임대한 사무실을 간헐적 사용시 등록세 중과대상 본·지점 해당 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2016.07.29 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2016. 4. 20. 선고 2015누55532 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분 기재와 같으므로행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 그대로 인용한다(이하에서 사용하는 약어의 의미는 제1심 판결의 그것과 같다).
2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고

원고는 이 사건 203호의 취득일부터 현재까지 이를 본점으로 사용한 사실이 없고, 오로지 타인에게 임대하여 임대수익을 올렸을 뿐이며, 원고의 대표자인 김0혁이 대표이사로 있는 소외 주식회사 00티엠피(이하 ‘00티엠피’라 한다)는 원고와는 전혀 별개의 법인으로서 별개의 사업을 운영하기 위하여 이 사건 203호를 임차한 것일 뿐 원고가 이 사건 203호에서 사업을 운영한 사실은 전혀 없고, 이 사건 부동산의 취득은 원고의 본점 설치와 전혀 관련이 없으므로, 피고가 이와 다른 전제에서 이 사건 등기에 대하여 등록세를 중과한 것은 위법하다. 설령 원고가 이 사건 203호에 본점을 설치한 것으로 보더라도, 납부불성실가산세의 기산일은 본점이 사실상 설치된 날로부터 30일이 경과한 날로 보아야 할 것이므로, 이 사건 처분 중 이 사건 203호의 취득일 무렵을 기산일로 하여 납부불성실가산세를 부과한 부분은 위법하다.
2) 피고

㉠ 피고가 2014. 10. 28. 원고의 공부상 본점에 관하여 현장조사를 한 결과 건물 출입문이 폐쇄되어 있고 상주 직원이 없었으며 원고의 본점임을 확인할 수 있는 간판이 없었던 점, ㉡ 법인세 및 부가가치세 신고서 상 원고의 연락처가 공부상 본점이 아니라 이 사건 부동산으로 되어 있는 점, ㉢ 원고와 00티엠피의 대표이사가 모두 김0혁으로 동일하고 전·현직 임원이 상당수 중복되며 이 사건 203호가 김0혁의 사무실인 점, ㉣ 원고가 00티엠피와 동일한 전화번호를 사용하고 있는 점, ㉤ 원고가 피고에게 이 사건 부동산을 사업장으로 하여 근로소득 원천징수분에 대한 지방소득세 특별징수분을 신고·납부한 점, ㉥ 원고가 2014. 8. 1. 이 사건 부동산을 영업장으로 하여 피고에 영업신고를 한 점, ㉦ 원고가 이 사건 부동산에서 수도를 사용한 내역이 확인되는 점 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 이 사건 203호에 전입하여 본점 용도로 직접 사용하였다.
나. 관계 법령

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 해당 부분(제11면부터 제12면까지) 기재와 같으므로행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
다. 인정사실

1) 원고의 여주에서의 부동산 임차 및 본점 이전

가) 원고는 ‘서울 000구 00동6가 29 00아르디세 4층 410호’를 본점으로 하여 설립된 후, 2008. 3. 19. 소외 최00로부터 경기도 00군 00면 00리 126-8 지상 점포 49.6㎡를 2008. 4. 14.부터 2년간 보증금 300만 원, 차임 월 40만 원에 임차하는 계약을 체결하고, 위 점포를 본점으로 등기하여 사용하면서 2008. 6.부터 2010. 12.까지 최00에게 차임을 지급하였다(이하 ‘00리 본점’이라 한다).
나) 원고는 2008. 5. 28. 주식회사 △△으로부터 경기도 00군 00면 00리 3, 4번지 지상 차고 및 사무실을 2008. 5. 28.부터 2011. 5. 28.까지, 연 임료 1,200,000원으로 정하여 임차하였다.
다) 원고는 2011. 2. 28. 00티엠피(주식회사 000익스프레스 및 주식회사 00택배에서 순차 상호 변경) 소유의 경기도 00군 00면 00리 149-9 지상 건물로 본점을 이전하였다(이하 ‘00리 본점’이라 한다).
2) 원고의 영업 양수 및 양도

