양도 소득세등 부과 처분 취소 (세무, 대법원)
공포일: 1989.10.10 / 시행일:

【원고, 피상고인】 진봉자 소송대리인 변호사 전정구
【피고, 상고인】 여의도세무서장
【원심판결】 서울고등법원 1988.7.14. 선고 87구1028 판결
【주 문】
 상고를 기각한다.
 상고비용은 피고의 부담으로 한다.

【이 유】 1. 상고이유 제1점을 본다.
 먼저구 소득세법(1978.12.5. 법률 재3098호로 신설되었다가 1981.12.31. 법률 제3472호로 삭제된 것, 이하 같다) 제78조의3,동 시행령 제130조의3이 규정하는 양도소득세의 환급을 받을 수 있는 실수요토지의 양도에 해당하려면동 시행령 제130조의3 제2항의 각호 규정의 토지에 해당하지 않아야 하는데 그 중제1호는제1항에 규정하는 건축물이 정착되어 있는 토지를 규정하고 있는 바, 여기서 건축물이라 함은 건축법에 의한 건축물을 말하고건축법 제2조 제2호의 규정(건축물의 정의)과 위 실수요토지양도에 있어서의 양도소득세환급규정의 취지를 종합하여 보면, 위 건축물이라 함은 최소한의 지붕 및 기둥 또는 벽이 형성된 구조물을 말한다 할 것이므로 이 사건에서와 같이 지하 4층 지상 14층건물 연면적 11,509.12평방미터의 철골철근콘크리트조 건물을 신축함에 있어 지하 4층 및 지상 12층까지의 철골공사만 된 구축물(당시 28.5퍼센트의 공정진행)만으로는 위 건축물에 해당한다고 볼 수 없다할 것이므로 원심이 위와 같은 취지에서 이 사건 토지의 양도는 실수요토지세액의 감면(환급)을 받을 수 있는 요건을 갖추었다고 판단한 것은 정당하고 다른 견해를 내세워 이를 탓하는 논지는 이유없다.
 다음 이 사건 토지의 양도소득세 환급에 관하여 원고의 적법한 환급신청이있었는지 여부에 대하여 보건대,구 소득세법 제78조의3 제2항,동시행령 제130조의3 제4항의 규정에 의하면 실수요토지양도자가 양도소득세환급을 받으려면 당해 건물의 준공된 날로부터 3월내에 환급신청서에 당해 건축물이 준공된 사실을 증명하는 서류, 당해토지의 양도소득에 대한 소득세를 납부한 사실을 증명하는 서류등을 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 하도록 되어있는 바, 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고가 1972.6.3. 이 사건 토지를 금 25,929,900원에 매수하여 보유하여 오다가, 1980.12.경 이 사건 토지에 지하 4층, 지상 14층 건물 연면적 11,509.12평방미터의 철골철근콘크리트조 사무실용 건물을 신축하여 이를 분양하거나 또는 임대하는 사업을 하기로 계획하고, 같은 달 31. 소외 삼성종합건설주식회사(이하 삼성종합건설이라고 한다)와 공사도급액 금 3,793,900,000원(후에 증액되어 금 4,050,157,500원으로 되었다)으로, 공사도급계약을 체결하면서 삼성종합건설은 같은 달 25. 위 건축공사에 착공한 사실, 원고는 위 사무실 분양이 순조롭지 아니하고 공사비조달이 어려워지자 건물을 완공하여 사무실을 분양 또는 임대하려던 당초의 계획을 변경하여 이 사건 토지 및 그 지상 미완성건물(이하 이 사건 미완성건물이라 한다)을 처분하려고 하여 소외 한국투자신탁 주식회사(이하 한국투자신탁이라고 한다)와의 사이에 1981.9.11. 