부가가치세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.01.20 / 시행일:

【원고, 피상고인 겸 상고인】 원고 주식회사 (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 소순무 외 4인)
【피고, 상고인 겸 피상고인】 종로세무서장 (소송대리인 정부법무공단 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2009. 7. 7. 선고 2008누25779 판결 
【주 문】
 원심판결의 원고 패소 부분과 피고 패소 부분 중 세금계산서기재불성실 가산세를 제외한 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 원고의 상고이유에 관하여
 소장의 청구취지 기재만으로는 당사자가 주장하는 소송물이 포함되어 있는지가 분명하지 아니하지만 청구원인으로 보아 그 청구가 당초부터 소송물로 주장되고 있음이 분명하다면 소장의 청구취지에 그 소송물이 포함되어 있다고 보아야 하고 나중에 당사자가 청구취지변경신청서에 의해 청구취지를 청구원인에 맞게 정리하여 그 소송물을 명확하게 특정하였다고 해서 그때 비로소 그 소송물이 추가되었다고 볼 것은 아니므로, 그 소송물에 관한 제소기간의 준수 여부는 청구취지 변경 시가 아닌 소장 제출 시를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 1989. 8. 8. 선고 88누10251 판결 등 참조).
 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, ① 원고는 2004년 제2기분 부가가치세 매입세액의 환급액으로 494,652,388원을 신고하였으나, 피고는 2005. 10. 4. 원고가 신고한 환급액의 대부분이 세금계산서상의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액에 해당하여 환급대상이 아니라고 보아 환급액을 1,282,188원으로 제한하면서 나머지 493,370,200원에 대한 환급거부처분(이하 ‘이 사건 환급거부처분’이라 한다)을 함과 아울러 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 107,335,640원의 부과처분(이하 ‘이 사건 가산세 부과처분’이라 한다)을 하면서 원고에게 이를 고지함에 있어서는 하나의 납세고지서에 위 가산세액 107,335,640원에서 추가환급액 849,811원(환급결정액 1,282,188원에서 기환급액 432,377원을 차감한 금액)을 차감한 106,485,820원(10원 미만의 단수는 버림)을 차감고지세액으로 기재한 사실, ② 원고는 전심절차를 거쳐 제소기간 내에 이 사건 소를 제기하면서 위 납세고지서상 고지금액을 기초로 하여 청구취지를 ‘피고가 2005. 10. 4. 원고에 대하여 한 2004년 제2기분 부가가치세 106,485,820원의 부과처분을 취소한다’라고 기재하고, 청구원인으로 ‘원고가 신고한 매입세액은 사실과 다른 세금계산서상의 매입세액에 해당하지 않는다’는 취지를 기재한 사실, ③ 그 후 원고는 2009. 6. 3. 자 청구취지변경신청서에 의하여 청구취지를 ‘2004년 제2기분 부가가치세 가산세 107,335,640원의 부과처분 및 2004년 제2기분 부가가치세 493,370,200원의 환급거부처분을 각 취소한다’라고 변경한 사실 등을 알 수 있다.
 이와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고에 대한 차감고지세액 106,485,820원의 고지는 이 사건 환급거부처분과 이 사건 가산세 부과처분이 혼합된 것이라 할 것이고, 원고가 소장에서 청구취지를 ‘2004년 제2기분 부가가치세 106,485,820원의 부과처분을 취소한다’라고 기재한 것은 이 사건 가산세 부과처분의 일부 취소만을 구한 것이 아니라 이 사건 가산세 부과처분과 이 사건 환급거부처분의 취소를 함께 구한 것이라고 봄이 상당하므로, 원고가 청구취지변경신청서에서 이 사건 환급거부처분의 취소도 구한다는 뜻을 분명히 하여 청구취지를 변경한 것을 가리켜 그때 비로소 이 사건 환급거부처분 취소청구를 새로이 추가한 것으로 볼 수 없다.
 그럼에도 원심은, 당초 소장에 의한 2004년 제2기분 부가가치세 106,485,820원의 부과처분 취소청구는 이 사건 가산세 부과처분의 일부 취소만을 구하는 것으로 보아야 하고, 2009. 6. 3. 자 청구취지변경은 이 사건 가산세 부과처분 취소청구의 범위를 107,335,640원으로 확장함과 동시에 그와 별개로 이 사건 환급거부처분 취소청구를 새로이 추가하는 것으로 보아야 한다는 전제하에, 이 사건 환급거부처분 취소청구 부분은 제소기간이 경과한 후인 2009. 6. 3.에야 제기되어 부적법하다는 이유로 이를 각하하고 말았으니, 이 부분 원심판결에는 청구취지변경과 제소기간에 관한 법리오해 등의 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 2. 피고의 상고이유에 관하여
 가. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점에 관하여
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 채용 증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 소외 1 주식회사 등의 사업자들로부터 합계 1,202kg, 177억 7,400만 원 상당의 금지금(이하 ‘이 사건 금지금’이라 한다)을 매입하면서 교부받은 세금계산서 35장(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)은 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 판단하고, 원고가 이 사건 금지금을 매입하면서 매입대금만 지급하였을 뿐 부가가치세를 징수당한 적이 없음에도 이 사건 세금계산서에는 그 매입대금의 10/11에 해당하는 금액을 공급가액으로, 1/11에 해당하는 금액을 부가가치세액으로 각 기재하였으므로 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 피고의 주장에 관하여는 원고가 부가가치세를 징수당한 적이 없다는 점을 인정할 증거가 없다는 이유로 이를 배척하였다.
 이 부분에 관한 상고이유는 원심이 위와 같은 이유로 피고의 주장을 배척한 것이 잘못이라는 취지이나, 이는 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택이나 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유가 될 수 없다.
 나. 부당한 매입세액 공제·환급 주장이 신의성실의 원칙에 위배된다는 점에 관하여
 (1) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국세기본법’이라 한다) 제15조는 "납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다."고 규정함으로써 신의성실의 원칙이 조세법 분야에서도 기본적 지도이념이 되어야 함을 천명하고 있다. 기존의 법을 구체화하거나 이를 보충하고, 또 성문법의 경직성을 보완하는 등의 기능을 통해 법의 운용에 구체적 타당성을 확보할 수 있게 하는 이 신의성실의 원칙은 조세법 영역에서도 조세법률주의의 허점을 보정하는 역할을 하므로 비록 민사법 영역에 비하여 그 적용범위가 다소 제한적일 것이기는 하나, 조세법 규정을 개별 사안에 그대로 적용하면 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납할 수 없는 부당한 결과가 초래됨으로써 오히려 건전한 법질서에 역행하는 것으로 볼 특별한 사정이 있다면 신의성실의 원칙에 의해 예외적으로 그 규정의 적용을 제한 또는 배제할 수 있을 것이다. 이러한 원칙은 부가가치세에 관한 법률관계에도 적용될 수 있음은 당연하다(국세기본법 제1조, 제3조 제1항 본문).
