법인세징수및부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2016.05.24 / 시행일:

【원고, 피항소인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 이인형 외 2인)
【피고, 항소인】 동수원세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 세한 외 1인)
【제1심판결】 수원지방법원 2015. 5. 14. 선고 2013구합13564 판결
【변론종결】2016. 4. 19.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 
 가. 피고가 2012. 3. 20. 원고에 대하여 한 2010년 사업연도 법인세 64,230,150,000원의 징수처분 및 가산세 6,423,015,000원의 부과처분 중 법인세 1,375,176,970원 및 가산세 137,517,690원을 초과하는 부분을 취소한다. 
 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 
 2. 소송총비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2012. 3. 20. 원고에 대하여 한 2010년 사업연도 법인세 64,230,150,000원의 징수처분 및 가산세 6,423,015,000원의 부과처분을 모두 취소한다.
2. 항소취지
 제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다. 
【이 유】1. 기초사실 
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제3면 제3행의 "전부"를 "99.9%"로 고치고, 제3면 밑에서 제1행 "이다(갑 제66호증 참조)." 다음에 "③ 이 사건 특허권의 총 가액은 370,030,570 미국달러로서 당시 환율에 따라 원화로 환산하면 428,201,000,000원이 되고, 그 중 국내 등록분의 가액은 7,922,409 미국달러로서 환화로는 9,167,846,471원이 된다."를 추가하는 외에는 제1심 판결 중 해당 부분의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
 2. 원고의 주장 및 관계 법령
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분 이유 기재와 같으므로, 이를 인용한다. 
3. 소외 2 회사가 조세회피를 목적으로 설립된 도관회사인지 여부에 관한 판단
 가. 실질과세원칙과 수익적 소유자 
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분 이유 기재와 같으므로, 이를 인용한다. 
 나. 입증책임 
 외국법인에게 지급하는 국내원천소득에 대하여 당해 외국법인에게 법인세를 부과하기 위한 과세요건 사실은 국내원천소득을 지급받는 자가 외국법인, 즉 국내에 본점 또는 주사무소를 두지 아니한 법인이라는 점을 주장·입증함으로써 족하고, 더 나아가 그 외국법인의 주된 사무소가 구체적으로 어느 곳인지의 점까지 확정하여야 하는 것은 아니다(대법원 1994. 4. 15. 선고 93누13162 판결 참조). 한편 소송에 있어서 비과세·면세 요건에 대한 입증책임은 납세자 측에게 있고(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 참조), 납세자가 어떠한 외국법인에게 조세가 면제 또는 감면되는 조세조약이 적용된다고 주장하려면 당해 외국법인이 우리나라가 조세조약을 체결한 타방 체약국의 거주자이고 조세조약상 그 소득에 대한 과세권이 우리나라가 아닌 타방 체약국에 있다는 점을 입증하여야 한다. 따라서 이 사건의 경우 원고가 한·아일랜드 조세협약상의 비과세 혜택을 누리기 위하여는 소외 2 회사가 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자라는 사실을 입증하여야 한다. 
 다. 소외 2 회사가 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자인지 여부 
 1) 외관상 과세의 근거가 되는 거래행위로 인한 소득이 거래 명의자에게 귀속된 경우 그 소득의 귀속이 명목뿐이어서 도관에 해당하고, 실질적으로 그 소득을 얻은 자 즉 수익적 소유자가 따로 있는지 여부를 판단하기 위해서는, 도관으로 지목된 명의자가 법인인 경우 그 설립 목적과 설립 경위, 사업활동 내역, 그 임직원 및 사무소의 소재를 비롯한 인적·물적 시설, 문제된 당해 거래행위와 관련한 의사결정 과정, 거래행위의 대가로 지급된 자금의 이동 내역 등 제반 사정을 고려하여야 하고, 특히 설립 목적과 관련하여서는 조세회피의 목적이 주된 것인지 여부를 중점적으로 살펴보아야 한다. 
