법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.12.26 / 시행일:

【원고, 상고인】 지에스이피에스 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 소순무 외 3인)
【피고, 피상고인】 예산세무서장
【원심판결】 대전고법 2012. 8. 16. 선고 2012누780 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 상고이유 제1, 2점에 대하여
 가. 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항은 ‘내국인이 대통령령이 정하는 에너지절약시설에 2000. 12. 31.까지 투자하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 제22조 제1항 제1호는 ‘법 제25조 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 에너지절약시설이라 함은 에너지이용 합리화법에 의한 에너지절약시설로서 재정경제부령이 정하는 것’이라고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법 시행규칙(2001. 3. 28. 재정경제부령 제184호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 조특법 시행규칙’이라 한다) 제13조는 ‘영 제22조 제1항 제1호에서 재정경제부령이 정하는 것이라 함은 [별표 3]의 에너지절약시설을 말한다’고 규정하면서 [별표 3] 2. 다. (11) (가)에서 ‘각종 열설비 또는 생산공정에서 폐기·방출되는 폐열 또는 폐가스를 이용하는 설비’를 ‘폐열 및 폐가스 이용설비’의 하나로서 에너지절약시설로 규정하고 있다.
 그리고 구 조세특례제한법(2008. 9. 26. 법률 제9131호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 조특법’이라 한다) 제25조의2 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항 제1호는 에너지절약시설에 대한 투자세액 공제에 관하여 ‘내국인이 에너지이용 합리화법에 의한 에너지절약형 시설 등으로서 재정경제부령이 정하는 시설에 투자하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다’고 규정하고, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 후 조특법 시행규칙’이라 한다) 제13조의2 [별표 8의5]는 에너지절약시설을 ‘에너지이용합리화시설, 신·재생에너지보급시설, 기타시설’로 나누고, 그 중 에너지이용합리화시설을 다시 ‘에너지 발생 및 공급시설’과 ‘에너지이용시설’로 나눈 다음, 위 에너지이용시설 중 하나로 ‘산업·건설 부분 에너지절약 설비’를 들고 있고, 그 하위 항목에서 ‘폐기에너지회수설비’의 하나로 ‘연소폐열·공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기·온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비’[1. 나. (1) (가) 2)] 를 규정하고 있다.
 나. 원심은 채택 증거에 의하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 2차 발전시설인 이 사건 발전설비를 1차 발전시설과 분리하여 별도의 에너지절약시설이라고 할 수 없고, 1차 발전 후 배출되는 배기열 역시 2차 발전과정에서 당연히 사용될 것으로 예정된 에너지원이므로 이를 개정 전후 조특법 시행규칙이 정한 에너지절약시설에 사용되는 폐열이라고 할 수 없으며, 개정 후 조특법 시행규칙의 에너지이용시설은 당해 시설의 전체적인 기능이 에너지 발생 및 공급시설에서 발생 및 공급한 에너지를 받아 이를 이용하는 시설에 국한되는데, 이 사건 발전설비는 에너지이용 합리화법 제2조의 에너지이용시설이 아니라 오히려 에너지공급설비의 범주에 들어간다고 봄이 상당하다는 등의 이유로 이 사건 발전설비가 개정 전후 조특법 시행규칙 각 별표의 에너지절약시설에 해당하지 않는다고 판단하였다.
 다. 그러나 이러한 원심의 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.
 (1) 기록에 의하면, 원고가 건설한 복합화력발전설비는 LNG(액화천연가스)를 연소시켜 발생한 화력으로 가스터빈을 돌려 1차로 전기를 생산하고, 가스터빈을 돌리고 나온 500℃ 이상의 배기열을 이용하여 증기를 발생시킨 후 다시 이를 이용하여 증기터빈을 돌려 2차로 전기를 생산하는 방식으로 설계 및 설치된 사실, 이 사건 발전설비 중 배열회수보일러는 가스터빈에서 나온 배기열을 이용하여 증기를 생산하는 설비이고, 증기터빈은 배열회수보일러에서 생산된 증기를 이용하여 전기를 생산하는 설비인 사실, 이 사건 발전설비를 설치·가동함으로써 원래의 가스터빈만을 구동할 때보다 전체적으로 열효율이 증가하는 사실을 알 수 있다.
 (2) 개정 전후 조특법 시행규칙 각 별표에 규정된 ‘폐열’이란 단순히 쓸모가 없어 버려야 하는 열이 아니라 ‘다른 공정에서 특정목적을 수행한 후 남은 열’을 의미한다고 봄이 상당하므로, 원고의 복합화력발전설비에서 1차로 가스터빈을 이용하여 전기를 생산한 후 발생된 배기열은 이러한 ‘폐열’에 해당한다고 보아야 할 것이고, 이는 복합화력발전시설이 1차 발전 후 배출되는 증기를 이용하여 2차 발전을 하는 시설 전체를 가리킨다고 하더라도 달리 볼 수 없다.
