법인세등부과처분취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2013.09.05 / 시행일:

【원고, 피항소인】 아이피아이씨 인터내셔널 비브이 (소송대리인 법무법인 세종 담당변호사 조춘 외 2인)
【피고, 항소인】 서산세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 이재락 외 2인)
【제1심판결】 대전지방법원 2012. 5. 16. 선고 2010구합3550 판결
【변론종결】2013. 8. 13.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 원고의 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2008. 4. 1. 원고에 대하여 한 법인세 58,280,600,670원 및 증권거래세2,066,771,660원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
2. 항소취지
 주문과 같다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. International Petroleum Investment Company(이하 ‘IPIC’라 한다)는 아랍에미레이트연합국(United Arab Emirates, 이하 ‘UAE’라 한다)의 아부다비(The Emirate of Abu Dhabi) 법률에 의하여 설립되었는데, 아부다비 정부가 100% 지분을 보유하면서 세계 각국의 석유 관련 사업에 대한 투자를 목적으로 설립한 법인이다. 
 IPIC는 핀란드 법률에 따라 1998년 설립된 법인인 Flagellum OY(이하 ‘Flagellum’이라 한다) 및 오스트리아 법률에 따라 1997년 설립된 법인인 IPIC Holdings GmbH(이하 ‘IPIC Holdings’라 한다)의 각 발행주식의 100%를 보유하고 있다. 
 Flagellum은 네덜란드 법률에 따라 1999. 9. 27. 설립된 법인인 Hanocal Holdings B.V.(이하 ‘Hanocal’이라 한다)의 발행주식의 100%를 보유하고 있으며, IPIC Holdings는 네덜란드 법률에 따라 2006. 1. 23. 설립된 법인인 원고의 발행주식 100%를 보유하고 있다.
 나. Hanocal은 1999. 12. 현대오일뱅크 주식회사(당시 상호는 ‘현대정유 주식회사’였음, 이하 ‘현대오일뱅크’라 한다)가 발행하는 우선주식 122,541,211주(총 발행주식의 50%)를 약 612,700,000,000원(1주당 5,000원)에 취득하였다. 
 그 뒤 Hanocal은 2006. 2. 9. 원고에게 현대오일뱅크의 위 주식 중 49,016,485주(총 발행주식의 20%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 220,574,182,500원(1주당 4,500원)에 양도(이하 ‘이 사건 주식양도’라 한다)하였으며, 2006. 2. 23.에는 다시 현대오일뱅크의 국내 주주인 현대중공업 주식회사 외 11인의 주주로부터 현대오일뱅크 발행 보통주식 49,016,484주(총 발행주식의 20%)를 주당 4,500원에 매수하였다.
 다. Hanocal은 2006. 3. 10. 원고를 통하여 이 사건 주식양도로 발생하는 소득에 대해 대한민국정부와 네덜란드왕국정부간 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 ‘한·네 조세조약’이라 한다) 제14조 제4항, 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제98조의4에 따라 네덜란드 거주자증명서를 첨부하여 피고에게 법인세 비과세·면제신청을 하였고, 구 증권거래세법(2008. 1. 9. 법률 제8838호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 증권거래세법’이라 한다) 제3조 제3호, 제7조 제1항 제2호 가목 본문에 따라 이 사건 주식의 양도가액(1주당 4,500원)을 과세표준으로 하여 피고에게 이 사건 주식양도로 인한 증권거래세 1,102,871,000원을 신고·납부하였다. 
 라. 대전지방국세청은 2007. 8. 29.부터 2007. 10. 16.까지 현대오일뱅크에 대한 주식변동조사를 실시한 뒤 현대오일뱅크의 납세지 관할 세무서장인 피고에게 ‘Hanocal은 도관회사(Conduit Company)에 불과하고, 이 사건 주식양도의 행위의 주체 및 그로 인한 양도소득의 실질귀속자는 IPIC이므로, 이 사건 주식양도로 인한 소득과 관련하여 대한민국과 UAE 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약(이하 ‘한·UAE 조세조약’이라 한다)이 적용될 수 있을 뿐 한·네 조세조약이 적용된다고 볼 수 없고, 한편 IPIC는 원고와 법인세법 제92조 제2항 제3호 가목, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제131조 제2항 소정의 특수관계에 있으므로, 원고는 이 사건 주식의 정상가격(1주당 11,890원)을 기준으로 이 사건 주식의 양도소득을 계산한 후 Hanocal(실질적으로 IPIC)로부터 그에 기초한 법인세를 원천징수하여 피고에게 납부하였어야 한다’는 조사결과를 통보하였다.
 마. 이에 피고는 원고에게 2008. 4. 1. 법인세법 제98조 제1항 제4호에 따라 2006년 귀속 법인세 64,108,660,730원(이후 바.항 기재와 같이 조세심판원의 심판청구절차에서 가산세 5,828,060,060원 부분이 취소되었다)를 결정·고지(이하 위 가산세를 제외한 나머지 58,280,600,670원 부분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)하였고, 같은 날 구 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목 단서에 따라 이 사건 주식에 관한 Hanocal과 원고 간의 실제거래가격(1주당 4,500원)이 그 시가액(1주당 10,892원)보다 낮다는 이유로 그 시가액을 과세표준으로 하여 2006년도 2월분 증권거래세 2,066,771,660원(가산세 500,204,799원 포함)을 경정·고지(이하 ‘이 사건 증권거래세 부과처분’이라 한다)하였다(이하 통칭하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
 바. 원고는 이에 불복하여 2008. 6. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2010. 5. 24. 위 법인세 중 가산세 5,828,060,060원 부분을 취소하고 나머지 심판청구를 기각하는 재결을 하였으며, 그 결정문은 2010. 5. 27. 원고에게 송달되었다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 14호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 원고 주장의 요지
 1) 이 사건 법인세 부과처분
 가) 이 사건 주식 양도소득에 대하여는 실질과세원칙을 적용할 수 없음에도 불구하고 실질과세원칙을 적용하여 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속자를 IPIC로 보아 이 사건 법인세 부과처분을 한 것은 다음과 같은 이유로 위법하다. 
