법인세부과처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2008.06.20 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 고합의 소송수계인 (소송대리인 변호사 이동형) 
【피고, 피항소인】 울산세무서장
【제1심판결】 울산지방법원 2007. 6. 13. 선고 2006구합1412 판결
【변론종결】2008. 5. 9.
【주 문】
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】제1심판결을 취소한다. 피고가 2004. 5. 17. 원고에 대하여 한 법인세 3,167,803,020원의 부과처분을 취소한다(소장 청구취지 기재 3,175,137,150원은 위 금액의 오기로 보인다).
【이 유】1. 처분의 경위
 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증 내지 갑5호증, 갑9호증, 을1호증의 1, 2, 을2호증의 1, 2, 을3호증의 1 내지 5, 을4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
 가. 주식회사 고합(2008. 3. 28. 서울중앙지방법원으로부터 파산선고를 받고, 같은 날 원고가 파산관재인으로 선임된 다음 이 사건 소송을 수계하였다, 이하 편의상 ‘원고’라 한다)은 1999. 3. 12. 고려석유화학 주식회사(이하 ‘고려석유’라 한다)와 주식회사 고합물산을 흡수합병한 후, 1999. 6. 11. 고려석유의 청산소득에 대한 법인세 신고를 위하여 합병에 의한 청산소득을 산정함에 있어 합병등기일 현재 고려석유의 합병대가(합병으로 받은 주식출자가액) 26,942,785,000원에서 같은 금액의 자기자본총액(납입자본)을 공제한 0원을 합병에 따른 고려석유의 청산소득금액으로 하여 납부하여야 할 법인세가 없는 것으로 법인세 신고를 하였다.
 나. 그런데, 피고는 합병등기일전 2년 이내에 원고가 취득한 고려석유의 주식, 고려석유가 취득한 주식회사 고합물산의 주식 및 고려석유가 전환사채를 전환한 주식회사 고합물산의 주식을 법인세법 제80조 제2항에서 정한 포합주식에 해당한다고 보아 그 가액에서 교부된 합병신주의 가액을 공제한 금액을 합병대가에서 누락하였다는 이유로 그에 대한 법인세와 주민세를 더한 18,285,514,384원을 합병대가의 총합계액에 포함하여 2004. 5. 17. 원고에 대하여 새로이 산정한 청산소득에 터잡아 법인세의 세액을 10,205,672,160원으로 증액하는 것으로 경정하는 처분을 하였다. 
 다. 이에 원고는 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2006. 3. 10. 피고가 당초 포합주식에 해당한다고 본 주식 중 원고가 취득한 고려석유의 주식을 제외한 나머지 주식에 상당하는 8,705,500,955원은 고려석유의 청산소득에 포함되는 포합주식에 해당하지 아니한다고 보아 위 금액과 그에 대한 법인세 및 주민세를 청산소득금액에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다는 취지의 결정을 하였다.
 라. 피고는 위 국세심판결정에 따라 2006. 3. 24. 종전에 결정고지한 세액인 10,205,672,160원 중 포합주식에 해당하지 아니하는 주식 가액과 그에 대한 법인세 등을 합병에 의한 청산소득에서 제외하여 세액을 3,175,137,150원으로 감액경정하였고, 다시 2006. 6. 27. 과세표준 산정에 있어 일부 오류를 수정하여 세액을 3,167,803,020원으로 감액경정하였다(이하 당초의 증액경정처분 중 감액경정결정에 의하여 취소되지 않고 남아있는 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 (1) 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제2항이 위헌이라는 주장 
 포합주식의 취득가액을 합병대가에 가산하도록 규정한 구 법인세법 제80조 제2항(이하 ‘포합주식조항’이라 한다)은 아래와 같은 이유로 헌법에 위반되어 무효이고, 따라서 포합주식의 취득가액을 고려석유의 합병대가에 가산하지 아니하여 원고가 납부하여야 할 세액을 다시 산정하면 청산소득법인세는 없게 된다. 
 ㈎ 헌법상 과잉금지의 원칙에 위배된다.
 합병등기일로부터 2년 이내에 취득한 포합주식의 취득가액을 합병대가의 지급액으로 간주하도록 규정한 포합주식조항은 포합주식에 대하여 합병신주를 교부한 경우에는 교부된 주식의 시가평가액을 합병대가로 측정하여 청산소득을 정확하게 계산할 수 있음에도 불구하고, 합병주식의 시가평가액을 무시하고 포합주식의 취득가액을 합병대가로 취급하여 청산소득을 계산하도록 하고 있고, 피합병법인의 주주에게 지급되지도 않은 포합주식의 취득가액을 합병대가로 간주하고 있어 방법의 적절성의 원칙에 위배된다. 또한 포합주식을 양도한 주주의 주식양도차익에 대하여 과세가 된 경우에도, 포합주식의 취득가액을 합병대가로 간주하여 또다시 청산소득으로 과세하도록 하고 있을 뿐만 아니라, 합병시점의 피합병법인의 주식가치가 포합주식 취득시점의 주식가치보다 하락하였거나, 합병법인이 취득 당시의 시가보다 높은 가액으로 포합주식을 취득한 경우에도 포합주식의 취득가액을 합병대가로 간주하는 것은 청산소득을 부당하게 증가시켜서 피해의 최소성 원칙에 위배된다. 더욱이 포합주식조항은 포합주식의 취득가액이 합병교부주식의 시가평가액보다 큰 경우 부당하게 청산소득법인세 부담액을 증가시켜 납세자의 재산권을 침해하는 사적 불이익을 초래하면서도 위 조항이 존재함으로 인하여 지켜지는 공익은 전혀 없는 현상을 초래하고, 이는 어떠한 행위를 규제함으로써 초래되는 사적 불이익에 비하여 그 행위를 방치함으로써 초래되는 공익이 크거나 적어도 양자간에 균형이 유지되어야 한다는 법익의 균형성 원칙에 위배된다.
 ㈏ 조세평등의 원칙에 위배된다.
 포합주식조항은 합병대가에 가산하는 포합주식에 해당하는지 여부를 피합병법인의 주식 취득시기만을 기준으로 합병등기일로부터 2년 이내에 이루어진 포합주식의 취득행위는 무조건 합병대가의 지급행위로 간주하고, 피합병법인의 주주에게 지급되지도 않은 포합주식의 취득가액까지 합병대가의 지급액으로 간주하여 청산소득법인세를 과세하고 있을 뿐 아니라, 포합주식의 취득금액에 따라 합병시점의 피합병법인의 기업가치가 동일한 경우에도 청산소득법인세가 다르게 과세되거나 합병시점의 피합병법인의 기업가치가 다른 경우에도 청산소득법인세가 동일하게 과세될 수 있으므로, 위 조항은 조세평등주의에 위배된다.
