종합소득세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2010.10.28 / 시행일:

【원고, 항소인】 원고 (소송대리인 법무법인 한서 담당변호사 박우동 외 3인)
【피고, 피항소인】 반포세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2009. 9. 11. 선고 2009구합7813 판결
【변론종결】2010. 10. 21.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 기각한다.
 2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소하고, 피고가 2008. 3. 10. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 종합소득세 2,982,567,980원, 2005년 귀속 종합소득세 725,180,600원의 각 부과처분을 취소한다라는 판결.
【이 유】1. 처분의 경위 및 기초사실
 다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 9호증, 갑 제34, 35호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
가. 임원변경약정의 체결
 (1) 원고는 2004. 7. 9. 대한예수교장로회 △△△교회(이하 ‘△△△교회’라 한다)와 사이에, 원고가 이사장인 학교법인 ○○학원(이하 ‘○○학원’이라 한다)이 운영하는 □□□□□□고등학교(이하 ‘□□□□□□고등학교’라 한다)와 ◇◇◇◇◇고등학교(이하 ‘◇◇◇◇◇고등학교’라 한다) 중 ◇◇◇◇◇고등학교를 ○○학원에서 분리하여 ○○학원의 □□□□□□고등학교에 관한 운영권만을 임원변경 방식으로 양도하기로 하는 약정을 다음과 같은 내용으로 체결하였다(이하 ‘임원변경약정’이라 한다).
 ① △△△교회가 원고에게 재산출연보상금(이하 ‘보상금’이라 한다)으로 70억 원을 지급하되, 계약금 5억 원은 2004. 7. 9.에, 중도금 50억 원은 2004. 7. 24.에, 잔금 15억 원은 2004년 말까지 각 지급한다.
 ② 2개 학교의 수익재산 평가액 4,155,807,790원 중 □□□□□□고등학교의 수익재산 기준액 3,118,001,500원을 제외한 나머지 금액을 ◇◇◇◇◇고등학교를 운영할 새로운 법인 수익재산으로 분리하도록 상호 합의하고 교육청에 법인분리신청을 제출하여 인가받도록 한다. ○○학원의 수익재산목록 중 평가액 1,000,665,000원인 서울 강동구 상일동 (지번 생략) 임야 6,616㎡와 ▽▽개발 주식회사(이하 ‘▽▽개발’이라 한다)의 주식 106,076주(평가액 530,380,000원)는 새로운 법인의 수익재산으로 분리하고, □□□□□□고등학교의 수익재산 기준액에 미달되는 493,238,710원{3,118,001,500원 － (4,155,807,790원 － 1,000,665,000원 － 530,380,000원)}은 원고가 부담한다.
 (2) △△△교회는 원고에게 2004. 7. 9. 계약금 5억 원, 2004. 7. 23. 중도금 중 일부인 45억 원 합계 50억 원을 지급하였고, 원고는 2004. 9. 16. ○○학원 이사장직에서 사임하였으며 △△△교회의 대표자인 소외 1(대법원판결의 소외인)이 이사장으로 취임하였다.
 (3) 그 무렵 서울특별시 교육청이 원고에게 ○○학원으로부터 횡령한 2,702,262,894원을 상환하도록 지시함에 따라, 원고와 △△△교회는 임원변경약정에서 정한 보상금 중 원고가 아직 지급하지 아니한 20억 원의 지급을 보류하고 다음과 같은 내용으로 합의하였다(이하 ‘2004. 9. 21.자 합의’라 한다).
 ① △△△교회는 원고에게 20억 원을 지급하는 대신, ○○학원 계좌에 2004. 12. 22. 5억 원, 2005. 3. 23. 643,765,200원, 2005. 6. 23. 587,687,820원, 2005. 9. 23. 268,536,980원 합계 1,999,990,000원을 입금한다.
 ② 원고는 교육청으로부터 상환 지시받은 2,702,262,894원 중 20억 원을 제외한 나머지 702,262,894원을 ○○학원 계좌에 입금하되, 2004. 9. 22. 503,584,118원, 2005. 9. 23. 85,632,598원, 2005. 12. 23. 113,046,178원을 각 입금한다.
 ③ △△△교회는 ○○학원 계좌에 위 돈이 입금되면 교육청에 보고한 후 이사회의 결의에 따라 학교시설비, 연구비, 장학금 등으로 유용하게 사용하고, 사용한 날을 기준으로 6개월 단위로 원고에게 사용한 액수를 지급한다.
 (4) △△△교회는 ○○학원 계좌에 2004. 12. 22. 5억 원, 2005. 3. 23. 643,765,200원을 각 입금하였고, 이후 원고의 횡령금액이 감소함에 따라 2005. 6. 23.에 입금하기로 한 587,687,820원을 원고에게 직접 지급하였으며, 2005. 9. 23.에 입금하기로 한 268,536,980원은 뒤에서 보는 바와 같이 원고가 △△△교회에 지급해야 할 ◇◇◇◇◇고등학교 분리비용과 상계되었다.
 (5) 한편, 원고는 2004. 9. 22. ○○학원 계좌에 503,584,118원을 입금하였다.
나. ◇◇◇◇◇고등학교 추가약정의 체결
 (1) 원고와 △△△교회는 2004. 11. 24. 임원변경약정상의 양도대상에 ◇◇◇◇◇고등학교에 관한 운영권까지 추가하기로 하는 약정을 다음과 같은 내용으로 체결하였다(이하 ‘추가약정’이라 한다).
