법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2014.05.16 / 시행일:

【원고, 피상고인】 휴켐스 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 소순무 외 3인)
【피고, 상고인】 중부세무서장
【원심판결】 서울고법 2011. 11. 29. 선고 2011누18122 판결
【주 문】
 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 원심은 증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항 등에서 고정자산의 구조 또는 자산별·업종별로 내용연수(耐用年數)를 법정한 것은, 특정기간 내에 사용된 고정자산의 취득원가를 그 자산의 이용에 의하여 창출된 수익에 대응시켜 기간손익계산을 정확히 하기 위한 감가상각제도의 본질에 따른 것으로 보이고, 고정자산의 물리적·경제적 감손을 비용배분의 방법에 따라 그 사용기간 동안의 손비로 배분함으로써 수익·비용을 대응시키는 감가상각제도의 본질에 비추어, 법정된 내용연수는 신규자산을 기초로 하여 정하여진 것으로 봄이 상당하므로, 법인이 중고자산을 취득하거나 합병법인·분할신설법인이 피합병법인·분할법인의 중고자산을 승계받아 기준내용연수의 100분의 25를 가감한 내용연수 범위 안에서 새로이 내용연수를 신고하였다면, 그 내용연수는 당해 자산이 신규자산임을 전제로 한 법정 내용연수를 의미하고, 따라서 승계취득한 자에게 적용되는 내용연수는 이미 기간이 경과하여 상각된 내용연수를 공제한 잔존내용연수라고 보아야 한다는 이유로, 이와 달리 분할신설법인인 원고가 분할에 의하여 취득한 감가상각자산에 대하여는 원고가 구 법인세법 시행령 제28조 제3항에 따라 신고한 내용연수(원고는 분할법인인 남해화학 주식회사가 종전에 신고한 내용연수와 동일하게 내용연수를 신고하였다)를 그대로 적용하여야 한다는 전제에서 한 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다고 판단하였다.
 2. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
 가. 구 법인세법 시행령 제28조 제1항 제2호는 시험연구용자산과 무형고정자산을 제외한 감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률은 ‘구조 또는 자산별·업종별로 재정경제부령이 정하는 기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 재정경제부령이 정하는 내용연수 범위 안에서 법인이 선택하여 납세지 관할 세무서장에게 신고한 내용연수와 그에 따르는 상각률’에 의하되, 제3항 각 호의 신고기한 내에 신고를 하지 아니한 경우에는 ‘기준내용연수와 그에 따른 상각률’에 의하도록 규정하고, 같은 조 제3항 제1호는 ‘신설법인 등이 제1항 제2호의 규정에 의하여 내용연수를 신고하고자 하는 때에는 재정경제부령이 정하는 내용연수신고서를 그 영업을 개시한 날이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준 신고기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 시행령 제29조의2 제1항은 ‘내국법인이 합병·분할에 의하여 자산을 승계한 경우 또는 기준내용연수의 100분의 50 이상이 경과된 자산(이하 ‘중고자산’이라고 한다)을 다른 법인 또는 소득세법 제28조의 규정에 의한 사업자로부터 취득한 경우에는 그 자산의 기준내용연수의 100분의 50에 상당하는 연수와 기준내용연수의 범위 내에서 선택하여 납세지 관할 세무서장에게 신고한 연수를 내용연수로 할 수 있다’고 규정하고, 같은 조 제2항 제2호는 ‘제1항의 규정은, 합병·분할로 승계한 자산의 경우에는 합병·분할등기일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준 신고기한 내에 재정경제부령이 정하는 내용연수변경신고서를 제출한 경우에 한하여 적용한다’고 규정하고 있다.
구 법인세법 시행령 제28조 제1항 제2호는 그 문언 및 관련 규정의 체계상 감가상각자산의 취득원인이나 취득 당시의 상태를 묻지 않고 그 구조 또는 자산별·업종별로 동일한 기준의 내용연수나 상각률을 적용하도록 규정한 것으로 보이는 점, 구 법인세법 시행령 제29조의2의 취지는 내국법인이 합병·분할에 의하여 승계받은 자산과 중고자산에 대하여는 그 경제적 실질에 맞게 신규자산보다 짧은 내용연수를 적용하려는 데 있는 점, 합병·분할에 의하여 승계받은 자산이나 중고자산에 대한 감가상각기간 등을 정하는 것은 입법정책의 문제인 점 등을 종합하여 보면, 분할에 의하여 자산을 승계받은 분할신설법인이 구 법인세법 시행령 제28조 제3항의 내용연수신고서만 제출하고 제29조의2 제2항 제2호의 내용연수변경신고서를 제출하지 않은 경우에는 특별한 사정이 없는 한 구 법인세법 시행령 제28조 제3항의 내용연수 신고에 따른 내용연수를 적용하여야 하고, 분할법인이 적용하여 온 내용연수에 따른 잔존내용연수를 적용할 것이 아니다.
 나. 그런데도 원심은, 그 판시와 같은 이유만으로 분할에 의하여 자산을 승계받은 분할신설법인의 경우에는 언제나 분할법인이 적용하여 온 내용연수에 따른 잔존내용연수를 적용하여야 한다는 전제 아래, 원고가 구 법인세법 시행령 제28조 제3항의 내용연수신고서만 제출하고 제29조의2 제2항 제2호의 내용연수변경신고서는 제출하지 아니한 이 사건에서 위 내용연수신고서에 따른 내용연수를 적용하여서 한 피고의 이 사건 법인세 부과처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심판결에는 분할신설법인에 적용될 감가상각자산의 내용연수에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 그러므로 나머지 상고이유를 판단할 필요 없이 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이인복(재판장) 민일영 박보영 김신(주심)

분할에 의하여 자산을 승계받은 분할신설법인이 구 법인세법 시행령 제28조 제3항의 내용연수신고서만 제출하고 제29조의2 제2항 제2호의 내용연수변경신고서를 제출하지 않은 경우, 구 법인세법 시행령 제28조 제3항의 내용연수신고에 따른 내용연수를 적용하여야 하는지 여부(원칙적 적극)

구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령'이라 한다) 제28조 제1항 제2호는 문언 및 관련 규정의 체계상 감가상각자산의 취득원인이나 취득 당시의 상태를 묻지 않고 구조 또는 자산별·업종별로 동일한 기준의 내용연수나 상각률을 적용하도록 규정한 점, 구 법인세법 시행령 제29조의2의 취지는 내국법인이 합병·분할에 의하여 승계받은 자산과 중고자산에 대하여는 경제적 실질에 맞게 신규자산보다 짧은 내용연수를 적용하려는 데 있는 점, 합병·분할에 의하여 승계받은 자산이나 중고자산에 대한 감가상각기간 등을 정하는 것은 입법정책의 문제인 점 등을 종합하여 보면, 분할에 의하여 자산을 승계받은 분할신설법인이 구 법인세법 시행령 제28조 제3항의 내용연수신고서만 제출하고 제29조의2 제2항 제2호의 내용연수변경신고서를 제출하지 않은 경우에는 특별한 사정이 없는 한 구 법인세법 시행령 제28조 제3항의 내용연수신고에 따른 내용연수를 적용하여야 하고, 분할법인이 적용하여 온 내용연수에 따른 잔존내용연수를 적용할 것이 아니다.