폐기물부담금부과처분취소청구등 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2020.06.18 / 시행일:

【원 고】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 하상혁 외 3인)
【피 고】 한국환경공단 외 2인 (소송대리인 법무법인 제이피 외 1인)
【변론종결】2020. 4. 16.
【주 문】
 1. 피고 공단이 2017. 2. 1. 원고에 대하여 한 2015년도 폐기물부담금 1,729,976,930원 부과처분을 취소한다.
 2. 피고 장관이 2017. 2. 2. 원고에 대하여 한 2015년도 국민건강증진부담금 51,721,627,530원 부과처분을 취소한다.
 3. 피고 재단이 2017. 2. 13. 원고에 대하여 한 2015년도 피고 재단 출연금 531,022,870원 부과처분을 취소한다.
 4. 소송비용 중 원고와 피고 공단 사이에 생긴 부분은 피고 공단이, 원고와 피고 장관 사이에 생긴 부분은 피고 장관이, 원고와 피고 재단 사이에 생긴 부분은 피고 재단이 각 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 주문 기재 각 처분(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)의 경위
가. 원고의 담배제조업허가 취득 및 사업 내용
1) 원고는 1989. 3. 29. 일반 무역업 등을 목적으로 하여 설립된 법인이다. 원고는 담배를 수입하였는데, 수입한 담배는 보세창고에 보관되었다가 출고되었다.
2) 원고는 담배 국내 제조를 시작하기 위해 2002. 8. 29. 기획재정부장관으로부터 담배사업법에 의한 담배제조업허가를 받았고, 현재에 이르기까지 담배 제조·판매 등 사업을 하고 있다. 원고는 담배제조업허가 신청 당시 제조장 소재지를 신고하였는데, 2012. 8. 2. 제조장 소재지를 ‘양산시 (주소 1 생략)’으로 변경하였다(이하 위 장소에 있는 담배제조공장을 가리켜 ‘양산제조공장’이라 한다)(갑 제8호증).
나. 원고와 소외 회사 사이의 위탁 계약 등
1) 원고는 2014. 8. 20. 소외 회사에게 담배 운송·보관·배송 등 업무를 위탁하였고, 소외 회사는 자신의 비용과 책임 아래 담배 보관 장소를 확보하여 위 업무를 수행하였다. 소외 회사는 양산제조공장으로부터 담배 완제품을 반출하여 자신이 확보한 담배 보관 장소에 옮겨 보관하다가, 주문 내용대로 담배를 비닐 포장하여 도매업자 등에게 배송하였다(갑 제9, 16호증).
2)소외 회사가 확보한 보관 장소는 ① ‘양산시 (주소 2 생략)’에 있는 창고(이하 ‘양산물류센터’라 한다) ② ‘광주시 (주소 3 생략)’에 있는 창고(이하 ‘서울물류센터’라 한다), ③ ‘광주 광산구 (주소 4 생략)’에 있는 창고(이하 ‘광주물류센터’라 한다)였다. 소외 회사는 양산·서울물류센터를 ‘제3자로부터 임차’하는 방식으로 확보하였다(갑 제10 내지 13, 24, 25호증).
3) 양산·서울물류센터는 보세창고인데, 원고가 국내에서 제조한 담배를 보관할 때에도 보세 기능 없이 보관 장소로 활용되었다.
4) 원고는 과거 수입판매업자로서 수입담배를 판매할 때에는, 수입담배를 보세구역에서 반출할 때 세금을 신고·납부하였는데, 이후 2002년 담배제조업허가를 받아 국내에서 제조한 담배를 반출할 때에도 양산제조공장이 아니라 양산·서울물류센터에서 반출할 때에서야 담배 반출신고를 하고 담배소비세를 신고·납부하였다(갑 제9호증).
 행정자치부는 2004. 4.경 ‘내국물품인 담배를 공급 편의를 위해 제조장에서 보세구역으로 반출하는 경우 미납세반출에 해당한다’, 2015. 9.경 ‘담배 공급의 편의를 위하여 제조장에서 보세창고로 반출하는 경우 미납세반출로 적용하는 것은 2003년부터의 일반적 관행이므로 미납세반출로 본다’는 취지의 회신을 한 바 있다.
 미납세반출의 근거인 지방세법 조항의 내용은 다음 글상자 기재와 같다.
■ 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)제231조(미납세반출) 다음 각호의 1에 해당하는 담배에 대하여는 담배소비세를 징수하지 아니한다. 1. 담배의 공급의 편의를 위하여 제조장 또는 보세구역에서 다른 제조장 또는 보세구역으로 반출하는 것?■ 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정된 것)제53조(미납세 반출) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 담배에 대하여는 담배소비세를 징수하지 아니한다. 1. 담배 공급의 편의를 위하여 제조장 또는 보세구역에서 다른 제조장 또는 보세구역으로 반출하는 것
다. 원고의 담배 제조·보관·배송 방식[갑 제17 내지 23, 27 내지 38호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 다른 서증에서도 가지번호를 특정하지 아니하는 한 같다)]
1) 원고는 양산제조공장에서 제조·포장공정을 거쳐 담배 완제품을 만드는데, 운송 편의를 위해 30박스 단위로 비닐 포장 작업을 한다.
