임대목적으로 취득한 토지의 임대사업등록 관련 감면 여부 (일반행정, 광주고등법원)
공포일: 2023.08.24 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 제1심판결 중 원고가 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득한 임대주택 부지에 관한 부분을 취소한다.
피고가 2019. 3. 20. 원고에 대하여 한 취득세 등 별지1 기재 경정청구 구체적 필지별 내역은 첨부한 별지8 기재와 같다.
거부처분 중 원고가 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득한 별지2 기재 임대주택 부지에 관한 3,872,250원의 환급 거부처분을 취소한다.
2. 피고의 항소 및 원고의 나머지 항소를 모두 기각한다.
3. 소송총비용 중 23%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

▣청구취지 및 항소취지

1.청구취지

피고가2019. 3. 20.원고에 대하여 한 취득세 등 별지1기재 경정청구 거부처분을 취소한다.
2.항소취지

가.원고

제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소한다.피고가2019. 3. 20.원고에 대하여 한 취득세 등 별지1기재 경정청구 거부처분 중 임대주택 부지에 관한287,887,110원의 환급 거부 부분을 취소한다.
나.피고

제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고,그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
▣이 유

1.처분의 경위 등

가.도시개발구역 지정ㆍ개발계획 수립 및 지형도면 고시 등

1)전라남도지사는2009. 12. 4.광양시 광양읍 목성리 일원729,316㎡(이하‘이 사건 사업구역’이라 한다)에 대한 목성지구 도시개발사업(이하‘이 사건 개발사업’이라 한다)에 관하여 도시개발구역 지정ㆍ개발계획 수립 및 지형도면 고시(전라남도 고시 제2009-459호,이하‘이 사건2009년 고시’라 한다)를 하면서,사업시행자를 한국토지주택공사로 지정하였다.이 사건2009년 고시의 토지이용계획 및 기반시설계획은 별지3기재와 같고,지형도면은 별지4기재와 같다.
2)한국토지주택공사는 이 사건2009년 고시가 있기 전인2009. 7. 2.부터2009. 7. 22.까지 및2009. 9. 10.부터2009. 10. 16.까지 광양시,전라남도를 비롯한 관계기관과 개발계획수립을 위한 협의를 거쳤는데,그 중 광양시 회계과,건설과와의 협의 내용은 아래와 같다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025078"></img>

나.이 사건 개발사업의 사업시행자 변경

한국토지주택공사는2012. 10. 5.경 원고와 이 사건 개발사업의 사업시행자를 원고로 변경하기로 합의하였고,전라남도지사는2014. 1. 23.이 사건 개발사업의 사업시행자를 원고로 변경하는 도시개발사업 개발계획(변경)고시(전라남도 고시 제2014-15호)를 하였다.
다.원고의 이 사건 사업구역 내의 토지 취득과 취득세 등의 납부

1)피고는 지체되고 있던 이 사건 개발사업을 조속히 추진하고자 하였고, 2015. 5. 8.원고에게“도시개발사업 보상업무 위ㆍ수탁 협의서 제14조(보상금 지급 등)에 의한‘사업대상 토지 면적2/3이상 토지 보상계약 및 토지 소유자 총수의1/2에 해당하는 자의 동의’가 완료되었기에 알려드리니,빠른 시일 내에 소유권이전등기 및 보상금 지급이 이루어질 수 있도록 조치하여 주시기 바랍니다.”라는 내용의 공문을 보냈다.
2)원고는2015. 5. 8.부터2017. 6. 9.까지 이 사건 사업구역 내에 있는 광양시 광양읍 목성리○○○-○토지 등 총567,368㎡(이하‘이 사건 개발사업 부지’라 한다)의 소유권을 취득하였고,그 취득 과정에서2015. 5. 13.부터2017. 6. 12.까지 별지1기재와 같이 취득세 등 합계3,075,961,730원을 납부하였다.
라.원고의 취득세 등 정산 환급 요청 및 이에 대한 피고의 회신

1)원고는2015. 5. 20.피고에게“도시개발사업 실시계획인가 전 보상계약 체결한 토지에 대한 소유권이전등기를 위하여 취득세를 우선 납부하고자 하오니,지방세특례제한법 제31조 및 지방세법 제9조 등 관련 규정에 의거 감면(면제)대상인‘임대주택 용지 및 도로,공원 등 도시계획시설 기부채납 대상 토지’에 대하여 기납부한 취득세를 실시계획인가 후 토지의 위치와 용도 등이 확정 시 면적에 따라서 정산 환급 처리하여 주시기 바랍니다.”라는 내용의 공문을 보냈다.
2)원고가 보낸 위 공문에 대하여 피고는 같은 날 원고에게 아래와 같이 회신하였다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025080"></img>

마.이 사건 개발사업 실시계획인가 고시 등

1)원고는2017. 1. 10.이 사건 개발사업에 관한 도시개발사업 구역지정(변경),개발계획(변경)및 실시계획인가 신청서를 제출하였고,피고는2017. 1. 18.부터2018. 3. 7.까지8차에 걸쳐 원고에게 도시개발사업 구역지정(변경),개발계획(변경)및 실시계획(안)관계부서 협의의견을 알렸고,이에 대해 원고는 피고에게 재협의를 요청하거나 조치계획을 제출하는 등으로 이 사건 개발사업의 실시계획 등에 관하여 협의하였다.그 협의 내용에는 아래와 같이 도시개발법 제66조 제2항에 따른 공공시설의 무상귀속에 관한 내용도 포함되어 있었다.
2)전라남도지사는2018. 6. 14.이 사건 개발사업에 관하여 도시개발사업 구역지정(변경),개발계획(변경)및 실시계획인가 고시(전라남도 고시 제2018-180호,이하‘이 사건 실시계획인가 고시’라 한다)를 하였다.이 사건 실시계획인가 고시의 토지이용계획 및 기반시설계획은 별지5기재와 같다.
바.원고의 임대사업자 등록 및 임대주택 착공신고 등

1)원고는2018. 7. 13.피고에게 이 사건 임대주택 부지(A-1, A-2, A-3블록)에 관한 주택건설사업계획 승인 신청을 하였고,피고는2019. 2. 13. A-2, A-3블록에 관하여, 2019 3. 20. A-1블록에 관하여 각 주택건설사업계획 승인을 하였다.
2)원고는2016. 1. 8.임대사업자로 최초 등록하였고, 2018. 7. 26.이 사건 임대주택 부지를 임대목적물로 하여 임대사업자 변경등록을 하였다.
3)원고는2019. 10. 29.이 사건 임대주택 부지 중A-1, A-2블록에 관하여 착공신고를 하였다.
사.원고의 취득세 등 경정청구 및 피고의 거부처분 등

