법인세경정거부처분취소[구 조세특례제한법상 생산성향상시설 투자세액공제 대상 투자금인지 문제된 사건] (세무, 대법원)
공포일: 2025.08.14 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 한국수력원자력 주식회사 (소송대리인 변호사 조성권 외 4인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 경주세무서장 (소송대리인 법무법인 제연 담당변호사 안수영 외 1인)
【원심판결】 대구고법 2025. 1. 10. 선고 2023누12751 판결 
【주 문】
 상고를 모두 기각한다. 상고비용 중 원고의 상고로 인한 부분은 원고가, 피고의 상고로 인한 부분은 피고가 각 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 가. 원고는 2001. 4. 2. 한국전력공사로부터 분할·설립되어 2015. 7. 24. 상업운전을 시작한 신월성 2호기 등 총 24기의 원자력발전소와 청평 3호기 등 총 37기의 수력발전소를 운영하고 있다.
 나. 원고는 2019. 7. 12. 피고에게 신고리 3호기 및 4호기, 신한울 1호기 및 2호기, 신월성 2호기, 청평수력발전소 3호기 발전설비 건설 등과 관련된 생산성향상시설 및 에너지절약시설 투자금액에 대하여 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 등에 따른 세액공제를 받지 못하였다는 등의 이유로, 2014 사업연도 법인세 18,129,078,615원 및 2015 사업연도 법인세 64,264,055,095원 합계 82,393,133,710원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
 다. 피고는 2019. 12. 27. 원고의 경정청구 중 ① 공제대상 자산에 해당하지 않는 격납용기, 공기조화설비, 기타 전기계통, 변수감시계통, 냉난방설비, 공조설비 등 안전 및 폐기물 처리시설 부분, ② 신월성 2호기가 아닌 신월성 1호기의 취득원가에 해당하는 부분, ③ 신월성 2호기의 건설자금이자, 시운전비, 건설소비 등 부분에 해당하는 금액(이하 ③항에 해당하는 비용을 ‘이 사건 투자금액’이라 한다. 그 구체적인 명세는 원심판결의 해당 부분과 같다)의 세액공제를 부인하고 나머지 부분만 받아들여, 원고에게 2014 사업연도 법인세 17,567,432,715원 및 2015 사업연도 법인세 41,344,333,492원 합계 58,911,766,207원을 환급하고, 나머지 2014 사업연도 법인세 561,645,900원(세액공제 미해당시설 투자금액에 대한 세액) 및 2015 사업연도 법인세 22,919,721,603원(세액공제 미해당시설 투자금액에 대한 세액 10,504,540,302원 및 이 사건 투자금액에 대한 세액 12,415,181,301원) 합계 23,481,367,503원의 환급을 거부하였다(이하 2015 사업연도 법인세 22,919,721,603원의 경정거부처분 중 이 사건 투자금액에 대한 세액 부분 12,415,181,301원의 경정거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 2. 관련 법리 및 판단
 가. 구 조세특례제한법 제24조 제1항(이하 ‘이 사건 세액공제 조항’이라 한다)은 "내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설(이하 ‘생산성향상시설’이라 한다)에 2017. 12. 31.까지 투자하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다."라고 규정하고 있다.
 이 사건 세액공제 조항에 따른 생산성향상시설 투자세액 공제제도는, 내국인이 생산성향상시설에 투자하는 경우 투자금액의 일부를 세액공제함으로써 생산성향상시설에 대한 기업의 투자를 촉진하여 기업의 생산성 및 경쟁력을 제고하고자 하는 데 그 취지가 있다. 이는 정책적 목적을 위하여 상당한 특혜를 주는 제도이므로 그 목적에 부합하는 범위에서 제한적으로 적용되어야 한다. 그러므로 생산성향상시설의 취득에 직접적으로 대응하여 지출된 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 하고, 단지 취득 과정에 부수적으로 수반하여 지출된 비용이거나 취득에 간접적으로만 기여하는 비용은 이 사건 세액공제 조항에서의 투자금액에 포함되지 않는다고 보아야 한다. 그리고 이 사건 세액공제 조항이 정한 투자세액공제 대상인 투자금액에 해당하는지 여부는, 주장되는 지출이 생산성향상시설에 속하는 자산의 취득을 위한 의도에서 이루어진 것이었는지, 이러한 지출이 자산의 취득을 위해 필수적으로 요구됨에 따라 만일 그와 같은 지출이 없었더라면 생산성향상시설에 속하는 자산을 취득하는 것이 곤란하였는지, 해당 지출이 신뢰성과 정확성이 구비된 계약서, 회계자료 등의 기초자료를 토대로 다른 목적의 지출과 객관적으로 구분되고 그 구분 기준이 합리적인지 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. 
 나. 원심은, 신월성 2호기는 자동화설비 및 마이크로프로세서 기반의 제어설비를 통하여 원자력 발전을 하도록 설계되어 있으므로, 신월성 2호기 중 발전시설인 원자로설비, 터빈발전기 등의 기계장치(이하 ‘이 사건 자동화 시설’이라 한다)는 이 사건 세액공제 조항이 정한 생산성향상시설에 해당한다고 전제하면서, 나아가 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항 제2호는 자산의 취득가액과 관련하여 ‘내국법인이 제작에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 제작원가에 부대비용을 더한 금액’으로 규정하고 있기는 하나, 구 조세특례제한법은 특정분야에 대한 세제지원을 통해 국가정책목적을 달성하고자 하는 법률로서 구 법인세법과는 입법 목적이 달라, 두 법률 중 어느 하나에서의 특정 용어가 다른 법률에서의 유사 개념과 동일한 의미라고 따로 명시되어 있지 아니한 이상, 서로 다른 기준과 목적에 따른 두 법률의 유사 개념을 일치되게 해석할 필요가 없다는 등 판시와 같은 이유로, 이 사건 세액공제 조항에 따라 세액공제 대상이 되는 투자금액은 생산성향상시설의 취득에 직접적으로 대응하여 지출된 비용에 한정된다는 취지로 판단하였다. 그런 다음, 원고가 지출한 건설자금이자 및 시운전비 가운데 이 사건 자동화 시설에 대응하는 각 해당 판시 부분은 이 사건 세액공제 조항 대상인 투자금액에 해당하지만, 나머지 부분과 그 밖의 이 사건 투자금액은 이 사건 세액공제 조항에서의 투자금액에 해당하지 않는다고 보아, 이 사건 처분 중 세액공제액 6,974,554,696원에 해당하는 부분은 위법하고 나머지 부분은 적법하다고 판단하였다.
 다. 원심판결 이유를 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 원고와 피고가 상고이유로 주장하는 바와 같이 필요한 심리를 다하지 아니한 채 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 구 조세특례제한법상 생산성향상시설 투자세액공제의 대상이 되는 ‘투자금액’의 범위 및 경정거부처분 취소소송에서의 증명책임 등에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 
 3. 결론
 상고를 모두 기각하고 상고비용 중 원고의 상고로 인한 부분은 원고가, 피고의 상고로 인한 부분은 피고가 각 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 노경필(재판장) 이흥구(주심) 오석준 이숙연

