민원인 - 토지 양도에 관한 법인세를 잔금 청산 전에 미리 납부한 경우, 개발부담금 부과 시 해당 법인세를 개발비용에 계상할 수 있는지(「개발이익 환수에 관한 법률」 제12조 등) (법령해석례, 법제처)
공포일: 2024.11.26 / 시행일:

「개발이익 환수에 관한 법률」(이하 “개발이익환수법”이라 함) 제11조제1항에서는 개발비용1)1) 개발사업의 시행과 관련하여 지출된 비용을 말하며, 이하 같음은 순(純) 공사비, 조사비, 해당 토지의 개량비, 각종 세금과 공과금 등 같은 항 각 호의 금액을 합하여 산출하도록 하되, 같은 법 제12조에서는 부과 개시 시점 후 개발부담금2)2) 개발이익 중 개발이익환수법에 따라 시장·군수·구청장이 부과·징수하는 금액을 말하며, 이하 같음을 부과하기 전에 개발부담금 부과 대상 토지를 양도하여 발생한 소득에 대하여 양도소득세 또는 법인세가 부과된 경우에는 같은 법 제11조에도 불구하고 해당 세액 중 부과 개시 시점부터 양도시점까지에 상당하는 세액을 같은 법 제11조에 따른 개발비용에 계상할 수 있다고 하면서(제1항), 그 개발비용으로 계상되는 세액의 범위 등은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고(제2항), 그 위임에 따라 개발비용으로 계상되는 세액의 범위 등을 정한 같은 법 시행령 제13조에서는 같은 법 제12조에 따라 개발비용으로 계상되는 양도소득세 또는 법인세의 세액 범위는 부과 종료 시점 이전에 토지가 양도된 때에는 해당 세액 중 부과 개시 시점부터 양도시까지, 부과 종료 시점 이후에 토지가 양도된 때에는 부과 개시 시점부터 부과 종료 시점까지에 상당하는 세액으로 하며(전단), 이 경우 개발비용으로 계상되는 세액의 산정은 양도소득세 또는 법인세를 일(日) 단위로 똑같이 나누어 산정한다고 규정(후단)하고 있는바,공동주택 건설사업과 관련하여 분양된 토지에 대해 해당 사업을 시행한 법인이 그 토지 양도(분양)로 인한 소득에 대해 법인세법령에 따라 법인세를 납부3)3) 실무적으로는 실제 분양에 따라 잔금청산이 되지 않더라도 공동주택의 준공일이 속한 사업연도까지 양도에 따른 법인세를 모두 납부하게 됨(「법인세법」 제13조제1항, 제14조제1항 및 같은 법 시행령 제69조제1항 등 참조)하였으나, 분양된 토지의 잔금 청산이 이루어지지 않은 시점에서 시장등4)4) 시장·군수 및 자치구의 구청장을 말하며, 이하 같음이 개발이익환수법 제14조제1항에 따라 개발부담금을 결정·부과할 때, 그 분양된 토지의 양도소득에 대해 이미 납부한 법인세액 중 잔금청산이 이루어지지 않은 부분에 상당하는 세액은 같은 법 제12조제1항을 근거로 개발비용에 계상할 수 있는지?

이 사안의 경우, 공동주택 건설사업과 관련하여 분양된 토지의 양도소득에 대해 이미 납부한 법인세액 중 잔금청산이 이루어지지 않은 부분에 상당하는 세액은 개발이익환수법 제12조제1항을 근거로 개발비용에 계상할 수 없습니다.