1)원고는2019. 1. 25.피고에게 별지1기재와 같이 위 취득세 등 납부액 중1,239,773,380원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.이때 원고는 이 사건 개발사업 부지 중①광양시 광양읍 목성리○○○-○토지 외358필지 총171,830㎡1)(이하‘이 사건 기반시설 부지’라 한다)에 관하여는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득한 토지로서 구 지방세법(2019. 12. 31.법률 제16855호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제9조 제2항에 따라 취득세 비과세 대상이라는 이유로951,886,270원의 환급을 구하였고,②광양시 광양읍 목성리△△△-△△토지 외79필지 총91,438㎡(이하‘이 사건 임대주택 부지’라 한다)에 관하여는 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 토지에 해당한다는 이유로287,887,110원의 환급을 구하였다(이 사건 개발사업 부지의 필지별로 원고가 납부한 취득세 등과 환급을 구하는 취득세 등의 금액은 첨부된 별지8기재와 같다).
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주1) 이 사건 실시계획인가 고시의 토지이용계획상 도시기반시설용지296,196㎡중

도시개발법 제66조 제2항에 따라 국가 등에 귀속될 공공시설 부지로,이후 모두 국가 등에 무상귀속 되었다.
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2)피고는2019. 3. 20.원고에 대하여 아래와 같은 취지로 위 경정청구를 거부하는 처분(이하‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025082"></img>

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주2) 엄밀히는 이 사건 임대주택 부지 중2015. 5. 8.부터2016. 12. 31.까지 취득한 부분은

구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되어2017. 1. 1.시행되기 전의 것,이하‘개정 전 구 지방세특례제한법’이라 한다)제31조 제1항이,

2017. 1. 1.부터2017. 2. 28.까지 취득한 부분은 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16041호로 개정되기 전의 것,이하‘개정 후 구 지방세특례제한법’이라 한다)

제31조 제1항이 적용되어야 하나,제31조 제1항 단서의 규정이 동일하므로,편의상 개정 후 구 지방세특례제한법만을 기재하였다.
이하에서는 특별히‘개정 전 구 지방세특례제한법’과‘개정 후 구 지방세특례제한법’을 구분하여 기재하는 경우 외에는‘구 지방세특례제한법’이라고만 한다.
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3)원고는 이 사건 처분에 불복하여2019. 6. 18.조세심판원에 심판청구를 하였으나2020. 6. 3.기각되었다. (조심2019지2241)

아.이 사건 사업구역에서 이루어진 매장문화재 발굴조사 등의 경위

1)이 사건 개발사업의 종전 시행자인 한국토지주택공사는2009. 7. 24.부터2009. 8. 12.까지 재단법인 대한문화재연구원(이하‘대한문화재연구원’이라 한다)을 통해 이 사건 사업구역에서 매장문화재 지표조사를 실시하였다.
2)이후 사업시행자가 된 원고는2016. 10. 13.대한문화재연구원과 이 사건 사업구역에서의 매장문화재 표본조사(대상면적: 373,138㎡)및 시굴조사(대상면적: 284,628㎡)용역계약(계약기간: 2016. 10. 13. ~ 2017. 1. 12.)을 체결하였고,대한문화재연구원은2016. 10. 17.부터 표본조사에 착수하였다.
3)문화재청장은2016. 10. 24.원고에 대하여 구 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률(2019. 11. 26.법률 제16592호로 개정되기 전의 것,이하‘구 매장문화재법’이라 한다)제11조에 따라 이 사건 사업구역에서의 매장문화재 발굴허가(허가면적: 284,628㎡)를 하였다.이에 따라 대한문화재연구원은2016. 11. 19.부터 시굴조사에 착수하였다.
4)한편 대한문화재연구원은2016. 10.경 추가 구역(22,610㎡)에 대한 지표조사를 실시하였는데,그 조사 결과에 대하여 문화재청장은2016. 11. 17.원고 및 피고 등에게 구 매장문화재법 제9조에 따라‘동 사업으로 인하여 사업예정부지와 인접한 문화재 및 그 주변 경관과 유물산포지 등이 훼손되지 않도록 하여야 한다.’는 등의 내용이 담긴 문화재 보존대책을 통보하였다.
5)대한문화재연구원은2017. 10. 25.시굴조사를 완료하였고,원고가2017. 11. 24.문화재청장에게 제출한 문화재 보존조치(발굴조사)결과보고서에 의하면,표본조사 및 시굴조사 결과 매장문화재 산포지 면적은680,376㎡에 이르고,출토된 유구 현황은 아래와 같다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025084"></img>

6)문화재청장은2017. 12. 1.원고 및 피고 등에게 구 매장문화재법 제14조에 따라‘조사 결과에 대한 기록ㆍ보존 및 발굴현장 안전 관리 철저,동 사업부지에서 확인된 주거지,수혈,경작유구 등에 대해서는 발굴조사 등 유적 보존대책 수립 추진’등 발굴 문화재 보존조치가 담긴 매장문화재 발굴(시굴)완료조치를 통보하였다.
7)원고는2018. 1. 16.재단법인 두○문화연구원(이하‘두류문화연구원’이라 한다)과 매장문화재 정밀발굴조사 용역계약(계약기간:착수일로부터8개월)을 체결하였다.
8)두○문화연구원은 토지 보상 등이 완료된 구역부터 조사를 진행하였고,이에 따라2018. 1. 30. 1지구(62,337㎡)에 대하여, 2018. 4. 24. 2지구(77,792㎡)에 대하여, 2018. 6.경3지구(89,299㎡)에 대하여 각각 매장문화재 발굴(변경)허가를 받아 순차적으로 조사를 진행하였으며, 2018. 11. 19.추가로29,611㎡(= 1지구24,201㎡+ 2지구3,125㎡+ 3지구2,285㎡)에 대한 문화재 발굴변경허가를 받아 조사를 실시하였다.
9)원고는 문화재청장에게 정밀발굴조사가 완료된 부분에 대하여 순차적으로 부분 완료 보고를 하였고,문화재청장은 원고에게2018. 12.경3지구(91,584㎡)에 대한 부분 완료 통보를 한 것을 시작으로2019. 2.경까지1지구(86,538㎡), 2지구(80,917㎡)에 대하여도 부분 완료 통보를 하였으며, 2019. 3. 25.원고 및 피고 등에게 구 매장문화재법 제14조에 따라‘공사 중 문화재로 의심되는 유구ㆍ유물 등이 발견되면 즉시 공사를 중지하고 문화재청에 신고하여야 한다.’는 등의 내용이 담긴 매장문화재 발굴 완료조치를 통보하였다.
10)이 사건 사업구역 중 문화재 정밀발굴조사가 진행된1지구(86,538㎡), 2지구(80,917㎡)및3지구(91,584㎡)의 위치는 별지6기재와 같고,각 지구별로 발굴된 유구 현황은 아래와 같다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025086"></img>

[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지15, 22, 23, 26, 28, 30, 32, 34, 35호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함,이하 같다),을 제1, 2, 4내지10, 15내지48호증의 각 기재 및 영상,변론 전체의 취지

2.원고 주장의 요지

가.이 사건 기반시설 부지 관련3)

