사업자인 원고가 공익목적 달성을 위하여 부담하는 약정비용이 취득가격에 해당되는 간접비용에 포함되는지 및 부과제척기간 경과여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2018.05.30 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

상고이유를 이 사건 기록 및 원심판결과 대조하여 살펴보았으나, 상고이유에 관한 주장은 상고심 절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 않거나 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.
그러므로 상고를 기각하기로 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2018. 1. 30. 선고 2017누56942 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결문에 다음과 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
○ 제1심판결문 제6면 제14행 "볼 수는 없다." 다음에 아래의 내용을 추가함

즉, 피고는 이 사건 약정비용이 원고가 경기도로부터 이 사건 토지를 취득하기 위하여 포기한 자산 등의 경제적 가치에 해당하므로 이를 취득가격에 포함시켜야 한다고 주장하지만, 이 사건 약정비용은 이 사건 토지 자체의 가격 또는 그에 준하는 간접비용이라고 볼 수 없으므로, 비록 그 부담이 이 사건 토지의 취득과 어떠한 관련성을 갖고 있다고 하더라도 이를 이 사건 토지의 취득가격에 포함시킬 수 없는 것이다. 만약 당해 물건의 취득과 관련된 부담 등을 모두 취득가격에 포함시키게 된다면, 그러한 부담이 모두 확정되기까지 취득시기를 무한정 확장시키는 결과를 초래할 수 있다(이 사건 약정비용도 원고가 이 사건 토지의 매매대금을 모두 지급한 2008. 10. 24.로부터 5년 이상이 경과한 2013. 12.경에야 비로소 발생하였다).
2. 결론

그렇다면 제1심판결은 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.
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【하급심-수원지방법원 2017. 6. 13. 선고 2016구합70414 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2015. 2. 11. 원고에게 한 취득세(가산세 포함) 140,589,980원, 농어촌특별세(가산세 포함) 14,009,430원, 등록세(가산세 포함) 138,192,610원, 지방교육세(가산세 포함) 26,009,650원의 각 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 경기도는 2006. 7. 14. 성남시 분당구 삼평동 일원에서 판교테크노밸리 사업용지에 대한 사업자를 모집하기 위하여 ‘택지개발지구 내 도시지원시설 2차 판교테크노밸리 공급공고’를 하였고, 주식회사 네오위즈와 엔에이치앤 주식회사는 2006. 12. 29. 위 판교테크노밸리 사업에 관하여 경기도와 ① 판교택지개발지구 내 도시지원시설용지 SC-1, 16,863㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 대한 매매대금은 76,389,390,000원, ② 이 사건 토지 내 건축 연면적 50% 이상을 연구·업무시설로, 건축 연면적의 20% 이상을 중앙센터, 데이터센터, 정보교류센터 등 공공지원시설 용도로 건축하고, ③ 위와 같이 조성된 공공지원시설(이하 ‘이 사건 공공지원시설’이라고 한다) 중 토지지분 부분은 조성원가 상당액으로, 건물 부분은 실제 집행한 순수 공사비의 90% 상당의 금액으로서 경기도가 승인하는 금액(평당 470 만원을 상한)으로 경기도에 분양하는 것을 내용으로 하는 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라고 한다)을 체결하였다.
나. 주식회사 네오위즈와 엔에이치앤 주식회사는 이 사건 매매계약의 이행을 위하여 합작법인인 원고를 설립하였고, 원고는 2007. 4.경 주식회사 네오위즈와 엔에이치앤 주식회사로부터 이 사건 매매계약의 매수인 지위를 승계하여 위 매매계약의 당사자가 되었다.
다. 원고 또는 주식회사 네오위즈와 엔에이치앤 주식회사는 아래 표와 같이 경기도에 이 사건 매매대금을 지급하였다.
라. 피고는 2008. 11. 24. 원고에게 이 사건 총 매매대금인 76,420,782,000원을 과세표준으로 하여 취득세 1,528,415,640원, 농어촌특별세 152,841,560원을 부과하였다.
마. 원고는 2010. 7. 30. 이 사건 토지에 관하여 이 사건 매매계약을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
바. 원고는 2013. 5.경 이 사건 토지에 제1의 가항 기재 연구·업무시설, 공공지원시설을 포함한 건축물 3개 동을 완공한 후 위 건축물에 대한 사용승인을 받았고, 2013. 12.경 이 사건 공공지원시설을 경기도에 분양하였다.
사. 피고는, 원고가 이 사건 매매계약 당시 이 사건 공공지원시설에 관하여 실제 집행한 순수 공사비의 90% 상당의 금액으로서 경기도가 승인하는 금액(평당 470 만원을 상한)으로 경기도에 분양하기로 하였으므로 위 공공지원시설의 신축원가 중 경기도로부터 분양대금을 받을 수 없는 10%(=신축원가 100% - 분양대금 90%) 상당의 비용인 40억 7,215만 원(이하 ‘이 사건 약정비용’이라고 한다)은 이 사건 토지의 취득에 관한 간접비용으로 취득가액에 포함되어야 한다는 이유로 2015. 2. 11. 원고에게 취득세 140,589,980원(10% 상당 조건부담액 관련 137,435,190원 + 토지 본점 중과세 미신고분 추정 3,154,790원, 가산세 포함, 이하 같다), 농어촌특별세 14,009,430원(10% 상당 조건부담액 관련 13,743,500원 + 토지 본점 중과세 미신고분 추정 265,930원), 등록세 138,192,610원, 지방교육세 26,009,650원을 각 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다)

