무효로 소유권이전등기 말소시 당초 취·등록세 납세의무 성립여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.05.29 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
원심판결 중 등록세 및 지방교육세 부과처분에 관한 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고법에 환송한다.
피고의 나머지 상고와 원고의 상고를 모두 기각한다.
【이유】

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 원고의 각 답변서와 피고의 각 준비서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 살펴본다.
1. 피고의 상고이유에 관하여

가. 전심절차 관련

(1) 원심판결 이유 및 기록에 의하면, ① 원고는 기독교인의 신앙훈련과 선교·구제·봉사사업을 목적으로 설립된 비법인사단으로서 2007. 1. 21. 소외 000로부터 원심 판시 별지 목록 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 증여받아 2007. 2. 26. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤는데, 당시 피고는 종교 목적의 비영리사업에 사용할 목적이라는 원고의 비과세 신청을 받아들여 원고에게 취득세 및 등록세 등을 부과하지 아니하였던 사실, ② 그 후 피고는 이 사건 각 토지에 대한 현장조사를 실시한 결과 원고가 이 사건 각 토지의 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이를 그 사업용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 판단하여 2011. 3. 2. 이 사건 각 토지 전체를 대상으로 취득세, 등록세 등을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 한 사실, ③ 한편 원고는 이 사건 처분에 관하여 행정심판 등의 전심절차를 거치지 아니한 채 2011. 3. 7. 바로 이 사건 소를 제기한 사실을 알 수 있다.
(2) 이 사건 소 제기 당시 적용되던「지방세기본법」제117조제1항 등 관련 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 처분과 같이 지방세기본법에 따른 처분에 관한 이의신청, 심사청구 또는 심판청구는 모두 임의적 전심절차에 해당할 뿐이므로, 원고가 이러한 전심절차를 거치지 아니한 채 이 사건 소를 제기하였다고 하더라도 이를 잘못이라 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소가 전심절차를 거치지 않았으므로 부적법하다는 취지의 피고의 주장은 받아들이지 아니한다.
나. 원심 판시 별지 목록 기재 제2, 3 토지에 관한 취득세·등록세 부과처분 관련

(1) 원심판결 이유에 의하면, 원심은 위와 같이 피고가 이 사건 처분을 한 사실을 인정한 다음, ① 이 사건 각 토지 중 원심 판시 별지 목록 기재 제2, 3 토지(이하 ‘이 사건 제2, 3 토지’라 한다)의 경우 원고 명의로 소유권이전등기가 마쳐지기 전, 000이 이 사건 제2 토지는 소외 000에게, 이 사건 제3 토지는 소외 000에게 각 이를 매도하는 계약을 체결한 상태였는데, 000이 000, 000에 대한 각 소유권이전등기의무를 회피하려고 허위로 증여를 원인으로 원고 명의의 등기를 마친 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 제2, 3 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기는 원인무효에 해당하여 원고가 이에 관한 납세의무자가 될 수 없다는 이유로, 이 사건 처분 중 제2, 3 토지에 대한 부분은 모두 위법하다고 판단하였다.
(2) 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 이 사건 제2, 3 토지에 관한 취득세 부과처분과 농어촌특별세 부과처분이 위법하다고 판단한 것은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 논리와 경험의 법칙에 반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 취득세 부과처분과 관련한 법리를 오해한 잘못이 없다.
(3) 그러나 원심이 이 사건 제2, 3 토지에 대한 등록세 부과처분 및 지방교육세의 부과처분도 위와 같은 이유로 위법하다고 판단한 것은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경·소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세대상으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 조세로서, 그 등기 또는 등록 유·무효나 실질적인 권리귀속의 여부와는 관계가 없는 것이다(대법원 2003. 6. 10. 선고 2001두2720 판결 등 참조).
위 법리에 비추어 살펴보면, 비록 이 사건 제2, 3 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 원인무효의 등기라 하더라도 이에 관한 등록세 및 그에 부가된 지방교육세 의 부과처분의 효력에는 아무런 영향이 없다 할 것이다.
그럼에도 불구하고 원심은 위와 같이 이 사건 제2, 3 토지에 관한 등록세 및 지방교육세 부과처분이 납세의무자가 아닌 사람을 상대로 한 처분이 아니므로 위법하다고 판단하였는바, 이는 등록세 및 지방교육세 부과처분에 관한 법리를 오해하여 판단을 그르친 것이다. 이 점을 지적하는 피고의 주장은 이유 있다.
2. 원고의 상고이유에 관하여