이 사건 토지의 대금을 금 1,015,200,000원으로 결가하여 매매계약을 체결하고, 원고가 위 삼성종합건설에 위 도급을 주어 이미 진척된 지하굴토공사와 지하 4층 및 지상 12층까지의 철골공사결과 설치된 구축물 즉 이 사건 미완성건물(당시 공정은 28.5퍼센트가 진행) 및 위 미완성건물의 공사를 계속할 수 있는 그 공사에 관한 일체의 권리의무(위 공사도급인으로서의 권리의무 및 건축허가권)를 금 4,846,930,000원으로 평가하고, 다만 원고가 위 삼성종합건설에 아직 지급하지 아니한 장래의 공사비 금 2,564,320,000원의 채무는 한국투자신탁이 인수하는 대신 위 대금액에서 공제하여위 미완성건물 및 위 공사에 관한 일체의 권리의무등(이하 이 사건 미완성건물등이라고 한다)에 관한 대가를 금 2,282,610,000원으로 결가하여 한국투자신탁에 매각한 사실, 이에 한국투자신탁은 그 후에 공사를 계속하여 1982.7.10. 그 건물을 준공한 사실, 원고는 이 사건 토지의 양도에 관하여 1982.5.31. 양도소득금액을 금 958,939,664원으로 하여 양도소득세 금 583,967,591원(세율62퍼센트)을 산출한 후, 이 사건 토지의 양도가 사옥신축용지로 사용하려는 한국투자신탁(실수요자)에게 한 양도이고 이 경우에는구 소득세법 제78조의3 등에 의하여 양도소득세액의 50/100에 상당하는 금액을 환급받도록 되어 있다고 하여 그 환급세액 금 291,983,795원(583,967,591X50퍼센트)을 공제세액으로하여 원고가 납부하여야 할 양도소득세를 금 291,983,795원, 동 방위세를 금 116,793,518원으로 한 양도소득세 및 동 방위세의 과세표준 및 세액의 확정신고를 하고 그 예정신고시의 자진납부세액 금 250,000,000원(양도소득세)을 차감한 양도소득세 금 41,983,796원 동 방위세 금 116,793,518원을 자진납부한 한편 위 미완성건물등의 양도에 관하여는 이를 재화의 공급으로 하여 관할 마포세무서장에게 부가가치세 금 207,509,999원의 신고 및 납부를 한 사실, 그런데 관할 성동세무서장은 서울지방국세청장의 이 사건 토지의 양도로 인한 소득은 양도소득이 아니고 부동산매매업으로 인한 사업소득이니 그에 관하여 종합소득세의 부과처분을 하라는 시정지시에 따라 1982.7.15. 이 사건 토지의 양도로 인한 소득 및 이 사건 미완성건물 등의 양도로 인한 소득을 종합소득에 합산하여 종합소득세 금 1,057,021,882원 및 동 방위세 금 147,361,735원의 부과처분(증액경정)하였고 이에 원고가 불복하여 행정소송을 제기하여 그 설시와 같이서울고등법원(83구740),대법원(85누442), 환송후서울고등법원(86구62),대법원(86누491)의 각 판결을 거친후인 1987.1.7.에 이르러 피고는 원고에 대하여, 이 사건 토지 및 미완성건물등의 양도(단, 미완성건물등은 이를 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도로 인정하였다)로 인한 이 사건 양도소득세 및 동 방위세의 부과처분을 한 사실을 인정한 다음, 원고는 위 양도소득세의 확정신고 등에 당하여 위 환급세액을 감면세액으로 하여 공제하고 그 신고를 하고서 그 잔여양도소득세액의 자진납부를 하여서 그 감면(환급)신청의 의사표시를 분명히 하였다고 할 것이고, 위 성동세무서장은 그 양도소득에 관하여 원고의 신고대로 감면세액 및 양도소득세액을 일응 정당한 것으로 받아 들였다고 서울지방국세청장의 지시에 따라 이를 부동산사업소득으로 하여 종합소득세의 부과처분을 하고 원고가 종합소득세부과처분취소를 소구함에도 이에 불응하였다가 원고에 의한 그 부과처분취소의 행정소송이 진행중 피고가 1987.1.7.에 이르러 다시 이 사건 처분을 한점 등에 비추어 보면, 원고로서는 위 구 소득세법조 소정의 기간내에는 과세관청의 명백한 불수리의사표시 내지 불인정의 의사표시 등의 사정으로 인하여 그 소정의 환급신청을 할 수 없었다고 할 것이고, 이 사건 토지의 양도가 실수요토지의 양도에 해당되는 점 등 위각 사실관계하에서는 피고로서는 이 사건 처분에 당하여는 원고에 있어서 그 실수요토지세액의 감면(환급)신청이 있었던 것으로 보아야 한다고 판단하였다.
