유치원은 비영리사업자에 해당하지 않아 분리과세 대상 아님 (일반행정, 수원지방법원)
공포일: 2019.01.10 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
재산세
【주문】
1. 피고가 2016. 9. 3. 원고에 대하여 한 2016년도 귀속 토지분 재산세 10,685,290원과 지방교육세 2,137,050원의 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

▣청 구 취 지

주문과 같다.
▣이 유

1.처분의 경위

가.원고는 유아교육 및 보육 등을 목적으로 설립된 비영리 재단법인으로,시흥시 윗○야2길17 (대○동)에서 소○유치원을 운영하고 있다.
나.원고는1994. 3. 1.소○유치원을 개원하였고, 2008. 12. 21.경 경기도시흥교육청교육장으로부터 원고 소유의 시흥시 대○동121-1, 121-6, 115-4, 115-5에서 원아85명,대지면적713㎡,건물면적335㎡,체육장222㎡규모의 유치원을 운영하는 것에 대한 원칙변경인가를 받았다.
원고는2016년도 재산세 과세기준일인2016. 6. 1.당시 시흥시 대○동115, 115-1, 115-4, 115-5, 121-1, 121-5, 121-6, 148-2토지(합계27,682㎡,이하‘이 사건 토지’라 한다)를 소유하고 있었다.원고는 이 사건 토지 중 대○동115-1전11,804㎡(이하’쟁점 토지‘라 한다)를1974. 9. 2.취득하였다.
라.피고는2016. 9. 3.쟁점 토지를 구 지방세법(2016. 12. 26.법률 제15292호로 개정되기 전의 것,이하 별도로 표시한 것 이외에는 이와 같다)제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상으로 구분한 다음,그 중2,951㎡(이하’사권제한 면적‘이라 한다)를 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것)제84조 제2항2)에서 규정한 공공시설을 위한 토지로서 도시관리계획의 결정 및 도시관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 토지로 구분하여 사권제한 면적의100분의50에 해당하는1,475.5㎡에 대하여는 재산세를50%감면하고, 2016. 9. 30.을 납기일로 하여,아래(표1)의 기재와 같이 재산세와 지방교육세를 부과·고지하였다(이하’이 사건 처분‘이라 한다).
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48024992"></img>

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주2)제84조(사권 제한토지 등에 대한 감면)

② 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조제13호에 따른 공공시설을 위한 토지(주택의 부속토지를 포함한다)로서 같은 법 제30조 및 제32조에 따라 도시관리계획의 결정 및 도시관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 토지의 경우 해당 부분에 대해서는 재산세의100분의50을2018년12월31일까지 경감한다.
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마.원고는 처분청인 피고에게 이 사건 처분에 대한 이의신청을 제기하였다.이에 대하여 피고는, 2017. 2. 24.아래(표2)의 기재와 같이2012년부터2016년까지 쟁점 토지를 구 지방세법 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상과 같은 항 제3호에 따른 분리과세대상으로 구분한 다음 재산세(지방교육세를 포함한다.이하 같다)를 부과하여 왔으나,쟁점 토지 중 사권제한 면적을 제외한 나머지 면적은 종합합산과세대상인데도 처분청인 피고가 관련 규정을 잘못 해석하여 이를 분리과세대상으로 삼아서 이 사건 처분을 하였다는 이유로,이 사건 처분으로 부과한 재산세 이외에,쟁점 토지 중 사권제한 면적을 제외한 나머지 면적을 종합합산과세대상으로 하여2012년 내지2015년 재산세를 수정 부과한다는 내용의 결정을 하였다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48024994"></img>

바.원고가 위 결정에 불복하여 제기한 심사청구에서,경기도지사는2017. 8. 9.이의신청 결정에서는 이의신청의 대상이 된 처분보다 불리하게 세액을 증액하는 등 청구인에게 불리한 결정을 하지 못하는데도,피고가 위와 같이 증액하는 결정을 한 것은 잘못이라는 이유로,위 결정 중 위와 같이 증액된 재산세 부분을 취소하는 한편,쟁점 토지는 재산세 감면대상에 해당하고,쟁점 토지 중 약6,260㎡는 분리과세대상이라는 원고의 나머지 주장은 배척하는 결정을 하였다.
사.원고는 위 심사청구 결정에 불복하여 이 사건 소를 제기하였다.
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1호증의6,갑 제2, 3, 4, 5호증,을 제1, 2호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.원고의 주장

