법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2007.08.17 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 영등포세무서장 (소송대리인 변호사 한대현)
【변론종결】 2007. 5. 18.
【주 문】
 1. 피고가 2004. 3. 2. 원고에 대하여 한 1998 사업연도 귀속 법인세 75,357,535,920원의 부과처분 중 389,179,300원을 초과하는 부분을 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 기존의원고 주식회사와 주식회사 한국주택은행(아래에서는 ‘주택은행’이라고 한다)이 2001. 11. 1. 합병하여 설립되었다.
 나. 주택은행은 은행법이 규정하는 은행업무 및 신탁업법에 따른 신탁업무 등을 목적으로 하는 신탁겸영은행이었던바, 주택은행이 1998년경 당시 수행하던 신탁업무에는 크게 원본의 보전약정만 있거나 원본 및 이익 모두의 보전약정이 없는 ‘실적배당신탁’과 원본 및 이익 모두의 보전약정이 있는 ‘약정(확정)배당신탁’의 두 가지가 있었다.
 다. 주택은행은 1998. 10. 2.경 4개의 실적배당신탁(한마음적립식목적신탁, 개인연금신탁, 가계장기신탁, 가계금전신탁)계정에 속하는 총 115,448,110,805원의 대출채권자산을 그 장부가액으로 약정배당신탁(개발신탁)계정으로 이전한 후(아래에서는 ‘1998. 10. 2.자 편출입’이라고 한다), 성업공사에 그 중 총 112,383,130,000원의 대출채권을 52,856,435,000원에 매각하였다.
 라. 주택은행은 다시 1998. 12. 31. 2개의 실적배당신탁(한마음적립식목적신탁, 개인연금신탁)계정에 속하는 총 172,084,733,373원의 대출채권 자산과 5개의 실적배당신탁(한마음적립식목적신탁, 개인연금신탁, 가계장기신탁, 가계금전신탁, 기업금전신탁)계정에 속하는 액면 총 110,000,000,000원의 기아자동차 주식회사 또는 아시아자동차공업 주식회사 발행의 기업어음(CP; 아래에서는 이를 통틀어 ‘기아CP'라고 한다)을 그 장부가액으로 약정배당신탁인 위 개발신탁계정으로 이전하였다(아래에서는 ‘1998. 12. 31.자 편출입’이라고 하고, 1998. 10. 2.자 편출입과 이를 통틀어 ‘이 사건 편출입’이라고 한다).
 마. 이 사건 편출입의 결과, 주택은행의 개발신탁계정에서는 1998. 10. 2.자 편출입에 이은 대출채권의 매각에 의하여 59,526,695,000원의 매각손실이, 1998. 12. 31.자 편출입에 의하여 「신탁겸영은행 신탁회계처리기준」 제15조 제2항에 따른 147,425,110,949원의 채권상각준비금 적립의무가 각 발생하였다.
 바. 그러자 주택은행은 그 무렵 자신의 고유계정 자금으로 개발신탁계정의 위 매각손실 59,526,695,000원을 보전하고 위 채권상각준비금 147,425,110,949원을 적립한 후, 이에 사용된 자금 합계 206,951,805,949원을 고유계정에 기타영업비용(신탁보전금)으로 계상하고 1998 사업연도의 손금에 산입하여 1998 사업연도 귀속 법인세를 신고·납부하였다.
 사. 그런데 피고는 위 206,951,805,949원 중 ‘원본의 보전약정이 있는 실적배당신탁계정으로부터 개발신탁계정으로 편출입된 자산’에 관한 매각손실 보전이나 채권상각준비금 적립에 사용된 부분인 35,600,000,001원을 공제한 나머지 171,351,805,948원(아래에서는 ‘이 사건 보전금’이라고 한다)을 주택은행의 1998 사업연도 손금에 불산입하고 기타 사외유출로 소득처분한 후, 이에 따라 2004. 3. 2. 원고에게 1998 사업연도 귀속 법인세 82,551,463,590원을 부과하였다.
 아. 이에 원고가 2004. 5. 29. 위 부과처분에 대하여 국세심판원에 국세심판을 청구하자, 국세심판원은 2006. 8. 21. ‘이 사건 보전금 중 원본의 보전약정이 있는 실적배당신탁계정으로부터 개발신탁계정으로 편출입된 자산에 관한 매각손실 보전 또는 채권상각준비금 적립에 사용된 부분’은 추가로 손금에 산입하여 위 부과처분의 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다는 취지의 결정을 하였다.
