법인세부과처분취소청구사건 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1986.02.28 / 시행일:

【원 고】 오리엔트시계공업주식회사
【피 고】 동부세무서장
【주 문】
 원고의 주청구를 기각한다.
 원고의 예비적청구에 기하여 피고가 1984.1.16.자로 원고에 대하여 한 1981. 사업년도 법인세 금 684,564,290원의 부과처분중 금 342,282,140원을 초과하는 부분은 이를 취소한다.
 소송비용은 이를 2등분하여 그 1은 원고의, 그 나머지는 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】 원고는 주청구로서 피고가 1984.1.16.자로 원고에 대하여 한 1980. 사업년도 법인세 금 91,050,960원의 부과처분중 금 4,419,777원을 초과하는 부분 및 1981. 사업연도 법인세 금 684,564,290원의 부과처분은 이를 취소한다.
 소송비용은 피고의 부담으로 한다는 판결을, 예비적으로 주문 제2항과 같은 판결을 구하였다.
【이 유】 성립에 각 다툼이 없는 갑 제2호증의 1,2(각 영수증서), 갑 제11,13호증(각 경정결의서), 갑 제12,14호증(각 재결정결의서), 갑 제19호증의 1, 갑 제20호증의 1의 1, 1의 2, 갑 제21호증(각 영수증서), 갑 제25호증의 1(결의서),2(영수증서)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고법인은 기계식 손목시계를 제조판매하여 오던 회사로 1975.10.1.-1976.9.30.사업연도부터 전자손목시계의 개발에 착수하고 1978.10.1.-1979.9.30.사업연도중에 위 제품의 대량생산을 위하여 금 1,358,013,778원 상당의 투자를 완료한 후 위 전자손목시계는 위 투자완료일이 속하는 사업연도종료일인 1979.9.30.당시 시행중이던 구 조세감면규제법 제4조의 8 제2항 규정의 중요산업품목에 해당하므로, 같은조 제1항 제1호 규정에 따라 소득에 대한 세액감면방법을 선택 적용하면서 1978.10.1.-1979.9.30.사업연도 법인세신고와 함께 세액감면신청을 하자 피고가 위 감면신청이 적법하다고 결정한 이래 그후 사업연도인 1980.1.1.-1980.12.31사업연도와 1981.1.1.-1981.12.31.사업연도에 있어서도 100퍼센트 감면신청이 적법하다는 결정을 하여 원고법인이 이에 따른 해당세액을 자진납부하였으며 그후 피고의 감독관청인 서울지방국세청장이 업무감사를 함에 있어서도 위 감면신청에 대한 하자를 지적하지 아니하고 다만 감면세액계산에 잘못이 있음을 지적하여 피고는 1980.사업연도 법인세에 대하여는 1982.9.16.과 같은해 11.16. 2차에 걸쳐, 1982.사업연도 법인세에 대하여는 1982.11.16.과 1983.3.9. 및 같은해 8.1. 3차에 걸쳐 각 경정결정을 하여 이를 부과고지하자 원고법인이 각 해당세액을 자진납부한 사실, 그런데 서울지방국세청장은 피고가 한 원고법인에 대한 위 감면결정 및 경정결정에 대하여 또다시 업무감사를 하고 1975.10.1.-1976.9.30.사업연도 원고법인의 제품수불사항에 휴대용 전자손목시계를 생산한 실적이 있으니 원고법인의 중요산업의 사업개시일은 위 사업연도로 보아야 하며, 따라서 1980.사업연도는 50퍼센트만 감면되고 1981.사업연도는 감면기간이 지나 일체의 감면이 되지 아니하는 연도라고 피고에게 지시하자 피고는 이 사건 중요산업의 사업개시일을 1975.10.1.-1976.9.30.사업연도중에 속한다고 보고 1984.1.16.자로 원고에 대하여 1980.사업연도분 법인세로 금 91,050,960원, 1981.사업연도 법인세로 금 684,564,290원을 부과고지한 사실을 인정할 수 있고 달리 반증없다. 
