법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2018.05.11 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 부영 (소송대리인 법무법인(유한) 화우 외 3인)
【피고, 피상고인】 남대문세무서장
【원심판결】 서울고법 2014. 10. 17. 선고 2013누51291 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서들은 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
 1. 가. 법인세법은 ‘법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산’(이하 ‘업무무관자산’이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 일정비율을 당해 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 없도록 정하고 있다[2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 법인세법 제28조 제1항 제4호 (가)목, 제27조 제1호, 현행 법인세법도 문구만 다를 뿐 같은 내용을 정하고 있다]. 이는 기업이 금융자산으로 부동산 투기 등을 하는 것을 억제하고 기업의 건전한 경제활동을 유도하기 위한 것이다.
 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 (가)목은 기획재정부령이 정하는 유예기간이 지나도록 ‘법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산’을 업무무관자산의 하나로 들고 있고, 제2항은 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정하도록 하고 있다.
 이에 따라 법인세법 시행규칙 제26조 제2항 제2호는 위 법인의 업무 중 하나로 ‘각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업으로 정하여진 업무’를 들고 있다. 같은 시행규칙 제26조 제9항 제1호는 ‘영 제49조 제1항 제1호 (가)목에 해당하는 부동산’에 대하여 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간을 정하고 있는데, 본문에서는 ‘당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간’이라고 정하고, 단서에서는 ‘당해 부동산을 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우에는 취득일부터 양도일까지의 기간’이라고 정하고 있다.
 따라서 법인이 부동산을 취득하여 유예기간이 지난 다음 법인등기부상의 업무 등에 직접 사용한 경우에는 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 본문에 따라 유예기간이 종료한 다음 날부터 직접 사용하기 전까지의 기간만 업무와 관련이 없는 기간에 해당하지만, 유예기간이 지난 뒤까지도 계속해서 부동산을 업무에 사용하지 않다가 양도한 경우에는 같은 호 단서에 따라 그 취득일부터 양도일까지의 기간 전부가 업무와 관련이 없는 기간에 해당한다.
 나. 일반적으로 법인이 자산을 양도하면 자산의 양도금액은 순자산을 증가시키는 거래로 발생한 수익으로서 익금에 해당하고, 양도 당시 자산의 장부가액 등은 순자산을 감소시키는 손비가 되어 손금이 된다. 이때 양도거래로 인한 법인의 소득은 익금에서 손금을 공제한 금액으로 양도차익에 해당한다.
물적분할의 경우에 분할신설법인은 분할계획서 등이 정하는 바에 따라 분할법인의 권리와 의무를 승계하고(상법 제530조의10), 그에 따라 자산의 승계도 이루어진다. 법인세법 제47조 제1항은 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우에, 물적분할로 인한 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당함을 전제로, ‘물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당한 금액’을 손금에 산입할 수 있도록 하는 과세이연에 관한 특례규정을 두고 있다. 이는 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정된 법인세법에 도입된 것으로, 합병·분할 세제의 틀이 정비된 2009. 12. 31. 개정 법인세법에서도 그대로 유지되고 있다. 더구나 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제25호는 업무무관부동산에서 제외되는 부득이한 사유가 있는 부동산으로 ‘유예기간 내에 분할로 인하여 양도되는 부동산’을 들고 있다.
따라서 분할법인이 물적분할을 통하여 승계의 방법으로 분할신설법인에 자산을 이전한 것은 법인세법에 따른 자산의 양도에 해당한다.
 다. 법인세법령은 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우 일반 법인과 달리 부동산을 매매하는 것 자체가 법인의 업무에 해당한다는 특성을 고려하여 여러 특례규정을 두고 있다. 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 (나)목 본문은 ‘유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산’을 업무무관자산으로 정하면서도, 그 단서에서 ‘기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인’을 제외하고 있다. 이를 그대로 이어받은 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제2호는 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산을 유예기간 내에 양도하는 경우 그 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다고 정하고 있다. 법인세법 시행규칙 제26조 제7항, 제1항 제2호에서는 한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 위 부동산매매업으로 정하고 있고, 이를 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산에 대하여는 5년의 유예기간이 적용된다(한국표준산업분류에 따르면 위 부동산 개발 및 공급업의 범위에는 매매용부동산을 재판매하는 것도 포함된다).
