법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2009.09.10 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 주식회사 
【피고, 피상고인】 삼성세무서장
【원심판결】 서울고법 2008. 5. 28. 선고 2007누29934 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 본다.
 1. 행정처분은 그 근거 법령이 개정된 경우에도 경과규정에서 달리 정함이 없는 한 처분 당시 시행되는 개정 법령과 그에 정한 기준에 의하는 것이 원칙이고, 그 개정 법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우에도 그러한 사실 또는 법률관계가 개정법령이 시행되기 이전에 이미 완성 또는 종결된 것이 아니라면 이를 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수는 없으며, 그러한 개정 법령의 적용과 관련하여서는 개정 전 법령의 존속에 대한 국민의 신뢰가 개정 법령의 적용에 관한 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 인정되는 경우에 그러한 국민의 신뢰를 보호하기 위하여 그 적용이 제한될 수 있는 여지가 있을 따름이다(대법원 1995. 11. 21. 선고 94누10887 판결, 대법원 2000. 3. 10. 선고 97누13818 판결 등 참조). 그리고 이러한 신뢰보호의 원칙 위배 여부를 판단하기 위해서는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 개정 법령을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교·형량하여야 한다(대법원 2006. 11. 16. 선고 2003두12899 전원합의체 판결 참조).
 2. 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘구 조세특례제한법’이라 하고, 그 개정 전의 법률을 ‘개정 전 구법’이라 한다)은 제2조 제3항을 신설하여 "구 조세특례제한법에서 사용되는 업종의 분류는 구 조세특례제한법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다."라고 규정하고 있고, 그 부칙 제1조, 제2조 제1항에 의하면 법인세에 관한 개정규정은 2002. 1. 1. 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 되어 있으므로, 구 조세특례제한법 제2조 제3항의 신설 규정이 별도의 경과규정 없이 바로 시행된 것임은 분명하다.
 3. 그러나 우선, 구 조세특례제한법 제2조 제3항이 신설되기 전의 개정 전 구법에는 업종의 분류에 관한 명문의 규정이 없어 어떤 업체가 운영하는 사업이 조세감면 대상이 되는 업종에 해당되는지에 관해 해석상의 다툼이 있을 수 있었는데(위 조항 신설 전에 피고가 주택신축판매업을 건설업의 일종으로 분류해 온 것은 피고의 ‘건설업’에 관한 해석의 결과이지 위 법 자체의 명문 규정에 의한 것은 아니었으며, 피고와 달리 해석하는 견해도 있을 수 있다), 위 조항은 그러한 다툼의 여지를 해소하기 위하여 업종의 범위를 명확하게 하고자 신설된 것으로 보인다. 이 점에서 보면 개정 전 구법이 주택신축판매업을 주된 사업으로 하는 중소기업에게 과연 같은 법 제7조 제1항의 규정에 의한 법인세액감면의 기대를 주었다고 볼 수 있는지는 심히 의문이다. 더구나 구 조세특례제한법은 조세의 감면 특례뿐만 아니라 조세의 중과 특례, 조세의 특례 제한을 사전에 예정하고 있고(제1조 참조), 건설업 등을 주된 사업으로 영위하는 중소기업에 대한 법인세액 감면은 2003. 12. 31. 이전에 종료하는 과세연도까지만 한시적으로 특례를 예정하고 있으므로(제7조 제1항 참조), 법인세액 감면에 대한 기대와 신뢰는 본래부터 영구적인 것이 아니라 법령의 개정에 따라 신축적·잠정적·일시적인 것이다. 따라서 원고가 업종의 분류와 관련하여 개정 전 구법이 존속되어 그 해석에 따라 주택신축판매업이 계속 건설업으로 분류되리라고 신뢰하였다 하더라도 중소기업에 대한 법인세액 감면 조항의 신설배경 및 취지, 입법경과 등에 비추어 볼 때, 그러한 원고의 신뢰가 구 조세특례제한법 제2조 제3항의 적용에 관한 공익상의 요구와 비교·형량하여 더 보호가치 있는 신뢰에 해당되지 않으므로 위 조항의 적용이 제한되어야 한다고 볼 수 없다. 또한, 구 조세특례제한법 부칙 제1조, 제2조 제1항의 규정에 의하면, 개정 법률 시행 전에 이미 과세요건이 완성된 법인세액의 감면분까지 소급하여 그 혜택을 박탈하는 것도 아니다. 그렇다면, 정책적·잠정적·일시적 조세우대조치라 할 한시적 법인세액 감면제도를 시행하다가 구 조세특례제한법 제2조 제3항을 신설하면서 법인세액 감면 대상이 되지 아니하는 업종으로 변경된 기업에 대하여 아무런 경과규정을 두지 아니하였다고 하여, 구 조세특례제한법 제2조 제3항이 헌법상의 평등의 원칙, 재산권의 보장, 과잉금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등에 위반된다고 할 수 없다(헌법재판소 1995. 3. 23. 선고 93헌바18, 31 결정, 헌법재판소 2006. 12. 28. 선고 2005헌바59 결정 등 참조).
