국토이용계획변경신청거부처분취소 (일반행정, 대전고등법원)
공포일: 2005.05.26 / 시행일:

【원고, 항소인】 대한민국외 1(소송대리인 변호사 김형배외 1인)
【피고, 피항소인】 충청남도 연기군수(소송대리인 변호사 송근명)
【제1심판결】 대전지방법원 2004. 7. 21. 선고 2004구합994 판결
【변론종결】2005. 4. 14.
【주 문】
1. 제1심 판결 중 원고 대한민국에 대한 부분을 취소하고, 피고가 2003. 11. 11. 원고 대한민국 산하 충북대학교 총장에 대하여 한 국토이용계획변경신청거부처분을 취소한다. 
2. 원고 충북대학교 총장의 항소를 기각한다. 
3. 원고 대한민국과 피고 사이에 생긴 소송총비용은 피고의 부담으로 하고, 원고 충북대학교 총장과 피고 사이에 생긴 항소비용은 원고 충북대학교 총장의 부담으로 한다. 

【청구취지 및 항소취지】1. 주위적 원고의 청구 : 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2003. 11. 11. 원고 대한민국 산하 충북대학교 총장에 대하여 한 국토이용계획변경신청거부처분을 취소한다. 
2. 예비적 원고의 청구 : 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2003. 11. 11. 원고 충북대학교 총장에 대하여 한 국토이용계획변경신청거부처분을 취소한다. 
【이 유】1. 기초사실
 아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 1호증, 갑 2호증의 1, 2, 갑 3, 4호증, 갑 5호증의 1, 2, 갑 6호증의 1, 2, 3, 갑 7, 8호증의 각 1, 2, 갑 9, 10호증, 갑 26호증의 1 내지 4의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다. 
 가. 원고 산하 충북대학교(이하 ‘충북대학교’라고 한다)는 농과대학 등 12개 단과대학에 6개의 대학원을 두고 있는 국립 종합대학교로서, 농과대학 부설 축산기술연구소를 설립하고자 1999. 7.경부터 충청도내 부지를 물색하여 오던 중 충남 연기군 전의면 다방리 산14-1 임야 145,959㎡ 일대를 최적지로 선정하여 2001. 11.경부터 2002. 2.경까지 위 임야를 포함하여 국토이용계획상 ‘농림지역 내지 준농림지역’으로 지정되어 있던 그 인근의 19필지 면적 합계 170,387㎡의 토지를 매입하였다. 
 나. 충북대학교는 2002. 1. 24.경 위 매입 토지 중 일부 면적인 58,530㎡(이하 ‘이 사건 신청지’라고 한다)를 위 축산기술연구소의 부지로 조성하기 위하여 국토이용계획상 용도지역을 ‘농림지역 및 준농림지역’에서 ‘준도시지역’ 중 ‘시설(교육연구시설)용지지구’로 변경을 할 수 있는 방법을 연기군에 구두로 문의하였다. 
 다. 그런데, 피고는 연기군의 토지수급계획상 준도시지역(시설용지지구)의 공급계획량이 부족하여 위 연구소의 건립을 위한 국토이용계획의 변경이 어렵자 같은 해 4. 18.경 충청남도지사에게 60,000㎡의 ‘시설용지지구’ 배정을 요구하는 제2차 토지수급계획 변경승인을 신청하였고, 충청남도지사는 같은 해 10. 1. 연기군에 대하여 농림지역 및 준농림지역을 각 준도시지역으로 변경할 수 있도록 수급물량을 각 0.03k㎡(30,000㎡)씩 추가로 농림지역 및 준농림지역에서 준도시지역으로 변경, 배정하는 내용의 수급계획변경을 승인하였다.
 라. 이에 원고 충북대학교 총장은 2002. 10. 9. 피고에게 국토이용계획상 농림지역 또는 준농림지역으로 지정되어 있는 이 사건 신청지의 용도를 준도시지역 중 시설용지지구로 변경하여 달라는 취지의 국토이용계획변경승인신청을 하였고, 피고는 같은 해 11. 15. 축산기술연구소 부지 조성을 위하여 이 사건 신청지 중 국토이용계획상 농림지역인 곳 0.028㎢ 및 준농림지역인 곳 0.03㎢ 합계 0.058㎢를 준도시지역으로 변경하고자 하는 내용의 국토이용계획변경 공람 공고를 하는 한편, 원고 충북대학교 총장으로부터 사전환경성 검토서와 농지전용협의요청서를 제출받아 산하 부서의 검토를 거친 후 자체 의견서를 첨부하여 같은 해 12. 21.경 충청남도지사 및 금강유역환경청장에게 국토이용계획의 변경에 따른 보전임지전용, 농지전용 및 사전환경성검토에 관한 협의를 요청하였고, 위 기관들은 2002. 12. 27.부터 2003. 1. 29.까지 일정한 안전조치 및 위험방지조치를 사업계획에 반영하여 사업이 추진될 수 있도록 하라는 조건 하에 협의에 응하였다. 