 자. 이에 피고는 이 사건 보전금 중 1998. 10. 2.자 편출입으로 편출입된 자산의 매각손실 보전에 사용된 15,002,988,697원을 추가로 1998 사업연도 손금에 산입한 후, 2006. 11. 1. 위 2004. 3. 2.자 부과처분 중 위 추가 손금산입액에 해당하는 7,193,927,670원 부분을 취소하여 위 부과처분의 액수를 75,357,535,920원으로 감액경정하였다(아래에서는 위 2004. 3. 2.자 부과처분 중 이와 같이 감액경정되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 15, 31, 32호증, 을 1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장요지
 (1) 원고의 주장
 (가) 이 사건 보전금의 지출은 사업상 필요할 뿐만 아니라 통상적인 것이었고, 따라서 이 사건 보전금은 전부 1998 사업연도 손금에 산입되어야 하므로, 이 사건 보전금의 일부가 위 손금에 산입되지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 (나) 이 사건 처분은 이 사건 보전금의 지출 무렵 그와 유사하거나 같은 행위를 한 여러 시중은행들 중에서 유독 주택은행을 합병한 원고에 대하여만 행하여졌던바, 이는 과세형평에 반하는 것으로서 위법하다.
 (다) 이 사건 보전금 중 추후 회수된 부분에 대하여는 그것이 익금에 산입됨을 전제로 법인세가 부과·납부되었던바, 이에 비추어 보면 이 사건 처분은 하나의 소득에 대한 이중과세에 해당하여 위법하다.
 (2) 피고의 주장
 (가) 원고는 이 사건 보전금 중 ‘원본의 보전약정이 있는 실적배당신탁계정으로부터 개발신탁계정으로 편출입된 자산’에 관한 부분을 제외한 나머지 부분을 지출할 의무가 없음에도 불구하고 이를 지출하였고, 더욱이 이는 관계 법령 및 감독기관의 규제를 위반한 것으로서 위법하므로, 위 지출은 사업상 필요성이나 통상성이 없으며, 따라서 이 사건 보전금은 전부 1998 사업연도 손금에 산입될 수 없다.
 (나) 원고가 위법하게 이 사건 보전금을 지출한 이상, 원고에 대하여만 이 사건 처분이 행하여졌다는 사정만으로 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수는 없다.
 (다) 이 사건 보전금 중 추후 회수된 부분이 익금에 산입된 것은 이 사건 보전금의 지출에 따른 불가피한 결과일 뿐이므로 이 사건 처분의 적법 여부와 무관하다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실
 (1) 1997. 말경 소위 IMF 사태가 발생하자, 신탁업계는 1998년경 신규수탁의 감소와 다량의 신탁해지로 인한 수탁고 격감, 신탁운용자산의 부실화 등으로 영업상 어려움을 겪었다.
 (2) 신탁업자는 (가) 신탁업무운용요강에 따라 1997년도 결산시까지는 원본 및 이익의 보전약정이 있는 불특정금전신탁에서 운용하는 대출금에 대하여 7/1,000 이내의 채권상각준비금 적립의무만을 부담하였으나, (나) 신탁업무운용요강이 1997. 12. 26. 개정됨에 따라 1998년도 결산시에는 위 대출금에 대하여 금융감독원의 자산건전성 분류기준에 의한 대손충당금 적립금액의 100% 이상의 채권상각준비금 적립의무를 부담하게 되었고, (다) 그 후 신탁업감독규정이 1998. 4. 1. 신탁업무운용요강을 대체하여 제정됨에 따라 원본의 보전약정만 있는 불특정금전신탁에서 운용하는 대출금에 대하여도 채권상각준비금 적립의무를 부담하게 되었으며, (라) 신탁업감독규정이 1998. 7. 1. 개정됨에 따라 대출금 외에도 기업어음 및 사모사채에 대하여까지 채권상각준비금 적립의무를 부담하게 되었고, (마) 신탁업감독규정이 다시 1998. 11. 15. 개정됨에 따라 1999년도 결산시에는 원본과 이익 모두의 보전약정이 없는 불특정금전신탁의 경우에도 운용자산에 대하여 채권상각준비금 적립의무를 부담하게 되었다.
