법인세부과처분등취소청구 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2019.11.05 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○의 소송수계인 △△△ 주식회사 외 6인 (소송대리인 변호사 이상우 외 1인)
【피 고】 서울지방국세청장 외 5인 (소송대리인 변호사 김의식)
【변론종결】2019. 10. 17.
【주 문】
 1. 원고들의 피고들에 대한 각 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

【청구취지】 피고들이 원고들에 대하여 한 별지 [표 1] ‘취소청구 금액’란 기재 각 법인세(각 가산세 포함)의 부과처분 및 별지 [표 2] ‘소득금액 합계’란 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고들은 □□□리조트 주식회사(이하 ‘□□□리조트’라 한다) 또는 ◇◇◇리조트 주식회사(이하 ‘◇◇◇리조트’라 한다)의 주주들로, 원고 △△△ 주식회사(이하 ‘원고 △△△ 회사’라 하고 나머지 원고들의 주식회사 명칭도 생략한다)는 2017. 10. 12. 소외 4 회사에서 상호가 변경되었고, 주식회사 ○○○(이하 ‘○○○’이라 한다)은 2018. 4. 2. 주식회사 ○○○▷▷로 상호를 변경한 후 같은 날 원고 △△△ 회사에 흡수합병되었다.
 나. □□□리조트 관련
 1) 원고 4 회사는 2005. 6. 7. 제주도지사로부터 서귀포시 (주소 생략) 일원 375,574㎡에 대한 ‘제주□□□ 개발사업’을 사업을 승인받았다. 이후 □□□리조트가 2008. 9. 22. 설립되었는데, 설립과정에서 2008. 9. 25. 200억 원, 2009. 8. 25. 200억 원 합계 400억 원이 출자되었다. 출자된 금액은 원고 4 회사가 150억 원(37.5%), 원고 2 회사, 원고 6 회사, 원고 △△△ 회사, 원고 5 회사, ○○○이 각 50억 원(12.5%)을 부담하였다. 
 2) □□□리조트는 2008. 12. 30. 원고 4 회사와의 자산양수도 계약에 따라 원고 4 회사가 보유하였던 서귀포시 (주소 생략) 등 합계 376,776㎡를 16,766,532,000원에 양수하였다.
 3) 이후 □□□리조트는 위 토지에 ‘◁◁◁’를 신축하여 2012. 2. 24. 사용승인을 받아 그 무렵 분양을 하였다.
 4) 원고 4 회사는 2013. 8. 14. □□□리조트와 합병계약을 체결하여 □□□리조트를 흡수합병하였고, □□□리조트는 2013. 10. 2. 해산되었다.
 5) 한편 합병법인인 원고 4 회사와 피합병법인인 □□□리조트는 합병기일인 2013. 10. 1. 기준 원고 4 회사의 1주를 114,730원으로 평가하고, □□□리조트의 1주를 433원으로 평가하여 합병비율을 1:0.003374로 정한 다음 원고 4 회사는 합병신주 30,192주를 위 주주들에게 발행·교부하였다.
 다. ◇◇◇리조트 관련
 1) ◇◇◇리조트는 ‘충남 부여군 (주소 2 생략)’ 등에서 부동산 개발 및 매매업, 부동산 임대 및 분양업 등을 영위하기 위하여 2008. 10. 22. 설립되었는데, 설립과정에서 2008. 10. 22. 300억 원, 2009. 7. 22. 150억 원, 2010. 9. 16. 300억 원 합계 750억 원이 출자되었다. 출자된 금액은 원고 4 회사, 원고 2 회사, 원고 6 회사가 각 16,666,665,000원(22.22%), 원고 6 회사, 원고 △△△ 회사, 원고 5 회사가 각 8,332,500,000원(11.11%)을 부담하였다. 
 2) ◇◇◇리조트는 휴양콘도미니엄 시설을 신축하여 2013. 3.경 이를 분양하였다.
 3) 원고 4 회사는 2013. 8. 14. ◇◇◇리조트와 합병계약을 체결하여 ◇◇◇리조트를 흡수합병하였고, ◇◇◇리조트는 2013. 10. 2. 해산되었다.
 4) 한편 합병법인인 원고 4 회사와 피합병법인인 ◇◇◇리조트는 합병기일인 2013. 10. 1. 기준 원고 4 회사의 1주를 114,730원으로 평가하고, ◇◇◇리조트의 1주를 2,598원으로 평가하여 합병비율을 1:0.022644로 정한 다음 원고 4 회사는 합병신주 339,660주를 위 주주들에게 발행·교부하였다.
 라. 소외 1 급여 관련
원고 2 회사는 2011년부터 2015년까지 주주(지분율: 13%)이자 등기이사인 소외 1에 대한 급여, 퇴직급여충당금 등에 관하여 아래 표 기재와 같이 이를 손금에 산입하였다.
