이 사건 토지의 지목변경에 따른 취득세 과세표준 및 세액산정 기준 (일반행정, 대법원)
공포일: 2019.04.24 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-대구고등법원 2018. 12. 21. 선고 2017누4148 판결】

【주문】 처분청패소

1. 제1심판결 중 아래에서 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.
2. 피고가 2014. 2. 12. 원고에 대하여 한 취득세 2,241,452,800원, 가산세 250,815,440원, 농어촌특별세 224,145,280원, 가산세 25,081,530원의 부과처분을 각 취소한다.
3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. ○○치아의 골프장 건설사업 추진

○○치아코리아 주식회사(변경 전: ○○○○○○개발 주식회사, 이하 ‘○○치아’라 한다)는 회원제 골프장 건설 및 운영을 주된 사업으로 하는 회사인데, ○○시 ○○면 ○○리 606 외 110필지 584,803㎡에 골프장을 건설하는 사업을 추진하였다.
나. 이 사건 토지에 관한 신탁 및 이 사건 사업 등

1) ○○치아는 2007. 11. 30. 원고 및 주식회사 ○○저축은행, 주식회사 ○○저축은행과 대출약정을 체결함과 동시에 위 대출금 채무의 상환을 담보하기 위하여 원고와 사이에 위탁자를 ○○○○, 수탁자를 원고로 하고, 원고를 비롯한 위 각 금융기관을 공동 제1순위 우선수익자로 하여 위 ○○시 ○○면 ○○리 606 외 110필지 584,803㎡ 중 504,306㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관한 담보신탁계약을 체결한 후, 원고에게 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
2) 피고는 2008. 1.경 ○○시 ○○면 ○○리 606 외 110필지 584,803㎡를 ○○치아 골프&리조트 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업시행지로, ○○○○를 사업시행자로 지정하였으며, 2012. 1. 19. 사업시행지를 ○○시 ○○면 ○○리 600 일원으로, 면적을 당초 584,803㎡에서 750,955㎡로 변경하는 고시(○○시 고시 제2012-70호)를 하였다.
3) ○○치아는 2010. 9. 3. ○○종합건설 주식회사(이하 ‘○○종건’이라 한다)와 공사금액을 200억 원으로 정하여 이 사건 사업시행지에 ‘○○ ○○치아 골프장’(골프코스 18홀, 이하 ‘이 사건 골프장’이라 한다)을 건설하는 공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)의 도급계약(이하 '이 사건 도급계약‘이라 한다)을 체결하였다.
다. ○○치아의 취득세 신고 및 당초 처분 등

1) 위탁자인 ○○치아는 2012. 8. 10. 피고에게, 2012. 6. 11. 이 사건 골프장에서 시범라운딩을 실시함으로써 이 사건 사업시행지의 지목이 체육용지로 사실상 변경되었다고 보아 취득가액을 200억 원(이 사건 도급계약상 공사금액)으로 하여 이 사건 사업시행지에 관하여 지목변경에 따른 취득세를 신고하였다.
2) 그 후 피고는 2013. 3. 11. ‘이 사건 사업시행지의 지목변경에 따른 취득세 납세의무자는 수탁자’라는 이유로 위탁자인 ○○치아에 대한 위 1)항 기재 취득세 등 부과처분을 직권취소하고, 수탁자인 원고에게 이 사건 도급계약서상의 도급금액인 200억 원을 과세표준으로 하여 취득세 2,527,800,000원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 212,780,000원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘당초 처분’이라 한다).
라. 피고의 증액처분

1) 피고는 ○○치아에 대한 세무조사를 실시한 후, ○○치아의 법인장부로 확인되는 골프장 건설비용 및 농지전용부담금, 건설자금이자 등을 기초로 하여 이 사건 골프장의 지목변경에 들어간 총 비용을 30,776,948,237원으로 확정한 다음, 아래 표와 같이 이미 당초 처분으로 취득세가 부과된 200억 원을 뺀 10,776,948,237원을 추가과세표준으로 산출하였다.
2) 피고는 전체 골프장 면적인 584,803㎡ 중 신탁토지인 이 사건 토지의 면적 504,306㎡에 해당하는 비율(95.843960362%)을 적용한 10,329,053,996원을 이 사건 토지에 관한 추가과세표준으로 산출한 다음, 2014. 2. 12. 원고에게 이 사건 토지의 지목변경에 따른 취득세 1,408,366,470원(본세 1,032,905,380원, 가산세 375,461,090원) 및 농어촌특별세 120,178,530원(본세 103,290,530원, 가산세 16,888,000원)을 추가로 부과하는 증액경정처분을 하였다.
마.진심절차 및 감액처분

