영업정지처분취소등 (일반행정, 울산지방법원)
공포일: 2014.05.01 / 시행일:

【원 고】 △△△ 주식회사 (소송대리인 법무법인 정맥 외 2인)
【피 고】 울산광역시장 (소송대리인 법무법인 동행 담당변호사 정선명)
【변론종결】2014. 3. 27.
【주 문】
1. 피고가 2012. 5. 23. 원고에게 한 폐수수탁처리업 영업정지 3개월 처분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지 1/5은 피고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2012. 5. 23. 원고에게 한, 폐수수탁처리업 영업정지 3개월 처분, 폐수배출시설 및 방지시설 조업정지 10일 처분, 수질초과배출부과금 20,610,168,960원의 부과처분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 수처리 케미컬 개발·제조·판매업, 폐수처리업, 화학제품 제조·판매업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 2004. 9. 24. 피고에게 폐수수탁처리업(1일 최대 폐수배출량 200㎥), 폐수재이용업의 등록을 하였고, 2011. 7. 21. 피고로부터 1일 최대 폐수배출량을 499.9㎥로 변경 승인을 받은 제3종 사업장(1일 폐수배출량 200㎥ 이상 700㎥ 미만인 사업장)이다.
 나. 울산광역시청 환경관리과 직원들과 울산광역시청 ○○하수처리장 직원들(이하 ‘점검요원들’이라 한다)은 2011. 11. 24. 22:00경 원고의 사업장 내에 있는 폭기조에서 가지관을 통해 방류구로 폐수를 배출할 수 있는 시설이 설치되어 있고 배관이 다른 배관과 구별되게 따뜻한 것을 확인한 후 폐수 최종 방류구에서 시료를 채취하였다.
 다. 피고는 위와 같이 채취한 폐수 시료를 2011. 11. 25. 울산광역시 보건환경연구원장에게 검사 의뢰하였고, 울산광역시 보건환경연구원장은 2011. 12. 5. 피고에게 시료의 수질 검사 결과를 회신하였다. 그 내용은 별지 ‘수질 검사 결과’ 기재와 같다.
 라. 피고는 2012. 5. 23. 원고에게, ① 폐수처리업자로서 폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치하여 배출허용기준을 초과한 수질오염물질을 배출하였다는 사유로, 구 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률(2013. 7. 30. 법률 제11979호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 수질보전법’이라 한다) 제32조, 제38조, 제62조, 제64조, 제71조에 따라 영업정지 3개월 처분(이하 ‘영업정지처분’이라 한다)을, ② 폐수배출시설 및 방지시설을 정당한 사유 없이 정상적으로 가동하지 아니하여 배출허용기준을 초과한 수질오염물질을 배출하였다는 사유로 구 수질보전법 제32조, 제38조 제1항, 제42조, 제71조에 따라 조업정지 10일 처분(이하 ‘조업정지처분’이라 한다)을, ③ 구 수질보전법 제32조 제1항의 수질오염물질 배출허용기준을 초과하는 오염물질을 배출하였다는 사유로 아래 ‘초과배출부과금 부과내역표’ 기재와 같이 산정한 수질초과배출부과금 합 20,610,168,960원의 부과처분(이하 ‘부과처분’이라 하고, 영업정지처분, 조업정지처분과 통틀어 지칭할 때는 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다. 
초과배출부과금 부과내역표오염 물질명농도(㎎/ℓ)일일유량(㎥/일)지역구분부과기간부과금(원)배출농도기준농도초과농도유기물질(BOD)4,182.32003,982.300346나109일2,704,513,160부유물질(SS)298.620098.60042,998,220총질소5,560.306605,500.3067,465,746,540아연132.4445127.44410,356,560,810망간11.163101.16340,350,230합계??????20,610,168,960
* 부과기간 : 2011. 8. 8. ~ 2011. 11. 24.
