취득세등부과처분취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2021.10.28 / 시행일:

【원고, 피항소인】 학교법인 ○○학원 (소송대리인 법무법인 어울림 담당변호사 안혜림)
【피고, 항소인】 천안시 서북구청장
【제1심판결】 대전지방법원 2020. 7. 22. 선고 2018구합104824 판결
【변론종결】2021. 7. 1.
【주 문】
1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다. 
 가. 이 사건 소 중 별지 2 목록 각 부동산에 관한 감면 후 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 세액에 대한 경정거부처분 취소청구 부분을 각하한다. 
 나. 피고가 2014. 8. 18. 원고에게 한 별지 1 목록 각 부동산 중 순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 및 별지 2 목록 각 부동산을 제외한 나머지 부분에 관한 감면 후 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 세액에 대한 경정거부처분 중 별지 3, 4 목록 기재 각 부동산에 관한 감면 후 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 세액 해당 금액 부분을 취소한다. 
 다. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 
2. 소송총비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2014. 8. 18. 원고에게 한 별지 1 목록 각 부동산 중 순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산을 제외한 나머지 부분에 관한 취득세 1,377,056,490원, 농어촌특별세 137,636,290원, 등록세 1,381,717,160원, 지방교육세 276,482,160원 합계 3,172,892,100원에 대한 경정거부처분을 취소한다(원고는 제1심에서 피고가 별지 1 목록 각 부동산에 관하여 한 경정거부처분의 취소를 구하였다가 2020. 2. 4. 및 2020. 3. 30. 별지 1 목록 각 부동산 중 순번 70, 71 부동산에 관하여 한 경정거부처분의 취소청구 부분을 취하하였고, 이 법원에서 별지 1 목록 각 부동산 중 순번 9, 10, 12 내지 14 부동산에 관하여 한 경정거부처분의 취소청구 부분도 취하함으로써 청구취지를 일부 감축하였다). 
2. 항소취지
 제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 일부 내용을 고쳐 쓰는 것 외에는 제1심판결의 이유 중 해당부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다. 
○ 제2면 제8행, 제3면 제9행과 제10행 사이의 "2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것"을 "2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것"으로 고쳐 쓴다. 
○ 제3면 제20행부터 제5면 표까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다. 
『피고는 위 결정에 따른 재조사를 거쳐 2018. 6. 25. 이 사건 부동산 중 22,522.74㎡ 면적의 도로 부지(순번 5, 12 내지 14, 40, 48 내지 50, 53 내지 59, 65 내지 67, 72, 73, 84, 89, 91, 93 부동산 중 도로 부지에 해당하는 일부 면적)는 학교 교육용으로 직접 사용하는 부동산으로 인정하여 별지 1 목록 감면세액란 기재와 같이 합계 297,897,510원(가산세 제외, 가산세 포함시 335,985,250원)을 감액·환급한다고 통지하였다[원고의 당초 경정청구액에서 환급되지 않고 여전히 남아 있는 부분은 3,304,978,850원이고, 이에 대한 거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다. 한편 원고는 이 사건 처분 중 순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산에 관한 부분에 대하여는 그 취소를 구하지 않고 있으므로, 이를 특정할 때에는 ‘이 사건 처분(순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 부분 제외)’라고 한다].』
○ 제5면 표 아래 제2행의 "이하 같다)의 각 기재"를 "이하 같다), 을 제34호증"으로 고쳐 쓴다.
2. 관계 법령
 별지 5 관계 법령과 같다. 
3. 본안 전 항변에 관한 판단
 가. 본안 전 항변의 요지 
 1) 경정청구제도는 2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 구 지방세기본법에서 도입되었는데, 이 법률 부칙 제3조는 "제50조부터 제52조까지의 규정은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용한다."고 규정하고 있으므로, 2011. 1. 1. 이전에 납세의무가 성립한 경우에는 경정청구에 관한 구 지방세기본법(2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정된 것) 제51조가 적용될 수 없다.
 그런데 이 사건 부동산 중 순번 91, 92 부동산을 제외한 나머지 부동산은 모두 그 취득일이 2011. 1. 1. 이전이므로, 원고에게 이 사건 부동산 중 순번 91, 92 부동산을 제외한 나머지 부동산에 관한 취득세 등의 경정청구권이 인정되지 않는다.
 2) 구 지방세법(2018. 12. 31. 법률 제16194호로 개정되기 전의 것) 제20조 제3항의 규정에 따라 취득세 등을 비과세, 과세면제 또는 경감 받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이내에 신고·납부하여야 한다. 그런데 이 사건 부동산 중 순번 3, 4, 6, 25, 32 내지 45, 48 내지 69, 72 내지 81, 83 내지 90, 93, 94 부동산의 경우 잔금이 극히 일부여서 사실상 잔금이 지급된 것으로 보아 사실상 잔금지급일을 기준으로 그 취득일을 경정하거나 사실상 취득한 이후 토지거래허가구역에서 해제된 2009. 1. 30.을 취득일로 경정하여야 하므로, 원고는 이들 부동산에 대하여 유예기간(취득일부터 3년) 만료일(추징사유 발생일)부터 30일이 경과한 날 이후 취득세 등을 신고한 것이 되어 원고에게 경정청구권이 인정되지 않는다. 
