증여세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2012.07.26 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 케이씨엘 담당변호사 김용직 외 2인) 
【피 고】 강남세무서장
【변론종결】2012. 6. 12.
【주 문】
1. 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분 취소 청구 부분을 각하한다.
2. 피고가 2011. 7. 1. 원고에 대하여 한 증여세 144,964,290원의 부과처분을 취소한다.
3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
4. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】주문 제2항 및 피고가 2011. 7. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 101,141,290원의 부과처분, 증권거래세 5,897,410원의 부과처분, 지방소득세 10,114,120원의 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 2006년 1월경 당시 비상장법인인 ○○○ 주식회사(2010. 1. 20. △△△ 주식회사로 상호가 변경되었다. 이하 ‘소외 회사’라 한다)의 발행주식 5,000주(발행주식 총수의 100%)를 보유하고 있었다.
 나. 원고는 2006. 2. 27. 아래 〈표〉와 같이 특수관계자인 소외 1 등 8인(이하 ‘소외 1 등’이라 한다)에게 소외 회사 주식 합계 4,182주(발행주식 총수의 83.64%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 액면가인 주당 10,000원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.
성명관계양도주식수(주)양도가액(원)지분율(%)소외 1누나8178,170,00016.34소외 2외사촌5485,480,00010.96소외 3〃5485,480,00010.96소외 4〃3913,910,0007.82소외 5〃3913,910,0007.82소외 6〃3913,910,0007.82소외 7〃5485,480,00010.96소외 8〃5485,480,00010.96합계4,18241,820,00083.64
 다. 원고의 조부인 소외 9는 2006. 2. 28. 소외 회사에게 서울 관악구 봉천동 (지번 생략) 대 2,112㎡ 및 지상 3층 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 증여하고, 2006. 3. 3. 소외 회사 명의로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.
 라. 소외 회사는 이 사건 부동산을 증여받은 데 대하여 자산수증이익 6,379,127,750원을 익금에 산입하여 2006 사업연도 법인세 1,567,990,230원을 신고·납부하였다.
 마. 서울지방국세청장은 2011년 4월경 소외 회사에 대한 주식변동조사를 실시하여 이 사건 주식의 양도에 관하여 특수관계자 사이의 비상장주식 저가양도에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도인인 원고에게 양도소득세를 과세하고, 이 사건 양도가액과 소외 회사 주식을 보충적 평가방법에 의해 평가한 가액과의 차액을 저가양도에 따른 증여이익으로 보아 양수인인 소외 1 등에게 증여세를 과세하며, 소외 회사가 이 사건 부동산을 증여받음에 따른 원고의 주식 가치 증가분에 대하여 원고가 이를 소외 9로부터 증여받은 것으로 보아 원고에게 증여세 등을 과세하도록 피고에게 과세자료를 통보하였다.
 바. 이에 피고는 2011. 7. 1. 원고에게 이 사건 주식 양도와 관련하여 2006년 귀속 양도소득세 101,141,290원(이하 ‘이 사건 양도소득세 부과처분’이라 한다) 및 지방소득세 10,114,120원(이하 ‘이 사건 지방소득세 부과처분’이라 한다), 2006년 2월분 증권거래세 5,897,410원(이하 ‘이 사건 증권거래세 부과처분’이라 한다), 이 사건 부동산 증여 관련하여 증여세 144,964,290원(이하 ‘이 사건 증여세 부과처분’이라 하고, 이 사건 양도소득세·증권거래세·증여세 부과처분을 모두 합쳐서 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 각 결정·고지하였다
 사. 원고는 2011. 9. 23. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 11. 24. 기각결정을 받았다.
 [인정 근거] 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분 취소 청구 부분의 적법 여부
 직권으로 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분 취소 청구 부분의 적법 여부에 관하여 본다.
구 지방세법(2006. 12. 30. 법률 제8138호로 개정되기 전의 것) 제177조의4 제1항, 제2항, 제5항에 의하면, 소득세할 주민세(현행 지방세법상 소득세분 지방소득세에 해당)는 소득세의 납세지를 관할하는 시장·군수·구청장에게 납부하여야 하는 지방세이고, 세무서장이 국세기본법 또는 소득세법에 의한 경정·결정 등에 따라 부과고지 방법에 의하여 소득세를 징수하는 경우 그 소득세할 주민세를 함께 부과고지 하더라도 이는 해당 시장·군수·구청장이 부과고지한 것으로 보므로, 그 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 피고는 소득세 납세지를 관할하는 해당 시장·군수·구청장이 되어야 한다( 대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 등 참조).
 원고는 세무서장인 피고를 상대로 이 사건 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는바, 이 부분은 피고적격이 없는 자를 상대로 한 것이어서 부적법하다.
