미완성 아파트의 취득세 과세표준 및 취득시기와 취득가격 산정기준 (일반행정, 대법원)
공포일: 2018.04.26 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

원심판결과 상고이유를 살펴보면, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-대구고등법원 2017. 11. 24. 선고 2016누5854 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
가. 피고가 2015. 3. 30. 원고에 대하여 한 취득세 경정거부처분 중 760,921,778원을 초과하는 부분과 농어촌특별세 경정거부처분 중 59,940,608원을 초과하는 부분 및 지방교육세 경정거부처분을 각 취소한다.
나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송 총비용 중 40%는 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 대○주○보○ 주○회○(원고가 2015. 1. 6. 법률 제12989호로 제정된 주택도시기금법 부칙 제4조에 의하여 대한주택보증 주식회사의 권리·의무를 포괄승계하였다. 이하 대한주택보증 주식회사와 원고를 구별하지 않고 ‘원고’라 한다)는 2006. 6. 28. 주○회○ 성○인○내○날(이하 ‘성○인○내○날’이라 한다)과, 성○인○내○날이 대구 수성구 사월동 550 외 22필지(이후 ‘사월동 645’로 지번이 변경되었다. 이하 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다)에 건설·공급하고자 하는 ‘시○ 우○유○’ 아파트(이후 ‘시지 한○휴○러스’로 건축물의 명칭이 변경되었다. 이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)의 신축공사와 관련하여 이 사건 토지와 신축 건물(건축 중인 건물을 포함한다)을 원고에게 신탁하는 내용의 주택분양신탁계약(이하 ‘이 사건 분양신탁계약’이라 한다)을 체결하고, 같은 날 이 사건 토지에 관하여 원고 앞으로 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
나. 원고는 2006. 7. 5. 성○인○내○날과, 성○인○내○날이 파산 등의 사유로 이 사건 아파트에 관한 수분양자들과 분양계약을 이행하지 못할 경우 원고가 보증금액 140,142,400,000원(본래 142,629,600,000원이었으나 2006. 7. 10. 감액되었다)의 한도 내에서 보증채권자인 수분양자들에게 이미 납부한 계약금 및 중도금을 환급하여 주거나 당해 아파트의 분양채무를 이행하여 주는 것을 내용으로 하는 주택분양보증계약(이하 ‘이 사건 분양보증계약’이라 한다)을 체결하였다.
다. 성○인○내○날과 시공사인 주식회사 씨○우○ 및 대출금융기관 등은 2007. 4. 16.경 ‘이 사건 보증계약에 따른 보증사고 또는 기타의 사유로 원고가 보증책임을 이행하기로 결정한 경우 이 사건 토지 및 아파트에 대한 권리 등이 원고에게 있고, 원고가 그 권리를 행사하는 데 적극 협조하겠다’라는 내용의 확약서(이하 ‘이 사건 확약서’라 한다)를 작성하여 원고에게 교부하였다(성○인○내○날과 주식회사 씨○우○ 및 대출금융기관 등은 이 사건 분양신탁계약 당시에도 위와 같은 내용의 확약서를 작성하여 원고에게 교부하였는데, 이후 대출금융기관 일부와 연대보증인에 변동이 있게 되자 변동된 내용에 따라 위와 같이 재차 확약서를 작성하여 교부하였다).
라. 주식회사 씨○우○은 자금부족 등을 이유로 이 사건 아파트 신축공사를 중단하였고, 2008. 9.경 이 사건 아파트 신축공사와 관련된 시공자로서의 일체의 지위를 포기하고 모든 권리를 원고에게 양도한다는 취지의 ‘공사포기 확약서’를 작성하여 원고에게 교부하였다. 당시 이 사건 아파트 신축공사의 공정율은 71.7%이다.
마. 원고는 2008. 9. 16. 이 사건 아파트 신축공사의 실행공정률이 예정공정률에 미달하여 보증채권자의 이행청구가 있는 경우에 해당한다는 이유로 보증사고가 발생한 것으로 처리한 후, 2008. 10. 31. 이 사건 분양보증계약에 따른 보증책임을 환급이행의 방식으로 이행할 것을 결정하고, 2008. 11. 26.부터 2012. 5. 4.까지 보증채권자인 343세대의 분양계약자들에게 환급금(이하 ‘이 사건 환급이행금’이라 한다)을 지급하였다.
바. 한편 원고는 2009. 2. 10. 이 사건 아파트에 관한 분양신탁계약에 따른 소유권이전등기청구권을 피보전권리로 하여 건축 중인 이 사건 아파트에 관하여 부동산처분금지가처분 결정(대구지방법원 2008카단17641)을 받았는데, 그 가처분등기의 촉탁으로 인하여 이 사건 아파트에 관하여 2009. 2. 11. 성○인○내○날 명의의 소유권보존등기가 마쳐졌고, 그 후 원고가 성○인○내○날을 상대로 조정신청(수원지방법원 안양지원 2010머1360 소유권이전등기)을 하여 "성○인○내○날은 원고에게 2007. 4. 16. 양도약정을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행한다."라는 내용의 조정에 갈음하는 결정을 받아 그 결정에 기하여 2011. 7. 14. 이 사건 아파트에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다[원고는 그 이전에 성○인○내○날을 상대로 이 사건 아파트에 관하여 2006. 6. 28. 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기절차의 이행을 구하는 소송(서울남부지방법원 2009가합24218)을 제기하여 2010. 4. 20. 승소판결을 받고, 그 판결이 2010. 5. 12. 확정되었으나, 위 확정판결에 따라 신탁을 등기원인으로 하는 소유권이전등기를 하지 못하게 되자 위와 같이 조정신청을 한 후 조정에 갈음하는 결정을 받아 소유권이전등기를 마쳤다].
사. 이후 원고는 이 사건 아파트를 인도받아 완공하였다(이하 완성된 이 사건 아파트 중 주식회사 씨○우○이 시공한 부분을 ‘이 사건 미완성 아파트’라 하고, 원고가 시공한 부분을 ‘이 사건 추가공사 부분’이라 한다). 원고는 2013. 3. 19. 이 사건 아파트의 건축주를 당초 성○인○내○날에서 자신의 명의로 변경하고, 2013. 12. 3. 이 사건 아파트에 관한 사용검사를 받았다.
아. 원고는 2014. 2. 3. ① 이 사건 미완성 아파트에 관하여, 그 과세표준을 이 사건 환급이행금 중 이 사건 토지와 미완성 아파트의 시가표준액(2013년 개별공시지가와 신축건물 기준가액 적용) 비율로 안분한 금액으로 하고, 구 지방세법(2013. 12. 26. 법률 제12118호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제15조 제2항 제7호, 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것) 제30조 제5호의 중과기준세율 2%를 적용하여 산출한 취득세 891,904,990원, 농어촌특별세 55,262,430원, ② 이 사건 추가공사 부분에 관하여, 그 과세표준을 추가공사비에서 비과세대상 금액을 공제한 나머지 금액(이하 ‘이 사건 추가공사비’라 한다)으로 하고,「지방세법」제11조제3호의 원시취득 세율 2.8%를 적용하여 산출한 취득세 1,131,851,550원, 지방교육세 64,677,230원, 농어촌특별세 50,092,510원 합계 2,193,788,710원을 신고·납부(이하 ‘이 사건 신고·납부’라 한다)하였다.
자. 원고는 2015. 2. 5. 피고에게, "이 사건 미완성 아파트의 취득세 과세표준은 사용승인일인 2013. 12. 3.이 아니라 원고의 소유권이전등기일인 2011. 7. 14.을 기준으로 하여 그때까지의 공정률을 반영하여 산정되어야 하고,「지방세특례제한법」제34조제1항에 따라 이 사건 아파트 전체의 취득세의 100분의 50이 경감되어야 하며, 그에 따라 각 농어촌특별세와 지방교육세도 감경되어야 한다."라고 주장하면서 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 3. 30. 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 주위적 주장

원고의 이 사건 신고·납부행위에는 아래와 같은 하자가 있어 경정되어야 하므로, 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
가) 취득세 과세표준의 오류

1) 이 사건 미완성 아파트의 경우, ① 원고가 이 사건 미완성 아파트의 소유권을 취득한 것은 성○인○내○날이 원고에 대하여 한 보증사고 발생 조건부 양도행위 또는 신탁계약에 따른 것이지, 원고의 환급이행으로 인한 것이 아니고, ② 원고가 보증이행의 방법으로 환급이행이 아니라 분양이행을 선택하였다면 환급이행금을 과세표준으로 할 수 없을 것인데, 단지 보증이행의 방법이 달라진다고 하여 과세표준에 차이가 발생하는 것은 조세공평주의 원칙에 위배되며, ③ 환급이행금은 분양현황에 따라 달라지는 것이어서 이 사건 미완성 아파트의 가치와 무관하고, ④ 환급이행금은 주택분양보증계약에 따라 수분양자들이 보증이행을 청구할 권리에 관한 것일 뿐 이 사건 미완성 아파트 자체의 가격이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 환급이행금 중 이 사건 미완성 아파트와 이 사건 토지의 시가표준액 비율로 안분한 금액을 이 사건 미완성 아파트의 과세표준으로 삼을 수 없다.
2) 이 사건 추가공사 부분의 경우, ① 이 사건 추가공사비는 이 사건 건물 전체에 투입된 비용이 아니고, 공사비 외에 사업비용도 포함되어 있어 이 사건 건물 전체의 과세표준으로 삼을 수 없으며, ② 원고가 이 사건 아파트의 사용승인일인 2013. 12. 3. 완성된 이 사건 아파트 전체를 취득하였다는 피고의 주장에 따르면 이 사건 미완성 아파트와 이 사건 추가공사 부분을 별개의 취득으로 보아 과세표준을 분리하여 과세하는 것은 부당하고, ③ 앞서 주장한 바와 같이 환급이행금을 이 사건 미완성 아파트의 취득대가로 볼 수 없는 이상 이 사건 미완성 아파트의 과세표준은 시가표준액으로 볼 수밖에 없고, 그렇다면, 이 사건 미완성 아파트의 시가표준액은 완성된 이 사건 아파트 전체에 대한 것이어서 시가표준액에 추가공사비를 합산한 금액을 이 사건 아파트의 과세표준으로 삼는 것은 중복과세에 해당할 뿐 아니라, 보증사고 당시 공정률을 적용한 시가표준액을 추가공사비와 합산한다고 하더라도 이는 하나의 물건에 대하여「지방세법」제10조제2항, 제5항을 동시에 적용하는 것으로 부당하므로, 이 사건 추가공사비를 이 사건 추가공사 부분의 과세표준으로 삼을 수 없다(또 원고는 이 사건 추가공사 부분을 포함한 이 사건 아파트 건물 전체의 실질적 취득원인은 신탁계약으로서 ‘상속 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득으로 보아야 한다고 주장하기도 한다).
(3) 따라서 이 사건 아파트의 경우「지방세법」제10조제5항의 ‘사실상의 취득가격’을 알 수 없는 경우에 해당하므로 같은 조 제2항에 따라 2013년 신축건물 기준가액을 적용하여 산출한 시가표준액 56,098,627,069원을 과세표준으로 삼아야 한다.
나) 이 사건 추가공사 부분에 대한 취득세율의 오류

