취득세등부과처분취소 (일반행정, 대구지방법원)
공포일: 2002.10.04 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 2001. 7. 10. 원고에 대하여 한 취득세 10,909,640원, 농어촌특별세 1,090,960원, 등록세 16,105,740원, 교육세 3,221,140원의 각 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

【인정근거】일부 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 제2, 제3호증, 제4, 제5호증의 각 1, 2, 제6호증, 제7호증의 1, 2, 제8, 제9호증, 을 제1호증의 1, 2, 제2호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지

가. 원고는 1984. 11. 1. 대구서구 비산동 795-9를 사업장 소재지로 하는사업자등록(등록번호 : ***-**-*****)을 하고 ‘삼공상사’라는 상호로 골판지제조업을 영위하던 중, 염색가공업을 영위할 목적으로 1999. 9. 13. 이 법원 98타경98373 임의경매절차에서 같은 구비산동 3222-1공장용지 1,557㎡ 및 그 지상 공장건물 면적합계 940.77㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 545,482,000원에 낙찰받고 1999. 9. 30. 관할 서대구세무서에 사업장 소재지를 이 사건 부동산의 소재지로, 상호를 ‘삼공산업사’로, 업종을 ‘염색가공업’으로 한사업자등록(등록번호 : ***-**-*****)을 한 다음, 1999. 10. 13. 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 경료함으로써 이 사건 부동산을 취득하였다.
나. 원고는 위 등기를 경료하기 전인 1999. 10.초 피고에게구 중소기업창업지원법(2000. 1. 21. 법률 제6194호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘구 창업지원법’이라고 한다) 제21조에 의하여 염색가공업의 창업을 위한 사업계획승인신청을 한 뒤 1999. 10. 5. 이 사건 부동산의 취득가액을 545,482,000원으로 신고하면서 이 사건 부동산은 중소기업인삼공산업사의 창업을 위해 취득한 사업용재산이어서구 조세특례제한법(1999. 12. 28. 법률 제6054호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제119조 제3항 및 제120조 제3항소정의 감면대상에 해당한다는 이유로 이 사건 부동산의 취득에 대한 취득세와 등록세 등의 면제신청을 하여, 1999. 11.경 피고로부터 그 전액을 면제받았다.
다. 그 후 원고는 1999. 11. 12. 위 ‘삼공산업사’의 업종을 염색가공업에서 자수제조업으로 변경하는 내용의 사업자등록정정신고를 하고(그 과정에서 위 염색가공업에 대한 사업승인신청을 철회한 것으로 보인다) 2000. 3.경 일본에서 자수기를 수입하여 설치하였지만, 2000. 5. 19. 위 자수기의 시운전 중 발생한 화재로 인하여 2000. 7. 10.에야 비로소 자수제품의 생산을 개시하였고, 이에 앞서 2000. 6. 30. 기존의 골판지제조업체인삼공상사를 폐업하였다.
라. 한편 통계청장이 고시한 한국표준산업분류표(2000. 1. 7. 통계청 고시 제2000-1호로 개정된 것)에 의하면, 골판지제조업은 세분류번호 2121로, 염색가공업은 세분류번호 1740, 자수제품제조업은 세분류번호 1791로 각 분류되어 있다.
마. 그런데 피고는 원고가 이 사건 부동산 취득 당시 다른 장소에서 골판지제조업을 영위하고 있었기 때문에 위 자수제조업은 기존사업의 업종을 추가한 것일 뿐 신규사업을 창업한 것이 아니라고 보아 2001. 3. 19. 원고에게 앞서 면제한 취득세 등의 세액에 신고납부불성실가산세를 가산하여 부과하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였는데, 원고가 위 과세예고통지에 대하여 2001. 4. 20. 제기한 과세전적부심사절차에서 대구광역시장은 2001. 6. 15. 가산세부과는 잘못이지만 면제한 취득세 등의 부과는 정당하다는 내용의 결정을 하였다.
바. 피고는 위 결정에 따라 이 사건 부동산의 낙찰가액인 545,482,000원을 취득세의 과세표준으로 삼아 이를 기초로 하여 취득세를 10,909,640원으로, 농어촌특별세를 1,090,960원으로 각 산출하고, 이 사건 부동산의 낙찰가액에서 제시외건물(175.7㎡)의 가액을 공제하는 방법으로 산정한 536,858,229원을 등록세의 과세표준으로 삼아 이를 기초로 하여 등록세를 16,105,740원으로, 교육세를 3,221,140원으로 각 산출하여 2001. 7. 10. 원고에게 이를 각 부과?고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.
사. 이에 원고가 이 사건 부과처분에 불복하여지방세법 제80조,감사원법 제43조에 따라 2001. 9. 6. 감사원에 심사청구를 제기하자, 감사원은 한국표준산업분류표상 골판지제조업과 자수제품제조업은 세분류항목을 달리하고 있고삼공산업사가 자수제품의 생산을 개시한 것은 기존사업체인삼공상사가 폐업된 후인 2000. 7. 10.이어서 창업에 해당하나, 이 사건 부동산은 위삼공산업사의 창업일인 2000. 7. 10. 이전에 취득한 것이어서 ‘창업일부터 2년 이내에 취득한 사업용 재산’에 해당하지 않는다는 이유로 2002. 1. 9. 원고의 심사청구를 기각하였다.
2. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

