부가가치세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2017.09.21 / 시행일:

【원고, 피항소인】 한국환경공단 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 김필용 외 4인)
【피고, 항소인】 서인천세무서장 외 5인 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김영진 외 3인)
【제1심판결】 인천지방법원 2017. 2. 17. 선고 2013구합11318 판결
【변론종결】2017. 8. 31.
【주 문】
 1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고들 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
 피고들이 원고에 대하여 한 별지1 제1항 기재 각 부가가치세 부과처분 중 별지2 제1항 기재 ‘부가가치세 정당세액 계산표’의 ‘정당세액란’ 중 ‘고지세액란’ 기재 각 금액을 초과하는 부분과 피고 서인천세무서장이 원고에 대하여 한 별지1 제2항 기재 2006 사업연도 법인세 1,397,420,800원의 부과처분, 2007 사업연도 법인세 347,674,760원의 부과처분, 2008 사업연도 법인세 2,022,294,570원의 부과처분 중 1,464,186,635원을 초과하는 부분, 2008 사업연도 농어촌특별세 3,192,920원의 부과처분, 2010 사업연도 법인세 771,734,370원의 부과처분 중 56,975,548원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
 2. 피고들의 나머지 항소를 기각한다.
 3. 소송총비용 중 7/10은 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고들이 원고에 대하여 한 별지1 제1항 기재 각 부가가치세 부과처분 및 피고 서인천세무서장이 원고에 대하여 한 별지1 제2항 기재 각 법인세(2008 사업연도는 농어촌특별세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.
 2. 항소취지
 제1심 판결을 취소한다. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
【이 유】1. 제1심 판결의 일부 인용
 이 법원의 판결 이유 중 "1. 처분의 경위"부터 "5. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부"까지 부분은 다음과 같이 일부 내용을 고치고 일부 내용을 추가하는 것 외에는 제1심 판결 이유 중 해당 부분(제2쪽 제8행부터 제42쪽 제13행까지 및 제51쪽부터 제73쪽까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
〈고치거나 추가하는 부분〉○ 제1심 판결 제9쪽 제4행의 "원고의 사업수입"을 "원고의 사업수익"으로 고친다.○ 제1심 판결 제9쪽 제13행, 제36쪽 제14행의 각 "(백만 원 단위에서 반올림)"을 "(십만 원 단위에서 반올림)"으로 각각 고친다.○ 제1심 판결 제16쪽 제17행의 "원고의 자금으로"를 "원고의 자금조달방법으로"로 고친다.○ 제1심 판결 제20쪽 표 아래 제4행의 "위탁수수료 산정하고 있는데"를 "위탁수수료를 산정하고 있는데"로 고친다.○ 제1심 판결 제28쪽 제5행의 "수익성인 좋은"을 "수익성이 좋은"으로 고친다.○ 제1심 판결 제29쪽 제20행의 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.【원고는 환경시설설치지원사업 중 적어도 BTO(Build-Transfer-Operate) 사업의 설치사업비는 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장한다. 