취득세등경정청구거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2017.08.25 / 시행일:

【원 고】 한국철도공사 (소송대리인 법무법인(유한) 화우 외 1인)
【피 고】 서울특별시 용산구청장 (소송대리인 법무법인 로플렉스 담당변호사 이종근 외 1인)
【변론종결】2017. 6. 30.
【주 문】
 1. 피고가 2014. 5. 1. 원고에 대하여 한 취득세, 농어촌특별세 및 지방교육세 합계 38,302,968,600원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.
 2. 피고가 2014. 12. 31. 원고에 대하여 한 취득세, 농어촌특별세 및 지방교육세 합계 38,302,968,600원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.
 3. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 이 사건 사업협약의 체결 경위
 1) 원고는 2007. 12. 13. 삼성물산 주식회사 등 26개 법인으로 구성된 드림허브 컨소시엄과 서울 용산구 (주소 생략) 일대에서 ○○○○○ 국제업무지구 개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 시행을 목적으로 하는 협약(이하 ‘이 사건 사업협약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.
제2조(용어의 정의) 4. “매매대상토지”라 함은 사업대상지 중에서 원고 소유인 356,492㎡의 토지를 말한다. 12. “프로젝트회사”라 함은 본 사업을 추진하기 위해 원고[서울특별시(및/또는 SH공사)가 참여하게 되는 경우에는 원고와 서울특별시(및/또는 SH공사)]와 컨소시엄 구성원들이 공동으로 출자하여 설립하는 법인으로 법인세법 제51조의2에 의거 설립한 법인을 말한다. 18. “토지매매계약”이라 함은 원고가 프로젝트회사에게 매매대상토지를 매도하고 프로젝트회사가 원고로부터 이를 매수하는 것을 내용으로 하여 원고와 프로젝트회사 사이에 체결되는 계약을 말한다.제19조(프로젝트회사의 설립) ① 원고와 컨소시엄 구성원들은 본 사업의 시행을 위하여 본 협약 체결일로부터 15일 이내에 아래의 요건을 충족하여 프로젝트회사를 설립한다.제23조(토지매매계약) ① 원고와 프로젝트회사는 다음 각 호의 정한 기준과 방법에 따라 매매대상토지에 대해 토지매매계약을 체결하며, 그 소유권이전등기에 소요되는 제반 비용은 프로젝트회사가 부담한다. 1. 본 사업의 성공적인 수행을 위한 홍보관 설치를 위하여 전체 매매대상토지 중 5%에 해당하는 토지(‘우선매매대상 토지’)의 매매계약은 프로젝트회사 설립 이후 2007. 12. 31. 이전에 체결하고 매매대금은 계약금 및 중도금 50%, 잔금 50%로 하되, 프로젝트회사는 계약금 및 중도금을 2007. 12. 31.까지 현금으로 지급하고, 잔금(분할납부이자 포함)에 해당하는 프로젝트회사의 어음 및 금융기관의 대출확약서를 제공하고, 원고는 2007. 12. 31.까지 해당 토지의 소유권을 프로젝트회사에 이전한다. 위 어음으로 지급되는 잔금 상당액의 지급기한은 2008. 3. 31.까지로 한다. 우선매매대상토지에 대하여는 원고가 환매특약등기 등을 하지 아니한다. 2. 제1호에 규정된 우선매매대상 토지를 제외한 나머지 매매대상 토지에 대한 매매계약은 분할계약 방식으로 별도 체결하되, 그 분할 매매계약이 체결되는 시기와 매매대상토지의 비율은 다음 각 목과 같다. 가. 매매대상토지 중 25% : 2008. 3. 나. 매매대상토지 중 30% : 2009. 3. 다. 매매대상토지 중 40% : 2010. 3. 3. 제2호에 규정된 각각의 분할 매매계약에 의한 각각의 매매대금은 다음 각 목과 같이 분납한다. 〈각목 부분 기재 생략〉 ② 제1항에 의한 매매대상토지의 총 매매대금은 8조원으로 한다. ④ 본 협약에서 정하지 아니한 사항으로서 매매대상토지의 세부적 계약 조건은 토지매매계약에서 정하기로 한다.제35조(원고에 의한 협약의 해제, 해지) 컨소시엄 구성원들 또는 프로젝트회사(프로젝트회사가 설립되기 전에는 컨소시엄, 프로젝트회사가 설립된 이후에는 프로젝트회사를 말하며, 이하 같다)에게 다음 각 호의 사유가 발생한 경우 원고는 별도의 최고 없이 컨소시엄 구성원들 또는 프로젝트회사에 대한 서면통지로써 본 협약을 해제 또는 해지할 수 있다. 2. 부도, 회생절차 또는 파산 등으로 인하여 본 사업의 시행이 불가능한 경우제38조(협약 해제 또는 해지의 효과) ① 제35조에 의해 본 협약이 해제 또는 해지된 경우에는 다음과 같이 처리한다. 2. 해제 또는 해지 이전에 토지매매대금의 지급 또는 사업대상지의 소유권 이전이 이루어진 경우 공사는 프로젝트회사로부터 받은 토지매매대금 상당액을 프로젝트회사에게 반환하고, 프로젝트회사는 공사에게 매매대상토지를 반환한다. ④ 제35조 내지 제37조에 의하여 본 협약이 해제 또는 해지된 경우 토지매매계약도 별도의 의사표시 없이 해제 또는 해지된 것으로 본다.
