임원취임승인취소처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2015.10.16 / 시행일:

【원고, 항소인】 원고 1 외 2인 (소송대리인 법무법인 케이씨엘 담당변호사 홍성진)
【피고, 피항소인】 교육부장관 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 박유화)
【제1심판결】 서울행정법원 2014. 11. 20. 선고 2014구합54691 판결
【변론종결】2015. 8. 28.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 취소한다. 
 2. 피고가 2014. 3. 14. 원고들에 대하여 한 임원취임승인취소 처분을 모두 취소한다. 
 3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 기초사실
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 1호증, 갑 2호증의 1, 2, 갑 6호증, 갑 7호증, 갑 12호증, 갑 13호증, 갑 18호증, 갑 19호증, 갑 25호증, 갑 37호증의 1, 2, 갑 47호증, 갑 48호증, 갑 49호증의 1 내지 3, 갑 51호증, 갑 52호증, 을 1호증, 을 4호증, 을 5호증, 을 6호증, 을 7호증, 을 8호증, 을 9호증, 을 10호증, 을 11호증, 을 14호증, 을 15호증, 을 16호증, 을 17호증의 1, 2, 을 18호증, 을 19호증, 을 20호증, 을 34호증, 을 35호증, 을 36호증, 을 37호증, 을 41호증의 1, 2, 을 42호증, 을 56호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다. 
가. 학교법인 ○○학원의 학내 분규와 임시이사 체제
 ① 학교법인 ○○학원(이하 ‘○○학원’이라 한다)은 1964. 1. 18. 망 소외 1에 의해 설립되어, △△대학교, △△□□□대학교, 6개의 특수학교, 2개의 유치원 등을 설립·운영하여 왔다. 
 ② △△대학교는 1993. 4.경 총장 선임과 관련하여 학내 구성원들 사이에 분쟁[○○학원 이사 소외 2(망 소외 1의 장남 소외 3의 처)와 소외 4(소외 3과 소외 2의 장남) 사이의 다툼]이 발생하였다. 피고는 1994. 2. 22. 별지 ‘○○학원 임원취임승인취소 사유’를 이유로 소외 2를 포함한 ○○학원의 임원 전원에 대하여 구 사립학교법(1999. 8. 31. 법률 제6004호로 개정되기 전의 것) 제20조의2에 의하여 이사취임승인을 취소하고, 제25조에 따라 임시이사를 선임하였다. 피고는 그 후 임기만료된 임시이사들을 새로운 임시이사로 교체하여 왔다.
 ③ △△대학교의 정상화 방안과 관련하여, 임시이사들로 구성된 ○○학원의 이사회는 “소외 2의 독선과 파행으로 분규가 발생하였으므로, △△대학교 부총장 소외 5를 위원장으로 하는 정상화추진위원회를 구성하여 공모를 통해 이사를 지명하되, 소외 2의 장남 소외 4가 4명, 교수회, 총동창회, 직원회가 각 1명을 지명하자.”라고 주장하였다. 이에 반해 소외 2, 소외 6, 소외 7을 비롯한 종전이사들은 학교의 정체성과 설립정신 승계를 위해 종전이사 중심의 정상화가 되어야 한다고 주장하면서, 소외 2가 소외 6, 소외 7로부터 권한을 위임받아 이사 7명을 추천하겠다는 의견을 표시하였다.
나. ○○학원의 정상화 과정
 ① 사학분쟁조정위원회(이하 ‘사분위’라 한다)는 2011. 7. 14. 피고의 요청으로 회의를 개최하여, ○○학원이 정상화되었음을 전제로 ○○학원에 총 이사 7명 중 ‘종전이사 측 이사 3명, 학내 구성원 측 이사 2명, 피고 측 이사 1명’을 정식이사(이하 임시이사와 대비되는 이사를 지칭할 때는 ‘정식이사’라 한다)로, 나머지 1명을 임시이사(향후 종전이사 측 및 학내 구성원 측에서 합의하여 정식이사 추천 시까지 임기 1년의 임시이사)로 선임하기로 결정하였다(이하 ‘이 사건 정상화 결정’이라 한다). 
 ② 사분위는 2011. 11. 1. 원고들(종전이사 측 추천), 소외 8, 소외 4(이상 학내 구성원 측 추천), 소외 9(피고 추천)를 정식이사로, 소외 10을 임시이사로 선임하기로 결정하였다. 피고는 사분위의 위 결정에 따라 원고들, 소외 8, 소외 4, 소외 9를 정식이사로, 소외 10을 임시이사로 각 선임하였다. 사분위와 피고는 이 사건 정상화 결정에도 불구하고 이사 중 1명을 임시이사로 선임한 이유에 관하여 ‘종전이사 측과 학내 구성원 측 사이에 갈등이 있어 단계적 정상화를 위하여 임시이사를 선임할 필요가 있음’을 내세웠다.
 ③ 사분위의 정식이사 선임 원칙은 아래와 같다.
○ 다음의 원칙에 입각하되, 대학별 사정 등을 종합하여 ‘대학별 구체적 선임방안’ 마련?- 원칙적으로 종전이사 측에게 법인 경영권을 유지할 수 있는 최소한(과반수)의 이사 추천권을 부여하되,?- 비리, 도덕성, 학교경영 역량 등이 사회상규나 일반인의 법감정에 비추어 도저히 용납할 수 없다고 인정되는 경우는 예외
 ④ 임시이사로 선임된 소외 10의 임기가 2012. 10. 31. 만료되자, 피고는 사분위의 심의의결을 거쳐 2012. 11. 8. 소외 11을 임시이사로 선임하였다(이하 ‘이 사건 임시이사 선임처분’이라 하고, 소외 10에 대한 임시이사 선임처분과 함께 칭할 때는 ‘이 사건 각 임시이사 선임처분’이라 한다).
 ⑤ 소외 9 이사는 2012. 12. 30. 사망하였다. 
다. 원고들의 지위 등
 ① ○○학원의 이사들은 아래 표와 같은 직위와 임기로 선임되어 있다. 
순번이사추천 구분성명직위임기비고1종전이사원고 1이사2011. 11. 1.부터 2015. 10. 31.까지?2종전이사원고 2이사2011. 11. 1.부터 2015. 10. 31.까지?3종전이사원고 3이사2011. 11. 1.부터 2015. 10. 31.까지?4학내 구성원소외 4이사2011. 11. 1.부터 2015. 10. 31.까지?5학내 구성원소외 8이사 및 이사장2011. 11. 1.부터 2015. 10. 31.까지?6피고소외 9이사2011. 11. 1.부터 2015. 10. 31.까지2012. 12. 30. 사망7피고소외 11임시이사2012. 11. 27.부터 2013. 11. 26.까지2013. 11. 19. 집행정지
 ② 사립학교법 제18조, ○○학원 정관(갑 제8호증) 제18조, 제28조에 의하면 ○○학원 이사 정수는 이사장을 포함한 7명이고, 이사회는 재적이사 과반수의 출석으로 개의하며, 이사 정수의 과반수(최소 4명) 찬성으로 의결하도록 되어 있다.
