부가가치세부과처분취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2015.12.03 / 시행일:

【원고, 피항소인】 한국철도시설공단 (소송대리인 법무법인 (유한) 율촌 외 1인)
【피고, 항소인】 대전세무서장 (소송대리인 법무법인 평안 외 1인)
【제1심판결】 대전지방법원 2015. 5. 20. 선고 2014구합102516 판결
【변론종결】2015. 10. 29.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 원고의 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2014. 6. 11. 원고에 대하여 한 별지 과세 목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.
2. 항소취지
 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 한국철도시설공단법(이하 ‘철도시설공단법’이라 한다)에 의하여 설립된 원고는 철도시설의 건설 및 관리, 외국철도 건설과 남북 연결 철도망 및 동북아 철도망의 건설 등의 사업을 영위하고 있으며, 한국철도공사법(이하 ‘철도공사법’이라 한다)에 의하여 설립된 한국철도공사(이하 ‘철도공사’라 한다)는 철도여객사업, 화물운송사업, 철도시설의 유지·보수 등 국가·지방자치단체 또는 공공법인 등으로부터 위탁받은 사업 등을 영위하고 있다. 
 나. 원고는 2009년부터 2012년까지 철도공사로부터 발행받은 선로 등 유지보수비 세금계산서(이하 위 기간 동안 원고가 철도공사로부터 발급받은 유지보수비 세금계산서를 통틀어 '이 사건 세금계산서'라 한다)에 의해 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였다.
 다. 피고는 2014. 4. 30.부터 원고에 대하여 세무조사를 한 다음, 원고가 철도공사와 선로사용계약만을 체결하고 유지보수계약은 체결하지 않았음에도 철도공사로부터 발행받은 이 사건 세금계산서는 공급받는 자를 잘못 기재한 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 이유로 매입세액 공제를 부인하고 2014. 6. 11. 원고에게 별지 과세목록 기재와 같이 2009년 제1기분부터 2012년 제2기분까지의 부가가치세 합계 244,172,348,830원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 라. 원고는 2014. 6. 17. 조세심판원에 이 사건 처분에 대하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 국세기본법 제81조, 제65조 제2항에 따른 결정기간인 90일이 지나도록 결정을 하지 않고 있다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 8, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 부가가치세법상 용역공급에 해당하는 역무 제공의 원인은 계약상 모든 원인 혹은 법률상의 모든 원인과 같이 매우 포괄적으로 규정되어 있는바, 원고가 철도공사로부터 발급받은 이 사건 세금계산서는 아래와 같은 법률상 원인 또는 명시적·묵시적 계약에 근거한 계약상 원인에 따라 실제로 유지보수 용역을 제공받고 발급받은 세금계산서이지 사실과 다른 세금계산서가 아니므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
 1) 법률상 원인
철도산업기본법(이하 ‘기본법’이라 한다) 제20조는 유지보수를 포함한 철도시설의 관리업무를 원고의 업무로 규정하고 있고, 제38조는 철도시설 유지보수 시행업무를 철도공사의 업무로 규정하고 있으며, 철도시설공단법 제8조는 이러한 유지보수를 원고와 철도운영자(철도공사) 간의 상호 협력·협의에 따라 하도록 규정하고 있다. 철도공사의 유지보수 용역 제공은 이러한 법률상 근거에 따라 이루어진 것이므로, 철도공사와 원고 간에는 법률상 원인에 따른 공급관계가 성립한다.
