가 없어도 위 규정의 적용에 의하여 당해 재단법인 등은 의료법인 설립절차를 거친 것으로 간주하여 그 후로는 종전에 이미 개설한 병원 등의 운영에 관한 한 의료법인과 같게 취급함으로써 동일한 법적 지위를 부여하는 규정이라고 풀이 할 것이다.
한편 지방세법(1988.12.26. 법률 제4028호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제184조 제1호, 제238조의2, 제242조 등에 의하면 제사, 종교, 자선, 학술, 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 재산이나 직접 사용하는 재산에 대하여는 취득세, 재산세, 도시계획세, 공동시설세 등을 부과하지 아니하도록 되어 있고 같은 시행령(1988.12.31. 대통령령 제12573호로 개정되기 전의 것)제79조 제1항은 위 "비영리사업자" 중 하나로 제21호에서 의료법에 의하여 설립된 의료법인을 열거하고 있는 바, 위 규정의 취지가 비영리사업자에 의하여 수행하는 사업의 공익성을 고려하여 이들에게 비과세 혜택을 부여하려는 데있음을 고려할 때 위 부칙 제2항에 의하여 의료법인과 같은 법적지위를 가지는 원고법인도 위 지방세법시행령 제79조 제1항 제21호 소정의 의료법인에 포함된다고 보아야 할 것이고, 기록에 의하면 원고법인의 이 사건 재산의 취득은 그 목적사업의 하나인 의료사업에 직접 사용하기 위한 것이라고 보지 않을 수 없다.
 이와 견해를 달리하여 원고법인이 비과세대상자인 비영리사업자가 아니라고 판단한 원심판결에는 위 규정의 해석에 관한 법리오해의 위법이 있다 할 것이고 이는 판결에 영향을 미쳤음이 분명하므로 이점을 지적하는 논지는 이유있고 원심판결 중 취득세, 재산세, 도시계획세, 공동시설세에 관한 부분은 파기를 면할 수 없다.
 3. 지방세법 제245조의2 제1항 제1호에 의하면 제사, 종교, 자선, 학술, 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 사업소에 대하여는 사업소세를 부과하지 아니하나 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할에 대하여는 그러하지 아니하다고 되어 있고, 같은법 시행령 제207조에 의하면 위의 "비영리사업자"라 함은 같은법 시행령 제79조 제1항 제1호 내지 제7호의 규정에 의한 사업자를 말하는 것으로 되어 있는 바(따라서 제21호 소정의 의료법인은 여기에 포함되지 않는다), 비영리법인이 수행하는 어느 사업이 수익사업인지 아닌지 여부는 당해 사업이 수익성을 가진 것인지 여부에 의하여 판단할 것이며 그 사업에서 얻는 수익이 종국적으로 고유목적사업의 재원조달에 충당된다 하여 그 수익성을 부정할 것은 아니다.
 기록에 의하여 살펴보면 원고가 운영하는 △△기독병원의 의료사업에는 위의 수익성이 있음을 알 수 있으므로 위 병원을 찾아온 일부 극빈 환자들에 대하여 병원 자체의 진료비감면규정에 따라 진료비감면의 혜택을 준다 하더라도 이것만으로는 위 병원의 수익사업체로서의 성격을 부정할 수는 없으니 이를 사업소세의 비과세대상이라 할 수 없다고 한 원심의 판단은 정당하다.
 소론은 위 병원에서 얻는 수익의 일부가 원고법인의 선교사업에 사용되므로 이는 수익사업이라 할 수 없다거나 위 병원의 운영 자체가 종교사업의 수행에 해당함을 내세워 원심을 탓하고 있으나 위에서 본 법리에 비추어 논지는 이유없다.
 그러므로 원심판결 중 사업소세를 제외한 나머지 부분을 파기하여 이 부분을 원심법원에 환송하고, 원고의 나머지 상고를 기각하여 이 부분에 관한 상고비용은 패소자인 원고의 부담으로 하기로 관여법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 박우동(재판장) 배석 김상원 윤영철

가. 의료법시행령(1973.9.20. 대통령령 제686호) 부칙 제2항에 의하여 의료법인과 같은 법적지위를 가지는 법인이 취득세, 재산세, 도시계획세, 공동시설세 등이 비과세되는 지방세법시행령 제79조 제1항 제21호 소정의 의료법인에 포함되는지 여부(적극)
나. 비영리법인에 대하여 사업소세가 과세되는 지방세법 제245조의2 제1항 제1호 단서 소정의 수익사업인지 여부의 판단기준 및 선교사업을 목적으로 하는 민법상 비영리법인이 운영하는 병원의 의료사업에 위의 수익성이 있다면 일부 극빈 환자들에 대하여 진료비 감면의 혜택을 준다하여 위 병원을 사업소세의 비과세대상이라 할 수 없다고 본 사례

가. 의료법시행령(1973.9.20. 대통령령 제686호) 부칙 제2항은 그 적용대상인 민법상의 비영리재단법인 등에 대하여는 같은 영의 규정에 따른 별도의 절차가 없어도 위 규정의 적용에 의하여 의료법인 설립절차를 거친 것으로 간주하여 그 후로는 종전에 이미 개설한 병원 등의 운영에 관한 한 의료법인과 같게 취급함으로써 동일한 법적지위를 부여하는 규정이라고 할 것이고, 한편 구 지방세법(1988.12.26. 법률 제4028호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제184조 제1호, 제238조의2, 제242조, 같은법시행령 제79조 제1항 제21호는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 재산이나 직접 사용하는 재산에 대하여 취득세, 재산세, 도시계획세, 공동시설세 등을 부과하지 아니하는 "비영이사업자" 중 하나로 의료법에 의하여 설립된 의료법인을 열거하고 있는 바, 위 규정의 취지가 비영리사업자에 의하여 수행하는 사업의 공익성을 고려하여 이들에게 비과세 혜택을 부여하려는데 있음을 고려할 때 위 부칙 제2항에 의하여 의료법인과 같은 법적지위를 가지는 법인도 위 지방세법시행령 제79조 제1항 제21호 소정의 의료법인에 포함된다고 보아야 할 것이다.
나. 비영리법인이 수행하는 어느 사업이 사업소세의 비과세 대상에서 제외되어 과세되는 지방세법 제245조의2 제1항 제1호 단서 소정의 수익사업인지 아닌지 여부는 당해 사업이 수익성을 가진 것인지 여부에 의하여 판단할 것이며 그 사업에서 얻는 수익이 종국적으로 고유목적사업의 재원조달에 충당된다 하여 그 수익성을 부정할 것은 아니며, 선교사업을 목적으로 하는 민법상 비영리법인으로서 같은법시행령 제207조 소정의 "비영이사업자"인 원고가 운영하는 병원의 의료사업에 위의 수익성이 있다면 위 병원을 찾아 온 일부 극빈 환자들에 대하여 병원 자체의 진료비감면규정에 따라 진료비 감면의 혜택을 준다 하더라도 이것만으로는 위 병원의 수익사업체로서의 성격을 부정할 수는 없으므로 이를 사업소세의 비과세대상이라 할 수 없다.