법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2012.09.07 / 시행일:

【원 고】 수산업협동조합중앙회 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강성모)
【피 고】 송파세무서장
【변론종결】2012. 8. 24.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2010. 6. 1. 원고에 대하여 한 별지 과세처분목록 과세처분액란 기재 각 법인세 부과처분 중 정당세액란 기재 각 세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 1964. 4. 1. 지역별 수산업협동조합(이하 ‘회원조합’이라 한다)이 출자하여 설립한 비영리내국법인이다.
 나. 원고는 2004 내지 2008 사업연도 중 강진군수산업협동조합 등 44개 회원조합에 365일 운영되는 현금자동인출기 코너(이하 ‘365코너’라 한다) 설치비 37억 원(이하 ‘이 사건 설치비’라 한다)을 무이자로 대여하면서(이하 ‘이 사건 대여거래’라 한다) 전산장비지원대출금으로 회계처리하고, 2003 내지 2008 사업연도에 장기보험계약을 체결하면서 발생한 대리점 수수료 및 권유수당 등 사업비(이하 ‘신계약비’라 한다) 합계 34,462,000,000원을 지출한 사업연도의 비용으로 회계처리하여, 각 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
 다. 서울지방국세청은 2009. 9. 28.부터 2009. 10. 30.까지 원고에 대한 법인세 세무조사를 실시하고, 피고에게 아래 표 기재와 같은 경정사항이 포함된 세무조정 결과를 통보하였다.
구분 경정사항업무무관자산 등에 대한 지급이자 손금불산입 이 사건 설치비는 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 해당하므로, 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항 제4호 나목, 동 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조 제1항 등에 따른 업무무관자산 등에 대한 지급이자 손금불산입 규정을 적용하여 이 사건 설치비 상당의 차입금에 관한 지급이자 합계 717,134,425원을 손금불산입할 것가지급금 인정이자 익금산입 이 사건 대여거래는 조세의 부담을 부당히 감소시키는 것으로 인정되는 무상의 금전 대여거래에 해당하므로, 법인세법 제52조, 동 시행령 제88조 제1항 제6호 등에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 사건 대여거래에 따른 인정이자 합계 1,398,379,717원을 익금산입할 것신계약비 손금불산입 신계약비는 보험료 납입기간별로 안분하여 손금으로 처리하여야 하므로, 신계약비를 전액 손금불산입함과 아울러 보험료 납입기간별로 안분한 신계약비를 각 사업연도별로 자동추인하여 손금산입할 것 
 라. 피고는 위와 같은 경정사항 등을 반영하여 원고에 대하여 아래 표 기재와 같이 2차에 걸쳐 2005 내지 2008 사업연도 법인세를 증액경정·고지하였는데, 2005 및 2006 사업연도 법인세 과소신고가산세를 산정하면서 “각 사업연도별 손금추인된 신계약비는 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제76조 제1항 제2호, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제118조 제2항 소정의 ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’에 해당한다”는 이유로 신고한 과세표준에서 이를 공제하였다(2007. 1. 1.부터 가산세 규정이 국세기본법으로 통합되면서, 구 법인세법 및 동 시행령상 과소신고가산세 관련 조문이 모두 삭제되어 2007 및 2008 사업연도 법인세 과소신고가산세 산정시에는 위 조항을 적용하지 아니하였다).
사업연도최초신고1차증액경정 (2009. 11. 10.)2차증액경정 (2010. 6. 1.) 증액경정세액 총세액증액경정세액 총세액2005년122,200원 19,061,511원 19,183,711원 7,472,290원26,656,001원 2006년20,819,872,507원1,492,805,496원 22,312,678,003원992,802,954원23,305,480,957원2007년31,043,659,468원1,844,722,556원 32,888,382,024원218,526,500원33,106,908,524원2008년27,927,441,859원1,016,691,648원 28,944,133,507원389,804,977원29,333,938,484원
 마. 원고는 2010. 6. 30. 2차증액경정 처분에 불복하여 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2011. 11. 15. “2005 사업연도에 손금추인된 신계약비 중 2,786,024,965원은 2005 사업연도에 손금불산입된 신계약비 18,150,148,543원과 같은 사업연도에 지출된 금액이고, 2006 사업연도에 손금추인된 신계약비 중 2,747,379,725원은 2006 사업연도에 손금불산입된 신계약비 17,073,534,321원과 같은 사업연도에 지출된 금액이므로, 위 각 손금추인액은 손금불산입된 신계약비와 직접 대응하는 손금으로서 과소신고금액 산정시 차감하여야 함에도 이를 차감하지 아니하였다”는 이유로(이외에도 다수 재경정사유가 있으나, 이 사건과 관련이 없는 부분은 생략한다), 과세표준 및 세액에 대한 재경정결정을 하였다.
