경정거부처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2019.01.24 / 시행일:

【원 고】 마이크로소프트 코포레이션(Microsoft Corporation) 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 임선민 외 1인)
【피 고】 동수원세무서장 (소송대리인 법무법인 가온 담당변호사 강남규 외 2인)
【변론종결】2018. 7. 5.
【주 문】
 1. 원고 마이크로소프트 코포레이션의 소를 각하한다.
 2. 피고가 2016. 8. 29. 원고 마이크로소프트 라이센싱 지피에게 한 별지 2 표의 ‘경정청구세액’란 기재 각 돈에 관한 경정거부처분 중 같은 표의 ‘추가 인정 세액’란 기재 각 돈을 초과하는 부분을 각 취소한다.
 3. 원고 마이크로소프트 라이센싱 지피의 나머지 청구를 기각한다. 
 4. 소송비용 중 원고 마이크로소프트 코포레이션과 피고 사이에 생긴 부분은 원고 마이크로소프트 코포레이션이 부담하고, 원고 마이크로소프트 라이센싱 지피와 피고 사이에 생긴 부분의 1/20은 원고 마이크로소프트 라이센싱 지피가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】 피고가 2016. 8. 29. 원고들에게 한 별지1 처분 목록 기재 각 경정거부처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고들은 모두 미합중국 법률에 따라 설립된 회사로, 원고 마이크로소프트 라이센싱 지피(이하 ‘원고 라이센싱 지피’라 한다)는 원고 마이크로소프트 코포레이션(이하 ‘원고 코포레이션’이라 한다)이 지분 100%를 가진 자회사이다.
 나. 원고들은 2011. 7. 1. 내국법인인 삼성전자 주식회사(이하 ‘삼성전자’라 한다)와 사이에, 원고들이 삼성전자에게 안드로이드 기반 스마트폰과 태블릿 사업 등을 위하여 필요한 특허(이하 ‘이 사건 특허’라 한다)권의 사용권을 부여하고, 삼성전자로부터 그 사용료(로열티)를 지급받기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
 다. 이 사건 계약 체결 당시 작성된 계약서(이하 ‘이 사건 계약서’라 한다)에서는 이 사건 특허에 관하여 ‘당사자 또는 당사자의 현재 또는 장래의 자회사들이 현재 소유 또는 통제하고 있거나 장래에 소유 또는 통제하게 될 모든 특허를 말한다’고 기재하고 있는데, 각 연도별 이 사건 특허의 전체 개수와 그 중 국내에 등록된 특허의 개수는 아래 표 기재와 같다.
사업연도전체 특허개수국내 등록 특허개수201233,938840201341,6131,222201448,0281,490201554,6751,733
 라. 삼성전자는 2012 사업연도부터 2015 사업연도까지 원고 라이센싱 지피 명의의 계좌로 이 사건 특허권의 사용료를 지급하면서, 위 사용료가 국내원천소득에 해당한다고 보아 ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한·미 조세협약’이라 하고, ‘미합중국’은 ‘ 미국‘이라 한다) 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 산정한 법인세를 피고에게 원천징수·납부하였다. 이 사건 특허권의 사용 대가 및 법인세 원천징수세액에 관한 구체적 내용은 아래 표 기재와 같다.
(단위 : 원)사용료 지급일원천징수액 납부일특허권 사용 대가법인세 원천징수세액2012. 7. 30.2012. 8. 10.115,129,900,00017,269,485,0002013. 11. 29.2013. 12. 10.1,212,538,139,466181,880,720,8192015. 2. 9.2015. 3. 10.1,628,416,688,645244,262,503,2952015. 10. 27.2015. 11. 10.1,402,185,756,419210,327,863,370합 계4,358,270,484,530653,740,572,484
 마. 원고들은 2016. 6. 29. 피고에게, ‘이 사건 특허권의 사용료 중 한국에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용 대가 부분(이하 ’이 사건 사용료‘라 한다)은 국내원천소득이 아니므로, 이 사건 사용료에 관하여 원천징수된 세액은 원고들에게 환급되어야 한다’는 취지의 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다). 원고들의 구체적 경정청구세액은 별지 2 표 중 ‘경정청구세액’란에 기재된 각 돈과 같다.