(단위: 원)사업연도급여퇴직급여충당금퇴직급여충당금 세무조정합계2011500,000,000104,166,67575,168,327679,335,0422012500,000,000175,347,23698,885,829774,233,1052013516,666,708125,000,010(135,268,687)506,398,0312014500,000,040125,000,010(14,046,628)610,953,4222015500,000,040125,000,010(10,678,573)614,321,477합계2,516,666,768654,513,94114,060,2683,185,241,077
 마. 서울지방국세청장은 2015. 9. 8.부터 2016. 3. 10.까지 □□□리조트, 2016. 5. 18.부터 2016. 7. 21.까지 ◇◇◇리조트, 2016. 3. 21.부터 2016. 10. 28.까지 원고 2 회사에 대한 법인제세통합조사를 각각 실시하였다.
 바. 서울지방국세청장은 ① 원고 4 회사와 □□□리조트의 합병과정에서 ㉠ 입회보증금과 관련한 부채가 19,682,993,471원 과대평가되었고, ㉡ □□□리조트가 보유한 서귀포시 (주소 생략) 목장용지 등 9필지 합계 304,510㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)가 16,921,426,638원 과소평가되었으며, ② 원고 4 회사와 ◇◇◇리조트의 합병과정에서도 입회보증금과 관련한 부채가 21,897,480,134원 과대평가되었고, ③ 소외 1의 근로사실이 없음에도 지급된 급여 등에 대하여 손금 불산입하여야 한다고 보아 피고들에게 과세자료를 통보하였다.
 사. 이에 따라 피고들은 원고들이 원고 4 회사로부터 합병신주를 적게 교부받음에 따라 원고 4 회사의 주주들이 합병에 따른 이익을 분여받았다고 보아 부당행위계산부인 규정에 따라 산출된 62,155,468,788원을 익금에 산입하고, 소외 1에 대한 급여 등을 손금에 불산입하는 등의 사유로 별지 [표 3], [표 4] 기재와 같이 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 및 각 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 종전 각 처분’이라 한다).
 아. 원고들은 이 사건 종전 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 12. 19. ‘이 사건 부동산의 이용상황, 공법상의 제한, 개별공시지가 등이 유사한 토지를 비교대상으로 하여 감정평가를 받는 등의 방법에 의하여 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지를 경정하고, 나머지 청구를 기각한다’는 결정을 하였다. 
 자. 원고 4 회사와 서울지방국세청장은 이 사건 부동산에 관하여 2018. 3.경 각자 한국감정평가사협회에 ‘감정평가업자 추천의뢰’를 하였고, 한국감정평가협회는 주식회사 감정평가법인 대일감정원(이하 ‘대일감정원’이라 한다)과 주식회사 가람감정평가법인(이하 ‘가람감정평가법인’이라 한다)을 추천하였다. 이후 대일감정원과 가람감정평가법인은 이 사건 부동산의 비교표준지를 ‘서귀포시 (주소 3 생략) 전 3,215㎡’로 선택한 다음 각 27,710,410,000원(대일감정원), 26,492,370,000원(가람감정평가법인)으로 평가하였다. 이에 피고들은 그 평균액인 27,101,390,000원을 이 사건 부동산의 시가로 산정하여 이 사건 종전 각 처분 중 일부를 감액하였고 그에 따라 잔존한 부분은 별지 [표 5], [표 6] 기재와 같다(그 중 원고들이 다투는 부분은 별지 [표 1], [표 2] 기재와 같고, 이하 이 부분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 12, 13, 15, 20, 35호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 7, 9 내지 15, 23, 25호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 처분의 적법 여부
 가. 원고들의 주장
 아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분은 위법하다.
 1) 입회계약 체결에 따른 선수수익 관련
□□□리조트, ◇◇◇리조트가 회원으로부터 수령한 입회보증금 중 향후 반환할 금전채무의 현재가치를 뺀 나머지 부분(선수수익)은 확정적인 용역채무의 대가로서 부채로 평가되어야 한다. 
 2) 이 사건 부동산의 시가 관련
 이 사건 부동산에 대하여 당초 감정이 이루어졌고, 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 제2호는 납세자가 평가한 가액이 공시지가의 100분의 90에 미달하는 경우에만 예외적인 소급감정을 인정하고 있어 이후에 이루어진 감정은 위법하고, 설령 그러한 감정이 적법하다고 하더라도 당초 감정이 이 사건 부동산의 시가를 정확하게 반영하는 감정이다.
 3) 부당행위계산 부인 관련
 원고들은 회계법인이 산정한 합병비율을 신뢰하여 그에 따라 합병이 이루어진 것으로 경제적 합리성이 인정되어 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 없다.
 4) 가산세 위법 관련
 원고들은 합병과정에서 전문가들의 평가를 신뢰하여 합병비율을 산정하였으므로 가산세를 부과할 수 없는 정당한 이유가 존재한다.
 5) 소외 1 급여 손금산입 관련
소외 1은 원고 2 회사의 등기이사로 상법상 책임을 부담하므로 그 급여는 인건비에 해당하여 손금에 산입되어야 한다.