아. 원고는 2015. 5. 8. 조세심판원에 이 사건 각 처분을 대상으로 하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2016. 9. 21. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 제6호증, 을 제1호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

피고는, 이 사건 약정비용이 이 사건 토지의 취득가격에 포함되는 비용이라는 전제에서 이 사건 각 처분을 하였으나, 위 약정비용은 이 사건 토지에 대한 취득대가가 아니라 원고의 처분손실에 불과하므로 원고가 이 사건 토지를 취득한 시기는 이 사건 매매대금이 모두 경기도에 지급된 2008. 10. 24.이다.
따라서 이 사건 각 처분은 부과제척기간을 경과하여 이루어진 것이거나, 취득가격에 포함될 수 없는 이 사건 약정비용이 취득가격에 포함됨을 전제로 한 것이어서 위법하므로, 취소되어야 한다.
3. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.
4. 이 사건 각 처분의 적법성

가. 관련법리 등

1) 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조는 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 하되(같은 조 제1항), 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터 취득하는 경우에는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하도록 규정하고(같은 조 제5항 제1호), 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정하도록 규정(같은 조 제7항)하고 있다.
2) 이에 대하여 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제1항 제1호는 구「지방세법」제111조제5항 제1호에 해당하는 유상승계취득의 경우 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 구「지방세법 시행령」제82조의3은 "취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급 등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다"고 규정하고 있다.
3) 구「지방세법 시행령」제82조의3에서 말하는 취득가격에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다(대법원 1996.1.26. 선고 95누4155 판결,대법원 2011.1.13. 선고 2009두22034 판결등 참조).
나. 이 사건 약정비용의 성격

