취득세등 부과처분취소 (일반행정, 수원지방법원)
공포일: 2016.11.08 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.원고는2012. 11. 14.농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 농업회사법인(이하‘농업법인’이라 한다)이다.
나.원고는2012. 11. 27.대표이사인○○○으로부터○○시○○동1○○-17전7,381㎡,같은 동1○○-20임야951㎡,같은 동1○○-21임야3,636㎡를 포함한 토지7필지(이하 이를 합하여‘1○○-17외6필지’라고 하고,개개의 토지는 그 지번만으로 특정한다)를 현물출자받아 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤고,위 토지들에 대하여 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1.법률 제11618호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제11조 제1항에 따라 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터2년 이내에 취득하는 부동산으로서 취득세를 면제받았다.
다. 1○○-17외6필지는2012. 12. 21.국토해양부고시 제2012-950호로 서울외곽순환 고속도로 휴게시설 부지로 지정·고시되었다.원고는1○○-17토지에 대하여는 사업시행자인 한국도로공사와 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하‘토지보상법’이라 약칭한다)에 따라 따른 협의를 거쳐2013. 7. 5.이를 매각하였고, 1○○-20토지와1○○-21토지에 대해서는 한국도로공사와 협의가 성립되지 않았으나2014. 3. 24.경 한국도로공사로 하여금 수용재결 이전에 휴게시설 공사를 실시할 수 있도록 토지 사용을 허락하였다(1○○-17토지를 제외한 나머지6필지의 토지에 관해서는2014. 12. 22.수용재결이 내려졌다,이하 이 사건에서 쟁점이 되는1○○-17, 20, 21토지를 합하여‘이 사건 쟁점토지’라고 한다).
라.피고는2014. 10. 16.원고가 영농에 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서1○○-17토지를 매각하고, 1○○-20, 21토지를 다른 용도로 사용함에 따라 구 지방세특례제한법 제94조 제2호가 정한 추징 사유가 발생하였음을 이유로 원고에게 취득세259,238,930원,지방교육세32,940,080원,농어촌특별세5,489,990원을 부과하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).
마.원고는 이 사건 처분에 불복하여2015. 1. 8.조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2015. 7. 10.조세심판원에서 원고의 청구를 기각하는 결정이 내려졌다.
【인정근거】다툼 없는 사실,갑 제1, 2, 3호증,을 제3, 4호증(가지번호 붙은 호증 모두 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.당사자 주장의 요지

가.구 지방세특례제한법 제94조 제2호는 농지를 취득하여 영농을 시작한 때부터2년 이내에 자의로 영농을 포기하고 해당 농지를 매각하거나 다른 용도로 사용한 경우에 취득세를 추징하는 취지로 해석해야 한다.원고가 한국도로공사에1○○-17토지를 협의 매각한 것은 원고 스스로 영농을 포기하였기 때문이 아니라 위 토지가 휴게시설 부지로 지정·고시됨에 따라 불가피하게 매각할 수밖에 없었기 때문이고, 1○○-20, 21토지를 휴게시설 공사에 사용하게 한 것도 공익사업 실시에 협조한 것에 불과하므로,위 규정이 정한‘해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.
나.설령 이 사건 쟁점토지의 매각 등이 영농에 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용한 경우에 해당하더라도 협의 매각 또는 공익사업 실시에 따른 것이어서 정당한 사유가 있는 경우라고 할 것인데,정당한 사유가 있는 경우에는 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하더라도 취득세의 추징을 배제하고 있는 구 지방세특례제한법 제94조 제1호 및 자경농민에 대해서는 정당한 사유가 있는 경우 경작한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 경감된 취득세의 추징을 배제하고 있는 같은 법 제6조 제1항 제2호와의 형평을 고려하면,농업법인이 영농에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 것에 정당한 사유가 있는 경우에는 면제된 취득세를 추징할 수 없다고 보아야 한다.
다.그렇지 않다면,구 지방세특례제한법 제6조 제1항 제2호가 자경농민의 경우에는 경작한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용한 경우 정당한 사유가 없는 경우에 한하여 취득세를 추징할 수 있도록 하고 있는 반면,구 지방세특례제한법 제94조 제2호는 정당한 사유를 불문하고 해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하면 무조건 추징하도록 규정하고 있어 자경농민과 농업법인을 합리적 이유 없이 차별하고 있다.따라서 구 지방세특례제한법 제94조 제2항은 헌법 제11조 제1항에 근거한 조세평등주의에 위배되어 위헌이고,이에 근거한 이 사건 처분 또한 위법하므로 취소되어야 한다.
3.관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
4.판단

