수정수입세금계산서 재발급 거부처분 취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2018.06.28 / 시행일:

【원 고】 코리아후드써비스 주식회사(소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 조재웅 외 1인)
【피 고】 성남세관장
【변론종결】2018. 5. 31.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다. 
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청 구 취 지】피고가 2016. 3. 28. 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 각 수정수입세금계산서 재발급거부처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 식료품 및 관련 제품의 유통과 판매 등을 목적으로 하는 법인으로, 매일유업 주식회사가 50%, 미국의 East Balt사 및 Keystone사가 각각 25% 지분을 출자하여 1997. 11. 13. 설립되었고, 한국맥도날드 유한회사(이하 ‘한국맥도날드’라 한다)에 대한 식품류 및 기타 소모품 공급을 주된 사업으로 영위하고 있다.
 나. 한국맥도날드는 미국에 있는 맥도날드 본사(McDonald’s Corporation, 이하 ‘미국맥도날드’라 한다)와 라이센스 계약(이하 ‘이 사건 라이센스 계약’이라 한다)을 체결하고, 맥도날드 시스템 사용에 대한 대가로 로열티(이하 ‘이 사건 로열티’라 한다)를 지급하고 있다.
 다. 원고는 2008. 1. 2.부터 2010. 12. 30.까지 HAVI GLOBAL SOLUTIONS LLC(이하 ‘HAVI사’라 한다)로부터 냉동감자(이하 ‘쟁점 물품’이라 한다)를 수입하여 한국맥도날드에 전량 공급하였는데, 이 과정에서 쟁점 물품 과세가격에 이 사건 로열티를 가산하여 수입신고를 하였다(다만, 수입통관 단계에서는 이 사건 로열티 지급 금액이 확정되지 않아 전년도 확정 가산율을 적용하여 잠정가격으로 신고하고, 추후 확정 가산율이 결정되면 그 차액만큼 확정가격 신고를 하였다).
 라. 원고는, 원고와 한국맥도날드 사이의 쟁점 물품 거래와 한국맥도날드와 미국맥도날드 사이의 이 사건 라이센스 계약은 서로 독립된 계약임에도 이 사건 로열티를 과세대상으로 잘못 인식하여 이를 쟁점 물품의 과세가격에 가산하여 수입신고를 하였다면서 ‘쟁점 물품 제조공정도’, ‘쟁점 물품에 특정기술이 체화되어 있지 않음을 제조사인 Lamb-Weston Inc.(HAVI사는 쟁점 물품을 위 회사로부터 구매하여 원고에게 공급한다, 이하 ‘LW사’라 한다)가 확인한 문서‘, ’이 사건 라이센스 계약서‘, ’쟁점 물품 구매 및 로열티 관련 거래도‘ 등을 첨부하여 2011. 8. 8. 및 2012. 1. 13. 천안세관장에게, 2011. 8. 10. 창원세관장에게 과다하게 납부된 관세 및 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다(이하 위 각 경정청구를 합하여 ’이 사건 경정청구‘라 한다). 
 마. 원고가 이 사건 경정청구를 하면서 제출한 경정청구의 사유는 아래와 같다. 
1. 거래사실당사가 한국맥도날드에 판매하기 위하여 해외공급업체인 HAVI사로부터 수입하는 쟁점 물품과 관련한 업무프로세스는 다음과 같이 이루어집니다. ① 한국맥도날드에 공급할 필요 물품 일정량을 당사(구매자)가 판매자인 HAVI사에 구매요청하면, ② HAVI사는 당사가 구매요청한 쟁점 물품을 생산자에게 공급요청하고, ③ HAVI사로부터 공급을 요청받은 LW사(쟁점 물품 생산자)는 쟁점 물품을 당사로 선적하며, ④ HAVI사는 LW사로부터 선적된 물품에 대한 선적서류를 당사에 송부하고, 당사는 선적일로부터 통상 14일 이내에 물품대금을 송금하고, ⑤ LW사로부터 선적되어 수입된 쟁점 물품을 보세구역으로 반입, 통관지 세관에 수입신고절차를 통하여 통관한 후 원고 창고에 장치, Stock, 관리하고, ⑥ 관리 중인 쟁점 물품은 한국맥도날드 매장 및 프랜차이즈 매장으로부터 공급물량을 주문받으면 당사는 한국맥도날드 매장 및 프랜차이즈 매장에 공급요청 물량을 판매한 후, ⑦ 한국맥도날드 및 프랜차이즈로부터 물품대금을 지급받는 거래를 하고 있습니다. 2. 가격신고위와 같은 거래에서 쟁점 물품 수입시 당사는 한국맥도날드가 미국맥도날드에 레스토랑 시스템(맥도날드 시스템) 사용대가로 지급하는 로열티가 수입물품의 과세가격에 가산되는 가산요소로 잘못 인식하고 한국맥도날드가 지급한 로열티를 쟁점 물품 과세가격의 가산요소로 신고하여 왔고, 수입신고시 당해 거래와 관련된 로열티 지급금액이 확정되지 아니하여 전년도 확정가산율에 따른 잠정가격으로 신고한 후 로열티 지급금액 관련 자료 등 확정가산율 산정근거 관련 자료를 준비하여 확정가격신고를 하고 세관으로부터 확정가산율을 통보받았습니다. 3. 경정청구 이유○ 당사는 수입하여 한국맥도날드에 공급한 쟁점 물품 수입시 한국맥도날드가 미국맥도날드에 지급하는 로열티가 과세대상인 것으로 잘못 인식하여 쟁점 물품의 과세가격에 가산하여 가격신고를 하여 왔으나 당사에서 이에 대한 거래내용 및 관련 법령 등을 검토한바 다음과 같은 이유로 과세대상이 아닌 것으로 판단되어 과다납부한 세액에 대하여 경정청구 합니다. ○ 첫째, 우리나라 관세 법령은 과세대상이 되는 로열티는 관련성과 거래조건임을 전제로 하고 있으나 쟁점 물품은 거래조건과 관련성이 성립하는 물품이 아닙니다. - 관세법 등 관련 규정을 종합적으로 검토한 결과 당사가 HAVI사로부터 구매한 쟁점 물품은 권리사용료의 지급을 조건으로 쟁점 물품을 거래한 것이 아니고, 무형재산권이 수입물품에 체화 또는 구현되어 수입물품과 일체화되거나 일부를 이루고 있는 경우에도 해당되지 아니하므로 쟁점 물품 수입시 납부한 로열티를 과세대상이 