경정청구거부처분취소 (세무, 창원지방법원)
공포일: 2014.10.17 / 시행일:

【원 고】 △△△ 주식회사 (소송대리인 변호사 이상우 외 1인)
【피 고】 김해세무서장
【변론종결】2014. 9. 2.
【주 문】
1. 피고가 2013. 7. 1. 원고에게 한, 2010 사업연도에 남아있는 2006 사업연도 결손금 미공제 잔액을 26,761,096,305원에서 28,252,503,432원으로, 2009 사업연도 결손금 미공제 잔액을 58,039,196,392원에서 78,200,811,292원으로 증액하고, 2010 사업연도 발생 결손금을 33,298,258,804원에서 53,459,873,704원으로 증액하는 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다. 
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】주위적 청구취지 : 주문 제1항 기재와 같다(다만 소장 기재 2013. 7. 2.은 ‘2013. 7. 1.’의 오기로 보인다). 
예비적 청구취지 : 처분일자가 2012. 2. 2.(소장 기재 2012. 2. 6.은 ‘2012. 2. 2.’의 오기로 보인다)인 것 외에는 주문 제1항 기재와 같다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 대구-부산간 고속도로 사업 및 원고의 후순위차입금 부담 
 1) 대구-부산간 고속도로 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)은 구 사회간접자본시설에 대한 민간투자법(2002. 12. 11. 법률 제6776호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘민간투자법’이라 한다) 제4조 제1호의 ‘1. 사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(BTO : Build-Transfer-Operate)’으로 대구시 동구에서 김해시 대동면까지 총연장 82.11㎞의 고속도로를 건설하여 관리, 운영하는 사업이다. 
 2) 원고는 1999. 12. 8. 이 사건 사업을 목적으로 민간투자법에 따라 설립된 회사이다.
 3) 원고는 2007. 12. 17. 사업자금 조달을 위하여 주주인 소외 1 회사 등 4개사와 선순위대출약정을 체결하고 970,100,000,000원을 차입하였으며(이하 970,100,000,000원 차입금을 ‘선순위차입금’이라 한다), 2008. 11. 28. 주주인 국민연금공단, 소외 1 회사와 후순위대출약정을 체결하고 597,231,000,000원을 그중 300,300,000,000원(A)은 연 12~20%, 296,931,000,000원(B)은 연 20~40%의 이자율로 차입하였다(이하 597,231,000,000원 차입금을 ‘이 사건 후순위차입금’이라 한다). 
 나. 피고의 후순위차입금 이자율 조사 및 2012. 2. 2.자 법인세 과세표준 경정결정 등 
 1) 감사원은 2010. 9. 무렵부터 2010. 11. 무렵까지 최소운영수입보장(MRG : Minimum Revenue Guarantee, 정부 또는 지방자치단체가 실시협약상 약정된 보장추정운영수입과 실제운영수입의 차액만큼 보전금을 지급하는 것) 방식의 민간투자사업에 대한 사후관리실태를 감사하고, 국세청에 민간투자사업자들의 후순위차입금 이자율의 적정 여부를 조사할 것을 요구하였다. 
 2) 이에 따라 피고는 2011. 6. 27.부터 2011. 7. 1.까지 원고에 대한 후순위차입금 이자율 산정의 적정 여부를 조사하고, 원고가 주주인 국민연금공단 등으로부터 이 사건 후순위차입금 중 300,300,000,000원(A)은 연 12%, 296,931,000,000원(B)은 연 20%의 이자율로 차입한 것은 경제적 합리성을 결여한 특수관계자 간의 거래로 부당행위계산에 해당한다고 판단하였다. 
 3) 피고는 위 조사결과를 토대로 2011. 8. 11. 원고에게 법인세 과세표준 경정결정 과세예고 통지를 하였고, 이에 대하여 원고는 2011. 9. 15. 과세전적부심사를 청구하였으나, 국세청장은 2011. 11. 11. 불채택 결정을 하였다. 
 4) 피고는 2012. 2. 2. 원고에게, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제52조에 근거하여 2008, 2009, 2010 사업연도의 이 사건 후순위차입금에 대한 이자비용 중 당시 당좌대출이자율인 연 8.5~9%를 초과하는 금액인 92,397,672,658원을 손금불산입하고 2008 사업연도의 과세표준(소득금액)을 12,045,965,935원에서 15,128,508,593원으로, 2009 사업연도의 과세표준을 -78,200,811,292원에서 -33,543,246,292원으로, 2010 사업연도의 과세표준을 -53,459,873,704원에서 -8,802,308,704원으로 각 경정·결정하였다. 