원고는 2011. 7. 14. 이 사건 아파트에 관한 소유권이전등기를 마쳐 그에 대한 등록면허세 납세의무가 성립하였고, 그 이후인 2013. 12. 3. 이 사건 아파트에 관한 사용승인을 받아 그 취득시기가 도래하였는바, 이 사건 추가공사 부분에 관하여도「지방세법」제15조제2항 제7호,「지방세법 시행령」제30조제5호에 따라 중과기준세율 2%가 적용되어야 한다.
다)「지방세특례제한법」제34조제1항의 미적용

원고는 환급이행에 따른 구상금채권 회수를 위하여 분양계약이 된 주거용 건물인 이 사건 아파트를 취득하였는바,「지방세특례제한법」제34조제1항에 따라 이 사건 아파트의 취득세의 100분의 50이 경감되어야 한다.
라) 이 사건 추가공사 부분에 대한 지방교육세 납부의무의 부존재

원고는 2011. 7. 14. 이 사건 아파트에 관한 소유권이전등기를 마쳐 그에 대한 등록면허세 납세의무가 성립하였고, 그 이후인 2013. 12. 3. 이 사건 아파트에 관한 사용승인을 받아 그 취득시기가 도래하였는바, 이 사건 추가공사 부분에 관하여도「지방세특례제한법」제151조제1항 제1호 괄호 부분, 제15조 제2항에 따라 지방교육세를 납부할 의무가 없다.
2) 예비적 주장

설령 이 사건 아파트의 과세표준을 이 사건 환급이행금과 이 사건 추가공사비의 합계액으로 본다고 하더라도, 이 사건 신고·납부행위에는 아래와 같은 하자가 있어 경정되어야 하므로, 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
가) 취득세 과세표준의 오류

이 사건 미완성 아파트의 과세표준은 이 사건 환급이행금 중 이 사건 토지와 이 사건 미완성 아파트의 시가표준액(2011년 개별공시지가와 신축건물 기준가액 적용) 비율로 안분한 금액에 원고의 소유권이전등기 당시의 공정률을 적용하여 계산한 금액으로 하고, 여기에 이 사건 추가공사 부분의 과세표준인 이 사건 추가공사비를 합한 금액을 완성된 이 사건 아파트에 대한 과세표준으로 삼아야 한다.
나) 취득세율,「지방세특례제한법」제34조제1항, 지방교육세 관련 주장

주위적 주장과 같다.
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단

1) 취득세 과세표준

가) 지방세법상 취득세의 과세객체는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박 등 취득세 과세대상 물건의 취득행위이고(「지방세법」제7조제1항), 취득세는 과세물건을 ‘취득’하는 때에 납세의무가 성립한다(「지방세기본법」제34조제1항 제1호). 이 사건에서 취득세의 과세물건은 완성된 이 사건 아파트이다. 비록 이 사건 아파트에 관한 처분금지가처분 결정에 따른 기입등기의 촉탁으로 인해 건축 중이던 이 사건 미완성 아파트에 관한 소유권보존등기가 이루어지고 이후 조정에 갈음하는 결정에 받아 원고 명의의 소유권이전등기를 마치기도 하였지만 그로 인해 이 사건 미완성 아파트 부분과 이 사건 추가공사 부분이 별개의 과세물건이 되는 것은 아니다. 따라서 이 사건 아파트에 관한 취득세 납세의무는 원고가 완성된 이 사건 아파트를 취득하였을 때 성립한다.
한편「지방세법」제10조제1항 본문은 ‘취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다’고 규정하고 있고,「지방세법 시행령」제20조제6항은 ‘건축물을 건축하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다’고 규정하고 있으므로, 이 사건 아파트에 관한 취득세의 과세표준은 이 사건 아파트의 사용검사일인 2013. 12. 3. 당시의 가액이 된다(이 사건 아파트의 사실상의 사용일이 사용검사일 이전이라는 자료는 없다).
나) 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 취득세 신고 당시 이 사건 환급이행금 중 이 사건 토지와 미완성 아파트의 시가표준액의 합계액 중 이 사건 아파트의 시가표준액이 차지하는 비율에 따른 금액을 이 사건 미완성아파트의 취득가액으로 보고, 여기에다가 이 사건 추가공사비를 이 사건 추가공사 부분의 취득가액으로 보아 위 두 취득가액의 합산액을 이 사건 아파트에 관한 취득세의 과세표준, 즉 이 사건 아파트의 취득 당시 가액으로 산정하였다. 원고의 이러한 과세표준 산정은 법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득의 경우에는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 정한「지방세법」제10조제5항 제3호의 규정에 따라 위와 같이 산정한 취득가액이 이 사건 아파트의 ‘사실상의 취득가격’에 해당한다고 보았기 때문이고, 피고는 이러한 신고 당시 과세표준 산정이 정당하다고 주장한다.
그러나 원고가 수분양자들에게 이 사건 환급이행금을 지급한 것은 2006. 6. 28. 성○인○내○날과 체결한 이 사건 주택분양보증계약에 따라 보증사고 발생 시 계약금 및 중도금의 환급책임을 지기로 한 때문이지, 이 사건 미완성 아파트를 취득하기 위해서가 아니므로, 이 사건 환급이행금 중 이 사건 미완성아파트의 시가표준액이 차지하는 비율에 따른 금액을 이 사건 미완성 아파트 부분의 사실상의 취득가격으로 볼 수는 없다. 더구나 원고가 성○인○내○날로부터 이 사건 아파트에 관한 소유권이전등기를 넘겨받은 것은 수탁자의 지위에서 이 사건 신탁계약에서 정한 바에 따라 신탁부동산을 관리·운용·처분을 하기 위한 것으로서 그 취득의 원인을 신탁계약으로 볼 수 있는 이상 이 사건 미완성 부분의 취득은 무상 취득에 해당한다고 보아야 하는 점(대법원 2017.6.8. 선고 2014두38149 판결참조)까지 보태어 보면, 이 사건 환급이행금을 이 사건 미완성 아파트 부분의 사실상의 취득가격으로 볼 수 없음은 더욱 명확하다(무상취득의 경우에는 사실상의 취득가격이라는 것이 있을 수 없다).
이처럼 이 사건 미완성 아파트 부분에 관해서는 사실상의 취득가격이 있다고 볼 수 없는 이상, 이 사건 취득세의 과세물건인 완성된 이 사건 아파트의 사실상의 취득가격을 확정할 수 없으므로, 이 사건 아파트에 관한 취득세의 과세표준은「지방세법」제10조제2항에 따라 이 사건 아파트 취득 당시인 2013. 12. 3.경의 시가표준액이 되어야 한다.
라) 2013. 12. 3. 당시의 이 사건 아파트의 시가표준액은 다음과 같다.
「지방세법」제10조제2항,「지방세법 시행령」제4조제1항에 따르면, 이 사건 아파트와 같은 건축물은 건물신축가격기준액에 구조별, 용도별, 위치별 지수와 건물의 경과연수별 잔존가치율, 건물의 규모·형태·특수한 부대설비 등의 유무 및 그 밖의 여건에 따른 가감산율을 적용하여 시가표준액을 산출하도록 정하고 있는데, 그 구체적인 산출방법은 아래와 같이 건물신축가격기준액에 구조별, 용도별, 위치별 지수와 건물의 경과연수별 잔존가치율을 곱하여 1㎡ 당 금액을 산출하고, 산출한 1㎡ 당 금액에서 1,000원 미만은 절사한 후 그 금액에 면적을 곱하고, 다시 그 금액에 가감산 특례를 적용하여 시가표준액을 산출한다.
을 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 이 사건 아파트의 총 연면적은 96,515.735㎡인데, 그 중 주택 부분의 면적은 75,830.2775㎡, 주차장 부분의 면적은 20,685.4575㎡이고, 2013년도 건물신축가격기준액은 620,000원인 사실, 이 사건 아파트의 건물 구조는 철근콘크리트조로서 지수가 100, 용도는 주거시설(공동주택)으로 지수가 100, 위치지수가 105인 사실을 인정할 수 있으므로, 이를 적용하여 이 사건 아파트의 2013년도 시가표준액을 산정하면 아래와 같이 그 시가표준액은 56,098,627,068원이 된다.
① 주거용 부분 49,365,510,652원

건물신축가격기준액(620,000원) × 구조지수 100% × 용도지수 100% × 위치지수 105% × 면적 75,830.2775㎡ = 49,365,510,652원(원 미만 버림, 이하 같다)

② 주차장 부분 6,733,116,416원

건물신축가격기준액(620,000원)× 구조지수 100% × 용도지수 100% × 위치지수 105% × 면적 (20,685.4575㎡) × 감산율 (50/100) = 6,733,116,416원

