계약해지로 고유업무 미사용시 추징배제 정당한 사유 해당 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.04.10 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2013. 11. 27. 선고 2012누38451 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2012. 1. 31. 원고에 대하여 한 등록세 38,201,430원과 지방교육세 7,096,100 원 부과처분 및 2012. 3. 28. 원고에 대하여 한 취득세 77,545,650원과 농어촌특별 세 7,754,560원 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분 경위

가. 원고는 2009. 4. 9. 계란의 부화 및 유통, 가공, 판매업 등을 하기 위하여 설립된 농업회사법인이다. 원고는 2009. 8. 28. 00와, 00 소유의 00시 00면 00리 721-6 목장용지 29,900㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 취득하는 대신 00에게 원고 주식 544,180주를 주는 현물출자계약(이하 '이 사건 계약‘이라고 한다)을 체결하였고, 2009. 8. 31. 이 사건 토지에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.
나. 피고는 원고가 창업 후 2년 이내에 영농에 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였다는 이유로 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제7항 제1호에 따라 취득세와 등록세를 면제하였다.
다. 00은 2009. 11. 17. 원고에게 수원지방법원 2009가합25275호로 ‘원고가 이 사건 토지를 현물출자하면 조세특례제한법에 따라 양도소득세가 면제된다고 안내함에 따라 이 사건 계약을 체결하였으나, 실제로는 이 사건 토지의 현물출자로 약 5억 원의 양도소득세를 부담하여야 하고, 이러한 착오는 원고에 의하여 유발된 법률행위 내용의 중요 부분의 착오에 해당한다’라는 이유로 이 사건 계약을 취소하고 이 사건 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기 말소등기절차 이행을 구하는 소를 제기하였는데, 법원은 2010. 2. 5. 무변론으로 00에게 승소 판결(이하 위 소송을 ‘이 사건 소송’이라고 하고, 위 판결을 ‘이 사건 판결’이라고 한다)을 선고하였고, 그 판결은 2010. 3. 3. 확정되었다. 00은 2010. 3. 12. 확정판결에 따라 이 사건 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기를 말소하였다.
라. 00은 이 사건 계약 체결 당시 원고의 대표이사인 000의 아내이자 원고의 감사였는데, 2010. 11. 22. 사망하였다. 00은 000의 전 처였던 000이 2002. 8. 28. 사망한 후 2002. 11. 20. 000과 결혼하였고, 이 사건 토지는 000과 결혼하기 전인 1999. 10. 20. 취득한 토지였다.
마. 피고는 원고가 이 사건 토지를 ‘취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우’에 해당한다는 이유로 구 지방세법 제266조 제7항 단서에 따라 이 사건 토지의 취득 및 등기 당시 면제된 취득세와 등록세를 추징하기로 하여(갑 제4호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2), 원고에 대하여, 2012. 1. 31. 등록세 38,201,430원과 지방교육세 7,096,100원을 부과·고지하였고(이하 ‘이 사건 제1처분’이라고 한다), 2012. 3. 28. 취득세 77,545,650원과 농어촌특별세 7,754,560원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 제2처분’이라고 하고, 이 사건 제1처분과 이 사건 제2처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
바. 원고는 2012. 2. 19. 이 사건 제1처분에 대하여, 2012. 4. 16. 이 사건 제2처분에 대하여 이의신청을 하였으나, 경기도지사는 2012. 5. 23. 이의신청을 기각하였다.
【인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1에서 7호증, 을 제1호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 기재, 변론 전체의 취지】