라. 이사장 선출 과정
 ① ○○학원이 2011. 11. 1.부터 정상화된 후 가장 중요한 현안은 이사장(이사회 개최와 안건 상정에서 중요한 권한을 행사하는 직책) 선출이었다. 피고와 사분위는 ○○학원을 정상화하면서도 위 나.③항과 같은 ‘사분위의 정식이사 선임 원칙’과는 어긋나게, 종전이사 측 이사 3명, 학내 구성원 측 이사 2명, 피고 측 이사 2명(정식이사 1명, 임시이사 1명)을 선임함으로써 종전이사 측에 과반수를 배분하지 않았기 때문에 종전이사 측은 독자적으로는 이사장을 선출할 수 없었고, 이사장 선출은 난항을 거듭하였다.
 ② 원고들과 소외 9는 합의 하에 2011. 11. 11. 제548회 이사회 개최를 요구하여, 같은 날 이사회가 정상적으로 개최되었다. 원고들과 소외 9는 원고 2를 이사장으로 선출하려 하였으나, 교수들과 학생들의 회의장 진입으로 무산되었다.
 ③ 원고 1은 2011. 11. 25. 원고 2, 원고 3, 이사 소외 9, 소외 10의 동의를 받아 제549회 이사회(2011. 12. 5. 예정) 개최를 ○○학원 법인사무국에 요구하였으나, 위 법인사무국은 일부 이사(소외 8, 소외 4)가 참석할 수 없어 이사회를 개최할 수 없다면서, 2011. 12. 19. 개최 예정임을 통보하였다.
 ④ 이에 원고 1은 과반수인 4명의 이사가 모여 이사회를 개최할 수 있는지 여부에 대하여 피고에게 질의하였다. 피고는 위 질의에 대하여 “현재 ○○학원의 이사장은 미선출된 상태이며, 이는 이사회 소집권자가 없다고 볼 수 있으므로, 사립학교법 제17조 제3항 및 정관 제30조 제2항의 단서에 따라 이사 전원이 집합하고, 또 그 전원이 이사회 개최를 요구한 때에 한하여 이사회를 개최할 수 있다고 보는 것이 타당하다고 판단됩니다. 또한 이사회 개최 장소는 이사 과반수로 일방적으로 결정하기 보다는 이사들의 참석 및 법인사무국의 회의 준비 용이성 등 제반 사정을 종합적으로 협의·결정할 사항이라 판단됩니다.”라고 회신하였다. 
 ⑤ 피고는 2011. 12. 29. 추가공문을 보내서 “현재는 이사장이 미선출된 상태로서 이사회 소집권자가 없으므로, 이사 전원이 집합하고 또 그 전원이 이사회 개최를 요구하여 이사회를 개최하여야 함에도 최근 일부 이사들이 이사 과반수 찬성이라는 이유로 불법 이사회를 소집함으로써 학교법인에서 소집한 이사 간담회가 무산되는 결과를 초래한 바 있습니다. 향후 동일한 사례가 재발하지 않도록 유념해 주시기 바라며, 임원 간 분쟁으로 이사회가 정상적으로 운영되지 못하여 학교운영에 중대한 차질이 생길 경우 사립학교법 등 관련 규정에 따라 임원취임승인취소 등 엄중한 조치를 취할 수도 있음을 알려드립니다.”라고 경고하였다. 이에 따라 원고들은 이사 전원 참석 하에 제549회 이사회를 열기 위해 수차례에 걸쳐 간담회를 가진 바 있다.
 ⑥ ○○학원 법인사무국은 2012. 5.경 원고들에게 ‘임원 간담회 소집 통보’라는 제목으로 아래와 같은 내용을 통보하였다.
제550회 이사회 개최를 위하여 우리 법인 임원 간담회를 아래와 같이 소집하오니 참석하여 주시기 바랍니다.?가. 일시 : 2012. 5. 25. (금) 14:00?나. 장소 : 법인 회의실?다. 내용 : 사립학교법 제17조 제3항 및 ○○학원 정관 제30조 제2항의 단서 규정에 의거 이사 전원이 참석한 후 이사회 개최 요구
 ⑦ 원고들은 2012. 5. 25. ○○학원 법인사무국에 ‘다른 일정이 있어 간담회에 참석할 수 없다.’라고 통보하였으나, 학내 구성원 측 이사인 소외 8, 소외 4는 이사 소외 9 및 임시이사 소외 11과 간담회를 갖고, 제550회 이사회를 개최하여 소외 8을 이사장으로 선출하였다. 
 ⑧ 이에 대하여 원고들은 2012. 5. 30. 피고에게 위 ④, ⑤항의 회신 내용에 의하면 위 이사장 선출은 불법이라는 이유로 다시 이사장을 선출할 수 있도록 행정지도를 해 줄 것을 요청하였다. 그러나 피고 측은 민원회신을 통하여 “이사장은 사립학교법 제14조 제2항에 의거 정관이 정하는 바에 의하여 선임되며, ○○학원은 정관으로 ‘이사장은 이사가 호선한다.’로 규정하고 있습니다. 이에 따라, ○○학원이 이사장 선임건에 대해 간담회가 개최됨을 알리고 이사 과반수 참석 및 참석자 전원의 동의로 이사장이 선임되었는바, 위법성이 인정되기 어려움을 알려드립니다.”라고 회신함으로써 ‘위 ④, ⑤항의 회신 내용’과는 상반되는 견해를 피력하였다. 
 ⑨ 원고들은 ○○학원 법인사무국에 소외 8에 대한 이사장 선임을 철회해줄 것을 요구하였으나 받아들여지지 않자, 이에 대한 항의로 2012. 6. 15.부터 2012. 12. 11.까지 사이에 개최된 이사회에 참석하지 않았다.
마. 원고들과 학내 구성원 측 이사들 사이의 갈등 지속
 ① 원고들은 피고 측 추천 이사인 소외 9가 2012. 12. 30. 사망하여 학내 구성원 측 이사 2명과 피고 추천 임시이사 1명만으로는 의사정족수와 의결정족수를 갖출 수 없어 의안을 처리할 수 없게 되자, 2013. 1. 31.부터 2013. 8. 19.까지 사이에 개최된 제553회 내지 제556회 이사회에 참석하여 부의된 안건을 모두 처리하였다. 특히 2013. 1. 31. 개최된 제553회 이사회에서는 2012학년도 대학과 특수학교의 회계결산 및 2013학년도 본예산을 가결시켰고, 소외 8이 이사장으로 추인되었다.
 ② 그러나 2013. 9. 12. 학내 구성원 측 소외 12가 △△대학교 총장후보자로 당선된 이후, 원고들은 2013. 10. 11.부터 2014. 1. 17.까지 사이에 8차례에 걸쳐 개최된 이사회, 간담회에 신변위협 등을 이유로 참석하지 않았다. 원고 1은 수차 공문을 보내서 회의 장소를 서울, 동대구역 등 안전한 장소로 바꾸어줄 것을 요청하였으나, ○○학원 법인사무국과 이사장 소외 8은 이사회의 원활한 지원을 위해 회의 장소를 변경할 수 없다는 이유로 이에 응하지 않았다.