 ⑴ 한·네 조세조약은 네덜란드 거주자의 주식 양도소득에 대하여 그 거주지국인 네덜란드에게만 과세권을 부여한다고 규정하고 있을 뿐 실질과세원칙 또는 조약편승방지에 관한 예외규정을 두고 있지 않다. 따라서 네덜란드 법에 의해 설립된 Hanocal의 이 사건 주식 양도에 대하여는 네덜란드에게만 과세권이 있다. 조세조약은 국내세법에 대한 특별법으로서 조세법률주의의 원칙에 비추어 이를 엄격하게 해석하여야 하고, 조약법에 관한 비엔나 협약에 의하여 조약의 문구는 그 통상적 의미에 따라 해석되어야 하므로, 국내법상 원칙인 실질과세원칙을 내세워 이 사건 주식거래에 있어서 한·네 조세조약에 의한 혜택을 부인한 채 국내 법인세법을 적용하여 원고에게 부과한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다. 
 ⑵ 설령 이 사건 주식거래를 통한 양도소득의 귀속자에 관하여 실질과세원칙을 적용할 수 있다고 하더라도, Hanocal은 대외적으로 현시되는 사업목적을 가지고, IPIC와 사이에 재산과 업무의 구분이 어려울 정도로 혼용되어 있지 아니하며, 매년 중요 경영사항에 대하여 주주총회나 이사회 결의를 거쳤을 뿐만 아니라, 일정한 규모의 자산을 가지고 당기순이익을 내온 법인으로서, 이 사건 주식의 취득, 처분 및 양도소득에 대한 실질적인 지배·관리권을 행사하였으므로 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속주체는 Hanocal이며 IPIC는 귀속주체가 아니다. 
 나) 설령 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속주체를 IPIC로 본다고 하더라도 다음과 같은 이유로 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다. 
 만약 Hanocal을 IPIC의 도관회사로 본다면 Hanocal과 그 실질에 있어서 차이가 없는 원고도 역시 IPIC의 도관회사로 보아야 하므로, 이 사건 주식양도는 IPIC라는 하나의 법인 내에서 이루어진 명목상의 양도 내지 자산의 내부적인 이동에 불과하여 과세대상이 되는 거래라고 볼 수 없다. 
 다) 원고는 이 사건 주식 양도일로부터 약 2개월 전인 2005. 12.경 리먼 브러더스(Lehman Brothers)를 통하여 이 사건 주식에 대한 객관적 가액의 평가를 수행하였는바, 이는 법인세법 시행령 제131조 제1항, 구 국제조세조정에 관한 법률(2010. 1. 1. 법률 제9914호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국제조세조정법’이라 한다) 제5조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제4조 제3호에서 정한 가장 합리적인 정상가격 산출방법이라고 할 것이다. 
 그럼에도 피고는 별다른 이유 없이 위 평가방법을 배척하고 달리 이 사건 주식의 정상가격에 대한 자료 수집 노력을 하지도 아니한 채 만연히 법인세법 시행령 제131조 제3항 소정의 보충적인 평가방법에 불과한 소득세법 제99조 제1항 제5호에 의한 평가방법을 적용하여 정상가격을 산정하였는바, 이에 터잡은 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다. 
 2) 이 사건 증권거래세 부과처분
 이 사건 증권거래세 부과처분은 다음과 같은 위법사유가 있으므로 취소되어야 한다. 
 가) 구 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목 단서는 그 문리해석상 원고와 같이 국내에 사업장이 없는 외국법인에 대하여는 적용될 수 없고, 2008. 1. 9. 법률 제8838호로 개정된 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목 단서 (2)에 따라 비로소 원고와 같은 외국법인에 대해 정상가격을 과세표준으로 하여 과세할 수 있는 근거가 마련되었다. 따라서 국내에 사업장이 없는 외국법인인 원고가 양수한 이 사건 주식에 대하여는 구 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목 단서에 따라 시가액을 과세표준으로 하여 과세할 수 없고, 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목 본문에 따라 그 실제 양도가액(1주당 4,500원)을 과세표준으로 하여 과세하여야 한다. 
 나) 만약 Hanocal을 IPIC의 도관회사로 본다면 Hanocal과 그 실질에 있어서 차이가 없는 원고도 역시 IPIC의 도관회사로 보아야 하므로, 이 사건 주식양도는 IPIC라는 하나의 법인 내에서 이루어진 명목상의 양도 내지 자산의 내부적인 이동에 불과하여, 증권거래세 과세대상이 존재하지 않는다. 
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
다. 이 사건 법인세 부과처분의 적법성
 1) 이 사건 법인세 부과처분에 실질과세원칙이 적용되는지 여부 
 가) 조세조약과 국내세법의 관계 
헌법 제6조 제1항은 “헌법에 의하여 체결·공포된 조약과 일반적으로 승인된 국제법규는 국내법과 같은 효력을 갖는다.”고 규정하고 있으므로, 국회의 동의를 얻어 체결된 조세조약은 법률에 준하는 효력을 가지며, 나아가 조세조약에서 규율하고 있는 법률관계에 있어서는 당해 조약이 국내법의 특별법적인 지위에 있으므로 국내법보다 우선하여 적용된다. 
 한편 조세조약은 체약국 사이의 과세권이 문제될 때 이를 조정함으로써 이중과세와 조세회피를 방지함을 목적으로 체결되는 것이므로, 원칙적으로 조세조약은 독자적인 과세권을 창설하는 것이 아니라 체약국의 세법에 의하여 이미 창설된 과세권을 배분하거나 제약하는 기능을 한다. 즉, 과세권의 발생에 관한 사항은 일차적으로 각국의 세법에 의하여 규율되는 것이다. 
 나) 국내세법상 실질과세원칙의 근거
헌법 제11조 제1항은 “모든 국민은 법 앞에 평등하다. 누구든지 성별·종교 또는 사회적 신분에 의하여 정치적·경제적·사회적·문화적 생활의 모든 영역에 있어서 차별을 받지 아니한다.”라고 규정하고 있는바, 조세평등주의는 위 헌법규정에 의한 평등의 원칙 또는 차별금지의 원칙의 조세법적 표현이라고 할 수 있다. 따라서 국가는 조세입법을 함에 있어서 조세의 부담이 국민들 사이에 공평하게 배분되도록 법을 제정하여야 할 뿐만 아니라, 조세법의 해석·적용에 있어서도 모든 국민을 평등하게 취급하여야 할 의무를 진다. 이는 정의의 이념에 따라 ‘같은 것은 같게’, 그리고 ‘다른 것은 다르게’ 취급함으로써 조세법의 입법과정이나 집행과정에서 조세정의를 실현하려는 원칙이다(헌법재판소 1989. 7. 21. 선고 89헌마38 결정 참조). 