이 사건 기반시설 부지는 도시개발법 제66조 제2항에 따른 귀속 대상으로,원고가 이 사건 기반시설 부지를 취득할 당시 이미 이 사건2009년 고시에 의해 기반시설 부지의 위치 및 면적이 구체적으로 특정되어 있었고,그 무렵부터 행정관청과의 사이에서 공공시설의 귀속에 관한 협의도 진행 중이었다.따라서 이 사건 기반시설 부지는‘국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 구 지방세법 제9조 제2항에 따라 취득세 비과세 대상이므로,이 사건 처분 중 기반시설 부지에 관한 부분은 위법하다.
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주3) 원고는 제1의 사. 1)항 기재 경정청구에서와 같이 이 사건 기반시설 부지를 국가 등에 기부채납할 조건으로 취득하였다고도 주장하였으나,

변론 전체의 취지에 비추어 보면,이는 이 사건 기반시설 부지를 도시개발법 제66조 제2항에 따른 무상귀속을 조건으로 취득하였다는 취지의 주장으로 보인다.
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나.이 사건 임대주택 부지 관련

원고는 임대사업자등록을 마친 임대사업자로,이 사건 임대주택 부지가 확정되어 이 사건 임대주택 부지를 임대목적물로 하여 임대사업자 변경등록을 할 수 있게 된 이 사건 실시계획인가일인2018. 6. 14.로부터60일 내인2018. 7. 26.그 변경등록을 하였으므로 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자 등록 요건을 갖추었다.
또한 이 사건 개발사업 부지에서2016. 10.경부터2019. 3.경까지 매장문화재 발굴조사 등이 이루어져 원고가 이 사건 임대주택 부지를 취득한 후2년 내에 임대주택을 착공하지 않은 데에 정당한 사유가 있으므로,구 지방세특례제한법 제31조 제1항 단서에 해당하지 않는다.
따라서 이 사건 임대주택 부지에 관하여 구 지방세특례제한법 제31조 제1항의 감면규정이 적용되어야 하므로,이 사건 처분 중 임대주택 부지에 관한 부분은 위법하다.
다.신뢰보호의 원칙 위반

피고는2015. 5. 20.원고가 보낸 취득세 등 정산 환급 요청 공문에 대하여‘취득세를 우선 납부하여 등기를 이전하면,실시계획인가 후 구 지방세법 제9조와 구 지방세특례제한법 제31조의 규정에 따라 감면되어야 할 취득세 등을 지방세기본법의 경정 청구 규정에 따라 정산하여 과오납 부분을 반납하겠다.’는 취지로 회신하였다.이는 피고가‘이 사건 기반시설 부지는 구 지방세법 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상이고,이 사건 임대주택 부지는 구 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따른 지방세 감면 대상에 해당한다’는 공적 견해표명을 한 것이고,원고는 이를 신뢰하여 이 사건 기반시설 부지 및 이 사건 임대주택 부지를 취득한 후 그 취득세 등을 납부한 것이므로,과오납된 취득세 등의 환급을 구하는 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하다.
3.관계 법령

별지7기재와 같다.
4.판단

가.이 사건 기반시설 부지 관련 주장에 관한 판단

1)관련 규정

구 지방세법 제9조 제2항 본문은 국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하"국가 등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 않도록 규정하고,그 단서 제1호에서는‘국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우’에는 다시 취득세를 부과하도록 규정하고 있다(종래 지방세법 제9호 제2항은 본문의 비과세 규정만을 두고 있었으나,지방세법이2015. 12. 29.법률 제13636호로 개정되면서 일정한 경우 면제된 취득세를 다시 부과하도록 하는 단서 규정이 신설되었다).
2)관련 법리

가)구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)제106조 제2항,제126조 제2항에 따르면,국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 부동산의 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 않는다.위 규정의 입법 취지는,국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 및 등록세를 비과세하는 구 지방세법 제106조 제1항,제126조 제1항과 같은 취지에서 취득세 및 등록세를 비과세하겠다는 데에 있으므로,위 규정에 의하여 취득세 및 등록세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 취득자가 그 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다(대법원2011. 7. 28.선고2010두6977판결 참조).
나)구 지방세법(2008. 12. 26.법률 제9168호로 개정되기 전의 것)제106조 제2항,제126조 제2항에서 취득세 및 등록세 비과세 요건으로 규정한‘기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’의 의미에 관하여,사업자가 주택건설사업계획승인을 받고 그 승인조건에서 나타난 기부채납 등의 조건에 맞추어 취득한 토지가 이에 해당함은 당연하고,나아가 주택건설사업계획승인 이전이라도 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는,그 이후에 취득하여 국가 등에 기부채납한 토지도‘기부채납을 조건으로 취득한 토지’로서 비과세 대상에 해당한다(대법원2011. 11. 10.선고2011두17363판결 참조).이러한 법리는 주택법에 따른 주택건설사업 과정에서 기부채납을 조건으로 부동산을 취득한 경우뿐만 아니라,도시개발법에 따른 도시개발사업 과정에서 귀속을 조건으로 부동산을 취득하는 경우에도 마찬가지로 보아야 한다(피고는 위 대법원2011두17363판결이‘기부채납’에 관한 것으로서‘귀속’이 문제되는 이 사건에는 적용될 수 없다고 주장하나,구 지방세법 제9조 제2항은‘귀속’과‘기부채납’을 같은 조항에서 병렬적으로 규정하고 있는 점, ‘귀속’과‘기부채납’은 국가 등이 부동산을 종국적으로 취득하게 된다는 측면에서 본질적으로 차이가 없고,부동산의 취득이‘부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’라는 측면에서도 동일한 점에 비추어 보면,구 지방세법 제9조 제2항의 해석과 관련하여‘귀속’과‘기부채납’을 달리 볼 이유가 없고,위 대법원 판결은‘귀속’이 문제되는 이 사건에서도 적용될 수 있다).
3)구체적인 판단

