과점주주 간주취득세 대상에서 제외되는 지주회사의 의미 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.01.16 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 보충상고이유서들의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결등 참조).
2. 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)는 ‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써「지방세법」제22조제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 해당 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한「지방세법」제105조제6항을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는데, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조 제1호의2, 같은 법 시행령 제2조 제1항, 제2항은 지주회사를 ‘주식(지분을 포함한다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 등 현재의 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사’로 정의하면서, 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지는 ‘회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인지’를 기준으로 판단하도록 규정하고 있다.
한편 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다) 제276조 제1항은 ‘공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다’고 규정하고 있고, 여기에서 사모투자전문회사란 ‘경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구’를 말하고( 제9조 제18항 제7호), 투자목적회사란 ‘그 주주 또는 사원이 사모투자전문회사, 투자목적회사가 투자하는 회사의 임원 또는 대주주 등의 어느 하나에 해당하되, 사모투자전문회사에 해당하는 주주 또는 사원의 출자비율이 대통령령으로 정하는 비율 이상이고 사모투자전문회사 재산의 운용방법과 동일하게 투자하는 주식회사 또는 유한회사’를 말한다( 제271조 제1항, 제270조 제1항 제1호 내지 제5호, 제7호).
지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다. 그런데 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사는 투자한 회사의 기업가치를 높여 창출한 수익을 투자자에게 배분하는 것을 주된 목적으로 하여 설립된 회사로서, 수직적 출자구조를 통하여 자회사의 사업을 지속적으로 지배함으로써 소유와 경영의 합리화를 도모하려는 목적으로 설립된 공정거래법상의 지주회사와는 설립목적이나 기능 등이 전혀 다르다. 이러한 이유로 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사의 경우에는 공정거래법 제2조 제1호의2 등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었다고 하여 이를 모두 지주회사로 취급하여 공정거래법상의 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것이 적절하지 아니하므로, 자본시장법 제276조 제1항은 위에서 본 것과 같이 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 10년간 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다.
그리고 자본시장법 제276조 제3항 본문은 ‘사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여는 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있고, 그 문언 내용과 이 사건 법률조항의 입법 취지 등에 비추어 보면 위 규정에 따라 금융지주회사로 보지 아니하는 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한데, 사모투자전문회사나 투자목적회사가 일반 지주회사인지 아니면 금융지주회사인지에 따라 이 사건 법률조항의 적용을 달리할 합리적 이유도 없다.
또한, 공정거래법상의 지주회사에 대하여는 이 사건 법률조항 외에, 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례( 구 조세특례제한법 제38조의2), 수입배당금액의 익금불산입제도( 법인세법 제18조의2) 등이 마련되어 있는 반면, 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도( 법인세법 제51조의2 제1항 제2호)나 등록세 중과배제제도( 구 조세특례제한법 제119조 제7항) 등이 규정되어 있는 등 세법상의 규율에도 차이가 있다.
위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법이 이 사건 법률조항(당시에는 제120조 제5항 제8호)을 신설할 당시에는 법률상 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 없었던 점 등을 종합하면, 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.
