1) 취득 당시 종전규정을 적용하여 취득세 전액감면을 받은 이후 법개정을 통해 최소납부세제 적용대상이 된 경우, 최초로 도래한 재산세 납세의무 성립분에 대해 종전규정인 전액 감면을 적용할 수 있는지 여부2) 감면 최저한 적용(감면율 85%)으로 기 납부한 재산세에 대해 당연무효를 적용할 수 있는 지 여부 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2023.10.18 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
재산세
【주문】
1. 제1심판결 중 피고 원주시장에 대한 원고 패소 부분을 취소한다.
피고 원주시장이 2020. 7. 13. 원고에게 한 2020년 건축물분 재산세 61,161,810원 및 지방교육세 2,622,690원의 각 부과처분을 취소한다.
2. 원고의 피고 원주시에 대한 항소를 기각한다.
3. 원고와 피고 원주시장 사이에 생긴 소송총비용은 피고 원주시장이 부담하고, 원고와 피고 원주시 사이에 생긴 항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】

▣ 청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다.주문 제1항 및 피고 원주시는 원고에게 별지1표‘원본’열 기재 각 금원 및‘환급가산금’열 기재 각 금원을 지급하라.
▣ 이 유

1.처분의 경위

가.원고는 요양급여비용의 심사 등을 목적으로 설립된 법인이다.
나.원고는 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제2조 제2호의 이전공공기관으로서,원주시로의 본원 이전 목적으로 원주시 ○○동 ○○○○-○○토지를 취득하여 그 지상에 사옥을 신축한 뒤2015. 11. 16.사용승인을 받았고, 2015. 12.경 원주시 ○○동 ○○○○-○○토지의 소유권을 취득하였다(원고가 신축한 원주시 ○○동 ○○○○-○○지상 원고 사옥 건물을 이하‘이 사건 건물’이라 하고,원고가 소유권을 취득한 원주시 ○○동 ○○○○-○○토지를 이하‘이 사건 토지’라 하며,이 사건 건물과 이 사건 토지를 통틀어‘이 사건 부동산’이라 한다).
다.구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 개정되기 전의 것,이하‘개정 전 지특법’이라 한다)제81조 제1항에서는 이전공공기관이 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하여 보유하고 있는 부동산은‘그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날’부터5년간 재산세를 전부 면제하도록 규정하고 있다.
반면2015. 12. 29.법률 제13637호로 개정되어2016. 1. 1.시행된 지방세특례제한법(이하‘개정 후 지특법’이라 한다)제81조 제1항,제177조의2본문에 의하면,위와 같이 취득하여 보유하고 있는 부동산에 대하여는‘그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날’부터5년간 재산세85%를 감경하도록 규정하고 있다.
라.피고 원주시장은 원고에게 이 사건 부동산에 대한2016년도부터2020년도 토지분 및 건축물분 각 재산세를 매년 부과함에 있어,개정 후 지특법 제81조 제1항,제177조의2본문이 적용된다고 보아85%에 해당하는 감면율을 적용하여 별지1표 기재와 같이 원고에 대하여 재산세 등 각 부과처분(이하‘이 사건 각 재산세 등 부과처분’이라 한다)을 하였고,원고는 별지1표 기재 각 납부일란 기재 일시에 각 부과처분에 따른 세액을 피고 원주시에 임의로 납부하였다.
마.한편,피고 원주시장은2020. 7. 13.이 사건 건물에 대하여 개정 후 지특법 제177조의2본문에 따라85%의 감면율을 적용하여2020년도 건축물분 재산세61,161,810원,지방교육세2,622,690원을 부과하는 처분을 하였다(이하‘이 사건2020년도 건축물분 재산세 등 부과처분’이라 한다).원고는 이 사건2020년도 건축물분 재산세 등 부과처분에 불복하여 이의신청을 하였고, 2021. 2. 23.조세심판을 청구하였으나2022. 2. 23.원고의 심판청구를 기각하는 결정이 있었다.(조심2021지1729)

[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지4호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.원고의 주장 요지