가.원고는 쟁점 토지 대부분을 소○유치원에 재학 중인 원아들을 위한 놀이터,운동장,텃밭,체험학습장,산책로 등으로 직접 사용하고 있으므로,쟁점 토지는 그 전부가 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16041호로 개정되기 전의 것,이하 별도로 표시한 것 이외에는 이와 같다)제19조 제2항에 따른 재산세 감면대상이다.그런데도 피고가 그 감면 규정을 적용하지 않고서 한 이 사건 처분은 감면 규정의 적용을 그르친 것으로서 위법하다.
나.원고는1950. 5. 25.설립된 비영리 공익법인으로, 1994. 3. 1.구 교육법(1997. 12. 13.법률 제5437호로 폐지되기 전의 것)에 따른 유치원 등의 신고 및 인가를 받은 사업을 수행하고 있어 설립 시부터 지방세법 등 관계 법령에서 규정하고 있는 비영리사업자에 해당하였다.또한,원고는 쟁점 토지를1995. 12. 31.이전부터 소유하고 있었고, 1995. 12. 31.이후부터2016년도 재산세 과세기준일 당시까지 구 지방세법 시행령(2017. 12. 29.대통령령 제28524호로 개정되기 전의 것,이하 별도로 표시한 것 이외에는 이와 같다)제22조에서 규정하고 있는 비영리사업자로서의 지위를 계속하여 유지하고 있었으므로,피고는 구 지방세법 제106조 제1항 제3호,구 지방세법 시행령 제102조 제5항 제13호에 따라 쟁점 토지를 분리과세대상으로 구분하여 재산세를 부과하여야 한다.그런데도 피고가 쟁점 토지를 종합합산과세대상으로 삼아서 한 이 사건 처분은 분리과세대상 규정의 적용을 그르친 것으로서 위법하다.
3.이 사건 처분의 적법 여부

가.관계 법령

별지1기재와 같다.
나.쟁점 토지가 재산세 감면대상인지

1)관련 규정 및 법리

구 지방세특례제한법 제19조 제2항은‘부동산 소유자가 과세기준일 현재 유아교육법에 따른 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를2018년12월31일까지 면제한다.’고 규정하고,같은 법 제2조 제1항 제8호에 의하면, "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.따라서 부동산의 소유자가 해당 부동산을 유치원에 직접 사용한다고 함은 실제로 해당 부동산을 유치원의 교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻하고,유치원의 교육사업 자체에 사용하는 것인지는 유치원의 설치목적 등을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다(대법원2002. 4. 26.선고2000두3238판결 참조).한편,유아교육법 제8조(유치원의 설립 등)제1항은‘유치원을 설립하려는 자는 시설·설비 등 대통령령으로 정하는 설립기준을 갖추어야 한다.’,제2항은‘사립유치원을 설립하려는 자는 교육감의 인가를 받아야 한다.’,제4항은‘사립유치원을 설립·경영하는 자가 유치원을 폐쇄하려는 경우나 대통령령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 경우에는 교육감의 인가를 받아야 한다.’고 각 규정하고 있다.또한 유아교육법 시행령 제9조(사립유치원의 설립인가 신청 등)제1항은‘유아교육법 제8조 제2항에 따라 사립유치원의 설립인가를 받으려는 자는 교육부령으로 정하는 바에 따라 목적,명칭,위치 및 개원 예정 연월일 등을 기재한 학교설립 인가신청서에 다음 각 호의 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부하여 교육감에게 신청하여야 한다.’고 규정하면서,교지ㆍ실습지의 지적도(제2호),교사(체육장을 포함한다)의 평면도(제3호)를 열거하고 있고,같은 조 제3항은‘유아교육법 제8조 제4항에서"대통령령으로 정하는 중요사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다.’고 규정하면서,교지ㆍ실습지의 지적도(제6호),교사(체육장을 포함한다)의 평면도(제7호)를 열거하고 있으며,같은 조 제4항은‘유아교육법 제8조 제4항에 따라 변경인가를 받으려는 사립유치원의 설립ㆍ경영자는 교육부령으로 정하는 바에 따라 변경사유,변경사항 및 변경 연월일을 기재한 학교변경 인가신청서에 변경사항에 따른 관련 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부하여 교육감에게 신청하여야 한다.’고 규정하고 있다.
2)판단

