종합부동산세등부과처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2021.12.16 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○건설 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 홍문기)
【피 고】 분당세무서장
【변론종결】2021. 10. 28.
【주 문】
 1. 피고가 원고에 대하여 한 2017. 11. 2.자 별지1 표 기재 2014년 내지 2016년도 각 종합부동산세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함) 부과처분, 2018. 9. 10.자 같은 표 기재 2017년도 종합부동산세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함) 부과처분 중 종합부동산세 204,703,660원 부분과 농어촌특별세 40,946,130원 부분을 각 취소한다.
 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 
 3. 소송비용의 10%는 원고가, 나머지 90%는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】 피고가 2017. 11. 2. 및 2018. 9. 10. 원고에 대하여 한 별지1 기재 각 종합부동산세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경과
 가. 원고는 주택건설업, 부동산개발업 등을 영위하는 법인이다.
 나. 원고는 인천 부평구 △△동 일대에서 도시개발사업을 추진하기 위하여 2006. 12경부터 2010. 6경까지 당시 지목이 농지로서 토지거래허가구역 내에 있는 위 △△동(지번 생략) 32,456.7㎡(이하 ‘이 사건 토지‘라고 한다)를 매수하는 계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라고 한다)을 체결하고, 2006. 12.경부터 2010. 6.경까지 사이에 아래와 같이 잔금을 모두 지급하였다. 
순번이 사건 토지양도자매매대금(단위: 원)잔금지급일1인천 부평구 △△동 (지번 2 생략) 답 4,830㎡소외 110,091,070,0002009. 12. 4.2같은 동 (지번 3 생략) 답 5,815㎡3같은 동 (지번 4 생략) 답 291㎡4같은 동 (지번 5 생략) 전 145㎡소외 2146,160,0002006. 12. 28.5같은 동 (지번 6 생략) 답 1,500.7㎡소외 3 외 21,350,600,0002009. 6. 30.6같은 동 (지번 7 생략) 답 2,096㎡소외 4 외 21,748,064,0002009. 6. 30.7같은 동 (지번 8 생략) 답 2,446㎡소외 5 외 12,039,964,0002009. 6. 30.8같은 동 (지번 9 생략) 답 208㎡소외 6595,682,0002009. 6. 30.9같은 동 (지번 10 생략) 답 1,931㎡소외 7 외 11,191,364,50010같은 동 (지번 11 생략) 답 994㎡소외 81,092,306,6002010. 6. 23.11같은 동 (지번 12 생략)답 1,547㎡소외 91,253,070,0002009. 6. 30.12같은 동 (지번 13 생략) 답 946㎡소외 10 외 12,901,369,0002009. 6. 30.13같은 동 (지번 14 생략) 답 407㎡14같은 동 (지번 15 생략) 답 1,557㎡15같은 동 (지번 16 생략) 답 364㎡16같은 동 (지번 17 생략) 답 44.8㎡소외 1136,360,0002009. 12. 31.17같은 동 (지번 18 생략) 답 1,830㎡소외 121,800,000,0002009. 8. 14.18같은 동 (지번 19 생략) 답 869.2㎡소외 13955,000,0002009. 12. 29.19같은 동 (지번 20 생략) 답 1,041㎡소외 143,800,000,0002009. 12. 30.20같은 동 (지번 21 생략) 답 800㎡21같은 동 (지번 22 생략) 답 2,020㎡22같은 동 (지번 23 생략) 답774㎡합계32,456.7㎡?29,001,010,100?
 다. 이 사건 토지에 관하여 2014. 2. 6. 토지거래허가구역 지정이 해제되었다. 
 라. 원고는 2014. 9.경 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의19 제1항의 ‘주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지’에 해당한다는 이유로 같은 조 제2항에 따라 종합부동산세 과세표준 합산배제신고를 하였다.