 마. 그 후 피고는 2003. 2. 25.경 연기군도시계획위원회에 위 국토이용계획변경 결정안에 대한 서면심의를 부의한 후 과반수(재적의원 18명 중 승인 12명, 불승인 4명, 기타 2명)의 찬성 의견을 제출받았음에도 위 국토이용계획변경안의 결정 및 공고를 보류하던 중, 원고 충북대학교 총장이 같은 해 9. 16. 조속한 시일내에 국토이용계획을 변경해 줄 것을 요청하자 주민들의 반대민원이 심화되고 있으므로 이를 해결하라는 통보를 한 후, 같은 해 11. 11. 축산기술연구소의 설치를 위하여 국토이용계획 변경이 이루어질 경우 기존의 양호한 생활환경과 생활권에 피해를 주는 침해적인 것이어서 적절치 않고, 사업면적이 58,530㎡에 이르는 대규모 토목공사로 인한 사면붕괴, 산사태, 토사유출, 농경지 매몰 및 유실 우려가 있으며, 진입로상의 우수처리계획이 부적절하여 그에 접속될 군도의 교통에 지장을 주고 경사가 급하여 겨울철 교통사고의 위험이 상존할 것으로 예상되고, 축산폐수를 액비 자원화하여 살포하는 경우 이에 따른 환경오염 및 민원발생의 우려가 있으며, 이 사건 신청지가 조천의 발원지로서 조치원의 상수원으로 이어져 상수원 오염에 따른 지역주민의 반대 등이 있다는 이유로 위 국토이용계획변경승인신청을 반려하는 이 사건 처분을 하였다. 
2. 원고 대한민국의 청구에 대한 판단
 가. 본안전 항변에 관한 판단 
 ⑴ 피고는, 원고 대한민국이 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙 및 비례의 원칙을 위반하여 재량권을 일탈, 남용한 것으로 위법하다고 주장하면서 그 취소를 구하는 데 대하여 아래와 같은 사유를 내세워 이 사건 소가 부적법하다고 주장한다. 
 ㈎ 행정청이 국민의 신청에 대하여 한 거부행위가 행정처분이 되기 위해서는 국민이 행정청에 대하여 그 신청에 따른 행정행위를 하여 줄 것을 요구할 수 있는 법규상 또는 조리상의 권리가 있어야 하고, 이러한 권리가 없이 한 국민의 신청을 행정청이 받아들이지 아니하고 거부한 경우에는 이로 인하여 신청인의 권리나 법적 이익에 어떤 영향을 주는 것은 아니므로 이를 행정처분이라고 할 수는 없다고 할 것인데, 원고에게는 국토이용계획변경을 요구할 수 있는 법규상 또는 조리상의 권리가 있다고 할 수 없어 원고의 신청을 거부한 이 사건 처분은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수 없다. 
 ㈏ 국가를당사자로하는소송에관한법률에 의하면 국가의 산하기관인 행정청의 장은 행정소송에 있어 행정소송수행자를 지정하거나 변호사를 선임하여 행정소송을 수행하게 할 수 있다고 규정되어 있는 반면, 국가 자신이 직접 행정소송의 수행자를 지정하거나 소송대리인을 선임할 수 있는 아무런 근거 규정이 없으므로 국가는 어떠한 경우에도 행정소송의 당사자가 될 수 없고, 따라서 행정심판의 청구인이나 행정소송의 원고 적격이 있음을 전제로 한 원고 대한민국의 이 사건 소는 부적법하다. 
 ㈐ 국토이용계획의 변경결정권은 원래 원고 대한민국의 권한으로서 충청남도지사를 거쳐 피고에게 재위임되어 수임자인 피고의 처분이 원고 대한민국의 처분과 동일한 것이므로 원고 대한민국은 수임자인 피고의 처분과 배치되는 주장이나 행위를 할 수 없다. 
 ⑵ 관계법령 
 별지 목록 기재와 같다. 