 바. 피고는 조세심판원 결정을 반영하여 2011. 12. 1. 원고에 대하여 아래 표 기재와 같이 3차감액경정결정(이하 감액경정되어 남은 2차증액경정 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
사업연도2차증액경정 (2010. 6. 1.)경정청구환급(주1) (2011. 6. 2.)3차감액경정 (2011. 12. 1.)이 사건 처분 증액경정세액 총세액 (A) 환급세액 (B) 감액경정세액 (C)감액경정 반영 후 총세액(=A+B+C)2005년7,472,290원26,656,001원 ？-3,830,861원 22,825,140원 2006년992,802,954원23,305,480,957원？-534,043,983원 22,771,436,974원2007년218,526,500원33,106,908,524원-1,910,631,340원-42,252,879원31,154,024,302원(주2)2008년389,804,977원29,333,938,484원？-226,622,591원 29,107,315,893원
(주1) 이 사건과 무관하게 원고가 2011. 3. 31. 경정청구하여 2011. 6. 2. 환급받은 세액이다.
(주2) 계산상 31,154,024,305원이나 2011. 6. 2. 경정청구 환급시 발생한 단수차이로 3원의 차이가 난다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 지급이자 손금불산입 및 가지급금 인정이자
 (가) 비영리내국법인은 수익사업에 한하여 법인세 납세의무를 부담하는데, 이 사건 대여거래는 회원조합의 365코너 설치 지원을 목적으로 한 고유목적사업에 해당하므로, 법인세 과세대상거래에 해당하지 아니한다. 따라서 법인세 과세대상거래에 해당함을 전제로 지급이자 손금불산입이나 가지급금 인정이자를 적용할 수 없다.
 (나) 이 사건 설치비 지원은 원고의 수익창출에 기여하였으므로, 업무관련성이 없다고 볼 수 없다. 따라서 업무관련성이 없음을 전제로 지급이자 손금불산입을 적용할 수 없다.
 (다) 원고는 회원조합을 지원하기 위하여 설립된 비영리내국법인인 점, 회원조합은 이 사건 대여거래 당시 365코너 설치비를 조달할 수 없었던 점, 365코너 설치로 원고의 수익창출에 직·간접적으로 기여한 점 등을 고려할 때, 이 사건 대여거래는 일반적인 상관행 내지 건전한 사회통념에 비추어 경제적 합리성을 결여하였다고 볼 수 없다. 따라서 경제적 합리성이 결여되었음을 전제로 한 가지급금 인정이자를 적용할 수 없다.
 (2) 과소신고가산세
 (가) 신고한 과세표준에서 공제되는 구 법인세법 시행령 제118조 제2항 소정의 ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’은 당초 신고시 익금에 포함시키거나 손금에 제외시킨 금액을 말하는 것인데, 손금추인된 신계약비는 당초 신고한 과세표준에 해당하지 아니하므로, 이를 적용할 수 없다.
 (나) 구 법인세법 시행령 제118조 제2항을 적용한다 하더라도, 손금추인된 신계약비는 당해 사업연도의 익금과 직접 대응하는 손금이므로, 구 법인세법 시행령 제118조 제3항에 따라 과소신고소득금액에서 공제하여야 한다.
 나. 관계법령
별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 인정사실
 (1) 원고의 조직
 (가) 원고는 지도사업, 경제사업, 신용사업, 상호금융사업, 공제사업, 관리로 구분하여 각 사업별(관리 제외) 독립회계로 운영하고 있다.
 (나) 상호금융사업은 회원조합이 예치한 상환준비금과 여유자금을 운영·관리하는 업무를 수행하는 수익사업부문인데, 회원조합이 예치한 상환준비금에 대하여 연 4.8%에서 연 6.6%까지 이자를 지급하고 있다.