먼저 개발이익환수법 제12조제1항에서는 부과 개시 시점 후 개발부담금을 부과하기 전에 개발부담금 부과 대상 토지를 양도하여 발생한 소득에 대하여 양도소득세 또는 법인세가 부과된 경우에 부과개시 시점부터 “양도시점”까지에 상당하는 세액을 개발비용에 계상할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제13조에서는 개발비용으로 계상되는 법인세의 세액 범위를 “부과 종료 시점 이전에 토지가 양도된 때에는 해당 세액 중 부과 개시 시점부터 양도시까지, 부과 종료 시점 이후에 토지가 양도된 때에는 부과 개시 시점부터 부과 종료 시점까지에 상당하는 세액”으로 정하여 “토지가 양도된 시점”을 개발비용에 계상되는 법인세액 산정 기준의 하나로 규정하고 있는바, 토지의 양도소득에 대한 법인세액에 대하여 같은 법 제12조제1항이 적용되려면 문언상 개발부담금 부과를 하기 전에 토지가 양도된 경우여야 할 것입니다.그런데 양도란 일반적으로 재산, 물건, 법률상 권리를 남에게 넘겨주는 것으로서1)1) 국립국어원 표준국어대사전 참조, 부동산의 매매계약이 체결된 경우에는 매도인의 소유권등기의무, 인도의무와 매수인의 잔대금지급의무는 동시이행의 관계에 있는 것이 원칙이므로2)2) 대법원 2000. 11. 28. 선고 2000다8533 판결례 등 참조토지 양도의 경우 대금지급의무를 이행한 잔금 청산일을 양도시점으로 볼 수 있고, 「법인세법」 등 세법상의 양도는 행위 또는 거래의 명칭과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용해야 한다는 실질과세의 원칙3)3) 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용하도록 하고 있음(「법인세법」 제14조 등 참조)등을 고려하여 자산이 유상으로 사실상 이전되는 경우를 의미한다고 보고 있는데,4)4) 서울고등법원 2014. 10. 17. 선고 2013누51291 판결례 등 참조자산이 유상으로 사실상 이전되는 경우란 일반적으로 토지 등 자산의 대가가 사회통념상 거의 전부 지급되었다고 볼 만한 정도의 지급이 이행되었는지 여부5)5) 대법원 1984. 2. 14. 선고 82누286 판결례 등 참조, 즉 양도에 관한 대금의 지급 여부를 기준으로 판단하고 있습니다.그리고 개발이익환수법 제12조제1항에서는 법인세 뿐만 아니라 개인이 개발부담금 부과 대상 토지를 양도하여 발생한 소득에 대하여 양도소득세를 부과한 경우에도 개발비용에 계상할 수 있도록 규정하고 있고, 양도소득세에 관한 사항을 규정하고 있는 「소득세법」 제98조 전단에서는 양도시기는 원칙적으로 “해당 자산의 대금을 청산한 날”로 하도록 하고 있으며, 개발이익환수법 시행령 제10조제2항제1호에서는 토지만을 개발하는 개발사업의 경우로서 사실상 개발이 끝난 토지를 타인에게 “양도”하는 경우에는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 시기에 해당하는 날, 즉 소득세법령상의 양도시점을 따르도록 규정하고 있는 점 등을 종합하여 보면 양도시점에 관한 「소득세법」 등 관계 법령과 개발이익환수법상의 관계 규정 등을 고려할 때 개발이익환수법 제12조에 따른 토지의 양도시점은 잔금을 청산한 날을 기준으로 보는 것이 합리적입니다.그렇다면 개발이익환수법 제12조제1항에서는 부과 개시 시점 후 개발부담금을 부과하기 전에 개발부담금 부과 대상 토지를 양도하여 발생한 소득에 대하여 양도소득세 또는 법인세가 부과된 경우에 해당 세액의 일부를 개발비용에 계상할 수 있도록 규정하고 있는데, 이 사안에서와 같이 공동주택 건설사업과 관련하여 분양된 토지로 인한 소득에 대해 법인세법령에 따라 법인세를 납부하였다고 하더라도, 공동주택 건설사업과 관련하여 분양된 토지의 잔금 청산이 모두 이루어지지 않은 시점에 개발부담금을 부과한다면, 공동주택 건설사업과 관련하여 분양된 토지의 양도소득에 대해 이미 납부한 법인세액 중 잔금 청산이 이루어진 부분에 상당하는 세액에 관하여는 개발이익환수법 제12조제1항에 따라 개발비용에 계상할 수 있으나, 잔금청산이 이루어지지 않은 부분에 상당하는 세액에 관하여는 개발비용에 계상할 수는 없다고 할 것입니다.