폐쇄명령처분취소청구의소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2019.09.06 / 시행일:

【원고, 항소인】 주식회사 청광 (소송대리인 변호사 이경구 외 1인)
【피고, 피항소인】 용인시장 (소송대리인 법무법인 새암 담당변호사 박병배)
【제1심판결】 수원지방법원 2018. 10. 16. 선고 2018구합65065 판결
【변론종결】2019. 7. 19.
【주 문】
 1. 원고의 항소를 기각한다. 
 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】 제1심판결을 취소한다. 피고가 2018. 5. 18. 원고에 대하여 한 아스콘제조 대기배출시설 및 방지시설 폐쇄명령처분을 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 1993. 10.경 용인시 처인구 (주소 생략)에서 레미콘 제조공장을 설립하여 운영하여 오던 중 2001. 5.경부터 아스콘 제조공장(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)의 증설 승인을 받았고, 공장증설 승인에 따라 2002. 5. 29. 이 사건 공장에 대기배출시설 및 방지시설(이하 ‘이 사건 시설’이라 한다)을 설치하여 아스콘 제조공장을 운영해 오고 있다. 이 사건 공장의 소재지[위 토지 및 (주소 생략), 이하 ‘이 사건 토지’라 한다]는 위 레미콘 제조공장을 설립할 당시에는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다)상 준농림지역 내에 위치해 있었는데, 이 사건 시설이 설치된 이후인 2003. 1. 22.경 용인시 도시관리계획 변경으로 인하여 그 용도지역이 국토계획법상 자연녹지지역으로 변경되었다.
 나. 피고는 경기도보건환경연구원에 의뢰하여 2017. 3. 16. 이 사건 시설에 대하여 특정대기유해물질 배출 검사를 실시하였는데, 그 검사에서 벤젠 0.017ppm, 포름알데히드 0.245ppm, 아세트알데히드 0.488ppm이 각 검출되었다(이하 ‘제1차 검사결과’라 한다).
 다. 피고는 2017. 5. 11. 원고에게 처분의 사전 통지 및 청문 통지를 하였고, 이에 따라 원고가 2017. 5. 31. 의견서를 제출하였으며, 2017. 11. 6. 및 2017. 12. 19. 청문회가 각 개최되었다. 
 라. 피고는 청문절차에서의 원고 의견을 반영하여 경기도보건환경연구원에 의뢰하여 2018. 5. 4. 이 사건 시설에 대하여 특정대기유해물질 배출 검사를 다시 실시하였는데, 그 검사에서 포름알데히드 1.423ppm, 아세트알데히드 0.220ppm이 각 검출되었다(이하 ‘제2차 검사결과’라 한다). 
 마. 피고는 2018. 5. 18. 원고가 국토계획법상 자연녹지지역 안에서 특정대기유해물질 배출시설에 관하여 허가를 받지 않고 설치·사용하였다는 사유로 대기환경보전법 제23조 제1항, 제84조에 근거하여 이 사건 시설에 대하여 폐쇄명령(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 9, 18, 19호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제2 내지 7, 10, 13, 14, 18 내지 22, 28 내지 33호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 요지
1) 처분사유의 부존재
 가) 피고는 대기환경보전법 제23조 제1항을 위반하였음을 이유로 이 사건 처분을 하였는데, 대기환경보전법 제23조 제1항은 ‘배출시설을 설치하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시·도지사의 허가를 받아야 한다.’라고 규정하고 있고, 위 ‘배출시설을 설치하려는 자’에 ‘이미 대기환경보전법에 따라 적법하게 신고하여 대기배출시설을 가동하고 있었던 자’까지 포함된다고 볼 수는 없다. 원고는 이미 이 사건 시설을 적법하게 신고하여 가동하고 있었으므로 위 규정의 적용대상이 아니다.
