부가가치세경정거부처분취소 (일반행정, 인천지방법원)
공포일: 2014.06.12 / 시행일:

【원 고】 부천시 (소송대리인 법무법인 정원 담당변호사 김윤식)
【피 고】 부천세무서장
【변론종결】2014. 5. 1.
【주 문】
 1. 피고가 2012. 1. 18. 원고에 대하여 한 부천시립노인전문병원과 노인전문요양원, 재가노인지원센터 매입세액에 관한 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 
 3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 

【청구취지】 주문 제1항 및 피고가 2012. 1. 18. 원고에 대하여 한 부천 무형문화재 공방거리 건축시설물, 중요무형문화재부천전수관 매입세액에 관한 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 행정재산 관리 위탁
 1) 원고는 부천시 (주소 1 생략) 영상문화단지 내에 있는 부천 무형문화재 공방거리 건축시설물(이하 ‘이 사건 공방거리시설’이라 한다)에 관하여 2009. 3. 2.부터 2011. 2. 28.까지는 사단법인 경기무형문화재총연합회(이하 ‘이 사건 연합회’라 한다)에 그 관리·운영을 위탁하였고, 2011. 3. 1.부터 2013. 2. 28.까지는 부천문화원장에게 그 운영을 위탁하였다. 
 2) 원고는 부천시 (주소 2 생략)에 있는 중요무형문화재부천전수관(이하 ‘이 사건 무형문화재전수관’이라 한다)에 관하여 2008. 12. 1.부터 2011. 12. 31.까지 사단법인 남사당과 중요무형문화제 제57조 경기민요보유자 소외인(이하 ‘이 사건 남사당 등’이라 한다)에게 그 관리·운영을 위탁하였다. 
 3) 원고는 부천시 (주소 3 생략)에 있는 부천시립노인전문병원과 노인전문요양원, 재가노인지원센터(이하 각 ‘노인병원’, ‘요양원’, ‘재가노인지원센터’라 하고, 이를 통틀어 ‘이 사건 노인복지시설’이라 한다)에 관하여 공유재산 및 물품관리법 제27조, 부천시 노인의료복지시설 등의 설치 및 운영에 관한 조례에 근거하여 재단법인 대인의료재단(이하 ‘이 사건 의료재단’이라 한다)에 그 관리·운영을 위탁하였다. 
 나. 부가가치세 신고·납부
 원고는 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관, 노인복지시설 임대의 경우 부가가치세 매입세액 공제의 대상이 되지 않는 것으로 보고 위 각 시설의 취득비용을 매입세액으로 공제하지 않은 채 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세를 신고·납부하였다. 
 다. 원고의 부가가치세 경정청구과 피고의 경정거부처분
 이후 원고는 지방자치단체의 부동산임대업이 부가가치세의 과세사업이므로 관련 매입세액이 공제된다고 보고, 2011. 10. 25. 피고에게 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관 조성 및 리모델링 관련 매입세액 294,611,000원, 이 사건 노인복지시설 조성 관련 매입세액 2,056,210,606원을 각 매출세액에서 공제하고 환급하는 것으로 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2012. 1. 18. 위 각 매입세액은 부동산임대업이 아닌 원고의 고유목적사업과 관련된 공익목적의 매입세액이라는 사유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관 매입세액에 관한 경정거부처분을 ‘이 사건 1처분’, 이 사건 노인복지시설 매입세액에 관한 경정거부처분을 ‘이 사건 2 처분’이라 하고, 이를 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제6호증의 2, 갑 제7, 10, 11, 12호증, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 1) 이 사건 1처분에 관한 주장
 원고는 다수의 부동산을 제3자에게 계속적, 반복적으로 사용·수익하게 하고 있고, 이를 위해 담당 공무원 조직과 영업시설 및 대상 부동산을 소유하고 있으므로 부동산임대의 사업자에 해당하며, 부가가치세법상 부동산임대업은 부동산을 타인에게 유·무상으로 독점적으로 사용·수익하게 하는 용역을 의미하고, 지방자치단체가 전문적 기능과 역량을 갖춘 민간단체에 특정사업을 위탁하고 행정재산을 무상으로 제공함과 동시에 별도의 보조금을 지원하는 것은 지방자치단체가 자기의 계산과 책임으로 소속 공무원을 직접 투입하여 수행하고 그 결과에 따른 권리·의무의 귀속주체가 되는 통상적인 고유의 목적사업 수행과 그 형식 및 실질이 다르므로, 원고가 이 사건 연합회와 남사당 등에 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관의 관리를 위탁함으로써 사용수익을 허가한 것은 실질적으로 부동산임대업을 영위한 것에 해당한다. 
