기업부설연구소로 4년 이내에 인정받을 경우 취득 당시부터 소급하여 재산세 면제 받을 수 있는지 여부 및 기업부설연구소에 대한 재산세 과세적용 기준 및 공용시설의 범위 (일반행정, 대법원)
공포일: 2015.06.23 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
재산세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2015. 1. 29. 선고 2014누50189 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.
피고가 별지 1. 「처분목록」의 ‘처분일’란 기재 각 일자에 00모직 주식회사에게 한 ‘부과처분 내용’란 기재 각 재산세, 도시계획세, 공동시설세, 지방교육세 부과처분 중 별지 5. 「계산서」기재 ‘정당한 세액’을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용 중 5%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이 유】

1. 제1심 판결 이유의 일부 인용

이 법원의 판결 이유 중 "1. 처분의 경위 등"부터 "2. 이 사건 처분의 적법 여부, 가. 원고의 주장, 나. 관계 법령"까지는 다음과 같이 고치는 외에는 제1심 판결 이유 중 해당 부분(제2쪽 제4행부터 제4쪽 제17행까지 및 제11쪽 이하) 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
<고쳐 쓰는 부분>

○ 제5쪽 제5행의 "원고"를 "원고(2014. 7. 2. 00모직 주식회사를 흡수합병하였다; 이하 편의상 합병 전후를 구분하지 않고 ‘원고’라 한다)"로 고친다.
○ 제11쪽 "별지 2. 「관계 법령」"에 이 판결 "별지 2. 「관계 법령」"의 내용을 추가한다.
2. 판단

가. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).
나. 종전 기업부설연구소 인정의 효력이 당연히 미친다는 주장에 관하여

이 법원이 이 부분에서 설시할 이유는 제1심 판결 이유 중 해당 부분(제5쪽 제14행부터 제7쪽 제11행까지) 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
다. 기업부설연구소 인정 전 2007년 및 2008년 귀속 재산세의 면제 주장에 관하여

