법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.12.26 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 허드슨어드바이저코리아 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 윤세리 외 6인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 역삼세무서장 외 1인 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 이재락 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2011. 7. 7. 선고 2010누33346 판결
【주 문】
 원심판결의 원고 패소 부분 중 2000 사업연도 내지 2004 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고의 나머지 상고 및 피고들의 상고를 모두 기각한다. 상고비용 중 피고 서울지방국세청장의 상고로 인한 부분은 위 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유에 대하여 판단한다.
 1. 원고의 상고이유 제1점에 대하여
 가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제52조 제1항은 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.”고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제87조 제1항은 “법 제52조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자’라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.”고 규정하면서 그 각 호에서 ‘임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자와 그 친족(제1호)’ 등 당해 법인과 일정한 관계에 있는 법인 및 개인을 특정하여 열거하고 있다.
 위와 같이 법인세법 제52조 제1항은 납세의무자인 법인이 특수관계자와 한 거래 또는 그로 인한 소득금액의 계산을 부당행위계산부인의 대상으로 규정하면서 특수관계자의 범위를 대통령령에 위임하고 있고, 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제87조 제1항은 납세의무자인 법인과 같은 항 각 호의 1의 관계에 있는 자를 특수관계자로 규정하고 있으므로, 문언상 납세의무자인 법인을 기준으로 하여 그와 위 각 호의 1의 관계에 있는 자만이 특수관계자에 해당한다고 보아야 한다. 이와 달리 납세의무자인 법인과 거래를 한 상대방을 기준으로 하여 납세의무자인 법인이 위 각 호의 1의 관계에 있는 경우에 그 거래상대방이 특수관계자에 해당한다고 보는 것은 위 시행령 조항의 문언에 반하여 허용될 수 없다(대법원 2011. 7. 21. 선고 2008두150 전원합의체 판결 등 참조). 따라서 납세의무자인 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자는 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호의 특수관계자에 해당하지만, 그와 반대로 납세의무자인 법인이 거래상대방의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 경우 그 거래상대방은 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호의 특수관계자에 해당하지 않는다.
 나. 원심은, 납세의무자인 법인이 거래상대방의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다면 그 거래상대방도 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호의 특수관계자에 해당한다는 전제 아래, 원고가 이 사건 유동화전문회사들의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다는 이유로, 이 사건 2000 사업연도 내지 2004 사업연도 법인세 부과처분 중 피고 역삼세무서장이 원고와 이 사건 유동화전문회사들이 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호의 특수관계에 있다고 보아 법인세법 제25조 제1항 제2호 단서의 ‘특수관계자와의 거래에서 발생한 수입금액에 대한 접대비 한도 규정’을 적용하여 그 초과액을 손금불산입하여서 한 부분이 적법하다고 판단하였다. 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이러한 원심의 판단에는 특수관계자의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 원고의 상고이유 주장에는 정당한 이유가 있다.
 2. 원고의 상고이유 제2점 및 피고들의 상고이유에 대하여
 가. 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 부분
 (1) 법인세법 제40조 제1항은, “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의는 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기 사이에 시간적 간격이 있는 경우 소득이 실현된 때가 아닌 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다(대법원 2004. 11. 25. 선고 2003두14802 판결 등 참조). 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다고 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다. 이러한 해석은 권리확정주의의 채택에 따른 당연한 요청일 뿐 아니라 후발적 경정청구제도를 규정한 국세기본법 제45조의2 제2항의 입법 취지에도 부합한다. 다만 대손금과 같이 법인세법이나 관련 법령에서 특정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 후발적 사유가 발생한 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나, 경상적·반복적으로 발생하는 매출에누리나 매출환입과 같은 후발적 사유에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그러한 사유가 발생한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우, 그러한 후발적 사유의 발생은 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없다고 할 것이다.
나아가 관련 규정의 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어 볼 때, 여기에서 말하는 후발적 사유에는 사업상 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우도 포함된다고 봄이 타당하므로, 내국법인이 자산을 양도하거나 용역을 제공한 후에 사업상 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액하였다면 특별한 사정이 없는 한 그 감액분을 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 과세할 수는 없다고 할 것이다.
