체비지 또는 보류지로 정한 부동산을 취득하는 경우 취득세 납세의무가 있는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2012.05.10 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

상고이유를 판단한다.
1. 상고이유 제1점에 관하여

구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것) 제109조 제3항 본문 전단은 ‘도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 ‘환지계획 등에 의한 취득부동산’이라 한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다’고 규정하면서, 그 단서 제2호에서 ‘사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자의 경우에는 환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여 취득세를 부과한다’고 규정하고 있다.
한편 2002. 12. 30. 법률 제6852호로 제정된 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다)은 부칙 제2조에서 도시재개발법 등을 폐지하면서 부칙 제6조, 제7조 제1항에서 ‘도시재개발법에 의하여 사업시행인가를 받아 시행 중인 도심재개발사업은 이 법에 의한 도시환경정비사업으로 보되, 그 사업시행방식은 종전의 규정에 의한다’고 규정하고 있다.
원심은 그 채택증거들을 종합하여, ① 000건설 주식회사가 1987. 11. 30. 구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 전부 개정되기 전의 것) 제33조 제1항에 의하여 서울 00구 00동 46-1 외 17필지 12,478.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 사업구역으로 하는 이 사건 도심재개발사업에 대하여 사업시행인가를 받은 사실, ② 그 후 000건설 주식회사가 xx개발 주식회사로 흡수 합병됨에 따라 이 사건 도심재개발사업의 사업시행자가 xx개발 주식회사로 변경된 사실, ③ 원고는 2001. 3. 24. Xx개발 주식회사로부터 이 사건 토지 중 0000시 소유로서 도로 부분인 1,846㎡를 제외한 10,632.4㎡를 50,640,000,000원에 취득한 다음, 그 소유자로서 2001. 8. 10. 00구 고시 제2001-83호로 사업시행자를 원고로 변경하는 내용의 사업시행변경인가를 받은 사실, ④ 원고는 사업시행자 외의 토지 등의 소유자가 없는 경우에 대한 예외를 규정한 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호 도시정비법 부칙 제2조로 폐지, 이하 같다) 제34조 제1항 단서에 따라 관리처분계획을 정하여 관할관청의 인가를 받는 절차를 거치지 아니한 채 이 사건 도심재개발사업을 시행하여 2004. 10. 7.경 이 사건 건물을 완공하고 2004. 11. 16. 이 사건 건물에 관하여 소유권보존등기를 마친 사실, ④ 원고는 2004. 11. 8.과 2004. 11. 10. 이 사건 건물의 건축공사비 129,933,314,204원을 과세표준으로 하여 이 사건 건물의 취득 및 등기에 관한 취득세, 등록세 등을 신고·납부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)한 사실 등을 인정하였다.
원심은 위와 같은 사실관계를 토대로 하여, 원고는 구 도시재개발법 제34조 제1항 단서에 따라 관리처분계획을 정하여 관할관청의 인가를 받는 절차를 거치지 아니한 채 소유권 취득의 일반 법리에 따라 이 사건 건물을 원시취득하였으므로 ‘관리처분계획에 의한 취득’을 규정한 구「지방세법」제109조제3항 본문 전단의 문언에 그대로 들어맞는 것은 아니지만, 구「지방세법」제109조제3항의 입법 목적 등을 고려하면, 원고가 이 사건 도심재개발사업의 시행으로 인하여 취득하는 부동산은 구「지방세법」제109조제3항 본문 전단 소정의 ‘환지계획 등에 의한 취득부동산’에 해당한다는 취지로 판단하였다. 이어 원심은, 구「지방세법」제109조제3항 단서 제2호의 취지는 사업시행인가 이후에 사업구역 내의 부동산을 승계취득하는 자도 사업시행인가 당시의 소유자와 마찬가지로 종전의 부동산가액 부분에 대해서는 비과세 혜택을 부여하되, 이러한 자는 종전의 부동산보다는 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가될 새로운 부동산의 취득에 그 목적이 있으므로 새로 취득하게 되는 부동산의 가액 중 종전 부동산보다 증가된 재산적 가치에 대하여는 조세평등의 원칙에 따라 취득세를 과세하려는 데 있고, 투기목적의 존부와는 무관하므로, 비록 원고가 사업시행자로서 투기목적이 없다고 하더라도 사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 부동산 소유자의 지위에서 환지계획 등에 의하여 부동산을 취득한 것으로 보는 이 사건의 경우에도 위 단서 제2호의 규정이 적용된다고 판단하였다.
앞서 본 규정과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 구「지방세법」제109조제3항 본문 전단 및 그 단서 제2호의 적용범위 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.
상고이유에서 들고 있는 대법원 2004. 3. 11. 선고 2002두11714 판결은 구「지방세법」제109조제3항 단서 제2호의 적용 여부가 다투어지지 아니한 사안에 대한 것이어서 그 결론을 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.
2. 상고이유 제2, 3점에 관하여

원심은, 구「지방세법」제109조제3항 단서 제2호는 ‘환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여 취득세를 부과한다’고 규정하고 있을 뿐 ‘환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액’에서 건축공사비 상당액을 공제하도록 규정하고 있지 않은 점, 위 건축공사비 상당액은 관리처분계획 등에서 사업시행자가 취득하는 체비지로 지정되는 경우에 한하여 이를 별도의 취득세 비과세대상으로 규정한 구「지방세법」제109조제3항 본문 후단에 의하여 비과세혜택을 받을 수 있을 뿐인 점 등을 종합하여 보면, 이 사건에서 구「지방세법」제109조제3항 단서 제2호 소정의 ‘환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액’은 원고가 이 사건 도심재개발사업에 의하여 취득하는 부동산의 가액을 의미할 뿐 위 가액에서 건축공사비 상당액을 공제한 금액으로 볼 수는 없다고 판단하였다.
관련 규정과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 구「지방세법」제109조제3항 단서 제2호의 과세대상 등에 관한 법리오해의 위법이 없다.
그리고 구「지방세법」제109조제3항 단서 제2호는 그 문언 및 취지에 비추어 볼 때, 도시정비법에 의한 정비사업의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 환지계획 등에 의하여 토지와 건축물을 취득하는 경우 이를 하나의 과세대상으로 삼아 과세하도록 규정한 것이 분명하다. 따라서 이와 달리 위 규정이 토지와 건축물을 별개의 과세대상으로 규정하였음을 전제로 위 규정이 토지와 건축물의 과세표준을 분리하여 산정하는 방식을 구체적으로 규정하지 아니하여 조세법률주의에 위반된다거나 혹은 위 규정에 따라 환지계획 등에 의하여 취득한 토지와 건축물의 취득세를 산정할 때에는 종전 부동산의 가액을 새로 취득한 토지의 가액과 건축물의 가액 비율로 안분하여 공제하여야 한다는 상고이유의 주장도 받아들일 수 없다.
3. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2009. 12. 18. 선고 2009누17973 판결】4심판결

【주문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소제기 이후의 소송총비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 이 법원의 심판 범위

⑴ 원고는 이 사건 소로써 2004. 11. 8. 신고납부한 취득세 2,598,666,280원 및 농어촌특별세 114,182,120원, 2004. 11. 10. 신고납부한 등록세 1,039,466,510원 및 지방교육세 207,893,300원에 관한 각 부과처분의 취소를 구하였다. 제1심 법원은 원고의 청구를 전부 기각하는 판결을 선고하였고, 원고가 이에 항소를 제기하였다. 항소심인 환송전 당심 법원은 취득세 중 107,619,659원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 중 10,761,965원을 초과하는 부분, 등록세 중 43,047,863원을 초과하는 부분, 지방교육세 중 8,609,572원을 초과하는 부분의 처분을 각 취소하고, 원고의 나머지 항소를 기각하는 판결을 선고하였다. 위 판결에 대하여는 피고만이 상고를 제기하였는데, 대법원은 위 피고 패소부분을 파기ㆍ환송하는 판결을 선고하였다.
⑵ 따라서, 이 사건 원고의 청구취지 중 환송전 당심에서 원고의 항소가 기각된 원고 패소 부분은 원고가 상고를 제기하지 않아 확정되었으므로, 이 법원의 심판 범위는 취득세 2,598,666,280원 중 107,619,659원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 114,182,120원 중 10,761,965원을 초과하는 부분, 등록세 1,039,466,510원 중 43,047,863원을 초과하는 부분, 지방교육세 207,893,300원 중 8,609,572원을 초과하는 부분에 관한 부과처분의 적법 여부에 한정된다.
2. 처분의 경위