 기록에 의하면,이 사건 건축물의 준공일(1982.7.10) 이전인 1982.5.31.에 원고가 과세표준확정신고를 하면서 장래 이 사건 토지상의 건축물이 준공이 되면 양도소득세를 환급받을 수 있는 금액을 신고서식의 감면세액란에 기재하고 그 금액을 산출세액에서 공제하여 신고, 납부하였을 뿐이고, 그 이외에구소득세법시행령 제130조의3 제4항이 요구하는 환급신청서나 그 첨부서류를 구비한 바가 없었으므로 원심이 지적하는 바와 같이 원고의 그 신청형식에 있어서는 구 소득세법과 동 시행령 소정의 요건을 갖춘 환급신청이 있었다고는 볼 수 없으나 원고의 위 신고납부를 통하여 환급신청의 의사표시는 분명히 표시된 것이었다고 볼 수 있고, 관할 성동세무서장은 원고의 1982.5.31. 자 소득세확정신고대로 일단 이를 수리하여 금 291,983,795원을 환급(세액공제)결정하여 받아들였으며(갑제14호증의 1중 “5 당초결정”의 칸 참조), 원고는 이 사건 토지의 양도에 관하여 실질적으로구 소득세법 제78조의3 제3항,같은법시행령 제130조의3 제3항,제4항에 따른 실수요토지의 양도요건을 갖추었으며 환급신청서에 첨부하여 증명할 사실인 이 사건 건물의 준공사실 및 이 사건 양도소득세의 실액(환급세액공제분)을 완납하였던 점(소득세법 기본통칙 4-2-30에 의하면법 제78조의3에 규정하는 실수요토지세액환급에 있어서 양도소득에 대한 소득세액결정전에 환급신청이 있는 경우에는 환급금상당액을 공제하고 그 차액만을 결정고지하게 되어 있다),위 법 제78조의3,동 제130조의3의 규정취지는 토지의 실수요자로 하여금 토지를 소유하도록 유도하여 토지의 효율적인 이용을 도모함과 함께 비수요자가 투기의 목적으로 토지를 소유하는 것을 전제하여 부동산투기를 억제하려는 목적을 달성하기 위하여 토지의 양수인이 3년이내에 일정한 건축물을 건축하는 경우에는 토지양도인이 납부한 양도소득세액의 50퍼센트를 환급하여 줌으로서 실질적으로 그 환급액에 상당하는 양도소득세액의 감면혜택을 주겠다는 것에 있는 점(당원 1984.1.24. 선고 83누346판결 참조, 동 판결에서는 일정한 경우, 자진납부할 당해 양도소득세액에서 당해 환급세액 상당액을 공제하고 납부할 수 있음을 긍정하고 있다)등을 종합하여 보면 원고의 이 사건 환급신청행위는 논지의 지적과 같이 그 신청방식에 있어서는 하자가 있다고 할 것이나 실질적인 요건을 갖추었다고 할 것이어서 그 효력은 인정되어야 할거시니 판시이유에 다소 미흡한 바는 있으나 결국 같은 취지의 원심의 판단은 정당하게 수긍이 되고 다른 견해를 내세워 이를 탓하는 논지는 이유없다.
 2. 상고이유 제2점을 본다.
