법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2013.11.29 / 시행일:

【원 고】 주식회사 □□□ (소송대리인 법무법인 세민 외 2인)
【피 고】 성북세무서장 (소송대리인 변호사 김창수 외 2인)
【변론종결】2013. 10. 4.
【주 문】
 1. 피고가 2009. 7. 1. 원고에게 한,
 가. 2000 사업연도 법인세 1,544,361,080원(가산세 포함), 2001 사업연도 법인세 1,029,502,590원(가산세 포함), 2002 사업연도 법인세 336,326,840원(가산세 포함)의 각 부과처분,
 나. 2003 사업연도 법인세 3,837,999,590(가산세 포함)의 부과처분 중 1,017,101,514원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 2,929,486,830원(가산세 포함)의 부과처분 중 2,097,423,503원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 717,401,090원(가산세 포함)의 부과처분 중 137,852,417원을 초과하는 부분, 2006 사업연도 법인세 2,344,489,260원(가산세 포함)의 부과처분 중 1,724,363,252원을 초과하는 부분을
 각 취소한다.
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】 피고가 2009. 7. 1. 원고에게 한 ① 2000 사업연도 법인세 1,544,361,080원(가산세 포함), 2001 사업연도 법인세 1,029,502,590원(가산세 포함), 2002 사업연도 법인세 336,326,840원(가산세 포함), 2003 사업연도 법인세 3,837,999,590(가산세 포함)의 각 부과처분, ② 2004 사업연도 법인세 2,929,486,830원(가산세 포함)의 부과처분 중 380,465,100원, 2005 사업연도 법인세 717,401,090원(가산세 포함)의 부과처분 중 137,852,417원, 2006 사업연도 법인세 2,344,489,260원(가산세 포함)의 부과처분 중 298,866,400원, 2007 사업연도 법인세 418,004,640원(가산세 포함)의 부과처분 중 36,198,833원, 2008 사업연도 법인세 927,522,850원(가산세 포함)의 부과처분 중 33,742,917원을 각 초과하는 부분을 각 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 1985. 11. 13. 설립된 법인인데, 국방부, 경찰, 소방서 등에 무기와 각종 장비 등의 공급을 중개하여 왔다.
 나. 서울지방국세청장은 2008. 9. 2.부터 2009. 6. 25.까지 원고에 대한 법인제세 통합조사를 실시하고, "2000년경부터 대한민국 정부와 러시아 정부 사이에 차관경협 사업의 일환으로 이루어진 러시아제 무기도입사업(불곰사업)의 중개인으로 활동하면서 29,796,460,224원을 중개수수료로 받아 해외계좌에 은닉하였다가, 소외 1, ◇◇◇ Inc.(변경 전 상호: ☆☆☆ Technology Co., 이하 2000. 4. 이전은 ☆☆☆, 이후는 ‘▽▽▽’이라 한다), 소외 10 회사, 기독교대한성결교회 ○○○교회(이하 ‘○○○교회’라 한다) 명의의 국내 차명계좌에 입금하는 방법으로 수입금액 신고를 누락하였다."고 판단하고, 피고에게 과세자료를 통보하였다.
 다. 이에 따라 피고는 2009. 7. 1. 원고에게 2000 사업연도 법인세 1,544,361,080원(가산세 포함), 2001 사업연도 법인세 1,029,502,590원(가산세 포함), 2002 사업연도 법인세 336,326,840원(가산세 포함), 2003 사업연도 법인세 3,837,999,590(가산세 포함), 2004 사업연도 법인세 2,929,486,830원(가산세 포함), 2005 사업연도 법인세 717,401,090원(가산세 포함), 2006 사업연도 법인세 2,344,489,260원(가산세 포함), 2007 사업연도 법인세 418,004,640원(가산세 포함), 2008 사업연도 법인세 927,522,850원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 라. 원고는 이에 불복하여 2009. 10. 23. 심사청구를 하였으나, 2011. 5. 12. 감사원으로부터 기각결정을 받았다.
[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증(가지번호 포함), 제8호증의 2, 을 제69, 70호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장
 이 사건 처분은 아래와 같은 사정으로 위법하므로, 2000 내지 2003 사업연도 법인세 부과처분 전부, 2004 내지 2008 사업연도 법인세 부과처분 중 형사판결에서 인정된 포탈세액을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다.
 (1) 소외 1은 원고의 동업자이고, ▽▽▽, 소외 10 회사, ○○○교회는 별개의 법인격을 가진 법인 등이므로, 이들 명의 계좌가 원고의 차명계좌임을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 실질과세원칙에 위배된다.
 (2) ① 소외 1 명의 계좌: 2000년부터 2002년까지 입금된 420만 달러는 출처 및 사용처를 추적할 수 없고, 불곰사업과 관련이 없는 점, 2003. 8. 19.자 5만 달러는 소외 1에게 지급된 중개수수료인 점, ② 투자금(MOA): 2000. 6. 30.자 합의서에 따라 2003년부터 2006년까지 소외 1로부터 600만 달러(6,717,176,448원)를 받았으나, 2000. 1. 10.부터 2003. 8. 19.까지 중개수수료로 150만 달러(1,782,464,000원)를 지급하고, 2010. 11. 12. ▽▽▽, 소외 10 회사 주식을 양도하였으므로, 투자금은 정산이 이루어진 점, 투자금 210만 달러는 서울 성북구 (주소 1 생략) 대 3,692㎡[이하 ‘(주소 1 생략) 토지’라 한다]의 구입 자금으로 사용되었지만, 장기간 투자금을 보관하기보다 부동산으로 유지하기 위해 소외 7과 ▽▽▽ 명의로 공동 구입하였다가 서울중앙지방법원(2003자2417)에서 공유물분할 화해로 정리한 점, (주소 1 생략) 토지에서 분할된 (주소 2 생략) 토지는 ▽▽▽의 소유이고, 원고는 ▽▽▽에 대한 주식 지분이 없는 점, ③ 3차 불곰사업 선수금(retainer fee): 중개 성공을 조건으로 받았으므로, 조건이 성취된 사업연도에 비로소 법인소득이 되는 점, ④ 형사판결: 형사판결에서 확정된 금액만을 법인소득으로 볼 수 있는 점, ⑤ 예금계좌의 흐름: 소외 10 회사 명의의 계좌 463만 달러는 서울 성북구 (주소 6 생략) 주택의 구입 자금으로 사용되었는데, 원고는 소외 10 회사에 대한 주식을 소유하고 있지 아니하므로, 원고의 소유로 볼 수 없는 점(소외 8은 소외 10 회사의 대표자인 소외 5로부터 승낙을 받고 거주하였다), ○○○교회 명의의 계좌 795만 달러 중 선수금을 제외한 나머지 중개수수료에 관한 법인세를 납부하였고, 나머지 2008. 10. 28.자 70만 달러 및 2008. 11. 13.자 22만 달러는 원고와 관련 없는 자로부터 입금된 것으로 확인된 점, ▽▽▽ 명의 계좌 440만 달러 중 50만 달러는 2004. 3. 23. 반환되었고, 나머지는 투자금으로 정산된 점 등을 고려할 때, 이 사건 처분 중 형사판결로 확정된 법인소득을 제외한 부분에 관한 법인세 부과처분은 근거과세원칙에 위반된다.
 (3) 세법상 신고하지 아니하거나 과소신고한 것에 불과하고, 조세의 부과 및 징수를 현저하게 곤란하게 하는 사기 기타 부정한 행위를 하였다고 볼 수 없으므로, 5년의 제척기간이 적용된다. 따라서 2000 내지 2003 사업연도 법인세 부과처분은 부과제척기간이 도과하였으므로 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 인정사실
 (1) 양해각서 체결 등
 (가) 원고는 1997. 8. 24. ☆☆☆와, ① ☆☆☆ 생산의 물건을 대한민국에 공급하기로 하는 Agent Roof Agreement, ② 1999. 8. 31. 대한민국 해경 위성영상지휘시스템사업과 관련된 국내 장비의 구매, 외국 장비의 공급 및 설치 등에 관한 양해각서를 각 체결하였다. 이때 소외 2는 원고의 대표자로, 소외 15는 ☆☆☆의 대표자로 각 서명하였다.
 (나) 원고는 1998. 7. 13. ☆☆☆와 아래와 같이 양해각서를 체결하였다.
