법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2005.03.30 / 시행일:

【원 고】 신명종합건설 주식회사 (소송대리인 법무법인 마당 담당변호사 이재철)
【피 고】 서초세무서장 
【변론종결】 2005. 3. 9.
【주 문】
1. 피고가 2003. 9. 1. 원고에 대하여 한 1998 사업연도 귀속 법인세 2,698,347,030원의 부과처분 중 965,289,205원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지】피고가 2003. 9. 1.(소장에는 '2003. 7. 1.'로 기재되어 있으나 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 1998 사업연도(소장에는 '1988 사업연도'라고 기재되어 있으나 오기로 보인다) 귀속 법인세 2,698,347,030원의 부과처분 중 1,734,140,831원 부분을 취소한다. 
【이 유】
 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 서울 서초구 (주소 생략)에 본점을 두고 아파트를 건설하여 분양사업을 하고 있는 법인이다.
 나. 원고는 1997. 6. 15. 착공한 의정부 1차 아파트 신축공사(2000. 10. 30.경 완공되었는바, 다음부터는 '이 사건 공사'라고 한다)의 분양예정수입금액을 106,572,849,458원으로 산정하고, 위 분양예정수입금액에 주택신축판매업의 표준소득률을 참조하여 총공사예정비를 별지 1 목록 '원고 신고금액' 해당란 기재와 같이 95,915,564,513원으로 산정한 후, 이를 토대로 산출한 작업진행률에 의하여 소득금액을 계산하여 1997 사업연도 귀속 법인세 및 1998 사업연도 귀속 법인세의 각 과세표준과 세액을 신고하였는바, 원고가 신고한 1998 사업연도 귀속 법인세의 과세표준과 세액은 별지 2 목록 '원고 신고금액'의 각 해당란 기재와 같다. 
 다. 그 후 원고는 이 사건 공사의 분양예정수입금액을 105,845,041,516원으로 변경산정하고, 총공사예정비를 건설업회계처리기준을 적용하여 83,338,762,659원으로 변경산정한 후, 이를 토대로 산출한 작업진행률에 의하여 소득금액을 계산하여 1999 사업연도 귀속 법인세 및 2000 사업연도 귀속 법인세의 각 과세표준과 세액을 신고하였다.
 라. 피고는, 원고가 신고한 이 사건 공사로 인한 1998 사업연도의 소득 1,908,707,200원은 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것, 다음부터는 '구 법시행규칙'이라고 한다) 제14조의3이 규정하는 방식, 즉 건설업회계처리기준을 적용하여 산정한 총공사예정비를 토대로 산출한 작업진행률에 따라 계산된 것이 아니라는 이유로 이를 인정하지 않고, 원고가 1999 사업연도 귀속 법인세와 2000 사업연도 귀속 법인세를 신고함에 있어서 건설업회계처리기준을 적용하여 산정한 총공사예정비 83,338,762,659원을 1998 사업연도에도 적용하여 이를 기초로 작업진행률을 변경산정한 후, 별지 1 목록 '피고 경정금액' 각 해당란 기재와 같이 원고가 신고한 분양예정수입금액에 위 변경된 작업진행률을 곱한 금액에서 원고가 1997 사업연도 말까지 계상한 이 사건 공사로 인한 수입액을 차감하는 방법으로 이 사건 공사로 인한 1998 사업연도의 익금을 계산하여 소득금액을 5,860,011,087원으로 경정한 다음, 별지 2 목록 '피고 경정금액' 각 해당란 기재와 같이 1998 사업연도 귀속 법인세의 과세표준과 세액을 경정하여, 2003. 9. 1. 원고에 대하여 1998 사업연도 귀속 법인세로 2,698,347,030원을 추가로 납부할 것을 고지(다음부터는 '이 사건 처분'이라고 한다)하였다.
 [인정 근거] 갑1호증 내지 갑5호증, 을1호증의 1 내지 14, 을2호증의 1 내지 10, 을3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 당사자들의 주장
 (1) 원고의 주장
 이 사건 공사는 단일공사이므로 전체 공사기간에 걸쳐 동일한 기준에 의하여 산출한 작업진행률에 따라 각 사업연도의 익금을 산정하여야 함에도, 피고는 이 사건 공사로 인한 1998 사업연도 이후의 익금을 계산함에 있어서는 그 작업진행률을 건설업회계처리기준을 적용하여 산정한 총공사예정비를 토대로 하여 산출하면서도 1997 사업연도의 경우에만 법인세의 부과제척기간이 경과하였다는 이유로 원고가 임의로 산정한 총공사예정비를 토대로 한 작업진행률에 의하여 산정한 익금을 그대로 인정하였다. 그로 인하여 피고는 이 사건 공사로 인한 1998 사업연도의 익금을 계산함에 있어 1997 사업연도에 정당하게 계상되어야 할 수입계상액이 아니라 원고가 잘못 신고한 수입계상액을 적용하였으므로 이 사건 처분은 위법하다. 
