법인세경정거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2012.04.27 / 시행일:

【원 고】 주식회사 국민은행 (소송대리인 법무법인 (유한) 율촌 담당변호사 박세훈)
【피 고】 영등포세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 손호철 외 1인)
【변론종결】2012. 4. 6.
【주 문】
1. 원고의 청구를 모두 기각한다. 
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】피고가 2010. 5. 20. 원고에 대하여 한 별지 제1 경정청구 및 거부처분 내역 목록 처분내용란 기재 각 법인세 경정거부처분을 각 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고는 2001. 11. 1. 주식회사 국민은행(이하 ‘국민은행’이라 한다)과 주식회사 한국주택은행(이하 ‘한국주택은행’이라 한다)이 합병하여 설립된 법인이다. 
나. 한국주택은행은 1998년 내지 2001년 각 사업연도 각 법인세의 과세표준을 계산함에 있어서 종업원에게 반환의 책임이 주어지거나 기준금액을 초과한 사택임대차보증금(이하 ‘이 사건 제1 임대차보증금’이라 한다) 상당액을 업무무관 가지급금으로 세무조정하여 이에 대한 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여 각 해당 사업연도의 법인세를 신고·납부하였다. 
다. 그런데 이와 달리 국민은행은 1999년 사업연도 법인세의 과세표준을 계산함에 있어서 종업원에게 반환의 책임이 주어지거나 기준금액을 초과한 사택임대차보증금(이하 ‘이 사건 제2 임대차보증금’이라 한다) 상당액을 법인세법상 업무무관 가지급금으로 보지 아니하고 별도의 세무조정을 하지 아니한 채 1999년 사업연도 법인세 41,915,092,512원을 신고·납부하였다. 
라. 서울지방국세청장은 2004년 원고에 대한 정기세무조사를 하였다. 위 정기세무조사 결과, 서울지방국세청장은 국민은행이 1999년 사업연도에 이 사건 제2 임대차보증금상당액을 종업원에게 대여한 것으로 판단하고 위 세무조사결과를 중부세무서장에게 통보하였다. 
마. 이에 중부세무서장은 2004. 4. 1. 원고에게, 국민은행의 1999년 사업연도 법인세를 59,186,652,525원으로 증액경정하는 부과처분을 하였다[증액된 17,271,560,010원(=59,186,652,525원 - 41,915,092,512원) 중 이 사건 제2 임대차보증금과 관련된 부분은 14,293,552,100원이고, 나머지 2,978,007,910원(= 17,271,560,010원 - 14,293,552,100원)은 이 사건 제2 임대차보증금과 관련 없는 부분이다]. 
바. 원고는 이에 불복하여 2005. 9. 27. 중부세무서장을 상대로 서울행정법원 2005구합29709호로 위 증액경정처분 중 44,893,100,425원( = 59,186,652,525원 - 14,293,552,100원)을 초과하는 부분의 취소를 구하는 법인세 부과처분 취소소송을 제기하였다.
사. 위 법인세 부과처분 취소청구 사건의 1심은 2006. 10. 19. 원고 패소 판결을 선고하였다. 이에 원고가 불복하여 항소하였고, 위 취소청구 사건의 항소심은 2007. 7. 3. 서울고등법원 2006누27429호로, 이 사건 제2 임대차보증금과 관련된 임차주택은 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제6호 단서가 정한 부당행위계산부인의 유형에서 제외하는 ‘사택’에 해당하고, 따라서 이 사건 제2 임대차보증금과 관련하여 그 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입한 중부세무서장의 위 증액경정처분은 위법하다는 이유로, 원고 승소 판결을 선고하였다. 
아. 위 취소청구 사건의 상고심이 2010. 1. 28. 대법원 2007두16813호로 상고기각 판결을 선고함에 따라 위 판결(이하 ‘이 사건 쟁점 판결’이라 한다)은 그대로 확정되었다. 
자. 이에 원고는 2010. 3. 26. 피고에게, 이 사건 쟁점 판결에 의해 이 사건 제1 임대차보증금 또한 업무무관 가지급금이 아니라는 점이 확인되었고 이는 국세기본법 제45조의2 제2항에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당한다고 주장하면서, 별지 제1 경정청구 및 거부처분 내역 목록 경정청구란 기재 같이 각 경정청구를 하였다. 
차. 그러나 피고는 2010. 5. 20. 원고에게, 제출된 경정청구서에 첨부된 관련 판례는 국세기본법 제45조의2 제2항에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다는 이유로, 위 경정청구에 대하여 거부통지를 하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다). 
카. 원고는 이에 불복하여 2010. 6. 11. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2011. 6. 28. 원고의 심판청구를 기각하였다. 
