법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2014.10.17 / 시행일:

【원고, 피항소인】 주식회사 ○○ (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 정덕모 외 1인)
【피고, 항소인】 남대문세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2013. 11. 5. 선고 2013구합54069 판결 
【변론종결】2014. 7. 4.
【주 문】
1. 제1심판결을 취소한다.
2. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지 
 피고가 2012. 8. 2. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 17,315,936,360원(가산세 3,531,557,791원 포함)의 부과처분을 취소한다. 
2. 항소취지 
 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 부동산개발 및 공급업, 토목건축공사업, 주택 및 상가건설업 등을 영위하던 법인으로, 1997년부터 2004년까지 순차적으로 서울 강서구 (주소 생략) 대 6,693.1㎡ 외 407필지의 토지 총 1,937,509㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2009. 12. 30. 지주회사 전환을 함에 있어 주택건설사업과 해외사업 부문 등을 물적분할하여 원고 회사를 설립한 후, 이 사건 토지를 회사분할을 원인으로 원고 회사에게 이전하였다. 
 나. 원고는 이 사건 토지 취득일을 기준으로 구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제49조 제1항 제1호 가목 단서 소정의 업무사용 유예기간(이하 ‘유예기간’이라 한다)인 취득일로부터 5년이 경과하기 이전은 이 사건 토지를 업무용 부동산으로, 유예기간 5년이 경과한 이후부터 물적분할에 따라 이 사건 토지를 원고 회사에게 이전하기 전까지는 이를 비업무용 부동산으로 보아 2009 사업연도 법인세 신고를 하였다. 
 다. 그런데 그 후 서울지방국세청에 대한 업무감사에서 감사원은 원고가 물적분할로 이 사건 토지를 원고 회사에 양도하기 전까지 이 사건 토지를 업무와 관련하여 사용한 사실이 없으므로 이 사건 토지 취득일로부터 양도일까지의 기간 전체에 대하여 이 사건 토지를 비업무용 부동산으로 보아야 한다고 지적하였고, 서울지방국세청은 위 지적에 따라 피고에게 이 사건 토지의 유예기간(취득일로부터 5년) 동안의 취득자금 관련 지급이자를 손금불산입하라는 취지의 과세자료 통보를 하였으며, 이에 피고는 위 통보에 따라 이 사건 토지의 양도일, 즉 물적분할일이 속하는 원고의 2009 사업연도의 법인세액을 재계산하여 2012. 8. 2. 원고에게 법인세 17,315,936,360원(가산세 3,531, 557,791원 포함)을 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 10. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 청구는 2013. 2. 26. 기각되었다. 
 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장
 다음과 같은 이유로, 비업무용 부동산으로 보는 기간에 관한 규정인 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호의 본문 "당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간"에 따라 유예기간 경과 후 양도일까지를 비업무용 부동산으로 보아 취득자금 관련 지급이자 손금불산입 규정을 적용하지 않고, 위 호 단서 "당해 부동산을 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우에는 취득일부터 양도일까지의 기간"을 적용하여 취득일부터 양도일까지 전 기간을 비업무용 부동산으로 보아 취득자금 관련 지급이자 손금불산입 규정을 적용하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다. 
 (1) 적격 물적분할로 인한 자산의 이전은 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서의 "양도"에 해당하지 않는다. 
 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서의 "다만, 당해 부동산을 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우에는 취득일부터 양도일까지의 기간"에서의 "양도"는 해당 법인의 업무와 무관한 유상이전행위를 의미하는 것으로서 이 사건과 같이 물적분할 당시 법인세법 제46조 제1항 각호 및 제47조 제1항 소정의 요건을 모두 갖춘 적격 물적분할의 경우에는 적용될 수 없다. 적격 물적분할의 경우 분할신설법인은 분할법인의 모든 권리와 의무를 승계하고 자산과 부채는 물론 이월결손금이나 자산의 처분손실 등 회계적 사항도 그대로 승계하므로 비업무용 부동산의 판정과 관련된 분할법인의 부동산 보유기간 등도 당연히 분할신설법인에 승계되기 때문이다. 
