과징금부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2012.05.24 / 시행일:

【원 고】 에스케이가스 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 화우 담당변호사 정덕모 외 3인)
【피 고】 공정거래위원회 (소송대리인 변호사 최수희 외 1인)
【피고보조참가인】 
【변론종결】2012. 4. 26.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다. 
2. 소송비용은 보조참가로 인한 비용을 포함하여 모두 원고가 부담한다. 

【청구취지】피고가 2010. 4. 23. 원고에 대하여 한 의결 제2010-045호로 한 별지1 기재 시정명령과 198,737,000,000원의 과징금 납부명령 중 2010. 4. 23. 의결 제2010-046호로 취소 또는 변경되지 않은 나머지 부분을 취소하고, 피고가 2010. 4. 23. 의결 제2010-046호로 원고의 감면신청에 대하여 한 시정명령 및 과징금 99,368,000,000원의 감면 거부처분을 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고의 지위
 원고는 액화석유가스(이하 ‘LPG'라고 한다)를 수입하여 국내에 판매하는 사업을 하는 회사로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ’공정거래법‘이라고 한다)상의 사업자에 해당한다. 에스케이 주식회사(이하 ’SK'라고 한다)는 2007. 7. 1.까지 정유사업 및 석유화학사업을 영위하면서 LPG 생산·판매사업도 수행하다가 그 후 에스케이에너지 주식회사(이하 ‘SK에너지’라고 한다)를 신설·분할하여 그 후부터는 SK에너지가 LPG 생산·판매사업을 비롯한 정유사업 등을 영위하고 있는데, 원고와 SK, SK에너지는 모두 SK기업집단의 계열회사들이다(이하 이들을 함께 일컬을 때에는 ‘원고 등’이라고 한다).
나. 국내 LPG 판매시장의 특성
 1) LPG의 종류 및 특성
 LPG는 프로판(C3H8)과 부탄(C4H10)으로 구분된다. 이는 원유나 천연가스를 추출할 때 부수적으로 나오는 가스를 분리하여 생산하거나, 정유공장에서 원유를 정제하는 과정 혹은 석유화학공장에서 나프타를 열분해하는 과정에서 부산물로 생기는 가스를 회수하는 방법으로 생산한다. 국내에서 판매되는 LPG는 일정한 성분과 함량 등의 기준을 충족할 경우 품질에 차이가 거의 없다. 
 2) 가격에 대한 수요의 비탄력성
 LPG 판매시장에서는 기준가격, 판매가격이라는 개념이 사용되는데, 기준가격은 수입사가 자체적으로 마련한 가격산정공식에 따라 산정하여 LPG 판매의 기준이 되는 가격을, 판매가격은 LPG 판매사업자가 위 기준가격을 지표로 삼아서 시장 상황이나 경쟁상황 등을 고려하여 충전소 등 거래처에 통보하는 가격을 말한다. 프로판은 도시가스(LNG)가 공급되지 아니하는 지역의 약 730만 개 가정·식당 등에서 취사·난방용 연료(가정·상업용)로 주로 사용되고 있고, 부탄은 230만 대의 택시·장애인 승용차 등의 연료(수송용)에 사용되는 등 LPG는 서민들이 주로 사용하는 대중 연료이다. 앞서와 같이 LPG는 품질에 차이가 없어서 가격만이 유일한 경쟁수단이 되는데, 그러함에도 프로판이나 부탄의 수요자로서는 현실적으로 다른 대체재가 별로 없어 가격변동이 있어도 소비를 줄일 수 없기 때문에 개별 공급자 중 어떤 사업자를 선택하느냐는 별론으로 하고 LPG 자체에 대한 수요의 가격탄력성이 매우 낮은 특성이 있다.
 3) 국내 LPG 산업의 현황
 가) 6개 회사의 과점체제
 국내 LPG 판매시장에 신규로 진입하기 위해서는 관계 법령상 일정한 정제시설과 대규모 저장시설을 갖추어야 하며, 또 전국적인 판매망을 확보해야 하는 등으로 막대한 자본투입과 장기간의 시간이 소요된다. 이 때문에 국내 LPG 판매시장은 제도적으로나 현실적으로 진입 장벽이 매우 높은 편이다. 그 결과 국내 LPG 판매시장은 1980년대에 판매회사가 수입 2사와 정유 4사로 재편되었는데, 원고와 주식회사 이원(이하 ‘E1'이라고 한다)이 수입 2사, 에쓰대시오일(이하 ’S-Oil'이라고 한다), SK에너지, 지에스칼텍스 주식회사(이하 ‘GS칼텍스’라고 한다), 현대오일뱅크 주식회사(이하 ‘현대오일뱅크’라고 한다)가 정유 4사이다. 이와 같은 수입 2사, 정유 4사 체제는 신규 진입 회사가 없이 현재까지 시장점유율 100%에 가까운 과점체제를 유지하고 있다. 
 나) 국내 LPG 공급 및 판매 
 국내 LPG 공급은 대부분 수입 2사의 수입과 정유 4사의 생산으로 이루어진다. 2008년 기준으로 국내 생산량은 39.6%, 해외 수입량은 60.4%이다. 수입 2사는 외국으로부터 LPG를 수입하여 판매할 뿐 자체 생산하지는 않으며, 반대로 정유 4사는 외국으로부터 LPG를 수입하지 않는다. 