가.이 사건 쟁점토지의 매각 등이 구 지방세특례제한법 제94조 제2호가 정한‘매각하거나 다른 용도로 사용한 경우’에 해당하는지 여부 구 지방세특례제한법 제94조 제2호는 부동산에 대하여 감면된 취득세를 추징할 수 있는 경우의 하나로서‘해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’를 규정하고 있다.
앞서 인정한 사실과 같이 원고가1○○-17토지를 취득한2012. 11. 27.부터2년이 경과하기 전인2013. 7. 12.토지보상법에 따른 협의를 거쳐 위 토지를 매각한 것은 구 지방세특례제한법 제94조 제2호가 정한'매각‘한 경우에 해당하고,원고가1○○-20, 21토지를 취득한2012. 11. 27.로부터2년이 경과하기 전인2014. 3. 24.위 토지를 영농의 용도가 아닌 휴게시설 부지로 사용하게 한 것은 위 법이 정한’다른 용도로 사용하는 경우‘에 해당한다.
비록 이 사건 쟁점토지가 공익사업 부지로 편입됨에 따라 원고가 위 토지를 매각하거나 다른 용도로 사용하게 된 것이기는 하나,그러한 매각 등이 공익사업에 따라 원고의 선택권이 제한된 상태에서 이루어졌다는 사정만으로 구 지방세특례제한법 제94조 제2호가 정한‘매각한 경우’또는’다른 용도로 사용하는 경우‘에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다.
따라서 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.
나.정당한 사유가 있는 경우에는 취득세를 추징할 수 없는지 여부

1)조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고,합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고,특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원2004. 5. 28.선고2003두7392판결 참조).
2)구 지방세특례제한법 제11조 제2항에서 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하고 있는 것은 농업법인의 설립 등에 대한 세제상의 지원을 통해 영농산업을 보호,육성하려는 정책적 고려에 따른 것으로 볼 수 있고,같은 법 제94조 제2호에서 해당 용도로 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 감면된 취득세를 추징하도록 한 것은 영농에 제공된 부동산을 그 고유목적에 장기간 사용하도록 유도하고 취득세 면제의 취지에 합당한 사용을 하는지를 사후적으로 관리함과 아울러 그 면제 혜택이 부동산 투기에 악용되는 것을 방지함으로써 취득세 면제의 입법목적을 달성하기 위한 것으로 해석된다.
한편,구 지방세특례제한법은 제94조에서“부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.”고 하면서 제1호에서‘정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’를,제2호에서‘해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’를 규정하여 제1호와 달리 제2호에서는‘정당한 사유 없이’를 추징요건으로 삼지 않고 있고,자경농민이 취득하는 농지에 대한 취득세 경감과 관련하여서는 제6조 제2호에서‘정당한 사유 없이 경작한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 경감된 취득세를 추징한다는 특별 규정을 두고 있는 것과는 달리 농업법인이 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면과 관련하여서는 감면된 취득세의 추징에 관하여 특별 규정을 두고 있지 않다.
위와 같은 법령의 내용과 체계,입법목적과 아울러①농업법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산을 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 해소된 후부터라도 일정기간 이상 영농에 사용할 경우 영농산업의 보호,육성이라는 취득세 면제의 입법목적을 달성할 수 있게 되는 반면,해당 용도로 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 자체로서 취득세 면제의 입법목적을 달성하기가 곤란하다고 보아야 하는 점,②구 지방세특례제한법 제6조 제2호가 자경농민이 취득하는 농지에 대하여 경감된 취득세를 추징하기 위한 요건으로서 정당한 사유가 존재하지 않을 것을 규정하고 있으나,이는 같은 법 제94조가 정한‘이 법에서 특별히 규정한 경우’로서 같은 조 각 호의 적용을 배제하는 규정이므로 그에 따라 배제되는 같은 조 제2호의 적용에 대하여 위 규정을 다시 유추할 여지는 없는 점 등에 비추어 보면,농업법인이 영농에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 영농에 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하여 취득세 면제의 입법목적이 달성될 수 없는 경우에는 정당한 사유가 있는지 여부를 묻지 않고 구 지방세특례제한법 제94조 제2호에 따라 감면된 취득세가 추징된다고 보아야 한다.
3)따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
다.구 지방세특례제한법 제94조 제2호가 조세평등주의에 반하여 위헌·무효인지 여부

