법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2015.11.20 / 시행일:

【원 고】 크레디트스위스증권 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 전영준 외 1인)
【피 고】 남대문세무서장 (소송대리인 변호사 김재광)
【변론종결】2015. 10. 23.
【주 문】
 1. 피고가 원고에 대하여 2013. 6. 26. 한 2008 사업연도 법인세 30,126,705,450원(가산세 포함)의 부과처분, 2013. 7. 16. 한 2010 사업연도 법인세 24,260,653,490원(가산세 포함)의 부과처분 중 899,132,710원을 초과하는 부분, 2013. 7. 15. 한 2011 사업연도 법인세 34,215,731,130원(가산세 포함)의 부과처분 중 635,560원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고의 지위
 원고는 영국에 본점을 두고 증권업을 영위하는 외국증권업자로서, 서울 중구 (주소 생략)에 지점 형태로 영업소를 설치하여 유가증권 및 주가지수, 선물·옵션 등의 매매 및 위탁매매업무 등을 영위하고 있다. 
 나. 주식워런트증권과 유동성 공급자
 1) 주식워런트증권(Equity Linked Warrant, ELW)
 주식워런트증권(이하 ‘ELW’라 한다)이란, ① 구 증권거래법 시행령(2008. 7. 29. 대통령령 제20947호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 부칙 제2조로 폐지) 제2조의3 제1항 제6호 소정의 ‘증권거래법 시행규칙이 정하는 기준에 따라 발행하는 증권으로서 당사자 일방의 의사표시에 의하여 유가증권시장·코스닥시장 또는 이와 유사한 시장으로서 외국에 있는 시장에서 매매거래되는 특정 주권의 가격이나 주가지수의 수치의 변동과 연계하여 미리 정하여진 방법에 따라 주권의 매매나 금전을 수수하는 거래를 성립시킬 수 있는 권리를 표시하는 증권’[구 유가증권시장 상장규정(2009. 1. 28. 한국증권선물거래소 규정 제400호로 개정되기 전의 것) 제2조 제23항 참조] 내지 ② 구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령(2012. 6. 29. 대통령령 제23924호로 개정되기 전의 것) 제125조 제2항 제6호 (다)목이 정하는 ‘증권시장이나 해외 증권시장에서 매매거래되는 지분증권(집합투자증권은 제외한다) 또는 증권예탁증권(지분증권과 관련된 것만 해당한다)의 가격이나 이를 기초로 하는 지수의 변동과 연계하여 미리 정하여진 방법에 따라 위 지분증권 또는 증권예탁증권의 매매나 금전을 수수하는 거래를 성립시킬 수 있는 권리가 표시된 파생결합증권’[구 유가증권시장 상장규정(2012. 4. 18. 한국거래소 규정 제829호로 개정되기 전의 것) 제2조 제11항 참조]을 말한다.
 2) 유동성 공급자(Liquidity Provider, LP)
 구 유가증권시장 상장규정(2013. 2. 22. 한국거래소 규정 제891호로 전부 개정되기 전의 것) 제41조의2 제1항은 ELW의 신규상장심사요건을 규정하고 있는데, 같은 항 제6호는 발행인으로 하여금 ‘유동성 공급자 중 1사 이상과 세칙으로 정하는 사항을 포함하는 유동성공급계약을 체결할 것’을 요구하면서, 다만 유동성 공급자인 발행인이 직접 유동성을 제공할 경우에는 유동성공급계획을 제출할 것을 요구하고 있다.
 다. 원고의 유동성 공급자로서의 지위와 거래의 개요
 1) 원고는 ELW의 유동성 공급자로서, ① ELW 발행사로부터 ELW를 발행가격에 인수하여 투자자와 사이에 ELW 매매거래를 하고 만기에 보유 중인 ELW를 발행사로부터 상환 받는 거래와 ② ELW 발행사에 ELW와 상품내용(기초자산, 발행가격, 행사가격, 만기 등)이 동일한 장외파생상품(Over the Counter Derivatives, OTC)을 매도하고 만기에 발행사에게 상환하는 거래를 해왔다. 