 (2) 구 법인세법 제79조 제4항이 위헌이라는 주장 
구 법인세법 제80조 제3항에 의하여 준용되는 구 법인세법 제79조 제4항(이하 ‘상계조항’이라 한다) 역시 아래와 같은 이유로 헌법에 위반되어 무효이고, 따라서 자기자본의 총액을 산정함에 있어 법인세법상 이월결손금을 상계하도록 규정한 상계조항을 적용하지 않고 다시 고려석유의 자기자본의 총액을 산정하면 고려석유의 합병대가를 초과하게 되어 합병에 의한 고려석유의 청산소득은 부(負, )의 금액이 되므로, 역시 원고가 납부하여야 할 청산소득법인세는 없게 된다. 
 ㈎ 헌법상 과잉금지의 원칙에 위배된다.
 잉여금으로 이월결손금을 보전하여 재무제표상 잉여금과 이월결손금이 이미 상계된 경우에도 자기자본의 총액에서 법인세법상 미공제 이월결손금을 재차 상계하도록 규정함으로써 기업회계상 잉여금으로 전보된 바 있는 이월결손금이 청산소득을 산정함에 있어 다시 잉여금에서 상계하도록 한 것은 방법의 적절성의 원칙에 위배되고, 이월결손금과 상계하는 잉여금의 범위에 이익잉여금 뿐만 아니라 주식발행초과금과 감자차익 등 자본금과 동일한 성격의 자본잉여금까지 포함되도록 규정함으로써 법익의 균형성의 원칙에 위배된다.
 ㈏ 조세평등의 원칙에 위배된다.
 상계조항은 자기자본총액을 구성하는 항목 중 자본금을 제외한 잉여금의 한도 내에서 이월결손금을 공제하고 있는데, 잉여금 중 자본잉여금의 경우는 납입자본의 성격을 가지므로 자본금과 동일한 취급을 하여야 함에도 자본잉여금에서도 이월결손금을 공제하고 있고, 각 사업연도소득과 청산소득은 소득이 실현되는 시기에 있어서의 차이 이외에는 동일한 것임에도 불구하고 이월결손금의 공제를 달리하고 있어 조세평등주의에 위배된다.
 (3) 잉여금으로써 이월결손금을 보전한 원고의 회계처리가 무효라는 주장
 ㈎ 원고는, 고려석유가 1998. 12. 31.로 종료되는 사업연도에 이익잉여금 11,467,000,001원을 결손금의 보전에 사용하고, 1999. 3. 12.로 종료되는 사업연도에 자본잉여금과 이익잉여금 합계 41,012,617,620원(주식발행초과금 21,162,812,155원, 이익준비금 6억 2,000만 원, 기업발전적립금 90억 원, 재무구조개선적립금 16억 원, 기업합리화적립금 2,821,472,133원, 수출손실준비금 5,508,333,332원, 해외시장개척준비금 3억 원)을 결손금의 보전에 사용한 것으로 회계처리하여 각각의 사업연도의 제무제표를 작성한 다음, 이에 따라 합병등기일 현재 잉여금이 전혀 없는 것으로 작성한 재무제표에 터잡아 법인세 신고를 하였고, 피고 역시 이에 따라 잉여금이 존재하지 않는다는 전제에서 청산소득에 대한 법인세를 부과한 것이나, 고려석유는 위 잉여금의 결손금 보전에 관하여 재무제표의 승인을 위한 주주총회의 결의를 거친 바가 없어서 원고의 위 회계처리는 무효이고, 따라서 합병등기일 현재 세무조정사항으로 인한 유보금액 19,022,043,725원 이외에도 자본잉여금 21,162,812,155원과 이익잉여금 31,616,805,466원이 잉여금으로서 여전히 존재하므로 이를 반영하여 자기자본총액을 수정하고 다시 산정하여야 한다.
 ㈏ 뿐만 아니라 원고는 고려석유의 합병등기일 현재의 재무제표를 작성하면서 1999. 2. 26. 실시한 무상감자로 인한 감자차익 56,647,215,000원을 전액 결손금의 보전에 사용한 것으로 회계처리한 바 있으나, 상법에 의하면 결손금을 보전하기 위한 목적으로 감자를 실시하는 경우가 아닌 한 감자차익으로써 결손금의 보전에 충당할 수 없고, 자본잉여금인 감자차익으로 계상하여야 할 뿐 아니라, 주주총회의 결의에 의하여만 감자차익의 처분이 가능함에도 이에 관한 고려석유 주주총회의 결의가 없었으므로, 위 회계처리 역시 무효이고, 합병등기일 현재 위 감자차액 상당액 역시 자본잉여금으로 존재하는 것으로 보아 자기자본총액을 수정하여 다시 산정하여야 한다.
 ㈐ 위 ㈎항 및 ㈏항 중 어느 하나의 오류만을 바로잡더라도 고려석유의 합병에 의한 청산소득의 산정에 있어서 자기자본의 총액에 포함되어야 하는 잉여금은 증가하는 반면 그로부터 공제되는 세무회계상 이월결손금은 변동이 없게 되는 결과, 합병등기일 현재 고려석유의 자기자본총액이 합병대가의 총액을 초과하게 되어, 납부할 청산소득법인세는 없게 된다.
 (4) 피고의 청산소득금액 산정에 있어 이월결손금을 이중으로 상계한 오류가 있다는 주장
 가사, 앞서 본 바와 같이 모든 잉여금으로써 이월결손금을 보전한 원고의 회계처리가 효력이 있다고 보더라도, 잉여금의 결손금보전 회계처리로 인하여 고려석유의 재무제표상 잉여금 합계 109,426,832,621원과 이월결손금을 이미 상계하였기 때문에, 자기자본총액의 계산에 있어 이월결손금의 이중상계를 방지하기 위하여는 이미 상계된 위 이월결손금의 금액만큼은 잉여금과 상계하는 법인세법상 미공제 이월결손금 65,391,173,231원의 범위에서 제외하여야 할 것이므로, 결국 자기자본총액의 계산시 잉여금과 상계하여야 할 법인세법상 미공제 이월결손금은 0원이 됨에도, 피고는 자기자본총액을 산정하면서 세무조정사항으로 인한 유보금액(세법상 잉여금에 해당한다) 19,022,043,725원에서 법인세법상 미공제 이월결손금을 또다시 상계하여 이월결손금을 이중으로 공제하는 오류를 범하였고, 이를 바로 잡으면 자기자본총액이 합병대가의 총액을 초과하게 되어 역시 원고가 납부하여야 할 법인세는 없게 된다.