③ 합계: 56,098,627,068원

주거용 부분 49,365,510,652원+주차장 부분 6,733,116,416원=56,098,627,068원

2) 취득세율

가)「지방세법」제15조제2항 본문 제7호,「지방세법 시행령」제30조제5호에서는 건축물을 건축하여 취득하는 경우로서 그 건축물에 대하여「지방세법」제28조제1항 제1호 가목 또는 나목에 따른 소유권의 보존 등기 또는 소유권의 이전 등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후 제20조에 따른 취득시기가 도래하는 건축물의 취득에 대한 취득세는 중과기준세율(1천분의 20)을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있다.
한편 2011. 7. 14. 이 사건 아파트에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마친 사실, 원고가 2013. 12. 3. 이 사건 아파트에 대한 사용검사를 받아 완성된 이 사건 아파트를 취득한 사실은 앞서 본 바와 같고,「지방세기본법」제34조제1항 제2호에서는 등록에 대한 등록면허세의 납세의무는 재산권과 그 밖의 권리를 등기하거나 등록하는 때에 성립한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 아파트의 취득은 소유권이전등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후「지방세법 시행령」제20조에 따른 취득시기가 도래하는 건축물의 취득에 해당한다. 따라서 이 사건 아파트에 관한 취득세의 세율은 중과기준세율인 1천분의 20이 적용되어야 한다.
나) 피고는, 원고가 이미 유상승계취득을 원인으로 등록면허세를 납부한 이 사건 미완성 아파트 부분에는 중과기준세율인 2%가 적용되어야 하지만, 그와 달리 등록면허세를 납부한 바 없는 이 사건 추가공사 부분의 경우에는 원시취득세율인 2.8%가 적용되어야 한다고 주장한다.
그러나 이 사건 취득세의 과세물건은 완성된 이 사건 아파트이고, 그 취득시기는 사용검사일인 2013. 12. 3.에 도래하였음이 분명하며, 이 사건 아파트의 소유권이전등기에 따른 등록면허세의 납세의무는 소유권이전등기를 할 때 성립하였으므로 이 사건 아파트의 취득은 소유권이전등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후「지방세법 시행령」제20조에 따른 취득시기가 도래하는 건축물의 취득에 해당한다. 그리고 이 사건 아파트에 관한 원고 명의의 소유권이전등기는 이 사건 아파트 전체에 대한 것이지, 이 사건 미완성 아파트 부분에 대한 소유권이전등기와 이 사건 추가공사 부분에 대한 소유권이전등기가 별도로 이루어지는 것은 아니므로, 이 사건 아파트에 관한 원고 명의의 소유권이전등기 시에 성립하는 등록면허세 납세의무는 이 사건 아파트 전체에 대한 것이다(등록에 대한 등록면허세의 과세객체는 재산권 그 밖의 권리의 취득, 이전, 변경, 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 행위이다). 하나의 과세물건인 이 사건 아파트에 관한 취득세율을 적용함에 있어 과세물건의 일부에 대해서는 승계취득을 전제로, 나머지에 대해서는 원시취득임을 전제로 서로 다른 세율을 적용할 수는 없다(이는 원고가 소유권이전등기를 하면서 그 등기 당시 이 사건 미완성 아파트 상태에서의 가액만을 과세표준으로 하여 등록면허세를 납부하였다고 하더라도 다르지 않다).
3)「지방세특례제한법」제34조제1항의 적용 여부

가) 구 지방세특례제한법(2015. 1. 6. 법률 제12989호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세특례제한법’이라 한다) 제34조 제1항은 원고가 주택법 제77조 제1항 제1호의 주택에 대한 분양보증을 이행하기 위하여 취득하는 건축물로서 분양계약이 된 주거용 건축물 및 그 부속토지에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 구 주택법(2013. 8. 6. 법률 제12022호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘주택법’이라 한다) 제77조 제1항 제1호는 원고는 그 목적을 달성하기 위하여 사업주체가 건설·공급하는 주택에 대한 분양보증, 하자보수보증, 그 밖에 대통령령으로 정하는 보증업무를 수행한다고 규정하고 있으며, 구 주택법 시행령(2014. 6. 11. 법률 제25381호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘주택법 시행령’이라 한다) 제106조 제1항은 주택법 제77조 제1항 제1호에 따라 원고가 행할 수 있는 보증의 종류로, 분양보증이란 사업주체가 주택법 제16조 제1항 본문 또는 같은 조 제3항에 따라 사업계획의 승인을 받아 건설하는 주택(부대시설 및 복리시설을 포함한다) 또는 제15조 제2항에 따라 사업계획의 승인을 받지 아니하고 20세대 이상의 주택과 주택외의 시설을 동일건축물로 건축하는 경우에 행하는 다음 각 목의 보증을 말하고(제1호), 주택분양보증이란 사업주체가 파산 등의 사유로 분양계약을 이행할 수 없게 되는 경우 해당 주택의 분양(사용검사 또는 건축법 제22조에 따른 사용승인과 소유권보존등기를 포함한다)의 이행 또는 납부한 계약금 및 중도금의 환급(해당 주택의 감리자가 확인한 실행공정률이 100분의 80 미만이고, 입주자의 3분의 2 이상이 원하는 경우만 해당한다)을 책임지는 보증을 말한다(제1호 가목)고 규정하고 있다.
원고는 성○인○내○날과 사이에, 이 사건 아파트에 대하여 성○인○내○날이 파산 등의 사유로 분양계약을 이행하지 못할 경우 보증채권자인 수분양자들에게 이미 납부한 계약금 및 중도금을 환급하여 주거나 당해 아파트의 분양채무를 이행하여 주는 것을 내용으로 하는 이 사건 분양보증계약을 체결하였고, 이후 보증사고가 발생하자 환급이행의 방법으로 보증채무를 이행하기로 결정하고 수분양자들에게 이 사건 환급이행금을 지급하였으며, 이 사건 아파트에 관한 소유권이전등기를 마친 후 이 사건 아파트를 완공하여 사용검사를 받은 사실은 앞에서 본 바와 같다.
위 인정사실에 의하면, 이 사건 아파트는 원고가 주택분양보증을 이행하기 위하여 취득하는 건축물에 해당한다고 할 것이고, 그 중 분양계약이 된 세대에 대하여는「지방세특례제한법」제34조제1항에 따라 취득세의 100분의 50이 경감되어야 한다.
나) 피고는, 원고가 이 사건 분양보증계약에 따라 성○인○내○널로부터 주택을 분양받은 수분양자들이 계약금 및 중도금을 납부한 주택에 대해서 납부한 계약금 및 중도금 환급의 보증책임을 선택하고, 이를 이행한 이상 원고가 환급이행의 방법으로 취득할 수 있는 것은 이 사건 미완성 아파트 중 분양계약이 된 세대에 한하고, 이후 원고가 이 사건 미완성 아파트를 인도받아 임의로 직접 이를 완공하여 사용승인을 받았다 하더라도 이를 분양보증의 이행으로 볼 수는 없으므로, 이 사건 추가공사 부분에 대해서는「지방세특례제한법」제34조를 적용할 수 없다고 주장한다.
그러나「지방세특례제한법」제34조제1항에서는 원고가 ‘주택에 대한 분양보증을 이행하기 위하여 취득하는 건축물’에 관하여 취득세를 감면하도록 규정되어 있는데, 이 ‘분양보증’에는 ‘분양이행’뿐만 아니라 과 ‘환급이행’도 포함되는 것임이 분명하고, 분양보증의 이행방법이 분양이행인지 환급이행인지에 따라 달리 취급할 이유가 없으며, 원고가 건축 중이던 이 사건 아파트를 인도받은 후 추가공사를 통하여 이 사건 아파트를 완성하여 취득한 것 역시 분양보증의 이행을 수행하기 위한 업무에 포함된다고 봄이 타당하므로 피고의 위 주장을 받아들일 수 없다.
4) 이 사건 추가공사 부분에 대한 지방교육세 납부의무의 존부

「지방세특례제한법」제151조제1항 제1호 본문은 취득세에 대한 지방교육세는 취득물건에 대하여 제10조의 과세표준에 제11조 제1항 및 제12조의 세율에서 1천분의 20을 뺀 세율을 적용하여 산출한 금액의 100분의 20을 그 세액으로 하되, 제15조 제2항에 해당하는 경우는 취득물건에서 제외한다고 규정하고 있다.「지방세법」제15조제2항 본문 제7호,「지방세법 시행령」제30조제5호는 건축물을 건축하여 취득하는 경우로서 그 건축물에 대하여「지방세법」제28조제1항 제1호 가목 또는 나목에 따른 소유권의 보존 등기 또는 소유권의 이전 등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후 제20조에 따른 취득시기가 도래하는 건축물의 취득에 대한 세율의 특례에 관하여 규정하고 있다.
그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 아파트의 취득은「지방세법」제15조제2항 본문 제7호,「지방세법 시행령」제30조제5호에서 정한 소유권이전등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후 취득시기가 도래하는 건축물의 취득에 해당하고, 이 사건 추가공사 부분만 따로 떼어 소유권이전등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후 취득시기가 도래하는 건축물의 취득에 해당하지 아니한다고 할 것은 아니므로, 원고에게 이 사건 추가공사 부분에 대해서 별도로 지방교육세 납세의무가 있다고 볼 수는 없다.
5) 정당한 세액

가) 취득세

⑴ 산출세액

이 사건 아파트에 관한 취득세의 과세표준이 56,098,627,068원이고, 이에 적용할 세율이 1,000분의 20임은 앞서 본 바와 같으므로, 과세표준에 세율을 적용한 산출세액은 1,121,972,541원(=56,098,627,068원×0.02)이 된다.
⑵「지방세특례제한법」제34조제1항에 따른 감면 적용 후 납부할 세액