 5) 원고는 이에 불복하여 2012. 5. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2012. 12. 3. "피고가 2012. 2. 6.(이는 ‘2012. 2. 2.’의 오기로 보인다) 원고에게 한 2008 사업연도 3,082,542,658원, 2009 사업연도 44,657,565,000원, 2010 사업연도 44,657,565,000원을 손금불산입하여 과세표준을 경정한 처분은, 원고가 주장하는 이자율 가산요소(지급순위로 인한 프리미엄 연 6.1~13.9%와 만기차이로 인한 프리미엄 연 0.4~0.9%의 가산금리)의 적정성 여부를 재조사하여 그 결과에 따라, 원고가 적용한 후순위차입금 이자율(연 12%, 연 20%)의 시가 여부를 정하여 그 과세표준을 경정한다."라는 결정을 하였다.
 6) 원고는 재조사 과정에서 2013. 2. 8.자 ‘신대구부산 후순위 정상이자율 산정 기초자료’ 문서를 통하여 기준이자율 6.7%(선순위차입금 고정금리 이자율), 만기프리미엄(후순위차입금이 선순위차입금에 비하여 차입기간이 더 장기이므로 발생하는 위험) 0.4%~0.9%, 후순위위험프리미엄(후순위차입금의 지급순위 열위로 인하여 발생하는 위험) 6.1%~13.9%를 가산하여 산정한 13.2%부터 21.5%까지의 이자율이 적정이자율이라고 주장하였다. 
 7) 피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 2013. 4. 재조사한 결과, 선순위차입금 이자율 연 6.7%를 기준으로 만기프리미엄 연 0.76% 및 후순위위험프리미엄 연 5.75%를 가산한 연 13.21%(= 6.7 + 0.76 + 5.75)를 후순위차입금의 이자율 시가로 결정하였고, 그에 따라 2013. 4. 5. 원고에게, 2012. 2. 2.자 경정결정에 대하여 48,991,900,200원을 손금산입하여, 2008 사업연도의 이월결손금을 15,128,508,593원에서 13,537,373,065원으로, 2009 사업연도의 과세표준을 -33,543,246,292원에서 -58,039,196,392원으로, 2010 사업연도의 과세표준을 -8,802,308,704원에서 -33,298,258,804원으로 각 경정·결정하였다.
 다. 원고의 결손금 증액 경정청구와 피고의 2013. 7. 1.자 경정청구 거부처분 
 1) 원고는 위 2013. 4. 5.자 경정결정을 통보 받고는, 2013. 6. 14. 피고에게, 이 사건 후순위차입금의 이자율 시가는 연 13.21%가 아니고 당초 대출약정에 따른 연 12%, 연 20%가 경제적 합리성이 있다고 주장하면서, 손금불산입한, 이 사건 후순위차입금 중 296,931,000,000원(B)에 대하여 이자율 연 20%로 산정한 이자비용에서 연 13.21%로 산정한 이자비용을 공제한 차액부분을 손금산입하여, 국세기본법 제45조의2 제1항 제2호에 따라 ① 2010 사업연도 발생 결손금을 33,298,258,804원에서 53,459,873,704원으로 증액하고, ② 2010 사업연도에 남아있는 2006 사업연도 결손금 미공제 잔액을 26,761,096,305원에서 28,252,503,432원으로 증액하며, ③ 2009 사업연도 결손금 미공제 잔액을 58,039,196,392원에서 78,200,811,292원으로 증액하는 내용의 결손금 증액 경정청구를 하였다. 
 2) 그 구체적인 내용은 아래 표 기재와 같다(①은 피고가 재조사 이후 2012. 4. 5.자 경정결정에 따른 것이고, ②는 원고의 당초 신고내역 및 이 사건 경정청구에서 구하는 것이다). 
