법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2017.12.07 / 시행일:

【원 고】 주식회사 투판즈 (소송대리인 변호사 조면식 외 1인)
【피 고】 역삼세무서장
【변론종결】2017. 11. 16.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】 피고가 2014. 12. 1. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 법인세 93,785,120원(가산세 포함, 이하 같다), 2008 사업연도 법인세 103,905,040원, 2009 사업연도 법인세 20,133,800원, 2011 사업연도 법인세 64,165,580원, 2012 사업연도 법인세 25,830,850원, 2013 사업연도 법인세 331,127,265원의 각 부과처분과 2007년 제2기 부가가치세 272,880원(가산세 포함, 이하 같다), 2008년 제1기 부가가치세 1,527,150원, 2008년 제2기 부가가치세 1,463,450원의 각 부과처분을 각 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고(변경 전 상호 : 주식회사 문진당, 주식회사 문진미디어, 대표이사 : 소외 2)는 1990. 1. 15. 설립되어 서적, 도서출판 도소매업 등을 영위하고 있다. 
 나. 서울지방국세청장은 2014. 4. 22.부터 2014. 9. 30.까지 원고의 2007 내지 2013 사업연도 법인세 일반통합조사를 실시한 후 그 결과를 피고에게 통보하였으며, 피고는 위 통보를 근거로 다음 〈표1〉, 〈표2〉와 같이 손금불산입, 익금산입 등의 절차를 거친 후 2014. 12. 1. 원고에 대하여 2007 사업연도 법인세 93,785,120원(가산세 포함, 이하 같다), 2008 사업연도 법인세 103,905,040원, 2009 사업연도 법인세 20,133,800원, 2011 사업연도 법인세 64,165,580원, 2012 사업연도 법인세 25,830,850원, 2013 사업연도 법인세 369,741,440원을 각 경정·고지하였고(이하 이를 합하여 ‘이 사건 당초 법인세 부과처분’이라 한다)과 2007년 제2기 부가가치세 272,880원(가산세 포함, 이하 같다), 2008년 제1기 부가가치세 1,527,150원, 2008년 제2기 부가가치세 1,463,450원을 각 경정·고지하였다(이하 이를 합하여 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다). 
〈표1〉① 피고는 원고가 2007, 2008 사업연도에 특수관계법인인 주식회사 아이원아이홀딩스(이하 ‘아이원아이’라 한다)로부터 실질적인 경영자문용역을 제공받지 않았음에도 공급가액 합계 91,000,000원(이하 ‘이 사건 제1경영자문료’라 한다)의 매입세금계산서를 발급받은 사실을 확인하고 이에 대하여 매입세액 불공제 및 손금불산입하였다.② 피고는 원고가 2007 사업연도에 미국 소재 특수관계법인 TRIGON GROUP, INC(전 대표 소외 1, 이하 ‘트라이곤’이라 한다)로부터 경영자문용역을 제공받지 않았음에도 94,300,000원(이하 ‘이 사건 제2경영자문료’라 한다)을 경영자문료로 지급한 사실을 확인하고 이에 대하여 손금불산입하였다.③ 피고는 2007. 9. 17. 미국으로 이민을 간 원고의 전 대표이사 소외 1이 원고의 대표이사 역할을 수행한 사실이 없음에도 원고가 2007, 2008 사업연도에 101,900,000원(이하 ‘이 사건 제1급여’라 한다)을 급여로 지급한 사실을 확인하고 이에 대하여 손금불산입하였다.④ 피고는 원고가 원고의 이사 소외 6이 실제로는 주식회사 청해진해운(이하 ‘청해진해운’이라 한다)에서 회계업무 등을 담당하였고 원고의 이사 역할을 수행한 사실이 없음에도 2007 내지 2009 사업연도에 144,000,000원(이하 ‘이 사건 제2급여’라 한다)을 급여로 지급한 사실을 확인하고 이에 대하여 손금불산입하였다.⑤ 피고는 원고의 대표이사 소외 2가 2011 내지 2013 사업연도에 해외에서 원고의 업무와 관련 없이 개인적으로 사용한 해외출장비 322,636,821원(이하 ‘이 사건 해외출장비’라 한다)을 원고의 비용으로 처리한 것을 확인하고 이에 대하여 손금불산입하였다.⑥ 피고는 원고가 특수관계법인인 주식회사 헤마토센트릭라이프연구소(이하 ‘헤마토’라 한다)로부터 2011 사업연도에 망 소외 7(이하 ‘망인’이라 한다) 사진첩(이하 ‘아해북’이라 한다)을 54,545,456원(이하 ‘이 사건 광고선전비’라 한다)에 구입하여 광고선전비로 계상한 사실을 확인하고 이를 업무무관비용으로 손금불산입하였다.⑦ 피고는 원고가 2012 사업연도에 헤마토로부터 업무와 관련 없이 망인의 사진작품 11점(이하 ‘이 사건 개별 사진작품’이라 한다)을 시가 21,395,000원보다 높은 178,181,818원에 구입하여 유형자산으로 계상한 사실을 확인하고, 그 차액 156,786,818원(이하 ‘이 사건 고가매입액’이라 한다)에 대하여 부당행위계산 부인으로 익금에 산입함과 동시에 유형자산 감액조정으로 손금에 산입하였다.⑧ 피고는 헤마토의 문화예술 사업부문(이하 ‘이 사건 문화예술 사업부문’이라 한다)과 주식회사 고성중공업(변경 전 상호 : 주식회사 천해지, 변경 후 상호 : 주식회사 지에이치아이, 이하 ‘고성중공업’이라 한다)이 고성중공업을 존속법인으로 하여 2013. 11. 20.자로 분할합병(이하 ‘이 사건 분할합병’이라 한다)되는 과정에서 이 사건 문화예술 사업부문과 고성중공업의 1주당 주식가치가 각 0원, 18,554원임에도 각 29,378원, 19,361원으로 계산된 사실을 확인하고, 불공정합병에 따라 원고가 이 사건 문화예술 사업부문의 주주로서 고성중공업의 주주로부터 분여받은 이익 709,000,989원에 대하여는 증여이익으로 익금에 산입하고, 고성중공업의 주주로서 이 사건 문화예술 사업부문의 주주(원고의 특수관계 주주)에게 분여한 이익 511,041,652원에 대하여는 부당행위계산 부인으로 익금에 산입하였으며, 이 사건 문화예술 사업부문의 주주로서 받은 합병대가 1,190,533,926원에서 이 사건 문화예술 사업부문 주식 취득가액 0원과 위에서 본 분여받은 증여이익 709,000,989원을 차감한 의제배당액 481,532,937원 중 이미 신고한 금액 173,414,560원을 제외한 308,118,377원을 의제배당으로 익금에 산입하고, 수입배당금 이중과세 조정분 144,459,881원은 익금불산입하였다.
〈표2〉(단위 : 천원)사업연도 ＼ 쟁점이 사건 제1경영자문료이 사건 제2경영자문료이 사건 제1급여이 사건 제2급여이 사건 해외출장비이 사건 광고선전비이 사건 고가 매입액(주1)이 사건 분할합병합계91,00094,300101,900144,000322,63654,545?1,383,70120077,00094,30027,10048,000????200884,000?74,80048,000????2009???48,000????2011????119,36754,545??2012????82,765?156,786(156,786)?2013????120,504??1,383,701
 매입액
 다. 원고는 이 사건 당초 법인세 부과처분과 이 사건 부가가치세 부과처분에 불복하여 2015. 3. 11. 이의신청을 거쳐 2016. 1. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 8. 3. 기각되었다.
 라. 피고는 이 사건 소송 도중인 2017. 8. 1. ‘이 사건 당초 법인세 부과처분 중 2013 사업연도 법인세 369,741,440원 부분과 관련하여, 피고는 당초 이 사건 분할합병으로 인한 원고의 헤마토 주주로서의 의제배당소득을 산정함에 있어서 합병 당시 헤마토의 실질 주식가치를 0원이라고 보아 공제대상인 취득가액을 0원이라고 보았으나, 법인세법 제16조 제1항 제5호에 의하면 의제배당소득 산정시 공제하는 취득가액은 그 피합병법인의 주식 등을 취득하기 위하여 사용한 금액이고 원고가 헤마토 주식을 취득하기 위하여 실제로 출연한 금액이 989,220,000원이므로 의제배당소득 산정시 이를 공제한다’는 이유로 이 부분 법인세 중 38,614,175원을 직권 감액 경정하였다{이로써 이 사건 당초 법인세 부과처분 중 2013 사업연도 법인세 부분은 직권 감액되어 합계 331,127,265원(가산세 포함)이 남게 되었는바, 이 사건 당초 법인세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 이 사건 법인세 부과처분이라 하고, 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분을 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다}. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 21호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 다음과 같은 사유로 이 사건 각 처분은 위법하므로 이 사건 각 처분은 취소되어야 한다. 
 1) 이 사건 제1경영자문료
 원고는 2007, 2008 사업연도에 아이원아이로부터 실질적인 경영자문용역을 제공받았으므로 아이원아이에게 지급한 경영자문료는 손금으로 산입되어야 한다. 
 2) 이 사건 제2경영자문료
 원고는 2007년경 트라이곤으로부터 경영자문용역을 제공받았으나, 피고는 원고가 8년 전에 경영 관련 자문을 받은 자료를 구비하지 못했다는 사유만으로 이에 관한 비용에 관하여 손금불산입하였으나 이에 관한 명확한 과세 근거를 제시하지 않았다. 따라서 원고가 트라이곤에게 지급한 경영자문료는 손금으로 산입되어야 한다. 
