석유수입부과금환급금환수처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2014.08.19 / 시행일:

【원고, 피항소인】 에스케이이노베이션 주식회사 외 3인 (소송대리인 법무법인(유한) 화우 담당변호사 이선애 외 3인)
【피고, 항소인】 한국석유공사 (소송대리인 법무법인(유한) 바른 담당변호사 서명수 외 3인)
【제1심판결】 수원지방법원 2013. 8. 22. 선고 2012구합7333 판결
【변론종결】2014. 7. 15.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다.
 2. 원고들의 청구를 기각한다.
 3. 소송총비용은 원고들이 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2008. 3. 11. 원고 에스케이이노베이션 주식회사에 대하여 한 27,408,006,520원 및 4,580,535,690원의 각 과다환급금 환수처분을 모두 취소한다라는 판결.
2. 항소취지
 주문과 같은 판결.
【이 유】1. 기초사실
 가. 석유수입부과금제도
 석유부과금이란 현행법상 산업통상자원부장관이 석유 및 석유대체연료 사업법에 터 잡아 석유 수급과 석유가격의 안정을 위하여 원유 및 천연가스를 수입하는 석유정제업자 및 석유수출입업자, 석유·고급휘발유·부탄 및 부생연료유 등을 판매하는 석유정제업자·석유수출입업자, 석유판매업자 등에게 부과하는 일종의 종량세이다. 이는 원래 1970년대에 국제유가의 급격한 상승과 함께 국가경제 전반이 흔들리는 석유파동을 거듭하여 겪으면서 그에 대한 대비책의 일환으로 구 석유사업법을 1977. 12. 31. 개정하여 석유사업기금을 설치하게 되었고 그 재원을 조성하기 위하여 석유수입 또는 석유판매시에 석유수입업자 또는 석유정제업자로부터 수입금을 징수하는 데에서 비롯되었으며, 이러한 수입금의 징수가 1994. 3. 24. 구 석유사업법의 일부 개정과 함께 석유의 수입·판매부과금으로 그 명칭이 바뀜과 아울러 석유를 일정한 용도에 사용 또는 공급한 경우에는 그 징수한 부과금을 환급할 수 있게 하였고 그 후 여러 차례 관련 법령의 개정을 거듭하면서 그 골격을 유지한 채 오늘에 이르고 있다. 
 나. 원고들의 법적 지위
 원고 에스케이이노베이션 주식회사(원래 상호가 ‘에스케이에너지 주식회사’이었다가 2011. 1. 1. 현재와 같이 변경되었다)와 소외 에스케이인천정유 주식회사는 석유 및 석유제품의 수입, 제조, 판매, 수출업 등을 목적으로 하는 회사로서, 석유사업법 등 관련법령에 따라 석유를 수입할 때 피고에게 석유수입부과금(이하 ‘부과금’이라 한다)을 납부한 다음, 석유를 정제하여 얻어진 석유제품 등을 수출하거나 공업원료용으로 공급하는 등 일정한 용도로 사용한 경우에 그 환급 대상 수출 석유제품 또는 공업원료용 제품 생산에 원료로 소요된 석유량에 상응하는 범위에서 이미 납부한 부과금을 환급받아 왔다. 에스케이인천정유 주식회사는 2008. 2. 4. 원고 에스케이이노베이션 주식회사에 흡수합병되었다.
 다. 이 사건 처분의 내용
 원유를 정제하여 엘피지, 나프타, 휘발유, 등유 등의 석유제품을 생산하는 증류과정에는 그 첫단계에서 발생하는 석유가스를 분리하고 나면 으레 원유량의 약 1.5% 가량의 폐가스가 남게 되는데, 이를 채집하여 일정한 가공과정을 거치면 연료로 활용할 수 있는 가스(이하 ‘연료가스’라 한다)가 되는가 하면, 나프타를 원료로 하여 이루어지는 석유화학공정에서도 마찬가지로 탈황작업 등에 활용될 수 있는 수소가 발생되는데, 원고 에스케이이노베이션 주식회사와 소외 에스케이인천정유 주식회사는 2003. 2.부터 2007. 12.까지 사이에 부과금의 환급 대상이 되는 ‘석유제품 또는 공업원료용 제품’을 생산하는 데에 소요되는 원료인 석유나 나프타의 소요량을 산정함에 있어, 이러한 연료가스나 수소를 별도의 석유(화학)제품이나 부산물로 보지 않은 채 단지 손모(loss)로 보아 이를 생산하는 데에 소요된 원료가 된 석유량이나 나프타량은 무시하였고, 그와 같이 산정된 소요량을 피고에게 제시하여 환급을 신청하였으며 피고는 원고측이 신청한 위 소요량을 기준으로 하여 산정한 금액을 2003. 3. 25.부터 2007. 12. 25.까지 사이에 매달 25. 해당 환급금을 지급하였다. 
 라. 피고는 감사원의 감사결과에 따라, 석유 정제과정에서 발생한 연료가스를 부산물로 보아 이를 석유제품의 양에 포함시켜 소요량을 산정하여 환급액을 다시 산출하는 한편, 나프타를 원료로 하여 이루어지는 석유화학공정에서 발생하는 수소를 석유화학공정의 부산물로 보아 이를 석유화학공정이 아닌 석유정제공정에서 사용한 것은 부산물인 수소를 연료용 혹은 기타 용도로 판매한 것으로서 물질수지표상의 환급대상에 해당하지 아니함을 전제로, 원고 에스케이이노베이션 주식회사에 2003. 2.부터 2007. 12.까지 사이에 이루어진 부과금 환급분과 관련하여, 2008. 3. 11.자로 합병전 원고 에스케이이노베이션 주식회사에 대하여는 27,408,006,520원 및 합병전 에스케이인천정유 주식회사에 대하여는 4,580,535,690원이 각각 환급금으로 과다 지급되었음을 전제로 합병후 원고 에스케이이노베이션 주식회사에 합계 31,988,542,210원(27,408,006,520원 + 4,580,535,690원)의 환수를 명하는 납부고지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 마. 원고 에스케이이노베이션 주식회사는 이에 불복하여 2008. 7. 25. 감사원에 심사청구를 하였으나, 2012. 3. 8. 심사청구가 기각되었다. 