* 일일유량 : 폐수방류량 37,726톤 ÷ 109일
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5, 6호증, 을 제16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 1) 원고의 대표이사 소외 2가 배출허용기준을 초과한 수질오염물질을 배출하였다는 공소사실로 수질보전법 위반으로 형사재판을 받고 있는 중에 유죄판결이 확정되지 않았음에도 피고가 이 사건 각 처분을 하였는바, 이는 헌법 및 형사소송법상 인정되는 무죄추정의 원칙에 반한다.
 2) 영업정지처분은 다음과 같은 사유로 위법하여 취소되어야 한다.
 가) 원고는 2008. 4.경 폐수 처리 방법 중 MBR 공법을 사용하기 위해 폭기조에 가지관을 설치하였던 것을 유지하였을 뿐, 불법적으로 폐수를 배출하기 위하여 폐수처리에 필요하지 않은 배관을 설치한 사실이 없다.
 나) 피고는 수회에 걸친 원고의 사업장 지도·점검 시에도 원고가 설치한 가지관을 비밀배출구라는 법령 위반사항으로 처리하지 않았음에 비추어 보면 신뢰보호원칙에 위반한다.
 다) 영업정지처분은 원고의 권리 구제 절차를 방해할 정도로 3일 만에 효력이 발생하도록 되어 있어 재량권의 범위를 일탈하여 위법하다.
 3) 조업정지처분 및 부과처분은 다음과 같은 사유로 위법하여 취소되어야 한다.
 가) 부과처분의 근거 법률인 구 수질보전법 제32조 제1항은 단순히 배출허용기준을 초과한 수질오염 물질을 배출한 사업자에 대해 초과배출부과금을 부과할 수 있음을 규정하고 있을 뿐 허용량에 관한 최소한의 정보도 제공하지 않은 채 부과금 산정방법 및 초과배출부과금 부과 여부를 결정하는 배출허용기준의 구체적인 내용에 대해 전부 대통령령이나 환경부령으로 정하도록 포괄적으로 위임하고 있고, 동법 제41조 제1항 제2호도 배출부과금 산정방식, 오염물질의 종류 등에 관한 기본적인 사항을 정함이 없이 전적으로 대통령령에 위임하고 있어 위 조항들은 위임입법의 명확성을 요청하는 헌법 제75조 및 95조에 위배된다.
 나) 부과처분의 근거 법령인 수질보전법 시행령 제45조, 제47조, 제49조, 제54조는 실제 오염물질의 배출기간, 농도, 배출량과 상관없이 임의로 적용기준을 규정한 후 그에 따라 부과금액을 산정하도록 하고 있고, 특히 행정편의를 위해 사업자가 개선명령 이행 여부를 보고한 날을 배출기간의 종기로 의제하여 지나치게 과도한 부과금이 부과되는 결과가 초래되는바, 이는 헌법상 비례(과잉금지)의 원칙에 위반된다. 
 다) 피고는 수질오염공정시험기준을 위반하여 목적 시료의 성질을 대표할 수 없는 위치에서, 시료 채취 용기를 시료로 3회 이상 씻지 않고 시료를 채취하여 그 절차가 위법하다.
 라) 피고가 2011. 8. 8.부터 2011. 11. 23.까지는 원고가 배출한 폐수에 대한 배출허용기준치를 측정한 사실이 없고, 위 기간에 일률적으로 배출허용기준치 초과 오염물질이 포함되어 있다고 단정할 수 없으며, 원고의 사업장에서 배출되었다는 질소량을 ○○하수처리장에 유입되는 질소량과 비교하였을 때 터무니없이 높은 비율을 차지하고 있는 점 등을 미루어 보면 오염물질 배출농도 산정에 하자가 있다.
 마) 수질초과배출부과금 산정의 기초가 되는 배출기간은 단속 당일인 2011. 11. 24.부터 그 다음 날까지 총 2일로 하여야 하다.