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장

원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.
1) 00은 이 사건 토지의 현물출자로 약 5억 원의 양도소득세를 부담하여야 한다는 사실을 알게 된 후 이 사건 계약을 취소하였고, 민법 제141조에 따라 이 사건 계약의 효력은 소급하여 무효로 되었으므로, 원고는 이 사건 토지를 취득한 적이 없다.
2) 00은 이 사건 토지에 건물을 신축하기 위한 건축허가를 받아 2003. 8. 5. 피고에게 착공신고를 하였고, 피고는 2009. 11. 24. 건축주 명의를 00로부터 원고로 변경하는 신고를 수리하였으며, 원고는 이 사건 토지에 관하여 마쳐진 원고 명의의 소유권이전등기가 말소된 이후에도 건물 신축공사를 계속 진행하여 2011. 1. 31. 사용승인을 받았으며, 현재까지도 이 사건 토지상의 건물을 사용하고 있다. 위와 같은 이 사건 계약 취소 경위 등과 이 사건 계약 취소 후의 토지 사용 내역 등을 종합하면, 원고가 이 사건 토지를 영농에 직접 사용하지 못한 데 대하여 정당한 사유가 있으므로, 구 지방세법 제266조 제7항 단서의 추징요건에 해당하지 않는다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 인정사실

1) 00은 이 사건 토지에 건물을 신축하기 위한 건축허가를 받아 2003. 8. 5. 피고에게 착공신고를 하였으나, 그 후 건축공사가 중단되었다.
2) 원고는 설립등기를 마치기 전인 2009. 4. 1. 00로부터 이 사건 토지를 임차하는 임대차계약을 체결하였고, 2009. 7. 24. 정도축산과 기간을 ‘2009. 7. 23.부터 2009. 11. 22.’까지로 하는 양계장 신축공사 컨설팅 계약을 체결하였다. 피고는 2009. 11. 24. 원고에게 건축주 명의를 00에서 원고로 변경하는 신고를 수리하였다.
3) 00은 2009. 8. 무렵, 원고 대표이사 000, 원고 회사 설립 과정을 담당하였던 법무사와 그로부터 자문을 받은 세무사 등을 통하여, 이 사건 토지를 2009. 12. 31.까지 원고에 현물출자하는 경우 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제4항에 따라 양도소득세가 면제된다는 자문 의견을 받고, 원고가 이 사건 토지에 양계장을 신축하여 사용할 수 있도록 이 사건 토지를 원고에 현물출자하였다(00이 ‘2009. 8. 28.’ 원고에 이 사건 토지를 ‘현물출자’ 형식으로 이전하는 이 사건 계약을 체결한 것은 위 조항에서 ‘2009. 12. 31.’까지 ‘현물출자’하는 경우 양도소득세가 면제된다고 규정하였기 때문으로 보인다). 그런데 000은 2009. 9. 초순 무렵 원고 등에 대한 세무조정업무를 담당하였던 세무사 000에게 이 사건 토지의 양도소득세 면제 예정신고 업무를 위임하였고, 000은 그 무렵 000과 00에게, 00의 거주지와 이 사건 토지 소재지 사이에는 00시가 있으므로, 구 조세특례제한법 제66조 제4항, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 1. 7. 대통령령 제21984호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제3항에 따라 양도소득세 약 5억 원에서 8억 원 가량이 면제되지 않는다는 의견을 밝혔다.
00과 000은 000을 통하여 이 사건 토지 현물출자에는 구 조세특례제한법 제66조 제4항이 적용되지 않아 양도소득세가 면제되지 않는다는 것을 알게 되자, 2009. 9. 무렵 000에게 이 사건 토지의 현물출자에 따른 양도소득세 면제 예정신고를 하지 말라고 하였으며, 00은 2009. 11. 17. 원고를 상대로 이 사건 소송을 제기하였고, 그 후 이 사건 판결을 선고 받아 이 사건 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기를 말소하였다.
4) 00은 이 사건 토지를 원고에 현물출자할 무렵 00시 00면 00리 185-1에 거주하였고, 00시와 이 사건 토지 사이에는 00시가 있었다.
5) 원고는 2011. 1. 31. 양계장 건물의 사용승인을 받았다. 원고는 2011. 2. 8. 이 사건 토지상에 건축된 양계장 건물에 관하여 소유권보존등기를 마쳤고, 2013. 6. 20. 00의 자녀인 양우성, 양우진(00 사망 후 2011. 5. 19. 협의분할에 의한 상속으로 소유권이전등기를 마쳤다)으로부터 이 사건 토지를 매수하였다.
【인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제2, 7, 8, 13, 18, 20호증의 기재, 이 법원 증인 000의 증언, 변론 전체의 취지】