1) 한편, 원고는 2013. 4. 1. 피고에게 당초 처분에 따른 취득세 및 농어촌특별세를 납부한 후 같은 해 6. 14. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2014. 8. 26. ‘이 사건 사업시행지(584,803㎡) 중 신탁재산이 아닌 토지(국유재산 1,747㎡, 윤자경 소유 3,737㎡, ○○치아 소유 16,930㎡)의 지목변경에 소요된 금액을 제외하는 것으로 그 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 일부인용결정을 하였다.
2) 피고는 2014. 9. 4. 위 결정의 취지에 따라 당초 처분을 취득세 2,430,915,890원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 204,624,680원(가산세 포함)으로 감액하는 처분(이하 ‘1차 감액경정처분’이라 한다)을 하였다 다만, 피고는 위 감액처분 당시 과세표준 20,000,000,000원을 19,233,451,264원으로 감액함으로써 96.16725632%의 비율을 적용하였다.
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3) 또 원고는 2014. 5. 12. 조세심판원에 증액처분에 대한 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2017. 5. 10. ‘피고가 2014. 2. 12. 원고에게 한 취득세 1,408,366,470원 및 농어촌특별세 120,178,530원 합계 1,528,545,000원(가산세 포함)의 부과처분은 스프링클러공사비, 옥외전기공사비, 건설자금이자 중 2011년까지 발생한 분을 제외한 후 원고의 신탁비율을 적용하여 취득세 등 과세표준 및 세액을 경정하고, 신고불성실가산세는 취소한다‘는 일부인용결정을 하였다.
4) 피고는 2017. 7. 5. 위 결정의 취지에 따라 취득세 1,347,014,120원(본세 714,797,700원, 가산세 632,216,420원) 및 농어촌특별세 75,576,400원(본세 71,479,760원, 가산세 4,096,640원)을 감액하는 처분(이하 ‘2차 감액경정처분’이라 한다)을 하였다.
바. 이 사건 부과처분의 특정

위와 같이 당초 처분이 증액경정처분으로 흡수되었다가 1차 및 2차 감액처분이 있었으므로, 원고에 대한 취득세 등 부과처분은 2014. 2. 12.자 취득세 2,492,268,240원(본세 2,241,452,800원, 가산세 250,815,440원), 농어촌특별세 249,226,810원(본세 224,145,280원, 가산세 25,081,530원)의 부과처분으로 특정되었다(아래 표 참조, 이하 ‘이 사건 부과처분‘이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 8 내지 12, 18, 19, 28, 39호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 주위적 주장

토지의 지목변경에 따른 취득세의 과세표준에 관하여 구 지방세법 시행령(2013. 1. 1. 대통령령 제24296호로 개정되기 전의 것) 제17조(이하 ‘쟁점 조항’이라 한다) 본문은 ‘지목변경 전후 시가표준액의 차액’으로 정하고 있고, 쟁점 조항 단서는 ‘판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용’으로 정하고 있다. 피고는 이 사건 토지의 위탁자인 ○○치아의 법인장부를 기준으로 이 사건 토지에 관한 취득세 과세표준을 산정하였으나, ○○치아의 법인장부는 객관적이고 신뢰할 수 있는 자료를 근거로 작성된 것이 아니어서 위 법인장부로 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우라고 할 수 없다. 피고는 쟁점 조항 본문에 따라 지목변경 전후의 시가표준액 차액을 과세표준으로 산정하여야 한다. 따라서 쟁점 조항 단서에 따라 ○○치아의 법인장부를 기초로 한 이 사건 부과처분은 위법하여 전부 취소되어야 한다.
나. 예비적 주장

설령 ○○치아의 법인장부를 기준으로 취득세 과세표준을 산정할 수 있다고 하더라도, 이 사건 부과처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.
1) ○○치아의 법인장부상 배수공사 항목은 이 사건 골프장의 ‘배수시설’을 설치하는 데 든 비용인데, 이는「지방세법」제6조제4호의 건축물 중 ‘급수·배수시설’에 해당하므로 이에 관한 취득세는「지방세법」제7조제4항의 ‘지목변경’이 아닌「지방세법」제7조제1항의 ‘부동산의 취득’으로 과세되어야 한다. 따라서 위 항목은 건축주로서 원시취득한 ○○치아가 취득세를 납부할 사안이므로 지목변경비용에서 제외되어야 한다. .
2) 이 사건 토지의 지목이 사실상 변경된 때는 2011. 7.경이거나 2011년 말경이므로 2012년 사업연도에 발생한 이자비용은 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이라고 할 수 없다. 따라서 위 이자비용은 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.
3) 이 사건 부과처분 중 본세 부분이 적법하다고 하더라도 원고에게는 가산세를 면제할 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 위법하다.
3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.
나. 주위적 주장에 대한 판단

1) 구「지방세법」제10조제5항 제3호가 정하는 "판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득"이란 취득세의 과세표준인 사실상의 취득가격이 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 입증되는 취득을 말한다(대법원 1996. 12. 6. 선고 95누1491 판결 등 참조). 따라서 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 입증되는 가격이라고 하더라도 그것이 당해 물건에 관한 ‘사실상의 취득가격’에 해당하지 아니하는 경우에는 이를 취득세의 과세표준으로 삼을 수 없다(대법원 2013. 10. 24. 선고 2013두11680 판결 등 참조)

2) 앞서 든 증거 및 갑 제6, 20, 21, 23호증, 을 제3 내지 12, 19 내지 21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실이나 사정들을 종합하여 보면, ○○치아의 법인장부는 객관적인 자료를 근거로 작성된 신뢰성이 있는 것이라고 보기 어려워 그것만으로 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되었다고 볼 수 없다. 따라서 피고가 위 법인장부로 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되었다고 보아 이를 원고에 대한 취득세 등 부과를 위한 과세표준 및 세액 산정의 기준으로 삼아서 한 이 사건 부과처분은 위법하다.
① ○○치아는 이 사건 골프장의 골프코스 및 건축물(클럽하우스) 건설이 진행되던 2011. 12. 31.까지 위 건설에 소요된 비용을 임시계정인 ‘건설 중인 자산’ 계정에 계상하여 두었다가 이를 건물, 토지, 구축물 *주2)