 2) 이 사건 사업협약에 따라 설립된 드림허브프로젝트금융투자 주식회사(이하 ‘드림허브’라 한다)는 2007. 12. 27. 원고와 사이에 이 사건 사업협약에서 정한 프로젝트회사의 권리 및 의무에 해당하는 사항을 면책적으로 인수하기로 합의하였다.
 나. 이 사건 각 토지매매계약의 체결 경위
 1) 원고는 드림허브와 사이에, 2007. 12. 27. 이 사건 사업 대상 토지 중 5%(면적 18,494.5㎡)를 대금 4,150억 원에 매도하는 내용의 제1차 토지매매계약을, 2008. 3. 31. 이 사건 사업 대상 토지 중 25%(면적 89,123.7㎡)를 대금 2조 원에 매도하는 내용의 제2차 토지매매계약(2008. 5. 30.과 2011. 12. 28. 각 제2차 토지매매계약 변경 및 보충합의, 2012. 3. 16. 부속합의)을, 2009. 11. 30. 이 사건 사업 대상 토지 중 30%(면적 107,389.3㎡)를 대금 2조 4,099억 원에 매도하는 내용의 제3차 토지매매계약(2011. 12. 28. 제3차 토지매매계약 변경 및 보충합의, 2012. 3. 16. 부속합의)을, 2010. 12. 29. 이 사건 사업 대상 토지 중 20.156%(면적 71,298.3㎡)를 대금 1조 6,000억 원에 매도하는 내용의 제4-1차 토지매매계약(2011. 12. 28. 제4-1차 토지매매계약 변경 및 보충합의, 2012. 3. 16. 부속합의)을, 2011. 9. 30. 이 사건 사업 대상 토지 중 19.844%(면적 70,186㎡)를 대금 1조 5,751억 원에 매도하는 내용의 제4-2차 토지매매계약을 각 체결하였다(이하 통칭하여 ‘이 사건 각 토지매매계약’이라 한다). 여기서 제1차 토지매매계약을 제외한 나머지 토지매매계약의 경우에는 환매특약이 존재하였고, 대상 토지에 관한 소유권이전등기가 마쳐지는 시점에 함께 등기되었다. 원고는 이 사건 각 토지매매계약에 따라 총 5회(1회 2007. 12. 31., 2회 2008. 6. 17., 3회 2009. 12. 29., 4회 2010. 12. 29. 및 5회 2011. 9. 30.)에 걸쳐 드림허브에 이 사건 사업 대상 토지 전부에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.
 2) 이 사건 각 토지매매계약 중 주요 내용은 다음과 같다.
제12조(계약의 해제) ① 본 계약의 이행이 완결되기 전까지 일방 당사자(이하 ‘귀책당사자’)에게 다음 각 호의 1의 사유가 발생한 경우에 상대방 당사자(이하 ‘해제권자’)는 상대방에게 서면 통지를 발송함으로써 본 계약을 해제할 수 있다. 제2조 제1항의 계약금은 민법상 해약금으로 보지 아니한다. 가. 귀책당사자의 진술 및 보장 내용이 사실과 다른 점이 발견되거나 귀책당사자가 계약상의 의무를 불이행한 경우로서 그 위반 내용이 시정 불가능한 경우 또는 그 위반 내용이 시정 가능한 경우 이를 시정하도록 요구하는 해제권자의 서면 통지가 도달한 날로부터 10일 이내에 이를 시정하지 못하는 경우 나. 귀책당사자의 부도, 파산 또는 회생에 관한 절차의 개시가 이루어지는 경우 ③ 본 조에 정한 사유에 따라 본 계약이 적법하게 해제된 경우를 제외하고, 당사자들은 일방적으로 본 계약을 해제할 수 없다. 단, 사업협약서가 적법하게 해제 또는 해지된 경우에는 위 협약 제38조 제4항에 따라 본 계약도 별도의 의사표시 없이 해제된 것으로 본다.
 다. 이 사건 토지에 관한 소유권 회복의 경위
 1) 드림허브는 이 사건 각 토지매매계약의 대금 등을 조달하기 위해 주식회사 하나은행 등 여러 금융기관들(이하 ‘대주’라 한다)로부터 아래 표의 기재와 같이 총 9차례에 걸쳐 합계 2조 4,363억 원(1차 대출을 대환하는 형태로 이루어진 제9차 대출금은 위 합계 금액에서 제외)을 대출받았다.