이 사건 부동산에 대한 재산세를 부과함에 있어서는 지방세특례제한법 부칙<법률 제13637호, 2015. 12. 29.>제6조에 따라 개정 전 지특법 제177조의2단서 및 제2호를 적용하여 재산세를 전액 면제하여야 함에도 피고 원주시장은 개정 후 지특법 제177조의2본문을 적용하여 재산세의85%만 감면하는 내용으로 이 사건 각 재산세 등 부과처분 및 이 사건2020년도 건축물분 재산세 등 부과처분을 하였다.따라서 이 사건2020년도 건축물분 재산세 등 부과처분은 위법하여 취소되어야 하고,이 사건 각 재산세 등 부과처분은 중대ㆍ명백한 하자가 있어 당연 무효이므로,피고 원주시는 원고에게 원고가 납부한 별지1표 기재 각 세액 및 그에 대하여 발생한 환급가산금과 이 사건 소장 부본 송달 다음날부터 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 비율에 의한 지연손해금을 부당이득으로 반환할 의무가 있다.
3.관계 법령

별지2기재와 같다.
4.판단

가.이 사건 적용 법률에 관한 판단

1)이 부분 쟁점

가)지방세특례제한법 제177조의2는 지방세 감면 특례의 제한 규정으로서,같은 법에서 재산세 등을 면제하도록 정하고 있다 하더라도,제177조의2단서에 해당하지 않는 이상 재산세를85%만 감면하도록 정하고 있다.개정 전 지특법 제177조의2단서 및 제2호에 의하면,같은 법 제81조에 따른 재산세는 전부 면제된다.반면 개정 후 지특법 제177조의2에 의하면,같은 법 제81조에 따른 재산세는85%만 감면된다.
나)원고는 이 사건 부동산에 대하여2016년 과세연도 이후의 기간에 대한 재산세를 부과함에 있어 지방세특례제한법 부칙<법률 제13637호, 2015. 12. 29.>(이하‘이 사건 부칙’이라 한다)제6조에 따라‘개정 후 지특법 제177조의2본문’이 아닌‘개정 전 지특법 제177조의2단서 및 제2호’가 적용되어 재산세 전부가 감면되어야 한다고 주장한다.반면 피고들은 이 사건 부칙 제2조의 적용으로‘개정 후 지특법177의2본문’이 적용되어 재산세의85%만 감면하여야 한다고 주장한다.이에 관하여 아래에서 함께 살펴본다.
2)구체적 판단

