등록세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.12.26 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 강호에이엠씨 (소송대리인 변호사 김동윤 외 1인)
【피고, 피상고인】 서울특별시 중구청장 (소송대리인 변호사 길영인)
【원심판결】 서울고법 2011. 2. 15. 선고 2009누41099 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 각 상고이유보충서 등 서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점(정당한 사유의 존부에 관한 법리오해 등)에 관하여
 가. 지방세법은 대도시의 인구집중 억제 및 환경보존 등을 위하여 대도시 지역 내에 설립된 법인이 그 설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산의 등기에 대하여 그 등록세를 일반세율의 3배로 하여 중과한다고 규정하는 한편 그에 대한 예외로 주택건설사업자가 주택건설용으로 부동산을 취득한 경우에는 위와 같은 중과를 하지 아니하되, 그 경우에도 등기일로부터 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 그 부동산을 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당 부분에 대하여는 위 규정에 따른 중과를 하도록 규정하고 있다[구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호, 제3항 및 그 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제5호, 제2항].
 따라서 주택건설사업자가 주택건설용으로 취득한 부동산을 그 등기일로부터 3년 이내에 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용한 경우에도 ‘정당한 사유’가 있으면 중과대상에서 제외된다 할 것인데, 이때의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 따른 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 주택건설사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘겼다는 등의 내부적인 사유도 포함하며, 이러한 정당한 사유의 존부를 판단함에 있어서는 등록세 중과 제도의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 주택건설사업에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 주택건설사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애의 정도, 당해 법인이 토지를 주택건설사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1998. 11. 27. 선고 97누5121 판결 등 참조). 그리고 위와 같은 중과세율에 의한 등록세의 추가 부과요건은 특별한 사정이 없는 한 위 지방세법령에 규정된 유예기간의 경과일 또는 다른 업종에 사용한 날 충족된다 할 것이다.
 한편 법인이 합병한 때에는 합병 후 존속하는 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방세와 가산금 등을 납부 또는 납입할 의무를 진다(구 지방세법 제15조). 이러한 합병으로 인한 납세의무 승계제도의 취지와 대도시지역 내 부동산등기에 대한 중과제도의 입법 목적 및 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 어느 법인이 주택건설용으로 부동산을 취득하기는 하였으나, 아직 3년의 유예기간이 경과하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하지 아니하고 있던 상태에서 다른 법인에 합병됨으로써 합병 시까지는 등록세 중과요건이 충족되지 아니한 경우에도, 합병 후 존속법인은 소멸법인에 이미 발생한 등록세 중과와 관련된 법률상의 지위를 승계한다고 봄이 타당하다. 따라서 합병 후 존속법인이 소멸법인의 부동산 취득 등기일로부터 3년 이내에 이를 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용한 경우에는 합병 후 존속법인이 중과세율에 의한 등록세를 추가 납부할 의무를 부담한다고 보아야 하고, 그 흡수합병이 기업의 구조개선 등을 위하여 불가피하였다는 등의 사정은 위와 같은 중과 대상에서 제외되는 ‘정당한 사유’에 해당하는지 여부의 판단에서 고려될 수 있을 뿐이라 할 것이다.