2)소외 회사는 양산제조공장에서 생산된 담배 완제품을 양산물류센터로 옮긴다.
3) 양산물류센터로 옮겨진 담배 완제품 중 일부는 서울물류센터, 광주물류센터로 옮겨 보관되기도 한다.
4) 물류센터에 보관된 담배 완제품은, 도매업자 등으로부터 담배 주문이 이루어지면 그에 따라 도매업자 등에게 배송된다. 도매업자 등에 대한 배송도 소외 회사가 전담하는데, 30박스 단위로 되어 있는 비닐 포장을 해체하여 주문량만큼 다시 비닐 포장하여 배송한다.
5) 원고는 담배 완제품을 양산제조공장에서 양산·서울물류센터로 옮길 때, 당시 시행되던 구 지방세법에 근거하여 이를 ‘미납세반출대상 담배’로 신고하였고, 내부 전산프로그램에서도 ‘미납세재고’ 관리코드를 부여하였다.
 이렇게 관리코드를 부여받은 담배는, 도매업자 등으로부터 담배 주문이 들어오면, 관리코드가 ‘납세재고’로 변경 입력된 뒤 각 도매업자 등의 영업소 등으로 출고되었다. 또한 출고와 동시에 그에 관한 담배소비세 등이 신고·납부되었다.
6) 양산물류센터는 양산제조공장으로부터 약 13.7㎞ 떨어져 있고, 서울물류센터는 양산제조공장으로부터 약 319㎞ 떨어져 있다.
라. 담뱃값 인상 및 담배 반출량 제한 고시
1) 정부는 2014년경 담배 가격을 인상하기로 결정하였는데, 구체적으로는 2015. 1. 1.부터 1갑당 가격을 2,000원 인상(기존 2,500원→인상 후 4,500원)하기로 하였다. 위 담뱃값 인상분 중 상당 부분은 담배에 관하여 부과되는 각종 세금의 인상분으로 구성되었다.
2) 기획재정부장관은 담배 제조업자가 미리 담배를 반출하여 인상 전 세율 등을 적용받은 뒤 재고를 쌓아뒀다가 담배값이 인상된 뒤 인상된 가격으로 재고를 판매하여 폭리를 얻을 것을 우려해 2014. 9. 12. ‘담배 매점매석행위에 관한 고시’(이하 ‘매점매석 고시’라 한다)를 제정하여 시행하였다. 위 고시에는 제조업자 등이 2014. 9. 12.부터 담배값 인상일까지 반출할 수 있는 담배의 양을 제한하는 내용이 포함되어 있다.
마. 매점매석 고시 무렵의 담배 반출 - ① 임시물류센터를 통한 반출
1)소외 회사는 담배 보관 장소로 2014. 9. 3.부터 2015. 2. 28.까지 ‘양산시 (주소 5 생략)’에 있는 창고(이하 ‘임시물류센터’라 한다)를 추가 확보하였다.
 이는 원고의 요청에 따른 것이었는데, 임시물류센터 역시 양산·서울물류센터와 마찬가지로 제3자로부터 임차하는 방식으로 확보한 것이다(갑 제14 내지 15, 26호증).
2) 원고는 2014. 9. 3.부터 2014. 12. 31.까지 총 104,634,000갑의 담배를 양산제조공장에서 임시물류센터로 반출하였고, 그와 동시에 담배소비세 등을 납부하였다. 반출된 담배 중 39,826,872갑(이하 ‘제1 쟁점 담배’라 한다)은 양산·서울물류센터로 이동된 뒤, 2015. 1. 1. 이후에 양산·서울물류센터에서 도매업자 등으로 출고되었다.
3) 원고가 2014. 9. 3.부터 2014. 12. 31.까지 양산제조공장에서 임시물류센터로 반출한 104,634,000갑의 담배 중 56,221,000갑(53.73%, 소수점 둘째 자리 미만 버림)은 매점매석 고시의 시행일 전인 2014. 9. 3.부터 2014. 9. 6.까지 나흘간 반출된 것이다.
4) 임시물류센터에는 재차 비닐 포장을 할 수 있는 기계가 없었기에, 임시물류센터에 보관되었던 담배들은 모두 양산물류센터로 이동하여 재비닐 포장 작업 후 배송되었다.
5) 임시물류센터는 양산제조공장으로부터 약 15㎞ 떨어져 있다.
바. 매점매석 고시 무렵의 담배 반출 - ② 관리코드 변경입력을 통한 반출
1) 앞서 다의 5)항에서와 같이, 원고는 담배 완제품을 양산·서울물류센터에 보관하면서 내부 전산프로그램상 ‘미납세재고’ 관리코드를 부여하고 있었다.
 그런데 원고는 위와 같이 보관 중이던 담배 191,133,000갑을 2014. 9. 5.부터 2014. 12. 31.까지 실물 이동 없이 관리코드만 ‘납세재고’로 변경입력하고 담배소비세 등을 납부하였다. 그중 66,377,702갑(이하 ‘제2 쟁점 담배’라 하고, 제1 쟁점 담배와 제2 쟁점 담배를 통틀어 ‘쟁점 담배’라 한다)은 2015. 1. 1. 이후에 양산·서울물류센터에서 각 출고되어 도매업자 등에게 출고되었다.
