부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2010.08.19 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 
【피고, 피상고인】 창원세무서장
【원심판결】 부산고법 2008. 3. 21. 선고 2007누4094 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 부산고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유를 본다.
 구 부가가치세법 (2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제16조 제1항은 납세의무자로 등록한 사업자가 재화를 공급하는 때에는 공급시기에 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일 등 필요적 기재사항을 기재한 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 하되, 다만 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다고 규정하고 있고, 이에 따라 구 부가가치세법 시행령 (2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제54조 제3호(이하 ‘이 사건 교부특례 조항’이라 한다)는 관계 증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우에는 사업자가 재화의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부할 수 있다고 규정하고 있다. 
 한편 법 제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있는데, 법 제17조 제2항은 ‘다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하면서 제1호의2에서 ‘제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우(이하 ‘사실과 다른 세금계산서’라 한다)의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우는 제외한다’고 규정하고 있고, 시행령 제60조 제2항 제3호는 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에서 규정하는 경우의 하나로 ‘재화의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우의 매입세액’을 규정하고 있다.
 이 사건 교부특례 조항은 사업자가 재화를 공급하는 때에는 그 공급시기에 세금계산서를 교부하여야 하나, 재화의 공급시기에 바로 세금계산서를 교부할 수 없는 납세현실 등을 감안하고, 과세기간을 단위로 과세되는 부가가치세법 체제 아래에서 부득이 과세기간을 지키지 못하여 당해 재화를 공급받는 자가 공급자에게 거래징수당한 매입세액을 공제받지 못하게 되는 문제점 등을 완화하는 데 그 취지가 있는 점, 이 사건 교부특례 조항에서 과세기간에 따라 그 적용 범위를 제한하고 있지 아니한 점 등에 비추어 보면, 비록 당해 재화의 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 발행일자를 공급시기가 속하는 과세기간 내로 소급하여 작성·교부한 세금계산서라 하더라도 이 사건 교부특례 조항에 따라 작성·교부한 경우에는 법 제17조 제2항 제1호의2 본문에서 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 아니한다 할 것이다. 
 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채용 증거를 종합하여, 원고가 2005. 6. 21. 창원시 (주소 생략) 소재 상가 건물의 일부인 이 사건 부동산에 관하여 2005. 6. 9. 자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 사실, 원고는 2005. 7. 9. 이 사건 부동산을 사업장으로 하여 부동산임대업 사업자등록을 마치고, 같은 날 소외 주식회사로부터 이 사건 부동산 공급에 대하여 발행일자가 2005. 6. 21.과 2005. 6. 30.로 소급하여 작성된 이 사건 세금계산서를 교부받은 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 부동산의 공급시기는 그 소유권이전등기가 이루어진 2005. 6. 21.인데, 원고는 그 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후인 2005. 7. 9. 발행일자가 소급하여 작성된 이 사건 세금계산서를 교부받았으므로, 원고가 이 사건 세금계산서를 이 사건 교부특례 조항에 따라 교부받았다 하더라도 이 사건 세금계산서는 법 제17조 제2항 제1호의2 본문에서 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다고 판단하였다.
 그러나 앞서 본 각 규정 및 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이 사건 세금계산서는 이 사건 교부특례 조항에 따라 이 사건 부동산의 공급시기인 2005. 6. 21.이 속하는 달의 다음달 10일 이내인 2005. 7. 9. 작성·교부되었으므로, 법 제17조 제2항 제1호의2 본문에서 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 아니한다.
 그럼에도 원심은, 이와 달리 이 사건 세금계산서가 그 공급시기가 속한 과세기간이 경과한 후에 발행일자가 소급하여 작성·교부된 것이라는 사정만으로 법 제17조 제2항 제1호의2 본문에서 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 ‘사실과 다른 세금계산서’ 및 이 사건 교부특례 조항의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.
 이 점을 지적하는 취지의 상고이유 주장은 이유 있다.
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 양창수(재판장) 양승태 김지형(주심) 전수안

구 부가가치세법 시행령 제54조 제3호의 규정에 따라 작성·교부한 세금계산서가 당해 재화의 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 발행일자를 공급시기가 속하는 과세기간 내로 소급하여 작성·교부한 것이라면, 매입세액공제가 부인되는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문에서 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당되는지 여부(소극)

구 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제54조 제3호는 사업자가 재화를 공급하는 때에는 그 공급시기에 세금계산서를 교부하여야 하나, 재화의 공급시기에 바로 세금계산서를 교부할 수 없는 납세현실 등을 감안하고, 과세기간을 단위로 과세되는 부가가치세법 체제 아래에서 부득이 과세기간을 지키지 못하여 당해 재화를 공급받은 자가 공급자에게 거래징수당한 매입세액을 공제받지 못하게 되는 문제점 등을 완화하는 데 그 취지가 있는 점, 위 조항에서 과세기간에 따라 그 적용 범위를 제한하고 있지 아니한 점 등에 비추어 보면, 비록 당해 재화의 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 발행일자를 공급시기가 속하는 과세기간 내로 소급하여 작성·교부한 세금계산서라 하더라도 위 조항에 따라 작성·교부한 경우에는 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1호의2 본문에서 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 아니한다.