취득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1999.09.03 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 서서울관광 주식회사 (소송대리인 변호사 정성욱 외 1인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 파주군수 (소송대리인 변호사 전문영)
【원심판결】 서울고법 1996. 12. 27. 선고 95구674 판결
【주 문】
 원심판결 중 토지계정(토지의 승계취득)에 관한 부분 및 입목계정에 관한 부분 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.
 피고의 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】 1. 원심판결 중 토지계정(토지의 승계취득)에 관한 부분에 관하여 직권으로 판단한다.
 가. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판결에서 들고 있는 증거들을 종합하여 원고는 1989. 2. 17. 설립된 법인으로서 1989. 7. 22. 등록체육시설업(회원제골프장업) 사업계획승인을 얻어 경기 파주군 (주소 생략) 외 21필지 토지(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 매수·취득(이하 "토지의 승계취득"이라 한다)한 다음에 골프장 조성공사를 시행하고 이를 준공한 후 1993. 6. 1. 회원제 골프장으로 등록하고 개장한 사실, 원고는 1993. 6. 30. 이 사건 토지를 골프장으로 조성함에 따른 추가 납부세액을 금 2,330,648,010원으로 계산하여 자진신고하고 그 중 금 1,165,000,000원을 납부한 사실, 이에 대하여 피고는 1993. 8. 10. 이 자진신고 세액 중 미납된 금 1,165,648,010원과 입목계정에 대한 증액수정액 금 387,369,380원 및 미납부가산세 금 310,603,470원을 합한 금 1,863,620,860원(위 금액에는 이 사건 토지의 취득과 관련한 취득세 추징액 금 551,671,140원이 포함됨)을 취득세로 추가 납부할 것을 고지하였고(이하 "제1차 처분"이라 한다), 원고는 1995. 1. 23. 이 추가고지분 세액 전부를 납부한 사실, 한편 피고는 1994. 6. 3.부터 1994. 6. 11.까지 원고의 위 골프장조성과 관련한 취득세 추징세액을 정밀조사하게 되었는데, 이 정밀조사는 취득세 과세대상물건의 취득비용에 대하여 토지계정, 건물계정, 구축물계정, 입목계정, 코스계정, 기계장치계정, 차량운반구계정으로 각 분류하여 작성된 원고의 보조원장을 토대로 진행되었고, 그 결과 피고는 1994. 7. 15. 원고에게 취득세 추징액을 금 5,960,539,700원으로 결정하여 원고에게 납부고지한 사실(이하 "제2차 처분"이라 한다), 그 후 피고는 1994. 7. 28. 위 취득세 추징액을 금 5,844,192,760원으로 감액하였다가, 다시 원고의 이의신청에 의한 1994. 9. 29. 자 이의결정에 따라 위 취득세 추징액을 금 5,843,193,490원으로 감액한 사실을 인정하고 있다.
 나. 원심은 위 인정 사실에 터잡아 관계 규정들을 종합하면, 골프장 조성에 따른 취득세 중과세대상이 되는 것은 '골프장용 부동산으로 등록된 모든 토지 및 건축물'이라 할 것이므로, 원고가 골프장용 토지의 취득에 즈음하여 일부 취득세를 자진납부하고 골프장 완공 후에도 토지 부분에 관하여 중과세율을 적용한 추가세액을 자진납부한 다음 나머지 세액에 대하여도 피고의 추가고지에 따라 그 전액을 완납하였다 하더라도, 골프장 조성에 따른 취득세의 부과징수는 신고납부 등을 통하여 그 과세표준과 세액이 일응 확정되었던 토지 부분까지를 포함하여 골프장용 토지 및 건축물 전체로서의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 원고로서는 토지 자체의 취득과 관련하여 일응 확정되고 완납된 취득세 부분에 대하여도 그 위법 여부를 다툴 수 있다는 이유로 제1차 처분에 관한 취소청구의 소가 부적법하다는 피고의 본안전 항변을 배척하였다. 
