취득세등부과처분취소 (세무, 대전지방법원)
공포일: 2020.07.22 / 시행일:

【원 고】 학교법인 ○○학원 (소송대리인 법무법인 어울림 담당변호사 안혜림)
【피 고】 천안시 서북구청장
【변론종결】2020. 6. 24.
【주 문】
 1. 이 사건 소 중 별지 2 목록 기재 각 부동산 부분 취득세 48,488,610원, 농어촌특별세 4,848,850원, 등록세 48,488,610원, 지방교육세 9,697,720원, 합계 111,523,790원에 대한 경정거부처분 취소청구 부분을 각하한다.
 2. 피고가 2014. 8. 18. 원고에게 한 취득세 1,389,152,490원, 농어촌특별세 138,845,890원, 등록세 1,387,765,160원, 지방교육세 277,691,760원, 합계 3,193,455,300원에 대한 경정청구 거부처분 중 취득세 12,096,000원, 농어촌특별세 1,209,600원, 등록세 6,048,000원, 지방교육세 1,209,600원, 합계 20,563,200원을 각 초과하는 부분을 취소한다.
 3. 소송비용의 20%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】 피고가 2014. 8. 18. 원고에게 별지 1 목록 기재 각 부동산에 관하여 한 취득세 1,571,248,030원, 농어촌특별세 156,646,800원, 등록세 1,561,688,030원, 지방교육세 313,293,600원, 합계 3,602,876,460원 중 363,806,050원을 초과하는 부분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 천안 소재 ☆☆대학교를 설치하여 운영하는 학교법인이다.
 나. 원고는 2009. 3.부터 2011. 4.까지 천안시 ▽▽리(지번 1 생략) 등 별지 1 목록 기재 각 부동산 279,895㎡(이하 위 부동산을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라고 하고, 개별적으로 지칭할 때에는 위 별지 목록의 순번에 따라 ‘순번 ○ 부동산’이라고 한다)를 취득하였다.
 다. 원고는 피고에게 위와 같이 취득한 이 사건 부동산을 교육 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하였음을 밝히면서 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 제1항, 구 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제41조 제1항에 따른 지방세 면제신청을 하였고, 피고는 이를 받아들여 취득세, 등록세, 지방교육세, 농어촌특별세를 면제하였다.
 라. 한편 피고는 2012. 10.경 원고에게 ‘이 사건 부동산의 취득일로부터 3년 내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니하였다’는 이유로 이 사건 부동산에 관한 취득세 등을 신고·납부할 것을 통보를 하였고, 원고는 별지 1 목록 기재와 같이 2012. 11.부터 2014. 4.까지 이 사건 부동산에 관한 취득세 1,571,248,030원, 농어촌특별세 156,646,800원, 등록세 1,561,688,030원, 지방교육세 313,293,600원, 합계 3,602,876,460원(이하 ‘이 사건 취득세 등’이라고 한다)을 각 자진신고 또는 피고의 직권고지로 납부하였다.
 마. 원고는 2014. 7. 16. 피고에게 이 사건 취득세 등에 대하여 ‘이 사건 부동산을 취득일부터 3년 내에 당해 용도에 직접 사용하지 못한 것은 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제107조 단서 조항에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당하므로 이 사건 취득세 등을 납부하도록 한 것은 부당하다’고 주장하며 이 사건 취득세 등을 환급해 줄 것을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 8. 18. 원고의 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
 바. 이에 불복하여 원고는 2014. 11. 14. 조세심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2018. 4. 26. ‘이 사건 부동산 중 순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71(총 7필지)의 취득세 등에 대한 청구는 각하하고, 2017. 3. 16. 현재 부지조성공사를 마친 ▽▽리(지번 2 생략) 외 51필지 합계 76,024㎡의 토지에 대하여 실제 도로 등의 부지조성공사의 완료여부, 동 토지에 학교용 건물 등의 조성계획 및 사용내역 등을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정한다’는 내용의 결정을 하였다.
