세무조사결정행정처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2015.02.26 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 세라젬
【피고, 피상고인】 서울지방국세청장
【원심판결】 서울고법 2014. 8. 20. 선고 2013누20921 판결
【주 문】
 원심판결의 원고 패소 부분 중 2010 사업연도 법인세 세무조사결정처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다. 

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 2010 사업연도 법인세 세무조사결정처분에 대하여
 가. 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”고 규정하여 세목과 과세기간을 기준으로 재조사에 해당하는지를 판단하도록 하고 있다. 또한 구 국세기본법 제81조의7 제1항은 세무조사를 시작하기 전에 통지하여야 할 사항의 하나로 ‘조사대상 세목’을 들고 있으며, 제81조의9 제1항은 “세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중에 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.”고 규정하여 세무조사의 단위를 구분하는 원칙적인 기준이 과세기간과 세목임을 밝히고 있다. 나아가 구 국세기본법 제81조의11은 “세무조사는 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다.”고 규정하고 있다. 
이러한 관련 규정의 문언과 체계, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다.
 나. 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, ① 피고가 2011. 7. 6. 원고에게 조사대상 세목을 ‘법인세 부분조사’로, 조사대상기간을 ‘2006. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지’로, 조사범위를 ‘본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면과 관련된 사항’으로 한 세무조사결정처분을 하고, 이에 따라 세무조사를 실시한 사실, ② 피고는 2012. 3. 21. 다시 원고에게 조사대상 세목을 ‘법인제세 통합조사’로, 조사대상기간을 ‘2009. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지’로 하는 이 사건 세무조사결정처분을 한 사실 등을 알 수 있다.
 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 세무조사결정처분 중 2010 사업연도 법인세 부분은 특별한 사정이 없는 한 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고(2009 사업연도 법인세 부분에 대하여는 원심에서 그 취소를 구하는 원고의 청구가 인용되었고, 이에 대하여 피고가 상고하지 아니하였다), 그에 앞서 이루어진 세무조사의 대상이 본사 지방이전에 따른 임시특별세액 감면과 관련한 부분에 한정되었고 이 사건 세무조사결정처분의 조사대상에서는 그 부분이 제외되었다고 하여 달리 볼 수는 없다. 
 다. 그런데도 원심은 이와 달리, 같은 세목 및 과세기간에 대하여 다시 세무조사를 하더라도 그 조사내용이 실질적으로 다른 경우에는 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다는 이유로, 이 사건 세무조사결정처분 중 2010 사업연도 법인세 부분이 위법한 재조사에 해당한다는 원고의 주장을 배척하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사의 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 그리고 원심이 들고 있는 대법원 2005. 1. 14. 선고 2004두10470 판결 등은 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.
 2. 2010 사업연도 부가가치세 세무조사결정처분에 대하여
 이 사건 세무조사결정처분 중 2010 사업연도 부가가치세 부분이 적법한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 이루어진 것이어서 위법하다는 취지의 이 부분 상고이유 주장은, 상고심에 이르러 비로소 주장된 것으로서 적법한 상고이유가 될 수 없다.
 3. 결론
 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결의 원고 패소 부분 중 2010 사업연도 법인세 세무조사결정처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하며, 나머지 상고는 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김용덕(재판장) 이인복 고영한 김소영(주심)

어느 세목의 특정 과세기간의 특정 항목에 대하여 세무조사를 한 경우, 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것이 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하는지 여부(적극) 및 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니한 경우에도 마찬가지인지 여부(적극) / 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 다시 세무조사를 하는 것이 재조사에 해당하지 아니하는 경우

구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의4 제2항, 제81조의7 제1항, 제81조의9 제1항, 제81조의11의 문언과 체계, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다.