2) 원고가 2014. 9. 5.부터 2014. 12. 31.까지 관리코드만 ‘납세재고’로 변경입력한 191,133,000갑의 담배 중 4,395,500갑(2.29%, 소수점 둘째자리 미만 버림)은 2014. 9. 5.에, 45,721,000갑(23.92%, 소수점 둘째 자리 미만 버림)은 2014. 9. 11.에 각 변경입력된 것인데, 이는 모두 매점매석 고시 제정·시행일인 2014. 9. 12. 이전에 이루어진 것이다.
사. 원고의 2014년 담배 반출량 등 정리
1) 원고는 2014년 양산제조공장에서 970,899,593갑의 담배를 반출하였다.
2) 위 970,899,593갑 중 쟁점 담배인 106,204,574갑은 2014. 12. 31. 자정을 기준으로 양산·서울물류센터에 나누어 보관되고 있는 상태였고, 2015. 1. 1. 이후에 도매업자 등에게 출고되었다.
아. 피고 공단의 폐기물부담금 부과처분(주문 제1항 기재 처분, 이하 ‘이 사건 폐기물부담금 부과처분’이라 한다)
1) 피고 공단은 ‘원고가 2014년 제조장에서 담배 970,899,593갑을 반출하였다’는 전제에서, 구 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 자원재활용법 시행령’이라 한다)에 따라, 2015. 4. 30. 원고에 대하여 2014년도 폐기물부담금 7,874,869,500원을 부과하였고, 원고는 이를 모두 납부하였다(갑 제1호증).
2) 개정 전 자원재활용법 시행령이 2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정되면서, 담배 20개비(1갑)당 부과되는 폐기물부담금이 7원에서 24.4원으로 인상되었고, 이러한 인상 조치는 ‘2015. 1. 1. 이후 제조장에서 반출되는 분’부터 적용되도록 규정되었다(이하 위와 같이 개정된 시행령을 가리켜 ‘개정 후 자원재활용법 시행령’이라 한다).
3) 피고 공단은 ‘앞서 2014년도에 반출되었던 것으로 보았던 담배 970,899,593갑 중 106,204,574갑(쟁점 담배)은 2014년이 아니라 2015년에 제조장으로부터 반출된 것이다’라는 전제에서, 쟁점 담배에 대하여 개정 후 자원재활용법 시행령을 적용해 2017. 2. 1. 원고에 대하여 2015년도 폐기물부담금 1,729,976,930원을 추가 부과하였다(이 사건 폐기물부담금 부과처분)(갑 제2호증).
자. 피고 장관의 국민건강증진부담금 부과처분(주문 제2항 기재 처분, 이하 ‘이 사건 건강부담금 부과처분’이라 한다)
1) 피고 장관은 ‘원고가 2014. 9. 1.부터 2014. 12. 31.까지 제조장·보세구역으로부터 반출한 담배가 총 408,517,170갑이다’라는 전제에서 2014. 10.부터 2015. 1.까지 네 차례에 걸쳐 구 국민건강증진법(2014. 12. 23. 법률 제12859호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 국민건강증진법’이라 한다)에 따라 총 408,517,170갑에 대한 국민건강증진부담금을 부과하였고, 원고는 이를 모두 납부하였다(갑 제3호증).
2) 개정 전 국민건강증진법은 2014. 12. 23. 법률 제12859호로 개정되면서 담배 20개비(1갑)당 부과되는 국민건강증진부담금을 354원에서 841원으로 인상하였고, 이러한 인상 조치는 ‘2015. 1. 1. 이후 제조장에서 반출하는 분’부터 적용되도록 규정하였다(이하 위와 같이 개정된 법률을 가리켜 ‘개정 후 국민건강증진법’이라 한다).
3) 피고 장관은 ‘쟁점 담배가 2014년이 아니라 2015년에 제조장으로부터 반출된 것이다’라는 전제에서, 쟁점 담배에 대하여 개정 후 국민건강증진법을 적용해 2017. 2. 2. 원고에 대하여 2015년도 국민건강증진부담금 51,721,627,530원을 추가 부과하였다(이 사건 건강부담금 부과처분)(갑 제4호증).
차. 피고 재단의 ▽▽재단 출연금 부과처분(주문 제3항 기재 처분, 이하 ‘이 사건 출연금 부과처분’이라 한다)
1) 구 담배사업법 시행규칙(2014. 12. 31. 기획재정부령 제453호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 담배사업법 시행규칙’이라 한다)이 2014. 12. 31. 기획재정부령 제453호로 개정되면서 ‘▽▽재단 출연금’의 근거규정인 제17조가 신설되었다. 위 법률 조항은 담배 제조업자로 하여금 제조장에서 반출한 담배 20개비(1갑)당 5원의 ▽▽재단 출연금을 납부하도록 하는 의무를 규정하였다(이하 위와 같이 개정된 담배사업법 시행규칙을 가리켜 ‘개정 후 담배사업법 시행규칙’이라 한다).
2) 피고 재단은 ‘쟁점 담배가 2015년에 제조장으로부터 반출되었다’는 전제에서, 쟁점 담배에 대하여 개정 후 담배사업법 시행규칙을 적용해 2017. 2. 13. 원고에 대하여 ▽▽재단 출연금 531,022,870원을 부과하였다(이 사건 출연금 부과처분)(갑 제5호증).
