소득세 부과처분 취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2011.09.07 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 
【피고, 피항소인 겸 항소인】 이천세무서장
【제1심판결】 수원지방법원 2010. 10. 27. 선고 2008구합2874 판결
【변론종결】2011. 6. 29.
【주 문】
 1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.
 가. 이 사건 소 중 2002년 귀속 종합소득세 부과처분 취소청구 부분을 각하한다.
 나. 피고가 2006. 8. 1. 원고에 대하여 한, 
 1) 2003년 귀속 종합소득세 2,619,267,413원 부과처분 중 2,512,046,533원을 초과하는 부분 및
 2) 2004년 귀속 종합소득세 1,264,070,984원 부과처분 중 1,086,796,140원을 초과하는 부분을
 각 취소한다. 
 다. 원고 나머지 청구를 기각한다.
 2. 소송총비용 중 85%는 원고가, 15%는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 원고에 대하여 2006. 8. 1.에 한 2001년 귀속 종합소득세 465,243,027원 부과처분 중 285,241,412원을 초과하는 부분, 2003년 귀속 종합소득세 2,619,267,413원 부과처분 중 2,332,648,413원을 초과하는 부분, 2004년 귀속 종합소득세 1,264,070,984원 부과처분, 2005년 귀속 종합소득세 101,034,115원 부과처분 및 2007. 5. 1.에 한 2002년 귀속 종합소득세 11,299,864원 부과처분을 각 취소한다(2002년 귀속 종합소득세에 대해 원고는 2007. 12. 18.을 부과처분일로 주장하고 있으나, 2007. 5. 1. 증액경정이 있었고 심사청구 후 감액되었으므로 부과처분일은 증액경정일인 2007. 5. 1.이 맞다).
 2. 항소취지
 원고 항소취지: 제1심 판결 중 2001년, 2003년, 2004년 각 종합소득세 부과처분 취소청구 부분을 다음과 같이 변경한다. 피고가 원고에 대하여 2006. 8. 1.에 한 2001년 귀속 종합소득세 465,243,027원 부과처분 중 285,241,412원을 초과하는 부분, 2003년 귀속 종합소득세 2,619,267,413원 부과처분 중 2,332,648,413원을 초과하는 부분, 2004년 귀속 종합소득세 1,264,070,984원 부과처분을 각 취소한다. 
 피고 항소취지: 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소한다. 위 취소 부분에 대한 원고 청구를 기각한다.
【이 유】 1. 처분 경위
 이 법원이 이 부분에 쓸 이유는 다음과 같이 고치는 외에는 제1심 판결문 해당 부분(제2쪽 아래에서 2째 줄부터 제4쪽 위에서 2째 줄까지) 기재와 같다.행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 인용한다.
〈고치는 부분〉
○ 제3쪽 4째 줄 “2005. 8. 3.”을 “2005. 8. 31.”로 고친다.
○ 제3쪽~4쪽 〈표1〉을 다음과 같이 고친다.
〈표 1〉 과세연도당초 신고 총결정세액 ㉮ 최초 증액경정(원)(주1) (2006. 8. 1.) ㉯ 증액 및 감액경정(원) ㉰ 심사청구 후 감액(원) (2008. 1. 11.) ㉱ 최종세액(원)2001 2,045,245 465,243,027 － － 465,243,027 2002 20,722,315 14,149,817 26,480,805(주2) (2007. 5. 1.) △29,330,758 11,299,864 2003 102,901,5532,636,781,298 － △17,513,885 2,619,267,413 2004 205,634,4341,285,637,317 － △21,566,333 1,264,070,984 2005 부동산매매업 관련 무신고 200,968,313△99,934,198(주3) (2006. 12. 12.)－ 101,034,115합계 ？ 4,602,779,772 △73,453,393 △68,410,976 4,460,915,403 
㉮ 최초 증액경정(원)
26,480,805
△99,934,198
 2. 2002년 귀속 종합소득세 부과처분 취소청구 부분 소가 적법한지 여부에 관한 판단
 가. 피고 주장
 (1) 2002년 종합소득세 부과와 관련하여 2007. 5. 1. 증액 고지된 26,480,805원 부과처분은 전심절차를 거치지 않아 위법하다. 
 (2) 피고가 조사에 의하여 원고에게 증액경정한 세액은 14,149,817원인데 심사청구에서는 위 금액을 초과하는 29,330,758원이 이미 감액되었다. 원고가 당초 신고한 20,722,315원 및 인정상여 무신고분에 대하여 증액경정된 26,480,805원 부분은 이미 확정되었다. 따라서 최종적으로 남아있는 11,299,864원은 감액될 수 없다. 
