수산물직판장점·사용료부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2012.06.29 / 시행일:

【원고, 항소인】 김포어촌계 (소송대리인 법무법인 호수 담당변호사 윤수연)
【피고, 피항소인】 김포시장 (소송대리인 법무법인 수목 담당변호사 전상미)
【제1심판결】 인천지방법원 2011. 9. 22. 선고 2011구합17 판결
【변론종결】2012. 5. 29.
【주 문】
 1. 제1심 판결 중 아래에서 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.
 피고가 2010. 4. 28. 원고에게 한 156,589,470원의 수산물직판장 점·사용료 부과처분 중 82,105,627원을 초과하는 부분을 취소한다.
 2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
 3. 소송총비용 중 1/2은 원고가, 나머지 1/2은 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다.
 피고가 2010. 4. 28. 원고에게 한 156,589,470원의 수산물직판장 점·사용료 부과처분을 취소한다.
【이 유】Ⅰ. 어항시설 사용료
갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 5, 8, 10 내지 13, 17호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.
[1]
○ 지방어항인 대명항의 관리청으로서「어촌·어항법」소정의 비지정권자인 피고가 위 법률 제23조 제2항에 의하여 대명항의 경기도 및 김포시 소유 부지에 어항시설을 설치하는 어항개발사업 계획을 수립하고, 2007. 3.경 위 법률 소정의 지정권자인 경기도지사로부터 어항개발사업 시행허가를 받았다.
○ 피고는 2008. 7. 18. 김포시 대곶면 (지번 1 생략), (지번 2 생략), (지번 3 생략), (지번 4 생략) 등 4필지에 어항시설인 수산물직매장(이하 ‘이 사건 어항시설’이라 한다)을 설치한 후, 2008. 8. 20. 「어촌·어항법」 제26조에 의하여 김포시 명의로 소유권보존등기를 마쳤다가 2010. 1. 28. 경기도 명의로 소유권이전등기를 마쳤다. 
[2]
○ 한편으로 원고는 경인북부수산업협동조합의 조합원들이 조직한 어촌계로서, 피고에게 이 사건 어항시설의 사용허가를 신청하였다.
○ 이에 피고가 2008. 8. 1. 「어촌·어항법」 제26조 제7항, 제38조에 의하여 원고에게 아래와 같은 내용으로 이 사건 어항시설의 사용을 허가하였다(이하 위 허가를 ‘이 사건 사용허가’라 한다).
① 사용자 김포어촌계⑦ 사용(점용)목적 수산물직판장⑧ 사용(점용)기간 2008. 8. 1.부터 2011. 7. 31.까지(3년간)⑨ 사용(점용)료 「어촌·어항법」제42조 제1항의 규정에 의거 어항시설 사용료 및 점용료 징수허가조건제1조(사용목적) 이 허가에 의한 어항시설은 “대명항 수산물직판장”으로 사용을 제한한다.제3조(사용인 자격) ① 사용인은 김포어촌계원에 한하여 입주할 수 있고, 시설물 자리 배치는 입주자 총회를 거쳐 결정하도록 한다.제4조(사용료) 사용료는 일금 36,914,960원(2008년도분)이며, 익년도(2009, 2010년) 사용료는 선납하여야 하고, 부가세는 사용료의 10%로 한다.제5조(사용료의 납부) 사용료는 김포시가 발행하는 납입고지서에 의하여 기간 내에 납입하여야 하며, 기간 내에 납입하지 아니할 때에는「어촌·어항법」제29조(가산금의 징수) 규정에 의거 납부기한을 경과한 날로부터 체납된 사용료를 가산하여 납부하여야 한다.
○ 피고는 이 사건 사용허가에 기하여, △ 2008. 8. 4. 원고에게 사용기간이 같은 해 8. 1.부터 12. 31.까지인 2008년도 사용료 36,914,860원을 부과하여 징수하고, △ 2009. 1. 30. 원고에게 사용기간이 같은 해 1. 1.부터 12. 31.까지인 2009년도 사용료 54,899,460원을 부과하여 징수하였으며, △ 2010. 1. 7. 경기도의 감사지적에 따라 원고에게 2008년도 및 2009년도 사용료 합계 19,982,000원을 추가로 부과하여 징수하였다.