 (2) 원심은 채택 증거에 의하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 용역이 제공된 당해 사업연도 중에 사업상 정당한 사유로 용역대금이 감액된 경우에는 이를 당해 사업연도의 소득금액 계산에 반영하여야 하지만, 용역이 제공된 당해 사업연도 경과 후에 용역대금이 감액된 경우에는 이미 과세요건이 충족되어 유효하게 성립한 조세법률관계를 당사자의 사후 약정에 의하여 자의적으로 변경할 수는 없는 것이어서 용역이 제공된 당해 사업연도의 법인세 부과처분에 대한 위법사유가 될 수 없다는 전제 아래, 이 사건 각 용역수수료 중 동양빌딩 및 스타타워빌딩 관련 부수용역수수료(2002 사업연도), 6개 유동화전문회사에 대한 부수용역수수료(2003 사업연도), 외환은행 관련 부수용역수수료(2004 사업연도), 아레스 자산유동화전문 유한회사(이하 ‘아레스’라고 한다) 및 제우스 자산유동화전문 유한회사(이하 ‘제우스’라고 한다)에 대한 자산관리수수료(2005 사업연도)의 경우에는 수수료의 감액이 용역이 제공된 당해 사업연도에 이루어졌을 뿐만 아니라, 용역계약의 내용과 수수료 감액의 경위 등에 비추어 감액에 사업상 정당한 사유도 있다고 인정되므로, 피고들이 위 수수료들(이하 ‘이 사건 제1 수수료’라 한다)의 감액분을 그 각 용역이 제공된 당해 사업연도의 익금에 산입하는 등 하여 원고에게 법인세를 부과하고 소득금액변동통지를 한 것은 위법하다고 판단하였다. 반면 이 사건 각 용역수수료 중 LSF NPL Investment Company, Ltd. 한국영업소와 LSF KDB NPL Investment Company, Ltd. 한국지점 및 주식회사 스타타워에 대한 자산관리수수료(2002 사업연도), 14개 유동화전문회사에 대한 부수용역수수료(2002 사업연도), 아레스와 제우스 및 머큐리 자산유동화전문 유한회사에 대한 자산관리수수료(2004 사업연도)의 경우에는 수수료의 감액이 용역이 제공된 당해 사업연도 경과 후에 이루어졌으므로 그 감액에 사업상 정당한 사유가 있는지와 상관없이 피고 역삼세무서장이 위 수수료들(이하 ‘이 사건 제2 수수료’라 한다)의 감액분을 그 각 용역이 제공된 당해 사업연도의 익금에 산입하여 원고에게 법인세를 부과한 것은 적법하다고 판단하였다.
 (3) 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단 중 피고들이 이 사건 제1 수수료의 감액분을 그 각 용역이 제공된 당해 사업연도의 익금에 산입하는 등 하여 원고에게 법인세를 부과하고 소득금액변동통지를 한 것이 위법하다고 본 부분은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 피고들의 상고이유 주장과 같이 권리확정주의나 익금의 차감사유인 대금 감액의 사업상 정당한 사유에 관한 법리 등을 오해한 위법이 없다.
 그러나 이 사건 제2 수수료의 경우, 원심으로서는 그 수수료의 감액에 사업상 정당한 사유가 있었는지 여부를 심리하여 그 감액분을 그 각 용역이 제공된 당해 사업연도의 익금에 산입할 수 있는지 여부 등을 판단하였어야 함에도 그에 관하여 나아가 심리하지 아니한 채 그 판시와 같은 이유만으로 피고 역삼세무서장의 이 사건 제2 수수료에 관한 법인세 부과처분이 적법하다고 판단하였으므로, 이러한 원심의 판단에는 권리확정주의나 익금의 차감사유인 대금 감액의 사업상 정당한 사유에 관한 법리 등을 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 원고의 상고이유 주장에는 정당한 이유가 있다.
 나. 부가가치세 부과처분 부분
 (1) 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항의 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조 단서는 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 수정세금계산서를 작성하여 교부하도록 규정하고 있는데, 그 취지는 당초 세금계산서상의 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있다. 따라서 재화 또는 용역의 공급 후에 사업상 정당한 사유로 공급가액이 감소한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액에서 그 감액분을 차감하여 해당 과세기간의 과세표준을 산정하여야 한다(대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두8178 판결 등 참조).
 (2) 원심은, ① 이 사건 제1 수수료 중 스타타워빌딩 관련 부수용역수수료와 외환은행 관련 부수용역수수료의 경우에는 수수료의 감액이 그 용역이 제공된 당해 과세기간에 사업상 정당한 사유로 이루어졌거나 원고의 용역 제공에 대한 계약상의 근거가 없으므로, 피고 역삼세무서장이 그 감액분을 그 각 용역이 제공된 당해 과세기간의 공급가액에 포함하여 원고에게 부가가치세를 부과한 것은 위법하지만, ② 이 사건 제2 수수료 중 14개 유동화전문회사에 대한 부수용역수수료의 경우에는 수수료의 감액이 그 용역이 제공된 당해 과세기간 경과 후에 이루어졌으므로, 피고 역삼세무서장이 그 감액분을 그 용역이 제공된 당해 과세기간의 공급가액에 포함하여 원고에게 부가가치세를 부과한 것은 적법하다고 판단하였다.
 (3) 위 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 원고와 피고 역삼세무서장의 상고이유 주장과 같이 부가가치세의 공급가액에 관한 법리 등을 오해한 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 원고의 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결의 원고 패소 부분 중 2000 사업연도 내지 2004 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 원고의 나머지 상고 및 피고들의 상고를 모두 기각하고, 상고비용 중 피고 서울지방국세청장의 상고로 인한 부분은 위 피고가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김신(재판장) 민일영 이인복(주심) 박보영

[1] 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제87조 제1항에서 정한 ‘특수관계자’의 판단 기준 및 납세의무자인 법인이 거래상대방의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 경우, 거래상대방이 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호의 ‘특수관계자’에 해당하는지 여부(소극)
 [2] 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 납세의무가 성립하였더라도 후발적 사유로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정된 경우, 그에 따른 법인세를 부과할 수 있는지 여부(원칙적 소극) 및 사업상의 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우, 감액분을 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 과세할 수 있는지 여부(원칙적 소극)
 [3] 구 부가가치세법 제16조 제1항, 구 부가가치세법 시행령 제59조 단서의 취지 및 재화 또는 용역의 공급 후에 사업상 정당한 사유로 공급가액이 감소한 경우 해당 과세기간의 과세표준 산정방법