카. 원고의 행정심판청구 및 이에 대한 기각결정
 원고는 2017. 4. 28. 중앙행정심판위원회에 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 행정심판을 청구하였으나, 2018. 8. 14. 기각되었다[갑 제6, 7호증(가지번호 포함, 이하 가지번호를 특정하지 아니하는 한 다른 서증에서도 같다)].
[인정 근거] 갑 제1 내지 16, 24 내지 26호증의 각 기재, 갑 제17 내지 23, 27 내지 38호증의 각 영상, 변론 전체의 취지
2. 원고 주장의 요지
 다음과 같은 이유로 이 사건 각 부과처분은 모두 위법하여 취소되어야 한다.
① 폐기물부담금, 국민건강증진부담금, ▽▽재단 출연금(이하 ‘폐기물부담금 등’이라 한다) 납부의무는 ‘담배가 제조장으로부터 반출된 때’ 성립한다.
 쟁점 담배에 있어 ‘제조장’에 해당하는 장소는 ‘양산제조공장’뿐이고, 외부창고인 이 사건 각 물류센터는 ‘제조장’에 해당하지 아니한다.
 쟁점 담배는 2014년 양산제조공장에서 반출되었으므로, 그와 관련한 폐기물부담금 등 납부의무는 2014년을 기준으로 하여 성립한다고 보아야 한다.
 그렇다면 피고들은 2014년 당시 적용되던 개정 전 자원재활용법 시행령, 개정 전 국민건강증진법, 개정 전 담배사업법 시행규칙을 각 적용하여 폐기물부담금, 국민건강증진부담금 부과처분을 함이 상당하였다(개정 전 담배사업법 시행규칙에 따르면, ▽▽재단 출연금 납부의무는 발생하지 아니한다).
 그럼에도 피고들은 양산·서울·임시물류센터가 ‘제조장’에 해당한다는 전제에서, ‘쟁점 담배가 양산·서울물류센터로부터 반출된 때’인 2015년을 기준으로 폐기물부담금 등 납부의무가 성립한다고 보아, 2015년 당시 적용되던 개정 후 자원재활용법 시행령, 개정 후 국민건강증진법, 개정 후 담배사업법 시행규칙을 각 적용하여 이 사건 각 부과처분을 하였다.
② 폐기물부담금의 액수를 상승케 한 ‘개정 후 자원재활용법 시행령’의 해당 조항은 2015. 2. 3. 개정으로 도입되었다. 그런데 부칙에서 정한 위 조항의 적용대상은 ‘2015. 1. 1. 이후 제조장에서 반출하는 분’부터였다. 즉, 개정일 전의 시점을 적용의 시점(始點)으로 정한 것이다. 이는 소급입법을 금지한 헌법 제13조 제2항에 반한다.
3. 관련 법령
가. 이 사건 폐기물부담금 부과처분 관련 법령
■ 구 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률(2017. 1. 17. 법률 제14532호로 개정되기 전의 것)제12조(폐기물부담금) ① 환경부장관은 폐기물의 발생을 억제하고 자원의 낭비를 막기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물질을 함유하고 있거나 재활용이 어렵고 폐기물 관리상의 문제를 초래할 가능성이 있는 제품·재료·용기 중 대통령령으로 정하는 제품·재료·용기의 제조업자(주문자의 상표를 부착하는 방식에 따라 제조한 제품·재료·용기의 경우에는 그 주문자를 말한다)나 수입업자에게 그 폐기물의 처리에 드는 비용을 매년 부과·징수한다. (각 호 생략) ③ 제1항에 따라 제조업자나 수입업자가 내야 하는 비용(이하 "폐기물부담금"이라 한다)은 폐기물의 품목별로 그 종류와 규격을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 산출하며, 폐기물부담금의 납부시기, 납부절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.?■ 구 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령(2019. 12. 24. 대통령령 제30259호로 개정되기 전의 것)제10조(폐기물부담금 부과대상 및 감면대상 품목) ① 법 제12조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 제품·재료·용기"란 다음 각 호와 같다. 5. 담배(판매가격이 200원 이하인 담배와 「지방세법」 제53조, 제54조 및 제63조에 따라 담배소비세를 면제하거나 환급하는 담배는 제외한다)?■ 구 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정되기 전의 것)제11조(폐기물부담금의 산출기준) 법 제12조제1항에 따라 제조업자 또는 수입업자가 내야 하는 비용(이하 "폐기물부담금"이라 한다)의 산출기준은 별표 2와 같다.[별표 2] 폐기물부담금의 산출기준(제11조 관련)품목 구분종류 및 규격요율 및 금액 기준5. 담배담배(판매가격 200원 이하인 담배와 「지방세법」 제53조, 제54조 및 제63조에 따라 담배소비세를 면제하거나 환급하는 담배는 제외한다)20개비(전자담배의 경우에는 20카트리지를 말한다)당 7원?■ 구 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정된 것)[별표 2] 폐기물부담금의 산출기준(제11조 관련)품목 구분종류 및 규격요율 및 금액 기준5. 담배담배(판매가격 200원 이하인 담배와 「지방세법」 제53조, 제54조 및 제63조에 따라 담배소비세를 면제하거나 환급하는 담배는 제외한다)20개비(전자담배의 경우에는 20카트리지를 말한다)당 24.4원[부칙] 〈대통령령 제26088호, 2015. 2. 3.〉제2조(폐기물부담금에 관한 적용례) 별표 2 제5호 및 같은 표 비고 제5호의 개정규정은 2015년 1월 1일 이후 제조장 또는 보세구역에서 반출되는 분부터 적용한다.?■ 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령제12조(폐기물부담금 산정·부과 등) ① 법 제12조제1항에 따라 폐기물부담금을 내야 하는 제조업자 또는 수입업자는 환경부령으로 정하는 바에 따라 전년도 제품·재료·용기의 출고 또는 수입 실적에 관한 자료를 매년 3월 31일까지 환경부장관에게 제출하여야 한다. ② 환경부장관은 제1항에 따라 제출받은 제품·재료·용기의 출고 또는 수입 실적에 별표 2의 산출기준을 적용하여 산출된 금액에 제3항에 따른 부담금산정지수를 곱하여 폐기물부담금을 산정한다. ③ 부담금산정지수는 최초의 적용연도를 1로 하고, 그 다음 해부터는 매년 전년도 부담금산정지수에 전년도 물가상승률 등을 고려하여 환경부장관이 고시하는 가격변동지수를 곱한 것으로 한다. 다만, 제10조제1항제3호의 경우에는 부담금산정지수를 1로 한다.