 ① △△△교회는 원고에게 보상금으로 합계 130억 원(□□□□□□고등학교 70억 원, ◇◇◇◇◇고등학교 60억 원)을 지급하되, 이미 지급한 50억 원 외에 나머지 5억 원은 2004. 11. 24.에, 45억 원은 2005. 1. 25.까지, 10억 원은 2008. 1. 25.까지 각 지급하고, 나머지 20억 원은 2004. 9. 21.자 합의대로 ○○학원 계좌에 입금한 후 시설자금 등으로 활용한 액수만큼 원고에게 반환한다.
 ② 원고는 2005. 1. 25. △△△교회로부터 추가약정금 50억 원을 지급받으면 모든 재단업무를 소외 1에게 인계한다.
 ③ 제3자가 ◇◇◇◇◇고등학교만을 인수하고자 하는 경우 △△△교회는 적극 협력하여야 하고, 그 기한은 2005. 8. 30.까지로 하며, 원고는 △△△교회로부터 □□□□□□고등학교에 대한 보상금으로 수령한 70억 원을 제외한 나머지 대금을 △△△교회에 반환하고, 법인분리에 따른 □□□□□□고등학교의 수익용 기본재산의 기준액에 미달하는 부분 기타 일체의 비용은 원고가 부담한다.
 ④ 2개 학교의 수익재산 평가액 중 □□□□□□고등학교의 수익재산 기준액 31억 원을 초과하는 재산은 원고와 △△△교회가 협의하여 종류와 평가액을 결정하고 ◇◇◇◇◇고등학교의 수익재산으로 배분하여 법인분리 인가시 △△△교회가 신규법인에게 넘겨주기로 한다.
 (2) △△△교회는 2004. 12. 8. 원고에게 5억 원을 지급하였다.
 (3) 원고와 △△△교회는 양도과정에서 의견대립으로 인해 인수인계가 지연되자 2005. 5. 6. △△△교회가 원고에게 55억 원(◇◇◇◇◇고등학교 보상금 60억 원 － 기지급한 5억 원) 중 10억 원은 2007. 12. 30.까지 지급하고, 나머지 45억 원에서 □□□□□□고등학교 식당보증금 420,000,000원과 ◇◇◇◇◇고등학교의 식당보증금 250,000,000원, ◇◇◇◇◇고등학교 강당의 시설자금 부채 264,314,000원, □□□□□□고등학교의 ◇◇◇◇◇고등학교로부터의 환수금 80,493,080원을 공제한 나머지 3,485,192,920원은 2005. 5. 30.까지 지급하며, 동시에 △△△교회는 원고로부터 두 학교의 운영권과 학교 및 수익용 재산, 재단 및 학교 관련 일체의 서류를 넘겨받고, 2004. 9. 21.자 합의에 따라 원고와 △△△교회가 ○○학원 계좌에 입금한 돈에 한해서는 △△△교회가 ◇◇◇◇◇고등학교 자리에 지하주차장 공사를 할 계획이었으므로 가능한 한 2006. 12.까지 △△△교회가 공사자금으로 활용하고 그 후 원고에게 이를 지급하기로 합의하였다.
 (4) △△△교회는 2005. 5. 말경 원고에게 3,485,192,920원을 지급하였고, 그 무렵 원고로부터 □□□□□□고등학교와 ◇◇◇◇◇고등학교의 임원변경 등에 필요한 서류를 교부받았다.
다. ◇◇◇◇◇고등학교 분리약정의 체결
 (1) 원고가 약정기한 내에 ◇◇◇◇◇고등학교를 분리하지 못한 상황에서 다시 △△△교회에 ○○학원에서 ◇◇◇◇◇고등학교를 분리해 줄 것을 요청함에 따라, 원고와 △△△교회는 2005. 9. 9. ○○학원에서 신설법인에 ◇◇◇◇◇고등학교의 기본재산과 수익재산을 무상양도하는 방법으로 ◇◇◇◇◇고등학교를 분리하기로 하는 약정을 다음과 같은 내용으로 체결하였다(이하 ‘분리약정’이라 한다).
 ① 원고는 △△△교회에 4,405,192,920원(△△△교회로부터 ◇◇◇◇◇고등학교에 대한 보상금으로 받은 5억 원 및 3,485,192,920원 ＋ □□□□□□고등학교 식당보증금 420,000,000원)을 반환한다.
 ② △△△교회는 ○○학원이 그 수익재산 중 서울 강동구 상일동 (지번 생략) 임야, ▽▽개발 주식 106,076주 및 현금 8억 원을 신설법인에게 양도할 것을 이사회에서 의결한다.
 ③ 원고는 △△△교회가 ◇◇◇◇◇고등학교를 양도받기 위해 사용한 제비용(이자, 설정비 및 감정료, 조기상환수수료 등)으로 268,536,980원을 △△△교회에 지급하되, 2004. 9. 21.자 합의에 따라 △△△교회가 2005. 9. 23.까지 ○○학원 계좌에 입금한 후 다시 원고에게 반환하기로 한 같은 액수의 약정금으로 대체한다.
 ④ 원고는 2005. 11. 9.까지 □□□□□□고등학교 교비부당지출금 113,046,178원을 납입한다.
 ⑤ 원고가 ◇◇◇◇◇고등학교를 분리하기 위한 시한은 ◇◇◇◇◇고등학교분리를 위한 이사회결의가 있는 날로부터 2개월째 되는 날의 오후 5시까지이고, 기간은 15일간 연장할 수 있다.
