양도소득세등부과처분취소청구사건 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1986.11.27 / 시행일:

【원 고】 재단법인 지덕사
【피 고】 광화문세무서장
【주 문】
 1. 피고가 1985.5.16. 원고에 대하여 한 방위세 38,721,375원의 부과처분중 6,327,048원을 초과한 부분은 이를 취소한다.
 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 원고는 1965.9.28. 전주리씨 양영대군파 종중재산을 출연받아 설립된 비영리법인으로서 1983.8.4. 위 재산중 서울 동작구 상도동 산 65의 158 소재 임야 25,020평방미터(이하 이 사건 토지라 한다)을 서울특별시 교육위원회에 학교용지로서 663,030,000원에 양도하고, 1984.3.15. 위 토지양도에 따를 법인의 특별부가세분 방위세(법인세는 감면) 과세표준을 신고함에 있어서 양도가액은 실지거래가격인 663,030,000원에 의하고 취득가액은 1965.9.28. 설립당시 기증받은 재산이므로 그 실지거래가격이 불분명하다 하여 1975.1.1. 현재의기준시가인 75,682,998원으로 계산하고( 1981.12.31. 개정 법인세법 부칙 제13조), 양도비용은 위 취득가액의 7퍼센트인 5,297,809원, 양도소득특별공제액은 72,109,776원(물가상승율 공제 96.6퍼센트)을, 각 공제하여 양도차익으로 509,939,417원을 산출환 후, 이에 따른 특별부가세분 방위세로 38,245,456원(법인세감면분, 특별부가세율 25퍼센트, 방위세율 30퍼센트)과 법인세과세분 156,575원(1983년 사업년도분), 합계 38,402,031원을 신고하여 납부한 사실, 이에 대하여 피고는 1985.5.16. 서면심리를 한 결과 위 신고시 양도비용으로 계산한 5,297,809원중 이 사건 토지에 대한 실지양도비용은 598,172원에 불과하여 4,699,637원이 과다공제하였음을 확인하고 양도비용을 598,172원으로, 양도수득특별공제율을 96.8퍼센트로, 갱정하여 양도차익을 513,487,688원으로 산출한 후, 이에 따라 산출된 특별부가세분 방위세 38,668,151원, 가산세 53,224원, 합계 38,721,375원중 원고가 자진신고 납부한 38,402,031원을 공제한 금 319,344원을 추가로 증액갱정하여 결정고시한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 
 2. 원고는 당초 신고시 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 실거래가액이 불분명한 경우이므로 기준시가에 의하여 계산하였으나 실지 취득가액이 불분명한 경우라면 양도가액 역시 기준시가에 의하여 신고하였어야 할 것임에도 착오로 양도가액을 실지거래가액으로 잘못 신고하여 자진납부까지 한 것이므로, 비록 원고가 이에 대한 수정신고를 한 사실이 없었다 하더라도 피고로서는 이를 당연히 직권시정하였어야 함에도 이를 시정하지 아니하고 오히려 위와 같이 이 사건 특별부가세분 방위세등 38,721,375원으로 갱정결정(증액) 하였는 바, 당초 신고내용중 양도가액을 기준시가인 90,820,098원(56등급, 1평방미터당 금 3,629.9원으로 계산)으로 계산하여 산출한 특별부가세분 방위세등 6,327,048원을 초과한 위 부과처분부분은 취소되어야 한다고 주장하고 이에 대하여 피고는 첫째로, 이 사건 갱정결정의 효력은 추가로 증액갱정된 부분에만 미치고 당초 원고의 자진신고에 의하여 확정된 조세채권에 대하여는 피고가 실지조사하여 어떠한 처분을 하였거나 처분을 하지 아니한 바 없는데도 피고의 이 사건 갱정결정 전부를 불복대상으로 삼은 것은 잘못이고, 둘째로 이 사건 부과처분에 있어서 양도차익 산정방법은 적법한 것이라고 주장한다.
