부가가치세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1995.02.16 / 시행일:

【원 고】 한일시멘트공업 주식회사 (소송대리인 변호사 김동석)
【피 고】 안양세무서장
【주 문】
 1. 피고가 1993. 2. 16. 원고에 대하여 한 1988년 2기분 부가가치세 금 372, 009, 370원의 부과처분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】 1. 부과처분의 경위
 갑 제1호증, 갑 제6호증 내지 갑 제24호증, 갑 제27호증 내지 갑 제32호증, 을 제1호증 내지 을 제18호증의 각 기재와 증인 소외인의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 각 인정할 수 있다.
 가. 정부에서는 경인지구의 점증하는 벌크시멘트 수요에 대응하여 기존의 자동차에 의한 수송을 철도에 의한 수송으로 전환하기 위하여 1984. 11.경 국가 소유(관리청：철도청)인 경기 시흥군 의왕읍과 군포읍 일대의 토지 839필지 지상에 수도권 남부철도화물기지를 건설하기로 하고, 원고를 비롯한 8개의 시멘트 회사들로 하여금 그 기지 내에 양회저장시설(건물, 사이로 및 기계장치들로 구성됨)을 건설하여 철도청에 기부채납한 뒤 국유재산사용허가를 받아 이를 사용하도록 한다는 계획을 세웠다.
 나. 원고는 1984. 12. 위 계획에 따라 위 기지 내의 토지 중 경기 군포읍 당정리 713 외 14필지의 토지 10, 178m2 지상에 양회저장시설을 건설하여 철도청에 기부채납한다는 약정하에 재산관리관인 철도건설창장으로부터 건설기간 동안의 위 토지에 대한 국유토지 사용허가를 받고 토지사용료를 지급하면서 1985. 8.경부터 공사를 시작하여 1986. 10. 30.경 공사를 사실상 완료한 후, 같은 해 12.경부터 자신이 건설한 양회저장시설(이하 이 사건 시설이라고 한다)을 사용하여 벌크시멘트를 출하하기 시작하였다.
 다. 그런데 이 사건 시설은 안양도시계획시설의 일부였으나 개발제한구역 내에 위치하였던 관계로 건축허가절차가 보류되어 있었던바, 1986. 6. 30. 경기도 고시 제161호로 이 사건 시설에 대하여 안양도시계획시설 변경결정 및 변경지적승인실시계획이 인가되어 고시됨으로써 위 철도화물기지 내 각종시설의 건축허가절차가 원활하게 이루어지게 되어 철도건설창장과 시흥군수 사이에 위 시설의 건축허가에 대한 협의를 거친 결과 일단 1986. 11. 10.자로 건축주 명의를 철도건설창장으로 하여 건축법 제8조 제5항에 의한 건축협의가 성립되고 철도건설창장이 1986. 12. 24. 건축허가신청을 하였으나, 그 후에도 개발제한구역의 문제가 해결되지 아니하여 1988. 7. 23.에야 건축주를 철도건설창장으로 하는 건축허가를 받고 1988. 12 1.에 가서야 준공검사를 받게 되었다. 
 라. 그 후 이 사건 시설에 대하여는 건축물관리대장의 작성, 등재절차 및 기부채납 대상재산의 범위에 관한 이견 조정과정을 거친 후(원고가 1985. 1.경부터 이 사건 시설의 부속시설인 기계 및 전기설비에 대하여 기부채납 대상재산에서 제외하여 줄 것을 요구하여 철도건설창장이 일단 이를 거부하였으나, 그 후에도 채납재산의 범위에 관하여 협의가 계속되어 이 사건 시설의 준공검사 이후인 1989. 7.경까지도 기부채납 대상재산의 범위에 관하여 제외요청과 협의가 진행되고 있었다), 원고가 1989. 8. 31.자로 이 사건 시설에 포함된 사무실 및 식당 1동, 경비실 및 출하실 1동, 사이로 2기, 엘리베이터 1기 등의 기계설비 및 전기설비를 국가에 기부한다는 기부서를 제출하여 기부의사를 표시하자 철도건설창장이 이를 채납하여 1989. 10. 17. 이 사건 시설 중 건물 등에 관하여 소유자 명의를 국가(관리청：철도청)로 하여 소유권보존등기를 경료하고 1989. 11. 9. 원고에게 이 사건 시설에 대하여 그 사용수익의 시기(始期)를 준공일로 소급하여 그 때부터 국유재산무상사용수익허가를 하여 원고로 하여금 이를 무상으로 사용하게 하였다.