다음과 같은 이유로 원고가 기업부설연구소 인정을 받기 전인 2007년 및 2008년 귀속 재산세도 이 사건 법률 및 시행령 조항에 따라 면제되어야 한다고 해석함이 타당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
1) 이 사건 법률 조항은 핵심 산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업을 지원하기 위한 목적으로 일정한 인적·물적 시설을 갖춘 기업부설연구소를 설립하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 정책적으로 재산세를 면제하여 주는 규정이다. 따라서 이와 같은 재산세 면제 혜택을 향유하기 위하여는 기업부설연구소의 설립이 전제되어야 함은 당연한 논리적 귀결이다. 왜냐하면, 만일 위와 같은 전제가 인정되지 않는다고 하면, 연구소를 설립한다는 목적만을 신고함으로써 재산세를 면제받은 후 ① 연구소를 설립하지 않은 채 당해 부동산의 소유권을 이전하는 경우 또는 ② 연구소를 무한정 설립하지 않는 경우에도 재산세의 면제 상태를 그대로 유지할 가능성이 있고, 이는 조세평등원칙에 비추어 매우 부당하고 입법자가 의도하는 바도 아니기 때문이다.
이 사건 법률 및 시행령 조항에 의하면, 기업부설연구소 설립과 관련하여 입법자는, 부동산을 취득할 당시에 재산세를 납부하게 한 다음 교육과학기술부장관이 인정하는 기업부설연구소가 설립된 이후 환급하는 방식을 취하지 않고, 기업부설연구소의 설립을 더욱 적극적으로 장려하기 위하여, 기업부설연구소를 설립할 목적을 밝히기만 하면 일단 재산세의 납부를 면제하고 실제 기업부설연구소의 설립에 필요한 기간을 정한 다음 그 기한까지 연구소가 설치되지 않으면 비로소 재산세를 부과하는 방식을 택하고 있다고 보인다. 나아가 입법자는 교육과학기술부장관이 인정하는 기업부설연구소의 인적·물적 설비 기준이 시대상황에 맞게 수시로 변경될 수 있고 이에 맞추어 기업부설연구소의 설립에 실제 필요한 기간 역시 변경될 수밖에 없다는 점을 고려하여 기업부설연구소의 설립에 필요한 기간을 일률적으로 법률에 규정하는 것은 바람직하지 않다고 판단하고 이에 관하여 대통령령(이 사건 시행령)에서 보다 탄력성 있게 정하도록 위임한 것으로 해석된다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19570 판결 참조).
2) 기업부설연구소에 관한 요건은 구 지방세법 시행령(1981. 12. 31. 대통령령 제10663호로 개정되어 1982. 1. 1.부터 시행된 것으로서 1984. 4. 6. 대통령령 제11399호로 개정되기 전의 것) 제79조의10에서 처음으로 규정되었는데, 위 조항은 기업부설연구소에 관하여 단지 ‘독립된 연구용시설 및 기자재를 갖추고 30인 이상의 연구전담요원이 상시 근무하는 연구소로서 과학기술처장관이 인정하는 것’이라고만 규정하여 기업부설연구소 설립에 필요한 기간을 따로 정하고 있지 않았다. 그 후 구 지방세법 시행령(1984. 4. 6. 대통령령 제11399호로 개정되어 같은 날부터 시행된 것으로서 1991. 12. 31. 대통령령 제13536호로 개정되기 전의 것) 제79조의10은 기업부설연구소에 관하여 ‘토지 또는 건축물을 취득한 후 2년 이내에 독립된 연구용시설 및 기자재를 갖추고 30인 이상의 연구전담요원이 상시 근무하는 연구소로서 과학기술처장관이 인정하는 것’이라고 규정하기에 이르렀다. 이와 같이 개정된 이유는 기업부설연구소가 되기 위하여는 독립된 연구용 시설 및 기자재의 요건을 갖추어야 하는바, 독립된 연구시설 및 기자재 등의 요건을 갖추는 데는 상당한 시일이 필요할 것이므로, 2년 이내에 갖추기만 하면 재산세를 면제하도록 시간적인 여유를 부여하기 위한 것이다. 기업부설연구소의 요건 중 2년의 기간은 구 지방세법 시행령(1991. 12. 31. 대통령령 제13536호로 개정되어 1992. 1. 1.부터 시행된 것으로서 1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 제79조의11에서 4년으로 연장되어 이 사건 시행령 조항에까지 이르고 있다.
3) 이 사건 시행령 조항은 이 사건 법률 조항 본문에 따라 재산세가 면제되기 위한 ‘사후적 요건’으로서의 기업부설연구소 설치와 그 인적·물적 시설 기준 등을 정한 것으로 봄이 타당하므로, 기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하였다고 하더라도 이 사건 시행령 조항에서 정한 기간 내에 기업부설연구소를 설치하지 못한 경우에는 처음부터 이 사건 법률 조항 본문에 따른 재산세의 면제대상에서 제외되어 원칙대로 과세되는 것이다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2011두27551 판결 참조). 즉 기업부설연구소가 위 기간 내에 설립되지 않으면(해제조건) 종국적으로 감면요건이 이행되지 못하게 되어 재산세 면제의 효과는 위 해제조건의 성취 시점인 ‘당해 부동산 취득일로부터 4년을 경과한 시점’에 소급하여 소멸하는 것이다. 반면 이 사건 시행령 조항에서 정한 기간 내에 기업부설연구소를 설치하여 인정받은 경우에는 종국적으로 감면요건을 갖춘 것이 되어 기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 취득한 부동산에 대하여 취득 당시부터 받은 재산세 면제의 효과는 기업부설연구소를 설치하여 인정받은 이후에도 계속되는 것이다.