가. 원심판결 이유에 의하면, 원심은, 이 사건 제2, 3토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 무효인 것은 000이 위 토지들에 관하여 그 소유권이전등기의 이행의무를 회피하기 위하여 허위로 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다는 데 그 이유가 있으나, 나머지 토지들인 별지 목록 기재 제1, 4, 5 토지에 관하여는 허위로 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다고 볼 증거가 없다는 이유로, 이에 관한 원고 명의의 소유권이전등기를 무효라고 할 수 없고, 따라서 이 사건 처분 중 위 토지들에 관한 부분은 적법하다고 판단하였다.
나. 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 논리와 경험의 법칙에 반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 확정판결의 효력에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
3. 결론

그러므로 원심판결 중 등록세 및 지방교육세 부과처분에 관한 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 나머지 상고와 원고의 상고는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2012. 5. 18. 선고 2011누31149 판결】

【주 문】 처분청일부승소

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.
피고가 2011. 3. 2. 원고에 대하여 한, 취득세(가산세 포함) 11,294,010원의 부과처분 중 7,516,010원을 초과하는 부분, 농어촌특별세(가산세 포함) 1,129,390원의 부과처분 중 751,600원을 초과하는 부분, 등록세(가산세 포함) 8,470,500원의 부과처분 중 5,637,000원을 초과하는 부분, 지방교육세(가산세 포함) 1,564,950원의 부과처분 중 1,041,460원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이 유】

1. 처분 경위

이 부분에 관한 이 판결의 이유는 제1심 판결 해당부분 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 제1 주장

피고는 이 사건 각 토지의 이용목적을 기도원 및 운동장으로 하여 토지거래허가를 하였고 원고는 그에 따라 이 사건 각 토지를 운동장으로 이용했음에도, 피고는 이 사건 각 토지를 원고의 사업목적에 사용하지 않았다는 이유로 이 사건 처분을 한 것은 직권을 남용한 것으로 위법하다.
2) 제2 주장

원고가 이 사건 각 토지를 취득한 시점은 1981. 7. 3.과 1982. 11. 19.임에도 그 시점을 2007. 2. 26.로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.
3) 제3 주장

원고는 이 사건 각 토지를 취득한 이후 기독교인의 신앙훈련을 위한 야외기도 장소, 지역주민들의 생활용수 공급을 위한 상수도 시설 설치 장소 및 산림청이 시행한 간벌작업에 필요한 주차장과 야적장소 등 원고 본래의 사업인 종교목적으로 이 사건 각 토지를 사용해 왔으므로, 원고가 이 사건 각 토지를 종교목적에 직접 사용하지 않았다는 이유로 한 이 사건 처분은 위법하다.
4) 제4 주장

이 사건 각 토지 중 별지 목록 제2, 3항 기재 토지(이하 ‘이 사건 제2, 3토지’라고 한다)에 관한 2007. 1. 23. 증여를 원인으로 한 2007. 2. 26.자 원고 명의의 소유권이전등기는 확정판결에 의하여 그 원인이 된 증여계약이 통정허위표시에 해당하는 것으로 밝혀져 무효이고, 이 사건 제2, 3토지를 제외한 나머지 이 사건 각 토지(이하 ‘이 사건 나머지 토지’라고 한다)에 관한 원고 명의의 소유권이전등기 역시 이 사건 제2, 3토지와 같은 날, 같은 당사자 사이에, 같은 원인으로 소유권이전등기가 마쳐졌으므로 같은 이유로 무효이다. 따라서 원고는 이 사건 각 토지를 취득한 적이 없음에도 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 판단

