3자간 등기명의 신탁한 토지에 대해 세무조사를 통해 매매대금 지급일을 사실상 취득일로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 적법함 (일반행정, 의정부지방법원)
공포일: 2022.08.23 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 2015. 3. 24. 원고에게 한 별지 1 내지 4 목록 기재 각 부과처분 중 별지 6 목록 기재 각 부과처분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

▣청 구 취 지

피고가2015. 3. 24.원고에게 한 별지1내지4목록 기재 각 부과처분을 취소한다.
▣이 유

1.처분의 경위

가.원고는 양주시 백석읍 가업리 및 복지리 일원에서 공동주택 신축사업(이하‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진하기 위해2005. 6. 15.부터2012. 10. 15.까지 양주시 백석읍 가업리○○○전489㎡등(별지1내지4참조,이하‘이 사건 각 토지’라 한다)을 매수하고 매매대금을 모두 지급하였다.
나.그런데 이 사건 각 토지는 토지거래허가구역 내에 위치하고 있어 법인인 원고 명의로는 이를 취득할 수 없게 되자,원고는 다음과 같은 방식으로 이 사건 각 토지를 매수하였다.
<img style="display: block;" src="/LSA/flDownload.do?flSeq=48025066"></img>

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주1)원고의 준비서면에는‘양주시 백석읍 가업리○○○’이라고 기재되어 있으나,제출된 증거자료들에 의하면‘○○○의 오타임이 분명하다.
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다.원고는 이 사건 제1토지에 관하여○○○및 제3자 명의로 소유권이전등기를 마치면서 위 개인들 명의로 취득세,농어촌특별세,지방교육세,등록세를 납부하였다.
라.이 사건 각 토지에 대한 토지거래허가구역 지정이2010. 12. 15.해제되었고,이에 원고는 이 사건 제1토지에 관하여2011. 1. 14.부터2011. 3. 24.까지 원고 명의로 소유권이전등기를 마치면서 취득세 및 농어촌특별세 합계2,051,100,100원을 납부하였고,이 사건 제2토지에 관하여2011. 1. 14.부터2013. 9.까지 원고 명의로 소유권이전등기를 마치면서 취득세 및 농어촌특별세 합계2,905,022,460원을 납부하였으며,이 사건 제3토지에 관하여2012. 1. 11.바로 원고 명의로 소유권이전등기를 마치면서 취득세 및 농어촌특별세 합계7,940,000원을 납부하였다.
마.피고는2011. 3. 24.원고에 대해2005 ~ 2007사업연도에 관한 세무조사(이하‘이 사건 제1차 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 2011. 9. 6. ‘원고가2006. 8. 16.부터2007. 12. 17.까지 이 사건 사업을 위한 토지 매매계약을 체결하고 잔금을 지급하여 위 토지를 사실상 취득하였다’는 이유로 양주시 백석읍 가업리○○○외122필지에 관하여 취득세2,492,045,590원,농어촌특별세175,516,290원을 부과하는 처분(이하‘이 사건 선행처분’이라 한다)하였다가 그 중 취득세13,156,920원,농어촌특별세1,017,010원을 감액하였다.
바.피고는2014. 11. 3.부터2014. 11. 7.까지 이 사건 사업부지 전체를 대상으로 세무조사(이하‘이 사건 제2차 세무조사’라 한다)를 실시한 후2015. 3. 24.별지1내지4목록 기재 각 부과처분(별지1, 2목록 기재 각 부과처분은 동일한 토지에 대한 취득세,등록세 부과처분과 농어촌특별세,지방교육세 부과처분을 따로 분리해 놓은 것으로 이를 합하여‘이 사건 제1부과처분’이라 하고,별지3목록 기재 각 부과처분을‘이 사건 제2부과처분’,별지4목록 기재 각 부과처분을‘이 사건 제3부과처분’이라 하고,이를 모두 합하여‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)을 하였는데,이를 요약하면 다음과 같다.
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[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지6호증,을 제9내지11호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가.원고 주장의 요지

1)피고는 이 사건 제2차 세무조사를 하면서 이 사건 제1차 세무조사 당시 이미 조사하였던 토지(원고가2007년까지 취득한 토지)를 포함한 이 사건 사업부지 전체를 대상으로 하였으므로,이 사건 제1차 세무조사 대상이었던 토지에 관하여는 지방세기본법이 금지하고 있는‘중복세무조사’를 한 것이어서 위법하다.
2)원고는 이 사건 제2, 3토지에 관하여 수탁자로부터 원고 앞으로 소유권이전등기를 마치면서 취득세 등을 납부하였음에도,피고는‘원고가 위 토지에 관한 매매계약에 따른 잔금을 지급하면서 위 토지를 사실상 취득’하였음을 이유로 다시 취득세 등을 부과하는 처분(이 사건 제2부과처분)을 하였는데,이는 동일한 취득행위에 대하여 이중과세를 하는 것이어서 위법한다.
나.피고 주장의 요지

