법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2017.06.20 / 시행일:

【원고, 항소인】 씨케이 주식회사(소송대리인 법무법인 삼익 담당변호사 김홍철 외 1인)
【피고, 피항소인】 1. 동대문세무서장, 2. 서울지방국세청장
【제1심판결】 서울행정법원 2016. 12. 8. 선고 2016구합58000 판결
【변론종결】2017. 5. 30.
【주 문】
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】제1심판결을 취소한다. 피고 동대문세무서장이 2015. 4. 7. 원고에 대하여 한, 2007년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 14,977,510원, 2008년 1기분 부가가치세(가산세 포함) 61,921,420원, 2008년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 17,239,270원, 2009년 1기분 부가가치세(가산세 포함) 302,592,630원, 2009년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 420,775,290원의 각 부과처분, 2010년 1기분 부가가치세 부당과소신고가산세 43,362,068원 중 10,840,517원을 초과하는 부분, 2010년 2기분 부가가치세 부당과소신고가산세 89,019,011원 중 22,254,753원을 초과하는 부분, 2011년 1기분 부가가치세 부당과소신고가산세 43,853,353원 중 10,963,338원을 초과하는 부분, 2011년 2기분 부가가치세 부당과소신고가산세 62,860,870원 중 15,715,218원을 초과하는 부분, 2012년 1기분 부가가치세 부당과소신고가산세 99,704,432원 중 24,926,108원을 초과하는 부분, 2012년 2기분 부가가치세 부당과소신고가산세 61,135,056원 중 15,283,763원을 초과하는 부분, 2013년 1기분 부가가치세 부당과소신고가산세 50,344,559원 중 12,586,140원을 초과하는 부분, 2013년 2기분 부가가치세 부당과소신고가산세 1,695,471원 중 423,868원을 초과하는 부분에 해당하는 각 부과처분, 2007 사업연도분 법인세(가산세 포함) 8,004,100원, 2009 사업연도분 법인세(가산세 포함) 396,103,200원, 2010 사업연도분 법인세 부당과소신고가산세 51,310,512원 중 12,827,628원을 초과하는 부분, 2011 사업연도분 법인세 부당과소신고가산세 30,613,599원 중 7,653,400원을 초과하는 부분, 2012 사업연도분 법인세 부당과소신고가산세 38,397,733원 중 9,599,433원을 초과하는 부분, 2013 사업연도분 법인세 부당과소신고가산세 10,159,467원 중 2,539,866원을 초과하는 부분에 해당하는 각 부과처분을 각 취소하고, 피고 동대문세무서장이 2015. 4. 13. 원고에 대하여 한 2008 사업연도분 법인세(가산세 포함) 59,753,210원의 부과처분을 취소하며, 피고 서울지방국세청장이 2015. 4. 10. 원고에 대하여 한 소득자를 소외인, 소득금액을 2007년 귀속 21,940,705원, 2008년 귀속 148,520,250원, 2009년 귀속 887,678,789원으로 하는 각 소득금액변동통지를 각 취소한다.
【이 유】1. 제1심판결의 인용
 이 법원이 이 사건에 적을 판결 이유는, 아래 제2항에서 고치거나 추가하는 부분 이외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.
2. 수정하는 부분
○ 제1심판결서 3쪽 6행 및 9쪽 3행의 ‘서울지방국세청장’을 ‘피고 서울지방국세청장’으로 각각 고친다.
○ 제1심판결서 3쪽 7행, 14행, 16행 및 9쪽 1행, 11행의 ‘피고’를 ‘피고 동대문세무서장’으로 각각 고친다.
○ 제1심판결서 4쪽 1행 ‘하고,’ 다음에 ‘피고 서울지방국세청장은’을 추가한다.
○ 제1심판결서 5쪽 13행 아래에 다음 내용을 추가한다.
 3) 피고 서울지방국세청장은 세무조사 당시 원고의 누락매출액에 대응하는 비용을 산정하는 과정에서 임의로 매출누락액의 78%라는 원가추인율을 적용하여 매입누락액을 확정하였고, 비즈프로그램에서 발견된 누락 매입액은 모두 무자료 거래이어서 부가가치세가 포함되지 않은 금액이 기재된 것임에도 불구하고 부가가치세 과세대상 재고 매입액의 10%를 부가가치세 선급금으로 보아 손금불산입하였는바, 그로 인하여 이 사건 각 처분의 세액이 잘못 계산되었다.
 4) 이 사건 각 처분은 다음과 같은 절차적 하자가 있다.
 ① 이 사건 각 소득금액변동통지는 과세전적부심사 청구기간이 도과하기 전 고지되었고, 근로소득세 납세고지서의 기재에 하자(세율누락 및 과세연도 오기재)가 있다.