[3]
○ 그 후 피고가 이 사건 사용허가에 기하여 2010. 4. 28. 원고에게 사용기간이 같은 해 1. 1.부터 12. 31.까지인 2010년도 사용료 156,589,470원을 부과하는 처분을 하면서, 그 중 78,294,740원을 제1회 부과분으로, 나머지 78,294,730원 및 이에 대한 연 6%의 이자를 제2회 부과분으로 하여 분할납부하도록 하였다(이하 위 처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
○ 이 사건 처분에 대하여 원고가 2010. 6. 21. 행정심판을 청구하였고, 경기도행정심판위원회가 2010. 9. 29. 원고의 청구를 기각하였다. 
Ⅱ. 주장 및 판단
원고는 이 사건 처분이 위법하다고 주장하면서 그 취소를 구하는바, 원고의 주장에 관해 살펴보면 아래와 같다.
1. 사용료의 면제
가. 원고의 주장
「어촌·어항법」 제42조, 같은 법 시행령 제37조 제1항 제2호는 ‘어촌계가 그 사업의 수행을 위하여 사용하는 경우’ 어항시설의 사용료를 면제한다고 규정하고 있다.
원고는 경인북부수산업협동조합의 조합원들이 설립한 어촌계로서, 원고 소속 어촌계원들이 이 사건 어항시설에서 수산물을 공동으로 판매하고 있는바, 이는 어촌계인 원고의 고유사업이므로 원고에 대하여는 위 규정에 따라 어항시설의 사용료가 면제된다.
따라서 어촌계인 원고에 대하여 이 사건 어항시설의 2010년도 사용료를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관련 법령
 (1) 「어촌·어항법」 제42조 제1항, 같은 법 시행령 제37조 제1항 제2호는, ‘수산업협동조합 및 어촌계가 그 사업의 수행을 위하여 사용하는 경우’ 어항시설 사용료 또는 점용료를 면제한다고 규정하고 있다.
한편으로 「수산업협동조합법」은, 지구별 수협의 조합원이 어촌계를 조직할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령은, △ 제2조에서, 어촌계는 어촌계원의 어업생산성을 높이고 생활향상을 위한 공동사업의 수행과 경제적·사회적 및 문화적 지위의 향상을 도모함을 목적으로 한다고 규정하면서, △ 제7조 제1항에서, 어촌계는 그 목적을 달성하기 위하여 정관으로 정하는 바에 따라, 교육·지원 사업(제1호), 어업권의 취득 및 어업의 경영(제2호), 소속 지구별 수협이 취득한 어업권의 행사(제3호), 어업인의 생활필수품과 어선 및 어구의 공동구매(제4호), 어촌공동시설의 설치 및 운영(제5호), 수산물의 간이공동 제조 및 가공(제6호), 어업자금의 알선 및 배정(제7호), 어업인의 후생복지사업(제8호), 구매·보관 및 판매사업(제9호) 등 그 목적 달성에 필요한 사업을 수행할 수 있다고 규정하고 있다..
 (2) 위와 같은 규정에 의하면, 어촌계는 어촌계원들의 어업생산성을 높이고 생활향상을 위한 ‘공동사업’의 수행과 어촌계원들의 경제적·사회적 및 문화적 지위 향상을 도모하는 목적을 가지고 이러한 목적 달성에 필요한 사업을 수행하는 단체이므로, 어촌계가 수행하는 사업은 그 소속 어촌계원들 각자가 수행하는 사업과는 구별된다고 할 것이다.
또한 어촌계에 대하여 어항시설의 사용료를 면제하는 것은, 어촌계가 위와 같이 어촌계원들의 어업생산성을 높이고 생활향상을 위한 ‘공동사업’을 수행함으로써 어촌계원들의 공동이익에 기여하는 성격을 고려한 것이라고 할 것이다.
 (3) 그렇다면, 「어촌·어항법」 제42조 제1항, 같은 법 시행령 제37조 제1항 제2호가 ‘어촌계가 그 사업의 수행을 위하여 사용하는 경우’ 어항시설의 사용료를 면제한다고 규정한 것에 있어서, △ ‘그 사업의 수행을 위하여 사용’한다고 함은, 현실적으로 당해 어항시설의 사용용도가 어촌계의 사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, △ ‘그 사업의 수행을 위하여 사용’하는 범위는 어촌계의 사업목적 등을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것이다.
