종합소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2021.04.29 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 구성 외 1인)
【피고, 피상고인】 분당세무서장
【원심판결】 수원고법 2020. 11. 4. 선고 2019누13547 판결
【주 문】
원심판결 중 2009년 귀속 종합소득세 204,344,940원(가산세 포함)의 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 수원고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 주식회사 화성바이오팜은 2009. 8. 13. 엔비로종합건설 주식회사(이하 ‘엔비로건설’이라 한다)에 전문의약품 생산공장을 신축하는 공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 도급하였다.
 나. 제천세무서장은 ‘원고가 엔비로건설의 실제 대표자인데, 엔비로건설이 이 사건 공사를 수행하는 과정에서 법인자금을 부당하게 사외로 유출하였다.’고 보고, 2015. 4. 6. 2009년 사외유출된 법인자금 중 407,235,267원과 2011년 사외유출된 법인자금 167,212,000원을 원고에 대한 인정상여로 각각 소득처분하였다(이하 위 각 소득처분 중 2009년 소득처분을 ‘이 사건 2009년 소득처분’이라 한다). 
 다. 피고는 2009년 인정상여액 407,232,267원과 2011년 인정상여액 167,212,000원을 각 과세연도 근로소득에 합산하여, 2016. 6. 7. 원고에게 2009년 귀속 종합소득세 204,344,940원(가산세 포함)과 2011년 귀속 종합소득세 68,181,260원(가산세 포함)을 각 부과하였다(이하 차례대로 ‘이 사건 2009년 부과처분’, ‘이 사건 2011년 부과처분’이라 한다).
 2. 이 사건 2009년 부과처분에 관한 부과제척기간 관련 상고이유에 대하여
 가. 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하면서(제3호), ‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에는 그 부과제척기간을 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 연장하고 있다(제2호).
 한편 구 소득세법(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조 제1항은 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자에 대하여 원칙적으로 종합소득 과세표준확정신고를 하여야 할 의무를 부여하면서도, 제73조 제1항은 “다음 각호의 어느 하나에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조에도 불구하고 해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.”라고 규정하면서 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있는 자의 하나로 제1호에서 ‘근로소득만 있는 자’를 들고 있다. 다만 구 소득세법 제73조 제4항은 ‘근로소득 등이 있는 자에 대해서 원천징수의무를 부담하는 자가 연말정산에 의하여 소득세를 납부하지 아니한 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 
구 국세기본법 제26조의2 제1항은 무신고와 과소신고를 각각 달리 취급하고 있으므로 7년의 부과제척기간을 규정한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호는 과세표준확정신고를 하여야 할 의무가 있음에도 아예 그 신고를 하지 않은 무신고의 경우에 적용되고 과소신고의 경우에는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년의 부과제척기간이 적용된다고 보아야 한다. 이러한 점에다가 구 소득세법 제73조 제1항 각호의 어느 하나에 해당하는 거주자가 원천징수나 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 경우에는 같은 호의 소득이 누락되었다고 하더라도 이를 과소신고와 마찬가지로 취급하는 것이 소득세 납부의 간이화와 과세의 편의를 도모하기 위하여 과세표준확정신고의 예외를 규정한 구 소득세법 제73조 제1항 등의 취지에 부합하는 점 등을 함께 고려하여 보면, 근로소득만 있는 거주자가 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 경우에는 연말정산에서 누락된 다른 근로소득이 있다고 하더라도 그 소득세에 대한 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 5년으로 보아야 한다(대법원 2013. 7. 11. 선고 2013두5555 판결 참조).
 나. 원심은, 이 사건 2009년 부과처분이 5년의 부과제척기간을 경과한 후에 이루어져 위법하다는 원고의 주장에 대하여, 원고가 이 사건 2009년 소득처분에 따른 근로소득 407,232,267원(이하 ‘이 사건 소득’이라 한다)에 관하여 종합소득세 법정신고기한인 2010. 5. 31.까지 과세표준신고서를 제출하지 않고 그 소득금액변동통지에 따른 추가신고ㆍ납부기한인 2015. 6. 30.까지도 종합소득세를 신고ㆍ납부하지 않아 그 부과제척기간이 7년이라는 이유로 위 주장을 배척하였다. 
 다. 그러나 이러한 원심의 판단은 다음과 같은 이유에서 그대로 수긍하기 어렵다. 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 원고가 2009년에 이 사건 소득 이외에도 주식회사 에이치에스바이오팜과 주식회사 화성바이오팜으로부터 각각 급여를 지급받은 사실이 인정된다. 따라서 만약 2009년에 원고에게 근로소득만 있고, 연말정산에 의하여 위 각 소득에 관한 소득세가 납부되었다면, 이 사건 소득에 관한 소득세의 부과제척기간은 앞서 본 법리에 따라 5년이다. 그렇다면 원심으로서는 2009년에 원고에게 위 각 근로소득 외에 다른 소득이 있는지, 위 각 근로소득에 관하여 연말정산이 이루어져 그 소득세가 납부되었는지를 추가로 심리하여 이 사건 소득에 관한 소득세의 부과제척기간을 확정한 다음 그 경과 여부를 판단하였어야 한다. 
 라. 그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 소득에 관한 소득세의 부과제척기간이 7년이라고 단정하고 위 처분이 적법하다고 판단하고 말았다. 이러한 원심의 판단에는 국세의 부과 제척기간에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 이 사건 2011년 부과처분에 관한 상고이유에 대하여
 가. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제67조의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 단서는 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 하면서 괄호 안에 ‘소액주주 등이 아닌 주주 등인 임원 및 그와 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 한다.’고 규정하고 있다.
 나. 원심은 그 판시와 같은 이유로 원고가 엔비로건설의 주식을 자신의 명의로 소유하고 있지 않았다고 하더라도 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서 괄호에서 규정하는 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 ‘주주 등인 임원’에 해당한다고 판단하였다.
 다. 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 인정상여처분의 상대방인 대표자에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다. 
 4. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 2009년 귀속 종합소득세 204,344,940원(가산세 포함)의 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 안철상(재판장) 박상옥 노정희 김상환(주심)