 설령 이 사건 공사로 인한 1998 사업연도의 익금을 계산함에 있어 원고가 신고한 1997 사업연도 수입계상액을 적용한다고 하더라도 그와 같은 경우에는 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 계산할 수 없다고 인정되는 경우에 해당하므로 목적물의 인도일이 속하는 사업연도에 익금으로 과세처분하여야 하고, 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
 (2) 피고의 주장
 장기공사의 경우에 당해 사업연도의 익금을 산정함에 있어서 구 법시행규칙 제14조의3 제2항 제1호에 의하여 '도급금액 × 작업진행률'에서 차감해야 할 '직전사업연도 말까지 수입계상액'은 실제로 직전사업연도 말까지 수입에 계상된 금액을 의미하며, 원고가 이 사건 공사로 인한 1997 사업연도의 익금으로 신고한 금액은 잘못 산출된 총공사예정비를 토대로 한 것으로서 경정되어야 하지만 1997 사업연도 귀속 법인세에 대한 부과제척기간이 경과하여 이를 경정할 수도 없다. 따라서 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 원고가 1997 사업연도에 수입계상액으로 신고한 금액을 기초로 이 사건 공사로 인한 1998 사업연도의 익금을 산정한 것은 적법하다.
 나. 관계 법령
 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 다음부터는 '구 법'이라고 한다)
 제17조 (손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산)
 ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
 ④ 제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것, 다음부터는 '구 법시행령'이라고 한다)
 제36조 (손익의 귀속사업연도) 
 ① 법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도는 다음 각 호에 의한다.
 7. 건설 또는 제조에 관하여 계약기간이 1년 이상인 장기도급계약을 체결한 경우에 그 목적물의 건설 또는 제조의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 손익은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 당해 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다(단서 생략).
 구 법시행규칙
 제14조의3 (작업진행률의 계산 등) 
 ① 영 제36조 제1항 제7호에서 '재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도'라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(이하 '작업진행률'이라 한다)을 말한다. 이 경우 '총공사예정비'라 함은 건설업회계처리기준을 적용하여 도급계약 당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도 말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 말한다.
 작업진행률 = 당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액 / 총공사예정비
 ② 영 제36조 제1항 제7호의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금으로 산입하는 금액은 다음 각 호의 산식에 의한다.
 1. 익 금 
 도급금액 × 작업진행률 - 직전사업연도 말까지 수입계상액
 2. 손 금
 당해 사업연도에 발생된 총비용
 국세기본법
 제26조의2 (국세부과의 제척기간) 
 ① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다(단서 생략).
 1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년 간
 2. 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년 간
 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년 간
 다. 판 단
 (1) 구 법 제17조 제1항, 구 법시행령 제36조 제1항 제7호, 구 법시행규칙 제14조의3의 각 규정을 종합하면, 공사기간이 1년 이상인 건설공사의 경우 당해 사업연도의 익금은 그 건설공사로 인한 예정수입금액에 작업진행률, 즉 당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액이 총공사예정비(건설업회계처리기준을 적용하여 건설공사 착수 당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도 말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가)에서 차지하는 비율을 곱한 금액에서 직전사업연도 말까지의 수입계상액을 차감하여 산정하여야 한다. 이 때 '직전사업연도 말까지 수입계상액'은 '직전사업연도 말까지 정당하게 수입계상되어야 할 금액'을 뜻하며, 납세의무자에 의하여 '실제로 수입계상된 금액'을 뜻한다고 볼 수 없다(피고가 1999 사업연도 및 2000 사업연도 귀속 법인세를 산정하면서 취한 견해이기도 하다). 만약 위 규정의 '직전사업연도 말까지 수입계상액'이 정당하게 수입계상되어야 할 금액이 아니라 실제로 수입계상된 금액을 뜻한다고 보면, 장기공사의 경우에 납세의무자가 각 사업연도의 익금을 계산함에 있어 법령에 따른 정당한 방식에 의하지 않았다 하더라도 과세관청으로서는 그 공사가 완료되는 사업연도의 익금을 계산하면서 직전사업연도 말까지의 실제 수입계상액을 차감함으로써 위 공사로 인한 총소득을 정확하게 계산할 수 있게 되므로 공사가 완료되는 사업연도의 법인세만을 경정할 수 있고 그 이전 사업연도의 법인세는 경정할 수 없다는 결과가 되나, 그와 같이 되는 경우 납세의무자로서는 각 사업연도에 법령에 의하여 납부할 법인세의 일부 또는 전부를 공사가 완료되는 사업연도에 이월할 수 있게 되어 부당하고, '직전사업연도 말까지 수입계상액'을 '과세관청에 의하여 경정된 수입계상액'까지 포함된 것으로 본다고 하더라도 납세의무자가 신고한 직전사업연도 말까지의 수입계상액이 법령에 의하지 않은 것으로서 잘못된 경우에 과세관청이 이를 경정하느냐 또는 경정하지 않으냐에 따라 당해 사업연도의 익금이 달라지는 결과가 되어 부당하기 때문이다. 따라서 이 사건 공사로 인한 1998 사업연도의 익금은 법령에 따라 1997 사업연도의 수입으로 정당하게 계상되어야 할 금액을 기초로 해야 하며, 원고가 법령에 의하지 않고 임의로 1997 사업연도의 수입으로 계상한 금액을 기초로 해서는 안 된다.
