법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2007.04.25 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 원고 주식회사 (소송대리인 변호사 한상호외 4인) 
【피고, 피항소인 겸 항소인】 남대문세무서장 (소송대리인 변호사 진행섭)
【제1심판결】 서울행정법원 2006. 4. 28. 선고 2003구합33179 판결
【변론종결】2007. 2. 21.
【주 문】
1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 
 가. 피고가 원고에 대하여, 
 (1) 2001. 9. 1.에 한 1997 및 1998 사업연도 각 법인세의 별지1 부과처분내역의 ‘경정세액’란 기재 각 금액 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을, 
 (2) 2002. 5. 1.에 한 1999 사업연도 법인세의 별지1 부과처분내역의 ‘경정세액’란 기재 금액 중 ‘정당세액’란 기재 금액을, 
 (3) 2001. 9. 1.에 한 1997년 제1기부터 1999년 제2기까지의 각 부가가치세의 별지1 부과처분내역의 ‘세액’란 기재 각 금액 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을
 각 초과하는 부분을 취소한다. 
 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 제1, 2심을 통틀어 40%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 원고에 대하여, 2001. 9. 1.에 한 1997 및 1998 사업연도 각 법인세의 별지1 부과처분내역의 ‘경정세액’란 기재 각 금액을, 2002. 5. 1.에 한 1999 사업연도 법인세의 ‘경정세액’란 기재 금액을, 2001. 9. 1.에 한 1997년 제1기부터 1999년 제2기까지의 각 부가가치세의 ‘세액’란 기재 각 금액을 각 취소한다. 
2. 항소취지
 원고: 제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 원고에 대하여, 2001. 9. 1.에 한 1997 및 1998 사업연도 각 법인세의 별지1 부과처분내역의 ‘경정세액’란 기재 각 금액 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 금액을, 2002. 5. 1.에 한 1999 사업연도 법인세의 ‘경정세액’란 기재 금액 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 금액을, 2001. 9. 1.에 한 1997년 제1기부터 1999년 제2기까지의 각 부가가치세의 ‘세액’란 기재 각 금액 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 금액을 각 취소한다. 
 피고: 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1 내지 9, 갑 제2, 3호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 15, 을 제2호증의 1 내지 16, 을 제3호증의 1 내지 17, 을 제4, 5, 6호증의 각 1 내지 9, 을 제7 내지 13호증의 각 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
 가. 원고는 1997. 3. 11. 정기 간행물 잡지의 출판 및 판매, 광고대행사업 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 단행본과 월간지로 패션잡지인 ○○, □□, ◇◇ 등과 생활잡지인 ◎◎, △△ 등을 발행하고 있다. 
 나. 피고는 2001. 2.경부터 2001. 6.경까지 원고에 대하여 세무조사를 한 결과, 아래 표와 같이 수입금액의 누락 및 접대비 한도초과액의 손금산입 등 세무조정 누락 사실이 밝혀졌다는 이유로, 2001. 9. 1. 원고에 대하여 별지1 부과처분내역 중 ‘① 당초처분’란 기재와 같이 1997년부터 1999년까지의 각 법인세 및 부가가치세를 증액경정·고지하였다(이하 ‘당초처분’이라 한다). 
[법인세] (단위 : 천원) 
순번적출 및 처분 내역처분금액1광고매출 사후조정(이월, 취소)804,1452가지급금 인정이자303,6513가지급금 지급이자100,4194접대비한도초과(접대성대손상각)630,3345대손율 감소로 인한 대손충당금한도초과675,5766접대비한도초과(도서기증접대비)2,190,2457부당행위계산부인(대손금 부인액)58,1408부당행위계산부인(도서 부당반품)1,906,0709증빙불비 부서회의비69,71610접대비한도초과(접대성 공통영업비)1,603,39111접대비 중 한도 내 금액 손금추인△125,70412부당행위계산부인(대행수수료 등)170,90613대손금(시효미완성)121,27914면세매입불공제분 중 제조원가추인△800,186합 계7,707,982
[부가가치세] (단위 : 천원) 
적출 및 처분 내역처분금액매출세액 잡지제작 대행수수료 부족금액12,801 광고매출 사후조정분80,414 광고주 무상기증 사은품265,691 매입세액 월간지 제작관련 매입세액354,316 판촉관련 매입세액16,582 과세사업영위기간 매입세액5,496 신용카드 이면공제 미이행분423,793 대손세액공제 부당액40,921합 계1,200,014
 다. 이에 원고는 서울지방국세청장에게 2001. 11. 19. 이 사건 각 법인세 및 부가가치세의 당초처분에 대하여 이의신청을 하였고, 서울지방국세청장은 2002. 3. 26. 가지급금 인정이자 및 지급이자 손금불산입 부분에 대한 계산착오사실이 발견되므로 인정이자 처분금액 303,650,460원을 194,566,910원으로, 지급이자 손금불산입 처분금액 100,419,050원을 134,317,190원으로 적정계산하고, 소외 2 주식회사에 대한 대여금 관련 인정이자 및 지급이자 손금불산입 금액을 각각 제외하여 경정하며 나머지 청구를 기각한다는 결정을 하였다. 
 라. 피고는 서울지방국세청장의 위 결정에 따라 2002. 5. 1. 별지1 부과처분내역 중 ‘② 경정처분’란 기재와 같이 1997, 1998 사업연도 법인세는 감액경정하고, 1999 사업연도 법인세는 증액경정하였다(이하 2001. 9. 1.자 1997, 1998 사업연도 각 법인세 부과처분 중 감액경정되고 남은 부분과 각 부가가치세 부과처분, 2002. 5. 1.자 1999 사업연도 법인세 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 
 마. 원고는 다시 2002. 7. 6. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2003. 7. 21. ① 피고가 소외 2 주식회사의 해외지사에 대한 매출채권회수를 다른 거래처보다 부당하게 지연하였다고 하여 부당행위계산부인 규정을 적용하고 업무무관가지급금으로 보아 지급이자 손금불산입한 처분에 대하여 외상매출금을 대여금으로 소비대차 전환한 사실이 있는지 여부, ② 원고가 광고게재원부에 단행본 광고매출로 3,270만 원을 입력하였다가 실제 단행본을 출판하면서 ‘ ☆☆’ 등의 광고매출로 변경하여 계상하였는지 여부, ③ 원고가 1997. 5. 소외 2 주식회사로부터 출판사업부문을 양수하면서 소외 2 주식회사가 그 이전에 소외 3 주식회사, 소외 4, 소외 5, 소외 6으로부터 광고게재 선수금으로 받은 5,478만 원을 출판사업부문 양수금액에서 정산하였는지 여부, ④ 원고가 출판사업부문 양수 후 위 선수금에 대한 광고용역을 제공하고 원고의 광고매출로 계상하였는지 여부, ⑤ 원고가 선수금 중 소외 3 주식회사 990만 원과 소외 4· 소외 5· 소외 6 1,122만 원 등 합계 2,112만 원에 대한 광고용역을 제공하고 매출채권을 임의로 포기하였는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하되, 나머지 청구는 기각한다는 결정을 하였다. 이에 피고는 위 결정에 따라 재조사를 하였으나 이 사건 각 처분이 정당하다고 보아 이를 경정하지 아니하였다. 
 바. 이 사건 각 처분의 구체적인 쟁점별 산출내역은 아래 3.의 가. 내지 사.항의 각 ‘처분내용’의 기재와 같다.
2. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
3. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 광고수입누락분의 익금(매출)산입
(1) 처분내용
 피고는 원고가 원고 발행의 월간지, 단행본에 광고주를 위한 광고를 게재하고서도 광고게재원표상에 매출취소 또는 이월로 기재한 금액 중 804,144,721원(1997 사업연도 135,100,000원, 1998 사업연도 385,817,456원, 1999 사업연도 283,227,265원)을 세법규정에 반하여 임의로 수입금액 누락 및 매출채권을 포기한 것으로 보아 익금(매출)에 산입하는 한편, 접대비로 보아 그 한도초과액 부분을 손금불산입하여 각 법인세 및 부가가치세를 부과하였다. 