가) 원고는 2007. 3. 14. 주식회사 000케이항공으로부터 사업용 차량 20대 및 전세버스운송사업권을 포함하는 전세버스운송사업 전부를 양수하는 계약을 체결하였고, 위와 같이 본점을 00리로 이전한 후에는 위 00리 3, 4번지 토지를 차고지로 사용하였다.
나) 원고는 2010. 4.경 사업용 차량을 포함하여 전세버스운송사업 전부를 주식회사 노000트랜스포에 양도한 후 피고에게 여객자동차운송사업(전세버스) 전부 양도·양수를 신고하여, 피고가 2010. 5. 7. 이를 수리하였다.
다) 원고는 2010. 8.경 주식회사 00티케이엘과 사이에 원고가 주식회사 00티케이엘로부터 화물자동차운송주선사업을 양수받기로 하는 계약을 체결한 후 2010. 8. 11.경 피고에게 화물자동차운송주선사업 양도·양수를 신고하였다. 피고는 원고의 위 신고에 대하여 2010. 9. 8. 원고에게 화물자동차운송주선사업허가증을 교부하였다.
라) 원고는 위 화물자동차운송주선사업을 0트레일러 주식회사에 양도한 후 부산광역시 0구청장에게 화물자동차운송주선사업 양도·양수를 신고하여, 0구청장이 2011. 1. 19. 위 신고를 수리하였다.
3) 피고의 현장조사

가) 피고는 2014. 10. 28. 원고의 00리 본점에 대한 출장 조사를 실시하였는데, 그 결과를 정리한 소속 직원의 복명서에는, 00리 본점에는 상주하는 직원이나 원고의 건물임을 표시하는 간판이 없고, 건물의 출입구는 폐쇄되어 있으며, 건물 내부의 책상과 의자 등은 사용한 흔적을 찾아볼 수 없는 등 원고가 위 장소에서 전혀 영업활동을 하고 있지 않았다는 내용이 기재되어 있다.
나) 피고는 2014. 11. 5. 이 사건 부동산에 대한 출장 조사를 실시하였는데, 그 결과를 정리한 소속 직원의 복명서에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.
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○ 이 사건 부동산 중 00티엠피의 사무실로 이용되고 있는 202호에 이 사건 부동산의 외부에 설치된 감시카메라를 통해 그 주변을 볼 수 있는 모니터가 설치되어 있다.
○ 원고 소속 백00 상무는 "원고는 사업이 잘 안 돼서 별도로 부서를 두지 않고 있고, 중요 사업 결정 장소도 따로 없으며, 현재 이 사건 부동산의 임대사업과 00시 00동에서의 주차관리업만을 하고 있는데, 00동 사무실에 원고 회사의 간판이 걸려 있다."고 진술하였다.
○ 원고 소속 석0황 전무는 2014. 11. 10. 00구청에서 면담을 하면서, "여주는 원고의 주사업장이 아니고, 현재 원고는 여주의 주차장 관리와 이 사건 부동산의 임대만을 하고 있으므로, 특별히 사무실이 필요하지 않고, 이 사건 203호는 사장실이며, 이 사건 부동산의 임대 및 건물관리는 김0혁 대표가 하고 있다."고 진술하였다.
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4) 이 사건 부동산 관련

가) 원고는 2014. 1. 8. 및 2014. 7. 10. 각 이 사건 부동산을 사업장으로 기재하여 직원 1명의 근로소득 원천징수분에 대한 지방소득세 특별징수분을 납부하였다.
나) 원고는 2014. 8. 1. 이 사건 부동산을 소재지로 하여 식품소분·판매업에 대한 영업신고를 하였다.
다) 2014. 10.경 현재 이 사건 부동산의 1층에는 00통운(101호), 2층에는 00운수(201호)와 00티엠피(202호, 203호), 4층 402호에는 0진로지스가 각 입주해있고, 3층 301호, 302호 및 4층 401호에는 김0혁 대표와 그 가족이 거주하고 있으며, 이 사건 부동산에 원고의 간판을 게시해 놓은 사무실은 없다.
5) 00리 본점 관련