 나. 관계 법령
 별지와 같다.
 다. 판단
 (1) 피합병법인의 청산소득에 대한 과세제도
 ㈎ 청산소득에 대한 과세의 근거
 법인세법은 영리내국법인에 대한 과세소득을 각 사업연도의 소득과 청산소득의 두 가지로 분류하고 있고( 제3조), 청산소득의 발생원인을 상법상 해산에 의한 청산은 물론, 합병 또는 분할에 의하여 법인이 소멸하는 경우를 포함하는 것으로 규정하고 있다( 제77조, 제79조, 제80조, 제81조). 따라서, 법인세법상 청산소득이란 법인의 해산, 합병 또는 분할 등으로 법인격이 소멸할 때 주주 등에게 분배하는 당해 법인의 잔여재산가액이나 합병대가 또는 분할대가가 해산등기일이나 합병등기일 또는 분할등기일 현재의 자기자본총액을 초과하는 경우 그 초과금액을 의미하고, 청산소득에 대한 과세표준은 청산소득금액 그 자체이다. 
 청산소득에 대한 법인세는 법인이 합병 등으로 인하여 해산하는 단계에서 합병 등의 과정에서 해산회사의 재산을 평가하여 그동안 세법상 미실현 상태로 있던 이익이 자본이득으로 실현되는 경우에 이를 해산회사의 청산소득으로 보아 과세하는 것으로서 법인의 법인격이 소멸할 때에 단 1회 과세하는 정산적 성격의 법인세이다. 합병 등으로 인한 해산에 관한 일련의 절차는 법인의 통상적인 사업거래가 아니어서 청산행위로 인하여 실질적인 순자산의 증가가 있었다 하더라도 각 사업연도의 소득으로는 과세되지 아니하나 청산소득 또한 법인의 순자산증가액이므로 각 사업연도의 소득과 차별을 둘 이유가 없으므로, 법인세법 제3조는 이를 과세소득에 포함시켜 각 사업연도의 소득과 마찬가지로 법인세를 과세하고 있는바, 결국 각 사업연도 소득금액 계산상 누락된 부분을 정산한다는 측면에서 청산소득에 대한 과세는 각 사업연도의 소득에 대한 과세를 보완하는 과세방법이라 할 것이다. 
 내국법인이 합병을 원인으로 해산하는 경우에는 합병으로 인하여 소멸하는 법인, 즉 피합병법인의 모든 권리와 의무가 포괄적으로 합병으로 인하여 설립되거나 합병 후 존속하는 법인, 즉 합병법인에게 승계되므로 상법상 청산절차(잔여재산의 환가 및 분배 등의 절차)를 거치지 아니하나, 그럼에도 법인세법이 청산절차를 거치지 아니하는 피합병법인에게 청산소득에 대한 법인세를 과세하는 것은 합병거래에 있어 피합병법인의 순자산가치의 평가를 통하여 피합병법인이 순자산장부가액을 초과하는 대가를 지급받게 될 경우 그 자기자본총액 등을 초과하여 지급받는 합병대가만큼 피합병법인의 순자산이 증가하였다고 보기 때문이다.
 청산소득에 대한 법인세의 납세의무자는 해산·합병 또는 분할에 의하여 소멸하는 영리내국법인이고, 법인이 합병으로 인하여 소멸한 경우 합병법인은 피합병법인이 납부하지 아니한 법인세를 납부할 책임을 진다.
 ㈏ 합병에 의한 청산소득금액의 계산
 1) 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득의 금액은 피합병법인의 주주 또는 출자자가 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다( 구 법인세법 제80조 제1항) .
 2) 합병에 의한 청산소득금액 산정을 위한 “합병대가의 총합계액”이라 함은, ① 구 법인세법 제16조 제1항 제5호에서 정한 합병대가, 즉 피합병법인의 주주 등이 합병으로 인하여 취득하는 주식(합병교부주식)등의 가액과 금전 기타 재산가액(합병교부금)의 합계액에, ② 합병법인이 합병등기일전 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식(포합주식)등의 취득가액(당해 포합주식등에 대하여 합병신주를 교부한 경우 포합주식등의 취득가액에 합병교부주식등의 가액을 공제한 금액)과, ③ 합병법인이 부담하는 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 그 법인세에 부과되는 국세·주민세를 가산한 금액을 말한다( 구 법인세법 제80조 제1항, 제2항, 구 법인세법 시행령 제122조 제1항) .
 3) 그리고, 합병에 의한 청산소득금액의 산정에 있어 합병대가의 총합계액에서 차감하는 피합병법인의 자기자본의 총액이라 함은 합병등기일 현재의 자본금(또는 출자금)과 잉여금의 합계액을 말한다. 청산소득에 대한 과세는 주주가 실질적으로 납입한 자본의 금액과 이미 과세받은 이월익금을 제외하고 청산 등의 과정에서 새로이 실현된 소득을 그 대상으로 하여 이루어지기 때문에 자기자본의 총액을 공제하도록 하고 있는 것이다.
 여기서 ‘자본금과 잉여금의 합계액’이란, 법문이 대차대조표상의 자본금으로 특정하지 않고 단순히 자본금으로 표현하고 있는 점, 자기자본의 총액을 공제하는 취지는 주주가 사실상 납입한 자본 및 이미 과세받은 소득(이익잉여금 또는 일부의 자본잉여금)을 청산소득에서 제외하기 위한 것이라는 점 등을 고려하여 볼 때 대차대조표상 자본금과 잉여금의 합계액을 의미하는 것이 아니라 세무회계상의 자본금과 세무회계상의 잉여금의 합계액을 의미한다고 해석된다. 합병으로 소멸한 피합병법인에게 환급되는 법인세액이 있을 때에는 그 환급액은 합병등기일 현재의 자기자본총액에 가산하여야 한다( 구 법인세법 제80조 제4항, 제79조 제3항). 