(2) 원고의 주장
 피고가 위와 같이 익금산입한 금액 중 아래 항목에 해당하는 부분은 광고주에 대하여 광고료를 청구할 권리가 없거나 부가가치세법 제7조 제3항 소정의 대가를 받지 않고 용역을 공급한 경우 등에 해당하여 매출로 계상할 수 없으므로, 이에 대한 법인세 및 부가가치세를 부과하는 것은 부당하다. 
 ① 무리게재광고(공급가액 합계 119,731,818원) : 수요보다 공급이 많은 광고시장의 여건 하에서 원고가 광고주로부터 광고게재 요청을 받지 아니한 채 월간지에 임의로 광고를 게재하였다가, 그 후 광고주나 광고대행사로부터 광고게재에 대한 승낙을 얻지 못한 경우에는 매출을 취소 또는 이월처리할 수밖에 없었다. 따라서 이와 같은 경우에는 원고가 광고주나 광고대행사에 대하여 광고료의 지급을 청구할 수 없으므로 이를 광고매출로 계상하여서는 아니 된다. 
 ② 단가할인광고(공급가액 328,745,456원) : 원고가 광고주와 연(年)단위나 수회 광고를 묶어 광고계약을 체결하는 경우 당초부터 할인된 단가에 광고계약이 이루어지지만 일단 광고게재원표(광고를 수주하여 광고용역을 제공하고 외상매출금을 수금하는 장부)에는 정상가격으로 계상하였다가 할인분에 상응하는 광고를 사후에 취소 또는 이월하는 방식으로 조정하고 있으므로 매출을 누락하였다고 볼 수 없다.
 ③ 이의제기된 광고(공급가액 68,522,726원) : 원고가 게재한 광고의 인쇄품질불량 등의 하자로 인하여 매출취소된 경우이므로 매출을 누락하였다고 볼 수 없다. 
 ④ 단행본광고(공급가액 3,270만원) : 단행본의 경우 기획부터 출판까지 시간적 간극이 있으므로 기획단계에서 광고수주가 이루어질 때에는 광고매체명을 일단 ‘단행본’이라고 기재하여 광고게재원표를 작성하였다가 광고료를 지급받고 세금계산서를 교부하는 단계에서 확정된 단행본명으로 광고게재원표를 다시 작성하고 이전의 광고게재원표를 취소한다. 따라서 이러한 경우 취소된 광고게재원표상의 금액을 매출로 다시 계상하면 이중으로 매출이 계상되는 것이어서 부당하다. 
(3) 인정사실
 다음의 각 사실은 갑 제4호증의 2 내지 8, 갑 제14호증의 1 내지 6, 갑 제17호증의 1 내지 14의 각 기재, 제1심 증인 소외 25의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다. 
 (가) 원고는 그 발행의 월간지 및 단행본에 광고주로부터 수주한 광고를 게재한 후 게재된 광고수입금액 중 아래 매출취소된 부분 등 위 (1)항 기재 금액을 포함한 일부 금액에 대하여 매출취소 또는 이월로 처리하고 수입금액을 신고하지 아니하였다. 
 (나) 원고는 광고주 소외 7 주식회사로부터 1997. 2월호부터 1998. 3월호까지 1년 이상의 기간 동안 ◇◇에 게재할 22회분 광고계약을 체결하고, 광고게재원표에는 임시로 22회분 모두에 대하여 정상가격인 3,000,000원씩 합계 66,000,000원으로 정상가격을 기재하였다가 1997. 9. 29. 및 같은 달 30.경 1997. 9월호의 2회분에 해당하는 6,000,000원 상당을 매출취소하는 등 같은 방법으로 연단위 또는 수회광고를 묶어 광고계약을 체결한 광고주의 광고 중 일부의 가격인 287,745,456원 상당(1997사업연도 57,300,000원, 1998 사업연도 128,145,456원, 1999 사업연도 102,300,000원)을 매출취소하였다. 
 (다) 또한 원고는 광고주 소외 8 주식회사로부터 1999. 1월호에 ◎◎와 △△에 게재할 4회분 광고계약을 체결하고, 광고가격을 합계 6,300,000원으로 정하여 광고를 게재하였으나, 위 광고주로부터 제본오류(접지면이 바뀜)라는 이의제기를 받고 이에 대한 매출을 취소하는 등 같은 방법으로 광고주로부터 수주하여 광고를 게재하였으나 광고가 경쟁업체 광고면보다 뒤에 게재되었다거나, 인쇄과정에서 색상이 잘못되거나, 홍보기사와 분리되어 게재되었다는 등의 이의를 제기받은 광고들의 가격 68,522,726원 상당(1997사업연도 4,000,000원, 1998 사업연도 38,100,000원, 1999 사업연도 26,422,726원)을 매출취소하였다. 
 (라) 원고는 광고주 소외 9로부터 ‘ ●●’ 광고를 수주할 당시에는 게재할 단행본명이 정하여지지 아니하였기 때문에 광고게재원표에 ‘단행본(광고)’이라는 매체명으로 임시 기재(공급가액 200만 원)하였다가, 그 후 1998. 3. 20.경 위 단행본명을 ‘ ☆☆’으로 확정한 다음 광고게재원표를 다시 작성(공급가액 200만 원)하면서 위 ‘단행본(광고)’의 공급가액 200만 원을 매출취소하는 등 같은 방법으로 공급가액 합계 3,270만 원 상당(1998 사업연도 24,900,000원, 1999 사업연도 7,800,000원)을 매출취소하였다. 
 (마) 피고는 원고에 대한 세무조사과정에서, 원고가 신고하지 아니한 수입금액 중 사전약정에 의하여 단가할인을 하였거나 용역의 공급 이전에 세금계산서를 교부하여 ‘선매상 취소’로 확인된 부분은 과세대상에서 제외하고, 그 외의 371건 합계 804,144,721원에 대하여는 광고주 및 광고대행사에 대한 접대비로 보아 수입금액(매출액)에 산입하였다. 
(4) 판단
 (가) 먼저, 무리게재광고 주장 부분에 관하여 보건대, 원고가 발행하는 월간지에 대한 광고 게재는 그 특성상 편집부터 간행까지 통상 수일이 소요되므로 광고주의 일방적인 계약해지로 인하여 갑작스런 공면(空面)이 발생하더라도 광고주와 충분한 사전협의 등을 거쳐 광고게재 여부 및 게재면에 대한 조정이 가능한 점, 또한 월별·계절별 광고전략 및 유행의 변화에 따라 새로이 디자인된 광고물 인쇄용 필름을 사용하여야 하므로 필름의 수수단계에서 이미 광고주 또는 광고대행사의 광고수주에 대한 승인이 있었다고 보아야 하는 점, 피고가 이 사건 세무조사 당시 공면채우기광고, 서비스광고, 클레임광고 등에 대하여는 익금산입 대상에서 제외한 점 등에 비추어 보면, 이 부분에 대한 피고의 조치는 적법하고, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제12호증의 3의 각 기재만으로는 원고의 무리게재광고에 해당하여 매출로 볼 수 없다는 주장을 인정하기에 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 (나) 단가할인광고 주장 부분에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 기업회계기준 에 의하면, 상품 또는 제품의 매출액은 총매출액에서 매출에누리와 환입 및 매출할인을 차감한 금액으로 하고, 이 경우에 일정기간의 거래수량이나 거래금액에 따라 매출액을 감액하는 것은 매출에누리에 포함된다고 하고 있는바, 여기서 거래처와 사전 약정이 없는 경우를 제외한다는 명문의 규정이 없으므로, 거래처와 사전 약정이 없다고 하더라도 매출에누리와 매출할인금액은 매출액에서 제외되어야 보아다 할 것이다. 