 ⑶ 판단 
 ㈎ 피고의 국토이용계획변경승인신청 반려행위가 행정소송의 대상이 되는 행정처분인지 여부 
 국민의 적극적 신청행위에 대하여 행정청이 그 신청에 따른 행위를 하지 않겠다고 거부한 행위가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것이라고 하려면, 그 신청한 행위가 공권력의 행사 또는 이에 준하는 행정작용이어야 하고, 그 거부행위가 신청인의 법률관계에 어떤 변동을 일으키는 것이어야 하며, 그 국민에게 그 행위발동을 요구할 법규상 또는 조리상의 신청권이 있어야만 하는데(대법원 1998. 7. 10. 선고 96누14036 판결 등 참조), 구 국토이용관리법(2002. 2. 4. 법률 제6655호국토의계획및이용에관한법률 부칙 제2조에 의하여 폐지되기 전의 것, 이하 같다)상 주민이 국토이용계획의 변경에 대하여 신청을 할 수 있다는 규정이 없을 뿐만 아니라 국토건설종합계획의 효율적인 추진과 국토이용질서를 확립하기 위한 국토이용계획은 장기성, 종합성이 요구되는 행정계획이어서 원칙적으로는 그 계획이 일단 확정된 후에 어떤 사정의 변동이 있다고 하여 그러한 사유만으로는 지역주민이나 일반 이해관계인에게 일일이 그 계획의 변경을 신청할 권리를 인정하여 줄 수는 없는 것이지만, 장래 일정한 기간 내에 관계법령이 규정하는 시설 등을 갖추어 일정한 행정처분을 구하는 신청을 할 수 있는 법률상 지위에 있는 자의 국토이용계획변경신청을 거부하는 것이 실질적으로 당해 행정처분 자체를 거부하는 결과가 되는 경우에는 예외적으로 그 신청인에게 국토이용계획변경을 신청할 권리가 인정된다고 봄이 상당하므로, 이러한 신청에 대한 거부행위는 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다고 할 것이다(대법원 2003. 9. 23. 선고 2001두10936 판결 참조).
 한편 구 도시계획법(위 국토의계획및이용에관한법률 부칙 제2조로 폐지, 이하 같다)은 도시계획의 수립 및 집행에 관하여 필요한 사항을 규정함으로써 공공의 안녕질서를 보장하고 공공복리를 증진하며 주민의 삶의 질을 향상하게 함을 목적으로 하면서도 도시계획시설결정으로 인한 개인의 재산권행사의 제한을 줄이기 위하여, 도시계획시설부지의 매수청구권(제40조), 도시계획시설결정의 실효에 관한 규정(제27조)과 아울러 도시계획 입안권자인 특별시장·광역시장·시장 또는 군수로 하여금 5년마다 관할 도시계획구역 안의 도시계획에 대하여 그 타당성 여부를 전반적으로 재검토하여 정비하여야 할 의무를 지우고(제28조), 도시계획입안제안과 관련하여서는 주민이 입안권자에게 '1. 도시계획시설의 설치·정비 또는 개량에 관한 사항 2. 지구단위계획구역의 지정 및 변경과 지구단위계획의 수립 및 변경에 관한 사항'에 관하여 '도시계획도서와 계획설명서를 첨부'하여 도시계획의 입안을 제안할 수 있고 위 입안제안을 받은 입안권자는 그 처리결과를 제안자에게 통보하도록 규정하고 있는 점(제20조) 등과 헌법상 개인의 재산권 보장의 취지에 비추어 도시계획구역 내 토지 등을 소유하고 있는 주민으로서는 입안권자에게 도시계획시설의 설치·정비·개량 등에 관한 도시계획의 입안을 요구할 수 있는 법규상 또는 조리상의 신청권이 있으므로(2004. 4. 28. 선고 2003두1806 판결 참조), 특별시장·광역시장·시장 또는 군수 이외의 자로서 도시계획에 의하여 도시계획시설을 설치하고자 하는 자는 도시계획시설의 설치에 관한 도시계획의 입안을 제안할 수 있고, 이에 따라 도시계획이 결정된 경우에 특별시장 등으로부터 도시계획시설사업의 시행자로 지정을 받은 후 당해 도시계획시설사업에 관한 실시계획을 작성하여 그 인가를 받아 도시계획시설을 설치할 수 있는 법률상의 지위에 있다고 할 것이다{구 국토이용관리법과 구 도시계획법을 폐지하고 2003. 1. 1.부터 시행된 국토의계획및이용에관한법률에 의하면, 토지의 이용이나 건축물의 용도 등을 제한하는 용도지역 및 용도지구의 지정 또는 변경을 도시관리계획으로 결정하도록 하면서(제36조,제37조,제76조), 주민에게 도시기반시설의 설치·정비 또는 개량 등에 관한 사항에 대한 도시관리계획의 입안을 제안할 수 있고(제26조), 나아가 특별시장·광역시장·시장 또는 군수로부터 도시계획시설사업의 시행자로 지정을 받은 후 당해 도시계획시설사업에 관한 실시계획을 작성하여 그 인가를 받아 도시계획시설을 설치할 수 있다고 규정하고 있어(제86조 제5항,제88조 제1항,제2항), 특정한 용도지역이나 용도지구에서 제한되는 도시기반시설의 설치를 위하여도 주민에게 용도지역이나 용도지구의 변경을 전제로 한 도시관리계획의 변경신청권을 부여하고 있다고 할 것이다}.