 4. 원심은, 원고가 법인세액 감면을 받기 위하여는 구 조세특례제한법 제2조 제3항, 제4조 제1항 등의 규정에 따라 그가 ‘영위하는 주된 사업’이 ‘한국표준산업분류’에 의한 ‘건설업’임이 증명되어야 하는데, 그 판시 증거만으로는 위와 같은 증명이 부족하다고 판단하였다. 원심의 위와 같은 판단과 사실인정은 위와 같은 법리 등에 부합하여 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법리오해, 판단누락, 채증법칙 위배 등의 위법이 없다.
 5. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 전수안(재판장) 양승태(주심) 김지형 양창수

[1] 개정 법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우 소급입법에 의한 재산권 침해인지 여부 및 그 개정 법령의 적용이 제한되기 위한 요건과 그 요건으로서 신뢰보호의 원칙 위배 여부의 판단 기준
[2] 당사자가 자신이 영위하는 주된 사업의 업종 분류와 관련하여 개정 전 구법이 존속되어 그 해석에 따라 주택신축판매업이 계속 건설업으로 분류되리라고 신뢰하였다 하더라도 그 신뢰가 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법 제2조 제3항의 적용에 관한 공익상의 요구와 비교·형량하여 더 보호가치 있는 신뢰에 해당되지 않으므로, 위 규정의 적용이 제한되어야 한다고 볼 수 없다고 한 사례
[3] 한시적 법인세액 감면제도를 시행하다가 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법 제2조 제3항을 신설하면서 법인세액 감면 대상이 되지 않는 업종으로 변경된 기업에 대하여 아무런 경과규정을 두지 않은 경우, 위 규정이 헌법상의 평등의 원칙, 재산권의 보장, 과잉금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등에 위배되는지 여부(소극)

[1] 행정처분은 그 근거 법령이 개정된 경우에도 경과규정에서 달리 정함이 없는 한 처분 당시 시행되는 개정 법령과 그에 정한 기준에 의하는 것이 원칙이고, 그 개정 법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 적용대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우에도 그러한 사실 또는 법률관계가 개정법령이 시행되기 이전에 이미 완성 또는 종결된 것이 아니라면 이를 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수는 없으며, 그러한 개정 법령의 적용과 관련하여서는 개정 전 법령의 존속에 대한 국민의 신뢰가 개정 법령의 적용에 관한 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 인정되는 경우에 그러한 국민의 신뢰를 보호하기 위하여 그 적용이 제한될 수 있는 여지가 있을 따름이다. 그리고 이러한 신뢰보호의 원칙 위배 여부를 판단하기 위해서는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 개정 법령을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교·형량하여야 한다.
[2] 당사자가 자신이 영위하는 주된 사업의 업종 분류와 관련하여 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)이 존속되어 그 해석에 따라 주택신축판매업이 계속 건설업으로 분류되리라고 신뢰하였다 하더라도 중소기업에 대한 법인세액 감면 조항의 신설배경 및 취지, 입법경과 등에 비추어 볼 때, 그 신뢰가 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법 제2조 제3항의 적용에 관한 공익상의 요구와 비교·형량하여 더 보호가치 있는 신뢰에 해당되지 않으므로, 위 규정의 적용이 제한되어야 한다고 볼 수 없다고 한 사례.
[3] 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제1조, 제2조 제1항의 규정에 의하면, 개정 법률 시행 전에 이미 과세요건이 완성된 법인세액의 감면분까지 소급하여 그 혜택을 박탈하는 것도 아니다. 그렇다면, 정책적·잠정적·일시적 조세우대조치라 할 한시적 법인세액 감면제도를 시행하다가 위 법 제2조 제3항을 신설하면서 법인세액 감면 대상이 되지 아니하는 업종으로 변경된 기업에 대하여 아무런 경과규정을 두지 아니하였다고 하여, 위 법 제2조 제3항이 헌법상의 평등의 원칙, 재산권의 보장, 과잉금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등에 위배된다고 할 수 없다.