법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2021.10.21 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○(변경 전 상호 주식회사 △△△) (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 김동수 외 3인)
【피 고】 마포세무서장
【변론종결】2021. 9. 16.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2019. 7. 9. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인세 456,709,480원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
가. 서울시의 토지 수용
 1) 주식회사 △△△은 합병 및 분할합병 등을 거쳐 2017. 12. 1. 현재의 원고로 변경되었다(이하 통틀어 ‘원고’라 한다). 원고는 부동산 임대업 등을 영위하는 법인으로, [별지1] 목록 순번 제1 ~ 8항 기재 각 토지 또는 지분(이하 그 순번에 따라 ‘이 사건 제○토지’라 칭하고, 위 각 토지를 통틀어 ‘이 사건 각 토지’라 한다)을 소유하고 있었다.
 2) 중앙토지수용위원회는 2008. 1. 24. 원고 소유의 이 사건 각 토지 중 제1 ~ 6토지를 보상금 합계 50,745,296,240원에 수용하는 한편(수용개시일 : 2008. 2. 22.), 이 사건 제7토지에 대한 수용청구를 기각하는 내용의 재결(이하 ‘수용재결’이라 한다)을 하였다. 
 3) 이에 원고가 이의신청을 하였고, 중앙토지수용위원회는 2009. 1. 22. 원고의 이의신청 중 이 사건 제8토지에 대한 잔여지 수용청구를 각하하고, 나머지 이의신청을 기각하는 재결(이하 ‘이의재결’이라 한다)을 하였다.
나. 수용보상금 증액청구 소송의 경과
 1) 원고는 2009. 2. 20. 서울특별시를 상대로 이 사건 각 토지에 대한 수용보상금 증액청구의 소를 제기하였고(서울행정법원 2009구합6605), 위 법원은 2010. 6. 18. 이 사건 각 토지의 정당한 보상가액에 관하여 아래 [표 1] 중 ‘1심 가액’란 기재와 같이 판단하여 수용재결 평가금액과의 각 차액의 합계 8,603,174,760원(= 59,348,471,000 - 50,745,296,240) 및 지연손해금의 지급을 명하는 판결(이하 ‘제1심 판결’이라 한다)을 선고하였다. 서울특별시는 제1심 판결의 가집행선고에 따라 2010. 7. 13. 원고를 피공탁자로 하여 서울남부지방법원 2010금제3527호로 9,719,230,440원을 변제공탁하였고, 원고는 2010. 7. 19. 이의를 유보하고 위 공탁금을 수령하였다.
 2) 제1심 판결에 대해 원고와 서울특별시가 모두 항소하였는데(서울고등법원 2010누23790), 위 항소심 법원은 2012. 2. 3. 아래 [표 1]의 ‘정당한 보상액’란 기재와 같이 이 사건 제8토지의 가액을 달리 판단하여 ‘파기환송 전 2심 인용금액’란 기재와 같이 해당 인용금액을 감액 후 나머지 토지들 부분 인용금액을 합한 8,125,190,160원과 지연손해금의 지급을 명하되, 가지급물의 반환으로 원고로 하여금 제1심 판결 후 공탁액 원리금과 위 인용금액의 원리금 사이의 차액 624,593,853원 및 지연손해금을 지급할 것을 명하는 것으로 제1심 판결을 변경하는 판결을 선고하였다(이하 ‘파기환송전 2심 판결’이라 한다).
[표 1]순번수용토지수용재결 평가금액(원)1심 가액2심 판결파기환송 전 2심 감정정당한 보상액파기환송 전 2심 인용금액(원)1고척동 (상세 지번 등 1 생략)15,633,401,80022,300,560,900?22,300,560,9006,667,159,1002고척동 (상세 지번 등 2 생략)31,398,387,30032,324,434,800?32,324,434,800926,047,5003고척동 (상세 지번 등 3 생략)430,458,700436,265,900?436,265,9005,807,2004고척동 (상세 지번 등 4 생략)540,072,370535,155,444?535,155,444-4,916,9265고척동 (상세 지번 등 5 생략)12,473,87012,359,556?12,359,556-114,3146구로동 (상세 지번 등 6 생략)2,730,502,2002,994,078,810?2,994,078,810263,576,6107구로동 (상세 지번 등 7 생략)?197,535,990?197,535,990?8고척동 (상세 지번 등 8 생략)?548,079,60070,095,00070,095,00070,095,000합계50,745,296,24059,348,471,00070,095,00058,870,486,4008,125,190,160
 3) 이에 서울특별시가 상고하고 원고는 부대상고를 하였는데(대법원 2012두6773), 대법원은 2014. 4. 24. 서울특별시의 이 사건 제1, 8토지에 관한 패소 부분과 가지급물 반환신청 패소 부분만을 파기하여 환송하고, 서울특별시의 나머지 상고 및 원고의 부대상고를 기각하는 판결을 선고하였다(이하 ‘관련 대법원 판결’이라 한다).