나. 이 사건 건강부담금 부과처분 관련 법령
■ 구 국민건강증진법(2014. 12. 23. 법률 제12859호로 개정되기 전의 것)제23조(국민건강증진부담금의 부과·징수 등) ① 보건복지부장관은 제조자등이 판매하는 「담배사업법」 제2조에 따른 담배(「지방세법」 제54조에 따라 담배소비세가 면제되는 것, 같은 법 제63조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 담배소비세액이 공제 또는 환급되는 것은 제외한다. 이하 이 조 및 제23조의2에서 같다)에 다음 각 호의 구분에 따른 부담금(이하 "부담금"이라 한다)을 부과·징수한다. 1. 궐련: 20개비당 354원 ② 제조자등은 매월 1일부터 말일까지 제조장 또는 보세구역에서 반출된 담배의 수량과 산출된 부담금의 내역에 관한 자료를 다음 달 15일까지 보건복지부장관에게 제출하여야 한다.?■ 구 국민건강증진법(2014. 12. 23. 법률 제12859호로 개정된 것)제23조(국민건강증진부담금의 부과·징수 등) ① 보건복지부장관은 제조자등이 판매하는 「담배사업법」 제2조에 따른 담배(「지방세법」 제54조에 따라 담배소비세가 면제되는 것, 같은 법 제63조제1항제1호 및 제2호에 따라 담배소비세액이 공제 또는 환급되는 것은 제외한다. 이하 이 조 및 제23조의2에서 같다)에 다음 각 호의 구분에 따른 부담금(이하 "부담금"이라 한다)을 부과·징수한다. 1. 궐련: 20개비당 841원 ② 제조자등은 매월 1일부터 말일까지 제조장 또는 보세구역에서 반출된 담배의 수량과 산출된 부담금의 내역에 관한 자료를 다음 달 15일까지 보건복지부장관에게 제출하여야 한다.[부칙] 〈법률 제12859호, 2014. 12. 23.〉제2조(부담금 부과에 관한 적용례) 제23조제1항의 개정규정은 2015년 1월 1일 이후 최초로 제조장 또는 보세구역에서 반출하는 분부터 적용한다.
다. 이 사건 출연금 부과처분 관련 법령
■ 담배사업법제25조의3(제조업자 등의 공익사업 참여) ① 기획재정부장관은 제조업자로 하여금 그가 판매하는 담배 중 궐련에 대하여 20개비당 20원의 범위에서 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 보건의료·환경보호등의 공익사업과 연초경작지원 등의 사업을 직접 행하게 하거나 이들 사업을 하는 자에게 출연하도록 할 수 있다. ④ 제1항에 따라 제조업자로부터 출연을 받아 연초 경작자의 영농기술 개발을 직접 지원하는 사업을 하려는 자는 기획재정부장관의 승인을 받아 법인을 설립하여야 한다.?■ 담배사업법 시행규칙제17조(연초경작지원 등 사업을 위한 출연)주10)? ① 법 제25조의3제1항에 따라 제조업자는 같은 조 제4항에 따라 연초 경작자의 영농기술 개발을 직접 지원하기 위하여 기획재정부장관의 승인을 받아 설립된 법인(이하 이 조에서 "지원법인"이라 한다)에 출연하여야 한다. ② 제1항에 따라 출연하여야 하는 금액은 제조업자가 제조하여 판매하는 담배 중 궐련(「지방세법」 제48조제2항제1호가목에 따른 담배로서, 「지방세법」 제54조에 따라 담배소비세가 면제되는 것과 같은 법 제63조제1항제1호 및 제2호에 따라 담배소비세액이 공제 또는 환급되는 것은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 20개비당 5원으로 한다. ③ 제조업자는 매월 1일부터 말일까지 제조장에서 반출된 궐련에 대하여 제2항에 따라 산출한 출연금을 지원법인에 다음 달 말일까지 납입하여야 한다.[부칙] 〈기획재정부령 제453호, 2014. 12. 31.〉제1조(시행일) 이 규칙은 2015년 1월 22일부터 시행한다. 다만, 제17조 및 제19조의2제1항제6호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행하고, 별표 2(제2호나목 중 법 제12조제3항제4호를 위반한 경우에 한정한다), 별표 2의2(제2호나목 중 법 제12조제3항제4호를 위반한 경우에 한정한다) 및 별표 3(제2호가목 중 법 제12조제3항제4호를 위반한 경우에 한정한다)의 개정규정은 2015년 7월 22일부터 시행한다.제4조(연초경작지원 등의 사업을 위한 출연에 관한 적용례) 제17조제1항부터 제3항까지의 개정규정은 이 규칙 시행 이후 제조장에서 반출하는 분부터 적용한다.
