부가가치세 가산세 부과처분 취소 (세무, 대전고등법원)
공포일: 2010.01.28 / 시행일:

【원고, 피항소인】 현대도시개발 주식회사 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 오태환 외 1인)
【피고, 항소인】 서산세무서장
【제1심판결】 대전지방법원 2009. 9. 16. 선고 2009구합1398 판결
【변론종결】2010. 1. 14.
【주 문】
1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고가 2008. 5. 2. 원고에 대하여 한 2007년 제2기분 부가가치세 초과환급신고가산세 131,720,850원의 부과처분 중 6,310,322원을 초과하는 부분을 취소한다. 
 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 
2. 소송총비용은 이를 10분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2008. 5. 2. 원고에 대하여 한 2007년 제2기분 부가가치세 초과환급신고가산세 131,720,850원의 부과처분을 취소한다. 
2. 항소취지
 제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 현대건설 주식회사(이하 ‘현대건설’이라 한다)가 기업도시개발사업 및 관련사업을 위하여 2007. 8. 6. 전액 출자하여 설립한 법인으로서, 당초 현대건설이 가지고 있던, 충남 태안군 남면 천수만 비(B)지구 일원 14,643,669㎡에 골프장, 테마파크 및 숙박시설 등을 설치하는 내용의 관광·레저형 기업도시 개발사업(이하 ‘이 사건 개발사업’이라 한다)의 사업권을 현대건설로부터 양수한 후, 2007. 9. 18. 문화관광부로부터 이 사건 개발사업의 실시계획을 승인받아, 현재 시행중인 사업자로서 과세사업(골프장 운영을 통한 수익사업) 및 면세사업(토지매각사업)을 겸영하고 있다.
 나. 원고는 2008. 1. 25. 피고에게 2007년 제2기분 부가가치세 신고를 하면서, 2007년 제2기(2007. 8. 6.부터 2007. 12. 31.까지)에는 이 사건 개발사업과 관련하여 과세사업 및 면세사업과 관련된 공급이 없어 매출가액은 전혀 발생하지 않았고, 사업권 양수, 기공식 행사 등으로 38,341,568,799원의 매입가액만이 발생하였는데, 위 매입가액 전부를 공통매입가액으로 보고 이를 문화관광부로부터 승인받은 실시계획승인서상의 총예상사업비투자내역에 기재된 과세사업에 소요되는 사업비와 면세사업에 소요되는 사업비의 비율(과세사업에 소요되는 사업비 : 34.35%, 면세사업에 소요되는 사업비 : 65.65%)에 따라 안분계산하여, 과세사업에 관련된 매입세액을 1,317,208,558원으로 산정한 후, 이에 대한 환급신고를 하였다.
 다. 피고는 2008. 2. 11.부터 2008. 2. 22.까지 원고에 대한 2007년 제2기분 부가가치세 환급과 관련된 현지확인(이하 ‘이 사건 현지확인’이라 한다)을 실시하여, 위 과세기간에 있어 공통매입가액을 제외한 나머지 매입가액은 모두 면세사업에 관련된 매입가액이거나구 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제4호 소정의 토지관련매입세액이고, 공통매입가액 역시부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제1호에 의한 공통매입세액의 안분계산에 따라 모두 면세사업에 관련된 매입세액으로 계산되어야 하는바, 이에 따르면 원고의 경우 위 기간에 과세사업에 관련된 매입세액은 전혀 없다는 이유로, 원고가 과세사업에 관련된 매입세액으로 환급신고한 1,317,208,558원을 불공제하는 한편, 2008. 5. 2. 원고가 위와 같이 매입세액 공제의 대상이 되지 않는 부분을 환급신고한 것에 대하여 초과환급신고가산세 131,720,850원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
 라. 한편 피고가 이 사건 현지확인을 하면서 매입세금계산서로 확인한 2007년 제2기의 매입가액 및 이에 대한 분류내역은 아래 표(이하 ‘매입가액표’라 한다)의 기재와 같다(매입가액표의 매입내역 중 부남호 준설 관련 매입가액은 면세사업 관련 매입가액으로, 골프장 코스 관련 매입가액은 과세사업 관련 매입가액으로, 기업도시 개발 및 기타 관리비 관련 매입가액은 공통매입가액으로 각 분류하였다). 