가. 건설부장관은 1979. 9. 21. 건설부 고시 제345호로 서울 00구 00동 46-1 외 17필지 12,478.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 도심지 재개발사업구역으로 지정하였다.
나. 000건설 주식회사는 구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 전문개정되기 전의 것) 제33조 제1항의 규정에 의하여 사업시행계획서 및 규약을 작성하여 1987. 11. 30. 0000시장으로부터 0000시 고시 제832호로 위 사업구역을 시행구역으로 하고 시행기간을 1987. 10.부터 1991. 10. 31.까지로 하여 지하 6층 지상 24층의 업무시설용 건축물을 신축하고자 하는 00로 제1구역 제4지구 재개발사업(2003. 7. 1. 도시 및 주거환경 정비법의 시행으로 도시환경정비사업으로 변경되었다. 이하 ‘이 사건 재개발사업’이라 한다)의 사업시행인가를 받았고, 1994. 10. 7. 0000시장으로부터 0000시 고시 제1994-328호로 시행기간을 1987. 11. 23.부터 1999. 10. 31.까지로 변경하는 이 사건 재개발사업의 시행변경인가를 받았다. 그 후 000건설 주식회사가 xx개발 주식회사로 흡수 합병됨에 따라 이 사건 재개발사업의 사업시행자는 1997. 4. 18. 00구 고시 제1997-22호로 xx개발 주식회사로 변경되었다.
다. 원고는 2001. 3. 24. Xx개발 주식회사로부터 이 사건 토지 중 0000시 소유로서 도로 부분인 1,846㎡를 제외한 10,632.4㎡를 금 50,640,000,000원에 취득한 다음, 그 소유자로서 2001. 8. 10. 00구청장으로부터 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 폐지되기 전의 것. 이하 ‘도시재개발법’이라 한다) 제22조 제1항의 규정에 의하여 00구 고시 제2001-83호로 사업시행자를 원고로, 사업시행기간을 1987. 11. 23.부터 2003. 12. 31.까지로 변경하는 내용의 이 사건 재개발사업시행변경인가를 받았고, 그 후 사업시행기간은 1987. 11. 23.부터 2004. 10. 31.까지로 변경되었다.
라. 원고는 사업시행자 외의 토지소유자가 없는 경우 관리처분계획의 작성 및 인가절차를 면제한 도시재개발법 제34조 제1항 단서의 규정에 따라 대지 및 건축시설에 관한 관리처분계획을 정하거나 그에 대한 인가를 받지 아니한 채 이 사건 재개발사업을 시행하여 2004. 10. 7.경 지하 6층 지상 37층의 업무시설용 건축물(연면적 120,262.81㎡. 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 완공한 후, 2004. 10. 8. 피고로부터 도시 및 주거환경 정비법 제52조, 같은 법 시행령 제55조에 의하여 준공인가를 받고, 2004. 11. 16. 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.
마. 한편, 피고는 2004. 11. 5. 00구 고시 제2004-113호로 이 사건 재개발사업에 대한 공사완료고시를 하였고, 이 사건 토지 중 이 사건 건물의 대지 부분은 서울 00구 00동 555 대 9,526.6㎡(시가표준액 70,211,042,000원)로, 나머지 도로 등 공공용지 부분은 같은 동 555-1 등 4필지 2,953.6㎡로 환지되었다.
바. 원고는 이 사건 건물의 경우「지방세법」제109조제3항에 의하여 지방세 및 취득세 등이 비과세되는 것으로 판단하여 2004. 11. 3. 피고에게 지방세비과세신청을 하였으나, 2004. 11. 4. 피고로부터 비과세대상이 아니라는 회신을 받자, 이 사건 건물의 건축공사비인 129,933,314,204원을 과세표준으로 하여 2004. 11. 8. 취득세 2,598,666,280원, 농어촌특별세 114,182,120원을 각 신고납부하고, 2004. 11. 10. 등록세 1,039,466,510원, 지방교육세 207,893,300원을 각 신고납부하였다(이하「지방세법」제72조제1항에 의하여 원고가 한 위 각 신고, 납부일시에 처분이 있었던 것으로 보고, 이를 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
사. 원고가 2005. 1. 18.경 000감정평가법인과 00감정평가법인에 감정평가를 의뢰하여 도출된 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 의하면, 이 사건 건물 중 73.04%에 해당하는 88,116.77/120,641.28 지분은 체비지에 해당하고, 26.96%인 32,524.51/120,641.28 지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 해당한다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 갑 제6호증, 갑 제8 내지 11호증의 각 1, 2, 갑 제12호증, 갑 제13호증, 갑 제14호증의 1 내지 4, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 이 사건 건물은 이 사건 재개발사업구역 내의 토지 소유자인 원고가 재개발사업의 시행으로 인하여 관리처분계획에 의하여 취득하는 건축물이므로「지방세법」제109조제3항, 제127조의2 제2항에 의하여 취득세 등이 면제된다. 한편,「지방세법」제109조제3항 단서 제2호는 관리처분계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하도록 하고 있으나, 위 단서 조항은 사업시행자로서 투기이익과 관련이 없을 뿐만 아니라 사업시행인가 후 재개발사업 대상 부동산을 승계취득함으로써 그 부동산의 유일한 소유자이자 사업시행자의 지위에서 재개발사업을 추진하여 관리처분계획인가를 받지 않고 사업을 완료한 후 재개발사업으로 건축한 부동산을 단독으로 취득한 원고의 경우에는 적용되지 않는 것이므로,「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 따라 취득세 등이 전부 면제되어야 한다.
⑵ 가사, 원고에 대하여「지방세법」제109조제3항 단서 제2호가 적용된다고 하더라도, 위 단서 조항의 적용 범위는 원고가 이 사건 재개발사업으로 취득한 이 사건 건물과 그 대지(이하 이 사건 부동산이라고 한다) 중 종전 토지의 환지에 해당하는 부분으로 한정되어야 하는바, 종전 토지의 가액과 이 사건 건물에 대한 건축공사비 원가를 종합하여 산정하면 이 사건 부동산 중 26.96%(32,524.51/120,641.28 지분)만이 종전 토지의 환지에 해당하므로, 그 부분의 가액 56,020,956,170원(9,838.66평×이 사건 부동산의 평당 분양가 5,693,962원) 중 이 사건 토지의 당초 취득가액인 50,640,000,000원을 초과하는 금액인 5,380,956,170원이「지방세법」제109조제3항 단서 제2호에 의한 과세 대상이 된다. 따라서 이 사건 각 처분 중 취득세 107,619,123원(5,380,956,170원×2%), 농어촌특별세 10,761,912원(107,619,123원×10%), 등록세 43,047,649원(5,380,956,170원×0.8%), 지방교육세 8,609,530원(43,047,649원×20%)을 초과하는 부분은 위법하다.
⑶ 나아가, 이 사건 부동산의 가액 전부가「지방세법」제109조제3항 단서 제2호의 적용 대상에 해당한다고 하더라도, 취득세 등의 과세에 있어 건물과 대지는 별개의 과세물건이므로 위 단서조항을 적용함에 있어서도 각각 과세표준을 산정하여야 하는바, 이 사건 각 처분은 이 사건 건물 만에 대한 것일 뿐 피고가 이 사건 건물의 대지에 관하여 취득세 등을 부과하지 않았으므로, 이 사건 각 처분의 과세표준액은 이 사건 건물 가액 129,933,314,240원에서 종전 토지 가액 50,640,000,000원 중 이 사건 건물에 대한 안분액인 32,875,386,330원{50,640,000,000원×129,933,314,240원(129,933,314,240원+70,211,042,000원)}을 공제한 97,057,927,910원이 된다. 따라서 이 사건 각 처분 중 취득세 1,941,158,558원(97,057,927,910원×2%), 농어촌특별세 194,115,855원(1,941,158,558원×10%), 등록세 776,463,423원(97,057,927,910원×0.8%), 지방교육세 155,292,684원(776,463,423원×20%)을 초과하는 부분은 위법하다.
⑷ 원고가 2005. 1. 18.경 적법한 감정평가기관의 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 의하면, 이 사건 부동산 중 73.04%에 해당하는 88,116.77/120,641.28 지분은 원고가 사업시행자로서 취득한 체비지에 해당하고, 26.96%인 32,524.51/120,641.28 지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산인바, 사업시행자의 체비지에 해당하는 부분은「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 의하여 비과세되어야 하므로, 나머지 부분에 해당하는 가액인 56,020,982,960원(9,838.66평×평당 분양가 5,693,962원, 실제로는 앞서 본 바와 같이 56,020,956,170원이 정확한 계산 금액이다)에서 이 사건 토지의 당초 취득가액인 50,640,000,000원을 공제한 5,380,982,960원이 과세표준이 된다. 따라서 이 사건 각 처분 중 취득세 107,619,659원(5,380,982,960원×2%), 농어촌특별세 10,761,965원(107,619,659원×10%), 등록세 43,047,863원(5,380,982,960원×0.8%), 지방교육세 8,609,572원(43,047,863원×20%)을 초과하는 부분은 위법하다.
⑸ 피고 외의 다른 지방자치단체에서는 원고와 마찬가지로 도심지 재개발사업을 완료한 자에 대하여 신축건물과 토지를 환지와 체비지로 구별한 후 환지계획 등에 의해 취득한 부동산 가액의 합계액이 종전 부동산 가액보다 적다는 이유로 비과세하고 있는 점 등에 비추어 이 사건 각 처분은 형평의 원칙에 반하여 위법하다.
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단

⑴ 첫 번째 주장에 대한 판단

「지방세법」제109조제3항이 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시정비법에 의한 도시환경정비사업 및 주택재개발사업의 시행으로 인하여 당해 사업 구역 내의 부동산 소유자가 환지계획(도시개발법상 환지방식에 의한 사업시행의 경우와 이를 준용하는 도시정비법상 사업), 토지상환채권(도시개발법상 수용방식에 의한 사업시행의 경우), 관리처분계획(도시정비법상 사업)에 의하여 대지 및 건축물을 취득하는 경우에 취득세를 부과하지 않는 이유를 보면, ① 위와 같은 취득은 종전의 토지 또는 건축시설에 대한 권리변환으로 종전의 권리와 동일성이 있는 것으로 취급될 수 있다는 법적 성질과 ② 계획적이고 체계적인 도시개발과 도시환경의 정비를 위한 위 각종 사업의 원활한 수행을 세제적으로 뒷받침하고자 하는 정책 목적을 함께 고려한 데에 있다 할 것이다(대법원 1994. 4. 26. 선고 93누9170 판결 참조). 따라서, 이 사건의 경우와 같이 사업시행자 이외의 토지 등의 소유자가 없어 구 도시재개발법 제34조 제1항 단서에 따라 관리처분계획을 작성하지 않고서 사업시행자이자 토지 등의 소유자가 소유권 취득의 일반 법리에 따라 원시취득하는 경우, 비록 관리처분계획이 작성된 바 없어 ‘환지계획’, ‘토지상환채권’, ‘관리처분계획’에 의하여 취득한다는「지방세법」제109조제3항 본문의 문언에 그대로 부합하는 것은 아니지만, 위와 같은 입법 목적에 비추어 보거나 위와 같은 토지 등의 소유자를 굳이 다른 토지 등의 소유자와 달리 취급할 합리적 이유가 없다는 점을 고려하면,「지방세법」제109조제3항 본문의 적용을 받는다고 보아야 한다.
그런데,「지방세법」제109조제3항 단서 제2호는, 사업시행인가 이후 이전고시(도시개발법상 환지처분 등) 이전에 부동산을 승계취득한 자에 대하여는 관리처분계획(도시개발법상 환지계획 등)에 의하여 취득한 부동산 가액의 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여 취득세를 부과하도록 규정하고 있는바, 위 규정의 취지는 사업시행인가 이후에 사업구역 내의 부동산을 승계취득하는 자도 사업시행인가 당시의 소유자와 마찬가지로 비과세 혜택을 부여하되, 이러한 자는 기존의 부동산보다는 사업시행으로 인하여 재산적 가치가 증가될 새로운 부동산의 취득에 그 목적이 있으므로 사업시행자의 청산금 부과처분이 없다 하더라도 실질적으로 취득하게 되는 부동산의 가액 중 기존 부동산보다 증가된 재산적 가치에 대하여는 조세평등의 원칙에 따라 취득세를 과세하는 데 있는 것이고, 투기목적의 존부와는 무관하다고 할 것이다. 또한, 사업시행인가 후 승계취득함으로써 유일한 소유자이자 사업시행자로서 재개발사업을 추진하여 관리처분계획인가를 받지 않고 건축한 부동산을 단독으로 취득하였다고 하여 위 단서 조항의 적용이 배제된다고 볼 수도 없다. 따라서, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 재개발사업 시행인가 이후 이 사건 건물 준공 이전인 2001. 3. 24.경 이 사건 토지를 xx개발 주식회사로부터 승계취득한 이상 원고에 대하여도 위 단서 조항이 적용되므로, 원고는 취득부동산의 가액에서 종전의 부동산가액을 초과하는 부분에 대하여 취득세 등을 납부할 의무를 부담하므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
⑵ 두 번째 주장에 대한 판단

