양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2022.01.14 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 (유한) 동인 담당변호사 이향은 외 1인)
【피 고】 삼성세무서장
【변론종결】2021. 12. 10.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2019. 5. 21. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 양도소득세 427,136,720원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 상속 등으로 취득한 서울 강남구 (지번 1 생략) 대 378㎡ 및 그 지상 주택, 상가건물(이하, 토지와 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 2013. 9. 17. 대금 150억 원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다). 
 나. 당시 원고는 충북 음성군 (지번 2 생략) 임야 882㎡ 및 지상 주택(이하 ‘이 사건 단독주택’이라 한다)을 소유하고 있었는데, 원고는 이 사건 단독주택이 조세특례제한법 제99조의4에서 정한 농어촌 주택에 해당한다고 보아 이를 원고의 소유 주택 수에서 제외하고, 이 사건 부동산 중 주택 부분의 양도에 관하여 소득세법 제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용하여 2013. 11. 30. 피고에게 2013년 귀속 양도소득세 3,149,559,131원을 신고·납부하였다. 
 다. 그런데 피고는 이 사건 단독주택은 조세특례제한법 제99조의4에서 정한 ‘농어촌 주택(대지면적이 660㎡ 이내이고 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것)’에 해당하지 아니하고, 양도소득세 과세표준 신고기한 내에 과세특례신청을 하지 않았음을 이유로 이 사건 단독주택을 원고의 소유주택 수에서 제외할 수 없다고 보아 이 사건 부동산 중 주택 부분의 양도에 관하여 1세대 1주택 비과세 규정의 적용을 배제하고 2019. 5. 21. 원고에게 2013년 귀속 양도소득세 427,136,720원(가산세 166,553,083원 포함)을 부과하는 내용의 경정처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 
 라. 원고는 이에 불복하여 2019. 8. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2019. 12. 2. 조세심판원의 재조사결정 후에도 2020. 2. 5. 이 사건 처분이 그대로 유지되자, 다시 2020. 2. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 10. 29. 청구가 기각되었다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호가 있는 경우, 가지번호 모두 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 피고는 「양도소득세 사무처리규정」(이하 ‘이 사건 사무처리규정’이라 한다) 제17조에 따라 2개월 이내에 양도소득세 신고내용을 확인하여야 함에도, 원고가 2013. 12.경 이 사건 부동산에 관하여 양도소득세 신고서를 접수한 때로부터 위 기간 내에 이를 처리하지 아니하고 장기간 방치하다가 국세 부과제척기간의 만료일이 임박하자 과세예고통지서를 생략하고 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분에는 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제1항에 따른 과세예고통지의 절차를 거치지 않아 납세자의 사전적 권리구제를 침해한 중대한 절차적 하자가 존재하여 위법하다. 
나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단
 1) 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제3호에 의하면, 납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우, 세무서장 또는 지방국세청장은 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(과세예고통지)하여야 하는바, 과세예고통지를 누락하여 의견제출의 기회를 주지 아니한 경우에는 원칙적으로 과세처분은 위법하다고 보아야 한다. 
 그러나 한편, 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호에서 ‘과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다.’고 규정하고, 같은 조 제3항 제3호에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제81조의15 제2항을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있다. 위 규정 내용에 따르면, 과세예고통지는 과세전적부심사청구의 전제 조건으로서의 기능을 하고 있으므로, 구 국세기본법 및 동법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있다면 과세전적부심사 및 그 전제에 해당하는 과세예고통지를 생략하더라도 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로 볼 수는 없다고 봄이 상당하다. 
 2) 앞서 거시한 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 각 사실 및 사정들을 위 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 피고가 원고에 대하여 과세예고통지를 하지 아니하고 이 사건 처분을 하였다 하더라도 이 사건 처분에 구 국세기본법 제81조의15 제1항, 제2항에서 요구되는 절차를 준수하지 아니한 위법이 있다고 볼 수 없다. 
 ① 피고는 이 사건 처분을 하기 이전인 2019. 5. 14.부터 2019. 5. 18.까지 원고 및 그 세무대리인에게 해명자료를 제출할 기회를 부여하였는데, 그 시기는 이 사건 양도소득세 부과제척기간인 2019. 5. 31.로부터 3개월도 남지 않은 시점으로, 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유인 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당함이 역수상 명백하다. 
 ② 피고가 양도소득세 신고서 검토 등의 정상적인 세무조사를 마쳤음에도 장기간 국세행정을 해태하였다고 볼 만한 자료가 없다. 오히려 원고가 이 사건 부동산의 지분 전부를 1993년부터 2003년까지 약 10여 년 동안 상속, 매매, 증여 등을 원인으로 취득하였고, 이에 따라 양도소득 과세표준 신고 과정에서 취득일자별, 취득원인별, 부동산 종류별(토지· 상가· 주택)로 이 사건 부동산의 취득가액을 구분 계산하여 양도차익을 산정하였는바, 피고로서는 이러한 내용을 검토하여 이 사건 부동산의 양도가액 및 취득가액 자체를 구하는 것만으로도 여러 단계의 복잡한 계산을 거친 이후에야 가능하였을 것으로 보인다. 
 ③ 한편, 부과제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 과세전적부심사 절차를 거치도록 하는 경우 부과제척기간의 도과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생하고, 납세의무자가 부과제척기간을 도과시키기 위한 목적으로 이를 남용할 가능성도 배제할 수 없다. 또한 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있다. 
 ④ 이 사건 사무처리규정은 제17조(처리기한)에 ‘확인담당자는 제16조에 따른 대상자 확정일로부터 2개월 이내에 종결함을 원칙으로 한다.’고 규정하고 있고, 제16조(확인대상자 선정)에 ‘국세청장 또는 지방국세청장이 세원정보 또는 「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 따라 제출된 자료, 외부기관으로부터 수집한 자료 등을 활용하여 확인대상자를 선정한 후 지방국세청장 또는 세무서장에게 신고내용 및 대상자를 시달할 수 있고, 확인담당자는 확인대상자의 신고내용 확인 업무를 실시하여야 한다.’고 규정하고 있으므로, 이 사건 사무처리규정 제17조는 양도소득세 ‘확인대상자’를 선정하여 확인대상자 및 신고내용확인계획을 시달받은 확인담당자로 하여금 신고내용 확인 업무를 2개월 이내에 처리하도록 정한 규정일 뿐 납세자가 제출한 양도소득세 과세표준 신고서를 관할세무서장이 2개월 이내에 확인하여 처리하여야 한다는 기준을 정한 규정으로 볼 수 없다. 
 ⑤ 원고가 제시한 조세심판원 결정은, 처분청이 지방국세청장의 종합감사 실시 후 양도소득세 부과하라는 시정조치를 통보받았음에도 약 3년 9개월간 방치하다가 양도소득세 부과제척기간 만료일 직전에 과세예고통지를 생략하고 부과처분을 한 것이거나(2019중3428), 처분청이 다른 과세관청으로부터 과세자료를 통보받았음에도 4년 6개월간 방치하다가 양도소득세 부과제척기간 만료일 직전에 별다른 조사 없이 위 과세자료에 의하여 부과처분을 한 것으로(2021서1583), 사안이 다른 이 사건에 바로 적용할 것은 아니다. 
3. 결론
 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 관계 법령 생략]

판사 신명희