 3) 이 사건 제1급여
 원고의 전 대표이사 소외 1은 2007, 2008 사업연도에 원고의 이사로 재직하면서 해외 출판사와 사이에 영업활동, 라이센스 업무 등에 관여하였고 해외 관련 업무를 담당하던 당시 소외 2 전무와 이메일이나 국제전화를 통하여 업무를 수행하였으며, 월 급여는 약 450만 원으로 해외 영업을 담당하는 임원의 급여로서 그 금액이 과도하다고 볼 수도 없다. 따라서 소외 1에게 지급된 이 부분 급여는 손금으로 산입되어야 한다. 
 4) 이 사건 제2급여
소외 6은 2007 내지 2009 사업연도에 원고의 비상임 사외이사로 재직하였기 때문에 원고 회사에 출근하지 않았던 것일 뿐 원고의 사외이사로 실제 근무를 하였다. 따라서 소외 6에게 지급된 이 부분 급여도 손금으로 산입되어야 한다.
 5) 이 사건 해외출장비
 원고는 비디오테이프, 전자책, 카세트테이프 등의 도소매업과 전자상거래업, 사진예술품 판매업 등도 영위하고 있는데, 소외 2는 원고의 해외 업무 최고책임자로서 해외에서 개최되는 서적박람회에 참석하여 업계 동향을 수시로 확인하고 양질의 교육서적에 대한 독점권을 확보하는 업무를 하고 있어 위와 같은 업무를 위하여 해외 출장을 한 것으로 소외 2가 망인의 해외 전시회에 참석한 것도 원고의 사진예술품 판매업을 위한 것이어서 소외 2에게 지급된 이 부분 해외출장비도 손금으로 산입되어야 한다.
 6) 이 사건 광고선전비
 원고는 2011년 광고 목적으로 아해북을 구입하였는데, 아해북은 망인의 작품으로 분량은 4박스인데 박스당 총 160여 점의 사진작품으로 구성되어 있고 사진작품 1장의 가격은 약 85,000원 정도로 가격이 적정하며, 원고는 사진예술품 판매업을 영위하고 있어서 위 업무를 위하여 아해북을 구입하였을 뿐 망인에게 자금을 지원하기 위하여 아해북을 구입한 것이 아니다. 따라서 아해북 구입비용은 광고선전비로 보아 손금으로 산입되어야 한다.
 7) 이 사건 고가매입액
 피고는 원고가 헤마토로부터 구입한 망인의 사진작품을 고가로 매입하였다고 보아 시가 초과분에 대하여 부당행위계산 부인으로 익금에 산입함과 동시에 유형자산 감액조정으로 손금에 산입하였으나, 망인은 2009년부터 세계 곳곳에서 사진작품 전시회를 개최한 바 있어 무명작가로 보기는 어렵고, 위 사진작품을 실제로 매수한 매수인이 있어서 시가가 존재함에도 피고는 시가가 존재하지 않는다고 보았으며, 원고가 감정인 선정절차에 참여할 기회가 보장되지 않아 감정절차가 적법하다고 할 수 없고, 선정된 감정인도 사진작품을 감정할 만한 적법한 자격과 능력을 소지하였다고 보기 어려우므로, 원고는 위 사진작품을 고가에 매수하였다고 볼 수 없다. 
 8) 이 사건 분할합병
 가) 이 사건 분할합병에 관한 과세는 서울지방국세청장이 헤마토와 고성중공업에 대한 세무조사를 거쳐 헤마토가 특수관계인으로부터 사진작품을 시가보다 높은 가격에 매입한 것으로 보고 이 사건 문화예술 사업부문의 세무상 장부가액을 재계산하여 1주당 주식가치를 산정함에 따라 이루어진 것으로, 피고는 원고가 이 사건 분할합병에 대한 세무조사결과를 당연히 알 수 있었을 것으로 보았으나, 원고는 단지 헤마토 주식 중 13.33％를, 고성중공업 주식 중 9.01％를 보유한 4대 주주로서 헤마토나 고성중공업의 의사결정에 영향을 주거나, 이 사건 분할합병에 대한 세무조사결과를 즉시 통보받을 만한 위치에 있지도 않았다. 따라서 피고는 원고에게 2013 사업연도에 관한 이 사건 당초 법인세 부과처분을 하기에 앞서 다른 법인에 대한 세무조사결과를 설명하는 등 과세예고통지를 하여 원고로 하여금 소명기회를 주거나 과세전 적부심사 기회를 제공하였어야 하였음에도 불구하고 그러하지 않았다. 
 나) 또한, 위 법인세 부과처분과 관련하여, 피고는 본세의 과세표준, 가산세의 종류 및 세액의 산출근거를 밝히지 않은 채 합계액만을 기재한 잘못이 있다. 
 다) 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주가 동일한 경우에는 불공정 합병이 이루어졌더라도, 전체적으로 보아 주주로서는 손익이 없으므로 조세의 부담을 감소시킨 부분이 없다. 또한 동일한 주주가 합병하는 두 법인에 대하여 가지는 주식 지분이 일부이고 그 지분 비율이 다른 경우에 그 주주는 부당한 거래로 이익을 얻은 법인의 지분 주식 가액에서 손해를 본 법인의 지분 주식 가액을 공제한 금액만큼만 부당이득을 얻는 것이므로 위 금액만을 익금산입하면 족할 뿐 다른 법인의 주주로서의 지위에서 부당하게 손해를 입었다고 하여 그 손해를 손금불산입할 수는 없다. 피고는 원고가 헤마토의 주주임과 동시에 고성중공업의 주주임에도 불구하고 헤마토 주주로서의 이득에서 고성중공업 주주로서의 손해를 공제하지 않고 각 익금산입, 손금불산입하였는바 이는 이중과세에 해당한다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실
 1) 이 사건 제1경영자문료와 관련하여
 가) 원고는 아이원아이에게 경영자문료 명목으로 2007년경 700만 원을, 2008년경 8,400만 원 합계 9,100만 원을 지급하였다.
 나) 청해진해운의 대표이사 소외 8은 2014. 4. 30. 세무조사를 받으면서 ‘아이원아이와의 경영자문용역계약은 불필요한 비용이라고 생각하나 사주 일가에 이의를 제기할 수 있는 분위기가 아니었고, 아이원아이로부터 자문이나 컨설팅을 받은 적은 거의 없다’라고 진술하였고, 청해진해운의 직원 소외 6은 같은 날 세무조사를 받으면서 ‘아이원아이에서 온 결과물은 일반교육 외에 회사의 실무에 직접적인 도움이 되지는 않았다’라고 진술하였다. 
 다) 아이원아이의 직원인 소외 9는 2014. 5. 19. 세무조사를 받으면서 ‘내가 2010. 6. 8. 아이원아이 명의로 된 “각자대표와 공동대표의 차이 비교검토”라는 제목의 경영자문보고서를 작성하여 원고 등에게 보내주었는데, 위 보고서는 상법에 관한 내용으로 상법 관련 대학교재나 인터넷 검색자료를 보고 작성한 것 같다’고 진술하였고, 아이원아이의 직원인 소외 10은 같은 날 세무조사를 받으면서 ‘내가 2013. 4. 19. 아이원아이 명의의 “감사보고서 주석에 기재된 부가가치계산 내역”이란 경영자문보고서를 작성하여 원고 등 거래처 7곳에 보내주었는데, 회계나 세법, 상법 등에 대해서 잘 몰랐기 때문에 주식회사의 외부감사에 관한 법률이나 기업회계기준의 내용은 인터넷으로 검색하여 기재하였고, 부가가치 계산 방법으로 가산법과 전단계거래공제법에 관한 개념적인 내용은 당시 아이원 사무실에 비치되어 있던 임상엽 등이 공저한 세법개론 책자와 한국은행 발간 책자를 참조하였다’라고 진술하였다. 
 라) 소외 9는 2014. 4. 25. 세무조사를 받으면서 ‘내가 아이원아이 명의의 “특수관계자에 대한 자산 임대시 임대료 산정 방법”이란 경영자문보고서를 작성하였는데 청해진해운이 질의를 하지도 않았는데 위 경영자문보고서를 작성한 이유는 청해진해운과 자문계약이 체결되어 있었기 때문이다’라고 진술하였다. 
 마) 원고의 총무이사인 소외 11은 2014. 4. 25. 세무조사를 받으면서 ‘2010. 7. 8. 작성된 “각자대표와 공동대표의 차이 비교검토”, 2010. 10. 13. 작성된 “법인세법상 특수관계인에 대한 검토”, 2010. 11. 24. 작성된 “상법에 규정된 주주명부의 기재사항 안내” 등은 아이원아이에게 별도로 요청하지 않았지만 보내온 것이다’라고 진술하였고, ‘아이원아이에서 작성한 “부동산 매매계약서 내용검토 의뢰”에는 매매계약서의 문구에 대한 검토로서 상대를 상대방으로, 기를 기존으로, 잔금지급을 잔금수령으로, 서명을 기명으로 수정한 것과 세금효과에 관한 검토이며 특수관계자 및 부당행위에 대한 일반적인 내용이 대부분인데, 20년간 회계파트에서 근무한 전문가로서 위 용역보고서가 가치가 있다고 판단하느냐’는 조사관의 질문에 대하여 답을 하지 못하였다. 
 2) 이 사건 제2경영자문료와 관련하여
 가) 원고는 2007년 트라이곤에게 경영자문료 명목으로 9,430만 원을 지급하였다.