1) 제1 주장에 대하여

이 사건 처분의 적법 여부는 취득세와 등록세 비과세요건을 정하고 있는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호와 관련하여 원고가 이 사건 각 토지를 취득 또는 등기한 날로부터 3년 이내에 이 사건 각 토지를 종교사업 자체에 직접 사용하였는지에 달려있을 뿐, 이 사건 각 토지에 관한 토지거래허가시 정해진 이용목적에 원고가 이 사건 각 토지를 사용하였는지에 좌우되는 것은 아니다.
따라서 원고가 이 사건 각 토지에 관한 토지거래허가시 정해진 이용목적대로 이 사건 토지를 사용하였으므로, 이 사건 처분이 위법하다는 취지의 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
2) 제2 주장에 대하여

을 제8호증의 1 내지 4, 을 제12 내지 14호증의 각 기재에 의하면, 1981. 7. 3. 이 사건 각 토지 중 별지 목록 제5항 기재 토지(이하 ‘이 사건 제5토지’라고 한다)에 관하여 1981. 7. 2. 매매를 원인으로 한 000(원고의 대표자) 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌고, 1982. 11. 19. 이 사건 각 토지 중 이 사건 제5토지를 제외한 나머지 토지에 관하여 1982. 4. 27. 경락을 원인으로 한 000 명의의 소유권이전등기가 각 마쳐진 사실을 인정할 수 있을 뿐, 원고가 제출하는 증거들만으로는 원고가 위 일시에 이 사건 각 토지를 사실상 취득하였음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.
3) 제3 주장에 대하여

가) 구「지방세법」제107조제1호와 제127조 제1항 제1호에 의하면, 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 하는 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 다만 그 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득·등기한 부동산을 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과하도록 규정하고 있는바, 여기서 비영리사업자가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사업에 사용하는 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결, 대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결 등 참조).
나) 을 제1 내지 5호증, 갑 제4, 5, 6, 9호증, 갑 제13호증의 1, 갑 제14호증의 1, 2의 각 기재 또는 영상, 제1심 증인 000의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사정을 알 수 있다.
(1) 피고는 원고가 이 사건 각 토지를 취득·등기한 후 3년이 지난 2010. 12. 6.경 그 사용 현황에 대한 조사를 실시하여, 이 사건 토지에 수풀이 무성하고 돌밭처럼 돌들이 널려 있는 등 전혀 관리되지 않고 있는 것으로 확인하였다.
(2) 2007년 6월 촬영된 항공사진과 2009년 10월 촬영된 항공사진에 나타난 이 사건 각 토지의 현황 또한 위 현황조사결과와 별 차이가 없어 보인다.
(3) 원고의 대표자 000과 같은 교단에 소속된 목사로서 오래 전부터 알고 지내오면서 원고 운영의 기도원에 가끔 들렀던 000은 ‘2007년과 2008년의 부활절 직전에 위 기도원의 야외기도장소에서 심야에 3일간 기도한 사실이 있다’는 내용의 사실확인서(갑 제14호증의 1)를 제출하고 제1심 법정에 증인으로 나와서도 기본적으로 그와 같은 취지의 증언을 하면서도, 당시 자신이 기도한 장소는 이 사건 각 토지 중 이 사건 제5토지의 가장자리 부근인데 그곳은 기도하는 장소로 마련되어 있다기보다는 평탄하고 기도하기에 괜찮아 보여 스스로 그곳에 가서 기도하였으며 이 사건 각 토지가 야외기도시설로 사용되고 있었는지 여부는 모른다는 취지로 증언하였다.
(4) 원고가 이 사건 처분에 관한 과세전적부심사를 청구할 당시 최옥화로부터 작성받은 확인서(갑 제14호증의 2)에는 ‘2009. 7. 초경부터 2009. 8. 말경 사이에 다른 사람 2∼3명과 함께 위 기도원의 야외기도장소에서 여러 차례 기도한 적이 있다’는 내용이 담겨 있다.
(5) 한편 이 사건 제5토지에는 1992. 4. 23.경 신축된 면적 38.88㎡의 단층 기도원 건물이 있었으나, 2007년 6월 촬영된 항공사진과 2009년 10월 촬영된 항공사진에는 그 건물이 존재하지 않는 것으로 나타나고, 피고의 2010. 12.경 현장조사에서도 그 건물은 없는 것으로 확인되었으며, 000 또한 2007년과 2008년의 부활절을 앞두고 이 사건 제5토지에서 기도할 당시 그 부근에 기도시설과 무관한 단독주택 한 채가 있었을 뿐 다른 건물은 없었다고 증언하고 있다(위와 같은 사정에 비추어 볼 때, 갑 제13호증의 2의 기재를 쉽사리 믿기 어렵다).
다) 이러한 여러 사정과 앞서 본 법리를 종합해 보면, 원고는 이 사건 각 토지를 취득·등기한 때로부터 3년이 지날 때까지 그 목적사업인 종교사업 자체에 직접 사용하였다고 보기는 어렵고, 설령 원고의 기도원을 찾는 교인들이 때때로 이 사건 각 토지에서 야외기도를 해 온 사실이 있다 하더라도 이 사건 토지의 관리 상태나 그 이용의 경위 등을 감안해 보면, 그와 같은 사정만으로 원고가 그 사업용도의 하나로서 직접 이 사건 각 토지를 야외기도장소로 제공한 경우에 해당한다고 평가하기는 어렵다(원고는, 이 사건 토지를 지역주민들의 생활용수 공급을 위한 상수도 시설 설치 장소 및 산림청이 시행한 간벌작업에 필요한 주차장과 야적장소로도 사용하였다고 주장하나, 원고가 제출한 자료만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 설령 이 사건 토지를 위와 같은 용도로 사용하였다고 하더라도 이를 가리켜 이 사건 토지를 종교사업 자체에 직접 사용한 것이라고 할 수는 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다).
라) 따라서 원고가 이 사건 각 토지를 그 취득·등기일로부터 3년 이내에 직접 그 사업용도에 사용하였다는 취지의 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
4) 제4 주장에 대하여

