법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2005.07.20 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 대림산업 주식회사(소송대리인 변호사 류용호)
【피고, 피항소인겸항소인】 영등포세무서장 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 조종환 )
【제1심판결】 서울행정법원 2004. 7. 9. 선고 2003구합21350 판결
【변론종결】2005. 6. 8.
【주 문】
1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 
 가. 피고가 2002. 9. 6. 원고에 대하여 한 1998 사업연도 법인세 53,925,657,858원의 부과처분 중 38,781,918,202원을 초과하는 부분을 취소한다.
 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송총비용은 이를 3분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2002. 9. 6. 원고에 대하여 한 1998 사업연도 법인세 53,925,657,858원의 부과처분 중 37,238,595,849원을 초과하는 부분, 1999 사업연도 법인세 99,385,910,361원의 부과처분 중 92,349,571,962원을 초과하는 부분 및 2000 사업연도 법인세 44,052,480,542원의 부과처분 중 43,890,593,516원을 초과하는 부분을 각 취소한다(이 중 1999 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 원고가 패소판결을 받고도 항소하지 아니하여 당원의 심판범위에서 제외되었다).
2. 항소취지
 원고 : 제1심 판결 중 아래에서 추가 취소를 구하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2002. 9. 6. 원고에 대하여 한 2000 사업연도 법인세 44,052,480,542원의 부과처분 중 43,890,593,516원을 초과하는 부분을 취소한다. 
 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2호증의 2, 을 제1, 2호증의 각 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 인정할 수 있다. 
 가. 원고의 1998 사업연도 법인세 신고 및 피고의 1998 사업연도 법인세 부과
 (1) 원고는 산업합리화계획에 따라 1986년부터 주식회사 삼호(이하 삼호라고만 한다)가 주식회사 조흥은행(이하 조흥은행이라고만 한다)에 대하여 부담하는 채무를 매년 분할하여 인수하여 오던 중 실제로 채무를 인수하였음에도 이를 손금에 산입하지 못한 누적금액이 1998년 현재 26,830,000,000원(이하 이 사건 쟁점 손금불산입액이라고 한다)에 달하게 되자, 1998 사업연도에는 삼호의 채무 중 24,358,000,000원을 실제로 인수하였음에도 1998 사업연도의 법인세신고 시 이 사건 쟁점 손금불산입액을 1998 사업연도에 실제로 인수한 위 채무액에 추가하여 총 51,188,000,000원을 손금에 산입하였다.
 (2) 또한 원고는소외 1 주식회사와 사이에 체결하였던 군포시 산본동 1146 소재 솔거아파트 내 체육시설(이하 산본 스포렉스라고 한다)과 서울 동작구 대방동 501 소재 대방대림쇼핑타운 3층 볼링장(이하 대방동 볼링장이라고 한다)에 대한 매매계약(이하 위 두 건의 매매계약을 통칭하여 이 사건 매매계약이라고 한다)을소외 1 주식회사의 매매대금지급의무 불이행을 이유로 해제한 후, 당초 1994 사업연도부터 1998 사업연도까지 사이에 익금에 산입하였던 기지급받은 매매대금 4,287,101,750원을소외 1 주식회사에 반환하고 이를 잡손실로 처리하여 손금에 산입하였다.
 (3) 또한 원고는 엘지칼텍스 주식회사가 1981년 재평가적립금을 자본전입하면서 원고에게 무상으로 교부한 엘지칼텍스 주식회사의 주식 67,489주(이하 이 사건 주식이라고 한다)를 보유하고 있던 중 1995. 1. 1. 자산재평가법에 의하여 이를 5,790,000,000원으로 재평가하였는데, 1998 사업연도 법인세신고 시 위 재평가차액이 차입금에 대한 이자 중 일정액이 손금산입 부인되는 ‘다른 법인주식의 장부가액’에 해당되지 않는 것으로 보아, 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서 이 사건 주식의 재평가차액을 가산하지 아니하였다.
 (4) 그러나 피고는 ① 원고가 산업합리화계획에 의하여 인수한 삼호의 채무액 중 1998 사업연도에 실제로 인수한 금액만을 손금으로 인정하여, 이 사건 쟁점 손금불산입액에 대한 손금산입을 부인하고, ② 원고가 이 사건 매매계약을 해제한 것은 부당행위계산에 해당한다고 보아, 원고가소외 1 주식회사로부터 기지급받은 매매대금 4,287,101,750원을 계약 해제 후소외 1 주식회사에 반환하고 이를 잡손실로 손금에 산입한 것을 부인하고, 나아가 원고가 1998 사업연도에소외 1 주식회사로부터 지급받을 매매대금 854,601,692원을 익금에 산입함과 동시에 1999년부터 2005년까지 원고가소외 1 주식회사로부터 지급받을 매매대금의 현재가치 환산액인 3,506,096,301원을 익금에 산입하고, ③ 이 사건 주식에 대한 재평가차액도구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것) 제43조의2 제8항 소정의 다른 법인 주식의 장부가액에 포함되는 것으로 보고, 그에 따라 원고의 지급이자 손금불산입액을 재계산하여 238,442,906원의 지급이자 손금산입을 부인하여, 2002. 9. 6. 원고에 대하여 1998 사업연도 법인세 54,326,237,104원을 부과하였다.
 나. 피고의 2000 사업연도 법인세 부과
 원고는 2000 사업연도의 매입계산서 합계표를 작성·제출함에 있어서 토지매입분 계산서 16,188,702,620원 상당을 누락하였고, 이에 대하여 피고는구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것) 제76조 제9항에 따라 총 누락금액의 1%에 해당하는 가산세 161,887,026원을 추가하여, 2002. 9. 6. 원고에 대하여 2000 사업연도 법인세 44,165,258,930원을 부과하였다.