살피건대, BTO 방식은 ‘사회기반시설에 대한 민간투자법’에 의한 민간투자사업 방식의 하나로서, 사업시행자가 사회기반시설을 책임지고 준공(Build)하여 그 시설의 소유권을 정부 등에 귀속(Transfer)시키되, 정부 등으로부터 일정 기간 해당 시설의 관리운영권(Operate)을 부여받는 방식으로 시행되는 민간투자사업이다. BTO 방식은 주로 도로·철도·항만 등 교통시설 등의 운영에 따른 사용료 수익으로 투자금 회수가 충분히 예상되는 시설을 대상으로 시행하는데, BTO 방식의 민간투자자는 준공 후 약정된 시설관리 운영기간 동안 시설사용자로부터 직접 이용료를 징수하여 수익을 올리고 투자금을 회수하게 되므로 ‘수익형 민간투자사업’이라고도 한다. BTO 사업의 가장 큰 특징은 사업시행자 또는 민간투자자가 자신의 자금으로 설치사업비(공사비)를 부담한다는 데에 있다. 원고는 경산시 분뇨 및 축산폐수처리사업 실시협약을 예로 들면서 위 사업의 시행자인 그린경산 주식회사(이하 ‘그린경산’이라 한다)가 자신의 위험과 비용으로 환경관리시설 설치공사를 완료하여 경산시에 공급할 의무를 부담하므로 위 사업이 BTO 사업이라고 주장하나, 앞서 본 인정사실과 갑 45의5, 갑 77, 을 19의2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 경산시로부터 권한을 위임받아 위 사업에 관하여 그린경산과 사이에 실시협약을 체결하였고 사업시행자인 그린경산의 사업비 청구가 있으면 원고가 경산시에 청구하여 기성검사결과에 준하여 사업시행자에게 지급하는 사실을 인정할 수 있다. 따라서 경산시 분뇨 및 축산폐수처리사업 사업시행자인 그린경산이 설치사업비(공사비)를 부담하였다고 볼 수 없으므로 위 사업을 BTO 사업이라고 보기 어렵다. 원고는 자신이 지방자치단체로부터 지급받는 BTO 사업의 설치사업비는 사업시행자에게 지급하기 위한 것일 뿐 원고가 공급한 용역과 대가관계에 있지 않다는 취지로도 주장하나, 이 사건 환경시설설치지원사업이 BTO 사업이라고 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같고, 원고는 환경시설설치지원사업의 진행과정에서 앞서 본 바와 같이 원고의 손익계산서에 건설대행사업수익이라는 항목으로 설치사업비를 자신의 사업수익으로 인식하기도 하였고, 설치사업비를 포함한 사업비 전체에 대한 계산서를 발행하기도 하였으며, 설치사업비가 원고에게 처분권이 있음을 전제로 사업비에 대한 이자소득이 원고에게 귀속되는 것으로 하여 원천징수세액을 공제받기도 하였고, 법인세 신고를 하면서 위탁수수료를 포함한 환경시설설치지원사업비 전액을 수입금으로 신고한 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.】○ 제1심 판결 제31쪽 제14행의 "부가가치세 신고·납부하고"를 "부가가치세를 신고·납부하고"로 고친다.○ 제1심 판결 제32쪽 제19행의 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.【원고는, ① 재무부가 1994년 "환경관리공단이 폐수종말처리 및 특정(지정) 폐기물처리용역을 공급하는 경우 부가가치세법 제12조 및 동법 시행령 제37조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임"이라고 유권해석을 하였고, 피고도 재무부의 유권해석에 따라 위 사업이 속하는 원고의 환경시설수탁운영사업은 부가가치세 면세사업에 해당하는 것으로 판단한 점, ② 원고에 대한 1995년 및 2005년 정기 세무조사 과정에서도 과세관청은 이 사건 각 사업이 부가가치세 면세사업임을 전제로 아무런 지적이나 과세처분 없이 세무조사결과를 통지하였고 강남세무서장은 2002년 원고가 부가가치세 면세법인으로서 법인세법상 계산서 발행의무가 있음에도 불구하고 그 의무를 이행하지 않았다는 이유로 가산세를 부과한 점, ③ 국가와 지방자치단체도 이 사건 각 사업을 부가가치세 면세사업으로 인식하고 세금계산서를 발급받을 의무를 위반하였는바 원고가 이 사건 각 사업을 부가가치세 면세사업이라고 오인할 만한 객관적인 사정이 존재하는 점, ④ 기획재정부도 이 사건 각 사업이 처음부터 부가가치세 면세사업에 해당함을 전제로 원고를 조세특례제한법상 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체로 추가 지정한 점 등을 내세우며 원고가 이 사건 부가가치세 납부의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있다는 취지로 주장한다. 