구분체결일대출금 원금비고※1차2009-11-278,500억 원- 1차, 2차 각 토지매매계약 관련- 9차 대출로 대환됨2차2010-09-28196억 원- 3차 토지매매계약 관련- 2012. 11. 만기상환3차2010-11-296,555억 원- 2차, 3차 각 토지매매계약 관련4차2010-12-241,867억 원- 3차 토지매매계약 관련5차2011-06-13150억 원- 4-1차 토지매매계약 관련6차2011-08-16661억 원- 4-1차 토지매매계약 관련7차2011-09-283,642억 원- 2차 토지매매계약 관련8차2011-11-282,792억 원- 3차, 4-1차, 4-2차 각 토지매매계약 관련9차2012-03-098,500억 원- 1차 대출의 대환임합계?2조 4,363억 원?※ 비고란에서 특정 대출약정이 특정 토지매매계약과 관련되어 있다고 기재한 부분의 의미는 해당 토지매매계약의 목적물인 토지가 해당 대출약정에 따른 대출금의 담보로 제공되었거나(대출약정 제11조 참조), 해당 토지매매계약의 매매대금을 조달하기 위하여 해당 대출약정이 체결되었다는 의미이다.
 2) 위 제1차 내지 제8차 각 대출약정의 체결 무렵 제9차 대출은 제1차 대출금에 대한 대환임을 고려하여 별도로 새로운 담보신탁계약을 체결하지 않고, 신탁변경 및 원부변경계약서를 체결하였다(갑 제5호증의 9).
, 위 각 대출약정에 따른 드림허브의 대주에 대한 각 대출채무를 담보하기 위하여 드림허브는 대한토지신탁 주식회사(이하 ‘대한토지신탁’이라 한다)와 사이에 [별지1] 이 사건 토지 목록 기재 순번 1 내지 19 토지(이하 ‘이 사건 담보신탁토지’라 한다)에 관하여 각 부동산담보신탁계약(이하 ‘이 사건 담보신탁계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 담보신탁계약의 위탁자 겸 채무자는 드림허브이고, 수탁자는 대한토지신탁이며, 제1순위 우선수익자는 대주, 제2순위 우선수익자는 원고이다. 이 사건 담보신탁계약 중 주요 내용은 다음과 같다.
붙임 4. 특약사항제6조 (피담보채권) 우선수익자들의 피담보채권은 다음 각호와 같다. 1. 대주의 피담보채권：금융관련계약에 따라 대주가 드림허브에 대하여 보유하는 원금, 이자 및 지연손해금 기타 일체의 금전채권 2. 원고의 피담보채권：사업협약서가 해지되는 경우 원고가 드림허브에게 보유하는 신탁부동산에 대한 소유권이전등기청구권제7조 (신탁부동산 소유권이전 등) ① 합의서(아래 ‘이 사건 토지귀속 및 대금반환 합의’를 가리킨다) 제3부속서가 정한 귀속반환사유가 발생하는 경우 드림허브는 그 사실을 즉시 대한토지신탁에게 통지하여야 하고, 대주는 그와 별도로 대한토지신탁에게 이를 통지할 수 있으며, 드림허브나 대주로부터 합의서 제3부속서의 귀속반환사유의 발생 사실을 통지받은 대한토지신탁은 즉시 그 사유의 발생사실을 원고에게 통지하여야 한다. 대한토지신탁이 이러한 통지를 이행한 경우 또는 대한토지신탁이 원고로부터 귀속반환사유의 발생 사실을 통지받은 경우, 대한토지신탁은 합의서에서 정한 바에 따라 85일 내에 다음 각 호의 조치를 완료하여야 한다. 1. 대한토지신탁은 신탁종료에 따른 신탁재산의 귀속을 원인으로 하여(다만, 드림허브로부터 서류 징구 등 협력을 적시에 얻을 수 없는 경우에는 대한토지신탁의 선택에 따라 매매를 원인으로 한다) 원고에게 신탁부동산의 소유권이전등기를 하는데 필요한 제반서류를 교부한다. 2. 대한토지신탁은 합의서에서 정한 바에 따라 원고로부터 ○원(각 담보신탁계약과 관련된 각 대출약정의 대출금액에 따라 다르다)을 신탁계좌에 입금하는 방식으로 현금으로 지급받는다.
 3) 위 제1차 내지 제8차 각 대출약정 체결 무렵, 원고, 드림허브 및 대한토지신탁은 이 사건 담보신탁토지에 관하여 토지귀속 및 대금반환 등에 관한 합의(이하 ‘이 사건 토지귀속 및 대금반환 합의’라 한다)를 하였는데, 그 중 주요 내용은 다음과 같다.