 (3) 위와 같은 신탁업계의 현황 및 감독기관에 의한 채권상각준비금 적립의무의 확대·강화로 인하여 실적배당신탁상품 고객의 실적배당률은 1998년경 당시 1998년도 결산기를 기점으로 대폭 하락할 것으로 예상되었는데, 당시 매일 고시되던 실적배당신탁의 실적배당률은 신탁운용자산(특히 채권)의 부실정도나 채권상각준비금 추가 적립으로 증가된 비용을 제대로 반영하지 못하였다.
 (4) 한편, 신탁업자들은 1998년 당시까지 관행상 실적배당신탁상품에 대하여 마치 원리금이 보장되거나 확정금리를 지급하는 것처럼 ‘예상수익률’, ‘기대수익률’, ‘목표수익률’ 등의 용어를 사용하여 과장광고를 하거나(감독기관은 1998. 4월경부터 이러한 과장광고의 금지를 촉구하였다) 별도로 보장약정을 하는 경우가 대부분이었고, 실적배당률에 부실자산 배당률을 반영하지 아니한 채 실적배당신탁상품 고객에게 원리금을 보장하여 주는 경우도 많았으며, 이에 따라 실적배당신탁상품 고객들은 그 원리금이 모두 보장되는 것으로 믿는 경우가 많았다.
 (5) 그런데 1997. 12. 31.까지 신탁업무를 감독하던 재정경제원장관은 신탁자산간의 편출입에 대하여 신청에 따라 각 건별로 승인을 하여 주었으나, 1998. 1. 1.부터 신탁업무를 감독하게 된 은행감독원은 신탁자산간의 편출입에 대하여 명확한 입장을 밝히지 아니하였다. 이에 은행연합회는 1998. 4. 22. 은행감독원이 주최한 ‘8개 은행 신탁부장 회의’에서 은행감독원에 위와 같은 신탁업계의 현황을 알리고 편출입을 포함한 신탁제도상의 제반문제를 해결하여 줄 것을 건의하였으나, 은행감독원은 부실한 신탁운용자산의 처리방안에 관하여 별다른 해결책을 제시하지 아니하였다.
 (6) 이에 일부 시중은행들은 은행의 고유계정으로부터 실적배당신탁계정에 보전금을 직접 편출입하는 방식으로 실적배당신탁상품 고객들의 손실을 보전하여 주기도 하였다. 그러자 은행감독원은 1998. 7. 18. 시중은행들에게 ‘은행의 고유계정에서 실적배당신탁계정으로 보전금을 전입하는 것은 「신탁겸영은행 신탁회계처리기준」에 위반된다’고 하면서 시정을 지시하였다.
 (7) 이에 은행연합회 신탁전문위원회는 1998. 7. 29. 은행감독원의 위 지시에 대한 대안으로 실적배당신탁계정의 부실자산을 약정배당신탁계정으로 편출입하기로 결의하였고, 그에 따라 시중은행들은 그 무렵 각 실적배당신탁계정의 부실자산을 약정배당신탁계정으로 편출입하였다(1998. 10. 2.자 편출입 등). 그러자 은행감독원은 1998. 11. 9. 시중은행들에게 ‘위와 같은 신탁계정간 자산 편출입이 신탁업감독규정 제16조 및 제23조에 위반된다’고 하면서 주의를 촉구하였다(그 후 1998. 12. 31.자 편출입이 행하여졌다).
 (8) 금융감독원장은 1999. 5. 3.부터 같은 달 26.까지 주택은행에 대하여 종합검사를 실시한 결과 이 사건 편출입 및 이 사건 보전금의 지출 사실을 확인하고, 1999. 7. 23. 주택은행에 대하여 신탁업감독규정 제16조 및 제23조 위반을 이유로 ‘주의적 기관경고’ 조치를 하였다.
 (9) 한편, 주택은행과 같이 신탁업을 겸영하던 다른 시중은행들도 1998년경 주택은행의 위 방식과 같거나 유사한 방식으로 그 고유계정으로부터 실적배당신탁계정의 손실에 대한 보전금을 지출하고 이를 손금에 산입하였다(그런데 이러한 주택은행 외 시중은행들의 행위에 대하여 금융감독원 등 감독기관의 조사나 기관경고 또는 과세관청의 법인세 추가 부과·징수 등의 조치가 취하여졌음은 이를 인정할 만한 자료가 없다).
