양도소득세및증권거래세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2018.06.15 / 시행일:

【원고, 상고인】 
【피고, 피상고인】 강남세무서장
【원심판결】 서울고법 2014. 12. 12. 선고 2014누40045 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제95조 제1항은 “양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 ‘양도가액’이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.”라고 정하고 있다. 여기서 양도소득금액의 계산을 위한 양도가액은 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니고, 구체적인 경우에 현실의 수입금액을 가리키는 것이다. 따라서 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 한다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2010두7970 판결 등 참조).
 그런데 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제1호에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 3년 내에 신고한 과세표준 및 세액의 경정 등을 청구할 수 있다.
 따라서 양도인이 주식을 양도하면서 약정된 매매대금에 기초하여 양도소득세를 법정신고기한까지 신고하였더라도 사후에 매매대금이 감액되어 주식의 양도가액이 줄어들게 되면, 당초의 신고는 정당한 과세표준 및 세액을 초과한 것이므로, 특별한 사정이 없는 한 양도인은 대금감액을 이유로 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구를 하여 당초의 신고를 바로잡을 수 있다. 이러한 법리는 주권 등의 양도를 과세대상으로 하는 증권거래세의 경우에도 마찬가지로 적용된다.
 2. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 가. 원고는 2009. 8. 4. 소외 1에게 코스닥 상장업체인 주식회사 폴리플러스(이하 ‘폴리플러스’라고 한다)가 발행한 이 사건 주식 2,455,783주를 대금 12,892,860,750원에 양도하는 양도계약을 체결하고, 같은 날 계약금과 중도금으로 합계 7,193,194,750원을 지급받았으며, 잔금 5,699,666,000원은 2010. 7. 30.까지 지급받기로 하였다.
 나. 원고의 어머니인 소외 2, 동생인 소외 3, 소외 3의 남편인 소외 4, 재단법인 우송장학회는 2009. 8. 13. 소외 5와 소외 6에게 폴리플러스가 발행한 주식 합계 1,150,167주를 대금 6,038,376,750원에 양도하기로 하면서, 잔금 2,318,334,000원은 2010. 7. 30.까지 지급받기로 하였다.
 다. 그 무렵 원고 등 양도인들과 소외 1 등 양수인들은 위 각 주식양도계약에 부수하여, 양도인들이 양수인들로부터 주식양도계약에 따른 잔금을 지급받아, 폴리플러스로부터 화학제품을 생산·판매하는 주된 사업 부분을 80억 원에 다시 매수하기로 하는 특별약정을 체결하였다. 다만 사업 부분 매각대금은 추후 회계법인 평가금액으로 변경할 수 있고, 이 경우 각 주식양도계약에 따른 잔금 역시 자동 수정되는 것으로 하였다.
 라. 원고는 2009. 11. 30. 이 사건 주식양도계약에서 약정한 당초의 매매대금 12,892,860,750원을 기초로 양도소득세와 증권거래세를 신고·납부하였다.
 마. 원고 등 양도인들과 소외 1 등 양수인들은, 매매대금 등에 관한 분쟁이 발생하여 잔금지급이 제때 이루어지지 않던 중, 2010. 12. 26. 양도인들이 폴리플러스로부터 다시 매수하기로 했던 사업 부분을 줄여 사업 부분 매각대금을 51억 원으로 변경하고, 각 주식양도계약에 따른 잔금의 합계 역시 51억 원으로 변경하기로 하는 이 사건 정산합의를 하였다. 이에 따라 이 사건 주식의 매매대금은 당초의 12,892,860,750원에서 10,917,855,357원으로 감액되었다.
 바. 원고는 2011. 9. 23. 피고에게 이 사건 정산합의 등에 따라 이 사건 주식의 양도가액을 10,917,855,357원으로 감액하였다며 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 경정청구를 하였으나, 피고는 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
 3. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 주식양도계약에서 정한 당초의 매매대금에 기초하여 양도소득세와 증권거래세를 신고하였으나, 이 사건 정산합의에 따라 당초의 매매대금이 일부 감액됨으로써 이 사건 주식양도로 인한 정당한 양도가액은 당초의 매매대금이 아닌 감액된 대금이 되는 것이므로, 원고는 이러한 사정을 들어 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구를 하여 당초의 신고를 바로잡을 수 있다.
 4. 그런데도 원심은 이 사건 정산합의가 별도의 사후약정에 불과하여 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호의 경정청구사유에 해당하지 않는다는 등의 잘못된 전제에서, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호의 경정청구사유에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 5. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 고영한(재판장) 김소영 권순일(주심) 조재연

[1] 구 소득세법 제95조 제1항에 정한 양도소득의 총수입금액의 의미 / 주식을 매매계약에 의하여 양도한 후 당초 약정된 매매대금을 일부 감액하기로 한 경우, 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액은 당초의 약정대금이 아닌 감액된 금액으로 보아야 하는지 여부(적극)
[2] 양도인이 주식을 양도하면서 약정된 매매대금에 기초하여 양도소득세를 법정신고기한까지 신고하였으나 사후에 매매대금이 감액되어 주식의 양도가액이 줄어들게 된 경우, 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구를 하여 당초의 신고를 바로잡을 수 있는지 여부(원칙적 적극) 및 이러한 법리가 주권 등의 양도를 과세대상으로 하는 증권거래세의 경우에도 마찬가지로 적용되는지 여부(적극)

[1] 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제95조 제1항은 “양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 ‘양도가액’이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.”라고 정하고 있다. 여기서 양도소득금액의 계산을 위한 양도가액은 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니고, 구체적인 경우에 현실의 수입금액을 가리키는 것이다. 따라서 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 한다.
[2] 양도인이 주식을 양도하면서 약정된 매매대금에 기초하여 양도소득세를 법정신고기한까지 신고하였더라도 사후에 매매대금이 감액되어 주식의 양도가액이 줄어들게 되면, 당초의 신고는 정당한 과세표준 및 세액을 초과한 것이므로, 특별한 사정이 없는 한 양도인은 대금감액을 이유로 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구를 하여 당초의 신고를 바로잡을 수 있다. 이러한 법리는 주권 등의 양도를 과세대상으로 하는 증권거래세의 경우에도 마찬가지로 적용된다.