 제1조(목적) 1. 본 각서의 목적은 1997. 8. 24. 체결된 Agent Roof Agreement의 협력범위를 넓히고, 내용을 구체화하는 데 있다. 2. 향후 발생한 수익금 중 공과금, 제비용을 제외한 순수익금은 상호 합의하에 교육사업과 사회복지사업, 선교사업에 우선 지원한다. 제2조(범위) 1. 각서의 적용은 양사가 공동 추진하기로 동의하고 별도 계약서에 명시된 프로젝트에 한정한다. 2. 계약서 체결은 협력업무의 원활한 집행 및 비밀유지 등을 위하여 양사가 지정하는 개인 명의로 계약을 체결하되, ☆☆☆와 원고가 각각 연대하여 책임진다. 3. 역할분담 및 지역 3-1. ☆☆☆ 가. 소프트웨어 개발 및 납품 나. 장비 및 하드웨어의 공급 다. 지역: 미합중국, 제3국가 3-2. 원고 가. 프로젝트 개발 및 마케팅 나. 지역: 대한민국 4. ☆☆☆는 미합중국 및 제3국가의 프로젝트 수주시 원고와 역할을 분담한다. 5. 원고는 대한민국의 프로젝트 수주시 소프트웨어 개발 및 해외 장비공급 부분을 ☆☆☆에게 하도급계약하기로 한다. 7. 양사는 향후 소외 8이 ☆☆☆의 업무에 참여할 경우, 서류상 법적 지위에 관계없이 소외 1이 모든 권한을 가지고 영업과 자금집행을 총괄할 것을 상호 합의한다. 8. 원고는 ☆☆☆가 운영할 대한민국 내 회사 설립을 지원하며 사무실 등을 제공한다. 단, 원고는 설립된 회사의 경영에 관여하지 않는다. 제6조(효력 발생) 1. 본 각서는 양사가 서명한 날로부터 10년간 유효하고, 별도 통보가 없으면 1년 기간으로 자동 연장한다. 2. 향후 양사간 체결되는 모든 계약은 별도로 명시되지 않는 한 본 각서의 내용이 우선한다. 
 (다) 원고의 대표이사였던 소외 2는 2000. 6. 30. 소외 1과 아래와 같이 합의하였다.
 소외 1과 소외 2는 1998. 7. 13. 체결된 양해각서상 사업의 구체적인 협력내용을 명시하고, 사업을 효율적으로 추진하기 위하여 회사를 대리하여 다음과 같이 본 합의서를 체결하고, 성실히 이행할 것을 약속한다. ※ 협력사업의 내용: 대한민국 공군 차기전투기 사업(이하 ‘P1’) 대한민국에 공급되는 러시아 무기체계 및 장비와 관련된 사업 일체(이하 ‘P2’) 제1조(합의내용) 1. 소외 1은 본인 또는 제3자를 위하여 P1, P2의 수주를 위해 소요되는 자금(이하 ‘투자금’)을 정해진 조건에 따라 소외 2에게 제공하기로 합의한다. 2. 소외 1, 소외 2는 P1, P2의 성공시에 제5조에 명시된 조건으로 성공보수를 배분한다. 3. 투자금 유치와 상기 사업의 원활한 수행을 위하여 소외 2는 소외 1에게 명의를 제공하여야 하며, 표면상 명의와 상관없이 실 사업 수행자인 소외 1에게 모든 권한이 있다. 4. 소외 2의 명의로 소외 1이 사실상 사업수행자가 될 경우에는 명의 사용 시작시 현재 소외 2가 수행하고 있는 사업에 대하여는 소외 2의 요청이 있을 경우 외에는 소외 1은 관여하지 못하며, 소외 2가 현재 사용하고 있는 법인, 개인 명의의 계좌의 잔고에 손실을 끼쳐서는 아니된다. 5. 사업 종료시까지 투자금에 대한 회계정리는 양사 모두 하지 아니한다. 제2조(투자금) P1, P2에 대한 투자금 총액은 10,000,000달러이고, 화폐단위는 달러, 유로, 엔, 원화 중에서 선택할 수 있다. 제3조(기간) 투자금의 유치기간은 합의서 서명일로부터 10년 동안으로 협력사업의 진행상황에 따라 연장될 수 있다. 제5조(성공보수) 1. P1, P2가 성공하였을 때 소외 1과 소외 2는 각 사업의 수익금 중 경비를 제외하고, 3등분하여 소외 1이 2를, 소외 2가 1에 해당하는 금액의 성공보수를 배분한다. 단, 경비내역의 산출에 투자금은 제외되며, 소외 1과 소외 2가 합의하여 결정한다. 2. 투자금 총액이 제2조의 금액에 미달되었을 때에는 소외 1의 성공보수도 비례하여 감소한다. 3. 본조 제1항의 성공보수의 지급은 소외 1과 ▽▽▽의 책임하에 배분하여 소외 2에게 지급한다. 4. 단, 위의 성공보수 외에 유치된 투자금액의 15%를 별도 보수로 소외 1에게 지급한다. 제6조(투자금 상환조건) 1. 협력사업 종료시에는 소외 2는 상대방으로부터 받은 투자금 중 제5조 제4항의 금액을 제외한 금액을 정산하여 소외 1에게 상환한다. 2. 단, 쌍방이 합의한 경우에는 상환하지 아니하고 새로운 사업을 위해 재투자될 수 있다. 
 (라) 2차 불곰사업의 무기중개수수료 수령
 원고와 소외 1은 대한민국 정부와 러시아 정부의 2차 불곰사업{1991년 구 소련에 제공한 경협차관 14억 7,000만 달러의 원리금 일부를 러시아제 무기로 상환받는 사업으로, 1차(1995년부터 2000년까지, 2.14억 달러), 2차(2003년부터 2006년까지, 5.34억 달러) 사업이 종료되었고, 3차 사업은 2003년부터 현재까지 진행 중인데, 무기대금 중 50%는 현금으로 지급하고, 나머지 50%는 경협차관과 상계하는 조건이다} 협상 진행 중 러시아의 무기제작업체인 소외 11 회사와 국영무기수출회사인 소외 12 회사의 비공식적 에이전트로 활동하면서, 소외 11 회사의 휴대용 대전차유도탄, 소외 12 회사의 공기부양정 품목의 국내도입을 위해 노력하였다. 이에 따라 소외 11 회사의 휴대용 대전차유도탄, 소외 12 회사의 공기부양정이 순차 도입되었고, 원고와 소외 1은 소외 11 회사 및 소외 12 회사로부터 무기중개수수료를 받을 수 있게 되었다. 그러나 2001년경 2차 불곰사업을 에이전트 개입 없이 러시아와 대한민국의 직접 계약으로 추진한다는 정부의 공식발표 등으로 무기중개수수료를 받기 어려워지자, 원고와 소외 1은 형식상 ☆☆☆가 베트남의 러시아 대전차미사일 도입을 중개한 데 따른 중개수수료를 수령하는 것으로 하여 아래와 같이 소외 2와 ☆☆☆ 공동 명의 계좌, 소외 2 명의 계좌로 무기중개수수료를 수령한 뒤, 바로 미국의 ☆☆☆ 명의 계좌로 이체하였다.
 연도무기중개수수료원고 수익(1/3) 소외 11 회사(달러)소외 12 회사(달러)소계(달러)연말환율(원)소계(원)(원) 20033,548,000?3,548,0001,197.84,249,794,4001,416,598,130 20042,564,0001,486,0004,050,0001,043.84,227,390,0001,409,130,000 20051,373,000260,0001,633,0001,013.01,654,229,000551,409,670 20061,910,0001,948,0003,858,000929.63,586,396,8001,195,465,600 2007?463,000463,000938.2434,386,600144,795,530 2008?322,000322,0001,257.5404,915,000134,971,670 합계9,395,0004,479,00013,874,000?14,557,111,8004,852,370,600 
 (마) 3차 불곰사업의 선수금(retainer fee) 수령
 원고와 소외 1은 소외 11 회사로부터 3차 불곰사업의 에이전트로 활동하여 소외 11 회사의 무기 채택을 전제로, 아래와 같이 선수금(retainer fee) 1,000만 달러를 받았다. 그 중 원고의 몫은 1/3에 해당하는 약 330만 달러(3,580,769,000원)이다.
