양도소득세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2018.08.23 / 시행일:

【원고, 피항소인】 원고 (소송대리인 법무법인 충정 담당변호사 최수령 외 1인)
【피고, 항소인】 성동세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2018. 1. 23. 선고 2017구단60065 판결
【변론종결】2018. 7. 5.
【주 문】
 1. 제1심판결 중 피고가 2016. 7. 12. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 317,694,050원의 부과처분 중 275,374,984원에 관한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
 2. 피고의 나머지 항소를 기각한다.
 3. 소송 총비용 중 80%는 원고가 부담하고, 20%는 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
피고가 2016. 7. 12.(소장 기재 청구취지 및 제1심판결 주문 제1항의 “2016. 7. 13.”은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 317,694,050원의 부과처분을 취소한다.
2. 항소취지
제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 서울 강남구 (주소 생략) 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 중 1/2지분과 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다) 중 (호수 1 생략), (호수 2 생략), (호수 3 생략), (호수 4 생략) 및 (호수 5 생략) 중 107.2분의 37.1 지분, (호수 6 생략) 중 306분의 118.32 지분(이하 이 사건 토지와 건물 중 원고의 소유 부분을 ’이 사건 쟁점 부동산‘이라 한다)을, 원고의 아버지 소외 1은 이 사건 토지 중 1/2지분과 이 사건 건물 중 지하 1층, (호수 7 생략), (호수 8 생략), (호수 9 생략), (호수 10 생략) 및 (호수 5 생략) 중 107.2분의 70.1 지분, (호수 6 생략) 중 306분의 187.68 지분(이하 이 사건 토지와 건물 중 소외 1의 소유 부분을 ’소외 1 부동산‘이라 한다)을 각 소유하고 있었다. 
 나. 원고는 2014. 9. 16. 소외 2, 소외 3(이하 ‘양수인들’이라 한다)에게 이 사건 쟁점 부동산을 45억 원에, 소외 1은 같은 날 양수인들에게 소외 1 부동산을 65억 원에 각 양도하였다. 
 다. 그 후 원고는 이 사건 쟁점 부동산의 양도가액을 45억 원으로 하여 피고에게 양도소득세를 신고·납부하였으나, 피고는 아래 표 기재와 같이 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 양도가액 합계 110억 원을 전체 토지 매매대금과 전체 건물 매매대금 사이에서 기준시가 비율대로 안분하고, 나아가 원고 소유지분과 소외 1 소유지분의 양도가액 역시 기준시가 비율대로 안분하여 이 사건 쟁점 부동산의 양도가액을 5,417,359,409원으로 보고 2016. 7. 12. 원고에게 2014년 귀속 양도소득세 317,694,050원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
구분소유 면적(단위:㎡)이 사건 각 매매계약서 기재 매매금액(단위:원)기준시가에 의한 안분금액(단위:원)총면적원고소외 1원고소외 1원고소외 1토지644.70322.35322.353,910,459,0925,456,420,8504,721,272,6164,721,272,616지층234.60-202.44-293,285,236-159,104,5701층107.2025.5348.2420,993,81448,631,27031,351,84859,238,9372층380.92174.36161.50118,782,274134,830,426125,674,879116,405,6723층380.92180.11161.95122,699,446135,206,115129,819,353116,730,0224층380.92181.46170.50123,619,130142,344,196130,792,404122,892,6755층375.36187.68170.50127,856,488142,344,196174,991,803122,892,6756층306.00110.96176.0075,589,756146,937,710103,456,506164,103,424건물합계1,951.23860.11,091.13589,540,9081,043,579,149696,086,793861,367,975합계 4,500,000,0006,500,000,0005,417,359,4095,582,640,591
 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 10. 7. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2017. 2. 7. 기각되었다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 1) 원고가 2014. 9. 16. 양수인들에게 이 사건 쟁점 부동산을 45억 원에, 소외 1이 같은 날 양수인들에게 소외 1 부동산을 65억 원에 각 양도한 것은 각각 별개의 매매계약에 따른 것이었을 뿐 일괄 양도가 아니다. 따라서 일괄 양도가 이루어진 경우를 전제로 한 소득세법 제100조 제2항의 안분계산 규정은 이 사건에 적용될 수 없다.
