법인세경정청구거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2022.06.30 / 시행일:

【원고, 상고인】 쿠쿠홀딩스주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 광장 담당변호사 마옥현 외 2인)
【피고, 피상고인】 양산세무서장(경정 전 명칭: 금정세무서장) (소송대리인 변호사 이선호)
【원심판결】 부산고법 2018. 7. 18. 선고 2018누20764 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 가. 원고는 2012. 11. 30. 쿠쿠홈시스 주식회사(이하 ‘쿠쿠홈시스’라 한다)를 흡수합병하였다(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다). 이에 따라 쿠쿠홈시스가 보유하던 원고의 발행 주식 165,085주가 원고에게 이전되었고 2014. 3. 24. 액면분할을 거쳐 1,650,850주가 되었다.
 나. 원고는 2014. 8. 6. 그중 45,346주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 양도한 후 2014 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 주식의 양도금액을 익금에 산입하고 양도 당시의 그 장부가액을 손금에 산입하였다.
 다. 원고는 2016. 8. 29. 피고에게 ‘이 사건 주식의 양도는 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본거래로 봄이 상당하고 이 사건 주식의 양도차익은 자본거래에 따른 이익으로서 익금산입 대상에서 제외된다.’는 취지로 주장하면서 2014 사업연도 법인세에 대한 경정청구를 하였으나, 피고는 2016. 9. 28. 이를 거부하였다.
 2. 제1 상고이유에 관하여
 가. 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제15조는 제1항에서 "익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다."라고 규정하고, 제3항에서 "제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."라고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제11조 제2호의2(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)는 법인세법 제15조 제1항의 규정에 따른 수익의 하나로 ‘자기주식의 양도금액’을 정하면서 자기주식에는 ‘합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우(이른바 협의의 자기주식)’가 포함되는 것으로 규정하고 있다.
 한편 법인세법 제17조 제1항 제5호는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 ‘자본거래로 인한 수익’의 하나로 합병차익을 들면서 이를 ‘상법 제174조에 따른 합병의 경우로서 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본금증가액 또는 합병에 따라 설립된 회사의 자본금을 초과한 경우의 그 초과금액’이라고 정하고 있다.
 나. 원심은 다음과 같은 이유로 이 사건 시행령 조항이 모법의 위임 범위를 벗어나거나 조세법률주의에 반하여 무효라는 원고의 주장을 배척하였다. 협의의 자기주식은 피합병법인의 자산으로서 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 하지만 합병 이후 합병법인이 이를 처분하는 행위는 합병과는 구별되는 후속거래로서 순수한 자본거래에 해당한다고 보기 어렵다. 또한 협의의 자기주식 역시 양도성과 자산성을 가질 뿐만 아니라 합병에 따라 자기주식을 자산으로 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것이 다른 사유로 자기주식을 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것과 본질적으로 다르지 아니하다. 이러한 사정 등에 비추어 보면, 협의의 자기주식 처분이익은 법인세법 제15조 제1항이 익금에서 제외되는 것으로 정한 대상이나 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익에 해당한다고 볼 수 없다.
 다. 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심판결에 상고이유 주장과 같이 법률의 위임 범위와 한계 및 조세법률주의에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 라. 원고가 상고이유에서 들고 있는 대법원판결들은 이 사건 시행령 조항이 신설된 2009. 2. 4. 이전의 구 법인세법 시행령의 해석에 관한 것으로 이 사건에 적절한 것이 아니다.
 3. 제2 상고이유에 관하여
 가. 법인세법 제44조는 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 그 양도에 따라 발생하는 양도손익을 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하되(제1항), 일정한 요건을 갖춘 합병(이른바 적격합병)의 경우 자산의 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있도록 규정하고 있다(제2항). 한편 법인세법 제44조의3 제1항은 적격합병의 경우 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하도록 규정하고, 법인세법 시행령 제72조 제2항 제3호 (가)목은 합병법인이 적격합병에 따라 취득한 자산의 취득가액을 제80조의4 제1항에 따른 장부가액으로 하도록 규정하고 있다. 그리고 법인세법 시행령 제80조의4 제1항 제2호는 적격합병의 경우 합병법인은 피합병법인으로부터 양수한 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하며, 이렇게 계상된 자산조정계정 중 감가상각자산 외의 자산에 설정된 것은 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입하도록 규정하고 있다.
위 각 규정의 내용을 종합하면, 합병법인이 적격합병으로 취득한 협의의 자기주식을 양도한 경우 그 양도차익은 양도금액에서 해당 주식의 합병등기일 당시의 시가를 차감한 가액에 합병 당시 자산조정계정으로 계상되었던 금액을 가감하는 방식으로 계산된다.
 나. 원심은, 이 사건 합병 당시 쿠쿠홈시스가 이를 적격합병으로 보고 그로 인한 양도손익이 없는 것으로 법인세를 신고하고 원고도 이 사건 주식을 쿠쿠홈시스의 기존 장부가액으로 승계하였으므로, 이 사건 주식의 양도로 원고의 2014 사업연도 익금에 산입될 부분은 과세이연된 부분을 포함한 이 사건 주식의 양도금액에서 원고가 승계한 이 사건 주식의 장부가액을 차감한 금액 전체라고 판단하였다.
 다. 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 협의의 자기주식의 양도차익 산정에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 4. 결론
 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김재형(재판장) 안철상 노정희(주심)