다. 인정사실
앞서 든 증거들과 갑 제3, 8 내지 11, 15, 16호증, 을 제9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.
[1]
○ 어촌계인 원고의 정관(갑 제8호증)에서는, △ 경인북부수산업협동조합의 조합원으로서 관내에서 어업을 생업으로 하고 ‘○○○ 어판장’에서 어획물 판매행위를 할 수 있는 어판장 기득권자가 원고의 계원이 되고(제2조), △ 원고는 그 목적 달성을 위하여 어촌공동시설의 설치, 운영 및 관리(제3조 제5호), 구매, 보관 및 판매사업(제9호), 위 사업에 부대하는 사업(제13호), 그 밖의 목적달성에 필요한 사업(제14호)의 전부 또는 일부를 행하며, △ 계원은 어판장에서 자기가 포획한 어류만을 취급하고 이를 위반할 시에는 총회의 결정에 따라 순화, 경고, 제명의 제재를 받는다(제6조 제4항)고 규정하였다.
○ 원고 소속 어촌계원들은 원고 산하에 ‘대명항 수산물직판장 운영위원회’(이하 ‘운영위원회’라고 한다)를 조직하였는데, 그 회칙에서는, △ 운영위원회의 회원은 원고 소속 어촌계원으로 하되, 운영위원회 총회의 승인을 받은 자는 회원 자격을 취득할 수 있고(제6조), △ 운영위원회는 판매장의 공동운영(제30조 제1호), 회원의 경제적 이익을 도모하기 위한 사업(제30조 제7호), 기타 운영위원회가 필요로 하는 사업(제30조 제8호)을 수행하며, △ 위와 같은 사업에 의하여 잉여금이 발생하였을 경우 운영위원회가 배당금액을 의결하여 운영위원회 회칙에 따라 회원 각자에게 배당하고(제40조), △ 운영위원회는 이 사건 어항시설 내 판매점포를 불법 전대 또는 매매하거나 좌판(구역)을 이탈하거나 호객행위 기타 손님들의 원성과 민원을 야기하는 회원에 대하여 징계를 할 수 있다(부칙 제2조)고 규정하였다.
[2]
○ 한편으로 피고가 어촌계인 원고에게 이 사건 사용허가를 하였는데, 그 허가조건에서는, △ 사용인은 원고 소속 어촌계원에 한하여 입주할 수 있고, 시설물 자리배치는 입주자 총회를 거쳐 결정하도록 하며(제3조 제1항), △ 사용인은 자부담으로 사용목적, 사용기간, 성명 등을 명기한 표찰을 부착하여야 하고(제7조), △ 사용인이 사망할 경우 직계존비속 1대(배우자 포함)에게 한하여 그 시설물 사용권을 승계할 수 있다(제10조 제1항 제3호)고 정하였다.
○ 이 사건 어항시설은 수산물직매장으로서, 중앙통로를 사이에 두고 양쪽으로 수산물판매 점포가 호별로 구분되어 있고, 원고 소속 어촌계원들이 각자 위와 같은 점포에 입주하여 자신들이 포획한 수산물을 각자 판매하였다.
라. 판단
[1]
 (1) 어촌계인 원고는 △「수산업협동조합법 시행령」 제2조 의하여, 어촌계원의 어업생산성을 높이고 생활향상을 위한 ‘공동사업’의 수행과 어촌계원들의 경제적·사회적 및 문화적 지위의 향상을 도모함을 목적으로 하고, △ 같은 시행령 제7조 제1항에 의하여, 어업인의 생활필수품과 어선 및 어구의 공동구매, 어촌공동시설의 설치 및 운영, 구매·보관 및 판매사업 등 그 목적 달성에 필요한 사업을 수행할 수 있다..
어촌계인 원고의 정관에 의하면, 어획물 판매행위를 할 수 있는 어판장 기득권자가 원고 소속 어촌계원이 되고, 원고 소속 어촌계원은 어판장에서 자기가 포획한 어류만을 취급해야 한다. 또한 원고 소속 어촌계원들이 원고 산하에 조직한 운영위원회 회칙에 의하면, 운영위원회가 판매장의 공동운영 등의 사업을 수행하여 잉여금이 발생하였을 경우 이를 운영위윈회 회원들에게 배당한다.