 사업연도당기 발생 결손금(원)2008년 이월결손금 공제액(원)2010년말 잔존 이월결손금(원)후순위차입금 이자비용 손금산입액(원) (= 연 20%-연 13.21% ) 20053,541,107,5713,541,107,571-? 200636,757,361,7969,996,265,494① 26,761,096,302? 8,504,858,364② 28,252,503,432? 200786,027,960,112?86,027,960,112? 2008-?-1,491,407,130원 200958,039,196,392?① 58,039,196,39220,161,614,900 78,200,811,292② 78,200,811,292 2010① 33,298,258,804?33,298,258,80420,161,614,900 ② 53,459,873,704?53,459,873,704 합계217,663,884,67513,537,373,065204,126,511,610? 257,987,114,47512,045,965,935245,941,148,540 
 3) 이에 대하여 피고는 2013. 7. 1. 원고에게, "2010 사업연도 법인세 과세표준 경정청구는 조세심판원 재조사결정에 따른 법인세 재조사 경정사항으로 경정청구 대상에 해당되지 않는다."라는 이유로 원고의 결손금 증액 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 4) 원고는 이에 불복하여 2013. 7. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2013. 7. 5. 이 사건 소를 제기하였다. 조세심판원은 2014. 1. 20. 위 심판청구를 기각하였다.
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제8, 11, 13, 14, 15호증, 갑 제16호증의 1, 2, 갑 제17, 26호증, 을 제1 내지 5호증, 을 제9호증의 1, 2, 을 제10, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 본안전항변에 관한 판단 
 가. 피고 본안전항변 
 결손금 경정이 필요한 경우 결손금이 발생한 각 사업연도의 익금 또는 손금에 대한 경정을 통하여 해당 사업연도의 결손금액 경정이 선행된 후 이를 이월결손금계산서에 이기하여야 하므로, 2006 및 2009 사업연도에서 각각 발생한 결손금은 2010 사업연도의 과세표준 및 세액 또는 결손금 계산에 아무런 영향을 미치지 않는다. 원고는 2010 사업연도에 대하여만 경정청구를 하였고, 2010 사업연도에 남아있는 2006 및 2009 사업연도 결손금 증액에 대한 경정청구를 한 바 없어 그에 대한 거부처분은 존재하지 않는다. 따라서 이 사건 소 중 2010 사업연도에 남아있는 2006 및 2009 사업연도 결손금 증액 경정청구에 대한 거부처분 취소청구 부분은 존재하지 않는 처분을 그 대상으로 한 것이어서 부적법하다. 
 나. 판 단 
 1) 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로, 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있고, 또 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사·결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니다. 따라서 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결, 대법원 2013. 2. 28. 선고 2012두24009 판결 등 참조). 
 2) 법인세 과세표준에 영향을 미치는 결손금에는 당해 사업연도에 발생한 결손금뿐만 아니라 이월된 결손금도 포함된다. 따라서 법인세법 제13조에 따라 원고는 2010 사업연도에 발생한 결손금과 이월되어 2010 사업연도에 남아있는 결손금의 증액을 모두 청구할 수 있고, 이 사건 처분은 피고가 원고의 위 결손금 증액 경정청구를 모두 거부한 것이므로 피고가 부적법하다고 다투는 이 부분 소는 적법하다. 그러므로 이와 다른 전제에 선 피고 본안전항변은 이유 없다. 
 3. 본안에 관한 판단 
 가. 원고 주장 
 1) 이 사건 후순위차입금은 대구-부산간 고속도로의 운영이라는 단일사업에 대한 장기투자로 인하여 채무불이행 위험이 높고, 선순위차입금과는 지급조건, 변제기간, 담보 순위 등에 큰 차이가 있다. 이 사건 후순위차입금 중 296,931,000,000원(B)에 대한 이자율 연 20%는 이와 같은 위험을 고려하여 정하여진 것으로서 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 있다. 선순위차입금과 후순위차입금은 이자율 결정의 중요요소들에 본질적인 차이가 있어 피고 주장과 같이 선순위차입금 이자율에 일정한 위험프리미엄 이자율을 가산하는 방식으로는 적정이율을 산정할 수 없고, 피고가 주장하는 연 13.21%의 이자율은 위와 같은 후순위차입금의 위험을 제대로 반영하지 못한 것이어서 이를 적정한 시가라고 볼 수도 없다. 
 2) 원고는 당초 후순위차입금 이자율 연 20%를 기준으로 산정한 이자비용을 2008, 2009, 2010 사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 주장하면서 감액된 결손금의 증액을 구하는 과세표준 경정청구를 하였으나, 피고는 2013. 7. 1. 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. 따라서 원고는 주위적으로, 이 사건 처분의 취소를 구한다.
 3) 피고는 2012. 2. 2. 당좌대출이자율을 기준으로 2008, 2009, 2010 사업연도의 결손금을 감액하는 경정결정을 하였다. 위 경정결정을 다투는 것은 결국 감액된 결손금 증액청구에 대한 거부처분을 다투는 것과 마찬가지이다. 따라서 원고는 예비적으로, 2012. 2. 2.자 경정결정의 취소를 구한다.
