양도소득세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 1998.11.06 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 변호사 김철기)
【피 고】 용산세무서장
【주 문】
 1. 피고가 1997. 5. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 금 267,007,640원의 부과처분 중 금 258,817,110원을 초과하는 부분을 취소한다. 
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용은 이를 10분하여 그 9는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1997. 5. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 금 267,007,640원의 부과처분 중 금 185,102,400원을 초과하는 부분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 갑 제1, 3, 5호증, 을 제1 내지 3, 5호증, 을 제4호증의 1, 2 의 각 기재에 의하면, 다음의 사실을 인정할 수 있다.
 (1) 원고는 1995. 9. 5. 원고 소유의 부산 북구 ○○동(지번 1-1 생략) 대지 218.2㎡(이하, 이 사건 건물이라고 한다) 및 그 지상 건물 654.4㎡를 양도하고, 같은 달 25. 자산양도차익예정신고를 하면서 이 사건 토지의 당시 기준시가로서 당시 공시되어 있던 개별공시지가(㎡당 금 2,670,000원)을 적용하여 양도소득세액 금 185,102,400원을 납부하였는데, 부산광역시 북구청장(이하 북구청장이라고만 한다)은 그 후 1996. 6. 28. 이 사건 토지의 1995년도 개별공시지가가 토지특성조사의 착오로 인하여 잘못 결정되었다는 이유로 ㎡당 금 3,580,000원으로 경정결정하고 이를 고시하였다.
 (2) 이에 피고는 1997. 5. 1. 위와 같이 경정된 개별공시지가를 적용하여 이 사건 토지에 관한 양도소득세 금 282,996,980원을 산출한 다음, 원고가 자진납부한 양도소득세액을 공제한 금 97,894,580원을 추가로 부과고지하였다가, 위와 같이 부과고지한 양도소득세 중 신고·납부불성실가산세 부과부분은 부당하다는 취지의 1997. 7. 25.자 국세청장의 심사결정에 따라 같은 해 8. 11. 양도소득세액을 금 15,989,340원을 감액하여 총결정세액을 금 267,007,640원으로 결정한 다음 위 추가고지세액을 금 81,905,240원으로 감액하는 결정을 하고 이를 원고에게 통지하였다.
 나. 따라서 이 사건 부과처분은 1997. 5. 1.자 양도소득세 금 267,007,640원이 되며, 이 중 원고는 위 자진납부세액을 초과하는 부분, 즉 감액된 추가고지세액 금 81,905,240원의 취소를 구하고 있다.
 2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고의 주장은 다음과 같다.
 첫째, 이 사건 처분은 양도소득세의 확정기간이 훨씬 경과한 이후 경정된 개별공시지가를 적용하여 부과한 것인바, 이는 소득세법(이하, 법이라고 한다) 제99조(종전의 제60조의 개정규정, 부칙 제1조 제1항 단서에 의하여 1995. 1. 1.부터 시행, 이하 같다) 제1항 및 같은법시행령 제164조(부칙 제1조 단서에 의하여 1995. 1. 1.부터 시행, 이하 같다) 제9항에서 토지의 기준시가인 개별공시지가를 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다고 규정하고 있는 취지에 위배되는 것일 뿐만 아니라, 이러한 개별공시지가의 경정은 행정기관의 잘못된 처분을 바로잡기 위한 것임에도 불구하고 경정된 개별공시지가를 적용하여 양도소득세를 부과하는 것은 행정기관의 잘못을 당사자들에게 전가하는 것으로서 양도 당시의 개별공시지가를 신뢰한 당사자들의 기대를 저버리는 것이므로, 이는 개별공시지가의 예측성과 조세법률의 적용에 있어서의 안정성을 해치는 것이고, 나아가 신의성실의 원칙 및 신뢰보호의 원칙에 반하며 헌법상 보장된 국민의 재산권을 침해하는 결과를 초래하게 되는 것이므로, 양도소득세 확정기간 경과 후 경정된 개별공시지가를 적용하여 부과한 이 사건 처분은 위법하다. 
 둘째, 이 사건 처분의 기준이 된 이 사건 토지의 1995년도 개별공시지가는 ㎡당 금 3,850,000원으로서 유사한 토지 특성을 가지고 있는 부산 중구 ○○동(지번 1-2 생략) 토지의 개별공시지가가 ㎡당 금 2,700,000원으로 결정된 점, 또한 이 사건 토지를 제외한 부산 중구 ○○동(지번 1 생략) 각 토지의 1995년도 개별공시지가의 증가율은 평균 -0.86%이고, 위 ○○동(지번 1-2 생략) 토지의 증가율은 -15.63%임에도 불구하고, 이 사건 토지의 개별공시지가는 1994년의 경우보다 27.86%나 증액 결정된 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 토지에 대한 1995년도 개별공시지가 결정은 현저히 불합리하고 형평을 잃은 결정이므로, 이를 적용하여 세액을 산출한 이 사건 처분은 위법하다.