 2) 계약상 원인
 원고와 철도공사 간의 설립 시기의 차이로 인하여 국가, 원고, 철도공사 간의 3자간 계약이 일시에 체결되지 못하였던 사정이 있으나, 국가(국토교통부)와 원고 사이의 자산관리계약 및 국가(국토교통부)와 철도공사 사이의 유지보수계약은 모두 철도공사가 원고에 대하여 유지보수 용역을 공급할 것을 그 내용으로 하고 있다. 따라서 철도공사와 원고 간에는 자산관리계약과 유지보수계약을 매개로 하여 3자간의 명시적 계약에 따른 공급관계가 성립한다. 한편, 원고는 자산관리계약에 따라 철도공사로부터 유지보수 용역을 제공받고 있다는 인식을 가지고 있었고, 철도공사 역시 동일한 인식 하에 아무런 이의 없이 계속 세금계산서를 발행하고 그에 대한 대가를 선로사용료와 상계하는 방식으로 정산하여 왔으므로, 원고와 철도공사 간에는 적어도 묵시적 계약에 따른 공급관계가 성립한다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 인정되는 사실
 1) 철도산업의 구조개혁과 원고 및 철도공사의 설립
 가) 국가는 2003. 7. 29. 기본법을 제정하여 철도산업의 경쟁력을 강화하고 발전기반을 조성하기 위하여 철도시설 부문과 철도운영 부문을 분리하는 철도산업의 구조개혁을 추진하였다.
 나) 이에 따라 원고가 2004. 1. 1. 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 철도청과 고속철도시설공단의 관련 조직을 통·폐합하여 설립되었다. 
 다) 또한 철도공사가 2005. 1. 1. 철도운영 관련 사업의 전문성과 효율성을 높이기 위하여 철도청 및 고속철도건설공단의 관련 조직을 전환하여 정부의 전액 출자로 설립되었다.
 2) 국가와 원고 및 철도공사 사이의 계약관계
 가) 국가와 원고 사이의 일반철도 시설자산 관리 위탁계약
 (1) 국토교통부장관은 2004. 4.경 원고와 사이에, 관리위탁기간을 2008. 12. 31.까지로 정하여 원고에게 일반철도 자산의 관리를 위탁하는 계약(이하 ‘이 사건 자산관리계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다. 
제3조(관리위탁 업무의 범위 등)① 국토교통부장관은 원고에게 다음 각 호의 업무(이하 ‘위탁업무’라 한다)를 시행하도록 하고 원고는 철도자산 관리 전반에 관한 책임을 진다.1. 국유재산법(이하 이 호에서 ‘법’이라 한다)의 규정에 의한 다음의 업무가. 법 제11조의 규정에 의한 등기, 등록 그밖에 필요한 조치나. 법 제12조의 규정에 의한 관리·처분계획 제출 및 집행상황 보고라. 법 제23조의 규정에 의한 국유재산의 사용승인제6조(사용·수익허가 등)① 원고는 수탁자산에 대하여 국토교통부장관의 승인을 얻어 사용·수익하거나 다른 사람으로 하여금 사용·수익하게 할 수 있다.제7조(선로 등의 사용 특례)제6조의 규정에 불구하고 2004년도, 2005년도의 철도청 또는 철도공사법에 의하여 설립되는 철도공사가 기본법 제3조 제2호 가목 내지 라목(주3)의 철도시설(이하 ‘선로 등’이라 한다)을 여객 또는 화물운송을 목적으로 사용하는 것에 대하여는 국토교통부가 선로 등의 사용계약 등의 조치를 하고 사용료 징수 등 사용계약 관리는 원고가 한다.제8조(수탁자산의 사용료 등)원고가 수탁자산을 사용·수익하는 자로부터 받는 사용료는 국유재산법에 규정된 사용료율과 평가방법에 의하여 산출된 금액을 기준으로 하되, 예상수익을 참작하여 결정한다. 다만 다음 각 호의 사항은 각각의 기준에 의한다.1. 기본법 시행령의 규정에 의한 ‘선로 등’의 사용: 기본법 시행령 제36조 제1항의 규정(주4)에 의한 선로 등의 사용료제10조(운영지원)국토교통부장관은 원고에게 위탁업무 수행에 필요한 인력·장비·시설·비용 등을 지원할 수 있다.제11조(예산과 결산)① 원고는 매사업년도마다 위탁업무에 대한 총수입과 총지출을 예산안으로 편성하여 국토교통부장관의 승인을 얻어야 한다.② 원고는 1년을 단위로 수탁자산에서 발생한 수익(정부지원 수입을 포함한다)과 관리비용 내역 및 결산현황을 작성하여 국토교통부장관에게 제출하여야 한다.제13조(철도자산의 유지보수 등)① 철도자산의 관리업무 중 수탁자산에 대한 유지보수 시행업무는 국토교통부장관이 철도청 또는 공사와 위탁계약 등의 조치를 통하여 철도청 또는 공사(이하 ‘유지보수 수탁자’라 한다)가 시행하며 유지보수에 대한 계획수립 등의 국토교통부장관의 업무는 원고가 시행한다.② 원고가 제1항의 규정에 의한 유지보수 관련 업무를 적정하게 시행할 수 있도록 국토교통부장관은 제1항의 규정에 의하여 유지보수 수탁자와 유지보수 시행업무의 위탁계약 등의 조치를 취할 경우 다음 각 호의 의무사항을 포함하여야 한다.1. 유지보수 수탁자는 유지보수 계획 수립에 필요한 기초자료를 작성하여 원고에 제출하도록 한다.③ 원고는 수탁자산 유지보수에 대한 다음 사업년도의 사업계획 및 예산안을 작성하여 매년 12월 10일까지 제출하여 국토교통부장관의 승인을 얻어야 한다.