바. 망 소외 9 이사의 후임이사 선임 지연 등
 ① ○○학원과 원고들은 2013. 2. 5. 및 2013. 5. 6. 피고에 대하여 소외 9 이사의 사망에 따른 결원이사 선임방법에 관하여 질의하였다. 
 ② 이에 피고는 2013. 4. 15. 및 2013. 5. 21. 개방이사추천위원회의 추천을 받아 이사를 선임하여야 한다고 회신하였다.
 ③ 피고는 2013. 10. 10.부터 2013. 12. 31.까지 사이에 ○○학원 이사들에 대하여 소외 9 이사의 사망에 따라 결원이사를 개방이사로 선임하고, ‘2013. 3. 18. 임기만료된 감사 2명’의 후임자 선임을 지시하였으나, ○○학원은 원고들과 학내 구성원 측 이사들 사이의 의결이 달라 이를 이행하지 못하였다. 
사. 이 사건 임시이사 선임처분에 대한 취소 판결 선고 및 확정
 ① 한편 ○○학원의 종전 이사들이었던 소외 6, 소외 2, 소외 7은 피고를 상대로 서울행정법원 2012구합43246호로 이 사건 임시이사 선임처분의 취소를 구하는 소를 제기하여 2013. 5. 3. 위 법원으로부터 ‘○○학원에 대한 임시이사 선임사유는 해소되었다고 인정함이 타당하므로, 사분위나 피고로서는 ○○학원의 임시이사 모두를 해임하고 정식이사를 선임하여야 한다.’라는 취지로 승소판결(이하 ‘관련사건 제1심 판결’이라 한다)을 선고받았다. 
 ② 이에 피고가 서울고등법원 2013누15912호로 항소하였으나, 2014. 1. 23. 항소기각판결이 선고되었고, 관련사건 제1심 판결은 2014. 2. 12. 확정되었다. 
아. 사분위 의결 및 원고의 정식이사 추천 등
 ① 사분위는 ‘관련사건 제1심 판결’ 선고 이후인 2013. 12. 12. 회의를 개최하여 아래와 같은 내용의 의결을 하였다.
◇◇학원 및 ○○학원 상황 보고안○ 각 학교법인의 상황보고를 받고, 관련사건 판결의 취지에 따라 각 법인의 임기만료된 임시이사의 후임으로 정식이사를 선임하기로 하되,○ 관할청으로 하여금 ◇◇학원에 대하여는 종전 사분위 결의에 따라 종전이사 측에게 정식이사 후보로 중립적이고 합리적인 인사를 3배수로 추천하도록 하고, ○○학원에 대하여는 종전 사분위의 결의에 따라 종전이사 측과 학내 구성원 측이 합의하여 정식이사 후보로 2배수를 추천하도록 하여 차기 회의에 정식이사 선임 안건을 상정하도록 한다.
 ② 피고는 2013. 12. 31. 위 결의에 따라 ○○학원 이사들에 대하여 2014. 1. 20.까지 임기만료된 임시이사 후임으로 정식이사 후보자 2명을 추천하라는 내용의 통보를 하였다. 
 ③ 사분위는 2014. 1. 16. ○○학원의 임원 간 대립 등의 사정을 고려하여 종전이사 측과 학내 구성원 측의 합의가 되지 않을 경우 양측에서 각각 2배수의 후보자를 추천하도록 결정하였다(제95차 사분위 회의록, 갑 47호증). 
 ④ 그런데 피고는 2014. 1. 22. 학내 구성원 측인 이사장 소외 8로부터 결원임원 미선임 및 4개 학교의 학교장 미임명에 관한 시정명령을 이행할 수 없고, 임시이사에 대한 정식이사 후보자 추천도 불가능하다는 내용의 통보를 받고, ○○학원에 위 사분위 결정 내용을 통보하지 않았다.
 ⑤ 그러나 다른 경위로 위 ③항의 ‘2014. 1. 16.자 사분위 결정 내용’을 알게 된 종전이사 측은 2014. 2. 6., 2014. 2. 24. 피고에 대하여 정식이사 후보자 2명(소외 13, 소외 14)을 추천하였으나, 피고는 정식이사를 선임하지 않았다. 
자. △△대학교 총장 등 궐위 및 ○○학원 운영업무 처리 지연
 ① ○○학원이 설치·경영하는 △△대학교 총장은 2013. 11. 1.부터, △△□□□대학교 총장은 2013. 3. 30.부터, △△☆☆학교장 및 △△▽▽학교장은 2013. 9. 1.부터 각 공석이었다. 
 ② 이에 피고는 2013. 10. 10.부터 2013. 12. 31.까지 사이에 ○○학원 이사들에 대하여 위 4개 학교의 학교장을 임명할 것을 지시하였는데, ○○학원은 종전이사 측인 원고들과 학내 구성원 측 이사들 사이의 갈등으로 인해 이를 이행하지 못했다.
 ③ 이로 인하여 ○○학원은 2013학년도 추가경정예산(안) 심의, 2014학년도 학교비회계 본예산(안) 심의, 2014학년도 법인회계본예산(안) 심의, 교원 임용(신규, 재임용, 승진), △△☆☆학교 교원징계 및 징계위원회 위원 임면 등의 주요 현안을 처리하지 못하였다. 
차. 피고의 원고들을 포함한 ○○학원 이사들 전체에 대한 임원취임승인취소의 경위
 ① 피고는 2013. 12. 31. 원고들을 포함한 ○○학원 이사들 전체에 대하여 임원 간 분쟁, 결원임원(개방이사 1명, 감사 2명) 미선임 및 4개의 학교(△△대학교, △△□□□대학교, △△☆☆학교, △△▽▽학교)의 장 미임명으로 학교운영에 장애가 발생하였다는 이유로 2014. 1. 20.까지 ‘결원임원 선임, 4개의 학교의 장 임명’의 시정조치를 이행하고, 임기만료된 임시이사의 후임으로 정식이사 후보자 2명을 추천하도록 하고 그 결과를 제출할 것을 계고하였다(이하 ‘이 사건 시정요구’라 한다).
 ② 이 사건 시정요구에 대하여 학내 구성원 측 이사장인 소외 8은 2014. 1. 22. 피고에게 “기한 내에 요구사항을 이행하거나 정이사 후보자를 추천할 수 없었음을 보고합니다. 아울러, 이사회 파행으로 인하여 우리 법인이 설치·경영하는 학교의 정상적인 학사운영 차질이 더 이상 확대되어서는 안 될 것이므로, 조속한 시일 내에 관련 법규에 의하여 조치하여 주시기 바랍니다.”라고 회신하였다. 이에 피고는 청문절차를 거쳐 2014. 3. 14. 사립학교법 제20조의2에 따라 ○○학원 이사 5명(원고들과 소외 8, 소외 4)에 대한 임원취임승인을 취소하고, 이를 ○○학원 및 원고들에게 통지(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였는데, 그 구체적인 사유(이하 ‘이 사건 각 처분사유’라 한다)는 다음과 같다.
