소득금액변동통지 무효확인 등 청구의 소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2020.10.16 / 시행일:

【원고, 피항소인】 버추얼넷 주식회사 (소송대리인 법무법인 지석 담당변호사 이민정)
【피고, 항소인】 서울지방국세청장 외 2인
【제1심판결】 서울행정법원 2020. 4. 14. 선고 2019구합54863 판결
【변론종결】2020. 7. 17.
【주 문】
1. 제1심 판결을 아래와 같이 변경한다. 
 원고의 피고 서울지방국세청장, 피고 대한민국에 대한 청구를 모두 기각한다.
 원고의 피고 서초세무서장에 대한 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각한다.
2. 소송 총비용을 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】청구취지
 ⑴ 피고 서울지방국세청장이 2016. 5. 12. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 420,912,000원의 소득금액변동통지(소득자 소외인)는 무효임을 확인한다. 
⑵ 주위적으로, 
 피고 서초세무서장이 2018. 1. 8. 원고에 대하여 한 2012사업연도 귀속 법인세 8,418,240원의 부과처분, 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 원천징수분 근로소득세 143,345,280원의 징수처분이 모두 무효임을 확인한다. 
 예비적으로, 
 위 처분들을 모두 취소한다.
⑶ 피고 대한민국은 원고에게 151,763,520원과 이에 대하여 2018. 1. 29.부터 이 사건 소장 송달일까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.
항소취지
 주문과 같다.
【이 유】1. 이 사건 처분
 아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 9, 12, 14, 15호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.
[1]
○ 소외인이 원고의 전무이사로서 원고의 발행주식 24,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 보유하였다. 
○ 원고가 2012. 4. 30. 소외인으로부터 이 사건 주식을 1주당 29,229원(합계 701,496,000원)에 매수하였다. 
○ 위와 같은 1주당 29,229원의 대금은,「상속세 및 증여세법」이 규정하는 순자산가치로 정한 것이었다.
○ 소외인은 2012. 8. 31. 피고 서초세무서장에게 이 사건 주식의 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서, 납부할 세액을 57,548,852원, 분납할 세액을 28,774,426원, 납부세액을 28,774,426원으로 하였다.
[2] 
○ 피고 서울지방국세청장은 2016. 2. 23.부터 2016. 3. 21.까지 원고에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 위 매수 당시 이 사건 주식의 시가는 1주당 11,691원(합계 280,584,000원)인데 원고가 그의 전무이사로서 특수관계인에 해당하는 소외인으로부터 이 사건 주식을 1주당 29,229원(합계 701,496,000원)에 매수하였으므로 이는 고가매입으로 부당행위계산 부인 대상이 된다고 판단하였다.
○ 위와 같은 1주당 11,691원의 시가는,「상속세 및 증여세법」이 규정하는 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 것이었다.
○ 피고 서울지방국세청장은 위 매수대금 701,496,000원과 위 시가 280,584,000원의 차액 420,912,000원(= 701,496,000원 - 280,584,000원)을 원고의 2012사업연도 익금에 산입하면서, 이를 소외인에 대한 상여로 소득처분하였다.
○ 피고 서울지방국세장은 2016. 3.경 원고에게, 위 420,912,000원을 익금산입, 소외인에 대한 상여로 처리하였다는 내용의 ‘주식변동에 관한 소명자료 검토안내문’(을 제6호증의 1)을 보냈다.
○ 피고 서울지방국세청장은 2016. 5. 12. 원고에게, 소득자를 소외인, 소득금액을 420,912,000원, 소득종류를 상여로 하는 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였다. 
○ 원고는 2016. 5.경 이 사건 소득금액변동통지를 송달받았으나 2016. 6. 10.까지 그에 따른 근로소득세 원천징수와 납부를 하지 않았다.
[3]
○ 피고 서초세무서장은 2017. 9. 28. 원고에게, 2012사업연도 법인세로 위 상여에 관한 근로소득지급명세서 미제출 가산세 8,418,240원과 위 원천징수분 근로소득세 139,774,682원의 과세예고통지를 하였다.
