민원인 - 「조세특례제한법」 제6조제1항에 따라 세액을 감면받을 수 있는 기간(「조세특례제한법」 제6조 등 관련) (법령해석례, 법제처)
공포일: 2024.09.24 / 시행일:

「조세특례제한법」 제6조제1항에서는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 함) 중 2024년 12월 31일 이전에 광업, 제조업, 음식점업 등 같은 조 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 함)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도1)1) 「소득세법」에 따른 과세기간 또는 「법인세법」에 따른 사업연도를 말하며(「조세특례제한법」 제2조제1항제2호 참조), 이하 같음(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말함)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도(이하 “감면기간”이라 함)까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 같은 조 제1항 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 조 제10항제3호에서는 같은 조 제1항을 적용할 때 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바,「조세특례제한법」 제6조제1항에 따라 세액감면을 받던 내국인2)2) 「소득세법」에 따른 거주자 및 「법인세법」에 따른 내국법인을 말하며(「조세특례제한법」 제2조제1항제1호 참조), 이하 같음이 폐업 후 종전 감면기간이 지나기 전에 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우, 사업을 다시 개시한 때부터 종전 감면기간이 종료하는 때까지 같은 항에 따라 세액을 감면받을 수 있는지?

「조세특례제한법」 제6조제1항에 따라 세액감면을 받던 내국인이 폐업 후 종전 감면기간이 지나기 전에 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우, 사업을 다시 개시한 때부터 종전 감면기간이 종료하는 때까지 같은 항에 따라 세액을 감면받을 수 없습니다.

「조세특례제한법」 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 중소기업 중 2024년 12월 31일 이전에 같은 조 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 같은 조 제1항 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 마련된 같은 법 시행령 제2조제1항에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 매출액이 업종별로 일정 규모 기준 이내일 것(제1호), 같은 법 시행령 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것(제4호) 등의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제6조제3항에서 창업중소기업의 범위는 광업, 제조업, 음식점업 등의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제10항제3호에서 같은 조 제1항의 규정을 적용할 때 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있는 등 「조세특례제한법」 제6조에서는 ‘창업중소기업’ 등에 대한 소득세 또는 법인세의 감면에 관한 사항과 그 예외 등에 관하여 규정하고 있습니다.먼저 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인데,1)1) 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결례 등 참조앞서 살펴본 바와 같이 「조세특례제한법」 제6조는 ‘창업중소기업’에 대한 세액의 감면에 관하여 규정하고 있으므로 법문대로 엄격하게 해석해야 할 것인바, 같은 조 제1항에 따른 ‘창업중소기업’은 같은 조 제3항에서 규정하고 있는 업종을 경영하되, 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니하면서 매출액이 일정 규모 기준 이내인 기업을 의미하고, 같은 조 제1항은 원칙적으로 위와 같은 ‘창업중소기업’이 감면기간 동안 같은 조 제3항에 따른 업종을 영위하여 그에 따른 소득이 발생하는 것을 전제로 그 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 감면하는 규정이라 할 것입니다.그런데 내국인이 과거 창업중소기업으로서 「조세특례제한법」 제6조제1항에 따른 세액감면을 받았다고 하더라도 폐업하여 같은 조 제3항에 따른 업종을 영위하지 않게 되었다면 더 이상 창업중소기업이라고 할 수 없으므로, 종전에 창업중소기업으로서 같은 조 제3항에 따른 업종을 영위하는 것을 전제로 받았던 세액감면 혜택은 유지되지 않는다고 할 것인바, 종전 감면기간이 끝나기 전에 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하더라도 종전 세액감면 혜택을 이어서 받을 수 없을 뿐만 아니라, 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우는 같은 조 제10항제3호에 따라 ‘창업’한 중소기업에도 해당하지 않으므로 다시 개시한 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 다시 세액을 감면받을 수도 없다고 할 것입니다.그리고 「조세특례제한법」제6조제1항에서는 창업중소기업에 대하여 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 세액감면 혜택을 부여하고 있고, 같은 조 제10항에서는 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우(제1호), 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우(3호) 등은 창업으로 보지 아니하여 제1항에 따른 세액감면 혜택을 주고 있지 않은데, 이는 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업창출의 효과가 있는 경우에만 소득세 또는 법인세의 감면혜택을 주려는 취지인바2)2) 대법원 2014. 3. 27. 선고 2011두11549 판결례 참조, 이 사안과 같이 내국인이 같은 법 제6조제1항에 따라 세액감면을 받은 바 있더라도 폐업하여 사업을 영위하지 않고 있다가 종전 감면기간이 끝나기 전에 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 영위하는 것은 원시적인 사업창출의 효과가 있다고 보기 어려우므로 같은 조 제1항에 따라 세액을 감면받을 수 없다고 보는 것이 해당 규정의 취지에도 부합합니다.따라서 「조세특례제한법」 제6조제1항에 따라 세액감면을 받던 내국인이 폐업 후 종전 감면기간이 지나기 전에 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우, 사업을 다시 개시한 때부터 종전 감면기간이 종료하는 때까지 같은 항에 따라 세액을 감면받을 수 없습니다.조세특례제한법제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 “창업보육센터사업자”라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.1.·2. (생 략)② ∼ ⑨ (생 략)⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.가. ∼ 나. (생 략)2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우<관계 법령>