4) 이 사건 법률 조항은 기업부설연구소용 부동산에 대하여 취득세, 등록세 및 재산세를 면제하고 있고, 이 사건 시행령 조항은 위와 같은 면세 혜택을 받기 위한 기업부설연구소의 요건에 관하여 규정하고 있으며, 기업부설연구소용 부동산에 대한 사후적 면세요건으로서 일정한 기간을 부여할 필요성은 취득세, 등록세의 경우와 재산세의 경우가 서로 다르다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 시행령 조항 중 ‘토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 교육과학기술부장관의 인정을 받을 것‘이라는 부분은 취득세 및 등록세에 한하여 적용되는 것이라고 해석할 수 없고, 취득세 및 등록세뿐만 아니라 재산세에 관하여도 적용되는 것이라고 해석하여야 한다.
5) 취득세·등록세의 경우, 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득 당시 일단 취득세 및 등록세를 면제받고, 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소 인정을 받는 경우 비로소 기업부설연구소의 면적이 특정되어 구체적인 취득세 및 등록세의 면제 범위가 확정되며, 이에 따라 과세관청은 취득세를 추가로 부과하거나 환급한다. 재산세의 경우에도 이와 마찬가지로 부동산 취득 시 일단 재산세를 면제받고[면제 신청 방법에 관하여는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제292조 및 구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제231조 제2호 참조], 취득일부터 4년 이내에 기업부설연구소 인정을 받을 경우 과세관청은 그 면적에 따라 재산세의 면제 범위를 구체적으로 확정하여 재산세를 추가로 부과하거나 환급할 수 있다(피고도 이와 같은 방법으로 이 사건 각 처분을 하였다). 따라서 이 사건 시행령 조항 중 ‘토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것’이라는 부분을 재산세에 관하여도 적용하는 경우 기업부설연구소 인정을 받기 이전 기간의 재산세 면제 범위를 정할 명확한 기준이 없다고 할 수 없다.
6) 구 지방세법 시행령 제230조는 ‘… 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용함에 있어 직접 사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다’고 규정하고 있다(현행「지방세특례제한법 시행령」제45조는 ‘… 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다’고 규정하고 있다). 조세심판원은 회사(청구법인)가 기업부설연구소에 직접 사용할 목적으로 토지를 취득한 후 2011년도 재산세 과세기준일(6월 1일) 현재 위 토지에서 기업부설연구소용 건물의 건축공사를 진행하고 있었던 사안에서, 위 규정을 근거로 기업부설연구소용 건축물의 부지에 해당하는 부분에 대하여 재산세를 면제하여야 한다는 취지로 결정하였다(조심2011지961, 2012. 5. 7.).
한편 대법원은, 회사(당해사건 원고)가 기업부설연구소를 신축이전하기 위하여 A 토지를 취득하였다가 위 토지를 같은 연구단지 내에 있는 B 토지로 환지받아 그 지상에 기업부설연구소용 건물을 건축 중에 있는 사안에서, 비록 회사가 당초 취득한 A 토지 상에 연구소용 건물을 건축하지 아니하고 환지받은 B 토지 상에 연구소용 건물을 건축하게 되었다 하더라도, A 토지 취득의 목적이 궁극적으로 연구소용 건물부지로 사용할 연구단지 내의 토지를 취득함에 있었고 결국 그 목적대로 이루어졌으므로, 회사는 기업부설연구소용으로 직접 사용하기 위하여 A 토지를 취득한 것이라고 못 볼 바 아니라는 이유로, A 토지에 대한 취득세·등록세는 면제되어야 한다는 취지로 판시하였다(대법원 1987. 10. 26. 선고 85누444 판결).
이와 같은 규정 및 사례에 비추어 보면, 이 사건 시행령 조항에서 부여한 기간은 기업부설연구소의 설립에 필요한 기간으로서 부동산을 기업부설연구소용으로 직접 사용하고 있는 기간이라고도 할 수 있고, 재산세 과세기준일(6월 1일) 현재 부동산을 위와 같이 사용하고 있다면(즉 재산세 과세기준일이 위 기간 내라면) 재산세가 면제된다고 해석하여야 한다. 따라서 이 사건 법률 조항이 ‘과세기준일(매년 6월 1일) 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여’ 재산세를 면제한다고 규정하고 있더라도, 위와 같은 해석이 이 사건 법률 조항과 모순된다고 할 수는 없다. 오히려 이와 달리 해석할 경우, 기업부설연구소용으로 부동산 취득하고도 취득세 및 등록세만을 면제받고 재산세는 면제받지 못하게 되어 이 사건 법률 조항의 입법취지에 부합하지 않게 된다.
7) 이 사건에서 원고는 2007. 4. 25. 이 사건 건축물에 관하여 사용승인을 받음으로써 이를 취득하였고, 그로부터 4년 이내인 2009. 5. 29. 이 사건 건축물 및 그 부속토지에 관하여 기업부설연구소 인정을 받았다. 이와 같은 경우 원고로서는 이 사건 시행령 조항이 규정하는 바와 같이 ‘토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내’에 기업부설연구소 인정을 받았으므로, 기업부설연구소용으로 이 사건 건축물을 취득한 2007. 4. 25. 이후의 재산세에 대하여 면제를 받아야 한다고 해석함이 타당하다. 즉 원고가 이 사건 건축물을 취득한 2007. 4. 25.부터 이에 관하여 기업부설연구소 인정을 받은 2009. 5. 29.까지 기간은 이 사건 시행령 조항이 기업부설연구소 설립에 필요한 기간으로 부여한 것이므로, 그 기간 내의 재산세는 면제되어야 한다고 해석하여야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
라. 재산세 면제 면적 관련 주장에 관하여