 ② 원고에 대한 법인세 납세고지서는 피고 서울지방국세청장이 조사·결정하고 피고 동대문세무서장이 통지한 것이므로 법인세법 시행령 제109조 제1항에 따라 납세지 관할지방국세청장이 조사·결정하였다는 뜻을 부기하여야 하는데 이를 위반한 하자가 있다.
 ③ 피고 서울지방국세청장은 2009 내지 2013 사업연도에 대한 세무조사 중 적법한 세무조사 대상기간 확장통지절차를 거치지 아니한 채 2007, 2008 사업연도에 대한 세무조사를 하였다. 따라서 이 사건 처분 중 2007, 2008 사업연도 법인세 부과처분, 2007, 2008년 귀속 부가가치세 부과처분은 국세기본법에 따른 세무조사 착수 통지 없이 시행된 조사 결과를 기초로 이루어진 것이어서 위법하다. 
○ 제1심판결서 11쪽 10행 아래에 다음 내용을 추가한다.
 3) 세액계산과정에 오류가 존재하는지 여부
 갑 제9호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면 피고 서울지방국세청장이 비즈프로그램에 기록된 출고현황 자료에 기초하여 매입누락액을 산정한 사실을 인정할 수 있고, 원고의 주장과 같이 원가추인율을 적용하여 매입누락액을 산출하였다고 볼 증거가 없다. 
 한편 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지 분명하지 아니한 경우 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 보아야 하는 것이므로(부가가치세법 제29조 제7항), 세금계산서를 수수하지 않은 무자료 거래라 하더라도 원고가 원재료 매입처에게 지급한 대금에는 부가가치세가 포함되어 있다고 봄이 타당하다. 
 따라서 피고 서울지방국세청장의 매입누락액 산정 방법 및 부가가치세 과세대상 재고 매입액의 10%를 부가가치세 선급금으로 보아 손금불산입한 것은 모두 정당하므로, 원고의 주장은 이유 없다.
 4) 이 사건 각 처분에 절차상 하자가 있는지 여부
 가) 이 사건 각 소득금액변동통지의 하자에 관하여
 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조). 한편 국세기본법 제81조의15 제1항 제1호에 의하면 세무조사 결과에 대한 서면통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있으나, 같은 조 제2항 제2호에서는 조세범처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우를 과세전적부심사의 예외사유의 하나로 정하고 있다.
 갑 제1 내지 4, 10호증, 을 제7호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 서울지방국세청장이 2015. 4. 7. 원고에게 이 사건 각 처분의 과세자료를 내용으로 하는 세무조사 결과에 대한 서면통지를 하고, 그로부터 30일이 지나지 않은 2015. 4. 10. 이 사건 각 소득금액변동통지를 한 사실, 피고 서울지방국세청장이 2015. 5. 7. 서울북부지방검찰청에 2010 내지 2013 사업연도 법인세 및 2010 내지 2013년도 귀속 부가가치세 포탈 혐의로 원고에 대한 고발조치를 이행한 사실, 피고 동대문세무서장이 조세심판 과정에서 원고가 2007년부터 차명계좌를 이용하여, 2009년부터 이중장부를 작성하여 각 매출신고를 누락한 것은 조세범처벌법 제3조 제6항 제4호(이중장부 작성은 조세범처벌법 제3조 제6항 제1호의 사유도 해당)에 의한 사기 기타 부정한 행위에 해당한다는 의견을 밝힌 사실을 인정할 수 있다. 