아닌 것으로 판단되고, 이에 대한 구체적인 내용은 다음과 같습니다. ⑴ 거래조건성과 관련하여 당사가 HAVI사로부터 수입하는 쟁점 물품은 별첨 거래도의 쟁점 물품 구매 및 판매에 대한 업무프로세스에서와 같이 당사가 한국맥도날드에 공급할 일정 물량을 재고로 유지하여야 하는 안전재고유지에 필요한 양이 부족한 경우 당사가 쟁점 물품 판매자인 HAVI사에게 구매를 요청하면 당사로부터 구매요청을 받은 HAVI사는 당사가 구매요청한 물량을 생산자인 LW사로부터 구매하여 당사에 판매하는 형태의 거래를 하고 있으며, 당사는 판매자인 HAVI사로부터 수입한 쟁점 물품을 보세구역에 반입하여 수입통관 절차를 통하여 통관한 후 당사 창고에 Stock, 관리하고 있다가 한국맥도날드 매장 및 프랜차이즈 매장으로부터 공급물량을 주문받으면 위 각 매장에 요청받은 물량을 공급하여 판매한 후 한국맥도날드 및 프랜차이즈로부터 물품대금을 지급받고 있습니다. 위 거래에서와 같이 당사가 HAVI사로부터 구매하는 쟁점 물품은 로열티 지급을 조건으로 구매하는 물품이 아니고, 한국맥도날드가 미국맥도날드에 지급하는 로열티와 관계없이 구매하는 물품입니다. 관세법령 및 WTO관세평가협정에서는 수입물품을 구매하는 조건으로 로열티를 지급한 경우에만 로열티가 과세대상이 되는 것으로 규정하고 있고 쟁점 물품 구매과정에서와 같이 당사가 판매자인 HAVI사로부터 쟁점 물품을 구매하는 거래와 한국맥도날드가 미국맥도날드에 로열티를 지급하는 거래는 각각 별도의 계약에 의한 독립된 거래관계이며 당사는 로열티 지급을 조건으로 쟁점 물품을 구매하고 있는 것이 아니므로 당사가 쟁점 물품 수입신고시 가산금액으로 신고한 로열티는 과세대상이 아닌 것으로 판단됩니다. ⑵ 관련성과 관련하여 당사가 수입한 쟁점 물품은 라이센서의 특허에 의하여 생산된 물품이 아니라 일반적인 생산공정에 따라 생산된 물품으로 라이센서의 특허나 기술이 체화되어 있는 물품이 아닙니다. 당사가 HAVI사로부터 수입한 쟁점 물품은 ① 원료수취(Raw Receiving) → ② 검사/규격별 정리/세척(Inspecting/Sizing/Washing) → ③ 다듬기/검사(Trimming/Inspecting) → ④ 예열(Preheating) → ⑤ 절단/규격별 정리(Cutting/Sizing) → ⑥ 결점 및 흠 선별(Defect/Blemish Sorting) → ⑦ 데치기(Blanching) → ⑧ 건조(Drying) → ⑨ 튀김(Frying) → ⑩ 냉동(Freezing) → ⑪ 포장(Packing)의 과정으로 생산 및 포장되어 창고에 저장하는 물품으로 라이센서의 특허나 기술이 체화되어 있는 물품이 아닙니다. 쟁점 물품은 위에서 설명한 바와 같이 특허발명품이나 방법에 관한 특허에 의하여 생산된 물품이 아니고, 또한 그 자체에 당해 특허 내용의 전부 또는 일부가 구현되어 있는 물품이 아닙니다. 즉, 당사가 판매자인 HAVI사로부터 수입한 쟁점 물품은 라이센서의 특허나 기술이 체화되어 있는 물품이 아니고, 일반적인 생산공정에 따라 생산된 물품입니다. 따라서 당사가 HAVI사로부터 수입한 쟁점 물품은 한국맥도날드가 미국맥도날드에 지급하는 로열티와 관련이 없으며 과세대상이 아닙니다. ○ 둘째, 한국맥도날드가 미국맥도날드에 지급하는 로열티는 쟁점 물품 구매와 관련 없는 한국 내 레스토랑에서 맥도날드 시스템을 채택하여 사용할 수 있는 권리 등의 허여 대가로 지급하는 금액으로 쟁점 물품 구매와 관련이 없습니다. 한국맥도날드는 1996. 5. 1. 미국맥도날드와 이 사건 라이센스 계약을 체결하고 미국맥도날드로부터 ① 한국 레스토랑에서의 맥도날드 시스템을 채택 및 사용하기 위하여, ② 맥도날드의 라이센시임을 대중에 광고하기 위하여, ③ 맥도날드 지정 음식과 음료 제품의 판매와 관련, 맥도날드 시스템의 일부로 지정한 상호, 상표 및 서비스포장을 사용하기 위하여, ④ 맥도날드 매장의 디자인, 설치 및 운영을 위한 독점정보사용을 위하여, ⑤ 제조 및 제조설비의 독점적 사용을 위하여 비독점적 권리, 라이센스 및 특혜를 부여받는 조건으로 레스토랑 총 매출액의 5%를 로열티로 지급하고 있습니다. 참고로 맥도날드 시스템은 License Agreement 제1조 해석에서 규정하고 있는 바와 같이 어린이와 가족들의 기호에 맞게 조성된 깨끗하고 위생적인 분위기에서 신속하고 친절한 서비스에 중점을 두어 제한된 균일한 메뉴와 고급식품을 소매하기 위한 종합적인 레스토랑 시스템입니다. 따라서 한국맥도날드가 미국맥도날드로부터 레스토랑 시스템 등의 사용을 허여받고 그 대가로 미국맥도날드에 매출액의 일정액(5%)을 로열티로 지급하는 이 사건 라이센스 계약과 당사가 HAVI사로부터 구매하는 쟁점 물품과는 별개의 계약으로서 로열티는 과세대상이 아닌 것으로 판단됩니다. ○ 이에 관련 규정을 잘못 인식하여 쟁점 물품 수입시 과다하게 납부한 납부세액에 대하여 경정청구하니 조치하여 주기 바랍니다. [별첨] 거래도

 바. 천안세관장은 2011. 10. 7. 원고에게 위 2011. 8. 8.자 경정청구와 관련하여 ① 이 사건 라이센스 계약서와 관련된 비즈니스 매뉴얼 사본, ② 한국맥도날드에서 특허청에 등록한 특허등록증 사본, ③ 구매계약부터 송금까지 거래 관계 전반에 걸친 무역 관련 서류, ④ 미국맥도날드와 LW사, HAVI사의 관계 및 원고와 한국맥도날드의 관계에 대하여 계약 및 지분 내용을 중심으로 한 설명자료를 제출할 것을 요청하였고, 이에 대하여 원고는 2011. 10. 31. ‘비즈니스 매뉴얼은 한국맥도날드로부터 자료가 도착하는 대로 제출할 예정이고, 한국맥도날드가 특허청에 등록한 특허는 없으며, 미국맥도날드, LW사, HAVI사 사이에 계약 및 지분관계가 존재하지 않는다’는 답변과 함께 ‘수입신고번호별 거래내역 3건에 대한 증빙자료(구매주문서, 송품장, 포장명세서, 송금영수증, 수입신고내역)’, ‘LW사 및 HAVI사에 대한 설명 자료’를 천안세관장에게 제출하였다. 