 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대,구 국토이용관리법 제15조 제1항 제4호,같은 법 시행령(2002. 12. 26. 대통령령 제17186호 국토의계획및이용에관한법률시행령 부칙 제2조에 의하여 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항 제3의2호에 의하면, 준농림지역내에서 부지면적이 30,000㎡ 이상인 시설·건축물 기타의 공작물의 설치행위가 제한되어 있으므로(농림지역에서는 세분된 구획별로 농지법, 산림법 등 개별 법률의 규제를 받는다) 원고 대한민국이 이 사건 신청지내에 부지 면적이 30,000㎡를 넘는 축산기술연구소를 설치하기 위하여는 이 사건 신청지에 관한 용도지역을 ‘농림지역 내지 준농림지역’에서 ‘준도시지역(시설용지지구)’으로 변경하는 국토이용계획결정이 선행되어야 하고, 원고 대한민국의 위와 같은 국토이용계획변경신청을 피고가 거부한다면 이는 실질적으로 위 원고에 대하여 후속절차로서구 도시계획법 제3조 제6호,제7호,같은 법 시행령(2002. 12. 26. 대통령령 제17186호 국토의계획및이용에관한법률시행령 부칙 제2조에 의하여 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제4호에 의한 공공시설인 학교 내지 연구시설로서 도시계획시설에 속하는 축산기술연구소를 설치하기 위하여 도시계획의 입안 제안을 할 수 있는 법률상 지위를 인정하지 아니하는 결과가 되어 위와 같은 입안 제안권을 보장한 규정의 취지를 몰각시킬 뿐만 아니라 입안 제안대로 도시계획이 결정될 경우에 이에 따른 도시계획시설사업의 시행자 지정 및 그 실시계획인가신청권을 행사할 수 있는 기회를 사실상 봉쇄하는 결과가 되고, 앞서 인정한 바와 같이 피고가 원고 충북대학교 총장으로부터 이 사건 신청지의 용도지역에 관하여 농림지역 내지 준농림지역에서 준도시지역으로의 국토이용계획변경신청을 받고 충청남도지사에 연기군 내의 농림지역 및 준농림지역을 준도시지역 중 시설용지지구로 변경할 수 있는 토지수급계획의 변경승인을 신청하여 이를 승인받은 후 위 신청내용에 따라 이 사건 신청지의 용도지역을 준도시지역(시설용지지구)로 변경하는 내용의 국토이용계획변경에 관한 입안내용을 공고하고 충청남도지사와는 농지전용협의를, 금강유역환경청장과는 사전환경성검토협의를 마친 다음 내부적으로 개최된 자체 도시계획위원회로부터 이 사건 신청지에 관한 국토이용계획변경결정안의 찬성의견까지 제출받아 국토이용계획변경결정 및 이에 따른 공고만을 남겨둔 상태까지 국토이용계획의 변경을 위한 일련의 절차가 단계적으로 진행되었다면, 이로써 원고 대한민국으로서는 위 국토이용계획변경의 입안 및 결정권자인 피고에 대하여 이 사건 신청지내에 도시계획시설로서 축산기술연구소를 설치하기 위한 선행 단계로서 이 사건 신청지에 관한 국토이용계획의 변경을 신청할 법규상 또는 조리상의 권리를 가진다고 보아야 할 것이므로 이를 다투는 피고의 위 주장은 이유 없다(뿐만 아니라 원고 대한민국의 국토이용계획변경신청을 거부한 피고의 행위를 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 보아 위와 같은 거부행위가 취소된다면, 피고는 취소판결의 취지에 따라국토의계획및이용에관한법률 부칙 제12조 제3항에 의하여 구 국토이용관리법에 의하여 이 사건 신청지의 용도지역을 준도시지역 중 시설용지지구로 변경하는 내용의 국토이용계획변경을 하여야 하고, 이에 따라 이 사건 신청지는국토의계획및이용에관한법률 부칙 제17조 제2항에 의하여같은 법률 제51조의 규정에 의한 제2종지구단위계획으로 보는 결과, 이 사건 신청지내에 설치할 것으로 예정된 축산기술연구소는 도시관리계획으로 결정된 도시계획시설에 해당되어 원고 충북대학교 총장으로서는 축산기술연구소를 설치하기 위하여 도시계획시설사업 시행자 지정신청을 하고 나아가 실시계획을 작성하여 그 인가신청을 할 수 있는 법률상 지위를 갖게 된다).