 나) 원고는 트라이곤으로부터 경영자문용역을 받았다는 자료를 전혀 제출하지 못하였다.
 다) 원고의 대표이사 소외 2는 2014. 7. 16. 세무조사를 받으면서 ‘2007. 12. 18. 트라이곤에 지급한 컨설팅 수수료 1억 6,000만 원을 지급한 이유와 대가로 받은 컨설팅 용역에 대하여 진술해 달라’는 조사관의 질문에 대하여 ‘모른다’고 진술하였다. 
 라) 청해진해운의 대표이사 소외 8, 부장 소외 6, 부장 소외 12의 진술서에는 망인 일가 및 트라이곤을 포함한 계열법인과의 경영자문 계약 등은 반강제적으로 체결된 것이고, 경영자문 등을 거의 받은 적이 없다는 취지로 기재되어 있다.
 마) 과세관청은 2014. 7.경 청해진해운이 트라이곤에게 가공의 경영자문료를 지급한 것으로 보고 관련 비용을 손금불산입한 후 법인세를 경정·고지하였는데, 청해진해운은 이에 관하여 불복하지 않았다.
 3) 이 사건 제1급여와 관련하여
 가) 원고는 소외 1에게 급여 명목으로 2007년경 2,710만 원을, 2008년경 7,480만 원 합계 1억 190만 원을 각 지급하였다.
 나) 소외 1은 망인의 차남으로 2007. 9. 10. 원고의 대표이사로 취임한 이후 2007. 9. 17. 미국으로 이민하였다. 
 다) 원고의 총무이사 소외 11은 2014. 4. 25. 세무조사 과정에서 ‘미국에 직원들이 체류할 수 있는 사무실이나 숙소는 따로 없고, 직원들은 호텔에서 체류하고 있는데 소외 1 사장은 어떻게 지내는지 잘 모르며, 원고의 사무실에 대표이사 사무실을 만들어 놓기는 했는데 사용은 하지 않았고, 소외 1은 해외에 있어서 원고의 이사회 개최 및 주주총회시 참석한 적은 없다’고 진술하였다. 
 라) 원고의 회계팀 직원인 소외 13은 2014. 4. 25. 세무조사 과정에서 ‘소외 1은 가끔 국내에 있는데 원고의 사무실에는 한 번도 출근한 적이 없다. 소외 1이 원고의 대표이사로서 국내에 있는 직원들에게 업무지시를 하는지 여부에 관하여는 메일이나 다른 것으로 지시를 하고 있는 것으로 알고 있으나 정확하게 어떻게 이루어지는지 모른다. 원고에서 해외에 파견되어 있는 직원은 없다. 미국에 직원들이 체류할 수 있는 사무실이나 숙소가 준비되어 있지는 않다. 원고에게는 소외 1의 사무실이 별도로 존재하지는 않는다. 소외 1이 원고에게 해외시장 개척을 위한 시장 조사 관련 비용, 체재비, 접대비 등의 비용을 청구한 적은 없고, 소외 1에게는 월 평균 450만 원 정도의 급여만 나가고 있다’라고 진술하였다. 
 마) 원고의 대표이사 소외 2는 2014. 7. 16. 세무조사를 받으면서 ‘소외 1은 해외담당 공동대표로 선임되어 있는데 해외에서 원고 관련 일보다는 아해 미국 관련 업무를 주로 많이 했다. 소외 1은 2007. 9. 3. 대표이사로 취임해서 소외 14와 각자 대표가 되었는데 소외 1은 그룹 회장인 망인의 차남으로서 망인이 대표로 앉힌 것으로 보이고, 그 이유에 대하여는 잘 모른다’라고 진술하였다.
 바) 소외 1이 기독교○○○○○와 관련된 특수관계법인으로부터 받은 급여 내역은 다음과 같다.
(단위 : 천원)법인명2010년2011년2012년2013년주식회사 흰달65,00078,00035,000?고성중공업?41,208345,000345,000보성몽중산다원??22,50036,000합계65,000119,208402,500381,000
 4) 이 사건 제2급여와 관련하여
 가) 원고는 소외 6에게 급여 명목으로 2007년부터 2009년까지 각 4,800만 원 합계 1억 4,400만 원을 지급하였다.
 나) 원고의 대표이사 소외 2는 2014. 7. 16. 세무조사를 받으면서 ‘한국제약의 대표이사 소외 6이 원고의 직원으로 근무한 것으로 되어 있으나 실제로 근무한 사실은 없다. 나도 이번에 처음 알게 되었다’라고 진술하였다.
 다) 소외 6은 2014. 4. 25. 세무조사를 받으면서 ‘1999. 12.경에 청해진해운에 입사하여 현재까지 회계업무 등을 담당하고 있고, 청해진해운에 입사한 이후 근무한 부서와 담당업무와 관련하여서는, 기획관리부의 명칭이 바뀌긴 하였으나 재무업무는 총 4명 정도가 배정되어 있었다. 1명은 팀장, 3명은 실무진이었으며 3명이 각각 자금, 장부관리 및 세무신고, 장부입력 및 지점관리 등의 업무를 담당하고 있다. 나는 1999. 12. 청해진해운에 입사한 후 지금까지 자금업무를 제외한 실무업무를 하다가 2013년 상반기에 부장대우가 되면서 현재는 총괄업무를 담당하고 있다’라고 진술하였다.
 라) 소외 6이 망인의 계열법인의 임원으로 등재된 내역은 다음과 같다.
법인명임원 등재 내역원고2005. 5. 18. 이사 취임, 2008. 5. 18. 이사 중임2010. 1. 25. 이사 사임주식회사 한국제약2001. 3. 31. 대표이사 취임, 2004. 3. 31. 대표이사 중임2007. 3. 31. 대표이사 중임, 2010. 3. 31. 대표이사 중임2013. 3. 31. 대표이사 중임, 2014. 5. 22. 대표이사 취임
 5) 이 사건 해외출장비에 관하여
 가) 원고가 소외 2에게 해외출장비 명목으로 지급한 금액 및 피고의 손금 인정 및 불인정 내역은 다음과 같다.
(단위 : 백만원)원고 소명내용2011년2012년2013년합계피고 경정내용해외 도서전 관련 비용15460109323손금인정업무 관련 명확 비용12??12기타 업무 관련 비용2682559복합 목적 출장비119(주4)83(주5)121(주6)323(주7) (이 사건 해외출장비)손금불인정합계311151255717?
119
83
121
323
 나) 소외 2의 출입국 현황 및 망인의 해외 전시회 일정은 다음과 같다.
출국일입국일목적지소외 7 해외 전시회 일정2011. 4. 26.2011. 5. 28.미국뉴욕 그랜드센트럴터미널 밴더빌트홀(2011. 4. 29. - 2011. 5. 7.)2011. 7. 12.2011. 8. 2.체코체코 프라하 내셔널 갤러리(2011. 7. 15. - 2011. 8. 15.)2011. 8. 24.2011. 9. 4.영국영국 런던 왕립식물원 전시(2011. 8. 25. - 2011. 8. 29.)2011. 9. 25.2011. 10. 20.러시아모스크바 브레메나 고다갤러리(2011. 9. 15. - 2011. 10. 13.)2011. 11. 28.2011. 12. 8.프랑스이탈리아 플로렌스 알리나리 박물관(2011. 12. 1. - 2011. 12. 18.)2012. 3. 17.2012. 3. 26.독일베니스 마가지니 델 살레(2012. 3. 24. - 2012. 4. 24.)2012. 6. 20.2012. 7. 7.프랑스프랑스 파리 루브르박물관(2012. 6. 26. - 2012. 8. 26.)2013. 2. 12.2013. 3. 8.프랑스프랑스 파리 베르사이유 궁전(2013. 6. 25. - 2013. 9. 9.)2013. 3. 15.2013. 9. 12.프랑스
 다) 원고는 임직원의 출장시 국내(외)출장복명서, 국내(외)출장신청서 등을 작성하여 왔는데, 위 서면의 주지사항에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다. 
○ 국내(외)출장신청서 주지사항 1. 출장신청서는 출장 출발일 5일 이전까지 상세한 출장일정표를 첨부하여 결재를 득하여야 한다. 2. 출장경비는 실비 정산을 원칙으로 하며, 전액 영수증을 첨부하여 정하되 선물용품 구입 등 업무와 무관한 증빙은 무효처리한다. 3. 출장 시 업무와 관계없는 관광, 관람, 유람을 금한다. 4. 출장 후 복명서는 출장 후 7일 이내까지 제출하되, 목적 달성여부, 향후 전망 등에 대해 자세히 기재하고, 전담교육 등을 통해 본인 및 부서의 업무에 적극 반영해야 한다.○ 국내(외)출장복명서 주지사항 1. 출장복명서는 출장업무 완료 7일 이내에 제출하여 결재를 득하여야 한다. 2. 결재권자가 복명서 및 첨부 내용이 부실하다고 판단되어 복명서를 재 제출토록 요청하는 경우, 작성자는 재 작성하여 제출하여야 한다. 3. 복명서 작성부실로 최종 결재권자의 결재를 득하지 못한 경우는 출장비 전액을 급여에서 변제한다.
 라) 원고의 대표이사 소외 2는 2014. 7. 16. 세무조사 과정에서 다음과 같이 진술하였다.