1. 임원 간 분쟁으로 학교운영에 중대한 장애 야기(이하 ‘[1]처분사유’라고 한다)?- ○○학원 정상화에 따른 정식이사 6명 및 임시이사 1명의 선임 이후 이사회 개최방식 등과 관련하여 이사 간 의견대립이 있었고, 2012. 5. 25. 임원간담회를 통하여 소외 8 이사가 이사장으로 선출되자 이후 원고들의 불참 속에 이사회가 운영되었다.?- 2012. 12. 30. 소외 9 이사가 사망한 이후에는 정상적으로 이사회가 운영되었지만, 2013. 9. 12. △△대학교 총장이었던 소외 12가 총장 후보자에 당선된 이후에는 피고의 이사회 운영 정상화 촉구에도 불구하고 이사회 개최장소 변경, 안건 조정 등을 이유로 7차례에 걸쳐 이사회가 무산되었다.2. 결원임원(개방이사 및 감사) 미선임(이하 ‘[2]처분사유’라고 한다)?- 피고는 ○○학원 및 원고들로부터 소외 9 이사의 사망에 따른 결원이사 선임방법에 관하여 질의를 받고, 사립학교법 부칙에 따라 개방이사로 선임하도록 회신하였고, 이후 지속적으로 개방이사 1명 및 추천감사를 포함한 결원감사의 조속한 선임을 촉구하였으나, ○○학원은 이사 간의 분쟁으로 이를 이행하지 않았다.3. 설치·경영하는 학교의 장 미임명(이하 ‘[3]처분사유’라고 한다)?- ○○학원이 설치·경영하는 △△대학교 , △△□□□대학교, △△☆☆학교·△△▽▽학교 등 4개 학교의 장이 공석상태였고, 이로 인하여 특수학교 학생들의 등교거부, 학부모의 천막농성 등이 이루어졌는바, 이에 피고가 위 학교장 임명에 관한 시정명령을 하였는데, ○○학원은 이사 간의 분쟁으로 이를 이행하지 않았다.4. 임기만료된 임시이사의 후임에 관한 정식이사 후보자 미추천(이하 ‘[4]처분사유’라고 한다)?- 사분위는 2013. 12. 9. 제94차 회의를 개최하여 종전이사 측과 학내 구성원 측의 합의를 통해 결원인 임시이사의 후임으로 정식이사 후보자 2명을 추천하도록 결정하였고, 피고는 위 결정에 따라 원고들에게 정식이사 후보자 추천을 통보하였는데, ○○학원은 이사 간의 분쟁으로 이를 이행하지 않았다.5. 설치·경영하는 학교의 주요 현안 미처리(이하 ‘[5]처분사유’라고 한다)?- 임원 간의 분쟁에 따른 이사회 운영 파행으로, 2013학년도 추가경정예산(안) 심의, 2014학년도 학교비회계 본예산(안) 심의, 2014학년도 법인회계본예산(안) 심의, 교원 임용(신규, 재임용, 승진), △△☆☆학교 교원징계 및 징계위원회 위원 임면 등의 주요 현안이 처리되지 못함으로서, 이사로서의 선관주의 의무를 명백히 해태하여 설치·경영하는 학교운영에 중대한 장애를 야기하였다.
 ③ 사분위의 2014. 4. 28.자 결의에 따라 ○○학원 임시이사로 소외 15, 소외 16, 소외 17, 소외 18, 소외 19, 소외 20, 소외 21이 선임되었고, 임시이사 체제에서 소외 12는 △△대학교 총장으로 인준되었다.
카. 소외 12의 업무상횡령죄 등에 대한 법원의 벌금형 선고 및 확정
 ① 한편 위 소외 12는 2013. 11. 7. △△대학교 정상화 과정에 대한 법률자문을 얻기 위한 변호사 비용을 △△대학교 교비회계에서 지출하였다는 등의 범죄사실로 업무상횡령죄 및 사립학교법위반죄에 대하여 대구지방법원 2013고단4279호로 2,000만 원의 벌금형을 선고받았다. 
 ② 소외 12가 이에 대하여 항소하여, 2014. 7. 17. 대구지방법원 2013노3761호로 1,000만 원의 벌금형을 선고받았다. 
 ③ 소외 12가 대법원 2014도10306호로 상고하였으나, 2015. 2. 26. 상고기각 판결이 선고되어 위 항소심판결이 확정되었다. 
타. 학교법인 ◇◇학원의 사례
 ① 학교법인 ◇◇학원(이하 ‘◇◇학원’이라 한다) 역시 ○○학원과 유사하게 정상화 과정에서 임시이사가 선임되었고, 관련 소송에서 2013. 11. 28. 임시이사 선임처분을 취소하는 내용의 판결이 확정되었다. 
 ② 이에 사분위는 ◇◇학원의 종전이사 측으로부터 후보자를 추천받아 2014. 3. 24. 제97차 회의를 개최하여 임시이사를 대신하여 정식이사 1명을 선임하는 의결을 하였다. 
 ③ 피고는 위 의결에 따라 2014. 5. 30. ◇◇학원에 정식이사 1명을 선임하는 처분을 하였다. 
 ④ 피고는, ◇◇학원이 설치·경영하는 ◇◇대학교의 총장이 2013. 2. 28.부터 공석이었음에도 ◇◇학원의 이사들에 대하여 이 사건 처분과 같은 임원취임승인취소 처분을 하지 않았다. 
2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단
가. 원고들의 주장
 원고들은 이 사건 각 처분사유에 대하여 귀책사유가 없고, 이로 인하여 학교운영에 장애를 초래한 바도 없으므로, 이 사건 처분은 그 처분사유가 인정되지 않을 뿐만 아니라, 설령 일부 처분사유가 인정된다고 할지라도 원고들에 대한 이 사건 처분은 재량권의 일탈·남용에 해당하여 위법하다.
나. 관계 법령 등
 별지 ‘관계 법령 등’ 기재와 같다. 
