법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2006.10.17 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 영등포세무서장
【변론종결】2006. 9. 19.
【주 문】
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2004. 8. 2. 원고에 대하여 한 2000 사업연도 법인세 금 1,205,015,440원 중 금 1,202,902,861원을 초과하는 부분, 2001 사업연도 법인세 금 3,889,054,570원 중 금 3,836,740,808원을 초과하는 부분, 2002 사업연도 법인세 금 26,942,434,942원 중 금 26,886,087,561원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 부과처분의 경위
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제4호증의 1 내지 13, 갑 제5, 6호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 9, 을 제2호증의 1 내지 10, 을 제3호증의 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
 가. 원고 회사는 신용카드의 발행 및 관리 업무 등을 영위하는 법인으로,소외 2 주식회사,소외 3 주식회사,소외 4 주식회사,소외 5 주식회사(이하 ‘소외 회사들’이라 한다) 및소외 6과 함께소외 1 은행 주식회사의 주주였다(1999. 8. 9. 당시 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6의소외 1 은행 주식회사 주식보유 현황과 당사자들 사이의 주식보유비율은 다음 표와 같다).
구분주식수비율원고 회사35,892,129주15.91%소외 2 주식회사115,899,542주51.38%소외 3 주식회사25,226,545주11.18%소외 4 주식회사24,890,281주11.03%소외 5 주식회사11,238,083주4.98%소외 612,448,037주5.52%합계225,594,617주100%
 나.소외 8 주식회사는 1999. 2. 11.소외 1 은행 주식회사에 흡수합병 되었고, 이에 따라 합병존속법인인소외 1 은행 주식회사에 대하여소외 8 주식회사의 청산소득에 대한 농어촌특별세 금 78,860,603,601원(이하 ‘이 사건 농어촌특별세’라 한다)이 부과되었다.
 그 후소외 1 은행 주식회사는 1999. 9. 15.소외 7 은행 주식회사(2006. 4. 1.소외 9 은행 주식회사에 합병되었다, 이하 ‘소외 7 은행 주식회사’이라 한다)에 흡수합병 되었다.
 다. 원고 회사 및 소외 회사들은소외 1 은행 주식회사를 합병한소외 7 은행 주식회사가 1999. 11. 1. 납부한 이 사건 농어촌특별세액 및 그에 대한 이자 합계 금 100,669,136,749원을소외 7 은행 주식회사에 지급하였다.
 라. 그러자 피고는, 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 1999. 8. 10. 이 사건 농어촌특별세액을소외 1 은행 주식회사에 대한 주식 보유비율에 따라 납부하기로 합의하였음에도 원고 회사 및 소외 회사들이소외 6을 제외한 채소외 7 은행 주식회사에 이 사건 농어촌특별세액 및 그에 대한 이자 전액을 지급한 것은 업무와 무관하게 특수관계자인소외 6에게 그가 분담하기로 약정한 부분을 가지급금으로 지급한 것으로 보아 그에 대한 인정이자를 익금산입하여, 2004. 8. 2. 원고 회사에 대하여 2000 사업연도 법인세 금 1,205,015,440원(인정이자 부분 2,112,579원), 2001 사업연도 법인세 금 3,889,054,570원(인정이자 부분 52,313,762원), 2002 사업연도 법인세 금 26,942,434,942원(인정이자 부분 56,347,381원, 기납부세액 공제하고 1,504,001,220원 환급)을 각 부과·고지하였다(이하 각 사업연도 법인세 부과처분 중 위 가지급금 인정이자 부분에 대한 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).
 마. 원고 회사는 이 사건 부과처분에 불복하여 2004. 11. 1. 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2005. 12. 1. 원고 회사의 심판청구를 기각하였다.
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
 가. 원고 회사의 주장
 (1) 원고 회사 및 소외 회사들이 이 사건 농어촌특별세액을 책임지기로 약정한 1999. 8. 10.자 합의서에소외 6도 그 세액의 지급을 부담하는 당사자로서 날인되어 있는 것은 사실이나, 이는 당시소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병절차를 추진하던 실무자들이소외 6의 동의를 받지 아니한 채 보관하고 있던소외 6의 인장을 임의로 날인한 것이고,소외 6이 그 후 위 합의서의 내용을 추인한 사실도 없으므로, 위 1999. 8. 10.자 합의는소외 6에 대하여 효력이 없다.
