종합소득세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2006.03.14 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 서초세무서장
【변론종결】2006. 2. 21.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다. 
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2005. 1. 6. 원고에게 한 2003년 귀속 종합소득세 157,980,710원의 부과처분을 취소한다. 
【이 유】 1. 처분의 경위
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 
 가. 원고는 2000. 4. 26.경소외 1 주식회사로부터 서울 서초구 방배동(지번 생략) 대 1,028㎡ 및 위 대지상에 신축중인 지하 4층, 지상 6층 철근콘크리트조 경사지붕 공동주택 11세대(이하 ‘이 사건 빌라’라고 한다)를 매매대금 190억 원에 매수하여 2001. 9월경 이 사건 빌라를 준공한 다음, 2002. 10. 1.소외 2에게 이 사건 빌라 중 1세대를 매매대금 11억 2,000만 원에, 2003. 7. 1.소외 3에게 나머지 10세대를 매매대금 130억 원에 각 매도하였다.
 나. 원고는 2004. 5. 31. 이 사건 빌라 중 위소외 3에게 매도한 10세대 분양수입금액에 대한 2003년 귀속 종합소득세를 기준경비율에 의한 추계방법으로 신고하면서 위 대지의 취득시에 부담하였던 토지 부분에 대한 취득세 6,600만 원과 등록세 110,095,200원 및 이 사건 빌라의 소유권보존등기 경료시에 납부한 취득세 139,152,590원과 등록세 62,578,120원 합계 금 377,820,910원 중 2003년 귀속분에 해당하는 347,849,294원(이하 ‘이 사건 취득세 등’이라고 한다)이 주요경비에 해당하는 것으로 보고, 총수입금액 12,166,612,519원에서 위 취득세, 등록세가 포함된 주요경비 9,279,240,321원과 총수입금액에서 기준경비율(11.4%)을 곱하여 산출한 기타 경비 1,386,993,817원을 뺀 나머지 금 1,500,378,371원을 소득금액으로 신고한 다음 위 소득금액에 임대소득 12,155,425원을 합한 금 1,557,524,098원을 종합소득금액으로 하여 산출된 651,455,972원(산출세액 545,506,206원 + 가산세 103,949,736원)을 납부하였다.
 다. 그런데 피고는 2005. 1. 10.소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 (가)목의 주요경비에는 부동산 취득시 납부한 이 사건 취득세 등이 포함되지 않는다는 이유로 원고에게 2003년 귀속 종합소득세로 125,225,747원과 이에 대한 가산세 32,754,968원(신고불성실 가산세 24,490,069원 + 납부불성실 가산세 8,264,899원) 합계 157,980,710원을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).
 라. 이에 원고는 2005. 4. 4. 이 사건 부과처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2005. 7. 27. 원고의 심사청구를 기각하였다. 
 2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 주택신축판매업에 있어서 관련 부동산 취득시 납부한 이 사건 취득세 등은소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 (가)목의 기준경비율에 의한 종합소득세의 추계신고시 총소득금액에서 공제되는 주요경비 중 매입비용에 해당한다.
 (2) 이 사건 취득세 등이 매입비용에 해당하는지 여부를 인터넷 국세종합상담센터의 질의를 통해 매입비용에 취득세 및 등록세가 포함된다는 답변을 받고 그 답변에 따라 신고· 납부하였는바, 국세종합상담센터의 서면질의회신은 유권해석으로 봐야 하고, 이후 피고가 그 답변내용을 번복하고 원고에게 불리하게 적용하는 것은국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 위배된다.
 (3) 가사, 그렇지 않다고 하더라도 원고가 국세종합상담센터의 질의회신을 거쳐 이 사건 취득세 등을 매입비용에 산입하여 종합소득세 확정신고 및 납부를 한 것이므로, 이 사건 종합소득세의 신고 및 납부에 있어서 귀책이 있다고 할 수 없고, 따라서 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 원고의 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 위법, 부당하다. 
 나. 관계 법령 
 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다. 
 다. 인정 사실
 다음 각 사실은 앞서 든 증거에 갑 제9, 10, 11호증, 을 1호증, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 
 (1) 2000. 12. 29. 소득세법 시행령의 개정으로 사업자의 장부기장을 저해하고 고소득 자영업자의 절세수단으로 이용되고 있는 표준소득률제도를 폐지하는 대신 기장문화 및 증빙에 의한 근거과세 풍토의 정착을 도모하기 위하여 부득이한 사유로 장부기장을 할 수 없는 경우에 증빙서류를 갖춘 최소한의 비용만 인정받을 수 있도록 2002. 1. 1. 이후 발생하는 소득분부터 기준경비율제도가 시행되었다.