 마. 피고는 2017. 11. 2. 원고에게 별지1 표 기재 2014년 내지 2016년도 각 종합부동산세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함) 부과처분을 하였고, 2018. 9. 10. 원고에게 같은 표 기재 2017년 종합부동산세 및 농어촌특별세(각 가산세 포함) 부과처분을 하였는데, 위 2017. 11. 2.자 부과처분은 원고가 이 사건 토지의 합산배제를 신청하여 감면받은 세액에 대한 추징금이고, 위 2018. 9. 10.자 부과처분 중 원고가 이 사건 토지의 합산배제를 신청하여 감면받은 세액에 대한 추징금은 종합부동산세 204,703,660원과 농어촌특별세 40,946,130원인데, 그 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다(이하 위 2017. 11. 2.자 부과처분과 위 2018. 9. 10.자 부과처분 중 이 사건 토지의 합산배제를 신청하여 감면받은 세액에 대한 추징금 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
이 사건 토지 관련 과세대상 및 고지세액(단위: 원)과세연도2014년2015년2016년2017년처분일자(고지일자)2017.11.022017.11.022017.11.022018.09.10종합합산토지 과세대상(공시가)13,757,223,80015,182,894,50015,524,985,56016,181,744,680이 사건 토지(면적)32,456.732,456.732,456.732,456.7①과세표준(증가분)(공시가*0.8)11,005,779,04012,146,315,60012,419,988,44812,945,395,744㉠결정세액(증가분)181,743,271200,503,789204,993,566204,730,660㉡이자상당가산액56,485,80840,361,41218,756,907-②(관련)종부세 고지세액(㉠+㉡)238,229,070240,865,200223,750,430204,730,660③농특세(②*0.2)47,645,81048,173,04044,750,09040,946,130고지세액계(②+③)(1,089,090,430)285,874,880289,038,240268,500,520245,676,790
 바. 원고는 2017. 11. 2.자 부과처분에 대하여 2018. 1. 31.에, 위 2018. 9. 10.자 부과처분에 대하여 2018. 11. 9.에 각 조세심판을 청구하였는데, 조세심판원은 2019. 7. 8. 원고의 심판청구를 기각하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지 
2. 원고 주장의 요지
 원고는 아래와 같은 이유를 들어 위 2017. 11. 2.자 부과처분과 위 2018. 9. 10.자 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.
 가. 이 사건 토지는 농지로서 원고는 아직까지 관련 법령상 농지전용허가를 받지 못하였으므로, 토지거래허가구역 지정 해제에도 불구하고 이 사건 매매계약은 미완성의 법률행위로서 그 효력이 발생하지 않은 유동적 무효의 상태에 있고, 더욱이 원고는 이 사건 토지를 점유·사용하고 있지도 않으므로, 원고가 이 사건 부동산을 사실상 취득하였다고 볼 수 없다. 
 나. 원고가 이 사건 부동산을 취득한 것으로 볼 수 있다고 하더라도, 그 취득일은 토지거래허가구역 지정이 해제된 2014. 2. 6.이라고 보아야 한다. 이와 같이 본다면, 이 사건 처분 당시 원고가 취득일로부터 5년 내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 것이 아니므로, 이 사건 처분은 그 처분사유가 존재하지 않는다.
 다. 원고가 이 사건 부동산을 잔급지급일에 취득한 것으로 볼 수 있다고 하더라도, 원고가 이 사건 부동산의 취득일로부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 것에는 부득이한 사유 내지 정당한 사유가 있으므로, 피고는 원고로부터 합산배제를 통하여 감면받은 종합부동산세 등을 추징할 수 없다.