 다. 그러나 기록에 의하면, 원고가 위 자진신고시 토지계정에 관한 과세표준액 금 12,497,892,000원 등 과세표준액 합계 금 21,438,638,950원을 기초로 세액을 산정하여 원심 판시와 같이 신고하였는데(기록 253면 이하), 그 후 이루어진 이 사건 제1차 처분은 입목계정에 관하여 중과세율을 적용하는 외에는 원고가 신고한 과세표준액을그대로 받아들여 그 과세표준액에서 기납부과세표준액을 공제하여 추징과세표준액을 산정하고 여기에 세율을 적용하여 산정한 취득세액에 가산세를 추가하여 산출한, 토지계정에 대한 추징세액 금 551,671,140원, 건물계정에 대한 추징세액 금 643,504,540원, 입목계정에 대한 추징세액 금 650,589,180원 및 차량운반구계정에 대한 추징세액 금 17,856,000원 합계 금 1,863,620,860원을 납부 고지하는 것이었고(기록 258, 259면), 제2차 처분은 토지계정 부분을 제외하고 주로 골프장 조성으로 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 부분(코스계정·입목계정·구축물계정 등, 이하 "지목변경에 의한 간주취득"이라 한다) 및 건축물 부분 등에 대하여 증액 결정하여 납세고지한 것임을 알 수 있다(기록 268, 269면).
과세표준과 세액을 증액하는 경정처분이 있는 경우 그 경정처분은 당초처분을 그대로 둔 채 당초처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가 확정하려는 처분이 아니고, 재조사에 의하여 판명된 결과에 따라서 당초처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서의 과세표준과 세액을 결정하는 것이므로, 증액경정처분이 되면 먼저 된 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 오직 경정처분만이 쟁송의 대상이 된다 할 것이나(대법원 1984. 4. 10. 선고 83누539 판결, 대법원 1991. 10. 8. 선고 91누1547 판결등 참조), 이 사건에서는 제1차 처분 중 토지계정에 관한 부분, 즉 토지의 승계취득에 대한 취득세 부과 부분(가산세 부과 부분 포함, 이하 같다)은 건축물의 취득 또는 지목변경에 의한 간주취득에 대한 취득세 부과 등 다른 부분과는 과세대상 및 과세단위를 달리하는 것이므로, 사후에 피고가 제2차 처분으로써 건축물의 취득 또는 지목변경에 의한 간주취득 등에 관한 취득세 과세표준 및 세액을 증액하여 추징하였다 하더라도, 토지계정(토지의 승계취득)에 관한 취득세 과세표준 및 세액을 증액하지 아니한 이상, 제2차 처분이 제1차 처분 중 토지계정(토지의 승계취득)에 대한 취득세 부과처분 부분까지 포함하여 증액하는 경정처분이라고 할 수는 없다 할 것이고, 따라서 제1차 처분 중 토지계정(토지의 승계취득)에 대한 취득세 부과처분 부분은 제2차 처분에 흡수, 소멸되는 것이 아니라, 이 부분에 한해서 제2차 처분과는 별도로 독립된 처분으로 남게 된다 할 것이다.
 그러므로 1994. 7. 15. 자 제2차 처분에는 제1차 처분에 의하여 부과된 토지계정(토지의 승계취득)에 대한 취득세액은 전혀 포함되어 있지 않다 할 것이어서, 원고의 이 사건 소 중 1994. 7. 15. 자 토지계정(토지의 승계취득)에 대한 취득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 심판의 대상인 과세처분이 존재하지 아니하여 부적법하다 할 것인바(원고의 이 사건 청구에는 1993. 8. 10. 자 제1차 처분의 취소를 구하는 취지도 포함되어 있다고 본다 하더라도, 제1차 처분은 그 전심제기기간의 도과 등으로 이미 불가쟁력 또는 불가변력이 발생하였으므로, 이를 대상으로 한 소 또한 부적법하다), 원심이 제2차 처분이 그 과세표준과 세액이 일응 확정되었던 토지계정(토지의 승계취득) 부분까지를 포함하여 골프장용 토지 및 건축물 전체로서의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이라고 전제한 뒤, 이 사건 소 중 제2차 처분에는 포함되어 있지 아니한 토지계정(토지의 승계취득)에 대한 취득세 부과처분을 대상으로 한 부분은 부적법하다는 취지의 본안전 항변을 배척한 것은 증액경정처분에 관한 법리를 오해하여 판결의 결과에 영향을 미친 위법을 범한 것인데, 이는 소의 적법 여부에 관한 것으로서 법원의 직권조사 사항에 속하므로, 이 부분에 관한 원·피고의 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 모두 파기하기로 한다.