 나) 이 사건 시설의 설치 당시에는 이 사건 토지는 준농림지역이었고, 그 당시 시행되던 구 대기환경보전법 시행령(2002. 8. 8. 대통령령 제17698호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 제1호, 구 국토이용관리법(2002. 2. 4. 법률 제6655호로 폐지되기 전의 것) 제15조 제1항 제4호, 구 국토이용관리법 시행령(2002. 12. 26. 대통령령 17816호로 폐지되기 전의 것) 제14조 제1항 제1호에 따르면, 준농림지역 안에서 특정대기유해물질을 배출하는 이 사건 시설을 설치하지 못하도록 규정(이하 위 구 대기환경보전법 시행령 제4조 제1항, 제1호, 구 국토이용관리법 시행령 제14조 제1항 제1호를 통칭하여 ‘이 사건 종전규정’이라 한다)하고 있기는 하였다. 그러나 이 사건 종전규정은 준농림지역에서 배출시설을 설치·운영하는 자에게 과도한 부담을 지우고 있으므로, 영업의 자유, 재산권 등에 대한 기본권 침해의 최소성을 충족하였다고 볼 수 없고, 법익의 균형성도 갖추지 못하여 과잉금지원칙에 위배되는 위헌·무효의 규정이다. 따라서 이 사건 시설은 그 설치 당시에는 적법한 시설 또는 건축물이었다고 보아야 한다.
 이렇듯이 사건 시설은 그 설치 당시에는 적법하게 설치되었고, 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률로 명칭 변경되기 전의 것) 제13조의3 제2항은 ‘용도지역 및 지구 등의 지정·변경에 관한 국토이용계획, 도시계획 등의 결정·고시 당시 당해 용도지역·지구 등의 안에서 제13조의 규정에 의한 공장설립 등의 승인을 얻은 자는 승인을 얻은 후에 용도지역·지구의 지정 또는 변경이 있더라도 당해행위를 제한받지 아니하고 그 공사 또는 사업을 계속할 수 있다.’라고 규정하고 있다. 또한 국토계획법 시행령 제93조 제5항은 ‘기존의 건축물이 제1항 각 호의 사유로 제71조부터 제80조까지, 제82조부터 제84조까지, 제84조의2, 제85조부터 제89조까지에 따른 건축 제한 규정에 부적합하게 된 경우에도 해당 건축물의 기존 용도가 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 확인되는 경우에는 업종을 변경하지 아니하는 경우에 한하여 기존 용도로 계속 사용할 수 있다. 이 경우 기존의 건축물이 공장이나 제조업소인 경우로서 대기오염물질발생량이 대기환경보전법 시행령 [별표 1]에 따른 사업장 종류별 대기오염물질발생량의 범위에서 증가하는 경우는 기존 용도로 사용하는 것으로 본다.‘(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다)라고 규정하고 있다. 원고는 2001. 5. 4. 위 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률에 따라 이 사건 공장의 증설 승인을 받아 적법하게 증설한 이래로 현재까지 업종 변경 없이 기존 용도로 계속하여 이 사건 공장을 운영하였고, 이 사건 공장은 오염물질발생량이 대기환경보전법 시행령 [별표 1의3]에서 정한 범위를 초과하지 않은 상태로 운영되어 오고 있으므로 국토계획법 시행령 제93조 제5항의 취지에 따라 기존 용도로 계속 사용하는 것으로 보아야 한다. 그렇다면 이 사건 시설은 설치 당시 적법한 건축물에 해당하였고 이 사건 특례규정에 따라 대기환경보전법이 개정된 이후에도 적법한 건축물로 보아야 하는데도 이 사건 시설을 자연녹지지역에서 건축할 수 없는 부적법한 건축물로 본 이 사건 처분은 그 처분사유가 없어 위법하다.
2) 사용중지명령이 아닌 폐쇄명령을 한 이 사건 처분의 위법성
 가) 설령 이 사건 시설에서 발생된 특정대기유해물질로 인하여 사후적으로 대기환경보전법상 허가가 필요하더라도 이 사건 시설이 위치한 자연녹지지역은 특정대기유해물질이 대기환경보전법 시행령 제11조 제1항 제1호에 따른 기준 미만으로 배출되는 경우에는 특정대기유해물질 배출시설의 건축이 가능하므로, ‘배출시설의 설치가 불가능한 지역’에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 피고의 제1, 2차 검사는 시료채취 절차상 위법이 있을 뿐만 아니라 원고가 자체적으로 이 사건 시설의 특정대기유해물질 배출량을 측정한 결과에 따르면 벤젠, 포름알데히드, 아세트알데히드의 경우 기준치를 넘지 않는 경우도 여러 번 있었고, 특히 2018. 11. 26. 측정 결과에서는 포름알데히드 및 아세트알데히드가 모두 검출되지 않았다. 따라서 이 사건 시설의 경우 실제로 특정대기유해물질이 허가대상 기준 미만으로 배출될 가능성이 있어 배출시설의 설치가 금지된 경우에 해당하지 않으므로, 이 사건 시설은 폐쇄명령이 아닌 사용중지명령의 대상일 뿐이다.