라목
규정
 (2) 국토교통부장관은 2009. 5. 20. 원고와 사이에, 관리위탁기간을 2009. 1. 1.부터 2013. 12. 31.까지로 정하여 다시 이 사건 자산관리계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다.
제3조(관리위탁 업무의 범위 등)① 국토교통부장관은 원고에게 다음 각 호의 업무(이하 ‘위탁업무’라 한다)를 시행하도록 하고 원고는 철도자산 관리 전반에 관한 책임을 진다.1. 국유재산법(이하 이 호에서 ‘법’이라 한다)의 규정에 의한 다음의 업무가. 법 제9조의 규정에 의한 관리·처분계획 제출 및 집행상황 보고(종전 제12조)나. 법 제12조 및 제14조의 규정에 의한 소유자 없는 부동산의 처리 및 등기·등록, 그 밖의 필요한 조치(종전 제8조 및 제11조)라. 법 제17조의 규정에 의한 사용승인(종전 제23조)제7조(선로 등의 사용계약)한국철도공사 등이 기본법 제3조 제2호 가목 내지 라목의 철도시설(이하 ‘선로 등’이라 한다)을 여객 또는 화물운송을 목적으로 사용하는 것에 대하여는 원고가 선로 등의 사용계약 등의 조치를 하고 사용료 징수 등 사용계약 관리를 한다.제13조(철도자산의 유지보수 등)철도자산의 관리업무 중 수탁자산에 대한 유지보수 시행업무는 기본법 제38조의 규정에 의거 체결하는 ‘일반철도 유지보수 위·수탁계약서’에 따른다.
 나) 국가와 철도공사의 일반철도 시설 유지보수 위·수탁 계약 
 (1) 국토교통부장관은 2004. 12. 31. 철도청과 사이에, 위탁계약기간을 2005. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지로 정하여 철도청에게 일반철도시설의 유지보수 시행업무를 위탁하는 계약(이하 2013년 원고와 철도공사 사이에 유지보수계약이 체결되기 전까지의 계약을 ‘이 사건 유지보수계약’이라 한다)을 체결하였고, 위 계약은 철도공사법 부칙(2003. 12. 31.) 제6조 제2항 및 위 계약 제16조 제2항에 따라 철도공사에게 승계되었는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.
