부가가치세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1989.12.26 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 둔촌시장주식회사 소송대리인 변호사 김이조
【원고, 피상고인 겸 상고인】 강동세무서장
【원심판결】서울고등법원 1988.12.8. 선고 86구1016 판결
【주 문】
 1. 원심판결 중 1983년도 1기 및 2기분 부가가치세부과처분을 제외한 원고 패소부분을 파기하여 사건을 서울고등법원에 환송한다.
 2. 원고의 나머지 상고와 피고의 상고를 각 기각한다.
 3. 각 상고기각된 부분의 상고비용은 상고인 각자의 부담으로 한다.

【이 유】 1. 원고의 상고이유를 본다.
 가. 심리미진 내지 체증법칙위배의 점에 대하여,
 원심판결이유를 기록과 대조하여 살펴보면, 원심의 증거취사와 사실인정과정을 수긍할 수 있고 거기에 소론과 같은 심리미진 내지는 체증법칙위배의 위법이 있다 할 수 없으므로 이 점에 관한 논지는 이유없다.
 나. 법리오해의 점에 대하여,
 원심판결이유에 의하면, 원심은 거시증거에 의하여 원고 회사는 시장 상가임대관리업을 영위하다가 회사운영방침을 상가분양판매로 전환하여 1984.4.경부터 1985.사이에 59개의 상가를 분양 판매하고 1984년도 1, 2기분 및 1985년도 1기분 부가가치세와 1984년도분 법인세(특별부가세 포함)의 각 과세표준과 세액을 신고한 사실, 피고는 1985.12.2. 판시 제1목록 제1형 기재의 13개 점포의 경우는 원고가 분양가액을 실지거래가액 보다 과소신고하였으므로 분양가액을 실지거래가액으로 보아야 하고, 또 위 상가분양은 건물과 그 부지인 토지의 공급이라 할 것인데 토지의 공급은부가가치세법 제12조 제1항 제12호에 의하여 부가가치세가 면제되기 때문에 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액을 구분하여야 하는 바, 이러한 경우 건물의 공급가액은부가가치세법시행령 제48조의 2 제3항에 의하여 결정한 것으로 위 각 상가분양의 경우 건물의 실지거래가액을 알 수 없는 경우이므로 같은조항 단서규정의 산식에 따라 안분계산한 것이라 하여 그 산식에 의하여 제1형 기재의 점포를 포함한 판시 제1목록기재의 59개 점포전부에 관하여 토지가액과 건물가액을 구분산정하고 이를 기초로 부가가치세 및 법인세 과세표준과 세액을 산출하여 이 사건 부가가치세, 법인세및 방위세부과처분을 한 사실을 확정한 다음, 원고의 주장 즉, 첫째 원고는 상가점포를 분양함에 있어 모두 분양계약서에 의거하여 분양하였고 또한 매번 세금계산서를 발행하여 계약금, 중도금 및 잔금을 입금처리하고이들 증빙에 의거 회계전표를 작성하고 복식부기에 의해 제장부를 적법하게 기록, 유지하며 또 제장부기록에 의거 이 사건 부가가치세와 법인세를 신고하였음에도 피고 스스로 세무조사하여 원고의 신고가와 달리 인정한 것은국세기본법 제16조 제1항 규정의 근거과세원칙이나같은법 제14조규정의 실질과세원칙을 위배한 것 이고, 또부가가치 세법 제21조 제1항 제2호,법인세법 제32조 제2항 제1호에서 각 규정하는 경정결정사유에 위배한 것이며, 둘째 원고는 모든 점포분양에 있어 토지가액과 건물가액을 구분하여 계약하였음에도 원고의 신고가액을 믿지 아니하고 위에서 본 산식에 따라 안분계산하였음은 잘못이고, 가사 위 산식에 의한다 하더라도 장부와 일치한다고 조사확인된 제3형 점포의 가액을 공제하고서 제1및 제2형 점포의 부양가액만을 합산하여 위 산식에 따라 안분계산하여야 할 것이라는 점에 대하여, 먼저 거시증거에 의하면 1985.9.경 원고 회사의 내분으로 인하여 탈세혐의의 진정이 있어 피고가 1985.10.1.부터 같은 달 23.