법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2007.11.29 / 시행일:

【원고, 피상고인 겸 상고인】 대림산업 주식회사 (소송대리인 변호사 이임수외 4인)
【피고, 상고인 겸 피상고인】 영등포세무서장 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 임승순외 1인)
【원심판결】 서울고법 2005. 7. 20. 선고 2004누16425 판결
【주 문】
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】상고이유를 판단한다.
 1. 1998 사업연도 법인세 부분
 가. 피고의 채무인수액 손금산입의 점에 대한 상고이유에 관하여
구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호에 의하여 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세감면규제법’이라고 한다) 제36조 제1항은 "내국인이 합리화기준에 따라 합리화대상기업에 대한 보증채무를 인수한 때에는 보증채무를 인수한 금액을 손금에 산입한다."고 규정하고 있는바, 채무의 변제로 나아가기에 앞서 보증채무의 인수만으로도 손금산입을 허용한 위 규정의 취지가 부실기업의 정리 및 인수를 원활하게 하는 데 있는 이상, 합리화기준에서 정한 시기에 앞서 인수예정액을 초과하여 보증채무를 인수하였다고 하여 이를 두고 합리화기준에 위반된 것이라고 볼 수 없고, 다만 보증채무를 조기에 초과하여 인수한 경우 합리화기준이 정한 해당 사업연도 인수예정액을 넘는 초과액을 그 사업연도에 즉시 손금산입하는 것은 손금산입 시기를 인수자의 의사에 맡기는 결과를 초래하여 허용할 수 없는 점에 비추어 보면, 조기의 초과인수액은 합리화기준에서 정한 시기와 인수예정액에 따라 차후에 순차로 손금산입하도록 허용함이 타당하다 할 것이다.
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 합리화기준이 정한 시기에 앞서 인수예정액을 초과하여 채무를 인수하고도 손금산입하지 못한 실제인수액을 손금에 산입할 수 있다고 판단하였는바, 앞서 본 법리에 비추어 이러한 원심 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 구 조세감면규제법 제36조 제1항에서 정한 손금산입의 법리를 오해한 위법이 없다. 
 나. 원·피고의 부당행위계산 부인의 점에 대한 상고이유에 관하여
 원심판결 이유와 기록에 의하면, 원고가 원심 판시 산본 스포렉스 및 대방동 볼링장(이하 ‘산본 스포렉스 등’이라고 한다)을 원고와 특수관계에 있는 소외 1 주식회사(이하 ‘소외 1 주식회사’라고 한다)에 매도함에 있어 계약일에 산본 스포렉스 등을 인도하여 소외 1 주식회사로 하여금 이를 사용하게 하되 매매대금은 10여 년 간 분할 지급받고, 소외 1 주식회사의 대금연체로 인한 계약해제의 경우 기지급 매매대금 중 위약금 상당액을 공제하여 반환하되 원고가 반환하는 기지급 매매대금에 대한 이자를 지급하지 아니하기로 약정하였으나, 소외 1 주식회사의 대금연체로 원고가 위 매매계약을 해제하고도 위약금 및 차임상당 사용이익을 공제하지 아니하고 매매대금을 반환하였음을 알 수 있는바, 원고가 위 매매계약을 해제하고 기지급 매매대금을 반환함에 있어 약정된 위약금과 원상회복으로 청구 가능한 차임상당 사용이익을 공제하지 아니한 것은 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라고 한다) 제20조가 정한 부당행위계산에 해당한다 할 것이고, 위와 같은 계약의 해제로 인한 원상회복에 관하여 매수인이 기지급 매매대금을 반환받음에 있어 이자를 지급받지 아니하기로 약정하였다 하여 매도인이 그에 대응하는 사용이익의 반환청구까지 포기하였다고 보기는 어렵다. 따라서 같은 취지의 원심 판단은 정당하고, 거기에 원고가 상고이유에서 주장하는 바와 같은 구 법인세법 제20조 소정의 부당행위계산 부인에 관한 법리오해나 채증법칙 위반의 위법이 없다.