 (2) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제15조는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 그 공급가액에 관한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 한다고 규정하고, 제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다고 규정함으로써 이른바 전단계세액공제 제도를 채택하고 있다. 이는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제·환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 한다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99다33984 판결 등 참조). 이러한 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제·환급을 위한 재원이 되므로 그 매출세액이 제대로 국가에 납부되지 않으면 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 된다. 
 따라서 만일 연속되는 일련의 거래에 있어 어느 한 단계의 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고, 오로지 부가가치세를 포탈하는 방법에 의해서만 이익이 창출되고 이를 포탈하지 않으면 오히려 손해만 보는 비정상적인 거래(이하 ‘부정거래’라고 한다)를 시도하여 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 않는 경우, 그 후에 이어지는 거래단계에 수출업자와 같이 영세율 적용으로 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제·환급받을 수 있는 사업자가 있다면 국가는 부득이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 그 환급 등을 실시할 수밖에 없을 것인바, 이러한 결과는 소극적인 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것이어서 부가가치세 제도 자체의 훼손을 넘어 그 부담이 일반 국민에게 전가됨으로써 전반적인 조세체계에까지 심각한 폐해가 미치게 된다 할 것이다. 
 물론 위와 같은 사유가 있다 하여도 부정거래의 존재를 전혀 알 수 없는 상황에서 거래를 한 수출업자라면 원칙적으로 부가가치세법이 정하는 바에 따라 매입세액을 공제·환급받을 수 있음을 부인하여서는 아니 될 것이다. 그러나 수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 아랑곳없이 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 거래에 나섰고, 또한 그의 거래 이익도 결국 앞서의 부정거래로부터 연유하는 것이며 나아가 그의 거래 참여가 부정거래의 판로를 확보해 줌으로써 궁극적으로 부정거래를 가능하게 한 결정적인 요인이 되었다면, 이는 그 전제가 되는 매입세액 공제·환급제도를 악용하여 부당한 이득을 추구하는 행위라고 할 것이므로 그러한 수출업자에게까지 다른 조세수입을 재원으로 삼아 매입세액을 공제·환급해 주는 것은 부정거래로부터 연유하는 이익을 국고에 의하여 보장해 주는 격이 됨은 물론 위에서 본 바와 같은 전반적인 조세체계에 미치는 심각한 폐해를 막을 수도 없다. 
 따라서 이러한 경우의 수출업자가 매입세액의 공제·환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없다 할 것이므로 이는 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다고 보아야 한다. 이러한 법리는 공평의 관점과 결과의 중대성 및 보편적 정의감에 비추어 수출업자가 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우, 즉 악의적 사업자와의 관계로 보아 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도 불구하고 거의 고의에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반하여 이를 알지 못한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 봄이 상당하고, 그 수출업자와 부정거래를 한 악의적 사업자와 간에 구체적인 공모 또는 공범관계가 있은 경우로 한정할 것은 아니다. 
 그리고 위와 같은 경우 악의적 사업자와 상호 의존관계에 있는 수출업자가 국가로부터 매입세액을 공제·환급받음으로써 국고의 유출이 현실화되므로 이러한 수출업자에 대한 제재로서 그에 대한 매입세액의 공제·환급을 부인한다고 해서 악의적 사업자의 부가가치세 포탈에 대한 책임을 합리적 이유 없이 수출업자에게 전가하는 것이라고 할 수도 없다. 
 한편 대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결은 구 부가가치세법(1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항이 매입세액을 공제하지 않는 경우를 제한적·열거적으로 규정하고 있으므로 이러한 특별규정이 없이는 같은 조 제1항의 규정에 의한 매입세액의 공제를 부인할 수 없다고 판시한 바 있으나, 그 취지가 신의성실의 원칙에 의하여 예외적으로 같은 조 제1항의 허점을 보정하여 그 적용을 제한함으로써 매입세액의 공제·환급을 부인하는 것까지 금지하는 것은 아니라 할 것이다.
 (3) 원심이 인용한 제1심판결 이유에 의하면, ① 원고는 2004. 2. 12. 금괴 등의 제조·도소매업을 목적으로 하여 설립된 회사로서 자본금이 1억 원에 불과하며 그 대표이사인 소외 2는 종전에 금지금업이나 무역업에 종사한 경험이 전혀 없었던 사실, ② 그럼에도 원고는 설립 첫해에 수십 차례에 걸쳐 거액의 이 사건 금지금을 매입하여 같은 날 또는 짧은 기일 내에 그대로 또는 금목걸이 형태로 가공하여 대부분 수출한 사실, ③ 원고의 전단계 거래자인 소외 3 주식회사, 소외 4 주식회사, 소외 5 주식회사 등의 악의적 사업자들은 오로지 매출세액을 포탈하여 이를 이윤으로 삼을 의도하에 면세로 공급된 수입 금지금을 매입하여 의도적으로 면세추천을 받지 아니한 과세사업자들에게 저가로 공급하면서 그 매출세액을 국가에 납부하지 아니하고 폐업해 버린 사실, ④ 원고가 그와 같이 유통된 금지금을 과세사업자들로부터 매입함에 있어 물품매도확약서도 받지 아니한 채 외상으로 매입하고 그 수출대금이 입금된 후에야 그 매입대금을 송금한 경우도 더러 있었던 사실, ⑤ 원고에 의한 이 사건 금지금의 매입거래와 수출거래는 모두 금지금의 시세에 못 미치는 가격으로 이루어졌고, 심지어 원고가 2004. 9. 2. 과세사업자인 소외 6 주식회사로부터 금지금 100kg을 매입하여 그 다음날 홍콩 소재 수입업체인 소외 7 회사에게 수출함에 있어서는 그 수출가격이 매입가격에도 미치지 못한 사실, ⑥ 원고는 2004년 제1기분 및 제2기분 부가가치세를 신고하면서 이 사건 금지금 중 수출된 부분에 관하여 영세율 적용을 이유로 그 매입세액의 공제·환급을 구하였으나 피고가 2005. 10. 4. 이를 거부하는 취지에서 환급신청에 대한 거부처분과 기환급액의 회수를 위한 부가가치세 부과처분 등의 이 사건 각 처분을 한 사실 등을 알 수 있다.