 나. 판단
 1) 다음 각 사실은 갑 제10호증의 1, 갑 제26호증의 2, 을 제1호증의 2, 을 제2호증의 1, 을 제15호증, 을 제20 내지 23, 25호증 각 기재에 변론 전체 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
 원고는 2002년 종합소득세로 20,722,315원을 신고하였다가 매출누락 등이 확인되어 2006. 8. 1. 14,149,817원 증액경정처분을 받았다. 원고는 2006. 10. 30. 심사청구를 하면서 2006. 8. 1. 고지된 2002년 귀속분 종합소득세 14,149,810원 부과처분에 대하여 경정을 구하였는데, 심사진행 중에 원고는 인정상여가 추가로 인정되어 2007. 5. 1. 26,480,805원 증액경정처분을 받았다. 2007. 12. 18. 심사결정에서는 필요경비가 추가로 인정되어 2008. 1. 11. 29,330,758원이 감액되는 경정처분을 받았다.
 원고는 2008. 3. 18. 이 사건 소 제기 당시 2002년 종합소득세와 관련하여 2006. 8. 1.자 14,149,817원 부과처분 취소를 구하였으나, 2009. 11. 16. 청구취지 변경을 통하여 2007. 12. 18. 처분한 32,022,179원(당초 신고 결정세액 20,722,315원과 심사청구 후 감액된 부분을 반영하여 최종적으로 추가된 11,299,864원을 합한 금액이다) 부과처분 취소를 구하였고, 2010. 6. 22. 청구취지 변경을 통하여 당초 신고분을 제외하고 위 11,299,864원 부과처분 취소를 구하는 내용으로 변경하였다.
 2) 과세처분이 있은 후 이를 증액하는 경정처분이 있으면 당초처분은 경정처분에 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하고 그 후 다시 이를 감액하는 재경정처분이 있으면 재경정처분은 감액된 세액부분에 대해서만 그 효력이 미치는 것이므로 전심절차 이행 여부는 경정처분을 대상으로 판단하는 것이 원칙이다. 다만 선행처분과 증액경정처분 위법사유가 공통된 경우에는 선행처분에 대하여 적법한 전심절차를 거친 이상 과세관청으로서는 이미 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 검토할 수 있는 기회가 부여되었을 뿐 아니라 납세의무자에게 굳이 같은 위법사유로 전심절차를 거치게 하는 것은 가혹한 것이므로 납세의무자는 증액경정처분에 대하여 다시 전심절차를 거치지 아니하고 행정소송을 제기할 수 있다(대법원 1990. 8. 28. 선고 90누1892 판결 참조).
 원고는 심사청구 당시 필요경비 추가 산입 등을 불복사유로 하였다. 2007. 5. 1. 26,480,805원 증액경정처분은 인정상여 추가 인정에 따른 것이다. 심사청구 절차가 진행 중 증액경정처분을 받은 점, 심사청구 절차에서 피고에게 반성기회가 부여되어 자율적 통제가 가능했던 점 등에 비추어 2007. 5. 1. 증액경정처분에 따라 증액된 부분에 대하여 다시 전심절차를 거칠 필요는 없다고 보는 것이 타당하다. 따라서 전심절차를 거치지 않았다는 이유로 2002년 귀속 종합소득세 부과처분 취소청구 부분 소가 부적법하게 되지는 않는다.
 3) 직권으로 피고가 2007. 5. 1.에 한 2002년 귀속 종합소득세 26,480,805원 증액경정처분이 제소기간을 준수하였는지 여부에 관하여 살펴본다.
 다만 당초 조세부과처분에 대하여 적법한 취소청구 소송이 계속 중 동일한 과세목적물에 대하여 당초 부과처분을 증액 변경하는 경정결정 또는 재경정결정이 있는 경우에 당초 부과처분에 존재하고 있다고 주장되는 취소사유가 경정결정 또는 재경정결정에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초 부과처분이 위법하다고 판단되어 경정결정, 재경정결정도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우라면 원고는 따로 전심절차를 거칠 필요 없이 청구취지를 변경하여 경정 또는 재경정결정 취소를 구할 수 있고, 청구취지변경시를 기준으로 제소기간 준수 여부를 따로 따질 필요도 없다(대법원 1982. 2. 9. 선고 80누522 판결). 이와 같은 법리는 증액경정 전 조세부과처분에 대하여 소를 제기하였다가 소송계속 중 증액경정 결정 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경한 경우에도 마찬가지로 적용된다.
 원고는 소제기 당시 2006. 8. 1.자 14,149,817원 부과처분 취소를 구하였다. 2007. 5. 1. 증액경정결정 부분은 인정상여로 인한 것이다. 당초 원고가 취소를 구한 부분에 존재하고 있다고 주장되는 취소사유는 위 증액경정결정에도 마찬가지로 존재하고 있다고 보이지 않는다(원고는 위 증액경정결정 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경한 다음에도 증액경정 사유인 인정상여에 대하여는 다투지 아니하고 있다. 당초 부과처분 취소를 구한 부분은 심사청구에서 이미 감액되었다).
