경정불가처분취소 (세무, 부산고등법원)
공포일: 2015.06.10 / 시행일:

【원고(선정당사자), 항소인】 
【피고, 피항소인】 김해세무서장 외 1인
【제1심판결】 창원지방법원 2014. 7. 18. 선고 2014구합357 판결
【변론종결】2015. 5. 13.
【주 문】
1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고 김해세무서장이 2013. 6. 4. 원고(선정당사자)에게 한, 2010년 및 2011년 종합소득세 수정신고 납부세액 54,700,346원 및 가산세 12,620,016원에 대한 경정불가처분을 모두 취소한다.
3. 피고 수영세무서장이 2013. 9. 3. 원고 선정자에게 한, 2010년 종합소득세 수정신고 납부세액 25,886,733원 및 가산세 6,427,675원에 대한 경정불가처분을 모두 취소한다.
4. 소송총비용은 피고들이 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 주문 기재와 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고(선정당사자, 이하 ‘원고’라고만 한다)와 원고 선정자(이하 “원고 선정자”라고만 하고, 원고와 원고 선정자를 함께 가리킬 때에는 “원고등”이라 한다)는 김해시 진영읍 (주소 생략)에서 ‘○○○○○주유소’라는 상호로 면세유 등 유류 도소매업을 영위하는 사업자로서, 원고등은 2010년까지 각각 50% 지분의 공동사업자였고, 원고는 2011년부터 단독사업자이다. 
 나. 피고들은 감사원의 부산지방국세청 감사지적 내용에 따라 원고등에게, 원고등이 2010년, 2011년 면세유를 판매한 후 환급받은 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 주행세(이하 ‘개별소비세등’이라 한다) 합계 261,590,390원(2010년 163,051,790원, 2011년 98,538,600원, 이하 ‘이 사건 환급금’이라 한다)을 2010년과 2011년 종합소득세 과세표준에 합산하지 아니하고 소득세를 신고하였으므로 수정신고하라고 통보하였다. 이에 원고등은 이 사건 환급금을 2010년과 2011년 총수입금액에 가산하여 2013. 3. 22. 종합소득세를 수정신고(이하 ‘이 사건 수정신고’라 한다)하고 이를 납부하였다. 
 다. 이 사건 수정신고·납부한 것에 대하여, 원고는 2013. 5. 31. 피고 김해세무서장을 상대로 2010년 종합소득세 수정신고 납부세액 23,580,020원 및 가산세 7,033,919원 합계 30,613,939원, 2011년 종합소득세 수정신고 납부세액 31,120,326원 및 가산세 5,586,097원 합계 36,706,423원에 대한 경정청구를 하였고, 원고 선정자는 2013. 7. 11. 피고 수영세무서장을 상대로 2010년 종합소득세 수정신고 납부세액 25,886,733원 및 가산세 6,427,675원 합계 32,314,408원에 대한 경정청구를 하였다. 
 라. 피고 김해세무서장은 2013. 6. 4. 원고에게, 피고 수영세무서장은 2013. 9. 3. 원고 선정자에게 각 경정불가처분(이하 각 경정불가처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 그 이유는 원고등이 이 사건 환급금을 2010년, 2011년 필요경비(매출원가)에서 차감하여야 하는데도 이를 반영하지 않은 채 종합소득세를 과소신고하였다는 것이다.
 마. 원고등은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 그 청구들은 2013. 11. 27. 모두 기각되었다. 
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 6, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제7호증의 1, 2, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고등 주장의 요지
소득세법 제26조 제10항은 “조세특례제한법 제106조의2 제2항에 따라 석유판매업자가 환급받은 세액은 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 그리고 원고등은 공적견해에 해당하는, 국세청 발간 소득세신고 안내 책자의 ‘석유판매업자가 농어민 등에게 면세유를 공급하고 직접 환급받은 감면세액은 총수입금액 불산입’이란 해설을 신뢰하고, 이에 따라 당초 이 사건 환급금을 총수입금액에 산입하지 아니하고 종합소득세를 신고하였다. 
 그럼에도 피고들은 감사원의 지적에 따라 법령의 위임을 받지 아니할 뿐만 아니라 과세관청의 공적견해에 해당하지 않는 ‘면세유류 감면세액 환급금은 총수입금액과 필요경비에 산입하지 아니한다는 예규’를 근거로 원고등에게 이 사건 환급금을 2010년과 2011년 종합소득세 과세표준에 산입하여 수정신고하도록 통보하였고, 원고등은 할 수 없이 이 사건 수정신고·납부를 하였다. 
