종합소득세등부과처분취소 (일반행정, 부산지방법원)
공포일: 2003.10.30 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
지방교육세
【주문】
1. 이 사건 소 중 별지 과세현황표 감경세액란 기재 제세 합계 32,881,160원의 부과처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.
2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.
3. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는동아고등학교,동아공업고등학교,동아중학교및 물금동아중학교를 경영하고 있는 학교법인으로서지방세법시행령 제79조 제1항소정의 비영리사업자에 해당한다.
나. 원고는 1994년경동아고등학교및동아공업고등학교(이하, “동아공고”라고만 한다)를 부산 사하구괴정동 산91일원으로 신축ㆍ이전하기로 하고, 관할 교육청으로부터 승인을 받은 다음, 1995. 8. 10.경 동아공고의 신축부지로 사용하기 위하여 부산 사하구괴정동 615답 1,066㎡,같은 동 615-1 답1,425㎡,같은 동 산91-1임야 1,019㎡, 산91-2 임야 50㎡ 등 4필지 토지 합계 3,560㎡(이하, “이 사건 학교부지”라 한다)를 합계 1,250,000,000원에 매수하고, 동아공고 진입도로의 확장개설을 위하여 1996년경 별지 토지현황표의 취득면적란 기재와 같이 6필지 토지 합계 846.5㎡ 및 각 지상 주택건물 6동(이하, “이 사건 대지 및 주택”이라 한다)을 합계 1,407,100,000원에 매수하였다.
다. 원고는 이 사건 주택 중 638-3 지상 건물 123.94㎡를 제외한 나머지 건물을 모두 철거한 다음, 별지 토지현황표의 도로편입란 기재와 같이 이 사건 대지 중 합계 173.6㎡를 도로에 편입시켜 동아공고 진입도로를 확장개설하는 한편, 도로에 편입되고 남은 위 638-3 대지 143㎡ 및 그 지상 건물 123.94㎡를 동아공고 배구부 선수들의 숙소로 사용하여 왔다. 그 결과, 이 사건 대지 846.5㎡ 중 529.9㎡가 나대지로 남게 되었다(이하, 나대지로 남은 529.9㎡를 “이 사건 쟁점토지”라 한다).
라. 취득세 등의 부과처분

(1) 피고는, 지방세법 소정의 비영리사업자인 원고가 이 사건 대지 및 주택을 취득하여 등기할 당시에는 이를 학교시설로 사용하려는 것으로 보고,구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호및제127조 제1항 제1호,구 농어촌특별세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것) 제4조 제12호에 따라 원고에 대하여 이 사건 대지 및 주택의 취득ㆍ등기로 인한 취득세, 농어촌특별세, 등록세 및 교육세를 부과하지 아니하였다.
(2) 그러나 피고는 2001. 11. 15.경, 이 사건 쟁점토지의 취득일로부터 3년이 경과하였음에도 원고가 이 사건 쟁점토지를 정당한 사유 없이 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 나대지로 방치하고 있다는 이유로, 취득세에 관하여는구 지방세법 제107조단서, 등록세에 관하여는구 지방세법 제127조 제1항단서, 농어촌특별세에 관하여는구 농어촌특별세법 제3조 제5호, 교육세에 관하여는구 교육세법(2000. 12. 29. 법률 제6296호로 개정되기 전의 것) 제3조 제5호를 각 적용하여, 원고에게 별지 과세현황표 당초처분란의 기재와 같이 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 22,078,000원, 농어촌특별세 2,023,810원, 등록세 33,117,020원, 교육세 6,071,450원(각 가산세 포함)을 부과·고지하였다{납부고지서(갑제3호증의 2)에는 교육세가 아닌 지방교육세로 기재되어 있으나, 이는 오기로 보인다}.
(3) 이에 대하여 원고는 2001. 11. 27. 위 취득세 등 부과처분의 취소를 구하는 취지의 지방세법 소정의 심사청구를 제기하였으나, 2002. 1. 28. 기각결정을 받았다.
마. 종합토지세 등의 부과처분