3. 비록 원심의 설시에 자본시장법이 적용되는 이 사건에 관하여 구 간접투자자산 운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 폐지되기 전의 것) 제144조의17 제1항 등이 적용되는 것처럼 판단하는 등 적절하지 아니한 부분이 있기는 하지만, 원심이 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 투자목적회사인 원고에게는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니하므로 피고의 이 사건 간주취득세 부과처분이 적법하다고 판단한 것은 위와 같은 법리에 기초한 것으로서, 거기에 상고이유의 주장과 같이 구 조세특례제한법의 입법취지 및 조세법규의 엄격해석에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.
4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-대전고등법원 2010. 12. 23. 선고 2010누2102 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 원고의 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 9. 10. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다)상 투자목적회사로서 관련 법령에 따라 허용되는 다른 회사의 주식, 지분, 증권 파생상품 등에의 투자, 관련 법령에 따라 허용되는 부동산, 금전채권, 부실채권 등 기타 자산에 대한 투자 등을 목적으로 사모투자전문회사가 출자하여 설립한 법인이다.
나. 엠비케이파트너스 이호 사모투자전문회사는 2009. 9. 8. 소외 ○○○, ○○○로부터 주식회사 영화엔지니어링(이하 ‘ 영화엔지니어링’이라 한다)의 발행주식 전체인 의결권 있는 보통주식 8,241,600주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 1,323억 원에 매수하여 위 회사의 경영권을 인수하는 계약을 체결하였고, 원고는 2009. 9. 14. 위 사모투자전문회사로부터 이 사건 주식에 대한 매매계약상의 매수인 지위를 인수하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다. 이에 따라 원고는 2009. 10. 27. 김인호, 김인성 등에게 위 매매대금을 모두 지급하여 영화엔지니어링의 주식 100%를 취득함으로써 2009. 10. 27. 기준 자산총액이 1,401억 7,000만 원이 되었고, 그 중 자회사인 영화엔지니어링의 이 사건 주식이 원고 회사 자산총액의 94.3%를 차지하게 되었다.
다. 원고는 2009. 11. 24. 피고에게「지방세법」제105조제6항에 따른 과점주주로서 영화엔지니어링 소유의 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 139-9 외 26필지에 대하여 취득세 및 등록세 신고를 하면서 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호소정의 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다)에 의한 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에는 과점주주가 되더라도 취득세의 납부의무가 면제된다는 규정에 따라 취득세 면제를 신청하여 피고로부터 이를 면제받았다.
라. 그 후 행정안전부는 2009. 12. 16. 피고에게 원고와 같은 투자목적회사는 공정거래법에 의한 지주회사로 볼 수 없다는 이유로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 소정의 과점주주의 취득세 면제대상에 해당하지 않는다는 취지의 세정 운영기준을 통보하였고, 피고는 위 통보에 따라서 2010. 2. 10. 원고에게 면제하였던 취득세 75,773,400원, 취득세의 10%에 해당하는 농어촌특별세 7,577,340원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제7호증, 을 제1호증 내지 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 공정거래법상 지주회사이고 이 사건 주식의 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에 해당하므로, 그로 인하여 비록 위 영화엔지니어링의 과점주주가 되었다고 하더라도, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 따라 취득세가 면제되어야 한다.
2) 자본시장법 제276조 제1항은 투자목적회사에 대하여 공정거래법을 적용하지 않는다고 규정하고 있으나 이는 공정거래법상 규제를 적용하지 않겠다는 취지이지 공정거래법상 지주회사에 해당하지 않는다는 의미는 아니고, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 의한 지주회사가 되면 자회사 주식을 취득하는 경우 과점주주의 취득세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐 다른 요건을 부가하고 있지 않으므로 문리적 해석 및 조세법규의 엄격해석의 원칙에 비추어 공정거래법에 의한 지주회사에 해당하는 원고에 대하여는 위 감면조항이 적용되어야 한다.
3) 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

