산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 취득하여 감면받은 후 2년이상 직접사용하지 아니하고 현물출자 한 경우 추징대상인지 및 가산세 부과처분에 대한 정당한 사유가 있는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2018.09.13 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용은 상고인 각자가 부담한다.
【이유】

1. 원고의 상고에 대하여

원심판결과 상고이유를 살펴보면, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호의 사유를 포함하지 아니하거나, 제3항 각 호에 해당한다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 한다.
2. 피고의 상고에 대하여

피고가 제출한 상고장에 상고이유의 기재가 없고, 또 법정기간 내에 상고이유서를 제출하지 아니하였으므로(상고이유서는 기간 경과 후인 2018. 7. 4.에 접수되었다), 민사소송법 제429조,행정소송법 제8조제2항, 상고심절차에 관한 특례법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 한다.
3. 결론

그러므로 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-부산고등법원 2018. 5. 9. 선고 (창원)2017누11766 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.
피고가 2016. 8. 5. 원고에 대하여 한 취득세 78,529,060원, 지방교육세 5,444,570원, 농어촌특별세 4,091,660원의 부과처분 중 취득세 가산세 23,720,940원, 지방교육세 가산세 1,120,990원, 농어촌특별세 가산세 772,650원 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

가. 원고는 2006. 1. 24.부터 ‘○○○’이라는 상호로 전자부품 제조업을 영위하던 개인사업자이다.
나. 원고는 2011. 9. 16.경 (주소생략) 공장용지 3,306.5㎡를 취득한 후 위 토지 지상에 2012. 10. 12.경 건물 1,257.6㎡를, 2014. 1. 8.경 건물 936㎡를 각 신축하였다(이하 위 토지 및 건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다).
다. 원고는 피고에게 이 사건 부동산이 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다)에 의하여 산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로 취득세 등 감면신청을 하여 피고로부터 취득세를 면제받았다.
라. 원고는 2014. 4. 30. 당시 원고를 발기인으로 하여 설립 중인 회사였던 주식회사 ○○○(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)에 ‘원고가 이 사건 부동산을 비롯한 ○ㅍ○ 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 현물출자하고 그 대가로 현물출자가액에 상당하는 이 사건 법인의 주식을 취득한다’는 내용의 현물출자계약을 체결한 후, 2014. 6. 2. 이 사건 법인을 설립하여 162,460주(100%)를 취득하고, 2014. 6. 10. 이 사건 부동산에 관하여 이 사건 법인 앞으로 현물출자를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
마. 피고는 원고가 사용일로부터 2년 이상 이 사건 부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하였다는 이유로, 2016. 5. 18. 원고에게「지방세특례제한법」제78조제5항 제2호에 따라 취득세를 부과할 예정임을 고지하였다.
바. 원고는 2016. 6. 9. 경상남도지사에게 과세전적부심사청구를 하였으나, 2016. 7. 14. 불채택되었다.
사. 피고는 2016. 8. 5. 원고에 대하여 아래 표 기재와 같이 취득세 78,529,060원(= 54,808,120원 + 23,720,940원), 지방교육세 5,444,570원(= 4,323,580원 + 1,120,990원), 농어촌특별세 4,091,660원(= 3,319,010원 + 772,650원)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
아. 원고는 2016. 11. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 3. 2. 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 제7호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.
3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 추징사유의 존부에 대한 판단

1) 원고의 주장

원고는 이 사건 부동산만을 현물출자한 것이 아니라 영업을 출자함으로써 원고 개인사업체의 모든 권리와 의무를 포괄승계하여 이 사건 법인을 설립하였는데, 이처럼 법인전환을 하는 과정에서 현물출자한 경우는 특정승계를 전제로 한 ‘매각’에 해당하지 않는다. 또한 이 사건 법인이 이 사건 부동산을 여전히 산업용 건축물 용도로 사용하고 있으므로, 원고가 이 사건 부동산을 ‘직접 사용하지 않거나 다른 용도로 사용’한 경우로 볼 수 없다.
2) 판단