(1) 피고는, 원고가 이 사건 학교부지 및 이 사건 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하는 것으로 보고, 취득시부터 2000년도까지는 위 토지들에 대한 종합토지세 및 그에 따른 도시계획세, 교육세, 농어촌특별세(이하, 종합토지세 등이라고 한다) 등을 부과하지 아니하여 왔다.
(2) 그러나 피고는 2001. 9.경 원고가 이 사건 쟁점토지를 나대지로 방치한 채 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 있으며, 이 사건 학교부지는 정당한 사유 없이 6월 이상 공사가 중단된 건축물의 부속토지라는 이유로, 종합토지세에 관하여는지방세법 제234조의12단서 규정을, 도시계획세에 관하여는지방세법 제235조의2 제1호를, 교육세에 관하여는구 교육세법 제3조 제9호를, 지방교육세에 관하여는지방세법 제260조의2를, 농어촌특별세에 관하여는농어촌특별세법 제3조 제6호를 각 적용하여, 원고에게 별지 과세현황표 중 당초처분란 기재와 같이 2001. 9. 17. 이 사건 쟁점토지에 대한 1997년 및 1998년 귀속 종합토지세 등과 이 사건 쟁점토지 및 학교부지에 대한 1999년 및 2000년 귀속 종합토지세 등을 소급하여 부과ㆍ고지하고, 2001. 10. 15. 및 이 사건 쟁점토지 및 학교부지에 대한 2001년 귀속 종합토지세 등을 부과ㆍ고지하였다.
(3) 이에 원고는 2001. 11. 29. 피고에게 위 (2)항 기재 종합토지세 등 부과처분에 대한 이의신청을 제기하자, 피고는 2002. 2. 15. 지방세심사위원회의 의결에 따라, 위 (2)항과 같이 부과된 종합토지세 등 합계 37,820,820원 중 별지 과세현황표 감경세액란 기재와 같이 이 사건 학교부지에 대한 세액 합계 32,881,160원을 감액경정하였다. 그 결과, 위 (2)항 기재 종합토지세 등 부과처분 중에서는 이 사건 쟁점토지에 대한 세액 합계 4,939,660원만이 남게 되었다(이하, 위 라.항의 취득세부과처분 및 이 사건 쟁점토지에 대한 종합토지세 등 4,939,660원의 부과처분을 합하여 이 사건 처분이라 한다).
[증거] : 갑제1호증의 1 내지 3, 갑제2호증의 1 내지 5, 갑제3호증의 1, 2, 갑제4 내지 12호증, 갑제13호증의 1 내지 6, 갑제14호증의 1 내지 16, 갑제15호증, 을제2, 3호증의 각 1 내지 3, 을제4호증의 1 내지 3의 각 기재

2. 이 사건 소 중 이 사건 학교부지에 대한 종합토지세 등 부과처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

위 처분의 경위에서 본 바와 같이 피고가 2002. 2. 15. 지방세심사위원회의 의결에 따라, 별지 과세현황표 감경세액란 기재와 같이 이 사건 학교부지에 관하여 부과된 종합토지세 등 합계 32,881,160원을 감액경정하였으므로, 이 사건 소 중 이 사건 학교부지에 대한 종합토지세 등 부과처분의 취소를 구하는 부분은 위와 같은 감액경정으로 이미 감액된 세액의 취소를 구하는 것이어서 부적법하다.
3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, 학생들의 원활한 통학을 위한 진입도로 확장공사를 위하여 이 사건 쟁점토지를 포함한 이 사건 주택 및 대지를 부득이 일괄적으로 매수하게 된 것일 뿐만 아니라 이 사건 쟁점토지는 이 사건 대지 중 진입도로에 편입하거나 배구부 숙소로 사용하고 남은 자투리여서 통상적인 방법으로는 이를 처분하기가 곤란하여 동아공고 교직원 주차장으로 사용하여 오고 있는 것이므로, 이 사건 쟁점토지는 원고법인의 고유목적사업에 직접 사용되고 있다 할 것이고, 가사 이 사건 토지가 원고법인의 고유목적사업에 직접 사용하지 않는 경우에 해당한다고 하더라도, 사용하지 못한데 대한 위와 같은 정당한 사유가 있다 할 것이므로, 이 사건 쟁점토지는구 지방세법 제107조본문,제127조 제1항본문,지방세법 제234조의12본문 및 구 농어촌특별세법 제4조 제12호 소정의 비과세대상에 해당한다. 따라서 이와 다른 견해를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 인정사실