 바) 부과처분의 부과금 액수는 원고의 연 매출액의 2배를 초과하는 것으로 이를 납부하면 원고는 부도가 나고 그로 인해 회사 직원들의 생계가 위협을 받으며, 인근 업체들의 폐수를 처리할 방법이 없어 심각한 환경오염을 가져올 수 있는바, 부과처분으로 인해 원고가 받는 불이익의 정도는 부과처분을 하여야 할 공익상의 필요에 비해 지나치게 크므로 재량권의 범위를 벗어나 위법하다.
나. 인정 사실
 1) 원고의 사업장은 2005, 2006년경 위탁받은 저농도의 폐수를 폭기조에서 생물학적 처리방법으로 처리하고, 고농도의 폐수는 해양처리업체에 다시 위탁하여 처리하여 오던 중, 2006. 10.경부터는 해양처리업체에 위탁하는 고농도의 폐수량을 차츰 줄이다가 2007. 8.경부터는 고농도 폐수를 모두 자체 처리하기 시작하였다.
 2) 그런데 원고의 사업장에 자체 처리하는 고농도 폐수량이 증가하면서 그때부터 폭기조에서 미생물이 사멸하여 생물학적 처리를 할 수 없었고, 2008. 4. 2.경 MBR공법(분리막 생물 반응기로서 폭기조 안에 일종의 여과시설을 만들어 곧 바로 방류구로 배출할 수 있도록 하는 공법)을 위하여 허가를 받아 가지관을 설치하고, 미생물을 넣어 테스트를 하다가 그만둔 후 MBR공법에 따른 사용은 하지 않았고, 2008. 여름경 증발농축기를 설치하여 시운전 한번 한 후 운전도 복잡하고, 비용도 많이 들어 경제성이 없다는 이유로 더 이상 증발농축기를 가동하지 않았고, 2011. 7.경 전해펜턴조를 설치하여 시운전만 하고 가동을 하지 않았다. 
 3) 원고의 사업장은 앞서 본 바와 같이 위탁받은 폐수에 대한 생물학적 처리를 제대로 할 수 없었고, 설치한 시설도 제대로 가동하지 않은 채 단속대응 매뉴얼을 만들어 놓고, 폭기조 1 ~ 4지 중 1, 2지에는 고농도의 폐수를 저장하고, 3, 4지에는 빗물과 공업용수를 저장해 놓았다가 단속이 없는 야간에 폭기조 1, 2지에 있는 고농도의 폐수를 MBR공법을 위해 설치한 펌프와 가지관을 이용하여 2차 침전조, 여과시설을 거치지 않은 채 그대로 최종방류구로 방류하였고, 단속 정보가 있는 경우에는 폭기조 1, 2지의 방류 밸브를 잠근 채 단속공무원이 폭기조 3, 4지에 있는 빗물과 공업용수를 시료로 채취할 수 있도록 하는 방식으로 단속을 피해 왔다.
 4) 그러던 중 원고의 사업장은 2011. 8. 8.경부터는 폭기조를 1, 2계열로 나누어 1계열의 폭기조에는 생물학적 처리가 가능한 동아화학 등에서 위탁받은 폐수를 저장하여 미생물을 넣어 생물학적 처리를 한 후 2차 침전조, 여과시설을 거쳐서 배출하고, 2계열의 폭기조에는 나머지 폐수를 저장하여 생물학적 처리를 하지 않은 채, 야간에 3, 4지 가지관을 통하여 침전조나 여과시설을 거치지 않고 그대로 최종방류구로 무단배출하였다. 단속 정보가 있는 경우에는 2계열 폭기조의 배출 밸브를 잠그고 단속공무원이 1계열 폭기조에 있는 폐수를 시료로 채취할 수 있도록 하여 단속을 피하였다. 그런데 1계열 폭기조로 처리하던 동아화학에서 위탁받은 폐수도 발생과정에서 문제가 생겨 생물학적 처리가 안 된다고 판단되면 바로 산폐수 집수조에 넣어 2계열 폭기조로 배출하는 등 1계열의 폭기조에는 미생물이 살 수 있도록 폐수량을 조절하였다. 