 앞서 인정된 사실에 의하면, 원고는 소외 7 주식회사 등 거래처에 대하여 거래수량 또는 거래금액에 따라 광고게재원표에는 임시로 정상가격을 기재하였다가 추후 매출취소하는 방법으로 매출에누리 또는 매출할인을 해준 사실이 인정되는바, 이때 단가할인의 대상이 된 광고주별로 그 기준이나 할인금액의 비율이 동일하거나 일정하지는 않지만 원고가 공급하는 광고의 종류와 수량, 금액 등을 고려할 때 모든 거래처에 대하여 동일한 단가할인의 기준을 적용하는 것은 쉽지 아니한 점 등에 비추어 보면 거래처별로 단가할인의 수량이나 금액이 다소 차이가 있다 하더라도 이는 매출액에서 제외되는 매출에누리 또는 매출할인에 해당한다고 봄이 상당하다고 할 것이므로, 그 공급가액 287,745,456원 상당은 매출누락한 것이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 
 (다) 이의제기된 광고 주장 부분에 관하여 보건대, 원고는 광고주 또는 광고대행사와 사이에 광고약정을 체결하고 그 약정내용에 따라 광고를 게재하여야 할 의무가 있으며, 만약 약정된 광고면이 아닌 다른 광고면에 광고를 게재하거나, 인쇄나 제본을 잘못하였다면(설사 광고주가 제작한 필름에 하자가 있어 인쇄가 잘못된 경우라도 원고로서는 미리 인쇄결과를 점검하여 광고주에게 하자의 보완을 요구할 의무가 있다 할 것이므로 이러한 경우에도 원고에게 책임이 없다고 보기 어렵다), 광고주나 광고대행사는 이러한 광고에 대하여는 원고의 채무불이행을 이유로 광고료 지급을 거절할 권리가 있다 할 것이고, 이러한 경우 그 광고를 원고의 매출로 볼 수는 없다 할 것이다.
 앞서 인정된 사실에 의하면, 원고는 소외 8 주식회사 등 광고주와 광고계약을 체결하고, 광고를 게재하였으나, 광고가 약정된 광고면이 아닌 다른 면에 게재되었다거나, 인쇄 등이 잘못되었다는 등의 이의를 제기받고, 그 광고가격 68,522,726원 상당을 매출취소한 사실이 인정되는바, 위 매출취소된 광고들은 인쇄 및 제본과정에서의 원고의 과실에 의하여 하자가 발생하였다고 할 것이므로 이는 매출액에서 제외되어야 한다고 봄이 상당하다고 할 것이므로, 그 공급가액 68,522,726원 상당은 매출누락한 것이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 
 (라) 마지막으로, 단행본광고 주장 부분에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 광고게재원표상의 매출취소된 위 ‘단행본(광고)’부분은 원고가 처음 광고를 수주할 당시에는 게재할 단행본명을 아직 정하지 아니하였기 때문에 임시로 ‘단행본(광고)’로 기재하였다가 나중에 확정된 실제 단행본명으로 매출금액을 다시 계상한 것이므로, 위 공급가액 3,270만 원 상당은 매출누락한 것이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 
나. 접대비 한도초과액의 손금불산입 및 매입세액 불공제
(1) 처분내용
 피고는 원고가 손금에 산입한 금액 중 ① 기증된 도서 합계 2,190,245,300원(단행본 700,269,600원 + 월간지 1,489,975,700원), ② 공통영업비·회의비·행사비·자료수집비·일반취재비·판촉물제작비 등 합계 1,603,390,968원(이하 ‘공통영업비등’이라 한다), ③ 대손금 630,334,366원(광고대행사로부터 받은 어음·수표의 부도를 이유로 대손처리)을 접대비로 보아 손금불산입하고, 구 부가가치세법 제17조 제2항 제3의2호, 부가가치세법 시행령 제60조 제5항에 의하여 공통영업비등에 관련된 매입세액을 불공제하였다. 
(2) 기증된 도서 부분
(가) 원고의 주장
 원고가 단행본 및 월간지를 제작판매하는 사업의 속성상 단행본 및 월간지의 홍보·견본 및 판매촉진, 광고게재 내용 확인 등의 목적을 위하여, 단행본의 경우 저자, 신문, 방송잡지 등의 문학담당자, 대형서점의 신간담당자, 주요기업체의 사보담당자 등에게, 월간지의 경우 주로 광고주, 광고대행사, 외부프리랜서, 인터뷰당사자 등에게 도서를 무상으로 배부한 것이므로, 이는 판매촉진비 또는 광고선전비에 해당하여 손금으로 인정되어야 한다. 
(나) 인정사실
 갑 제5호증의 1 내지 5, 갑 제23, 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 소외 10은 언론관계자 명단을 보유하고 원고를 비롯한 출판사들로부터 의뢰를 받아 각 매체의 출판 및 문학담당자들에게 신간 및 보도자료를 배포해 주고 있는 업체인 사실, ② 원고가 단행본을 발행하면서 그 저자에게 계약에 따라 20 내지 30부, 소외 10이 보유한 문학관련기자들에 관한 배부리스트에서 선정한 기증대상자에게 홍보용으로 120 내지 140부, 제작진에게 검수용으로 10부 내외, 저자나 번역자를 섭외할 때 섭외용으로 5부 등 합계 150 내지 200부를 배부한 사실, ③ 또한 원고가 월간지를 발행하면서 호당 평균 107 내지 380여개의 광고를 게재하고 있고, 그리하여 광고주 및 광고대행사에게 광고게재내용 확인용으로 5 내지 10부를, 해당호에 광고를 게재하지 않은 광고주나 외부프리랜서(외부기고가, 코디네이터 등), 인터뷰 대상자 등에게 출판잡지 홍보 및 기사 내용 확인용으로 2 내지 5부를 배부한 사실, ④ 원고가 발행하는 △△과 같은 월간지의 경우 월 6만부 정도를 제작하여 그 중 80%는 유상판매하고, 4 내지 5%는 홍보 및 견본용으로 배포하며, 10 내지 15%는 폐지로 처분하고 있는 사실, ⑤ 원고는 1997 ~ 1999 사업연도의 기간 동안 단행본 총 발행부수(약 6,713,339부) 중 1.3%인 약 89,308부를, 월간지 총 발행부수 중 3 내지 5%인 약 248,545부를 위와 같은 사유로 무상기증한 사실, ⑥ 이에 대하여 피고는 위 기증부수 중 문화부, 각 도서관 등 객관적 사유에 의하여 배부되어야 하는 도서기증분과 광고확인용으로 광고주에게 배부되어야 하는 도서기증분을 합한 월 200 내지 300부(월간지의 경우)에 대한 가액만이 손금에 해당(1997년부터 1999년까지의 기간 동안 단행본 합계 6,398부, 월간지 합계 21,426부)한다고 보고, 이를 초과한 부수에 대하여는 접대비로 보아 그 한도초과액 2,190,245,300원을 손금불산입한 사실을 인정할 수 있다. 
(다) 판단
 1) 접대비란 접대비 및 교제비·사례금 기타 명목 여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말하는바( 구 법인세법 제25조 제4항 참조), 법인세법상 접대비의 손금산입한도를 규정하고 있는 취지는 기업의 소비적 지출을 절감하여 기업자산의 부실화를 방지하고 나아가 기업자본의 축적에 공헌하기 위한 경제정책적 고려와 재정수입확보에 그 취지가 있다 할 것이다. 그러나 접대비는 본래 ‘법인이 업무와 관련하여 지출한 금액’으로서 손금에 산입되어야 할 성질의 것이므로, 구 법인세법 제25조 제4항의 규정은 이를 엄격하게 해석하여야 할 것이다. 
 이와 같은 접대비에 해당하기 위하여는 지출의 상대방이 사업에 관계가 있는 자 등이고, 지출의 목적이 사업관계자 등과의 사이에 친목을 도모하고 거래관계를 원활히 진행하기 위한 것이며, 행위의 형태가 접대·향응·위안·증정 기타 이와 유사한 행위로 지출하는 비용이어야 할 것이고, 위 요건에 해당하는지 여부는 지출의 동기, 금액, 형태, 효과 등 구체적 사정을 종합하여 이를 판단하여야 한다. 