 셋째, 이 사건 처분은 확정신고기간이 경과한 후 경정된 개별공시지가를 소급 적용하여 부과한 것으로서 원고로부터 법 제98조 제1항(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행되기 전의 것, 이하 같다)에 규정된 자산양도차익예정신고 납부세액공제를 받을 수 있는 기회를 박탈한 것이므로, 적어도 원고가 자산양도차익예정신고납부를 하였더라면 받을 수 있는 세액공제부분에 대한 이 사건 처분은 위법하다. 
 나. 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단
 (1) 살피건대, 개별토지에 대한 가격결정도 행정처분에 해당하며, 원래 행정처분을 한 처분청은 그 행위에 하자가 있는 경우에는 원칙적으로 별도의 법적 근거가 없더라도 스스로 이를 직권으로 취소할 수 있는 것이고, 행정처분에 대한 법정의 불복기간이 지나면 직권으로도 취소할 수 없게 되는 것은 아니므로, 처분청은 토지에 대한 개별토지가격의 산정에 명백한 잘못이 있다면 이를 직권으로 취소할 수 있다고 할 것인바( 대법원 1995. 9. 15. 선고 95누6311 판결 참조), 개별토지가격합동조사지침 제12조의3에 의하면, 토지특성조사의 착오 기타 위산·오기 등 지가산정에 명백한 잘못이 있을 경우에는 시장·군수 또는 구청장이 지방토지평가위원회의 심의를 거쳐 경정결정할 수 있고 다만, 경미한 사항일 경우에는 지방토지평가위원회의 심의를 거치지 아니할 수 있다고 규정되어 있는데, 여기서 토지특성조사의 착오 또는 위산·오기는 지가산정에 명백한 잘못이 있는 경우의 예시로서 이러한 사유가 있으면 경정결정할 수 있는 것으로 보아야 할 것이고, 개별토지가격(지가공시및토지등의평가에관한법률이 1995. 12. 29. 법률 제5108호로 개정되어 1996. 6. 29. 시행된 이후에는 개별공시지가로 변경됨)이 지가산정에 명백한 잘못이 있어 경정결정 공고되었다면 당초에 결정 공고된 개별토지가격은 그 효력을 상실하고 경정결정된 새로운 개별토지가격이 공시기준일에 소급하여 그 효력을 발생한다고 할 것이며, 또한 개별토지가격합동조사지침 제12조의3에 근거하여 위법한 당초의 개별 지가결정을 취소하고 새로운 개별지가를 결정한 것을 들어 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙에 어긋난다고 할 수 없다고 할 것이다( 대법원 1994. 10. 7. 선고 93누15588 판결 참조). 
 (2) 갑 제7호증의 1 내지 12, 을 제6호증, 을 제8호증의 1 내지 3, 을 제9호증의 1, 2의 각 기재와 이 법원의 북구청장에 대한 1998. 7. 31.자 사실조회결과에 변론의 전취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
 (가) 이 사건 토지는 부산 중구 ○○동(지번 1 생략) 각 토지와 (지번 2 생략) 각 토지 사이의 복개도로와 금곡로에 접하고 있는 토지로서, 토지특성조사표상 도로조건에 의하면, 위 복개도로는 자동차 통행이 가능한 폭 8m 미만의 세로(細路)이고, 금곡로는 1991년경부터 폭 25m 이상의 광대로(廣大路)로 확장되었으나, 지하철공사로 인한 도로폭의 축소로 인하여 중로(中路, 폭 12m 내지 25m인 도로)로서 평가받고 있다. 
 (나) 북구청장은 당초 이 사건 토지의 1995년도 개별공시지가를 ㎡당 금 2,670,000원으로 결정·고시하였다가 그 후 이 사건 토지의 토지특성을 조사함에 있어 착오가 있었음을 발견하고, 이 사건 토지의 도로조건 중 도로접면을 당초 평가한 세로각지(가) (자동차 통행이 가능한 세로에 두 면 이상 접하고 있는 토지, 전산코드 '9', 배율 1.05)에서 실제 현황과 일치하도록 중로각지(중로에 한 면이 접하면서 중로, 소로, 자동차 통행이 가능한 세로에 한 면 이상 접하고 있는 토지, 전산코드 '5', 배율 1.41)로 변경한 후, 1996. 6. 28. 위와 같이 변경된 토지특성을 적용하여 이 사건 토지의 개별공시지가를 ㎡당 금 3,580,000원으로 변경하는 경정공고를 하였다.
