등록세등부과처분취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2005.01.13 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
등록면허세
【주문】
1. 피고가 원고에 대하여 한 2008. 3. 13.자 농어촌특별세 221,608,580원, 2008. 3. 31.자 농어촌특별세 79,308,800원의 각 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 고등교육 등을 목적으로 설립된 학교법인으로서 용인시기흥구 서천동에경희대학교국제캠퍼스를 운영하고 있는데, 학생들의 기숙사로 사용할 목적으로 용인시기흥구 서천동 1 외 124필지위에 지하2층, 지상 10층 규모(18,482.86㎡)의 에이동과 지하 2층, 지상 13층 규모(23,057.1㎡)의 비동 두 개 건물(이하 위 두 개 건물을 ‘이 사건 기숙사’라 한다)을 신축한 다음 2007. 12. 4. 용인시장으로부터 사용승인을 받았다.
나. 원고는 2008. 1. 30. 이 사건 기숙사가 고등교육법에 의한 학교의 기숙사용 부동산이라는 이유로지방세법 제272조 제6항에 의한 비과세 신청을 하여 피고로부터 취득세 및 등록세를 비과세 받았다.
다. 이후 피고는 원고에 대하여 2008. 3. 13. 이 사건 기숙사의 취득세 관련 농어촌특별세 221,608,580원의 부과처분을 하였고, 2008. 3. 31. 이 사건 기숙사의 등록세 관련 농어촌특별세 79,308,800원의 부과처분을 하였다(이하 위 각 농어촌특별세 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

경희대학교국제캠퍼스는 기숙대학을 실현하기 위하여 1학년 학생들 전원을 상대로 기숙교육 프로그램을 실시하고 있어 이 사건 기숙사는 학생들의 단순한 주거공간이 아니라, 위 기숙교육 프로그램에 필수적인 교육시설로서, 이 사건 기숙사의 취득에 대하여지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제2호,농어촌특별세법 제4조 제12호, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 의하여 농어촌특별세가 면제되어야 함에도 이를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계법령

농어촌특별세법

제2조 (정의)

① 이 법에서 "감면"이라 함은 조세특례제한법·관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제

제3조 (납세의무자)

다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

제4조 (비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

농어촌특별세법 시행령

제4조 (비과세)

⑥ 법 제4조 제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.
5.「지방세법」 제106조 제2항, 제107조 제1호·제2호 및 제5호, 제109조, 제126조 제2항, 제127조 제1항 제1호 내지 제3호, 제127조의2 제2항, 제266조 제2항(「농어촌정비법」에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물에 한한다), 제268조의2, 제269조 제5항, 제270조 제1항·제4항, 제271조 제3항, 제272조 제1항·제2항·제5항, 제274조, 제275조, 제278조 제1항, 제282조, 제284조 제1항(「항공법」에 의하여 면허를 받은 정기항공운송사업에 직접 사용하기 위하여 2002년 12월 31일까지 취득하는 항공기에 한한다), 제287조, 제288조 제1항·제2항 및 제4항, 제289조 제4항·제6항 및 동법 시행령 제96조 제3호 및 제5호의 규정에 의한 감면

지방세법

제107조 (용도구분에 의한 비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.
1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

2. 대통령령이 정하는 마을회등 주민공동체의 주민공동소유를 위한 부동산 및 선박의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.
1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제272조 (사회교육시설 등에 대한 감면)

⑥「고등교육법」제2조 제1호 내지 제5호의 규정에 의하여 설립된 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 당해 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세·공동시설세 및 사업소세를 면제한다. 다만, 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
지방세법 시행령

제79조 (비영리사업자의 범위)

①법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.
1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

고등교육법

제2조 (학교의 종류)

고등교육을 실시하기 위하여 다음 각호의 학교를 둔다.
1. 대학

다. 판단

지방세법 제272조 제6항은 대학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고,지방세법 제107조 제1호와같은 법 제127조 제1항 제1호는 대학교가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세 하도록 규정하고 있으며, 한편,농어촌특별세법 제3조 제1호는 지방세법에 의하여 취득세 및 등록세가 감면되는 자도 원칙적으로 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다는 취지로 규정하고 있고,농어촌특별세법 제4조 제12호,같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호는 예외적으로지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 의한 취득세 및 등록세 감면의 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다.
살피건대, 갑 제5호증, 갑 제7호증의 1 내지 3, 갑 제8호증의 1 내지 3, 갑 제9호증의 1 내지 7, 갑 제10호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하면, 원고는 경희대학교 국제캠퍼스 부지 내에 이 사건 기숙사를 신축하였던 사실,경희대학교는 이 사건 기숙사를 신축한 다음 2008년 신입생을 대상으로 기숙교육 프로그램을 실시하였는데, 위 프로그램에는 외국어능력향상 프로그램, 리더쉽·인성교육 프로그램, 문화예술·체육교육 프로그램으로 구성되어 있고, 1학년 재학생 거의 대부분이 기숙사에서 1년 동안 생활하도록 하면서 위 프로그램 중에서 4학점을 이수하도록 한 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 기숙사는 학생들의 주거와 후생복지를 위한 시설일 뿐만 아니라 기숙교육 프로그램을 실시하는 데 있어 필수적인 시설이라 할 것이므로, 학교의 교육사업 수행에 사용되고 있다고 봄이 상당하다.
따라서, 이 사건 기숙사는　 원고가 수행하는 교육사업에 사용되는 시설이라 할 것이므로,지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제2호에 의하여 취득세와 등록세가 감면되는 경우에 해당하고, 농어촌특별세도 비과세대상이라 할 것이어서, 피고가 원고의 이 사건 기숙사 취득과 관련하여 농어촌특별세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

지방세법 제138조 제1항 제1호와 제3호에서 규정하는 ‘법인의 설립’은 민법 제33조, 상법 제171조 제1항, 제172조 등과 같이 ‘설립등기에 의한 설립’을 뜻하는 것으로 해석하여야 하는데 설립등기를 마친 후 휴면상태에 있어 해산된 법인의 주식 전부를 제3자가 매수한 다음 법인의 임원 등을 변경하였다 하여 이를 ‘법인의 설립’에 해당한다고 볼 수는 없다. 따라서 새로운 법인이 설립되었음을 전제로 한 부과처분은 적법한 근거 없이 행해진 것으로 위법하다.