법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2012.02.22 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 태영약품 소송수계인 회생채무자 주식회사 태영약품 관리인 
【피고, 피항소인】 성동세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2011. 4. 21. 선고 2010구합15643 판결
【변론종결】2012. 2. 8.
【주 문】
1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고가 2009. 7. 1. 주식회사 태영약품에 대하여 한 2004년 사업연도 법인세 120,407,040원 부과처분, 2006년 사업연도 법인세 384,148,250원 부과처분 중 282,792,856원을 초과하는 부분, 2007년 사업연도 법인세 30,310,690원 부과처분을 각 취소한다.
 나. 피고가 2009. 7. 6. 주식회사 태영약품 대표자를 소득자로 한 1,997,983,688원(2004년 300,139,302원, 2005년 416,514,156원, 2006년 452,404,103원, 2007년 450,573,230원, 2008년 378,352,897원) 소득금액변동통지 중 1,469,248,409원(2004년 300,139,302원, 2005년 381,337,147원, 2006년 281,087,783원, 2007년 223,194,463원, 2008년 283,489,714원) 부분을 취소한다.
 다. 원고 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송총비용 중 30%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】제1심 판결을 취소한다. 피고가 2009. 7. 1. 주식회사 태영약품(이하 ‘태영약품’이라 한다)에 대하여 한 2004년 사업연도 법인세 120,407,040원, 2006년 사업연도 법인세 384,148,250원, 2007년 사업연도 법인세 30,310,690원 부과처분, 2009. 7. 6. 태영약품 대표자를 소득자로 한 1,997,983,688원(2004년 300,139,302원, 2005년 416,514,156원, 2006년 452,404,103원, 2007년 450,573,230원, 2008년 378,352,897원) 소득금액변동통지를 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분 경위
 서울지방국세청장은 의약품 도매업체인 태영약품에 대하여 2004～2008년 사업연도 법인세 통합조사를 실시한 후 피고에게 ① 2004년 사업연도 재고 누락분 192,384,750원에 대한 매출환산액 240,480,938원을 익금산입 및 대표자 상여처분하고 매출원가 상당액 214,246,653원을 손금 산입하며, ② 조사대상기간 중 주식회사 종근당(이하 ‘종근당’이라 한다) 등 제약회사로부터 받은 판매장려금 신고 누락분 합계 20억 9,400만 원을 익금산입하고 그 중 태영약품이 제약회사에 대한 외상매입금 채무를 현금 변제하였다고 회계처리한 아래 표 기재 금액 합계 1,997,983,688원은 허위이므로 대표자 상여로 소득처분하라는 취지인 조사결과를 통보하였다.
사업연도20042005200620072008합 계외상매입금 허위 변제300,139,302416,514,156452,404,103450,573,230378,352,8971,997,983,688
 피고는 통보 내용에 따라 각 사업연도 소득금액을 조정하여 태영약품에게 ① 2009. 7. 1. 2004년 사업연도 법인세 132,150,220원, 2006년 사업연도 법인세 384,148,250원, 2007년 사업연도 법인세 30,310,690원, 2008년 사업연도 법인세 292,810,210원 및 2004년 제2기 부가가치세 37,569,940원을 경정·고지하고, ② 2009. 7. 6. 대표자 상여(소득자 소외 1)로 2,238,464,626원(위 표 기재 금액 합계 1,997,983,688원+2004년 재고 누락 관련 240,480,938원)을 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다.
 태영약품은 2009. 9. 29. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2009. 12. 31. 피고에게 ① 2004년 사업연도 재고 누락은 없는 것으로 하고, ② 2008년도분 익금산입액 895,613,735원은 제약회사가 회신한 판매장려금과 원고가 신고한 금액 간 차액 △220,575,948원을 반영하고, 제약회사 외상매출금과 원고 외상매입금을 조사·확인 비교하여 그 차액을 손금 조정하며, ③ 태영약품이 의약품 도매에 따른 부외 손금이라고 주장하는 약국 등 소매상 지급액 10억 3,500만 원, 종근당 지급액 2억 1,700만 원에 대해 실제 지급 여부를 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하라는 취지로 결정하였다.