1) 지주회사와 투자목적회사에 대한 관련 법령의 규율

가) 지주회사와 취득세 특례

「지방세법」제105조6항 본문은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주에게 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세납부의무를 부과하고 있고, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 따른 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득함으로써「지방세법」제22조제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대해서는 같은 법 제105조 제6항에 따른 취득세납부의무를 면제하는 특례규정을 두고 있다.
한편, 정부는 1990년대 말의 외환위기를 맞아 외국자본의 유치 및 기업구조조정의 필요성 때문에 1999. 2. 5. 공정거래법에 그 동안 금지하여오던 지주회사제도를 도입하였다. 기존의 대규모 기업집단은 계열기업간의 상호출자나 상호보증으로 인하여 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어질 위험성이 많았고 실제로도 이런 이유로 인한 사회경제적 폐해가 적지 않았다. 이에 비하여 지주회사는 투명경영이 가능한 수직적인 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄도산의 위험을 차단할 수 있고, 지주회사와 자회사의 특성을 통해 전략적인 의사결정과 일상적인 의사결정을 분리함으로써 경영의 효율성을 제고하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지할 수 있는 점 등 장점이 크게 부각되었기 때문에 위와 같이 공정거래법을 통해 제도화하기에 이르렀다. 그리고 정책당국은 이런 시대상황과 제도의 변화에 따라 기존의 기업집단 내에서 지주회사로의 전환이나 또는 지주회사의 신규 설립을 촉진하기 위해 세제지원책으로 1999. 12. 28. 조세특례제한법에 공정거래법상 지주회사에 대하여 과점주주라도 취득세를 면제하는 규정을 신설하게 되었다.
현행 공정거래법에 의하면 ‘지주회사’라 함은 주식(지분을 포함)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상이고, 그 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50이상 이상인 경우를 말하고( 공정거래법 제2조 제1의2, 같은 법 시행령 제2조), 제8조에서는 지주회사의 설립 또는 지주회사로 전환할 때 공정거래위원회에 신고하도록 하여 그 절차를 감시하고 필요한 경우 시정조치를 할 수 있도록 하는 한편, 그밖에 부채비율의 제한과 자회사 지분 소유기준 및 자회사 외의 다른 회사주식 소유에 대한 제한 등과 같은 직접적인 규제와 더불어 자회사 및 손자회사에 대하여도 일정한 규제규정을 두고 있다.
나) 투자목적회사의 도입취지와 간접투자법의 규율

사모투자전문회사는 투자대상 회사의 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분 또는 증권 등에 투자 및 그것을 운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구이고, 투자목적회사는 회사자산을 사모투자전문회사의 재산운용방법과 같이 투자하는 주식회사 또는 유한회사를 말한다( 간접투자법 제2조, 제144조의2, 제144조의9, 이하 ‘투자전문회사 등’이라 한다).
이와 같이 투자전문회사 등은 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 사원들에게 배분하는 것을 목적으로 하여 간접투자를 활성화하고 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하며 회사의 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급함으로써 자산운용산업이 발전할 수 있는 계기를 만들고 궁극적으로 투자산업을 발전시키기 위해 2004. 10. 5. 도입된 것으로 간접투자법에 근거 규정을 두고 있다.
간접투자법 제144조의17(지주회사 규제의 특례) 제1항에 의하면, 간접투자법 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건, 즉 투자전문회사 등이 다른 회사의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상 되도록 투자하거나 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 투자하는 경우에는 그 요건을 충족한 날부터 10년간 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 적용하지 아니한다고 규정하는 한편, 제144조의17 제2항에서는 투자목적회사가 위 요건을 충족하는 경우에 금융위원회에 신고하여야 하고, 금융위원회는 그 사항을 공정거래위원회에 통보하도록 되어 있으며, 또한 간접투자법 제144조의7, 제144조의8, 제144조의9에서는 채무보증한도, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있다.
2) 투자목적회사에 대한 취득세 특례의 적용 여부

가) 해석기준

원고가 이 사건 주식을 취득함으로써 지방세법 제105호 제6항에 의하여 위 영화엔지니어링의 과점주주가 되었고 공정거래법상 지주회사의 외형적 요건을 충족한 점에 대하여는 다툼이 없다. 그런데 간접투자법 제144조의17 제1항(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)에서는 원고와 같은 투자목적회사가 일정한 요건을 갖춘 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호(이하 ‘이 사건 면제조항’이라 한다)에서는 공정거래법에 따른 지주회사가 된 경우 취득세를 면제하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 특례조항의 의미를 살펴 원고와 같은 투자목적회사에 대하여도 공정거래법상의 지주회사로서 이사건 면제조항을 적용할 것인지가 이 사건의 쟁점이 된다. 이러한 조세법규를 해석함에 있어서는 조세법률주의의 원칙상 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결참조).
나) 판단

