조세감면거부처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2008.10.17 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
기타
【주문】
1. 제1심 판결을 취소한다.2. 피고가 2004. 11. 9. 원고에 대하여 한 조세감면거부처분을 취소한다. 3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 12. 20. 세계 각국에서 물, 에너지, 폐기물처리 및 수송과 관련한 각종 사업을 영위하여 온 프랑스 회사인베올리아 워터사(Veolia Water S. A., 변경전 상호는Vivendi Water S. A.;아래에서는 ‘베올리아’라고 한다)에 의하여 설립된 회사로서, 하수처리시설의 건설, 유지 및 운영 등을 그 목적으로 한다.
나. 원고는 2001. 12. 26. 인천광역시와 사이에 ‘송도·만수 하수종말처리시설 민간투자사업 실시협약’을 체결하고, 위 협약에 따라 2002. 10월경부터 2004. 12월경까지 인천 송도·만수 하수종말처리시설을 건설·완공하여 인천광역시에게 이를 양도한 후, 인천광역시로부터 위 하수종말처리시설에 대한 20년간(2005. 1. 1.부터 2024. 12. 31.까지)의 무상사용권을 취득하여 이를 관리·운영하면서 인천광역시로부터 하수처리 사용료를 지급받아 왔다(이하 위 하수종말처리시설의 건설·운영에 관한 사업을 통틀어 ‘이 사건 사업’이라 한다).
다. 한편, 원고는 금융기관으로부터 이 사건 사업에 필요한 자금을 특정사업금융방식(project financing)으로 조달하면서 다음 표와 같이 수회에 걸쳐베올리아로부터 투자를 받고 위 각 투자(아래에서는 다음 표의 순번에 따라 각 ‘○번 투자’라고 한다)에 대하여 외국인투자촉진법에 따라 ‘신주(또는 기존주식) 등의 취득에 대한 외국인(증액)투자신고’를 한 후, 위 각 투자 무렵마다 유상증자를 실시하는 등으로베올리아로 하여금 그 각 투자금액에 상당하는 원고의 주식을 취득하게 하였다.
순번

신고일

신고번호

투자(신고)금액

1

2001. 12. 18.
외투 01-055

40,050,000원 (미화 32,040달러 상당)

2

2002. 9. 18.
외투 02-0014

3,859,220,000원 (미화 3,223,000달러 상당)

3

2003. 1. 14.
외투 2003-16

584,730,000원 (미화 500,000달러 상당)

4

2003. 3. 19.
외투 2003-070

1,016,485,000원 (미화 820,000달러 상당)

5

2003. 6. 20.
외투 2003-154

4,382,275,000원 (미화 3,800,000달러 상당)

6

2003. 9. 19.
외투 2003-233

4,713,320,000원 (미화 4,100,000달러 상당)

7

2004. 1. 7.
외투 2004-009

423,000,000원 (미화 360,000달러 상당)

8

2004. 7. 5.
외투 2004-218

3,057,425,000원 (미화 2,700,000달러 상당)

9

2004. 7. 8.
외투 2004-222

8,898,575,000원 (미화 7,690,000달러 상당)

합계

26,975,080,000원 (미화 23,225,040달러 상당)