 나) 나아가 자연녹지지역에 위치한 아스콘 공장이라 하더라도 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 도시개발법에 따라 토지수용 및 이전 절차를 거쳐 자연녹지지역으로 이전하게 되는 경우에는 대기환경보전법상 배출시설의 허가 또는 자연녹지지역에서 적법하게 배출시설을 운영할 수 있게 되므로 이 사건 공장의 소재지가 자연녹지지역에 해당한다는 사실만으로 이 사건 시설이 배출시설의 설치가 불가능한 지역에 설치된 것이라고 볼 수 없다. 
 다) 따라서 피고가 원고에 대하여 사용중지명령을 하지 않고 폐쇄명령을 내린 이 사건 처분은 위법하다. 
3) 비례의 원칙 및 행정의 자기구속의 법리에 위반하여 재량권의 일탈 · 남용
 이 사건 처분은 원고의 영업의 자유를 완전히 박탈하고 헌법 제23조 제1항을 위반하여 재산권을 침해하는 것으로 비례의 원칙에 위반될 뿐만 아니라, 피고를 비롯한 전국의 모든 행정청은 아스콘 제조시설이 준농림지역에 설치가 가능한 공장으로 판단하여 공장설립 승인을 하였고, 그 과정에서 환경부의 대기오염 배출시설 인·허가업무 가이드라인은 아스콘 제조시설과 관련하여 특정대기유해물질은 고려대상이 아님을 밝히고 그에 따라 통일적인 인·허가가 가능하도록 하였음에도 피고가 종전의 기준을 변경하여 원고에 대해서만 조사를 실시한 후 이 사건 처분을 한 것은 행정의 자기구속의 법리에 위반된다. 따라서 이 사건 처분은 재량권을 일탈·남용하였다. 
4) 신뢰보호원칙 및 실효의 원칙 위반
 피고는 아스콘 제조시설에서 대기오염물질이 배출된다는 사실을 알고서도 2001. 5. 4. 이 사건 공장증설을 승인하고 이 사건 시설에 대한 신고를 수리하였고, 원고는 이를 믿고 거액을 투자하여 20년 넘게 이 사건 공장을 운영하였다. 그 사이에 이 사건 공장에 대한 여러 차례의 변경신고가 이루어졌고, 자연녹지지역에서 특정대기유해물질 배출시설의 설치를 가능하게 하면서 경과규정을 두는 법령의 개정도 있었는데 피고는 단 한 번도 이 사건 시설과 관련하여 특정대기유해물질을 문제 삼은 바 없다. 그럼에도 불구하고 이 사건 토지의 용도지역이 변경되었다는 이유로 곧바로 폐쇄명령을 한 이 사건 처분은 신뢰보호원칙 및 실효의 원칙에 위반된다. 
5) 정당한 사유 존재
 원고는 특정대기유해물질의 배출에 대해서 예상하지 못하였고 각종 신고과정에서 원고에게 고의나 과실이 없었다. 또한 원고의 특정대기유해물질 배출 수준이 높지 않아 환경상 위해 염려가 매우 적고, 1, 2차 검사측정치는 편차가 심하여 신뢰하기 어려운 점을 고려하면 원고의 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.