 마. 원고는 위와 같이 이 사건 시설을 국가에 기부채납한 후 위와 같은 기부채납은 부가가치세법 제6조 제1항에 규정된 재화의 공급에 해당하고 그에 대한 무상 사용수익허가를 받은 1989. 11. 9.에 그 재화의 공급이 발생된 것으로 보아, 건설기간 동안의 국유토지사용료를 포함한 이 사건 시설의 총건설비 금 2, 861, 610, 586원에서 건설기간 동안의 토지사용료 금 69, 278, 253원 및 공급시기로 본 위 1989. 11. 9.까지의 감가상각비 금 815, 437, 253원을 공제한 나머지 금 1, 976, 895, 080원을 과세표준으로 하여 1989년 2기분 부가가치세 금 193, 305, 400원을 피고에게 자진신고납부하였다. 
 바. 그러나, 피고는 이 사건 시설의 시공주체는 철도건설창장이고 원고는 공사비를 부담하여 그 시설을 건설하는 용역만을 공급한 것이므로 위와 같은 기부채납은 용역의 공급에 해당하고, 따라서 그 공급시기도 부가가치세법시행령 제22조 제1호의 규정에 의하여 역무의 제공이 완료되는 시점에 해당하는 위 준공검사일인 1988. 12. 1.이라고 보아, 부가가치세법 제13조 제1항 제2호의 규정에 따라 공급 당시의 용역의 시가에 해당하는 국유토지사용료를 포함한 이 사건 시설의 준공검사일까지의 총건설비 금 2, 861, 610, 586원(감가상각을 하지 아니한 금액)을 과세표준 금액으로 하여, 1993. 2. 16.자로 원고에 대하여 1988년 2기분 부가가치세로서 금 372, 009, 374원(세금계산서미교부미제출가산세 57, 232, 211원 및 신고납부불성실가산세 28, 616, 105원을 합한 금액임)을 부과하는 처분을 하는 한편, 원고가 위와 같이 자진신고납부한 1989년 2기분 부가가치세에 대하여는 이를 환급하는 처분을 하였다. 
 2. 처분의 적법여부
 가. 원고의 주장
 원고는, 원고가 이 사건 시설을 사실상 완공한 1986. 10. 이후 1989. 11. 9. 무상사용수익허가를 받을 때까지 이 사건 시설의 준공검사가 언제 마쳐지고 언제 기부채납될 것인지를 알 수 없었고 또한 기부채납의 범위가 어떠할 것인지와 기부채납한 사실에 대하여 과연 무상사용수익허가가 내려질 것인지가 불확실하였으며 한편 1986. 12. 이후 이 사건 시설을 실제로 사용하면서 벌크시멘트를 출하하고 있었으므로 원고는 회계처리에 있어서 이 사건 시설을 무작정 건설가계정으로 방치할 수 없어 이를 원고의 자산으로 인식하고 1987. 7. 건물, 구축물 및 기계장치계정으로 계정대체한 후 이에 대한 감가상각비와 위 사실상 완공일 이후의 이 사건 토지사용료를 각 사업연도의 비용으로 회계처리하였는바, 위와 같이 이 사건 시설을 사실상 완공한 이후 상당한 기간 사용하다가 기부채납한 이 사건의 경우에는 통상의 기부채납의 경우와 달리 시설자인 원고가 일단 이 사건 시설의 소유권을 취득하였다가 기부채납절차에 의하여 감가상각 후의 이 사건 시설을 국가에 재화로서 공급하고 그에 대한 대가로 국가로부터 이 사건 시설에 대한 무상사용수익허가를 받았다고 봄이 상당하므로 위와 같은 기부채납은 용역의 공급이 아니라 재화의 공급이라 할 것이고, 따라서 공급시기도 무상사용수익허가일인 1989. 11. 9.이며 과세표준도 위 공급시기까지 감가상각된 이 사건 시설의 가액이라고 보아야 하므로 이와 달리 보고 한 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.