, 기계장치, 입목, 골프코스 등의 본계정으로 대체하였다. 피고는 앞서 본 바와 같이 ○○치아의 2012년 계정별 원장의 구축물 계정의 배수공사, 포장공사, 통로BDX 공사, 교량공사 항목의 금액과 입목 계정, 골프코스 계정 중 구축물, 기계장치, 입목, 골프코스 계정의 금액의 합계액에다가 농지전용부담금, 건설자금이자를 더한 금액이 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이라고 보아 이를 기초로 이 사건 취득세 등의 과세표준 및 세액을 산정하였다(당초 처분 당시에는 구축물 계정 중 스프링클러 항목과 기계장치 계정의 금액도 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이라고 보아 과세표준에 포함시켰음은 앞서 본 바와 같다).
② 그런데 ○○치아가 2011년 계정별 원장의 건설 중인 자산 계정에 계상되어 있던 금액(42,530,690,513원) 중 어느 항목의 금액이 어떠한 근거로 2012년 계정별 원장의 건물, 구축물, 기계장치, 골프코스, 입목 등의 각 계정 금액으로 대체된 것인지를 알 수가 없다. 또 2012년 계정별 원장의 구축물 계정의 세부 항목을 이루는 배수공사, 포장공사 등의 명칭만으로는 그 구축물이 어떠한 시설이나 설비를 뜻하는 것인지도 알 수 없다.
③ 2011년 계정별 원장에 따르면, 2011. 12. 31. 건설 중인 자산 계정에 계상된 금액은 42,530,690,513원이고, 전년도인 2010년에서 이월된 금액은 27,777,181,983원이다(2009년도에서 이월된 금액은 12,475,315,579원이다). 그런데 2010년 및 2011년 계정별 원장의 건설 중인 자산 계정에 계상된 개별 항목 중에는 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이라고 보기 어려운 주민민원비, 주민행사비, 주민찬조비, 민원처리비, 국·공유지점용료(이 사건 골프장 사업부지에는 국·공유지가 포함되어 있다), 국유재산사용료, 회원권분양수수료 등이 포함되어 있고, 그 합계액도 적은 금액이 아니다(2010년 이전의 계정별 원장의 건설 중인 자산 계정에도 위와 같은 비용이 포함되어 있을 가능성이 있다). 앞서 본 바와 같이 2011. 12. 31.까지 건설 중인 자산 계정에 계상되어 있던 금액은 2011년 기말에 본계정으로 대체되었는데, 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이라고 볼 수 없는 위와 같은 비용이 본계정 중 어느 계정으로 대체되었는지 알 수 없다. 이는 계정별 원장만으로는 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용을 증명할 수 없음을 의미한다.
④ ○○치아는 이 사건 골프장 조성공사 과정에 공사대금으로 지급한 비용 중 일부는 부가가치세를 포함한 금액을 건설 중인 자산에 계상하고, 나머지는 부가가치세를 제외한 금액을 건설 중인 자산에 계상하는 등 일관성이 결여된 방식으로 법인장부를 작성하였다. 이는 ○○치아 법인장부의 신뢰성을 의심하게 하는 사정이다.
3) ○○치아의 법인장부만으로는 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이 증명되었다고 보기 어려운 이상, 이 사건 취득세 과세표준은 쟁점 조항 본문에 따라 이 사건 토지의 지목변경 전후의 시가표준액 차액으로 산정하여야 한다. 그러나 피고는 그 시가표준액 차액에 관한 증거자료를 제출하지 아니하여 정당한 이 사건 취득세 등의 세액을 확정할 수 없으므로, 원고의 나머지 주장에 대해 나아가 살펴볼 필요가 없이 이 사건 부과처분 전부를 취소할 수밖에 없다.
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주2)구축물 계정은 다시 배수공사, 포장공사, 스프링클러공사, 통로BDX 공사, 교량공사 등 5가지 세부 항목으로 나누어지는데, 각 공사항목 별 금액은 감가상각비명세서(을 제12호증)의 기초자산가액과 일치한다.
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4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하여야 할 것인데, 제1심판결 중 원고 패소 부분은 이와 결론이 달라 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 이 사건 부과처분을 모두 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 지방세기본법

제17조(실질과세)

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.
② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.
제54조(가산세의 감면 등)

① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 그 가산세를 부과하지 아니한다.
■ 지방세법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것)

제6조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(개수), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.
4. "건축물"이란「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수ㆍ배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.
제7조(납세의무자 등)

① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권 또는 종합체육시설 이용회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.
④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.
제10조(과세표준)

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및「소득세법」 제101조제1항 또는「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」제27조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제28조에 따라 검증이 이루어진 취득

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과)

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산등을 취득하는 경우(별장 등을 구분하여 그 일부를 취득하는 경우를 포함한다)의 취득세는 제11조 및 제12조의 세율과 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 이 경우 골프장은 그 시설을 갖추어 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」에 따라 체육시설업의 등록(시설을 증설하여 변경등록하는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 하는 경우뿐만 아니라 등록을 하지 아니하더라도 사실상 골프장으로 사용하는 경우에도 적용하며, 별장ㆍ고급오락장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니할 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 그 부속토지로 본다.
2. 골프장: 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」에 따른 회원제 골프장용 부동산 중 구분등록의 대상이 되는 토지와 건축물 및 그 토지 상의 입목

■ 지방세법 시행령(2013. 1. 1. 대통령령 제24296호로 개정되기 전의 것)

제16조(증축 등의 과세표준)

법 제10조 제3항 후단에서 "대통령령으로 정하는 시가표준액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.
1. 취득세 납세의무자나 그 취득물건에 관하여 그와 거래관계가 있었던 자가 관련 장부나 그 밖의 증명서류를 갖추고 있는 경우에는 이에 따라 계산한 가액