 연도선수금(달러)원고 수익(1/3)(원) 20033,776,0001,507,631,000 20042,729,000949,510,000 20051,462,000493,669,000 20062,033,000629,959,000 합계10,000,0003,580,769,000 
 (바) 원고의 무기중개수수료, 선수금의 교회 기부
 원고는 원고 몫의 무기중개수수료 및 선수금을 ☆☆☆ 명의 미국 계좌에 보관하던 중, 2005. 12.경 소외 1에게 "○○○교회에 기부해달라."고 요청하였다. 이에 따라 소외 1은 아래와 같이 ☆☆☆ 명의 미국 계좌에서 ○○○교회 명의 계좌로 총 7,954,746.82달러를 송금하였다. 원고는 2007. 1. 16. 이사회를 개최하여 ○○○교회에 기부하기로 결의하였고, 원고 주주들(소외 2, 소외 12, 소외 16, 소외 17, 소외 8) 전원은 같은 날 주주동의서를 제출하였다.
 순번송금일자금액(달러)금액(원) 12005. 12. 29.307,946.82311,857,745 22006. 2. 1.1,299,980.001,259,160,628 32006. 2. 22.1,339,980.001,241,625,468 42006. 6. 1.1,339,980.001,326,621,048 52006. 7. 7.719,980.00683,765,006 62006. 9. 4.739,980.00711,194,778 72007. 1. 11.999,980.00939,781,204 82007. 8. 9.196,980.00181,970,124 92008. 1. 7.399,980.00374,901,254 102008. 2. 25.99,980.0094,881,020 112008. 3. 21.449,980.00456,234,722 합계?7,894,746.827,581,992,997 
 (사) 한편, 원고는 2004. 9. 29.부터 2007. 3. 30.까지 ▽▽▽의 주주인 소외 1, 소외 18, 소외 19, 소외 8로부터 ▽▽▽ 주식 16,380주(액면가 100달러)를, 소외 10 회사의 주주인 소외 1, 소외 18, 소외 20으로부터 소외 10 회사 주식 240,130주(액면가 10달러)를 각 양도받았다.
원고(대표자 소외 2)는 2007. 4. 12. 소외 1에게 "1998. 7. 13.자 양해각서와 2000. 6. 30.자 합의서에 근거하여 합의된 투자금 10,000,000달러는 2007. 4. 12. 현재 전액(▽▽▽, 소외 10 회사 주식 포함) 수령하였으며, 합의된 투자금 8,500,000달러(기지급한 중개수수료 1,500,000달러 공제)를 2010. 6. 30.까지 반환하지 않을 시 첨부된 주식양도계약서대로 전 주식을 포기·양도하겠다."는 확인서를 작성해 주었다. 확인서에는 "원고는 소외 1에게 ▽▽▽ 주식 16,380주, 소외 10 회사 주식 240,130주를 양도한다."는 주식양도양수계약서가 첨부되어 있었다.
 (아) 소외 1은 2007. 4. 12. 원고(대표자 소외 2)에게 아래와 같이 확인서를 작성해 주었다.
 1. 보관하고 있는 원고 주식양도계약서는 2010. 6. 30.까지는 어떤 형태로든 사용하지 않을 것이며, 2010. 6. 30.까지 8,500,000달러를 본인이 수령할 시 주식양도계약서는 무효화하며, 즉시 계약서 원본을 반환한다. 2. 양해각서에 근거하여 본인이 ☆☆☆ 운영시 사용한 소외 8 계좌 3. 합의서에 근거하여 사용한 소외 2 계좌, 합의서 이후 새로 개설한 소외 2 계좌, 원고 일본계좌는 원고 대표이사 소외 2와 소외 2, 소외 8이 본인이 사용하는 것에 동의하여 본인이 사용관리하였음을 확인한다. 
 (자) 원고(대표자 소외 2)는 2008. 8. 26. 소외 1과 아래와 같이 합의하였다.
 1. 소외 1은 서울 성북구 (주소 2 생략) 소재 ▽▽▽ 소유 부동산을 1998. 7. 13.자 양해각서 제1조 제2항에 의거 원고가 학교사업목적으로 사용할 수 있도록 근저당설정 물건으로 제공하기로 동의하였음을 확인한다. 2. 소외 1은 한국 정부와 러시아 정부간에 3차 불곰사업이 성공할 경우에는 원고에게 선지급된 330만 달러(투자금 명목 선급금)는 원고의 수익금으로 인정한다. 3. 1항의 경우 소외 1은 러시아로부터 추가소득이 있을 경우에는 2000. 6. 30.자 합의서 제5조에 의하여 1/3에 대한 금액을 정산하여 원고에게 추가 지급한다. 4. 원고는 2000. 6. 30.자 합의서 제5조에 의하여 현재까지 소외 1이 분배한 금액에 이의가 없음을 확인한다. 5. 원고는 소외 1이 ○○○교회로 송금한 금액(2005 ~ 2008년)은 원고의 요청에 의하여 소외 1이 기부한 것임을 확인한다. 6. 원고는 소외 1이 원고의 몫으로 분배한 금액 중 330만 달러는 미확정 금액임을 알고 소외 1이 러시아 정부의 요청에 따라 원고에게 반환청구를 할 경우에는 원고도 즉시 소외 1에게 반환할 것을 약속한다. 
 (차) 원고는 2010. 3. 26. 소외 1과 아래와 같이 합의하였다.
 1. 2000. 6. 30.자 합의서에 근거하여 2010. 6. 30.까지 이행되어야 하는 투자금 반환기일을 5개월 연장하기로 합의한다. 2. 원고는 2010. 11. 31.1)까지 투자금반환을 이행하지 않을 시에는 원고가 보유하고 있는 ▽▽▽(16,380주), 소외 10 회사(240,130주)의 주식을 소외 1에게 양도하도록 합의한다. 3. 투자금 반환은 원고 및 원고가 지정하는 사람에게 할 수 있도록 합의한다. 
1) 11월은 30일까지이므로, 이는 오기로 보인다.
 (카) 원고는 2010. 11. 12. 소외 1이 지정한 소외 4에게 ▽▽▽, 소외 10 회사의 주식을 양도하였다.
 (2) 관련 판결 등
 (가) 서울지방국세청장은 2009. 6.경 원고와 소외 2를 조세범처벌법위반죄로 고발하였다. 서울중앙지방검찰청 검사는 2000 사업연도 법인세에 관하여는 공소시효 만료를 이유로 공소권없음 처분을 하고, 별지 ‘누락소득 및 형사사건 인정 금액’ 중 형사기소된 소득금액을 제외한 나머지 금액에 관하여는, ‘소외 1이 미국시민권자로서 귀국의사가 없어 소재불명‘임을 이유로 참고인중지 처분을 하였다.
 (나) 원고와 소외 2는 서울중앙지방법원(2009고합14060)에 아래와 같은 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)죄, 조세범처벌법위반죄(2004 내지 2008 사업연도 소득금액), 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)죄로 각 기소되었다.