 라. 농어촌특별세법 제5조 제1항 8호는 ‘종합부동산세법에 따라 납부하여야 할 종합부동산세액’을 과세표준으로 하고, 그 세율을 20%로 하여 농특세액을 산정하도록 하고 있고, 구 조세특례제한법 제104조의19 제3항은 ‘종합부동산세액’과 ‘이자상당가산액’을 추징한다고 규정하고 있으며, 동법 시행령 제104조의18 제2항과 제3항은 각 ‘종합부동산세액’과 ‘이자상당가산액’을 계산하는 방법을 별도로 규정하여 양자를 명확하게 구분하고 있다. 그런데 부과된 농어촌특별세액은 위 규정에 반하여 종합부동산세 ‘총결정세액(= 결정세액 + 이자상당가산액)’의 20%로 산정되었다. 
3. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
4. 판단
 가. 이 사건 매매계약의 효력
 1) 관련 법리 
 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라고 한다)상 토지거래허가구역 내의 토지에 관한 거래계약은 관할관청으로부터 허가받기 전의 상태에서는 거래계약의 채권적 효력도 전혀 발생하지 아니하여 무효이므로 권리의 이전 또는 설정에 관한 어떠한 내용의 이행청구도 할 수 없고(대법원 1991. 12. 24. 선고 90다12243 전원합의체 판결, 대법원 2000. 1. 28. 선고 99다40524 판결 등 참조), 반면에 토지거래허가 안에 있는 토지에 대하여 토지거래허가를 받지 아니하고 토지거래계약을 체결한 후 허가구역 지정이 해제된 때에는, 그 토지거래계약이 허가구역 지정이 해제되기 전에 확정적으로 무효로 된 경우를 제외하고는 더 이상 관할 행정청으로부터 토지거래허가를 받을 필요가 없이 확정적으로 유효로 되고, 따라서 거래 당사자는 그 계약에 기하여 바로 토지의 소유권 등 권리의 이전 또는 설정에 관한 이행청구를 할 수 있으며, 여전히 그 계약이 유동적 무효상태에 있는 것은 아니다(대법원 2010. 3. 25. 선고 2009다41465 판결 참조). 
 2) 구체적 판단
 가) 이 사건 매매계약 체결 당시 그 목적물인 이 사건 토지가 토지거래허가구역 내에 있었던 사실, 그런데 이 사건 토지에 관하여 2014. 2. 6. 토지거래허가구역 지정이 해제된 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 매매계약이 토지거래허가구역 지정 해제 전에 확정적으로 무효가 되었다고 볼만한 사정은 없으므로, 이 사건 매매계약은 유동적 무효 상태에 있었다가 위 토지거래계약이 허가구역 지정이 해제됨으로써 그 계약체결일로 소급하여 확정적으로 유효로 되었다.
 나) 원고는 토지거래허가구역 내 토지의 매매계약에 관한 유동적 무효의 법리가 농지 매매계약에 관하여도 그대로 적용될 수 있음을 전제로 원고가 현재까지 이 사건 토지에 대한 농지전용허가를 받지 못하였으므로, 이 사건 매매계약은 유동적 무효 상태에 있다고 보아야 한다는 취지로 주장하나, 원고가 현재까지 이 사건 토지에 관한 농지전용허가를 받지 않고 농지 매매계약을 체결하였다고 하여 그 매매계약이 무효라고 볼 아무런 근거가 없으므로, 농지 매매계약에 유동적 무효의 법리가 적용될 여지는 없다[한편, 구 국토계획법(2016. 1. 19. 법률 제13797호로 개정되기 전의 것) 제126조(다른 법률과의 관계) 제1항은 ‘농지에 대하여 제118조에 따라 토지거래계약 허가를 받은 경우 농지법 제8조에 따른 농지취득자격증명을 받은 것으로 본다.’라고 규정하고 있기는 하지만, 이 사건 토지는 토지거래계약 허가를 받은 경우가 아니라 토지거래계약 지정이 해제된 경우에 해당하므로, 원고가 위 규정에 따라 농지취득자격증명을 받을 수는 없다].
