종합소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2009.04.23 / 시행일:

【원 고】 원고
【피 고】 양천세무서장
【변론종결】2009. 4. 2.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2006. 12. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 종합소득세 105,618,400원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위 
 가. 주식회사 이노샵(1999. 5. 19. 주식회사 한마이크로텍이라는 상호로 설립된 후 2004. 4. 27. 위와 같이 상호가 변경되었는데, 이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)은 반도체 설계 및 제조 서비스 등을 목적으로 설립되었다가 2005. 8. 31. 폐업한 회사이고, 원고는 2004. 10. 30.부터 이 사건 회사의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있는 사람이다.
 나. 이 사건 회사는 2004년 제2기에 주식회사 테라닉스테크놀러지(이하 ‘테라닉스테크놀러지’라고 한다)로부터 아래와 같이 매입금액 합계 4억 2,460만 원의 매입세금계산서 8장(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)을 교부받고 이를 근거로 위 4억 2,460원을 손금산입하여 2004년 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다. 
작성일품목공급가액(원)세액(원)매입금액(원)2004.10.15.모니터링43,400,0004,340,00047,740,0002004.10.20.소프트웨어35,100,0003,510,00038,610,0002004.10.27.하드웨어장비75,000,0007,500,00082,500,0002004.11.02.모니터링32,500,0003,250,00035,750,0002004.11.19.모니터링55,800,0005,580,00061,380,0002004.11.25.PCB납품81,000,0008,100,00089,100,0002004.12.06.소프트웨어44,200,0004,420,00048,620,0002004.12.21.소프트웨어19,000,0001,900,00020,900,000계？386,000,00038,600,000424,600,000 
 다. 서대문세무서장은 이 사건 세금계산서가 실물거래 없는 가공매입세금계산서라는사실을 확인한 후, 위 세금계산서상의 매입금액을 손금불산입하고 이를 귀속 불명의 사외유출로 보아 이 사건 회사의 전 대표이사인 소외 1에 대한 인정상여로 소득처분하고, 2005. 11. 25. 소외 1에게 종합소득세 163,976,000원을 부과하겠다는 취지의 과세예고통지를 하였다. 그러나, 소외 1이 2005. 12. 27. 이 사건 회사의 실질적 경영자는 원고라는 취지로 과세전적부심사를 청구하자, 서대문세무서장은 이를 받아들여 소외 1에 대한 인정상여처분을 취소하고, 위 세금계산서상의 매입금액 합계 4억 2,460만 원을 당시 대표이사로 등재되어 있던 원고에 대한 인정상여로 소득처분하여 2006. 1. 2. 원고에게 소득금액변동통지를 하는 한편, 원고의 주소지를 관할하는 피고에게 그 과세자료를 통보하였다.
 라. 피고는 서대문세무서장으로부터 위와 같은 과세자료를 통보받아 2006. 12. 1. 원고에게 2004년 귀속 종합소득세 195,640,150원을 부과하였다.
 마. 이에 대하여 원고는 2007. 8. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2008. 5. 1. "원고가 2004. 10. 30. 이 사건 회사의 대표이사로 등재되기 전에 수취한 매입세금계산서상 매입금액 합계 1억 6,885만 원에 대하여는 원고를 대표자로 보아 상여처분하여서는 안 되므로, 피고가 2006. 12. 14. 원고에게 한 2004년 귀속 종합소득세 195,640,150원의 부과처분은 그 인정상여처분액에서 위 1억 6,885만 원을 차감하여 과세표준과 세액을 경정하라."는 취지로 결정하였다.
 바. 피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 2004년 귀속 종합소득세 부과처분 중 90,021,750원을 감액하였다(피고가 2006. 12. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 종합소득세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남아 있는 105,618,400원 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 7∼12, 14, 15호증, 을 1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부 
가. 원고의 주장 
 (1) 원고는 이 사건 회사를 실질적으로 경영하던 소외 1의 부탁에 따라 형식적으로만 법인등기부상 대표이사로 등재된 것이고, 실제로는 관리이사로서 근무하였을 뿐 이 사건 회사를 실질적으로 경영한 사실이 없으므로, 단순히 명목상의 대표이사에 불과한 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 위법하다. 
 (2) 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 교부된 가공매입세금계산서인 것은 사실이나, 위 세금계산서상의 매입금액 합계 4억 2,460만 원 중 이 사건 회사의 대차대조표상 매입채무로 계상되어 있는 2억 9,722만 원은 사외유출된 것으로 볼 수 없다. 그럼에도 2억 5,575만 원(위 2억 9,722만 원 - 조세심판원 결정에 따라 감액된 1억 6,885만 원)이 사외유출 되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계법령 
 별지 관계법령 기재와 같다.