 이러한 조세평등주의의 이념을 실현하기 위하여 국세기본법 제14조 및 법인세법 제4조에서 실질과세원칙을 규정하고 있다. 국세기본법 제14조에 의하면, 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하고(제1항), 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다(제2항). 또한 법인세법 제4조에 의하면, 자산(資産)이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 법인세를 과세하고(제1항), 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다(제2항).
 이와 같이 실질과세원칙은 헌법 차원의 법원리인 조세평등주의 원칙이 법률을 통해 구체화된 것이므로 법률과 동등한 위상을 갖는 조세조약의 해석에 있어서도 적용될 수 있는 것이다. 
 다) 실질과세원칙에 관한 OECD의 견해
 OECD는 국제거래의 증가를 틈타 조세조약의 변칙이용을 통한 조세회피 목적으로 실질거래와는 상관없는 조세피난처에 서류상의 회사(paper company)를 설립하고 형식상 거래를 통하여 이자·배당·주식양도차익 등 자본거래 소득에 대한 조세를 회피하는 사례가 증가함에 따라 1999년부터 시작된 OECD의 유해조세경쟁포럼에서의 국제적 논의를 통하여 조세피난처를 이용한 조세회피 행위에 대해 각종 규제방안을 강구하게 되었다. 
 이에 따라 OECD는 2003년 개정 조세조약 모델협약의 해석 기준이 되는 주석서(Commentaries on the Articles of Model Tax Convention, 이하 ‘OECD 주석서’라 한다)에서 조세회피행위의 유형과 방지방법, 조약관련 해석사항 등을 폭넓게 다루어 조세회피행위의 방지를 위한 근거를 마련하였다. 그 대표적인 예로 모델협약 제1조 ‘거주자’ 규정에 대한 주석 제7항에서는 “이중과세 방지협약의 근본목적은 국제적 이중과세를 방지함으로써 재화와 용역, 자본과 인적교류를 촉진하는 것이다. 이중과세 방지협약은 또한 조세의 회피 및 탈세방지를 목적으로 한다.”고 규정하고, 같은 주석 제22항 내지 제24항에서는 각국의 자국법에 규정하고 있는 실질과세원칙(general anti-abuse rule), 지배회사에 관한 법률(controlled foreign companies rule) 등 조세조약 남용방지규정은 조세조약과 서로 상치되지 않는 것으로서 자국법상의 조세회피 방지규정은 어떤 조세부담을 결정하기 위한 자국세법의 일부로서 조세조약에 의하여 영향을 받지 않는다고 천명하고, 일반적인 조약남용방지규정은 각 조세조약에 특별규정으로 규정할 필요도 없다고 규정하고 있으며, 제4조 주석 제8항에서는 일방체약국의 거주자의 정의는 자국법의 거주자 개념을 따르되 실질적인 통제 및 관리장소가 거주지를 판단하는 중요 요소라고 규정하고 있다.
 OECD 주석서에 담긴 위와 같은 조세조약 해석론들은 2003년에 새롭게 정립되었다기 보다는 그 이전부터 OECD에서 공론화된 해석론들을 조세조약 모델협약의 개정을 계기로 주석서의 형태로 정리한 것으로 보인다. OECD는 1987년 국제조세회피에 관한 논문집인 ‘International tax avoidance and evasion’을 간행하였는데, 위 문건에서는 ‘도관회사의 배당금, 이자 및 사용료를 발생시키는 자산 및 권리가 도관회사에 실질적으로 이전되지 않아 동 소득의 수령 시 회사가 단순히 명의대여자(nominee)의 역할을 하는 경우에는 조세조약의 혜택을 부인하기 위한 특별조항이 없더라도 조세조약의 혜택이 부인된다’고 기술하고 있다. 위와 같은 OECD의 견해들은 우리나라와 네덜란드 등을 비롯한 OECD 회원 국가간에 체결된 조세조약의 올바른 해석을 위하여 국제적으로 권위를 인정받는 기준으로서 국내법상의 실질과세원칙 등과 관련한 OECD 회원 국가간 조약 해석에 있어서 하나의 참고자료가 될 수 있다.
 라) 이 사건의 경우 
 관련 법규 및 그 해석을 통해 살펴본 바와 같이, ① 이 사건 주식거래를 통한 양도소득에 법인세를 부과할 것을 결정하는 단계, 즉 대한민국의 과세권을 창설하는 국면에서는 국내세법의 규율을 따라야 하므로, 피고는 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속자를 판단함에 있어서 실질과세원칙을 고려해야 하는 점, ② 실질과세원칙은 헌법 차원의 이념인 조세평등주의를 구현하는 법원칙이므로 법률과 동등한 위상을 갖는 조세조약의 해석에 있어서도 적용됨이 마땅한 점, ③ 조세조약의 해석에 관하여 국제적 권위를 인정받는 OECD의 공식적인 견해에 의하더라도 체약국의 자국법에 규정된 조세조약남용방지규정은 조세조약에 의하여 영향을 받지 않는 점 등에 비추어 이 사건 법인세 부과처분의 과세요건 해석에 있어서 실질과세원칙을 적용할 수 있다. 
 2) 이 사건 주식 양도소득의 실질적 귀속자
 가) 소득의 귀속에 관한 실질과세원칙 
국세기본법 제14조 제1항, 제2항이 천명하고 있는 실질과세의 원칙은 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 판결 참고). 
국세기본법 제14조 제1항이 규정하고 있는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이므로, 재산의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 그 재산에 관한 소득은 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 할 것이고, 이러한 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두11948 판결 참고). 
 나) 인정사실
 ⑴ Hanocal의 외관
 ① Hanocal은 2000년부터 2006년까지 독립하여 연차보고서 및 재무제표를 작성하고 네덜란드에 법인세를 신고하였다. 
 ② Hanocal은 네덜란드 Almere에 거주하고 있는 소외 1, 네덜란드 암스테르담에 거주하고 있는 소외 2와 사이에 각 2006. 2. 1.부터 3개월간 회계업무 제공 또는 legal manager 업무 위임계약을 체결하였다. 
 ③ Hanocal은 2006. 3. 1.부터 2007. 2. 28.까지를 임차기간으로 하여 암스테르담 소재 사무실을 임차하였고 상업회의소등록부에 주소지를 가지고 있다. 
 (인정근거) 갑 제4, 6 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 ⑵ Hanocal의 실제
 ① Hanocal은 2006. 3. 1.부터 2007. 2. 28.까지를 임차기간으로 하여 Citco Nederland B.V.로부터 (주소 1 생략)에 있는 20㎡ 규모의 사무실을 임차하였는데, 위 임대차계약서의 서명일자는 2006. 6. 12.로 되어있으며, 이 사건 주식 양도시점인 2006. 2.에는 Hanocal은 사업장이 없었다. 