「지방세법」제109조제3항 단서 제2호에서 정한 취득부동산의 가액의 합계액에 관하여 보건대, 위 단서조항은 환지계획 등에 의한 취득부동산(즉, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물)의 가액의 합계액이라고만 규정하고 있을 뿐 위 가액에서 건축공사비 상당액을 공제하도록 규정하고 있지 않은 점, 위 건축공사비 상당액은 아래에서 보는 바와 같이「지방세법」제109조제3항이 정한 요건에 따라 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 해당할 경우 이에 따른 비과세 혜택을 받을 수 있는 점, 취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 유통세의 일종이고, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록이라는 사실의 존재에 대하여 부과하는 세금으로서, 취득자가 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 조세가 아니므로 부동산 취득에 소요된 건축공사비 상당액을 공제하지 않는 것이 부당하다고 볼 수도 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건에 있어서 취득부동산의 가액의 합계액은 이 사건 부동산의 가액을 의미할 뿐 위 가액에서 건축공사비 상당액을 공제한 금액이라고 볼 수는 없다. 따라서 이 부분 주장도 이유 없다.
⑶ 세 번째 주장에 대한 판단

원고가 이 사건 재개발사업으로 인하여 취득한 이 사건 부동산의 가액의 합계액은 200,144,356,240원(이 사건 건물의 건축공사비 129,933,314,240원 및 대지 부분 시가표준액 70,211,042,000원)이고, 종전의 부동산 가액은 이 사건 토지의 취득가격인 50,640,000,000원이므로,「지방세법」제109조제3항 단서 제2호에 의한 취득세 등 부과대상은 그 차액인 149,504,356,240원이다. 그런데 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 건물의 건축공사비인 129,933,314,204원을 과세표준액으로 하여 이 사건 건물에 관한 취득세, 등록세 등을 신고납부하였고, 대지 부분에 관한 취득세 등을 따로 산정하여 신고납부하지는 않았는바, 이 사건 건물 대지 부분의 가액 자체가 종전 부동산 가액을 초과하므로 이 사건 건물의 가액은 전체가 위 단서조항에 따른 취득세 부과대상에 해당한다고 볼 수 있을 뿐만 아니라, 이 사건 각 처분의 과세표준액은 위 단서조항에 따른 이 사건 부동산에 대한 과세표준액보다 적은 금액이어서 결과적으로 납세의무자인 원고에게 유리하므로, 이에 비추어 보면 원고의 신고납부에 따라 이 사건 부동산 전체에 대한 취득세 등 납세의무의 범위 내에서 이루어진 이 사건 각 처분이 위법하다고 볼 수 없다.
⑷ 네 번째 주장에 대한 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).
「지방세법」제109조제3항은 도시 및 주거환경정비법(이하 도시정비법이라 한다)에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다. 그런데, 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호 도시정비법 부칙 제2조로 폐지된 것) 제34조 제1항, 제4항, 제9항, 제38조, 제39조 제2항, 같은 법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호 도시정비법 시행령 부칙 제2조로 폐지된 것) 제41조는 재개발사업의 시행자로 하여금 원칙적으로 체비지 등의 명세와 추산가액 및 처분방법 등을 관리처분계획으로 정하여 시장ㆍ군수 또는 구청장의 인가를 받고(다만, 구 도시재개발법 제34조 제1항 단서는 사업시행자 외의 토지 등 소유자가 없는 경우에 대해서는 관리처분계획의 작성 및 인가절차를 면제하고 있다), 재개발사업이 완료되어 공사완료의 공고가 있은 때에는 관리처분계획대로 분양처분을 하도록 규정하면서, 위와 같이 지정된 체비지 등을 구 토지구획정리사업법(이 법이 2000. 1. 28. 법률 6252호로 폐지된 후로는 도시개발법)의 규정에 의한 체비지 등으로 보도록 규정하고 있다. 그리고 2000. 1. 28. 법률 제6242호로 제정된 도시개발법(2007. 4. 11. 법률 제8376호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제1항 제4호, 제28조 제1항, 제33조 제1항, 제41조 제5항은 도시개발사업의 시행자로 하여금 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하거나 규약·정관·시행규정 또는 실시계획이 정하는 목적을 위하여 환지계획에서 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 이를 체비지 등으로 정할 수 있도록 규정하면서, 체비지는 사업시행자가, 보류지는 환지계획에서 정한 자가 각각 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날에 그 소유권을 취득한다고 규정하고 있다.
위와 같은 구 도시재개발법 및 도시개발법의 관련 규정에 의하면, 체비지 등은 환지계획이나 관리처분계획에서 미리 정해지는 것으로서, 그에 따른 환지처분의 공고나 분양처분의 고시가 있어야 비로소 사업시행자 등의 소유권취득이 확정되므로 환지계획이나 관리처분계획에서 정하지 아니한 체비지 등의 취득은 있을 수 없는 점, 구 도시재개발법 제20조, 제42조 등의 규정에 비추어 보면, 재개발사업의 경비를 반드시 체비지의 지정을 통하여 충당하여야 하는 것은 아니고 토지 등 소유자가 부담하는 청산금 등으로 충당할 수도 있는데, 사업시행인가 당시부터의 토지 등 소유자와 승계취득자에 대해서도 청산금에 상당하는 부동산에 해당하는 부분은 과세하는 점, 따라서 관리처분계획에서 체비지 등을 정하지 아니한 채 재개발사업이 시행되어 완료된 경우에는 위 비과세조항에 의하여 취득세가 비과세되는 범위를 확정할 객관적인 기준이 없게 되는 점 등을 종합하면, 위 비과세조항에 의하여 취득세가 비과세되는 체비지 등은 사업시행자가 미리 환지계획이나 관리처분계획에서 체비지 등으로 정하여 환지처분의 공고나 분양처분의 고시가 있은 후에 취득하는 것만을 의미한다고 봄이 타당하다.
따라서, 위 인정사실에서 본 바와 같이 원고가 미리 환지계획이나 관리처분계획에서 체비지 등으로 정하여 환지처분의 공고나 분양처분의 고시가 있은 후에 이 사건 부동산을 취득한 것이 아닌 이상, 그 중 일부가 위 비과세조항의 적용 대상인 체비지 또는 보류지에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 부분 원고의 주장 또한 이유 없다.
⑸ 다섯 번째 주장에 대한 판단

갑 제15호증의 1 내지 6의 각 기재만으로는 이 사건 각 처분이 형평과세의 원칙에 위배되는 것이라고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장 또한 이유 없다.
4. 결론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
※ 관련법령

지방세법(2004.12.31 법률 제7311호로 개정되기 전의 것)

제109조 (토지수용등으로 인한 대체취득에 대한 비과세)③ 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.1. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 도시및주거환경정비법등 관계 법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산2. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산(사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다)④ 제3항 제2호의 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.
제127조의2 (대체취득등기에 대한 비과세)② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.
지방세법 시행령

제79조의3 (수용시의 초과액 산정기준)

③ 법 제109조 제3항 제2호의 규정에 의한 초과액은 환지계획 등에 의한 취득부동산의 과세표준액(사실상 취득가액이 입증되는 경우에는 사실상 취득가액을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준액(승계취득할 당시의 취득세 과세표준액을 말한다)을 공제한 금액으로 한다.
도시 및 주거환경정비법(2005.01.14 법률 제7335호로 개정되기 전의 것)

제48조 (관리처분계획의 인가 등)① 사업시행자(주거환경개선사업을 제외한다)는 제46조의 규정에 의한 분양신청기간이 종료된 때에는 이 법이 정하는 바에 의하여 기존의 건축물을 철거하기 전에 제46조의 규정에 의한 분양신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장·군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경·중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장·군수에게 신고하여야 한다.1. 분양설계2. 분양대상자의 주소 및 성명3. 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액4. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격5. 정비사업비의 추산액 및 그에 따른 조합원 부담규모 및 부담시기6. 분양대상자의 종전의 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세7. 그 밖에 정비사업과 관련한 권리 등에 대하여 대통령령이 정하는 사항③ 사업시행자는 제46조의 규정에 의하여 분양신청을 받은 후 잔여분이 있는 경우에는 정관등 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나 조합원 외의 자에게 분양할 수 있다. 이 경우 분양공고와 분양신청절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.④ 정비사업의 시행으로 조성된 대지 및 건축물은 관리처분계획에 의하여 이를 처분 또는 관리하여야 한다.⑤ 주택재개발사업에서 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 재산을 평가할 때에는 다음 각호의 방법에 의한다.1. 제1항 제3호의 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액은 시·도의 조례가 정하는 바에 의하여 산정하되, 시장·군수가 추천하는 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 2인 이상의 감정평가업자의 감정평가 의견을 참작하여야 한다.2. 제1항 제4호에 규정된 사항중 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 시장·군수가 추천하는 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가업자 2인 이상이 평가한 금액을 산술평균하여 산정한다.3. 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 관리처분계획을 변경·중지 또는 폐지하고자 하는 경우에는 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 사업시행자 및 토지등의소유자 전원이 합의하여 이를 산정할 수 있다.⑥ 주택재건축사업에서 사업시행자가 제1항제3호 및 제4호의 규정에 의한 재산에 대하여 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가업자의 평가를 받고자 하는 경우에는 제5항 각호의 규정을 준용하여 할 수 있다.⑦ 제1항의 규정에 의한 관리처분계획의 내용, 관리처분의 방법·기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
부칙<제6852호,2002.12.30>

제6조 (주거환경개선사업 등에 관한 경과조치) 종전법률에 의하여 사업계획승인이나 사업시행인가를 받아 시행중인 주거환경개선사업·주택재개발사업·재건축사업·도심재개발사업·공장재개발사업은 각각 이 법에 의한 주거환경개선사업·주택재개발사업·주택재건축사업·도시환경정비사업으로 본다.제7조 (사업시행방식에 관한 경과조치) ① 종전법률에 의하여 사업계획의 승인이나 사업시행인가를 받아 시행중인 것은 종전의 규정에 의한다.
도시개발법