원고의 00리 본점에서는 2012. 1.까지 전기가 사용되다가 2월에서 4월에는 전기사용량이 없었고, 다시 5월에 전기가 사용된 뒤 2012. 6.부터 2015. 1.까지는 전기가 사용되지 않았다. 또한, 00리 본점에 대해서는 2011년에서 2014년 사이에 수도요금이 부과된 바 없고, 케이티 00지점에 원고의 명의로 가입되어 있는 일반 전화는 없는 것으로 확인되었다.
6) 원고와 00티엠피의 관계

가) 원고와 00티엠피의 전·현직 임원 중 일부는 아래 표 기재와 같이 양 회사의 임원을 겸직하였고, 겸직하지 않은 전·현직 임원으로는 정경(2013. 4. 15.부터 2014. 3. 17.까지 원고의 사내이사 및 대표이사로 재직), 김0인(2013. 6. 3.부터 00티엠피의 감사로 재직)이 있다.
나) 00티엠피는 2012. 4. 2. 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 전화번호를 ‘***-****-****’로 기재하였는데, 원고는 2012. 4. 24. 피고의 과세자료 제출요청에 대하여 부가가치세 신고서를 제출하는 과정 및 2014. 1. 8.과 2014. 7. 10. 근로소득 원천징수분에 대한 지방소득세 특별징수분을 납부하는 과정에서 모두 전화번호를 ‘***-****-****’로 기재하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4 내지 7, 9, 11, 12, 13호증, 을 제3 내지 6, 8, 9, 14호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 구「지방세법」제138조제1항 제3호는 등록세 중과대상의 하나로 ‘대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’를 들고 있고, 구「지방세법 시행령」제102조제2항은 ‘법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말한다’고 규정하고 있다. 이러한 지방세법의 입법취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보전 및 지역 간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법취지에 비추어 볼 때, 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 전입과 관련하여 취득한 부동산등기도 포함한다고 할 것이다(대법원 2006. 6. 15. 선고 2006두2503 판결 등 참조).
한편, 여기서 말하는 부동산등기는 반드시 그 부동산의 전부가 법인 또는 지점 등의 업무에 사용되어야 한다거나 취득 당시 그 부동산의 전부를 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용할 의사가 있어야만 하는 것은 아니라고 하더라도, 법인 또는 지점 등의 설립·설치·전입과 부동산 취득 사이에 ‘관련성’이 인정되는 경우의 등기만을 의미한다고 해석하여야 하고, 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련 없이 취득한 부동산을 그 후에 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용하게 된 경우의 부동산등기까지 포함하는 것은 아니다(대법원 2001. 4. 10. 선고 99두1618 판결 등 참조).
2) 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ㉠ 피고가 2014. 10.경 00리 본점을 현장조사할 당시 00리 본점에서는 아무런 영업활동이 이루어지지 않았고 전기·수도·전화의 사용도 없었으므로, 사실상 원고의 사무실로 이용되지 않았다고 보이고, 원고의 주장에 의하더라도 당시 원고는 이 사건 부동산에 관한 임대업 외에는 다른 사업을 영위하고 있지 않아 여주에 사무실이 위치할 필요는 없었던 것으로 보이는 점, ㉡ 00티엠피가 임차한 이 사건 부동산 202호에 이 사건 부동산을 관리할 수 있는 CCTV가 설치되어 있었는데 임차인에 불과한 00티엠피가 이 사건 부동산을 관리할 별다른 이유가 없는 점, ㉢ 원고와 00티엠피의 전·현직 임원들이 상당 부분 중복될 뿐만 아니라, 원고가 다수의 신청서에 00티엠피의 전화번호를 기재하고 있는 점 등에 비추어 보면, 김0혁이 현재 이 사건 203호에서 이 사건 부동산에 관한 임대 업무를 일부 처리하고 있을 것으로 보이기는 한다.