가) 갑 제15호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 이 사건 제2, 3토지에 관하여 처분 경위에서 본 바와 같이 원고 명의로 소유권이전등기가 마쳐지기 전, 000은 2004. 12. 22. 이 사건 제2토지를 000에게, 이 사건 제3토지를 000에게 매도한 사실, 위 매매계약 후 000과 김영석(위 000의 남편)은 000에게 여러 차례 이 사건 제2, 3토지에 관한 소유권이전등기를 요구하였는바, 000은 이를 회피하기 위하여 이 사건 제2, 3토지에 관하여 허위로 증여를 원인으로 하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마친 사실을 인정할 수 있다.
위 인정사실에 의하면, 이 사건 제2, 3토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기는 원인 없는 무효의 등기이고, 따라서 원고는 등기부에만 소유 명의자로 등기되어 있을 뿐 실체적인 법률관계에서는 이 사건 제2, 3토지의 소유권을 취득한 것으로 볼 수 없어 이에 관한 취득세·등록세의 납세의무자가 될 수 없다(대법원 2007. 1. 25. 선고 2006두14384 판결, 대법원 1964. 11. 24. 선고 64누84 판결 참조).
따라서 이 사건 처분 중 원고가 이 사건 제2, 3토지에 관한 소유권을 취득하였음을 전제로 한 부분은 위법하다.
나) 나아가 이 사건 나머지 토지에 관하여 살펴본다.
원고는 위 제4 주장에서 본 것과 같은 이유로 이 사건 나머지 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기 역시 무효라고 주장하나, 위 소유권이전등기가 무효라는 점을 인정할 별다른 증거가 없을 뿐만 아니라(갑 제15호증의 1, 2는 이 사건 제2, 3토지에 관한 것이다), 갑 제15호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 이 사건 제2, 3토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 무효인 것은 000이 그에 관하여 체결한 매매계약에 따른 소유권이전등기의무를 회피하기 위하여 허위로 소유권이전등기를 마쳤다는 데 그 이유가 있음을 알 수 있는바, 000이 이 사건 나머지 토지에 관해서도 제3자와 매매계약을 체결함으로써 그에 따른 의무를 회피할 필요가 있는 등 허위로 원고 명의의 소유권이전등기를 마칠 사유가 있음을 알아볼 수 있는 증거가 없는 이상, 이 사건 각 토지에 관해 같은 날, 같은 원인으로 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다는 사정만으로 이 사건 나머지 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기도 이 사건 제2, 3토지의 경우와 같은 이유로 무효라고 할 수는 없다.
따라서 원고의 제4 주장 중 위 부분은 받아들일 수 없다.
5) 소결론