 바. 원고 에스케이이노베이션 주식회사로부터 2009. 10. 원고 에스케이루브리컨츠 주식회사가, 2011. 1. 원고 에스케이에너지 주식회사 및 원고 에스케이종합화학 주식회사가 각 분할설립되었다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고들의 주장
 원고들은 이 사건 처분이 위법한 이유를 다음과 같이 주장한다.
1) 과다환급금 환수처분권한의 부존재
석유사업법은 2007. 12. 21. 법률 제8768호로 개정되어 2008. 6. 22. 시행된 개정법률 제19조의2에서 비로소 부과금 과다환급금 징수에 관한 규정을 마련하였는데, 이 사건 납부고지 당시에는 부과금 과다환급금 징수에 관한 법적근거가 없었을 뿐만 아니라 피고가 이 사건 납부고지의 근거로 삼은 「구 석유 및 석유대체연료의 수입·판매부과금의 징수, 징수유예 및 환급에 관한 고시」(2007. 12. 28. 산업자원부 고시 제2007-154호, 2008. 12. 29. 지식경제부 고시 제2008-244호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘산자부고시’로 줄여 부르며, 필요한 경우 앞에 개정일자를 붙여 특정하기로 한다) 제30조의 과다환급금 징수 규정은 법률의 위임 없이 임의로 제정된 것이므로, 피고의 이 사건 처분은 법률적 근거 없이 이루어진 것으로 위법하다.
2) 연료가스 부분
 가) 원유정제공정에서 발생한 연료가스는 폐기물인 폐가스로서 그 성격이 소요량 산정에 있어 고려될 수 없는 손모에 해당한다.
 나) 원고들은 소요량 산정시 폐가스를 “손모”로 취급한다는 점에 관한 행정청의 기존 공적 견해표명을 신뢰하여 연료가스를 손모로 취급하여 부과금을 환급받아 왔으므로 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배된다.
 다) 가사 연료가스가 부산물에 해당한다 하더라도, 소요량 산정에 관한 관세청 고시인 「소요량 산정 및 관리와 심사에 관한 고시」(2007. 4. 6. 관세청고시 제2007-11호, 이하 ‘구 관세청고시’라 줄여 부르며 필요한 경우 앞에 개정일자를 붙여 특정하기로 한다)는 원재료총량/제품총량 산식에 따라 소요량을 산정하도록 규정하고 있으므로, 제품이 아닌 부산물에 지나지 않는 연료가스의 발생량을 제품총량에 포함시켜 정당한 환급금을 산정한 다음 그 초과분이 과다 환급금임을 전제로 하는 이 사건 처분은 그 소요량 산정방식에 관하여도 법률적 근거가 없다.
3) 수소 부분
 수소는 나프타를 분해하는 과정에서 나오지만 탄소화합물이 아니므로 나프타 자율소요량을 산정하는 기초자료인 석유화학제품량(주산물 + 부산물)에 포함될 수 없는 손모에 불과하고, 가사 그 성질이 부산물에 해당한다고 할지라도 부과금 환급을 위한 나프타 자율소요량을 산출하는 데에 사용하는 물질수지표상 공제대상이 되는 부산물을 Flatformate 등 4가지로 한정하여 규정하고 있으므로 이에 포함되지 않는 수소를 부과금환금율을 산정할 때 부산물로 취급하는 것은 관계 법령에 반한다. 또한 원고 측으로서는 석유화학공정에서 발생한 수소를 판매한 것이 아니라 원유정제공정으로 이체하여 탈황용 등으로 사용하였으므로 위 물질수지표상 ‘용도별 판매량’이 아닌 ‘자기소비’에 해당하므로 부과금환급율을 산정할 때 공제대상이 될 수 없다. 