 3) 이 사건 부동산 중 순번 1 내지 9, 11 내지 18, 65 내지 76, 89, 90 부동산은 원고가 취득세 등을 신고·납부한 것이 아니라 피고가 수시 부과한 것이므로, 원고에게 경정청구권이 인정되지 않는다. 
 나. 판단 
 1) 관련 법리 
 조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하고, 세금의 부과는 납세의무의 성립시, 즉 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조). 한편 지방세법 규정에 의하여 면제된 취득세 등의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간의 경과도 포함된다고 할 것이므로, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 유예기간이 경과한 날이 된다(대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결 등 참조). 
 일반적으로 국민의 적극적 신청행위에 대하여 행정청이 그 신청에 따른 행위를 하지 않겠다고 거부한 행위가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것이라고 하려면, 그 국민에게 그 행위발동을 요구할 법규상 또는 조리상의 신청권이 있어야만 하는데(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두12469 판결 등), 경정청구권이 인정되지 않는 경우에는 과세관청이 납세자 등의 경정청구에 대하여 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 1999. 7. 23. 선고 98두9608 판결 등 참조). 
 2) 경정청구제도가 적용될 수 없다는 주장에 관하여 
 가) 관련 규정 
구 지방세기본법(2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정된 것) 제51조 제1항은 "이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다."고 규정하고 있고, 부칙 제1조는 "이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다."고 규정하고 있으며, 제2조는 "이 법은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용한다."고 규정하고 있고, 제3조는 "제50조부터 제52조까지의 규정은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용한다."고 규정하고 있다. 
 한편, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조는 "다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다."고 규정하고 있고, 제127조 제1항은 "다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다."고 규정하고 있으며, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호는 "제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 내지 부동산에 대한 등기"를 규정하고 있다. 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부개정되기 전의 것) 제79조 제1항 제2호는 "초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교"를 법 제107조 제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자 중 하나로 규정하고 있다. 
 나) 구체적 판단 
구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 제1항은 그 제목이 "용도구분에 의한 비과세"이고, 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하거나 이를 등기할 때에 취득세 및 등록세를 「부과하지 아니한다」고 규정하고 있으며, 이들 규정의 단서 조항은 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일 내지 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 취득세 및 등록세를 「부과한다」고 규정하고 있다. 이들 규정의 문언 및 형식 등에 비추어 보면, 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 취득하거나 이를 등기하는 경우에는 취득세 등을 부과하지 아니하나, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일 내지 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여만 비로소 부과사유에 해당되어 이때 그 부분에 대한 납세의무가 성립하고, 부과권의 제척기간의 기산일이 된다고 봄이 타당하다.
 앞서 본 바와 같이 원고는 피고에게 이 사건 부동산 중 2011. 1. 1. 이전에 취득한 부동산에 대하여 이를 교육사업에 직접 사용하기 위하여 취득하였음을 밝히면서 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 제1항에 따른 지방세 면제신청을 하였고, 피고는 이를 받아들였다. 이 사건 취득세 등 중 2011. 1. 1. 이전에 취득한 부동산에 대한 부분은 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 제1항이 적용되어 처음부터 취득세 등을 부과하지 아니하여 납세의무가 성립하지 아니하였던 경우에 해당하고, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우, 그 취득일 등으로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우, 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 비로소 부과사유에 해당되어 납세의무가 성립하는 것으로 보아야 한다. 
 따라서 이 사건 부동산 취득일로부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다는 이유로 경정청구를 구하는 이 사건에서 피고의 주장에 의하더라도 이 사건 부동산 중 그 취득일이 가장 빠른 부동산의 취득일이 2009. 1. 30.이고, 이를 기준으로 3년을 경과한 시점은 2011. 1. 1. 이후인 2012. 1. 30.이므로, 이 사건 부동산 중 취득일이 2011. 1. 1. 이전인 부동산은 경정청구의 대상이 되지 않는다는 피고의 주장은 이유 없다. 
 3) 기한 후 신고에 해당한다는 주장에 관하여 
 가) 순번 3, 4, 6, 25, 32, 33, 34 부동산에 관하여 
 (1) 관련 법리 
 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)에 의하면, 취득세는 과세물건을 취득하는 때에 그 납세의무가 성립하고(제29조 제1항 제1호), 부동산의 취득에 있어서는 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 보도록 되어 있다(제105조 제2항). 여기에서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는데, 매매의 경우에 있어서는 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이행되었음을 뜻한다고 보아야 하고, 이와 같이 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 수 있는지 여부는 개별적·구체적 사안에 따라 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두8147 판결, 대법원 2014. 1. 23. 선고 2013두18018 판결 취지 참조).