라. 원고는 “이 사건 사업에 사용되는 기술인 「바이오스티어(BIOSTYR) 및 아제닛(AZENIT) 공법에 의한 폐하수의 질소·인 제거기술을 포함한 수질오염물질처리장치 및 기술(아래에서는 ‘이 사건 기술’이라 한다)」이구 조세특례제한법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것; 아래에서는 ‘조특법’이라고 한다) 제121조의2 제1항 제1호에서 정한 ‘고도의 기술’에 해당하고, 따라서 이 사건 사업이 같은 호에서 정한 사업에 해당하며베올리아의 원고에 대한 투자가 같은 항에서 정한 외국인투자에 해당한다.”라는 이유로 2002. 1. 31.에는 1번 투자에 대하여, 2002. 10. 10.에는 2번 투자에 대하여 피고에게조특법 제121조의2 제6항및제121조의4에 따라 각 조세감면신청을 하였고, 이에 피고는 2002. 2. 6.에는 1번 투자에 대하여, 2002. 10. 15.에는 2번 투자에 대하여 각 조세감면결정을 하였다.
마. 또한, 원고는 2004. 10. 20. 위 라.항의 조세감면신청이유와 동일한 이유로 3번 내지 5번 투자(투자금액 합계 5,983,490,000원; 이하 이를 통틀어 ‘이 사건 투자’라고 한다)에 대하여 피고에게 조세감면신청을 하였는데, 이에 대하여 피고는 2004. 11. 9. “조특법 제121조의2 제8항에 의하여 관계부처와 협의를 거친 결과, 이 사건 투자가구 조세특례제한법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호; 아래에서는 ‘조특법 시행령’이라고 한다) 제116조의2 제1항 및 제2항에 의한 조세감면기준을 충족하지 아니한다.”라는 이유로 원고의 위 조세감면신청을 거부하였다(아래에서는 ‘이 사건 처분’이라 한다).
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 갑 3호증의 1, 2, 갑 4 내지 6, 8 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.
⑴ 이 사건 처분의 근거 법령은 불확정개념을 사용하였으므로 조세법률주의(과세요건명확주의 또는 과세요건법정주의)에 반하여 무효이다.
⑵ 어떤 투자가조특법 제121조의2 제1항에서 정한 외국인투자에 해당하는지 여부는 그 투자가 이루어진 시점을 기준으로 판단하여야 할 것인데, 이 사건 처분은 법규명령으로서의 효력을 가지는 「외국인투자 등에 대한 조세감면규정(아래에서는 ‘조세감면규정’이라 한다)」이 2003. 7. 10. 재정경제부고시 제2003-14호로 개정되면서 [별표 1] 제1편 7-2 “수질 및 수량관리를 위한 장치 및 기술”에서 ‘폐하수의 질소·인 제거기술’ 항목이 삭제되었음을 그 이유로 한 것인바, 이는 이 사건 투자가 이루어진 당시(2003. 1. 14.부터 같은 해 6. 20.까지)의 조세감면규정에 따르지 아니하고 그 이후에 위와 같이 개정된 조세감면규정에 따라 행하여진 처분일 뿐만 아니라, 그 후인 2004. 9. 7. 재정경제부고시 제2004-16호로 다시 개정된 조세감면규정 부칙 제2조 제2항에도 위배된다.
⑶ 이 사건 처분은 피고가 2000. 12. 28.경베올리아에 대하여 한 조세감면대상확인 통보에 반하는 것으로서 신뢰보호의 원칙에 위배된다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 인정사실

⑴베올리아는 2000. 11. 14.조특법 제121조의2 제7항에 따라 피고에게 ‘이 사건 기술 및 사업이 조특법 시행령 제116조의2에서 정한 조세감면대상에 해당하는지 여부’의 확인을 신청하였고, 이에 피고는 2000. 12. 28.베올리아에게 ‘조세감면대상에 해당함을 확인한다’는 취지로 통보하였다.
⑵ 환경부장관은 ① 2003. 1. 7. 조세감면규정의 개정과 관련하여 피고에게 ‘폐하수의 질소·인 제거기술’은 국내에서 개발된 상용화된 기술로서 외국인투자에 의한 기술이전효과가 미약하다는 의견을 제시하였고(이에 따라 위 2003. 7. 10.자 조세감면규정 개정이 이루어졌다), ② 2004. 10. 30. 그 산하의 환경관리공단, 하수도과 및 국립환경연구원(수질공학과)의 검토의견을 종합, 원고의 위 2004. 10. 20.자 조세감면신청에 대한 협의와 관련하여 피고에게 “이 사건 기술은 이미 국내에도 관련 기술이 많이 개발되어 선진기술 수준에 도달하여 있는 것으로 판단되고, 이미 현장에도 적용·운영되고 있으며, 따라서 이 사건 기술의 도입에 따른 경제적·기술적 파급효과는 미미하고, 이는 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술이 아닌 것으로 판단된다.“는 의견을 회신하였다.
【인정근거】 갑 7호증, 을 1, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판 단