라. 기타 법령
 별지 관련 법령 기재와 같다.
4. 피고 재단의 본안전항변에 관한 판단
가. 피고 재단의 본안전항변의 요지
▽▽재단 출연금 납부의무는 부과처분 없이도 담배사업법 제25조의3 제1항, 제4항, 같은 법 시행규칙 제17조 제1항, 제2항에 의하여 구체적으로 확정되는 공법상 의무다. 나아가 기획재정부장관은 피고 재단에 ‘▽▽재단 출연금 부과권한’을 위임한 바 없기도 하다.
 그렇다면 피고 재단이 행한 이 사건 출연금 부과처분은 피고 재단이 고권적 지위에서 행한 처분이 아니라 법령상 규정된 공법상 법률관계에 기한 수취행위에 불과하다고 할 것이어서, 항고소송의 대상에 해당하지 아니한다.
 그럼에도 ‘이 사건 출연금 부과처분이 항고소송의 대상이 되는 처분임’을 전제로 한 원고의 피고 재단에 대한 소는 부적법하여 각하되어야 한다.
나. 판단
1) 관련 법령
■ 부담금관리 기본법제2조(정의) 이 법에서 "부담금"이란 중앙행정기관의 장, 지방자치단체의 장, 행정권한을 위탁받은 공공단체 또는 법인의 장 등 법률에 따라 금전적 부담의 부과권한을 부여받은 자(이하 "부과권자"라 한다)가 분담금, 부과금, 기여금, 그 밖의 명칭에도 불구하고 재화 또는 용역의 제공과 관계없이 특정 공익사업과 관련하여 법률에서 정하는 바에 따라 부과하는 조세 외의 금전지급의무(특정한 의무이행을 담보하기 위한 예치금 또는 보증금의 성격을 가진 것은 제외한다)를 말한다.제3조(부담금 설치의 제한) 부담금은 별표에 규정된 법률에 따르지 아니하고는 설치할 수 없다.[별표] 이 법에 따라 설치하는 부담금(제3조 관련) 12. 「국민건강증진법」 제23조에 따른 국민건강증진부담금 24. 「담배사업법」 제25조의3에 따른 연초경작지원 등의 사업을 위한 출연금 63. 「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」 제12조에 따른 폐기물부담금?■ 구 부담금관리 기본법(2015. 7. 20. 법률 제13410호로 개정되기 전의 것)[별표] 이 법에 따라 설치하는 부담금(제3조 관련) 3. 「담배사업법」 제25조의3에 따른 연초경작지원 등의 사업을 위한 출연금 32. 「국민건강증진법」 제23조에 따른 국민건강증진부담금 39. 「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」 제12조에 따른 폐기물부담금
2) 인정 사실
 피고 재단은 2017. 2. 13. 원고에게 다음 글상자 기재 내용과 같은 납입고지를 함으로써 이 사건 출연금 부과처분을 하였다(갑 제5호증).
제목 : ▽▽기금 추가분 납입고지2. 기획재정부로부터 통보받은 세무조사 결과에 의하여 산출된 ▽▽기금을 붙임과 같이 별도 고지하오니 기한 내 납부하여 주시기 바랍니다.?[붙임] 납입고지서 1부고지서 겸 영수증회계연도2017납부기한2017-02-28발행번호1-1고지일자2017-02-13납입자성명(상호)원고입금계좌(생략)사업자등록번호(생략)주소(생략)회계▽▽기금(세무조사 결과에 따른 추가 징수분)산출 및 징수근거담배사업법 제25조의3 제1항 및 동법 시행규칙 제17조 제2항 및 제3항납입고지합계금액531,022,870원적요법정금액531,022,870원?납기금액531,022,870원 위 금액을 납부기한까지 상기 입금계좌로 납부하시기 바랍니다.
3) 판단
가) 행정청의 어떤 행위가 항고소송의 대상이 될 수 있는지의 문제는 추상적·일반적으로 결정할 수 없다. 구체적인 경우 행정처분은 행정청이 공권력의 주체로서 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서 국민의 권리의무에 직접적으로 영향을 미치는 행위라는 점을 염두에 두고, 관련 법령의 내용과 취지, 그 행위의 주체·내용·형식·절차, 그 행위와 상대방 등 이해관계인이 입는 불이익과의 실질적 견련성, 그리고 법치행정의 원리와 당해 행위에 관련한 행정청 및 이해관계인의 태도 등을 참작하여 개별적으로 결정하여야 한다(대법원 2018. 6. 28. 선고 2016두50990 판결, 대법원 2010. 11. 18. 선고 2008두167 전원합의체 판결 등 참조).