 ㈏ 원고 대한민국에게 행정소송의 원고 적격이 있는지 여부 
 행정청의 행위의 효과는 국가 또는 공공단체에 귀속되고, 행정청 자체는 민사소송법이 정하는 당사자능력이 없으므로 행정처분의 취소 등을 구하는 항고소송의 피고 적격은 원래 권리·의무의 귀속주체인 국가 또는 공공단체가 되어야 할 것이나 행정소송법은 소송기술상의 편의를 위하여 처분 등을 행한 행정청을 피고로 하는 예외규정을 두고 있으므로(제13조 제1항,제38조 제1항)국가를당사자로하는법률 제5조에서 정하고 있는 행정소송수행자의 지정 및 소송대리인의 선임에 관한 규정은 행정청이 피고로서 행정소송을 수행하는 경우에 한하여 적용되고, 이 사건에서처럼 충북대학교와 같은 국가의 산하 기관이 다른 행정청으로부터 받은 처분의 취소를 구할 필요가 있는 경우에는 민사소송법상 당사자능력이 있는 국가가 행정처분의 취소 등을 구하는 항고소송을 제기할 수밖에 없고, 이 경우 국가소송으로서국가를당사자로하는법률 제2조,제3조에 의하여 법무부장관이 국가를 대표하고 소송수행자를 지정하거나 변호사를 선임할 수 있다고 할 것이므로 국가에게 행정소송의 원고 적격이 전혀 없음을 전제로 한 피고의 주장은 이유 없다.
 ㈐ 원고 대한민국이 피고의 처분에 배치되는 주장이나 행위를 할 수 없는지 여부
구 국토이용관리법 제30조의2,같은 법 시행령 제58조 제1항 제2호 가.목에 의하면, 일단의 토지의 총면적이 1㎢미만인 국토이용계획의 결정 및 변경결정(다른 용도지역을 도시지역·농림지역 또는 자연환경보전지역으로 변경하는 경우에는 토지의 총면적이 5㎢미만인 국토이용계획의 결정·변경)에 관한 권한은 건설교통부장관으로부터
도지사에게 위임되어 있고, 갑 13호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 충청남도지사는 충청남도사무위임규칙 제2조 [별표1] 건설정책과의 일련번호 4의 라.에 의하여 위임기관인 건설교통부장관의 승인을 얻어 일단의 토지의 총면적이 150,000㎡ 미만인 준도시지역으로의 국토이용계획의 결정·변경에 관한 권한이 도지사로부터 시장·군수에게 재위임된 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 이 사건 신청지에 관하여 준도시지역으로의 국토이용계획의 변경에 관한 권한은 건설교통부장관으로부터 충청남도지사를 거쳐 피고에게 재위임됨으로써 위임관청인 건설교통부장관은 그 사무를 처리할 권한을 잃고 피고가 자신의 이름으로 이를 행사할 수 있게 되었다고 할 것이고, 따라서 피고의 처분을 원고 대한민국의 산하 기관인 건설교통부장관의 처분과 동일하다고 볼 수는 없으므로 원고 대한민국이 위와 같은 권한의 수임자인 피고의 처분과 배치되는 주장이나 행위를 할 수 없다는 피고의 이 부분 본안전 항변 역시 이유 없다. 
 나. 본안에 관한 판단 
 ⑴ 당사자의 주장 
 원고 대한민국은 피고가 내세우는 이 사건 처분사유는 이 사건 신청지의 국토이용계획상 용도지역을 준도시지역으로 변경하여 주지 아니할 정당한 사정이 되지 못하는 것으로서 실질적으로는 주민들의 반대민원을 보호하기 위한 것인바, 피고가 충북대학교의 이 사건 국토이용계획변경승인신청에 대하여 그 타당성을 인정하고 위 국토이용계획변경을 위하여 여러 가지 단계적 절차를 취하여 왔고, 이에 충북대학교에서 상당한 비용과 시간을 들여 용역의 발주 등 준비작업을 진행하여 왔음에도 피고가 원고측의 신뢰에 반하여 국토이용계획변경승인을 거부한 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 반할 뿐만 아니라 원고측이 이 사건 처분으로 인하여 입게 될 불이익이나 이 사건 신청지내에 축산기술연구소가 설치됨으로써 얻게 될 공익적 효과 등과 비교ㆍ교량할 때 피고가 내세우는 여러 사정들이 원고측이 입게 될 불이익보다 크다고 볼 수는 없으므로, 결국 이 사건 처분은 피고가 그 재량권을 일탈하였거나 남용한 것이어서 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다. 
 이에 대하여 피고는 축산기술연구소의 설치를 위하여 국토이용계획 변경이 이루어질 경우 기존의 양호한 생활환경과 생활권에 피해를 주는 침해적인 것이어서 적절치 않고, 사업면적이 58,530㎡에 이르는 대규모 토목공사로 인한 사면붕괴, 산사태, 토사유출, 농경지 매몰 및 유실 우려가 있으며, 진입로상의 우수처리계획이 부적절하여 그에 접속될 군도의 교통에 지장을 주고 경사가 급하여 겨울철 교통사고의 위험이 상존할 것으로 예상되고, 축산폐수를 액비 자원화하여 살포하는 경우 이에 따른 환경오염 및 민원발생의 우려가 있으며, 이 사건 신청지가 조천의 발원지로서 조치원의 상수원으로 이어져 상수원 오염에 따른 지역주민의 반대 등이 있으므로 이러한 사정을 종합하여 고려한 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다. 