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 입회보증금에서 향후 반환할 금전채무의 현재가치를 뺀 나머지 부분이 부채에 해당한다는 주장에 관한 판단
 가) 구 상속세 및 증여세법(2014. 1. 1. 법률 제12168호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제63조 제1항은 ‘유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다’고 규정하면서 제2호에서 ‘제1호 외에 국채·공채 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다’고 규정하고, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25195호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제58조 제2항은 ‘대부금·외상매출금 및 받을 어음등의 채권가액과 입회금·보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간·약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 한다. 다만, 채권의 전부 또는 일부가 평가기준일 현재 회수불가능한 것으로 인정되는 경우에는 그 가액을 산입하지 아니한다’고 규정하며, 구 상속세 및 증여세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제719호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행규칙’이라 한다) 제18조의2 제2항은 ‘영 제58조 제2항 본문에서 "기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액"이란 다음 각호의 1의 방법에 의하여 평가한 가액을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 ‘원본의 회수기간이 5년을 초과하거나 회사정리절차 또는 화의절차의 개시 등의 사유로 당초 채권의 내용이 변경된 경우에는 각 연도에 회수할 금액(원본에 이자상당액을 가산한 금액을 말한다)을 영 제58조의2 제2항 제1호 가목에 따른 적정할인율에 의하여 현재가치로 할인한 금액의 합계액. 이 경우 소득세법 제94조 제1항 제4호 나목의 규정에 의한 시설물이용권에 대한 입회금·보증금 등으로서 원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것은 그 회수기간을 5년으로 본다’고 규정하고 있다.
 나) 위와 같은 규정에다가 위 인정사실, 갑 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 입회보증금 중 향후 반환할 금전채무의 현재가치를 뺀 나머지 부분은 부채에 포함될 수 없다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 ① 비상장주식의 경우 원칙적으로 시가에 의하여 가액을 산정하여야 하나, 시가를 산정하기 어려운 경우에는 보충적 평가방법에 의하게 된다(구 상증세법 제60조 제1항, 제3항 참조). 이러한 보충적 평가는 원칙적으로 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 가중평균하여 산정되는데(구 상증세법 시행령 제54조 제1항), 1주당 순자산가치란 당해 법인의 순자산가액을 발행주식총수로 나눈 가액을 의미한다(구 상증세법 시행령 제54조 제2항 참조). 한편 위와 같은 순자산가액의 산정은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액이 된다(구 상증세법 시행령 제55조 제1항 참조). 이때 골프장업이나 리조트업 등을 영위하는 법인 등의 경우 입회금·보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간·약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 하고(구 상증세법 시행령 제58조 제2항 참조), 위 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액은 원본의 회수기간이 5년을 초과하는 등의 경우에 있어서는 각 연도에 회수할 금액을 영 제58조의2 제2항 제1호 가목에 따른 적정할인율에 의하여 현재가치로 할인한 금액의 합계액으로 규정하고 있다(구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항 제1호 참조). 결국 리조트업을 영위하는 법인의 주식에 대한 보충적 평가를 위한 순자산가액을 산정함에 있어서는 입회금·보증금 등에 관한 채무의 가액은 위 적정할인율에 의하여 현재가치로 할인한 금액(이하 ‘현재가치할인액’이라 한다)의 합계액으로 산정되어야 한다. 이는 입회금·보증금 등에 관한 채무의 액수가 과다하게 산정되는 것을 방지하는데 그 목적이 있다.
 ② 상속세 및 증여세법 시행규칙이 2003. 12. 31. 재정경제부령 제342호로 개정되기 전에는 제18조의2 제2항 제1호는 ‘원본의 회수기간이 3년을 초과하거나 회사정리절차 또는 화의절차의 개시 등의 사유로 당초 채권의 내용이 변경된 경우에는 각 연도에 회수할 금액(원본에 이자상당액을 가산한 금액을 말한다)을 영 제58조의2 제2항 제1호 가목에 의하여 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율에 의하여 현재가치로 할인한 금액의 합계액’만을 규정하고 있다가 상속세 및 증여세법 시행규칙이 2003. 12. 31. 재정경제부령 제342호로 개정되면서 제18조의2 제2항 제1호 후문에 ‘이 경우 소득세법 제94조 제1항 제4호 나목의 규정에 의한 시설물이용권에 대한 입회금·보증금 등으로서 원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것은 그 회수기간을 5년으로 본다’는 규정을 추가하여 현재가치로 할인한 금액의 합계액에 대한 규정이 시설물이용권에 대한 입회금·보증금에 적용될 수 있다는 취지로 개정되었다. 
 그러나 조세심판원은 2009. 12. 28. ‘주식평가시 골프장 회원들로부터 입회금으로 수취한 예수보증금인 부채를 현재가치할인평가방법으로 적용하여 과세할 수 없다’고 판단하였는데, 그 이유는 구 상속세 및 증여세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것) 제58조 제2항이 ‘대부금·외상매출금 및 받을 어음등의 채권가액은 원본의 회수기간·약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 바에 따라 평가한 가액에 의한다. 다만, 채권의 전부 또는 일부가 평가기준일 현재 회수불가능한 것으로 인정되는 경우에는 그 가액을 산입하지 아니한다’고만 규정하고 있어 앞서 본 바와 같은 시행규칙 규정을 채권의 평가에 관한 규정을 넘어 부채로서 시설이용권의 입회금·보증금 등의 예수금 평가에 관한 규정으로 볼 수 없다는 것 등이었다.