이 사건 특례조항의 문언, 투자목적회사와 지주회사의 도입취지와 본질에 기초한 법적 지위의 동일성 여하, 금융지주회사 등 다른 관련 제도와의 체계조화성의 관점에서 본 아래의 사정을 종합하면, 원고와 같은 투자목적회사에 대하여는 이 사건 면제조항이 적용되지 아니한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.
(1) 이 사건 특례조항은 "투자목적회사에 대하여는 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다"고 규정하고 있는바, 법문에 비추어 보더라도 ‘지주회사에 관한 규정’에 공정거래법에서 정한 지주회사의 정의규정과 행위제한규정이 모두 포함된다고 봄이 상당하다. 이를 기술적으로 구분하여 지주회사의 정의규정은 포함되지 아니하고 이를 제외한 나머지 행위제한규정만 포함된다고 해석하는 것은 법문에 어긋날 뿐만 아니라, 지나치게 기교적인 구분으로 보인다. 법문 그대로 지주회사의 정의규정과 행위제한규정을 따로 구분할 것 없이 모두 포괄하여, 투자목적회사 등이 비록 공정거래법에 의한 지주회사의 요건에 형식적으로 부합하더라도 이를 지주회사로 보지 아니하고, 따라서 당연히 지주회사에 관한 각종 행위제한규정도 적용하지 아니하겠다는 의미로 해석하는 것이 자연스럽다.
(2) 지주회사의 경우 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지면서 자회사에 대한 지속적인 지배로 경영합리화를 이루려는 것이 주된 목적이고, 지주회사의 취득세 면제 규정은 기존 기업집단 내에서 지주회사로의 전환 또는 지주회사의 설립을 활성화하기 위해 장려책으로 도입되었다. 이에 비하여 원고와 같은 투자목적회사 등은 처음부터 간접투자법 제144조의9 제1항 제4호에 의해 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사의 실체를 가지지 않는 투자기구(paper company)로서 회사의 경영권을 한시적으로 확보한 후 기업가치를 최대한 높여 투자자들의 이익을 극대화시키는 것이 주된 목적이므로, 투자목적회사 등이 형식적으로 공정거래법에 의한 지주회사의 외형적 기준을 충족시킨다고 하더라도 지주회사의 취득세 면제 규정의 도입 취지에 비추어 이를 그대로 적용하기에는 부적합하다.
(3) 공정거래법 제2조 제1의2는 ‘지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업내용으로 하는 회사’라고 규정하고 있다. 지주회사가 자회사의 지배를 목적으로 함에 반하여, 투자목적회사 등의 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익의 창출이라는 주된 목적을 취한 수단에 불과한 것이므로 공정거래법이 당초 예정한 지주회사 본래의 모습에는 본질적으로 부합하지 않는 요소가 있다.
(4) 지주회사가 소액의 자본으로 거대자본을 지배하는 등의 폐단을 방지하고자 공정거래법은 각종의 행위제한을 규정하고 있으나, 간접투자법은 투자목적회사 등이 지주회사의 형식 요건을 갖추었다고 하더라도 다른 회사에 대한 지배력 행사가 가능한 형태의 투자를 한 경우에는 그로부터 10년간 이러한 규제를 받지 않도록 명시하고 있다. 이는 투자전문회사 등이 투자활동 과정에서 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖추었다 하더라도 그 본질이 지주회사와는 달리 투자활동을 통한 수익창출을 목적으로 하고 있으므로 이를 반영하여 원칙적으로 지주회사와 달리 취급하겠다는 것이고, 다만 이러한 투자 상태가 10년 이상 장기간 지속되는 경우에는 그 투자대상회사에 대한 지속적인 지배기능을 수행하는 지주회사의 성격을 갖는 것으로 보아 공정거래법상의 지주회사 규정을 적용하겠다는 취지이다. 또한 간접투자법에서 투자목적회사 등에 대하여 각종 행위제한규정을 둔 것은 공정거래법과는 별도로 이러한 형태의 회사를 규율하겠다는 의미로 보아야 한다.
(5) 지주회사는 제대로 본연의 기능을 수행하면서도 한편으로 지주회사를 허용함에 따른 부작용을 최소화하려는 정책의 목적에 부합하여야 하므로, 공정거래법에서 정하는 형식적인 지주회사의 요건을 갖춘 것만 가지고는 부족하고 거기에 더하여 부작용 위험의 방지를 위한 각종 규제까지 함께 적용을 받을 때 비로소 공정거래법에서 말하는 진정한 의미의 지주회사에 해당한다고 해석하는 것이 정의와 형평의 이념 및 실질과세원칙에 부합한다.
(6) 간접투자법 제144조의17 제3항은 "투자전문회사 등에 대하여는 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다"고 규정하고 있다. 이 규정의 취지가 앞서 본 이 사건 특례조항의 취지와 다르지 아니한 점에 비추어, 간접투자법 제144조의17 제3항의 ‘금융지주회사로 보지 아니한다’는 문언을 이 사건 특례조항 소정의 ‘공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’의 의미와 동일하게 보는 것이 자연스러운 해석이다. 만일 이와 같이 해석하지 않고 투자전문회사 등을 금융지주회사로 보지는 않지만 지주회사로는 보는 것이라고 해석한다면, 지주회사와 금융지주회사를 구분하지 아니하고 취득세 면제대상으로 규정한 이 사건 면제조항의 문언상 투자전문회사 등이 지주회사의 요건을 갖춘 경우에는 취득세가 면제되고 금융지주회사의 요건을 갖춘 경우에는 취득세가 과세되는 결과에 이르게 된다. 그러나 투자전문회사 등이 투자하는 투자대상기업의 종류에 따라 취득세의 특례 여부를 다르게 정할 합리적인 이유가 없는 점에 비추어 보더라도 그와 같은 해석은 부당하다.
(7) 우리나라가 외환위기를 맞아 지주회사 제도를 도입하고 이를 뒷받침하기 위해 과점주주에 대한 취득세 부과규정의 적용을 면제하는 특례규정을 둘 당시 투자목적회사라는 특수한 형태의 회사는 아예 존재하지도 않았고 아울러 장래 그런 특수한 회사 제도가 도입될 것을 예정하였던 것도 아니다. 따라서 이 사건 면제조항은 가능한 한 관련 법규 본래의 입법취지와 목적에 맞도록 해석하는 것이 정의와 형평의 이념에 부합한다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-대전지방법원 2010. 9. 8. 선고 2010구합1875 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2010. 2. 10. 원고에 대하여 한 취득세 75,773,400원, 농어촌특별세 7,577,340원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