 그러므로 청구취지 변경시 제소기간을 지켰는지에 대하여 본다.
국세기본법 제56조 제3항은 국세에 관한 부과처분에 대한 행정소송은 심사청구에 대한 결정 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 제기하여 한다고 규정하고 있는데, 이 사건과 같이 선행처분에 대하여 전심절차를 거쳤다는 이유로 전심절차를 생략할 수 있는 경우에는 심사청구 결정 통지일이 없으므로 다시 원칙으로 돌아가행정소송법 제8조에 의하여 증액경정처분이 있다는 사실을 안 날로부터 90일 이내, 처분이 있은 날로부터 1년 이내에 제기할 수 있다고 보아야 한다.
 원고는 당초 이 사건 소 제기시에는 2006. 8. 1.자 14,149,817원 부과처분 취소를 구하였으나, 2009. 11. 16. 청구취지 변경을 통하여 비로소 2007. 5. 1. 처분한 32,022,179원 부과처분(증액경정처분) 취소를 구하였다. 그러나 위와 같은 청구취지 변경이 증액경정처분일로인 2007. 5. 1.(증액경정처분을 통지받은 날은 명확하지 않다)로부터 1년이 지난 후에 제기되었음은 역수상 명백하다[최초 2006. 8. 1. 증액경정처분에 대한 심사청구 결정 통지를 받은 날(명확하지 않으나, 적어도 심사청구에 따른 감액경정처분을 받은 2008. 1. 11.에는 알았다고 보인다)을 기산일로 보더라도 90일이 이미 지난 후에 이루어졌음은 역수상 명백하다].
 따라서 이 사건 소 중 2002년 종합소득세 부과처분 취소청구 부분 소는 제소기간을 지난 후에 제기되어 부적법하다.
 3. 2001년, 2003년, 2004년, 2005년 귀속 종합소득세 부과처분이 적법한지 여부
 가. 원고 주장
 이 법원이 이 부분에 쓸 이유는 다음과 같이 고치는 외에는 제1심 판결문 해당 부분(제4쪽 4째 줄부터 제7쪽 표 2까지) 기재와 같다.행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 인용한다.
〈고치는 부분〉
○ 제4쪽 4째 줄 “가”를 1)로 제5쪽 6째 줄 “다”를 3)으로 고침.
○ 제4쪽 6째 줄 “이자비용으로서” 다음에 “당초 신고 및 심사청구에 따른 경정결정 과정에서 필요경비로 산입된 이자비용 이외에 추가로” 를 추가하고, “2002년 지급이자 149,444,000원)”을 삭제함.
○ 제4쪽 아래에서 9째 줄부터 제5쪽 위에서 5째 줄까지를 다음과 같이 고침. 
 2) 철탑공사비, 토목공사비에 관한 주장
 가) 원고는 광주시 송정동 산(지번 1 생략) 등 지상에 골프연습장 사업을 하다가,소외 1 등에게 위 토지 중 일부와 철탑 부분을 34억 원에 매도하였다. 그런데 원고는 골프연습장 부지와 관련하여 필요경비로 인정받은 도로공사비 9억 4,600만 원 이외에도 토목공사비 8억 원과 철탑공사비 6억 5,000만 원 합계 14억 5,000만 원을 지급하였으므로 위 금액 역시 추가로 필요경비로 인정되어야 한다.
 나) 만약, 실제 발생한 토목공사비 및 철탑공사비를 확인할 수 없다면 추계결정에 의하여 소득금액을 계산하여야 한다.소득세법 시행령 제143조 제3항 단서에 따라 기준경비율에 따라 계산한 소득금액 1,206,224,000원{＝수입금액 2,538,000,000원 － 주요 경비 946,000,000원 － (수입금액 2,538,000,000원 × 기준경비율 15.2%)}과 단순경비율에 따라 계산한 소득금액 395,928,000원[＝ {수입금액 2,538,000,000원 － (수입금액 2,538,000,000원 × 단순경비율 89.6%)} × 1.5] 중 작은 금액인 단순경비율에 따라 계산된 소득금액 395,928,000원을 기준으로 산정한 필요경비 1,196,072,000원[= 2,142,072,000원 (= 수입금액 2,538,000,000원 － 단순경비율에 따른 소득금액 395,928,000원) - 기공제 필요경비 946,000,000원]을 추가로 공제하여야 한다.
○ 제6쪽 12째 줄 “보고 양도소득세를 산정하였는바”를 “보았는바”로 고침.