 한편 합병에 의한 피합병법인의 청산소득을 계산함에 있어서 합병등기일 현재까지 피합병법인에게 구 법인세법 제18조 제8호의 규정에 의한 이월결손금이 있는 경우에는 그 이월결손금은 피합병법인의 자기자본의 총액에서 그에 상당하는 금액과 상계하되, 다만 상계하는 이월결손금의 금액은 자기자본의 총액 중 잉여금의 금액을 초과하지 못하며, 초과하는 이월결손금이 있을 경우에는 이를 없는 것으로 본다( 구 법인세법 제80조 제3항, 제79조 제4항). 
 여기서 자기자본의 총액으로부터 차감하는 ‘ 법인세법 제18조 제8호의 규정에 의한 이월결손금’이란 법인세법이 규정하는 세무회계상의 이월결손금, 즉 ‘법인세법상의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 소득금액에 대한 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액’을 말한다( 구 법인세법 시행령 제18조 제1항 제1호) .
 상계조항은 구 법인세법 제13조 제1항에서 각 사업연도의 과세표준의 산정에 있어 공제할 수 있는 이월결손금의 공제시한(5년)을 규정하고 있는 것과는 달리 그와 같은 제한을 두지 아니하므로, 자기자본의 총액에서 차감되는 이월결손금에는 5년이 경과한 이월결손금도 포함된다. 또한 이월결손금을 공제하는 잉여금의 범위에는 이익잉여금 뿐만 아니라 자본잉여금도 포함되고, 앞서 본 바와 같이 잉여금은 대차대조표상의 잉여금이 아닌 세무회계상의 잉여금으로 새긴다 .
 (2) 원고의 첫째 주장(포합주식조항이 위헌이라는 주장)에 대하여
 합병 전에 합병법인이 피합병법인의 주식을 매수한 경우에는 피합병법인에게 지급할 합병대가가 줄어들게 되고 그에 따라 피합병법인의 청산소득금액도 감소되게 된다. 포합주식조항이 합병등기 전 2년 이내에 취득한 포합주식의 취득대가를 합병대가에 합산하도록 규정한 것은 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식을 미리 취득하여 청산소득에 대한 법인세 부담을 부당하게 회피하는 것을 방지하기 위한 것이므로 입법목적이 정당하다.
 포합주식조항은 입법목적을 달성하기 위하여 합병법인이 포합주식을 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 경우에는 그 포합주식의 취득가액을 합병대가에 포함시키도록 하였다. 합병법인이 피합병회사의 주식을 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 경우에는 합병의 목적으로 취득하였을 개연성이 높다고 할 것이고, 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식으로 한정되며, 실제로 지급된 취득대가는 취득 당시의 피합병법인의 순자산가치를 반영하는 것이었다고 볼 수 있고, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 공제하여 포합주식 취득가액을 합병대가에 합산하는 범위를 조절하고 있으므로, 합병등기 전 2년 이내에 취득한 포합주식의 취득가액을 합병대가에 포함시킨다고 하여 실질에 맞지 않는다거나 불합리하다고 보기 어렵다. 포합주식의 취득원인이 유상증자에 참여한 경우라고 하더라도 다를 바 없다.
 포합주식을 취득한 후에 그 가치가 떨어진 경우에는 취득가액을 그대로 합병대가로 보는 것은 실질에 맞지 않는 점이 있지만, 포합주식을 취득한 후에 그 가치가 상승한 경우에도 그 취득가액을 합병대가로 보는 점, 포합주식조항의 입법목적은 합병법인이 포합주식을 보유함으로써 피합병법인의 청산소득이 감소되는 것을 방지하기 위한 것인 점, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 포합주식 취득가액에서 공제하여 합병대가에 합산하는 범위를 조절하고 있는 점 등을 종합하면, 포합주식조항은 입법목적을 달성하면서 조세징수사무의 효율성을 도모하기 위하여 선택할 수 있는 적절한 수단이라고 할 수 있고, 포합주식은 합병을 목적으로 미리 취득하는 것이라고 볼 수 있는 것이므로 그 사전취득으로 인한 손실부담을 사전취득자에게 부담시키는 것이 입법형성권을 남용한 것이라고 보기 어렵다.
 포합주식조항은 그 적용범위를 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식으로 한정하면서, 포합주식에 대하여 합병법인의 주식이 교부된 경우에는 그 가액을 포합주식 취득가액에서 공제하여 합병대가에 합산하도록 함으로써, 포합주식 취득대가를 합병대가로 간주함에 따른 부작용을 최소화하려고 배려하였다. 포합주식을 양도한 피합병법인의 주주 등이 주식의 양도차익에 대한 양도소득세를 납부하였다고 하더라도, 이는 피합병법인의 청산소득이나 그에 대한 법인세에서 공제할 것이 아니다.
 결국 포합주식조항은 조세평등주의(실질과세원칙)에 어긋난다거나 합병법인인 원고의 재산권을 과도하게 침해한다고 보기 어려우므로, 헌법에 위반된다고 볼 수 없다( 헌법재판소 2007. 4. 26. 선고 2005헌바83 전원재판부 결정 참조). 
 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (3) 원고의 둘째 주장(상계조항이 위헌이라는 주장)에 대하여
 청산소득과세에 있어서는 실질과세원칙을 충족시키기 위해서 ‘실현된 가치증가분’ 내지 ‘피합병법인의 순자산 증가분’을 정확하게 파악하여야 하는바, 이월결손금은 이미 경과한 과세기간에 발생한 결손금으로서 합병시까지 소득에서 공제되지 아니한 금액을 말하므로, 합병등기일 현재 피합병법인의 순자산규모를 정확하게 산정하려면 이를 합병시에 잔존하는 잉여금에서 공제하여야 한다.
 상계조항의 입법목적은 피합병법인을 청산하는 단계에서 세무회계상의 순자산 증가분을 정확하게 파악하려는 것이므로 입법목적이 정당하고, 세무회계상 공제된 적이 없는 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이므로 그 입법목적을 달성하기 위한 수단도 적절하다.
