부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1995.12.21 / 시행일:

【원고, 피상고인】 용송개발 주식회사 (소송대리인 변호사 안상수)
【피고, 상고인】 동수원세무서장
【원심판결】 서울고등법원 1993. 12. 2. 선고 93구11915 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고의 부담으로 한다.

【이 유】 상고이유와 상고이유서 제출기간 경과 후에 제출된 상고이유보충서 중 상고이유를 보충하는 부분을 함께 판단한다.
 1. 부가가치세법(1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 법률, 이하 같고 "법"이라 줄여 쓴다) 제17조 제1항은 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다라고 규정하고 있고, 제2항은 위 제1항의 원칙적인 규정에 불구하고 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액을 규정하면서, 그 중 하나로 제4호에서 "제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)"을 들고 있으며, 제5항은 "제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."고 규정하고, 그 위임에 따른 같은법시행령 제60조 제6항(1991. 12. 31. 대통령령 제13542호로 신설되어 1993. 12. 31. 대통령령 제14081호로 개정되기 전의 시행령, 이하 같다)은 "법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다."고 규정하고 있다.
현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있는데, 여기에서 매출세액에서 공제 대상이 되는 매입세액에 관하여 법 제17조는 그 제1항에서 과세사업자의 "자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될" 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 대상으로 규정함으로써 그 기준을 사업관련성에 두고 있고, 법 제17조 제2항에서 매입세액 불공제 대상으로 삼고 있는 제4호도 "법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)"이라 하여 면세되는 재화 또는 용역 자체를 기준으로 하고 있는 것이 아니라 그 재화 또는 용역을 공급하는 "사업"을 기준으로 하여 정하고 있으므로, 매입세액의 공제 여부는 당해 사업이 면세사업이냐 과세사업이냐에 달려 있는 것이지 지출한 비용이 면세재화를 위한 것이냐 과세재화를 위한 것이냐에 달려있지 않다. 또한 괄호 안에 규정된 투자에 관련된 매입세액도 당연히 면세사업을 전제로 그 투자에 관련된 매입세액으로 이해하여야지, 거기에 과세사업에 관련된 것도 포함되는 것으로 이해할 것은 아니다. 따라서 과세사업을 위하여 지출한 매입세액은 그것이 설사 면세되는 재화 또는 용역에 관련된 것이라 할지라도 법 제17조 제1항의 매입세액 공제에 관한 원칙적 규정에 근거하여 당연히 이를 매출세액에서 공제하여야 하는 것이다. 이와 같이 이해하는 한 같은법시행령 제60조 제6항이 위 법 제17조 제2항 제4호 소정의 불공제 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다라고 규정한 취지는, 토지의 조성 등에 따른 거래행위가 법 제17조 제2항 제4호가 전제로 하고 있는 부가가치세의 납부의무가 면제되는 사업을 영위하기 위한 목적으로 이루어진 경우에 한하여 그 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는다는 당연한 이치를 규정한 것으로 볼 것이지, 그렇지 않고 면세사업이든 과세사업이든 이를 가릴 것 없이 모든 사업자가 자기 사업을 영위하기 위하여 토지조성 등을 하는 데 자본적 지출을 한 경우 이에 관련된 매입세액을 일률적으로 불공제 대상으로 삼는다는 뜻을 규정한 것이라고 해석할 수 없다 할 것이다.
 원심이 이와 같은 취지에서, 그 판시 골프장 내의 골프코스인 부지조성공사와 관련된 매입세액이 원고가 과세사업인 골프장업을 영위하기 위하여 지출한 세액임을 확정한 다음, 이는 법 제17조 제2항 제4호, 같은법시행령 제60조 제6항 소정의 불공제 대상이 되는 매입세액에 해당하지 않는다고 보아, 피고의 이 사건 과세처분을 위법하다고 판단한 데에 상고이유에서 지적한 바와 같은 법리오해의 위법이 있다 할 수 없다. 이 점을 지적하는 상고이유는 받아들일 수 없다.
 2. 그 밖의 상고이유의 요지는, 골프장의 토지조성공사와 관련된 비용은 본질적으로 골프장 운영과 관련이 없는 별개의 독립된 토지개량행위일 뿐만 아니라, 토지조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 그 토지가 과세사업에 제공된다는 이유만으로 공제받게 된다면 토지의 공급에 대하여는 공급할 때와 공급받을 때나 모두 면세되는 나머지 토지조성을 위한 자본적 지출에 대하여서까지 완전면세해 주는 결과가 되고, 동일한 토지조성의 결과에 대하여 과세사업자와 면세사업자 사이에 세부담에 있어 불공평이 생겨 불합리하다는 취지이다.
 그러나 부가가치세의 과세 여부는 재화나 용역의 '공급'이나 '수입'이 있었을 때에 비로소 문제가 되는 것으로 골프장 사업자가 골프장 부지인 토지를 조성할 때에는 골프장으로 이용하기 적당하도록 조성하는 것뿐이지 토지 그 자체를 "공급"하기 위하여 조성하는 것이 아니므로, 골프장 조성의 단계에서 장래 있을지도 모르는 그 부지의 "공급"을 전제로 하여 부가가치세 과세에 관한 법률관계를 논하는 것은 법인소득계산을 위한 회계처리에 집착한 나머지 매입세액의 사업관련성을 따지는 데 있어 물물대응의 원칙을 적용하자는 것에 불과하고, 또한 골프장 부지인 토지의 조성공사 용역이 토지조성 이후에는 골프장 부지와 일체가 되는 것이지만, 그 용역의 공급에 대한 부가가치세는 그 토지 자체의 공급에 대한 것이 아니라 토지를 골프장으로 사용하기에 적당한 토지로 조성하기 위한 용역의 공급에 대한 매입세액임이 분명하므로, 그것이 수익적 지출에 대한 매입세액이든지 자본적 지출에 대한 매입세액이든지 간에 사업을 위하여 사용될 용역에 대한 매입세액으로서 골프장업의 매출세액에서 당연히 공제되어야 하는 것으로, 법 제12조 제1항 제12호가 토지를 면세재화로 규정하고 있어 토지 자체의 공급에 대하여는 그것이 과세사업을 위한 것이거나 면세사업을 위한 것이거나 간에 매입세액 또는 매출세액이 발생할 수 없다는 것과는 아무런 관련이 없는 것이다. 골프장 토지는 토지 자체의 공급을 위한 재고자산이 아니라 과세사업인 골프장업의 영업활동을 위한 고정자산이고, 토지는 고정자산으로서 과세사업에 사용되는 경우에도 그 자체가 부가가치를 구성하는 것이 아니라, 토지가 제공하는 사용가치(토지의 용역)가 부가가치를 구성하는 것인데, 골프장사업자가 고정자산인 토지를 골프장으로 조성하는 것은 토지를 골프장업의 용도에 적합하도록 토지의 사용가치를 증가시키기 위한 것이지 이를 토지로서 공급하기 위한 것이 아니므로, 골프장 부지 조성을 위한 용역의 대가가 자본적 지출에 해당한다는 이유로 골프장 운영과 직접 관련이 없는 토지의 객관적 가치만을 증가시키기 위한 것인 것처럼 보아 법 제17조 제2항 제2호 소정의 "사업과 직접 관련이 없는 지출"에 해당한다고 하는 것은 토지조성 용역이 골프장 설치를 위한 필수적인 지출임을 외면하고 오로지 토지로서의 가치가 증가된다는 면만을 별개로 파악하여 논리를 전개하는 것이고, 더욱이 자본적 지출에 해당하는지의 여부는 기업회계와 법인소득과세에 있어 즉시 비용화되는지 처분시에 비로소 비용화되는지에 관련된 문제에 지나지 아니함은 물론 그 구별에 절대적인 기준이 있는 것도 아니므로 그에 관련된 매입세액이라 하여 부가가치세의 납부세액 계산에 있어서 이를 수익적 지출에 관련된 매입세액의 경우와 달리 취급할 아무런 이유가 없다.