나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단
1) 처분사유의 존재 여부
가) 원고가 대기환경보전법 제23조 제1항의‘배출시설을 설치하려는 자’에 해당하는지 여부에 대한 판단
대기환경보전법 제23조 제1항 본문은 ‘배출시설을 설치하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시·도지사의 허가를 받아야 한다.’라고 규정하고 있고, 이에 따라 대기환경보전법 시행령 제11조 제1항 제1호는 설치허가를 받아야 하는 배출시설로 ‘특정대기유해물질이 환경부령으로 정하는 기준 이상으로 발생되는 배출시설’을 규정하고 있다. 위 각 규정의 형식, 문언 및 그 취지에 비추어 보면, 대기환경보전법 제23조 제1항은 이미 설치 신고를 마치고 해당 시설을 가동 중인지 여부에 상관없이 기준치 이상의 특정대기유해물질이 발생되는 허가를 받지 않은 모든 배출시설에 대하여 적용되는 것으로 해석함이 타당하다. 더욱이 대기환경보전법 시행규칙 제5조 [별표3]의2. 다.는 ‘2015. 1. 1. 당시 배출시설을 설치·운영하고 있는 자로서 법 제23조에 따른 허가·변경허가 또는 신고·변경신고의 대상이 된 경우 2015. 12. 31.까지 법 제23조에 따라 허가·변경허가를 받거나 신고·변경신고를 하여야 한다.’라고 규정함으로써 대기환경보전법 제23조 제1항의 적용대상에 이미 적법하게 신고를 마친 시설도 포함됨을 명확히 하였다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
나) 이 사건 시설이 적법한 건축물이어서 국토계획법 시행령 제93조 제5항에 따라 별도의 허가가 필요 없다는 주장에 대한 판단
 (1) 구 대기환경보전법 시행령(2002. 8. 8. 대통령령 제17698호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 제1호는 ‘법 제2조 제8호의 규정에 의한 특정대기유해물질이 발생되는 배출시설은 법 제10조 제1호의 규정에 의하여 설치허가를 받아야 한다.’라고 규정하고 있고, 구 국토이용관리법(2002. 2. 4. 법률 제6655호로 폐지되기 전의 것) 제15조 제1항 제4호 본문은 ‘준농림지역에서 환경오염의 우려가 있는 공장·건축물·공작물 기타의 시설의 설치 등 대통령령이 정하는 토지이용행위는 이를 할 수 없다.’라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(2002. 12. 26. 대통령령 제17816호로 폐지되기 전의 것) 제14조 제1항 제1호는 위 ‘대통령령이 정하는 토지이용행위’라 함은 ‘대기환경보전법 제2조 제9호의 규정에 의한 대기오염배출시설에 해당하는 시설로서 대기환경보전법 제2조 제8호의 규정에 의한 특정대기유해물질을 배출하는 시설·건축물 기타의 공작물의 설치’라고 규정하고 있다. 한편, 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률로 명칭 변경되기 전의 것) 제8조 제1호, 구 공장입지기준고시(산업자원부고시 제2004-98호로 개정되기 전의 것) 제7조 [별표 2] 제4호는 ‘대기환경보전법 제2조 제9호의 규정에 의한 대기오염물질배출시설로서 특정대기유해물질 배출시설은 준농림지역에 설립할 수 없다.’라고 규정하고 있다.
 (2) 이 사건 시설은 설치 당시에 준농림지역에 설치되었음은 앞에서 본 바와 같고, 위에서 본 바와 같이 이 사건 종전규정에 따르면 준농림지역에서는 특정대기유해물질을 배출하는 이 사건 시설의 설치가 금지되었다. 원고는 이 사건 종전규정이 헌법에 위반되어 무효이므로 이 사건 시설은 준농림지역에 적법하게 설치된 것이고, 이 사건 시설 설치 이후에는 이 사건 특례규정에 따라 이 사건 시설을 기존 용도로 계속 사용할 수 있으므로 별도의 허가가 필요하지 않다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 종전규정이 위헌이어서 무효라고 단정할 수 없을 뿐만 아니라, 특정대기유해물질이 배출되기만 하면 무조건 설치허가를 받도록 하고 준농림지역에서는 특정대기유해물질 배출시설의 설치 자체를 금지하여 위헌의 소지가 있던 이 사건 종전규정은 2015. 12. 10. ‘배출되는 특정대기유해물질이 환경부령으로 정하는 기준 이상인 경우’에 한하여 위와 같은 제한을 받는 것으로 개정되었다[구 대기환경보전법 시행령(2015. 12. 10. 대통령령 제26705호로 개정된 것) 제11조 제1항 제1호]. 이에 따라 대기환경보전법 시행규칙 제5조 [별표 3] 2. 다.는 ‘2015년 1월 1일 당시 배출시설을 설치·운영하고 있는 자로서 같은 법 제23조에 따른 허가·변경허가의 대상인 경우에는 2015. 12. 31.까지 허가·변경허가를 받아야 한다.’라고 규정하고 있다. 따라서 이 사건 종전규정의 위헌 여부와 이 사건 처분의 적법 여부와는 직접적인 관련성도 없다. 원고는 위 대기환경보전법 시행규칙에 따라 2015. 12. 31.까지는 이 사건 시설에 대한 설치허가를 받아야 했는데도 그 허가를 받지 않았으므로, 이 사건 시설은 불법건축물이라 봄이 타당하다.
 또한 이 사건 특례규정에서 말하는 ‘기존의 건축물’은 다른 법령이 요구하는 요건을 모두 적법하게 갖춘 건축물만을 의미하는 것으로 보아야 하는데, 이 사건 시설은 앞에서 본 바와 같이 대기환경보전법 제23조 제1항에 따른 허가요건을 갖추지 못하였으므로, 이 사건 특례규정의 존재만으로 이 사건 시설이 적법한 건축물이라고 볼 수도 없다. 
