법인세부과처분등취소청구 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2021.02.23 / 시행일:

【원 고】 삼진공작 주식회사 (소송대리인 변호사 박병현 외 1인)
【피 고】 구로세무서장
【변론종결】2021. 1. 14.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2016. 10. 4. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 해당 ‘정당세액’란 기재 세액을 초과하는 부분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 원자력·화력발전소 설비공사 부분을 수주하여 시공하는 건설업체이다.
 나. 서울지방국세청장은 2016. 4. 21.부터 2016. 8. 29.까지 원고에 대한 2011∼2015 사업연도 법인제세 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과 원고가 가공노무비 및 가공중장비임차료를 허위 계상하고 공사 수입금액 일부를 신고 누락하였다고 보아, 2016. 9. 13. 원고에게 2011~2015 사업연도 법인세(가산세 포함, 이하 같다) 합계 3,990,711,919원 등을 부과하겠다는 내용의 세무조사결과통지(이하 ‘이 사건 세무조사결과통지’라 한다)를 하였다. 
 다. 서울지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 피고는 2016. 10. 4. 원고에 대하여 별지1 목록 ‘고지세액’란 기재 법인세 합계 3,990,711,900원을 경정·고지하였고(이하 ‘당초 부과처분’이라 한다), 서울지방국세청장은 합계 12,217,455,267원이 사외유출되었다고 보아 2016. 10. 4. 원고에 대하여 아래 표 기재와 같이 대표이사 소외 1, 임직원 소외 2, 소외 3(이하 ‘소외 2 등’이라 한다) 및 개인중장비임대업자에 대한 상여 또는 기타소득으로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지(이하 ‘당초 소득금액변동통지’라 한다)를 하였다.
사업연도소외 1(대표이사)소외 2 등개인중장비임대업자합계20111,276,361,790원주1)329,850,400원122,225,000원1,728,437,190원20121,999,941,679원291,639,020원93,672,371원2,385,253,070원20133,485,145,055원504,375,670원109,616,600원4,099,137,325원20141,907,470,920원633,542,650원144,246,930원2,685,260,500원20151,182,868,242원123,868,940원12,630,000원1,319,367,182원합계9,851,787,686원1,883,276,680원482,390,901원12,217,455,267원
 라. 원고는 2016. 12. 20. 조세심판원에 심판청구를 제기하여 ① 소외 2 등이 개인적인 용도에 사용한 1,883,276,680원에 대해 부당과소신고가산세를 적용한 당초 부과처분과 ② 위 1,883,276,680원을 소외 2 등의 상여로, 482,390,901원을 중장비임대업자들의 기타소득으로 소득처분한 당초 소득금액변동통지가 부당하다고 주장하였고, 조세심판원은 2018. 6. 29. 원고의 위 각 주장을 받아들여 ‘소외 2 등이 개인적인 용도로 사용한 1,883,276,680원은 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여 그 세액을 경정하고 소득금액변동통지 대상에서 제외하며, 개인중장비임대업자로부터 반환받지 아니한 482,390,901원은 기타 사외유출로 소득처분하여 소득금액변동통지를 경정한다.’는 일부 인용결정을 하였으며, 이에 따라 피고는 2018. 7. 17. 당초 부과처분 중 별지1 목록 해당 ‘심판결정감액’란 기재 부분을 취소하였다[이하 당초 부과처분 중 위와 같이 취소되고 남은 별지1 목록 해당 ‘잔존세액’란 기재 법인세 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다].
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번포 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 요지
 이 사건 부과처분은 이 사건 세무조사결과통지가 있은 때로부터 30일이 경과하기 전에 이루어졌고, 고발 또는 통고처분의 대상에 해당하지 않는 부분, 즉 ① 본세 중 일반과소신고가산세가 적용된 부분, ② 일반과소신고가산세, ③ 본세 중 일반과소신고가산세가 적용된 부분과 관련한 납부불성실가산세에 대해서는 원고에게 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기회가 부여되어야 하므로, 과세전적부심사 청구기간이 경과하기 전에 이루어진 이 사건 부과처분 중 별지1 목록 해당 ‘정당세액’란 기재 세액을 초과하는 부분은 원고의 절차적 권리를 침해하여 이루어진 것으로서 중대·명백한 하자가 있어 취소되어야 한다.
나. 관계 법령
 별지2 기재와 같다.
다. 인정사실
 을 제4 내지 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.
