법인세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2015.01.15 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 국민은행 (소송대리인 변호사 손지열 외 6인)
【피고, 상고인】 중부세무서장 (소송대리인 정부법무공단 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2012. 1. 12. 선고 2011누13417 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 합병으로 승계한 채권에 대한 대손충당금의 손금산입과 관련된 상고이유에 관하여
 가. 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제34조 제1항은 “내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.”고 규정하고 있다. 그런데 구 여신전문금융업법(2008. 2. 29. 법률 제8863호로 개정되기 전의 것) 제53조의3 제1항, 구 여신전문금융업법 시행령(2008. 1. 18. 대통령령 제20549호로 개정되기 전의 것) 제19조의7 제3호 및 여신전문금융업법 감독규정 제11조는 각 사업연도 결산 시 자산 건전성을 분류하여 그 분류결과에 따라 일정한 대손비율을 적용하여 산출한 대손충당금을 적립하도록 규정하고 이를 위반할 경우 과징금을 부과하도록 규정하고 있다.
 한편 구 법인세법 제41조의 위임에 따라 자산의 취득가액을 정한 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항 제3호 단서는 합병법인이 구 법인세법 시행령 제61조 제2항 제21호에서 정한 여신전문금융업법에 의한 여신전문금융회사의 금전채권 등을 합병에 의하여 취득하는 경우에는 피합병법인의 장부가액을 취득가액으로 하도록 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제45조 제1항 제2호는 ‘피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식 등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상’이라는 요건을 충족하지 못하는 경우 합병법인이 피합병법인의 이월결손금을 승계할 수 없다고 규정하고 있다.
 나. 구 법인세법 제34조 제1항에 따른 대손충당금은 법인이 결산에 반영하여야만 손금으로 보는 결산조정사항에 해당하므로, 법인이 어떠한 채권에 관하여 대손사유가 현실로 발생하였을 때에 비로소 손금으로 인식할 것인지 아니면 추정손실에 따라 대손충당금을 설정하는 방법으로 대손사유가 현실화되기 전에 미리 손금으로 인식할 것인지 여부는 그 법인의 선택에 달려 있다. 따라서 여신전문금융회사인 법인이 대손충당금의 설정을 강제한 관련 규정을 위반하여 대손충당금을 설정하지 아니한 경우라고 하더라도 실제로 대손충당금을 설정하지 아니한 이상 실질과세의 원칙을 들어 손금이 발생한 것으로 볼 수는 없다. 또한 여신전문금융회사인 피합병법인이 결산 이전에 대손충당금을 설정하는 회계처리를 하였더라도 그것이 아직 결산에 반영되지 아니한 상태에서 환입이 이루어졌다면 피합병법인의 손금으로 인식될 수 없으므로, 여신전문금융회사의 금전채권을 합병으로 취득하는 합병법인은 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제3호 단서에 따라 그 채권을 대손충당금이 설정되지 아니한 장부가액으로 승계할 뿐이다. 설령 피합병법인이 대손충당금을 설정하여 결산에 반영하였더라면 손금으로 인식되어 이월결손금이 발생하고, 구 법인세법 제45조 제1항 제2호에 따라 그 이월결손금을 승계하지 못하는 합병법인이 이를 회피하고자 피합병법인으로 하여금 결산 이전에 대손충당금을 설정하지 아니하게 함으로써 여신전문금융회사의 금전채권을 장부가액으로 승계한 후에 비로소 자신이 대손충당금을 설정하여 합병법인의 손금으로 인식하더라도, 이를 위법행위로서 소득신고에 오류·탈루가 있는 경우에 해당한다거나 신의칙에 반하는 행위에 해당한다고 할 수 없다.
 다. 원심은 그 채택 증거를 종합하여, ① 이른바 ‘카드사태’를 수습하려는 정부의 요구에 따라 원고가 2003. 9. 30. 자회사인 국민신용카드 주식회사(이하 ‘국민카드’라 한다)를 흡수합병하게 된 사실, ② 여신전문금융회사인 국민카드가 합병 당시 보유한 채권(이하 ‘이 사건 채권’이라 한다)에 대하여 여신전문금융업법 감독규정 등에 따라 설정하였어야 할 대손충당금은 1,266,405,343,264원(이하 ‘이 사건 대손충당금’이라 한다)이었던 사실, ③ 한편 합병법인인 원고가 피합병법인인 국민카드의 주주 등에게 교부한 주식은 합병등기일 현재 발행 주식 총수의 2.4%에 불과하여 원고가 국민카드의 이월결손금을 승계하여 공제받을 수 없게 되자, 원고와 국민카드는 국민카드가 합병에 따른 의제사업연도(2003. 1. 1.부터 2003. 9. 30.까지)에 대한 결산을 함에 있어 이 사건 대손충당금을 설정하지 아니하는 대신, 원고가 합병 후 이 사건 대손충당금을 영업외비용인 ‘합병관련대손충당금전입액 등’으로 회계 처리하여 원고의 손금으로 인식하기로 하였던 사실, ④ 이에 따라 국민카드는 위 의제사업연도에 대손충당금을 설정하지 아니하였고, 국민카드로부터 이 사건 채권을 장부가액으로 승계한 원고는 합병 후 2003 사업연도 결산을 하면서 이 사건 대손충당금을 ‘합병관련대손충당금전입액 등’으로 계상한 사실, ⑤ 피고는 원고의 이러한 행위가 기업회계기준, 감독규정 및 세법을 악의적으로 위반하여 손익의 귀속주체를 변경함으로써 약 4,000억 원에 달하는 조세를 회피하고자 한 위법·탈법행위로서 실질과세의 원칙상 그 소득신고에 오류·탈루가 있는 경우이거나 부당행위계산부인의 대상에 해당한다고 보아, 원고에게 2003 및 2004 사업연도 각 법인세를 증액하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.
