양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 1999.03.10 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 변호사 황수현 외 1인)
【피 고】 송파세무서장
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1996. 12. 16. 원고에게 한 양도소득세 금 55,589,920원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 등
 갑 제1, 3, 5호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1 내지 4, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 아래 각 사실이 인정된다.
 가. 원고는 1967. 11. 16. 서울 송파구 (주소 생략) 임야 5단 3무보(5,256㎡)를 취득하여 보유하던 중 1983. 8. 8. 위 토지가 가락토지구획정리사업시행지구로 편입되어 그에 대한 환지예정지 공고가 있은 뒤 1989. 3. 13. 토지구획정리사업이 완료됨에 따라 별지 환지처분내역표 기재와 같이 6필지 토지 합계 1,757.9㎡를 환지받음과 동시에 서울특별시로부터 과소 환지된 90.6㎡ 부분에 대한 청산금 43,176,200원을 수령하였고 그 후 1995. 11. 13. 소외인 외 18인에게 위 각 토지 중 같은 표 순번 제1 내지 4 기재의 4필지 토지 합계 1,177.5㎡(이하 통틀어 '이 사건 토지'라고만 한다)를 양도하였다.
 나. 원고는 1996. 1. 31. 피고에게 이 사건 토지의 양도에 따른 자산양도차익예정신고를 하면서 그 양도가액을 금 1,737,538,000원, 필요경비를 금 212,967원으로 하되 그 취득가액은 이 사건 토지의 면적에 해당하는 환지 전의 위 서울 송파구 (주소 생략) 임야의 면적인 별지 취득가액계산내역표 1.항의 비고란 기재 종전토지의 면적에다가 1990. 9. 1. 전에 취득한 토지의 취득 당시 기준시가 계산을 "1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가×(취득 당시의 과세시가표준액÷1990. 1. 1. 개별공시지가고시일 현재의 과세시가표준액)"의 산식에 의하도록 규정한 소득세법시행령(1990. 5. 1. 대통령령 제12994호, 이하 '시행령'이라고만 한다) 부칙 제3항에 의한 취득 당시의 기준시가를 곱하여 계산하면서, 그 '과세시가표준액'을 각각의 시기에 해당하는 토지면적에 각각의 시기에 해당하는 단위당 토지등급가액을 곱한 금액으로 보고서 같은 표 1.항의 기준시가계산식란 산식에 의하여 기준시가를 산정한 뒤, 같은 표 1.항의 취득가액란과 같이 산출한 금 59,874,916원을 취득가액으로 하여 그에 따른 양도소득금액 1,619,488,072원을 산출한 후 양도소득세로 금 832,217,363원을 신고한 다음 위 세액의 일부는 납부하고 나머지에 대하여는 분납허가를 받았다. 
 다. 그 후 피고는 원고의 신고내용 중 양도가액 및 필요경비, 이 사건 토지에 해당하는 종전토지의 면적 등은 그대로 인정하였으나, 그 취득 당시의 단위당 기준시가는 종전의 토지소유자가 환지처분된 토지를 양도하는 경우 그 취득가액을 "종전 토지의 면적×취득당시의 단위당 기준시가"의 산식으로 계산하도록 규정하고 있는 구 소득세법시행규칙(1995. 5. 3. 총리령 제505호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 '시행규칙'이라고만 한다) 제16조 제1항 제1호 (나)목을 적용하여 산출하여야 하고, 이 경우 취득 당시의 기준시가에 관한 시행령 부칙 제3항의 '과세시가표준액'은 각각의 시기에 해당하는 단위당 토지등급가액을 의미하는 것이어서 결국 이 사건 토지의 취득 당시 단위당 기준시가는 별지 취득가액계산내역표 2.항의 기준시가계산식란 산식에 의하여 정하여야 하므로, 이와 다른 원고의 취득가액 계산에 오류가 있다고 보고서 위 산식에 따라 새로이 금 20,025,786원을 취득가액으로 함으로써 이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득금액을 금 1,696,914,934원으로 확정하여 이에 대한 양도소득세 금 887,807,286원(신고 및 납부불성실 가산세 금 9,133,806원 포함)을 결정한 다음 1996. 12. 16. 원고에게 이 중 기납부세액을 차감한 나머지 금 55,589,920원을 부과·고지하는 이 사건 처분을 하였다. 
 2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 이 사건 청구원인으로, 시행령 부칙 제3항 소정의 '과세시가표준액'은 단순히 단위당 토지등급가액을 의미하는 것이 아니라 토지의 면적에 단위당 토지등급가액을 곱한 금액이라고 보아야 하고, 이 사건 토지의 경우 환지처분의 결과 취득시의 면적과 양도시의 면적이 달라진 경우이므로 1990. 9. 1. 전에 취득한 이 사건 토지의 취득 당시의 기준시가는 위 시행령 부칙 제3항의 계산식에 따라 각각의 시기에 해당하는 토지의 면적에 각각의 시기에 해당하는 토지등급가액을 곱하여 계산한 과세표준액을 적용하여 취득가액을 산정하여야 할 것임에도, 피고가 관계 법령에 위반하여 취득 당시의 기준시가를 단위당 토지등급가액만으로 계산한 다음 그에 터잡아 양도소득세를 부과하였으니 이 사건 처분은 위법하다고 주장하면서 그 취소를 구하고 있다. 