○ 원고는 2017. 10. 16. 위 과세예고통지를 송달받고 2017. 11. 15. 과세전적부심사를 청구하였는데, 피고 서초세무서장이 2017. 12. 14. 그 청구를 불채택한다고 결정하였다.
○ 피고 서초세무서장은 2018. 1. 8. 원고에게, 2012사업연도 법인세로 위 근로소득지급명세서 미제출 가산세 8,418,240원의 납부를 고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 처분’이라 한다). 
○ 피고 서초세무서장은 2018. 1. 10. 원고에게, 위 원천징수분 근로소득세 143,345,280원(본세 130,313,894원 + 납부불성실 가산세 13,031,389원)의 납부를 고지하였다(이하 ‘이 사건 원천징수세 처분’이라 한다).
○ 원고는 2018. 1. 29. 피고 서초세무서장에게, 이 사건 법인세 처분과 이 사건 원천징수세 처분에서 고지된 합계 151,763,520원(= 8,418,240원 + 143,345,280원)을 납부하였다. 
2. 피고 서울지방국세청장에 대한 청구
 원고는 피고 서울지방국세청장에 대하여, 이 사건 소득금액변동통지의 무효 확인을 구한다.
가. 과세예고통지
 원고의 이 부분 주장은, 소득금액변동통지를 하려면 사전에 과세예고통지를 해야 하는데, 이 사건 소득금액변동통지는 사전에 과세예고통지를 하지 않았으므로 위법하다는 것이다.
1) 납세고지
 ⑴ 앞서 본 인정사실에 의하면, ▲ 원고가 2012. 4. 30. 소외인으로부터 이 사건 주식을 1주당 29,229원에 매수하였고, ▲ 피고 서울지방국세청장이 2016. 5. 12. 원고에게 소득자를 소외인, 소득금액을 420,912,000원, 소득종류를 상여로 하는 이 사건 소득금액변동통지를 하였다.
⑵「국세기본법」(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제1항은, ▲ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전 적부심사를 청구할 수 있다고 규정하면서, ▲ 제2호에서 ‘대통령령으로 정하는 과세예고통지’를 규정하였다.
「국세기본법 시행령」(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의14 제2항은, ▲ 위와 같이 대통령령으로 정하는 ‘과세예고통지’는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다고 규정하면서, ▲ 제3호에서 ‘납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 과세예고통지’를 규정하였다.
 위와 같은 규정에 의하면, ‘납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 과세예고통지’를 받은 경우 과세전적부심사를 청구할 수 있다. 이는 장차 ‘납세고지’할 세액이 100만 원 이상이면 그러한 ‘납세고지’를 하기 이전에 처분의 사전통지로서 ‘과세예고통지’를 하여 납세의무자가 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기회를 부여하려는 것이다.
 과세전적부심사 제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결 참조).
 그렇다면, 「국세기본법 시행령」제63조의14 제2항 제3호가 ‘납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 과세예고통지’라고 규정한 것에 있어서 그러한 ‘납세고지’는, 일정한 금액으로 처분의 사전통지가 가능한 성격인 점에 비추어 볼 때, ‘특정한 세액의 납부를 고지’하는 것을 의미한다고 할 것이다. 
⑶ 한편으로 「법인세법」(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것) 제70조, 같은 법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제109조에 의하면, 세무서장 또는 지방국세청장은 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 ‘납세고지서’에 과세표준과 세액의 계산명세서를 첨부하여 그 내국법인에게 알려야 한다.
「소득세법」(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제83조, 같은 법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제149조에 의하면, 세무서장 또는 지방국세청장은 거주자의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 그 내용을 해당 거주자 등에게 ‘서면’으로 통지하여야 한다. 
「국세징수법」(2018. 12. 31. 법률 제16098호로 개정되기 전의 것) 제9조에 의하면, 세무서장은 국세를 징수하려면 납세자에게 그 국세의 과세기간, 세목, 세액 및 그 산출근거, 납부기한과 납부장소를 적은 ‘납세고지서’를 발급하여야 한다.
 위와 같은 규정에 의하면, 과세관청이 납세의무자에게 ‘세액을 특정한 과세처분이나 징수처분’의 내용을 알리는 대외적 의사표시가 ‘납세고지’라고 할 것이고, 이러한 ‘납세고지’는 납세의무를 확정시키면서 동시에 징수처분을 하는 것도 있고, 이미 확정된 납세의무에 대하여 징수처분만을 하는 것도 있다고 할 것이다.