가)앞서 본 관련 규정 및 관련 법리에 비추어 보면,이 사건 기반시설 부지가 구 지방세법 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상에 해당하기 위해서는,원고가 이 사건 기반시설 부지를 취득할 당시‘기반시설 부지가 공공시설 부지로서 위치나 면적이 구체적으로 특정’된 상태에서 행정관청과 사이에‘귀속에 관한 협의’가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 등으로‘국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정’되어 있어야 한다.
나)앞서 본 사실,앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면,원고가 이 사건 기반시설 부지를 취득할 당시 기반시설 부지가 공공시설 부지로서 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 그 공공시설의 관리청인 피고와 사이에 귀속에 관한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있어 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정되어 있었다고 봄이 타당하다.따라서 이 사건 기반시설 부지는 구 지방세법 제9조 제2항의‘국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 취득세 비과세 대상에 해당하므로,이 사건 처분 중 기반시설 부지에 관한951,886,270원의 환급 거부 부분은 위법하다.따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
①도시개발법령에 따르면,도시개발구역 지정권자는 도시개발구역을 지정하려면 개발계획을 수립하여야 하고,이때 개발계획에는‘도시개발구역의 명칭ㆍ위치 및 면적’, ‘토지이용계획’, ‘주요 기반시설의 설치계획’등의 사항이 포함되어야 한다.
이에 따라 이 사건2009년 고시에는‘토지이용계획’및‘기반시설계획’이 포함되었고,그‘토지이용계획’의 도시기반시설 용지 부분에는 도로,공원ㆍ녹지 등 기반시설별 면적이 기재되어 있으며,기반시설별 세부적 계획을 담은‘기반시설계획’에는‘목성리494-9답 일원’등으로 각 기반시설의 위치와 면적이 기재되어 있다(별지3,다만 도로의 경우에는 여러 필지를 관통하는 특성상 노선수,폭원,연장,면적 외에 위치는 별도로 표시되지 않은 것으로 보인다).또한 위 고시에 포함된 지형도면(별지4)에는 기반시설 부지의 지도상 위치 및 면적이 특정되어 있어 이 사건 사업구역 중 어디에 기반시설이 설치될 것인지를 구체적으로 확인할 수 있다.이에 따르면 이 사건2009년 고시 당시 이미 도시개발법 제66조에 따라 무상귀속될 기반시설 부지는 그 위치와 면적이 구체적으로 특정된 상태였다.
②원고 이전에 이 사건 개발사업의 시행자였던 한국토지주택공사와 피고 소속 회계과,건설과의 개발계획수립을 위한 협의에는 도시개발법 제66조에 의한 공공시설의 무상귀속에 관한 내용이 포함되어 있었고,한국토지주택공사는‘실시계획인가 시 공공시설의 무상귀속 등에 대하여 관리청과 협의하겠다’는 조치계획을 밝혔는데,이에 따르면 한국토지주택공사와 피고 상호간에는 이 사건2009년 고시가 있기 전부터 도시개발법 제66조 제2항에 따른 공공시설의 무상귀속을 당연한 전제로 하는 협의가 진행되고 있었음을 확인할 수 있다.
③한국토지주택공사로부터 사업시행자 지위를 승계한 원고는2015. 5. 20.피고에게‘소유권이전등기를 위하여 취득세를 우선 납부하고자 하니,구 지방세법 제9조 등 관련 규정에 따라 감면대상인 기부채납 대상 토지에 대하여 기납부한 취득세 등을 실시계획인가 후 정산 환급 처리하여 주시기 바란다’는 내용의 공문을 보냈는데,이에 대하여 피고는 같은 날 원고에게‘시간이 촉박함을 감안하여 취득세를 우선 납부하여 이전등기 하면,실시계획인가 후 지방세기본법의 경정청구 규정에 따라 과오납 부분을 정산할 계획’이라는 취지로 회신하였다.
이는 원고의 구 지방세법 제9조 제2항에 근거한 취득세 등의 정산 환급 요구에 대하여,피고가 공문을 받은 날 바로 원고에게 실시계획인가 후 정산 처리할 계획이라고 회신한 것인데,통상 공문 회신에 관련 부서의 법률 검토 등 상당한 시간이 소요되는 점을 감안하면,원고와 피고 사이에는 이미 무상귀속될 기반시설 부지에 대한 취득세 감면 협의가 진행되었던 것으로 보인다.
④비록 실시계획인가 전에는 도시개발법 제66조 제2항에 따라 국가 등에 무상귀속될 공공시설 부지가 확정되기 어렵고 원고가 이 사건 실시계획인가 고시 전에 이 사건 기반시설 부지를 취득하였다고 하더라도,이 사건 기반시설 부지는 도시개발법 제66조 제2항에 따른 무상귀속이 법률상 예정되어 있었고,앞서 본 것과 같이 기반시설 부지의 위치와 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 사업시행자인 원고와 기반시설 관리청인 피고 사이에 무상귀속을 당연한 전제로 하여 무상귀속 및 취득세 감면 협의까지 진행되었으며,결국 이 사건 기반시설 부지가 모두 국가 등에 귀속되었다면,이 사건 기반시설 부지는 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정되어 있어 귀속을 조건으로 취득한 부동산에 해당한다고 봄이 타당하다.
⑤구 지방세법 제9조 제2항 본문의 입법 취지는,국가 등에 귀속 등을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로,국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 등을 비과세하겠다는 것이다.도시개발사업의 시행자인 원고가 기반시설 부지의 위치와 면적이 구체적으로 특정되고 관리청인 피고와 무상귀속을 당연한 전제로 한 귀속 및 취득세 감면 협의까지 진행된 상태에서 기반시설 부지를 취득하는 것은,부지를 취득하여 기반시설을 설치한 후 그 부지 및 시설을 도시개발법 제66조 제2항에 따라 국가 등에 무상귀속하기 위한 것이고,이는‘부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’에 불과하다.이 경우‘귀속을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아 취득세를 비과세하는 것이 구 지방세법 제9조 제2항의 입법취지에 더욱 부합하고,부동산의 취득이 실시계획인가 전이라는 사정만으로 비과세 대상에 해당하지 않는다고 본다면 오히려 구 지방세법 제9조 제2항의 입법취지에 반하는 결과가 된다.
⑥도시개발법 제66조 제2항에 따라 무상귀속의 대상이 되는 공공시설 부지는 도시개발구역 지정 이후 사업이 진행되면서 여러 가지 이유로 변동이 있을 수 있고,심지어는 실시계획인가가 이루어진 이후에도 최종적으로 기반시설이 설치되기 전까지는 그 변경인가 등을 통해 변동이 있을 수 있으므로,그러한 변동 가능성만으로 일괄적으로 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 취득세 비과세 대상에 해당하지 않는다고 보게 되면,그 부동산의 취득의 실질이‘국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’에 불과함에도 이를 반영하지 못하여 부당할 뿐만 아니라,이 사건과 같은 도시개발사업에서는 취득세 비과세 대상에 해당하는 경우가 거의 존재하지 않게 되어 불합리하다.만약 토지 취득자가 귀속 등의 조건을 이행하지 않거나 국가 등에 귀속되지 않는 것으로 조건이 변동된다면 구 지방세법 제9조 제2항 단서 제1호를 적용하여 다시 취득세를 부과할 수 있으므로 조세정의에 반할 우려가 없고,위와 같이 구 지방세법 제9조 제2항의 본문과 단서를 해석하는 것이 그 입법취지와 목적에 부합하고 실질과세의 원칙에도 더 부합한다.
⑦피고는 앞에서 본 대법원2010두6977판결을 들면서 이 사건 기반시설 부지가 국가 등에 귀속되기 전에 제3자에게 처분될 가능성이 있으므로 원고가 이 사건 기반시설 부지를 취득할 당시 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정되어 있다고 볼 수 없다고 주장한다.그러나 위 대법원 판결은 토지등소유자가 도시정비법령상 도시정비사업의 사업시행자로 지정되기 전에 정비구역 내 토지를 취득한 사안에 관한 것으로,도시개발법령상 도시개발사업의 사업시행자가 취득한 기반시설 부지에 관한 이 사건과 사안이 동일하지 않고, 2015. 12. 29.지방세법 제9조 제2항 단서 규정이 신설되기 이전인2011. 7. 28.선고된 판결이라는 점에서도 이 사건에 그대로 적용될 수 없다.또한 피고는대법원2012. 11. 29.선고2012두16695판결을 들면서 도시개발사업의 실시계획인가 고시 전에 토지를 취득한 경우는 구 지방세법 제9조 제2항의 취득세 비과세 대상인‘국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산’에 해당하지 않는다고 주장하나,위 대법원 판결은 도시개발구역으로 지정되기도 전에 도시개발사업조합의 조합원들이 토지를 취득한 사안에 관한 것으로서 이 사건과는 사안을 달리하여 원용하기에 적절하지 않다.
나.이 사건 임대주택 부지 관련 주장에 관한 판단