제2조(위탁범위)국토교통부장관이 철도청에게 위탁하는 범위는 국가소유의 철도시설(별표)에 대한 선로, 건축물, 전철전력, 신호, 정보통신, 철도교통관제시설 등(이하 ‘철도시설물’이라 한다)의 유지보수 업무로 한다.제5조(유지보수계획)① 철도청은 매년도 3월까지 다음연도의 유지보수 계획수립에 필요한 관련 자료 및 유지보수비용내역을 작성하여 국토교통부장관에게 제출하여야 하며 국토교통부장관은 매 사업연도의 유지보수 계획 및 예산을 편성하여 철도청에게 통보하여야 한다.② 철도청은 제1항의 규정에 의하여 통보받은 예산범위 내에서 유지보수에 대한 집행계획서(이하 ‘집행계획서’라 한다)를 작성하여 국토교통부장관에게 승인을 얻어야 한다.제6조(유지보수비용의 지급)① 국토교통부장관이 철도청에게 유지보수 업무를 위탁함에 따라 지불하여야 할 비용(이하 ‘위탁비’라 한다)의 지출은 철도청이 제출하는 지출계획서와 비용집행내역에 근거하여 매 분기별로 위탁비를 철도청에게 지불하며, 이는 철도청이 지정하는 은행계좌에 입금하여야 한다.제7조(유지보수 실시 등)① 철도청은 제5조 제2항에서 수립한 집행계획에 따라 유지보수 업무를 수행하여야 한다.제8조(유지보수비용의 결산 및 정산)① 철도청은 매사업연도 종료후 3월 이내에 위탁사무에 대한 결산서를 작성하여 공인회계사의 검토를 거친 후 국토교통부장관에게 제출하여야 한다.제16조(계약서 작성 및 효력)② 본 계약의 효력은 2005. 1. 1.부터 발생하며, 한국철도공사가 설립된 때에는 철도청을 한국철도공사로 본다.
 (2) 국토교통부장관은 2010. 1. 25. 철도공사와 사이에, 위탁계약기간을 2010. 1. 1.부터 2012. 12. 31.까지로 정하여 다시 이 사건 유지보수계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다. 
제2조(위탁범위)국토교통부장관이 철도공사에게 위탁하는 범위는 국가소유의 철도시설(별표)에 대한 선로, 건축물, 전철전력, 신호, 정보통신, 방음벽, 철도교통관제시설 등(이하 ‘철도시설물’이라 한다)의 유지보수(하자관리 포함) 업무로 한다.※ 이전 계약의 제8조(유지보수비용의 결산 및 정산)는 동일한 내용으로 제9조(유지보수비용의 결산 및 정산)로 옮겨졌다.
 다) 국가, 원고와 철도공사 사이의 일반철도 선로 등 사용계약
 (1) 국토교통부장관은 2004. 12. 31. 철도청과 사이에, 사용기간을 2005. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지로 정하여 철도청이 선로 등 일반철도 시설을 사용하는 계약(이하 ‘이 사건 선로사용계약’이라 한다)을 체결하였고, 위 계약은 철도공사법 부칙(2003. 12. 31.) 제6조 제2항 및 계약 부칙 제1조에 따라 철도공사에게 승계되었는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다.
제2조(적용범위)본 계약은 기본법 제3조 제2호 가목 내지 라목에 해당하는 철도시설 중 기본법 제26조의 규정에 의한 철도시설관리권이 설정된 시설을 제외한 국가소유의 철도시설(이하 ‘선로 등’이라 한다)을 철도청이 당해 선로 등을 여객 또는 화물운송을 목적으로 사용하고자 하는 경우에 한한다.제7조(선로 등 사용료)① 철도청은 국토교통부장관이 제공하는 선로 등에 대한 사용료를 납부하여야 한다.② 제1항의 규정에 의한 선로 등의 사용료는 금 354,060,000,000원으로 한다.③ 제2항의 사용료는 매 분기별로 납부(1/4씩 매분기)하여야 하며 국토교통부장관이 지정한 철도시설관리자가 발행하는 납부고지서에 의하여 납부하되, 사용료 납부시는 일반철도 시설 유지보수 위수탁계약과 관련하여 철도청이 지급받을 금액과 연계하여 처리할 수 있다.④ 제2항의 선로 등 사용료 및 제3항의 유지보수비용에 대하여 부가가치세 납부 등 조정하여야 할 사항이 발생할 경우, 국토교통부장관과 철도청이 상호협의하여 조정한다.부칙제1조(계약의 승계)본 계약사항에 대해서는 한국철도공사법에 의하여 설립되는 한국철도공사가 일괄승계한다.제5조(부가사항)본 계약서는 2부를 작성하여 철도시설관리자와 철도운영자가 각각 1부씩 보관한다.