 그리고, 법 제17조 제2항은 공제하지 않는 매입세액을 규정하면서 허위 세금계산서에 의한 매입세액 등(제1호, 제1의2호, 제3호 등)과 같이 과세절차의 편의나 조세정책상 공제를 부인하는 경우는 물론이고, 이 사건에서 문제되는 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액(제2호), 면세사업관련 매입세액(제4호) 등과 같이 부가가치세의 원리상 당연한 경우도 일일이 열거하고 있는바, 이는 매입세액의 공제 여부가 부가가치세 납부세액을 결정하는 가장 중요한 요소 중의 하나이기 때문에 그 공제 여부를 해석에 맡겨두지 아니하고 이와 같이 제한적·열거적으로 규정한 것으로 보아야 할 것이다. 그렇지 않다면 법 제17조 제2항 제2호, 제4호와 같은 당연한 규정은 굳이 이를 열거할 아무런 이유가 없는 것이다(대법원 1984. 6. 12. 선고 84누15 판결은 부가가치세법상의 면세 및 과세표준과 세액-매입세액의 공제와 불공제-등에 관한 여러 규정은 부가가치세의 성질에 따른 면제의 본질상 당연한 규정일 따름이라고 하여 위 법 제17조 제2항 제2호, 제4호 등의 성격을 설명하고 있을 뿐이지, 판시 어디에도 위 규정이 예시적 규정이라거나 법 규정 없이도 해석상 매입세액을 공제하지 아니할 수 있다는 설시가 없는 점에 비추어 볼 때, 이를 근거로 위 규정을 예시적 규정이라고 볼 수는 없다). 따라서 사업관련성이 인정되는 매입세액은 위 규정에서 열거하고 있는 것 외에는 법 제17조 제1항에 따라 모두 공제되어야 하며, 이러한 특별규정 없이 그 공제를 부인할 수 없다는 것은 조세법률주의 원칙상 당연한 귀결이므로, 설사 상고이유에서 지적하는 바와 같이 면세사업자가 면세제도를 악용할 소지가 있다 하더라도 이는 개정된 부가가치세법(1993. 12. 31. 법률 제4663호, 이하 "개정법"이라 한다) 제17조 제2항 제4호와 같이 법률을 개정함으로써 원천적으로 해결할 일이지 위 규정이 예시적 규정이라고 조세법을 자의적으로 해석하여 이를 해결하거나 위와 같은 법규에 근거하여 지금까지 매입세액을 공제해 주던 과세관청이 갑자기 시행령만을 개정하여 이를 공제하지 않을 수 있도록 용인하는 것은 조세법률주의의 근간을 훼손하는 일이라 하지 않을 수 없다.
 뿐만 아니라 골프장 매출세액의 발생근거가 되는 골프장업이 창출하는 부가가치의 대부분은 바로 골프장으로 조성된 토지가 제공하는 용역의 대가로 구성된다는 점에 비추어 보아도 골프장 토지의 조성을 위한 지출에 관련된 매입세액은 당연히 골프장업의 매출세액에 전가되어야 하는 것이고, 그 매입세액이 매출세액에 전가되는 이상 그 매입세액을 공제한다 하여 영세율의 경우와 같이 완전면세의 결과에 이르는 것도 아니다.
 그 밖에 면세제도를 악용할 소지가 있다든가 스스로 토지를 조성한 사업자와 조성된 토지를 매입한 사업자와 사이에 세부담에 차이가 난다는 주장은 기본적으로 앞에서 본 바와 같이 당해 사업자가 토지를 고정자산으로 하여 과세사업을 한다는 사실, 즉 고정자산인 토지관련 매입세액은 과세사업으로 인한 매출세액에 전가된다는 점과 사업자가 매입세액을 부담하느냐 부담하지 않느냐의 차이를 간과한 데서 나오는 오해의 결과이거나, 토지를 고정자산으로 하여 과세사업을 한다는 것의 의미를 애써 무시하고 이를 토지를 공급하는 면세사업만을 하는 경우와 같은 평면 위에 놓고 비교하는 잘못을 범하고 있는 것에 지나지 않는 것이고, 더욱이 매입세액 공제에 관하여는 법 제17조 제1항의 원칙적 규정에 불구하고 같은 조 제2항 제1호, 제3호, 제3호의2, 제5호가 사업과 관련이 있는 매입세액이라 하더라도 일정한 범위 내에서 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있는 점이나, 제4호가 "제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)"이라고 규정한 것을, 개정법이 "부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라고 규정한 취지에 비추어 볼 때, 그 공제 여부는 원칙적으로 과세정책상의 문제이지 재화 또는 용역의 성질에 따른 당연한 귀결이 아니다.
