부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2016.02.18 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 부산신항로지텍 (소송대리인 법무법인 삼덕 담당변호사 김백영 외 1인)
【피고, 상고인】 북부산세무서장
【원심판결】 부산고법 2014. 1. 24. 선고 2013누20516 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조 제1항에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여, 법 제17조 제2항 제2호 본문은 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액의 공제를 제한함으로써 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 제재장치를 마련하고 있다. 그러나 한편 같은 호 단서에서는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서이더라도 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치지 않는 것으로 볼 수 있는 경우에는 매입세액의 공제를 허용하는 것이 부가가치세제의 기본원리에 부합하는 점을 고려하여, 이에 해당하는 경우를 시행령으로 정하도록 위임하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고만 한다) 제60조 제2항 제2호는 매입세액의 공제가 허용되는 경우의 하나로 ‘법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우’를 규정하고 있다.
이들 규정의 문언 내용과 체계 및 취지 등에 비추어 보면, 사업자가 부가가치세를 부담하지 아니한 채 매입세액을 조기환급받을 의도로 공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급받는 등의 특별한 사정이 없는 한, ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’이더라도 그 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하고 그 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실도 진정한 것으로 확인되는 경우에는 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 그 거래에 대한 매입세액은 공제되어야 할 것이다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 참조). 한편 법 제9조 제3항, 시행령 제54조 제2항, 제3항 등은 ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’의 발급일을 공급시기로 의제하거나 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 의제하는 경우에 관하여 규정하고 있는데, 이는 ‘필요적 기재사항이 사실과 같은 세금계산서’로 보는 경우에 관한 규정이므로, 이들 규정으로 인하여 ‘필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서’에 관한 법 제17조 제2항 제2호 단서 등의 적용 대상이나 범위가 당연히 제한된다고 보기 어렵다.
 2. 원심은 그 채택 증거에 의하여 원고가 주식회사 대양산업개발에 물류센터 신축공사를 완성도기준지급조건부 내지 중간지급조건부로 도급하고, 2011. 10. 18. 위 회사로부터 공사대금 중 30억 원에 대한 이 사건 세금계산서를 발급받은 후 그 지급기일인 2011. 10. 31. 위 돈을 지급한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 세금계산서는 용역의 공급시기 전에 발급된 세금계산서로서 필요적 기재사항인 ‘작성 연월일’이 사실과 다른 세금계산서에 해당하지만, 원고가 이 사건 세금계산서를 증빙자료로 첨부하여 은행으로부터 대출을 받아 위 공사대금을 지급하기 위하여 그 지급기일 전에 위 세금계산서를 발급받은 점, 원고는 동일한 과세기간인 2011년 2기에 이 사건 세금계산서의 대금을 지급하고 그에 대한 용역을 제공받은 다음 위 세금계산서의 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였을 뿐 부당하게 세액을 환급받지 아니한 점 등에 비추어, 이 사건 세금계산서에 대한 매입세액은 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 전부 공제되어야 한다는 이유로, 이와 달리 이 사건 세금계산서의 일부 공급가액에 대한 매입세액의 공제가 허용되지 아니함을 전제로 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다고 판단하였다.
 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 법 제17조 제2항, 시행령 제60조 제2항 제2호의 해석·적용에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 상고이유에서 들고 있는 대법원 2009. 5. 14.자 2009두3200 판결은 사업자가 공급시기 전에 공급대가의 일부만 지급한 채 매입세액 전액의 조기환급을 신청한 사안에 관한 것으로서 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.
 3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박상옥(재판장) 이상훈 김창석(주심) 조희대

[1] ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’가 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하고 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실이 진정한 것으로 확인되는 경우, 거래에 대한 매입세액이 공제되어야 하는지 여부(원칙적 적극)
[2] ‘필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서’에 관한 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 단서 등의 적용 대상이나 범위가 같은 법 제9조 제3항, 같은 법 시행령 제54조 제2항, 제3항 등에 의하여 제한되는지 여부(소극)

[1] 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조 제1항, 제2항 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제60조 제2항 제2호의 문언 내용과 체계 및 취지 등에 비추어 보면, 사업자가 부가가치세를 부담하지 아니한 채 매입세액을 조기환급받을 의도로 공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급받는 등의 특별한 사정이 없는 한, ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’이더라도 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하고 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실도 진정한 것으로 확인되는 경우에는 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 거래에 대한 매입세액은 공제되어야 한다.
[2] 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제9조 제3항, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제54조 제2항, 제3항 등은 ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’의 발급일을 공급시기로 의제하거나 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 의제하는 경우에 관하여 규정하고 있는데, 이는 ‘필요적 기재사항이 사실과 같은 세금계산서’로 보는 경우에 관한 규정이므로, 이들 규정으로 ‘필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서’에 관한 법 제17조 제2항 제2호 단서 등의 적용 대상이나 범위가 당연히 제한된다고 보기 어렵다.