부가가치세경정거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2022.01.18 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인 정안 담당변호사 이영석 외 1인)
【피 고】 삼성세무서장
【변론종결】2021. 12. 2.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다. 
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2019. 4. 2. 원고에 대하여 한 2016년 제1기 부가가치세 95,391,641원, 2016년 제2기 부가가치세 116,256,790원, 2017년 제1기 부가가치세 180,595,891원, 2017년 제2기 부가가치세 254,464,374원, 2018년 제1기 부가가치세 416,215,528원에 관한 각 경정거부처분을 모두 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 온라인 숙박업소 예약플랫폼 ‘○○○ 예약’(이하 ‘이 사건 사이트’라 한다)을 운영하는 사업자로서, 숙박업소 등(이하 ‘제휴업체’라 한다)과 이용자 사이의 숙박 예약을 중개하고 제휴업체로부터 숙박요금의 일정비율(10~15%)을 예약대행수수료(이하 ‘중개수수료’라 한다)로 지급받음으로써 통신판매중개업을 영위하는 법인이다. 
 나. 원고는 이 사건 사이트를 이용하는 이용자들에게 할인쿠폰 등을 발행하거나 포인트를 적립하여 주었고, 향후 이용자가 이 사건 사이트를 통하여 제휴업체의 숙박을 예약하면서 이를 사용할 경우 제휴업체로부터 지급받아야 하는 중개수수료에서 할인액 상당액을 공제한 후 잔액만을 지급받았다. 
 다. 원고는 당초 위와 같이 공제한 할인액 상당액을 판매촉진비로 처리하여 부가가치세 과세표준 신고 시 공급가액에 포함하여 신고하였다가, 2018. 11. 21. 피고에게 위 할인액 상당액이 매출에누리에 해당한다고 주장하며 이를 2015년 제1기부터 2018년 제1기까지의 각 공급가액에서 차감하여 각 부가가치세 합계 2,114,824,201원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였고, 피고는 각 계약 건별 중개수수료를 한도로 중개수수료에서 공제된 할인액 상당액을 매출에누리로 인정하여 2018. 12. 24. 부가가치세 합계 2,117,952,030원을 환급하였다. 
 라. 원고는 2019. 2. 15. 피고에 대하여, 각 계약 건별 중개수수료를 초과하여 발생한 할인액 상당액(이하 ‘초과할인액’이라 한다)도 부가가치세법 제29조 제5항 제1호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 매출에누리에 해당한다고 주장하며 청구취지 기재와 같이 2016년 제1기부터 2018년 제1기까지 각 부가가치세 합계 1,062,924,224원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2019. 4. 2. 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다). 
 마. 원고는 이에 불복하여 2019. 6. 25. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2020. 7. 16. 원고의 심사청구를 기각하였다. 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다) 및 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장
 원고는 제휴업체에 단순히 개개의 숙박계약 중개용역만을 제공한 것이 아니라 이 사건 사이트를 통하여 부가가치세 신고 관련 자료를 제공하는 등 포괄적인 용역을 제공하였을 뿐만 아니라, 초과할인액이 발생하는 경우 다음에 체결되는 숙박계약에 관한 중개수수료에서 해당 금액을 차감하기로 한 약정에 따라 중개수수료 정산이 이루어졌는바, 연속된 수개의 거래에서 사전 합의에 따라 이전 거래와 관련된 공급조건을 기준으로 당해 거래의 대금을 공제한 경우에 해당하므로, 부가가치세법 제29조 제5항 제1호의 매출에누리에 해당한다. 
 설령 이와 달리 보더라도, 원고와 제휴업체는 각 숙박계약의 중개수수료를 일 단위로 합산하여 정산하였는바, 적어도 일 단위로 정산되는 대금 총액의 범위 내에 있는 초과할인액은 매출에누리로 보아 공급가액에서 차감하여야 한다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 인정 사실
 1) 이용자가 이 사건 사이트를 통하여 제휴업체에 숙박을 예약할 경우 원고는 이용자로부터 수령한 숙박대금에 관하여 중개수수료를 산정하고 할인액 상당액이 있는 경우 이를 공제한 후 일별로 정산금액을 산정하여 4영업일 후에 제휴업체에 송금하였다. 
 2) 원고는 매월 말일에 제휴업체에 1개월분 중개수수료에 대한 세금계산서를 발행하였다. 
