부가가치세부과처분취소 (세무, 제주지방법원)
공포일: 2024.05.14 / 시행일:

【원 고】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인 호암 담당변호사 윤혜령 외 1인)
【피 고】 제주세무서장
【변론종결】2024. 3. 26.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다. 
 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】 피고가 2021. 7. 1. 원고에게 한 2017년 제2기부터 2019년 제2기까지 과세기간에 대한 부가가치세 합계 3,695,029,810원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고의 지위
 1) 원고는 2013. 4. 25. 외국환자 유치업 등을 영위할 목적으로 제주시 (주소 1 생략)빌딩 4층을 소재지, 중화인민공화국(이하 ‘중국’이라 한다) 국적의 소외 1을 대표자로 하여 설립되었다. 원고는 2013. 7. 22. 일반 여행업, 잡화 도, 소매업 등의 사업목적을 추가하고 2017. 8. 31. 주업종을 여행업으로 변경하였다. 
 2) 원고의 대표이사 소외 1은 중국 국적자로, 중국 내에서 한국인을 대상으로 가이드 활동을 하던 중 2011. 4.경 대한민국에 입국하여 가이드로 활동하였고, 2013. 4. 25. 원고가 설립된 이래 대표이사로 재직하면서 원고 발행 주식의 50%의 지분을 보유하고 있는 자이다. 
 나. 원고의 세금계산서 수수 내역
 1) 원고는 2017년 제2기부터 2019년 제2기까지 ① 주식회사 △△△, ② 주식회사 □□□, ③ 주식회사 ◇◇◇, ④ 주식회사 ☆☆☆, ⑤ 유한회사 ▽▽▽ 5개 업체(이하 ‘상위 여행사’ 또는 ‘이 사건 매출처’라 하고, 이하 ‘주식회사’ 또는 ‘유한회사’는 생략한다)에 공급가액 합계 79,485,730,987원의 매출세금계산서(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발행하였다. 
 〈이 사건 매출세금계산서〉 (단위: 원) 매출처 (대표자)세금계산서 발행내역 2017년 2기2018년 1기2018년 2기2019년 1기2019년 2기 1□□□17,501,077,20529,327,494,1769,335,926,8068,454,483,8553,486,956,372 소외 2 2△△△11,002,800,9795,868,183--- 소외 2 3◇◇◇167,515,7031,478,948--- 소외 3 4☆☆☆142,656,980-1,007,316--- 소외 4 5▽▽▽60,487,497-8,401--- 소외 2 합계79,485,730,987 
 2) 원고는 2017년 제2기부터 2019년 제2기까지 ① ◎◎◎, ② ◁◁◁, ③ ▷▷▷, ④ ♤♤♤, ⑤ ♡♡♡, ⑥ ●●●, ⑦ ▲▲▲, ⑧ ■■■, ⑨ ◆◆◆, ⑩ ★★★, ⑪ ▼▼▼ 11개 업체(이하 ‘하위 여행사’ 또는 ‘이 사건 매입처’라 한다)로부터 공급가액 합계 79,518,525,778원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 하고, 이 사건 매출세금계산서와 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하였다.