 이 사건에서 문제가 된 토지조성비용은 골프장 시설의 설치를 위한 필수적인 사업관련비용임이 분명하고, 이 골프장 시설을 이용하여 과세사업인 골프장업을 운영한 이상 그 토지조성비용에 대한 매입세액은 과세사업인 골프장업을 위하여 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액임이 명백하므로 법 제17조 제1항의 규정에 따라 당연히 매출세액에서 공제되어야 할 것이다. 그럼에도 불구하고 매입세액의 공제문제가 재화 또는 용역의 성질이나 면세제도의 취지에 따라 결정지워져야 한다는 입장에서 법 시행령 제60조 제6항을 이해하는 것은 조세법률주의와 법 제17조 제1항과 제2항의 전체적 취지를 제대로 이해하지 못한 것임은 물론, 모법인 법 제17조 제2항 제4호의 규정을 도외시한 채 시행령의 규정만을 따로 떼어서 달리 이해하는 것으로 이유 없다 할 것이다. 이 점에 관한 상고이유도 받아들일 수 없다.
 3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 상고인인 피고의 부담으로 하기로 하여 주문과 같이 판결하는바, 이 판결에는 대법관 안용득, 대법관 박준서, 대법관 이돈희, 대법관 김형선, 대법관 이임수의 반대의견이 있는 외에는 관여 대법관의 의견이 일치되었다.
 4. 대법관 안용득, 대법관 박준서, 대법관 이돈희, 대법관 김형선, 대법관 이임수의 반대의견은 다음과 같다.
 가. 다수의견은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액의 공제 또는 환급(이하 공제라고만 한다)을 허용할 것인지의 여부에 관하여, 이는 과세정책상의 문제라 할 것인데, 과세사업을 영위하기 위하여 지출된 세액인 이상 법 제17조 제2항 제4호, 같은법시행령 제60조 제6항 소정의 불공제 대상이 되는 매입세액에 해당하지 아니하므로, 결국 법 제17조 제1항에 의하여 공제되어야 한다는 것이다.
 다수의견의 이러한 견해 중 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이 법 제17조 제2항 제4호, 같은법시행령 제60조 제6항 소정의 불공제 대상이 되는 매입세액에 해당하지 아니한다고 보는 점에는 동조할 수 있으나, 위 매입세액이 과세사업을 영위하기 위하여 지출된 세액이라고 하면서 그 공제를 허용하여야 한다고 하는 점에는, 다수의견의 이러한 견해가 부가가치세법상의 면세제도의 기본원리(제12조), 전단계세액공제법(제17조 제1항), 세법상의 자본적 지출 및 조세법률주의에 관한 법리를 오해한 데에서 비롯된 것으로밖에 볼 수 없을 뿐만 아니라, 법 제17조 제2항의 법적 성질에 관한 종래의 당원의 태도와도 배치되어 찬성할 수 없으므로 그 견해에 반대하는 의견을 표시하는 것이다.
 나. 부가가치세의 납부세액을 계산함에 있어서 전단계세액공제법을 취하고 있는 우리 나라 부가가치세법은, 그 제1조 제1항, 제2조, 제10조에서, 사업자가 국내에서 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급(제12조)을 제외하고는 모두 부가가치세의 과세대상이 되는 것으로 규정하면서(재화의 수입은 이 사건에서는 문제되지 아니하므로 편의상 논외로 한다. 이하 같다), 그 제1조 제4항에서, 과세사업에 관련된 부수재화 또는 부수용역의 공급은 그 부수재화 또는 부수용역의 공급 그 자체가 면세에 해당된다고 하더라도 과세되는 것으로 규정함으로써(예컨대 제과점업을 영위하는 사업자가 사업장 내에서 고객이 음용할 면세재화인 미가공식품인 우유를 판매하는 경우), 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급은 원칙적으로 모두 과세되는 것으로 하는 한편, 그 제17조 제1항에서, 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(제1호)은 원칙적으로 그 매출세액에서 공제 대상이 되는 매입세액에 해당하는 것으로 규정하고 있다.
 이와 같이 법 제17조 제1항이 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)에 해당하면 원칙적으로 공제되는 매입세액으로 규정하고 있는 것은, 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급은 법 제1조, 제2조, 제10조에 의하여 원칙적으로 모두 과세됨으로써 그 매출세액이 발생하는 것을 그 전제로 한 것으로서(부가가치세법은 이를 철저히 관철하기 위하여 그 제6조, 제7조에서 공급의제규정까지 두고 있다), 만일 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급이 면세됨으로써 그 매출세액이 면제되는 때에는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액에 해당한다고 하더라도 이를 공제되는 매입세액으로 할 수는 없다고 할 것이다. 이것이 전단계세액공제법을 취하고 있는 우리 나라 부가가치세제에 있어서 법 제12조 소정의 면세제도의 기본원리이다(법 제11조 소정의 영세율이 적용되는 경우에는 면세되는 것이 아니라 법문 그대로 영세율인 0%를 적용하는 것으로서 법 제17조 제1항의 규정을 그대로 적용할 수 있다).
 한편 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되어야 하는 것인데, 토지는 법 제12조 제1항 제12호 소정의 면세재화로서 사업자가 면세사업에 사용하다가 공급하는 때에는 물론, 과세사업에 사용하다가 공급하는 때에도 법 제1조 제4항, 같은법시행령 제3조의 규정을 적용하여 과세되는 것으로 하지 아니하고 그 부가가치세가 면제되는 것으로 하고 있으므로, 그 취득원가에 산입된 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액 역시 면제된다고 할 것이다. 따라서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액이 면제되는 이상, 가사 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라 하더라도(골프장뿐만 아니라 토지를 과세사업에 제공한 경우의 공통적인 문제이다), 그에 관련된 매입세액은 위에서 본 바와 같은 법 제12조 소정의 면세제도의 기본원리상 공제되어서는 아니되며, 이는 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되어야 하는 것이다(법인세법시행령 제24조의2 제1호, 제124조의2 제2항 등 참조). 
만약 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라 하여 그 매입세액의 공제를 허용한다면 매출세액이 면제됨에도 그 매입세액만을 공제하는 셈이 되어 그 효과 면에서 영세율을 적용한 것과 마찬가지가 되는바, 이는 법률의 규정 없이 영세율적용을 인정하는 것이 되어 조세법률주의에도 어긋나게 된다고 할 것이다.