 3) 원고는 △△△라는 홈페이지를 통해 제휴업체가 객실 수, 숙박요금 등의 세부사항을 업로드하도록 하고 예약 현황과 입금, 취소내역을 확인할 수 있게 하였고, 제휴업체는 이 사건 사이트에서 원고와 사이에서 이루어지는 정산금액을 직접 확인할 수 있었다. 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 1) 부가가치세는 재화나 용역이 생산·제공되거나 유통되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하여 부과되는 조세로서, 전단계 세액공제제도를 취하고 있는 현행 부가가치세제상 각 거래단계의 사업자가 부가가치세 납세의무를 부담하지만 최종소비자가 결국 최종적인 세부담(稅負擔)을 지는 일반소비세이다. 따라서 원고와 제휴업체 사이의 숙박중개계약에 따라 발생하는 부가가치세의 최종적인 세부담자는 제휴업체로부터 숙박용역을 공급받는 소비자(이 사건 사이트 이용자)이고, 원고가 주장하는 바와 같이 제휴업체에 숙박계약 중개를 비롯하여 부가가치세 신고 관련 자료를 제공하는 등 기타 용역을 함께 제공하였다고 하더라도, 원고가 제휴업체에 제공한 용역의 단위는 각 숙박계약의 중개행위라고 봄이 타당하다. 한편 원고는 각 숙박계약 중개 시마다 또는 일 단위 중개수수료를 정산할 때마다 제휴업체에 세금계산서를 발행하지 않고 매월 말 1회의 세금계산서를 발행하였는데, 이는 부가가치세법 제34조 제3항 제1호에 따라 1역월의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연원일로 하여 세금계산서를 발급한 것에 불과하므로 위와 같은 판단에 방해가 되지 않는다. 
 부가가치세법 제29조 제1항, 제5항 제1호는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 하되, 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다고 규정하고 있다. 그런데 앞서 본 바와 같이 각 숙박계약의 중개에 관하여 발생한 중개수수료가 각각 별개의 거래로서 별도의 공급가액을 구성하므로, 해당 공급가액에서 공급조건에 따라 직접 깎아줄 수 있는 금액은 그 공급가액을 한도로 한다. 해당 공급가액을 초과하여 할인해 준 초과할인액은 원고가 용역을 제공하고 그 공급대가를 할인하여 주면서 오히려 적정한 공급가액보다 많은 비용을 지출한 것으로서, 이 사건 사이트의 이용자를 늘려 매출을 증대시키기 위해 추가로 지출한 비용에 해당하므로 공급가액에서 차감되는 매출에누리가 아니라 판매부대비용의 성격을 띤다고 봄이 상당하다. 
 2) 원고는 제휴업체별로 다음에 체결되는 숙박계약에 관한 중개수수료에서 초과할인액을 차감하기로 사전에 약정하였으므로, 이 부분도 공급가액에서 공제되어야 한다거나, 적어도 정산의 기준인 하루 내에 발생한 초과할인액은 다음 계약에 관한 중개수수료에서 차감하여야 한다고 주장한다.
 그러나 각 숙박계약이 하나의 공급단위인 이상 A 고객과의 숙박계약 체결 시 발생한 초과할인액을 B 고객과의 숙박계약 체결로 인한 중개수수료에서 공제하는 것은 결국 제3자와의 거래조건에 따라 해당 거래의 공급가액을 깎아주는 것과 마찬가지이다. 그런데 공급자가 어떠한 공급과 관련하여 재화나 용역을 공급받는 자가 아닌 제3자에게서 금전 또는 금전적 가치가 있는 것을 받는 경우에 그것이 공급과 대가관계에 있는 때에는 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 있으나, 그것이 해당 공급과 구별되는, 제3자와 공급자 사이의 다른 공급과 관련되어 있을 뿐 해당 공급과 대가관계에 있다고 볼 수 없는 경우에는 해당 공급에 관한 부가가치세의 과세표준에 포함되지 아니하고, 나아가 제3자가 지급하는 금전 또는 금전적 가치가 있는 것이 해당 공급과 대가관계에 있는지는 지급의 명목과 근거, 이와 관련하여 공급자와 제3자가 추구하는 목적과 동기, 공급자와 제3자 사이의 별도의 계약관계 등 법률관계의 존부 및 문제 된 금전 등의 지급이 그러한 법률관계에 따른 이행으로 평가될 수 있는지 등을 비롯한 여러 사정을 종합하여 해당 공급과 직접적 관련성이 인정될 수 있는지에 따라 판단하여야 한다(대법원 2016. 6. 23. 선고 2014두144 판결 등 참조)는 법리에 비추어 볼 때, A 고객과 B 고객 사이에는 이 사건 사이트를 통하여 동일한 제휴업체의 숙박시설을 이용하였다는 것 외에 아무런 관련이 없고 어떠한 대가관계도 인정되지 않으므로, A 고객 관련 초과할인액을 B 고객 관련 중개수수료에서 공제할 수는 없다. 
 3) 원고는 대법원 2016. 8. 26. 선고 2015두58959 전원합의체 판결의 법리에 따라 연속된 수개의 거래에서 사전 합의에 따라 이전 거래와 관련된 공급조건을 기준으로 당해 거래의 공급가액을 공제하는 것이므로 매출에누리로 인정되어야 한다고 주장하나, 위 판결은 동일한 이용자에 대하여 1차 거래에서 발생한 공급조건에 따라 2차 거래의 공급가액 일부를 공제하여 준 것으로서, 이전 거래와 당해 거래의 이용자가 상이한 이 사건과는 그 사안을 달리하여 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다. 
 4) 따라서 원고의 주장은 모두 이유 없다. 
 3. 결론 
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 이정민(재판장) 임윤한 이소진