 소외 2는 2000. 6. 30. 소외 1과 대한민국에 공급되는 러시아 무기체계 및 장비와 관련된 사업 등에 대한 동업약정서를 체결하고, 소외 1로부터 10년 후 상환조건으로 사업유치에 필요한 투자금 1,000만 달러를 받기로 한 후, 소외 1로부터 2003년경부터 현금으로 600만 달러, ▽▽▽과 소외 10 회사의 주식으로 합계 400만 달러를 받았다. 소외 2는 소외 1과 함께 2000년부터 2006년까지 추진된 2차 불곰사업에서 러시아 무기수출업체의 에이전트로 활동하면서 휴대용 대전차유도미사일, 공기부양정 등 미화 약 3억 1,000만 달러 상당의 무기도입을 중개하였다. 소외 2는 소외 1과 함께 2003. 1.경부터 2006. 12.경까지 러시아의 소외 11 회사로부터 METIS-M 품목에 대한 중개수수료 명목으로 939만 달러를, 3차 불곰사업에 대한 선수금(리테이너) 명목으로 1,000만 달러를, 2004. 3.경부터 2008. 9.경까지 소외 12 회사로부터 MURENA 품목에 대한 중개수수료 명목으로 448만 달러를 수령하였다. 1. 조세포탈 소외 2는 2004. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지 러시아의 소외 11 회사 및 소외 12 회사로부터 2차 불곰사업에 대한 원고의 중개수수료 1,409,130,000원을 미국의 소외 2 및 ☆☆☆의 공동명의 계좌 또는 소외 2의 계좌 등을 통해 수령한 뒤 다시 ☆☆☆의 계좌로 이체하는 방법으로 원고의 2004 사업연도 법인세 380,465,100원을 포탈하고, ○○○교회의 우리은행 계좌로 이체하는 등의 방법으로 2005 사업연도 법인세 137,852,417원, 2006 사업연도 법인세 298,866,400원, 2007 사업연도 법인세 36,198,883원, 2008 사업연도 법인세 33,742,917원을 포탈하였다. 원고는 그 대표이사인 소외 2가 2006 사업연도부터 2008 사업연도까지 법인세를 포탈함으로써 원고의 업무에 관하여 조세범처벌법 위반행위를 하였다. 2. 업무상배임 소외 2가 소외 1과 함께 2003. 1.경부터 2008. 12.경까지 수령한 중개수수료 및 선수금 합계 2,387만 달러 중 1/3인 795만 8,000달러는 피해자 원고의 소유인데도, 소외 2는 소외 1에게 요청하여 2005. 12. 29.부터 2008. 3. 21.까지 11회에 걸쳐 7,954,746달러를 ○○○교회의 우리은행 계좌로 송금하게 하여 ○○○교회에 7,581,992,997원 상당의 재산상 이익을 취득하게 하고, 원고에게는 같은 금액 상당의 손해를 가하였다. 3. 업무상횡령 소외 2는 2003년부터 2006년까지 소외 1로부터 받은 사업투자금 600만 달러를 소외 1, ▽▽▽ 및 소외 10 회사의 계좌로 수령하였는데, 2003. 2. 11.부터 2006. 5. 19.까지 29회에 걸쳐 그 중 46억 1,070만 원을 원고를 위한 지출 외의 용도인 ○○○교회 대여금, 부동산 취득자금, 개인적인 대여금, 대출금 상환자금 등의 용도로 임의로 사용하여 이를 횡령하였다. 
 (다) 소외 2는 2010. 1. 29. 위 법원으로부터 징역 3년 및 집행유예 4년을, 원고는 선고유예 판결을 각 선고받았고, 2010. 7. 16. 서울고등법원(2010노468)으로부터 동일한 형을 선고받았다(2004 사업연도 법인세 포탈로 인한 조세범처벌법위반 및 일부 횡령에 관하여 무죄판결을 받았다). 소외 2는 2012. 6. 14. 대법원(2010도9871)으로부터 무죄판결 받은 2004 사업연도 법인세 포탈로 인한 조세범처벌법위반에 관하여 "무기중개수수료 상당의 수입을 누락한 것은 수입의 외부 노출을 막기 위한 거래 명의 위장 및 해외 계좌의 사용, 그 수입을 누락한 장부의 허위기장 등 적극적인 소득은닉 행위가 수반된 것으로서 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 하는 사기 기타 부정한 행위에 해당한다."는 이유로, 파기환송 판결을 받았다.
 (라) 소외 2는 2009. 11. 6. 피고에게 법인세 포탈분 887,125,710원(= 2004 사업연도 380,465,100원 + 2005 사업연도 137,852,417원 ＋ 2006 사업연도 298,866,400원 ＋ 2007 사업연도 36,198,883 ＋ 2008 사업연도 33,742,917원)을 납부하였다.
 (3) 자금의 흐름 등
 (가) 피고가 판단한 원고의 수입신고 누락금액, 형사판결에서 인정된 수입신고 누락금액은 별지 ‘누락소득 및 형사사건 인정 금액’과 같다.
 (나) 피고가 원고의 차명계좌로 판단한 계좌들(이하 ‘이 사건 각 계좌’라 한다) 내역은 아래와 같다.
 ?명의자계좌번호개설일 1소외 1우리은행(계좌번호 1 생략)2000. 3. 20. 2▽▽▽우리은행(계좌번호 2 생략)2003. 4. 6. 3소외 10 회사소외 15 은행(계좌번호 3 생략)2004. 5. 28. 4○○○교회우리은행(계좌번호 4 생략)2005. 3. 29. 
 (다) 이 사건 각 계좌의 자금 흐름은 아래와 같다.
 ○ 소외 1 명의 계좌
 해외송금자송금일송금액(원)사용처 추적여부 추적불가2000. 3. 22.893,779,466추적불가 2000. 11. 22.1,048,771,354 2000. 11. 27.119,445,898 2000. 12. 7.17,883,721 2001. 1. 19.257,155,912 2001. 1. 26.190,524,432 2001. 2. 7.141,227,466 2001. 5. 25.128,080,000 2001. 6. 22.26,038,000 2001. 8. 8.193,290,000 2001. 9. 6.89,796,000 2001. 12. 20.154,968,000 2001. 12. 29.291,742,000 2002. 1. 19.48,840,000 2002. 3. 4.530,400,000 2002. 3. 15.99,202,500 2003. 1. 24.589,100,000추적(별지 참조) 2003. 1. 27.1,054,710,000〃 2003. 1. 29.702,540,000〃 소계6,577,494,749〃 소외 13 회사2003. 4. 21.3,012,500,000〃 ☆☆☆2003. 8. 19.58,765,602〃 2003. 11. 27.721,973,813〃 소계780,739,415? 합계10,370,734,164? 
 ○ ▽▽▽ 명의 계좌
 해외송금자송금일송금액(원)사용처 추적여부 소외 52003. 5. 6.726,593,389추적(별지 참조) ☆☆☆2003. 9. 25.230,417,020〃 ▽▽▽2003. 8. 21.263,781,819〃 2003. 11. 26.240,673,983〃 2004. 2. 27.587,244,127〃 2004. 11. 25.532,700,000〃 2005. 2. 2.513,744,862〃 2005. 7. 8.1,052,494,737〃 2006. 4. 10.666,675,238〃 소계3,857,314,766? 합계4,814,325,175? 
 ○ 소외 10 회사 명의 계좌
 해외송금자송금일송금액(원)사용처 추적여부 소외 10 회사2004. 5. 31.3,846,810,000추적(별지 참조) 2004. 6. 17.590,070,000〃 2004. 7. 13.292,587,000〃 2004. 11. 26.318,090,000〃 합계5,047,557,000? 
 ○ ○○○교회 명의 계좌
 해외송금자송금일송금액(원)사용처 추적여부 ☆☆☆2005. 12. 29.311,857,745추적(별지 참조) 2006. 2. 1.1,259,160,628〃 2006. 2. 22.1,452,280,636〃 2006. 6. 1.1,326,621,048〃 2006. 7. 7.683,765,006〃 2006. 9. 4.711,194,778〃 2007. 1. 11.939,781,204〃 2007. 8. 9.181,970,124〃 2008. 1. 7.374,901,254〃 2008. 2. 25.94,881,020〃 2008. 3. 21.456,234,722〃 소계7,792,648,165〃 ▽▽▽2008. 1. 2.469,095,309〃 소외 6(영문명)2008. 10. 28.1,002,441,358〃 2008. 11. 13.299,659,454〃 소계1,302,100,812? 합계9,563,844,286? 
 (4) 기타
 (가) 원고는 2000 사업연도, 2006 사업연도, 2007 사업연도에 ☆☆☆ 또는 ▽▽▽로부터 받은 돈을, 원고의 계열사인 소외 14 회사는 2004 사업연도에 소외 13 회사로부터 받은 돈을 각 법인 수입금액으로 신고하였다.
 (나) 소외 7(소외 2의 처이다)과 ▽▽▽은 2003. 5. 13. 소외 1 명의 계좌에 입금된 5,240,100,000원으로 (주소 1 생략) 토지를 공동으로 취득하였다. (주소 1 생략) 토지에서 2003. 12. 8. (주소 2 생략) 토지(1,647㎡)가 분할되었고, 소외 7 명의로 (주소 1 생략) 토지에 관하여, ▽▽▽ 명의로 (주소 2 생략) 토지에 관하여 각 소유권이전등기가 마쳐졌다.