 문 진술인의 해외출입국 현황을 보면 원고 회사의 해외 전시회 일정 외에 프랑스 등 해외에 상당기간 체류한 것으로 확인되는데 체류기간, 체류일정에 대해서 말씀해 주십시오. 답 프랑스에서도 원고 회사와 관련한 업무를 하고 관련자들을 만나고 했습니다. 문 원고 회사 업무와 무관하게 망인의 개인 사진 전시회 일정에 맞추어 입출국한 사실이 있는 것으로 확인되고 관련 비용을 원고 회사에 비용으로 계상한 것으로 판단되는데 이에 대해 구체적으로 진술해 주시겠습니까 답 사진전에 참가한 적은 있습니다 문 진술인은 2013. 2. 12. 프랑스로 출국하여 3. 8. 입국하였고, 3. 15. 출국하여 9. 12.까지 프랑스 현지에 머무르고 있는 것으로 확인이 되고 이후 독일 프랑크푸르트 도서전 참가 후 해외에 장기간 체류하고 있는 것으로 확인이 됩니다. 이 기간 동안 프랑스 파리 베르사유 궁전 박물관에서 망인은 “평범함 속의 비범함”이라는 주제로 사진전을 개최한 사실이 있습니다. 실제로 진술인은 망인의 사진 전시회와 관련한 업무를 수행한 것으로 확인되는데 어떻게 생각하십니까 답 소외 15(배우자)가 디자인 관련 사업을 프랑스를 기반으로 시작해 볼 생각으로 프랑스에 상주했었고 저도 가족과 같이 프랑스에 있었습니다. 소외 15는 아해 프랑스에 직원으로 근무했고 사무실에는 대 여섯명 정도의 직원들이 상주하고 있었던 것으로 알고 있습니다. 문 체코, 프랑스, 러시아에 출장하고 해외출장비로 계상한 이유가 뭔가요 답 체코, 프랑스, 러시아 등 사진전에 다녀왔고 가족의 일원으로서 혼자 참관을 하게 되었습니다. 전시회 참가 비용, 항공권, 호텔비, 기타 경비 전부를 원고 회사에 청구했고, 저는 원고 회사 법인카드 (카드번호 1 생략)(외환), (카드번호 2 생략)(우리BC카드)를 사용했습니다. 이곳도 역시 체코는 2011. 7.부터 같은 해 8.경 체코 프라하 내셔널 갤러리, 2011. 9.부터 같은 해 10.경 러시아 모스크바 비엔나 전시회에 참관했습니다. 문 원고 회사의 국내외 출장복명서 및 규정을 보면 1. 출장복명서는 출장업무 완료 7일 이내에 제출하여 결재를 득하여야 한다. 2. 결재권자가 복명서 및 첨부 내용이 부실하다고 판단되어 복명서를 재 제출토록 요청하는 경우, 작성자는 재 작성하여 제출하여야 한다. 3. 복명서 작성부실로 최종 결재권자의 결재를 득하지 못한 경우는 출장비 전액을 급여에서 변제한다라고 되어 있는데 진술인은 출장과 관련하여 출장복명서를 작성하고 결재를 받은 사실이 있습니까 답 없습니다.
 마) 원고의 해외 지출명세서에 의하면, 소외 2는 2012. 3. 9.부터 2012. 10. 31.까지 이탈리아, 프랑스에서 103건 합계 82,765,028원을 지출하였다.
 6) 이 사건 광고선전비, 고가매입액과 관련하여
 가) 망인의 사진제품은 사진첩 형태의 아해북과 개별 사진작품 형태의 이 사건 개별 사진작품으로 구분되는데, 아해북은 망인의 사진 540여 장을 4가지 주제로 분류하여 인쇄한 사진첩(1세트가 4박스로 구성됨)으로 550개가 제작되어 2011. 3.경부터 국내에서 수입·판매되었고, 이 사건 개별 사진작품은 가치가 있다고 선정된 사진파일을 적합한 크기의 디지털방식 등으로 인화하여 액자 작업을 한 것으로, AP 및 에디션(7개)으로 한정생산하여 2011. 6.경부터 국내에서 수입·판매되었다.
 나) 망인은 아해북 및 이 사건 개별 사진작품을 제작·유통하기 위하여 2011년과 2012년에 다음과 같이 해외 및 국내 법인을 설립하였다.
설립년월국가상호설립목적비고2011. 1.한국헤마토망인 사진- 2013. 11. 계열법인국내총판 고성중공업으로 흡수합병2011. 2.미국AHAE PRESS., INC(이하 ‘아해 미국’이라 한다)망인 사진제작 및 전시회개최- 최대주주 망인 100%- 대표 소외 12012. 3.프랑스AHAE PRESSFRANCE., SARL(이하 ‘아해 프랑스’라 한다)망인 사진제작 및 전시회개최- 최대주주 아해 미국 45%- 대표 소외 1
 다) 아해북은 2011년부터 2013년까지 다음과 같이 국내 계열사인 주식회사 모래알디자인(이하 ‘모래알디자인’이라 한다)이 해외(아해 미국 제작)에서 수입하여 헤마토를 통하여 원고를 포함한 국내계열사 및 기독교○○○○○ 소속 교인들에게 판매하였다.
 라) 아해북의 유통구조는 다음과 같다. 즉, 모래알디자인이 2011. 3. 1. 아해 미국과 아해북 수입에 관한 계약을 체결하고 1세트당 약 2,400만 원(2,181USD) 총 550세트를 수입하였고, 같은 날 헤마토와 아해북 1세트당 14,250,000원(VAT 포함)에 판매하는 총판계약을 체결하여 아해북 440세트를 헤마토에게 판매하였다. 헤마토는 아해북을 계열사 및 교인에게 1세트당 15,000,000원(VAT 포함)에 440세트 중 364세트를 판매하였으며, 원고는 2011. 7.경 아해북 4세트를 60,000,000원(VAT 포함가액, 공급가액 54,545,456원)에 구매하였다.

 마) 이 사건 개별 사진작품과 관련하여서, 헤마토는 2011. 6. 20. 아해 미국과 작품에 대한 국내총판계약을 체결하고 망인 작품을 수입하여 국내 계열사 및 교인에게 1,118점 중 442점을 판매하였으며, 원고는 2012년에 11점을 178,181,818원(VAT 포함)에 구매하였다. 망인은 위와 같은 거래구조를 통해 아해북 및 이 사건 개별 사진작품 등을 국내계열사 및 교인들에게 판매하고 판매법인인 모래알디자인, 헤마토, 고성중공업이 2011년부터 2013년까지 사이에 약 440억 원을 망인이 최대주주로 있는 아해 미국 및 아해 프랑스에 송금하도록 하였다.
 바) 서울지방국세청장은 망인의 아해북과 이 사건 개별 사진작품을 다음과 같이 평가하였다.
 ○ 평가 기준시점 : 2014. 6.경 현재
 ○ 평가 목적 : 국내 사진작품 일반 거래용
 ○ 평가 대상 : 아해북, 이 사건 개별 사진작품(프린트 타입별 대표사이즈 18점)
 ○ 평가 위원 : 국내 사진작품 권위자인 교수 3인(소외 16, 소외 17, 소외 18)과 실무자 3인(소외 19, 소외 20, 소외 21), 평가 위원의 약력은 다음과 같다.
(평가위원 약력 생략)
 ○ 평가 방법 : 전문가 6인을 별개의 두 팀으로 구성하여 헤마토의 안성창고에서 헤마토의 큐레이터를 통한 망인의 작가성, 사진촬영 기법 및 작품 등에 대한 제작과정, 망인의 해외전시회 동영상 등에 대한 상세한 설명과 실사를 통해 감정을 실시
 사) A팀은 ‘작품가격 + 액자제작비’로, B팀은 ‘작품제작원가 × 150%’의 과정을 거쳐 평균액으로 아해북은 1세트당 275만 원, 이 사건 개별 사진작품은 다음과 같이 감정되었다. 
(인치, 원)구분(인치)Digital CWater colorLarge printPlatinumCanvas print16x16650,000????30x301,225,000????40x401,810,000????45x602,620,000????48x723,245,000????72x1085,895,000????13x19?1,160,000???24x42?3,055,000???36x74?5,415,000???44x110?9,395,000???66x44?5,595,000???118x70??5,645,000??168x363??14,930,000??492x196??27,075,000??30x40???3,725,000?143x318????14,860,000168x363????15,860,000492x196????22,150,000
(단위 : 인치, 원)작품명타입사이즈구입가격감정평균액고가매입액Great Tit with InsectDigitalC16X247,272,7271,225,0006,047,727Great Tit with InsectDigitalC24X3610,909,0911,225,0009,684,091Oriental TurtledoveDigitalC24X3610,909,0911,225,0009,684,091Chinese SparrowhawkDigitalC30X4515,454,5451,810,00013,644,545Water DeerDigitalC30X4515,454,5451,810,00013,644,545Water DeerDigitalC30X4515,454,5451,810,00013,644,545Water DeerDigitalC30X4515,454,5451,810,00013,644,545Woods in SummerDigitalC40X6021,818,1822,620,00019,198,182Water Deer and MagpiesDigitalC40X6021,818,1822,620,00019,198,182Maple Trees in AutumnDigitalC60X4021,818,1822,620,00019,198,182SunsetDigitalC60X4021,818,1822,620,00019,198,182합 계?11점178,181,81721,395,000156,786,817
 아) 피고는 특수관계법인인 헤마토로부터 아해북, 이 사건 개별 사진작품을 경제적 합리성 없이 시가보다 고가로 매입하였다고 보아 2012 사업연도 법인세 과세표준을 다음과 같이 경정하였다.