이와 같이 볼 때, 1993. 12. 31. 법률 제4663호 및 대통령령 제14081호로 각 개정된 법 제17조 제2항 제4호, 같은법시행령 제60조 제6항에서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 불공제 대상이 되는 매입세액으로 규정한 것은 이러한 법 제12조 소정의 면세제도의 기본원리를 확인한 것에 불과하다고 할 것이다.
 다. 다음 다수의견의 논거에 관하여 검토한다.
 (1) 다수의견에서는, 공제 대상이 되는 매입세액에 관하여 규정하고 있는 법 제17조 제1항에서 과세사업자가 "자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될" 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 대상으로 규정함으로써 매입세액공제 여부의 기준을 사업관련성에만 두고 있다고 주장한다.
 그러나 이는 전단계세액공제법에 관한 법 제17조 제1항의 규정을 부가가치세법의 전체적인 틀에서 이해하지 아니하고 당해 규정만으로 이해한 결과, 동 규정에 관한 법리를 오해한 데에서 비롯된 주장이므로 찬성할 수 없다.
 즉, 법 제17조 제1항 제1호의 규정을 당해 규정만으로 이해할 때에는 매입세액공제 여부를 사업관련성만을 기준으로 결정하여야 한다는 견해도 있을 수 있으나, 동 조항은 우리 부가가치세제의 근간인 납부세액산정방법(전단계세액공제법)에 관한 규정으로서, 과세대상 및 납세의무자에 관한 규정인 법 제1조, 제2조, 과세거래에 관한 규정인 제6조 내지 제10조, 영세율적용 및 면세에 관한 규정인 법 제11조, 제12조 등 부가가치세법의 전체적인 틀에서 이해하여야 하는 것이다. 이러한 관점에서 법 제17조 제1항 제1호의 규정을 이해할 때, 동조항에서 사업자가 "자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액"을 원칙적으로 공제 대상이 되는 매입세액으로 규정한 것은, 위에서 본 바와 같이 그에 대응하는 매출세액이 법 제1조, 제2조, 제6조, 제7조, 제10조에 의하여 원칙적으로 발생하는 것을 전제로 한 것으로서, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액과 같이 법 제12조에 의하여 그에 대응하는 매출세액이 면제되는 때에는 가사 그 매입세액이 "자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액"에 해당한다고 하더라도 법 제12조 소정의 면세제도의 기본원리상 공제될 수 없는 것이다. 따라서 매입세액의 공제는 ① 사업관련성이 있어야 할 뿐만 아니라, ② 그에 대응하는 매출세액이 면제되지 아니하여야 비로소 가능한 것이다.
 매입세액공제 여부의 기준을 위와 같이 이해할 때 매입세액의 공제에 있어서 물물(개별)대응의 원칙을 적용하는 셈이 됨으로써, 당해 예정신고기간 또는 과세기간에 발생된, 즉 거래상대방에 의하여 징수당하였거나 징수당하게 될 모든 매입세액이 공제되어야 한다는 기간대응의 원칙에 어긋나는 것이 아니냐고 하는 의문이 있을 수 있다.
 그러나 매입세액의 공제에 있어서 기간대응의 원칙이 적용되어야 한다고 하는 것은 과세사업자의 경우 사업개시일로부터 그 사업의 폐업일까지를 한 계산단위로 본다면, 매입세액이 발생한 당해 예정신고기간 또는 과세기간에서 공제되더라도, 원칙적으로는 그에 대응하는 매출세액이 장래 발생할 것이어서 결국 당해 사업에서 발생된 부가가치의 총액에 대하여 과세하는 셈이 되기 때문인 것으로서, 공제되는 매입세액에 대응하는 매출세액이 장래 발생할 것을 전제로 한 이론이므로, 이는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액과 같이 그에 대응하는 매출세액이 장래 발생할 여지가 없는 경우에는 적용될 수 없는 이론이라고 할 것이다.
 (2) 다수의견은, 부가가치세의 과세 여부는 재화나 용역의 공급이나 수입이 있었을 때 비로소 문제가 되는 것으로서 골프장 조성의 단계에서 장래 그 부지를 공급함을 전제로 하여 부가가치세 과세에 관한 법률관계를 논하여서는 아니되고, 골프장 부지인 토지의 조성공사 용역에 대한 매입세액은 과세사업인 골프장업을 위하여 사용될 용역에 대한 것으로서 그것이 수익적 지출에 대한 매입세액이든지 자본적 지출에 대한 매입세액이든지 간에 골프장 영업상의 매출세액에서 당연히 공제되어야 하며, 그 매입세액을 공제한다 하여 영세율적용의 경우와 같이 완전면세의 결과에 이르는 것도 아니라고 주장한다.
 이는 결국 골프장 부지인 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 대응하는 매출세액이 골프장 영업상의 매출세액이라고 보는 이론으로서, 세법상의 자본적 지출의 개념 자체를 부인하는 주장이므로 찬성할 수 없다.
 즉, 사업자의 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 사업자의 영업비용(영업상의 매입거래)에 산입되는 것이 아니라, 토지의 취득가액(매입가액)에 산입되어 자산으로 계상되어야 하는 것이므로, 이는 영업상의 매입거래가 아니라 토지의 매입거래에 해당하고, 또한 토지가 비감가상각자산으로서 감가상각에 의하여 영업비용으로 처리되지도 아니한다. 따라서 골프장업의 경우 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출(매입거래)에 대응하는 매출거래는 골프장 입장료 수입 등 영업상의 매출거래가 아니라 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출 자체에 대한 매출거래이며, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출 자체에 대한 매출세액은 자본적 지출로써 조성된 토지가 면세재화로서 역시 면제되므로, 결국 그에 관련된 매입세액은 면세제도의 기본원리상 골프장 영업상의 매출세액에서 공제될 수 없는 것이다.
 (3) 다수의견은, 자본적 지출에 해당하는지의 여부는 기업회계와 법인소득과세에 있어서 즉시 비용화되는지 처분시에 비로소 비용화되는지에 관련된 문제에 지나지 아니함은 물론 그 구별에 절대적 기준이 있는 것도 아니므로 부가가치세의 납부세액 계산에 있어서 자본적 지출에 관련된 매입세액을 수익적 지출에 관련된 매입세액의 경우와 달리 취급할 아무런 이유가 없다고 주장한다.
 그러나 이는 세법상의 자본적 지출에 관한 법리를 오해한 데에서 비롯된 주장이므로 찬성할 수 없다.