 한편, 계약당사자 일방이 계약상의 채무를 이행하지 아니할 경우, 계약상대방은 자신의 선택에 따라 그 계약에서 정한 채무의 이행을 구하거나, 계약을 해제하여 그 계약의 구속력에서 벗어날 수 있고, 이러한 이치는 특수관계자 사이의 계약에 있어서도 다르지 않다고 할 것인바, 기록상 소외 1 주식회사의 채무불이행으로 인하여 원고가 산본 스포렉스 등에 관한 매매계약을 해제한 이 사건의 경우, 원고가 위 매매계약을 해제하였다는 사정만으로 그러한 행위가 구 법인세법 제20조 소정의 부당행위계산에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이니, 같은 취지의 원심 판단은 정당하고, 거기에 피고가 상고이유에서 주장하는 바와 같은 채증법칙 위반이나 부당행위계산 부인에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 다. 피고의 차입금과다법인 지급이자 손금불산입의 점에 대한 상고이유에 관하여
구 법인세법 제18조의3 제2항 제1호, 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라고 한다) 제43조의2 제8항에 의하면, "대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다른 법인의 주식을 보유하는 경우에 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니하고, 이 경우 다른 법인의 주식은 장부가액으로 한다."고 규정하고 있고, 이 때의 장부가액에 대하여는 별도의 규정을 둔 바 없어서 구 법인세법 제9조에서 규정하는 익금 및 손금의 규정과 그 내용을 같이하는 것으로 보아야 할 것인바(대법원 1998. 2. 27. 선고 96누17011 판결 참조), 자산재평가법에 의한 재평가적립금의 자본전입으로 취득한 무상주는 구 법인세법 제19조 제2호 단서 규정에 따라 의제배당에서 제외되어 그 장부가액을 0으로 본다고 하더라도 그 무상주를 보유하던 중 이를 자산재평가법에 의하여 다시 재평가한 경우 그 재평가차액은 구 법인세법 시행령 제12조 제1항 제5호에서 정한 익금에 해당되어 구 법인세법 시행령 제43조의2 제8항이 정한 장부가액이 된다 할 것이다.
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 엘지칼텍스 주식회사가 1981년 자산재평가법에 의한 재평가적립금을 자본전입하면서 무상으로 교부한 엘지칼텍스 주식회사의 주식 67,489주를 보유하고 있던 원고가 1995. 1. 1. 자산재평가법에 의하여 이를 57억 9천만 원으로 재평가한 사실을 인정한 후, 자산재평가법에 의한 재평가적립금의 자본전입으로 인한 무상주는 구 법인세법 제18조의3 제2항 제1호가 정한 ‘다른 법인의 주식’에 해당하지 아니한다고 판단하였다.
 그러나 이러한 원심 판단은 앞서 본 법리에 비추어 수긍하기 어렵다.
 즉, 자산재평가법에 의한 재평가적립금의 자본전입으로 인하여 취득한 무상주는 이를 다시 재평가하지 아니하는 이상 그 장부가액은 0으로서 구 법인세법 제18조의3 제2항 제1호의 적용대상에서 제외된다 할 것이나, 원고가 보유하던 엘지칼텍스 주식회사의 위 무상주는 자산재평가법에 의한 재평가적립금의 자본전입으로 취득한 무상주를 다시 자산재평가법에 의하여 재평가한 경우에 해당하여 그 재평가차액을 장부가액으로 보아야 하므로 그와 같이 재평가된 무상주는 구 법인세법 제18조의3 제2항 제1호에서 정한 ‘다른 법인의 주식’에 해당한다 할 것이다.
 사정이 이러함에도, 원심은 원고가 보유하던 위 무상주를 다시 재평가한 점을 고려하지 아니한 채 재평가적립금의 자본전입에 의하여 취득한 무상주라는 이유만으로 이를 차입금과다법인 손금불산입 대상인 ‘다른 법인의 주식’에 해당하지 아니한다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심 판단에는 구 법인세법 제18조의3 제2항 제1호에서 정한 차입금과다법인의 지급이자 손금불산입의 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다.
 2. 2000 사업연도 가산세 부분
법인이 재화를 공급함에 있어 계산서 등을 교부하지 아니한 경우 가산세를 부과하도록 규정한 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2001년 개정 전의 법인세법’이라고 한다) 제76조 제9항 제1호, 제2호의 취지가 과세자료의 확보에 있고, 토지 또는 건축물 공급의 경우에는 부동산등기법이나 부동산등기 특별조치법에 의하여 등기소나 검인관청으로부터 거래자료가 과세관청에 송부되도록 보장되어 있는 등의 사정에 비추어 보면, 법인이 토지 또는 건축물을 공급하거나 공급받는 경우에 매출·매입처별계산서합계표를 제출하도록 강제하거나 그에 관하여 매출·매입처별계산서합계표 미제출 가산세를 부과하는 것은 과잉금지의 원칙에 위배된다 할 것이다(헌법재판소 2006. 6. 29. 선고 2002헌바80 등 결정, 대법원 2006. 10. 13. 선고 2003두12820 판결, 대법원 2006. 10. 26. 선고 2003두15256 판결 등 참조). 그러므로 2001년 개정 전의 법인세법 제76조 제9항 제2호에 의한 매출·매입처별계산서합계표 미제출 가산세 규정은 토지나 건축물이 아닌 재화를 공급받는 경우에만 적용되는 규정이라고 봄이 상당하다.