 2. 상고이유를 판단한다.
 가. 피고의 나머지 상고이유에 대하여
구 지방세법(1993. 6. 11. 법률 제4561호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제1항 및 같은법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14041호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의3 제2항 등 관계 규정에 따라 취득세의 과세표준으로 되는 물건의 취득가액이란 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 직접, 간접으로 소요된 일체의 비용이라 할 것이므로, 부가가치세의 과세대상인 물건의 취득을 위하여 그 취득자가 부가가치세를 부담하는 경우라면 그 취득을 위하여 거래징수 당한 부가가치세액도 당해 물건의 취득에 직접 소요된 비용이라고 보아야 할 것이다. 그러나 그 취득자가 부가가치세법상의 납세의무자인 사업자로서 당해 사업과 관련하여 물건을 취득함에 있어 부가가치세액을 거래징수 당하였다면, 그와 같은 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 등 관계 규정에 따라 환급 받게 되어 사업자 자신의 부담으로 귀속되지 아니하므로, 이를 사업자의 취득에 소요된 실지 취득비용이라고는 할 수가 없다(대법원 1994. 4. 26. 선고 93누6003 판결 참조).
 따라서 피고가 골프장용 건축물의 부가가치세 매입세액에 대하여 이를 취득비용으로 보고 취득세의 과세표준으로 계상하여 취득세 부과처분을 한 것이 위법하다고 본 원심의 조치는 위와 같은 법리를 따른 것으로서 정당하고, 거기에 취득세의 과세표준액 산정에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다. 피고의 이 부분 상고이유는 1993. 12. 31. 대통령령 제14041호로 개정되어 1994. 1. 1.부터 시행됨으로써 원고의 이 사건 골프장용 건축물의 취득에는 적용될 수 없는 개정 지방세법시행령 제82조의3 제2항을 전제로 한 것으로 받아들일 수 없다.
 나. 원고의 나머지 상고이유에 대하여
구 지방세법 제112조 제2항은 대통령령이 정하는 골프장의 취득을 취득세 중과의 대상으로 정하고 있고, 그 위임을 받은 같은법시행령 제84조의3 제1항 제1호의2는 골프장은 "회원제골프장용 부동산으로서 체육시설의설치·이용에관한법률시행령 제4조 제2항의 규정에 의한 등록대상이 되는 모든 토지와 건축물"을 말한다고 규정하고 있다. 따라서 골프장 조성에 따른 토지의 지목변경에 의한 간주취득의 경우에 있어서 골프장 조성에 들인 비용은 당연히 취득세의 과세표준이 되고 골프장용 토지의 취득을 위한 것으로서 중과세율이 적용되어야 한다(대법원 1990. 7. 13. 선고 89누5638 판결, 1998. 6. 26. 선고 96누12634 판결 등 참조). 그러므로 골프장조성을 위하여 임목을 식재하였다고 하더라도 원래 미등기의 수목 또는 임목은 토지의 구성 부분이 되어 토지의 일부분이 됨에 그치는 것이므로(대법원 1976. 11. 24. 자 76마275 결정 참조), 비록 그 수목 또는 임목이 지방세법상 별도의 취득세 과세대상물건에 해당한다 하더라도, 그 구입 및 식재비용은 원칙적으로 토지의 지목변경으로 인한 가액증가에 소요된 비용으로서 지목변경에 의한 간주취득의 과세표준에 포함되고, 이 또한 골프장용 토지의 취득을 위한 것이므로 중과세율이 적용되어야 할 것이다(대법원 1998. 6. 26. 선고 96누12634 판결 참조).