 2) 원고는 유동성공급계약을 맺은 발행사가 그 계약과 관련하여 ELW를 발행하면 이를 모두 인수한 후, 이렇게 인수한 ELW를 증권시장에 매각하였다. 구체적으로는 ELW의 최초 거래일의 장 시작 시간에는 ELW 발행 물량의 100%를 보유하고 있는 상태가 되고, 위 물량에 관한 매도호가를 제출함으로써 ELW 거래가 시작되며, 매각이 이루어진 물량의 범위 내에서 다시 매수호가를 제시하는 방식으로 매도호가와 매수호가를 모두 제시하면서 장 거래시간 내내 유동성을 공급하였다.
 라. 유동성 공급자인 원고의 회계처리
 1) 인수한 ELW를 최초 매도한 날이 속한 사업연도의 회계처리
 원고는 위와 같이 ELW 인수 및 장외파생상품 매도 등의 거래를 하면서, ELW를 발행가격으로 인수한 후 이를 최초로 투자자들에게 시가로 매도한 사업연도에는, 「‘인수가격에서 매도가격을 뺀 금액’에 매도한 ELW의 수를 곱한 금액」만큼을 손실로 인식(매도가격이 인수가격보다 낮은 경우)하여 회계처리하였다.
 2) ELW의 만기가 도래한 날이 속한 사업연도의 회계처리
 원고는 ELW의 만기가 도래한 날이 속한 사업연도에는, 「‘발행사에게 매도한 장외파생상품의 매도가격에서 권리행사차금을 뺀 금액’에 보유한 장외파생상품의 수를 곱한 금액」만큼을 만기가 속한 사업연도의 이익으로, 「‘ELW의 인수가격에서 권리행사차금을 뺀 금액’에 보유한 ELW의 수를 곱한 금액」만큼을 만기가 속한 사업연도의 손실로 각 회계 처리하였다.
 마. 피고의 세무조정 및 이 사건 처분
 1) 피고는, 유동성 공급자인 원고가 실질적으로 ELW의 발행사와 동일한 역할을 수행하였는데, ELW의 발행사가 유동성 공급자의 역할도 겸하는 경우에는 ELW를 발행하여 이를 투자자들에게 매도하는 때에 비로소 그 매도하는 시가대로 산정한 금액을 부채로 인식하고 이후에 ELW를 다시 매수하는 때에는 부채를 인식할 때의 시가를 기준으로 기존의 부채를 감소시킴과 동시에 부채를 인식할 때의 시가와 ELW를 다시 매수할 때의 시가 사이의 차액 상당액을 ELW의 거래손실로 처리하며 만기에는 그 때까지 인식한 ELW 매도로 인한 부채 상당액에서 권리행사차금을 뺀 금액을 이익으로 처리함에도, 원고의 경우에는 이와 달리 인수한 ELW를 투자자들에게 최초 매도할 때 인수가격과 시가의 차액 상당액을 당해 사업연도의 손금으로 산입하였으므로 이는 부당하다는 이유로, ‘원고가 ELW를 인수하여 이를 투자자들에게 최초 매도할 당시 인식한 손실 가운데 만기가 당해 사업연도에 도래하지 않는 ELW를 인수하여 매도함으로써 인식한 손실’을 손금에 산입하지 아니하고, 위와 같이 손금에 산입하지 아니한 금액을 그 다음 사업연도의 손금으로 산입하는 내용의 세무조정을 하였다.
 2) 위 세무조정의 구체적인 내용은 아래 표의 기재와 같다.
(단위: 백만원)사업연도200820092010201120122013손금불산입101,34452,941127,032456,031214,066손금산입△1,709△99,635△52,941△127,032△456,031△214,066계99,635△46,69474,091328,998△241,965△214,066
 3) 이 사건 처분
 가) 피고는 위 세무조정 내역을 반영하여 원고에게, 2013. 6. 26. 2008 사업연도 법인세 41,014,375,800원(가산세 포함, 적용세율 25%), 2013. 7. 16. 2010 사업연도 법인세 24,260,653,490원(가산세 포함, 적용세율 22%), 2013. 7. 15. 2011 사업연도 법인세 37,421,276,260원(가산세 포함, 적용세율 22%)을 각 경정·고지하였다. 