 (3) 위 인정 사실에 의하면, 부산 북구청장은 당초 위법한 이 사건 토지의 1995년도 개별공시지가결정을 취소하고, 적법하게 새로운 개별공시지가를 경정결정하였다고 할 것이므로, 이러한 경정결정이 원고 주장과 같이 개별공시지가의 예측성과 조세법률의 적용에 있어서의 안정성을 해치는 것이고, 나아가 신의성실의 원칙 및 신뢰보호의 원칙에 반하며 헌법상 보장된 국민의 재산권을 침해하는 결과를 초래하게 되는 것이라고는 할 수 없고, 또한 개별공시지가가 경정결정 공고되었다면 당초에 결정 공고된 개별공시지가는 그 효력을 상실하고 경정결정된 새로운 개별공시지가가 공시기준일에 소급하여 그 효력을 발생하는 것이므로, 개별공시지가의 경정결정이 소득세법 제99조 제1항, 같은법시행령 제164조 제9항의 규정에 위배된다고 볼 수도 없다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 다. 원고의 둘째 주장에 대한 판단
 (1) 이 사건 토지에 대한 1995년도 개별공시지가의 경정결정이 적법하게 이루어진 것은 앞서 본 바와 같으므로, 나아가 이 사건 토지의 개별공시지가의 경정결정이 현저하게 불합리한 것인지의 여부에 관하여 본다.
 (2) 갑 제6호증의 1 내지 10, 제8호증의 1 내지 34의 각 기재에 의하면, 이 사건 토지의 인근 토지들의 1995년도 개별공시지가를 비교하여 볼 때, 부산 중구 ○○동(지번 1-3 생략) 토지를 비교표준지로 하는 44필지의 토지 중 이 사건 토지의 개별공시지가 증가율은 27.86%로서 가장 높고, 또한 이 사건 토지와 인접한 (지번 1-2 생략) 토지의 개별공시지가는 오히려 15.63% 정도 하락한 사실을 인정할 수 있으나, 한편 앞서 본 갑 제7호증의 1 내지 12, 갑 제8호증의 1의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 위 44필지의 토지 중 24필지의 개별공시지가가 상승하였고, 12필지의 개별공시지가가 하락한 사실, 이 사건 토지로부터 불과 한 블록 떨어져 있고, 이 사건 토지와 토지특성이 유사하다고 보이는 (지번 3-1 생략) 토지의 개별공시지가는 ㎡당 금 4,300,000원으로서 이 사건 토지보다 더 높은 사실, 이 사건 토지와 인접한 같은 동 (지번 1-2 생략) 토지는 (지번 1 생략) 각 토지와 (지번 3 생략) 각 토지 사이의 세로와 금곡로에 접하고 있는 토지로서 토지특성상 도로접면이 중로각지(배율 1.41)에 해당함에도 불구하고, 부산 북구청장은 위 토지의 특성을 중로한면(폭 12m 내지 25m 미만의 도로에 한 면이 접하고 있는 토지, 전산코드 '4', 배율 1.31)으로 평가하여 ㎡당 금 3,333,000원으로 산정한 후 이를 다시 ㎡당 금 2,700,000원으로 하향 조정한 사실을 인정할 수 있다.
 (3) 위 인정 사실에 의하면, 비록 이 사건 토지의 1995년도 개별공시지가 상승률이 인근 토지에 비하여 상대적으로 높은 것은 사실이나, 인근 토지들 중 개별공시지가가 상승한 토지들이 하락한 토지들보다 훨씬 많을 뿐만 아니라, 이 사건 토지와 토지특성이 유사하다고 보이는 (지번 3-1 생략) 토지의 개별공시지가는 오히려 이 사건 토지보다 높게 책정되어 있는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 토지의 개별공시지가 결정이 현저하게 불합리하다고는 보이지 아니하며, 게다가 이 사건 토지와 인접한 (지번 1-3 생략) 토지의 개별공시지가는 앞서 본 바와 같이 토지특성조사의 잘못으로 인하여 실제보다 훨씬 낮게 책정되어 있기 때문에 이 사건 토지의 개별공시지가 결정의 불합리성 여부를 판단함에 있어 참작할 만한 비교대상으로 삼기에 부적합하다고 할 것이므로, 결국 원고의 위 주장도 이유 없다.
