법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2007.04.20 / 시행일:

【원고, 피항소인】 리타워테크놀러지스 주식회사 (소송대리인 법무법인 세종 담당변호사 김경한외 3인)
【피고, 항소인】 강남세무서장 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 임승순외 1인)
【제1심판결】 서울행정법원 2006. 6. 15. 선고 2003구합35588 판결
【변론종결】2007. 3. 16.
【주 문】
1. 피고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 원고에 대하여 한, 2003. 2. 3.자 2001 사업연도 귀속 법인세 27,302,102,405원의 부과처분, 2001년 제1기분 부가가치세 7,122,490원의 부과처분 및 2003. 12. 9.자 2001 사업연도분 원천징수기타소득세 19,982,568,110원의 부과처분을 모두 취소한다.
2. 항소취지
 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 당원의 심판범위
 원고는, 피고의 2003. 2. 3.자 2001 사업연도 귀속 법인세 27,302,102,405원 및 2001년 제1기분 부가가치세 7,122,490원의 부과처분, 2003. 12. 9.자 2001 사업연도분 원천징수기타소득세 19,982,568,110원의 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였고, 제1심 법원은 2003. 2. 3.자 법인세 및 2003. 12. 9.자 원천징수기타소득세 부과처분에 대하여는 원고의 청구를 인용하여 각 부과처분을 취소하고, 2003. 2. 3.자 부가가치세 부과처분에 대하여는 원고의 청구를 기각하였다.
 이에 피고만 제1심 판결 중 피고 패소부분에 대하여 항소하였으므로, 당원의 심판범위는 2003. 2. 3.자 법인세 및 2003. 12. 9.자 원천징수기타소득세 부과처분취소청구에 한정된다고 할 것인바, 이에 대하여만 심리·판단하기로 한다.
2. 인정사실
가. 이 사건의 배경
(1) 1998년 설립된 리타워 그룹은 2000. 1. 31. 그 계열사인 리타워 스트레트직스(Littauer Strategics)를 통하여 주식회사 파워텍[1988. 6. 보일러 강제배출기 등 제조업을 주된 사업목적으로 설립되어 1991. 3. 장외시장(후에 코스닥 시장으로 전환되었다)에 등록되었으나 1999년경부터 영업손실이 발생하고 있었다]의 주식 180,000주(전체 주식의 50.6%)를 990,000,000원(주당 5,500원)에 매수하여 코스닥시장에 우회진입하였다.
(2) 그 후 주식회사 파워텍은 주된 사업목적을 인터넷 관련업종으로 변경하고, 상호를 원고로 변경하였으며, 당시 코스닥시장의 벤처열풍, 원고의 관련 기업인수 및 홍보전략 등에 편승하여 2000. 1.경 1주당 3,700원이었던 원고의 주가는 2000. 5.경에는 1주당 362,000원으로폭등하였다.
(3) 원고는 위와 같이 폭등한 주가를 이용하여 주식교환의 방법으로 국내기업 및 국외기업을 인수하였고, 이 사건은 피고가 원고의 기업인수 과정에서의 거래에 대한 세무조정을 통하여 한 조세부과처분에 대한 것이다.
나. 원고의 국내기업 인수 등
(1) 주식교환거래에 의한 국내기업 인수 및 주식의 처분
 원고는 2000. 3.부터 2000. 8.까지 주식교환을 통한 기업인수 방법(원고는 현금으로 인수할 회사의 주식을 사고 그 회사는 다시 그 현금으로 원고가 유상증자하는 신주를 매수하는 제3자 배정 유상증자의 방식을 사용하였기 때문에, 실제로 투자되는 현금은 많지 않았다)으로 10개의 국내 비상장법인을 인수하였는바, 그 중 이 사건에서 문제가 되는 3개 회사(이하 ‘이 사건 비상장법인’이라 한다)의 인수 및 주식처분 내용은 다음과 같다. 
(가) 원고는 2000. 3. 31.경 비즈투비즈 주식회사(이하 ‘비즈투비즈’라 한다)의 주주인소외 1과 사이에 ① 원고는소외 1로부터 비즈투비즈의 주식 38,012주를 17억 5천만 원에 매수하고, 비즈투비즈가 발행하는 신주 6,000주를 3억 원에 인수하며, 27,668주를 무상으로 증자받고(따라서 총 71,680주를 20억 5천만 원에 취득하는 것이 된다), ②소외 1은 원고 발행 보통주 1,663주를 1,549,916,000원에 인수하는 내용으로 주식교환거래를 하였고, 그 후 원고는 2001. 7. 23.경 위와 같이 취득한 비즈투비즈의 주식 71,680주 중 4,280주를 32,000,000원에 처분하였다.
