등록면허세 등 취소의 소 (일반행정, 대법원)
공포일: 2025.09.04 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
등록면허세
【주문】
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
【이유】
1. 사안의 개요

원심판결 이유와 기록에 의하면 다음 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 2018. 7. 25. 서울회생법원 2018회합100113 사건에서 회생절차개시결정을 받았고, 2019. 3. 12. 회생계획인가결정을 받았다.

나. 원고는 2019. 3. 13. 인가된 회생계획에 따라 기존채무 4,842,065,000원을 968,413주로 출자전환(이하 ‘이 사건 출자전환’이라 한다)하고, 2019. 3. 14. 이 사건 출자전환으로 신주발행된 주식 968,413주[회생담보권(대여금채권) 35,224주, 회생채권(대여금채권) 273,520주, 회생채권(구상채권) 13,197주, 회생채권(상거래채권) 286,757주, 회생채권(특수관계인) 359,715주 포함] 전부가 소각되었으며, 인수로 발행된 196,000주만 남게 되었다.

다. 서울회생법원은 이 사건 출자전환에 따른 신주발행에 관한 등기를 직권으로 촉탁하였고, 그에 따라 2019. 4. 25. 위와 같은 자본증가의 등기가 마쳐졌으며, 2019. 9. 24. 원고에 대한 회생절차가 종결되었다.

라. 피고는 2023. 4. 12. 이 사건 출자전환에 따른 등기를 과세대상으로 하여 원고에게 등록면허세 58,104,780원, 지방교육세 11,620,950원의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 관련 규정 및 쟁점

가. 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 지방세법’이라 한다) 제26조 제2항 제1호는 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등록’을 등록면허세의 비과세대상으로 규정하고 있었는데, 이 내용은 지방세법이 1976. 12. 31. 법률 제2945호로 개정되면서 처음 도입된 이래 유지되어 왔다(다만, 지방세법이 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전까지는 제128조에 위치하였다).

한편, 구 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(2024. 2. 13. 법률 제20264호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 채무자회생법’이라 한다) 제25조 제4항, 제1항 및 제23조 제1항 제4호는 납입 또는 현물출자가 있는 신주발행에 관한 같은 법 제266조에 따른 등기에 대하여 등록면허세를 면제하도록 규정하면서, 회생계획에 따라 새로운 납입 또는 현물출자가 없는 신주발행에 관한 같은 법 제265조에 따른 등기에 대하여 등록면허세를 면제할 것인지 여부는 명시하지 않았다.

이후 2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정된 지방세법(이하 ‘2015. 12. 29. 자 개정 지방세법’이라 한다) 제26조 제2항 제1호 단서에 ‘법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록은 등록면허세의 비과세대상에서 제외한다’는 내용이 추가되었다. 이는 법인 회생과 관련된 비과세대상에 자본증가 등기까지 포함시키는 것은 신속한 회생절차 수행을 지원하려는 본래의 입법취지에 부합하지 않으므로 등록면허세의 비과세대상을 회생절차 자체에 관한 것으로 한정하고자 한 것이었다.

다만, 위와 같은 지방세법의 개정 이후에도 구 채무자회생법 제25조 제4항, 제1항 및 제23조 제1항 제4호는 그대로 존치되었는데, 이로써 구 채무자회생법 제266조에 따른 등기에 대하여 구 채무자회생법 조항들에 의할 경우에는 등록면허세가 면제되어야 할 것처럼 보이지만, 2015. 12. 29. 자 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서에 의할 경우에는 등록면허세가 부과되어야 한다고 보게 되어 위 두 규정이 상충되는 듯한 양상이 나타나게 되었다.

이러한 양상은 2023. 12. 29. 법률 제19860호로 지방세법이 개정됨으로써 해소되었다. 개정된 지방세법(이하 ‘2023. 12. 29. 자 개정 지방세법’이라 한다) 제26조 제2항 제1호는, 2015. 12. 29. 자 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서를 삭제하여 구 채무자회생법 제25조 제1항에 따른 등기 또는 등록에 대하여는 등록면허세를 부과하지 않는다고 규정하였다. 그리고 2023. 12. 29. 자 개정 지방세법 부칙은, 제1조에서 해당 법률의 시행일을 2024. 1. 1.로 정하면서, 제3조에서 제26조 제2항 제1호의 개정규정은 위 시행일 당시 구 채무자회생법에 따라 회생절차ㆍ간이회생절차가 진행 중이거나 회생계획ㆍ간이회생계획을 수행 중인 경우에도 적용하도록 명시하였다.