 (10) 그 후, 이 사건 보전금의 지출 당시 주택은행의 은행장이었던소외인은 2004. 9. 17. 이로 인한 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임) 혐의에 대하여 ‘혐의없음’ 처분을 받았다.
 (11) 주택은행이 이 사건 보전금을 지출할 당시의 관련 감독규정은 다음과 같다.
[신탁업감독규정(1998. 4. 1. 금융감독원장 제정)]
제15조 (원본 및 이익의 보전)
 신탁회사는 신탁 당시에 인수한 재산에 대하여 원본 또는 이익의 보전계약을 할 수 없다. 다만, 개발신탁은 원본 및 이익의 보전계약을, 노후생활연금신탁·개인연금신탁·근로자퇴직적립신탁은 원본의 보전계약을 할 수 있다.
제16조 (배당률)
 ① 금전신탁의 만기배당률은 실적배당을 기준으로 한다.
 ② 금전신탁의 중도해지배당률은 만기배당률에서 중도해지수수료를 차감하여 산정한다(단서 생략).
 ③ 개인연금신탁의 연금지급액 산정시 적용할 이율은 신탁회사가 정하여 감독원장의 승인을 받은 예정배당률을 사용하며, 예정배당률에 의한 배당금과의 차이는 신탁만료시에 정산한다.
제23조 (신탁운용자산의 편출 및 편입)
 ① 신탁운용자산의 처분은 시장을 통하여 매매함을 원칙으로 하며, 특정 신탁상품의 수익률을 제고할 목적으로 운용자산을 편출하거나 편입할 수 없다.
 ② 제1항의 규정에 불구하고 신탁의 해지, 이자 및 조세공과금의 지급, 결산에 따른 신탁보수의 지급으로 인하여 운용자산의 처분이 필요하나 시장매각이 현실적으로 어려운 경우에는 다음 각호를 충족하는 조건으로 운용자산을 편출하거나 편입할 수 있다.
 1. 사유별 소요금액 범위 내에서의 거래
 2. 주식을 제외한 운용자산의 거래
 3. 매입수익률 또는 장부가격을 적용한 가격으로 거래
 4. 유가증권 중에서는 당초 매입수익률이 편출 또는 편입시의 시장금리와 근사한 유가증권부터 우선적으로 거래
제29조 (신탁회계처리원칙 및 공고)
 ① 신탁회사는 다음 각호에서 정하는 원칙에 따라 신탁재산의 현황 및 운용성과를 표시하여야 한다.
 1. 신탁회계는 고유계정과 분리하여 독립된 계정으로 회계처리하여야 한다.
 【인정근거】 갑 16 내지 31, 33호증, 을 3, 5, 7 내지 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지
 라. 판 단
 (1) 이 사건 보전금의 성격 및 그에 대한 주택은행의 지출의무 존부
 위 인정사실에 의하면, 이 사건 보전금은 사실상 이 사건 편출입을 계기로 주택은행의 고유계정으로부터 약정배당신탁계정을 거쳐 실적배당신탁계정으로 편출입된 자금이라고 할 것이고, 한편 주택은행으로서는 이 사건 보전금 중 적어도 ‘원본 및 이익 모두의 보전약정이 없는 실적배당신탁계정으로부터 개발신탁계정으로 편출입된 자산에 관하여 사용된 부분(156,348,817,251원으로 보인다)’은 이를 지출할 의무를 부담하지 아니하였다고 할 것이다.
 (2) 법률상 의무 없이 지출된 비용이 일반적으로 손금에 산입될 수 없는지 여부
 먼저 살피건대, 법인세법상 광고선전비, 일정 한도의 기부금·접대비, 소멸시효가 완성된 예금의 지급액 등이 손금에 산입되는 점에 비추어 보면, 반드시 기존에 성립한 법률상 의무의 이행으로서 지출된 비용만이 손금에 산입될 수 있는 것으로 보이지는 아니하므로, 일반적으로 법인이 어떤 비용을 기존의 법률상 의무 없이 지출하였다는 사정만 가지고 그 비용이 손금에 산입될 수 없다고 단정하기는 어렵고, 세무회계상의 의무확정주의는 손금의 귀속여부가 아닌 귀속시기에 관한 원칙에 불과하여 위 판단을 뒤집을 근거가 되기에 부적절한 것으로 보인다.