 ⑥ ◇◇◇◇◇고등학교의 분리승인이 안 되는 경우, △△△교회는 원고에게 분리를 위해 돌려받았던 보상금 4,405,192,920원을 즉시 반환하고, ○○학원의 수익재산 중 △△△교회가 정당한 절차를 거쳐 사용한 후에 원고에게 돌려주기로 한 환수조치재산 1,647,349,318원(500,000,000원 ＋ 643,765,200원 ＋ 503,584,118원)을 지급하되, 그 지급은 당초 각서 내용과 같이 이사회 결의 및 교육청 승인 등 정당한 절차를 거쳐 시설비 등으로 유용하게 사용한 뒤 그 사용금액을 지급한다.
 ⑦ ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인이 되었다고 하더라도, ○○학원에서 신설법인 앞으로 수익재산을 양도하는 것에 대해 교육청의 허가를 받지 못한 재산에 대해서는 원고가 더 이상 양도를 청구하지 않는다. 다만, △△△교회는 양도대상 재산 중 현금 8억 원에 대해서만은 신설법인 앞으로의 양도승인을 받지 못하였다고 해도 정당한 절차를 거쳐 시설비 등으로 유용하게 사용한 뒤 그 사용금액을 지급한다.
 (2) 원고는 2005. 9. 9. △△△교회에 4,405,192,920원을 지급하였고, 2005. 11. 9. ○○학원의 계좌에 교비부당지출금 113,046,178원을 입금하였다.
라. 학교법인의 신설
 (1) ○○학원은 2005. 9. 9. 이사회에서 ○○학원에서 ◇◇◇◇◇고등학교를 분리할 것과 ○○학원이 ◇◇◇◇◇고등학교의 교사와 교지 및 이 사건 분리약정에서 정한 수익재산을 새로 설립될 신설법인에 무상으로 출연할 것을 결의한 후 서울특별시 교육청에 그 수익용 기본재산 양도허가신청을 하였다. 그러나 서울특별시 교육청은 서울 강동구 상일동 (지번 생략) 임야가 ○○학원의 수익용 기본재산으로 등기되어 있지 않다는 이유로 먼저 ○○학원 앞으로 소유권이전등기를 마친 다음 수익용 기본재산으로 증자보고를 하도록 지도함과 아울러 허가신청을 반려하였다.
 (2) 위와 같이 서울특별시 교육청으로부터 수익용 기본재산 양도허가를 받지 못하게 되자, 원고는 2005. 11. 23.경 법정 수익용 기본재산인 현금 22억 원 상당을 출연하여 아들인 소외 2를 이사장으로 하여 학교법인 ☆☆학원(이하 ‘☆☆학원’이라 한다)을 설립하고 서울특별시 교육감으로부터 법인설립허가 및 ◇◇◇◇◇고등학교분리승인을 받았다.
마. 피고의 종합소득세 부과처분
 피고는, 원고가 △△△교회로부터 □□□□□□고등학교의 운영권과 관련하여 학교보상금 명목으로 2004년에 55억 원, 2005년에 1,499,990,000원을 지급받았다고 보고, 위 금원이 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제21조 제1항 제17호가 정한 사례금에 해당한다고 보아, 2008. 3. 10. 원고에 대하여 2004년 귀속 종합소득세 2,982,567,980원, 2005년 귀속 종합소득세 725,180,600원을 각 부과처분하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
바. 관련 소송의 경과
 (1) 원고가 △△△교회를 상대로 ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인에 따른 1,647,349,318원의 약정금 청구의 소를 제기하였는데, 제1심(서울북부지방법원 2006가합3312호)에서 2007. 1. 18. "△△△교회가 원고에게 보상금 중 1,647,349,318원을 지급하여야 하나, ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인에 따라 위 금원을 지급하는 대신 이를 감액한 8억 원을 지급할 의무가 있다"라는 이유로 원고 일부 승소판결이 선고되었으나, 항소심(서울고등법원 2007나25577호)에서 2008. 8. 22. "위 현금 8억 원과 1,647,349,318원은 같은 성격의 금원으로서 ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인이 된 경우에는 △△△교회가 원고에게 1,647,349,318원을 지급하지 않아도 되는 것으로 보이는바, 원고와 △△△교회는 ◇◇◇◇◇고등학교 분리약정을 체결하면서 ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인이 안 된 경우에는 △△△교회가 원고에게 이전 합의에 따라 1,647,349,318원을 지급하되, ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인이 된 경우에는 이를 면제해 주는 대신 ○○학원이 신설법인에 1,647,349,318원을 감액한 현금 8억 원을 무상양도하기로 약정한 것으로 봄이 상당한데, 위 현금 8억 원의 지급조건이 성취되었다고 볼 수 없을 뿐 아니라 그 수령주체도 원고가 아닌 신설법인인 ☆☆학원이다"라는 이유로 제1심 판결 중 △△△교회의 패소부분을 취소하고 이에 해당하는 원고의 청구를 기각하는 판결이 선고되었고, 2009. 1. 15. 상고(대법원 2008다72387호)가 기각되어 원고 패소판결이 확정되었다.