이후 2024. 2. 13. 법률 제20264호로 구 채무자회생법이 개정되면서 등록면허세 면제에 관한 제25조 제4항이 삭제되었는데, 이는 지방세특례제한법, 지방세기본법, 지방세징수법, 지방세법, 조세특례제한법 및 조약에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없도록 한 지방세특례제한법 제3조 제1항의 취지를 반영하여 등록면허세 과세체계를 지방세 관계 법률에서 일원적으로 규율하기 위한 조치였다.

나. 이 사건 출자전환에 따른 신주발행에 관한 등기에 대하여, 2015. 12. 29. 자 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서에 따라 등록면허세가 부과된다고 볼 것인지, 아니면 구 채무자회생법 제25조 제4항, 제1항 및 제23조 제1항 제4호에 따라 등록면허세가 면제된다고 볼 것인지를 선결적인 문제로 하여, 이 사건 출자전환으로 발행되었던 신주가 곧바로 무상 소각된 사정이 등록면허세의 과세 여부에 영향을 주는지 여부가 이 사건의 쟁점이다.

3. 원심의 판단

가. 원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 출자전환에 따른 신주발행에 관한 등기에 대하여 등록면허세를 부과할 것인지 여부는 2015. 12. 29. 자 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서에 따라 정하여야 하고 구 채무자회생법 제25조 제4항, 제1항 및 제23조 제1항 제4호는 등록면허세 면제의 근거가 될 수 없다고 보면서, 자본증가 등기에 따른 등록면허세의 과세표준은 발행주식의 액면총액에 의하여야 한다고 판단하였다. 

나. 다만 원심은 다음과 같은 이유로, 이 사건 출자전환으로 2019. 3. 13. 발행된 신주 968,413주가 그 발행 당시 이미 인가되어 있었던 회생계획에 따라 2019. 3. 14. 실제로 모두 소각된 이상, 이 사건 출자전환에 따른 자본증가 등기로 인하여 원고에게 어떠한 재산권 변동이 이루어졌다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 실질과세 원칙에 반하여 위법하다고 판단하였다.

1) 통상 법인 회생절차에서 출자전환은 법인의 채권자가 해당 채권을 법인의 지분으로 전환하는 것으로, 채무자 입장에서는 채무변제를 위한 자금의 유출이 없다는 점에서 채무면제와 동일한 효과를 누리면서도 채무면제 이익이 즉시 익금 산입되지 않고 법인세 부담이 이연될 수 있다는 이점이 있다. 채권자 입장에서도 출자전환된 주식을 보유하고 있다가 금전으로 환가할 가능성이 있고, 이에 더하여 채권자들이 주주로서 회생절차 종결 후에도 주주총회를 통해 경영에 관여할 수 있다는 장점이 있어 자주 활용되고 있다.

2) 그러나 원고에 대해 인가된 회생계획은 이 사건 출자전환으로 인하여 회생담보권자 및 회생채권자에게 합계 968,413주의 신주를 발행하고 그 신주발행의 효력발생일에 해당 회생채권 또는 회생담보권의 변제에 갈음하는 것으로 하되, 이 사건 출자전환에 따라 발행되는 신주는 곧바로 전부 무상 소각한다는 내용이었고, 실제로 이 사건 출자전환으로 발행된 신주가 위 회생계획에 따라 전부 무상 소각되었다. 이로써 회생담보권자 및 회생채권자는 실질적으로 아무런 채권 만족을 얻지 못하였는바, 이 사건의 경우는 통상의 출자전환과 달리 출자전환의 외관이 취해졌을 뿐 실질적으로는 ’채무의 면제‘와 다를 바 없다.

3) 따라서 출자전환된 채권이 회생채권인지 아니면 회생담보권인지와 관계없이 이 사건 출자전환에 따른 자본증가 등기로 인하여 원고에게 어떠한 실질적 재산권의 변동이 이루어졌다고 평가하기 어렵다. 그럼에도 이에 대하여 등록면허세를 부과하는 것은 지방세기본법 제17조 제2항 등에서 정한 실질과세의 원칙에 위반될 뿐만 아니라, 2015. 12. 29. 자 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서의 입법 취지에도 부합하지 아니한다.

4. 대법원의 판단

가. 법률이 상호 모순, 저촉되는 경우에는 신법이 구법에, 그리고 특별법이 일반법에 우선하여 적용되어야 한다. 이때 법률이 상호 모순되는지는 각 법률의 입법 목적, 규정 사항 및 적용범위 등을 종합적으로 검토하여 판단해야 한다(대법원 2012. 5. 24. 선고 2010두16714 판결, 대법원 2014. 5. 16. 선고 2013두4590 판결 등 참조).