3) 그러나 위 인정사실 및 앞서 든 증거, 갑 제8호증의 1 내지 5, 을 제9호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 203호는 00티엠피의 지점으로 사용되고 있다고 봄이 타당하고, 설령 원고가 현재 이 사건 203호를 본점으로 사용하고 있는 것으로 볼 수 있다고 하더라도, 피고가 들고 있는 사정 및 제출한 증거만으로는 원고가 2009. 11. 11. 이 사건 등기 당시부터 이 사건 203호로 본점을 전입할 의사가 있었다고 추단하기에 부족하며, 달리 이 사건 등기와 원고의 본점 전입 사이에 관련성을 인정할 증거가 없다.
① 피고는 원고와 00티엠피의 대표이사를 겸하고 있는 김0혁이 이 사건 203호를 사장실로 쓰고 있고, 김0혁과 그 가족의 주소지가 이 사건 부동산으로 되어 있으며, 원고가 이 사건 부동산을 사업장으로 기재하여 근로소득 원천징수분에 대한 지방소득세 특별징수분을 납부하고, 영업신고를 하였다는 등의 이유로 이 사건 203호를 원고의 사실상 본점이라고 판단하였으나, 김0혁이 원고와 00티엠피의 대표이사로 취임한 날은 각각 2014. 3. 17. 및 2013. 12. 16.이고, 김0혁과 그 가족이 이 사건 부동산에 전입한 날은 2013. 3. 11.이며, 위 지방소득세 납부 및 영업신고 또한 모두 2014년도에 이루어진 일이다.
② 앞서 본 원고가 00리 본점에서 전혀 영업활동을 하고 있지 않았다거나 김0혁 대표이사가 이 사건 203호에 사장실을 두고 이 사건 부동산을 관리하고 있다는 내용의 각 복명서 또한 2014년 10월 및 11월에 00리 본점과 이 사건 부동산에 가서 조사한 내용을 토대로 작성된 것이다.
③ 원고는 00리 본점과 관련하여 2010. 12.까지 최00에게 차임을 지급하였고, 00리 본점의 경우 적어도 2012. 1.까지는 전기가 꾸준히 사용되었을 뿐만 아니라 그 이후로도 2015년까지 매월 부과되는 전기요금을 정상적으로 납부하였다.
④ 00티엠피는 2011. 1.부터 최근까지 원고에게 매월 308만 원 내지 132만 원씩 일정한 금액을 지급하여 왔는데, 이는 00티엠피가 원고로부터 임차한 이 사건 부동산 202호와 203호의 차임인 것으로 보인다.
⑤ 원고는 화물자동차운송주선사업을 00레일러 주식회사에 양도한 2011. 1.경까지는 00군에서 사업을 영위하였다고 보이는데 이는 원고가 이 사건 부동산을 취득한 2009. 11. 11.로부터 1년이 넘게 경과한 후이므로, 원고가 그 후 여주에서 별다른 사업을 영위하지 않고 이 사건 203호에서 이 사건 부동산에 관한 임대업무를 일부 수행하였다고 하더라도 그 시간적 간격을 고려하면 이 사건 등기와 이 사건 203호에서 수행된 원고의 업무 사이에 관련성이 있다고 보기 어렵다.
⑥ 원고와 같이 규모가 작은 부동산 임대사업자인 경우 사무실에 임직원이 상주하거나 전기, 수도, 전화 등을 꾸준히 사용할 필요가 있지는 않을 것으로 보이는 반면, 운송업, 운수관련 서비스업 등을 영위하는 00티엠피의 경우 여러 지역에 사무실과 임직원을 두고 지속적으로 업무를 수행할 필요가 있을 것으로 보이는바, 따라서 현재 00티엠피의 사장실로 쓰이고 있는 이 사건 203호에서 이루어지는 주된 업무는 김0혁이 00티엠피의 대표이사로서 수행하는 업무로 볼 여지도 충분하고, 현재 김0혁이 이 사건 203호에서 원고의 대표이사로서의 일부 업무를 간헐적으로 처리하고 있다고 하더라도 그러한 사정만으로 이 사건 203호가 원고의 본점으로 사용되고 있다고 보기는 어렵다.
4) 한편, 원고가 이 사건 203호에서 일부 업무를 수행하고 있다고 하더라도, 구「지방세법」제138조제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에 의하여 그 설치를 위한 부동산등기에 중과세가 적용되는 ‘지점 등‘이란 ’「법인세법」·「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소‘를 말하는데[구 지방세법 시행규칙(2010. 12. 23. 행정안전부령 제177호로 개정되기 전의 것) 제55조의2)] 원고가 2014. 8. 1. 식품소분·판매업에 대하여 한 영업신고는 식품위생법에 따른 것이고, 달리 이 사건 203호에 대하여 위 각 법에 따른 등록이 이루어졌음을 인정할 자료가 없으므로, 이 사건 203호에 관한 등기가 중과세 대상이 되는 지점 등의 설치와 관련하여 취득한 부동산 등기에 해당한다고 볼 수도 없다.
