양도소득세경정거부처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2024.08.30 / 시행일:

【원고, 항소인】 원고 1 외 1인 (소송대리인 법무법인 위즈 담당변호사 김기현 외 1인)
【피고, 피항소인】 부산강서세무서장
【제1심판결】 부산지방법원 2024. 1. 18. 선고 2023구합22710 판결
【변론종결】2024. 7. 19.
【주 문】
 1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.
 2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 5. 2. 원고 1에게 한 2021년 귀속 양도소득세 31,359,520원(가산세 포함)의 부과처분과 원고 2에게 한 2021년도 귀속 양도소득세 33,399,140원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고 1은 2015. 12. 7. 부산 강서구 (주소 1 생략)(이하 ‘이 사건 ㉠주택’이라 한다)에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.
 나. 원고 1은 2017. 4. 20. 부산 강서구 (주소 2 생략)(이하 ‘이 사건 ㉡주택’이라 한다)에 관하여 소유권이전등기를 마친 뒤 2019. 4. 26. 배우자인 원고 2에게 그중 1/2 지분에 관하여 2019. 4. 26. 자 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
 다. 원고들은 2019. 4. 19. 부산 강서구 (주소 3 생략)(이하 ‘이 사건 ㉢주택’이라 한다) 중 각 1/2 지분에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 현재까지 위 주택에서 거주하고 있다. 
 라. 원고 1은 2020. 10. 27. 소외 1에게 이 사건 ㉠주택을 매도하고 2021. 1. 13. 소외 1 앞으로 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
 마. 원고들은 2021. 8. 31. 소외 2에게 이 사건 ㉡주택을 매도하고 2021. 11. 26. 소외 2 앞으로 소유권이전등기를 마쳐 준 다음, 2021. 12. 8. 이 사건 ㉡주택의 양도를 1세대 1주택 양도로 간주되는 비과세 대상임을 전제로 2021년 귀속 양도소득세 신고를 하였다. 
 바. 그러나 피고는 구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제154조 제5항 단서에 따라 ‘이 사건 ㉠주택의 처분일로부터 이 사건 ㉡주택의 양도 당시까지의 보유기간이 2년을 초과하지 아니하여 비과세 대상에 해당하지 아니한다’는 이유로 2022. 5. 2. 원고 1에게 2021년도 귀속 양도소득세 31,359,520원(가산세 포함)을, 원고 2에게 2021년도 귀속 양도소득세 33,399,140원(가산세 포함)을 각 부과하는 처분을 하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 
 사. 원고들은 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 5. 9. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 원고들의 주장
가. 처분사유 부존재
 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택(이하 ‘종전 주택’이라 한다)을 먼저 처분하여 2주택이 된 상태에서 추가로 1주택(이하 ‘쟁점 주택’이라 한다)을 처분하는 경우에도 이른바 ‘일시적 2주택 비과세 특례’ 조항인 구 소득세법 시행령 제155조 제1항이 적용될 수 있다.
 이 경우 처분하는 주택의 보유기간은 구 소득세법 시행령 제154조 제5항, 소득세법 제95조 제4항에 의하여, ‘종전 주택 처분일’이 아닌 ‘쟁점 주택의 취득일’부터 기산하여야 한다.
 따라서 원고들은 이 사건 ㉡주택을 취득한 날(2017. 4. 20.)로부터 1년 이상이 지난 2019. 4. 19. 이 사건 ㉢주택을 취득하였고, 이 사건 ㉢주택을 취득한 날로부터 3년 이내인 2021. 11. 26. 이 사건 ㉡주택을 양도하였으므로, ‘일시적 2주택 비과세 특례’ 조항이 적용된다고 할 것임에도, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다. 
나. 신뢰보호원칙 위배
 국세청과 기획재정부는 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 상태에서 쟁점 주택을 양도하는 경우에도 그 보유기간을 쟁점 주택 취득일부터 기산한다는 유권해석을 일관되게 내려 왔고, 원고들은 이를 신뢰하여 3주택 보유자가 된 뒤 이 사건 ㉡주택을 매도하는 계약을 체결하였다. 피고는 이러한 원고들의 신뢰에 반하여 위와 같은 경우 보유기간 기산일을 종전 주택 양도일로 보는 새로운 유권해석(기획재정부 재산세제과-953, 2021. 11. 2.)에 따라 이 사건 각 처분을 하였는바, 이는 종전 유권해석에 대한 원고들의 신뢰를 침해한 것으로서 위법하다.
3. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다. 
4. 판단
가. 처분사유 부존재 주장에 관한 판단
1) 관련 법리
 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).