 또한 뒤에서 보는 바와 같이 결손금이 누적되어 있는 법인이 이월결손금을 잉여금으로 전보한 경우 상계조항에 따라 자기자본총액에서 세무회계상 이월결손금을 공제하게 되면 이미 기업회계상 그 전보의 범위 내에서 소멸한 이월결손금이 다시 잉여금에서 공제됨으로써 청산소득이 그 범위에서 과다하게 산정될 수 있음은 원고 주장과 같다. 그러나, 이는 기업회계와 법인세법 사이의 이월결손금 소멸방법의 차이로 말미암은 것으로서 청산소득금액의 계산에 있어서 반드시 기업회계상 이월결손금의 소멸을 반영하여 잉여금과의 상계 여부를 규정하여야 하는 것은 아니고, 청산소득금액을 계산함에 있어 이월결손금을 공제할 것인지 여부 역시 과세정책의 문제로서 입법재량의 영역에 속한다 할 것이어서 위와 같이 잉여금으로 전보됨으로써 소멸한 기업회계상 이월결손금이 청산소득금액을 산정함에 있어 자기자본총액에서 세무회계상 다시 공제되어 결손전보에 충당된 금액만큼 이중으로 공제되는 결과에 이른다 하더라도 이를 두고 곧바로 과잉금지의 원칙에 위배된다고 할 수는 없다. 가사 상계조항의 취지가, 앞서 본 이중공제의 문제가 발생하지 않도록 이미 기업회계상 잉여금으로 전보됨으로써 자기자본의 총액에서 한 차례 공제된 것으로 볼 수 있는 이월결손금은 청산소득의 산정에 있어 잉여금에서 공제하는 이월결손금에 포함시켜서는 아니되는 것으로 해석하여야 한다 하더라도, 뒤에서 보는 바와 같이 피합병법인인 고려석유의 잉여금이 부의 금액이 되는 이 사건에서는 자기자본 총액을 산정함에 있어 잉여금에서 이월결손금을 공제할 여지가 없어 원고 주장과 같은 이중공제 문제가 생길 수는 없다(원고는 이 사건을 당해사건으로 하여 상계조항과 포합주식조항에 대하여 헌법재판소에 위헌소원을 제기하였는바, 결국 이중공제 문제로 인한 위헌 여부에 관한 한 재판의 전제성이 없는 셈이 된다) .
 그리고, 합병에 의한 청산소득의 산정에 있어 이월결손금으로 공제하는 잉여금에 기업회계상 자본잉여금이 포함된다고 하더라도, 세무회계상으로는 자본잉여금과 이익잉여금을 구분하지 아니하며 합병으로 인한 청산단계에서 세무회계상의 자산 증가분을 산출하기 위한 것이므로, 세무회계상의 이월결손금을 세무회계상의 잉여금에서 공제하는 것이 부당하다고 볼 수 없다.
 나아가 이월결손금을 잉여금의 한도에서만 공제하고 자본금에서는 공제하지 아니하여 자본충실의 원칙을 존중하고 있으므로 필요한 최소한의 조치라고 할 수 있고, 상계조항의 잉여금의 범위에 자본잉여금까지 포함된다고 하더라도 자본금과는 성질이 다르므로, 잉여금에서 이월결손금을 공제하도록 할 것인지 여부는 기업회계상의 잉여금의 성질에 의하여 정하여지는 것이 아니라 입법정책에 속하는 문제로서, 상계조항이 자본충실의 원칙에 어긋나거나 주주의 권리를 해친다고 볼 수 없다.
 따라서, 상계조항이 조세평등주의(실질과세원칙)에 어긋난다거나 합병법인인 원고의 재산권을 과도하게 침해한다고 보기 어려우므로, 상계조항 역시 헌법에 위반된다고 볼 수 없다(위 헌법재판소 결정 참조).
 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 아니한다.
 (4) 원고의 셋째 주장(결손금을 보전한 회계처리가 무효라는 주장)에 대하여
 ㈎ 피고의 항쟁
 원고의 셋째 주장에 대하여 우선 피고는, 국세기본법 제22조의2 제1항은, “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다”, 위 법률 부칙(2002. 12. 18. 법률 제6782호) 제2항은 “ 제22조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 경정하는 분부터 적용한다”라고 각 규정하고 있는데, 피고는 2004. 5. 17. 증액경정처분을 하였으므로 이 사건 처분에 관하여 위 개정규정이 적용되어, 원고로서는 당초 신고에 의하여 확정된 법인세 부분에 관한 하자를 다툴 수 없게 되고, 따라서 이미 원고가 신고한 자기자본총액의 산정에 관한 하자 역시 다툴 수 없으므로, 원고가 당초 고려석유에 대한 청산소득법인세의 과세표준과 세액을 신고함에 있어 자기자본총액 등을 잘못 산정하였음을 이유로 이 사건 처분의 효력을 다툴 수는 없다고 주장한다. 
 그러므로 살피건대, 이 사건과 같이 신고납세방식의 조세에 있어서 납세의무자의 과세표준 신고내용에 오류·탈루가 있다고 하여 이를 증액하는 경정처분을 한 경우, 국세기본법 제22조의2 제1항에 의하여 심판의 대상은 증액경정처분에 한정되고 당초 신고에 의하여 확정된 세액은 심판대상이 되지 아니하지만, 그 증액경정처분의 당부를 판단하기 위한 심리의 범위는 당초 신고의 하자 여부에까지 미친다 할 것이므로, 납세의무자는 전체세액에 관하여 위법사유를 주장할 수 있고, 다만 소송에서 취소를 구할 수 있는 범위는 위 규정에 따라 증액된 세액만이라고 봄이 타당하며, 따라서 납부할 세액이 존재하지 않는 것으로 신고한 원고로서는 위 규정에도 불구하고 피고의 증액경정처분 중 아직 감액되지 아니하고 잔존한 세액 전부에 관하여 당초 신고까지 포함한 과세요건 전부에 관한 위법사유를 들어 이 사건 처분이 위법함을 주장할 수 있다. 
 따라서, 피고의 위 주장은 이유 없다.
 ㈏ 원고의 주장에 대한 판단
 1) 다음으로 과연 원고 주장과 같이 잉여금으로써 미처리 결손금을 보전한 고려석유의 회계처리가 무효가 됨으로써 합병등기일 현재 그 미처분 잉여금 등이 존재하는 것으로 보고 다시 자기자본총액을 산정한다면 그 자기자본총액이 합병대가를 초과하게 되어 합병에 의한 청산소득이 없게 되는 것인지 여부에 관하여 본다.
 2) 주식회사의 대표이사는 상법 제449조 제1항에 따라 회사의 재무제표와 그 부속명세서를 주주총회에 제출하여 그 승인을 요구하여야 하고, 주주총회에서 재무제표가 승인되면 재무제표는 확정되어 총회에서 승인한 내용대로 효력이 발생하나, 승인결의가 취소되거나 주주총회의 승인이 없는 경우에는 회사의 계산은 확정되지 아니하게 되어 그 후의 계산은 근거를 상실하게 된다. 