(단위 : 원)사업연도과목금액처분내용2012부당행위계산156,786,818기타사외유출특수관계법인으로부터 고가매입유형자산△156,786,818△유보시가초과액 손금산입
 7) 이 사건 분할합병과 관련하여
 가) 서울지방국세청장은 헤마토가 소유한 망인의 아해북 75세트, 이 사건 개별 사진작품 676점의 가치를 다시 평가하여 이 사건 문화예술 사업부문과 고성중공업의 주식가액 등을 다음과 같이 평가하였다. 
(단위 : 주, 천 원)구 분신 고 내 용조 사 내 용이 사건 문화예술 사업부문고성중공업이 사건 문화예술 사업부문고성중공업순자산 장부가액7,690,35775,517,1237,690,35775,517,123순자산 시가평가7,344,41676,062,780△1,088,62875,759,940주 식 수243,3071,780,600243,3071,780,6001주당 순자산가액29,379원42,718원?42,547원1주당 순손익가치?3,790원?2,558원1주당 주식평가액29,378원19,361원0원18,554원합병 신주 교부481,205?481,205?
 나) 이 사건 문화예술 사업부문의 순자산 가액의 계산내역은 다음과 같다.
(단위 : 원)구분당초 장부가액경정 장부가액비고자산16,810,412,1018,377,367,038?작품9,412,309,1881,744,605,000*사이즈별 감정가액×676점아해북971,590,875206,250,000*2,750,000원(감정가액)×75세트부채9,465,995,7719,465,995,771?순자산7,344,416,330△1,088,628,733?
 다) 고성중공업과 헤마토의 이 사건 분할합병 전 주주 현황은 다음과 같다.
〈고성중공업〉(주, 백만 원)주주명보유주식수보유비율액면가액합 계1,780,600100.00%8,903아이원아이1,120,00062.90%5,600우리사주조합273,00015.33%1,365㈜다판다197,10011.07%986원고160,5009.01%802㈜온지구30,0001.69%150
〈헤마토〉(주, 백만 원)주주명보유주식수보유비율액면가액합 계249,991100.00%2,500㈜다판다66,66026.67%667원고33,33413.33%333㈜세모18,3337.33%183㈜정석케미칼54,99821.99%550㈜온지구21,6668.67%217고성중공업40,00016.00%400소외 25 외 14(개인)15,0006.00%150
 라) 이 사건 분할합병에 따라 고성중공업 주주가 헤마토 주주에게 분여한 이익은 다음과 같다.
(단위 : 원)이익 분여자분여한 이익기신고금액신고누락액소 계지분율5,291,574,980-5,291,574,980아이원아이62.90%4,155,621,863-4,155,621,863㈜다판다11.07%523,863,289-523,863,289원고9.01%511,041,652-511,041,652㈜온지구1.69%101,048,176-101,048,176
 마) 이 사건 분할합병으로 헤마토의 이 사건 문화예술 사업부문 주주가 고성중공업 주주로부터 분여받은 이익은 다음과 같다. 
(단위 : 원)분여받은 자분여받은이익기신고금액신고누락액소 계5,291,574,980156,289,2315,135,285,749㈜다판다1,379,329,185-1,379,329,185원고709,000,989-709,000,989㈜온지구505,493,083-505,493,083㈜세모436,418,354-436,418,354㈜정석케미칼1,309,182,871-1,309,182,871고성중공업952,150,498156,289,231795,861,267
 바) 이 사건 분할합병으로 인한 헤마토 주주의 의제배당 내역은 다음과 같다.
(단위 : 주, 원)법인명교부주식수분할합병대가(①(주9))취득가액(②)분여받은 이익(③)의제배당액(①-②-③)합 계481,2058,928,262,286-5,291,574,9803,155,154,368㈜다판다128,3172,380,789,542-1,379,329,1851,001,460,358원고64,1661,190,533,926989,220,000(주10)709,000,9890(주11)㈜온지구41,706773,811,799-505,493,083268,318,716㈜세모35,290654,769,539-436,418,354218,351,185㈜정석케미칼105,8681,964,271,509-1,309,182,871655,088,638고성중공업76,9981,428,618,446-952,150,498476,467,948개인(15명)28,860535,467,523--535,467,523
①
989,220,000
0
 사) 이 사건 분할합병으로 인한 헤마토 주주의 의제배당 신고 누락 내역은 다음과 같다. 
(단위 : 원)법인명경정금액기신고금액신고누락액합 계3,636,687,3071,179,216,0902,457,471,217㈜다판다1,001,460,358260,455,665741,004,693원고0173,414,5600㈜온지구268,318,716173,598,79694,719,920㈜세모218,351,185 -218,351,185㈜정석케미칼655,088,638 -655,088,638고성중공업476,467,948162,897,047313,570,901개인(15명)535,467,523408,850,020126,617,503
 아) 2013 사업연도 법인세에 관한 이 사건 당초 법인세 부과처분과 이 사건 법인세 부과처분의 차이는 다음과 같다.
〈이 사건 당초 법인세 부과처분〉?상세설명세부항목경정액기신고금액적출금액(과세표준)헤마토 주주의제배당481,532,937173,414,560308,118,377헤마토 주주수입배당금 익금불산입-144,459,881(주12)?-144,459,881합계163,658,496
-144,459,881
〈이 사건 법인세 부과처분〉?상세설명세부항목경정액기신고금액적출금액(과세표준)헤마토 주주의제배당0173,414,5600헤마토 주주수입배당금 익금불산입0?0합계0
〈법인세 과세표준 및 세액 계산서〉?구분이 사건 당초 법인세 부과처분이 사건 법인세 부과처분결산서상 당기순손익-914,668,618-914,668,618소득조정금액익금산입6,479,496,2196,315,837,723(주13)손금산입3,811,774,2123,811,774,212차가감소득금액1,753,053,3891,589,394,893각사업연도소득금액1,806,697,2091,643,038,713과세표준1,806,697,2091,643,038,713세율2020산출세액341,339,441308,607,742가산세액82,556,49576,674,019총결정세액423,895,936385,281,761차감 징수할 세액423,895,936385,281,761당초 경정고지세액423,895,936423,895,936차감고지세액0-38,614,175
6,315,837,723
 자) 서울지방국세청장은 2014. 10. 17. 원고에 대하여 국세기본법 제81조의12에 의하여 세무조사결과 법인세의 예상 고지세액 합계가 677,561,861원, 부가가치세의 예상고지세액 합계가 3,263,504원이고, 예정고지일은 2014. 12. 1., 예정 납부기한은 2014. 12. 31.이며 세무조사 결과 통지에 대한 권리구제 절차, 수입금액, 과세표준 및 세액의 산출명세, 조사항목별 적출내역 및 세무조사결과 사후관리할 사항 등이 첨부된 세무조사 결과통지를 발송하였고, 위 세무조사 결과통지는 2014. 10. 20. 피고에게 도달하였다.
 8) 형사판결 관련
 가) 아이원아이의 감사였던 소외 22는 ‘아이원아이가 여러 분야에서 사업을 영위하는 계열사들의 경영개선을 위해 실질적인 경영자문을 해 줄 전문적 인력이나 노하우를 보유하고 있지 않음에도 불구하고, 원고의 대표이사인 소외 14의 지시에 따라 계열사들에 대한 우월적인 지위를 이용하여 경영자문계약을 체결한 후, 2007. 12.경 아이원아이 사무실에서 소외 14로부터 아이원아이가 원고로부터 매달 일정액을 받을 수 있도록 하라는 지시를 받고, 원고가 상시적인 컨설팅을 받을 필요가 없고, 아이원아이에 전문적인 컨설팅 인력이나 노하우가 없다는 사실을 알면서도, 2007. 12. 26.경 원고로부터 컨설팅비 명목의 7,000,000원을 아이원아이 계좌로 송금받은 것을 비롯하여, 위 일시경부터 2014. 3. 10.경까지 같은 명목으로 총 76회에 걸쳐 합계 532,000,000원을 송금받았다’는 등의 공소사실로 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)죄 등으로 공소제기되었고 인천지방법원{2014고합266, 286(병합), 291(병합), 294(병합), 295(병합), 300(병합), 306(병합), 420(병합)}은 2014. 11. 5. 소외 22에 대하여 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)죄를 유죄로 인정하여 징역 1년 6월, 집행유예 3년을 선고하였으며, 위 판결은 그대로 확정되었다(이하 위 판결을 ‘이 사건 제1심 판결’이라 한다). 
