법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2001.03.23 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 우영 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 우창록 외 22인)
【피고, 피상고인】 도봉세무서장
【원심판결】 서울고법 1999. 10. 13. 선고 99누5551 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】원심은 제1심판결을 인용하여, 원고는 1992 사업년도 법인세 신고시 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것, 이하 '조감법'이라 한다.) 제15조의3 소정의 중소제조업에 대한 임시특별세액감면으로 23,686,646원, 제72조 제1항 소정의 임시투자세액공제로 69,298,410원을 적용받아 당해 사업연도의 법인세에서 해당 금원을 각각 감면 또는 공제받고자 하였으나, 최저한세의 적용으로 말미암아 임시특별세액감면은 22,093,126원만, 임시투자세액공제는 13,878,540원만 세액감면 등의 대상이 되고 나머지 1,590,520원과 55,419,870원은 그 대상이 되지 못하였고, 원고는 조감법 제91조에 의하여 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 위와 같이 세액감면 등을 받은 세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립한 사실, 한편 원고는 조감법 제89조에 따라 1992 사업연도 법인세 신고시 그 대상이 되지 못한 55,419,870원의 임시투자세액공제를 1993 사업연도로 이월하여 1993년 사업연도의 법인세 신고시 해당 세액을 공제받고 역시 그 공제세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립한 사실, 그런데 원고가 1992 사업연도 법인세 조사를 받은 결과 수입을 누락한 것 등이 발견되어 당초 신고한 것보다 과세표준 및 세액이 증액되고, 이로 말미암아 최저한세 적용시의 세액감면 등의 한도액이 증가됨으로써 경정 후의 세액감면 등의 액수도 증액되게 되었는바, 이에 따라 피고는 1994. 10. 17. 원고의 1992 사업연도 법인세를 173,718,289원으로 산출하고 여기서 원고가 원래 인정받은 감면·공제의 각 세액에 최저한세의 적용으로 인정받지 못한 감면·공제의 각 세액을 합한 총 92,982,056원(22,093,126 + 13,878,540 + 1,590,520 + 55,419,870, 즉 원고가 원래 감면·공제받고자 하였던 세액 23,686,646원과 69,298,410원의 합계이다.)을 감면 또는 공제한 다음, 그 차감세액 80,736,233원에 가산세 8,902,196원을 합한 89,638,429원으로 총결정세액을 증액경정하고 여기서 다시 원고가 이미 납부한 세액을 공제한 나머지 15,483,946원의 납부를 고지한 사실, 피고는 이어 원고가 위와 같이 1992 사업연도에 총 합계 92,982,056원의 세액을 감면·공제받고도(경정 전 법인세와 비교하면 1,590,520원의 임시특별세액감면과 55,419,870원의 임시투자세액공제가 추가로 인정된 셈이다. 이하, 이 사건 임시특별세액감면과 임시투자세액공제라고 한다.) 추가로 감면·공제받은 세액 합계 57,010,390원(1,590,520 + 55,419,870)에 상당하는 기업합리화적립금은 이를 적립하지 않았다는 이유로, 1997. 7. 15. 조감법 제92조에 의하여 원고에게 위 부족한 기업합리화적립금에 상당하는 이 사건 임시특별세액감면과 임시투자세액공제를 부인하고 그 세액 합계 57,010,390원과 이에 대한 소정의 가산세를 가산한 합계 87,961,600원을 추가로 징수하는 이 사건 처분을 한 사실을 인정한 다음, 1993 사업연도에 적립된 기업합리화적립금은 1993 사업연도에 받은 세액공제의 결과로서 그 적립은 그 공제받은 세액의 추징을 면하기 위한 것이라 할 것이고 1992 사업연도에 받은 이 사건 임시투자세액공제와 관련하여 그 공제받은 세액의 추징을 면하기 위하여서는 이에 상당하는 기업합리화적립금은 이를 따로이 적립하여야 하며, 그 적립이 없는 이상 그 추징을 면할 수 없다고 판단하였다.
 그런데 조감법 제91조 제1항에서 규정하는 기업합리화적립금의 적립은 세액공제 등을 받기 위하여 먼저 이행하여야 할 요건이 아니라 그 공제를 받은 후에 공제받은 자가 공제받은 사업연도의 이익금처분시 혹은 대통령령이 정하는 적립시기에 이행하여야 할 사후의 요건으로서 공제된 세액 상당의 추징을 면할 요건에 불과하고, 법인세 수정신고기간이 지나기 전이나 공제에 따른 세액을 추징하는 과세처분이 있기 전에 기업합리화적립금을 적립하면 족한 점(대법원 1996. 2. 23. 선고 95누17014 판결, 1996. 10. 29. 선고 95누17755 판결 등 참조), 조감법상의 기업합리화적립금 제도의 입법 취지와 위 공제 등 배제의 구조 및 당해 연도의 공제세액과 이월 공제세액의 공제 순서에 관한 조감법 제89조 제2항의 규정 등에 비추어 보면, 원심이 확정한 사실에 의하더라도, 1994년에 이르러 추가로 인정된 이 사건 임시투자세액공제에 대한 기업합리화적립금은 위 세액결정이 있기 전에 1992 사업연도 투자분에 대한 세액공제의 일부가 이월된 것으로서 이 사건 임시투자세액공제와 실질적으로는 동일한 1993 사업연도 이월 세액공제에 대하여 이미 적립된 기업합리화적립금으로 충당·적립된 것으로 봄이 타당하다.
 그렇다면 원심판결에는 기업합리화적립금의 적립에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이고, 이 점을 지적하는 상고이유는 이유가 있다.
 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 윤재식(재판장) 송진훈 이규홍 손지열(주심)

최저한세의 적용으로 일부만 당해 사업연도에 세액공제를 받고 그에 따른 기업합리화적립금을 적립한 후, 나머지는 다음 사업연도에 이월하여 세액공제를 받고 그에 따른 기업합리화적립금을 적립하였는데, 그 후 당해 사업연도세액의 증액 경정으로 이월 공제세액도 당해 사업연도에 세액공제를 받게 된 경우, 다음 사업연도에 기적립된 기업합리화적립금을 당해 사업연도의 기업합리화적립금으로 볼 수 있는지 여부(적극)

최저한세의 적용으로 일부만 당해 사업연도에 세액공제를 받고 그에 따른 기업합리화적립금을 적립한 후, 나머지는 다음 사업연도에 이월하여 세액공제를 받고 그에 따른 기업합리화적립금을 적립하였는데, 그 후 당해 사업연도세액의 증액 경정으로 이월 공제세액도 당해 사업연도에 세액공제를 받게 된 경우, 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것) 제91조 제1항에서 규정하는 기업합리화적립금의 적립은 세액공제 등을 받기 위하여 먼저 이행하여야 할 요건이 아니라 그 공제를 받은 후에 공제받은 자가 공제받은 사업연도의 이익금처분시 혹은 대통령령이 정하는 적립시기에 이행하여야 할 사후의 요건으로서 공제된 세액 상당의 추징을 면할 요건에 불과하고, 법인세 수정신고기간이 지나기 전이나 공제에 따른 세액을 추징하는 과세처분이 있기 전에 기업합리화적립금을 적립하면 족한 점, 같은 법상의 기업합리화적립금 제도의 입법 취지와 위 공제 등 배제의 구조 및 당해 연도의 공제세액과 이월 공제세액의 공제 순서에 관한 같은 법 제89조 제2항의 규정 등에 비추어 보면, 다음 사업연도에 기적립된 기업합리화적립금이 당해 사업연도의 기업합리화적립금으로 충당·적립된 것으로 봄이 타당하다.