제4조 (귀속반환사유가 발생할 경우의 조치) ① 제3부속서(귀속반환사유)의 각 호에 기재된 사유가 발생하는 경우 대한토지신탁 또는 원고는 그 사유의 발생사실을 다른 당사자들에게 통지할 수 있으며, 각 당사자들은 통지가 발송된 날로부터 85일 내에 다음 각 호의 조치를 완료하기로 한다. 1. 대한토지신탁은 신탁종료에 따른 신탁재산의 귀속을 원인으로 하여(다만, 드림허브로부터 서류 징구 등 협력을 적시에 얻을 수 없는 경우에는 대한토지신탁의 선택에 따라 매매를 원인으로 한다) 원고에게 신탁부동산의 소유권이전등기를 하는데 필요한 제반서류를 교부하고, 원고는 지체없이 소유권이전등기를 신청하기로 한다. 2. 제2호와 동시이행으로서 원고는 ○원(각 담보신탁계약과 관련된 각 대출약정의 대출금액에 따라 다르다)을 신탁회사가 지정하는 예금계좌에 입금하는 방식으로 현금 지급한다.제7조(사업협약서와의 관계) ② 원고와 드림허브 양자간의 이 사건 사업협약에 의한 제반 법률관계에 관하여 제4조에 의한 대한토지신탁의 대상 토지의 소유권 이전은 드림허브가 이 사건 사업협약 제38조에 따라 토지를 반환한 것으로 보며, 제4조에 의한 원고의 대금지급은 이 사건 사업협약 제38조에 따라 동일액 상당의 대금을 반환한 것으로 본다.?제3부속서(귀속반환사유) 1. 사업협약서의 효력이 소멸되거나, 원고와 드림허브가 상대방에게 사업협약서의 해제, 해지, 취소 등을 서면으로 통보하는 경우 2. 대출약정과 관련하여 다음 각 목의 1에 해당하는 사유가 발생하는 경우 가. 어떠한 사유로든 드림허브가 대출약정에 따라 대주에게 지급하여야 할 금액이 해당 지급기일(대출약정상 정의됨)까지 일부 또는 전액 지급되지 아니한 경우
 4) 나아가 2011. 12. 28. 체결된 제2차 토지매매계약 변경 및 보충합의에 따라 원고가 드림허브에 대하여 갖는 제2차 토지매매계약 대상 토지에 대한 환매권 설정기간이 제2차 토지매매계약의 제4차 중도금 2,100억 원과 잔금 약 4,900억 원의 대금 납부기일 보다 먼저 만료되는 문제가 발생하자 원고는 2012. 4. 13. 환매권등기를 말소하고, 환매권을 담보신탁으로 대체하기 위하여 드림허브와 대한토지신탁으로 하여금 위 제4차 중도금 2,100억 원과 잔금 약 4,900억 원을 피담보채무로 하여 [별지1] 이 사건 토지 목록 기재 순번 20, 21 토지(이하 ‘이 사건 대체담보신탁토지’라 하고, ‘이 사건 담보신탁토지’와 통칭하여 ‘이 사건 토지’라 한다.)에 관하여 각 부동산담보신탁계약(이하 ‘이 사건 대체담보신탁계약’이라 한다)을 체결하게 하였다. 이 사건 대체담보신탁계약의 위탁자 겸 채무자는 드림허브이고, 수탁자는 대한토지신탁이며, 우선수익자는 원고(서울본부)이다. 
 5) 드림허브는 2013. 3. 12. 대주에게 위 제9차 대출약정에 따른 이자 52억 원을 납부하지 못하여 각 대출약정상 기한의 이익을 상실하였다. 이에 따라 드림허브는 대한토지신탁에게, 대한토지신탁은 원고에게 각 2013. 3. 14.경 이 사건 토지귀속 및 대금반환 합의 제3부속서 제2호 (가)목에서 정한 귀속반환사유가 발생한 사실을 통지하고, 이 사건 토지귀속 및 대금반환 합의 제4조 및 이 사건 담보신탁계약 특약사항 제7조 제1항에 따른 조치를 이행할 것을 요청하였다.
 6) 원고는 2013. 4. 11.경 이 사건 토지귀속 및 대금반환 합의 제4조 및 이 사건 담보신탁계약 특약사항 제7조에 따라 대한토지신탁에 제4, 5, 6, 8차 대출금의 합계인 5,470억 원을 지급하고, 드림허브에게 “원고가 대한토지신탁에게 제4, 5, 6, 8차 각 대출금을 지급하였다. 이로써 드림허브가 원고에게 위 각 대출금과 관련된 제3차, 4-1차, 4-2차 각 토지매매계약의 매매대금 일부를 지급하지 않은 결과가 되어 위 각 토지매매계약상 매매대금 지급의무를 불이행한 것이 되었다. 또한 드림허브가 제9차 대출약정에 따른 이자를 지급하지 못한 것은 드림허브의 부도에도 해당한다. 따라서 드림허브가 위 각 토지매매계약 제12조 제1항 (가)호에 따라 10일 이내에 위 각 토지매매계약상 의무 위반을 시정하지 아니하면 위 각 토지매매계약 제12조 제1항 (가)호 및 (나)호에 따라 원고가 위 각 토지매매계약을 해제할 수 있다”고 통지하였다.