갑 제2호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 아파트의 총 공급세대 계약면적은 96,497.8246㎡이고, 분양세대 계약면적은 62,114.1216㎡로서 그 분양율은 64.36%(= 62,114.1216㎡/96,497.8246㎡×100, 소수점 둘째 자리 미만 버림)인 사실을 인정할 수 있는바, 분양계약이 된 주택에 대한 취득세에 대하여「지방세특례제한법」제34조제1항에서 정한 바에 따라 100분의 50을 경감하면, 그 감면액은 361,050,763원(= 산출세액 1,121,972,541원× 분양율 64.36%×감면율 50%)이 된다. 그러므로 원고가 실제로 납부할 취득세액은 760,921,778원(=1,121,972,541원- 361,050,763원)이다.
나) 농어촌특별세

농어촌특별세법 제5조 제1항 제6호에 따르면, 이 사건 아파트에 관한 농어촌특별세의 과세표준은 취득세 납부세액(취득세 과세표준에 표준세율 2%를 적용하여 지방세법, 지방세특례제한법 및 조세특례제한법에 따라 산출한 세액)인 760,921,778원이고, 여기에 세율 100분의 10을 적용하면, 농어촌특별세 산출세액은 76,092,177원이 된다.
그런데 주거전용면적 85㎡ 이하인 주택에 대해서는 농어촌특별세법 제4조 제11호, 같은 법 시행령 제4조 제4항, 주택법 제2조 제6호에 따라 비과세되는바, 이 사건 아파트의 건물연면적은 96,508.085㎡이고, 그 중 주거전용면적 85㎡ 이하 세대의 건물면적은 36,710.3㎡로서 전체 면적 중 주거전용면적 85㎡ 이하인 주택의 건물면적이 차지하는 비율이 0.3804(36,710.3㎡/96,508.085㎡, 소수점 넷째 자리 미만 반올림)이므로, 비과세금액은 28,945,464원(=76,092,177원×0.3804)이다.
따라서 원고가 실제로 납부하여야 농어촌특별세액은 47,146,713원(=76,092,177원-28,945,464원)이다.
다) 지방교육세

앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 아파트의 취득과 관련하여 지방교육세 납세의무가 없다.
6) 소결론

그러므로 피고가 2015. 3. 30. 원고에 대하여 한 이 사건 취득세 경정거부처분 중 정당한 취득세액 760,921,778원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 경정거부처분 중 정당한 농어촌특별세액 47,146,713원을 초과하는 부분으로서 원고가 구하는 59,940,608원을 초과하는 부분 및 지방교육세 경정거부처분은 각 위법하여 취소되어야 한다.
4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
-------------------------------------------------------

【하급심-대구지방법원 2016. 7. 19. 선고 2015구합22495 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고가 2015. 3. 30. 원고에 대하여 한 취득세 경정거부처분 중 1,657,896,662원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 경정거부처분 중 98,151,725원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 대○주○보○ 주○회○(원고가 2015. 1. 6. 법률 제12989호로 제정된 주택도시기금법 부칙 제4조에 의하여 대한주택보증 주식회사의 권리·의무를 포괄승계하였다. 이하 대한주택보증 주식회사와 원고를 구별하지 않고 ‘원고’라 한다)는 2006. 6. 28. ○식○사 성○인○내○날(이하 ‘성○인○내○날’이라 한다)과, 성○인○내○날이 대구 수성구 사월동 550 외 22필지(이하 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다)에 건설·공급하고자 하는 ‘시○ 우○유○’ 아파트(이후 ‘시지 한○휴○러○’로 건축물의 명칭이 변경되었다. 이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)의 신축공사와 관련하여 이 사건 토지와 신축 건물(건축 중인 건물을 포함한다)을 원고에게 신탁하는 내용의 주택분양신탁계약(이하 ‘이 사건 분양신탁계약’이라 한다)을 체결하고, 같은 날 이 사건 토지에 관하여 원고 앞으로 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
나. 원고는 2006. 7. 5. 성○인○내○날과, 성○인○내○날이 파산 등의 사유로 이 사건 아파트에 관한 수분양자들과 분양계약을 이행하지 못할 경우 원고가 보증금액 140,142,400,000원(본래 142,629,600,000원이었으나 2006. 7. 10. 감액되었다)의 한도 내에서 보증채권자인 수분양자들에게 이미 납부한 계약금 및 중도금을 환급하여 주거나 당해 아파트의 분양채무를 이행하여 주는 것을 내용으로 하는 주택분양보증계약(이하 ‘이 사건 분양보증계약’이라 한다)을 체결하였다.
다. 성○인○내○날 및 시공사인 주○회○ 씨○우○은 2007. 4. 16.경 원고에게 ‘이 사건 보증계약에 따른 보증사고 또는 기타의 사유로 원고가 보증책임을 이행하기로 결정한 경우 이 사건 토지 및 아파트에 대한 권리 등이 원고에게 있고, 원고가 그 권리를 행사하는 데 적극 협조하겠다’라는 내용의 확약서(이하 ‘이 사건 확약서’라 한다)를 작성, 교부하였다.
라. 주식회사 씨○우○은 자금부족 등을 이유로 이 사건 아파트 신축공사를 중단하였고, 2008. 9.경 원고에게, 이 사건 아파트 신축공사와 관련된 시공자로서의 일체의 지위를 포기하고 모든 권리를 원고에게 양도한다는 취지의 ‘공사포기 확약서’를 작성, 교부하였다. 당시 이 사건 아파트 신축공사의 공정율은 71.7%이다.
마. 원고는 2008. 9. 16. 이 사건 아파트 신축공사의 실행공정률이 예정공정률에 미달하여 보증채권자의 이행청구가 있는 경우에 해당한다는 이유로 보증사고가 발생한 것으로 처리한 후, 2008. 10. 31. 이 사건 분양보증계약에 따른 보증책임을 환급이행의 방식으로 이행할 것을 결정하고, 2008. 11. 26.부터 2012. 5. 4.까지 보증채권자인 343세대의 분양계약자들에게 환급금(이하 ‘이 사건 환급이행금’이라 한다)을 지급하였다.
바. 한편 원고는 2009. 2. 10. 이 사건 토지 및 건축 중인 이 사건 아파트에 관하여 부동산처분금지가처분 결정을 받아 그 가처분 결정의 등기촉탁에 기하여 이 사건 아파트에 관하여 2009. 2. 11. 성○인○내○날 명의의 소유권보존등기가 마쳐졌고, 그 후 원고가 성○인○내○날을 상대로 조정신청을 하여 "성○인○내○날은 원고에게 2007. 4. 16. 양도약정을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행한다."라는 내용의 조정에 갈음하는 결정을 받아 그 결정에 기하여 2011. 7. 14. 이 사건 아파트에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.
사. 이후 원고는 이 사건 아파트를 인도받아 완공하였다(이하 완성된 이 사건 아파트 중 주○회○ 씨○우○이 시공한 부분을 ‘이 사건 미완성 아파트’라 하고, 원고가 시공한 부분을 ‘이 사건 추가공사 부분’이라 한다). 원고는 2013. 3. 19. 이 사건 아파트의 건축주를 당초 성○인○내○날에서 자신의 명의로 변경하고, 2013. 12. 3. 이 사건 아파트에 관한 사용검사를 받았다.
아. 원고는 2014. 2. 3. ① 이 사건 미완성 아파트에 관하여, 그 과세표준을 이 사건 환급이행금 중 이 사건 토지와 미완성 아파트의 시가표준액(2013년 개별공시지가와 신축건물 기준가액 적용) 비율로 안분한 금액으로 하고, 구 지방세법(2013. 12. 26. 법률 제12118호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제15조 제2항 제7호, 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것) 제30조 제5호의 중과기준세율 2%를 적용하여 산출한 취득세 891,904,990원, 농어촌특별세 55,262,430원, ② 이 사건 추가공사 부분에 관하여, 그 과세표준을 추가공사비에서 비과세대상 금액을 공제한 나머지 금액(이하 ‘이 사건 추가공사비’라 한다)으로 하고,「지방세법」제11조제3호의 원시취득 세율 2.8%를 적용하여 산출한 취득세 1,131,851,550원, 지방교육세 64,677,230원, 농어촌특별세 50,092,510원 합계 2,193,788,710원을 신고·납부(이하 ‘이 사건 신고·납부’라 한다)하였다.
자. 원고는 2015. 2. 5. 피고에게, "이 사건 미완성 아파트의 취득세 과세표준은 사용승인일인 2013. 12. 3.이 아니라 원고의 소유권이전등기일인 2011. 7. 14.을 기준으로 하여 그때까지의 공정률을 반영하여 산정되어야 하고,「지방세특례제한법」제34조제1항에 따라 이 사건 아파트 전체의 취득세의 100분의 50이 경감되어야 하며, 그에 따라 각 농어촌특별세와 지방교육세도 감경되어야 한다."라고 주장하면서 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 3. 30. 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 주위적 주장

원고의 이 사건 신고·납부행위에는 아래와 같은 하자가 있어 경정되어야 하므로, 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
가) 취득세 과세표준의 오류