그런데 이 사건 어항시설은 수산물직매장으로서, 중앙통로를 사이에 두고 양쪽으로 수산물판매 점포가 호별로 구분되어 있고, 원고 소속 어촌계원들이 각자 위와 같은 점포에 입주하여 자신들이 포획한 수산물을 각자 판매하였다.
위와 같은 사정에 의하면, △ 이 사건 어항시설에서 원고 소속 어촌계원들이 각자 구분된 점포에 입주하여 자신들이 포획한 수산물을 각자 판매하면서 그 판매로 인한 이익과 손실이 원고 소속 어촌계원들 각자에게 귀속되는 것으로서, 원고 소속 어촌계원들이 이 사건 어항시설에서 각자 수산물판매 사업을 하였다고 할 것이고, △ 이러한 수산물판매 사업은, 어촌계인 원고가 어촌계원의 어업생산성을 높이고 생활향상을 위한 ‘공동사업’의 수행과 어촌계원의 경제적·사회적 및 문화적 지위의 향상을 도모하는 원고 자신의 목적을 달성하기 위한 사업이라고 볼 수 없다고 할 것이다.
 (2) 또한 피고가 어촌계인 원고에게 이 사건 사용허가를 하면서 원고가 사용료를 납부하도록 하였고, 그 허가조건에서는, △ 원고 소속 어촌계원에 한하여 이 사건 어항시설에 입주할 수 있고, 시설물 자리배치는 그러한 입주자의 총회를 거쳐 결정하며, △ 이 사건 어항시설의 사용인은 사용기간, 성명 등을 명기한 표찰을 부착하여야 하고, △ 이러한 사용인이 사망할 경우 직계존비속 1대(배우자 포함)에게 한하여 그 시설물 사용권을 승계할 수 있다고 정하였다.
위와 같은 사정에 의하면, △ 이 사건 사용허가 자체에서, 어촌계인 원고가 아니라 원고 소속 어촌계원들이 이 사건 어항시설을 직접 사용할 것이 예정되었고, △ 이와 같이 어촌계인 원고가 이 사건 어항시설을 직접 사용하지 않을 것이 예정됨에 따라, 이 사건 사용허가에서는 원고에 대하여 어항시설의 사용료를 면제하지 않고, 그 사용료를 원고가 납부하도록 정한 것이라고 할 것이다.
 (3) 그렇다면, △ 이 사건 어항시설의 실제 사용관계는 원고 소속 어촌계원들이 이 사건 어항시설에서 각자 수산물판매 사업을 하는 것으로서, 이 사건 어항시설이 현실적으로 어촌계인 원고의 사업 자체에 직접 사용되는 것이 아니라고 할 것이어서, △ 「어촌·어항법」제42조 제1항, 같은 법 시행령 제37조 제1항 제2호가 사용료 면제의 경우로 규정하는 ‘어촌계가 그 사업의 수행을 위하여 사용하는 경우’에 해당하지 않는다고 할 것이다. 따라서 위 조항에 기하여 사용료가 면제된다고 하는 원고의 위 주장은 이유 없다.
[2] 
 (1) 한편으로 원고는, 강화군 소재 선두어촌계, 초지어촌계, 내리어촌계, 흥왕어촌계, 내가어촌계, 매음어촌계, 보령시 소재 무창포어촌계, 양양군 소재 물치어촌계, 강릉시 소재 안목어촌계가 원고와 유사한 형태로 수산물직매장을 운영하거나 독립된 형태의 일반음식점을 운영하면서 그 사용료를 면제받고 있는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 어항시설의 사용료도 면제된다는 취지로 주장한다. 
 (2) 살피건대, 「어촌·어항법」소정의 비지정권자인 피고가 지정권자인 경기도지사로부터 어항개발사업 시행허가를 받아 이 사건 어항시설을 설치한 다음 위 법률 제38조에 의하여 원고에게 이 사건 어항시설의 사용을 허가하였음은 앞서 본 바와 같다. 