피고가 위 처분사유(삼공산업사의 자수제조업은 기존업종의 추가에 불과하다) 또는 감사원의 심사청구기각결정사유(이 사건 부동산은삼공산업사의 창업일 이전에 취득한 것이다)와 아울러 관계법령을 들어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장하고 있다.
먼저, 원고가 2000. 6. 30. 골판지제조업체인삼공상사를 폐업한 후인 2000. 7. 10.에 자수제조업체인삼공산업사의 사업을 개시하였는데, 한국표준산업분류표상 자수제조업과 골판지제조업은 서로 다른 업종으로 분류되어 있으므로삼공산업사의 자수제조업은 기존사업의 업종추가가 아니라 신규사업의 창업에 해당하고, 나아가구 조특법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 각 규정은 중소기업의 설립촉진과 성장발전을 위한 시책을 효율적으로 실시하기 위하여 중소기업자에게 세제상의 지원을 하도록 규정하고 있는중소기업기본법 제5조,제19조 제2항,중소기업창업지원법 제25조의 규정에 따라 입법된 중소기업의 창업촉진을 위한 조세상의 지원규정인 점, 제조업에 해당하는 중소기업을 창업하려면 미리 공장과 생산설비 등의 사업용재산을 갖추는 것이 일반적인데 사업개시 후에 취득한 사업용재산에 한하여 감면대상이 된다고 한다면 사업계획승인을 받지 않고 제조업을 창업하는 개인사업자의 경우 창업을 위하여 취득한 사업용재산에 대하여 취득세 등을 면세받을 수 없게 되어 위 각 법조의 입법취지에 반하는 결과를 초래할 뿐 아니라, 법인사업자 또는 사업계획승인을 받은 개인사업자에 비해 지나치게 불리하여 정의와 형평에 어긋나는 점 등을 고려할 때, 구 조특법의 각 규정에서 감면요건으로 정하고 있는 ‘창업일부터 2년 이내’에서의 창업일의 의미는 중소기업자가 창업을 위하여 사업용재산을 취득함에 있어 취득세 등의 감면을 받을 수 있는 종기를 확정하기 위한 기산점을 정하기 위한 것일 뿐, 그 취득시기를 제한하는 것은 아니라고 해석하여야 할 것이어서, 이 사건 부동산은 위 구 조특법의 각 규정 소정의 감면대상에 해당한다고 보아야 함에도 불구하고, 피고는 이 사건 부동산이 사업개시일 전에 취득하였다는 이유로 원고의 감면신청을 배제하였으니, 이 사건 부과처분은 위법하다.
나. 관계법령

