양도소득세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2025.06.20 / 시행일:

【원고, 피항소인】 원고 (소송대리인 법무법인 효천 담당변호사 이종수)
【피고, 항소인】 송파세무서장 (소송대리인 법무법인 가온 담당변호사 김송경 외 1인)
【제1심판결】 서울행정법원 2024. 9. 4. 선고 2023구단67975 판결 
【변론종결】2025. 4. 11.
【주 문】
 1. 제1심판결을 취소한다.
 2. 원고의 청구를 기각한다.
 3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2022. 11. 7. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 56,566,780원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
2. 항소취지
 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 아래에서 고치는 부분을 빼면 제1심판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약칭을 포함하여 이를 인용한다.
 ○ 제1심판결 제2면 제8행의 "(아파트명 1 생략)"을 "(아파트명 2 생략)"으로 고친다.
 ○ 제1심판결 제2면 제10행의 "284,904,531원"을 "310,751,828원"으로 고친다.
 ○ 제1심판결 제2면의 표를 아래의 표로 교체한다. 
 구분보유 기간거주 기간 기존주택2005. 4. 22. ~ 2020. 3. 6. 14년 10개월(14년 이상)2005. 4. 25. ~ 2010. 12. 28.(5년 6개월) 신축주택2006. 12. 22. ~ 2020. 3. 6. 13년 2개월(13년 이상)- 
 ○ 제1심판결 제4면 표 아래 제1행의 "갑 제1 내지 8, 13, 14호증"을 "갑 제1 내지 8, 13, 14, 18호증"으로 고친다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고 주장의 요지
 피고는 ‘청산금납부분 양도차익’에 대한 장기보유특별공제에 대하여 이 사건 신축주택 자체에서의 거주기간이 2년 이상이어야만 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유특별공제가 적용될 수 있음을 전제로 이 사건 처분을 하였으나, 소득세법령 중 어디에도 신축주택에서의 거주기간이 2년 이상일 것을 요하는 규정이 존재하지 않는 이상, 이 사건 처분은 조세법률주의에 반하는 것으로서 위법하여 취소되어야 한다.
 나. 관계 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 관련 법리
 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장·축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).
 2) 이 사건 관련 규정
 가) 양도소득
 구 소득세법 제94조 제1항 제1호는 과세대상인 양도소득의 하나로서 ‘토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득’을 규정하고, 제95조 제1항은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액인 ‘양도차익’에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다[양도소득금액 = 양도차익(양도가액 － 필요경비) - 장기보유특별공제액]. 또한 제95조 제2항은 양도소득에서 차감할 장기보유특별공제액을 규정하면서 그 본문에서 ‘소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 표 1(보유기간에 따라 10/100부터 30/100까지)에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을, 그 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2(보유기간에 따라 24/100부터 80/100까지)에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 각각 들고 있으며, 제95조 제4항 본문은 "제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다."라고 규정하고 있다.
 그리고 구 소득세법 시행령 제159조의3은 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’에 관하여 규정하고 있는데, 과거에는 이를 "1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택 "으로 규정하였으나, 이것이 2018. 10. 23. 개정되어 "1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것"을 의미하는 것으로 변경되었다(다만, 개정된 규정은 2020. 1. 1. 이후 양도분부터 적용하도록 부칙에 경과규정을 두었다).
 나) 양도차익
 한편, 구 소득세법 시행령 제166조는 양도차익의 산정방법에 관해 규정하면서, 제1항에서는 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(이하 ‘조합원’이라 한다)이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지(이하 ‘기존건물’이라고만 한다)를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위(이하 ‘입주권’이라 한다)를 양도하는 경우에 청산금을 납부한 경우와 청산금을 지급받은 경우를 나누어 규정하고 있고, 청산금을 납부한 경우에는 양도가액에서 기존건물 평가액과 납부한 청산금 및 필요경비를 모두 공제한 나머지인 ‘관리처분계획등인가후양도차익’(이하 ‘인가후양도차익’이라 한다)과 기존건물 평가액에서 기존건물 취득가액 및 필요경비를 공제한 나머지인 ‘관리처분계획등인가전양도차익’(이하 ‘인가전양도차익’이라 한다)의 합계액으로 규정하고 있다. 그리고 같은 조 제2항은 조합원이 해당 조합에 기존건물을 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지(이하 ‘신축주택’이라고만 한다)를 양도하는 경우 양도차익의 계산방법에 관해 규정하면서, 제1호에서 청산금을 납부한 경우에는 ‘청산금납부분 양도차익’과 ‘기존건물분 양도차익’으로 구분하여 계산하도록 규정하고 있다. 