2. 제1호에 따른 관련 장부나 증명서류를 갖추고 있지 아니하거나 그 내용 중 취득경비 등의 금액이 해당 취득물건과 유사한 물건을 취득하는 경우에 일반적으로 드는 것으로 인정되는 자재비, 인건비, 그 밖에 취득에 필요한 경비 등을 기준으로 시장ㆍ군수가 산정한 가액보다 부족한 경우에는 시장ㆍ군수가 산정한 가액

3. 제1호 및 제2호에도 불구하고 토지의 지목변경의 경우에는 제17조에 따른 가액

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준)

법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.
1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

제18조(취득가격의 범위 등)

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2. 법인장부: 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서 <끝>

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【하급심-대구지방법원 201-61-22 선고 2014구합22924 판결】

【주문】 처분청일부패소

주 문

1. 피고가 2014. 2. 12. 원고에 대하여 한 취득세 2,956,250,500원의 부과처분 중 2,783,158,460원을 초과하는 부분 및 가산세 883,031,860원의 부과처분 중 820,756,920원을 초과하는 부분과 농어촌특별세 295,625,040원의 부과처분 중 278,315,840원을 초과하는 부분 및 가산세 29,178,170원의 부과처분 중 26,412,520원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.
3. 소송비용 중 10%는 피고가, 나머지는 원고가 각 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. ○○치아의 골프장 건설사업 추진

○○치아코리아 주식회사(변경 전: ○○○○레져개발 주식회사, 이하 ‘○○치아’라 한다)는 회원제 골프장 건설 및 운영을 주된 사업으로 하는 회사인데, ○○시 ○○면 ○○리 606 외 110필지 584,803㎡에 골프장을 건설하는 사업을 추진하였다.
나. 이 사건 토지에 관한 신탁 및 이 사건 사업 등

1) ○○치아는 2007. 11. 30. 원고 및 주식회사 ○○저축은행, 주식회사 ○○저축은행과 대출약정을 체결함과 동시에 위 대출금 채무의 상환을 담보하기 위하여 원고와 사이에 위탁자를 ○○○○, 수탁자를 원고로 하고, 원고를 비롯한 위 각 금융기관을 공동 제1순위 우선수익자로 하여 위 ○○시 ○○면 ○○리 606 외 110필지 584,803㎡ 중 504,306㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관한 담보신탁계약을 체결한 후, 원고에게 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
2) 피고는 2008. 1.경 ○○시 ○○면 ○○리 606 외 110필지 584,803㎡를 ○○치아 골프&리조트 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업시행지로, ○○치아를 사업시행자로 지정하였으며, 2012. 1. 19. 사업시행지를 ○○시 ○○면 ○○리 600 일원으로, 면적을 당초 584,803㎡에서 750,955㎡로 변경하는 고시(○○시 고시 제2012-70호)를 하였다.
3) ○○치아는 2010. 9. 3. ○○종합건설 주식회사(이하 ‘○○종건’이라 한다)와 공사금액을 200억 원으로 정하여 이 사건 사업시행지에 ‘○○ ○○치아 골프장’(골프코스 18홀, 이하 ‘이 사건 골프장’이라 한다)을 건설하는 공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)의 도급계약(이하 '이 사건 도급계약‘이라 한다)을 체결하였다.
다. ○○치아의 취득세 신고 및 당초 처분 등

1) 위탁자인 ○○치아는 2012. 8. 10. 피고에게, 2012. 6. 11. 이 사건 골프장에서 시범라운딩을 실시함으로써 이 사건 사업시행지의 지목이 체육용지로 사실상 변경되었다고 보아 취득가액을 200억 원(이 사건 도급계약상 공사금액)으로 하여 이 사건 사업시행지에 관하여 지목변경에 따른 취득세를 신고하였다.
2) 그 후 피고는 2013. 3. 11. ‘이 사건 사업시행지의 지목변경에 따른 취득세 납세의무자는 수탁자’라는 이유로 위탁자인 ○○치아에 대한 위 1)항 기재 취득세 등 부과처분을 직권취소하고, 수탁자인 원고에게 이 사건 도급계약서상의 도급금액인 200억 원을 과세표준으로 하여 취득세 2,527,800,000원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 212,780,000원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘당초 처분’이라 한다).
라. 피고의 증액처분

1) 피고는 ○○치아에 대한 세무조사를 실시한 후, ○○치아의 법인장부로 확인되는 골프장 건설비용 및 농지전용부담금, 건설자금이자 등을 기초로 하여 이 사건 골프장의 지목변경에 들어간 총 비용을 30,776,948,237원으로 확정한 다음, 아래 표와 같이 이미 당초 처분으로 취득세가 부과된 200억 원을 뺀 10,776,948,237원을 추가과세표준으로 산출하였다.
2) 피고는 전체 골프장 면적인 584,803㎡ 중 신탁토지인 이 사건 토지의 면적 504,306㎡에 해당하는 비율(95.843960362%)을 적용한 10,329,053,996원을 이 사건 토지에 관한 추가과세표준으로 산출한 다음, 2014. 2. 12. 원고에게 이 사건 토지의 지목변경에 따른 취득세 1,408,366,470원(본세 1,032,905,380원, 가산세 375,461,090원) 및 농어촌특별세 120,178,530원(본세 103,290,530원, 가산세 16,888,000원)을 추가로 부과하는 증액경정처분을 하였다(이하 ‘증액 처분’이라 한다).
마. 전심절차 및 감액처분

