소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.02.14 / 시행일:

【원고, 피상고인 겸 부대상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 대명 담당변호사 박성식)
【피고, 상고인 겸 부대피상고인】 이천세무서장
【원심판결】 서울고법 2011. 9. 7. 선고 2010누44988 판결 
【주 문】
 원심판결 중 2002년 귀속 종합소득세에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 상고와 나머지 부대상고를 모두 기각한다.

【이 유】 1. 상고이유를 판단한다.
 원심은 그 판시와 같은 이유로 원고가 주장하는 차입금에 대한 지급이자 중 2003년에 지출된 215,959,894원, 2004년에 지출된 370,956,290원을 각 해당연도 사업소득금액의 계산에 있어서 필요경비로 인정하였다.
 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하고 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 없다.
 2. 부대상고이유에 관하여 본다.
 가. 먼저 원심판결 중 2002년 귀속 종합소득세에 관한 부분(소를 각하한 부분)에 관하여 직권으로 판단한다.
 1) 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제3항 본문은 ‘위법한 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제20조의 규정에 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정하고 있다.
 그런데 당초의 과세처분을 다투는 적법한 전심절차의 진행 중에 증액경정처분이 이루어지면 당초의 과세처분은 증액경정처분에 흡수되어 독립적인 존재가치를 상실하므로, 납세자는 특별한 사정이 없는 한 증액경정처분에 맞추어 청구의 취지나 이유를 변경한 다음, 그에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 증액경정처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하여야 한다.
 다만 당초의 과세처분에 존재하고 있다고 주장되는 위법사유가 증액경정처분에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초의 과세처분이 위법하다고 판단되면 증액경정처분도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우라면, 당초의 과세처분에 대한 전심절차의 진행 중에 증액경정처분이 이루어졌음에도 불구하고 그대로 전심절차를 진행한 납세자의 행위 속에는 달리 특별한 사정이 없는 한 당초의 과세처분에 대한 심사청구 또는 심판청구를 통하여 당초의 과세처분을 흡수하고 있는 증액경정처분의 취소를 구하는 의사가 묵시적으로 포함되어 있다고 봄이 타당하다. 
 따라서 이러한 경우에는 설령 납세자가 당초의 과세처분에 대한 전심절차에서 청구의 취지나 이유를 변경하지 아니하였다고 하더라도 증액경정처분에 대한 별도의 전심절차를 거칠 필요 없이 당초 제기한 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 증액경정처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 할 것이다. 
 그리고 납세자가 이와 같은 과정을 거쳐 행정소송을 제기하면서 당초의 과세처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 기재하였다 하더라도, 이는 잘못된 판단에 따라 소송의 대상에 관한 청구취지를 잘못 기재한 것이라 할 것이고, 그 제소에 이른 경위나 증액경정처분의 성질 등에 비추어 납세자의 진정한 의사는 증액경정처분에 흡수됨으로써 이미 독립된 존재가치를 상실한 당초의 과세처분이 아니라 증액경정처분 자체의 취소를 구하는 데에 있다고 보아야 할 것이다. 따라서 납세자는 그 소송계속 중에 청구취지를 변경하는 형식으로 증액경정처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 바로잡을 수 있는 것이고, 이때 제소기간의 준수 여부는 형식적인 청구취지의 변경 시가 아니라 증액경정처분에 대한 불복의 의사가 담긴 당초의 소 제기 시를 기준으로 판단하여야 한다. 
 2) 원심판결 이유 및 적법하게 채택된 증거에 의하면 다음과 같은 사실 등을 알 수 있다.
 ① 원고는 2002년 귀속 종합소득세로 20,722,315원을 신고·납부하였는데, 피고는 원고가 부동산매매업에 따른 수입금액 중 일부를 누락하였다고 보아 2006. 8. 1. 원고의 2002년 귀속 종합소득세 14,149,817원을 증액경정함으로써 세액을 34,872,132원(=20,722,315원+14,149,817원)으로 결정하였다(이하 ‘제1차 증액경정처분’이라 한다).
 ② 원고는 2006. 10. 30. ‘부동산매매업에 제공된 부동산을 취득하는 데 소요된 차입금에 대한 지급이자 192,449,206원이 필요경비에 산입되어야 한다’고 주장하며 국세청장에게 제1차 증액경정처분에 대한 심사청구를 제기하였다.