 3. 우선, 이 사건 갱정결정에 대한 불복대상의 범위에 관하여 보건대, 법인세법 제26조 제1항은 납세의무 있는 내국법인은 각 사업년도의 결산을 확정한 날로부터 15일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다"고 규정하여 조세채무는 납세자의 신고에 의하여 확정하는 것을 원칙을 하는 소외 신고납세방식을 채택하면서 같은법 제32조의 제1항에서 "정부는 내국법인이 제26조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다"고 규정하고, 같은조 제2항에서는 납세의무자의 납세신고가 있는 경우에는 그 신고내용에 오류나 탈루가 있는 경우와 세법에 의한 계산서의 전부 또는 일부를 제출하지 않는 등의 사유가 있는 때에는 정부에서 과세표준과 세액을 "갱정"하도록 규정하므로써 신고납세방식을 보완하기 위한 정부의 결정이나 갱정제도를 두어 조세채무의 확정에 관하여 과세권자인 정부에게 제2차적, 보충적인 확정권한을 유보하고 있는 바, 과세관청이 납세자의 자진신고에 의하여 조세채무가 확정된 뒤에 과세표준과 새액에 오류 또는 탈루가 있음을 발견하여 이를 증액갱정하는 처분을 한 경우 이는 납세자의 신고에 의하여 확정된 뒤에 과세표준과 세액을 그대로 두고 증액부분만을 결정하는 것이 아니라 당초 신고에 의한 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 증액된 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로 신고에 의하여 확정된 조세채무는 뒤의 갱정처분의 일부로 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하여 소멸하고 오직 갱정처분만이 쟁송이 대상이 된다 할 것이고( 대법원 1984.4.10. 선고 83누539 판결 참조), 비록 납세자의 자진신고에 의하여 확정된 조세채무가 불복기간의 경과나 전심절차의 종결로 이른바 불가쟁력 또는 불가변력이 발생하였다 하여도 이러한 확정의 효력은 신고에 의하여 확정된 조세채무가 유효하게 존속하는 것을 전제로 할 것이므로 그 뒤의 갱정처분에 흡수됨으로써 독립의 존재가치를 상실하고 소멸한 이상 그 불가쟁력이나 불가변력을 인정할 여지가 없고, 따라서 갱정처분에 대한 소송절차에서 당사자는 신고에 의하여 확정된 조세채무의 과세표준과 세액에 대하여도 그 위법여부를 다툴 수 있다 할 것인바, 이 사건에 있어서 피고는 위 갱정결정을 함에 있어서 원고가 당초 신고한 내용을 서면심리한 결과 양도비용을 과다계산한 오류를 지적하고 원고의 신고에 의한 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 과세표준과 세액을 다시 결정하여 증액갱정한 후 기납부세액을 공제한 나머지 증액부분을 추가로 고지하였음은 위에서 본 바와 같으므로, 이 사건 갱정결정중 위 증액부분만이 불복대상이 될 뿐, 원고의 신고에 의하여 확정된 조세채무를 불복의 대상이 될 수 없다는 피고의 위 주장은 이유없다 할 것이다. 
 4. 다음, 이 사건 특별부가세처분 방위세의 과세표준으로서 양도차익 산정방법에 관하여 본다.
법인세법 제59조의2 제3항 단서는 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우 대통령령으로 정하는 기준시가에 의하도록 규정하고 있고, 법인세법시행령 제124조의2 제6항은 동 기준시가를 소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가로 하도록 규정하고 있으며, 같은법시행령 제170조 제1항 단서는 국가, 지방자치단체, 기타법인과의 거래나 국세청장이 부동산투기억제를 위하여 필요하다고 인정되어 지정하는 거래에 있어서 양도 또는 취득당시의 실지거래가액이 확인된 경우 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없을 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 같은법시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목 (1982.12.31. 신설)의 규정에 의하면, 소득세법시행령 제170조 제1항 단서의 경우에 양도 또는 취득당시의 실지거래가액에 인근지역의 지가상승율을 감안하여 재무부령이 정하는 방법에 따라 환산한 가액을 기준시가로 결정한다고 되어 있고, 위 시행령에서 위임받아 제정된 소득세법시행규칙 제56조의 5 제5항(1983.2.28. 신설)에서 환산가액을 산정하는 산식을 규정하고 있는 바, 이건에 있어서 원고는 재단법인으로서 설립당시에 출연받은 기본재산의 일부인 이 사건 토지를 서울특별시 교육위원회에 금 663,030,000원에 양도한 사실은 위에서 본 바와 같으므로 양도가액은 소득세법시행령 제170조 제4항 제1호 소정의 법인등과의 거래에서 실지거래가액이 확인된 경우에 해당하나, 한편 이 사건 토지는 원고법인이 설립당시 출연받은 기본재산이므로 그 취득가액이 불분명한 경우라 할 것이므로, 양도가액은 실지거래가액에 의하고, 그 취득가액은 위에서 본 바와 같이 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목, 소득세법시행규칙 제56조의 5, 제5항의 규정에 따라 환산한 가액을 기준시가로 삼아 양도차익을 산정함이 상당하다 할 것이다. 