 수입 2사는 수입한 LPG의 상당 부분을 충전소와 석유화학회사 등에 판매하는 한편, 정유 4사에도 일부를 판매하고 있는데, E1은 GS칼텍스, S-Oil, 현대오일뱅크 등 3개사에, 원고는 SK에너지, S-Oil, 현대오일뱅크 등 3개사에 판매하고 있다. E1이 2004년부터 2008년까지 5년 동안 GS칼텍스 등 3사에 판매한 물량은 평균적으로 총 판매물량의 약 31.8%를 차지하고, 같은 기간 원고가 SK에너지 등 3사에 판매한 물량은 총 판매물량의 22.1%이다. 
 정유 4사는 원유를 정제하는 과정에서 생산한 물량과 위와 같이 수입 2사로부터 구매한 물량을 충전소 등에 판매한다. 정유 4사가 판매한 LPG 물량 중 자체 생산한 물량의 비율은 2004년부터 2008년까지 5년 동안 평균 프로판은 53.6%, 부탄은 63.1%이고, LPG 전체로는 60.9%로 자체 생산물량의 판매비율이 높은 편이다. 
 다) 국내 LPG판매시장의 시장점유율
 LPG 충전소를 통해 판매되는 물량을 기준으로 국내 LPG 판매시장의 시장점유율은 다음과 같다.
(단위 %)회사＼연도200320042005200620072008원고25.326.227.227.627.928.7E117.517.918.119.920.922.9SK에너지20.820.119.818.818.518.3GS칼텍스18.518.117.417.318.417.3S-Oil10.210.610.59.98.37.6현대오일뱅크7.77.27.06.56.05.1
 4) LPG 가격의 결정
 가) 2003. 1. 1. 이전까지의 가격결정
 ⑴ 2001. 1. 가격자유화 이전
 정부는 1969. 2.까지 LPG 가격에 관하여 ‘정부고시 고정가격제’를 시행하여 가격을 고정하였다가 1969. 2.부터 2000. 12.까지는 ‘정부고시 최고가격제’를 시행하여 고시된 최고가격 이하 수준에서 사업자들이 판매가격을 결정하도록 하였다. 다만 1999. 1.부터 2000. 12.까지는 최고가격제를 일부 변경하여 LPG 국제가격이나 환율의 변동에 따라 사업자가 가격을 조정할 수 있도록 하는 원료비 연동제를 시행하였다.
 ⑵ 2001. 1. 1.부터 2002. 12. 31.까지
 2001. 1. 1.부터 LPG 가격의 자유화가 시행됨에 따라 사업자들은 자유롭게 LPG 판매가격을 정할 수 있게 되었다. 그런데 수입 2사는 2000. 12.까지 정부가 사용하던 원료비 연동제의 공식과 지수를 그대로 사용하여 가격을 산출함으로써 LPG 판매가격을 매번 같은 수준으로 결정하였다. 그리고 정유 4사는 원유 정제과정에서 LPG가 다른 유류제품과 함께 부산물로 생산되고 있어 LPG에 한정하여 원가를 산정하기가 어렵다는 점을 들어 수입 2사의 가격에 맞춰 판매가격을 결정하였다.
 이에 따라 피고는 2002. 10.경 수입 2사가 LPG 판매가격을 담합하였다는 이유로 시정명령과 과징금납부명령을 하였는데, 다만 정유사들은 이에 참여하였다는 증거가 충분하지 않다는 이유로 제재대상에서 제외하였다.
 나) 2003. 1. 1. 이후의 가격결정
 수입 2사는 위와 같이 피고로부터 제재처분을 받은 이후 자체적인 기준가격 산정공식을 마련하여 LPG 기준가격을 산정한 후 2002. 12. 30. 기준가격을 중심으로 시장 상황과 경쟁상황 등을 고려하여 2003. 1.분부터 LPG 판매가격을 결정, 공표하였다. 수입 2사는 이와 같이 판매가격을 결정한 후 곧바로 충전소 등과 정유 4사에 모사전송의 방법으로 가격을 통보하였는데, 정유 4사는 이를 기준으로 자신들의 판매가격을 결정하였고, 그 가격은 2001년 가격자유화 조치 이후 2년 동안의 결정과 같은 방식으로 정하여졌다. 
다. 피고의 별지1, 2 기재 시정명령, 과징금 납부명령 및 감면신청에 대한 결정
 1) 피고의 각 결정의 근거 
 가) 시정명령 및 과징금 납부명령
 피고는, 원고를 포함한 수입 2사는 2002. 12.말경부터 2008. 12. 31.까지 LPG 기준가격과 판매가격에 관한 정보를 교환하거나 협의하는 방법으로 판매가격을 합의하였고, 자신들의 가격에 따라 정유 4사도 동조하여 판매가격을 결정할 것을 예상하고서 판매가격 등을 정유 4사에게 통지하였으며, 실제로 수입 2사와 정유 4사 모두 이에 따른 가격결정을 하였으므로, 이는 공정거래법 제19조 제1항 제1호에서 규정하는 부당한 공동행위에 해당한다고 판단하였다. 