1)중복조사금지를 규정하고 있는 구 지방세기본법(2016. 12. 27.법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것,이하‘구 지방세기본법’이라 한다)제108조 제2항은2010. 3. 31.신설되어2011. 1. 1.부터 시행된 것으로,이 사건 각 토지의 취득에는 위 조항이 적용되지 않는다.설사 위 규정이 적용된다고 하더라도,피고는 제1차 세무조사 이후 의정부세무서 등으로부터‘원고가 명의신탁을 하였다’는 공문을 받고 제2차 세무조사에 착수한 것이고,이는 중복조사금지의 예외사유인‘지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’(구 지방세기본법 제108조 제2항 제1호)에 해당한다.
2)이 사건 제2부과처분은 원고가 이 사건 각 토지를 사실상 취득한 것에 대하여 구 지방세법 제105조에 따라 과세한 것으로,위 납세의무는 원고가 이 사건 각 토지를 사실상 취득할 당시 성립하는 것이고,이후 원고가 자신의 명의로 소유권이전등기를 마치면서 취득세 등을 납부하였다고 하여 이미 성립한 납세의무가 소멸할 수는 없다.
다.관계 법령

별지5기재와 같다.
라.판단

1)중복세무조사 주장에 관한 판단

가)중복조사금지 규정의 적용 여부

살피건대,구 지방세기본법 부칙<제10219호, 2010. 3. 31>제2조는‘이 법은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용한다’고 규정하고 있고,구 지방세기본법의 시행일은2011. 1. 1.이므로 원고가2011. 1. 1.이전에 잔금을 지급하여 사실상 취득한 토지(이 사건 각 토지 중 대부분의 토지가 이에 해당한다)에 대해서는 위 구 지방세기본법이 적용되지 않는다.
그러나,구 지방세기본법이 제정되기 이전에 지방세에 관해 규율하던 법률인 구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)제82조는‘지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는「국세기본법」과「국세징수법」을 준용한다’고 정하고 있었고,국세기본법 제81조의4제2항은 구 지방세기본법 제108조 제2항과 동일한 내용으로‘중복세무조사’를 금지하는 규정을 두고 있다.
따라서 이 사건 각 토지 중2011. 1. 1.이전에 잔금이 지급된 토지에 대해서는 구 지방세법 제82조,국세기본법 제81조의4제2항에 따라, 2011. 1. 1.이후에 잔금이 지급된 토지에 대해서는 구 지방세기본법 제108조 제2항에 따라‘중복조사금지’규정이 적용된다(위 두 규정의 내용이 동일하므로 이하 구 지방세기본법 제108조 제2항에 따라 살펴본다).
나)중복조사금지의 예외사유에 해당하는지 여부

이 사건 제1차 세무조사와 이 사건 제2차 세무조사 중2007사업연도까지 취득한 토지에 관한 부분(이하‘이 사건 중복 부분’이라 한다)은 동일한 토지에 대하여 동일한 과세연도,동일한 세목에 대한 조사라는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로,이 사건 중복 부분은 원칙적으로 금지되는‘세무재조사’에 해당한다.
이에 대하여 피고는 의정부세무서로부터 원고의 명의신탁 사실에 대한 공문을 받았고,이는‘지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하여 예외적으로 재조사가 허용된다고 주장한다.
살피건대,다른 세무서로부터‘명의신탁 사실이 있다’는 사실 자체를 통보받은 것은 그 실체가 사실에 해당할 뿐 이러한 사실을 인정할 근거가 될 수는 없으므로 이것이 위 조항에서 말하는‘명백한 자료’가 될 수는 없고,다른 세무서로부터 받은 공문에‘원고의 명의신탁 사실을 확인할 수 있는 명백한 자료’가 있고,위 자료가 이 사건 제1차 세무조사 당시에는 피고가 확인할 수 없었던 자료이어야 비로소 위‘명백한 자료가 있는 경우’에 해당한다고 할 것인데,피고가 제출한 자료(을 제1내지8호증)만으로는 위와 같은 경우에 해당한다는 점을 인정하기에 부족하고,달리 이를 인정할 증거가 없다.
따라서 이 사건 각 처분 중 원고가2007. 12. 31.까지 잔금을 지급한 토지에 관한 부분(별지6목록 기재 각 부과처분)은 금지되는 재조사에 기초한 처분으로 위법하다.
2)이중과세 주장에 관한 판단