 (2) 원고는 2005. 12. 30. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2006. 1. 1.부터 2008. 12. 31.까지로 정하여 새로 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다. 
제7조(유지보수)본 계약의 대상인 선로 등에 대한 유지보수는 ‘일반철도시설 유지보수 위·수탁계약’에 따른다.제8조(선로 등 사용료)① 철도공사는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 사용료를 납부하여야 한다.② 제1항에 의하여 철도공사가 매년 납부해야 할 사용료는 당해연도 예산에 반영된 일반철도 유지보수비의 총액에서 정부가 철도공사에게 지원하는 유지보수비를 제외한 금액으로 하되, 전년도 12월 말까지 다음 연도에 납부하여야 할 사용료를 원고와 철도공사가 합의하여 확정한다. 다만, 일반철도 유지보수비 정산결과 변경이 있을 경우에는 변경된 유지보수비를 기준으로 한다.③ 제2항의 사용료는 매분기별로 원고가 발행하는 납부고지서에 의하여 납부하되, 원고가 철도공사에게 지급해야 할 일반철도 유지보수비와 상계처리할 수 있다.④ 제2항에서 정한 사용료에 대하여 정부의 지원정책 변경이 있을 경우 등 조정하여야 할 사항이 발생할 경우에는 원고와 철도공사가 합의하여 조정한다.※ 계약서 끝에는 원고를 ‘철도시설관리자’로, 철도공사를 ‘철도운영자’로 표기하고 있다.
 (3) 원고는 2009. 3. 31. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2009. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지로 정하여 다시 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다. 
제8조(선로 등 사용료)① 철도공사는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.② 제1항에 의하여 철도공사가 2009년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2009년 일반철도 유지보수비용의 70%(예산상 415,172백만 원, 부가가치세 포함)로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침이 결정되면 이에 따른다.제9조(선로 등 사용료 지급)철도공사는 선로 등 사용료를 매분기별로 원고가 발행하는 납부고지서에 의하여 계약당사자가 지정한 은행계좌에 납부하여야 한다. 다만, 필요할 경우 원고가 철도공사에게 지급해야 할 일반철도 유지보수비와 상계처리할 수 있다.
 (4) 원고는 2010. 5. 4. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2010. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지로 정하여 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다. 
제8조(선로 등 사용료)① 철도공사는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.② 제1항에 의하여 철도공사가 2010년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2010년도 일반철도 유지보수비용 총액의 70%인 433,589백만 원에서 정부의 선로 등 사용료 감면금액 43,400백만 원을 제외한 390,189백만 원(부가가치세 포함)으로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침이 결정되면 이에 따른다.※ 제9조(선로 등 사용료 지급)의 선로 등 사용료를 일반철도 유지보수비와 상계할 수 있다는 규정은 그대로 유지되었다.
 (5) 원고는 2011. 12. 16. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2011. 1. 1.부터 2011. 12. 31.까지로 정하여 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다. 
제8조(선로 등 사용료)① 철도공사는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.② 제1항에 의하여 철도공사가 2011년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2011년도 일반철도 유지보수비용 총액의 70%인 429,567백만 원에서 정부의 선로 사용료 감면금액 20,000백만 원을 제외한 409,567백만 원(부가가치세 포함)으로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침(적용시기 포함)이 결정되면 이에 따른다.※ 제9조(선로 등 사용료 지급)의 선로 등 사용료를 일반철도 유지보수비와 상계할 수 있다는 규정은 그대로 유지되었다.
 (6) 원고는 2012. 3. 30. 철도공사와 사이에, 사용기간을 2012. 1. 1.부터 2012. 12. 31.까지로 정하여 이 사건 선로사용계약을 체결하였는데, 이전의 계약과 달라진 부분으로 이 사건과 관련된 것은 다음과 같다. 