1)구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문 해당 여부

가)관련 규정 및 판단순서

(1) 2016. 12. 31.까지 시행된 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문은 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터60일 이내에 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다.이하 이 조에서"임대사업자"라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(괄호생략)을 건축하는 경우 그 공동주택과 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(괄호생략)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 그 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를2018년12월31일까지 감면하도록 규정하여,지방세 감면 대상이 되는 임대사업자 요건에 관하여“임대용 부동산 취득일부터60일 이내에 임대사업자로 등록한 경우”로 규정하고 있었다.
(2)그런데 위 규정이 개정되어2017. 1. 1.부터 시행된 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문은 지방세 감면 대상이 되는 임대사업자 요건에 관하여, “임대용 부동산 취득일부터60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다”고 규정하였다.
(3)이하에서는 위 각 규정에 공통으로 적용되는 관련 법리를 살펴본 후,①개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문이 적용되는 부분(2015. 5. 8.부터2016. 12. 31.까지 취득 부분),②개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문이 적용되는 부분(2017. 1. 1.부터2017. 6. 8.까지 취득 부분)의 순서로 판단하되,①개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문이 적용되는 부분은2015. 5. 8.부터2015. 11. 8.까지 취득 부분과2015. 11. 9.부터2016. 12. 31.까지 취득 부분으로 나누어 살펴보기로 한다.
나)관련 법리

구 지방세특례제한법 제31조 제1항은 임대주택의 건설 및 분양을 촉진하여 서민의 장기적인 주거생활의 안정을 도모하기 위하여 임대사업자가 취득한 임대주택에 대하여 취득세 감면의 혜택을 부여하면서도,조세형평 등을 고려하여 감면대상의 범위를 임대주택의 구체적 취득방법 등에 따라 제한하고 있는바(대법원2017. 6. 15.선고2017두32401판결 등 참조),그러한 제한의 목적 및 취지는 임대사업자 등록 및 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하는 등록 등에 따른 제한에 관하여도 마찬가지로 보아야 한다.그리고 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고,합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며,특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원2020. 6. 11.선고2017두36953판결 등 참조).
다)개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문이 적용되는 부분

(1) 2015. 5. 8.부터2015. 11. 8.까지 취득 부분

앞서 본 관련 규정에 따르면,개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자 요건에 해당하기 위해서는 임대용 부동산 취득일부터60일 이내에 임대사업자로 등록하여야 한다.그런데 원고가2015. 5. 8.부터2015. 11. 8.까지 이 부분 임대주택 부지를 취득한 사실,원고가 토지취득일로부터60일이 경과한2016. 1. 8.에야 임대사업자로 등록한 사실은 앞서 본 것과 같으므로,원고는 이 부분 임대주택 부지 취득에 관하여 위 규정의 임대사업자 요건을 갖추지 못하였다.따라서 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 감면규정이 적용될 수 없으므로,원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(2) 2015. 11. 9.부터2016. 12. 31.까지 취득 부분

살피건대 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자 요건에 해당하기 위해서는 임대용 부동산 취득일부터60일 이내에 임대사업자로 등록하여야 함은 앞서 본 것과 같고,조세법률주의 원칙상 조세감면요건 등 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하므로,개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자는 문언상 임대용 부동산 취득일로부터60일 이내에 임대사업자로 등록하면 족하고 반드시 그 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 하여야 하는 것으로 해석할 수는 없다.
원고가2015. 11. 9.부터2016. 12. 31.까지 이 부분 임대주택 부지를 취득한 사실4),원고가 토지취득일로부터60일 이내인2016. 1. 8.임대사업자로 등록한 사실은 앞서 본 것과 같으므로,원고는 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자 요건을 갖추었다고 봄이 상당하다.따라서 이 부분 임대주택 부지 취득에 관하여는 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 감면규정이 적용된다고 봄이 타당하므로,원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
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주4) 구체적 필지 내역은 별지2기재와 같다.
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라)개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문이 적용되는 부분

(1)앞서 본 관련 규정에 따르면,개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자요건에 해당하기 위해서는 임대용 부동산 취득일부터60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하여야 하고,원고가2017. 1. 1.부터2017. 6. 8.까지 이 부분 임대주택 부지를 취득한 사실,원고가 그로부터60일이 지난2018. 7. 26.에야 이 사건 임대주택 부지를 임대목적물로 하여 임대사업자 변경등록을 한 사실은 앞서 본 것과 같다.
(2)원고는 실시계획인가 이전에는 임대주택 부지가 결정되지 않아 이를 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 할 수 없으므로,원고가 실시계획인가일인2018. 6. 14.로부터60일 내인2018. 7. 26.그 변경등록을 한 이상 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항의 임대사업자에 해당한다고 주장하나,앞서 본 사실,앞서 든 증거,갑 제18호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면,원고는 이 부분 임대주택 부지 취득에 관하여 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자 요건을 갖추지 못하여 위 규정이 적용될 수 없으므로,원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
①조세법률주의 원칙상 조세감면요건 등 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는데,개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문은 임대사업자 요건에 관하여“임대용 부동산 취득일부터60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다”고 명시하고 있어,그 문언상60일의 등록 유예기간은‘임대용 부동산의 취득일‘부터 기산하여야 한다.
②갑 제18호증의 기재에 따르면,개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 개정이유는 임대사업자가 부동산을 추가 취득할 경우에 관한 해석상 논란이 있어 임대사업자를’임대용 부동산 취득일부터60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우‘로 한정하기 위한 것이다.
③개정 후 구 지방세특례제한법이2021. 12. 28.법률 제18656호로 개정되면서 제31조 제1항 본문은 임대사업자에 대하여‘임대용 부동산 취득일부터60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되,토지에 대해서는 주택법 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는 건축법 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터60일 이내로서 토지 취득일부터1년6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다.’는 내용으로 개정되었다.위 규정은 원고의 주장처럼 사업계획승인을 받은 날로부터60일의 등록 유예기간를 기산하도록 하고 있으나,그 부칙(2021. 12. 28.)제4조 제1항에서‘위 개정규정은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.’고 규정하므로,이 사건에 적용되는 개정 후 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자 부분을 위 개정 규정과 같은 취지로 해석하는 것은 그 문언의 의미를 넘어서는 해석이다.
④원고는,장래 임대주택 건설을 위해 부지를 취득하는 것이 명확한 경우라면 그 부지 취득 후60일 이내에 이를 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 하지 않았더라도 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따라 취득세를 감면하는 것이 입법취지에 부합한다고 주장하나,원고가 이 부분 임대주택 부지를 취득할 당시에는 도시개발업무지침(국토교통부훈령 제1531호) 2-8-5-3, (3),⑧,㉯에 따라 공동주택용지의20%이상을 임대주택건설용지로 계획하여야 한다는 점이 정해져 있었을 뿐 이 사건 개발사업 부지 중 어느 부지가 임대주택 부지인지가 분명하지 않았으므로,원고가 이 부분 임대주택 부지를 취득할 당시 장래 임대주택 건설을 위해 부지를 취득하는 것이 명확한 경우에 해당한다고 보기도 어렵다.
마)소결론