 〈이 사건 매입세금계산서〉(단위: 원) 매출처(대표자)세금계산서 발행내역 2017년 2기2018년 1기2018년 2기2019년 1기2019년 2기 1◎◎◎24,805,661,66416,969,367,765--- 소외 5 2◁◁◁-3,846,557,2668,077,021,9068,454,483,8532,912,783,176 소외 6 3▷▷▷-4,807,959,360-105,804-- 소외 7 4♤♤♤2,184,634,691480,226,839--- 소외 8 5♡♡♡967,019,5161,176,399,722--- 소외 9 6●●●1,683,299,599-584,498--- 소외 10 7▲▲▲--1,259,586,800-- 소외 11 8■■■200,159,230533,241,479--- 소외 12 9◆◆◆----564,204,408 소외 13 10★★★554,237,164---- 소외 14 11▼▼▼42,101,642---- 소외 15 합계79,518,525,778 
 다. 세무조사 및 과세처분
 1) 부산지방국세청장은 2021. 2. 25.부터 2021. 6. 9.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 세금계산서가 원고가 실제 모객 용역을 제공받거나 제공하지 아니하고 수수한 가공거래에 의한 허위의 세금계산서라고 보아 피고에게 관련 자료를 통보하였고, 이에 따라 피고는 2021. 7. 1. 원고에 대하여 2017년 제2기분 1,145,333,590원, 2018년 제1기분 1,487,123,910원, 2018년 제2기분 466,796,250원, 2019년 제1기분 422,724,190원, 2019년 제2기분 173,051,870원의 각 부가가치세 5건 합계 3,695,029,810원(각 가산세 포함)을 각각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 2) 원고는 이에 불복하여 2021. 10. 1. 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 9. 22. 원고의 청구를 기각하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 하위 여행사가 모객한 따이공을 상위 여행사에 송객하여 주고, 상위 여행사로부터 각 면세점, 기간별 구매내역을 제공받아 하위 여행사별로 대조작업을 거쳐 정산업무를 수행하였고, 따이공이 구매한 물품을 반품·환불하는 경우 원고가 상위 여행사에 수수료를 반환하고 하위 여행사로부터 그 비용을 반환받는 등 원고의 독립적인 책임과 계산하에 수수료를 정산·관리하였다. 이와 같은 업무 내용과 거래의 흐름은 부가가치세 신고자료, 송금내역, 따이공의 구매내역정산서(이하 ‘정산서’라고 한다)를 통하여 확인될 뿐만 아니라, 원고와 이 사건 상하위 여행사들은 가공 세금계산서를 수수하였다는 범죄사실(조세범 처벌법 위반 혐의)에 관하여 혐의없음(증거불충분) 처분을 받았다. 이와 같이 원고가 대금을 정산하는 등의 방식으로 실제로 모객 용역 업무를 수행한 다음, 그 대가로서 수수료를 주고받고, 이 사건 세금계산서를 발행·수취하였으므로, 사후적으로 이 사건 하위 여행사 중 일부가 세금을 체납하거나 폐업하였다거나 그 대표자가 중국으로 출국해 조사가 어렵다는 등의 사정만으로 이들과 계약을 맺은 원고와의 거래를 가공거래로 볼 수는 없다. 
 또한 면세점과 직접 계약을 체결한 규모가 큰 상위 여행사들이나 원고와 같은 중위 여행사도 최대한 많은 고객을 모집하여 수수료율을 상향시키기 위해 다수의 업체에 이를 하도급할 유인이 존재하고, 이와 같이 경제주체가 각자의 고유한 목적과 이익을 가지고 법률관계를 선택한 이상 과세관청으로서는 당사자가 선택한 법률관계를 존중하여야 하는바, 이와 달리 이 사건 세금계산서 거래를 실물거래 없는 가공거래로 단정하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
 다. 관련 법리
 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호는 ‘발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.’고 규정하고, 제32조 제1항 제1호부터 제4호는 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일’을 세금계산서의 필요적 기재사항으로 규정하고 있다. 
 부가가치세법 제11조 제1항에 의하면 ‘용역의 공급’은 ‘계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하는 것’(제1호) 내지 ‘시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것’(제2호)을 의미하는데, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법상의 용역의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결, 대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 취지 참조).
 한편 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2013. 1. 10. 자 2012두21253 판결 등 참조). 
 라. 인정 사실
 1) 국내 면세점은 2016. 7.경 이후 중국인 관광객 감소로 인한 매출 감소분을 회복하기 위하여 국내 여행사와 사이에, 중국인 구매대행업자(주로 개인비자로 입국하여 국내 면세점에서 상품을 구입하고 출국하는 사람으로서 ‘보따리상’ 또는 ‘따이공’이라 불린다. 이하 ‘따이공’이라 한다)를 모집하여 면세점으로 송객하여 주면 따이공의 구매 금액 일부를 수수료로 지급하기로 하는 계약을 체결하였다. 면세점이 여행사에 지급하는 수수료(이하 ‘이 사건 대가’라 한다)는 구체적으로 따이공 모집 및 송객 용역에 대한 대가와 따이공에게 판매장려금 명목으로 지급할 페이백 수수료(환급금)로 구성되어 있다.
