관세등 부과처분 취소 (세무, 대법원)
공포일: 2012.10.11 / 시행일:

【원고, 피상고인】 
【피고, 상고인】 인천세관장
【원심판결】 서울고법 2010. 11. 4. 선고 2009누39867 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1.구 관세법(2007. 12. 31. 법률 제8833호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제246조 제1항은 “세관공무원은 수출·수입 또는 반송하고자 하는 물품에 대하여 검사를 할 수 있다.”고 규정하고,제2항은 “관세청장은 검사의 효율을 거두기 위하여 검사대상·검사범위·검사방법 등에 관하여 필요한 기준을 정할 수 있다.”고 규정하고 있다. 그리고 그 위임을 받은 관세청장은 구 「수입통관사무처리에 관한 고시」(2007. 12. 28. 관세청 고시 제2007-55호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘이 사건 고시’라 한다)에서 수입물품에 대한 검사방법 등을 전체적으로 규정하는 한편, 수입물품에 대한 검사방법 중 하나인 분석검사의 절차나 방법 등에 대해서는 그와는 별도로 구 「수출입물품의 분석사무처리에 관한 시행세칙」(2007. 12. 4. 관세청 훈령 제2007-1137호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘이 사건 시행세칙’이라 한다)에서 규정하고 있다. 즉 관세청장은 이 사건 고시에서 ‘검사대상물품은 전량검사, 발췌검사 또는 분석검사에 의한 방법으로 검사하되, 신고물품이 물리적, 화학적 실험에 의하여 그 내용을 확인하여야 하는 등 전문적인 지식과 기술을 요하는 경우에는 세관분석실에 분석을 의뢰하여 처리할 수 있다’고 규정하는 한편(제2-2-5조, 제2-3-5조 참조), 그와는 별도로 이 사건 시행세칙에서 세관분석실의 분석업무절차와 분석검사방법 등에 관한 사항을 규정하면서 분석시료의 보관 및 반환에 관하여는 이 사건 시행세칙 제21조 제1항에서 “분석을 필한 시료는 수입화주 또는 분석의뢰자에게 즉시 반환하여야 한다. 다만 다음 각 호의 1의 경우에는 6개월간 보관하여야 한다.”고 규정하고, 그 각 호로 “분석결과에 대하여 수출입화주 또는 분석의뢰자가 이의를 제기할 가능성이 있는 경우”(제1호), “품목분류에 이견이 발생할 수 있는 경우”(제2호), “분석결과에 대해 사후확인이 필요한 경우”(제3호) 등을 들고 있다.
 2. 원심은 그 채택 증거에 의하여, ① 원고의 수입신고를 대리한 천지관세사법인 소속 관세사소외 1(이하 ‘이 사건 신고인’이라 한다)은 2007. 11. 30. 이 사건 수입물품의 성분을 ‘감자전분 88.5%, 말토덱스트린 8.5%, 식염 1%, MSG 2%’로 기재하여 수입신고를 한 사실, ② 피고의 수입담당 직원소외 2는 2007. 11. 30. 이 사건 수입물품이 보관된 보세창고에서 이 사건 신고인의 직원이 입회한 가운데 세 군데 포대에서 합계 1,583g의 시료를 채취하여 규격화된 비닐봉지에 담아 품명과 화주 등을 기재한 스티커를 부착한 다음, 소속 세관분석실을 거쳐 이를 중앙관세분석소로 보내어 분석을 의뢰하면서 그 분석의뢰서의 시료반환여부란에 ‘즉시 폐기’라고 기재한 사실, ③ 중앙관세분석소는 시료에 대한 분석결과 이 사건 수입물품은 수입신고 내용과는 달리 감자전분에 소금 등 첨가물질이 10% 미만 함유된 백색 분말로서 ‘감자전분의 조제품’(관세율은 8%이다)이 아닌 ‘감자전분’(시장접근 물량 초과량에 대한 관세율은 455%에 이른다)에 해당한다고 판정하였고, 남은 시료는 원고 등의 의사를 확인하지 아니한 채 즉시 폐기해 버린 사실, ④ 한편 원고는 2007. 12. 3. 수입신고에 따른 관세를 납부하는 등 통관절차를 마치고 그 무렵 이 사건 수입물품을 반출하여 국내에서 판매하였는데, 피고는 그 이후인 2007. 12. 12. 위 관세사법인에게 이 사건 수입물품에 대한 분석결과를 통보하고, 2008. 4. 29. 그에 기초하여 원고에게 이 사건 수입물품에 대한 관세를 증액하여 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