 (3) 구 에너지이용 합리화법(2006. 3. 3. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제2조나 구 에너지기본법(2010. 1. 13. 법률 제9931호로 개정되기 전의 것) 제2조에 의하면, 에너지를 사용하는 공장·사업장 등의 시설이나 에너지를 전환하여 사용하는 시설을 ‘에너지사용시설’이라 하고, 에너지를 생산·전환·수송 또는 저장하기 위하여 설치하는 설비를 ‘에너지공급설비’라고 하여 이를 구별하고 있으나, 개정 전 조특법 시행규칙 [별표 3]은 ‘각종 열설비 또는 생산공정에서 폐기·방출되는 폐열 또는 폐가스를 이용하는 설비’ 등을 ‘폐열 및 폐가스 이용설비’로 규정하고 있고[2. 다. (11)], 개정 후 조특법 시행규칙 [별표 8의5]는 ‘연소폐열·공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기·온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비’, ‘기타 폐기되는 자원을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비’ 등을 ‘폐기에너지회수설비’라 하여 ‘에너지이용시설’의 하나로 규정하고 있는 점[1. 나. (1) (가)]에 비추어, 에너지를 발생시키는 설비라 하더라도 그것이 생산공정에서의 폐열을 이용하는 설비나 폐기에너지회수설비에 해당하면 이를 개정 전 조특법 시행규칙 [별표 3]의 ‘폐열 및 폐가스 이용설비’나 개정 후 조특법 시행규칙 [별표 8의5]의 ‘에너지이용시설’로 보지 않을 수 없으므로, 이 사건 발전설비는 전기를 발생시키는 시설이기는 하지만 위 각 별표 규정의 ‘폐열 및 폐가스 이용설비’ 내지 ‘에너지이용시설’에 해당될 수 있다.
 (4) 나아가 이 사건 발전설비가 처음부터 에너지 발전을 목적으로 하되 발전과정에서의 열효율 제고를 염두에 두고 1차 전기생산시설인 가스터빈과 결합된 사실상 단일설비형태로 설계된 것이라고 하더라도, 단순화력발전의 경우 가스터빈에서 나온 배기열은 그대로 폐기되는 점, 이 사건 발전설비와 가스터빈을 구동하여 전기를 생산하는 발전설비는 그 시설과 기능 면에서 분리되거나 순차적인 설치도 가능한 점, 만일 가스터빈 발전설비만을 설치하여 발전하고 배출되는 폐열을 그대로 폐기하다가 그러한 폐열을 이용하기 위하여 증기터빈 발전설비에 부가하여 증설한 경우에는 개정 전후 조특법상의 에너지절약시설에 해당하여 세액공제의 대상으로 보면서도, 애초부터 가스터빈과 증기터빈을 함께 설계하여 설치하는 경우에는 세액공제의 대상이 될 수 없다고 해석한다면 이는 형평에 반하여 부당한 결과가 초래되는 점 등의 사정을 참작하면, 이 사건 발전설비 부분을 가스터빈 발전설비 부분과 따로 떼어 별도로 위 각 별표 규정의 ‘폐열 및 폐가스 이용설비’ 내지 ‘에너지이용시설’로 봄이 상당하다.
 (5) 한편, 개정 후 조특법 제2조 제3항은 업종의 분류는 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르도록 규정하고 있고, 한국표준산업분류에 의하면 ‘화력, 원자력, 수력, 풍력, 태양력, 조력 및 기타 에너지원으로 발전설비를 이용하여 전기를 직접 생산하는 사업체의 산업활동’을 ‘발전업’으로 분류하고 있으므로, 1차로 가스터빈에서 전기를 생산 후 발생된 배기열을 이용하여 다시 2차로 전기를 생산하는 이 사건 발전설비는 ‘산업’ 부문에 속하는 시설이라고 보아야 할 것이다.
 라. 그렇다면 이 사건 발전설비는 개정 전후 조특법 시행규칙 각 별표의 에너지절약시설에 해당한다고 할 것임에도, 원심은 이와 달리 판단하고 말았으니, 이러한 원심의 판단에는 에너지절약시설의 해석에 관한 법리 등을 오해함으로써 판결결과에 영향을 미친 잘못이 있다고 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
 2. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 민일영(재판장) 이인복 박보영(주심) 김신

甲 주식회사는 자신이 건설한 복합화력발전설비가 에너지절약시설에 해당하므로 투자금액의 일부를 법인세에서 공제받을 수 있을 것으로 보아 그 투자세액을 공제하여 법인세를 신고·납부하였으나 과세관청이 구 조세특례제한법 시행규칙 제13조의2 [별표 8의5] 제1호 (나)목을 甲 회사에 적용할 수 없다는 등의 이유로 甲 회사에 법인세 부과처분을 한 사안에서, 위 발전설비는 위 규정상의 에너지절약시설에 해당한다고 한 사례