부가가치세부과처분등취소청구 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2023.04.04 / 시행일:

【원고, 항소인】 원고 1 회사
【원고, 항소인 겸 피항소인】 원고 2 회사 외 1인
【원고, 피항소인】 원고 4 회사 (소송대리인 변호사 김용상 외 3인)
【피고, 피항소인】 성북세무서장
【피고, 피항소인 겸 항소인】 원주세무서장 (소송대리인 변호사 양근복)
【제1심판결】 서울행정법원 2021. 1. 8. 선고 2019구합64761 판결
【변론종결】2023. 3. 10.
【주 문】
 1. 원고 1 회사의 피고 성북세무서장에 대한 항소를 기각한다.
 2. 제1심 판결 중 나머지 원고들에 관한 부분을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고 원주세무서장이, 
 1) 각 원고 2 회사에 대하여,
 가) 별지2 표1의 ‘처분일자’란 기재 각 일자로 한, 같은 표 ‘고지세액’란 기재 각 부가가치세 합계 2,453,968,160원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 361,286, 691원을 초과하는 부분을,
 나) 2019. 4. 1.자로 한, 같은 별지 표2 ‘고지세액’란 기재 각 법인세 합계 2,689, 152,010원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 1,525,901,149원을 초과하는 부분을,
 다) 같은 별지 표3의 ‘처분일자’란 기재 각 일자로 한, 같은 표 ‘취소세액’란 기재 각 부가가치세 가산세 합계 835,431,340원의 부과처분을,
 2) 각 원고 3 회사에 대하여, 
 가) 2019. 4. 1.자로 한, 별지3 표1의 ‘고지세액’란 기재 각 부가가치세 합계 923,256,120원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 265,987,910원을 초과하는 부분을,
 나) 같은 별지 표2의 ‘처분일자’란 기재 각 일자로 한, 같은 표 ‘고지세액’란 기재 각 법인세 합계 1,407,351,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 1,153, 680,493원을 초과하는 부분을,
 3) 별지4의 ‘처분일자’란 기재 각 일자로 원고 4 회사에 대하여 한, 같은 별지 ‘취소세액’란 기재 각 부가가치세 가산세 합계 346,664,838원의 부과처분을,
 각 취소한다.
 나. 원고 1 회사를 뺀 나머지 원고들의 피고 원주세무서장에 대한 각 나머지 청구를 모두 기각한다.
 3. 원고 1 회사와 피고 성북세무서장 사이에 생긴 항소비용은 원고 1 회사가 부담하고, 원고 2 회사와 피고 원주세무서장 사이에 생긴 소송 총 비용의 30%는 원고 2 회사가, 나머지는 피고 원주세무서장이, 원고 3 회사와 피고 원주세무서장 사이에 생긴 소송 총 비용의 60%는 원고 3 회사가, 나머지는 피고 원주세무서장이, 원고 4 회사와 피고 원주세무서장 사이에 생긴 소송 총 비용의 15%는 원고 4 회사가, 나머지는 피고 원주세무서장이, 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
가. 원고 1 회사
 피고 성북세무서장이 별지1의 ‘처분일자’란 기재 각 일자로 원고 1 회사에 대하여 한 같은 별지 ‘고지세액’란 기재 각 부가가치세 합계 4,774,080,540원(가산세 포함)의 부과처분 중 같은 별지 ‘정당세액’란 기재 각 금액 합계 4,524,633,590원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
나. 원고 2 회사
 피고 원주세무서장이 원고 2 회사에 대하여,
 1) 별지2 표1의 ‘처분일자’란 기재 각 일자로 한, 같은 표 ‘고지세액’란 기재 각 부가가치세 합계 2,453,968,160원(가산세 포함)의 부과처분 중 같은 표 ‘정당세액’란 기재 각 금액 합계 352,682,008원을 초과하는 부분을,
 2) 2019. 4. 1.자로 한, 같은 별지 표2 ‘고지세액’란 기재 각 법인세 합계 2,689,152,010원(가산세 포함)의 부과처분 중 합계 1,491,467,454원을 초과하는 부분을,
 3) 별지2 표3의 ‘처분일자’란 기재 각 일자로 한, 같은 표 ‘다투는 세액’란 기재 각 부가가치세 가산세 합계 838,824,840원의 부과처분을, 
 각 취소한다. [원고 2 회사는 당심에서 위 2)의 청구취지를 일부 감축하였으므로, 제1심 판결 중 원고 2 회사에 관한 부분은 그 범위에서 효력을 잃었다.]
다. 원고 3 회사
 피고 원주세무서장이 원고 3 회사에 대하여, 
 1) 2019. 4. 1.자로 한, 별지3 표1의 ‘고지세액’란 기재 각 부가가치세 합계 923, 256,120원(가산세 포함)의 부과처분 중 같은 표 ‘정당세액’란 기재 각 금액 합계 203,911,706원을 초과하는 부분을,
 2) 같은 별지 표2의 ‘처분일자’란 기재 각 일자로 한, 같은 표 ‘고지세액’란 기재 각 법인세 합계 1,407,351,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 같은 표 ‘정당세액’란 기재 각 금액 합계 1,151,681,035원을 초과하는 부분을,
 각 취소한다. [원고 3 회사는 당심에서 위 2)의 청구취지를 일부 감축하였으므로, 제1심 판결 중 원고 3 회사에 관한 부분은 그 범위에서 효력을 잃었다.]