 4) 환송 후 2심 법원(서울고등법원 2014누4285)은 2015. 2. 3. 관련 대법원 판결의 취지에 따른 판결을 선고하였다(이하 ‘환송 후 2심 판결’이라 한다). 그 주요 내용은 심판범위를 이 사건 제1, 8토지에 관한 부분 및 가지급물 반환신청 부분으로 한정한 다음, 원고의 이 사건 제8토지에 관한 잔여지 매수 청구 부분을 각하하고, 이 사건 제1토지의 가액을 아래 [표 2] ‘환송 후 2심 인용금액’란의 해당 기재와 같이 판단하여 그 지급을 명하면서, 이에 어긋하는 제1심 판결 중 해당 부분을 취소하고, 원고에게 가지급물 반환으로 위와 같은 이유로 재산정된 가지급금 2,813,679,635원 및 지연손해금의 지급을 명하는 것이었다. 
[표 2]순번수용토지수용재결 평가금액(원)원고 청구금액(원)제1심 인용금액(원)환송전 2심 인용금액(원)환송 후 2심 인용금액(원)1고척동 (상세 지번 등 1 생략)15,633,401,8007,610,443,4006,667,159,1006,667,159,1004,781,507,2002고척동 (상세 지번 등 2 생략)31,398,387,30012,753,167,700926,047,500926,047,500926,047,5003고척동 (상세 지번 등 3 생략)430,458,700196,377,3005,807,2005,807,2005,807,2004고척동 (상세 지번 등 4 생략)540,072,370254,454,210-4,916,926-4,916,926-4,916,9265고척동 (상세 지번 등 5 생략)12,473,8701,980,210-114,314-114,314-114,3146구로동 (상세 지번 등 6 생략)2,730,502,2001,499,699,580263,576,610263,576,610263,576,6107구로동 (상세 지번 등 7 생략)-279,096,410197,535,990197,535,990197,535,9908고척동 (상세 지번 등 8 생략)-755,625,100548,079,60070,095,0000합계50,745,296,24023,350,843,9108,603,174,7608,125,190,1606,169,443,260
 5) 이에 대하여 원고와 서울특별시 모두 상고하지 아니하여, 상고기간이 도과한 2015. 2. 24. 위 환송 후 2심 판결이 그대로 확정되었다.
다. 원고의 법인세 신고 및 피고의 과세처분
 1) 원고는 이 사건 각 토지의 수용보상금 증액금 전부를 2015 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 신고·납부하였다. 그러나 피고는, 그 중 제2 ~ 7토지에 관한 수용보상금 증액분은 관련 대법원 판결에 따라 상고기각 시점에 원고의 수입으로 확정되었다고 보아, 2019. 7. 9. 해당 유형자산 처분이익 1,336,035,616원을 익금 산입하여 재계산 후 미납된 2014 사업연도 귀속 법인세 합계 456,709,480원(일반과소신고 가산세 27,604,236원, 납부불성실 가산세 135,177,411원 포함)을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 2) 이에 불복하여 원고는 2019. 8. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 6. 22. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
 1) 이 사건 제2 ~ 7 토지에 대한 수용보상금 증액금은 환송 후 2심 판결이 선고된 날이 속하는 사업연도인 2015 사업연도에 귀속되었다고 보거나, 가집행선고부 제1심 판결에 따라 그 대금 수령이 이루어진 2010 사업연도에 귀속되었다고 보아야 함에도, 그 귀속시기를 관련 대법원 판결의 선고일이 속하는 2014 사업연도로 보아 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
 2) 설령, 그렇지 않더라도, 가산세 면제에 관한 정당한 사유가 존재하므로, 이 사건 처분 중 최소한 가산세 부분(162,781,647원)은 취소되어야 한다.
나. 관계 법령
 [별지2] 기재와 같다. 
다. 판단
 1) 수용보상금 증액금의 귀속시기
 가) 관련 법리
 (1) 법인세법 제40조 제1항은 손익의 귀속시기에 관하여 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있다. 한편 소득세의 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위해서는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되어야 하고, 소득이 발생할 권리가 성숙·확정되었는지 여부는 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상·사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2000. 2. 25. 선고 98두9387 판결 등 참조).
 (2) 소득의 지급자와 수급자 사이에 채권의 존부 및 범위에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우에, 그와 같은 분쟁이 경위 및 사안의 성질 등에 비추어 명백히 부당하다고 할 수 없는 경우라면, 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 할 수 없고, 판결이 확정된 때에 그 권리가 확정된다고 보아야 할 것이다(대법원 1997. 4. 8. 선고 96누2200 판결 등 참조).
