양도소득세부과처분취소 (세무, 수원지방법원)
공포일: 2001.05.09 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 서울국제 법무법인 담당변호사 이성호)
【피 고】 수원세무서장
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1999. 1. 2. 원고에 대하여 한 양도소득세 금 80,427,610원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제21호증의 1의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.
 가. 원고는 1988. 8. 30. 오산시 (주소 1 생략) 전 2,838㎡를 취득하여 소유하고 있었는데, 그 후 위 토지에서 분할되어 나온 (주소 2 생략) 전 1,383㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)에 관하여 1996. 9. 23. 소외 주식회사 대명팩(이하 '소외 회사'라 한다) 명의로 1996. 9. 12. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료한 다음, 1996. 11. 29. 피고에 대하여 이 사건 토지는 그 양도일이 위 소유권이전등기 경료일인 1996. 9. 23.이고, 원고가 8년 이상 자경한 농지이어서 조세감면규제법에 의한 감면대상이라는 내용의 자산양도차익 예정신고를 하였다.
 나. 이에 대하여 피고는, 1996년도 토지특성조사표 및 도시계획확인원 등에 의하면 이 사건 토지가 그 양도일 이전에 이미 공업나지로 사용되었음이 확인되어 그 양도 당시 8년 이상 자경농지에 해당한다고 볼 수 없어 조세감면규제법에 의한 감면대상이 아니라는 이유로, 1999. 1. 2. 이 사건 토지의 양도시기를 위 소유권이전등기경료일인 1996. 9. 23.로 보아 그 기준시가에 의하여 계산된 1996년 귀속분 양도소득세 금 80,427,610원을 원고에게 부과·고지하는 내용의 이 사건 처분을 하였다.
 2. 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 1990. 5. 4. 소외 회사와 사이에 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하고, 소외 회사로부터 계약당일 계약금 2,000만 원, 1990. 5. 31. 중도금 일부로 7,000만 원, 같은 해 6. 12. 나머지 중도금으로 3,000만 원, 같은 해 7. 9. 잔대금 7,092만 원을 지급받았으나, 소외 회사의 사정으로 1996. 9. 23.에 이르러서야 소외 회사 명의로 소유권이전등기를 경료하게 된 것으로서, 이 사건 토지에 관한 양도시기는 위 잔금청산일인 1990. 7. 9.이므로 이 사건 처분은 위 양도로 인한 과세표준확정신고기한 종료일의 다음날인 1991. 6. 1.부터 조세부과권의 제척기간인 5년이 경과되어 조세부과권이 소멸된 이후에 이루어진 것이어서 위법하다고 주장한다.
 나. 제척기간 경과 여부에 관한 판단
 (1) 관계 법령
구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 제3호는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득을 양도소득이라고 규정하고, 그 제3항은 양도라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도·교환·법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있고, 제27조는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되기 전의 것) 제53조 제1항은 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날을 자산의 취득 및 양도시기로 한다고 규정하면서, 그 예외규정으로서 그 제1호에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다."고 규정하고 있다. 
 한편, 구 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제1호, 제2항 제2호에 의하면 소득세는 그 과세기간이 종료하는 때에 그 납세의무가 성립하되, 예정신고납부하는 소득세에 있어서는 그 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일에 납세의무가 성립한다고 규정하고 있고, 제26조 제2호, 제26조의2 제1항 제1호는, 국세인 소득세의 부과권은 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년의 제척기간이 만료된 날 후에는 소멸하는 것으로 규정하고 있으며, 구 국세기본법시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13192호로 개정되기 전의 것) 제12조의2 제1항 제1호는 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서제출기한의 다음날을 같은 법 제26조의2 제1항 제1호에 규정하는 국세를 부과할 수 있는 날로 한다고 규정하고 있다. 또한, 위 소득세법 제95조는 자산을 양도한 거주자는 그 양도일이 속하는 달의 다음달 말일까지 자산양도차익예정신고를 하여야 한다고 규정하고, 제100조는 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 과세표준을 당해연도의 다음연도 5. 1.부터 5. 31.까지 신고하여야 한다고 규정하고 있다. 