 바. 그러나 피고는 그로부터 2개월 이내에 원고들에게 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻의 통지를 하지 않았다(경정청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음날부터 심사청구 등을 할 수 있도록 한 국세기본법 제45조의2 제3항 단서 규정에 따라, 이 사건 경정청구일인 2016. 6. 29.로부터 2개월이 되는 날의 다음날인 2016. 8. 29. 피고가 경정거부처분을 한 것으로 본다. 이하 피고의 위 경정거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 사. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2016. 10. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 6. 30. 원고들의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2, 3, 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고 코포레이션이 제기한 소의 적법 여부
 원고 코포레이션이 제기한 소의 적법 여부에 관하여 직권으로 살펴본다.
구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제45조의2 제1항 제1호 및 제4항 제3호에 의하면 원천징수의무자가 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제93조 제1호, 제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내원천소득이 있는 원천징수대상자에 관하여 구 법인세법 제98조에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 구 법인세법 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우, 그 원천징수의무자 또는 원천징수대상자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 납부하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내에 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있다.
 구 법인세법은 원천징수의무자로 하여금 해당 국내원천소득을 지급받는 자에게 원천징수영수증을 발급하고, 납세지 관할 세무서장에게는 그 소득을 지급받는 자를 소득자로 기재한 지급명세서를 제출하도록 그 의무를 지우고 있다(제98조 제13항, 제120조의2). 그리고 소득의 실질적인 귀속 여부는 실체적 심리를 거쳐서 비로소 판명되는 것이므로, 지급명세서와 원천징수영수증에 기재된 소득자가 해당 소득의 실질귀속자임을 전제로 경정청구를 하는 이상 그 청구를 허용할 필요가 있다. 따라서 지급명세서와 원천징수영수증에 기재된 소득자는 그가 해당 소득의 형식적 귀속자에 불과하더라도 구 국세기본법 제45조의2 제4항이 정한 원천징수대상자로서 그 과세표준 및 세액의 경정청구권을 행사할 수 있다고 보아야 한다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두55134, 55141 판결 참조).
 갑 제1호증의 기재에 의하면, 이 사건 계약서에서 삼성전자는 청구서에 명시된 계좌에 이체하는 방법으로 계약상 지급할 돈을 지급하고(제4조 ‘지급’ 중 4.3항), 계약에 관한 통지를 원고 라이센싱 지피에게 하도록 정하면서(제7조 ‘기타사항’ 중 7.5항), 별첨 A ‘사용료 보고서’상의 수신처 또한 원고 라이센싱 지피로 특정하고 있는 사실을 인정할 수 있다. 또한, 앞서 본 것과 같이 삼성전자는 이 사건 특허권의 사용료를 원고 라이센싱 지피 명의의 계좌로 지급하였다.
 비록 이 사건에서 지급명세서나 원천징수영수증이 증거로 제출되지는 않았으나, 위 인정사실에 의하면, 원고 라이센싱 지피는 이 사건 특허권의 사용료를 국내원천소득으로 지급받는 자에 해당하므로, 원고 라이센싱 지피는 구 국세기본법 제45조의2 제4항이 정한 원천징수대상자로서 경정청구권을 행사할 수 있다고 보아야 한다.
 이처럼 원고 라이센싱 지피에게 경정청구권이 인정될 뿐만 아니라, 설령 이 사건 특허권 및 그 사용료를 실질적으로 관리하는 주체가 원고 코포레이션이라 하더라도, 원고 라이센싱 지피의 경정청구권 행사에 따른 환급 세액의 귀속은 원고들 사이의 내부적인 분배 문제에 속하므로, 원고 코포레이션에게는 별도의 경정청구권이 인정되지 않는다고 보아야 한다. 