 2) 이 사건 건물 중 원고의 소유 부분과 소외 1의 소유 부분은 당초부터 구분 신축되어 별개의 독립한 건물로 이용되어 왔고, 구조적 특수성에 비추어 각 부분의 가치에 차이가 발생할 수밖에 없다. 따라서 이 사건 쟁점 부동산의 양도가액 45억 원이 소외 1 부동산의 양도가액 65억 원보다 20억 원이 적은 데는 합리적인 이유가 있다. 결국 원고는 양수인들로부터 이 사건 쟁점 부동산의 양도가액 45억 원 이외에 나머지 돈을 받은 바 없으므로, 이 사건 쟁점 부동산의 양도가액이 5,417,359,409원임을 전제로 하는 피고의 이 사건 처분은 실질과세원칙과 조세법률주의에 위배되어 위법하다.
나. 관계 법령
 별지1 기재와 같다.
다. 판단
 1) 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단
 가) 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호는 모두 “토지와 건물 등”이라는 표현을 사용하고 있다. 위 규정들은 그 문언에 비추어 볼 때 ‘토지와 건물’을 일괄 양도하는 경우뿐만 아니라 ‘토지와 토지’ 및 ‘건물과 건물’이 일괄 양도하는 경우에도 적용됨을 전제로 하고 있다고 보인다. 위 규정들은 ‘토지와 건물’은 물론 ‘토지와 토지’, ‘건물과 건물’ 등 수개의 자산을 일괄 거래한 경우로서, 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 경우 그 가액을 합리적인 산정방법으로 계산할 수 있도록 하는 데에 입법취지가 있다고 보는 것이 타당하다. 또한 위 규정들은 그 문언과 형식에 비추어 볼 때 토지와 건물 등의 양도인이 동일한 경우에만 적용되는 것이라고 해석할 수도 없다.
 나) 갑 제1, 2, 7 내지 11호증, 을 제3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재에 의하면, ① 이 사건 쟁점 부동산에 관하여는 원고를 매도인으로 한 매매계약서(갑 제1호증)가, 소외 1 부동산에 관하여는 소외 1을 매도인으로 한 매매계약서(갑 제2호증)가 각 별개로 작성되었고, 위 각 매매계약서에는 이 사건 쟁점 부동산의 매매대금이 45억 원, 소외 1 부동산의 매매대금이 65억 원으로 각각 정해져 있는 사실, ② 소외 1이 소외 1 부동산의 매매대금 65억 원에서 임대보증금 306,460,000원을 제외한 나머지 6,193,540,000원을 자신이 운영하던 주식회사 ○○○○엘(이하 ‘○○○○엘’이라 한다) 명의의 우리은행 계좌로 입급받아 ○○○○엘의 금융기관에 대한 채무변제 및 소외 1의 임차인에 대한 임대보증금반환에 사용한 사실, ③ 소외 1은 그 소유 부동산의 매매대금이 65억 원임을 전제로 현재 그에 관한 양도소득세 약 14억 원을 분할 납부하고 있는 사실은 인정된다.
 다) 그러나 앞서 든 각 증거, 갑 제16, 17호증, 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고와 소외 1이 이 사건 토지와 건물을 일괄하여 양도하였다고 보는 것이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 ① 원고와 소외 1을 각 매도인으로 한 위 각 매매계약서의 작성일자, 매수인들, 문서의 양식 및 매매대금을 제외한 그 밖의 조문 내용이 완전히 동일하다. 
 ② 위 각 매매계약서의 제6조(특약사항) 제2항은 “본 계약은 세법상 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도(포괄적인 사업의 양도)계약임”이라고 규정하고 있고, 매수인들은 원고와 소외 1로부터 이 사건 토지와 건물을 함께 양도받은 후 이 사건 건물에 관한 합병등기를 하여 이 사건 토지와 건물 모두 각 1/2 지분씩 공유하고 있다. 
 ③ 매수인 중 1인인 소외 2는 2016. 5. 2. 피고의 세무조사과정에서 “양수인들은 이 사건 건물 전부를 원하였으므로 총 매매대금이 중요했다. 소외 1과 원고가 소유한 각 지분의 매매대금은 큰 관심사가 아니었다. 이 사건 쟁점 부동산과 소외 1 부동산의 각 매매대금은 양도인들인 원고와 소외 1이 제시한 금액으로 기재하였다.”라는 취지로 진술하였다. 매수인들은 2016년 10월 작성한 사실확인서에서 “(양수인들이) 이 사건 쟁점 부동산을 45억 원에 양도받기로 제시하였고 양도인들이 이를 받아들여 거래가 성사되었다.”라는 취지로 진술하여 매매대금을 먼저 제시한 당사자에 관한 진술을 달리하고는 있으나 이 사건 쟁점 부동산과 소외 1 부동산을 함께 양도받은 사실에 관하여는 진술이 일관된다. 