 ③ 피고는 위 심사청구에 대한 심리가 진행 중이던 2007. 5. 1. 원고가 대표자로 있던 대경건설의 2002 사업연도 손금불산입액을 원고에 대한 상여로 소득처분하는 한편 그 금액을 원고의 종합소득금액에 합산하여 원고의 종합소득세 26,480,805원을 증액경정함으로써 세액을 61,352,937원(=34,872,132원+26,480,805원)으로 결정하였다(이하 ‘제2차 증액경정처분’이라 한다).
 ④ 국세청장은 제1차 증액경정처분에 대한 원고의 주장을 일부 받아들여 2007. 12. 18. ‘2002년도 지급이자 51,033,422원을 필요경비로 추가 인정하여 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 결정(이하 ‘이 사건 심사결정’이라 한다)을 하였고, 이에 따라 피고는 2008. 1. 11. 원고의 2002년 귀속 종합소득세 29,330,758원을 감액경정함으로써 최종 세액을 32,022,179원(=61,352,937원-29,330,758원)으로 결정하였다.
 ⑤ 원고는 2008. 3. 18. 이 사건 소를 제기하면서 그 소장에 취소를 구하는 대상을 제1차 증액경정처분 세액인 14,149,817원으로 기재하는 한편 청구원인으로는 위 심사청구 당시 주장한 지급이자 192,449,206원 중 심사결정에서 인용되지 아니한 141,416,000원(≒192,449,206원-51,033,422원) 역시 필요경비에 추가되어야 한다고 주장하였다.
 ⑥ 원고는 제1심 소송계속 중인 2009. 11. 16. 비로소 최종 2002년 귀속 종합소득세 32,022,179원(=당초 신고·납부세액 20,722,315원+제1차 증액경정처분 14,149,817원+제2차 증액경정처분 26,480,805원-감액경정처분 29,330,758원)의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경하면서 앞서 본 바와 같이 필요경비가 추가되면 종합소득세 97,337,000원이 감액되어야 하므로 그 범위 내에 있는 위 최종 세액 역시 전부 취소되어야 한다고 주장하였고, 2010. 6. 22.에는 취소 범위를 그 중 당초 신고·납부세액 부분을 제외한 나머지 11,299,864원(=32,022,179원-20,722,315원)에 제한하는 것으로 변경하였다.
 3) 이 사건에서는 제1차 증액경정처분에 대한 심사청구절차의 진행 중에 제2차 증액경정처분이 이루어졌고, 원고가 일관되게 주장해 온 바와 같이 필요경비가 추가된다면 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항이 정한 사업소득금액의 계산에서 발생한 결손금의 공제 규정에 따라 소득처분 자체의 하자 여부에 관계없이 곧바로 제2차 증액경정처분의 당부에 영향을 미치게 된다는 점에서 그 위법사유도 공통된다.
 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 제1차 증액경정처분에 대한 심사청구절차에서 제1차 증액경정처분만을 다투겠다는 의사를 명백히 표시하였다고 볼 자료가 없는 이상, 제2차 증액경정처분이 이루어졌음에도 불구하고 제1차 증액경정처분에 대한 심사절차를 그대로 진행한 원고의 행위 속에는 제2차 증액경정처분의 취소를 구하는 의사가 묵시적으로 포함되어 있다고 봄이 타당하다.
 그리고 원고는 제1차 증액경정처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 기재하여 이 사건 소를 제기함으로써 그와 위법사유가 공통되는 제2차 증액경정처분을 다투는 의사를 표시하였다고 할 것이다. 따라서 원고가 이 사건 심사결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내인 2008. 3. 18. 이 사건 소를 제기하였다가 2009. 11. 16. 제2차 증액경정처분에 의하여 증액된 한편 2008. 1. 11. 감액경정처분에 의하여 감액된 최종 2002년 귀속 종합소득세 32,022,179원의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경한 것은 실질적으로는 잘못된 청구취지를 바로잡은 것에 불과할 뿐 그로써 원고가 취소를 구하는 대상이 제1차 증액경정처분에서 제2차 증액경정처분으로 변경되었다고 볼 것은 아니다. 결국 이 사건 소는 당초부터 최종 2002년 귀속 종합소득세의 취소를 구하는 의사로 제기된 것으로서 그 제소기간을 준수하였다고 할 것이다.