 반면 광고선전비란 자기의 상품·제품·용역 등의 판매촉진이나 기업 이미지 개선 등 선전효과를 위하여 불특정다수인을 상대로 지출하는 비용을 말하고, 접대비와는 불특정다수인을 상대로 구매의욕을 자극하기 위한 목적의 지출이라는 점에서 구별된다. 
 2) 위에서 인정한 바와 같이, 출판사업과 광고사업을 영위하고 있는 원고로서는 그가 발행하는 단행본 및 월간지의 홍보·견본 및 판매촉진을 위하여 여론주도층인 언론매체의 신간담당자 및 문학평론가 등에게 무상으로 단행본 및 월간지를 배부할 필요가 크다고 할 것인 점, 피고는 원고가 임의로 선정한 특정언론의 임원 등에게 무상으로 배부한 것이므로 접대비에 해당한다는 취지로 주장하나, 비록 원고가 특정언론인들에게 위 도서를 기증하였다고 하더라도 지출의 상대방의 특정·불특정 여부는 일정한 지역·직업에 한정된 자 중에서 추출되어 선정된 자와 같이 상대방의 개성에 중점이 주어지지 않는 경우는 특정인에 해당하지 않는다고 봄이 상당하고, 어떤 사람이 어떤 물건을 지급함에 있어 그 물건을 지급할 때에는 모두 그 지급대상자가 특정될 수밖에 없으므로 상대방의 특정·불특정 여부만으로 접대비 해당 여부를 판정할 수는 없는 점, 더욱이 위 기증된 도서 중 손금으로 인정한 기준인 월간지당 200 내지 300부는 피고가 기증 상대방이나 전체 발행도서에서 차지하는 비율 등을 구체적으로 고려함이 없이 자의적인 기준에 의하여 분류한 것이어서 합리적인 배부기준이라고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 위 기증된 도서는 접대비가 아닌 판매촉진을 위한 광고선전비에 해당한다고 할 것이고, 설령 위 기증된 도서 중 일부가 접대비에 해당한다고 하더라도 피고가 구체적인 조사에 기초한 접대비와 광고선전비의 합리적인 배부기준을 제시하지 아니하고 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
(3) 공통영업비등 부분
(가) 원고의 주장
 원고가 공통영업비등 손금으로 계산한 비용 중 ① 공통영업비, 판촉행사비, 영업행사비는 광고수주를 위한 사전경비로서 광고사업에 있어 필수불가결하게 발생하는 비용이고, ② 개인회의비는 부서내의 인원관리 및 업무추진을 위하여 직책간부에게 지급한 비용으로 그 실질은 손금으로 인정한 부서회의비와 마찬가지로 복리후생비에 해당하며, ③ 판촉물제작비는 월간지의 구독자에게 추첨 등을 통해 경품으로 제공하기 위해 구입한 김치냉장고 등의 구입비용, 별책부록제작비 등이고, ④ 일반행사비는 지역총판 대표자를 대상으로 한 신간 잡지의 설명회 개최비용이며, ⑤ 자료수집비는 일부 거래처 선물비 등 접대성 경비도 포함되어 있으나 대부분은 직원들의 고충상담과 인턴사원의 성향분석을 위해 상급자들이 면담하는 과정에서 지출한 비용으로 복리후생비에 해당하고, ⑥ 일반취재비는 기사취재과정에서 취재대상으로부터 기사를 제공받고자 지출한 비용이며, ⑦ 소모품비 중 화환구입을 위해 지출된 비용 중에는 원고의 직원들 경조사를 위해 지출한 비용도 포함되어 있으므로 이를 모두 접대비로 본 것은 잘못이다. 
(나) 인정사실
 갑 제9호증의 2, 3, 갑 제19, 25호증, 을 제15호증의 1, 2, 3, 을 제16, 17호증의 각 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 피고는 원고가 손금으로 계상한 비용 가운데 아래 표 기재와 같이 공통영업비등 합계 1,603,390,968원을 접대비로 보아 손금불산입하고, 이와 관련된 매입세액을 불공제한 사실, ② 위 공통영업비, 판촉행사비, 영업행사비의 지출처는 주로 음식·숙박업소들로서 거래처, 광고주 등과의 식대, 주류대 등이고, 그 증빙서에 기재된 내용에도 거래업체에 대한 특별섭외비로 지출되었다고 기재되어 있는 사실, ③ 일반행사비의 경우 특정지역 판매대행사의 대표자 등을 상대로 음식 등을 접대한 비용인 사실, ④ 개인회의비, 자료수집비, 일반취재비는 주로 원고의 직원과 거래처의 회합에 소요된 식대 및 주류대인 사실, ⑤ 피고가 접대비로 본 판촉물제작비 209,509,108원 중 196,691,918원은 월간지의 독자에게 제공된 사은품의 구입비용, 독자용 부록의 제작비, 경품으로 제공된 김치냉장고의 구입비용, 원고의 로고를 부착하여 거래처에 배포한 전화카드, 수첩 등 판촉물의 구입비용인 사실, ⑥ 소모품비 중 1999. 6.에 지출된 38만원은 원고의 임직원의 결혼 혹은 부모상 등에 화환을 보낸 비용이나 나머지는 특정거래처의 임직원의 경조사에 지출된 비용인 사실을 인정할 수 있고, 갑 제9호증의 1, 갑 제22호증의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다. 
 (단위 : 원)
구 분1997년1998년1999년합 계 공통영업비 189,845,150263,609,535328,285,148781,739,833개인회의비(판매)23,482,370 34,043,758 44,353,375 101,879,503개인회의비(제조)14,451,302 28,271,505 30,117,329 327,284,136판촉행사비 --5,056,193 5,056,193 판촉물제작비13,500,000 102,289,80893,719,300 209,509,108소모품비 1,624,000 3,582,000 4,137,272 9,343,272 영업행사비 54,719,833 87,798,414 171,421,408313,939,655일반행사비(제조)-6,303,330 -6,303,330 자료수집비(판매)5,158,088 11,817,082 25,629,884 42,605,054 일반행사비(판매)7,288,427 12,987,974 650,00020,926,401 자료수집비(제조)527,243-135,000662,243일반취재비 6,598,315 14,123,210 17,864,715 38,586,240 계317,194,728564,826,616721,369,6241,603,390,968 
(다) 판단
 위 인정사실에 의하면, 원고가 공통영업비등으로 계상한 비용 가운데 판촉물제작비 중 196,691,918원은 원고 발행의 월간지 등의 판매와 관련하여 지급하는 사은품, 답례품 등의 증정에 따른 지출액으로 판매부대비용에 해당하고, 경조화환비 중 38만원은 원고 직원의 복리후생비로 손금에 산입되어야 할 것이다. 그러나 위 금액 이외의 나머지 비용은 위 계상액 등의 지출건별로 그것이 원고 주장의 업무처리에 소요되었고 또한 불가피한 지출이었음을 입증할 수 있는 객관적인 자료(품의서, 출장복명서 등)가 없는 이상, 지출대상이 거래처 등 특정인에게 한정되고 지출내용이 주로 음식·숙박비 등이므로 접대비에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.
(4) 대손금 부분
(가) 원고의 주장
 원고가 광고대행사를 통하여 광고를 수주한 경우(이른바 ‘위수탁광고대행’)에는 광고대행사에 대하여만 광고료채권이 있고 광고주에 대하여는 광고료채권을 직접 행사할 수 없는바, 광고대행사가 부도를 내고 도산하거나 광고대행사로부터 받은 어음·수표의 부도로 광고료를 지급받을 수 없게 된 경우에 한하여 대손처리요건이 충족되는 사업연도에 대손금으로 처리한 것이므로 이는 손금으로 인정되어야 한다. 