 다. 국세심판원의 심판결정 및 피고의 감액경정처분
 (1) 원고는 2002. 11. 28. 국세심판원에 피고의 위 2002. 9. 6.자 각 법인세부과처분에 대한 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2003. 5. 12. 위 2002. 9. 6.자 각 법인세부과처분에 대하여 일부 취소결정을 하였다.
 (2) 이에 따라 피고는 2003. 5. 23. 1998 사업연도 법인세 54,326,237,104원을 53,925,657,858원으로, 2000 사업연도 법인세 44,165,258,930원을 44,052,480,542원으로 각 감액하는 내용의 경정결정을 하였다(이하 위 2002. 9. 6.자 각 법인세부과처분 중 감액되지 아니하고 잔존하는 부분을 이 사건 각 처분이라고 하고, 개별적으로는 이 사건 1998 처분, 이 사건 2000 처분이라고 한다).
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관한 판단
 가. 원고의 주장
 (1) 산업합리화계획에 따른 채무인수액의 손금산입 
 (가) 원고는 산업정책심의회에 의하여 확정된 산업합리화계획에 따라 1986. 7. 30. 삼호, 조흥은행과 사이에 채무인수약정을 체결하였는데, 위 채무인수약정에 의하면 원고가 삼호의 조흥은행에 대한 채무 중 289,700,000,000원을 20년 간 균등하게 분할인수하되, 삼호 및 그 계열사가 자체적으로 채무를 변제하여 분할인수할 채무액이 감소되는 경우에는 그 감소액을 차감한 잔액을 잔여 인수기간동안 균등하게 분할인수하기로 되어 있었다.
 (나) 원고는 위 채무인수약정에 따라 삼호의 채무를 매년 분할인수하던 중 1988년부터 1994년까지 사이에는 조흥은행의 압력에 따라 산업합리화계획상 인수하기로 예정되어 있는 금액보다 더 많은 금액을 실제로 인수하였음에도, 그에 따른 손금산입은 산업합리화계획에 따라 인수하기로 예정되어 있던 금액만을 하는 바람에, 결국 실제로 채무를 인수하였음에도 손금에 산입하지 못한 누적금액이 1998년 현재 26,830,000,000원에 달하여 이를 1998 사업연도의 법인세신고 시 1998 사업연도에 실제로 인수한 채무액에 더하여 손금에 추가로 산입한 것인바, 원고로서는 산업합리화계획에서 정한 시기에 산업합리화계획에서 정한 액수만큼을 손금으로 산입한 것이므로 이 사건 쟁점 손금불산입액의 손금산입을 부인한 이 사건 1998 처분은 위법하다.
 (2) 이 사건 매매계약해제의 부당행위계산부인 불해당 
소외 1 주식회사는 1998. 10.경 7회 이상의 할부매매대금의 지급을 연체하고 있었고, 재무상태의 악화로 향후 할부매매대금의 지급이 불가능한 상황에 처하게 되어 원고로서는 이 사건 매매계약상의 해제권에 근거하여 정당하게 이 사건 매매계약을 해제한 것이므로 이를 부당행위계산이라고 본 이 사건 1998 처분은 위법하다.
 (3) 이 사건 주식의 재평가차액과 관련한 지급이자 손금불산입 계산 
 이 사건 주식의 재평가차액은 자금의 외부유출이 없는 장부상의 가액증가에 불과하고, 세무계산상 익금에 불산입되는 항목이므로구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것) 제43조의2 제8항 소정의 다른 법인 주식의 장부가액에 포함되지 않는 것으로 보아야 함에도 이와 달리 본 이 사건 1998 처분은 위법하다.
 (4) 계산서합계표 미제출 가산세
 매입처별 계산서합계표의 제출의무는 과세자료의 수집을 위한 납세자의 단순한 협력의무에 불과한데, 토지를 매매하는 경우 소유권보존 또는 소유권이전등기를 위하여 제출한 서류가 관할 세무서장에 송부되고 거래상대방이 거래대상 부동산의 소재, 거래일자, 가액 등을 명시하여 특별부가세신고를 하게 됨에 따라, 과세관청으로서는 계산서합계표 제출의무에 의하여 확보하고자 하는 과세자료를 충분히 확보할 수 있으므로 토지관련 매입계산서의 제출을 토지매입자에게 강제할 실익이 없을 뿐만 아니라, 원고의 이 사건 매입계산서 합계표의 작성오류는 조세포탈의 의도가 없는 단순한 실수임에도 불구하고, 피고가 원고에 대하여 매입계산서합계표의 미제출을 이유로 매입계산서 금액의 1% 상당하는 가산세(이하 이 사건 가산세라고 한다)를 부과한 것은 헌법상의 과잉금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙, 목적의 정당성 등 제원칙에 위반되어 위헌이므로, 원고에 대하여 이 사건 가산세를 부과한 이 사건 2000 처분은 위법하다.
 나. 산업합리화계획에 따른 채무인수액의 손금산입 여부에 관한 판단
 (1) 관계법령
구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584로 전문개정되어 법률명이 조세제한특례법으로 바뀌기 전의 것, 이하 같다)
제36조 (산업합리화에 따른 소득계산의 특례) ① 내국인이 합리화기준에 따라 합리화대상기업의 채무를 면제하거나 합리화대상기업에 대한 보증채무를 인수 또는 변제한 때에는 채무를 면제한 금액 또는 보증채무를 인수하거나 변제한 금액을 손금에 산입한다.
