부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2004.11.18 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 (소송대리인 변호사 진행섭)
【피고, 상고인】 삼성세무서장
【원심판결】 서울고법 2002. 5. 23. 선고 2001누18314 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 

【이 유】 상고이유를 본다.
 1. 원심의 판단
 원심판결 이유에 의하면 원심은, 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 매입세금계산서는 그 과세기간이 경과한 후인 1999. 4. 10.경 작성일자를 공급시기인 1998.경으로 소급하여 작성되었으므로 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 소정의 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 따라서 위 규정에 의하여 이 사건 매입세액을 공제하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다는 피고의 주장에 대하여, 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행·교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로, 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성·교부했다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 할 것이고, 따라서 이 사건 각 처분 중 이 사건 매입세액을 불공제한 부분은 위법하다고 판단하였다.
 2. 이 법원의 판단
부가가치세법(이하 ‘법’이라 한다) 제17조 제2항 제1호의2는, 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 ‘필요적 기재사항’이라 한다)의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외하는 것으로 규정하고 있고, 제16조 제1항 제4호에서는 위 필요적 기재사항의 하나로서 ‘작성연월일’을 규정하고 있으며, 부가가치세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제60조 제2항 제2호는 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우의 하나로서, 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우를 규정하고 있다. 
 우선, 법 제17조 제2항 제1호의2 본문의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 "세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 ‘작성연월일’이 사실과 다르게 기재된 경우"라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우(이러한 경우이면 세금계산서 상의 ‘작성연월일’이 실제작성일로 기재되든, 사실상의 거래시기 또는 어느 특정시기로 소급하여 기재되든 묻지 아니한다)에 한한다고 보아야 할 것인바(대법원 1990. 2. 27. 선고 89누7528 판결, 1991. 4. 26. 선고 90누9933 판결, 1991. 10. 8. 선고 91누6610 판결, 1993. 2. 9. 선고 92누4574 판결, 1995. 8. 11. 선고 95누634 판결 등 참조), 그 이유는, 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행·교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계(前段階) 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이다.
따라서 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 ‘필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된’ 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다할 것이다.
 이와 달리, 세금계산서가 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성·교부되었다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 한다고 판시한 대법원 1987. 5. 12. 선고 85누398 판결, 1988. 2. 9. 선고 87누964 판결, 2001. 8. 24. 선고 2000두581 판결, 같은 날 선고 2000두8097 판결은 이와 저촉되는 범위 내에서 변경하기로 한다.
 그런데 원심이 인정한 사실관계 및 기록에 의하면, 원고는 1998. 제1기 및 제2기에 세금계산서의 수수 없이 석유류에 관한 거래를 하여 오다가 그 과세기간이 경과한 후에 피고의 세무조사 과정에서 같은 기간에 대한 매출액의 누락이 발견되자 비로소 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성한 이 사건 매입세금계산서를 교부받았다는 것이므로, 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 위 세금계산서에 의한 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니된다할 것임에도 불구하고, 원심은 이 사건 매입세금계산서에 의하여 그 매입세액이 공제되어야 한다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심판결에는 법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 ‘세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우’의 해석에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 주문과 같이 판결하는바, 이 판결에는 대법관 강신욱, 이강국, 박재윤의 별개의견과 대법관 배기원의 다수의견 측 보충의견이 있다.
 4. 대법관 강신욱, 대법관 이강국, 대법관 박재윤의 별개의견은 다음과 같다.
 이 사건에서 원심판결을 파기환송하여야 한다는 다수의견의 결론에는 동의하지만 다음과 같은 이유로 다수의견의 이유에는 찬성할 수 없다.
 가. 다수의견은 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 경과된 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성된 세금계산서에 의한 매입세액의 공제는 어떠한 경우에도 허용하여서는 안된다는 입장인 반면에, 별개의견은 그러한 경우에도 다른 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되고 그 거래에 따른 부가가치세의 거래징수도 정상적으로 이루어졌으나 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인하여 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 경우에는 예외적으로 매입세액의 공제는 허용되어야 한다는 입장이다.
 이하에서는 다수의견의 문제점을 지적하고자 한다.