2) 구체적 판단
 가) 먼저 이 사건 ㉡주택의 양도는 ‘일시적 2주택 비과세 특례’ 조항이 적용될 수 있는 경우에 해당하지 않는다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다.
 ① 소득세법은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(소득세법 제4조 제1항 제3호) 예외적으로 정한 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(소득세법 제89조), ‘일시적 2주택 비과세 특례’ 조항은 명백한 특혜규정이므로 앞서 본 엄격해석의 원칙에 따라 조세공평의 원칙에 부합하도록 그 요건을 엄격하게 해석하여야 한다.
 ② 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호에 따르면, 국내에 1주택(기존 주택)을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 1세대 2주택이 된 경우 일정한 요건, 즉 기존 주택을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고, 신규 주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 기존 주택을 양도하는 경우에는, 1세대 2주택임에도 불구하고 이를 1세대 1주택으로 보아 구 소득세법 시행령 제154조 제1항의 요건을 충족하는 경우 양도소득세를 과세하지 않는다. 이와 같은 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호의 문언과 그 내용에 의하면, ‘일시적 2주택 비과세 특례’는 1주택을 보유한 1세대가 신규로 1주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고, 원고들과 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고 있지 않음이 분명하다. 
 ③ 한편 구 소득세법 시행령 제154조 제5항에서는, 이른바 ‘1세대 1주택 비과세 특례’에 해당하기 위한 주택의 보유기간 계산에 관하여 ‘소득법세 제95조 제4항에 따라 해당 자산의 취득일로부터 양도일까지로 하되, 다만 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규 주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다’고 정하고 있다. 이처럼 위 ‘1세대 1주택 비과세 특례’ 적용 요건으로서 보유기간 계산에 관한 규정 또한 구 소득세법 시행령 제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택이 된 경우나 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 처분하였다가 신규 주택을 취득하여 1세대 2주택이 된 경우(1주택 + 1주택 = 2주택)만을 상정하고 있을 뿐, 원고들과 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우(3주택 － 1주택 = 2주택)를 적용대상으로 상정하고 있지는 않다. 
 ④ 위와 같이 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 제154조 제11항, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항에서 1세대 2주택임에도 일정한 요건을 충족하는 경우에 ‘일시적 1세대 2주택’으로 보아 1세대 1주택과 동일하게 양도소득 비과세 특례가 적용될 수 있도록 한 것은, 1주택 보유자가 주거를 이전하기 위한 목적으로 대체 주택을 취득하는 등과 같이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 2주택을 보유하다가 양도한 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 양도소득 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우와 동일하게 취급하여 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주·이전의 자유를 보장하려는 입법 목적에 따른 것이다. 위와 같은 해당 법 규정의 입법 목적이나 제도의 취지에 비추어 보면, 원고들과 같이 3주택을 보유하다가 그중 1주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우는 소득세법 제89조 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호에서 정한 비과세 특례의 대상 중 어느 경우에도 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 즉, 원고들 주장처럼 3주택 중 1주택이 처분된 시점을 기준으로 하여 그때부터 새롭게 비과세 대상인 1세대 2주택으로 취급하는 것은 종전에 과세의 대상이 되었던 다주택 소유관계를 도외시하고 이를 과세처분에 전혀 반영하지 않는 결과가 되어 위와 같은 입법 목적이나 제도의 취지와도 부합하지 않는 것이다. 
 나) 나아가 원고들과 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 먼저 처분하여 2주택이 된 상태에서 추가로 1주택을 처분한 경우는, 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서에서 정한 ‘2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 양도하였다가 신규 주택을 취득하여 1세대 2주택이 된 경우’와 다름이 분명하나, 설령 이와 유사한 경우라고 보아 위 규정을 이 사건에 유추적용할 수 있다고 가정하더라도, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 양도한 경우 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하도록 정한 위 규정의 취지에 비추어, 2년 이상 보유기간의 기산일은 ‘3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 먼저 처분하여 2주택자가 된 시점’으로 봄이 체계적 해석에 부합한다. 
 다) 따라서 이 사건 ㉡주택의 양도는 ‘일시적 2주택 비과세 특례’ 조항이 적용되지 않는다고 할 것이므로, 이를 전제로 한 피고의 이 사건 각 처분은 정당하고, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
나. 신뢰보호원칙 위배 주장에 관한 판단
1) 관련 법리
 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 참조). 
 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이므로, 과세관청의 행위에 대하여 이를 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조).
2) 인정사실
 을 제4호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 아래의 각 사실이 인정된다.