 ⑵ 인정사실 
 아래의 사실은 갑 6호증의 1, 2, 갑 8호증의 1, 2, 갑 9호증, 갑 12호증의 1, 2, 3, 갑 14호증의 1, 2, 갑 15, 16호증, 갑 17호증의 1, 2, 3, 갑 18호증의 1 내지 5, 갑 19, 20, 21호증, 을 3호증의 1 내지 4, 을 4호증, 을 7호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 반대 증거가 없다. 
 ㈎ 원고 대한민국이 이 사건 신청지에 설치하려고 하는 축산기술연구소는 충북대학교 축산과 학생들의 현장실습 및 교수·대학원생들의 축산 전반에 걸친 연구와 축산농가의 현장견학 및 실습교육, 최첨단 축산기술의 개발 및 지도, 우량품종의 개발·보급 및 이를 통한 지역경제의 활성화를 도모하기 위한 시설로서, 축종별로 사슴 및 유우 각 20두, 말 4두, 면양 40두, 한우 50두, 돼지 70두, 닭 500수를 사육하기 위한 축사 및 연구실을 별도로 설치·운영할 예정으로 있고, 이에 따라 충북대학교는 본관동에서 발생할 것으로 예상되는 1일 약 15.24㎥의 오수와 축사동에서 발생할 것으로 예상되는 1일 약 1.514㎥의 축산폐수를 오수처리과정 및 침전조 정화과정을 거쳐 6개월간 저장, 부숙시킨 후 액비로 만들어 이를 인근의 초지에 살포하는 계획을 수립하였다가 2003. 5.경 피고로부터 인근 주민들이 환경오염을 이유로 반대한다는 민원이 있으므로 이를 해결하라는 통보를 받고 축산폐수를 분기별로 전량 외부의 축산폐수처리업체에 위탁하여 처리하는 내용으로 사업계획의 일부를 변경하여 피고에게 통보하였다.
 ㈏ 이 사건 신청지 중 도로, 주차장 등 공공시설 용지와 사료작물포, 목초지 등 교육시설 용지를 포함하여 토목공사가 시행될 부분은 35,502㎡로서 나머지 23,228㎡는 모두 녹지로 보존될 예정이다. 
 ㈐ 이 사건 신청지의 인근에는 조치원의 상수원인 조천에 합류하는 1개의 지천이 있으나 조천 상수원 취수장과는 적어도 12km 이상 떨어져 있고, 부근의 전의면 다방 1리, 다방 2리 및 금사리 등에 거주하는 주민들이 지하수를 생활용수 및 농업용수로 사용하고 있으며, 이 사건 신청지의 인근인 충남 연기군 전의면 달전리 외 8개 리가 1999. 2. 9. 농업기반공사가 시행하는 달전지구 중규모 농촌용수개발사업의 시행 예정지로 편입되어 사업시행계획이 고시되었으나 대다수 지역 주민들의 반대로 인하여 그 후 더 이상 아무런 진척이 없는 상황이다.
 ㈑ 이 사건 신청지에 인접한 충남 연기군 전의면 내의 개별 축산농가는 17곳으로서, 그곳에서 사육되고 있는 돼지의 숫자는 합계 약 22,180두에 이르고 있고, 이 사건 신청지가 위치한 산 능선의 반대편에는 연기군 테마관광벨트계획에 포함된 비암사가 위치하고 있으나 이 사건 신청지와는 진입로의 입구를 전혀 달리하고 있다. 
 ㈒ 충북대학교는 이 사건 신청지의 국토이용계획의 변경신청을 위하여 이 사건 신청지를 매수한 것 외에 사전환경성 검토, 이 사건 신청지내 부지의 토질 및 기초지반 조사 등을 위한 용역계약을 체결하고 합계 65,400,000원의 용역대금을 지급하였다. 
 ㈓ 피고가 원고 충북대학교 총장으로부터 사전환경성 검토서와 농지전용협의요청서를 제출받아 이를 검토한 후 2002. 12. 21.경 금강유역환경청장에게 국토이용계획의 변경에 따른 사전환경성 검토에 관한 협의를 요청하면서 첨부한 자체 의견서(갑 6호증의 2)에 의하면, 개별 법규에서 정하는 절차나 기준을 준수해야 함을 적시하면서 군종합건설계획상 저촉사항이 없고, 환경보전 측면에서 조치원 상수도의 수원인 조천 상류에 위치하므로 축사에서 배출되는 축산폐수를 전량 퇴비화하는 등 축산폐수를 방류하지 않고, 축산시설에서 발생하는 악취, 해충으로 인한 피해가 발생하지 않는 구조로 설치되어야 하고, 토사의 안정성이 유지되도록 절토 및 성토면의 경사각을 최소화하고 토사유출 등 피해 방지를 위한 예방시설을 설치한 후 공사를 시행하여야한다고 하면서 지역 주민과 연기군 전의면장 역시 연구소 유치를 찬성한다고 한 후 종합의견으로 현장실습 및 축산전반에 걸친 연구수행, 양축 농가의 현장 견학 및 실습교육을 통한 기술지도를 통하여 우량 품종개발 보급 및 체계화된 축산사업을 유도함으로써 지역 양축농가의 수익 증대를 위하여 이 사건 신청지내 축산기술연구소를 설치할 수 있도록 국토이용계획상 준도시지역 중 시설용지지구로 국토이용계획을 변경하고 개발계획을 수립하고자 하는 사항으로서 금강유역환경청장의 환경성 검토 의견을 들어 국토이용계획 및 개발계획을 결정하고자 한다고 기재되어 있으며, 금강유역환경청장으로부터 일정한 안전조치 및 위험방지조치를 사업계획에 반영하여 이 사건 신청지의 국토이용계획변경에 따른 축산기술연구소설치 사업이 추진될 수 있도록 하라는 협의의견을 통보받았다. 