 행정청이 국민의 신청에 대하여 한 거부행위가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하기 위하여서는, 국민에게 행정청의 행위를 요구할 법규상 또는 조리상의 신청권이 있어야 할 것인데, 이러한 신청권이 없음에도 이루어진 국민의 신청을 행정청이 받아들이지 아니한 경우 그 거부로 인하여 신청인의 권리나 법적 이익에 어떤 영향을 미친다고 볼 수 없으므로 이를 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라 할 수 없다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두47426 판결 등 참조). 따라서 경정청구권이 인정되지 않는 경우에는 과세관청이 경정청구에 대하여 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도, 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 1999. 7. 23. 선고 98두9608 판결 참조).
 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 처분 중 별도의 경정청구권이 인정되지 않는 원고 코포레이션의 경정청구를 거부한 부분은 이로 인하여 위 원고의 권리나 법적 이익에 어떤 영향을 미친다고 볼 수 없어, 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 않으므로, 그 취소를 구하는 원고 코포레이션의 소는 부적법하다.
3. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 당사자의 주장
1) 원고 라이센싱 지피
 이 사건 사용료 소득에 대하여 적용되는 한·미 조세협약 제6조 제3항에 의하면, 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용 대가로 받는 소득만이 국내원천소득에 해당하고, 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용 대가로 받는 소득은 국내원천소득으로 볼 수 없어 원천징수대상에 해당하지 않는다. 따라서 국내에 등록되어 있지 않은 특허권에 대한 사용 대가인 이 사건 사용료가 국내원천소득에 해당하여 원천징수대상이 된다고 보아 원고 라이센싱 지피의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
2) 피고
 한·미 조세협약에서 ‘사용지’를 사용료 소득의 원천지로 판단하는 이른바 ‘사용지주의’를 취하면서도 ‘사용’의 의미에 관하여서는 특별히 규정하고 있지 않으므로, 한·미 조세협약 제2조 제2항에 따라 ‘사용’의 의미는 국내법에 따라 판단하여야 한다. 그런데 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문이 ‘국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료 소득이라도 그 소득이 해당 특허권을 국내에서 제조·판매 등에 사용한 대가에 해당한다면 국내원천소득으로 본다’고 규정하고 있으므로, 이 사건 특허권에 대한 국내에서의 사용 대가인 이 사건 사용료 소득은 원천징수대상인 국내원천소득에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 이러한 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.
나. 관계 법령
 별지 3 기재와 같다.
다. 판단
 1) 구 법인세법 제2조 제1항 제2호는 외국법인에 대하여 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고, 제2조 제5항, 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다.
 그런데 구 법인세법 제93조는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”라고 하면서, 제8호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.“라고 규정하고 있다. 
 한편 한·미 조세협약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 하면서 제a호에서 ’문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금‘을 규정하고, 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 하면서 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.“라고 규정하고 있다.
 2) 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 국제조세조정에 관한 법률 제28조는 “비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”라고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미 조세협약에 따라 판단하여야 한다. 그런데 한·미 조세협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한·미 조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조), 한·미 조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결 참조). 이와 같은 법리는 해당 특허권이 국내에 등록되어 있지 않는 이상 미국 이외의 국가에 등록된 경우에도 마찬가지로 적용된다고 보아야 한다.
 3) 따라서 이 사건 특허권의 사용료 중 국내에 등록된 특허권의 사용료에 해당하는 부분만 구 법인세법 제93조 제9호가 정한 외국법인의 국내원천소득에 해당하고, 나머지 부분인 이 사건 사용료는 그 특허권이 국내에서 제조·판매 등에 사실상 사용되었는지 여부와 관계없이 원천징수대상인 국내원천소득에 해당하지 않는다.