제11조 (시행자 등)① 도시개발사업의 시행자(이하 "시행자"라 한다)는 다음 각호의 자중에서 지정권자가 이를 지정한다. 다만, 도시개발구역의 전부를 환지방식으로 시행하는 경우에는 제4호의 토지소유자 또는 조합을 시행자로 지정한다. 4. 도시개발구역안의 토지소유자(제20조의 규정에 의한 수용 또는 사용방식의 경우에는 도시개발구역안의 국·공유지를 제외한 토지면적의 3분의 2 이상을 소유한 자를 말하며, 공유수면매립법 제9조의 규정에 의하여 면허를 받은 자를 당해 공유수면을 소유한 자로 보고 그 공유수면을 토지로 본다) 또는 이들이 도시개발을 위하여 설립한 조합(이하 "조합"이라 한다)

제20조 (도시개발사업의 시행방식)① 도시개발사업은 시행자가 도시개발구역안의 토지등을 수용 또는 사용하는 방식이나 환지방식 또는 이를 혼용하는 방식으로 시행할 수 있다.② 제1항의 규정에 의한 수용 또는 사용하는 방식이나 환지방식 또는 이를 혼용할 수 있는 도시개발구역의 요건 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제33조 (체비지 등)① 시행자는 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하거나 규약·정관·시행규정 또는 실시계획이 정하는 목적을 위하여 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 이를 체비지 또는 보유지로 정할 수 있다.② 시장·군수 또는 구청장은 주택법에 의한 공동주택의 건설을 촉진하기 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 제1항의 규정에 의한 체비지중 일부를 같은 지역안에 집단으로 정하게 할 수 있다.
제41조 (환지처분의 효과)① 환지계획에서 정하여진 환지는 그 환지처분의 공고가 있은 날의 다음 날부터 종전의 토지로 보며, 환지계획에서 환지를 정하지 아니하는 종전의 토지에 존재하던 권리는 그 환지처분의 공고가 있은 날이 종료하는 때에 소멸한다.⑤ 제33조의 규정에 의한 체비지는 시행자가, 보유지는 환지계획에서 정한 자가 각각 환지처분의 공고가 있은 날의 다음 날에 당해 소유권을 취득한다. 다만, 제35조제4항의 규정에 의하여 이미 처분된 체비지는 당해 체비지를 매입한 자가 소유권 이전 등기를 마친 때에 이를 취득한다.⑥ 제40조의 규정에 의한 청산금은 환지처분의 공고가 있은 날의 다음 날에 확정된다.
도시재개발법(1995.12.29 법률 제5116호로 전문개정되기 전의 것)

제33조 (제3개발자의 시행인가) ①제11조의 규정에 의하여 제3개발자가 재개발사업을 시행하고자 할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 의하여 규약 및 사업시행계획서를 작성한 후 그 시행에 관하여 관할도지사를 거쳐 건설부장과의 인가를 받아야 한다.
도시재개발법(2002.12.30 법률 제6852호로 폐지되기 전의 것)

제34조 (관리처분계획의 인가등) ① 시장·군수 또는 구청장외의 시행자는 제33조의 규정에 의한 분양신청기간이 경과한 때에는 이 법이 정하는 바에 의하여 대지 및 건축시설에 관한 관리처분계획(이하 "관리처분계획"이라 한다)을 정하여 시장·군수 또는 구청장의 인가를 받아야 한다. 다만, 시행자외의 토지등의 소유자가 없는 경우에는 그러하지 아니하다.② 제1항의 규정에 의하여 인가받은 관리처분계획을 변경·중지 또는 폐지하고자 할 때에도 인가를 받아야 한다. 다만, 시·도의 조례가 정하는 경미한 사항을 변경하는 때에는 신고로서 인가를 갈음한다.③ 제25조의 규정은 제1항 및 제2항의 경우에 이를 준용한다.④ 관리처분계획에는 다음 각호의 사항을 정하여야 한다.1. 분양설계2. 분양대상자의 주소 및 성명3. 분양대상자별로 분양예정의 대지 또는 건축시설의 추산액과 종전의 토지 및 건축물의 명세와 사업시행고시가 있은 날을 기준으로 한 가격4. 재개발사업에 소요되는 비용의 추산액5. 분양대상자의 종전의 토지 또는 건축물에 관한 소유권외의 권리명세6. 기타 대통령령이 정하는 사항⑤ 시장·군수 또는 구청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 관리처분계획을 인가하는 때에는 그 내용을 관보 또는 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제2항 단서의 규정에 해당하는 경미한 사항의 변경은 그러하지 아니하다.⑥ 시행자는 제5항의 규정에 의한 고시가 있은 때에는 지체없이 대통령령이 정하는 바에 의하여 분양신청을 한 자에게 관리처분계획의 인가내용을 통지하여야 한다.⑦ 제3항 내지 제6항의 규정은 시장·군수 또는 구청장이 직접 작성하는 관리처분계획에 관하여 이를 준용한다.⑨ 시행자는 제33조의 규정에 의하여 분양신청을 받은 후 잔여분이 있는 경우에는 규약·정관·시행규정 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축시설을 포함한다)로 정하거나 일반에게 분양할 수 있다.⑩ 재개발사업의 시행으로 인한 대지 및 건축시설은 관리처분계획에 의하여 이를 처분 또는 관리하여야 한다.
제39조 (대지 및 건축시설에 대한 권리의 확정) ① 대지 또는 건축시설을 분양받은 자는 제38조제4항의 규정에 의한 분양처분의 고시가 있은 날의 다음날에 그 대지 또는 건축시설에 대한 소유권을 취득한다. 이 경우에 종전의 대지 또는 건축물에 관한 지상권·전세권·저당권 또는 등기된 임차권과 주택임대차보호법 제3조제1항의 요건을 갖춘 임차권은 분양받은 대지 또는 건축시설에 설정된 것으로 본다.② 제1항의 규정에 의하여 취득하는 대지 또는 건축시설은 토지구획정리사업법의 규정에 의한 환지로 보며, 제34조제9항의 규정에 의한 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축시설은 토지구획정리사업법의 규정에 의한 보류지등으로 본다.
도시재개발법시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 폐지되기 전의 것)

제41조 (관리처분계획에 정할 사항) 법 제34조제4항제6호에서 "기타 대통령령이 정하는 사항"이라 함은 다음 각호의 사항을 말한다.1. 분양을 하지 아니하기로 한 종전의 토지 및 건축물의 명세와 이에 대한 청산방법2. 재개발사업의 시행으로 인하여 새로이 설치되는 공공시설의 명세와 용도가 폐지되는 공공시설의 명세3. 법 제34조제9항의 규정에 의한 보류지등의 명세와 추산가액 및 처분방법4. 제43조제3호의 규정에 의한 비용의 부담비율에 의한 대지 및 건축시설의 분양계획 및 그 비용부담의 한도·방법과 시기. 이 경우 비용부담에 의하여 분양받을 수 있는 한도는 따로 정하는 경우를 제외하고는 종전의 토지 또는 건축물의 가액의 비율에 따라 부담할 수 있는 비용의 2분의 1을 기준으로 정한다.
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【하급심-대법원 2009. 6. 23. 선고 2007두3275 판결】3심판결

【주문】 처분청승소

원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.
【이유】

상고이유를 판단한다.
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).
구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것) 제109조 제3항(이하 ‘이 사건 비과세조항’이라 한다)은 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다)에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지(이하 ‘체비지 등’이라 한다)에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.
그런데 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호 도시정비법 부칙 제2조로 폐지된 것, 이하 ‘구 도시재개발법’이라 한다. 위 도시정비법 부칙 제6조, 제7조는 구 도시재개발법에 의하여 사업시행인가를 받아 시행 중인 도심재개발사업은 도시정비법에 의한 도시환경정비사업으로 보되, 그 사업시행방식은 종전의 규정에 의하도록 규정하고 있다) 제34조 제1항, 제4항, 제9항, 제38조, 제39조 제2항, 같은 법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호 도시정비법 시행령 부칙 제2조로 폐지된 것) 제41조는 재개발사업의 시행자로 하여금 원칙적으로 체비지 등의 명세와 추산가액 및 처분방법 등을 관리처분계획으로 정하여 시장·군수 또는 구청장의 인가를 받고(다만, 구 도시재개발법 제34조 제1항 단서는 사업시행자 외의 토지 등 소유자가 없는 경우에 대해서는 관리처분계획의 작성 및 인가절차를 면제하고 있다), 재개발사업이 완료되어 공사완료의 공고가 있은 때에는 관리처분계획대로 분양처분을 하도록 규정하면서, 위와 같이 지정된 체비지 등을 구 토지구획정리사업법(이 법이 2000. 1. 28. 법률 6252호로 폐지된 후로는 도시개발법)의 규정에 의한 체비지 등으로 보도록 규정하고 있다. 그리고 2000. 1. 28. 법률 제6242호로 제정된 도시개발법(2007. 4. 11. 법률 제8376호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제1항 제4호, 제28조 제1항, 제33조 제1항, 제41조 제5항은 도시개발사업의 시행자로 하여금 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하거나 규약·정관·시행규정 또는 실시계획이 정하는 목적을 위하여 환지계획에서 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 이를 체비지 등으로 정할 수 있도록 규정하면서, 체비지는 사업시행자가, 보류지는 환지계획에서 정한 자가 각각 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날에 그 소유권을 취득한다고 규정하고 있다.
위와 같은 구 도시재개발법 및 도시개발법의 관련 규정에 의하면, 체비지 등은 환지계획이나 관리처분계획에서 미리 정해지는 것으로서, 그에 따른 환지처분의 공고나 분양처분의 고시가 있어야 비로소 사업시행자 등의 소유권취득이 확정되므로 환지계획이나 관리처분계획에서 정하지 아니한 체비지 등의 취득은 있을 수 없는 점, 구 도시재개발법 제20조, 제42조 등의 규정에 비추어 보면, 재개발사업의 경비를 반드시 체비지의 지정을 통하여 충당하여야 하는 것은 아니고 토지 등 소유자가 부담하는 청산금 등으로 충당할 수도 있는데, 사업시행인가 당시부터의 토지 등 소유자와 승계취득자에 대해서도 청산금에 상당하는 부동산에 해당하는 부분은 과세하는 점, 따라서 관리처분계획에서 체비지 등을 정하지 아니한 채 재개발사업이 시행되어 완료된 경우에는 이 사건 비과세조항에 의하여 취득세가 비과세되는 범위를 확정할 객관적인 기준이 없게 되는 점 등을 종합하면, 이 사건 비과세조항에 의하여 취득세가 비과세되는 체비지 등은 사업시행자가 미리 환지계획이나 관리처분계획에서 체비지 등으로 정하여 환지처분의 공고나 분양처분의 고시가 있은 후에 취득하는 것만을 의미한다고 봄이 타당하다.
그럼에도, 원심은 그 채용 증거를 종합하여 원고가 구 도시재개발법 제34조 제1항 단서에 따라 관리처분계획을 정하여 관할관청의 인가를 받는 절차를 거치지 아니한 채 이 사건 도심재개발사업을 시행하여 이 사건 건물을 완공하고 2004. 10. 8. 준공인가를 받아 2004. 11. 16. 원고 앞으로 소유권보존등기를 마친 사실, 그 후 원고는 이 사건 건물에 대한 취득세 등의 비과세 여부가 문제되자 2005. 1. 18.경에 이르러 2곳의 감정평가법인에 감정평가를 의뢰하고 그 결과를 기초로 이 사건 건물 중 73.04%에 해당하는 88,116.77/120,641.28 지분(이하 ‘이 사건 지분’이라 한다)을 원고가 사업시행자로서 취득하는 체비지로 정하는 내용의 이 사건 관리처분계획서를 작성한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 지분은 비록 원고가 이 사건 건물의 소유권을 취득한 후에 작성한 이 사건 관리처분계획서에서 체비지로 정해진 것이라고 하더라도 이 사건 비과세조항 소정의 체비지에 해당한다고 보아 취득세 등을 비과세하여야 한다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 비과세조항 소정의 체비지 등의 개념에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
그러므로 원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2007. 1. 10. 선고 2005누27552 판결】