 2) 국내 면세점과 직접 계약을 체결한 여행사(이하 ‘상위 여행사’라 한다)는 면세점과 계약을 체결하지 못한 보다 작은 규모의 여행사에 따이공 모집 용역을 하도급하면서 이 사건 대가 중 일부 수수료를 제외한 나머지를 지급하기로 하였고, 상위 여행사로부터 이를 하도급받은 여행사(이하 ‘중위 여행사’라 한다)는 같은 방법으로 다른 여행사에 이를 재하도급 하였다(이하 중위 여행사의 하도급을 받아 직접 따이공 모집 용역을 수행한 여행사를 ‘하위 여행사’라 한다). 상위 여행사에서 하위 여행사에 이르는 거래구조(이하 ‘이 사건 거래구조’라 한다)는 개별 거래에 따라 때로는 1개 업체 이상의 중위 여행사를 거치는 방법으로 여러 단계를 거쳐 반복되었고, 각 여행사별로 상위·중위·하위의 위치가 정해져 있는 것이 아니라 특정 거래에서 상위 여행사였던 업체가 다른 거래에서는 중위나 하위 여행사가 되기도 하였다. 
 
 3) 면세점은 상위 여행사에 지급할 수수료를 산정하기 위해 자체 시스템을 만들어, 상위 여행사별로 입점코드(그룹번호)를 부여하였다. 따이공들이 가이드의 인솔하에 면세점에서 물건을 구입하면 입점코드, 가이드 성명, 고객(따이공)번호(단체번호), 매출금액 등 세부정보가 위 시스템상에 기록되었고, 면세점은 입점코드별로 집계된 매출내역을 기준으로 상위 여행사에 이 사건 대가를 지급하였다.
 4) 상위 여행사는 이 사건 대가 중에서 상위 여행사가 취할 수수료를 차감한 나머지를 중위 여행사에 지급하였고, 이와 같은 방식으로, 여러 단계를 거쳐 순차 차감된 이 사건 대가가 하위 여행사에 이전되었는데, 실제 따이공을 모집한 하위 여행사는 모객 용역 수수료를 제외한 나머지 페이백 수수료를 따이공에게 현금 또는 상품권의 형태로 지급하였다.
 5) 원고와 이 사건 매입처 중 △△△와 사이에는 다음과 같은 내용의 사업협력계약서(2017. 7. 1. 자)가 작성되었다.
 사업협력계약서 1. 주간사: △△△ 2. 협력사: 원고 제1조(사업협력) ① 주간사와 협력사는 면세점에 중국 관광객을 알선하는 목적사업의 경쟁력과 수익성을 제고하기 위하여 경쟁을 지양하고 상호협력한다. ② 본 계약의 목적사업은 협력사가 유치한 관광과 쇼핑을 위하여 내한하는 중국 관광객에게 주간사의 책임과 비용으로 관광과 쇼핑을 안내하고 알선하는 사업(통칭 따이공)으로 한다. 제5조(수수료) ① 주간사는 주간사의 책임과 비용으로 협력사가 유치한 중국 관광객을 면세점에 안내 및 알선하고 면세점으로부터 송객수수료를 받으며, 본 계약에 따라 협력사가 유치한 관광객이 구매한 실적을 기준으로 별도로 정하는 면세점 수수료율로 계산한 수수료를 협력사에 유치수수료로 지급한다. ② 협력사는 면세점 전산 매출을 기준으로 주간사에 수수료를 청구하고 주간사는 협력사가 제출하는 면세점 전산 증빙을 검증 후 이견이 없을 시에 수수료 기준 매출이 확정되는 것으로 하고, 당사자 간 합의된 수수료율을 적용하여 수수료를 지급한다. ③ 주간사가 협력사의 유치관광객이 구매한 매출실적에 따라 지급할 수수료는 별첨의 수수료율을 적용하고 수수료율은 상호협의를 통해 변경할 수 있다. 