다. 이 사건 각 처분사유의 존부에 관한 판단
1) 관련 법리
 학교법인은 민법상 재단법인의 일종으로서 재단법인법의 영역에서 사적자치의 자유를 누리고, 또한 국가에 대한 관계에서 기본권을 주장할 수 있는 사법인(私法人)으로서의 성격을 갖고 있으며, 구체적으로 사학의 설립 및 운영의 자유, 재산권 등이 인정되는데, 우리 헌법은 사학의 설립 및 운영의 자유에 대한 별도의 규정을 두지는 않고 있으나 헌법 제10조(일반적 행동의 자유), 제31조 제1항(교육받을 권리), 제31조 제4항(교육의 자주성·전문성·정치적 중립성 및 대학의 자율성) 등에 의하여 인정되는 기본권이라 할 수 있다. 요컨대, 사립학교는 설립자의 의사와 재산으로 독자적인 교육목적을 구현하기 위해 설립되는 것이므로 사립학교 설립의 자유와 운영의 독자성을 보장하는 것은 그 무엇과도 바꿀 수 없는 본질적 요체이기 때문에, 이와 같은 헌법 정신은 학교법인과 관련된 법률을 해석할 때의 기본 원칙이 되어야 할 것이다. 또한, 사립학교법 제1조는 “이 법은 사립학교의 특수성에 비추어 그 자주성을 확보하고 공공성을 앙양함으로써 사립학교의 건전한 발달을 도모함을 목적으로 한다.”라고 규정하여 사립학교의 특수성·자주성·공공성을 선언하고 있는데, 위 헌법 정신에 충실하자면 학교법인의 공공성을 해치지 않는 범위 내에서 그 자주성은 최대한 존중되어야 할 것이다. 그리고 학교법인은 사립학교를 설치·경영하기 위한 목적으로 설립된 재단법인의 일종으로서 그 운영 시 설립 당시의 설립자의 의사, 즉 설립 목적을 존중함이 마땅하고, 이러한 학교법인의 설립 목적은 그 의사결정기관 및 의사집행기관을 구성하는 자연인인 이사들에 의하여 실현되는 것이므로, 설립자가 최초의 이사들을, 그 다음에는 그 이사들이 후임이사들을, 또 그 다음에는 그 후임이사들이 자신의 후임이사들을 선임하는 방식으로 순차적으로 이사를 선임함으로써 학교법인의 설립 목적이 영속성 있게 실현되도록 하는 것이 학교법인의 이사 제도의 본질이라 할 수 있다(대법원 2007. 5. 17. 선고 2006다19054 전원합의체 판결). 
사립학교법 제20조의2 제1항은 임원취임승인취소 사유를 열거하고, 제2항은 “시정요구에 응하지 아니한 경우에 한하여” 취임승인을 취소하도록 명시함으로써 학교법인 또는 해당 임원에게 귀책사유가 있는 경우에 한하여 임원취임승인취소가 가능한 것으로 규정하고 있다. 위 규정 및 사립학교의 자주성을 확보하고 사립학교에 대한 행정청의 개입을 제한하고자 하는 사립학교법의 입법취지에 비추어 보면, 임원취임승인취소 사유가 있고 이에 대한 시정명령이 이행되지 못한 경우 피고가 무조건 임원취임승인을 취소할 수 있는 것으로 새길 수는 없으며, 임원들의 주된 귀책사유로 임원취임승인취소 사유가 발생하여 피고가 그 시정을 요구하였는데도 불구하고 임원들이 이를 이행하지 않아 임원들의 행위의 위법이 사립학교법인 임원들의 자율을 존중할 수 없을 정도로 매우 큰 경우에 한정하여 임원취임승인을 취소할 수 있는 것으로 하되, 피고의 주된 귀책사유로 ‘임원간의 분쟁 내지 학교운영의 중대한 장애’ 등 사유가 발생하였고 이에 대한 임원들의 책임은 상대적으로 적은 경우에는 위와 같은 사유를 들어 피고가 임원취임승인을 취소할 수는 없도록 함으로써, 피고의 취소권을 제한한 것으로 해석함이 상당하다.
 또한 신의성실의 원칙은 법률관계의 당사자는 상대방의 이익을 배려하여 형평에 어긋나거나 신뢰를 저버리는 내용 또는 방법으로 권리를 행사하거나 의무를 이행하여서는 아니 된다는 추상적 규범을 말하는 것이다. 일반 행정법률관계에서 행정관청의 행위의 경우에도 법치행정의 원리상 처분의 상대방의 신뢰와 이익을 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있다면 예외적으로 신의칙이 적용될 수 있다 할 것이므로, 행정관청이 그 책임 있는 위법한 선행처분으로 인하여 상대방에게 제재적 행정처분의 요건이 될 만한 사유를 작출했다면, 그러한 사유를 상대방에 대한 제재적 행정처분의 사유로 삼는 것은 형평과 정의의 관념에 어긋나므로 신의칙상 허용될 수 없다 할 것이다. 
2) 판단
 위 1)항의 법리를 기초로 살피건대, 이 사건 각 처분사유에 관한 다음과 같은 판단을 종합하면, 원고들에 대한 이 사건 처분은 피고가 사립학교법 제20조의2가 정한 이사취임승인취소의 요건을 갖추지 못한 채 한 것으로서 위법하여 취소되어야 한다.
가) [1], [3], [5]처분사유에 대한 판단
 위 인정사실에 의하면 2013. 12. 31.자 이 사건 시정요구 당시, ○○학원 이사들이 종전이사 측과 학내 구성원 측으로 양분되어 어느 쪽도 과반수를 확보하지 못한 상태에서 상호간에 소모적인 분쟁이 계속되었고, 이로 인하여 결원된 학교의 장을 선임하지 못하여 장기적인 학교발전계획 등이 체계적으로 수립되지 못하게 되고, 2013학년도 추가경정예산(안) 심의, 2014학년도 학교비회계 본예산(안) 심의, 2014학년도 법인회계본예산(안) 심의, 교원 임용(신규, 재임용, 승진), △△☆☆학교 교원징계 및 징계위원회 위원 임면 등의 주요 현안을 처리하지 못하는 등 ○○학원의 학교운영에 장애가 야기되었는데, 이 사건 시정요구에도 불구하고 15일 이내에 위와 같은 문제점이 해결되지 아니하였다 할 것이다.
 그러나 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하면, 피고의 주된 귀책사유로 [1], [3], [5]처분사유가 발생하였고 이에 대한 원고들의 책임은 상대적으로 적다 할 것이어서, [1], [3], [5]처분사유를 들어 피고가 임원취임승인을 취소하는 것은 위법하고 신의칙에도 어긋나므로, [1], [3], [5]처분사유는 원고들에 대한 이사취임승인취소의 사유가 될 수 없다 할 것이다.
 ① 2011. 7. 14.자 이 사건 정상화 결정 당시 ○○학원에 대한 임시이사 선임사유는 해소되었다 할 것이므로, 피고로서는 ○○학원의 임시이사 모두를 해임하고 이사 전원을 정식이사로 선임하였어야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 2011. 11. 1. ‘종전이사 측과 학내 구성원 측 사이에 갈등이 계속되어 ○○학원의 정상화가 완전히 이루어지지 않았다.’라는 등의 이유로 정식이사 6인을 선임함과 아울러 임시이사 1인을 선임하는 처분을 하였다가, 위 임시이사 1인의 임기가 만료되자 그 후임으로 소외 11을 다시 임시이사로 선임하는 처분을 하였으나, 이 사건 각 임시이사 선임처분은 그 선임사유가 존재하지 않는 상태에서 자의적으로 이루어진 위법한 처분이었다 할 것이다.
