법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2024.12.12 / 시행일:

【원고, 상고인】 ○○○ 주식회사(변경 전 상호: △△△ 주식회사) (소송대리인 법무법인 정안 담당변호사 정승택 외 2인)
【피고, 피상고인】 마산세무서장
【원심판결】 부산고법 2021. 2. 3. 선고 (창원)2019누10101 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 부산고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 원고는 2008 내지 2012 사업연도의 각 법인세 과세표준을 신고하면서 2008 내지 2011 사업연도에는 결손금이, 2012 사업연도에는 소득금액이 발생하였다고 신고하였다.
 나. 부산지방국세청장은 2015. 7. 7.부터 2015. 8. 28.까지 원고에 대한 법인세 세무조사를 실시한 다음, 피고에게 과세자료를 통보하였다. 
 다. 그에 따라 피고는, 원고의 당초 신고내용과 달리 2010 사업연도의 결손금과 2012 사업연도의 소득금액을 각각 감액경정하고(그 결과 2012 사업연도에 결손금이 발생한 것으로 경정하였다), 이를 원고의 2014 사업연도 법인세 과세표준계산 시 이월결손금으로 공제하여 2015. 10. 15. 원고에게 2014 사업연도 법인세(가산세 포함)를 증액경정·고지하였다가, 2016. 7. 15. 그 일부를 감액경정·고지하였다(당초 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 2. 제1, 3 상고이유에 관하여
 가. 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로 공제한다고 규정하고 있었다.
 그런데 위 법률 제9898호로 일부 개정된 법인세법(이하 ‘개정 법인세법’이라고 한다)은 제13조 제1호 후문으로 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.”라는 규정을 신설하였다[2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되고 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 법인세법 제13조 제1호 후문(이하 ‘이 사건 후문조항’이라고 한다)도 동일한 취지이다]. 이는 원칙적으로 공제가 가능한 이월결손금의 범위를 신고·경정 등으로 확정된 결손금으로 축소하여 법적 안정성을 도모하기 위한 데 그 입법 취지가 있다(대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결 참조).
 그리고 개정 법인세법 부칙은 제1조에서 해당 법률의 시행일을 2010. 1. 1.로 정하면서, 제4조 본문에서 ‘개정 법인세법 제13조 제1호 후문은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정·결정하는 분부터 적용한다.’고 규정하였다.
 나. 이와 같은 관련 규정의 문언, 체계 및 입법 취지 등을 종합하여 보면, 개정 법인세법 시행 이후에는 이 사건 후문조항에서 정한 ‘제60조에 따라 신고하거나(국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 경우를 포함한다) 제66조에 따라 결정·경정된 과세표준에 포함된 결손금’에 해당하여야 그 이후 사업연도 법인세 과세표준을 계산할 때 이를 이월결손금으로 공제할 수 있다고 봄이 상당하고, 그 문언과 달리 ‘과세관청이 실제로 결정·경정하지는 않았으나, 납세의무자가 적법한 경정청구를 하였을 경우에 과세관청이 경정하여야 하는 결손금’까지 이 사건 후문조항에서 정한 결손금에 해당한다고 볼 수는 없다.
 다. 원고가 주장하는 2008, 2012 사업연도 추가결손금은 ‘신고하거나 결정·경정된 과세표준에 포함된 결손금’이 아니어서 이 사건 후문조항에서 정한 결손금에 해당하지 않으므로, 그 이후인 2014 사업연도 법인세 과세표준을 계산할 때 이월결손금으로 공제될 수 없다.
 원심의 이유 설시 중 일부 부적절한 부분이 있으나, 2008, 2012 사업연도 추가결손금에 대한 원고의 이월결손금 공제 주장을 배척한 결론은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 후문조항에 관한 법리오해, 심리미진, 채증법칙 위반 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 3. 제2 상고이유에 관하여
 가. 이 사건 후문조항에서 정한 결손금은 ‘제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나(국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 경우를 포함한다) 제66조에 따라 결정·경정된 과세표준에 포함된 결손금’을 의미함은 앞서 본 바와 같다. 
 한편 법인세법 제70조는 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제66조에 따라 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정·경정한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 그 내국법인에게 알려야 한다.’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제109조 제1항은 ‘각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에도 그 내용을 통지하여야 한다.’고 규정하고 있다. 이와 관련하여 구 「법인세 사무처리규정」(2016. 12. 27. 국세청훈령 제2173호로 개정되기 전의 것) 제77조는 세무서장은 과세표준 및 세액 등의 결정·경정을 한 때에는 그 내용을 통지하여야 하며, 납부할 세액이 없는 경우에는 ‘법인세과세표준 등 결정(경정)통지서(별지 제9호 서식)’로 통지하여야 한다고 규정하고 있다.
 나. 개정 법인세법이 시행된 2010. 1. 1. 이후 최초로 신고한 과세표준에 포함된 해당 사업연도에서 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다(위 대법원 2017두63788 판결 참조).
그러나 과세관청이 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에서 정한 통지 등 절차를 준수하지 않아 납세의무자에게 방어권행사 및 불복의 기회가 보장되지 않은 경우에는 납세의무자가 결손금 감액경정에 대하여 다투지 않았다고 하더라도 이후 사업연도의 법인세 부과처분에 대한 불복절차에서 선행하는 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 있다고 보아야 한다.
 다. 그런데도 원심은, 피고가 2010 사업연도 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에 따른 통지 등 절차를 준수하였는지 여부에 관하여 아무런 심리를 하지 않은 채 판시와 같은 이유를 들어 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소에서 2010 사업연도 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 없다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 있는 범위에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 
 4. 결론
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 오경미(재판장) 김상환 권영준 박영재(주심)

[1] ‘과세관청이 실제로 결정·경정하지는 않았으나, 납세의무자가 적법한 경정청구를 하였을 경우에 과세관청이 경정하여야 하는 결손금’이 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 구 법인세법 제13조 제1호 후문에서 정한 결손금에 해당하는지 여부(소극)
 [2] 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 구 법인세법이 시행된 후 최초로 신고한 과세표준에 포함된 해당 사업연도에 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 납세의무자가 적법성을 다투지 않은 경우, 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 있는지 여부(원칙적 소극) / 과세관청이 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에서 정한 통지 등 절차를 준수하지 않아 납세의무자에게 방어권행사 및 불복의 기회가 보장되지 않은 경우, 납세의무자가 결손금 감액경정에 대하여 다투지 않았더라도 이후 사업연도의 법인세 부과처분에 대한 불복절차에서 선행하는 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 있는지 여부(적극)