1) 이 사건 약정비용이 이 사건 매매대금의 일부로서 직·간접비용에 해당하는지에 관하여 앞에서 본 법령, 법리, 인정사실을 종합하여 살펴보면 아래와 같은 이유로 위 약정비용은 이 사건 토지의 취득을 위하여 지급되었거나 물건을 취득하는 과정에서 필수적으로 지출되는 직·간접적 비용으로 보기 어렵다.
가) 피고는, 원고가 이 사건 토지를 시가에 비하여 저렴하게 공급받는 대가로서 경기도 대신 이 사건 약정비용을 부담하기로 정하였다고 주장하나, 위 약정비용은 이 사건 토지의 취득에 관한 것이 아니라 위 토지와는 독립한 별개의 부동산인 건물의 분양에 관한 것으로 양자를 같이 볼 수는 없다.
나) 갑 제1, 2호증의 각 기재에 의하면 원고는 이 사건 약정비용을 부담하는 외에 ① 위 토지에 건축물을 일정 기간 내 완공해야 하고[용지매매계약서(갑 제2호증, 이하 ‘계약서’라고 한다) 제4조, 제12조 제1항 제3호], ② 건축물 완공일로부터 최소 20년간 지정용도(연구지원)로 사용하여야 하며(계약서 제1조 제1항, 제12조 제1항 제2호), ③ 이 사건 토지에 관하여 건축물 보존등기일부터 10년간 전매를 해서는 아니 되고(계약서 제11조, 제12조 제1항 제7호), ④ 그 이행을 담보하기 위하여 경기도를 가등기권자로 하는 소유권이전등기청구권의 가등기를 마쳐줘야 하는 등(계약서 제14조) 그 의무를 이행해야 하는 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면 이 사건 약정비용은 사업자인 원고가 공익목적 달성을 위하여 부담하는 조건 중 하나에 불과하다고 봄이 타당하고, 이 사건 매매계약의 이행이 종료된 후에 그 비용을 산정할 수 있다는 이유만으로 이 사건 토지의 대가에 포함된다거나 그 취득을 위한 간접비용으로는 볼 수 없다.
다) 이 사건 약정비용은, ① 이 사건 공공지원시설의 건축주는 원고로서 설계상황, 건물규모, 투입 비용 등에 따라 그 금액이 변동되는 점, ② 이 사건 매매대금이 모두 지급된 후에도 위 약정비용이 확정되기까지 상당한 기간이 소요되는 점, ③ 이 사건 공공지원시설의 분양가를 확정함에 있어서 이 사건 매매계약은 ‘순수 공사비의 90%에 상당한 금액(단, 분양평당 470만원을 상한으로 함), 경기도 승인’이라는 대략의 기준만을 제시하고 있는 점 등을 고려하면 이 사건 토지 취득에 대한 대가라고 보기는 어렵다.
2) 이에 대하여 피고는, 구「지방세법 시행령」제82조의3은 2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되었는데, 개정된「지방세법 시행령」제82조의2 제1항 제5호에 의하면 취득가격에 산정해야 할 간접비용으로 "취득대금 외에 당사자 약정에 의한 취득자 조건 부담액과 채무인수액"을 포함하고 있으므로 이 사건 약정비용은 취득가격에 포함된다는 취지로 주장한다. 그러나 앞에서 본 바와 같이 이 사건 약정비용이 구「지방세법 시행령」제82조의3에서 정한 취득가격에 포함되지 않는 이상 원고가 이 사건 토지를 취득한 시기는 이 사건 매매대금이 모두 지급된 2008. 10. 24.이라고 할 것이므로 설령 이 사건 약정비용이 위와 같이 개정된 지방세법 시행령에서 정한 간접비용에 포함된다고 하더라도 개정된 지방세법 시행령은 이 사건 각 처분에 적용된다고 볼 수 없고, 그와 전제를 달리하는 피고의 주장은 받아들일 수 없다.
다. 부과제척기간 도과 여부

1) 구「지방세법」제30조의4에 의하면, 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 방법으로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받는 경우, 법정신고기한 내에 소득세, 법인세 또는 부가가치세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 지방소득세 소득분 또는 지방소비세를 부과할 수 없는 경우에 해당하지 아니하면 해당 지방세에 대한 신고기한의 다음 날부터 5년이 만료된 날 후에는 해당 지방세를 부과할 수 없다.
2) 한편, 구「지방세법」제105조, 제115조, 제120조 제1항, 구 농어촌특별세법(2010. 12. 30. 법률 제10422호로 개정되기 전의 것) 제7조 제4항, 제5조 제1항 제6호, 제2조 제2항 제6호에 의하면, 취득세, 부동산 취득에 대한 지방교육세, 취득세에 대한 농어촌특별세는 신고납부 방식의 지방세로서 과세물건을 취득한 자는 그 취득 또는 등록한 날로부터 30일 이내에 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세의 과세표준, 세율, 산출세액을 신고하고 납부하여야 한다.
3) 그런데 구「지방세법 시행령」제73조제1항 제1호는 구「지방세법」제111조제5항 제1호에 해당하는 유상승계취득의 경우 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는 사실, 위 규정에 따라 원고가 이 사건 토지를 취득한 시기는 이 사건 매매대금이 모두 지급된 2008. 10. 24.인 사실, 피고는 2015. 2. 11. 원고에 대하여 이 사건 각 처분을 한 사실은 앞에서 본 바와 같고, 이 사건 각 처분일인 2015. 2. 11.은 원고가 이 사건 토지를 취득한 날인 2008. 10. 24.로부터 신고납부기한인 30일이 지난 날부터 다시 5년이 경과하였음은 역수상 명백하므로 이 사건 각 처분 중 등록세 부과처분을 제외한 나머지 각 처분은 모두 부과제척기간을 도과하여 이루어진 것으로 봄이 타당하다.
라. 소결

