부가가치세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2008.08.19 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 종로세무서장 (소송대리인 법무법인 해마루 담당변호사 지기룡 외 1인)
【변론종결】2008. 7. 22.
【주 문】
 1. 피고가 2005. 10. 4. 원고에 대하여 한 2004 사업연도 귀속 법인세 329,919,280원의 부과처분을 취소한다. 
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용은 이를 5분하여 그 1은 피고의, 나머지는 원고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】 주문 제1항 및 피고가 2005. 10. 4. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 부가가치세 1,407,005,670원, 2004년 제2기분 부가가치세 106,485,820원의 부과처분을 각 취소한다. 
【이 유】 1. 처분의 경위
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1 내지 3, 갑제2호증, 갑제3호증의 1 내지 35, 을제1호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 
 가. 원고는 2004. 2. 12.부터 2004. 12. 31.까지 사이에소외 1 주식회사(서울 종로구 종로4가지번 1 생략, 대표이사소외 9),소외 11 주식회사,소외 10 주식회사(서울 종로구 봉익동지번 2 생략,호수 생략, 대표이사소외 12),소외 13 주식회사(서울 종로구 봉익동지번 3 생략, 대표이사소외 8),소외 6 주식회사(서울 송파구 잠실동지번 4 생략,호수 생략, 대표이사소외 14),소외 15 주식회사(서울 종로구 묘동지번 5 생략,호수 생략, 대표이사소외 16),소외 15 주식회사(서울 종로구 종로3가지번 6 생략,호수 생략, 대표이사소외 18),소외 19 주식회사(서울 종로구 봉익동지번 7 생략, 대표이사소외 20),소외 21 주식회사(서울 종로구 종로4가지번 8 생략,호수 생략, 대표이사소외 22, 이하 위 회사들을 칭할 때 ‘주식회사’ 호칭을 생략한다) 등 8개 업체로부터 별지1 ‘매입 및 세금계산서 내역’ 기재와 같이 금지금(金地金, Gold bar)에 관한 공급가액 합계 17,774,000,000원, 1,202kg 상당의 매입세금계산서 35장(이하 모두 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)을 교부받아 이를 터잡아 피고에게 2004년 제1기분, 2004년 제2기분 각 부가가치세와 2004 사업연도 귀속 법인세에 대한 각 과세표준 및 세액을 신고하였다.
 나. 서울지방국세청장은 원고에 대한 조세범칙조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 후, 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 관련 과세자료를 피고에게 통보하였고, 이에 피고는 아래와 같이 이 사건 세금계산서에 의한 매입세액을 불공제하고, 법인세 증빙미수취 가산세를 적용하여 2005. 10. 4. 원고에게 2004년 제1기분 부가가치세 1,407,005,670원, 2004년 제2기분 부가가치세 106,485,820원 및 2004 사업연도 귀속 법인세 329,919,280원(증빙미수취 가산세 331,636,458원 포함)을 각 경정고지 하였다(이하 모두 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다). 
 〈부가가치세 경정내역〉 (단위 : 원)
 과세기분 과세표준 매출세액 ① 매입세액 ② 차가감계 ③ (① - ②) 가산세 ④ 기납부세액 ⑤ 고지(환급)세액 (③ + ④ - ⑤) 2004. 제1기 (당초) 12,534,096,771 227,892,200 1,242,188,776 -1,014,296,576 ？ ？ -1,014,296,576 2004. 제1기 (경정) 10,255,174,771 ？ 1,393,576 -1,393,576 394,102,678 -1,014,296,576 1,407,005,678 2004. 제2기 (당초) 5,354,433,367 43,308,000 537,960,388 -494,652,388 ？ ？ -432,377 2004. 제2기 (경정) 4,921,353,367 ？ 1,282,188 -1,282,188 107,335,640 -432,377 106,485,829
 〈법인세 경정내역〉 (단위 : 원)
 ？ 수익금액 과세표준 산출세액 ① 가산세 ② 공제세액 ③ 자진납부세액 ④ 고지세액 (① + ② - ③ - ④ ) 당초신고 16,513,019 16,513,019 2,476,952 5,278 35,440 ？ 2,482,230 경정내역 5,100,399 5,100,399 765,059 331,636,458 35,440 2,446,790 329,919,287
 다. 원고는 2005. 11. 15. 이 사건 부과처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였는데, 국세심판원은 2006. 8. 11. 원고의 심판청구를 기각하였다. 
 2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 이 사건 세금계산서 기재와 같이 각 매입처들로부터 실제로 지금을 매입하고 그 거래대금을 결제하였으며, 이는 원고의 은행거래내역, 물품매도확약서 등으로 확인된다. 따라서 피고가 이와 달리 보고 한 이 사건 부과처분은 위법하다. 
 나. 관계법령
[부가가치세법]
제17조 (납부세액)② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
 1의 2.제16조 제1항 및제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에제16조 제1항 제1호 내지제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 ‘필요적 기재사항’이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
[구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것)]
제76조 (가산세)
 ⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.