재산세는 부과고지방식의 조세로 그 납세의무는 지방세법 제107조 제1항,제115조에 의하여 과세기준일인 매년6월1일 기준 그 소유자에게 성립한다.이 사건 부칙 제1조는 개정 후 지특법의 시행일을2016년1월1일부터로 정하고 있고,이 사건 부칙 제2조 제1항에서는 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용하도록 하고 있다.그리고 이 사건에서 문제되는2016년도부터2020년도 분까지 토지분 및 건축물분 각 재산세의 경우 그 납세의무의 성립시기가 개정 후 지특법이 시행된 이후이기는 하다.
그런데 이 사건 부칙 제6조는“이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.”라고 정하고 있고,아래와 같은 점들을 고려하면, ‘이 사건 각 재산세 등 부과처분’과‘이 사건2020년도 건축물분 재산세 등 부과처분’에 있어,이 사건 부칙 제6조에 따라‘개정 전 지특법 제177조의2단서 및 제2호’가 적용되어 재산세 전부가 감면되어야 한다.
가)이 사건 부칙 제6조는 법률불소급의 원칙에 대한 예외로서 납세의무자에게 불이익하게 세법이 개정된 경우에는 납세의무자의 기득권 내지는 신뢰보호를 위하여 예외적으로 납세의무자에게 유리한 종전의 법률을 적용한다는 특별규정의 성격을 가지고 있다(대법원1985. 4. 9.선고83누453판결,대법원1999. 9. 3.선고98두15788판결 등 참조).
나)이 사건 부칙 제1조는 개정 후 지특법의 시행일을 규정하고,이 사건 부칙 제2조는 일반적 적용례(적용대상 및 적용시점)를 규정하며,이 사건 부칙 제3조 내지 제5조는 세부 유형별,조항별 적용례(적용대상 및 적용시점)를 규정하고 있다.이처럼 이 사건 부칙 제1조 내지 제5조에서 시행일과 적용례를 규율한 다음,이 사건 부칙 제6조에서는 경과규정으로서 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따르도록 하고 있다.
①이와 같은 이 사건 부칙 제1조 내지 제6조의 문언,체계 및 구성(특히 이 사건 부칙 제1조 내지 제5조에서 정한 것과는 달리 종전 규정인 개정 전 지특법이 적용될 수 있는 경우를 규율하고 있는 이 사건 부칙 제6조를 마지막에 배치하고 있는 점),②납세의무자의 기득권 내지는 신뢰보호를 위한 예외적 규정으로서의 이 사건 부칙 제6조의 성격 등에 비추어 볼 때,이 사건 부칙 제6조는 이 사건 부칙 제1조 내지 제5조에 대한 특별규정으로서 우선 적용된다고 봄이 타당하다(피고들은‘이 사건 부칙 제5조 제4호에 따라 법 제81조에 따른 재산세 감면에 있어서는2016. 1. 1.부터 개정 후 지특법 제177조의2가 적용되어야 한다.’라고 주장하나,①이 사건 부칙 제5조는 이 사건 부칙 제1조의 시행일에도 불구하고 사안별로 개정 후 지특법 제177조의2의 적용시점을 늦추는데 주안점을 둔 규정으로 보이는 점,②이 사건 부칙 제5조에서 이 사건 부칙 제6조의 적용을 명시적으로 배제하는 내용은 존재하지 않는 점,③납세의무자의 기득권 내지는 신뢰보호를 위한 예외적 특별규정인 이 사건 부칙 제6조와의 조화로운 해석상‘이 사건 부칙 제5조 제4호’는2016. 1. 1.이후 법 제81조에 따른 부동산을 취득한 자에 대해 개정 후 지특법 제177조의2를 적용하도록 정한 것으로 해석하는 것이 상당한 점 등에 비추어 보면,피고들의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다).
다)대법원1985. 4. 9.선고83누453판결,대법원1987. 5. 12.선고87누88판결,대법원1989. 6. 13.선고88누1509판결,대법원1990. 4. 10.선고89누4468판결 모두 특정시점으로부터 일정 기간‘매년’부과되는 재산세 등을 면제하기로 하는 종전 규정이 삭제되면서 이 사건 부칙 제6조와 같은 취지의 경과규정을 둔 경우에는,종전 규정의 삭제에도 불구하고 경과규정에 따라 그 일정 기간까지는 종전 규정에 의해 재산세 등이 계속 면제되어야 한다고 판시하고 있다.이 사건 역시 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시에는 개정 전 지특법 제81조,제177조의2단서 및 제2호에 의해‘취득한 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터5년간’의 재산세를 면제토록 하고 있다가,개정 전 지특법의 위 규정들이 개정 후 지특법으로 불리하게 개정되면서 경과규정인 이 사건 부칙 제6조가 마련된 것이므로,위 대법원 판례 사안들과 유사한 측면이 크다.