 3. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 1) 이 사건 증여세 부과처분
 이 사건 증여세 부과처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.
 가) 소외 9의 원고에 대한 증여 사실의 부존재
소외 9는 이 사건 부동산을 소외 회사에 증여하였을 뿐인데 이로 인하여 원고가 보유한 소외 회사 주식의 가치가 상승하였다 하더라도, 이는 소외 9의 소외 회사에 대한 부동산 증여에 따른 부수적 효과에 불과한 것이어서, 소외 9의 원고에 대한 어떠한 증여사실이 존재한다고 볼 수 없다.
 나) 증여재산 가액 계산방법의 위법
 설령 소외 9의 원고에 대한 증여사실이 존재한다 하더라도, 피고는 구 상속세 및 증여세법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제2조 제3항, 제42조 제1항 제3호에 근거하여 이 사건 증여세 부과처분을 하였는바, 상증세법 제2조 제3항은 증여재산 가액의 계산방법에 관하여 전혀 규정하고 있지 않을 뿐만 아니라 증여재산 가액의 계산에 관한 상증세법 제42조 제1항 제3호의 적용 대상은 이 사건 부동산의 증여와는 그 거래유형이 전혀 다르므로 상증세법 제42조 제1항 제3호를 적용하여 증여재산의 가액을 산정한 것은 위법하다.
 다) 미실현 이득에 대한 과세
 이 사건 증여세 부과처분은 주식가치 상승분이라는 미실현 이득에 대하여 이루어진 것인데, 미실현 이득에 대하여 과세하기 위해서는 과세대상 이득의 공정하고 정확한 계측 문제, 자산가치 하락에 대한 보충규정 설정 문제 등의 해결이 전제되어야 한다. 그런데도 피고가 이러한 선결문제가 해결되지 않은 상태에서 만연히 미실현 이득인 주식가치 상승분을 과세대상 이득으로 보아 증여세를 부과한 것은 헌법상 과잉금지원칙에 위배된다.
 라) 법인세와 증여세의 이중과세
 소외 회사가 이 사건 부동산을 증여받은 데 대하여 법인세를 이미 납부하였음에도 피고가 이 사건 부동산의 증여 행위에 대하여 다시 원고에게 증여세를 부과하는 것은 동일한 과세대상에 대하여 이중과세를 금지한 상증세법 제2조 제2항에 위배된다.
 마) 가산세 부과처분의 위법
 설령 이 사건 증여세 부과처분(본세 부분)이 적법하다고 하더라도, 피고는 2006년 3월경까지 수차례 이 사건 부동산의 증여와 유사한 사안에 대하여 증여세를 과세하지 않는다는 취지로 유권해석을 하였는바, 원고는 이 사건 부동산의 증여가 이루어진 2006년 3월경 당시 이를 신뢰하고 증여세를 신고·납부하지 않았으므로, 원고의 증여세 신고의무 위반에 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 증여세 부과처분 중 가산세 부분은 위법하다.
 2) 이 사건 양도소득세 부과처분
 피고는 이 사건 주식 거래와 관련하여 이 사건 주식의 양도가액과 피고가 보충적 평가방법에 의하여 산정한 평가액과의 차액에 대하여 주식양도인인 원고에게는 양도소득세를 부과하면서, 주식양수인인 소외 1 등에게는 증여로 보아 증여세를 부과하였는바, 이는 시가(평가액)와 실제 거래가액(양도가액)과의 차액 상당액에 대한 이중과세에 해당하므로 실질과세원칙에 반하는 것으로서 위법하다.
 3) 이 사건 증권거래세 부과처분
 원고는 액면가로 주식을 양도하였음에도 불구하고 피고는 시가를 다시 평가한 후 위 평가금액을 기준으로 이 사건 증권거래세 부과처분을 하였는바, 이는 증권거래세 과세표준 산정방법에 잘못이 있어 위법하다.
 나. 관계 법령
 [별지] 관계 법령 기재와 같다.