 ⑷ 그렇다면 「국세기본법 시행령」제63조의14 제2항 제3호가 ‘납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 과세예고통지‘라고 규정한 것에 있어서 그러한 ‘납세고지’는, 과세관청이 납세의무자에게 ‘과세처분이나 징수처분으로 특정한 세액의 납부를 고지’하는 것을 의미한다고 할 것이다.
 따라서, 세액이 100만 원 이상인 과세처분이나 징수처분을 하려면 사전에 ‘과세예고통지’를 하여 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기회를 부여해야 하고, 이러한 ‘과세예고통지’를 사전에 하지 않은 채 세액이 100만 원 이상인 과세처분이나 징수처분을 하면 그 과세처분이나 징수처분은 위법하다고 할 것이다.
 2) 소득금액변동통지
⑴ 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그 때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수의무자인 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 그 다음달 10일까지 관할 세무서장 등에게 납부하여야 할 의무를 부담하며, 만일 이를 이행하지 아니하는 경우에는 가산세의 제재를 받게 되는바, 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이라고 봄이 상당하다(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결 참조).
「국세기본법」(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제21조, 제22조에 의하면, 원천징수하는 소득세를 납부할 의무는 소득금액을 지급할 때 성립하고, 이와 같이 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.
 따라서 원천징수하는 소득세는 소득금액의 지급 또는 지급의제 시에 원천징수 납세의무가 성립됨과 동시에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정되는 것이고(신고납세방식 또는 부과과세방식이 아닌 자동확정방식), 따라서 소득처분에 의하며 발생하는 원천징수 의무의 경우 과세관청의 부과처분 등과 같은 절차가 개재될 여지가 없다(위 대법원 판결 참조).
 ⑵ 앞서 본 인정사실에 의하면, ▲ 피고 서울지방국세청장이 2016. 5. 12. 원고에게 소득자를 소외인, 소득금액을 420,912,000원, 소득종류를 상여로 하는 이 사건 소득금액변동통지를 하였고, ▲ 원고가 2016. 5.경 이 사건 소득금액변동통지를 송달받았다.
 그렇다면, 원고가 2016. 5.경 이 사건 소득금액변동통지서를 송달받은 때에 원고가 소외인에게 420,912,000원의 상여 소득금액을 지급한 것으로 의제되어, 그 때 원고가 소외인으로부터 근로소득세를 원천징수하여 납부할 의무가 성립함과 동시에 특별한 절차 없이 확정되는 것이고, 원고의 원천징수 및 납부 의무가 이 사건 소득금액변동통지로 확정되는 것은 아니다. 
 따라서 이 사건 소득금액변동통지는 원고가 소외인에게 소득금액을 지급한 것으로 의제하는 효과를 발생시키는 것일 뿐, 원고에게 ‘과세처분이나 징수처분으로 특정한 세액의 납부를 고지’하는 것이 아니므로, 이는 「국세기본법 시행령」제63조의14 제2항 제3호가 규정하는 ‘납세고지’에 해당하지 않고, 결국 이 사건 소득금액변동통지를 하기 이전에 원고에게 ‘과세예고통지’를 하지 않아도 위법하지 않다고 할 것이다.
⑶ 앞서 본 인정사실에 의하면, 피고 서울지방국세청장의 이 사건 소득금액변동통지 이후, ▲ 원고가 2016. 6. 10.까지 이 사건 소득금액변동통지에 따른 근로소득세 원천징수와 납부를 하지 않았고, ▲ 피고 서초세무서장이 2017. 9. 28. 원고에 대하여 위 원천징수분 근로소득세 139,774,682원의 과세예고통지를 하였으며, ▲ 피고 서초세무서장이 2018. 1. 10. 원고에게 위 원천징수분 근로소득세의 납부를 고지하였다.