1) 갑 제4, 5호증의 각 2, 갑 제6호증의 1 내지 3, 갑 제7호증, 을 제3호증의 1, 3, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 건축물 중 기업부설연구소로 인정받은 부분은 별지 3. 「면적표 (1)」및 별지 4. 「면적표 (2)」중 각 ‘연구소용 전용면적’란 기재 합계 16,236.93㎡로서 모두 전용부분인 사실, 이 사건 건축물 중 공용부분은 위 각 면적표 중 각 ‘공용면적’ 및 ‘안분대상 공용면적의 용도’란 기재와 같이 기계실, 주차장, 식당, 방재센터, 수면실, 로비, 방송실, 전산통신실, 연결통로 등으로서 그 면적 합계는 14,137.27㎡(2007년~2009년) 및 14,214.71㎡(2010년~2011년; 원고는 2010. 4. 20. 이 사건 건축물의 1층에 연결통로 77.44㎡를 증축하여 공용부분 면적이 그만큼 증가하였다)인 사실을 인정할 수 있고, 원고가 기업부설연구소로 인정받은 전용부분의 정상적인 이용을 위해서는 위와 같은 공용부분의 이용이 필수적이라고 보이므로, 위 공용부분 중 ‘이 사건 건축물의 전체 전용면적에서 기업부설연구소용으로 인정받은 전용면적이 차지하는 비율’에 해당하는 면적 역시 기업부설연구소용에 직접 사용되고 있다고 보는 것이 타당하다.
2) 위 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 건축물의 전체 전용면적은 위 각 면적표 중 ‘비연구소용 전용면적’ 합계 2,274.82㎡와 ‘연구소용 전용면적’ 합계 16,236.93㎡를 합산한 18,511.75㎡인 사실, 위 각 면적표의 ‘공용면적’ 중 ‘전체 전용면적에서 연구소용 전용면적이 차지하는 비율’(= 16,236.93㎡ / 18,511.75㎡로서 약 87.7%)에 해당하는 면적은 위 각 면적표 중 ‘연구소용 공용면적’란 기재와 같이 합계 12,400.01㎡(2007년~2009년) 및 12,467.92㎡(2010년~2011년)인 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 건축물 중 연구소용 전용면적(합계 16,236.93㎡)과 연구소용 공용면적[ 합계 12,400.01㎡(2007년~2009년) 및 21,467.92㎡(2010년~2011년)]을 합산한 28,636.94㎡(2007년~2009년) 및 28,704.85㎡(2010년~2011년)에 대하여는 재산세가 면제되어야 하고, 이 사건 건축물의 부속토지 중 위 건축물 면적에 상응하는 면적 역시 재산세가 면제되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다.
마. 소결 (정당한 세액)