2008. 12. 21.경 소○유치원에 대하여 이루어진 원칙변경인가 당시 쟁점 토지는 원고가 운영하던 소○유치원의 교지·실습지,교사 등에서 제외되어 있었던 사실은 앞서 본 바와 같으므로,특별한 사정이 없는 한 쟁점 토지는 이 사건 처분 당시 소○유치원의 교육사업 자체에 사용되고 있었다고 볼 수 없다.나아가,갑 제6내지12호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 의하면,원고가 쟁점 토지 중 일부를 간헐적으로 소○유치원에 재학 중인 원아들의 운동장,텃밭,체험학습장 등으로 사용하고 있었던 것으로 보이기는 한다.그러나 쟁점 토지가 유아교육법 및 그 시행령에서 정한 교지·실습지,교사 등에 포함되어 있지도 않고,원고가 쟁점 토지 중 실제로 소○유치원의 교육사업에 사용되고 있는 부분을 구체적으로 특정하지도 못하고 있는 이 사건에서,위와 같이 쟁점 토지 중 일부가 간헐적으로 원아들의 운동장 등으로 사용되고 있었다는 사정만으로는 쟁점 토지를 원고가2016. 6. 1.현재 소○유치원에 직접 사용하는 부동산이라고 판단할 수는 없다.이와 다른 전제에서 하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
다.쟁점 토지가 분리과세대상인지

1)관련 규정 및 쟁점

구 지방세법 제106조 제1항은,토지에 대한 재산세 과세대상을 종합합산과세대상,별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분하면서,별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지를 종합합산과세대상으로 규정하고 있다.또한 같은 항 제3호 마목은‘같은 호 가목부터 라목까지의 토지3)와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지’를 분리과세대상으로 규정하고 있고,구 지방세법 시행령 제102조 제5항 제13호는 위 마목의‘대통령령으로 정하는 토지’로‘구 지방세법 시행령 제22조에 따른 비영리사업자가1995년12월31일 이전부터 소유하고 있는 토지’를 규정하고 있으며,구 지방세법 시행령 제22조(이하‘이 사건 조항’이라 한다)는 아래 기재와 같다.
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주3)가.공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나.산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다.제13조 제5항에 따른 골프장(같은 항 각 호 외의 부분 후단은 적용하지 아니한다)용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

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▣구 지방세법 시행령

제22조(비영리사업자의 범위)

법 제11조 제1항 제2호 단서에서"대통령령으로 정하는 비영리사업자"란 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
1.종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

2.「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」또는「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및「평생교육법」에 따른 교육시설을 운영하는 평생교육단체

3.「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인

4.양로원ㆍ보육원ㆍ모자원ㆍ한센병자치료보호시설 등 사회복지사업을 목적으로 하는 단체 및 한국한센복지협회

5.「정당법」에 따라 설립된 정당

원고가 유아교육 및 보육 등을 목적으로 설립된 비영리 재단법인이고,쟁점 토지를1974. 9. 2.취득함으로써1995년12월31일 이전부터 이를 소유하고 있었음은 앞서 본 바와 같다.다만,원고는 유아교육법에 의해 설치된 소○유치원을 경영하는 자일 뿐,이 사건 조항의 각 호에서 규정한 단체에 해당하지도 않고,또한 문언상으로는 그 각 호에서 규정한 시설을 경영하거나 운영하는 자에 해당하지도 않는다.그럼에도 원고는 이 사건 조항의 제2호에서 규정한‘초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교를 경영하는 자’등과 그 설립 목적,기능 등에서 유사성을 가짐을 부인할 수 없다.이러한 상황에서,원고를 이 사건 조항의 비영리사업자에 해당한다고 보아 원고가 소유하고 있는 쟁점 토지를 분리과세대상으로 삼을 것인지,따라서 이를 종합합산과세대상으로 삼은 이 사건 처분이 위법한지가 이 사건의 쟁점이다.
2)판단