 (2) 사실관계
 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 갑 제4호증, 갑 제6호증, 갑 제8호증, 갑 제9호증, 갑 제10호증, 갑 제13호증의 각 기재에 의하면, 원고는 1990. 5. 4.경 소외 회사의 대표이사인 소외인과 사이에, 원고의 소유로서 토지거래허가구역 내에 위치한 오산시 (주소 3 생략) 전 202㎡ 중 1/2 지분과 이 사건 토지의 분할 전 토지인 (주소 1 생략) 전 2,838㎡를 소외 회사에게 매매대금을 190,920,000원으로 정하여 매도하기로 하되, 계약금 2,000만 원은 계약당일, 중도금 1억 원은 1990. 5. 20., 잔금 7,092만 원은 같은 해 6. 29. 각 지급하기로 하는 내용의 매매계약을 체결한 사실, 위 매매계약 체결 후 위 (주소 1 생략) 전 2,838㎡는 1990. 7. 14. 위 (주소 1 생략) 전 1,455㎡와 이 사건 토지로 분할된 다음 위 (주소 1 생략) 전 1,455㎡는 잡종지로 지목변경된 후 그 무렵 토지거래허가를 받아 같은 해 8. 31. 소외 회사 명의로 소유권이전등기가 경료된 사실, 그런데 이 사건 토지에 관하여는 소외 회사가 1996. 9. 11.에 이르러 오산시장으로부터 위 (주소 3 생략) 토지와 함께 토지거래허가를 받음으로써 앞서 본 바와 같이 1996. 9. 23. 소외 회사 명의로 소유권이전등기가 경료된 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다.
 (3) 판 단
 살피건대, 국토이용관리법상 토지거래허가구역 내에 위치한 토지에 대한 매매계약이 토지거래허가를 받지 아니하여 유동적 무효의 상태에 있는 경우에는 단지 매매대금이 먼저 지급되어 양도인이 이를 보관하고 있다 하여도 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수 없어 양도소득세의 과세대상으로 할 수 없으므로 거래 허가를 받기 전까지는 양도소득세의 부과권은 발생하지 않는다 할 것이고, 토지거래허가를 받은 때에 비로소 양도소득세의 과세대상으로 되어 양도소득세를 부과할 수 있는 것이므로, 설사 토지거래허가 전에 매매대금이 모두 청산되었더라도 토지거래허가 이후에 양도소득세 부과권의 제척기간이 진행된다고 봄이 상당하다고 할 것이다( 대법원 1998. 2. 27. 선고 97누12754 판결은 대금청산 이후 토지거래허가를 받은 경우에 양도소득산정의 기준이 되는 양도시기를 대금청산일로 본다는 취지로서 양도소득세 부과권의 제척기간의 기산점이 쟁점인 이 사건에는 원용될 수 없다고 하겠다. 만일 대금청산 이후 토지거래허가를 받은 경우의 양도소득세 부과권의 제척기간이 대금청산일로 소급하여 진행한다고 본다면, 대금청산 이후 조세부과권 제척기간이 경과된 후 토지거래허가를 받은 때에는 토지거래허가 전에는 양도소득세의 과세대상이 되지 아니하여 양도소득세를 부과할 수 없다가 토지거래허가 이후에는 그 제척기간이 도과되어 양도소득세를 부과할 수 없게 됨으로써 양도소득세를 전혀 부과할 수 없게 되는 결과를 초래하게 되므로 심히 부당하다고 할 것이다). 
 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 토지는 토지거래계약허가지역 내에 위치하고 있고, 위 매매계약 체결일인 1990. 5. 4.경으로부터 약 6년 4개월 후인 1996. 9. 11.에 비로소 토지거래허가를 받았음은 위에서 인정한 바와 같은 바, 따라서 가사 원고의 위 주장과 같이 그 대금청산이 토지거래허가 이전인 1990. 7. 9.에 이루어졌다 하더라도, 이 사건 양도소득세 부과권의 제척기간은 위 토지거래허가 다음날인 1996. 9. 12.부터 진행된다고 할 것이고, 그로부터 이 사건 처분이 이루어진 1999. 1. 2.까지 5년의 제척기간이 경과되지 아니하였음은 역수상 명백하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다고 하겠다.
 3. 결 론
 그렇다면 이 사건 양도소득세 부과권의 제척기간이 도과되었음을 전제로 한 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 주경진(재판장) 김행순 정문성

국토이용관리법상 토지거래허가구역 내에 위치한 토지에 대한 매매계약이 토지거래허가를 받지 아니하여 유동적 무효의 상태에 있는 경우에는 단지 매매대금이 먼저 지급되어 양도인이 이를 보관하고 있다 하여도 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수 없어 양도소득세의 과세대상으로 할 수 없으므로 거래 허가를 받기 전까지는 양도소득세의 부과권은 발생하지 않는다 할 것이고, 토지거래허가를 받은 때에 비로소 양도소득세의 과세대상으로 되어 양도소득세를 부과할 수 있는 것이므로, 설사 토지거래허가 전에 매매대금이 모두 청산되었더라도 토지거래허가 이후에 양도소득세 부과권의 제척기간이 진행된다고 봄이 상당하다.