다음의 각 사실들은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증 내지 갑 제7호증, 을 제1호증 내지 을 제3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
가. 원고는 2009. 9. 10. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다)상 투자목적회사로서 관련 법령에 따라 허용되는 다른 회사의 주식, 지분, 증권 파생상품 등에의 투자, 관련 법령에 따라 허용되는 부동산, 금전채권, 부실채권 등 기타 자산에 대한 투자 등을 목적으로 사모투자전문회사가 출자하여 설립한 법인이다.
나. 엠비케이파트너스이호 사모투자전문회사는 2009. 9. 8. 소외 ○○○, ○○○로부터 주식회사 영화엔지니어링(이하 ‘영화엔지니어링’이라 한다)의 발행주식 전체인 의결권 있는 보통주식 8,241,600주를 1,323억 원에 매수하여 위 회사의 경영권을 인수하는 계약을 체결하였고, 원고는 2009. 9. 14. 위사모투자전문회사로부터 위 주식 전부에 대한 매매계약상의 매수인 지위를 인수하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다. 이에 따라 원고는 2009. 10. 27. ○○○,○○○ 등에게 위 매매대금을 모두 지급하여 영화엔지니어링의 주식 100%를 취득함으로써 2009. 10. 27. 기준 자산총액이 1,401억 7,000만 원이 되었고, 그 중 자회사인 영화엔지니어링의 주식이 원고 회사 자산총액의 94.3%를 차지하게 되었다.
다. 원고는 2009. 11. 24. 피고에게「지방세법」제105조제6항에 따른 과점주주로서 영화엔지니어링 소유의 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 139-9 외 26필지에 대하여 취득세 및 등록세 신고를 하면서 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 소정의 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 "공정거래법"이라고 한다)에 의한 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에는 과점주주가 되더라도 취득세의 납부의무가 면제된다는 규정에 따라 취득세 면제를 신청하여 피고로부터 이를 면제받았다.
라. 그 후 행정안전부는 2009. 12. 16. 피고에게 원고와 같은 투자목적회사는 공정거래법에 의한 지주회사로 볼 수 없다는 이유로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 소정의 과점주주의 취득세 면제대상에 해당하지 않는다는 취지의 세정 운영기준을 통보하였고, 피고는 위 통보에 따라서 2010. 2. 10. 원고에게 면제하였던 취득세 75,773,400원, 농어촌특별세 7,577,340원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.
(가) 자본시장법 제276조 제1항은 투자목적회사에 대하여 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정을 일정기간 적용하지 않는다고 규정하고 있으나 이는 공정거래법상 지주회사에 관한 규정을 적용하지 않겠다는 취지이지 공정거래법상 지주회사에 해당하지 않는다는 의미는 아니므로, 원고는 공정거래법상의 지주회사 요건을 갖춘 이상 지주회사에 해당한다.
(나) 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 의한 지주회사가 되는 사유로 또는 공정거래법에 의한 지주회사가 자회사 주식을 취득하는 경우 과점주주의 취득세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐 다른 요건을 부가하고 있지 않으므로 문리적 해석 및 조세법규의 엄격해석의 원칙에 비추어 공정거래법에 의한 지주회사에 해당하는 원고에 대하여는 위 감면조항이 적용되어야 할 것이다.
(2) 피고의 주장