 무상의 부동산임대는 부가가치세의 과세대상이 아니나, 당해 무상의 부동산임대가 지방자치단체의 부동산임대업의 사업범위에 속하는바, ① 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에서 무상의 용역공급에 관련된 매입세액을 명시적으로 공제의 예외로 규정하지 않고 있는 점, ② 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액을 매입세액 공제에서 제외하고 있는데, 위 규정은 국민의 부가가치세 부담을 무겁게 하는 침익적 조세규정이므로 위 규정을 비과세사업에 관련된 매입세액에 유추적용하여서는 안 되는 점, ③ 위 규정은 2011. 12. 31. 법률 제11129호로 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니하는 것으로 개정되었고, 위 개정규정의 반대해석상 개정 전에 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급한 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 하는 점 등에 비추어 무상의 부동산임대와 관련한 매입세액은 공제의 대상이 된다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다. 
 또한, 피고는 원고가 공익목적으로 부천문화원과 재단법인 부천기독교청년회유지재단에 부천문화원 건물을 무상 임대한 것이나 한국생산기술연구원에 아파트형 공장을 무상으로 임대한 것 등에 관하여는 매입세액 공제한 바 있으므로, 이 사건 처분은 조세평등의 원칙, 신뢰보호의 원칙에도 위반된다. 
 2) 이 사건 2처분에 관한 주장
 이 사건 의료재단은 법적·경제적으로 독립된 사경제 주체이고, 자기의 책임과 계산으로 노인복지사업을 수행하고 있으며, 수탁자부담금으로 이 사건 노인복지시설 공사비 중 4,201,000,000을 납부하였고, 원고는 이 사건 의료재단에 이 사건 노인복지시설 중 요양원과 재가노인지원센터는 무상으로, 노인병원은 유상(운영이익금의 30%에 해당하는 금액)으로 임대하고 있으므로, 원고는 부동산임대사업의 일환으로 이 사건 노인복지시설을 이 사건 의료재단에 유상으로 임대한 것이다. 
 지방자치단체의 부동산임대업은 2006. 2. 9. 부가가치세법 시행령 개정으로 면세대상에서 제외되어 부가가치세의 과세대상이 되었으므로, 원고가 이 사건 노인복지시설을 유상 임대한 것과 관련된 매입세액은 당연히 매출세액에서 공제되어야 한다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 이 사건 1처분의 적법 여부
 1) 처분사유의 추가
 피고는 이 사건 소송에서 원고가 이 사건 연합회와 남사당 등에 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관을 무상으로 임대한 것은 과세대상이 아니므로 이에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다는 점을 처분사유로 추가하였다.
 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사·확인할 의무가 있다. 그러므로 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이고, 경정청구가 이유 없다고 내세우는 개개의 거부처분사유는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는 것이 아니라고 주장하는 공격방어방법에 불과한 것이다. 따라서 과세관청은 당초 내세웠던 거부처분사유 이외의 사유도 그 거부처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조).