 이 사건 수정신고에 원고등의 귀책사유가 없는 이상, 이 사건 수정신고는 위 법규와 해설 내용에 따라 경정되어야 함에도, 피고들이 이를 거부하는 것은 조세법률주의와 국세부과의 대원칙인 신의성실의 원칙에 반한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 
나. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
다. 판 단
 1) 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조는 ‘거주자의 각 소득에 대한 총수입금액은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 하되, 총수입 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있고, 제27조는 ‘사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다’고 규정하고 있으며, 제33조는 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니하는 금액에 관하여 구체적으로 열거하고 있다.
 한편 소득세법 시행령은 제51조 내지 제114조에서 총수입금액과 필요경비의 범위와 계산에 관하여 구체적으로 규정하고 있다. 
 위와 같은 구 소득세법의 관련 규정의 체계와 내용을 종합하여 보면, 사업자에 대한 소득세의 과세표준인 사업소득은 구 소득세법 및 소득세법 시행령에 따라 계산된 총수입금액에서 필요경비를 공제하여 산정하고, 여기서 공제되는 필요경비는 구 소득세법 제33조에서 명시적으로 필요경비에 산입하지 않도록 규정된 것이 아닌 이상, 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 비용은 모두 포함된다고 봄이 타당하다.
 2) 그리고 소득세법 시행령 제51조 제3호는 사업소득에 대한 총수입금액을 계산할 때 관세환급금등 필요경비로 지출된 세액이 환입된 금액은 이를 총수입금액에 산입하도록 규정하고 있으므로, 석유판매업자가 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제106조의2 규정에 따라 농·어민 등에게 석유류를 공급하고 개별소비세등을 감면·환급받는 경우 일응 위 규정에 따라 총수입금액에 산입하여야 하나, 구 소득세법 제26조에서 ‘조세특례제한법 제106조의2 제2항에 따라 석유판매업자가 환급받은 세액은 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액에 산입하지 아니한다’고 별도로 규정하고 있으므로 결국 석유판매업자가 환급받은 개별소비세등은 총수입금액에 산입하지 아니한다.
 한편 소득세법 시행령 제55조는 판매한 상품에 대한 원료의 매입가격과 그 부대비용(제1호), 사업과 관련이 있는 제세공과금(제8호)을 필요경비에 포함되는 것으로 규정하고 있고, 석유판매업자가 석유제조업자로부터 면세유를 매입하면서 부담한 개별소비세등은 석유판매업자가 이를 매입가격에 포함하여 회계처리를 한 경우에는 제1호에 따라, 별도의 제세공과금으로 회계처리를 한 경우에는 제8호에 따라 필요경비에 산입되고, 석유사업자가 환급받은 개별소비세등은 소득세법 시행령 제33조에서 ‘필요경비에서 제외되는 금액’으로 명시되어 있지 아니하다. 
 3) 원고등이 석유제조업자로부터 면세유등을 매입하면서 이 사건 환급금에 해당하는 개별소비세등을 매출원가에 포함하여 회계처리 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제3, 4, 5호증의 각 기재에 의하여 인정할 수 있는바, 위 관련 규정에 비추어 보면, 결국 원고등이 석유제조업자로부터 면세유등을 매입하면서 부담한 이 사건 환급금에 해당하는 개별소비세등은 소득세법 시행령 제55조 제1호에 따라 필요경비에 산입된다고 봄이 타당하다(위 조항에서 규정된 필요경비는 구 소득세법 제27조에 따라 인정되는 필요경비를 예시적으로 열거한 것이므로, ‘총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것’이라는 요건은 당연히 갖춘 것이다). 
 따라서 원고등이 이 사건 환급금을 2010년과 2011년도 총수입금액에 산입하지 아니하고, 이 사건 환급금에 해당하는 개별소비세등을 2010년과 2011년도 필요경비에 산입하여 2010년과 2011년 종합소득세를 신고·납부한 것은 위와 같은 관련 규정에 따른 것으로 적법하다.
 그러므로 수정신고를 하라는 피고들의 통보에 따라 이 사건 환급금을 2010년과 2011년 총수입금액에 가산하여 종합소득세를 신고한 원고등의 이 사건 수정신고·납부는 부적법하고, 결국 위와 같이 원고등의 부적법한 이 사건 수정신고에 대하여 그 경정청구를 거부한 피고들의 이 사건 처분도 부적법하다(이와 같이 이 사건 처분이 부적법하다고 판단하는 이상 원고의 신의성실의 원칙 위반 주장에 대하는 별도로 판단하지 아니한다). 
3. 결 론
 그렇다면 원고등의 청구는 이유 있어 이를 모두 인용할 것인바, 이와 결론을 달리하는 제1심 판결은 부당하여 이를 취소하고, 이 사건 처분을 모두 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 강동명(재판장) 임지웅 이덕환