법인세경정거부처분취소[甲 주식회사가 소프트웨어 개발업자에게 ‘매매체결 시스템’의 개발을 위탁하고 지급한 비용이 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’)상 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부가 문제된 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2024.12.12 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 조일영 외 3인)
【피고, 상고인】 수영세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김재방 외 1인)
【원심판결】 부산고법 2021. 7. 7. 선고 2020누23216 판결
【주 문】
 원심판결 중 2013 및 2014 사업연도 각 법인세 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 부산고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
가. 원고는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제373조의2에 따라 금융위원회로부터 거래소허가를 받은 회사로, 2011년부터 2014년까지 주식회사 △△△과 주식회사 □□□(이하 합하여 ‘수탁업체’라 한다)에 새로운 매매체결 시스템인 (시스템명 생략)(이하 ‘이 사건 시스템’이라 한다)의 개발을 위탁하였다.
 나. 원고는 2017. 3. 29. 피고에게 이 사건 시스템의 위탁개발비용으로 수탁업체에 지급한 합계 13,702,402,670원(이하 ‘쟁점 비용’이라 한다)이 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구·인력개발비 세액공제(이하 연구개발비에 대한 세액공제를 ‘쟁점 세액공제’라 한다)의 적용대상에 해당한다고 주장하면서 2011 내지 2014 사업연도 각 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 5. 18. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 2. 상고이유에 대한 판단
 가. 제1, 4 상고이유에 대하여
 1) 구 조특법 제10조 제1항은 ‘내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.’고 규정하여 쟁점 세액공제 등에 관하여 정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 제1호는 ‘연구·인력개발비’의 의미를 ‘연구개발 및 인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용’으로 정의하고 있다. 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 본문은 "법 제9조 제2항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비용’이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표 6]의 비용을 말한다."라고 규정하고, 구 조특법 제9조 제5항은 "연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(이하 ‘과학기술활동’이라 한다)과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(이하 ‘서비스활동’이라 한다)을 말하고, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다."라고 규정하고 있다. 
 2) 원심은, 원고가 수탁업체에 위탁하여 이 사건 시스템에 필요한 대부분의 소프트웨어와 솔루션을 독자적으로 개발하였고, 범용 소프트웨어 도구 등을 활용하여 기존 시스템의 기능을 일부 개선하거나 변경하는 것을 넘어 이 사건 시스템의 알고리즘을 전면적으로 재설계하여 변경하였으며, 이 사건 시스템 개발과정에서 주식회사 △△△과 공동명의로 다수의 특허를 등록하였다는 등 그 판시와 같은 사정을 종합하여, 이 사건 시스템의 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당한다고 판단하였다. 그런 다음 원심은, 원고가 수탁업체와 체결한 용역계약에 도급계약과 유사한 내용의 약정이 포함되어 있더라도 이는 통상의 용역계약에 포함되는 수탁업체의 일반적인 의무조항에 불과하고, 이 사건 시스템 개발의 불확실성으로 인한 시행착오나 실패에 따르는 손실의 위험성은 여전히 원고가 종국적으로 부담하고 있다는 등 그 판시와 같은 이유를 들어, ‘쟁점 비용은 연구개발의 결과물을 구입하기 위한 비용에 불과하여 연구개발의 위탁비용으로 볼 수 없으므로 쟁점 세액공제를 적용할 수 없다.’는 피고의 주장을 배척하였다. 
 3) 원심판결 이유를 앞에서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 과학기술활동 및 연구개발 위탁비용의 판단 기준에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다. 
 나. 제2 상고이유에 대하여 
 원심은 그 판시와 같은 이유로 이 사건 시스템의 위탁개발이 과학기술활동에 해당하는 이상 서비스활동에 해당하는지 여부와 관계없이 쟁점 세액공제의 대상이 된다고 보아, ‘이 사건 시스템의 개발은 서비스활동에 해당하므로 쟁점 세액공제를 적용할 수 없다.’는 피고의 주장을 배척하였다. 
