종합소득세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2016.11.10 / 시행일:

【원 고】 원고 1 외 6인(소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 신기선 외 1인)
【피 고】 서초세무서장 외 4인
【변론종결】2016. 10. 13.
【주 문】
1. 피고 용산세무서장이 2013. 11. 1. 원고 5에 대하여 한 증여세 210,441,020원의 부과처분 중 177,885,530원을 초과하는 부분, 원고 6에 대하여 한 증여세 114,643,530원의 부과처분 중 98,365,780원을 초과하는 부분, 원고 7에 대하여 한 증여세 109,295,180원의 부과처분 중 93,017,430원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 
2. 원고 1, 원고 2, 원고 3, 원고 4의 각 청구 및 원고 5, 원고 6, 원고 7의 각 나머지 청구를 각 기각한다. 
3. 소송비용 중 원고 5, 원고 6, 원고 7과 피고 용산세무서장 사이에 생긴 부분의 7/8은 위 원고들이, 나머지는 피고 용산세무서장이 각 부담하고, 원고 1, 원고 2, 원고 3, 원고 4와 나머지 피고들 사이에 생긴 부분은 원고들이 부담한다. 

【청 구 취 지】피고들이 별지 부과내역 중 처분일란 기재 각 일시에 원고들에 대하여 한 같은 별지 중 세목란 및 고지세액란 기재 각 부과처분을 모두 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고 1은 서울 서초구 (주소 생략) 소재 지상 5층 ○○○빌딩(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 소유자이고, 원고 2, 원고 3은 2008. 8. 28. 이 사건 건물의 전대·관리 및 숙박시설 운영을 목적으로 주식회사 진미선개발(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)을 설립한 자이며, 원고 4는 원고 1의 동생, 원고 5, 원고 6, 원고 7은 원고 1의 자녀들이다. 
 나. 원고 2, 원고 3은 이 사건 회사를 설립하면서 각 5,000만 원씩 합계 1억 원의 자본금을 납입하고, 이 사건 회사 주식(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)을 각 10,000주(액면가 5,000원)씩 그 명의로 취득하였다. 
 다. 원고 1은 이 사건 회사와 사이에, 2008. 9. 1. 임대차보증금 59억 2,000만 원, 월 차임 5,000만 원, 임대차기간 2008. 9. 1.부터 5년으로 하여 이 사건 건물을 임대하되, 임대차보증금은 기존 세입자가 납부한 금액으로 대체하고, 이 사건 회사에 이 사건 건물에 관한 전대, 관리권한을 부여하는 내용의 임대차계약을 체결하였고, 2012. 3. 1. 다시 임대차보증금을 61억 원, 월 차임 5,000만 원, 임대차기간 2012. 3. 1.부터 3년으로 하여 이 사건 건물을 임대하되, 임대차보증금은 기존 세입자가 납부한 금액으로 대체하고, 이 사건 회사에 이 사건 건물에 관한 전대, 관리권한을 부여하는 내용의 임대차계약을 체결하였다. 
 라. 원고 2는 2012. 5. 3. 아래 [표1] 기재와 같이 원고 5, 원고 6, 원고 7, 원고 4에게 이 사건 주식 10,000주를 액면가에 양도하고, 2012. 5. 18. 양도차익이 없는 것으로 양도소득세 신고를 하였다. 
[표1] 생략
 마. 서울지방국세청장은 2013. 7. 16.부터 2013. 9. 3.까지 이 사건 회사에 대한 주식변동조사 및 원고 1에 대한 개인사업자 통합조사를 실시한 후, 원고 1을 이 사건 회사 발행주식 전부의 실질적인 소유자로 보아, 원고 1이 2008년 8월경 원고 2, 원고 3에게 이 사건 주식을 각 10,000주씩 명의신탁한 후(이하 ‘1차 명의신탁’이라 한다), 2012. 5. 원고 3. 원고 2에게 명의신탁하였던 이 사건 주식 10,000주 중 각 2,900주를 원고 5, 원고 6, 원고 7에게, 나머지 1,300주를 원고 4에게 다시 명의신탁한 것으로 판단하여(이하 ‘2차 명의신탁’이라 한다) 상속세 및 증여세법상 명의신탁재산의 증여의제 규정에 따라 명의수탁자들이 주식을 증여받은 것으로 의제하고, 원고 1과 이 사건 회사를 특수관계에 있는 것으로 보아, 원고 1이 이 사건 회사에 이 사건 건물을 저가로 임대하였다는 이유로 소득세법 제41조의 부당행위계산부인 규정을 적용하고, 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제4호 등의 규정에 따라 부가가치세 과세표준을 증액하여, ① 피고 서초세무서장에게 원고 1의 2008년 내지 2012년 귀속 종합소득세에 관하여, ② 피고 반포세무서장에게 원고 1의 2008년 2기 내지 2012년 2기 각 부가가치세에 관하여, ③ 피고 성동세무서장에게 1차 명의신탁으로 인한 원고 2에 대한 증여세에 관하여, ④ 피고 강남세무서장에게 1차 명의신탁으로 인한 원고 3에 대한 증여세에 관하여 각 과세자료를 통보하였으며, ⑤ 피고 반포세무서장에게 2차 명의신탁으로 인한 원고 4에 대한 증여세에 관하여, ⑥ 피고 용산세무서장에게 2차 명의신탁으로 인한 원고 5, 원고 6, 원고 7에 대한 각 증여세에 관하여 각 과세자료를 통보하였다. 