(나) 인정사실
 다음의 각 사실은 갑 제6호증의 1 내지 4, 갑 제28호증의 1 내지 5, 갑 제29호증의 1 내지 10, 갑 제30호증의 1 내지 4, 갑 제31호증의 1, 2, 3, 갑 제32, 33호증의 각 1 내지 8, 갑 제34호증의 1, 2, 3, 갑 제35, 36, 37호증의 각 1 내지 4, 갑 제38호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
 1) 원고는 1998.경 광고대행사인 소외 1 주식회사(대법원판결의 소외 주식회사)를 통하여 광고를 수주하고 그에 대한 광고대금 5,610,000원을 위 회사의 어음으로 지급받았으나, 이후 위 어음이 부도가 나 위 광고대금을 받지 못하는 등 광고대행사를 통하여 광고를 공급한 후 광고대행사들로부터 받은 어음이 부도가 나 합계 134,061,000원 상당의 광고대금을 지급받지 못하였다. 
 2) 원고는 1999.경 광고대행사인 소외 1 주식회사를 통하여 광고를 수주하고 그에 대한 광고대금 1,275,000원을 위 회사의 어음으로 지급받았으나, 이후 위 어음이 부도가 나 위 광고대금을 받지 못하는 등 광고대행사를 통하여 광고를 공급한 후 광고대행사들로부터 받은 어음이 부도가 나 합계 476,589,000원 상당의 광고대금을 지급받지 못하였다. 
 3) 위와 같이 원고에게 광고대금을 어음으로 지급한 광고대행사 중 소외 11 주식회사, 소외 12 주식회사, 소외 13 주식회사, 소외 14 주식회사, 소외 15 주식회사, 소외 16 주식회사 등은 사업을 폐지하였고, 원고가 받은 어음은 모두 부도발생일로부터 6월 이상 경과하였다. 
(다) 판단
 위 인정사실에 의하면, 원고가 위와 같이 소외 1 주식회사 등 광고대행사들을 통하여 광고를 공급한데 대한 광고대금채권은 채무자인 광고대행사들의 사업의 폐지 또는 부도로 인하여 회수할 수 없는 채권이 되었다고 할 것이므로 위 광고대금채권은 대손금으로서 손금에 산입되어야 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다. 
다. 광고대행사의 부도 등에 따른 대손세액공제
(1) 처분내용
 원고는 위 나. (4)항 기재와 같이 광고대행사로부터 매출채권으로 받은 어음이 부도가 발생하였다는 사유 등으로 1999. 1기분 부가가치세를 경정하면서 40,921,000원을 대손세액으로 공제(이하 ‘이 사건 대손세액’이라 한다)하였고, 이에 피고는 공급받는 자인 광고주가 아니라 광고대행사에 대한 어음채권이라는 이유로 대손세액공제를 부인하여 각 부가가치세를 부과하였다.
(2) 원고의 주장
 원고와 광고대행사 사이에 체결한 위수탁계약 및 광고업계의 관행에 따라 원고가 광고주에 대하여 직접 광고료를 청구할 권리가 없고 광고대행사에게만 지급청구권이 있다 할 것인데, 광고대행사의 파산 등으로 인하여 채권을 회수하지 못하게 된 것이므로 그에 상응한 이 사건 대손세액을 매출세액에서 공제해야 한다. 
(3) 판단
 위 나.의 (4)항에서 본 바와 같이, 원고가 대손세액공제 신고한 매출채권이 대손금으로 보아야하는 이상, 그 대손금 중 규정에 따라 계산한 그 금액의 일부를 대손세액으로 매출세액에서 차감하여야 할 것이다.
 한편, 구 부가가치세법 제17조의2 제2항에 의하면 같은 조 제1항의 대손세액공제규정은 사업자가 법 제19조의 규정에 의한 확정 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 대손금액이 발생한 사실을 증명하는 서류를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용하도록 되어 있고, 구 부가가치세법 시행령 제63조의2 제3항에서는 위와 같이 대손세액공제를 받고자 하는 사업자는 부가가치세확정신고서에 총리령이 정하는 대손세액공제신고서와 대손사실을 증명하는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 하도록 되어 있으므로 원고가 대손세액공제를 받기 위하여는 대손사실을 증명하는 서류를 제출할 것이 요구되는바, 갑 제28호증의 1 내지 5, 갑 제33호증의 1 내지 8, 갑 제34호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 1999. 사업연도에 광고를 공급하고 소외 1 주식회사로부터 받은 어음 1,275,000원 상당, 소외 17 주식회사로부터 받은 어음 379,123,548원 상당, 소외 18 주식회사로부터 받은 어음 8,311,818원 상당에 대하여는 부도어음과 같이 대손사실을 증명하는 서류를 제출한 사실이 인정되나, 이를 제외한 나머지 광고대금 채권에 대하여는 갑 제29호증의 1 내지 10, 갑 제32호증의 1 내지 8, 갑 제35, 36, 37호증의 각 1 내지 4, 갑 제38호증의 1 내지 6의 각 기재만으로는 원고가 피고에게 대손세액공제를 받는데 요구되는 대손사실을 증명하는 서류를 제출하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 
 따라서 피고가 이 사건 1999. 1기분 대손세액의 매출세액 공제를 부인한 것은 위에서 원고가 대손사실을 증명하는 서류를 제출한 사실이 인정되는 388,710,366원(1,275,000원 + 379,123,548원 + 8,311,818원)의 매출채권에 대한 매출세액인 35,337,306원(388,710,366원 ⅹ 10/110)에 한하여 위법하다 할 것이고, 결국 원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.
라. 소외 2 주식회사로부터 불량채권을 장부가액대로 인수한 행위에 대한 부당행위계산부인 
(1) 처분내용
 (가) 원고는 1997. 4. 30. 특수관계자인 소외 2 주식회사로부터 출판사업부문을 양수한 후, 소외 19 등에 대한 외상매출채권 5,814만원에 대하여 회수할 수 없는 채권이라고 하여 대손금으로 손금산입하였고, 도서의 외상매출채권에 대하여 사업 양수 후 도서반품을 이유로 합계 1,906,070,469원(1997 사업연도 600,871,759원, 1998 사업연도 835,520,063원, 1999 사업연도 469,678,647원)을 제품폐기손실로 손금산입하였다. 
 (나) 이에 피고는 원고가 위 사업양수 당시 소외 19 등이 이미 부실거래처이었고, 도서의 반품이 예상되어 위 각 외상매출채권이 불량채권이었음에도 이를 특수관계자인 소외 2 주식회사로부터 정상채권으로 인수함으로써 원고의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 위 외상매출채권을 전액 손금불산입하였다. 
(2) 당사자의 주장
 (가) 원고는, 부당행위계산부인의 대상인지 여부는 행위 당시를 기준으로 판단하여야 하는 것인바, 위 사업양수 당시 소외 19 등에 대한 외상매출채권이 정상채권이었고, 도서의 반품률을 예상하여 도서의 외상매출채권을 평가하는 것이 사실상 어려웠을 뿐만 아니라 영업권의 대가를 별도로 지급한 바도 없으므로 도서의 외상매출채권을 높게 평가한 것이 아니고, 또한 위 사업양수는 소외 2 주식회사의 출판사업부문을 계속성을 유지하면서 그대로 원고에게 양도한 것이어서 향후 발생할 반품도 원고의 책임하에 처리하기로 한 것이었으므로 부당행위계산부인의 대상이 될 수 없다고 주장한다. 
 (나) 이에 대하여 피고는, 소외 19 등은 사업양수 후 신규광고가 전혀 없는 거래처이고, 위 사업양수도계약을 조정한 1997. 12.까지는 위 소외 19 등에 대한 외상매출채권을 사업양수 대상 자산에서 제외할 수 있었는데도 제외하지 아니하였으며, 당시의 출판업계가 전국의 판매대행사에 출간도서의 대부분을 외상으로 출고한 후 출고 익월에 출고금액 중 반품예상량을 감안하여 출고량의 80 내지 85%에 상당하는 금액만을 3개월 어음으로 수령하는 등 계속하여 반품을 인정하고 있었고, 원고가 이러한 출판업계의 반품 관행을 잘 알고 있어 예상반품량을 추정할 수 있었음에도 반품예상금액을 전혀 감안하지 아니한 채 도서의 외상매출채권을 장부가액대로 인수한 후 반품된 부분을 제품폐기손실로 계상하는 것은 경제적으로 비합리적인 행위라고 주장한다. 