 소외 2가 이사장으로 있는 학교법인 △△학원(이하 ‘△△학원’이라 한다)은 2006. 9. 20. (주소 1 생략) 토지를 담보로 제공하고, 한국사학재단으로부터 24억 원을 대출받았다. 또한 △△학원은 2008. 8. 12. (주소 2 생략) 토지를 담보로 제공하고, 소외 15 은행으로부터 13억 원을 각 대출받았다.
 (다) 소외 10 회사는 2004. 5. 18. 소외 10 회사 명의 계좌에 입금된 돈 중 3,375,000,000원으로 서울 성북구 (주소 6 생략) 소재 주택 등의 소유권을 취득하였는데, 소외 2가 매매계약을 체결하였다.
 소외 8은 2008. 2.경 이래 위 주택에서 거주하고 있다.
 (라) ☆☆☆, 소외 10 회사, ▽▽▽의 소재지 및 대표자는 아래와 같다. ☆☆☆, ▽▽▽, 소외 10 회사는 모두 소재지에 존재하지 않는 페이퍼컴퍼니(paper company)로 밝혀졌다. ▽▽▽, 소외 10 회사 소재지인 ‘(주소 9 생략)’은 소외 8 소유로, 주택가에 있다.
 ▽▽▽의 2008. 6. 20. 기준 법인명세서에는 소외 8이 대표자 겸 총무, 회계담당자, 이사로, (주소 2 생략) 토지를 소외 15 은행에 담보로 제공하기 위한 2008. 6. 30.자 이사회 회의록상 소외 8이 1인 주주로 기재되어 있다.
 회사명소재지대표자비고 ☆☆☆(주소 10 생략)소외 82000. 4.경 법인으로 전환하면서 상호를 ▽▽▽로 변경하였다. (소외 2의 장남) ▽▽▽(주소 9 생략)〃2009. 2. 18. 소재지를 ‘(주소 10 생략)’로, 대표자를 소외 1로 각 변경 (2000. 4. 28. 설립) 소외 10 회사〃소외 92009. 2. 18. 소재지를 ‘(주소 5 생략)’로, 대표자를 소외 5로 각 변경 (2004. 5. 31. 설립)(소외 2의 차남) 
 (마) △△학원이 2008. 8. 12. 소외 15 은행에 제출한 ▽▽▽의 법인명세서에 의하면, 대표자 및 회계책임자는 소외 8로 되어 있다. 또한 2008. 6. 30.자 ▽▽▽의 이사회 회의록에 의하면, 소외 8의 1인 회사로 기재되어 있다.
 ▽▽▽은 미국 국세청에 2004 사업연도 법인세 890달러를 납부한 외에 법인세를 납부한 사실이 없다.
미국 FIU(재무부 산하 금융범죄담당부)의 통보에 의하면, 소외 2와 소외 8은 ▽▽▽의 소유주로 회사계좌의 서명자이다.
 (바) 원고는 독일의 소외 16 회사와 2000. 6. 16. 한국형 잠수함 판매 관련 컨설팅 계약을, 2000. 12. 11. 잠수함 운용 소프트웨어 판매계약을 각 체결하였다. 잠수함 운용 소프트웨어 판매계약서에 의하면, 원고는 소프트웨어 판매에 따른 중개수수료로 계약 체결시 2,247,210유로, 접수시점에 249,690유로를 받는 것으로 되어 있다. 원고는 2001. 1. 19. 소외 16 회사로부터 2,247,200유로를 받았으나, 원고 명의 계좌로 나머지 잔금이 입금된 내역은 없다.
 (사) 피고는 이 사건 처분을 하면서 원고의 누락 소득을 대표자인 소외 2에 대한 상여, 소외 7에 대한 기타소득으로 소득처분하여 2009. 7. 1. 원고에게 소득금액변동통지를 하는 한편, 소외 2, 소외 7에게 종합소득세 부과처분을 하였는데, 소외 2, 소외 7은 이를 다투지 않고 있다.
 (아) 원고는 2013. 8. 14. 이 법원 변론기일에서 ○○○교회 계좌 입금액 중 형사사건에서 인정된 부분에 관하여 원고의 소득임을 인정하였다.
 (5) 관련인들의 진술
 (가) 소외 2는 2008. 9. 2. 서울지방국세청 조사에서 "☆☆☆의 소외 15가 누구인지 모른다. 소외 5는 이름을 밝히기 어려운 분의 아들이다", 2008. 12. 17. 서울지방국세청 조사에서 "▽▽▽, ☆☆☆, 소외 10 회사, 소외 13 회사의 실체에 관하여 답할 수 없다. 소외 1에게 물어보아야 한다."고 진술하였고, 2009. 3. 20. 서울지방국세청 조사에서 "원고 등 계열사의 자금 입출금에 대한 보고는 월간으로 받거나 필요할 때 받는다. 원고와 소외 14 회사 정도만 직접 받고 나머지 소외 17 회사, 소외 18 회사 등 다른 회사는 독립적이기 때문에 거의 보고를 받지 않는다. 소외 14 회사와 원고의 통장관리를 직접 하는 것은 아니나, 본인의 결재 없이 돈이 지출되는 경우는 없다."고, 2009. 5. 12. 서울지방국세청 조사에서 "차기 잠수함 사업을 위해 1998년경 스웨덴의 소외 19 회사와 에이전트 계약을 체결하고, 소외 19 회사의 잠수함 사업부분이 독일 소외 16 회사로 합병되자, 2000년경 소외 16 회사와 컨설턴트 계약을 체결하였다. 2000년경 차기 전투기사업과 관련하여 프랑스의 탈레스사와 에이전트 계약을 체결하였다. 소외 1로부터 차기 잠수함 및 차기 전투기 사업 유치를 위해 2000년경부터 2003년경까지 약 800만 달러를 받았다. 원고와 투자관계에 있는 계열사로는 소외 14 회사, 협력관계에 있는 계열사로는 소외 17 회사, 소외 18 회사, ◎◎사회복지법인, △△학원이 있다."고 각 진술하였다.
 (나) 소외 8은 2008. 12. 10. 서울지방국세청 조사에서 "2000년경 소외 1에게 ▽▽▽의 대표자 명의를 빌려주었다. 소외 1이 미국 국적자였기 때문에 ▽▽▽을 대신하여 2003. 5. 13. (주소 1 생략) 토지를 소외 7 명의로 취득하였다."고 진술하였다.
 (다) 소외 1은 ① 2008. 12. 22. 작성한 확인서에서 "1998년 말 소외 2의 제의로 차기 전투기 및 중형잠수함 사업에 관심을 가지게 되었다. 이러한 사업들의 홍보 및 영업비용으로 1,000만 달러를 사업자금으로 지원하기로 약속하고, 1999. 11. 소외 2와 합의서를 작성하였다. 소외 7에게 명의신탁하여 ▽▽▽과 공동명의로 (주소 1 생략) 토지를 취득하였다. ▽▽▽과 소외 10 회사는 소외 2와 원활한 협력체제를 만들자는 미국 내 투자자들의 의견, 소외 8, 소외 9에게 비즈니스를 공부하는 계기를 마련하려는 소외 2의 의견을 반영하여 소외 8이 ▽▽▽에, 소외 9가 소외 10 회사에 관여하게 되었다."고 진술하였고, ② 2009. 9.경 서울중앙지방검찰청 조사에서 "2000. 3. 22.부터 2003. 11. 27.까지 본인 명의 계좌로 입금된 돈은 본인의 사업으로 얻은 수익금, 소외 2에게 투자하기 위해 지인들로부터 유치한 자금이 포함되어 있다. 소외 2, 소외 8의 한미은행 계좌, 소외 2의 Bank Of America 계좌, 동경의 원고 계좌를 관리하였고, 이 사건 각 계좌 중 본인 명의 계좌도 본인이 관리하였다. ☆☆☆, ▽▽▽, 소외 10 회사, 소외 14 회사는 본인이 설립한 회사로, 위 회사들의 각 계좌도 본인이 관리하였다. 원고는 본인으로부터 받은 사업유치 투자금 1,000만 달러 중 850만 달러를 반환할 의무가 있으나, 2000. 6. 30.자 합의서 제6조 제2항에 의해 본인과 소외 2의 합의에 의해 상환하지 아니하고 새로운 사업을 위해 재투자할 수 있다. 3차 불곰사업의 선수금 1,000만 달러 중 원고에게 배분된 330만 달러는 3차 불곰사업이 잘못되면 다시 돌려주어야 하는 것이나, 본인과 소외 2, 러시아 회사 모두 3차뿐만 아니라 4차, 5차까지 사업이 연속된다고 믿고 있다."고 진술하였다.