가) 구「지방세특례제한법」제78조제4항 2.의 가.목은 ‘산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014. 12. 31.까지 취득세를 면제한다’고 규정하고 있고(이하 ‘이 사건 면제조항’이라 한다), 같은 조 제5항은 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(제1호), 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(제2호) 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다’고 규정하고 있으므로(이하 ’이 사건 추징조항‘이라 한다), 이 사건 면제조항에 의해 취득세를 면제받은 자가 산업용 건축물 등을 ’직접 사용 *주1) ‘한 기간이 2년 미만인 상태에서 ’매각·증여‘하거나 ’다른 용도로 사용‘하는 경우 이 사건 추징조항에서 정한 요건을 충족한다.
나) 이 사건 각 조항의 체계, 문언 및 입법취지 등을 모두 종합하여 보면, 이 사건 추징조항에서 정한 ‘매각’에는 ‘현물출자’도 포함되며, 원고가 이 사건 부동산을 취득하고 그에 따른 취득세 등을 면제받은 후 사용일인 2012. 10. 12.부터 2년 이내인 2014. 6. 10. 이 사건 법인에 현물출자하여 이 사건 부동산을 직접 사용하지 않게 된 이상 이 사건 추징조항에서 정한 추징사유가 발생하였다고 봄이 타당하다. 원고의 주장 중 추징사유가 존재하지 않는다는 부분은 이유 없다. 판단 근거는 다음과 같다.
① 이 사건 각 조항의 입법취지는 산업단지에 산업용 건축물을 건축하는 경우 취득세를 면제함으로써 산업단지 내 기업 입주를 촉진하여 공장 운영 등 산업활동을 장려함과 아울러, 단기간 내에 부동산을 처분하거나 다른 용도로 사용하여 산업활동에 제공하지 않는 경우 면제된 취득세를 추징함으로써 부동산의 시세차익을 노리는 행위나 세제상의 혜택만 활용하고 산업활동에 사용하지 않는 행위를 억제하려는 것이다.
② 위와 같은 입법취지에 따라 이 사건 추징조항은 "해당 용도로 ‘직접 사용’한 기간이 2년 미만인 상태"와 결부하여 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 추징요건으로 정하고 있는바, ‘직접 사용’은 취득세를 면제받은 자가 그 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 이를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것을 의미하는데(대법원 2015.3.26. 선고 2014두43097 판결, 헌법재판소 2018. 1. 25. 선고 2015헌바277 전원재판부 결정 참조), 취득세를 면제 받은 자가 그 부동산의 소유권을 다른 사람에게 이전 하는 등 처분하게 되면 더 이상 ‘직접 사용’한다고 할 수 없으므로, 그 규정 체계와 내용상 ‘매각·증여’는 직접 사용을 불가능하게 하는 사유로서 소유자 지위의 변경을 가져오는 다양한 형태의 처분이 포섭될 수 있음을 전제하고 있다. 즉 ‘매각·증여‘는 ’직접 사용‘과 함께 추징요건을 구성하여 직접 사용을 불가능하게 하는 사유로서 소유자 지위의 변경을 가져오는 이전행위를 전제로 하고 있는 것이다.
③ 구「지방세특례제한법」제2조제2항 본문은 ‘이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 지방세기본법과 지방세법에서 정하는 바에 따른다.’고 규정하고 있으나, ‘매각’의 의미에 관하여 지방세특례제한법은 물론 지방세기본법, 지방세법에도 달리 정함이 없으므로[구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1호는 취득세에서 사용하는 용어인 ‘취득’이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득, 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다고 규정하고 있을 뿐, 매각이라는 용어를 사용하거나 이를 정의한 것은 아니다], 매각의 사전적 의미, 법률적인 용례 등에 앞서 본 이 사건 각 조항의 입법취지를 종합하여 매각을 해석할 수밖에 없다. 매각의 사전적 의미는 ‘물건을 팔아 버린다는 것’이고, 법률적으로는 ‘매매 등의 법률행위나 경매 등 법률의 규정에 따른 유상성이 있는 원인(법률요건)에 의해 처분이라는 법률효과가 발생한 결과’를 의미하는 것인데, 현물출자는 부동산 등 출연하는 현물의 가치를 평가하여 그 대가로 주식을 교부받는 것이어서 매각과 실질에 있어서 차이가 없으므로, 현물출자도 ‘매각’에 포함된다고 해석 가능하다(헌법재판소 2018. 1. 25. 선고 2015헌바277 전원재판부 결정 참조).