 살피건대, ① 국세기본법이 조세범처벌법위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우를 과세전적부심사의 예외사유로 정한 것은 범죄 혐의가 인정되는 경우 과세전적부심사를 통한 사전권리구제의 필요성을 인정할 수 없기 때문인 점, ② 소득처분은 법인세 부과대상인 소득이 사외유출된 경우 그 소득의 귀속자와 종류를 확정하는 절차이고, 소득금액변동통지는 이를 납세의무자인 원천징수의무자에게 알리는 절차인데, 법인세 포탈을 이유로 고발하는 경우라면 그 소득은 사외유출 되었다고 판단한 것이므로, 해당 법인세 부과처분이 과세전적부심사의 예외사유에 해당함에도 그 조세포탈행위를 원인으로 하여 이루어진 소득금액변동통지만을 따로 떼어 과세전적부심사를 인정할 필요성이 있다고 볼 수 없는 점, ③ 피고 서울지방국세청장이 2007 내지 2009 사업연도 법인세 및 2007 내지 2009년도 귀속 부가가치세를 고발 대상에서 제외한 것은 위 기간에 대하여 조세범처벌법위반죄가 성립하지 않는다고 판단한 것이 아니라 공소시효가 완성되었다는 사정을 고려한 것으로 보이는 점, ④ 소득세법 시행령 제192조 제1항은 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 법인세 경정일로부터 15일내에 소득금액변동통지를 하도록 규정하고 있고, 이 사건 각 소득금액변동통지는 위 시행령 규정에 따라 피고 서울지방국세청장이 이 사건 각 법인세 경정일인 2015. 4. 7.로부터 15일내인 2015. 4. 10.에 한 것인데, 이 사건 각 소득금액변동통지만이 과세전적부심사의 대상이 된다고 한다면 피고 서울지방국세청장으로서는 위 시행령 규정을 위반하여야 하는 상황에 처하는 점 등을 종합하면, 이 사건 각 소득금액변동통지는 과세전적부심사의 대상이 되지 않는다고 봄이 상당하다. 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 한편 원고에 대한 근로소득세 납세고지서의 세율 미기재, 과세연도 오기재 주장은 후행처분의 하자를 다투는 것에 불과하여 이 사건 각 소득금액변동통지의 위법사유가 되지 못한다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 나) 법인세법 시행령 제109조 제1항 단서 위반 주장에 관하여
법인세법 시행령 제103조 제1항은 “법인세법 제66조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 납세지 관할세무서장이 행한다. 다만 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 것에 대하여는 납세지 관할지방국세청장이 이를 결정 또는 경정할 수 있다”고 규정하고, 제109조 제1항은 “납세지 관할세무서장이 법 제70조의 규정에 의하여 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지하여야 한다. 이 경우 제103조 제1항 단서의 규정에 의하여 과세표준이 결정된 것은 납세지 관할지방국세청장이 조사·결정하였다는 뜻을 부기하여야 한다”라고 규정하고 있다. 
 갑 제2호증, 을 제2호증(각 가지번호 포함)의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 동대문세무서장이 원고에 대한 법인세 과세표준을 경정하고 이를 통지한 사실이 인정되므로, 원고에 대한 각 법인세 부과처분에는 납세지 관할지방국세청장이 과세표준을 결정한 경우에 적용되는 법인세법 제109조 제1항 단서가 적용되지 아니한다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
 다) 세무조사 착수 통지 및 조사결과 통지의 하자 주장에 관하여
 갑 제12호증의 1, 2, 3의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 피고 서울지방국세청장이 2014. 11. 27. ‘조세범칙조사전환 및 2009년 법인 통합조사로 범위확대’를 이유로 하여 원고에 대한 세무조사유형을 일반통합조사에서 범칙조사로, 조사대상 과세기간을 ‘2010. 1. 1. ~ 2013. 12. 31.’에서 ‘2007. 1. 1. ~ 2013. 12. 31.’로 변경하고, 2014. 11. 28. ‘(세금)계산서미발행[조세범처벌법 제10조 제1항]’을 이유로 하여 원고에 대한 세무조사유형을 일반통합조사에서 범칙조사로, 조사대상 과세기간을 ‘2010. 1. 1. ~ 2013. 12. 31.’에서 ‘2009. 7. 1. ~ 2013. 12. 31.’로 변경하였으며, 2014. 11. 28. 원고에게 위 각 조사범위확대(유형전환)를 통지한 사실이 인정된다. 이에 따르면 원고는 조사대상 과세기간이 2007. 1. 1.부터 2013. 12. 31.임을 통지받았다고 할 것이고, 위와 같이 조사대상 과세기간이 달리 기재된 두 차례의 유형전환통지가 이루어졌다는 사정만으로 세무조사과정에 위법이 있다거나 원고의 이익을 침해하였다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
○ 제1심판결서 14쪽 9행 아래에 다음 내용을 추가한다.
제81조의15(과세전적부심사)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(과세전적부심사)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.
2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우
○ 제1심판결서 14쪽 13행 아래에 다음 내용을 추가한다.
▣ 법인세법 시행령
제103조(결정 및 경정)
① 법 제66조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 납세지 관할세무서장이 행한다. 다만, 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 것에 대하여는 납세지 관할지방국세청장이 이를 결정 또는 경정할 수 있으며, 이 경우 납세지 관할세무서장은 당해 과세표준을 결정 또는 경정하기 위하여 필요한 서류를 납세지 관할지방국세청장에게 지체없이 송부하여야 한다.
제109조(과세표준과 세액의 통지)
① 납세지 관할세무서장이 법 제70조의 규정에 의하여 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지하여야 한다. 이 경우 제103조제1항 단서의 규정에 의하여 과세표준이 결정된 것은 납세지 관할지방국세청장이 조사ㆍ결정하였다는 뜻을 부기하여야 한다.
▣ 소득세법 시행령
제192조(소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지)
① 「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분(「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제25조제6항에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다. 
3. 결론
 그렇다면 제1심판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다. 

판사 최상열(재판장) 견종철 장철익