 즉, 조세공평의 원칙을 담보하는 세무회계에 있어서 자본적 지출이라 함은 사업자가 이미 취득한 고정자산에 대하여 수선·증축·증설·개량·확장 등의 지출을 한 경우 당해 고정자산의 내용 연수를 연장시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 것으로서 당해 고정자산의 취득원가에 산입하여야 하는 지출을 말하고, 당해 고정자산의 원상을 회복시키거나 능률유지를 위하여 지출한 것으로서 그 지출된 당해 사업 연도에 영업비용(손금)에 산입할 수 있는 수익적 지출에 대비되는 개념이다(법인세법시행령 제57조, 소득세법시행령 제69조 참조). 이와 같이 자본적 지출과 수익적 지출의 구별기준에 관하여는 법령에서 명시적으로 규정하고 있다. 다만 사업자가 고정자산에 대하여 어떠한 지출을 한 경우 통상적으로 자본적 지출에 해당하는 것과 수익적 지출에 해당하는 것이 동시에 이루어지기 때문에 그 중 자본적 지출에 해당하는 부분과 수익적 지출에 해당하는 부분을 구체적으로 구별하기가 어려울 뿐이다.
 그리고 세무회계상 자본적 지출은 그 지출된 당해 고정자산의 취득원가에 산입하도록 한 결과 이는 당해 고정자산의 2차적인 취득비용으로 파악되는 개념이므로, 비단 법인 또는 개인 사업자의 소득계산(법인세법시행령 제24조의2, 제33조, 제56조, 소득세법시행령 제67조, 조세감면규제법 제4조 등)에 있어서 뿐만 아니라, 각종 세법에 있어서 조세공평의 원칙상 당해 고정자산의 2차적인 취득인 자본적 지출에 따른 조세부담의 불공평함을 제거하기 위하여 필요한 경우에는 자본적 지출에 관한 세무회계상의 법리가 그대로 적용되고 있다(예컨대 양도차익 계산시 취득가액 산정에 관한 규정인 법인세법시행령 제124조의2 제2항, 소득세법 제97조 제1항 제3호, 같은법시행령 제163조 제4항 등 ; 부가가치세법상의 매입세액 불공제에 관한 규정인 같은법시행령 제60조 제6항, 공급의제규정의 적용에 관한 규정인 같은 법 법률 제2934호 부칙 제5조, 같은 법 법률 제3273호 부칙 제9조 ; 토지초과이득세법상의 토지초과이득 산정에 관한 규정인 같은 법 제11조 제2호 ; 지방세법상의 지목변경 등의 간주취득에 관한 규정인 같은 법 제111조 제3항 등).
 그런데 부가가치세법상 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액의 공제를 허용할 것인지의 여부를 논함에 있어서도, 그 공제를 허용한다면 그 효과면에서 영세율을 적용하는 것과 마찬가지가 됨으로써, 사업자에게 부당한 이득을 주게 되어 조세공평의 원칙에 어긋나게 되므로 조세부담의 불공평함을 제거하기 위하여 자본적 지출에 관한 세무회계상의 법리가 그대로 적용되어야 하는 것이다.
 즉, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 위에서 본 바와 같이 토지의 매입거래이고, 토지가 비상각자산으로서 감가상각에 의하여 영업비용으로 처리되지도 아니하므로 결국 그 자체에 대한 매출거래와 대응하는데, 그 자체에 대한 매출거래는 면세거래로서 매출세액이 면제되므로 그에 관련된 매입세액은 면세제도의 기본원리상 그 공제를 허용할 수 없으나, 토지에 대한 수익적 지출은 영업비용으로 처리되므로 골프장 영업상의 매출거래와 대응하는데, 골프장 영업상의 매출거래는 과세거래로서 그 매출세액이 발생하므로 토지에 대한 수익적 지출에 관련된 매입세액은 골프장 영업상의 매출세액에서 공제될 수 있는 것이다.
 그러나 골프장 클럽하우스 등 감가상각자산에 대한 자본적 지출은 당해 자산의 매입거래에 해당하지만 결국 감가상각에 의하여 영업비용으로 처리되므로(편의상 폐업일까지 감가상각에 의하여 전부 비용화되는 것으로 본다), 그 매출세액이 발생하는 골프장 영업상의 매출거래와 대응하고, 따라서 그에 관련된 매입세액은 공제되어야 한다는 점에서, 발생된 사업 연도에 영업비용으로 처리되는 당해 고정자산에 대한 수익적 지출의 경우와 마찬가지이므로, 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액의 공제를 허용할 것인지의 여부를 논함에 있어서는 굳이 세무회계상의 자본적 지출에 관한 법리가 적용될 필요는 없을 것이다(개정된 법에서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 관하여만 그 규정을 두고 있는 것은 바로 이러한 이유 때문이다). 
 그리고 다수의견은 토지가 고정자산으로서 과세사업에 사용되는 경우에도 그 자체가 부가가치를 구성하는 것이 아니라는 점을 시인하고 있는바, 그렇다면 토지의 취득비용의 일부가 되는 자본적 지출은 처음부터 부가가치 창출비용이 될 수 없는 것이므로 그 매입세액의 공제를 허용하는 것은 논리모순이 된다고 할 것이다.
 (4) 다수의견은, 법 제17조 제2항은 공제하지 않는 매입세액을 제한적 열거적으로 규정하고 있으므로, 사업관련성이 인정되는 매입세액은 위 규정에서 열거하고 있는 것 외에는 법 제17조 제1항에 따라 모두 공제되어야 하고, 이러한 특별규정 없이 그 공제를 부인하는 것은 조세법률주의에 어긋난다고 주장한다.
 이는 법 제17조 제2항의 법적 성질을 오해한 데에서 비롯되었을 뿐만 아니라, 당원의 종래 판례와도 어긋나는 주장이므로 찬성할 수 없다.