매입내역날짜계정항목가액(천원)계정 적요부남호 준설 관련2007. 10. 20.기공식 부지조성451,000신승토건, 기업도시 기공식 부지조성 공사2007. 10. 30.17,5802007. 10. 30.토취장 개발30,000인정컨설턴트, 토취장개발을 위한 생태환경질 조사2007. 11. 9.준설용역234,000혜인이엔씨, 부남호 준설 설계용역2007. 11. 9.28,0002007. 11. 27.토취장 개발38,000우성엔지니어링, 토취장 인허가추진(착수금)2007. 12. 3.준설용역28,000혜인이씨, 부남호준설사업 사전재해 영향성검토용역소계826,580？골프장코스 관련2007. 10. 29.골프장 건설24,000인정컨설턴트, 태안기업도시 골프장 인허가용역2007. 11. 13.44,250인성골프, 기업도시 골프코스 실시설계용역2007. 11. 12.84,000송호골프, 기업도시 골프코스 설계용역2007. 11. 12.44,250송호골프 기업도시 골프코스 실시설계용역2007. 11. 30.84,000인정컨설턴트, 기업도시 골프코스 설계용역2007. 11. 30.84,000오렌지엔지니어링, 기업도시 골프코스 설계용역2007. 12. 3.44,250오렌지엔지니어링, 기업도시 골프코스(해외) 실시설계용역2007. 12. 4.13,500오렌지엔지니어링, 골프코스설계 시공기술 및 대관업무지원소계422,250？기업도시개발 관련2007. 10. 2.기업도시 전체공통24,530현대아트 외, 기업도시 기공식 비용2007. 10. 19.237,300기업도시 기공식 행사비 엠비씨애드컴2007. 10. 19.330,0002007. 10. 19.270,346삼호텍엔지니어링, 친수형 인공수로 설계용역/사례조사비2007. 11. 9.72,930현대엔지니어링, 기업도시 실시설계 추가조사 용역2007. 11. 15.69,000엠비씨애드컴, 기업도시 기공식 행사비2007. 11. 20.360,000엠비씨애드컴, 기업도시 기공식 행사비2007. 11. 30.1,659,200현대엔지니어링, 기업도시 실시설계용역(2차 기성)2007. 11. 30.1,101,800현대엔지니어링, 기업도시 실시설계 인허가용역(준 공급)2007. 11. 30.15,133현대건설, 기업도시 개발관련 환경질 조사 용역2007. 12. 3.121,550현대엔지니어링, 기업도시 실시 설게 추가조사용역2007. 12. 20.31,450,000현대건설, 사업권 양도대가2007. 12. 28.21,981현대건설, 기업도시 개발관련 환경질 조사 용역소계35,733,770？기타 관리비 관련2007. 10. 31.일반 관리비277,057현대건설, 10월분 용역비2007. 10. 31.기타 일반관리비 등130,513법률자문비용 등 10월분 일반관리비 계2007. 11. 30.일반 관리비381,465현대건설, 1월분 용역비2007. 11. 30.기타 일반관리비 등205,259법률자문비용 등 11월분 일반관리비 계2007. 12. 31.일반관리비354,580현대건설, 12월분 용역비2007. 12. 31.기타 일반관리비 등10,090감사 착수금 등 12월분 일반관리비 계소계1,358,964？합계38,341,564？
 마. 원고는 2008. 7. 11. 이 사건 처분에 대하여 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 국세청장은 국세심사위원회의 심의를 거쳐 2008. 12. 23. 원고의 심사청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다. 
 [인정근거] 
 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 관계 법령
 별지 관계 법령의 기재와 같다.
 나. 주장 및 판단
 (1) 매입세액의 안분계산방법
 (가) 원고의 주장
 원고가 실시계획서상의 과세사업과 면세사업에 소요되는 사업비의 비율로 공통매입가액을 안분하여 과세사업에 대한 매입세액을 계산한 방법은,부가가치세법 시행령 제61조 제1항,제4항에는 명문으로 규정되어 있지는 않지만, 위 시행령의 규정은 행정청이 과세행정의 편의를 위하여 공통매입세액의 안분계산방법에 대한 일응의 합리적인 내부기준을 설정한 예시적 규정에 불과할 뿐 대외적인 법규성이 없으므로, 위 시행령의 규정에 의한 방법이 아니더라도 공통매입세액을 안분계산할 수 있는 합리적인 방법이 있다면 이러한 안분방법은 적법한 것으로 평가되어야 한다.
