등록세등부과처분취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2005.01.13 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
등록면허세
【주문】
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

【인정근거】갑 제1, 2호증, 을 제3호증, 변론의 전취지

피고는, 원고가 1998. 7. 6. 및 1998. 9. 1. 서울 강남구역삼동 755대 8,831.9㎡ 중 6,322.8㎡(등기부상으로는 1998. 7. 6.에 ‘8,831.9분의 6,173.08 지분’, 1998. 9. 1.에 ‘8,831.9 중 2,671.71분의 45.29 지분’으로 각 표시되어 있음, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여소외 리드산업개발주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)로부터 원고 앞으로 1998. 4. 8.자 대물변제를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였음을 이유로, 이 사건 토지의 취득가액 259억 원을 과세표준액으로 하여 2001. 6. 8. 원고에 대하여 1998년 귀속 등록세(본세) 777,000,000원(가산세 155,400,000원을 합하면 932,400,000원임) 및 교육세(본세) 155,400,000원(가산세 15,540,000원을 합하면 170,940,000원임)을 부과, 고지하는 이 사건 처분을 하였다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 소외 회사는 금융기관의 부채상환을 위하여 금융기관의 담보물권이 설정된 이 사건 토지를 원고에게 양도한 것이므로 서울특별시세감면조례(1998. 5. 25. 조례 제3504호로 개정된 것, 이하 ‘감면조례’라 한다) 제23조의2 제1항 본문 규정에 따라 등록세가 전액 감면되어야 함에도 불구하고 피고가 원고에 대하여 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다.
(2) 피고는 1998. 7. 6. 및 1998. 7. 29. 원고에게 이 사건 등록세가 전부 또는 일부 면제된다고 공적으로 확인하여 주었고, 원고는 이를 신뢰하고 이 사건 토지를 취득하여 소유권이전등기를 마쳤으므로, 피고의 공적인 견해 표명에 상반되는 이 사건 부과처분은 신의칙 내지 신뢰의 원칙에 반하므로 위법하다.
나. 관계법령

[지방세법]

제9조(과세면제등을 위한 조례)

제7조및제8조의 규정에 의하여 지방자치단체가 과세면제ㆍ불균일과세 또는 일부과세를 하고자 할 때에는 내무부장관의 허가를 얻어 당해 지방자치단체의 조례로써 정하여야 한다.
[감면조례]

제23조의2 (기업의 금융부채상환에 따른 매입부동산에 대한 감면)

① 부동산의 양도일[년부계약의 경우에는 계약금(계약금을 수령하지 아니하는 경우에는 첫회 부불금) 수령일을 말한다]까지 계속하여 5년 이상 사업을 영위한 기업이 은행법·보험업법·신탁업법 및 그 밖의 법률에 의한 금융기관(이하 이 조에서 “금융기관”이라 한다)의 부채(1997년 6월 30일 이전에 채무가 성립한 부채에 한한다)상환을 위하여 금융기관의 담보물권이 설정된 부동산을 당해 금융기관의 요청 또는 동의를 얻어 양도하는 경우에 그 부동산을 취득하는 자에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
2.법인세법시행령 제43조 제2항및제3항의 규정에 의한 부동산업 또는 소비성서비스업(다른 사업을 겸업하고 있는 경우에는 부동산의 매도일이 속하는 사업년도의 직전 사업년도의 사업별 수입금액 중 부동산업 또는 소비성 서비스업의 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 영위하고 있는 기업이 양도하는 부동산을 취득하는 경우

[구 법인세법시행령(1998. 12. 31.대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것)]

제43조(접대비 등의 수입금액계산기준)

②법 제18조의2 제1항 제3호 가목에서 “대통령령이 정하는 부동산업”이라 함은 한국표준산업분류표에 의한 부동산임대업ㆍ부동산분양공급업(주거용 건물분양공급업을 제외한다)ㆍ부동산중개업 및 건축물 자영건설업(비주거용 건축물의 건설업에 한한다)을 말한다. 다만, …

다. 인정사실

【채택증거】앞서 든 증거들, 갑 제3, 4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6 내지 11호증, 갑 제12호증의 1, 2, 을 제1, 2호증, 을 제4호증의 1 내지 3, 을 제5호증, 을 제6호증의 1 내지 4, 을 제7, 8호증, 변론의 전취지

