양도소득세 부과처분 취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2011.12.06 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 역삼세무서장 외 1인
【변론종결】2011. 10. 25.
【주 문】
 1. 피고 역삼세무서장이원고 1,2,3에 대하여 한 별지 제1목록 표2 제②항 기재 각 양도소득세부과처분, 피고 서초세무서장이원고 4,5에 대하여 한 별지 제1목록 표2 제②항 기재 각 양도소득세부과처분을 각 취소한다.
 2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 주식회사 네오위즈(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)는 중소기업으로 있다가 2004년부터 중소기업 기준을 초과하여 3년간(2005. 1. 1.부터 2007. 12. 31.까지)중소기업기본법 제2조 제3항 소정의 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이었다.
 나. 원고들은 이 사건 법인의 주주들이었는데, 이 사건 법인의 주식 중 별지 제1목록 표1 제②항 기재 각 주식을 별지 제1목록 표1 제①항 기재 일자에 각 양도하고, 이 사건 법인을 중소기업으로 보아소득세법 제104조 제1항 제4호 나목의 세율(10%)을 적용하여 2007년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였다.
 다. 그러나 피고들은 별지 제1목록 표2 제①항 기재 각 일자 원고들에 대하여, “이 사건 법인이 2007. 12. 31.까지 중소기업 유예기간 중에 있었으나 2006. 12. 27.자로 다른 중소기업인 주식회사 띵소프트(이하 ‘띵소프트’라 한다)를 흡수합병함으로써 그때부터 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다”는 이유로,소득세법 제104조 제1항 제4호 다목의 세율(20%)을 적용하여 별지 제2목록 표2 제②항 기재 각 금액의 양도소득세를 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 4호증, 을 제1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지.
 2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
중소기업기본법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제3항 단서,중소기업기본법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21195호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1호의 각 규정은 중소기업이 주체가 되어 중소기업으로 보는 기업과 합병하는 경우에 적용되고 조세법률주의의 원칙상 이 사건 법인과 같이 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업이 중소기업을 합병하는 경우에는 적용할 수다. 따라서 이 사건 법인에 대한 중소기업 유예가 실효되었음을 전제로소득세법 제104조 제1항 제4호 다목의 세율(20%)을 적용하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관련 법령
 별지 제2목록 ‘관련 법령’ 기재와 같다. 
 다. 인정사실
 (1) 이 사건 법인은 2004. 1. 1.자로 종업원 기준(300명 미만) 및 매출액 기준(300억 원 이하)이 중소기업 기준을 초과하여중소기업기본법 제2조 제3항 본문에 의하여 2007. 12. 31.까지 중소기업 유예기간 중에 있었다.
 (2) 이 사건 법인은 2006. 12. 27.자로 띵소프트를 흡수합병하였고, 원고들은 그 후 별지 제1목록 표1 기재와 같이 이 사건 법인의 주식을 양도하였다.
[인정근거] 위 증거들, 변론 전체의 취지
 라. 판단
소득세법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21195호로 개정되기 전의 것) 제167조의8(중소기업의 범위)은 “소득세법 제104조 제1항 제4호 가목에서 ‘대통령령이 정하는 중소기업’이라 함은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업을 말한다”고 규정하고 있고,중소기업기본법 제2조 제3항은 “중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있으며,중소기업기본법 시행령 제9조 제1호는 중소기업 유예 제외의 사유로 “법(중소기업기본법) 제2조 제3항에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우”를 규정하고 있다. 한편 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).
 이 사건에서 이 사건 법인이 띵소프트를 합병함으로써 중소기업 유예가 실효되는지 여부에 관하여 보건대, 위 각 규정 및 위 법리에 의하면,중소기업기본법 시행령 제9조 제1호의 규정에 의하면중소기업기본법 제2조 제3항 본문의 규정에 의하여 중소기업으로 보는 기업과 중소기업이 합병하는 경우에 중소기업 유예제도에 의한 유예기간을 허용하지 않고 있는데, 위 규정은 중소기업이 주체가 되어 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우에 합병의 주체인 중소기업에게 유예기간을 허용하지 않는다는 것이지, 반대로 위 규정이 ‘중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업이 중소기업을 합병하는 경우’에 기준에 중소기업으로 보는 기업에게 부여된 유예가 실효되는 근거 규정으로 보기는 어려워 중소기업 유예 중에 있는 기업이 합병의 주체가 되어 중소기업을 합병한 경우는 중소기업 유예가 실효된다는 점에 관하여 아무런 규정이 없고, 단지 합병결과의 규모에만 중점을 두고 조세평등의 원칙을 내세워 중소기업 유예 중에 있는 기업이 합병의 주체가 되어 다른 중소기업을 합병한 경우에까지 중소기업 유예가 실효된다고 확장해석하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용되지 않는 점 등을 아울러 고려해 보면, 이 사건 법인이 유예기간 중에 띵소프트를 흡수합병하였다고 하더라도 그때부터 바로 이 사건 법인에 대한 중소기업 유예가 실효된다고 할 수 없다.
 {설령 피고들의 주장대로 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업을 합병하는 경우 그 유예기간이 실효된다고 하더라도, 그 유예기간의 실효는 그 사유가 발생한 사업연도의 다음 사업연도부터 기산된다고 보아야 할 것인데, 이 사건 법인의 경우 실효사유(2006. 12. 27. 합병)가 발생한 사업연도(2006년)의 다음 사업연도(2007년)인 2007. 1. 1.부터 유예가 실효된다고 봄이 상당하고, 한편 양도소득세가 감면되는 중소기업은 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 중소기업에 해당하는 기업을 말하므로(소득세법 시행령 제167조의8 참조), 이 사건 법인은 원고들의 주식 양도일이 속하는 사업연도(2007년)의 직전 사업연도(2006년) 종료일 현재 여전히 중소기업에 해당한다고 봄이 상당하다.}
 마. 소결론
 따라서 원고들이 이 사건 법인의 주식을 양도할 당시 이 사건 법인은 소득세법상 중소기업에 해당한다 할 것이므로, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.
 3. 결론
 그렇다면, 원고들의 이 사건 각 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 최호식