 다. 이 사건 증여세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단
 1) 소외 9의 원고에 대한 증여세 과세대상인 ‘증여’의 존재 여부
 가) 상증세법 제2조 제3항을 적용하여 과세할 수 있는지 여부
 (1) 증여세 완전포괄주의 도입과 취지
 구 상속세 및 증여세법(2003. 12. 30. 법률 제7010호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다)에는 증여의 개념에 관한 정의 규정이 없었고 민법상 증여의 개념을 차용하였는데, 이러한 증여의 차용 개념만으로는 민법상 증여의 형식에 의하지 않은 부의 무상이전, 즉 변칙적인 증여를 통한 증여세 회피를 막을 방법이 없으므로, 과세당국은 여러 증여의제 규정( 구 상증세법 제32조 내지 제42조)을 두어 이에 대처해왔다. 그러나 이러한 개별 증여의제 규정만으로는 신종 파생금융상품이나 금융기법, 다양한 자본거래 등에 따른 새로운 유형의 변칙 증여에 미리 대처할 수 없는 문제점이 지적되었고, 이에 이러한 다양한 형태의 부의 무상이전에 대한 증여세 과세의 법적 근거를 마련하여 공평과세를 구현하기 위하여 2003. 12. 30. 법률 제7010호로 상증세법을 개정하여 종전의 민법에서 차용하여 오던 증여개념을 탈피하여 민법상 증여와는 다른 세법 고유의 포괄적인 증여개념( 상증세법 제2조 제3항)을 입법함과 동시에 종전의 열거방식의 개별 증여의제 규정( 구 상증세법 제32조 내지 제42조)을 예시규정( 상증세법 제33조 내지 제42조)으로 바꾸는 이른바 ‘증여세 완전포괄주의’를 도입하였다.
 (2) 증여세 완전포괄주의의 내용
 2003. 12. 30. 법률 제7010호로 개정된 상증세법은 제2조 제1항에서 타인의 증여로 인한 증여재산을 증여세 과세대상으로 규정하면서, 제2조 제3항에서 "이 법에서 ‘증여’라 함은 그 행위 또는 거래의 명칭·형식·목적 등에 불구하고 경제적 가치를 계산할 수 있는 유형·무형의 재산을 타인에게 직접 또는 간접적인 방법에 의하여 무상으로 이전(현저히 저렴한 대가로 이전하는 경우를 포함한다)하는 것 또는 기여에 의하여 타인의 재산가치를 증가시키는 것을 말한다."고 규정하여 민법상 증여와는 구별되는 증여의 개념을 별도로 마련하였고, 제33조 내지 제42조에서 종전의 증여의제 규정의 내용을 보완하여 증여재산 가액의 계산에 관한 예시규정으로 전환하였다.
 (3) 상증세법 제2조 제3항을 적용하여 과세할 수 있는지 여부
 앞서 본 바와 같이 미처 예측하지 못한 다양한 형태의 재산의 무상이전이나 재산가치 증가분에 대하여도 증여세를 과세하기 위하여 상증세법 제2조 제3항에서 완전포괄주의에 의한 증여개념을 도입하게 된 점, 기존의 증여의제 규정이 증여재산 가액의 계산규정으로 바뀌는 등 다른 조문과의 체계에 비추어 보더라도 상증세법 제2조 제3항을 단순히 확인적·선언적 규정으로 해석하기는 어려운 점( 상증세법 제2조 제3항을 단순히 확인적·선언적 규정으로 볼 경우 기존 증여의제에 해당하는 사안에 대한 과세 근거가 사라지는 문제가 있다) 등 상증세법 제2조 제3항의 도입 배경, 입법 취지, 다른 조문과의 체계 등에 비추어 보면, 상증세법 제2조 제3항에 근거한 증여세의 과세는 가능하다고 봄이 타당하다( 대법원 2011. 4. 28. 선고 2008두17882 판결 참조).
 나) 상증세법 제2조 제3항의 ‘증여’에 해당하는지 여부
소외 9는 원고와 특수관계에 있는 자로서 소외 회사에 이 사건 부동산을 증여하는 방법을 통하여 원고의 주식 지분 비율의 범위 내에서 이 사건 부동산 증여 후의 소외 회사 주식 가치와 이 사건 부동산 증여 전의 소외 회사 주식 가치와의 차액 상당의 이익을 무상으로 이전하거나 기여에 의하여 원고 소유의 소외 회사 주식 가치를 증가시켰다고 할 것이므로, 증여세 과세대상인 상증세법 제2조 제3항의 ‘증여’에 해당한다.
