이월공제(외국납부법인세액) 효과의 법인지방소득세 적용 여부 (일반행정, 대구지방법원)
공포일: 2022.05.12 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
지방소득세
【주문】
1. 피고가 2020. 6. 22. 원고에게 한 2014 사업연도 법인지방소득세 17,663,610원의 경정거부처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.지방세법은2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되면서(이하 법률 제12153호로 개정되기 전 지방세법을‘개정 전 지방세법’,개정된 후 지방세법을‘개정 지방세법’이라 한다) ‘법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액’을 과세표준으로 하여100분의10의 세율을 적용한 돈을 지방소득세 법인세분으로 하는 부가세 방식에서‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’(법인세의 과세표준)을 과세표준으로 하고,독자적인 누진세율을 적용한 돈을 법인지방소득세로 하는 독립세 방식으로 개정되었다.
나.원고는2014사업연도 법인세를 신고하면서 구 법인세법(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것,이하‘구 법인세법’이라 하고,이하 같다)제57조 제2항 외국납부세액의 이월세액공제를 적용하여 산출한 세액을 신고·납부하였으나,같은 사업연도 법인지방소득세를 신고하면서 개정 지방세법 제103조의19,제103조의20및 제103조의22에 따라 외국납부세액의 이월세액공제를 적용하지 않고 산출한 세액을 피고에게 신고·납부하였다.
다.원고는2020. 4. 30.위 법인지방소득세 산정시2013년도 이전에 납부한 외국납부세액에 대하여는 이월세액공제를 적용하여야 한다는 취지로2014사업연도 법인지방소득세17,663,610원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 피고는2020. 6. 22.이를 거부하였다(이하‘이 사건 거부처분’이라 한다).
라.원고는 불복하여2020. 8. 31.조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은2021. 9. 8.심판청구를 기각하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1호증의 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 거부처분의 적법여부

가.당사자들의 주장

원고는,개정 지방세법 부칙 제15조에서“이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”라고 정하고 있는데(이하‘이 사건 경과규정’이라 한다),이는 납세자들의 신뢰를 보호하기 위한 특별규정이고,원고는 지방세법 개정 이전에 외국납부세액을 지출함으로써 원인행위를 완료하여 법적 지위 또는 법률관계를 형성하였으므로‘종전 규정’이 적용되어야 하고,이러한 외국납부세액 이월공제에 대한 원고의 신뢰는 법적으로 보호받을 만한 가치가 있다.따라서 개정 지방세법 시행 이후 납세의무가 성립한 원고의2014사업연도 법인지방소득세에 대하여 종전 규정인 개정 전 지방세법에 따라 외국납부세액 이월공제가 적용되어야 하므로,피고의 이 사건 거부처분은 위법하다고 주장한다.
피고는,원고의 법인지방소득세 납세의무 성립 전 원인행위 시에 시행 중이던 규정에서 장래에 위 원인행위에 기초한 과세요건이 충족되는 경우에도 비과세·면제 또는 과세 유예 등에 관한 명시적 규정을 두고 있지 않다면,종전과 같이 납부할 법인세액의10%를 법인지방소득세로 납부하면 될 것이라는 원고의 신뢰는 단순한 기대에 불과한 것이고,법인세와 법인지방소득세는 그 부과주체,과세요건,부과절차 등이 다른 별개의 조세이며,과거 지방소득세 법인세분의 감면효과는 부가세 산정 방식으로 인한 반사적 이익에 불과할 뿐 지방세법 개정으로 동일한 감면효과를 누리지 못한다고 하더라도 이는 조세법률주의의 당연한 결과일 뿐이고,입법자들의 의도도 그러하므로,피고의 이 사건 거부처분은 적법하다고 주장한다.
나.관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다.관련 법리

조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서“이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로,여기서‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나,비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고,이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원1994. 5. 24.선고93누5666전원합의체 판결,대법원2001. 5. 29.선고98두13713판결,대법원2015. 10. 15.선고2015두36652판결 등 참조)