 2) 이러한 법리와 앞에서 든 각 증거, 갑10, 12, 15 내지 20, 26, 27, 28, 29, 40, 41, 43, 53, 56, 58, 59, 60, 64, 65, 68, 69, 70, 73, 74, 75, 77 내지 80호증, 을3, 4, 7, 10호증의 각 기재(가지번호 포함) 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 소외 2 회사는 이 사건 사용료 소득에 대한 과세를 회피하기 위하여 설립된 도관회사에 불과하고, 실질과세 원칙상 소외 2 회사가 이 사건 사용료 소득의 실질적인 귀속자에 해당한다고 볼 수 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 (가) 원고는 2004년부터 소외 3 회사와 사이에 소외 3 회사가 보유하고 있는 특허권의 침해에 따른 손해배상 및 그 사용료에 관한 협상을 진행해 오다가 2010. 11. 11. 최종적으로 소외 2 회사와 사이에 이 사건 계약을 체결하였는데, 소외 2 회사는 위 계약이 체결되기 불과 4개월여 전인 2010. 6. 21. 설립되었고, 대표적인 조세회피국가인 키프로스에 설립된 소외 4 회사를 통하여 소외 2 회사 지분 99.9%를 보유하고 있던 소외 5 회사는 이 사건 계약 체결 3일 전인 2010. 11. 8. 소외 2 회사와 사이에 소외 6 회사, 소외 7 회사가 보유한 특허권을 재허여하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다. 이 사건 계약에 따라 원고가 지급하기로 한 돈이 3억 7,000만 미국달러라는 거액인 점에 비추어 조세 회피 목적이 아니라면 소외 5 회사가 직접 계약하지 않고 설립 된지 얼마 되지 않은 소외 2 회사를 통하여 위와 같은 형태의 계약을 체결한 것은 설명하기 어렵다. 
 (나) 소외 2 회사는 설립 당시 자본금이 20유로에 불과하였고, 원고와 사이에 이 사건 계약을 체결할 무렵까지 3명의 임직원으로 구성되어 있었으며, 등록지는 회계법인인 (법인명 생략) 아일랜드 사무소 주소인 (주소 생략)로 기재되어 있었고, 소외 2 회사의 99.9% 지분을 보유하고 있는 소외 4 회사의 등록지 또한 (법인명 생략)의 사이프러스 사무소 주소와 일치한다. 이러한 사정에 소외 2 회사의 설립 당시 직원 채용 공고 또한 모두 (법인명 생략)의 주도 하에 이루어진 점을 감안하면 원고가 제출한 증거들만으로는 소외 2 회사가 이 사건 계약 체결 당시와 그에 따른 대금이 송금될 무렵 인적·물적 시설을 제대로 갖추고 실제 사업을 영위하고 있었다고 보기는 어렵고, 2011. 6. 30. 이후 소외 2 회사의 자본금이 547,587유로로 증액되고 2013년에는 총 13명의 임직원이 소외 2 회사에서 근무하였다는 사정은 모두 이 사건 계약 체결 이후의 사정에 불과하다. 
 (다) 원고는 이 사건 계약에 따라 2010. 11. 30. 3억 7,000만 미국달러를 소외 2 회사에 지급하였고, 소외 2 회사는 2010. 12. 21. 아일랜드에 납부할 법인세를 제외한 나머지 중 대부분인 339,073,075 미국달러를 소외 5 회사에 송금하고, 소외 5 회사는 이를 다시 소외 6 회사, 소외 7 회사에 지급하였는바, 이와 같이 소외 2 회사가 원고로부터 받은 사용료 소득의 대부분을 소외 2 회사의 지분 99.9%를 실질적으로 보유하고 있는 모회사 소외 5 회사에 송금한 점에 비추어 보면, 이 사건 사용료 소득의 실질적 소유자는 소외 5 회사로 판단되고, 소외 2 회사는 이 사건 사용료 소득을 실질적으로 지배·관리할 능력이 없었거나 부족하였던 것으로 보인다. 
 (라) 소외 2 회사가 원고와 이 사건 계약을 체결하기 이전에 핀란드 소재 법인 소외 8 회사 등을 상대로 한 특허권 재허여 계약으로 인한 매출 실적이 있었고, 이 사건 계약 이후에도 일본국 거주자인 소외 9 회사 등과 특허권 재허여계약을 체결한 사실은 인정된다. 그러나 소외 2 회사가 정관에 규정되어 있는 사업목적과 달리 오로지 소외 5 회사로부터 재허여를 허락받은 특허권의 허여 사업만을 대행하면서 미국 외 지역에서 수취한 사용료 중 거의 대부분을 모회사인 소외 5 회사에 송금해 오고 있을 뿐만 아니라 아일랜드가 조세피난처로 알려져 있고, 특히 한·아일랜드 조세협약상 국내에서 발생한 사용료 소득을 아일랜드 거주자에게 지급하는 경우 한국에서 과세되지 않고 아일랜드에서만 과세된다는 이점 이외에 소외 2 회사가 아일랜드에 설립되어야 할 사업상 필요성이 무엇인지 불분명하므로, 이 사건 계약 전후에 매출 실적이 있었다는 사정만으로 소외 2 회사가 도관회사가 아니라고 단정할 수는 없다. 