○ 제6쪽 〈표 2〉 중 과세기간 2002년 부분을 삭제함.
 나. 관계 법령
 제1심 판결문 별지 1 관계 법령과 같다.
 다. 판단
 1) 이자비용 필요경비 산입 주장에 대하여
 가) 인정사실
 (1) 기존에 필요경비로 공제된 이자비용 내역
 원고가 2001년, 2003년, 2004년에 금융기관에 자신이 채무자로서 지급한 이자내역은 별지 1 내지 3 각 표 기재와 같고, 피고가 스스로 또는 심사청구에 따라 필요경비에 산입한 이자비용은 〈표 3〉 ‘기공제’ 및 ‘심사청구 인용’과 같다. 결국 원고가 이 사건에서 추가로 공제를 구하는 이자비용은 〈표 3〉 ‘추가 필요경비’ 기재와 같다. 
 〈표 3〉구분ⓐ 2001년ⓑ 2003년ⓒ 2004년ⓓ 2005년계 지급이자40,924,651원 613,311,839원694,694,275원0원잘못된 계산식기공제 38,912,000원 141,766,000원134,048,000원0원314,726,000원심사청구인용 0원27,542,083원 45,125,881원 0원잘못된 계산식추가필요경비 2,012,000원 444,003,000원515,520,000원0원잘못된 계산식
 피고가 심사청구에 따라 감액경정을 하면서 필요경비에 산입한 이자비용 내역은 별지 2 ‘2003년 지급이자’ 순번 6번 기재 9,969,007원, 순번 15번 기재 17,573,076원 합계 27,542,083원(=9,969,007원+17,573,076원), 별지 3 ‘2004년 지급이자’ 순번 8번 기재 45,125,881원이다. 원고가 당초 신고 시에 필요경비에 산입한 이자비용이 별지 1 내지 3 중 어느 순번 기재 항목인지는 명확하지 않다.
 (2) 부동산 취득을 위한 대출금 이자 지급 내역
 [제1거래] 
 원고는 2002. 3. 4.소외 2,3으로부터 하남시 미사동(지번 2 생략),(지번 3 생략),(지번 4 생략),(지번 5 생략) 각 토지를 13억 원에 매수하면서, 같은 날 계약금 3,000만 원, 같은 달 16.에 제1차 중도금 5억 원, 같은 달 22. 제2차 중도금 5억 원, 같은 해 4. 1. 잔금 2억 7,000만 원을 각 지급하기로 약정하였다. 그런데 원고가 자금부족으로 제2차 중도금 및 잔금을 지급하지 못하게 되자, 일단 위 각 토지를 담보로 매도인소외 2 명의로 5억 원을 대출하여 중도금 지급에 갈음하고, 다시 위 각 토지를 담보로소외 4 명의로 1억 5,000만 원을 대출받아 잔금을 지급하였다.
 한편 원고는 2002. 8. 16. 미사동(지번 2 생략).(지번 6 생략)을 담보로 우리은행에서 4억 3,000만 원을 대출받았다. 피의자는 위 대출금에 대하여 대출일부터 2003. 8. 13. 원금상환 시까지 지급한 이자 중에는 별지 2 ‘2003년 지급이자’ 관련 8번 항목과 같이 2003년 합계 17,248,300원이 포함되어 있다.
 [제2거래]
 원고는 2002. 9. 25.소외 5로부터 하남시 천현동(지번 7 생략),(지번 8 생략) 각 토지를 67억 2,400만원에 매수하면서, 같은 날 계약금 10억 원, 같은 해 12. 19. 잔금 57억 2,400만 원을 각 지급하기로 약정하였다. 그런데 원고가 자금부족으로 잔금을 지급하지 못하게 되자, 2002. 12. 27. 위 각 토지를 담보로 주식회사 우리은행으로부터 30억 원을 대출받았다. 원고는 위 대출금에 대하여(2003. 3. 17. 3억 원, 2003. 8. 8. 1억 원, 2004. 12. 24. 1,000만 원을 일부 상환하였다) 별지 2 ‘2003년 지급이자’ 관련 14번 항목, 별지 3 ‘2004년 지급이자’ 관련 6번 항목과 같이 2003년 합계 181,271,222원, 2004년 합계 150,883,153원을 각 지급하였다.
 [제3거래]
 원고는 2003. 8. 28.소외 6으로부터 하남시 풍산동(지번 9 생략) 등 토지를 200억 원에 매수하였는데, 자금부족으로 잔금을 지급하지 못하게 되자, 2003. 8. 29. 주식회사 국민은행으로부터 50억 원을 대출받았다. 원고는 위 대출금에 대하여 별지 2 ‘2003년 지급이자’ 관련 17번 항목, 별지 3 ‘2004년 지급이자 관련 9번 항목’과 같이 2003년 합계 102,612,327원, 2004년 합계 314,175,334원을 각 지급하였다.