 (3) 이 사건 보전금 지출에 사업상 필요성 및 통상성이 있는지 여부
 (가) ① 이 사건 보전금의 지출 당시 신탁업계의 관행상 실적배당신탁상품 고객들은 (특히 소위 IMF 사태 이전에는)이를 ‘수익률이 다소 변동될 수 있는 일종의 예금·적금’으로 인식한 경우가 많았던 것으로 보이는 점, ② 신탁겸영은행의 경우 실적배당신탁상품의 판매조직은 약정배당신탁상품이나 일반적인 예금·적금상품의 판매조직과 동일하여 현실적으로 그 영업이 엄격히 구분되지 아니하였던 점, ③ 당시 매일 공시되었던 실적배당신탁상품의 실적배당률에는 상당한 허수가 있어서, 만약 경제위기로 인하여 초래된 실적배당신탁의 운용손실이나 채권상각준비금 적립의무 강화로 인하여 증가된 비용을 한꺼번에 실적배당률에 반영할 경우 신탁겸영은행의 신인도 추락으로 인한 수탁고 격감, 기존 신탁계약 및 예금·적금계약의 대규모 해지·인출사태 발생의 가능성이 상당히 높았던 점, ④ 당시의 경제상황상 위와 같은 사태는 극심한 유동성 경색 및 금융권 붕괴로 인한 국가적 경제위기 심화로 이어질 가능성도 배제할 수 없었던 점, ⑤ 주택은행의 실적배당률이 악화된 주된 원인은 주택은행으로서는 예상하기 힘들었던 소위 IMF 사태로 인한 수익률 감소 및 그에 따른 감독기관의 채권상각준비금 적립의무 확대·강화였던 것으로 보이는데, 추가로 적립되어야 할 준비금의 재원인 신탁계정의 수익금은 소위 IMF 사태 전까지 별다른 제약 없이 주택은행의 고유계정으로 편출되었던 것으로 보이는 점, ⑥ 주택은행은 다른 시중은행들과 협의를 거쳐 이 사건 편출입을 하였고, 감독기관도 당시 이와 같은 편출입을 실효적 제재수단을 동원하면서 강력하게 금지하지는 아니한 것으로 보이는 점, ⑦ 당시의 판례(대법원 1998. 10. 27. 선고 97다47989 판결 등)에 따르면, 주택은행은 비록 이 사건 보전금 대부분을 지출할 의무가 없었다고 하더라도 손해배상책임의 형태로 그 중 상당부분에 해당하는 액수를 지출할 의무는 있었을 것으로 보이는 점, ⑧ 주택은행과 같이 신탁업을 겸영하던 다른 시중은행들도 1998년경 주택은행의 위 방식과 같거나 유사한 방식으로 그 고유계정으로부터 실적배당신탁계정의 손실에 대한 보전금을 지출하였던 점 등 이 사건 변론에 나타난 제반사정을 종합하면, 이 사건 보전금의 지출은 사업상 필요할 뿐만 아니라 통상적인 것이었다고 봄이 상당하다.
 (나) 이에 대하여 피고는 당시의 관계 법령 및 회계처리기준에서 신탁겸영은행의 고유계정과 신탁계정의 구분계리를 규정한 점, 법인세법상 신탁계정의 손실은 법인이 아니라 수익자가 부담하는 점, 이 사건 부담금을 지출하지 아니할 경우에 예상되었던 위험은 주택은행이 자초한 것인 점 등의 사정을 들어 그 사업상 필요성에 관하여 다투나, ① 고유계정과 신탁계정의 구분계리는 회계상의 원칙으로서 고유계정으로부터 신탁계정으로의 지출이 사업상 필요하였는지 여부와는 직접적 관계가 없는 점, ② 법인세법상 신탁계정의 손실이 수익자에게 귀속되는 것과 법인이 그 고유계정에서 위 손실을 보전하여 주는 것은 별개의 문제인 점, ③ 채무불이행·불법행위 등으로 인한 법인의 손해배상금 지출도 사업상 필요성이 인정되어 손금에 산입되는 점 등에 비추어 보면, 피고 주장의 위 사정만 가지고 이 사건 보전금의 지출의 사업상 필요성을 부인하기에는 부족한 것으로 보인다.