라. 원고 4 회사
 피고 원주세무서장이 별지4 ‘처분일자’란 기재 각 일자로 원고 4 회사에 대하여 한, 같은 별지 ‘다투는 세액’란 기재 각 부가가치세 가산세 합계 406,486,251원의 부과처분을 모두 취소한다. (원고 4 회사는 당심에서 청구취지를 일부 감축하였으므로, 제1심 판결 중 원고 4 회사에 관한 부분은 그 범위에서 효력을 잃었다.)
2. 항소취지(앞서 본 바와 같이 당심에서 청구를 일부 감축한 원고들은 그에 맞춰 항소취지도 감축한 것으로 본다.)
가. 원고 4 회사를 뺀 나머지 원고들
 제1심 판결 중 원고 4 회사를 뺀 나머지 원고들에 관한 부분들을 각 해당 원고별 청구취지 기재와 같이 변경한다. 
나. 피고 원주세무서장
 1) 제1심 판결 중 원고 4 회사에 관한 부분을 취소한다. 원고 4 회사의 청구를 기각한다. 
 2) 제1심 판결의 원고 2 회사, 원고 3 회사에 관한 부분 중 피고 원주세무서장 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 위 원고들의 청구를 모두 기각한다. (앞서 본 바와 같이 당심에서 원고 2 회사, 원고 3 회사, 원고 4 회사의 청구 감축에 따라 제1심 판결 중 해당 원고들에 관한 부분은 그 범위에서 효력을 잃었다.)
【이 유】1. 인용하는 부분
 이 사건에 관하여 우리 법원이 설시할 이유는, ① 다음과 같이 고치는 부분 및 ② 원고들과 피고 원주세무서장이 당심에서 새롭게 내놓은 주장들이나 기존 입장을 강조·보충·부연한 주장들에 대하여 아래 제2항과 같이 추가 판단하는 부분을 빼면, 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지5, 6을 포함하여 이를 인용한다. 
 ○ 제1심 판결 제14면의 "소외 1 등은 이 사건 횡령 범행을 위해 이 사건 원고 모회사들의 매출을 이 사건 각 자회사에 분산하기 위한 수단으로, 이 사건 원고 모회사들의 인적·물적 시설 위에 이 사건 각 자회사를 설립한 후 그 명의로 사업자등록을 하고"를 "소외 1 등은 이 사건 원고 모회사들의 인적·물적 시설을 이용하여 이 사건 각 자회사를 설립한 후, 그 명의로 사업자등록을 하고, 이 사건 횡령 범행을 위해 이 사건 원고 모회사들의 매출을 이 사건 각 자회사에 분산하기 위한 수단으로,"로 고친다.
 ○ 제1심 판결 제25면 제14행부터 제29면의 ‘3. 결론’ 앞까지는 아래와 같이 고친다.
 『(2) 구체적 판단
 앞서 인정한 사실들 및 관련 법령 규정들에 따르면, 원고 2 회사의 2011, 2012사업연도, 원고 3 회사의 2008부터 2012사업연도 각 법인세 및 일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세[지출증빙미(허위)수취가산세와 계산서미발급가산세는 앞서 본 바와 같은 이유로 위법하므로, 각 그 부과제척기간 경과 여부에 관하여는 따로 판단하지 아니한다]의 각 부과제척기간 기산일은 각 2009. 4. 1.(2008사업연도)부터 2013. 4. 1.(2012사업연도)까지인바, 피고 원주세무서장은 각 그로부터 5년이 경과하였음이 명백한 2019. 3. 21. 또는 2019. 4. 1.에야 비로소 이를 부과하는 처분을 하였으나, 피고 원주세무서장은 이 사건 원고 모회사들이 부정행위로 이 사건 법인세 등을 포탈하였다고 주장하면서, 10년의 장기부과제척기간의 적용을 주장하고 있으므로, 이하에서는 그 주장의 당부를 살펴본다.
 (가) 법인세
구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘부정행위’의 의의는 앞서 제2항 다. 4)에서 본 바와 같고, 앞서 제2항 라. 2) 가) ‘법인세 부당과소신고가산세 관련 주장에 관한 판단’ 부분 및 아래 ‘2. 추가 판단하는 부분’의 나. 기재와 같은 이유로, 이 사건 원고 모회사들은 법인세 포탈의 목적으로 일련의 부정행위를 하여 국가의 조세수입 감소를 초래하였으므로, ‘부정행위로 국세를 포탈’하였다고 할 것이다. 따라서 위 법인세에 대하여는 장기부과제척기간을 적용할 수 있으므로, 이 부분 법인세(본세) 부과처분의 부과제척기간이 경과하였다고 볼 수 없다.