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
다. 쟁점별 판단
1) 이 사건 처분의 법적 성격 및 법적 근거
 앞서 인정한 사실관계에 의하면, 피고는 원고 측이 납입한 부과금에 관하여 환급사유에 있는 경우 법령이 정한 산식에 따라 환급금을 산정하여 이를 매달 원고 측에 지급하여 왔는데, 감사원의 감사결과 환급금의 산정에 잘못이 있다는 지적과 함께 부당환급금의 환수를 요구하자, 피고는 이를 처분사유로 삼아 위 환급금을 환수하는 이 사건 처분을 하였다. 요컨대 이 사건 처분은 원고들의 주장과 같이 그 형식과 내용은 물론 처분사유 및 근거 등에 있어 석유 등의 수입·판매단계에서 부과하는 부과금 부과처분과는 그 성질을 달리하는 별개의 새로운 처분에 해당한다고 할 수 있다. 아울러 이 사건 처분 당시 일단 환급한 부과금에 대하여 그 환급처분이 잘못 되었다고 하여 환급금을 환수하는 처분을 할 수 있는 법령상 명문의 근거규정이 마련되어 있었다고 보기는 어렵다[대법원 2011. 12. 13. 선고 2009두18004 판결의 취지 참조; 피고가 이 사건 처분을 한 때는 2008. 3. 11. 이고 당시 시행 중이던 구 석유사업법(2007. 12. 21. 법률 제8768호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 석유사업법’이라 한다) 및 그 시행령(2008. 6. 20. 대통령령 제20840호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 석유사업법 시행령’이라 한다)에는 부과금의 징수 및 환급에 관한 규정만 있었을 뿐이고, 이 사건 처분 이후에 비로소 시행된 석유사업법(2007. 12. 21. 법률 제8768호로 개정된 것, 이하 ‘개정된 석유사업법’이라 한다) 제19조의2, 같은 법 시행령(2008. 6. 20. 대통령령 제20840호로 개정된 것, 이하 ‘개정된 석유사업법 시행령’이라 한다) 제27조의2에서 과다환급금 징수에 대한 규정을 신설하였고, 개정된 석유사업법 제20조, 같은 법 시행령 제28조에서 부과금과 가산금의 징수, 부과금과 과오납금의 환급·충당 및 과다환급금의 징수에 관한 사무를 피고에게 위탁할 수 있도록 규정하였다. 다만 구 2007. 12. 28.자 산자부고시(제2007-154호) 제30조가 ‘환급금 지급명령관은 부당하게 과다 환급된 환급금에 대하여 가산금을 포함하여 징수한다’라는 취지로 규정하고 있어 이를 환급금 환수의 근거규정으로 볼 여지가 전혀 없는 것은 아니지만, 우선 여기서 환급금 지급명령관은 구 에너지 및 자원사업 특별회계법(2007. 12. 21. 법률 제8765로로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 제2호 및 제14조 제1항, 같은 법 시행령(2008. 9. 16. 대통령령 제21004호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 제1호 및 에너지 및 자원사업 특별회계 운용요령(2008. 1. 29. 산업자원부고시 제2008-14호로 개정된 것) 제4조 제1항의 각 규정에 의하면 피고 소속 ‘관리본부장’임이 명백하고, 잘못 환급된 환급금의 환수와 관련된 사항은 구 석유사업법 제19조 제3항 및 구 석유사업법 시행령 제27조 제4항의 ‘기타 환급에 필요한 사항’에 해당한다고 보기도 어려우므로 위 산자부고시 제30조가 위 법령의 위임에 터 잡아 제정된 것이라고 보기는 쉽지 않고, 다만 아래에서 보는 바와 같이 일단 지급된 환급금 처분을 직권취소하는 경우 그에 관한 업무처리지침을 내부적으로 정한 것에 불과하다고 보인다].
 그러나 일단 부과금에 대한 환급처분이 있었다고 할지라도 그 환급처분이 환급사유 없이 행하여졌거나 환급금의 산정에 오류가 있는 등의 위법사유가 있어 이를 해소하기 위하여 처분청이 공권력을 가진 우월적 지위에서 직권으로 해당 환급처분의 효력을 전부 또는 일부 상실시키는 직권취소처분은 명시적인 법적 근거 없이도 행할 수 있다(대법원 2003. 5. 30. 선고 2003다6422 판결, 대법원 2002. 5. 28. 선고 2001두9653 판결 등의 취지 참조).
 이 사건의 경우, 구 석유사업법(2007. 12. 21. 법률 제8768호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조 및 제19조는 산업자원부장관이 부과금을 징수 및 환급할 권한이 있다고 규정하고, 구 석유사업법 제20조 및 구 석유사업법 시행령 제28조는 산업자원부장관은 부과금 징수 및 환급에 관한 사무를 한국석유공사법에 의한 한국석유공사에 위탁한다고 규정하므로 부과금의 환급처분권한이 피고에게 있음은 분명하다. 따라서 이 사건 처분 당시 비록 과다 지급된 환급금의 환수절차나 그 사무의 피고에 대한 위임 등에 관한 규정은 없었지만, 구 석유사업법 제19조 제1항, 제4항, 구 석유사업법 시행령 제28조 제1항을 종합하면 피고에게는 부과금 환급처분권한이 존재하는데, 이미 행한 부과금 환급처분에 하자가 있는 경우에 그 처분을 한 피고로서는 이를 취소할 별도의 법적 근거가 없다 하더라도 직권으로 이를 취소할 수 있고, 부과금 환급의무는 금전채무로서 내용상 가분이기 때문에 일부취소도 가능하다 할 것이므로, 이 사건 처분 당시 피고에게 과다환급금 징수에 관한 권한이 있었다고 보아야 한다[앞서 본 바와 같이 구 2008. 12. 28.자 산자부고시(제2007-154호) 제30조는 법령에서 위임하지 않은 사항을 규정한 것이어서 대외적 구속력을 인정하기 어렵고, 설사 위 고시가 법규명령적 성격을 갖는다고 할지라도 이로써 비로소 피고에게 새롭게 과다환급금 징수처분권한을 부여하게 되는 창설적 규정으로 보기는 어렵다 할 것이다].
 그렇다면 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
2) 연료가스 부분
가) 연료가스의 성질(‘손모’ 또는 ‘부산물’ 여부)
 (1) 구 석유사업법, 구 석유사업법 시행령, 구 산자부고시는 손모와 부산물의 개념정의규정을 두고 있지 아니하지만, 석유환급금을 계산하기 위하여 준용되는 관세청고시(1998. 6. 25. 제1998-26호 제정) 제1-2조 제2호는 손모량을 ‘수출물품을 정상적으로 생산하는 과정에서 발생하는 원재료의 손실량’으로, 같은 조 제7호는 부산물을 ‘수출물품 생산공정 중에 수출물품 이외에 부수적으로 발생하는 경제적인 가치를 가진 물품으로서 판매되거나 자가사용되는 물품’으로 각 규정하고 있다. 따라서 부과금의 환급범위를 정하기 위하여 연료가스의 법적 성질을 규명함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 위 관세청고시가 일단 그 구별기준이 된다고 할 것이다.
