종전 취득세를 면제받았던 구지방세법 및 감면조례가 폐지된바, 당시 감면조례 제12조 제2항 단서의 추징규정도 실효되었는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2016.08.29 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 준비서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
상고이유의 요지는, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 날부터 1년 이내에 이 사건 부동산을 당초 사용계획인 건축설계업에 사용하였음에도 불구하고 원심이 잘못된 사실인정을 하고 이를 기초로 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였으므로, 원심판결에 법리오해 등의 잘못이 있다는 취지이다.
그러나 사실의 인정과 그 전제로서 행하는 증거의 취사선택은 자유심증주의의 한계를 벗어나지 않는 한 사실심법원의 전권에 속하는 것인데, 상고이유의 주장은 이러한 원심의 사실인정을 다투는 것에 불과하여 적법한 상고이유라고 볼 수 없고, 나아가 기록에 비추어 살펴보더라도 앞서 본 원심의 판단에 논리와 경험의 법칙을 벗어나 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 원심이 인정한 사실과 다른 사실관계를 전제로 한 법리오해의 주장 역시 받아들일 수 없다.
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2014. 10. 14. 선고 2014누49417 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같은 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 추가하는 부분

가. 원고의 주장

원고가 이 사건 취득세를 면제받은 근거 법령은 새로 제정된「지방세특례제한법」제4조와 감면조례이다. 따라서 지방세특례제한법 제정 당시의 부칙 제3조는 적용될 수 없고, 이 사건 처분 당시 이미 폐지된 감면조례 제12조 제2항 단서에 대한 경과규정은 존재하지 않으므로, 이 사건 처분의 근거 법령은 존재하지 않았다.
나. 판단

지방세특례제한법이 2011. 1. 1. 법률 제10220호로 제정되기 전 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제9조는 지방자치단체가 과세면제 등을 하고자 할 때에는 행정안전부장관의 허가를 얻어 당해 지방자치단체의 조례로써 정하도록 규정하였는데, 지방세특례제한법이 제정되면서 종전에 구「지방세법」제9조에 따라 지방자치단체 조례로 감면하도록 되어 있던 규정을 지방세특례제한법에서 규정하게 되었으며, 그에 따라 지방세특례제한법은 제정 당시 부칙 제3조에서 일반적 경과조치로 지방세특례제한법 시행 전에 종전의「지방세법」제9조에 따른 조례에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으므로, 감면조례가 개정되거나 실효되었다고 하더라도 이 사건 취득세 면제의 근거된 된 감면조례에 따라 취득세를 면제받은 원고에 대하여는 감면조례 제12조 제2항 단서가 취득세 추징 여부를 결정하는 근거 규정이 되므로, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.
나아가, 앞서 본 바와 같이 원고는 감면조례 제12조 제2항 단서에서 정하는 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당하므로, 피고가 면제된 취득세를 징수한 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 같이한 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울행정법원 2014. 4. 24. 선고 2013구합23065 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 토목, 건축, 주택건설업 등을 목적사업으로 2005. 5. 19. 설립등기를 마친 법인이고, 2007. 3. 19. 법인명을 매경종합건설 주식회사로 변경하였다. 원고는 2011. 1. 5. 목적사업에 ‘건축설계 및 관련 서비스업, 건축상담’을 추가하고, 2011. 1. 11. 등기를 마쳤다.
나. 원고는 서울동부지방법원 2011. 4. 1. 접수 제18911호로 ‘서울 00구 00동2가 325-2 서울숲00000밸리 1206호(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)‘에 관하여 2011. 1. 20. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
다. 원고는 소유권이전등기 시 이 사건 부동산을 ‘건축설계 및 관련서비스업(한국표준산업분류번호 72111, 이하 ’건축설계업‘이라고만 한다)’에 사용할 목적이라는 이유로 구 서울특별시세 감면조례(2010. 12. 31. 서울시조례 제5062호로 전부 개정된 것, 이하 ‘감면조례’라고만 한다) 제12조 제2항에 근거하여, 피고에게 지방세 감면을 신청하여 취득세 등을 면제받았다.
라. 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득 목적대로 사용하였는지 세무조사를 하였다. 피고는 세무조사결과, 2013. 7. 10. 원고에게, 원고가 이 사건 부동산의 취득일부터 1년 이내에 이 사건 부동산을 건축설계업에 직접 사용하지 않았다는 이유로 감면조례 제12조 제2항 단서에 근거하여 감면세액에 가산세를 포함하여 다음과 같이 취득세 등 합계 36,761,200원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
마. 원고는 ‘영업 실적 총괄 내역서’를 첨부하여 과세전적부심사를 청구하였고, 2013. 7. 2. 서울특별시장으로부터 불채택결정을 받았다.
[인정근거] 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2, 8, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 건축설계업 관련