판단

라.구체적 판단

앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면,이 사건은 지방세법이 납세의무자인 원고에게 불리하게 개정된 경우로 이 사건 경과규정의‘종전 규정’에는 외국납부세액 등의 이월공제에 관하여 정하고 있는 구 법인세법 제57조 등도 포함된다고 할 것이며,개정 전 법령에 의한 외국납부세액 등 이월공제에 대한 원고의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당한다고 봄이 타당하다.따라서 개정 지방세법을 적용한 이 사건 부과처분은 위법하다.
1)개정 전 지방세법에 의하면, ‘소득분’이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것이고(제85조 제1호), ‘법인세분’이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세이며(제85조 제2호),법인세분의 표준세율은 법인세액의100분의10이었다(제89조 제1항).그리고 구 법인세법에 의하면,내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 소정의 세율1)을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 하고(제55조 제1항),외국납부세액 등과 관련하여 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서“외국법인세액”이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우,제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하“공제한도”라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법 또는 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있으며(제57조 제1항 각 호),외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있었다(제57조 제2항).
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주1)

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한편 개정 지방세법에 의하면, ‘법인지방소득’이란 법인세법 제3조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득이고(제85조 제2호),내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액이며(제103조의19),법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율2)을 적용하여 계산한 금액(이하‘법인지방소득세 산출세액’이라 한다)을 그 세액으로 하고(제103조의21제1항),세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하며,이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액에서 공제한다(제103조의22제1항).개정 지방세법의 부칙(법률 제12153호, 2014. 1. 1.)제2조 본문에서는“이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 규정하면서도,제15조(이 사건 경과규정)에서는“이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있다.
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주2)제103조의20(세율)①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025054"></img>

②지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세율을 제1항에 따른 표준세율의100분의50의 범위에서 가감할 수 있다.
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위 관련 규정들을 살펴보면,개정 전 지방세법에 의하여 지방소득세 법인세분을 산정할 때에는 법인세의 과세표준에 소정의 세율을 적용하여 나온 산출세액에 조세특례제한법이나 법인세법상의 세액가면,세액공제 등을 적용하여 나온 금액을 그 과세표준으로 하게 되므로 결과적으로 위와 같은 세액감면,세액공제 등이 지방소득세 법인세분 산정에도 적용될 수 있었으므로,이 사건과 같이 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있었다(구 법인세법 제57조 제2항).그런데,개정 지방세법은 법인지방소득세의 과세표준을‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’으로 규정함으로써 앞서 본 법인세법이나 조세특례제한법상의 세액감면,세액공제 등은 법인지방소득세의 산정에 더 이상 영향을 미치지 못하게 되었고,지방세특례제한법에서 지방세액 감면규정을 신설하면서도 앞서 본 외국납부세액에 관한 이월공제 규정을 지방세특례제한법에 두지 않았다.
따라서 납세의무자인 내국법인으로서는 외국납부세액 등을 지출하고도 공제한도의 제한으로 당해 과세연도에 지방소득세 법인세분에서 이를 공제받지 못한 부분에 대하여 개정 전 지방세법에 따르면 이월공제를 받을 수 있었으나 개정 지방세법 하의 법인지방소득세에서는 더 이상 이월공제를 받지 못하는 것으로 불리하게 변경되었다.
2)개정 전 지방세법은 지방소득세 법인세분에 관하여 그 과세표준을‘법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액’으로 규정하여 법인세의 부가세 방식을 취하고 있었는바,법인세법의 과세표준,법인세법이나 지방세특례제한법상 세액가면,세액공제 규정 등을 유기적으로 결합하여 적용하여야 지방소득세 법인세분의 최종적인 세액을 확정할 수 있었다고 할 것이므로,지방소득세 법인세분의 과세표준인 법인세액의 산정에 관한 구 법인세법 제55조 등과 그 산출세액의 공제에 관한 외국납부세액 등의 이월공제에 관한 규정인 구 법인세법 제57조는 모두 개정 전 지방세법 관련 조항들과 일체로서 지방소득세 법인세분의 부과 또는 감면하는 규정으로서 이 사건 경과규정의‘종전 규정’에 해당한다고 할 것이다.
3)원고는 지방세법이 개정되기 이전인2013년 사업연도까지 외국납부세액 등을 지출하였는데,첫째,당시 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하고 있었던 점,둘째,납세의무자인 원고로서는 당해 사업연도에 외국납부세액을 지출하면서 구 법인세법 제57조 제1항에 따라 공제한도를 초과하여 지출한 금액을 당장 공제받지 못한다고 하더라도,같은 조 제2항에 의하여 추후 공제받을 수 있다고 믿고 외국납부세액을 지출하였을 것으로 보이는 점,셋째,외국납부세액공제는 국제적 이중과세를 조정하기 위한 것으로 외국납부세액 등을 지출한 납세의무자의 입장에서 향후 일정한 기간동안 이월공제가 이루어질 것이라는 신뢰는 법인세의 경우와 지방소득세 법인세분에 대한 것이 본질적으로 다르다고 볼 수 없는 점,넷째,이미 법인세액에서 공제할 대상인 외국납부세액의 지출이라는 원인사실이 있었고 법인세에서 공제할 금액이 확정되었고 공제한도를 초과하는 부분에 대한 공제가 허용되지 않았지만,이월공제를 허용하는 규정에 따라 장래 이월공제가 이루어질 것이라는 것에 대하여는 이미 확정되어 있었다는 점 등을 종합하면,종전 지방소득세 법인세분에 적용되었던 이월세액 공제에 대한 원고의 신뢰는 보호될 만한 가치가 있는 신뢰에 해당한다고 봄이 상당하고,이를 단순한 기대 또는 반사이익에 불과하다고 할 수 없다.
따라서 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 없고,이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 이유 없다.
3.결론