[1] 甲 주식회사가 乙 주식회사를 흡수합병하였는데 乙 회사가 보유하던 甲 회사의 발행 주식의 일부를 양도한 후 위 주식 양도금액을 익금에 산입하고 양도 당시의 그 장부가액을 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다가, 이후 甲 회사가 ‘위 주식의 양도는 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본거래로 봄이 상당하고 위 주식의 양도차익은 자본거래에 따른 이익으로서 익금산입 대상에서 제외된다.’는 취지로 주장하며 법인세 경정청구를 하였으나 관할 세무서장이 이를 거부한 사안에서, 피합병법인이 보유하던 합병법인 주식의 처분이익은 구 법인세법 제15조 제1항이 익금에서 제외되는 것으로 정한 대상이나 구 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익에 해당한다고 볼 수 없다고 본 원심판단을 수긍한 사례
 [2] 합병법인이 구 법인세법 제44조 제2항의 요건을 갖춘 합병으로 취득한 자기주식을 양도한 경우 양도차익을 계산하는 방법

[1] 甲 주식회사가 乙 주식회사를 흡수합병하였는데 乙 회사가 보유하던 甲 회사의 발행 주식의 일부를 양도한 후 위 주식 양도금액을 익금에 산입하고 양도 당시의 그 장부가액을 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다가, 이후 甲 회사가 ‘위 주식의 양도는 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본거래로 봄이 상당하고 위 주식의 양도차익은 자본거래에 따른 이익으로서 익금산입 대상에서 제외된다.’는 취지로 주장하며 법인세 경정청구를 하였으나 관할 세무서장이 이를 거부한 사안에서, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식(이하 ‘협의의 자기주식’이라 한다)은 피합병법인의 자산으로서 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익을 산정하는 요소가 되기는 하지만 합병 이후 합병법인이 이를 처분하는 행위는 합병과는 구별되는 후속거래로서 순수한 자본거래에 해당한다고 보기 어렵고, 협의의 자기주식 역시 양도성과 자산성을 가질 뿐만 아니라 합병에 따라 자기주식을 자산으로 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것이 다른 사유로 자기주식을 취득하였다가 처분하여 이익을 얻는 것과 본질적으로 다르지 아니하므로, 협의의 자기주식 처분이익은 구 법인세법 제15조 제1항이 익금에서 제외되는 것으로 정한 대상이나 구 법인세법 제17조 제1항 제5호가 정한 합병차익에 해당한다고 볼 수 없다고 본 원심판단을 수긍한 사례.
 [2] 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조는 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 그 양도에 따라 발생하는 양도손익을 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하되(제1항), 일정한 요건을 갖춘 합병(이른바 적격합병)의 경우 자산의 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있도록 규정하고 있다(제2항). 한편 구 법인세법 제44조의3 제1항은 적격합병의 경우 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하도록 규정하고, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제2항 제3호 (가)목은 합병법인이 적격합병에 따라 취득한 자산의 취득가액을 제80조의4 제1항에 따른 장부가액으로 하도록 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제80조의4 제1항 제2호는 적격합병의 경우 합병법인은 피합병법인으로부터 양수한 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하며, 이렇게 계상된 자산조정계정 중 감가상각자산 외의 자산에 설정된 것은 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입하도록 규정하고 있다.
 위 각 규정의 내용을 종합하면, 합병법인이 적격합병으로 취득한 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 양도한 경우 그 양도차익은 양도금액에서 해당 주식의 합병등기일 당시의 시가를 차감한 가액에 합병 당시 자산조정계정으로 계상되었던 금액을 가감하는 방식으로 계산된다.