취득세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2019.11.28 / 시행일:

【원고, 상고인】 대한예수교장로회 ○○교회 (소송대리인 변호사 류명건 외 1인)
【피고, 피상고인】 서울특별시 강북구청장 (소송대리인 법무법인(유한) 산경 담당변호사 강승범 외 2인)
【원심판결】 서울고법 2019. 5. 23. 선고 2019누37211 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 가. 원고는 2016. 11. 30. 학교법인 우성학원(이하 ‘우성학원’이라 한다)과 사이에, 우성학원 소유의 서울 강북구 (주소 1 생략) 학교용지 673㎡, 그 지상 4층 교육연구시설 및 (주소 2 생략) 대 9㎡(이하 위 각 부동산을 합하여 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)와 원고 소유의 파주시 (주소 3 생략) 종교용지 10,225㎡ 및 그 지상 4층 종교시설(이하 ‘이 사건 교환대상 부동산’이라 한다)을 교환하되, 감정평가액의 차액인 2,645,851,000원(이하 ‘이 사건 감정평가 차액’이라 한다)을 원고가 우성학원에 무상출연하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
 나. 원고는 2017. 2. 2. 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤는데, 이 사건 교환대상 부동산의 감정평가액인 5,743,407,000원을 취득세 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고하면서 지방세특례제한법 제50조 제1항 본문에 따라 취득세 등을 면제받았다.
 다. 원고는 2017. 9. 14. 소외인에게 이 사건 각 부동산을 양도하고, 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제3호 등에 따라 2017. 10. 10. 피고에게 취득세 과세표준을 5,743,407,000원으로 하여 취득세 229,736,280원, 지방교육세 22,973,620원, 농어촌특별세 11,486,810원 합계 264,196,710원을 신고·납부하였다.
 라. 원고는 이 사건 각 부동산의 취득세 과세표준이 그 감정평가액인 3,097,556,000원임을 전제로 정당한 세액이 취득세 123,902,240원, 지방교육세 12,390,220원, 농어촌특별세 6,195,110원 합계 142,487,570원이라는 이유로, 2017. 10. 31. 피고에게 위 신고·납부 세액과의 차액 121,709,140원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. 피고는 2017. 12. 1. 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
 2. 상고이유에 관한 판단
 가. 지방세법 제10조 제1항 본문은 “취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.”라고 규정하고 있다. 위 조항에서 취득세의 과세표준으로 규정한 ‘취득 당시의 가액’은 원칙적으로 부동산 등 과세물건을 취득하는 데 든 사실상의 취득가액을 의미한다(대법원 2003. 9. 26. 선고 2002두240 판결 참조).
 나. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 (1) 우성학원은 2016. 7. 31. 이사회를 개최하여 그 소유의 이 사건 각 부동산에 위치한 △△△신학대학원대학교를 원고 소유의 이 사건 교환대상 부동산으로 이전하기로 의결하였다.
 (2) 한국감정원의 감정평가 결과 우성학원 소유의 이 사건 각 부동산의 감정평가액은 3,097,556,000원이고, 원고 소유의 이 사건 교환대상 부동산의 감정평가액은 5,743,407,000원이었다.
 (3) 우성학원은 2016. 8. 30. 교육부장관에게 대학원대학 위치변경계획승인을 신청하였고, 교육부장관은 2017. 1. 20. 우성학원에 ‘우성학원과 원고는 우성학원 소유의 이 사건 각 부동산과 원고 소유의 이 사건 교환대상 부동산을 상호 교환하고, 그 차액 2,645,851,000원은 원고가 우성학원에 무상출연하여야 함’을 승인조건으로 하여 위치변경계획을 승인하였다.
 (4) 이에 따라 원고와 우성학원은 앞서 본 바와 같이 ‘이 사건 각 부동산과 이 사건 교환대상 부동산을 위 감정평가액을 부동산의 가액으로 하여 교환하되, 감정평가 차액 2,645,851,000원은 원고가 우성학원에 무상으로 출연(증여)한다’는 내용의 이 사건 계약을 체결하였다.
 다. 이러한 사실관계를 앞서 본 규정과 법리에 따라 살펴보면, 이 사건 감정평가 차액 2,645,851,000원 상당액은 원고가 우성학원에 증여한 것으로 이 사건 각 부동산을 취득하는 데 들었다고 할 수 없으므로, 이 사건 각 부동산의 취득세 과세표준은 그 감정평가액 상당인 3,097,556,000원이라고 보아야 한다. 원고가 우성학원에 증여한 위 감정평가 차액 상당액이 취득가격에 포함되는 간접비용인 구 지방세법 시행령(2017. 7. 26. 대통령령 제28211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조 제1항의 ‘취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액(제5호)’이나 ‘이에 준하는 비용(제7호)’에 해당한다고 볼 수도 없다.
 라. 그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유로, 이 사건 각 부동산의 취득세 과세표준은 이 사건 교환대상 부동산의 감정평가액으로 보아야 하고, 설령 이 사건 각 부동산의 감정평가액을 구 지방세법 시행령 제18조 제1항의 ‘거래 상대방에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용’으로 보더라도, 이 사건 감정평가 차액은 ‘이 사건 각 부동산을 취득하기 위한 조건 부담액이나 이에 준하는 비용’으로서 취득가격에 포함되는 간접비용에 해당한다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 취득세 과세표준에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.
 3. 결론
 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 민유숙(재판장) 조희대(주심) 김재형 이동원

[1] 지방세법 제10조 제1항에서 취득세의 과세표준으로 규정한 ‘취득 당시의 가액’의 의미
 [2] 甲 교회가 乙 학교법인과 乙 법인 소유의 학교용지 등 부동산과 甲 교회 소유의 종교용지 등 부동산을 교환하되, 감정평가액의 차액을 乙 법인에 무상출연하는 내용의 계약을 체결하고, 위 학교용지 등 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤는데, 그 후 甲 교회가 丙에게 위 부동산을 양도하고, 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제3호 등에 따라 취득세 과세표준을 종교용지 등 교환대상 부동산의 감정평가액으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였다가, 취득세 과세표준이 위 학교용지 등 부동산의 감정평가액임을 전제로 위 신고·납부 세액과의 차액을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 관할 구청장이 이를 거부한 사안에서, 감정평가 차액 상당액은 甲 교회가 乙 법인에 증여한 것으로 위 학교용지 등 부동산을 취득하는 데 들었다고 할 수 없으므로, 취득세 과세표준은 위 학교용지 등 부동산의 감정평가액 상당이라고 보아야 하는데도, 이와 달리 본 원심판단에 법리오해의 잘못이 있다고 한 사례