 2) 사업성에 관하여
 구 부가가치세법 제12조 제1항 제18호, 같은 법 시행령 제38조 제3호에 의하면 지방자치단체가 부동산임대를 하는 경우 부가가치법상 과세대상이 되는 사업이라 할 것이다. 그런데 원고가 이 사건 연합회와 남사당 등에 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관을 무상으로 사용·수익하게 하였음은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 위와 같이 원고가 이 사건 연합회와 남사당 등에 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관의 관리를 위탁함으로써 무상으로 사용·수익하도록 하는 경우에도 부가가치세법상 과세대상이 되는 사업인지 여부에 관하여 본다. 
 부가가치세법에서 ‘사업성’ 또는 ‘비과세사업’에 대하여 직접 규정하고 있지는 않지만, 무상의 용역공급은 구 부가가치세법 제7조 제3항에 의하여 구 부가가치세법 제1조의 과세대상인 용역의 공급에서 제외되므로, 무상의 용역을 공급하는 자를 구 부가가치세법 제2조 제1항 제1호의 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 ‘제1조에 따른 용역’을 공급하는 자에 해당한다고 볼 수 없는 점, 이와 달리 용역을 무상으로 공급하는 경우에도 부가가치세법상 사업성을 인정한다면 부가가치세법이 비과세대상으로 명시하고 있는 경우에도 제20조 제3항에 의한 교부받은 세금계산서의 제출의무, 제34조에 의한 대리납부의무 등을 부담하게 될 우려가 있는 점 등에 비추어 볼 때 비과세대상인 용역의 무상공급은 부가가치세법상 사업성이 인정되지 아니한다고 봄이 상당하다(이하 편의상 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것을 ‘부가가치세 비과세사업’이라 한다). 
 3) 매입세액 공제 가부에 관하여
 다음으로 부가가치세 비과세사업의 경우에 매입세액을 공제하여 하는지에 대하여 본다.
 ① 구 부가가치세법 제17조 제1항 및 제2항 제6호는 자기사업을 위하여 사용되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하되, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 
 위 규정의 내용·취지에 비추어 보면, 부가가치세법은 부가가치의 계산을 총매출액에서 타기업으로부터 구입한 중간재 및 매입액을 공제하여 과세하는 이른바 소비형 부가가치세제를 채택하고, 과세방법으로 각 거래단계에서 창출한 부가가치를 전단계매입세액을 공제하는 방식을 채택하고 있다고 할 것인데, 구 부가가치세법 제17조 제1항에 의하여 공제되는 매입세액은 사업자가 ‘자기의 사업’을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액이고, 여기서 말하는 사업은 부가가치세법상 사업, 즉 과세사업을 의미하므로, 이러한 방식 하에서는 부가가치세의 대상은 과세사업이어야 할 것이고, 용역의 무상공급은 비과세거래로서 비과세사업자 스스로 소비하였거나 제3자(용역의 무상공급을 받은 자)로 하여금 소비하게 한 것에 해당하므로 매입세액공제는 할 수 없다고 봄이 타당한 점, ② 부가가치세 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액과 아무런 차이가 없는 점(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 등 참조), ③ 구 부가가치세법 제13조 제1항 제3호는 재화의 무상공급의 경우 자기가 공급한 재화의 시가를 합한 과세표준을 기준으로 하여 매출세액을 산정하고 있는바, 용역의 무상공급을 과세대상에서 제외함과 동시에 매출세액에서 무상으로 용역을 공급하기 위하여 사용되는 재화나 용역에 대한 매입세액까지 공제된다고 해석하면 재화의 무상공급의 경우와 과세 형평에 반하는 점, ④ 2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정된 부가가치세법 제17조 제2항 제6호가 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니하는 매출세액으로 규정하였다고 하여 곧바로 개정 전에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 단정할 수는 없고, 오히려 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액의 공제 여부에 관한 해석상의 불명확성을 제거하기 위하여 위와 같이 개정하였다고 보이는 점 등을 종합하면, 부가가치세의 과세대상이 되지 아니하는 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관의 임대에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다고 봄이 상당하다. 