 6) 원고와 이 사건 매출처 중 ◁◁◁ 사이에는 다음과 같은 내용의 계약서(2018. 5. 14. 자)가 작성되었다.
 계약서 제1조(계약의 목적) 본 계약은 원고(이하 갑)가 수행하는 사업과 관련하여 갑과 ◁◁◁(이하 을) 간에 판매위임관계를 설정하고 그에 수반되는 갑과 을 간의 권리 및 의무의 내용을 규정 함을 목적으로 한다. 제2조(을의 지위) 을은 갑에서 용역을 위임받아 갑의 고객이 면세점 및 기타 상품을 매입할 수 있도록 유도하고 이를 관리해야 한다. 이에 을은 갑에서 정하는 수수료를 지급받는다. 제3조(위탁 업무의 범위) 1. 을이 유치한 고객의 지속적인 관리 2. 기타 갑이 정하는 위탁 업무 제4조(수수료) 1. 갑은 갑의 책임과 비용으로 을이 유치한 중국 관광객에게 쇼핑 및 관광정보를 제공하고, IN-BOUND PLATFORM과 연계된 면세점으로 관광 및 쇼핑을 알선하여 면세점으로부터 그 관광객들의 구매 실적에 따라 갑과 면세점이 합의한 수수료를 받는다. 2. 갑은 제1항 수수료의 계산 및 지급 방식과 그 수수료의 지급시기 및 수령 여부 등과 관계없이 제3항에 따라 산정되고 청구되는 수수료를 을의 수수료 세금계산서 수취 후 제3항에 따라 산정되고 청구되는 유치수수료를 을에게 지급한다. 3. 갑과 을은 1주일 단위로 면세점의 매출전산자료 증빙을 검증한 후 이견이 없을 시에 수수료 산출 기준 매출로 확정하고 을은 확정된 매출액에 부가세 10%를 더하여 세금계산서를 갑에게 교부 수수료를 청구한다. 6. 계약시작일부터 12월 말까지 매출을 산출하여 월평균 70억을 달성 시, 12월 말일자의 정산서에 당해 연도총매출의 0.5% 추가인센을 지급한다(부가세 별도). 
 7) 한편 피고는 2021. 6. 22. 원고, 원고의 대표이사 소외 1을 조세범 처벌법 위반, 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반(허위세금계산서교부등), 조세범 처벌법 위반 혐의로 각각 고발하였는데, 제주동부경찰서장은 2021. 10. 29. 원고와 소외 1에 대하여 모두 혐의없음의 불송치결정을 하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제4호증의 1의 기재, 변론 전체의 취지
 마. 판단
 1) 이 사건 거래구조하에서의 가공거래 여부 판단 기준
 이 사건 거래구조는 면세점과 직접 계약한 최상위 여행사에서부터 모객여행사로 이어지는 단계적 구조를 취하고 있고, 이 사건 용역은 크게 ① 따이공 모집, 알선 및 중개 등 모객 용역, ② 국내 및 면세점으로의 따이공 운송, 가이드 제공 및 면세점에 등록된 직접 계약 여행사에 대한 따이공 알선 등의 용역, ③ 모객된 따이공의 면세점에 대한 송객 용역 등의 내용으로 구성된다. 면세점과 송객 용역 계약을 체결한 최상위 여행사의 경우 대부분 규모가 큰 여행사이나, 중국에 있는 따이공을 모집하고 국내로 유치하여 면세점으로 송객하는 용역 모두를 직접 제공하기는 현실적으로 어렵다.