 ② 임시이사가 선임된 학교법인의 정상화와 관련되 사분위의 정식이사 선임 원칙은 ‘종전이사 측에게 법인 경영권을 유지할 수 있는 최소한(과반수)의 이사 추천권을 부여’하는 것이었고, ‘비리, 도덕성, 학교경영 역량 등이 사회상규나 일반인의 법감정에 비추어 도저히 용납할 수 없다고 인정되는 경우’만 예외가 인정될 수 있었다(위 1.나.③항). ○○학원의 경우 위와 같은 예외적인 사정이 있었음을 인정할 자료가 없으므로(종전이사 소외 2는 1996. 3. 14. 업무상횡령 등 혐의에 관하여 혐의없음 처분을 받은바 있고, 피고나 사분위도 위와 같은 예외적인 사정이 있었음을 내세우지는 않고 있다), 피고로서는 ○○학원 정상화 과정에 불가피하게 일시적으로 종전이사 측과 학내 구성원 측 사이에 갈등이 노정되는 사태가 예상되더라도, 위 원칙에 따라 종전이사 측에 과반수 이사 추천권을 부여하여 이사 7명 전부를 정식이사로 선임함으로써 ○○학원 설립 당시의 설립자의 의사(설립 목적)를 존중하고 그 자주성을 보장했어야 한다(○○학원 정상화 과정에서 종전이사 측인 원고들과 학내 구성원 측 이사들과의 대립은 불가피했고, 사분위가 ○○학원이 정상화되었다는 결정을 한 이상 학사행정 등과 관련된 갈등은 이사회의 자율적인 의사결정으로 극복해야 할 내부적인 문제일 뿐이다). 
 ③ 위 ①, ②항에 의하면, ○○학원이 2011. 11. 1. 정상화되었음에도 종전이사 측인 원고들과 학내 구성원 측 이사들 사이에 이사장 선출, 이사회 개최 장소, 방식 등에 관한 의견 대립과 갈등으로 이사회가 공전되고 예산안 심의 및 교원 임용 등 현안이 처리되지 못하는 등 학교운영에 장애가 초래된 데는 위법한 이 사건 각 임시이사 선임처분을 강행한 피고에게 근본적이고 주된 책임이 있었다 할 것이다. 특히 피고는 ‘관련사건 제1심 판결’ 선고 및 확정 후에는, 그 판결의 취지 및 사분위의 정식이사 선임 원칙에 따라 즉시 임시이사 대신 종전이사 측 정식이사를 새롭게 선임하였어야 함에도 이를 이행하지 않았다. 이로 인하여 종전이사 측 이사 3명, 학내 구성원 측 이사 2명만 남게 되어 어느 편도 과반수(4명)가 되지 않아 이사회 의결을 할 수 없었고, 그 결과 ○○학원 이사들 사이의 분쟁이 계속되어 학교운영에 장애를 초래하였으므로, 이에 대한 주된 귀책사유는 피고에게 있다 할 것이다.
 ④ 원고들은 소외 9 이사가 사망한 2012. 12. 30. 이후 학내 구성원 추천 이사 2인과 교육부 추천 이사 1인만으로는 이사회가 개최될 수 없어 ○○학원 산하 대학들의 본예산, 추경예산, 교원 임용 등 안건을 처리할 수 없게 되자, 2012. 12. 31.자로 이사회 개최와 아울러 회의참석을 위한 공문을 보내고, 이후 553회부터 556회 이사회에 참석하여 안건을 처리한 바 있다. 원고들은 2013. 9. 12. 소외 12가 △△대학교 총장후보자로 당선된 이후, 2013. 10. 11.부터 2014. 1. 17.까지 사이에 8차례에 걸쳐 개최된 이사회, 간담회에 참석하지 않았으나, 이는 학내 구성원 측을 지지하는 사람들의 시위 및 농성으로 인한 신변위협 때문이었던 것으로 보이므로, 이를 원고들의 책임으로 돌리기는 어렵다.
 ⑤ 특히 사분위는 ‘관련사건 제1심 판결’ 선고 이후인 2013. 12. 12. 임시이사의 후임으로 정식이사를 선임하기로 하였고, 2014. 1. 16. ○○학원의 임원 간 대립 등의 사정을 고려하여 종전이사 측과 학내 구성원 측의 합의가 되지 않을 경우 양측에서 각각 2배수의 후보자를 추천하도록 결정하였으며, 이에 따라 종전이사 측은 정식이사 후보자 2명(소외 13, 소외 14)을 추천하였는바, 이때라도 피고가 정식이사 선임절차를 취했더라면 [1], [3], [5]처분사유와 같은 사태가 발생하지는 않았을 수 있다. 
 ⑥ 피고가 스스로 위법한 이 사건 각 임시이사 선임처분을 하고, 그 위법성이 확정판결에 의하여 확인되었음에도 불구하고 정식이사 선임절차를 해태하여 ○○학원 이사들 사이의 분쟁을 도저히 수습할 수 없는 국면으로 만든 상황에서, 형식적으로 ‘이사들 사이의 분쟁을 해결하고 예산안 심의 등 현안을 처리하라.’는 시정요구를 하고, 그 불이행을 이유로 원고들에게 이 사건 처분을 하여 ○○학원을 다시 임시이사 체제로 돌림으로써, 궁극적으로는 학내 구성원 측의 의도에 부합하는 결과를 만든 것은 자의적이고 형평에 어긋나서 신의칙에 위반한 것이고, 오히려 처분의 상대방인 원고들의 ‘적법한 행정에 대한 신뢰와 이익’을 보호함이 정의의 관념에 부합한다 할 것이다. 즉 피고로서는 관련사건 제1심 판결의 확정에 의하여 이 사건 각 임시이사 선임처분이 위법한 것으로 밝혀진 이상, 곧바로 ◇◇학원에 대하여 위 1.타.②, ③항과 같이 했던 것처럼 위 1.나.③항의 정식이사 선임 원칙에 따라 ‘종전이사 측에게 법인 경영권을 유지할 수 있는 최소한(과반수)의 이사 추천권을 부여’하는 방식으로 정식이사를 선임하여 ○○학원의 적법한 이사들이 자율적으로 현안을 해결할 수 있는 기회를 주었어야 한다. 그러한 기회를 주었음에도 불구하고 ○○학원 임원간의 분쟁으로 인한 학교운영의 중대한 장애 등 사유가 계속 발생하였다면, 그 때 비로소 피고는 사립학교법 제20조의2에 따른 시정명령 등 조치를 적법하게 취할 수 있었을 것이다.
 ⑦ ◇◇학원의 경우 ○○학원과 유사하게 정상화 과정에서 임시이사가 선임되었고, 관련 소송에서 임시이사 선임처분을 취소하는 내용의 판결이 확정되었는데, 위 1.타.②, ③항과 같이 피고는 법원의 판결로 선임이 취소된 임시이사의 후임으로 종전이사 측 정식이사 1명을 선임하였고, ◇◇학원이 운영하는 ◇◇대학교의 총장의 공석 등 이사회 개최에 문제가 있었음에도 임원취임승인취소 처분을 하지 않았다. 이와는 대조적으로 ○○학원에 대하여는 임원 전원에 대하여 임원취임승인취소 처분을 한 것은 형평에 어긋난다.
나) [2]처분사유에 대한 판단
사립학교법 제14조, 제21조, 제24조에 의하면, 이사 또는 감사 중에 결원이 생긴 때에는 2월 이내에 이를 보충하여야 하고, 이사 정수의 4분의 1은 개방이사추천위원회에서 2배수 추천한 인사 중에서 선임하며, 감사 중 1인은 개방이사추천위원회에서 추천한 자를 선임하도록 규정되어 있는데, 소외 9 이사가 2012. 12. 30. 사망하고, 2명의 감사가 2013. 3. 18. 임기가 만료되어 결원이 발생하였음에도 불구하고 이 사건 처분이 있기까지 결원된 이사·감사가 선임되지 않았음은 위 인정사실과 같다. 
