부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2019.08.30 / 시행일:

【원고, 상고인】 케이티엔 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 화우 담당변호사 전오영 외 3인)
【피고, 피상고인】 천안세무서장 (소송대리인 변호사 감병욱 외 2인)
【원심판결】 대전고법 2016. 11. 17. 선고 2016누12170 판결
【주 문】
 원심판결 중 2014. 3. 10.자 가산세 부과처분 가운데 2008년 제1기분 및 제2기분 명의위장등록가산세 부분 및 2014. 8. 19.자 부가가치세(가산세 포함) 부과처분 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 대전고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서들의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 원고는 2002. 10. 2.부터 소규모사업자의 생활형 광고대행업을 영위하는 법인사업자로서 전국에 직영 가맹점 32개, 비직영 가맹점 6개를 두고 있었는데, 그중 직영 가맹점(이하 ‘이 사건 사업장’이라고 한다)은 원고가 직원을 파견하여 직원 명의로 개인 사업자등록을 하여 운영한 가맹점이다. 이 사건 사업장에 대하여 원고는 각 가맹점별로 직원 명의의 개인 사업자등록을 하고 그 사업자등록에 따라 세금계산서를 수수하여 부가가치세를 신고·납부하였다.
 나. 피고는 2012. 11. 29.부터 2013. 4. 6.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 이 사건 사업장의 실제 사업자가 원고임을 전제로 이 사건 사업장의 각 매출·매입을 원고의 거래로 인정한 후 이 사건 사업장의 매입거래에 대해서는 원고의 매입세액으로 공제를 인정하여 원고에게 각 법인세 및 부가가치세를 경정·고지하였다(이하 ‘당초처분’이라고 한다).
 다. 대전지방국세청장은 2013. 12.경 피고에 대한 업무감사를 실시한 후 피고에게 당초처분에 추가하여, ① 이 사건 사업장에 대하여 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제1항 제2호에 따른 명의위장등록가산세를 부과하고, ② 이 사건 사업장에서 2008년 제1기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 다른 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 발급받은 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)상 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과하는 한편, 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제2항에 따른 부당과소신고가산세와 같은 법 제47조의4 제1항에 따른 납부불성실가산세를 부과하도록 시정요구를 하였다.
 라. 이에 따라 피고는 원고에게, 2014. 3. 10. 당초처분에 추가하여 이 사건 사업장에 대한 2008년 제1기분부터 2013년 제1기분까지 명의위장등록가산세 합계 411,880,610원을 부과(이하 ‘이 사건 제1처분’이라고 한다)하였고, 2014. 8. 19. 당초처분 및 이 사건 제1처분에 추가하여 2008년 제1기분부터 2013년 제1기분까지 이 사건 세금계산서의 매입세액 불공제에 따른 부가가치세 본세와 부당과소신고가산세 및 납부불성실가산세 합계 1,893,737,030원을 부과(이하 ‘이 사건 제2처분’이라고 한다)하였다.
 2. 이 사건 제1처분 중 2008년 제1기분 및 제2기분의 부과제척기간 도과 여부에 관한 직권 판단
구 국세기본법 제26조의2 제1항에 의하면, 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고(제3호), 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 10년(제1호), 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 7년(제2호)이 경과한 후에는 부과할 수 없다. 또한 구 국세기본법 제26조의2 제5항 및 같은 법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호는 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 부과제척기간은 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 기산한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 제19조 제1항은 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다. 이와 같은 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효이다(대법원 2004. 6. 10. 선고 2003두1752 판결, 대법원 2018. 12. 13. 선고 2018두128 판결 등 참조).
 한편 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호는 ‘사업자가 대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제5조에 따른 등록을 하고 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다’고 규정하고 있다(이하 위 규정에 의한 가산세를 ‘명의위장등록가산세’라고 한다).
이러한 명의위장등록가산세는 부가가치세 본세 납세의무와 무관하게 타인 명의로 사업자등록을 하고 실제 사업을 한 것에 대한 제재로서 부과되는 별도의 가산세이고, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2에 따라 납세자의 부정행위로 부과대상이 되는 경우 10년의 부과제척기간이 적용되는 별도의 가산세에도 포함되어 있지 않으며, 이에 대한 신고의무에 대하여도 별도의 규정이 없으므로, 그 부과제척기간은 5년으로 봄이 타당하다.