까지 원고 회사에 대한 세무조사를 실시하여 당시 원고가 갖추고 있던 금전출납부, 매입매출장, 자산부채장 등의 경리장부를 조사하는 한편 피고직원들이 원고로부터 위 상가점포를 분양받은 자들을 상대로 점포분양가격을 직접 확인한 결과, 제1형 점포의 경우 확인된 분양가액이 판시 제1목록 (5)란 기재금액과 같은 것으로 밝혀졌고, 제3형 점포의 경우 확인된 분양가액이 원고의 신고가액과 같거나 분양받은 자들이 피고의 조사에 응하지 않아 조사불능으로 밝혀진 사실을 확정한 다음, 피고가 제1형 점포에 있어서는 확인된 가액을 실지거래가액으로 보고 제3형 점포에 있어서는 원고의 신고가액을 실지거래가액으로 본 것은 정당하고, 또 피고의 위와 같은 조치가 국세기본법상의 근거과세나 실지과세의 원칙에 위배되거나 부가가치세법이나 법인세법이 규정하는 경정결정사유에 위배된 것이라고 볼 수 없으므로 원고의 첫째주장은 이유없고, 다음부가가치세법시행령 제48조의 2 제3항에 의하면 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하고 다만 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 되어있고, 또법인세법시행령 제124조의 2 제3항에는 법인이 토지, 건물 기타 자산을 함께 취득하거나 양도한 때에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지, 건물 기타 자산의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 되어 있는 바, 원고가 위 상가의 점포를 분양할 때 토지와 건물의 가액을 구분하여 분명히 하였다는 점에 부합하는 증거들은 믿지 아니하고 달리 이를 인정할 증거가 없어서 결국 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의하여 안분계산할 수 밖에 없다 할 것이니 피고가 그와 같은 산식에 따라 안분계산한 것은 정당하고, 또 이 경우에 제3형 점포의 경우 원고가 신고한 총분양가액이 실지분양가액인 것으로 밝혀졌다는 것 뿐이지 원고신고의 토지가액과 건물가액까지도 실지가액이라고 확인된 것은 아니므로 위 산식에 따라 토지가액과 건물가액을 구분함에 있어 제3형 점포의 것을 포함하여 계산하는 것이옳다 할 것이라 하여 원고의 둘째 주장도 배척하고 있다.
국세기본법 제16조 제1,2항,부가가치세법 제21조 제1,2항의 각 규정에 의하면, 정부는 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하면서 제출한 장부 기타 증빙서류의 일부분이 미비되거나 허위로 기재된 사유가 있어서 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에 한하여 신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액을 경정할 수 있으며, 또 경정을 함에 있어서는 먼저 장부 기타 증빙서류에 기재누락 또는 허위기재가 있음을 지적하고, 새로운 자료를 제시받거나 기타의 방법으로 실지조사를 하여 얻은 과세자료를 근거로 하여야 하며, 이 경우 경정의 기초로 삼을 수 있는 과세자료는 외형상 상태성을 갖추고 객관적으로 그 성립이나 내용이 진정함을 인정할 수 있는 것이어야 하며, 또 장부의 기재일부가 허위라 하여 곧바로 그 장부전부를 불신하고 허위 또는 누락이 확인되지 아니하는 부분까지 신빙성이 없다고 단정할 수는 없다 할 것이다(당원 1986.8.19.선고 85누875 판결;1987.2.24.선고 86누578 판결 각 참조).
그리고부가가치세법시행령 제48조의2 제3항에 의하면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에는 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 계산한다고 규정하고 있는 바, 위 단서조항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 부가가치세과세대상인 건물의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로서 세법에 의한 장부 기타의 증빙서류에 건물의 공급가액이 토지의 가액과 구분 기장되어있는 경우에는, 그 기재가 헌위 또는 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 위 규정의 적용대상이 되지 아니한다고 해석함이 위국세기본법 제16조의 근거과세의 원칙에 비추어 보아도 타당하다고 할 것이다(당원 1986.11.25.선고 86누229 판결 ;1987.5.12.선고 86누647 판결 각 참조).