 (2) ☆☆학원은 ◎◎◎학원(변경전 명칭 ○○학원)을 상대로, ◎◎◎학원이 ☆☆학원에 부동산, ▽▽개발 발행 액면가 5,000원의 보통주식 106,076주 및 8억 원을 증여하는 데 따른 서울특별시 교육감에 대한 수익용 기본재산 처분허가신청절차를 이행할 것과 이를 조건으로 위 부동산, 주식, 현금의 지급 등을 구하는 소송을 제기하였는데, 제1심(서울동부지방법원 2006가합5381호)에서 2007. 8. 31. 청구인용 판결이 선고되었고, 항소(서울고등법원 2007나100317호)와 상고(대법원 2008다71087호)가 모두 기각되어 제1심 판결이 확정되었다.
2. 원고 주장의 요지
 원고는 다음과 같은 이유로 피고가 한 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.
가. 보상금을 구 소득세법 소정의 사례금으로 볼 수 없다는 주장
 ○○학원은 하나의 학교법인으로 ◇◇◇◇◇고등학교와 □□□□□□고등학교를 함께 운영하고 있었는데, 자금사정 악화와 부채누적으로 구조조정이 필요하여 두 학교 중 하나를 양도하고 그 양도대금으로 나머지 학교의 경영을 정상화하고자 하였다. 이에 원고가 학교경영의 정상화를 위한 구조조정으로 학교법인을 분할하는 과정에서, ○○학원 명의로 △△△교회에 □□□□□□고등학교의 운영권을 양도하면서 이를 운영할 학교법인으로서 ○○학원도 함께 양도함에 따라, 남아 있는 ◇◇◇◇◇고등학교는 이를 운영할 학교법인이 없어 새로운 학교법인의 신설이 반드시 필요한 상황이었다. 따라서 원고가 △△△교회로부터 지급받은 보상금은 ○○학원이 △△△교회에 □□□□□□고등학교의 운영권을 넘겨주면서 남겨진 ◇◇◇◇◇고등학교를 운영할 별도 법인으로 ☆☆학원을 신설하기 위하여 지급된 구조조정자금에 해당하거나 또는 ○○학원 및 □□□□□□고등학교의 양도에 대한 대가로 취득하는 금원으로서 ○○학원 및 □□□□□□고등학교의 유, 무형의 재산적 가치를 지배하는 관리운영권이라는 영업권을 양도하는 것으로 보아야 하므로, 이는 구 소득세법이 정한 사례금에 해당하지 않는다.
나. 보상금 수령 주체는 원고가 아닌 ○○학원 또는 ☆☆학원이라는 주장
 임원변경약정의 당사자는 원고가 아니라 ○○학원이고, 분리약정상 현금 8억 원을 받기로 한 수령 주체도 ☆☆학원이므로, 원고에게 보상금이 귀속된 것으로 볼 수 없다.
다. △△△교회가 대신 변제한 금원을 보상금으로 볼 수 없다는 주장
 피고는 분리약정상의 환수조치재산 1,647,349,318원을 △△△교회가 원고의 ○○학원에 대한 채무를 대위변제한 것으로 보아 소득금액에 포함시켰으나, 그 중 △△△교회가 ○○학원에 입금한 금액은 1,143,765,200원에 불과하다. 또한, △△△교회의 대위변제는 당초의 임원변경약정과는 별개인 2004. 9. 21.자 합의와 2005. 9. 9.의 분리약정에 따른 것일 뿐이므로 그로써 임원변경약정상 같은 액수 상당의 보상금을 지급하였다고 볼 수 없다. 그리고 원고와 △△△교회 사이에 ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인이 된 경우 △△△교회가 원고에게 이전 합의에 따라 1,647,349,318원을 지급하는 것을 면제해 주는 대신 ○○학원이 신설법인에 현금 8억 원을 무상양도하기로 약정한 이상, 원고와 △△△교회 사이에는 이미 그 전에 원고가 감사원 지적에 따라 ○○학원에 변상해야 할 손해배상책임을 면제하기로 하는 의사의 합치가 있었다고 할 것이어서, 원고와 △△△교회가 외형상 감사 지적사항을 이행하는 모습으로 ○○학원 명의의 계좌에 위 돈을 입금하였다고 하더라도, 원고는 그로써 손해배상채무를 면하는 이익을 받았다거나 동액 상당의 소득을 얻었다고 할 수 없다. 아울러, 원고는 △△△교회와 사이에 환수조치재산을 감액하여 현금 8억 원을 무상양도받기로 약정하면서 그 수익주체를 ☆☆학원으로 정하였으므로, 환수조치재산을 원고의 소득금액으로 볼 수 없다. 결국 △△△교회가 ○○학원에 원고 대신 횡령금액을 변제한 금원은 원고가 △△△교회로부터 보상금으로 지급받은 것으로 볼 수 없다. 
라. 필요경비 또는 기부금 공제 주장
 원고가 ☆☆학원을 설립하는 데 지출한 비용 2,575,536,980원, ○○학원이 부담하고 있던 금융기관에 대한 채무상환액 1,557,481,693원, □□□□□□고등학교 식당 보증금반환액 420,000,000원, 위 각 약정 또는 합의와 관련된 소송비용 220,700,000원, 2004. 9.경부터 2006. 12.경까지 학교, 교회 등에 지출한 950,138,380원은 보상금에 대응하는 필요경비로 공제되어야 한다. 그 중 ☆☆학원 설립비용이나 학교·교회 등에 대한 기부금은 구소득세법 제34조 제2항 제6호 제가목, 제나목, 같은 조 제1항 제1호가 정한 사립학교, 비영리교육재단 또는 종교단체에 대한 기부금으로도 필요경비에 산입되어야 한다.
3. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
4. 처분의 적법 여부에 관한 판단
가. 보상금이 구 소득세법 소정의 사례금에 해당하는지 여부
 (1) 보상금의 내역
 ○○학원의 이사장인 원고는 2004. 7. 9. △△△교회와 사이에 사립학교법상 학교법인인 ○○학원의 □□□□□□고등학교에 관한 운영권을 넘겨주기로 약정하였고, 그에 따라 원고가 2004. 9. 16. ○○학원의 이사장직에서 사임하고 △△△교회의 대표자 소외 1로 하여금 이사장으로 취임하게 하는 한편, △△△교회로부터 보상금으로 아래와 같이 합계 6,999,990,000원(①+②+③)을 지급받은 사실은 앞서 본 바와 같다.
 ① 원고가 △△△교회로부터 직접 지급받은 5,587,687,820원{5억 원(2004. 7. 9.) + 45억 원(2004. 7. 23.) + 587,687,820원(2005. 6. 23.)}
 ② △△△교회가 ○○학원에 원고 대신 횡령금액을 변제한 1,143,765,200원{5억 원(2004. 12. 22.) + 643,765,200원(2005. 3. 23.)}
 [원고는, 원고와 △△△교회 사이에 자신이 ○○학원에 변상해야 할 손해배상책임을 면제하기로 하는 합의가 있었음을 전제로 하여, △△△교회가 ○○학원에 원고 대신 횡령금액을 변제하는 방법으로 입금한 위 1,143,765,200원을 원고가 △△△교회로부터 지급받은 것으로 볼 수 없으므로 결국 원고는 70억 원의 약정 보상금 중 위 1,143,765,200원을 △△△교회로부터 지급받지 않은 셈이 된다고 주장하나, 아래에서 항을 달리하여 보는 바와 같이 원고와 △△△교회 사이에 원고가 ○○학원에 변상하여야 할 손해배상책임을 면제하기로 하는 합의가 있었다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.]
 ③ 상계에 의하여 지급받은 268,536,980원(2005. 9. 23.)
 (2) 구 소득세법 제21조 제1항 제17호 소정의 ‘사례금’의 의미
구 소득세법 제21조 제1항은 "기타소득은 이자소득·배당소득·부동산임대소득·사업소득·근로소득·일시재산소득·연금소득·퇴직소득·양도소득 및 산림소득외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다"라고 규정하면서, 제17호에서 ‘사례금’을 들고 있다. 여기에서 말하는 ‘사례금’은 사무처리 또는 역무의 제공 등과 관련하여 사례의 뜻으로 지급되는 금품을 의미하고 이에 해당하는지의 여부는 당해 금품 수수의 동기·목적, 상대방과의 관계, 금액 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조).
 (3) 원고의 주장에 대한 판단
 (가) 먼저, 원고는 위 보상금이 구조조정자금에 해당한다고 주장하면서 그 근거로 위 대법원 판결(97누20304호)의 사안은 재단의 이사 및 이사장의 선임권 등 그 재단의 실제 운영자로서의 지위를 물려받을 수 있는 절차를 밟아 준 데 대한 사례의 뜻으로 지급된 것으로 운영권 양도대가가 더 이상 재단법인을 운영하지 않는 종전 이사장 개인에게 전적으로 귀속된 반면, 이 사건과 같이 학교법인을 분할하는 방법으로 ○○학원을 양도하고 원고측에 남겨진 ◇◇◇◇◇고등학교를 운영할 ☆☆학원을 신설하기 위한 구조조정자금으로 재산출연보상금 명목의 금원을 지급받은 것은 원고 개인에게 귀속될 성질의 것이 아니어서, 위 판례와는 사안을 달리하는 이 사건에 대하여 위 법리를 그대로 적용할 수 없다고 주장하므로 살피건대, 원고가 △△△교회로부터 지급받은 6,999,990,000원은 ○○학원의 이사장 등 학교법인의 실제 운영자의 지위를 물려주는 절차를 밟아 준 데 대하여 지급된 것으로서 위 대법원 판례에서 그 판단 기준으로 설시하고 있는 당해 금품 수수의 동기·목적, 상대방과의 관계, 금액 등을 종합적으로 고려하여 구 소득세법 소정의 ‘사례금’에 해당하는지 여부를 판단하여야 하는 이상, 이 사건에서 종전 학교운영자가 수개의 학교를 운영하다가 재정상의 어려움을 해결하기 위하여 그 중 일부 학교 운영권을 이전한 후 나머지 학교를 계속 운영하기 위하여 별도 법인을 설립하였다는 사정이 있다고 하더라도, 이는 종전 학교운영자가 지급받은 금원을 나머지 학교에 대한 자신의 운영권 유지를 위하여 사용한 것에 불과하고, 이를 단순한 구조조정자금으로 볼 수는 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (나) 다음으로, 위 보상금이 ○○학원 및 □□□□□□고등학교의 유, 무형의 재산적 가치를 지배하는 관리운영권이라는 영업권을 양도하는 데 대한 대가라는 원고의 주장을 보건대, 원고와 △△△교회 사이의 약정은 사립학교법상 학교법인인 ○○학원의 □□□□□□고등학교에 관한 관리운영권 이전에 관한 것으로서 이를 영업권의 양도로 볼 수 없다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다(한편, 원고는 위 보상금을 영업권 양도에 대한 대가로 보아야 한다는 근거로 대법원 1998. 10. 27. 선고 97누7233 판결을 들고 있으나, 위 대법원 판결의 취지는 학원위탁운영계약에 따른 임대료 소득 중 학원 건물의 임대료 상당액은 부동산 소득이 되고, 영업권 대여 부분은 기타 소득으로 보아야 한다는 것으로서, 이 사건과 사안을 달리하여 위 법리가 적용되지 아니한다고 할 것이다).