 다) 소결
 따라서 소외 9는 소외 회사에 이 사건 부동산을 증여하는 방법을 통하여 원고에게 원고 소유의 소외 회사 주식 가치 증가분 상당의 이익을 증여(이하 ‘이 사건 증여’라 한다)하였다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 2) 증여재산 가액 산정의 위법 여부
 가) 증여재산 가액의 계산방법 관련 규정
상증세법 제2조 제3항은 ‘증여세 완전포괄주의’가 적용되는 과세대상을 규정하고 있을 뿐 그 증여를 통하여 얻은 증여재산 가액의 계산방법에 관하여는 직접 규정하고 있지 않다. 이는 민법상 증여의 형식에 의하지 않은 다양하고 새로운 유형의 변칙 증여에 대하여 상증세법 제2조 제3항에서 증여재산 가액의 계산방법에 관하여 직접 일일이 규정하는 것은 ‘증여세 완전포괄주의’ 입법 형식상 불가능하기 때문인 것으로 보인다. 이에 입법자는 앞서 본 바와 같이 증여세 완전포괄주의를 도입하여 증여세의 과세범위를 확대시키는 한편 증여재산 가액(이를 기초로 과세표준이 산정된다)의 계산에 관하여는 상증세법 제3장 제2절의 ‘증여재산 가액의 계산’이라는 제목 아래에 기존의 개별 증여의제 규정( 구 상증세법 제32조 내지 제42조)을 증여재산 가액의 계산에 관한 예시규정으로 전환하여 제33조 내지 제42조 규정을 두었다.
 증여세 완전포괄주의의 도입 배경, 입법 취지 등에 비추어 이와 같은 입법형식을 두고 과세요건 법정주의에 반한다고 할 수는 없으나, 과세요건 법정주의와 관련한 납세자의 예측가능성 측면을 고려할 때, 상증세법 제2조 제3항에 의한 증여세 과세의 경우 증여재산 가액을 산정함에 있어서는 상증세법 제33조 내지 제42조의 예시규정 중 그 과세요건이나 거래유형, 경제적 실질 등이 같거나 유사한 것을 준용하여 객관적이고 합리적인 방법으로 그 가액을 산정하여야 한다고 봄이 타당하다.
 나) 이 사건 증여재산 가액 산정의 적법 여부
 피고는 이 사건 증여에 대한 증여재산 가액을 계산함에 있어서 상증세법 제42조 제1항 제3호를 준용하여 이 사건 부동산 증여 전후의 소외 회사의 주식가액 차액 상당액을 증여재산 가액으로 산정하였는바, 다음과 같은 사정을 종합해보면 피고가 상증세법 제42조 제1항 제3호를 준용하여 이 사건 증여에 대한 증여재산 가액을 계산한 것이 객관적이고 합리적인 방법에 의한 것이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라 납세자의 예측가능성이나 과세형평에도 반하여 위법하다. 그렇다면 원고의 이 부분 주장은 이유 있으므로, 원고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다.
 (1) 이 사건 증여는 상증세법 제42조 제1항 제3호에서 규정한 과세요건이나 거래유형과 유사한 거래형태라고 볼 수 없다.
 피고는 이 사건 증여가 상증세법 제42조 제1항 제3호에 규정하고 있는 거래유형, 특히 ‘사업양수도·사업교환 및 법인의 조직변경 등에 의하여 소유지분 또는 그 가액이 변동된 경우’와 유사하다고 보아 위 규정을 준용하여 증여재산 가액을 계산하였는바, 다음과 같은 사정을 종합해보면 이 사건 증여는 상증세법 제42조 제1항 제3호에서 규정한 거래유형과 유사한 거래유형이라고 볼 수 없다.
 ① 상증세법 제42조 제1항 제3호는 출자·감자, 합병·분할, 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래로 얻은 이익 또는 사업양수도, 사업교환 및 법인의 조직변경 등에 의하여 소유지분이나 그 가액이 변동됨에 따라 얻은 이익을 증여재산 가액으로 한다고 규정하고 있다.
 먼저, 위 규정 전단에서는 ‘법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래’(자본거래를 의미한다)로 얻은 이익을 규정하고 있는바, 이는 법인의 합병·분할 및 감자 등에 참여 또는 참여하지 아니함으로써 통상적으로 지급하여야 하는 대가를 지급하지 아니하고 재산 또는 소유지분의 평가액이 변동됨에 따라 얻은 직접 또는 간접적인 이익에 관하여 과세하기 위한 규정이라 할 것인데, 소외 9가 소외 회사에 대하여 이 사건 부동산을 증여한 행위는 소외 회사의 자본을 증가시키거나 감소시키는 자본거래가 아니라 자산수증이익을 발생시키는 손익거래일 뿐이므로 위 규정 전단에서 정하고 있는 거래유형에 해당하지 않는다.
 ② 나아가 위 규정 후단에서는 ‘사업양수도·사업교환 및 법인의 조직변경 등’에 의하여 소유지분이나 그 가액이 변동됨에 따라 얻은 이익을 규정하고 있는바, 여기서 말하는 거래유형은 주주의 소유지분이나 그 가액이 변동되는 모든 거래를 의미한다고 볼 수는 없고(주주의 소유지분 가액이 변동되는 모든 거래를 의미한다는 것은 법인의 모든 거래를 의미한다는 것과 다를 바가 없게 되어 위와 같은 별도의 규정을 둔 의미가 없게 된다), 적어도 ‘사업양수도 , 사업교환 및 법인의 조직변경’과 유사한 거래유형을 의미한다고 보아야 하는데 이 사건 증여의 경우 소외 회사가 소외 9 개인으로부터 단순히 이 사건 부동산을 증여받은 것에 불과하므로, ‘사업양수도·사업교환 및 법인의 조직변경 등’의 거래유형에 해당하지 않음은 명백하고, 달리 이와 유사한 거래유형이라고 볼만한 별다른 사정도 찾아볼 수 없다.