 (2) 이 사건 양도 자체가 원고의 업무에 직접 사용한 경우에 해당한다.
 일반법인과 달리 부동산매매업을 주업으로 영위하는, 원고와 같은 법인이 재고자산으로 취득·보유하였던 부동산을 양도하는 것은 이를 업무에 직접 사용한 것이라고 보아야 한다. 
 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제2호에서 ‘매매용부동산을 유예기간 내에 양도하는 경우를 당해부동산을 업무에 직접 사용하는 것으로 본다’는 규정의 의미는, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목에서 "유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다"는 규정에 대응하여 그 내용과 취지를 명확하게 하기 위한 규정에 불과하다. 따라서, 유예기간 이후의 양도에 관하여는 별도의 규정을 두고 있지 않으므로 그에 대한 판단은 일반원칙으로 돌아가 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목과 "법인의 업무"에 관한 일반 정의규정인 법인세법 시행규칙 제26조 제2항에 따라야 하고, 원고와 같은 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 양도하는 것은 법인의 업무에 포함되는 것이 명확한 이상 유예기간 이후의 매매용부동산을 양도하는 것을 업무에 직접 사용하지 않은 것으로 볼 수는 없다. 
 (3) 결국 원고가 이 사건 토지를 유예기간이 지난 후에 양도한 이 사건과 같은 경우, 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서에서 정한 "당해 부동산을 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우"에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 토지의 취득자금 관련 지급이자가 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간, 즉 손금불산입하는 기간은 위 호의 본문에 따라 "그 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간"으로 보아야 한다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 판단
 (1) 관련 법리
 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항 제4호 가목, 제27조 제1호는 법인이 비업무용 부동산을 보유함에 따른 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 규정하면서 그 비업무용 부동산의 범위를 대통령령에서 정하도록 위임하고 있다. 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제49조는 비업무용 부동산의 범위를 규정하는 한편, 비업무용 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항을 기획재정부령에서 정하도록 위임하고 있으며, 이에 따라 법인세법 시행규칙 제26조는 비업무용 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 세부적인 사항을 규정하고 있다. 이러한 규정의 입법 취지는 타인 자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고, 대기업의 금융자산에 의한 부동산투기 및 비생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제하여 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하며, 아울러 국토의 효율적 이용을 도모하기 위한 데에 있다. 법인이 보유하고 있는 부동산이 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 소정의 비업무용 부동산에 해당하는지 여부는, 위와 같은 비업무용 부동산 관련 차입금에 대한 지급이자 손금불산입 규정의 입법 취지와 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 가목, 제27조 제1호가 비업무용 부동산의 구체적인 범위에 관하여 시행령, 시행규칙에 위임한 취지 및 그 기준 등을 고려하여 판단하여야 한다. 이와 같이 해석하는 이상, 시행령 및 시행규칙의 관련규정이 상위법에 위배된다거나 상위법과의 관계에 있어서 체계정당성의 원리를 위반하여 무효라고 할 수 없다(대법원 2006. 2. 10. 선고 2005두12527 판결, 대법원 2008. 9. 25. 선고 2008두10942 판결 등 참조). 
 (2) 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서의 "양도"에 해당하지 않는다는 주장에 대한 판단
 다음과 같은 ① 내지 ③과 같은 사정들을 종합하면, 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서 "다만, 당해 부동산을 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우에는 취득일부터 양도일까지의 기간"에서의 "양도"의 개념에 적격 물적분할로 인한 부동산의 양도가 포함되지 않는다고 볼 수 없다.