 (4) 소결론
 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 △△△교회와 사이에 ○○학원의 이사장 등 학교법인의 실제 운영자 지위를 △△△교회의 대표자 소외 1에게 이전하는 방법으로 ○○학원의 □□□□□□고등학교에 관한 운영권을 70억 원에 넘겨주기로 약정하였고, 그에 따라 원고가 ○○학원 이사장직에서 사임하고 위 소외 1로 하여금 이사장으로 취임하게 하는 한편, △△△교회로부터 보상금으로 2004년에 55억 원, 2005년에 1,499,990,000원을 각 지급받았음에 비추어 볼 때, 원고가 지급받은 6,999,990,000원은 ○○학원의 이사장 등 학교법인의 실제 운영자의 지위를 물려주는 절차를 밟아 준 데 대한 사례의 뜻으로 지급된 것으로서, 구 소득세법 제21조 제1항 제17호가 정한 사례금에 해당한다고 봄이 상당하다.
나. 보상금 수령 주체가 원고가 아니라 ○○학원 또는 ☆☆학원인지 여부
 (1) 임원변경약정서상 당사자가 ‘학교법인 ○○학원 이사장 원고’로 표시되고 그 이름 아래에 원고의 서명과 이사장 직인이 날인되어 있음은 앞서 본 바와 같다. 그러나 임원변경약정은 원고가 △△△교회에 개인적으로 ○○학원의 이사장 지위를 물려주는 대신 보상금을 지급받는 것을 주된 목적으로 체결된 것으로서, 그 약정사항 중에 이사장의 지위를 물려주는 절차나 보상금의 수령 등 원고 개인만이 할 수 있는 부분이 포함되어 있기도 한 반면, 법인의 분리나 수익재산 배분 등의 사항을 보면 ○○학원에 대하여도 효력이 미치게 할 의도로 체결되었음을 알 수 있고, 그 후의 합의나 약정은 모두 원고 개인 명의로 체결되었다. 이러한 사정을 종합하여 보면, 임원변경약정은 원고가 ○○학원의 대표자 자격뿐만 아니라 이사장 개인 자격으로도 체결한 것으로 봄이 상당하다(대법원 1990. 3. 9. 선고 89다카17809 판결 참조). 나아가, 그러한 임원변경약정에 따라 지급되는 보상금은 앞서 본 바와 같이 원고가 개인 자격으로 이사장의 지위를 물려주는 절차를 밟아준 데 대한 사례금으로 수령하기로 한 것으로서, ○○학원이 아니라 원고에게 귀속되었다고 보아야 한다.
 (2) 한편, 분리약정에 원고가 △△△교회와 사이에 ◇◇◇◇◇고등학교의 분리승인을 받은 경우 △△△교회가 환수조치재산 1,647,349,318원의 지급의무를 면제받는 대신 ○○학원이 ☆☆학원에 현금 8억 원을 무상양도하기로 하는 약정이 포함되어 있기는 하나, 이는 원고가 임원변경약정에 따른 보상금 6,999,990,000원을 다 지급받은 것과는 별도로 뒤에서 보는 바와 같이 원고의 손실을 보전하기 위한 방편으로 강구된 2004. 9. 21.자 합의의 연장선상에서 맺어진 약정에 따른 것으로서, 그로써 이미 원고에게 보상금이 귀속된 사실을 뒤집을 수는 없다.
다. △△△교회가 대신 변제한 금원이 보상금에 해당하는지 여부
 (1) 먼저, 대위변제액수를 잘못 계산하였다는 주장을 보건대, 앞서 4.의 가.(1)항에서 살펴 본 바와 같이 피고가 이 사건 처분 당시 △△△교회가 원고 대신 변제하였다고 본 금액은 합계 1,143,765,200원{5억 원(2004. 12. 22.) + 643,765,200원(2005. 3. 23.)}일 뿐이므로, 위 대위변제금의 산정에 어떠한 잘못이 있다고 볼 수 없다.
 (2) 다음으로, △△△교회가 미지급 보상금 20억 원의 지급 방법에 관하여 ○○학원에 1,999,990,000원을 입금하되, 추후 그 돈을 학교시설비 등으로 사용하고 그 사용한 액수만큼 원고에게 지급하기로 한 2004. 9. 21.자 합의가 이행될 경우, 원고에게 수입이 귀속될 시기와 그 액수에 관하여 보건대, 원고는 합의 당시 이미 ○○학원에 횡령으로 인한 손해배상채무를 부담하고 있었기 때문에 △△△교회가 ○○학원에 원고 대신 입금하는 방법으로 손해배상금을 지급하면, 그 자체로 원고는 손해배상채무를 확정적으로 면하는 이득을 얻게 되므로, 그때 바로 그 액수만큼 지급을 받아 수입이 귀속되었다고 보아야 한다. 그와 같이 볼 경우 추후 입금액의 사용 및 지급 등에 관하여 약정한 부분의 성격이 문제되는바, ㉮ 원고의 손해배상채무 부담 사실은 임원변경약정 후 밝혀진 것으로서 양쪽 당사자는 이를 임원변경약정의 전제 또는 기초로 삼았다고 볼 수 없는 점, ㉯ ○○학원의 원설립자인 소외 3이 평소 알고 지내던 △△△교회의 대표자 소외 1과 원고와의 거래를 주선하여 임원변경약정이 이루어지게 된 점 등에 비추어 보면, 그 약정 부분은 원고의 ○○학원에 대한 손해배상금 지급으로 인하여 발생할 원고와 △△△교회의 새로운 이해관계를 조정하기 위하여 별도의 방책을 마련한 것으로서 임원변경약정에서 정한 사례금과는 직접적인 관련은 없다고 할 것이다.