 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 볼 때, 이 사건 제1처분 중 2008년 제1기분 및 제2기분 각 명의위장등록가산세 부과처분은 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2014. 3. 10. 이루어졌으므로, 그 부과제척기간이 경과한 후의 것으로서 무효이다.
 그럼에도 원심은 이 점을 간과한 채 그 판시와 같은 이유로 이 사건 제1처분 중 2008년 제1기분 및 제2기분 각 명의위장등록가산세 부과처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 명의위장등록가산세의 부과제척기간에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.
 3. 이 사건 제1처분 중 2009년 제1기분 내지 2013년 제1기분의 위법 여부에 관한 판단(상고이유 제3점 관련)
 원심은 원고가 본점에 대하여는 원고 명의로 사업자등록을 하였으면서도 이 사건 사업장에 대하여는 직원들 명의로 사업자등록을 하여 사업을 영위해 왔다는 사실을 인정한 다음, 이러한 경우는 구 부가가치세법 제22조 제1항 본문 제2호의 ‘타인 명의로 사업자등록을 한 행위’에 해당함이 명백하다는 이유로 피고의 원고에 대한 명의위장등록가산세 부과처분은 적법하다고 판단하였다.
 앞서 본 규정과 관련 법리에 따라 기록을 살펴보면, 이 사건 제1처분 중 부과제척기간이 도과하지 않은 2009년 제1기분 내지 2013년 제1기분 명의위장등록가산세 부과처분에 관한 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 명의위장등록가산세 과세요건에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 4. 이 사건 제2처분의 위법 여부에 관한 판단(상고이유 제1, 2, 4점 관련)
 가. 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 본문은 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 그와 같은 기재사항을 ‘필요적 기재사항’으로 약칭하고 있다. 매입세액공제 여부 판단의 기준이 되는 필요적 기재사항은 ‘공급하는 사업자’와 관련하여서는 ‘등록번호와 성명 또는 명칭’(구 부가가치세법 제16조 제1항 제1호)인 반면, ‘공급받는 자’와 관련하여서는 ‘등록번호’에 한정된다(같은 항 제2호). 한편 ‘공급받는 자’의 ‘상호·성명’ 등은 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제53조 제1항 제2호에서 세금계산서 기재사항으로 규정되어 있으나, 이는 구 부가가치세법 제16조 제1항 제5호의 위임에 따른 것으로서 구 부가가치세법 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 매입세액공제의 필요적 기재사항에 해당하지 아니한다. 그리고 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 본문에서 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액공제를 제한하는 취지는 같은 조 제1항에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래 징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 것이다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2014두35706 판결 등 참조).
위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 같은 조항에서 ‘공급받는 자’의 경우 ‘성명 또는 명칭’까지 기재하도록 규정한 ‘공급하는 자’와는 달리 그 ‘등록번호’만을 기재하도록 정한 취지 등의 사정에 비추어 보면, 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자의 등록번호’를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있다면 ‘공급받는 자의 성명 또는 명칭’이 실제 사업자의 것과 다르다는 사정만으로 이를 매입세액공제가 인정되지 않는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수는 없다. 따라서 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니하는 타인의 명의를 빌린 사업자가 어느 사업장에 대하여 그 타인의 명의로 사업자등록을 하되 온전히 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하며 부가가치세를 신고·납부하는 경우와 같이 그 명칭이나 상호에도 불구하고 해당 사업장이 온전히 실제 사업자의 사업장으로 특정될 수 있는 경우 그 명의인의 등록번호는 곧 실제 사업자의 등록번호로 기능하는 것이므로, 그와 같은 등록번호가 ‘공급받는 자’의 등록번호로 기재된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다.
 나. 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 사업장에 대하여 직원들 명의로 사업자등록을 하였을 뿐 이를 자신의 계산과 책임으로 직접 운영하면서 부가가치세를 신고·납부하였으므로, 이 사건 사업장의 매입과 관련하여 발급받은 이 사건 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자’의 등록번호는 원고의 등록번호로 보아야 할 것이고, 다른 필요적 기재사항이 사실과 다르다는 주장과 증명이 없는 이 사건에서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 있다고 보아야 한다. 따라서 이와 달리 이 사건 세금계산서의 매입세액이 매출세액에서 공제될 수 없음을 전제로 한 이 사건 제2처분은 위법하다.