【주문】 처분청일부승소

원고가 피고에게, 2004. 11. 8. 신고납부한 취득세 2,598,666,280원 중 107,619,659원을 초과하는 부분의, 농어촌특별세 114,182,120원 중 10,761,965원을 초과하는 부분의 처분을, 2004. 11. 10. 신고납부한 등록세 1,039,466,510원 중 43,047,863원을 초과하는 부분의, 지방교육세 207,893,300원 중 8,609,572원을 초과하는 부분의 처분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용은 이를 20분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.
1. 처분의 경위

가. ○ ○ 장관은 1979. 9. 21. 건설부 고시 제345호로 서울 00구 00동 46-1 외 17필지 12,478.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 도심지 재개발사업구역으로 지정하였다.
나. ○○ 건설주식회사는 구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 전문개정되기 전의 것) 제33조 제1항의 규정에 의하여 사업시행계획서 및 규약을 작성하여 1987. 11. 30. ○○ 시장으로부터 서울특별시 고시 제832호로 위 사업구역을 시행구역으로 하고 시행기간을 1987. 10.부터 1991. 10. 31.까지로 하여 지하 6층 지상 24층의 업무시설용 건축물을 신축하고자 하는 00로 제1구역 제4지구 재개발사업(2003. 7. 1. 도시 및 주거환경 정비법의 시행으로 도시환경정비사업으로 변경되었다. 이하 ‘이 사건 재개발사업’이라 한다)의 사업시행인가를 받았고, 1994. 10. 7. ○○ 시장으로부터 서울특별시 고시 1994-328호로 시행기간을 1987. 11. 23.부터 1999. 10. 31.까지로 변경하는 이 사건 재개발사업의 시행변경인가를 받았다. 그 후 ○○ 건설주식회사가 ○○ 주식회사로 흡수 합병됨에 따라 이 사건 재개발사업의 사업시행자는 1997. 4. 18. 00구 고시 제1997-22호로 ○○ 주식회사로 변경되었다.
다. 원고는 2001. 3. 24. ○○ 주식회사로부터 이 사건 토지 중 서울특별시 소유로서 도로 부분인 1,846㎡를 제외한 10,632.4㎡를 금 50,640,000,000원에 취득한 다음, 그 소유자로서 2001. 8. 10. 00구청장으로부터 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 폐지되기 전의 것. 이하 ‘도시재개발법’이라 한다) 제22조 제1항의 규정에 의하여 00구 고시 제2001-83호로 사업시행자를 원고로, 사업시행기간을 1987. 11. 23.부터 2003. 12. 31.까지로 변경하는 내용의 이 사건 재개발사업시행변경인가를 받았고, 그 후 사업시행기간은 1987. 11. 23.부터 2004. 10. 31.까지로 변경되었다.
라. 원고는 사업시행자 외의 토지소유자가 없는 경우 관리처분계획을 작성하지 않도록 되어 있는 도시재개발법 제34조 제1항 단서의 규정에 따라 대지 및 건축시설에 관한 관리처분계획을 정하거나 그에 대한 인가를 받지 아니한 채 이 사건 재개발사업을 시행하여 2004. 10. 7.경 지하 6층 지상 37층의 업무시설용 건축물(연면적 120,262.81㎡. 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 완공한 후, 2004. 10. 8. 피고로부터 도시 및 주거환경 정비법 제52조, 같은 법 시행령 제55조에 의하여 준공인가를 받고, 2004. 11. 16. 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.
한편 피고는 2004. 11. 5. 00구 고시 제2004-113호로 이 사건 재개발사업에 대한 공사완료고시를 하였고, 이 사건 토지 중 이 사건 건물의 대지 부분은 서울 00구 00동 555 대 9,526.6㎡(시가표준액 70,211,042,000원)로, 나머지 도로 등 공공용지 부분은 같은 동 555-1 등 4필지 2,953.6㎡로 환지되었다.
마. 원고는 이 사건 건물의 경우「지방세법」제109조제3항에 의하여 지방세 및 취득세 등이 비과세되는 것으로 판단하여 2004. 11. 3. 피고에게 지방세비과세신청을 하였으나, 2004. 11. 4. 피고로부터 비과세대상이 아니라는 회신을 받자, 가산세가 부과되는 것을 피하기 위하여 2004. 11. 8. 취득세 2,598,666,280원, 농어촌특별세 114,182,120원을 각 신고납부하고, 2004. 11. 10. 등록세 1,039,466,510원, 지방교육세 207,893,300원을 각 신고납부하였다(이하「지방세법」제72조제1항에 의하여 원고가 한 위 각 신고, 납부일시에 처분이 있었던 것으로 보고, 이를 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
바. 원고가 2005. 1. 18.경 ○○ 평가법인과 ○○평가법인에 감정평가를 의뢰하여 도출된 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 의하면, 이 사건 건물 중 73.04%에 해당하는 88,116.77/120,641.28 지분은 체비지에 해당하고, 26.96%인 32,524.51/120,641.28 지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 해당한다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 갑 제6호증, 갑 제8 내지 11호증의 각 1, 2, 갑 제12호증, 갑 제13호증, 갑 제14호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 재개발사업 시행인가 당시 시행되던·서울특별시 재개발구역 내 토지 및 건축물에 대한 시세과세면제에 관한 조례·(1986. 12. 31. 제2136호로 개정된 것. 이하 ‘조례 2136호’라 한다)는 이 사건 재개발사업과 같은 도심지 재개발사업의 경우 건축물의 재개발사업 시행자에 대하여 취득세 및 등록세의 감면혜택을 부여하고 있었으나, 1991. 12. 31. 제2843호로 개정된·서울특별시 도시개발사업에 대한 시세과세면제에 관한 조례·(이하 ‘조례 제2843호’라 한다)는 주택개량재개발사업의 경우에만 위 감면혜택을 부여하되 이미 사업시행인가 등을 받아 사업에 착수한 도시재개발사업자에 대하여는 여전히 취득세 및 등록세 감면혜택을 부여하도록 부칙에 경과규정을 두었고, 그 후 조례가 다시 개정되어 종전의 예와는 달리 사업자의 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과규정을 두지 않았다 하더라도, 이미 기득권 등 보호의 요건이 갖추어져 있는 이상 종전의 경과규정은 그대로 적용되어야 하고, 설령 위 경과규정이 적용되지 않는다 하더라도, 신뢰보호의 원칙상 원고에게는 종전의 조례가 적용되어야 하므로, 이 사건 건물에 대한 취득세 등은 면제되어야 한다.
(2) 이 사건 건물은 이 사건 재개발사업구역 내의 토지의 소유자인 원고가 재개발사업의 시행으로 인하여 관리처분계획에 의하여 취득하는 건축물에 해당하므로「지방세법」제109조제3항, 제127조의2 제2항에 의하여 취득세 등이 면제되어야 한다. 한편,「지방세법」제109조제3항 단서는 관리처분계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하도록 규정하고 있으나, 위 규정은 사업시행자가 아닌 단순 토지 등의 승계취득자에 국한되어 적용되는 규정이고 사업시행자로서 투기이익과 관련이 없는 원고의 경우에는 적용되지 아니한다고 할 것이므로「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 따라 취득세 등이 면제되어야 한다.
(3) 가사, 원고가「지방세법」제109조제3항 단서 제2호에 해당하는 승계취득자에 해당한다 하더라도, 원고의 이 사건 건물의 취득에는 이 사건 토지의 소유자로서의 취득과 사업시행자로서의 체비지 취득이 포함되어 있고, 체비지는 사업시행자가 사업경비를 충당하기 위하여 정하는 것이며, 원고가 2005. 1. 18.경 적법한 감정평가기관의 감정결과를 기초로 하여 작성한 관리처분계획에 의하면, 이 사건 건물 중 73.04%에 해당하는 88,116.77/120,641.28 지분은 체비지에 해당하고, 26.96%인 32,524.51/120,641.28 지분만이 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 해당되는바, 이 사건 처분의 과세표준은 위 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산가액 56,020,982,960{9,838.66평 x 5,693,962(평당 평균 분양가)}원 중 이 사건 토지의 당초 취득가액인 50,640,000,000원을 공제한 5,380,982,960원이 되어야 하고, 사업시행자의 체비지에 해당하는 이 사건 건물 중 88,116.77/120,641.28 지분은「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 의하여 비과세되어야 한다. 따라서 이 사건 각 처분 중 취득세 107,619,659원(=5,380,982,960원×2%), 농어촌특별세 10,761,965원(=107,619,659원×10%), 등록세 43,047,863원(=5,380,982,960원×0.8%), 지방교육세 8,609,572원(=43,047,863원×20%)을 초과하는 부분은 위법하다(원고는 취득세, 등록세 등의 세율을 모두 합친 3.16%의 세율에 과세표준액을 곱하여 산출한 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하고 있으나, 위와 같이 나누어 주장하는 것으로 선해하여 그 주장의 당부에 관하여 판단하기로 한다).
(4) 피고 외의 다른 지방자치단체에서는 원고와 마찬가지로 도심지 재개발사업을 완료한 자에 대하여 신축건물과 토지를 환지와 체비지로 구별한 후 환지계획 등에 의해 취득한 부동산 가액의 합계액이 종전 부동산 가액보다 적다는 이유로 비과세하고 있는 점 등에 비추어 이 사건 각 처분은 형평의 원칙에 반하여 위법하다.
나. 관련 법령

지방세법(2004.12.31 법률 제7311호로 개정되기 전의 것)