제116조 (지출증빙서류의 수취 및 보관)
 ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여제60조의 규정에 의한 신고기한이 규정에 의한 신고기한이 경과한 날로부터 5년간 이를 보관하여야 한다.
 ②제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
 2.부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서
 다. 인정사실
 앞에서 든 각 증거에 갑제4호증의 1 내지 10, 갑제5호증의 1 내지 4, 갑제10호증의 1 내지 17, 갑제11호증의 1 내지 3, 갑제12호증의 1 내지 11, 갑제13호증의 1 내지 7, 갑제14호증의 1 내지 3, 을제2호증, 을제3호증의 1 내지 3, 을제4호증의 1 내지 45, 을제5호증의 1 내지 45, 을제6호증의 1 내지 20, 을제7호증의 1 내지 3, 을제8호증의 1 내지 14, 을제9호증의 1 내지 13, 을제10호증의 1 내지 3, 을제11호증의 1 내지 9, 을제12호증, 을제13호증의 1, 2, 을 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음 각 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 증인소외 8,9의 증언은 아래 인정사실에 비추어 믿기 어렵고 달리 반증이 없다.
 1) 조세포탈을 목적으로 하는 변칙적인 금지금 거래의 일반적 형태 등
 가)부가가치세법 제11조 제1항 제1호에 의하면, 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영세율이 적용된다. 그리고구 부가가치세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003. 7. 1.부터 시행되기 전의 것) 제24조 제2항 제1호에 의하면, 사업자가 구매확인서에 의하여 공급하는 재화도 ‘수출하는 재화’에 포함되고, 금지금도 그 예외가 아니었기 때문에, 금세공업자 등이 수출관련서류를 근거로 외국환은행장으로부터 구매확인서를 발급받아 금지금 도매업자로부터 금지금을 공급받는 경우에도 부가가치세 영세율의 적용을 받을 수 있었으며,구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 7. 1.부터 시행된 것) 제106조의3과같은 법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정되어 2003. 7. 1.부터 시행된 것) 제106조의3에 의하면, 금지금 도매업자 및 금지금 제련업자가 면세금지금 거래추천자의 면세추천을 받은 금세공업자 등에게 공급하는 금지금과 금세공업자 등이 면세금지금 수입추천자로부터 면세수입추천을 받아 수입하는 금지금에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것으로 규정되어 있다.
 나) 위와 같은 부가가치세 영세율 또는 면세 제도를 악용하여, 금지금을 수입한 후 이를 여러 단계의 도매상을 거쳐 영세율 또는 면세로 유통시키다가 이른바 ‘폭탄업체’(경제적 능력이 없고 단지 탈세를 목적으로 하는 업체로서, 조세부담을 안고 폐업한다고 하여 ‘폭탄업체’라고 불린다)에 이르러 과세금으로 전환시키고, 다시 여러 단계의 도매상을 거쳐 과세로 유통시키다가 수출하면서, ‘폭탄업체’는 거래징수한 부가가치세를 포탈하고, 수출업체는 납부되지도 않은 부가가치세를 환급받는 형태의 이른바 ‘폭탄영업’이 2002.경부터 특히 서울 종로구 소재 귀금속업체들 사이에서 만연하였는바, 부가가치세 면세제도하에서 이루어진 ‘폭탄영업’의 형태에 대하여 좀 더 자세히 보면 다음과 같다.
 ⑴ 외관상으로는 금지금이 ‘외국업체 → 수입업체 → 면세 도매업체 → … → 면세 도매업체 → 폭탄업체 → 과세 도매업체 → … → 과세 도매업체 → 수출업체 → 외국업체’의 단계를 거쳐 유통되고, 그 거래대금은 수출업체에서부터 수입업체에 이르기까지 역방향으로 순차 지급되나, 특히 과세 도매업체들은 특정인 또는 특정업체의 지시에 따라 세금계산서를 발행하기만 할 뿐, 실제로 금지금의 거래나 운송을 하지 않는 경우가 많다.
 ⑵ ‘폭탄업체’는 금지금을 면세금으로 매입하여 과세금으로 판매한 다음, 단기간 내에 이익금을 전액 인출·은닉하고 폐업하는 방법으로 부가가치세를 포탈한다. ‘폭탄업체’는 매입가액보다 낮은 공급가액으로 금지금을 판매하지만, 공급가액에 부가가치세액을 더한 공급대가는 매입가액보다 높고, 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않기 때문에, 공급대가와 매입가액과의 차액에 상당한 이익을 얻게 된다. 한편, ‘폭탄업체’가 거래징수한 부가가치세는 그 이후 각 단계의 업체가 직전 단계 업체로부터 교부받은 세금계산서를 이용하여 매입세액을 공제받는 방법으로 순차적으로 전가되다가, 결국 수출업체가 금지금을 수출한 후 영세율의 적용에 따라 국가로부터 환급받는바, 그 환급액 중 ‘폭탄업체’가 납부하지 않은 부가가치세액에 상당한 부분이 ‘폭탄영업’에 의한 이익의 궁극적인 원천이 된다. 그 이익은 ‘폭탄영업’에 관여한 국내업체들에게는 각 거래단계에서의 마진(margin)의 형태로 분배되거나, ‘폭탄업체’의 이익금 중 일정비율로 계산한 금액을 관여업체에게 별도로 지급하는 이른바 백 마진(back margin)의 형태로 분배되고, ‘폭탄영업’에 관여한 외국업체에게도 수입가격과 수출가격의 차액(국내업체를 기준으로 하면 수출가격이 수입가격보다 낮게 된다) 형태로 분배된다.