제39조 (합리화대상기업) ①제35조 내지제38조의 규정에 의한 합리화대상기업은 다음 각 호의 1에 해당하는 산업을 영위하는 기업 중에서 산업의 합리화 및 진흥을 위하여 대통령령이 정하는 심의회(이하 이 조에서 "심의회"라 한다)에서 합리화대상으로 지정하는 기업으로 한다.
 ②제35조 내지제37조의 규정에 의한 합리화기준은제1항의 규정에 의하여 지정된 합리화대상기업의 합리화 및 진흥을 위하여 대통령령이 정하는 바에 따라 심의회에서 정하는 기준으로 한다.
구 조세감면규제법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문개정되어 시행령명이 조세제한특례법시행령으로 바뀌기 전의 것)
제36조 (산업합리화기준 등) ①법 제39조 제1항에서 "대통령령이 정하는 심의회"라 함은 산업정책심의회규정에 의하여 설치된 산업정책심의회(이하 "산업정책심의회"라 한다)를 말한다.
 ②법 제39조 제2항에서 "합리화기준"이라 함은 산업정책심의회가 당해 산업 또는 기업의 합리화와 진흥을 위하여 다음의 사항에 관하여 정한 구체적인 기준을 말한다.
 8. 채무의 면제, 보증채무의 인수 또는 변제의 범위 
 (2) 인정사실
 다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2호증의2, 제3, 4호증의 각 1, 2의 각 기재와 제1심 증인 이상우의 증언에 변론 전체의 취지를 모아보면 인정할 수 있다. 
 (가) 산업합리화계획의 도입 취지 및 경위 
 ① 1970년대 후반 정부의 해외건설진흥시책에 따라 국내 건설업체들은 중동지역의 건설시장에 진출하여 다수의 건설공사를 시행하여 왔으나, 1980년대 들어 신규수주의 감소, 미수금의 증가, 저가수주로 인한 수익성 악화 등으로 삼호를 비롯한 몇몇 건설업체가 경영난에 처하게 되었다.
 ② 이에 정부는 경영난에 처한 위 건설업체들의 부도를 방치할 경우 우리나라 건설업체들의 대외공신력도 함께 실추되는 등 국가경제 전반에 걸쳐 부정적인 영향이 미칠 것으로 판단하고, 그 대책으로 경영난에 처한 위 건설업체들을 산업합리화대상기업으로 선정하여 우량기업으로 하여금 산업합리화대상기업을 인수하게 하고, 인수자로 선정된 우량기업이 산업합리화대상기업의 금융권 채무를 인수하도록 하는 대신 인수기업의 손실을 보전하여 주기 위하여 인수한 채무액 상당을 손금으로 인정하는 등의 조세지원과 신규자금의 대출 등을 통한 자금지원 등을 내용으로 하는 산업합리화제도를 마련하였다.
 (나) 삼호에 대한 산업합리화계획의 확정
 재무부장관 등이 참여하는 산업정책심의회는 1986. 5. 31. 삼호에 대한 산업합리화계획을 확정하였는데, 그 구체적인 내용은 다음과 같다. 
 ① 원고는 삼호의 발행주식 중 41.87%, 삼호의 계열사인 삼호개발 주식회사, 주식회사 삼호유통, 동광기업 주식회사의 발행주식 전부를 각 인수한다.
 ② 원고는 삼호 및 그 계열사의 인수시점의 채무 및 장래의 채무를 지급보증하고, 지급보증한 금액 중 원고와 조흥은행이 협의하여 확정한 금액을 합리화지정일이 속하는 사업연도부터 20년 간 균등하게 분할인수하되, 삼호가 채무의 일부를 변제함에 따라 분할인수할 채무액이 감소하는 경우에는 그 변제액을 차감한 잔액을 잔여 인수기간에 균등하게 분할인수한다. 
 ③ 원고가 분할인수한 채무 상당액은 조세감면규제법에 의하여 인수시점에 손금에 산입한다.
 ④ 조흥은행은 삼호 및 그 계열사에 대한 대출금의 이자를 대부분 면제하고, 변제기를 유예하며, 원고에게 신규자금을 저리로 장기대여한다. 
 (다) 원고와 조흥은행 사이의 채무인수약정의 체결
 삼호에 대한 산업합리화계획에 따라 원고와 조흥은행 사이에는 다음과 같은 내용의 채무인수약정이 체결되었다.
 ① 원고가 인수하여야 할 삼호의 채무액을 289,700,000,000원으로 잠정 합의하고, 원고는 위 채무액을 20으로 분할한 14,485,000,000원을 1986년부터 20년에 걸쳐 매년 인수한다.
 ② 삼호 및 그 계열사가 대출금 일부를 변제함에 따라 원고가 분할인수하여야 할 금액이 감소되는 경우에는 삼호의 변제액을 차감한 잔액을 잔여 인수기간동안 균등하게 분할인수한다.
 (라) 원고의 실제 채무인수와 그에 따른 손금산입내역
 ① 원고는 조흥은행과 사이에 체결한 위 채무인수약정에 따라 1986년부터 1987년까지 매년 14,485,000,000원의 채무를 인수하였고, 그에 따라 1986 및 1987 사업연도의 법인세 신고 시에는 위 각 채무인수금 전액을 손금에 산입하였다.
 ② 그런데 1987년부터 삼호가 보유하고 있던 부동산을 처분하여 조흥은행에 대한 채무의 일부를 변제함에 따라 삼호의 총 채무액이 감소하게 되자, 원고는 1988년부터는 매년 14,485,000,000원이 아니라 산업합리화계획 및 채무인수약정에서 정하여 진 바와 같이 삼호의 변제액을 차감한 잔존 채무액을 잔여 인수기간으로 균등분할한 금액의 채무(14,485,000,000원보다 적은 금액이다)만을 인수하면 되었다.
