등록면허세 등 부과처분 무효확인 청구 (일반행정, 수원고등법원)
공포일: 2025.06.11 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
등록면허세
【주문】
1. 제1심판결을 취소한다.
2. 원고의 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다.
【이유】
청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2023. 5. 24. 원고에게 한 등록면허세 375,723,350원, 지방교육세 75,144,670원의 각 부과처분은 무효임을 확인한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 기재할 이유는 아래와 같이 일부 내용을 수정하는 외에는 제1심판결의 해당 부분(제1심판결 제2면 제5행부터 제3면 제8행까지) 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제2면 제5행의 “(변경 전 상호 ○○○ 주식회사)”를 “(○○○ 주식회사에서 ○○○○○○생명과학 주식회사로, 다시 원고로 상호가 변경되었다)”로 고친다.

○ 제1심판결 제3면 제2행의 “라.” 다음에 “ 원고는 이 사건 출자전환 등기에 관하여 법정신고기한(등기를 하기 전날)까지 등록면허세의 과세표준 신고서를 제출하지 아니하였고,”를 추가한다.

2. 원고 주장의 요지

지방세기본법 제38조 제1항은 통상의 경우에는 부과제척기간을 5년으로, 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우에는 부과제척기간을 7년으로 정하고 있다. 그런데 위와 같은 7년의 장기 부과제척기간은 일종의 제재적 성격을 가지는 제도이므로, 납세자가 과세표준 신고서를 제출하지 아니했다고 하더라도, 납세자의 신고의무를 인정하기 어렵거나, 납세자가 신고의무를 이행하지 못한 데에 정당한 사유가 있거나, 과세관청의 과세권 행사에 어려움이 없는 경우에는 통상의 경우와 마찬가지로 부과제척기간 5년이 적용되어야 한다.

그런데 이 사건 출자전환 등기는 비과세 내지 면세를 전제로 한 회생법원의 촉탁에 의한 것이어서 원고에게 과세표준 신고서를 제출할 의무가 인정되지 않고, 설령 의무가 인정된다고 하더라도, 이 사건 출자전환 등기가 이뤄질 무렵 채무자회생법과 지방세법 상호 간에 모순과 충돌이 있어 원고로서는 회생절차에서 이루어지는 출자전환 등기가 등록면허세 과세대상이라는 사정을 알기 어려웠으므로, 원고가 위와 같은 신고의무를 이행하지 아니한 데에는 정당한 사유가 존재한다. 또한, 피고는 이 사건 출자전환 등기 사항을 쉽게 파악할 수 있었기 때문에 피고의 과세권 행사에 어려움이 있었다고 보기 어렵고, 더욱이 이 사건 처분에 대하여 7년의 장기 부과제척기간을 적용하는 것은 최근 지방세법의 개정 취지 및 채무자회생법과 이 사건 출자전환의 목적에 반하므로, 이 사건 처분에 대해서는 7년의 장기 부과제척기간이 아닌 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는바, 이 사건 처분은 5년의 부과제척기간이 도과한 후에 이루어진 것이어서 무효이다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 살피건대, 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 지방세기본법 제38조 제1항 제2호에서 정한 7년의 장기 부과제척기간이 적용되는 것으로 보아야 한다. 

① 납세자란 1) 납세의무자와 2) 특별징수의무자(특별징수에 의하여 지방세를 징수하고 이를 납부할 의무가 있는 자)를 의미한다(지방세기본법 제2조 제12호, 제21호). 등록면허세는 등록을 하려는 자가 지방세법 제27조에 따른 과세표준에 지방세법 제28조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액을 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다(지방세법 제30조 제1항). 따라서 이 사건에서 등록면허세의 납세의무자인 원고가 그 등록을 하기 전까지 등록면허세를 지방자치단체의 장인 피고에게 직접 신고 및 납부하여야 할 의무가 있다.

② 등록면허세와 같은 신고납부방식의 조세의 경우에는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며, 과세관청은 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이다. 이러한 신고납부방식의 조세는 오늘날 국가 조세체계의 근간으로 조세의 대부분은 신고납부방식을 취하고 있다. 물론 신고납부방식의 조세에 있어서도 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하지 아니하면 과세관청은 과세권을 행사하여 과세표준과 세액을 직접 결정하여 부과하게 된다. 그러나 신고납부방식을 취하는 본질적인 이유는 과세관청이 관할 구역 내의 모든 사람의 세무를 조사한다는 것이 애초에 불가능하기 때문이다. 따라서 신고납부방식의 조세 체계가 정상적으로 작동하기 위하여는 납세의무자가 법정신고기한까지 과세신고를 할 것이 요구된다. 즉 납세의무자가 법정신고기한까지 과세신고를 하지 않는 것 자체로 과세관청의 과세권 행사에 장애가 발생하였다고 보아야 한다.