 다) 또 원고는 이 사건 토지의 소유권을 취득하기 위한 정지조건(농지전용허가)이 성취되지 않았으므로, 이 사건 매매계약의 효력이 발생하지 않았다는 취지로 주장하나, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하면 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 매매계약은 토지거래허가를 득하는 것을 조건으로 삼고 있을 뿐 농지전용허가를 득하는 것을 조건으로 삼고 있지 않음이 매매계약서의 내용에 비추어 명백한 점, ② 농지법 제6조 제2항 제1호에 의하면, 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니라도 하더라도 농지법 제34조 제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 인가·허가·승인 등을 포함한다]를 받은 경우에는 농지를 소유할 수 있고, 주택법 제19조 제1항 제7호에 의하면, 사업계획의 승인을 받는 경우 농지전용허가가 의제되는바, 사업계획의 승인을 예정하고 있던 원고로서는 농지전용허가를 특별히 문제 삼지 않고 이 사건 매매계약을 체결한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 농지전용허가가 이 사건 매매계약의 정지조건이라고 보기는 어렵다. 
 나. 원고가 이 사건 토지를 사실상 취득하였는지 여부 
 1) 관련 규정 
구 조세특례제한법 제104조의19 제1항, 제3항에 의하면, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보되, 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당 가산액을 추징한다.
 2) 관련 법리
 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이고, 지방세법은 취득세의 과세객체가 되는 부동산 취득에 관하여 민법 기타 관계 법령에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상 취득한 때에는 이를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는데, 여기에서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다 할 것이다(대법원 2001. 2. 9. 선고 2000두2204 판결 등 참조).
 재산세는 보유하는 재산에 담세력을 인정하여 부과되는 수익세적 성격을 지닌 보유세로서(대법원 2001. 4. 24. 선고 99두110 판결 참조), 지방세법은 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있는데, 사실상 소유자라 함은 공부상 소유자로 등재한 여부를 불문하고 당해 재산에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말한다고 보아야 한다(대법원 2006. 3. 23. 선고 2005두15045 판결 등 참조). 즉 사실상 소유자는 ‘공부상의 소유자’와 대비되는 개념으로 공부상 소유자로 등재되어 있는지 상관없이 사실상 당해 토지에 대한 사용·수익·처분권을 배타적으로 행사할 수 있는 자를 의미한다.
 한편, 농지법 제8조 제1항에 정한 농지취득자격증명은 농지를 취득하는 자가 그 소유권에 관한 등기를 신청할 때에 첨부하여야 할 서류로서, 농지를 취득하는 자에게 농지취득의 자격이 있다는 것을 증명하는 것일 뿐 농지취득의 원인이 되는 법률행위의 효력을 발생시키는 요건은 아니므로 농지에 관한 소유권이전등기청구소송에서 비록 원고가 사실심 변론종결 시까지 농지취득자격증명을 발급받지 못하였다고 하더라도 피고는 자신의 소유권이전등기의무가 이행불능임을 내세워 원고의 청구를 거부할 수 없다(대법원 2006. 1. 27. 선고 2005다59871 판결 참조).
 3) 구체적 판단 
 위 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제7 내지 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 토지를 사실상 취득하였고, 그 취득일은 토지거래허가구역 지정이 해제된 2014. 2. 6.이라고 봄이 타당하다.
 ① 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항, 제3항은 주택건설사업 추진 시에는 대규모 주택건설용 토지를 사전에 확보하여야 하고 사업계획승인에 길게는 5년까지 소요되는 특성에 비추어, 주택건설사업 준비기간 동안 발생하는 종합부동산세를 모두 주택건설사업자에게 부담시키는 경우, 그 비용이 결국 주택가격에 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용하는 문제를 해소하기 위해 도입된 것으로서, 주택건설사업자의 토지 취득 시부터 사업계획승인 전까지의 종합부동산세 부담을 완화하기 위한 것으로(대법원 2016. 9. 8. 선고 2016두37867 판결), 위 규정은 취득세가 아닌 재산세의 특례 규정인 점, 실질로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 때부터 5년의 특례 기간을 기산한다면 주택건설사업자에게 지나치게 불리할 뿐 아니라 위와 같은 입법취지를 훼손할 우려가 있는 점 등에 비추어 보면, 위 규정의 취득일은 주택건설사업자가 토지의 실질적인 소유권을 취득하여 재산세의 납부의무자가 되는 날을 뜻한다고 해석함이 타당하다.
