원천징수법인세환급거부처분취소청구의소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2017.06.08 / 시행일:

【원 고】 에스알아이 인터내셔날 (SRI International) (소송대리인 법무법인(유한) 로월드 담당변호사 오해균 외 1인)
【피 고】 동수원세무서장
【변론종결】2017. 5. 11.
【주 문】
 1. 피고가 2016. 3. 3. 원고에 대하여 한 법인세환급경정청구 거부 처분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 기초사실
 가. 미국법인인 원고는 2014. 11. 30. 삼성전자 주식회사(이하 ‘삼성전자’라고 한다)와 사이에, 원고가 미국에 등록하거나 출원한 특허, 발명의 공개(계약서의 부록 A에 위 특허 등을 특정하여 기재하였음, 이하 ‘이 사건 특허권 등’이라 한다)가 포함된 소프트웨어 등을 삼성전자가 제품에 결합하여 제조·판매하는 등으로 사용하는 것을 허용하고, 삼성전자로부터 위 소프트웨어 등이 결합된 제품의 판매 수량대로 그 사용대가를 지급받기로 하는 내용의 소프트웨어 라이센스 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
 나. 이 사건 계약의 주요 내용은 아래와 같다.
1. 정의 1.13. “지적재산권” 또는 “IPR"은 모든 특허와 특허 출원, 의장권, 저작권, 데이터베이스 권리, 실용신안, 마스크워크, 상표, 도메인 이름, 노하우, 영업비밀 기타 지적재산권 또는 현존하거나 이후 출원하거나 발행하거나 습득하는 상기 언급된 것들의 분할, 계속, 갱신, 재발행 및 연장을 포함하는 유사한 성질의 권리를 의미한다. 1.18. “소프트웨어”는 모든 업데이트, 업그레이드, 패치 및 원고가 행한 관련된 오류 수정 및 버그 수정, 소프트웨어와 관련된 모든 문서와 자료를 포함하여 원고가 삼성전자에 전달하는, 부록 A에 기재된 디자인 구조, 알고리즘, 소프트웨어 오브젝트 코드, 문서 및 기술(하드웨어와 소프트웨어 디자인 모두에 해당되는)을 의미한다.2. 라이센스의 부여 2.1. 본 계약 조건에 따라, 원고는 부록 A에 기재된 모든 지적재산권(IPR) 하에서 원고와 그의 계열사가 지배 또는 소유하는 소프트웨어에 대하여 삼성전자와 그 계열사에게 전 세계적인, 로열티가 발생하는, 독점적인, 양도 불가능한, 서브 라이센스에 제한을 둔 다음과 같은 라이센스를 부여한다. a. 직접적, 간접적으로 실행 가능한 오브젝트 코드 형태로 구현된 삼성제품에 결합된 소프트웨어의 사용, 복제, 복사, 전시, 실행, 수입, 수출, 임대, 판매 오퍼, 판매, 폐기 및 배포3. 대금지급 3.1. 로열티 삼성전자는 소프트웨어의 인도가 완료되고 본 계약서에 따른 만족스런 인수 테스트 후에 부록 C(대금지급)에 명시된 로열티를 지급해야 한다. 3.2. 지급조건 본 계약 조건에 따라, 삼성전자는 부록 C(대금지급) 조항 하에서, 삼성전자 또는 그 계열사의 구현된 삼성전자 제품에 대한 유상 판매를 토대로 원고에게 유닛당 로열티를 지불할 의무가 있다. 3.3. 세금 본 계약 또는 본 문서 조건 하의 각 당사자는 소프트웨어 및 서비스 또는 그것들의 사용과 결부되어 연방 주, 지역 또는 국가에 의해 각 당사자에게 부과되는 각자의 세금, 관세, 소비세, 평가비, 허가세 및 수수료에 대해 책임을 진다. 상반되는 상황임에도 불구하고, 삼성전자가 원고에게 지불하는 비용 또는 로열티에 대해 국가 정부가 소득 관련 세금을 부과하고, 삼성이 그 지불액에서 소득 관련 세금을 원천징수하도록 요구할 경우, 삼성은 해당 세금을 해당 과세 당국에 지급한다는 조건 하에 해당 세금을 공제하고, 나머지 금액을 라이센서에게 송금한다.?부록 A소프트웨어명칭: 아이리스 소프트웨어 코어 라이브러리 지적재산권: 아이리스 소프트웨어 코어 라이브러리에 대해 사용허가된 지적재산권은 아이리스 코어 라이브러리 코드로 구현되고 실행된 모든 라이센서 지적재산권에 해당하며, 아래의 발행된 특허, 출원 중인 특허 및 발명의 공개를 포함하되 이에 국한되지 않는다.(이하 생략)명칭: 하드웨어 모듈 디자인 지적재산권("IPR"): 하드웨어 모듈 디자인에 대해 사용허가된 지적재산권은 아이리스 코어 라이브러리 코드로 구현되고 실행된 모든 라이센서 지적재산권으로 구성되며, 아래의 발행된 특허, 출원 중인 특허 및 발명의 공개를 포함하되 이에 국한되지 않는다.(이하 생략)
 다. 삼성전자는 이 사건 계약에 따라 원고의 소프트웨어 등을 결합한 제품을 제조· 판매하고 2015. 1. 12. 원고에게 그 사용대가로 $1,000,000(= 1,092,200,000원, 이하 ‘이 사건 소득’이라 한다)을 지급하면서 비거주자 등의 국내원천소득에 대한 법인세와 주민세 합계 $165,000(= 180,213,000원, 이하 ‘이 사건 원천징수법인세’라고 한다)을 원천징수한 다음 2015. 2. 10. 피고에게 위 원천징수한 세금을 납부하였다.