 즉, 법 제17조 제2항에서 사업에 관련되어 있는지의 여부에 불구하고 불공제 대상이 되는 것으로 규정하고 있는 매입세액은 그 제1호, 제5호 등과 같이 의무를 태만히 하거나 불이행함으로 인하여 불공제되어야 하는 것과 그 제2호, 제4호 등과 같이 거래의 성질에 따라 당연히 불공제되어야 하는 것으로 구분될 수 있는바, 후자에 해당하는 매입세액은 가사 법 제17조 제2항에 그와 같은 규정이 없다고 하더라도 그 중 제2호에 해당하는 매입세액은 법 제17조 제1항의 반대해석에 의하여, 제4호에 해당하는 매입세액은 법 제12조(면세제도의 기본원리)에 의하여 당연히 불공제되어야 하는 것으로서, 전체적으로 보아 법 제17조 제2항의 규정이 불공제되는 매입세액을 제한적으로 열거하고 있다고 보아서는 아니되고, 법 제17조 제2항에 해당하지 아니하는 매입세액이라 할지라도 우리 부가가치세제의 성질상 그 공제를 허용하여서는 아니되는 규정이 부가가치세법에 있다면 동 규정에 의하여 그 공제를 부인하여야 하는 것이다.
대법원 1984. 6. 12. 선고 84누15 판결도 같은 취지에서 부가가치세법상 영세율적용과 면세 및 과세표준과 세액(매입세액의 공제와 불공제) 등에 관한 여러 규정은 그 영세율적용 및 면세의 본질상 당연한 규정일 따름이라고 판시한 바가 있다.
 다수의견에서 법 제17조 제2항 제2호, 제4호가 부가가치세의 원리상 당연한 규정이라고 이해하면서도, 다른 한편 동 규정이 제한적 열거적 규정이라고 주장하는 것은 법규의 성질을 파악함에 있어서 서로 양립되지 아니하는 확인적 규정과 제한적 규정을 구별하지 아니하는 논리모순임을 지적하지 아니할 수 없다.
 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 법 제17조 제2항에서 불공제 대상이 되는 매입세액으로 규정되어 있지 아니하더라도 위에서 본 바와 같이 법 제12조(면세제도의 기본원리)에 의하여 그 공제를 허용하여서는 아니되는 것이다.
 이와 같이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액의 공제를 허용하여서는 아니된다는 법적 근거는 법 제12조의 규정으로서, 그 법적 근거를 법 제17조 제2항에 두고 있지 아니할 뿐 아무런 법적 근거도 없이 그 공제를 허용하여서는 아니된다고 하는 것이 아니다. 오히려 다수의견에 따라 그 공제를 허용하게 되면 그 효과면에서 법 제11조 소정의 영세율을 적용하는 것과 마찬가지가 됨으로써 조세법률주의에 어긋나게 된다는 점은 이미 위에서 본 바와 같다.
 (5) 다수의견은, 매입세액의 공제 여부는 원칙적으로 과세정책상의 문제이지 재화 또는 용역의 성질에 따른 당연한 귀결이 아니라고 주장한다.
 그러나 토지를 면세재화로 할 것인지의 여부는 과세정책상의 문제라고 할 수 있지만, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액의 공제를 허용할 것인지의 여부는 사업자가 자기의 과세사업에 사용하던 토지를 공급하는 때에도 면세되는 이상, 그 공제를 허용하는 것은 법 제12조 소정의 면세제도의 기본원리와는 정면으로 배치되기 때문에 이를 과세정책상의 문제라고 할 수는 없는 것이다. 
 라. 나아가 다수의견을 취할 때 불합리하게 되는 점에 관하여 본다.
 (1) 면세사업자로 하여금 면세제도를 악용할 소지를 제공하게 된다.
 예컨대 토지 조성비가 많이 소요되는 임야나 전답 등의 토지를 다수 소유하고 있는 자가 이를 대지로 조성하여 공급하는 사업(면세사업)을 하는 때에는, 그 토지 조성비의 10%에 상당하는 매입세액은 면세사업에 관련된 매입세액으로서 이를 환급(공제)받을 수 없다(법 제17조 제2항 제4호). 
 그런데 다수의견에 따르면, 그 토지소유자가 부동산임대사업자등록을 하고 그 토지를 대지로 조성한 후 그 대지를 일시 토지임대사업(과세사업)에 사용하다가 이를 공급하는 때에는, 그 토지 조성비의 10%에 상당하는 매입세액은 과세사업에 관련된 매입세액으로서 이를 환급(공제)받을 수 있게 되는바, 이는 결국 그 매입세액에 상당하는 금액을 정부에서 보조하여 주는 셈이 되는 것이다. 따라서 토지공급을 사업으로 하는 자가 과세사업을 일시 영위함으로써 면세제도를 악용할 수 있게 된다.
 (2) 조세공평의 원칙에 어긋나게 된다.
 평당 10만 원의 임야를 공장용 부지로 조성하기 위하여 부가가치세를 포함하여 평당 110만 원을 지출(자본적 지출)하여야 한다고 하자. 
 사업자가 과세사업을 위하여 공장용 부지를 취득함에 있어서, 임야를 조성하여 공장용 부지를 공급하는 자(면세사업자)로부터 이미 공장용 부지로 조성된 토지를 매수하는 때에는, 평당 임야대금 10만 원에 부지조성 공사비 전액 110만 원(공장용 부지를 공급하는 자가 면세사업자이므로 법 제17조 제2항 제4호에 의하여 그 매입세액 10만 원을 공제받을 수 없기 때문에 이를 취득원가에 포함시켜 그 매수인에게 전가하게 된다)을 합한 120만 원(편의상 공장용 부지를 공급하는 자가 양도차익을 남기지 아니하는 것으로 본다)에 공장용 부지를 매수할 수밖에 없을 것이다. 그런데 사업자가 임야를 취득한 후 스스로 공장용 부지로 조성하는 때에는, 평당 임야대금 10만 원에 부지조성공사비 110만 원을 합한 120만 원을 지출할 것이나, 다수의견에 따르면, 그가 과세사업자이므로 과세관청으로부터 평당 매입세액 10만 원을 공제받을 수 있으므로, 결국 평당 110만 원에 공장용 부지를 취득하는 셈이 된다.
 그 결과 사업자가 평당 120만 원을 지출하여 공장용 부지를 취득한다는 동일한 상황에서, 사업자로서는 그 조세부담을, 정부로서는 그 조세징수를 각 달리하게 되어 조세공평의 원칙에 어긋나게 되는바, 이러한 조세부담의 불공평을 제거하기 위하여는 위에서 본 바와 같이 자본적 지출에 관한 세무회계상의 법리 및 면세제도의 기본원리에 의하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액의 공제를 부인하여야 하는 것이다.
 마. 위와 같이 다수의견은 이론상으로나 과세실무상으로 불합리한 결과를 초래하기 때문에 찬성할 수 없는 것이다.