 (1) 다수의견은 개별적 사건에서 구체적 타당성을 확보하여 국민의 권익을 지켜주어야 하는 법원의 책무를 다하지 못하는 결과가 될 수 있을 것이다. 
 납세의무자가 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못하게 된 경우에는, 이 사건의 경우처럼 무자료 매입을 통한 탈세를 의도하여 매입세금계산서를 교부받지 아니한 경우도 있겠지만, 재화 또는 용역의 공급과 이에 따른 부가가치세의 거래징수는 정상적으로 이루어졌으나 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인하여 세금계산서를 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 교부받지 못한 경우, 예컨대 매입자는 매출자로부터 세금계산서를 교부받기 위하여 가능한 모든 노력을 다하였으나 재화나 용역의 공급시기에 관한 다툼 등으로 인하여 매출자가 세금계산서의 교부를 거절하는 바람에 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못하는 경우도 있을 수 있을 것인데, 다수의견과 같이 과세기간이 경과된 후에는 소급하여 작성된 세금계산서에 의한 매입세액의 공제는 언제나 예외 없이 허용될 수 없다고 해석하게 된다면, 세금계산서 제도의 본질적인 기능을 해하지 아니하면서도 동시에 납세의무자의 권리를 구제해 주어야 할 필요성이 특별히 큰 경우까지도 항상 매입세액의 공제가 허용될 수 없게 되어 납세의무자에게 지나치게 가혹한 결과가 될 것이다. 이러한 경우에는 세금계산서 수수질서의 유지라는 공익과 납세의무자의 피해를 비교 교량하여 납세의무자의 권리를 구제해 주어야 할 필요성이 특별히 큰 경우에는 매입세액의 공제를 허용하는 것이 보다 타당하다고 할 것이다.
 (2) 종래 대법원판례들도 부가가치세법시행령 제60조 제2항 제3호가 1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 신설(따라서 이 사건에는 위 3호가 적용될 수 없다.)되기 이전부터 세금계산서의 작성일자가 실제의 공급일자와 다르다고 하더라도 일정한 경우에는 매입세액의 공제가 허용된다고 해석하여 왔고 그 근거로서 같은법시행령 제60조 제2항 제2호를 들고 있었다. 그러나 위 규정은 ‘세금계산서의 필요적기재사항 중 일부가 착오로 기재’된 경우에 관한 것이므로 ‘착오’로 기재된 경우가 아닌 때에는 위 규정을 적용할 수 없었음에도 대법원은 구체적 타당성을 확보하고 국민의 권익을 보호하기 위하여 위 규정의 적용 범위를 확대함으로써 세금계산서의 작성일과 실제 거래시기가 다른 경우에도 동일 과세기간 내에서든, 또는 과세기간이 다른 경우이든 매입세액의 공제를 인정하여 왔고 그러한 대법원판례가 집적되어 위에서 본 바와 같이 시행령 제60조 제2항 제3호가 신설되기에 이른 것이다. 따라서 이제 위 시행령 제60조 제2항 제3호가 신설되었다고 하여 재화 또는 용역의 실제 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서에 의한 매입세액의 공제를 동일 과세기간 내에 교부받은 세금계산서로 한정하고 위 시행령 제60조 제2항 제2호에 의한 종래의 권리구제 수단을 봉쇄하는 것은 적절하지 않다고 할 것이다.
 (3) 조세법은 조세법률주의의 파생원칙인 엄격해석의 원칙과 아울러 또다른 지배이념인 실질과세의 원칙, 공평과세의 원칙 등에 의하여 균형있고 조화롭게 해석·적용되어야 하는 것이다.