 (나) 판단
구 부가가치세법 제17조는,제2항에서 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액의 종류를 규정하는 한편제7항에서는위 제2항에 의하여 공제되지 않는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 하고 있다. 이에 따라부가가치세법 시행령 제61조는 위와 같은 매입세액의 범위와 관련하여,제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 공통매입세액(과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액) 중 면세사업에 관련된 매입세액을 안분계산하는 방법을 규정하는 한편,제3항에서위 제1항의 규정에도 불구하고 그 매입세액이 공제되는 재화를 규정하고 있으며,제4항에서는위 제1항의 규정을 적용함에 있어 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없는 등의 경우에 적용할 안분계산식을 제한적으로 열거하고 있다. 위 각 규정의 내용을 종합하여 보면부가가치세법 시행령 제61조는구 부가가치세법 17조의제7항의 위임에 따라 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액의 범위를 정하기 위한 공통매입세액의 안분계산방식 등을 규정한 것으로서 대외적인 구속력을 갖는 법규명령에 해당한다고 봄이 상당하므로, 피고가부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제1호의 규정을 적용하여 원고의 당해 과세기간의 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 산출한 것은 정당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 (2) 가산세의 면책사유로서의 정당한 사유
 (가) 원고의 주장
 이 사건의 경우 설령 원고가부가가치세법 시행령 제61조 제4항에 의하지 않은 독자적인 계산방법으로 과세사업에 관련된 매입세액을 계산하여 초과환급신고한 점이 가산세 부과 사유인 의무위반으로 인정된다 하더라도, 원고의 위 계산방법은 정확하고 합리적인 매입세액 배분방식으로서 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
 (나) 판단
 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하되, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 하는바, 법령의 부지 또는 오인 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2001두4689 판결,2002. 11. 8. 선고 2001두4849 판결,1999. 8. 20. 선고 99두3515 판결,1996. 10. 11. 선고 95누17274 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 바와 같이부가가치세법 시행령 제61조는 대외적인 효력을 갖는 법규명령으로서, 위 규정의 내용을 알지 못하였거나 그 취지를 오인한 나머지 위 규정에서 정하지 않은 방식으로 과세사업에 관련된 매입세액을 산출함으로써 구 부가가치세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 신고하는 결과에 이르게 되었다면, 이는 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하지 아니한다. 따라서 이 부분 주장 역시 이유 없다.
 (3) 가산세 납부의무의 존부
 (가) 원고의 주장
 설령부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제1호의 적용을 인정한다 하더라도, 위 규정에 의하면 이 사건 공통매입세액은 모두 면세사업에 관련된 매입세액으로 산정된다. 따라서 원고는 2007년 제2기의 과세기간 중 과세사업과 관련하여서는 매출은 물론이고 매입세액도 없는 셈이 되어 결과적으로 원고의 모든 사업활동이 면세사업과 관련하여 이루졌으므로 실질적으로는 면세사업자에 해당된다. 그런데 면세사업자는 구 부가가치세법상 납세의무자가 아니어서 구 부가가치세법이 규정하는 신고의무를 부담하지 않으므로, 원고가 납세의무자임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 (나) 판단
 원고가 이 사건 개발사업을 시행함에 있어 2007년 제2기의 과세기간 중 과세사업 및 면세사업과 관련된 공급이 없어 매출가액이 전혀 발생하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그리고 위 매입가액표상 매입내역 중 부남호 준설 관련 매입가액은 면세사업에 관련된 매입가액에, 기업도시개발 관련 및 기타 관리비 관련 매입가액(합계 37,092,734,000원)은 공통매입가액에, 골프장 코스 관련 매입가액은 과세사업에 관련된 매입가액에 각 해당하는 점, 위 골프장 코스 관련 매입가액에 따른 매입세액이구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 따라 매출세액에서 공제되지 않는 토지관련매입세액에 해당하는 점에 대하여는 당사자 사이에 이견이 없다.