⑴ 원고는 1998. 4. 8. 소외 회사와 사이에 이 사건 토지 및 이 사건 토지 위에 건축 중인 지상 5층ㆍ지하 5층의 상가건물 42,701.108㎡에 관하여 다음과 같은 내용의 대물변제계약을 체결하였다.
① 이 사건 토지의 가액은 259억 원으로, 건물의 가액은 80,595,796,454원(부가가치세 제외)으로 평가한다.
② 소외 회사는 원고에 대한 1998. 4. 1. 현재 총 채무액 99,737,443,854원의 대물변제조로 원고에게 이 사건 토지 및 위 건물의 소유권을 이전한다.
③ 소외 회사는 원고로부터 위 평가액 합계액에서 총 채무액 등을 공제한 나머지 금원을 지급받아 이로써 주식회사한솔상호신용금고(이하 ‘한솔상호신용금고’라 한다) 및한솔창업투자주식회사(이하 ‘한솔창업투자’라 한다)에 대한 대출금채무를 상환한다.
⑵ 한편, 위 대물변제계약 당시 소외 회사 명의의 이 사건 토지에는한솔상호신용금고명의의 근저당권이 설정되어 있었는바, 원고는 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기에 앞서 1998. 7. 6. 피고에게 위 감면조례 제23조의2에 근거하여 이 사건 토지의 소유권이전등기에 따른 등록세의 감면신청을 하면서, 근저당권자인한솔상호신용금고의 소외 회사에 대한 연체대출금 독촉장, 사업용 부동산 매각 등 구조조정 촉구서 및 소외 회사가 1998. 7.경 위한솔상호신용금고에게 3,062,766,502원,한솔창업투자에게 30억 원의 각 부채를 모두 상환하였다는 자료 등을 증빙서류로 제출하였다.
⑶ 이에 피고는 1998. 7. 6. 이 사건 토지의 소유권이전등기에 따른 등록세 전액인 777,000,000원(과세표준 259억 원)이 감면된다는 내용의 등록세감면확인서를 발급하였다가, 그후 1998. 7. 29. 이 사건 토지의 취득가액 중 금융부채상환에 사용된 것으로 증빙서류를 제출한 부분에 대한 등록세 181,882,990원(과세표준 6,062,766,502원)이 감면된다는 내용의 등록세감면확인서를 다시 발급하였다.
⑷ 원고는 1998. 7. 6. 및 1998. 9. 1. 이 사건 토지에 관하여 소외 회사로부터 원고 앞으로 1998. 4. 8.자 대물변제를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다. 그런데, 피고는 2001. 6. 8. 원고에게, 이 사건 토지의 소유권이전등기에 대하여는 감면조례 제23조의2 규정이 적용되지 않아 등록세가 면제되지 않는다는 이유로, 이 사건 토지의 취득가액 259억 원을 과세표준액으로 하여 등록세 및 교육세를 부과, 고지하는 이 사건 처분을 한 것이다.
⑸ 한편, 소외 회사는 건설업, 부동산매매업, 실내장식업, 건물신축매매업 등을 영위하는 기업으로 이 사건 토지의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도인 1997년 소외 회사의 각 사업별 수입금액은 상가건물분양수입금이 약 34억 원, 실내장식업수입금이 31,989,440원, 차량매각대금이 38,000,000원이다.
라. 판단