 (3) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
2) 사용중지 명령이 아닌 폐쇄명령을 한 것이 위법하다는 주장에 대하여
 가) 대기환경보전법 제38조 본문은 ‘시·도지사는 제23조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 허가를 받지 아니하거나 신고를 하지 아니하고 배출시설을 설치하거나 사용하는 자에게는 그 배출시설의 사용중지를 명하여야 한다.’라고 규정하고, 그 단서는 ‘다만, 그 설치장소가 다른 법률에 따라 그 배출시설의 설치가 금지된 경우에는 그 배출시설의 폐쇄를 명하여야 한다.’라고 규정하고 있다. 대기환경보전법 시행령 제11조 제1항 제1호는 ‘특정대기유해물질이 환경부령으로 정하는 기준 이상으로 발생되는 배출시설은 설치허가를 받아야 하는 배출시설에 해당한다.’라고 규정하고, 같은 법 시행규칙 제24조의2 [별표 8의2]는 벤젠 0.1ppm, 포름알데히드 0.08ppm, 아세트알데히드 0.01ppm을 설치허가를 받아야 하는 각 기준치로 정하고 있다.
 나) 앞서 본 바와 같이 이 사건 시설에서는 제1, 2차 검사결과 위 특정대기유해물질 중 포름알데히드와 아세트알데히드가 기준치 이상으로 배출되었고, 이 사건 토지는 국토계획법상 자연녹지지역에 해당한다. 그리고 국토계획법 제36조, 제76조 제1항, 같은 법 시행령 제71조 제1항 제16호 [별표 17]에 의하면, 자연녹지지역에서는 특정대기유해물질을 배출하는 이 사건 시설의 건축이 허용되지 아니한다(원고는 국토계획법령상의 자연녹지지역에서 이 사건 시설과 같은 배출시설의 건축이 전면적으로 금지되는 것이 아니라 특정대기유해물질이 대기환경보전법 시행령 제11조 제1항 제1호에 따른 기준 이상으로 배출되는 경우에 한하여 건축이 금지되므로, 폐쇄명령이 아닌 사용중지명령의 대상이라는 취지로도 주장한다. 그러나 원고의 위 주장은 이 사건 공장이 국토계획법 제76조 제1항, 같은 법 시행령 제71조 제1항 제16호 [별표 17] 제2호 차목 (1), [별표 16] 제2호 아목 (1)에서 예외적으로 자연녹지지역에 건축이 허용되는 공장임을 전제로 하는데 위 [별표 17] 제2호 차목 (1)에서 예외적으로 건축이 허용되는 공장으로 규정하고 있는 공장은 ‘첨단업종의 공장, 지식산업센터, 도정공장 및 식품공장과 읍·면 지역에 건축하는 제재업의 공장’이다. 이 사건 공장은 아스콘 공장으로 위에서 규정하고 있는 공장에 해당하지 않으므로, 원고의 위 주장은 다른 부분에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다). 
 결국 원고가 자연녹지지역에 이 사건 시설을 허가 없이 설치한 이상, 피고로서는 대기환경보전법 제38조 단서, 같은 법 시행규칙 제134조 제1항 [별표 36]의 2. 가. 1) 나)에 따라 이 사건 시설에 대한 폐쇄명령을 할 수 있을 뿐 그와 다른 내용의 처분을 할 수 없다(원고는 이 사건 특례규정에 따라 이 사건 토지가 ‘배출시설의 설치가 가능한 지역’에 해당한다는 취지로 주장하기도 한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 특례규정에서 말하는 ‘기존의 건축물’이란 다른 법령이 요구하는 요건을 모두 적법하게 갖춘 건축물만을 의미하는 것으로 봄이 타당한데, 이 사건 시설은 대기환경보전법 제23조 제1항에 따른 허가요건을 갖추지 못하였으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다).
 다) 나아가 원고가 주장하는 사정만으로 경기도보건환경연구원의 검사결과를 뒤집을 수는 없고, 달리 위 경기도보건환경연구원의 시료 채취 또는 검사 과정에서 위법성 또는 오류가 개입하였음을 인정할 만한 증거도 없다. 또한, 이 사건 시설이 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 도시개발법에 따라 토지수용 및 이전 절차를 거쳐 자연녹지지역으로 이전하게 되는 경우에 해당한다고도 볼 수 없다.
