취득세 등 경정청구거부처분 취소(납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정 미적용) (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2022.01.14 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고들이 부담한다.
【이유】

▣청 구 취 지

피고가2019. 4. 25.원고들에게 한 각 취득세253,465,390원,지방교육세14,483,730원,농어촌특별세18,104,650원의 경정거부처분을 각 취소한다.
▣이 유

1.처분의 경위

가.원고들은 피고로부터 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하‘산업집적법’이라 한다)에 따른 지식산업센터 설립 승인을 받고 서울 영등포구 당산동4가○○및○○지상에2012. 9. 18.지식산업센터 및 근린생활시설 건축 허가를 받아2012. 10. 10.착공을 하였고,그 무렵 분양공고를 승인받아 분양을 하였으며, 2015. 2. 17.지식산업센터 및 근린생활시설(연면적99,807.63㎡,공장시설89,978.17㎡,지원시설9,829.46㎡,이하,공장시설만을‘이 사건 건축물’이라 한다)에 관하여 사용승인을 받아 각2분의1지분을 취득하였다.
나.원고들은2015. 3. 5.이 사건 건축물에 대하여 취득 당시에 시행되던 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정되어2016. 12. 27.법률 제12175호로 개정되기 전의 것,이하‘신법’이라 하고, 2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정되기 전의 것을‘구법’이라 한다)제58조의2제1항 제1호에 따라 감면율50%를 적용하여 각 취득세500,589,970원,지방교육세28,605,140원,농어촌특별세35,756,420원 등 합계564,951,530원을 각 신고·납부하였다.
다.원고들은2019. 3. 4.신법 부칙 제6조‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.’라는 규정(이하‘이 사건 부칙조항’이라 한다)에 따라 구법 제58조의2제1항 제1호(이하‘종전감면규정’이라 한다)에서 정한 감면율75%를 적용하여야 한다고 주장하면서,피고에게 각 취득세253,465,390원,지방교육세14,483,730원,농어촌특별세18,104,650원 등 합계286,053,770원의 환급을 구하는 각 경정청구를 하였다.
라.피고는2019. 4. 29.원고들에 대하여 이 사건 건축물의 취득은 종전감면규정에서 정한 적용기한인2013. 12. 31.이후에 이루어진 것이므로 이 사건 부칙규정의 적용대상이 아니고 취득세 납세의무의 성립 당시 법률인 신법이 적용되어야 한다고 보아 원고들의 위 각 경정청구를 거부하는 처분(이하‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
마.이에 원고들이 불복하여2019. 7. 12.조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하였으나, 2021. 1. 28.그 심판청구가 기각되었다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지11호증(가지번호가 있는 경우,각 가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고들의 주장

이 사건 건축물의 취득 시기가 비록 신법 시행 이후이긴 하나,원고들이 종전감면규정을 신뢰하여 그 적용기한(2013. 12. 31.)이전에 지식산업센터에 대한 설립승인 및 건축허가를 받아 공사에 착수하고 분양을 하여 새로운 법적 지위를 취득하고 법률관계를 형성하는 등 그 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위를 모두 완료하였으므로 이 사건 부칙규정은 원고들의 신뢰보호를 위한 특별규정으로 보아야 한다.따라서 이 사건 건축물의 취득에 대해서는 종전감면규정이 적용되어야 한다.
나.관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다.판단