 (다) 또한 피고는 이 사건 보전금의 지출이 주택은행의 경영건전성을 크게 저해하는 결과를 초래할 위험이 컸던 점, 주택은행이 이로 인하여 금융감독원장의 문책경고를 받은 점 등의 사정을 들어 그 통상성에 관하여도 다투나, 비용지출의 통상성은 해당 법인이 그 지출을 행할 당시에 처하였던 환경에서 그 법인과 동일·유사한 사업을 영위하고 있는 다른 법인들도 그와 같은 지출을 하였을 것으로 보이는지 여부의 문제로서, 비용지출이 가지는 경영상의 긍정적 효과를 고려하지 아니한 채 부정적 효과만 들어 그 통상성을 부정할 수는 없고, 해당 비용지출에 대한 법률적·행정적 규제의 존부와도 직접적 관련은 없는 점에 비추어 보면, 피고 주장의 위 사정만 가지고 이 사건 보전금의 지출의 통상성을 부인하기에는 부족한 것으로 보인다.
 (4) 이 사건 보전금의 손금 산입 여부
 (가) 이와 같이 이 사건 보전금의 지출에 사업상 필요성 및 통상성이 있는 것으로 판단되고, 이러한 보전금이법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것) 제16조 이하에서 정한 손금불산입 대상에도 해당하지 아니하는 이상, 이 사건 보전금은 전부 1998 사업연도 손금에 산입되어야 할 것이다.
 (나) 이에 대하여 피고는 이 사건 보전금의 지출행위가 신탁업감독규정 및 감독기관의 기관경고를 위반하여 위법하므로 이 사건 보전금이 손금에 산입될 수 없다는 취지로 주장하므로 살피건대, ① 이 사건 보전금의 지출은 일응 신탁업감독규정을 위반한 것이지만, 신탁업감독규정은 금융감독원이 자체적으로 설정한 감독기준에 불과하고 상위법령으로부터 위임받아 제정된 법령이 아닌 점, ② 감독기관의 지도·감독내용은 어떤 행위의 적법성 여부를 판단함에 있어 중요한 참고사항이 될 것이지만, 그것 자체가 위법하거나 자의적일 가능성이 있는 이상 이에 위반한 행위라고 하여 일률적으로 위법하다고 보기는 어려운 점, ③ 가사 이 사건 보전금의 지출행위가 위법하다고 하더라도, 그로 인한 피해자는 결국 주택은행의 주주나 은행업무 고객이 될 터인데 주택은행의 주주는 이 사건 보전금의 지출로 인한 피해를 주장하지 아니하였을 뿐더러 오히려 이 사건 보전금을 지출하지 아니할 경우에 예상되었던 위험을 고려하면 이득을 얻은 것으로 보이고 주택은행의 은행업무 고객은 이 사건 보전금의 지출로 인하여 아무런 현실적 피해도 입지 아니한 것으로 보이며, 이 사건 보전금의 지출을 최종적으로 결재한 주택은행 당시 은행장은 그로 인한 배임혐의에 대하여 혐의없음 처분을 받았고, 이 사건 보전금의 지출이 국가경제에 악영향을 미쳤다고 단정할 자료가 없는 점 등을 종합적으로 감안할 때 그 위법성은 그리 크지 아니한 것으로 보이는 점 등 이 사건 변론에 나타난 제반사정에 비추어 보면, 피고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
 (다) 또한 그 밖에 피고가 주장하는 사정들, 즉 은행의 공공성 및 은행에 대한 규제의 엄격성, 은행의 고유업무와 부수업무 및 겸영업무의 구별, 신탁겸영은행의 회계에 관한 규제의 취지, 주택은행이 이 사건 보전금의 지출 당시 자신이 이를 하여야 할 의무가 없고 그것이 위법하다는 것을 알고 있었다는 점 등만 가지고는 위 (가)항의 판단을 뒤집기에 부족하다.
 (5) 소결론
 이상에서 살펴본 바와 같이 이 사건 보전금은 그 지출에 사업상 필요성 및 통상성이 있다고 인정되는 비용으로서 전부 1998 사업연도 손금에 산입되어야 할 것임에도 불구하고 이와 다른 전제에서 행하여진 이 사건 처분(중 389,179,300원을 초과하는 부분)은 다른 점(과세형평의 위반 여부 등)에 관하여 나아가 판단할 필요 없이 위법하다고 할 것이다.
3. 결 론
 그렇다면, 이 사건 처분 중 389,179,300원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 민중기(재판장) 원익선 정욱도