(1) 이 사건 쟁점토지는 동아공고 정문 앞에서 부산 사하구괴정1동주택가로 이르는 약 100m 가량의 진입도로변에 위치하고 있는바, 동아공고 정문 앞을 기준으로 619-13, 619-8, 638-15, 638-3(배구부 숙소), 538-20, 538-1의 순으로 연결되어 있고, 619-8과 638-15 사이에는 작은 길이 나 있다.
(2) 이 사건 쟁점토지는 비포장의 노지 상태로 방치되어 있을 뿐, 지상에 주차구획선이 그어져 있거나 학교주차장임을 표시하는 표지판이 설치되어 있지 아니하며, 주차관리시설도 전혀 없다.
(3) 이 법원의 현장검증 당시 619-13 및 619-8 지상에는 승용차, 승합차, 소형트럭 등 8대의 차량이, 638-15 지상에는 승용차, 승합차 등 4대의 차량이, 538-20 및 538-1 지상에는 여러 종류의 차량이 각 주차되어 있는바, 위와 같이 주차된 차량 중 승합차나 소형트럭 등 상당수의 차량은 인근주민이나 외부인들의 것으로 보인다.
(4) 원고는 2002. 6. 7. 부산광역시 교육감으로부터 이 사건 쟁점토지에 관하여 수익용 기본재산으로의 용도변경 및 처분허가를 받았다.
[증거] : 갑제16호증의 1, 2, 을제5, 6호증의 각 1, 2, 을제7호증의 1 내지 3의 각 기재 및 영상, 이 법원의 현장검증결과, 변론의 전취지

라. 판단

(1)구 지방세법 제107조 제1호,제127조 제1항 제1호및지방세법 제234조의12 제2호소정의 취득세ㆍ등록세ㆍ종합토지세의 비과세요건으로서 ‘비영리사업자가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다’고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 할 것인바, 그 사업에 사용하는 것인지 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다(2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 참조). 여기서 ‘사용’이라 함은 계속적이고 실질적인 사용을 말한다고 봄이 상당하다.
한편,구 지방세법 제107조 및 제127조 제1항단서 소정의 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세 및 등록세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어, 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비시간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다 할 것이다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결참조).
비과세나 조세감면의 요건에 관한 규정은 이를 확대해석하면 조세형평의 원칙에 반하는 결과를 초래하기 때문에 과세요건을 정하는 규정과 마찬가지로 엄격하게 해석하여야 할 것인바, 종합토지세에 있어서는 위구 지방세법 제107조 및 제127조 제1항단서와 같이 비과세 대상인지 여부를 판단함에 있어 정당한 사유의 존부를 참작하도록 하는 규정이 없으므로, 비영리사업자가 토지를 그 사업에 직접 사용하고 있지 아니하고 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축하고 있지도 아니하는 이상, 그러한 데에 정당한 사유가 있다고 하더라도,지방세법 제234조의12 제2호의 규정에 따른 비과세 대상이 될 수 없다고 할 것이다(대법원 1997. 12. 12. 97누14644 판결참조).
(2) 먼저, 원고의 주장과 같이 이 사건 쟁점토지가 동아공고 교직원 주차장으로 사용되고 있는지 여부에 관하여 보건대, 소송에 현출된 모든 증거에 의하더라도 이 사건 쟁점토지가 동아공고 교직원 주차장으로 사용되고 있음을 인정하기 어렵고, 오히려 위 인정사실에서 본 바와 같은 이 사건 쟁점토지의 상태 및 이용현황, 주변환경 등에 비추어 보면, 이 사건 쟁점토지가 나대지로 방치된 결과, 인근주민들이 주차장으로 사용하고 있다고 인정되므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
(3) 나아가 원고가 이 사건 토지를 고유목적사업에 사용하지 못한데 대한 정당한 사유가 있는지 여부에 관하여 보건대, 원고의 주장과 같이 동아공고 진입도로 확장공사를 위하여 이 사건 대지 및 주택을 부득이하게 모두 매수하게 되었다는 사정 및 이 사건 쟁점토지는 이 사건 대지 중 진입도로에 편입되거나 배구부 숙소로 사용되고 남은 자투리여서 통상적인 방법으로는 이를 처분하기가 곤란하다는 사정만으로는 이 사건 쟁점토지가 원고법인의 고유목적사업에 직접 사용되지 못한 것에 대한 정당한 사유가 있다고 할 수 없고, 달리 원고가 이 사건 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다거나 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 등이 있었다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으며, 더욱이 종합토지세의 경우는, 원고가 이 사건 토지를 그 사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부와는 무관한 것이므로, 원고의 위 주장 역시 이유 없다.
4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 학교부지에 대한 종합토지세 등 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 등 부과처분 및 종합토지세 등 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

쟁점토지는 대지 중 진입도로에 편입하거나 배구부 숙소로 사용하고 남은 자투리여서 통상적인 방법으로는 이를 처분하기가 곤란하여 동아공고 교직원 주차장으로 사용하여 오고 있는 것이므로, 쟁점토지는 법인의 고유목적사업에 직접 사용되고 있다 할 것이므로 처분은 위법하다.