 나) 원고는 이에 불복하여 2013. 9. 17. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 11. 13. ‘각 부과처분의 납부불성실가산세의 미납일수를 각 사업연도별로 법인세 납부기한의 다음날부터 해당 사업연도의 다음 사업연도의 법인세 납부일까지로 계산하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 결정을 하였고, 피고는 위 결정에 따라 원고에게 2008 사업연도 법인세(납부불성실가산세) 10,887,670,350원, 2011 사업연도 법인세(납부불성실가산세) 3,205,545,130원을 각 환급하였다[이하에서는 위 가)항 기재 각 부과처분 중 이와 같이 환급된 금액을 제외한 나머지 부과처분에서 원고가 다투지 않는 부분(2010 사업연도 법인세 중 899,132,710원, 2011 사업연도 법인세 중 635,560원)을 제외한 나머지 부분을 포괄하여 ‘이 사건 처분‘이라 한다. 상세내역은 별지 1 참조].
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 당사자들의 주장
 가. 피고의 주장 - 실질과세원칙에 따른 이 사건 처분의 적법성
 1) 원고는, ELW를 발행하지 아니하는 유동성 공급자(LP)의 지위에 있는데도, ELW 발행사가 유동성 공급자의 역할도 겸하는 경우와 동일한 경제적 실질을 가지고 있다. 그런데 원고는 ELW의 발행사가 유동성 공급자의 역할도 겸하는 경우의 회계처리와 달리, 발행사로부터 인수한 ELW를 투자자들에게 최초 매도할 때 인수가격과 시가의 차액 상당액을 당해 사업연도의 손금으로 산입함으로써 대규모 손실이 발생하는 것처럼 손실을 계상하였다. 이는 이미 존재하지 않는 손익을 계상하였거나 거래에 따른 손익을 과다하게 계상하는 것일 뿐 아니라, ELW를 인수한 사업연도와 ELW의 만기가 속한 사업연도가 다를 경우에는 특정 사업연도의 소득을 낮추기 위하여 전략적으로 ELW 거래를 하여 과세회피를 할 위험이 있으므로 부당하다. 따라서 원고의 경우에도, 발행사가 유동성 공급자의 역할을 겸하는 경우와 마찬가지로, ELW를 인수한 이후 투자자들에게 이를 매도할 때 손실이 생긴 것으로 보지 않고 그 만기에 장외파생금융상품의 이익과 일체로 손익을 산정함이 국세기본법 제14조 제2항이 정하는 실질과세의 원칙상 타당하다. 
 2) 특히, 원고는 인수한 ELW를 투자자들에게 매도할 때 시가로 판매할 수밖에 없음에도 불구하고, 시가와 전혀 무관하게 높은 가격인 발행가액으로 ELW를 인수하였다. 원고가 발행사로부터 ELW를 시가에 근접한 가격으로 인수할 수 있었음에도 굳이 시가보다 높은 발행가액으로 인수한 것은, ELW 처분손실을 조기에 인식하기 위한 목적에 따른 가장행위적 성격을 가지고 있으므로, 그에 따른 손실은 국세기본법 제14조 제2항이 정하는 실질과세의 원칙상 부인되어야 한다. 
 3) 설령 국세기본법 제14조 제2항에 따라 이 사건 처분이 정당화되지 않는다고 하더라도, 원고는 위와 같이 ELW 처분손실의 귀속시기를 1년 앞당기고 그로 인하여 관련 법인세를 1년 늦게 납부함으로써 동 금액의 1년 동안의 시간가치에 상당하는 이익을 얻었고, 나아가 2008. 6.경부터 이미 언론을 통해 보도된 바와 같이 2010 사업연도 이후 법인세율 인하에 따른 조세혜택까지 얻었는바, 따라서 원고의 위와 같은 ELW 및 장외파생상품 거래는 ‘세법상의 부당한 혜택을 받기 위한 행위’에 해당하므로, 국세기본법 제14조 제3항에 따라 과세의 대상이 된다. 