(1)이 사건 임대주택 부지 중2015. 5. 8.부터2015. 11. 8.까지 취득 부분과2017. 1. 1.부터2017. 6. 8.까지 취득 부분에 관하여는 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 감면규정이 적용되지 않으므로,이 사건 처분 중 이 부분 임대주택 부지에 관한 환급 거부 부분은 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 단서의‘정당한 사유’여부를 판단할 필요 없이 적법하다.
(2)이 사건 임대주택 부지 중2015. 11. 9.부터2016. 12. 31.까지 취득 부분에 관하여는 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 감면규정이 적용되므로,이하에서는 이 부분 임대주택 부지와 관련하여,구 지방세특례제한법 제31조 제1항 단서의 토지를 취득한 날부터2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 데에 정당한 사유가 존재하는지 여부에 관하여 살펴보기로 한다.
2)구 지방세특례제한법 제31조 제1항 단서의 토지취득일로부터2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한‘정당한 사유’존재 여부(2015. 11. 9.부터2016. 12. 31.까지 취득 부분)

가)관련 법리

구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)제288조 제2항 단서가 정하는‘정당한 사유’라고 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 본문에 규정된 비영리단체가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고,정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리단체에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 고유 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단,고유 업무에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도,비영리단체가 부동산을 고유 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것인바(대법원2012. 12. 13.선고2011두1948판결 등 참조),이러한 법리는 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 단서의‘정당한 사유’에 관하여도 마찬가지로 보아야 한다.
나)구체적 판단

원고가2015. 11. 9.부터2016. 12. 31.까지 이 부분 임대주택 부지를 취득한 사실,그로부터2년이 경과한2019. 10. 29.이 사건 임대주택 부지 중A-1, A-2블록에 관한 착공신고가 마쳐진 사실은 앞서 본 것과 같다.
그러나 앞서 본 사실,앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면,원고가 이 부분 임대주택 부지를 취득한 날부터2년 이내에 임대주택을 착공하지 않은 데에는 정당한 사유가 존재한다고 봄이 타당하다.따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
①구 매장문화재법 제5조 제2항은‘개발사업 시행자는 공사 중 매장유산을 발견한 때에는 즉시 해당 공사를 중지하여야 한다.’고 규정하고 있다.그런데 원고의2017. 11. 24.자 문화재 보존조치(발굴조사)결과보고서에 따르면, 2016. 10.경부터2017. 10. 25.까지 이 사건 사업구역(729,316㎡)의 상당 부분을 차지하는657,766㎡에서 매장문화재 표본조사 및 시굴조사가 시행되어 청동기 시대부터 조선 시대에 이르기까지의 유구가 다량 출토되었고,유물 산포지가 이 사건 사업구역의 전 구역에 걸쳐 분포되어 있었는바,원고로서는 이 사건 사업구역에서의 공사를 중지하여야 하였다.
②또한 대한문화재연구원은2016. 10.경 추가 구역(22,610㎡)에 대한 지표조사를 실시하였고,이에 대해 문화재청장은2016. 11. 17.원고 및 피고 등에게 구 매장문화재법 제9조에 따라 문화재 보존대책을 통보하였는바,원고는 위와 같은 문화재청장의 통보에 따른 조치를 완료하기 전에는 해당지역에서 공사를 시행해서는 아니되므로(구 매장문화재법 제10조 제1항),원고는 문화재청장의 위와 같은 문화재 보존대책통보에 따라서도 그 구역에서 공사를 시행할 수 없었다.
③두○문화연구원이2019. 3.경까지 이 사건 사업구역 중1지구(86,538㎡), 2지구(80,917㎡)및3지구(91,584㎡)에서 실시한 매장문화재 정밀발굴조사 결과에 따르면 전 지구에 걸쳐 청동기 시대부터 조선 시대에 이르기까지의 유구가 다량 출토되었다(별지6).이처럼2016. 10.경부터2019. 3경까지 이 사건사업구역에서 실시된 매장문화재 발굴조사 등으로 인하여 원고는 임대주택을 착공할 수 없었고,이는 원고가 이 사건 개발사업 부지를 취득할 당시에는 예상할 수 없었던 사정에 해당한다.
④비록 토지 보상 등에 관한 문제로 인해 매장문화재 발굴조사 등이 일부 지체된 것으로 보이기는 하나,이 사건 사업구역의 전 구간에 걸쳐 다량의 문화재가 매장되어 있어 장기간 발굴조사 등이 진행되고 있었던 상황이었음을 고려하면, 2016. 10.경부터2019. 3.경까지는 이 부분 임대주택 부지를 취득한 날부터2년 이내에 임대주택을 착공할 수 없는 법령상의 장애사유가 있었던 것으로 볼 수 있고,원고는 그 법령상의 장애사유가 제거된2019. 3.경부터2년 이내인2019. 10. 29.이 사건 임대주택 부지에서 임대주택을 착공하였다.
⑤물론 원고로서는 임대주택 착공 가능 시기 등을 예상하여 구 지방세법 제31조 제1항에 따른 취득세 감면을 받을 수 있도록 이 부분 임대주택 부지 취득 시기를 조정할 수도 있었을 것이다.그러나 지체되고 있던 이 사건 개발사업을 조속히 추진하고자 했던 피고가 원고에게2015. 5. 8. “빠른 시일 내에 소유권이전등기 등이 이루어질 수 있도록 조치하여 주시기 바랍니다.”라는 내용의 공문을 보내거나,원고의 취득세 등 정산 환급 요청에 대하여2015. 5. 20. “사업대상 토지 면적의2/3이상의 계약 체결이 된 날(2015. 5. 8.)로부터15일 이내에 매매대금의 전액을 지급해야 하므로 시간이 촉박함을 감안하여 취득세를 우선 납부하여 등기 이전한 후 실시계획 인가되면 정산(과오납 반납 등)처리할 계획”이라고 회신하는 등 원고로 하여금 조속히 이 사건 개발사업 부지를 취득하도록 한 점에 비추어 보면,원고가 이 사건 개발사업 부지를 조속히 취득한 것을 두고 오로지 원고의 사업상 판단에 따른 결정으로서 원고의 책임이라고만 하기도 어렵다.
3)소결론