(1) 감면조례 제23조의2 제1항 규정의 적용 여부에 대한 판단

감면조례 23조의2 제1항의 규정은 경제위기로 인하여 부동산거래가 극도로 침체되어 있었던 상황에서 부채비율이 높은 기업의 구조조정을 위하여 그 기업소유 부동산의 매각을 촉진할 목적으로 한시적으로(감면조례의 부칙 규정에 의하면, 감면조례는 1999. 12. 31.까지 적용하고, 시행일 이후 감면조례 적용시한만료일 이전에 취득한 부동산에 한하여 적용된다고 되어 있다) 그 부동산의 매수인에게 취득세와 등록세 면제의 혜택을 주는 데 그 취지가 있는데(대법원 2000. 7. 28. 선고 99두11004 판결참조), 다만 부동산의 거래를 업으로 하는 기업에 있어서 부동산의 매각은 당해 기업의 구조조정과 연관된다고 할 수 없으므로 위 입법취지와는 부합하지 않는 면이 있어, 단서 제2호에서는 법인세법시행령이 정하는 일정한 부동산업 등에 대하여는 위 감면조례의 규정이 적용되지 않도록 규정하고 있다.
그런데 위 인정사실에 의하면, 소외 회사는 이 사건 토지의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도인 1997년의 각 사업별 수입금액 중 상가건물분양수입금이 가장 큰 경우에 해당하고, 따라서 소외 회사는법인세법시행령 제43조 제2항의 규정에 의한 부동산업을 영위하는 기업에 해당된다. 그렇다면, 원고 주장과 같이 소외 회사의 이 사건 토지 양도가 금융기관의 부채상환을 위한 부동산 양도인지 여부, 즉 감면조례 제23조의2 제1항 본문이 적용되는지 여부에 관하여는 나아가 살필 필요도 없이, 위 규정의 단서 제2호에 의하여 소외 회사의 이 사건 토지 양도에 대하여는 등록세를 면제할 수 없다 할 것이다.
이에 대하여 원고는, 소외 회사의 1997년도 상가건물분양수입금은 건물 완공 전에 분양대금 중 일부를 받은 것으로서 기업회계기준으로 볼 때 미실현된 수입에 불과하고 그리하여 ‘가수금’으로 처리되었으므로, 법인세법 등 관련 법규상 소외 회사의 1997년도 수입금액에 포함될 수 없다는 취지로 주장하나, 감면조례 제23조의2 제1항 단서 제2호의 적용 여부를 가리기 위한 사업별 수입금액 계산에 있어서, 비록 건물완공이나 대금완납 전이라 할지라도 수분양자들로부터 실제로 지급받은 분양대금을 당해 연도의 수입금액에서 제외시킬 수 있는 법인세법 등 관련 법규상의 근거를 전혀 찾아볼 수 없으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(2) 신의칙 내지 신뢰의 원칙 위반 주장에 대한 판단

과세처분에 있어서 신의칙이 적용되기 위한 요건으로서는, 첫째로 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째로 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째로 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 행위를 하여야 하고, 넷째로 과세관청이 이미 표명된 견해에 반하는 처분을 함으로써 실제로 납세자의 이익이 침해되어야 한다.
위에서 본 바와 같이 원고는 이 사건 토지의 소유권이전등기에 관하여 등록세감면신청을 하였고 이에 대하여 피고가 1998. 7. 6. 및 1998. 7. 29. 등록세가 전부 또는 일부 감면된다는 취지의 확인서를 발급한 후, 이 사건 토지의 소유권이전등기에 관하여 이 사건 부과처분을 한 사실은 인정된다. 그러나, 위에서 인정한 사실에 의하면, 원고는 피고에게 등록세감면신청을 하면서 이 사건 토지의 양도인인 소외 회사가 앞서 살핀 바와 같이 법인세법시행령 소정의 부동산업을 영위하는 기업에 해당하여 감면조례 제23조의2 제1항 단서가 적용되는데도 불구하고 소외 회사가 부동산업을 영위하는 기업이라는 점을 전혀 고지하지 않은 점이 인정되므로, 위 확인서의 내용을 신뢰하는데 있어서 원고에게 귀책사유가 있다 할 것이고, 따라서 피고가 위 확인서의 내용과 상반되는 이 사건 부과처분을 한 것이 신의칙 내지 신뢰의 원칙에 반하여 위법한 것이라고 할 수 없다. 이 부분 원고 주장 역시 이유 없다.
3. 결 론

그렇다면, 적법한 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
2002. 1. 17.

납세의무자는 등록세감면신청을 하면서 토지의 양도인인 소외 회사가 법인세법시행령 소정의 부동산업을 영위하는 기업에 해당하여 소외 회사가 부동산업을 영위하는 기업이라는 점을 전혀 고지하지 않은 점이 인정되므로 확인서의 내용을 신뢰하는데 있어서 귀책사유가 있다. 따라서 이와 같은 전제에서 한 처분은 적법하다.