 나. 관계 법령 
 별지 기재와 같다. 
 다. 인정사실 
 1) 실시협약 및 변경실시협약의 체결 
 가) 원고는 2000. 12. 14. 건설교통부와 아래와 같이 ‘대구-부산간 고속도로 민간투자시설사업 실시협약’을 체결하였다. 원고는 대구-부산간 고속도로 건설공사를 완료하고 건설교통부에 위 고속도로를 기부채납한 후, 2006. 2. 12.부터 고속도로 관리운영을 시작하였다.
 제2조 정의 본 협약에 달리 규정되지 아니하는 한, 본 협약에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 28. 보장기준통행료수입 : 부록 6에 명시되어 있는 특정 사업년도 추정통행료수입의 90%를 말한다. 제4조 무상사용기간 ① 본 협약에서 달리 규정한 경우를 제외하고는 운영기간과 동일하며 제3조 제3호에 의한 무상사용기간은 운영개시일로부터 30년간으로서 동 기간 동안 관리운영권이 사업시행자에게 존속하는 것으로 한다. 제40조 통행료의 징수 ① 사업시행자는 본 협약에 따라 무상사용기간 동안 본 도로구간을 통행하는 차량들로부터 통행료를 징수한다. 제42조 최초 통행료 ① 본 협약 체결일 현재 최초 통행료는 부록 5에 정한 바와 같이 '99. 10. 1. 불변가격 기준 6,564원(1종 기준, 80원/㎞×82.05㎞, 부가가치세 별도)으로 한다. 제45조 통행료수입 보장 및 환수 ① 추정통행료수입은 추청교통량에 통행료를 곱한 금액을 의미하며 협약체결 시의 추정통행료수입은 부록 6과 같다. ② 정부는 민간투자법, 민간투자법 시행령 및 민간투자사업기본계획 등에 따라 운영개시일로부터 20년 기간 동안 매 사업연도의 실제 통행료수입이 보장기준통행료수입에 미달하거나 환수기준통행료수입을 초과하는 경우 그 부족분을 보장하거나 그 초과분을 환수한다. 
 나) 원고는 2006. 11. 1. 건설교통부와 아래와 같이 ‘대구-부산간 고속도로 민간투자시설사업 변경실시협약’을 체결하였다.
 제42조 최초 통행료 ① 본 변경협약 체결일 현재 최초 통행료는 부록 5에 정한 바와 같이 '99. 10. 1. 불변가격 기준 금7,073원(1종 기준, 86.2원/㎞×82.05㎞, 부가가치세 별도)으로 한다. 
 2) 원고의 출자자 변경 및 자금재조달계획서 제출 
 건설교통부장관은 2006. 4. 13. 원고에게 출자자 변경 및 자금재조달 관련 절차이행 및 사전승인 협조를 요청하였고, 원고는 2007. 1. 9. 건설교통부장관에게 출자자 변경 및 자금재조달계획서를 제출하였다. 
 3) 원고의 선순위차입금 
 가) 원고는 2007. 12. 17. 주식회사 국민은행, 국민연금공단 등과 아래와 같이 1,250,000,000,000원에 대하여 선순위대출약정을 체결하였다. 위 대출약정은 선순위차입금을 우선 지급하기 위하여 후순위차입금의 원금과 이자 지급을 제한하고 있으며, 원고는 위 선순위차입금을 담보하기 위하여 1순위 담보권을 제공하였다.
 나) 원고는 2007. 12. 24. 1차 선순위대출금 473,000,000,000원을, 2008. 6. 20. 2차 선순위대출금 497,100,000,000원을 각 대출받아 기존 차입금을 상환하였다. 
