양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2004.06.10 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 1 외 2인 (소송대리인 변호사 홍순기)
【피고, 피상고인】 남대구세무서장
【원심판결】 대구고법 2003. 1. 17. 선고 2002누1367 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 대구고등법원에 환송한다.

【이 유】 1. 원심의 판단
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택증거에 의하여, 원고 2는 아버지인 소외인이 사망하기 3일 전인 1993. 11. 10. 소외인으로부터 이 사건 부동산을 증여받았는데, 피고는 이를 부담부 증여로 보고 위 원고에 대하여 증여세를 부과하는 한편, 그 부담부분에 해당하는 채무 443,647,629원은 망인으로부터 자산이 유상양도된 것으로 보아 1999. 4. 8. 원고들을 포함한 망인의 상속인들에게 각 상속재산점유비율에 따라 양도소득세 부과처분(이하 '당초처분'이라 한다)을 한 사실, 그 후 2002. 2. 18.경 위 원고가 증여세부과처분에 대하여 제기한 국세심판청구에서 이 사건 부동산이 담보하고 있던 금융기관 채무 15억 원 역시 위 원고가 상환하여야 할 채무라는 이유로 이를 상속세과세가액이 아닌 증여세과세가액에서 공제하여야 한다는 결정을 하자 이에 따라 증여세 관할관청인 북대구세무서장이 위 원고에게 부과된 증여세를 감액경정한 사실, 한편 피고는 위와 같은 통보를 받고 상속인들에 대하여 상속세를 증액경정함과 아울러, 당초의 부담부분에 추가된 15억 원을 포함하여 망인이 납부할 1993년도 귀속 양도소득세로 630,979,610원을 다시 산출한 다음 2002. 4. 19. 원고들을 포함한 상속인들에게 이를 각 증액하여 부과하는 처분(이하 '증액처분'이라 한다)을 한 사실을 인정한 다음, 피고가 1999. 4. 8. 자로 원고들에 대하여 한 당초처분은 그 후의 2002. 4. 19. 자 증액처분에 흡수되어 소멸하였음에도 이 사건 소는 이미 소멸한 당초처분의 취소를 구하는 것이어서 부적법하다는 이유로 이를 각하하였다.
 2. 대법원의 판단
 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 이를 수긍하기 어렵다.
구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것, 이하 '구법'이라 한다) 제26조의2 제1항에 의하면 소득세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하는 한편 제2항에서 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송의 제기가 있는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 그 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 판결 또는 결정에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15968호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에서는 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 부과제척기간은 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날부터 기산한다고 규정하고 있으며, 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제100조 제1항에 의하면 당해 연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 과세표준을 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있는바, 이와 같은 국세부과의 제척기간이 도과된 후에 이루어진 과세처분은 무효이며(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결 참조), 부과제척기간에 관한 특별규정인 구법 제26조의2 제2항에 규정된 특별제척기간은 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료되면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 판결 등이 제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우, 판결 등에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 당해 판결 등에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 당해 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니라 할 것이고(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결 등 참조), 또한 납세의무가 승계되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 당해 판결 등을 받은 자로서 그 판결 등이 취소하거나 변경하고 있는 과세처분의 효력이 미치는 납세의무자에 대하여서만 그 판결 등에 따른 경정처분 등을 할 수 있을 뿐 그 취소나 변경 대상이 되고 있는 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 제3자에 대하여서까지 위 규정을 적용할 수 있는 것은 아니다(대법원 1996. 9. 24. 선고 96누68 판결 참조).
 원심이 인정한 사실관계에 의하면, 이 사건 부동산의 양도일(부담부 증여)은 1993. 11. 10.이어서 이에 대한 양도소득세 확정신고기한은 1994. 5. 31.이고 부과제척기간은 그 때부터 5년이 되는 1999. 5. 31.이므로 피고가 양도소득세 증액처분을 한 2002. 4. 19. 당시에 이미 부과제척기간이 도과하였음은 역수상 명백하다. 따라서 증액처분이 위 국세기본법 소정의 재처분에 해당하여 특별제척기간이 적용되지 아니하는 한 무효라 할 것인데, 피고가 재처분의 근거로 들고 있는 위 국세심판원의 결정은 원고 2가 제기한 증여세부과처분에 대한 것으로서 이는 위 원고에 대한 증여세를 변경하는 효력을 가질 뿐, 망인이 부담할 이 사건 양도소득세에 대하여까지 효력을 미칠 수는 없는 것이어서 이 사건 증액처분을 위 심판결정에 따른 적법한 재처분이라 할 수 없으므로 결국 위 증액처분은 제척기간이 도과한 무효의 처분이라 할 것이고 따라서 당초처분이 이에 흡수·소멸되었다고 할 수 없다. 
 그럼에도 불구하고 이와 다른 전제에서 이 사건 당초처분이 증액처분에 흡수되어 소멸하였다고 판단한 원심판결에는 부과제척기간에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이어서 이 점을 다투는 원고들의 상고이유 주장은 그 이유가 있다. 
 3. 결 론
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이규홍(재판장) 조무제 이용우(주심)

[1] 국세부과의 제척기간이 도과한 후에 이루어진 과세처분의 효력(=무효)
[2] 구 국세기본법 제26조의2 제2항에 의하여 과세제척기간 이후 판결·결정에 따른 후속조치로서 할 수 있는 경정결정 등의 물적·인적 범위

[1] 국세부과의 제척기간이 도과된 후에 이루어진 과세처분은 무효이다. 
 [2] 부과제척기간에 관한 특별규정인 구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제2항에 규정된 특별제척기간은 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료되면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 판결 등이 제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 판결 등에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 당해 판결 등에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 당해 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니라 할 것이고, 또한 납세의무가 승계되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 당해 판결 등을 받은 자로서 그 판결 등이 취소하거나 변경하고 있는 과세처분의 효력이 미치는 납세의무자에 대하여서만 그 판결 등에 따른 경정처분 등을 할 수 있을 뿐 그 취소나 변경 대상이 되고 있는 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 제3자에 대하여서까지 위 규정을 적용할 수 있는 것은 아니다.