 나. 관계 법령
부가가치세법 제6조 제1항은 "재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다"라고 규정하고, 같은법 제9조 제1항은 "재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다"라고 하면서 그 제2호에서 "재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때"라고 규정하고, 같은법시행령 제21조 제1항은 "법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각 호의 규정에 의한다"라고 하면서 그 제9호에서 "기타의 경우에는 재화가 인도되거나 인도가능한 때"라고 규정하고 있다. 
 다. 판 단
 (1) 용역의 공급여부
 먼저 이 사건 시설의 공급을 용역의 공급으로 본 피고의 조치가 적법한 것인지 여부에 대하여 살피건대, 일반적으로 자기의 노력과 비용으로 건축물을 건축한 자는 그 건축물의 소유권을 원시취득하는 것이고, 건축물을 건축하여 이를 기부채납하기로 약정한 경우에도 상대방과의 사이에서 건축물의 소유권을 당초부터 원시적으로 기부를 받을 자의 소유로 한다는 특별한 약정이 없는 이상 건축물을 자기의 노력과 비용으로 건축한 기부자가 소유권을 원시취득한다 할 것이다.
 그러므로 살피건대, 위에서 본 바와 같이 이 사건 시설은 건축허가상 당초부터 건축주 명의가 철도건설창장으로 되어 있었고 소유권보존등기도 바로 국가 앞으로 경료된 사실에 의하면 원고와 철도건설창장 사이에서 이 사건 시설의 소유권을 처음부터 원시적으로 국가에게 귀속하기로 약정하였다고 볼 여지도 있으나 다음과 같은 사실들에 비추어 보면 위 사실만으로 원고와 철도건설창장 사이에서 위와 같은 약정이 있었다고 보기 어렵고 달리 위와 같은 약정이 있었음을 인정할 증거가 없으며 오히려 위에서 본 바와 같이 원고가 철도청으로부터 이 사건 시설을 건설하기 위하여 그 부지에 대한 국유재산사용허가를 받은 직후부터 이 사건 시설을 철도청에 기부채납하는 시점까지 그 토지사용료를 철도청에 지급해 온 사실, 원고가 이 사건 시설을 사실상 완공한 뒤에는 철도청에 기부채납할 때까지 사용허가 등의 아무런 절차를 거치지 않고 이를 직접 사용해 온 사실, 이 사건 시설이 사실상 완공되거나 그에 대한 준공검사가 난 뒤에도 철도청이 이를 즉시 그 소유로 관리하는 절차를 취하지 아니하고 원고와 사이에 기부채납 재산의 범위에 관한 협의를 계속 진행시켜 그 협의가 이루어진 뒤 그에 대한 기부채납의 절차를 거친 뒤에야 비로소 철도청이 이를 그 소유로 관리하기 시작한 사실 등을 종합하여 보면, 원고와 위 철도건설창장은 이 사건 시설을 원고가 자신의 비용으로 건설하여 일단 그 소유권을 원시취득한 뒤 다시 이를 철도청에 기부채납하기로 약정한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 만약 이 사건 시설의 소유권을 원시적으로 철도청의 소유로 하기로 약정하였다면 원고는 철도청을 위하여 철도청의 소유로 원시취득될 시설물을 건축하는 용역만을 제공하는 것이 되어 이 사건 시설의 부지는 그 건설용역만을 제공하는 원고가 사용하는 것이 아니라 그 지상에 세워질 시설물의 건축주가 되는 철도청이 이를 사용하는 것으로 보는 것이 타당할 것인데 원고는 이 사건 시설을 건축함에 있어 그 토지의 사용권을 취득하는 절차를 따로이 거쳤을 뿐 아니라 국가에게 토지 사용료까지 지급하였으므로 위와 같은 점에 비추어 보면 이 사건 시설을 국가가 원시취득하기로 약정하였다고는 더욱 인정할 수 없다 할 것이다.