 서울지방국세청장은 심사결정에 따라 재조사를 실시하여 2010. 3. 9. 원고에 대하여 ① 2004년 사업연도 재고 누락분과 관련한 법인세 해당액 11,743,180원, 소득처분 해당액 240,480,938원, 2004년 제2기 부가가치세를 모두 취소하고, ② 2008년 사업연도 판매장려금 누락과 관련하여 익금산입액을 220,575,948원 차감하는 한편 손금산입액을 895,613,735원 증액하여 법인세 332,879,717원을 감액경정하며, ③ 부외 손금에 대하여는 증빙서류 미비로 지출 사실을 인정할 수 없다는 취지로 결정하였다(위와 같은 재조사 후 결정에 따라 당초 처분은 청구취지 기재 법인세 부과처분 및 대표자 상여로 소득처분한 소득금액변동통지가 남게 되었다. 이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’ 및 ‘이 사건 소득금액변동통지’라고 한다).
 태영약품은 당심 소송계속 중인 2011. 10. 21. 회생절차 개시 결정(서울중앙지방법원 2011회합125)을 받아 대표이사이던 원고가 관리인으로 선임되었고, 원고는 이 사건 소송절차를 수계하였다.
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 1～4, 33호증, 을 1～7호증 각 기재, 변론 전체 취지
2. 이 사건 처분 적법 여부
 가. 원고 주장
 1) 이 사건 법인세 부과처분 관련
 태영약품이 제약회사에 대한 외상매입금 채무를 현금 변제하였다고 회계처리한 금액 합계 1,997,983,688원 중 아래 주장 금액 합계 1,869,127,145원(이하 ‘쟁점 비용’이라 한다)은 제약업계 관행에 따라 의약품 선택권자인 약국 등 거래 상대방에게 사례금 또는 보상금(이하 ‘사례금’라고 한다) 명목으로 실제 지급되었다. 쟁점 비용은 사례금 수수 사실이 드러나는 것을 극히 꺼리는 거래 상대방 입장을 고려하여 부외 손비로 처리된 것일 뿐 의약품 판매와 직접 관련하여 정상적으로 소요된 판매부대비용에 해당하므로 전액 손금산입되어야 한다. 
 ① 약국 등에게 지급한 금액 합계 1,179,366,970원(이하 ‘①비용’이라 한다)
 태영약품은 약국 등 소매상에 의약품을 판매하면서 추후 매출 실적에 따라 일정 비율을 현금 지급하기로 사전 약정하였고, 이에 따라 2004년 305,526,394원, 2005년 176,677,688원, 2006년 190,478,731원, 2007년 223,194,463원, 2008년 283,489,714원(이중 2008. 12. 14. 이후 지급된 금액은 20,767,516원이다)을 약국 등에게 지급하였다.
 ② 종근당에게 지급한 금액 합계 217,162,638원(이하 ‘②비용’이라 한다)
 원고는 종합병원이 실시하는 의약품 구매계약 입찰에 필요한 제약회사 발행 공급확인서를 확보하고, 의약품을 안정적으로 조달하기 위하여 종근당에게 2004. 6. 30. 117,162,638원, 2005. 1. 5. 5천만 원, 2006. 9. 6. 5천만 원을 현금으로 지급하였다.
 ③ 주식회사 소화(이하 ‘소화’라고 한다)에게 지급한 금액 합계 472,597,537원(이하 ‘③비용’이라 한다)
 종근당은 태영약품을 거쳐 소화(△△대학교 소속 □□병원이 우회 설립한 의약품 도매상이다)에게 공급되는 의약품(이하 ‘쟁점 의약품’이라 한다)에 대하여 20% 매입할인을 해 주면서 그 중 15% 상당을 소화에게 전달하도록 요청하였다. 태영약품은 종근당 요청에 따라 소화에게 전년도 공급가액을 기준으로 2004년에 202,564,817원, 2005년에 213,198,370원, 2006년에 56,834,350원을 현금으로 지급하였다. 