 ② 앞서 본 바와 같이 이 사건 매매계약은 소급하여 유효하게 되었고, 원고는 이 사건 매매계약에서 정한 매매대금을 모두 지급하였다. 이 사건 매매계약 제4조 3)항은 ‘매도인은 매매계약 체결일로부터 잔금지급 시까지 이 사건 토지를 사용할 수 있으며, 잔금지급 이후에는 경작물의 파종, 개화 및 성장, 수확시점이라고 하더라도 이를 문제화 할 수 없으며 경작물의 소유권을 주장할 수 없다.’라고 규정하고 있고, 제5조 1)항은 ‘매도인은 잔금수령과 동시에 소유권이전등기에 필요한 서류일체를 매수인에게 제출하고 토지를 명도하여야 한다.’라고 규정하고 있으며, 이 사건 토지가 농지라고 하더라도 원고의 소유권이전등기청구나 명도청구를 하는 데 장애사유가 되지는 않으므로, 매매대금을 모두 지급한 원고로서는 토지거래허가구역 지정이 해제되어 이 사건 매매계약이 유효한 것으로 확정된 이후부터는 이 사건 토지의 관한 실질적인 소유권을 행사할 수 있게 되었다(원고가 이 사건 토지의 실질적인 소유권을 취득하였다고 보기 위해서는 사실상 당해 토지에 대한 사용·수익·처분권을 배타적으로 행사할 수 있어야 할 것인데, 이 사건 매매계약이 유동적 무효 상태로서 효력이 없는 경우에는 사용·수익·처분권을 배타적으로 행사할 수 없었다고 보아야 한다).
 ③ 이 사건 토지의 매도인들이 여전히 이 사건 토지를 농지로 점유·사용하고 있다고 하더라도, 이는 매도인들이 원고가 실질적인 소유권을 행사하지 아니한 데에 따른 반사적인 이익을 누리는 것으로 이해해야 할 것이고, 이 사건 토지가 농지이고 원고가 아직 농지전용허가를 받지 못하였다고 하더라도, 이 사건 매매계약이 유효한 이상 잔금을 모두 지급한 원고로서는 매도인들을 상대로 소유권이전등기청구를 하는 것이 가능하므로, 원고가 주장하는 위와 같은 사정들은 원고가 이 사건 토지의 실질적 소유권을 행사할 수 있는지 여부에 어떠한 영향을 미치지 못한다. 
 라. 소결
 피고가 원고로부터 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항, 제3항에 따라 종합부동산세액과 이자상당 가산액을 추징하기 위해서는 원고가 이 사건 토지를 취득한 날인 2014. 2. 6.부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에 해당하여야 한다. 그런데 이 사건 처분은 2014. 2. 6.부터 5년이 경과하기 전인 2017. 11. 2. 및 2018. 9. 10.에 각 이루어졌으므로, 이 사건 처분 당시에는 그 처분사유가 갖추어지지 못하였음이 명백하다. 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
 한편, 원고는 이 사건 처분 외에도 위 2018. 9. 10.자 부과처분 중 이 사건 토지의 합산배제를 신청하여 감면받은 세액에 대한 추징금 부분을 제외한 나머지 부분에 대한 취소도 함께 구하고 있으나, 위 부분은 이 사건과 아무런 관련이 없으므로, 이 부분에 대한 원고의 청구는 그 자체로 이유 없다(원고의 기타 토지에 대한 과세처분으로 보여 진다). 
5. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 1 과세처분 내역 생략]

판사 정덕수(재판장) 황지원 김회근