 (3) 한편, 원고와 △△△교회 사이에는 이미 그 전에 원고가 감사 지적에 따라 ○○학원에 변상해야 할 손해배상책임을 면제하기로 하는 합의가 있었고, 이후 ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인이 된 이상, △△△교회가 ○○학원에 입금한 1,143,765,200원은 원고의 ○○학원에 대한 채무를 대위변제한 것으로 볼 수 없다는 주장을 본다.
 (가) 원고와 △△△교회는 ◇◇◇◇◇고등학교 분리약정을 체결하면서 ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인이 된 경우 △△△교회가 환수조치재산 1,647,349,318원의 지급의무를 면제받는 대신 ○○학원이 신설법인에 현금 8억 원을 무상양도하기로 약정하였고, 한편 △△△교회가 2004. 12. 22. 5억 원, 2005. 3. 23. 643,765,200원을 각 ○○학원에 원고 대신 횡령금액을 변제하는 방법으로 지급하였으며, 이후 ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인이 이루어졌음은 앞서 본 바와 같다.
 (나) 위 약정은 당초 원고가 △△△교회에 지급하기로 한 보상금 중 잔금 20억 원에 대하여 원고의 횡령을 이유로 △△△교회가 지급을 보류한 채 ○○학원 계좌로 입금한 후 학교운영에 사용하고 원고에게 반환하기로 한 것인데, 이후 ◇◇◇◇◇고등학교의 운영권도 함께 이전하는 방안과 이를 분리이전하는 방안이 순차 논의된 결과 ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인이 이루어지면 △△△교회가 ○○학원에 입금하여 학교 운영비 등으로 사용한 돈을 원고에게 지급하는 것을 면제하는 대신 신설법인인 ☆☆학원에 8억 원을 지급하기로 한 것이다.
 (다) 살피건대, ㉮ 앞서 4.의 다.(2)항에서 본 바와 같이 원고는 합의 당시 이미 ○○학원에 △△△교회의 입금액만큼 횡령으로 인한 손해배상채무를 부담하고 있었기 때문에 △△△교회가 ○○학원에 원고 대신 입금하는 방법으로 손해배상금을 지급하면, 그 자체로 원고는 손해배상채무를 확정적으로 면하는 이득을 얻게 되므로, 그때 바로 그 액수만큼 지급을 받았다고 보아야 하는 점, ㉯ 위와 같이 원고와 △△△교회 사이에 ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인이 된 경우 △△△교회가 환수조치재산 1,647,349,318원의 지급의무를 면제하기로 약정하였으나, 이후 ◇◇◇◇◇고등학교 분리승인이 되었다고 하여 △△△교회가 ○○학원에 송금한 돈을 다시 돌려받은 것으로 볼 수 없음은 물론 실제로 원고가 이를 반환받지도 아니한 점, ㉰ 앞서 4.의 가.(1)항에서 살펴 본 바와 같이 △△△교회는 대위변제금 1,143,765,200원을 포함하여 합계 6,999,990,000원을 모두 지급함으로써 ○○학원과 □□□□□□고등학교의 운영권 이전약정에 따른 보상금 지급의무를 모두 이행하였다고 보아야 하는 점 등에 비추어 볼 때, △△△교회가 ○○학원에 입금한 1,143,765,200원은 △△△교회가 원고를 대신하여 횡령금을 ○○학원에 변제한 것으로서 △△△교회가 원고에게 지급하여야 할 보상금의 일부로 지급된 것으로 보아야 할 것이고, 그 후 새로운 이해관계를 조정하기 위하여 별도의 약정을 체결하였다고 하여 이로써 원고와 △△△교회 사이에 원고가 ○○학원에 변상하여야 할 손해배상책임을 면제하기로 하는 합의가 있었다고 볼 수는 없다.
 (라) 따라서 원고와 △△△교회 사이에 이미 그 전에 원고가 ○○학원에 변상해야 할 손해배상책임을 면제하기로 하는 합의가 있었음을 전제로 하여, △△△교회가 ○○학원에 원고 대신 횡령금액을 변제하는 방법으로 입금한 금액이 원고에게 귀속되지 아니하였다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.