라. 취득이 없었다는 주장에 관한 판단

1) 먼저 이 사건 제2처분에 관하여 본다. 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세대상으로 하는 것이고, 구「지방세법」제105조제2항은 취득세의 과세대상이 되는 부동산 취득에 관하여 민법 기타 관계 법령에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에 취득한 것으로 보도록 규정하고 있으며, 구「지방세법」제111조제7항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것) 제73조 제2항은 무상승계취득의 경우에는 그 계약일에 취득한 것으로 보도록 규정하고 있으므로, 부동산에 관한 계약이 성립하면 ‘그 계약이 무효이거나 취소되지 않는 이상’ 그 자체로 취득세의 과세대상이 되는 사실상의 취득행위가 존재하게 되어 그에 대한 조세채권이 당연히 성립하고, 증여계약으로 인하여 수증자가 일단 부동산을 적법하게 취득한 다음에는 그 후 합의에 의하여 계약을 해제하고 그 부동산을 반환하는 경우에도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다(대법원 1998. 12. 8. 선고 98두14228 판결 등 참조).
그런데 계약이 무효이거나 취소된 경우에는 처음부터 취득세의 과세대상이 되는 사실상의 취득행위가 있다고 할 수 없으나, 조세소송에서 과세처분의 위법 여부를 판단하는 기준시기는 그 처분 당시라 할 것이어서 착오를 이유로 계약의 취소가 이루어졌다고 하더라도 그 착오의 내용이나 의사표시를 취소하는 목적 등에 비추어 볼 때 사실상 과세처분이 이루어진 이후의 사정에 근거한 것으로서 그 실질에 있어서는 과세처분 후 계약을 합의해제하는 것에 불과한 경우에는 그 취소로 인한 취득세 과세처분의 효력에 대하여도 합의해제에 관한 위 법리가 그대로 적용된다(대법원 2013. 6. 28. 선고 2013두2778 판결 참조).
2) 앞서 본 바에 따르면, 00은 2009. 8. 31. 이 사건 토지를 현물출자한 후, 얼마 되지 않아 이 사건 토지 현물출자에는 양도소득세가 면제되지 않는 것을 알고, 소유권이전등기말소를 구하는 소송을 제기하여, 2010. 3. 12. 그에 따른 등기 말소를 하였고, 이 사건 처분은 그로부터 상당한 기간이 경과한 2012. 1. 31. 이후에야 이루어졌으며, 약 5억 원에서 8억 원 가량의 양도소득세를 납부하면서까지 00이 이 사건 토지를 원고에 현물출자할 이유가 있다고 보기 어려운 점, 이 사건 계약은 00이 원고에게 현물출자하더라도 양도소득세가 면제된다는 원고 대표이사이자 남편인 000 등의 권유에 따라 이루어진 것인 점 등을 종합하면, 이 사건 계약 취소가 사실상 과세처분이 이루어진 이후의 사정에 근거한 것으로서 그 실질에 있어서는 과세처분 후 이 사건 계약을 합의해제 한 것에 불과하다고 볼 수 없다.
따라서 이 사건 계약 취소에는 과세처분 후 계약을 합의해제하는 것과 같은 법리가 적용될 수 없고, 이 사건 계약이 취소된 이상 처음부터 취득세 과세대상이 되는 사실상 취득행위가 있었다고 할 수 없다. 이 사건 토지에 대한 사실상 취득행위가 있었던 것을 전제로 한 이 사건 제2처분은 위법하다(설령, 취득이 있었던 것으로 보는 경우에도 다음 항에서 이 사건 제1처분과 관련하여 추징 요건에 해당하는지에 관한 판단에서 보는 바와 같이 이 사건의 경우 구 지방세법 제266조 제7항 단서의 추징 요건에 해당하지 않으므로, 이 사건 제2처분은 뒤에서 보는 바와 같은 이유로도 위법하다).
3) 다음으로 이 사건 제1처분에 관하여 본다. 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로, 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리귀속 주체가 다르다거나 일단 공부에 등재되었던 등기 또는 등록이 뒤에 원인무효로 말소되었다고 하더라도 위와 같은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록세 부과처분의 효력에 아무런 영향이 없다(대법원 1986. 2. 25. 선고 85누858 판결 등 참조). 따라서 이 사건 계약이 취소되었다고 하더라도 이 사건 계약에 따라 등기가 이루어졌던 이상 이 사건 제1처분이 위법하게 된다고 볼 수 없다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.
마. 이 사건 제1처분과 관련하여 구 지방세법 제266조 제7항 단서 추징 요건에 해당하는지에 관한 판단