다. 인정사실 
 (1) 이 사건 회사에서의 원고의 지위 등
 (가) 소외 1은 이 사건 회사의 대표이사로서 이 사건 회사의 총발행주식 116,313주 중 약 26%인 29,980주를 소유하고 있었다.
 (나) 소외 1은 2004. 11. 12. 원고에게 소외 1이 소유하고 있던 이 사건 회사의 주식 29,980주를 양도하였고, 2004. 11. 15.에는 소외 1과 아래와 같은 내용의 계약(갑 24호증)을 체결하였다.
○ 이 사건 회사가 정상화될 때까지 2004. 11. 15.부터 한시적으로(6개월 내지 1년) 대표이사를 소외 1에서 원고로 변경한다. 이 사건 회사가 정상화되었다고 판단되면 대표이사를 소외 1로 원상복귀한다.
○ 소외 1이 보유하고 있는 이 사건 회사의 주식 29,980주를 원고에게 한시적으로 인계한다. 이 사건 회사가 정상화되면 위 주식도 원상복귀한다.
 (다) 이 사건 회사의 사업자등록증에는 여전히 소외 1이 대표자로 기재되어 있었고 소외 1의 명함에는 대표이사, 원고의 명함에는 관리이사라는 직책이 기재되어 있었으나, 원고는 2004. 10. 말경부터 이 사건 회사의 폐업 당시까지 이 사건 회사의 법인인감도장, 법인예금통장 등을 관리·보관하면서 이 사건 회사의 입·출금업무를 담당하였다.
 (라) 이 사건 회사로부터 급여 명목으로 원고는 2004년 10월 말경부터 매월 3,275,000원씩을, 소외 1은 2004년 9월 말경부터 매월 1,575,000원씩을, 소외 1의 처인 소외 2는 2,075,000원씩을 각 지급받아 왔다.
 (마) 원고는 이 사건 세금계산서가 가공세금계산서라는 사실이 밝혀지자, 2005. 4. 18. 서대문세무서에 출석하여 "이 사건 회사는 소외 1이 대표이사로, 원고가 관리이사로 되어 있으나, 원고는 자금관리 등 제반사항의 운영을 하였고 가공매입세금계산서 거래에도 실제로 관여하였다. 원고는 이 사건 회사를 인수하려고 하였으나 여의치 않아 현재는 회사를 빌린 셈이지만, 실제로 이 사건 회사의 경영권은 원고에게 있다."는 취지로 진술한 바 있다.
 (바) 소외 1은 과세전적부심사를 청구하면서, "자신은 이 사건 회사의 제품생산과 관련된 기술적인 부분(개발, 생산, 영업, 수출제품의 설치와 A/S)을 담당하였고, 원고는 자금관리, 구매업무, 은행업무, 관공서 업무 등을 담당하였다."고 기재한 바 있다.
 (2) 이 사건 회사의 장부 기재 등
 (가) 원고가 제출한 이 사건 회사의 2004년 결산보고서(갑 4호증 중 일부) 중 대차대조표에는 매입채무 1억 6,590만 원, 미지급금 2억 967만 원이 계상되어 있고, 외상매입금명세서에는 위 매입채무 1억 6,590만 원이 테라닉스테크놀로지에 대한 외상매입금으로 기재되어 있으며, 미지급금명세서에는 테라닉스테크놀로지에 대한 미지급금 1억 9,063만 원이 위 미지급금 위 2억 967만 원에 포함된 것으로 기재되어 있다. 반면, 이 사건 회사의 거래처별 외상매입금원장(을 5호증)에는 이 사건 회사가 테라닉스테크놀로지로부터 최초로 가공매입세금계산서 1장을 교부받은 2004. 10. 15.에 테라닉스테크놀로지에 대하여 외상매입금의 변제 명목으로 위 세금계산서상의 매입금액인 4,774만 원을 초과하는 1억 2,738만 원을 현금으로 지급한 것으로 기재되어 있다.