 위에서 본 바와 같이 원고가 2016. 5.경 이 사건 소득금액변동통지를 송달받았고, 원고가 소외인으로부터 근로소득세를 원천징수하여 납부할 의무가 위 송달 시에 성립 및 확정되었으므로, 원고는 그 원천징수 세액을 2016. 6. 10.까지 납부해야 한다. 
 따라서 피고 서초세무서장이 위와 같이 2018. 1. 10. 원고에게 원천징수분 근로소득세의 납부를 고지한 것은 ‘징수처분으로 특정한 세액의 납부를 고지’하는 것으로서 「국세기본법 시행령」제63조의14 제2항 제3호가 규정하는 ‘납세고지’에 해당하여 사전에 ‘과세예고통지’를 해야 하는데, 피고 서초세무서장이 위에서 본 바와 같이 그 이전인 2017. 9. 28. 원고에게 ‘과세예고통지’를 하였으므로, 이는 필요한 조치를 적법하게 이행한 것이다. 
 소득금액변동통지는 앞서 본 바와 같이 ‘항고소송의 대상이 되는 조세행정처분’이라고 봄이 상당한데, 이는 소득금액변동통지 이후 징수처분에 대한 취소소송으로 다툴 수 있는 것만으로는 납세자의 권리보호에 부족하여, 소득금액변동통지 자체를 항고소송의 대상으로 삼아 불복청구를 할 수 있도록 보장해 주는 것이므로(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결 참조), 소득금액변동통지 자체를 「국세기본법 시행령」제63조의14 제2항 제3호가 규정하는 ‘납세고지’에 해당하는 것으로 보아 소득금액변동통지 이전에 ‘과세예고통지’가 필요한 것으로 볼 것은 아니다.
 ⑷ 따라서 이 사건 소득금액변동통지 이전에 과세예고통지를 해야 함에도 이를 하지 않아 이 사건 소득금액변동통지가 위법하다고 하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
나. 통지서 
 원고의 이 부분 주장은, 이 사건 소득금액변동통지는 그 통지서 중 일부만 원고에게 송달되었고, 그 기재내용도 불확정적이므로 위법하다는 것이다.
⑴ 과세관청이 소득금액변동통지서에 소득의 귀속자나 소득의 귀속자별 소득금액을 특정하여 기재하지 아니한 채 소득금액변동통지를 한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 소득금액변동통지는 위법하나, 과세관청이 소득금액변동통지서에 기재하여야 할 사항을 일부 누락하거나 잘못 기재하였더라도 그것이 사소한 누락 또는 명백한 착오에 해당함이 소득금액변동통지서상 분명하거나, 소득금액변동통지에 앞서 이루어진 세무조사결과통지 등에 의하여 원천징수의무자가 그러한 사정을 충분히 알 수 있어서 소득종류, 소득자, 소득금액 및 그에 따른 원천징수세액을 특정하고 원천징수의무자가 불복신청을 하는 데 지장을 초래하지 아니하는 경우라면, 소득금액변동통지를 위법하다고 볼 것은 아니다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 참조). 
 ⑵ 앞서 본 인정사실에 의하면, 피고 서울지방국세청장이 2016. 3.경 원고에게, 이 사건 주식을 고가매입한 420,912,000원을 익금산입, 소외인에 대한 상여로 처리하였다는 내용의 ‘주식변동에 관한 소명자료 검토안내문’(을 제6호증의 1)을 보냈다.
「소득세법 시행령」(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제192조는 소득금액변동통지에 관하여 규정하면서, ▲ 제1항에서, 당해 법인에게 소득금액변동통지서에 의하여 통지하여야 한다고 규정하고, ▲ 제2항에서, 위와 같이 통지하였다는 사실을 해당 상여 등의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다고 규정하였다.
 갑 제5호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ▲ 피고 서울지방국세청장이 2016. 5. 12. 제목이 ‘소득금액변통지서(1) (법인통지용)’이고 쪽수 표시가 ‘1/2’인 문서, 제목이 ‘소득금액 변동사항 통지서’이고 쪽수 표시가 ‘2/2’인 문서를 각 작성하여 전자는 원고에게 송달하고, 후자는 소외인에게 송달한 사실, ▲ 전자에는 소득종류가 상여, 사업연도가 2012. 1. 1.~2012. 12. 31., 소득금액이 420,912,000원, 소득자가 소외인이라고 기재되어 있는 사실이 인정된다.
