재산세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2023.08.31 / 시행일:

【원고, 상고인】 재단법인 소래유치원 (소송대리인 변호사 정지열 외 1인)
【피고, 피상고인】 시흥시장 (소송대리인 법무법인 케이씨엘 담당변호사 노재열 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2019. 9. 27. 선고 2019누33295 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 원심판결 이유와 기록에 따르면, 다음의 사실을 알 수 있다.
 가. 원고는 유아교육 및 보육 등을 목적으로 설립된 재단법인으로 1994. 3. 1. 유치원을 설치하여 운영하고 있다. 
 나. 원고는 1995. 12. 31. 이전부터 시흥시 (주소 생략) 전 11,804㎡(이하 ‘쟁점 토지’라 한다)를 소유하여 왔다. 
 다. 피고는, 원고가 구 지방세법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28524호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조에서 규정한 비영리사업자는 아니므로, 쟁점 토지도 구 지방세법 시행령 제102조 제5항 제13호에서 재산세 분리과세대상으로 규정한 ‘비영리사업자가 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있는 토지’에 해당하지 아니하여 구 지방세법(2017. 12. 26. 법률 제15292호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상이라고 보아, 2016. 9. 3. 원고에게 재산세 10,685,290원 및 지방교육세 2,137,050원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 2. 관련 법리 및 규정
 가. 토지에 대한 재산세의 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세를 함으로써 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하고자 하는 데에 그 취지가 있다. 이러한 분리과세제도의 취지에 비추어 보면, 분리과세요건을 규정하는 권한은 입법자의 입법형성권의 범위에 속한다(대법원 2001. 5. 29. 선고 99두7265 판결, 대법원 2013. 7. 26. 선고 2011두19963 판결 등 참조).
 나. 지방세법령의 개정경과
 1) 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 지방세법’이라 한다) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 제184조 제1호는 ‘제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산’에 대하여는 관련 취득세·등록세 및 재산세를 부과하지 않는다고 규정하면서 비영리사업자의 범위를 대통령령에 위임하였고, 같은 법 제234조의15 제4항, 제2항 제6호 및 그 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 지방세법 시행령’이라 한다) 제194조의15 제4항 제14호도 ‘시행령 제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있는 토지’를 종합토지세 분리과세대상 토지로 정하였다. 
 2) 개정 전 지방세법의 위임에 따라 개정 전 지방세법 시행령은 비영리사업자의 범위를 제79조 제1항 각호에서 일괄 규정하였는데, 제2호는 ‘초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자’를, 제6호는 ‘영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자’를 비영리사업자의 하나로 들고 있었다. 
 3) 구 초·중등교육법(2004. 1. 29. 법률 제7120호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1호는 ‘유치원’을 학교의 종류 중 하나로 규정하고 있었는데, 2004. 1. 29. 법률 제7120호로 유치원의 설립·운영에 관한 근거법률인 유아교육법이 별도로 제정되어 2005. 1. 30. 시행됨에 따라 위 조항은 삭제되었고, ‘초·중등교육법에 의한 학교’에서 ‘유치원’이 제외되었다. 
 4) 한편 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법(이하 ‘개정 지방세법’이라 한다) 및 2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정된 지방세법 시행령(이하 ‘개정 지방세법 시행령’이라 한다)에서는, 앞서 본 ‘비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 취득세·등록세 및 재산세 비과세규정’은 일부 조문의 위치만 변경되었을 뿐 내용이 동일하게 유지되었고, ‘비영리사업자가 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있는 토지’는 종합토지세가 재산세로 통합되면서 개정 지방세법 제182조 제1항 제3호 (라)목 및 그 위임에 따른 개정 지방세법 시행령 제132조 제4항 제14호에서 재산세 분리과세대상 토지로 규정되었다. 이와 별도로 개정 지방세법은 제272조 제5항 본문에 ‘영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 영유아보육시설 및 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 등을 면제한다.’는 규정을 신설하였다. 
개정 지방세법 시행령 제79조 제1항 각호는 비영리사업자의 범위를 규정하면서 ‘영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자’를 삭제하였고, 유아교육법이 제정되었음에도 ‘유아교육법에 의한 유치원을 운영하는 자’를 새로 추가하지도 않았다.
 그 결과, 영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원의 경우에 그 사업에 직접 사용하지 않는 토지를 영유아보육시설 또는 유치원을 운영하는 자가 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있다는 이유만으로는 더 이상 재산세를 분리과세하지 않게 되었으므로, 초·중등교육법에 의한 초·중·고등학교 등의 경우보다 세법상 불리한 취급을 받게 되었으나, 다른 한편으로 영유아보육시설 및 유치원을 운영하려고 하는 자에 대하여도 취득세·등록세를 면제하게 된 측면에서는 초·중·고등학교 등의 경우보다 세법상 유리한 취급을 받게 되었다. 
 5) 전부 개정된 지방세법령이 2011. 1. 1.부터 시행됨에 따라 비영리사업자의 범위에 관해서는 구 지방세법 시행령 제22조, 재산세 분리과세대상 토지에 관해서는 구 지방세법 시행령 제102조 제5항 제13호 등으로 관련 조문의 위치만 변경되었을 뿐, 이러한 영유아보육시설, 유치원과 초·중·고등학교 등에 대한 세법상 취급의 차이는 이 사건에 적용되는 구 지방세법령까지도 계속되었다. 
 3. 판단
 원심은, 유아교육법에 의한 유치원 또는 그 경영자를 초·중등교육법에 의한 학교 또는 그 경영자와 구별하여 취급하고자 하는 입법자의 의도에 따라 유아교육법에 의한 유치원을 경영하는 자를 구 지방세법령의 ‘비영리사업자’에 포함시키지 않은 것이고, 유치원을 경영하는 자가 소유하는 토지를 재산세 분리과세대상에서 제외한 것이 초·중·고등학교 경영자와의 형평에 반한다고 볼 수 없다는 등 판시와 같은 이유로, 유아교육법에 의한 유치원을 경영하는 자가 구 지방세법 시행령 제22조에서 규정한 ‘비영리사업자’에 해당한다고 볼 수 없고, 쟁점 토지는 재산세 분리과세대상에 해당하지 않는다고 판단하였다. 
 원심판결 이유를 앞서 본 법리 및 관련 규정의 개정경과와 내용 등에 비추어 보면, 이러한 원심의 판단에 구 지방세법령의 비영리사업자의 범위에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 4. 결론
 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 민유숙(재판장) 이동원 천대엽(주심) 권영준

재단법인으로 유치원을 설치하여 운영하는 甲이 1995. 12. 31. 이전부터 그 사업에 직접 사용하지 않는 토지를 소유하여 왔는데, 관할 시장이 甲은 구 지방세법 시행령 제22조에서 규정한 비영리사업자가 아니므로 위 토지는 구 지방세법 시행령 제102조 제5항 제13호에 따른 재산세 분리과세대상이 아닌 구 지방세법 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상이라고 보아 재산세 및 지방교육세를 부과한 사안에서, 유아교육법에 의한 유치원을 경영하는 자는 구 지방세법 시행령 제22조에서 규정한 ‘비영리사업자’에 해당한다고 볼 수 없고, 위 토지는 재산세 분리과세대상에 해당하지 않는다고 본 원심판결을 수긍한 사례