원고는 건축공사업을 하던 회사인데, 2011. 1. 11. 건축설계를 목적사업에 추가하고 그 사업도 함께 하고 있다. 건축설계업은 사업 초기여서 영업활동을 꾸준히 하였고, 단지 매출실적이 건축공사업에 미치지 못한다고 목적사업에 직접 사용하지 않았다고 판단한 것은 부당하다. 원고는 다음과 같이 꾸준히 건축설계업 관련 영업을 하고, 2012년도에 실제 계약을 체결하기도 하였다.
2) 처분 근거 부재

이 사건 처분 시 감면조례 제12조 제2항 단서는 폐지되어 존재하지 않고, 경과규정도 없다. 이 사건 처분의 근거 법령이 존재하지 않는다.
나. 관계 법령

별지. 관계 법령 기재와 같다.
다. 인정사실

1) 원고는 이 사건 부동산 취득 이후 본점 소재지를 이 사건 부동산으로 이전하였다.
2) 원고의 2011년도 손익계산서에 따르면, 매출액(공사수입금)이 1,824,246,550원이고, 2012년도 손익계산서에 따르면, 매출액 중 공사수입금 3,355,364,663원, 건축상담 3,000,000원이다.
3) 원고는 주식회사 00플랜트를 공급받는 자로 하여 2012. 12. 31. 2012년 건축상담 3,000,000원의 세금계산서를 발행하였다.
4) 세무조사 당시 원고의 회사 조직도에는 설계팀이 별도로 없었다. 경영지원팀, 토목사업팀(토목), 건축사업팀(건축, 시설물), 공사관리팀이 있을 뿐이고, 임직원 급여 명세서에도 설계관련 직원에게 지급한 임금은 없다.
5) 원고는 2012. 9. 21. 주식회사 00플랜트(이하 ‘00플랜트’라 한다)와 사이에, ‘건축 및 건축상담’이라는 제목으로 계약금 300만 원인 설계계약을 체결하였다. 계약서에는 ‘인천시 소재, 대지면적 240.52㎡, 건축면적 160.03㎡, 용도 공장(물류)’, ‘갑과 을은 상호 신의와 성실을 원칙으로 이 계약서에 의하여 계약을 체결하고 각 1부씩 보관한다’고 기재되어 있다. 원고는 2012. 12. 31. 공급받는 자를 00플랜트로 하여 세금계산서를 발행하였다.
원고는 2012. 11. 5. 주식회사 00건설(이하 ‘00건설’이라 한다)과 사이에, ‘남양주시 소재, 대지면적 843.52㎡, 공동주택’, 계약금액 ‘1,600만 원, 부가세 별도’로 설계 및 실행 계약을 체결하였다. 원고는 2013. 3. 25. 공급받는 자를 00건설로 하여 세금계산서를 발행하였다.
[인정근거] 갑 제1, 8, 9호증, 을 제3 내지 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 원고가 지방세 감면대상인 건축설계업을 영위하였는지 여부

