양도소득세경정청구에대한거부처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2005.06.24 / 시행일:

【원고, 피항소인】 이준용(소송대리인 변호사 이주형외 1인)
【피고, 항소인】 노원세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2004. 7. 13. 선고 2003구단7340 판결
【변론종결】2005. 5. 13.
【주 문】
1. 피고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
도봉세무서장이 2003. 2. 3. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정거부처분을 취소한다. 
2. 항소취지
제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 의정부시 금오동 151-1 답 1,081㎡(이하 이 사건 토지라고 한다)를 소유하고 있던 중, 이 사건 토지상에 국민주택 규모의 아파트를 건설할 계획을 가지고 있던 주택건설등록업자 벽산건설주식회사로부터 매도요청을 받아 1996. 7. 19. 위 회사와 사이에 매매대금을 523,200,000원으로 한 매매계약을 체결하고 당일 계약금으로 매매대금의 20% 상당액을, 1997. 1. 17. 중도금으로 매매대금의 30% 상당액을 각 지급받은 후, 1998. 4. 이 사건 토지 중 1,069㎡가 분할되어 151-3의 지번이 부여되고 이에 대하여 1999. 4.경 토지구획정리사업에 의한 환지예정지가 지정되었음에도 위 회사의 주택건설사업계획 승인이 지연되어 잔금을 지급받지 못하였다. 
 나. 벽산건설주식회사는 2002. 2. 28. 원고에게 잔금을 지급함과 동시에 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 마치고 2002. 5.경 위 환지예정지를 포함한 같은 토지구획정리사업지구 453-1, 5블럭 지상에 국민주택 규모 455세대의 아파트를 건설하는 내용의 주택건설사업계획 승인을 받았다.
 다. 원고는 2002. 3. 4. 도봉세무서장에게 양도소득과세표준 예정신고를 함에 있어 양도소득세 산출세액 67,479,006원에서 부동산양도신고에 따른 예정신고납부세액공제로 그 15% 상당액 10,121,851원을 공제한 다음 나머지 57,357,155원을 자진납부하였다.
 라. 그 후 원고는 2002. 12. 31. 도봉세무서장에게 이 사건 토지가 국민주택건설용지로 양도되었으므로조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제80조 제1항에 따라 위 양도소득세 산출세액 중 25% 상당액인 16,869,751원을 감면받아야 한다고 주장하면서 양도소득세를 43,017,867원(위 감면 후 예정신고납부세액공제를 한 세액)으로 경정하여 줄 것을 청구하였다(벽산건설주식회사의 세액감면신청도 있었다).
 마. 도봉세무서장은 2003. 2. 3. 조세특례제한법이 2001. 12. 29. 개정되면서 국민주택건설용지에 대한 양도소득세액감면규정(제80조)이 삭제되었고 이 사건 토지의 양도시기는 대금 청산일인 2002. 2. 28.로서 위 개정법 시행 후이므로 종전 규정의 적용이 없다고 하면서 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(그 후 위 처분에 관한 권한이 피고에게 승계되었다. 이하 이 사건 거부처분이라고 한다).
【인정근거】 다툼이 없는 사실
2. 이 사건 거부처분의 적법 여부
 가. 쟁점
 원고는,개정된 조세특례제한법 부칙 제25조 제2항의 규정에 따르면 2003. 12. 31. 이전에 양도하는 토지에 대하여개정전 조세제한특례법 제80조가 적용되어 양도소득세액의 25%를 감면하여야 한다고 주장하고, 이에 대하여 피고는,위 부칙 제25조 제2항이 적용되기 위해서는 부동산의 양도에 따른 대금의 청산이 2002. 1. 1.이전에 이루어져야 한다고 주장한다.
 따라서 이 사건의 쟁점은 2001. 12. 29. 조세특례제한법이 개정되기 전에 국민주택건설용지의 양도계약을 체결한 후 대금 청산은 그 세액감면규정이 삭제된 개정법 시행 후에 한 경우 종전 규정에 따라 세액감면 대상이 되는지 여부이다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 판단
 (1)구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 한다) 제80조는 내국인이 국민주택건설용지로서 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지를 2003년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 25에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하였는데,2001. 12. 29. 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정법’이라 한다)은 제80조 등을 삭제하여 위 규정에 의한 양도소득세의 감면특례를 배제하였고, 경과조치로부칙 제2조는 개정법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하면서,부칙 제25조 제2항는종전의 제80조 등 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우에 양도소득세에 관한 감면 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정하였다.
 (2) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하기 위해서는 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정해야 할 것인바(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 등 참조),구법 제80조는 국민주택건설용지로 토지를 양도한 경우에 세액감면의 기간을 2003년 12월 31일로 명시하고 있고, 원고가 벽산건설 주식회사와 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결한 후 잔금수령이 지체되었지만 2003년 12월 31일까지 이 사건 토지의 잔금을 수령하면 양도소득세를 감면받을 수 있다고 신뢰하였으며, 이는 단순한 기대에 불과한 것이 아니라 기득권에 갈음하는 것으로서 보호되어야 할 가치가 있고,개정법 부칙 제25조 제2항은 개정법 시행 전에 종전 규정의 세액감면혜택을 신뢰하여 양도계약을 채결하였으나 개정법 시행 후 2003년 12월 31일 이전에 대금이 청산되어 일반적 적용례에 관한부칙 제2조로는 그 신뢰가 보호되지 아니하는 결과가 발생될 수 있는 경우에 납세의무자의 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하는 특별규정이라고 할 것이므로,개정법 부칙 제25조 제2항의 ‘종전의 …제80조 … 의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우’라 함은 ‘토지소유자가 2001. 12. 29. 조세특례제한법이 개정되기 전에 국민주택건설용지의 양도계약을 체결한 후 2003. 12. 31. 이전에 대금을 청산한 경우’를 의미한다고 해석해야 할 것이다.
 (3) 따라서 원고의 이 사건 토지 양도에 관하여 양도소득세 경정을 거부한 이 사건 처분은 위법하다 할 것이다. 
3. 결 론
 그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 김능환(재판장) 홍성칠 임동규