(나) 원고는 2000. 5. 25.경 주식회사 아이펜텍(이하 ‘아이펜텍’이라 한다)의 주주들인소외 2,3,4,5(이하 ‘소외 2 등’이라고만 한다)과 사이에 ① 원고는 아이펜텍의 주식을소외 2로부터 149,727주,소외 3으로부터 137,248주,소외 4로부터 88,338주,소외 5로부터 22,687주 합계 398,000주(시가 40억 원 상당)를 매수하고, 이에 더하여 아이펜텍 발행 보통주 400,000주를 8억 원에 인수하며(따라서 총 798,000주를 48억 원에 취득하는 것이 된다), ② 원고 발행의 주식을,소외 2는 6,349주,소외 3은 5,820주,소외 4는 3,747주,소외 5는 962주 합계 16,877주(시가 40억 원 상당)를 인수하는 내용으로 주식교환거래를 하였고, 그 후 원고는 2001. 1. 15.경 위와 같이 취득한 아이펜텍 주식 798,000주 중 398,000주를 199,000,000원에 처분하였다.
(다) 원고는 2000. 7. 3.경 주식회사 인터피아(이하 ‘인터피아’라 한다)의 주주들인소외 6,7,8,9와 사이에 ① 원고는 인터피아의 주식을소외 6으로부터 4,000주,소외 7로부터 1,000주,소외 8로부터 2,000주,소외 9로부터 4,000주 합계 11,000주를 50억 원에 인수하고, ② 원고 발행 주식을,소외 6은 7,670주,소외 7은 1,917주,소외 8은 3,835주,소외 9는 7,670주 합계 21,092주 시가 50억 원 상당을 인수하는 내용으로 주식교환거래를 하였고, 그 후 원고는 2001. 5. 15.경 위와 같이 취득한 인터피아 주식 11,000주 중 4,280주를 170,000,000원에 처분하였다.
(2) 원고의 회계처리 및 피고의 세무조정
(가) 원고는 2000 사업연도에 이 사건 비상장법인의 주식을 그 인수가액에 취득한 것으로 회계처리하고, 2001 사업연도에 처분한 이 사건 비상장법인의 주식(이하 ‘이 사건 비상장주식’이라 한다)에 대하여는 그 인수가액과 처분가액의 차액을 투자유가증권 처분손실로 계상하였다.
(나) 이에 피고는 원고의 2000 사업연도 회계처리에 대하여, 원고가 취득한 이 사건 비상장법인의 주식의 시가가 불분명한 경우로 보고,법인세법 시행령 제89조 제2항에 따라상속세 및 증여세법 제63조 소정의 보충적 평가방법을 적용하여 주식의 시가를 산출한 다음,법인세법 제24조 제1항,법인세법 시행령 제35조에 따라 위 주식의 취득원가 중 정상가격(법인세법 시행령 제35조 제2호는 산출된 시가의 130%를 정상가격으로 본다) 초과분을 비지정기부금으로 보아, 이를 이 사건 비상장법인의 주식 취득원가에서 차감하여 손금불산입과 동시에 익금산입한 후 유보처분하는 세무조정을 하였다.
(다) 나아가 피고는 원고의 2001 사업연도 회계처리에 대하여, 이 사건 비상장주식 처분에 대하여 위와 같이 산정된 정상가격을 취득원가로 계산하여 산정된 양도차액을 익금 또는 손금산입하고, 원고가 투자유가증권 처분손실로 계상한 금액은 이를 손금불산입하는 세무조정을 하였다. 
(라) 원고의 2000 사업연도 및 2001 사업연도에 관한 회계처리 및 피고의 세무조정 내용을 요약하면 다음 표와 같다. 