 이에 따라 상속세 및 증여세법 시행령 제58조 제2항이 2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 구 상증세법 제58조 제2항과 같이 ‘대부금·외상매출금 및 받을 어음등의 채권가액과 입회금·보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간·약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 한다. 다만, 채권의 전부 또는 일부가 평가기준일 현재 회수불가능한 것으로 인정되는 경우에는 그 가액을 산입하지 아니한다’고 개정되었는데, 이는 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항을 부채인 시설이용권의 입회금·보증금 등의 예수금 평가에 관한 규정으로 하려는 취지이다.
 ③ 이 사건에 있어 원고들은 원고 4 회사와 □□□리조트 및 ◇◇◇리조트간의 합병과 관련한 합병비율을 산정함에 있어, □□□리조트 및 ◇◇◇리조트의 1주당 주식가액을 보충적 평가방법으로 산정하는 과정에서 입회보증금과 관련하여 그 채무를 현재가치할인평가방법으로 산정한 예수보증금을 부채로 하는 이외에도 입회보증금과 예수보증금의 차액을 선수수익(현재가치할인차금 상당액, □□□리조트와 관련하여는 19,682,993,471원이고, ◇◇◇리조트와 관련하여는 21,897,480,134원이다)으로 하여 이 역시 부채에 포함하였다. 
 그러나 앞서 본 바와 같이 입회보증금 등과 같은 입회금·보증금 등에 관한 채무의 가액은 현재가치할인액의 합계액만으로 산정되어야 하고, 선수수익과 같은 항목을 부채로 포함할 수는 없다. 만약 위와 같이 선수수익을 부채로 본다면, 입회보증금의 합계액이 전부 부채가 되어 앞서 본 바와 같은 구 상증세법 시행령 제58조 제2항, 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항에 어긋나게 된다.
 ④ 원고들은 리조트 회원권의 경우 ‘특정시설물을 이용할 수 있는 권리’로서 구 상증세법 시행령 제51조 제2항이 적용되어야 하고, 상증세법 시행령 제51조 제2항이 특정시설물을 이용할 수 있는 권리의 가액을 ‘평가기준일까지 불입한 금액’과 ‘평가기준일 현재의 프레미엄에 상당하는 금액’을 합한 금액으로 규정하고 있으므로 고객들이 □□□리조트나 ◇◇◇리조트에 입회의 대가를 지불한 이상 부채는 적어도 입회의 대가가 되어야 한다고 주장한다. 그러나 위 규정은 회원권과 같은 특정시설물을 이용할 수 있는 권리의 가액을 산정하기 위한 기준이므로 □□□리조트나 ◇◇◇리조트가 위와 같은 권리를 보유한 것이 아닌 시설물의 이용과 관련한 입회보증금을 수령한 이 사건에 있어서는 적용될 수 없다. 따라서 원고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
 ⑤ 원고들은 □□□리조트와 ◇◇◇리조트의 채무는 사법상의 확정적 용역채무이고, 그에 대응하는 선수수익은 용역채무의 대가로 수령한 것이어서 부채로 평가하여야 한다고 주장한다. 그러나 구 상증세법 시행령 제58조 제2항, 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항은 입회보증금과 같은 경우 이를 현재가치할인액만을 부채로 보도록 규정하고 있으므로 사법상의 법률관계에 따른 채무라고 할지라도 이를 세법상 부채로 볼 수 없다. 따라서 원고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
 ⑥ 원고들은 회원들의 입회계약 체결시 □□□리조트와 ◇◇◇리조트가 수령한 금액 전체가 회원들의 자산으로 계상되므로 같은 액수가 부채로 계상되어야 한다고 주장한다. 그러나 구 상증세법 시행령 제58조 제2항, 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항이 위와 같이 규정하고 있는 이상 회계상 상대방의 자산으로 계상된다고 하여 이를 모두 부채로 인식하여야 한다고 볼 수 없다. 따라서 원고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
 ⑦ 원고들은 구 상증세법 시행령 제58조 제2항은 금전채권의 평가에 관한 규정으로 용역제공의 대가에 적용될 수 없다고 주장한다. 그러나 구 상증세법 시행령 제58조 제2항의 문언·연혁 등에 비추어 보면, 위 규정은 대부금·외상매출금 및 받을 어음등의 채권가액 뿐만 아니라 입회금·보증금 등의 채무가액 역시 규정한 것이고, 앞서 본 바와 같이 선수수익에 구 상증세법 시행령 제58조 제2항이 적용되지 않는다면 입회금·보증금 등은 전부가 부채로 계상되게 되는데, 이는 위 조항의 취지에 반한다. 따라서 원고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
 ⑧ 원고들은 한국회계기준원에서도 선수수익이 용역채무의 대가로서 부채에 해당한다고 확인하였고, 기업회계기준에 따르더라도 부채에 해당한다고 주장한다. 그러나 세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 달라 상속세 및 증여세법령에서 별도로 규정을 두는 경우가 있고(대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두43173 판결 등 참조), 입회금·보증금 등에 관하여 구 상증세법 시행령 제58조 제2항, 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항에 명확한 기준이 있는 이상 기업회계기준 등에 부합한다는 이유만으로 선수수익을 세법상 부채로 인정할 수 없다. 따라서 원고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
 2) 이 사건 부동산의 감정평가가 위법하다는 주장에 관한 판단
 가) 인정사실
 (1) 원고 4 회사는 □□□리조트 소유의 ‘서귀포시 (주소 생략) 목장용지 등 9필지 304,510㎡’(이 사건 부동산)에 대하여 주식회사 두요감정평가법인(이하 ‘두요감정평가법인’이라 한다)과 주식회사 제일감정평가법인(이하 ‘제일감정평가법인’이라 한다)에 감정평가를 의뢰하였고(이하 ‘이 사건 제1 감정평가’라 한다), 두요감정평가법인과 제일감정평가법인은 ‘서귀포시 (주소 4 생략) 임야 4,896㎡’(이하 ‘이 사건 제1 비교표준지’라 한다)를 비교표준지로 선정한 후 두요감정평가법인은 14,920,990,000원, 제일감정평가법인은 15,225,500,000원으로 이 사건 부동산을 각 평가하였다. 이에 따라 이 사건 부동산의 시가가 감정평가액 평균액인 15,073,245,000원임을 전제로 원고 4 회사와 □□□리조트 사이의 합병비율이 산정되었다.