원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

▣지방세법(2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정된 것)

제85조(정의)①지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "법인지방소득"이란「법인세법」제3조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다.
제103조의19(과세표준)내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.
제103조의20(세율)①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025056"></img>

②지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세율을 제1항에 따른 표준세율의100분의50의 범위에서 가감할 수 있다.
제103조의21(세액계산)①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다.이하"법인지방소득세 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.
제103조의22(세액공제 및 세액감면)①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다.이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다.이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.
②제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
부칙<제12153호, 2014. 1. 1>

제1조(시행일)이 법은2014년1월1일부터 시행한다.다만,제92조제2항,제103조의3제4항 및 제103조의20제2항의 개정규정은2017년1월1일부터 시행하고 제123조의 개정규정은 공포 후3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.다만,제8장 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제15조(일반적 경과조치)이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
▣지방세법(2014. 1. 1.법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제85조(정의)지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다.
3. "소득세분"이란「소득세법」에 따라 납부하여야 하는 소득세액(소득세 과세표준 예정신고자 또는 확정신고자로서 해당 신고세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 데 대한 납부불성실가산세는 제외한다)을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
4. "법인세분"이란「법인세법」에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
제89조(세율)①소득분의 표준세율은 다음과 같다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025058"></img>

제94조(소득분의 계산방법)

①소득분은「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조제1항의 세율을 적용하여 계산한다.다만,제87조제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.
▣법인세법

제13조(과세표준)내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다(2015. 12. 15.법률 제13555호로 개정되기 전의 것).
1.각 사업연도의 개시일 전10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액.이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나,「국세기본법」제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
2.이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3.이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

제55조(세율)①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 표의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다.이하"산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것).
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025060"></img>

제57조(외국 납부 세액공제 등)①내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서"외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다(2014. 12. 23.법률 제12850호로 개정되기 전의 것).
1.제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서"공제한도"라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

2.국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법

②외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있다.

원고는 지방세법이 개정되기 이전인 2013년 사업연도까지 외국납부세액 등을 지출하였는데, 첫째, 당시 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하고 있었던 점, 둘째, 납세의무자인 원고로서는 당해 사업연도에 외국납부세액을 지출하면서 구 법인세법 제57조 제1항에 따라 공제한도를 초과하여 지출한 금액을 당장 공제받지 못한다고 하더라도, 같은 조 제2항에 의하여 추후 공제받을 수 있다고 믿고 외국납부세액을 지출하였을 것으로 보이는 점, 셋째, 외국납부세액공제는 국제적 이중과세를 조정하기 위한 것으로 외국납부세액 등을 지출한 납세의무자의 입장에서 향후 일정한 기간동안 이월공제가 이루어질 것이라는 신뢰는 법인세의 경우와 지방소득세 법인세분에 대한 것이 본질적으로 다르다고 볼 수 없는 점, 넷째, 이미 법인세액에서 공제할 대상인 외국납부세액의 지출이라는 원인사실이 있었고 법인세에서 공제할 금액이 확정되었고 공제한도를 초과하는 부분에 대한 공제가 허용되지 않았지만, 이월공제를 허용하는 규정에 따라 장래 이월공제가 이루어질 것이라는 것에 대하여는 이미 확정되어 있었다는 점 등을 종합하면, 종전 지방소득세 법인세분에 적용되었던 이월세액 공제에 대한 원고의 신뢰는 보호될 만한 가치가 있는 신뢰에 해당한다고 봄이 상당하고, 이를 단순한 기대 또는 반사이익에 불과하다고 할 수 없다.