 1) 서울지방국세청장은 2016. 4. 21.부터 원고의 2011~2014 사업연도 법인세에 대한 일반 통합조사를 실시하던 중 2013 사업연도 법인세 관련 조세포탈 혐의금액 및 조세포탈 예상세액이 조세범 처벌절차법 제7조 제1항 제2호, 조세범 처벌절차법 시행령 제6조 제1항에 따른 조세범칙조사 대상 선정기준에 해당하고 다른 과세기간에도 조세포탈 혐의금액이 확인되자, 조세범칙조사심의위원회의 심의를 거쳐 2016. 7. 21.부터 조사유형을 조세범칙조사로 전환하는 한편 조사범위를 2015 사업연도까지 확대하고 조사기간을 2016. 8. 29.까지 연장하였다.
 2) 서울지방국세청장은 2016. 8. 29. 이 사건 세무조사를 종결한 다음, 원고의 대표이사 등이 가공노무비 및 가공중장비임차료를 허위 계상하고 해외공사 수입금액을 누락한 것은 구 조세범 처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제6항 제4호에 해당하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ‘부정행위’라 한다)에 해당한다고 보아, 조세범칙조사심의위원회의 심의를 거쳐 2016. 10. 10. 원고에게 아래 표 기재와 같은 조세포탈 범칙행위 등에 관하여 벌금 상당액 857,837,034원 및 추징금 해당금액 857,837,030원의 통고처분(이하 ‘이 사건 통고처분’이라 한다)을 하였다.
(단위 : 백만 원)사업연도세목증액 과세표준포탈금액포탈세액범칙행위 내용2011법인세1,066782133구 조세범 처벌법 제3조 제6항 제4호2012법인세2,6871,5952252013법인세3,0162,3512812014법인세2,1891,3521942015법인세2,6332,243362합계?11,5918,3231,195
라. 판단
 1) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 달리 특정하지 않는 이상 같다) 제81조의15는 제1항 본문 및 제1호에서 ‘세무조사 결과 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다.’라고 규정하고 있고, 제3항에서 ‘과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.’라고 규정하고 있다.
 그리고 구 국세기본법 제81조의15 제2항은 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.’고 하면서, ‘「국세징수법」 제14조에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우’(제1호), ‘「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’(제2호), ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호) 등을 들고 있고, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의14 제4항 본문은 ‘법 제81조의15 제1항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제3항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다.’라고 규정하고 있다.
 2) 이 사건 세무조사결과통지가 이루어진 후 구 국세기본법 제81조의15 제1항에서 정한 30일의 과세전적부심사 청구기간이 경과하기 전 이 사건 부과처분이 이루어진 사실, 서울지방국세청장이 이 사건 세무조사결과통지를 한 다음 조세범칙조사 결과에 따라 원고의 조세포탈 범칙행위에 대해 이 사건 통고처분을 한 사실, 당초 부과처분은 이 사건 세무조사결과통지의 예정 고지세액에 따라 이루어졌고, 그 중 일부 세액이 감액경정되어 이 사건 부과처분이 남게 된 사실은 앞서 본 바와 같다.
 3) 살피건대, 이 사건 부과처분 중 원고가 취소를 구하는 ① 본세 중 일반과소신고가산세가 적용된 부분, ② 일반과소신고가산세, ③ 본세 중 일반과소신고가산세가 적용된 부분과 관련한 납부불성실가산세 부분 또한 이 사건 통고처분의 대상이 된 부분과 마찬가지로 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호(이하 ‘이 사건 예외규정’이라 한다)에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유가 존재한다고 봄이 타당하다. 구체적인 이유는 다음과 같다.
 가) 구 국세기본법 제81조의15에서 규정하는 과세전적부심사는 국세에 대한 과세예고 통지나 세무조사 결과에 대한 서면통지와 같이 세액 등을 결정하기 전에 결정할 내용을 미리 통보받은 납세자가 통지된 내용에 뒤따르게 될 과세가 적법한지 여부를 미리 검토한 다음 과세처분 이전에 그 통지를 한 세무서장·지방국세청장이나 국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사를 청구하여 다툴 수 있도록 마련된 제도이다. 과세처분 이후에 행하여지는 심사·심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가진다.