제109조 (토지수용등으로 인한 대체취득에 대한 비과세)③ 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.1. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 도시및주거환경정비법등 관계 법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산2. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산(사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다)④ 제3항 제2호의 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.
제111조 (과세표준)① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규

제127조의2 (대체취득등기에 대한 비과세)② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.
지방세법 시행령

제79조의3 (수용시의 초과액 산정기준)

③ 법 제109조 제3항 제2호의 규정에 의한 초과액은 환지계획 등에 의한 취득부동산의 과세표준액(사실상 취득가액이 입증되는 경우에는 사실상 취득가액을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준액(승계취득할 당시의 취득세 과세표준액을 말한다)을 공제한 금액으로 한다.
3. 결론

그렇다면 제1심 판결 중 원고가 피고에게, 2004. 11. 8. 신고납부한 취득세 2,598,666,280원 중 107,619,659원을 초과하는 부분의, 농어촌특별세 114,182,120원 중 10,761,965원을 초과하는 부분의 처분과 2004. 11. 10. 신고납부한 등록세 1,039,466,510원 중 43,047,863원을 초과하는 부분의, 지방교육세 207,893,300원 중 8,609,572원을 초과하는 부분의 처분은 각 취소되어야 할 것이므로, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로, 제1심 판결 중 위에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고 원고의 나머지 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울행정법원 2005. 10. 28. 선고 2005구합16512 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. ○ ○ 장관은 1979. 9. 21. 건설부 고시 제345호로 서울 00구 00동 46-1 외 17필지 12,478.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 도심지 재개발사업구역으로 지정하였고, 제3개발자인 ○○ 건설주식회사는 1987. 11. 30. ○○ 시장으로부터 구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 전문개정되기 전의 것) 제33조 제1항의 규정에 의하여 서울특별시 고시 제832호로 위 사업구역을 시행구역으로 하여 시행기간을 1987. 10.부터 1991. 10. 31.까지로 하고 지하 6층 지상 24층의 업무시설용 건축물을 신축하고자 하는 00로 제1구역 제4지구 재개발사업(2003. 7. 1. 도시 및 주거환경 정비법의 시행으로 도시환경정비사업으로 변경되었다. 이하 ‘이 사건 재개발사업’이라 한다)의 사업시행인가를 받았으며, 1994. 10. 7. ○○ 시장으로부터 서울특별시 고시 1994-328호로 시행기간을 1987. 11. 23.부터 1999. 10. 31.까지로 하는 이 사건 재개발사업의 시행변경인가를 받았다. 그 후 ○○ 건설주식회사가 ○○ 주식회사로 흡수 합병됨에 따라 이 사건 재개발사업의 사업시행자는 1997. 4. 18. 00구 고시 제1997-22호로 ○○ 주식회사로 변경되었다.
나. 원고는 2001. 3. 24. 주식회사 ○○개발로부터 이 사건 토지 중 서울특별시 소유로서 도로 부분인 1,846㎡를 제외한 10,632.4㎡를 금 50,640,000,000원에 취득한 다음, 그 소유자로서 2001. 8. 10. 00구청장으로부터 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 폐지되기 전의 것. 이하 ‘도시재개발법’이라 한다) 제22조 제1항의 규정에 의하여 00구 고시 제2001-83호로 사업시행자를 원고로, 사업시행기간을 1987. 11. 23.부터 2003. 12. 31.까지로 변경하는 내용의 이 사건 재개발사업시행변경인가를 받았고, 그 후 사업시행기간은 1987. 11. 23.부터 2004. 10. 31.까지로 변경되었다.
다. 원고는 도시재개발법 제34조 제1항 단서의 규정에 따라 대지 및 건축시설에 관한 관리처분계획을 정하거나 그에 대한 인가를 받지 아니하고 이 사건 재개발사업을 시행하여 2004. 10. 7.경 지하 6층 지상 37층의 업무시설용 건축물(연면적 120,262.81㎡. 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 완공한 후, 2004. 10. 8. 피고로부터 도시 및 주거환경 정비법 제52조, 같은 법 시행령 제55조에 의하여 준공인가를 받고, 2004. 11. 16. 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤다. 피고는 2004. 11. 5. 00구 고시 제2004-113호로 이 사건 재개발사업에 대한 공사완료고시를 하였고, 이 사건 토지 중 이 사건 건물의 대지 부분은 서울 00구 00동 555 대 9,526.6㎡(시가표준액 70,211,042,000원)로, 나머지 도로 등 공공용지 부분은 같은 동 555-1 등 4필지 2,953.6㎡로 환지되었다.
라. 원고는 이 사건 건물의 경우「지방세법」제109조제3항에 의하여 지방세 및 취득세 등이 비과세되는 것으로 판단하여 2004. 11. 3. 피고에게 지방세비과세신청을 하였다가, 2004. 11. 4. 피고로부터 비과세대상이 아니라는 회신을 받자, 2004. 11. 8. 취득세 2,598,666,280원, 농어촌특별세 114,182,120원을 각 신고납부하고, 2004. 11. 10. 등록세 1,039,466,510원, 지방교육세 207,893,300원을 각 신고납부하였다(이하「지방세법」제72조제1항에 의하여 원고가 한 위 각 신고, 납부일시에 처분이 있었던 것으로 보고, 이를 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 갑 제6, 8 내지 11호증의 각 1, 2, 갑 제13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

[부족증거] 갑 제12호증, 갑 제14호증의 1 내지 4의 각 기재

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 재개발사업 시행인가 당시 시행되던·서울특별시 재개발구역 내 토지 및 건축물에 대한 시세과세면제에 관한 조례·(1986. 12. 31. 제2136호로 개정된 것. 이하 ‘조례 2136호’라 한다)는 이 사건 재개발사업과 같은 도심지 재개발사업의 경우 건축물의 재개발사업 시행자에 대하여 취득세 및 등록세의 감면혜택을 부여하고 있었으나, 1991. 12. 31. 제2843호로 개정된·서울특별시 도시개발사업에 대한 시세과세면제에 관한 조례·(이하 ‘조례 제2843호’라 한다)는 주택개량재개발사업의 경우에만 위 감면혜택을 부여하되 이미 사업시행인가 등을 받아 사업에 착수한 도시재개발사업자에 대하여는 여전히 취득세 및 등록세 감면혜택을 부여하도록 부칙에 경과규정을 두었고, 그 후 조례가 다시 개정되어 종전의 예와는 달리 사업자의 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과규정을 두지 않았다 하더라도, 이미 기득권 등 보호의 요건이 갖추어져 있는 이상 종전의 경과규정은 그대로 적용되어야 하고, 설령 위 경과규정이 적용되지 않는다 하더라도, 신뢰보호의 원칙상 원고에게는 종전의 조례가 적용되어야 하므로, 이 사건 건물에 대한 취득세 등은 면제되어야 한다.
(2) 이 사건 건물은 이 사건 재개발사업구역 내의 토지의 소유자인 원고가 재개발사업의 시행으로 인하여 관리처분계획에 의하여 취득하는 건축물에 해당하므로「지방세법」제109조제3항, 제127조의2 제2항에 의하여 취득세 등이 면제되어야 한다. 한편,「지방세법」제109조제3항 단서는 관리처분계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하도록 규정하고 있으나, 위 규정은 사업시행자가 아닌 단순 토지 등의 승계취득자에 국한되어 적용되는 규정이고 사업시행자로서 투기이익과 관련이 없는 원고의 경우에는 적용되지 아니한다고 할 것이므로「지방세법」제109조제3항 본문의 규정에 따라 취득세 등이 면제되어야 한다.
설령 이 사건 토지 및 건물의 취득이「지방세법」제109조제3항 단서 제2호에 해당된다고 하더라도, 체비지에 해당하는지 여부는 법령에 따라 정해지는 것이 아니라 사업시행자가 사업경비의 충당을 위하여 정하는 것으로, 원고가 2005. 1.경 적법한 감정평가기관의 감정결과를 기초로 하여 관리처분계획을 작성한 이상 그 관리처분계획에서 정한 체비지에 대하여는 비과세되어야 할 것인바, 위 관리처분계획상 이 사건 건물 중 73.04%에 해당하는 88,116.77㎡는 체비지에 해당하고 26.96%인 32,524.51㎡만이 권리변환 부분인 환지에 해당되므로, 위 환지에 해당하는 부분의 부동산가액 56,020,982,960원 중 이 사건 토지의 당초 취득가액인 금 50,640,000,000원을 공제한 금 5,380,982,960원만을 과세표준으로 삼아야 한다. 따라서 이 사건 각 처분 중 위 과세표준을 기초로 한 세액인 금 170,039,060원을 초과하는 부분은 위법하다.
(3) 피고 외의 다른 구에서는 원고와 마찬가지로 도심지 재개발사업을 완료한 자에 대하여 신축건물과 토지를 환지와 체비지로 구별한 후 환지계획 등에 의해 취득한 부동산 가액의 합계액이 종전 부동산 가액보다 적다는 이유로 비과세하고 있는 점 등에 비추어 이 사건 각 처분은 형평의 원칙에 반하여 위법하다.
나. 서울특별시 조례에 의하여 취득세 등을 면제할 수 있는지 여부에 대한 판단

(1) 관련 조례의 개정 경위

(가) 서울특별시 재개발구역 내 토지 및 건축물에 대한 시세과세면제에 관한 조례

① 조례 제1303호(1979. 1. 9. 제정)

제2조(과세면제대상) 도시재개발법 또는 주택개량촉진에관한임시조치법의 규정에 의하여 지정된 재개발 구역에서 재개발사업 시행에 따른 다음 각 호의 1에 해당하는 개량건축물 취득자에 대하여는 재개발사업의 시행완료 공고 유무에 불구하고 당해 건축물이 사실상 준공된 날로부터 1년간 취득세, 등록세, 면허세, 재산세 및 도시계획세를 면제한다. 다만 재개발사업 계획에 의한 인가조건에 위반하거나, 법령 또는 그에 의한 조례에 위반하여 건축한 때에는 그러하지 아니하다.
1. 건축물의 재개발사업 시행자

2. 사업시행자로부터 최초로 취득하는 사업시행 당시의 토지 소유자

위 조례는 부칙 제2항을 두어 시행기간을 1979. 12. 31.까지로 한정하였으나, 그 후 매년 위 부칙 제2항을 개정하여 시행기간을 1년씩 연장하여 왔다.
② 조례 제2062호(1985. 12. 30. 개정)