결국 이 사건 임대주택 부지 중2015. 11. 9.부터2016. 12. 31.까지 취득한 부분에 관하여는 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항의 감면규정이 적용되므로,이 사건 처분 중 위 임대주택 부지에 관한3,872,250원5)의 환급 거부 부분은 위법하다.
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주5) 구체적 내역은 별지2기재와 같다.
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다.신뢰보호원칙 위반 주장에 관한 판단

1)관련 법리

일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는,첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고,둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며,셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 어떠한 행위를 하였어야 하고,넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고,어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족할 때에는,공익 또는 제3자의 정당한 이익을 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한,신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하게 된다(대법원1998. 11. 13.선고98두7343판결 등 참조).위 요건의 하나인 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무,당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원1997. 9. 12.선고96누18380판결 등 참조).
2)구체적 판단

가)①원고가2015. 5. 8.부터2017. 6. 9.까지 이 사건 개발사업 부지를 취득하고,그 취득 과정에서2015. 5. 13.부터2017. 6. 12.까지 별지1기재와 같이 취득세 등 합계3,075,961,730원을 납부한 사실,②원고가2015. 5. 20.피고에게“취득세를 우선 납부하고자 하오니,구 지방세특례제한법 제31조 및 구 지방세법 제9조 등 관련 규정에 의거 감면(면제)대상인‘임대주택 용지 및 도시계획시설 기부채납 대상 토지’에 대하여 기납부한 취득세를 실시계획인가 후 정산 환급 처리하여 주시기 바랍니다.”라는 내용의 공문을 보낸 사실,③원고가 보낸 위 공문에 대하여 피고는 같은 날 원고에게“구 지방세특례제한법 제31조와 구 지방세법 제9조의 규정에 따라 필지별 면제,감면,미부과 내용을 정리한 후 처리하여야 하나,이 사건 개발사업의 경우 구역계 변경과 개발계획 변경이 진행되어야 하고 실시계획인가 후 토지 용도 지정으로 도로 등 공공 기부채납 토지와 임대주택 용지 등으로 분류되어 필지별 면제,감면,미부과 사항을 확정할 수 있을 것”이라고 하면서, “취득세 등이 납부되어야 부동산등기법에 의한 소유권이전등기가 가능하고 시간이 촉박함을 감안하여 취득세를 우선 납부하여 등기 이전한 후 지방세기본법 제51조(경정 등의 청구)규정에 따라 임대주택 사업승인 또는 도시개발사업 실시계획 인가되면 필지별 면제,감면,미부과 사항을 정리하여 정산(과오납 반납 등)처리할 계획”이라고 회신한 사실,④원고가2019. 1. 25.피고에게 별지1기재와 같이 취득세 등 납부액 중1,239,773,380원의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데,피고는2019. 3. 20.원고에 대하여 이 사건 기반시설 부지에는 구 지방세법 제9조 제2항이 적용되지 않고,이 사건 임대주택 부지에는 구 지방세특례제한법 제31조 제1항이 적용되지 않는다는 사유로 원고의 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실은 앞서 본 것과 같다.
나)원고가2015. 5. 20.피고에게 취득세 등의 정산 환급 요청을 하자 피고는 같은 날 원고에게 구체적으로 구 지방세법 제9조,구 지방세특례제한법 제31조의 비과세·감면규정을 언급하면서 시간이 촉박하므로 우선 취득세를 납부하여 등기를 이전하면 실시계획인가 후 경정 등의 청구 규정에 따라 필지별 면제,감면,미부과 사항을 정리하여 정산(과오납 반납 등)처리할 계획이라는 취지로 회신하였는바,이는 피고가 원고에 대하여 우선 이 사건 개발사업 부지를 취득하고 취득세 등을 납부한 후 소유권이전등기를 마치면,실시계획인가 후 구 지방세법 제9조,구 지방세특례제한법 제31조의 적용 요건에 해당하면 이에 따라 취득세를 감면하여 납부한 취득세 등을 환급해 주겠다는 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수 있다(피고는2015. 5. 20.자 회신을 한 부서가 취득세 등 세금에 관한 권한이 없는 택지조성과인 점을 들어 그 회신을 피고의 공적 견해표명으로 볼 수 없다고 주장하나,위 회신은 피고 명의로 행해진 것으로서 행정조직상의 형식적인 권한분장과는 별개로 피고가 위와 같은 견해표명을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 원고의 신뢰가능성 등에 비추어 볼 때 이는 실질적으로 피고의 공적 견해표명에 해당한다).
다)원고는 피고의 위와 같은 공적 견해표명을 신뢰하고 이 사건 개발사업 부지를 취득하면서 그 취득세 등을 납부하였고,이 사건 실시계획인가 고시가 있은 이후에 피고에게 구 지방세법 제9조 제2항,구 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따라 취득세 등의 경정청구를 하였는데,피고는 이 사건 기반시설 부지에는 구 지방세법 제9조 제2항이 적용되지 않고,이 사건 임대주택 부지에는 구 지방세특례제한법 제31조 제1항이 적용되지 않는다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.그러나 앞서 본 것과 같이 이 사건 기반시설 부지는 구 지방세법 제9조 제2항에 따른 취득세 등 비과세 대상이고,이 사건 임대주택 부지 중2015. 11. 9.부터2016. 12. 31.까지 취득한 부분은 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따른 지방세 감면대상이므로,피고의 이 부분 처분은 위 견해표명에 반하는 것이고 이로 인하여 이를 신뢰한 원고의 이익을 침해하는 결과가 초래되었다고 할 것이다.
라)따라서 이 사건 처분 중 적어도 원고가 피고의 위와 같은 견해표명이 있었던2015. 5. 20.이후 취득한 기반시설 부지 및 이 사건 임대주택 부지 중2015. 11. 9.부터2016. 12. 31.까지 취득한 부분에 관한 취득세 등의 경정청구에 대하여 피고가 그 경정청구를 거부한 부분은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하다.
5.결론

그렇다면 원고의 이 사건 기반시설 부지 및 이 사건 임대주택 부지 중2015. 11. 9.부터2016. 12. 31.까지 취득한 부분에 대한 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 하고,나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다.제1심판결 중 위 임대주택 부지에 관한 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 이를 취소하고,이 사건 처분 중 위 임대주택 부지에 관한3,872,250원의 환급 거부 부분을 취소하며,원고의 나머지 항소 및 피고의 항소는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
관계 법령