 나. 원고의 주장
 ① 이 사건 처분과 같이 원고의 과세소득을 조정할 법률적 근거가 없는 점, ② ELW 거래와 장외파생상품 거래에 관한 원고의 세무처리는 법인세법상 손익의 귀속시기에 부합하는 점, ③ ELW 시장에서 발행사와 유동성 공급자의 역할은 분명히 구분되고, 유동성 공급자의 ELW 거래 및 장외파생상품 거래와 유동성 공급자도 겸하는 발행사의 ELW 거래는 그 경제적 실질이 전혀 다르므로 이를 동일하게 취급할 수 없는 점, ④ 원고로서는 금융당국의 ELW 발행사에 대한 규제에 따라 불가피하게 높은 가격으로 ELW를 인수하고 세법에 따른 세무처리를 한 것일 뿐 조세회피의 목적으로 이와 같은 거래를 구성한 것이 아닌 점 등을 종합하면, 이 사건 처분은 위법하다. 
3. 관계 법령
 별지 2 기재와 같다.
4. 판단
 가. 실질과세원칙의 의의
국세기본법 제14조 제1항은 ‘과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다’고 규정하고, 제2항은 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다’고 규정하며, 제3항은 ‘제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다’고 규정하고 있다.
 위 규정이 천명하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 판결 등 참조).
 나. 이 사건 처분의 적법 여부
 다음의 여러 사정들을 위와 같은 실질과세원칙의 의의, 목적 및 조세법률주의와의 관계에 비추어 종합적으로 고려하면, 원고가 직접 ELW를 발행하여 이를 투자자에게 판매하지 아니하고, 유동성 공급자의 지위에서 발행사가 발행한 ELW를 발행가격 그대로 인수하는 한편 발행사에 당해 ELW와 내용이 동일한 장외파생상품을 매도하고 위와 같이 인수한 ELW를 투자자들에게 판매한 후 ELW 인수가격과 매도가격의 차액 상당액을 당해 사업연도의 손금으로 산입한 것이, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 국세기본법 제14조 제2항, 제3항 또는 이 조항들이 구체화하고 있는 실질과세의 원칙에 근거하여 발행사가 유동성 공급자의 지위를 겸하는 경우와 동일한 방식으로 원고의 과세소득을 조정한 이 사건 처분은 적법한 처분사유가 존재하지 않아 위법하다.
 1) 다음의 사정들을 종합하면, 피고가 주장하는 바와 같이, 원고는 ELW를 발행하지 아니하는 유동성 공급자(LP)의 지위(이하 ‘제3자 LP'라 한다)에 있음에도, ELW 발행사가 유동성 공급자의 역할도 겸하는 경우(이하 ’발행사 LP'라 한다)와 거의 동일한 경제적 실질을 가진다고 봄이 상당하다.
 가) 발행사 LP가 발행사로서의 지위에서 가지는 경제적 실질은, ELW를 투자자들에게 매도하여 취득한 ELW 매각대금을 이익으로 취득하고, 기초자산의 만기평가가격이 행사가격을 초과할 경우 ELW 보유자가 ELW에 화체된 권리를 행사함으로써 그 지급의무가 발생하는 권리행사차금 상당액을 손실로 입게 되는 위험을 부담하는 것이다.
 나) 앞서 본 바와 같이, 원고는 제3자 LP로서, 유동성공급계약을 맺은 발행사가 그 계약과 관련하여 발행한 ELW를 모두 인수하는 한편, 그 ELW와 상품내용(기초자산, 발행가격, 행사가격, 만기 등)이 동일한 장외파생상품을 발행사에게 매도하였다. 
 이러한 형태의 거래로 인해, 발행사는 ELW를 원고에게 매각하면서 원고로부터 받은 ELW 매각대금 상당액을 다시 장외파생상품의 매수대금으로 원고에게 지급하였으므로, 발행사는 ELW 매각대금 상당액의 경제적 이익을 누리지 않게 되었고, 만기에 기초자산의 평가가격이 행사가격보다 높아 ELW에 따른 권리행사차금을 지급할 의무를 부담하게 되더라도 원고로부터 매수한 장외파생상품에 화체된 권리를 행사함으로써 그 지급의무가 있는 금원 상당의 권리행사차금을 원고로부터 지급받게 되어 결국 권리행사차금 상당의 손실을 볼 위험도 부담하지 않게 되었다. 