 ⑶ ‘폭탄영업’에 있어서는 이익을 극대화하기 위하여 통상 단기간 내에 최대한 많은 물량의 금지금을 유통시키는바, 그에 따라 발생할 수 있는 관여업체들 사이의 분쟁이나 대금유실 등의 사고를 예방하기 위하여 ① 대부분 동일한 전주(錢主 : 폭탄영업망의 외부에서 최초에 금지금의 수입자금을 준비하는 자를 일컫는다)가 수출업체와 수입업체를 동시에 운영하고, ② 전주가 자신이 실질적으로 지배하거나 신뢰하는 업체를 ‘폭탄업체’와 직접 거래하도록 배치하며, ③ 전주가 각 거래단계마다 거래물량, 단가 및 마진 등을 실질적으로 결정하고, ④ 수입업체부터 수출업체까지의 일련의 거래가 대부분 하루 또는 수일 이내의 매우 짧은 시간에 이루어지며, ⑤ 금지금 실물이 거래단계를 건너뛰어 수출업체로 곧바로 운송되는 경우가 대부분이다(설령 각 거래단계마다 운송되더라도 이는 정상적인 거래로 위장하기 위한 형식적인 운송에 불과하다).
 다) 위와 같은 방법에 의한 조세포탈을 방지하기 위하여 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 조세특례제한법이 개정되면서 관할세무서장이 부가가치세 보전상 필요하다고 인정하는 경우에는 금지금 도매업자 등 및 금세공업자 등에 대하여 담보의 제공을 요구할 수 있도록 한 납세담보제도가 신설되어(제106조의3 제11항) 2005. 4. 1.부터 시행되었는데, 2004년도에는 금지금 수입량 268톤, 수출량 233톤이었던 것이, 위 납세담보제도가 시행된 2005년도에는 수입량 56톤, 수출량 19톤으로 급감하였다.
 2) 원고 회사 및 대표이사 등의 연혁 등
 가) 원고는 2004. 2. 12. 금괴, 은괴, 연괴 등 기타 비철금속의 제조, 도소매업을 목적으로 귀금속업체 밀집지역인 서울 종로구 봉익동(지번 9 생략, 호수 생략을 본점소재지로 하여 자본금 1억 원으로 설립되었는데, 주주명부에는 대표이사인소외 2가 4,500만 원, 감사인소외 23이 3,000만 원, 이사인소외 24가 2,500만 원을 각 출자하여소외 2가 45%,소외 23이 30%,소외 24가 25%의 원고 회사 주식을 소유하고 있는 것으로 등재되어 있다.
 나) 원고는 서울 종로구 봉익동(지번 9 생략, 호수 생략) 약 12평을 임차보증금 1,000만 원, 월세는 100만 원에 임차하여 주된 사무실로 사용하고 있는데, 위 임대차계약의 당사자는소외 2와 외사촌관계에 있는소외 11 주식회사의 대표이사인소외 25로 되어 있다.소외 25는 7년가량 종로 귀금속소매상의 귀금속을 지방(대전, 광주)의 귀금속소매상에게 판매하는 중상인(속칭 ‘나까마’)으로 일을 하였고, 2002. 1. 30.소외 26으로부터 서울 종로3가(지번 6 생략, 호수 생략) 소재소외 27 주식회사의 지분 60%를 인수한 후 상호를소외 11 주식회사로 변경하여 현재까지 이를 운영해 오고 있다.
 다) 한편, 원고의 대표이사인소외 2는 1987년경□□대학교 경제학과를 졸업하였고, 2002. 9. 25.부터 2004. 12. 31.까지 서울 강남구 대치동(지번 10 생략) 소재 인테리어 업체인소외 70 회사의 대표로 등재되어 있으면서 직원 1명을 두고 이를 직접 운영하였으며, 원고 대표이사로 취임하기 전까지 지금업이나 무역업에 종사한 경험이 전혀 없고, 원고 회사의 설립 당시 은행 채무가 1억 3,000만 원 정도 있었다.
 3) 이 사건 금지금 거래의 특이사항 등
 가) 세금계산서의 흐름과 송금내역에 의하면, 원고는 별지1 〈매입 및 매출 세금계산서 내역 등〉 기재와 같이 35회에 걸쳐 지금을 매입하고 주로 같은 날 이를 그대로 또는 금목걸이 형태(2004. 9. 3. 홍콩 소재소외 7 회사에게 수출한 1회의 거래밖에 없다)로 가공하여 10회에 걸쳐 국내 지금업체인소외 28 주식회사,소외 29에 매출하거나 11회에 걸쳐 홍콩 소재소외 30 회사(상세명칭 생략)나소외 7 회사(상세명칭 생략)에 수출하였다.