제8조(선로 등 사용료)① 철도공사는 원고가 제공하는 선로 등에 대하여 선로 등 사용료를 납부하여야 한다.② 제1항에 의하여 철도공사가 2012년도에 납부해야 할 선로 등 사용료는 우선 2012년도 일반철도 유지보수비용 총액의 70%인 421,150백만 원에서 정부의 선로 사용료 감면금액 20,000백만 원을 제외한 401,150백만 원(부가가치세 포함)으로 하고, 정부의 선로사용료 산정기준 용역 결과에 따라 정부방침(적용시기 포함)이 결정되면 이에 따른다.제9조(선로 등 사용료 지급)철도공사는 선로 등 사용료를 매분기별로 원고가 발행하는 납부고지서에 의하여 계약당사자가 지정한 은행계좌에 납부하여야 한다. 납부방법 및 시기는 양 기관이 상호 협의하여 처리한다. 
 3) 철도공사의 원고에 대한 세금계산서 발행
 철도공사는 2009년부터 2012년까지 매해 이 사건 유지보수계약에 따라 지급받아야 할 유지보수비 총액의 30%는 국토교통부장관을 공급받는 자로 기재하여 정부에게 세금계산서를 발행하는 한편, 나머지 유지보수비 총액의 70%는 원고와 사이에 이 사건 선로사용계약에 따라 원고에게 지급해야 할 선로 등 사용료와 상계한 후, 원고를 유지보수 용역을 공급받는 자로 기재하여 원고에게 세금계산서(이 사건 세금계산서)를 발행하여 왔다.
 4) 원고와 철도공사 사이의 2013년도 이후 이 사건 유지보수계약 체결
 (가) 국토교통부는 2013. 1. 9. 원고와 철도공사에게 ‘일반철도 시설자산의 관리 및 유지보수 관리체계 개선방안’을 통하여 ‘그동안 국토교통부가 유지보수 위탁계약, 계획수립, 관리·감독, 정산 등의 관리업무를 직접 시행하였으며 원고는 유지보수 업무에서 배제되어 있었기 때문에 유지보수 업무를 효율적으로 하지 못하였다는 점을 인정하고 2013년부터 일반철도 유지보수 업무 주체를 국가에서 원고로 변경한다’는 내용을 공지하였다. 
 위 개선방안의 일반철도 유지보수 업무체계의 변경내용은 아래 표와 같다.

 (나) 이에 따라 원고는 2013. 3. 20. 철도공사와 사이에, 위탁계약기간을 2013. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지로 정하여 유지보수계약(이하 ‘2013년 유지보수계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다. 
제2조(위탁범위)① 원고가 철도공사에게 위탁하는 범위는 국가소유의 철도(별표)에 대한 선로, 건축물, 전철전력, 신호, 정보통신, 방음벽, 철도교통관제시설 등(이하 ‘철도시설물’이라 한다)의 유지보수(하자관리 포함) 업무로 한다.다만 철도공사에게 무상임대된 승강장·연결통로·지하 정거장 및 철도시설자산관련 건축물은 제외한다.제5조(위탁사업비)① 위탁사업에 소요되는 사업비(이하 ‘위탁사업비’라 한다)는 당해연도 확정금액(철도공사가 공제받을 수 있는 매입세액 제외)으로 하고, 매년 이를 별도의 문서로 원고가 철도공사에게 통보한다.② 위탁사업비는 국가에서 부담하는 부분(이하 ‘국가부담분’이라 한다)과 선로사용료로 충당하는 부분(이하 ‘선로사용료분’이라 한다)으로 구분한다.제8조(유지보수계획)② 철도공사는 매년 3월 말까지 다음연도 사업계획 수립을 위해 원고가 요구하는 자료를 원고에게 제출하여야 한다.③ 철도공사는 다음연도 예산에 대한 분기별 자금집행계획서는 매년 12월 10일, 실행예산(안)은 매년 12월 20일까지 원고에게 제출하여야 한다.⑤ 철도공사는 제5조 제1항에 의거 원고에게 통보받은 날로부터 2월 이내에 당해 연도 예산집행계획서(이하 ‘집행계획서’라 한다)를 원고에게 제출하여 원고의 승인을 득하여야 한다.제9조(유지보수 실시 등)① 철도공사는 제8조 제5항에 의한 집행계획서에 따라 유지보수를 수행하여야 한다.제10조(위탁사업비의 결산 및 정산)③ 위탁사업비에 대한 원고의 정산 결과 발생된 잔액 중 국가부담분은 원고가 지정한 계좌로 입금하고, 선로사용료분은 원고와 철도공사가 협의하여 처리하여야 한다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 1) 관련 법리 및 이 사건의 쟁점
 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’이라 한다)은 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급을 과세거래로 규정하고 있고(제1조 제1항 제1호), 여기서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무 및 그 밖의 행위를 말한다(제1조 제3항). 또한 부가가치세를 납부할 의무가 있는 “사업자”란 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 용역을 공급하는 자를 의미한다(제2조 제1항 제1호). 한편 여기서 “용역의 공급”이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하는 것을 의미한다(제7조 제1항).