 원고 소송대리인은, 주청구로서 피고가 이 사건 중요산업의 사업개시일을 1975.10.1.-1976. 9.30.사업연도로 본 것은 위 사업연도의 제품수불사항에 전자손목시계 2,226개가 수입되고, 1,888개가 불출된 사실에 터잡은 것이나 이는 원고법인이 위 사업연도중에 착수한 휴대용 전자시계의 개발계획에 따라 생산된 시제품 및 시험생산분을 마치 정상상품의 제조로 잘못 본 것에 기인하는바, 구 조세감면규제법 제4조의 8 제1항 제1호 규정은 제도적인 면 및 절차적인 면에서 보아 중요산업에 대한 신규투자를 중심으로 한 감면이므로 이 사건 사업개시일은 원고법인이 시설투자를 하고 정상상품의 제조를 개시한 1978.10.1.-1979.9.30.사업연도임에도 불구하고 중요산업의 사업개시일에 관한 법리를 오해한 결과 사업개시일을 부당하게 소급한 잘못이 있으며, 서울지방국세청장의 업무감사에서도 당초에는 원고법인의 감면신청에 대하여 그 감면요건이나 중요산업의 사업개시일등에 아무런 이의를 제기하지 아니하였고 다만 감면세액계산에만 잘못이 있는 것으로 경정결정을 하여 각 해당세액을 납부까지 하고 신뢰하고 있는데 재정시효마저 지난 시점에서 피고가 당초의 처분을 번복하여 이 사건 과세처분을 하였음은 신뢰이익에 반하여 법적 안정성과 해당법조항의 합목적성 및 경정요건을 결여한 위법한 처분으로서 1980년과 1981년도 모두 100퍼센트 감면사업연도에 해당되므로 1980.사업연도 법인세부과처분중 금 4,419,777원을 초과하는 부분과 1981.사업연도 법인세전부의 취소를 구하고 예비적으로 가사 위 사업개시일이 1978.10.1.-1979.9.30., 사업연도이전이라 하더라도 적어도 피고가 인정한 1975.10.1.-1976.9.30., 사업연도중에는 속하지 아니하므로 사업개시일을 1977.1.1.로 하여 1980. 및 1981.사업연도의 소득에 대하여는 각 50퍼센트의 감면을 하여야 할 것이니 이 사건 부과처분중 1981.사업연도 법인세 금 684,564,290원의 부과처분중 금 342,282,140원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다고 주장한다. 
 그러므로 먼저 주청구에 관하여 살피건대, 성립에 각 다툼이 없는 을 제1호증의 1,2(각 회신), 을 제2호증의 1,2(각 질의회신), 을 제3호증의 1 내지 7(각 판매명세서), 을 제5호증의 1 내지 3(각 재료수불명세서), 을 제6호증의 1 내지 3(각 시계수불명세서), 을 제7호증(재고명세서), 을 제8호증의 1(제품수불명세서) 증인 소외인의 증언에 의하여 진정성립이 인정되는 갑 제15호증의 1,2(각 연구계약서) 변론의 전취지에 의하여 진정성립을 인정할 수 있는 갑 제16호증의 1,2(책자표지 및 내용), 갑 제17호증(협조요청), 갑 제18호증(제품생산현황)의 각 기재와 위 증인의 일부증언(뒤에 믿지 않는 부분제외)에 변론의 전취지를 종합하면, 원고법인은 원래 기계식 손목시계를 생산판매해 오던 회사이었으나 1975년도 당시 국가적인 차원에서 전략사업으로 집중개발할 계획으로 있던 전자시계를 새로이 개발생산판매하고자 1975.5.20. 소외 한국과학기술연구소와 1년간 액정과 시침전자시계 및 계수형 탁상시계 개발연구계약을 체결함에 있어 총연구비는 금 35,360,000원(당초 계약시는 금 30,000,000원)으로 하되 원고와 위 한국과학기술연구소가 각각 2분의 1씩 분담하기로 하고 위 연구소에서 전자시계를 연구개발한 후 원고가 위 시계를 생산하여 판매하였을 때에는 그 매출액의 2퍼센트를 로얄티로 지급하기로 약정하였는데 그 연구내용은 전자시계제작을 위한 기본기술 및 양산기술개발이였으며, 원고법인의 시설미비로 위 연구소가 양산기술확립을 위하여 시제품 4종 490개를 시험 제작하는 것인 사실, 위 한국과학기술연구소에서는 위 약정에 따라 시제품으로 전자손목시계 490개를 시험 제작하여 원고에게 공급한 외에 위 연구완료후에도 시제품 및 기술이전단계에서 기술상의 문제로 위 연구소의 시설을 이용하여 기술보완을 위한 추가생산시험을 하면서 1975.10.1.-1976.9.30.사업연도중에 각종 전자손목시계 총 1,736개를 시험제작하여 모두 2,226개(위 시제품 490개 포함)를 원고에게 공급하자 원고가 그중 1,888개를 대리점을 통하여 시험적으로 판매해 보았으나 판매직후부터 불량품임이 판명되어 모두 반품되므로서 위 연구소에서 개발한 시제품 및 시험제조분은 시험단계에서 실패로 끝난 사실, 그후 원고법인은 1976.10.1-1977.9.30.