라)원고가 이 사건 부동산을 취득한 이후 최초로 재산세 납세의무가 성립하는 시점은 개정 후 지특법 시행일 이후인2016. 6. 1.이고,개정 전 지특법 제81조,제177조의2단서 및 제2호에서‘그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터5년간’의 재산세를 면제토록 하고 있으므로,개정 전 지특법의 시행 당시에는 원고에 대한 이 사건 부동산의 재산세 납세의무가 성립된 바가 없기는 하다.또한 피고는‘원고가 개정 전 지특법에 따라 이 사건 부동산 재산세의 면제를 받은 바 없으므로,이미 재산세 등을 면제 받아 오고 있었던 위 대법원 판례가 이 사건에는 그대로 적용될 수 없다.’라고도 주장한다.
그러나①원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시1) 2)에는 개정 전 지특법이 적용되던 때로서 개정 전 지특법 제81조,제177조의2단서 및 제2호에 따라 이 사건 부동산에 대해2016년도분부터2020년도분까지의 재산세 전부가 면제된다는 신뢰가 이미 존재하였던 점,②이 사건 부칙 제6조에서는‘종전 규정에 따라 감면하여야 할 지방세’에 대해서도 종전 규정을 따르도록 정하고 있으므로,개정 전 지특법에 따라 면제할 예정이었던 위5년분의 재산세도 이 사건 부칙 제6조에 근거해 계속하여 면제하는 것에 별다른 문제가 없는 점,③피고의 위 주장대로라면,원고가2015. 6. 1.이전에 이 사건 부동산을 취득한 경우에는2015. 6. 1.자로 재산세 납부의무가 성립하여 이 사건 부칙 제6조,개정 전 지특법 등에 따라 재산세를 전부 면제 받을 수 있고,그 이후 취득한 경우에는 개정 후 지특법이 적용되어 재산세를85%만 감면 받아야 한다는 것인데, 2015년도 중 어느 시점에 취득하였든지 간에 개정 전 지특법에 따라2016년도부터2020년도까지의 재산세 전부가 면제된다는 신뢰를 갖게 되는 것은 동일함에도 위와 같이 자의적으로 구별할 별다른 근거도 없는 점 등에 비추어 보면,이 사건 부동산에 대해2016년도부터2020년도 분까지의 재산세 전부가 면제된다는 원고의 신뢰는 이 사건 부칙 제6조에 따라 보호함이 타당하다.
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주1) 이 사건 건물의 경우에는 지방세법 시행령 제20조 제6항 등에 따라‘이 사건 건물의 사용승인을 받은 날’또는‘이 사건 건물의 사실상 사용일’중 빠른 날을 취득일로 볼 수 있다.원고는2015. 11. 16.이 사건 건물의 사용승인을 받은 사실은 앞서 본 바와 같고,원고 법인등기부에 따르면 원고는2015. 12. 30.이 사건 건물로 주사무소를 이전하였으므로,원고의 이 사건 건물 취득일은2015. 11. 16.로 볼 수 있다.
주2) 원고에 대한 토지 정기과세내역서(갑 제2호증)에 의하면,원고의 이 사건 토지 취득일자는2015. 12. 18.로 되어 있다.
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마)또한 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 예에 의한다.’라는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로,여기서 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나,비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되어야 한다(대법원2015. 10. 15.선고2015두36652판결 등 참조).특히 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던‘종전 규정’에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있는 때에는,납세의무자의‘종전 규정’에 의한 조세감면 등의 신뢰는 마땅히 보호되어야 한다(대법원2001. 5. 29.선고98두13713판결의 반대해석).
그렇다면 원고의 이 사건 부동산 재산세 납세의무의 성립 당시에는 개정 후 지특법이 시행되었다 하더라도,개정 전 지특법 제81조 제1항 등에 따른 면세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위인 이 사건 부동산의 취득·보유는 개정 전 지특법 시행 당시 이미 이루어진 점,개정 전 지특법 제81조 제1항은 그 취득시점(원인행위 시점)부터5년이라는 장래의 한정된 기간 동안 해당 부동산의 보유라는 요건이 계속 충족되는 때(과세요건의 충족이 있는 때)에는 그 기간 동안의 재산세를 면제해주는 규정이라는 측면에서 개정 전 지특법 제81조 제1항을 위98두13713판결에서의‘종전 규정’에 해당하는 것으로 볼 여지가 있는 점 등을 고려하면,개정 전 지특법 제81조 제1항,제177조의2등에 의한 원고의 재산세 감면의 신뢰는 마땅히 보호할 정도에 이르렀다고 봄이 타당하다.따라서 이러한 점에서도‘이 사건 각 재산세 등 부과처분’과‘이 사건2020년도 건축물분 재산세 등 부과처분’에 있어 개정 전 지특법이 적용되어야 한다.
3)소결