 (2) 이 사건 설치비 대여 경위
 (가) 회원조합은 2003. 10.경 원고에게 주5일 근무제 도입에 따른 365코너 설치비 지원을 요청하였다.
 (나) 원고는 2003. 12. 17. 다음과 같은 내용의 365코너 설치비 지원 지침을 제정하여 회원조합에 통보하고, 2004 내지 2008 사업연도 중 강진군수산업협동조합 등 44개 회원조합에 상호금융사업의 자금을 동원하여 365코너 설치비를 무이자로 대여하였다.
 1. 목적 2004. 7. 상호금융부문 주5일제 시행을 대비하고 고객에 대한 금융편의 제공 및 상호금융 경쟁력 강화를 위하여 회원조합의 365코너 설치비 지원에 따른 융자업무취급에 관한 사무를 원활하게 처리하기 위하여 필요한 사항을 정함을 목적으로 함 2. 지원대상 ○ 대상점포: 365코너 미설치 점포 중에서 회원조합에서 설지지원을 요청하는 점포 3. 지원방법 ○ 지원한도: 점포당 5,000만 원 이내(고정자산투자비용에 한함) ○ 대출형식: 어음대출 ○ 지원재원: 상호금융특별회계자금(상환준비예치금) ○ 지원금리: 무이자 지원 ○ 지원성격: 회원조합 지원하는 금융시설성 자금 4. 회계처리방법 ○ 중앙회(상호금융특별회계) 〈차변〉 전산장비지원대출금 XXXXX 〈대변〉 환결제자금 XXXXX ○ 회원조합 〈차변〉 업무용고정자산 등 XXXXX 〈대변〉 전산장비지원차입금 XXXXX
 (다) 365코너 설치비 지원 검토의견서(을 제12호증)에 의하면, “상호금융사업에서 보조성격의 무이자 자금을 직접 지원하는 경우 그 비용을 자금예치조합의 기대수익에서 충당하게 되므로, 수익사업인 상호금융사업의 수익자부담원칙이 훼손되어 회원조합간 갈등과 원고의 불신요인으로 작용할 소지가 크다”는 문제점이 지적되어 있다.
 (3) 원고 정관의 주요 내용
제5조(조직 등)① 본회의 조직은 다음 각 호의 사업부문으로 구분하되, 신용사업부문에 관한 조직은 독립사업부제로 운영한다. 1. 지도사업부문: 제6조 제1항 제1호, 제11호, 제12호의 사업(그 외의 사업 중 이와 관련되는 사업 또는 그 부대사업을 포함하며, 이하 제2호부터 제5호까지의 사업부문도 이와 같다) 2. 경제사업부문: 제6조 제1항 제2호의 사업 3. 신용사업부문: 제6조 제1항 제3호의 사업 4. 상호금융사업: 제6조 제1항 제4호 및 제14호의 사업 중 신용협동조합법 제95조 제2항에 따른 사업 5. 공제사업부문: 제6조 제1항 제5, 6호 및 제14호에 따른 어선원및어선재해보상보험법에 따라 본회에 위탁된 보험사업 6. 관리부문: 제1호부터 제5호까지의 사업을 공통적으로 지원·관리하는 부분제6조(사업) ① 본회는 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 전부 또는 일부를 수행한다. 1. 교육·지원사업 라. 회원과 그 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축, 정보화교육 및 보급 등을 위한 사업 4. 회원의 상환준비금과 여유자금의 운영·관리 제80조(독립회계의 설치·운영)① 본회는 제5조 제1항 제1호부터 제5호까지의 각 사업부문별로 독립회계를 설치 운영하고, 제67조 제2항 및 제3항의 규정에 따른 사업전담 대표이사 소관 경영실적을 공시하여야 한다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 7호증(가지번호 포함), 을 제12, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 (1) 지급이자 손금불산입 및 가지급금 인정이자
 (가) 법인세 과세대상인 거래인지에 관하여
 ① 법인세법 제3조 제1, 3항은 “비영리내국법인은 수익사업에 따른 소득에 한하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세 납세의무가 있다”고 규정하면서, 동 시행령 제2조 제1항은 수익사업의 범위에 관하여 “통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다”고 규정하고 일부 제외되는 사업의 종류를 각 호에서 열거하고 있으며, 법인세법 제113조 제1항은 “비영리내국법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다”고 규정하고 있다.