[1] 구 조세특례제한법 제24조 제1항에 따른 생산성향상시설 투자세액 공제제도의 취지 / 위 조항이 정한 투자세액공제 대상인 투자금액의 범위 및 이에 해당하는지 판단하는 기준

 [2] 원자력발전소 등을 운영하고 있는 甲 주식회사가 자동화설비 및 마이크로프로세서 기반의 제어설비를 통하여 원자력 발전을 하는 발전설비를 건설하며 지출한 건설자금이자, 시운전비 등이 구 조세특례제한법상 생산성향상시설 투자세액공제 대상이 되는 투자금액에 해당한다는 이유로 법인세 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 관할 세무서장이 이를 거부한 사안에서, 甲 회사가 지출한 금액 중 자동화 시설인 원자로설비, 터빈발전기 등의 기계장치에 대응하는 부분만 같은 법 제24조 제1항 대상인 투자금액에 해당한다고 본 원심판결을 수긍한 사례

[1] 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항에 따른 생산성향상시설 투자세액 공제제도는, 내국인이 생산성향상시설에 투자하는 경우 투자금액의 일부를 세액공제함으로써 생산성향상시설에 대한 기업의 투자를 촉진하여 기업의 생산성 및 경쟁력을 제고하고자 하는 데 그 취지가 있다. 이는 정책적 목적을 위하여 상당한 특혜를 주는 제도이므로 그 목적에 부합하는 범위에서 제한적으로 적용되어야 한다. 그러므로 생산성향상시설의 취득에 직접적으로 대응하여 지출된 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 하고, 단지 취득 과정에 부수적으로 수반하여 지출된 비용이거나 취득에 간접적으로만 기여하는 비용은 위 조항에서의 투자금액에 포함되지 않는다고 보아야 한다. 그리고 위 조항이 정한 투자세액공제 대상인 투자금액에 해당하는지는, 주장되는 지출이 생산성향상시설에 속하는 자산의 취득을 위한 의도에서 이루어진 것이었는지, 이러한 지출이 자산의 취득을 위해 필수적으로 요구됨에 따라 만일 그와 같은 지출이 없었더라면 생산성향상시설에 속하는 자산을 취득하는 것이 곤란하였는지, 해당 지출이 신뢰성과 정확성이 구비된 계약서, 회계자료 등의 기초자료를 토대로 다른 목적의 지출과 객관적으로 구분되고 그 구분 기준이 합리적인지 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

 [2] 원자력발전소 등을 운영하고 있는 甲 주식회사가 자동화설비 및 마이크로프로세서 기반의 제어설비를 통하여 원자력 발전을 하는 발전설비를 건설하며 지출한 건설자금이자, 시운전비 등이 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 생산성향상시설 투자세액공제 대상이 되는 투자금액에 해당한다는 이유로 법인세 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 관할 세무서장이 이를 거부한 사안에서, 해당 발전설비 중 발전시설인 원자로설비, 터빈발전기 등의 기계장치(이하 ‘자동화 시설’이라 한다)는 생산성향상시설에 해당하고, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항 제2호에서 자산의 취득가액을 ‘내국법인이 제작에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 제작원가에 부대비용을 더한 금액’으로 규정하고 있으나, 서로 다른 기준과 목적에 따른 두 법률의 유사 개념을 일치되게 해석할 필요가 없어 구 조세특례제한법 제24조 제1항에 따라 세액공제 대상이 되는 투자금액은 생산성향상시설의 취득에 직접적으로 대응하여 지출된 비용에 한정된다는 이유로 甲 회사가 지출한 금액 중 자동화 시설에 대응하는 부분만 위 조항 대상인 투자금액에 해당한다고 본 원심판결을 수긍한 사례.