위와 같이 재산세가 면제되는 면적을 제외하고 이 사건 건축물 및 그 부속토지에 대한 2007년~2011년 귀속 정당한 재산세액을 산정하면 별지 5. 「계산서」중 ‘정당한 세액’란 기재와 같음은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 이 사건 각 처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 모두 위법하여 취소되어야 한다.
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 원고 패소 부분을 취소하고, 이 사건 각 처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분을 취소하며, 원고의 나머지 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 구 지방세법 (2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제292조(감면신청) 이 장의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 지방세감면신청을 하여야 한다. 다만, 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있을 때는 직권으로 감면할 수 있다.
■ 구 지방세법 시행령 (1981. 12. 31. 대통령령 제10663호로 개정되어 1982. 1. 1.부터 시행된 것으로서 1984. 4. 6. 대통령령 제11399호로 개정되기 전의 것)

제79조의10 (기업부설연구소) 법 제110조의3 제3항 제13호에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 독립된 연구용시설 및 기자재를 갖추고 30인 이상의 연구전담요원(자연계분야 학사 이상의 학위를 가진 자이어야 한다)이 상시 근무하는 연구소로서 과학기술처장관이 인정하는 것을 말한다.
■ 구 지방세법 시행령 (1984. 4. 6. 대통령령 제11399호로 개정되어 같은 날부터 시행된 것으로서 1991. 12. 31. 대통령령 제13536호로 개정되기 전의 것)

제79조의10 (기업부설연구소) 법 제110조의3 제3항 제13호에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 2년 이내에 독립된 연구용시설 및 기자재를 갖추고 30인 이상의 연구전담요원(자연계분야 학사 이상의 학위를 가진 자이어야 한다)이 상시 근무하는 연구소로서 과학기술처장관이 인정하는 것을 말한다.
■ 구 지방세법 시행령 (1991. 12. 31. 대통령령 제13536호로 개정되어 1992. 1. 1.부터 시행된 것으로서 1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것)

제79조의11 (기업부설연구소) 법 제110조의3 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법시행령 제13조의2의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술처장관이 인정하는 것을 말한다.
■ 구 지방세법 시행령 (2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것)

제230조(직접사용의 범위) 법 제5장 중 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용함에 있어 직접 사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.
제231조(감면신청) 법 제292조의 규정에 의하여 지방세의 감면신청을 하고자 하는 자는 다음 각 호에 정하는 기간 내에 행정안전부령이 정하는 지방세감면신청서를 관할 시장·군수에게 제출하여야 한다.
1. 취득세·등록세의 감면을 받고자 하는 경우에는 감면대상 부동산을 취득한 날부터 30일 이내

2. 재산세·도시계획세 및 공동시설세의 감면을 받고자 하는 경우에는 과세기준일부터 30일 이내

3. 사업소세의 감면을 받고자 하는 경우 재산할에 대하여는 과세기준일부터 30일 이내, 종업원할에 대하여는 매년 1월 31일 이내(사업소를 신설하는 경우에는 신설일부터 30일 이내)