 나. 원심판결 이유 및 기록에 의하면 다음 사실을 알 수 있다. 즉, ① 원고는 2000. 3. 17. 서울특별시 내에 설립된 회사로서 2006. 4.경부터 서울 중구 장교동 일대에 있는 이 사건 도시환경정비구역 내에 주상복합건물을 신축하는 사업을 추진하였고, 그 과정에서 원고와 그 대표이사 등이 주도하여 2006. 10. 10. 주식회사 파크에이엠씨(이하 ‘파크에이엠씨’라고 한다)를 서울특별시 내에 설립하였다. ② 파크에이엠씨는 2006. 12. 15. 주택건설사업자로 등록한 후 2007. 2. 28. 이 사건 도시환경정비구역 내의 토지 중 일부인 이 사건 토지를 취득하면서 그 용도를 주택건설용으로 하여 일반과세율을 적용한 등록세 661,313,280원을 신고·납부하였다. ③ 그런데 원고와 파크에이엠씨는 새로운 시공사가 사업목적을 업무용 건물 신축으로 변경할 것을 제안하는 점과 수익성 등을 고려하여 신축 건물을 주상복합건물에서 업무용 오피스텔로 변경하기로 하고, 2007. 5. 17. 서울특별시 중구청에 이 사건 도시환경정비구역의 정비계획 중 건축물의 주용도를 주거에서 업무시설로 변경하는 내용의 정비계획변경을 서울특별시에 신청해주도록 요청하였으며, 서울특별시는 같은 해 8월 16일 원고가 서울특별시 중구청에 요청한 내용과 같이 건축물의 주용도를 업무시설로 변경하는 내용의 이 사건 도시환경정비구역 변경지정을 하였다. ④ 그런데 원고는 파크에이엠씨가 설립 후 5년이 되지 아니하였으므로 위와 같이 주택건설용으로 취득한 이 사건 토지를 다른 용도로 사용할 경우 등록세 중과 문제가 발생할 것이라고 보고, 이후의 오피스텔 신축 사업은 파크에이엠씨를 원고가 흡수합병하여 사업시행자가 되어 진행하기로 하였다. ⑤ 이에 따라 원고는 2007. 12. 5. 파크에이엠씨를 흡수합병하고 같은 달 20일 이 사건 도시환경정비구역의 사업시행자로서 정비사업시행인가를 받아 이 사건 토지 등 지상에 업무용 오피스텔 건축을 진행하였다.
 위와 같은 사정을 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 도시환경정비구역 내 건축물의 주용도 변경은 원고와 파크에이엠씨의 요청이 주된 원인이 되어 이루어진 것으로서, 원고와 파크에이엠씨의 합병이 거기에 어떠한 영향을 미친 것은 아니고 오히려 원고와 파크에이엠씨는 이 사건 토지를 주택건설 이외의 용도에 사용함에 따라 부과될 등록세 중과 처분을 피하는 것을 주된 목적으로 하여 위와 같은 흡수합병에 이르렀다고 보이므로, 이러한 건축물의 주용도 변경이나 흡수합병이 있었다고 하여 합병 후 존속법인인 원고가 이 사건 토지를 구 지방세법 시행령 제101조 제2항 본문에서 정한 3년의 유예기간 내에 주택건설사업에 사용하지 못하거나 다른 용도로 사용한 것에 대하여 정당한 사유가 있었다고 볼 수는 없다.
 다. 원심판결에는 파크에이엠씨를 실체가 없는 법인이라고 단정한 점 등 일부 부적절한 설시가 있기는 하지만, 구 지방세법 시행령 제101조 제2항의 정당한 사유가 있다는 원고의 주장을 배척한 결론에 있어서는 정당하다. 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 위 규정의 정당한 사유 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 위법이 있다고 할 수 없다. 이 부분 상고이유의 주장은 모두 받아들일 수 없다.
 2. 상고이유 제2점(신뢰보호원칙에 관한 법리오해 등) 및 제3점(비과세 관행 주장에 관한 판단 누락)에 관하여
 가. 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11233 판결 등 참조). 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다.
또한 비과세 관행 존중의 원칙도 비과세에 관하여 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 존재하여야 적용될 수 있는 것으로서, 이는 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 의미하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없으며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 1992. 9. 8. 선고 91누13670 판결 등 참조).
 나. 원심판결 이유 및 적법하게 채택된 증거에 의하면, ① 원고의 세무 관련 자문을 담당한 소외인이 2007. 3. 2.경 행정자치부에 “서울특별시에서 설립된 지 5년이 경과되지 아니한 신설법인이 주택건설용 토지를 취득하여 일반과세율에 의한 등록세를 납부한 후 서울특별시에서 설립된 지 5년이 경과한 기존법인에 흡수합병되었고, 합병 후 존속법인인 기존법인이 위 토지에 주택이 아닌 오피스텔을 신축한 경우, 존속법인인 기존법인에 대하여 등록세 중과세가 적용되는지 여부”에 관하여 질의하였는데, 그 질의 내용에 위 흡수합병의 경위나 목적에 대해서는 아무런 설명이 없었고, ② 행정자치부는 2007. 3. 8.경 위 질의에 대하여 “대도시 내에서 주택건설사업을 목적으로 설립된 지 2년이 경과된 신설법인이 같은 대도시 내에서 설립된 지 5년이 경과한 기존법인으로 흡수합병됨에 따라 취득 후 3년 이내에 사용하지 못하고 기존법인에 이전되는 부동산은 3년 이내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 할 것이므로 당초 일반과세로 납부한 등록세의 중과세 추징대상이 되지 않는다고 할 것이나, 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 사실관계를 확인하여 판단할 사항이다.”는 취지로 회신하였음을 알 수 있다.