 7) 원고는 2013. 4. 23.경 드림허브에게 "드림허브가 제3차, 4-1차, 4-2차 토지매매계약의 매매대금 지급의무 위반을 시정하지 못하였고, 기한의 이익을 상실한 대출약정의 대출금을 변제할 능력이 없으므로 부도가 난 것에 해당하므로, 원고는 이 사건 각 토지매매계약 제12조 제1항 (가), (나)호와 민법 제546조에 따라 제3차, 4-1차, 4-2차 토지매매계약을 해제한다"고 통지하였다. 그 무렵 제3차, 4-1차, 4-2차 토지매매계약의 매매목적물로서 [별지1] 이 사건 토지 목록 기재 순번 1 내지 13 토지에 관하여 신탁재산의 귀속을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
 8) 원고는 2013. 4. 29. 드림허브와 그 주주들에게 “드림허브가 대출약정상의 기한의 이익을 상실하고, 제3차, 4-1차, 4-2차 토지매매계약이 해제되어 위 각 토지매매계약의 매매목적물인 토지의 소유권이 원고에게 원상회복되었으며, 드림허브가 세금을 체납하여 종로세무서가 이 사건 사업 대상 토지에 대한 공매절차를 개시하였다. 이러한 사정 등으로 인해 드림허브가 이 사건 사업을 계속 시행하는 것이 불가능하게 되었으므로, 원고는 이 사건 사업협약 제35조 제2호에 따라 위 협약을 해제한다”고 통지하였다.
 9) 원고는 대한토지신탁에게 드림허브의 나머지 대출채무를 지급하고, 2013. 6. 13. [별지1] 이 사건 토지 목록 순번 14, 15, 16 토지에 관하여, 2013. 10. 1. [별지1] 이 사건 토지 목록 순번 17, 18, 19 토지에 관하여, 2013. 11. 6. [별지1] 이 사건 토지 목록 순번 20, 21 토지에 관하여 각 신탁재산 귀속을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다. 
 라. 1차 취득세 신고, 1차 경정청구, 1차 경정거부처분
 1) 원고는 이 사건 토지의 소유권 회복이 이 사건 사업협약 및 이 사건 각 토지매매계약의 해제에 따른 원상회복으로서 취득세 과세대상에 해당하지 않는다는 입장이었으나, 피고가 취득세 과세대상에 해당한다는 입장이었으므로 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제1항이 정하는 바에 따라 취득일로부터 60일 이내에 [별지2] 1차 경정청구 기재와 같이 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세 합계 과세표준을 1,126,557,900,000원, 산출세액을 38,302,968,600원으로 하되, 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 제2항에 따라 위 산출세액이 전액 면제되는 것으로 피고에게 취득세 신고를 한 후(이하 ‘1차 취득세 신고’라 한다), 2014. 3. 1. 피고에게 이 사건 토지의 소유권 회복은 이 사건 사업협약 및 이 사건 각 토지매매계약의 해제에 따른 원상회복으로서 취득세 과세대상에 해당하지 않는다는 이유로 과세표준과 산출세액을 모두 ‘0원’으로 감액경정할 것을 구하는 경정청구를 하였다(이하 ‘1차 경정청구’라 한다).
 2) 이에 대하여 피고는 2014. 5. 1. 원고에게 “경정청구제도란 납세의무자가 과세표준 및 세액을 과다하게 신고하여 납부한 경우 과다신고납부한 세액의 경정을 청구할 수 있는 제도로서 객관적으로 존재하는 진실한 세액을 초과하여 착오 등으로 과다신고납부한 경우에 이를 시정하는 법적 장치라 할 것이므로 1차 경정청구는 경정청구 대상에 해당하지 않는다”고 통지하였다(이하 ‘1차 경정거부처분’이라 한다). 
 3) 이에 불복하여 원고는 2014. 7. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 11. 29. 각하되었다. 
 마. 2차 취득세 신고·납부, 2차 경정청구, 2차 경정거부처분
 1) 원고가 위 다. 7)과 9) 기재와 같은 이 사건 토지의 각 취득일로부터 취득세 감면 유예기간인 1년이 경과할 때까지 이 사건 토지를 감면 신청시 제출한 부동산이용계획서에 따라 철도 관련 사업의 용도로 사용할 수 없게 되자 피고는 원고에게 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1호에 따라 1차 취득세 신고 당시 면제된 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세 전액을 추징하겠다는 과세예고통지를 하였다. 