한편, 토지의 양도소득에 대해 법인세가 부과되었다면 그 법인세가 부과되기 전에 이미 양도가 있었다고 보아야 하고, 이 때 기간과세라는 법인세의 특성상 해당 토지의 양도소득에 대해 법인세가 부과된 마지막 사업연도의 손익귀속시기를 토지의 양도시기로 보아 이 사안에서의 법인세를 개발비용에 포함시켜야 한다는 의견이 있으나, 조세나 부담금에 관한 법률은 그 부과요건 또는 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것6)6) 법제처 2023. 6. 7. 회신 23-0086 해석례 등 참조인데, 법인세의 경우에만 법인세의 손익귀속시기인 해당 사업연도의 말일을 양도시점으로 보는 것은 양도의 일반적인 의미나 관계 법령에서 규정하고 있는 양도시점과는 차이가 있고, 개발이익환수법령과 법인세법령 간의 관계 등을 종합해 보면 이중과세 방지를 위하여 양도소득세나 법인세가 개발부담금보다 먼저 부과되는 경우에는 개발부담금 산정 시 이를 개발비용으로 계상하고, 개발부담금이 양도소득세나 법인세보다 먼저 부과되는 경우에는 양도소득세나 법인세 산정 시 개발부담금을 필요경비 내지 손금으로 계상하게 되는바,7)7) 대법원 2009. 3. 12. 선고 2008두19321 판결례, 인천지방법원 2024. 2. 8. 선고 2021구합56309 판결례, 서울행정법원 2017. 8. 17. 선고 2017구합60260 판결례 등 참조결과적으로 이 사안의 법인세가 개발비용으로 계상되지 않더라도 차후 법인세 산정 시 해당 개발부담금을 손금으로 계상하여 최종적으로 법인세가 감소될 수 있는 점 등을 고려할 때 이러한 의견은 타당하지 않습니다.따라서 이 사안의 경우, 공동주택 건설사업과 관련하여 분양된 토지의 양도소득에 대해 이미 납부한 법인세액 중 잔금청산이 이루어지지 않은 부분에 상당하는 세액은 개발이익환수법 제12조제1항을 근거로 개발비용에 계상할 수 없습니다.※ 법령정비 권고 사항토지를 아직 양도하지 않은 경우로서 미리 토지의 양도로 발생할 소득을 예상하여 개발부담금 부과 대상 토지의 양도 소득에 대한 법인세가 부과·납부된 경우에는 예외적으로 납부한 법인세를 개발비용에 계상할 필요가 있는지를 정책적으로 검토하여 법인세를 개발비용에 계상할 수 있는 합리적 범위를 개발이익환수법 제12조제1항에 명확히 규정할 필요가 있습니다.<관계 법령>개발이익 환수에 관한 법률제12조(양도소득세액 등의 개발비용 인정) ① 부과 개시 시점 후 개발부담금을 부과하기 전에 개발부담금 부과 대상 토지를 양도하여 발생한 소득에 대하여 양도소득세 또는 법인세가 부과된 경우에는 제11조에도 불구하고 해당 세액 중 부과 개시 시점부터 양도시점까지에 상당하는 세액을 같은 조에 따른 개발비용에 계상할 수 있다.② 제1항에 따라 개발비용으로 계상되는 세액의 범위 등은 대통령령으로 정한다.③·④ (생 략)개발이익 환수에 관한 법률 시행령제13조(양도소득세액 등의 개발비용 인정) 법 제12조에 따라 개발비용으로 계상되는 양도소득세 또는 법인세의 세액 범위는 부과 종료 시점 이전에 토지가 양도된 때에는 해당 세액 중 부과 개시 시점부터 양도시까지, 부과 종료 시점 이후에 토지가 양도된 때에는 부과 개시 시점부터 부과 종료 시점까지에 상당하는 세액으로 한다. 이 경우 개발비용으로 계상되는 세액의 산정은 양도소득세 또는 법인세를 일(日) 단위로 똑같이 나누어 산정한다.