 (2) 오히려 이 사건 증여는 상증세법 제41조에서 규정하고 있는 거래유형과 유사하다.
상증세법 제41조 제1항은 결손금이 있거나 휴업 또는 폐업 중인 법인(이하 ‘특정법인’이라 한다)의 주주 등과 특수관계에 있는 자가 당해 특정법인에게 재산을 증여하는 등의 거래를 통하여 당해 특정법인의 주주 등이 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 당해 특정법인의 주주 등의 증여재산 가액으로 한다고 규정하고 있고, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19899호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법 시행령’이라 한다) 제31조 제1항 제1호는 ‘특정법인’이라 함은 한국증권거래소에 상장되지 아니한 법인(증권거래법에 의한 협회등록법인을 제외한다) 중 증여일이 속하는 사업연도까지 법인세법 시행령 제18조 제1항 제1호의 규정에 의한 결손금(이 경우 결손금은 법 제41조 제1항의 규정에 의하여 재산의 증여 등에 의한 결손금 보전 전의 것으로 하되, 증여일이 속하는 사업연도의 결손금은 법 제41조 제1항의 규정에 의한 재산의 증여 등의 금액을 법인세법의 규정에 의하여 익금에 산입하기 전의 것으로 한다)이 있는 법인을 말한다고 각 규정하고 있다. 한편 이월결손금이 없더라도 증여일이 속하는 사업연도의 결손금이 있는 법인은 상증세법 시행령 제31조 제1항 제1호에서 말하는 ‘결손금이 있는 법인’(특정법인)에 해당한다고 할 것이다( 대법원 2011. 4. 14. 선고 2008두6813 판결 참조).
 이 사건에 관하여 보건대, 소외 회사는 이월결손금은 없지만 증여일이 속하는 2006 사업연도에 결손금(재산의 증여 등의 금액을 익금에 산입하기 전의 것)이 7,896,809원(= 각 사업연도 소득금액 6,371,230,941원 - 자산수증이익으로 익금에 산입한 금액 6,379,127,750원)이 있는 법인이므로(을 제3호증의 2 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 및 을 제3호증의 3 표준손익계산서 참조) ‘결손금이 있는 법인’(특정법인)에 해당하고, 소외 회사의 주주인 원고와 특수관계에 있는 소외 9가 소외 회사에 이 사건 부동산을 증여하는 거래를 통하여 소외 회사의 주주인 원고가 이익을 얻은 경우에 해당한다고 볼 수 있다. 이러한 점에 비추어 볼 때, 이 사건 증여는 상증세법 제41조 제1항에서 정한 거래유형(특정법인의 주주 등과 특수관계에 있는 자가 당해 법인에게 재산을 증여하는 등의 거래를 통하여 그 법인의 주주 등에게 이익을 나누어준 행위)과 거의 유사하여 위 규정에 의한 증여세 과세요건을 충족한다고도 볼 수 있다.
 (3) 이 사건 증여재산 가액 산정은 상증세법 제41조가 적용되는 경우와 비교해볼 때 현저히 불합리하여 과세형평에 반한다.
상증세법 제41조는 결손금이 있는 특정법인에게 재산을 증여하여 그 증여가액을 결손금으로 상쇄시킴으로써 증여가액에 대한 법인세를 부담하지 아니하면서 특정법인의 주주 등에게 이익을 주는 변칙증여에 대하여 증여세를 과세하는 데 그 입법 취지가 있으므로( 대법원 2011. 4. 14. 선고 2008두6813 판결 참조), 그 증여재산 가액을 계산함에 있어서 상증세법 시행령 제31조 제6항 제1호는 증여받은 재산의 가액에 당해 특정법인의 주주 등이 보유한 주식의 비율을 곱하여 계산한 금액을 증여가액으로 하되 당해 결손금을 한도로 한다고 규정하여, 그 증여가액을 결손금으로 상쇄시킴으로써 증여가액에 대한 법인세를 부담하지 아니한 부분에 대하여만 증여세를 과세하도록 하고 있다.