1)조세평등주의 또는 조세평등의 원칙이란,헌법 제11조 제1항이 규정하는 평등의 원칙이 조세법 영역에서 구현된 것으로 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고 합리적 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 않는다는 원칙이다(헌법재판소1998. 5. 28.선고95헌바18결정 참조).
조세의 감면에 관한 규정은 조세의 부과·징수의 요건이나 절차와 직접 관련되는 것은 아니지만,조세란 공공경비를 국민에게 강제적으로 배분하는 것으로서 납세의무자 상호간에는 조세의 전가관계가 있으므로 특정인이나 특정계층에 대하여 정당한 이유 없이 조세감면의 우대조치를 하는 것은 특정한 납세자 군이 조세의 부담을 다른 납세자 군의 부담으로 떠맡기는 것에 다름 아니므로 조세감면의 근거 역시 법률로 정하여야만 하는 것이 국민주권주의나 법치주의의 원리에 부응하는 것이다.그런데,조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 한다(헌법재판소1996. 6. 26. 93헌바2결정 참조).
또한 지방세특례제한법으로 과세요건에 대한 예외 규정인 비과세 내지 감면요건과 이에 대한 추징요건을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 아니하는 한 입법자의 입법재량에 속한다고 할 것이다.
2)구 지방세특례제한법은 자경농민에 대해서는 제6조 제1항 제2호에서 정당한 사유가 없는 경우에 한하여 해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용한 경우에 취득세를 추징하도록 규정하고 있는 반면,농업법인에 대해서는 같은 법 제94조 제2호에서 정당한 사유를 불문하고 영농에 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 해당 부동산을 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세를 추징하도록 하고 있어 자경농민과 농업법인 사이에 차별을 두고 있다.
3)그러나 다음에서 보는 사정에 비추어 보면 구 지방세특례제한법이 자경농민과 농업법인 사이에 차별을 두고 있는 것은 합리적인 이유가 있다고 할 것이므로,위와 같은 차별이 헌법상 조세평등의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다.
①자경농민은 구 지방세특례제한법 제6조 제1항에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지 및 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야에 대하여 취득세를50%감면받는 것에 불과하다.반면,농업법인은 같은 법 제11조 제1항에 따라 자경농민과 마찬가지로 영농에 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 것임에도 취득세를 전액 면제받게 된다.이러한 차이를 고려하면,농업법인에 대하여 감면된 취득세의 추징사유를 자

경농민에 대하여 경감된 취득세의 추징사유보다 넓게 설정함으로써 취득세 감면의 혜택 범위를 엄격하게 규율하는 것은 형평에 어긋난다고 할 수 없다.
②자경농민은 취득세가 경감된 농지를 직접 경작하다가도 질병,경작상 필요에 의한 대토 취득 등으로 경작한 기간이2년 미만인 상태에서 농지를 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우가 생길 수 있고 거기에 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우에는 자경농민의 보호를 위한 특별한 배려가 필요하다고 볼 수 있으나,농업법인은 그 법적 실체와 설립목적 등에 비추어 위와 같은 특별한 배려가 필요하다고 보기 어렵다.
③앞서 본 바와 같이 농업법인이 설립등기 후2년 이내에 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하는 것은 농업법인의 설립 등에 대한 세제상의 지원을 통해 영농산업을 보호,육성하기 위함이고,이러한 입법목적과 관련하여 농업법인과 법인이 아닌 자경농민을 동일시할 수는 없으므로,감면된 취득세의 추징사유에 관하여 법인이 아닌 자경농민과 차등을 두더라도 합리적 이유 없이 농업법인

을 불리하게 취급하는 것이라고 할 수는 없다.
4)따라서 구 지방세특례제한법 제94조 제2호가 위헌·무효라고 볼 수 없으므로,위 규정에 근거한 이 사건 처분은 적법하고,이에 반하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
5.결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여,주문과 같이 판결한다.
<<별지>>

관계 법령

[구 지방세특례제한법(2013. 1. 1.법률 제11618호로 개정되기 전의 것)]

제6조(자경농민의 농지 등에 대한 감면)

①대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서2년 이상 영농에 종사한 사람,후계농업경영인,농업계열 학교 또는 학과의 이수자 및 재학생(이하 이 조에서"자경농민"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 농지(논,밭,과수원 및 목장용지를 말한다.이하 이 절에서 같다)및 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야에 대하여는 취득세의100분의50을 경감한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
1.정당한 사유 없이 그 취득일부터2년이 경과할 때까지 농지를 직접 경작하지 아니하거나 농지조성을 시작하지 아니하는 경우

2.정당한 사유 없이 경작한 기간이2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

제11조(농업법인에 대한 감면)

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서"농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를,농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각2012년12월31일까지 면제한다.②농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의100분의50을,과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세

의100분의50을 각각2012년12월31일까지 경감한다.
제94조(감면된 취득세의 추징)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1.정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

[구 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률((2015. 1. 6.법률 제12961호로 개정되기 전의 것))

제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등)

①농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인을 설립할 수 있다.
②농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되,농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

농업법인이 설립등기 후 2년 이내에 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하는 것은 농업법인의 설립 등에 대한 세제상의 지원을 통해 영농산업을 보호, 육성하기 위함이고, 이러한 입법목적과 관련하여 농업법인과 법인이 아닌 자경농민을 동일시할 수는 없으므로, 감면된 취득세의 추징사유에 관하여 법인이 아닌 자경농민과 차등을 두더라도 합리적 이유 없이 농업법인을 불리하게 취급하는 것이라고 할 수는 없다.