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 4, 갑 제2, 3, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 거부처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 
 한국주택은행은 1998년 내지 2001년 각 사업연도 법인세 과세표준 계산 당시 과세관청의 행정지도에 따라 이 사건 제1 임대차보증금을 업무무관 가지급금이라고 보아 법인세를 각 신고·납부하였으나, 이 사건 쟁점 판결에 의하여 위 임대차보증금이 업무무관 가지급금이 아니라고 밝혀짐으로써 과세관청의 법령에 대한 해석이 판결에 의하여 변경되었는바, 아래와 같은 이유로 이는 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호에서 정한 ‘그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우’에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 거부처분은 취소되어야 한다. 
1) 한국주택은행이 ‘세법에 의하여 신고할 정당한 세액을 초과’하여 법인세를 신고·납부한 것은 한국주택은행의 자의나 착오에 의한 것이 아니라, 과세관청의 잘못된 행정지도에서 기인한 것이다. 따라서 과세관청의 행정지도를 신뢰한 원고의 후발적 경정청구권을 인정하지 않는 것은 형평의 원칙에 어긋난다. 
2) 국세기본법상의 후발적 사유에 의한 경정청구제도는 납세자에게 경정청구권을 창설적으로 부여하는 것이 아니라 조리상 당연히 인정되는 것인 이상, 잘못된 조세법률관계를 바로 잡는다는 ‘조세정의’라는 차원에서 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호에 따른 후발적 경정청구는 폭넓게 인정되어야 한다.
3) “과세관청의 법령에 대한 해석이 그 경정 또는 결정에 관한 심사청구 또는 소송에 대한 판결로 변경되어 그 과세표준 또는 세액이 다른 것으로 취급되었을 때”를 후발적 경정청구의 사유로 인정하고 있는 일본의 입법례에 비추어 보더라도, 이 사건 쟁점 판결에 의하여 과세관청의 법령에 대한 해석이 변경된 것은 후발적 경정청구사유로 봄이 마땅하다. 
나. 관계 법령 
 별지 제2 관계 법령 기재와 같다. 
다. 판단 
국세기본법 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 참조). 
 살피건대, 국세기본법 제45조의2 제2항 등 관계 법령의 문언 내용과 입법 취지 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 쟁점 판결에 의하여 이 사건 제1 임대차보증금이 업무무관 가지급금이 아니라는 점이 확인되었다고 하더라도 이를 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호에서 정한 후발적 경정청구 사유로 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 
1) 국세기본법 제45조의2 제2항, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호는 후발적 경정청구사유로 “그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우”를 들고 있고, 한편 같은 조 제1, 2, 3호는 “최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는” 관청의 허가나 그 밖의 처분, 계약 및 과세표준 계산자료 등이 사후적으로 변경된 것을 그 사유로 들고 있으므로, 과세관청에 의한 관계 법령의 해석이 판결에 의하여 변경된 것은 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 것으로 볼 수 없어 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호 내지 제3호에서 정한 사유에 준한다고 문리적으로 해석할 수 없다. 
2) 특정 사건에 있어서 관계 법령의 해석이나 법률적 쟁점에 대한 법원의 판결은 원칙적으로 당해 사건의 해결을 위한 것으로 그 이외의 사건에 있어서 과세관청을 기속하는 효력이 없다. 
3) 납세의무자에게는 당초부터 과세관청이 한 법률적 판단의 당부에 관하여 다툴 수 있는 권리가 부여되어 있고, 이 사건에서 한국주택은행을 합병한 원고는 한국주택은행이 신고한 2000년, 2001년 각 사업연도 법인세의 과세표준 및 세액에 대하여 국세기본법 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 함으로써 과세관청의 부적절한 행정지도에 대해 구제를 신청할 여지가 있었다. 
4) 동일한 법률적 쟁점에 관하여 과세관청과 달리 해석을 한 판결을 후발적 경정청구사유의 하나로 삼는다면 성실납세의무자의 권리구제에는 충실할 수 있지만, 조세법률관계가 장기간 불안정한 상태로 방치되고, 경정청구권 행사로 환급의무를 부담하게 함으로써 국가재정의 붕괴를 초래할 수 있다. 
5) 법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 그 손금귀속시기만을 달리 본 과세권자의 손금귀속방법이 위법하다는 이유로 어느 과세기간의 부과처분을 취소한 확정판결이, 그 다음 과세기간의 법인세와 관련하여 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호, 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호 소정의 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는 점에 비추어 보면(대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두10023 판결 참조), 납세의무 성립 당시 이미 존재한 사실관계에 대하여 과세관청과 법적 판단을 달리한 이 사건 쟁점 판결 역시 후발적 경정청구사유로 볼 수 없다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 함상훈(재판장) 한원교 김태희