관계 법령과 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때,유아교육법이 제정되기 이전에는 유치원은 이 사건 조항의 초·중등교육법상 학교에 해당하였는데,유아교육법이 제정되면서 초·중등교육법상 학교에서 유치원이 제외됨에 따라 별도로 이 사건 조항에 유치원을 추가하였어야 함에도 이 사건 조항에서 유치원이 누락되었다고 볼 것이므로,유아교육법에 따른 유치원을 경영하는 자 또한 이 사건 조항의 비영리사업자에 해당한다고 해석함이 타당하다.따라서 원고가 이 사건 조항의 비영리사업자에 해당하지 아니함을 전제로 쟁점 토지 중1,475.5㎡를 제외한 나머지 부분을 종합합산과세대상으로 보아서 한 이 사건 처분은 위법하다.
①구 교육기본법(1997. 12. 13.법률 제5437호로 제정되어1998. 3. 1.시행된 것)제9조 제1항은 유아교육·초등교육·중등교육 및 고등교육을 실시하기 위하여 학교를 둔다고 규정하고 있었고,구 초·중등교육법(1997. 12. 13.법률 제5438호로 제정되어1998. 3. 1.시행된 것)제2조 제1호는 유치원을 학교의 한 종류로 열거하고 있었다주4).
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주4)제2조(학교의 종류)

유아교육 및 초·중등교육을 실시하기 위하여 다음 각 호의 학교를 둔다.
1.유치원

2.초등학교·공민학교

3.중학교·고등공민학교

4.고등학교·고등기술학교

5.특수학교

6.각종학교

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②2004. 1. 29.법률 제7120호로 구 유아교육법(2005. 1. 30.시행,이하‘구 유아교육법’이라 한다)이 제정되었는데,이는 초·중등교육법,유아교육진흥법 등 여러 곳에 산재되어 있는 유아교육 관련 법조항을 체계적으로 정비하고 유아교육에 관한 독립된 법체계를 마련하자는 요구에서 비롯된 것으로 보인다(위 법률안 제안이유는‘국가인적자원개발에 대한 범국가적인 관심이 높고 유아교육에 대한 국가 책임이 확대되고 있는 세계적 흐름에도 불구하고,유아교육체제가 여전히「초·중등교육법」에 부속적으로 규정되어 발생하는 많은 문제점을 해소하고,국가 인적자원 관리 체제의 기본 틀을 유아단계부터 체계화하고,유아의 교육에 대한 공교육체제를 마련함으로써 유아의 균형적이고 조화로운 발달을 조장함과 아울러,유아 보호자의 사회·경제적 활동이 원활하게 이루어질 수 있도록 지원하기 위함’으로 되어 있다주5)

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주5)제16대 국회 교육위원회 교육위원장의2003. 12. 27.자 의안원문 참조.
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③유아교육법은 제정 당시부터 제2조 제2호에서‘유치원’이란 유아의 교육을 위하여 같은 법에 따라 설립·운영되는“학교”를 말한다고 규정하고 있다.한편,이처럼 유치원에 관해서는 구 유아교육법에서 별도로 학교로 규정함에 따라 구 유아교육법 제정일인2004. 1. 29.초·중등교육법 제2조의 학교의 종류에서 유치원이 삭제되었다.
④유치원이 초·중등교육법이 아닌 별도의 구 유아교육법에 의하여 규율되자,이와 관련된 다른 법률도 별지2기재와 같이 타법개정을 이유로 유치원과 관련된 부분에 대한 개정이 이루어졌다.즉,사립학교법은 제2조에서 초·중등교육법상의 학교와 병행하여 유아교육법상의 유치원을 사립학교로 규정하는 내용으로 개정되었고,교육공무원법은 제2조 제2항에서 유아교육법상의 유치원을 초·중등교육법상의 학교와 병행하여 교육기관이라고 규정하는 내용으로 개정되었다.또한,소득세법 시행령 제35조,법인세법 시행령 제2조 제1항 제3호,상속세 및 증여세법 시행령 제12조 제2호 역시 관련 규정에 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와는 별도로 유아교육법에 따른 유치원을 추가하였다.
⑤구 지방세법(2005. 1. 5.법률 제7332호로 개정되기 전의 것)제234조의15(과세표준)제1항은‘종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준·별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다.’고 규정하고,제2항은‘종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 한다.다만,다음 각 호에 해당하는 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.’고 규정하면서,제6호에서‘제3호 내지 제5호의 규정에 의한 토지6)와 유사한 토지 및 종합토지세를 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지의 가액’을 규정하고 있었다.그에 따라 구 지방세법 시행령(2005. 1. 5.대통령령 제18869호로 개정되기 전의 것)제194조의15(분리과세 대상토지)제4항은‘법 제234조의15제2항 제6호에서"대통령령으로 정하는 토지"라 함은 다음 각 호에 정하는 토지(법 제234조의15제2항 제5호의 규정에 의한 토지를 제외한다)를 말한다.’고 규정하면서,제14호에서‘제79조의 규정에 의한 비영리사업자가1995년12월31일 이전부터 소유하고 있는 토지’를 규정하고 있었으며,같은 시행령 제79조(비영리사업자의 범위)제2호는‘초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자’를 비영리사업자로 규정하고 있었다.즉,당시 유치원은 초·중등교육법에 의한 학교로서 비영리사업자에 해당하였으므로,유아교육법이 제정되어 시행되기 이전의 구 지방세법 및 그 시행령에 의하면,원고와 같이 유치원을 경영하는 비영리사업자가1995년12월31일 이전부터 소유하고 있는 토지는 종합토지세를 부과하는 과세표준을 정하는 경우 분리과세대상이었다.
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주6)3.공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지의 가액