 (2) 이후 이 사건 종전 각 처분과정에서 서울지방국세청장은 주식회사 한국감정원(이하 ‘한국감정원’이라 한다), 주식회사 가온감정평가법인(이하 ‘가온감정평가법인’이라 한다)에 감정을 의뢰하였고, 한국감정원과 가온감정평가법인은 ‘서귀포시 (주소 5 생략) 전 2,313㎡’(이하 ‘이 사건 제2 비교표준지’라 한다)를 비교표준지로 선정한 후 감정을 진행하였으며(이하 ‘이 사건 제2 감정평가’라 한다), 이를 기초로 이 사건 종전 각 처분을 하였다.
 (3) 한편, 조세심판원의 재조사결정에 따라 원고 4 회사와 서울지방국세청장은 공동으로 대일감정원과 가람감정평가법인에 감정평가를 의뢰하였는데, 감정평가에 있어 이 사건 부동산의 비교표준지가 ‘서귀포시 (주소 3 생략) 전 3,215㎡’(이하 ‘이 사건 제3 비교표준지’라 한다)로 선택되었고, 이 사건 부동산이 27,710,410,000원(대일감정원), 26,492,370,000원(가람감정평가법인)으로 평가되었다(이하 ‘이 사건 제3 감정평가’라 한다). 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 14호증, 을 제13 내지 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 나) 판단
 (1) 구 상증세법 제60조 제1항 전문은 ‘이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가에 따른다’고 규정하고, 제2항은 ‘제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다’고 규정하며, 구 상증세법 시행령 제49조 제2항은 ‘법 제60조 제2항에서 "수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 3개월로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매(민사집행법에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 감안하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에는 제56조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 자문을 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다’고 규정하면서 제2호에서 ‘당해 재산(법 제63조 제1항 제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외하며, 당해 감정가액이 법 제61조·법 제62조·법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제5항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 "기준금액"이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제56조의2 제1항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 "세무서장등"이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 상속세 또는 증여세 납세의무자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있다.
 한편, 과세처분 취소소송의 사실심 변론종결시까지 재산의 시가가 입증된 때에는, 그 재산의 시가에 의한 정당한 세액을 산출한 다음 과세처분의 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 따라 과세처분의 위법 여부를 판단하여야 하고, 여기서 시가라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다(대법원 2004. 3. 12. 선고 2002두10377 판결 등 참조).
 (2) 위와 같은 법리에다가 위 인정사실, 갑 제14호증, 을 제13, 14호증의 각 기재, 이 법원의 대일감정원 제주지사장, 가람감정평가법인 제주지사장에 대한 각 사실조회결과 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 제3 감정평가가 이 사건 부동산에 대한 비교표준지 등을 적정하게 선정하여 평가한 것으로 볼 수 있다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 ① 감정평가업자가 토지를 개별적으로 감정평가하는 경우에는 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 표준지의 공시지가를 기준으로 하여야 하고[부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률(2013. 8. 6. 법률 제12018호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 참조], 공시지가기준법이란 ‘감정평가의 대상이 된 토지와 가치형성요인이 같거나 비슷하여 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 표준지(비교표준지)의 공시지가를 기준으로 대상토지의 현황에 맞게 시점수정, 지역요인 및 개별요인 비교, 그 밖의 요인의 보정을 거쳐 대상토지의 가액을 산정하는 감정평가방법’을 말한다[감정평가에 관한 규칙(2014. 