1) 피고는 이 사건 제1처분 사유로 ‘사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우’를 내세우고 있으나 앞서 본 대로 갑 제4호증, 을 제1호증의 기재에 따르면, ‘1년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우’가 당초 이 사건 제1처분 사유였으므로, 처분 사유를 착오로 잘못 기재하였다는 취지의 피고 주장은 받아들이지 않는다. 다만 피고가 내세우는 처분 사유는 당초 처분 사유에 새로운 처분 사유를 추가하는 경우에 해당하고, 피고가 추가로 주장하는 처분 사유는 당초 처분 사유와 기초적 사실관계에 있어서 동일성이 인정되므로(만약 동일성이 인정되지 않는다면, 이 부분 피고 주장은 받아들이기 어렵다), 추징 요건에 해당하는지에 관하여는 피고가 주장하는 사유도 함께 본다.
2) 구 지방세법 제266조 제7항 단서는 농어민관련사업 등에 대한 감면과 관련하여, 감면되었던 등록세를 추징하는 사유로서 "그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우(이하 ’전단 부분‘이라고 한다) 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우(이하 ’후단 부분‘이라고 한다)"를 들고 있다. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조)는 점을 고려할 때, 위 규정에서 전단 부분은 그 용도로 직접 사용하기 시작할 유예기간을 부여한 것이라고 보아야 하고 후단 부분은 유예기간 이내에 그 용도에 직접 사용하였다가 일정한 기간 그 사업에 사용하지 않은 경우에 적용되는 규정으로 보아야 하므로(대법원 2013. 3. 28. 선고 2012두26678 판결 참조), 정당한 사유로 그 취득일부터 1년 내에 그 용도에 직접 사용하지 못하게 되는 경우에는 전단 부분이 적용될 수 없고, 특히 정당한 사유로 인한 처분 등으로 말미암아 취득일부터 1년 내에 다시 사용할 수 없게 된 경우에는 후단 부분 역시 적용될 수 없다.
3) 위와 같은 법리에 따라 이 사건을 본다. 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 토지를 현물출자 받은 후 2009. 7. 24. 정도축산과 기간을 ‘2009. 7. 23.부터 2009. 11. 22.’까지로 하는 양계장 신축공사 컨설팅 계약을 체결하였으나, 그 컨설팅 계약 기간이 만료되기도 전인 2009. 9. 초순경 00과 원고 대표이사 000은 이 사건 토지 현물출자에는 양도소득세가 면제되지 않는다는 것을 알게 되었고, 그에 따라 00은 양도소득세 면제 예정신고를 하지 않고, 이 사건 계약을 취소하였다. 위와 같은 이 사건 계약 취소 경위와 이 사건 계약 취소를 결정하게 된 시기는 이 사건 토지를 취득한 후 1개월이 경과하기도 전이며, 이 사건 토지를 취득한 후 2009. 11. 24. 건축주 명의를 원고로 바꾸었으나 이때는 00이 이미 이 사건 계약을 취소한 이후이므로, 그때부터는 이 사건 토지를 직접 사용한 것이 아니라 임대를 전제로 사용한 것으로 보는 것이 타당한 점 등을 고려하면, 원고는 이 사건 토지를 1년 이내에 직접 사용하지 못하게 된 경우에 해당하고 다만 그 정당한 사유 존재 여부만 문제 된다.
그런데 비록 00과 원고 대표이사 000이 부부이기는 하였으나, ① 00은 원고로부터 이 사건 토지를 현물출자하더라도 양도소득세가 면제된다고 하여 현물출자를 권유받고 이 사건 계약을 체결하였다가 그 후 양도소득세 면제 예정신고 과정에서 원고의 권유가 잘못된 것을 알고 이 사건 계약을 취소하였던 점, ② 이 사건 토지는 00이 000과 결혼하기 이전에 취득하였던 토지로서 약 5억 원에서 8억 원 가량의 양도소득세를 내면서 원고에 현물출자할 이유는 없다고 보이는 점(00이 양도소득세를 납부하고 현물출자하는 경우 원고에게만 이로운 거래라고 판단된다), ③ 이 사건 토지 취득 후 이 사건 계약 취소가 약 3개월 정도의 빠른 시일 내에 이루어지고, 그 말소 등기도 이 사건 판결 후 곧바로 이루어졌으므로 이 사건 처분을 예상하고 이 사건 계약을 취소하였다고 보기도 어려운 점, ④ 원고는 구 지방세법 제266조 제7항 단서에서 정한 전단 부분의 유예기간 내에 이 사건 계약 취소에 따른 말소 등기까지 하였던 점, ⑤ 00이 사망한 후 다시 이 사건 토지를 원고가 사용하고 있으며, 00이 양도소득세 면제 여부에 관한 착오 이외에 다른 목적으로 이 사건 계약을 취소했다고 보기 어려운 점, ⑥ 원고도 00이 이 사건 계약을 취소함에 따라 그 취소의 효과로 이 사건 토지를 직접 사용하지 못하게 된 것인 점, ⑦ 원고는 법무사, 세무사 등에게 자문을 구하였으나 법무사 등의 잘못된 자문 결과에 따라 이 사건 계약을 체결하였던 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지를 영농에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다(대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두4212 판결 등 참조).
따라서 원고에게는 구 지방세법 제266조 제7항 단서 전단 부분이 적용되지 않고, 원고가 정당한 사유에 해당하는 이 사건 계약 취소로 이 사건 토지를 취득일부터 1년 내에 다시 사용할 수도 없게 된 이상, 후단 부분 역시 적용되지 않는다. 이와 전제가 다른 이 사건 제1처분은 위법하다(이와 달리 이 사건 토지를 영농에 일시적으로 직접 사용하였다고 보더라도 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유로 직접 사용하지 못하게 된 경우에는 구 지방세법 제266조 제7항 단서 전단 부분이 적용되어 추징 요건에 해당한다고 보기도 어려울 뿐 아니라, 이 사건 계약 취소로 계약이 소급적으로 무효가 되어 등기가 말소된 경우를 후단 부분에서 정한 2년 이내에 ‘매각하거나 다른 용도로 사용한 경우’라고 볼 수도 없다).
3. 결론