 [제4거래]
 원고는 2003. 2. 6.소외 7로부터 하남시 초일동(지번 10 생략) 외 4필지 각 토지를 33억 원에 매수하면서, 같은 날 계약금 2억 원, 3. 17. 중도금 5억 원, 4. 21. 잔금 26억 원을 각 지급하기로 약정하였다. 그런데 원고가 자금부족으로 잔금을 지급하지 못하게 되자, 일단 위 각 토지를 담보로 매도인소외 7 명의로 17억 5,000만 원을 대출받아 잔금 지급에 갈음하였다.
 한편 원고는 2003. 5. 27. 위 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳤으며, 2004. 3. 11. 위 채무를 인수하였다. 피의자는 위 대출금에 대하여(2003. 7.에 4억 3,300만 원, 2003. 12.에 5억 4,000만 원, 2004. 2.에 5,500만 원, 2004. 3.에 241,661,815원을 일부 상환하였다) 별지 2 ‘2003년 지급이자’ 관련 18번 항목, 별지 3 ‘2004년 지급이자’ 관련 10번 항목과 같이 2003년 합계 56,594,045원, 2004년 합계 39,945,803원을 지급하였다.
[인정 근거] 갑 제2호증의 7, 8, 24, 30, 45, 72, 갑 제18호증의 6, 갑 제21, 23, 24호증, 갑 제28호증의 15, 26 내지 29, 갑 제29호증의 3 내지 9 각 기재, 변론 전체 취지
 나) 판단
 (1) 과세처분이 위법하다는 이유로 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분이 적법하고, 과세요건 사실이 존재한다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정에 대한 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 증명책임을 부담한다. 그러나 필요경비 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비에 대한 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자 지배영역 안에 있어서 과세관청으로서는 증명이 곤란한 경우가 있다. 따라서 증명 곤란이나 당사자 사이 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결,대법원 2005. 4. 14. 선고 2005두647 판결 등 참조). 과세관청이 실지조사에 의하여 과세기간 동안 수입금액누락분을 밝혀낸 후 그에 대응하는 필요경비를 실지조사에 의하여 인정하여 종합소득세 부과처분을 한 것이라면 과세관청에 의하여 인정되지 아니한 필요경비가 존재한다는 점은 납세의무자가 주장·증명하여야 한다(대법원 2003. 12. 12. 선고 2002두12786 판결 참조).
소득세법 시행령 제55조 제1항 제13호는 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도 총수입금액에 대응하는 필요경비 중 하나로 ‘총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자’를 규정하고 있다. 따라서 지급이자가 필요경비로 계상되려면 당해 차입금이 직접 사업상 용도로 사용되어야 한다.
 (2) 위 ‘가) 인정사실 (2) 부동산 취득을 위한 대출금 이자 지급 내역’ 기재 대출금 이자는 대출일과 소유권이전일 사이에 근접성, 매매대금과 대출금 사이 상관관계 등에 비추어 각 해당 부동산 취득을 위한 대출금에 대하여 지급된 것으로 보이고, 각 부동산 역시 부동산 매매업 등을 영위하는 원고가 사업상 목적으로 취득한 것으로 보인다. 따라서 각 대출금 이자는 총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자로서 필요경비로 인정된다. 
 그러나 원고가 제출한 자료들만으로는 별지 1 내지 3 기재 각 항목 중 위에서 인정된 부분을 제외한 나머지 이자비용은 그 대출금 사용목적 등이 명확하지 않아 사업용 용도로 사용된 차입금에 대한 것이라는 점을 증명하기에 부족하므로 필요경비로 인정되지 않는다.
 (3) 다만 추가로 필요경비로 산입하기로 인정된 위 대출금 이자 중에는 원고가 한 당초 신고에 따라 피고가 필요경비로 인정한 2003년 141,766,000원, 2004년 134,048,000원도 포함되어 있다고 보이므로 위 금액은 공제하기로 한다. 
 따라서 필요경비로 추가 인정할 이자비용을 계산하면 다음과 같다.
 - 2003년 합계 215,959,894원[=17,248,300원(제1거래)+181,271,222원(제2거래)+ 102,612,327원(제3거래)+56,594,045원(제4거래)-기공제 141,766,000원]
 - 2004년 합계 370,956,290원[=150,883,153원(제2거래)+314,175,334원(제3거래)+ 39,945,803원(제4거래)-기공제 134,048,000원]
 2) 토목공사비 및 철탑공사비 필요경비 산입 주장에 대하여
 가) 필요경비 산입 주장에 대하여
 (1) 갑 제4, 25호증, 을 제3, 4호증 각 기재 및 제1심 증인소외 8,9 각 증언을 종합하면 다음 각 사실은 인정된다.