 (2) 나아가 연료가스의 성질을 보면, ① 원유정제공정에서 발생하는 폐가스만으로는 가스유분으로서 그 자체로 대기에 방출되어버릴 여지가 있으므로 손모로 볼 수 있는 반면, 이를 회수하여 연료로서 활용할 경우 생산공정중에 부수적으로 발생하는 경제적 가치가 있는 물품이 되어 관세청고시상 부산물에 해당하게 되는 등의 이중적 성격을 가지는 점, ② 다만 자연적으로 발생하는 폐가스를 경제적 가치가 있는 연료가스로 변환시키기 위해서는 막대한 시설투자비가 소요되는 점, ③ 원유정제과정에서 발생하는 폐가스는 비율적으로는 1.5% 미만에 불과하나 양적으로는 막대하여 그 경제적 가치가 큰 점 등의 특성을 가지는바, 이러한 특성을 감안할 때 부과금의 범위를 결정함에 있어 연료가스의 법적 성격이 그 물리적 성질에 따라 부산물 또는 손모의 어느 하나로 당연히 결정되는 것이 아니라 폐가스를 채집·가공할 수 있는 기술발전의 정도, 환경 및 에너지 보전 필요성 등에 따라 국가정책상 그 법적 취급을 달리 정할 수 있는 여지가 있다고 할 것이다.
 (3) 갑 제1, 6, 10호증 및 을 제5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고를 비롯한 정유회사들이 1996년 이전에는 석유환급금의 계산을 위한 소요량을 적용하면서 대외무역법 제23조, 같은 법 시행령 제42조 및 대외무역관리규정 제5-3-2조에 의거하여 연료가스를 손모가 아닌 생산품의 하나로 취급하여 산출·고시된 구 공업진흥청의 기준소요량을 따른 사실, ② 그런데 이들 정유회사들이 1995. 11. 9. 구 행정쇄신위원회에 “연료가스를 손모량으로 인정하여 달라”는 국민제안서를 제출하였고, 이에 구 행정쇄신위원회가 1996. 12. 13. 연료가스를 손모로 인정하기로 의결함에 따라 구 국립기술품질원(기준소요량의 주무부서는 공업진흥청 소속 국립공업기술원이었다가 1996. 2. 9. 중소기업청 소속 국립기술품질원으로 바뀌었으며, 그 기관이 1999. 5. 24. 산업자원부 소속 기술표준원으로 변경되어 오늘에 이름)은 1997. 5. 6. 원유분해제품에 대한 기준소요량을 1.0005에서 1.0141로 상향조정(0.0136은 연료가스에 해당)하여 고시한 사실, ③ 구 행정쇄신위원회는 그 기구 자체가 1998. 4. 15. 폐지된 사실, ④ 한편 1996. 12. 30. 법률 제5197호로 개정된 수출용원재료에 대한 관세등 환급에 관한 특례법(이하 구 ‘관세환급특례법’이라 한다)이 시행됨에 따라 그 제10조 제1항, 제2항의 위임에 의하여 구 1998. 6. 25.자 관세청고시가 제정되었는데, 같은 고시에서는 자율소요량제도를 도입함과 아울러 소요량 산정의 전제가 되는 “단위실량”, “손모량”, “손모율”, “부산물”, “자율소요량” 등에 관한 개념을 정의하고(제1-2조), 그 부칙에서 환급신청자로 하여금 수출물품에 대한 원재료의 소요량을 스스로 계산하게 하는 자율소요량제도를 실시하되 1997. 7. 1.부터 1999. 12. 31.까지 2년 6개월 동안은 일시적이나마 소요량계산업무의 간소화를 위하여 기존의 기준소요량을 표준소요량이란 이름으로 선택적으로 적용할 수 있게 한 사실, ⑤ 이러한 구 1998. 6. 25.자 관세청고시의 부칙 경과규정에서 정한 일시적 적용기간이 경과한 후에는 관세의 환급에 관한 한 더 이상 위 기준소요량이 적용될 여지는 없게 된 사실, ⑥ 다만 관세 환급과는 달리 석유부과금 환급의 경우에는 구 1996. 12. 31.자 통상산업부고시(제1996-461호) 제26조가 석유환급금액 산출시 적용되는 소요량을 국립기술품질원장이 고시한 수출용 원자재 기준소요량으로 규정하였다가, 구 1999. 6. 7.자 산자부고시(제1999-64호)에서 관련기구의 개편에 따라 기준소요량의 고시기관을 “국립기술품질원장”에서 “기술표준원장”으로 변경하였고, 구 2000. 8. 19.자 산자부고시(제2000-82) 제26조에서 석유환급금액 산출시 적용되는 소요량을 당시 시행되던 구 대외무역법 시행령 제33조 제2항 및 대외무역관리규정 제4-3-2조에 의거하여 기술표준원장이 고시한 기준소요량과 구 관세청고시에 의한 자율소요량 중 그 값이 적은 것을 적용하여 산출하도록 규정함으로써 구 관세청고시에 정한 자율소요량 제도가 석유부과금에도 도입되기 시작하였으며, 2002. 4. 29.에 이르러 마침내 새로운 산자부고시(제2002-46호)에서 기존의 제26조를 개정하여 소요량 산정기준을 오직 관세청고시에 의한 자율소요량에 의하게 함과 동시에 이러한 개정 산정기준을 2002. 4. 1.부터 적용하게 한 사실(부칙 제2항), ⑦ 원고들은 1996년 위와 같이 구 행정쇄신위원회가 연료가스를 손모로 결정하기 이전부터 연료가스 회수설비를 갖춘 결과 위 연료가스를 원유정제공정의 연료로 재사용하여 경제적 이익을 얻어 온 사실, ⑧ 관세청장은 2003. 8. 6. 원고를 비롯한 정유회사들을 상대로 “2000. 1. 1. 이후 연료가스를 부산물로 공제하지 아니하고, 소요량을 산정하여 환급받은 관세를 소급 추징한다”는 지침을 통보한 사실, ⑧ 그에 따라 원고측은 2004년부터 관세 환급 신청 시 연료가스를 부산물로 보아 자율소요량을 신고하여 왔으며, 부과금 환급 신청 시에도 관세 환급 신청 시와 같은 취지의 서식을 사용하였음에도 불구하고 관세환급신청과는 달리 여전히 연료가스를 손모로 처리하여 자율소요량을 신고한 사실이 인정된다.