1) 한편, 원고는 2013. 4. 1. 피고에게 당초 처분에 따른 취득세 및 농어촌특별세를 납부한 후 같은 해 6. 14. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2014. 8. 26. ‘이 사건 사업시행지(584,803㎡) 중 신탁재산이 아닌 토지(국유재산 1,747㎡, 윤자경 소유 3,737㎡, ○○치아 소유 16,930㎡)의 지목변경에 소요된 금액을 제외하는 것으로 그 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 일부인용결정을 하였다.
2) 피고는 2014. 9. 4. 위 결정의 취지에 따라 당초 처분을 취득세 2,430,915,890원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 204,624,680원(가산세 포함)으로 감액하는 처분(이하 ‘이 사건 감액처분’이라 한다)을 하였다 다만, 피고는 위 감액처분 당시 과세표준 20,000,000,000원을 19,233,451,264원으로 감액함으로써 96.16725632%의 비율을 적용하였다.
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바. 이 사건 부과처분의 특정

위와 같이 이 사건 감액처분에 따라 일부 취소된 당초 처분이 이 사건 증액처분으로 흡수됨에 따라 원고에 대한 취득세 등 부과처분은 2014. 2. 12.자 취득세 3,839,282,360원(본세 2,956,250,500원, 가산세 883,031,860원), 농어촌특별세 324,803,210원(본세 295,625,040원, 가산세 29,178,170원)의 부과처분으로 특정되었다(아래 표 참조, 이하 ‘이 사건 부과처분‘이라 한다).
<표생략>

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 8 내지 12, 18, 19호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 주위적 주장

토지의 지목변경에 따른 취득세의 과세표준에 관하여 구 지방세법 시행령(2013. 1. 1. 대통령령 제24296호로 개정되기 전의 것) 제17조(이하 ‘쟁점 조항’이라 한다) 본문은 ‘지목변경 전후 시가표준액의 차액’으로 정하고 있고, 쟁점 조항 단서는 ‘판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용’으로 정하고 있다.
피고는 이 사건 토지의 위탁자인 ○○치아의 법인장부를 기준으로 이 사건 토지에 관한 취득세 과세표준을 산정하였으나, ○○치아의 법인장부는 객관적이고 신뢰할 수 있는 자료라고 볼 수 없어 위 법인장부로 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우가 아니므로, 피고는 쟁점 조항 본문에 따라 지목변경 전후의 시가표준액 차액을 과세표준으로 산정하여야 한다. 따라서 쟁점 조항 단서에 따라 ○○치아의 법인장부를 기초로 한 이 사건 부과처분은 위법하여 전부 취소되어야 한다.
나. 예비적 주장

1) ○○치아의 법인장부상 배수공사 항목은 이 사건 골프장의 ‘배수시설’을, 스프링클러공사 항목은 이 사건 골프장의 ‘급수시설’인 스프링클러시설을 설치하는데 든 비용인데, 이는「지방세법」제6조제4호의 건축물 중 ‘급수·배수시설’에 해당하므로 이에 관한 취득세는「지방세법」제7조제4항의 ‘지목변경’이 아닌「지방세법」제7조제1항의 ‘부동산의 취득’으로 과세되어야 한다. 따라서 위 항목은 건축주로서 원시취득한 ○○치아가 취득세를 납부할 사안으로서 지목변경비용에서 제외되어야 한다. 또한 옥외전기공사 항목은 이용객의 편의를 제공하는 시설인 야간조명시설, 피뢰침 설치비용이므로 임야를 체육용지로 지목변경하는 것과는 무관하게 발생한 비용이고, 그 밖에 건축물 공사에 소요된 비용 역시 별도의 취득세 과세대상일 뿐이므로 위 공사에 소요된 비용은 이 사건 취득세 등 과세표준에서 제외되어야 한다(이하 ‘① 주장’이라 한다).
2) 원고는 차입금에 대한 금융비용(이자)을 ‘건설중인자산’ 계정을 통하여 각 계정과목별 유형자산으로 자본화하였으므로, 각 계정과목 유형자산을 취득세 과세표준에 포함시키면서도 다시 건설자금이자를 과세표준으로 삼는 것은 중복과세에 해당한다. 나아가 건설자금이자를 과세표준에 포함시킬 수 있다고 하더라도 적어도 배수시설, 스프링클러 시설, 야간조명시설, 기타 건축물 관련 비용 등 이 사건 토지에 관한 지목변경으로 볼 수 없어 과세표준에서 제외되어야 할 비용에 대한 이자는 과세표준에서 제외되어야 한다(이하 ‘② 주장’이라 한다).
3) 피고는 이 사건 감액처분 당시 원고에게 신탁된 토지의 비율을 잘못 산정하였으므로 추가 감액처분이 이루어져야 한다(이하 ‘③ 주장’이라 한다).
4) 이 사건 부과처분 중 본세 부분이 적법하다고 하더라도 원고에게는 가산세를 면제할 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다(이하 ‘④ 주장’이라 한다).
3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.
나. 판단