 ⑶ 위 인정사실에서 본 바에 의하면, 원고는 이 사건 소득금액변동통지에 앞서 이루어진 ‘주식변동에 관한 소명자료 검토안내문’과 이 사건 소득금액변동통지 당시의 ‘소득금액 변동사항 통지서’에 의하여 소득종류, 소득자, 소득금액 및 그에 따른 원천징수세액을 특정하고 불복신청을 하는 데 지장이 없다고 할 것이다. 
 또한 피고의 위와 같은 송달은 법인에게 소득금액변동통지를 하면서 이와 별도로 거주자에게 그 통지 사실을 알리는 것으로서, 이 사건 소득금액변동통지서가 2쪽 가운데 1쪽만 원고에게 송달되었다고 볼 수도 없다.
⑷ 한편으로 갑 제5호증의 기재에 의하면, 위와 같이 피고 서울지방국세청장이 2016. 5. 12. 원고에게 송달한 ‘소득금액 변동사항 통지서’ 하단에 “※ 결의서 작성이 완료되지 않았으므로 계산이 정확하지 않을 수 있습니다.”는 문구가 기재되어 있는 사실, 이러한 문구는 문서내용을 기재하는 부분과 여백 부분을 구분하는 실선 밖의 여백 부분에 기재되어 있는 사실이 인정된다. 
 위와 같은 기재 내용에 의하면, “※ 결의서 작성이 완료되지 않았으므로 계산이 정확하지 않을 수 있습니다.”라는 문구는 일반적인 안내 문구일 뿐, 이를 제외한 나머지 문서내용에 직접적인 영향을 미치거나 그 문서내용이 잠정적이라고 설명하는 것으로는 볼 수 없다. 
 나아가, 원고가 위와 같이 여백 부분에 기재된 문구로 인하여 이 사건 소득금액변동통지를 불확정적인 것으로 잘못 믿는 바람에 원천징수와 납부를 하지 않았거나, 불복신청의 기회를 놓치게 되었다고 보기도 어렵다.
⑸ 따라서 일부 송달, 기재내용의 불확정 등을 이유로 이 사건 소득금액변동통지가 위법하다고 하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
다. 고가매입
 원고의 이 부분 주장은, 소외인으로부터 이 사건 주식을 매수한 것은 고가매입으로 볼 수 없으므로, 이를 고가매입으로 본 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다는 것이다. 
⑴ 원고는 앞서 본 바와 같이 이 사건 소득금액변동통지의 무효 확인을 구하는데, 행정처분이 당연무효라고 하기 위하여는 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한 것인지 여부를 판별함에 있어서는 그 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요한다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2007다24640 판결 참조). 
⑵ 이 사건 주식의 매입은 고가매입으로 볼 수 없다고 하는 원고의 주장을 보다 구체적으로 살펴보면 아래와 같다.
■ 원고가 소외인으로부터 이 사건 주식을 매수하였을 당시 이 사건 주식은 1주당 순손익가치가 0원, 순자산가치가 29,229원이었는데, 이 사건 주식을 발행한 원고는 위 매수 이전 3개년 가운데 마지막 연도를 제외하고는 2년간 수억 원의 결손금이 발생하였다. 소외인은 이 사건 주식의 매도와 관련하여 원고에게 경영권 포기의 대가를 요구하면서 퇴직금 등 모든 채권ㆍ채무 관계의 정리를 요구하였고, 최대 거래처인 삼성SDS주식회사도 자신이 보유하는 원고 발행주식을 순가산가치로 평가하여 매수할 것을 원고에게 요구하였다. 원고는 이러한 제반 사정을 고려하여 소외인으로부터 이 사건 주식을 순자산가치인 1주당 29,229원(합계 701,496,000원)에 매수하였고, 그 매수대금 중 120,000,000원 정도는 경영권 프리미엄의 대가이다.
