법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2019.12.27 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 의료법인 을지병원 (소송대리인 법무법인(유한) 광장 담당변호사 마옥현 외 2인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 준경 담당변호사 기소현 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2018. 1. 25. 선고 2017누75967 판결
【주 문】
 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고의 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 피고의 상고이유에 대하여
 가. 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항은 ‘비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다’고 규정(이하 위 규정에 따른 한도액을 ‘고유목적사업준비금 손금산입한도액’이라 한다)하면서, 제4호에서 ‘제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 원칙적으로 100분의 50을 곱하여 산출한 금액’을 합산하도록 정하고 있다. 또한 같은 조 제8항은 ‘수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항’을 대통령령으로 정하도록 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제3항은 “법 제29조 제1항 제4호에서 ‘수익사업에서 발생한 소득’이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’을 뺀 금액을 말한다.”라고 규정하고 있다.
 한편 구 법인세법 제24조 제1항은 “내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 ‘지정기부금’이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 ‘손금산입한도액’이라 한다)을 초과하는 금액”은 해당 사업연도의 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있다. 같은 항은 제1호에서 “해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 ‘제2항에 따른 기부금’과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)”을, 제2호에서 “‘제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금’과 제13조 제1호에 따른 결손금의 합계액”을 각 규정하고 있다. 또한 같은 조 제2항은 본문에서 다음 각호에 따라 지출하는 기부금을 ‘법정기부금’이라고 정의하면서, 단서에서 “법정기부금을 합한 금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 ‘법정기부금의 손금산입한도액’이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고 있다.
 나. 이들 규정의 문언 내용과 체계, 구 법인세법 제24조 제1항 제1호와 제2호에서 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’과 ‘법 제24조 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금’을 구분하고 있는 점 및 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점(대법원 2017. 9. 7. 선고 2016두35083 판결 등 참조) 등을 종합하면, 고유목적사업준비금 손금산입한도액의 전제가 되는 ‘수익사업에서 발생한 소득’의 계산에 관한 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 괄호 밖의 부분에서 말하는 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’은 구 법인세법 제24조 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금인 ‘법정기부금의 손금산입한도액’이 아니라 ‘비영리내국법인이 법정기부금으로 지출한 금액’을 의미하는 것으로 보아야 한다.
 다. 그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 위 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’이 법정기부금의 손금산입한도액을 의미하므로 이 사건 처분 중 이와 전제를 달리하는 부분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 2. 원고의 상고이유에 대하여
구 법인세법 제24조 제1항은 제1호에서 ‘해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)’을 규정하고, 같은 조 제2항은 법정기부금의 손금산입한도액을 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호에 따른 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출하도록 정하고 있다.
 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어, 법정기부금 손금산입한도액 계산의 기초가 되는 ‘해당 사업연도의 소득금액’은 법정기부금과 지정기부금만을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 의미하고, 법정기부금과 지정기부금 외에 고유목적사업준비금까지 손금에 산입하기 전의 소득금액으로 해석할 수는 없다고 판단하였다.
 앞서 본 규정의 문언과 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합적으로 고려하면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 해당 사업연도의 소득금액의 해석 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다고 할 수 없다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하며, 원고의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 권순일(재판장) 이기택 박정화(주심) 김선수

[1] 고유목적사업준비금 손금산입한도액의 전제가 되는 ‘수익사업에서 발생한 소득’의 계산에 관한 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 괄호 밖의 부분에서 말하는 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’의 의미(=비영리내국법인이 법정기부금으로 지출한 금액)
 [2] 甲 의료법인이 법정기부금 손금산입한도 계산과 관련하여 해당 기부금손금산정기준 소득금액을 법정기부금과 지정기부금뿐만 아니라 고유목적사업준비금 또한 손금에 산입하기 전의 소득금액이라고 보아 해당 사업연도 법인세를 신고·납부한 사안에서, 법정기부금 손금산입한도액 계산의 기초가 되는 구 법인세법 제24조 제1항 및 제2항의 ‘해당 사업연도의 소득금액’은 법정기부금과 지정기부금만을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 의미한다고 본 원심판단을 수긍한 사례

[1] 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항 제1호, 제2호, 제2항, 제29조 제1항 제4호, 제8항, 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제3항의 문언 내용과 체계, 구 법인세법 제24조 제1항 제1호와 제2호에서 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’과 ‘법 제24조 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금’을 구분하고 있는 점 및 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점 등을 종합하면, 고유목적사업준비금 손금산입한도액의 전제가 되는 ‘수익사업에서 발생한 소득’의 계산에 관한 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 괄호 밖의 부분에서 말하는 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’은 구 법인세법 제24조 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금인 ‘법정기부금의 손금산입한도액’이 아니라 ‘비영리내국법인이 법정기부금으로 지출한 금액’을 의미하는 것으로 보아야 한다.
 [2] 甲 의료법인이 법정기부금 손금산입한도 계산과 관련하여 해당 기부금손금산정기준 소득금액을 법정기부금과 지정기부금뿐만 아니라 고유목적사업준비금 또한 손금에 산입하기 전의 소득금액이라고 보아 해당 사업연도 법인세를 신고·납부한 사안에서, 법정기부금 손금산입한도액 계산의 기초가 되는 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항 및 제2항의 ‘해당 사업연도의 소득금액’은 법정기부금과 지정기부금만을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 의미하고, 법정기부금과 지정기부금 외에 고유목적사업준비금까지 손금에 산입하기 전의 소득금액으로 해석할 수는 없다고 본 원심판단을 수긍한 사례.