한편, 법인세법 시행령 제56조 제5항은 비영리내국법인이 수행하는 고유목적사업에 관하여 “당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업”이라고 정의하면서, 법인세법 제29조 제1항은 “비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다”고, 제3항은 “제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때 등의 사유가 있는 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다”고, 제6항은 “제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치·보관하고 이를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다”고 각 규정하고 있다. 또한 비영리내국법인의 구분경리 방법을 규정한 법인세법 시행규칙 제76조 제3항은 “비영리내국법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다”고, 제4항은 “비영리내국법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다”고 각 규정하고 있다.
 ② 돌이켜 이 사건을 보건대, 원고는 회원조합에 365코너 설치를 지원하기 위하여 이 사건 설치비를 대여하였는데, 이는 수산업협동조합법(2010. 4. 12. 법률 제10245호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제1호 라목 및 조합정관 제6조 제1항 제1호 라목에 정한 ‘회원과 그 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축사업’에 해당하므로, 고유목적사업의 일환으로 행해진 것으로 볼 수 있다.
그러나 ㉠ 위 관계법령에 따르면, 비영리내국법인은 법인세 납세의무가 있는 수익사업과 법인세 납세의무가 면제되는 고유목적사업 등 기타의 사업으로 명확히 구분하여 회계처리를 하여야 하므로, 수익사업의 자산을 고유목적사업에 지출하였다면 수익사업의 자산 감소가 종국적으로 이루어진 것이므로 그 지출행위에 따른 손익(다만, 자산가액 중 수익사업의 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다)은 수익사업의 손익으로 인식하여야 하는 점(나아가 그 자산을 고유목적사업에 이용함으로써 어떤 손익이 창출되었다면 그 손익이 고유목적사업의 손익에 해당하여 법인세가 과세되지 않을 뿐이다), ㉡ 다만 수익사업의 자산을 아무런 대가를 받지 아니하고 고유목적사업에 지출한다면 수익사업에서 손실이 발생하게 되고, 이러한 손실은 수익사업과 업무 관련성이 없으므로, 수익사업의 손금으로 인정받지 못하게 되는데, 이를 방지하기 위하여 법인세법은 수익사업의 자산을 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정한 한도 내에서 수익사업의 손금으로 인정하는 규정을 별도로 두고 있는 점, ㉢ 수익사업의 자산을 고유목적사업에 지출함으로써 발생하는 손익이 수익사업의 손익에 해당한다면, 법인세가 과세되고, 또한 그 지출행위도 법인세 과세대상거래에 해당할 수밖에 없는 점, ㉣ 더욱이 원고는 수익사업의 자산인 이 사건 설치비를 대여하였을 뿐 고유목적사업에 종국적으로 지출하였다고 볼 수 없으므로, 여전히 수익사업의 자산으로 관리하여야 하고, 대여행위에 따른 손익은 수익사업의 손익으로 인식할 수밖에 없는 점(원고도 이 사건 설치비를 상호금융사업의 자산인 전산장비지원대출금으로 회계처리하였고, 만약 이자조건부로 대여하였다면 그 이자수익은 상호금융사업의 수익으로 인식하였을 것이다) 등을 고려할 때, 이 사건 대여거래는 법인세 과세대상거래에 해당한다.
 (나) 업무관련성에 관하여
 ① 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목은 “특수관계자에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·보유하고 있는 때에는 그 법인이 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입하지 아니한다”고, 동 시행령 제53조 제1항은 “법 제28조 제1항 제4호 나목에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(‘제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관’ 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다”고, 제61조 제2항 제7호는 ‘원고’를 각 규정하고 있다. 
 ② 돌이켜 이 사건을 보건대, ㉠ 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단되어야 하고(대법원 2007. 10. 25. 선고 2006두11125 판결 등 참조), 법령상으로도 원고와 같은 금융기관은 ‘주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액’도 업무관련성이 없는 가지급금으로 규정하여 업무관련성의 범위를 제한하고 있는 점, ㉡ 원고는 회원조합에 수익사업으로 운영 중인 상호금융사업의 재원으로 이 사건 설치비를 대여하였는데, 상호금융사업은 회원의 상환준비금 및 여유자금의 운영·관리를 주된 수익사업으로 하는 반면에, 이 사건 대여거래는 ‘회원과 그 조합원의 사업 및 생활개선을 위한 정보망의 구축사업’이라는 고유목적사업의 일환으로 이루어진 점, ㉢ 365코너 설치로 원고에게 직·간접적인 이익이 발생한다 하더라도 주된 목적은 365코너 설치 지원이지 상호금융사업의 수익 창출이라고 볼 수 없는 점 등을 고려할 때, 이 사건 설치비는 ‘주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액’으로 봄이 타당하므로, 업무무관 가지급금에 해당한다.