위 조례 제1303호의 제2조는 다음과 같이 개정되었고, 부칙 제2항의 개정으로 그 시행기간은 1986. 12. 31.까지 연장되었다.
제2조(과세면제) 다음 각호에 해당하는 자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역내에서 재개발사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세, 등록세 및 면허세를 면제한다. 다만, 재개발사업계획에 의한 사업인가 조건을 위반하거나, 관계법령에 위반하여 건축하는 경우에는 이미 과세면제된 취득세, 등록세 및 면허세를 추징한다.
1. 도시재개발법의 규정에 의한 시행자(시행자로 지정받은 자를 포함한다)

2. 도시재개발법의 규정에 의한 시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 시행당시의 토지 및 건축물 소유자

③ 조례 제2136호(1986. 12. 31. 개정) : 이 사건 사업시행인가 당시 적용되던 조례

이 조례는 부칙 제2항의 개정을 통해 그 시행기간이 1987. 12. 31.까지 연장되었고, 그 후 부칙 제2항의 개정을 통해 그 시행기간이 1988. 12. 31.까지로 연장되었다.
④ 조례 제2394호(1989. 1. 10. 개정)

이 조례는 위 제2조 제2호 중 ‘사업시행당시’를 ‘사업시행인가당시’로 개정하여, 재개발사업으로 인하여 취득한 주택에 대한 취득세면제의 대상이 되는 토지 및 건축물의 소유자의 범위를 한정하였으나, 종전의 규정을 개정 조례 시행 이후에도 계속 적용한다는 경과규정을 두지는 않았고{이에 따라 위와 같이 개정된 조례의 규정이 상위법인 지방세법(1990. 12. 31. 개정되기 전의 것) 제109조 제2항에 저촉되어 무효라는 판결이 선고되었고(대법원 1994. 4. 26. 선고 93누9170 판결), 이에 1993. 12. 27. 개정된 지방세법에서는 위 조례의 규정과 같이 종전 지방세법의 ‘소유자’를 ‘사업시행인가 당시의 소유자’로 제한하는 내용으로 개정하였다가, 앞서 본 바와 같이 2000. 12. 29. 다시 ‘당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자’로 개정하였다}, 부칙 제2항을 개정하여 그 시행기간을 1989. 12. 31.까지로 연장하였다.
(나) 서울특별시 도시개발사업에 대한 시세과세면제에 관한 조례

① 조례 제2687호(1990. 12. 31. 개정)

이 조례는 조례의 명칭을 종전의·서울특별시 재개발구역 내 토지 및 건축물에 대한 시세과세면제에 관한 조례·에서·서울특별시 도시개발사업에 대한 시세과세면제에 관한 조례·로 변경하고, 제2조 제1항 본문 중 ‘재개발구역내에서 재개발사업’을 ‘재개발구역 및 도시저소득민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의하여 지정된 주거환경개선지구내에서 주거환경개선사업’으로, 제1항 제1호 중 ‘시행자’를 ‘시행자 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 시행자’로, ‘시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 시행인가’를 ‘시행자 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 최초 시행인가 및 주거환경개선계획 최초고시’로 각 개정하여 취득세 등의 감면사업 범위에 주거환경개선사업을 포함시켰으며, 부칙 제2항을 개정하여 시행기간을 1991. 12. 31.까지로 연장하였다.
② 조례 제2843호(1991. 12. 31. 개정)

이 조례는 제2조 제1항 본문 중 ‘재개발구역’을 ‘재개발구역(도시재개발법 제2조 제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한한다. 이하 같다)’으로, 같은 항 제2호 중 ‘도시재개발법의 규정에 의한 시행자 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 시행자로부터’를 ‘제1호의 규정에 의한 사업시행자로부터‘로 각 개정하여, 시세 면제의 혜택을 받는 대상 사업을 도시재개발사업 중 주택개량재개발사업에 한정하였는바, 이 조례 본문에 의할 경우 원고가 시행하던 도심지 도시재개발사업은 위 감면대상 사업에서 제외되게 되었다.
그런데 위 조례는 부칙 제2항에서 "이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다"는 경과규정(이하 ‘이 사건 경과규정’이라 한다)을 두었고, 종전 조례 부칙 제2항을 개정하여 이 조례의 적용시한을 1994. 12. 31.까지로 정하였다(종전에 1년 단위로 시행기간을 연장하던 예에 의하지 아니하고 시행기간을 3년으로 정하였다).
③ 조례 3007호(1993. 7. 3. 개정)

이 조례는 제2조 제1항 제1호를 다음과 같이 개정하였으나, 도심지재개발사업으로 인하여 취득한 이 사건 건물과 같은 건축물의 면세범위에 관한 사항은 포함되지 않았고, 이 사건 경과규정과 같은 별도의 규정을 두지도 않았으며, 그 시행기간을 여전히 1994. 12. 31.까지로 규정하였다.
1. 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자(도시재개발법의 규정에 의하여 사업시행자로 지정받은 자를 포함한다) 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 사업시행자(도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의규정에의하여주민이 사업을 시행하는 경우에는 그 주민을 포함한다).
(다) 서울특별시세 감면조례

① 조례 제3145호(1994. 12. 31. 제정)

위·서울특별시 도시개발사업에 대한 시세과세면제에 관한 조례·는 1994. 12. 31.로 그 시행기간이 경과하였고, 위 조례에서 규정하고 있던 도시재개발법에 의한 주택개량재개발사업에 대한 시세 감면에 관한 규정은,「지방세법」제9조의 규정에 의하여 서울특별시세의 과세면제 및 불균일과세에 관한 사항을 통합적으로 규정하여 과세의 공평을 기하고 지방세정책을 효율적으로 수행하기 위하여 제정된·서울특별시세 감면조례·제19조로 편입되어 다음과 같이 규정되었다.
제19조(주택개량사업에 대한 감면) 도시재개발법에 의한 주택개량재개발사업으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호의 1에 정하는 바에 의하여 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일부터 5년 이내에「지방세법」제112조제2항의 규정에 의한 세율의 적용대상이 되거나 관계법령을 위반하여 건축한 때에는 그러하지 아니하며,「지방세법」제120조및 제150조의2의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 신고납부하여야 한다.
1. 도시재개발법에 의한 사업시행자가 동법 제2조 제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업의 시행과 관련하여 취득하는 부동산 중「지방세법」제109조제3항의 규정에 의한 체비지 또는 보류지 이외의 부동산

2. 재개발사업계획의 최초고시일 현재 부동산을 소유한 자가 당해 사업의 시행으로 인하여 취득하는 전용면적 85제곱미터 이하의 주거용 부동산으로서「지방세법」제109조제3항 단서의 규정에 의한 청산금에 상당하는 부동산

이 조례 역시 도심지 도시재개발사업에 의한 토지, 건물의 취득은 취득세 및 등록세 등의 면제대상에 포함시키지 않았고, 그 부칙에서도 이 사건 경과규정과 같은 경과규정을 별도로 두지 않았다.
② 조례 제4160호(2003. 12. 30. 전문개정)

위 조례의 규정이 다음과 같이 개정되어 이 사건 건물의 사용승인을 받을 당시인 2004. 10. 8. 현재 시행되고 있는데, 도심지 재개발사업자에 대한 취득세 및 등록세 면제 규정이 없고, 다른 특별한 경과규정도 없다.
제16조(주택재개발사업 등에 대한 감면) 도시및주거환경정비법에 의한 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행으로 인하여 취득하는 부동산으로서 다음 각호에 정하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에「지방세법」제112조제2항의 규정에 의한 과세대상이 되거나 관계법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
1. 도시및주거환경정비법에 의하여 사업시행자로 지정받은 자가 동법 제2조제2호나목의 규정에 의한 주택재개발사업의 대지조성을 위하여 취득하는 부동산

2. 제1호의 규정에 의한 사업시행자가 당해 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산 <제3호 내지 제6호 생략>

(2) 조례 제2843호의 부칙 제2조의 적용 여부

(가) 취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 세목이고, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득 등에 관한 사항을 공부에 등기하는 행위에 대하여 세금을 부과하는 세목이므로, 그 과세요건(취득 또는 등기)의 성립시기에 납세의무가 성립되고, 따라서 그 때의 유효한 법령이 적용되는 것이 원칙이다.
따라서 원고의 이 사건 건물 취득과 관련하여, 취득세 등의 과세요건 성립시기로 판단되는 2004. 10. 내지 11.경 시행되고 있는 조례 제4160호가 아니라, 당시를 기준으로는 이미 실효된 조례 제2136호가 적용되기 위하여는 이에 관한 명백한 근거가 있어야 할 것이므로, 이 점에 관하여 살펴본다.
(나) 시세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과 규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우(이후 다시 당해 조례가 개정되고 그 개정에 대하여 종전의 예와는 달리 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과 규정을 따로 두지 아니한 경우 포함) 종전 조례를 적용해야 하는 것은 원고의 주장과 같다. 그러나 해당 조례 자체가 실효되고 이를 대체한 새로운 조례가 그 부칙 등에서 "종전의 규정을 새로운 조례 시행 후에도 계속 적용한다"는 경과규정을 두지 아니한 이상, 다른 특별한 사정이 없는 한 법률불소급의 원칙상 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 새로운 조례를 적용하여야 할 것이다(대법원 1999. 9. 3. 선고 98두15788 판결).
살피건대, 조례 제2843호가 취득세 및 등록세 면제 대상을 ‘도시재개발법의 규정에 의한 사업’에서 ‘도시재개발법 제2조 제2호 소정의 주택개량재개발사업’으로 축소하는 한편, 원고와 같은 재개발사업자에게 유리한 종전의 규정을 적용하도록 부칙 제2항에서 "이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다"는 이 사건 경과 규정을 두었음은 앞서 본 바와 같다.
그러나 조례 제2843호는 시행기간이 1994. 12. 31.로 만료되었고, 그 이후 위 시행기간이 연장되지 않았으며, 이를 대체하기 위하여 1994. 12. 31. 새로이 제정되어 그 다음날부터 시행된·서울특별시세 감면조례·에는 조례 제2136호와 같은 주택개량재개발사업자 이외의 재개발사업자를 위한 취득세 등의 면제규정이 없고 조례 제2843호 부칙 제2조와 같은 특별한 경과규정도 찾아볼 수 없는 이상, 다른 특별한 사정이 없는 한 납세의무성립시, 즉 이 사건 건물의 사용승인 당시 시행되는 개정 조례가 적용되어야 할 것이므로, 이 사건 건물에 관하여 여전히 이 사건 경과규정 및 조례 제2136호의 취득세 등 면제 규정이 적용되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.
(3) 신뢰보호원칙의 적용 여부