사업연도부터 외국에서 생산된 전자손목시계의 각종부품을 들여와 원고의 기존시설을 이용하여 각종 전자손목시계를 조립생산 완성품으로 판매하여 오다가 1978.10.1.-1979.9.30.사업연도중에 공장신설에 따른 기계장치등에 돈 1,358,018,778원을 투자하여 양산품을 제조할 수 있는 시설을 갖추고 이 사건 감면신청을 한 사실을 인정할 수 있고 이에 반하는 위 증인의 일부증언은 믿지 아니하며 달리 반증없는 바, 1974.12.26. 법률 제2735호의 조세규제감면규제법 제4조의 8 제1항에 의하면 내국인(내국법인을 포함한다)으로서 중요산업을 영위하기 위하여 투자하거나 공장시설을 이전하는 자는 (1) 세액감면( 위 항 제1호), (2) 세액공제( 같은 제2호), (3) 특별상각( 같은 제3호)중 하나만을 선택하여 감면을 받을 수 있고 그중 위 제1호의 세액감면은 대통령령이 정하는 사업개시일이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도개시일로부터 3년내에 종료하는 사업연도에 있어서는 당해 중요산업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 전액을, 그 다음 2년내에 종료하는 사업연도에 있어서는 당해 중요산업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하였다가 1976.12.22. 법률 제2938호로 개정되어 위 개정법조문에서는 "내국인으로서 중요산업을 영위하는 자는 제2항의 게기하는 사업별로 다음 각호의 방법중 하나만을 선택하여……"로 바꾸어졌으며, 위 개정전후의 조세감면규제법시행령 제8조에서는 "법 제4조의 8 제1호에서 대통령령이 정하는 사업개시일이 속하는 사업연도라 함은 다음 각호에서 게기하는 날이 속하는 사업연도를 말한다라고 규정하고 제1호에서 "제조업에 있어서는 정상상품으로 판매할 수 있는 완성품의 제조를 개시한 날"이라 규정하고 있는바, 위 인정사실에 의할 때 개정전의 조세규제감면법이 적용되던 1976.12.31.까지의 사업연도에서는 중요산업에 투자를 하여야만 그 감면을 받을 수 있었으나 위 개정법조문에 따르면 투자나 공장시설을 이전하는 여부와는 관계없이 중요산업만 영위하고 있으면 위 세액감면을 받을 수 있고 원고법인이 선택적용한 위 조세감면규제법 제4조의 8 제1항 제1호의 세액감면은 같은법조 제2호에서 규정하는 투자세액의 8퍼센트를 세액에서 공제하는 방법과 달라 투자시설 및 투자금액과는 관계없이 중요산업의 사업개시일 즉 정상상품으로 판매할 수 있는 완성품의 제조를 개시한 날을 기준으로 하여 일정기간 감면하는 방법으로서 투자완료일과 사업개시일을 동일한 의미로 해석할 수 없으며, 원고법인의 1975.10.1.-1976.9.30.사업연도중에 수불이 있었던 것으로 나타난 휴대용 전자시계 2,226개는 앞에서 본바와 같이 전자시계의 개발과 기술이전단계에서 생산한 시제품이거나 시험생산한 것으로서 이를 가르켜 정상상품으로 판매할 수 있는 완성품의 제조를 개시하였다고 볼 수 없으니 피고가 위 사업연도를 중요산업의 개시일로 본 것은 잘못이라 하겠으나 한편 기계장치등에 의하여 직접 전자시계를 생산하지 아니하더라도 각종 부품을 수입한 후 기존시설을 이용, 위 부품을 조립하여 전자시계를 제조판매하는 것 역시 정상상품으로 판매할 수 있는 완성품의 제조판매라 할 수 있는바, 앞에서 본바와 같이 원고법인은 1976.10.1.-1977.9.30.사업연도중에는 전자시계의 각종부품을 들여와 기존시설을 이용하여 상당량을 조립생산 판매하고 그 일부는 수출까지 하였으니 원고법인은 1976.10.1.-1977.9.30.사업연도중에 정상상품으로 판매할 수 있는 완성품의 제조를 개시하였다고 볼 수 있을뿐 아니라 과세관청인 피고로서는 어느 사실을 기초로 하여 어떤 과세처분을 하였으나 후에 어떤 오류가 있음이 발견되었을 때에는 다시 위 잘못을 시정하여 경정결정등을 할 수 있으므로 원고법인의 이 사건 사업개시일을 세액공제제도와 같이 투자를 완료하여 정상상품을 제조하기 시작한 날인 1978.10.1.-1979.9.30.사업연도중으로 보아야 한다는 점을 전제로 한 원고소송대리인의 주청구는 그 이유없다 하겠다. 
