양도소득세경정청구에 대한 거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.11.24 / 시행일:

【원고, 상고인】 
【피고, 피상고인】 동안양세무서장
【원심판결】 서울고법 2010. 6. 9. 선고 2009누34152 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다. 

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과된 후에 제출된 ‘상고이유서 보충자료’의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다. 
 원심이 적법하게 확정한 사실관계는 다음과 같다. 즉 원고는 1996. 12. 3. 의왕시 내손동(이하 생략) 소재 주공아파트 119동 302호(이하 ‘이 사건 제1주택’이라 한다)를 취득하고 2000. 9. 28. 같은 아파트 118동 403호(이하 ‘이 사건 제2주택’이라 한다)를 취득하였다. 위 주공아파트의 재건축조합인 포일주공아파트 재건축정비사업조합은 의왕시장으로부터 2005. 5. 16. 주택재건축사업 시행인가를 받고 2006. 12. 28. 관리처분계획인가를 받았다. 원고는 이 사건 제1, 2주택에 대하여 각 조합원입주권을 취득하였는데, 2006. 12. 28. 그 중 이 사건 제1주택에 대한 부분(이하 ‘이 사건 입주권’이라 한다)을 양도한 후 2007. 2. 22. 피고에게 이 사건 입주권의 양도와 관련된 양도소득세 87,703,860원을 신고·납부하였다. 원고는 2008. 3. 27. 피고에게 이 사건 입주권의 양도가구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제155조(1세대 1주택의 특례) 제16항에 따른 양도소득세 비과세대상에 해당하므로 양도소득세 87,703,860원을 환급하여 달라는 취지의 양도소득세 경정청구를 하였다. 피고는 2008. 5. 23. 원고에게 이 사건 입주권의 양도가 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추지 못하였다는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 조합원입주권의 양도를 1세대 1주택의 양도로 보아 양도소득세를 비과세할 것인지에 관하여구 소득세법 시행령 제155조 제16항은 “「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는법 제94조 제1항 제2호 (가)목의 규정에 불구하고 이를제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다.”고 규정하고 있었고,구 소득세법 시행령은 2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되었는데, 그 소득세법 시행령 일부 개정령은 제155조 제16항 중 “주택재개발사업의 경우동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에”를 “동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에”로 개정한다고 하면서,부칙 제1조에서 “이 영은 공포한 날부터 시행한다.”고 규정하고,부칙 제4조(이하 ‘이 사건 부칙 제4조’라 한다)에서 “이 영 시행 전에 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는제155조 및제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.”고 규정하고 있다. 따라서 이 사건 입주권은 앞서 본 바와 같이 위 개정 시행령의 시행 전에 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원이 취득한 것이므로 그 양도시기가 2006. 12. 28.임에도 불구하고구 소득세법 시행령 제155조 제16항이 적용된다고 보아야 할 것이다.
 그런데구 소득세법 시행령 제155조 제16항의 입법 취지는, 원래 조합원입주권은 부동산을 취득할 수 있는 권리로서 양도소득세 과세대상이 되는 것이 원칙이지만 주택의 전신(前身)으로서의 성격을 가지고 있으므로 1세대 1주택 비과세특례를 조합원입주권에도 확대적용하고자 하는 데 있다 할 것이다. 따라서 이러한 입법 취지 등에 비추어 볼 때구 소득세법 시행령 제155조 제16항이 규정하는 ‘양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는법 제94조 제1항 제2호 (가)목의 규정에 불구하고 이를제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다’는 의미는 양도일 현재 다른 주택뿐만 아니라 다른 조합원입주권이 없는 경우이어야 1세대 1주택으로 본다는 의미로 해석함이 상당하다. 그런데 위에서 본 바와 같이 원고는 양도일 현재 이 사건 제2주택에 대한 다른 조합원입주권을 보유하고 있어 1세대 1주택의 요건을 갖추고 있지 못하였으므로, 이 사건 입주권의 양도는 1세대 1주택의 양도소득세 비과세 요건에 해당하지 않는다고 할 것이다.
 원심이 이 사건 입주권 양도에 대하여2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 제155조 제17항이 적용되어야 한다고 판단한 부분은 잘못이라 할 것이나, 원고와 같이 2개의 조합원입주권을 보유하다가 1개의 조합원입주권을 양도하는 경우에는 1세대 1주택의 비과세특례규정을 적용받을 수 없다고 보아 이 사건 처분이 적법하다고 판단한 원심의 조치는 결론에 있어서 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이이 사건 부칙 제4조의 해석에 관한 법리를 오해하거나 소급과세금지원칙을 위반하는 등으로 판결결과에 영향을 미친 위법이 없다.
 원고가 상고이유에서 들고 있는 대법원 판례(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두10501 판결)는 조합원입주권을 양도한 사람이 양도할 당시 대체취득을 위한 주택 외에는 다른 주택을 소유하지 않았던 경우(따라서 일시적 2주택 비과세 대상에 해당하였다)에 관한 것으로서 이 사건과는 사안이 다르다.
 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법관 전수안(재판장) 양창수 이상훈(주심)

[1]구 소득세법 시행령 제155조 제16항에서 정한 ‘양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는구 소득세법 제94조 제1항 제2호 (가)목의 규정에 불구하고 이를제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다’의 의미
[2] 관할 행정청의 甲 아파트 재건축조합에 대한 시행인가 및 관리처분계획인가로 甲 아파트 두 채를 소유하고 있던 乙이 한 채당 하나씩 조합원입주권을 취득하여 관리처분계획인가일에 그 중 하나를 양도하고 양도소득세를 신고·납부하였다가 이후 위 양도가구 소득세법 시행령 제155조 제16항에 따른 양도소득세 비과세대상이라는 이유로 양도소득세 환급을 구하는 양도소득세 경정청구를 한 사안에서, 甲은 양도일에 다른 조합원입주권도 보유하고 있었으므로 1세대 1주택 요건에 해당하지 아니한다는 이유로, 양도소득세 비과세 요건에 해당하지 않는다고 한 사례