(1) 이 사건 미완성 아파트의 경우, ① 원고가 이 사건 미완성 아파트의 소유권을 취득한 것은 성○인○내○날이 원고에 대하여 한 보증사고 발생 조건부 양도행위로 인한 것이지, 원고의 환급이행으로 인한 것이 아니고, ② 원고가 보증이행의 방법으로 환급이행이 아니라 분양이행을 선택하였다면 환급이행금을 과세표준으로 할 수 없을 것인데, 단지 보증이행의 방법이 달라진다고 하여 과세표준에 차이가 발생하는 것은 조세공평주의 원칙에 위배되며, ③ 환급이행금은 분양현황에 따라 달라지는 것이어서 이 사건 미완성 아파트의 가치와 무관하고, ④ 환급이행금은 주택분양보증계약에 따라 수분양자들이 보증이행을 청구할 권리에 관한 것일 뿐 이 사건 미완성 아파트 자체의 가격이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 환급이행금 중 이 사건 미완성 아파트와 이 사건 토지의 시가표준액 비율로 안분한 금액을 이 사건 미완성 아파트의 과세표준으로 삼을 수 없다.
(2) 이 사건 추가공사 부분의 경우, ① 이 사건 추가공사비는 이 사건 건물 전체에 투입된 비용이 아니고, 공사비 외에 사업비용도 포함되어 있어 이 사건 건물 전체의 과세표준으로 삼을 수 없으며, ② 원고가 이 사건 아파트의 사용승인일인 2013. 12. 3. 완성된 이 사건 아파트 전체를 취득하였다는 피고의 주장에 따르면 이 사건 미완성 아파트와 이 사건 추가공사 부분을 별개의 취득으로 보아 과세표준을 분리하여 과세하는 것은 부당하고, ③ 앞서 주장한 바와 같이 환급이행금을 이 사건 미완성 아파트의 취득대가로 볼 수 없는 이상 이 사건 미완성 아파트의 과세표준은 시가표준액으로 볼 수밖에 없고, 그렇다면, 이 사건 미완성 아파트의 시가표준액은 완성된 이 사건 아파트 전체에 대한 것이어서 시가표준액에 추가공사비를 합산한 금액을 이 사건 아파트의 과세표준으로 삼는 것은 중복과세에 해당할 뿐 아니라, 보증사고 당시 공정률을 적용한 시가표준액을 추가공사비와 합산한다고 하더라도 이는 하나의 물건에 대하여「지방세법」제10조제2항, 제5항을 동시에 적용하는 것으로 부당하므로, 이 사건 추가공사비를 이 사건 추가공사 부분의 과세표준으로 삼을 수 없다.
(3) 따라서 이 사건 아파트의 경우「지방세법」제10조제5항의 ‘사실상의 취득가격’을 알 수 없는 경우에 해당하므로 같은 조 제2항에 따라 2013년 신축건물 기준가액을 적용하여 산출한 시가표준액 56,098,627,069원을 과세표준으로 삼아야 한다.
나) 이 사건 추가공사 부분에 대한 취득세율의 오류

원고는 2011. 7. 14. 이 사건 아파트에 관한 소유권이전등기를 마쳐 그에 대한 등록면허세 납세의무가 성립하였고, 그 이후인 2013. 12. 3. 이 사건 아파트에 관한 사용승인을 받아 그 취득시기가 도래하였는바, 이 사건 추가공사 부분에 관하여도「지방세법」제15조제2항 제7호,「지방세법 시행령」제30조제5호에 따라 중과기준세율 2%가 적용되어야 한다.
다)「지방세특례제한법」제34조제1항의 미적용

원고는 환급이행에 따른 구상금채권 회수를 위하여 분양계약이 된 주거용 건물인 이 사건 아파트를 취득하였는바,「지방세특례제한법」제34조제1항에 따라 이 사건 아파트의 취득세의 100분의 50이 경감되어야 한다.
라) 이 사건 추가공사 부분에 대한 지방교육세 납부의무의 부존재

원고는 2011. 7. 14. 이 사건 아파트에 관한 소유권이전등기를 마쳐 그에 대한 등록면허세 납세의무가 성립하였고, 그 이후인 2013. 12. 3. 이 사건 아파트에 관한 사용승인을 받아 그 취득시기가 도래하였는바, 이 사건 추가공사 부분에 관하여도「지방세특례제한법」제151조제1항 제1호 괄호 부분, 제15조 제2항에 따라 지방교육세를 납부할 의무가 없다.
2) 예비적 주장

설령 이 사건 아파트의 과세표준을 이 사건 환급이행금과 이 사건 추가공사비의 합계액으로 본다고 하더라도, 이 사건 신고·납부행위에는 아래와 같은 하자가 있어 경정되어야 하므로, 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
가) 취득세 과세표준의 오류

이 사건 미완성 아파트의 과세표준은 이 사건 환급이행금 중 이 사건 토지와 이 사건 미완성 아파트의 시가표준액(2011년 개별공시지가와 신축건물 기준가액 적용) 비율로 안분한 금액에 원고의 소유권이전등기 당시의 공정률을 적용하여 계산한 금액으로 하고, 여기에 이 사건 추가공사 부분의 과세표준인 이 사건 추가공사비를 합한 금액을 완성된 이 사건 아파트에 대한 과세표준으로 삼아야 한다.
나) 취득세율,「지방세특례제한법」제34조제1항, 지방교육세 관련 주장

주위적 주장과 같다.
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단

1) 취득세 과세표준

원고의 주위적 및 예비적 주장에 관하여 함께 본다.
가)「지방세법 시행령」제20조제6항은 건축물을 건축하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있다.
「지방세법」제10조제1항 본문은 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 하면서, 제5항 제3호에서 법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득의 경우에는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하고 있다.「지방세법 시행령」제18조제1항은「지방세법」제10조제5항 제3호에 따른 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용(건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용, 할부이자 및 연체료, 농지보전부담금 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용, 취득에 필요한 용역비·수수료, 취득자 조건 부담액과 채무인수액, 국민주택채권의 매각차손 및 이에 준하는 비용)의 합계액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제2호는「지방세법」제10조제5항 제3호에서 법인장부 중 대통령령으로 정하는 것은 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서를 말한다고 규정하고 있다. 위 각 규정에서 말하는 취득가격에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 참조).
한편「지방세법 시행령」제19조제1항은 토지와 건축물 등을 한꺼번에 취득하여 토지 또는 건축물 등의 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 한꺼번에 취득한 가격을 토지와 건축물 등의 시가표준액 비율로 나눈 금액을 각각의 취득가격으로 한다고 규정하고 있다.
나) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 이 사건 분양보증계약 체결 후인 2007. 4. 16.경 성○인○내○날과 이 사건 확약서를 작성하였는데, 성○인○내○날이 이 사건 분양보증계약에 따른 보증사고 등의 사유로 원고가 보증책임을 이행하기로 결정한 경우 이 사건 토지 및 이 사건 아파트에 대한 권리 등이 원고에게 있는 것으로 약정한 사실, 그 후 보증사고가 발생하자 원고는 분양계약자들에게 이 사건 환급이행금을 지급하고, 성○인○내○날을 상대로 받은 조정에 갈음하는 결정에 따라 2011. 7. 14. 이 사건 토지 및 이 사건 아파트에 관하여 원고 앞으로 이 사건 확약서에 따른 소유권이전등기를 마친 사실은 앞에서 본 바와 같고, 갑 제2호증의 2에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 추가공사비는 잔여공사비, 설계용역비, 건축감리용역비, 전기통신소방감리용역비, 하수도원인자부담금 등으로 구성되어 있고, 추가공사 관련 비용에서 비과세 대상은 제외되어 있는 사실, 원고는 이 사건 환급이행금 이외에 이 사건 미완성 아파트를 취득하기 위한 대가를 추가로 지급한 바 없고, 이 사건 환급이행금과 이 사건 추가공사비는 원고가 작성한 원장 등 법인장부에 의하여 확인되는 사실을 인정할 수 있다.
위 인정사실에 의하여 다음과 같이 판단할 수 있다.
(1) 우선 원고는 이 사건 아파트에 관한 사용승인을 받은 날인 2013. 12. 3. 이 사건 아파트를 취득한 것으로 보아야 한다(원고는 앞서 본 바와 같이 이 사건 아파트의 사용승인일인 2013. 12. 3. 이 사건 아파트를 취득하였다고 하면서도 이 사건 미완성 아파트와 이 사건 추가공사 부분을 별개의 취득으로 보아 과세표준을 분리하여 과세하는 것은 부당하다고 주장한다. 그러나 후술하는 바와 같이 원고가 이미 유상승계취득을 원인으로 등록면허세를 납부한 이 사건 미완성 아파트의 경우 중과기준세율인 2%가 적용되어야 하고, 그와 달리 등록면허세를 납부한 바 없는 이 사건 추가공사 부분의 경우 원시취득세율인 2.8%가 적용되어야 하는바, 피고는 이러한 세율의 차이에 따른 계산의 편의상 이 사건 미완성 아파트와 이 사건 추가공사 부분을 분리하여 각 납세고지서를 발급한 것으로 보일 뿐, 이 사건 미완성 아파트와 이 사건 추가공사 부분을 별개의 취득으로 본 것이 아니므로, 원고의 주장은 받아들이지 아니한다).
(2) 이 사건 확약서는 원고가 이 사건 분양보증계약에 따른 보증책임의 이행 여부 및 그 방법 등을 결정하는 것을 조건으로 성○인○내○날이 이 사건 토지 및 아파트에 대한 일체의 권리를 양도하기로 하는 약정이라고 할 것인데, 이 사건 아파트의 취득일 이전에 원고가 환급이행의 방법으로 보증책임을 이행함으로써 성○인○내○날의 이 사건 확약서에 따른 이 사건 토지 및 미완성 아파트의 양도의무가 발생하였고, 원고가 구상금채권을 확보하기 위하여 그 명의로 이 사건 미완성 아파트에 관한 소유권이전등기를 마친 이상(이 사건 토지에 관하여는 이미 원고 명의로 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 상태이었다) 원고의 이 사건 환급이행금 지급과 이 사건 토지 및 미완성 아파트의 취득 사이에는 대가관계가 있다 할 것이어서 이 사건 환급이행금은 이 사건 토지 및 미완성 아파트의 취득가격으로 지급되었다고 보아야 한다.
(3) 이 사건 추가공사비를 구성하는 항목들은 이 사건 아파트의 취득일 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로, 이 사건 추가공사 자체의 비용이거나(잔여공사비) 그 이외에 실제로 이 사건 추가공사 자체의 비용으로 지급되었다고 볼 수 있거나(설계용역비) 그에 준하는 취득절차비용(건축감리용역비, 전기통신소방감리용역비, 하수도원인자부담금)에 해당한다.
따라서 이 사건 환급이행금을 이 사건 토지 및 미완성 아파트의 시가표준액 비율로 안분한 금액과 이 사건 추가공사비는 완성된 이 사건 아파트의 사실상 취득가격에 해당한다고 봄이 타당하다.
그렇다면, 피고가 이 사건 환급이행금을 이 사건 토지 및 미완성 아파트의 총취득가액으로 보고 이를 시가표준액 비율에 따라 안분하는 방법을 통하여 이 사건 미완성 아파트의 과세표준을 산출하고, 이 사건 추가공사비를 이 사건 추가공사 부분의 과세표준으로 삼은 데에는 잘못이 있다고 볼 수 없다. 결국 이 사건 환급이행금 중 이 사건 미완성 아파트 부분과 이 사건 추가공사비의 합계액을 완성된 이 사건 아파트의 과세표준으로 삼을 수 없다는 이유로 과세표준에 오류가 있다는 원고의 주위적 주장은 이유 없다.
다) 그런데 갑 제2호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 신고·납부 당시 이 사건 미완성 아파트의 과세표준과 관련하여 2013년의 개별공시지가와 신축건물 기준가액을 2011년 당시의 이 사건 토지의 면적(27,364.6㎡) 및 이 사건 미완성 아파트의 연면적(95,515.74㎡)에 각각 곱하는 방법으로 이 사건 토지 및 미완성 아파트의 시가표준액을 산정한 사실을 인정할 수 있다.
그러나 같은 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 원고는 이 사건 토지 및 미완성 아파트를 취득하기 위하여 이 사건 환급이행금을 지급하고 이 사건 미완성 아파트에 관한 소유권이전등기를 마쳤는데, 이 사건 환급이행금은 소유권이전등기일 당시의 이 사건 토지 및 미완성 아파트의 가액을 반영하고 있는 점,「지방세법 시행령」제18조제1항은 취득가격의 범위는 취득시기를 기준으로 ‘그 이전에’ 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직·간접비용이라고 규정하고 있을 뿐, 비용의 구체적인 액수를 산정하는 기준시점에 관하여는 별도로 규정하고 있지 아니하므로, 취득시점 이전에 지출한 취득비용은 지출 당시의 가액으로 계산하는 것이 타당한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 미완성 아파트의 취득가액 산정은 소유권이전등기일이 속한 2011년의 개별공시지가와 신축건물 기준가액을 적용하고, 이 사건 미완성 아파트의 공정율을 반영하는 것이 타당한 점, 이와 달리 이 사건 아파트에 관한 사용승인일이 속한 2013년의 개별공시지가와 신축건물 기준가액을 적용하여 이 사건 토지 및 미완성 아파트의 시가표준액을 산정할 경우 부동산 경기 변동, 건축물의 감가상각 등 우연한 사정 또는 외부적인 사정에 의하여 이 사건 환급이행금 중 이 사건 토지 및 미완성 아파트의 가액이 차지하는 비율이 왜곡될 가능성이 있는 점, 한편 이 사건 아파트의 부지로서 이 사건 토지의 면적은 27,350㎡으로 최종 확정된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지 및 미완성 아파트의 시가표준액을 산정함에 있어서 2011년의 개별공시지가와 신축건물 기준가액을 적용하고, 이 사건 토지의 면적은 27,350㎡, 이 사건 미완성 아파트의 연면적은 95,515.74㎡ 중 공정율 71.7%에 해당하는 부분으로 제한하여야 한다.
그럼에도 불구하고 원고의 이 사건 신고·납부행위는 2013년의 개별공시지가와 신축건물 기준가액을 적용하고, 이 사건 토지의 면적을 27,364.6㎡, 이 사건 미완성 아파트의 연면적을 공정율에 따른 제한 없이 95,515.74㎡로 보아 이 사건 토지 및 미완성 아파트의 시가표준액을 산정한 위법이 있으므로, 과세표준에 오류가 있다는 원고의 이 부분 예비적 주장은 일부 이유 있다.
2) 이 사건 추가공사 부분에 대한 취득세율