 2) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단
 가) 구 소득세법 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호에 의하면, 토지와 건물 등을 함께 양도하고 그 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 양도계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다. 여기서 “토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때”라 함은 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라, 계약서상 토지와 건물 등의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 조세 회피를 의도하는 것 외는 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석하는 것이 타당하다.
 나) 이 사건 토지와 이 사건 건물 사이의 안분가액에 관하여
 앞서 본 바에 의하면, 이 사건 매매대금 110억 원 중 토지 매매대금이 합계 9,366,879,942원(원고 지분 3,910,459,092원 + 소외 1 지분 5,456,420,850원), 건물 매매대금이 합계 1,633,120,057원(원고 지분 대금 589,540,908원 + 소외 1 지분 대금 1,043,579,149원)원인 사실, 기준시가 비율에 따른 토지 매매대금의 합계는 9,442,545,232원(4,721,272,616원×2), 건물 매매대금의 합계는 1,557,454,768원(696,086,793원+861,367,975원)인 사실을 알 수 있다. 이에 따르면, 매매계약서상의 대금 합계액과 기준시가 비율에 의한 대금 합계액 사이의 차이는 미미하다.
 그렇다면, 이 사건 각 매매계약서에 기재된 매매대금 중 토지와 건물 사이의 매매대금의 안분이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 비합리적인 가액 구분인 것으로 보이지는 아니하여, 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 할 수는 없다. 이 부분 원고의 주장은 이유 있다.
 다) 이 사건 건물 매매대금 안분가액에 관하여
 앞서 본 사실관계에 의하면, 이 사건 건물 중 원고 소유 지분에 관한 매매대금은 합계 589,540,908원, 소외 1 소유 지분에 관한 매매대금은 합계 1,043,579,149원으로 위 대금 사이에 454,038,241원의 차액이 발생한 사실을 알 수 있다.
 그런데, 앞서 든 증거와 갑 제12 내지 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 건물 지층 234.60㎡는 소외 1 단독 소유인 점, ② 이 사건 건물 중 원고 소유 부분과 소외 1 소유 부분은 1997. 5.경 별개의 건물로 독립적으로 건축되어 출입문 방향도 별개로 되어 있는데, 소외 1 소유 부분 출입문이 공로로의 접근이 용이하고, 소외 1 소유 부분의 건물에 더 고급 자재가 사용된 점, 소외 1 소유 부분에는 당초부터 엘리베이터가 설치되었으나 원고 소유 부분에는 엘리베이터가 없어 엘리베이터 접근성에도 차이가 있고, 이 사건 건물 2층, 3층의 경우 원고 소유 부분과 소외 1 소유 부분 사이에는 격벽이 설치되어 있어 원고 소유 부분 사용자들은 엘리베이터를 이용할 수 없는 점, ③ 이 사건 건물 2층에 관한 소외 1 소유 면적(48.24㎡)이 원고 소유 면적(25.53㎡)보다 상당히 넓고, 이 사건 건물 6층에 관한 소외 1 소유 면적(176.00㎡)이 원고 소유 면적(110.96㎡)보다 65㎡ 가량 넓은 점, 반면 이 사건 건물 2층 내지 5층에 관한 원고 소유 면적은 소외 1 소유 면적에 비하여 약간(9~17㎡ 가량) 넓은 점, ④ 사적 자치의 원칙상 당사자 사이의 합의는 가능한 한 존중되어야 하는 점 등의 사정을 감안하여 보면, 이 사건 건물 중 원고 소유 부분과 소외 1 소유 부분 사이의 매매대금의 차액은 충분히 수긍할 수 있다. 
 따라서 이 사건 건물 매매대금 중 원고 소유 부분과 소외 1 소유 부분 사이의 매매대금 안분이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 비합리적인 가액 구분이라고 볼 수는 없어 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 할 수 없다. 이 부분 원고의 주장 역시 이유 있다.
 라) 이 사건 토지 매매대금의 안분가액에 관하여
 앞서 본 사실관계에 의하면, 원고와 소외 1은 이 사건 토지를 동일하게 각 1/2 지분씩 공유하고 있음에도, 각 매매계약서 상 이 사건 토지 중 원고 소유 지분에 관한 매매대금은 3,910,459,092원, 소외 1 소유 지분에 관한 매매대금은 5,456,420,850원으로 되어 있어 각 매매대금 사이에 1,545,961,758원의 현저한 차이가 발생한 사실을 알 수 있다. 