 나) 그 구체적인 거래내역을 보면, 원고는 2004. 3. 8.소외 10 주식회사로부터 지금 20kg을 289,060,000원에 매수하여 이를 같은 날소외 28 주식회사에게 291,240,000원에 매도한 것으로 되어 있는데, 같은 날 지금 도매시세는 20kg에 314,665,880원에 이르고, 원고가 2004. 3. 8.소외 19 주식회사로부터 합계 26kg을 합계 384,106,580원(295,466,600원 + 88,466,600원)에 매수하여 이를 같은 날소외 28 주식회사에게 385,502,200원에 매도한 것으로 되어 있는데, 같은 날 지금 도매시세는 26kg에 415,998,960원에 이르는 등 원고의 35번에 걸친 매입 및 21번에 걸친 매출이 모두 같은 날 이루어졌는데 그 매도가액은 당시의 지금 도매시세보다 낮았으며, 결국 원고의 거래를 모두 합산하면 원고는 35회에 걸쳐 지금 1,202kg을 합계 17,774,734,580원에 매수하여 이를 그대로 또는 목걸이 형태로 가공하여 21회에 걸쳐 17,888,525,000원에 국내매출 또는 수출한 것으로 되어 있으나 각 매출 당시 도매시세는 합계 19,326,138,351원이다.
 다) 원고는 2004. 9. 2.소외 3 주식회사로부터 지금 100kg을 1,530,667,000원에 매수하여 이를 금목걸이 형태로 가공하여 그 다음 날인 같은 달 3. 홍콩 소재소외 7 회사에게 수출한 것으로 되어 있는데, 그 수출가격은 위 매입가격에도 못 미치는 1,495,544,000원이었고 같은 날 지금 도매시세는 1,626,662,600원이었다.
 라) 원고는 2004. 6. 22.과 같은 달 23.에 걸쳐소외 11 주식회사로부터 지금 합계 15kg 상당 219,789,000원 상당을 매수하여 이를 그대로 같은 달 28. 다시소외 11 주식회사에게 220,800,000원에 되팔기도 하였고, 위 매출 당시 지금 도매시세는 238,399,404원이었다.
 마) 원고는 위 각 거래 당시 직접 거래 상대방을 만나지 아니한 채 전화로만 거래하였고, 물품매도확약서도 팩스를 이용하여 주고받았는데, 위 35건의 매입 및 10건의 국내 매출 중 물품매도확약서가 작성된 것은 2004. 3. 8.자(2회), 같은 달 18.자, 같은 달 23.자소외 19 주식회사와의 매입거래, 2004. 4. 30.자소외 21 주식회사와의 매입거래, 2004. 5. 6.자, 같은 달 10.자소외 1 주식회사와의 매입거래, 2004. 5. 27.자소외 10 주식회사와의 매입거래, 2004. 8. 16.자 및 같은 달 19.자, 같은 해 9. 1.자 및 같은 달 20.자소외 11 주식회사와의 매입거래, 2004. 9. 2.자소외 6 주식회사와의 매입거래, 2004. 9. 20.자소외 15 주식회사와의 매입거래와 2004. 9. 3.자 및 같은 달 22.자소외 13 주식회사와의 매출거래 등 총 17건 뿐이다(다만, 위소외 13 주식회사와의 매출거래에 관한 물품매도확약서는 이 법정에서 제출되었다).
 그런데 위 물품매도확약서 중 2004. 5. 6.자소외 1 주식회사와의 매입거래와 관련하여소외 1 주식회사가 원고의 구매요청을 승인한다는 내용으로 원고에게 보낸 팩스(을 제4호증의 7)에는 매도자란은 공란인 채 매수자란에 원고 회사의 명판과 인감이 날인되어 있고, 지금의 인도일도 2004. 5. 4.로 기재되어 있다.
 바) 원고는 위 각 거래 당시 인터넷뱅킹으로 거래대금을 결제하였는데, 은행거래내역과 위 매입 및 매출거래를 비교해 보면, 2004. 3. 8.자 거래의 경우 위 세금계산서에는 원고가 2004. 3. 8.소외 19 주식회사로부터 26kg의 지금을 매입하여 같은 날소외 28 주식회사에게 매도한 것으로 되어 있는데, 은행거래내역은 원고가 2004. 3. 8.소외 19 주식회사에 3억 2,000만 원을 송금하고,소외 28 주식회사가 그 다음 날인 같은 달 9. 원고에게 324,052,200원을 입금하였으며, 다시 원고가 같은 날소외 19 주식회사에 97,504,578원을 송금하였다. 그리고 위 세금계산서에는 원고가 2004. 3. 18.소외 19 주식회사로부터 지금 20kg을 매수하여 같은 달 23.소외 31에게 매도한 것으로 되어 있는데,소외 31은 2004. 3. 19. 원고 은행계좌에 328,812,000원을 입금하였다. 또한, 위 세금계산서에는 원고가 2004. 3. 29.소외 10 주식회사,소외 1 주식회사로부터 지금 120kg을 매수하여 이를 같은 날 홍콩 소재소외 30 회사에게 수출한 것으로 되어 있는데, 은행거래내역은 2003. 3. 30. 해외송금으로 원고 계좌에 1,863,423,193원이 입금되면 위 금원이 같은 날소외 10 주식회사,소외 1 주식회사에 송금되는 등 해외수출거래에 있어서 해외에서 먼저 거래대금이 입금되면 그 돈으로 원고가 매입한 매입처에 거래대금이 송금되었다.