 (다) 경제적 합리성에 관하여
 ① 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 법인세법 제52조에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계에 있는 자와의 거래가 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것으로 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조).
 ② 돌이켜 이 사건을 보건대, ㉠ 비영리법인은 수익사업과 고유목적사업을 분리하여 회계처리를 하여야 하고, 고유목적사업에 사용하더라도 고유목적사업준비금으로 계상하는 등 일정 요건을 충족하는 경우에 한하여 수익사업의 손금으로 인정받을 수 있는데, 이와 같이 수익사업과 고유목적사업을 엄격히 구분 관리하는 이유는 수익사업과 고유목적사업 간 자산의 이전 등의 행위를 조세회피의 수단으로 악용하는 것을 방지하고, 동종의 수익사업을 영위하는 다른 영리법인과 조세의 공평을 기할 필요가 있기 때문인 점, ㉡ 원고는 회원조합에게 고유목적사업의 자금으로 대여하는 거래 형식을 취하였다면 부당행위계산 부인 규정을 적용받지 않을 수 있었음에도, 수익사업의 자금을 고유목적사업의 자금으로 이전하는 법령상 절차를 거치지 아니하고 수익사업의 자금을 직접 대여하는 비정상적인 거래 형식을 취한 점, ㉢ 이와 같은 거래 형식을 고유목적사업의 일환으로 이루어진 거래의 특수성을 감안하여 정상적인 거래로 본다면, 수익사업과 고유목적사업을 엄격히 구분 관리하는 법인세법 규정의 취지에도 부합하지 아니하고 이를 악용하여 수익사업의 소득에 대한 법인세를 잠탈할 소지도 있는 점, ㉣ 상호금융사업은 회원조합이 예치한 상환준비금을 운영하면서 회원조합에 상환준비금에 대한 이자(연 4.8%~연 6.6%)를 지급하고 있음에도, 일부 회원조합에게만 상환예치금 운용으로 발생한 이 사건 설치비를 무이자로 대여한 점, ㉤ 365코너 설치로 원고에게 직·간접적인 이익이 발생한다 하더라도, 그 이익은 무이자로 대여하면서 포기한 기대이익에 비하여 미미한 점, ㉥ 원고도 이 사건 설치비 대여를 검토하면서, “상호금융사업에서 보조성격의 무이자 자금을 직접 지원하는 경우 그 비용을 자금예치조합의 기대수익에서 충당하게 되므로, 수익사업인 상호금융사업의 수익자부담원칙이 훼손되어 회원조합간 갈등과 원고의 불신요인으로 작용할 소지가 크다”는 검토의견을 밝힌 점 등을 고려할 때, 이 사건 대여거래는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없다고 봄이 상당하다.
 (2) 과소신고가산세
 (가) 구 법인세법 시행령 제118조 제2항의 적용에 관하여
 ① 구 법인세법 제76조 제1항 제2호는 신고하여야 할 과세표준금액에 미달하게 신고한 경우 그에 대한 제재로 과소신고가산세를 징수하도록 규정하면서, 동 시행령 제118조 제2항은 “법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 신고한 과세표준에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 한다”고 규정하고 있는바, 과소신고가산세 산정의 기준이 되는 신고한 과세표준 산정시 ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’을 공제하는 취지는 법인이 신고한 과세표준 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우 과세관청은 이를 조사하여 과세표준과 세액을 경정하는 처분을 하게 되고, 이 때 그 신고된 과세표준금액에 원래 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우 과세관청으로서는 당연히 이를 과세표준에서 제외하여 정당한 과세표준금액을 산정하게 되는데, 이 경우 신고한 과세표준금액에서 과세표준이 되지 아니하는 금액을 공제하지 아니한 채 과소신고소득금액을 산정하게 되면 실질적으로 과소신고한 과세표준금액에 대하여도 과소신고가 없는 것처럼 되어 성실신고의 유도라는 가산세 본래의 목적을 달성할 수 없기 때문이다(대법원 2005. 7. 29. 선고 2003두10282 판결 등 참조). 
