법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2010.02.11 / 시행일:

【원고, 상고인】 에스티엑스조선 주식회사 (소송대리인 변호사 손지열외 4인)
【피고, 피상고인】 창원세무서장
【원심판결】 부산고법 2007. 6. 1. 선고 2006누1586 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과된 후에 제출된 상고이유보충서의 기
재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 본다.
 1. 상고이유 제2점 및 제3점에 대하여
 구「법인세법」(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 토지 등의 양도에 대한 특별부가세와 관련하여, 제59조의2 제4항에서 ‘토지 등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구「법인세법 시행령」(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제124조의2 제13항의 규정에 의하여 준용되는 구「소득세법 시행령」(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조 제1항 제3호 본문은 그 양도시기를 ‘장기할부조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일’로 규정하고 있으며, 구「소득세법 시행령」제108조는 ‘장기할부조건이라 함은 자산의 양도로서 판매금액을 월부·연부·기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 3회 이상으로 분할하여 수입하고, 부동산의 경우 첫회 부불금 지급일의 다음날부터 최종의 부불금 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것을 말한다’고 규정하고 있다. 
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거를 종합하여, ① 원고는 1994. 4. 25. 주식회사 국보(이하 ‘국보’라 한다) 및 흥아해운 주식회사(이하 ‘흥아해운’이라 하고, 국보와 함께는 ‘국보 외 1인’이라 한다)에게 각각 1/3지분 및 2/3지분 비율로 원고 소유의 원심판결 별지1 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매매대금 14,868,000,000원에 매도하되, 계약금 1,486,800,000원은 계약 당일, 중도금은 1994. 10. 25.부터 1996. 10. 25.까지 5회에 걸쳐 6개월마다 2,230,200,000원씩, 잔금 2,230,200,000원은 1997. 4. 25. 각 지급받고, 이 사건 부동산에 대한 매매계약 체결일 이후의 종합토지세와 재산세 등은 국보 외 1인이 부담하기로 하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결한 사실, ② 원래 이 사건 부동산은 원고가 1988. 4. 12. 국보에게 보증금 1,700,000,000원에 임대(이하 ‘이 사건 임대차’라 한다)하여 국보가 그 명의로 보세장치장 영업을 하던 곳인데, 그 결과 이 사건 부동산이 원고의 비업무용 부동산으로 평가되었을 뿐만 아니라 주채권은행인 주식회사 부산은행으로부터는 이 사건 부동산을 매각하여 그 매각대금 전액을 채무변제에 사용하라는 요구를 받게 된 사실, ③ 이에 원고는 이 사건 임대차계약을 해지한 다음 1993. 3. 1. 국보와, 국보가 이 사건 부동산에서 원고 명의의 보세구역설영특허 등을 이용하여 보세장치장 사업을 계속하여 그 수익을 원고와 반분하되, 임대차보증금은 대여금으로 전환하여 원금과 이자 연 15%에 대하여 원고 몫의 운영수익에서 상계하기로 하는 내용의 공동운영계약(이하 ‘이 사건 공동운영계약’이라 한다)을 체결하였고, 국보는 대여금으로 전환된 이 사건 임대차보증금 및 그 이자 상당액 전액을 1994. 6. 30.까지 전부 지급받은 이후에도 이 사건 부동산에서 보세장치장 영업을 계속한 사실, ④ 한편, 원고는 국보 외 1인으로부터 계약금 및 제4회 중도금까지는 이 사건 매매계약에서 정한 대로 지급받고, 제5회 중도금 및 잔금은 1996. 9. 5. 지급받은 사실, ⑤ 종로세무서장은 1996. 