 세금계산서는 그 본질이 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행 교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 부가가치세를 거래징수 당한 매입자에 대하여는 소급작성 세금계산서에 의하더라도 매입세액을 공제하여 주는 것이 실질과세의 원칙상 당연한 것인데, 법이 일정한 경우에 부가가치세를 거래징수 당한 매입자에 대하여 매입세액의 공제를 허용하지 않는 이유는 세금계산서의 또다른 기능인 납세자 간 상호검증의 기능이 제대로 작동하도록 하기 위하여 세금계산서 수수의무 위반에 대하여 가하는 제재로서의 성격을 갖는다고 할 것이므로, 재화와 용역의 공급이나 부가가치세의 징수 등은 제대로 이루어졌으나 세금계산서만을 그 거래시기가 속하는 과세시간 내에 교부받지 못하였고 그에 대하여 매입자에게 귀책사유가 없는 경우에는 매입세액의 공제를 허용하는 것이 실질과세의 원칙, 조세공평의 원칙 등에도 부합한다고 할 것이다.
 (4) 부가가치세에 있어서 과세기간이 갖는 중요성은, 그것이 소득세, 법인세 등의 선행세목으로서 이들 세목의 과세표준 및 세액결정과 직결되기 때문에 그 공급시기(세금계산서 교부시기)를 객관화하여 납세자간 상호검증의 기능을 엄정하게 운영할 필요에서 비롯된 것임은 분명하다.
 그러나 부가가치세와 마찬가지로 기간과세인 소득세 및 법인세 등에 있어서도 그 과세기간이나 사업연도가 경과한 이후에 감액경정청구 등을 허용하고 있으므로 부가가치세법에서 과세기간이 갖는 의미와 기능도 상대적일 수밖에 없는 것이고 이를 기속적인 기준으로 삼을 필요까지는 없는 것이다. 더욱이 법인세, 소득세, 상속세, 증여세 등을 탈루한 경우 그 정당한 추징세액을 산출하기 위하여는 과세기간 또는 사업연도가 경과한 경우에도 손금, 필요경비, 채무 등을 모두 공제해 주고 있음에 비추어 부가가치세에 있어서 과세기간이 경과한 경우에도 특별한 경우에는 그 매입세액의 공제를 허용하는 것이 다른 세목과의 균형상으로도 타당하다.
 (5) 다수의견도 실제의 공급시기 이후에 소급 작성·교부된 세금계산서에 의하여 매입세액이 공제되기 위하여는 동일 과세기간 내에 작성된 경우에 한한다고 하면서, 그 근거로써 시행령 제60조 제2항 제2호를 들고 있다. 시행령 제60조 제2항 제3호가 적용될 수 없는 이 사건에서 다수의견이 그 논리를 전개하기 위하여는 시행령 제60조 제2항 제2호에서 근거를 찾을 수밖에 없을 것이지만, 위 규정은 이미 앞에서 지적한 바와 같이 소급 작성된 세금계산서에 의한 매입세액의 공제에 관한 문제를 해결하기 위한 근거로서는 꼭 적절한 것은 아니다. 특히 여기에서 주목해야 할 점은, 위 시행령 제60조 제2항 제2호는 매입세액의 공제를 다수의견처럼 동일 과세기간으로 제한하고 있지 않다는 점이다. 다수의견이 매입세액의 공제를 인정하는, 소급 작성되었지만 동일과세기간 내에 교부된 세금계산서도 그것이 소급 작성되었다는 점에서는 법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 사실과 다르게 기재된 세금계산서임은 틀림이 없고 위 시행령 규정에 해당하는 경우에만 매입세액을 공제한다는 것인데 위 시행령 규정에는 이러한 경우 동일 과세기간 내에 발행 교부된 세금계산서에 의한 경우에만 매입세액공제를 인정하고 있지 않으므로, 결국 다수의견은 실정법상의 근거도 없이, 부가가치세가 선행세목이고 기간과세라는 점만을 필요이상으로 내세워 실질과세의 원칙에도 반하고 국민의 권리구제도 소홀히 하는 결과를 초래하고 있는 것이다.
 (6) 다른 한편, 부가가치세법시행령 제54조는 세금계산서의 교부특례에 관하여 규정하면서, 그 제3호에서 ‘관계 증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우’에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있는 특례를 규정하고 있는바, 위 특례는 과세기간이 경과한 경우에도 적용되므로(예컨대, 12월의 거래에 대하여 다음해 1월 10일까지 소급계산서를 작성·교부한 경우) 위 규정은 동일 과세기간이 경과한 후에 작성된 세금계산서라고 하여 예외 없이 매입세액의 공제를 부정하여야만 할 것은 아니라는 실정법상의 단초가 될 수 있을 것이다.