 나) 한편, 이 사건 제1심 판결과 관련하여, 고성중공업의 대표이사였던 소외 23, 헤마토의 대표이사였던 소외 24도, 소외 23은 ‘고성중공업의 이사로 재직하면서 고성중공업을 운영함에 있어 불필요한 비용을 지출하거나 불필요한 자산을 취득하는 등으로 고성중공업의 재무상태 및 현금흐름을 악화시키는 행위를 하지 말아야 할 업무상 임무가 있음에도, 망인 일가에 자금을 지원하기 위해 2012. 3. 21.경 헤마토가 아해 미국으로부터 수입할 예정인 망인의 사진을 구입함에 있어, 망인 등의 사진 사업을 지원할 목적으로, 헤마토가 임의적으로 정한 가격에 사진 14점을 구입하면서 그 대금 합계 220,000,000원을 지급하여 망인 등과 공모하여, 그 임무에 위배하여 헤마토에 위 금액 상당의 재산상 이익을 취득하게 하고, 고성중공업에 동액 상당의 재산상 손해를 가하였다’는 등의 공소사실로, 소외 24는 ‘2011. 1. 26. 헤마토를 설립하고 대표이사로 취임하여 2011. 1.경 망인, 차남 소외 1, 장녀 소외 15와 함께, 망인의 사진을 신도나 계열사에 고가에 팔아 그 대금을 미국이나 프랑스 등지로 반출하여 망인 일가 명의로 축적하는 구조의 사진사업을 추진하기로 공모한 후, 2011. 3. 3.경 모래알디자인에 아해북 관련 선급금 명목으로 150,000,000원을 송금한 것을 비롯하여, 위 일시경부터 2011. 10. 24.경까지 사이에 모두 19회에 걸쳐 아해북에 대한 선급금 명목으로 합계 6,760,000,000원을 송금하였다. 이로써 소외 24는 망인, 소외 1, 소외 15와 공모한 후, 그 임무에 위배하여 모래알디자인에 위 금액 상당의 재산상 이익을 취득하고, 헤마토에 동액 상당의 재산상 손해를 가하였다’ 등의 공소사실로 각 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임) 등으로 공소제기되어 소외 22와 공동피고인으로 재판을 받았는데, 이 사건 제1심 판결은 2014. 11. 5. 소외 23에 대하여는 위 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임) 등을 유죄로 인정하여 징역 4년을, 소외 24에 대하여는 위 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임) 등을 유죄로 인정하여 징역 3년을 각 선고하였고, 항소심인 서울고등법원{2014노3604, 2015노1194(병합)}은 2015. 5. 22. 원심판결을 파기한 후 소외 23에 대하여는 징역 3년, 소외 24에 대하여는 징역 2년 6월, 집행유예 3년을 각 선고하였으며(위 서울고등법원에서는 소외 23, 소외 24에 대하여 일부 예비적 공소사실이 추가되었고 이 부분이 모두 유죄로 인정되었다), 상고심인 대법원(2015도7992)은 2015. 9. 10. 상고를 기각하여 위 판결이 그대로 확정되었다(이하 이 사건 제1심 판결을 포함하여 모두 ‘이 사건 제1형사판결’이라 한다). 
 다) 원고와 아이원아이의 대표이사였던 소외 14는 ‘아이원아이의 대표이사로서 망인 등과 공모한 바에 따라 2007. 12.경 원고에 대하여 아이원아이에 경영자문료 명목으로 매달 일정액을 송금하여 아이원아이의 운영비를 지원해달라고 요청하여 그 무렵 경영자문계약을 체결하고, 그 계약에 따라 2007. 12. 26. 자문료 명목의 7,000,000원을 아이원아이 명의 계좌로 송금받은 것을 비롯하여 위 일시경부터 2014. 3. 10.까지 76회에 걸쳐 532,000,000원을 송금받음으로써 그 임무에 위배하여 아이원아이에 위 금액 상당의 재산상 이익을 취득하게 하고, 원고에 대하여 동액 상당의 재산상 손해를 가하였다. 또한, 2012. 3. 21.경 원고 사무실에서 헤마토가 아해 미국으로부터 수입할 예정인 망인의 사진을 구입함에 있어, 망인 등의 사진 사업을 지원할 목적으로, 헤마토가 임의적으로 정한 가격에 사진 7점을 구입하면서 그 대금 합계 100,000,000원을 지급하여 망인 등과 공모하여, 그 임무에 위배하여 헤마토에 위 금액 상당의 재산상 이익을 취득하게 하고, 원고에 대하여 동액 상당의 재산상 손해를 가하였다’는 등의 공소사실로 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임) 등으로 공소제기되었고, 인천지방법원(2014고합907)은 2015. 1. 29. 소외 14에 대하여 위 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임) 등을 유죄로 인정하여 징역 5년을 선고하였으며, 항소심인 서울고등법원{2015노592, 1112(병합)}은 2015. 7. 3. 원심판결을 파기하면서 소외 14에 대하여 징역 4년을 선고하였고, 상고심인 대법원(2015도11034)은 상고를 기각하여 위 판결이 그대로 확정되었다(이하 위 판결을 ‘이 사건 제2형사판결’이라 한다). 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제3 내지 21호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 1) 이 사건 제1, 2경영자문료에 관하여
구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제2항은 ‘제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있다. 
 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 등 참조). 
 살피건대, 위 인정사실에다가 앞서 본 각 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정들 즉, ① 아이원아이와 자문계약을 체결한 청해진해운의 대표이사 소외 8, 직원 소외 6의 세무조사 당시 진술에 의하면, 원고뿐만 아니라 청해진해운도 아이원아이와 경영자문용역계약을 체결하였는데, 청해진해운 입장에서는 위 경영자문용역계약이 불필요하였으나 망인 일가에 이의를 제기할 수 있는 분위기가 아니어서 이를 체결한 것으로 실제로 아이원아이로부터 자문이나 컨설팅을 받은 적이 거의 없었으며, 실제로 받은 자문 결과물도 실무에 도움이 되지 않았던 것으로 보이고, 이러한 사정은 원고의 경우에도 마찬가지였을 것으로 보이는 점, ② 아이원아이의 직원인 소외 9, 소외 10의 세무조사 당시 진술에 의하면, 아이원아이의 경영자문보고서 중 ‘각자대표와 공동대표의 차이 비교검토’는 대학교재나 인터넷 검색자료를 토대로 작성된 것이고, ‘특수관계자에 대한 자산 임대시 임대료 산정 방법’은 질의를 받지도 않은 채 작성된 것이며, ‘감사보고서 주석에 기재된 부가가치계산 내역’은 회계나 세법, 상법 등에 대해서 전문적 지식이 없는 직원 소외 10이 인터넷이나 사무실에 비치된 책자 등을 참조하여 작성된 것에 불과한 것으로 보이는 등 아이원아이의 경영자문보고서는 전반적으로 실제 가치가 거의 없었던 것으로 보이는 점, ③ 원고의 총무이사인 소외 11의 세무조사 당시 진술에 의하면, 아이원아이의 경영자문보고서인 ‘각자대표와 공동대표의 차이 비교검토’, ‘법인세법상 특수관계인에 대한 검토’, ‘상법에 규정된 주주명부의 기재사항 안내’ 등은 아이원아이가 원고로부터 요청을 받지 않았음에도 불구하고 임의로 원고에게 위 자료를 보낸 것이고, ‘부동산 매매계약서 내용검토 의뢰’는 일반적인 내용이 대부분이어서 원고의 입장에서도 위 보고서가 경영자문보고서로서의 가치가 없다고 판단하였을 것으로 보이는 점, ④ 원고가 제출한 갑 제3 내지 8호증의 각 기재만으로는 아이원아이가 원고에게 정당한 경영자문용역을 제공하였다고 보기는 어려운 점, ⑤ 아이원아이의 감사였던 소외 22는 아이원아이가 계열사들의 경영개선을 위해 실질적인 경영자문을 해 줄 전문적 인력이나 노하우를 보유하고 있지 않음에도 불구하고 원고의 대표이사인 소외 14의 지시에 따라 경영자문계약을 체결한 후 원고로 하여금 아이원아이에게 이 사건 제1경영자문료 등을 지급하게 하였다는 등의 공소사실로 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)죄 등으로 공소제기되어 이 사건 제1형사판결에서 유죄가 인정되었고, 원고와 아이원아이의 대표이사였던 소외 14도 이 사건 제1경영자문료와 관련된 공소사실로 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임) 등으로 공소제기되어, 이 사건 제2형사판결에서 유죄로 인정된 점, ⑥ 원고는 트라이곤으로부터 경영자문용역을 받았다는 자료를 전혀 제출하지 못하고 있을 뿐 아니라, 원고의 대표이사 소외 2도 세무조사를 받으면서 트라이곤에게 컨설팅 수수료 1억 6,000만 원을 지급한 이유와 대가로 받은 컨설팅 용역에 대하여 모른다고 진술한 점, ⑦ 청해진해운의 대표이사 소외 8, 부장 소외 6, 부장 소외 12의 진술에 의하더라도 트라이곤으로부터 경영자문을 거의 받은 적이 없는 것으로 보이는 점, ⑧ 과세관청은 청해진해운이 트라이곤에게 가공의 경영자문료를 지급한 것으로 보고 관련 비용을 손금불산입한 후 법인세를 경정·고지하였는데, 청해진해운은 이에 관하여 불복을 하지 않은 점 등 제반 사정에 비추어 보면, 원고가 아이원아이와 트라이곤으로부터 위 경영자문용역을 제공받았다거나 이 사건 제1, 2경영자문료가 원고의 사업과 관련되거나 원고의 수익과 관련된 것이라고 볼 수는 없다. 따라서 피고가 이 사건 제1, 2경영자문료를 손금불산입한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 2) 이 사건 제1, 2급여에 관하여
 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어 손금에 산입되는 ‘인건비’란 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 것을 말한다(대법원 1999. 6. 25. 선고 97누14194 판결 참조).