구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)제105조 및 구 지방세법(2013. 1. 1.법률 제11617호로 개정되기 전의 것)제7조는 그 각 제1항에서‘취득세는 부동산 등의“취득”에 대하여 그 취득자에게 부과한다’고 규정하고,그 각 제2항에서‘부동산 등의 취득에 있어서는 민법 기타 관계 법령에 의한 등기ㆍ등록 등을 이행하지 아니한 경우라도“사실상 취득”한 때에는 이를 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있다.구 지방세법 시행령(2010. 12. 30.대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것)제73조 및 구 지방세법 시행령(2014. 8. 12.대통령령 제25545호로 개정되기 전의 것)제20조는 취득세 과세물건의 취득 시기에 관하여‘유상승계취득의 경우에는“사실상의 잔금지급일 또는 그 계약상의 잔금지급일”에 취득한 것으로 보고,위 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있다.
위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 아울러 구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)제105조 제2항 및 구 지방세법(2013. 1. 1.법률 제11617호로 개정되기 전의 것)제7조 제2항에서 규정한‘사실상 취득’이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는 점 등에 비추어 보면,부동산에 관한 매매계약을 체결하고 소유권이전등기에 앞서 매매대금을 모두 지급한 매수인은 계약상 또는 사실상의 잔금지급일에 위 조항에서 규정한‘사실상 취득’에 따른 취득세 납세의무가 성립하는 것이고,그 후 그 사실상의 취득자가 그 부동산에 관하여 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마치더라도 이는 잔금지급일에‘사실상 취득’을 한 부동산에 관하여 소유권 취득의 형식적 요건을 추가로 갖춘 것에 불과하므로,잔금지급일에 성립한 취득세 납세의무와 별도로 그 등기일에 구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)제105조 제1항 및 구 지방세법(2013. 1. 1.법률 제11617호로 개정되기 전의 것)제7조 제1항에서 규정한‘취득’을 원인으로 한 새로운 취득세 납세의무가 성립하는 것은 아니다(대법원2013. 3. 14.선고2010두28151판결 참조).
이러한 법리는 매매대금을 모두 지급하여 부동산을 사실상 취득한 자가3자간 등기명의신탁 약정에 따라 명의수탁자 명의로 소유권이전등기를 마쳤다가 그 후 해당 부동산에 관하여 자신의 명의로 소유권이전등기를 마친 경우에도 마찬가지로 적용된다고 할 것이다(대법원2018. 3. 22.선고2014두43110전원합의체 판결 참조).
이 사건에 관하여 보건대,원고는 이 사건 각 토지에 관하여 매매대금을 모두 지급함으로써 이 사건 각 토지를‘사실상 취득’하였고,위 대금을 지급한 날‘사실상 취득에 의한 취득세 등의 납세의무’가 성립하는 것이며,이 사건 제2부과처분은 이와 같이 성립한 취득세 등을 부과하는 것이어서 적법하고,오히려 위 법리에 따르면 토지거래허가구역 지정이 해제된 이후 원고가 타인에게 신탁하였던 토지를 자신의 명의로 이전하면서 납부하였던 취득세 등(위1의 라항에서 납부한 취득세 등)이 납부할 의무가 없는 취득세 등으로 보아야 할 것이다.한편,원고가 이와 같이 납부한 취득세 등은 그 취득일이 이 사건 제2부과처분에서 부과된 취득세 등의 취득일과 다르므로,원고가 이미 납부한 취득세 등으로 이 사건 제2부과처분에서 부과된 취득세 등을 이미 납부한 것으로 볼 수도 없고,원고가 명의신탁 사실을 밝히지 않은 채 스스로 신고하여 납부한 취득세 등으로 인하여 피고가 적법하게 부과한 이 사건 제2부과처분이 위법하게 된다고 보기도 어렵다.따라서 이 사건 제2부과처분 중 앞서 위법한 것으로 판단한 별지6목록 기재 각 부과처분에 해당하는 부분을 제외한 부분은 적법하다.
3.결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고,나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지]

관계 법령

▣구 지방세기본법(2016. 12. 27.법률 제14474호로 전부 개정되기 전의 것)

제108조(세무조사권 남용 금지)

②지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1.지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

부칙<제10219호, 2010. 3. 31>

제1조(시행일)이 법은2011년1월1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)이 법은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세부터 적용한다.
▣구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)

제82조(국세기본법 등의 준용)

지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는「국세기본법」과「국세징수법」을 준용한다.
▣국세기본법

제81조의4(세무조사권 남용 금지)

②세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1.조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

▣구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)

제105조(납세의무자 등)

①취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·승마장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.
②부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는「민법」·「광업법」·「수산업법」·「선박법」·「산림법」·「건설기계관리법」·「자동차관리법」또는「항공법」등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다.다만,차량,기계장비·항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다.
▣구 지방세법(2013. 1. 1.법률 제11617호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등)

①취득세는 부동산,차량,기계장비,항공기,선박,입목,광업권,어업권,골프회원권,승마회원권,콘도미니엄 회원권 또는 종합체육시설 이용회원권(이하 이 장에서"부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.
②부동산등의 취득은「민법」,「자동차관리법」,「건설기계관리법」,「항공법」,「선박법」,「입목에 관한 법률」,「광업법」또는「수산업법」등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다.다만,차량,기계장비,항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.
▣구 지방세법 시행령(2010. 12. 30.대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것)

제73조(취득의 시기등)

①유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1.법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2.제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터30일이 경과되는 날).다만,취득후30일 이내에「민법」제543조 내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.
③제1항,제2항 및 제6항의 규정에 의한 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다. (이하 생략)

▣구 지방세법 시행령(2014. 8. 12.대통령령 제25545호로 개정되기 전의 것)

제20조(취득의 시기 등)

②유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1.법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2.제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터60일이 경과한 날을 말한다).다만,해당 취득물건을 등기·등록하지 아니하고 취득일부터60일 이내에 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등으로 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.
⑪제1항,제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.