살피건대, ① 원고가 들고 있는 1994년 재무부 유권해석은 ‘폐수종말처리 및 특정(지정) 폐기물처리용역’에 한하는 것임이 분명하고 위 사업이 속하는 원고의 환경시설수탁운영사업은 이 사건 처분의 대상에 포함되어 있지 않은 점, ② 갑 16, 17, 을 25의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 과세관청은 1995년 및 2005년 실시한 정기세무조사 결과를 통지하면서 이 사건 각 사업이 면세대상이라는 취지의 통지를 한 바 없고, 강남세무서장이 원고를 부가가치세 면세사업자로 인정하였다고 볼 만한 내용도 존재하지 않으며, 오히려 원고의 통합 전 법인인 한국환경자원공사가 질의한 ‘한국환경자원공사가 공급하는 용역의 부가가치세 면제 여부’에 대한 회신에서 "한국환경자원공사가 … 환경부로부터 수탁받아 수행하고 그 대가를 받는 경우 부가가치세법 제7조에 의거 부가가치세가 과세되는 것입니다."라고 밝힘으로써 원고가 제공하는 용역이 부가가치세 과세대상임을 밝힌 점, ③ 세무공무원이 아닌 국가 또는 지방자치단체 소속 공무원이 세법을 제대로 알지 못하여 원고로부터 세금계산서를 발급받을 의무를 위반하였다고 하더라도, 이를 이유로 원고의 부가가치세 신고·납부의무가 면제될 수는 없는 점, ④ 조세특례제한법상 과세특례 조항이 신설되었다고 하더라도 그 조항이 현재의 과세행정을 그대로 반영한 것이라고 단정할 수 없고, 조세특례제한법 시행령의 개정 이후에도 원고가 제공하는 용역 중 조세특례제한법 시행규칙 별표[10] 제47항 단서에 따라 시험·분석·검사·진단사업, 폐비닐처리사업, 압수폐기물자원화 사업은 여전히 과세사업으로 규정되어 있으므로 2011. 1. 1. 이후 제공하는 용역으로서 국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하거나 그 위탁을 받아 수행하는 사업이라고 하더라도 위 열거된 사업은 여전히 부가가치세 과세대상인 점, ⑤ 원고는 이 사건 세무조사가 이루어지기 전에 2010년 제1기부터 정부업무 대행사업, 정부업무위탁사업, 환경시설설치지원사업, 기타 용역사업 등에 대하여 부가가치세를 자진하여 신고·납부한 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사유만으로 원고가 부가가치세 납부의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.】○ 제1심 판결 제36쪽 제17행의 "수입사업과 관련하여"를 "수익사업과 관련하여"로 고친다.○ 제1심 판결 제40쪽 표 아래 제3행의 "경기도" 앞에 "이 사업은"을 추가하고, 표 아래 제9행의 "가평군과" 앞에 "이 사업은"을 추가한다.
2. 제1심 판결과 달라지는 부분
【6. 정당한 세액
 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 사업 중 환경시설설치지원사업을 수익사업으로 보아 원고에 대한 정당한 부가가치세액을 산정하면 별지2 제1항 기재 ‘부가가치세 정당세액 계산표’와 같다(정당세액은 ‘정당세액’란 중 ‘고지세액’ 부분의 금액이다). 그리고 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질귀속자가 원고이고 정부출연금 중 수익사업에 사용된 부분은 법인세법상 익금에 해당하며 원고가 비수익사업으로 분류한 한강수계하수관망계측시스템관리사업과 가평군환경기초시설통합관리센터관리사업을 수익사업으로 보아 원고에 대한 정당한 법인세 및 농어촌특별세액을 산정하면 별지2 제2항 기재 ‘법인세등 정당세액 계산표’ 기재와 같다(정당세액은 각 사업연도의 ‘정당세액’란 중 ‘차감징수할 세액’ 부분의 금액이다).】
3. 결론
 그렇다면, 이 사건 처분 중 위 각 정당세액을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이므로, 원고의 청구는 위 정당세액을 초과하는 부분에 한하여 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 피고들의 항소를 일부 받아들여 위 인정범위를 초과하여 취소를 명한 피고들 패소 부분을 취소하고 그 취소 부분에 해당하는 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각하며, 피고들의 나머지 항소를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 문용선(재판장) 김복형 남양우