뒤에서 보는 바와 같이 국유재산법에서 매각과 현물출자를 구분하여 사용하는 용례가 있기는 하지만, 지방세특례제한법, 지방세기본법, 지방세법과는 규율의 대상과 목적을 달리하는 법률이므로, 국유재산법의 용례만으로는 위와 같은 해석에 장애가 되지 않는다.
④ 지방세특례제한법은 자경농민의 농지에 대한 감면(제6조), 임대주택에 대한 감면(제31조) 등 여러 개별적인 감면조항과 그에 따른 추징조항을 두고 있고, 추징에 관한 특별한 규정이 없는 경우[농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면(제14조) 등]에 적용되는 일반적인 추징조항으로서「지방세특례제한법」제178조를 두고 있으며, 위 각 감면조항 및 추징조항은 이 사건 면제조항 및 추징조항과 같은 문언을 사용하고 있으므로 동일하게 해석하여야 한다. 위 각 감면조항 및 추징조항의 입법취지와 목적 등을 모두 고려하면 위 각 규정 중 자경농민, 귀농인이 직접 경작하거나 농지를 조성할 목적으로 취득한 농지, 임야를 현물출자하거나(제6조 제1항, 제4항) 임대주택을 현물출자하는 경우(제31조 제2항, 제4항) 또는 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위해 취득한 부동산을 현물출자하는 경우(제14조, 제178조,대법원 2015.3.26. 선고 2014두43097 판결참조) 등은 ‘매각’에 해당하여 추징대상이 된다고 봄이 상당한바, 이 사건 추징조항만 위 각 추징조항과 달리 해석할 근거가 없다.
⑤ 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 신설된 것) 제58조의3 제7항은 창업중소기업 등이 취득한 부동산에 대해 감면받은 취득세를 ‘취득일부터 3년 이내에 매각·증여하는 경우’, ‘최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하는 경우’ 추징할 수 있도록 규정하면서 창업중소기업 등이 법인전환 과정에서 취득한 부동산에 대해서는 추징대상에서 제외하는 것으로 규정하였는데(위 제7항 단서), 법인전환 과정에서 이루어진 현물출자가 ‘매각’에 해당하지 않는다면 위 제7항 단서규정을 둘 필요가 없다. 위 규정도 현물출자가 매각에 해당함을 전제로 하고 있다.
⑥ 원고는 이 사건 부동산만을 현물출자한 것이 아니라 영업을 출자함으로써 원고 개인사업체의 모든 권리와 의무를 포괄승계하여 이 사건 법인을 설립하였으므로, ‘매각’에 해당하지 않는다는 취지의 주장도 하고 있다. 그러나 영업의 출자라 함은 일정한 영업목적에 의하여 조직화된 업체 즉 인적·물적 조직을 그 동일성을 유지하면서 일체로서 출자하는 것을 말하는바, 영업의 양도는 아니지만 출자의 목적이 된 영업의 개념이 동일하고 법률행위에 의한 영업의 이전이라는 점에서 영업의 양도와 유사한데(대법원 1996.7.9. 선고 96다13767 판결등 참조), 영업출자가 이루어진 경우라고 하더라도 상속이나 합병 등과 같이 당사자 지위의 승계가 이루어지는 것은 아니고, 출자자와 영업출자를 받은 회사가 별개의 법인격을 갖는 권리주체인 점에서는 일반적인 현물출자와 차이가 없으며, 영업출자의 경우에도 영업양도와 마찬가지로 출자되는 개별 재산에 관해서는 특정승계 방식에 따라 이전이 이루어지게 되므로(( 참조), 영업출자에 따라 현물출자가 이루어진 경우를 개별 부동산에 대해 현물출자가 이루어진 경우와 달리 볼 수 없다.
⑦ 그 밖에 원고는 이 사건 법인이 이 사건 부동산을 여전히 산업용 건축물 용도로 사용하고 있으므로, 원고가 이 사건 부동산을 ‘직접 사용하지 않거나 다른 용도로 사용’한 경우로 볼 수 없다는 취지의 주장도 하나, 원고가 이 사건 부동산을 이 사건 법인에 현물출자한 것이 매각에 해당함은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 추징조항의 요건을 갖추었다. 나아가 이 사건 면제조항에 따른 취득세 면제 요건의 구비 여부나 이 사건 추징조항에 따른 추징사유의 존부는 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단하여야 하고, 이 사건 추징조항에서 정한 ‘직접 사용’은 취득세를 면제받은 자가 그 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 이를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것을 의미하는데(대법원 2015.3.26. 선고 2014두43097 판결,대법원 2015.6.11. 선고 2015두37037 판결참조), 원고로부터 이 사건 부동산을 현물출자 받은 이 사건 법인은 원고와는 별개의 법인격을 갖는 권리주체로서 부동산을 소유하게 되므로, 더는 원고가 부동산을 ‘직접 사용’하는 것으로 평가할 수도 없다.
나. 이 사건 처분 중 가산세 부과처분의 적법 여부