 반면 원고의 경제적 실질에 관하여 보면, 원고는 발행사에게 ELW와 상품내용이 동일한 장외파생상품을 매도하고 발행사로부터 ELW 인수대금 상당액의 장외파생상품 매각대금을 지급받음으로써, ELW를 투자자들에게 매도하여 취득하는 ELW 매각대금을 경제적 이익으로 취득하고, 기초자산의 만기평가가격이 행사가격을 초과할 경우 장외파생상품의 보유자인 발행사가 장외파생상품에 화체된 권리를 행사함으로써 그 지급의무가 발생하는 권리행사차금 상당의 손실을 입게 되는 위험을 부담하게 되었다.
 다) 결국, ELW 발행사가 취득하는 경제적 이익 및 부담하는 경제적 위험이 모두 원고에게 이전됨으로써, 원고는 발행사 LP와 거의 동일한 경제적 실질을 가지게 되었다고 할 것이다. 
 2) 그러나 다음의 사정들을 종합하면, 제3자 LP인 원고가 위와 같이 발행사 LP와 거의 동일한 경제적 실질을 가지기 위해, 발행사로부터 발행가격으로 ELW를 인수하면서 발행사에게 당해 ELW와 동일한 내용의 장외파생상품을 매도한 행위를, 조세의 부담을 회피할 목적으로 이루어진 것이라거나 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취한 것이라고 볼 수 없다.
 가) 구 증권거래법(2007. 8. 3. 법률 제8635호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 부칙 제2조로 폐지) 제28조의2 제1항, 제4항에 따르면, 외국증권업자가 국내에서 증권업을 영위하기 위하여 지점 기타 영업소를 설치하고자 하는 때에는 영업의 종류별로 금융위원회의 허가를 받아야 하고, 이와 같이 허가를 받은 지점 기타 영업소는 증권회사로 간주되므로, 원고는 외국증권업자로 증권회사가 아니지만, 원고의 영업소는 구 증권거래법에 따라 증권회사로 간주된다. 따라서 증권회사로 간주되는 원고의 영업소가 ELW를 발행하는 것이 가능한지 여부가 문제되나, 갑 제6호증의 기재에 의하면, 법무부는 2005. 12. 22. 외국증권업자의 국내 지점은 영업활동의 본거가 될 뿐 제3자와의 법률행위의 효력이 귀속되는 법적 주체는 아니므로 지점 명의로 ELW 등 유가증권을 발행할 수 없다는 유권해석을 한 사실이 인정된다. 결국 원고는 외국증권업자일뿐 구 증권거래법에 따른 증권회사가 아니기 때문에, 또한 원고의 지점은 구 증권거래법에 따라 증권회사로 간주되기는 하지만 지점 명의로 ELW를 발행할 수 없다는 법무부의 유권해석 때문에, 원고 또는 원고의 지점 명의로 ELW를 발행하여 이를 투자자들에게 판매하는 방식으로 ELW 관련 영업을 영위할 수는 없었다.
 나) 따라서, 원고가 발행사 LP와 거의 동일한 경제적 실질을 가지기 위해서는, 발행사로부터 ELW를 인수하면서 ELW와 동일한 내용의 장외파생상품을 발행사에 매도함으로써 실질적으로 기초자산 가격의 등락에 따른 이익의 실현가능성과 손실의 위험을 자신이 인수하는 방법을 선택할 수밖에 없다. 즉, 장외파생상품 거래가 수반되지 않는다면, 기초자산 가격의 등락에 따른 이익의 실현가능성과 손실의 위험은 여전히 발행사에 남아있게 되고, 원고는 유동성 공급자의 지위에서 ELW를 투자자들에게 매도하고 이를 다시 매수하면서 ELW의 시가 등락에 따른 손익을 얻고 경우에 따라 만기시까지 보유하고 있는 ELW에 화체된 권리를 행사하여 권리행사차금을 지급받는 경제적 실질만을 가지게 되어, 실질적으로 일반 투자자들과 크게 다르지 않은 경제적 실질만을 가지게 된다. 