 5) 울산광역시청 ○○하수처리장 직원들은 ○○하수처리장 유입수의 PH 및 총질소량의 측정치가 높아 유입수 관로에 대한 야간 합동 지도점검을 실시하기로 하고, 2011. 11. 17. 23:30경 원고의 사업장 인근 도로변에서 방류수의 맨홀을 개방하여 외관수질을 관측하였는데, 원고의 사업장 직원은 이를 발견하고 방류수 배출을 중단하고 방류구 청소를 실시하였고, 점검요원들은 이미 방류수가 희석되어 시료 채취가 무의미한 상태라 폐수 시료를 채취하지 못하였다.
 6) 점검요원들은 2011. 11. 24. 22:00경 원고의 사업장 방류구로부터 1km 하류의 하수구 맨홀에서 적갈색으로 보이는 폐수가 상류로부터 흘러 내려오는 것을 확인하고, 앞서 본 바와 같이 원고의 사업장 최종방류구에서 시료를 채취하였는데, 이를 알고 온 원고의 작업장 수질관리팀장 소외 1은 물증을 없앨 목적으로 점검요원들이 채취한 시료가 담긴 페트병을 칼로 찢으려고 시도하였으나 점검 요원들에게 에워싸여 실패하였고, 채취한 시료가 담긴 병을 발로 차기도 하였다.
 7) 원고의 대표이사인 소외 2와 위 소외 1은 울산지방법원으로부터 "2011. 11. 24. 원고의 사업장에서, 소외 3 등 현장작업자들로 하여금 미생물이 사멸하여 기능을 다하지 아니하는 2계열 폭기조에 증발농축기를 거치지 아니한 폐수를 유입하도록 한 후 2계열 폭기조에 설치된 가지관을 통하여 폭기조 다음 공정인 2차 침전조, 여과시설을 거치지 아니하고 최종방류구로 배출하는 방법으로 배출허용기준을 초과한 수질오염물질이 포함된 폐수 445.19㎥ 상당을 배출하도록 한 것을 비롯하여 2011. 8. 8.경부터 2011. 11. 24.경까지 위와 같이 정당한 사유 없이 방지시설을 정상적으로 가동하지 아니하는 방법으로 배출허용기준이 초과된 수질오염물질이 포함된 폐수 37,726㎥ 상당을 배출함으로써, 배출허용기준이 초과된 수질오염물질을 배출하였다."는 범죄사실로 수질보전법 위반죄로 소외 2는 징역 10월을, 소외 1은 징역 10월에 집행유예 2년 및 사회봉사명령 120시간을 선고받았고, 위 판결이 확정되었다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제4, 5, 7, 8, 9, 10, 11, 20, 22, 23, 24, 25호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
다. 관계 법령
 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
라. 판단
 1) 이 사건 각 처분에 공통된 무죄추정의 원칙에 반한다는 주장에 관하여
 행정처분을 위한 사실인정은 형사재판의 유죄확정 여부와는 무관한 것이므로 이 사건과 관련된 형사재판 절차에서 유죄의 확정판결을 받기 전이라도 이 사건 각 처분의 근거사실은 인정될 수 있고, 그와 같은 처분근거 사실의 인정은 헌법상 무죄추정의 원칙에 저촉된다고 볼 수 없으므로(대법원 1986. 6. 10. 선고 85누407 판결 등 참조), 원고의 위 주장은 이유 없다. 