1) 주위적 주장에 관한 판단

앞서 든 증거 및 갑 제6, 20, 21, 23호증, 을 제3 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음의 각 사정 또는 사실들을 종합하여 보면, ○○치아의 법인장부는 객관적으로 작성되어 신뢰성이 있다고 봄이 상당하므로, 피고가 쟁점 조항 단서에 따라 위 법인장부로 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이 입증된 경우라고 보아 이를 원고에 대한 취득세 등 부과를 위한 과세표준의 기준으로 삼은 것은 적법하다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 원고의 주위적 주장은 받아들일 수 없다.
가) 법인인 ○○치아는 2008년부터 2012년까지 세무신고를 하여 왔고, 2011사업연도부터 2013사업연도까지 각종 재무제표에 관하여 외부감사를 받았는데, 외부감사인인 한경회계법인은 ‘그 감사결과 자본잠식상태가 지속되어 계속기업에 관한 중대한 불확실성이 존재한다’는 것을 이유로 의견표명을 거절한 사실이 있을 뿐 잘못된 회계처리에 따른 부적정의견 또는 한정의견을 제시한 바 없으므로, 위 외부감사인은 ○○치아가 작성한 재무제표를 신뢰할 만한 것으로서 검토대상으로 삼았다고 보인다.
나) ○○치아의 2011년 계정별원장(을 제11호증의 2, 을 제20호증)에 의하면, ○○치아는 이 사건 골프장의 골프코스 및 건축물(클럽하우스) 건설이 진행되던 2011년에 위 건설에 소요된 비용을 임시계정인 ‘건설중인자산’에 계상하여 두었다가 2011. 12. 31. 건설기간이 종료되어 위 ‘건설중인자산’ 계정에 계상되어 있던 비용을 모두 건물, 구축물, 기계장치, 입목, 골프코스, 토지 등의 본계정으로 수정대체하였는데, 그 금액이 정확히 일치하고 있다(아래 표 참조).
다) 원고는 이 사건 토지의 수탁자로서 이 사건 도급계약 및 실제 공사에 전혀 관여하지 아니하였고, 위 법인장부는 이 사건 토지의 위탁자인 ○○치아의 것이므로 쟁점 조항의 법인장부에 해당하지 않는다고도 주장하나, 이 사건 골프장 공사는 위탁자인 ○○치아가 자금을 들여 직접 시행한 것일 뿐만 아니라 위 규정은 단순히 ‘판결문 또는 법인장부’라고만 규정하고 있을 뿐 ‘납세의무자에 대한 판결문 또는 법인장부’로 한정하고 있지도 않으므로, 위 주장은 이유 없다.
라) 원고는 이 사건 토지 위에 골프장을 건설하기 위하여 체결한 이 사건 도급계약의 전체 도급액이 200억 원인데, ○○치아의 법인장부에 계상된 지목변경 금액은 위 도급액보다 약 103억 원이나 많으므로 위 법인장부는 신빙성이 없다고 주장하나, ○○치아의 계정별원장에는 일자별로 사용명목, 지급 상대방, 지출금액이 구체적으로 기재되어 있고, 이 사건과 같이 규모가 큰 골프장 건축공사의 경우 당초 체결된 도급금액보다 실제 소요되는 공사금액이 늘어나는 경우(추가 공사 등)가 원 도급금액과 정확히 일치하는 경우보다 더 많을 것이며, 실제로 을 제11호증의 2(계정별원장) 중 ‘건설중인자산’ 과목에는 ○○치아가 ○○○종합건설 주식회사, ○○○○ 주식회사, 주식회사 ○○○○, ○○○○ 등의 공사업자들에게 공사대금을 지출한 사실이 확인될 뿐만 아니라 위 ‘2011년말 건설중인 자산’ 계정에는 공사도급계약금액과는 별도의 건설자금이자 2,796,840,691원도 포함되어 있는 사실을 알 수 있으므로, 이 부분 주장 역시 이유 없다.
2) 예비적 주장에 관한 판단

가) ① 주장에 관한 판단

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음의 각 사실 또는 사정을 모두 종합하여 보면, ○○치아의 법인장부상 배수공사, 스프링클러공사, 옥외전기공사 항목에 포함된 비용은 모두 이 사건 토지가 골프장으로 조성되는데 소요된 비용으로서 이 사건 토지의 지목변경에 의한 취득세 과세표준에 포함되는 것으로 보는 것이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
⒜ 이 사건 도급계약서(갑 제10호증)에 의하면, 공사명은 ‘○○ ○○치아 CC 건설공사, 골프장 18홀 조성공사’로서 클럽하우스(건물) 공사와는 별도의 공사인 것으로 보이고, 그 공사내역 중 [A-토목공사]의 하부내역으로 토공사, 배수공사, 포장공사, 연못조성공사, 교량공사, GTB Green, Tee, Bunker

조성공사, 잔디공사, 조형공사, 스프링클러설비공사, 통로BDX공사, 부대시설공사 등이 기재되어 있으므로, 위 계약서에 기재된 공종은 모두 골프장 18홀 조성공사에 포함된다고 보아야 한다.
⒝ 골프장 배수공사는 구체적으로 ① 지하에 물길 파기, ② 부직포 깔기, ③ 유공관(구멍이 있는 배수관)과 무공관(구명이 없는 배수관)으로 배수로 만들기, ④ 자갈, 모래, 흙 순서로 덮기 등의 순서로 이루어지고, 스프링클러 설비공사는 ① 지하에 파이프와 호스 등을 매립, ② 지상에 스프링클러 헤드 설치, ③ 파이프 등과 스프링클러 헤드 연결 등의 순서로 이루어지는바, 위 공사는 전체 골프장 18홀에 걸쳐 배수관, 파이프 등을 매립하는 것이 주된 것이어서 이를 위한 노무비 등의 비중이 실제로 설치 또는 구축되는 배수관, 파이프, 호스 또는 스프링클러 헤드 등의 가액에 비하여 더욱 클 것으로 추정되는바, 위 공사를 위하여 소요된 비용 총액을 지목변경에 소요된 비용으로 보는 것이 타당하다.
⒞ 을 제13호증의 1 내지 35의 각 영상에 의하면, 이 사건 골프장에는 피뢰침은 설치되어 있으나 야간조명시설은 설치되어 있지 아니하며, 골프장에는 통상적으로 전기유도방식으로 구동하는 전동카트 설비가 되어 있고, 이 사건 골프장에 전기유도방식의 카트유도선로가 설치되어 있다는 피고의 주장에 대하여 원고는 특별히 다투고 있지 아니한 것으로 보이는바, 옥외전기공사비용은 앞서 본 배수시설 및 스프링클러시설과 마찬가지로 전체 골프장 18홀에 걸쳐 시공된 카트유도선로 설치비용 및 피뢰침 설치비용 등으로서 이 사건 골프장의 효용에 공하는 공사에 소요된 비용으로 보아야 할 것이다.
나) ② 주장에 관한 판단

