법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2015.12.23 / 시행일:

【원고, 상고인】 의료법인 을지병원 (소송대리인 법무법인 광장 담당변호사 고원석 외 3인)
【피고, 피상고인】 남대문세무서장
【원심판결】 서울고법 2013. 9. 27. 선고 2013누10504 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제1, 2점에 대하여
 가. 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제26조 제1항은 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 ‘대통령령이 정하는 투자를 한 금액’ 중 일정 금액에 상당하는 임시투자세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하는 특례를 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항은 ‘대통령령이 정하는 투자를 한 금액’이란 ‘광업 등 특정한 사업을 영위하는 내국인이 재정경제부령이 정하는 사업용 자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다’고 규정하면서 임시투자세액이 공제되는 사업(이하 ‘임시투자세액 공제사업’이라 한다)을 열거하고 있는데, ‘의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업’(이하 ‘의료사업’이라 한다)은 2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제23조 제1항, 부칙 제8조에 의하여 비로소 임시투자세액 공제사업으로 지정되어 2004. 1. 1. 이후의 투자분부터 임시투자세액이 공제되었다.
 그리고 구 조특법 제130조 제1항은 ‘내국인이 1990. 1. 1. 이후 수도권 안에서 창업하는 경우(수도권 외의 지역에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우를 포함한다) 수도권 안에 소재하는 사업용 고정자산에 대하여는 제26조의 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하여 임시투자세액 공제사업의 사업용 자산에 투자를 하더라도 수도권 안에서 창업하는 등의 경우에는 그 공제를 배제하도록 규정하였는데, 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되어 2002. 1. 1.부터 시행된 조세특례제한법(이하 ‘개정 조특법’이라 한다) 제130조 제1항은 ‘내국인이 1990. 1. 1. 이후 수도권 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989. 12. 31. 이전에 설치된 사업장을 포함한다)을 이전하여 설치하는 경우’ 수도권 안에 있는 사업용 고정자산에 대하여 임시투자세액을 공제하지 않도록 규정하여 그 배제범위를 확대하였다.
 한편 개정 조특법 부칙 제2조 제1항은 일반적 적용례로 “이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.”고 규정하고, 제22조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)는 수도권 안의 투자에 대한 조세감면 배제에 관한 개별적 적용례로 “제130조 제1항의 개정규정 중 ‘사업장’에 관한 부분은 이 법 시행 후 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존 사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있다.
 이후 개정 조특법 제130조 제1항은 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되면서 제130조 제2항으로 ‘중소기업이 아닌 자가 1990. 1. 1. 이후 수도권 과밀억제권역 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우’ 수도권 과밀억제권역 안에 있는 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 대하여 임시투자세액을 공제하지 않도록 변경되어 2004. 1. 1. 이후의 투자분부터 적용되었고(부칙 제32조), 이는 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전까지 유지되었다.
이들 규정의 문언 내용과 체계 및 개정 연혁, 구 조특법은 임시투자세액의 공제요건과 그 배제요건을 구분하여, 제130조 제1항에서 제26조 제1항의 임시투자세액 공제요건을 갖춘 사업에 대한 투자 중에서 수도권 안의 투자에 대하여 임시투자세액의 공제를 배제하고 있는 점, 이러한 배제요건에 관한 개정 조특법 제130조 제1항의 적용관계를 규정한 이 사건 부칙조항은 그 배제범위가 종전보다 확대됨에 따라 기존의 임시투자세액 공제사업에 대하여 구 조특법의 배제요건을 그대로 적용하기 위하여 마련된 규정으로 보일 뿐, 개정 조특법 시행 후에 새로이 임시투자세액 공제사업으로 추가된 사업에 대하여도 구 조특법의 배제요건을 적용하기 위한 것으로는 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부칙조항에서 그 적용대상 사업장을 명시적으로 한정하고 있지는 않지만, 위 부칙조항의 적용대상인 ‘사업장’이란 ‘개정 조특법 제130조 제1항의 사업장 중에서 구 조특법 시행 당시 이미 임시투자세액 공제사업으로 지정되어 공제요건을 갖춘 사업장’만을 의미한다고 해석함이 타당하다. 따라서 개정 조특법 제130조 제1항이 시행된 후에 비로소 임시투자세액 공제사업으로 지정된 사업의 사업장에 대하여는 이 사건 부칙조항이 적용되지 아니하므로, 임시투자세액 공제사업으로 지정된 이후로서 공제대상 투자 당시에 시행 중인 규정에 의하여 그 배제 여부를 판정하여야 한다.