 동일 토지에 관한 동일 크기의 공유 지분의 시가는 원칙적으로 동일할 것인 점에 비추어 보면, 사적 자치의 원칙을 감안하더라도 위 각 지분 사이의 매매대금의 차액은 협상력의 차이에 따라 일반적으로 발생할 수 있는 차액의 수준을 훨씬 상회한다. 
 한편 앞서 본 사실관계에 따르면, ① 원고와 소외 1이 양수인들과 사이에 그 소유 부동산 부분에 관한 대금 협상을 별도로 진행한 것이 아니라 소외 1과 양수인들 사이에 총 매매대금 액수가 먼저 결정되었던 것으로 보이는 점, ② 이와 관련하여 원고는 “소외 1이 운영하던 ○○○○엘의 기업 회생절차를 진행하기 위하여 필요한 자금이 60억 원 정도였고, 원고로서는 양수인이 정해진 상황에서 별도로 대금을 협상하는 것이 용이하지 아니하여 소외 1에 비하여 적은 금액에 매도하기로 한 것”이라고 주장하고 있는데, 위 주장에 따르더라도, 원고는 소외 1의 아들이라는 특수관계로 인하여 자금이 필요한 소외 1에게 대금의 일부를 증여하는 절차를 생략하기 위하여 토지 매매대금을 소외 1에게 과다하게 분배한 것이라고 보일 뿐인 점, ③ 달리 위와 같은 매매대금의 차액을 납득할 만한 특별한 사정은 보이지 않는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 토지 매매대금 중 원고 소유 지분에 관한 매매대금과 소외 1 소유 지분에 관한 매매대금은 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니거나 통상의 거래관행을 현저하게 벗어난 것으로서 조세를 회피를 의도하는 것 외에는 합리적인 가액이라고 볼 수 없다.
 따라서 이 사건 토지에 관하여는 원고 소유 부분의 양도가액과 소외 1 소유 부분의 양도가액의 구분이 불분명한 때에 해당하므로, 구 소득세법 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호에 따라 기준시가에 의하여 양도가액을 안분계산한 후 이를 기초로 양도가액을 환산하여 산정할 수 있다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
라. 정당한 세액의 계산
 이 사건 토지 매매대금의 합계액과 이 사건 건물 매매대금의 합계액 및 이 사건 건물 매매대금에 관한 원고 소유 부분과 소외 1 소유 부분 사이의 대금의 합계액은 이 사건 각 매매계약서에 기재된 매매대금을 그대로 적용하고, 다만 이 사건 토지 매매대금의 합계액만을 기준시가 비율대로 안분하는 방법으로 이 사건 쟁점 부동산의 양도가액을 산정하면 아래 표 기재와 같이 합계 5,272,980,879원이 된다.
구분소유 면적(단위:㎡)이 사건 각 매매계약서 기재 매매금액(단위: 원)정당세액 계산을 위한 안분금액(단위: 원)총면적원고소외 1원고소외 1원고소외 1토지644.70322.35322.353,910,459,0925,456,420,8504,683,439,9714,683,439,9710지층234.60-202.44-293,285,236-293,285,2361층107.2025.5348.2420,993,81448,631,27020,993,81448,631,2702층380.92174.36161.50118,782,274134,830,426118,782,274134,830,4263층380.92180.11161.95122,699,446135,206,115122,699,446135,206,1154층380.92181.46170.50123,619,130142,344,196123,619,130142,344,1965층375.36187.68170.50127,856,488142,344,196127,856,488142,344,1966층306.00110.96176.0075,589,756146,937,71075,589,756146,937,710건물합계1,951.23860.11,091.13589,540,9081,043,579,149589,540,9081,043,579,149합계 4,500,000,0006,500,000,0005,272,980,8795,727,019,120
 위 양도가액을 기초로 정당세액을 계산하면, 별지2 기재와 같이 275,374,984원이 산정되므로, 이 사건 처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 위법하다.
3. 결론
 이 사건 처분 중 275,374,984원을 초과하는 부분은 취소하여야 할 것인바, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하여야 한다. 
 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 피고가 2016. 7. 12. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 317,694,050원의 부과처분 중 275,374,984원에 관한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
 제1심판결 중 나머지 부분은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 나머지 항소는 이유 없어 기각한다.
[별지 각 생략]

판사 문용선(재판장) 문주형 이수영