 (2) 기준경비율에 의해 소득금액을 추계하는 경우 수입금액에서 주요경비금액과 수입금액에 기준경비율을 곱한 금액을 차감하여 소득금액을 정하도록 되어 있고, 증빙서류에 의한 주요경비의 범위는 국세청장이 기준경비율심의회의 심의를 거쳐 정하도록 되어 있는데, 주요경비 중 매입비용의 범위에 관하여는 별지 ‘관계 법령’ 중 ‘매입비용·임차료의 범위와 증빙서류의 종류 고시’와 같다. 
 (3) 그런데 원고는 원고와 같이 주택신축판매업자의 고정자산이 아닌 판매용 부동산의 매입비용에 당해 부동산의 취득세 및 등록세 등이 산입되는지 여부를 2004. 5. 17. 국세청 산하 인터넷 국세종합상담센터에 질의하여, 같은 달 24. 주요 경비의 매입비용에 취득세, 등록세가 포함된다는 답변을 받았는바, 그 답변의 말미에는 이는 법적 효력을 갖는 유권해석이 아니므로 각종 신고, 불복청구 등의 증거자료로서의 효력은 없을 수 있다고 부기되어 있었다.
 (4) 한편, 강남세무서장은 원고에 대하여 이 사건 빌라와 관련하여 시공사인소외 4 주식회사가 특수관계법인으로 건설원가의 가공계상혐의 및 분양수입금액 누락 혐의를 첩보하고 원고에 대하여 세무조사를 실시하였는데, 그 결과 위 혐의는 인정되지 아니하나 이 사건 취득세 등을 주요경비에 산입하여 소득금액을 산출한 점을 발견하고 2005. 1. 6. 피고에게 위와 같은 내용의 원고에 대한 종합소득세결정결의서(안)을 통보하였다.
 (5) 이에 피고는 2005. 1. 10. 원고의 2003년 귀속 종합소득세의 과세표준을 금 1,895,644,314원(원고가 신고한 이 사건 빌라에 대한 소득금액 1,500,378,371원 + 이 사건 취득세 등 347,849,294원 + 임대소득 12,155,425원 - 소득공제 9,729,079원)으로 정하고 여기에 소득세율 36%를 곱한 금 670,731,953원을 산출세액으로 확정한 다음, 원고가 신고한 산출세액 545,506,206원을 뺀 125,225,747원과 가산세 32,754,968원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다. 
 라. 판 단
 (1) 이 사건 취득세 등이 매입비용에 해당하는지 여부
소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호의 수입금액에서 공제되는 비용 중 매입비용에 관하여는같은 조 제5항에 의해 국세청장이 정하도록 되어 있는데, 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같이 위 국세청 고시의 매입비용에는 재화의 매입과 외주가공비 및 운송업의 운반비로 한정하고 재화의 매입은 재산적 가치가 있는 유체물(상품, 제품, 원료, 소모품 등 유형적 물건)과 동력, 열 등 관리할 수 있는 자연력의 매입으로 규정되어 있는 점, 기준경비율에 의한 추계신고가 아닌 장부를 비치한 기장사업자의 경우에는 취득세 등이 필요비용의 명목으로 공제될 수 있는데 그러한 경우에는 가액 및 부대비용이라고 명시(소득세법 시행령 제55조 제1항)되어 있는 점, 장부를 비치한 기장사업자의 경우에는 총수입금액에서 필요경비만 공제받을 수 있는 데 반하여 장부기장을 할 수 없거나 하지 아니한 경우 적용되는 기준경비율에 의한 종합소득세의 추계의 경우에는 주요경비 이외에 다시 기준경비율에 의한 기타경비를 공제하고 있고, 증빙서류가 있다고 하더라도 위 고시에 의한 주요경비에 포함되지 아니하면 주요경비로 공제되지 아니하고 기준경비율에 의한 기타 경비 공제만 받을 수 있어 장부기장신고의 경우와는 달리 해석해야 할 필요성이 있는 점, 기준경비율에 의한 종합소득세의 추계결정은 근거과세의 확립, 거래의 투명성 확보 등 소득세 행정의 선진화를 위하여 도입된 제도로서 증빙서류가 있는 주요경비 이외의 다른 경비 등을 주요경비로 넓게 인정하면 일단 납세자에게 유리한 것처럼 보이나 주요경비의 범위가 넓어질수록 기준경비율의 조정으로 일률적으로 비용을 인정해주는 기준경비율이 낮아지게 되어, 그만큼 사업자가 증빙서류를 갖추어야 할 비용이 많아지게 되고, 그렇지 못한 다른 대부분의 사업자에게는 결국 세부담의 증가로 이어져 오히려 공평과세 및 실질과세의 원칙에 반하게 되는 점 등을 종합하여 보면, 매입비용은 위 고시의 문언에 따라 엄격하게 해석해서 한정하여야 필요성이 있고, 따라서 이 사건 취득세 등은소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 (가)목의 매입비용에 포함되지 아니한다고 봄이 타당하다. 그러므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (2) 신의성실의 원칙에 반한다는 주장에 관하여
 ① 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다. 또한, 신의성실의 원칙에 위배된다는 이유로 그 권리의 행사를 부정하기 위하여는 상대방에게 신의를 주었다거나 객관적으로 보아 상대방이 그러한 신의를 가짐이 정당한 상태에 이르러야 하고, 이와 같은 상대방의 신의에 반하여 권리를 행사하는 것이 정의 관념에 비추어 용인될 수 없는 정도의 상태에 이르러야 하고, 일반 행정법률관계에서 관청의 행위에 대하여 신의칙이 적용되기 위해서는 합법성의 원칙을 희생하여서라도 처분의 상대방의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 예외적으로 적용된다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11233 판결 참조).