 (2) 구체적 판단 
 이러한 법리에 비추어 갑 제39, 40, 48호증 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 사실상 잔금지급일이라고 주장하는 순번 3, 4, 6, 25, 32, 33, 34 부동산에 대한 1차 잔금지급일 내지 근저당권설정등기의 원인일자에 원고가 사회통념상 순번 3, 4, 6, 25, 32, 33, 34 부동산 매매대금의 거의 전부를 지급한 것으로 볼만한 정도의 대금지급이 이행된 것으로 보기는 어렵다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 ① 순번 3, 4, 6, 25, 32, 33, 34 부동산에 대한 원고의 매매대금 지급, 소유권이전등기경료일, 잔금 액수와 전체 매매대금에서의 잔금 비율 등은 아래 표와 같다. 
순번매수인매매대금계약금(지급일)중도금(지급일)1차 잔금(지급일)2차 잔금(지급일)2차 잔금의 비율소유권 이전등기 경료일3소외 14,128,000,000412,800,000(2004.07.07.)1,651,200,000(2004.07.28.)2,022,720,000(2004.08.25.)41,280,000(2009.12.21.)1%2009. 12. 23.4소외 21,100,000,000110,000,000(2006.04.26.)440,000,000(2006.05.10.)539,000,000(2006.05.26.)11,000,000(2009.12.17.)1%2009. 12. 23.6소외 3630,000,00063,000,000(2004.11.18.)255,000,000(2004.12.06.)310,000,000(2004.12.20.)5,000,000(2009.12.24.)0.79%2009. 12. 28.25소외 472,000,0007,200,000(2005.03.17.)28,800,000(2005.04.01.)35,300,000(2005.04.15.)700,000(2010.03.24.)0.97%2010. 03. 31.32333,728,000,000372,800,000(2005.03.17.)1,491,200,000(2005.04.01.)1,826,700,000(2005.04.15.)37,300,000(2010.08.12.)1%2010. 08. 24.34
 이 표에 의하면, 순번 3, 4, 6, 32 내지 34 부동산의 2차 잔금이 거래관행상 대금이 모두 지급된 것으로 볼 수 있을 정도로 적은 금액이라고 보기는 어렵다. 한편, 순번 25 부동산의 2차 잔금은 700,000원이나 원고가 동일한 소유자인 소외 4에게 같은 날 순번 25, 32 내지 34 부동산의 계약금, 중도금, 1차 잔금을 지급하였고, 아래에서 보는 바와 같이 이들 부동산을 공동담보로 하여 근저당권을 설정한 사정 등에 비추어 보면, 순번 25 부동산의 2차 잔금과 순번 32 내지 34 부동산의 2차 잔금을 합한 금액을 기준으로 거래관행상 대금이 모두 지급된 것으로 볼 수 있는지 여부를 판단함이 타당하다. 순번 25 부동산의 2차 잔금 700,000원과 순번 32 내지 34 부동산의 2차 잔금 37,300,000원을 합하면 38,000,000원이고, 이 금액은 거래관행상 대금이 모두 지급된 것으로 볼 수 있을 정도로 적은 금액이라고 보기 어렵다. 
 ② 원고는 2004. 8. 27. 순번 3 부동산에 관하여 1차 잔금 지급일을 등기원인일자로 하여 채권최고액 5,400,000,000원의 근저당권을, 2006. 5. 29. 순번 4 부동산에 관하여 1차 잔금 지급일을 등기원인일자로 하여 채권최고액 5,900,000,000원의 근저당권을, 2004. 12. 22. 순번 6 부동산에 관하여 1차 잔금 지급일을 등기원인일자로 하여 채권최고액 820,000,000원의 근저당권을, 2005. 4. 15. 순번 25, 32 내지 34 부동산에 관하여 1차 잔금 진급일을 등기원인일자로 하여 채권최고액 4,200,000,000원의 공동근저당권을 설정하였다. 원고가 순번 3, 4, 6, 25, 32 내지 34 부동산에 관하여 해당 부동산 매매대금보다 큰 금액을 채권최고액으로 하여 근저당권을 설정한 것은 이들 부동산이 토지거래허가구역 내에 있어 이들 부동산에 대한 권리보전을 위한 것으로 보일뿐 원고가 2차 잔금을 지급하지 않은 상태에서 소유자처럼 권리를 행사하기 위한 것으로는 보이지 않으므로, 이를 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우로 볼 수는 없다. 이는 이들 부동산이 토지거래허가구역 내에 있다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다. 
 나) 이 사건 부동산 중 별지 2 목록 부동산에 관하여 
 (1) 별지 2 목록과 같이 피고가 사실상 잔금지급일이라고 주장하는 일자에 원고가 이들 부동산의 잔금을 지급하였거나 잔금 지급일 이후 토지거래허가구역이 해제되었음은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 별지 2 목록과 같이 원고의 이들 부동산에 대한 취득세 등에 관한 신고는 사실상 잔급지급일 또는 토지거래허가구역 해제일로부터 3년이 경과된 이후에 한 신고기한 이후의 신고로서 원고에게 경정청구권이 인정되지 않는다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 있다. 