 ① 2000 사업연도
법인명원고의 회계처리피고의 평가액비지정기부금ⓕ[=ⓐ×(ⓒ-ⓔ)]일자주식수ⓐ취득금액ⓑ1주당취득가액ⓒ(=ⓑ/ⓐ)1주당시가ⓓ정상가격ⓔ(=ⓓ×1.3)비즈투비즈00-3-3171,6802,050,000,00028,5994,8736,3351,595,914,368아이펜텍00-5-25798,0004,800,000,0006,0151,0201,3263,741,852,000인터피아00-7-311,0004,998,804,000454,43731,64341,1364,546,309,100합계？？11,848,804,000？？？？
 ② 2001 사업연도
법인명원고의 처분피고의 손익금 처리일자주식수ⓖ처분금액ⓗ1주당처분가액ⓘ(=ⓗ/ⓖ)양도차액ⓙ[=ⓖ×(ⓘ-ⓔ]처분손실손금불산입ⓚ[=ⓖ×(ⓒ-ⓘ)]계ⓛ(=ⓙ+ⓚ)비즈투비즈01-7-234,28032,000,0007,4774,886,62890,405,13495,291,762아이펜텍01-1-15398,000199,000,000500-328,748,0002,194,984,9621,866,236,962인터피아01-5-154,280170,000,00039,720-6,061,6521,774,989,1931,768,927,541합계？？？？？？3,730,456,265
다. 원고의 아시아넷 인수 등
(1) 리타워 그룹은 1999년 미국 나스닥(NASDAQ)시장 상장을 목표로 아시아 지역 인터넷 관련 지주회사인 버뮤다 법인 AsiaNet Corp., Limited(이하 ‘아시아넷’이라 한다)를 설립하였으나, 1999년 말경부터 나스닥시장의 주가지수가 하락함에 따라 나스닥시장에의 상장절차 진행을 일단 유보한 채, 2000. 5.경 당시 장세가 활황국면에 있던 우리나라 코스닥시장에 간접적으로 상장하는 방안을 강구하였는데, 그 방안의 요지는 아시아넷의 내·외국인 주주들(이하 ‘아시아넷 구주주’라 한다)이 아시아넷의 총 주식 60,762,268주(이하 ‘구주 6,000만 주’라 한다)를 원고에게 현물출자하고, 원고는 그 대가로 원고 발행의 신주 8,680,324주(이하 ‘신주 860만 주’라 한다)를 아시아넷 구주주에게 교부하는 것을 내용으로 하는 주식교환거래였다. 위 주식교환거래에 적용된 주식교환비율 1(원고 주식) : 7(아시아넷 주식)은 미국의 투자은행인 리만 브라더스(Lehman Brothers)의 평가의견에 따른 것이었다.
(2) 그러나 위와 같은 계획은 당시 외국인투자를 규율하던구 외국인투자촉진법(2000. 12. 29. 법률 제6317호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 외촉법’이라 한다) 제2조 제1항 제7호가 외국법인 또는 외국인이 소유하는 주식을 외국인투자의 출자목적물로 규정하고 있지 않아 구 외촉법을 통한 주식교환이 불가능하고, 구 외촉법의 일반법에 해당하는외국환거래법 제18조에 따른 재정경제부장관의 자본거래허가도 받기 어려워 실현될 수 없게 되었다.
(3) 이에 리타워 그룹은 외국인의 출자목적물과 관련하여구 외촉법 제2조에 규정된 외국인투자의 현금출자요건을 충족시키면서 동시에 위에서 본 방안과 같은 주식교환거래의 효과를 달성하기 위하여 룩셈부르크에 특수목적법인(Special Purpose Corporation)인 그레이하운드를 설립하고, 2000. 7. 21. 23:50경부터 다음 날 2:20경까지 약 2시간 30분 만에 아래와 같은 일련의 거래를 종결하였다.
(가) 그레이하운드는 리만 브라더스로부터 차입한 미화 1,342,519,946억달러 (약 1조 5천억 원, 이하 ‘13억 달러’라 한다)를 아시아넷에게 증자대금으로 납입하고, 아시아넷으로부터 신주 200만 주를 인수하였다.
(나) 아시아넷은 그레이하운드로부터 납입받은 위 13억 달러를 원고에게 증자대금으로 납입하고, 원고로부터 신주 860만 주를 인수하였다.
(다) 아시아넷은 구주 6,000만 주를 버뮤다 상법에 따라 강제소각하고, 그 소각대가로 자신이 보유한 원고의 신주 860만 주를 아시아넷의 구주주들에게 교부하였다.
(라) 원고는 아시아넷으로부터 증자대금으로 받은 13억 달러로 그레이하운드로부터 아시아넷의 신주 200만 주를 인수함으로써, 아시아넷의 100% 주주 지위를 취득하였다(이하 ‘이 사건 국외거래’라 한다).
(마) 그레이하운드는 원고로부터 지급받은 13억 달러로 리만 브라더스에 대한 차입금 13억 달러를 상환하고 해산하였다. 