⑴ 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단

㈎조특법 제121조의2 제1항은 ‘국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업’을 영위하기 위한 외국인투자를 법인세·소득세·취득세·등록세·재산세 및 종합토지세 등이 감면되는 외국인투자의 하나로 규정하고 있고(제1호), 위 조항의 위임에 따른조특법 시행령 제116조의2는 ‘고도의 기술을 수반하는 사업’이 ‘국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업’이라고 규정하는 한편(제1항 제2호) ‘국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술’을 수반하여야 하는 것으로 규정하며(제2항 제1호),조특법 시행령 제116조의2 제1항의 위임에 따른 조세감면규정 제4조는 ‘고도의 기술을 수반하는 사업’이 ‘별표1에 게기된 제품의 생산에 직접 소요되는 기술을 제공하거나 동표에 게기된 기술을 이용한 사업에 자본을 투자하는 경우로서조특법 시행령 제116조의2 제2항각호에 해당하는 사업’이라고 규정하고 있다. 또한, 외국투자가 등은 외국인투자촉진법 제5조 제1항의 규정에 의한 신고를 하기 전에 그 영위하고자 하는 사업이 제1항의 규정에 의한 감면대상에 해당하는지의 여부를 확인하여 줄 것을 재정경제부장관에게 신청할 수 있도록 규정되어 있다(조특법 제121조의2 제7항).
㈏ 위와 같은 규정들 중 이 사건 처분의 근거 법령인조특법 제121조의2 제1항및조특법 시행령 제116조의2가 불확정개념의 사용으로 조세법률주의(과세요건명확주의 또는 과세요건법정주의)에 반하여 무효인지 여부에 관하여 살피건대, ① 먼저 법률의 위헌여부에 관하여는 헌법재판소가 최종적인 판단권한을 가지는 것이므로, 헌법재판소가조특법 제121조의2 제1항에 대하여 위헌결정을 하지 아니한 이상 위 조항이 위헌무효라고 단정할 수는 없고, ② 다음으로조특법 시행령 제116조의2의 취지나 입법기술의 한계로 인한 포괄적 개념 사용의 불가피성, 위 조항이 재정경제부장관에게 고도기술수반사업 등을 구체적으로 정할 권한을 재위임하고 있는 점 등에 비추어 보면, 위 조항이 ‘개발수준’, ‘국제경쟁력 강화’, ‘경제적 또는 기술적 파급효과’, ‘산업구조의 고도화’ 등의 불확정개념을 사용하였다는 점만 가지고 위 조항이 과세요건명확주의 또는 과세요건법정주의에 반하여 위헌 또는 위법이라고 볼 수는 없으므로, 원고의 첫 번째 주장은 이유 없다.
⑵ 원고의 두 번째 주장에 대한 판단