 한편 면세점이 지급하는 이 사건 대가에는 모객 및 송객 용역 수수료 외에 따이공에게 지급될 페이백 수수료가 포함되어 있다. 그런데 실제 따이공을 모집한 여행사로서는 지급받은 대가 중 상당 부분을 따이공에게 페이백으로 내주더라도 사업자등록이 되어 있지 아니한 따이공으로부터 세금계산서를 발급받을 수 없다. 따라서 페이백 수수료에 관하여는 매입세액을 공제받지 못한 채 고액의 매출세액만 부담하는 결과가 초래되는바, 여행사로서는 가공의 하수급 업체(이른바 ‘폭탄업체’ 와 ‘도관업체’ )를 설정하여 ‘하수급 용역 수수료에 따이공 페이백 수수료를 합한 금액’을 공급가액으로 한 매입세금계산서를 발급받음으로써 위와 같은 상황을 회피하고자 하는 유인이 존재한다. 
 결국 이 사건 거래구조에 속해 있는 각 여행사들이 조세회피 목적의 가공업체인지 여부는, ① 이 사건 거래구조 내에서 해당 여행사와 그 인접 상하위 여행사가 수행한 용역의 내용, ② 각 여행사가 매출처 또는 매입처와 작성한 계약서의 내용 및 이행 여부, ③ 해당 세금계산서의 발행 주체, 장소 및 경위, ④ 용역 제공을 위한 비용 지출 여부, ⑤ 이 사건 대가의 지배·관리·처분 내역 및 ⑥ 해당 여행사 및 그 인접 상하위 여행사의 설립 경위, 대표자, 인적·물적 조직 등을 종합적으로 고려하여 각 여행사가 이 사건 용역의 전부 또는 일부를 실질적으로 수행하였는지를 구체적으로 살펴 개별적으로 판단하여야 한다. 
 2) 이 사건 세금계산서의 경우 
 위 인정 사실과 앞서 든 증거들, 을 제4 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 매출처에 모객 용역이나 중개 용역을 제공하였다거나 이 사건 매입처로부터 위와 같은 용역을 제공받았다고 볼 수 없는 사정이 상당한 정도로 증명되었으므로, 그에 따라 발급되거나 수취된 이 사건 각 세금계산서에 대응하는 용역이 실제로 공급되거나 공급받았음에 관해서는 원고가 이를 증명할 필요가 있는데, 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 각 세금계산서는 가공의 세금계산서로 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.
 가) 이 사건 용역의 핵심은 따이공의 모집인데, 원고는 이 사건 매입처로부터 모집된 따이공의 명단을 제공받지 않았고, 따이공을 모집하는 가이드에 대한 관리에도 전혀 관여하지 않았으며, 이 사건 매출처에 따이공 명단을 제공하지도 않은 채 면세점 매출에 비례하여 계산된 수수료를 해당 면세점에 따이공을 데리고 간 가이드의 소속 여행사에 따라 구분한 후 정산서만 작성하였을 뿐이다. 또한 실제 모객 용역을 수행하였다고 인정할 만한 자료, 즉 따이공의 숙박과 식사, 이동에 소요되는 경비 지출 자료 등도 전혀 확인되지 않아 이 사건 매입처가 실제 원고에게 알선, 송객 용역을 제공하였다고 보기 어렵다. 비록 부가가치세는 모든 거래 단계마다 과세하는 다단계 거래세로서 당사자가 선택한 법률관계를 기초로 하고 있기는 하지만, 이러한 법률관계는 명목상의 법률관계를 형성하고 있을 것이 아니라 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급하여야 할 것인바, 이 사건 용역 제공에 관한 자료는 전혀 주고받지 않은 채 수수료 정산을 위한 정산서 작성 업무만을 수행한 것을 두고 원고가 실제 알선, 송객 용역을 제공받았다거나 제공하였다고 볼 수는 없다. 원고는 따이공이 물건을 환불하는 경우 반품에 대한 용역도 수행하였다고 주장하나, 환불된 금액 부분에 대한 수수료 정산의 일환이라고 봄이 상당하다. 