1. 2. 국토교통부령 제55호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 감정평가 규칙’이라 한다) 제2조 제9호 참조]. 비교표준지를 선정함에 있어 감정평가사는 ‘인근지역에 있는 표준지 중에서 대상토지와 용도지역·이용상황·주변환경 등이 같거나 비슷한 표준지를 선정하여야 하나, 인근지역에 적절한 표준지가 없는 경우에는 인근지역과 유사한 지역적 특성을 갖는 동일수급권 안의 유사지역에 있는 표준지를 선정할 수 있다(구 감정평가 규칙 제14조 제3항 제1호 참조). 구체적으로 비교표준지를 선정하는 방법은 ㉠ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률상의 용도지역·지구·구역 등(이하 "용도지역등"이라 한다) 공법상 제한사항이 같거나 비슷할 것, ㉡ 이용상황이 같거나 비슷할 것, ㉢ 주변환경 등이 같거나 비슷할 것, ㉣ 인근지역에 위치하여 지리적으로 가능한 한 가까이 있을 것의 기준을 충족하는 표준지 중에서 대상토지의 감정평가에 가장 적절하다고 인정되는 표준지를 선정하는 것이다(감정평가 실무기준 610 1.5.1.1 ① 참조)
 ② 이 사건 제1 감정평가에 있어 비교표준지로 선정된 ‘서귀포시 (주소 4 생략) 임야 4,896㎡’(이 사건 제1 비교표준지)는 자연녹지지역의 임야로 이 사건 부동산과 용도지역은 자연녹지로 동일하나, 지목이 이 사건 제1 비교표준지는 ‘임야’이고 이 사건 부동산은 ‘임야, 목장용지’로 차이가 있다. 또한 이 사건 부동산은 당시 개발이 예정된 부지이고 주변에 ◁◁◁가 신축되기도 하였으나 이 사건 제1 비교표준지는 자연림으로 그 이용상황이 상이하다. 더구나 토지에 대한 개발행위의 가능성 혹은 개발에 대한 제한의 정도 등은 토지의 가치를 평가하는데 있어 주된 요소일 수 밖에 없으므로 이는 비교표준지를 산정함에 있어 ‘용도지역 등 공법상 제한사항이 같거나 비슷할 것’에 관한 주요사항으로 고려되어야 하는데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산과 이 사건 제1 비교표준지가 용도지역이 동일하다고 하더라도 공법상 제한사항은 상이하다고 보인다.
 비록 이 사건 부동산과 이 사건 제1 비교표준지가 최단거리가 100m 이내로 지리적으로 근접하고 주위환경도 유사할 수 밖에는 없으나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산은 원고 4 회사가 제주도지사로부터 제주□□□ 개발사업을 승인받았을 뿐 아니라 개발행위가 예정되었으므로 일반적인 임야와는 차이가 존재한다. 특히 이 사건 제1 비교표준지는 공시지가가 ㎡당 11,000원임에도 여러 가지 요소를 보정하여 이 사건 부동산의 ㎡당 감정평가액이 49,000원(두요감정평가법인, 갑 제14호증의1 제80쪽) 또는 50,000원(제일감정평가법인, 갑 제14호증의2 제61쪽)으로 산정되었는바, 보정요인이 많아 그 자체로 비교표준지가 적정하게 선택되었다고 보기도 어렵다.
 ③ 반면, 이 사건 제3 감정평가에 있어서는 비교표준지가 ‘서귀포시 (주소 3 생략) 전 3,215㎡’(이하 ‘이 사건 제3 비교표준지’라 한다)로 선정되었는데, ㉠ 이 사건 부동산은 □□□리조트 개발사업의 대상부지이고 관광숙박시설, 휴양·문화시설 등으로 개발이 예정되어 있으며, 이 사건 제3 비교표준지에서는 그와 유사한 ♤♤단지 조성사업이 예정되어 있는 점, ㉡ ♤♤단지 조성사업은 숙박시설, 상업시설, 휴양·문화시설 등을 설치하는 사업으로 □□□리조트 개발사업과 유사한 점, ㉢ 이 사건 제3 비교표준지의 ㎡당 공시지가는 75,000원인데, 대일감정원은 여러 요인을 보정하여 ㎡당 감정평가액을 91,000원(을 제13호증 제25쪽), 가람감정평가법인은 87,000원(을 제14호증 제15쪽)으로 산정하여 큰 차이가 존재하지 않는 점, ㉣ 특히 이 사건 부동산에 관하여 공시지가기준법이 아닌 거래사례비교법을 통한 ㎡당 가격은 90,000원이어서(을 제14호증 제20쪽) 이 사건 제1 감정평가보다는 이 사건 제3 감정평가가 합리적이라고 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제3 감정평가는 이 사건 부동산의 비교표준지로 용도지역, 이용상황, 주변환경, 지리적 위치, 공법상 제한사항 등이 유사한 이 사건 제3 비교표준지를 선정하여 적절하게 감정평가한 것이라고 보인다. 
 ④ 원고들은 이 사건 제1 감정에 중대·명백한 하자가 없는 이상 임의로 소급감정을 실시할 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 당초 감정에 하자가 있는 경우에 있어서는 과세관청이 재감정을 실시할 수 있고 구 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호에 정하여진 경우에만 재감정이 가능하다고 한다면 당초 감정에 하자가 있는 경우에도 재감정을 실시할 수 없게 되어 불합리한 점, 앞서 본 바와 같이 이 사건 제1 감정평가는 개발예정지인 이 사건 부동산의 감정평가에 있어 임야인 이 사건 제1 비교표준지로 선정하여 비교표준지의 선정에 하자가 있다고 보이는 점 등에 비추어 보면 원고들의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다. 