그런데 갑 제12 내지 14, 17 내지 19호증, 을 제14 내지 16, 18 내지 20호증(가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 원고 주장의 위 어촌계들은 피고와 같이 「어촌·어항법」소정의 비지정권자로서, 해당 지정권자로부터 어항개발사업 시행허가를 받아 각종 시설을 설치한 다음 이를 위 법률 제26조 제1항에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속시켰고, 해당 지정권자가 위 법률 제26조 제4항에 의하여 위 어촌계들에게 위 시설을 무상으로 사용하도록 한 사실이 인정된다.
그렇다면, 원고 주장의 위 어촌계들과 원고는 어항시설 사용의 법적 근거 또는 형태가 상이하여, 위 어촌계들이 어항시설을 무상으로 사용한다는 이유만으로 원고에 대하여 이 사건 어항시설의 사용료가 면제된다고 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 
2. 연도별 사용료
가. 원고의 주장
이 사건 사용허가에서는 2008. 8. 1.부터 2011. 7. 31.까지의 사용료를 매년 36,914,860원으로 정하였으므로, 원고에 대하여 2010년도 사용료 156,589,470원을 부과한 이 사건 처분은 위와 같은 36,914,860원을 초과하는 범위에서 위법하다.
나. 판단
앞서 본 바에 의하면, 이 사건 사용허가에서는 「어촌·어항법」 제42조 제1항의 규정에 의거하여 사용료를 징수한다고 정하면서, 2008년도 사용료를 36,914,860원로 정하고, 2009년도 사용료와 2010년도 사용료는 선납하여야 한다고 정하였다.
그렇다면, 이 사건 사용허가에서 2010년도 사용료를 2008년도 사용료와 동일하게 36,914,860원으로 정한 것이 아님이 명백하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. 

3. 사용료의 인상률
가. 원고의 주장
이 사건 처분은 이 사건 어항시설 부지의 공시지가가 전년도에 비하여 5배 정도 인상된 것을 여과 없이 반영하여 사용료를 전년도에 비하여 3배 가량 인상한 것이어서, 해당 연도의 사용료가 전년도의 사용료보다 일정 비율 이상 증가한 경우 사용료를 5% 또는 9%만 인상하도록 한 「국유재산법 시행령」 제31조의 취지에 반할 뿐만 아니라, 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배되어 위법하다. 
나. 판단
 (1) 앞서 본 바에 의하면, 이 사건 어항시설은 피고가 어항개발사업 시행허가를 받아 경기도 및 김포시 소유의 부지에 설치하여 김포시 명의로 소유권보존등기를 마친 다음 경기도 명의로 소유권이전등기를 마친 것인바, 이와 같이 지방자치단체 소유인 어항시설의 사용료에 관하여 국유재산의 적정한 보호와 효율적인 관리·처분을 목적을 하는 「국유재산법 시행령」 제31조의 규정이 적용된다고 할 수 없다.
 (2) 이 사건 사용허가에서 「어촌·어항법」 제42조 제1항의 규정에 의거하여 사용료를 징수한다고 정한 사실은 앞서 본 바와 같다..
그런데 위 「어촌·어항법」 제42조 제1항은, 조례로 정하는 바에 따라 사용료를 징수할 수 있다고 규정하였고, 이에 기한 「김포시 어항관리 조례」 제26조는, 어항시설의 사용료는 당해 어항시설의 가액에 1,000분의 25를 곱한 금액을 연간 사용료로 한다고 규정하면서, 이러한 어항시설의 가액은 「부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률」 제3조 제1항의 규정에 따라 건설교통부장관이 가장 최근에 공시한 공시지가 등을 기준으로 한다고 규정하였다.
그렇다면, 이 사건 어항시설의 부지에 관한 공시지가가 원고의 주장과 같이 전년도에 비하여 5배 가량 인상되고 피고가 이러한 공시지가에 따라 이 사건 어항시설의 사용료를 부과하였다고 하더라도, 이는 이 사건 사용허가에서 정한 바에 따른 것이고 또한 공시지가의 변동은 일반적으로 예상할 수 있는 것이어서, 위와 같이 인상된 공시지가에 따라 이 사건 어항시설의 사용료를 부과하는 것이 신뢰보호의 원칙이나 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.