 ② 이 사건에서 보건대, 인터넷 국세종합상담센터의 답변은 상담직원들이 주로 근로소득자나 소규모 사업자 등을 대상으로 전문지식과 경험을 토대로 하여 1일 수천 건을 상담하는 단순한 상담 내지 안내수준인 행정서비스의 한 방법일 뿐 이를 행정청의 공적인 견해 표명이라고 보기 어려울 뿐만 아니라, 원고의 경우 세무대리인인소외 5가 원고를 대신하여 이 사건 종합소득세 확정신고를 한 것인데, 기준경비율로 종합소득금액을 계산할 때 취득세, 등록세는 주요 매입비용에 포함되지 않는다는 유권해석(서일46011-11508, 2003. 10. 23.)이 이미 있었음에도 조세전문자격자가 관련 규정과 고시, 유권해석 등을 자세히 검토하지 아니한 채 안이하게 잘못된 인터넷 국세종합상담센터의 답변만을 믿고 이 사건 종합소득세 확정신고를 한 것으로, 이를 그 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우라고 보기 어렵다.
 (3) 가산세 부분에 관하여 정당한 사유가 있다는 주장에 관하여 
 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과될 수 없는 것인데, 원고가 잘못된 인터넷 국세종합상담센터의 답변을 믿고 이 사건 종합소득세 확정신고를 하였다고 하여 앞서 본 바와 같은 이유로 원고가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있다고 보기 어렵다.
 3. 결 론
 그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 이태종(재판장) 김선희 오태환

주택신축판매업자가 부동산 취득시 납부한 취득세 등이소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 (가)목의 기준경비율에 의한 종합소득세의 추계신고시 공제되는 매입비용에 포함되지 아니한다고 본 사례

소득금액의 추계결정 및 경정에 관한소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호의 수입금액에서 공제되는 비용 중 매입비용에 관하여는같은 조 제5항에 의해 국세청장이 정하도록 되어 있는데, 이에 관한 국세청 고시(매입비용·임차료의 범위와 증빙서류의 종류 고시 제2003-36호)의 매입비용에는 재화의 매입과 외주가공비 및 운송업의 운반비로 한정하고 재화의 매입은 재산적 가치가 있는 유체물(상품, 제품, 원료, 소모품 등 유형적 물건)과 동력, 열 등 관리할 수 있는 자연력의 매입으로 규정되어 있는 점, 기준경비율에 의한 추계신고가 아닌 장부를 비치한 기장사업자의 경우에는 취득세 등이 필요비용의 명목으로 공제될 수 있는데 그러한 경우에는 가액 및 부대비용이라고 명시(소득세법 시행령 제55조 제1항)되어 있는 점, 장부를 비치한 기장사업자의 경우에는 총수입금액에서 필요경비만 공제받을 수 있는 데 반하여 장부기장을 할 수 없거나 하지 아니한 경우 적용되는 기준경비율에 의한 종합소득세의 추계의 경우에는 주요경비 이외에 다시 기준경비율에 의한 기타경비를 공제하고 있고, 증빙서류가 있다고 하더라도 위 고시에 의한 주요경비에 포함되지 아니하면 주요경비로 공제되지 아니하고 기준경비율에 의한 기타 경비 공제만 받을 수 있어 장부기장신고의 경우와는 달리 해석해야 할 필요성이 있는 점 등을 종합하여 보면, 매입비용은 위 고시의 문언에 따라 엄격하게 해석해서 한정하여야 할 필요성이 있으므로, 주택신축판매업자가 부동산 취득시 납부한 취득세 등은소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 (가)목의 기준경비율에 의한 종합소득세의 추계신고시 공제되는 매입비용에 포함되지 아니한다고 본 사례.