 그런데 피고는 이 사건 증여에 대하여 상증세법 제42조 제1항 제3호를 적용하여, 소외 회사가 이 사건 부동산을 증여받은 하나의 거래 행위에 대하여 소외 회사가 그에 따른 법인세를 부담하였음에도 불구하고 이러한 사정을 전혀 고려하지 않은 채 소외 회사의 주주인 원고에게 소외 회사가 이 사건 부동산을 증여받음으로써 증가된 주식가치 상당액에 대하여 증여세를 부과하였는바, 이는 유사한 거래유형에 대하여 과세관청의 자의에 의하여 합리적인 이유 없이 조세부담에 있어서 현저한 차이를 가져오는 것으로서 형평에 반한다(소외 회사는 이 사건 부동산을 증여받은 데 대하여 자산수증이익 6,379,127,750원을 익금에 산입하여 2006 사업연도 법인세 1,567,990,230원을 신고·납부하였는바, 상증세법 제41조를 적용하는 경우에는 위와 같이 법인세를 신고·납부한 점을 감안하여 법인세를 부담하지 아니한 부분, 즉 증여가액을 결손금으로 상쇄시킨 부분 7,896,809원을 원고를 비롯한 주주들의 증여재산 가액으로 보아 증여세를 부과하게 되지만, 피고는 상증세법 제42조 제1항 제3호를 적용하여 위와 같이 법인세를 신고·납부한 점을 감안하지 않고 원고를 비롯한 주주들의 증여재산 가액을 3,011,745,000원으로 보아 증여세 합계 804,952,498원을 부과하였다).
 (4) 이 사건 증여세 부과처분은 상증세법 제41조의 연혁 및 과세관청의 유권해석에 비추어 볼 때 납세자의 법적 안정성 및 예측가능성을 침해하는 것이다.
 1996. 12. 30. 법률 제5193호로 전부 개정된 구 상속세 및 증여세법은 제41조를 신설하여 특정법인의 주주 등과 특수관계에 있는 자가 당해 법인에게 재산을 증여하는 등의 거래를 통하여 그 법인의 주주 등에게 나누어준 이익에 대하여 이를 증여로 의제하여 과세하도록 규정하였는데, 이는 앞서 본 바와 같이 재산의 증여 등을 받더라도 결손금이 있어 법인세를 부담하지 아니하게 되는 특정법인에 대한 증여를 통하여 증여자와 특수관계에 있는 결손법인의 주주 등이 과세의 부담 없이 이익을 얻는 것을 방지하기 위한 것이라 할 것이다. 이후 2003. 12. 30. 구 상증세법 개정시 제2조 제3항에 증여세 완전포괄주의 규정이 도입됨에 따라 종전의 특정법인과의 거래를 통한 이익에 대한 증여의제로 과세하던 제41조의 규정(열거규정)은 특정법인과 거래를 통한 이익증여시 증여재산 가액을 계산하기 위한 예시규정으로 전환되었다.
 이와 같이 증여세 완전포괄주의 규정이 도입된 이후 과세관청은 특정법인(결손금이 있는 법인)이 아닌 흑자법인(결손금이 없는 법인)에 대하여 재산을 증여한 경우 그 주주에 대하여 증여세 완전포괄주의 규정에 의한 증여세가 부과될 수 있는지에 관하여, 특정법인에 해당되지 않는 법인으로서 특수관계자로부터 증여받은 재산에 대하여 법인세법에 의한 법인세가 과세되는 경우에는 그 주주에게 증여세를 과세하지 아니하는 것이라고 유권해석을 하였고(국세청 질의회신 서면4팀-885 2004. 6. 17., 서면4팀-409 2005. 3. 22., 서면4팀-539 2005. 4. 11. 등 참조), 이러한 유권해석은 이 사건 증여가 이루어진 2006. 3. 3.경까지 변경되지 않고 유지되었다.
 그러다가 과세관청은 2007년경에서야 위와 같은 사안에서 주주에게 과세할 수 있는지는 상증세법 제2조 및 제42조 등에 해당하는지를 사실 판단하여 결정할 것이라고 하여 종전의 유권해석을 변경하였고(국세청 질의회신 서면4팀-1767 2007. 5. 29. 등 참조), 피고는 이를 근거로 이 사건 증여세 부과처분을 한 것으로 보이는데 이는 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 납세자의 예측가능성에 반하는 것이다.
 ① 증여세 완전포괄주의는 과거 구 상증세법 제32조 내지 제42조에서 규정한 개별 의제규정만으로는 새로운 유형의 변칙 증여에 미리 대처할 수 없는 문제점을 해결하기 위하여 도입되었는데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 증여는 상증세법 제41조에서 규정하고 있는 거래유형과 유사한 거래형태이고, 상증세법 제41조는 1996. 12. 30. 전부 개정시 이미 그와 같은 유형의 변칙 증여에 대처하기 위하여 신설된 이래 증여세 완전포괄주의가 도입된 이후에도 예시규정으로 전환되었을 뿐 같은 내용으로 그대로 규정되어 있을 뿐만 아니라 이 사건 증여는 미리 예측할 수 없었던 새로운 유형의 변칙 증여라고 보기도 어렵다.