 (3) 법인세법 시행령 제92조의2 제9항 전문은 “법인이 각 사업연도에 법 제55조의2를 적용받는 2 이상의 토지 등을 양도하는 경우에 토지 등 양도소득은 해당 사업연도에 양도한 자산별로 법 제55조의2 제6항에 따라 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다.“고 규정하고 있다. 또한 과세관청에 대하여 법인세법령을 적용하는 데 있어 지침을 마련하기 위해 마련된 법인세법 기본통칙 40-71…9에서는 ‘토지 등 수용에 따른 손실보상금의 귀속시기’와 관련하여 “토지 등의 수용에 따른 손실보상금의 귀속시기는 동 보상금의 지급이 확정되거나 기업자(起業者)가 대금을 공탁한 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 재결에 대한 이의신청 등으로 손실보상액이 조정된 경우 그 조정된 차액의 귀속시기는 조정액이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 정하고 있다. 그리고 법인세법 기본통칙 40-71…20에서는 ‘대법원 판결에 의하여 지급되는 손해배상금 등의 손익 귀속시기’와 관련하여 “법원의 판결에 의하여 지급하거나 지급받는 손해배상금 등은 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다. 이 경우 ‘법원의 판결이 확정된 날’이라 함은 대법원 판결일자 또는 당해 판결에 대하여 상소를 제기하지 아니한 때에는 상소제기의 기한이 종료한 날의 다음날로 한다”고 정하고 있다.
 나) 이 사건 제2 ~ 7토지 수용보상금 증액금의 귀속시기
 (1) 앞서 인정한 사실을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 이 사건 각 토지는 양도한 자산별로 양도소득을 계산하여 해당 사업연도에 익금 산입하여야 하므로, 토지별로 수용보상금의 조정차액의 확정 시기가 다른 경우 그 법인세 귀속시기도 달라지고, 각 토지에 관하여 그 조정액에 관한 판결이 확정되어 더 이상 다툼이 없게 되는 대법원 판결일자 또는 상소제기의 기한이 종료한 날의 다음날이 법인세 귀속시기가 된다.
 그러므로 ① 이 사건 제2 ~ 7토지의 경우 상고기각 취지의 관련 대법원 판결의 선고에 따라 해당 수용보상금 증액금이 확정된 2014 사업연도에, ② 제1토지의 경우 관련 대법원 판결에 따른 환송 후 2심 판결의 확정에 따라 해당 수용보상금 증액금이 확정된 2015 사업연도에 각 증액금이 익금 산입되어야 한다. 
 (2) 한편 원고는, 대법원 2018. 5. 15. 선고 2017두41221 판결 등의 취지에 따라 수용재결에 따른 수용보상금 전체를 하나의 소송물로 보아야 하기 때문에, 환송 후 2심 판결이 확정된 때인 2015 사업연도에 이 사건 제2 ~ 7토지를 포함한 이 사건 각 토지에 관한 수용보상금이 모두 확정된 것이고, 이에 따라 이 사건 제2 ~ 7토지의 수용보상금 증액금도 2015 사업연도의 익금에 산입되어야 한다고 주장한다. 
 그러나 대법원 2018. 5. 15. 선고 2017두41221 판결이 밝히고 있듯이, 이러한 수용보상금 증감 소송에서 법원의 심판범위는 하나의 재결 내에서 소송당사자가 구체적으로 불복신청을 한 보상항목들로 제한되기 때문에, 수용재결에 따른 수용보상금 전체의 금액이 하나의 시점에 확정될 수는 없다. 또한 상고심으로부터 사건의 환송을 받은 원심법원의 심판의 범위는 환송받은 부분에 국한되고(대법원 1970. 2. 24. 선고 69누59 판결 등 참조), 대법원이 원심판결 중 일부분만을 파기환송하고 나머지 부분에 대하여는 상고기각을 한 경우에 상고기각된 부분은 판결 선고와 동시에 확정되고 이에 대하여는 다시 심판할 수 없기 때문에(대법원 1969. 12. 30. 선고 69다295 판결 참조), 심급의 변동 과정에서 토지별로 그 증감액의 확정 시기가 달라질 수 있다. 이 사건에서도 환송 후 2심 판결이 밝힌 것처럼, 관련 대법원 판결에 따른 심판의 범위는 이 사건 제1, 8토지에 관한 부분 및 피고의 가지급물 반환신청 부분만이고, 이 사건 제2 ~7토지에 관한 부분은 관련 대법원 판결의 상고기각 판결 선고로 확정되어, 수용보상금 증감액의 확정 시기가 토지별로 달라졌다. 그러므로 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (3) 다시 원고는, 대법원 2019. 5. 16. 선고 2015다35270 판결 등의 취지상 가집행선고에 따라 수용보상금 판결금을 수령한 경우, 소득의 귀속시기는 그 수령 시점이 되어야 하므로, 이 사건 제2 ~ 7토지의 수용보상금 증액금도 원고가 가집행선고부 제1심 판결에 따라 서울특별시의 변제공탁금을 수령한 2010. 7. 19.이 속하는 2010 사업연도의 익금에 산입되어야 한다고 주장한다. 