 원심은 이러한 사실관계를 토대로 하여, ① 중앙관세분석소의 분석결과 당초 신고한 품목분류와 상이한 결과가 도출되어 원고로서는 당초 신고한 품목에 따른 관세율 8%가 아닌 무려 455%라는 고율의 관세를 부담하게 되었고, 이는 이 사건 시행세칙 제21조 제1항 단서 제1호의 ‘분석결과에 대하여 수출입화주가 이의를 제기할 가능성이 있는 경우’ 또는 제2호의 ‘품목분류에 이견이 발생할 수 있는 경우’ 등에 해당하므로 피고로서는 남은 시료를 6개월간 보관하는 것이 원칙인 점, ② 그런데도 피고가 이를 즉시 폐기하는 바람에 원고는 피고의 분석의뢰물이 이 사건 수입물품으로부터 채취된 것인지 여부 및 그 분석결과가 다른 기관 등에서 이루어진 결과와 일치하는지 여부 등을 재검토하거나 이의를 제기할 기회를 원천적으로 차단당하였던 점, ③ 이 사건 시행세칙 제21조 제1항 및 제2항은 남은 시료의 반환대상자 및 반환을 원하지 않는 의사를 표시할 수 있는 자로 관세사 등을 포함하는 ‘신고인’이 아닌 ‘수출입화주’를 규정하고 있는데, 이는 시료의 분석결과가 수출입화주의 이해관계에 큰 영향을 미치기 때문으로 보이는 점, ④ 시료에 대한 분석 이후 피고가 원고에게 그 검사결과에 대하여 이의를 제기할 수 있는 적정한 기회를 보장하였다고 볼 만한 사정도 없는 점 등을 종합하여 보면, 피고는 이 사건 시행세칙 제21조 제1항을 위반하여 시료를 보관하지 않은 채 폐기함으로써 수입화주인 원고에게 검사결과에 대한 이의제기권 등 절차적 권리를 보장해 주지 아니한 잘못이 있고, 이러한 잘못된 절차에 근거하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
 원심이 들고 있는 위와 같은 사정에다가,구 관세법 제38조 등을 비롯한 관련 규정은 수입물품에 대해서는 수입신고수리 후 세액심사를 원칙으로 하고 있어 수입신고가 수리되어 수입물품이 반출된 후에 수입물품에 대한 분석결과가 당초 신고한 내용과 다르게 나올 경우 그 분석결과의 신빙성을 다툴 수 있는 효과적인 방법은 남은 시료를 재분석하는 것인 점, 이 사건 시행세칙 제21조 제1항은 이러한 측면도 감안하여 남은 시료를 폐기하지 않고 보관하여야 하는 일정한 사유를 규정한 것으로 보이는 점, 따라서 수입물품에 대한 분석업무를 수행함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 위 규정을 준수할 필요가 있고, 만약 위 규정을 따르지 아니하여 수입화주의 불복청구권이 실질적으로 침해되었고 그 결과도 중대한 것으로 인정되는 경우에는 그 분석결과에 근거한 과세처분은 위법하다고 봄이 불복청구제도를 규정한 구 관세법의 취지에 부합하는 점 등을 보태어 보면, 이 사건 처분이 위법하다고 본 원심의 결론은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 수입물품의 검사와 관련된 절차적 권리에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김용덕(재판장) 신영철 이상훈(주심)

수입화주 甲이 수입물품을 관세율 8%인 ‘감자전분의 조제품’으로 하여 수입신고하였는데, 중앙관세분석소가 그 시료를 분석하여 관세율 455%인 ‘감자전분’으로 판정하고서도 남은 시료를 甲 등의 의사 확인 없이 즉시 폐기한 후 그에 기초하여 관세를 증액하여 부과한 사안에서, 위 처분은 ‘분석결과에 대하여 수출입화주가 이의를 제기할 가능성이 있는 경우’에는 남은 시료를 6개월간 보관하도록 한 구 ‘수출입물품의 분석사무처리에 관한 시행세칙’을 어겨 甲에게 이의제기권 등을 보장하지 아니한 잘못된 절차에 근거하여 위법하다고 본 원심판단을 수긍한 사례