이에 대하여 피고는 조세특례제한법에서 공정거래법에 의한 지주회사에 대하여 과점주주 취득세를 면제하는 취지는, 단순한 출자구조를 갖는 지주회사로 전환하는 경우 연쇄도산 감소 등 기업소유구조 개선에 도움이 되므로 이를 지방세 차원에서 지원하기 위한 것이나, 투자목적회사의 경우는 기업의 경영권을 한시적으로 확보하여 기업가치를 높여 수익을 창출하려는 투자활동의 과정에서 발생한 것으로서 항구적 지배목적을 지닌 일반지주회사와는 그 성격이 상이하고, 이러한 취지에서 자본시장법에서도 10년간 공정거래법상 지주회사 적용을 배제한 것이므로, 공정거래법 적용이 배제되는 투자목적회사는 조세특례제한법상 취득세 감면대상인 지주회사에 해당하지 아니하므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.
나. 관계법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

(1) 원고가 공정거래법상 지주회사에 해당하는지 여부에 대한 판단

(가) 관련규정의 내용

1) 공정거래법 제2조 1의2호, 공정거래법 시행령 제2조 제1항 , 제2항에 의하면, "지주회사"라 함은 주식(지분을 포함)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상이고, 그 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50이상 이상인 경우를 말한다. 또한 공정거래법 제8조에서는 지주회사를 설립한 경우 공정거래위원회에 신고하도록 하고 있고, 같은 법 제8조의2 제2항 내지 제5항에서는 부채비율, 자회사 주식의 보유비율, 계열회사의 주식취득 제한 등 지주회사의 일정한 행위를 제한하고 있으며, 같은 법 제66조, 제68조에서는 신고의무를 위반하거나 행위제한규정을 위반한 자에 대하여 벌칙을 부과하고 있다.
2) 한편, 자본시장법 제276조(지주회사 규제의 특례) 제3항에 의하면, 자본시장법 제270조 제1항 제1호 및 제2호의 요건, 즉 사모투자전문회사나 투자목적회사가 다른 회사의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 10 이상 되도록 투자하거나 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 투자하는 경우에는 그 요건을 충족한 날부터 10년간 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 제276조 제2항에서는 투자목적회사가 위 요건을 충족하는 경우에 금융위원회에 보고하도록 하고 있으며, 금융위원회는 그 사항을 공정거래위원회에 통보하도록 규정하고 있다. 또한 자본시장법 제270조 제1항 제1호, 제271조 제3항, 제5항에서는 채무보증한도, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있고, 같은 법 제278조에서는 투자목적회사의 주주인 사모투자전문회사 및 그 업무집행사원의 각 항에서 규정한 위반행위에 대하여 등록취소, 시정명령, 업무정지, 해임요구 등의 제재를 규정하고 있다.
(나) 판 단