 ② 과세관청은 증여세 완전포괄주의가 도입된 이후에도 상당기간 동안 위 변경 전 유권해석에 따라 특정법인(결손금이 있는 법인)이 재산을 증여받는 경우에는 상증세법 제41조를 적용하여 그 주주에게 증여세를 과세하였으나, 흑자법인(결손금이 없는 법인)이 재산을 증여받는 경우에는 그 주주에게 증여세를 과세하지 않았다.
 ③ 이후 과세관청은 2007년경 이 사건 증여와 같은 사안에서 주주에게 과세할 수 있는지는 상증세법 제2조 및 제42조 등에 해당하는지를 사실 판단하여 결정할 것이라고 하여 종전의 유권해석을 변경하였는데, 이는 증여세 완전포괄주의가 도입된 이후 상당기간 유지된 종전의 유권해석을 별다른 사정변경 없이 막연하게 변경한 것으로 보인다.
 ④ 특히 이 사건 증여와 같은 사안은 간접적인 이득이며 미실현 이득이라는 측면에서 과세표준(이는 증여재산 가액을 기초로 산정된다)의 공정하고 정확한 계산방법이 요구되는데, 피고가 이 사건 증여에 대하여 상증세법 제42조 제1항 제3호를 적용하여 계산한 증여재산 가액이 앞서 본 바와 같은 사정에 비추어 볼 때 공정하고 정확한 계산방법에 의한 것이라고 보기는 어렵다(이 사건 증여는 앞서 본 바와 같이 미리 대처할 수 없는 새로운 유형의 변칙 증여가 아니라 상증세법 제41조에서 규정한 거래유형과 유사한 거래형태임에도 불구하고, 상증세법 제41조 규정과의 관계에 있어서 그 적용범위가 명확하지 않을 뿐만 아니라 상증세법 제41조가 적용되는 경우와 비교해 볼 때 그 증여재산 가액에 있어서도 현저한 차이가 발생하여 과세형평 면에서도 부당하다). 한편 증여재산 가액의 계산에 관한 다른 예시규정을 살펴보더라도 미실현 이득을 과세대상으로 하는 경우에 관하여는 비교적 공정하고 정확한 계산방법이 규정되어 있는 것으로 보인다[주식 또는 출자지분의 상장 등에 따른 이익의 증여( 상증세법 제41조의3, 같은 법 시행령 제31조의6), 합병에 따른 상장 등 이익의 증여( 상증세법 제41조의5, 같은 법 시행령 31조의8) 등].
 라. 이 사건 양도소득세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단
 1) 증여세와 양도소득세는 납세의무의 성립 요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리하는 것이어서 과세관청이 각 부과처분을 할 경우에는 각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하여야 할 것으로 각각의 과세요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느 한 쪽의 과세만 가능한 것은 아니라 할 것이다. 상증세법 제2조 제2항이 제1항에 규정된 증여재산에 대하여 수증자에게 소득세법에 따른 소득세가 부과되는 때에는 증여세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다 하더라도 이는 그 문언 내용이나 증여세가 소득세의 보완세로서의 성격도 가지는 점에 비추어 보면, 수증자에 대하여 증여세를 부과하는 경우 그에 대하여 소득세가 부과되는 때에는 증여세를 부과하지 아니한다는 뜻으로서 양도소득세 규정과 증여세 규정의 중복적용을 배제하는 특별한 규정에 해당하지 않는다( 대법원 1999. 9. 21. 선고 98두11830 판결, 대법원 2003. 5. 13. 선고 2002두12458 판결 등 참조).
 2) 앞서 본 바와 같이 원고가 소외 1 등에게 소외 회사 주식을 저가로 양도한 것에 대하여, 피고는 소외 1 등에게 그 주식의 실지양도가액과 소외 회사 주식을 상증세법상 보충적 평가방법에 의해 평가한 가액과의 차액에 대하여는 증여세를 부과하는 한편 그 평가액을 양도가액으로 하여 원고에게 양도소득세를 부과하였다.