 (2) 한편, 원고는 ① 구 지방세기본법(2015. 12. 29. 법률 제13635호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항, 제3항에 의하면, 기한후신고서가 제출된 경우 지방자치단체의 장은 지방세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하여야 하나, 피고는 이 사건 부동산 중 기한후신고에 해당하는 부분에 대한 취득세 등에 대하여 별도로 과세표준과 세액을 결정하는 통지를 한 사실이 없어 해당 부분에 대한 피고의 처분이 존재하지 않으므로 기한후신고에 해당하는 부분들에 대한 취득세 등에 대한 원고의 구제절차가 미흡해지는 점, ② 피고가 이 사건 처분을 통하여 기한후신고에 해당하는 부동산에 대한 과세표준과 세액을 결정하였다고 볼 수 있고, 원고는 이 사건 처분이 있었던 날부터 90일 이내에 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 처분 중 신고기한 도과 후 신고한 부분에 해당하는 취득세 등에 대한 경정거부처분은 원고의 기한후신고에 대한 과세표준과 세액의 결정처분에 해당하므로 이 사건 소 중 기한후신고에 해당하는 취득세 등에 대한 부분도 적법하다고 주장한다. 
 (가) 관련 규정 
구 지방세기본법(2016. 12. 27. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것) 제51조 제1항, 구 지방세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정되기 전의 것) 제50조 제1항은 "이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때(제1호), 또는 과세표준신고서에 기재된 환급세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때(제2호)에 해당할 때에는 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다."고 규정하고 있었다. 그런데 2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정된 지방세기본법 제50조 제1항은 "이법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준신고서를 제출한 자는 과세표준신고서 또는 납기 후의 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때(제1호), 또는 과세표준신고서 또는 납기 후의 과세표준신고서에 기재된 환급세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때(제2호)에 해당할 때에는 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다."고 규정하고 있고, 이 법률 부칙(제16854호, 2019. 12. 31.) 제1조는 "이 법은 2020. 1. 1.부터 시행한다."고 규정하고 있으며, 제3조는 "제49조 제1항 및 제50조 제1항·제4항(기한후신고서와 관련된 개정사항으로 한정한다)의 개정규정은 이 법 시행 전에 기한후신고서를 제출하고 이 법 시행 이후 과세표준수정신고서를 제출하거나 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구하는 경우에도 적용한다."고 규정하고 있다. 
 한편 구 지방세기본법(2015. 12. 29. 법률 제13635호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항은 "법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 지방자치단체의 장이 「지방세법」에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전에는 납기 후의 과세표준신고서(이하 "기한후신고서"라 한다)를 제출할 수 있다."고 규정하고 있고, 제3항 본문은 "제1항에 따라 기한후신고서를 제출한 경우(납부할 세액이 있는 경우에는 그 세액을 납부한 경우만 해당한다) 지방자치단체의 장은 「지방세법」에 따라 신고일부터 3개월 이내에 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다."고 규정하고 있으며, 제4항은 "기한후신고서의 기재사항 및 신고절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."고 규정하고 있다. 
 (나) 구체적 판단 
 앞서 본 법리 및 관련 규정에 비추어 앞서 본 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 별지 2 목록 부동산에 관하여 신고한 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분을 원고의 기한후신고서에 대한 구 지방세기본법(2015. 12. 29. 법률 제13635호로 개정되기 전의 것) 제52조 제3항의 과세표준 및 세액 결정으로 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 ① 원고는 별지 1 목록 기재와 같이 2012. 11.부터 2014. 4.까지 별지 2 목록 부동산에 관한 취득세 등을 포함하여 이 사건 부동산에 관한 취득세 1,571,248,030원, 농어촌특별세 156,646,800원, 등록세 1,561,688,030원, 지방교육세 313,293,600원, 합계 3,602,876,460원을 기한 내 취득세 신고서 제출 또는 피고의 직권고지로 납부한 후 2014. 7. 16. 피고에게 이 사건 취득세 등에 대한 경정청구를 하였고, 이에 대하여 피고는 2014. 8. 18. 원고에게 경정할 이유가 없다는 이유로 ‘산출세액 3,602,876,460원, 비과세/감면세액 0원’이라는 내용이 포함된 경정거부 결과 통지를 하였으며, 이후 조세심판원의 결정에 따른 재조사를 거쳐 일부 부동산에 관한 취득세 등에 대하여는 297,897,370원(가산세 제외, 가산세 포함시 335,985,250원)을 감액·환급한다는 통지를 하였다. 