제1심 판결을 취소한다. 이 사건 처분을 취소한다.
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【관계법령】

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제29조(납세의무의 성립시기)

① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.
1. 취득세 : 취득세 과세물건을 취득하는 때

2. 등록세 : 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때

제104조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각 호와 같다.
1. 부동산 : 토지 및 건축물을 말한다.
3. 토지「측량수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따른 토지를 말한다.
8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.
제105조(납세의무자등)

① 취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·승마장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.
② 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는「민법」·「광업법」·「수산업법」·「선박법」·「산림법」·「건설기계관리법」·「자동차관리법」또는「항공법」등 관계 법령의 규정에 의한 등기·등록등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비·항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다.
제124조(납세의무자)

등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.
제266조(농어민관련사업 등에 대한 감면)

⑦「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 항에서 "농업법인"이라 한다) 및 같은 법 제16조에 따른 영어조합법인이 영농·영어·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호의 1에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.
1. 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 창업 후 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.
2. 농업법인 및 영어조합법인이 영농·영어·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 당해 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
3. 농업법인 및 영어조합법인의 설립등기에 대하여는 등록세를 면제한다.
구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제73조(취득의 시기등)

① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날). 다만, 취득 후 30일 이내에「민법」제543조내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.
③ 제1항·제2항 및 제6항의 규정에 의한 취득일전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다. 다만, 수입 또는 건조에 의하여 연부로 취득하는 선박에 대하여는 그러하지 아니하다.
조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제66조(영농조합법인등에 대한 법인세의 면제등)

④ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농지 또는 「초지법」에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다.
조세특례제한법 시행령(2010. 1. 7. 대통령령 제21984호로 개정되기 전의 것)

제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등)

④ 법 제66조제4항·제7항 및 법 제68조제2항 전단·제3항에서 "대통령령이 정하는 농업인"이라 함은「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」제3조제2호가목에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지·초지 또는 부동산(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)이 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다.
끝.
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【하급심-수원지방법원 2012. 11. 14. 선고 2012구합7357 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 4. 9. 계란의 부화 및 유통, 가공, 판매업 등을 영위하기 위하여 설립된 농업회사법인이다.
나. (1) 원고는 2009. 8. 28. 00과 사이에, 원고가 00 소유의 00시 00면 00리 721-6 목장용지 29,900㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 취득하는 대신 00에게 원고의 주식 544,180주를 부여하는 현물출자계약(이하 '이 사건 계약‘이라고 한다)을 체결하였다.
(2) 피고는 원고가 창업 후 2년 이내에 영농에 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였다는 이유로 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제7항 제1호에 따라 취득세와 등록세를 면제하였고, 이에 원고는 2009. 8. 31. 이 사건 토지에 관하여 원고의 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.
다. (1) 그런데 00은 ‘원고가 이 사건 토지를 원고에게 현물출자하면 조세특례제한법에 따라 양도소득세가 면제된다고 안내함에 따라 이 사건 계약을 체결하였으나, 실제로는 이 사건 토지의 현물출자로 약 500,000,000원의 양도소득세를 부담하여야 하고, 이러한 착오는 원고에 의하여 유발된 법률행위 내용의 중요 부분의 착오에 해당한다’는 이유로 수원지방법원 2009가합25275호로 이 사건 계약을 취소하고 이 사건 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기의 말소등기절차의 이행을 구하는 소를 제기하였는데, 위 법원은 2010. 2. 5. 원고의 무변론으로 00의 청구를 인용하는 판결을 선고하였고, 위 판결은 2010. 3. 3. 확정되었다.
(2) 00은 2010. 3. 12. 위 확정판결에 따라 이 사건 토지에 관하여 마쳐진 원고 명의의 소유권이전등기를 말소하였다.
(3) 한편, 00은 이 사건 계약 체결 당시 원고의 대표이사인 000의 배우자이자 원고의 감사였는데, 2010. 11. 22. 사망하였다.
라. 이 사건 토지에 관하여 마쳐진 원고 명의의 소유권이전등기가 말소되었음을 확인한 피고는 원고가 이 사건 토지를 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도에 사용한 경우에 해당한다는 이유로 구 지방세법 제266조 제7항 단서에 따라 이 사건 토지의 취득 및 등기 당시 면제된 취득세와 등록세를 추징하기로 하였고, 이에 따라 원고에 대하여, 2012. 1. 31. 등록세 38,201,430원 및 지방교육세 7,096,100원을 부과·고지하였고(이하 ‘이 사건 제1처분’이라고 한다), 2012. 3. 28. 취득세 77,545,650원 및 농어촌특별세 7,754,560원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 제2처분’이라고 하고, 이 사건 제1처분과 이 사건 제2처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).
마. 원고는 2012. 2. 19. 이 사건 제1처분에 대하여, 2012. 4. 16. 이 사건 제2처분에 대하여 이의신청을 하였으나, 경기도지사는 2012. 5. 23. 원고의 이의신청을 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제7호증, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분이 위법하다고 주장한다.
(1) 00은 이 사건 토지의 현물출자로 약 500,000,000원의 양도소득세를 부담하여야 한다는 사실을 알게 된 후 이 사건 계약을 취소하였고, 이에 민법 제141조에 따라 이 사건 계약의 효력은 소급하여 무효로 되었으므로, 원고는 이 사건 토지를 취득한 적이 없다.
(2) 00은 이 사건 토지상에 건물을 신축하기 위한 건축허가를 받아 2003. 8. 5. 피고에게 착공신고를 하였고, 한편 원고는 설립등기를 마치기 전인 2009. 4. 1. 00로부터 이 사건 토지를 임차하는 임대차계약을 체결한 뒤 원고의 명의로 이 사건 토지상에 영농용 건물을 신축하는 공사계약을 체결하였으며, 2009. 11. 24. 피고에게 건축주명의를 원고로 변경하는 신고를 하였고, 이 사건 토지에 관하여 마쳐진 원고 명의의 소유권이전등기가 말소된 이후에도 신축공사를 계속 진행하여 2011. 1. 31. 사용승인을 받았으며, 현재까지도 이 사건 토지상의 건물에서 영농을 하고 있으므로, 구 지방세법 제266조 제7항 단서의 추징요건에 해당하지 않는다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