 4) 조세평등원칙 위반 여부에 관하여
 조세평등주의는 조세의 부과와 징수가 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고 합리적인 이유 없이 특정 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이고, 위법한 행정처분이 수차례에 걸쳐 반복적으로 행하여졌다 하더라도 그러한 처분이 위법한 것인 때에는 행정청에 대하여 자기구속력을 갖게 된다고 할 수 없다(대법원 2009. 6. 25. 선고 2008두13132 판결 참조).
 원고의 주장과 같이 피고가 원고의 부천문화원과 재단법인 부천기독교청년회유지재단, 한국생산기술연구원에 대한 부천문화원 건물 및 아파트형 공장 임대에 관련된 매입세액을 공제하여 주었다고 하더라도 원고를 다른 납세의무자와 비교하여 불리하게 차별하였다고 할 수는 없고, 피고가 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관 임대와 관련된 매입세액 공제여부를 판단할 때에도 그러한 기준을 따라야 할 의무가 있다거나 구체적인 사안에 따라 매입세액 공제 여부를 달리한 것이 조세평등주의의 원칙에 반한다고 할 수도 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다. 
 5) 신뢰보호원칙 위반 여부에 관하여
 조세법률관계에서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다. 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 
 그런데 원고가 제출한 자료만으로는 피고가 원고에게 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관의 임대에 관련된 매입세액이 매출세액에서 공제된다는 공적인 견해를 표명하였다거나 원고가 피고의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떠한 행위를 하였음을 인정하기에 부족하고, 오히려 원고 스스로 위 매입세액이 매출세액에서 공제되지 않는다고 보고 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관 취득비용을 매입세액으로 공제하지 않은 채 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세를 신고·납부하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다. 
 라. 이 사건 2처분의 적법 여부
 1) 인정 사실
 가) 원고는 2007. 3. 22. 부천시 노인의료복지시설 및 재가노인복지시설 설치 및 운영에 관한 조례를 제정하고, 2007. 7. 16. 부천시 공고 제2007-522호로 부천시립 노인복지시설 위탁운영자 모집을 공고하였는데, 위 공고 중 관련 내용은 다음과 같다.
1. 시설의 종류 : 노인병원, 요양원, 재가노인지원센터
2. 위탁조건 : 신축부지는 부천시에서 제공, 노인병원은 수탁법인 독립채산제 원칙으로 운영하되, 원고가 제시하는 일정비율 이상의 병상수를 의료급여수급자를 대상으로 운영하여야 함
3. 위탁기간 : 시설개소일로부터 5년 이내로 하되 수탁자선정심의위원회의 심의를 거쳐 재계약할 수 있다. 
4. 신청자격 및 요건 : 건축비 예상액의 15%(3,310,000,000원) 이상을 원고에 대행공사비로 납부 가능한 법인, 병원 운영 이익금의 30%를 매년 원고에게 납부 가능한 법인
 나) 원고는 2007. 8. 20. 이 사건 의료재단을 이 사건 노인복지시설 수탁운영자로 결정하였고, 2007. 12. 6. 이 사건 노인복지시설 공사에 착공하여 2009. 9. 7. 준공하였으며, 이 사건 노인복지시설 신축비용 합계 37,647,800,000원 중 33,446,800원은 세출예산으로 충당하고 4,201,000,000원은 이 사건 의료재단에게 부담하게 하였다. 
 다) 원고는 2008. 3. 5. 이 사건 의료재단과 다음과 같은 위·수탁 약정을 체결하였다. 
제2조(위탁 업무)
이 사건 의료재단은 노인복지시설을 위탁 운영함에 있어서 다음의 업무를 성실히 수행하여야 한다. 