 ② Hanocal은 2000년부터 2005년까지 1인의 이사(1999. 9. 27. 선임된 Trust International Management B.V.) 외에 종업원을 고용하고 있지 않았다. Hanocal은 이 사건 주식양도일 직전인 2006. 2. 1.부터 3개월간 소외 1 및 소외 2와 각 위임계약(Commission agreement)을 체결하였는데, 소외 1은 회계 자문역으로서 Hanocal의 회계장부 정리 및 재무제표 준비 등을 수행하는 역할을, 소외 2는 법률 자문역으로서 일상적인 기업 운영과 조세 관련 업무를 수행하는 역할을 맡기로 하였다. 이들과의 위임계약서에는 고용계약은 체결하지 않는다는 명시적인 조항을 두었다. 
 ③ Hanocal의 2000년부터 2006년까지의 연차보고서 및 재무제표에 의하면 Hanocal은 현대오일뱅크에 투자하는 것 외에는 다른 사업을 영위한 사실이 없고, 현대오일뱅크에 투자한 주식의 투자금액 5억 4,000만 달러 중 약 8,000만 달러는 Flagellum으로부터, 나머지 4억 6,000만 달러는 IPIC로부터 각 차입한 것이다.
 ④ Hanocal은 2004년부터 2005년까지 현대오일뱅크로부터 배당을 받았는데, 이때 배당금 수령계좌는 IPIC의 본사가 있는 아부다비 소재 National Bank Of Abu Dhabi 계좌이다. 이 사건 주식 거래대금은 본래 위 계좌로 송금될 예정이었으나, IPIC의 법률자문역의 권고에 따라 일단 Hanocal 명의의 은행계좌로 송금되었다. 
 ⑤ Hanocal이 1999년경 최초로 현대오일뱅크의 주식에 투자할 당시 현대그룹 계열사 주주들과 사이에 Hanocal 명의로 체결된 Stock Subscription Agreement 전문에는 석유산업에 투자를 원하는 IPIC가 Hanocal을 통하여 현대오일뱅크에 투자한다는 점이 규정되어 있고, 위 계약과 관련한 통지장소는 아부다비에 소재한 IPIC의 주소이다. 또한 당시 1999. 11. 19. 현대오일뱅크 대표이사가 공정거래위원장에게 보낸 대규모기업집단 계열회사 제외 신청서에는 ‘현대오일뱅크가 1999. 11. 1. 중동 산유국인 UAE의 아부다비의 국영기업인 IPIC사에 현대오일뱅크 주식의 50%와 경영권을 양도하는 것을 내용으로 하는 주식인수계약 체결을 완료하였으니, 현대 대규모기업집단으로부터의 계열 제외를 신청한다’고 기재되어 있다. 
 ⑥ 현대오일뱅크는 2002년경 유동성 위기에 직면하여 주주에게 금융지원을 요청하였는바, 이에 현대오일뱅크에 대한 신용공여와 관련한 양해각서는 Hanocal 명의로 체결되었으나, 이러한 양해각서가 체결되기까지 구체적인 조건 협상, 교섭, 의사결정의 주체는 IPIC였다. IPIC는 현대오일뱅크의 실적부진원인을 지적하면서 임원 3명 해임, 조직책임자 4명 임용, 1명의 전환배치, 현대오일뱅크의 대표이사를 소외 3에서 소외 4로 교체할 것 등을 요구한 사실이 있고, Hanocal이 현대오일뱅크에 대하여 추가적으로 신용공여할 경우 현대그룹계열사가 IPIC에게 부여할 신용공여의 대가 등에 관하여 Hanocal이 아닌 IPIC가 현대그룹계열사 주주들과 교섭하였는바, 현대그룹계열사 주주들과 주고받은 서신의 발신주체는 IPIC였다. 
 ⑦ IPIC는 2005. 10. 26. 현대그룹계열사 주주들에 대하여 콜옵션(Call Option, 우선매수권) 행사 의사를 표명하고, 이에 대하여 현대그룹 계열사 주주들 역시 IPIC에게 콜옵션 행사와 관련한 의견을 회신하는 등, 콜옵션 행사와 관련하여 IPIC와 현대그룹계열사 주주들 사이에 교섭이 진행되었다. 콜옵션 행사와 관련한 회의 역시 IPIC 소재 아부다비에서 개최되었다. 또한 현대그룹계열사측 주주인 현대중공업 주식회사(이하 ‘현대중공업’이라 한다)이 IPIC의 콜옵션행사에 대하여 일단 부정적인 의견이라는 견해를 표명하자, IPIC는 ‘콜옵션행사는 IPIC 이사회의 결정이므로 다른 선택의 여지가 없으며 현대중공업의 의견과 관계없이 콜옵션을 행사하겠다’는 의사를 표명하기도 하였다. 콜옵션 행사와 관련한 2006. 2. 1.자 IPIC의 서신에는 IPIC가 콜옵션을 행사하여 Hanocal 명의로 취득한 지분 20%를 IPIC의 다른 자회사인 원고에게 양도할 것이며, 이러한 지분양도는 전적으로 IPIC의 포트폴리오에 따른 ‘tax efficiency’를 위한 것이라고 설명하였다. 2006. 1. 24. Hanocal 명의의 콜옵션행사통지서상 contact address는 아부다비 소재 IPIC의 주소이다. 
 ⑧ 현대오일뱅크 주주총회의 개최장소는 IPIC의 거주지국인 아부다비였으며, 주주총회소집통지서도 Hanocal의 소재지인 네덜란드로 발송되지 않고 IPIC로 발송되었다. 
 ⑨ 현대오일뱅크의 사업 활동에 도움을 주기 위한 조치인 원유 도입 등에 대한 신용 공여시 보증인은 Hanocal이 아니라 IPIC였다. 
 ⑩ 현대오일뱅크의 국내주주인 현대중공업과 Hanocal의 주식양수도 거래 당시 현대중공업의 접촉 상대방은 Hanocal 소속 임직원이 아닌 IPIC 임직원이었고, 2003년경 현대오일뱅크의 현대그룹측 주주들과 Hanocal이 주주간 협약(MOU)을 체결할 당시 협상에 나선 것도 Hanocal 소속 임직원이 아닌 IPIC 임직원이었다. 