 바. 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원심은 이 사건 골프코스 조성공사비는 모두 원고가 과세사업인 골프장업을 위하여 지출한 것이므로 그에 관련된 매입세액은 법 제17조 제2항 제4호, 같은법시행령 제60조 제6항에 의하여 그 공제를 부인할 수 없다는 이유로, 이 사건 매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 법 제17조 제2항 제4호, 같은법시행령 제60조 제6항에 의하여 그 공제를 허용하여서는 아니된다고 보고 한 피고의 이 사건 부과처분을 위법하다고 판단하였다.
그러나 이 사건 골프코스 조성공사비가 피고의 주장대로 모두 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당한다고 한다면, 그 공사비가 가사 과세사업인 골프장업을 위하여 지출됨으로써 그에 관련된 매입세액이 법 제17조 제2항 제4호, 같은법시행령 제60조 제6항 소정의 불공제 대상이 되는 매입세액에 해당하지 아니한다고 하더라도, 법 제12조 소정의 면세제도의 기본원리, 세법상의 조세공평의 원칙 및 조세법률주의의 원칙상 그 공제를 허용하여서는 아니된다고 할 것이다.
 따라서 원심으로서는 이 사건 골프코스의 조성비가 과연 피고의 주장대로 모두 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는지의 여부를 심리하여 본 후 그에 관련된 매입세액에 대하여는 그 공제를 허용하지 아니하고, 그에 관련되지 아니한 매입세액에 대하여만 그 공제를 허용하여야 함에도 불구하고, 이에 이르지 아니하고 이 사건 골프코스 조성비에 관련된 매입세액 전부의 공제를 허용한 조치는 법 제12조 소정의 면세제도, 세법상의 자본적 지출 및 조세법률주의에 관한 법리를 오해한 것이라고 하지 아니할 수 없으며, 이는 판결결과에 영향을 미쳤음이 명백하므로, 이 점을 지적하는 논지는 이유 있다.
 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송함이 타당하다고 할 것이다.

대법원장 윤관(재판장) 김석수 박만호 천경송 정귀호 안용득 박준서 이돈희 김형선 지창권 신성택 이용훈(주심) 이임수

[1] 부가가치세에서 매입세액 공제 여부에 관한 판단기준
[2] 구 부가가치세법시행령 제60조 제6항 소정의 '토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액'의 의미
[3] 골프장 부지 조성을 위한 용역의 대가를 매입세액으로서 사업자의 매출세액에서 공제할 것인지 여부
[4] 매입세액 불공제에 관한 구 부가가치세법 제17조 제2항 각 호가 제한적·열거적인 것인지 여부와 조세법률주의

[다수의견] 
 [1] 현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있는데, 여기에서 매출세액에서 공제 대상이 되는 매입세액에 관하여 구 부가가치세법(1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것) 제17조는 그 제1항에서 과세사업자의 '자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될' 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 대상으로 규정함으로써 그 기준을 사업관련성에 두고 있고, 같은 법 제17조 제2항에서 매입세액 불공제 대상으로 삼고 있는 제4호도 '같은 법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)'이라 하여 면세되는 재화 또는 용역 자체를 기준으로 하고 있는 것이 아니라 그 재화 또는 용역을 공급하는 '사업'을 기준으로 하여 정하고 있으므로, 매입세액의 공제 여부는 당해 사업이 면세사업이냐 과세사업이냐에 달려 있는 것이지 지출한 비용이 면세재화를 위한 것이냐 과세재화를 위한 것이냐에 달려 있지 않으며, 또한 괄호 안에 규정된 투자에 관련된 매입세액도 당연히 면세사업을 전제로 그 투자에 관련된 매입세액으로 이해하여야지, 거기에 과세사업에 관련된 것도 포함되는 것으로 이해할 것은 아니다. 
 [2] 구 부가가치세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14081호로 개정되기 전의 것) 제60조 제6항이 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 소정의 불공제 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다라고 규정한 취지는, 토지의 조성 등에 따른 거래행위가 같은 법 제17조 제2항 제4호가 전제로 하고 있는 부가가치세의 납부의무가 면제되는 사업을 영위하기 위한 목적으로 이루어진 경우에 한하여 그 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는다는 당연한 이치를 규정한 것으로 볼 것이다.
 [3] 부가가치세의 과세 여부는 재화나 용역의 '공급'이나 '수입'이 있었을 때에 비로소 문제가 되는 것으로 골프장 사업자가 골프장 부지인 토지를 조성할 때에는 골프장으로 이용하기 적당하도록 조성하는 것뿐이지 토지 그 자체를 '공급'하기 위하여 조성하는 것이 아니므로, 골프장 조성의 단계에서 장래에 있을지도 모르는 그 부지의 '공급'을 전제로 하여 부가가치세 과세에 관한 법률관계를 논하는 것은 법인소득계산을 위한 회계처리에 집착한 나머지 매입세액의 사업관련성을 따지는 데 있어 물물대응의 원칙을 적용하자는 것에 불과하고, 골프장 부지인 토지의 조성공사 용역이 토지조성 이후에는 골프장 부지와 일체가 되는 것이지만, 그 용역의 공급에 대한 부가가치세는 그 토지 자체의 공급에 대한 것이 아니라 토지를 골프장으로 사용하기에 적당한 토지로 조성하기 위한 용역의 공급에 대한 매입세액임이 분명하므로, 그것이 수익적 지출에 대한 매입세액이든지 자본적 지출에 대한 매입세액이든지 간에 사업을 위하여 사용될 용역에 대한 매입세액으로서 골프장업의 매출세액에서 당연히 공제되어야 하는 것으로, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제12호가 토지를 면세재화로 규정하고 있어 토지 자체의 공급에 대하여는 그것이 과세사업을 위한 것이거나 면세사업을 위한 것이거나 간에 매입세액 또는 매출세액이 발생할 수 없다는 것과는 아무런 관련이 없다. 