 원고는 광주 송정동 산(지번 1 생략) 소재소외 9 소유 토지 5,823㎡,소외 10 소유 토지 1,615㎡, 송정동 산(지번 11 생략) 외 3필지소외 11 소유 토지 3,853㎡ 합계 11,291㎡에서소외 12 명의로 골프연습장 허가를 받아 운영하던 중 2004. 1. 28.소외 1에게 34억 원에 양도하였다.
 토목공사의 경우 [공사명 : 골프연습장 부지조성 토목공사, 공사기간 : 2002. 10. 25.부터 2003. 12. 31.까지, 도급금액 800,000,000원, 도급인 : 원고, 수급인 :소외 13], 철탑공사의 경우 [공사명 : 골프연습장 철탑공사, 공사기간 : 2002. 11. 20.부터 2003. 12. 31.까지, 도급금액 650,000,000원, 도급인 : 원고, 수급인 :소외 8]로 된 도급계약서가 작성된 사실이 인정된다.
 (2) 그러나 다음 각 사정을 종합하면 갑 제4호증의 1 내지 3, 갑 제25호증 1 내지 39 각 기재만으로는 원고가 위 토목공사비 및 철탑공사비를 지출하였다는 점을 인정하기에 부족하다.
 ①소외 13은 1996. 10. 15.부터 광주시(주소 1 생략)에서 ’○○○○‘이라는 상호로 곡물도정업에 종사하였고소외 8은 1990. 12. 10.부터 1992. 6. 30.까지 대구 북구(주소 2 생략)에서 '△△△△’이라는 상호로 섬유제조업에 종사하였을 뿐, 건축토목업에 종사하지 않았다.
 ② 원고는 공사관련 장부 및 공사대금 결제내역 등 객관적인 증빙이나 금융자료를 제출하고 있지 못하고 있다.
 나) 추계결정 주장에 대하여
 (1)구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전 것) 제80조 제3항 단서,소득세법 시행령 제143조 제3항은 대통령령이 정하는 사유로 인하여 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 추계조사결정을 할 수 있도록 규정하고 있는데, 대통령령이 정하는 사유는 ① 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우, ② 기장 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우, ③ 기장 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우이다.
 (2) 매출누락분에 대하여 실지조사결정에 의하여 과세처분을 할 경우에 매출누락분에 대응하는 필요경비가 존재한다는 점에 대하여는 납세의무자가 주장·증명하여야 하고 실지조사방법에 의하여 소득금액을 결정할 수 있는 때에는 추계조사방법으로 결정할 수 없다. 과세관청이 실지조사에 의하여 과세기간 동안 수입금액 누락분을 밝혀낸 후 그에 대응하는 필요경비를 실지조사에 의하여 인정하여 종합소득세 부과처분을 한 것이라면 실지조사결정이 불가능한 것이 아니므로 소득을 추계조사결정하지 못한다. 과세관청에 의하여 인정되지 아니한 필요경비가 존재한다면 이는 납세의무자가 주장·증명하여야 하고, 그 필요경비를 공제하기 위하여 소득을 추계조사방법에 의하여 결정하지 못한다(대법원 2003. 12. 12. 선고 2002두12786 판결 등 참조).
 다음과 같은 점들을 종합하면 이 사건에서는구 소득세법 제80조 제3항 단서,소득세법 시행령 제143조 제3항에서 정한 추계결정사유가 없으므로 피고가 2004년 귀속 종합소득세 부과처분을 할 때에 추계조사를 통하여 수입누락분에 대응하는 필요경비를 계산하여 이를 공제하였어야 한다고 판단되지 않는다.
 ① 원고는 이 사건 각 토지 외 다수 부동산 양도에 대하여 이미 준비되어 있는 증빙서류 등을 토대로 관련 장부를 작성한 후 그로 인한 사업소득을 신고·납부하였다.
 ② 그런데 피고는 원고가 신고한 내용 이외에 장부, 세금계산서 등을 조사하는 방법으로 수입누락액을 발견하였다. 이러한 조사방법은 객관성이 있는 방법으로 적법한 실지조사방법에 속한다.
 ③ 원고는 복식부기 형식으로 된 장부에 매출 및 매입 사실을 기록하고 장부내용에 따라 매출세금계산서를 발행·교부하거나 매입세금계산서를 수취한 다음 이러한 매출 및 매입 세금계산서 및 장부내용을 근거로 하여 세무사 조정을 거쳐 부가가치세와 종합소득세 신고를 하였다.