 ⑤ 원고들은 이 사건 제3 감정평가에 이 사건 부동산과 이 사건 제3 비교표준지가 인허가 조건이 다름에도 행정요인을 보정하지 않은 명백한 위법이 있다고 주장한다. 그러나 이 사건 제3 비교표준지가 위치한 ♤♤단지 조성사업 개발계획 중 숙박시설5(남문 3-1지구)에 관하여 보면(을 제13호증 제15쪽), 층수는 3층 이하로, 높이는 15m 이하의 개발이 예정되어 있고, 건폐율 20% 이하, 용적률 30% 이하로, □□□리조트 개발사업(가장 큰 부분을 차지하는 관광문화시설의 경우 층수 2층 이하, 높이 12m 이하, 건폐율 30% 이하, 용적률 40% 이하이고, 나머지 부분도 대동소이하다)과 행정적 요인에 있어 큰 차이가 있다고 보기는 어렵다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.
 3) 경제적 합리성이 인정되어 부당행위계산 부인 규정이 적용되지 않는다는 주장에 관한 판단
 가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항은 ‘법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다’고 규정하면서 제8호에서 ‘다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우’를 들고 있고, 가목 본문에서는 ‘특수관계인인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우’를 규정하고 있다.
 한편, 구 법인세법 제52조 제1항에서 규정하는 부당행위계산의 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 건전한 사회통념과 상관행 기타 경제적으로 합리성 있는 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 7. 26. 선고 2016두40375 판결, 대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조).
 나) 위와 같은 법리에다가 위 인정사실, 갑 제20호증, 을 제25, 26, 30호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 원고 4 회사와 □□□리조트 및 ◇◇◇리조트간의 합병비율 산정에 관하여 경제적 합리성이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 ① 원고 4 회사와 □□□리조트 및 ◇◇◇리조트간의 합병에 있어 각 법인은 비상장법인으로 1주당 주식의 가치는 보충적 평가방법에 의하여 평가되었다. 그런데, 위와 같은 보충적 평가방법을 적용함에 있어 법령에 어긋나는 방법을 사용하였거나 감정평가에 하자가 있어 합병비율이 잘못 산정된 경우 불공정한 합병비율에 따른 이익분여가 발생하게 된다. 
 ② 우선 회원에게 □□□리조트, ◇◇◇리조트가 입회계약의 대가로 수령한 입회보증금 중 향후 반환할 금전채무의 현재가치를 뺀 나머지 부분(선수수익)을 부채로 계상한 부분에 대하여 보면, 이는 앞서 본 바와 같이 구 상증세법 시행령 제58조 제2항, 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항에 반하여 부채로 계상한 것으로 입회보증금 중 현재가치할인액의 합계액만이 부채로 평가되어야 한다.
 한편 ◇◇◇리조트의 2012 사업연도 감사보고서(을 제25호증)에는 위 선수수익을 기업회계기준에 따라 부채로 계상하고 있었는데, 2011 내지 2012 사업연도 법인세 과세표준 신고시(을 제26호증)에는 선수수익을 손금불산입하는 세무조정을 한 점, 법령에 어긋나는 평가방법을 적용한 이상 비특수관계자 간의 거래에서는 그와 같은 거래가 이루어질 가능성이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 선수수익을 부채로 반영한 부분에 경제적 합리성이 있다고 보기 어렵다.
 ③ 다음으로 이 사건 부동산에 관한 이 사건 제1 감정평가에 대하여 보면, 이는 개발예정지인 이 사건 부동산과는 달리 임야 상태인 이 사건 제1 비교표준지를 비교표준지로 선정하여 감정을 한 하자가 존재한다.
 한편 이 사건 제1 감정평가를 한 제일감정평가법인, 두요감정평가법인은 사실조회회신(을 제30호증)에서 이 사건 부동산과 이 사건 제1 비교표준지가 개발행위의 차이에 관하여 행정적 요인에서 1.50으로 감안하였다고 회신하였는데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 제1 감정평가에서 산출된 이 사건 부동산의 ㎡당 감정평가액은 49,000원에서 50,000원인데 반하여 이 사건 제1 비교표준지의 ㎡당 공시지가는 11,000원으로 차이가 많아 행정적 요인의 보정만으로는 이 사건 제1 감정평가를 신뢰할 수 있는 상황이었다고 보기 어려운 점, 특히 토지에 대한 개발가능성 등은 토지의 평가에 있어 주요 고려대상이고, 이 사건 부동산에 인접한 지역에는 ‘◁◁◁’의 신축·분양이 이루어지기도 하였던 점, 이 사건 제1 감정평가와 이 사건 제3 감정평가 사이의 금액의 차이가 클 뿐만 아니라 공시지가기준법이 아닌 거래사례비교법을 통한 이 사건 부동산의 ㎡당 가격은 90,000원인 점, 비특수관계인간의 합병의 경우 개발예정지에 대한 감정평가에 관하여 임야를 비교표준지로 선정하는 것이 일반적이라고 보기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제1 감정평가를 반영하여 합병비율을 산정한 부분에 경제적 합리성이 있다고 보기 어렵다.
 ④ 특히 원고 4 회사는 일본 주식회사 롯데홀딩스, 일본 주식회사 제1, 2, 4 내지 10, 12 투자회사, 일본 주식회사 광윤사, 일본 주식회사 패미리 등이 합병 전 100%의 지분을 보유하였던 비상장법인으로 합병에 있어 상장법인인 원고 2 회사 등에게 주식을 배정하는 경우 원고 4 회사의 지분에 변화가 발생하게 되는데, 위와 같은 합병비율로 인하여 원고 2 회사 등이 적은 지분비율만을 얻게 되어 당초의 지분비율에서 큰 변동이 이루어지지 않았다(갑 제20호증의4 제4쪽). 