 (나) 일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세
구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정하기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제3호는 ‘제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우’에는 국세 부과의 제척기간을 5년으로 정하고 있다. 그런데 일반과소신고가산세는 같은 법 제47조의3 제1항 제1호에 따른 가산세이고, 부당과소신고가산세는 같은 조 제2항 제1호에 따른 가산세이며, 납부불성실가산세는 같은 법 제47조의4 제1항에 따른 가산세일 뿐, 이들 가산세는 모두 같은 법 제26조의2 제1항 제1호의2 (나)목 소정의 ‘구 법인세법 제76조 제9항 제4호에 따른 가산세’에는 해당하지 않으므로, 이에 대하여는 10년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없다. 따라서 이들 가산세 부과처분은 모두 5년의 제척기간이 지난 후에 한 것이므로 당연무효이다. [이 사건 원고 모회사들은 법인세 장기부과제척기간 적용 및 부당과소신고가산세 부과처분에 대한 주장과 관련하여, ‘이 사건 각 자회사 명의로 지출한 소외 2의 가공급여 등에 관한 세액’에 대해서는 다투지 않겠다는 취지로 주장한 바 있다(2022. 12. 7.자 원고들 준비서면 16면 참조, 이하 항소이유서나 준비서면 등의 면수는 모두 전자기록을 기준으로 한다). 제척기간을 도과하였는지는 법원의 직권조사사항이므로 당사자의 주장이 없더라도 법원이 이를 직권으로 조사하여 판단하여야 하는 것으로서(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10522 판결, 대법원 2019. 4. 23. 선고 2015다60689 판결 등 참조), 위 부당과소신고가산세 부과처분 중 소외 2의 가공급여 등에 관한 부분에 대하여는 직권으로 판단하되, 과세처분에 무효사유에 해당하는 하자가 있는데도 원고가 취소의 소를 제기한 경우, 취소소송의 소송물은 위법성 일반이므로 취소 판결이 가능할 뿐, 처분권주의에 따라 무효확인 판결은 할 수 없으므로(대법원이 심리불속행 상고기각으로 확정한 부산고등법원 2017. 11. 10. 선고 2017누21661 판결 11면 등 참조), 원고 2 회사와 원고 3 회사가 취소를 구하는 범위에서 취소할 수밖에 없다.]
 다만, 증액경정처분은 당초 처분과 증액하는 부분을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이어서, 당초 처분은 독립한 존재가치를 상실하고, 오직 증액경정처분만 쟁송의 대상에 해당한다. 따라서 납세의무자로서는 증액한 부분만 아니라, 당초 처분에서 확정한 과세표준과 세액에 대하여도 그 위법 여부를 다툴 수 있는 것이지만, 증액경정처분이 제척기간 도과 후에 이루어진 경우에는 증액 부분만이 무효이고, 제척기간 도과 전에 있었던 당초 처분은 유효한 것이므로, 납세의무자로서는 그와 같은 증액경정처분이 있었다는 이유만으로 당초 처분에 의하여 이미 확정했던 부분에 대하여 다시 위법 여부를 다툴 수는 없다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두9971 판결 등 참조). 그런데 앞서 든 증거들에 의하면, 원고 3 회사에 대한 2009년 귀속 법인세 부과처분 중 일반과소신고가산세 및 납부불성실가산세의 경우, 피고 원주세무서장이 당초 일반과소신고가산세 8,051,483원과 납부불성실가산세 45,536,110원을 부과하였다가, 2019. 4. 1. 일반과소신고가산세액을 8,077,039원으로, 납부불성실가산세액을 104,425,316원으로 각 증액 경정·고지한 사실을 인정할 수 있는바(을 제7호증의 2 제4, 5면 등 참조), 위 법리에 비추어 원고 3 회사에 대한 2009년 귀속 법인세 부과처분 중 일반과소신고가산세 부과처분과 납부불성실가산세 부과처분의 경우에는, 그 부과제척기간이 지난 후에 증액한 부분인, 일반과소신고가산세 25,556원(＝8,077,039원－8,051,483원) 부분 및 납부불성실가산세 58,889,206원(＝104,425,316원－45,536,110원) 부분만 위법하다고 할 것이다.
 (다) 소결
 이 사건 원고 모회사들의 위 주장은 위에서 인정한 범위에서 이유 있다.
마. 원고 2 회사(소외 3 회사 관련 부분), 원고 4 회사에 대한 세금계산서가공발급·수취가산세(이하 ‘이 사건 각 자회사 가산세’라 한다) 부과처분의 적법 여부
1) 쟁점의 정리 및 당심 추가 주장의 요지
 이 사건 각 자회사 가산세 부과처분이 이 사건 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사 사이에 재화 또는 용역의 공급 없이 가공으로 발급·수취한 세금계산서(이하 ‘이 사건 내부거래 세금계산서’라 하고, 그 세금계산서가 가장한 이 사건 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사의 거래를 ‘이 사건 내부거래’라 한다)에 대하여 부과한 가산세(이하 ‘이 사건 내부거래 가산세’라 한다) 부과처분을 포함하고 있다는 점은 당사자들이 다투지 않는다(2022. 8. 30.자 피고들 준비서면 및 2022. 12. 7.자 원고들 준비서면 참조). 즉, 피고 원주세무서장은 이 사건 각 자회사가 원고 1 회사에 발급한 ‘이 사건 ① 세금계산서’와 이 사건 각 거래처로부터 수취한 ‘이 사건 ② 세금계산서’, 그리고 이 사건 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사 사이에 발급·수취한 ‘이 사건 내부거래 세금계산서’가 각각 재화 또는 용역의 공급 없이 가공으로 발급·수취한 세금계산서임을 전제로, 이 사건 각 자회사 가산세 부과처분을 하였다.
