법인세부과처분무효확인[과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 한 과세처분의 무효확인을 구하는 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2025.12.04 / 시행일:

【원고, 피상고인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 감병욱 외 2인)
【피고, 상고인】 용인세무서장
【원심판결】 수원고법 2025. 6. 13. 선고 2024누11231 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 관련 규정 및 법리
 가. 국세기본법 제81조의15 제1항은 "세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 ‘과세예고통지’라 한다)하여야 한다."라고 규정하면서, ‘납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우’(제3호 본문) 등을 과세예고통지의 사유로 들고 있다. 같은 조 제2항 본문 및 제2호는 "과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다."라고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 "다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다."라고 하면서, ‘국세징수법 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우’(제1호), ‘「조세범 처벌법」위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’(제2호 본문), ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호), ‘그 밖에 대통령령으로 정하는 경우’(제4호)를 들고 있다.
 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 실질을 가진다. 또한 과세처분 이후에 행하여지는 심사·심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가질 뿐만 아니라, 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대상으로 삼고 있어 행정소송과 같은 사후적 구제절차에 비하여 권리구제의 폭이 넓다.
 이와 같이 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수해야 하는 점 등을 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는데도 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 해야 할 과세예고통지를 하지 않음으로써 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 한다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조).
 나. 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3은 ‘과세표준과 세액을 신고하는 국세’의 부과제척기간 기산일을 ‘해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날’로 하되(제1항 제1호), ‘공제, 면제, 비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 징수하는 경우’에는 제1항에도 불구하고 ‘해당 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날’을 기산일로 정하고 있다(제2항 제3호).
 이러한 관련 규정의 문언과 체계 및 입법 취지 등을 종합적으로 고려하면, 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무의 이행을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 그 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에 적용되는 규정으로서(대법원 2022. 11. 17. 선고 2019두51512 판결 참조), 여기에서 ‘해당 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날’은 의무불이행 등이 이루어진 시점 자체를 의미하는 것이 아니라 의무불이행 등을 사유로 하여 과세관청이 징수절차에 나아갈 수 있게 된 날을 의미한다고 봄이 타당하다.
 2. 판단
 원심은 그 판시와 같은 이유로 다음과 같이 판단하였다. 
 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제63조의2는 제2항에서 지방이전법인에 대한 법인세 감면에 관하여 규정하고, 제7항에서 "제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다."라고 규정하면서 그 사유 중 하나로 ‘수도권에 본사를 설치한 경우’(제3호)를 들고 있는데, 위 규정은 감면받은 세액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고 기간 내에 신고납부하도록 정한 것으로 해석된다. 따라서 원고가 2017. 7. 5. 본점 소재지를 수도권으로 이전함에 따라 발생한 법인세 납부의무에 관한 부과제척기간 기산일은, 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호의 해석상 원고가 본점 소재지를 수도권으로 이전한 날인 2017. 7. 5.이 아니라 2017 사업연도 법인세 신고기한의 다음 날인 2018. 4. 1.로 보아야 한다. 그렇다면 이 사건 처분의 부과제척기간 만료일은 그로부터 5년이 지난 2023. 3. 31.이라 할 것인데, 과세예고통지가 이루어진 2022. 6. 21.로부터 위 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월을 초과하므로, 이 사건은 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당하지 않는다. 결국 피고가 원고의 과세전적부심사 청구기간이 도과하기 전에 위 과세예고통지일과 같은 날 이 사건 처분을 한 것은 과세전적부심사의 기회를 침해한 것으로서 중대하고 명백한 하자에 해당한다.
 원심판결 이유를 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호 등에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 3. 결론
 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하게 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 오경미(재판장) 권영준 엄상필(주심) 박영재

[1] 과세예고통지 및 과세전적부심사 제도의 의의 / 과세관청이 과세예고통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 한 경우, 과세처분이 위법한지 여부(원칙적 적극)

 [2] 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무를 이행할 것을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 당초의 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에만 적용되는 규정인지 여부(적극) 및 여기에서 ‘해당 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날’의 의미

 [3] 甲 주식회사가 본점 소재지를 수도권 밖으로 이전하여 구 조세특례제한법 제63조의2에 따라 법인세를 감면받은 후 2017. 7. 5. 본점 소재지를 다시 수도권으로 이전하자 2022. 6. 21. 관할 세무서장이 감면세액 추징을 위하여 법인세를 경정·고지 및 과세예고통지를 한 사안에서, 관할 세무서장이 甲 회사의 과세전적부심사 청구기간이 도과하기 전에 위 과세예고통지일과 같은 날 처분을 한 것은 과세전적부심사의 기회를 침해한 것으로서 중대하고 명백한 하자에 해당한다고 본 원심판단을 수긍한 사례

[1] 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 실질을 가진다. 또한 과세처분 이후에 행하여지는 심사·심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가질 뿐만 아니라, 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대상으로 삼고 있어 행정소송과 같은 사후적 구제절차에 비하여 권리구제의 폭이 넓다.
 이와 같이 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수해야 하는 점 등을 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는데도 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 해야 할 과세예고통지를 하지 않음으로써 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 한다.

 [2] 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3 제1항 제1호, 제2항 제3호의 문언과 체계 및 입법 취지 등을 종합적으로 고려하면, 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무의 이행을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 그 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에 적용되는 규정으로서, 여기에서 ‘해당 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날’은 의무불이행 등이 이루어진 시점 자체를 의미하는 것이 아니라 의무불이행 등을 사유로 하여 과세관청이 징수절차에 나아갈 수 있게 된 날을 의미한다고 봄이 타당하다.

 [3] 甲 주식회사가 본점 소재지를 수도권 밖으로 이전하여 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제63조의2에 따라 법인세를 감면받은 후 2017. 7. 5. 본점 소재지를 다시 수도권으로 이전하자 2022. 6. 21. 관할 세무서장이 감면세액 추징을 위하여 법인세를 경정·고지 및 과세예고통지를 한 사안에서, 법인세 납부의무에 관한 부과제척기간 기산일은 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제2항 제3호의 해석상 본점 소재지를 다시 수도권으로 이전한 날인 2017. 7. 5.이 아니라 2017 사업연도 법인세 신고기한의 다음 날인 2018. 4. 1.로 보아야 하므로 법인세 납부의무에 관한 부과제척기간 만료일은 그로부터 5년이 지난 2023. 3. 31.이라 할 것인데, 과세예고통지가 이루어진 2022. 6. 21.로부터 위 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월을 초과하므로, 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당하지 않는다는 이유로, 관할 세무서장이 甲 회사의 과세전적부심사 청구기간이 도과하기 전에 위 과세예고통지일과 같은 날 처분을 한 것은 과세전적부심사의 기회를 침해한 것으로서 중대하고 명백한 하자에 해당한다고 본 원심판단을 수긍한 사례.