구 지방세법 제266조 제7항은 일정한 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 창업 후 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 다만 ‘그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에는 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 또한, 구「지방세법」제29조제1항 제1호, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제1항 제2호 단서, 제3항은 취득세는 취득세 과세물건을 취득하는 때에 그 납세의무가 성립하고, 다만 취득 후 30일 이내에 민법 제543조 내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니하며, 취득일 이전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 구「지방세법」제29조제1항 제2호는 등록세는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때에 그 납세의무가 성립한다고 규정하고 있다.
취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로서 부동산의 취득자가 그 부동산을 사용·수익·처분함으로써 얻을 것이 예상되는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니므로, 구「지방세법」제105조제1항의 ‘부동산 취득’이란 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산 취득의 모든 경우를 포함하는 것으로 해석되고(대법원 1984. 11. 27. 선고 84누52 판결 등 참조), 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로, 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리귀속 주체가 다르다거나 일단 공부에 등재되었던 등기 또는 등록이 뒤에 원인무효로 말소되었다고 하더라도 위와 같은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록세 부과처분의 효력에 아무런 영향이 없다(대법원 1986. 2. 25. 선고 85누858 판결 등 참조).
이 사건에 관하여 보건대, 원고는 2009. 8. 31. 이 사건 토지에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳐 이 사건 토지의 소유권을 취득하였으므로 이후 이 사건 계약이 취소되어 원고 명의의 소유권이전등기가 말소되었다고 하더라도 이미 성립한 취득세 및 등록세의 납세의무에 영향을 줄 수 없고, 이 사건 토지에 관하여 마쳐진 원고 명의의 소유권이전등기가 사용일인 2009. 8. 31.로부터 2년 이내인 2010. 3. 12. 말소되어 원고가 이 사건 토지의 소유권을 상실한 이상 현재까지도 이 사건 토지상의 영농용 건물에서 영농을 하는 등으로 이 사건 토지를 사용하고 있다고 하더라도 구 지방세법 제266조 제7항 단서가 규정한 추징요건을 충족하였다고 할 것이다.
따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제29조(납세의무의 성립시기)

① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.
1. 취득세 : 취득세 과세물건을 취득하는 때

2. 등록세 : 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때

제104조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각 호와 같다.
1. 부동산 : 토지 및 건축물을 말한다.
3. 토지「측량수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따른 토지를 말한다.
8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.
제105조(납세의무자등 <개정 1994.12.22.>)

① 취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·승마장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.
② 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는「민법」·「광업법」·「수산업법」·「선박법」·「산림법」·「건설기계관리법」·「자동차관리법」또는「항공법」등 관계 법령의 규정에 의한 등기·등록등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비·항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다.
제124조(납세의무자)

등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.
제266조(농어민관련사업 등에 대한 감면)

⑦「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 항에서 "농업법인"이라 한다) 및 같은 법 제16조에 따른 영어조합법인이 영농·영어·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호의 1에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.
1. 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 창업 후 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.
2. 농업법인 및 영어조합법인이 영농·영어·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 당해 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
3. 농업법인 및 영어조합법인의 설립등기에 대하여는 등록세를 면제한다.
구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제73조(취득의 시기등)

① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날). 다만, 취득 후 30일 이내에「민법」제543조내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.
③ 제1항·제2항 및 제6항의 규정에 의한 취득일전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다. 다만, 수입 또는 건조에 의하여 연부로 취득하는 선박에 대하여는 그러하지 아니하다. 끝.