1) 원고는 조세특례제한법 등이 개인사업자의 법인전환을 장려하는 규정을 두고 있고, 과세관청이 법인전환을 위해 현물출자가 이루어진 이 사건과 같은 경우에 추징대상이 아니라는 태도를 장기간 취해 왔음에도 그 입장을 번복하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하다고 주장하고 있는바, 이러한 원고의 주장에는 원고가 취득세를 신고·납부함에 있어 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어서 이 사건 처분 중 가산세 부과 부분은 위법하다는 주장도 포함되어 있다고 봄이 상당하다.
2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결,대법원 2016.10.27. 선고 2016두44711 판결등 참조).
3) 위 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합해 보면, 원고가 이 사건 부동산에 관하여 취득세를 신고·납부하지 아니한 데에는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 처분 중 취득세 가산세 23,720,940원, 지방교육세 가산세 1,120,990원, 농어촌특별세 가산세 772,650원의 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 원고의 주장은 위 범위 내에서 이유 있다.
① 이 사건 추징조항에서 정한 ‘매각’에 현물출자도 포함되는 점은 앞서 본 바와 같지만, ‘매각’은 매매를 원인으로 한 처분이나 경매, 공매절차에서의 처분에 주로 사용되고 있고, 현물출자를 매각으로 표현하는 경우는 드물다. 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1호는 취득세에서 사용하는 용어인 ‘취득’이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득, 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다고 규정하고, 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항은 양도소득세에서 사용하는 용어인 ‘양도’란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 경우를 말한다고 규정하여 매매·매도와 현물출자를 구분하고 있다. 특히 국유재산법 제2조 제4호는 ‘처분’이란 매각, 교환, 양여, 신탁, 현물출자 등의 방법으로 국유재산의 소유권이 국가 외의 자에게 이전되는 것을 말한다고 규정하여 매각과 현물출자를 구분하고 있기도 하다. 이러한 상황이라면 납세의무자로서는 현물출자는 ‘매각’에 해당하지 않는다고 오인할 여지가 충분히 있으며, 이러한 오인이 단순히 납세의무자의 법률의 부지나 오해로 인한 것이라고만 할 수는 없다.
② 구 지방세특례제한법이 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정되기 전에 산업단지 등에 대한 지방세 감면과 그에 대한 추징에 관해 규정하고 있던 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다)은 취득세 등을 면제받은 자가 ‘정당한 사유 없이 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우’ 취득세 등을 추징할 수 있도록 규정하고 있었고(제276조 제1항), 이에 관해 행정자치부는 법인전환을 위해 현물출자하는 경우는 정당한 사유가 있어 추징사유가 되지 않는다는 유권해석을 한 바 있었으며(행정자치부 ‘세정 13407-118 2002. 2. 2.’), 정당한 사유가 있더라도 ‘직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여한 경우’ 추징할 수 있도록 규정한 구 지방세특례제한법이 제정된 뒤에도 과세관청은 한동안 ‘현물출자’가 이루어진 경우는 추징대상에서 제외해 왔던 것으로 보이며, 이 사건과 동일한 쟁점의 취득세부과처분 취소 사건이 상당수 존재하는 점에 비추어 산업단지에 입주한 개인사업자들은 취득세를 면제받은 부동산을 법인전환 과정에서 현물출자 하더라도 취득세 추징대상이 아니라고 판단하고 법률행위를 하여 온 것으로 보인다.
③ 조세특례제한법 제32조 등은 개인사업자가 자산을 현물출자하거나 사업 양도·양수 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우에 세제상의 혜택을 주고 있는데, 원고는 법인전환을 위한 목적에서 이 사건 부동산을 현물출자하여 이 사건 법인의 주식 100%를 취득한 후 이 사건 법인을 운영하고 있고, 이 사건 법인은 이 사건 부동산을 당초의 산업용 건축물의 용도로 계속 사용하고 있다.
4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 가산세 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 위 부분의 취소를 명하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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*주1) 위 규정과 같이 이 사건 면제조항의 ‘직접 사용’에는 공장용 건축물을 건축하여 중소기업자에게 임대하는 경우도 포함된다. 이하에서 설시하는 ‘직접 사용’은 이를 전제로 한 것이다.
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【하급심-창원지방법원 2017. 10. 31. 선고 2017구합5156 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 1. 24.부터 ‘○○○’이라는 상호로 전자부품 제조업을 영위하였던 개인사업자이다.
나. 원고는 2011. 9. 16. 및 2012. 10. 12. (주소생략) 대 3,306.5㎡를 취득한 후 2014. 1. 8. 위 토지 지상에 건물 2,193.66㎡(이하 위 토지 및 건물을 합쳐서 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 신축하였다.
다. 원고는 피고에게 이 사건 부동산이 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의하여 산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 신축하려는 자가 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로 취득세 등 감면신청을 하여 피고로부터 취득세 등을 면제받았다.
라. 원고는 2014. 4. 30. 이 사건 부동산을 주식회사 ○○○(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)에 현물출자하여 위 법인으로부터 162,460주(100%)의 주식을 취득하고, 2014. 6. 10. 위 법인 앞으로 현물출자를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다(이하 ‘이 사건 현물출자’라 한다).
마. 피고는 원고가 사용일로부터 2년 이상 이 사건 부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하였다는 이유로, 2016. 5. 18. 원고에게 구「지방세특례제한법」제78조제5항 제2호에 따라 취득세 등을 부과한다고 과세예고를 하였다.
바. 원고는 2016. 6. 9. 경상남도지사에게 과세전적부심사청구를 하였으나, 2016. 7. 14. 불채택되었다.
바. 피고는 2016. 8. 5. 원고에 대하여 취득세 78,529,060원, 지방교육세 5,444,570원, 농어촌특별세 4,091,660원의 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
사. 원고는 2016. 11. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 3. 2. 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재(가지번 호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.
3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 원고가 산업단지 내 부동산을 취득한 후 이를 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 법인전환을 목적으로 위 부동산을 현물출자한 경우 구「지방세특례제한법」제78조제5항에서 정한 추징요건에 해당하는지 여부이다.
나. 원고의 주장