 2) 이 사건 소득금액변동통지 관련
 쟁점 비용은 약국 등에게 판매부대비용으로 실제 지급되어 귀속이 불분명한 경우가 아니므로 대표자 상여로 한 소득금액변동통지는 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 쟁점 비용이 부외 손비에 해당하는지 여부
 쟁점 비용 전부가 제약회사에 대한 외상매입금 채무 변제에 현금 지급된 것처럼 기재된 태영약품 회계 장부가 허위라는 점에는 다툼이 없다. 그러나 아래와 같은 사정에 비추어 보면 쟁점 비용(다만 ③비용에 대하여는 일부)이 약국 등에게 사례금으로 실제 지급되었다는 원고 주장 자체는 사실로 인정된다.
 가) ①비용에 대하여
 ○ 태영약품이 약국 등에 의약품 판매를 개시하면서 작성한 거래승인서, 기안용지 등에 매월 결제율, 결제방식 등과 함께 사전 약정한 사례금 비율이 명시되어 있다. 실제 수금이 되고 사례금이 지급될 때 입금증, 지출결의서 등을 작성하고 회사 전산시스템(ERP)에 입력하는데 각 자료에 나타난 사례금 비율과 금액은 정확히 일치한다(갑 6～10호증, 갑 31호증의 1～6, 갑 32, 34호증)
 ○ 태영약품에서 경리업무를 담당한 소외 2, 영업사원인 소외 3, 소외 4, 소외 5, 소외 6은 원심 및 당심 법정에서 사례금 지급 사실을 증언하였다. 이들은 비록 태영약품 직원들이나 거래처, 지급방법, 지급금액 등에 관하여 구체적으로 진술하고 있다는 점에서 신빙성이 있다.
 ○ 태영약품 거래처 중 ◇◇◇◇약국은 ‘수금할인금을 받은 바 있다’는 확인서를 작성해 주었다.
 그러나 ☆☆☆ 약국 등 13개 약국은 여러 차례 ‘직원 회식 지원을 받은 사실이 있다’는 확인서를, ▽▽약국 등 18개 약국은 ‘판매장려금을 받은 사실이 없다’는 확인서를 각 작성해 주었다(갑 19호증의 1～14, 을 11호증의 1～18).
 약국 개설자가 제약회사 등으로부터 사례금을 받았다는 사실을 공개하는 것이 쉽지 않은 점, ▽▽약국 등이 작성한 확인서는 재조사 과정에서 국세청 담당직원 요구에 따라 작성된 것인 점 등에 비추어 보면, ▽▽약국 등이 작성한 확인서나 ☆☆☆ 약국 등이 작성한 확인서 중 ‘직원 회식 지원’ 부분은 그대로 믿기 어렵다.
 나) ②비용에 대하여
 ○ 태영약품이 작성한 출금전표, 지출결의서에 종근당에게 해당 비용을 지급한 것으로 기재되어 있다(갑 15증의 1～6). 소외 2도 원심 법정에서 같은 취지로 증언하였다.
 ○ 종근당은 태영약품에게 해당 비용에 대한 입금표를 작성해 주었다(갑 15호증의 7～9). 종근당 회계장부에는 비슷한 일자에 해당 비용이 ‘내수수금/매출할인’으로 계상되어 있다(갑 28, 29호증).
 ○ 종근당은 회계장부에 기재된 바와 같이 매출할인을 해 주었을 뿐 해당 비용을 현금으로 지급받은 것은 아니라고 주장하나(을 12호증의 1, 2, 을 14호증의 1～3 참조), 매출할인은 매출액 대비 일정 비율로 약정되는 것인데 해당 금액은 매출액과 비례 관계에 있지 아니한 점, 종근당이 실제 매출할인을 해 주면서 발행하는 입금표에는 ‘내수수금/매출할인’라는 기재가 있으나 ②비용 관련 영수증에는 아무런 기재가 없어 실제 현금으로 지급된 것으로 보이는 점(갑 35호증) 등에 비추어 받아들이기 어렵다. 
 ○ 제약회사와 도매상 간 관계에 비추어 태영약품이 종근당을 상대로 허위 주장을 하였다고 보는 것은 무리다.