 나아가 원심은, 대손충당금의 설정은 결산조정사항으로서 납세자에게 손금산입 여부에 대한 선택권이 부여된 것이므로 국민카드가 대손충당금의 설정 여부를 선택할 수 있고, 피합병법인인 국민카드가 그 선택에 따라 대손충당금을 설정하지 아니한 이상 합병법인인 원고는 대손충당금을 설정하지 아니한 국민카드의 금전채권을 장부가액으로 승계할 수밖에 없으므로 원고가 합병 후 이 사건 채권에 관한 대손충당금을 설정하여 손금에 산입할 수 있다는 이유로, 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다고 판단하면서, 이 사건 채권에 대한 원고의 대손충당금 설정이 소득신고의 오류·탈루로서 과세관청의 경정결정의 대상이 된다거나 실질과세의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다는 피고의 주장을 배척하였다.
 라. 앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 합병 시 자산의 취득가액, 이월결손금 또는 대손충당금의 승계와 제한, 실질과세의 원칙 또는 신의성실의 원칙 등에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 2. 부당행위계산부인과 관련된 상고이유에 관하여
 가. 구 법인세법 제52조 제1항은 ‘납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산부인’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있는데, 구 법인세법 제52조 제4항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우’(제1호), ‘불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우’(제4호) 등을 부당행위계산부인의 유형으로 들고 있다.
 나. 원심은, 원고가 흡수합병에 따라 국민카드로부터 이 사건 채권을 장부가액으로 승계하였다고 하더라도 이는 합병에 따른 효과일 뿐 비정상적인 거래형식을 택한 것으로 볼 수 없고, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호와 제4호가 정한 부당행위계산부인은 자산의 특정승계나 현물출자를 전제로 한 규정이므로 합병에 의한 포괄승계인 이 사건 채권의 승계에는 적용될 수 없으며, 국민카드의 회계처리가 기업회계기준에 위배된다고 하더라도 원고가 흡수합병함에 따라 취득한 이 사건 채권의 실질 가치가 달라지는 것도 아니어서, 국민카드가 이 사건 채권에 관하여 대손충당금을 설정하지 않은 상태에서 원고가 흡수합병에 따라 장부가액으로 승계한 것이 부당행위계산부인의 대상이 된다거나 경제적 합리성을 결여한 것으로 볼 수 없다는 등의 이유로, 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
 다. 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 부당행위계산부인의 대상과 요건 등에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김창석(재판장) 신영철(주심) 이상훈 조희대

[1] 여신전문금융회사인 법인이 대손충당금의 설정을 강제한 관련 규정을 위반하여 대손충당금을 설정하지 아니한 경우, 실질과세의 원칙을 들어 손금이 발생한 것으로 볼 수 있는지 여부(소극)
[2] 구 법인세법 제45조 제1항 제2호에 따라 이월결손금을 승계하지 못하는 합병법인이 이를 회피하고자 피합병법인으로 하여금 결산 이전에 대손충당금을 설정하지 아니하게 함으로써 여신전문금융회사의 금전채권을 장부가액으로 승계한 후 대손충당금을 설정하여 합병법인의 손금으로 인식한 경우, 이를 위법행위로서 소득신고에 오류·탈루가 있는 경우 또는 신의칙에 반하는 행위에 해당한다고 할 수 있는지 여부(소극)

[1] 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제34조 제1항에 따른 대손충당금은 법인이 결산에 반영하여야만 손금으로 보는 결산조정사항에 해당하므로, 법인이 어떠한 채권에 관하여 대손사유가 현실로 발생하였을 때에 비로소 손금으로 인식할 것인지 아니면 추정손실에 따라 대손충당금을 설정하는 방법으로 대손사유가 현실화되기 전에 미리 손금으로 인식할 것인지 여부는 그 법인의 선택에 달려 있다. 따라서 여신전문금융회사인 법인이 대손충당금의 설정을 강제한 관련 규정을 위반하여 대손충당금을 설정하지 아니한 경우라고 하더라도 실제로 대손충당금을 설정하지 아니한 이상 실질과세의 원칙을 들어 손금이 발생한 것으로 볼 수는 없다.
[2] 여신전문금융회사인 피합병법인이 결산 이전에 대손충당금을 설정하는 회계처리를 하였더라도 그것이 아직 결산에 반영되지 아니한 상태에서 환입이 이루어졌다면 피합병법인의 손금으로 인식될 수 없으므로, 여신전문금융회사의 금전채권을 합병으로 취득하는 합병법인은 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제72조 제1항 제3호 단서에 따라 그 채권을 대손충당금이 설정되지 아니한 장부가액으로 승계할 뿐이다. 설령 피합병법인이 대손충당금을 설정하여 결산에 반영하였더라면 손금으로 인식되어 이월결손금이 발생하고, 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항 제2호에 따라 그 이월결손금을 승계하지 못하는 합병법인이 이를 회피하고자 피합병법인으로 하여금 결산 이전에 대손충당금을 설정하지 아니하게 함으로써 여신전문금융회사의 금전채권을 장부가액으로 승계한 후에 비로소 자신이 대손충당금을 설정하여 합병법인의 손금으로 인식하더라도, 이를 위법행위로서 소득신고에 오류·탈루가 있는 경우에 해당한다거나 신의칙에 반하는 행위에 해당한다고 할 수 없다.