 ⑤ 원고들은 원고 4 회사와 □□□리조트 및 ◇◇◇리조트간의 합병에 있어 회계법인의 주식가치평가를 신뢰한 것으로 경제적 합리성이 인정된다고 주장한다. 그러나 회계법인이 원고 4 회사와 □□□리조트 및 ◇◇◇리조트의 1주당 주식가치를 평가하였다고 하더라도 법령에 어긋나는 방법을 사용하거나 하자가 존재하는 감정평가에 기초하는 경우 이에 대한 신뢰만으로 경제적 합리성이 있다고 할 수 없다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 ⑥ 원고들은 위와 같은 합병은 순환출자를 해소하라는 공정거래위원회의 권고사항을 이행하기 위한 목적에서 진행된 것으로 성실한 내부검토 과정을 거쳤고, 이 사건 부동산에 대한 감정평가 및 합병비율의 산정을 위한 주식평가에 있어 최선의 주의의무를 다하였으므로 경제적 합리성이 인정된다고 주장한다. 그러나 불공정한 합병비율에 따라 합병을 하는 경우 이익의 분여가 발생하게 되고, 이 사건 부동산에 대한 감정평가와 회계법인의 주식평가에 하자가 존재할 뿐만 아니라 비특수관계자 간의 합병에서 위와 같은 감정평가 내지 주식평가는 이례적인 것으로 보이므로 원고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
 4) 합병과정에서 전문가들에 의한 감정평가 및 주식평가가 이루어져 가산세 면제의 정당한 사유가 있다는 주장에 관한 판단
 가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 등 참조).
 나) 위와 같은 법리에다가 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 위 선수수익과 관련하여 이를 부채로 반영한 것은 구 상증세법 시행령 제58조 제2항, 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항에 반하므로 그에 관하여 법령의 부지 또는 오인이 있더라도 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점, ② 이 사건 제1 감정평가의 위법과 관련하여 가산세는 부과되지 않은 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 5) 소외 1에 대하여 지급된 급여 등이 손금에 산입되어야 한다는 주장에 관한 판단
 가) 구 법인세법 제26조는 ‘다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하면서 제1호에서 ‘인건비’를 들고 있고, 구 법인세법 시행령 제43조 제1항은 ‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금(제20조 제1항 각호의 1에 해당하는 성과급을 제외한다)은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다’라고 규정하며, 제4항은 ‘상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다’고 규정하고 있다.
 한편, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하나, 경험칙상 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자측에 입증책임을 돌리는 경우가 있다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결 등 참조). 
 나) 위와 같은 법리에다가 위 인정사실, 갑 제6호증, 을 제17, 18, 21호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 소외 1에 대한 급여 등은 원고 2 회사의 이익을 부당하게 분여하기 위하여 이루어진 것에 불과하다고 보이므로 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
 ① 소외 1은 2005. 3. 25.부터 2008. 4. 1.까지 원고 2 회사의 이사로, 2011. 3. 31.부터는 기타비상무이사의 지위에 있었는데(갑 제6호증), 원고 2 회사의 경영지원본부 인사부분 상무 소외 2가 ‘㉠ 원고 2 회사의 경영상 주요 의사결정은 이사회 또는 대표이사에 의하여 이루어지는데, 소외 1이 이사회에 참석한 사실은 없고, ㉡ 원고 2 회사에 소외 1의 집무실은 존재하지 않는다’는 취지로 진술한 점(을 제17호증), 원고 2 회사 전략기획부문 상무 소외 3이 ‘원고 2 회사의 주요 의사결정은 이사회를 통하여 하고, 회장 또는 총괄회장에게 보고를 통하여 하는 경우도 있으며, 소외 1이 원고 2 회사에 방문한 적은 없는 것 같다’는 취지로 진술한 점(을 제18호증), 소외 1이 원고 2 회사의 의사결정 등에 참여한 구체적인 자료가 제출된 바는 없는 점 등에 비추어 보면, 소외 1이 원고 2 회사에 근로를 제공한 것으로 보기는 어렵다.
 ② 또한 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명·날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없는데(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두8068 판결 등 참조), 원고 2 회사의 대표이사인 김치현은 소외 1이 경영에 참여하지 않는 등 근로를 제공하지 않았음에도 급여를 제공하였다는 확인서(을 제21호증)를 작성하기도 하였다.
 ③ 원고들은 소외 1은 원고 2 회사의 비상근이사로 상법상 책임을 지는 것에 대한 대가로서 급여가 지급된 것이므로 근로제공과는 무관하게 손금에 산입되어야 한다고 주장한다. 그러나 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것 등에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 구 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 하므로(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조), 상법상 임원의 보수청구가 가능하다고 하더라도 지급된 보수가 근로의 제공 없이 비정상적으로 지급된 것이라면 법인세법상 손금에 산입될 수는 없다. 따라서 원고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
3. 결론
 그렇다면 원고들의 피고들에 대한 각 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 이정민(재판장) 김주성 차선영