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 법인이 토지를 공급받으면서 계산서를 교부받고도 매입처별계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 가산세를 부과하도록 규정한 2001년 개정 전의 법인세법 제76조 제9항 제2호가 과잉금지의 원칙에 위배되지 아니하므로 원고에 대한 2000 사업연도 매입처별계산서합계표 미제출 가산세 부과처분은 적법하다고 판단하였는바, 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심 판단에는 2001년 개정 전 법인세법 제79조 제9항 제2호 소정의 매입처별계산서합계표 미제출 가산세에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 결 론
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 안대희(재판장) 김영란 김황식(주심) 이홍훈

[1] 구 조세감면규제법상 산업합리화 대상기업에 대한 보증채무를 산업합리화기준상의 인수예정액을 초과하여 조기에 인수한 경우, 구 조세감면규제법에 따라 손금산입할 수 있는지 여부(적극)및 그 산입시기 
[2] 구 법인세법상 특수관계에 있는 매수인의 채무불이행을 이유로 매매계약을 해제하고도 매도인이 매수인으로부터 약정된 위약금을 지급받지 않은 것은 구 법인세법 제20조에 정한 부당행위계산에 해당한다고 한 사례 
[3] 자산재평가법에 의한 재평가적립금의 자본전입으로 취득한 무상주를 다시 재평가한 경우, 그 재평가한 무상주를 구 법인세법 제18조의3 제2항에 정한 차입금과다법인의 지급이자 손금불산입 대상인 ‘다른 법인의 주식’으로 볼 수 있는지 여부(적극)
[4] 법인이 토지 또는 건축물 공급과 관련하여 매출·매입처별계산서합계표를 제출하지 아니한 경우, 구 법인세법 제76조 제9항 제2호에 정한 가산세를 부과할 수 있는지 여부(소극)

[1] 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호에 의하여 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것) 제36조 제1항은 "내국인이 합리화기준에 따라 합리화대상기업에 대한 보증채무를 인수한 때에는 보증채무를 인수한 금액을 손금에 산입한다"고 규정하고 있는바, 채무의 변제로 나아가기에 앞서 보증채무의 인수만으로도 손금산입을 허용한 위 규정의 취지가 부실기업의 정리 및 인수를 원활하게 하는 데 있는 이상, 합리화기준에서 정한 시기에 앞서 인수예정액을 초과하여 보증채무를 인수하였다고 하여 이를 두고 합리화기준에 위반된 것이라고 볼 수 없고, 다만 보증채무를 조기에 초과하여 인수한 경우 합리화기준이 정한 해당 사업연도 인수예정액을 넘는 초과액을 그 사업연도에 즉시 손금산입하는 것은 손금산입 시기를 인수자의 의사에 맡기는 결과를 초래하여 허용할 수 없는 점에 비추어 보면, 조기의 초과인수액은 합리화기준에서 정한 시기와 인수예정액에 따라 차후에 순차로 손금산입하도록 허용함이 타당하다.
[2] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것)상 특수관계에 있는 매수인의 채무불이행으로 매매계약을 해제하고도 매도인이 매수인으로부터 약정된 위약금을 지급받지 않은 것은 구 법인세법 제20조에 정한 부당행위계산에 해당한다고 한 사례. 
[3] 자산재평가법에 의한 재평가적립금의 자본전입으로 취득한 무상주는 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제19조 제2호 단서 규정에 따라 의제배당에서 제외되어 그 장부가액을 0으로 본다고 하더라도 그 무상주를 보유하던 중 이를 자산재평가법에 의하여 다시 재평가한 경우 그 재평가차액은 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제5호에서 정한 익금에 해당하여 같은 법 시행령 제43조의2 제8항이 정한 장부가액으로 보아야 하므로, 그와 같이 재평가된 무상주는 구 법인세법 제18조의3 제2항 제1호에서 정한 차입금과다법인의 지급이자 손금불산입 대상인 ‘다른 법인의 주식’에 해당한다.
[4] 법인이 재화를 공급함에 있어 계산서 등을 교부하지 아니한 경우 가산세를 부과하도록 규정한 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제76조 제9항 제1호, 제2호의 취지가 과세자료의 확보에 있고, 토지 또는 건축물 공급의 경우에는 부동산등기법이나 부동산등기 특별조치법에 의하여 등기소나 검인관청으로부터 거래자료가 과세관청에 송부되도록 보장되어 있는 등의 사정에 비추어 보면, 법인이 토지 또는 건축물을 공급하거나 공급받는 경우에 매출·매입처별계산서합계표를 제출하도록 강제하거나 그에 관하여 매출·매입처별계산서합계표 미제출 가산세를 부과하는 것은 과잉금지의 원칙에 위배되므로, 2001년 개정 전의 법인세법 제76조 제9항 제2호에 의한 매출·매입처별계산서합계표 미제출 가산세 규정은 토지나 건축물이 아닌 재화를 공급받는 경우에만 적용된다.