종합부동산세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2023.08.31 / 시행일:

【원고, 피상고인】 에쓰대시오일 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 지평 담당변호사 박보영 외 4인)
【피고, 상고인】 마포세무서장 (소송대리인 정부법무공단 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2019. 4. 3. 선고 2018누47310 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 가. 피고는 2016. 11. 17. 원고가 과세기준일인 2016. 6. 1. 현재 보유 중인 주택, 종합합산과세대상 토지와 별도합산과세대상 토지(이하 ‘주택 등’이라 한다)에 대하여 2016년도 귀속 종합부동산세 2,387,526,780원과 농어촌특별세 477,505,350원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 나. 이 사건 처분을 하면서 피고는 구 종합부동산세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29524호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항과 제2항(이하 통칭하여 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 규정된 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × {(주택 등의 공시가격을 합산한 금액 - 종합부동산세 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율} ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)에 따라 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 885,428,052원으로 산정하였다.
 2. 관련 법령 등
 가. 구 종합부동산세법(2018. 12. 31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항, 제14조 제3항과 제6항은 주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등의 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고 있다. 또한 구 종합부동산세법 제9조 제4항과 제14조 제7항에서는 주택 등의 종합부동산세액을 계산할 때 주택 등의 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 그 위임에 따라 구 종합부동산세법 시행령의 이 사건 조항에서는 주택 등의 종합부동산세액에서 공제하는 ‘주택 등의 과세표준 금액에 대한 주택 등의 재산세로 부과된 세액’을 앞서 본 바와 같은 ‘이 사건 산식에 따라 계산한 금액’으로 하도록 규정하고 있다. 
 나. 이 사건 조항과 관련된 개정 경과 등은 다음과 같다.
 1) 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위하여 재산세 과세표준을 공시가격으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대한 연도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 하였고, 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다. 그 후 2005. 12. 31. 법률 제7836호로 개정된 종합부동산세법에서부터는 공시가격을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하되, 위와 같은 과세표준에 세율뿐만 아니라 연도별 적용비율도 곱하여 세액을 산출하도록 하였다. 
 다만 종합부동산세법은 제정 당시부터 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하여 왔고, 이와 관련하여 2005. 12. 31. 대통령령 제19253호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항과 제2항에서는 공제되는 재산세액을 ‘주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 따라 산정하도록 규정하였다.
 2) 그런데 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 지방세법, 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였다. 이에 따라 구 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항과 제2항의 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제2조의4 제1항은 주택과 종합합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 80으로, 제2항에서는 별도합산과세대상인 토지의 원칙적인 공정시장가액비율도 100분의 80으로 각각 정하고 있다. 또한 구 지방세법(2023. 3. 14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2022. 6. 30. 대통령령 제32747호로 개정되기 전의 것) 제109조는 토지의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로, 주택의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 60으로 각각 정하고 있다.
 3) 위와 같이 공정시장가액비율 제도가 도입되면서 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항과 제2항에서는 공제되는 재산세액의 계산을 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 ‘종전 산식’이라 한다)에 의하도록 하였으나, 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 구 종합부동산세법 시행령의 이 사건 조항에서는 앞서 본 바와 같이 공제되는 재산세액의 계산을 이 사건 산식에 의하도록 규정하고 있다.
 3. 판단
 가. 앞서 본 바와 같이 재산세와 종합부동산세의 과세표준 산정에 관하여 공정시장가액비율 제도가 도입되었고, 재산세와 종합부동산세에 각각 적용되는 공정시장가액비율이 반드시 일치하지는 아니하게 된 결과, 동일한 과세대상 재산이더라도 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역 중 일부에 대하여만 종합부동산세가 과세되고 그와 같이 종합부동산세가 과세되는 부분은 재산세와 중복하여 과세되는 부분과 그렇지 않은 부분으로 나뉘게 되었다. 이에 따라 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되는지 여부에 의하여 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위가 달라지게 된다.
 그런데 앞서 본 바와 같이 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항과 제6항에서는 주택 등의 ‘과세표준 금액에 대하여’ 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등의 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고 있을 뿐이고, 같은 법 제9조 제4항과 제14조 제7항에서는 주택 등의 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 이러한 구 종합부동산세법 규정의 문언, 체계와 취지 등에 비추어 보면, 위와 같이 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되는지 여부는 기본적으로 입법자에게 광범위한 입법형성의 자유가 주어진 영역이라고 할 것인데 구 종합부동산세법은 이를 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다. 
 그 위임에 따라 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 종전 산식에 의하도록 규정하여, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되도록 하였다. 이에 의하면 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분은 고려할 필요가 없으므로(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 등 참조), 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 대하여 부과되는 재산세액 전액이 공제되는 결과에 이르게 된다. 
 반면 그 후 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 구 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 이 사건 산식에 의하도록 규정하였고, 이에 의하면 개정 전과는 달리 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 대하여 부과되는 재산세액 중 일부만이 공제되는 결과에 이르게 되나, 이는 입법자가 구 종합부동산세법 제9조 제4항과 제14조 제7항의 위임 범위 내에서, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되도록 함으로써 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위를 구체적으로 명확하게 하였기 때문이다. 따라서 이 사건 조항이 동일한 과세대상에 대하여 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산세액 중 일부만을 공제하도록 하였더라도 구 종합부동산세법 제9조 제4항과 제14조 제7항의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다.
 나. 그런데도 원심은 이 사건 조항이 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액 중 일부만을 공제하도록 하는 것으로서 구 종합부동산세법 제9조 제4항과 제14조 제7항의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 위임입법의 한계 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 4. 결론
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 오경미(재판장) 김선수(주심) 노태악 서경환

동일한 과세대상에 대하여 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산세액 중 일부만을 공제하도록 한 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항, 제2항이 구 종합부동산세법 제9조 제4항과 제14조 제7항의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효인지 여부(소극)

2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 구 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × {(주택 등의 공시가격을 합산한 금액 - 종합부동산세 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율} ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 의하도록 규정하였고, 이에 의하면 개정 전과는 달리 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 대하여 부과되는 재산세액 중 일부만이 공제되는 결과에 이르게 되나, 이는 입법자가 구 종합부동산세법(2018. 12. 31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제4항과 제14조 제7항의 위임 범위 내에서, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되도록 함으로써 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위를 구체적으로 명확하게 하였기 때문이다. 따라서 구 종합부동산세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29524호로 개정되기 전의 것) 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항, 제2항이 동일한 과세대상에 대하여 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산세액 중 일부만을 공제하도록 하였더라도 구 종합부동산세법 제9조 제4항과 제14조 제7항의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다.