③ 지방세기본법 제38조 제1항은 일반적으로 지방세 부과의 제척기간을 지방세를 부과할 수 있는 날부터 5년(제3호)으로 정하면서도 ‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 경우’에는 지방세 부과의 제척기간을 지방세를 부과할 수 있는 날부터 7년(제2호)으로 정하고 있으며, ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급·공제 또는 감면받은 경우’에는 지방세 부과의 제척기간을 지방세를 부과할 수 있는 날부터 10년(제1호)으로 정하고 있다. 지방세 부과권의 기본 제척기간을 5년으로 하는 것은 조세법률관계의 신속한 확정을 위한 것으로 위 5년의 부과제척기간은 기본적으로 납세자를 위한 것이라고 볼 수 있다. 그러나 위 부과제척기간을 7년 또는 10년으로 연장하는 것은 납세자를 위한 것이 아니므로 위 연장 여부를 판단함에 있어서 납세자의 미신고 내지 부정행위에 관한 정상 참작 사유를 고려할 것은 아니다. 즉 납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 ‘단순 미신고’의 경우 과세관청의 부과권 행사 난이성을 일반적으로 고려하여 기본 제척기간 5년에서 일률적으로 2년을 더 연장해 주기로 정한 것이고, 지방세의 과세표준이나 세액 계산의 기초가 되는 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등 ‘부정행위’가 있는 경우에는 과세관청의 부과권 행사가 더욱 어렵게 됨을 고려하여 기본 제척기간 5년에서 일률적으로 5년을 더 연장해 주기로 정한 것으로 보아야 한다.

대법원은 “부정한 행위를 이유로 과세관청의 부과권을 연장해주는 장기 부과제척기간에 있어서는, 법인의 사용인 등의 부정한 행위가 납세자 본인인 법인을 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행의 수단으로 행하여졌다고 하더라도 사용인 등의 부정한 행위로써 포탈된 국세에 관하여 과세관청의 부과권의 행사가 어렵게 된 것은 분명하므로, 특별한 사정이 없는 한 이러한 사용인 등의 배임적 부정행위는 장기 부과제척기간에서 말하는 부정한 행위에 포함된다.”고 보고 있는바(대법원 2021. 2. 18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결 참조), 결국 장기 부과제척기간을 적용할지 여부는 과세관청의 부과권의 행사가 어렵게 되었는지 여부에 달려있다고 보아야 한다.

④ 원고는 이 사건 출자전환 등기가 이뤄질 무렵 채무자회생법과 지방세법 상호 간에 모순과 충돌이 있어 원고로서는 회생절차에서 이루어지는 출자전환 등기가 등록면허세 과세대상이라는 사정을 알기 어려웠기에 등록면허세 신고의무를 이행하지 아니한 데에는 ‘정당한 사유’가 존재한다는 취지로 주장한다. 그러나 지방세특례제한법 제3조 제1항은 이 법, 지방세기본법, 지방세징수법, 지방세법, 조세특례제한법 및 조약에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다고 규정하고 있는바, 비록 구 채무자회생법 제25조 제4항, 제1항, 제23조 제1항 제4호가 법인인 채무자의 유상증자에 따른 등기에 관하여는 등록세를 부과하지 아니한다는 취지로 규정하고 있더라도, 위 구 채무자회생법 조항은 지방세인 등록면허세의 면제 근거가 될 수 없다. 또한 2015년 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호는 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관한’ 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록의 과세여부에 대하여 규정하고 있으므로, 위 구 채무자회생법 조항을 위 지방세법 조항에 대한 특별법으로 볼 수도 없다. 즉 원고가 이 사건 등록면허세 신고의무를 이행하지 아니한 근본적인 원인은 법률의 부지에 기인한 것으로 보아야 한다.

한편 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조). 지방세기본법 제38조 제1항 제2호가 ‘정당한 사유’를 명시하고 있지 않는 이상, 과세표준 신고서 미제출과 관련하여 정당한 사유의 유무 대해서까지 함께 판단하여 과세표준 신고서 미제출의 경우에도 예외적으로 납세자에게 유리한 지방세기본법 제38조 제1항 제3호를 적용할 수 있다고 해석하는 것은 조세공평의 원칙에 반하는 확장해석 내지 유추해석에 해당한다. 

⑤ 물론 원고는 회생계획에 따라 회생채권자 등에 대한 채권액 중 현금 등으로 변제되는 부분을 제외한 나머지 부분에 대한 채무면제를 받지 않고, 그 부분을 원고 회사 주식으로 출자전환하여 자본금 증자 등기를 하였다가 바로 증자된 주식을 소각하게 되고, 이와 같이 비록 증자등기가 된다고 하지만 바로 무상소각될 자본에 관한 등기에 관하여 피고가 고액의 등록면허세를 부과하는 것은 채무자회생법 등의 취지나 목적에 반할 여지가 있다. 그러나 원고는 제소기간 내에 위와 같은 실체적인 사정을 주장하며 이 사건 처분의 취소를 구하지 아니하였고, 이 사건 무효확인 소송을 함에 있어서도 위와 같은 실체적인 사정을 무효사유로 주장하고 있지 않다.

나. 그런데 이 사건 처분은 피고가 등록면허세 등을 부과할 수 있는 날로서 법정신고기한(등기하기 전날)의 다음 날인 이 사건 출자전환 등기가 경료된 2016. 12. 30.로부터 7년의 부과제척기간이 경과하지 아니한 2023. 5. 24.에 이루어졌는바, 이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.