이 사건 부동산이 취득 후 정당한 사유없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도에 직접 사용하지 않았다는 전제에 선 이 사건 취득세 부과처분의 위법 여부 (일반행정, 부산지방법원)
공포일: 2024.06.13 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

▣청 구 취 지

피고가2021. 8. 26.원고에 대하여 한 취득세222,214,060원,지방교육세22,221,400원,농어촌특별세11,110,700원 및 가산세146,109,620원 부과처분과2021. 8. 19.원고에 대하여 한 취득세29,801,610원,지방교육세1,702,940원,농어촌특별세2,128,680원 및 가산세9,029,340원의 부과처분을 각 취소한다.
▣이 유

1.처분의 경위

가.원고는 아연도금철선,스테인레스강선 등을 제조·판매하는 회사로서, 2009. 10. 27.부산도시공사와 부산 강서구○○동○○○○-○공장용 토지11,413.1㎡(이하‘이 사건 토지’라 함)에 관한 용지매매계약을 체결하고, 2009. 10. 27.부터2014. 6. 23.까지 연부로8회에 걸쳐 계약금,중도금(6차)및 잔금을 각 납부하여2014. 6. 23.이 사건 토지의 소유권을 취득하였다.
나.원고는2017. 3. 24.이 사건 토지 위에 연면적1,410㎡규모의 공장용 단층 건축물(이하‘이 사건 건축물’이라 하고,이 사건 토지와 함께‘이 사건 부동산’이라 함)신축 공사에 착공하여 공사를 마친 다음2017. 6. 16.이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받았고, 2017. 6. 16.그에 대한 소유권을 취득하였다.
다.원고는 이 사건 부동산이 지방세특례제한법 제78조 제4항에 따라‘산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산’이라는 이유로 그 취득에 따른 취득세 등을 감면받았다.
라.부산광역시는2020. 8. 3.부터2020. 9. 25.까지‘2016년7월부터2019년까지 사이에 취득한 산업단지 감면 부동산에 대한 현장확인’을 실시한 다음, 2020. 10. 7.피고에게 원고 소유의 이 사건 토지에 대하여‘산업용 건축물 신축으로 토지 취득 감면, 3년 경과되었으나 일부 토지가 나대지로 되어 있고,이러한 제반사항을 고려할 때 건축물의 부속토지로 볼 수 없음’이라는 내용의 현장확인 결과를 통보하면서 피고로 하여금 자체 현장확인을 거쳐 과세자료의 추가·보완 등의 후속조치를 취하도록 하였다.
마.이에 피고는 이 사건 부동산에 대한 현장확인을 자체로 실시하여 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 정당한 사유 없이 그 취득일로부터3년이 경과할 때까지 해당용도에 직접 사용하지 아니하였다고 판단한 다음, 2021. 6. 8.원고에게 이 사건 토지에 대한 취득세351,042,650원,지방교육세30,659,320원,농특세15,353,320원 합계397,055,940원(가산세 포함)및 이 사건 건축물에 대한 취득세37,944,890원,지방교육세1,827,680원,농특세2,284,600원 합계42,057,170원(가산세 포함)을 추징하겠다는 내용의 과세예고를 통지하였다.
바.원고는2021. 7. 9.부산광역시장에게 과세 전 적부심사를 청구하였으나,부산광역시장은2021. 8. 18.위 청구를 불채택한다는 결정을 하였고,이에 피고는2021. 8. 20.원고에게 청구취지 기재와 같이 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 총444,318,350원(납부지연가산세 추가)의 부과처분(이하‘이 사건 처분’이라 함)을 하였다.
사.원고는2021. 10. 14.조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나,조세심판원은2023. 8. 2.원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑제1호증 내지 갑제15호증,을제1호증 내지 을제11호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가.원고 주장의 요지