 사. 피고는 위 결정에 따른 재조사를 거쳐 2018. 6. 25. 이 사건 부동산 중 22,522.74㎡ 면적의 도로 부지(아래 [표 1] 기재 각 순번의 필지 중 도로 부지에 해당하는 일부 면적)는 학교 교육용으로 직접 사용하는 부동산으로 인정하여 아래 [표 1] 기재와 같이(순번은 편의상 그대로 기재한다) 취득세 133,606,930원, 농어촌특별세 12,952,060원, 등록세 125,434,260원, 지방교육세 25,904,120원 합계 297,897,370원(가산세 제외, 가산세 포함시 335,985,250원)을 감액·환급한다고 통지하였다[원고의 당초 경정청구액에서 환급되지 않고 여전히 남아 있는 부분(취득세 1,437,641,100원, 농어촌특별세 143,694,740원, 등록세 1,436,253,770원, 지방교육세 287,389,480원, 합계 3,304,979,090원에 대한 거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
《 [표 1] 생략 》
【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 36호증, 을 제1, 5, 11 내지 13호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
 별지 3 기재와 같다.
3. 본안 전 항변에 관한 판단
가. 본안 전 항변의 요지
구 지방세법(2011. 12. 31. 법률 제11137호로 개정되기 전의 것) 제20조 제3항의 규정에 따라 취득세 등을 비과세 또는 과세면제 또는 경감 받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이내에 신고·납부하여야 하나, 원고가 경정청구한 이 사건 부동산 중 아래 [표 2] 기재 각 부동산(편의상 순번은 그대로 기재한다)에 대하여는 유예기간(취득일부터 3년) 만료일(추징사유 발생일)부터 30일이 경과한 날까지 추징대상이 되는 세액을 자진 신고·납부하지 아니하여 세무조사 등으로 직권 고지되었는바, 법정신고기한이 지난 후에 신고·납부한 부분 내지는 직권고지 한 부분은 경정청구의 대상이 되지 않으므로 이 부분 청구는 부적법하다.
《 [표 2] 생략 》
나. 판단
 1) 관련 법리
 가) 조세법률주의의 원칙상 조세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때에 성립하고, 세금의 부과는 납세의무의 성립시, 즉 과세요건 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조). 한편 지방세법 규정에 의하여 면제된 취득세 등의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간의 경과도 포함된다고 할 것이므로, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 유예기간이 경과한 날이 된다(대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결 등 참조).
 나) 일반적으로 국민의 적극적 신청행위에 대하여 행정청이 그 신청에 따른 행위를 하지 않겠다고 거부한 행위가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것이라고 하려면, 그 국민에게 그 행위발동을 요구할 법규상 또는 조리상의 신청권이 있어야만 하는데(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두12469 판결 등), 경정청구권이 인정되지 않는 경우에는 과세관청이 납세자 등의 경정청구에 대하여 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 1999. 7. 23. 선고 98두9608 판결 등 참조). 
 2) 구체적 판단
 위 법리에 따르면, 이 사건 취득세 등의 납세의무는 취득일로부터 지방세특례제한법상 유예기간인 3년이 경과하여 추징사유가 발생함으로써 성립하는 것이므로, 이 사건 취득세 등의 경우 최초의 추징사유 발생 시점인 2012년 3월경 당시에 시행 중이던 구 지방세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11136호로 개정되기 전의 것) 제51조가 적용된다. 그런데 위 법 제51조 제1항에 따르면, ‘이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다’고 정하고 있는바, 그렇다면 원고가 이 사건 취득세 등을 면제 받은 후에 해당 과세물건이 추징 대상이 된 경우, 구 지방세법(2011. 12. 31. 법률 제11137호로 개정되기 전의 것) 제20조 제3항에 따라 추징사유 발생일(취득일로부터 유예기간 3년이 경과한 날)부터 30일 이내에 이를 신고·납부하면 위 구 지방세기본법상의 경정청구권이 인정된다고 볼 수 있다.
 따라서 아래에서는 위 [표 2]의 각 부동산에 관한 취득세 등의 신고 및 납부가 법정신고기한 내에 이루어졌는지 즉, 이에 대한 원고의 경정청구권이 인정되는지 여부를 본다.
 가) 순번 9, 10, 12 내지 14 부동산
 갑 제2, 39, 40호증, 을 제12호증의 각 기재에 의하면, 원고는 아래 [표 3](별지 2 목록 기재 표와 동일)에서 보는 바와 같이 순번 9, 10, 12 내지 14 부동산을 각각 2009. 6. 30. 및 2009. 3. 3.에 취득한 사실, 그런데 그 신고기한(각 취득일로부터 3년이 경과한 때로부터 30일 이내)인 2012. 7. 30. 및 2012. 4. 2.을 모두 도과한 2013. 1. 16.에야 비로소 취득세 등 신고서를 제출한 사실이 각 인정된다.