[인정근거] 갑 제4 내지 6, 8, 9호증, 을 제5 내지 14호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 다) 판단
 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① Hanocal은 유일한 자산이 이 사건 주식이고, 이 사건 주식양도 시점을 전후로 한 3개월 이외에는 Hanocal의 상시 근무 인력이 전무하였으며, 이 사건 주식양도 시점이 포함된 1년의 기간 이외에는 영업소도 보유하지 않는 등 법인으로서 고유의 영업을 지속적으로 수행하기 위한 기본적인 인적·물적 기반을 갖추지 못하였으므로, 이 사건 주식 양도소득을 실질적으로 지배·관리할 능력이 없다고 보이는 점, ② IPIC와 Hanocal은 모회사와 손자회사의 관계로서, IPIC는 Hanocal에 대한 지배권을 통해 이 사건 주식의 취득에서부터 양도에 이르기까지 전반적인 의사결정을 해 온 점, ③ IPIC가 이 사건 주식 취득 자금을 출연하였고, 이 사건 주식에 대한 배당금이 IPIC 거주지의 은행계좌로 송금되었고, 이 사건 주식 대금도 본래는 IPIC의 계좌로 송금할 계획이었던 것에 비추어 이 사건 주식양도 소득은 궁극적으로 IPIC의 지배·관리 아래 귀속된 것으로 보이는 점, ④ 이 사건 주식 양도소득이 Hanocal에게 귀속된다고 보는 경우 한·네 조세조약상 주식양도로 인한 소득은 양도인의 거주지국에서만 과세되도록 규정되어 있으므로 Hanocal은 한국의 과세관청으로부터 이 사건 주식 양도소득에 대한 법인세 납부를 면제받으며(반면 한국·UAE 조세조약에 의하면 이 사건 주식 양도소득에 관하여 한국과 UAE 양국에서 과세가 가능하다), 한편 네덜란드 세법상 주식처분으로 실현된 자본소득에 대하여는 법인세 납부가 면제되므로, 결국 Hanocal은 이 사건 주식 양도소득에 대하여 한국과 네덜란드 양국에서 법인세를 일절 부담하지 않게 되는 바, 이러한 사정에 비추어 IPIC가 Flagellum을 통하여 Hanocal을 네덜란드에 설립한 뒤 Hanocal 명의로 이 사건 주식을 취득하고 양도한 목적은 오직 조세회피에 유리한 형식을 갖추기 위한 것으로 보이고 그 밖의 목적이나 필요성을 찾기 힘든 점 등을 종합적으로 고려하면, 이 사건 주식 양도소득의 실질적인 귀속자는 Hanocal이 아닌 IPIC로 보아야 한다. 
 따라서 이 사건 주식 양도소득의 귀속자인 IPIC가 국내법상 법인세 납세의무자가 되어 대한민국의 법인세법 및 대한민국과 그 거주지 국가인 UAE 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약에 따른 납세의무를 부담하게 된다. 
 3) 과세대상인 양도소득의 존부 
 가) 원고는 실질과세원칙에 의해 이 사건 주식양도를 파악하면, 주식의 양수인인 원고도 IPIC의 도관회사이므로 결국 양도인과 양수인이 IPIC로 동일하고, 따라서 이 사건 주식양도에 의해 IPIC의 자산에는 아무런 변동이 일어나지 않았으므로 법인세 과세대상인 양도소득이 존재하지 않는다고 주장한다. 
 나) 살피건대, 갑 제11, 22, 30, 36, 46, 48, 49호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 이 사건 주식 양수 직전인 2006. 1. 23. 네덜란드에서 설립된 사실, ② 원고는 IPIC의 100% 자회사인 IPIC Holdings의 100% 자회사로, 2006. 12. 31. 현재 대차대조표 상 자산은 현대오일뱅크 주식(EUR 192,174,064)과 현금자산(EUR 71,661)으로만 구성되어 있는 사실, ③ 원고의 2007년부터 2010년까지의 연차보고서에 따르면 그 기간 동안 원고의 직원은 2명이었고, 원고는 이 사건 주식의 양수로써 현대오일뱅크에 투자하는 것 외에는 다른 사업을 영위한 사실이 없으며, 이 사건 주식의 취득자금은 전액 Hanocal로부터의 차입금으로 조달된 사실, ④ 한편, 원고는 2010. 8.경 이 사건 주식을 현대중공업에 매도하였고, 현대중공업은 원고가 IPIC의 도관회사에 불과하고 IPIC가 위 주식 양도소득의 실질적 귀속자라는 전제 하에 한-UAE 조세조약을 적용하여 법인세법 제98조 제1항 제4호에 따라 29,753,006,390원을 원천징수하여 2010. 8. 12. 동울산세무서에 납부하였다가, 이를 번복하여 원고의 법적 실체가 있다고 주장하며 기납부된 법인세의 경정청구(환급청구)를 하였으나, 동울산세무서는 원고를 IPIC의 도관회사로 보아 위 경정청구를 거부하는 처분을 한 사실 등은 인정된다. 
 한편, 앞서 든 증거들에 의하면, ① 2002년경 현대오일뱅크는 유동성 위기에 직면하여, 자사 지분을 50%씩 나누어 보유하고 있던 Hanocal과 현대그룹계열사에게 긴급자금지원을 요청하였는데, 현대그룹측은 자금지원을 거절하면서 Hanocal에게 자신들이 현대오일뱅크의 경영권을 양도하고 20% 지분에 대한 우선매수권(Call Option)을 부여하는 조건으로 Hanocal이 단독으로 현대오일뱅크에 긴급자금지원을 해줄 것을 요청한 사실, ② Hanocal은 이 사건 주식을 취득할 무렵에 현대그룹측 주주들과 현대오일뱅크의 지분을 50:50으로 소유하도록 주주간 계약(이하 ‘주주간 계약’이라 한다)을 체결해 놓았던 사실, ③ Hanocal은 위와 같은 현대그룹측의 자금지원요청을 받아들이면서, 주주간 계약을 준수하고 과반수 주식보유로 인한 사업상 위험을 분산하기 위하여 우선매수권을 행사하기 직전에 이 사건 주식을 원고에게 양도하게 된 사실이 각 인정된다. 
 위 각 인정사실과 실질과세의 원칙에 의하면 다음과 같은 사정을 알 수 있다. 