 위에서 본 사실관계에 의하면, 원고가 매매차익을 누리면서 이 사건 금지금을 단기간 내에 매입·수출할 수 있었던 것은 중간 단계의 악의적 사업자가 이 사건 금지금을 저가로 공급하면서 매출세액을 포탈하는 부정거래를 하였기 때문이고, 그 거래의 구조에 비추어 원고가 거액의 이 사건 금지금을 수출함으로써 그 판로를 확보해 주지 않고서는 악의적 사업자가 부정거래를 하는 것이 거의 불가능할 것이므로 결국 원고와 악의적 사업자는 필연적인 상호 의존관계에 있었다고 할 수 있다. 또한 종국적으로 원고가 매입세액을 공제·환급받을 수 없다면 그 세액의 부담이 매매차익을 초과하여 손해를 보게 되고 그로 인하여 거래가 불가능하게 되므로 이러한 상호 의존관계는 반드시 원고가 수출에 대한 영세율 적용에 의해 국가로부터 매입세액을 공제·환급받는 것을 전제로 한다. 그리고 이러한 일련의 거래는 워낙 짧은 기간 내에 이루어지므로 국가가 사전에 이를 차단하기도 어렵다.
 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 수출업자인 원고가 이 사건 금지금 거래를 함에 있어 그 전에 있은 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매입세액 공제·환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 이를 알지 못하였음에도 불구하고 매입세액의 공제·환급을 구하는 것이라면, 이는 악의적 사업자의 부정거래에 편승한 원고가 매입세액 공제·환급제도를 악용하여 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 하는 것일 뿐만 아니라 전단계세액공제 제도를 취하고 있는 부가가치세 제도 및 전반적 조세 정의의 근간을 훼손하는 것이 되므로 국세기본법 제15조가 규정하는 신의성실의 원칙에 반하여 허용될 수 없다.
 (4) 그렇다면 원심으로서는 원고가 이 사건 금지금 거래를 함에 있어 위와 같은 사정을 알았거나 중대한 과실로 알지 못하였는지 여부에 관하여 충분히 심리하여 원고의 매입세액 공제·환급 주장이 신의성실의 원칙에 반하는지 여부를 판단하였어야 함에도 이러한 심리·판단을 하지 아니한 채 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 이유만으로 원고의 매입세액 공제·환급 주장이 허용되어야 한다고 보아 피고의 2005. 10. 4. 자 부가가치세(신고불성실 가산세와 납부불성실 가산세는 포함하되, 세금계산서기재불성실 가산세는 신의성실의 원칙과 무관하므로 제외한다) 부과처분이 위법하다고 판단하였으니, 이 부분 원심판결에는 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다.
 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 다. 법인세 부과처분 부분에 관하여
 피고는 상고장에 이 부분도 상고대상으로 기재하고 있으나, 상고장이나 상고이유서에 그에 관한 적법한 상고이유의 기재가 없다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결의 원고 패소 부분과 피고 패소 부분 중 세금계산서기재불성실 가산세를 제외한 나머지 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 각 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 나머지 상고를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
 이 판결에는 원고의 매입세액 공제·환급 주장이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부에 관하여 대법관 박시환, 대법관 김지형의 별개의견 및 대법관 전수안의 반대의견이 있는 외에는 관여 대법관들의 의견이 일치되었다.
 4. 대법관 박시환, 대법관 김지형의 별개의견
 가. 다수의견은, 원고가 이 사건 금지금이 수입되어 수출되기까지 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 하는 악의적 사업자의 부정거래가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매입세액의 공제·환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 이를 알지 못하였다면, 원고의 매입세액 공제·환급 주장은 신의성실의 원칙에 반하여 허용될 수 없다고 하는데, 이와 같이 금지금 수출업자인 원고의 매입세액 공제·환급 주장도 신의성실의 원칙의 적용대상이 될 수 있다는 점에 관하여는 원칙적으로 동의하지만 다수의견이 들고 있는 신의성실의 원칙의 적용 요건에 관하여는 다음과 같은 이유로 찬동할 수 없다. 
 나. 부가가치세는 소비재의 소비행위에 담세력을 인정하는 소비세인데, 부가가치세법은 담세자인 최종소비자를 납세의무자로 하지 아니하고 사업자를 납세의무자로 하면서도 사업자의 부가가치세 부담을 없애 주고 그 부담을 최종소비자에게 전가하기 위하여 전단계세액공제와 거래징수라는 장치를 두고 있다. 이러한 장치를 통하여 재화 또는 용역을 공급받는 사업자는 그 공급을 하는 사업자에게 부가가치세를 거래징수당한 후 이를 국가로부터 매입세액으로 공제·환급받음으로써 부가가치세의 부담으로부터 자유롭게 된다. 따라서 사업자는 원칙적으로 부가가치세의 부담이 없기 때문에 전단계 사업자에게 징수당한 매입세액은 국가로부터 돌려받아야 하는 것이 전단계세액공제 제도의 기본원리이고, 이는 국가를 대신하여 매출세액을 징수한 전단계 사업자가 국가에 이를 납부하지 아니하였다 하더라도 마찬가지다. 이를 조세정책상의 이유로 제한하기 위해서는 조세법률주의 원칙상 법률에 명시적으로 규정을 두어야 하고 단지 이를 악용할 소지가 있다는 이유만으로 함부로 제한할 수는 없다. 
 이러한 취지에 비추어 볼 때, 예외적으로 신의성실의 원칙에 의하여 금지금 수출업자인 원고의 매입세액 공제·환급 주장을 제한하기 위해서는 원고가 악의적 사업자의 부정거래 사실 등을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 것만으로는 부족하고 부정거래를 통하여 매출세액을 포탈하는 악의적 사업자의 범죄행위에 적극적으로 가담하고 그 대가로 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 매매차익의 형태로 분배받은 정도에 이르러야 한다고 할 것이다. 