 (3) 따라서, 공시지가 인상이나 「국유재산법 시행령」 제31조를 들어 이 사건 처분이 위법하다고 하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
4. 사용료의 액수
가. 원고의 주장
이 사건 처분에서는 이 사건 어항시설의 부지면적이 7,237.05㎡임을 이유로 원고에 대하여 2010년도 사용료 156,589,470원을 부과하였는데, 이러한 부지면적은 이 사건 어항시설의 전용면적을 초과하므로, 이 사건 처분은 위법하다. 
나. 관련 법령
 (1) 이 사건 사용허가에서는 앞서 본 바와 같이 「어촌·어항법」 제42조 제1항의 규정에 의거하여 어항시설 사용료를 징수한다고 정하였고, 이러한 「어촌·어항법」 제42조 제1항은, 어항관리청은 어항시설을 사용하거나 점용하는 자로부터 조례로 정하는 바에 따라 사용료를 징수할 수 있다고 규정하였다..
위 「어촌·어항법」제42조 제1항에 기한 「김포시 어항관리 조례」 제26조는, △ 제1항에서, 당해 어항시설 가액에 1,000분의 25를 곱한 금액을 연간 사용료로 한다고 규정하고, △ 제2항에서, 위와 같은 어항시설 가액은 「부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률」 제3조 제1항의 규정에 따라 건설교통부장관이 가장 최근에 공시한 공시지가를 기준으로 한다고 규정하면서, △ 수산물직매장에 해당하는 건물에 관하여는 「국유재산법 시행규칙」 제19조의 규정에 따라 어항시설 가액을 산정한다고 규정하였다. 
 (2) 피고가 앞서 본 바와 같이 2008. 8. 1. 원고에게 이 사건 사용허가를 하였는데, 당시 시행되던 「국유재산법 시행규칙」 제19조는, 건물 전체의 사용·수익허가에 있어서는 건물가액과 부지가액(당해 건물의 바닥면적 이외에 건물사용자가 전용하는 토지를 포함한다. 이하 같다)을 합산한 금액을 당해 재산의 가액으로 한다고 규정하였다..
그 후 「국유재산법 시행규칙」이 2009. 7. 31. 개정되어 같은 날부터 시행되면서, △ 제17조에서, 위와 같은 부지의 면적은 ‘사용허가 받은 자의 부지전용면적 + 해당 부지의 총공용면적 × (사용허가 받은 자의 건물전용면적 ÷ 해당 건물의 총전용면적)’의 방식으로 산정하도록 규정하면서, △ 부칙 제1조와 제2조에서, 위와 같은 제17조의 규정은 2009. 7. 31. 이후 최초로 사용허가를 하는 분부터 적용한다고 규정하였다..
 (3) 이 사건 어항시설은 앞서 본 바와 같이 수산물직매장이므로, △ 이 사건 어항시설의 2010년도 사용료를 산정함에 있어서는 2009. 7. 31. 개정되기 이전의 「국유재산법 시행규칙」 제19조에 의할 것이고, △ 이러한 제19조에 의할 때, 이 사건 어항시설의 부지면적은 이 사건 어항시설의 건물 바닥면적과 이 사건 어항시설의 사용자가 전용하는 토지의 면적을 합산한 것이 된다.
다. 인정사실
갑 제10, 15, 16, 20 내지 22호증, 을 제5, 12, 13, 21, 22호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.
[1]
○ 이 사건 어항시설은 김포시 대곶면 (지번 1 생략), (지번 2 생략), (지번 3 생략), (지번 4 생략) 등 4필지에 설치되었는데, 위 4필지의 면적이 합계 7,745㎡이다.
○ 이 사건 어항시설은 수산물직매장 2,796㎡, 화장실 98.82㎡로서, 그 건물 바닥면적이 합계 2,894.82㎡이다.
○ 위 4필지 7,745㎡중 위와 같은 건물 바닥면적을 제외한 나머지 부분은 주차장과 진출입로로 사용되고 있는데, 위 주차장과 진출입로는 별다른 제한 없이 일반에게 개방되어 있다.
○ 이에 따라 이 사건 어항시설 주변에 있는 상가, 해안공원, 박물관의 방문객들이나 이 사건 어항시설의 방문객들이 모두 위 주차장과 진출입로를 별다른 제한 없이 사용하고 있고, 이 사건 어항시설의 점포에 입주하여 수산물판매 사업을 하는 원고 소속 어촌계원들은 위 주차장과 진출입로를 별도의 전용구역 없이 사용하고 있다.