 그리고 국세기본법 제26조의2에서 규정하고 있는 국세부과권의 제척기간이란 개별 세법상 과세요건이 충족되어 조세채무가 성립된 상태에서 이를 확정하는 과세관청의 부과권에 관하여 그 행사기간을 설정한 것으로서, 그 기간 내에 조세의 부과처분이 없으면 과세관청은 더 이상 국세의 확정을 위한 부과처분을 할 수 없게 되고 그 반사적 효과로서 납세자로서는 조세채무를 납부할 의무를 면하게 된다. 국세부과권에 제척기간을 둔 것은 조세 법률관계의 신속한 확정을 위하여 과세관청의 국세부과권 행사를 제한하기 위함이고, 개별 조세법령에 의하여 과세요건이 충족된 조세채무의 과세표준, 세액의 계산방법 및 범위를 제한하기 위한 것이 아니다. 이 사건 공사로 인한 1998 사업연도의 익금을 산정함에 있어 1997 사업연도에 정당하게 수입계상되어야 할 금액을 기초로 하는 경우, 1997 사업연도 귀속 법인세 자체에 대하여는 국세부과권의 제척기간으로 인하여 법령에 따른 적법한 증액경정처분을 할 수 없게 되어 결과적으로 원고가 납부하여야 할 법인세를 덜 납부하는 결과가 발생할 수 있으나 이는 국세부과권의 제척기간 제도가 원래 예정하고 있는 것에 불과하다. 
 그렇다면 이 사건 공사로 인한 1998 사업연도의 익금을 산정함에 있어 원고가 법령에 의하지 않고 임의로 1997 사업연도의 수입으로 계상한 금액을 기초로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 (2) 정당한 세액의 계산
 갑5호증, 갑6호증, 을3호증, 을4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 공사로 인한 1997 사업연도와 1998 사업연도의 각 소득을 계산함에 있어서 기초로 해야 할 총공사예정비는 구 법시행규칙 제14조의3 제1항에 의하여 건설업회계처리기준을 적용하여 산정해야 하는바, 이는 원고가 1999 사업연도 귀속 법인세와 2000 사업연도 귀속 법인세를 신고함에 있어서 산정한 총공사예정비 83,338,762,659원과 같은 사실, 이 사건 공사로 인한 1998 사업연도 말까지의 총공사비 누적액은 24,770,327,029원인 사실, 이 사건 공사로 인한 아파트의 분양률은 91.56%로서 분양률을 감안한 1997 사업연도의 공사비는 15,041,072,457원인 사실 등을 인정할 수 있다. 
 따라서 이 사건 공사로 인한 1998 사업연도의 정당한 소득금액은 별지 1 목록 '정당한 금액'란 기재와 같이 2,125,173,308원으로서 피고가 이 사건 처분에서 인정한 소득금액 5,860,011,087원보다 3,734,837,779원이 적다. 이를 기초로 원고가 1998 사업연도 귀속 법인세로 신고한 금액보다 추가로 납부해야 할 정당한 세액을 계산하면 별지 2 목록 기재와 같이 965,289,205원이 된다.
 3. 결 론
 그렇다면 이 사건 처분 중 965,289,205원을 초과하는 부분은 위법하므로 이를 취소하기로 하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 이인재(재판장) 박정수 홍용건

구 법인세법 제17조 제1항, 구 법인세법시행령 제36조 제1항 제7호, 구 법인세법시행규칙 제14조의3의 각 규정에 의하여 공사기간이 1년 이상인 건설공사의 당해 사업연도의 익금을 산정함에 있어서 차감해야 할 '직전사업연도 말까지 수입계상액'의 의미

구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제17조 제1항, 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제7호, 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제14조의3의 각 규정을 종합하면, 공사기간이 1년 이상인 건설공사의 경우 당해 사업연도의 익금은 그 건설공사로 인한 예정수입금액에 작업진행률, 즉 당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액이 총공사예정비(건설업회계처리기준을 적용하여 건설공사 착수 당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도 말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가)에서 차지하는 비율을 곱한 금액에서 직전사업연도 말까지의 수입계상액을 차감하여 산정하여야 하는데, 이 때'직전사업연도 말까지 수입계상액'은 직전사업연도 말까지 정당하게 수입계상되어야 할 금액을 뜻하며, 납세의무자에 의하여 실제로 수입계상된 금액을 뜻한다고 볼 수 없다.