 사. 천안세관장은 2011. 11. 1. 원고에게 ① 쟁점 물품 생산자인 LW사와 프랜차이즈 권리 보유자인 미국맥도날드, 쟁점 물품 수출자인 HAVI사가 관세법 시행령 제23조 제1항 각호에 해당하는 특수관계인지 여부에 대하여 LW사 및 HAVI사의 책임 있는 자가 각각 증명한 회신 내용, ② 쟁점 물품에 맥도날드 고유의 상표를 부착하게 된 경위와 상표 부착과 관련하여 미국맥도날드 또는 한국맥도날드와 어떠한 약정이 있었는지에 대하여 LW사 및 HAVI사의 책임 있는 자가 각각 증명한 답변 내용, ③ 원고와 한국맥도날드가 1998. 1. 8. 체결한 식품자재의 수입위탁 및 배송계약 사본과 당해 계약이 만료된 경우 추가로 체결한 계약서 사본 또는 구두 약정에 관한 자료를 제출할 것을 요청하였고, 이에 대하여 원고는 2011. 11. 21. ‘미국맥도날드와 특수관계가 없음을 LW사 및 HAVI사가 확인한 문서’, ‘미국맥도날드의 요청으로 쟁점 물품에 맥도날드 고유의 상표를 부착하였고 이와 관련한 별도의 약정은 없다는 내용으로 HAVI사가 확인한 문서’, ‘1998. 1. 8.자 수입위탁 및 배송계약서’, ‘가격합의서(Pricing Protocol)’, '쟁점 물품에 대한 제품사양 설명서(Product specification)’를 제출하였다. 
 아. 천안세관장은 2012. 1. 16. 및 2012. 3. 2. 원고가 2011. 8. 8. 및 2012. 1. 13. 경정청구를 한 수입신고건 중 42679-09-002035U호 외 278건에 대해서는 경정청구를 승인하고, 경정청구 기간이 도과한 수입신고건인 12679-08-000014U호 외 251건에 대해서는 경정청구를 거부하였으며, 창원세관장도 2012. 3. 19. 원고가 2011. 8. 10. 경정청구를 한 수입신고건 중 42679-09-002075U호 외 53건에 대해서는 경정청구를 승인하고, 경정청구 기간이 도과한 수입신고건인 12679-08-000018U호 외 160건에 대해서는 경정청구를 거부하였다. 
 자. 원고는 위와 같이 천안세관장 및 창원세관장이 이 사건 경정청구를 일부 승인한 이후부터는 쟁점 물품의 과세가격에 이 사건 로열티를 가산하지 않고 수입신고를 하였다. 
 차. 서울세관장은 2014. 3. 3.부터 2014. 3. 21.까지 원고에 대하여 관세조사(이하 ‘이 사건 관세조사’라 한다)를 실시하였는데, 그 과정에서 원고의 물류팀장으로부터 아래와 같은 내용의 확인서를 제출받았다. 
1. 맥도날드 원부자재 수입 관련 사항○ 수입하고 있는 맥도날드 원부자재 및 원고 명의로 수입하게 된 경위 : 쟁점 물품, 커피, 케첩, 햄버거 랩, 냅킨 등을 수입하고 있고, 1998년경 한국맥도날드에 수입위탁계약을 체결하여 현재까지 수입하게 됨○ 쟁점 물품, 커피 수입 프로세스에 대한 설명 : 한국맥도날드로부터 이메일로 수입의뢰를 받아 HAVI사로 발주를 하고, HAVI사에서는 생산업체[쟁점 물품 : LW사, 커피 : HACO(MY)]로 다시 발주되며, 현재까지는 동일 생산업체로부터 수입하고 있음. 생산업체는 물품을 선적하고, 원고는 HAVI사로 물품대금을 송금함. 수입된 물품은 밀양, 아산, 곤지암 보세창고에 입고됨○ 해외공급자가 HAVI사로부터 수입하게 된 경위 : 현재 원고와 거래를 하고 있는 HAVI사는 퍼세코(PERSECO)에서 사명이 변경된 물류전문업체로서 원고가 해외거래처를 선택하여 거래한 것이 아니라 맥안산업(현 한국맥도날드)이 국내에서 맥도날드를 처음 런칭한 1986년부터 거래해 온 공급업체인 것으로 알고 있음○ 수입가격 결정 경위에 대한 설명 및 PRICE LIST 등 가격협상 자료 : 원고가 해외공급자 HAVI사와 수입가격 네고를 하는 경우는 없고, 수입물품 가격에 대한 정보는 한국맥도날드 또는 HAVI사로부터 매달 통보되어 옴, 가격결정 주체가 한국맥도날드인지 미국맥도날드인지 여부는 원고로서는 정확히 알지 못함○ 해외공급자 HAVI사로부터 수입하게 된 경위 : HAVI사는 퍼세코(PERSECO)에서 사명이 변경된 물류전문업체로서 당사가 선택하여 거래를 한 것이 아니라 국내에서 맥도날드가 런칭된 시기부터 거래된 업체인 것으로 알고 있음
 카. 또한 서울세관장은 이 사건 관세조사 과정에서 한국맥도날드로부터 아래와 같은 내용의 의견서 및 LW사의 모회사인 미국 ConAgra FOODS Inc.(이하 ‘ConAgra사’라 한다)와 맥도날드 아시아·태평양·중동지역법인(McDonald’s APMEA LLC, 이하 ‘APMEA사’라 한다) 사이에 2012. 1. 31. 체결된 ‘Business Relationship/Confidentiality Agreement’(이하 ‘BRCA’라 한다)를 받았다. 
○ 쟁점 물품 및 커피, 케첩을 국내로 수입하게 된 근거서류(한국맥도날드-해외업체)쟁점 물품은 1988년(이전)부터 한국맥도날드에 LW사가 공급한 것으로 알고 있습니다. 현재 한국맥도날드에는 최초로 거래하게 된 근거서류를 보관하고 있지 않습니다. 참고로 LW사는 현재 미국의 주요 ConAgra사의 계열사이며, 맥도날드 이외에도 유통회사 및 소비재를 판매하는 다른 외식업체 등과 다양한 제품을 거래하고 있는 것으로 알고 있습니다.○ 쟁점 물품 및 커피, 케첩 물품공급 계약서(지역본부, 미국맥도날드-제조업체)쟁점 물품 APMEA 지역본부에 감사기간에 해당하는 기간의 BRCA 및 제품공급에 가격결정 Protocol(Pricing Protocol)을 요청한 상태이고, 4. 30.까지 제출할 수 있도록 하겠습니다. 참고로 BRCA는 맥도날드와 Supplier가 최초 거래가 있을 경우 업체를 승인하면서 각사의 권리/의무를 명시한 거래관계 설정계약서이고, Pricing Protocol은 제품의 가격 관련 계약기간, 거래가격의 조건 및 범위, 가격 변동 메커니즘을 논의하기 위한 합의서로서 세부 가격 관련 내용은 포함하지 않고 있습니다. 해당되는 전략구매 담당자는 Pricing Protocol을 기준으로 제품가격의 변동을 발생하게 할 수 있는 요소들(원부자재, 인건비 및 재고비용 외 기타비용들)을 종합하여 업체와의 협상 및 논의를 진행하고, 추천안이 완성되면 가장 혜택이 극대화되는 제안을 각 나라에 하게 됩니다. ○ 쟁점 물품, 커피, 케첩에 대한 거래가격 협상자료 및 2009년 이후 지역본부 또는 미국맥도날드 등으로부터 통보받은 3개 품목에 대한 최종 결정 가격 리스트(가격통보 메일전문 포함)쟁점 물품은 감사기간에 해당하는 Negotiation 및 Communication 자료 요청하였고, 4. 30.까지 제출할 예정입니다. HAVI사와의 가격도 확인해서 최종적인 자료를 제공하도록 하겠습니다.
