농지보전부담금부과처분취소 (일반행정, 의정부지방법원)
공포일: 2022.12.20 / 시행일:

【원 고】 ○○○ 주식회사 외 1인 (소송대리인 법무법인 현율 담당변호사 백안욱)
【피 고】 파주시장
【피고소송참가인】 한국농어촌공사 (소송대리인 변호사 박주명)
【변론종결】2022. 10. 4.
【주 문】
 1. 피고가 2021. 12. 8. 원고 ○○○ 주식회사에게 한 농지보전부담금 81,669,270원(가산세포함) 부과처분과 2021. 12. 28. 원고 2에게 한 농지보전부담금 6,600,340원(가산세포함) 부과처분을 모두 취소한다.
 2. 소송비용은 소송참가로 인한 부분을 포함하여 피고가 부담한다. 

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분 경위
 가. 소외인은 농지인 파주시 △△면□□리(지번 1 생략) 전 일원에 공장을 신축하여 목재 보존업 등을 영위할 목적으로 2015. 9. 7. 구 중소기업창업 지원법(2016. 1. 27. 법률 제13868호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따른 사업계획 승인을 신청하여 2015. 12. 18. 이를 승인받았다.
《승인 내역 생략》
 나. 위 사업계획 승인과정에서 소외인은 농지전용협의 조건부동의를 받았고, 구 중소기업창업 지원법 제39조의3 제1항 제1호에 따라 농지보전부담금(이하 문맥에 따라 ‘이 사건 부담금’이라 한다)을 면제받았다.
 다. 소외인은 위 승인에 따라 공장 3동(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)을 건축하여 2016. 8. 11. 준공을, 2016. 9. 1. 건축물대장 등재를, 2016. 10. 5. 소유권보존등기를, 2016. 12. 26. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 ‘산업집적법’이라 한다)에 따른 공장설립 완료 신고를 마쳤다. 피고는 2017. 2. 1. 위 공장설립 완료 신고를 수리하여 산업집적법에 의한 공장등록을 마쳤다.
 라. 소외인은 ① 2021. 7. 22. □□리(지번 1 생략) 공장용지 3,174㎡, 그 지상 공장건물 3동 전부와 □□리(지번 5 생략) 도로 485㎡의 일부 지분을 원고 ○○○ 주식회사(이하 ‘주식회사’ 기재 생략)에 매도하고(각 2021. 10. 7. 등기), ② 2021. 7. 29. □□리(지번 4 생략) 공장용지 210㎡을 원고 2에게 매도하였다(2021. 9. 30. 등기).
 마. 피고는 원고 ○○○에게, ‘귀하가 취득한 □□리(지번 1 생략), (지번 5 생략)은 중소기업창업 지원법에 따라 농지보전부담금을 면제받은 시설인데, 전용목적사업 완료(공장설립등의 완료신고) 후 5년 이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우에는 등기이전일까지 농지법 제40조에 따른 용도변경의 승인을 받아야 한다.’고 통지하였다.
 바. 이에 ① 원고 ○○○은 농지전용 용도변경 승인을 신청하여 2021. 12. 17. 【창업공장→창고시설】로 용도변경 승인을, ② 원고 2는 같은 승인을 신청하여 2021. 12. 29. 【창업공장→일반공장】으로 용도변경 승인을 각 받았다.
 사. 피고로부터 농지보전부담금 부과 및 수납 업무를 위탁받은 피고보조참가인은 원고들에게 아래와 같이 농지보전부담금 납부를 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
성명고지일전용목적전용농지납부금액(가산세포함)원고 ○○○2021. 12. 8.창고시설□□리 (지번 1 생략) 등81,669,270원고 22021. 12. 28.일반공장□□리 (지번 4 생략)6,600,340
[인정 근거] 갑 제1 내지8호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 7호증, 변론 전체의 취지 
2. 관련 법령
▣ 농지법제34조(농지의 전용허가·협의) ①농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 1. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우제38조(농지보전부담금)①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전·관리 및 조성을 위한 부담금(이하 "농지보전부담금"이라 한다)을 농지관리기금을 운용·관리하는 자에게 내야 한다. 1. 제34조 제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자제40조(용도변경의 승인)①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 절차를 거쳐 농지전용 목적사업에 사용되고 있거나 사용된 토지를 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 자치구구청장의 승인을 받아야 한다.1. 제34조 제1항에 따른 농지전용허가2. 제34조 제2항제2호에 따른 농지전용협의3. 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고②제1항에 따라 승인을 받아야 하는 자 중 농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지를 농지보전부담금 감면 비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 내야 한다.