가)「지방세법」제11조제1항 제3호는 부동산의 원시취득에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 1천분의 28의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 제10조 제3항에 따라 건축(신축과 재축은 제외한다) 또는 개수로 인하여 건축물 면적이 증가할 때에는 그 증가된 부분에 대하여 원시취득으로 보아 제1항 제3호의 세율을 적용한다고 규정하고 있다.
한편「지방세법」제15조제2항 본문 제7호,「지방세법 시행령」제30조제5호에서는 건축물을 건축하여 취득하는 경우로서 그 건축물에 대하여「지방세법」제28조제1항 제1호 가목 또는 나목에 따른 소유권의 보존 등기 또는 소유권의 이전 등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후 제20조에 따른 취득시기가 도래하는 건축물의 취득에 대한 취득세는 중과기준세율(1천분의 20)을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있다.
나) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 추가공사 부분의 취득은「지방세법」제15조제2항 본문 제7호,「지방세법 시행령」제30조제5호에서 정한 소유권이전등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후 취득시기가 도래하는 건축물의 취득에 해당하지 아니하고, 이 사건 추가공사 부분에 대하여는「지방세법」제11조제3항, 제1항 제3호에 따라 원시취득으로 보아 원시취득 세율인 2.8%가 적용되어야 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(1) 원고가 공정율 71.7% 상당인 이 사건 미완성 아파트에 관한 소유권이전등기일인 2011. 7. 14.부터 사용승인일인 2013. 12. 3.까지 사이에 이 사건 추가공사 부분에 대한 공사를 진행하여 이 사건 아파트를 완공하였다.
(2) 그런데 원고는 소유권이전등기 당시 이 사건 환급이행금을 2011년 공동주택가격 및 그때까지의 공정률을 적용하여 산출한 이 사건 미완성 아파트의 시가표준액과 2011년 개별공시지가를 적용하여 산출한 이 사건 토지의 시가표준액의 비율로 안분한 금액인 36,951,671,464원을 이 사건 미완성 아파트의 과세표준으로 산정한 후, 이를 기초로 등록면허세와 지방교육세를 신고·납부하였을 뿐, 이 사건 추가공사 부분을 포함하는 완성된 아파트의 과세표준을 기초로 한 등록면허세 등을 신고·납부한 바 없다.
(3)「지방세법」제15조제2항 제7호, 제2항 본문 제7호,「지방세법 시행령」제30조제5호는 건축물을 건축하여 취득하기 전에 그 건축물에 관한 소유권보존등기 또는 소유권이전등기가 먼저 이루어지는 경우 등록면허세 납세의무가 이미 성립하였으므로 취득세만 과세하기 위하여 중과기준세율을 적용하는 것이다. 그런데 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 아파트에 관한 소유권이전등기 당시 이 사건 추가공사 부분에 대한 등록면허세를 신고·납부한 바 없는데, 이 사건 추가공사 부분에 대한 취득세에 관하여 위 각 규정에 따라 중과기준세율을 적용한다면 이 사건 추가공사 부분에 대한 등록면허세가 납부되지 아니하는 결과가 되어 이른바 과세의 공백이 생기게 된다. 이러한 이유에서 안전행정부(현 행정자치부)도 2014. 1. 16. ‘미준공 상태인 건축물을 법인이 이전등기한 후 추가로 공사비를 투입하여 사용승인을 받은 경우라면 등기 형식과는 관련 없이 실질적으로 원시취득에 해당된다고 보는 것이 합리적일 것이므로 당초 이전등기 시의 등록면허세 과세표준이었던 매매대금에 대해서는 2%의 세율을, 이전등기 후 발생한 추가공사비 등에 대해서는 2.8%의 세율을 각각 적용하여야 할 것으로 판단된다‘라는 의견을 밝혔다.
3)「지방세특례제한법」제34조제1항의 적용 여부

가) 관련 법령

구 지방세특례제한법(2015. 1. 6. 법률 제12989호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세특례제한법’이라 한다) 제34조 제1항은 원고가 주택법 제77조 제1항 제1호의 주택에 대한 분양보증을 이행하기 위하여 취득하는 건축물로서 분양계약이 된 주거용 건축물 및 그 부속토지에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 구 주택법(2013. 8. 6. 법률 제12022호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘주택법’이라 한다) 제77조 제1항 제1호는 원고는 그 목적을 달성하기 위하여 사업주체가 건설·공급하는 주택에 대한 분양보증, 하자보수보증, 그 밖에 대통령령으로 정하는 보증업무를 수행한다고 규정하고 있으며, 구 주택법 시행령(2014. 6. 11. 법률 제25381호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘주택법 시행령’이라 한다) 제106조 제1항은 주택법 제77조 제1항 제1호에 따라 원고가 행할 수 있는 보증의 종류로, 분양보증이란 사업주체가 주택법 제16조 제1항 본문 또는 같은 조 제3항에 따라 사업계획의 승인을 받아 건설하는 주택(부대시설 및 복리시설을 포함한다) 또는 제15조 제2항에 따라 사업계획의 승인을 받지 아니하고 20세대 이상의 주택과 주택외의 시설을 동일건축물로 건축하는 경우에 행하는 다음 각 목의 보증을 말하고(제1호), 주택분양보증이란 사업주체가 파산 등의 사유로 분양계약을 이행할 수 없게 되는 경우 해당 주택의 분양(사용검사 또는 건축법 제22조에 따른 사용승인과 소유권보존등기를 포함한다)의 이행 또는 납부한 계약금 및 중도금의 환급(해당 주택의 감리자가 확인한 실행공정률이 100분의 80 미만이고, 입주자의 3분의 2 이상이 원하는 경우만 해당한다)을 책임지는 보증을 말한다(제1호 가목)고 규정하고 있다.
따라서「지방세특례제한법」제34조제1항의 적용은 이 사건 미완성 아파트나 이 사건 추가공사 부분이 원고가 분양보증을 이행하기 위하여 취득한 건축물인지 여부에 달려 있다. 이하에서는 이 사건 미완성 아파트와 이 사건 추가공사 부분을 구분하여「지방세특례제한법」제34조제1항이 적용될 수 있는지 여부에 관하여 살펴본다.
나) 이 사건 미완성 아파트