⒜ ○○치아가 2011. 12. 31. 2010년과 2011년 사업연도에 발생한 이자비용을 자본화하여 ‘건설중인자산’ 계정에 반영한 사실은 피고도 인정하고 있으므로, 이 부분 이자비용을 다시 건설자금 이자에 포함하여 취득세 과세표준으로 삼을 수는 없다. 그러나 2012사업연도 계정별원장(을 제11호증의 3)에 의하면, 2012사업연도에 발생한 이자비용은 자본화되지 아니하였으므로 그 중 이 사건 토지의 지목변경에 소요된 비용은 원고에 대한 과세표준에 산입하여야 한다.
⒝ 한편, 배수시설, 스프링클러 시설, 야간조명시설, 기타 건축물 관련 비용 등 과세표준에서 제외되어야 할 비용에 대한 이자는 과세표준에서 제외되어야 한다는 주장에 대하여는 위 가)항에서 살펴본 바와 같은 이유로 받아들일 수 없다.
⒞ 2012사업연도에 발생한 이자비용 중 이 사건 토지의 지목변경에 소요된 비용에 관하여는 아래와 같은 방식으로 산출할 수 있다.
○ 이 사건 골프장의 클럽하우스(건물) 준공일은 2012. 5. 30.이고 이 사건 토지의 지목변경일은 2012. 6. 11.이므로, 2012 사업연도에 발생한 이자비용 중 2012. 5. 30.까지 발생한 부분은 건물 건축비용 및 이 사건 토지의 지목변경 비용에 안분하여야 하고, 클럽하우스(건물) 준공 다음날인 2012. 5. 31.부터 지목변경일인 2012. 6. 11.까지 발생한 이자비용은 모두 이 사건 토지의 지목변경 비용으로 산입할 수 있다.
○ 2012. 1. 1.부터 2012. 5. 30.까지 발생한 이자비용 752,576,171원 을 제11호증의 3 10쪽

중 이 사건 토지의 지목변경비용에 관하여 살펴보면, 이 사건 골프장의 전체 공사비는 건물계정 7,750,015,370원과 지목변경 관련계정(구축물, 코스, 옥외전기공사, 입목, 농지전용부담금) 31,148,980,931원으로 구분되므로 전체 공사과정에서 발생된 이자를 위 각 비용으로 안분하면, 건물 0.19923432754 : 지목변경 0.80076567246의 비율로 나눌 수 있다. 이에 따라 2012사업연도의 2012. 1. 1.부터 2012. 5. 30.까지 발생한 이자비용 중 이 사건 토지의 지목변경에 소요된 비용으로서 과세표준에 산입되어야 할 정당한 금액은 아래 표와 같이 산출된 602,637,164원이다.<표생략>

○ 결국 이 사건 토지의 지목변경비용에 포함되어야 할 이자비용은 클럽하우스(건물) 준공 다음날인 2012. 5. 31.부터 2012. 6. 11.까지 발생한 이자비용 44,965,957원과 위 602,637,164원을 합한 647,603,121원이다.
○ 피고가 이 사건 부과처분 당시 과세표준에 산입한 이자비용은 2,386,117,985원이므로, 그 중 647,603,121원을 초과하는 1,738,514,864원은 위 과세표준에 산입한 이자비용에서 제외하여야 한다.
○ 한편, ‘취소에 적용될 과표’는 위 취소될 이자비용 1,738,514,864원 중 전체 골프장 면적인 584,803㎡ 중 이 사건 토지의 면적인 504,306㎡에 해당하는 비율(95.843960362%)로 한정하여야 하고 이 금액은 1,666,261,497원이다.
○ 이에 따라 취소되어야 할 세액은 아래 표와 같다. <표생략>

다) ③ 주장에 관한 판단

피고가 당초처분에 대한 조세심판원의 결정에 따른 감액처분 당시 신탁토지의 비율을 잘못 적용한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 정확한 신탁토지의 비율을 적용하여 당초처분의 과세표준을 수정하면 아래 표와 같이 취소되어야 할 세액이 산출된다.<표생략>