12. 16. 원고에 대하여 이 사건 부동산의 양도가 장기할부조건부 매매에 해당한다는 전제하에 그 양도시기를 제1회 중도금 지급일인 1994. 10. 25.로 보아 1994 사업연도 귀속 특별부가세 4,176,749,560원(과소신고가산세와 1994 사업연도 귀속 법인세 납부기한일 다음날부터 그 고지일까지에 대한 미납부가산세 포함)(이하 ‘이 사건 당초 특별부가세 부과처분’이라 한다)을, 원고가 1995 사업연도에 국보 외 1인으로부터 지급받은 중도금 4,460,400,000원을 당해 사업연도의 익금에, 그에 대응하는 경비를 손금에 각 산입하는 등으로 1995 사업연도 귀속 법인세 2,343,829,100원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 139,849,630원(가산세 포함)(이하 ‘이 사건 당초 법인세 부과처분’이라 한다)을 각 결정·고지한 사실, ⑥ 그런데 이 사건 당초 특별부가세 및 법인세 부과처분은 그 납세고지서에 세율의 기재가 누락되어 위법하다는 이유로 법원의 판결에 의하여 취소되자, 피고는 2003. 6. 17. 다시 원고에 대하여 납세고지의 하자를 보완하되 미납부가산세를 증액하여 1994 사업연도 귀속 특별부가세, 1995 사업연도 귀속 법인세 및 농어촌특별세를 각 경정·고지하였다가, 2004. 1. 15. 직권으로 증액된 미납부가산세 전액을 감액함으로써 결국 이 사건 당초 특별부가세 및 법인세 부과처분에서의 세액만이 남게 된 사실(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다), ⑦ 한편, 원고와 국보는 1996년 12월까지 이 사건 공동운영계약과 관련하여 정산한 적이 없고, 흥아해운은 이 사건 매매계약 체결일 이후 이 사건 부동산 일부를 해상운송용 컨테이너의 야적장 등으로 사용하여 온 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 공동운영계약은 이 사건 부동산의 매각을 대비한 한시적 방책으로 국보로서는 이 사건 임대차보증금 등을 회수한 이후에는 이를 유지할 필요도 없었던 점, 국보 외 1인의 이 사건 부동산 사용 경위와 현황 및 국보 외 1인이 이 사건 매매계약 체결일 이후의 이 사건 부동산에 대한 세금을 부담하기로 한 점 등에 비추어, 국보가 대여금으로 전환된 이 사건 임대차보증금 및 그 이자 상당액 전액을 지급받은 1994. 6. 30.경부터의 국보 외 1인의 이 사건 부동산의 사용·수익은 이 사건 매매계약에 따른 것이라고 봄이 상당하여 이 사건 부동산의 양도는 장기할부조건부 매매에 해당한다는 전제에서, 이 사건 매매계약의 제1회 중도금 지급일인 1994. 10. 25.을 이 사건 부동산의 양도시기로 보아 한 피고의 이 사건 부과처분은 모두 적법하다고 판단하였다.
 위 관계 법령 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 정당하다.
 원심판결에는 상고이유의 주장과 같은 장기할부조건부 매매의 양도시기에 관한 법리오해 및 채증법칙 위배로 인한 사실오인 등의 위법이 없다.
 2. 상고이유 제1점에 대하여
구「법인세법」(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정되기 전의 것) 제59조의2 제1항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 ‘특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 ‘토지 등’이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다’고 규정하고 있었던바, 헌법재판소는 2000. 1. 27. 선고한 96헌바95 등 위헌소원 사건에서 ‘특별부가세 과세대상이 되는 토지 등의 범위를 시행령에 포괄적으로 위임함으로써 포괄적 위임입법을 금지하는 헌법 제75조에 위반될 뿐 아니라 조세법률주의를 규정한 헌법 제59조에 위반되긴 하지만, 단순위헌결정을 선고하여 그 효력을 상실시킬 경우 이 사건 조항 등에 의한 특별부가세를 부과할 수 없게 되는 법적 공백상태가 되고, 이미 특별부가세를 납부한 납세의무자들과 사이에 형평에 어긋나는 결과를 초래하는 점 등’을 이유로 이 사건 조항에 대하여 헌법불합치결정을 하였다. 