■ 비상장주식의 가치를 평가할 때에는「상속세 및 증여세법」및 그 시행령에 따라 기계적으로 평가해서는 안되고, 주식발행 법인과 주식거래 당사자의 상황, 당해 업종의 특성 등을 종합적으로 고려하여 합리적으로 판단하여야 한다. 그런데 이 사건 소득금액변동통지는 위와 같은 제반 사정을 고려하지 않은 채 이 사건 주식의 시가를 위 법률 및 시행령에 따라 기계적으로 1주당 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 1주당 11,691원(합계 280,584,000원)으로 평가하여 원고의 이 사건 주식 매수를 고가매입으로 보았으므로 위법하다.
⑶「법인세법」(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것) 제52조, 같은 법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제89조는, 시가가 불분명한 경우에는 「상속세 및 증여세법」제61조부터 제64조까지의 규정 등을 준용하여 평가한 가액을 시가로 한다고 규정하였다.
「상속세 및 증여세법」(2013. 1. 1. 법률 제11609호로 개정되기 전의 것) 제63조, 같은 법 시행령(2013. 6. 11. 대통령령 제24576호로 개정되기 전의 것) 제54조는, ▲ 비상장주식의 평가는 원칙적으로 1주당 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 하고, ▲ 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 경우 등에는 순자산가치에 의한다고 규정하였다.
⑷ 원고의 앞서 본 주장에 의하면, 이 사건 주식의 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 결손금이 있는 것이 아니므로, 피고 서울지방국세청장이 이 사건 주식의 시가를 1주당 손손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 평가한 것은 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 볼 수 없다.
 갑 제9, 11, 13, 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ▲ 원고가 액면가액 5,000원의 주식 60,000주를 발행하였는데, 2011년 무렵 대표이사 소외 2가 24,200주(40.3%), 전무이사 소외인이 24,000주(40.0%), 삼성SDS주식회사(합병 전에는 삼성네트웍스 주식회사)가 11,800주(19.7%)를 각 보유한 사실, ▲ 2011. 12.경 삼성SDS주식회사가 자신 보유 주식을 매도하겠다고 통지하고 원고가 이를 매수하고자 하자, 소외인은 더 이상의 경영참여에 의미가 없다고 판단하여 자신 보유 주식을 매도하고 퇴직하겠다고 한 사실, ▲ 소외인이 2012. 4. 30. 퇴직하면서 원고에게 “주식을 원고에게 매각하고 동시에 퇴직한다. 주식매매계약으로 원고와의 모든 금전적인 채권ㆍ채무관계는 정산한 것으로 한다. 원고를 상대로 채권이 존재하지 아니함을 확인하며, 향후 민ㆍ형사상 및 행정적 소송 등의 행위를 하지 않기로 한다”는 내용의 서약서를 작성한 사실이 인정된다.
 위 인정사실에 비추어 보면, 삼성SDS주식회사가 자신 보유의 주식을 원고에게 매도하면 원고의 의결권 있는 주식 중 과반 이상을 소외 2가 보유하게 되므로, 소외인이 자신 보유의 이 사건 주식을 원고에게 매도할 경우 경영권 프리미엄이 포함된다고 보기 어렵다. 
 또한 소외인이 이 사건 주식을 원고에게 매도할 당시 모든 금전적인 채권ㆍ채무관계를 정산한 것으로 본다는 내용의 서약서를 원고에게 작성해 주었더라도, 그러한 주식매도로 모든 분쟁을 해결한다는 의미로 보이고, 그로 인하여 원고가 소외인에 대하여 지급의무를 면하게 되는 채무, 소외인으로부터 받는 별도의 대가 등을 구체적으로 확인하기 어렵다.
⑸ 그렇다면 원고가 소외인으로부터 이 사건 주식을 매수한 것을 고가매입으로 볼 여지가 상당하고, 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 하자가 중대하더라도 외관상 명백하다고 할 수 없으므로(대법원 2012. 2. 23. 선고 2011두22723 판결 참조), 위와 같은 주식 매수를 고가매입으로 본 이 사건 소득금액변동통지에 중대ㆍ명백한 하자가 있다고 할 수 없다. 
라. 소결
 따라서 피고 서울지방국세청장에 대하여 이 사건 소득금액변동통지의 무효 확인을 구하는 청구는 받아들일 수 없다.