 그렇다면 원고는 위 부동산에 관한 취득세 등 신고서를 법정신고기한 이후에 제출하였으므로, 원고의 이 부분에 대한 경정청구권(취득세 48,488,610원, 농어촌특별세 4,848,850원, 등록세 48,488,610원, 지방교육세 9,697,720원 합계 111,523,790원, 가산세는 제외함)은 인정되지 않는다. 
《 [표 3] 생략 》
 나) 순번 70, 71 부동산
 순번 70, 71 부동산에 관하여 피고가 2013. 8. 1. 이 부분 취득세 등을 직권 고지하였을 뿐, 아래 [표 4]에서 보는 바와 같이 원고가 법정신고기한 내에 취득세 등 신고 및 납부를 하지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 을 제14호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있으므로, 이 부분에 대한 원고의 경정청구권(취득세 12,096,000원, 농어촌특별세 1,209,600원, 등록세 6,048,000원, 지방교육세 1,209,600원, 합계 20,563,200원)은 인정되지 않는다.
《 [표 4] 생략 》
 다) [표 2]의 나머지 부동산
 피고는 [표 2] 중 위 각 부동산을 제외한 나머지 부동산 역시 원고가 자진 신고 및 납부한 것이 아니라 피고의 직권 고지로 부과한 것이라고 주장하나, 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 피고 스스로도 을 제12호증 등의 과세자료(지방세 정보시스템)에 법정신고기한이 착오로 잘못 입력되었음을 인정하기도 하는 등 위 자료에 오류가 있을 가능성을 배제하기 어려우므로, 위 자료에 해당 부동산의 부과 종류가 ‘세무조사분’으로 입력되어 있다는 사정만으로 이 부분이 모두 직권 고지되었다고 단정하기 어려운 점, ② 오히려 위 자료의 정보시스템상 ‘과표적용’이 ‘신고’로 입력되어 있는 점, ③ 그 밖에 피고가 세무조사 등으로 직권 고지하였음을 알 수 있는 세무조사통지서나 부과고지서 등이 전혀 제출되지 않은 점, ④ 그에 반하여 원고는 이 부분에 대한 취득세 등 신고서를 제출하였다고 주장하면서 그 근거로 신고서 및 접수증(갑 제2호증)을 제출한 점 등에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로는 피고가 세무조사 등으로 직권 고지하였음을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 위 사정들에 비추어 보면, 원고는 위 [표 2] 기재와 같이 각 부동산에 관한 취득세 등 신고서를 법정신고기한 내에 제출한 것으로 보인다.
 3) 소결론
 그렇다면 원고는 순번 9, 10, 12 내지 14, 70, 71 부동산에 관한 취득세 등의 경정청구권이 인정되지 않으므로, 이 부분에 대한 피고의 경정거부는 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없으므로 부적법하다. 
 다만, 원고는 순번 70, 71 취득세 등 부분을 청구금액에서 제외하여(2020. 3. 30.자 청구취지 및 청구원인변경신청서) 이 부분 거부처분에 대한 취소를 구하고 있지 아니하므로, 이 사건 소 중 순번 9, 10, 12 내지 14 부동산에 관한 취득세 48,488,610원, 농어촌특별세 4,848,850원, 등록세 48,488,610원, 지방교육세 9,697,720원 합계 111,523,790원에 대한 경정거부처분을 구하는 부분에 대해서만 이를 각하하기로 한다.
4. 이 사건 처분 중 각하 부분을 제외한 나머지 부분에 대한 적법 여부에 관한 판단
가. 원고의 주장 요지
 원고가 이 사건 토지 취득 후 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있고, 이 사건 토지 중 일부는 농지에 해당하여 농지에 대한 세율을 적용하여야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다.
나. 정당한 사유의 존부에 관한 판단
 1) 관련 법리
구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제107조 단서, 제127조 제1항이 정하는 각 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 등 참조).