 또한 위에서 본 바와 같이 이 사건 시설은 안양도시계획시설인 남부철도화물기지 내의 시설인바, 도시계획법 제83조 제2항(1991. 12. 14. 법률 제4427호로 삭제)에 의하면 행정청이 아닌 자가 동법 제24조에 의하여 도시계획사업시행허가를 받아 도시계획시설을 설치한 경우에는 그 시설의 소유권은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다고 규정되어 있으나 원고는 위 법 제24조에 의한 도시계획사업시행의 허가를 받아 이 사건 시설을 건축한 것이 아니므로 위 법 제83조 제2항의 규정이 적용되지 아니하고, 행정청이 아닌 자가 도시계획사업시행허가를 받음이 없이 도시계획시설을 완성한 경우에는 그 시설의 소유권은 특약이 없는 한 일단 시설을 한 자의 소유로 된 후 기부채납에 의하여 비로소 국가 또는 지방자치단체에 이전되는 것으로 보아야 할 것이다( 대법원 1990. 2. 27. 선고 89누1797 판결 참조). 
 위에서 본 바에 의하면 이 사건 시설의 소유권을 국가가 원시취득한다는 특별한 약정을 인정할 수 없는 이상 이 사건 시설은 노력과 비용을 들여 이 사건 시설을 건축한 원고가 원시취득하였다 할 것이고, 이와 같이 원고를 이 사건 시설의 원시적 소유자라고 본다면 원고가 자기 소유의 이 사건 시설을 국가에게 공급하는 것을 재화의 공급이라 할 것이지 용역의 공급이라 할 것은 아니라 할 것이다.
 (2) 공급시기
 다음으로 이 사건 시설의 공급시기를 언제로 볼 것인지에 관하여 살피건대, 피고는 이 사건 시설의 기부채납을 용역의 공급으로 보고 그 공급시기를 용역의 공급이 완료된 때에 해당하는 이 사건 시설의 준공검사일로 보았으나, 위와 같이 원고가 철도청에 공급한 것은 이 사건 시설의 건설용역이 아니라 재화로서의 이 사건 시설 자체라고 본다면 그 공급의 시기는 특별한 사정이 없는 한 부가가치세법 제9조 제1항, 같은법시행령 제21조 제1항 제9호에 따라 원고가 이 사건 시설을 인도한 때라 할 것인바, 위에서 본 바와 같이 원고는 이 사건 시설에 대한 준공검사가 완료된 후에도 그 기부채납 대상재산의 범위에 관하여 철도청과 협의를 계속한 끝에 그 협의가 성립된 뒤인 1989. 8.경에 가서야 기부서를 제출한 점에 비추어 보면 위 기부서의 제출 이전에는 이 사건 시설을 기부채납한다는 약정만 되어 있었을 뿐이고 위 기부서의 제출에 의하여 비로소 그 기부채납의사가 확정적으로 표시되었다고 할 것이므로 위와 같은 의사가 표시되어 철도청이 이를 채납하는 절차가 완료된 때인 1989. 8.경 또는 피고 명의로 보존등기까지 마친 같은 해 10. 17.을 위와 같은 인도한 때로서 이 사건 시설의 공급시기라고 보아야 할 것이다. 
 3. 결 론
 그렇다면 원고는 이 사건 시설을 재화로서 1989년 후반기에 가서야 철도청에 공급하였다 할 것이므로 원고가 이를 1988년 후반기에 용역으로서 공급한 것으로 보아 이에 대하여 1988년 2기분 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 더 나아가 그 과세표준의 내용에 대하여 살펴볼 필요도 없이 위법하다 할 것이므로 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이 사건 처분을 취소하기로 하여 이에 주문과 같이 판결한다.

판사 유지담(재판장) 강영호 유원석

시멘트 회사가 국유지인 철도기지 내에 양회저장시설을 건설하여 기부채납한 뒤 국유재산사용허가를 받아 사용하는 경우, 그 건축허가명의가 철도건설창장으로 되어 있고 소유권보존등기도 바로 국가 앞으로 되었으나, 시설공사를 위해 국유재산사용허가를 받은 직후부터 이를 기부채납하는 시점까지 토지사용료를 지급하여 왔고, 완성 후 기부채납시까지 사용허가 등의 아무런 절차를 거치지 않고 이를 직접 사용해 왔으며, 준공검사를 마친 뒤에도 철도청이 이를 즉시 그 소유로 관리하는 절차를 취하지 아니하고 기부채납 재산의 범위에 관한 협의가 진행되는 등의 제반 사정을 종합하여, 회사가 이 시설을 원시취득하여 국가에 기부채납한 경우로서 재화의 공급에 해당한다는 이유로, 이를 용역의 공급으로 보고 한 부가가치세부과처분을 취소한 사례.