부가가치세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2017.07.11 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 부천시 (소송대리인 법무법인 한마루 담당변호사 김민상 외 2인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 부천세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 대륙아주 담당변호사 강헌구 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2015. 7. 8. 선고 2014누55474 판결
【주 문】
 상고를 모두 기각한다. 상고비용은 각자가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 원고의 상고이유에 대하여
 가. 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조는 제1항 제1호에서 ‘영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’인 사업자를 부가가치세 납세의무자로 규정하고 있고, 제2항에서 그 납세의무자에는 국가나 지방자치단체를 포함한다고 규정하고 있다. 한편 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호는 국가나 지방자치단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제38조는 제3호에서 국가나 지방자치단체가 공급하는 부동산임대업을 부가가치세 면세범위에서 제외하여 부가가치세 과세대상으로 규정하고 있다.
국가나 지방자치단체가 어느 단체에게 시설의 관리 등을 위탁하여 이를 사용·수익하게 하고, 그 단체가 자신의 명의와 계산으로 제3자에게 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는, 국가나 지방자치단체가 거래당사자로서 제3자에게 직접 재화나 용역을 공급한 것이 아니므로, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호에 따른 면세사업을 영위한 것으로 볼 수 없고, 해당 시설을 목적물로 하여 그 단체에게 부동산임대용역을 공급한 것으로 보아야 한다. 그리고 국가나 지방자치단체가 사업상 독립적으로 공급주체가 되어 이러한 부동산임대용역을 공급한 경우에는 대가를 받지 않은 경우가 아닌 한 부가가치세가 과세되고, 관련 매입세액은 공제되는 것이며, 임대용역에 제공되는 시설이 행정재산에 해당하거나 그 단체가 공급하는 재화 또는 용역이 해당 시설의 용도 등과 결부되어 공익적 성격을 갖더라도 그 사정만으로 달리 볼 것은 아니다.
 나. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.
 (1) 원고는 2008. 1.경 부천 무형문화재 공방거리 건축시설물(이하 ‘이 사건 공방거리시설’이라 한다) 증축공사와 중요무형문화재 부천전수관(이하 ‘이 사건 무형문화재전수관’이라 한다) 리모델링 공사에 착공하여 2008. 10. 27. 및 2008. 12. 12. 각 소유권보존등기를 마쳤다.
 (2) 원고는 2009. 2. 24. 사단법인 경기무형문화재총연합회(이하 ‘이 사건 연합회’라 한다)와 ‘무형문화재 공방거리 운영 위·수탁 협약’을 체결하여 이 사건 공방거리시설의 관리를 위탁하고, 2008. 12.경 사단법인 남사당 등(이하 ‘이 사건 남사당 등’이라 한다)과 ‘중요무형문화재 부천전수관 운영 위·수탁 협약’을 체결하여 이 사건 무형문화재전수관의 관리를 위탁하였다. 원고는 매년 이 사건 연합회와 남사당 등에게 시설관리 및 위탁운영 경비로 일정액을 지원하는 반면, 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관의 사용·수익에 따른 대가는 별도로 받지 않았다.
 (3) 원고는 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관의 취득비용을 매입세액으로 공제하지 않은 채 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세를 신고·납부하였고, 이후 원고는 지방자치단체의 부동산임대업이 부가가치세 과세사업이므로 관련 매입세액이 공제되어야 한다는 이유로 2011. 10. 25. 피고에게 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관 조성 및 리모델링에 대한 매입세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
 (4) 이에 피고는 2012. 1. 18. 위 매입세액은 부동산임대업이 아닌 원고의 고유목적사업과 관련된 공익목적의 매입세액이라는 사유로 원고의 경정청구를 거부하였고(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다), 이 사건 소송과정에서 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관을 무상으로 임대한 것은 부가가치세 과세대상이 아니므로, 이와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다는 점을 처분사유로 추가하였다.
 다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 이 사건 연합회와 남사당 등에 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관의 관리 및 운영을 위탁하면서 이를 무상으로 사용·수익하도록 하였으므로, 대가를 받지 않은 용역의 공급으로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않고, 따라서 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관 조성 및 리모델링에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 없다. 또한 원고의 주장과 같이 피고가 원고의 다른 시설의 임대와 관련된 매입세액을 공제하여 주었다고 하더라도, 이러한 사정만으로 조세평등의 원칙 등에 반한다고 할 수 없다.
 원심판결 이유에는 일부 부적절한 점이 있으나, 이 사건 공방거리시설과 무형문화재전수관 관련 매입세액이 매출세액에서 공제될 수 없으므로 이 사건 제1처분이 적법하다고 판단한 결론은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 조세평등의 원칙, 형평과세의 원칙 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 2. 피고의 상고이유에 대하여
 가. 원심은 그 채택 증거에 의하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
 (1) 원고는 2007. 8. 20. 구 공유재산 및 물품관리법(2008. 12. 26. 법률 제9174호로 개정되기 전의 것) 제27조, 구 부천시 노인의료복지시설 및 재가노인복지시설 설치 및 운영에 관한 조례(2008. 1. 10. 경기도 부천시 조례 제2278호로 개정되기 전의 것)에 근거하여 재단법인 대인의료재단(이하 ‘이 사건 의료재단’이라 한다)을 부천시립노인전문병원, 노인전문요양원 및 재가노인지원센터(이하 통틀어 ‘이 사건 노인복지시설’이라 한다)의 수탁운영자로 결정하였다.