 2) 인정사실
 앞서 든 증거와 갑 제3 내지 35, 37, 38호증, 을 제7, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
 ○ 원고의 사업 진행 경위
 가) 원고는 2004. 11.경 ☆☆대학교의 중장기 발전계획(학생정원을 14.630명으로 증원, 42개 학과로 증설, 이하 ‘이 사건 발전계획’이라 한다)을 수립하고, 2030. 12. 31.까지 위 발전계획을 추진함에 있어 기존 학교시설 부지로는 학생 수용 및 시설 확충이 불가능하다는 판단 아래, 2010. 5. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2011. 4. 14. 법률 제10599호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국토계획법’이라 한다) 제26조에 의하여 천안시장에게 계획도, 계획조서, 계획설명서(기초조사결과 포함) 등을 첨부하여 천안시 ▽▽리(지번 3 생략) 일원의 145필지를 학교 부지에 편입시켜 학교 부지 면적을 424,279㎡ 확장하고, 교육시설 및 연구시설로 13동(건축면적 36,901.865㎡, 연면적 267,682.385㎡)을 신축한다는 내용으로 도시관리계획 변경의 입안을 제안하였다. 그 주된 내용은 국토계획법 제36조 제1항 제1호 라목의 전체 녹지지역 중 생산녹지 지역이던 매주저수지 일부(7,258㎡)가 원고의 ☆☆대학교 부지 편입으로 인하여 자연녹지지역으로 용도지역이 변경되고, 원고의 기존의 학교부지 221,098㎡에다가 이 사건 부동산을 포함한 391,868㎡ 면적의 토지가 국토계획법 제2조 제6호 등 소정의 공공· 문화체육시설(학교)로 추가 지정되며, ☆☆대학교의 부지 확장에 따라 교통시설(도로)이 확충 또는 신설되는 것이었다.
 나) 이에 천안시장은 2010. 6. 1. 주민공람·공고(천안시 공고 제2010-597호, 공람기간 14일간), 2010. 6. 18. 재공람, 공고 및 사전환경성검토서(초안)공람, 공고(천안시 공고 제2010-662호, 공람기간 14일간)을 각 거치는 방법으로 주민의 의견을 청취하고, 2010. 6. 16. 천안시의회의 의견을 청취하며, 2010. 7. 8. 농림수산식품부 장관과 농지전용 협의를, 2010. 7. 13. 금강유역환경청 사전환경성검토(본안)를 각 마치고, 2010. 7. 23. 천안시 도시계획위원회 심의를 거친 후, 2010. 8. 2. 이 사건 부동산이 포함된 천안시 ▽▽리(지번 3 생략) 일원에 대하여 국토계획법 제30조, 제32조 등 각 규정에 의하여 도시관리계획을 변경하고, 천안도시관리계획변경 및 지형도면 고시(천안시 고시 제2010-154호, 용도지역, 도시계획시설: 학교, 도로, 완충녹지, 하천, 저수지)를 하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 도시관리계획변경결정’이라 한다). 한편 위 변경결정에는 ‘① 도시계획시설에 대하여는 실시계획인가를 득한 후 공사를 시행하여야 함, ④ 미매입한 토지에 대하여는 지속적으로 토지주를 이해 설득하여 협의매수할 것’이라는 내용의 조건이 부가되었다.
 다) 이후 원고는 2011. 2. 28. 일반대학개편 심사요청을 하여 2011. 6. 28. 교육과학기술부로부터 대학설립운영규정 제5조에 정해진 교지기준 면적을 확보할 것을 전제로 일반대학으로 설립인가를 받았는데, 일반대학으로서 인가받은 학생정원은 10,483명이었고 이에 따라 확보해야 할 교지기준 면적은 326,322㎡ 이상이었다. 그런데 당시 원고가 실제 보유한 교지면적은 214,469㎡에 불과하였다.
 라) 원고는 2011. 9.경 천안시청 도시과에 ‘부지증설사업 환경영향평가 초안’을 접수하였고, 2011. 10. 19. ◎◎사무소 회의실에서 환경영향평가 주민설명회를 개최하였으며, 환경영향평가 협의과정을 거쳐 2012. 1. 25. 최종적으로 환경영향평가서 본안협의가 완료되었다. 이후 원고는 2011. 12. 22. 천안시에 교통영향평가서를 제출하였고, 이에 관하여 2012. 2. 7. 교통영향평가 심의를 거쳐 2012. 2. 24. 교통영향평가 최종보완서를 접수하였고, 2012. 3. 5. 교통영향분석 및 개선대책 검토결과 통보를 받았다.
 마) 이후에도 원고는 사업부지에 관한 토목설계 현장설명회를 개최하고 2012. 5. 26. 환경조형학관의 설계에 관한 건축설계를 완료하였고, 2013. 4. 16. 도시계획도로 연장 토목설계 계약을 체결하는 등 이 사건 발전계획과 이 사건 도시관리계획변경결정 및 일반대학교 설립 허가 등에 따른 사업을 추진하였다.