 나. 원심이 인용한 제1심판결 이유에 의하면, ① 의료법인인 원고는 1995. 1. 3. 서울 노원구 (주소 생략)에 분사무소인 노원을지병원을 설치한 다음, 위 병원에 투자를 한 금액에 관하여 2005 내지 2007 사업연도에는 임시투자세액을 공제하지 않고 법인세를 신고·납부하였다가 경정청구를 하여 임시투자세액 상당액을 환급받고, 2008 사업연도에는 임시투자세액을 공제하여 법인세를 신고·납부한 사실, ② 그 후 피고는 위 병원에 대한 투자가 1990. 1. 1. 이후 수도권 과밀억제권역에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시한 경우에 해당한다는 이유로, 임시투자세액의 공제를 배제하여 2011. 3. 29.과 2011. 5. 12. 원고에게 2005 내지 2008 사업연도 법인세를 경정·고지하는 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실 등을 알 수 있다.
 이러한 사실관계를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 개정 조특법 제130조 제1항이 시행된 후인 2004. 1. 1.부터 임시투자세액 공제사업에 포함된 의료사업을 영위하는 원고가 설치한 노원을지병원에 대하여는 이 사건 부칙조항을 적용하여 구 조특법 제130조 제1항에 의하여 임시투자세액 공제의 배제 여부를 판정할 수 없고, 임시투자세액 공제사업으로 지정된 이후로서 실제로 투자가 이루어진 2005 내지 2008 사업연도에 시행 중인 규정에 의하여 그 배제 여부를 판정하여야 하는데, 노원을지병원은 ‘1990. 1. 1. 이후 수도권 과밀억제권역 안에서 새로이 설치한 사업장’에 해당하므로, 위 병원에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 대하여는 임시투자세액을 공제받을 수 없다고 할 것이다.
 원심이 원고의 노원을지병원에 대한 투자가 임시투자세액 공제의 배제대상인지에 관하여 이 사건 부칙조항을 적용하여 구 조특법 제130조 제1항에 의하여 판정한 것은 잘못이나, 원고가 위 투자에 대하여 임시투자세액을 공제받을 수 없다고 본 결론에 있어서는 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 구 조특법 제130조 제1항의 해석에 관한 법리오해 등으로 인하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 없다.
 2. 상고이유 제3점에 대하여
 가. 국세기본법 제44조, 법인세법 제66조 제2항 제1호 및 제4항은 관할세무서장 등이 내국법인의 신고 내용에 오류나 누락이 있어 법인세의 과세표준과 세액을 경정한 경우에도 그 경정에 오류나 누락이 있으면 이를 다시 경정하도록 규정하고 있는 점, 한편 국세기본법상의 경정청구제도는 원래 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 관할세무서장에게 과세표준신고서에 기재된 과세표준이나 세액 등의 결정 또는 경정을 청구하는 것으로서, 과세처분에 대한 행정심판절차인 심사·심판청구 등과는 청구의 대상, 결정기관, 결정절차 등에서 차이가 있고, 그에 대한 관할세무서장의 결정이나 경정의 효력에 관하여 국세기본법에 특별한 규정이 없는 점, 납세자의 경정청구를 거부한 관할세무서장의 처분에 대하여는 이의신청 또는 심사·심판청구 등의 불복절차가 별도로 마련되어 있는 점 등에 비추어 보면, 관할세무서장이 납세자의 경정청구를 받아들여 과세표준이나 세액 등을 결정 또는 경정하였다고 하더라도 거기에 오류나 누락이 있는 경우에는 이를 바로잡는 처분을 할 수 있다.