 다. 그리고 일련의 거래단계 중에 오로지 조세포탈을 목적으로 하는 악의적 사업자의 부정거래가 있었다 하더라도 그 이후에 이어지는 거래단계에서 조세포탈의 목적이 없는 정상거래로 전환된 다음 수출업자가 개입하였다면 그가 이전의 거래단계에 악의적 사업자의 부정거래가 있었다는 우연한 사정을 알았거나 중대한 과실로 알지 못하였다는 이유를 들어 부가가치세법이 정상거래에 대하여 인정하고 있는 매입세액의 공제·환급에 관하여 특별히 달리 취급하는 것은 부당하다. 하자있는 의사표시가 있더라도 선의의 제3자에게 대항할 수 없고 일단 선의의 제3자가 개입된 이후에 그 선의의 제3자와 새로운 이해관계를 맺은 자에 대하여는 그가 하자있는 의사표시에 대하여 악의라고 하더라도 대항할 수 없다는 일반 법리에 비추어 보더라도 악의적 사업자의 부정거래가 정상거래로 전환된 이후에 그 거래관계에 개입한 수출업자에 대하여는 그가 악의적 사업자의 부정거래에 적극적으로 가담한 정도에 이르러야 신의성실의 원칙에 의하여 그의 매입세액 공제·환급 주장을 배척할 수 있다고 해석함이 타당하다.
 라. 한편 다수의견은 이 사건에서 신의성실의 원칙의 적용대상을 수출업자의 매입세액 공제·환급 주장으로 한정하고 있는 점에 비추어 그 전단계의 과세사업자는 위와 같은 악의 또는 중과실이 있더라도 그의 매입세액 공제 주장은 다른 조세수입의 감소를 초래하지 않는다는 이유로 신의성실의 원칙에 반하지 않는다는 입장을 취한 것으로 이해된다. 그러나 과세사업자가 매입세액을 매출세액에서 공제받는 것이나 수출업자가 매출세액이 없어 국가로부터 그 매입세액을 환급받는 것이나 매입세액의 부담의무를 면한다는 점에서는 차이가 없고 또한 이들이 악의적 사업자가 개재된 변칙적 금지금거래를 완성하는 데 기여함으로써 보편적 정의관과 윤리관에 비추어 용납할 수 없는 부당한 결과를 초래한다는 점에서도 별반 다를 바가 없음에도 불구하고, 다수의견이 신의성실의 원칙을 적용함에 있어 수출업자와 과세사업자를 서로 달리 취급하는 것은 납득하기 어렵다. 다수의견의 이러한 태도는 신의성실의 원칙이 적용되는 면을 되도록 제한하려는 의도에서 비롯된 것으로 보이는데, 그렇다면 오히려 앞서 본 바와 같이 수출업자에 대한 신의성실의 원칙의 적용 요건을 수출업자가 악의적 사업자의 부정거래에 적극적으로 가담한 정도에 이른 경우로 엄격히 제한하는 것이 더 바람직하다.
 마. 더욱이 악의적 사업자가 개재된 일련의 변칙적 금지금 거래에 있어서 국가가 손실을 입게 되는 것은 근원적으로 악의적 사업자가 매출세액을 포탈함에 따른 것으로서, 이는 국가가 악의적 사업자와의 관계에서 그 매출세액을 제대로 징수하지 못한 데에 주된 원인이 있으므로, 수출업자가 악의적 사업자의 부정거래에 적극적으로 가담하지 않았음에도 단지 그와 같은 부정거래 사실 등을 알았거나 중대한 과실로 알지 못하였다는 이유만으로 그의 매입세액 공제·환급 주장이 제한될 수 있다는 다수의견의 입장에 서면 국가가 악의적 사업자로부터 매출세액을 제대로 징수하지 못한 책임을 합리적인 이유 없이 수출업자에게 전가하는 결과가 된다는 비판을 받을 수 있다.
 바. 이상과 같은 이유로, 원고의 매입세액 공제·환급 주장이 신의성실의 원칙에 반하는지 여부에 관하여 필요한 심리를 다하지 아니하였다는 이유로 이 부분 원심판결을 파기한 다수의견의 결론에는 찬성하지만, 신의성실의 원칙을 적용하기 위한 요건에 관하여는 견해를 달리하므로 별개의견으로 이를 밝혀 둔다.
 5. 대법관 전수안의 반대의견
 다수의견은, 수출업자인 원고가 이 사건 거래를 함에 있어 그 전에 있은 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 자신의 매입세액 공제·환급이 다른 세수의 손실을 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 알지 못하였다면 원고가 매입세액의 공제·환급을 구하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 있음에도 원심이 그에 관하여 충분한 심리를 하지 아니한 채 이를 허용하였다는 이유로 이 부분 원심판결을 법리오해와 심리미진으로 파기하겠다는 것인데, 이러한 다수의견에는 다음과 같은 이유로 찬성할 수 없다.
 가. 세법상 신의칙 적용과 관련하여 본다.
 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 하므로, 부가가치세에 관한 법률관계에 있어서도 신의성실의 원칙이 적용될 수 있음은 이론의 여지가 없다.
 그러나 조세법률관계의 요체는 조세채권자인 국가 또는 지방자치단체가 조세채무자인 국민에 대하여 조세채무의 이행을 구하는 것이고, 조세채무는 그 존부와 크기 및 이행의 내용과 절차가 모두 법률에 의해 정해지는 법정채무라는 점에서 사적 자치가 지배하는 사법상의 금전채무와 다르다. 또 그 공익성으로 인하여 공평·신속한 확정 및 효율적 징수가 필요하고 이를 위하여 조세채권자에게 조세채무자에 비하여 월등하게 우월한 권한과 지위가 부여되어 있다. 세법의 영역에서 합법성의 원칙이 강하게 요청되는 이유가 여기에 있고, 세법의 해석·적용에 있어 세원의 발견과 세수의 확보 못지않게 국민의 재산권 보호와 적법절차의 확보가 중요한 소이(所以)가 그것이다.
 그런데 세법 특히 그 실체법의 영역에서 신의성실의 원칙을 적용하게 되면 법률이 정한 조세 채권채무의 존부와 범위를 법률에 의하지 아니하고 변경하는 효과를 낳게 되는 만큼, 당사자의 의사결정에 의하여 형성되는 사법상 법률관계에서보다 그 적용이 제한될 수밖에 없으며, 합법성을 희생하여서라도 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 신중하게 적용하여야 한다.
 그 절차법의 영역에서도 과세관청은 실지조사권 등 우월한 권한을 가진 지위에서 과세징수권을 행사하는 반면, 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거 언동에 반하는 행위를 하게 되면 조세감면 등 혜택의 박탈, 신고불성실·기장불성실·자료불제출가산세 등 각종 가산세에 의한 제재, 벌칙 등의 불이익을 받게 되므로, 납세의무자의 배신행위를 이유로 한 신의성실 원칙의 적용은 그 배신행위의 정도가 극히 심한 경우가 아니면 허용되지 않는다(대법원 1997. 3. 20. 선고 95누18383 전원합의체 판결 등 참조).