 나) 감면신청에 대한 결정 
 원고는 이 사건 공동행위에 관하여 피고가 조사를 시작하자 SK, SK에너지와 함께 공동감면신청을 하면서, 원고가 SK, SK에너지와 실질적 지배관계에 있는 계열회사임을 근거로 1순위 조사협력자의 지위가 인정되어야 한다고 주장하였으나, 피고는 원고가 SK, SK에너지와는 달리 공정거래법 시행령 제35조 제1항 제3호에 따른 2순위 조사협력자에 해당한다고 판단하였다. 
 2) 피고의 처분의 내용 
 가) 시정명령 
 피고는 원고를 비롯한 수입 2사와 정유 4사에게 별지1 기재와 같이 LPG가격 합의를 통한 LPG 판매시장에서 부당한 경쟁제한 행위를 금지하고, 시장을 통한 정보수집을 제외한 어떠한 방법에 의하더라도 LPG 판매가격의 결정계획이나 결정내용에 관한 정보를 교환·제공하여서는 아니 된다는 시정명령을 내렸다.
 나) 과징금 납부명령 
 피고는, 원고 등의 가격합의가 실행되기 시작한 2003. 1. 1.을 공동행위의 시기로, 판매가격의 격차가 생기기 시작한 2009. 1. 이전인 2008. 12. 31.을 공동행위의 종기로 보고서 그 기간 동안의 관련매출액을 5,162,002,650,000원으로 산정한 후, 이 사건 공동행위를 매우 중대한 위반행위로 보면서 부과기준율을 7%로 하여 361,340,186,000원을 기본과징금으로 정하고, 의무적·임의적 조정단계에서는 참작사유가 없어 조정을 하지 않았으며, 원고의 과징금 부담능력과 과징금의 부과취지 등을 고려하여 부과과징금 결정단계에서 45%를 감경하여 198,737,000,000원을 부과과징금으로 정하였다. 
 다) 감경결정 및 거부결정 
 피고는 시정명령에 관하여는 원고, SK에너지, SK 모두에 대하여 면제하지 않고 그대로 발령하였고, 과징금에 관하여는 SK에너지, SK에 대하여 면제하고, 원고에 대하여 2순위 조사협조자라는 이유로 50%만을 감경하여 최초 부과과징금을 99,368,000,000원으로 변경하였다. 결국 피고는 원고에 대한 최초 시정명령은 그대로 유지하고, 최초 과징금 납부명령은 변경된 과징금 납부명령상의 금액부분을 뺀 나머지 부분에서 유지하는 내용의 감경결정을 하였다(이하 피고의 감경결정 이후에도 유지된 시정명령과 과징금납부명령을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 하고, 피고가 원고의 감면신청에 대하여 시정명령 부분과 감경하지 않은 나머지 50% 과징금 부분에 대하여 이를 거부하는 처분을 한 셈이 되므로 이를 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다). 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1～4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 소 중 이 사건 거부처분 취소 부분의 적법 여부
 국민으로부터 어떤 신청을 받은 행정청의 거부행위가 행정처분이 된다고 하기 위해서는 국민이 행정청에 대하여 그 신청에 따른 행정행위를 하여 줄 것을 요구할 수 있는 법규상 또는 조리상의 권리가 있어야 하고, 이러한 근거 없이 한 국민의 신청을 행정청이 받아들이지 아니하고 거부한 경우에는 그 거부로 인하여 신청인의 권리나 법적 이익에 어떤 영향을 주는 바가 없어서 이를 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수 없다(대법원 1997. 9. 5. 선고 96누1597 판결 참조).
 공정거래법은 피고가 부당공동행위에 관한 자진신고자와 조사협조자 등에게 시정조치 또는 과징금을 감면할 수 있다고 규정하고 같은 법 시행령은 감면의 범위·기준·정도 등에 관하여 규정하고 있으므로, 원고와 같이 공동행위 감면신청을 한 사업자는 위 공정거래법령에 근거하여 감면을 구할 법률상 권리가 있고, 그에 대한 피고의 거부행위는 항고소송의 대상이 되는 행정행위이다. 
 한편, 과징금 납부명령에서 행정청이 납부의무자에 대하여 납부명령을 한 후 그 납부명령의 하자를 이유로 과징금의 액수를 감액하는 경우에 그 감액처분의 실질은 당초 납부명령의 변경이고, 그 감액처분으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다고 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 처음의 납부명령 중 감액처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이지 감액처분 자체가 항고소송의 대상이 되는 것은 아니다. 그러나 이 사건에서는 자신이 공동 1순위 조사협력자임을 주장하는 원고의 감면신청에 대하여 피고가 그 중 일부만 받아들여 2순위 조사협력자라는 점만 인정하였으므로, 감면신청이 받아들여지지 않은 부분에 해당하는 이 사건 거부처분은 잔존 시정명령 및 과징금 납부명령인 이 사건 처분과는 그 처분의 근거를 달리하는 것으로서 별도 항고소송의 대상이 된다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 부분도 적법하다.