 ○ ‘선순위이자율’은 (ㄱ) 장기대출금 중 변동금리대출금은 그에 적용될 기준금리에 가산금리(0.65%)를 더한 이자율이고, (ㄴ) 장기대출금 중 고정금리대출금은 연 6.7%이다. (ㄷ) 신용공여대출금은 그에 적용될 기준금리에 가산금리(1.30%)를 더한 이자율이다. ○ ‘상환’은 장기대출금은 2011. 9.부터 14년간 원금불균등분할상환방식으로, 신용공여대출금은 각 인출일 이후 2년이 되는 연도의 최종 영업일까지 원금일시상환방식으로 상환하기로 하였다. ○ 제13조 소극적 준수사항 차주는 대출금 전액이 상환될 때까지 다음의 사항을 준수하여야 한다. 제6항 자본감소의 금지 및 제한적 지급(Restricted Payment) 2. 차주는, 대리은행의 서면에 의한 사전 동의 없이는, 출자자후순위대여금을 포함한 후순위대출금의 원리금 상환, 배당의 선언 또는 출자자에 대한 배당금의 지급을 할 수 없다. 다만, 다음의 조건이 모두 충족되는 경우, 후순위대출금의 원리금 상환, 배당의 선언 또는 출자자에 대한 배당금의 지급을 할 수 있다. 가. 부채상환적립계좌에 부채상환적립금이 전액 적립될 것 나. 기한이 도래한 신용공여대출금의 미상환 잔액이 없을 것 다. 연간 기준 누적부채상환비율이 직전 이(2)개년 연속하여 일점이(1.2) 이상 유지될 것. 라. 지급기일이 도래한 장기대출금의 원리금 및 금융비용이 모두 상환되었을 것 마. 채무불이행 사유 또는 잠재적 채무불이행사유가 존속하지 않을 것 위 조건들이 충족되지 않음을 이유로 지급되지 아니한 후순위대출금의 이자가 있는 경우 미지급된 후순위대출금이자는 미지급이자로 처리된다. 동 미지급이자는 위 조건들이 충족되는 즉시 지급된다. 단, 위 미지급이자의 지급에 있어, 미지급이자에 대한 이자가 계산되며, 미지급이자의 지급에 관한 위 각 조건들이 충족되면 지급되는 것으로 한다. 
 4) 2차 변경실시협약의 체결 
 원고는 2008. 2. 28., 2008. 4. 30. 건설교통부와 합의서 작성을 거친 후, 2008. 5. 16. 국토해양부(주무관청명이 건설교통부에서 변경되었다)와 아래와 같이 ‘대구-부산간 고속도로 민간투자시설사업 2차 변경실시협약’을 체결하였다.
 제2조 정의 28. 보장기준통행료수입 : 부록 6-1에 명시되어 있는 특정 사업년도의 추정통행료수입의 77%를 말한다. 제3조의2 출자자 및 출자지분의 변경 등 ③ 사업시행자는 본 조에 따른 출자자 및 출자지분의 변경과 관련하여 자금재조달 이후 납입자본금을 1,594억 원 이상으로 유지하기로 하며, 본 실시협약 이후 출자자 및 출자지분의 변경 또는 자금재조달에 대해서는 민간투자사업기본계획에 따라 상호 협의하기로 한다. 제42조 최초 통행료 ① 본 사업의 최초 통행료는 부록 5에 정한 바와 같이 2005년 8월 1일자 불변가격 기준 8,500원(전 구간, 1종 기준, 부가가치세 포함)으로 한다. 
 5) 원고의 출자자 변경, 자본금 유상감자 및 후순위차입금 
 가) 기존 출자자 8개 건설사는 원고 지분을 양도함에 따라 소외 1 회사는 44.55%, 국민연금공단은 36.45%, 소외 2 회사의 수탁자인 소외 3 은행은 18%의 원고 지분을 보유하게 되어 출자자가 변경되었다. 이후 국민연금공단은 2008. 10. 31. 소외 2 회사의 지분 등을 인수함에 따라 원고 지분을 국민연금공단이 59.1%, 소외 1 회사가 40.9% 보유하게 되었다. 
 나) 원고는 2008. 11. 28. 국민연금공단, 소외 1 회사와 아래와 같이 597,231,000,000원에 대하여 후순위대출약정을 체결하였다. 위 대출약정은, 원금은 차입 이후 16년이 경과하는 날까지 거치하고 이후 10년에 걸쳐 3개월마다 40회에 걸쳐 균등 분할상환하기로 하였고, 이자와 원금의 상환은 선순위대출계약서의 지급제한요건을 충족한 경우에 가능함을 명시하였다. 