 그러므로, 위 인정과 같은 방법으로 이 사건 특별부가세 과세표준 및 세액을 계산하기로 하고, 우선 취득가액을 소득세법시행령 제115조 제1호 (다)목 및 소득세법시행규칙 제56조의5 제5항 제1호의 규정에 따라 환산한 기준지가로 산정함에 있어서, 원고가 이 사건 토지를 원고법인의 설립당시인 1965.9.28.경 법인의 기본재산으로 출연받은 것은 앞서 본 바와 같으므로 법인세법 부칙 제13조의 규정에 따라 그 취득일자를 1975.1.1. 현재를 기준으로 삼고, 성립에 다툼이 없는 갑 제3호증(심사청구서), 갑 제8호증(임야대장), 을 제5호증(토지등급표)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이 사건 토지의 1975.1.1. 당시의 토지등급은 55등급으로서 과세시가표준액은 평방미터당 3,024.9원이고, 양도당시인 1983.8.4.경의 토지등급은 56등급으로서 과세시가표준액은 평방미터당 3,629.9원인 사실을 인정할 수 있어 이에 따라 취득가액을 산정하면 별표계산서 (2) 기재와 같이 552,521,955원이 되고, 양도비용으로 금 589,172원이 소요된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 위 양도가액에서 위의 취득가액과 별표계산서 기재의 취득부대비용 및 위의 양도비용을 각 공제하고 다시 법인세법 제59조의 2 제3항 소정의 공제를 하여 이 사건 특별부가세 과세표준의 양도차익을 계산하면 별지계산표 기재와 같이 양도차익이 전혀 발생하지 아니함이 계산상 분명하다. 
 5. 그렇다면, 이 사건 부동산의 양도로 인하여 양도차익이 발생하였음을 이유로 하여 부과된 이 사건 부과처분은 위법하다 할 것인데, 원고는 이 사건 부과처분중 6,327,048원을 초과한 부분에 대해서만 위법함을 내세워 그 취소를 구하고 있으므로 이 사건 부과처분중 원고가 구하는 부분에 한하여 취소하기로 하고, 위 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유있으므로 이를 인용하고 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 천경송(재판장) 조홍은 최형기

가. 당초의 과세처분이 경정된 경우 행정소송의 대상인 과세처분
나. 이미 확정된 과세처분에 대하여 증액갱정처분을 한 경우 당초처분을 다툴 수 있는지 여부
다. 법인설립시 출연받은 기본재산의 취득가액 산정방법

가. 과세관청이 납세자의 자진신고에 의하여 조세채무가 확정된뒤에 과세표준과 세액에 오류 또는 탈루가 있음을 발견하여 이를 증액갱정처분을 한 경우, 이는 당초의 신고에 의한 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 증액된 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로 신고에 의하여 확정된 조세채무는 뒤의 갱정처분의 일부로 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하여 소멸하고 오직 갱정처분만이 쟁송대상이 된다.
나. 납세자의 자진신고에 의하여 확정된 조세채무가 불복기간의 경과나 전심절차의 종결로 이른바 불가쟁력 또는 불가변력이 발생하였다 하여도 이러한 확정의 효력은 신고에 의하여 확정된 조세채무가 유효하게 존속하는 것을 전제로 한 것이므로 그 뒤의 갱정처분에 흡수됨으로써 독립의 존재가치를 상실하고 소멸한 이상 그 불가쟁력이나 불가변력을 인정할 여지가 없고 따라서 갱정처분에 대한 소송절차에서 당사자는 신고에 의하여 확정된 조세채무의 과세표준과 세액에 대해서도 그 위법여부를 다툴 수 있다.
다. 재단법인이 설립당시에 출연받은 기본재산의 일부인 토지를 양도한 경우, 양도가액은 소득세법시행령 제170조 제4항 제1호 소정의 법인등과의 거래에서 실지거래가액이 확인된 경우에 해당하나, 이 토지는 법인설립당시 출연받은 기본재산이므로 그 취득가액이 불분명한 경우이므로 그 취득가액은 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목, 동법시행규칙 제56조의5 제5항의 규정에 따라 환산가액을 기준시가로 삼아 양도차익을 산정함이 상당하다.