(3) 인정사실
 다음의 각 사실은 갑 제7호증의 1 내지 4, 갑 제20호증의 1, 2, 갑 제26호증의 1 내지 10의 각 기재와 제1심 증인 소외 26의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다. 
 (가) 원고는 1997. 4. 30. 특수관계자인 소외 2 주식회사와 사이에 단행본 및 잡지를 출판하는 출판사업부문을 포괄 양수하는 계약을 체결하였는데, 위 계약에 의하면, 원고는 1997. 4. 30.을 기준으로 하여 모든 자산과 부채를 장부가액대로 평가하여 양수대금을 결정하고, 양수대금은 출판사업부문의 양도가 종료하는 날까지 지급하고, 출판사업부문 양수일 현재 소외 2 주식회사와 거래 중인 모든 거래처는 원고가 인수하여 계속거래를 보장하며, 소외 2 주식회사가 기왕에 제조 판매한 제품이 출판사업부문 양수일 이후 반품될 경우에는 원고가 이를 인수 처리하도록 약정하였다. 
 (나) 위 양도·양수계약에 따라, 원고는 1997. 5. 1. 소외 2 주식회사와 사이에 자산·부채에 관한 사항에 관하여 소외 19 등에 대한 외상매출채권 5,814만 원, 도서의 외상매출채권 1,906,070,469원 등을 장부가액대로 평가하여 총 계약금액을 11,109,670,369원으로 하고, 잔금을 1997. 12. 31.까지 지급하기로 약정하였다. 
 (다) 그 후 원고는 1997. 12. 30. 소외 2 주식회사와 사이에, 제공품, 선금금계정 가운데 제작이 불가능하거나 부적절하여 발행이 취소된 도서분을 반영하여 총 계약금액을 10,194,174,414원으로 감액하는 내용의 변경계약을 체결하였다. 
 (라) 한편, 원고의 채권관리담당부서는 위 외상매출처 중 소외 20(대표자 소외 21)이 1997. 5. 26. 부도가 발생하자 1997. 7. 1. 소외 20에 대한 부실채권을 2,365만원으로 기재한 부실채권관리기록을 작성하였고, 소외 19(대표자 소외 22)가 사실상 폐업상태에 있음을 확인한 후 1997. 11. 7. 소외 19에 대한 부실채권을 3,670만원으로 기재한 부실채권관리기록을 작성하였으며, 소외 23 등에 대한 나머지 외상매출채권에 대하여는 1998. 3.경 이후 부실채권에 해당함을 확인하였다. 
 (마) 원고는 위 부실채권 중 소외 20에 대한 채권 700만원, 소외 19에 대한 채권 2,783만원, 소외 23 등에 대한 채권 2,331만원 합계 5,814만원의 채권을 회수할 수 없는 채권이라고 하여 대손금으로 손금산입하였다. 
(4) 판단
 (가) 법인세법 제52조( 구 법인세법 제20조도 같다)에서 규정하는 부당행위계산의 부인이라 함은, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래를 함에 있어 구 법인세법 시행령 (2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 적용되는 것으로, 경제적 합리성의 유무는 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 것인지 여부에 의하여 판단하여야 할 것이다( 대법원 2000. 11. 14. 선고 2000두5494 판결 등 참조). 
 그리고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제4호 소정의 불량채권을 양수한 경우라 함은 거래일 현재 채무자의 재산 및 영업상태로 보아 정상적인 회수가 곤란하다고 인정되는 채권으로서 사실상 휴·폐업상태에 있는 거래처에 대한 매출채권, 부도 어음 및 수표금채권 등을 적정한 평가 없이 장부가액으로 인수하는 경우 등을 말한다. 
 (나) 먼저, 소외 19 등에 대한 외상매출채권을 장부가액대로 인수한 행위에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고가 소외 2 주식회사와 출판사업부문의 변경계약을 체결할 당시에는 이미 소외 19, 소외 20이 부도 또는 사실상 폐업상태에 있어 채권회수의 가능성이 없음을 확인하였다 할 것이다. 따라서 원고가 소외 19, 소외 20에 대한 외상매출채권 3,483만 원(700만 원 + 2,783만 원)을 사업양수 대상 자산에서 제외할 수 있었음에도 제외하지 아니한 것은 경제적 합리성을 결여한 행위라 할 것이므로, 피고가 이 부분을 손금불산입한 것은 적법하다. 
 그러나 소외 23 등에 대한 나머지 외상매출채권 2,331만 원의 경우는 원고가 소외 2 주식회사와 출판사업부문의 변경계약을 체결한 후인 1998. 3.경부터 채권회수의 가능성이 없게 된 것이므로, 원고가 소외 23 등에 대한 나머지 외상매출채권을 장부가액대로 인수하였다고 하여 경제적 합리성을 결여한 행위에 해당한다고 보기 어렵고, 따라서 피고가 이 부분을 손금불산입한 것은 위법하다. 
 그러므로 원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다. 
 (다) 다음으로, 반품이 예상되는 도서의 외상매출채권을 장부가액대로 인수한 행위에 관하여 보건대, 피고 주장과 같이 원고가 출판업계의 일반적인 반품 관행을 알고 있었다는 추상적인 사정만으로는 원고가 반품예상금액을 감안하지 아니한 채 도서의 외상매출채권을 장부가액대로 인수하였다고 하여 그 행위가 경제적 합리성을 결여한 행위에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 피고가 소외 2 주식회사의 위 출판사업부문 운영 당시 반품처리하여 온 비율이나 위 외상판매한 도서의 반품이 예상되는 사정 등을 구체적으로 확인하지 아니한 채 이 부분을 손금불산입한 것은 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 
마. 업무무관가지급금 지급이자의 손금불산입 등
(1) 소외 2 주식회사의 해외지사에 대한 매출채권 
(가) 처분내용
 피고는 원고가 특수관계자인 소외 2 주식회사의 해외지사에 대하여 월간지를 판매하고 매출채권회수를 정당한 사유 없이 지연한 것은 실질적으로 소외 2 주식회사에게 직접 자금을 대여한 것과 동일하다고 하여 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 소정의 부당행위계산부인 규정을 적용하는 한편, 소외 2 주식회사에 대한 업무무관가지급금으로 보아, 1997 ~ 1999 사업연도 중 인정이자 합계 66,960,951원을 익금산입하고, 지급이자 합계 23,000,000원을 손금불산입하였다. 
(나) 원고의 주장
 원고가 월간지를 소외 2 주식회사의 해외지사에 판매한 경우는 국내총판에 판매하는 경우와 달리 월간지 면수가 국내판매분의 60%에 불과함에도 불구하고 국내판매분과 같은 가격에 판매하고, 미판매분에 대하여도 반품을 허용하지 아니하며, 발송 이후 도달까지 평균 45일이 소요되는 등 판매조건이 상이하다. 따라서 원고가 이와 같은 판매조건의 차이를 반영하여 채권회수기간을 국내판매분보다 장기로 정한 행위가 경제적 합리성을 무시한 경우에 해당한다고 볼 수 없고, 소외 2 주식회사의 해외지사에게 무이자로 자금을 사용하게 하려는 것도 아니었다. 