 (4) 사실관계가 이와 같다면, 구 행정쇄신위원회가 1996. 12. 13. 연료가스를 손모로 보기로 의결하였으므로 특별한 사정 변경이 없는 한 그 이후에는 연료가스는 계속하여 손모로 취급되어야 할 것이나, ① 구 행정쇄신위원회는 기준소요량 제도만 운영될 당시 연료가스를 손모로 취급하기로 의결함에 따라 구 공업진흥청이 기준소요량을 1.0005에서 1.0141로 변경하였던 것인데, 그 후 구 2000. 8. 19.자 산자부고시의 시행으로 석유부과금의 환급에 관해서도 자율소요량제도가 도입되어 석유환급금액 계산시 자율소요량과 기준소요량 중 낮은 것을 적용하게 되었다가 다시 구 2002. 4. 29.자 산자부고시가 시행됨에 따라 2002. 4. 1.부터는 소요량 산정기준을 관세청고시에 의한 자율소요량만에 의하도록 규정함에 따라 더 이상 위 기준소요량이 적용될 여지가 없게 된 점, ② 폐가스는 그 자체로는 손모에 불과할지라도 일단 시설투자를 통하여 연료가스로 가공되어 자가사용될 수 있는 길이 열렸다면 그 법적 취급도 달리 특별히 정함이 없는 한 관련 법규정이 정하는 바에 따라 그 경제적 가치가 평가되어야 하는 점, ③ 관세청장은 2003. 8. 22. 정유회사들을 상대로 2000. 1. 1.부터 연료가스는 손모가 아닌 부산물로 본다고 통지한 점, ④ 관세 환급제도와 수출제품에 대한 석유부과금 환급제도는 수출경쟁력의 확보를 위한 제도로서 그 취지를 같이함에도, 연료가스를 관세 환급의 경우에는 부산물로, 부과금 환급 시에는 손모로 각각 달리 취급하여야 할 합리적인 이유가 없을뿐더러 원고 측은 이미 2000년도부터 신고하는 자율소요량이 관세환급의 경우와 같은 것임을 밝히는 자율소요량 신고서를 사용하여 온 점, ⑤ 만일 연료가스가 그 경제적 가치로 인하여 당연히 부산물에 해당함에도 불구하고 이를 계속하여 손모로 처리하게 되면 석유수입부과금의 환급범위를 정할 때 수출되거나 공업용 등에 사용되는 제품량에 소요되는 원유량을 과대평가하게 되어 해당 제품을 생산하는 데에 소요되는 원유를 수입하면서 납입하였던 부과금 액수보다 더 많은 액수를 환급받는 결과가 되어 부당한 결과가 되는 점 등을 종합하여 보면, 구 행정쇄신위원회가 연료가스를 손모로 보기로 한 의결은 당시 여건상 기간을 정하지 않은 채 이루어진 결정이지만, 폐가스의 활용을 장려하고 석유사업의 육성을 위한 목적으로 이루어진 일시적인 정책적 결정일 수밖에 없고, 향후 정책의 변화에 따라 예외적인 취급을 마치고 당초의 원칙적 처리로 돌아갈 것이 예정되어 있었다고 할 것이다. 한편 구 1998. 6. 25.자 관세청고시에서 도입한 자율소요량제도는 위 관세청고시 제1-2조에서 규정하는 “손모량”, “손모율”, “부산물” 등의 개념을 전제로 각 정유회사들이 자율적으로 그 소요량을 산정하는 제도이므로 각 정유회사가 원유정제과정에서 부수적으로 발생하는 연료가스를 실제로 경제적 가치를 가지는 부산물로 활용하는 이상 그 성질에 맞추어 소요량을 산정하여야 하는 것이므로 거기에 여전히 구 행정쇄신위원회의 결정이 효력을 미친다고 보기 어렵고 다만 공업진흥청과 같은 국가기관이 일률적으로 고시한 기준소요량을 적용하는 경우에는 각 정유회사의 개별적인 기술적 차이와 무관하게 연료가스를 손모로 보아 일률적으로 산정한 기준소요량 수치를 적용할 수 있는 것으로 해석된다. 이렇게 볼 때 연료가스를 손모로 취급하기로 한 구 행정쇄신위원회의 위 정책적 결정은 그 후 기업환경의 변화에 따라 기존의 기준소요량 제도가 폐지되고 자율소요량제도가 전면적으로 실시됨에 따라 더 이상 효력을 미칠 수 없게 되었고, 그러한 정책적 변화가 석유부과금의 경우에는 적어도 구 2002. 4. 29.자 산자부고시가 시행됨에 따라 소요량 산정기준을 오로지 관세청고시에 의한 자율소요량에 의할 뿐 더 이상 위 기준소요량이 적용될 여지가 없게 된 2002. 4. 1.을 기준으로 종국적으로 이루어졌다고 할 것이다. 이러한 취지는 관세환급에 관하여 연료가스를 2000. 1. 1.부터 손모가 아닌 부산물로 본다는 관세청장의 위 2003. 8. 22.자 통지에서도 공적으로 확인된다고 할 것이다. 따라서 적어도 석유부과금에 관한 한 위 2002. 4. 1. 이후에는 연료가스의 생산에 소요되는 원재료의 양을 더 이상 다른 석유제품을 생산하는데 소요되는 원재료의 양에 포함되는 손모량으로 취급할 수는 없다고 할 것이다.
 그렇다면 연료가스가 당연히 손모에 해당한다거나 이를 부산물로 취급할 법적 근거가 없다는 전제에 선 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.