4.산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야의 가액

5.제112조제2항의 규정에 의한 골프장(동조동항 본문 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지의 가액과 동조동항의 규정에 의한 별장·고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 가액 및 제188조제1항제2호(1)의 규정에 의한 주택의 부속토지로서 대통령령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지의 가액

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⑥그 후2005. 1. 5.구 지방세법이 법률 제7332호로 개정되면서 종합토지세 제도가 폐지되어 제234조의15가 삭제됨에 따라 구 지방세법(2005. 1. 5.법률 제7332호로 개정되기 전의 것)제234조의15에서 규정하였던 사항들은,구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)제182조에 현행 규정처럼‘과세대상의 구분’으로 규정되었고, 2010. 3. 31.구 지방세법이 법률 제10221호로 전부 개정되면서 이 사건 처분 당시처럼 제106조에 규정되게 되었다.즉,구 지방세법이 몇 차례 개정되는 동안에도 비영리사업자가1995년12월31일 이전부터 소유하고 있는 부동산(토지)은 분리과세대상에 해당한다는 입장이 유지되어 왔는데,위와 같이 구 지방세법의 분리과세대상에 관한 규정이 몇 차례 변경되는 동안에도 비영리사업자를 열거한 이 사건 조항이‘초·중등교육법에 따른 학교’라는 문언을 그대로 유지하였던 점에 비추어 보면,이 사건 조항은 유아교육법에 따른 유치원이 기존의‘초·중등교육법에 따른 학교’에서 제외되어 별도로 학교로 규정된 것을 반영하지 못한 채 그대로 이어져 온 것으로 보인다.
⑦2005. 1. 5.법률 제7332호로 구 지방세법이 개정될 당시 제272조 제5항에 유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고,과세기준일 현재 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세·공동시설세 및 사업소세를 면제하는 규정이 신설되었고,구 지방세법 제272조 제5항에서 규정하였던 사항은 구 지방세특례제한법 제19조에서 이어받아 이를 규정하고 있다.한편,종합합산과세대상인지 아니면 분리과세대상인지 여부가 문제되는 이 사건 조항의 비영리사업자에 관한 규정은 지방세특례제한법 제19조에 규정된 것과는 별개로,구 지방세법(2005. 1. 5.법률 제7332호로 개정되기 전의 것)제234조의15제2항 제6호,구 지방세법 시행령(2005. 1. 5.대통령령 제18869호로 개정되기 전의 것)제194조의15제4항 제14호,구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)제182조 제1항 제3호 마목,구 지방세법 시행령(2010. 9. 20.대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것)제132조 제5항 제14호,구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부 개정된 것)제106조 제3항 마목,구 지방세법 시행령 제102조 제5항 제13호로 이어져 왔다.그런데2005. 1. 5.