 다) ③비용에 대하여
 ○ 태영약품이 쟁점 의약품 거래와 관련하여 작성한 ‘□□병원 단가계약서’(우측 상단에 종근당 소장 및 지점장 서명이 있다)에는 공급가(보험수가) 대비 도매계약가는 20%, 병원계약가는 15% 할인율을 적용하는 것으로 기재되어 있다(갑 21호증). 
 ○ 종근당이 쟁점 의약품 거래와 관련하여 태영약품과 사이에 도매계약가 뿐만 아니라 병원계약가까지 합의한 점, 일반 도매상보다 높은 할인율을 적용한 점 등에 비추어 보면 할인율 적용에 따른 공급가액 차액 중 일부는 소화에게 전달될 것을 전제로 한 것으로 보인다.
 ○ 태영약품이 2003～2005년도에 소화에게 쟁점 의약품을 아래 표 ㉮항 기재 가액(보험수가 대비 평균 4.2% 가량 낮은 가액이다)으로 공급하였고, 소화는 이를 보험수가에 따라 아래 표 ㉯항 기재 가액으로 관계병원에 매출하였다. 이러한 공식 거래를 통하여 소화는 그 차액에 해당하는 아래 표 ㉰항 기재 이익(㉯-㉮)을 취득할 수 있었다.
 종근당은 태영약품에게 쟁점 의약품 거래와 관련하여 소화가 보험수가 대비 15% 상당 이익(③비용)을 취득할 수 있도록 요구하였고, 태영약품은 이를 이행하기 위하여 각 거래연도 다음해에 종근당이 요구한 이익분 중 전년도 공식 거래를 통해 충족되지 아니한 아래 표 ㉱항 기재 이익(③비용-㉰항)을 정산하여 소화에게 현금으로 지급하였다(갑 16, 36～38호증 기재, 원심 증인 소외 2가 한 증언).
거래연도(주1)200420052006합계 ㉮ (실제 공급가액)1,350,432,1101,421,322,465378,895,6683,150,650,243 ㉯ (보험수가 기준 공급가액)1,293,187,5981,362,783,554362,670,1833,018,641,335 ㉰ (공식 거래를 통한 이익)57,244,51258,538,91116,225,485132,008,908 ③비용 (종근당이 요구한 이익분)202,564,817213,198,37056,834,350472,597,537 ㉱ (추가지급한이익)145,320,305154,659,45940,608,865340,588,629
거래연도
 ○ 소화는 2003년도 쟁점 의약품 거래분에 대하여 추가 지급받은 이익 145,320,305원 중 1억 원을 2004. 3. 19. 태영약품에게 송금하였다. 태영약품은 위 돈을 △△대학교에 기부하고 손금 처리하였다(갑 22호증의 1～5). 이는 부외 손비로 인정되는 위 표 ㉱항 기재 금액에서 공제되어야 한다.
 ○ ③비용에 관한 원고 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다. 
 2) 부외 손비에 대한 손금산입 허용 여부
법인세법 제19조 제2항에 의하면, 손비는 원칙상 법인 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이란 납세의무자와 같은 종류 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용으로 통상 용인되는 비용을 의미한다. 이러한 비용에 해당하는지 여부는 지출 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하는데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 제외된다.
 쟁점 비용(①비용 중 아래에서 인정하는 일부, ②비용, ③비용 중 위에서 인정된 일부)은 일반적으로 용인되는 통상적인 것으로서 의약품 판매 장려를 목적으로 의약품 업계에 특수한 사정 등을 감안하여 거래 상대방에게 지급된 판매부대비용에 해당하여 손금산입되어야 한다. 원고가 지출한 부외 손비가 사회질서에 심히 반하는 것도 아니다. 그렇게 보는 이유는 다음과 같다.