 이와 관련하여 피고 원주세무서장은, 당심에서, 적어도 이 사건 내부거래 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급 없이 가공으로 발급·수취한 세금계산서임이 명백하므로 이 사건 내부거래 가산세 부과처분은 적법함에도, 이 사건 각 세금계산서가 재화 또는 용역의 공급 없이 가공으로 발급·수취한 세금계산서에 해당하지 않는다는 이유만으로 제1심이 이 사건 각 자회사 가산세 부과처분 전부를 취소한 것은 위법하다는 취지의 주장을 추가하였고(2022. 7. 20.자 피고들 참고서면 19부터 24면 등 참조), 이에 대하여 원고 2 회사와 원고 4 회사(이하 마. 부분 끝까지 ‘원고 4 회사 등’이라 한다)은, 이 사건 내부거래가 가공거래라는 점은 인정하면서도, 이 사건 각 자회사가 이 사건 내부거래 세금계산서의 발급·수취 주체라고 볼 수 없으므로, 이 사건 각 자회사가 이 사건 내부거래 세금계산서의 발급·수취 주체임을 전제로 하는 이 사건 내부거래 가산세 부과처분이 위법하다는 취지로 주장한다(2022. 7. 29.자 원고들 참고서면 15부터 18면 등 참조). 
2) 관련 법령 규정
구 부가가치세법 제60조 제3항은 "사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서 등에 적힌 금액을 말한다)의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다."라고 규정하고 있고, 제1호에서 ‘재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표 등(이하 "세금계산서 등"이라 한다)을 발급한 경우’를, 제2호에서 ‘재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급받은 경우’를, 각 열거하고 있다.
3) 구체적 판단
가) 이 사건 각 세금계산서의 경우
구 부가가치세법 제60조 제3항 제1, 2호는 재화나 용역의 공급 없이 발급·수취한 세금계산서를 규율 대상으로 하는 것으로서, 같은 항 제3호(‘재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급한 경우’), 제4호(‘재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우’)의 내용에 비추어 볼 때, 재화 또는 용역의 공급이 있기는 하였으나 세금계산서에 기재한 ‘공급하는 자’ 또는 ‘공급받는 자’가 실제 거래의 당사자와 다른 경우 그 세금계산서상의 ‘공급하는 자’나 ‘공급받는 자’를 수범자로 하는 규정이라고 볼 수 없다.
 그런데 이 사건 원고 모회사들과 이 사건 각 거래처 또는 원고 1 회사 사이에 이 사건 각 세금계산서에 기재한 공급일시에 해당 공급가액 상당 재화의 공급이 실제 이루어졌음은 당사자들이 모두 다투지 않는다. 단지 이 사건 원고 모회사들이 실제로는 자신이 공급하거나 공급받은 재화에 대하여 이 사건 각 자회사 명의를 이용하여 이 사건 각 세금계산서를 발급·수취하였을 뿐이므로, 이를 두고 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급·수취하였다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 각 세금계산서는 적어도 구 부가가치세법 제60조 제3항 제1, 2호 소정의 가공 세금계산서에는 해당하지 않는다(따라서 이 부분에 대한 원고 4 회사 등의 부과제척기간 관련 주장은 판단할 필요가 없다).
나) 이 사건 내부거래 세금계산서의 경우
 (1) 이 사건 내부거래 세금계산서가 재화 또는 용역의 공급 없이 발급·수취한 세금계산서에 해당하는 이상, 이 사건 내부거래 가산세 부과처분은 적법하다. 원고 4 회사 등이 그 주장의 근거로 들고 있는 대법원 2015. 2. 26. 선고 2014도14990 판결은 형식적으로 제3자 명의로 사업자등록을 한 실제 운영자가 거래상대방에게 ‘재화 또는 용역을 실제로 공급’하고 제3자 명의의 세금계산서를 발급한 경우임을 전제로, 그러한 경우 실제로 공급한 거래에 관한 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 납부하여야 하는 주체는 세금계산서 명의자가 아닌 실제 운영자라고 판시한 사안으로서, 실제로 재화 또는 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급한 ‘이 사건 내부거래’와는 사안이 전혀 달라 그 결론을 이 사건에 원용하기에 적절치 않고(앞서 본 관련 대법원 판결 역시 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사안이라는 점에서 이와 마찬가지이다), 구 부가가치세법 제60조 제3항 제1, 2호는 바로 이 사건 내부거래 세금계산서와 같이 재화 또는 용역의 공급 없이 발급·수취한 세금계산서에 관한 규정이다.
 (2) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘부정행위’의 의의는 앞서 제2항 다. 4)에서 본 바와 같고, 앞서 제2항 라. 2) 가)의 ‘법인세 부당과소신고가산세 관련 주장에 관한 판단’ 부분 기재 및 아래 ‘2. 추가 판단하는 부분’의 나. 기재와 같이, 이 사건 각 자회사는 법인세 포탈의 목적으로 일련의 부정행위를 하여 국가의 조세수입 감소를 초래하였으므로, ‘부정행위로 국세를 포탈’하였다 할 것이다. 따라서 이 사건 내부거래 가산세에 대하여 장기부과제척기간을 적용할 수 있으므로, 이 사건 내부거래 가산세 부과처분이 ‘2011년 제1기부터 2013년 제1기분’의 내부거래 가산세를 부과제척기간이 지난 후에 부과한 것이라고 볼 수는 없다.