나) 신뢰보호원칙의 위배 여부
 일반적으로 행정상 법률관계에서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다. 한편, 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단함에 있어서는, 반드시 행정조직상 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고, 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 1. 17. 선고 2006두10931 판결 참조).
 이 사건으로 돌아와 보건대, 구 행정쇄신위원회가 1996. 12. 13. 원유정제공정에서 발생한 연료가스를 손모로 처리하여 기준소요량을 산정하도록 의결한 점, 이에 따라 국립기술품질원이 1997. 5. 6. 연료가스를 손모로 취급하는 방법으로 기준소요량을 변경한 점, 산업통상자원부장관은 2003. 9. 6. 관세청장에게 “연료가스를 손모로 취급하는 것이 바람직하다”는 의견을 제시한 점이 인정되기는 한다.
 그러나 ① 1996. 12. 30. 법률 제5197호로 개정된 관세환급특례법의 위임에 따른 구 1998. 6. 25.자 관세청고시에서 그 동안 사용하여 온 구 국립기술품질원장의 기준소요량고시상의 기준소요량의 적용을 한시적으로 규정하는 한편 자율소요량제도를 새롭게 도입함과 아울러 소요량 산정의 기초개념인 “손모량”, “손모율”, “부산물” 등을 규정한 점 등을 고려할 때, 관세청장은 향후 석유의 정제과정에서 나오는 연료가스를 비롯한 모든 물질을 그 본래의 성질에 따라 구분하되 관세환급에 필요한 소요량을 자율적으로 산정하도록 그 원칙을 공적으로 천명한 것으로 봄이 타당하고, ② 구 산업자원부장관의 2003. 9. 6.자 의견은 내부회신에 불과하며, 피고로서는 원고 에스케이이노베이션 주식회사의 할당관세 추천신청물량과 대한석유협회의 추천물량을 비교할 뿐 소요량산출방법에는 관여하지 아니하므로 위 내부회신으로 ”연료가스를 손모로 취급한다“는 공적 견해가 표명되었다고 보기 어렵고, ③ 정유회사들은 2003. 8. 26. “2000. 1. 1. 이후 연료가스를 부산물로 공제하지 아니하고, 소요량을 산정하여 환급받은 관세를 소급추징한다”라는 관세청장의 지침을 서울세관으로부터 통보받았고, 2004년 이후 관세환급금 산정을 위한 소요량을 계산할 때 연료가스를 부산물로 공제하여 왔으며, 할당관세와 관세 환급에서 소요량 산정방법이 동일한 점을 감안할 때 원고 측은 대상원유량을 산출할 때 연료가스를 부산물로 취급해야 함을 알 수 있었을 것으로 보이므로, 만일 원고 측이 연료가스를 손모라고 믿었다면 거기에는 원고 측의 귀책사유가 있다고 할 것이고, 따라서 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다는 원고들의 위 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 여러모로 이유 없다. 
다) 피고가 취한 자율소요량 산정방식의 법률적 근거 존부
(1) 부과금 환급액 산식
 구 2002. 7. 1.자 산자부고시(제2002-69호, 이하 ‘구 산자부고시’라 한다) 제23조 제1항 제1호 는 석유제품을 수출하는 경우 (환급대상 석유제품 생산에 원료로 소요된 석유량) × (전전월의 부과금단가)의 산식으로써 환급액을 산출한다고 규정하고, 같은 고시 제26조 제1항은 제24조의 환급대상 석유제품 생산에 원료로 소요된 석유량은 구 관세환급특례법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정된 것, 이하 ‘구 관세환급특례법’이라 한다) 제10조 제1항, 같은 법 시행령(2002. 12. 5. 대통령령 제17791호로 개정된 것, 이하 ‘구 관세환급특례법 시행령’이라 한다) 제11조 및 구 2000. 6. 27.자 관세청고시(제2000-26호, 위 관세청고시는 2004. 3. 23. 관세청고시 제2004-6호로, 2007. 4. 6. 관세청고시 제2007-11호로 각 개정되었으나, 이 사건 부과금 환급액의 산정과 관련된 규정들은 그 내용이 동일하게 유지되었으므로 이하에서는 ‘구 관세청고시’로 통칭한다)에 의한 자율소요량을 적용하여 산출한다고 규정하고 있다.
(2) 자율소요량 산출시 부산물 공제가 인정되는지 여부
 법 해석의 경우 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하면서, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 위와 같은 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석을 하여야 한다(대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결의 취지 참조).
 앞서 살펴본 바와 같이 구 산자부고시 제26조 제1항은 단순히 ‘구 관세청고시에 의한 자율소요량’을 적용한다고 규정하지 않고, 구 관세청고시의 위임법령인 “구 관세환급특례법 제10조 제1항, 구 관세환급특례법 시행령 제11조 및 구 관세청고시에 의한 자율소요량을 적용한다”고 규정하는바, 구 관세환급특례법 제2조 제4호에 의하면 소요량이란 수출물품을 생산하는데 소요되는 원재료의 양으로서 생산과정에서 정상적으로 발생되는 손모량을 포함한 것을 말한다. 
 한편 구 관세환급특례법 시행령 제11조 제4항의 위임에 따라 제정된 구 관세청고시는 “자율소요량”이란 법 제10조 제1항 및 영 제11조의 규정에 의하여 소요량계산서 작성업체에서 산정한 소요량을 말하고(제1-2조 제12호), 소요량계산서 작성업체는 관세청고시 제2-1조 내지 제2-6조의 소요량 산정방법 중 한 가지를 임의로 선택하여 소요량을 산정하되, 다만 석유제품과 같이 제품 생산 과정에서 화학적으로 통합되는 연산품의 경우에는 제2-4조 일정기간별단위소요량 산정방법 또는 제2-5조 1회계년도단위소요량산정방법으로 소요량을 산정하여야 한다고 규정하며(제2-7조), 부산물을 발생시킨 원재료를 구분하여 파악하기 어려운 경우에는 제품의 생산과정에 소요되는 원재료 전부로부터 부산물이 발생하는 것으로 보고 부산물 공제비율을 매개하여 제품생산에 사용된 원재료량을 구한다고 정하고 있다(제2-14조).