 ③ 그러나 1988년 이후에도 매년 14,485,000,000원의 채무를 인수하라는 조흥은행의 강력한 요구를 거부하지 못하고, 원고는 1988년부터 1994년까지 산업합리화계획에 따라 인수하기로 예정되어 있는 금액보다 더 많은 14,485,000,000원의 채무를 매년 인수하였다. 그 당시 조흥은행은 삼호의 자체 상환규모가 예정보다 늘었다고 하더라도 이후 자체 상환액의 규모를 예상하기 어렵고 최종적으로 삼호의 자체 상환액이 얼마나 될지 확정할 수 없다는 이유를 들어 당초의 예정액대로 인수하도록 요구하였다. 
 ④ 원고는 1988년부터 1994년까지 사이에 위와 같이 산업합리화계획에 따라 인수하기로 예정되어 있는 금액보다 더 많은 14,485,000,000원의 채무를 매년 인수하였음에도 불구하고, 해당 사업연도의 법인세 신고를 함에 있어서는 실제로 인수한 14,485,000,000원을 손금에 산입하지 않고, 산업합리화계획에 따라 인수하기로 예정되어 있는 금액 만큼만을 손금에 산입하였다. 
 ⑤ 1995년에 이르자 비로소 조흥은행이 원고의 미인수잔액에 대한 균등분할액 인수를 동의하여 그때부터 원고는 미인수잔액에 대하여 합리화기준에 따른 균등분할액을 인수하였으나 손금산입은 이전과 반대로 과거 산입되지 않고 이연처리되었던 일부 금액을 추가하여 산입하였다. 
당시 산업합리화정책을 주관하는 산업정책심의위원회에서는 1994년 9월경 ‘산업합리화지원기준’을 제정하였는바, 여기에서 채권금융기관에 대하여 “1994. 9. 16. 이전에 산업합리화대상기업으로 지정된 업체에 대하여 은행감독원장의 승인을 받아 산업합리화계획의 합리화기준에 따라 일정기간 균등분할 면제토록 한 채무액을 초과하여 조기에 면제하는 경우에는조세감면규제법 제36조에 의한 조세감면대상으로 본다“고 규정하였다.
 ⑥ 한편 원고가 1995년부터 1997년까지 일부 추가로 손금산입하였음에도 손금에 산입되지 못한 채 이연처리되어 누적된 채무인수금액은 1998년 현재 26,830,000,000원에 달하였다. 이에 원고는 1998 사업연도의 법인세 신고 시 1998 사업연도에 실제로 인수한 채무액 24,358,000,000원에 그동안 손금에 산입하지 못한 이 사건 쟁점 손금불산입액 26,830,000,000원을 추가하여 총 51,188,000,000원을 손금에 산입하였다.
 ⑦ 원고의 연도별 인수예정 채무액, 실제 인수채무액 및 손금산입액 등의 구체적 내역은 [별지1] 기재와 같다. 
 (3) 판단
 원고가 1988년부터 1994년까지 사이에 산업합리화계획에 따라 인수하기로 예정되어 있는 금액을 초과하여 채무인수한 금액 중 해당 사업연도에 손금산입하지 못한 채무인수액 상당을 그 이후인 1998 사업연도에 와서 손금에 산입하는 것이 가능한지에 관하여 본다.
 ① 부실기업을 인수한 인수기업에게 소정의 조세지원 및 자금지원을 해 줌으로써 부실기업의 인수와 그 채무인수에 따른 손실을 어느 정도 보전하여 준다는 산업합리화제도의 기본원리에 비추어 볼 때 산업합리화계획에서 인수기업에게 부여하도록 규정된 조세지원 및 자금지원에 대하여는 되도록 그 실현을 보장하여 주는 것이 바람직하고, 앞서 본구 조세감면규제법 제36조 제1항 또한 그와 같은 관점에서 해석될 수 있는 점, ② 개별기업의 산업합리화기준은구 조세감면규제법시행령 제36조 제2항에 따라 산업정책심의위원회의 심의를 거쳐 결정되고, 거기에서 구체적인 채무인수의 범위 및 내용, 그에 따른 손금산입 규모 및 시기 등이 정해지는 바, 원고는 합리화기준에서 정해진 연도별 채무인수액만을 손금산입한 것이고, 자의적으로 손금에 산입되는 채무인수액의 규모를 조절한 것은 아닌 점, ③ 따라서 삼호에 대한 산업합리화계획에 따르면 원고가 인수한 삼호의 채무액 전부가 조세감면규제법에 따라 손금에 산입되도록 당초부터 예정되어 있었으므로, 원고가 해당 사업연도에 손금산입을 하지 못한 이 사건 쟁점 손금불산입액을 1998 사업연도의 손금에 추가로 산입하게 한다고 하여 원고에게 부당한 혜택을 주거나, 국가의 조세징수액에 예측하지 못한 감소를 초래하는 것이 아닌 점, ④ 오히려 원고가 부실채무를 인수함으로써 입게 되는 손실을 원고에 대한 융자금의 운용수익과 부실채무인수시점의 손금산입으로 인한 조세감경 및 그 감경액의 운용수익 등으로 보전토록 한 합리화기준의 취지에 비추어 보면 되도록이면 합리화기준상의 손금산입액 및 산입시기를 그대로 준수하여 정부가 예정했던 조세감면혜택만을 받도록 하는 것이 합리화제도의 취지에는 부합하고,구 조세감면규제법 제36조 제1항의 “합리화기준에 따라 … 인수 … 한 금액을 손금에 산입한다”는 규정 역시 원칙적으로 손금산입의 액수 및 시기는 합리화기준에 정한 바대로 이루어지는 것을 예정한 것으로 보이는 점, ⑤ 특히 이 사건에서와 같이 채무의 인수시기와 변제시기가 상이하고 손금산입은 인수시점에 이루어지는 경우 인수기업 입장으로서는 합리화기준과는 다르게 채무를 조기에 인수하여 이를 손금에 산입하는 것이 경우에 따라 이득이 될 수도 있어 자의적인 손금산입의 우려 또한 있을 수 있는 점, ⑥ 그런 관점에서 본다면 납세자인 원고 입장에서는 산업정책심의위원회가 심의 확정한 