4) 소결론
 따라서 원고 4 회사 등의 이 부분 주장은 위에서 인정한 범위에서 이유 있다.
바. 정당세액의 계산(단위: 원)
1) 원고들 주장의 인정 범위
원고명세목판단원고 1 회사부가가치세기각원고 2 회사, 원고 3 회사부가가치세일부 인용(매입세액 불공제, 세금계산서미발급가산세 관련 주장을 모두 인정하나, 피고 원주세무서장이 산정한 정당세액에 대하여 다툼이 없으므로, 일부 인용)법인세일부 인용[지출증빙미(허위)수취가산세, 원고 2 회사의 계산서미발급가산세 관련 주장 각 인정, 부과제척기간 관련 주장 일부 인정, 부당과소신고가산세 관련 주장(부정행위로 과소신고한 경우에 해당하지 않는다는 주장) 배척]원고 2 회사(소외 3 회사 관련 부분), 원고 4 회사부가가치세일부 인용(세금계산서가공발급·수취가산세 관련 주장 일부 인정)
2) 원고 2 회사(소외 3 회사 관련 부분 제외), 원고 3 회사에 대한 부가가치세 정당세액
 앞서 인정한 바에 따라 계산한 정당세액이 아래 표 ‘정당세액’란 기재 금액과 같음은 당사자들이 다투지 않는다(2021. 11. 16.자 피고들 준비서면 및 2021. 12. 24.자 원고들 준비서면 참조).
(표 1 생략)
3) 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대한 법인세 정당세액
가) 원고 2 회사
 아래 표의 기재와 같다. [2011, 2012년은 모든 가산세의 합계액이고, 나머지 연도는 지출증빙미(허위)수취가산세 및 계산서미발급가산세의 합계액이다. 원고 2 회사가 취소를 구하는 범위를 초과하여 취소할 수는 없으므로, 취소세액과 구별하기 위하여 당심에서 위법하다고 인정하는 세액을 ‘위법세액’이라고 기재한다.] 
처분일자귀속연도고지세액(A)다투는 세액위법세액취소세액(B)A-B2019. 4. 1.2011년308,126,640199,061,329236,610,771199,061,329109,065,3112012년327,024,740224,494,496247,376,396224,494,496102,530,2442013년314,762,430113,321,063112,497,060112,497,060202,265,3702014년386,882,110144,469,319125,030,614125,030,614261,851,4962015년335,324,200125,264,958112,951,390112,951,390222,372,8102016년398,043,670219,644,114217,786,695217,786,695180,256,9752017년618,988,220171,429,277175,143,384171,429,277447,558,943합계2,689,152,0101,197,684,5561,227,396,3101,163,250,8611,525,901,149
나) 원고 3 회사
 아래 표의 기재와 같다. [2008부터 2012년은 모든 가산세의 합계액이고, 나머지 연도는 지출증빙미(허위)수취가산세액이다. 원고 3 회사가 취소를 구하는 범위를 초과하여 취소할 수는 없으므로, 같은 이유로 ‘위법세액’이라고 기재하였다(다만, 앞서 본 바와 같이 2009년 일반과소신고가산세액과 납부불성실가산세액의 경우, 증액한 세액만 위법세액에 해당한다).]
처분일자귀속연도고지세액(A)다투는 세액위법세액취소세액(B)A-B2019. 3. 21.2008년38,971,7101,515,83032,602,2291,515,83037,455,8802019. 4. 1.2009년158,060,17023,836,75998,210,37923,836,759134,223,4112010년159,442,46038,110,94595,815,74938,110,945121,331,5152011년166,991,98050,354,71298,147,55750,354,712116,637,2682012년192,143,86051,890,167109,615,69951,890,167140,253,6932013년177,929,56025,665,75625,424,24225,424,242152,505,3182014년197,684,63022,359,12620,601,18220,601,182177,083,4482015년148,188,56010,651,88111,717,06910,651,881137,536,6792016년59,006,80012,346,70913,581,38012,346,70946,660,0912017년108,932,21018,939,02020,349,18018,939,02089,993,190합계1,407,351,940255,670,905526,064,666253,671,4471,153,680,493
4) 원고 2 회사(소외 3 회사 관련 부분), 원고 4 회사에 대한 부가가치세 정당세액
(표 2 생략)
* 위 표에서 원고 소외 3 회사는 ‘원고 2 회사(소외 3 회사 관련 부분)’를 가리킨다.