○구 조세특례제한법(1999. 12. 28. 법률 제6054호로 개정되기 전의 것) 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)

③창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업(종합유선방송법에 의한 종합유선방송국 및 프로그램공급업과 방송프로그램제작업에 한한다. 이하 같다), 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다), 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업(이하 "정보처리 및 컴퓨터운용관련업"이라 한다)과 대통령령이 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)을 영위하는 중소기업으로 한다.
제119조(등록세의 면제 등)

③창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 및 창업중소기업의 법인설립의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.
제120조(취득세의 면제 등)

③창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.
○구 조세특례제한법시행령(1999. 10. 30. 대통령령 제16584호로 개정되기 전의 것) 제116조 (지방세면제)

⑤법 제119조내지제121조의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 그 감면사유를 증명하는 서류를 갖추어 관할 시장(특별시?광역시 및 구가 설치된 시를 제외한다)?군수 또는 구청장에게 신청하여야 한다.
○구 중소기업창업지원법(2000. 1. 2. 법률 제6194호로 전문개정되기 전의 것)제2조

(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.
1. "창업"이라 함은 중소기업을 새로이 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다.
2. "창업자"라 함은 중소기업을 창업하는 자 및 중소기업을 창업하여 사업을 개시한 날부터 7년이 경과되지 아니한 자를 말한다. 이 경우 사업개시에 관한 세부사항은 대통령령으로 정한다.
3. "중소기업"이라 함은중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업을 말한다.
제3조(적용범위) 이 법은 제조업 및 대통령령이 정하는 업종의 창업에 관하여 적용한다.
제4조(창업의 지원) ①중소기업청장은 창업을 촉진하고, 창업자의 성장?발전을 위한 중소기업창업지원계획을 수립하여 이를 고시하여야 한다.
②정부는 창업자 및 대통령령이 정하는 창업지원관련사업을 하는 자에 대하여 소요자금을 투자 또는 융자하거나 기타의 지원을 할 수 있다.
제25조(세제지원) 정부는 중소기업의 창업을 촉진할 수 있도록 창업자와 창업을 지원하는 자에 대하여 조세에 관한 법률이 정하는 바에 따라 세제상의 지원을 할 수 있다.
○구 중소기업창업지원법시행령(2000. 5. 10. 대통령령 제16806호로 전문개정되기 전의 것)

제2조(창업의 범위) ①중소기업창업지원법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1호의 규정에 의한 창업의 범위는 다음 각 호의 1의 경우에 해당하지 아니하는 것으로서법 제3조및 이영 제3조의 규정에 의한 업종의 사업(이하 "사업"이라 한다)을 새로이 개시하는 것을 말한다.
1. 타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우

2. 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하거나 법인의 조직변경 등 기업형태를 변경하여 변경 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우

3. 폐업 후 사업을 개시하여 폐업 전의 사업과 동종의 사업을 계속하는 경우

②제1항 제1호내지제3호의 규정에 의한 동종의 사업의 범위는 산업자원부령으로 정한다.
제4조(창업의 지원)

③법 제4조 제2항의 규정에 의한 자금 등의 지원이나법 제5조의 규정에 의한 전문요원의 파견?지원 등을 하는 기간은 사업개시일부터 7년 이내로 한다.
④제3항의 규정에 의한 사업의 개시일은 산업자원부령으로 정한다.
○구 중소기업창업지원법(2000. 6. 17. 산업자원부령 제100호로 전문개정되기 전의 것)

제2조(동종의 사업의 범위)중소기업창업지원법시행령(이하 "영"이라 한다) 제2조 제2항의 규정에 의한 동종의 사업의 범위는통계법 제17조 제1항의 규정에 의하여 통계청장이 작성?고시하는 표준분류의 동일한 세분류에서 정하는 업종의 사업으로 한다. 다만, 기존업종에 세분류를 달리하는 업종을 추가하여 사업을 새로이 개시하는 경우에 다음의 산식에 의하여 산출한 비율이 100분의 50 이상인 때에는 추가된 업종을 동종의 사업으로 보지 아니한다.
업종을 추가한 날부터 당해연도말까지의 추가된 업종의 총매출액