 나) 원고와 매입처 및 매출처 사이에 작성된 계약서에는 구체적인 수수료율, 수수료율의 결정 기준, 거래금액에 따른 수수료 증액 정도 등이 기재되어 있지 않아 원고가 어떠한 방식을 통해 매입처와 매출처 사이에 수수료를 확정하는 과정을 거쳤는지 알 수 없다. 또한 모객 용역을 수행하는 하위 여행사들로부터 따이공 명단조차 받아보지 못하는 원고로서는 해당 여행사가 모객한 따이공의 정산서 등 자료가 맞는 것인지를 확인할 방법도 없어 보인다. 
 다) 이 사건 매입처 중 □□□, △△△, ◀◀◀, ▽▽▽는 원고 설립 당시 주주였던 소외 16이 공동 대표이사인 주식회사 ▶▶▶의 자회사인데, 2020. 12. 30. ▶▶▶의 지점으로 각각 등록되었고 그다음 날 동시에 폐업하였다. 그뿐만 아니라 이 사건 매출처들은 대부분 매출 실적이 전무한 상태에서 원고와 거래를 시작한 후 매출이 급증하였거나, 고액의 부가가치세를 체납한 상태로 불상의 이유로 폐업한 상태이고, 일부 매출처의 대표이사는 조사 중 중국으로 출국하여 연락이 두절되는 등 이른바 ‘폭탄업체’의 전형적인 모습을 보이고 있다. 이 사건 매출처 중 ▷▷▷에 대하여 남대문세무서장이 ▷▷▷가 이 사건 거래구조에서 중위 여행사(원고와의 관계에서 하위 여행사이며, 이 사건 매입처 중 △△△, □□□를 상위 여행사로 두었다)로서 한 거래가 가장거래라는 이유로 ▷▷▷에 부가가치세(가산세)를 경정·고지하는 처분을 하자, ▷▷▷가 이에 불복하여 서울행정법원에 남대문세무서장을 상대로 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 서울행정법원(2021구합64450)은 2023. 2. 2. 청구를 기각하는 판결을 선고하였고, ▷▷▷가 항소하였으나, 서울고등법원(2023누36475)은 2023. 10. 20. 상고를 기각하였고, 위 판결이 그대로 확정되기도 하였다.
 라) 원고의 부가가치세 신고내용에 의하면, 원고가 여행업을 시작한 2013년경부터 2015년까지의 매출금액이 약 4억 원에서 6억 원, 2016년의 매출금액은 1,400만 원, 2017년 제1기의 매출금액이 47,000원에 불과하였는데, 이 사건에서 문제 되는 과세기간 동안 반기별 매출금액이 최소 79억 원에서 최대 457억 원에 달하였다. 일반적인 상거래의 형태에 비추어 대표자를 포함한 총직원의 수가 10명 정도에 불과한 원고가 위와 같은 규모의 매출을 발생시켰다는 것은 쉽게 납득하기 어렵다. 
 마) 원고의 대표이사 소외 1은 조세범칙혐의자 심문 과정에서 이 사건 용역을 제공받거나 제공하였음에 관한 증빙자료를 추후 제출하겠다고 하였으나, 원고가 조세심판 단계에서 제출한 것으로 보이는 상하위 여행사와의 계약서 및 정산서는 계약의 체결 사실이나 매출내역 등을 확인할 수 있는 자료에 해당할 뿐이고, 실제 원고가 모객 용역을 제공받았다거나 제공하였다는 사실을 뒷받침하는 자료로 볼 수는 없으며, 이 법원에 이르기까지 모객 용역 제공 사실을 증명할 수 있을 만한 자료는 제대로 제출하지 못하였다. 또한 소외 1은 심문 과정에서 가이드의 이름은 대략 알 수 있지만 소속된 회사 이름은 중요하다고 생각하지 않아서 회사 이름은 모를 수 있다고 진술하였고, 대외 영업을 직접 담당하였다고 하면서도 매출처 자체를 기억하지 못하거나 매출처의 실무 담당자가 누구인지, 거래 내용이 무엇이었는지에 대하여 대부분 대답하지 못하였다. 