한편 위에서 본 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제2호는 단지 유예기간 내에 부동산을 양도한 것 중에서 업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는 경우를 그 적용대상으로 하면서 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 업무특성을 반영한 것이다.
따라서 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산매매용 토지를 양도하는 것 자체를 법인의 업무에 직접 사용한 것으로 보아야 하고, 업무무관자산의 배제기준 중 일부에 불과한 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제2호를 들어 달리 볼 수 없다.
 라. 결국 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 취득한 다음 유예기간이 지난 다음 물적분할 등을 통하여 양도한 경우는, 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서에서 말하는 ‘업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우’에 해당하지 않는다. 따라서 그 단서에 따라 부동산 취득일부터 양도일까지의 기간 전부가 아니라, 본문에 따라 유예기간이 지난 다음 날부터 양도를 통하여 직접 사용하기 전까지의 기간만이 업무와 관련이 없는 기간에 해당한다.
 2. 원심판결의 이유에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 가. 원고는 부동산 개발·공급업 등 부동산매매업을 주업으로 하는 법인으로 1997년부터 2004년까지 순차적으로 매매용부동산(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)을 취득하여 보유하다가, 2009. 12. 30. 주택건설사업 부문 등에 관한 물적분할을 하여 주식회사 부영주택(이하 ‘부영주택’이라 한다)을 설립한 다음, 이 사건 토지를 회사분할을 원인으로 부영주택에 이전하였다.
 나. 원고는 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 본문을 적용하여 2009 사업연도 법인세를 신고하였다. 즉, 이 사건 토지는 그 취득일부터 5년의 법정 유예기간이 지나기 전의 기간 동안은 업무무관자산이 아니고, 그 이후부터 물적분할에 따라 이 사건 토지를 부영주택에 이전하기 전까지의 기간 동안은 업무무관자산에 해당한다는 것이다.
 이에 대하여 피고는 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서를 적용하여 원고에게 2009 사업연도 법인세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다. 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 않고 양도하였으므로, 법정 유예기간에 대해서도 업무무관자산에 해당하여 그에 따라 취득자금 관련 지급이자를 손금불산입하여야 한다는 것이다.
 3. 이러한 사실관계를 위 법리에 비추어 살펴보면, 부동산매매업을 주업으로 하는 법인인 원고가 유예기간이 지난 다음 매매용부동산인 이 사건 토지를 물적분할을 통해 부영주택에 양도하였으므로, 그 취득일부터 양도일까지의 기간 전부가 아니라, 유예기간이 지난 다음 날부터 양도를 통하여 직접 사용하기 전까지의 기간만을 업무와 관련이 없는 기간으로 보아야 한다.
 4. 그런데도 원심은 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 유예기간이 지난 다음에 매매용부동산을 양도한 경우 그 취득일부터 양도일까지의 기간 전부를 업무와 관련이 없는 기간으로 보아야 한다는 잘못된 전제에서 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 원심의 판단에는 업무무관자산의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 정당하다.
 5. 원고의 상고는 이유 있으므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 민유숙(재판장) 김창석 김재형(주심)

[1] 법인이 부동산을 취득하여 유예기간이 지난 다음 법인등기부상의 업무 등에 직접 사용한 경우와 유예기간이 지난 뒤까지도 계속해서 부동산을 업무에 사용하지 않다가 양도한 경우, 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호에서 정한 ‘업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간’의 범위
[2] 분할법인이 물적분할을 통하여 승계의 방법으로 분할신설법인에 자산을 이전한 것이 법인세법에 따른 자산의 양도에 해당하는지 여부(적극)
[3] 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산매매용 토지를 양도하는 것 자체를 법인의 업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부(적극) 및 업무무관자산의 배제기준 중 일부에 불과한 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제2호를 들어 이를 달리 볼 수 있는지 여부(소극)
[4] 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 취득하여 유예기간이 지난 다음 물적분할 등을 통하여 양도한 경우, 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서에서 말하는 ‘업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우’에 해당하는지 여부(소극) 및 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 본문에 따라 유예기간이 지난 다음 날부터 양도를 통하여 직접 사용하기 전까지의 기간만이 업무와 관련이 없는 기간에 해당하는지 여부(적극)

[1] 법인이 부동산을 취득하여 유예기간이 지난 다음 법인등기부상의 업무 등에 직접 사용한 경우에는 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 본문에 따라 유예기간이 종료한 다음 날부터 직접 사용하기 전까지의 기간만 업무와 관련이 없는 기간에 해당하지만, 유예기간이 지난 뒤까지도 계속해서 부동산을 업무에 사용하지 않다가 양도한 경우에는 같은 호 단서에 따라 그 취득일부터 양도일까지의 기간 전부가 업무와 관련이 없는 기간에 해당한다.