㈎ 피고는 이 사건 처분사유가 “이 사건 투자가 (조특법 시행령 제116조의2 제1항 제2호의 요건은 충족하나)조특법 시행령 제116조의2 제2항 제1호의 요건을 충족하지 아니하는 점”이라고 주장하는바, 피고가 이 사건 처분 당시에 명시한 처분사유(‘이 사건 투자가조특법 시행령 제116조의2 제1항 및 제2항의 요건을 충족하지 아니한다’)에 비추어 보면, 이 사건 처분사유는 이를 피고의 위 주장과 같이 파악하여야 할 것이고(가사 피고의 위 주장이 사실상 이 사건 처분사유의 추가나 변경에 해당한다고 하더라도, 이는 당초의 처분사유와 기본적 사실관계가 동일한 한도 내의 추가·변경이라고 할 것이므로, 이러한 판단은 달라지지 아니한다), 따라서 이 사건 처분사유가 실제로 존재하는지 여부는 결국 이 사건 기술이조특법 시행령 제116조의2 제2항 제1호의 요건을 충족하는지 여부에 따른다고 할 것이며, 이는 조세감면요건의 존부에 관한 사정으로서 납세자인 원고가 그 충족사실을 입증하여야 할 것이다.
㈏ 이에 대하여 원고는,조특법 시행령 제116조의2 제2항 제1호의 요건은같은 조 제1항 제1호에서 정한 ‘산업지원서비스업’의 경우에만 의미가 있는 것이고같은 조 제1항 제2호에서 정한 ‘고도의 기술을 수반하는 사업’의 경우에는 의미가 없다고 주장하나, 이러한 해석은조특법 시행령 제116조의2 제2항과 조세감면규정 제4조의 문언에 반할 뿐만 아니라, ‘국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업’이 그 개념상 필연적으로 ‘국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술’을 수반한다고 단정할 수도 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다(을 5호증의 기재만으로는 피고가 다른 경우에조특법 시행령 제116조의2 제1항 제2호의 요건과 같은 조 제2항 제1호의 요건을 사실상 구별하지 아니한 채 조세감면요건의 충족여부를 판단하여 왔다고 볼 수 없고, 가사 그랬다고 하더라도 그러한 사정만 가지고 원고의 위 주장을 받아들이기는 어렵다).
㈐ 나아가 어떤 투자가조특법 제121조의2 제1항에서 정한 외국인투자에 해당하는지 여부는 그 투자가 이루어진 시점을 기준으로 판단하여야 할 것이므로, 이 사건 투자가 이루어진 당시(2003. 1. 14.부터 같은 해 6. 20.까지)에 이 사건 기술이 ‘국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술’에 해당하였는지 여부에 관하여 살피건대, 갑 1, 8호증의 각 기재만 가지고는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 기술은 이 사건 투자가 이루어진 당시에조특법 시행령 제116조의2 제2항 제1호의 요건을 충족하였다고 볼 수 없고, 결국 이 사건 처분사유는 실제로 존재한다고 할 것이다.
㈑ 원고는, 만약 원고가 이 사건 투자에 근접한 시점에서 그에 대한 조세감면신청을 하였다면 피고가 조세감면결정을 하였을 것이니 피고는 사실상 원고의 조세감면신청 시점을 기준으로 이 사건 처분사유의 존부를 판단한 것이라는 취지로 주장하나, 원고가 가정하는 위와 같은 사정만 가지고는 피고가 사실상 원고의 조세감면신청 시점을 기준으로 이 사건 처분사유의 존부를 판단하였다고 볼 수 없을뿐더러, 가사 그랬다고 하더라도 이는 위 판단에 별다른 영향을 미치지 아니하고, 그 밖에 원고가 주장하는 다른 사정들(원고가 특정사업금융방식에 의한 자금조달 때문에 불가피하게베올리아로부터 순차적으로 투자를 받게 되었다는 점, 이 사건 투자가 피고의 2번 투자에 대한 조세감면결정으로부터 불과 4~9개월이 경과한 시점에 이루어졌다는 점 등)도 위 판단에 영향을 미치지 아니하므로, 결국, 원고의 두 번째 주장도 이유 없다.
⑶ 원고의 세 번째 주장에 대한 판단