 ① 법인세법 제47조 제1항은 "분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다."는 등의 물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례를 규정하고 있는바, 이 규정은 물적분할로 인한 자산의 이전이 법인세법상 "양도"에 해당함을 전제로 하고 있다. 또, 법인세법 시행규칙 제5항 제25호에서는 "유예기간 내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 부동산"이라고 규정하고 있다. 즉, 법인의 합병 또는 분할로 인한 부동산 소유권의 이전을 "양도"라고 하고 있고, 적격 물적분할로 인한 부동산 소유권의 이전의 경우를 "양도"의 개념에서 배제하고 있지 않다. 이와 같은 법인세법령의 규정 내용에 비추어 볼 때, 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서에서 적격 물적분할로 인한 부동산 소유권의 이전의 경우를 명시적으로 배제하지 않고 있는 이상 위 "양도"의 개념에 적격 물적분할로 인한 경우가 배제된다고 볼 만한 문리적 근거가 없다.
 ② 적격 물적분할로 인한 자산의 이전의 경우에도 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 경우에 해당하므로 세법상의 양도에 해당한다. 또, 이 사건 양도로 인하여 이 사건 토지의 소유권이 원고로부터 별개의 권리주체인 원고 회사로 이전됨에 따라, 원고가 더 이상 이 사건 토지를 사용할 여지는 없으므로 양도로 인하여 원고가 이 사건 토지를 사용할 수 없음이 확정되었음은 통상의 매매 등으로 인한 양도의 경우와 다름이 없다.
 ③ 한편, 을 제4호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 원고로부터 이 사건 토지를 양수한 원고 회사는 이 사건 토지의 소유권이전을 새로운 부동산의 취득으로 보아 물적분할일부터 다시 ‘유예기간’을 적용하여 지급이자 상당액을 손금불산입 대상에서 제외하여 법인세를 신고하였다. 원고의 주장대로 이 사건 토지의 소유권이전이 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서의 양도에 해당하지 않는다고 한다면 원고 회사는 새로운 유예기간을 주장할 수 없으므로, 원고와 원고 회사에게 모두 각각의 유예기간 동안의 취득자금에 대한 손금불산입대상 제외를 인정하는 것은 원고의 주장과도 일관되지 않는다. 따라서, 피고의 이 사건 처분이 전제하고 있는 바에 따라 이 사건 토지의 소유권이전을 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서의 양도로 보아 원고에게는 취득일로 소급하여 취득자금 관련 지급이자 상당액에 관하여 손금불산입하는 한편, 원고 회사에 대하여는 물적분할일부터 다시 ‘유예기간’을 적용하여 취득자금 관련 지급이자 상당액을 손금불산입 대상에서 제외하는 것이 과세형평에도 부합한다.
 (3) 이 사건 양도자체가 원고의 업무에 직접 사용한 경우에 해당한다는 주장에 대한 판단
 위와 같은 법리에 다음 ① 내지 ⑤와 같은 사정들을 종합하면, 원고가 적격 물적분할에 따라 원고 회사에게 이 사건 토지를 이전한 것을 원고 법인의 업무에 직접 사용한 경우에 해당한다고 보기 어렵다. 
 ① 구 법인세법 시행령 제49조는 구 법인세법 제27조 제1호의 위임에 따라 취득관련 지급이자 등을 손금에 산입하지 않는 "업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산"의 범위를 정하고 있다. 위 시행령 제49조 제1항 제1호 본문 및 가목에 의하면 구 법인세법 제27조 제1호에서 대통령령이 정하는 자산이라 함은 "법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만 유예기간이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다"라고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 제2호는 "부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용 부동산"의 유예기간을 취득일로부터 5년으로 정하여 일반 부동산(취득일로부터 2년)에 비하여 장기의 기간으로 정하고 있다. 그런데, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해부동산을 업무에 직접 사용한다’는 의미를 정하고 있는 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 본문 및 제2호에 따르면, "부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용 부동산을 유예기간 내에 양도하는 경우"에 당해부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다고 규정하고 있다. 이와 같은 관련법령의 규정 형식과 내용에 비추어 보면, 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 본문 및 제2호의 의미는 ‘부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용 부동산을 취득하여 보유하다가 유예기간 내에 양도하는 경우에는 업무에 직접 사용하였다고 보아 그 취득 관련 지급이자 등을 손금에 산입할 수 있도록 규정하는 반면, 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이라고 하더라도 유예기간을 경과하도록 매매용 부동산을 보유하다가 유예기간이 경과한 후에 양도하는 경우에는 업무에 직접 사용한 것으로 보지 않고 그 취득 관련 지급이자 등을 손금불산입한다’는 취지로 읽힌다. 