5) 따라서 이 사건 등기가 원고의 본점 또는 지점의 전입 또는 설치와 관련하여 취득한 부동산등기로서 구「지방세법」제138조제1항 제3호에 의한 등록세 중과의 대상에 해당한다고 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다(본세 부과처분의 위법성이 인정되는 이상 가산세 부과처분에 대한 원고의 주장에 관하여는 더 나아가 판단하지 아니한다).
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울행정법원 2015. 7. 24. 선고 2014구합76103 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고가 2014. 11. 10. 원고에게 한 등록세 17,599,870원(가산세 포함), 지방교육세 3,318,530원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
1)원고는 청구취지 및 청구원인 변경신청서에서 피고가 2014. 11. 10. 원고에게 한 등록세 20,918,400원의 부과처분의 취소를 구하는 것으로 기재하였으나, 갑 제3호증의 3 및 을 제10호증의 각 기재에 의하면 피고가 위 일자에 원고에게 한 부과처분은 등록세 17,599,870원(가산세 포함) 및 지방교육세 3,318,530원(가산세 포함) 합계 20,918,400원이므로 위와 같이 수정하여 기재한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 주차장 운영업, 부동산 임대업 등을 목적으로 하여 2002. 10. 16. 설립된 상법상의 주식회사이다.
나. 원고는 소외 주식회사 000케이로지스로부터 별지 1 부동산 목록 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하여 2009. 11. 11. 그 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 등기’라 한다)를 경료하였고, 같은 날 피고에게 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 35,436,410원, 농어촌특별세 1,467,280원, 등록세 35,436,410원, 지방교육세 7,087,280원 합계 79,427,380원을 신고·납부하였다.
다. 피고는 2014년 이 사건 부동산에 대한 세무조사를 실시한 후, 이 사건 부동산 중 일부인 서울 00구 00동 459-3, 203호(이하 ‘이 사건 203호’라 한다)가 대도시 외에서 대도시 내로 전입한 원고의 사실상 본점에 해당한다는 이유로 구「지방세법」제138조제1항 제3호, 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항에 의한 중과세율을 적용하여 같은 해 11. 10. 원고에게 등록세 17,599,870원(가산세 포함), 지방교육세 3,318,530원(가산세 포함) 합계 20,918,400원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제10호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 이 사건 203호의 취득일부터 현재까지 이를 본점으로 사용한 사실이 없고, 오로지 타인에게 임대하여 임대수익을 올렸을 뿐이며, 원고의 대표이사인 김0혁이 대표이사로 있는 소외 주식회사 00티엠피(이하 ‘00티엠피’라 한다)는 원고와는 전혀 별개의 법인으로서 별개의 사업을 운영하기 위하여 이 사건 203호를 임차한 것일 뿐 원고가 이 사건 203호에서 사업을 운영한 사실은 전혀 없고, 이 사건 부동산의 취득은 원고의 본점 설치와 전혀 관련이 없으므로, 피고가 이와 다른 전제에서 이 사건 등기에 대하여 등록세를 중과한 것은 위법하다. 또한, 가사 원고가 이 사건 203호에 본점을 설치한 것으로 보더라도, 납부불성실가산세의 기산일은 본점이 사실상 설치된 날로부터 30일이 경과한 날로 보아야 할 것이므로, 이 사건 처분 중 이 사건 203호의 취득일 무렵을 기산일로 하여 납부불성실가산세를 부과한 부분은 위법하다.
3. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.
4. 판단