(1)원고가 이 사건 건축물에 대한 공장등록을 마친 것은 당해 업종의 영업을 개시한 것으로 볼 수 있고,이는 이 사건 토지를 직접 사용한 것으로 볼 수 있는바,그 직접 사용의 개시 시점은 이 사건 건축물에 대한 사용승인일이 되어야 하므로,원고는 취득일로부터3년이 경과하기 이전에 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용한 것으로 보아야 한다.따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
(2)원고는 이 사건 건축물에 관한 공장등록을 마친 후 일정 수준의 전기를 계속적으로 사용하는 등 공장을 운영하였으므로,이 사건 건축물을 직접 사용한 것으로 보아야 한다.따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
(3)원고가 당해 업종의 영업을 개시하지 않아 공장가동이 정상적으로 이루어진 것으로 볼 수 없다고 하더라도,그 원인은 코로나19로 인한 전 세계적인 불황 등 시장 상황의 악화에 있지 원고가 정상적인 노력을 기울이지 않은 데 있지 않으므로,원고가 이 사건 부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것이다.따라서 이러한 정당한 사유를 감안하지 않고 내려진 이 사건 처분은 위법하다.
(4)토지 및 건축물을 해당 용도로 직접 사용하였는지 여부를 판단하는 기준에 관하여 견해의 대립이 있고,피고도 현장을 확인하던 중 포장이 되어 있지 않은 나대지 부분만을 문제로 삼았기에 원고로서는 이 사건 부동산에 관한 취득세를 납부하여야 하는지 확신할 수가 없었다.따라서 원고가 자진하여 취득세를 신고·납부하지 않은 데에는 그 의무를 게을리 하였다고 비난할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 하므로,이를 감안하지 않고 가산세까지 부과한 이 사건 처분은 그 점에 있어 위법하다.
나.관계 법령

별지 기재와 같다.
다.판단

(1)원고가 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하였는지 여부에 대한 판단

(가)지방세특례제한법 제2조 제8호에 따르면 부동산의‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고,특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원2003. 1. 24.선고2002두9537판결 등 참조).
토지에 건축물을 신축하였다고 하여 그 토지를 직접 사용한 것으로 보게 되면 건물만 신축한 후 다른 용도로 사용하는 경우 토지에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징할 수 없게 되는데,이는 감면제도의 취지에 반하게 되므로,당해 업종의 용도에‘직접’사용한다는 것은 토지에 건물을 건축하였다는 것만으로 부족하고,토지와 건물에서 당해 업종의 영업을 개시하는 것이라고 봄이 타당하다(대법원2013. 3. 14.선고2012두25200판결,부산고등법원2012. 10. 12.선고2012누997판결 참조).
(나)살피건대,원고가2014. 6. 23.이 사건 토지의 소유권을 취득한 사실, 2017. 6. 16.이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받은 사실은 앞서 본 바와 같고,갑제8호증의 기재에 의하면 원고가2017. 10. 10.이 사건 건축물에 대한 공장등록을 마친 사실이 인정되기는 한다.그러나 아래에서 보는 바와 같이 원고가 이 사건 건축물에서 원고의 목적 사업의 영업을 개시하였다고 보이지 않는 이 사건에 있어서 원고가 이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받고 공장등록을 마쳤다고 하더라도,이는 이 사건 부동산을 원고의 목적 사업에 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과하다고 보아야 한다(대법원2009. 3. 12.선고2006두11781판결 참조).
(다)원고는 대법원2008. 5. 29.선고2008두3319판결에서‘산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세,등록세의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다’고 판시한 것을 들어 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터3년이 경과하기 전에 이 사건 건축물에 대하여 사용승인을 받았으므로 이 사건 토지에 대한 취득세를 추징할 수 없다는 취지로 주장한다.그러나 위 판결은 원심에서 산업용 건축물 등의 신축을 위한 착공시부터 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 판단한 것에 대하여,건축물의 건축에 착공한 것만으로는 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 볼 수 없고 최소한 건축물에 대한 사용승인은 받아야 한다는 취지로 보아야 하고,위 판결이 이 사건에서와 같이 건축물이 해당 용도로 전혀 사용되지 않은 경우에까지 건축물에 대한 사용승인만으로 토지를 해당 용도로 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 판시한 것으로 해석되지 않는다.
(라)따라서 원고가 이 사건 토지를 그 취득일로부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 본 이 사건 처분은 타당하다.원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.
(2)원고가 이 사건 건축물을 해당 용도로 직접 사용하였는지 여부에 대한 판단