 위 조항에 따르면, 청산금납부분 양도차익은 기존건물 평가액(A)과 납부한 청산금(B)의 합계액(A+B) 중 납부한 청산금(B)의 비율을 계산한 후, 인가후양도차익에 그 비율을 곱하여 계산한다. 즉, 인가후양도차익 중 청산금납부분의 비율{B/(A+B)}에 해당하는 금액을 청산금납부분 양도차익으로 계산하는 것이다. 그리고 기존건물분 양도차익의 경우, 인가후양도차익 중 기존건물 평가액 비율{A/(A+B)}에 해당하는 금액 및 인가전양도차익의 합계액으로 산정한다. 결국 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익을 합산하면, 같은 조 제1항(입주권 양도 시 양도차익)에서 정한 바와 마찬가지로 양도차익은 인가후양도차익과 인가전양도차익의 합계액이 된다.
 구 소득세법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 구 소득세법 시행령 제166조 제5항은 같은 조 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간에 관하여 규정하고 있는데, 이때 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간으로, 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 기존건물 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간으로 정하는 등, 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익의 각 장기보유특별공제액을 별도로 산정하도록 규정하고 있다. 
 3) 구체적 판단
 위 관련 규정과 앞서 든 증거들, 을 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 앞서 본 관련 법리에 비추어 볼 때, ‘청산금납부분 양도차익’에 대한 장기보유특별공제는 신축주택에서의 거주기간이 2년 이상이어야만 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 표 2에 따른 장기보유특별공제를 적용받을 수 있고, 신축주택에서의 거주기간이 2년이 되지 않는 경우에는 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 표 1에 따른 장기보유특별공제를 적용받을 수 있을 뿐이라고 본 피고의 이 사건 처분은 조세법규의 합목적적 해석으로 타당하고, 이를 두고 조세법률주의를 위배하였다고 볼 수는 없어 원고의 주장은 받아들이지 않는다.
 가) 구 소득세법 시행령 제166조 제2항은 재건축사업으로 청산금을 납부하고 취득한 신축주택을 양도하는 경우의 양도차익을 산정함에 있어, 인가후양도차익과 인가전양도차익만을 구분한 제1항의 입주권 양도 시와는 달리, 인가후양도차익 중 청산금납부분에 해당하는 부분을 ‘청산금납부분 양도차익’으로 따로 구분하고, 인가후양도차익 중 기존건물 평가액분에 해당하는 부분과 인가전양도차익을 합산해 ‘기존건물분 양도차익’으로 규정하고 있다. 양도차익은 결국 ‘청산금납부분 양도차익’과 ‘기존건물분 양도차익’을 합산한 가액인데, 위 조항에서 정한 ‘청산금납부분 양도차익’과 ‘기존건물분 양도차익’의 개념은 같은 조 제5항에서 장기보유특별공제액 공제를 서로 달리 적용하도록 규정한 것 이외에는 법령에서 다시 등장하지 않는다. 이러한 점으로 미루어 보건대, 위와 같이 청산금을 납부한 경우의 신축주택 양도차익을 법령에서 구태여 ‘청산금납부분’과 ‘기존건물분’으로 구분하여 규정한 것은 장기보유특별공제를 차등 적용하기 위함에 있다고 해석할 수 있다.
 나) 재건축사업에서 조합원이 청산금을 납부하였다는 것은 새로 취득하게 될 주택의 가액이 기존주택 평가액을 초과하여 조합원이 그 초과하는 금액만큼을 청산금으로 납부하였다는 의미여서, 납부한 청산금에 상응하는 가치 상승분은 기존주택에는 존재하지 않았던 부분이라고 볼 수 있다. 입법자는 이러한 점 및 구 소득세법 제95조 제4항에서 보유기간은 그 자산의 ‘취득일’부터로 규정한 점을 고려하여, 납부한 청산금에 상응하는 가치 상승분에 대해 장기보유특별공제를 적용함에 있어서는 조합원이 그 가치 상승분을 법률상 취득하는 시점인 ‘관리처분계획(등) 인가일’부터 보유기간을 산정하도록 규정한 것이라고 보인다. 
 그렇다면, 기존주택에는 없었던 청산금 납부분에 상응하는 가치 상승분에 대한 ‘거주기간’을 판단할 때는, ‘거주목적물’에 대하여 구체적으로 특정하는 규정을 두거나 ‘거주기간의 시점(始點)’에 관하여 별도의 규정을 두지 아니하였더라도, 해석상 그 가치 상승분이 존재하는 신축주택을 기준으로 삼는 것이 관련 법령의 체계적·합목적적 해석에 부합한다 할 것이다. 