 그러나 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하면, 피고가 내세우는 [2]처분사유 역시 피고의 주된 귀책사유로 발생하였고 이에 대한 원고들의 책임은 상대적으로 적다 할 것이어서, [2]처분사유를 들어 피고가 임원취임승인을 취소하는 것은 위법하고 신의칙에도 어긋나므로, [2]처분사유도 원고들에 대한 이사취임승인취소의 사유가 될 수 없다 할 것이다.
 ① 사립학교법이 2007. 7. 27. 법률 제8545호로 개정되어, 대학평의원회 또는 학교운영위원회에 개방이사추천위원회를 두고 학교법인의 이사 정수의 4분의 1을 개방이사추천위원회에서 2배수 추천한 인사 중에서 선임하도록 하며, 개방이사추천위원회의 위원정수는 5인 이상 홀수로 하되, 대학평의원회 또는 학교운영위원회에서 개방이사추천위원회 위원의 2분의 1을 추천하도록 되었다(제14조 제3항, 제4항). 따라서 피고는 2011. 11. 1. 원고들, 소외 8, 소외 4, 소외 9를 정식이사로, 소외 10을 임시이사로 각 선임함에 있어 이사 정수의 4분의 1을 개방이사추천위원회에서 2배수 추천한 인사 중에서 선임하거나, 적어도 누가 개방이사에 해당하는지 분명히 함으로써 이후 벌어질 수 있는 분쟁을 예방하였어야 하는데, 이를 간과함으로써 종전이사 측과 학내 구성원 측의 갈등을 야기한 잘못이 있었다.
 ② 본래 소외 9도 개방이사추천위원회에서 추천된 것이 아니었으므로 그 후임이사를 개방이사로 선임하여야 하는지 여부는 논란의 여지가 있을 수 있었다. 즉 원고들은 학내 구성원 측 추천이사 소외 8, 소외 4를 개방이사로 보았으므로, 소외 9의 후임자는 이사회에서 일반 이사로 선출되어야 한다고 보았음에 비하여, 피고는 이와 다른 견지에서 소외 9의 후임자로 개방이사가 선임되어야 한다고 보았다. 
 ③ 원고들은 개방이사와 감사 2인을 선임하기 위해 관련 규정을 토대로 피고에게 질의를 하는 등 노력을 하였으나, 개방이사 부분은 위 ②항과 같은 법리적 논란이 있어 무산되었고, 개방감사 선임 안건은 ○○학원 이사장과 법인사무국의 반대로 무산되었다.
 ④ 개방이사와 개방감사가 선임되지 못한 것은 결국 종전이사 측인 원고들과 학내 구성원 측 이사들의 분쟁과 갈등에 기인한 것이다. 그러나 위 가)항에서 살펴본 바와 같이 피고가 스스로 위법한 이 사건 각 임시이사 선임처분을 함으로써 ○○학원 이사들 사이의 분쟁과 갈등을 야기하고 어느 편도 과반수(4명)가 되지 않아 이사회 의결을 할 수 없게 된 상황을 만든 것이므로, 피고의 주된 귀책사유로 ○○학원이 결원임원을 선임할 수 없는 상황이 발생한 것이다. 이러한 상황에서 피고가 형식적으로 개방이사와 개방감사를 선임하라는 시정요구를 하고, 그 불이행을 이유로 원고들에게 임원취임승인취소 처분을 하는 것 역시 사립학교법인 임원의 자율성을 존중하고자 하는 사립학교법 제20조의2에 어긋나서 위법하다. 뿐만 아니라 이는 자의적이고 형평에도 어긋나서 신의칙을 위반한 것이고, 오히려 처분의 상대방인 원고들의 ‘적법한 행정에 대한 신뢰와 이익’을 보호함이 정의의 관념에 부합한다 할 것이다.
다) [4]처분사유에 대한 판단
 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하면, 피고가 내세우는 [4]처분사유는 원고들에 대한 이사취임승인취소의 사유가 될 수 없다 할 것이다.
 ① 사분위는 2013. 12. 9. ○○학원의 임시이사 후임으로 정식이사를 선임하기로 결정하고 “종전이사 측이 학내 구성원과 합의하여 정식이사 1명에 대한 후보 2명 추천”을 의결하였다. 피고는 이에 따라 ○○학원에 2014. 1. 20.까지 종전이사 측과 학내 구성원 측이 합의하여 정식이사 후보자 2명을 추천하라는 내용의 통보를 하였다.
 ② 그 후 사분위는 2014. 1. 16. ○○학원의 사정을 고려하여 양측의 합의가 이루어지지 않을 경우 “종전이사 측과 학내 구성원 측이 각각 정식이사 1명에 대한 후보 2명 추천”을 결정하였다. 
 ③ 위 결정 취지에 따른 피고의 통보가 없었지만(이는 사립학교법 제24조의2 제4항에 어긋나는 것이다), 다른 경위로 이를 알게 된 종전이사 측인 원고들은 2014. 2. 6., 2014. 2. 24. 피고에게 종전이사 측 후보자 2명을 추천하였으므로, 결과적으로 이에 관한 피고의 지시를 이행한 것이다. 
라. 재량권의 일탈·남용 여부에 관한 판단(이 부분은 이 사건 각 처분사유 중 일부라도 인정되는 경우에 관한 가정적 판단이다)
1) 관련 법리
사립학교법 제20조의2에서 정하고 있는 임원취임승인취소 처분은 제재적 행정처분에 해당한다. 제재적 행정처분이 사회통념상 재량권 범위를 일탈·남용하였는지 여부는 처분사유로 된 위반행위 내용과 처분행위에 의하여 달성하려는 공익목적 및 이에 따르는 제반 사정 등을 객관적으로 심리하여 공익 침해 정도와 그 처분으로 인하여 개인이 입게 될 불이익을 비교·형량하여 판단하여야 한다(대법원 2002. 2. 5. 선고 2001두7138 판결, 대법원 2007. 7. 19. 선고 2006두19297 전원합의체 판결 등 참조). 
사립학교법 제20조의2 제1항에 의하면 임원취임승인취소 사유는 ‘이 법, 초·중등교육법 또는 고등교육법 규정을 위반하거나 이에 의한 명령을 이행하지 아니한 때(제1호), 임원 간 분쟁·회계부정 및 현저한 부당 등으로 인하여 당해 학교운영에 중대한 장애를 야기한 때(제2호)’ 등이다. 우리 헌법 제10조, 제31조 제1, 4항이 사학의 설립 및 운영의 자유를 인정하고 있는 정신에 비추어 보면, 사립학교법 제20조의2 제1항 제1호를 위반하였다는 이유로 임원취임승인을 취소하는 경우, 그 위반 행위의 정도가 학교운영에 중대한 장애를 야기하는 등 같은 항 제2호의 임원승인 취소사유와 비슷하게 볼 수 있는 경우라고 해석하는 것이 균형이 맞고, 헌법상 권리인 사학의 자주적인 운영권을 보장하는 것이 된다 할 것이다.