 2) 이에 원고는 구 지방세법 제20조 제3항에 따라 이 사건 토지의 각 취득세 감면 유예기간인 1년으로부터 30일 이내에 [별지3] 2차 경정청구 기재와 같이 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세 합계 과세표준을 1,126,557,900,000원, 산출세액을 38,302,968,600원으로 하여 1차 취득세 신고 당시 면제된 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세 전액인 합계 38,302,968,600원을 신고·납부한 후(이하 ‘2차 취득세 신고·납부’라 한다), 2014. 12. 15. 피고에게 이 사건 토지의 소유권 회복은 이 사건 사업협약 및 이 사건 각 토지매매계약의 해제에 따른 원상회복으로서 취득세 과세대상에 해당하지 않는다는 이유 과세표준과 산출세액을 모두 ‘0원’으로 감액경정하여 납부세액을 환급해줄 것을 구하는 경정청구를 하였다(이하 ‘2차 경정청구’라 한다).
 3) 이에 대하여 피고는 2014. 12. 31. 원고는 드림허브와 대한토지신탁 사이의 각 신탁계약에 의한 제2순위 우선수익자로서 이 사건 신탁계약상 수탁자로부터 수익자에게 신탁재산인 부동산이 이전된 경우에 해당하므로 2차 경정청구는 경정할 이유가 없다고 통지하였다(이하 ‘2차 경정거부처분’이라 한다). 
 4) 이에 불복하여 원고는 2015. 3. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 12. 6. 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 19호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 당사자들의 주장 요지
 가. 원고 주장의 요지
 1) 1, 2차 경정거부처분에 대한 공통된 위법사유
 원고는 이 사건 담보신탁계약이나 이 사건 대체담보신탁계약상 수익자로서 이 사건 부동산의 소유권을 취득한 것이 아니라 이 사건 각 토지매매계약 해제로 인하여 이 사건 토지의 소유권을 회복한 것이므로 취득세 과세대상인 취득에 해당하지 않는다.
 2) 1차 경정거부처분에 대한 위법사유
 실제 납부한 세액이 없다 하더라도 과세표준신고서에 기재한 과세표준 및 산출세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 산출세액을 초과하는 경우에는 경정청구를 할 수 있으므로, 이와 다른 전제에 있는 1차 경정거부처분은 위법하다.
 3) 2차 경정거부처분에 대한 위법사유
 설령 원고가 이 사건 부동산의 소유권을 이전받은 것이 취득세 과세대상인 취득에 해당한다 하더라도 원고가 이 사건 토지를 1년 이내에 취득세 감면 신청시 제출한 부동산이용계획서에 따라 철도 관련 사업의 용도로 사용하지 아니한 것에는 정당한 사유가 있으므로 구 지방세특례제한법 제94조 제1호에 따라 취득세를 추징할 수 없다. 
 나. 피고 주장의 요지
 1) 1차, 2차 경정거부처분에 대한 공통된 부분
 원고는 이 사건 담보신탁계약이나 이 사건 대체담보신탁계약상 수익자로서 수탁자로부터 신탁재산인 이 사건 토지의 소유권을 이전받은 것이므로 취득세 과세대상인 취득에 해당한다. 설령 이 사건 각 토지매매계약 해제로 인하여 이 사건 토지의 소유권을 회복한 것으로 보더라도 취득세 과세대상인 취득에 해당한다.
 2) 1차 경정거부처분에 대하여
 실제 납부한 세액이 없는 이상 과세표준신고서에 기재한 과세표준 및 산출세액에 대하여 경정청구를 할 수 없으므로, 이를 이유로 거부한 1차 경정거부처분은 적법하다.
 3) 2차 경정거부처분에 대하여
 원고가 이 사건 토지를 1년 이내에 취득세 감면 신청시 제출한 부동산이용계획서에 따라 철도 관련 사업의 용도로 사용하지 아니한 것에는 정당한 사유가 없으므로 구 지방세특례제한법 제94조 제1호에 따라 취득세를 추징할 수 있다.
3. 관련 법령
 [별지4] 기재와 같다. 
4. 1차 경정거부처분의 적법 여부 판단
구 지방세기본법(2015. 5. 18. 법률 제13293호로 개정되기 전의 것) 제51조 제1항 제1호에 의하면 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 경정청구를 할 수 있는바, 여기서 세액을 납부세액으로 한정하여 해석할 이유가 없으므로, 해당 세액의 납부는 경정청구의 요건이 아니라고 봄이 타당하다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두45246 판결 참조). 