 바) 더욱이 원고의 소재지가 아닌 서울 중구 (주소 2 생략) 인근의 IP 주소를 사용하여 전자세금계산서가 발급된 점, 원고가 제출한 정산서상 일부 가이드의 소속 하위 여행사와 해당 가이드의 소득세원천징수의무자가 일치하지 않는 점, 상위 여행사가 면세점으로부터 받은 수수료보다 과다한 금액을 원고에게 정산하기도 한 점 등의 사정은 정산서가 임의로 작성된 것이 아닌지 의심이 들게 한다. 
 사) 한편 원고는 면세점 간 경쟁이 존재함에 따라 국내 각 면세점에서는 매출 및 시장점유율 증대를 위하여 각 면세점에 우호적인 일부 여행사와 사이에만 직접 계약을 체결하고 있고 면세점과 직접 계약을 체결한 여행사 역시 면세점의 요구에 효율적으로 대응하기 위하여 일부 우호적인 중간 여행사와 거래를 진행함으로써 이 사건 거래구조와 같이 여행사 사이의 여러 단계가 존재할 필요성이 있다는 취지로도 주장하나, 원고가 발행한 매출세금계산서를 살펴보면, 원고는 중위 여행사로서의 지위뿐만 아니라 직접 계약 여행사로서의 역할도 수행한 바 있음을 확인할 수 있어, 결국 이 사건 거래구조에 참여한 업체들은 그때그때 필요에 따라 계약관계를 변경한 것으로 보이므로 면세점이 소수의 여행사와 사이에만 직접 계약을 체결한다는 전제에 서 있는 원고의 위 주장은 신빙하기 어렵다.
 아) 또한 원고는 과세관청이 적어도 면세점과 직접 계약 여행사 사이의 거래는 정상거래로 보고 있다는 전제에서 직접 계약 여행사들이 제공하는 용역의 내용이나 형식 역시 원고와 같은 중위 여행사들이 모객해 온 따이공들을 면세점으로 송객하는 것이 전부이므로 단지 거래 상대방 중 하나가 면세점이라는 사정 때문에 거래의 성격을 달리 보는 것은 부당하다는 취지로 주장한다. 그러나 과세관청이 면세점과 직접 계약 여행사의 거래를 일괄적으로 정상거래로 판단하고 있다고 볼 자료가 없을 뿐만 아니라 앞서 판단한 것처럼 직접 계약 여행사의 경우에도 마찬가지로 실제 용역의 제공 여부를 기준으로 가공거래인지를 판단하여야 하므로, 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.
 자) 비록 원고나 원고의 매입·매출처가 허위 세금계산서를 수수하였음을 이유로 한 조세범 처벌법 위반 혐의에 관하여 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 받기는 하였으나, 행정재판이나 민사재판은 반드시 검사의 무혐의 불기소처분 사실에 대하여 구속받는 것은 아니고, 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있으므로(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조), 이러한 사정만으로 이 사건 각 세금계산서가 허위 세금계산서에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다.
 3. 결론
 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 
[별 지] 관계 법령: 생략

판사 홍순욱(재판장) 강미혜 이승현

甲 주식회사가 면세점과 직접 계약한 최상위 여행사에서부터 모객여행사로 이어지는 단계적 구조를 취하고 있는 거래구조 내에서 하위 여행사가 모객한 따이공이라 불리는 중국인 구매대행업자를 상위 여행사에 송객하여 주고, 따이공 모집 및 송객 용역 수수료와 따이공에게 지급할 페이백 수수료를 주고받으며 이에 대한 세금계산서를 발행·수취하였는데, 관할 세무서장이 甲 회사와 상하위 여행사 간 거래가 가공거래임을 전제로 부가가치세를 부과한 사안에서, 각 세금계산서에 대응하는 용역이 실제로 공급되거나 공급받았음을 甲 회사가 제출한 증거들만으로는 인정하기 어려워 각 세금계산서는 가공의 세금계산서로 봄이 타당하다고 한 사례

甲 주식회사가 면세점과 직접 계약한 최상위 여행사에서부터 모객여행사로 이어지는 단계적 구조를 취하고 있는 거래구조 내에서 하위 여행사가 모객한 중국인 구매대행업자(주로 개인비자로 입국하여 국내 면세점에서 상품을 구입하고 출국하는 사람으로서 ‘보따리상’ 또는 ‘따이공’이라 불린다. 이하 ‘따이공’이라 한다)를 상위 여행사에 송객하여 주고, 따이공 모집 및 송객 용역 수수료와 따이공에게 지급할 페이백 수수료를 주고받으며 이에 대한 세금계산서를 발행·수취하였는데, 관할 세무서장이 甲 회사와 상하위 여행사 간 거래가 가공거래임을 전제로 부가가치세를 부과한 사안이다.