 라) 따라서 원고의 이 부분 주장도 모두 이유 없다. 
3) 비례의 원칙 및 행정의 자기구속의 법리에 위반하여 재량권을 일탈 · 남용하였다는 주장에 대한 판단
 앞서 본 바와 같이 대기환경보전법 제38조 단서에 의하면 다른 법률에 따라 설치가 금지된 장소에 설치된 특정대기유해물질 배출시설에 관한 폐쇄명령은 재량을 허용하지 않는 기속행위이다. 그런데 원고가 국토계획법에 의하여 특정대기유해물질 배출시설 설치가 금지된 자연녹지지역에 이 사건 시설을 허가 없이 설치한 이상 피고로서는 이 사건 시설에 대한 폐쇄명령을 할 수 있을 뿐 그와 다른 내용의 처분을 할 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다(나아가 원고가 제시하고 있는 환경부의 「대기오염 배출시설 인·허가업무 가이드라인」 [별표 15-4]는 아스콘 공장의 경우 특정대기유해물질은 고려대상이 아님을 밝힌 것이 아니라 업종별 발생가능한 오염물질의 종류에 대한 가이드라인을 제공한 것이고, 원료 및 공정에 따라 일부 오염물질은 발생이 없거나 다른 오염물질이 추가로 발생할 수 있다고 적시하였을 뿐만 아니라, 본 가이드라인의 내용이 법령의 개정 등에 따라 법률, 시행령, 시행규칙과 서로 다른 경우에는 법률, 시행령, 시행규칙에 따른다고 밝히고 있어, 이 부분을 고려하여도 원고의 주장은 이유 없다).
4) 신뢰보호원칙 및 실효의 원칙 위반 주장에 대하여
 가) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2001. 9. 28. 선고 2000두8684 판결 등 참조). 
 나) 앞서 인정한 사실 및 갑 제2호증의 기재에 의하면, 피고가 2001. 5. 4. 원고에 대하여 이 사건 공장증설을 승인한 사실, 이에 따라 원고가 2002. 5. 29. 피고에게 이 사건 시설에 대한 설치신고를 한 사실 및 이후 원고가 이 사건 시설에 대하여 여러 차례 변경신고를 할 동안 피고가 이 사건 시설과 관련하여 특정대기유해물질을 문제 삼은 바 없는 사실이 인정되기는 한다. 
 다) 그러나 갑 제2호증의 2의 기재에 의하면 이 사건 공장증설 승인은 특정대기유해물질이 배출되지 않아야 함을 이행조건으로 하고 있는 사실이 인정되고, 위 설치신고도 이를 전제로 하고 있는 것으로 보인다. 따라서 이 사건 처분이 이 사건 시설에서 특정대기유해물질이 기준치 이상으로 배출되어 내려진 것인 이상 원고가 주장하는 사정만으로는 피고가 원고에게 이 사건 시설의 설치와 관련한 이 사건 공장의 증설·운영에 관하여 신뢰의 대상이 되는 어떠한 공적인 견해를 표명하였다고 인정하기 어려우므로 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 반한다고 볼 수 없다. 나아가 원고가 제출한 증거만으로는 피고가 이 사건 시설에서 특정대기유해물질이 배출됨을 알고서도 이 사건 공장증설을 승인하여 준 것이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거도 없으므로, 이 사건 처분이 실효의 원칙에 반한다고도 볼 수 없다.
 라) 따라서 원고의 이 부분 주장도 모두 이유 없다.
5) 정당한 사유 존재 주장에 대하여
 행정법규 위반에 대하여 가하는 제재조치는 행정목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로 위반자의 고의·과실이 있어야만 하는 것은 아니나, 그렇다고 하여 위반자의 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우까지 부과할 수 있는 것은 아니다(대법원 2014. 12. 24. 선고 2010두6700 판결 등 참조). 다만 위 정당한 사유의 존재에 관하여는 이를 주장하는 자에게 입증책임이 있다. 
 위 법리 및 앞서 인정한 사실에 비추어 살펴보면, 원고가 특정대기유해물질의 배출에 대해서 예상하지 못하였고 각종 신고과정에서 원고에게 고의나 과실이 없었다는 사정만으로는 이 사건 처분이 위법하다고 할 수 없고, 원고가 주장하는 사유만으로는 이 사건 시설이 배출하는 특정대기유해물질이 기준치를 초과하는 데 원고의 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 하는데 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 한창훈(재판장) 원익선 성언주