 나) 국세에 대한 과세전적부심사 제도는 1999. 8. 31. 법률 제5993호로 국세기본법이 개정되면서 납세자의 권익 향상과 세정의 선진화를 위하여 도입되었다. 그 적용의 예외사유 중 하나로 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제81조의10 제2항 제2호, 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제81조의12 제2항 제2호 및 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것) 제81조의15 제2항 제2호는 ‘조세범칙사건을 조사하는 경우’를 규정하고 있었는데, 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 국세기본법이 개정되면서 이 사건 예외규정과 같이 ‘「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’를 적용 예외사유로 규정하게 되었고, 국세청이 발간한 ‘개정세법 해설(2011)’에 의하면, 그 개정취지는 ‘기존 규정상 조세범칙사건으로 조사한 결과 무혐의 등으로 고발 또는 통고처분을 하지 않는 경우까지 과세전적부심사 청구를 할 수 없는 것으로 오인될 수 있는 문제점을 해소’하기 위한 것이다. 그런데 조세범칙사건에 대한 처분의 종류로는 고발, 통고처분, 무혐의가 있으므로(조세범 처벌절차법 제13조), 결국 이 사건 예외규정은 지방국세청장 또는 세무서장이 조세범칙사건을 조사하였다가 무혐의 처분을 하는 경우에는 그 세무조사결과통지나 과세예고 통지의 내용이 과세전적부심사의 대상에 해당한다는 점을 명확히 하기 위해 개정된 것으로 봄이 타당하고, 통지에 따른 예정 고지세액 중 고발 또는 통고처분이 이루어진 포탈세액을 제외한 나머지 세액 부분을 과세전적부심사의 대상으로 하기 위해 개정된 것이라고 보기는 어렵다.
 다) 구 조세범 처벌법 제3조 제1항이나 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 제8조는 포탈세액이나 환급·공제받은 세액(이하 ‘포탈세액 등’이라 한다)을 기준으로 벌금형의 상한을 정하거나 연간 포탈세액 등이 일정액 이상인 경우를 구성요건으로 삼고 있으므로, 지방국세청장 또는 세무서장은 조세포탈 범칙행위에 대해 고발 또는 통고처분을 함에 있어 포탈세액 등을 특정하여야 한다. 그런데 이와 같은 포탈세액 등의 특정과 그 전제가 되는 포탈소득의 산정은 형사절차에 있어 벌금형의 법정형의 범위를 정하거나 구성요건 해당성을 따지기 위한 것에 불과하다. 
 라) 고발은 범죄사실에 대한 소추를 요구하는 의사표시로서 그 효력은 고발장에 기재된 범죄사실과 동일성이 인정되는 사실 모두에 미치므로, 조세범 처벌절차법에 따라 범칙사건에 대한 고발이 있는 경우 그 고발의 효력은 범칙사건에 관련된 범칙사실의 전부에 미치고 한 개의 범칙사실의 일부에 대한 고발은 그 전부에 대하여 효력이 생긴다고 할 것인바, 동일한 법인세의 과세기간 내에 행하여진 조세포탈기간이나 포탈액수의 일부에 대한 조세포탈죄의 고발이 있는 경우 그 고발의 효력은 그 과세기간 내의 조세포탈기간 및 포탈액수 전부에 미친다(부가가치세 포탈죄에 관한 대법원 2009. 7. 23. 선고 2009도3282 판결 등 참조). 그리고 조세범 처벌절차법 제15조 제1항에 따른 지방국세청장 또는 세무서장의 조세범칙사건에 대한 통고처분은 형사절차에 갈음하여 과세관청이 조세범칙자에 대하여 금전적 제재를 통고하고 이를 이행한 조세범칙자에 대하여는 고발하지 아니하는 형사절차의 사전절차로서의 성격을 가지는 것으로서, 위와 같은 통고처분의 법적 성질 및 효과 등에 비추어 조세범칙사건에 대한 통고처분의 효력 또한 그 과세기간 내의 조세포탈기간 및 포탈액수 전부에 미친다고 보아야 할 것이다. 그런데 예정 고지세액의 일부가 고발장 또는 통고처분서에 기재된 포탈세액에 해당하지 않는다는 이유로 그 부분을 과세전적부심사의 대상으로 삼게 되면 결국 납세의무자의 조세범칙행위를 전제로 예정 고지된 조세채무의 과세표준 및 세액을 과세전적부심사 대상으로 하는 결과가 된다.
 마) 이에 대해 원고는 ‘통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정하거나 경정결정해 줄 것을 신청할 수 있다.’고 규정한 구 국세기본법 제81조의15 제7항에 따라 과세단위가 아닌 통지 내용 일부에 대해 조기결정을 신청하여 과세처분을 받고 나머지 부분에 대하여는 과세전적부심사를 청구하여 추가적인 과세처분을 받을 수 있다고 주장한다. 그러나 이는 납세자의 편의를 위해 ‘통지받은 내용의 일부’에 대한 조기결정 신청을 할 수 있도록 한 것일 뿐 과세전적부심사의 대상과 범위와는 무관한 규정으로 보아야 한다.