1)조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할…세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’와 같은 개정된 세법 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도,납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다.
2)위 관계법령과 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대,아래와 같은 이유로 신법이 시행된 이후에 비로소 취득세의 과세요건사실이 발생한 이 사건 건축물의 취득에 대하여는 이 사건 부칙조항을 근거로 구법인 종전감면규정을 적용할 수 없다.따라서 원고들의 주장은 이유 없다.
가)종전감면규정은 지식산업센터 설립승인을 받은 사람에 대하여 그가 신축한 지식산업센터에 대하여는2013. 12. 31.까지 취득세의75%를 감경하여주겠다는 것을 규정하고 있을 뿐이므로,위 적용기한이 도래한 이후에도 장래 일정한 기간에 취득세를 중과하지 않겠다는 것을 규정하지 않고 있음은 문언상 명백하다.
나)종전감면규정이 적용기한을2013. 12. 31.로 명시함으로써 취득세의75%가 경감되는 특례가 한시적인 조치임을 밝히고 있으므로,원고들로서는 위 적용기한 내에 건축허가를 받고 착공 및 분양절차를 진행하였다 하더라도,건축 계획에 따른 이 사건 건축물의 사용승인 등 취득이 위 적용기한 이후일 경우에는 취득세의75%감면특례가 적용될 수 없음을 충분히 예견할 수 있었을 것으로 보인다.
다)산업집적법상 지식산업센터에 대한 취득과 관련하여 서울시 조례에서 상당한 기간 지속적으로 취득세를 면제하는 내용을 규정하여 왔다 하더라도, 2011. 12. 31.법률 제11138호로 개정된 구법에서 종전감면규정을 신설하면서 취득세의75%를 감경하는 내용으로 감면 범위가 축소되었고,그 적용기한 역시2013. 12. 31.로 명시하여 규정하였으므로,원고들로서는 향후 법령의 개정을 통하여 감면 범위가 더 축소될 수도 있다는 점을 예상할 수 있었을 것으로 보인다(실제2014. 1. 1.개정된 신법에서2016. 12. 31.까지 취득세의50%를 감면하는 것으로 감면 범위가 축소되었다).설령 원고들이 법령 개정을 통해 위 적용기한이 다시 연장되거나 부칙에 특례 경과규정을 둘 것이라고 신뢰하였다 하더라도,이는 해당 규정 자체의 신뢰보호와 관련된 내용이 아닐 뿐만 아니라 원고들의 단순한 기대에 불과할 뿐이어서 기득권에 갈음하는 것으로써 마땅히 보호되어야 할 것으로 볼 수도 없다.
라)또한 적용기한이 연장될 것이라는 단순한 기대를 보호해 주는 경우,입법자가 적용기한의 종료에 즈음하여 변화된 정책적 환경과 조세공평의 원칙 등을 고려하여 특례의 존속 여부 및 적용 범위 등을 다시 정하기 위하여 취득세 감면특례를 한시법령의 형태로 규율한 입법 취지가 몰각될 우려가 있다.
마)한편,원고가 제시한 대법원 판례들은,종전 규정에서 정한 적용기한이 경과하기 전에 법령이 개정되어 납세의무의 성립시기가 신법 시행 이후이긴 하나,납세의무 성립시가 종전 규정의 적용기한 내이고 납세의무와 직접적 관련이 있는 원인행위가 신법 시행 이전에 이루어진 사안들(93누5666,97누201,2014두44403등)이거나 조례 등에 대한 사안들(94다5502,2008두15039등)로 이 사건과는 사안이 같지 않아 바로 적용할 것은 아니다.
3.결론

원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
<별지>

관계 법령

▣구 지방세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정되기 전의 것)

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면)

① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라2013년12월31일까지 지방세를 경감한다.
1.지식산업센터를 신축하거나 증축하여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5제1항제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서"사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의100분의75를 경감한다.
부칙<제11138호, 2011. 12. 31.>

제1조(시행일)이 법은2012년1월1일부터 시행한다.다만,제10조제1항 및 제57조제3항의 개정규정은2012년3월2일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.
제6조(지식산업센터 등에 대한 감면 적용특례)제58조의2제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의4에 따라 지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다.
▣구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것)

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면)

① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라2016년12월31일까지 지방세를 경감한다.
1.지식산업센터를 신축하거나 증축하여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5제1항제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서"사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의100분의50을 경감한다.
부칙<제12175호, 2014. 1. 1.>

제1조(시행일)이 법은2014년1월1일부터 시행한다.다만,제34조 제7항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제3조(일반적 적용례)이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제6조(일반적 경과조치)이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’와 같은 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위해 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 납세의무자가 종전 규정에 의한 감면 등을 신뢰하였다고 하더라도 마땅히 보호되어야 할 정도의 것은 아님.