 [4] 구 부가가치세법 제17조 제2항은 공제하지 않는 매입세액을 규정하면서 허위 세금계산서에 의한 매입세액 등(제1호, 제1의2호, 제3호 등)과 같이 과세절차의 편의나 조세정책상 공제를 부인하는 경우는 물론이고, 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액(제2호), 면세사업관련 매입세액(제4호) 등과 같이 부가가치세의 원리상 당연한 경우도 일일이 열거하고 있는바, 이는 매입세액의 공제 여부가 부가가치세 납부세액을 결정하는 가장 중요한 요소 중의 하나이기 때문에 그 공제 여부를 해석에 맡겨두지 아니하고 이와 같이 제한적·열거적으로 규정한 것으로 보아야 할 것이다. 따라서, 사업관련성이 인정되는 매입세액은 위 규정에서 열거하고 있는 것 외에는 같은 법 제17조 제1항에 따라 모두 공제되어야 하며, 이러한 특별규정 없이 그 공제를 부인할 수 없다는 것은 조세법률주의 원칙상 당연한 귀결이므로 면세사업자가 면세제도를 악용할 소지가 있다 하더라도 이는 개정된 부가가치세법(1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정된 것) 제17조 제2항 제4호와 같이 법률을 개정함으로써 원천적으로 해결할 일이지 위 규정이 예시적 규정이라고 조세법을 자의적으로 해석하여 이를 해결하거나 위와 같은 법규에 근거하여 지금까지 매입세액을 공제해 주던 과세관청이 갑자기 시행령만을 개정하여 이를 공제하지 않을 수 있도록 용인하는 것은 조세법률주의의 근간을 훼손하는 일이라 하지 않을 수 없다.
 [반대의견] 
 [1] 구 부가가치세법 제17조 제1항이 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)에 해당하면 원칙적으로 공제되는 매입세액으로 규정하고 있는 것은, 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급은 같은 법 제1조, 제2조, 제10조에 의하여 원칙적으로 모두 과세됨으로써 그 매출세액이 발생하는 것을 그 전제로 한 것으로서, 만일 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급이 면세됨으로써 그 매출세액이 면제되는 때에는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액에 해당한다고 하더라도 이를 공제되는 매입세액으로 할 수는 없다. 
 [2] 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되어야 하는 것인데, 토지는 법 제12조 제1항 제12호 소정의 면세재화로서 사업자가 면세사업에 사용하다가 공급하는 때에는 물론, 과세사업에 사용하다가 공급하는 때에도 부가가치세법 제1조 제4항, 같은법시행령 제3조의 규정을 적용하여 과세되는 것으로 하지 아니하고 그 부가가치세가 면제되는 것으로 하고 있으므로, 그 취득원가에 산입된 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액 역시 면제된다고 할 것이다. 따라서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액이 면제되는 이상, 가사 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라 하더라도(골프장뿐만 아니라 토지를 과세사업에 제공한 경우의 공통적인 문제이다), 그에 관련된 매입세액은 같은 법 제12조 소정의 면세제도의 기본원리상 공제되어서는 아니되며, 이는 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되어야 하는 것이다. 만약 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라 하여 그 매입세액의 공제를 허용한다면 매출세액이 면제됨에도 그 매입세액만을 공제하는 셈이 되어 그 효과 면에서 영세율을 적용한 것과 마찬가지가 되는바, 이는 법률의 규정 없이 영세율적용을 인정하는 것이 되어 조세법률주의에도 어긋나게 된다. 이와 같이 볼 때, 1993. 12. 31. 법률 제4663호 및 대통령령 제14081호로 각 개정된 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 같은법시행령 제60조 제6항에서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 불공제 대상이 되는 매입세액으로 규정한 것은 이러한 같은 법 제12조 소정의 면세제도의 기본원리를 확인한 것에 불과하다.
 [3] 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액과 같이 구 부가가치세법 제12조에 의하여 그에 대응하는 매출세액이 면제되는 때에는 가사 그 매입세액이 '자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액'에 해당한다고 하더라도 같은 법 제12조 소정의 면세제도의 기본원리상 공제될 수 없는 것이므로 매입세액의 공제는 ① 사업관련성이 있어야 할 뿐만 아니라, ② 그에 대응하는 매출세액이 면제되지 아니하여야 비로소 가능하다. 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 토지의 매입거래이고, 토지가 비상각자산으로서 감가상각에 의하여 영업비용으로 처리되지도 아니하므로 결국 그 자체에 대한 매출거래와 대응하는데, 그 자체에 대한 매출거래는 면세거래로서 매출세액이 면제되므로 그에 관련된 매입세액은 면세제도의 기본원리상 그 공제를 허용할 수 없으나, 토지에 대한 수익적 지출은 영업비용으로 처리되므로 골프장 영업상의 매출거래와 대응하는데, 골프장 영업상의 매출거래는 과세거래로서 그 매출세액이 발생하므로 토지에 대한 수익적 지출에 관련된 매입세액은 골프장 영업상의 매출세액에서 공제될 수 있다. 
 [4] 구 부가가치세법 제17조 제2항에서 사업에 관련되어 있는지의 여부에 불구하고 불공제 대상이 되는 것으로 규정하고 있는 매입세액은 그 제1호, 제5호 등과 같이 의무를 태만히 하거나 불이행함으로 인하여 불공제되어야 하는 것과 그 제2호, 제4호 등과 같이 거래의 성질에 따라 당연히 불공제되어야 하는 것으로 구분될 수 있는바, 후자에 해당하는 매입세액은 가사 같은 법 제17조 제2항에 그와 같은 규정이 없다고 하더라도 그 중 제2호에 해당하는 매입세액은 같은 법 제17조 제1항의 반대해석에 의하여, 제4호에 해당하는 매입세액은 같은 법 제12조(면세제도의 기본원리)에 의하여 당연히 불공제되어야 하는 것으로서, 전체적으로 보아 같은 법 제17조 제2항의 규정이 불공제되는 매입세액을 제한적으로 열거하고 있다고 보아서는 아니되고, 같은 법 제17조 제2항에 해당하지 아니하는 매입세액이라 할지라도 우리 부가가치세제의 성질상 그 공제를 허용하여서는 아니되는 규정이 부가가치세법에 있다면 동 규정에 의하여 그 공제를 부인하여야 한다. 따라서, 골프코스 조성공사비가 모두 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당한다고 한다면, 그 공사비가 가사 과세사업인 골프장업을 위하여 지출됨으로써 그에 관련된 매입세액이 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 같은법시행령 제60조 제6항 소정의 불공제 대상이 되는 매입세액에 해당하지 아니한다고 하더라도, 같은 법 제12조 소정의 면세제도의 기본원리, 세법상의 조세공평의 원칙 및 조세법률주의의 원칙상 그 공제를 허용하여서는 아니된다.