산업합리화기준과는 달리 조기에 채무인수를 과다하게 한 경우 그로 인한 손금산입 액수 및 시기에 대한 의문을 충분히 가질 수 있었고 그에 대하여 과세당국의 명확한 지침이나 입장이 있었던 것도 아닐 뿐만 아니라, 1992년 및 1997년의 정기세무조사에서 과세당국으로부터의 문제제기가 있었던 것도 아니었던 점, ⑦ 자금의 수요가 공급을 초과하던 당시의 금융거래현실에 비추어 볼 때 원고로서는 산업합리화계획에 따라 인수하기로 예정되어 있는 금액을 초과하여 삼호의 채무를 인수해 가라는 조흥은행의 요구를 거절하기 어려웠을 것으로 추정되는 점(조흥은행 입장에서는 보유자산의 건전성을 제고하기 위하여 당시 우량기업인 원고가 삼호의 부실채무를 조기에 주채무로 인수해주기를 바랐을 수도 있다), ⑧ 원고는 1988년부터 1994년까지 채무인수한 금액을 그 해당시점에 전액 손금산입하지 아니할 합리적인 이유가 전혀 없었고, 실제 이 사건의 경우 원고는 위와 같이 손금산입을 미룸으로써 법인세를 조기에 납부하는 결과가 되었으며 그로 인한 운용이자 손실상당액이 약 103억 원에 이르렀던 점, ⑨ 위와 같이 산업합리화기준 작성 당시 의도된 조세감경혜택만을 보려는 방식으로 세무처리한 원고에게 그 이후의 손금산입을 전면 부인하는 것은 정부의 시책에 따라 삼호의 채무를 떠안게 된 원고에게 지나치게 가혹한 결과를 초래하게 될 뿐만 아니라, 과세당국이 후기의 사업연도에 귀속시킨 손금이 전기의 사업연도에 귀속될 것이라고 주장하며, 후기의 손금은 부인하는 반면 전기에 귀속시켰어야 할 손금은 제척기간도과를 구실로 귀속시키지 아니하는 것 또한 형평에도 반하는 것으로 보이는 점(이와 같은 맥락에서의 국세청 심사결정의 예로는 1999. 4. 9.자 99-37, 2000. 2. 25.자 99-459, 2002. 9. 6.자 법인 2002-016 등이 있다), 그 밖에 앞서 본 산업합리화제도의 도입배경과 취지 등을 종합적으로 고려하면,위 구 조세감면규제법 제36조 제1항의 해석상 이 사건 쟁점 손금불산입액은 1998 사업연도의 손금에 산입할 수 있다고 봄이 타당하므로, 이 사건 1998 처분 중 위 쟁점금액을 손금불산입한 부분은 위법하다.
 다. 이 사건 매매계약해제의 부당행위계산부인 해당 여부에 관한 판단
 (1) 관계법령
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것)
제20조 (부당행위계산의 부인) 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것)
제46조 (법인의 부당한 행위 또는 계산) ①법 제20조에서 "특수 관계 있는 자"라 함은 다음 각 호의 관계에 있는 자를 말한다.
 1. 출자자(소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족. 
 ②법 제20조에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
 9. 기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때
 (2) 인정사실
 다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증의 2, 제5호증의 1, 2, 5, 제6, 7호증의 각 1 내지 4의 각 기재와 제1심 증인 부창열의 증언(뒤에서 배척하는 부분 제외)에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 인정할 수 있다. 
 (가) 원고의 대주주인소외 2의 삼남소외 3이 100%의 지분을 가져 원고와 특수관계에 있던소외 1 주식회사에게 원고는 원고 소유이던 산본 스포렉스와 대방동 볼링장을 다음과 같이 매도하였다.
 ① 원고는 1994. 1. 31. 산본 스포렉스를 대금 13,663,564,000원에 매도하되, 계약금 1,078,000,000원은 계약체결 시에 지급받고, 나머지 대금은 1994년부터 2005년까지 12년에 걸쳐 매년도 말일에 각 1,048,797,000원씩 분할하여 지급받기로 하였다.
 ② 원고는 1994. 4. 1. 대방동 볼링장을 대금 3,163,125,000원에 매도하되, 계약금 316,312,500원은 계약체결 시에 지급받고, 나머지 대금은 1994년부터 2002년까지 9년에 걸쳐 매년도 말일에 각 316,312,500원씩 분할하여 지급받기로 하였다. 
 (나)소외 1 주식회사는 매매계약체결과 동시에 산본 스포렉스와 대방동 볼링장을 명도받아 사용·수익하기로 약정하면서, 다만소외 1 주식회사가 위 각 할부매매대금의 지급을 연체하였을 경우에는 그 경과일수에 대하여 연 15%의 연체요율을 적용하여 산정한 연체료를 가산하여 지급하고,소외 1 주식회사가 할부매매대금 및 그 연체이자를 계속하여 2회 이상 지급하지 아니하는 경우 원고는 매매계약을 해제할 수 있으며, 이 경우소외 1 주식회사가 원고에게 기지급한 매매대금 중 총 매매대금의 10% 상당액은 위약금으로 원고에게 귀속하고 아울러 계약해제시 원고는 기지급된 할부대금만을 반환할 뿐 그에 대한 그동안의 이자상당액 및 위 연체료 상당액은 반환하지 아니하는 것으로 약정하였다.