나) 앞서 본 인정 사실을 위 관련 법리에 비추어 살펴본다.
 피고 재단은 자신에게 ‘원고로부터 ▽▽재단 출연금을 징수할 권한’이 있다는 전제에서 이 사건 출연금 부과처분을 하였고, 그 ‘징수근거’로 ‘담배사업법 제25조의3 제1항, 같은 법 시행규칙 제17조 제2항, 제3항’을 들었으며, 위 근거 법령을 납입고지서에 명시하였다.
 위 담배사업법 시행규칙 제17조 제2항, 제3항에 따르면, 피고 재단에 대한 제조업자의 ▽▽재단 출연금 납무의무·금액·기한이 별도 처분 개입 없이 위 시행규칙에 의해 결정된다고 보이기는 하지만, 원고로서는 이 사건 출연금 부과처분으로 인해 그간 납부의무가 없다고 신뢰하여 왔던 ‘담배사업법 제25조의3 제1항, 같은 법 시행규칙 제17조 제2항, 제3항’에 기초한 출연금 납부의무를 비로소 부담하게 되는 것과 같은 외관을 갖게 되었고, 이는 피고 재단이 위 징수근거에 터잡아 원고에게 법률상 의무로서의 ▽▽재단 출연금 납부의무를 부여한 것으로 볼 수 있다.
 이에 대하여 피고 재단은 ‘피고 재단에게 출연금 부과처분을 할 만한 정당한 권한이 없었다’고 주장하나, 피고 재단에 정당한 처분권한이 있었는지 여부는 처분의 적법 여부를 검토하면서 판단할 문제이고, 이 사건 출연금 부과처분의 처분성을 부정할 만한 사유가 되지 못한다.
다) 이 사건 출연금 부과처분은 행정청(피고 재단의 경우는 공무수탁사인일 것이다)이 공권력의 주체로서 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서 행정처분에 해당하는바, 피고 재단의 본안전항변은 받아들일 수 없다.
5. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부
가. 쟁점의 정리
 쟁점 담배에 관한 ‘폐기물부담금 등의 성립시기’가 ‘제조장으로부터 반출된 때’임에 대해서는 당사자 사이에 주장이 일치하고, 앞서 본 관련 법령의 내용에 비추어보더라도 이는 명확하다.
 다만, ‘제조장으로부터 반출된 때’의 구체적인 의미에 대하여 당사자 사이에 이견이 있다. 원고는 ‘양산제조공장’만이 위 ‘제조장’에 해당하고, 양산·서울·임시물류센터는 ‘제조장’에 해당하지 아니한다는 전제에서 폐기물부담금 등의 액수가 산정되어야 한다는 취지로 주장하는 반면, 피고들은 양산·서울·임시물류센터 또한 ‘제조장’에 해당한다는 전제에서 폐기물부담금 등의 액수가 산정되어야 한다고 주장한다.
 결국 이 사건의 쟁점은 ‘제조장’에 ‘양산·서울·임시물류센터’가 포함되는지 여부이므로, 이하에서는 이를 주요 쟁점으로 살핀다.
 여기서 나아가 피고 장관, 재단은 ‘원고가 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건 사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다’면서 실질과세의 원칙에 따라 행한 이 사건 건강부담금, 출연금 부과처분은 적법하다고도 주장하기도 하는바, 이에 대해서도 살펴보기로 한다.
나. 판단
 앞서 인정한 사실을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 쟁점 담배는 양산제조공장에서 양산·서울·임시물류센터로 이동되었을 시점, 즉 2014. 12. 31. 이전에 모두 ‘제조장에서 반출’된 것으로 보아야 하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 부과처분은 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하여 모두 취소되어야 한다.
 ① 먼저 ‘제조장에서 반출’의 의미를 구체화해본다.
 ㉮ 이 사건 각 부과처분의 근거법령에 ‘제조장’을 정의하는 조항은 없다.
 ㉯ 제조장의 사전적 의미는 ‘큰 규모로 물품을 만들어 내는 곳’이고, ‘반출’의 사전적 의미는 ‘운반하여 냄’이다.
 ㉰ 구 특별소비세법(1981. 12. 31. 법률 제3475호로 개정되기 전의 것) 제4조는 물품에 대한 특별소비세의 과세시기 중 하나로 ‘제조장으로부터 반출하는 때’를 정하였다. 
 위 조항에서의 ‘제조장’이라 함은 ‘물품을 제조하는 특정지역과 그 지역 내의 건조물’을 의미하는데, ‘그 부지의 연속 여부를 불문하고 동일한 관리인에 의하여 관리되며 그것이 1개의 제조장이라고 인정되는 실태에 있는 것’을 지칭한다.
 위 조항에서의 ‘반출’이라 함은 제조장에서 제조장 밖으로의 반출을 말하는데, 반출원인은 매매, 증여, 교환, 담보, 단순한 저장 등 그 원인의 여하를 불문한다(대법원 1981. 2. 24. 선고 80누8 판결 등 참조).
 ㉱ 지방세법 제47조 제5호는 ‘제조장’이란 ‘담배를 제조하는 제조자의 공장’을 말한다고 정의하였다.