3. 이 사건 처분 및 이 사건 거부처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 1) 공동감면 주장
 다음과 같은 이유에서 SK 및 SK에너지와 함께 공동감면신청을 한 원고에게도 1순위 조사협력자의 지위가 인정되어야 한다.
 ① 공정거래법이 공동감면의 요건으로 규정하는 ‘실질적 지배관계에 있는 계열회사’(공정거래법 시행령 제35조 제1항 제1호 가목 단서)의 의미는 기업집단의 범위와 관련한 ‘사실상 그 사업내용을 지배하는 회사’(공정거래법 제2조 제2호, 같은 법 시행령 제3조)의 의미와 같으므로, 동일한 기업집단 내의 계열회사는 실질적 지배관계에 있는 계열회사에 해당하는 것으로 보아야 한다.
 ② 동일한 기업집단 내의 계열회사라는 요건에서 더 나아가 그 지배관계가 실질적이어야 한다고 하더라도, 원고 등의 주식소유관계, 임직원의 교류, 연결재무제표 작성, SK의 원고에 대한 회계 및 업무감사의 수행, SK의 원고의 주요 경영상 의사결정에 대한 승인, 원고 및 경쟁사업자와 소비자 등의 인식 등을 고려하면, 원고는 SK, SK에너지와 실질적 지배관계에 있다고 할 수 있다.
 ③ 공동감면을 인정하는 입법취지는 실질적 지배관계에 있는 계열회사의 경우 정보를 공유하는 경우가 많아서 개별적 증거제출만 받으면 충실한 협조가 어렵고, 계열회사가 각각 감면신청할 경우 1, 2순위가 모두 소진되어 다른 사업자로부터 추가적인 정보 확보가 어렵다는 데 있으므로, 동일한 기업집단 내의 계열회사에 대하여는 동일한 감면신청인의 지위를 인정할 필요가 있다. 
 2) 과징금 납부명령의 위법 주장 
 이 사건 과징금 납부명령은 다음과 같은 이유에서 위법하다. 
 ① 원고가 2008년경의 정부의 가격통제정책으로 인하여 2008. 2.부터 가격동결조치를 하였고, GS칼텍스의 독자적 가격결정으로 2008. 4. 30.경부터는 GS칼텍스를 추종할 수밖에 없었으므로, 이 사건 공동행위는 2008. 1. 31. 또는 2008. 4. 30.에는 종료되었다. 그럼에도 피고는 이 사건 공동행위의 종기를 2008. 12. 31.로 보아 과징금을 산정하였다. 가사 2008. 1. 31. 또는 2008. 4. 30. 이후에도 공동행위의 합의가 있었다고 하더라도 위 시기 이후에는 그 합의를 실행하지는 못하였는데, 피고는 과징금산정에 이러한 사정을 참작하지 않았다. 
 ② 직매처 판매와 한국가스공사에 대한 열량조절용 LPG 판매는 거래처마다 개별 협상을 통하여 가격조건을 결정한다. 따라서 직매처 판매와 열량조절용 판매는 이 사건 공동행위의 영향을 받았다고 볼 수 없으므로, 위 부분의 매출액은 관련매출액에서 제외되어야 한다. 
 ③ 원고의 부당이득 정도와 현실적 과징금 부담능력 및 LPG산업의 구조적 특성 등에 비추어, 부과기준율을 7%로 적용하고 부과과징금 결정 단계에서 정유 4사와 달리 원고에게만 45% 감경한 것은 형평의 원칙이나 비례의 원칙에 반한다. 
나. 관계 법령
 별지3 관계 법령 기재와 같다. 
다. 판단
 1) 이 사건 부당공동행위의 인정 여부
 앞서의 증거 및 을 제7～10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더해 보면, 원고는 같은 수입사인 E1과 사이에, 매월 기준가격 정보 교환을 통하여 가격을 협의해 왔고, 임직원 모임도 정기적·비정기적으로 가져 왔으며, 그 결과 기준가격의 차이에 불구하고 LPG 판매가격은 별지4 기재와 같이 거의 차이가 나지 않고 일률적인 사실, 원고를 포함한 수입 2사는 정유 4사에게 가격을 통보하였고, 이에 따라 정유 4사는 별지5, 6 기재와 같이 판매가격을 결정하였는데, SK에너지, S-Oil, 현대오일뱅크 등 정유 3개사는 원고와 동일 또는 유사하게, GS칼텍스, S-Oil, 현대오일뱅크 등 정유 3개사는 E1과 동일 또는 유사하게 판매가격을 결정함으로써, 결국 정유 4개사는 수입 2개사와 동일 또는 유사한 수준으로 판매가격을 결정한 사실, 국내 LPG시장에서는 수입 2사가 가격을 결정하면 정유 4사가 이를 추종한다는 인식과 관행이 유지되어 왔던 사실, 수입 2사는 정유 4사에 LPG를 판매하고 있으면서도 가격하락을 막기 위하여 정유 4사로부터 Spot거래 물량을 구매해 주고 있었던 사실, 수입 2사는 LPG 판매시장의 경쟁방지를 위해 노력하였고 특히 2008. 5. 이후에는 일부 정유사들의 가격일탈 정도가 커지자 이에 공동대응하기 위하여 노력하였던 사실 등을 인정할 수 있다. 