 ○ 구 약사법(2010. 5. 27. 법률 제10324호로 개정되기 전 것) 제47조에 의하면 약국개설자 등은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 의약품 등 유통 체계 확립과 판매 질서 유지에 필요한 사항을 지켜야 하고, 제76조 제1항 제3호, 제95조 제1항 제8호에 의하면 이를 위반한 자는 허가취소, 업무정지 등이나 형사처벌 대상이 된다. 구 약사법 시행규칙(2008. 12. 1. 보건복지가족부령 제77호로 개정되기 전 것, 이하 ‘개정전 시행규칙’이라 한다) 제62조 제1항 제5호는 당초 ‘의약품 도매상은 의료기관 등 개설자에게 의약품 판매촉진 목적으로 현상품·사은품 등 경품류를 제공하지 아니할 것’이라고 규정하고 있었으나 2008. 12. 1. 보건복지가족부령 제77호로 개정된 약사법 시행규칙(이하 위와 같이 개정되어 2008. 12. 14. 시행된 후 2010. 12. 13. 보건복지부령 제27호로 개정되기 전 시행규칙을 ‘개정된 시행규칙’이라 한다) 제62조 제1항 제5호는 ‘의약품 도매상은 의료인, 의료기관 등 개설자에게 의약품 판매촉진 목적으로 금전, 물품, 편익, 노무, 향응, 그 밖의 경제적 이익을 제공하지 아니할 것’으로 규정하고 있다. 한편 개정된 시행규칙에서는 제6조 제1항 제7호로 약사, 한의사가 의약품 구매 등 업무와 관련하여 부당하게 금품 또는 향응을 수수하는 행위를 금지하는 조항이 신설되었다. 이는 의약품 판매 및 구매와 관련하여 금품, 향응 등을 제공하거나 제공받는 관행을 근절하기 위하여 약사나 의약품 도매상에게 요구되는 준수사항을 확대 강화한 것이다. 
 약사법 시행규칙 개정 내용 및 취지, 개정전 약사법 시행규칙에서 정한 ‘현상품, 사은품 등 경품류’라는 용어의 사전적 의미 등을 종합하여 보면, 개정된 시행규칙이 시행된 2008. 12. 14. 이전에 의약품 도매상이 의약품 판매촉진 목적으로 의료기관 등 개설자에게 지급한 사례금은 약사법령에서 정한 준수사항을 위반한 것이 아니다. 
 ○ 제약회사와 도매상, 도매상 상호 간 사례금 수수는 현재까지도 약사법에서 금지된 사항이 아니다. 소화가 □□병원이 우회 설립한 도매상이라고 하더라도 소화에게 지급한 사례금을 의료기관에 지급한 것과 동일하게 평가할 수는 없다.
 ○ 사례금을 지급받은 상대방 중 뇌물죄 적용이 가능한 사람은 없었고, 이들이 소속 병원이나 약국 등 몰래 개인적인 용도로 사용하기 위하여 위 돈을 지급받은 것이 아니라면 배임죄가 성립될 여지도 없다. 
 ○ 공정거래위원회가 제약회사와 종합병원 등 간 사례금 수수 행위를 불공정거래행위로 보아 시정명령 및 과징금을 부과한 사례가 있으나 쟁점 비용 수수가 불정거래행위에 해당한다고 보기도 어렵다.
 ○ 법인세법에는 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대한 손금산입을 부인하는 특별규정을 마련해 두고 있지 아니한 점, 법인세는 원칙상 다른 법률에 의한 금지 유무에 관계없이 담세력(순소득)에 따라 과세되어야 하는 점, 법령이나 사회질서를 어기는 행위를 제재하기 위하여 세법을 확대 적용하는 경우 국민의 재산권 보장과 조세법률주의 원칙에 반하는 결과를 초래할 위험성이 있는 점 등에 비추어 보면 이러한 비용 역시 ‘법인 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비 금액’에 해당한다.
 ○ 태영약품이 약국 등이나 소화에게 지급한 사례금은 실질에 있어서 다량 거래를 계속한 거래처에게 사전 약정에 따라 판매대금 중 일부를 환급해 준 것이다. 이러한 성격의 사례금은 기업회계상 매출금에서 감액하도록 되어 있고 세무회계에서도 동일하게 취급되고 있다. 매출할인 측면에서 보면 태영약품은 당초 지급받을 권리가 없는 의약품 대금 중 일부를 편의상 지급받았다가 다시 되돌려 준 것에 불과하다.