살피건대, 원고는 성○인○내○날과 사이에, 이 사건 아파트에 대하여 성○인○내○날이 파산 등의 사유로 분양계약을 이행하지 못할 경우 보증채권자인 수분양자들에게 이미 납부한 계약금 및 중도금을 환급하여 주거나 당해 아파트의 분양채무를 이행하여 주는 것을 내용으로 하는 이 사건 분양보증계약을 체결하였고, 이후 보증사고가 발생하자 환급이행의 방법으로 보증채무를 이행하기로 결정하고 수분양자들에게 이 사건 환급이행금을 지급하였으며, 이 사건 미완성 아파트에 관하여 소유권이전등기를 마친 사실은 앞에서 본 바와 같다.
위 인정사실에 의하면, 이 사건 미완성 아파트는 원고가 주택분양보증을 이행하기 위하여 취득하는 건축물에 해당한다고 할 것이고, 그 중 분양계약이 된 세대에 대하여는「지방세특례제한법」제34조제1항에 따라 취득세의 100분의 50이 경감되어야 한다. 따라서 이 사건 미완성 아파트 중 분양계약이 된 세대 부분에 대하여「지방세특례제한법」제34조제1항이 적용되어야 한다는 원고의 주장은 이유 있다.
다) 이 사건 추가공사 부분

살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 분양보증계약에 따라 성○인○내○날로부터 주택을 분양받은 수분양자들이 계약금 및 중도금을 납부한 주택에 대해서 납부한 계약금 및 중도금 환급의 보증책임을 선택하고, 이를 이행한 이상, 원고가 환급이행의 방법으로 취득할 수 있는 것은 이 사건 미완성 아파트 중 분양계약이 된 세대에 한하고, 이후 원고가 이 사건 미완성 아파트를 인도받아 임의로 직접 이를 완공하여 사용승인을 받았다고 하더라도 이를 분양보증의 이행으로 볼 수 없어, 이 사건 추가공사 부분을 환급이행 등 분양보증으로 취득하였다고 볼 수는 없다.
원고는 국토해양부(현 국토교통부)의 원고에 대한 법령해석 질의에 대한 회신(참고자료)을 주장의 근거로 들고 있으나, 국토해양부의 회신은 "주택법 시행규칙 제48조의 규정에 의하여 원고가 행하는 ‘보증이행과 관련된 부대업무’에 ‘환급이행에 따른 구상채권의 회수를 위한 당해 주택의 건설 및 매각(공매 등)’이 포함되는지 여부"에 관한 원고의 질의에 대한 것으로, 이는 주택법 제77조 제2항, 주택법 시행령 제107조 제2항 제3호의 위임을 받은 주택법 시행규칙(2015. 7. 1. 국토교통부령 제213호로 개정되기 전의 것) 제48조에서 정한 ‘보증이행과 관련된 부대업무’의 내용에 관한 것일 뿐,「지방세특례제한법」제34조제1항의 적용요건인 주택법 제77조 제1항 제1호, 주택법 시행령 제106조 제1항 제1호 가목에서 정한 ‘분양보증의 종류’에 관한 것이라고 보기 어렵다.
따라서 이 사건 추가공사 부분에 대하여는「지방세특례제한법」제34조제1항이 적용되지 아니하므로, 이 부분에 대한 원고의 주장은 이유 없다.
4) 이 사건 추가공사 부분에 대한 지방교육세 납부의무의 존부

「지방세특례제한법」제151조제1항 제1호 본문은 취득세에 대한 지방교육세는 취득물건에 대하여 제10조의 과세표준에 제11조 제1항 및 제12조의 세율에서 1천분의 20을 뺀 세율을 적용하여 산출한 금액의 100분의 20을 그 세액으로 하되, 제15조 제2항에 해당하는 경우는 취득물건에서 제외한다고 규정하고 있다.「지방세법」제15조제2항 본문 제7호,「지방세법 시행령」제30조제5호는 건축물을 건축하여 취득하는 경우로서 그 건축물에 대하여「지방세법」제28조제1항 제1호 가목 또는 나목에 따른 소유권의 보존 등기 또는 소유권의 이전 등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후 제20조에 따른 취득시기가 도래하는 건축물의 취득에 대한 세율의 특례에 관하여 규정하고 있다.
그런데 위 2)항에서 본 바와 같이 이 사건 추가공사 부분의 취득은「지방세법」제15조제2항 본문 제7호,「지방세법 시행령」제30조제5호에서 정한 소유권이전등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후 취득시기가 도래하는 건축물의 취득에 해당하지 아니한다고 할 것이므로, 원칙으로 돌아가「지방세특례제한법」제151조제1항 제1호 본문에 따라 이 사건 추가공사 부분에 대하여 과세표준인 이 사건 추가공사비에 원시취득세율인 1천분의 28에서 1천분의 20을 뺀 세율인 1천분의 8을 적용하여 산출한 금액의 100분의 20을 지방교육세액으로 하여야 한다.
따라서 이 사건 추가공사 부분에 대한 지방교육세 납부의무가 없다는 원고의 주장은 이유 없다.
5) 정당한 세액 *주1)

갑 제2호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 환급이행금은 74,832,359,380원인 사실, 이 사건 토지의 가액(2011년도 개별공시지가 1,350,000원/㎡를 적용함)은 36,922,500,000원(= 27,350㎡ × 1,350,000원)이고, 이 사건 미완성 아파트의 시가표준액(2011년도 신축건물기준가액 580,000원/㎡를 적용함)은 39,721,175,636원(= 95,515.74㎡ × 580,000원 × 71.7%, 원 미만 버림, 이하 같다)인 사실, 이 사건 추가공사비는 48,929,135,444원이고 그 중 비과세대상 금액은 8,505,865,766원인 사실, 원고의 소유권이전등기 당시 이 사건 미완성 아파트의 총 공급세대 계약면적은 96,497.8246㎡이고, 분양세대 계약면적은 62,114.1216㎡인 사실, 이 사건 아파트의 건물연면적은 96,508.085㎡이고, 그 중 주거전용면적 85㎡ 이하 세대의 건물면적은 36,710.3㎡인 사실을 인정할 수 있다.
위 인정사실에 의하면, 이 사건 환급이행금 중 이 사건 미완성 아파트의 취득비용에 해당하는 부분은 38,782,447,025원{= 74,832,359,380원 × 39,721,175,636원 / (36,922,500,000원 + 39,721,175,636원)}이고, 과세대상인 이 사건 추가공사비는 40,423,269,678원(= 48,929,135,444원 - 8,505,865,766원)이며, 이 사건 미완성 아파트의 분양율은 64.36%(= 62,114.1216㎡ / 96,497.8246㎡ × 100%, 소수점 둘째 자리 미만 버림)이고, 이 사건 아파트 중 주거전용면적 85㎡ 이하 세대의 면적비율은 0.3804(= 36,710.3㎡ / 96,508.085㎡, 소수점 넷째 자리 미만 반올림)이라고 할 것이다.
따라서 완성된 이 사건 아파트에 대한 정당한 세액은 다음 표 기재와 같다.
7) 소결론

그러므로 피고의 이 사건 처분 중 취득세 경정거부처분 중 정당한 취득세액 합계 1,657,896,662원(= 526,045,112원 + 1,131,851,550원)을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 경정거부처분 중 정당한 농어촌특별세액 합계 98,151,725원(= 48,059,209원 + 50,092,516원)을 초과하는 부분은 각 위법하여 취소되어야 한다.
4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
---------------------------------------------------------------------

【관계법령】

■ 지방세법(2013. 12. 26. 법률 제12118호로 개정되기 전의 것)

제4조(부동산 등의 시가표준액)

① 이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 공시된 가액(가액)으로 한다. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 "시장·군수"라 한다)이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다.
② 제1항 외의 건축물(새로 건축하여 건축 당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다), 선박, 항공기 및 그 밖의 과세대상에 대한 시가표준액은 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격 등을 고려하여 정한 기준가격에 종류, 구조, 용도, 경과연수 등 과세대상별 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액으로 한다.
③ 제1항과 제2항에 따른 시가표준액의 결정은「지방세기본법」제141조에 따른 지방세심의위원회에서 심의한다.
제10조(과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(연부)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.
② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및「소득세법」 제101조제1항 또는「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」제27조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제28조에 따라 검증이 이루어진 취득

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
제11조(부동산 취득의 세율)

① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
3. 원시취득: 1천분의 28

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지: 1천분의 30

나. 농지 외의 것: 1천분의 40

③ 제10조제3항에 따라 건축(신축과 재축은 제외한다) 또는 개수로 인하여 건축물 면적이 증가할 때에는 그 증가된 부분에 대하여 원시취득으로 보아 제1항제3호의 세율을 적용한다.
제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과)

①「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지·유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 1천분의 20(이하 "중과기준세율"이라 한다)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.
제15조(세율의 특례)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.
7. 그 밖에 레저시설의 취득 등 대통령령으로 정하는 취득

제151조(과세표준과 세율)

① 지방교육세는 다음 각 호에 따라 산출한 금액을 그 세액으로 한다.
1. 취득물건(제15조제2항에 해당하는 경우는 제외한다)에 대하여 제10조의 과세표준에 제11조제1항 및 제12조의 세율(제14조에 따라 조례로 세율을 달리 정하는 경우에는 그 세율을 말한다. 이하 같다)에서 1천분의 20을 뺀 세율을 적용하여 산출한 금액의 100분의 20. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 목에서 정하는 금액으로 한다.
가. 제13조제2항·제3항·제6항 또는 제7항에 해당하는 경우: 이 호 각 목 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 지방교육세액의 100분의 300