가. 인정사실

1) 원고는 2008. 3. 19. 소외 최00로부터 경기도 00군 00면 00리 126-8 지상 점포 49.6㎡를 2008. 4. 14.부터 2년간 보증금 300만 원, 차임 월 40만 원에 임차하는 계약을 체결하고, 위 점포를 본점으로 등기하여 사용하면서 2008. 6.부터 2010. 12.까지 최00에게 차임을 지급하였다(이하 ‘00리 본점’이라 한다).
2) 원고는 2011. 2. 28. 00티엠피(주식회사 00택배에서 상호 변경) 소유의 경기도 최00 00면 00리 149-9 지상 건물로 본점을 이전하였다(이하 ‘00리 본점’이라 한다).
3) 피고는 2014. 10. 28. 원고의 00리 본점에 대한 출장 조사를 실시하였는데, 그 결과를 정리한 피고 소속 직원의 복명서에는, 00리 본점에는 상주하는 직원이나 원고의 건물임을 표시하는 간판이 없었고, 건물의 출입구는 폐쇄되어 있었으며, 건물 내부의 책상과 의자 등은 사용한 흔적을 찾아볼 수 없는 등 원고가 위 장소에서 전혀 영업활동을 하고 있지 않았다는 내용이 기재되어 있다.
4) 피고는 이후 2014. 11. 5. 이 사건 부동산에 대한 출장 조사를 실시하였는데, 그 결과를 정리한 피고 소속 직원의 복명서에는, 이 사건 부동산 중 00티엠피의 사무실로 이용되고 있는 202호에 이 사건 부동산의 외부에 설치된 감시카메라를 통해 그 주변을 볼 수 있는 모니터가 설치되어 있었고, 원고 소속 백00 상무의 진술에 의하면 원고는 사업이 잘 안 돼서 별도로 부서를 두지 않고 있고, 중요 사업 결정 장소도 따로 없으며, 현재 이 사건 부동산의 임대사업과 00시 00동에서 주차관리업만을 하고 있는데, 00동 사무실에 원고 회사의 간판이 걸려 있다는 것이고, 원고 소속 석재황 전무는 2014. 11. 10. 00구청에서 면담을 하면서, 여주는 원고의 주사업장이 아니고, 현재 원고는 여주의 주차장 관리와 이 사건 부동산의 임대만을 하고 있으므로, 특별히 사무실이 필요하지 않고, 이 사건 203호는 사장실이며, 이 사건 부동산의 임대 및 건물관리는 김0혁 대표가 하고 있다고 진술하였다는 내용이 기재되어 있다.
5) 2014. 10.경 현재 이 사건 부동산의 1층에는 현암통운(101호), 2층에는 천용운수(201호)와 00티엠피(202호, 203호), 4층 402호에는 탐진로지스가 각 입주해있고, 3층 301호, 302호 및 4층 401호에는 김0혁 대표와 그 가족이 거주하고 있으며, 이 사건 부동산에 원고의 간판을 게시해 놓은 사무실은 없다.
6) 원고는 2014. 1. 8. 및 2014. 7. 10. 각 이 사건 부동산을 사업장으로 기재하여 직원 1명의 근로소득원천징수분에 대한 지방소득세 특별징수분을 납부하였고, 원고의 00리 본점에서는 2012. 1.까지 전기가 사용되다가 2월에서 4월에는 전기사용량이 없었고, 다시 5월에 전기가 사용된 뒤 2012. 6.부터 2015. 1.까지는 전기가 사용되지 않고 있다. 또한, 00리 본점에 대해서는 2011년에서 2014년 사이에 수도요금이 부과된 바 없고, 케이티00지점에 원고의 명의로 가입되어 있는 일반 전화는 없는 것으로 확인되었다.
7) 원고는 2014. 8. 1. 이 사건 부동산을 소재지로 하여 식품소분·판매업에 대한 영업신고를 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 7호증, 을 제3 내지 6, 8, 9호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 본세(등록세 및 지방교육세) 부과처분의 적법 여부