 따라서 1차 취득세 신고 및 1차 경정청구와 같이 원고가 과세대상이나 면제사유에 해당한다는 이유로 신고한 후 비과세대상이라는 이유로 경정청구를 하는 경우 납부세액이 없다 하더라도 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 산출세액이 신고하여야 할 과세표준 및 산출세액을 초과하는 경우에는 경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하고, 납부세액이 없어 경정청구가 받아들여져도 환급세액이 없다는 사정만으로 경정청구의 사유와 필요성이 없다고 볼 수 없다. 그러므로 피고의 1차 경정거부처분이 경정청구의 대상이 되지 않음을 통지해주는 단순한 민원회신에 불과하다고는 볼 수 없다. 
 그리고 1차 경정거부처분의 거부사유는 납부한 세액이 없어 경정청구의 대상이 되지 않는다는 것인데 반해, 2차 경정거부처분의 거부사유는 이 사건 토지의 소유권 이전이 취득세 과세대상에 해당한다는 것이어서 양자는 동일한 내용의 처분으로 볼 수 없으므로 뒤에서 보는 바와 같이 2차 경정거부처분이 모두 취소된다 하더라도 여전히 1차 경정거부처분의 취소를 구할 법률상 이익은 있다고 봄이 타당하다. 따라서 1차 경정거부처분은 위법하므로 취소한다(1차 경정거부처분에 대하여 한 원고와 피고의 나머지 주장은 2차 경정거부처분의 적법 여부를 판단함에 있어서 함께 판단한다). 
5. 2차 경정거부처분의 적법 여부 판단
 가. 원고가 이 사건 토지의 소유권을 이전받은 것이 취득세 과세대상인 취득에 해당하는지 여부
 1) 부동산매매계약의 합의해제가 계약의 소급적 소멸을 목적으로 한 이상 위 합의해제로 인하여 매수인 앞으로 이전되었던 부동산에 관한 소유권은 당연히 매도인에게 원상태로 복귀되는 것이므로 매도인이 비록 그 원상회복의 방법으로 소유권이전등기의 방식을 취하였다 하더라도 이는 취득세 과세대상이 되는 부동산 취득에 해당하지 않는다(대법원 1986. 3. 25. 선고 85누1008 판결, 대법원 1993. 9. 14. 선고 93누11319 판결 등 참조). 
 이러한 법리는 법정해제나 약정해제의 경우도 마찬가지이고, 지방세법 제6조 제1호에 의하면 ‘취득’이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득을 의미하는데, 계약이 적법하게 해제되면 그 계약의 이행으로 변동되었던 물권은 당연히 그 계약이 없었던 상태로 복귀하는 것이므로 매매 등과 유사한 새로운 취득으로 볼 수 없는바, 조세회피 목적으로 해제를 가장하여 취득행위를 하는 경우가 아닌 한 해제로 인한 원상회복을 취득세 과세대상인 취득으로 볼 수 없다고 봄이 타당하다. 
 그리고 매매 등이 해제되더라도 매수인의 경우에는 구 지방세법 시행령(2014. 8. 12. 대통령령 제25545호로 개정되기 전의 것) 제20조 제1항, 제2항이 정하는 예외적인 경우를 제외하고는 여전히 부동산 취득세 과세대상으로 보는 것은 매수인의 경우에는 지방세법상 취득세 과세대상이 되는 매매 등의 취득행위가 있었음이 분명하고, 취득세가 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종이기 때문이다. 따라서 매매 등이 해제되어 소유권을 회복받은 매도인에 대하여 취득세를 과세하지 않는 것과 형평에 어긋난다고 볼 수 없다.
 나아가 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제4호 본문의 내용(신탁법에 따른 신탁재산인 부동산을 수탁자로부터 수익자에게 이전하는 경우의 취득세율: 1천분의 30) 및 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 위 제4호가 삭제된 개정이유(신탁계약상 수익자는 주로 신탁재산의 당초 매수자이거나 매수자에게 금전을 대출하여 준 금융기관이므로 수탁자로의 신탁재산 이전은 일반적인 유상승계취득과 다를 바 없으므로 그 이전행위에 대하여 취득세를 과세할 이유가 충분하다)를 고려할 때 ‘신탁법에 따른 신탁재산인 부동산을 수탁자로부터 수익자에게 이전하는 경우’도 취득세 과세대상인 부동산의 취득에 해당할 수 있다. 그러나 형식적으로 신탁재산인 부동산을 수탁자로부터 수익자에게 이전하는 모든 경우에 취득세 과세대상이 된다고는 볼 수 없고, 그 소유권 이전의 실질에 비추어 해제로 인한 원상회복의 방법으로 이루어진 경우에는 취득세 과세대상인 취득에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.