법률 제7332호로 구 지방세법이 개정될 당시 제272조 제5항에 유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고,과세기준일 현재 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세·공동시설세 및 사업소세를 면제하는 규정이 신설되었다고 하더라도,재산세 감면 제도와 과세대상재산에 대해 종합합산과세를 할 것인지 또는 분리과세를 할 것인지는 제도의 취지와 규율 목적을 달리하는 별개의 제도로 보이고,구 지방세특례제한법이 이 사건 조항에서 비영리사업자로 유지함에 따라 분리과세대상 규정을 계속 적용받는 학교 및 외국교육기관(제41조),평생교육단체(제43조),평생교육시설(제44조)등에 대해서 재산세를 감면하는 규정을 두고 있는 점7)등에 비추어 보면,입법자가 유아교육법에 따른 유치원을 경영하는 자를 이 사건 조항의 비영리사업자의 범위에서 제외할 것을 의도하였다고 단정할 수는 없다.만일,이와 달리 보게 되면,유아교육법에 따른 유치원을 경영하는 자만 분리과세대상의 범위와 관련하여 불리한 처우를 받게 되는 불공평한 결과가 발생한다.
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주7)지방세특례제한법은 그 외에도 이 사건 조항에서 비영리사업자로 규정하여 분리과세대상 규정을 적용받는 종교단체 또는 향교(제50조),사회복지법인(제22조),정당(제89조)등에 대해서도 재산세를 감면하는 규정을 두고 있다.
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⑧유아교육법 제정 이전에는 유치원이 국세와 지방세의 적용에 있어서 모두 초·중등교육법의 규율을 받았다.국세의 경우 위④항과 같은 개정을 거쳐 유치원이 초·중등교육법상의 학교와 동일한 취급을 받고 있는데,지방세의 분리과세대상여부에 관하여만 유치원을 초·중등교육법상의 학교와 달리 취급하여야 할 근거가 없다.특히,유아교육법 등에 유치원이 학교,교육기관 등으로 규정되어 있는 점 등에 비추어 보면,유치원이 이 사건 조항의 제2호에서 규정한 학교,기업도시개발 특별법 등에 따른 외국교육기관,평생교육법에 따른 교육시설에 비하여 공익성이 적다고 볼 수 없다.
⑨이 사건 조항의 각 호에서 규정한 단체 또는 경영 주체를 비영리사업자로 규정하여 그들이1995년12월31일 이전부터 소유하고 있는 토지는 분리과세대상으로 삼는 취지에 비추어 보면,원고와 같이 유치원을 운영하는 비영리 재단법인이1995년12월31일 이전부터 소유하고 있는 토지를 분리과세대상으로 삼는다고 하여,그것이 분리과세대상 규정을 둔 취지에 어긋나거나 형평에 반하는 것으로 보이지 않고,오히려 이 사건 처분처럼 이를 종합합산과세대상으로 삼는 것이 형평에 반하는 것으로 보인다.
⑩구 유아교육법 부칙 제9조에서는 같은 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 유아교육진흥법 또는 초·중등교육법의 규정에 따른 유치원을 인용한 경우에 같은 법 중 그에 해당하는 조항이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 같은 법 또는 같은 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다고 규정하고 있는바,유아교육법의 시행으로 발생할 수 있는 법령간의 불일치현상을 미연에 방지하기 위해 위와 같은 부칙조항을 둔 것으로 보인다.이에 의하면,이 사건 조항의 제2호에‘유아교육법에 따른 유치원’이 인용된 것으로 볼 수도 있다.
⑪피고 역시2015년까지 원고를 이 사건 조항에서 규정하는 비영리사업자로 보고 원고 소유의 쟁점 토지를 분리과세대상으로 구분해 왔는데,이는 위와 같은 관계 법령의 제·개정을 거쳤다고 하더라도 이 사건 조항을 적용함에 있어서는 유아교육법에 의한 유치원을 경영하는 자도 비영리사업자의 범위에 포함된다는 법령의 취지를 반영한 결과로 보인다.
3)취소의 범위