 그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 제2처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 사실과 다른 세금계산서에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 5. 결론
 그러므로 원심판결 중 이 사건 제1처분 가운데 2008년 제1기분 및 제2기분 명의위장등록가산세 부분 및 이 사건 제2처분 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 권순일(재판장) 이기택 박정화(주심) 김선수

[1] 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분의 효력(=무효)
[2] 구 부가가치세법 제22조 제1항 제2호에서 규정하는 명의위장등록가산세의 부과제척기간(=5년)
[3] 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자의 등록번호’를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있는 경우, ‘공급받는 자의 성명 또는 명칭’이 실제 사업자의 것과 다르다는 사정만으로 이를 매입세액공제가 인정되지 않는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수 있는지 여부(소극)

[1] 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항에 의하면, 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고(제3호), 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 10년(제1호), 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 7년(제2호)이 경과한 후에는 부과할 수 없다. 또한 구 국세기본법 제26조의2 제5항 및 같은 법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호는 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 부과제척기간은 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 기산한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 과세기간 종료 후 25일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다. 이와 같은 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효이다.
[2] 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제22조 제1항 제2호는 ‘사업자가 대통령령으로 정하는 타인의 명의로 제5조에 따른 등록을 하고 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 경우 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다’고 규정하고 있다(이하 위 규정에 의한 가산세를 ‘명의위장등록가산세’라고 한다).
 이러한 명의위장등록가산세는 부가가치세 본세 납세의무와 무관하게 타인 명의로 사업자등록을 하고 실제 사업을 한 것에 대한 제재로서 부과되는 별도의 가산세이고, 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호의2에 따라 납세자의 부정행위로 부과대상이 되는 경우 10년의 부과제척기간이 적용되는 별도의 가산세에도 포함되어 있지 않으며, 이에 대한 신고의무에 대하여도 별도의 규정이 없으므로, 부과제척기간은 5년으로 봄이 타당하다.
[3] 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제2호 본문은 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 그와 같은 기재사항을 ‘필요적 기재사항’으로 약칭하고 있다. 매입세액공제 여부 판단의 기준이 되는 필요적 기재사항은 ‘공급하는 사업자’와 관련하여서는 ‘등록번호와 성명 또는 명칭’(구 부가가치세법 제16조 제1항 제1호)인 반면, ‘공급받는 자’와 관련하여서는 ‘등록번호’에 한정된다(같은 항 제2호). 한편 ‘공급받는 자’의 ‘상호·성명’ 등은 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제53조 제1항 제2호에서 세금계산서 기재사항으로 규정되어 있으나, 이는 구 부가가치세법 제16조 제1항 제5호의 위임에 따른 것으로서 구 부가가치세법 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 매입세액공제의 필요적 기재사항에 해당하지 아니한다. 그리고 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 본문에서 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액공제를 제한하는 취지는 같은 조 제1항에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래 징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 것이다.
 위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 같은 조항에서 ‘공급받는 자’의 경우 ‘성명 또는 명칭’까지 기재하도록 규정한 ‘공급하는 자'와는 달리 ‘등록번호’만을 기재하도록 정한 취지 등의 사정에 비추어 보면, 세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자의 등록번호’를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있다면 ‘공급받는 자의 성명 또는 명칭’이 실제 사업자의 것과 다르다는 사정만으로 이를 매입세액공제가 인정되지 않는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수는 없다. 따라서 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니하는 타인의 명의를 빌린 사업자가 어느 사업장에 대하여 타인의 명의로 사업자등록을 하되 온전히 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하며 부가가치세를 신고·납부하는 경우와 같이 명칭이나 상호에도 불구하고 해당 사업장이 온전히 실제 사업자의 사업장으로 특정될 수 있는 경우 명의인의 등록번호는 곧 실제 사업자의 등록번호로 기능하는 것이므로, 그와 같은 등록번호가 ‘공급받는 자’의 등록번호로 기재된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다.