 이 부분 부가가치세 정당세액이 위 표 기재와 같음은 당사자들이 다투지 않는다(2022. 11. 22.자 피고들 준비서면 및 2022. 12. 7.자 원고들 준비서면 참조). 다만, 원고 2 회사와 원고 4 회사는 국고금 관리법 제47조 제1항에 따라 10원 미만을 넣지 않고 계산한 납세고지서상의 고지세액을 기준으로 ‘다투는 세액’을 산정하였으나, 피고 원주세무서장은 그렇게 하지 아니하여, 취소세액이 위 원고들이 다투는 세액보다 많은 경우가 일부 존재한다(예컨대, 소외 3 회사의 2011년 1기 부가가치세 취소세액 15,118,536원은 이 부분 다투는 세액인 15,118,530원보다 ‘6원’이 더 많은 금액이다). 그런데 위 원고들이 취소를 구하는 범위를 초과하여 취소할 수는 없으므로, 결국 ‘다투는 세액’의 범위에서 취소세액을 다시 산정하면 아래 표들의 각 기재와 같다.
가) 원고 2 회사(소외 3 회사 관련 부분)
처분일자귀속연도본세(A)가산세(B)공제세액(C)고지세액(A+B-C)다투는 세액취소세액2019. 4. 1.2011년 1기분40,099,30015,118,53640,099,30015,118,53015,118,53015,118,5302011년 2기분259,793,800109,340,653259,793,800109,340,650109,340,650109,340,6502012년 1기분270,068,350107,397,516270,068,350107,397,510107,397,510107,397,5102012년 2기분136,834,56954,830,518136,836,79454,828,29054,828,29054,586,0802013년 1기분95,485,60043,139,02095,485,60043,139,02043,139,02043,139,0202019. 1. 18.2013년 2기분050,772,26019,525,30031,246,96050,772,26050,772,2602019. 4. 1.2014년 1기분057,829,22012,660,70045,168,52057,829,22057,543,1302014년 2기분054,698,24018,862,17335,836,06054,698,24054,248,9402015년 1기분044,749,20022,754,56921,994,63044,749,20044,168,0002015년 2기분050,362,72034,069,40016,293,32050,362,72050,055,7202016년 1기분067,211,57618,850,62748,360,94067,211,57666,910,0762016년 2기분093,854,66048,012,70045,841,96093,854,66093,854,6602017년 1기분073,151,97462,501,52410,650,45073,151,97471,925,7742017년 2기분016,370,99013,851,2082,519,78016,370,99016,370,990합계802,281,619838,827,0831,053,372,045587,736,620838,824,840835,431,340
나) 원고 4 회사
처분일자귀속연도본세(A)가산세(B)공제세액(C)고지세액(A+B-C)다투는 세액취소세액2019. 4. 1.2011년 1기분54,348,24318,204,06354,348,24318,204,06018,204,06018,204,0602011년 2기분59,659,23919,978,56459,659,23919,978,56019,978,56019,978,5602012년 1기분78,324,80425,980,67978,324,80425,980,67025,980,67025,980,6702012년 2기분60,131,64419,605,31760,131,64419,605,31019,605,31019,605,3102013년 1기분43,700,41914,129,45843,700,41914,129,45014,129,45014,129,4502019. 1. 18.2013년 2기분040,581,16526,520,28014,060,88040,581,16540,581,1652019. 4. 1.2014년 1기분046,037,41127,178,85718,858,55046,037,41137,926,0882014년 2기분052,409,83125,092,46727,317,36052,409,83135,260,1082015년 1기분045,136,82622,231,55422,905,27045,136,82629,798,0582015년 2기분039,434,38918,686,06020,748,32039,434,38927,233,1932016년 1기분027,992,14711,996,98915,995,15027,992,14721,031,8852016년 2기분013,900,9783,777,51010,123,46013,900,97813,840,8372017년 1기분040,247,97828,493,06911,754,90040,247,97840,247,9782017년 2기분02,847,4761,971,656875,8202,847,4762,847,476합계296,164,349406,486,282462,112,791240,537,760406,486,251346,664,838
』
 ○ 제1심 판결 제45면 제18행과 제19행 사이에 다음과 같은 내용을 덧붙인다.
 『② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다. 〈개정 2013. 1. 1., 2013. 6. 7.〉 
 1. 부정행위로 소득세, 법인세, 상속세·증여세, 증권거래세 및 종합부동산세(이하 이 항에서 "소득세등"이라 한다)의 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액 
 가. 부정행위로 인한 과소신고분 과세표준(이하 "부정과소신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부정과소신고가산세액"이라 한다). 다만, 부정행위로 과소신고(「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)한 자가 복식부기의무자 또는 법인인 경우에는 부정과소신고가산세액과 부정과소신고과세표준 관련 수입금액(이하 "부정과소신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다. 