[2] 일반적으로 법인이 자산을 양도하면 자산의 양도금액은 순자산을 증가시키는 거래로 발생한 수익으로서 익금에 해당하고, 양도 당시 자산의 장부가액 등은 순자산을 감소시키는 손비가 되어 손금이 된다. 이때 양도거래로 인한 법인의 소득은 익금에서 손금을 공제한 금액으로 양도차익에 해당한다.
 물적분할의 경우에 분할신설법인은 분할계획서 등이 정하는 바에 따라 분할법인의 권리와 의무를 승계하고(상법 제530조의10), 그에 따라 자산의 승계도 이루어진다. 법인세법 제47조 제1항은 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우에, 물적분할로 인한 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당함을 전제로, ‘물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당한 금액’을 손금에 산입할 수 있도록 하는 과세이연에 관한 특례규정을 두고 있다. 이는 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전부 개정된 법인세법에 도입된 것으로, 합병·분할 세제의 틀이 정비된 2009. 12. 31. 개정 법인세법에서도 그대로 유지되고 있다. 더구나 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제25호는 업무무관부동산에서 제외되는 부득이한 사유가 있는 부동산으로 ‘유예기간 내에 분할로 인하여 양도되는 부동산’을 들고 있다.
 따라서 분할법인이 물적분할을 통하여 승계의 방법으로 분할신설법인에 자산을 이전한 것은 법인세법에 따른 자산의 양도에 해당한다.
[3] 법인세법령은 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우 일반 법인과 달리 부동산을 매매하는 것 자체가 법인의 업무에 해당한다는 특성을 고려하여 여러 특례규정을 두고 있다. 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 (나)목 본문은 ‘유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산’을 업무무관자산으로 정하면서도, 그 단서에서 ‘기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인’을 제외하고 있다. 이를 그대로 이어받은 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제2호는 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산을 유예기간 내에 양도하는 경우 그 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다고 정하고 있다. 법인세법 시행규칙 제26조 제7항, 제1항 제2호에서는 한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 위 부동산매매업으로 정하고 있고, 이를 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산에 대하여는 5년의 유예기간이 적용된다(한국표준산업분류에 따르면 위 부동산 개발 및 공급업의 범위에는 매매용부동산을 재판매하는 것도 포함된다).
 한편 위에서 본 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제2호는 단지 유예기간 내에 부동산을 양도한 것 중에서 업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는 경우를 적용대상으로 하면서 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 업무특성을 반영한 것이다.
 따라서 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산매매용 토지를 양도하는 것 자체를 법인의 업무에 직접 사용한 것으로 보아야 하고, 업무무관자산의 배제기준 중 일부에 불과한 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제2호를 들어 달리 볼 수 없다.
[4] 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 취득한 후 유예기간이 지난 다음 물적분할 등을 통하여 양도한 경우는, 법인세법 시행규칙 제26조 제9항 제1호 단서에서 말하는 ‘업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우’에 해당하지 않는다. 따라서 그 단서에 따라 부동산 취득일부터 양도일까지의 기간 전부가 아니라, 본문에 따라 유예기간이 지난 다음 날부터 양도를 통하여 직접 사용하기 전까지의 기간만이 업무와 관련이 없는 기간에 해당한다.