 (2) 설령 위 1999. 8. 10.자 합의에소외 6이 관여한 것이라 하더라도 위 합의는소외 1 은행 주식회사의 주주들인 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 단지 이 사건 농어촌특별세를 연대하여 책임지기로 약정한 것에 불과하고, 각 당사자들이 구체적으로 분담할 비율을 정한 것은 아니었으며, 그 후소외 1 은행 주식회사의 법인주주인 원고 회사 및 소외 회사들은 1999. 8. 16.소외 1 은행 주식회사에 대한 주식 보유비율로 이 사건 농어촌특별세를 분담하기로 합의하고 이를 모두 이행하였으므로, 그로써소외 6의 위 1999. 8. 10.자 합의에 따른 책임은 소멸하였다고 보아야 한다.
 (3) 따라서,소외 6이 1999. 8. 10.자 합의에 따라 이 사건 농어촌특별세 중소외 1 은행 주식회사에 대한 주식 보유비율에 따른 분담의무가 있음을 전제로 하는 이 사건 부과처분은 위법하다.
 나. 관계법령
[법인세법]
제28조 (지급이자의 손금불산입)
① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
 4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
 나.제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것
제52조 (부당행위계산의 부인)
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
[법인세법 시행령]
제53조 (업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입)
①법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.
제87조 (특수관계자의 범위)
①법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호, 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 본 조항이 개정되었으나 아래 각호는 개정되지 않았다)
 1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
 2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
 다. 인정사실
 앞서 든 각 증거와 갑 제1호증, 갑 제2호증(을 제3호증의 1과 같다), 갑 제3호증의 1 내지 6의 각 기재, 증인소외 10의 일부 증언(뒤에서 믿지 않는 부분 제외), 이 법원의소외 9 은행 주식회사장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
 (1) 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6은소외 8 주식회사의 청산소득에 대하여 이 사건 농어촌특별세가 부과된다는 점을 알지 못한 채소외 7 은행 주식회사와소외 1 은행 주식회사의 합병절차를 진행하다가 1999. 6.경 비로소 이 사건 농어촌특별세가 부과된다는 사실을 알게 되자, 이 사건 농어촌특별세로 인하여 합병절차를 다시 진행함으로써 발생하는 시간적·절차적 비용을 절감하고 종전에 약정된 합병비율을 그대로 유지하기 위하여, 1999. 8. 10.소외 7 은행 주식회사 및소외 1 은행 주식회사와 ‘농어촌특별세 보전합의서’라는 제목하에, ① 이 사건 농어촌특별세를 면제받기 위한 모든 절차를 거쳤음에도소외 1 은행 주식회사의 이 사건 농어촌특별세 납부의무가 확정되는 경우 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6은소외 7 은행 주식회사에 연대하여 이 사건 농어촌특별세액 전액(소외 7 은행 주식회사,소외 1 은행 주식회사가 선납부한 경우 그 이자상당액도 포함)을 지급하고, ② 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6은소외 7 은행 주식회사에 지급하기로 한 금액에 관하여소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들에 대하여 분담을 요구할 수 있으며,소외 7 은행 주식회사는 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 약정한 사항을 모두 이행하는 경우소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들에 대한 권리를 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6에게 그 지분비율에 따라 양도하고, ③ 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6은 위 의무를 담보하기 위하여 연대하여 금 1,046억원 상당의 선순위 담보를 제공하기로 약정하였다(소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병절차 및 합의서 작성은○○그룹 경영전략팀이 주도하였다, 이하 ‘이 사건 1차 약정’이라 한다).
 한편, 이 사건 1차 약정서 말미에는소외 7 은행 주식회사,소외 1 은행 주식회사, 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6의 날인이 되어 있다.