앞서 본 관련 규정의 개정연혁 등에서 알 수 있듯이, 지방세법은 1976. 12. 31. 법률 제2945호로 개정된 이래로 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등록에 대해 등록면허세를 부과할 것인지를 지속적으로 규율하여 왔다. 여기에 2015. 12. 29. 자 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서가 개정된 경위 및 그 취지 등을 보태어 보면, 2023. 12. 29. 자 개정 지방세법 부칙 제3조의 적용례 대상이 아닌 회생절차와 관련된 자본증가 등기에 대해서는, 구 채무자회생법 제25조 제4항, 제1항 및 제23조 제1항 제4호가 아니라, 2015. 12. 29. 자 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서를 우선하여 적용하는 것이 입법자의 의도에 부합한다. 

나아가 이 사건 출자전환에 따른 신주발행은 구 채무자회생법 제266조가 아니라 같은 법 제265조에 기해 이루어진 것이었다. 따라서 위 신주발행에 관한 등기에 대해서는 구 채무자회생법 제25조 제4항, 제1항 및 제23조 제1항 제4호가 적용되지 아니하고, 2015. 12. 29. 자 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서만이 적용될 수 있을 뿐이므로, 위와 같은 구 채무자회생법 조항들과의 상충 문제가 애당초 생긴다고 볼 수 없다.

이에 비추어 보면, 원심이 이 사건 출자전환에 따른 신주발행에 관한 등기에 대해 등록면허세를 부과할 것인지 여부는, 2015. 12. 29. 자 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서에 의해 정하여야 하고, 구 채무자회생법 제25조 제4항, 제1항 및 제23조 제1항 제4호는 등록면허세 면제의 근거가 될 수 없다고 판단한 것은 정당하다.

나. 그러나 원심이 이 사건 출자전환에 따른 자본증가 등기로 인해 원고에게 어떠한 재산권 변동이 이루어졌다고 볼 수 없음을 근거로 이 사건 처분을 위법하다고 본 것은 그대로 수긍하기 어렵다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건, 비과세요건, 조세감면요건을 막론하고 조세법규 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하지 말아야 하며, 특히 감면요건 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).

한편 등록면허세는 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기 또는 등록의 유ㆍ무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없으므로, 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리귀속 주체가 다르다거나 일단 공부에 등재되었던 등기 또는 등록이 뒤에 원인무효로 말소되었다 하더라도 위와 같은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록면허세 부과처분의 효력에는 아무런 영향이 없다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2000두7896 판결 등 참조).

2) 앞서 본 사실관계 및 위와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 출자전환으로 인하여 원고의 회생채무 등은 주식으로 전환되었고, 이를 토대로 후속으로 이루어진 무상 소각을 통하여 회생채무 등이 실질적으로 면제되는 효과가 나타나게 되었다. 따라서 이 사건 출자전환에 따른 자본증가와 관련하여 원고에게 아무런 재산권의 변동이 없었다고 볼 수 없고, 자본증가의 등기가 경료됨으로써 과세요건을 충족하게 된 등록면허세 납세의무가, 그 성립 이후의 별개 사정에 불과할뿐더러 이 사건 출자전환에 따른 자본증가 자체를 전제로 한 무상 소각으로 말미암아 사후적으로 소멸하였다고 보기도 어렵다.

아울러 앞서 본 바와 같이 이 사건 출자전환에 따른 자본증가 등기에 대하여 2015. 12. 29. 자 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서의 규정을 그 문언대로 적용하는 것은 입법자의 의도에 배치되지 아니하고, 오히려 조세법률주의가 요구하는 엄격해석의 원칙에 부합한다고 보아야 한다.

다. 그럼에도 원심은 이 사건 출자전환 당시 발행된 신주가 곧바로 무상 소각되었음을 들어 이 사건 처분을 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 등록면허세 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

5. 결론

그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

이 사건 출자전환에 따른 신주발행에 관한 등기에 대해 등록면허세를 부과할 것인지 여부는, 2015. 12. 29. 자 개정 지방세법 제26조 제2항 제1호 단서에 의해 정하여야 하고, 구 채무자회생법 제25조 제4항, 제1항 및 제23조 제1항 제4호는 등록면허세 면제의 근거가 될 수 없음.이 사건 출자전환에 따른 자본증가 자체를 전제로 한 무상 소각으로 말미암아 사후적으로 소멸하였다고 보기도 어려움