 더구나 원고는 소외 2 회사가 위와 같은 실적에 부합하는 실질적인 영업활동을 하였다고 주장하면서 독일 거주자인 소외 10 회사 및 소외 9 회사와 체결한 특허권허여계약을 체결하였다는 증거로 위 각 회사와의 계약서를 증거로 제출하였는데(갑58, 60호증), 위 각 증거에는 최초 소외 2 회사의 설립을 주도하였고 이 사건 계약 당시 소외 3 회사의 직원이었던 소외 1(영문명 생략)의 서명 부분이 삭제된 채 제출되었는바, 이와 같은 사정에 비추어 보면 소외 2 회사가 소외 5 회사와 구분되는 별도의 사업 목적 및 인적 구성원을 유지하였다고 보기도 어렵다. 
 (마) 원고는, 소외 2 회사가 소외 9 회사와 특허권 허여계약을 체결하고 받은 특허사용료에 대하여 일본 과세당국에 법인세를 납부하였는데, 소외 5 회사가 소외 9 회사와 직접 계약을 체결하였다면 일본국에 법인세를 납부할 의무가 없다는 사정을 들어 조세회피 목적으로 소외 2 회사를 설립하지 않았다고 주장하나, 소외 2 회사의 2012년 감사보고서 기준 총 매출액은 314,054,228 미국달러인데 반하여, 소외 2 회사가 일본국에 납부한 세액은 불과 1,470,000 미국 달러에 불과하여 총 매출액 대비 0.47%에 불과하고 그마저도 소외 2 회사가 체결한 특허권 재허여계약으로 원천징수한 유일한 경우이며, 소외 2 회사가 소외 9 회사로 하여금 원천징수하도록 하거나 이를 양해하였을 뿐 일본 과세당국이 위 원천징수에 관하여 공식적인 입장을 표명하지도 않았으므로, 위와 같은 사정만으로는 소외 2 회사가 실질적인 사업을 영위하는 회사로 볼 수는 없다. 
 (바) 소외 5 회사가 소외 2 회사를 설립하지 아니하고 직접 원고와 이 사건 계약을 체결하고 원고로부터 직접 이 사건 사용료를 지급받았다고 하더라도 그 대부분이 아래에서 보는 바와 같이 국내원천소득에 해당하지 않으나, 국내원천소득으로 인정되는 경우 납부하여야 하는 법인세 13억 원 남짓 되는 돈이 적은 액수도 아닐 뿐만 아니라 피고가 국내 미등록 특허의 국내 사용에 대한 사용료에 관하여 계속하여 국내법에 따라 법인세 징수처분을 하고 있으므로, 국내원천소득이 전체 사용료에 비추어 극히 일부라는 사정만으로 소외 5 회사에 조세회피 목적이 없다고 쉽게 단정할 수 없다. 
4. 이 사건 사용료를 한·미 조세협약상의 국내원천소득으로 볼 수 있는지 여부
 가. 주장 
소외 2 회사가 도관회사라고 하더라도 원고가 국내에 등록되어 있지 않은 특허권에 대한 사용의 대가로 지급한 금원은 한·미 조세협약상 국내원천소득에 해당하지 않는다는 원고의 주장에 대하여, 피고는 ① 한·미 조세협약에서 사용지주의를 취하면서도 ‘사용’의 의미에 관하여 특별히 규정하고 있지 않으므로, 한·미 조세협약 제2조 제2항에 따라 ‘사용’의 의미는 국내법에 따라 판단하여야 할 것인데, 구 법인세법 제93조 제9호 단서에 의하면 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매에 사용된 특허권을 과세대상이 되는 특허권의 사용으로 의제하고 있으므로, 이에 따라 그 사용에 대한 대가를 국내원천소득으로 보아 과세할 수 있고, ② 국내에 등록된 특허뿐만 아니라 미국 이외의 국가에 등록된 특허권 13,180개에 대응하는 사용료 부분 또한 구 법인세법 제93조 제9호의 외국법인의 국내원천소득에 해당한다고 주장한다. 
