원고가 이 사건 부동산을 종교용도에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2023.12.14 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
종합부동산세
【주문】
1. 이 사건 소 중 2020년 귀속 재산세, 도시지역분, 지방교육세 부과처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.
2. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 모두 기각한다.
3. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

▣청 구 취 지

1.피고 서울특별시 강서구청장이 원고에게 한2020. 9. 10.자2020년 귀속 재산세14,759,700원,도시지역분4,202,710원,지방교육세2,951,940원의 부과처분 및2021. 9. 10.자1)2021년 귀속 재산세11,865,930원,도시지역분3,392,450원,지방교육세2,373,180원의 부과처분을 모두 취소한다.
2.피고 강서세무서장이2021. 11. 29.2)원고에게 한2021년 귀속 종합부동산세31,424,590원 및 농어촌특별세6,284,918원의 부과처분을 취소한다.
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주1)원고는 소장의 청구취지란에2021년 귀속 재산세 등 부과처분의 처분일을“2022. 1. 10.”로 기재하였으나,갑 제2호증의1의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 피고 서울특별시 강서구청장은2021. 9. 10.원고에게2021년 귀속 재산세 등을 부과하였다가2022. 1. 10.그 세액의 일부를 감액하는 감액경정을 한 것으로 보이는바,위 부과처분의 처분일은2021. 9. 10.로 보이므로,원고의 청구취지를 위와 같이 선해한다.
주2)원고는 소장의 청구취지란에2021년 귀속 종합부동산세 등 부과처분의 처분일을“2022. 3. 2.”로 기재하였으나,갑 제2호증의2의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 피고 강서세무서장은2021. 11. 29.원고에게2021년 귀속 종합부동산세 등을 부과하였다가2022. 3. 2.그 세액의 일부를 감액하는 감액경정을 한 것으로 보이는바,위 부과처분의 처분일은2021. 11. 29.로 보이므로,원고의 청구취지를 위와 같이 선해한다.
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▣이 유

1.처분의 경위

가.원고의 대표자인○○○은2018. 8. 9.서울 강서구○○동○○대1,006㎡(이하‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여2018. 6. 19.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고,원고는2020. 3. 10.이 사건 토지에 관하여2020. 1. 19.자 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
나.원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 이 사건 토지에는 무허가건축물인 지하2층,지상4층의 건물(이하‘이 사건 건물’이라 한다)이 위치하고 있었다.
다.피고 서울특별시 강서구청장(이하‘피고 강서구청장’이라 한다)은2020년 귀속 재산세의 과세기준일인2020. 6. 1.당시 원고가 이 사건 건물3층, 4층에서 교회를 운영하여 종교시설로 사용 중임을 확인하였고,이에 이 사건 토지 중 이 사건 건물3, 4층의 부속토지에 해당하는 부분에 대해서는 지방세특례제한법 제50조 제2항 본문을 적용하여 재산세를 면제하였으나,이 사건 토지의 나머지 부분에 대해서는 위 규정이 적용되지 않는다고 보아2020. 9. 10.원고에게2020년 귀속 재산세14,759,700원,도시지역분4,202,710원,지방교육세2,951,940원을 부과하였다(이하‘이 사건1차 재산세 부과처분’이라 한다).
라.피고 강서구청장은 다음 해인2021. 9. 10.역시 원고에게 이 사건 토지 중 이 사건 건물3, 4층의 부속토지를 제외한 나머지 부분에 관하여2021년 귀속 재산세,도시지역분,지방교육세를 부과하였으나,원고가 이 사건 건물2층도 종교시설로 사용하고 있다는 취지의 소명자료를 제출하자 이를 반영하여 이 사건 건물2층의 부속토지에 해당하는 부분에 대해서도 지방세특례제한법 제50조 제2항 본문에 따라 재산세를 면제하기로 하였고,이에2022. 1. 10.원고에게 이 사건 토지 중 이 사건 건물2, 3, 4층의 부속토지를 제외한 나머지 부분(이하‘쟁점 과세대상 토지’라 한다)에 관하여 재산세11,865,930원,도시지역분3,392,450원,지방교육세2,373,180원을 부과하는 것으로 감액경정을 하였다(이하 위와 같이 감액된2021. 9. 10.자 재산세 등 부과처분을‘이 사건2차 재산세 부과처분’이라 한다).
마.피고 강서세무서장은 위와 같은 재산세 과세자료를 통보받고2021. 11. 29.원고에게 이 사건 토지 중 이 사건 건물3, 4층의 부속토지를 제외한 나머지 부분에 관하여2021년 귀속 종합부동산세50,078,770원 및 농어촌특별세10,015,750원을 부과하였으나,위 라.항과 같은 재산세 감액경정을 반영하여2022. 3. 2.원고에게 쟁점 과세대상 토지에 관하여2021년 귀속 종합부동산세31,424,590원 및 농어촌특별세6,284,918원을 부과하는 것으로 감액경정을 하였다(이하 위와 같이 감액된2021. 11. 29.자 종합부동산세 등 부과처분을‘이 사건 종합부동산세 부과처분’이라 한다).
바.원고는2022. 1. 25.조세심판원에 이 사건2차 재산세 부과처분 및 이 사건 종합부동산세 부과처분의 취소를 구하는 각 심판청구를 하였으나,조세심판원은2022. 9. 29.및2022. 12. 14.위 각 심판청구를 기각하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지5호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함,이하 같다),을가 제1호증,을나 제1, 2호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 소 중 이 사건1차 재산세 부과처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