 라. 원고의 셋째 주장에 대한 판단
 (1) 법 제105조 제1항( 종전의 제95조 제1항의 개정 규정, 부칙 제1조 제1항 단서에 의하여 1995. 1. 1.부터 시행), 제95조 제2항(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행되기 전의 것)에 의하면, 토지 또는 건물을 양도한 거주자는 양도차익에 대하여 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 '자산양도차익예정신고'를 하여야 한다고 규정하고 있고, 법 제98조 제1항은 자산양도차익예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다고 규정하고 있다('자산양도차익예정신고 납부세액공제'). 
 무릇 자산양도차익예정신고 납부세액공제제도의 취지는 양도소득세의 부과·징수결정 이전에 미리 세액 상당을 납부하게 하는 것이므로 선납으로 인한 그 이자 상당액을 보상함과 아울러 자진납부를 장려함으로써 징수의 편의와 능률을 도모하기 위한 목적에서 비롯된 것이므로, 일응 실제로 자진납부를 한 자에 대하여만 적용될 수 있다고 할 것이나( 대법원 1996. 12. 20. 선고 96누7816 판결 참조), 한편 납세의무자의 측면에서 본다면, 위와 같은 자산양도차익예정신고 납부세액공제제도는 납세의무자에게 자산양도차익예정신고와 함께 자진납부를 함으로써 납부세액공제를 받을 수 있는 기회를 법적으로 보장하는 것이라고 할 수 있으므로, 납세의무자가 비록 양도소득세액을 자진납부하지 못하였다고 하더라도, 자산양도차익예정신고 당시 양도소득세액을 납부할 것을 기대하는 것이 사회통념상 무리가 있는 경우이고, 납세의무자가 정확한 양도소득세액을 알 수 있었다면 그 세액을 자진납부하였을 것이라고 볼 만한 특별한 사정이 존재한다면, 그 납세의무자에게도 자산양도차익예정신고 납부세액공제제도를 적용하는 것이 타당하다고 할 것이다. 
 (2) 이 사건을 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 1995. 9. 5. 이 사건 토지 및 그 지상 건물을 양도하고, 같은 달 25. 이 사건 토지의 당시 기준시가(즉, 개별공시지가)인 ㎡당 금 2,670,000원을 적용하여 자산양도차익예정신고를 함과 동시에 양도소득세액 금 185,102,400원을 납부하였는데, 북구청장은 1996. 6. 26. 이 사건 토지의 1995년도 개별공시지가가 토지특성조사의 착오로 인하여 잘못 결정되었다는 이유로 ㎡당 금 3,580,000원으로 경정결정 고시한 것인바, 원고가 이 사건 토지를 양도한 시점인 1995. 9. 5.에는 경정결정 전의 1995년도 개별공시지가만 공시되어 있어 원고로서는 경정결정 전의 개별공시지가를 기준으로 하여 부담하게 될 양도소득세를 감안하여 자산양도차익예정신고와 양도소득세액의 자진납부를 할 수밖에 없었고, 원고에게 그 후에 경정될 개별공시지가를 감안하여 그에 따른 양도소득세액을 자진납부할 것을 요구하는 것은 무리라고 할 것이며, 원고가 이 사건 토지 및 그 지상 건물을 양도한 직후 소득세법 제105조 제1항에 의한 신고기간 내인 1995. 9. 25.에 위 양도에 관하여 자산양도차익예정신고를 하고 당시 공시되어 있는 개별공시지가에 따른 양도소득세액을 자진납부한 점에 비추어 볼 때, 만일 그 이후에 경정된 개별공시지가가 당시부터 공시되어 있었더라면, 원고는 그 개별공시지가에 따른 양도소득세액을 자진납부하였으리라고 판단되므로, 이 사건 처분에 따른 세액 중 원고가 경정된 개별공시지가를 기준으로 예정신고를 하였을 경우의 예정신고납부세액공제액 상당부분은 공제되어야 할 것이다. 
 (3) 나아가 공제되어야 할 예정신고납부세액공제액 상당부분에 관하여 보건대, 을 제1호증, 을 제4호증의 1, 2의 기재에 의하면, 경정결정된 개별공시지가에 따른 산출세액은 금 287,574,575원으로서 예정신고납부세액공제액은 그 100분의 10인 금 28,757,457원이고, 원고는 1995. 9. 25. 경정결정 전의 개별공시지가에 따른 양도소득세액을 자진납부하면서 이미 예정신고납부세액공제액 금 20,566,933원을 공제받은 사실을 인정할 수 있으므로, 위 예정신고납부세액공제액에서 이미 공제받은 부분을 차감하면, 금 8,190,524원(28,757,457원－20,566,933원)이 된다. 