 가) 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정된 소득세법 시행령은 "다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다."는 내용의 제154조 제5항 단서 규정(이하 ‘이 사건 단서 규정’이라 한다)을 신설하였고, 위 개정규정은 2021. 1. 1. 시행되었다. 
 나) 기획재정부는 2020. 2. 18. ‘3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이전인 2020. 12.경 1주택을 양도한 후 2021년 이후에 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일’을 묻는 질의에 대하여, 이를 ‘해당 주택 취득일’로 봄이 타당하다는 취지로 답변하였다(기획재정부 재산세제과-194, 이하 ‘종전 기획재정부 예규’라 한다).
 다) 국세청은 2021. 3. 24., 2021. 4. 12., 2021. 6. 30. ‘3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이후에 1주택을 양도하고 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일’을 묻는 질의에 대하여, 종전 기획재정부 예규를 참고하라는 취지로 답변하였다(이하 통틀어 ‘종전 국세청 예규’라 한다).
 라) 기획재정부는 2021. 11. 2. ‘3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이전에 1주택을 양도하고 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일’에 관하여는 이를 해당 주택 취득일로 봄이 타당하다는 취지로, ‘3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이후 1주택을 양도하고 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일’에 관하여는 이를 직전 주택 양도일로 봄이 타당하다는 취지로 유권해석을 하였다(기획재정부 재산세제과-953, 2021. 11. 2.).
3) 구체적 판단
 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 이 사건 ㉡주택의 보유기간 기산일을 이 사건 ㉠주택의 양도일로 보고 이 사건 각 처분을 한 것이 신뢰보호원칙에 위배되어 위법하다고 보기 어렵다. 따라서 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.
 ① 종전 기획재정부 예규는 3주택 보유자가 이 사건 단서 규정 시행 ‘이전’에 1주택을 양도하는 경우에 관한 것이어서, 이 사건 단서 규정 시행 이후에 이 사건 ㉠주택을 양도한 원고들과는 사안을 달리한다.
 ② 종전 국세청 예규는 원고들의 경우와 같이 3주택 보유자가 이 사건 단서 규정 시행 ‘이후’에 1주택을 양도하는 경우에 관한 것이기는 하나, 원고들의 경우와는 사안을 달리하는 종전 기획재정부 예규를 단순히 인용한 데 불과하고, 이는 ‘이 사건 단서 규정의 시행’이라는 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것으로 볼 여지가 있다.
 여기에다가 ㉮ 앞서 본 바와 같이 관련 법령의 문언상 원고들과 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우는 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’의 양도소득 비과세 특례 적용대상이 아님이 분명한 점, ㉯ 원고들이 이 사건 ㉡주택을 양도할 무렵 소득세법 시행령은 다주택자에 대한 양도소득 비과세 적용 요건을 강화하는 방향으로 개정되어 오고 있었고, 특히 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정된 소득세법 시행령은 개정이유에서 이 사건 단서 규정의 신설 취지에 관하여 "주택임대사업자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 적용할 때 다주택을 보유한 기간은 보유기간에서 제외하고 최종적으로 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것으로 요건을 강화함"이라고 명시한 점, ㉰ 이 사건 단서 규정을 원고들 주장과 같이 풀이할 경우 2주택 보유자가 양도소득세 부담을 줄이기 위하여 저가의 주택을 취득하는 방식으로 ‘1세대 일시적 2주택’ 비과세 특례를 악용하는 것이 가능해지고, 이는 비교적 쉽게 예상할 수 있는 점 등을 보태어 보면, 종전 국세청 예규에 의하여 원고들에게 비과세 혜택을 받으리라는 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여되었다고 보기 어렵거나, 원고들이 종전 국세청 예규가 정당하다고 신뢰한 데 대하여 원고들에게 귀책사유가 없다고 할 수 없다.
 ③ 또한 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는 납세자가 과세관청의 언동을 신뢰하고 그 신뢰를 바탕으로 하여 어떤 처리를 하였어야 하며 그 사이에 상당인과관계가 있어야 한다고 할 것인데, 원고들이 이 사건 ㉢주택을 취득하여 3주택자가 된 것은 종전 기획재정부 예규 및 종전 국세청 예규가 있기 이전의 일이므로, 원고들이 주장하는 신뢰와 행위 사이의 상당인과관계를 인정하기도 어렵다.
 ④ 그 밖에 합법성의 원칙을 희생하여서라도 원고들의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정도 보이지 아니한다.
5. 결론
 그렇다면, 원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 
[별지 관계 법령 생략]

판사 김문관(재판장) 김정환 정동진