 ㈔ 그런데, 피고는 연기군도시계획위원회에서 이 사건 신청지에 대한 국토이용계획상 용도지역변경안을 찬성하는 의견이 제출된 후 이 사건 신청지상에 축산기술연구소가 설치되려 한다는 사실을 알게 된 인근 지역 주민들로부터 대규모 축산시설의 건립으로 조천의 발원지로서 상수원 오염, 비암사 주변의 쾌적한 환경오염 등을 이유로 이 사건 신청지에 축산기술연구소의 설치를 반대하는 민원이 제기되자, 이 사건 신청지에 대한 국토이용계획의 변경결정 및 고시를 미룬 채 이를 원고 충북대학교 총장에게 통보한 후 지역주민들에 대한 이해와 설득으로 집단 민원이 발생하지 않도록 하는 방안을 강구하도록 통보하였으나 반대 민원이 해결되지 않자, 앞서 본 바와 같은 사유를 내세워 원고 충북대학교 총장에게 이 사건 신청지에 대한 국토이용계획변경신청을 반려하는 이 사건 처분을 하였다. 
 ⑶ 판단
 ㈎ 행정계획이라 함은 행정에 관한 전문적·기술적 판단을 기초로 하여 도시의 건설·정비·개량 등과 같은 특정한 행정목표를 달성하기 위하여 서로 관련되는 행정수단을 종합·조정함으로써 장래의 일정한 시점에 있어서 일정한 질서를 실현하기 위한 활동기준으로 설정된 것으로서, 도시계획법 등 관계 법령에는 추상적인 행정목표와 절차만이 규정되어 있을 뿐 행정계획의 내용에 대하여는 별다른 규정을 두고 있지 아니하므로 행정주체는 구체적인 행정계획을 입안·결정함에 있어서 비교적 광범위한 형성의 자유를 가진다고 할 것이지만, 행정주체가 가지는 이와 같은 형성의 자유는 무제한적인 것이 아니라 그 행정계획에 관련되는 자들의 이익을 공익과 사익 사이에서는 물론이고 공익 상호간과 사익 상호간에도 정당하게 비교교량하여야 한다는 제한이 있는 것이고, 따라서 행정주체가 행정계획을 입안·결정함에 있어서 이익형량을 전혀 행하지 아니하거나 이익형량의 고려 대상에 마땅히 포함시켜야 할 사항을 누락한 경우 또는 이익형량을 하였으나 정당성·객관성이 결여된 경우에는 그 행정계획결정은 재량권을 일탈·남용한 것으로서 위법하고(대법원 1996. 11. 29. 선고 96누8567 판결 참조), 위와 같은 법리는 행정주체가 주민으로부터 국토이용계획변경신청을 받아 이를 국토이용계획의 입안에 반영할 것인지를 결정하는 데에 있어서도 동일하게 적용된다고 할 것이다.