 (7) 다수의견은 별개의견이 주장하는 바와 같은, 매입자에게 귀책사유가 없이 세금계산서를 교부받지 못한 경우에는 상대방의 채무불이행이나 불법행위를 이유로 손해배상을 받는 방법에 의하여 문제를 해결하여야 한다고 하나, 별개의견이 매입세액의 공제를 허용하여야 한다는 경우의 상당 부분이 민사법상의 채무불이행이나 불법행위에 의하여 구제받기가 쉽지 않은 때가 적지 않을 것이고, 더욱이 그러한 주장은 세법을 비롯하여 여러 법률이 각기 그 고유의 간편하고 실효성 있는 권리구제수단을 강구함으로써 국민의 권익보호에 더욱 충실하려고 하는 시대의 추세에도 맞지 않는 것이다. 또한 다수의견은, 별개의견과 같은 입장을 취하게 된다면 고의로 외형을 누락시켜 부가가치세뿐만 아니라 소득세, 법인세 등을 탈루할 위험이 높다고 하나, 별개의견의 입장은 매입자의 책임 없는 사유로 인하여 세금계산서를 교부받지 못한 경우에만 예외적으로 매입세액의 공제를 허용하자는 것으로서, 예컨대 실물거래 없이 발행·교부된 가공세금계산서나 위장세금계산서, 무자료매입, 그리고 과세관청이 관련 사업자에 대한 조사권을 발동한 이후에 작성·교부된 세금계산서 등에 의하여는 매입세액의 공제를 부정하는 것이 당연한 것이므로 별개의견이 조세포탈 등에 이용될 수 있다는 주장 역시 기우에 불과한 것이다. 
 나. 따라서 과세기간이 경과한 후에 실제의 공급시기로 소급하여 작성된 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 ‘필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된’ 세금계산서에 해당하여 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이 원칙이지만, 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되고 그 거래에 따른 부가가치세의 거래징수도 정상적으로 이루어졌으나 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인하여(여기서의 특별한 사정은 앞으로 판례의 집적을 통하여 명확히 될 수 있을 것이다.), 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 경우에는 예외적으로 매입세액의 공제가 허용되어야 할 것이다.
 다. 나아가, 다수의견이 변경되어야 한다고 보는 대법원 1987. 5. 12. 선고 85누398 판결, 1988. 2. 9. 선고 87누964 판결, 2001. 8. 24. 선고 2000두581 판결, 같은 날 선고 2000두8097 판결들은 모두 재화 또는 용역의 공급과 이에 따른 부가가치세의 거래징수는 정상적으로 이루어졌으나 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인하여 세금계산서를 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 교부받지 못한 사안에 관한 것으로, 그 판시가 다소 광범위하고 구체적이지 못한 점은 있어도 별개의견과 같은 입장을 내포하고 있으므로 굳이 변경하여야 할 것은 아니라고 할 것이다.
 라. 이 사건에 관하여 살피건대, 원심이 인정한 사실관계 및 기록에 의하면, 원고는 1998. 제1기 및 제2기에 세금계산서의 수수 없이 석유류에 관한 거래를 하여 오다가 그 과세기간이 경과한 후에 피고의 세무조사 과정에서 같은 기간에 대한 매출액의 누락이 발견되자 비로소 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성한 이 사건 매입세금계산서를 교부받았을 뿐, 달리 원고가 이 사건 매입세금계산서를 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 교부받지 못한 데에 그의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정이 있다고 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 매입세금계산서에 의한 매입세액은 공제되어서는 아니될 것인바, 이와는 상반된 판단을 한 원심판결은 파기환송 되어야 할 것이다. 
 5. 대법관 배기원의 다수의견측 보충의견은 다음과 같다.
