법인세 부과 처분등 취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2008.03.21 / 시행일:

【원 고】 길동삼광연립재건축조합
【피 고】 강동세무서장
【변론종결】2008. 2. 22.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2007. 3. 1. 원고에 대하여 한 2001 사업연도 법인세 2,723,450원, 2002 사업연도 법인세 145,412,040원, 2003 사업연도 법인세 323,429,030원의 각 부과처분 및 피고가 2007. 3. 28. 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 2001 내지 2003년 귀속 각 소득금액 변동통지를 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 서울 강동구 길동 85 외 1필지 지상 연립주택 44세대의 소유자들로 구성된 재건축조합으로서, 서울특별시 강동구청장으로부터 2001. 7. 13. 주택조합 설립인가를, 2001. 12. 31. 사업계획 승인을, 2002. 4. 19. 주택조합 변경인가를 각 받았고, 2003. 7. 22. 도시및주거환경정비법에 따라 법인 설립등기를 경료한 후 2003. 7. 23. 다시 서울특별시 강동구청장으로부터 주택재건축정비사업조합 변경인가를 받았다.
 나. 원고는 2001. 9. 21. 우림건설 주식회사 및 우림산업개발 주식회사와 사이에, 원고와 우림건설 주식회사가 공동으로 재건축사업을 시행하고 우림산업개발 주식회사가 재건축공사를 시공하는 내용의 재건축공사계약을 체결한 후 위 지상에 아파트 1동 78세대를 건축하여 2003년경 위 아파트를 모두 분양하였다.
 다. 원고의 조합원들은 2004. 5. 31. 원고가 건축한 재건축아파트 중 조합원분양분 아파트 44세대를 제외한 일반분양분 아파트 34세대의 분양에 의하여 발생된 수입금액 가운데 각 일정 비율의 금액이 ‘사업소득’에 해당한다는 이유로 이를 종합소득금액에 합산한 후 2003년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 하였다가, 2004. 9. 30. 당초 신고내용이 잘못 되었다고 주장하면서 이미 납부한 종합소득세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나 이를 거부당하자,이 법원 2005구합21132호로 피고 등을 상대로 종합소득세경정청구거부처분 취소의 소를 제기하였다.
 라. 서울지방국세청장은 위 소송이 진행중이던 2007. 1. 10. 원고가 비영리내국법인에 해당하고 위 일반분양에 의한 수입금액이 비영리내국법인의 수익사업에서 발생된 소득에 해당한다는 이유로, 원고에게 위 수입금액에 대하여 법인세를 과세하고 다시 위 수입금액을 원고의 조합원들에 대한 배당으로 소득처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하라는 지시와 함께 피고 등에게 과세자료를 통보하였다.
 마. 피고 등은 위 과세자료를 근거로 원고의 조합원들이 신고납부한 종합소득세에 대한 경정청구거부처분을 직권으로 취소한 후 다시 경정결정을 하였고, 피고는 위 일반분양에 의한 수입금액에 대하여 2007. 3. 1. 원고에게 청구취지 기재와 같은 각 법인세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)을 한 후, 다시 위 일반분양에 의한 수입금액을 원고의 조합원들에 대한 배당으로 소득처분하여 2007. 3. 28. 원고에게 청구취지 기재와 같은 각 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 각 통지’라 한다)를 하였다(이하 위 각 부과처분과 위 각 소득금액변동통지를 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
 바. 원고는 이에 불복하여 2007. 5. 30. 국세심판원에 위 각 처분에 대한 국세심판을 청구하였으나, 국세심판원은 2007. 8. 24. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1 내지 3, 갑 제3호증의 1 내지 5, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증, 을 제1 내지 3호증의 각 1 내지 10, 을 제4호증, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6, 7호증의 각 기재
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 각 처분이 위법하고, 따라서 취소되어야 한다고 주장한다.
 (1) 원고는 소득세법상의 구분기장의무자가 아닌데도 피고는 원고가 소득세법상의 구분기장의무자에 해당함을 전제로소득세법 제161조,동법 시행령 제209조에 근거하여 이 사건 각 처분을 하였다.
 (2) 재건축사업으로 인하여 발생한 소득의 귀속자는 시행자인 우림건설 주식회사임에도 불구하고 피고는 위 소득의 귀속자가 원고와 원고의 조합원들임을 전제로 이 사건 각 처분을 하였다.
 (3) 설령 위 소득의 귀속자가 원고와 원고의 조합원들이라고 하더라도 원고와 원고의 조합원들이 위 소득을 실현하는 시점은 위 재건축사업으로 인하여 분양받은 조합원분양분 아파트를 처분하는 시점인데, 아직 위 아파트가 처분되지 않은 상태에서 원고와 원고의 조합원들에게 이 사건 각 처분을 한 것은 미실현소득에 대한 과세에 해당한다.
 (4) 일반분양분 아파트와 조합원분양분 아파트의 각 수입금액에 대응하는 공통경비의 안분계산은소득세법 시행규칙 제96조 제1항에 따라 분양가액을 기준으로 하여야 함에도 불구하고, 피고는 분양면적을 기준으로 공통경비를 안분계산하였다.
 (5) 원고의 조합원들에 대하여 배당으로 소득처분된 금액이 원고에게 부과된 법인세액만큼 이중계산되었다.