 살피건대, 위 인정사실에다가 앞서 본 각 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정들 즉, ① 소외 1은 망인의 차남으로 원고의 대표이사로 취임한 이후 약 일주일 뒤에 미국으로 이민을 간 것으로 보이는 점, ② 원고의 총무이사 소외 11, 회계팀 직원 소외 13, 대표이사 소외 2의 세무조사 당시 진술들을 종합하여 보면, 소외 1은 미국에 거주하기 때문에 원고의 대표이사로서 이사회 및 주주총회시에 참석한 적이 없고, 원고의 사무실에 한 번도 출근한 적이 없으며, 원고의 사무실에는 소외 1의 사무실이 별도로 존재하지 않았고, 소외 1이 원고에게 해외시장 개척을 위한 시장 조사 관련 비용, 체재비, 접대비 등의 비용을 청구한 적도 없으며, 소외 1은 해외에서 아해 미국 관련 업무를 주로 했던 것으로 보이는 점, ③ 원고는 소외 1이 실제로 원고의 대표이사로 근무하였다는 증거로 갑 제9호증의 1 내지 155를 들고 있으나, 위 증거들은 원고가 소외 1에게 원고의 사업계획 등을 단순히 보고하는 등 이메일을 보낸 것에 불과할 뿐이어서 위 증거만으로 소외 1이 원고의 대표이사로서 실질적으로 근로를 제공하였다고 보기는 어려운 점, ④ 소외 6은 비록 2007년부터 2009년까지 원고의 이사로 취임하였으나 같은 기간 주식회사 한국제약의 대표이사로 재직을 하였고, 세무조사 당시 ‘1999. 12.경에 청해진해운에 입사한 후 지금까지 자금업무를 제외한 실무업무를 하다가 2013년 상반기에 부장대우가 되면서 현재는 총괄업무를 담당하고 있다’고 진술하여 청해진해운의 직원으로 근무하고 있는 것으로 보이는 점, ⑤ 원고의 대표이사 소외 2도 세무조사 당시 ‘한국제약의 대표이사 소외 6이 원고의 직원으로 근무한 것으로 되어 있으나 실제로 근무한 사실은 없고 나도 이번에 처음 알게 되었다’라고 진술한 점 등 제반 사정에 비추어 보면, 소외 1, 소외 6의 급여 명목으로 지출된 금원은 소외 1, 소외 6의 근로에 대한 대가로 지출된 것이라고 볼 수 없으므로 가공인건비에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 피고가 이 사건 제1, 2급여를 손금불산입한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 3) 이 사건 해외출장비에 관하여
 살피건대, 위 인정사실에다가 앞서 본 각 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정들 즉, ① 피고는 원고가 소외 2에게 해외출장비 명목으로 지급한 금액 중 해외도서전이나 기타 원고의 업무와 관련됨이 명확한 비용에 대하여는 손금산입을 인정한 반면 원고의 업무와 관련되지 않는 비용이라고 판단된 부분에 대하여는 손금불산입을 한 것으로 보이는 점, ② 원고는 임직원의 출장시 국내(외)출장신청서, 국내(외)출장복명서 등을 작성하는데, 위 국내(외)출장신청서에는 주지사항으로 ‘출장 출발일 5일 이전까지 상세한 출장일정표를 첨부하여 결재를 얻어야 하고, 경비는 실비 정산을 원칙으로 하되 전액 영수증을 첨부하여야 하며, 출장 후 복명서는 출장 후 7일 이내까지 제출하여야 한다’는 내용이, 위 국내(외)출장복명서에는 ‘출장복명서는 출장업무 완료 7일 이내에 제출하여 결재를 얻어야 하고, 복명서 작성부실로 최종 결재권자의 결재를 득하지 못한 경우는 출장비 전액을 급여에서 변제한다’는 등의 내용이 포함되어 있는데, 소외 2는 세무조사 당시 출장복명서를 작성하고 이에 관한 결재를 받은 사실이 없다고 진술하였는바, 이 사건 해외출장비 부분은 원고의 내부 규정에 부합하는 통상의 해외출장이 아니었다고 보이는 점{원고는 세무조사 당시 소외 2의 진술내용이 이 사건 해외출장비를 손금불산입하는 근거가 될 수 없다고 주장하나, 소외 2는 진술서(을 제8호증)에 본인이 진술한 내용대로 작성되었다는 내용으로 서명, 무인하였으므로 다른 증거가 없는 이상 소외 2 진술의 신빙성을 부인하기는 어렵다}, ③ 소외 2는 위 조사 당시 망인의 해외 사진전에 참가한 적이 있고, 체코, 프랑스, 러시아 등 망인의 사진전에는 가족의 일원으로서 혼자 참관을 하였다고 진술하였으며, 망인의 해외 전시회 일정과 소외 2의 출입국 현황을 비교하여 보면 소외 2는 원고와 관련된 업무보다는 망인의 해외전시회 일정에 맞추어 출국한 것으로 보이는 점, ④ 소외 2는 현재까지도 세무조사 당시 제출한 명세서 이상의 업무 관련성 입증자료를 제출하지 못하고 있는 점(원고는 소외 2의 해외출장비가 업무와 관련성이 있다고 주장하면서 갑 제22, 23호증을 제출하고 있으나, 이는 소외 2 본인의 진술이거나 지출 내역에 불과하여 위 증거만으로 위 해외출장비가 업무와 관련된다고 보기는 어렵다), ⑤ 원고는 세무조사 당시 조사관이 소외 2에게 이 사건 해외출장비가 업무와 관련 없이 이루어진 것이라는 확인서를 제출하면 이 사건 해외출장비 중 50%를 손금으로 인정해주겠다고 회유하였으나 소외 2는 확인서를 제출하지 않았고 이에 이 사건 해외출장비 전액이 손금불산입되었다고 주장하면서 소외 11의 인증서(갑 제21호증)를 제출하고 있으나, 소외 11은 원고 회사에서 2010년 이사로 승진하여 관리팀, 총무부, 회계팀, 전산팀, 물류팀을 총괄하던 자로서 원고 회사와의 관계에 비추어 위 진술을 그대로 믿기는 어려운 점 등 제반 사정에 비추어 보면, 피고가 손금불산입한 이 사건 해외출장비 부분은 소외 2가 원고의 업무와 관련하여 지출한 비용이 아니라 망인의 사위로서 망인의 해외 사진전에 참석하기 위하여 지출한 비용으로 봄이 상당하다. 따라서 피고가 이 사건 해외출장비를 손금불산입한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 4) 이 사건 광고선전비에 관하여
법인세법 제19조 제1항은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제19조 제18호에서는, 법인세법 제19조 제1항에 따른 손비로 ‘광고선전 목적으로 기증한 물품의 구입비용[특정인에게 기증한 물품(개당 5,000원 이하의 물품은 제외한다)의 경우에는 연간 3만 원 이내의 금액에 한정한다]’을 규정하고 있다. 
 한편, 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 광고선전비는 불특정다수인을 상대로 구매의욕을 자극하기 위하여 지출하는 비용이라 할 것이다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두2990 판결 등 참조).
 살피건대, 원고가 헤마토로부터 2011 사업연도에 망인의 사진첩인 아해북을 54,545,456원에 구입하여 광고선전비로 계상한 사실은 앞서 본 바와 같은데, ① 원고는 아해북을 거래처에 선물용으로 증정하기 위하여 구매한 것이라고 주장하나, 이를 뒷받침하는 자료를 제출하지 못하고 있는 점, ② 헤마토의 대표이사였던 소외 24는 ‘망인, 차남 소외 1, 장녀 소외 15와 함께, 망인의 사진을 신도나 계열사에 고가에 팔아 그 대금을 미국이나 프랑스 등지로 반출하여 망인 일가 명의로 축적하는 구조의 사진사업을 추진하기로 공모한 후, 모래알디자인에 아해북 관련 선급금 명목으로 금원을 송금한 것을 비롯하여, 수차례에 걸쳐 아해북에 대한 선급금 명목으로 금원을 송금함으로써 망인, 소외 1, 소외 15와 공모한 후, 그 임무에 위배하여 모래알디자인에 위 금액 상당의 재산상 이익을 취득하고, 헤마토에 동액 상당의 재산상 손해를 가하였다’는 등의 공소사실로 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)죄 등으로 공소제기되어 이 사건 제1형사판결에서 유죄가 인정되었는데, 위 형사판결은 헤마토의 대표이사였던 소외 24가 모래디자인으로부터 상품성이 검증되지 않은 아해북을 구입하는 명목으로 약 67억 원을 송금하여 헤마토에 대하여 재산상 손해를 가하였다는 것이고 이 사건 광고선전비와 그 대상이 아해북이라는 점에서 동일한 점에 비추어 보면, 위 광고선전비는 망인의 사진을 신도나 계열사에 고가에 팔아 그 대금을 해외로 반출하여 망인 일가 명의로 축적하려는 목적일 뿐 불특정 다수인을 상대로 한 광고 목적은 아닌 것으로 보이는 점 등 제반 사정에 비추어 보면, 이 사건 광고선전비가 불특정다수인을 상대로 원고의 제품 등에 대한 구매의욕을 자극하기 위하여 지출된 비용이라고 보기는 어렵다. 따라서 피고가 이 사건 광고선전비를 손금불산입한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 5) 이 사건 고가매입액과 관련하여
 가) 관련 법리
법인세법 제52조 제1항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있고, 제2항은 ‘제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다’고 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제1호에서는 법인세법 제52조 제1항에서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 관하여 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우’를 들고 있고, 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제89조 제1항은 ‘법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다’고 규정하고, 제2항은 ‘법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)(제1호), 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조를 준용하여 평가한 가액(제2호)을 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다’고 규정하고 있다. 또한 상속세 및 증여세법 제62조 제2항에서는 ‘상품, 제품, 서화, 골동품, 소유권의 대상이 되는 동물, 그 밖의 유형재산에 대해서는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다’고 규정하고 있고, 위 규정의 위임을 받은 상속세 및 증여세법 시행령 제52조 제2항 제2호 가목에서는 ‘판매용이 아닌 예술적 가치가 있는 서화·전적의 평가는 전문분야별로 2인 이상의 전문가가 감정한 가액의 평균액으로 평가하되 다만, 그 가액이 국세청장이 위촉한 3인 이상의 전문가로 구성된 감정평가심의회에서 감정한 감정가액에 미달하는 경우에는 그 감정가액에 의한다’고 규정하고 있다. 