 그러나, 원고 주장과 같이 잉여금이나 무상감자에 따른 감자차익의 결손금 보전에 관한 고려석유의 재무제표에 대하여 주주총회의 승인을 거치지 아니하여 합병등기일 현재 고려석유의 재무제표 중 원고 주장과 같은 잉여금 및 감자차익(기업회계기준상 자본잉여금에 해당한다)의 결손 보전에 관한 회사의 계산이 확정되지 아니하였다 하더라도, 결손금 보전에 관한 회계처리가 무효인지 여부를 묻지 아니하고 아래 3)항 및 4)항과 같은 이유로 합병등기일 현재 고려석유의 세무회계상 잉여금이 부의 금액이 되는 이상 결국 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 
 3) 먼저 원고의 주장을 판단하기 위한 전제로서 상계조항에 의하여 청산소득금액을 산정할 경우 발생할 수 있는 이월결손금의 이른바 이중공제 문제에 관하여 본다.
 기업회계상 결손금이 누적되어 있는 경우 수입금액의 과다계상을 의도하지 않는 한 법인으로서는 상법 및 기업회계기준에 의한 결손보전순서에 따라 잉여금 등으로 결손금을 보전하여 보다 나은 재무상태로 공시하고자 하는 것이 일반적이다. 그런데, 기업회계상 이월결손금을 잉여금으로 전보하더라도 세무회계상으로는 이월결손금이 소멸하지 아니한다. 왜냐하면, 법인세법에 의하면, 세무회계상 이월결손금은 각 사업연도의 소득에 대한 과세표준계산에서 공제된 경우( 법인세법 제13조 제1호), 채무면제이익이나 자산수증이익으로 이월결손금의 보전을 보전한 경우( 법인세법 제18조 제8호), 중소기업에 대한 결손금의 소급공제에 의한 환급의 경우( 법인세법 제72조) 등에만 소멸하기 때문이다. 
 따라서, 이미 기업회계상 이월결손금을 잉여금으로 보전한 경우 자기자본은 이미 그 보전에 충당된 잉여금만큼 줄어든 상태이므로, 청산소득금액을 산정함에 있어 상계조항을 그대로 적용하여 다시 세무회계상 이월결손금을 잉여금 한도 내에서 공제하여 자기자본총액을 산정하는 것은 이미 결손보전에 충당된 잉여금의 액수만큼 재차 차감하는 것이 되고 , 결국 청산소득금액을 그만큼 과다하게 산정하는 결과를 낳게 될 것임은 원고 주장과 같다 .
 4) 그러나, 이 사건으로 돌아와 원고 주장에 따라 두 사업연도에 걸친 잉여금의 결손금 보전에 관한 고려석유의 회계처리가 모두 무효임을 가정하여 합병등기일 현재의 고려석유의 기업회계상 잉여금을 산정하여 보면, 각 사업연도의 잉여금처분에 관한 회계처리가 무효가 됨으로써 애초 결손금에 보전된 것으로 회계처리된 바 있던 처분 잉여금을 다시 미처분 잉여금으로 계상하더라도 그 결과 그 금액만큼 각 사업연도의 차기이월이익잉여금이 감소하게 되므로(바꿔 말하면, 결손 보전이 무효가 되는 결과 기업회계상 부의 이익잉여금인 차기이월결손금 내지 미처리 결손금의 규모가 그만큼 증가하게 되므로), 결국 그 사업연도의 주식발행초과금, 감자차익 등 자본잉여금에 각종 준비금 및 적립금, 차기이월이익잉여금(또는 차기이월결손금) 등 이익잉여금(또는 결손금)을 더하여 산정되는 기업회계상 잉여금은 결손 보전이 유효한 경우의 그것과 비교하여 차이가 없게 된다. 
 즉, 갑5호증, 갑6호증, 을6호증 내지 을10호증의 각 기재에 의하면, 고려석유는 원고 주장과 같이 1998. 12. 31.로 종료되는 사업연도(제11기)에는 이익잉여금 11,767,000,001원(수출손실준비금 1,475,000,001원, 기술개발준비금 10,292,000,000원을 더한 금액으로서 이를 편의상 ⓐ라 한다 )을, 1999. 3. 12.로 종료되는 사업연도(제12기)에는 무상감자에 따른 감자차익을 포함한 자본잉여금과 이익잉여금 합계 97,659,832,620원(주식발행초과금 21,162,812,155원, 이익준비금 6억 2,000만 원, 기업발전적립금 9,000,000,000원, 재무구조개선적립금 1,600,000,000원, 기업합리화적립금 2,821,472,133원, 수출손실준비금 5,508,333,332원, 해외시장개척준비금 300,000,000원, 무상감자에 따른 감자차익 56,647,215,000원을 모두 더한 금액으로서 이를 편의상 ⓑ라 한다 )을 각각 누적결손금의 보전에 사용한 것으로 회계처리하여 당해 사업연도의 재무제표를 작성한 사실, 그에 따라 작성된 고려석유의 제11기의 차기이월이익잉여금(미처리 결손금)은 △147,150,241,668원(이를 편의상 S1라 한다)이고, 합병등기일 현재 고려석유의 재무제표상 잉여금은 △83,736,529,209 원{이를 편의상 S2라 하고, 제12기의 당기순손익(전기오류수정손익 포함)을 α라 한다면, S2=S1+ⓑ+α가 될 것이다}인 사실을 인정할 수 있다. 
 그런데, 원고 주장에 따라 위 각 결손 보전이 무효라 가정한다면, 위 각 처분잉여금 ⓐ와 ⓑ가 모두 미처분잉여금으로 계상되는 결과, 합병등기일 현재, 즉 제12기 고려석유의 대차대조표상 자본란 중 차기이월이익잉여금(미처리 결손금)을 제외한 이익잉여금란과 자본잉여금란에는 합계 (ⓐ+ⓑ)의 금액이 존재할 것임은 원고 주장과 같은 반면, 한편으로 고려석유의 제11기 차기이월이익잉여금(미처리 결손금)은 그 사업연도의 처분잉여금 ⓐ를 차감한 (S1-ⓐ)이 되고, 제12기의 결손 보전이 이루어지지 아니함으로써 제12기의 대차대조표의 자본란 중 차기이월이익잉여금(미처리결손금)란에는 제11기의 차기이월결손금인 (S1-ⓐ)에 제12기의 당기순손익 α를 더한 (S1-ⓐ+α)의 금액이 존재하게 되어, 결국 제12기 고려석유의 대차대조표상 자본잉여금란과 이익잉여금란에 계상될 금액을 모두 더한 기업회계상 잉여금은, (ⓐ+ⓑ) + (S1-ⓐ+α) = S1+ⓑ+α = S2가 됨으로써 결손 보전이 유효한 경우의 잉여금과 동일하게 되는 것이다.