 이 사건의 경우 원심판결을 기록과 대조하여 살펴보면, 원심판시 제1형 점포에 관하여 피고가 실지거래가액을 결정함에 있어 기초로 삼은 자료들은 피고 소속 세무공무원들이 점포 수분양자들을 상대로 하여 실지 조사하여 얻은 자료로서 그 성립이나 내용이 진정함을 인정할 수 있어 과세근거자료로 삼을 수 있다 할 것이고, 또 이에 의하면 논지가 지적하는 원고제출의 장부 기타 증빙서류는 그 기재가 허위라고 아니할 수 없으니 이는 경정사유에 해당한다 할 것이고, 이와 같은 경우에는 그 토지공급가액과 건물가액은 위부가가치세법시행령 제48조의2 제3항의 적용대상이 된다 할 것이어서 위 제1형 점포에 관하여 피고가 위와 같이 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의하여 안분계산한 조치를 정당하다고 판단한 원심의 조치는 위 법률적 견해와 취지를 같이 하여 정당하고, 논지가 지적하는 바와 같은 법리오해의 위법이 있다 할 수 없다.
 그러나 원심판시 제3형 점포에 관한 원심판결이유를 기록에 비추어 살펴보면, 원고 회사는 위 점포를 분양하면서 토지공급가액과 건물가액을 구분하여 세금계산서를 발행하고, 장부에 기장하였음을 인정할 수 있고 달리 그 기재가 허위라고 인정할 만한 아무런 자료가 없을 뿐만 아니라 오히려 피고는 그 기재의 분양가액을 실지거래가액으로 그대로 인정하면서 다만 토지와 건물의 공급가액의 구분 기재부분만을 무시하고 이를부가가치세법시행령 제48조의2 제3항을 적용하여 구분 계산하고 있음이 분명한 바 그렇다면 이는 세금계산서 및 장부의 기재가 허위 또는 누락이 있다고 인정되지 아니하여위 제48조의 2 제3항의 적용대상이 되지 아니하고 경정사유에도 해당하지 아니한다 하여야 할 것임에도 불구하고, 이와 견해를 달리하여 위 규정을 적용하여 지방세법에 의한 과세표준액에 의하여 안분계산의 방법으로 산출한 위 제3형 점포의 건물공급가액을 기초로 하여서 한 이 사건 부과처분이 적법하다고 판단한 원심의 조치는 위 부가가치세법시행령의 규정 및 경정요건에 관한 법리를 오해하여 판결결과에 영향을 미친 위법이 있다 아니할 수 없으니 이점을 지적하는 논지는 이유있다 할 것이다.
 2. 피고의 상고이유를 본다.
부가가치세법 제13조 제1항 제3호,같은법시행령 제50조 제1항,법인세법제20조,같은법시행령 제124조의 2 제3항 등의 각 규정은재화나 용역의 공급사업을 영위하는 법인이 특수관계가 있는 자에게 재화나 용역을 부당하게 낮은 대가를 받거나 받지 아니하고 제공한 경우에 그 대가를 특수관계 없는 자와의 정상적인 거래에서 형성되는 가격으로 할 것이고, 이를 산정함에 있어서는 당해 토지, 건물의 위치 등의 입지조건, 지목 기타 사용용도, 면적, 이용상황, 인접 및 유사지역내의 유사토지의 적정거래가격 등을 종합적으로 참작하여 산정한 가격을 기준으로 하여야 한다는 취지로 풀이된다(당원 1987.5.12. 선고 86누525 판결 ;1988.9.13. 선고 87누181 판결 각 참조).