① 노인병원
 1. 치매·중풍 환자의 외래 및 입원치료
 2. 치매·중풍 환자의 임상 및 역학적 조사 연구
 3. 노인을 위한 건강검진 및 외래과
 4. 기타 노인질환 및 노인보건사업 등에 관한 사항
② 요양원 : 치매·중풍 등 중증의 노인성질환 노인에 대하여 급식, 요양, 기타 일상생활에 필요한 편의 제공 등
③ 재가노인지원센터
 1. 단기보호, 주간보호, 가정봉사원파견, 방문간호, 방문재활서비스
 2. 요양관리지도, 복지용구대여, 요양서비스계획 작성·제공
 3. 독거노인 복지서비스지원센터 업무 등
④ 기타 부천시 노인복지 향상을 위하여 원고와 이 사건 의료재단이 필요로 하는 사업
제3조(위탁기간)
위탁기간은 노인복지시설 개원일로부터 5년으로 하되, 수탁기간 동안의 시설 운영실적 및 향후 운영계획 등에 대한 수탁자 선정심의위원회의 심의를 거쳐 재계약할 수 있다. 
제4조(위탁 및 운영 조건)
이 사건 의료재단은 위탁시설 운영에 따른 다음 조건을 성실히 이행하여야 한다. 
① 이 사건 의료재단이 원고에게 납부한 시설건립 대행사업비는 원고의 소유로 귀속되며, 계약기간의 만료 및 계약이 해지·해약되더라도 이 사건 의료재단은 반환을 청구할 수 없다. 
② 이 사건 의료재단은 부천시에 주소를 둔 저소득층 노인들을 우선 대상으로 시설을 운영하여야 한다. 다만 원고가 필요하다고 인정하는 경우에는 관외자도 이용하게 할 수 있다. 
③ 노인병원은 의료법에 의거 독립채산제 원칙으로 운영하되, 병상수의 50% 이상을 부천시 관내 의료급여수급자를 대상으로 운영하여야 한다. 
④ 이 사건 의료재단은 노인병원 운영 이익금의 30%에 해당하는 금액을 원고에게 매년 납부하여야 하며, 원고는 이 사건 의료재단이 납부한 금액을 이 사건 의료재단이 제출한 사업계획서에 의거 노인복지시설 보완·보수 및 운영 등에 재투자한다. 
⑤ 요양원 및 재가노인지원센터는 노인복지법 및 노인장기요양보험법, 보건복지부 지침 등의 관련 규정에 의거 운영하며, 시설운영에 필요한 경비 중 일부는 이 사건 의료재단의 부담금으로 하여야 하며, 그 금액은 수탁자 응모시 이 사건 의료재단이 제시한 매년 1억 2천만 원으로 한다. 
제8조(회계 및 결산)
① 이 사건 의료재단은 매년 9월 30일까지 노인복지시설별 운영에 필요한 다음연도 사업계획서를 이 사건 의료재단의 부담금을 포함한 예산서와 함께 원고에게 제출하여야 하며, 원고는 노인병원을 제외한 수탁사무 수행에 소요되는 비용을 예산의 범위 내에서 이 사건 의료재단에 지원한다. 
제12조(해약)
① 원고는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 계약기간 중이라도 해약할 수 있으며, 이 사건 의료재단은 이로 인한 손실을 청구할 수 없다. 
 1. 이 사건 의료재단이 시설운영상 중대한 위법 및 약정사항을 위반하였을 때
 2. 원고 또는 이 사건 의료재단의 사정에 의거 상호 해약 협약이 있었을 때
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제10 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2) 판단
 가) 이 사건 노인복지시설 임대의 유·무상성
 이 사건 의료재단이 이 사건 노인복지시설 신축비용 합계 37,647,800,000원 중 4,201,000,000원을 부담하였고, 노인병원 운영 이익금의 30%에 해당하는 금액을 원고에게 매년 납부하기로 한 사실은 앞서 본 바와 같다. 