 위와 같이 원고가 피고에게 별지 2 목록 부동산에 관한 취득세 등에 대하여 ‘신고불성실, 납부불성실란’이 공란으로 되어 있는 기한 내 취득세 신고서(이 부분 부동산에 관한 취득세 등에 대한 피고의 직권고지는 없었다)를 제출하여 피고는 그에 따라 취득세 등이 원고의 신고로 확정되었다고 보고 그러한 취지의 경정청구 결과 통지 및 감액·환급 통지를 하였다. 따라서 원고가 제출한 기한 내 취득세 신고서를 기한후신고서로 보아 피고의 경정청구 결과 통지 및 감액·환급 통지를 구 지방세기본법(2015. 12. 29. 법률 제13635호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항, 제3항에 따른 기한후신고에 대한 과세표준 및 세액 결정으로 볼 수는 없다. 
 ② 원고의 주장처럼 기한 내 취득세 신고서에 기초한 피고의 경정청구 결과 통지 및 감액·환급 통지를 기한후신고에 대한 과세표준 및 세액 결정으로 보아 이에 대한 적법성을 다툴 수 있다고 한다면, 이는 법정신고기한 내에 신고납부한 성실한 납세의무자에게만 경정청구를 통한 권리구제가 가능하도록 규정한 구 지방세기본법(2016. 12. 27. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것) 제51조, 구 지방세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정되기 전의 것) 제50조의 입법취지에 반할 뿐만 아니라 2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정된 현행 지방세기본법 제50조가 기한 후 신고의 경우에도 경정청구를 허용하면서 부칙 제3조에서 개정법 시행 전에 기한후신고서를 제출하고 개정법 시행 이후 과세표준수정신고서를 제출하거나 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구하는 경우에만 권리구제 범위를 확대한 입법취지에도 반한다. 
 4) 피고의 수시 부과로 취득세 등이 납부되었다는 주장에 관하여 
 앞서 본 증거들, 갑 제41호증, 을 제14호증 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 피고가 세무조사 등으로 직권 고지하였음을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 ① 피고 스스로도 을 제12호증 등의 과세자료(지방세 정보시스템)에 법정신고기한이 착오로 잘못 입력되었음을 인정하기도 하였다. 또한 이들 자료의 정보시스템상 ‘과표적용’이 ‘신고’로 입력되어 있고, 이들 자료의 정보시스템상 입력된 신고일이 납세의무성립일(또는 추징발생일)이 도래하기 이전인 경우, 취득세 등의 부과일자가 납세의무성립일(또는 추징발생일)이 도래하기 이전인 경우, 부과일자가 신고기한(추징발생일로부터 30일 이내) 이내인 경우가 존재하는 등 위 자료에 오류가 있을 가능성을 배제하기 어렵다. 따라서 피고의 과세자료에 해당 부동산의 부과종류가 ‘세무조사분’으로 입력되어 있다는 사정만으로 이 부분이 모두 직권 고지되었다고 보기 어렵다. 
 ② 그 밖에 피고가 세무조사 등으로 직권 고지하였음을 알 수 있는 세무조사통지서나 부과고지서 등을 전혀 제출하지 않고 있다. 그에 반하여 원고는 이 부분에 대한 취득세 등 신고서를 제출하였다고 주장하면서 그 근거로 취득세 신고서와 직인사용대장을 제출하였고, 취득세 신고서 및 직인사용대장에 기재된 일자가 과세자료의 정보시스템상 신고일자와 근접하며, 그 정보시스템상 신고일자가 부과일자보다 앞서 있거나 같다. 
 5) 소결
 그렇다면, 별지 2 목록 부동산에 관한 취득세 등에 대하여는 원고에게 경정청구권이 인정되지 않으므로, 이 부분에 대한 피고의 경정거부는 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다. 
 따라서 이 사건 소 중 별지 2 목록 부동산에 관한 감면 후 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 세액에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하여야 한다. 
4. 이 사건 처분(순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 부분 제외) 중 각하 부분을 제외한 나머지 부분에 대한 적법 여부에 관한 판단
 가. 당사자의 주장 요지 
 1) 원고
 원고가 이 사건 부동산 취득 후 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있고, 이 사건 부동산 중 일부는 농지에 해당하여 농지에 대한 세율을 적용하여야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다. 
 2) 피고 
 가) 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제107조, 제127조, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조는 일정한 경우에 취득세와 등록세를 부과하지 않는다고 정하거나 취득세를 면제한다고 규정하면서도, 그 단서에서 ‘다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우’에는 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과(추징)한다고 규정하고 있다. 이 사건 부동산 중 순번 11, 15, 26, 27, 28, 29는 원고가 이를 취득한 때부터 현재까지도 임대된 상태에서 일반음식점 및 주차장으로 사용되고 있으므로, 이 부분 부동산은 구 지방세법 제107조 단서 및 제127조 단서에서 정하는 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에 해당하므로, 원고가 이 사건 부동산을 취득일 또는 등기일부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 않은 것에 정당한 사유가 있었는지 여부와 관계없이 이 부분 부동산에 대하여 취득세 등이 부과(추징)되어야 한다.