 바. 피고들은 별지 부과내역 중 처분일란 기재 각 일시에 원고들에 대하여 같은 별지 중 세목란 및 고지세액란 기재와 같이 각 과세하였다(이하 위 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 하되, 그 중 원고 1에 대한 각 종합소득세 부과처분을 ‘이 사건 각 종합소득세 부과처분’, 각 부가가치세 부과처분을 ‘이 사건 각 부가가치세 부과처분’, 나머지 원고들에 대한 각 증여세 부과처분을 ‘이 사건 각 증여세 부과처분’이라 한다). 
 사. 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 12. 31. 위 심판청구를 기각하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3 내지 5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8, 9, 11, 12호증, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 1 내지 5, 을 제5호증의 1 내지 9, 을 제6호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 원고들의 주장 
 1) 원고 1은 이 사건 회사 발행주식 전부의 실제 소유자가 아니고, 원고 2, 원고 3이 이 사건 주식의 실제 소유자이므로, 1차 명의신탁이 있다고 보아 상속세 및 증여세법상 명의신탁재산의 증여 의제 규정을 적용하여 부과한 원고 2, 원고 3에 대한 각 증여세 부과처분은 위법하다. 
 2) 원고 2, 원고 3이 이 사건 주식의 실제 소유자이므로, 이 사건 회사와 원고 1이 특수관계에 있음을 전제로 한 이 사건 각 종합소득세 부과처분 및 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 위법하다.
 3) 원고 1은 이 사건 회사 발행주식 전부의 실제 소유자가 아니므로, 이와 같은 전제에서 2차 명의신탁이 있다고 보아 상속세 및 증여세법상 명의신탁재산의 증여 의제 규정을 적용한 원고 5, 원고 6, 원고 7, 원고 4에 대한 각 증여세 부과처분 역시 위법하다. 
원고 1이 원고 5, 원고 6, 원고 7에게 이 사건 주식을 매수하기 위한 목적으로 현금을 증여한 사실은 있으나, 이는 별도의 현금 증여로 볼 수 있을 뿐 원고 1이 주식을 명의신탁한 것으로 볼 수 없다. 
 4) 설령 2차 명의신탁 사실이 인정된다 하더라도, 원고 5, 원고 6, 원고 7, 원고 4에 대한 각 증여세 부과처분에 있어, 피고 용산세무서장과 반포세무서장은 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법을 적용하여 2012. 5. 3. 기준 이 사건 주식의 가치를 주당 129,351원으로 평가하여 증여세를 부과하였는바, 이 사건 회사는 2008. 8. 28. 설립되어 숙박업과 임대업을 영위하다가 2009년 10월경 숙박업을 폐업함으로써 주요업종에 중대한 변화가 생겼음에도 최근 3년간 순손익액의 가중평균액에 따른 순손익가치로 이 사건 주식의 가치를 평가하여 증여세를 부과한 것은 위법하다. 
 5) 설령 1차 및 2차 명의신탁 사실이 인정된다 하더라도, 원고 1을 제외한 나머지 원고들이 부정행위로 증여세 신고를 하지 않았다고 볼 수는 없으므로, 피고가 이 사건 각 증여세부과처분을 하면서 부정행위로 증여세 신고를 하지 않았다고 보고 일반무신고가산세가 아니라 국세기본법 제47조의2 제2항 소정의 부당무신고가산세를 부과한 것은 위법하다. 
 6) 이 사건 각 종합소득세 부과처분은 이 사건 회사가 제3자들에게 전대하여 얻은 전대료 수입 합계액을 원고 1과 이 사건 회사 사이의 이 사건 건물에 관한 임대료의 시가로 보고, 그 금액과 월 5000만 원의 실제 임대료의 차액을 누락된 수입금액으로 파악하였는데, 소득세법에 의하여 준용되는 법인세법 시행령 제89조 제1항에 따르면 ‘시가’는 ‘해당거래와 유사한 상황에서 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인 아닌 제3자간에 일반적으로 거래한 가격’인바, 원고 1과 이 사건 회사 사이의 이 사건 건물 전체에 대한 임대거래와 이 사건 회사와 제3의 전차인들 사이의 각 전대거래가 유사한 상황에서 이루어진 거래라고 볼 수 없으므로, 이 사건 회사가 제3자들에게 전대하여 얻은 전대료 수입을 임대료 시가로 볼 수 없고, 따라서 이 사건 각 종합소득세 부과처분은 위법하다. 