 그러나 대법원 2019. 5. 16. 선고 2015다35270 판결이 원천징수와 관련 가집행선고부 승소판결에 의한 금전(기타소득) 수령을 과세대상 소득의 발생으로 보는 것은, 대법원 2011. 6. 24. 선고 2008두20871 판결이 언급하고 있는 것처럼, 상소심에서 판결이 취소되어 수령한 금전의 전부 또는 일부를 반환하는 경우가 발생하더라도, 국세기본법 제45조의2 제2항에 의하여 이자소득 등에 관하여 경정청구를 함으로써 구제를 받을 수 있음을 전제로 하기 때문이다. 그런데 소득은 그 종류나 성격에 따라 귀속시기나 소득액의 확정시점이 달라질 수 있다. 수용보상금의 경우, 그 성격이나 지급 방법, 다툼의 해결절차 등을 감안할 때, 재결에 따른 공탁시점에 소유권 이전을 통한 소득의 귀속이 확정되면서 일응의 소득이 실현되고, 수용보상금 증액청구 소송이 제기되면 추후 증액금이 확정된 때에 소득액이 확정되는 것으로 보아야 한다. 
 그러므로 이 사건에서 이 사건 제2 ~ 7토지에 관한 수용보상금은 재결에 따른 공탁시점에 소유권 이전을 통한 일응의 소득이 실현되었고, 이후 그에 관한 증액청구 소송이 관련 대법원 판결의 상고기각 판결 선고로 확정되면서 그 증액금의 수액이 확정되었다고 할 수 있다. 다만 원고가 가집행선고부 승소판결에 의한 증액금을 수령하였음을 이유로 2010 사업연도에 해당 증액금을 익금 산입하여 관련 세금을 납부한 경우라면, 추후 증액금이 최종 확정된 때 수정신고 또는 경정청구 등을 통해 소득액의 확정이 이루어지게 될 것인데, 이 사건에서는 이러한 선행 사실관계가 존재하지 않는다. 결국, 이와 전제를 달리하는 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다. 
 다) 따라서 이 사건 제2 ~ 7토지에 관한 수용보상금 증액금이 2014 사업연도에 귀속된다고 보아 이루어진 이 사건 처분은 정당하다.
 2) 가산세 면제에 관한 정당한 사유의 존부
 가) 세법상 가산세는, 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지·착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2007두3107 판결 등 참조). 그런데 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어, 세법 해석상 의의(疑義)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 1992. 10. 23. 선고 92누2936, 2943 판결, 대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 등 참조).
 나) 이 사건에서 원고는, 앞서 본 대법원 2018. 5. 15. 선고 2017두41221 판결이나 대법원 2019. 5. 16. 선고 2015다35270 판결 등의 법리에 따라 소득의 귀속시점에 대하여 달리 해석할 여지가 있었다는 등으로, 원고에게는 가산세의 면제에 관한 정당한 사유가 있다고 주장한다. 그러나 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고에게 관련 대법원 판결시점 기준 과세연도에 이 사건 제2 ~ 7토지에 관한 수용보상금 증액금을 익금 산입하여 법인세를 신고·납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 그러므로 피고의 가산세 부과처분은 정당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.
 (1) 앞서 본 바와 같이 수용보상금 증액금에 대하여는 법인세법 기본통칙에 따른 손익 귀속시기가 해석상 명확하게 정립되어 있었다.
 (2) 판결의 확정시점 역시 관련 대법원 판결의 내용이나 환송 후 2심 판결의 내용상 달리 보기가 쉽지 않다. 
 (3) 원고는 2010 ~ 2014 사업연도에 외부 회계감사 및 외부 세무조정을 받고 있었으므로, 소송의 진행에 따라 수용보상금 증액금에 관하여 변동이 있을 때 적법하게 신고, 수정신고 또는 경정청구 등의 방법으로 소득의 귀속 관계를 적정하게 조정할 수 있었으나 그러한 조치를 취하지 않았다. 나아가 원고가 이에 관하여 국세청 등에 질의를 하는 방법 등으로 납세의무 위반을 회피하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼 만한 객관적인 자료도 발견할 수 없다.
3. 결론
 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지1 토지목록 생략]

판사 정상규(재판장) 김병주 이승운