4. 자동차세의 감면을 받고자 하는 경우에는 과세기준일부터 10일 이내

■ 지방세특례제한법 시행령

제45조(직접 사용의 범위) 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.
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【하급심-수원지방법원 2014. 4. 23. 선고 2013구합4966 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 의류 제품의 제조 및 판매업과 전기, 전자, 반도체 재료의 제조, 가공 및 판매업 등을 영위하고 있는 법인이고, 한국산업기술진흥협회는 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소의 신고 수리 및 인정에 관한 사무 권한을 위탁받은 단체이다.
나. 원고는 2002년경 00시 00동 000-0 공장용지 31,377㎡ 지상에 위치한 ‘00모직 10동 건물’의 1, 2층에서 전자재료 R&D센터를 설립하고, 2002. 4. 17. 한국산업기술진흥협회로부터 위 센터를 구 기술개발촉진법(2005. 12. 30. 법률 제7809호로 개정되기 전의 것) 및 같은 법 시행령에 의한 기업부설연구소로 인정받았다.
다. 이후 원고는 2006년경 00시 00동 000-00 공장용지 11,662㎡ 지상에 ‘00모직 연구소’라는 명칭의 교육연구시설(지하 3층, 지상 13층, 연면적 32,726.46㎡, 이하 ‘이 사건 건축물’이라 한다)을 신축하여 2007. 4. 25. 사용승인을 받았다.
라. 원고는 2009. 4. 13. 위 00동 000-0를 전자재료 R&D센터의 주소재지로, 위 00동 000-0을 위 센터의 부소재지로 하는 등의 기업부설연구소 변경신고를 하였다.
마. 한편, 원고는 1988년경 00모직 케미칼연구소를 설립하고 1988. 8. 11. 기업부설연구소로 인정받았는데, 2009. 5. 6. 이 사건 건축물 중 3층 및 6층을 주소재지로, 위 00동 000-0 지상 00모직 2동(비즈니스동) 건물의 1층을 부소재지로 하는 등의 기업부설연구소 변경신고를 하였다.
바. 원고의 위 각 변경신고를 접수한 한국산업기술진흥협회는 2009. 5. 29. 위 각 신고를 수리하고 기업부설연구소인정서를 교부하였다.
사. 원고는 2010. 6. 1.경 00시 00동 000-0 공장용지 1,386㎡, 같은 동 000-0 공장용지 2,003㎡, 같은 동 000-0 공장용지 2,141㎡를, 2011. 6. 1.경 00시 00동 000-00 공장용지 1,072㎡, 같은 동 000 공장용지 1,892㎡, 같은 동 000-000 공장용지 205㎡를 각 전자재료 R&D센터의 부속토지로 추가하였다.
아. 피고는, 이 사건 건축물이 2009. 5. 29.까지 기업부설연구소로 인정을 받지 못하여 2007년 및 2008년에는 재산세 면제대상에 해당하지 아니한다는 이유로, 2012. 5. 30. 별지 1. 처분목록 순번 1, 2의 ‘부과처분의 내용’란 기재와 같이 2007년 귀속 토지분 및 건물분 재산세 등을 부과하였고, 2013. 4. 9. 같은 목록 순번 3, 4와 같이 2008년 귀속 토지분 및 건물분 재산세 등을 부과하였다(이하 위 각 부과처분을 합하여 ‘이 사건 제1처분’이라 한다).
자. 피고는 원고의 기업부설연구소 변경신고가 수리된 2009. 5. 29. 이후에도 이 사건 건축물 중 기업부설연구소로 인정되는 면적에 한하여 재산세 면제 대상에 해당한다는 이유로, 2013. 4. 9. 원고에게 별지 1. 처분목록 순번 5 내지 10의 ‘부과처분의 내용’란 기재와 같이 2009년, 2010년, 2011년 귀속 각 토지분 및 건물분 재산세 등을 부과하였다(이하 위 각 부과처분을 합하여 ‘이 사건 제2처분’이라 한다).
차. 원고는 별지 1. 처분목록 순번 1, 2 기재 2007년 귀속 재산세 등 부과처분에 불복하여 2012. 8. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 3. 20. 위 심판청구를 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제2, 3호증(갑 제3호증의 6, 8을 제외한 나머지 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고의 이 사건 각 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.
1) 이 사건 제1처분과 관련하여, ① 원고는 이 사건 건축물을 취득하기 이전인 2002. 4. 17. 이미 전자재료 R&D센터에 대하여 기업부설연구소로 인정받았으므로 위 인정의 효력이 당연히 전자재료 R&D센터의 연구시설인 이 사건 건축물에도 미치고, ② 설령 기업부설연구소 변경신고를 하여야만 이 사건 건축물에 대하여 기업부설연구소 인정의 효력이 생긴다고 하더라도, 원고는 이 사건 건축물을 신축하여 연구시설 용도로 계속 사용하면서 취득 후 4년 이내에 기업부설연구소로 인정을 받았으므로, 이 사건 건축물에 대하여 소급하여 재산세가 면제되어야 한다.
2) 이 사건 각 처분과 관련하여, 재산세 면제 대상은 기업부설연구소로 인정받은 면적에 한정된다는 피고의 과세논리는 법령상 아무런 근거가 없어 조세법률주의를 위반한 것이다.
나. 관계 법령

별지 2. 기재와 같다.
다. 판단

1) 조세의 감면에 관한 규정은 조세의 부과·징수의 요건이나 절차와 직접 관련되는 것은 아니지만, 조세란 공공경비를 국민에게 강제적으로 배분하는 것으로서 납세의무자 상호간에는 조세의 전가관계가 있으므로 특정인이나 특정계층에 대하여 정당한 이유 없이 조세감면의 우대조치를 하는 것은 특정한 납세자군이 조세의 부담을 다른 납세자군의 부담으로 떠맡기는 것에 다름 아니므로 조세감면의 근거 역시 법률로 정하여야만 하는 것이 국민주권주의나 법치주의의 원리에 부응하는 것이다. 그런데, 조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 한다(헌법재판소 1996. 6. 26. 선고 93헌바2 결정 참조). 또한, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).
2) 종전 기업부설연구소 인정의 효력이 당연히 미친다는 주장에 대하여