 나아가 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 있어서도 이 사건 회사가 제3자들에게 전대하여 얻은 전대료 수입 합계액을 원고 1과 이 사건 회사 사이의 이 사건 건물에 관한 임대료의 시가로 보고, 부가가치세 과세표준을 증액 경정하였으므로, 같은 이유에서 이 사건 각 부가가치세 부과처분 역시 위법하다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 인정사실
 1) 주식회사 진미선산업(이하 ‘진미선산업’이라 한다)은 일반석유류 제품 및 윤활유 판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2008. 4. 1. 주식회사 프렌드컴퍼니라는 상호로 개업하였다가 2008. 4. 2. 주식회사 제이엠에스골프클럽이라는 상호로 변경하였고, 2008. 9. 25. 현재의 상호로 변경하였다. 진미선산업의 대표자는 원고 1의 동생인 원고 4(종전 대표이사로 근무하다가 2014. 7. 20. 퇴임한 이후 2014. 8. 6. 사내이사로 다시 취임하였고, 현재 진미선산업의 이사는 원고 4뿐이다)이고, 대주주는 원고 1이다. 종래 진미선산업의 주식은 원고 1과 배우자 소외인이 각 10,000주씩 보유하고 있었는데, 2008년 사업연도 중 일부 주식의 양도·양수 및 유상증자를 통해 현재는 원고 1, 처 소외인, 자녀들인 원고 5, 원고 6, 원고 7이 각 20,000주씩 보유하고 있고, 이는 진미선산업의 발행주식 전부이다. 
 2) 원고 2, 원고 3이 이 사건 회사를 설립하면서 자본금을 납입할 당시, 원고 2의 국민은행 계좌(계좌번호 : 계좌번호 1 생략), 원고 3의 같은 은행 계좌(계좌번호 : 계좌번호 2 생략)의 2008. 8. 28. 당시 각 거래내역 및 같은 날 진미선산업의 국민은행 계좌(계좌번호 : 계좌번호 3 생략)에서 인출된 1,000만 원권 자기앞수표 10장(합계 1억 원) 중 6장의 현금교환시간은 아래 [표2] 기재와 같다(아래 상태란의 ‘현금’과 ‘대체’는 입금을 의미한다). 
[표2] 생략
 3) 이 사건 회사의 국민은행 계좌(계좌번호 : 계좌번호 4 생략)에 2008. 9. 3. 14:22 주식납임금 명목으로 1억 원이 입금되었고, 2008. 9. 4. 10:58경 1억 원이 1,000만 원권 자기앞수표 10장으로 대체 출금되었으며, 위 자기앞수표 10장은 같은 날 11:14 원고 1의 국민은행 계좌(계좌번호 : 계좌번호 5 생략)로 전부 입금되었다. 같은 날 11:16 1억 원이 위 원고 1의 국민은행 계좌에서 출금되어 같은 날 11:18 진미선산업의 위 국민은행 계좌에 입금되었다. 
 4) 원고 2 명의의 이 사건 주식 10,000주가 원고 5, 원고 6, 원고 7, 원고 4에게 양도된 2012. 5. 3. 14:17 국민은행 △△동 지점에서 원고 1의 위 국민은행 계좌로부터 6,200만 원이 출금되었고, 같은 날 같은 지점에서 원고 2의 국민은행 계좌(계좌번호 : 계좌번호 6 생략, 위 2)항의 계좌와 다른 계좌이다)에 14:20 원고 4 이름으로 현금 650만 원이, 14:21 원고 6 이름으로, 14:22 원고 5, 원고 7 이름으로 각 현금 1,450만 원 합계 5,000만 원이 각 입금되었으며, 14:48 위 현금 5,000만 원이 전액 출금된 이후, 14:50 원고 1의 위 계좌에 현금 5,000만 원이 입금되었다. 
 5) 원고 2는 2013. 7. 17. 이 사건 회사에 대한 세무조사 과정에서 실시된 최초 문답시에, 이 사건 주식을 어떻게 취득하였는지, 이 사건 회사를 어떻게 설립하게 되었는지, 원고 4가 대표자가 된 이유가 무엇인지, 이 사건 주식을 취득할 때 명의를 빌려준 것이 아닌지, 이 사건 주식이 누구의 것인지 묻는 질문에 추후 정리해서 답변하겠다는 취지로 진술하였고, 이 사건 회사가 원고 1에게 보증금 59억 2,000만 원을 모두 지급하였는지 묻는 질문에는 잘 알지 못한다고 진술하였으며, 보유주식을 언제 누구에게 양도하였는지 묻는 질문에는 ‘2009년으로 기억하고, 원고 4에게 양도했다’는 취지로 진술하였다. 