 ⑴ 실질과세원칙은 과세요건에 관하여 법적인 형식과 괴리된 경제적 실질이 존재하는 경우 과세근거조항의 적용에 한하여 법형식이 아닌 실질에 따라 과세요건을 해석하겠다는 것이므로, 실질과세원칙의 적용과 그 원인된 행위의 민사법적 구성을 반드시 연계하여 인식할 필요는 없다. 당사자가 선택한 거래형식이나 거래주체 등 민사법적인 행위의 내용을 굳이 부정하여 재구성하지 않더라도 조세법 상 과세요건의 해당여부를 판단하기 위한 목적 범위 내에서 실질적인 내용과 귀속관계를 파악하는 것으로 족한 것이다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 판결 참조). 따라서 이 사건 주식 양도소득이 실질적으로 IPIC에게 귀속된다고 하여, IPIC가 민사법적인 효력에 있어서도 이 사건 주식 거래에서 양도인의 지위에 서는 것은 아니다. 또한 원고 역시 IPIC의 도관회사여서 이 사건 주식을 양수함으로써 얻는 실질적 효과가 원고가 아닌 IPIC에게 귀속된다고 하더라도, 그로인해 IPIC가 막바로 이 사건 주식 거래에서 양수인의 지위에 서는 것은 아니다. 따라서 IPIC가 이 사건 주식 거래의 양도인이자 양수인이므로, 별개의 법적 주체 사이에서 주식의 소유권이 이동하는 주식양도가 존재하지 않는다는 원고의 주장은 실질과세원칙을 잘못 이해한 결과로 보인다. 
 ⑵ 또한 양도소득의 존부에 대해 실질과세원칙을 적용하여 당사자들이 선택한 법형식과 다른 실질을 과세요건으로 인정하기 위해서는 조세회피목적을 달성하기 위해, 실질과 괴리되는 비합리적인 형식을 취했어야 하고, 실질과세원칙을 적용하여 비합리적인 법형식을 부정함으로써 조세부과의 적정을 도모할 수 있어야 하는데, ① 이 사건 주식 거래의 주된 동기는 Hanocal이 현대오일뱅크의 주식을 50% 이상 보유하지 못한다는 주주간 계약을 준수하기 위한 것일 뿐, 달리 조세회피를 위해 이 사건 주식 거래의 외관을 작출하였다고 보기는 어렵고, ② Hanocal, IPIC, 원고 등은 이 사건 주식의 법적인 소유권을 Hanocal로부터 원고에게로 이전하려는 진정한 의사에 기해 이 사건 주식양도를 하였으므로 실질과 괴리되는 비합리적인 법형식이 존재한다고 볼 수도 없으며, ③ 이 사건 주식양도의 존재를 조세법상 부인하는 경우 Hanocal이 이 사건 주식을 취득한 시점으로부터 이 사건 주식양도가 이루어진 시점까지 이 사건 주식의 가치상승분, 즉 이 사건 주식 양도소득에 대한 대한민국의 과세권이 부당하게 제한되는 결과가 초래되므로, 결국 이 사건 주식양도라는 사건 자체에 실질과세원칙을 적용하여 조세법적으로 그 사건의 존재를 부인해야 한다고 볼 아무런 이유가 없다. 
 ⑶ 설령 원고 역시 IPIC의 도관회사에 해당하여 이 사건 주식을 양수한 경제적 효과가 IPIC에게 귀속된다고 하더라도, 이 사건 주식양도의 존재 자체가 부정되지 않는 이상 다음과 같이 이 사건 주식양도를 통해 IPIC의 순자산이 증가하였으므로, 법인세 부과처분의 대상인 양도소득이 존재한다. 
 법인세법(2006. 3. 24. 법률 제7908호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의하면, 법인의 소득은 ‘익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액(제14조 제1호)’, 즉 총자산의 증가액을 의미한다. 총자산의 증가 여부는 법인이 의무적으로 작성하여야 하는 회계장부 및 대차대조표를 근거로 파악하되, 특정항목에 대하여는 법인세법상의 세무조정을 거치게 되며, 법인과 특수관계인과의 거래가 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 행위로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 건전한 사회 통념 및 상거래 관행에서 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 거래의 내용을 재구성하여 과세하게 된다(제52조). 한편 외국법인이 보유하던 내국법인 발행 주식을 양도하여 얻는 소득은 국내원천소득으로서 법인세 과세대상이고(제93조 제10호 가목), 국내 사업장이 없는 외국법인에게 내국법인의 주식양도대금을 지급하는 자는 그 지급하는 때에 그 지급액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 지급액에서 취득가액 및 양도비용을 공제한 금액의 100분의 25에 상당하는 금액 중 적은 금액을 원천징수하여 원천징수한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다(제98조 제1항 제4호). 내국법인 발행 주식의 양도가 국내사업장이 없는 외국법인과 대통령령이 정하는 특수관계가 있는 외국법인간의 거래로서 그 거래가격이 대통령령이 정하는 정상가격에 미달하는 경우에는 거래가격이 아닌 정상가격을 기준으로 지급액을 계산한다(제92조 제2항 제3호).
 위와 같은 법인세법상 소득 규정에 따라 이 사건 주식 거래의 효과가 Hanocal, 원고, IPIC의 회계장부에 어떻게 반영되는지를 살펴본다. 먼저 Hanocal이 이 사건 주식을 양도한 사건은 회계장부상 아래와 같이 337,723,581,650원의 유가증권 처분이익, 즉 총자산의 증가 효과를 남긴다. 
대변차변(Hanocal의 주식취득 시)？유가증권 245,082,425,000(주4)원현금 245,082,425,000원(이 사건 증권거래 시)？현금582,806,006,650(주5)원유가증권245,082,425,000원？----------------------------------？유가증권 처분이익 337,723,581,650원
245,082,425,000
582,806,006,650
 다음으로 원고가 이 사건 주식을 양수한 사건은 아래와 같이 회계장부상 자산의 구성내용만이 달라질 뿐 총자산의 증감효과는 초래하지 않는다. 
대변차변유가증권 582,806,006,650원현금 582,806,006,650원
 마지막으로 Hanocal이 이 사건 주식을 양도한 경제적 효과와 원고가 이 사건 주식을 양수한 경제적 효과가 동시에 실질적으로 IPIC에게 귀속된다고 보더라도 이 사건 주식양도를 통해 IPIC에게 아래와 같이 유가증권(이 사건 주식)의 장부가액이 상승하는 총자산의 증가효과가 초래된다.