 ㉲ 2014년 개별소비세법 기본통칙 4-0…6 제1항은 ‘2필지 이상의 부지가 도로 또는 개울을 사이에 두는 등 직접 연결되어 있지 않다 하더라도 근접한 장소에서 판매·제조·저장이 총괄적으로 이루어지는 경우에는 그 부지들은 하나의 판매장 또는 제조장에 해당하는 것으로 한다’고 정하였고, 4-0…7은 ‘반출’에 대하여, 과세물품을 제조장으로부터 현실적으로 제조장 이외의 장소로 이동하는 사실행위를 가리킨다고 정하였다.
 이상의 사정을 종합하여 살피건대, 원칙적으로 제조장이란 ‘특정 물품을 만들어 내는 공간 및 그 부지’를 의미한다고 볼 것이다. 다만 ‘저장공간’이라고 할지라도, 위 장소와 지리적으로 근접해 있고, 사실상 하나의 공간처럼 관리되고 있다는 등의 사정이 있다면 위 장소에 부수된 공간으로 보아 제조장에 해당한다고 볼 수 있을 것이다.
 그리고 ‘제조장에서 반출’이란, 위 공간에서 물품이 벗어나는 것을 의미한다고 볼 것이다.
 이에 대하여 피고 공단은 ‘폐기물부담금의 목적이 폐기물관리에 따른 환경비용을 충당하려는데 있다는 점을 고려하여야 한다’, ‘폐기물부담금은 제조업자의 지배영역을 벗어나 시장에 유통되는 시점에 부과되는 것이 타당하다’고 주장한다.
 그러나 피고 공단이 주장하는 사정을 고려하더라도, 이는 문언을 벗어난 해석에 해당하는 주장이므로 받아들일 수 없다. 부담금 부과처분이 침익적 처분이라는 점을 고려한다면 더욱 그러하다.
 ② 양산제조공장, 양산·서울·임시물류센터의 상황에 관하여 본다.
 담뱃잎을 가공하여 담배 완제품을 만드는 일은 모두 양산제조공장에서 이루어지고, 양산·서울·임시물류센터는 담배 완제품을 보관·재포장하는 기능만 수행한다.
 양산·서울·임시물류센터에는 ㉮ 담배제조시설이 존재하지 아니하고, ㉯ 원고의 소유도 아니며, ㉰ 원고가 임차인인 것도 아니고, ㉱ 양산제조공장으로부터 가깝게는 13.7㎞, 멀게는 319㎞ 떨어져 있다.
 그렇다면 양산·서울·임시물류센터는 물리적·기능적으로 양산제조공장과 구분·독립된 곳이고, 제조기능이 전혀 존재하지 아니하므로 독립된 제조장이 될 수도 없다.
 ③ 이상의 사정들을 보건대, 쟁점 담배의 경우 ‘양산제조공장’만이 ‘제조장’에 해당한다고 볼 것이어서, 쟁점 담배가 양산제조공장에서 운반하여 나온 시점이 ‘제조장에서 반출’된 때에 해당한다고 볼 것이다.
 ④ 원고가 종래 양산제조공장에서 양산·서울물류센터에 담배를 옮길 때 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제231조 제1호, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제53조 제1호에 따라 미납세반출을 하여왔음은 앞서 본 바와 같다. 양산·서울물류센터를 ‘다른 제조장’으로 보아 ‘제조장에서 다른 제조장으로 반출하는 것’으로 해석하여 온 것이다.
 그러나 앞서 본 바와 같이 ‘양산·서울물류센터’는 제조설비가 갖추어지지 아니한 창고에 불과하므로, 이를 제조장에 해당한다고 볼 수는 없다. 과거 미납세반출의 관행이 있었다고 하여 이러한 판단을 달리할 수는 없다.
 ⑤ ㉮ 임시물류창고는 비닐 재포장을 할 수 있는 시설이 없었고, ㉯ 양산물류창고와 함께 재고관리를 하였으며, ㉰ 임시물류창고에 있던 담배는 모두 양산물류창고로 이동된 뒤 도매업자 등에게 배송되었고, ㉱ 임시물류창고를 대여한 시기도 매점매석 고시 시행 무렵이었으며, ㉲ 달리 원고가 임시물류창고를 대여해야 했던 사정을 발견할 수 없는 점을 보면, 원고가 담뱃값 인상 차익을 노리려는 목적에서 임시물류창고를 임차했을 것으로 보이기는 한다.
 나아가 원고가 양산·서울물류창고에서 보관 중이던 담배의 관리코드를 갑자기 변경할 만한 특별한 사정이 없었다는 점에서, 이 역시 같은 목적에서 비롯된 행동으로 보인다.
 그러나 이러한 사정을 고려하더라도 문언의 한계를 벗어난 법해석·집행을 정당화하기는 어렵다.
 ⑥ 피고 장관, 재단은 지방세기본법 제17조 제2항, 제153조 및 국세기본법 제14조 제3항의 적용을 주장하면서 ‘실질과세의 원칙’이 준수되어야 한다고 주장하나, 폐기물부담금 등은 조세가 아니라 부담금에 해당한다.
6. 결론
 원고의 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 장낙원(재판장) 박중휘 박종원