[인정근거] 갑 제6호증, 제8호증의 1, 제10 내지 13, 17 내지 27, 29, 32, 33(가지번호 포함), 을 제19 내지 27, 39, 41, 45, 51, 60 내지 63, 65 내지 68, 72 내지 75, 81, 82, 83호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 과세요건사실의 입증에 관한 판단
 (1) 관련 법리
 법인세법의 규정에 의한 납세자의 과세표준확정신고에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는바, 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없다 할 것이므로, 납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입액을 결정한 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 속한다. 한편 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 참조).
 (2) 2000, 2001, 2002 사업연도 법인세에 관하여(소외 1 명의 계좌)
 위 사업연도 법인세는 소외 1 명의 계좌에 입금된 돈을 법인소득으로 보아 과세가 이루어졌다. 그런데 법인소득으로 볼 수 있는 정황에 해당하는 사정들로, 원고와 ☆☆☆가 1997. 8. 24. "원고가 ☆☆☆ 생산 물품을 국내에 공급한다."는 포괄적인 내용의 Agent Roof Agreement를, 1999. 8. 31. 대한민국 해경 위성영상지휘시스템과 관련된 물품의 구매와 공급, 설치에 관한 양해각서를 각 체결한 사실, 원고는 독일의 소외 16 회사와 2000. 6. 16. 한국형 잠수함 판매 관련 컨설팅 계약, 2000. 12. 11. 잠수함 운용 소프트웨어 판매계약을 각 체결하고, 2001. 1. 19. 소프트웨어 판매에 다른 중개수수료로 2,247,20유로를 받았으나, 원고 명의 계좌로 나머지 잔금이 입금된 내역은 없는 사실, 소외 2는 2008. 9. 2. 서울지방국세청 조사에서 "1998년경 스웨덴 소외 19 회사와 차기잠수함 사업을 위한 에이전트 계약을 체결하고, 2000년경 소외 19 회사의 잠수함 사업 부분을 인수한 독일의 소외 16 회사와 컨설턴트 계약을 체결하였고, 2000년경부터 2003년경까지 소외 1로부터 차기 잠수함 및 차기 전투기 사업 유치를 위해 800만 달러를 받았다."고, 소외 1은 2008. 12. 22. 작성한 확인서에서 "1998년 말 소외 2의 제의로 차기 전투기 및 중형 잠수함 사업에 관심을 가지게 되었고, 이러한 사업들의 홍보 및 영업비용으로 1,000만 달러를 사업자금으로 지원하기로 약속하고 1999. 11. 소외 2와 합의서를 작성하였다."고 각 진술한 사실이 인정된다.
 그러나 2000. 3. 22.부터 2002. 3. 15.까지 소외 1 명의 계좌에 입금된 돈의 출처 및 사용처가 전혀 밝혀지지 아니한 점, 피고는 원고의 차명계좌라 주장하나, 앞에서 인정한 정황 이외에 입금된 돈이 원고에게 귀속되거나 관리되어 있었음을 밝히지 못하고 있는 점(소외 1이 계좌를 사용하다가 원고에게 2003년 이후에 인도하였을 가능성을 배제할 수 없다), 1차 불곰사업은 1995년부터 2000년까지, 2차 불곰사업은 2003년부터 2006년까지, 3차 불곰사업은 2003년부터 진행되었으므로 위 사업연도에 불곰사업에 관련된 수익금이 입금되었다고 볼 정황이 없는 점(2, 3차 불곰사업과 관련된 중개수수료 또는 선수금은 2003년에 입금되었다), 소외 2가 차기 잠수함 및 차기 전투기 사업 유치를 위해 소외 1로부터 800만 달러를 받았다고 진술하고 있으나, 언제 어떤 방법으로 받았는지, 소외 1 명의 계좌로 받았는지 알 수 없는 점, 소외 1은 위 사업연도에 입금된 돈이 자신의 수익금 또는 투자 유치 자금이고, 자신이 관리하였다고 진술하고 있는 점, 형사판결에 의하면 위 사업연도의 소외 1 명의 계좌에 관하여는 아무런 판단을 하지 아니한 점(별지 ‘누락소득 및 형사사건 인정금액’ 참조) 등을 고려할 때, 위 인정사실만으로 위 사업연도의 소외 1 명의 계좌에 입금된 돈이 원고에게 귀속되었음을 인정하기에 부족하므로, 과세요건사실이 입증되었다고 볼 수 없다.
 (3) 2003 내지 2008 사업연도 법인세에 관하여(이 사건 각 계좌)
 (가) 이 사건 각 계좌의 출처 및 사용처
 ① 이 사건 각 계좌에 입금된 돈은 아래와 같이 원고, 원고 계열사(소외 14 회사, ◎◎솔라리스, ◎◎복지재단, △△학원), 원고의 대표이사였던 소외 2, 그의 아들인 소외 8, 소외 9, 처인 소외 7, 소외 7 명의의 부동산 취득, 원고의 사옥이나 ○○○교회 신축자금으로 사용되었다.
 〈소외 1 명의 계좌〉 (단위: 억 원) 해외송금자액수합계액사용처액수 ☆☆☆8?부동산 취득24 ?(소외 7 명의) (65만 달러)?부동산 취득19 38(▽▽▽ 명의) 소외 13 회사30(315만 달러)원고 및 계열사12 ?소외 2 및 가족5 (250만 달러)?(현금인출 포함) ?소외 11 
 〈▽▽▽ 명의 계좌〉 (단위: 억 원) 해외송금자액수합계액사용처액수 ☆☆☆248원고 및 계열사16 (20만 달러) ▽▽▽39교회, 사옥 신축비용13 (362만 달러) 소외 57(442만 달러)소외 2 및 가족17 (현금인출 포함) (60만 달러)기타2 
 〈소외 10 회사 명의 계좌〉 (단위: 억 원) 해외송금자액수합계액사용처액수 소외 10 회사5050부동산 취득38 (소외 10 회사 명의) 원고2 (473만 달러)(473만 달러)소외 2 및 가족10 (현금인출 포함) 
 〈○○○교회 명의 계좌〉 (단위: 억 원) 해외송금자액수합계액사용처액수 ☆☆☆8196원고 및 계열사37 (800만 달러) ▽▽▽5소외 2 및 가족32 (50만 달러)(953만 달러)(현금인출 포함) 소외 6(영문명)13교회 신축비용27 (92만 달러) 
② 소외 1 명의의 계좌의 사용처에 관하여 보면, 4,397,600,000원은 원고, 소외 2, 소외 8, 소외 9, 소외 7 등의 계좌를 거쳐 분할 전 (주소 1 생략) 토지의 구입자금으로 사용되었는데, 소외 7이 1/2 공유지분권자인 점(소외 8, 소외 1은 "소외 1이 소외 7에게 분할 전 (주소 1 생략) 토지 중 1/2 지분을 명의신탁하였다."는 취지로 진술하였으나, 원고는 소외 1로부터 받을 투자금을 현금으로 보관하는 대신 부동산으로 유지하기로 하였다고 하여, 1/2 지분이 원고 또는 소외 2의 소유라는 취지로 주장하고 있다), 원고의 계열사인 △△학원은 분할된 (주소 1 생략), (주소 2 생략) 토지를 담보로 총 37억 원을 대출받은 점, 원고는 2003. 1. 24.부터 2003. 4. 21.까지, 2003. 11. 27. 소외 1 명의 계좌로 입금된 6,080,823,813원(= 589,100,000원 ＋ 1,054,710,000원 ＋ 702,540,000원 ＋ 3,012,500,000원 ＋ 721,973,813원)이 전부 (주소 1 생략) 토지의 구입대금으로 사용되었다고 주장할 뿐, 매수대금 4,397,600,000원과의 차액의 사용처에 관하여는 밝히지 못하고 있는 점, 소외 8은 2008. 12. 10. 서울지방국세청 조사에서 "소외 1이 미국 국적으로 부동산취득이 용이하지 않아 소외 7의 명의를 빌려 (주소 1 생략) 토지를 취득하였다."고 진술하였으나, 원고는 이 소송에서 "2000. 6. 30.자 합의에 따른 투자금 지분을 현금으로 보관하는 대신 부동산에 투자한 것이다."고 하여 달리 진술하고 있는 점, 2003. 11. 27. 입금된 돈 중 607,470,000원(= 59,380,000원 ＋ 59,380,000원 ＋ 59,405,000원 ＋ 59,405,000원 ＋ 59,245,000원 ＋ 59,245,000원 ＋ 59,445,000원 ＋ 59,445,000원 ＋ 59,260,000원 ＋ 59,260,000원 ＋ 14,000,000원)은 소외 14 회사 명의 계좌로 입금된 점, 소외 2는 소외 14 회사가 원고와 투자관계에 있는 계열사임을 인정한 점, 2003. 11. 27. 입금된 돈은 소외 14 회사 명의 계좌에 입금되었고, 2003. 12. 9.부터 2003. 12. 16.까지 8일 동안 11회에 걸쳐 약 59,000,000원씩 쪼개어 송금되었는데, 하루에 같은 액수로 2번 송금된 경우도 있는 점, 소외 2는 "소외 14 회사가 원고의 계열사이고 자신의 결재 없이 돈이 지출되지 않는다."고 진술한 점, 2006. 5. 10. 원고 명의로 소외 14 회사의 유상증자대금 450,000,000원이 납입된 점(별지 ‘소외 1을 통한 매출누락 계좌 흐름도’ 참조), ○○○교회 명의 계좌 입금액 중 2006. 3. 23.부터 2008. 1. 14.까지 29,000,000원이 소외 14 회사 명의 계좌로 입금되었고, 원고의 직원 소외 3이 2006. 2. 21. 그 중 28,000,000원으로 소외 14 회사 명의의 골프장 회원권을 취득한 점 등을 고려할 때, 대부분의 돈이 원고나 원고의 대표이사 등을 위해 사용되었다고 봄이 타당하다(원고는 투자금을 보관하는 방법으로 (주소 1 생략) 토지를 구입하였음을 전제로 원고의 소득이 아님을 주장하나, 토지의 구입은 소비에 해당하고, 토지 명의 및 담보제공 등 관리방법, ▽▽▽의 경영자에 비추어, 원고에게 귀속되었다고 봄이 타당하다).