■구 지방세법(2019. 12. 31.법률 제16855호로 개정되기 전의 것)

제9조(비과세)

②국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서"국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다.이하 이 항에서"귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.
1.국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2.국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

■구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16041호로 개정되기 전의 것)

제31조(임대주택 등에 대한 감면)

① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다.이하 이 조에서"임대사업자"라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다.이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택과 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다.이하 이 조에서"오피스텔"이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를2018년12월31일까지 감면한다.다만,토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.
1.전용면적60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.
2.「민간임대주택에 관한 특별법」또는「공공주택 특별법」에 따라8년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적60제곱미터 초과85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서"장기임대주택"이라 한다)을20호(戶)이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의100분의50을 경감한다.
■구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되어2017. 1. 1.시행되기 전의 것)

제31조(임대주택 등에 대한 감면)

① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터60일 이내에 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다.이하 이 조에서"임대사업자"라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다.이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택과 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다.이하 이 조에서"오피스텔"이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를2018년12월31일까지 감면한다.다만,토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.
1.전용면적60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.
2.「민간임대주택에 관한 특별법」또는「공공주택 특별법」에 따라8년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적60제곱미터 초과85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서"장기임대주택"이라 한다)을20호(戶)이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의100분의50을 경감한다.
■도시개발법

제66조(공공시설의 귀속 등)

②제11조 제1항 제5호부터 제11호까지의 규정에 따른 시행자가 새로 설치한 공공시설은 그 관리청에 무상으로 귀속되며,도시개발사업의 시행으로 용도가 폐지되는 행정청의 공공시설은「국유재산법」과「공유재산 및 물품 관리법」등에도 불구하고 새로 설치한 공공시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 시행자에게 무상으로 귀속시킬 수 있다.
⑥제11조 제1항 제5호부터 제11호까지의 규정에 따른 시행자는 제2항에 따라 그에게 양도되거나 관리청에 귀속될 공공시설에 대하여 도시개발사업의 준공검사를 마치기 전에 해당 공공시설의 관리청에 그 종류와 토지의 세부목록을 알려야 하고,준공검사를 한 지정권자는 그 내용을 해당 공공시설의 관리청에 통보하여야 한다.이 경우 공공시설은 지정권자가 준공검사증명서를 내어준 때에 해당 공공시설을 관리할 관리청과 시행자에게 각각 귀속되거나 양도된 것으로 본다.
■구 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률(2019. 11. 26.법률 제16592호로 개정되기 전의 것)

제5조(개발사업 계획ㆍ시행자의 책무)

①국가와 지방자치단체 등 개발사업을 계획ㆍ시행하고자 하는 자는 매장문화재가 훼손되지 아니하도록 하여야 한다.
②제1항의 개발사업 시행자는 공사 중 매장문화재를 발견한 때에는 즉시 해당 공사를 중지하여야 한다.
제9조(문화재 보존 조치의 지시 등)

①제7조제2항에 따라 지표조사 보고서를 받은 문화재청장은 문화재 보존 조치가 필요한 경우에는 해당 건설공사의 시행자에게 문화재 보존에 필요한 조치를 명하고,해당 건설공사의 허가기관의 장에게도 이를 통보하여야 한다.
②제1항에 따른 통보를 받은 건설공사의 시행자는 문화재 보존에 필요한 조치를 하고,그 결과를 해당 건설공사의 허가기관의 장과 문화재청장에게 보고하여야 한다.
③제1항과 제2항에 따른 조치의 내용과 그 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제10조(보존 조치에 따른 건설공사 시행자의 의무 등)

①건설공사의 시행자는 제9조에 따라 문화재 보존에 필요한 조치를 통보받은 경우 그 조치를 완료하기 전에는 해당 지역에서 공사를 시행하여서는 아니 된다.
②제9조제1항에 따라 문화재 보존에 필요한 조치에 관하여 통보를 받은 허가기관의 장은 건설공사의 시행자가 그 조치를 완료하기 전에 해당 공사를 시행한 때에는 공사의 중지를 명하여야 한다.
제11조(매장문화재의 발굴허가 등)

①매장문화재 유존지역은 발굴할 수 없다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 문화재청장의 허가를 받은 때에는 발굴할 수 있다.
1.연구 목적으로 발굴하는 경우

2.유적(遺蹟)의 정비사업을 목적으로 발굴하는 경우

3.토목공사,토지의 형질변경 또는 그 밖에 건설공사를 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 부득이 발굴할 필요가 있는 경우

4.멸실·훼손 등의 우려가 있는 유적을 긴급하게 발굴할 필요가 있는 경우

②문화재청장은 제1항 단서에 따라 발굴허가를 하는 경우 그 허가의 내용을 정하거나 필요한 사항을 지시할 수 있으며,허가를 한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 발굴의 정지 또는 중지를 명하거나 그 허가를 취소할 수 있다.
③매장문화재 유존지역을 발굴하는 경우 그 경비는 제1항제1호·제2호 및 제4호의 경우에는 해당 문화재의 발굴을 허가받은 자가,같은 항 제3호의 경우에는 해당 공사의 시행자가 부담한다.다만,대통령령으로 정하는 건설공사로 인한 발굴에 사용되는 경비는 예산의 범위에서 국가나 지방자치단체가 지원할 수 있다.
④발굴조사의 방법 및 절차 등에 관하여 필요한 사항은 문화재청장이 정하여 고시한다.
제14조(발굴된 매장문화재의 보존조치)

①문화재청장은 발굴된 매장문화재가 역사적·예술적 또는 학술적으로 가치가 큰 경우「문화재보호법」제8조에 따른 문화재위원회의 심의를 거쳐 제11조에 따라 발굴허가를 받은 자에게 그 발굴된 매장문화재에 대하여 다음 각 호의 보존조치를 지시할 수 있다.
1.현지보존:문화재의 전부 또는 일부를 발굴 전 상태로 복토(覆土)하여 보존하거나 외부에 노출시켜 보존하는 것

2.이전보존:문화재의 전부 또는 일부를 발굴현장에서 개발사업 부지 내의 다른 장소로 이전하거나 박물관,전시관 등 개발사업 부지 밖의 장소로 이전하여 보존하는 것

3.기록보존:발굴조사 결과를 정리하여 그 기록을 보존하는 것

4.그 밖에 매장문화재의 보존과 관리에 필요한 사항

②제1항에 따른 보존조치를 지시받은 자 및 해당 사업지역을 관할하는 지방자치단체의 장은 문화재청장에게 발굴된 매장문화재의 보존 방법 등에 관한 의견을 제출할 수 있다.
③제1항에 따른 보존조치를 지시받은 자는 그 조치를 한 후 해당 사업지역을 관할하는 지방자치단체의 장과 문화재청장에게 그 보존조치의 결과를 각각 제출하여야 한다.
④그 밖에 발굴된 매장문화재의 보존조치에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.