 가. 시행령 제60조 제2항 제2호와 제54조에 대하여
 (1) 시행령 제60조 제2항 제2호는 매입세액불공제의 예외 사유로 ‘법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우’라고 규정하여, 마치 필요적 기재사항의 하나인 작성연월일에 대하여도 그 ‘착오기재’를 위 예외사유의 요건으로 하고 있는 듯 보이나, 여기서 ‘착오기재’란 예컨대, 사업자의 등록번호 등과 같이, 법 제16조 제1항 제1, 2, 3호의 일부가 착오로 기재된 경우를 예상하여 규정된 것으로 해석하여야지, 그렇지 않고 세금계산서의 작성연월일란에 실제작성일을 기재한다는 것이 착오로 다른 날짜를 기재한 경우를 의미하는 것으로 해석하면(실제 이러한 경우는 거의 없을 것이고, 설령 있다하더라도 이는 세금계산서의 경정사유일 뿐이므로 이 사건 쟁점과는 직접 관련이 없다.), 과세기간 경과 여하를 불문하고 실제거래일로 소급하여 ‘작성연월일’을 기재한 경우에는 그 세금계산서 상의 ‘작성연월일’과 실제거래일이 같게 되어, 그 세금계산서는 법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 ‘사실과 다르게 기재된 경우’가 아니어서 언제나 그 매입세액을 공제 받을 수 있다는 결론에 도달하게 되므로 과세기간 경과 후 실제거래일로 소급하여 세금계산서가 발행되었다 해도 특별히 해석상의 문제가 생길 여지는 없는 것이다. 따라서 시행령 제60조 제2항 제2호 소정의 ‘작성연월일의 착오기재’라는 부분은 이를 그 문면 그대로 받아들여서는 안 되고, 모법인 법 제17조 제2항 제1호의2 본문 규정과 관련시켜 볼 때 ‘의도적으로 세금계산서를 사실상의 거래시기와 다른 날에 작성’한 경우로 이해하는 것이 위 규정의 합리적 해석이라 할 것이다. 요컨대, 이러한 해석은 ‘작성연월일의 착오기재’라는 문구의 의미에 대한 것으로서, 이러한 해석을 전제로 소급작성한 세금계산서에 의한 매입세액공제의 범위를, 세금계산서의 실제작성일과 사실상의 거래시기가 ‘동일 과세기간’ 내에 있을 때로 한정할 것인가(다수의견), 아니면 일정요건 하에 ‘과세기간 경과 후’에까지 확장할 수 있는가(별개의견) 하는 견해의 대립이 비로소 생긴 것이다. 그러므로 종래 이 법원이 시행령 제60조 제2항 제2호 소정의 ‘작성연월일의 착오기재’에 관하여 위와 같이 해석해 왔다 하여 그것이 별개의견의 근거가 될 수 없음은 물론, 다수의견도 결코 위 규정을 내세워 ‘동일 과세기간’ 내이어야 한다고 주장하는 것이 아니며 다만 부가가치세의 특성과 세금계산서의 기능에 비추어 그렇게 해석하는 것이 옳다는 것뿐인 것이다.
 (2) 별개의견은 1999. 12. 31. 자로 시행령 제60조 제2항 제3호가 신설된 이후에도 같은 항 제2호에 의하여 과세기간이 경과 후에 발행된 세금계산서에 의한 매입세액의 공제를 허용하여야 한다고 주장하는 것 같으나, 시행령 제60조 제2항 제2호가 위와 같이 별개의견을 뒷받침하는 근거가 될 수 없을 뿐만 아니라 그러한 주장은 종래 시행령 제60조 제2항 제2호의 해석에 관하여 서로 어긋나는 판결이 선고되어 혼란을 가져왔던 매입세액의 공제범위를 다수의견 쪽 판례에 따라 동일 과세기간 내로 한정함으로써 그러한 혼란을 불식시키기 위하여 신설된 같은 항 제3호를 형해화 시키는 해석이라 할 것이다.
 (3) 시행령 제54조는 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 소급발행 할 수 있는 ‘세금계산서의 교부특례’를 규정하는바, 이는 ‘과세기간’을 단위로 부가가치세를 부과하는 현 제도 아래서 부득이 과세기간을 지키지 못한 납세의무자를 보호함과 동시에 세금계산서의 소급발행을 10일 내로 한정함으로써 기간과세를 보다 철저히 지키도록 하는 데 그 규정 취지가 있는 것이다. 따라서 이 조항은 과세기간 도과 후 세금계산서의 소급작성에 의한 매입세액공제를 허용하지 아니한다는 다수의견의 논거가 될 수 있을지언정, 과세기간이 무한정 도과한 경우에도 일정 요건 아래서는 매입세액공제를 허용해야 한다는 별개의견의 근거는 될 수 없다 할 것이다.