 ② 이와 같이 보는 것이 앞서 본 대기업의 금융자산에 의한 부동산투기 및 비생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제함으로써 기업의 건전한 경제활동을 유도하려는 비업무용 부동산 관련 차입금에 대한 지급이자 손금불산입 규정의 입법취지에도 부합한다. 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산을 취득하여 보유하다가 양도하는 경우 외견상 그것이 부동산매매업의 업무에 따른 취득 후 양도인지 부동산투기목적의 취득 후 양도인지의 구별이 용이하지 않으므로, 그 유예기간을 일반 부동산에 비하여 장기간으로 정하는 한편 유예기간 내에 양도한 경우에 한하여 업무에 직접 사용한 것으로 보아 취득관련 자금에 대한 지급이자 등을 손금에 산입하여 주는 것이 부동산매매업을 주업으로 하는 법인의 업무특성을 고려함과 아울러 부동산투기억제 등의 요구를 함께 충족시킬 수 있기 때문이다. 
 ③ 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 유예기간 내에 양도하는 경우를 업무에 직접 사용한 것으로 본다는 규정은 1999년 법인세법령 전부개정시 신설되었다. 그 당시에는 법인이 보유하고 있는 부동산을 유예기간을 도과하도록 업무에 직접 사용하지 않는 경우 예외없이 취득일로부터 비업무용 부동산으로 보았다. 2001. 3. 28. 재정경제부령 제183호로 법인세법 시행규칙 제26조 제9항이 신설됨으로써 유예기간이 도과한 이후에 업무에 직접 사용하는 경우 유예기간과 겹치는 기간을 비업무용 부동산으로 보지 않게 되었다. 그런데, 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서에서는 "양도"의 개념에 "부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 양도하는 경우"를 명시적으로 제외하고 있지 않다.
 ④ 원고는, "법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제2호의 의미는, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목 ‘유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다’는 규정의 취지를 명확하게 하기 위하여 규정한 것에 불과하다"고 주장한다. 그러나 위 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목은 그 자체로 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인이 유예기간 중에 양도하는 부동산은 제외한다는 의미를 분명히 하고 있으므로, 이 규정을 명확하게 하기 위하여 따로이 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제2호와 같은 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 매매용부동산에 관하여 ‘당해부동산을 업무에 직접 사용한다’는 의미를 정의하는 규정을 두었다고 볼 수는 없다. 또, 법인세법 시행규칙 제26조 제3항은 "영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서"라고 규정하고 있고, 그 적용범위를 "영 제49조 제1항 제1호 나목"에 한정하고 있지도 않다. 
 ⑤ 또한, 갑 제7호증 등기사항전부증명서의 기재에 의하면, 원고의 목적사업 중 부동산매매업과 관련된 것으로는 "토목건축공사업, 주택 및 상가 건설업, 부동산임대분양 및 알선업, 부동산개발 및 공급업" 등이 기재되어 있다. 이와 같은 기재에 비추어 이 사건과 같이 원고가 물적분할을 원인으로 하여 이 사건 토지를 원고 회사에게 양도한 것이 부동산매매업을 하는 원고의 업무의 일환으로 이루어진 것으로 보기도 어렵다.
 (4) 따라서, 원고의 주장은 이유 없고, 구 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서에 따라 원고가 이 사건 토지를 취득한 때로부터 물적분할일까지의 기간을 업무와 관련이 없는 보유 기간으로 보아 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.
 3. 결론 
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 장석조(재판장) 손삼락 김용하