 (나) 한편, 소외 1은 2006. 8. 29. 이 사건 회사의 2005년 귀속 법인세를 신고하였는데 이에 첨부된 대차대조표(을 6호증)에 따르면 이 사건 회사의 매입채무는 32,629,390원인 것으로, 미지급금은 존재하지 않는 것으로 기재되어 있다(이에 대하여 원고는 ① 원고에 대한 이 사건 처분이 적법한 것이라면 소외 1이 한 이 사건 회사의 2005년 귀속 법인세 신고는 신고할 권한이 없는 자에 의한 신고로서 위법하고 ② 을 6호증은 소외 3 회계법인이 보관하고 있던 이 사건 회사의 장부와 그 내용이 달라 믿을 수 없다고 주장하나, ① 이 사건 처분은 이 사건 회사의 2004년 귀속 법인세와 관련된 것으로서, 2005년 귀속 법인세와는 관계가 없는 점, ② 위 (1)의 (나)항에서 본 계약내용에 따르더라도 적어도 계약일로부터 1년이 되는 2005. 11. 14.경 이후부터는 소외 1을 이 사건 회사의 실질적인 경영자로 볼 수 있는 점, ③ 원고는 을 6호증과 내용이 다른 이 사건 회사의 장부를 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 받아들이지 아니한다). 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 4, 5, 7∼15, 17∼26, 28∼34호증, 을 1∼6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
라. 판단 
 (1) 원고를 이 사건 회사의 실질적인 경영자로 볼 수 있는지 여부
 법인세법 시행령 제106조 제1항이 규정하고 있는 대표자에 대한 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는데 그 취지가 있는 것으로서, 그 대표자는 실질적으로 그 회사를 사실상 운영하는 대표자이어야 하므로 비록 법인등기부상 회사의 대표이사로 등재되어 있었다고 하더라도 회사를 실질적으로 운영한 일이 없다면 그와 같은 인정소득을 그 대표자에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없다 할 것이나, 법인등기부상 대표이사로 등재된 자는 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로, 법인등기부상 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 자가 입증하여야 한다.
 원고가 이 사건 회사의 경영에 관여하지 않은 명목상의 대표이사에 불과하였는지에 관하여 살피건대, 갑 22, 25, 26, 29호증(각 가지번호 포함)을 비롯하여 원고가 제출한 증거만으로는 소외 1만이 이 사건 회사의 유일한 실질적인 대표자라고 인정하기에 부족하고, 달리 원고가 아닌 소외 1에게 이 사건 회사의 사업소득 또는 수익이 전적으로 귀속되었음을 인정할만한 증거가 없는 반면, 오히려 앞서 본 바와 같이 원고가 2004. 10. 말경부터 이 사건 회사의 폐업시까지 이 사건 회사의 법인예금통장과 인감도장 등을 보관·관리하면서 입·출금 업무를 독자적으로 담당하여 왔고, 이 사건 세금계산서의 수취에 주도적으로 관여하였으며, 원고는 2004. 10. 말경부터 2004. 12. 말경까지 소외 1보다 많거나 유사한 수준(소외 1의 급여에 그 처인 소외 2의 급여를 합산할 경우)의 급여를 지급받은 사실이 인정되므로, 원고는 이 사건 회사의 운영, 특히 자금관리 부분에 독자적으로 관여하여 대표이사로서의 권한을 일정부분 실제로 행사하여 왔다고 봄이 상당하고, 원고가 이 사건 회사의 법인등기부상 대표이사로 등재된 이후에도 소외 1이 이 사건 회사의 경영에 일부 관여하였다는 사정만으로 원고를 이 사건 회사의 명목상의 대표이사에 불과하다고 볼 것은 아니다. 따라서 이 부분에 관한 원고의 주장은 받아들이지 않는다.
 (2) 이 사건 회사의 2004년 대차대조표상 매입채무 등 부채로 계상된 부분도 사외유출된 것으로 볼 수 있는지 여부 
 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조). 따라서, 인정상여처분의 전제로서 손금불산입금액이 사외유출 되었다는 사실에 관하여는 원칙적으로 과세권자인 피고가 입증하여야 할 것이나, 실물거래 없이 가공매입세금계산서를 교부받아 이를 가공경비로 처리하여 손금산입한 경우에는 그와 같이 가공경비로 계상된 금액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 금액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 만한 특별한 사정은 이를 주장하는 납세의무자가 입증하여야 할 것이다.
 이 사건에 관하여 보건대, 외상매입금의 변제 명목으로 잔존하는 외상매입금보다 더 많은 금액을 현금으로 지급한 것으로 회계처리하는 것은 극히 이례적인 점, 소외 1이 이 사건 회사의 2005년 법인세 신고 당시 제출한 대차대조표에는 매입채무와 미지급금이 거의 존재하지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 세금계산서상의 매입금액 중 일부 금액이 이 사건 회사의 2004년 대차대조표상 부채로 계상되어 있었다는 사정만으로 위 금액이 2004년 사업연도 말 당시 이 사건 회사에 유보되어 있었다고 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서, 이 부분에 관한 원고의 주장도 받아들이지 않는다.
3. 결론 
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 장상균(재판장) 이동욱 정혜은