 나. 다수의견이 변경되어야 한다는 판례들은, 아무런 제한 없이 "공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 세금계산서를 작성·교부했다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 한다."라는 법리를 선언하고 있는바, 이는 별개의견이 극히 예외적인 경우를 제외하고는 과세기간경과 후 소급작성된 세금계산서에 의하여 매입세액이 공제되어서는 안된다고 하는 것과는 일부 저촉되는 부분이 있으므로 그 범위에서 별개의견의 입장에서도 위 판례들은 변경되어야 할 것이다.
 다. 조세법은 과세의 근거 규정이나 감면규정 모두 엄격해석 원칙이 적용되어야 하고 이것이 이 법원의 확고한 입장이다. 세법은 복잡하고 난해하지만 사업자로서는 자신의 사업에 관련된 세법내용을 숙지하거나 전문가의 조력을 받아 적법한 절차를 취함으로써 스스로 불이익을 당하지 않도록 하여야 할 것이다.
 별개의견이 예정하고 있는 사안들은 세법에 대한 무지 또는 거래상대방의 비협조로 매입세금계산서를 제때 교부받지 못한 경우로서 자신 또는 거래상대방에게 책임이 있는 경우가 대부분이다. 거래상대방에게 귀책사유가 있으면 상대방의 채무불이행 또는 불법행위를 이유로 손해배상을 받는 방법으로 문제를 해결하여야 할 것이지, 이러한 경우 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정이 있다하여 예외를 인정하게 되면, 고의로 외형을 누락시켜 부가가치세뿐 아니라 소득세, 법인세까지 포탈을 기도하던 자도 세무조사 등에 의하여 외형 누락사실이 밝혀질 경우에는 과세기간 내에 세금계산서를 발급받지 못하였다고 주장하여 부가가치세 수정신고기간(2년) 내에 매입세액공제를 받게 되는 일이 생길 뿐 아니라, 세무조사 등에 의하여 외형누락 사실이 세무당국에 의하여 빠짐없이 밝혀지는 것도 아니므로, 일단 세금계산서 등 교부 없이 무자료거래에 의하여 외형누락을 시키는 경우가 빈번하게 되어 전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서의 발급에 의한 상호검증 기능이 크게 손상될 것이다.

대법원장 최종영(재판장) 변재승 유지담 윤재식 이용우 배기원(주심) 강신욱 이규홍 이강국 박재윤 고현철 김용담 김영란

[다수의견] 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 "세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 ‘작성연월일’이 사실과 다르게 기재된 경우"라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 같은법시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우(이러한 경우이면 세금계산서 상의 ‘작성연월일’이 실제작성일로 기재되든, 사실상의 거래시기 또는 어느 특정시기로 소급하여 기재되든 묻지 아니한다.)에 한한다고 보아야 할 것인바, 그 이유는, 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행·교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계(前段階) 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이라 할 것이므로, 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 ‘필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된’ 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다.
 [별개의견] 과세기간이 경과한 후에 실제의 공급시기로 소급하여 작성된 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 ‘필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된’ 세금계산서에 해당하여 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이 원칙이지만, 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되고 그 거래에 따른 부가가치세의 거래징수도 정상적으로 이루어졌으나 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인하여, 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 경우에는 예외적으로 매입세액의 공제가 허용되어야 한다. 
 [다수의견측 보충의견] 부가가치세법시행령 제60조 제2항 제2호 소정의 ‘작성연월일의 착오기재’라는 부분은 이를 그 문면 그대로 받아들여서는 안 되고, 모법인 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문 규정과 관련시켜 볼 때 ‘의도적으로 세금계산서를 사실상의 거래시기와 다른 날에 작성’한 경우로 이해하는 것이 위 규정의 합리적 해석이다.