이 사건 주식거래 이전이 사건 주식거래 이후현금 582,806,006,650원유가증권 245,082,425,000원현금 582,806,006,650원유가증권 582,806,006,650원
 위와 같이 원고가 IPIC의 도관회사임을 인정하더라도, IPIC는 이 사건 주식양도를 계기로 그 동안 재무상태표에 반영되지 못하였던 유가증권의 시가상승분 337,723,581,650원을 순자산의 증가, 즉 소득으로 인식하게 되고, 이 시점에서 과세관청은 이를 법인세 부과대상인 양도소득으로 보아 이 사건 법인세 부과처분을 할 수 있는 것이다. 즉, 이 사건 주식양도로 IPIC의 자산에는 아무런 변동이 없어 과세할 수 없다는 원고의 주장은 법인세법상 소득의 개념을 정확히 파악하지 못한 것으로 보이므로 받아들일 수 없고, 이 사건 법인세 부과처분의 대상인 양도소득이 존재하는 것으로 보아야 한다. 
 위와 같은 사정들을 종합적으로 고려하면, 실질과세원칙에 의해 이 사건 주식양도의 존재가 부정되어야 할 이유가 없고, IPIC는 이 사건 주식양도를 통해 법인세 과세대상인 양도소득을 취득하였다고 봄이 상당하다. 
 4) 과세표준계산에 국제조세조정법상의 평가방법을 적용해야 하는지 여부 
 가) 관련 규정 
 외국법인이, 내국법인이 발행한 주식을 양도하여 얻은 소득은 그 외국법인의 국내원천소득이 되는데(법인세법 제93조 제10호 가목), 국내사업장이 없는 외국법인이 대통령령이 정하는 특수관계가 있는 외국법인과 대통령령이 정하는 정상가격에 미달하는 금액으로 거래한 경우에는 거래가격이 아닌 정상가격을 당해 수입금액으로 한다(같은 법 제92조 제2항 제3호). "대통령령이 정하는 정상가격"이라 함은 국제조세조정법 제5조 및 동법시행령 제4조의 규정에 의한 방법을 준용하여 계산한 가액을 말하는데, 국제조세조정법 제5조의 규정에 의한 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한하여 소득세법 제99조 제1항 제3호 내지 제6호의 규정을 준용하여 평가한 가액을 정상가격으로 한다(법인세법 시행령 제131조 제3항). 
국제조세조정에 관한 법률(2006. 5. 24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것)
제5조 (정상가격의 산출방법) ① 정상가격은 다음 각호의 방법중 가장 합리적인 방법에 의하여 계산한 가격으로 한다. 다만, 제4호의 방법은 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한한다.
1. 비교가능 제3자 가격방법
거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법
2. 재판매가격방법
거주자와 국외특수관계자가 자산을 거래한 후 거래 일방인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 동 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 차감하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법
3. 원가가산방법
거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 자산의 제조·판매나 용역의 제공과정에서 발생한 원가에 자산의 판매자나 용역의 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 가산하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법
소득세법 (2006. 3. 3. 법률 제7873호로 개정되기 전의 것)
제99조 (기준시가의 산정) ① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.
5. 제94조 제1항 제3호 나목의 규정에 의한 주식등중 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 것과 제94조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 주식(주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식등)
상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의하되, 장부분실 등으로 인하여 취득 당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 한다.
소득세법 시행령 (2006. 4. 28. 대통령령 제19463호로 개정되기 전의 것)
제165조 (토지·건물외의 자산의 기준시가 산정)
④ 법 제99조 제1항 제5호 후단의 규정에 의한 평가기준시기 및 평가액은 다음 각호에 정하는 바에 의한다.
1. 1주당 가액의 평가
1주당 가액 = 1주당 순손익액 ÷ 금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 
 국세청장이 고시하는 이자율(10%)
2. 제1호의 규정에 의하여 평가한 비상장주식의 가액이 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 미달하는 경우에는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.
1주당 가액 = 당해 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식 총수 
 나) 판단
 원고는, 이 사건 주식 양도소득을 계산함에 있어 국제조세조정법상 정상가격 계산방식에 의해 1주당 가액을 계산하여야 하고, 원고가 리먼 브러더스를 통해 이 사건 주식의 합리적인 정상가격을 산출하였으므로 이를 기초로 법인세가 부과되어야 함에도 불구하고, 피고가 이를 받아들이지 않고 소득세법 규정을 적용하여 1주당 가액을 11,890원11,890원으로 계산한 뒤 이 사건 법인세 부과처분을 한 것은 위법하다고 주장한다. 
 살피건대, 갑 제24호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 리먼 브러더스가 2005. 12.경 현대오일뱅크의 기업가치를 산정한 보고서를 작성하였던 사실은 인정된다. 그러나 관련 법규의 내용과 갑 제24호증의 기재 내용을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어, 이 사건 주식 양도소득의 계산에 있어서는 국제조세조정법상의 계산방식을 적용할 수 없다고 봄이 상당하므로, 피고가 소득세법 제99조 제1항 제5호 및 동법시행령 제165조 제4항을 근거로 하여 이 사건 주식의 시가액을 11,890원으로 계산한 것은 적법하다. 
 ① 국제조세조정법에 의한 정상가격을 계산하려면, 납세의무자인 원고와 특수관계가 없는 자 사이에서 이 사건 주식을 거래하는 경우로서 이 사건 주식거래와 비교가능성이 높은 비교대상거래가 존재해야 하는데, 이 사건 주식은 비상장주식으로서 IPIC의 자회사들과 현대그룹측이 주식을 분점하고 있고, 원고가 현대오일뱅크의 주식을 특수관계가 없는 제3자에게 양도한 사례도 없어 결국 비교대상거래가 존재하지 않으므로 국제조세조정법에 의한 정상가격을 산정할 수 없는 경우라고 보아야 한다. 
 ② 리먼 브러더스의 보고서(갑 제24호증)는 현대오일뱅크의 2005. 12.경 현재 상태의 경영성과를 전제로 기업가치를 평가한 것이 아니라, 20억 USD의 추가 투자를 받고, 17%의 내부수익률(IRR: Internal Rate of Return)이 가능한 프로젝트를 추진할 경우를 가정하여 현대오일뱅크의 기업가치를 산정한 것이고, 기업가치의 산정방식에 있어서도 추가적인 자본투자를 받을 경우 예상되는 미래수익흐름을 가중평균자본비용으로 할인하여 현재의 주식가치를 산정하는 방식(할인현금수지 분석법: Discounted Cash Flow), 현대오일뱅크와 비교가능한 미국 및 아시아 소재 기업의 주식 거래 가격을 기초로 현대오일뱅크의 주식가치를 산정하는 방식(Comparable Transactions) 등을 활용한 것이므로, 리먼 브러더스의 보고서가 국제조세조정법의 계산방법에 따라 산출된 정상가격을 기초로 작성되었다고 볼 수는 없다. 