 2) 위와 같은 법리에 비추어 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합할 때, 원고가 이 사건 토지의 소유권을 이전받은 것은 그 실질이 이 사건 각 토지매매계약의 해제에 따른 원상회복이므로 취득세 과세대상이 되는 부동산 취득에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 
 ① 이 사건 토지귀속 및 대금반환 합의 제4조 제1항, 제7조 제2항에 의하면 제3부속서상의 귀속반환사유(이 사건 사업협약의 해제, 드림허브의 대주에 대한 대출금 미지급 등)가 발생하는 경우 대한토지신탁은 원고에게 신탁재산의 귀속을 원인으로 하여 대상 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주고, 원고는 대한토지신탁에게 대상 토지에 관한 대출약정상의 대출금액을 지급하기로 하고, 위와 같은 대상 토지의 소유권 이전은 드림허브가 이 사건 사업협약 제38조에 따라 토지를 반환한 것으로 보며, 원고의 대금 지급은 이 사건 사업협약 제38조에 따라 동일액 상당의 대금을 반환한 것으로 간주된다. 
 ② 그리고 이 사건 담보신탁계약상 원고의 피담보채권은 이 사건 사업협약이 해지되는 경우 원고가 드림허브에 대하여 갖게 되는 소유권이전등기청구권이고, 이 사건 대체담보신탁계약은 원고의 토지매매계약 해제로 인한 원상회복청구권을 담보하는 환매권을 대체하기 위한 것인바, 위 각 담보신탁계약의 실질은 위 각 담보신탁계약의 종료와 이 사건 각 토지매매계약 해제에 따라 수탁자인 대한토지신탁이 신탁자인 드림허브에게, 다시 매수인인 드림허브가 매도인인 원고에게 각 소유권이전등기 말소나 소유권이전등기를 마쳐주어야 할 것을 원상회복에 관한 법률관계를 간명하게 처리하기 위하여 대한토지신탁이 원고 앞으로 직접 소유권이전등기를 마쳐주기로 하는 3자간의 합의에 따른 것으로 봄이 타당하다.
 ③ 따라서 드림허브가 제9차 대출약정에 따른 이자를 지급하지 못하여 각 대출약정상 기한의 이익을 상실함으로써 이 사건 토지귀속 및 대금반환 합의상의 귀속반환사유가 발생하자 원고가 대한토지신탁에게 제4, 5, 6, 8차 대출금의 합계인 5,470억 원을 지급하고, 이에 따라 제3차, 4-1차, 4-2차 토지매매계약의 매매대금이 일부 지급되지 않은 것으로 간주되었음에도 드림허브가 이를 시정하지 않자 제3차, 4-1차, 4-2차 토지매매계약을 적법하게 해제하고, 그 무렵 제3차, 4-1차, 4-2차 토지매매계약상의 대상 토지인 [별지1] 이 사건 토지 목록 기재 순번 1 내지 13 토지에 관하여 신탁재산 귀속을 원인으로 하여 소유권을 이전받은 경우, 비록 그 등기원인이 신탁재산의 귀속으로 되어 있다 하더라도 그 실질은 제3차, 4-1차, 4-2차 토지매매계약의 해제에 따른 원상회복에 해당한다.
 ④ 나아가 드림허브가 각 대출약정상의 기한의 이익을 상실하고, 위와 같이 일부 토지매매계약이 해제되었으며, 세금체납을 이유로 공매절차가 개시되는 등 드림허브가 이 사건 사업을 계속 시행하는 것이 불가능하게 되었다는 이유로 원고가 이 사건 사업협약을 적법하게 해제함으로써 이 사건 각 토지매매계약 제12조 제3항에 따라 제1차, 2차 토지매매계약도 적법하게 해제되어 결국 이 사건 각 토지매매계약이 모두 해제되었는바, 원고가 대한토지신탁에게 나머지 대출금을 지급하고 [별지1] 이 사건 토지 목록 기재 순번 14 내지 21 토지에 관하여도 신탁재산 귀속을 원인으로 하여 소유권을 이전받은 경우, 비록 그 등기원인이 신탁재산의 귀속으로 되어 있다 하더라도 그 실질은 각 토지매매계약의 해제에 따른 원상회복에 해당한다. 
 나. 소결론
 따라서 원고가 이 사건 토지의 소유권을 이전받은 것은 취득세 과세대상이 되는 부동산 취득에 해당하지 않는바 이와 다른 전제에 있는 제2차 경정거부처분은 위법하므로 취소한다. 그리고 원고의 청구를 모두 인용하는 이상, 원고가 이 사건 토지의 소유권을 취득한 것이 취득세 과세대상임을 전제로 원고가 이 사건 토지를 1년 이내에 취득세 감면 신청시 제출한 부동산이용계획서에 따라 철도 관련 사업의 용도로 사용하지 아니한 것에는 정당한 사유가 있으므로 구 지방세특례제한법 제94조 제1호에 따라 취득세를 추징할 수 없다는 취지의 나머지 주장에 대하여는 더 나아가 판단하지 않는다.
6. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김정숙(재판장) 권수아 김지건