 나. 판단
구 법인세법 제93조 제9호 단서 후문은 외국법인이 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 ‘특허권 등’이라 한다)를 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 국제조세조정법 제28조는 "비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다."고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미 조세협약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한·미 조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한·미 조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결 참조). 이와 같은 법리는 그 특허가 국내에 등록되어 있지 않는 이상 미국 이외의 국가에 등록된 경우에도 마찬가지로 적용된다고 보아야 한다. 원고의 위 주장은 이유 있고, 피고의 위 주장은 모두 이유 없다.
 다. 소결론
 따라서 이 사건 사용료 중 국내에 등록된 특허권 1,902개의 사용료에 해당하는 위 9,167,846,471원은 구 법인세법 제93조 제9호의 외국법인의 국내원천소득에 해당하고, 나머지 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않으므로, 피고가 2012. 3. 20. 원고에 대하여 한 2010년 사업연도 법인세 64,230,150,000원의 징수처분 및 가산세 6,423,015,000원의 부과처분 중 법인세 1,375,176,970원(= 9,167,846,471원 × 0.15, 10원 미만 버림, 이하 같다) 및 가산세 137,517,690원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다. 
5. 이 사건 가산세 부과처분의 적법 여부 
 가. 실질과세의 원칙은 구 법인세법 제98조 제1항이 규정하는 국내원천소득에 대한 원천징수에도 그대로 적용되므로, 국내원천소득을 지급하는 자는 특별한 사정이 없는 한 그 소득에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는지를 조사하여 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다. 다만 국내원천소득을 지급하는 자는 조세수입의 조기확보와 조세징수의 효율성 도모 등의 공익적 요청에 따라 원천징수의무를 부담하는 반면, 질문검사권 등 세법이 과세관청에 부여한 각종 조사권한은 가지고 있지 아니한 점 등을 고려하면, 국내원천소득을 지급하는 자가 거래 또는 소득금액의 지급과정에서 성실하게 조사하여 확보한 자료 등을 통해서도 그 소득의 실질적인 귀속자가 따로 있다는 사실을 알 수 없었던 경우까지 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 볼 수는 없다(대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두3159 판결 참조).
 나. 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 이 사건 각 특허권 재허여와 관련된 논의를 시작한 시점은 2004년경인데, 소외 2 회사는 그 이후인 2010. 6. 21. 설립된 사실, 이 사건 사용료의 대상인 특허의 상당 부분이 미국에서 등록된 특허이고 위 각 특허의 권리자인 소외 6 회사, 소외 7 회사로부터 관리를 위임받은 소외 5 회사는 미국에 소재한 법인임에도 이 사건 계약 체결에 임박하여 조세피난처로 유명한 아일랜드에 소외 2 회사가 설립된 사실, 원고와 소외 2 회사 사이의 이 사건 계약 내용을 보면 향후 이 사건에서 쟁점이 된 법인세액 및 지연손해금까지 소외 2 회사가 지급하기로 예정되어 있었던 사실, 나아가 소외 2 회사의 감사보고서만 보더라도 소외 2 회사의 실제 자본이 20유로에 불과하고 그 발행주식의 99.9%를 소외 5 회사가 실질적으로 보유하고 있으며, 3명 이외에는 직원이 없었던 사정을 알 수 있었던 사실, 이 사건 사용료 소득에 한·아일랜드 조세협약이 적용되기 위하여는 소외 2 회사가 아일랜드 법에 근거하여 설립되고 아일랜드 거주자라는 점뿐만 아니라 소외 2 회사가 위 사용료 소득의 수익적 소유자라는 점이 증명되어야 하는 사실 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자가 소외 2 회사인지 여부를 검토하였어야 함에도 그러지 못한 것으로 보이는바, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 사용료를 지급하는 과정에서 성실하게 조사를 하였음에도 불구하고 사용료 소득의 실질적인 귀속자가 소외 2 회사가 아니라는 사실을 알 수 없었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다.
6. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경한다.

판사 최상열(재판장) 정봉기 조용래