 (4) 마지막으로, 원고는 △△△교회와 사이에 환수조치재산을 감액하여 현금 8억 원을 무상양도받기로 약정하면서 그 수익주체를 ☆☆학원으로 정한 이상 환수조치재산을 원고의 소득금액으로 볼 수 없다는 주장을 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고는 합의 당시 이미 ○○학원에 △△△교회의 입금액만큼 횡령으로 인한 손해배상채무를 부담하고 있었기 때문에 △△△교회가 ○○학원에 원고 대신 입금하는 방법으로 손해배상금을 지급함으로써 그 자체로 원고는 손해배상채무를 확정적으로 면하는 이득을 얻게 됨에 따라 그때 바로 그 액수만큼 지급을 받았다고 보아야 하는 이상, 사후에 별도의 약정에 의하여 환수조치재산의 실질적 귀속 주체를 ☆☆학원으로 정하였다고 하여 이미 발생한 사례금 지급의 효과에 영향이 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
라. 필요경비 또는 기부금 공제 여부
 (1) 먼저, 원고가 지출한 비용이 보상금에 대응하는 필요경비라는 주장을 보건대, 구 소득세법 제21조 제2항이 정한 기타소득의 필요경비는 구 소득세법 제27조 제1항이 정하는 ‘당해연도의 총수입금액에 대항하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액’이고, 위 각 규정에서 말하는 필요경비는 ‘수입의 발생에 직접 관련된 비용’을 말하는 것인데(대법원 1997. 10. 14. 선고 96누14746 판결 등 참조), 원고 주장의 ☆☆학원의 설립비용, 금융기관 채무상환액, □□□□□□고등학교 식당 보증금반환액, 위 각 약정 또는 합의 관련 소송비용은 임원변경약정에 따른 보상금의 수입을 얻기 위하여 지출한, 즉 보상금의 발생에 직접 관련된 비용에 해당하는 것이 아니라, 이미 확보한 수입을 지출한 내역에 불과하거나 또는 보상금의 발생과 무관하게 별개의 원인에 의하여 지출한 내역에 불과할 뿐이어서, 원고 주장과 같은 설립비용 등이 사례금을 수익하기 위한 필요경비가 된다고 할 수 없으므로, 이 부분에 대한 원고 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.
 (2) 다음으로, ☆☆학원 설립비용이 기부금으로서 필요경비에 산입되어야 한다는 주장을 보건대, 원고가 ☆☆학원을 설립하는 데 그 주장과 같은 비용을 지출하였다는 사정만으로는 그 지출비용 자체를 구 소득세법 제34조 제2항 제6호 소정의 사립학교법에 의한 사립학교에 시설비 등으로 지출한 기부금이라고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (3) 마지막으로, 학교·교회 등에 대한 기부금이 필요경비에 산입되어야 한다는 주장을 본다.
 갑 제33, 38 내지 40호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 사단법인 동북아교육문화협력재단 명의로 ‘원고가 2004. 6. 2.부터 2006. 7. 28.까지 사이에 6,500만 원을 기부하였다’는 내용의 2007. 11. 20.자 기부금 확인서가 작성된 사실, 높은뜻숭의교회 명의로 ‘원고가 2004년도에 68,320,000원, 2005년도에 8,790,000원, 2006년도에 7억 원을 각 기부하였다’는 내용의 2007. 11. 20.자 및 11. 29.자 기부금 영수증이 작성된 사실, 새빛맹인선교회 명의로 ‘원고가 2004년도에 22,500,000원, 2005년도에 5,000,000원, 2006년도에 55,600,000원, 2007년도에 3,000,000원을 각 기부하였다’는 내용의 기부금 영수증이 각 작성된 사실을 인정할 수 있다.
 그러나 원고가 들고 있는 구 소득세법 제34조는 사업소득에 대한 필요경비로 인정되는 기부금에 관한 규정으로서, 원고가 얻은 기타소득에 관하여 한 이 사건 처분에 있어서 기부금을 필요경비로 인정할 것인지와는 무관할 뿐 아니라, 원고 주장의 기부금을 기타소득의 필요경비로 볼만한 아무런 근거를 찾을 수 없는 이상, 위 기부금은 애당초 원고가 지급받은 사례금에 대응하는 필요경비에 산입할 수 없다. 나아가 개별 기부금 항목을 살펴 보더라도, ① 원고가 필요경비의 인정 근거로 들고 있는 소득세법 제34조 제2항 제6호 나목{비영리교육재단(사립학교의 신축·증설, 시설확충 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 비영리재단법인에 한한다}을 법정기부금 적용 단체에 추가한 규정은 2005. 12. 31. 구 소득세법이 개정되면서 신설된 조항이므로 구 소득세법 부칙(2005. 12. 31.) 제1조 본문에 의하여 2006. 1. 1.부터 비로소 시행되는데다가 위 사단법인 동북아교육문화협력재단은 사단법인이어서 위 조항이 정한 비영리교육재단에 속하지도 않고, ② 필요경비에 산입할 금액은 총수입금액과 같은 기간 동안에 발생사실이 확정된 비용으로 한다는 이른바 기간손익계산의 원칙상 당해연도인 2004년과 2005년에 지출한 것이 아닌 기부금은 위 사례금에 대응하는 필요경비에 산입할 수 없으며, ③ 새빛맹인선교회 명의로 발급된 기부금 영수증에 기재된 기부금 유형은 비지정기부금(코드 50)에 해당하여 소득세법이 정하는 필요경비에 산입되지 아니하므로, 이에 해당하는 기부금 부분을 원고가 지급받은 사례금에 대응하는 필요경비로 인정할 수 없음은 더욱 분명해진다고 할 것이다.
 따라서 원고의 이 부분 주장은 어느모로 보나 이유 없다.
마. 소결론
 결국 원고가 학교보상금으로 지급받은 금원을 소득세법상의 기타소득으로 보고 한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.
5. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 곽종훈(재판장) 이재석 이완희