 나) 이 사건 부동산 중 취득일 또는 등기일로부터 3년 이내에 도시관리계획결정에 편입되지 않은 부분에 대하여는 정당한 사유가 인정되지 않으므로, 도시관리계획결정에 전체 면적이 편입되지 않은 이 사건 부동산 중 순번 7, 11, 18 내지 21, 26 내지 29 부동산과 일부 면적이 편입되지 않은 이 사건 부동산 중 별지 3 목록 부동산에 대하여는 원고에게 정당한 사유가 인정되지 않는다.
 다) 이 사건 부동산 중 소유권취득과 관련하여 분쟁이 있었던 부동산은 3필지(면적 합계 11,106㎡)로서, 이는 이 사건 부동산(면적 합계 279,895㎡)의 일부에 불과하고, 소유권취득과 관련하여 분쟁이 있었던 일부 부동산을 제외하더라도 원고가 이 사건 부동산을 학교용지로 사용하는 데 중대한 장애가 있었다고 할 수 없으므로, 원고가 이 사건 부동산 중 일부 부동산의 소유권을 취득하는 과정에서 분쟁이 있었다는 사실만으로는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 또한 토지거래허가구역에서 해제되기 이전에 취득이 완료된 토지가 38필지에 달하는 것으로 보이는 점, 취득세 신고 또는 부과 적용된 취득일보다 부동산등기부상 등기원인일이 늦은 필지가 61필지로 확인되는 등 이중 계약서 작성이 의심되는 점, 부동산등기부상 근저당의 피담보채권액이 취득 신고가의 120% 이상으로 설정된 경우에 등기원인일에 그 토지의 취득을 완료한 것으로 볼 경우 토지거래허가구역 해제 전 취득으로 의심되는 필지가 62필지에 달하는 점 등에 비추어 보면, 원고가 정당한 사유로 주장하는 소유권이전등기청구소송 등은 원고가 각종 법령을 위반하여 이 사건 부동산을 취득하는 과정에서 발생한 것으로서 귀책사유가 원고에게 있으므로, 정당한 사유를 판단함에 있어 소유권이전등기청구소송은 원고에게 유리한 사정으로 참작하여서는 안 된다.
 도시관리계획결정(변경)취소소송과 관련된 토지는 원고가 가장 중요한 위치로 여기고 있는 필지이므로 원고로서는 가장 우선적으로 계약을 체결하고 이를 취득하였어야 함에도, 다른 토지와 달리 그 취득이 조기에 이루어지지 않았으며, 위 소송이 장기간 진행된 것 또한 원고가 정당한 사유를 인정받기 위한 것으로 의심되므로, 정당한 사유를 판단함에 있어 도시관리계획결정(변경)취소소송을 원고에게 유리한 사정으로 참작하여서는 안 된다.
 이 사건 부동산의 대부분은 교육사업에 사용하기에 부적합한 부동산이고, 원고가 주장하는 위와 같은 소송 등과는 무관한 것이므로, 이 사건 부동산 279,895㎡ 중 위와 같은 소송 등의 대상이 된 부동산 48,490㎡를 제외하더라도, 원고가 4년제 일반대학으로 인가받거나 학교 용지로 사용하는 데 있어 중대한 장애사유가 있다고 할 수 없고, 앞서 본 소송 등은 원고의 내부적 사유에 불과하므로, 원고가 이 사건 부동산을 취득하고 3년 내에 교육 사업에 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.
 라) 정당한 사유를 판단함에 있어 도시관리계획결정(변경)취소소송은 2014. 10. 15.에 확정되었으므로, 그 때부터 3년을 다시 유예기간으로 파악한다고 하더라도, 원고는 공사를 완료한 학교 진입로 및 드론교육장과 측량 실습장으로 주장하는 부분 외에는 현재까지 토목 또는 건축 공사 등을 지속적으로 진행한 사실이 없고, 2014. 10. 15.경 이후에는 취득 당시부터의 유예기간과는 달리 건축공사를 진행하면서 변경이 가능한 건축물의 설계 변경이나 일부 도시계획시설면적의 변경 등을 유예사유로 볼 수 없으며, 위 기간 동안 정당한 사유로 인정할만한 외부적 사유도 확인할 수 없다. 따라서 2014. 10. 15.을 유예기간의 시점으로 보아 그 때부터 다시 3년의 유예기간을 원고에게 인정한다 하더라도, 이 사건 부동산 중 위 공사가 완료된 진입로 등을 제외한 부분에 대하여 취득세 등이 부과되어야 한다. 
 나. 판단 
 1) 수익사업에 사용되어 취득세 등 부과할 수 있는지 여부
 가) 관련 법리 등
구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 소정의 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결, 2006. 1. 13. 선고 2004두9265 판결, 2006. 12. 7. 선고 2005두10255 판결 등 참조).