앞서 본 바와 같이 원고의 경우 이 사건 경과규정이 적용되지 않는다고 하더라도 일반적인 신뢰보호의 원칙에 의하여 종전의 조례 제2136호를 적용하여야 하는지 살피건대, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 참조).
그런데 원고가 사업시행자의 지위를 취득한 2001. 8. 10.에는 도심지 재개발사업자를 위한 취득세 등을 면제하는 내용의 조례나 이 사건 경과규정이 규정되어 있지 아니하였으므로 종전 사업시행자가 조례 2136호를 적용받을 수 있다고 하더라도 그러한 지위까지 당연히 원고에게 승계된다고 보기 어려운 점, 이 사건에서 종전 규정인 이 사건 경과규정은 장래 과세요건을 충족하는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 면제한다는 취지로 규정되어 있지 않고, 오히려 위 경과규정을 규정한 조례의 시행기간은 1994. 12. 31.까지로 정해져 있어 그 이후에는 원고나 변경전 사업시행자가 위 경과규정에 의한 시세 면제의 기득권을 가지고 있다고 보기 어려운 점, 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 예외적으로 납세의무자에게 유리한 종전의 법령을 적용하는 경우에도 그 기간이 무한정 연장될 수는 없는 것인바, 이 사건의 경우 변경전 사업시행자의 사업시행기간은 1999. 10. 31.이었고, 원고의 사업시행기간도 사업시행변경인가 당시에는 2003. 12. 31.이었다가 그 후 2004. 10. 31.로 변경된 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 건물의 취득시에 종전 규정인 이 사건 경과규정으로 인하여 기득권에 갈음하는 신뢰를 가졌다고 보기는 어렵다고 할 것이다.
다.「지방세법」제109조제3항에 의하여 취득세가 면제되는지의 여부에 대한 판단

(1) 관계법령

1. 지방세법

제109조 (토지수용등으로 인한 대체취득에 대한 비과세) ③ 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.
2. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산(사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다)

④ 제3항 제2호의 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.
2. 도시 및 주거환경 정비법

제48조 (관리처분계획의 인가 등) ③ 사업시행자는 제46조의 규정에 의하여 분양신청을 받은 후 잔여분이 있는 경우에는 정관등 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나 조합원 외의 자에게 분양할 수 있다. 이 경우 분양공고와 분양신청절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
④ 정비사업의 시행으로 조성된 대지 및 건축물은 관리처분계획에 의하여 이를 처분 또는 관리하여야 한다.
제54조 (이전고시 등) ① 사업시행자는 제52조제3항 및 제4항의 규정에 의한 고시가 있은 때에는 지체없이 대지확정측량을 하고 토지의 분할절차를 거쳐 관리처분계획에 정한 사항을 분양을 받을 자에게 통지하고 대지 또는 건축물의 소유권을 이전하여야 한다. 다만, 정비사업의 효율적인 추진을 위하여 필요한 경우에는 당해 정비사업에 관한 공사가 전부 완료되기 전에 완공된 부분에 대하여 준공인가를 받아 대지 또는 건축물별로 이를 분양받을 자에게 그 소유권을 이전할 수 있다.
② 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 대지 및 건축물의 소유권을 이전한 때에는 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시한 후 이를 시장·군수에게 보고하여야 한다.
제55조 (대지 및 건축물에 대한 권리의 확정) ① 대지 또는 건축물을 분양받을 자에게 제54조제2항의 규정에 의하여 소유권을 이전한 경우 종전의 토지 또는 건축물에 설정된 지상권·전세권·저당권·임차권·가등기담보권·가압류 등 등기된 권리 및 주택임대차보호법 제3조제1항의 요건을 갖춘 임차권은 소유권을 이전받은 대지 또는 건축물에 설정된 것으로 본다.
② 제1항의 규정에 의하여 취득하는 대지 또는 건축물중 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제39조의 규정에 의하여 행하여진 환지로 보며, 제48조제3항의 규정에 의한 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제33조의 규정에 의한 보류지 또는 체비지로 본다.
(2) 판단

(가) 살피건대,「지방세법」제109조제3항이 도시 및 주거환경 정비법에 의한 도시환경정비사업의 시행으로 소유자가 토지 및 건축물을 취득하는 경우에 취득세를 부과하지 않는 이유는 그 취득의 성질이 법적으로 종전의 대지 또는 건축시설에 대한 권리변환으로 종전의 권리와 동일성이 있는 것으로 취급된다는 점과 도시환경정비사업(종전의 도심지 재개발사업을 말한다)의 원활한 수행을 세제적으로 뒷받침하려고 함에 있고(대법원 1994. 4. 26. 선고 93누9170 판결 참조), 도시재개발법 제34조 제1항이 시행자 이외의 토지 등의 소유자가 없는 경우에는 관리처분계획의 확정 및 인가를 받지 않아도 되도록 한 것은 재개발사업의 시행결과 건립될 건축물에 대한 소유권의 귀속이 명백히 정하여져 있으므로 별도의 관리처분계획이 필요하지 않기 때문인 점에 비추어 보면, 이 사건과 같이 원고가 사업시행자 겸 소유자로서 분양처분이 있기 이전에 이 사건 재개발구역 안에 있는 모든 토지 등의 소유권을 취득하고, 그에 따라 관리처분계획을 따로 수립함이 없이 재개발사업을 시행하여 공사를 완료한 다음 이 사건 건물의 소유권을 단독으로 취득한 이상, 이는「지방세법」제109조제3항이 규정하는 도시 및 주거환경 정비법에 의한 도시환경정비사업의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 관리처분계획에 의하여 취득하는 건축물에 해당한다고 봄이 상당할 것이다.
(나) 다만「지방세법」제109조제3항 제2호의 규정에 의하면, 사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 대하여는 환지계획 등에 의하여 취득한 부동산 가액의 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여 취득세를 부과하도록 규정하고 있는바, 위 규정의 취지는 사업시행인가 이후에 사업고시 구역 내의 종전의 부동산을 승계취득하는 자도 사업시행인가 당시의 소유자와 마찬가지로 비과세 혜택을 부여하되, 이러한 자는 사업시행결과 그보다 재산적 가치가 증가한 새로운 부동산을 취득하는 것을 목적으로 하고 있어 후에 실질적으로 취득하게 되는 부동산의 가액에 근거하여 증대된 경제적 가치에 대하여 한 취득세를 과세하기 위한 것이다.
따라서 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 재개발사업시행인가 이후 환지 이전인 2001. 3. 24. 이 사건 토지를 주식회사 ○○개발등으로부터 승계취득한 이상, 위 규정 소정의 승계취득자의 범위에 사업시행자인 토지소유자는 제외되어야 한다는 원고의 주장 부분은 이유 없다.
(다) 나아가「지방세법」제109조제3항 제2호에 의한 취득세의 부과대상 범위에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 재개발사업의 결과 취득한 이 사건 토지 및 건물의 과세표준액인 합계 금 200,144,356,240원(토지 70,211,042,000원 + 건물 129,933,314,240원)에서 이 사건 토지의 승계취득할 당시의 과세표준액인 금 50,640,000,000원을 공제한 금액이 금 149,504,356,240원임을 알 수 있다.
따라서「지방세법」제109조제3항 제2호에 의하여 종전의 부동산 가액의 초과액인 위 금 149,504,356,240원이 취득세 등의 부과대상이 된다 할 것이나, 피고가 납세의무자인 원고에게 유리하게 위 금액 범위 내인 이 사건 건물 부분에 대하여만 이 사건 취득세 등을 부과한 이상, 이 사건 각 처분이 위법하다고 보기 어렵다.
(라) 한편, 위 관리처분계획상 이 사건 건물 중 체비지에 해당되는 88,116.77㎡ 부분에 대하여 취득세 등을 비과세하여야 한다는 원고의 주장에 관하여 보건대,「지방세법」제109조제3항은 도시 및 주거환경 정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 도시 및 주거환경 정비법 제55조 제2항은 제1항의 규정에 의하여 취득하는 대지 또는 건축물 중 토지 등 소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제39조의 규정에 의하여 행하여진 환지로 보며, 제48조 제3항의 규정에 의한 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제33조의 규정에 의한 보류지 또는 체비지로 본다고 규정하고 있으며, 도시 및 주거환경 정비법 제48조 제3항은 사업시행자는 제46조의 규정에 의하여 분양신청을 받은 후 잔여분이 있는 경우에는 정관 등 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나 조합원 외의 자에게 분양할 수 있다고 규정하고 있고, 제4항은 정비사업의 시행으로 조성된 대지 및 건축물은 관리처분계획에 의하여 이를 처분 또는 관리하여야 한다고 규정하고 있다.
그리고「지방세법 시행령」제73조제4항 단서에 의하면 도시개발법에 의한 도시개발사업이나 도시 및 주거환경 정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)으로 건축한 주택을 도시개발법 제41조의 규정에 의한 환지처분 또는 도시 및 주거환경 정비법 제54조의 규정에 의한 소유권이전에 의하여 취득하는 경우에는 환지처분공고일의 다음날 또는 소유권이전고시일의 다음날을 취득일로 보며, 환지처분공고일 또는 소유권이전고시일 이전에 사실상 사용하는 경우에는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다고 규정하고 있다.
위 각 규정들을 종합하면, 도시 및 주거환경 정비법에 의한 정비사업의 시행자가 정관 등 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 체비지 또는 보류지로 정한 부동산을 취득하는 경우 이에 대하여는 취득세를 부과하지 않는 것이지만 어떠한 부동산을 체비지 또는 보류지로 정하였는지 여부는 당해 부동산에 대한 소유권이전고시일 당시 관리처분계획에 의하여 판단하도록 되어 있는 것이라고 할 것이다.
그런데 원고가 2004. 10. 8. 피고로부터 도시 및 주거환경 정비법 제52조에 의한 준공인가를 받을 때까지 이 사건 건물을 체비지 또는 보류지로 정하는 내용의 관리처분계획을 정하여 인가를 받은 사실이 없음은 앞서 인정한 바와 같으므로, 이 사건 건물은 원고가 취득할 무렵 취득세 비과세대상인 체비지 또는 보류지에 해당하지 아니한다고 할 것이다. 따라서 비록 원고가 취득세 등의 납세의무가 성립한 후인 2005. 1.경 관리처분계획서를 작성하였다고 하더라도, 원고에게 발생한 위와 같은 사정은 이미 성립한 이 사건 취득세 등의 납세의무에 아무런 영향을 미치지 못한다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
라. 형평의 원칙 위반 여부에 대한 판단

갑 제15호증의 1 내지 6의 각 기재만으로는 이 사건 각 처분이 형평과세의 원칙에 위배되는 것이라고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

취득세가 비과세되는 체비지 등은 사업시행자가 미리 환지계획이나 관리처분계획에서 체비지 등으로 정하여 환지처분의 공고나 분양처분의 고시가 있은 후에 취득하는 것만을 의미한다고 봄이 타당하다.