-------------------------------------------------------------------------------------------- ×100

업종을 추가한 날부터 당해연도말까지의 총매출액

제3조(사업의 개시일)영 제4조 제3항의 규정에 의한 사업의 개시일은 다음 각 호의 1과 같다.
1. 창업자가 법인인 경우에는 법인설립등기일

2. 창업자가 개인인 경우에는부가가치세법시행규칙 제3조의 규정에 의한 사업개시일. 다만,중소기업창업지원법(이하 "법"이라 한다) 제21조 제1항의 규정에 의한 사업계획승인을 얻어 사업을 개시하는 경우에는부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 사업자등록일로 한다.
3. 다음 각목의 1에 해당하는 자인 경우에는부가가치세법시행령 제11조 제2항의 규정에 의하여 사업자등록증의 기재사항을 정정하여 재교부받은 날

가. 제2조 단서의 규정에 해당하는 창업자

나. 법제3조의 규정에 의한 업종 외의 업종을 창업한 자로서 법 제3조의 규정에 의한 업종으로 전환한 자

○부가가치세법

제5조(등록) ①신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.
○부가가치세법시행규칙

제3조(개업일의 기준)부가가치세법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항에 규정하는 사업개시일은 다음 각 호의 규정에 의한다.
1. 제조업에 있어서는 제조장별로 재화의 제조를 개시하는 날

○구 농어촌특별세법(1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) ①이 법에서 "감면"이라 함은 조세특례제한법?관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세?법인세?관세?취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 비과세?세액면제?세액감면?세액공제 또는 소득공제

②이 법에서 "본세"라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.
6.제5조 제1항의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 취득세

제3조(납세의무자) 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1.제2조 제1항본문에 규정된 법률에 의하여 소득세?법인세?관세?취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

제4조(비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
3.조세특례제한법 제6조,제119조 제2항또는제120조 제2항의 규정에 의한 창업중소기업에 대한 세액감면 및 동법제7조의 규정에 의한 중소제조업에 대한 특별세액 감면