 이에 따라 2000. 2. 3. 법률 제6259호로 개정되어 시행된「법인세법」(이하 ‘개정 법인세법’이라 한다)은 제99조 제1항(이하 ‘이 사건 제99조 제1항’이라 한다)에서 과세표준에 관하여 구체적으로 규정하면서, 그 부칙 2항에서 ‘이 법은 이 법 시행 후 최초로 특별부가세의 과세표준을 신고하거나 특별부가세를 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다’고 규정하였다가, 다시 2000. 12. 29. 법률 제6293호로 법인세법을 개정하면서 개정 법인세법에 부칙 제3항을 신설하여 ‘특별부가세의 쟁송사건에 대한 적용례’라는 제목으로 ‘이 법은 종전의 법인세법(법률 제5581호로 개정되기 전의 법률을 말한다) 제59조의2 제1항의 규정을 적용하여 행하여진 처분(이의신청·심사청구·심판청구 또는 행정소송이 제기된 것에 한한다)에 관하여 이를 적용한다’고 규정하였다. 
 한편, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다( 대법원 2003. 1. 10. 선고 2001두7886 판결, 대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두17840 판결 등 참조). 
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 개정 법인세법 시행 이후 고지된 이 사건 부과처분은 이 사건 제99조 제1항에 근거하여 이루어졌다는 전제에서, 헌법재판소가 특별부가세와 관련하여 헌법불합치결정을 한 것은 그 과세표준에 관한 이 사건 조항이지 그 양도시기나 세율에 관한 것이 아닌 점과 개정 법인세법에서 특별부가세와 관련한 양도시기나 세율에 대한 개정은 이루어지지 아니한 점 등에 비추어, 이 사건에 적용될 법령은 특별부가세의 과세표준에 관한 이 사건 제99조 제1항 이외에는 구「법인세법」상의 규정이 적용되고, 나아가 헌법재판소가 이 사건 조항에 대하여 단순위헌결정이 아닌 헌법불합치결정을 함으로써 원고는 이 사건 부동산의 양도에 대해서 이 사건 제99조 제1항에 의하여 여전히 특별부가세 납세의무를 부담하고 있는 점과 그 불합치결정이 있은 2000. 1. 27.보다 훨씬 이전인 1994 사업연도 귀속 법인세 납부기한일 다음날부터 이 사건 당초 특별부가세 부과처분의 고지일인 1996. 12. 16.까지의 기간에 대하여만 이 사건 부과처분 중 특별부가세의 미납부가산세가 계산된 점 등에 비추어, 그 미납부가산세에 대해서 납부의무의 불이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다는 취지에서, 그 미납부가산세 부분을 포함하여 이 사건 부과처분은 모두 적법하다고 판단하였다. 
 위 관계 법령 및 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하다.
 원심판결에는 상고이유의 주장과 같은 헌법재판소의 헌법불합치결정에 관한 법리오해 및 가산세 부과에 있어서 정당한 사유에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 양창수(재판장) 양승태 김지형(주심) 전수안

[1] 甲 회사가 그 소유 부동산을 임차하여 영업을 하던 乙 회사와 임대차계약을 해지하기로 하되, 乙 회사로 하여금 위 부동산에서 종전 영업을 계속하게 하고 위 임대차보증금을 乙 회사의 甲 회사에 대한 대여금으로 전환하기로 하는 등의 공동운영계약을 乙 회사와 체결한 뒤 다시 위 부동산을 乙·丙 회사에 매도한 사안에서, 乙 회사가 대여금으로 전환된 임대차보증금 및 그 이자 상당액 전액을 지급받은 시점부터 乙·丙 회사의 부동산 사용·수익은 甲 회사와의 매매계약에 따른 것이므로, 위 부동산의 양도는 장기할부조건부 매매에 해당하여 매매계약의 제1회 중도금 지급일을 그 부동산의 양도시기로 보아 법인세 등을 부과한 과세관청의 처분은 적법하다고 한 사례
[2] 2000. 1. 27. 헌법불합치결정이 선고된 구 법인세법 제59조의2 제1항의 ‘특별부가세의 과세표준’ 규정 외에 특별부가세의 양도시기나 세율에 관하여는 모든 구 법인세법의 규정이 적용되고, 과세표준에 관해서만 위 불합치결정 이후 개정된 구 법인세법이 적용될 뿐이므로, 1994. 10. 25.에 이루어진 부동산 양도에 대하여도 여전히 특별부가세를 부과할 수 있고, 그 특별부가세의 미납부가산세와 관련하여 납세의무자에게 납세의무의 불이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다고 한 사례