 (나) 출처인 ☆☆☆, ▽▽▽, 소외 10 회사의 경영자 등
 ☆☆☆, ▽▽▽, 소외 10 회사 모두 실체가 없는 페이퍼컴퍼니로 밝혀진 점, ▽▽▽과 소외 10 회사의 소재지로 등록된 곳은 소외 8 소유의 주택인 점, 2009. 2. 18.까지 ▽▽▽의 대표자는 소외 8, 소외 10 회사의 대표자는 소외 9이었고, 이들은 원고의 대표이사였던 소외 2의 아들인 점, ▽▽▽의 법인명세서에 의하면 대표자 겸 회계책임자는 소외 8이었고, 2008. 6. 30.자 ▽▽▽의 이사회 회의록에도 소외 8의 1인 회사로 기재되어 있으며, ▽▽▽은 미국 국세청에 2004 사업연도 법인세 890달러를 납부한 외에 법인세를 납부한 사실이 없어 실질적인 사업활동을 한 것으로 볼 수 없는 점, 소외 8은 소외 10 회사 소유의 (주소 6 생략) 소재 주택에 거주하고 있는데, 원고는 소외 8이 위 주택의 임차인이라고 주장하면서도 이를 뒷받침할 만한 임대차계약서 또는 차임 지급 내역 등을 제출하지 못하고 있는 점, ▽▽▽, 소외 10 회사 명의 계좌로 돈이 입금될 당시 원고가 ▽▽▽, 소외 10 회사 주식의 상당수를 보유하고 있었던 점, 그럼에도 소외 2는 서울지방국세청의 조사에서 "▽▽▽, 소외 10 회사의 주주구성에 관하여 알지 못한다."고 진술하는 등 ▽▽▽과 소외 10 회사의 실체를 은폐한 점, 원고의 주장과 같이 ▽▽▽, 소외 10 회사의 실제 소유자가 소외 1이라고 하더라도, ▽▽▽과 소외 10 회사는 미국 법인으로서 국내에 굳이 법인계좌를 개설할 이유가 없는 점, 원고도 ▽▽▽ 명의 계좌에 입금된 돈이 2000. 6. 30.자 합의에 따른 투자금임을 인정한 점, 원고가 1997. 8. 24. ☆☆☆와 체결한 Agent Roof Agreement, 1999. 8. 31. 체결한 양해각서에 ☆☆☆의 대표로 소외 15가 서명하였음에도 소외 2는 2008. 12. 12. 서울지방국세청 조사에서 "소외 15가 누구인지 모른다"고 진술하였고, ▽▽▽, ☆☆☆, 소외 10 회사, 소외 13 회사의 실체를 묻는 질문에도 "답할 수 없다. 소외 1에게 물어보아야 한다."고 진술한 점 등을 고려할 때, ☆☆☆, ▽▽▽, 소외 10 회사는 위 사업연도에 원고의 대표이사였던 소외 2의 지배하에 있었다고 봄이 타당하다.
 (다) 형사판결에 의하여 인정된 출처 및 정도
 별지 ‘누락소득 및 형사사건 인정 금액’ 기재에 의하면, 형사사건에서 원고의 소득으로 인정된 금액(원고는 법인세에 관한 포탈세액으로 인정된 2차 불곰사업 중개수수료만이 인정되었다고 주장하나, 형사판결에 의하면 소외 2의 업무상 횡령, 배임에 의하면 3차 불곰사업 선수금과 투자금도 원고의 소득임을 전제하고 있다)은 15,150,313,578원(= 2차 불곰사업 중개수수료 4,852,368,130원 + 3차 불곰사업 선수금 3,580,769,000원 + 투자금 6,717,176,448원)이고, 이는 위 사업연도의 이 사건 각 계좌의 합계액 25,565,315,876원(= 소외 1 명의 계좌 6,139,589,415원 + ▽▽▽ 명의 계좌 4,814,325,175원 + 소외 10 회사 명의 계좌 5,047,557,000원 + ○○○교회 명의 계좌 9,563,844,286원) 중 59.25%에 해당하므로, 원고가 이 사건 각 계좌의 돈의 상당 부분을 사용하였다고 봄이 타당하다.
 (라) 소결론
 위와 같은 제사정에 무기중개수수료, 선수금, 투자금을 회계장부에 계상하지 아니한 점, 이 사건 각 계좌가 명의자들의 소유를 입증할 증거를 제출하지 아니하고 있는 점, 소외 2, 소외 7은 종합소득세 부과처분에 관하여 다투지 아니한 점 등을 더하여 보면, 이 사건 각 계좌에 입금된 돈은 원고에게 귀속되었다는 과세요건사실이 입증되었다고 봄이 타당하고, 달리 원고가 제출한 증거만으로는 이를 뒤집기에 부족하다.
 마. 투자금과 선수금의 소득귀속 시기에 관한 판단
 (1) 관련 법리
 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항에 의하면 손익의 귀속시기는 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 하면서, 제43조에서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행이 있는 경우 법인세법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 이를 우선 적용하도록 규정하고 있다. 이러한 규정의 취지에 비추어 보면, 법인세법상 익금과 손금의 귀속시기는 원칙적으로 권리의무 확정주의에 의하는 것이지만, 이와 다른 기업회계기준이나 관행이 있는 경우 이를 우선하여 적용하여야 한다.
 (2) 투자금에 관하여
 법인세법 제15조 제1항은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생한 수익을 익금으로 보고 있다. 한편 회계관행상 반환의무 있는 현금은 원장에 ‘(차변) 현금 / (대변) 부채’로 계상되었다가, 반환의무를 이행할 때 ‘(차변) 부채 / (대변) 현금’으로 계상하므로, 순자산에 변동이 없어 손익이 발생하지 아니한다.
