양도소득세 부과처분 취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.02.15 / 시행일:

【원고, 상고인】 
【피고, 피상고인】 역삼세무서장
【원심판결】 서울고법 2012. 2. 15. 선고 2011누28303 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제2점, 제3점에 대하여
 가. 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)은 제4조 제1항 제3호에서 양도소득을 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득으로 정하고 있고, 그 양도소득의 범위에 관하여 제94조 제1항 제3호에서 “증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 ‘주권상장법인’이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 ‘대주주’라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것[(가)목]”, “증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 ‘협회등록법인’이라 한다)의 주식 등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 ‘협회중개시장’이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것[(나)목]”으로 인하여 당해연도에 발생하는 소득을 규정하고 있다.
 이에 구 소득세법 시행령(2005. 8. 5. 대통령령 제18988호로 개정되기 전의 것)은 제157조 제4항(이하 '개정전 시행령 제157조 제4항'이라 한다)에서 대주주의 범위에 관하여 정하면서, 제1호에서 주권상장법인과 협회등록법인을 구별하지 않은 채 ‘주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주’와, ‘직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주’를 대주주에 해당하는 것으로 규정하였다. 그런데, 2005. 8. 5. 대통령령 제18988호로 개정되어 시행된 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항(이하 '개정후 시행령 제157조 제4항'이라 한다) 제1호는 코스닥상장법인의 주식 등, 증권거래법 시행령 제84조의27 제5항의 규정에 따라 거래되는 벤처기업의 주식 등의 경우에는 ‘주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 5 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주’와, ‘직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 5에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 5 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주’를 대주주에 해당한다는 취지로 규정하여, 주식 등 양도에서 코스닥상장법인, 벤처기업의 대주주의 범위를 그 밖의 법인의 대주주의 범위와 구분하고, 그 부칙 제2항에서 개정후 시행령 제157조 제4항은 위 개정 시행령 시행 후 양도하는 주식 등부터 적용하는 것으로 규정하였다.
 위 법령의 내용에 의하면, 과세기간이 끝나는 때에 납세의무가 성립하는 양도소득세는 특별한 사정이 없는 한 과세기간이 끝나는 매년 12월 31일 당시 시행되는 법령이 적용되므로, 2005년 귀속 양도소득세가 문제되는 이 사건에서는 원칙적으로 2005. 12. 31. 시행 중인 개정후 시행령 제157조 제4항이 적용되나, 2005. 8. 5. 전에 양도하는 주식 등에 대하여는 구 소득세법 시행령 부칙(2005. 8. 5. 대통령령 제18988호) 제2항에 의하여 개정전 시행령 제157조 제4항이 적용된다.
 나. 원고가 2005. 8. 5. 전에 양도한 주식에 관하여 보건대, 원심의 설시에 적절하지 아니한 부분이 있으나, 앞서 본 법령의 내용에 의하면 위 주식 양도에 대해서는 주권상장법인과 협회등록법인을 구별하지 아니하고 주식 보유율 100분의 3 이상을 기준으로 하여 대주주의 범위를 규정한 개정전 시행령 제157조 제4항 제1호가 적용되므로, 원고가 위 주식 양도시 대주주의 지위에 있었는지를 판단하면서 주식 보유율 100분의 3 이상을 기준으로 삼은 원심의 조치에 상고이유의 주장과 같이 법령을 잘못 적용함으로써 판결에 영향을 미친 위법은 없다.
 다. 그러나 원고가 2005. 8. 5. 이후에 양도한 주식에 관해서는, 원심이 확정한 사실로 알 수 있듯이 위 주식은 코스닥등록법인의 주식인 이상, 개정후 시행령 제157조 제4항 제1호에 의한 주식 보유율 100분의 5 이상의 기준에 따라 원고가 대주주의 지위에서 위 주식을 양도한 것인지 여부를 살펴야 한다.
 그런데도 이와 달리 원심은 원고가 2005. 8. 5. 이후에 양도한 주식에 관해서도 주식 보유율 100분의 3 이상의 기준에 따라 대주주의 지위에서 이를 양도한 것이라고 판단하였으므로, 위와 같은 원심의 판단에는 개정후 시행령 제157조 제4항 제1호에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.