 위 인정사실들과 원고가 스스로 이 사건 감면신청을 하였던 점 등에 비추어 보면, 원고는 E1과 사이에 기준가격 교환의 방식으로 협의를 한 후 결정된 판매가격을 정유사들이 추종할 것을 알고서 그 가격을 통보하는 방식으로 수입사인 E1 및 정유 4사들과 사이에 공동행위를 하였고, 그 공동행위의 내용 및 가담자들의 시장점유율이 거의 100%인 점과 공동행위의 지속기간이 6년에 이르는 점 등을 종합하면 경쟁제한성과 부당성도 인정된다. 
 2) 이 사건 거부처분의 적법 여부(공동감면 인정 여부)
 가) 현행 감면제도의 태도 
공정거래법 제22조의2는 공동행위의 자진신고자와 조사협력자에 대하여 시정조치·과징금을 감면할 수 있다고 규정하면서 그 구체적인 감면의 범위와 기준·정도에 관한 사항을 대통령령으로 정하도록 하고, 같은 법 시행령 제35조는 공동행위 입증에 필요한 증거의 제공, 관련사실 모두의 진술과 조사종료시까지의 성실한 협조, 부당공동행위의 중단 등을 과징금 감면의 기준으로 제시하면서, 구체적 감면정도 등에 관한 사항은 피고가 정하여 고시하도록 규정하고 있다.
 이러한 현행 감면제도는 단독신고를 원칙으로 하는데, 이는 공동신고를 인정하게 되면 부당공동행위에 참여한 사업자들이 담합하여 자진신고하는 방법으로 감면을 받을 수 있게 되어 자진신고 감면제도의 취지에 반할 우려가 있기 때문이다. 다만, 실질적 지배관계에 있는 계열회사 등의 경우에는 예외적으로 공동자진신고가 허용된다(대법원 2010. 9. 9. 선고 2010두2548 판결 참조). 여기에서 ‘실질적 지배관계에 있는 계열회사’의 해석이 문제되는데,「부당한 공동행위 자진신고자 등에 대한 시정조치 등 감면제도 운영고시」(이하 ‘감면고시’라고 한다) 제4조의2 제1항은 실질적 지배관계의 의미를 정의하고 있다.
 나) 실질적 지배관계의 판단기준
 ⑴ 감면고시의 법적 성격
 공정거래법은 ‘감경 또는 면제되는 자의 범위, 감경 또는 면제의 기준·정도 등’에 관한 사항을 대통령령에 위임하고 있지만, 공정거래법 시행령 제35조 제4항은 ‘신고자 등에 대한 구체적인 감면정도, 감면제도의 세부운영절차 및 증거제출방법 등에 관한 사항은 공정거래위원회가 정하여 고시한다.’고 규정하여 보다 제한적인 사항만을 공정거래위원회에 위임하고 있을 뿐이다. 그런데 공정거래법 시행령 제35조 제1항 제1호 가목 단서는 공동감면신청과 관련하여 ‘공동행위에 참여한 2 이상의 사업자가 공동으로 증거를 제공하는 경우에도 이들이 실질적 지배관계에 있는 계열회사이거나 회사의 분할 또는 영업양도의 당사회사로서 공정거래위원회가 정하는 요건에 해당하면 단독으로 제공한 것으로 본다.’고 규정하고 있다. 이 조항의 위임을 받은 감면고시 제4조의2는 제1항에서 실질적 지배관계의 의미에 관하여 규정하지만, 제2항에서는 위 시행령의 ‘공정거래위원회가 정하는 요건’은 ‘공동으로 증거를 제공하는 사업자가 분할 또는 영업양도의 당사회사인 경우 그들이 함께 당해 공동행위에 참여한 사실이 없어야 한다.’고 규정하고 있다. 
 이와 같은 과징금 감면에 관한 공정거래법과 같은 법 시행령의 위임 입법의 태도 및 그 범위와 위 시행령상 공동감면규정의 규정형식과 그 내용, 감면고시 자체의 규정내용에 비추어 보면, 앞서 시행령이 규정하고 있는 ‘공정거래위원회가 정하는 요건’은 후단의 ‘회사의 분할 또는 영업양도의 당사회사’의 경우에만 요구되는 것이지 ‘실질적 지배관계에 있는 계열회사’의 경우에도 요구된다고 할 수는 없다. 따라서 감면고시의 규정형식과 위와 같은 시행령의 위임 범위를 고려할 때, 적어도 실질적 지배관계에 관한 감면고시는 규범해석규칙의 성격을 가지는 행정규칙이라고 할 것이다. 다만 위 감면고시 내용은 업무처리상의 편의와 법규해석의 통일성을 기하기 위하여 공정거래법 시행령상의 ‘실질적 지배관계’에 관한 해석기준을 제시하는 성격을 가지므로, 이는 합리적인 범위에서 유효한 해석기준으로서 존중되어야 한다. 