과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서,당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고,이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만,그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원2015. 9. 10.선고2015두622판결 등 참조).
앞서 본 바와 같이,이 사건 처분에는 쟁점 토지를 분리과세대상으로 삼아야 하는데도 이를 종합합산과세대상으로 삼아서 세액을 계산한 위법이 있으나,이 사건에 제출된 자료만으로는 이 법원으로서는 쟁점 토지를 분리과세대상으로 삼는 경우의 재산세액을 산정할 수 없으므로,이 사건 처분을 전부 취소한다.
4.결론

그렇다면,원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.
별지1

관계 법령

▣지방세기본법

제20조(해석의 기준 등)

①이 법 또는 지방세관계법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
▣구 지방세법(2016. 12. 26.법률 제15292호로 개정되기 전의 것)

제106조(과세대상의 구분 등)

①토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상,별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1.종합합산과세대상:과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지.다만,다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
가.이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나.이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

3.분리과세대상:과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가.공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나.산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다.제13조제5항에 따른 골프장(같은 항 각 호 외의 부분 후단은 적용하지 아니한다)용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

마.가목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지

▣구 지방세법(2005. 1. 5.법률 제7332호로 개정된 것)

제272조(사회교육시설 등에 대한 감면)

⑤영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고,과세기준일 현재 영유아보육시설 및 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세·공동시설세 및 사업소세를 면제한다.다만,부동산 취득일부터1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우(영유아보육법 제12조 및 유아교육법 제32조의 규정에 의하여 당해 영유아보육시설 및 유치원이 폐쇄되는 경우를 포함한다)그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. [적용2001.1.1부터2006.12.31까지]

▣구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16041호로 개정되기 전의 것)

제19조(어린이집 및 유치원에 대한 감면)

① 「영유아보육법」에 따른 어린이집 및「유아교육법」에 따른 유치원(이하 이 조에서"유치원등"이라 한다)을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를2018년12월31일까지 면제한다.
②다음 각 호의 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)를2018년12월31일까지 면제한다.
1.해당 부동산 소유자가 과세기준일 현재 유치원등에 직접 사용하는 부동산

2.과세기준일 현재 유치원등에 사용하는 부동산으로서 해당 부동산 소유자와 사용자의 관계 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 부동산

▣구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것)

제84조(사권 제한토지 등에 대한 감면)

② 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조 제13호에 따른 공공시설을 위한 토지(주택의 부속토지를 포함한다)로서 같은 법 제30조 및 제32조에 따라 도시관리계획의 결정 및 도시관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된 토지의 경우 해당 부분에 대해서는 재산세의100분의50을2018년12월31일까지 경감한다.
▣구 지방세법 시행령(2017. 12. 29.대통령령 제28524호로 개정되기 전의 것)

제22조(비영리사업자의 범위)법 제11조제1항제2호 단서에서"대통령령으로 정하는 비영리사업자"란 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
1.종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

2.「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및「평생교육법」에 따른 교육시설을 운영하는 평생교육단체

3.「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인

4.양로원·보육원·모자원·한센병자치료보호시설 등 사회복지사업을 목적으로 하는 단체 및 한국한센복지협회

5.「정당법」에 따라 설립된 정당

제102조(분리과세대상 토지의 범위)

⑤법 제106조 제1항 제3호 마목에서"대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다.다만,제1호 및 제37호에 따른 토지 중 취득일부터5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외하며,제4호 및 제8호부터 제10호까지의 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행 중인 토지를 포함한다.
13.제22조에 따른 비영리사업자가1995년12월31일 이전부터 소유하고 있는 토지

별지 2

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유아교육 및 보육 등을 목적으로 설립된 비영리 재단법인인 유치원이 취득한 토지는 과세기준일(2016. 6. 1.) 구 지방세법 시행령 제22조의 비영리사업자의 범위에 속하지 않으나, 2004. 1. 29. 유아교육법이 생기기 전에 유치원은 「초ㆍ중등교육법」에 규율하고 있었고 당시 구 지방세법 시행령 제79조(비영리사업자의 범위) 제2호는 ‘초ㆍ중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자’를 비영리사업자로 규정하고 있어, 당시 법령은 유치원을 비영리사업자로 보고 있고 과세기준일 지방세법 시행령은 「초ㆍ중등교육법」에서 「유아교육법」로 분리된 것을 반영하지 못한 것으로 보아 유치원은 비영리사업자에 속하며 따라서 분리과세하는 것이 타당함