 라. 한편 원고는 피고가 이 사건 부과처분을 하면서 법령에 근거가 없는 총평균법을 적용하였다거나 대상 주식의 취득시기가 불명하여 당시 소득세법에 따라 선입선출법을 적용하였어야 함에도 이를 위반하였다는 등의 주장을 하고 있으나, 이러한 주장은 상고심에서 하는 새로운 주장이므로 적법한 상고이유가 되지 못한다.
 2. 상고이유 제1점에 대하여
 앞서 본 바와 같이 개정전 시행령 제157조 제4항 제1호는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 주주 등이 그 주식을 양도함으로써 발생한 소득을 양도소득세 과세대상으로 하면서, 주주 등이 직전 사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후 그 주식을 양도함으로써 발생한 소득도 양도소득세 과세대상이 된다고 규정하고 있다. 위 규정의 입법 취지와 내용에 비추어 보면, ‘직전 사업연도 종료일 현재에는 100분의 3 이상을 소유하였다가 그 종료일 후에 100분의 3에 미달하여 소유하게 된 경우에 그 이후의 주식 양도로 인한 소득’을 양도소득세 과세대상에서 제외하는 취지로 위 규정을 해석할 수는 없다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 등 참조). 이와 마찬가지로 직전 사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하여 소유하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되어 위 규정에서 정한 대주주에 해당하게 된 경우에는 그 이후 다시 주식보유율이 100분의 3에 미달하게 되었다 하더라도 그 이후 당해 사업연도의 주식 양도로 인한 소득을 양도소득세 과세대상에서 제외할 수 없다고 해석하여야 한다.
 원심이 당해 사업연도 중 100분의 3 이상의 지분을 보유하게 되어 대주주의 지위에 해당하게 된 경우에는 위 대주주 지위에 해당한 이후부터 당해 사업연도의 종료일까지 사이에 양도하는 주식 전부는 대주주의 지위에서 양도한 것으로서 양도소득세의 과세대상에 해당한다는 취지로 판단한 것은 위 법리를 따른 것이므로, 이러한 원심의 판단에 상고이유의 주장과 같이 조세법률주의를 위반하거나 개정전 시행령 제157조 제4항 제1호에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 3. 상고이유 제4점에 대하여
 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결, 대법원 2006. 10. 26. 선고 2005두3714 판결 등 참조).
 원심판결 이유를 위 법리에 비추어 보면, 원고 주장의 사유만으로는 가산세 면제사유로서 정당한 사유가 인정되지 않는다는 취지로 판단한 원심판결에, 상고이유로 주장하는 바와 같이 가산세에서의 정당한 사유에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법은 없다.
 4. 결론
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신영철(재판장) 이상훈 김용덕(주심) 김소영

[1] 코스닥등록법인인 甲 주식회사 발행주식을 보유한 乙이 2005. 1. 25.～2005. 8. 11. 사이에 주식을 양도하였는데 과세관청이 2005. 3. 11. 기준으로 乙이 甲 회사 주식을 3% 이상 소유하여 구 소득세법 시행령 제157조 제4항의 대주주에 해당한다고 보아 乙에게 양도소득세 부과처분을 한 사안에서, 과세기간이 끝나는 때에 납세의무가 성립하는 양도소득세는 특별한 사정이 없는 한 과세기간이 끝나는 매년 12월 31일 당시 시행되는 법령이 적용되므로, 원칙적으로 2005. 12. 31. 시행 중인 2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령 제157조 제4항이 적용되나, 2005. 8. 5. 전에 양도하는 주식 등에 대하여는 구 소득세법 시행령 부칙(2005. 8. 5.) 제2항에 의하여 2005. 8. 5. 대통령령 제18988호로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령 제157조 제4항이 적용된다고 한 사례
[2] ‘직전 사업연도 종료일 현재에는 100분의 3 이상을 소유하였다가 그 종료일 후에 100분의 3에 미달하여 소유하게 된 경우에 그 이후의 주식 양도로 인한 소득’을 양도소득세 과세대상에서 제외하는 취지로 2005. 8. 5. 대통령령 제18988호로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제1호를 해석할 수 있는지 여부(소극) 및 마찬가지로 직전 사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하여 소유하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되어 위 규정에서 정한 대주주에 해당하게 된 경우 그 이후 다시 주식보유율이 100분의 3에 미달하게 되었다 하더라도 그 이후 당해 사업연도의 주식 양도로 인한 소득을 양도소득세 과세대상에서 제외할 수 없다고 해석하여야 하는지 여부(적극)