 다른 한편 연산품의 자율소요량은 [{1회계년도(일정기간)동안 사용된 원재료별 총량}/{1회계년도(일정기간)동안 생산된 제품의 총량}]의 산식에 따라 산출될 것인데, 구 관세환급특례법상 소요량의 개념정의에 의하면 이는 “제품”을 생산하는데 소요되는 원재료의 양을 의미하므로 당해 제품과 구별되는 부산물을 산출하게 하는 원재료의 양은 이 경우 분자가 되는 ‘원재료별 총량’에서 공제되어야 함은 소요량의 개념으로부터 당연히 도출되는 논리적인 귀결이라 할 것이다. 그렇다면 구 산자부고시에서 부과금 환급액 계산을 위한 자율소요량 산정시 구 관세청고시상의 부산물 공제조항을 적용한다는 별도의 명문 규정이 없었다고 하더라도 제품이 아닌 부산물에 사용된 원재료량까지도 ‘사용된 원재료량’에 포함된 경우라면 구 관세청고시상의 부산물 공제조항의 적용이 예정되어 있다고 보아야 한다. 실제로 정유회사들이 그 동안 자율소요량을 산정하면서 원유정제공정에서 발생하는 물질 중 경제적 가치가 있어 손모로 볼 수 없지만 관계 법령상 환급대상 제품으로 규정하지 아니한 것에 관하여는 이를 생산품의 일부로 보아 그 생산에 사용된 원재료량을 앞서 본 부산물 공제조항을 적용하여 제외시켜 온 점도 이러한 해석을 뒷받침한다고 할 것이다.
 나아가, 관세 환급제도와 제품수출 시의 부과금 환급제도는 석유제품의 수출지원, 기업경쟁력 강화를 위한다는 점에서 제도의 취지가 같은 점을 감안할 때, 관세 환급금을 산출할 때에는 관세청고시에 따라 수출물품의 수량에 일정기간별 단위소요량 또는 1회계년도 단위소요량을 곱하여 계산한 소요량(부산물 공제전 소요량)에 따라 환급금을 계산하되 부산물이 있는 경우에는 추가적으로 부산물 공제비율을 적용하여 최종 환급금을 결정하면서도, 구 관세청고시를 적용하여 부과금 환급액을 산출할 때에는 부산물이 있는 경우에도 부산물 공제를 적용할 법적 근거가 없다고 보는 것은 형평의 이념에 반하는 자의적 해석이라 할 것이다.
 (3) 부산물 발생비율에 따른 부산물 공제비율을 적용할 수 있는지 여부
 피고는 구 관세청고시 제2-14조의 부산물 공제조항을 적용하면서, 부과금은 가격이 아닌 “물량”을 기준으로 산정되므로 부과금의 환급금을 계산할 때에도 부산물 공제비율 산식()상 A에는 부산물이 발생하는 공정에서 생산된 제품의 가격을, B에는 환급을 받고자 하는 원재료 중 부산물이 발생하는 공정에 소요된 원재료의 가격을, C에는 부산물을 발생시킨 원재료의 가격을, D에는 부산물의 가격을 각 대입할 수는 없다 할 것이어서, 구 관세청고시 같은 조 제2항 단서의 A·B·C·D에 가격을 산정하기 곤란한 경우에 해당하므로 “부산물 발생비율”이 부산물 공제비율을 대신한다고 보아, 아래와 같은 계산과정을 거쳐 의 산식에 따라 단위소요량을 계산할 수 있다는 전제에서 이 사건 처분을 하였다.

 살피건대, ① 구 산자부고시 제23조 제1항에 의하면 환급대상 석유제품 생산에 원료로 소요된 석유량에 부과금 단가를 곱하여 부과금 환급액을 계산하는 점, ② 환급대상 석유제품 생산에 원료로 소요된 석유량은 환급대상물량에 자율소요량을 곱하여 산출하는데, 이 때 구 산자부고시는 자율소요량에 관하여 별도로 정하지 아니하고 구 관세청고시상의 자율소요량 관련 규정을 적용하는 점, ③ 부과금 환급액 계산 산식은 물량을 기준으로 하며 가격 개념이 들어올 여지가 없는 점 등을 종합하면, 구 관세청고시상의 가격 관련 규정은 부과금 환급액 계산을 위한 자율소요량 산정 시에는 적용될 여지가 없다고 할 것이다.
 이렇게 볼 때, 구 관세청고시 제2-14조 제2항에 따라 부산물공제비율을 가격개념인 A·B·C·D를 적용하여 산출할 수는 없는 이상, 같은 항 단서에 따라 A·B·C·D의 가격을 산정하기 곤란한 경우로 보아 부산물 발생비율을 적용하여 부산물의 공제를 행함은 당연하다고 할 것이다. 구 관세청고시 제2-14조는 부산물공제비율의 계산방식을 규정하고 있으면서 부산물 발생비율에 대해서는 아무런 규정을 두고 있지 아니하지만, ‘부산물 발생비율’은 그 개념자체에서 의 산식에 따라 계산되어야 함을 내포하고 있고 이 외의 다른 계산 방식을 상정할 수 없으므로 피고의 산식이 법률적 근거가 없는 것이라고 보기 어렵다.