 ○ 의약품 거래와 관련한 사례금 수수관행은 회계처리하지 않는 비자금 조성과 연결되어 탈세 등 폐해를 낳게 되고, 의약품 가격을 왜곡하여 건강보험 재정 부실화를 초래하는 등 사회적 해악이 작지 아니한 것은 맞다. 그러나 이러한 관행은 기본적으로 의약품 유통구조, 의료보험 체계 등 구조적 요인에서 기인하는 것이므로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다.
 ○ 태영약품은 의약품 거래와 관련한 사례금 수수가 만연하던 당시 의약품 판매촉진이나 기존 거래 관계 유지를 위하여 약국 등에 ①비용을 지급하였다. 그 중 사례금 수수를 금지한 개정된 약사법 시행규칙 시행일(2008. 12. 14.) 전에 지급된 1,158,599,451원(1,179,366,970원-20,767,519원)은 손금산입이 허용되어야 한다.
 태영약품이 종합병원이 실시하는 구매계약 입찰에 참가하기 위해서는 제약회사가 발행한 의약품 공급확인서가 필요하였다. 종근당 등 국내 제약회사들은 독자적인 의약품 유통망과 영업조직을 갖추고 있어 태영약품과 같은 도매상을 거치지 않고도 일반 병원, 약국 등에 직접 의약품을 공급할 수 있었다. 태영약품은 이러한 의약품 유통구조하에서 영업을 위하여 우월한 지위에 있는 종근당(또는 종근당이 지정한 소화)에게 사례금으로 ②비용 및 ③비용 중 일부를 지급하였다. 이들 비용은 손금산입이 허용되어야 한다.
 3) 정당한 법인세
 쟁점 비용 중 아래 표 기재 금액은 태영약품 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로서 해당 사업연도 손금에 산입되어야 한다. 그 중 이 사건 법인세가 부과된 2004년, 2006년, 2007년 사업연도에 한하여 정당한 법인세를 다시 산출해 보면 별지 산출내역 기재와 같이 2004년 사업연도는 △47,406,239원, 2006년 사업연도는 282,792,856원, 2007년 사업연도는 △32,180,718원이 된다.
사업연도2004년2005년2006년2007년2008년①비용(일부)305,526,394176,677,688190,478,731223,194,463262,722,195(주2)②비용117,162,63850,000,00050,000,000？？③비용(일부)45,320,305(주3)154,659,45940,608,865？？합 계468,009,337381,337,147281,087,596223,194,463원262,722,195
262,722,195
45,320,305
 이 사건 법인세 부과처분 중 2004년 및 2005년 부분은 전부 위법하고, 2006년 사업연도 법인세 384,148,250원 중 282,792,856원을 초과하는 부분은 위법하다.
 4) 이 사건 소득금액변동통지에 대하여
 부외 손비에 해당하는 ①, ②비용 및 ③비용 중 일부는 각 사업연도에 약국 등에게 사례금으로 실제 지급되었다. ①비용 중 일부는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’에 해당하지 아니하여 손금산입이 허용되지 아니하나 귀속 자체가 불분명한 경우가 아니다. 피고가 외상매입금 허위 변제와 관련하여 대표자 상여로 소득처분한 금액과 지급처가 확인된 부외 손비를 연도별로 비교해 보면 아래 표 기재와 같다. 이 사건 소득금액변동통지에 따른 연도별 소득처분액 중 지급처가 확인된 부외 손비(소득처분액을 초과하는 경우에는 소득처분액을 한도로 한다) 합계 1,469,248,409원은 위법하다.
사업연도20042005200620072008합 계소득처분300,139,302416,514,156452,404,103450,573,230378,352,8971,997,983,688부외 손비468,009,337381,337,147281,087,596223,194,463283,489,7141,637,118,444위법한 소득처분300,139,302381,337,147281,087,783223,194,463283,489,7141,469,248,409
3. 결 론
 이 사건 법인세 부과처분 중 2004년, 2007년도 부분 전부, 2006년 사업연도 법인세 384,148,250원 중 282,792,856원을 초과하는 부분, 이 사건 소득금액변동통지 중 1,469,248,409원 부분을 취소하고, 나머지 청구를 기각하는 것으로 제1심 판결을 변경한다.
[별지 생략]

판사 김문석(재판장) 김동현 정석종