‘이 사건 각 재산세 등 부과처분’과‘이 사건2020년도 건축물분 재산세 등 부과처분’의 경우,이 사건 부칙 제6조,개정 전 지특법 제81조 제1항,제177조의2단서 및 제2호가 적용되어 그 재산세가 전부 면제되어야 하므로,이와 다른 전제에 선 위 처분들은 모두 위법하다(지방교육세는 지방세법 제150조 제6호,제151조 제1항 제6호 등에 따라 재산세에 상응하여 부과되는 것이므로,위 각 처분에 포함된 지방교육세 부과 처분 역시 위법하다).
나.이 사건 각 재산세 등 부과처분의 무효 여부에 관한 판단

1)관련 법리

과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며,하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적·의미·기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다.그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나,그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원2018. 7. 19.선고2017다242409전원합의체 판결 등 참조).
2)구체적 판단

다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면,개정 후 지특법을 적용하여 이루어진 이 사건 각 재산세 등 부과처분은 그 하자가 중대·명백하다고 보기 어렵고,따라서 이 사건 각 재산세 등 부과처분이 당연무효임을 전제로 한 이 사건 부당이득반환청구는 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.
가)이 사건 각 재산세 등 부과처분은‘개정 전 지특법’이 아닌‘개정 후 지특법’이 시행된 이후에 그 납세의무가 성립하였고,그 과세처분일도‘개정 후 지특법’시행일 이후이다.
나)물론 앞서 본 바와 같이,경과규정인 이 사건 부칙 제6조에 따라 이 사건 각 재산세 등 부과처분에도 종전 규정인‘개정 전 지특법’제81조 제1항,제177조의2단서 및 제2호가 적용되어야 한다.그런데 아래에서 보듯이 이 사건의 경우 실제로는 지특법 제177조의2단서 및 제2호가 개정된 것인데,이 사건 부칙 제5조에서는‘개정 후 지특법’제177조의2의 적용시점을 사안별로 구분하여 정해놓고 있었다.즉 이 사건 부칙 제5조 제4호에서는,「지특법 제81조 제1항에 따른 재산세 면제 대상이라 할지라도2016. 1. 1.부터는‘개정 후 지특법’제177조의2에 따른 면제 특례 제한 규정을 적용하여85%만을 감면하도록」규정하고 있다.
그렇다면 이 사건 각 재산세 등 부과처분의 경우,이 사건 부칙 제5조와 이 사건 부칙 제6조 중 어느 조항을 적용해야 하는지 여부에 있어 다툼의 여지가 상당하고,이에 관하여 명확히 확립된 법리나 해석이 존재하는 것으로 보이지도 않는다.
다)「‘개정 전 지특법’제81조 제1항,제177조의2본문,단서 및 제2호의 내용」과「‘개정 후 지특법’제81조 제1항,제177조의2본문,단서 및 제2호의 내용」을 대조하여 보면, ‘이전공공기관의 경우5년간 재산세를 면제해주는 규정’(제81조 제1항)에는 변경이 없고, ‘지특법상 개별 재산세 면제 조항에도 불구하고85%의 감면율만 적용하도록 하는 규정’(제177조의2본문 및 단서)이 개정되면서,개정 후 지특법 하에서는 이전공공기관도5년간 재산세의85%만 감면되도록 변경된 것이다.
이처럼 이전공공기관에 대한 재산세 감면의 직접적인 근거 규정(지특법 제81조)자체는 변화(삭제 등)가 없는 점, ‘개정 후 지특법’제81조 제1항,제177조의2본문 및 단서에 의하더라도,재산세가 전부 면제가 되지는 아니하나85%의 감면율이 적용됨으로써 감면 혜택 자체는 유지되는 점 등에서,면제의 직접적인 근거 규정 자체가 삭제되면서 어떠한 감면 혜택도 받지 못하는 위83누453판결, 87누88판결 등과는 궤를 달리하는 부분이 존재한다.
라)이 사건의 경우에는‘개정 전 지특법’이 시행되던 시기에 재산세 납세의무가 전혀 성립한 바 없었고 이에 따른 재산세 면제가 이루어진 적도 없다.이러한 경우에도 신뢰보호규정인 이 사건 부칙 제6조를 적용함으로써‘개정 후 지특법’의 시행에도 불구하고「종전 규정인‘개정 전 지특법’에 의해 재산세 전체가 면제될 것이라는 납세자의 신뢰」를 보호해줘야 하는지 여부에 있어,다툼의 여지가 충분하다(앞서 본 바와 같이 피고 원주시장은 이를‘개정 전 지특법’이 적용될 수 없는 근거 중 하나로 주장한 바도 있다).
다.소결론