 나. 원심이 같은 취지에서, 피고가 원고의 경정청구를 받아들여 2005 내지 2007 사업연도 법인세를 경정하였더라도 그 경정에 임시투자세액을 잘못 공제한 오류가 있는 경우 이를 바로잡는 처분을 할 수 있다고 보아 이 사건 법인세 부과처분이 적법하다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 경정청구에 따른 감액경정의 효력이나 재처분의 제한 등에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김소영(재판장) 이인복 고영한(주심)

[1] 조세특례제한법 부칙(2001. 12. 29.) 제22조의 적용대상인 ‘사업장’의 의미 및 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되어 2002. 1. 1.부터 시행된 구 조세특례제한법 제130조 제1항이 시행된 후 임시투자세액 공제사업으로 지정된 사업의 사업장에 대하여 공제대상 투자 당시에 시행 중인 규정에 의하여 배제 여부를 판정하여야 하는지 여부(적극)
[2] 관할세무서장이 납세자의 경정청구를 받아들여 과세표준이나 세액 등을 결정 또는 경정하였으나 오류나 누락이 있는 경우, 바로잡는 처분을 할 수 있는지 여부(적극)

[1] 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제26조 제1항, 제130조 제1항, 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 조특법’이라 한다) 제130조 제1항, 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제130조 제2항, 조세특례제한법 부칙(2001. 12. 29.) 제2조 제1항, 제22조(이하 ‘부칙조항’이라 한다), 구 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항, 조세특례제한법 시행령 부칙(2003. 12. 30.) 제8조, 제32조의 문언 내용과 체계 및 개정 연혁, 구 조특법은 임시투자세액의 공제요건과 배제요건을 구분하여, 제130조 제1항에서 제26조 제1항의 임시투자세액 공제요건을 갖춘 사업에 대한 투자 중에서 수도권 안의 투자에 대하여 임시투자세액의 공제를 배제하고 있는 점, 배제요건에 관한 개정 조특법 제130조 제1항의 적용관계를 규정한 부칙조항은 배제범위가 종전보다 확대됨에 따라 기존의 임시투자세액이 공제되는 사업(이하 ‘임시투자세액 공제사업’이라 한다)에 대하여 구 조특법의 배제요건을 그대로 적용하기 위하여 마련된 규정으로 보일 뿐, 개정 조특법 시행 후에 새로이 임시투자세액 공제사업으로 추가된 사업에 대하여도 구 조특법의 배제요건을 적용하기 위한 것으로는 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 부칙조항에서 적용대상 사업장을 명시적으로 한정하고 있지는 않지만, 부칙조항의 적용대상인 ‘사업장’이란 ‘개정 조특법 제130조 제1항의 사업장 중에서 구 조특법 시행 당시 이미 임시투자세액 공제사업으로 지정되어 공제요건을 갖춘 사업장’만을 의미한다. 따라서 개정 조특법 제130조 제1항이 시행된 후에 비로소 임시투자세액 공제사업으로 지정된 사업의 사업장에 대하여는 부칙조항이 적용되지 아니하므로, 임시투자세액 공제사업으로 지정된 이후로서 공제대상 투자 당시에 시행 중인 규정에 의하여 배제 여부를 판정하여야 한다.
[2] 국세기본법 제44조, 법인세법 제66조 제2항 제1호 및 제4항은 관할세무서장 등이 내국법인의 신고 내용에 오류나 누락이 있어 법인세의 과세표준과 세액을 경정한 경우에도 경정에 오류나 누락이 있으면 다시 경정하도록 규정하고 있는 점, 한편 국세기본법상의 경정청구제도는 원래 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 관할세무서장에게 과세표준신고서에 기재된 과세표준이나 세액 등의 결정 또는 경정을 청구하는 것으로서, 과세처분에 대한 행정심판절차인 심사·심판청구 등과는 청구의 대상, 결정기관, 결정절차 등에서 차이가 있고, 그에 대한 관할세무서장의 결정이나 경정의 효력에 관하여 국세기본법에 특별한 규정이 없는 점, 납세자의 경정청구를 거부한 관할세무서장의 처분에 대하여는 이의신청 또는 심사·심판청구 등의 불복절차가 별도로 마련되어 있는 점 등에 비추어 보면, 관할세무서장이 납세자의 경정청구를 받아들여 과세표준이나 세액 등을 결정 또는 경정하였더라도 거기에 오류나 누락이 있는 경우에는 이를 바로잡는 처분을 할 수 있다.