2) 판단
 위 1)항의 법리를 기초로 살피건대, 설령 이 사건 각 처분사유 중 일부가 인정된다고 하더라도, 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고들에 대한 이 사건 처분은 달성하고자 하는 공익에 비하여 침해되는 사익이 지나치게 커서 비례원칙에 위반되어 재량권을 일탈·남용한 것이어서 위법하다. 
 ① 앞서 본 바와 같이 ○○학원이 2011. 11. 1. 약 17년간의 임시이사 체제를 마감하고 정상화되었음에도 종전이사 측인 원고들과 학내 구성원 측 이사들 사이에 이사장 선출, 이사회 개최 장소, 방식 등에 관한 의견 대립과 갈등으로 이사회가 공전되고 예산안 심의 및 교원 임용 등 현안이 처리되지 못하는 등 학교운영에 장애가 초래된 데는 위법한 이 사건 각 임시이사 선임처분을 강행한 피고에게 주된 귀책사유가 있다.
 ② 피고는 ‘관련사건 제1심 판결’ 선고 및 확정 후에라도, 그 판결의 취지 및 사분위의 위 1.나.③항과 같은 정상화 원칙에 따라 즉시 임시이사 대신 종전이사 측 정식이사를 새롭게 선임하였어야 함에도 이를 이행하지 않았고, 이로 인하여 종전이사 측 이사 3명, 학내 구성원 측 이사 2명만 남게 되어 결국 어느 편도 과반수(4명)가 되지 않아 이사회 의결을 할 수 없었으며, 그 결과 ○○학원 이사들 사이의 분쟁이 계속되어 학교운영에 장애를 초래하였다.
 ③ 피고와 사분위는 이 사건 정상화 결정에도 불구하고 임시이사를 선임한 이유로서 ‘종전이사 측과 학내 구성원 측 사이에 갈등이 있어 단계적 정상화를 위하여 임시이사를 선임할 필요가 있음’을 내세웠다. 이에 비추어 보면 피고도 ○○학원의 경우, 사분위의 정식이사 선임 원칙에 따라 종전이사 측에게 법인 경영권을 유지할 수 있는 최소한(과반수)의 이사 추천권을 부여하지 않는다면, 종전이사 측 이사들과 학내 구성원 측 이사들 중 어느 쪽도 과반수를 점하지 못하게 되어, 으레 이사들 사이의 평행선을 달리는 갈등이 지속됨으로써 학교운영에 장애가 야기될 것을 충분히 예상할 수 있었던 것으로 보인다.
 ④ ○○학원이 2011. 11. 1. 정상화된 이후에도 학교운영에 장애가 초래된 데는, 학내 구성원 측 이사들과 타협점을 모색하려는 노력 등 이사회 운영의 정상화를 위하여 모든 방법을 시도하였어야 함에도 이를 제대로 이행하지 않으면서 이사회에도 불참하는 경우가 많았던 원고들에게도 일부 책임이 있다 할 것이다. 그러나 종전이사 측인 원고들과 학내 구성원 측 이사들이 타협점을 찾는 것은 애당초 매우 어려운 일이었고, 원고들이 2012. 6. 15.부터 2012. 12. 11.까지 이사회에 불참한 것은, 피고가 이사장 미선출 상태에서의 이사회 소집과 관련한 원고들의 민원에 대하여 ‘전원이 이사회 개최를 요구한 때에 한하여 이사회를 개최할 수 있다.’라고 회신하였으면서도, 학내 구성원 측 이사들과 이사 소외 9 및 임시이사 소외 11만에 의하여 소집된 2012. 5. 25.자 제550회 이사회에서 소외 8을 이사장으로 선임한 것을 적법한 것으로 처리하는 ‘이해하기 어려운 이중적인 태도’를 보였기 때문이다. 또한 원고들이 2013. 10. 11.부터 2014. 1. 17.까지 사이에 이사회에 불참한 것은 학내 구성원 측을 지지하는 사람들의 시위 및 농성으로 인한 신변위협 때문이었던 것으로 보인다. 결국 ○○학원 이사회의 파행적 운영을 원고들의 주된 귀책사유로 돌리기는 어렵다.
 ⑤ [1], [2], [3], [5]처분사유는, 피고가 위법한 이 사건 각 임시이사 선임처분을 함으로써 ○○학원 이사들 사이의 분쟁을 도저히 수습할 수 없는 국면으로 만든 상황에서 나온 것이므로, 피고가 재량권을 행사하여 원고들에 대한 이 사건 처분을 함에 있어 [1], [2], [3], [5]처분사유가 발생한 근본적인 이유가 위법한 이 사건 각 임시이사 선임처분에 있었음도 고려하였어야 한다.
 ⑥ 특히 [2]처분사유와 관련하여, 원고들은 개방이사와 감사 2인을 선임하기 위해 관련 규정을 토대로 피고에게 질의를 하는 등 노력을 하였으나, 개방이사 부분은 2011. 11. 1. ○○학원 정상화와 최초 이사 7명 선임 시부터 피고 측의 잘못(누가 개방이사에 해당하는지 등을 명확히 하지 않은 점)이 있었던 관계로 법리적 논란이 있어서 무산되었고, 개방감사 선임 안건은 ○○학원 이사장과 법인사무국의 반대로 무산된 것이다.
 ⑦ 학교법인 임원 전원에 대하여 임원취임승인취소를 하는 경우, 자율적인 학교운영이 불가능하여 임시이사의 선임이 불가피하고 학교설립·운영의 자유를 크게 제한하므로, 임원 전원에 대한 임원취임승인취소는 다른 방법으로는 도저히 정상적인 학교의 운영이 불가능하고 학생들의 학습권을 침해하는 상황에서 최후의 수단으로 사용되어야 하는데, 피고가 내세우는 [1], [2], [3], [5]처분사유로 인하여 ○○학원이 운영하는 각 학교가 도저히 정상적인 학교의 운영이 불가능하고 학생들의 학습권을 침해하는 상황에까지 이르러서 당장 ○○학원 이사들 전원에 대한 이사취임승인처분을 취소하여 다시 임시이사 체제로 전환시키는 것이 불가피했다고 단정하기 어렵다. 
 ⑧ 피고가 ○○학원과 유사하게 학교법인 정상화 과정을 거친 ◇◇학원에 대하여, 법원의 판결로 선임이 취소된 임시이사의 후임으로 종전이사 측 정식이사 1명을 선임하였고, ◇◇학원이 운영하는 ◇◇대학교의 총장의 공석 등 이사회 개최에 문제가 있었음에도 임원취임승인취소를 하지 않은 것과 달리, ○○학원에 대하여만 임원 전원에 대하여 임원취임승인취소를 한 것은 형평에 어긋난다. 
마. 소결
 따라서 원고들에 대한 이 사건 처분은 위법하여 모두 취소되어야 한다.
3. 결론
 그렇다면 원고들의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고들의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고들에 대한 이 사건 처분을 모두 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 각 생략]

판사 김명수(재판장) 여운국 권순민