 2) 영업정지처분의 위법 여부
 가) 원고는 2011. 8. 8.경부터 2계열의 폭기조에 설치된 3, 4지 가지관을 통하여 생물학적 처리를 하지 않은 폐수를 침전조나 여과시설을 거치지 않고 그대로 최종방류구로 무단배출하였음은 앞서 본 바와 같고, 피고는 원고에게 ‘폐수처리업자로서 폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치하여 배출허용기준을 초과한 수질오염물질을 배출하였다’는 사유로 구 수질보전법 제71조, 제64조 제3항 2호, 제62조 제2항 제3호, 수질보전법 시행규칙 제105조 제1항 [별표 22] 제2호 사목 21)에 따라 영업정지처분을 하였는바, 과연 2계열의 폭기조에 설치된 3, 4지 가지관이 수질보전법 시행규칙 [별표 22] 제2호 사목 21) ‘폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치한 경우‘에 해당되는지 여부가 쟁점이다.
 나) 이 사건에서, 비록 원고의 사업장은 2008. 4. 2.경 MBR공법을 위하여 피고로부터 허가를 받아 폭기조 3, 4지에 가지관을 설치하고, 미생물을 넣어 테스트를 하다가 그만둔 후 MBR공법에 따른 사용은 하지 않았음은 앞서 본 바와 같지만, 나아가 원고가 폐수를 무단방류하기 위하여 MBR공법을 빙자하여 가지관을 설치하였음을 인정할 증거가 없는 이상 2계열의 폭기조 가지관 설치가 ‘폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치한 경우’에 해당한다고 보기 어렵다.
 다) 따라서 폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치하였음을 전제로 한 영업정지처분은 그 처분사유가 있음을 인정할 수 없으므로 위법하고, 이에 관한 원고의 위 주장은 이유 있다(영업정지처분에 관한 나머지 주장은 판단하지 않는다). 
 3) 조업정지처분 및 부과처분의 위법 여부
 가) 처분의 근거 법령이 포괄위임입법금지원칙 및 비례의 원칙 위반 여부
 배출부과금 산정의 기준이 되는 배출허용기준 초과 배출량은 사업자가 조업에 제공하기 위하여 실제로 가동하는 배출시설로 인하여 배출되는 오염물질의 양을 위 법령에 정한 방법을 토대로 산정하는 것이므로 법령에 특별한 규정이 없는 한 행정청은 가능한 한 객관적 사실관계에 입각하여 이를 산정하여야 할 것이지만, 사업장에서의 일정 기간에 걸친 오염물질의 실제 배출량은 그 시기와 종기는 물론 그 기간 중에도 늘 같을 수는 없는 관계로 정확한 배출량의 측정 및 그에 따른 배출부과금의 산정은 현실적으로 불가능한 반면, 그 위반행위의 적발이 어려우며 오염물질의 초과 배출로 말미암아 일단 훼손된 환경의 원상회복은 쉽지 아니함을 고려할 때 이와 같은 초과 배출량 및 배출부과금의 산정방법과 기준은 법령에서 정하는 일정한 기준에 따라 이루어질 수밖에 없다 할 것이고, 한편 그 산정방법과 기준은 전문적·과학적인 판단과 탄력적인 규율이 요구되는 영역이므로 하위 법령으로의 위임의 필요성이 인정된다 할 것인바, 이 점에 관한 수질보전법 시행령의 각 규정은 수질보전법 제41조에서 부과대상, 기본배출부과금, 초과배출부과금의 부과요건을 모두 정한 다음 배출기간 등 그 세부적 사항을 대통령령에 위임한 데에 근거한 것이어서 사업자로서는 배출부과금의 산정방법 및 그 기준의 대강을 쉽게 예측할 수 있을 뿐만 아니라 시행령 제47조에서 개선명령 이행완료예정일 이전의 조기 이행 등에 따른 배출부과금의 조정절차까지 마련하여 사업자가 불측·부당한 손해를 입지 않을 수 있도록 배려하고 있음에 비추어 포괄위임입법 금지원칙에 위반된다고 볼 수 없고(대법원 2009. 12. 10. 선고 2009두14705 판결 참조), 위와 같은 법령의 취지, 그 규제대상인 오염물질의 초과 배출량과 그 부과금 산정의 특성, 구체적인 산정 방법과 기준에 비추어 헌법 제37조 제2항에서 정한 비례(과잉금지)의 원칙에 위반된다고도 볼 수 없으므로, 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다. 