 다) 피고는, 원고와 거래한 발행사의 경우 원고로부터 ELW와 동일한 내용의 장외파생상품을 매수함으로써 아무런 경제적 이익을 누리지 못하는데도 ELW를 발행하는 결과가 되어 비합리적인 형태의 거래라고 지적한다. 그러나, 발행사의 입장에서 보더라도, 기초자산 가격의 등락에 따른 이익의 실현가능성은 누리지 못하는 대신, ELW 발행에 따른 확정적인 수수료를 얻으면서, 기초자산 가격의 하락으로 인한 손실을 입을 위험을 부담하지 않게 되는 결과가 되므로, 이러한 형태의 거래를 하는 것이 비합리적이라고 볼 수도 없다. 
 라) 한편, 다음의 사정들을 종합하면, 원고가 시가보다 높은 발행가액으로 ELW를 인수하고 이를 시가에 매도하면서 그에 따른 세무처리를 한 것이 조세회피를 위한 가장행위라거나 비합리적인 거래에 해당한다고 할 수 없다.
 먼저 을 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 한국거래소는 2014년 11월경까지 ELW의 발행가액을 규제하면서 만일 ELW의 발행가액이 한국거래소가 정한 하한에 미달할 경우 상장요건을 충족하지 못한 것으로 보아 상장을 승인하지 않은 사실이 인정되는 바, 이처럼 한국거래소가 ELW의 발행가액의 결정에 영향을 미쳤다는 사정을 고려하면, 원고와 같은 유동성 공급자나 발행사가 발행가액을 임의로 결정할 수 있는 구조가 아니었다.
 이와 관련하여 피고는, 한국거래소가 위와 같이 ELW 발행사에 대하여 그 발행가액을 규제하였다고 하더라도, 한국거래소는 발행사와 제3자 LP 사이의 ELW 인수거래에는 관여한 바 없으므로(을 제4호증), 원고의 ELW 인수가격에는 제약이 없고, 따라서 원고는 ELW를 시가에 근접한 가격으로 인수할 수 있었음에도 조세회피를 위하여 시가보다 높은 발행가액으로 이를 인수하였다고 주장한다. 그러나 갑 제9, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 발행사가 ELW를 발행하기 위해 금융위원회에 제출하는 증권신고서에는 유동성 공급자의 ELW 인수가격과 발행가액이 동일함을 전제로 하여 청약증거금, 모집 또는 매출총액 등의 내용이 기재되어 있는 점, ② 유동성 공급자와 발행사가 ELW 인수계약을 체결할 때에도 발행가액에 인수하는 증권 수를 곱하는 방식으로 인수대금을 계산함으로써 발행가액이 인수가격과 동일하다는 것을 전제로 하고 있는 점, ③ 구 유가증권시장 상장규정 시행세칙(2013. 5. 13. 한국거래소 규정 제917호로 전부 개정되기 전의 것) 제13조의2 제3호가 ELW 신규상장신청서의 첨부서류 중 하나로 ELW의 납입을 증명할 수 있는 서류를 들고 있으므로 만일 유동성 공급자가 발행가액보다 낮은 가격으로 ELW를 인수하게 된다면 발행사가 발행가액과 인수가액의 차액 상당액을 대신 납입해야 하는데 그러한 대납의 적법 여부도 문제이지만, 장외파생상품거래로 인해 확정적인 발행수수료 외에 아무런 수익을 기대할 수 없는 발행사가 그와 같은 금액을 대납하면서까지 발행가액보다 낮은 가격으로 ELW를 인수하도록 승낙할 이유가 없는 점, ④ 원고가 ELW를 인수하는 단계에서 추후 최초 투자자에게 매도할 때의 시장가격을 미리 결정할 수 없을 뿐 아니라 이를 예측하기도 어려운 점 등을 종합하면, 원고가 ELW를 시가에 근접한 가격으로 인수할 수 있었음에도 조세회피를 위하여 시가보다 높은 발행가액으로 ELW를 인수하였다고 볼 수 없다. 