 타. 서울세관장이 한국맥도날드로부터 받은 BRCA에 따르면, BRCA는 ConAgra사의 계열사에 대하여도 효력이 있고, APMEA사에 의해 ConAgra사 또는 계열사가 맥도날드 특정제품(Approved Products)에 대한 공급자(Approved Supplier)로 선정되면 해당 지역의 맥도날드 식당에 관련 식자재를 공급하게 되며, 맥도날드 시스템을 준수하는 등의 의무가 있다. 또한 그 부속서류에 따르면 ConAgra사의 계열사인 LW사가 쟁점 물품의 공급자로 선정되었다. 이와 관련된 BRCA의 내용은 아래와 같다.
2. 공동 개발 제품 (a) ‘ConAgra사(이하 ’회사‘라 한다)는 다음에 동의하며 회사의 계열사들이 다음에 동의하도록 할 것이다. (1) APMEA사는 독점적인 소유주이자 일체의 개발 및 향상에 대한 지적재산권과 소유권을 지닌다. (2) APMEA사 혹은 APMEA사가 지정하는 자는 오로지 공동개발 제품에 병합되어 모든 이전 개발을 제조하거나 제조했거나 사용 혹은 판매할 수 있는 비독점적이며 철회될 수 없고 영구적이며 이용료 없으며 전 세계적인 인허가를 가진다.6. 인증제품/인증공급사 (a) APMEA사는 물건, 서비스, 소모품, 기구, 장비 및 재고의 제조, 판매 및 구매, 준비에 대한 기준, 절차, 사양 및 요건을 확인함으로써 맥도날드 시스템 전체의 품질과 통일성을 유지하도록 노력한다. APMEA사는 맥도날드 시스템의 지속적인 성공을 위하여 이러한 기준을 중요하게 여겨야 하며, 그리하여 각 맥도날드 매장이 APMEA사가 인증한 공급자만을 이용하도록 요청한다. (b) APMEA사의 단독 사업상 판단으로 어느 프로젝트가 성공적인 경우 APMEA사는 그러한 프로젝트 하에서 개발된 제품들을 맥도날드 시스템 내 사용을 위한 인증제품으로 지정할 수 있다. 이러한 경우 APMEA사는 하나 이상의 인증 공급자가 맥도날드 시스템 내에서 지속적으로 인증제품을 제조, 유통, 판매 또는 제공하도록 서면으로 지정한다. 본 계약이 아래 제7조에 따라 종료되지 않는 한 APMEA사는 회사 또는 회사가 지정한 계열사를 인증제품의 잠재적 인증공급자로 선의로 추정한다. 회사 또는 회사계열사가 그러한 인증공급자로 지정되었는지 여부를 판단함에 있어서 APMEA사는 먼저 회사 또는 회사계열사의 ① APMEA사 기준에 맞는 인증제품을 지속적으로 생산할 능력, ② 지역 또는 전국 범위로 인증 제품을 생산 및 인도할 능력, ③ 재정 상태 등을 고려하여야 한다. (c) 위에 기재된 바와 같이 회사는 다음을 이해하고 이에 동의하고 회사계열사에도 이를 알리고 동의하도록 한다. APMEA사의 인증공급자 선정은 APMEA사의 단독 재량으로 판단하는 몇 가지 요인에 의한다. 회사 또는 회사계열사가 궁극적으로 인증공급자로 선정될 것이라거나, 유일한 인증공급자가 되거나 그러한 인증공급자의 위치가 주어진 경우 특정한 기간 동안 그러한 지위가 유지될 것이라는 보장 또는 약속은 없다.
 파. 서울세관장은 2014. 6. 26. 원고에게 ‘쟁점 물품은 미국맥도날드가 지정하는 맥도날드 시스템의 사양과 질적인 기준을 충족하는 제품이고, 제품의 포장에 맥도날드 레스토랑에서 한정사용하도록 표기되어 있는 것으로 보아 쟁점 물품과의 관련성이 충족되고, LW사는 APMEA사로부터 쟁점 물품 공급자로 지정된 업체로서 한국맥도날드가 1986년 런칭된 이후 현재까지 거의 해당 회사로부터만 공급받아 거래조건성도 충족되므로 한국맥도날드가 미국맥도날드에 맥도날드 시스템을 사용하는 대가로 지급하는 이 사건 로열티는 쟁점 물품의 과세가격에 가산하여 신고되어야 한다’면서 로열티의 신고가 누락된 쟁점 물품과 관련한 관세 및 부가가치세에 대한 경정 조치를 하되, 가산세 및 수정수입세금계산서 발급과 관련해서는 ‘2011년에 통관지 세관에서 경정청구를 승인한 것과 관련하여 신의성실원칙을 인정하여 가산세를 부과하지 아니하고 수정수입세금계산서 발급을 허용하도록 결정한다’는 조치내역(처분의견)이 기재된 관세조사결과를 통지하였다. 
 하. 이후 서울세관장은 원고가 이 사건 경정청구 승인으로 환급받은 관세 562,196,750원, 부가가치세 368,551,120원 합계 930,747,870원과 이 사건 경정청구 승인 이후부터 이 사건 관세조사를 받기 직전인 2014. 5.까지 수입신고된 쟁점 물품 1,571건에 대한 로열티 미신고분에 대한 관세 582,622,080원, 부가가치세 1,165,729,680원 합계 1,748,351,760원을 각 경정고지하였고(이하 ‘이 사건 경정’이라 한다), 원고는 위와 같이 경정고지된 금액을 납부하였으며, 같은 날 원고가 납부한 위 부가가치세에 대한 수정수입세금계산서가 발급되었다. 한편, 이 사건 경정청구 승인 이후부터 이 사건 관세조사를 받기 직전까지 수입신고된 쟁점 물품과 관련한 위 관세 및 부가가치세에 대한 가산세의 부과처분은 이루어지지 않았다. 
 거. 감사원은 2016. 1. 서울세관에 대한 수출입 통관 관리체계 개선실태 감사를 진행하였는데, 감사결과 및 그에 따른 처분요구의 내용은 아래와 같다. 