(가)갑제7호증,갑제8호증의 각 기재에 의하면,원고는2017. 10. 10.이 사건 건축물에 대하여 아래와 같이 공장등록을 마쳤는데,원고의 사업계획에 따르면 원고가 공장을 가동하여 철강선 등 생산을 하는 경우1일 전력사용량은290kw, 1일 용수사용량은10톤으로 예상되었다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025404"></img>

그런데 을제7호증의 기재에 의하면,아래에서 보는 바와 같이2017. 12.부터2020. 12.까지 이 사건 건축물에서 사용된1일 전력사용량 및 용수사용량은 앞서 본1일 사용량 예상치에 훨씬 못 미치는바,이를 근거로 하면 원고는 이 사건 건축물에 대한 공장등록을 마친 후 실제 위 건축물에서 제품생산 활동을 하지 않았던 것으로 판단할 수밖에 없다.
원고의 월별 수도사용량<img src="https://www.olta.re.kr:443/raonkeditordata/2025/05/20250513_224623605_75994.png" style="width: 605px; height: 124px;"/>

원고의 월별 전기사용량<img src="https://www.olta.re.kr:443/raonkeditordata/2025/05/20250513_224630052_19753.png" style="width: 590px; height: 281px;"/>

(나)을제6호증의 기재에 의하면,피고는2021. 7. 23.에 이 사건 부동산 현장을13:45및14:50두 차례 방문하였는데,그때가 모두 일과시간 중임에도 불구하고 첫 번째 방문 시에는 공장의 문이 잠겨 있었고,두 번째 방문 시에는 이 사건 건축물 내에서 제조활동을 하는 인력을 볼 수 없었으며,그 외에 원고가 이 사건 건축물에서 제조활동을 하고 있는 그 어떤 모습도 확인할 수 없었다.
(다)또한 을제7호증의 기재에 의하면,이 사건 부동산에 있는 원고의 사업장에서는2016년부터2020년까지 부가가치세 매입·매출액이 전혀 발생하지 않은 것으로 확인되고,원고도 이 사건 건축물에서 생산되는 철강선 제품의 판매 자료 또는 영업을 위한 자료를 전혀 제출하지 못하고 있다.
(라)갑제15호증의 기재에 의하면,원고는 이 사건 건축물의 소유권을 취득한 지3년이 경과된2021. 3. 3.이 되어서야 이 사건 건축물을 사업장 소재지로,업종을 제조업,업태를 선재로 하여 사업자등록을 하였다.
(마)사정이 이와 같다면,원고는 이 사건 건축물에서 제품의 생산활동이나 생산된 제품을 판매하거나 판매를 위한 영업활동을 하였다고 보기 어렵다.따라서 원고가 이 사건 건축물을 그 취득일로부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 본 이 사건 처분은 타당하다.원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.
(3)원고가 이 사건 부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 인정되는지 여부

(가)관련 법리

지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 말하는‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고,정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 지방세 감면의 입법 취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도,당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부,행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원1998. 11. 27.선고97누5121판결,대법원2002. 9. 4.선고2001두229판결,대법원2012. 12. 13.선고2011두1948판결 등 참조).
(나)구체적 판단