 바) 원고는 2014. 3. 17. 천안시장에게 ‘도시계획시설사업실시계획인가 신청서’를 제출하고 실시변경 협의, 인가 보완 등의 절차를 거쳐 2014. 11. 20. 천안시장으로부터 도시계획시설사업실시계획 변경인가를 받았으며, 위 사업실시계획이 인가된 후 2015. 1. 27. 토목공사에 착공하여 진입로 공사, 토목공사를 진행하였고, 2017. 3. 16. 진입로 토목공사, 도로포장, 조경공사를 완공하였다. 
 ○ 사업 관련 소송 진행 경위
 사) 한편 이 사건 도시관리계획변경결정에 포함된 토지(▽▽리 지번 4 생략 내지 지번 7 생략)의 소유자인 소외 5는 2010. 10. 15. 천안시장을 상대로 위 결정의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 원고는 피고보조참가인으로 위 소송에 참여하였다. 1심법원은 2011. 5. 4. 원고의 청구를 기각하였으나(대전지방법원 2010구합4164), 2011. 12. 22. 항소심법원은 원고의 청구를 인용하는 판결을 선고하였고(대전고등법원 2011누882), 상고심법원은 2014. 7. 10. 다음과 같은 이유로 원심을 파기환송하는 내용의 판결을 선고하였으며(대법원 2012두2467), 2014. 9. 25. 환송 후 항소심법원에서 원고의 항소를 기각하여 2014. 10. 15. 위 1심판결이 그대로 확정되었다(대전고등법원 2014누425).
참가인(원고)이 운영하는 ☆☆대학교가 장기발전계획을 통하여 지향하고 있는 보건의료복지영역 특성화대학이라는 목표를 이루기 위하여는 보건의료학관과 보건의료지원관의 건립이 필수적인데, 참가인은 위 토지상에 위 건물의 건립과 1번 국도를 통한 ☆☆대학교로의 주 진입로 및 중앙광장의 설치를 예정하고 있으며, 학교부지에 새로 포함되는 토지들 중 위 토지는 기존 학교부지와 상대적으로 가장 인접해 있고, 전체 학교부지 중 한 가운데 쪽에 위치하고 있다(중략).이러한 사정들에 비추어 보면 피고(천안시장)가 이 사건 처분(이 사건 도시관리계획 변경결정)을 함에 있어서 원고(소외 5)와 참가인(원고) 및 피고(천안시장) 사이의 이익형량을 전혀 행하지 아니하였거나 이익형량의 고려 대상에 마땅히 포함시켜야 할 사항을 누락 하였다고 볼 수 없고, 이익형량을 하였으나 그 정당성과 객관성이 결여되었다고 볼 수도 없다.
 아) 원고는 이 사건 부동산 중 순번 13, 14, 30 부동산을 포함하여 다음과 같이 해당 부동산의 소유자들을 상대로 소유권이전등기청구소송을 제기하였다. 
《 소유권이전등기청구소송 내역 생략 》
 3) 판단
 위 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 각 사정 등을 종합하면, 원고가 3년 이내에 이 사건 부동산을 그 고유업무에 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다(따라서 원고의 나머지 주장에 관하여는 살피지 아니한다). 
 ① 원고는 이 사건 부동산을 포함한 일대를 학교부지로 사용하기 위한 계획을 오래전부터 수립하여 일관되게 추진하여 온 것으로 보이고, 한편 학교부지를 확장하기 위해서는 이 사건 부동산에 등에 관한 도시관리계획시설변경결정이 필요하였는데 원고는 2010. 8. 2. 천안시장으로부터 이 사건 도시관리계획변경결정을 받고, 그 이행조건(도시계획시설에 대하여는 실시계획인가를 득한 후 공사를 시행하여야 함 및 미매입한 토지에 대하여는 지속적으로 토지주를 이해 설득하여 협의매수할 것)을 이행하기 위해 계속하여 미매입 토지를 매수하였을 뿐만 아니라, 2013. 4. 16. 도시계획도로 토목설계용역계약을 체결하고, 2014. 11. 20. 천안시장으로부터 도시계획시설사업실시계획 변경인가를 받은 직후인 2015. 1. 27. 위 토목공사에 착공하는 등 이 사건 부동산을 그 고유업무에 사용하기 위한 노력을 계속적으로 진행해왔다.