가.피고 강서구청장의 본안전항변

원고는 이 사건1차 재산세 부과처분에 대해서 전심절차를 거친 바가 없으므로,이 사건 소 중 이 사건1차 재산세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.
나.판단

1)구 지방세기본법(2023. 3. 14.법률 제19229호로 개정되기 전의 것)제98조 제3항,제91항은 필요적 전치주의를 규정하고 있으므로,지방세기본법 또는 지방세관계법에 따른 처분에 대한 행정소송은 심판청구 또는 심사청구를 거치지 않으면 제기할 수 없다.
또한 재산세는 보유하는 재산에 담세력을 인정하여 과세하는 수익세적 성격을 지닌 보유세로서 그 납세의무는 당해 재산을 보유하는 동안 매년 독립적으로 발생하는 것이고 그에 대한 종전 부과처분과 후행 부과처분은 각각 별개의 처분에 해당하고,납세의무자와 과세대상물건이 동일하다고 하더라도,매년 과세대상물건의 가액의 변동에 따라 그 과세표준 등이 달라질 가능성이 있으므로,매 년의 재산세에 대하여는 각각 별도의 전심절차를 거쳐야 한다(대법원1994. 11. 8.선고94누4653판결 참조).
2)그런데 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면,원고는 이 사건2차 재산세 부과처분 및 이 사건 종합부동산세 부과처분에 대하여만 조세심판원에 심판청구를 하였을 뿐,이 사건1차 재산세 부과처분에 대한 심판청구 또는 심사청구 절차를 거치지 않은 채 이 사건 소를 제기한 사실이 인정된다.따라서 이 사건 소 중 이 사건1차 재산세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 전심절차를 거치지 아니한 것으로서 부적법하고,이를 지적하는 피고 강서구청장의 위 본안전항변은 이유 있다.
3.이 사건2차 재산세 및 종합부동산세 부과처분의 적법 여부

가.원고의 주장

원고는 종교활동을 목적으로 이 사건 토지를 취득하였는데,당시 불법점유자들이 이 사건 건물을 점유하고 있었고,이에 원고는 소송 등을 통하여 이 사건 건물의 점유를 회복하여 이 사건 건물2, 3, 4층은 물론 이 사건 건물1층의9개 점포 중2개 점포,지하1, 2층도 교회 시설로 사용하여 왔다.이처럼 원고는 이 사건 토지를 실질적으로 종교활동을 위한 목적으로만 사용하였을 뿐 다른 목적이나 수익활동을 위하여 사용한 사실이 전혀 없다.그런데도 피고들은 이 사건 건물에 대한 정확한 점유관계 및 사용현황을 파악하지 않고 이 사건 건물1층,지하1, 2층이 종교시설로 사용되고 있지 않다고 판단하여 쟁점 과세대상 토지에 대한 재산세 및 종합소득세를 부과하였으므로,이 사건2차 재산세 및 종합부동산세 부과처분은 비례의 원칙,조세평등주의,실질과세의 원칙,근거과세의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다.
나.관계 법령

별지 기재와 같다.
다.판단

1)관련 규정 및 법리

지방세특례제한법 제50조 제2항 본문은‘종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(재산세 도시지역분을 포함한다)를 면제한다’고 규정하고 있고,다만 같은 항 단서에서‘수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다’고 규정하고 있다.
재산세 또는 종합소득세 과세 대상이 된 토지가 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 원고에게 입증책임이 있다(대법원1996. 4. 26.선고94누12708판결 참조).
2)구체적 판단