구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 단서, 제127조 제1항 단서, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조 제1항 단서는 "대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우" 또는 "수익사업에 사용하는 경우"와 "3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우"를 구분하고 있으므로, 비영리사업자가 해당 부동산을 수익사업에 사용하는 경우에는 2년 이상 공익사업의 용도로 직접 사용된 적이 없는 이상 공익사업에 직접 사용하지 않은 것에 정당한 사유가 있었는지 여부와 관계없이 취득세 등을 부과하여야 한다.
 나) 구체적 판단 
 이러한 법리에 비추어 앞서 본 증거들, 을 제21호증 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 부동산 중 순번 11, 15, 26, 27, 28, 29 부동산은 2년 이상 공익사업에 사용하지 않고 임대함으로써 수익사업에 사용한 경우로서 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 단서, 제127조 제1항 단서, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조 제1항 단서에 따라 취득세 등을 추징할 수 있으므로, 이 사건 처분 중 이 부분 부동산에 대한 취득세 등에 관한 부분은 적법하다. 
 ① 이 사건 부동산 중 순번 11 부동산은 2009년경부터 "△△△"이란 상호의 일반음식점의 영업에 사용된 것으로 보이고, 순번 15 부동산은 2008년경부터 "□□□"이란 상호의 일반음식점의 영업에 사용되고 있는 것으로 보이며, 순번 26 내지 29 부동산도 적어도 2014년경부터는 "◇◇◇"란 상호의 일반음식점의 영업에 사용되는 것으로 보인다. 원고도 순번 11, 15, 26, 27, 28, 29 부동산이 수익사업에 사용되고 있음을 자인하고 있다. 
 ② 이들 부동산은 교육사업에 직접 사용되거나 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 사업을 위해 제공된 적 없이 수익사업의 하나인 부동산 임대업을 위해 사용되었다. 따라서 이들 부동산이 학교결정부지 안에 존재하는 것인지 여부 또는 원고가 위 각 부동산을 교육사업에 직접 사용하지 않은 것에 정당한 사유가 있는지 여부와 관계없이 이 부분 부동산에 대하여는 구 지방세법 제107조 단서, 제127조 제1항 단서에 따른 과세요건 또는 구 지방세특례제한법 제41조 제1항 단서의 추징요건이 완성되었다고 봄이 상당하다. 
 2) 도시관리계획결정에 편입되지 않은 부동산에 대하여 취득세 등을 부과할 수 있는지 여부
 가) 도시관리계획결정상 전체 면적이 학교부지에 편입되지 않은 경우
 이 사건 부동산 중 순번 7, 11, 18 내지 21, 26 내지 29 부동산은 도시관리계획결정상 학교부지 밖에 위치하고 있고, 원고의 교육사업에 직접 사용하기 위하여 취득된 것이 아니라는 사실에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다. 이 부분 부동산과 도시관리계획상의 ☆☆ 대학교 부지 사이에는 4차선 도로가 있고, 이 부분 부동산에 대하여 토목 또는 건축 계획 등이 마련되어 있지 않다. 이러한 사정 등에 비추어 보면, 원고는 이 부분 부동산을 원고의 교육사업에 사용하기 위하여 취득한 것이 아니므로, 이 부분 부동산의 취득은 처음부터 비과세대상 또는 면제대상이 아니었다. 따라서 이 사건 처분 중 이 부분 부동산에 관한 부분은 적법하다.
 나) 도시관리계획결정상 일부 면적이 학교부지에 편입되지 않은 경우 
 이 사건 부동산 중 별지 3 목록 부동산(순번 3, 8, 46, 47, 82, 92 부동산)의 경우 도시관리계획결정상 일부는 학교부지에, 일부는 학교부지 밖에 위치하고 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 
 이에 대하여 원고는 이 부분 부동산은 전부 학교결정부지 경계선 상에 위치하는 토지로서 도로, 완충녹지에 해당하고, 경계선 바깥 부분만 따로 제외하여 다른 용도로 사용할 수도 없으므로, 학교부지 내의 도로나 완충녹지가 교육용 재산에 포함되는 이상 이 부분 부동산도 교육용 재산에 포함되거나 교육용 토지의 부속 토지를 이룬다고 할 것이므로, 이들 부동산의 취득 및 등록은 비과세대상 또는 면제대상에 해당한다는 취지로 주장한다. 