 원심판결 이유를 앞에서 본 규정의 문언과 입법 취지 및 관련 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 서비스활동의 판단 기준에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 다. 제3 상고이유에 대하여 
 1) 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되어 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령(이하 ‘2013년 개정 조특법 시행령’이라 한다)의 [별표 6] 제1호는 구 조특법 제10조 제1항, 제9조 제2항 제1호의 위임에 따라 쟁점 세액공제의 적용대상이 되는 연구개발비의 범위를 ‘자체연구개발’과 ‘위탁 및 공동연구개발’로 나누어 규정하고 있는데, 위탁 및 공동연구개발의 경우에는 (나)목에서 일정한 요건을 갖춘 기관(이하 ‘위탁적격기관’이라 한다)에 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용을 쟁점 세액공제의 적용대상 연구개발비로 규정하고 있다. 위 (나)목 중 1)의 마)는 위탁적격기관 중 하나로 종전에는 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(신성장동력산업연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서 등만 해당한다)’이라고 규정하던 것을 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)’으로 개정하였다(이하 ‘이 사건 개정규정’이라 한다). 
한편 2013년 개정 조특법 시행령의 부칙 제2조 제1항(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라 한다)은 "이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11614호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다."라고 규정하고 있다. 그리고 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 조세특례제한법의 부칙은 제1조에서 해당 법률의 시행일을 2013. 1. 1.로 규정하면서, 제2조 제1항에서 ‘이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.’고 규정하고 있다. 
 2) 이러한 관련 규정의 입법 취지와 개정 연혁, 다른 조세법령 부칙의 입법례, 납세자의 예측가능성 및 법적 안정성 등을 종합하여 보면, 이 사건 개정규정은 2013. 1. 1.부터 개시하는 과세연도 분부터 적용된다고 봄이 상당하다.
 3) 따라서 이 사건 개정규정은 원고의 2013 사업연도 분부터 적용되므로, 쟁점 비용 중 2013 및 2014 사업연도에 발생한 부분은 이 사건 개정규정에 따라 수탁업체의 전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정하여 쟁점 세액공제의 적용대상이 된다고 봄이 타당하고, 피고 역시 같은 취지에서 ‘수탁업체의 전담부서 등에서 직접 연구개발용역을 수행하였다는 증명이 없는 한 쟁점 비용 중 2013 및 2014 사업연도에 발생한 부분에 대해서는 쟁점 세액공제를 적용할 수 없다.’고 주장하였다. 그런데도 원심은 ‘수탁업체의 전담부서 등이 2013 및 2014 사업연도에 이 사건 시스템의 연구개발용역을 직접 수행하였는지 여부’를 심리하지 않은 채 그 판시와 같은 이유만으로 쟁점 비용 전액에 대하여 쟁점 세액공제를 적용할 수 있다고 보아 이 사건 처분을 전부 취소하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 개정규정의 적용시기 등에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니하거나 판단을 누락하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 이 부분 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 결론
 원심판결 중 2013 및 2014 사업연도 각 법인세 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 노태악(재판장) 서경환 신숙희(주심) 노경필

[1] 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 (나)목 1)의 마)의 적용 시기
 [2] 甲 주식회사가 2011년부터 2014년까지 수탁업체에 새로운 매매체결 시스템의 개발을 위탁하여 지급한 비용이 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호에 따른 연구개발비 세액공제의 적용대상에 해당하는지 문제 된 사안에서, 위 시스템의 위탁개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하고, 甲 회사가 수탁업체에 지급한 비용은 연구개발의 위탁비용으로 볼 수 있으나, 수탁업체의 전담부서 등이 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 (나)목 1)의 마)가 적용되는 2013 및 2014 사업연도에 위 시스템의 연구개발용역을 직접 수행하였는지를 심리하지 않은 채 甲 회사가 수탁업체에 지급한 비용 전액에 대하여 연구개발비 세액공제를 적용할 수 있다고 본 원심판단에 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례

[1] 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되어 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령(이하 ‘2013년 개정 조특법 시행령’이라 한다) 제8조 제1항 [별표 6] 제1호는 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제10조 제1항, 제9조 제2항 제1호의 위임에 따라 구 조특법 제10조 제1항 제3호에 따른 연구개발비 세액공제의 적용대상이 되는 연구개발비의 범위를 ‘자체연구개발’과 ‘위탁 및 공동연구개발’로 나누어 규정하고 있는데, 위탁 및 공동연구개발의 경우에는 (나)목에서 일정한 요건을 갖춘 기관(이하 ‘위탁적격기관’이라 한다)에 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용을 연구개발비 세액공제의 적용대상 연구개발비로 규정하고 있다. 위 (나)목 중 1)의 마)는 위탁적격기관 중 하나로 종전에는 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(신성장동력산업연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서 등만 해당한다)’이라고 규정하던 것을 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)’으로 개정하였다(이하 ‘개정규정’이라 한다).