 돌이켜 이 사건을 보건대, 2000. 6. 30.자 합의서에 의하면 원고는 소외 1로부터 투자금 10,000,000달러를 받은 후 10년 동안 유치하고, 협력사업 종료시 반환하거나 새로운 사업에 재투자하기로 한 점, 원고 주장에 의하면, 600만 달러(6,717,176,448원)을 받았으나, 2000. 1. 10.부터 2003. 8. 19.까지 중개수수료 150만 달러(1,782,464,000원)로 반환하고, 2010. 11. 12. ▽▽▽, 소외 10 회사 주식을 양도하여 정산하였다고 주장하고 있는데, 결국 450만 달러의 귀속은 ▽▽▽, 소외 10 회사 주식을 양도한 2010 사업연도에 실현된 것으로 볼 수 있는 점(형사판결에 의하면, 현금 600만 달러, 400만 달러 상당의 ▽▽▽, 소외 10 회사 주식을 받고, 소외 1에게 선지급한 150만 달러를 공제한 850만 달러를 반환할 채무가 있다고 기재되어 있다), 원고의 주장은 이 사건 처분이나 고발이 있기 이전에 작성된 2008. 8. 26.자 합의서에 의하여 뒷받침되는 점, 검사는 투자금을 수입한 때 소득이 발생한 것으로 보지 아니하고(법인세 포탈에 의한 조세범처벌법을 적용하지 아니하였다), 단순히 업무상횡령죄만을 적용하여 기소한 점, 형사기록 등에 의하면 소외 2 등은 투자금의 성격에 관하여 일관된 진술을 하고 있고, 이와 다른 증거가 없는 점 등을 고려할 때, 투자금의 소득귀속시기는 현금 수입한 때가 아닌 ▽▽▽, 소외 10 회사 주식을 양도함으로써 종국적으로 투자금반환의무를 면한 2010. 11. 12.이라고 봄이 타당하다.
 (3) 선수금에 관하여
 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항은 용역의 제공을 완료한 날이 속하는 사업연도를 그 용역의 제공으로 인한 익금의 귀속 사업연도로 규정하고 있다. 그리고 법인세법 시행령 제69조 제2항은 "계약기간이 1년 이상인 용역제공의 경우 그 착수일이 속하는 사업연도부터 그 제공이 완료된 날이 속하는 사업연도까지 각 사업연도의 익금과 손금은 재정경제부령이 정하는 바에 따라 용역의 제공을 완료한 정도(작업진행률)을 기준으로 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다."고 규정하고, 동 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것) 제34조 제2항은 계약금액에 작업진행률을 곱한 금액에서 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액을 공제하여 당해 사업연도의 익금에 산입할 금액을 계산하도록 정하고 있다.
 한편 회계관행상 재화나 용역이 제공되기 전에 수령한 선수금은 원장에 ‘(차변) 현금(자산) / (대변) 선수금(부채)’으로 계상되었다가, 재화나 용역이 제공된 때에 ‘(차변) 선수금(부채) / (대변) 매출(수익)’로 계상되므로, 선수금의 귀속시기는 재화나 용역이 제공된 때이다.
 돌이켜 이 사건을 보건대, 선수금은 3차 불곰사업의 무기중개를 전제로 지급된 점, 그런데 소외 2 등은 현재까지 3차 불곰사업에 관한 용역을 수행하지 아니하였다고 주장하고 있고, 달리 현재까지 불곰사업이 진행되었다고 볼 증거가 없는 점, 검사는 선수금을 수입한 때 소득이 발생한 것으로 보지 아니하고(법인세 포탈에 의한 조세범처벌법을 적용하지 아니하였다), 단순히 업무상배임죄만을 적용하여 기소한 점, 형사기록 등에 의하면 소외 2 등은 선수금의 성격에 관하여 일관된 진술을 하고 있고, 이와 다른 증거가 없는 점 등을 고려할 때, 선수금의 소득귀속시기는 현금을 수입한 때가 아닌 용역을 제공한 때이고, 현재까지 용역을 제공하지 아니하였으므로, 원고에게 소득이 귀속되지 아니하였다.
 (4) 소결론
 따라서 투자금과 선수금은 현금 수입한 때에 소득이 발생한 것으로 볼 수 없으므로, 해당 사업연도에 법인세를 부과할 수 없다(한편 투자금과 선수금은 이 사건 각 계좌에 입금되었고, 2차 불곰사업 중개수수료와 혼재되어 그 구분이 어려우나, 형사판결, 수사과정, 소외 2 등의 진술, 별지 계좌 흐름도 등에 비추어 별지 ‘누락소득 및 형사사건 인정금액’ 기재 내역과 같이 인정할 수 있다).
 바. 제척기간에 관한 판단
 (1) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’는 조세범처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조의 ‘사기 기타 부정한 행위’와 동일한 의미로 해석할 수 있는바, 조세범처벌법 제9조에서 말하는 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세포탈의 의도를 가지고, 그 수단으로서 조세의 부과징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위가 있음을 의미하는 것이고, 이러한 행위가 수반됨이 없이 단순히 세법상 신고하지 아니하거나 과세표준을 과소신고하여 이에 대한 조세를 납부하지 아니한 사실은 부정행위에 해당되지 아니한다. 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순한 세법상 신고하지 아니하거나 허위의 신고하는 데에 그치는 것은 이에 해당하지 않으나, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 수표 등 지급수단의 교환 반복 행위, 여러 개의 차명계좌를 반복적으로 이용하는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 인정할 수 있다(대법원 2005. 3. 25. 선고 2005도370 판결, 대법원 2011. 3. 24. 선고 2010도13345 판결 참조).
 (2) 돌이켜 이 사건을 보건대, 이 사건 각 계좌의 입금액이 원고의 소득에 해당한다고 보았음은 위에서 본 바와 같은바, 소외 2가 소외 1과 합의하여 무기중개수수료 등을 외부에서 파악하지 못하도록 베트남 무기중개사업으로 위장한 뒤 소외 2와 ☆☆☆ 공동 명의 계좌, 소외 2 명의 계좌로 무기중개수수료를 수령하여 바로 미국의 ☆☆☆ 명의 계좌로 이체한 다음 이 사건 각 계좌로 분산 송금하였고, 이에 대하여 회계처리하지 않은 점 등을 고려할 때, 원고는 무기중개료, 투자금 및 선수금 수입 등을 단순히 신고하지 아니한 것에 그치지 않고 그 수입이 노출되지 않도록 적극적으로 교회 기부 형식을 통한 국내 유입, 국내 차명 계좌의 사용, 장부의 허위기장 등 행위를 통하여 이 사건 각 계좌 입금액을 은닉하고 이에 대한 법인세 부과징수를 현저히 곤란하게 하였다고 봄이 타당하다.
따라서 2000 내지 2003 사업연도 법인세 부과처분의 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따라 10년이라 할 것인데, 이 사건 처분은 법인세를 부과할 수 있는 날로부터 10년이 경과하기 전인 2009. 7. 1. 이루어졌으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 사. 취소범위에 관한 판단
 (1) 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는지 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 참조).
돌이켜 이 사건을 보건대, 투자금과 선수금이 포함된 사업연도의 정당한 세액은 2003 사업연도 1,017,101,514원, 2004 사업연도 2,097,423,503원, 2005 사업연도 137,852,417원(투자금, 선수금, 2차 불곰사업 중개수수료를 합한 경우 과세대상인 이 사건 각 계좌의 돈보다 많게 되나, 원고가 인정한 2차 불곰사업 중개수수료가 먼저 입금되었음을 전제로, 나머지는 투자금, 선수금으로 본다), 2006 사업연도 1,724,363,252원이다.
 (2) 따라서 이 사건 처분 중 ① 2000 사업연도 법인세 1,544,361,080원(가산세 포함), 2001 사업연도 법인세 1,029,502,590원(가산세 포함), 2002 사업연도 법인세 336,326,840원(가산세 포함)의 각 부과처분, ② 2003 사업연도 법인세 3,837,999,590(가산세 포함)의 부과처분 중 1,017,101,514원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 2,929,486,830원(가산세 포함)의 부과처분 중 2,097,423,503원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 717,401,090원(가산세 포함)의 부과처분 중 137,852,417원을 초과하는 부분, 2006 사업연도 법인세 2,344,489,260원(가산세 포함)의 부과처분 중 1,724,363,252원을 초과하는 부분은 위법하므로 각 취소되어야 한다.
 3. 결론 
 그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 문준필(재판장) 장승혁 손화정