㈎ 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다(대법원 1999. 3. 9. 선고 98두19070 판결,대법원 2008. 1. 17. 선고 2006두10931 판결 등 참조)고 할 것이고, 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 경우라고 하더라도 행정청이 앞서 표명한 공적인 견해에 반하는 행정처분을 함으로써 달성하려는 공익이 행정청의 공적 견해표명을 신뢰한 개인이 그 행정처분으로 인하여 입게 되는 이익의 침해를 정당화할 수 있을 정도로 강한 경우에는 신뢰보호의 원칙을 들어 그 행정처분이 위법하다고는 할 수 없다(대법원 1998. 11. 13. 선고 98두7343 판결 참조).
㈏ 위 법리에 따라 이 사건을 보건대, 앞에서 본 1. 처분의 경위 및 2.의 다. 인정사실에서 나타나는 인정되는 다음의 사정, 즉베올리아는 2000. 11. 14.조특법 제121조의2 제7항에 따라 피고에게 ‘이 사건 기술 및 사업이조특법 시행령 제116조의2에서 정한 조세감면대상에 해당하는지 여부’의 확인을 신청한 데 대하여 피고는 2000. 12. 28.베올리아에게 ‘조세감면대상에 해당함을 확인한다’는 취지로 통보하여 조세감면에 대한 공적인 견해표명을 하였고베올리아또는 원고가 위 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 귀책사유가 있다고 볼 사정이 보이지 않는 점, 피고의 위 견해표명에 대하여베올리아는 원고를 설립하였고, 원고는 2001. 12. 26. 이 사건 사업에 관하여 인천광역시와 사이에 협약을 체결한 후 이 사건 투자를 한 점, 피고는 위 견해표명에 따라 1번, 2번 투자에 대하여는 조세감면결정을 하였음에도 이 사건 투자에 대하여는 위 견해표명과 달리 조세감면신청을 거부한 점을 고려하면, 원고와 피고 사이의 이 사건 처분에 관하여는 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건을 모두 갖추었다고 할 것이다.
나아가 피고가 이 사건 사업이 조세감면대상에 해당한다는 공적인 견해에 반하는 이 사건 처분을 함으로써 달성하려는 공익이 피고의 위 공적 견해표명을 신뢰한 원고가 이 사건 처분으로 인하여 입게 되는 이익의 침해를 정당화할 수 있을 정도로 강한지에 여부에 관하여 살피건대, 피고가 이 사건 처분을 하게 된 직접적인 계기는 외국인투자 등에 대한 조세감면규정이 2003. 7. 10. 개정되면서 이 사건 기술이 고도기술수반산업에서 제외되었기 때문인 것으로 보이는데, 피고가 2002. 10. 15. 2번 투자에 대하여 조세감면결정을 한 후 2003. 7. 10.까지 사이에 이 사건 기술과 관련된 국내기술이 비약적인 발전이 이루어졌다는 등의 사정변화가 있었다고 보기 어렵고, 이 사건 투자는 모두 2003. 7. 10. 이전에 이루어진 점, 원고는 피고의 위 조세감면에 관한 공적견해를 신뢰하여 2001. 12. 26. 인천광역시와 사이에 총 사업비를 85,554,000,000원으로 한 이 사건 사업에 관한 실시협약을 체결한 후 그 협약의 이행으로써 이 사건 투자를 포함한 1번 내지 9번 투자를 한 점에 비추어 보면 원고의 신뢰에 대한 보호필요성은 크다고 보이는 반면, 피고가 이 사건 처분을 함으로써 달성하려는 공익은 이 사건 기술이 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요하거나 고도의 기술을 수반하는 것이 아니라고 선언하여 결과적으로 조세수입의 증가를 가져오는 것인 점을 고려하면, 피고가 이 사건 처분을 함으로써 달성하는 공익이 원고가 입게 되는 이익의 침해를 정당화할 수 있을 정도로 강한 것이라고 볼 수 없다.
㈐ 소결론

따라서 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다.
3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

법률의 위헌여부는 헌법재판소가 최종적인 판단권한을 가지며, 헌법재판소가 위헌결정을 하지 아니한 이상 위헌무효라고 단정할 수 없고, 입법기술의 한계로 인한 포괄적 개념 사용의 불가피성 등을 고려하면 불확정개념을 사용하였다는 점만 가지고 과세요건명확주의 또는 과세요건법정주의에 반하여 위헌 또는 위법이라고 볼 수 없으며, '국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술'에 해당함을 인정하기가 어려우므로 이 사건 기술은 투자가 이루어진 당시에 조세감면 요건을 충족하였다고 볼 수 없다. 그러나 과세관청의 조세감면대상에 해당한다는 취지의 통보는 공적인 견해표명에 해당하며, 원고가 그 견해표명을 신뢰한 데에 귀책사유가 있다고 볼 수 없으며, 과세관청이 이 사건 처분을 함으로써 달성하는 공익이 원고가 입게 되는 이익의 침해를 정당화 할 수 있을 정도로 강한 것이라고 볼 수 없으므로 신뢰보호원칙에 반한다고 할 수 있다. 따라서 과세관청의 조세감면 거부처분은 위법하다.