1) 구「지방세법」제138조제1항 제3호는 등록세 중과대상의 하나로 ‘대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’를 들고 있고, 구「지방세법 시행령」제102조제2항은 ‘법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말한다’고 규정하고 있다. 이러한 지방세법의 입법취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보전 및 지역 간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법취지에 비추어 볼 때, 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 전입과 관련하여 취득한 부동산등기도 포함한다고 할 것이다(대법원 2006. 6. 15. 선고 2006두2503 판결 등 참조). 한편, 여기서 말하는 부동산등기는 반드시 그 부동산의 전부가 법인 또는 지점 등의 업무에 사용되어야 한다거나 취득 당시 그 부동산의 전부를 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용할 의사가 있어야만 하는 것은 아니라고 하더라도, 법인 또는 지점 등의 설립·설치·전입과 부동산 취득 사이에 ‘견련성’이 인정되는 경우의 등기만을 의미한다고 해석하여야 하고, 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련 없이 취득한 부동산을 그 후에 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용하게 된 경우의 부동산등기까지 포함하는 것은 아니다(대법원 2001. 4. 10. 선고 99두1618 판결 등 참조).
2) 위와 같은 법리를 토대로 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실 및 앞서 든 증거, 갑 제8호증의 1 내지 5, 을 제8호증의 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 등기가 원고의 본점 또는 지점의 전입 또는 설치와 관련하여 취득한 부동산등기로서 구「지방세법」제138조제1항 제3호에 의한 등록세 중과의 대상에 해당한다고 볼 수 없다.
즉, ① 피고는 원고와 00티엠피의 대표이사를 겸하고 있는 김0혁이 이 사건 203호를 사장실로 쓰고 있고, 김0혁과 그 가족의 주소지가 이 사건 부동산으로 되어 있으며, 원고가 이 사건 부동산을 사업장으로 기재하여 근로소득원천징수분에 대한 지방소득세 특별징수분을 납부하고, 영업신고를 하였다는 등의 이유로 이 사건 203호를 원고의 사실상 본점이라고 판단하였으나, 김0혁이 원고와 00티엠피의 대표이사로 취임한 것은 각각 2014. 3. 17. 및 2013. 12. 16.이고, 김0혁과 그 가족이 이 사건 부동산에 전입한 것은 2013. 3. 11.이며, 위 지방소득세 납부 및 영업신고 또한 모두 2014년도에 이루어진 일인 점, ② 앞서 본 원고가 00리 본점에서 전혀 영업활동을 하고 있지 않았다거나 김0혁 대표이사가 이 사건 203호에 사장실을 두고 이 사건 부동산을 관리하고 있다는 내용의 각 복명서 또한 2014년 10월 및 11월에 00리 본점과 이 사건 부동산에 가서 조사한 내용을 토대로 작성된 것인 점, ③ 원고는 00리 본점과 관련하여 2010. 12.까지 최00에게 차임을 지급하였고, 00리 본점의 경우 적어도 2012. 1.까지는 전기가 꾸준히 사용되었을 뿐만 아니라 그 이후로도 2015년까지 매월 부과되는 전기요금을 정상적으로 납부하고 있는 점, ④ 00티엠피는 2011. 1.