 ⑵ 기업집단 규정의 원용 여부
공정거래법 제2조 제3호는 ‘2 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 회사는 서로 상대방의 계열회사’라고 하고, 같은 조 제2호는 기업집단은 동일인이 직접 또는 동일인 관련자를 통하여 ‘사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단’이라고 규정하고 있다. ‘사실상 그 사업내용을 지배하는 회사’는 동일인 관련자가 주식총수의 30% 이상을 소유하는 경우에 관한 이른바 지분율 요건이나 당해 회사의 경영에 지배적 영향력을 행사하는 경우에 관한 이른바 지배력 요건을 구비하는 경우를 말한다(공정거래법 시행령 제3조). 
 그런데 이와 같은 기업집단과 관련된 ‘사실상 그 사업내용을 지배하는 회사’의 의미에 관한 규정들은 일정한 규모 이상의 기업집단에 대하여 상호출자금지, 채무보증금지 등의 규제 대상이 되는 기업집단의 범위를 정하기 위한 것으로서, 문언의 유사성에 불구하고 공동감면의 인정 여부를 정하기 위한 실질적 지배관계의 해석에 그대로 원용할 수는 없다. 
 또 위 규정을 원용할 경우에는 계열회사에 속하기만 하면 공동감면이 허용되는 셈이 되는데, 계열회사 앞에 부가된 ‘실질적 지배관계에 있는’이라는 요건을 무의미하게 만든다는 점에서도 이를 원용할 수 없다. 
 ⑶ 실질적 지배관계의 해석 기준 
 ① 공정거래법이 단독신청을 원칙으로 하고 예외적으로만 공동신청을 인정하고 있으므로, 공동신청을 통한 자진신고의 실효성을 높인다는 입법취지를 감안하더라도 그 요건을 엄격히 해석할 필요가 있는 점, ② ‘사실상 하나의 사업자의 행위’에 대한 공동행위 심사기준과 ‘실질적 지배관계’에 관한 감면고시의 기준이 동일한 점, ③ 계열회사들이 실질적 지배관계에 있다면 상호 경쟁하기 보다는 두 회사의 공동의 이익을 극대화하는 방향으로 행동할 것이므로 경쟁관계의 존부가 주요한 기준이 되는 점, ④ 계열회사들이 서로 경쟁관계에 있지 않더라도, 한 회사가 다른 회사에게 공동행위를 하도록 한 경우나 실질적 지배관계에 있는 계열회사들 외에 다른 사업자가 담합에 참여한 경우에는 담합에 가담하면서도 공동감면신청을 하는 경우가 존재하는 점, ⑤ 공정거래법 시행령 제35조 제1항 제1호 가목 단서 후단과의 균형상 같은 단서 전단도 당해 계열회사가 “별개의 사업자로서” 공동행위에 다른 계열회사와 “함께” 참여하였다고 볼 수 없을 정도의 지배종속관계에 놓여 있는 경우로 한정하여 해석함이 타당한 점 등을 종합해 보면, 결국 실질적 지배관계에 있는 계열회사는 사실상 하나의 사업자로 볼 수 있는 경우이거나 그에 준하는 관계에 있어 서로 경쟁관계가 없는 경우를 의미한다. 이러한 점에서 감면고시가 제시한 해석기준은 실질적 지배관계를 판단함에 있어 유효하다. 
 따라서 계열회사 사이의 실질적 지배관계는, 계열회사 중 한 사업자가 다른 사업자 주식의 100%를 소유한 경우는 물론, 그렇지 않은 경우라도 주식소유비율, 임원겸임 여부, 회계의 통합 여부, 일상적 지시 여부, 판매조건 등에 대한 독자적 결정 가능성, 당해 사안의 성격, 관련시장 현황, 경쟁사업자의 인식, 당해 사업자의 활동 등을 종합적으로 고려할 때, 한 사업자가 다른 사업자를 실질적으로 지배함으로써 상호 독립적으로 운영되지 않고 서로 경쟁관계에 있지 않은 경우에 인정된다고 봄이 타당하다. 
 다) 실질적 지배관계의 판단
 이 사건에서 2003. 1. 1.부터 2007. 7. 1. 이전까지 원고와 SK, 2007. 7. 1.부터 2008. 12. 31.까지 원고와 SK에너지의 관계가 문제되는데, 원고 등이 100% 주식소유관계가 아님은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 그 밖에 이들이 실질적 지배관계를 인정할 수 있는 관계에 있는지 여부를 살펴본다. 
 갑 제9, 13～16, 19, 20, 22, 23, 26, 31～37호증의 각 기재에 의하면, 원고 등은 최태원을 동일인으로 하는 SK기업집단에 속한 계열회사로서 사업수행에 있어서 기업집단 차원에서의 업무영역 조정의 필요성이 지적된 바도 있고, SK기업집단의 관계회사 관리규정에 의해 관리되고 있으며, SK 및 SK에너지의 임원이었던 자가 원고의 임원이 되기도 하였고, 원유 및 천연가스 개발사업, 판촉활동 및 홍보행사, 충전소 관리 등 업무의 상당 범위에서 협조가 이루어진 사실 등은 인정된다. 