 6) 원고 2는 2013. 7. 19. 실시된 두 번째 문답시에, 보유주식을 2012년 3월 또는 5월에 양도하였고, 사장인 원고 4가 자주 사업장을 방문하여 주식을 달라고 계속 말을 하여 어쩔 수 없이 주게 된 것이며, 원고 4에게 전량 양도하기로 되어 있었으나 계약서에는 양수인을 아가씨 세 명(원고 5, 원고 6, 원고 7을 뜻한다)과 원고 4로 기재하여 작성하였던 것이라고 진술하였고, 또한, 진미선개발의 주주로 있는 동안 배당을 받은 바 없고, 원고 4에게 액면가액으로 양도하였는데, 액면가액으로 양도한 이유에 대하여는 모텔사업자 연장계약에 대한 딜을 하면서 양도한 것이고, 원고 4가 사업을 함에 있어 자꾸 방해를 하였으며, 본인이 살아온 방식은 의리이기 때문에 그런 이유로 양도하게 되었다는 취지로 진술하였다. 
 7) 1차 명의신탁에 관하여 원고 2, 원고 3이 원고 1로부터 각 증여받은 것으로 보는 이 사건 주식의 증여가액에 대하여, 과세관청은 상속세 및 증여세법 제60조 제3항, 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23591호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제54조 제2항, 제4항 제2호의 규정을 적용하여 아래와 같이 1주당 가액을 순자산가치로서 평가하였고, 그에 따라 증여가액을 각 5,000만 원으로 산정하였다. 
○ 1주당 가액 : 이 사건 회사의 순자산가액(자본금) 1억 원 ÷ 발행주식 총수 20,000주 = 5,000원○ 증여가액 : 1주당 가액 5,000원 × 명의신탁 주식 10,000주 = 5,000만 원
 8) 2차 명의신탁에 관하여 원고 5, 원고 6, 원고 7, 원고 4가 원고 1로부터 각 증여받은 것으로 보는 이 사건 주식의 증여가액에 대하여, 과세관청은 상속세 및 증여세법 제60조 제3항, 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상증세법 시행령 제54조, 제56조 제1항, 구 상속세 및 증여세법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제412호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행규칙’이라 한다) 제17조의3의 규정을 적용하여 별지 ‘주식평가조서(비상장주식)Ⅰ’ 기재와 같이 순손익가치와 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균하는 방법으로 1주당 가액을 129,351원으로 평가하고, 그에 따라 증여가액을 원고 5, 원고 6, 원고 7의 경우 각 375,117,900원으로 정하였으며, 원고 4의 경우에는 168,156,300원으로 산정하여야 함에도 계산착오로 인하여 125,049,600원으로 산정하였다(계산식은 아래와 같다). 
○ 1주당 가액 : 129,351원○ 원고 5, 원고 6, 원고 7에 대한 각 증여가액 : 1주당 가액 129,351원 × 명의신탁 주식 2,900주 = 375,117,900원○ 원고 4에 대한 증여가액 : 1주당 가액 129,351원 × 명의신탁 주식 1,300주 = 168,156,300원
 9) 원고 1은 2008. 8. 31.까지 직접 이 사건 건물을 임대하였는데, 지하층부터 지상 3층까지 건물 부분의 임대료 합계액이 월 6,119만 원이었고, 원고 2에게 임대한 4층 및 5층 모텔(□□□□) 임대료는 월 1,150만 원이었으며, 옥상층은 월 450만 원에 임대하였는바, 그 합계액이 7,719만 원이었다. 
 10) 이 사건 회사가 설립되자 원고 1은 2008. 9. 1.경 종전 임대차계약을 모두 해지하고, 위 1.의 다.항에서 본 바와 같이 진미선개발과 사이에 이 사건 건물 전체에 대한 임대차계약을 체결하였다. 
 11) 이 사건 회사는 2008. 9. 1. 부동산 전대업, 숙박업(여관업)을 목적으로 개업하여 그 무렵 이 사건 건물 중 지하층 내지 지상 3층까지 부분, 옥상층 부분에 관하여 종전과 같은 조건으로 전대차계약을 체결하였고, 4층 및 5층에 있는 □□□□라는 상호의 모텔은 그 무렵부터 2009. 9. 30.까지 직접 운영하다가 2009년 10월경 위 사업 중 숙박업(여관업) 부분을 폐업하면서 그 무렵 원고 2에게 전대하였다. 
 12) 원고 2는 2009. 10. 20. ‘□□□□’를 상호로 숙박업(여관업)의 사업자등록을 한 다음, 그 무렵부터 이 사건 건물 4, 5층에서 □□□□를 운영하였다. 