 ④ 원고가 비치·기장한 장부나 증빙서류에 일부 누락된 부분이 있기는 하지만 피고는 사실에 부합하는 나머지 부분 자료에다가 누락부분을 참작하여 실지조사결정 방법에 따라 과세표준과 세액을 결정하여 이 사건 처분을 하였다.
 ⑤ 원고는 당초 신고에서 누락된 이 사건 수입누락액에 대응하는 철탑공사비 등 필요경비가 별도로 지출되었다는 사실을 증명할 만한 증빙서류를 제출하지 못하고 있다.
 (3) 또한 원고는 실지조사 방법에 의하여 결정된 세액이 추계조사결정 방법에 의하여 결정된 세액보다 많은 경우에는 후자 세액을 고지세액으로 하여야 한다고 주장한다. 
 소득세법이 소득세과세표준 결정은 실지조사에 의하는 것을 원칙으로 하고 실지조사결정이 불가능할 경우에만 예외적으로 추계조사방법에 의하도록 하고 있으므로 실지조사방법에 의하여 결정된 소득세액이 추계조사방법에 의하여 결정된 소득세액보다 많은지 적은지에 따라 그 적법 여부가 좌우되는 것은 아니다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누6809 판결 참조). 원고가 주장하는 필요경비는 총수입금액에 대응하는 금액으로 총수입금액에서 필요경비 등을 공제하여 소득을 산정하는 것인데, 추계조사결정은 과세표준 계산에서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 등에 업종별 소득표준율에 의하여 과세표준 및 세액을 결정하는 것이고 업종별 소득표준율은 통상적인 필요경비를 감안하여 결정되는 것이므로 추계조사방식에 의하여 과세표준 및 세액을 결정하는 경우에는 일부 확인되는 필요경비가 있다고 하더라도 이를 추계조사방식에 의하여 결정된 과세표준에서 공제할 수도 없다.
 3) 명의신탁 주장에 대하여
 가) 인정사실
 (1) 부동산양도 경과 및 소득세 부과
 이 법원이 이 부분에 설시할 이유는 다음과 같이 고치는 외에는 제1심 판결문 해당 부분(제11 내지 15쪽) 기재와 같다.행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 인용한다.
〈고치는 부분〉
○ 제11쪽 5째 줄 “2002. 6. 20.”을 “2002. 4. 22.”로 고친다.
○ 제11쪽 표 안 “산(지번 12 생략)”, “산(지번 13 생략)”, ““산(지번 14 생략)”, “산(지번 15 생략)”, 제12쪽 위 표 안 “산(지번 16 생략)”, 아래 표 안 “⑤산(지번 17 생략)”에서 “산”을 모두 삭제한다.
○ 제12쪽 중간 기재 표 안 “산(지번 18 생략)”를 “산(지번 19 생략)”로, “2004. 8. 10.”을 “2004. 8. 31.”로, “2004. 2. 9.”을 “2004. 2. 19.”로 고친다.
○ 제12쪽 맨 아래 표 안 “④산(지번 17 생략) 임야 1,898㎡”를 “④(지번 20 생략) 임야 1,898㎡”로, “2004. 8. 10.”을 “2004. 12. 23.”로, “2004. 2. 9.”을 “2004. 2. 19.”로 고친다.
○ 제14쪽 2째 줄 및 제15쪽 상단 표 중 각 “2004. 2. 9.” 부분 다음에 “([개인통합조사 종결예정보고서(을 제26호증) 기재 위 일자는, 이 사건 3 양도에 관하여는 2004. 8. 31. 이 사건 4 양도에 관하여는 2004. 12. 23.의 오기로 보인다]”를 추가한다.
 (2) 대금지급 흐름 등
 ①소외 14,15로부터 이 사건 토지를 매수하는 계약을 실제로 체결한 사람은 원고이고, 이 사건 1, 2 양도시에 광주시 송정동에 위치한□□□□에서소외 1과 직접 매매계약을 체결하고 대금을 수령하거나 원고 계좌로 지급받은 사람 역시 원고이다.
 ② 이 사건 토지를소외 14로부터 매수하면서 잔대금을 지급하기 위하여 쟁점 부동산을 담보로 축협(◇◇지점)으로부터 636,000,000원을 대출받아 2002. 6. 17.소외 9 명의로 150,000,000원,소외 10 명의로 300,000,000원,소외 11 명의로 186,000,000원을소외 14 계좌로 각 입금하였는데, 그 후 원고가 2002. 8. 10.부터 그 대출원리금을 지급하기 시작하였다.
 ③ 원고는 2002. 6. 10. 4억 5,000만 원을 인출하여소외 9 명의로소외 15에게 중도금을 지급하였다.
 ④소외 1이 지급한 매매대금 잔금 중 2004. 8. 10. 3억 4,500만 원이, 2004. 7. 23. 1억 5,000만원이 각 원고에게 지급되었다.