 따라서, 원고 주장에 따른 잉여금의 결손 보전이 무효임을 가정한 합병등기일 현재의 고려석유의 기업회계상 잉여금 역시 결손금이 전보된 경우와 동일한 △83,736,529,209원이다.
 그리고, 고려석유의 결손 보전이 무효인 경우의 합병등기일 현재의 기업회계상 잉여금이 그렇지 아니한 경우와 동일하게 되는 결과, 기업회계상 잉여금에 세무조정상 유보금액(유보 26,796,078,980원, △유보 7,774,035,255 원)을 가감한 세무회계상 잉여금 역시 애초와 동일한 △64,714,485,484원으로서 부의 금액임이 명백하고, 그와 같이 합병등기일 현재 자기자본의 총액에 포함되는 세무회계상 잉여금이 부의 금액으로서 존재하지 아니하는 이상, 고려석유의 세무회계상 이월결손금 65,391,173,231원은 모두 잉여금을 초과하는 이월결손금으로서 상계조항 중 단서 규정에 따라 이를 없는 것으로 보아야 하므로, 결국 합병등기일 현재 고려석유의 자기자본의 총액은 납입자본금인 26,942,785,000원으로 봄이 타당하다. 
 따라서, 고려석유의 결손금 보전에 관한 회계처리가 무효라 하더라도, 합병등기일 현재 고려석유의 자기자본의 총액은 위 회계처리가 유효한 것으로 회사의 계산이 확정된 경우의 그것과 차이가 없고, 이에 터잡은 청산소득금액 역시 달라지지 아니하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 5) 이에 대하여 원고는, 합병등기일 현재 재무제표상 잉여금과 결손금이 각각 존재하는 경우에 이중공제 문제를 피하기 위하여는 구 법인세법 제79조 제1항에 따라 자기자본의 총액을 계산하기 위하여 납입자본금에 가산할 잉여금은 결손금이 반영된 재무제표상 잉여금이 아니라 결손금을 반영하기 이전의 잉여금으로 해석하여야 하고, 그와 같이 해석하지 아니하면 부의 잉여금이 존재할 경우 자기자본의 총액이 납입자본금 이하로 산정되는 문제점이 발생한다고 주장한다. 
 살피건대, 앞서 본 피합병법인의 청산소득에 대한 과세의 근거와 함께, 구 법인세법 제80조 제3항에 의하여 준용되는 구 법인세법 제79조 제1항 및 잉여금의 금액을 한도로 한 이월결손금의 공제를 규정한 같은 조 제4항(상계조항)의 내용을 종합하여 보면, 법인의 합병으로 인하여 법인격이 소멸할 때 피합병법인에 대하여 과세되는 과세소득으로서의 청산소득은 당해 법인의 합병대가가 자기자본을 초과하여 발생하는 순자산증가분을 말하는 것이고, 따라서 합병과정에서 실현된 순자산증가분의 산정을 위하여 합병대가에서 차감하게 될 자기자본의 총액 역시 순자산가액을 가리키는 것으로 보아야 하므로, 자기자본의 총액에 포함될 잉여금은 결국 합병등기일 현재의 대차대조표상의 자본잉여금과 이익잉여금의 합계, 즉 기업회계상 이월결손금이 반영된 잉여금(이는 대차대조표상 자본잉여금 및 이익잉여금의 합으로서 기업회계기준에서 규정하는 의미의 잉여금이다)에 세무조정유보금액을 가감한 세무회계상의 잉여금으로 볼 것이고, 다만 청산소득에 대한 과세제도의 취지와 상계조항의 내용에 비추어, 납입자본금(즉 주주가 최초로 출자한 원금)으로부터 증가한 순자산이 없거나 오히려 감소한 상황에서 피합병법인의 합병대가가 납입자본을 초과하지 않는 경우라면, 피합병법인의 자기자본총액을 최소한 납입자본금만큼은 인정하고 납입자본금 미만으로 자기자본이 산정되지 않도록 하여 납입자본금에 대하여는 과세소득이 발생하는 것을 방지하고자 하는 것이 상계조항 단서의 취지라고 할 것이다. 
 따라서, 구 법인세법 제79조 제1항과 상계조항을 적용하여 청산소득금액을 계산함에 있어서 합병등기일 현재 재무제표상의 미처리 결손금이 반영된 자본잉여금 및 이익잉여금의 합계액에 세무조정유보금액을 가감한 금액(즉 세무회계상의 잉여금)이 있을 경우(즉 0보다 큰 금액일 경우) 위 금액을 잉여금으로서 납입자본금에 더하여 자기자본의 총액으로 산정한 다음에 비로소 세무회계상 이월결손금을 공제하여야 하는 것으로 해석하여야 할 것이지(이 경우 문자 그대로 상계조항을 적용할 경우 이중공제 문제가 발생할 수 있음은 앞서 본 바와 같다), 이중공제를 피한다는 이유를 들어 원고 주장과 같이 최초 자기자본의 총액을 계산하는 단계에서부터 재무제표상 미처리 결손금이 반영되지 아니한 ‘잉여금 ’을 납입자본금에 더하여 자기자본을 산정할 수는 없는 것이고, 다만 세무회계상 잉여금이 부의 금액일 경우에는 자기자본의 총액을 납입자본금 미만으로 산정할 것이 아니라 납입자본금을 자기자본의 총액으로 보아야 하고, 이 경우 상계조항 단서 규정에 따라 잉여금에서 공제할 세무회계상 이월결손금은 없는 것으로 봄이 타당하다 .
 원고의 위 주장은 구 법인세법 제79조 제1항 및 상계조항의 입법취지에 어긋날 뿐더러, 상법과 기업회계기준상의 자본 및 잉여금의 개념을 오해한 것으로서 받아들일 수 없다. 