그렇다면 이 사건 처분 중 원고가 이 사건 제2, 3토지의 소유권을 취득하였음을 전제로 하는 부분은 위법하고, 나머지 부분은 적법하다.
6) 정당한 세액

나아가 정당한 세액에 관하여 살펴본다.
갑 제2호증의 3, 제3호증, 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 제2, 3토지를 취득하였음을 전제로 그에 관해 부과된 세액의 내역은 각 가산세를 포함하여 취득세 3,778,000원, 등록세 2,833,500원, 농어촌특별세 377,790원, 지방교육세 523,490원인 사실을 인정할 수 있다.
따라서 이 사건 처분의 취득세(가산세 포함) 11,294,010원 중 7,516,010원(11,294,010원 - 3,778,000원)을 초과하는 부분, 농어촌특별세(가산세 포함) 1,129,390원 중 751,600원(1,129,390원 - 377,790원)을 초과하는 부분, 등록세(가산세 포함) 8,470,500원 중 5,637,000원(8,470,500원 - 2,833,500원)을 초과하는 부분, 지방교육세(가산세 포함) 1,564,950원 중 1,041,460원(1,564,950원 - 523,490원)을 초과하는 부분은 모두 위법하다.
3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 기각하여야 할 것이다. 그런데 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 위 위법 부분을 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없으므로 기각한다.
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【하급심-수원지방법원 2011. 8. 25. 선고 2011구합2805 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 기독교인의 신앙훈련과 선교·구제·봉사사업을 목적으로 설립된 비법인사단으로서 2007. 1. 21. 000로부터 별지 목록 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 증여받아 그에 따른 소유권이전등기를 2007. 2. 26. 마쳤다.
나. 원고는 종교 목적의 비영리사업자로서 그 사업에 사용하기 위하여 이 사건 각 토지를 취득·등기하는 것이라는 이유로 2007. 2. 12.경 피고에게 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 등에 따라 그 취득세 및 등록세 등의 비과세를 신청하였고, 피고는 이를 받아들여 원고에게 그 취득세 및 등록세 등을 부과하지 아니하였다.
다. 그 후 피고는 2010. 12. 6. 이 사건 각 토지에 대한 현장조사를 실시하여 원고가 이 사건 각 토지를 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보고, 2011. 3. 2. 원고에게 가산세를 포함하여 취득세 11,294,010원, 농어촌특별세 1,129,390원, 등록세 8,470,500원, 지방교육세 1,564,950원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증, 갑 제10호증의 1, 2, 갑 제12호증, 을 제3호증, 을 제7호증의 1 내지 4, 을 제10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 각 토지를 그 취득 이후 원고의 설립 목적에 따라 기독교인의 신앙훈련을 위한 야외기도장소 등으로 사용해 왔으므로, 이를 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보고서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
나. 판단