 (2) 원고는 2007. 12. 6. 이 사건 노인복지시설 공사에 착공하여 2009. 9. 7. 준공하였고, 이 사건 의료재단은 신축비용 합계 37,647,800,000원 중 4,201,000,000원을 부담하였으며, 매년 원고에게 노인전문병원 운영 이익금의 30%에 해당하는 금액을 납부하였다.
 (3) 원고는 이 사건 노인복지시설의 취득비용을 매입세액으로 공제하지 않은 채 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세를 신고·납부하였고, 이후 원고는 지방자치단체의 부동산임대업이 부가가치세의 과세사업이므로 관련 매입세액이 공제된다고 보아, 2011. 10. 25. 피고에게 이 사건 노인복지시설 조성 관련 매입세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
 (4) 이에 피고는 2012. 1. 18. 위 매입세액은 부동산임대업이 아닌 원고의 고유목적사업과 관련된 공익목적의 매입세액이라는 사유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 제2처분’이라 한다).
 나. 그런 다음 원심은 다음과 같은 이유를 들어 이 사건 노인복지시설의 임대는 부가가치세법상 과세대상에 해당하고, 이 사건 노인복지시설 조성 관련 매입세액은 공제되어야 하므로, 이 사건 제2처분은 위법하다고 판단하였다.
 (1) 이 사건 의료재단은 이 사건 노인복지시설을 사용·수익하는 것의 반대급부로 원고에게 신축비용 일부와 노인전문병원 이익금 중 30%를 교부한 것이고, 원고로서는 이로써 이 사건 노인복지시설 신축 및 보수비용을 절감할 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 노인복지시설을 사용·수익하게 한 것과 이 사건 의료재단이 신축비용의 일부를 부담하고 노인전문병원 이익금 중 30%를 납부한 것은 실질적·경제적 대가관계에 있으므로, 이 사건 노인복지시설의 임대용역을 공급한 것에 해당한다.
 (2) 원고는 다수의 행정재산을 지속적으로 제3자에게 임대하여 왔고, 원고가 이 사건 의료재단에 이 사건 노인복지시설을 사용·수익하게 한 규모와 기간 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 의료재단에 이 사건 노인복지시설을 사용·수익하도록 한 것은 부동산임대사업의 일환으로 이루어진 것으로서 부가가치세 과세거래에 해당한다.
 (3) 이 사건 의료재단은 자기의 책임과 계산으로 이 사건 노인복지시설을 독립적으로 운영하여 왔고, 원고에게 지급한 신축비용 일부와 이익금의 30%가 단순히 자발적 기부금이나 실비변상적 수준의 비용으로는 보이지 않는 등의 사정을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 의료재단에게 원고의 고유업무를 수행하기 위하여 이 사건 노인복지시설을 관리·위탁하였다거나 이 사건 의료재단과 공동으로 이 사건 노인복지시설을 운영하였다고 보기 어렵다.
 다. 앞에서 본 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 행정재산의 관리·위탁과 부동산임대업의 구분, 부가가치세 과세대상인 사업성, 공동사업의 판단 기준, 처분문서의 해석에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 각자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김창석(재판장) 고영한 조희대 박상옥(주심)

국가나 지방자치단체가 어느 단체에게 시설의 관리 등을 위탁하여 이를 사용·수익하게 하고 그 단체가 자신의 명의와 계산으로 제3자에게 재화 또는 용역을 공급하는 경우, 국가나 지방자치단체가 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호에 따른 면세사업을 영위한 것이 아니라 부동산임대용역을 공급한 것인지 여부(적극) 및 국가나 지방자치단체가 사업상 독립적 공급주체로서 대가를 받고 이러한 부동산임대용역을 공급한 경우, 부가가치세가 부과되고 관련 매입세액이 공제될 수 있는지 여부(적극) / 이는 임대용역에 제공되는 시설이 행정재산에 해당하거나 그 단체가 공급하는 재화 또는 용역이 해당 시설의 용도 등과 결부되어 공익적 성격을 갖더라도 마찬가지인지 여부(적극)

국가나 지방자치단체가 어느 단체에게 시설의 관리 등을 위탁하여 이를 사용·수익하게 하고, 그 단체가 자신의 명의와 계산으로 제3자에게 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는, 국가나 지방자치단체가 거래당사자로서 제3자에게 직접 재화나 용역을 공급한 것이 아니므로, 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제17호에 따른 면세사업을 영위한 것으로 볼 수 없고, 해당 시설을 목적물로 하여 그 단체에게 부동산임대용역을 공급한 것으로 보아야 한다. 그리고 국가나 지방자치단체가 사업상 독립적으로 공급주체가 되어 이러한 부동산임대용역을 공급한 경우에는 대가를 받지 않은 경우가 아닌 한 부가가치세가 과세되고, 관련 매입세액은 공제되는 것이며, 임대용역에 제공되는 시설이 행정재산에 해당하거나 그 단체가 공급하는 재화 또는 용역이 해당 시설의 용도 등과 결부되어 공익적 성격을 갖더라도 그 사정만으로 달리 볼 것은 아니다.