위와 같은 입법취지에다가 법령상 ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’에 대하여 아무런 제한을 두지 않고 있음을 덧붙여 고려하면, 신고한 과세표준에 과세표준을 증가시키는 항목들과 과세표준을 감소시키는 항목들이 혼재하여 있을 때 과세표준을 증가시키는 항목들은 과세표준이 되지 아니하는 금액으로 보아 모두 공제하여 배제한 다음 순수하게 과세표준을 감소시키는 항목들만 반영하여 과소신고가산세 산정의 기준이 되는 신고 과세표준을 산정하는 것으로 해석함이 상당하다. 따라서 ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’에는 이월결손금, 비과세소득 등과 같이 과세표준에서 당연히 공제하여야 할 금액을 공제하지 아니하거나 각 사업연도 소득금액 산정시 익금으로 계상하지 말아야 할 금액을 계상하거나 손금으로 계상하여 할 금액을 계상하지 아니하는 등 과세표준을 증가시키는 항목들은 모두 포함된다고 보는 것이 타당하다.
 ② 이 사건의 경우 이전 사업연도에 손금불산입되었다가 보험료 납입기간별로 안분하여 2005 및 2006 사업연도에 손금추인된 신계약비도 ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’에 포함되는지 여부가 문제되는바, 손금추인된 신계약비도 당해 사업연도에 손금으로 계상하여야 하는 항목임에도 손금으로 계상하지 아니함으로써 신고한 과세표준을 증가시켰으므로(다만 원고가 손금으로 계상하지 아니하였기 때문에 피고가 정당한 과세표준금액을 산정하기 위하여 손금추인한 것에 불과하다), ‘과세표준이 되지 아니하는 금액’에 포함하여야 한다(국세청 서식 ‘과소신고소득 및 미달세액 계산서’에서도 신고한 과세표준의 공제항목으로 ‘자동추인’란이 별도로 마련되어 있다). 따라서 신고 과세표준 산정시 손금추인된 신계약비를 공제한 것은 적법하다.
 (나) 구 법인세법 시행령 제118조 제3항의 적용에 관하여
 ① 구 법인세법 시행령 제118조 제3항은 “각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금이 있는 경우 법 제76조 제1항 제2호의 규정에 의한 과소신고소득금액은 그 손금을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있는바, 앞서 본 과소신고가산세 입법 취지에 비추어 볼 때 위 규정은 ‘각 사업연도별로 익금과 그 익금에 직접 대응하는 손금을 모두 누락한 경우’나 ‘손금으로 계상하였으나 그 중 일부만이 손금으로 인정되고, 다만 세무조정은 전액을 손금불산입(익금산입)한 후 그 중 일부를 손금추인하는 형태로 이루어지는 경우’ 등 실질적으로 익금에서 손금을 공제한 잔액만이 과소신고한 것으로 볼 수 있는 경우에 한하여 적용되는 예외조항으로 해석함이 상당하다.
 ② 돌이켜 이 사건을 보건대, ㉠ 장기보험계약에 따른 수익을 익금으로 보는 경우: 원고는 장기보험계약에 따른 수익을 모두 익금으로 보아 과세표준에 포함시켜 신고한 이상, 그와 관련된 비용인 신계약비를 손금에 누락하였다 하여 위 조항을 적용할 수 없고(신계약비는 보험료 납입기간에 안분하여 손금에 산입하는 항목인 이상 장기보험계약에 따른 수익과 ‘직접 대응’하는 손금으로 볼 수도 없다), ㉡ 손금불산입한 신계약비를 익금으로 보는 경우: 이전 사업연도에 손금불산입된 후 2004 및 2005 사업연도에 손금추인된 신계약비는 2004 및 2005 사업연도에 손금불산입된 신계약비와 직접 대응하는 손금이 아니므로(2004 및 2005 사업연도에 손금불산입된 신계약비 중 당해 사업연도에 손금추인된 신계약비는 직접 대응하는 손금으로 보아 이미 감액경정되었다), 위 조항을 적용할 수 없다. 따라서 과소신고소득금액 산정시 손금추인된 신계약비를 공제하지 아니한 것은 적법하다.
3. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 문준필(재판장) 이승훈 이창은