 한편 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조). 
 나) 헤마토가 특수관계자에 해당하는지 여부
 살피건대, 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 이른바 고가매입으로 인한 부당행위계산부인의 경우, 자산의 취득이 부당행위계산에 해당하는지 여부의 기준시기는 거래 당시인데(대법원 2010. 5. 14. 선고 2007두14978 판결 등 참조), 원고가 헤마토로부터 이 사건 개별 사진작품을 매수한 것은 2012년이고, 그 무렵 원고가 헤마토의 총 발행주식 249,991주 중 13.33%인 33,334주를 보유하고 있었던 사실은 앞서 본 바와 같으므로 원고는 헤마토에 대하여 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 특수관계자에 해당한다.
 다) 경제적 합리성이 있는지 여부 
 살피건대, 위 인정사실에다가 앞서 본 각 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정들 즉, ① 원고 이외에 불특정다수인이 이 사건 개별 사진작품을 구매하였다거나 헤마토와 특수관계인이 아닌 제3자간에 위 사진작품에 관한 일반적인 거래 가격이 있음을 뒷받침하는 증거가 전혀 제출되지 않았으므로, 이 사건은 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 소정의 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우’에 해당한다고 보기는 어려운 점, ② 또한 이 사건 개별 사진작품에 관하여 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호 소정의 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있다고 볼 증거도 전혀 없는 점, ③ 서울지방국세청장은 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호에 의하여 상속세 및 증여세법 제62조 제2항, 상속세 및 증여세법 시행령 제52조 제2항 제2호 가목에 의하여, 이 사건 개별 사진작품에 관하여 국내 사진작품 권위자인 교수 3인(소외 16, 소외 17, 소외 18)과 실무자 3인(소외 19, 소외 20, 소외 21) 등 총 6명의 전문가를 두 팀으로 나누어서 감정을 실시하였고, 각 팀의 감정가액 평균액이 21,395,000원으로 산정된 점, ④ 피고는 원고가 2012 사업연도에 헤마토로부터 업무와 관련 없이 망인의 이 사건 개별 사진작품을 시가 21,395,000원보다 높은 178,181,818원에 구입하여 유형자산으로 계상한 사실을 확인하고, 그 차액 156,786,818원(이 사건 고가매입액)에 대하여 부당행위계산 부인으로 익금에 산입함과 동시에 유형자산 감액조정으로 손금에 산입한 점, ⑤ 고성중공업의 대표이사였던 소외 23은 망인 일가에 자금을 지원하기 위해 헤마토가 아해 미국으로부터 수입할 예정인 망인의 사진을 구입함에 있어 망인 등의 사진 사업을 지원할 목적으로, 헤마토가 임의적으로 정한 가격에 사진 14점을 구입하면서 그 대금 합계 220,000,000원을 지급하여 망인 등과 공모하여, 그 임무에 위배하여 헤마토에 위 금액 상당의 재산상 이익을 취득하게 하고, 고성중공업에 동액 상당의 재산상 손해를 가하였다는 등의 공소사실로 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)죄 등으로 공소제기되어 이 사건 제1형사판결에서 유죄가 인정되었는데, 위 형사판결은 고성중공업의 대표이사였던 소외 23이 헤마토로부터 상품성이 검증되지 않은 망인의 사진을 구입하는 명목으로 220,000,000원을 송금하여 고성중공업에 대하여 재산상 손해를 가하였다는 것이고 이 사건 고가매입액과 그 대상이 관련되어 있는 점에 비추어 보면, 위 고가매입액은 망인의 사진을 신도나 계열사에 고가에 팔아 그 대금으로 망인 일가에 자금을 지원하기 위한 목적이었던 것으로 보이는 점 등 제반 사정을 종합하여 보면, 원고가 헤마토로부터 이 사건 개별 사진작품을 이 사건 고가매입액에 매수한 것은 경제적 합리성을 무시한 부당행위계산에 해당한다고 할 것이다. 따라서 피고가 이 사건 고가매입액을 부당행위계산 부인한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 6) 이 사건 분할합병과 관련하여
 가) 과세전 적부심사 절차를 침해하였는지 여부
 살피건대, 원고는 이 사건 분할합병의 당사자인 헤마토와 고성중공업의 주주로서 위 분할합병의 결과 발생한 매도가능증권의 회수미달액을 손익계산서에 손금계상하였다가 세무조정으로 173,414,560원을 익금산입하는 등 이 사건 분할합병을 미리 알고 그로 인한 결과를 재무제표에 계상하여 세무조정을 한 것으로 보이고, 서울지방국세청장은 원고에 대하여 세무조사결과 법인세의 예상 고지세액 합계 및 부가가치세의 예상고지세액 합계와 예정고지일, 예정 납부기한 등의 내용이 포함되어 있고 세무조사 결과 통지에 대한 권리구제 절차, 수입금액, 과세표준 및 세액의 산출명세, 조사항목별 적출내역 및 세무조사결과 사후관리할 사항 등이 첨부된 세무조사 결과통지를 발송하였으며, 위 세무조사 결과통지가 피고에게 도달한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고로서는 이 사건 분할합병에 관한 2013 사업연도에 관한 이 사건 당초 법인세 부과처분 이전에 과세전 적부심사를 청구하여 위 세무조사 결과통지에 대하여 불복할 기회가 있었다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 나) 본세 및 가산세의 종류 및 산출근거 등을 밝히지 않았는지 여부
 살피건대, 서울지방국세청장이 원고에 대하여 세무조사결과 법인세의 예상 고지세액 합계 및 부가가치세의 예상고지세액 합계 등의 내용이 포함되고 수입금액, 과세표준 및 세액의 산출명세, 조사항목별 적출내역 및 세무조사결과 사후관리할 사항 등이 첨부된 세무조사 결과통지를 발송하여 위 통지가 원고에게 도달한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제1호증의 1 내지 9의 각 기재에 의하면, 피고는 이 사건 각 처분을 함에 있어 세액산출근거(과세표준, 세율, 산출세액, 가산세, 공제세액, 납기내 고지세액 등) 및 가산세 산출근거(가산세 구분, 대상금액, 세율, 세액)가 포함된 납세고지서를 원고에게 발송한 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면 피고는 이 사건 각 처분시 본세의 과세표준, 가산세의 종류 및 세액의 산출근거를 제대로 밝혔다고 봄이 상당하고 달리 위 납세고지서에 어떠한 하자가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.
 다) 이중과세인지 여부
 원고는 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주가 동일한 경우에는 불공정 합병이 이루어졌더라도, 전체적으로 보아 주주로서는 손익이 없는데, 피고는 원고가 헤마토의 주주임과 동시에 고성중공업의 주주임에도 불구하고 헤마토 주주로서의 이득에서 고성중공업 주주로서의 손해를 공제하지 않고 각 익금산입, 손금불산입하였는바 이는 이중과세에 해당한다고 주장하므로 살피건대, ① 피고는 앞서 본 바와 같이 아해북과 이 사건 개별 사진작품의 가치를 다시 평가한 후 헤마토와 고성중공업의 순자산가액과 1주당 주식평가액 등을 재산정하였고 그 결과 이 사건 문화예술 사업부문의 1주당 주식평가액을 0원, 고성중공업의 1주당 주식평가액을 18,554원으로 평가하여, 이 사건 문화예술 사업부문의 1주당 주식평가액을 29,378원, 고성중공업의 1주당 주식평가액을 19,361원으로 본 이 사건 분할합병을 불공정 합병으로 본 점, ② 특수관계인인 법인간의 분할합병에 있어서 주식을 시가보다 높게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우에는 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제8호 가목에 의하여 그 합병은 부당행위계산 부인의 대상이 되고 그 결과 특수관계인인 다른 주주 등에게 분여한 이익은 익금에 산입되므로, 피고는 원고가 고성중공업의 주주로서 이 사건 문화예술 사업부문의 주주(원고의 특수관계 주주)에게 분여한 이익인 511,041,652원에 대하여 부당행위계산 부인으로 익금에 산입한 점, ③ 위 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익은 법인세법 제15조 제1항, 법인세법 시행령 제11조 제9호에 의하여 수익으로 익금에 산입되므로, 피고는 불공정합병에 따라 원고가 이 사건 문화예술 사업부문의 주주로서 고성중공업의 주주(원고의 특수관계 주주)로부터 분여받은 이익인 709,000,989원에 대하여 증여이익으로 익금에 산입한 점 등 제반 사정을 종합하면, 원고가 이 사건 문화예술 사업부문의 주주로서 분여받은 이익은 그 실질이 증여이익인데 영리법인이 증여받은 재산은 자산수증이익으로서 법인의 각 사업연도 소득(익금)을 구성하기 때문에 법인세로 과세할 뿐이고, 원고가 고성중공업의 주주로서 이 사건 문화예술 사업부문의 주주에게 분여한 이익은 부당행위계산 부인의 결과 익금에 산입되는 것일 뿐이며, 위 각 익금산입은 그 성립요건과 이로 인한 납세의무자를 서로 달리할 뿐만 아니라 중복적용을 배제하는 특별한 규정도 없으므로 함께 부과되었다고 하여 이중과세에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 윤경아(재판장) 김세현 강동훈