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다(이하 인용하는 법령은 모두 별지 관계 법령의 해당 법령을 가리킨다).
 다. 판단
 (1) 원고의 첫째 주장에 대하여
도시및주거환경정비법 제18조 제1항,부칙(2002. 12. 30. 법률 제6852호) 제10조 제1항,법인세법 제1조 제2호 나목,제2조 제1항 제1호,제3조 제1항 제1호,제2항 제1호의 각 규정에 비추어 보면, 원고는 각 사업연도의 수익사업에서 생기는 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무가 있는 비영리내국법인에 해당하고, 을 제4호증, 을 제5호증의 1, 2의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 원고에 대하여 원고가 위와 같이 법인세 납부의무가 있는 비영리내국법인으로서법인세법 제113조 제1항에 의한 구분기장의무자에 해당함을 전제로 이 사건 각 처분을 한 사실을 인정할 수 있으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (2) 원고의 둘째 및 셋째 주장에 대하여
 갑 제3호증의 1 내지 5, 갑 제4호증의 1, 2의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 도시및주거환경정비법상의 주택재건축정비사업조합은 통상 조합원 개개인으로부터 토지나 주택을 출자받아 조합원에게 1세대씩 분양할 아파트 외에 여분의 아파트와 상가 등을 추가로 건축하여 일반분양한 후 그 대금으로 건축비를 일부 충당함으로써 각 조합원이 부담할 건축비를 경감하는 방식으로 재건축사업을 시행하는 사실, 원고도 마찬가지로 조합원들로부터 대지와 주택 등을 출자받아 아파트 1동 78세대를 재건축하여 조합원들에게 아파트 44세대를 우선분양하고 남은 34세대 아파트는 일반분양한 후, 그로 인한 수입금을 각 조합원들에게 지분비율에 따라 배분하여 각 조합원이 납부할 건축비에 충당한 사실 등을 인정할 수 있는바, 위와 같이 원고가 일반분양으로 얻은 소득이 원고와 원고의 조합원들이 부담해야 할 건축비에 충당된 이상 그 소득은 모두 원고에게 귀속된 다음 원고의 조합원들에게 배분된 것으로 봄이 상당하다. 또한 앞서 살펴본 바와 같이 원고가 법인세법상 비영리내국법인에 해당하는 이상 원고가 주체가 되어 제3자에게 재건축한 아파트를 일반분양하고 얻은 소득은 원고에게는 비영리법인의 사업소득이 되어 법인세 부과대상이 되는 것이고, 원고의 조합원들에게는소득세법 제17조 제1항 제1호,제4호에 정한 배당소득이 되어 소득세 부과대상이 되는 것이므로, 이를 근거로 한 피고의 이 사건 각 처분은 실현소득에 대한 과세로서 적법하다. 따라서, 이와 다른 원고의 위 주장 또한 모두 이유 없다.
 (3) 원고의 넷째 주장에 대하여
 피고가 원고에 대하여 원고가 법인세법상의 구분기장의무자에 해당함을 전제로 이 사건 각 처분을 한 사실은 앞서 살펴본 바와 같으므로, 원고가 주장하는소득세법 시행규칙 제96조 제1항은 이 사건 각 처분의 근거규정이 아니지만, 피고의 위 각 처분의 근거규정인법인세법 시행규칙 제76조 제6항도 위소득세법 시행규칙 제96조 제1항과 유사한 규정을 두고 있으므로, 원고의 위 주장을 위 법인세법 시행규칙 규정과 관련된 주장으로 선해하여 살펴보기로 한다.법인세법 시행규칙 제76조 제6항은 비영리법인이 업종이 동일한 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통손금에 관하여 원칙적으로 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하도록 하되, 다만 예외적으로 개별손금이 없는 경우나 기타의 사유로 그와 같이 계산하는 것이 불합리한 경우에는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산할 수 있도록 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보건대, 재건축아파트의 분양가액은 통상 일반분양분 아파트의 경우에는 사전에 감독관청의 승인을 얻어 적정하게 산정되는 반면에 조합원분양분 아파트의 경우에는 조합원들의 의결을 거쳐 결정될 뿐만 아니라 조합원들의 추가부담금 등으로 인해 비교적 낮게 산정되는 사정이 있어, 공통손금을 일률적으로 재건축아파트의 분양가액에 비례하여 안분계산하는 것은 합리적인 계산방법이라 할 수 없다. 따라서, 일반분양분 아파트와 조합원분양분 아파트의 공통손금을 재건축아파트의 분양가액이 아닌 분양면적에 비례하여 안분계산하였다고 하여 이 사건 각 처분을 위법하다고 할 수는 없으므로, 원고의 위 주장 또한 이유 없다.
 (4) 원고의 다섯째 주장에 대하여
 이 사건 재건축아파트의 일반분양으로 인한 소득이 원고에게 비영리법인의 사업소득이 되어 법인세 부과대상이 되는 것임과 동시에 원고의 조합원들에게 배당소득이 되어 소득세 부과대상이 되는 것임은 앞서 살펴본 바와 같으나, 그러한 이중과세의 문제는소득세법 제56조에 정한 배당세액공제 제도를 통해 해소되고 있어 결국 그러한 사유로 이 사건 각 처분을 위법하다고 할 수는 없으므로, 원고의 위 주장 또한 이유 없다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 이경구(재판장) 이진석 정욱도