▣ 농지법 시행령제59조(용도변경의 승인)① 법 제40조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 5년을 말한다.② 제1항에 따른 기간은 해당 시설물의 준공검사필증을 교부한 날 또는 건축물대장에 등재된 날, 그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날부터 기산한다.▣ 구 중소기업창업 지원법제35조(다른 법률과의 관계)①제33조 제1항에 따라 사업계획을 승인할 때 다음 각 호의 허가, 인가, 면허, 승인, 지정, 결정, 신고, 해제 또는 용도폐지(이하 이 조에서 "허가등"이라 한다)에 관하여 시장·군수 또는 구청장이 제4항에 따라 다른 행정기관의 장과 협의를 한 사항에 대하여는 그 허가등을 받은 것으로 본다. 9. 「농지법」 제34조 제1항에 따른 농지의 전용허가, 같은 법 제35조 제1항에 따른 농지의 전용신고 및 같은 법 제40조 제1항에 따른 용도변경의 승인제39조의3(부담금의 면제)① 제33조에 따라 사업계획의 승인을 받은 창업자에 대하여는 사업을 개시한 날부터 5년 동안 다음 각 호의 부담금을 면제한다. 1. 「농지법」 제38조 제1항에 따른 농지보전부담금
2. 당사자의 주장
 가. 원고들
농지법 시행령(이하 ‘농지법’은 ‘법’, 그 시행령은 ‘시행령’이라고만 한다) 제59조 제1항이 정한 5년의 기산일은 같은 조 제2항에서 ‘해당 시설물이 건축물대장에 등재된 날’이라고 정하고 있다. 원고들은 이 사건 공장이 건축물대장에 등재된 2016. 9. 1.로부터 5년이 경과한 후에 토지를 취득하였으므로 법 제40조 제2항에 따른 농지보전부담금을 부담하지 않는다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 피고
소외인의 농지전용목적은 건물신축이 아니라 ‘중소기업 창업 목적의 공장을 설립하는 것’이므로, 이 사건 공장등록일인 2017. 2. 1.에 ‘농지전용목적이 완료’되었다고 보고 이를 기산일로 삼아야 한다. 원고들은 그로부터 5년이 지나기 전에 소외인으로부터 토지를 취득하였으므로 농지보전부담금을 부담해야 한다.
3. 판단
 가. 시행령 제59조 제1항이 정한 5년의 기산일(이하 ‘쟁점 기산일’이라 한다)
 1) 관련 법령의 해석상 쟁점 기산일은 ‘이 사건 공장이 건축물대장에 등재된 날’로 봄이 타당하다. 판단근거는 아래와 같다.
 가) 시행령 제59조 제2항은 제1항의 기산일을 ‘해당 시설물의 준공검사필증을 교부한 날, 건축물대장에 등재된 날, 그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날’로 정하고 있다. 이때 ‘해당 시설물’은 법 제40조 제2항의 "농지보전부담금이 감면되는 시설의 부지로 전용된 토지"에서의 "시설"을 가리키는 것으로 이해된다(시행령에는 ‘해당 시설물’의 의미에 관한 별도의 규정이 없다).
 나) 이 사건에서 ‘공장용지로 전용된 농지’를 부지로 삼고 있는 시설은 이 사건 공장이므로, 시행령 제59조 제2항이 정한 ‘해당 시설물’은 이 사건 공장 건물을 의미하는 것으로 볼 수밖에 없다. 그렇다면 이 사건 공장 건물이 건축물대장에 등재된 날을 쟁점 기산일로 보아야 한다.
 2) 피고는 주장을 받아들일 수 없는 근거는 아래와 같다.
 가) 피고는, 위 조항은 ‘그 밖의 농지의 전용목적이 완료된 날’도 쟁점 기산일에 관한 포괄적인 규정이므로 이를 적용하여야 한다고 주장하나, ‘(해당 시설물이) 건축물대장에 등재된 날’이라는 구체적인 열거 규정을 적용할 수 있는 사례에 관하여 포괄적·추상적 규정을 먼저 적용할 수는 없다.
 나) 피고는 구 「창업사업계획의 승인에 관한 통합업무처리지침」(중소벤처기업부 고시, 2021. 3. 5.자로 개정된 것) 제24조 제1항을 근거로 이 사건 공장등록일을 쟁점 기산일로 주장하고 있으나, 위 지침은 중소기업창업 지원법에 따른 사업계획 승인에 관한 업무처리절차와 허가 등을 정하기 위한 것이어서(제1조) 위 지침과 쟁점 기산일의 해석 사이에 별다른 관련성이 없고, 위 조항의 문언을 보더라도 ‘본 지침을 적용할 종기는 공장설립 완료 신고 시’라는 것에 불과하므로 이로부터 ‘이 사건 공장 등록일을 쟁점 기산일로 보아야 한다.’는 결론이 도출되지도 않는다.
 다) 피고는 이 사건 부담금의 면제 근거가 구 중소기업창업 지원법이므로 이 사건 공장 등록일을 쟁점 기산일로 보는 것이 위 면제 취지에 부합하는 해석이라고 주장하는듯하나, 감면받은 농지보전부담금을 납부해야 하는 경우에 적용할 법령은 법 제40조 제2항, 제1항, 시행령 제59조이므로 이 역시 타당하지 않다.
 나. 소결론
 원고들이 이 사건 공장 부지를, 이 사건 공장이 건축물대장에 등재된 2016. 9. 1.로부터 5년이 경과한 후에 취득하였음은 역수상 명백하므로, 위 취득은 법 제40조 제1항이 정한 "농지전용 목적사업에 사용되고 있는 토지를 5년 이내에 다른 목적으로 사용하려는 경우"에 해당하지 않는다.
4. 결론
 원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용한다.

판사 이영환(재판장) 강진우 여규호