원고는 이 사건 부동산을 현물출자하여 개인사업체를 법인으로 전환하였는데, 이 사건 법인은 개인사업체의 모든 물적 자산을 포괄승계하여 이 사건 부동산을 산업용 건축물 용도로 사용하고 있으므로, 이 사건 현물출자가 구「지방세특례제한법」제78조제5항에서 정한 추징요건에 해당한다고 볼 수 없다.
다. 판단

1) 구「지방세특례제한법」제78조제4항은 "산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014. 12. 31.까지 취득세를 면제한다."고 규정하고 있고(이하 ‘이 사건 면제조항’이라 한다), 제78조 제5항은 "정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다."고 규정하고 있다(이하 ’이 사건 추징조항‘이라 한다).
한편 구「지방세특례제한법」제2조본문은 "이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 지방세기본법에서 정하는 바에 따른다."고 규정하고 있으나, 이 사건 추징규정에 의한 추징사유인 ‘매각’이나 ‘증여’의 의미에 대하여 지방세특례제한법은 물론 지방세기본법, 지방세법에도 달리 정함이 없고, 다만 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1호에서 취득세에서 사용하는 용어인 취득의 뜻으로 ‘매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득’을 규정하고 있다. 또한 민법 제563조는 매매에 대하여 "당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다."고 규정하고 있다.
2) 이 사건 면제조항에 따른 취득세 면제 요건의 구비 여부나 이 사건 추징조항에 따른 추징사유의 존부는 특별한 사정이 없는 한 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단하여야 하는데(대법원 2014. 3. 27. 선고 2011두11549 판결), 위 각 규정 형식과 내용에 더하여 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 이 사건 부동산을 이 사건 법인에 현물출자한 경우에도 이 사건 추징조항에서 정한 추징요건에 해당한다고 봄이 상당하다.
가) 산업단지 안에 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세 등을 면제하는 입법취지는 산업단지를 조성 입주하여 산업용 건축물 등을 건축하는 경우 취득세 등을 면제함으로써 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위한 것이고, 아울러 그 단서에서 감면된 취득세 등을 추징하기로 한 것은 토지 취득자에게 조속한 공장건립과 영업 착수를 독려함과 아울러 공장 건립 외에 부동산의 시세차익을 노리거나 기타 세제상의 혜택만을 활용하고 그 용도를 변경하는 등을 제재하기 위한 목적도 함께 있다. 예를 들면, 이 사건에서 원고에게 취득세 등을 추징할 수 없다고 하면, 이 사건 법인이 이 사건 부동산을 제3자에게 취득세 면제 후 2년 이내에 매각하는 경우에 이를 이유로 원고에게 취득세를 추징하는 것은 조세법률주의 원칙에 의하여 불가능하므로, 조세 사각지대가 발생한다.
나) 원고와 이 사건 법인은 별개의 법인격을 갖는 권리주체에 해당하므로, 이 사건 법인이 이 사건 부동산을 산업용 건축물 용도로 사용하고 있다고 하여 원고가 이를 같은 용도로 직접 사용하고 있다고 평가할 수는 없다. 그리고 만약 원고가 설립된 법인에 대한 주식 지분을 적게 배당받아 경영권을 행사할 수 없는 경우에는 부동산의 사용에 사실상 관여할 수 없게 된다.
다) 이 사건 추징요건에서 매각·증여와 같이 유상 또는 무상으로 소유권이 이전된 경우를 추징사유의 하나로 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 위 추징요건에서 정한 매각의 의미는 상대방에게 재산을 이전하여 주고 그 대가로 대금을 받은 매매 뿐만 아니라, 재산권을 이전하여 주고 어떠한 형태로든지 대가를 취득하는 특정승계와 사업양수도와 같은 포괄승계도 모두 포함하는 개념이다. 또한 개인사업자가 현물출자를 하여 법인을 설립하면 법인은 개인사업자에게 주식을 발행·교부하게 되어 현물출자와 주식의 교부는 대가관계에 있게 된다. 그러므로 원고는 이 사건 법인에게 이 사건 부동산을 현물출자하여 주식을 교부받음으로써 이 사건 부동산을 매각한 것이다.
라) 원고는 개인사업자가 법인으로 전환하는 것은 국가의 시책에 부합하므로 취득세는 계속하여 면제되어야 한다고 주장하는데, 원고가 개인사업체를 운영할 경우 그가 소유한 재산으로 무한책임을 지는 반면에 법인전환으로 인하여 원고는 영업으로 인한 직접 책임에서 벗어나게 되고, 이 사건 부동산에 대한 조세 등 부담도 법인에게 전가하는 등의 경제적·법적인 이득을 가지게 되므로, 원고는 법인과는 별개의 법인격체로서 평가되어야 하고, 이러한 측면에서는 원고가 이 사건 부동산을 사실상 종전 용도대로 직접 사용한다고도 볼 수 없어, 원고의 이 부분 주장은 부당하다.
마) 원고는 2016. 12. 27.「지방세특례제한법」제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) 제7항에서 법인전환의 경우 경감된 추징대상에서 제외한다는 단서규정을 신설하였으므로, 위 규정을 유추하여 이 사건 추징조항에서 법인전환의 경우를 제외하여야 한다는 취지로 주장하나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이므로, 이 사건 추징조항에서 법인전환의 경우 추징대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 이상 이를 함부로 유추적용 할 수는 없다.
3) 결국 원고가 이 사건 부동산을 취득하고 그에 따른 취득세 등을 면제받은 후 그 사용일로부터 2년 이내에 현물출자하여 이 사건 부동산을 사용하지 않게 된 이상 이 사건 추징조항에서 정한 추징사유가 발생하였다고 봄이 상당하므로, 피고의 이 사건 처분은 적법하다.
4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