 그러나 원고는 수입사로서 LPG를 수입하여 판매하고 SK 및 SK에너지는 정유사로서 원유의 정제과정 등에서 생산되는 연산품인 LPG를 판매하므로 전혀 다른 원가구조를 가지고 있다. 따라서 이들이 각 원가구조에 터 잡아 가격을 책정한다면 가격 차이가 발생할 수밖에 없고, 가격이 거의 유일한 경쟁수단이 되는 LPG 판매시장에서 사전에 가격조정을 하지 않는 한 경쟁관계가 될 수밖에 없다. 실제로도 이 사건 공동행위 기간 후에는 원고와 SK에너지 사이에 LPG 판매가격과 관련한 아무런 협의도 이루어지지 않았고 독자적으로 LPG 판매가격을 책정하고 있다. 이에 더하여 SK가 SK엔론 또는 SK E＆S를 통하여 원고의 주식을 소유하고 있었고 SK에너지의 주식도 소유하고 있었으나, 그 비율이 50%에는 미치지 못하였던 점, 직접 원고 등이 상호간에 임원의 교류가 있기는 하였지만 임원을 겸임하지는 않았던 점, 원고 등이 주식회사 외부감사에 관한 법률에 따라 연결재무제표를 작성하고 있기는 하나 이러한 점만으로 회계가 통합되어 있다고 할 수는 없는 점, 원고는 이 사건 공동감면신청을 하면서는 물론 LPG 판매시장의 전반적인 시장구조에 관하여 수입 2사와 정유 4사가 경쟁하고 있고 수입 2사의 가격을 정유 4사가 추종하는 형태로 파악하고 있었던 점 등을 종합하면, 원고 등은 상호 독립적으로 운영되면서 경쟁관계에 있으므로 실질적 지배관계에 있다고 할 수 없다. 
 2) 과징금 납부명령의 적법 여부 
 가) 이 사건 공동행위의 종기 
 합의에 참가한 일부 사업자가 부당한 공동행위를 종료하기 위해서는 다른 사업자에게 합의에서 탈퇴하였음을 알리는 명시적 내지 묵시적인 의사표시를 하고 독자적인 판단에 따라 담합이 없었더라면 존재하였을 가격 수준으로 인하하는 등 합의에 반하는 행위를 하여야 한다(대법원 2011. 4. 14. 선고 2009두4159 판결 참조). 
 갑 제1호증, 을 제1호증의 2, 을 제7～11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더해 보면, 이 사건에서 원고 주장대로 2008. 2.부터 가격동결조치를 하였고, 2008. 4.경부터 GS칼텍스가 독자적 가격결정을 하였다고 하더라도, 원고는 여전히 매달 E1과 기준가격 교환을 통하여 협의한 후 판매가격을 결정하고 그 가격을 정유사에 통보하였고, 원고 주장의 시점에도 판매가격이 유사하게 유지되었던 사실, GS칼텍스의 행위에 대하여 기존의 공동행위 유지를 목적으로 원고와 E1이 공동 대응하였던 사실, 원고 스스로도 피고의 판단과 동일한 기간 동안 공동행위를 하였다는 취지로 감면신청을 하였던 사실 등을 인정할 수 있다. 따라서 2008. 1. 31. 또는 2008. 4. 30.경 이 사건 공동행위가 종료하였다거나 위 시기 이후 실행행위를 하지 않았음을 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다.
 나) 관련매출액 산정(직매처, 한국가스공사 판매 부분)
 원고는, 한국가스공사에 대한 열량조절용 LPG와 직매처에 대한 LPG 판매가격은 이 사건 공동행위의 대상이 된 일반판매가격을 기준으로 수송비와 시설사용료, 가격할인 등 특수한 사정을 고려하여 산정하였다고 스스로 인정하고 있다. 그러므로 위 판매부분의 LPG 가격은 이 사건 공동행위에 의하여 결정된 판매가격으로부터 직접적으로 영향을 받게 된다. 한편 한국가스공사나 직매처에 공급되는 LPG는 충전소에 판매하는 것과 동일한 제품으로서 양자 사이에 차별점을 찾아볼 수 없다. 이러한 사정을 고려하면, 원고가 주장하는 위 매출액 부분도 관련매출액에 포함된다. 
 다) 부과기준율 및 감경률 산정의 위법 여부 
 피고는, 이 사건 공동행위가 가격 공동행위로서 경쟁제한 효과가 발생하는 것이 명백하고 달리 효율성 증대 효과는 찾아보기 어려운 점, 수입 2사와 정유 4사가 LPG 판매시장의 100%를 점유하고 있어 위반행위의 파급효과가 전국에 미치는 점, 주된 용도가 취사·난방용 또는 자동차 연료용으로 서민들의 생활에 필수적인 품목인 점 등을 고려할 때 ‘매우 중대한 위반행위’에 해당하나, 법 위반행위의 상당 부분이 개정 전 법령이 적용되는 기간과 겹치는 점을 참작하여 부과기준율을 가장 낮은 7%로 정한 다음, 부과과징금 단계에서 원고의 과징금 부담능력, 과징금의 부과목적 등을 고려하여 정유 4사보다 5%가 적은 45%를 감경하였으며, 2순위 조사협력자의 지위를 인정하여 다시 50%를 감경하였다. 