 이에 대하여 피고는, 원고 라이센싱 지피가 개별 특허권의 가치를 기준으로 한 객관적 근거에 의하여 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료로서 국내원천소득에 해당하지 않는 금액을 산출하여 증명할 책임을 부담하므로, 위 환급 금액을 산출하지 못한 불이익은 위 원고에게 돌아가야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 앞서 본 것과 같이 이 사건 계약은 체결 당시 등록되어 보유 중인 특허뿐만 아니라 체결 이후 장래 시점에 등록될 특허까지도 포함하여 그 대상으로 하고 있고, 2015 사업연도 기준 전체 특허개수가 54,675개에 이르는 상황에서, 모든 개별 특허권의 객관적인 가치에 대한 평가를 전제로 그 중 국내에 등록된 특허권의 가치가 차지하는 비율을 산정하는 것이 기술적으로나 현실적으로 용이하지 않아 보이는 점, ② 이 사건 경정청구 내용 자체가 이 사건 특허권 중 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료 부분에 한정하여 그 세액의 환급을 청구하는 것인 점, ③ 이 사건 경정청구 이후 피고로부터 자료 제출 요구를 받은 원고들이 이 사건 계약서에 특허목록이 명시되지 않은 사유 및 특허권의 상세내역을 구체화하는 것이 곤란한 사유를 해명한 점 등에 비추어 보면, 피고로서도 이 사건 특허권 중 국내에 등록되지 않은 특허권이 존재한다는 것과 정당한 과세표준 및 세액의 설정을 위하여 일정한 기준에 따라 이 사건 특허권의 사용료 중 국내에 등록된 특허권에 대한 부분을 특정할 필요성이 있다는 것을 인지할 수 있었으므로, 위와 같이 피고가 원고들에게 자료 제출을 요구한 사실만으로는 국내원천소득에 해당하지 않는 부분을 처분 대상에서 제외하지 않은 채 이루어진 이 사건 처분이 적법한 것으로 될 수는 없다. 
 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서 심판 대상은 과세관청이 부과·고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위 내에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 등 참조).
 한편, 정당한 과세표준에 해당하는 ‘이 사건 특허권의 사용료 중 이 사건 사용료를 제외한 부분(즉, 국내에 등록된 특허권에 대한 사용 대가 부분)의 액수’는 이 사건 계약상 특정되어 있지 않으며, 달리 이를 확인할 자료도 발견되지 않는다. 다만, 원고 라이센싱 지피는 위 정당한 과세표준을 산정하는 방법에 관하여, 이 사건 계약의 대상인 전체 특허개수 중 국내에 등록된 특허개수의 비율을 근거로 산정하는 방법을 주장하고 있다. 따라서 삼성전자가 원천징수하여 납부한 앞서 본 각 법인세액(별지 2 표 중 ‘법인세 원천징수세액’란 기재 각 돈) 중 위와 같이 원고 라이센싱 지피가 주장하는 산정 방법에 따른 비율에 해당하는 각 세액(별지 2 표 중 ‘국내 등록 특허분 세액’란 기재 각 돈)에 대하여서는 원고 라이센싱 지피 스스로 그 적법성을 자인하고 있다고 보이는데, 위 적법성 자인 부분 안에는 원고 라이센싱 지피가 이미 이 사건 경정청구 당시 국내에 등록된 특허권에 대한 사용료에 대한 세액임을 전제로 경정청구의 대상에서 제외한 각 원천징수세액(별지 2 표 중 ‘원천징수세액과 경정청구세액 간 차액’란 기재 각 돈) 부분도 포함되어 있으므로, 이 사건 처분 중 취소되어야 하는 부분은, 그 차액에 해당하는 별지 2 표 중 ‘추가 인정 세액’란 기재 각 돈을 초과하는 부분이다. 
4. 결론
 그렇다면, 원고 코포레이션이 제기한 소는 부적법하여 이를 각하하고, 원고 라이센싱 지피의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다. 
[별지 생략]

판사 권덕진(재판장) 정세진 강정연