 ㈏ 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실에서 나타나는 아래와 같은 사정들, 즉 ① 피고가 내세우는 대규모 토목공사로 인한 사면붕괴, 산사태, 토사유출 등 재해의 위험성이나 이로 인한 농경지 매몰 및 유실 우려 등과 이 사건 신청지와 군도 사이에 설치될 진입로의 우수처리계획이 부적절하여 군도의 교통에 지장을 초래하거나 진입로의 경사로 인한 겨울철 교통사고의 발생 위험 등은 토지의 절개 및 이에 따른 성토와 사면 공사시 일반적으로 예상되는 문제로서 당초 피고가 자체 도시계획위원회에서 이 사건 신청지에 관한 국토이용계획 변경안을 심의·의결할 때까지 국토이용계획의 변경에 장애가 될 정도의 중대한 사정으로 문제를 삼지 아니하였던 부분일 뿐만 아니라 피고가 충청남도지사나 금강유역환경청장과 사이에 이 사건 신청지의 용도지역변경을 전제로 한 국토이용계획변경안을 협의하는 과정에서도 공사시행과정에서 향후 보완이 가능함을 전제로 자체 검토를 마친 사항의 일부로서 피고 스스로 국토이용계획변경안의 심의를 자체 도시계획위원회에 회부하기까지 하였으며, 장래 도시계획시설사업실시계획 인가 단계에서 충분히 검토·보완될 수 있는 사항에 해당하는 점, ② 이 사건 신청지내에 설치될 축산기술연구소에서 사육하게 될 가축의 숫자가 축종별로 많지 않고 축산폐수 역시 전량 외부의 축산폐수전문처리업체에 위탁 처리할 경우 축산폐수를 액비화하여 인근의 초지에 살포하는 경우에 비하여 지하수나 환경오염의 가능성이 현저히 낮을 것으로 보이는 반면, 이 사건 신청지 인근 양돈농가의 전체 사육 규모에 비추어 그곳에서 발생되는 축산폐수로 인한 환경오염의 우려나 지하수 및 조치원의 상수원인 조천이나 그 지천의 오염 가능성이 훨씬 클 것으로 보이는 점, ③ 피고가 원고 충북대학교 총장의 국토이용계획변경신청에 대하여 그 산하 부서와의 협의, 충청남도지사로부터의 토지수급계획의 변경승인을 거쳐 이 사건 신청지의 용도지역을 준도시지역(시설용지지구)으로 변경하는 내용의 국토이용계획변경에 관한 입안내용을 공고하는 한편, 충청남도지사 및 금강유역환경청장과 농지전용 내지 사전환경성 검토협의를 마치고 내부적으로 자체 도시계획위원회에서 이 사건 신청지에 관한 국토이용계획변경안을 의결하기까지 하여 피고에 의한 국토이용계획변경결정 및 이에 따른 공고만을 남겨두고 있었으므로 인근 주민들의 반대 민원만 없었더라면 원고 충북대학교 총장의 신청대로 국토이용계획이 변경되었으리라 보이는바, 인근 주민의 환경오염에 대한 우려는 위에서 본 바와 같이 객관적인 근거가 희박한 점, ④ 그밖에 충북대학교가 피고의 이와 같은 일련의 단계적 조치에 따라 이 사건 신청지에 대한 국토이용계획변경 및 이에 따른 축산기술연구소의 설치 준비를 위하여 그 동안 들인 시간적, 경제적 노력에다가 이 사건 신청지내 축산기술연구소의 설치·운영을 통하여 현장실습 및 교수, 대학원생들의 축산 전반에 걸친 연구 외에도 축산농가의 현장견학 및 실습교육, 최첨단 축산기술의 개발 및 지도, 우량품종의 개발·보급 및 이를 통한 지역경제의 활성화 등으로써 달성될 수 있는 공익적 측면 등 여러 사정을 종합하면, 피고가 이 사건 신청을 국토이용계획 입안에 반영할지 여부를 결정함에 있어서 이익형량을 전혀 하지 아니하였거나 이익형량을 하였더라도 그 이익형량의 정당성·객관성이 결여된 경우에 해당하여 이 사건 처분은 재량권을 남용하였거나 그 범위를 일탈하여 위법하다고 할 것이다.
3. 원고 충북대학교 총장의 소의 적법 여부에 관한 판단
 원고 충북대학교 총장은, 원고 대한민국에게 원고 적격이 인정되지 않을 경우를 대비하여 예비적으로 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙 및 비례의 원칙을 위반하여 재량권을 일탈, 남용한 것으로 위법하다면서 그 취소를 구한다. 
 살피건대, 앞서 인정한 바와 같이 원고 충북대학교 총장은 이 사건 신청지에 관한 국토이용계획상 용도지역을 농림지역 내지 준농림지역에서 준도시지역으로 변경하기 위하여 피고에게 이 사건 신청지에 관한 국토이용계획의 변경을 신청하였다가 반려되자 이 사건 소로써 위 반려처분의 취소를 구하고 있으나, 원고 충북대학교 총장의 위와 같은 국토이용계획변경신청이나 이 사건 제소행위는 모두 자연인이 아니라 원고 대한민국이 설치한 충북대학교의 대표자의 지위에서 이루어진 것으로서 충북대학교가 국가의 산하기관에 불과한 이상, 항고소송의 원고가 될 수 있는 당사자능력이 없으므로 이 사건 소 중 원고 충북대학교 총장의 청구 부분은 부적법하다고 할 것이다 
4. 결론
 그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고 대한민국의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 원고 충북대학교 총장의 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하할 것인바, 제1심 판결 중 원고 대한민국의 청구 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 이 사건 처분을 취소하며, 원고 충북대학교 총장의 청구 부분은 이와 결론을 같이 하여 위 원고의 항소가 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문에 기재한 대로 판결한다. 

판사 조관행(재판장) 석동규 김도형