■ 감사결과- 원고는 1997. 11. 설립 이후 한국맥도날드와의 약정에 따라 한국맥도날드의 쟁점 물품 수입을 대행하면서 수입위탁자인 한국맥도날드가 미국맥도날드와 체결한 이 사건 라이센스 계약에 따라 미국맥도날드에 지급한 권리사용료 부분에 대한 관세 등을 신고·납부하여 왔다.- 그런데 2011. 8. 및 2012. 1. 원고는 쟁점 물품 수입계약과 이 사건 라이센스 계약은 서로 독립된 계약인데도 그동안 규정을 잘못 알고 관세 등을 신고·납부하였다고 주장하면서 경정승인세관에 경정청구를 하였고, 경정승인세관에서는 추가 자료를 요청한 뒤 물품관련성은 인정되나 원고는 수입대행을 하는 것이 아니라 독립하여 물건을 수입 후 한국맥도날드에 납품하는 업체라고 판단되므로 권리사용료의 거래조건성이 부인되어 한국맥도날드가 지급한 권리사용료는 과세가격에 포함되지 않아 환급대상이라고 결정하였다.- 그러나 2014년 서울세관장의 관세조사시 원고가 계약 등 관계가 없다고 소명하였던 쟁점 물품 제조업체인 LW사와 APMEA사 간의 관계를 입증하는 BRCA가 발견되었고, 실제로 1986년부터 한국맥도날드에서 LW사로부터만 쟁점 물품을 공급받아 온 사실이 확인되어 권리사용료를 지급한 실수요자 한국맥도날드가 미국맥도날드에서 지정한 업체에서만 쟁점 물품을 받아온바, 구매선택권이 없다는 것에 대한 사실관계가 확인되었다.- 더욱이 이번 감사원 감사시 확인한 바에 따르면 경정세관에서 경정청구에 대한 검토를 하기 위하여 원고에게 2011. 8. 11.과 10. 7. 두 차례에 걸쳐 한국맥도날드와 원고의 계약 관계에 대한 자료를 요구하였으나 관련 자료를 제출하지 아니하였고, 2011. 10.경 천안세관 담당자가 동일 쟁점에 관한 조세심판 결정문(국세심판원 2005. 7. 1. 결정 2004관94)을 검토하던 중 결정문의 인정사실 부분에서 한국맥도날드와 원고 사이에 ‘식품자재의 수입 및 배송계약’이 체결된 사실을 확인하고 이에 대하여 문의하자 원고는 배송대행계약이 종료되었다고 주장하였고, 배송대행계약 종료 여부를 확인하기 위해 2011. 11. 1. 원고에게 공문을 발송하여 ‘식품자재의 수입 및 배송계약서’ 사본 및 위 계약이 만료된 경우 추가 체결한 계약의 증빙을 요구하였는데도 실효된 계약서로 ‘식품자재의 수입 및 배송계약서‘, 추가 체결된 계약서류로는 수입대행 내용이 없는 Pricing Protocol 및 회계전표 등을 제출하여 경정승인세관에서 한국맥도날드가 지급한 권리사용료와 쟁점 물품의 거래조건성을 알 수 없었다.- 그런데 서울세관장은 2014. 3.부터 원고에 대한 관세조사 후 원고가 한국맥도날드와 배송대행관계에 있었던 점, 한국맥도날드가 1986년부터 LW사로부터만 쟁점 물품을 지급받았던 점 등을 검토해 볼 때 대법원 판결(대법원 1993. 4. 27. 선고 91누7958 판결)에서 전제한 기본 거래사실관계와 다르지 않을 뿐 아니라 BRCA를 통해 한국맥도날드에 구매선택권이 없다는 사실을 확인하여 해당 권리사용료의 거래조건성이 인정된다고 하면서도 2014년 제4회 심사처분심의위원회를 통해 2012년 경정청구세관에서 환급된 관세 562,196,750원, 부가가치세 368,551,120원 합계 930,747,870원, 경정승인 이후 2011년부터 관세조사 직전인 2014. 5.까지 수입신고된 쟁점 물품 1,571건에 대한 권리사용료 미신고분 관련 관세 582,622,080원 및 부가가치세 1,165,751,130원 합계 1,748,373,210원을 추징하면서 관세조사시 한국맥도날드로부터 쟁점 물품 구매선택권에 관한 BRCA가 징구되었는데도 원고가 경정청구하면서 자료를 제대로 제출하지 않은 과정과 사유 등은 확인하지 않은 채 2012년 경정청구 결정에 관한 신의성실의 원칙을 이유로 원고에게 가산세를 부과하지 아니하기로 결정하였다. 그 결과 원고는 경정청구 이후 2011년부터 2014. 5.까지 수입신고된 쟁점 물품의 권리사용료 미신고분에 대한 관세 582,622,080원 및 부가가치세 1,165,751,130원 합계 1,748,373,210원에 관한 가산세 276,354,850원을 면제받았다. - 또한 서울세관장은 2014. 6. 원고에 대한 경정부과 결정을 하면서 원고에게 경정청구 이후 관세조사 직전까지(2011. 1. 1.부터 2014. 5. 31.까지) 수입신고된 쟁점 물품 1,571건 권리사용료 미신고분에 대한 부가가치세 수정수입세금계산서를 발급하기로 결정하였다. 그러나 경정승인세관에 배송대행계약 관계가 실효되었다고 허위로 주장한 사실, 거래조건성에 관한 BRCA를 제출하지 아니한 사실 등을 고려할 때 경정청구 이후 권리사용료 미신고 분에 대하여는 원고에게 귀책사유가 있다. 따라서 서울세관장은 경정청구 이후 권리사용료 미신고분에 관한 부가가치세의 수정수입세금계산서를 발급하지 않았어야 했다.■ 처분요구 내용(시정)- 원고가 2011. 1. 1.부터 2014. 5. 31. 사이에 수입신고한 쟁점 물품 1,571건에 대한 관세 가산세 137,885,410원, 부가가치세 가산세 138,469,440원 합계 276,354,850원을 추가 징수하고, 원고에게 잘못 발급된 수정수입세금계산서(1,165,751,130원)의 발급 결정을 취소하며, 관련 업무를 철저히 하시기 바랍니다.
 너. 서울세관장은 2016. 1. 26. 원고에게 ‘감사원으로부터 원고가 천안세관장 등에게 쟁점 물품에 대한 경정청구를 하면서 BRCA를 제출하지 않는 등(귀책사유에 해당)의 사정이 있음에도 서울세관장이 신의성실의 원칙을 이유로 가산세를 부과하지 아니하기로 한 결정은 잘못이라며, 경정청구 이후 미부과된 가산세를 추가 징수하도록 처분요구를 받았음’을 이유로 쟁점 물품에 관한 이 사건 로열티 신고 누락분에 대하여 당초 관세조사 결과 부과되지 않았던 관세 신고불성실가산세 58,257,750원, 관세 납부불성실가산세 79,622,790원, 부가가치세 신고불성실가산세 116,572,890원, 부가가치세 납부불성실가산세 218,939,150원 합계 473,392,580원을 결정ㆍ고지하였다.