 13) 과세관청은 이 사건 회사가 전차인들로부터 수취하는 전대료 수입을 임대료 시가로 보고(다만, 진미선개발이 2009. 9. 30.까지 직접 운영한 □□□□ 부분의 임대료는 종전과 같이 월 1,150만 원인 것으로 보았다), 부당행위 계산부인 규정을 적용하여 이 사건 각 종합소득세 부과처분을 하였고, 위 임대료 시가를 임대용역의 공급가액으로 보고 이 사건 각 부가가치세 부과처분을 하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제10호증의 1, 2, 갑 제25호증의 1, 2, 을 제6호증의 1 내지 6, 을 제7호증의 1 내지 3, 을 제8호증의 1 내지 13, 을 제9호증의 1 내지 4, 을 제10호증의 1, 을 제11호증의 1, 2, 3, 을 제12호증의 1, 2, 을 제13호증의 1 내지 4, 을 제14호증의 1 내지 12, 을 제15호증의 1 내지 12, 을 제16호증의 1 내지 12, 을 제17호증의 1 내지 12, 을 제18호증의 1, 2, 을 제19호증의 2, 을 제21호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 라. 판단 
 1) 원고 1이 이 사건 회사 발행주식 전부의 실질적인 소유자인지 여부 
 앞서 인정한 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고 2, 원고 3은 2008. 8. 28. 13:22부터 13:48까지 사이에 불과 30분의 시간 동안 각자의 계좌로 각 현금 5,000만 원씩을 현금으로 입금하거나 대체 입금한 다음, 14:02 또는 14:03 각 5,000만 원씩 이 사건 회사의 자본금을 납입하였는데, 원고 2, 원고 3이 이 사건 회사의 자본금 합계 1억 원을 납입하기 직전인 같은 날 13:10 진미선산업의 계좌에서 1억 원이 1,000만 원 자기앞수표 10장으로 출금되었고, 원고 2, 원고 3의 계좌로 현금이 입금된 30분의 시간 동안 위 수표 중 6장이 현금으로 교환된 바 있으며, 이 사건 회사에 납입된 자본금 1억 원이 납입한 날부터 불과 일주일이 지난 2008. 9. 4. 전액 인출되어 원고 1의 계좌를 거쳐 진미선산업의 계좌에 입금된 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 회사의 납입자본금은 진미선산업에서 조달된 것으로 봄이 상당한 점, ② 진미선산업은 원고 1이 대주주로 있고, 원고 1의 동생 원고 4가 대표자로 있으며, 원고 1과 그 가족들이 발행주식 전부를 보유하고 있는바, 사실상 원고 1의 1인 회사이거나 가족회사라 할 것인 점, ③ 반면, 원고 2는 최초 문답시에 주식취득경위, 이 사건 회사의 설립 및 운영경위 등에 관하여 답을 하지 못하였고, 주식양도시기에 대하여도 사실과 다른 진술을 하였을 뿐 아니라 주주로 있는 동안 이익배당을 받지도 않았으면서 2012. 5. 3. 본인의 지분 전부를 원고 4 등에게 액면가로 양도한 경위를 설득력 있게 설명하지 못하고 있는바, 이 사건 회사의 지분 50%를 보유한 주주라고 보기 어려운 점, ④ 2012. 5. 3. 원고 2가 지급받은 주식 양도대금 5,000만 원 역시 원고 1의 계좌에서 조달된 것으로 봄이 상당한 점(원고 5, 원고 6, 원고 7은 주식매입자금을 원고 1로부터 받은 사실을 자인하고 있다. 다만, 원고 4는 본인의 자금이라고 주장하고 있다), ⑤ 원고 2가 원고 5 등에게 이 사건 주식을 액면가액으로 양도한 것은 당시 이 사건 주식의 가치(2011년말 이 사건 주식의 1주당 가액은 순자산가치로 평가하더라도 59,175원인 것으로 보인다)에 비추어 합리적 경제인의 관점에서 이해하기 어려운 점 등을 종합하면, 이 사건 회사 발행주식 전부의 실제 소유자는 원고 1로 봄이 상당하다. 
 따라서 원고 1이 이 사건 회사 발행주식 전부의 소유자라는 전제에서 한 1차 및 2차 명의신탁에 대하여 증여의제 규정을 적용한 이 사건 증여세 각 부과처분, 원고 1과 이 사건 회사가 특수관계에 있다고 보고 부당행위 계산부인 규정을 적용한 이 사건 각 종합소득세 부과처분, 원고 1이 이 사건 회사로부터 부당하게 낮은 임대료를 받았다고 보고 한 이 사건 각 부가가치세 부과처분이 위법하다는 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다. 