 4) 그럼에도 원심은, 이 사건 소가 제2차 증액경정처분에 대한 전심절차를 거치지 아니한 채 제기된 경우에 해당하고, 그 경우에는 구 국세기본법 제56조 제3항 본문에서 규정한 ‘심사청구 등에 대한 결정의 통지를 받은 날’이 없으므로 행정소송법 제20조에 따라 제2차 증액경정처분이 있음을 안 날부터 90일 또는 그 처분이 있은 날부터 1년 이내에 행정소송을 제기하여야 한다고 전제하여, 원고는 제2차 증액경정처분이 있은 2007. 5. 1.로부터 1년이 지난 2009. 11. 16. 비로소 제2차 증액경정처분에 의하여 증액된 한편 2008. 1. 11. 감액경정처분에 의하여 감액된 최종 2002년 귀속 종합소득세 32,022,179원의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경하였으므로 그 변경 시를 기준으로 하면 이미 제소기간이 지나 부적법하다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심판결에는 구 국세기본법 제56조 제3항이 정한 제소기간 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.
 나. 나머지 부대상고이유에 관하여 본다.
 피상고인은 상고권이 소멸된 후에도 부대상고를 할 수 있지만 상고이유서 제출기간 내에 부대상고를 제기하고 부대상고이유서를 제출하여야 한다(대법원 2002. 12. 10. 선고 2002다52657 판결 등). 원고가 제출한 부대상고장에는 부대상고이유의 기재가 없고, 상고기록접수통지서가 상고인인 피고에게 송달된 2011. 10. 24.부터 20일이 지난 2011. 11. 15. 비로소 부대상고이유서를 제출하였음은 기록상 분명하다. 따라서 원고의 부대상고는 민사소송법 제429조에 의하여 기각되어야 한다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결 중 2002년 귀속 종합소득세에 관한 부분(소를 각하한 부분)을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하며, 상고 및 나머지 부대상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박병대(재판장) 양창수 고영한 김창석(주심)

당초의 과세처분에 존재하고 있다고 주장되는 위법사유가 증액경정처분에도 존재하고 있어 당초의 과세처분이 위법하다고 판단되면 증액경정처분도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우, 당초의 과세처분에 대한 전심절차에서 청구의 취지나 이유를 변경하지 아니하였다고 하더라도 증액경정처분에 대한 별도의 전심절차 없이 증액경정처분의 취소를 구할 수 있는지 여부(적극) 및 증액경정처분의 취소를 구하는 소송의 제소기간 준수 여부의 판단 기준

당초의 과세처분에 존재하고 있다고 주장되는 위법사유가 증액경정처분에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초의 과세처분이 위법하다고 판단되면 증액경정처분도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우라면, 당초의 과세처분에 대한 전심절차의 진행 중에 증액경정처분이 이루어졌음에도 불구하고 그대로 전심절차를 진행한 납세자의 행위 속에는 달리 특별한 사정이 없는 한 당초의 과세처분에 대한 심사청구 또는 심판청구를 통하여 당초의 과세처분을 흡수하고 있는 증액경정처분의 취소를 구하는 의사가 묵시적으로 포함되어 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이러한 경우에는 설령 납세자가 당초의 과세처분에 대한 전심절차에서 청구의 취지나 이유를 변경하지 아니하였다고 하더라도 증액경정처분에 대한 별도의 전심절차를 거칠 필요 없이 당초 제기한 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 증액경정처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 할 것이다. 그리고 납세자가 이와 같은 과정을 거쳐 행정소송을 제기하면서 당초의 과세처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 기재하였다 하더라도, 이는 잘못된 판단에 따라 소송의 대상에 관한 청구취지를 잘못 기재한 것이라 할 것이고, 그 제소에 이른 경위나 증액경정처분의 성질 등에 비추어 납세자의 진정한 의사는 증액경정처분에 흡수됨으로써 이미 독립된 존재가치를 상실한 당초의 과세처분이 아니라 증액경정처분 자체의 취소를 구하는 데에 있다고 보아야 할 것이다. 따라서 납세자는 그 소송계속 중에 청구취지를 변경하는 형식으로 증액경정처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 바로잡을 수 있는 것이고, 이때 제소기간의 준수 여부는 형식적인 청구취지의 변경 시가 아니라 증액경정처분에 대한 불복의 의사가 담긴 당초의 소 제기 시를 기준으로 판단하여야 한다.