감면조례 제12조 제2항은, 중소기업자가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 ‘산업집적활성화법’이라고만 한다) 제28조의5 제1항 제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업을 영위할 목적으로 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 단서에서, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 산업집적활성화법 제28조의5 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제6조 제2항 제4호, 제36조의4 제1항 제1호는 ‘건축기술, 엔지니어링 및 그 밖의 과학기술서비스업’을 지식산업으로 규정하고 있다.
살피건대, 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면, 이 사건 부동산을 취득한 이후 1년이 지난 시점까지 이 사건 부동산을 당초 사용계획인 건축설계업에 사용하지 않았다고 봄이 상당하다.
① 우선 2012. 9. 21.자 계약서 및 2012. 11. 5.자 각 계약서는 계약 내용을 제대로 알 수가 없을 정도로 내용이 부실하여 실제 원고가 설계 용역을 수행하였는지 의문이다. 원고는 계약서에 따라 용역을 수행한 결과물도 제출하지 않고 있다. 갑 제10 내지 23호증 확인서는 원고가 설계 상담을 위해 상대방과 접촉했다는 내용인데, 공동 건설 등을 검토하였다는 것으로 실제 업무를 했는지 의문이고, 아무런 결과물도 없다. 2011년, 2012년 손익계산서에도 관련 영업활동 매출이 인정되지 않는다. 각 확인서 기재만으로 원고가 실제 설계 용역을 제공하였다고 할 수 없다.
② 원고는 2011. 4. 1. 이 사건 부동산을 취득하였는데, 원고가 실제 설계계약을 체결한 시점은 이미 이 사건 부동산 취득일로부터 1년 9개월 정도가 경과한 시점이며, 계약에 따른 설계용역을 수행하였음을 인정할 증거가 없다.
③ 한국표준산업분류 건축설계업(72111)은 ‘설계, 건설공정, 건축법류 및 건설자재 등에 관한 지식을 이용하여 각종 건물 또는 구축물의 기획 및 설계를 수행하는 산업활동’을 말한다. 원고의 전체 매출금액과 비교하면 계약을 체결한 금액은 미미하고, 원고의 주된 매출은 공사수입금이어서 설계를 주된 업무로 하고 있다고 할 수도 없다. 피고의 2013. 3. 21. 조사 당시 원고는 당초 사용목적이 아닌 건설공사업(종합건설업)을 주로 하고 있다고 할 수 있다.
④ 세무조사 시 설계 관련 부서가 존재하지 않았고, 급여 대장상으로도 건축 설계 자격을 갖춘 관련 직원이 없었다. 원고는 이 사건 처분 이후 비로소 개발사업팀 내에 건축설계 부서가 있다고 조직도를 제출하고 있다. 원고가 제출한 조직도를 믿을 수 없어, 실제 조직이 있는지 알 수가 없다.
2) 이 사건 처분의 근거 법령이 실효되었는지 여부

지방세특례제한법은 ‘지방세 감면 및 특례에 관한 사항과 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 지방세 정책을 효율적으로 수행함으로써 건전한 지방재정 운영 및 공평과세 실현에 이바지함을 목적’으로 2011. 1. 1. 법률 제10220호로 제정되었다. 지방세특례제한법이 신설되기 전 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제9조는 지방자치단체가 과세면제 등을 하고자 할 때에는 행정안전부장관의 허가를 얻어 당해 지방자치단체의 조례로써 정하도록 규정하였다. 그런데 지방세특례제한법이 제정되면서 종전에 구「지방세법」제9조에 따라 지방자치단체 조례로 감면하도록 되어 있던 규정을 지방세특례제한법에서 규정하게 되었다. 그에 따라 지방세특례제한법은 제정 당시 부칙 제3조에서 일반적 경과조치로 이 법 시행 전에 종전의「지방세법」제9조에 따른 조례에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 따라서 이 사건은 지방세특례제한법 시행 이후에도 감면조례가 적용되어야 한다.
원고는 감면조례 제12조 제2항에 근거하여 취득세 등을 면제받았다. 감면조례 제12조 제2항 단서에서 면제받은 취득세를 추징할 수 있는 경우를 규정하고 있다. 원고는 감면조례 제12조 제2항 단서에서 정하는 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당하므로 피고가 면제된 취득세를 징수한 것은 적법하다.
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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별지

【관계법령】

▣ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제28조의5(지식산업센터에의 입주)

① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다. <개정 2010.4.12>

1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설

2.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설

3. 그 밖에 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

② 제1항제1호에 따라 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다. <개정 2010.4.12>

▣ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령

제6조(산업단지의 입주자격)

① 법 제2조제18호 및 제19호에서 "대통령령으로 정하는 자격"이란 다음 각 호의 자격을 말한다.
1. 해당 산업단지의 관리기본계획에 따른 입주대상산업 및 시설 또는 입주기업체의 사업지원에 필요한 사업일 것

2. 해당 사업의 시행을 위하여 관련 법규에 따른 인가ㆍ허가 등을 받았거나 받을 수 있을 것

② 법 제2조제18호에서 "지식산업"이란 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.
4. 건축기술, 엔지니어링 및 그 밖의 과학기술서비스업

제36조의4(지식산업센터에의 입주)

① 법 제28조의5제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.
1. 제6조제2항 및 같은 조 제3항에 따른 지식산업 및 정보통신산업

▣ 구 서울특별시 시세감면조례(시행 2011. 1. 1. 서울특별시조례 제5062호, 2010.12.31., 전부개정)

제1조(목적)

이 조례는「지방세특례제한법」제4조에 따라 서울특별시 시세의 감면에 관한 사항을 규정하여 법령기능을 보완하고 과세의 공평을 기함으로써 지역사회의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제12조(지식산업센터 등에 대한 감면)

② 중소기업자가「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5제1항제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업이나 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
부칙 < 제5062호, 2010. 12. 31.>

제1조 (시행일) 이 조례는 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(적용시한) 이 조례는 2011년 12월 31일까지 적용한다.
제3조(일반적 경과조치)

이 조례 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
▣ 지방세특례제한법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것)

제1조(목적)

이 법은 지방세 감면 및 특례에 관한 사항과 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 지방세 정책을 효율적으로 수행함으로써 건전한 지방재정 운영 및 공평과세 실현에 이바지함을 목적으로 한다.
제4조(조례에 따른 지방세 감면)

① 지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 3년의 기간 이내에서 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 이 조 및 제97조의2에서 "지방세 감면"이라 한다)를 할 수 있다. 이 경우 이 법에서 정한 지방세 감면은 추가로 확대할 수 없다. <개정 2010.12.27>

1. 서민생활 지원, 농어촌 생활환경 개선, 대중교통 확충 지원 등 공익을 위하여 지방세의 감면이 필요하다고 인정될 때

2. 특정지역의 개발, 특정산업·특정시설의 지원을 위하여 지방세의 감면이 필요하다고 인정될 때

③ 지방자치단체는 지방세 감면을 하려면「지방세기본법」제141조에 따른 지방세심의위원회의 심의를 거쳐 조례로 정하여야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 지방세 감면을 신설 또는 연장하거나 변경하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 조세 관련 전문기관이나 법인 또는 단체에 의뢰하여 감면의 필요성, 성과 및 효율성 등을 분석·평가하여 심의자료로 활용하여야 한다.
제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면)

①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5제1항제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
②「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다. [본조신설 2011.12.31]

부칙 <제10220호,2010.3.31>

제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제3조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「지방세법」의 규정(종전의「지방세법」제9조에 따른 조례를 포함한다)에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
제3조의2(종전의 감면 조례 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의「지방세법」제9조에 따라 과세면제ㆍ불균일과세 및 일부과세에 대하여 행정안전부장관의 허가를 받아 조례로 정한 경우에는 제4조의 개정규정에도 불구하고 해당 조례의 효력이 종료될 때까지 그 조례에 따라 과세면제ㆍ불균일과세 및 일부과세를 적용한다.[본조신설 2010.12.27]

▣ 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것)

제9조(과세면제등을 위한 조례)

제7조 및 제8조의 규정에 의하여 지방자치단체가 과세면제 불균일과세 또는 일부과세를 하고자 할 때에는 행정안전부장관의 허가를 얻어 당해지방자치단체의 조례로써 정하여야 한다. <개정 1978.12.6, 1998.12.31, 2008.2.29>. 끝.