 사) 원고는소외 32 유한회사에 수출물품의 해외운송을 맡기고 국내운송은소외 33 주식회사에 의뢰하였는데,소외 33 주식회사가 보관하고 있는 운송장 사본은 총 11부로 모두 운송시간이 기재되어 있으나, 원고가 보관하고 있는 운송장 총 11부 중 6부에는 운송시간이 기재되어 있지 않고, 물품 수령 장소가소외 28 주식회사로 되어 있는 것도 있다.
 4) 원고의 전 매입처의 거래내역 등
 가) 원고에게 이 사건 세금계산서를 발행한소외 10 주식회사 등 8개 업체는 별지2 〈원고 매입처별 거래내역〉 기재와 같이소외 34 주식회사,소외 35 주식회사,소외 36 주식회사,소외 37 주식회사,소외 38 주식회사,소외 39 주식회사,소외 40 주식회사,소외 41 주식회사,소외 42 주식회사 등으로부터 지금을 매수한 것으로 되어 있고, 위 회사들은소외 10 주식회사 등 8개 업체에게 지금을 매도한 것과 같은 날소외 43 주식회사,소외 44 주식회사,소외 4 주식회사,소외 45 주식회사,소외 46 주식회사,소외 5 주식회사,소외 47 주식회사,소외 48 주식회사,소외 49 주식회사,소외 50 주식회사,소외 51 주식회사,소외 52 주식회사 등으로부터 지금을 매수한 것으로 되어 있으며, 다시 위 회사들은 다시 또 그들이 매도한 것과 같은 날소외 53 주식회사,소외 54 주식회사,소외 55 주식회사,소외 3 주식회사,소외 56 주식회사,소외 57 주식회사,소외 58 주식회사,소외 60 주식회사 등으로부터 지금을 매수한 것으로 되어 있다(이하 ‘주식회사’ 호칭을 모두 생략한다).
 나) 그런데 원고 매입처의 거래업체인 위 회사들 중소외 3 주식회사는 275억 4,600만 원의 상당의 부가가치세를 납부하지 아니한 채 2004. 3. 31. 폐업하였고,소외 4 주식회사는 155억 4,400만 원 상당의 부가가치세를 납부하지 아니한 채 2004. 4. 13. 폐업하였으며,소외 5 주식회사는 118억 7,000만 원 상당의 부가가치세를 납부하지 아니한 채 2004. 5. 22. 폐업하였고,소외 54 주식회사는 78억 7,200만 원 상당의 부가가치세를 납부하지 아니한 채 2004. 2. 28. 폐업하였으며,소외 48 주식회사도 56억 9,800만 원 상당의 부가가치세를 납부하지 아니한 채 2004. 5. 18. 폐업하였으며,소외 52 주식회사도 31억 7,500만 원 상당의 부가가치세를 납부하지 아니한 채 2004. 9. 8. 폐업하였고,소외 58 주식회사도 51억 6,900만 원 상당의 부가가치세를 납부하지 아니한 채 2004. 6. 30. 폐업하였으며,소외 56 주식회사는 188억 8,700만 원 상당의 부가가치세를 납부하지 아니한 채 2004. 4. 16. 폐업하였고,소외 57 주식회사도 32억 6,200만 원 상당의 부가가치세를 납부하지 아니한 채 2004. 5. 14. 폐업하였으며,소외 59 주식회사는 27억 4,000만 원 상당의 부가가치세를 납부하지 아니한 채 2004. 9. 30. 폐업하였다.
 다) 위 회사들 중소외 59 주식회사의 대표이사인소외 60은 해외도피 중이고,소외 52 주식회사의 대표이사인소외 61은 의사판단이 불가능한 정신질환자로 인천 소재 ‘○○○○ 소망의 집’에서 2004. 1. 7.부터 거주하고 있었다.
 라) 원고의 매입처인소외 19 주식회사의 대표이사소외 20은 2004.경서울서부지방법원 2004고합368,2005고합2,2005고합42,2005고합49로 “소외 62 주식회사,소외 63 주식회사,소외 64 주식회사(이하 ‘주식회사’ 호칭을 모두 생략한다) 등을 운영하면서,소외 62 주식회사,소외 63 주식회사,소외 64 주식회사 명의로 2001. 1. 16.부터 2004. 6. 1.까지 사이에 금을 매입하지 않았음에도 불구하고 세금계산서에 기재된 금의 중량에 따라 돈당 800원 내지 850원의 수수료를 주고 금을 매입한 것으로 하는 내용의 허위 매입세금계산서를 교부받고 같은 방법으로 허위의 매출세금계산서를 교부하였고, 그 결과 사기 기타 부정한 방법으로 부가가치세를 포탈하였다”는 등의 공소사실로 기소되었는데, 2005. 12. 15. 위 법원으로부터 징역 3년과 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)의 점에 관하여는 무죄를 선고받았으나 검사 및소외 20의 항소로 2006. 10. 18. 서울고등법원으로부터 징역 3년 및 벌금 55억 원을 선고받았으며(위 고등법원판결에서는 일부 거래에 대하여 실제 거래임이 인정되었다), 위 사건은 2007. 2. 15. 상고기각되었다.