 판례가 납세의무자에 대한 신의성실 원칙의 적용을 모순금지 또는 금반언의 원칙으로 제한하고 권리남용금지의 원칙으로까지 확대하지 아니한 것도 그와 같은 취지에서 비롯한 것이다(대법원 1997. 3. 20. 선고 95누18383 전원합의체 판결, 대법원 2009. 4. 23. 선고 2006두14865 판결 등 참조).
 나. 매입세액공제 요건의 관점에서 본다.
 (1) 부가가치세법 제17조 제1항에 의하면 사업자는 재화나 용역의 공급을 수반하는 적법한 세금계산서를 수취하는 것을 완결적 요건으로 하여 매입세액을 공제받을 수 있고, 그 거래상대방이 국가에 부가가치세를 신고하였는지 나아가 그 신고한 세액을 납부하였는지 여부를 묻지 않는다. 따라서 사업자가 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부는 그 거래징수당한 매입세액 상당의 금원이 실제로 국고에 귀속되었는지 여부와는 아무런 상관이 없다. 이는 아예 부가가치세를 거래징수당한 바 없는 사업자에 대하여 일정한 요건하에 국가가 매입세액을 공제해 주도록 하는 등의 예를 통해서도 알 수 있다(부가가치세법 제17조 제3항 이하 참조).
 이와 같이 세금계산서의 수수를 요건으로 매입세액을 공제해 주는 것은, 국가가 세금계산서의 수수를 장려함으로써 과세거래의 발견을 용이하게 하여 세원을 포착하는 한편 세금계산서를 수취한 사업자에 대한 포상으로 그 매입세액 상당의 부담을 조기에 덜어 주고자 함이며, 혹여 그 재원의 일부가 되는 매출세액이 국가에 납부되지 않을 경우 그에 따른 국고손실의 위험부담을 국가가 떠안게 될 가능성은 당연히 전제된 셈이다.
 한편 부가가치세법 제17조 제2항은 공제하지 않는 매입세액에 관한 구체적 규정을 두고 있는데, 판례 역시 대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결에서, 부가가치세법 제17조 제2항은 공제하지 않는 매입세액을 규정하면서 과세절차의 편의나 조세정책상 공제를 부인하는 경우는 물론 부가가치세의 원리상 당연한 경우도 일일이 열거하고 있다고 하면서, 이는 매입세액의 공제 여부가 부가가치세 납부세액을 결정하는 가장 중요한 요소 중의 하나이기 때문에 그 공제 여부를 해석에 맡겨 두지 아니하고 일일이 제한적·열거적으로 규정하고 있는 것이라고 밝힌 다음, ‘사업 관련성이 인정되는 매입세액은 위 규정에서 열거하고 있는 것 외에는 부가가치세법 제17조 제1항에 따라 모두 공제되어야 하며, 설령 면세사업자가 면세제도를 악용할 소지가 있다 하더라도 이는 법률을 개정함으로써 해결할 일이지 이러한 특별규정 없이 매입세액의 공제를 부인하는 것은 조세법률주의의 근간을 훼손하는 일이다’라고 선언하였고, 이후 예외 없이 이를 유지하여 왔다.
 이러한 규정과 제도의 취지 및 일관된 대법원의 판례에 따르면, 사업자가 거래상대방으로부터 세금계산서를 수취하였고 그것이 부가가치세법 제17조 제2항이 규정한 ‘사실과 다른 세금계산서’ 등의 배제 사유에 해당하지 않는 이상 그의 매입세액은 공제·환급되어야 한다. 
 다수의견은, 부가가치세법 제17조 제2항에 열거된 사유가 아닌 ‘정의관과 윤리관’을 기준으로, 합법성의 원칙을 희생하더라도 신의칙을 적용하는 것이 이 사건에 있어 정의로운 과세권의 행사라고 보고 있으나, 이는 실정법 규정을 넘어서는 해석일 뿐 아니라 그 기준이 모호하여 과세관청의 처분기준으로 용인하기 어렵다. 
 (2) 돌아와 이 사건에서 보건대, 원고가 부가가치세의 매입세액 공제 요건을 갖추었다는 점에 관하여는 의문이 없고, 그럼에도 이를 공제하지 아니한 과세처분이 적법하다고 주장하는 피고의 항변은, 원고의 매입세액 공제·환급을 허용하면 국고금의 부당편취를 막을 수 없어 부가가치세 제도의 존립을 위태롭게 하고 조세체계의 근간을 흔드는 것이어서 이러한 경우 매입세액의 공제·환급은 신의성실의 원칙에 반한다는 것이다.
 그러나 원고의 매입세액 공제·환급은 상대방과의 과세거래와 거래징수, 세금계산서의 수취에 의해 발생한 것이고, 이는 부가가치세법상 매입세액 공제·환급 요건으로서 필요하고도 충분한 것이므로, 그러한 매입세액의 공제·환급을 구하는 것이 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 여지는 없다고 생각한다.
 다. 다수의견의 논거에 관하여 본다.
 (1) 다수의견은, 우리 부가가치세가 전단계세액공제의 구조를 취하고 있어 이러한 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제·환급을 위한 재원이 되므로, 매출세액이 제대로 납부되지 않았음에도 매입세액을 공제·환급해 줄 경우 ‘국가는 부득이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 그 환급 등을 실시할 수밖에 없어’ 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 되고, 이는 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고 유출에 해당하는 것이어서 전반적인 조세체계에까지 심각한 폐해가 미치게 됨을 그 주된 논거로 삼는다.
 그러한 논거가 적절치 않음은 별개의견이 이미 적절히 지적하고 있는바(제13면 마.항 참조), 여기서는 다만 피고가 원고와 거래상대방 간의 거래를 진정한 과세거래로 보아 매출세액의 부과대상으로 삼아 온 이상(대법원 2009. 2. 26. 선고 2008두12665 판결 등 참조) 피고로서는 그에 대응하는 매입세액을 공제·환급하여야 하며, 피고가 이를 거부함은 모순일 뿐 아니라 금반언의 원칙에도 반하는 것으로, 그러한 과세관청의 언동과 과세처분이야말로 신의칙에 위배된다는 점을 덧붙여 지적하고자 한다.