 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 다투어지고, 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점을 장부와 증빙 등의 자료 제시가 용이한 납세의무자가 증명할 필요가 있고, 甲 회사가 속한 거래구조에서 각 여행사들이 조세회피 목적의 가공업체인지는 해당 여행사와 그 인접 상하위 여행사가 수행한 용역의 내용, 각 여행사가 매출처 또는 매입처와 작성한 계약서의 내용 및 이행 여부, 해당 세금계산서의 발행 주체, 장소 및 경위, 용역 제공을 위한 비용 지출 여부, 면세점이 여행사에 지급하는 수수료의 지배·관리·처분 내역 및 해당 여행사 및 그 인접 상하위 여행사의 설립 경위, 대표자, 인적·물적 조직 등을 종합적으로 고려하여 각 여행사가 용역의 전부 또는 일부를 실질적으로 수행하였는지를 구체적으로 살펴 개별적으로 판단하여야 하는데, ① 甲 회사는 하위 여행사인 매입처로부터 모집된 따이공의 명단을 제공받지 않았고, 따이공을 모집하는 가이드에 대한 관리에도 전혀 관여하지 않았으며, 상위 여행사인 매출처에 따이공 명단을 제공하지도 않은 채 면세점 매출에 비례하여 계산된 수수료를 해당 면세점에 따이공을 데리고 간 가이드의 소속 여행사에 따라 구분한 후 정산서만 작성하였을 뿐, 실제 모객 용역을 수행하였다고 인정할 만한 자료 등이 전혀 확인되지 않아 매입처가 실제 甲 회사에 알선, 송객 용역을 제공하였다고 보기 어려운 점, ② 甲 회사와 매입처 및 매출처 사이에 작성된 계약서에는 구체적인 수수료율, 수수료율의 결정 기준, 거래금액에 따른 수수료 증액 정도 등이 기재되어 있지 않아 甲 회사가 어떠한 방식을 통해 매입처와 매출처 사이에 수수료를 확정하는 과정을 거쳤는지 알 수 없는 점, ③ 매출처들은 대부분 매출 실적이 전무한 상태에서 甲 회사와 거래를 시작한 후 매출이 급증하였거나, 고액의 부가가치세를 체납한 상태로 불상의 이유로 폐업한 상태이고, 일부 매출처의 대표이사는 조사 중 중국으로 출국하여 연락이 두절되는 등 매출에 상응하는 매입 없이 단기간에 매출만 폭발적으로 발생시킨 후 부가가치세를 납부하지 않고 단기간에 폐업하는 이른바 ‘폭탄업체’의 전형적인 모습을 보이고 있는 점 등을 종합하면, 甲 회사가 상위 여행사에 모객 용역이나 중개 용역을 제공하였다거나 하위 여행사로부터 위와 같은 용역을 제공받았다고 볼 수 없는 사정이 상당한 정도로 증명되었으므로, 그에 따라 발급되거나 수취된 각 세금계산서에 대응하는 용역이 실제로 공급되거나 공급받았음을 甲 회사가 증명할 필요가 있는데, 甲 회사가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기 어려워 각 세금계산서는 가공의 세금계산서로 봄이 타당하다고 한 사례이다.