[2]
○ 한편으로 피고의 내무실무지침서에서는, ‘경계가 불명확하여 전용면적의 산출이 불가능한 경우 건폐율을 역산하여 건물이 속한 부지면적을 산출’하도록 하였다.
○ 피고는 위와 같은 내무실무지침서에 따라, 이 사건 어항시설의 건물 바닥면적 2,894.82㎡를 건폐율 40/100로 나눈 7,237.05㎡(= 2,894.82㎡ ÷ 40/100)를 이 사건 어항시설의 부지면적으로 하여, 이 사건 어항시설의 2010년도 사용료를 158,589,470원으로 산정·부과하였다.
라. 판단
 (1) 이 사건 어항시설이 설치된 4필지의 면적 합계가 7,745㎡이나, △ 그 중 이 사건 어항시설의 건물 바닥면적 합계 2,894.82㎡를 제외한 나머지 부분은, 일반에게 개방되어 이 사건 어항시설 주변에 있는 상가, 해안공원, 박물관의 방문객들이나 이 사건 어항시설의 방문객들이 별다른 제한 없이 주차장과 진출입로 사용하고 있고, 이 사건 어항시설의 점포에 입주하여 수산물판매 사업을 하는 원고 소속 어촌계원들도 그러한 주차장과 진출입로를 별도의 전용구역 없이 사용하고 있으므로, △ 위와 같이 건물 바닥면적 합계 2,894.82㎡를 제외한 나머지 부분은, 2009. 7. 31. 개정되기 이전의 「국유재산법 시행규칙」 제19조 소정의 ‘건물사용자가 전용하는 토지’라고 할 수 없고, △ 위 건물 바닥면적 합계 2,894.82㎡ 이외에 이 사건 어항시설의 사용자가 전용하는 토지가 있다고 인정할 만한 증거가 없다.
 (2) 피고의 내무실무지침서에서는 ‘경계가 불명확하여 전용면적의 산출이 불가능한 경우 건폐율을 역산하여 건물이 속한 부지면적을 산출’하도록 하였으나, 이러한 내무실무지첨서는 대외적으로 국민을 기속할 수 있는 것이 아니고, 「국유재산법 시행규칙」 제19조가 부지가액에 관하여 ‘당해 건물의 바닥면적 이외에 건물사용자가 전용하는 토지를 포함한다’고 규정하였으므로, ‘경계가 불명확하여 전용면적의 산출이 불가능한 경우’에 있어서 ‘건물사용자가 전용하는 토지’를 특정하지 아니한 채 건폐율을 역산하는 방식으로 부지면적을 산정할 수는 없다고 할 것이다.
 (3) 그렇다면, 이 사건 어항시설의 2010년도 사용료를 산정함에 있어서는 건물 바닥면적 2,894.82㎡를 부지면적으로 할 것이므로, 피고의 내부실무지침서에 따라 부지면적을 7,237.05㎡로 한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.
 (4) 그런데 앞서 본 증거들과 법령에 의하면, 위와 같이 건물 바닥면적 2,894.82㎡를 부지면적으로 할 경우, 이 사건 어항시설의 2010년도 사용료가 아래 표 기재와 같이 82,105,627원으로 계산된다.
ⓐ 건물가액ⓑ 건물 바닥면적ⓒ 공시지가ⓓ 사용요율ⓔ 기간(일수/365)사용료(원 미만 버림){ⓐ+(ⓑ×ⓒ)}×ⓓ×ⓔ1,677,600,000원2,894.82㎡555,000원25/1,000365/36582,105,627원
라. 소결
따라서, 이 사건 어항시설의 2010년도 사용료 156,589,470원을 부과한 이 사건 처분은 위와 같은 82,105,627원을 초과하는 부분이 위법하므로, 그 부분을 취소할 것이다.
Ⅲ. 결론
그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정범위에서 인용할 것인바, 제1심 판결은 원고의 청구를 모두 기각하여 부당하므로, 제1심 판결 중 위 처분취소 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고, 위 처분취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 인용하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 고의영(재판장) 최한순 이순형