 요컨대, 전전단계에 개재한 악의적 사업자의 조세포탈과 수출업자의 매입세액 공제·환급은 그 구성요건을 전혀 달리하는 것이고, 이 사건에서 조세수입의 감소는 수출업자의 매입세액 환급으로 인한 것이 아니라 악의적 사업자의 조세미납부로 인한 것이다. 매입세액의 환급은 과세관청이 국고의 부담으로 하는 것이고 그 재원의 마련 또한 과세관청의 여러 부과처분과 그에 상응하는 징수처분을 통해 하여야 한다. 피고는 단지 자신이 징수할 세금이 일부 징수되지 않았다는 이유로 그와 무관한 원고의 매입세액 공제·환급신청을 거부함으로써 국고손실을 일부라도 벌충하겠다는 것이 이 사건 신의칙 적용 주장의 실체이다. 그렇다면 전전단계 사업자의 매출세액이 모두 납부되어야만 원고의 매입세액 공제·환급신청이 신의칙에 부합한다는 것인가.
 다수의견은 국가에 매입세액의 공제·환급을 위한 재원이 없어 국고의 손실을 초래하게 되므로 전단계세액공제 제도가 유지될 수 없다고 하지만, 전단계세액공제 제도의 유지를 위해서는 세금계산서 수수질서의 확립과 매입세액 공제에 대한 신뢰가 필수적이므로, 이를 가볍게 보는 다수의견이야말로 오히려 전단계세액공제 제도의 근간을 흔들 위험성이 있다고 생각한다.
 (2) 다수의견은 ‘원고가 매매차익을 누리면서 금지금을 단기간 내에 매입·수출할 수 있었던 것은 중간 단계의 악의적 사업자가 이 사건 금지금을 저가로 공급하면서 매출세액을 포탈하는 부정거래를 하였기 때문’이라거나, ‘악의적 사업자의 부정거래에 편승한 원고가 매입세액 공제·환급제도를 악용하여 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 하는 것’이라고 하나, 이는 다수의견이 전제로 삼은 사실관계에서 추론되지 않는 결론이어서 논리의 비약이 아닌가 한다.
 우선, 원고와 전전단계의 악의적 사업자 등과 사이에 조세포탈에 관한 공모가 있었다고 가정하더라도 그와 같이 악의적 사업자의 매출거래에 관한 공모사실만으로는 원고와 거래상대방 간의 거래에서 발생한 매입세액을 부인할 수 없을 것인바, 다수의견은 이 사건 세금계산서를 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 본 피고의 처분사유가 위법하고, 그 거래상대방 내지 악의적 사업자 등의 거래에 대한 매출세액의 과세가 정당하다고 보고 있기 때문이다.
 또한 다수의견이, ‘원고가 거액의 이 사건 금지금을 수출함으로써 그 판로를 확보해주지 않고서는 악의적 사업자가 부정거래를 하는 것이 거의 불가능할 것이므로 결국 원고와 악의적 사업자는 필연적인 상호 의존관계에 있었다고 할 수 있다. 종국적으로 원고가 매입세액을 공제·환급받을 수 없다면 그 세액의 부담이 매매차익을 초과하여 손해를 보게 되고 그로 인하여 거래가 불가능하게 되므로 이러한 상호 의존관계는 반드시 원고가 수출에 대한 영세율 적용에 의해 국가로부터 매입세액을 공제·환급받는 것을 전제로 한다’고 보는 것도, 이 사건 매입세액의 공제·환급을 거부한 피고의 처분 사유가 영세율 적용 거부에 있지 않으며 다수의견도 원고에 대한 영세율 적용을 부인하는 취지가 아닌 이상, 이 또한 매입세액 공제·환급을 부인할 근거로는 납득하기 어렵다.
 라. 조세법률주의의 관점에서 본다.
 (1) 다수의견은 원고가 거래상대방 내지 전전단계 거래자와 공모관계가 없다고 하더라도 적어도 그러한 의심스러운 사정을 살펴볼 의무가 원고에게 있어 그러한 의무를 소홀히 한 경우에는 매입세액을 공제·환급받을 수 없다는 것이다.
 그런데 조세법률주의의 적용은 조세 채권채무 그 자체의 존부와 크기에 직접 영향을 주는 세목과 세율에 관하여서뿐 아니라, 그에 부수하는 여러 협력 의무, 예컨대 원천징수 대상인 소득을 지급하는 상대방이 그 소득 지급 시에 세액 상당의 금원을 징수하여 국가에 납부할 의무라든지 회계장부를 성실하게 기장할 의무 등과 같은 세법상 의무의 부과에도 미친다. 오히려 헌법이 명시한 납세의무 그 자체가 아닌 부수적인 협력의무를 부과한다든지 자신의 납세의무가 아닌 다른 납세의무자의 납세의무와 관련하여 국민에게 의무를 지우는 것과 같은 경우에는 더욱 세법상 명문의 근거가 있어야 할 것이다.
 그와 같은 세법상 의무의 하나로, 부가가치세법은 거래에 있어 공급자에게 세금계산서를 발행·교부하도록 요구할 뿐 아니라 거래상대방에게도 세금계산서를 수취하도록 요구하고 있으며, 이는 과세거래의 파악을 쉽게 하기 위하여 부과된 과세관청 내지 국가에의 협력의무이자 법률에 근거를 둔 법정의무이다.
 다수의견은 이제 이 판결로써, 사업자의 거래상 의무로서 세금계산서를 수취하는 것 외에, 거래상대방 내지 전단계의 어느 사업자가 사기적 방법으로 조세를 포탈하였거나 포탈할 사업자인지, 장차 자신의 매입세액 공제·환급이 국고의 감소를 초래할 것인지를 살필 주의의무(주의의무의 정도는 중요하지 않다고 생각한다)를 부과하고, 그러한 의무를 게을리 하면 매입세액 공제·환급을 받을 수 없도록 하겠다는 것인데, 이는 법률의 근거 없이 세법상 새로운 의무를 창설하는 것이어서 조세법률주의에 반한다.