(4) 소결
 그렇다면, 구 관세환급특례법, 같은 법 시행령, 구 관세청 고시, 구 산자부 고시를 종합하여 체계적으로 해석하면, 피고가 원고 측에 대한 환급금 산정에 오류가 있어 과다하게 환급되었다고 보아 기존의 환급금처분을 일부 취소하는 이 사건 처분은 정당한 환급액을 산출하는 근거가 되는 부과금 환급액 산식에 관하여 법률상 근거가 없다고 할 수 없고, 더욱이 원고 측으로서는 원유정제공정에서 발생한 연료가스 이외의 부산물에 관하여는 앞서 본 방식으로 부산물 공제를 거쳐 산정된 부과금을 환급받아 왔던 점을 감안할 때, 이 부분에 관한 원고들의 주장 역시 받아들이기 어렵다.
3) 수소 부분
 가) 구 산자부고시 제23조 제1항 제3호는 공업원료용으로 공급하는 경우 부과금 환급액은 ‘환급대상 공업원료용 제품생산에 원료로 소요된 석유량’에 전전월의 부과금단가를 곱하여 산출하도록 규정하고, 위 고시 제24조 제2항, 제26조는 위 환급대상 공업원료용 제품생산에 ‘원료로 소요된 석유량’을 ‘대상 나프타 등 공급물량’에 ‘부과금환급율’을 곱하고 관세청고시에 의한 자율소요량을 적용하여 산출하도록 규정하고 있으며, 위 고시 제25조 제1항 제1호 [별지서식 제4호]에 의하면 ‘부과금환급율’은 아래와 같이 계산하도록 규정하고 있다. 이를 산식으로 나타내면 아래와 같다.

 이와 같이 공업원료용 부과금 환급액을 산출할 때 부과금환급율을 곱하도록 한 것은 공업원료용으로 사용되었다고 보기 어려운 연료용판매주산물 및 연료용 및 기타용도판매부산물을 환급대상에서 공제하기 위함이다.
 나) 원고는 석유화학공정에서 발생한 수소는 부산물이 아닌 ‘손모’임에도 불구하고 부과금환급율 산정시 수소부분을 산입하여 한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 살피건대, 갑 제1호증의 기재에 의하면 ① 원고는 위 수소를 원유정제공정에서 탈황용으로 이용함으로써 상당한 경제적 이익을 얻은 사실, ② 수소는 시장에서 판매되는 제품인 사실, ③ 수소는 나프타 분해공정에 부수하여 발생하는 사실이 인정되므로 수소를 부산물에 해당한다고 봄이 상당하여 이와 다른 원고의 주장은 이유 없다.
 다) 원고는 수소가 부산물에 해당한다 하더라도 자가소비 되었으므로 부과금 환급대상에 해당함에도 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 살피건대, ① 위 고시 제25조 제1항 제1호에서 연료용 부산물은 물론 ‘사내판매물량’도 환급 공제 대상에 포함하고 있는 점, ② 석유화학공정은 원유가 원유정제공정을 거쳐 생성된 나프타를 투입하여 에틸렌 등을 제조하는 공정이므로 석유화학공정과 원유정제공정은 전혀 별개의 공정인 점, ③ 원고는 나프타 분해공정에서 발생한 부산물을 다른 공정으로 이체한 때에 “연료용 판매부산물”로 표기해 왔던 점을 종합하면, 원고들이 석유화학공정에서 발생한 수소를 원유정제공정으로 이체하여 탈황용으로 사용한 것을 자가소비로 보기는 어렵다 할 것이어서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 라) 피고는 부과금환급율 산정 시 수소가 연료용 판매부산물이라는 전제 하에 수소를 부산물에 포함시켜 이 사건 처분을 하였는바, 이와 같은 처분이 법률상 근거가 있는지에 관하여 본다.
 살피건대, ① 구 산자부고시 제25조 제1항 제1호 [별지서식 제4호] 물질수지표 및 부산물의 용도별 판매실적에 의하면 부과금환급율 계산 시 반영하여야 할 주산물은 “Ethylene" 등 4개 물질 외에 ”Etc" 항목이 포함되어 있는 반면, 부산물은 “Platformate" 등 4개 물질만 기재되어 있고, 여기에 수소는 포함되어 있지 않은 점, ② 석유화학공정에서 발생하는 물질은 위 4개 외에도 탈방향용제, Unifinate, PENTANE, Kocosol 등 다양하게 발생한다는 점, ③ 위 별지서식 제4호는 물질수지표 및 부산물의 용도별 판매실적을 어떤 형식에 따라 작성해야 하는지를 보여주기 위한 예시적 ‘서식’에 불과하므로 서식상의 기재 문언을 반드시 한정적 열거적으로 해석하여야 할 근거는 찾기 어렵고 오히려 그 성질이 부산물에 해당하는 물질이라면 당연히 여기에 포함된다고 해석하는 것이 정의관념에 부합하는 점, ④ 별지서식상 단위는 BBL 또는 MT로 규정되어 있으나 산자부고시 제3조 제4항은 BBL과 ℓ를 환산할 수 있는 기준을 정하고 있고, 기체도 ℓ로 표현할 수 있으므로 수소를 위 별지서식 중 연료용 판매부산물란에 기재하는 데에 아무런 문제가 없다는 점, ④ 이 사건 처분 이후 개정된 산자부고시는 [별지서식 제4호]의 부산물 부분에 “Etc" 항목을 추가하였고, 주산물 및 부산물 등의 단위 역시 ”ℓ(리터) 또는 MT(톤)“으로 변경하였으나 이를 창설적 개정으로 보기 어려운 점을 종합하면, 위 별지서식상 부산물에는 수소가 기재되어 있지 아니하더라도 수소를 포함하여 부과금환급율을 계산할 수 있다 할 것이다.
 그렇다면, 피고의 수소에 관한 이 사건 처분이 법률적 근거 없이 행하여졌다는 원고의 주장부분 역시 받아들이기 어렵다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 곽종훈(재판장) 정상규 허일승