② 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 「지방세기본법」과 「지방세법」에서 정하는 바에 따른다. 다만, "제3장 지방소득세 특례"에서 사용하는 용어의 뜻은 「지 방세기본법」및 「지방세법」에서 정하는 경우를 제외하고 「조세특례제한법」제2조에서 정하는 바에 따른다.
제78조(산업단지 등에 대한 감면)

①「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업 기술단지 지원에 관한 특례법」제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50 을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산 업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취 득세 및 재산세를 추징한다.
④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1. 대상 지역

가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다.「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12 월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100 분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하 는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■ 지방세특례제한법

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다 만,「조세특례제한법」제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 "중소기업간 통합"이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 "법인전환"이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.
1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하 는 경우

2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각·증여하는 경우

3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용 하거나 매각·증여하는 경우

■ 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것)

제6조(정의)

1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수 면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승 계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.
■ 민법

제563조(매매의 의의) 매매는 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다. 끝.

산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로 감면을 받은 후 2년이상 직접사용하지 아니하고 타법인에게 현물출자한 경우 ‘직접 사용’하는 것으로 볼 수 없다. 다만, 납세의무자로서는 현물출자는 ‘매각’에 해당하지 않는다고 오인할 여지가 충분히 있으며, 이러한 오인이 단순히 납세의무자의 법률의 부지나 오해로 인한 것이라고만 할 수는 없으므로 정당한 사유가 있다.