주) 위119조와제120조의 각 제2항은 각제3항의 오기로서, 1999. 12. 28. 개정된 법률 제6045호에서 시정되었다.
다. 판단

⑴구 창업지원법 제2조 제1호,제3조, 같은법시행령제2조, 같은법시행규칙제2조는 창업의 정의 및 범위를 ‘중소기업을 새로이 설립하는 것’, 즉 ‘제조업과 위시행령 제3조소정의 업종에 해당하는 사업으로서 타인으로부터 승계하기 전의 사업이나 기업형태를 변경하기 전의 사업 또는 폐업 전의 사업과는 통계청장이통계법 제17조에 제1항의 규정에 의하여 작성?고시하는 표준분류의 동일한 세분류에 속하지 않는 사업을 새로이 개시하는 것'으로 규정하면서, 같은법제25조는 ’정부가 중소기업의 창업자와 창업을 지원하는 자에 대하여 조세에 관한 법률이 정하는 바에 따라 세제상의 지원을 할 수 있다‘고 규정하고 있고, 이에 따라구 조특법은 제119조 제3항과 통계법에서 ‘창업중소기업 등이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등록세 및 취득세를 면제하도록’ 규정하고 있는바, 위 각 법조의 입법목적과 규정취지에 비추어 볼 때 어떠한 개인사업자가 기존에 영위하던 사업과는 별개의 사업을 새로이 개시한 경우에는 단순히 사업자가 동일하다는 이유로 창업에 해당하지 않는다고 볼 것이 아니라, 새로운 사업과 기존사업 사이에 한국표준산업분류표상 세분류에 따른 업종 및 사업장소재지가 동일한지, 사업자등록이 별도로 되어 있는지 등의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 창업에 해당하는지 여부를 가려야 할 것이고,구 창원지원법시행규칙 제3조에서 창업자의 유형(법인인지 개인인지) 또는 사업승인여부(개인의 경우)에 따라 사업개시일을 달리 보고 있지만,구 창업지원법 제4조 제2항과 같은법시행령제4조 제3항에서 ‘정부는 창업자 및 대통령령이 정하는 창업지원관련사업을 하는 자에 대하여는 사업개시일부터 7년간 소요자금을 투자 또는 융자하거나 기타의 지원을 할 수 있도록’ 규정하고 있는 점에 비추어, 구 창원지원법령상의 사업개시일은 창업자가 구 창업지원법에 의한 창업지원을 받을 수 있는 7년의 창업지원기간을 기산하는 시점을 가리키는 것으로 보아야 하는 점, 구 조특법령 및 구 창업지원법령의 어디를 살펴보아도 위 사업개시일을 창업일로 보아야 한다는 규정은 없는 점, 만약 위창업지원법시행규칙 제3조소정의 사업개시일을 창업일로 보면 개인사업자가 창업지원법상의 사업계획승인을 받지 않고 제조업을 창업하는 경우 창업을 위하여 취득한 사업용재산에 대하여는 취득세 등을 면제받을 수 없게 되는 불합리한 결과를 초래함으로써 중소기업의 창업촉진을 위한 세제지원이라는구 조특법 제119조 제3항및제120조 제3항의 입법취지를 퇴색시키는 점,부가가치세법 제5조 제1항단서에 의하면 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있는 점 등에 비추어 볼 때 사업계획승인을 받지 않은 개인사업자에 대하여는 취득세 등의 감면기간의 기산점이 되는 창업일은 창업한 사업의 사업자등록일로 보는 것이 타당하다고 할 것이다.
⑵ 이 사건으로 돌아와 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 새로운 사업을 개시할 목적으로 이 사건 부동산을 낙찰받아 기존에 영위하던 골판지제조업체인삼공상사와는 별도로 1999. 9. 30. 사업장소재지를 이 사건 부동산소재지로, 업종을 염색가공업으로, 상호를삼공산업사로 한 사업자등록을 하고 1999. 10. 13. 새로이 개시할 염색가공업의 사업용재산으로 사용할 목적으로 이 사건 부동산을 취득한 점, 그 후 원고가 개인적인 사정으로 1999. 11. 12. 업종을 자수제조업으로 변경하였으나, 상호, 사업장소재지, 사업용재산에 변동이 없어 사업체의 동일성이 유지되고 있는 점, 원고가 당초에 영위하던 골판지제조업과 염색가공업 및 자수제조업은 한국표준산업분류표상 세분류번호를 달리하는 별개의 업종인 점, 원고가 이 사건 부동산을 자수제조업의 사업용 재산으로 계속하여 사용하고 있는 점 등에 비추어, 원고가 경영하는 중소기업인삼공산업사의 창업일은 사업자등록일인 1999. 9. 30.이라고 봄이 상당하므로, 원고가 창업일 이후에 취득한 사업용재산인 이 사건 부동산은구 조특법 제119조 제3항및제120조 제3항소정의 감면대상이 되는 ‘창업일부터 2년 이내에 취득한 사업용재산’에 해당한다고 할 것임에도 불구하고, 피고는 이와 달리 보아 이 사건 부동산의 취득과 관련한 취득세 등을 추징하고 말았으니, 이 사건 부과처분은 위법하다고 할 것이다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

창업일 이후에 취득한 사업용재산인 부동산은 구 조특법 제119조 제3항 및 제120조 제3항 소정의 감면대상이 되는 ‘창업일부터 2년 이내에 취득한 사업용재산’에 해당함에도 불구하고 과세관청은 달리 보아 부동산의 취득과 관련한 취득세 등을 추징하였으므로 부과처분은 위법하다.