이 사건 각 처분 중 등록세 부과처분을 제외한 나머지 각 처분은 모두 부과제척기간을 도과하여 이루어졌음은 앞에서 본 바와 같고, 이 사건 약정비용을 이 사건 매매대금의 일부에 해당한다고 볼 수 없는 이상 피고의 2015. 2. 11.자 등록세 부과처분 역시 잘못된 이 사건 토지 가액을 근거로 그 세액이 산정된 것이다. 따라서 이 사건 각 처분은 모두 위법하므로, 취소되어야 한다.
5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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*주1) 지연손해금 액수는 31,392,000원이다.
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【조세심판원 조심2015지0910, 2016. 9. 21.】

【주문】 기각

심판청구를 기각한다.
【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO을 신고납부하였다.
나. 처분청은 2014.5.12.부터 2014.5.16.까지 세무조사 등을 실시한 결과 이 건 토지에 대한 매매계약 체결 당시 공공지원시설 등 건물 신축에 따라 실제 집행된 순수공사비의 90%에 상당한 금액으로 OOO에 재분양하기로 약정한 사실을 확인하고 공공지원시설의 신축원가 중 10%에 해당하는 OOO을 부과·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.5.8. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점금액은 OOO 공공센터를 건립하여 OOO에 다시 매각하는 조건으로 이 건 토지를 취득하면서 준공 후 재매각시 건물 가격을 투입된 총공사비의 90%에 상당한 금액으로 약정함에 따라 매각으로 인하여 청구법인이 건축공사 등에 투입한 비용 중 회수하지 못한 금액(10%)으로 이는 미래 처분(분양) 시점에 발생한 처분손실에 불과할 뿐 이 건 토지의 취득시 실제 취득에 소요된 비용이 아니므로 이를 취득에 따른 간접비용에 해당하는 것으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 부당하다.
(2) 이 건 토지의 경우 청구법인이 2008.10.24. 당초 매매계약에서 약정된 매매대금 전액을 지급하고 2008.11.24. 관련 취득세 등을 신고납부하였으므로 그 취득시기는 2008.10.24.이라 할 것이어서 2015.2.10. 이루어진 이 건 부과처분은 5년의 부과제척기간이 도과된 위법한 처분에 해당하고, 처분청이 과세근거로 제시하고 있는「지방세법 시행령」제82조의2 규정은 2010.1.1. 개정된 것으로 이 건 토지의 취득에 대하여 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙 등에 위배될 뿐만 아니라, 쟁점금액의 경우 이 건 토지 매매가액의 5.0%에 불과한 금액이므로 사회통념상 대부분의 잔금이 자급된 시기(2008.10.24.)를 이 건 토지의 취득시기로 보는 것이 타당하다.
나. 처분청 의견

(1) 이 건 토지의 매매계약에서 공공시설에 대한 건물 신축 후 그 조성원가의 90%의 상당하는 금액으로 재분양할 것을 반드시 이행하여야 할 조건으로 약정하면서 재분양의 상한가도 함께 계약내용에 포함하고 있는 점 등에 비추어 청구법인은 매매계약 당시 이미 그 손실금액(조성원가의 10%, 쟁점금액)을 이 건 토지의 취득가액에 해당하는 것으로 예측할 수 있었던 것으로 보이므로 청구법인의 장부에서 토지(자산) 계정으로 인식하였는지 여부를 불문하고 이 건 토지의 취득과 관련한 간접비용에 해당한다.
(2) 청구법인이 이 건 토지와 관련하여 건축물 중 공공지원센터 부분에 대한 정산 등을 완료한 날은 2013년 12월경이고 청구법인이 쟁점금액을 정산하지 아니한 이상 이 건 토지의 잔금이 완납된 것으로 볼 수 없어 이 건 토지의 취득시기는 등기접수일인 2010.7.30.인 것으로 보아야 하므로 부과제척기간이 경과된 것으로 보기 어려운 점,「지방세법 시행령」제82조의2 규정을 개정하면서 취득가격의 범위에 "취득대금 외에 당사자 약정에 의한 취득자 조건 부담액"을 포함하도록 규정한 것은 기존에 취득가격에 포함되지 아니한 비용을 새로이 추가한 것이 아니라 취득가격에 포함되는 비용의 범위를 보다 명확하게 하기 위하여 개정한 것에 불과한 점, 청구법인이 누락한 할인 분양금액 OOO은 거래관행상 대금이 모두 지급된 것으로 볼 수 있을 정도로 소규모의 금액으로 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 토지의 등기접수일(2010.7.30.)을 취득시기로 보아 과세한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점금액을 이 건 토지의 취득에 따른 간접비용에 해당하는 것으로 보아 토지의 취득가액 등에 산입할 수 있는지 여부