 (다)소외 1 주식회사는 이 사건 매매계약 체결 이후 원고로부터 산본 스포렉스와 대방동 볼링장을 명도받아 운영을 개시하였으나, 사업의 부진과 자금사정의 악화로 할부매매대금의 지급을 연체하기 시작하여 1998. 10.경에는 7회 이상의 할부매매대금 지급을 연체하기에 이르렀고, 이에 원고는 1998. 10. 15.소외 1 주식회사와 사이에 이 사건 매매계약을 해제하기로 합의하였다(피고는 원고와소외 1 주식회사와 사이에 사업양수도계약서가 작성되었고, 그 사업양수도계약서상 이 사건 매매계약을 해지하기로 한다는 문구가 포함되어 있다는 이유로 이 사건 계약이 장래에 대하여 해지된 것일 뿐 기왕에 소급하여 해제된 것은 아니라고 주장하나,소외 1 주식회사의 할부매매대금 연체경위, 원고와소외 1 주식회사의 합의해제 경위 등에 비추어 볼 때 이 사건 매매계약은 합의해제된 것으로 봄이 타당하다).
 당시소외 1 주식회사는 사업부진과 재무구조의 악화로 이후에도 할부대금을 납부할 형편이 되지 못하였으며 원고 또한 앞으로 할부대금을 받을 가능성이 희박했던 이 사건 계약을 해제하여 자신의 피해를 최소화하고 조속히 매매목적물의 소유권을 자신에게로 환원하기를 원하였다.
 (라) 원고는 이 사건 매매계약을 해제한 후 기지급받은 할부대금을소외 1 주식회사에게 반환함에 있어서, 총 매매대금의 10%에 상당하는 위약금을 공제하지 아니하였고, 이 사건 매매계약이 체결된 이후부터 이 사건 매매계약이 해제된 1998. 10. 15.까지소외 1 주식회사가 산본 스포렉스와 대방동 볼링장을 사용·수익한 것에 대한 차임상당 부당이득액을 전혀 공제하지 아니하였다.
 (3) 판단
 (가) 법인세법상의 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위 계산을 말하고, 그 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결 등 참조).
 살피건대 이 사건 매매계약의 해제가 부당행위계산부인의 대상이 되려면 원칙적으로소외 1 주식회사가 기존계약에 따른 할부금을 변제할 능력이 있어 원고가 이를 충분히 받아낼 수 있음에도 불구하고소외 1 주식회사를 지원할 목적에서 이 사건 계약을 해제한 것이라는 점이 인정되어야 하나 이를 인정할 만한 증거는 없고, 오히려소외 1 주식회사가 위와 같이 사업부진과 재무구조의 악화로 매매계약에 따른 할부매매대금의 지급을 연체하고 있었고 이후에도 이를 지급할 가능성이 희박하여 원고로서는 자신의 피해를 최소화하고 매매목적물을 조속히 자신에게로 환원하기 위하여 이 사건 매매계약을 해제한 것으로 보인다. 따라서 원고의 이 사건 매매계약 해제행위는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것이라고 볼 수는 없다.
(나) 그러나, 이 사건 매매계약상소외 1 주식회사의 귀책사유로 인하여 계약이 해제되는 경우 총 매매대금의 10%에 상당하는 위약금을 물도록 되어있었고, 계약해제로 인하여 계약당사자가 원상회복의무를 부담함에 있어서 계약당사자 일방이 목적물을 이용한 경우에는 그 사용에 의한 이익을 상대방에게 반환하여야 함에도 불구하고(대법원 1991. 8. 9. 선고 91다13267 판결 참조), 원고가소외 1 주식회사에게 기지급 할부대금을 반환함에 있어 위와 같은 위약금 및 위 매매계약 체결 이후 1998. 10. 15.까지소외 1 주식회사가 산본 스포렉스와 대방동 볼링장을 사용·수익한 것에 대한 차임상당 부당이득액을 전혀 공제하지 아니한 것은 특수관계에 있는소외 1 주식회사를 일방적으로 도와주고 원고의 소득을 부당하게 감소시킨 부당행위계산에 해당한다고 봄이 타당하다.
 이에 대하여 원고는소외 1 주식회사에 대한 기지급 할부대금의 반환시 총 매매대금의 10%에 상당하는 위약금을 공제하였다면소외 1 주식회사가 파산하고, 많은 민원이 야기될 것이므로 이를 피하기 위하여 위약금을 공제하지 아니한 것이므로 원고가 위약금을 공제하지 아니한 것은 부당행위계산에 해당하지 않는다고 주장하나, 위약금의 공제로 인하여소외 1 주식회사가 파산하고, 많은 민원이 야기될 것이라는 점에 관하여 이에 부합하는 제1심 증인 부창열의 일부 증언은 이를 믿기 어렵고, 달리 위 주장사실을 인정할 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (다) 아래에서 부당이득계산부인의 대상이 되는 위약금 및 차임상당 부당이득액을 구체적으로 계산해 보면, 위약금은 이 사건 총 매매대금의 10%인 1,682,668,900원이고, 차임상당 부당이득액 합계액은 위 매매목적물에 관한 별도의 임대사례가 없어 결국 국유재산법에 의하여 임대소득을 추계할 수밖에 없는바(대법원 2004. 3. 11. 선고 2004두10824 판결 등 참조), 토지는 개별공시지가에 의하여 평가하고, 건물은 장기할부 매매계약서상의 건물 분양가액을 계약일 당시의 현가로 계산하고 이후는 40년의 감가상각기간을 적용하는 방식으로 총 재산가액을 산정한 후 그에 대하여 연 5%의 기대수익률을 적용하면 아래 표와 같이 그 부당이득 합계액이 1,878,026,229원이 된다.