3. 피고 서초세무서장에 대한 청구
 원고는 피고 서초세무서장에 대하여, 주위적으로 이 사건 법인세 처분 및 이 사건 원천징수세 처분의 무효 확인을 구하고, 예비적으로 위 처분들의 취소를 구한다.
가. 이 사건 소득금액변동통지 
 원고는, 이 사건 소득금액변동통지가 무효이므로 이에 기초한 이 사건 법인세 처분 및 이 사건 원천징수세 처분도 무효라고 주장한다. 
 살피건대, 앞서 본 바에 의하면 이 사건 소득금액변동통지가 무효라고 할 수 없으므로, 그러한 무효를 전제로 이 사건 법인세 처분 및 이 사건 원천징수세 처분이 무효라고 하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
나. 이중과세, 실질과세 
⑴ 원고는 아래와 같이 주장한다.
■ 소외인은 이 사건 주식을 원고에게 1주당 29,229원(합계 701,496,000원)에 매도하고 이에 따른 양도소득세를 납부하였는바, 이 사건 원천징수세 처분은 위와 같이 양도소득세를 납부한 거래에 대하여 다시 소득세를 과세하는 것이어서 이중과세의 원칙에 위반된다. 
■ 이 사건 주식의 매수가 고가매입이라면 원고는 손해를 입었을 뿐 아무런 소득이 없고, 소외인이 이익을 얻은 것인데, 이 사건 원천징수세 처분은 이익의 귀속자인 소외인이 아니라 원고에 대하여 한 것으로서 실질과세 원칙에 위반된다. 
 ⑵ 살피건대 이 사건 원천징수세 처분은 앞서 본 바와 같이, 원고가 소외인에게 지급한 것으로 의제되는 상여 소득금액에 관하여 원고가 소외인으로부터 근로소득세를 원천징수하여 납부할 의무를 이행하지 아니하여 피고 서초세무서장이 원고에 대하여 그 원천징수분 근로소득세의 징수처분을 한 것이다. 
 따라서 이 사건 주식의 매도에 관하여 양도소득세를 납부한 소외인에 대하여 그 양도소득세와 위 상여로 인한 근로소득세가 이중과세로 문제될 수는 있어도, 원천징수의무자인 원고에 대하여 소외인이 납부한 위 양도소득세와 원고가 소외인으로부터 원천징수하는 근로소득세를 이중과세로 볼 수는 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
 또한 이 사건 주식의 매수로 원고가 손해를 입었을 뿐 아무런 소득이 없다고 하더라도, 원고는 상여 소득금액을 지급받은 것으로 의제되는 소외인으로부터 근로소득세를 원천징수하여 납부할 의무를 부담하는 것이고, 이 사건 원천징수세 처분이 원고에게 소득이 있는 것으로 인정하여 원고에게 조세부담을 지우는 것이 아니므로, 이는 실질과세 원칙에 위반된다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.
다. 소결
 따라서 피고 서초세무서장에 대하여 이 사건 법인세 처분 및 이 사건 원천징수세 처분의 무효 확인 또는 취소를 구하는 청구는 모두 받아들일 수 없다.
4. 피고 대한민국에 대한 청구
 원고는 피고 대한민국에 대하여 151,763,520원의 부당이득 반환을 구한다. 
 원고의 주장은, 원고가 이 사건 법인세 처분 및 이 사건 원천징수세 처분에 따라 2018. 1. 29. 피고 서초세무서장에게 합계 151,763,520원을 납부하였는데, 위 처분들이 무효이거나 위법하여 취소되어야 하므로, 피고 대한민국은 원고에게 부당이득 반환으로 위 금액 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다는 것이다.
 살피건대, 앞서 본 바에 의하면 이 사건 법인세 처분이나 이 사건 원천징수세 처분이 무효라거나 위법하여 취소되어야 한다고 할 수 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
5. 결론
 그렇다면 원고의 피고 서울지방국세청장, 피고 대한민국에 대한 청구는 모두 이유없어 기각하고, 원고의 피고 서초세무서장에 대한 주위적 청구 및 예비적 청구도 모두 이유없어 기각할 것이다. 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하였으므로, 제1심 판결을 위와 같이 변경한다. 

판사 강승준(재판장) 고의영 이원범