그런데 앞서 든 증거들과 갑 제18, 19호증,을가 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면,원고가 제출한 증거만으로는2021년 귀속 재산세 및 종합소득세의 과세기준일인2021. 6. 1.당시 이 사건 건물1층,지하1, 2층이 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용되고 있었다고 인정하기에 부족하고,달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.따라서 쟁점 과세대상 토지가 재산세 및 종합소득세 면제대상이라고 볼 수 없으므로,이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 이유 없다.
가)서울특별시 강서구청의 세무 담당 공무원이2020. 5. 28., 2020. 6. 1.,및2020. 7. 15.이 사건 건물 소재지에 방문하여 현황을 확인한 결과 이 사건 건물3, 4층에서는 종교시설인‘○○○교회’등이 운영되고 있었으나,나머지 부분에서는 종교시설이 운영되고 있지 않았다.
나)이에 피고 강서구청장은2021. 9. 10.원고에게 이 사건 건물1, 2층,지하1, 2층 부속토지에 관하여2021년 귀속 재산세 부과처분을 하였고,이에 원고가 이 사건 건물2층도 종교활동에 사용하고 있다는 소명자료를 제출하여 그에 해당하는 부속토지에 대해서도 재산세를 면제하는 것으로 위 부과처분을 감액경정하였으나,위와 같은 과정에서 이 사건 건물1층,지하1, 2층이 종교활동에 사용되고 있다고 인정할 만한 객관적인 자료는 제출되지 않았다.
다)원고는 이 사건에서도 이 사건 건물1층,지하1, 2층이 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용되고 있었다고 인정할 만한 별다른 증거를 제출하지 못하고 있다.
라)지방세특례제한법 제50조 제2항은 부동산을 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는 경우에 재산세 면제 혜택을 제공하는 규정이므로,위 규정에 따라 재산세를 면제받기 위해서는 이 사건 건물의 해당 부분이 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용되고 있었다는 점이 적극적으로 입증되어야 한다.따라서 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 건물이 과거 불법점유자들에 의하여 점유되고 있었다던가,원고가 이 사건 건물을 종교활동 외의 다른 목적으로 사용하지 않았다는 사정만으로는 쟁점 과세대상 토지에 대한 재산세가 면제된다고 보기 어렵다.
4.결론

그렇다면 이 사건 소 중 이 사건1차 재산세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고,원고의 피고들에 대한 나머지 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지]

관계 법령

▣지방세특례제한법

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제)

①종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1.해당 부동산을 취득한 날부터5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2.정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

②제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)및「지방세법」제146조제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.다만,수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.
▣종합부동산세법

제12조(납세의무자)

①과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.
1.종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이5억원을 초과하는 자

▣구 지방세기본법(2023. 3. 14.법률 제19229호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
4. “지방세관계법”이란「지방세징수법」,「지방세법」,「지방세특례제한법」,「조세특례제한법」및「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」을 말한다.
제89조(청구대상)

①이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.
제91조(심판청구)

①이의신청을 거친 후에 심판청구를 할 때에는 이의신청에 대한 결정 통지를 받은 날부터90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.
②제96조에 따른 결정기간에 이의신청에 대한 결정 통지를 받지 못한 경우에는 제1항에도 불구하고 결정 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 심판청구를 할 수 있다.
③이의신청을 거치지 아니하고 바로 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.
⑥ 「감사원법」에 따른 심사청구를 거친 경우에는 이 법에 따른 심판청구를 거친 것으로 보고 제3항을 준용한다.
제98조(다른 법률과의 관계)

③제89조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은「행정소송법」제18조제1항 본문,같은 조 제2항 및 제3항에도 불구하고 이 법에 따른 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다.다만,심판청구에 대한 재조사 결정(제100조에 따라 심판청구에 관하여 준용하는「국세기본법」제65조제1항제3호 단서에 따른 재조사 결정을 말한다)에 따른 처분청의 처분에 대한 행정소송은 그러하지 아니하다.
부칙<법률 제16854호, 2019. 12. 31.>

제11조(조세심판전치주의 도입에 관한 적용례 등)

①제98조제3항부터 제7항까지의 개정규정은2021년1월1일 이후 행정소송을 제기하는 경우부터 적용한다.끝.