 (4) 따라서 이 사건 처분에 의한 양도소득세액 금 267,007,640원에서, 이 사건 토지의 개별공시지가의 경정결정으로 인하여 공제받지 못하게 된 예정신고납부세액공제액 부분을 공제한 금 258,817,110원(267,007,640원-8,190,524원=258,817,116원이나, 국고금단수계산법 제1조 제1항의 규정에 따라 10원 미만 버림)을 초과하는 부분은 위법하다고 할 것이므로, 이를 지적하는 원고의 위 주장은 이유 있다. 
 3. 결 론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 구욱서(재판장) 여남구 김성진

[1] 경정결정된 개별공시지가가 공시기준일에 소급하여 효력이 발생하는지 여부(적극)
 [2] 경정결정된 개별공시지가가 불합리하지 않다고 본 사례
 [3] 자산양도차익예정신고 납부세액공제 제도의 취지 및 납세의무자가 정확한 양도소득세액을 알 수 있었다면 자진납부하였을 것이라고 볼 만한 특별한 사정이 있는 경우 자산양도차익예정신고 납부세액공제를 받을 수 있는지 여부(적극)
 [4] 납세의무자가 개별공시지가를 기준으로 하여 자산양도차익예정신고와 양도소득세액 자진납부를 한 후 개별공시지가가 경정결정된 경우, 경정된 개별공시지가를 기준으로 예정신고를 하였을 경우의 예정신고납부세액공제액 상당 부분을 공제하여야 한다고 본 사례

[1] 개별토지가격(지가공시및토지등의평가에관한법률이 1995. 12. 29. 법률 제5108호로 개정되어 1996. 6. 29. 시행된 이후에는 개별공시지가로 변경됨)이 지가산정에 명백한 잘못이 있어 경정결정 공고되었다면 당초에 결정 공고된 개별토지가격은 그 효력을 상실하고 경정결정된 새로운 개별토지가격이 공시기준일에 소급하여 그 효력을 발생한다고 할 것이며, 또한 개별토지가격합동조사지침 제12조의3에 근거하여 위법한 당초의 개별 지가결정을 취소하고 새로운 개별지가를 결정한 것을 들어 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙에 어긋난다고 할 수 없다고 할 것이다.
 [2] 경정결정된 개별공시지가가 불합리하지 않다고 본 사례.
 [3] 자산양도차익예정신고 납부세액공제제도의 취지는 양도소득세의 부과·징수결정 이전에 미리 세액 상당을 납부하게 하는 것이므로 선납으로 인한 그 이자 상당액을 보상함과 아울러 자진납부를 장려함으로써 징수의 편의와 능률을 도모하기 위한 목적에서 비롯된 것이므로, 일응 실제로 자진납부를 한 자에 대하여만 적용될 수 있다고 할 것이나, 한편 납세의무자의 측면에서 본다면, 위와 같은 자산양도차익예정신고 납부세액공제제도는 납세의무자에게 자산양도차익예정신고와 함께 자진납부를 함으로써 납부세액 공제를 받을 수 있는 기회를 법적으로 보장하는 것이라고 할 수 있으므로, 납세의무자가 비록 양도소득세액을 자진납부하지 못하였다고 하더라도, 자산양도차익예정신고 당시 양도소득세액을 납부할 것을 기대하는 것이 사회통념상 무리가 있는 경우이고, 납세의무자가 정확한 양도소득세액을 알 수 있었다면 그 세액을 자진납부하였을 것이라고 볼 만한 특별한 사정이 존재한다면, 그 납세의무자에게도 자산양도차익예정신고 납부세액공제제도를 적용하는 것이 타당하다. 
 [4] 납세의무자가 개별공시지가를 기준으로 하여 자산양도차익예정신고와 양도소득세액 자진납부를 한 후 개별공시지가가 경정결정된 경우, 만일 경정된 개별공시지가가 당초부터 공시되었다면 그 개별공시지가에 따른 양도소득세액을 납부하였을 것이라는 이유로, 경정된 개별공시지가를 기준으로 예정신고를 하였을 경우의 예정신고납부세액공제액 상당 부분을 공제하여야 한다고 본 사례.