[인정 근거] 을 제6호증의 1 내지 3, 을 제5호증의 1 내지 7 각 기재
 나) 판단
 과세처분이 위법하다는 이유로 취소를 구하는 행정소송에서 과세요건이 존재한다는 사실에 대한 증명책임은 처분청에 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용 대상 적격이 되지 못하는 사정을 증명하지 않는 한 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분으로 되지 않는다(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 참조).
 앞서 본 인정사실과 함께 다음 각 점들을 종합하여 알 수 있는 사정 즉, 취득자금 대부분이 원고 계좌에서 인출되었거나 대출금 원리금을 원고가 상환한 점, 원고가 매도인 및 매수인과 이 사건 토지에 관하여 직접 계약을 체결한 점, 반면 자금 흐름을 소상히 알고 있을 원고가소외 9,10이 실제 소유자라는 사실을 증명할 객관적인 금융거래자료를 제출하지 않고 있는 점을 종합하면 원고가 이 사건 각 임야를 실제로 매수한 후 이를 분할하여 일부 토지를소외 9 및소외 10 명의로 명의신탁하였다고 보여진다.
 ① 원고는 송정동 산(지번 1 생략) 소재소외 9 소유 토지 5,823㎡,소외 10 소유 토지 1,615㎡, 송정동 산(지번 11 생략) 외 3필지소외 11 소유 토지 3,853㎡ 합계 11,291㎡에서소외 12 명의로 골프연습장 허가를 받아 골프연습장을 운영하였다.
 ② 원고가소외 9 및소외 10으로부터 토지를 매수할 당시 토지 매매대금을 지급하였다는 객관적인 자료가 없다.
 ③ 원고가 지급한 계약금 및 중도금이소외 9에게 대여되었다는 자료가 없고,소외 9가 토지 취득시 부담한 비용에 대한 자료도 없다.
 ④소외 9가소외 1 또는 원고로부터 매도대금을 받았다는 자료가 없고, 원고가소외 10에게 지급한 중도금 6억 원 역시 자금추적결과 2일 후인 2004. 4. 22. 원고가 다른 토지 구입자금으로 사용하였다(갑 제17호증의 1).
 ⑤ 원고는소외 9에게 중도금 4억 5,000만원을 빌려주었는데소외 9는 2002. 9. 12. 자신 소유 부동산을 담보로 5억 5,000만원을 대출받아 이를 변제하고 1억은 대여하였다고 주장한다. 그러나 위 금액을소외 9가 원고에게 지급하였다는 자료가 없다.
 4) 실거래 취득가액 주장에 대하여
 갑 제8호증의 1, 2의 각 기재에 의하면 원고는 2000. 8. 5. 하남시 풍산동(지번 21 생략) 지목 1,682.5㎡ 중 1/2 지분을 취득한 후 2001. 9. 15.소외 16에게 양도하였다. 원고는 양도가액을 160,000,000원, 취득가액을 145,000,000원으로 하여 부동산매매업으로 인한 사업소득을 신고·납부하였으나 피고는 양도가액을 실지거래가액인 400,000,000원으로 하여 2001년 귀속분 종합소득세 부과처분을 한 사실을 인정할 수 있다.
 원고는 위 부동산 실지 취득가액이 3억 5,000만 원이므로 당초 신고한 1억 4,500만 원 이외에 추가로 2억 500만 원이 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하나, 갑 제8호증의 1 내지 3 기재만으로는 위 토지 지분 실지 취득가액이 3억 5,000만원이라는 사실을 인정하기에 부족하다. 원고 주장은 받아들이지 않는다.
 5) 정당한 세액 계산
 지급이자 비용 2003년 215,959,894원, 2004년 370,956,290원을 추가로 필요경비로 인정하여 소득금액에서 공제하면, 원고에 대한 정당한 결정세액은 별지 표 4, 5 기재와 같이 2003년 종합소득세 2,512,046,533, 2004년 종합소득세 1,086,796,140원이 된다. 피고가 원고에 대하여 2006. 8. 1. 한 2003년 귀속 종합소득세 2,619,267,413원 부과처분 중 2,512,046,533원을 초과하는 부분, 2004년 귀속 종합소득세 1,264,070,984원 부과처분 중 1,086,796,140원을 초과하는 부분은 위법하다.
4. 결론
 이 사건 소 중 2002년 귀속 종합소득세 부과처분 취소청구 부분을 각하한다. 피고가 원고에게 한 부과처분 중 위에서 위법하다고 인정한 부분을 취소한다. 원고 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 피고 항소 일부를 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경한다.
[별지 생략]

판사 김문석(재판장) 김동현 정석종