 ② 한편 위와 같이 원고가 이 사건 부동산을 고유목적에 사용하기 위하여 필요한 절차로서 천안시장의 도시관리계획시설 변경결정이나 도시계획시설사업실시계획 변경인가 등은 관할관청 산하의 여러 부처뿐만 아니라 여러 유관기관이 담당하고 있는 각종 규제를 종합적·합목적적으로 검토하여야 하기 때문에, 그에 관한 결정에는 상당한 시일이 소요될 수밖에 없다.
 ③ 원고는 천안시 각 부처의 검토과정에서 요구된 보완사항을 성실하게 이행한 것으로 보이고, 원고가 그 보완요구 등에 관하여 즉시 이행하지 아니하였거나 불성실하게 이행하였다고 볼 만한 아무런 자료가 없다. 오히려 원고는 천안시 각 부처의 보완요구에 성실히 임하였기 때문에 원고의 계획대로 이 사건 도시관리계획변경결정이나 도시계획시설사업실시계획 변경인가가 고시됨으로써, 이 사건 부동산을 학교부지로 사용할 수 있게 된 것으로 보일 뿐이다.
 ④ 그 뿐만 아니라, 비록 이 사건 부동산 중 소유권에 관한 분쟁 대상이 되었던 필지는 3필지(순번 13, 14, 30 부동산)에 불과하기는 하나, 위 3필지 외에도 2015. 2.경까지 이 사건 도시관리계획변경결정 대상 부동산의 소유자에 의하여 이 사건 도시관리계획변경결정 자체의 취소를 구하는 관련 행정소송이 계속되었는데, 이 사건 도시관리계획변경결정은 위 소외 5 소유 부동산뿐만 아니라 이 사건 부동산을 비롯한 확장 부지 전체를 대상으로 하는 것이므로 위 소송에 따른 결과는 위 부지 전체에 영향을 미칠 수도 있는 중대한 사안이었고, 그 때문에 원고로서는 위 소송에서 패소할 경우 이 사건 도시관리계획변경결정에 따른 기존의 사업계획의 내용 및 구도를 전면 재수정해야 하는 상황에서 섣불리 기존의 계획대로 사업을 진행하기가 상당히 부담스러웠을 것으로 보인다. 
 ⑤ 나아가 원고가 운영하는 ☆☆대학교가 이 사건 발전계획을 통하여 지향하고 있는 보건의료복지영역 특성화대학이라는 목표를 이루기 위해서는 보건의료학관과 보건의료지원관의 건립이 필수적인데, 원고는 위 정지용 소유의 부지에 위 건물의 건립과 1번 국도를 통한 ☆☆대학교로의 주 진입로 및 중앙광장의 설치를 예정하고 있었던 점, 학교부지에 새로 포함되는 토지들 중 위 토지는 기존 학교부지와 상대적으로 가장 인접해 있고, 전체 학교부지 중 한 가운데 쪽에 위치하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고로서는 사업부지 중 가장 핵심적이고 중요한 위치에 있는 위 부지를 사업부지에서 제외해 달라고 다투는 위 관련 행정소송에 온 사력을 다할 수밖에 없었던 것으로 보이므로, 원고가 이 사건 부동산에 관한 공사 진행이 늦어진 데에는 참작할 만한 사정이 있다.
 ⑤ 위와 같이 원고가 추진한 학교부지 확장사업의 내용, 규모, 목적 등에 비추어 보면, 이는 상당한 시간이 소요되는 종합적이고 체계적인 개발계획에 해당하는 것으로 보이고, 그와 같은 사정에다가 앞서 본 부지 소유자들과의 법적 분쟁이 상당 시간 지속된 점까지 보태어 보면, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 고유목적 사업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.
다. 소결론
 따라서 이 사건 처분 중 부적법하여 각하하는 부분을 제외한 나머지 부분, 즉 취득세 1,389,152,490원, 농어촌특별세 138,845,890원, 등록세 1,387,765,160원, 지방교육세 277,691,760원, 합계 3,193,455,300원에 대한 경정거부처분 중 원고가 경정청구 대상이 아니라고 자인하는 순번 70, 71 부동산에 관한 취득세 12,096,000원, 농어촌특별세 1,209,600원, 등록세 6,048,000원, 지방교육세 1,209,600원, 합계 20,563,200원을 초과하는 부분은 그 처분사유가 인정되지 아니하여 부적법하다.
5. 결론
 그렇다면 이 사건 소 중 순번 9, 10, 12 내지 14 부동산에 관한 별지 2 기재 각 취득세 등에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 모두 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 이영화(재판장) 최리지 양해인