 나) 시료 채취방법 하자 여부
 위 인정 사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 평소 피고의 수질지도점검 단속에 대비하여 단속대응 매뉴얼을 만들어 준비하고 있었고, 수질오염초과폐수와 그렇지 않은 폐수를 각기 다른 폭기조에 저장한 채 야간에 수질오염초과폐수를 무단방류하고, 단속 정보가 있는 경우에는 그렇지 않은 폐수로 단속을 피하였으며, 2011. 11. 17.에는 피고가 시료채취를 하기 전에 배수를 중지함으로써 시료 채취를 불가능하게 한 바 있고, 원고의 사업장 수질팀장인 소외 1은 2011. 11. 24. 점검요원들이 채취한 시료 용기를 파손하려는 시도까지 한 점, ② 이 사건 시료 채취를 함에 있어 채취 용기를 3회 이상 씻은 지 불분명하나 달리 플라스틱과 유리로 된 시료 용기가 화학물질에 오염되어 있었다고 볼 만한 사정이 없으므로, 시료 채취 용기를 시료로 세척하지 않은 것이 수질검사 결과에 달리 영향을 주었다고 보기 어려운 점, ③ 이 사건 시료를 채취한 위치는 최종방류구로서 이는 ○○하수처리장으로 실제 유입되는 폐수의 농도와 같게 나오는 위치이므로, 위 위치에서 시료를 채취한 것이 목적 시료의 대표성이 없는 위치에서의 시료 채취라고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 원고가 주장하는 시료 채취에 절차상 위법이 있었다는 것만으로 이 사건 처분의 적법 여부에 영향을 준다고 보이지 아니한다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
 다) 오염물질의 배출농도, 배출기간 산정 하자 여부
 (1) 오염물질의 배출농도에 관하여
 피고는 2011. 11. 24. 22:00경 원고 사업장의 최종방류구에서 채취한 시료를 울산광역시 보건환경연구원장에게 검사 의뢰하였고, 그 수질 검사 결과에 따른 배출농도에 따라 초과배출부과금을 산정하였음은 앞서 본 바와 같다. 그런데 원고의 주장은 위 2011. 11. 24.자 수질 검사 결과에 따른 오염물질의 배출농도를 부과기간 전체에 산정하는 것이 부당하다는 취지이나 위 인정 사실 및 관계 법령의 취지에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 행정청은 가능한 한 객관적 사실관계에 입각하여 오염물질의 배출농도를 산정하여야 할 것이지만, 사업장에서의 일정 기간에 걸친 오염물질의 실제 배출농도는 그 시기와 종기는 물론 그 기간 중에도 늘 같을 수는 없으므로 정확한 배출량의 측정 및 그에 따른 배출부과금의 산정은 현실적으로 불가능한 반면, 그 위반행위의 적발이 어려우며 오염물질의 배출로 말미암아 일단 훼손된 환경의 원상회복은 쉽지 않은 점 등을 고려할 때 오염물질의 배출농도 및 그에 따른 배출부과금 산정방법과 기준은 법령에서 정하는 일정한 기준에 따라 이루어질 수밖에 없는 점, ② 수질보전법 시행령 제47조 제2항은 개선명령 또는 조업정지명령의 원인이 되는 배출오염물질 채취일 당시의 수질오염물질의 배출허용기준 초과농도에 그 배출농도 측정 시의 폐수의 유량에 따라 계산한 일일유량을 곱하여 산정한 양을 ㎏ 단위로 표시한 양을 일일기준 초과배출량으로 보고 있는바, 이 사건 부과처분은 앞서 본 바와 같이 적법한 절차와 방법에 따라 채취된 시료에 대한 검사결과를 전제로 위 법령에 따라 산정, 부과되었고, 부과기간 중에 특별히 폐수 배출방식에 변화가 있었던 사정이 보이지 않는 점, ③ 원고의 사업장은 배출허용기준을 초과하는 농도의 폐수를 야간에 무단배출하여 ○○하수처리장으로 유입되도록 하였는데, 비록 이 사건 부과처분의 산정근거가 된 질소량이 ○○하수처리장에서 측정한 유입 질소량에 대하여 상당히 높은 비율을 차지하고 있으나 원고의 사업장에서 ○○하수처리장으로 폐수가 유입되는 시간이 얼마되지 않음에도 장기간 이러한 방식으로 오염물질을 무단배출하였음에도 단속을 피할 수 있었던 것은 ○○하수처리장의 유입 오염물질 측정 시각을 피하여 무단배출하였을 가능성이 높은 점 등을 종합하면, 오염물질 배출농도 산정에 하자가 있다고 할 수 없으므로, 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다.