 그런데 위와 같이소외 62 주식회사,소외 63 주식회사,소외 64 주식회사에게 허위세금계산서를 교부한 업체에는 원고의 매입처이거나 원고 매입처의 거래처인소외 44 주식회사,소외 38 주식회사,소외 19 주식회사 등이고,소외 62 주식회사 등이 허위세금계산서를 교부한 업체에는 원고의 매입처이거나 원고 매입처의 거래처인소외 56 주식회사,소외 6 주식회사,소외 48 주식회사,소외 35 주식회사,소외 65 주식회사,소외 11 주식회사,소외 19 주식회사 등이 포함되어 있다.
 5) 원고에 대한 조사 결과
 가) 서울지방국세청장은 원고에 대한 부가가치세 환급에 관한 조사를 하던 중 조세범처벌법위반 혐의를 포착하고 2004. 10. 8.부터 2005. 8. 23.까지 사이에 원고의 2004. 2. 12.부터 2004. 12. 31.까지의 과세기간에 대한 세무조사를 실시하였다. 
 나) 위 조사 당시소외 2는 혼자 다른 직원 없이 은행업무, 장부정리, 세금계산서 작성 및 교부, 기타 업무 모두를 수행하였다고 진술하였고, 원고 회사의 설립 자금 4,500만 원의 출처에 대하여 본인의 여유자금으로 납입하였다고 진술하였다가 나중에 4,000만 원은 누나인소외 66에게서, 500만 원은 위소외 23으로부터 차용한 것이라고 하였다. 그리고소외 24는 위 출자금 2,500만 원에 대하여소외 67의 부탁으로 국민은행 청량리지점에서소외 2의 제일은행 장사동 지점 계좌로 위 출자금을 무통장입금하였는데 위 세무조사 착수 후소외 2로부터 본인의 자금을 입금하였다고 답변해 줄 것을 부탁받았다고 진술하였다.소외 23은 서울지방국세청의 출석요구에 불응하고 위 출자금에 대하여 친구로부터 빌린 자금이라고 하면서 구체적인 출처를 밝히지 않고 있다.
 다)소외 2는 위 조사 당시 전화로만 매입 및 매출 의사를 밝혀 거래를 하게 되는데, 매입거래의 경우 먼저 인터넷뱅킹으로 계좌이체를 하는 방법으로 대금결제를 한 다음 지금을 수령하였고, 내수 매출의 경우에도 계좌이체의 방법으로 대금결제를 받은 다음 본인이 직접 혼자서 도보로 거래업체에 운송하였다고 진술하였다. 그리고 원고 사무실에 있는 금고는 현금 및 5kg 이내의 지금을 보관하는데 이용하였는데 5kg 이상의 지금을 보관한 적이 없다고 진술하였다.
 라)소외 2는 홍콩 소재소외 30 회사와의 거래는소외 28 주식회사의 소개로소외 28 주식회사 대표이사인소외 68을 통하여 이루어졌는데,소외 68이 전화로 거래단가를 통보하면 그 거래단가대로 수출하였고, 지금은 모두 원고 사무실에서 보관하고 있다가 수출하였다고 진술하였다. 그리고 2004. 9. 2.소외 6 주식회사로부터 지금 100kg을 매수하여 금목걸이 형태로 가공하여 그 다음 날 홍콩 소재소외 7 주식회사에게 수출한 것과 관련하여소외 7 주식회사로부터 목걸이 주문을 전화로 받아 지금 매입처인소외 6 주식회사에 전화로 물량을 확보한 다음 가공업체인소외 69에 의뢰해 목걸이 형태로 가공하였는데, 목걸이의 치수, 디자인에 대한 아무런 주문이 없었고, 매입처인소외 10 주식회사,소외 1 주식회사,소외 17 주식회사 등은소외 11 주식회사의 대표이사인소외 25가 사무실 전화번호 등을 알려주어 거래하게 되었으며, 2004. 6.과 같은 달 7.에는 원고의 매출이 전혀 없었다고 진술하고 있다.
 마) 그리고소외 2는 원고의 국민은행 종로5가 지점 계좌에서 2004. 6. 21. 1억 3,000만 원이 출금된 것과 관련하여 그 사용처에 대해서 전혀 기억이 나지 않는다고 진술하고 있고, 같은 해 12. 2. 5,000만 원, 같은 달 3. 5,000만 원, 같은 달 7. 4,800만 원이 각 출금된 것과 관련하여 세무서 압류 등에 대비하고자 지인에게 부탁하여 보관하고 있다고 진술하고 있다.