(다) 인정사실
 갑 제3호증의 1의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 일반적으로 주문생산방식에 따른 판매의 경우 제품상의 하자를 제외하고는 반품을 인정하지 않는데, 이 사건 해외판매분은 소외 2 주식회사의 해외지사의 주문에 의하여 별도로 제작된 제품인 사실, 또한 이 사건 해외판매분은 해외 광고수주분을 해외에서 별도로 인쇄하기 때문에 국내판매분에 비하여 그 지면이 60% 정도로 적은 사실, 원고가 소외 2 주식회사의 해외지사에게 월간지를 판매하면서 현지도착 후 최종 목적지까지가 아닌 현지도착까지의 운반비를 부담하는 것으로 하여 계약한 사실, 원고가 국내판매분의 경우 외상매출채권을 회수한 평균회수기간은 평균 45일 정도이었으나, 피고가 이 사건 해외판매분의 적정회수기간을 선박에 의한 미주지역 평균운송기간이 20일 정도 소요되는 점 등을 고려하여 75일로 보고 인정이자 및 지급이자를 산정한 사실을 인정할 수 있다. 
(라) 판단
 1) 업무무관가지급금에 관한 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되어 2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제4호 나목, 구 법인세법 시행령 제53조 제1항의 규정은 특수관계에 있는 자에게 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금을 대여한 경우 그 대여액에 해당하는 차입금의 지급이자에 대하여는 이를 손금불산입하도록 규정하고 있고, 여기서 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 또 특수관계에 있는 자로부터 적정한 이자율에 따른 이자를 받으면서 가지급금을 제공한 경우도 포함되며, 이때 가지급금의 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여야 하고( 대법원 2003. 3. 11. 선고 2002두4068 판결 참조), 특수관계에 있는 자에게 금전을 대여하였는지 여부를 판단함에 있어서는 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용하도록 규정한 국세기본법 제14조 제2항 소정의 실질과세의 원칙에 입각하여 해석하여야 할 것이다. 
 2) 이 사건에 관하여 보건대, 위에서 인정한 바와 같이 원고가 특수관계자인 소외 2 주식회사의 해외지사에 대한 매출채권을 회수함에 있어 해외판매분인 점 등을 감안하더라도, 사업상 회수할 의무가 있는 매출채권을 정당한 사유 없이 다른 거래처에 대한 통상적인 회수기간 보다 훨씬 초과하여 지연회수하는 것은 일반적으로 제품을 판매하고 대금지급이 지연될 경우 그 이자상당액을 지급하여야 하는 것이 통상적인 점에 비추어 경제적 합리성을 잃은 행위라고 할 것이고, 매출채권이 계약상 지급기일에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 마찬가지라고 할 것이어서, 위와 같은 매출채권의 지연회수는 업무관련성이 없다고 봄이 상당하다. 
 따라서 피고가 적정회수기간 75일을 초과한 매출채권에 대하여 부당행위계산부인을 하고 업무무관가지급금으로 보아 그에 대한 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입한 것은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(2) 소외 2 주식회사의 소외 24에 대한 외상매출채권의 양수 
(가) 처분내용
 원고가 소외 2 주식회사로부터 출판사업부문을 양수할 당시 소외 2 주식회사의 소외 24에 대한 외상매출채권 192,000,000원을 인수하였는데, 이에 대하여 피고는 소외 24가 1995년경 이미 부도·폐업되어 위 외상매출채권이 불량채권에 해당한다는 이유로 부당행위계산을 부인하고, 미회수잔액에 대하여 소외 2 주식회사에 대한 업무무관가지급금으로 보아, 1997 ~ 1999 사업연도 중 인정이자 합계 106,380,583원을 익금산입하고, 지급이자를 손금불산입하였다. 
(나) 원고의 주장
 원고가 인수 당시 위 소외 24에 대한 외상매출채권의 회수가 가능하다고 판단하였고 현재까지도 회수가 진행되고 있으므로 부당행위계산부인의 대상이 될 수 없어 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입한 것은 위법하다. 
(다) 인정사실
 갑 제27호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하면, 소외 24가 1997. 12. 31. 폐업되고 1998. 6. 30. 부도가 발생한 사실, 원고가 1997. 4. 30. 소외 2 주식회사로부터 위 출판사업부문을 양수하면서 소외 2 주식회사의 소외 24에 대한 외상매출채권 192,000,000원을 양수하고, 그 중 일부를 회수하여 2002. 12. 31. 현재 미회수잔액이 61,534,310원인 사실을 인정할 수 있다. 
(라) 판단
 1) 먼저, 부당행위계산부인 규정의 적용 여부에 관하여 보건대, 어떤 행위가 법인세법상의 부당행위계산에 해당되느냐의 여부는 거래당시를 기준으로 하여 판단하여야 할 것이다. 그런데 위 인정사실에 의하면, 원고가 1997. 12. 30. 소외 2 주식회사와 사이에 출판사업부문 양수계약의 변경계약을 체결할 당시 소외 24가 이미 사실상 폐업한 상태이었으므로 사업양수 대상 자산에서 제외할 수 있었는데도 이를 제외하지 아니한 채 정상채권으로 인수한 행위는, 비록 원고가 소외 24에 대한 외상매출채권 중 일부를 그 인수 이후에 회수하였다고 하더라도, 경제적 합리성을 무시한 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 통하여 조세의 부담을 부당하게 회피 내지 경감시키는 것으로서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제4호의 부당행위계산에 해당한다 할 것이다. 
 그러나 발생 당시에 회수불능의 채권이라 하더라도 먼저 익금에 산입한 다음 대손처리에 따라 손금에 산입되어 익금에서 공제되게 되는 것인바( 대법원 2003. 12. 11. 선고 2002두7227 판결 등 참조), 위와 같이 부당행위계산에 해당하는 경우에는 원고가 위 외상매출채권을 대손처리하는 경우에 이를 손금부인함으로써 과세하여야 할 것이고, 단지 원고가 불량채권을 양수하였다는 사정만으로 소외 2 주식회사에게 무상 또는 시가보다 낮은 이율로 금전을 대여한 것이라고 보아 이를 다시 부당행위계산부인하여 인정이자를 산입할 수는 없다. 
 2) 다음으로, 업무무관가지급금의 해당 여부에 관하여 보건대, 실질과세의 원칙은 조세법률주의 및 기타 헌법원칙이 허용하는 한도 내에서만 그 타당성을 인정받을 수 있는 것이고, 조세법률주의 원칙상 조세법규의 유추 및 확장해석은 허용되지 아니한다 할 것이므로, 조세법규의 해석적용에 있어서의 법적 개념은 법률 규정의 문언 그 자체를 벗어날 수 없다는 한계 즉 법적인 실질을 무시할 수는 없고, 또한 어떠한 경제적 목적을 달성하기 위하여 대외적으로 취하여진 행위형식이 있을 경우 그 대외적 행위형식이 가령 가장행위 또는 법인격부인론 등에 의하여 사법상 무효라는 평가를 받기 전에는 이를 함부로 무시할 수 없는 반면, 사법상의 효과가 부여되지 아니하는 경제적 이면관계에 기초하여 과세관계를 판단할 수 없다는 그 적용상의 한계가 있다 할 것이다. 
 이 사건에 있어, 소외 2 주식회사가 불량채권을 정상채권으로 양도함으로써 이면의 경제적인 관점에서는 양도차익 상당을 대여받았다고 볼 수도 있으나, 원고의 위 외상매출채권의 양수행위를 무효로 보아야 할 아무런 근거가 없는 이상 이를 소외 2 주식회사에 대한 우회적, 간접적 대여행위로 해석할 수는 없다 할 것이다. 
 따라서 피고가 위 외상매출채권의 미회수기간 동안 소외 2 주식회사에 대한 대여금으로 보아 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입한 것은 위법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 
바. 출판사업부서(제작부서)에 관련된 매입세액의 불공제
(1) 처분내용
 원고는 월간지 제작과 관련된 출력비, 아트비, 디자인비, 분해출력비, 기술품 사용비 등에 관한 매입세액 805,844,816원이 과세사업인 광고사업과 면세사업인 출판사업에 관련된 공통매입세액임을 전제로 수입금액을 기준으로 안분하여 광고사업 관련 매입세액 354,316,362원을 공제하여 신고하였다. 그러나 피고는 위 매입세액 805,844,816원이 모두 월간지 기사의 제작과 관련된 비용으로서 면세사업과 관련된 매입세액인 것으로 보아 안분계산한 위 매입세액 354,316,362원을 불공제하여 부가가치세액을 산정하였다. 
