경정청구거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.11.24 / 시행일:

【원고, 상고인】 대경티엘에스 주식회사
【피고, 피상고인】 영등포세무서장
【원심판결】 서울고법 2009. 11. 12. 선고 2008누32791 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항, 제4항 제1호의 규정에 의하면, 원천징수의무자가 근로소득만 있는 자 등(이하 ‘근로소득자 등’이라 한다)에 대하여 소득세법 제137조 등의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 동법 제164조의 규정에 의하여 지급조서를 제출기한 내에 제출한 경우 그 원천징수의무자 또는 근로소득자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 납부하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 연말정산세액의 납부기한 경과 후 3년 이내에 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
 한편 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제128조 제1항 본문은 "원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 납부하여야 한다."고 규정하고, 제137조 제1항은 근로소득의 연말정산과 관련하여 "주된 근무지의 원천징수의무자가 당해 연도의 다음 연도 1월분의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의 당해 연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 세액공제를 한 후 당해 연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다."고 규정하며, 제164조 제1항은 "소득세 납세의무가 있는 개인에게 근로소득에 해당하는 소득금액을 지급하는 자는 지급조서를 그 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 제출하여야 한다."고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 제20조 제1항 제1호 (다)목은 근로소득의 하나로 ‘법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액’을 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제192조 제2항은 "법인세법에 의하여 상여 등으로 처분된 금액은 법인 등이 소득금액변동통지서를 받은 날에 지급한 것으로 본다."고 규정하고 있다.
 구 국세기본법 제45조의2 제4항 제1호의 문언 내용 및 입법 취지, 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인은 그에 따른 소득세를 원천징수하여 소득금액변동통지서를 받은 날의 다음달 10일까지 납부하여야 하는데 이를 위해서는 다시 연말정산을 하여야 하고 그 지급조서도 제출하여야 하는 점, 이러한 연말정산과 지급조서의 제출도 구 소득세법 제137조 소정의 연말정산이나 제164조 소정의 지급조서 제출의 범위에 포함된다고 봄이 타당한 점 등을 종합하여 보면, 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인이 납부기한 내에 다시 연말정산을 거쳐 그에 따른 소득세를 원천징수하여 납부하고 지급조서를 제출한 경우 그에 대한 구 국세기본법 제45조의2 제4항 제1호 소정의 경정청구기간은 소득금액변동통지에 따른 소득세의 납부기한(소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음달 10일)의 다음날부터 기산된다고 할 것이다.
 그럼에도 원심은, 이와 달리 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인이 납부기한 내에 다시 연말정산을 거쳐 그에 따른 소득세를 원천징수하여 납부하고 지급조서를 제출한 경우에도 구 국세기본법 제45조의2 제4항 제1호 소정의 경정청구기간은 구 소득세법 제128조 제1항 본문, 제137조 제1항에서 정한 당초의 연말정산세액의 납부기한(근로소득이 귀속되는 당해 연도의 다음 연도 2월 10일) 다음날부터 기산된다는 전제 아래, 비록 피고가 2006. 3. 16.경 ‘이 사건 외주운송비가 2003 사업연도에 사외로 유출되었으나 그 귀속이 불분명하다’는 이유로 이 사건 외주운송비 상당액을 대표자에 대한 상여로 처분한 다음 원고에게 그 소득금액변동통지를 하였고, 원고가 납부기한 내인 2006. 4. 10. 피고에게 그에 따른 소득세를 원천징수하여 납부하고 그 지급조서를 제출하였다고 하더라도, 위 원천징수세액의 경정을 구하는 이 사건 경정청구는 구 소득세법 제128조 제1항 본문, 제137조 제1항에서 정한 당초의 연말정산세액의 납부기한인 2004. 2. 10.부터 3년이 지난 2007. 4. 20. 제기되어 부적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 경정청구기간의 기산일에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 전수안(재판장) 양창수 이상훈(주심)

연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인이 납부기한 내에 다시 연말정산을 거쳐 그에 따른 소득세를 원천징수하여 납부하고 지급조서를 제출한 경우, 구 국세기본법 제45조의2 제4항 제1호에 따른 경정청구기간의 기산일(=소득금액변동통지에 따른 소득세 납부기한 다음날)

구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제4항 제1호의 문언 내용 및 입법 취지, 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인은 그에 따른 소득세를 원천징수하여 소득금액변동통지서를 받은 날의 다음달 10일까지 납부하여야 하는데 이를 위해서는 다시 연말정산을 하여야 하고 그 지급조서도 제출하여야 하는 점, 이러한 연말정산과 지급조서 제출도 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제137조에서 정한 연말정산이나 제164조에서 정한 지급조서 제출의 범위에 포함된다고 보는 것이 타당한 점 등을 종합하여 보면, 연말정산이 있은 후에 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액에 대하여 소득금액변동통지를 받은 법인이 납부기한 내에 다시 연말정산을 거쳐 그에 따른 소득세를 원천징수하여 납부하고 지급조서를 제출한 경우 그에 대한 구 국세기본법 제45조의2 제4항 제1호에서 정한 경정청구기간은 소득금액변동통지에 따른 소득세 납부기한(소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음달 10일) 다음날부터 기산된다.