1) 앞에서 본 관련 법령들의 내용 및 입법경위, 변론 전체의 취지를 종합하여 살피건대, 종전 공정거래법은 경제력집중 억제를 위하여 주식소유를 통한 다른 회사의 지배를 주된 사업으로 하는 지주회사의 설립을 금지하였으나, 1990년대 후반의 경제위기를 극복하기 위하여 기업의 구조조정의 필요성이 제기됨에 따라 종래 금지되어 오던 지주회사를 허용함으로써 외국인과의 합작지주회사의 설립 등을 통한 외자유치, 비주력 사업부문의 분리·매각 등 기업의 원활한 구조조정을 지원할 목적으로 1999. 2. 5. 법률 제5813호로 개정된 공정거래법이 지주회사의 설립을 허용한 이래 현재에 이르고 있고, 자본시장법의 사모투자전문회사 및 투자목적회사에 관련된 규정은 2004. 10. 5. 법률 제7221호로 개정된 구 간접투자자산운영업법에 의해 도입된 제도로서, 사모투자전문회사는 회사의 재산을 주식 또는 지분에 투자하고 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 사원에게 배분하는 것을 목적으로 하는 간접투자기구인 사모투자전문회사의 설립을 허용하고 관련 규제를 대폭 완화함으로써 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하고, 금융기관 및 기업의 구조조정 등의 과정에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급할 목적으로 도입되었으며, 투자목적회사는 사모투자전문회사와 법률적으로 다른 실체인 명목회사로 투자위험을 지게 함으로써 사모투자전문회사의 투자위험을 유한책임화하기 위하여 도입된 제도인데, 위 관련규정들은 2007. 8. 3. 법률 제8635호로 자본시장법의 제정으로 구 간접투자자산운영업법이 폐지되면서 자본시장법에 흡수되었다. 이와 같이 지주회사와 투자목적회사의 도입시기, 도입목적은 양자가 동일하지는 않지만 기업의 구조조정을 원활히 한다는 측면에서 양자의 성격은 크게 다르지 않은바, 이러한 점에 비추어 투자목적회사가 공정거래법상 지주회사의 요건을 갖추었다면 이를 지주회사로 보는 것이 타당하다고 할 것이다.
2) 한편, 피고가 원고를 공정거래법상의 지주회사가 아니라고 본 근거규정인 자본시장법 제276조 제1항의 도입취지는 사모투자전문회사 및 투자목적회사가 그 본질상 투자를 수행하는 과정에서 지주회사가 될 가능성이 큰 점을 고려하여 위 회사들이 운영과정에서 공정거래법 제2조에 의한 지주회사의 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 자본을 원활히 조달할 수 있도록 공정거래법에 의한 지주회사 규제의 적용을 일정기간 배제하기 위한 것으로 보인다. 그리고 자본시장법 제276조 제1항의 문언에 의하더라도 "공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다"로 되어 있을 뿐이고, 공정거래법상의 지주회사로 보지 않는다거나 지주회사에서 제외한다는 취지로 규정되어 있는 것은 아니므로, 결국 위 조항은 투자목적회사가 공정거래법 제2조의 요건에 해당할 경우에 지주회사에 해당하지만, 자본시장법 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우에는 공정거래법 제8조 이하에 규정된 지주회사에 대한 행위제한 규정을 그 요건이 충족된 날로부터 10년간 적용하지 아니한다는 특례 규정으로 해석함이 상당하다고 할 것이다.
3) 나아가 자본시장법은 사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여 제270조, 제276조 등의 별도의 제한규정을 두고 있고, 위 회사들이 지주회사의 요건을 갖춘 경우에 금융위원회를 통하여 공정거래위원회에 통보하도록 되어 있어, 공정거래법의 지주회사 관련규정과 유사한 방법 및 내용으로 규율하고 있는데, 이는 공정거래법이 지주회사의 경제적 집중으로 인한 폐해를 방지할 목적으로 일정한 행위를 제한하고 이를 위반한 경우 형사처벌까지 부과하도록 한 것과 마찬가지로 투자목적회사가 지주회사에 해당하는 경우 사모투자전문회사 및 그 업무집행사원에 대한 감독을 통하여 간접적으로 투자목적회사에 대한 일정한 행위를 제한하면서도 이러한 회사들을 도입한 취지에 따라 지주회사 규정을 일부 완화하여 자본시장법의 각 규정에 따라 규율하겠다는 의도로 봄이 상당하다.
(다) 소결론