 5) 소결
 따라서 이 사건 법인세 부과처분은 적법하고, 이와 반대의 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 라. 이 사건 증권거래세 부과처분의 적법성 여부
 1) 과세대상인 증권거래의 존재가 세법상 부인되어야 하는지 여부 
 살피건대, 관계법령의 규정과 제2. 다. 3) 나)항의 인정사실에 의하여 알 수 있는 바와 같이 ① 구 증권거래세법은 주권 등의 양도에 대하여 건전한 자본시장의 육성을 저해하지 아니하는 범위 안에서 증권거래세를 부과하기 위하여 제정된 법으로 같은 법 제1조는 과세대상으로 주권 또는 지분의 양도를 규정하고 있고, 제2조 제3항은 ‘이 법에서 “양도”라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것을 말한다’라고 규정하고 있는바, 증권거래세는 사법상 유효하게 성립한 양도행위에 대하여 부과되는 세금인 점, ② 실질과세원칙은 조세회피행위를 규제하여 과세의 형평을 실현하기 위한 것으로 조세법적 관점에서 과세요건의 해당 여부를 판단하기 위한 목적 범위 내에서 실질적인 내용과 귀속관계를 파악하는 것이지 당사자들 사이에 유효하게 성립한 사법상 법률행위의 효과 자체를 부인하거나 새로운 법률행위를 창설하는 것은 아닌 점, ③ 이 사건 주식양도는 Hanocal과 원고 사이에 이 사건 주식의 소유권을 이전하고자 하는 진정한 의사에 기해 이루어진 것인 점 등에 비추어 이 사건 주식양도는 증권거래세 과세대상에 해당한다. 
 2) 구 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목 단서의 적용 여부
 가) 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 주식양도에 대한 증권거래세 과세표준의 계산에 있어서는 구 증권거래세법상의 정상가격을 적용할 수 없고, 거래가액을 그대로 적용해야 한다고 주장한다. 
 즉, 구 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 단서에서 인용하는 소득세법 제101조, 법인세법 제52조는 각각 거주자와 내국법인만을 적용대상으로 하고 있고, 상속세 및 증여세법 제35조는 적용대상에서 영리법인을 제외하고 있으므로, 문언의 해석상 구 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 단서 규정은 영리를 목적으로 하는 비거주자인 외국법인인 원고에 대하여는 적용되지 않는 점, 증권거래세법은 2008. 1. 9. 법률 제8838호로 개정됨으로써 비로소 제7조 제1항 제2호 가목 (2)에 ‘「소득세법」 제126조, 「법인세법」 제92조 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제4조에 따라 주권 등이 정상가격보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에는 그 정상가격을 기준으로 과세한다’는 규정을 신설하였고, 부칙에 따를 때 위 규정은 2008. 4. 1. 이후 최초로 주권을 양도하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어 보면, 영리를 목적으로 하는 외국법인인 Hanocal을 양도인으로 하는 이 사건 주식의 양도행위에 대하여 구 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목 단서의 과세표준 규정을 적용할 수 없다.
 나) 살피건대, 구 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목 단서 규정을 아래와 같이 문언의 의미와 규정 형식, 같은 법에서 과세요건에 관하여 규정하는 전체적인 체계, 위 규정의 취지 및 조세평등주의의 원칙에 비추어 해석하면, 위 규정은 비거주자인 외국법인의 주식양도에도 적용된다고 봄이 상당하므로, 이 사건 증권거래세 부과처분에서 위 규정에 따라 계산한 시가를 적용하여 증권거래세 과세표준을 계산한 것은 적법하다. 
 ⑴ 구 증권거래세법 제7조 제1항은 다음과 같이 규정되어 있다. 
제7조 (과세표준) ① 증권거래세의 과세표준은 다음 각호에 의한다.
1. 제3조 제1호 각목의 규정에 의한 주권을 양도하는 경우에는 당해 주권의 양도가액
2. 제1호외의 주권등을 양도하는 경우에는 다음 각목의 구분에 의한 가액
 가. 주권등의 양도가액을 알 수 있는 경우 : 당해 주권등의 양도가액. 다만, 소득세법 제101조, 법인세법 제52조 또는 상속세 및 증여세법 제35조의 규정에 의하여 주권등이 시가액보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에는 그 시가액
소득세법 제101조, 법인세법 제52조 또는 상속세 및 증여세법 제35조와 위 법률이 세부내용의 확정을 위임하고 있는 각 시행령 규정을 살펴보면, 공통적으로 납세의무자가 특수관계인과 주권등을 거래하면서 조세부담을 감소시키기 위해 거래가액을 부당하게 저가 혹은 고가로 책정한 경우 그와 같은 부당한 거래가액을 과세표준으로 하지 않고 정당하게 산정한 평가액을 과세표준으로 한다는 취지를 담고 있고, 그러한 경우에 해당하는 거래형식을 구체적으로 유형화하고 있다. 그러므로 ‘소득세법 제101조, 법인세법 제52조 또는 상속세 및 증여세법 제35조의 규정에 의하면’ 이라는 부분은 바로 뒤의 ‘주권등이 시가액보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우’를 수식하면서 그 의미를 해석하기 위한 기준으로 제시되었다고 봄이 상당하다. 
 ⑵ 구 증권거래세법은 제1조에서 과세대상, 제3조에서 납세의무자, 제7조에서 과세표준을 규정하고 있다. 즉, 각 조항은 과세요건의 각 항목에 관하여 규정하고 있는 것이다. 같은 법 제7조는 과세표준에 관한 규정이므로 과세표준의 확정이라는 목적에 부합하게 법문을 해석해야 하고, 그 규정이 규율하고자 하는 영역을 벗어나서 납세의무자의 확정에도 적용되는 것으로 확대해석할 아무런 근거가 없다. 
 ⑶ 구 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 가목 단서는 부당한 조세회피행위에 대하여 공평하게 과세하기 위한 규정이다. 그런데 원고의 주장과 같이 비거주자인 외국법인의 주식양도에 있어서는 부당한 저가양도인 경우에도 거래가액에 의해 과세한다면 합리적 이유 없이 국내법인과 외국법인을 차별하게 되므로, 원고의 주장은 조세평등주의의 원칙에 부합하지 않는다. 
 3) 소결
 따라서 이 사건 증권거래세 부과처분은 적법하고, 이와 반대의 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계법령 생략]

판사 이승훈(재판장) 유선주 김선용