 나. 판 단
 그러므로 살피건대, 시행령 부칙 제3항은 1990. 9. 1. 전에 취득한 토지의 기준시가 계산의 산식을 규정한 것으로서 앞서 본 바와 같이 '토지등급가격' 대신 '과세시가표준액'이라는 용어를 사용하고 있기는 하나, 위 규정의 시행 당시 적용되던 구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4995호 개정되기 전의 것) 제111조, 구 같은법시행령 제80조에 의하면 과세시가표준액은 매년 1회 조례로써 정하는 날 현재 제80조의2의 규정에 의하여 결정된 토지등급가격으로 한다고 규정하고 있는 점, 위 부칙 규정은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 1990. 8. 30.에 같은 해 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득 당시 '기준시가'를 결정하는 방식을 규정한 것으로서, 일반적인 경우에 있어 이미 공시된 1990. 1. 1을 기준으로 한 개별공시지가를 기준으로 취득시점과 위 개별공시지가가 공시된 시점에 함께 적용할 수 있는 지가산정기준인 토지등급가격에 의하여 시간경과에 따른 가격조정을 하고자 하려는 것이지 환지처분에 의하여 면적의 변동이 있는 이 사건 토지와 같이 특별한 사정이 있는 경우에 토지면적의 변동을 기준시가 결정에 반영하기 위한 규정으로 보이지 않는 점, 시행규칙 제77조 제1항은 종전의 토지소유자가 환지처분된 토지를 처분함에 있어 그 면적에 변화가 있을 경우 양도가액은 '환지교부면적'에 양도 당시의 단위당 기준시가를 곱하여 정하되, 취득가액은 '종전토지의 면적'에 취득 당시의 단위당 기준시가를 각 곱한 금액으로 함으로써 면적변동이 있는 환지처분의 경우 양도가액과 취득가액 계산에 있어 토지면적을 달리 정하여 환지 전후에 걸친 토지의 가액평가에 대한 등가성을 확보하고 있으므로 단위당 기준시가를 정함에 있어서도 거듭 환지로 인한 면적변동을 감안하여 결정한다면 결국 이중계산이 되어 불합리하다는 점 등에 비추어 보면, 위 '과세시가표준액'은 바로 ㎡당 토지등급가격을 의미한다고 봄이 상당하므로 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 
 {다만, 위에서 인정한 바와 같이 원고는 위 환지확정 당시 과소 환지면적에 대한 환지청산금을 수령한 바 있으므로 피고로서는 위 시행규칙 제77조 제1항 제1호 (나)목이 아니라 종전의 토지소유자가 환지청산금을 수령한 경우의 취득가액 산정방식을 규정한 같은 조 제2항 제2호 (나)목(별지 취득가액계산내역표 3.항의 취득가액계산식란 기재 산식)에 의하여야 할 것이고 그 한도 내에서 세액계산에 잘못이 있다 할 것이지만, 위 제2항 제2호 (나)목에 의하여 계산될 취득가액의 액수는 같은 표 3.항의 취득가액란 기재와 같이 피고가 결정한 취득가액 20,025,786원에 못미치는 금 19,256,778원이 되고, 이에 의할 경우 양도소득금액 및 양도소득세액은 오히려 증액될 것임이 명백하므로 위와 같은 법령적용의 오류는 정당한 세액범위 내에서 한 이 사건 처분에 대한 취소사유가 되지 못한다고 할 것이니 따로 살피지 않는다.} 
 3. 결 론
 그렇다면 이 사건 처분은 적법하다고 하겠으므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.[별지생략]

판사 김정술(재판장) 정기돈 이정석

구 소득세법시행령 부칙(1990. 5. 1.) 제3항은 1990. 9. 1. 전에 취득한 토지의 기준시가 계산의 산식을 규정한 것으로서 '토지등급가격' 대신 '과세시가표준액'이라는 용어를 사용하고 있기는 하나, 위 규정의 시행 당시 적용되던 구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제111조, 같은법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14878호로 개정되기 전의 것) 제80조에 의하면 과세시가표준액은 매년 1회 조례로써 정하는 날 현재 제80조의2에 의하여 결정된 토지등급가격으로 한다고 규정하고 있는 점, 위 부칙 규정은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 1990. 8. 30.에 같은 해 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득 당시 '기준시가'를 결정하는 방식을 규정한 것으로서, 일반적인 경우에 있어 이미 공시된 1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가를 기준으로 취득시점과 위 개별공시지가가 공시된 시점에 함께 적용할 수 있는 지가산정기준인 토지등급가격에 의하여 시간경과에 따른 가격조정을 하고자 하려는 것이지 환지처분에 의하여 면적의 변동이 있는 토지와 같이 특별한 사정이 있는 경우에 토지면적의 변동을 기준시가 결정에 반영하기 위한 규정으로 보이지 않는 점, 구 소득세법시행규칙(1996. 3. 30. 총리령 제562호로 전문 개정되기 전의 것) 제77조 제1항은 종전의 토지소유자가 환지처분된 토지를 처분함에 있어 그 면적에 변화가 있을 경우 양도가액은 '환지교부면적'에 양도 당시의 단위당 기준시가를 곱하여 정하되, 취득가액은 '종전토지의 면적'에 취득 당시의 단위당 기준시가를 각 곱한 금액으로 함으로써 면적변동이 있는 환지처분의 경우 양도가액과 취득가액 계산에 있어 토지면적을 달리 정하여 환지 전후에 걸친 토지의 가액평가에 대한 등가성을 확보하고 있으므로 단위당 기준시가를 정함에 있어서도 거듭 환지로 인한 면적변동을 감안하여 결정한다면 결국 이중계산이 되어 불합리하다는 점 등에 비추어 보면, 위 '과세시가표준액'은 바로 ㎡당 토지등급가격을 의미한다고 봄이 상당하다.