 살피건대,국세기본법 제47조의4의 규정에 따른 초과환급신고가산세의 납부의무자인 ‘납세자’라 함은 세법에 의하여 국세를 납부할 의무가 있는 자와 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 말하고(국세기본법 제2조), 구 부가가치세법상 납세의무자는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자(‘사업자’라 한다)를 가리키는바(구 부가가치세법 제2조 제1항), 여기에는 과세사업자는 물론이고 원고의 경우와 같이 과세사업 및 면세사업을 겸영하는 사업자도 포함된다고 봄이 상당하다. 또한 원고가 주장하는 것처럼, 당해 과세기간 중 과세사업과 관련된 매출 및 매입세액이 없다는 사정만으로 과세사업자(또는 겸영사업자)가 면세사업자로서의 실질을 가지게 된다고 볼 근거도 찾을 수 없다. 따라서 원고가 당해 과세기간 중 면세사업자에 해당함을 전제로 한 이 부분 주장은 이유 없다(원고는 자신이 면세사업자에 해당한다는 주장의 근거로,부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제1호에 의한 계산방법을 따를 경우 이 사건 공통매입세액이 모두 면세사업 관련 매입세액으로 산출된다는 점을 들고 있으나, 아래에서 보는 바와 같이 위 규정에 의한 계산방법에 따르면 이 사건 공통매입세액 중 일부가 과세사업에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 배분결정되므로, 이 점에 있어서도 원고의 주장은 이유 없다).
 (4) 정당한 세액의 계산
 (가) 원고의 주장
 설령 원고가 실질적인 면세사업자에 해당하지 않는다 하더라도, 이 사건 개발사업 중 골프장 코스 관련 매입가액은 과세사업에 관련된 매입가액에 해당하므로부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제1호에 의해 안분계산함에 있어 위 매입가액 만큼은 면세사업 관련 매입가액에서 제외되어야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 이에 따른 정당한 가산세액을 초과한 부분은 위법한 것으로서 취소되어야 한다.
 (나) 판단 
 이 사건에 있어 2007년 제2기의 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없고, 이 사건 골프장 코스 관련 매입가액에 따른 매입세액이구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 따라 매출세액에서 공제되지 않는 토지관련매입세액에 해당하는 점은 앞서 본 대로인바,부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제1호는, 이러한 경우 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율을 곱하여 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 산출하도록 규정하고 있고, 여기서 말하는 면세사업에 관련된 매입가액이란 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입가액을 가리키는 것이다. 그런데구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호는 이와 같은 면세사업 관련 매입가액에 대응하는, ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’과 함께 ‘토지관련매입세액’을 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액으로 규정하고 있으므로, 토지관련매입가액을부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제1호 소정의 ‘면세사업에 관련된 매입가액’에 포함시킬 것인지 여부가 문제된다.
 살피건대,구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 소정의 토지관련매입세액이란 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’을 말하는 것으로서(부가가치세법 시행령 제60조 제6항), 이것은구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 문리해석상으로도 그 전단의 면세사업에 관련된 매입세액과 구별될 뿐 아니라, 그 취지상 면세사업 관련 매입세액과는 달리 조세정책적 관점에서 불공제하는 유형에 해당하는 것으로 해석되는 점, 또한 1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정된 구 부가가치세법에서야 비로소 불공제 매입세액으로 추가된 점 등을 종합하여 보면, 토지관련매입가액은부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제1호 소정의 ‘면세사업에 관련된 매입가액’에는 포함되지 않는다고 해석된다.
 이를 기초로 하여 정당한 세액을 계산하면(이하의 계산은 위 매입가액표에 기재된 금액을 기준으로 한다), 먼저 이 사건 총매입가액(38,341,564,000원) 중 공통매입가액(37,092,734,000원)을 제외한 1,248,830,000원에 대한, 면세사업인 부남호준설 관련 매입가액(826,580,000원)의 비율은 66.19%(= 826,580,000원 / 1,248,830,000원)가 되므로, 이 사건 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액은 2,455,168,063원(= 3,709,273,400원 × 66.19%)이다. 결국 원고가 환급신고하여야 할 매입세액은 총매입세액인 3,834,156,400원에서 매출세액에서 공제되지 않는 2,580,051,063원(= 위 2,455,168,063원 + 토지관련매입세액 42,225,000원 + 부남호 준설 관련 매입세액 82,568,000원)을 뺀 1,254,105,337원이 된다. 따라서 원고가 구 부가가치세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하여 신고한 매입세액은 원고의 환급신고액인 1,317,208,558원과 위 1,254,105,337원의 차액인 63,103,221원이고, 여기에국세기본법 제47조의4 소정의 가산세율인 100분의 10을 적용하면, 이 사건 정당한 초과환급가산세액은 6,310,322원이 된다.
3. 결 론
 그렇다면, 이 사건 처분 중 위 정당한 가산세액인 6,310,322원을 초과하는 부분은 위법하므로 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 그 나머지 부분은 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 일부 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 장석조(재판장) 정선오 최지수