 2) 원고 5, 원고 6, 원고 7, 원고 4에 대한 각 증여세 부과처분에 있어서, 증여가액 산정이 적법한지 여부 
 가) 주요업종이 바뀐 경우에 해당하는지 여부 
구 상증세법 시행령 제54조 제1항에 의하면, 비상장주식은 순손익가치(1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 순손익가치환원율로 나눈 값)와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 평가한다. 
 한편, 같은 시행령 제56조 제1항은 1주당 순손익가치를 산정할 때 ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’은 그 제1호의 가액, 즉 ‘[(평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 3) ＋ (평가기준일 이전 2년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 2) ＋ (평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액 × 1)] × 1/6’의 산식에 의하여 계산한 가액으로 하되, 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 정하는 산식을 정하면서, 해당 법인이 일시우발적 사건으로 최근 3년간 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등 그 산식에 따른 가액으로 하는 것이 불합리한 것으로 기획재정부령으로 정하는 경우에는 그 제2호의 가액, 즉 ‘기획재정부령이 정하는 신용평가전문기관 등이 기획재정부령으로 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액’으로 할 수 있다고 규정하고 있고, 구 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항은 제3호에서 위 ‘기획재정부령으로 정하는 경우’의 하나로 ‘평가기준일 전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 주요업종이 바뀐 경우’를 들고 있다. 
구 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 각 호는 최근 3년간의 순손익액을 산정할 수 없거나 최근 3년간의 순손익액이 비정상적이어서 이를 기초로 1주당 순손익가치를 산정하는 것이 불합리하다고 보이는 사유들을 규정한 것이므로, 여기에 규정된 사유가 있다면 특별한 사정이 없는 한 구 상증세법 시행령 제56조 제1항 제1호의 가액인 ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’을 기초로 1주당 순손익가치를 산정할 수 없고, 이러한 법리는 구 상증세법 시행령 제56조 제1항 제2호의 가액인 ‘1주당 추정이익의 평균가액’이 산정되지 아니하였거나 제2호의 괄호규정에서 정한 요건을 갖추지 못함으로써 제2호의 가액을 기초로 1주당 순손익가치를 산정할 수 없더라도 제1호의 가액에 의하는 것이 불합리한 이상 마찬가지이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두16434 판결, 대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두26988 판결, 대법원 2012. 5. 24. 선고 2011두9140 판결 등 참조). 
 살피건대, 이 사건 회사가 2008. 9. 1. 개업하여 2009. 9. 30.까지 이 사건 건물 지하층, 1층 내지 3층, 옥상층을 전대하는 방식으로 전대업을 영위함과 동시에 이 사건 건물 4층, 5층에 있는 모텔을 직접 운영하는 형태로 숙박업을 영위하다가, 2009년 10월경 숙박업을 폐업하면서 그 무렵 원고 2에게 이 사건 건물 4, 5층의 모텔을 전대하였고, 이후에는 전대업만을 영위한 사실은 앞서 본 바와 같고, 한편, 이 사건 주식 평가기준일(2012. 5. 3.) 이전 3년이 되는 사업연도인 2009년 이 사건 회사의 전대업 매출액(신고금액에 과세관청의 조사적출금액을 합한 금액으로, 숙박업 매출액도 마찬가지이다)이 1,162,392,890원, 숙박업 매출액이 1,138,862,364원인 사실은 을 제25호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있는바, 이 사건 회사가 영위한 숙박업과 전대업의 내용, 사업형태, 2009년도 숙박업 매출액과 전대업 매출액 등을 종합하여 볼 때, 숙박업과 전대업은 모두 이 사건 회사의 주요업종에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 주식 평가기준일 전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도인 2009년도에 이 사건 회사의 주요업종은 ‘숙박업, 전대업’에서 ‘전대업’으로 바뀌었다고 볼 것이다. 
 따라서 구 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제3호의 사유가 인정된다고 할 것이어서, 2차 명의신탁에 관한 증여가액을 산정하면서 구 상증세법 시행령 제56조 제1항 제1호의 산식에 따라 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 기초로 1주당 순손익가치를 계산하고 이를 바탕으로 이 사건 회사의 1주당 가액 및 위 원고들의 증여가액을 평가한 것은 위법하고, 이와 같은 취지의 원고들의 주장은 이유 있다. 
 나) 순자산가치로만 평가하여야 하는지 여부 
 나아가 2차 명의신탁에 관한 증여가액 산정에 있어 이 사건 회사의 1주당 가액을 순자산가치에 의해서만 평가하여야 한다는 원고들의 주장에 관하여 본다. 