 나. 과소신고분 과세표준에서 부정과소신고과세표준을 뺀 금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액(이하 "일반과소신고산출세액"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액』
2. 추가 판단하는 부분
 가. 피고 원주세무서장은 ① 관련 대법원 판결(대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결)은 형식적인 사업자등록 명의자가 직원 ‘개인’이었으나 이 사건은 그 명의자가 ‘법인’인 점, ② 이 사건 각 자회사가 이 사건 원고 모회사들에게 명의를 대여하였다고 볼 증거가 없는 점 등에 비추어 보아도, 관련 대법원 판결은 이 사건과 사안이 판이하여 그 결론을 이 사건에 원용할 수 없다고 주장하나, 형식적인 사업자등록 명의자가 개인인지 법인인지는 이 사건 각 자회사 명의의 등록번호를 이 사건 원고 모회사들 명의의 등록번호로 볼 수 있는지 좌우할 요소가 아니고, 앞서 본 사실관계에 의하면, 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 않는 이 사건 각 자회사가 그 명의를 이 사건 원고 모회사들에 묵시적으로 대여한 것으로 볼 수 있으므로, 피고 원주세무서장의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
 나. 원고 1 회사, 원고 2 회사, 원고 3 회사(이하 이 항에서 ‘원고 1 회사 등’이라 한다)은, 이 사건 각 자회사 명의로 한 거래와 관련하여 국가의 부가가치세 및 법인세 수입을 감소하는 결과가 발생하지 않았고, 원고 1 회사 등에게 그와 같은 조세 수입 감소에 대한 인식이 없었으므로, 부정행위의 요건을 갖추지 못하여 장기부과제척기간을 적용할 수 없다는 취지로 주장하나, 이는 아래와 같은 점들에 비추어 받아들일 수 없다.
 1) 구 국세기본법(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정하기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극의 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 경우는 이에 해당하지 않는다. 한편, 명의를 위장하여 소득을 얻더라도, 그것이 조세포탈과 관련이 없는 행위인 때에는, 명의위장 사실만으로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 할 수는 없으나, 명의위장이 누진세율 회피, 수입의 분산, 감면특례의 적용, 세금 납부를 하지 아니할 무자력자의 명의사용 등과 같이 조세회피의 목적에서 비롯하고, 나아가 여기에 허위 매매계약서의 작성과 대금의 허위 지급, 허위의 양도소득세 신고, 허위의 등기·등록, 허위의 회계장부 작성·비치 등과 같은 적극적 행위까지 덧붙는다면, 이는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2019다301623 판결 등). 예를 들어, 유흥주점을 경영하면서 제3자의 이름으로 사업자등록을 한 뒤 그 이름으로 카드가맹점을 개설하고 신용카드 매출전표를 작성하여 수입을 숨기는 등의 행위를 한 것은 과세표준을 축소 신고하는 등의 행위를 하지 않더라도 구 조세범 처벌법상 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다(대법원 2006. 6. 15. 선고 2006도1933 판결, 대법원 2004. 11. 12. 선고 2004도5818 판결 등).
 2) 부가가치세법은, 세금계산서 제도가 당사자 사이의 거래를 노출함으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있음을 감안하여, 과세권의 적정한 행사와 조세채권의 용이한 실현을 위하여 부가가치세 납세의무를 지는 사업자로 하여금 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 발급하거나 발급받지 않도록 할 의무 등을 부과하면서, 사업자가 정당한 사유 없이 이를 위반할 경우에는 행정상 제재로 가산세를 부과하도록 한 것이다(대법원 2016. 9. 23. 선고 2014두9912 판결 등의 취지 참조). 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 일부 개정한 국세기본법은 제26조의2 제1항 제1호의2를 신설하였는데, ‘자료상 매출·매입을 동일한 금액으로 맞춰 가공의 세금계산서 등을 발행하는 등의 부정한 행위로 다른 사람이 국세포탈을 하도록 하는 경우 부과하는 가산세는 자료상 본인의 경우 본세액의 포탈이 없어 일반 제척기간인 5년을 적용하고 있는데, 사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세법에 따른 세금계산서교부불성실가산세 등을 부과하는 경우에는 본세액의 포탈이 없더라도 10년의 국세부과제척기간을 적용하겠다’는 것이 그 개정이유였다. 이러한 사정들을 종합하면, ‘부정행위로 인하여 부가가치세법 제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항에 따른 가산세 부과대상’에 해당하는 경우인지 판단할 때, 원고 1 회사 등의 주장과 같이 부가가치세 본세의 포탈이 있었는지는 아무 영향을 미치지 않는다고 봄이 타당하다.