소득세법 제23조 제1항 제2호,동시행령 제44조 제4항 제2호에 의하여 양도소득세과세대상의 하나로 규정되어 있는 "부동산을 취득할 수 있는 권리"에는 그 규정내용이나 취지로 보아서 이 사건 미완성건물과 같이 건축중에 있는 건물이나 그 양도에 부수하여 이전되는 건축공사도급계약상의 지위 및 건축허가상의 지위 등을 현실적으로 양도하는 경우는 포함되지 아니한다할 것이니, 원심이 같은 취지로 판단하였음은 정당하고 거기에 지적하는 바와 같은 법리오해나 심리미진의 위법이 있다고 할 수 없어 이 점에 관한 논지는 이유없다.
 3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 김주한(재판장) 배석 김상원

가. 철골공사만 되어 있는 구조물이 정착된 토지가 구 소득세법(1981.12.31. 법률 제3472호로 개정되기 전의 것)상 양도소득세의 환급대상인 실수요토지에서 제외되는지 여부(소극)
나. 신청방식에 하자가 있으나 실질적인 요건을 갖춘 양도소득세환급신청이라고 본 사례
다. 건축공사도급계약 및 건축허가상의 지위의 양도가 양도소득세과세대상인 "부동산을 취득할 수 있는 권리"의 양도에 해당하는지 여부(소극)

가. 양도소득세의 환급을 받을 수 있는 실수요토지의 양도에 해당하지 않는 토지로서구 소득세법(1981.12.31. 법률 제3472호로 개정되기 전의 것) 시행령 제130조의3 제2항 제1호 소정의 "건축물이 정착되어 있는 토지"의 건축물이라 함은 건축법에 의한 건축물을 말하고건축법 제2조 제2호의 규정과 실수요토지양도에 있어서의 양도소득세환급에 관한 구 소득세법 규정의 취지를 종합하면, 최소한의 지붕 및 기둥 또는 벽이 형성된 구조물을 말한다 할 것이므로 지하 4층 지상 14층 연면적 11,509.12평방미터의 철골철근콘크리트조 건물을 신축함에 있어 지하4층 및 지상 12층까지의 철골공사만이 이루어진 구축물(당시 28.5퍼센트의 공정진행)은 위 건축물에 해당한다고 볼 수 없다.
 나. 토지양도인이 과세표준확정신고를 하면서 장래 그 토지상의 건축물이 준공되면 양도소득세를 환급받을 수 있는 금액을 신고서식의 감면세액란에 기재하고 그 금액을 산출세액에서 공제하여 신고, 납부하였을 뿐이고, 그 이외에구 소득세법시행령 제130조의3 제4항이 요구하는 환급신청서나 그 첨부서류를 구비한 바가 없었더라도 위 신고납부를 통하여 환급신청의 의사표시는 분명히 표시된 것으로 볼 수 있고, 관할 세무서장이 위 소득세확정신고대로 일단 이를 수리하여 환급(세액공제)결정하여 받아들였으며 양도인이 그 토지의 양도에 관하여 실질적으로구 소득세법 제78조의3 제3항,같은법시행령 제130조의3 제3항,제4항에 따른 실수요토지의 양도요건을 갖추었고 환급신청서에 첨부하여 증명할 사실인 건물의 준공사실 및 양도소득세의 실액(환급세액공제분)을 완납하였다면, 토지양도인의 위 환급신청행위는 그 신청방식에 있어서는 하자가 있으나 실질적인 요건을 갖추었다고 할 것이어서 그 효력이 인정되어야 한다.
 다.소득세법 제23조 제1항 제2호,동시행령 제44조 제4항 제2호에 의하여 양도소득세과세대상의 하나로 규정되어 있는 "부동산을 취득할 수 있는 권리"에는 그 규정내용이나 취지로 보아서 미완성건물과 같이 건축 중에 있는 건물이나 그 양도에 부수하여 이전되는 건축공사도급계약 및 건축허가상의 지위 등을 현실적으로 양도하는 경우는 포함되지 않는다.