 즉, 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 표 2에 따른 장기보유특별공제율은 같은 항 본문의 표 1에 따른 장기보유특별공제율보다 고율에 해당하고, 그와 같은 높은 공제율을 적용받기 위해서는 구 소득세법 시행령 제159조의3에 따라 1세대 1주택에 해당함과 동시에 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이라는 요건을 충족하여야 한다. 과거 위 시행령 규정에서 1세대 1주택 요건만을 규정한 것과 달리 거주기간(2년) 요건이 추가된 것은, ① 거주를 목적으로 한 실수요 중심의 주택 소유를 유도하고 고가(高價) 1주택 보유자의 경우 2년 이상 거주하여야 장기보유특별공제를 적용받도록 하는 등으로 기존 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하기 위한 목적 에 따른 것이고, ② 위 개정 시행령은 2018. 10. 23. 공포되어 시행되었음에도 위 시행령 제159조의3의 개정규정은 2020. 1. 1. 이후 양도분부터 적용하도록 부칙에 특칙을 두었다. 
 이러한 법령 개정의 취지 및 시행경위와 더불어 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2011. 12. 13. 선고 2011두20116 판결 등 참조)까지 더하여 보면, ‘청산금납부분 양도차익’에서 장기보유특별공제액을 공제할 경우의 ‘보유기간 중 거주기간’을 해석할 때에는 ‘청산금납부분’에 대한 보유기간 중 거주기간으로 보아야 하고, 결국 기존주택에는 없었던 청산금납부분에 해당하는 가치 상승분, 곧 신축주택에 대한 보유기간 및 거주기간으로 봄이 타당하다. 만약 이와 달리 해석하여 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제할 경우의 ‘보유기간 중 거주기간’ 산정 시 기존주택에서의 거주기간을 통산하는 것으로 해석한다면, 기존주택에서의 거주기간은 기존건물분 양도차익과 청산금납부분 양도차익에서 중복으로 산정되어 장기보유특별공제액이 이중으로 공제되는 불합리한 결과를 가져오게 되고, 기존주택에 존재하지 않았던 청산금납부분에 대하여 과세하는 과정에서 기존주택에의 거주 요건을 포섭하게 되는 모순이 발생하게 된다. 기존주택에서의 거주기간은 ‘기존건물분 양도차익’에서 장기보유특별공제액을 공제하는 단계에 반영되는데도, 이와 무관한 ‘청산금납부분 양도차익’에서까지 기존주택에서의 거주기간을 통산하여야 할 논리적 필연성이나 필요성이 있다고 보이지도 않는다.
 다) 이 사건 신축주택에 관한 양도소득은 1세대 1주택 요건을 충족함에도 불구하고 그 양도가액이 9억 원을 초과하여 구 소득세법 89조 제1항 제3호 괄호 부분 및 구 소득세법 시행령 제156조에 따라 구 소득세법 제89조의 비과세 대상에서 제외된다. 한편 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제1호는 거주하거나 보유하는 중에 소실·무너짐·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다고 규정하고 있으나, 이는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목에서 비과세 대상으로 정한 1세대 1주택의 경우에 적용되는 조항에 해당하므로, 비과세 대상에서 제외되는 이 사안에 적용되는 조항이라고 볼 수 없다.
 라) 대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두28025 판결은, ‘재건축·재개발 조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 구 소득세법 시행령 제159조의3에 의한 1세대 1주택에 해당하면 기존주택과 조합원입주권 등의 보유기간까지 통산하여 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 표 2에 규정된 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다’고 판시하였으나, 위 판결은 청산금을 납부하고 새로운 주택을 취득한 경우가 아니라, 오히려 청산금을 지급받고 새로운 주택을 취득한 사안에 관한 것이어서 ‘기존건물에 존재하지 않던 가치 상승분’이 존재하지 않아 이 사건에 그대로 적용될 수는 없고, 더구나 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 표 2에 규정된 장기보유특별공제율을 적용받기 위한 ‘거주기간 2년 이상’이라는 요건이 신설되기 이전의 판결에 해당하므로, 거주기간 요건을 추가한 입법취지 등에 대한 고려 없이 거주기간에 관하여서까지 위 판결의 결론을 그대로 적용할 것은 아니다.
3. 결론
 그렇다면 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 정당하므로 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하다. 피고의 항소는 이유 있으므로, 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 관계법령 생략]

판사 윤승은(재판장) 차문호 박형준