 다음 예비적청구에 관하여 보건대, 앞에서 본바와 같이 1974.12.26. 법률 제2735호의 조세규제감면법 제4조의 8 제1항에 의하면 중요산업을 영위하기 위하여 투자를 하거나 공장시설을 이전하는 경우에만 감면받을 수 있었으므로 위 법조문이 적용되던 1976.12.31.까지는 중요산업을 영위하였다 하더라도 새로운 투자나 공장시설의 이전이 없으면 감면을 받을 수 없었으나 위 조세규제감면법의 같은 규정이 1976.12.22. 법률 제2938호로 개정되어 새로운 투자나 공장시설의 이전을 요건으로 하지 아니한 관계로 투자에 관계없이 중요산업만 영위하고 있으면 감면을 받을 수 있도록 위 개정법조문은 1977.1.1.부터 시행된 것인바, 위 개정 조세감면규제법에 따라 개정된 동법시행령(1976.12.31. 대통령령 제8353호, 이 시행령의 시행일자도 1977.1.1. 이다) 부칙 제3항에는 1974.1.1. 이후에 별표 제2 또는 제3에 해당하는 사업으로서 중요산업이 아닌 사업을 개시한 자로서 그 사업이 이 영에 의하여 새로 중요산업으로 된 자에 대하여는 이 영시행일에 당해사업을 개시한 것으로 보고 법 제4조의 8, 제1항의 규정을 적용한다고 규정하고 있으며 원고법인이 정상상품으로 판매할 수 있는 완성품인 전자손목시계를 제조한 날은 앞에서 본바와 같이 1976.10.1.-1977.9.30.사업연도중이므로 원고법인의 중요산업의 사업개시일은 위 법률 제2938호의 시행일자이며 위 대통령령 제8353호의 시행일자인 1977.1.1.이고 이를 기준으로 감면기간을 계산하면 1980년 및 1981년 사업연도분의 법인세는 각 100분의 50이 감면되어야 할 것이니 1981.사업연도 법인세부과처분중 50퍼센트를 초과하는 부분의 취소를 구하는 원고 소송대리인의 위 예비적청구는 이유있다 하겠다. 
 나아가 원고법인의 1981.사업연도 법인세에 관하여 살피건대, 1981.사업연도 원고법인의 과세표준은 금 3,816,327,419원, 50퍼센트 감면할 때의 공제감면세액은 금 234,345,476원, 가산세액은 금 163,990,375원, 공제세액은 자진예납세액 금 78,257,391원, 원천징수세액 금 11,904,256원, 자진납부세액 금 580,241,285원, 도합 금 670,402,932원이고 당초 갱정고지세액은 금 172,347,866원인 사실에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로 이를 기초로 세액을 계산하면 별지계산서 기재내용과 같이 금 342,282,149원이 된다 할 것인 위 금액을 초과하는 부분(원이하 버림)은 취소되어야 할 것이다.
 그렇다면 원고의 이 사건 주청구는 그 이유없으므로 이를 기각하고, 예비적청구는 그 이유있으므로 인용하기로 하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조, 민사소송법 제89조, 제92조를 각 적용하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 이시윤(재판장) 조용무 김완섭

가. 구 조세감면규제법(1976.12.22.법률 제2938호) 제4조의 8 제1항 제1호에 의한 세액감면방법 
나. 구 조세감면규제법시행령 제8조 제1항 제1호 소정의 정상상품으로 판매할 수 있는 완성품의 제조를 개시한 날의 인정례

가. 구 조세감면규제법 제4조의 8 제1항 제1호의 세액감면은 같은법조 제2호에서 규정하는 투자세액의 8%를 세액에서 공제하는 방법과 달라 투자시설·투자금액과는 관계없이 중요산업의 사업개시일을 기준으로 하여 일정기간 감면하는 방법으로써 투자완료일과 사업개시일을 동일한 의미로 해석할 수 없다. 
나. 원고법인이 1975.10.1.∼1977.9.30. 사업연도부터 전자손목시계의 개발에 착수하여 시험제품을 생산하다가 1976.10.1.∼1977.9.30. 사업연도중에는 전자시계의 각종 부품을 들여와 기초시설을 이용하여 상당량을 조립생산, 판매하고 그 일부는 수출까지 하였고, 1978.1.1.∼1979.9.30.사업연도부터 제품의 대량생산에 들어간 경우 구 조세감면규제법시행령 제8조 제1항 제1호 소정의 정상상품으로 판매할 수 있는 완성품의 제조를 개시한 날은 위 1976.10.1.∼1977.9.30.사업연도로 보아야 한다.