 바) 한편,소외 2는 서울지방국세청이 원고에 대한 조사 당시 원고가소외 11 주식회사의 서류, 즉 남대문세무서장이소외 11 주식회사에게 발송한 국세체납사업자에 대한 채권잔액조회서 등을 보관하고 있었다.
 사) 서울지방국세청장은 2005. 8.경 서울중앙지방검찰청장에게 원고 및소외 2가 35회에 걸쳐 이 사건 세금계산서인 허위의 세금계산서를 교부받고, 증빙자료를 조작하여 부가가치세 합계 15억 600만 원(4억 9,300만 원은 미환급)을 부정환급 받았으며, 10회에 걸쳐소외 28 주식회사 등 4개 업체에 허위의 매출세금계산서를 교부하였다는 내용의 조세범처벌법 및 특정범죄가중처벌등에관한법률 위반으로 고발하였다.
 라. 판단
 1) 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 적법 여부
 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있으나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 보아야 하고, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 부과처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두6383 판결 참조). 그리고부가가치세법 제6조 제1항,제7조 제1항 및제16조 제1항에 있어서 '계약상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하거나 역무를 제공하는 자 등 재화 또는 용역을 공급하거나 또는 공급받는 자'에 해당하여 그 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고, 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며, 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는, 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나, 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 참조). 또한 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 참조).
 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 나타난 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고 의 대표이사인소외 2는 종전에 지금업에 종사한 적이 없고, 원고 회사 설립 당시 은행 채무가 1억 3,000만 원이나 됨에도 4,500만 원을 투자하여 원고 회사를 설립하였다고 하고 있는데, 그 출처에 대하여 자기 자본이라고 하였다가 다시 빌린 것이라고 하는 등 그 출처가 명확하지 아니하며,소외 2는 당시 인테리어 업체인소외 70 회사의 대표로 등재되어 있었고, 원고 회사 거래에 관하여 2004. 6.에 매출세금계산서가 작성되어 있음에도 2004. 6.과 같은 달 7.에는 매출거래가 전혀 없었다고 진술하였으며, 원고 회사 사무실의 임대차계약도 원고 명의나소외 2 명의가 아닌소외 11 주식회사의 대표이사소외 25 명의로 되어 있고, 위 세무조사 당시 원고 사무실에서소외 11 주식회사의 서류가 발견된 점에 비추어소외 2가 원고 회사를 실제로 운영한 것으로 보이지 아니하는 점, ② 원고는 별지1 〈매입 및 매출 세금계산서 내역〉 기재와 같이 35회에 걸쳐 지금을 매입하고, 같은 날 또는 상당한 기일 이내에 21회에 걸쳐 이를 그대로 또는 금목걸이 형태로 가공하여 매출 또는 수출한 것으로 되어 있는데, 상당 부분 물품매도확약서도 작성되지 아니하였고, 작성된 물품매도확약서 중에도 원고 명판의 인감과 인장이 먼저 날인되어 있는 것도 있는 점, ③소외 2는 전화로 거래의사를 타진한 다음 먼저 물품대금을 입금하고 지금을 수령하였다고 진술하였고, 수출거래에 있어서 원고가 먼저 매입처로부터 거래대금을 지급하지 아니한 채 지금을 수령하고 이를 다시 거래대금의 수령 없이 수출한 다음 후에 수출대금이 입금되면 다시 원고의 매입처에 송금한 것으로 되어 있는데, 위와 같이 물품매도확약서도 작성하지 아니하거나 팩스로 작성된 물품매도확약서만으로 수 억원 또는 수 십억원에 이르는 외상거래를 한다는 것은 동일한 당사자에 의한 그 거래에 대한 전반적인 지휘 내지 간섭 없이는 불가능할 것으로 보이는 점, ④ 이 사건 거래는 지금 자체의 거래인데 여러 유통단계를 거칠 경우 중간상에게 거래에 관여하는 이익을 제공하여야 할 뿐만 아니라 그에 상응하는 부가가치세를 부담할 수밖에 없어 중간도매상이 개입함에는 그럴만한 특별한 사정이 있어야 할 것인데, 이러한 사정이 엿보이지 아니하고 오히려 여러 중간 도매상이 거의 동시에 개입하여 또는 매입한 지금을 그대로 동일한 매입처에게 되팔기도 하는 등 경제적 합리성 과는 동떨어진 거래가 이루어진 점, ⑤ 원고의 매입 및 매출이 모두 같은 날 지금 도매시세에 훨씬 못 미치는 금액에 거래되었고, 심지어 원고가 2004. 