 살피건대, 비상장주식의 1주당 가액을 구 상증세법 시행령 제56조 제1항 제1호의 가액 또는 제2호의 가액을 기초로 한 순손익가치와 순자산가치를 가중평균한 금액으로 평가할 수 없는 경우에는, 구 상증세법 제65조 제2항이 법에서 따로 평가방법을 규정하지 아니한 재산의 평가는 같은 조 제1항 및 제60조 내지 제64조에 규정된 평가방법을 준용하도록 규정하고 있는 점과 구 상증세법이 규정한 보충적 평가방법에 따르더라도 그 가액을 평가할 수 없는 경우에는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액에 의할 수밖에 없는 점 등에 비추어 볼 때, 순자산가치만에 의하여 평가하도록 규정한 구 상증세법 시행령 제54조 제4항의 방법 등 구 상증세법이 마련한 보충적 평가방법 중에서 객관적이고 합리적인 방법을 준용하여 평가할 수 있을 것이다(위 2010두26988 판결, 위 2011두9140 판결 등 참조). 
 한편, 위 대법원 판결은 비상장주식의 1주당 가액을 구 상증세법 시행령 제56조 제1항 제1호의 가액 또는 제2호의 가액을 기초로 한 순손익가치와 순자산가치를 가중평균한 금액으로 평가할 수 없는 경우, 구 상증세법 시행령 제54조 제4항의 방법과 같이 구 상증세법이 마련한 보충적 평가방법 중에서 객관적이고 합리적인 방법을 준용하여 평가할 수 있다는 것을 밝힌 것으로 봄이 상당하고, 비상장주식의 특성상 순자산가치로만 평가할 경우에는 객관적이고 합리적이라고 볼 수 없는 사정이 있거나, 순자산가치만에 의하여 평가하는 방법에 비하여 좀 더 객관적이고 합리적인 방법이 있는 경우까지도 무조건 순자산가치로만 평가하여야 한다는 취지로는 볼 수 없다. 
구 상증세법 시행령 제54조 제4항에 따른 평가방법은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산에서 부채를 차감한 순자산가액을 기초로 당해 법인의 주식을 평가하는 방법으로, 위 제54조 제4항의 각 호가 규정한 바와 같이 당해 법인에 대한 청산 절차의 진행 등 사업의 계속이 곤란하거나 휴ㆍ폐업 내지 결손금이 있는 법인과 같이 사업의 계속이 어렵고 가까운 장래에 해산될 가능성이 있는 법인의 주식 평가에 유용한 방법이라고 할 것인데(대법원 1998. 12. 11. 선고 98두2157 판결 등 참조), 2차 명의신탁에 관한 증여가액 사정에 있어 이 사건 주식의 평가기준일인 2012. 5. 3.을 기준으로 이 사건 회사는 계속기업으로서 가까운 장래에 해산 등 그 사업의 계속이 어렵다고 인정할 만한 사정은 전혀 발견되지 않으므로, 구 상증세법 시행령 제54조 제4항의 평가방법은 이 사건 주식의 가치를 제대로 반영한다고 볼 수 없다. 
 따라서 원고들의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다. 
 다) 원고 5, 원고 6, 원고 7, 원고 4에 대한 각 증여세 부과처분에 있어서 정당한 세액 
 을 제25, 26, 27호증의 각 기재에 의하면, 피고 용산세무서장은 이 사건 회사의 2009년도 전체 소득금액(1,046,838,476원) 중 전대업과 숙박업의 소득금액을 그 매출비율에 따라 나누어 산정한 후(달리 전대업과 숙박업의 소득금액을 나누어 산정할 수 있는 방법은 없는 것으로 보인다. 또한 통상 숙박업에 있어서 전대업보다 많은 비용이 지출되므로, 매출비율에 따라 소득금액을 나누어 산정하는 위 방식에 의하면 통상의 경우보다 전대업에 대한 비용 산입이 더 커짐으로써 소득금액이 낮아지게 되는바, 결국 증여세 과세가액이 낮아지게 되어 종국적으로 원고들에게 유리한 방식이다), 폐업한 숙박업의 소득금액(518,067,233원)은 제외하고 계속 사업한 전대업의 소득금액(528, 771,243원)을 이 사건 회사의 2009년도 소득금액으로 삼아 별지 ‘주식평가조서(비상장주식)Ⅱ’ 기재와 같이 1주당 순손익가치 및 순자산가치를 산출하고, 그 순손익가치와 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균하는 방법으로 1주당 가액을 110,985원으로 평가하였으며, 그에 따라 증여가액을 원고 5, 원고 6, 원고 7에 대하여 각 321,856, 500원(= 1주당 가액 110,985원 × 2,900주)으로, 원고 4에 대하여 144,280,500원( = 1주당 가액 110,985원 × 1,300주)으로 각 산정하였다. 