 더. 또한, 서울세관장은 피고를 포함한 각 통관지 세관장에게 수정수입세금계산서 발급 취소(매입세액 공제 취소)를 통보하였고, 이에 피고는 2016. 2. 2. 원고가 추가납부한 경정고지 세액 중 부가가치세 합계 161,621,380원 상당의 별지 목록 기재 각 수정수입세금계산서(수입신고번호 42679-12-003805U 외 226건)의 발급을 제한하였으며, 원고는 2016. 3. 24. 피고에게 위 각 수정수입세금계산서의 재발급 신청을 하였으나, 피고는 2016. 3. 28. 위 발급제한 결정은 감사원 감사결과 처분요구사항 통보 및 서울세관 수정수입세금계산서 발급결정 취소조치 의뢰에 따른 것임을 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 러. 원고는 2016. 4. 12. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 5. 25. 기각되었다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 17, 22호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
부가가치세법(2015. 12. 15. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조 제2항 제2호 다목 및 부가가치세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제4항 제3호에서 수정수입세금계산서 발급 제한 요건으로 규정한 ‘귀책사유’는 고의 또는 고의에 가까운 중과실만을 의미하는 것으로 한정하여 해석하여야 하는데, ① 천안세관장이 상당한 기간 동안 경정청구 이유 검토, 2차례에 걸친 보완 요구 및 보완 자료 검토 등을 거쳐 원고의 이 사건 경정청구를 승인하였고, 원고는 그 과정에서 보완 요구에 성실히 협조한 점, ② 원고는 오랜 기간 쟁점 물품의 과세가격에 이 사건 로열티를 가산하여 수입신고를 하다가 위 로열티가 가산 대상이 아니라는 천안세관장 및 창원세관장의 결정을 신뢰하여 위 로열티를 쟁점 물품의 과세가격에 가산하지 않고 수입신고를 한 것인 점, ③ 원고가 서울세관장의 이 사건 관세조사 전까지 오랜 기간 이 사건 로열티를 가산하지 않고 쟁점 물품에 대한 수입신고를 하였음에도 통관지 세관에서 로열티 금액 누락을 지적하거나 보완조치를 요구하지 않고 이를 수리한 점, ④ 원고가 이 사건 경정청구 당시 제출한 자료와 서울세관장의 관세조사 당시 제출한 자료가 동일함에도 피고가 견해를 달리하여 이 사건 처분을 한 것인 점, ⑤ BRCA는 2011년 경정청구 당시에 천안세관장이 요청한 자료가 아니고, 원고가 쟁점 물품을 직접 거래한 당사자가 아닌 APMEA사와 ConAgra사 사이에 체결된 BRCA의 존재를 원고가 알 수도 없었으며, BRCA의 체결일은 2012. 1. 31.로 이 사건 경정청구 및 보완 당시에는 존재하지도 않았던 점, ⑥ 서울세관장도 원고에 대한 관세조사 이후 신의성실의 원칙을 적용하여 가산세를 부과하지 않고, 수정수입세금계산서의 발급도 허용한다는 의사를 표명한 점 등을 고려할 때, 이 사건 경정과 관련하여 원고의 귀책사유가 있다고 할 수 없으므로, 이 사건 처분은 위 부가가치세법령의 규정에서 정한 수정수입세금계산서 발급 거부 요건을 충족하지 못하여 위법하다. 
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 판단
 1) 부가가치세법 제35조 제2항은 ‘세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다’고 규정하고 있고, 제1호에서 ‘관세법에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우’를, 제2호에서 ‘세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우’를 규정하고 있으며, 제2호 다목은 ‘수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우’를 제2호에 따라 수정수입세금계산서를 발급하는 경우 중 하나로 규정하고 있다.
부가가치세법 시행령 제72조 제3항은 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 각 목 외의 부분에서 ‘세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위’란 ‘관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위’(제1호), ‘세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위’(제2호), ‘그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위’(제3호)를 말한다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항 제3호는 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목에서 ‘수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우’에 대하여 ‘수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우’를 말한다고 규정하고 있다. 
 2) 먼저, 원고는 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목 및 부가가치세법 시행령 제72조 제4항 제3호에서 수정수입세금계산서 발급 제한 요건으로 규정한 ‘귀책사유’를 고의 또는 고의에 가까운 중과실만을 의미하는 것으로 한정하여 해석하여야 한다고 주장하나, ① 일반적으로 ‘귀책사유’라 함은 ‘책임 있는 사유’라는 뜻으로서 고의와 과실을 모두 포함하는 개념에 해당하는 점, ② 위 각 규정에서 귀책사유의 의미를 고의ㆍ중과실로 한정하고 있지 않고, 경과실에 해당하는 수입자의 단순착오만을 별도로 수정수입세금계산서 발급 제한 요건에서 배제하고 있는 점, ③ 위 각 규정의 취지가 관세의 탈루를 방지하기 위해 납세자의 성실한 신고를 유도하고자 수입자의 단순착오 내지 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 예외적인 경우를 제외하고는 수정수입세금계산서의 발급을 제한하려는데 있는 것으로 보이는 점, ④ 2017. 12. 19. 개정된 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목에서는 수입자의 경미한 과실이 있는 경우에도 수정수입세금계산서발급을 할 수 있는 것으로 규정하고 있는데, 부칙 제4조에서 ‘제35조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 세관장이 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 수정신고하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 원고의 위와 같은 주장은 받아들이기 어렵다. 
 3) 다음으로 원고의 귀책사유와 관련한 주장에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정 및 제출한 증거만으로 서울세관장이 이 사건 경정을 하게 된 것에 원고의 귀책사유가 없다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 귀책사유와 관련한 주장 역시 이유 없다. 
 ① 서울세관장의 이 사건 관세조사 등을 통해 확인된 쟁점 물품의 거래 관계 및 관련 회사들의 계약관계 등은 별지 도표와 같고, 그 주된 내용은 이 사건 경정청구 당시와 이 사건 관세조사 당시는 물론 원고가 설립된 이후부터 현재까지 동일하게 유지되고 있는 것으로 보인다. 
 ② 위와 같은 쟁점 물품의 거래 관계 및 관련 회사들의 계약관계 등에 의해 확인되는 다음과 같은 사정들 즉, 이 사건 라이센스 계약에서는 미국맥도날드가 지정하는 맥도날드 시스템의 사양과 질적인 기준을 충족하는 식음료 재료만을 사용하도록 정하고 있는데, 쟁점 물품은 이를 충족하는 제품으로 보이는 점, 쟁점 물품의 포장에도 맥도날드 고유의 상표가 부착되어 있고, 맥도날드 레스토랑에서 한정사용하도록 표기되어 있는 점, 쟁점 물품 제조사인 LW사는 APMEA사에서 공급자로 지정한 업체로, 한국맥도날드는 국내에 처음 런칭된 1986년 이후부터 현재까지 LW사가 제조한 쟁점 물품만을 공급받아 사용하여 온 점, 원고는 한국맥도날드와 수입위탁 및 배송계약을 체결하고, 한국맥도날드의 수요에 따라 HAVI사로부터 쟁점 물품의 구매를 대행하는 역할을 하며, 이 과정에서 쟁점 물품 수입가격 결정 등에 전혀 관여하지 않는 점 등을 고려하면, 이 사건 로열티는 쟁점 물품과의 관련성 및 거래조건성이 인정된다.