살피건대,원고는2014. 6. 23.이 사건 토지를 취득하고, 2017. 6. 16.이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받았으며, 2017. 6. 16.그에 대한 소유권을 취득한 후2017. 10. 10.이 사건 건축물에 대한 공장등록을 마쳤음에도 불구하고 이 사건 건축물 취득일로부터3년이 경과하기까지 생산이나 영업을 위한 활동을 전혀 하지 않은 사실은 앞서 본 바와 같고,달리 원고가 이 사건 부동산을 고유업무에 사용하기 위해 정상적인 노력을 다하였다고 볼 만한 사정은 보이지 않는다.
원고는 코로나19로 인한 전 세계적인 불황 등 시장 상황의 악화로 공장을 가동할 수 없었다고 주장하나,코로나19의 원인이 된 바이러스는2019. 12.경 중국에서 등장하여2020년 초에 우리나라에 본격적으로 퍼지기 시작하였고,그때부터 경기침체가 유발되었는바,이는 원고가 이 사건 건축물을 취득한2017. 6. 16.로부터2년6개월이 경과한 시점으로서 코로나19가 이 사건 부동산 사업장에서 생산 및 영업이 개시되지 못한 직접적인 원인이 되었다고 보기 어렵다.원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.
(4)가산세 부과의 적법 여부

(가)관련 법리

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고,납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다.따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없으나(대법원2002. 8. 23.선고2002두66판결 등 참조),세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원2004. 6. 24.선고2002두10780판결,대법원2013. 6. 27.선고2011두17776판결 등 참조).
(나)구체적 판단

살피건대,앞서 본 사실 및 사정들에 의하면,원고가 이 사건 건축물에서 제품 생산을 위한 활동을 하지 않았고,생산된 제품을 판매하거나 판매를 위한 영업활동을 하였다고 볼 수 없는 이 사건에서는 원고가 이 사건 부동산을 해당 용도로 직접 사용하였는지에 관한 세법의 해석에 있어 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없다.한편 피고가 원고에게 이 사건 부동산의 직접 사용 여부에 대해 조사 중인 내용을 모두 알려야 한다고 볼 수 없고,피고가 원고에게 이 사건 부동산 중 나대지 부분에 대한 자료만을 요청하였다고 하여 피고가 나머지 부분에 대하여는 원고가 해당 용도로 직접 사용하고 있는 것으로 보겠다는 결정을 하여 원고에게 통보한 것으로 볼 수도 없으므로,피고의 행위로 인해 원고가 이 사건 부동산에 관한 취득세를 납부하여야 하는지 확신할 수가 없었다는 주장도 인정할 수 없다.그렇다면 가산세 부과가 위법하다는 원고의 주장도 받아들일 수 없다.
3.결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여,주문과 같이 판결한다.
[별지]

관계 법령

■구 지방세특례제한법(2017. 12. 26.법률 제15295호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
■구 지방세특례제한법(2017. 12. 26.법률 제15295호로 개정된 것)

제2조(정의)

①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
■구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면)

④제1호 각 목의 지역(이하"산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1.대상 지역

가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다.「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2.감면 내용

가.산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는2014년12월31일까지 취득세를 면제한다.
나.산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는2014년12월31일까지 취득세의100분의50을 경감한다.
다.가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터5년간 재산세의100분의50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.
⑤다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1.정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2.해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■지방세특례제한법 부칙(법률 제12955호, 2014. 12. 31.)

제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례)

제78조제1항에 따른 사업시행자와2015년12월31일까지 분양계약을 체결하고 제78조제4항제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(「건축법」제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］또는 대수선 하려는 자가 제78조제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고2017년12월31일까지 종전의 법률을 적용한다.
■지방세특례제한법 시행령

①법 제58조제3항 각 호 외의 부분 본문에서"대통령령으로 정하는 건축물"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.
6.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」제6조 제5항 제1호부터 제5호까지,제7호 및 제8호에 해당하는 산업용 건축물

■지방세기본법

제57조(가산세의 감면 등)

①지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.-끝-