 살피건대, 이 사건 회사는 2009년 숙박업을 폐업한 이후 위 평가기준일인 2012. 5. 3.까지 전대업을 계속 영위하여 왔으므로, 2009년도에 폐업한 숙박업 소득 부분을 제외하고 2009년도 및 그 이후 사업연도의 전대업 소득 부분을 기초로 삼아 최근 3년간의 가중평균액을 산정하는 방식은 이 사건 주식의 순손익가치와 순자산가치를 함께 반영하는 객관적이고 합리적인 방식이라 할 것이고, 달리 이 사건 주식을 평가할 만한 객관적이고 합리적인 방법을 찾기도 어렵다. 
 위 방식에 따라 세액(가산세 포함)을 산출하면, 원고 5의 경우 177,885,530원(10원 미만 버림, 이하 같다), 원고 6의 경우 98,365,780원, 원고 7의 경우 93,017,430원, 원고 4의 경우 27,285,900원인바, 위 각 세액이 위 원고들에 대한 각 증여세 부과처분에 있어 정당한 세액이라 할 것이다. 
 라) 소결론 
 따라서 이 사건 각 증여세 부과처분 중 원고 5에 대한 증여세 210,441,020원의 부과처분은 177,885,530원을 초과하는 범위에서, 원고 6에 대한 증여세 114,643, 530원의 부과처분은 98,365,780원을 초과하는 범위에서, 원고 7에 대한 증여세 109,295,180원의 부과처분은 93,017,430원을 초과하는 범위에서 각 위법하므로 취소되어야 한다. 한편, 앞에서 본 바와 같이 원고 4에 대하여는 계산착오로 증여세 과세표준을 적게 산출하였고, 그에 따라 원고 4에 대하여 부과된 증여세액 21,408, 550원이 위 정당한 세액보다 적으므로, 원고 4에 대하여는 취소되어야 할 세액이 없다. 
 3) 부가가치세 과세표준 산정이 적법한지 여부 
 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고 1과 이 사건 회사 사이에 체결된 임대차계약상 임대료(월 5,000만 원)는 이 사건 회사 설립 이전 원고 1이 이 사건 건물을 직접 임대하면서 지급받았던 임대료 합계액(월 7,719만 원)보다 적고, 이 사건 회사는 2008. 9. 1.경 이 사건 건물에 관하여 전대차계약을 체결하면서 종전 원고 1이 지급받은 임대료와 같은 액수를 지급받았음을 알 수 있다. 
 이와 같은 사실관계에 더하여 원고 1이 이 사건 회사 발행주식 전부의 실질적인 소유자로서 이 사건 회사가 사실상 원고 1의 1인 회사 내지는 가족회사라는 사정을 보태어 보면, 이 사건 회사가 지급받은 전대료 수입을 원고 1이 이 사건 회사로부터 지급받았어야 할 임대료의 시가로 봄이 상당하다. 
 이에 대하여 원고들은 전대업을 영위하는 경우 비용이 추가로 발생하므로 이를 고려하여야 하므로 전대료가 임대료보다 더 높다는 취지로 주장하나, 임차인의 입장에서 보면 임대계약이냐 전대계약이냐에 따라 매월 지급하여야 하는 임료가 달라진다고 보기는 어려우므로, 원고들의 이 부분 주장 역시 받아들이지 아니한다. 
 4) 부당무신고가산세의 부과가 적법한지 여부 
 부당무신고가산세에 관한 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제47조의2 제2항의 입법 취지는 국세의 과세표준이나 세액 계산의 기초가 되는 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 과세요건사실을 발견하고 부과권을 행사하기 어려우므로 부정한 방법으로 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반한 납세자를 무겁게 제재하는 데 있다. 따라서 구 국세기본법 제47조의2 제2항, 제26조의2 제1항의 위임에 따른 같은 법 시행령 제12조의2 제1항이 준용하고 있는 조세범 처벌법 제3조 제6항 제7호가 부정행위의 하나로 들고 있는 ‘위계에 의한 행위 또는 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것이고, 과세대상의 미신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 아니한 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여지지 않은 채 단순히 세법상의 신고를 하지 아니한 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2015두1243 판결 등 참조). 
 살피건대, 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고 1의 경우 1차 및 2차 명의신탁을 하면서 여러 계좌를 사용한 우회거래를 함으로써 명의신탁 사실을 적극적으로 은폐한 것으로 보이고, 이는 증여세 과세요건 사실의 발견을 곤란하게 한 부정행위에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 각 처분 중 가산세 부분에 잘못이 있다고 볼 수 없고, 따라서 원고들의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다. 
3. 결론
 그렇다면 원고 5, 원고 6, 원고 7의 피고 용산세무서장에 대한 각 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 원고 5, 원고 6, 원고 7의 위 피고에 대한 각 나머지 청구 및 원고 1, 원고 2, 원고 3, 원고 4의 나머지 피고들에 대한 각 청구는 각 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
 (별지 생략)

판사 윤경아(재판장) 김세현 민병국