1) 구「지방세법」제107조제1호와 제127조 제1항 제1호에 의하면, 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 하는 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 다만 그 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득·등기한 부동산을 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과하도록 규정하고 있는바, 여기서 비영리사업자가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사업에 사용하는 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결, 대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결 등 참조).
2) 을 제1 내지 5호증, 갑 제4, 5, 6, 9호증, 갑 제13호증의 1, 갑 제14호증의 1, 2의 각 기재 또는 영상, 증인 000의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사정을 알 수 있다.
가) 피고는 원고가 이 사건 각 토지를 취득·등기한 후 3년이 지난 2010. 12. 6.경 그 사용 현황에 대한 조사를 실시하여, 이 사건 토지에 수풀이 무성하고 돌밭처럼 돌들이 널려 있는 등 전혀 관리되지 않고 있는 것으로 확인하였다.
나) 2007년 6월 촬영된 항공사진과 2009년 10월 촬영된 항공사진에 나타난 이 사건 각 토지의 현황 또한 위 현황조사결과와 별 차이가 없어 보인다.
다) 원고의 대표자 000과 같은 교단에 소속된 목사로서 오래 전부터 알고 지내오면서 원고 운영의 기도원에 가끔 들렀던 000은 ‘2007년과 2008년의 부활절 직전에 위 기도원의 야외기도장소에서 심야에 3일간 기도한 사실이 있다’는 내용의 사실확인서(갑 제14호증의 1)를 제출하고 이 법정에 증인으로 나와서도 기본적으로 그와 같은 취지의 증언을 하면서도, 당시 자신이 기도한 장소는 이 사건 각 토지 중 별지 목록 제5항 기재 토지(이하 ‘이 사건 제5토지’라 한다)의 가장자리 부근인데 그곳은 기도하는 장소로 마련되어 있다기보다는 평탄하고 기도하기에 괜찮아 보여 스스로 그곳에 가서 기도하였으며 이 사건 각 토지가 야외기도시설로 사용되고 있었는지 여부는 모른다는 취지로 증언하였다.
라) 원고가 이 사건 처분에 관한 과세전적부심사를 청구할 당시 최옥화로부터 작성받은 확인서(갑 제14호증의 2)에는 ‘2009. 7. 초경부터 2009. 8. 말경 사이에 다른 사람 2∼3명과 함께 위 기도원의 야외기도장소에서 여러 차례 기도한 적이 있다’는 내용이 담겨 있다.
마) 한편 이 사건 제5토지에는 1992. 4. 23.경 신축된 면적 38.88㎡의 단층 기도원 건물이 있었으나, 2007년 6월 촬영된 항공사진과 2009년 10월 촬영된 항공사진에는 그 건물이 존재하지 않는 것으로 나타나고, 피고의 2010. 12.경 현장조사에서도 그 건물은 없는 것으로 확인되었으며, 000 또한 2007년과 2008년의 부활절을 앞두고 이 사건 제5토지에서 기도할 당시 그 부근에 기도시설과 무관한 단독주택 한 채가 있었을 뿐 다른 건물은 없었다고 증언하고 있다.
바) 그리고 원고는 위 과세전적부심사청구서에서 이 사건 각 토지를 산림청의 간벌작업을 위한 주차장과 간벌한 나무의 야적장소로 제공하기도 하였다고 하고 있다.
3) 이러한 여러 사정을 앞서 본 법리에 비추어 종합해 보면, 이 사건 각 토지는 원고가 이를 취득·등기한 때로부터 3년이 지날 때까지 그 목적사업 자체에 직접 사용되었다고 보기는 어렵고, 설령 원고의 기도원을 찾는 교인들이 때때로 이 사건 각 토지에서 야외기도를 해 온 사실이 있다 하더라도 이 사건 토지의 관리상태나 그 이용의 경위 등을 감안해 보면 그와 같은 사정만으로 원고가 그 사업용도의 하나로서 직접 이 사건 각 토지를 야외기도장소로 제공한 경우에 해당한다고 평가하기는 어렵다.
4) 따라서 원고가 이 사건 각 토지를 그 취득·등기일로부터 3년 이내에 직접 그 사업용도에 사용하지 아니하였다고 본 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1. 지방세기본법에 따른 처분에 관한 심판청구 등은 모두 임의적 전심절차에 해당하다.
2. 법률상 원인무효인 등기로 확정된 경우 취득세 납세의무는 성립되지 아니하나, 등록세 납세의무에는 영향을 미치지 않는다.