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 거시증거에 의하여 원고 회사가 판시 제2형 점포를 특수관계에 있는 원고 회사 대표이사의 딸, 사위 등에게 분양하였는데 피고는 권형방법에 의하여 실지거래가액이 확인된 점포 중에서 가장 인접한 점포의 거래가액을 적용하여 그 시가로 삼은 사실, 그런데 위 제2형 점포와 권형점포는 위치, 구조, 면적이 반드시 같지 아니하고 사용목적도 판이하며 분양시기도 차이가 있다는 사실을 확정하고, 따라서 권형점포의 거래가액으로써 제2형 점포의 시가로 삼을 수 없다고 판단하고 있는 바, 원심의 사실인정과정을 기록과 대조하여 검토하면 수긍이 가고 거기에 지적하는 바와 같은 판결결과에 영향을 미친 심리미진 내지는 채증법칙위배의 위법이 있다 할 수 없고, 또 원심의 판단은 위 법률적 견해와 취지를 같이하여 정당하고, 거기에 소론과 같은 법리오해의 위법이 있다 할 수 없으니 논지는 결국 이유없다.
 그러므로 원고의 상고는 일부 이유있으므로 원심판결 중 1983년도 1기 및 2기분 부가가치세부과처분을 제외한 원고패소부분을 파기하여, 사건을 더 심리하게 하기 위하여 서울고등법원에 환송하기로 하고 원고의 나머지 상고와 피고의 상고는 이유없어 각 기각하며, 각 상고기각된 부분의 상고비용은 상고인 각자의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이회창(재판장) 배석 김상원 김주한

가. 정부가 신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액을 경정하기 위한 요건과 그 경정방법
나. 사업자가 토지와 건물을 함께 공급하였으나 각 공급가액을 구분기장한 경우부가가치세법시행령 제48조의2 제3항 단서의 적용여부
다. 법인이 특수관계가 있는 자에게 재화나 용역을 공급한 경우의 대가산정방법

가. 정부는 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하면서 제출한 장부 기타 증빙서류의 일부분이 미비되거나 허위로 기재된 사유가 있어서 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에 한하여 신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액을 경정할 수 있으며, 또 경정을 함에 있어서는 먼저 장부 기타 증빙서류에 기재누락 또는 허위기재가 있음을 지적하고, 새로운 자료를 제시받거나 기타의 방법으로 실지조사를 하여 얻은 과세자료를 근거로 하여야 하고, 이 경우 경정의 기초로 삼을 수 있는 과세자료는 외형상 상태성을 갖추고 객관적으로 그 성립이나 내용이 진정함을 인정할 수 있는 것이어야 하며, 또 장부의 기재 일부가 허위라 하여 곧바로 그 장부 전부를 불신하고 허위 또는 누락이 확인되지 아니하는 부분까지 신빙성이 없다고 단정할 수는 없다 할 것이다.
나.부가가치세법시행령 제48조의2 제3항 단서는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 병합하는 때에 부가가치세 과세대상인 건물의 병합가액과 비과세대상인 토지의 병합가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 병합가액을 산출하기 위한 특례규정으로서, 세법에 의한 장부 기타의 증빙서류에 건물의 병합가액이 토지의 가액과 구분 기장되어 있는 경우에는, 그 기재에 허위 또는 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 적용되지 아니한다고 해석함이국세기본법 제16조의 근거과세의 원칙에 비추어 보아도 타당하다고 할 것이다.
다. 재화나 용역의 병합사업을 영위하는 법인이 특수관계가 있는 자에게 재화나 용역을 부당하게 낮은 대가를 받거나 받지 아니하고 제공한 경우에 그 대가는 특수관계없는 자와의 정상적인 거래에서 형성되는 가격으로 할 것이고, 병합된 재화가 토지와 건물인 경우 그 가격을 산정함에 있어서는 당해 토지, 건물의 위치 등의 입지조건, 지목 기타 사용용도, 면적, 이용상황, 인접 및 유사지역내의 유사토지의 적정거래가격 등을 종합적으로 참작하여 산정한 가격을 기준으로 하여야 한다.