 원고는 다시, 과세단위를 기준으로 과세전적부심사의 예외사유를 판단할 경우 하나의 과세단위에서 과세처분이 수차례 이루어지는 경우나 극히 일부 세액에 대해서만 고발 또는 통고처분이 이루어지는 경우 등에 있어서 부당한 결론에 이르게 된다고 주장한다. 살피건대, 부과예정세액의 극히 일부만이 조세포탈과 관련이 있음에도 과세관청이 과세전적부심사의 기회를 의도적으로 배제하기 위하여 고발 또는 통고처분을 거쳐 과세권을 행사하는 등 과세권 남용으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않은 과세처분이 위법하다고 할 수 있을 것이나, 이 사건의 경우에는 그러한 특별한 사정에 관한 주장·입증이 없으므로 위 주장은 받아들일 수 없다.
 바) 한편 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호는 ‘납세자가 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’ 국세 부과의 제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 규정하고 있다. 그런데 증액경정처분이 있는 경우에 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되므로, 원칙적으로는 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있는바(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두12822 판결 등 참조), 통상의 부과제척기간인 5년이 경과한 후 증액경정처분이 이루어진 경우에 증액경정처분에 의하여 새로이 부과되는 전체 세액 중 부정행위로 인한 포탈세액을 제외한 나머지 부분에 대해서 10년의 장기 부과제척기간을 적용할 수 없다고 본다면, 당초의 신고나 결정에서의 세액 부분은 부과제척기간이 도과된 후에 이루어지는 것이 되어 증액경정처분을 하더라도 정당한 부과처분이 이루어질 수 없는 부당한 결과를 낳게 되므로, 증액경정처분에 의해 추가로 납세고지된 부분에 관하여 10년의 부과제척기간이 적용되는 이상 당초 신고나 결정에서의 세액 부분에 대해서도 동일하게 10년의 부과제척기간이 적용된다고 보아야 한다. 이러한 점에 비추어 보면, 부정행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급·공제를 받은 경우 등의 조세범칙행위에 대해 ‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 하는 경우’ 과세전적부심사의 대상에서 제외하도록 한 이 사건 예외규정이 적용되는 범위 또한 조세범칙행위와 인과관계에 있는 과세표준 또는 세액 부분에 한정하여야 한다고 볼 것은 아니다.
 사) 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재이므로, 징수절차의 편의상 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 하여 그 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐, 세법이 정하는 바에 의하여 성립 확정되는 국세와 본질적으로 그 성질이 다른 것이므로, 가산세 부과처분은 본세의 부과처분과 별개의 과세처분이라 할 것이다(대법원 2005. 9. 30. 선고 2004두2356 판결 등 참조). 그러나 과소신고가산세 및 납부불성실가산세는 정당한 이유 없이 정당한 세액보다 적게 신고하거나 납부의무를 불이행하는 경우에 제재를 가하여 성실한 신고·납부의무의 의행을 확보하기 위해 부과되는 것으로 본세와 과세요건이 공통되고 본세에 대한 종속성을 가지고 있는 점, 본세에 대한 납세의무가 확정되어야 그 납세의무의 확정도 가능하게 되므로, 본세의 조세범칙행위에 대해 고발 또는 통고처분을 하는 경우 과소신고·납부불성실가산세를 과세전적부심사의 대상으로 삼게 되면 결국 납세의무자의 조세범칙행위 여부를 심사하여야 하는 점 등에 비추어 보면, 본세에 대해 이 사건 예외규정에 따른 적용 예외사유가 인정되는 경우 그 과소신고·납부불성실가산세에 대하여도 동일한 예외사유가 적용되어 과세전적부심사가 배제된다고 봄이 타당하다.
 아) 나아가 구 국세기본법상의 부당과소신고가산세 부과처분은 일반과소신고가산세 부과처분과는 독립한 별개의 과세처분이 아니라 동일한 세목의 가산세 부과처분으로서 그 세율만을 가중한 것에 불과하므로(대법원 2016. 7. 14. 선고 2016두35335 판결 등 참조), 하나의 과세단위에 속하는 법인세 본세에 대한 일반과소신고가산세와 부당과소신고가산세는 세율만 달리할 뿐 하나의 가산세 부과처분에 의해 부과되는 것이고, 납부불성실가산세는 과소납부분 세액에 대해 구 국세기본법 시행령에서 정하는 이자율에 따라 산출하는 것으로 그 과소납부분이 일반과소신고가산세가 적용된 부분과 부당과소신고가산세가 적용된 부분으로 구분되는 것도 아니므로, 관념상 일반과소신고가산세 및 일반과소신고가산세가 적용된 본세 부분과 관련한 납부불성실가산세의 세액을 계산할 수 있다고 하여 그것이 조세포탈 혐의금액과 관련된 부당과소신고가산세 및 나머지 납부불성실가산세와 과세단위를 달리한다고 볼 수 없다.
 4) 따라서 이 사건 부과처분 중 원고가 취소를 구하는 세액 부분에 대하여도 이 사건 예외규정에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유가 존재한다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.
3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 이정민(재판장) 임윤한 차선영