 제4조 이자 제1항 이자의 지급 및 이자율 (가) 차주는 후순위대출금의 인출일로부터 그 인출한 금액이 전액 상환될 때까지의 기간 동안에는 아래의 조건이 모두 충족되는 경우 부록 2에 정한 각 이자율을 적용하여 계산한 이자를, 후순위대출대리은행에게 각 이자지급일에 전액 또는 현금이 부족한 경우 일부를, 유보계좌로부터 출금하여 지급한다. (2) 선순위대출약정서 제13조 제6항에서 정한 조건을 충족할 것 (나) 후순위대출금에 대한 이자는 후순위대출금 A에 대한 이자를 후순위대출금 B에 대한 이자에 우선하여 지급하는 것으로 한다. 제5조 상환 및 조기상환 제1항 상환 차주는 후순위대출금을 후순위대출금에 대한 최초 이자기간의 종료일로부터 16년 9개월이 되는 날까지 거치하고, 동 거치기간 만료 후 10년 동안의 기간에 걸쳐 후순위대출금을 부록 3의 분할상환계획표에 따라 매 3개월마다 40회에 걸쳐 균등한 방식에 의하여 계산된 분할상환원금으로 각 이자지급일("상관기일")에 연 4회 상환한다. 이 경우 후순위대출금 A의 원금을 후순위대출금 B의 원금에 우선하여 상환하는 것으로 한다. 단, 이 약정서 제4조 제1항 (다)호에 따라 원금으로 가산된 미지급이자원금은 선순위대출약정서 제13조 제6항에 정한 후순위대출금의 이자지급조건이 성취되고, 차주에게 여유현금이 있는 경우에는 위 거치기간 만료 이전에 별도의 기한 전 상환수수료 없이 어느 이자지급일에 우선상환할 수 있는 것으로 하며, 이 경우에도 후순위대출금 A의 미지급이자원금은 후순위대출금 B의 미지급이자원금에 우선하여 상환하는 것으로 한다. 제6조 후순위담보 제1항 후순위담보서류 및 후순위담보권 실행의 효과 (본문 생략) 단 (ⅰ) 후순위담보서류에 따른 후순위담보권의 설정은 등기, 등록, 통지 및 승락을 포함하여 금융서류에 따른 선순위 담보권자의 담보권 설정을 위하여 필요한 행위가 완료된 이후에 완료되어야 하고, (이하 생략) 제11조 소극적 준수사항 차주는 약정기간 동안 후순위대출대리은행 및 후순위대출대주에게 다음과 같은 소극적 준수사항을 이행할 것을 서약한다. 제6항 지급의 제한 (나) 차주는 선순위대출약정서 제13조 제6항에 정한 조건이 충족되지 아니하는 한, 이 약정서에 의한 후순위대출금의 원금 및 이자를 지급할 수 없다. 
 다) 원고는 위 자금재조달계획에 따라 2008. 12. 4. 자본금의 유상감자를 실시하였고, 이에 따라 자본금은 직전 756,631,000,000원에서 159,400,000,000원으로 감소하였으며, 주주인 국민연금공단, 소외 1 회사로부터 위와 같이 후순위대출금 597,231,000,000원을 차입하였다. 
 6) 감사원의 감사결과 
 2011. 5. 작성된 감사원의 ‘감사결과 처분요구서’ 중 민간투자사업시행자의 주주차입금과 관련하여 후순위차입금 이자율의 현황은 아래와 같다.
 민간투자사업시행자의 주주차입금 현황 ?사업명사업시행자후순위차입금 이자율 1인천국제공항고속도로소외 4 회사연 13.9% 2우면산터널소외 5 회사연 20% 3수정산터널소외 6 회사연 20% 4문학터널소외 7 회사연 13.1%(후순위선순위구분없음) 5천안논산고속도로소외 8 회사연 6%⑴ ~ 20% 6대구부산고속도로원고연 12% ~ 40% 7광주제2순환도로 1구간소외 9 회사연 15% ~ 20% 8범물안심간도로소외 10 회사연 17% 9미시령동서관통도로소외 11 회사연 7%⑵ ~ 65% 10목포신외항1-1소외 12 회사연 7.5%⑶ ~ 27.4% 11목포신외항1-2소외 13 회사연 8.5%⑷ ~ 11% 12일산대교소외 14 회사연 6%⑸ ~ 20% ⑴, ⑵, ⑶, ⑷, ⑸ 연 10% 미만의 이자율은 차입 초기의 단기간에만 적용된다. 
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 10호증, 을 제12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 원고의 주위적 청구에 관한 판단 
 1) 법인세법 제52조 제1항은 "내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(‘부당행위계산’)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다."라고, 제2항은 "부당행위계산 부인은 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’인 ‘시가’를 기준으로 한다."라고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제7호는 ‘금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우’를 부당행위계산의 한 유형으로 규정하고, 같은 법 시행령 제89조 제3항은 ‘기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율 또는 가중평균차입이자율’을 금전의 대여 또는 차용에 대한 시가로 규정하고 있다. 