 한편, 법인세법은 제42조 제1항에서, ‘내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다’고 규정하여 같은 항 단서에 따른 예외적인 경우를 제외하고는 자산과 부채에 대한 시가평가를 허용하지 않고 있다. 이에 따라 ELW와 장외파생상품의 발행가격이 시가보다 높게 책정되어 있는 경우, 기업회계기준상으로는 기말 공정가치평가를 통하여 ELW의 처분손실이 장외파생상품의 평가이익으로 상쇄되지만, 세법상으로는 ELW와 장외파생상품 모두 예외적으로 시가평가가 허용되는 대상에 해당하지 않으므로 유동성 공급자가 매도 또는 매수한 ELW와 장외파생상품의 만기가 도래하지 않은 사업연도에는 ELW의 거래손익만을 인식하게 되는바, 따라서 원고가 ELW를 투자자들에게 매도하면서 ELW의 인수가격에서 매도가격을 뺀 금액만큼의 손실을 매도 시점이 속한 사업연도의 손실로 인식하여 회계 처리하고, 법인세 소득금액 계산시 매도 시점이 속한 사업연도에 ELW의 매도가격을 익금으로, 인수가격을 손금으로 각 산입하여 과세표준 및 세액을 신고한 것은 위와 같은 세법 규정에 따른 것으로서 위법하거나 부당하다고 할 수 없다.
 3) 그 밖에도 원고의 조세회피목적을 인정하는데 장애가 되는 다음과 같은 간접사실들이 존재한다.
 가) 피고의 과세논리 그 자체에 따르더라도, 각 사업연도의 법인세율의 차이 등을 무시한다면, 전체 사업연도를 통틀어 보아 결과적으로 손익의 귀속연도와 그에 따른 법인세 과세표준의 귀속연도만 변경되는 것이기 때문에 전체 사업연도를 통틀어 추가적으로 납부하여야 할 본세는 문제되지 아니하고, 단지 사후적 측면에서 신고·납부불성실가산세만이 문제될 뿐이다. 
 나) 피고의 주장과 같이, 만일 원고가 ELW를 인수한 사업연도에 많은 손실을 발생시키고 그 만기가 도래하는 사업연도에 많은 이익을 발생시킴으로써 대규모의 손실을 조기에 인식하여 조세의 부담을 회피하려 하였다면, 원고는 ELW를 인수한 사업연도와 그 만기가 도래하는 사업연도가 다른 경우에 집중하여 ELW 거래를 했어야 할 것인데, 그와 같은 사정을 인정할 만한 자료는 없다. 
 다) 피고가 주장하는 바와 같이, 2010 사업연도 전후의 법인세율의 차이로 인하여 2009·2010 사업연도에 부과될 법인세액에 일부 차이가 발생하게 되는 점은 인정되나, 다음과 같은 사정들을 고려할 때, 이는 법인세율의 변동이라는 예외적이고 우연한 사정으로 인해 발생한 결과에 불과한 것으로 보일 뿐, 원고가 이를 이용해 조세의 부담을 회피할 목적이 있었다고 보기 어렵다.
 을 제5호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하면 2008. 6. 3. 무렵 법인세율 인하에 대한 언론보도가 있었던 사실은 인정된다. 그러나 ① 2010 사업연도의 법인세율 인하는 2008. 12. 26.에 개정된 법인세법(법률 제9267호)에 따른 것인 점, ② 만일 피고의 주장과 같이 원고가 2010 사업연도의 법인세율 인하를 이용하여 조세를 회피할 의도였다면 법인세율이 인하되기 직전인 2009 사업연도에만 당해 사업연도에 만기가 도래하지 않는 ELW를 투자자들에게 집중적으로 매도하여 손실을 발생시켰어야 할 것인데, 피고의 세무조정에 의하더라도 원고의 경우 2009 사업연도에 손금불산입된 금액이 나머지 사업연도에 비하여 가장 적을 뿐만 아니라, 그 이후에도 2012 사업연도까지 계속하여 당해 사업연도에 만기가 도래하지 않는 ELW를 투자자들에게 매도한 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 피고가 주장하는 사정만으로는 원고가 법인세율의 인하를 미리 예상하고 그로 인한 법인세율의 차이에 따른 조세회피 결과를 달성하고자 ELW 거래 및 장외파생상품 거래를 하였다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 
 다. 소결
 결국 이 사건 처분은 적법한 처분사유가 존재하지 않아 위법하므로 취소되어야 하고, 원고의 주장은 이유 있다.
5. 결론
 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 김병수(재판장) 강효인 장인혜