 위와 같은 질의 및 회신의 내용을 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 위 행정자치부의 회신만으로는 이 사건과 같이 등록세 중과 처분이 예상되는 상황에서 이를 피하는 것을 주된 목적으로 이루어진 법인합병에 대해서까지 존속법인에 대한 등록세 중과 처분을 하지 않을 것이라는 정당한 기대를 가지게 하는 신뢰를 부여하였다고 볼 수 없다. 또한 그 회신 내용이 그 후 행정자치부 산하 기관이 발행한 공무원 교육용 교재나 행정자치부의 지방세 종합정보시스템에 수록되었다고 하여 그러한 비과세 관행이 존재한다고 볼 것도 아니라고 할 것이다.
 다. 원심이 같은 취지에서 이 사건 등록세 중과 처분이 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙에 위배된다는 원고의 주장을 배척한 것은 정당하다. 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행에 관한 법리를 오해하거나 원고의 주장에 관한 판단을 누락한 위법이 있다고는 인정되지 아니한다. 이 부분 상고이유의 주장도 모두 받아들일 수 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김창석(재판장) 양창수 박병대(주심) 고영한

[1] 구 지방세법 시행령 제101조 제1항제2항에서 정한 ‘정당한 사유’의 의미 및 그 판단 기준
[2] 합병 후 존속법인이 소멸법인의 부동산 취득 등기일로부터 3년 이내에 위 부동산을 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용한 경우, 합병 후 존속법인이 중과세율에 의한 등록세를 추가 납부할 의무를 부담하는지 여부
[3] 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙을 적용하기 위한 요건 및 비과세에 관하여 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행의 존재에 대한 증명책임의 소재(=납세자)

[1] 주택건설사업자가 주택건설용으로 취득한 부동산을 등기일로부터 3년 이내에 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용한 경우에도 ‘정당한 사유’가 있으면 중과대상에서 제외된다 할 것인데, 이때의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 따른 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 주택건설사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘겼다는 등의 내부적인 사유도 포함하며, 이러한 정당한 사유의 존부를 판단함에 있어서는 등록세 중과 제도의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 주택건설사업에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 주택건설사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애의 정도, 당해 법인이 토지를 주택건설사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다. 그리고 위와 같은 중과세율에 의한 등록세의 추가 부과요건은 특별한 사정이 없는 한 위 지방세법령에 규정된 유예기간의 경과일 또는 다른 업종에 사용한 날 충족된다.
[2] 법인이 합병한 때에는 합병 후 존속하는 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방세와 가산금 등을 납부 또는 납입할 의무를 진다[구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제15조]. 이러한 합병으로 인한 납세의무 승계제도의 취지와 대도시지역 내 부동산등기에 대한 중과제도의 입법 목적 및 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 어느 법인이 주택건설용으로 부동산을 취득하기는 하였으나, 아직 3년의 유예기간이 경과하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하지 아니하고 있던 상태에서 다른 법인에 합병됨으로써 합병 시까지는 등록세 중과요건이 충족되지 아니한 경우에도, 합병 후 존속법인은 소멸법인에 이미 발생한 등록세 중과와 관련된 법률상의 지위를 승계한다고 봄이 타당하다. 따라서 합병 후 존속법인이 소멸법인의 부동산 취득 등기일로부터 3년 이내에 이를 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용한 경우에는 합병 후 존속법인이 중과세율에 의한 등록세를 추가 납부할 의무를 부담한다고 보아야 하고, 그 흡수합병이 기업의 구조개선 등을 위하여 불가피하였다는 등의 사정은 위와 같은 중과 대상에서 제외되는 ‘정당한 사유’에 해당하는지 여부의 판단에서 고려될 수 있을 뿐이다.
[3] 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다. 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다. 또한 비과세 관행 존중의 원칙도 비과세에 관하여 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 존재하여야 적용될 수 있는 것으로서, 이는 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 의미하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없으며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다.