 (2) 매입세액공제 제도를 다수의견과 같이 해석·운용하게 되면 부가가치세법 제17조 제2항에 ‘기타 매입세액의 공제가 다른 조세포탈에 악용될 소지가 있어 명백히 부당한 경우’와 같은 포괄규정을 둔 것과 다름없는 결과가 될 터인데, 이는 획일적이고 반복적인 거래를 과세대상으로 삼는 부가가치세의 특성에 비추어 입법론으로서도 적절치 않다. 이 사건과 같은 유형의 금지금 거래로 인한 세수감소 내지 국고유출의 폐해를 차단하기 위해 2007. 12. 31. 조세특례제한법이 개정되었으며 그 개정법률은 2008. 7. 1.부터 금지금거래에 대하여 부가가치세 매입자납부 제도를 도입하여 국세청장이 지정한 자에게 해당 부가가치세액이 입금되지 않으면 ‘부가가치세법 제17조에도 불구하고 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다’는 규정을 신설하였는바, 신설된 제도와 규정이 부가가치세제의 본질에 부합하는 것인지는 별론으로 하더라도 최소한 이와 같은 입법조치 없이 다수의견과 같이 해석·운용될 수 없음은 분명하다.
 또한 다수의견은 매입세액의 공제·환급에 대하여 일정한 요건이 충족될 경우 과세관청이 신의성실의 원칙을 이유로 거부할 수 있음을 선언하면서도 그 구체적인 요건과 뚜렷한 기준을 제시하고 있지 아니하므로, 그렇지 않아도 우월한 지위에 있는 과세관청으로 하여금 보편적 정의와 윤리에 반한다고 판단되면 법률의 규정과 다르게 과세권을 행사할 여지를 주고, 그로 인하여 과세절차상의 마찰과 조세저항, 불필요한 쟁송을 일으키지 않을까 우려된다.
 헌법 제38조, 제59조가 선언하고 있는 조세법률주의 원칙은 과세요건 등은 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고 그 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 비록 과세의 필요성이 있다 하여도 행정편의적인 확장해석이나 유추적용에 의해 이를 해결하는 것은 허용되지 않음을 의미한다(대법원 2000. 3. 16. 선고 98두11731 전원합의체 판결 참조). 과세관청으로 하여금 과세의 필요성이나 정의관·윤리관을 매개로 합목적성을 추구하는 길을 터주게 되면 법적 안정성과 예측가능성을 생명으로 하는 조세법률주의의 훼손은 피할 수 없다.
 마. 판례와 저촉되는지를 본다.
 다수의견에 따를 경우 앞에서 본 대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등의 판시는 변경되어야 하는 결론에 이른다는 점도 신중히 고려되었어야 한다. 판례는 ‘면세사업자가 면세제도를 악용할 소지가 있다 하더라도 법률을 개정하지 않는 한 매입세액의 공제를 부인할 수 없다’고 하였고, 다수의견은 ‘사업자가 영세율제도를 악용할 소지가 있는 경우에는 매입세액의 공제를 부인할 수 있다’고 한다.
 또한 대법원은, 구 조세범처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조에서 말하는 사기 기타 부정한 행위는 조세의 환급을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위, 즉 조세의 환급을 가능하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 말하며(대법원 2005. 6. 23. 선고 2004도5649 판결, 대법원 2006. 4. 7. 선고 2005도9789 판결 등 참조), 매입세액의 공제를 받은 행위자에게 구 조세범처벌법 제9조 소정의 조세포탈죄의 고의가 있다고 인정하려면 과다 계상된 세금계산서 등에 의하여 매입세액의 공제·환급을 받는다는 인식 이외에 매입세액 신고를 통한 환급행위가 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져올 것이라는 인식이 있어야 한다고 판시해 왔고(대법원 1990. 10. 16. 선고 90도1955 판결, 대법원 2001. 2. 9. 선고 99도2358 판결, 대법원 2006. 1. 26. 선고 2003도7157 판결 등 참조), 특히 대법원 2007. 10. 11. 선고 2007도5577 판결은, ‘악의적 사업자들이 부가가치세를 납부하지 아니하기 위해 유통시킨 수입 금지금을 매입하여 수출한 수출업자가 그 매입에 따른 부가가치세를 환급받았으나 수입업자로부터 수출업자에 이르기까지 실제로 금지금이 전전 유통되어 수출될 뿐만 아니라 세금계산서 등 증빙서류까지 각 거래단계마다 제대로 발행되었다면, 수출업자가 사전에 악의적 사업자 등과 공모하여 위와 같은 행위를 하였을 경우 악의적 사업자에 의한 조세포탈범행의 공범으로 인정될 수 있을지언정 수출업자에 의한 위와 같은 부가가치세 환급행위 자체가 사기 기타 부정한 행위로 조세의 환급을 받는 것에 해당한다고 할 수 없다’고 본 원심을 정당하다고 판단하였다. 대법원이 이와 같이 금지금 거래에서 악의적 사업자와 공모한 수출업자가 부가가치세를 환급받았다고 하더라도 조세포탈죄로 처벌할 수 없다고 판단한 데에는, 국가의 조세수입 감소는 악의적 사업자의 조세포탈 또는 조세미납부에 따른 것이고 그 이후 수출업자의 수출에 이르기까지의 거래는 추가적으로 국가의 조세수입 감소를 수반하지 않는다는 판단이 포함된 것이므로, 이 사건 매입세액 환급을 허용하면 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당한다고 보는 다수의견이 위 판결과 조화로운 것인지 의문이다.
 그리고 이 사건과 동일한 유형의 사건에서 매입세액의 공제·환급을 수긍한 판결들(대법원 2010. 5. 13. 선고 2009두15869 판결 등)과 결론을 정반대로 하는 것이어서, 형평에 어긋난다.
 바. 결론의 합목적성에 관하여 본다.
 부가가치세 포탈을 목적으로 하는 악의적 사업자가 개재된 일련의 변칙적 금지금 거래가 국고에 끼치는 폐해가 심각하다는 점은 충분히 공감할 수 있다. 매출세액을 포탈한 악의적 사업자와 그 공범들은 마땅히 처벌받아야 하고 부정한 이익은 벌금형의 병과 등을 통하여 환수되어야 한다. 그러나 다수의견과 같이 악의적 사업자가 납부하지 않은 매출세액과 하등 무관한 매입세액의 공제·환급을 거부하는 것은, 당장의 국고 손실을 막는다는 작은 이익에 집착한 나머지 전단계세액공제 제도의 근간을 흔들고 조세법률주의의 울타리를 침범하는 것이다. 다수의견과 달리 사업자의 매입세액 공제·환급을 보장하면 당장은 국고의 손실을 초래할지 모르나, 장기적으로는 세금계산서에 대한 국민의 신뢰를 보호하고 세금계산서 수수거래의 질서와 관행을 확립함으로써 세원을 확보하고 세수를 증대시킬 수 있다는 점을 간과하여서는 안 된다.