부터 최근까지 원고에게 매월 308만 원 내지 132만 원씩 일정한 금액을 지급하여 왔는데, 이는 00티엠피가 원고로부터 임차한 이 사건 부동산 202호와 203호의 차임인 것으로 보이는 점, ⑤ 원고와 같이 규모가 작은 부동산 임대사업의 경우 사무실에 임직원이 상주하거나 전기, 수도, 전화 등을 꾸준히 사용할 필요가 있지는 않을 것으로 보이는 반면, 운송업, 운수관련 서비스업 등을 영위하는 00티엠피의 경우 여러 지역에 사무실과 임직원을 두고 지속적으로 업무를 수행할 필요가 있을 것으로 보이는바, 따라서 현재 00티엠피의 사장실로 쓰이고 있는 이 사건 203호에서 이루어지는 주된 업무는 김0혁이 00티엠피의 대표이사로서 수행하는 업무일 것이고, 현재 김0혁이 이 사건 203호에서 원고의 대표이사로서의 일부 업무를 간헐적으로 처리하고 있다고 하더라도 그러한 사정만으로 이 사건 203호가 원고의 본점으로 사용되고 있다고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 203호는 00티엠피의 지점으로 사용되고 있다고 봄이 타당하고, 설령 원고가 현재 이 사건 203호를 본점으로 사용하고 있는 것으로 볼 수 있다고 하더라도, 피고가 제출한 증거만으로는 원고가 2009. 11. 11. 이 사건 등기 당시부터 이 사건 203호로 본점을 전입할 의사가 있었다고 추단하기에 부족하며, 달리 이 사건 등기와 원고의 본점 전입 사이에 관련성을 인정할 증거도 없다. 또한, 원고가 이 사건 203호에서 일부 업무를 수행하고 있다고 하더라도, 구「지방세법」제138조제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에 의하여 그 설치를 위한 부동산등기에 중과세가 적용되는 ‘지점 등‘이란 ’「법인세법」·「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소‘를 말하는데[구 지방세법 시행규칙(2010.12.23. 행정안전부령 제177호로 개정되기 전의 것) 제55조의2)] 원고가 2014. 8. 1. 식품소분·판매업에 대하여 한 영업신고는 식품위생법에 따른 것이고, 달리 이 사건 203호에 대하여 위 각 법에 따른 등록이 이루어졌음을 인정할 자료가 없으므로, 이 사건 203호에 관한 등기가 중과세 대상이 되는 지점 등의 설치와 관련하여 취득한 부동산 등기에 해당한다고 볼 수도 없다.
3) 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다(본세 부과처분의 위법성이 인정되는 이상 가산세 부과에 관한 원고의 나머지 주장에 대하여는 더 나아가 판단하지 아니한다).
5. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

● 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제131조 (부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 기타

부동산가액의 1,000분의 20

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

● 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)

제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
④ 법 제138조 제1항 제2호의 규정에 의한 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항 제3호의 규정에 의한 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입이후의 부동산등기는 당해 대도시외의 법인이 당해 대도시내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다.
● 구 지방세법 시행규칙(2010.12.23. 행정안전부령 제177호로 개정되기 전의 것)

제55조의2 (사무소등) 영 제102조 제2항 후단에서 "행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 「법인세법」·「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」제6조의3에 따라 승인을 얻은 사업자단위과세적용사업장의 종된 사업장으로 신고된 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.