 한편 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결 참조). 그리고 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 참조).
 2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 본다. 위 인정사실과 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음 사정들을 종합하면, 피고가 주장하는 연 13.21%가 이 사건 후순위차입금의 이자율 시가라고 단정하기 어려울 뿐만 아니라, 이 사건 후순위차입금 이자율인 연 20%가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라고 볼 수 없다.
 ① 민간투자법 제7조에 따라 기획재정부가 고시하는 민간투자사업기본계획은 사업의 안정적인 추진을 위하여 민간투자시설 건설기간 중에는 사업시행자의 자기자본비율을 일정 수준 이상 유지하도록 규정하고 있다. 한편 민간투자시설이 완공되어 운영이 개시되면 사업시행자는 신규투자자를 모집하여 출자자의 지분을 줄이고 후순위차입금을 조달함으로써 자본구조를 변경하는 것이 일반적이고, 민간투자사업기본계획은 이를 허용하고 있다. 이와 같은 후순위차입금 조달을 포함한 자금재조달 또는 출자자 변경의 목적은 자본구조, 출자자 지분 및 타인자본 조달조건 등을 변경하여 출자자의 기대수익을 증가시키기 위한 것이고, 자금재조달을 통해 유상감자한 금액을 후순위차입금으로 전환하면 이자비용이 발생하여 법인세가 감소한다는 점은 예상된 결과이다. 
 ② 법인세법 시행령은 부당행위계산이 되지 않기 위한 금전의 대여 또는 차용 시의 이자율을 기획재정부령이 정한 당좌대출이자율 또는 가중평균차입이자율로 정하고 있다. 그러나 위 규정은 특수관계자 사이의 일반적인 자금의 대여 또는 차용의 경우를 상정한 것이고, 거래의 다양성 등을 고려할 때 모든 특수관계자 사이의 자금 대여 또는 차용의 경우에 획일적으로 적용하기는 어렵다. 
 ③ 민간투자사업에 있어서 사업시행자가 주주로부터 차입하는 후순위차입금은 일반적인 자금대출과는 다른 특수성이 있고, 선순위차입금과도 그 지급조건, 상환기간, 담보 등에 있어서 불리한 지위에 있다. 이 사건 후순위차입금의 경우에도, ㉮ 후순위차입금의 원리금을 상환하기 위하여는 지급기일 도래한 선순위차입금을 모두 상환하여야 하는 등 일정한 지급조건이 충족되어야만 하고, ㉯ 원리금 상환방법도 선순위차입금은 2011. 9.부터 14년간 분할상환하는데 비하여 후순위차입금 경우 원금은 최초 이자기간의 종료일로부터 16년 9개월 경과 후 10년 동안의 기간에 걸쳐 매 3개월마다 40회에 걸쳐 분할상환하며(후순위차입금 내에서도 후순위차입금 A에 대한 원리금을 후순위차입금 B에 대한 원리금보다 우선상환하여야 한다), ㉰ 선순위차입금에 대하여는 대구-부산간 고속도로 관리운영권, 관련 계약상 발생하는 권리 등이 1순위 담보로 제공된 데 비하여 후순위차입금에는 그러하지 아니하였다. 
 ④ 원고는 후순위차입금 이자율을 선순위차입금 이자율에서 일정한 조정을 하는 방식으로 산정할 수 없다고 주장한다. 앞서 본 바와 같이 후순위차입금은 선순위차입금보다 불리한 지위에 있기는 하나, 원리금 상환 및 담보제공이나 그 순위의 차이가 있는 외에는 동일한 유형의 자금차용거래이고, 후순위차입금의 상환조건 등이 선순위차입금에 비하여 열위에 있다는 이유로 이자율이 높은 것이므로, 두 차입금 사이에 본질적인 차이가 있다고 보기는 어렵다. 따라서 이자율은 위험을 상정하지 않은 이자율에 만기프리미엄과 위험프리미엄(채무자 신용도나 채권의 약정조건 등에 기인한 불확실성에 대해 추가적인 수익률을 요구하는 것)을 가산하여 결정하는 것이 일반적이므로, 이 사건 후순위차입금의 적정 이자율 산정 역시 선순위차입금 이자율 등을 기준으로 만기프리미엄, 위험프리미엄 등을 가산하는 방식으로 산정하는 것이 합리적이다. 한편 원고도 피고의 재조사 과정에서 일정한 위험프리미엄을 가산하는 방식으로 적정이자율 산정을 주장하기도 하였다. 