나. 「지방세특례제한법」, 「조세특례제한법」및 지방세감면조례(이하 "지방세감면법령"이라 한다)에서 취득세를 감면하는 경우 1) 지방세감면법령에서 취득세의 감면율을 정하는 경우: 이 호 각 목 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 지방교육세액을 해당 취득세 감면율로 감면하고 남은 금액 2) 지방세감면법령에서 이 법과 다른 취득세율을 정하는 경우: 해당 취득세율에도 불구하고 이 호 각 목 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 지방교육세액. 다만, 세율을 1천분의 20으로 정하는 경우는 과세대상에서 제외한다.
다. 가목과 나목이 동시에 적용되는 경우: 가목과 나목을 각각 적용하여 산출한 세액의 합계액

■ 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것)

제18조(취득가격의 범위 등)

① 법 제10조제5항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(연부) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.
3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우「주택법」제68조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 안전행정부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조제5항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2. 법인장부: 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서

제19조(토지 등의 일괄취득)

① 토지와 건축물 등을 한꺼번에 취득하여 토지 또는 건축물 등의 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 한꺼번에 취득한 가격을 토지와 건축물 등의 시가표준액 비율로 나눈 금액을 각각의 취득가격으로 한다.
제20조(취득의 시기 등)

⑥ 건축물을 건축하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 「도시개발법」에 따른 도시개발사업이나 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업만 해당한다)으로 건축한 주택을「도시개발법」제40조에 따른 환지처분 또는「도시 및 주거환경정비법」제54조에 따른 소유권 이전으로 취득하는 경우에는 환지처분 공고일의 다음 날 또는 소유권 이전 고시일의 다음 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.
제30조(세율의 특례 대상)

법 제15조제2항제7호에서 "레저시설의 취득 등 대통령령으로 정하는 취득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득을 말한다.
5. 건축물을 건축하여 취득하는 경우로서 그 건축물에 대하여 법 제28조제1항제1호가목 또는 나목에 따른 소유권의 보존 등기 또는 소유권의 이전 등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후 제20조에 따른 취득시기가 도래하는 건축물의 취득

■ 농어촌특별세법(2014. 1. 1. 법률 제12165호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
11. 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세

제5조(과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
■ 농어촌특별세법 시행령(2014. 12. 30. 대통령령 제25945호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세)

④ 법 제4조제9호 및 제11호에서 "대통령령으로 정하는 서민주택"이란「주택법」 제2조제3호에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」별표 1 제1호다목에 따른 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다) 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.
■ 지방세특례제한법(2015. 1. 6. 법률 제12989호로 개정되기 전의 것)

제34조(대한주택보증주식회사의 주택분양보증 등에 대한 감면)

① 「주택법」에 따른 대한주택보증주식회사(이하 이 조에서 "대한주택보증주식회사"라 한다)가 같은 법 제77조제1항제1호의 주택에 대한 분양보증을 이행하기 위하여 취득하는 건축물로서 분양계약이 된 주거용 건축물(복리시설 중 일반인에게 분양되는 시설은 제외한다) 및 그 부속토지에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
■ 주택법(2013. 8. 6. 법률 제12022호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. "국민주택"이란 제60조에 따른 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다. 이하 "국민주택규모"라 한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.
제77조(업무)

① 대한주택보증주식회사는 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 업무를 수행한다.
1. 사업주체가 건설·공급하는 주택에 대한 분양보증, 하자보수보증, 그 밖에 대통령령으로 정하는 보증업무

2. 제1호에 따른 보증을 이행하기 위한 주택의 건설 및 하자보수 등의 업무

3. 국가·지방자치단체·공공단체 등이 위탁하는 업무

4. 제40조제6항에 따른 주택건설대지 신탁의 인수업무

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 업무

② 제1항에 따른 업무를 수행하기 위하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
■ 주택법 시행령(2014. 6. 11. 법률 제25381호로 개정되기 전의 것)

제106조(보증의 종류와 보증료)

① 법 제77조제1항제1호에 따라 대한주택보증주식회사가 행할 수 있는 보증의 종류는 다음 각 호와 같다.
1. 분양보증 : 사업주체(제12조에 따른 공동사업주체를 포함한다)가 법 제16조제1항 본문 또는 같은 조 제3항에 따라 사업계획의 승인을 받아 건설하는 주택(부대시설 및 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 제15조제2항에 따라 사업계획의 승인을 받지 아니하고 20세대 이상의 주택과 주택외의 시설을 동일건축물로 건축하는 경우에 행하는 다음 각 목의 보증(제15조제2항에 따라 사업계획의 승인을 받지 아니하고 20세대 이상의 주택과 주택외의 시설을 동일건축물로 건축하는 경우에는 가목의 보증만 해당한다)

가. 주택분양보증 : 사업주체가 파산 등의 사유로 분양계약을 이행할 수 없게 되는 경우 해당 주택의 분양(사용검사 또는「건축법」제22조에 따른 사용승인과 소유권보존등기를 포함한다)의 이행 또는 납부한 계약금 및 중도금의 환급(해당 주택의 감리자가 확인한 실행공정률이 100분의 80 미만이고, 입주자의 3분의 2 이상이 원하는 경우만 해당한다. 이하 나목에서 같다)을 책임지는 보증

제107조(보증과 관련된 업무)

② 대한주택보증주식회사는 법 제77조제1항 각 호에 규정된 업무를 수행함에 있어 다음 각 호의 행위를 할 수 있다.
1. 보증심사 및 이행(재산조사를 포함한다)을 위한 조사 및 관계인에 대한 자료제공의 요청

2. 주택건설공사의 감리자에 대한 시공방법ㆍ공정현황ㆍ사용자재 및 품질 등에 관한 자료제출의 요청

3. 사용검사(「건축법」제22조에 따른 사용승인을 포함한다)의 신청 등 국토교통부령으로 정하는 보증의 이행과 관련된 업무

■ 주택법 시행규칙(2015. 7. 1. 국토교통부령 제213호로 개정되기 전의 것)

제48조(보증업무의 수행 등)

영 제107조제3호에서 "국토교통부령이 정하는 보증의 이행과 관련된 업무"라 함은 사용검사의 신청, 입주예정자(주택조합의 조합원을 포함한다)에 대한 분양대금(조합주택의 경우에는 건축비를 포함한다)의 수납·관리 등 보증이행과 관련된 부대업무를 말한다. 끝.
---------------------------------------------------------------------

*주1) 원고는, 종전에 농어촌특별세의 산정방법과 관련하여 이 사건 아파트 중 주거전용면적 85㎡ 이하 세대 중 분양된 세대와 미분양된 세대를 구분하여 각 분양율에 따라 농어촌특별세를 산정하여야 하나, 이 사건 신고·납부 당시 분양 여부에 관계없이 감면되는 것으로 농어촌특별세를 산정한 하자가 있으므로, 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 주장하였다. 그러나 원고는 이 사건 2016. 3. 23.자 준비서면에서 농어촌특별세 산정방법에 오류가 있다는 주장을 별도로 하지 아니하였고, 이 사건 2016. 3. 29. 제6차 변론기일에서 이 사건 2016. 3. 23.자 준비서면에 나타나지 않는 종전 주장은 철회하였으므로, 위 주장에 관하여 본문에서 별도로 판단하지 아니하였다. 다만 이 항에서 정당한 세액을 계산함에 있어 농어촌특별세의 산정방법을 확정할 필요가 있으므로, 이하에서는 위 주장에 관하여 판단한다.
살피건대, 구 농어촌특별세법(2014. 1. 1. 법률 제12165호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘농어촌특별세법’이라 한다) 제5조 제1항 제6호에서는 농어촌특별세는「지방세법」제11조및 제12조의 표준세율을 100분의 2로 적용하여 지방세법, 지방세특례제한법 및 조세특례제한법에 따라 산출한 취득세액에 대한 100분의 10의 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있고, 농어촌특별세법 제4조 제11호, 구 농어촌특별세법 시행령(2014. 12. 30. 대통령령 제25945호로 개정되기 전의 것) 제4조 제4항은 주택법 제2조 제3호에 따른 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지로서 주택바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지에 대한 취득세에 대하여는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으며, 주택법 제2조 제3호는 "국민주택"이란 제60조에 따른 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 ‘주거전용면적’이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택을 말한다고 규정하고 있다.
위 각 규정에 비추어 보면, 이 사건 미완성 아파트 중 주거전용면적 85㎡ 이하 세대의 취득세에 대하여는 분양 여부를 불문하고 농어촌특별세가 부과되지 아니한다고 할 것이므로, 이 사건 미완성 아파트 중 주거전용면적 85㎡ 이하 세대의 경우 분양계약이 된 세대와 분양계약이 되지 아니한 세대를 구분하여 농어촌특별세를 산정하여야 한다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

하나의 과세물건인 이 사건 아파트에 관한 취득세율을 적용함에 있어 과세물건의 일부에 대해서는 승계취득을 전제로, 나머지에 대해서는 원시취득임을 전제로 서로 다른 세율을 적용할 수는 없으며, 환급 이행금은 주택분양보증계약에 따라 보증사고 발생 시 환급책임을 지기로 한 때문이지, 이 사건 미완성 아파트를 취득하기 위해서가 아니므로 사실상의 취득가격으로 볼 수는 없고, 미완성 아파트 부분에 관해서는 사실상의 취득가격이 있다고 볼 수 없는 이상, 이 사건 취득세의 과세물건인 완성된 이 사건 아파트의 사실상의 취득가격을 확정할 수 없으며, 취득 당시 시가표준액이 되어야 하고,지방세특례제한법 제34조 제1항에서는 원고가 ‘주택에 대한 분양보증을 이행하기 위하여 취득하는 건축물’에 관하여 취득세를 감면하도록 규정되어 있는데, 이 ‘분양보증’에는 ‘분양이행’뿐만 아니라 과 ‘환급이행’도 포함되는 것임이 분명하며, 원고가 건축 중이던 이 사건 아파트를 인도받은 후 추가공사를 통하여 이 사건 아파트를 완성하여 취득한 것 역시 분양보증의 이행을 수행하기 위한 업무에 포함된다고 봄이 타당하므로 분양계약이 된 세대에 대하여는 지방세특례제한법 제34조 제1항에 따라 취득세의 100분의 50이 경감되어야 한다.