 위와 같이 이 사건 의료재단이 신축비용 일부를 부담한 것은 노인복지시설 위탁운영자 지정을 받아 위 시설을 운영하기 위한 것이고, 원고가 이 사건 의료재단에 이 사건 노인복지시설 관리를 위탁하기로 한 것이 이 사건 의료재단이 신축비용을 부담하고 피고에게 그 반환을 청구하지 않기로 의사결정을 한 직접적 원인이 되는 점, 노인병원 운영으로 인한 이익금이 발생할지 여부가 불확정적이라고는 하나, 이 사건 의료재단은 수익을 얻을 것으로 예상하고 40억 원이 넘는 돈을 들여 위탁운영자 지정을 받은 것으로 보이며, 운영수익이 발생하는 경우 이 사건 의료재단은 그 이익금의 30%에 해당하는 금액을 원고에게 납부하여야 하는 점, 위 돈은 이 사건 노인복지시설의 보완·보수 및 운영비용으로 재투자되는데, 임대인인 원고로서는 이 사건 노인복지시설을 사용·수익이 가능한 상태로 유지·보수할 의무가 있으므로, 위 돈은 원고에게 귀속되어 원고가 들여야 할 비용으로 사용된다고 봄이 상당한 점, 이 사건 의료재단으로서는 이 사건 노인복지시설을 위탁받아 사용·수익하는 것의 반대급부로 원고에게 신축비용 일부와 노인병원 이익금의 30%를 교부한다고 보아야 할 것이고, 원고로서는 이로써 이 사건 노인복지시설 신축 및 보수비용을 절감할 수 있는 점 등에 비추어, 원고의 이 사건 노인복지시설 임대와 이 사건 의료재단의 신축비용 일부 부담 및 노인병원 이익금의 30% 납부는 실질적·경제적 대가관계에 있다고 보아야 할 것이어서 이 사건 노인복지시설 임대는 용역의 유상공급에 해당한다.
 나) 이 사건 노인복지시설 임대의 사업성
 구 부가가치세법 제2조 제1항 제1호에 의하면 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하면 사업자성이 인정된다. 부동산의 임대행위가 ‘부동산임대업’의 일환으로 이루어진 것인지 여부는 임대인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무, 임대의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 임대가 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하고, 그 판단을 할 때에는 당해 임대 부동산에 대한 것뿐만 아니라, 임대인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 임대가 이루어진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작함이 상당하다. 
 갑 제27 내지 제37호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 보유·관리하는 다수의 행정재산을 지속적으로 제3자에게 임대하여 온 사실을 인정할 수 있는바, 여기에 위 각 증거 및 인정 사실을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 영리목적의 유무에 관계없이 독립적으로 재화나 용역을 공급하는 자라면 구 부가가치세법 제2조 제1항 제1호의 과세사업자가 되는 점, 이 사건 의료재단은 원고와 별개의 법인인 점, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제18호는 지방자치단체가 공급하는 재화나 용역 중 대통령령으로 정하는 것은 부가가치세를 면제하고 있고, 지방자치단체의 부동산 임대는 대부분 수익사업의 성격과 공익사업의 성격을 함께 가지고 있으나, 민간사업자와의 형평성 제고를 위하여 2006. 2. 9. 대통령령을 제19330호로 개정하여 지방자치단체의 부동산 임대업, 음식·숙박업 등을 공익성 유무를 불문하고 면세사업에서 제외한 점, 원고가 공익목적으로 이 사건 의료재단에 이 사건 건물을 사용·수익하게 하였다고 하더라도 그 규모와 기간 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 의료재단에 이 사건 노인복지시설을 사용·수익하도록 한 것은 부동산임대사업의 일환으로 이루어진 것으로서 부가가치세 과세거래에 해당한다고 할 것이다. 
 다) 소결
 이 사건 노인복지시설 임대가 부가가치세법상 과세대상이 되는 이상 이를 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 공제되어야 하므로(다만 이 사건 노인복지시설 임대를 과세대상거래로 보는 이상 공급가액에 대하여 징수할 매출세액에서 매입세액 공제하여야 할 것이다), 이 사건 노인복지시설 조성 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 달라는 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 2처분은 위법하다.
3. 결론
 그렇다면, 이 사건 2처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 이 사건 1처분의 취소를 구하는 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 장일혁(재판장) 김연수 김나경