 (2) 원고 회사 및 소외 회사들은 1999. 8. 16. ‘합의서’라는 제목하에, 이 사건 1차 약정상 당사자들이 연대하여 부담하기로 한 이 사건 농어촌특별세는 납부의무가 최종 확정되거나 혹은 2000. 12. 31.까지 원고 회사 및 소외 회사들이 1999. 8. 9. 현재 보유하는소외 1 은행 주식회사의 주식비율(원고 회사 16.8%,소외 2 주식회사 54.4%,소외 3 주식회사 11.8%,소외 4 주식회사 11.7%,소외 5 주식회사 5.3%)에 따라 분담하여소외 7 은행 주식회사에 지급하기로 약정하였다(이하 ‘이 사건 2차 약정’이라 한다).
 (3) 그 후 원고 회사는 2000. 12. 29. 및 2001. 12. 29.소외 7 은행 주식회사에게 위 은행이 납부한 이 사건 농어촌특별세액 및 선납이자 중 이 사건 2차 약정의 분담비율에 따른 분담액 합계 금 16,761,851,111원(세액 14,573,439,546원 ＋ 선납이자 2,188,411,565원)을 지급하였다(소외 회사들이소외 7 은행 주식회사에 지급한 분담 내역은 다음 표와 같다).
구분세액선납이자합계원고 회사14,573,439,546원2,188,411,565원16,761,851,111원소외 2 주식회사47,190,185,194원7,086,285,069원54,276,470,263원소외 3 주식회사10,236,106,347원1,537,098,598원11,773,204,945원소외 4 주식회사10,149,359,683원2,420,285,814원12,569,645,497원소외 5 주식회사4,597,573,190원690,391,743원5,287,964,933원합계86,746,663,960원13,922,472,789원100,669,136,749원
 (4)소외 7 은행 주식회사는 원고 회사 및 소외 회사들로부터 위와 같은 이 사건 농어촌특별세액 및 그 선납이자를 모두 지급받은 후 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6에게소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들에 대한 권리를 양도한 사실은 없다.
 라. 판단
 (1) 이 사건 1차 약정이소외 6에 대하여 효력이 있는지 여부
 원고 회사는소외 6이 이 사건 1차 약정에 관여하거나 사후에 이를 추인한 사실이 없으므로, 이 사건 1차 약정은소외 6에 대하여 아무런 효력이 없다고 주장한다.
 보건대, 원고 회사의 주장에 부합하는 증인소외 10의 일부 증언은, ① 금 788억여원 상당의 세액을 연대하여 부담하고, 금 1,046억원의 담보를 제공하는 이 사건 1차 약정서에 당사자의 사전 동의나 권한부여 없이 임의로 인장이 날인된다는 것은 극히 이례적이라 할 것이고, 더욱이 이 사건 1차 약정에 참여한 당사자들은 모두 국내 최대 기업집단을 이루는 대규모 법인 내지 지배주주였다는 점, ② 이 사건 농어촌특별세가소외 1 은행 주식회사 및소외 7 은행 주식회사의 합병절차와 별개로 처리되면소외 1 은행 주식회사의 순자산이 이 사건 농어촌특별세액 만큼 과다계상 되어소외 1 은행 주식회사의 주주인소외 6도 합병존속법인인소외 7 은행 주식회사의 합병신주를 더 많이 교부받게 되는 이익이 있었던 점, ③ 실제로 이 사건 1차 약정에 따라 이 사건 농어촌특별세 문제가 해결됨으로써소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병절차가 순조롭게 진행된 점 등에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵고, 달리 원고 회사의 주장을 인정할 증거가 없으며, 오히려소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병절차를 주도한○○그룹 경영전략팀은소외 6으로부터 합병 과정에서 발생하는 이 사건 1차 약정 내용을 포함한 모든 권한을 수권한 상태에서 이 사건 1차 약정을 체결한 것이라고 할 것이다.
 원고 회사의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
 (2) 이 사건 1차 약정의 범위
 원고 회사는, 이 사건 1차 약정은 단순히 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 외부적으로 이 사건 농어촌특별세를 연대하여 납부하기로 한 것에 불과하고, 각자가소외 1 은행 주식회사의 보유 주식비율로 분담비율을 약정한 것은 아니었으며, 그 후 이 사건 2차 약정에 따라 비로소 당사자들 사이의 구체적인 분담비율이 정해졌다는 취지로 주장한다.