 이와 같은 과징금 산정의 경위와 이 사건 공동행위는 원고를 비롯한 수입 2사가 주도하였고, LPG를 수입사로부터 구매하여 판매하는 부분이 있는 정유사로서는 부당이득이 수입사보다 작은 점, 임의적 감경단계에서 LPG 수입에 사실상 진입 장벽이 존재하여 LPG 판매시장에서 수입사에 대한 정유사의 의존도가 커지게 된 점, 조사협력자의 경우 임의적 조정과징금 단계에서 조사협력을 이유로 감경할 수 없는 점(감면고시 제21조 제1항) 등을 종합하면, 피고의 기본과징금 산정시의 부과기준율 산정 및 부과과징금 산정시의 감경률 산정이 비례의 원칙에 반한다거나 정유사와의 관계에서 형평의 원칙에 반한다고 하기는 어렵다. 
 라) 이 사건 공동행위로 얻은 이익의 참작 여부 
 ⑴ 공정거래법령의 태도 
 공정거래법은 위반행위로 인해 취득한 이익의 규모 등을 참작하여 과징금을 부과하도록 하고(제55조의3 제1항 제3호), 과징금의 부과기준은 대통령령으로 정하도록 하는데(제55조의3 제3항), 공정거래법 시행령 별표2는 의무적 조정과징금 단계에서 사업자가 취득한 이익의 규모를 과징금 가중요소로만 참작하도록 하고 있고(제2호 나목), 부과과징금 단계에서 이를 참작하여 감액할 수 있는 여지를 규정해 두고 있다. 
 공정거래법령이 이와 같이 산업별 이익률을 감안하지 않고 일률적으로 관련매출액과 부과기준율을 기준으로 하여 과징금을 부과하면서 임의적 과징금 부과단계에서도 이익을 감안한 감경을 인정하지 않음으로써 실제 당해 공정거래법 위반행위로 인하여 취득한 이익 정도가 부과과징금에 부분적으로는 반영되지 않을 수도 있다. 그러나 당해 위반행위로 인하여 얻는 이익 중에는 회계자료에 의해 확인되는 경우도 있지만 그렇지 않은 경우, 예컨대 당해 위반행위로 말미암은 경쟁의 소멸로 인한 시장의 사중손실(deadweight loss)도 궁극적으로는 이익에 포섭될 수 있는 점, 공정거래법상 과징금이 부당이득 환수적 성격 외에 제재적 성격을 가지는 점, 부과과징금 단계에서 위반행위로 인한 이익이 반영될 여지도 충분한 점 등을 고려하면 위 공정거래법 시행령은 위임의 범위 내로서 적법하다. 
 ⑵ 원고의 부당이익 참작 여부 
 갑 제43호증의 기재에 의하면, 경제학 전문가는 이 사건 공동행위로 인하여 원고가 얻은 이익이 최대 288억 원이거나 전혀 없는 것으로 분석한 사실을 인정할 수 있다. 
 그러나 경제분석은 그 본질상 가치중립적이고 매우 제한된 가정 하에서 제한된 자료를 통하여 확인한 결과에 불과하여 특정 사실의 존부를 판단하기 위한 보조자료에 불과할 뿐이지 결코 법관의 자유심증에 의한 규범적 판단을 대신할 수는 없다. 
 이 사건에서 원고가 제출한 경제분석의 목적은 이 사건 공동행위로 인한 이익이 과징금 산정에 참작되지 않아 비례원칙에 위배되는지 여부를 판단하기 위함인데, 을 제12, 13, 15호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더해 보면, 또 다른 경제학 전문가는 원고와 함께 이 사건 공동행위에 참가한 수입사인 E1의 경우 부당이득이 1,080억 원부터 1,873억 원까지로 추산된다는 내용의 분석결과를 내놓고 있는 사실, LPG 판매시장은 이 사건 공동행위 종료시까지 가격 경쟁의 경험이 거의 없는 시장으로서 경쟁가격을 기준으로 한 부당이득을 산출하는 것이 매우 어렵고 비교시장을 찾기도 매우 어려울 것으로 보이는 사실, 그런데 원고는 스스로 2009년 성과분석을 하면서 매출액 및 판매량이 목표를 초과달성하였고 이익도 목표치 1,001억 원에 근접한 950억 원으로 평가한 사실, 2009. 2.의 원고 기안서에 의하면 ‘과거 우호적인 LPG 사업환경 속에서 Cash Cow 역할을 담당해 온 LPG 사업을 기반으로 안정적 사업을 영위하여 왔다’고 평가한 사실 등을 인정할 수 있고, 이에 의하면 원고가 이 사건 공동행위를 통하여 이 사건에서 부과된 과징금보다 현저히 적은 이익을 얻었을 뿐이라고 보기는 어렵고, 오히려 상당한 이익을 얻어 왔던 사실을 추단할 수 있다. 
 이상의 점들과 피고가 원고의 과징금 부담능력을 감안하여 45% 감경을 하였던 점 등의 과징금 부과 경위를 고려하면, 피고는 이 사건 과징금 산정에 있어서 원고의 이익 정도를 참작하였다고 할 것이므로, 이익 참작의 점에서 이 사건 과징금 납부명령이 비례의 원칙에 위배된다고 하기는 어렵다. 
라. 소결론
 이 사건 처분 및 이 사건 거부처분은 모두 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 모두 이유 없다. 
4. 결 론
 따라서 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생]

판사 조용호(재판장) 이원신 신동훈