[산본 스포렉스 차임상당액]
연도별94 95 96 97 98 재산가액6,466,467,2416,652,914,4806,698,995,2196,717,002,6886,706,936,707차감금액6,466,467,2416,652,914,4806,698,995,2196,717,002,6686,706,936,707사용요율5% 5% 5% 5% 5% 사용일자335365365365288사용료296,748,839332,645,724334,949,761335,850,134264,602,434
 합계 1,564,796,893원
[대방동볼링장 차임상당액]
연도별94 95 96 97 98 재산가액1,443,992,4421,356,766,1311,416,784,1401,399,089,8691,397,786,078차감금액1,443,992,4421,356,766,1311,416,784,1401,399,089,8691,397,786,078사용요율5% 5% 5% 5% 5% 사용일자250365365365288사용료 49,451,79667,838,30770,839,20769,954,49355,145,533
 합계 313,229,336원
 [차임합계액 1,878,026,229원(796,893+313,229,336)]
 (라) 따라서, 이 사건 매매계약해제 및 그 계산에 대하여는, 위 인정의 위약금 및 차임상당액 합계금 3,560,695,129원(1,682,668,900 + 1,878,026,229)의 범위 내에서 부당행위계산부인의 대상이 되고 그 나머지 부분은 부당행위계산부인의 대상이 될 수 없으므로, 이 사건 1998 처분 중 위 위약금 및 차임상당액 합계금을 초과하여 부당행위계산부인한 부분은 위법하다(한편 원고가 반환할 할부대금에 대한민법 제548조 제2항 소정의 법정이자 및 원고가 지급받았던 약정 연체료 433,617,111원도 매매계약해제에 따른 원상회복의무에 따라 원고가소외 1 주식회사에게 함께 반환하여야 하고 그에 따라 결과적으로소외 1 주식회사가 원고에게 지급해야 하는 위약금 및 부당이득 상당액이 감액되어 부당행위계산부인의 범위가 줄어들어야 하는 것이 원칙이나, 이 사건의 경우 위에서 본 바와 같이소외 1 주식회사의 귀책사유로 매매계약이 해제되는 경우 할부대금의 이자상당액 및 약정 연체료는 원고에게 귀속되는 것으로 약정하였으므로 부당행위계산부인의 액수를 산정함에 있어 원고에게 귀속된 위 법정이자 및 약정 연체료는 고려하지 아니한다).
 라. 이 사건 주식의 재평가차액과 관련한 지급이자 손금산입 여부에 관한 판단
 (1) 관계법령
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것)
제18조의 3 (지급이자의 손금불산입) ② 대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우에 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 1. 다른 법인의 주식 또는 출자지분(대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분을 제외한다)
구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것)
제43조의 2 (지급이자의 손금불산입) ⑤법 제18조의 3 제2항에서 "대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인"이라 함은 차입금(제13항의 규정에 의하여 지급이자가 이미 부인된 차입금을 제외한다)이 자기자본의 2배(소비성서비스업의 경우에는 자기자본상당액)를 초과하는 법인을 말한다. (후단 생략)
 ⑧제4항 내지제7항·제15항 및제16항의 규정에 의한 총차입금·자기자본 및법 제18조의 3 제1항 및제2항 각 호에 해당하는 자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말한다. 이 경우법 제18조의 3 제2항 제1호의 자산은 장부가액으로 하며,법 제18조의 3 제1항 제1호의 자산 및동 조 제2항 제3호의 자산은 취득가액이나 당해 사업연도 종료일(사업연도 중 양도한 경우에는 양도일)현재의 장부가액 또는법 제59조의 2 제7항의 규정에 의한 기준시가 중 많은 금액으로 하고,법 제18조의 3의 차입금에는제19조 제3항에 규정된 금융기관 등이 재정융자특별회계법에의한 재정융자특별회계, 한국은행법에 의한 한국은행, 기타 재정경제부령이 정하는 기금 등으로부터 차입한 금액과 수신자금을 제외한다.
 (2) 판단
 원고가 취득한 이 사건 주식과 같이 재평가적립금을 자본전입함에 따라 배당받은 무상주가위 구 법인세법 제18조의3 제2항 제1호가 규정하는 '다른 법인의 주식'에서 제외되는지에 관하여 보건대, 자산재평가법에 의한 재평가적립금을 자본전입하면서 발행된 무상주에 대하여는 세법상 의제배당에 의한 과세가 이루어지지 않는 점, 자산재평가에 의한 주식취득가액의 증가는 장부상의 가액증가에 불과한 점, 이 사건 주식의 재평가차액은 법인세법상 익금불산입 항목인 점, 타법인 주식을 취득하여 보유하는 것에 대하여 지급이자 손금불산입이라는 세법상 제재를 가하는 이유가 ‘기업이 빚을 내어’ 타법인의 주식을 취득하고 보유하는 것을 억제하겠다는 취지라고 볼 때, 이 사건과 같은 무상주는 그와 같은 제재의 필요성이 거의 없는 점 등을 종합하면,위 구 법인세법 제18조의3 제2항 제1호 소정의 '다른 법인의 주식'의 범위에 이 사건 주식과 같이 자산재평가법에 의한 재평가적립금의 자본전입으로 인한 무상주는 제외된다고 보는 것이 타당하다.