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제282조(이하 ‘이 사건 법률 조항’이라 한다)는 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다고 규정하고 있고, 구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것) 제228조(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)는 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"에 대해 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 구 기술개발촉진법(2011. 3. 9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것으로 규정하고 있으며, 구 기술개발촉진법 시행령 및 시행규칙은 기업부설연구소의 인적·물적 시설의 기준과 그 신고 및 인정절차 등을 규정하고 있다.
살피건대, 앞서 본 관련법령 규정 및 을 제1, 4호증의 각 기재, 이 법원의 한국산업기술진흥협회에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 법률 조항 및 시행령 조항을 비롯한 관련 법령의 문언을 전체적으로 고려하면, 면세 혜택이 부여되는 기업부설연구소는 ‘구 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기업부설연구소로서의 인적·물적 시설의 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것’으로 해석함이 타당한 점, ② 기업의 과학기술 연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이룩하기 위해 일정한 인적·물적 시설을 갖춘 기업부설연구소에 사용되는 부동산에 대하여 면세혜택을 주는 것이고, 시설의 규모에 따라 면세혜택도 달라지므로, 위와 같이 기업부설연구소로 인정하는 절차에 있어서도 기업이 먼저 연구개발인력, 면적 등을 필수적으로 기재한 신고서류를 제출하고, 이에 따라 한국산업기술진흥협회가 객관적인 실사를 거쳐 필수적인 시설 범위를 확정하며, 이후 인정된 인적·물적 시설 범위내에서 기업부설연구소 인정 공문을 보내는 것인바, 기업이 임의로 지정한 기업부설연구소에 대하여 위와 같은 법령상의 인정절차도 없이 각종 면세혜택을 부여할 수는 없는 점, ③ 기업이 종전에 일부 건물을 물적 시설로 한 기업부설연구소 인정을 받은 후 새로 건물을 신축하여 임의로 연구소로 사용하는 경우에 별도의 인정절차 없이 종전의 일부 건물에 대한 기업부설연구소 인정의 효력이 신축 연구소 건물에 당연히 미친다고 한다면, 관련 법령이 일정한 요건 하에서 교육과학기술부장관에게 기업부설연구소를 인정하도록 한 입법취지에 반하는 것이고, 기업이 자의적으로 지방세에 관한 면세의 범위를 설정할 수 있는 모순된 결과를 야기할 수 있는 점, ④ 원고가 2002. 4. 17. 한국산업기술진흥협회로부터 전자재료 R&D센터에 대한 기업부설연구소 인정서와 함께 받은 공문에는, 기업부설연구소에 대한 조세 등 각종의 세제지원에 있어서 정부 부처와 지방자치단체에서는 위 협회에 최종신고된 내용을 기준으로 적용하는 경우가 적지 않으므로 변경신고를 해태하여 불이익을 당하지 않도록 각별히 유념하라는 내용이 명시되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 2002. 4. 17. 받은 기업부설연구소 인정의 효력은 당시 한국산업기술진흥협회에 신고하여 인정받은 내용에 한정된다 할 것이고, 이 사건 건축물에 관하여는 위 협회가 원고의 변경신고를 수리하여 인정통보를 한 2009. 5. 29. 비로소 기업부설연구소로 인정되어 지방세법령상 면세혜택이 부여될 수 있다 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
3) 재산세 소급 면제 주장에 대하여

살피건대, ① 재산세는 과세기준일 현재의 현황에 따라 매년 과세하는 세목이고, 이 사건 법률 조항도 ‘과세 기준일 현재’ 기업부설연구소용에 ‘직접 사용하는’ 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다고 명확히 규정하고 있는 점, ② 이 사건 법률 조항 중 ‘기업부설연구소’용으로 직접 사용하는 부동산에 해당되기 위해서는 앞서 본 바와 같이 그 부동산 등을 물적 시설로 갖춘 기업부설연구소로 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받아야 하는 점, ③ 이 사건 시행령 조항 중 ‘토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에’ 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것이라는 부분은, 이 사건 법률 조항 및 관련법령의 규정 등에 비추어 볼 때 기업부설연구소의 인적·물적 시설의 기준이 시대상황에 따라 수시로 변경될 수 있는 점 등을 고려하여 부동산의 취득과 기업부설연구소의 설치 사이에 필요한 시간적 간격을 부여하는 규정으로, 재산 취득행위에 대해 1회적으로 부과되는 취득세 및 등록세에 관하여 적용되는 것으로 해석함이 타당한 점, ④ 만일 이와 해석을 달리한다면, 이 사건 법률 조항이 규정한 재산세 면제 기준인 ‘과세기준일 현재(매년 6월 1일) 직접 사용하는’ 부분과 모순되고, 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소 인정을 받기 이전 기간의 재산세 면제 범위를 정할 명확한 기준을 찾을 수 없는 점 등을 종합하면, 재산세는 매년 과세기준일 현재 이 사건 건축물 등이 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 인정받아 그 목적에 직접 사용되고 있는지 여부에 따라 면제 여부가 결정되어야 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
4) 기업부설연구소 인정 면적 관련 주장에 대하여