부가가치세법 제17조 제2항 제2호는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ‘필요적 기재사항’이라 한다)의 전부 또는 일부가 ‘사실과 다르게’ 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있고, 제16조 제1항 제2호에서는 필요적 기재사항의 하나로서 ‘공급받는 자의 등록번호’를 규정하고 있다. 
 따라서 공급받는 자가 원고로 기재된 이 사건 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’인지 여부는, 원고가 이 사건 부가가치세 과세기간 중 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 철도공사로부터 일반철도시설 유지보수 용역을 공급받았는지 여부에 달려있다.
 2) 법률상 원인의 존부
 가) 기본법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 규정내용 
기본법 제20조는 철도시설은 국가가 소유하는 것을 원칙으로 하고, 국토교통부장관은 철도시설의 건설 및 관리, 철도시설의 유지보수 및 적정한 상태 유지 등의 시책을 수립·시행하고, 철도시설 관련 업무의 집행 조직으로서 원고를 설립한다고 규정하고 있다. 위 규정에 의하면, 일반철도의 유지보수 업무가 국토교통부의 업무임은 명확하나 위 규정만으로 원고가 직접적으로 유지보수 업무를 담당한다고 보기는 어렵다. 
 한편, 기본법 제38조는 국토교통부장관은 철도시설 유지보수 시행업무를 철도공사에 위탁한다고 규정하고 있는데, 유지보수 용역의 제공자가 철도공사라는 점은 명확하나 그 용역을 제공받는 상대방이 누구인지에 대하여는 정함이 없다. 
 나) 철도시설공단법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 규정내용
철도시설공단법 제7조는 공단이 철도시설의 건설 및 관리, 철도시설에 관한 기술의 개발·관리 및 지원 등 사업을 하는 것으로 규정하고 있고, 제8조는 원고가 제7조에 따른 사업을 시행할 때에는 철도운영자와 상호 협력체계를 구축하는 등 필요한 조치를 마련하여야 하고, 철도시설의 건설·유지보수·관리 및 역세권 개발 등의 계획과 그 시행방법 등 원고와 철도운영자 간의 상호 협력·협의에 필요한 사항은 국토교통부령으로 정한다고 규정하고 있으나, 위 규정만으로 철도공사가 원고에게 일반철도시설 유지보수 용역을 제공한다고 보기 어렵다. 
 3) 계약상 원인의 존부
 가) 명시적 계약의 존부
 이 사건 유지보수계약의 당사자가 국토교통부장관과 철도공사인 사실, 2013년 이전까지 원고와 철도공사 사이에 유지보수계약이 체결되지 않은 사실은 앞서 본 바와 같다. 
 이에 대해 원고는, 이 사건 자산관리계약과 이 사건 유지보수계약을 매개로 하여국가, 원고, 철도공사 3자간 계약이 체결되었다고 주장한다. 그러나 국가(국토교통부)와 원고 사이의 이 사건 자산관리계약, 국가(국토교통부)와 철도공사 사이의 이 사건 유지보수계약이 각 체결되었다고 하여 그것만으로 원고와 철도공사 사이에 철도시설 유지보수에 관한 계약이 체결된 것으로 보기는 어렵다. 