‘이 사건2020년도 건축물분 재산세 등 부과처분’은 위법하여 취소되어야 한다. ‘이 사건 각 재산세 등 부과처분’에는 앞서 본 바와 같은 하자가 존재하나 당연무효에 이르지는 아니하므로,위 처분이 당연무효임을 전제로 한 원고의 피고 원주시장에 대한 부당이득반환 청구는 받아들일 수 없다.
5.결론

그렇다면 원고의 피고 원주시장에 대한 청구(‘이 사건2020년도 건축물분 재산세 등 부과처분’취소 청구)는 이유 있으므로 이를 인용하고,피고 원주시에 대한 청구(부당이득반환 청구)는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로,원고의 피고 원주시장에 대한 항소를 받아들여 제1심판결 중 피고 원주시장에 대한 원고 패소 부분을 취소하고,원고의 피고 원주시에 대한 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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별지2

관계 법령

■지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 개정되고, 2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것)

제81조(이전공공기관 등 지방이전에 대한 감면)

① 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서"이전공공기관"이라 한다)이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를2016년12월31일까지 면제하고,재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터5년간 면제하고 그 다음3년간 재산세의100분의50을 경감한다.
제177조의2(지방세 감면 특례의 제한)

이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이100분의100인 경우와 세율경감률이「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다.이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고100분의85에 해당하는 감면율(「지방세법」제13조제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
2.제7조부터 제9조까지,제11조제1항,제13조제3항,제14조제3항,제16조,제17조,제17조의2,제20조제1호,제29조,제30조제3항,제33조제2항,제35조의2,제36조,제41조제1항부터 제6항까지,제50조,제55조,제57조의2제2항,제57조의3제1항,제62조,제63조제1항 단서,같은 조 제3항,제66조,제73조,제76조제2항,제77조제2항,제82조,제84조제1항,제85조의2제1항제4호,제87조 및 제92조에 따른 감면

지방세특례제한법 부칙<법률 제13637호, 2015.12.29.>

제1조(시행일)

이 법은2016년1월1일부터 시행한다.다만,제181조제6항 단서의 개정규정은2017년1월1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)

①이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
②제3장 지방소득세 특례에 대해서는 이 법 시행 후 양도하거나 이 법 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
제3조(임대주택 등에 대한 취득세 감면분 추징에 관한 적용례)

이 법 시행 전에 종전의 제31조제1항제2호에 따라 취득세 감면을 받은 자가 이 법 시행 후 제31조제2항에 따른 추징사유가 발생한 경우에는 제31조제1항제2호의 개정규정에 따른 임대의무기간을 적용하여 감면받은 취득세를 추징한다.
제4조(법인 등의 지방 이전에 대한 감면세액 추징에 관한 적용례)

제79조제1항 단서 및 같은 항 제2호,제80조제1항 단서 및 같은 항 제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 이전하는 경우부터 각각 적용한다.
제5조(지방세 면제 특례의 제한에 관한 적용례)

제177조의2의 개정규정은 다음 각 호의 구분에 따른 시기부터 적용한다.
1.제30조제2항,제37조,제38조제3항,제40조의3제1호,제57조의2제9항,제64조의2,제65조,제68조제2항 및 제88조제1항: 2017년1월1일

2.제22조의2,제43조,제54조제6항,제57조의2제3항제5호ㆍ제7호,같은 조 제4항ㆍ제5항,제60조제3항제1호의2,제73조의2,제74조제3항제4호ㆍ제5호,제79조 및 제80조: 2019년1월1일

3.제74조제1항ㆍ제2항: 2020년1월1일

4.제1호부터 제3호까지에서 규정한 면제 외의 면제: 2016년1월1일

제6조(일반적 경과조치)

이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
■구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.,법률 제13637호로 개정되기 전의 것)

제81조(이전공공기관 등 지방이전에 대한 감면)

① 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서"이전공공기관"이라 한다)이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는2015년12월31일까지 취득세를 면제하고,재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터5년간 면제하고 그 다음3년간 재산세의100분의50을 경감한다.
제177조의2(지방세 감면 특례의 제한)