 보건대, 이 사건 1차 약정서에 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 이 사건 농어촌특별세를 연대하여 지급한다고 기재되어 있고, 각자의 분담비율이 구체적으로 명시되어 있지 아니한 것은 사실이나, 반면 ① 이 사건 1차 약정은소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병절차가 진행되던 중 이 사건 농어촌특별세 문제가 제기되어 합병절차가 지연될 우려가 발생하자소외 1 은행 주식회사의 지배주주들이 이를 해결하기 위하여 체결한 것인데 그들이 부담하여야 할 총 세액만 금 788억여원에 이르고, 제공하여야 할 담보도 금 1,046억원에 이르는 사정 등에 비추어 보면, 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 단순히 외부적으로 이 사건 농어촌특별세를 연대하여 책임지겠다는 약정만 하였다고 보기 어렵고, 그들 내부 사이에는 거액의 세액 등에 대한 각자의 분담비율에 관하여 약정이 있었다고 보아야 하는 점, ② 그런데 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6의 주식 보유비율에 커다란 차이가 있는 이상 내부적으로 각자가소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병으로 얻게 되는 이익의 정도 즉, 각자가 보유하는소외 1 은행 주식회사의 주식 보유비율로 이 사건 농어촌특별세를 분담하기로 약정하였다고 보는 것이 합리적인 점(민법 제424조에 의하면 연대채무자의 부담 부분은 균등한 것으로 추정한다고 규정하고 있는데, 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6의 이 사건 농어촌특별세의 내부적인 분담비율이 균등하다고 보게 되면 오히려소외 5 주식회사,소외 6 등 상대적으로 다른 회사에 비하여소외 1 은행 주식회사 주식을 적게 보유한 주주들에게 불합리한 결과가 초래된다), ③ 이 사건 1차 약정에도 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 이 사건 농어촌특별세를 전액 납부한 경우소외 7 은행 주식회사는 위 당사자들의소외 1 은행 주식회사 주식 보유비율에 따라소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들에 대한 권리를 양도하기로 되어 있는 등 주식 보유비율의 차이를 전제로 하는 약정이 존재하는 점 등 변론에 나타난 제반사정을 종합하면, 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6은 이 사건 1차 약정 당시 이미 내부적으로소외 1 은행 주식회사 주식 보유비율에 따라 이 사건 농어촌특별세를 분담하기로 약정한 것이라고 할 것이다.
 따라서, 이 사건 1차 약정으로 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6의 이 사건 농어촌특별세 분담비율이 정하여진 이상, 이 사건 2차 약정은 원고 회사 및 소외 회사들이소외 6을 제외한 채 그들만이 이 사건 농어촌특별세를 다시 분담하기로 함으로써소외 6에게 그의 분담 부분에 관하여 이익을 분여하기로 약정한 것에 불과하다고 할 것이다.
 원고 회사의 이 부분 주장도 이유 없다.
 (3) 따라서, 원고 회사가 이 사건 1차 약정과 달리 이 사건 2차 약정에 따라소외 6을 제외한 채 소외 회사들과 이 사건 농어촌특별세 및 그 선납이자 전액을 지급한 것은 결과적으로 경제적 합리성을 결여하여 업무와 무관하게 특수관계자인소외 6에게 그가 분담하기로 약정한 금액을 지급한 것이라 할 것이므로, 그에 대한 인정이자를 익금산입하여 각 사업연도 법인세액을 산정한 이 사건 부과처분은 적법하다.
 한편, 원고 회사는, 이 사건 농어촌특별세액의 분담의무가 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6 이외에소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들에게도 있음을 전제로소외 6의 분담 부분을 산정함에 있어서소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들의 보유주식비율도 참작하여야 한다고 주장하므로 보건대,소외 1 은행 주식회사에 대하여 부과된 이 사건 농어촌특별세에 대하여소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들이 그 납부의무가 없음은 명백하고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부과처분은 원고 회사가 이 사건 1차 약정에 따라 이 사건 농어촌특별세를 분담하기로 약정한소외 6을 제외한 채 소외 회사들과 이 사건 농어촌특별세액 및 그 선납이자를 지급한 것을 과세원인으로 한 것이므로, 원고 회사의 위 주장은 나아가 판단할 필요 없이 받아들일 수 없다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 이태종(재판장) 김선희 오태환