 (2) 배출기간에 관하여
 (가) 수질보전법 시행령 제47조 제1항에 따르면, 초과배출부과금 산정에서 배출기간은 수질보전법 시행령 제40조 제1항 제1호, 제2호에 따른 개선계획서를 제출하고 개선하는 경우 외의 경우에는 수질오염이 배출되기 시작한 날(배출되기 시작한 날을 알 수 없는 경우에는 배출허용기준을 초과하였는지 검사하기 위한 수질오염물질의 채취일을 말한다)부터 개선명령·조업정지명령 등의 이행완료 예정일 또는 허가취소일까지로 한다고 되어 있다.
 (나) 이 사건에서, 원고의 사업장은 이미 2006년경부터 자체 처리하지 못한 고농도 폐수를 무단배출한 것으로 보이나, 2011. 8. 8.경부터 적어도 점검요원들에게 단속된 2011. 11. 24.까지는 폭기조를 1, 2계열로 나누어 1계열의 폭기조에는 저농도의 폐수를 생물학적 처리를 한 후 2차 침전조를 거쳐서 배출하고, 2계열의 폭기조에는 생물학적 처리를 할 수 없는 폐수를 야간에 3, 4지 가지관을 통하여 침전조나 여과시설을 거치지 않고 그대로 최종방류구로 무단배출하였음은 앞서 본 바와 같고, 그 기간 동안 폐수의 성상의 특별한 변화나 처리과정 및 무단배출하는 방식이 달라진 사정이 보이지 않는 점 등을 종합하면, 피고가 2011. 8. 8.을 수질오염물질이 배출되기 시작한 날로 보고, 단속에 적발된 2011. 11. 24.을 종기로 보고 배출기간을 산정하였음은 타당하다고 보이므로, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.
 라) 재량권 일탈, 남용 여부
 원고의 사업장이 허용기준을 초과한 수질오염물질을 배출한 이상, 그 원인 여하에 불구하고 법 규정에 따른 초과부과금을 납부할 의무가 발생하는 것이며, 수질오염은 그 원인에 불구하고 환경을 훼손하고 그 부담은 일반 공중의 부담으로 남게 된다는 점에서 오염원인에 대하여 고려함이 없이 오염물질 배출자에게 배출부과금을 부과하는 것이 오히려 배출부과금의 제도취지에 부합하는 것이라고 할 것이며, 이와 같은 법에 근거하여 배출허용기준을 초과하는 다량의 오염물질을 배출한 원고에 대하여 그 배출한 오염물질의 양에 따라 배출부과금을 부과한 것이 원고가 주장하는 사정을 감안하여 본다고 하여도 형평의 원칙이나 비례의 원칙에 어긋나는 것으로 볼 수도 없으므로, 이에 관한 원고의 주장도 이유 없다.
4. 결론
 따라서 피고가 2012. 5. 23. 원고에게 한 폐수수탁처리업 영업정지 3개월 처분 취소청구는 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김경대(재판장) 김정진 박하영