그러나 골프장의 조성을 위하여 골프장용 토지에 식재된 임목이 입목에관한법률 제2조에 의하여 등기된 수목의 집단으로서 '입목'에 해당하는 경우에는 지방세법상 별개의 취득세 과세대상물건에 해당할 뿐만 아니라 토지의 구성 부분을 이루지 아니하여 사법상 별개의 물건으로 취급되고, 그 가액 또한 토지에 대한 유익비가 될 수 없으므로 그 입목의 가액을 토지의 지목변경으로 인한 가액증가에 소요된 비용으로 볼 수 없어, 이를 구 지방세법시행령 제84조의3 제1항 제1호의2 소정의 취득세 중과대상인 골프장용 '토지'의 취득을 위한 것이라고 하여 중과세율을 적용함은 조세법의 해석, 적용에 요구되는 엄격해석의 원칙에 합치하지 아니한 확대해석으로 허용될 수 없다 할 것이다.
 따라서 원심이 조경을 위하여 식재된 입목의 구입 및 식재비용을 골프장 조성을 위한 소요비용으로 파악하여 이에 대하여 취득세를 중과할 수 있다는 법리를 전제로, 원고가 원심에서부터 일관되게 사용하고 있는 토지와는 별개로 독립된 물건으로서의 '입목'이라는 용어의 의미가 위와 같은 입목에 해당하는 것인지 등을 면밀히 따져보지 아니한 채, 일반적인 경우만을 예상하여 입목의 구입 및 식재비용이 취득세 중과의 대상에서 제외되어야 한다는 원고의 주장을 배척한 것은 결국 심리를 다하지 아니하였거나, 취득세 중과대상인 골프장의 범위에 관한 법리를 오해한 위법을 저지른 것이라고 할 것이다. 원고의 상고이유 중 이 점을 지적하는 부분은 이유 있다.
 3. 그러므로 원심판결 중 토지계정(토지의 승계취득)에 관한 부분 전부 및 입목계정에 관한 부분 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단케 하기 위하여 원심법원에 환송하고, 피고의 나머지 상고는 이유 없어 이를 기각하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 정귀호(재판장) 김형선 이용훈(주심) 조무제

[1] 제1차 처분 중 토지의 승계취득에 대한 취득세 과세표준 및 세액을 증액하지 아니한 채 건축물의 취득 또는 지목변경에 의한 간주취득 등에 관한 취득세 과세표준 및 세액만을 증액하는 제2차 처분을 한 경우, 제2차 처분이 제1차 처분 중 토지의 승계취득에 대한 취득세 부과처분 부분까지 포함하는 증액경정처분인지 여부(소극) 
[2] 부가가치세 납세의무자인 사업자가 당해 사업과 관련하여 물건을 취득하면서 거래징수 당한 부가가치세 매입세액이 구 지방세법시행령 제82조의3 제2항 소정의 취득가액에 포함되는지 여부(소극)
[3] 골프장 조성을 위하여 골프장 토지에 식재된 임목이 입목에관한법률 제2조 소정의 입목에 해당하는 경우, 그 구입 및 식재비용이 취득세 중과대상인 골프장용 토지의 취득비용에 포함되는지 여부(소극)

[1] 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분이 있는 경우 그 경정처분은 당초처분을 그대로 둔 채 당초처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가 확정하려는 처분이 아니고, 재조사에 의하여 판명된 결과에 따라서 당초처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서의 과세표준과 세액을 결정하는 것이므로, 증액경정처분이 되면 먼저 된 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 오직 경정처분만이 쟁송의 대상이 된다 할 것이나, 토지의 승계취득에 대한 취득세는 건축물의 취득 또는 지목변경에 의한 간주취득에 대한 취득세와는 과세대상 및 과세단위를 달리하는 것이므로, 제2차 처분으로써 건축물의 취득 또는 지목변경에 의한 간주취득 등에 관한 취득세 과세표준 및 세액을 증액하여 추징하였다 하더라도 제1차 처분 중 토지의 승계취득에 관한 취득세 과세표준 및 세액을 증액하지 아니한 이상, 제2차 처분이 제1차 처분 중 토지의 승계취득에 대한 취득세 부과처분 부분까지 포함하여 증액하는 경정처분이라고 할 수 없다 할 것이고, 따라서 제1차 처분 중 토지의 승계취득에 대한 취득세 부과처분 부분은 제2차 처분에 흡수, 소멸되는 것이 아니라 이 부분에 한해서 제2차 처분과는 별도로 독립한 처분으로 남게 된다.