 따라서 이 사건 1998 처분 중 위 주식의 재평가액이위 구 법인세법 제18조의3 제2항 소정의 ‘다른 법인의 주식'에 포함된다는 전제 하에 원고의 지급이자 손금불산입액을 재계산한 부분은 위법하다.
 마. 계산서합계표 미제출 가산세의 위법 여부에 관한 판단
 (1) 관계법령 
법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것)
제76조 (가산세) ⑨납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. (후단 생략)
 2.제121조 제3항의 규정에 의하여 매출·매입처별계산서합계표를 동 조에 규정된 기한 내 에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우
제121조 (계산서의 작성·교부 등) ③ 법인은제1항 또는제2항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출·매입처별합계표(이하 "매출·매입처별계산서합계표"라 한다)를 대통령령이 정하는 기한 내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
 (2) 판단
법인세법 제76조 제9항(이하 이 사건 가산세 규정이라고 한다)은 근거과세를 확립하고 과세표준을 양성화하기 위하여 입법된 것으로 계산서교부 및 계산서합계표 제출의무를 통하여 수집하고자 하는 과세자료는 실제양도금액에 관한 것이라고 할 수 있다.
 그런데, 부동산등기절차를 통해 과세자료가 수집되는 취득세·등록세 등의 과세표준은 사실상 토지의 취득자 등이 신고한 가액에 의하므로, 실제거래가액이 아닌 임의의 신고가액 내지 지방세 시가표준액이 양도가액으로 됨이 보통이고 따라서 부동산등기를 통하여 밝혀지는 과세자료는 원칙적으로 실지거래가액에 따라 과세표준을 정하고 있는 법인세 및 특별부가세의 과세자료가 되기에는 부족하다고 하지 않을 수 없다. 뿐만 아니라 특별부가세에 있어서 토지 등의 양도차익을 산정할 때 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이지 소유권이전등기일이 아니므로, 아직 소유권이전등기가 경료되지 아니하였다 하더라도 잔금이 청산되었다면 특별부가세와 관련하여서는 이미 양도가 있었던 것이어서, 과세관청으로서는 부동산등기가 되었는지에 무관하게 그에 관한 과세자료를 수집할 필요가 있다. 
 그리고, 법인이 특별부가세 과세표준 및 세액계산서를 제출할 의무를 부담하고 있다고 하더라도, 이는 납세의무자인 법인이 스스로 특별부가세의 과세요건이 충족되었는지를 조사·확인하게 하고 이에 관련 세법을 적용하여 과세표준 및 세액을 신고하도록 하는데 그 목적이 있을 뿐, 그 자체가 이미 이루어졌던 당해 거래의 근거자료가 되는 것이 아님에 반하여, 이 사건 가산세 규정이 계산서교부·작성 및 계산서합계표 제출의무를 부담시키고 있는 것은 거래 당시에 과세의 근거가 될 수 있는 자료인 계산서를 작성·교부하고 그 계산서합계표를 제출하도록 하여 과세대상 거래의 근거를 사전에 남기도록 하고자 함에 목적이 있으므로 그 규정의 취지가 서로 다르고, 또 그 기재사항도 계산서 및 계산서합계표에는 거래상대방의 상호 등이 포함되어 있는 등 반드시 특별부가세 과세표준 및 세액계산서의 기재사항과 일치하는 것은 아니다. 
 이러한 점들에 비추어 볼 때 이 사건 가산세 규정은 근거과세 실현 및 과세표준 양성화라는 목적의 정당성은 물론, 그 목적 달성을 위한 수단의 적합성 또한 인정된다. 
 나아가, 계산서합계표 제출의무의 위반에 대하여 공급가액의 100분의 1에 해당하는 금액을 가산세로 부과한다고 하더라도, 그 금액이 다른 가산세 규정의 경우보다 많다고 단정할 수 없고, 토지 등 부동산의 경우에만 다른 재화의 경우와는 달리 가산세율을 정하여야 할 필연적인 이유도 없으며, 앞서 살펴본 이 사건 가산세 규정의 취지 및 필요성에 비추어 보면 이 사건 법률조항이 납세자의 재산권을 지나치게 침해하는 것이라고도 볼 수 없다. 
 따라서, 이 사건 가산세 규정이 헌법에서 정한 제원칙에 위배된다는 원고의 위 주장은 이유 없고, 이 사건 2000 처분은 적법하다. 
 바. 소결론
 결국 피고의 이 사건 1998 처분 중 ① 산업합리화계획에 따른 채무인수액을 손금에 불산입한 부분과 ②소외 1 주식회사와의 부동산 매매계약과 관련하여 위약금 및 차임상당액 부분을 제외한 나머지 손금산입과 익금산입 부분 ③ 이 사건 주식의 재평가차액과 관련한 지급이자 손금불산입 부분은 위법하여 이 부분의 취소를 구하는 원고의 주장은 이유 있으나, 1998 처분 중 부당행위계산부인의 대상이 되는 위약금 및 차임상당액 합계금 3,560,695,129원의 손금불산입 내지 익금산입 부분 및 이 사건 2000 처분은 적법하므로 그 부분의 취소를 구하는 원고의 주장은 이유 없다.
 따라서, 원고에게 적법하게 부과되어야 하는 1998 사업연도의 정당한 법인세액을 산출해 보면, [별지2] ‘1998 사업연도 법인세 세액 계산표’ 상의 ‘최종결정세액에서의 정당한 세액란’ 기재와 같이 금 38,781,918,202원이 된다. 
3. 결론
 그렇다면, 이 사건 1998 처분에 관한 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 이 사건 2000 처분에 관한 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결 중 1998 처분 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 그에 대한 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 이윤승(재판장) 이원범 전병관