라) ④ 주장에 관한 판단

⒜ 관련법리

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 등 참조). 한편 행정상의 제재라는 가산세의 성질상 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고·납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2004. 09. 24. 선고 2003두10350 판결 등 참조).
⒝ 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음의 각 사실 또는 사정들 즉, ① 이 사건과 유사하게 토지가 신탁된 이후 지목변경이 이루어짐으로써 토지의 지목변경에 의한 취득세 납세의무자가 문제된 사안에 관하여, 대법원은 2012. 6. 14. ‘신탁법에 의한 신탁으로 수탁자에게 소유권이 이전된 토지에 있어 구「지방세법」제105조제5항이 규정한 지목의 변경으로 인한 취득세의 납세의무자는 수탁자로 봄이 타당하다’는 취지의 판결(2010두2395 판결)을 선고함으로써 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 납세의무자는 수탁자라는 법리를 정립한 점, ② 이 사건에서 원고의 지목변경으로 인한 취득일은 이 사건 골프장에서 시범라운딩이 실시된 2012. 6. 11.이고, 원고는「지방세법」제20조에 따라 그로부터 60일 이내에 취득세를 신고·납부하여야 하므로, 원고의 취득세 신고·납부의무의 해태 여부는 2012. 8. 10.을 기준으로 판단하게 되는 점, ③ 피고의 담당공무원들이 위 2010두2395 판결이 선고된 후에도 그 사실을 알지 못한 채 위탁자인 ○○○○에게 이 사건 토지에 관한 취득세 등 부과처분을 유지하였고, 2012. 9. 5. 및 같은 해 11. 27. ○○치아의 원고에 대한 채권을 압류하였다가 2013. 1. 11.에야 비로소 ○○치아에 대하여 이 사건 토지에 관한 취득세 등 부과처분을 취소한 사정은 있으나, 이는 피고가 납세의무자 아닌 ○○치아에 대하여 잘못 행한 처분일 뿐 원고에게 직접 신뢰를 부여하였다거나 잘못된 설명을 한 것이라고는 보기 어려운 점, ④ 신고·납부 방식의 취득세의 경우 납세의무자가 적극적으로 의무이행을 위한 노력을 할 필요가 있고, 신고납부기한인 2012. 8. 10. 이전에 위 대법원 판결의 선고로 인하여 원고에게 납세의무가 있다는 사실을 알지 못한 것은 결국 원고의 법령의 부지로 평가할 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 토지에 관한 취득세 신고·납부의무를 게을리한 것에 대한 정당한 사유가 있어 가산세를 면제할 수 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다.
⒞ 따라서 이 사건 부과처분 중 가산세 부분이 전부 취소되어야 한다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다(다만, 앞서 본 바와 같이 취득세 및 농어촌특별세 본세 부분이 일부취소됨에 따라 그에 상응하는 가산세 부분은 취소되어야 한다).
3) 소결론

그렇다면 이 사건 부과처분 가운데 취득세 2,956,250,500원 중 2,783,158,460원을 초과하는 부분 및 가산세 883,031,860원 중 820,756,920원을 초과하는 부분과 농어촌특별세 295,625,040원 중 278,315,840원을 초과하는 부분 및 가산세 29,178,170원 중 26,412,520원을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다(아래 표 참조).
4. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 지방세기본법

제17조(실질과세)

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.
② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.
제54조(가산세의 감면 등)

① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 그 가산세를 부과하지 아니한다.
■ 지방세법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것)

제6조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(개수), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.
4. "건축물"이란「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수ㆍ배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.
제7조(납세의무자 등)

① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권 또는 종합체육시설 이용회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.
④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.
제10조(과세표준)

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및「소득세법」 제101조제1항 또는「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」제27조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제28조에 따라 검증이 이루어진 취득

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과)

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산등을 취득하는 경우(별장 등을 구분하여 그 일부를 취득하는 경우를 포함한다)의 취득세는 제11조 및 제12조의 세율과 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 이 경우 골프장은 그 시설을 갖추어 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」에 따라 체육시설업의 등록(시설을 증설하여 변경등록하는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 하는 경우뿐만 아니라 등록을 하지 아니하더라도 사실상 골프장으로 사용하는 경우에도 적용하며, 별장ㆍ고급오락장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니할 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 그 부속토지로 본다.
2. 골프장: 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」에 따른 회원제 골프장용 부동산 중 구분등록의 대상이 되는 토지와 건축물 및 그 토지 상의 입목

■ 지방세법 시행령(2013. 1. 1. 대통령령 제24296호로 개정되기 전의 것)

제16조(증축 등의 과세표준)

법 제10조 제3항 후단에서 "대통령령으로 정하는 시가표준액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.
1. 취득세 납세의무자나 그 취득물건에 관하여 그와 거래관계가 있었던 자가 관련 장부나 그 밖의 증명서류를 갖추고 있는 경우에는 이에 따라 계산한 가액

2. 제1호에 따른 관련 장부나 증명서류를 갖추고 있지 아니하거나 그 내용 중 취득경비 등의 금액이 해당 취득물건과 유사한 물건을 취득하는 경우에 일반적으로 드는 것으로 인정되는 자재비, 인건비, 그 밖에 취득에 필요한 경비 등을 기준으로 시장ㆍ군수가 산정한 가액보다 부족한 경우에는 시장ㆍ군수가 산정한 가액

3. 제1호 및 제2호에도 불구하고 토지의 지목변경의 경우에는 제17조에 따른 가액

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준)

법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.
1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

제18조(취득가격의 범위 등)

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2. 법인장부: 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서 <끝>

토지의 지목변경에 따른 취득세의 과세표준에 관하여 구 지방세법 시행령(2013. 1. 1. 대통령령 제24296호로 개정되기 전의 것) 제17조(이하 ‘쟁점 조항’이라 한다) 본문은 ‘지목변경 전후 시가표준액의 차액’으로 정하고 있고, 쟁점 조항 단서는 ‘판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용’으로 정하고 있다. 피고는 이 사건 토지의 위탁자인 ○○치아의 법인장부를 기준으로 이 사건 토지에 관한 취득세 과세표준을 산정하였으나, ○○치아의 법인장부는 객관적이고 신뢰할 수 있는 자료를 근거로 작성된 것이 아니어서 위 법인장부로 이 사건 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우라고 할 수 없다. 피고는 쟁점 조항 본문에 따라 지목변경 전후의 시가표준액 차액을 과세표준으로 산정하여야 한다. 따라서 쟁점 조항 단서에 따라 ○○치아의 법인장부를 기초로 한 이 사건 부과처분은 위법하여 전부 취소되어야 한다.