 3) 이러한 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 양도소득세 부과처분과 소외 1 등에 대한 증여세 부과처분은 과세 대상을 달리하여 이중과세에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 양도소득세 부과처분이 상증세법 제2조 제2항을 위반하였다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 마. 이 사건 증권거래세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단
증권거래세법 제7조 제1항 제2호 (가)목은 제1호 외의 주권 등을 양도하는 경우로서 주권 등의 양도가액을 알 수 있는 경우에는 당해 주권 등의 양도가액(다만 소득세법 제101조, 법인세법 제52조 또는 상증세법 제35조의 규정에 의하여 주권 등이 시가액보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에는 그 시가액)을 과세표준으로 한다고 규정하고 있다.
 피고는 이 사건 주식의 양도에 관하여 특수관계자 사이의 비상장주식 저가양도에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 원고에게 이 사건 양도소득세를 부과하였음은 앞서 본 바와 같다. 그렇다면 이 사건 양도는 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제101조의 규정에 의하여 주식이 시가액보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우에 해당한다 할 것이므로, 그 시가액을 과세표준으로 하여 부과한 이 사건 증권거래세 부과처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 4. 결론
 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분 취소 청구 부분은 부적법하여 각하하고, 이 사건 증여세 부과처분 취소 청구는 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.
[[별 지] 관계 법령: 생략]

판사 조일영(재판장) 김용태 김동관

[1] 완전포괄주의에 의한 증여개념을 도입한 구 상속세 및 증여세법 제2조 제3항에 근거하여 증여세 과세가 가능한지 여부(적극) 
[2] 비상장법인 甲 주식회사의 주식을 보유한 乙의 조부 丙이 甲 회사에 부동산을 증여하자, 과세관청이 증여에 따른 乙의 주식 가치 증가분을 乙이 丙으로부터 증여받은 것으로 보아 구 상속세 및 증여세법 제2조 제3항, 제42조 제1항 제3호에 따라 乙에게 증여세를 부과한 사안에서, 丙이 甲 회사에 부동산을 증여하는 방법으로 乙 소유의 甲 회사 주식 가치를 증가시켰으므로 이는 위 법 제2조 제3항의 증여에 해당하나, 증여재산 가액 산정에 잘못이 있어 위 처분이 위법하다고 한 사례

[1] 미처 예측하지 못한 다양한 형태의 재산의 무상이전이나 재산가치 증가분에 대하여도 증여세를 과세하기 위하여 구 상속세 및 증여세법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제2조 제3항에서 완전포괄주의에 의한 증여개념을 도입하게 된 점, 기존의 증여의제 규정이 증여재산 가액의 계산규정으로 바뀌는 등 다른 조문과의 체계에 비추어 보더라도 상증세법 제2조 제3항을 단순히 확인적·선언적 규정으로 해석하기는 어려운 점( 상증세법 제2조 제3항을 단순히 확인적·선언적 규정으로 볼 경우 기존 증여의제에 해당하는 사안에 대한 과세 근거가 사라지는 문제가 있다) 등 상증세법 제2조 제3항의 도입 배경, 입법 취지, 다른 조문과의 체계 등에 비추어 보면, 상증세법 제2조 제3항에 근거한 증여세의 과세는 가능하다고 봄이 타당하다. 
[2] 비상장법인 甲 주식회사의 주식을 보유한 乙의 조부(祖父) 丙이 甲 회사에 부동산을 증여하자, 과세관청이 증여에 따른 乙의 주식 가치 증가분을 乙이 丙으로부터 증여받은 것으로 보아 구 상속세 및 증여세법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제2조 제3항, 제42조 제1항 제3호에 따라 乙에게 증여세를 부과한 사안에서, 丙은 乙과 특수관계에 있는 자로서 甲 회사에 부동산을 증여하는 방법으로 부동산 증여 후 甲 회사 주식 가치와 부동산 증여 전 甲 회사 주식 가치의 차액 상당 이익을 무상으로 이전하거나 기여에 의하여 乙 소유의 甲 회사 주식 가치를 증가시켰으므로 이는 상증세법 제2조 제3항의 ‘증여’에 해당하나, 위 증여는 상증세법 제42조 제1항 제3호에서 정한 과세요건이나 거래유형과 유사한 거래형태라기 보다는 상증세법 제41조에서 정한 거래유형과 유사하고, 상증세법 제41조에 의할 경우 甲 회사가 증여가액에 대한 법인세를 부담하지 아니한 부분에 대하여만 증여세를 부과함에도 상증세법 제42조 제1항 제3호를 적용하여 甲 회사가 부담한 법인세를 전혀 고려하지 않은 점 등에 비추어 볼 때, 과세관청이 상증세법 제42조 제1항 제3호를 준용하여 증여재산 가액을 계산한 것은 객관적이고 합리적인 방법에 의한 것이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라 납세자의 예측가능성이나 과세형평에도 반하므로, 위 처분은 위법하다고 한 사례.