9. 2.소외 6 주식회사로부터 지금 100kg을 매입하여 이를 금목걸이 형태로 가공하여 같은 달 3. 홍콩 소재소외 7 회사에게 수출한 것으로 되어 있는데, 그 수출금액은 위 매입금액에도 훨씬 못 미치는 점, ⑥소외 10 주식회사 등 원고 매입처의 직전 매입처의 직전 매입처에 해당하는소외 3 주식회사,소외 4 주식회사,소외 5 주식회사 등의 회사가 부가가치세를 납부하지 아니한 채 폐업한 점, ⑦ 원고 대표이사소외 2는 위 지금거래를 모두 혼자서 영위하였고, 5kg 이상의 지금을 보관한 적이 없다고 진술하고 있는데, 위 세금계산서에는 원고가 2004. 3. 18.소외 19 주식회사로부터 20kg의 지금을 매입하여 같은 달 23.소외 31에게 매도되고, 원고가 2004. 4. 14.소외 17 주식회사로부터 10kg의 지금을 매입하여 같은 달 27. 홍콩 소재소외 30 회사에게 수출되는 등 위 세금계산서 기재대로라면 원고는 5kg 이상의 지금을 보관하고 있었어야 한다는 점, ⑧소외 2는 홍콩 소재소외 30 회사와의 거래에서소외 28 주식회사의소외 68을 통하여 수출하였고, 거래단가도소외 68이 결정하는 대로 정하였다고 진술하고 있고, 운송장의 물품 수령 장소가소외 28 주식회사로 되어 있는 것도 있는 점, ⑨ 원고의 매입처 중소외 19 주식회사의 대표이사소외 20은 종전부터 지금거래와 관련하여 허위매입세금계산서를 교부하거나 교부받는 방법으로 부가가치세를 포탈하여 징역 3년 및 벌금 55억 원을 선고받았는데, 위소외 20의 거래처에는 원고의 매입처나 원고 매입처의 거래처가 상당수 포함되어 있는 점 등 이 사건 변론에 나타난 모든 사정을 종합하여 보면, 실제로는 ‘폭탄업체’ 또는 그와 보다 가까운 거래단계에 있는 업체로부터 직접 수출업체로 금지금이 공급되는 것임에도, 양자 간의 직접적인 거래관계를 단절시킴으로써 ‘폭탄업체’의 부가가치세 포탈이 밝혀지더라도 수출업체에 대하여는 과세관청이나 수사기관의 조사가 어렵게 하기 위하여, 마치 여러 단계를 거쳐 금지금이 공급되는 것처럼 위장한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 세금계산서 중 원고가 수출업체로서 수수한 세금계산서는 실물거래는 있으나 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 ‘위장세금계산서’에 해당하고, 원고가 위와 같은 명의위장 사실을 알았거나 알 수 있었다고 보이며, 원고가 중간 도매업체로서 수수한 세금계산서는 아예 실물거래 없이 수수된 ‘가공세금계산서’에 해당한다.
 따라서 이 사건 세금계산서가 ‘위장세금계산서’ 또는 ‘가공세금계산서’에 해당함을 전제로 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다.
 2) 이 사건 증빙미수취 가산세 부과처분의 적법 여부 
 피고는 이 사건 세금계산서가 실제와 다른 세금계산서라는 이유로법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제76조 제5항을 적용하여 2004 사업연도의 거래 중 증빙미수취금액 16,581,822,900원의 2/100에 상당하는 증빙미수취 가산세 331,636,458원을 포함하여 법인세 329,919,287원을 부과하였다(앞서 본 바와 같이 법인세 765,059원에 가산세 331,636,458원을 합한 금액에서 원천납부세액 35,440원 및 기납부세액 2,446,790원을 공제한 금액임).
 그런데법인세법 제76조 제5항이 재화나 용역을 공급받은 법인으로 하여금 세금계산서 등의 정규지출 증빙서류를 수취하지 않은 경우 가산세를 부담하도록 하는 것은 법인의 경비지출 내용의 투명성을 제고함과 아울러 거래상대방 사업자의 과세표준 양성화를 유도하기 위한 것으로서, 그 목적의 정당성이 인정되며 과세표준 양성화 대상이 되는 거래상대방 사업자에게 성실신고의무를 부과하는 것만으로는 이러한 입법목적 달성에 어려움이 있으므로, 재화나 용역을 공급받는 법인에게 정규지출 증빙서류를 수취하도록 하고 그 의무위반에 대하여 그 수취하지 아니한 금액의 일정 비율에 상당한 금액을 추가하여 납부하도록 제재하는 것이므로(헌법재판소 2005. 11. 24.자 2004헌가7 결정,2007. 5. 31.자 2006헌바88 결정 참조), 위 규정에 의한 가산세는 실제의 거래가 있음에도 그 지출 증빙서류를 수취하지 않은 경우에 적용되어야 하고, 이 사건과 같이 실제 거래의 내용과 다른 증빙서류를 수수한 행위에 대하여는 적용할 수 없다고 할 것이다. 따라서 이 사건 부과처분 중 이 사건 금지금 거래에 관하여 위 규정을 적용하여 원고에게 증빙미수취를 이유로 법인세에 대한 가산세를 부과한 부분은 위법하고, 가산세 331,636,458원 부분이 취소되는 이상 이 사건 법인세 329,919,280원의 부과처분은 그 전부가 취소될 수 밖에 없다.
 3. 결 론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
 [별지 생략]

판사 정형식(재판장) 장찬 허이훈