 나아가 원고는, 원고와 철도공사 간의 설립 시기의 차이로 인하여 계약이 제대로 체결되지 못하였다고 주장하나, 원고가 2004. 1. 1., 철도공사가 2005. 1. 1. 각 설립된 점에 비추어 설립 시기의 차이는 2013년에 이르기까지 이 사건 유지보수 계약관계를 명확히 바로잡지 않은 정당한 사유로 보기 어렵다. 
 나) 묵시적 계약의 존부
 원고는 원고와 철도공사 사이에 묵시적 계약에 따른 유지보수 용역 공급관계가 성립한다고 주장한다. 
 (1) 살피건대 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 바와 같이, 위와 같은 주장은 명시적으로 존재하는 이 사건 유지보수계약(원고가 아닌 국토교통부가 철도공사와의 계약 당사자임)의 내용에 반하는 것인 점, 원고와 철도공사 사이에 2013년 유지보수계약이 체결되게 된 원인이 종전까지는 원고가 일반철도 유지보수 업무에서 배제되어 유지보수 업무가 부실화된 문제를 개선하기 위한 것인 점, 이 사건 유지보수계약에 따른 유지보수비의 지급의무는 국토교통부에 있으므로, 이 사건 선로사용계약에서 선로사용료와 유지보수비의 70%를 상계하도록 한 조항만을 근거로 원고에게 유지보수비채무가 있다거나 유지보수의 용역을 제공받는 상대방이라고 단정하기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 원고가 일반철도 유지보수 업무를 수행하거나 철도공사로부터 유지보수 용역을 제공받는 등 원고와 철도공사 사이에 묵시적 계약에 따른 유지보수 용역 공급관계가 성립한다고 보기 어렵다.
 (2) 이에 대해 원고는, 원고가 실제로 유지보수업무 시행기관인 철도공사로부터 유지보수 계획 수립에 필요한 기초자료를 제공받아 철도시설의 유지보수 계획을 수립하고 소요 비용을 추산하여 예산안을 작성하며, 철도공사에게 유지보수에 관한 지시를 하는 등 실질적으로 유지보수 업무를 담당하였고, 국토교통부도 원고가 철도시설관리자로서 일반철도시설 유지보수와 관련하여 국가를 대신하여 업무를 대행하고 있는 것이라는 의견을 밝히고 있으므로, 원고가 유지보수 업무 담당자 내지 관리청으로서 철도공사로부터 유지보수 용역을 공급받았다고 주장한다. 
 살피건대 갑 제11호증의 1 내지 3, 제12호증의 1 내지 18의 각 기재에 의하면, 국토교통부가 피고측에 대한 회신 또는 협조요청에서 ‘국토교통부가 원고에게 일반철도시설 유지보수 업무를 대행토록 하였으며, 무자본 특수법인인 원고에 대하여 과세처분이 내려질 경우 예산을 지원해야 하는 등의 문제를 감안하여 부가가치세(매입세액) 공제가 유지될 수 있도록 긍정적으로 검토하여 달라’는 내용의 공문을 발송한 사실, 원고가 유지보수와 관련하여 원고 주장과 같은 업무를 수행한 사실이 인정되기는 하나 국토교통부의 의견만으로 원고에게 유지보수 업무 담당자나 관리청으로서의 지위가 발생한다고 보기 어렵고, 원고가 수행한 업무는 유지보수 업무 그 자체라기보다는 이 사건 자산관리계약에 따라 국토교통부의 업무를 보조한 것이라고 봄이 상당한 점 등에 비추어 보면, 원고 주장의 사정들만으로 원고가 유지보수 업무를 담당하고 철도공사로부터 그 용역을 공급받는 자라고 보기 어렵다. 
 4) 소결론
 따라서 이 사건 세금계산서는 일반철도시설 유지보수 용역을 공급받을 법률상 또는 계약상 원인 없는 원고를 공급받는 자로 하여 발행된 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여서는 아니되므로, 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 이승훈(재판장) 김진선 장민석