 한편 2013년 개정 조특법 시행령의 부칙 제2조 제1항은 "이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11614호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다."라고 규정하고 있다. 그리고 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 조세특례제한법의 부칙은 제1조에서 해당 법률의 시행일을 2013. 1. 1.로 규정하면서, 제2조 제1항에서 ‘이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.’고 규정하고 있다.
 이러한 관련 규정의 입법 취지와 개정 연혁, 다른 조세법령 부칙의 입법례, 납세자의 예측가능성 및 법적 안정성 등을 종합하여 보면, 개정규정은 2013. 1. 1.부터 개시하는 과세연도 분부터 적용된다고 봄이 상당하다.
 [2] 甲 주식회사가 2011년부터 2014년까지 수탁업체에 새로운 매매체결 시스템의 개발을 위탁하여 지급한 비용이 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구개발비 세액공제의 적용대상에 해당하는지 문제 된 사안에서, 甲 회사가 수탁업체에 위탁하여 위 시스템에 필요한 대부분의 소프트웨어와 솔루션을 독자적으로 개발하였고, 범용 소프트웨어 도구 등을 활용하여 기존 시스템의 기능을 일부 개선하거나 변경하는 것을 넘어 위 시스템의 알고리즘을 전면적으로 재설계하여 변경하였으며, 위 시스템 개발과정에서 수탁업체와 공동명의로 다수의 특허를 등록하였다는 등의 사정에 비추어, 위 시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’에 해당하고, 甲 회사가 수탁업체와 체결한 용역계약에 도급계약과 유사한 내용의 약정이 포함되어 있더라도 이는 통상의 용역계약에 포함되는 수탁업체의 일반적인 의무조항에 불과하여, 위 시스템 개발의 불확실성으로 인한 시행착오나 실패에 따르는 손실의 위험성은 여전히 甲 회사가 종국적으로 부담하고 있다는 등의 사정에 비추어, 甲 회사가 수탁업체에 지급한 비용은 연구개발의 결과물을 구입하기 위한 비용이 아닌 연구개발의 위탁비용으로 볼 수 있으나, 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되어 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 (나)목에서 일정한 요건을 갖춘 기관(이하 ‘위탁적격기관’이라 한다)에 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용을 구 조특법 제10조 제1항 제3호에 따른 연구개발비 세액공제의 적용대상 연구개발비로 규정하고 있고, 위 (나)목 중 1)의 마)는 위탁적격기관 중 하나로 종전에는 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(신성장동력산업연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서 등만 해당한다)’이라고 규정하던 것을 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)’으로 개정하였는데(이하 ‘개정규정’이라 한다), 관련 규정의 입법 취지와 개정 연혁, 다른 조세법령 부칙의 입법례, 납세자의 예측가능성 및 법적 안정성 등을 종합하여 보면, 개정규정은 2013. 1. 1.부터 개시하는 과세연도 분부터 적용된다고 봄이 상당한바, 개정규정은 甲 회사의 2013 사업연도 분부터 적용되므로 수탁업체에 지급한 비용 중 2013 및 2014 사업연도에 발생한 부분은 개정규정에 따라 수탁업체의 전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정하여 연구개발비 세액공제의 적용대상이 된다고 봄이 타당함에도, 수탁업체의 전담부서 등이 2013 및 2014 사업연도에 위 시스템의 연구개발용역을 직접 수행하였는지를 심리하지 않은 채 甲 회사가 수탁업체에 지급한 비용 전액에 대하여 연구개발비 세액공제를 적용할 수 있다고 본 원심판단에 개정규정의 적용시기 등에 관한 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례.