이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이100분의100인 경우와 세율경감율이「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다.이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고100분의85에 해당하는 감면율(「지방세법」제13조제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
2.제7조부터 제9조까지,제13조제3항,제14조제3항,제16조,제17조,제17조의2,제20조제1호,제29조,제30조제2항,제35조의2,제37조,제38조제3항,제41조제1항부터 제6항까지,제43조,제50조,제55조,제57조의2,제62조,제63조제1항 단서,같은 조 제3항,제65조,제66조,제68조제2항,제73조,제74조,제76조제2항,제77조제2항,제79조,제80조,제81조,제82조,제84조제1항,제85조의2제1항제4호,제87조,제88조제1항 및 제92조에 따른 감면

■지방세법

제150조(납세의무자)

지방교육세의 납세의무자는 다음 각 호와 같다.
6.재산세(제112조 제1항 제2호 및 같은 조 제2항에 따른 재산세액은 제외한다)의 납세의무자

제151조(과세표준과 세율)

①지방교육세는 다음 각 호에 따라 산출한 금액을 그 세액으로 한다.
6.이 법 및 지방세감면법령에 따라 납부하여야 할 재산세액(제112조제1항제2호 및 같은 조 제2항에 따른 재산세액은 제외한다)의100분의20

■지방세기본법

제62조(지방세환급가산금)

①지방자치단체의 장은 지방세환급금을 제60조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 날부터 지방세환급금을 충당하는 날이나 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하"지방세환급가산금"이라 한다)을 지방세환급금에 가산하여야 한다.
■지방세기본법 시행령

제43조(지방세환급가산금의 계산)

①법 제62조 제1항에서"대통령령으로 정하는 날"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날을 말한다.
1.착오납부,이중납부나 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정(제6호에 해당하는 경우는 제외한다)하거나 취소함에 따라 환급하는 경우:그 지방세의 납부일(지방세관계법에 따라 특별징수의무자가 특별징수하여 납부한 세액의 환급의 경우 해당 세목의 법정신고기한 만료일).이 경우 지방세가「지방세징수법」제25조에 따른 분할고지로 둘 이상의 납기가 있는 경우와 지방세가2회 이상 분할납부된 경우에는 그 마지막 납부일로 하되,지방세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 지방세의 각 납부일로 한다.
■국세기본법 시행령

제43조의3(국세환급가산금)

②법 제52조 제1항에서"대통령령으로 정하는 이자율"이란 시중은행의1년 만기 정기예금 평균 수신금리를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율(이하 이 항에서"기본이자율"이라 한다)을 말한다.다만,납세자가 법 제7장에 따른 이의신청,심사청구,심판청구,「감사원법」에 따른 심사청구 또는「행정소송법」에 따른 소송을 제기하여 그 결정 또는 판결에 따라 세무서장이 국세환급금을 지급하는 경우로서 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터40일 이후에 납세자에게 국세환급금을 지급하는 경우에는 기본이자율의1.5배에 해당하는 이자율을 적용한다.끝.

) 납세의무자의 신뢰보호를 위한 예외적 특별규정인 부칙 제6조를 적용, 부칙 제5조 제4호는 2016. 1. 1. 이후 부동산을 취득한 자에 대해 개정후 지특법을 적용하도록 정한 것으로 해석하여야 함
원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시에는 개정전 지특법이 적용되던 때로서 재산세가 전액 면제된다는 신뢰가 존재
부칙 제6조는 종전 규정에 따라 감면하여야 할 지방세에 대해서도 종전 규정을 따르도록 정하고 있으므로 개정전 지특법에 따라 면제할 예정이었던 5년분의 재산세도 부칙 제6조에 근거해 계속 면제되어야 함
2) 법리가 명백히 밝혀져 해석의 다툼에 여지가 없음에도 과세처분을 하였다면 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가 있는 경우 과세요건 사실을 오인한 것에 불과하여 하자가 명백하다고 할 수 없음
부칙 제5조와 제6조 적용에 있어 다툼의 여지가 상당하고, 개정후 지특법 시행시기와 재산세 납세의무 성립시기 관련, 납세자의 신뢰를 보호해줘야 하는지에 대한 다툼의 여지가 충분함