살피건대, 앞서 본 관련법령 규정과 앞서 든 증거들 및 을 제5, 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 법률 조항 및 시행령 조항에 따른 재산세 등 면제대상인 기업부설연구소는 구 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 인적·물적 시설의 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것이어야 하는 점, ② 앞서 살펴 본 기업부설연구소의 인정의 성격, 그 인정에 따른 면세혜택의 내용, 기업부설연구소 신고 및 인정의 구체적인 절차 등에 비추어, 면제 대상인 기업부설연구소의 물적 범위는 ‘기업부설연구소 면적으로 신고하여 인정받은 면적’에 한정되는 것으로 충분히 예측할 수 있는 점, ③ 조세감면규정에 대한 엄격해석의 원칙상 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산은 연구소 시설의 가동·운영에 필수불가결한 부동산에 한정된다고 해석함이 타당한 점, ④ 원고가 주장하는 지하 식당, 매점, 기계실, 지하 주차장, 로비 등은 단지 기업부설연구소의 운영과 관련이 있는 부분에 불과할 뿐 이를 확보하지 아니하면 연구소 운영이 정지될 수 있는 정도의 필수불가결한 시설로 보기 어려운 점, ⑤ 원고는 전용면적을 기재하여 기업부설연구소 변경신고를 하였고, 한국산업기술진흥협회는 객관적인 확인 절차를 거친 뒤 원고가 신고한 면적대로 기업부설연구소의 면적을 인정하였으며, 피고는 위 면적 범위 내에서 과세기준일 현재 직접 사용되는 면적(2008년 및 2009년의 경우에는 인정 면적에서 일부 공실에 해당하는 면적을 제외하였다)을 정한 뒤 감면비율(= 인정면적/ 건축물 연면적)을 계산하여 이 사건 각 처분을 하였던 점 등을 모두 종합하면, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 구 지방세법 (2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제282조(기업부설연구소용 부동산에 대한 면제)

대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
■ 구 지방세법 시행령 (2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것)

제228조(기업부설연구소)

법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기술개발촉진법」제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.
■ 구 기술개발촉진법 (2011. 3. 9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것)

제7조(특정연구개발사업의 추진 등)

① 교육과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.
2. 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다) 및 기업의 연구개발전담부서

■ 구 기술개발촉진법 시행령 (2009. 6. 30. 대통령령 제21590호로 개정되기 전의 것)

제15조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준)

① 법 제7조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 교육과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.
1.「중소기업기본법」 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소 : 5인 이상

2. 국외에 있는 기업부설연구소 : 5인 이상

3. 교육과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소 : 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)

4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소 : 10인 이상

■ 구 기술개발촉진법 시행규칙 (2011. 11. 25. 지식경제부령 제214호로 폐지되기 전의 것)

제7조(기업부설연구소의 신고 등)

① 영 제15조 제1항 제3호에서 "과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업"이라 함은 법 제7조 제1항 제1호ㆍ제5호 및 제7호의 규정에 의한 연구기관에 소속된 연구원이 퇴직한 후 3년 이내에 창업한 연구개발형 중소기업을 말한다.
② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
1. 연구사업개요서 1부

2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부

3. 연구시설명세서 1부

4. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」제13조 제2항에 따라 작성한 안전 및 유지관리비 내역서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다)

5. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」제14조 제1항에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다)

6. 중소기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(중소기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다)

7. 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조에 따른 확인서류를 말하며, 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다)

8. 제1항의 규정에 의한 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다)

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.
④ 영 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다.

‘토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내’에 기업부설연구소로 인정을 받았다면 건축물을 취득한 때부터 취득세 및 등록세뿐만 아니라 재산세에 관하여도 면제를 받아야 한다고 해석함이 타당하고 공용부분 중 ‘건축물의 전체 전용면적에서 기업부설연구소용으로 인정받은 전용면적이 차지하는 비율’에 해당하는 면적 역시 기업부설연구소용에 직접 사용되고 있다고 보아야 한다.