 ③ 한편, 원고의 이 사건 경정청구가 있기 전에도 매일유업 주식회사가 수입을 대행한 조제오이류의 수입가격에 수입위탁자인 맥안산업 주식회사(한국맥도날드가 설립되기 이전에 미국맥도날드의 국내 진출을 위해 설립된 합작회사이다)가 미국맥도날드에 지급한 로열티를 가산하여야 하는 여부가 문제된 바 있고, 이와 관련하여 ‘맥안산업 주식회사는 라이센스 계약상 미국맥도날드가 수시로 지정하는 사양과 질적 기준을 충족하여야 하고, 이를 위반할 경우 계약이 해지될 수 있으며, 설립시부터 조제오이류를 퍼세코사로부터만 수입하여 왔고, 그것이 햄버거의 생산에 전용되는 재료인 점에 비추어 보면, 위 조제오이류는 맥안산업 주식회사가 미국맥도날드에 지급하는 로열티와 관련이 있고, 맥안산업 주식회사로서는 사실상 조제오이류의 구매선택권이 없었다고 보아야 하므로, 맥안산업 주식회사가 미국맥도날드에 지급한 로열티는 조제오이류의 과세가격에 가산되어야 한다’는 대법원 판결(대법원 1993. 4. 27. 선고 91누7958)이 선고되었다.
 ④ 원고는 매일유업 주식회사가 지분의 50%를 출자하여 설립한 회사로, 관계 회사인 매일유업 주식회사에서 조제오이류의 수입대행과 관련하여 받은 위 대법원 판결 등을 통해 한국맥도날드와의 배송대행계약에 따라 쟁점 물품을 수입하여 공급하는 관계에 있을 경우 수입위탁자인 한국맥도날드가 지급한 로열티가 쟁점 물품의 과세가격에 가산될 여지가 있음을 알았거나 충분히 알 수 있었을 것으로 보인다. 그런데 원고는 위 대법원 판결상의 조제오이류 수입구조와 거의 동일한 형태로 쟁점 물품을 수입하여 한국맥도날드에 공급하고 있고(위 대법원 판결에서 매일유업 주식회사가 조제오이류를 공급받은 퍼세코사는 현재의 HAVI사인 것으로 보인다), 회사가 설립된 1997년경부터 이 사건 경정청구를 신청한 2011년까지 쟁점 물품을 수입하여 한국맥도날드에 공급하면서 쟁점 물품의 과세가격에 이 사건 로열티를 가산하여 수입신고를 하여 오다가 2011년에 쟁점 물품의 수입구조 및 법률관계 등에 별다른 변동이 존재하지 않는 상황에서 이 사건 경정청구를 신청하였다. 
 ⑤ 또한 원고는 이 사건 경정청구를 함에 있어 원고와 한국맥도날드 사이의 쟁점 물품 거래와 한국맥도날드와 미국맥도날드 사이의 이 사건 라이센스 계약은 서로 별개의 독립된 계약이고, 쟁점 물품과 관련한 업무프로세스는 ‘원고가 한국맥도날드에 필요한 쟁점 물품을 HAVI사로부터 구매하여 한국맥도날드 매장 및 프랜차이즈 매장에 판매하고, 한국맥도날드 및 프랜차이즈 매장으로부터 물품대금을 지급받는 것이다’라고 설명하였으며, 첨부한 쟁점 물품 거래도에도 원고가 LW사에서 생산한 쟁점 물품을 HAVI사로부터 구매하여 한국맥도날드에 판매하고 물품대금을 지급받는 구조로만 표시하였다. 그러나 실제로 원고는 한국맥도날드와 수입위탁 및 배송계약을 체결하고, 한국맥도날드의 국내 매장에 필요한 식자재 등의 수입 및 배송 업무를 대행하고 있는 것이며, 그 대가로 일정 비율의 수입 대행료 및 배송료 등의 비용을 한국맥도날드로부터 정산받고 있을 뿐이다. 나아가 원고는 이 사건 경정청구 당시 쟁점 물품이 라이센서의 특허에 의하여 생산된 물품이 아니라 일반적인 생산공정에 따라 생산된 물품으로 라이센서의 특허나 기술이 체화되어 있지 않다고 설명하였으나, 쟁점 물품은 BRCA와 제품사양 설명자료에 의할 경우 ConAgra사와 그 계열사인 LW사에 의해 브랜드화된 규격제품 내지 그에 의해 개발된 제품을 의미하는 ‘규격(Off-The-Shelf) 제품’으로서 맥도날드 시스템의 적용대상에 해당하는 것으로 보인다. 
 ⑥ 천안세관장은 원고의 이 사건 경정청구와 관련하여 ‘미국맥도날드와 LW사, HAVI사의 관계 및 원고와 한국맥도날드의 관계에 대하여 계약 및 지분 내용을 중심으로 한 설명자료’, ‘LW사, 미국맥도날드, HAVI사가 관세법 시행령상의 특수관계인지에 관한 자료’, ‘원고와 한국맥도날드가 1998. 1. 8. 체결한 식자재의 수입위탁 및 배송계약 사본과 당해 계약이 만료된 경우 추가로 체결한 계약서 사본 또는 구두 약정에 관한 자료’를 추가로 제출할 것을 요청하였고, 이는 이 사건 로열티를 지급하는 한국맥도날드와 원고의 관계, 위 로열티를 지급받은 미국맥도날드와 LW사, HAVI사의 관계를 명확히 파악하여 거래조건성을 검토하기 위한 것으로 보이는데, 이에 대하여 원고는 한국맥도날드와의 계약관계 등에 대하여 명확히 밝히지 않고, LW사가 맥도날드 아시아·태평양·중동지역법인인 APMEA사로부터 승인받은 공급자라는 사실 등 별다른 어려움 없이 파악 가능한 미국맥도날드, LW사, HAVI사의 관계 등에 관하여 알리지 않은 채 ‘미국맥도날드, LW사, HAVI사 사이에 계약 및 지분관계가 존재하지 않고, LW사 및 HAVI사는 미국맥도날드와 특별한 관계가 없다’는 답변과 함께 LW사 및 HAVI사에 대한 기초적인 설명 자료와 계약기간 등이 명확히 기재되지 않은 주식회사 신맥(이후 한국맥도날드로 조직변경되었다)과의 1998. 1. 8.자 수입위탁 및 배송계약서 사본 및 Pricing Protocol만을 제출하였다[원고는, 위 Pricing Protocol만으로 원고와 한국맥도날드 사이의 위탁관계 등을 파악하는 것이 가능하다는 취지의 주장도 하고 있으나, 위 Pricing Protocol은 원고가 한국맥도날드에 공급할 쟁점 물품에 관한 권리ㆍ의무(이익, 비용, 하자ㆍ재고의 책임 관계 등)를 전반적으로 규정하고 있을 뿐, 수입위탁 등의 관계에 관한 내용이 포함하고 있지 않아 이 사건 경정청구 심사 당시 담당 공무원이 위 자료만으로 원고와 한국맥도날드 사이에 수입위탁 및 배송계약이 계속하여 유지되고 있음을 파악할 수 있었을 것으로 보기는 어렵다]. 