 6) 원고는 다시, 자기자본의 총액에 포함되는 잉여금을 합병등기일 현재 재무제표상의 미처리결손금이 반영된 것으로 해석하면, 제무제표상 이월결손금과 법인세법상 이월결손금을 이중으로 공제하는 불합리한 결과가 초래된다고 주장하므로 살피건대, 합병등기일 현재 기업회계상 이월결손금이 누적되어 있는 경우 그 이월결손금은 통상 기업회계기준에 의한 결손보전순서에 따라 이미 보전되어 자기자본이 줄어든 상태이므로 세무회계상 이월결손금을 추가로 공제하는 것은 이중공제에 해당하여 청산소득을 과다계산하는 결과가 생길 수 있음은 앞서 본 바와 같으나, 그와 같이 이중으로 공제되는 결과에 이른다 하더라도 이는 과세정책의 문제로서 입법재량의 영역에 속하는 것으로 보아야 함은 앞서 제2의 다.(3)항에서 본 바와 같을 뿐만 아니라, 아래 7)항에서 보는 바와 같이 과세관청은 상계조항의 적용에 있어 잉여금에서 차감하는 세무회계상 이월결손금에 이미 결손보전에 충당되어 자기자본에서 공제된 잉여금의 액수는 포함시키지 아니함으로써 이중공제를 피하여 그 부분에 해당하는 금액에 대하여는 청산소득에서 제외하고 그에 상당하는 잉여금의 액수만큼은 과세하지 아니하는 식으로 과세실무를 운영하여 왔고, 더욱이 합병등기일 현재 고려석유의 세무회계상 잉여금이 부의 금액인 이 사건에서는 그와 같은 이중공제 문제는 생길 여지가 없어 이중공제 여부가 이 사건의 결론에 영향을 줄 수는 없으므로, 위 주장은 받아들일 수 없다.
 7) 원고는 또한, 피고의 상급 과세관청인 국세청 역시도 원고 주장과 같이 이중공제 문제를 피하기 위하여 세무회계상 이월결손금을 공제하기 이전의 자기자본의 총액에 포함되는 잉여금은 합병등기일 현재 재무제표상 미처리결손금과 상계되기 이전의 잉여금으로 해석하고 있고, 과세관행 역시 그와 같이 보고 청산소득 금액을 산정하고 있다고 주장한다.
 살피건대, 갑11호증의 기재만으로는 뒤에서 보는 사정들에 비추어 국세청이 구 법인세법 제79조 제1항의 잉여금의 개념을 원고 주장과 같이 해석하고 있는 것으로 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 
 오히려, 갑9호증, 갑12호증의 1 내지 6, 갑13호증의 1 내지 6, 갑14호증의 1 내지 6, 갑15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 종래 과세관청은 상계조항을 적용하면서 자기자본총액의 산정을 위하여 세무회계상 이월결손금을 차감함에 있어 이미 자기자본(잉여금)에 기업회계상 결손금이 반영되어 있어서 앞서 본 이중공제 문제가 발생할 경우, 그 차감하는 세무회계상 이월결손금의 범위에, 이미 결손보전에 충당된 잉여금 액수는 포함되지 않는 것으로 해석함으로써 이중공제를 피하는 식으로 과세실무를 운영하여 온 사실 , 전주세무서장, 북인천세무서장, 성남세무서장 등 과세관청 역시 피합병법인의 청산소득을 산정함에 있어서 상계조항의 세무회계상 이월결손금을 위와 같이 해석하여 이중공제를 피한 사실을 인정할 수 있는바, 결국 과세관청은 상계조항의 적용에 따른 이중공제를 회피한다는 이유로 원고 주장과 같이 자기자본의 총액에 포함되는 잉여금을 피합병법인의 합병등기일 현재 재무제표상 미처리결손금이 반영되기 전의 잉여금으로 해석하여 자기자본의 총액을 산정한 다음 세무회계상 이월결손금을 잉여금의 한도에서 공제하는 것이 아니라, 합병등기일 현재 재무제표상 미처리 결손금이 반영된 기업회계기준에서 정한 통상적인 의미의 잉여금에 세무조정유보금액을 가감한 세무회계상 잉여금을 구하고 여기에 납입자본금을 더한 자기자본의 총액을 산정한 다음 세무회계상 이월결손금을 공제하는 단계에서 비로소 이미 결손보전에 충당된 잉여금의 금액만큼은 자기자본의 총액에서 이미 공제되었다고 보아 이중공제를 피하기 위하여 자기자본에서 공제하는 이월결손금에 포함시키지 아니하고 있을 따름이므로, 원고의 위 주장 역시 이유 없다(원고는 그밖에도, 구 법인세법 제79조 제1항의 잉여금이 합병등기일 현재 미처리결손금이 반영된 것으로 보는 취지라면, 입법기술상 납입자본에 대한 과세를 방지하기 위한 상계조항의 단서규정은 같은 조 제4항이 아닌 제1항에 두었어야 한다고 주장하여 입법태도를 문제삼고 있으나, 자기자본총액에서 공제되는 세무회계상의 이월결손금에는 각 사업연도의 과세표준의 산정에 있어 공제할 수 있는 이월결손금과는 달리 5년이 경과한 이월결손금까지 포함되므로, 피합병법인에게 5년이 경과한 이월결손금이 존재하는 경우를 상정하여 보면, 잉여금을 한도로 한 세무회계상 이월결손금의 공제를 규정하는 상계조항과 그 단서 규정을 같은조 제1항과 분리하여 별도의 조항으로 둔 입법태도가 반드시 부당한 것이라고 보기는 어렵다). 
 (5) 원고의 넷째 주장(피고가 청산소득금액 산정에 있어 이월결손금을 이중으로 상계한 오류가 있다는 주장)에 대하여
 원고의 이 부분 주장은, 잉여금으로써 이월결손금을 보전한 원고의 회계처리가 효력이 있다 하더라도, 이중공제를 피하기 위하여는 여전히 고려석유의 자기자본총액의 산정에 있어 잉여금과 상계하여야 할 세무회계상 이월결손금이 없다고 보아야 한다는 취지이나, 앞서 본 바와 같이 결손보전에 관한 고려석유의 회사의 계산 확정 여부에 관계 없이 잉여금이 부의 금액인 이상 세무회계상 이월결손금의 존부를 묻지 아니하고 이중공제 문제는 생길 여지가 없으므로, 위 주장 역시 받아들이지 아니한다.
 (6) 소결론
 따라서, 합병등기일 현재 고려석유의 자기자본의 총액이 납입자본금의 액수와 같음을 전제로 하여 산정한 청산소득에 대하여 법인세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 박흥대(재판장) 김해붕 최환