 [2] 지방세법 제111조 제1항 및 같은법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14041호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제2항 등 관계 규정에 따라 취득세의 과세표준으로 되는 물건의 취득가액이란 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 직접, 간접으로 소요된 일체의 비용이라 할 것이므로, 부가가치세의 과세대상인 물건의 취득을 위하여 그 취득자가 부가가치세를 부담하는 경우라면 그 취득을 위하여 거래징수 당한 부가가치세액도 당해 물건의 취득에 직접 소요된 비용이라고 보아야 할 것이나, 그 취득자가 부가가치세법상의 납세의무자인 사업자로서 당해 사업과 관련하여 물건을 취득함에 있어 부가가치세액을 거래징수 당하였다면, 그와 같은 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 등 관계 규정에 따라 환급 받게 되어 사업자 자신의 부담으로 귀속되지 아니하므로, 이를 사업자의 취득에 소요된 실지 취득비용이라고는 할 수가 없다.
 [3] 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것) 제112조 제2항은 대통령령이 정하는 골프장의 취득을 취득세 중과의 대상으로 정하고 있고, 그 위임을 받은 같은법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14483호로 개정되기 전의 것) 제84조의3 제1항 제1호의2는 골프장은 '회원제골프장용 부동산으로서 체육시설의설치·이용에관한법률시행령 제4조 제2항의 규정에 의한 등록대상이 되는 모든 토지와 건축물'을 말한다고 규정하고 있고, 따라서 골프장 조성에 따른 토지의 지목변경에 의한 간주취득의 경우에 있어서 골프장 조성에 들인 비용은 당연히 취득세의 과세표준이 되고 골프장용 토지의 취득을 위한 것으로서 중과세율이 적용되어야 하므로, 골프장조성을 위하여 임목을 식재하였다고 하더라도 원래 미등기의 수목 또는 임목은 토지의 구성부분이 되어 토지의 일부분이 됨에 그치는 것이어서, 비록 그 수목 또는 임목이 지방세법상 별도의 취득세 과세대상물건에 해당한다 하더라도, 그 구입 및 식재비용은 원칙적으로 토지의 지목변경으로 인한 가액증가에 소요된 비용으로서 지목변경에 의한 간주취득의 과세표준에 포함되고, 이 또한 골프장용 토지의 취득을 위한 것이므로 중과세율이 적용되어야 할 것이나, 골프장의 조성을 위하여 골프장용 토지에 식재된 임목이 입목에관한법률 제2조에 의하여 등기된 수목의 집단으로서 '입목'에 해당하는 경우에는 지방세법상 별개의 취득세 과세대상물건에 해당할 뿐만 아니라 토지의 구성 부분을 이루지 아니하여 사법상 별개의 물건으로 취급되고, 그 가액 또한 토지에 대한 유익비가 될 수 없으므로 그 입목의 가액을 토지의 지목변경으로 인한 가액증가에 소요된 비용으로 볼 수 없어, 이를 같은법시행령 제84조의3 제1항 제1호의2 소정의 취득세 중과대상인 골프장용 '토지'의 취득을 위한 것이라고 하여 중과세율을 적용함은 조세법의 해석, 적용에 요구되는 엄격해석의 원칙에 합치하지 아니한 확대해석으로 허용될 수 없다.