(2) 원고의 주장
 잡지에서 광고와 기사는 서로 따로 떼어 존재할 수 없는 불가분의 것이고, 월간지 기사의 제작에 관련된 비용은 월간지의 출판뿐만 아니라 광고료 수입을 창출하기 위하여도 사용된 것이라 할 것이므로, 그에 관한 매입세액은 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액으로서 공통매입세액의 안분규정에 따라 과세사업에 관련된 매입세액을 공제하여야 한다. 
(3) 인정사실
 갑 제3호증의 1의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 부가가치세 면세대상인 출판사업(단행본, 월간지 등)과 부가가치세 과세대상인 광고사업(단행본, 월간지 등에 광고게재)을 겸영하고 있고 있는 사실, 원고의 월간지 제작부서의 조직은 편집부서와 광고부서의 별도 조직으로 구분되어 운영되고 있고, 광고용 필름은 광고주와 광고대행사에서 제작하고 있어 원고로서는 인쇄공정을 제외한 별도의 광고제작비용이 소요되지 않는 사실, 위 매입세액 805,844,816원은 월간지 기사의 제작 및 편집부서에서 지출한 사실, 위 출판사업과 광고사업에 공통으로 소요되는 인쇄비, 용지대 등과 관련된 매입세액은 해당 과세기간의 수입금액에 따라 공통매입세액으로 안분하여 공제된 사실을 인정할 수 있다. 
(4) 판단
 살피건대, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 실지귀속에 따라 과세사업에 관련된 매입세액만 공제되고 면세사업에 관련되는 매입세액은 공제받을 수 없고, 어느 매입세액이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 각 사업의 공급가액 등에 따라 안분한 금액을 공제하여야 할 것인바, 위 인정사실에 의하면, 위 매입세액 805,844,816원은 광고를 게재하는 지면의 제작과 직접적인 관련없이 월간지 기사의 제작과 관련된 출력비, 아트비 등으로 사용된 것이어서 면세사업과 관련하여 지출된 매입세액으로 보아야 할 것이므로, 위 매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분공제하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다. 
사. 협찬품의 게재에 대한 부가가치세 과세
(1) 처분내용
 원고는 특정업체로부터 기증받은 상품(협찬품)을 월간지 등의 지면에 게재하고 추첨을 통하여 독자에게 제공하였고, 이에 대하여 피고는 게재한 협찬품이 사실상 광고대가를 현물로 받은 광고수입에 해당한다고 보아 위 협찬품 가액에 상응한 매출세액 265,691,094원을 가산하여 이 사건 각 부가가치세를 부과하였다.
(2) 당사자의 주장
 원고는, 협찬업체가 협찬품의 게재로 인하여 반사적 광고효과를 얻었다고 하더라도, 추첨을 통한 협찬품의 제공은 원고의 잡지의 판매량을 증가시키기 위한 판매촉진전략의 하나이고, 원고가 협찬품의 소유권을 취득하는 것도 아니므로, 광고용역의 대가로 협찬품을 지급받은 것이라고 볼 수 없다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 협찬품을 게재하는 것은 구독자에게 협찬품 또는 협찬업체의 지명도와 신뢰도를 제공하여 구매의욕을 유발시키는 효과가 있고 협찬사도 그에 따른 광고효과를 기대하고 반대급부로 협찬품을 제공하고 있으므로, 이는 부가가치세법상 광고용역을 제공하는 것에 해당한다고 주장한다.
(3) 판단
 (가) 원고가 협찬업체로부터 기증받은 협찬품을 원고의 월간지 등의 지면에 게재하고 추첨을 통하여 독자에게 제공한 사실에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다. 
 (나) 구 부가가치세법 제7조 제3항은 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 원고의 협찬품 게재행위가 대가를 받은 유상의 광고용역의 공급에 해당하는 경우에는 부가가치세 과세대상이 된다고 할 것이며, 협찬품 게재행위가 대가를 받고 이루어진 것이라고 하기 위해서는 그 공급한 용역과 협찬업체로부터 제공받은 협찬품의 취득이 서로 실질적, 경제적 대가관계에 있어야 한다. 
 그런데 협찬품 게재행위가 월간지 등의 구독자에게 당해 상품 또는 협찬업체의 지명도와 신뢰도를 제고하여 구매욕구를 유발시키는 등의 광고효과가 있는 점, 협찬업체로서도 그러한 광고효과를 기대하고 그 반대급부로 협찬품을 제공하는 점, 원고로서는 협찬품을 제공함으로써 월간지 등에 대한 구독률을 높이고 협찬품 가액에 상당하는 제작비용을 절감할 수 있는 점 등을 종합하면, 원고의 협찬품 게재행위와 협찬업체의 협찬품 제공은 서로 대가관계에 있다고 보아야 할 것이고, 협찬업체가 구독자에게 협찬품을 제공하는 과정에서 원고는 단순히 전달만 하거나 매개하였을 뿐이라고 보기는 어렵다.
 따라서 협찬품 게재행위는 구 부가가치세법 제7조 제1항, 제12조 제1항 제7호 단서 규정에 의하여 과세대상이 되는 용역의 공급인 광고에 해당된다. 
 (다) 다만, 구 부가가치세법 제13조 제1항은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액으로 한다고 규정하면서, 그 제2호로 금전 이외의 대가를 받은 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가를 들고 있다. 
 따라서 사업자가 용역을 공급하고 금전 이외의 대가를 받은 경우에는 그 대가로 받은 현물 등의 가액이 아니라 자기가 공급한 용역의 시가가 과세표준으로 되고, 그 시가는 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 의미한다 할 것이다. 
 결국 이 사건 협찬품 게재행위의 과세표준은 협찬품 게재행위의 시가인 당해 협찬품에 대한 광고료를 기준으로 계산하여야 할 것임에도, 피고가 협찬품의 가액을 기준으로 협찬품 게재행위의 과세표준을 산정한 것은 위법하고(달리 이 사건 협찬품 게재행위의 시가를 산정할 수 있는 아무런 자료가 없다), 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
아. 정당한 세액
 피고가 이 사건 각 법인세액을 경정·고지하면서 익금산입(손금불산입)한 단가할인광고 매출 중 287,745,456원, 이의제기된 광고매출 68,522,726원, 단행본광고 매출, 기증된 도서부분, 판촉물제작비, 소모품비 중 38만원, 반품도서 제품폐기손실, 광고대행사 부도로 인한 대손금 중 610,650,366원, 특수관계자로부터 인수받은 채권 중 소외 23 등에 대한 2,331만원 채권의 대손금, 소외 24 가지급금 관련 지급이자 및 인정이자 부분을 익금에서 공제하여 정당한 법인세액을 계산하면 별지1 부과처분내역 중 법인세 해당부분 및 별지2-1, 2-2, 2-3의 각 세액계산표와 같다. 
 또한 피고가 이 사건 각 부가가치세를 경정·고지하면서 매출세액에 가산한 단가할인광고매출, 이의제기된 광고매출, 단행본광고매출, 협찬품 부분 매출세액과 광고대행사부도로 인한 대손금 부분 중 일부에 대한 매출세액을 공제하고, 매입세액에 판촉물제작비 부분을 가산하여 정당한 부가가치세액을 계산하면 별지1 부과처분내역 중 부가가치세 해당부분 및 별지2-4 내지 2-9의 각 세액계산표와 같다. 
3. 결론
 그렇다면, 이 사건 각 처분 세액 중 위 정당세액을 초과하는 부분에 대한 각 법인세, 부가가치세 부과부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이므로, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 일부 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리 하여 부당하므로 제1심 판결을 주문 기재와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결하다.

판사 조병현(재판장) 김종수 이철규