② 등기접수일을 이 건 토지의 취득시기로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것) 제1조의2(해석의 기준 등) ② 지방세를 납부할 의무(이 법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 지방세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무를 말한다. 이하 같다)가 성립된 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
제30조의4(부과의 제척기간) ① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.
1. 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한내에 소득세, 법인세 또는 부가가치세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 지방소득세 소득분 또는 지방소비세를 부과할 수 없는 경우에는 7년

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년

제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.
⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및「소득세법」 제101조제1항 또는「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.
1. 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정된 것) 제73조(취득의 시기등) ① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날). 다만, 취득후 30일 이내에「민법」제543조내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.
③제1항·제2항 및 제5항의 규정에 의한 취득일전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다. 다만, 수입 또는 건조에 의하여 연부로 취득하는 선박에 대하여는 그러하지 아니하다

제82조의2(취득가격의 범위) ① 법 제111조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격은 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지불하여 일정액을 할인받은 때에는 그 할인된 금액으로 한다.
1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연불조건부 계약에 따른 이자상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.
3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5.취득대금 외에 당사자 약정에 의한 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6.제1호부터 제5호까지의 비용에 준하는 비용

부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과하였거나 부과하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
(3) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 (취득가격의 범위) ①취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다.
(가)OOO와 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하였는바, 그 주요 약정은 아래와 같다.
(나) 청구법인은 2007년 4월경 OOO으로부터 위 쟁점토지에 대한 매매계약의 계약당사자(매수인) 지위를 양수하였다.
(다)청구법인 등은 2006.12.29.부터 2008.10.24.까지 5회에 걸쳐 이 건 토지에 매매대금으로 합계 OOO을 지급하고 2008.11.24. 취득세 등을 신고납부하였다.
(라) 청구법인은 2010.7.30. OOO는 같은 날 매매예약을 원인으로 한 소유권이전청구권가등기를 경료하였다.
(마) 청구법인은 2013년 5월경 이 건 토지 지상 건축물에 대한 사용승인을 받았고, 2013년 12월경 동 건축물 중 공공지원센터 부분에 대한 정산을 완료하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,청구법인은 당초 매매계약 당시 특약사항으로 신축원가에서 10%를 할인(쟁점금액)한 금액으로 OOO에 재분양하기로 약정하였고 이와 같은 공공지원시설 재분양 의무를 이행하지 아니한 경우 이 건 토지의 매매계약 전체가 해제되는 것으로 보이는 점, 2010.10.1. 개정 전「지방세법 시행령」제82조의3 제1항에서 "해당 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용을 포함)"을 취득가격의 범위로 규정하고 있어 2010.10.1. 개정된 같은 영 제82조의2 제1항 각 호의 규정은 종래에는 포함되지 아니한 금액을 취득가격의 범위에 새로이 추가한 것이 아니라 그 의미를 명확히 한 것으로 보이는 점, 청구법인은 당초 매매계약 당시 공공지원시설의 재분양 상한가를 약정하였으므로 합리적인 비용 산출이 예상가능한 것으로 보이는 점, 쟁점금액은 그 액수등에 비추어 거래관행상 대금이 모두 지급되었다고 볼 수 있는 정도의 소액으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때 쟁점금액은 이 건 토지를 취득하기 위하여 거래상대방에게 지급하여야 할 직·간접적인 비용으로 취득가격의 범위에 포함된다고 보는 것이 타당하고, 그렇다면 위 공공지원시설의 재분양 등이 정산되어 쟁점금액 등이 확정된 시기(2013년 12월경)에 이 건 토지 매매대금의 지급이 완료되었다 할 것이어서 토지의 취득시기를 등기접수일인 2010.7.30.로 보아 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제123조제4항과「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

이 사건 약정비용은 사업자인 원고가 공익목적 달성을 위하여 부담하는 조건 중 하나에 불과하다고 봄이 타당하고, 이 사건 매매계약의 이행이 종료된 후에 그 비용을 산정할 수 있다는 이유만으로 이 사건 토지의 대가에 포함된다거나 그 취득을 위한 간접비용으로는 볼 수 없으며, 원고가 이 사건 토지를 취득한 날인 2008. 10. 24.로부터 신고납부기한인 30일이 지난 날부터 다시 5년이 경과하였음은 역수상 명백하므로 이 사건 각 처분 중 등록세 부과처분을 제외한 나머지 각 처분은 모두 부과제척기간을 도과하여 이루어진 것으로 봄이 타당하다.