 도시관리계획결정 이행조건 상 도시계획결정 구역 내 미매입 토지를 매입하여야 하는 의무가 부과되어 있었고, 원고는 미매입 토지를 매입할 당시 한 필지인 이 부분 부동산 중 도시관리계획결정에 편입된 면적 부분만 매입하기는 어려웠을 것으로 보이기는 하나, 원고가 제출한 자료만으로는 편입되지 않은 부분이 원고의 교육사업에 필요불가결한 부분에 해당한다고 볼만한 사정이 인정되지 않으므로, 원고가 주장하는 사정이 있다고 하더라도 원고가 이 부분 부동산 중 도시관리계획결정상 학교 부지에 편입되지 않은 부분까지 원고의 사업에 사용하기 위하여 취득하였다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분 중 별지 3 목록 부동산의 일부 면적에 관한 부분은 적법하다. 그러나 도시관리계획결정상 학교부지에 편입된 부분은 원고가 원고의 사업 용도에 사용하기 위하여 취득하였다고 볼 수 있고, 뒤에서 보는 바와 같이 원고의 사업 용도에 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으며, 당사자가 사실심 변론종결시까지 제출한 자료만으로는 학교부지에 편입된 부분과 편입되지 않은 부분을 구별하여 해당 부분에 관한 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분 중 별지 3 목록 부동산에 관한 취득세 등에 대한 부분은 전부 취소할 수밖에 없다. 
 3) 별지 4 목록 부동산 중 순번 18 부동산을 제외한 나머지 부분에 관하여 정당한 사유가 있는지 여부 
 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 일부 내용을 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 중 "4의 나.항" 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다. 
○ 제17면 제20행과 같은 면 제21행 사이에 다음과 같은 내용을 추가한다. 
『원고가 소유권이전등기청구소송을 해당 부동산의 매매계약 등에 따른 잔금지급기일보다 늦게 제기하였다거나 위 부동산 및 이 사건 부동산을 취득함에 있어서 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 등을 위반하였다는 것만으로는 소유권이전등기청구소송이 원고의 귀책사유에 의하여 제기된 것으로 볼 수 없고, 도시관리계획결정(변경)취소소송도 이 사건 도시관리계획변경결정에 포함된 토지 소유자인 소외 5가 제기한 것으로서 원고의 의사와 상관없이 제기되었으며, 이 소송이 원고의 귀책사유로 장기간 진행된 것도 아니므로, 이를 정당한 사유를 판단함에 있어서 고려해야 할 요인으로 볼 수는 없다.』
 4) 정당한 사유가 소멸한 후 다시 유예기간이 진행되는지 여부 
 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).
 이러한 법리에 비추어 보면, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조 제1항 단서는 취득세·등록세를 부과하는 요건으로 ‘수익사업에 사용하는 경우’, ‘취득일부터 1년 또는 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우’, ‘그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우’만 규정하고 있을 뿐 장애사유 등이 제거되는 등 정당한 사유가 소멸한 후 다시 유예기간을 부여하는 부과사유를 규정하고 있지 않으므로, ‘취득일부터 1년 또는 3년 이내’를 ‘유예기간 만료일부터 1년 또는 3년 이내’로 해석하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용되지 않는 것으로 봄이 타당하다. 
 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 부동산 중 별지 4 목록 부동산 중 순번 18 부동산을 제외한 나머지 부분에 관하여 그 취득일부터 3년 이내에 그 교육사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 인정되는 이상 이후 장애사유가 제거되었다고 하더라도 이미 그 취득일부터 3년이 경과한 상태이므로, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조 제1항 단서에서 정한 이 부분에 관한 부과사유에 근거하여 다시 취득세를 부과할 수는 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 이유 없다. 
 5) 이 사건 부동산 중 일부 취득에 관하여 농지세율이 적용되어야 하는지 여부
 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 부동산이 취득당시 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지이었음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 6) 소결
 따라서 이 사건 처분(순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 부분 제외) 중 순번 7, 11, 15, 18 내지 21, 26 내지 29 부동산에 관한 부분, 별지 3 목록 부동산 중 일부 면적은 그 처분사유가 인정되어 적법하고, 별지 3 목록 부동산의 나머지 면적, 별지 4 목록 부동산 중 순번 18 부동산을 제외한 나머지 부동산에 관한 부분은 그 처분사유가 인정되지 않아 위법하다. 한편 앞서 본 바와 같이, 별지 3 목록 부동산 중 학교부지에 편입된 부분을 구별하여 해당 부분에 관한 정당한 세액을 산출할 수 없고, 별지 4 목록 부동산 중 순번 17, 18 부동산은 함께 묶어서 과세되었는데, 그 부동산들에 관하여도 해당 부분별로 구분한 취득세 등을 확인할 수 없어 원고가 해당 부분에 대하여 납부의무를 지는 정당한 취득세 등을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분(순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 부분 제외)에서 별지 3 목록 부동산에 관한 부분과 별지 4 목록 부동산 중 순번 17, 18 부동산에 관한 부분은 전부 취소되어야 한다. 
 결국 이 사건 처분(순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산 부분 제외) 중 별지 3, 4 목록 부동산에 관한 감면 후 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 세액 해당 금액 부분은 취소되어야 한다. 
5. 결론
 그렇다면, 이 사건 소 중 별지 2 목록 부동산에 관한 감면 후 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 세액의 경정거부처분에 대한 취소청구 부분은 부적법하여 각하하고, 이 각하 부분을 제외한 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 신동헌(재판장) 곽상호 김경희