 사. 결국, 이 사건에서 원고가 공제·환급을 구하는 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항의 매입세액 공제요건을 갖추었고 그 제2항에 규정된 공제하지 않는 매입세액에 해당하지 않으므로, 신의성실의 원칙에 반한다는 이유로 제한될 수 없다. 그렇다면 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 보아 원고의 매입세액 공제·환급을 인정한 원심판결은 정당하고, 거기에 신의성실의 원칙에 관한 법리오해 등의 위법은 없다.
 이상과 같은 이유로 다수의견의 이유와 결론에 찬성할 수 없음을 밝혀 둔다.

대법원장 이용훈(재판장) 양승태(주심) 박시환 김지형 이홍훈 김능환 전수안 안대희 차한성 양창수 신영철 민일영 이인복

연속되는 일련의 거래과정에서 매출세액의 포탈을 목적으로 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 자신의 매입세액 공제·환급이 다른 세수의 손실을 가져온다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 수출업자가 매입세액의 공제·환급을 구하는 것이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부(적극)

[다수의견] 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제15조, 제17조 제1항에서 채택하고 있는 이른바 전단계세액공제 제도의 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제·환급을 위한 재원이 되므로, 그 매출세액이 제대로 국가에 납부되지 않으면 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 된다. 따라서 만일 연속되는 일련의 거래에서 어느 한 단계의 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고, 오로지 부가가치세를 포탈하는 방법에 의해서만 이익이 창출되고 이를 포탈하지 않으면 오히려 손해만 보는 비정상적인 거래(부정거래)를 시도하여 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 않는 경우, 그 후에 이어지는 거래단계에 수출업자와 같이 영세율 적용으로 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제·환급받을 수 있는 사업자가 있다면 국가는 부득이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 그 환급 등을 실시할 수밖에 없는바, 이러한 결과는 소극적인 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것이어서 부가가치세 제도 자체의 훼손을 넘어 그 부담이 일반 국민에게 전가됨으로써 전반적인 조세체계에까지 심각한 폐해가 미치게 된다. 수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 아랑곳없이 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 거래에 나섰고, 또한 그의 거래 이익도 결국 앞서의 부정거래로부터 연유하는 것이며 나아가 그의 거래 참여가 부정거래의 판로를 확보해 줌으로써 궁극적으로 부정거래를 가능하게 한 결정적인 요인이 되었다면, 이는 그 전제가 되는 매입세액 공제·환급제도를 악용하여 부당한 이득을 추구하는 행위이므로, 그러한 수출업자에게까지 다른 조세수입을 재원으로 삼아 매입세액을 공제·환급해 주는 것은 부정거래로부터 연유하는 이익을 국고에 의하여 보장해 주는 격이 됨은 물론 위에서 본 바와 같은 전반적인 조세체계에 미치는 심각한 폐해를 막을 수도 없다. 따라서 이러한 경우의 수출업자가 매입세액의 공제·환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없으므로, 이는 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다. 이러한 법리는 공평의 관점과 결과의 중대성 및 보편적 정의감에 비추어 수출업자가 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우, 곧 악의적 사업자와의 관계로 보아 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도, 거의 고의에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반하여 이를 알지 못한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 보아야 하고, 그 수출업자와 부정거래를 한 악의적 사업자 사이에 구체적인 공모 또는 공범관계가 있은 경우로 한정할 것은 아니다.
[대법관 박시환, 대법관 김지형의 별개의견] 수출업자의 매입세액 공제·환급 주장도 신의성실의 원칙의 적용대상이 될 수 있다는 점에 관하여는 원칙적으로 동의하지만 다수의견이 들고 있는 신의성실의 원칙의 적용 요건에 관하여는 찬동할 수 없다. 사업자는 원칙적으로 부가가치세의 부담이 없기 때문에 전단계 사업자에게 징수당한 매입세액은 국가로부터 돌려받아야 하는 것이 전단계세액공제 제도의 기본원리이고, 이는 국가를 대신하여 매출세액을 징수한 전단계 사업자가 국가에 이를 납부하지 아니하였다 하더라도 마찬가지다. 이를 조세정책상의 이유로 제한하기 위해서는 조세법률주의 원칙상 법률에 명시적으로 규정을 두어야 하고 단지 이를 악용할 소지가 있다는 이유만으로 함부로 제한할 수는 없다. 이러한 취지에 비추어 볼 때, 예외적으로 신의성실의 원칙에 의하여 수출업자의 매입세액 공제·환급 주장을 제한하기 위해서는 그가 악의적 사업자의 부정거래 사실 등을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 것만으로는 부족하고 부정거래를 통하여 매출세액을 포탈하는 악의적 사업자의 범죄행위에 적극적으로 가담하고 그 대가로 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 매매차익의 형태로 분배받은 정도에 이르러야 한다.
[대법관 전수안의 반대의견] 세법상 신의성실의 원칙의 적용은 당사자의 의사결정에 의하여 형성되는 사법상 법률관계에서보다 그 적용이 제한될 수밖에 없으며, 합법성을 희생해서라도 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 신중하게 적용해야 하는 점, 구 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항의 규정과 제도의 취지 및 ‘사업 관련성이 인정되는 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항에서 열거하고 있는 것 외에는 같은 조 제1항에 따라 모두 공제되어야 하며, 면세사업자가 면세제도를 악용할 소지가 있다고 하더라도 법률을 개정함으로써 해결할 일이지 이러한 특별규정 없이 매입세액의 공제를 부인하는 것은 조세법률주의의 근간을 훼손하는 일이다’라고 선언한 일관된 대법원의 판례에 따르면, 사업자가 거래상대방으로부터 세금계산서를 수취하였고 그것이 구 부가가치세법 제17조 제2항이 규정한 ‘사실과 다른 세금계산서’ 등의 배제 사유에 해당하지 않는 이상 그의 매입세액은 공제·환급되어야 한다. 다수의견은, 구 부가가치세법 제17조 제2항에 열거된 사유가 아닌 ‘정의관과 윤리관’을 기준으로, 합법성의 원칙을 희생하더라도 신의칙을 적용하는 것이 정의로운 과세권의 행사라고 보고 있으나, 이는 실정법 규정을 넘어서는 해석일 뿐 아니라 그 기준이 모호하여 과세관청의 처분기준으로 용인하기 어렵다.