 ⑦ 반면, 원고는 서울세관장의 이 사건 관세조사 과정에서는 ‘원고가 1998년경부터 한국맥도날드와 수입위탁계약을 체결하여 쟁점 물품 등의 원부자재를 수입하게 된 것이고, 해외거래처인 HAVI사를 원고가 선택하여 거래한 것이 아니라 한국맥도날드가 국내에 맥도날드를 처음 런칭한 1986년부터 위 업체가 공급업체였으며, 원고가 HAVI사와 쟁점물품 등의 수입가격을 결정하는 것이 아니라 한국맥도날드 내지 HAVI사로부터 매달 수입물품 가격에 대한 정보를 통보받아 인보이스 등에 사용하는 것’이라는 등의 내용이 포함된 확인서를 제출하였는바, 위와 같은 내용은 이 사건 경정청구시 밝힌 사실관계와 일치하지 않는 것이거나 이 사건 로열티가 쟁점 물품과 관련성 및 거래조건성이 있는지 여부의 판단에 있어 중요하고 새로운 정보에 해당하는 것으로 보인다. 
 ⑧ 원고는, 이 사건 경정청구 승인과 이 사건 관세조사는 동일한 사실관계를 토대로 과세관청이 이 사건 로열티의 가산 여부에 관한 견해를 변경한 것이라고 주장하나, 이 사건 경정청구와 관련하여 천안세무서장 및 창원세무서장은 모두 이 사건 로열티는 한국맥도날드가 미국맥도날드에 지불하는 것인 반면, 쟁점 물품의 거래는 원고와 HAVI사 사이의 별개의 거래로서, 위 물품의 구매자가 라이센서인 미국맥도날드에 이 사건 로열티를 지급한 적이 없다는 사실 등을 근거로 위 로열티는 쟁점 물품과 거래조건성이 인정되지 아니한다고 판단하여 경정청구를 승인한 것으로 보이고, 위와 같은 사실관계의 오인은 원고가 이 사건 경정청구 당시 원고와 HAVI사와의 거래를 이 사건 라이센스 계약과 무관한 거래로 주장하고, 천안세관장의 보완 요구에 제대로 응하지 않은 데에 기인한 것으로 보인다. 따라서 이 사건 경정청구의 승인과 관련하여 원고에게 귀책사유가 존재한다고 할 것이고, 원고가 적극적으로 허위의 자료를 제공하는 등의 방법으로 과세관청의 오인을 유발한 것은 아니라거나, 이 사건 관세조사 당시 새롭게 밝혀진 사실 내지 관련 자료를 조사 담당 공무원이 원고가 아닌 한국맥도날드 등 다른 법인에 요청하여 취득한 것이라고 하여 이와 달리 볼 수 없다. 
 ⑨ 이 사건 경정청구를 승인함에 있어 천안세관장이 두 차례에 걸쳐 원고에게 자료의 보완을 요청한 점, 로열티 가산을 위해서는 관련성 및 거래조건성을 판단할 수 있는 자료가 요구되는데, 과세관청이 자력으로 취득할 수 있는 정보는 국내 정보에 한정되어 있으므로, 국제거래 관계에 있어서는 거래당사자가 자발적으로 제공하는 정보에 상당 정도 의존하여 판단할 수밖에 없는 점, 경정청구와 관련하여 제출받은 자료에 사실에 부합하지 않는 허위의 자료 내지 서로 모순되는 자료가 존재한다는 등의 사정이 인정되지 않는 한 과세관청이 적극적으로 청구인 외에 제3자에게 거래관계 내지 법률관계를 확인할 의무가 있다고 보기는 어려운 점 등을 고려할 때, 이 사건 경정청구의 승인과 관련하여 천안세관장 등에게 어떠한 귀책사유가 있다고 보기 어렵고, 설령 귀책사유가 존재한다고 하더라도 위에서 본 원고의 귀책사유보다 중하다고 보기 어렵다. 
 ⑩ 원고는, BRCA는 거래조건성 내지 가산세 면제의 요건과 직접적으로 관련이 있는 자료에 해당하지 않고, 이 사건 경정청구 당시에 그 제출을 요구받지도 않았을 뿐만 아니라, 존재하지도 않는 상태였으며, BRCA의 계약 당사자가 아닌 원고로서는 그 존재에 대하여 알 수도 없었으므로, 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 BRCA를 제출하지 않았다고 하여 원고에게 어떠한 귀책사유가 존재한다고 할 수 없다고 주장한다. 그러나, ㉠ BRCA에서 APMEA사로 하여금 인증공급자를 선택할 수 있도록 하고, 각 맥도날드 매장은 APMEA사에 의해 선택된 업체를 통해서만 물품의 구매가 가능하도록 하고 있으며, APMEA사는 기준에 맞는 인증제품을 지속적으로 생산할 능력 등을 고려하여 인증공급자를 선택하고, 인증공급자 선정은 APMEA사의 단독 재량으로 판단하도록 하고 있음을 고려할 때, BRCA는 이 사건 로열티와 쟁점 물품의 거래조건성은 물론 관련성의 판단에 있어서도 중요한 자료에 해당하는 점, ㉡ 서울세관장이 입수한 BRCA의 체결일이 이 사건 경정청구 이후인 2012. 1. 31.이나, 한국맥도날드는 1986년부터 지속적으로 쟁점 물품에 대하여 동일한 공급자 및 수출자와 동일한 방식으로 거래해 오고 있고, 한국맥도날드가 이 사건 관세조사 당시 서울세관장에게 제출한 확인서에 의하더라도 BRCA는 맥도날드와 공급자의 최초 거래가 있을 경우, 업체를 승인하면서 각사의 권리ㆍ의무를 명시한 거래관계 설정 계약서라는 것이며, BRCA의 주된 내용이 APMEA사로 하여금 기준에 맞는 인증제품을 지속적으로 생산할 능력 등을 갖춘 인증공급자를 선택할 수 있도록 하기 위한 것임을 고려할 때, 이 사건 경정청구 이전부터 존재하고 있을 가능성이 상당히 높은 점, ㉢ 이 사건 경정청구에 대한 천안세관장의 보완 요청 취지 등을 고려할 때 BRCA는 미국맥도날드와 LW사의 관계에 관한 문서에 포함되는 것으로 봄이 상당하고, 원고가 BRCA의 당사자가 아니어서 그 존재 및 내용을 명확히 알지 못하였다고 하더라도, 서울세관이 BRCA를 입수한 경위, 원고와 한국맥도날드의 관계 등을 고려할 때, 원고가 BRCA의 존재를 파악하거나 한국맥도날드에 요청하는 등의 방식으로 BRCA를 입수하는 것이 충분히 가능해 보이는 점, ㉣ 설령 원고가 이 사건 경정청구 과정에서 BRCA를 제출하지 않은 것 자체를 원고에게 책임 있는 사유로 볼 수 없다고 하더라도, BRCA에 의해 인정되는 APMEA사와 ConAgra사 및 그 계열사인 LW사의 관계 등은 원고의 귀책사유 판단을 위한 중요한 고려 요소가 되어야 하는 점 등을 고려할 때, 원고의 위와 같은 주장은 받아들이기 어렵다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
 (별지 생략)

판사 윤경아(재판장) 강동훈 김주성