 3) 앞서 본 사실들을 종합하여 볼 때, 소외 1 등에게 이 사건 각 자회사 설립 당시부터 이 사건 횡령 범행을 저지를 목적이 있었다거나 이 사건 각 자회사 명의로 한 거래와 관련하여 원고 1 회사 등에게 국가의 부가가치세 수입이 감소할 것이라는 인식이 있었다고 단정할 수는 없음은 원고 1 회사 등의 주장과 같다. 그러나 이 부분 가산세 부과요건에 해당하는 이 사건 각 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위를 할 당시에는 앞서 본 관련 형사 판결에서 유죄로 인정한 범죄사실과 같이 이 사건 횡령 범행을 저지르기 위하여 그 행위를 통하여 매출을 분산한 것이었고, 별다른 사업을 수행하지 않던 이 사건 각 자회사는 실질적으로 이 사건 원고 모회사들의 사업부서에 불과하였는바, 원고 1 회사 등은 이 사건 각 세금계산서를 발급하거나 발급받는 행위를 통하여 매출을 분산할 경우 법인세 누진세율의 적용을 회피하는 등으로 결과적으로 국가의 법인세 수입 감소를 가져올 수 있다는 점에 대하여 인식하였다고 볼 수 있고, 이 사건 각 자회사가 독자적인 거래를 수행하는 것처럼 가장하는 과정에서 지출결의서, 품의서 등의 관련 서류를 허위로 작성하기까지 하였다. 따라서 부가가치세 본세에 대하여 조세포탈의 결과가 발생하지 않았다고 하더라도, 이 사건 각 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위는 명백히 부정행위에 해당한다. 원고 1 회사 등은 대법원 2018. 3. 29. 선고 2017두69991 판결을 그 주장을 뒷받침하는 근거로 들고 있으나, 이는 조세포탈의 목적을 추단할 수 있는 사정에 관하여 과세관청의 충분한 증명이 없었던 사안으로서, 법인세 포탈의 목적을 추단할 수 있는 사정이 있는 이 사건과는 사안이 크게 달라 이 사건에 그 결론을 원용할 수 없다. 따라서 원고 1 회사 등의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
다. 피고 원주세무서장이 당심에서 예비적으로 주장하는 처분사유의 추가 허용 여부
1) 피고 원주세무서장의 주장 요지
 가) 원고 2 회사, 원고 3 회사에 대한 부가가치세 중 세금계산서미발급가산세 부과처분과 관련하여, 설령 원고 2 회사와 원고 3 회사가 이 사건 ① 세금계산서를 발급하지 않았다고 볼 수는 없더라도, 그들이 이 사건 ① 세금계산서를 발급한 것은 ‘재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우’(구 부가가치세법 제60조 제3항 제3호)에 해당하여, 같은 금액(공급가액의 2%) 상당의 세금계산서위장발급가산세를 납부할 의무가 있으므로, 결국 위 가산세 부과처분은 적법하다.
 나) 원고 2 회사에 대한 법인세 중 계산서미발급가산세 부과처분과 관련하여, 설령 원고 2 회사가 이 사건 ① 세금계산서 중 소외 3 회사 명의의 세금계산서를 발급하지 않았다고 볼 수는 없더라도, 원고 2 회사가 위 세금계산서를 발급한 것은 ‘재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 법인이 아닌 법인의 명의로 계산서등을 발급한 경우’(구 법인세법 제76조 제9항 제4호 라.목)에 해당하여 원고 2 회사로서는 같은 금액(공급가액의 2%) 상당의 계산서위장발급가산세를 납부할 의무가 있으므로, 결국 위 가산세 부과처분은 적법하다.
2) 관련 법리
 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결 당시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성을 유지하는 범위에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만으로 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나, 처분 당시의 처분사유만 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두1617 판결 등 참조). 한편, 신고불성실가산세와 납부불성실가산세의 각 부과처분은 각각 별개의 독립한 처분이므로, 납부불성실가산세의 정당한 세액이 과세관청의 처분액을 초과하고, 그 액수와 신고불성실가산세의 정당한 세액을 합한 액수가 과세관청의 신고불성실가산세와 납부불성실가산세의 처분액을 합한 범위를 벗어나지 않는다 하더라도, 과세관청의 처분액을 초과하는 납부불성실가산세를 법원이 직권으로 인정할 수 없다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두7064 판결 참조).
3) 판단
 세금계산서미발급가산세와 세금계산서위장발급가산세, 그리고 계산서미발급가산세와 계산서위장발급가산세의 각 부과처분은 모두 별개의 독립한 처분이므로, 피고 원주세무서장이 당심에서 주장하는 예비적 처분사유의 추가는 앞서 본 처분사유 추가·변경의 한계를 벗어난 것으로서 위 처분사유의 추가를 허용할 수 없다.
 피고 원주세무서장이 그 주장을 뒷받침하는 근거로 들고 있는 대법원 2012. 5. 24. 선고 2010두7277 판결(‘주식의 취득자금’을 증여받은 것으로 추정할 수 있다는 사유를 처분사유로 내세웠다가 그 ‘주식’을 증여받은 것으로 의제하는 경우에 해당한다는 처분사유를 예비적으로 추가한 사안), 대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두1617 판결(‘명의수탁자’로부터 주식을 저가 양수하였다는 사유를 처분사유로 내세웠다가 ‘명의신탁자’로부터 주식을 저가 양수하였다는 처분사유를 예비적으로 추가한 사안)은, 모두 처분의 동일성을 유지하는 범위에서 처분사유를 추가·변경한 사안이라는 점에서 이 사건과는 사안이 크게 달라 이 사건에 그 결론을 원용할 수 없다. 따라서 피고 원주세무서장의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.
3. 결론
 그렇다면 당심에서 일부 감축한 원고 2 회사, 원고 3 회사, 원고 4 회사의 각 청구는 위에서 인정한 범위에서 이유 있어 인용하며, 같은 원고들의 나머지 청구 및 원고 1 회사의 청구는 이유 없어 모두 기각할 것인바, 제1심 판결 중 원고 1 회사에 관한 부분은 이와 결론이 같아 정당하나, 나머지 부분은 이와 결론이 일부 달라 부당하다. 원고 1 회사의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하되, 원고 2 회사, 원고 3 회사, 피고 원주세무서장의 항소는 각 위에서 인정한 범위에서 이유 있으므로, 이를 받아들여 제1심 판결을 주문과 같이 변경한다. 
[별지1 납세고지내역 생략]
[별지2 납세고지내역 생략]
[별지3 납세고지내역 생략]
[별지4 납세고지내역 생략]

판사 심준보(재판장) 김종호 이승한