따라서 원고와 같은 투자목적회사가 공정거래법 제2조의 요건을 충족한 경우 공정거래법상의 지주회사라고 봄이 타당하다고 할 것인바, 앞에서 인정한 바와 같이 원고가 영화엔지니어링의 발행주식 전부를 취득함으로써 원고의 설립연도 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 1,401억 7,000만 원이 되었고, 그 중 자회사인 영화엔지니어링의 주식이 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 94.3%를 차지하고 있으므로, 원고는 공정거래법상의 지주회사에 해당한다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
(2) 원고에게 조세특례제한법 취득세 면제규정이 적용되는 여부에 대한 판단

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것이다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결등 참조).
(나)「지방세법」제22조제2호, 제105조 제6항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다고 규정하여 과점주주에게 취득세 납부의무를 부과하고 있고, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 따른 지주회사가 되거나 지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우에는 그 과점주주에 대하여「지방세법」제105조제6항을 적용하지 아니한다고 규정하여 공정거래법에 의한 지주회사의 경우에 취득세 감면 혜택을 주고 있다.
(다) 이 사건에서 살피건대, 위와 같이 조세특례제한법은 공정거래법상 지주회사가 된 경우「지방세법」제105조제6항을 적용하지 아니한다고 규정하고 있을 뿐이고, 원고와 같은 투자목적회사를 감면대상에서 제외한다거나 공정거래법의 지주회사로서 행위제한규정의 적용을 받는 지주회사에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있지 아니한 점, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 규정은 1999. 12. 31. 법률 제6073호로 개정된 조세특례제한법에 신설된 규정으로 그 무렵 지주회사가 허용됨에 따라 지주회사의 설립을 지원하기 위한 목적으로 도입되었는데, 이와 같은 입법취지에 비추어 볼 때 기업의 원활한 구조조정을 위하여 도입된 투자목적회사의 경우에도 취득세를 감면하여 줌으로서 그 설립을 장려할 필요가 있는 점 등을 종합하면, 공정거래법상 지주회사인 원고에게도 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 규정이 적용된다고 봄이 상당하다. 따라서 원고에 대하여는 자회사인 영화엔지니어링 소유의 토지에 대하여 취득세가 면제되고, 취득세의 납부의무를 전제로 하는 농어촌특별세를 부담하지 않는다고 할 것임에도 불구하고 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 자본시장법 제276조 제1항의 규정을 지나치게 확장해석하거나 유추해석한 것으로써 조세법률주의에 반하는 위법한 처분이라고 할 것이다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 것으로 과점주주 간주취득세 대상에서 제외되는 지주회사도 엄격하게 해석해야 하는 것이다. 따라서 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사를 공정거래법 제2조 제1호의2 등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었다고 하여 이를 모두 지주회사로 취급하여 공정거래법상의 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것이 적절하지 아니하므로 투자목적회사인 원고에게 간주취득세를 부과한 처분은 정당하다.