 라. 원고는 2015. 9. 1. 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우, 미국법인이 사용대가로 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없어 이를 국내원천소득을 볼 수 없다고 주장하며, 피고에 대하여 이 사건 원천징수법인세를 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
 마. 피고는 2016. 3. 3. 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 3. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 5. 31. 그 청구가 기각되었다.
[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 10, 11, 12호증의 각 기재(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함함), 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 이 사건 특허권 등은 미국 등 외국에서 특허 출원되고 발명 공개된 사실이 있을 뿐 국내에는 등록된 사실이 없으므로 국내원천소득으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소득을 미국법인인 원고에 대한 법인세 과세표준으로 삼은 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
 다. 판단 
 1) 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제2조 제1항 제2호 등은 외국법인에 대하여는 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고, 제2조 제5항, 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다.
 그런데 법인세법 제93조는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”고 하면서, 제8호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”고 규정하고 있다. 
 한편 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한미조세협약’이라 한다) 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”고 하면서 제a호에서 ‘문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’을 규정하고, 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”고 하면서 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”고 규정하고 있다. 
 2) 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 국제조세조정에 관한 법률 제28조는 “비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두9670 판결 등 참조).
 3) 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실과 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 특허권 등이 국내에 특허권으로 등록되지 않은 사실을 인정할 수 있다. 앞서 본 바와 같이 한미조세협약은 미국법인이 국내에 특허권 등을 등록하고 그 특허 등에 관한 실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였으므로(한미조세협약의 해석상 위 협약 제14조 제4항 제a호에 규정된 ‘특허권 등의 사용에 대한 대가’의 의미를 위와 같이 파악할 수 있으므로, 그 ‘사용’의 의미를 법인세법 제93조 단서 후문에 따라 확정하여야 한다고 할 수 없다), 이 사건 소득은 법인세법 제93조에도 불구하고 국내원천소득에 해당하지 않는다. 또한 이 사건 특허권 등이 국내에 등록되지 않은 이상 미국에 등록된 특허권뿐만 아니라 등록을 위하여 출원하였거나 발명 공개된 것 또한 국내원천소득으로 볼 수 없다(앞서 인용한 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두9670 판결의 사안도 미국에 등록하였거나 출원 중인 특허발명에 관한 것이다).
 4) 따라서 이 사건 소득은 국내원천소득이 아니어서 미국법인인 원고에 대한 법인세 과세대상으로 삼을 수 없다. 그런데도 피고는 이 사건 소득을 국내원천소득으로 보아 그에 관한 원고의 경정청구를 거부하였으므로 이 사건 처분은 위법하다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.
[별지 생략]

판사 이정민(재판장) 강효원 김현주