 ⑤ 피고는 이 사건 후순위차입금의 이자율 시가를 연 13.21%로 산정함에 있어 선순위이자율 연 6.7%(장기대출금 고정금리)를 기준으로 만기프리미엄 연 0.76%, 후순위위험프리미엄 연 5.75%만을 가산하였고, 최소운영수입보장(MRG) 및 통행료 감소 프리미엄 등을 인정하지 않았다. 그러나 ㉮ 앞서 본 바와 같이 이 사건 사업의 최소운영수입보장율은 당초 90%에서 77%로 낮아져서 이에 대한 위험프리미엄을 가산할 필요가 있는데도, 피고는 이를 전혀 반영하지 않았다. ㉯ 더구나 최소운영수입보장율 감소 등으로 정부는 재정적 부담을 감소하는 이익을 얻는 데 반하여 그 감소율을 고려하지 않고 이 사건 후순위차입금 이자율만을 부당하게 고율로 산정된 것이라고 보아 법인세를 부담시키는 것은 부당하다.
 ⑥ 이 사건 사업은 막대한 초기비용이 투자되는 반면 투자이익 회수기간은 30년으로 매우 장기간이고, 고속도로 준공과 동시에 그 소유권이 국가에 귀속되고 사업시행자에게 일정 기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식이므로 사업시행자가 투자비용 미회수위험을 부담한다.
 ⑦ 더욱이 이 사건 사업의 무상사용기간은 운영개시일인 2006. 2. 12.로부터 30년인데 반하여 최소운영수입보장기간은 운영개시일로부터 20년 동안만 적용되고, 이에 따라 최소운영수입보장은 2026. 2. 11.에는 종료된다. 그런데 이 사건 후순위차입금의 원금상환은 2025년부터 분할상환이 이루어진다. 따라서 이 사건 후순위차입금의 원금 대부분은 최소운영수입보장을 받지 못하여 채무불이행의 위험이 매우 높다.
 ⑧ 이 사건 사업은 고속도로를 건설 후 이를 관리 운영함으로써 수익을 거두는 것인데, 장래 도로이용가능성은 교통수단의 발전과 수요의 변화에 따라 달라지는 것이어서 예측하기 어렵다. 이에 반하여 이 사건 후순위차입금은 그 상환시기가 늦어 회수가능성이 떨어질 뿐만 아니라, 이 사건 후순위차입금 중에서도 연 20% 이자율인 후순위차입금 B는 후순위차입금 A를 모두 상환한 뒤에야 상환받을 수 있으므로 회수하지 못할 위험성은 더욱 크다. 
 ⑨ 피고는, 피고가 제시한 이 사건 후순위차입금 이자율 시가 13.21%는 당초 원고가 제시한 것이라고 주장한다. 그러나 원고는 재조사 과정에서 피고 측의 요구에 따라 삼일회계법인을 통하여 이 사건 후순위차입금 이자율 시가의 범위를 13.2%에서 21.5%로 산출한 후 그 범위 내에서 몇 가지 안을 제시하였는데, 피고가 그중 이자율이 가장 낮은 13.2%를 이 사건 후순위차입금 이자율 시가로 본 것이다. 
 ⑩ 다른 민간투자사업의 경우에도 그 사업의 특성에 따라 후순위차입금 이자율이 6%부터 65%까지 다양하므로, 이 사건 후순위차입금 이자율이 다른 민간사업투자사업에 비하여 특별히 높다고 보기도 어렵다. 
 3) 그러므로 이 사건 후순위차입금의 이자율 시가가 피고가 주장하는 연 13.21%라고 보기 어렵고, 원고가 주장하는 연 20%가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라고 할 수 없다. 당초 원고가 이 사건 후순위차입금 이자율 연 20%의 이자비용을 손금산입하여 각 사업연도 과세표준 및 세액을 신고한 바와 같이, 2010 사업연도 발생 결손금 및 2010 사업연도에 남아있는 이월결손금 증액을 구하는 경정청구는 이유 있고, 이를 거부한 이 사건 처분은 위법하다. 따라서 이를 지적하는 원고의 위 주장은 이유 있다. 
 마. 원고의 예비적 청구에 관한 판단 
 위 라.항에서 살펴 본 바와 같이 원고의 주위적 청구를 받아들이는 이상 예비적 청구에 관하여 별도로 판단하지 않는다.
 4. 결 론 
 그렇다면 원고의 주위적 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김해붕(재판장) 이재환 김지영