(4) 피고의 세무조정 및 소득처분
(가) 피고는, 원고의 총 임원 중 절반 이상이 아시아넷의 임원이어서국제조세 조정에 관한 법률(이하 ‘국조법’이라 한다) 제2조 제1항 제8호 다.목,구 국조법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17832호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제4호 가.목에 따라 원고와 아시아넷이 국외특수관계자로서, 이 사건 국외거래가 원고와 아시아넷 사이의 사전계약에 기초하여 그 거래조건(교환비율 등)이 실질적으로 결정되었다는 이유로, 이 사건 국외거래를구 국조법(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 소정의 제3자 개입거래로 보고국조법 제4,5조에 따라 정상가격에 의한 과세조정을 하게 되었다.
(나) 피고는국조법 제5조 제1항 제4호,국조법 시행령 제4조 제3호를 적용하여 다음과 같이 아시아넷의 신주 200만 주의 정상가격을 평가하였다.
 ① 이 사건 국외거래와 근접한 시기로 아시아넷 주식에 대한 거래횟수가 많은 1999. 12.의 아시아넷 주식의 평균 매매가액인 1주당 9.1818달러를 기초로, 아시아넷이 2000. 초경 주식을 1/2로 분할하였음을 이유로 1주당 가격을 4.5909달러로 계산하고, 아시아넷이 그 설립 당시부터 모델로 삼았다는 나스닥 상장사인 CMGI사와 ICGE사의 1999. 12.부터 2000. 7.까지의 주가변동 추세(주가가 평균 32.67%로 하락)를 반영하여, 아시아넷이 2000. 7.경 발행하여 그레이하운드가 인수한 신주의 정상가격을 1주당 1.5달러로 산정함 
 ② 이 사건 국외거래의 대상은 아시아넷 신주 200만 주이지만, 이 사건 국외거래 직전에 아시아넷의 구주 6,000만 주가 모두 소각되어 결국 아시아넷 신주 200만 주가 구주 6,000만 주의 가치를 대신하게 된 점을 고려하여,국조법 시행령 제6조 제2항에 따른 합리적인 조정으로 위와 같이 산출한 아시아넷 주식 1주의 정상가격 1.5달러에 200만 주가 아닌 6,000만 주를 곱하여, 이 사건 국외거래의 정상가격을 91,143,397달러(구주 60,762,265주 × 1.5달러)로 산정함
(다) 피고는구 국조법 제9조,구 국조법 시행령 제15조 제3호에 따라 원고의 2000 사업연도에 대한 세무조정에서 원고가 이 사건 국외거래의 정상가격인 91,143,397달러와 원고가 실제로 지급한 1,342,519,343 달러와의 차액인 1,251,375,946달러에 대한 원화 환산액인 1,391,655,189,546원(환율 1,112.10원)을 아시아넷에 대한 대여금으로 보아 사내유보하고, 2001 사업연도에 대한 세무조정에서 위 대여금에 대하여 국제금융시장의 실세이자율(2001년 LIBOR 연평균 3.8547%, 가산금리 1.3667%, 적용 실세이자율 5.2214%)을 적용한 인정이자 72,663,884,066원(이하 ‘이 사건 인정이자’라 한다)을 익금산입한 후 아시아넷에 대한 기타소득으로 소득처분하여, 2003. 2. 원고에 대하여 위 기타소득에 대한 소득금액변동통지를 하였다.
라. 변호사 선임료
(1) 원고는 2001. 3.경 당시 원고의 대표이사였던소외 10이 주가조작행위 등과 관련하여 증권거래법위반죄 등으로 구속기소되자소외 10의 형사변론을 위하여 변호사를 선임하고 선임료로 50,000,000원(이하 ‘이 사건 선임료’라 한다)을 지급한 후, 위 50,000,000원을 2001 사업연도 법인세 과세표준을 산정하는 데 손금산입하였다.
(2) 그러나 피고는, 이 사건 선임료는 원고를 위한 업무수행에 소요된 비용이 아니라는 이유로 원고에 대한 2001 사업연도 세무조정에서 이를 손금불산입하였다.
마. 피고의 이 사건 각 처분
(1) 피고는 이 사건 비상장주식에 대한 처분손실금 손금불산입금 3,730,456,265원, 이 사건 인정이자로 익금산입된 72,663,884,066원, 손금불산입된 이 사건 선임료 50,000,000원 합계 76,444,340,331원을 원고의 2001 사업연도 법인세 과세표준에 추가하여, 2003. 2. 3.자로 원고의 2001 사업연도 귀속 법인세로 27,302,102,405원의 부과처분(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)을 하였다.
(2) 또한 피고는 아시아넷에 대하여 소득처분된 이 사건 인정이자에 대하여 원고가 원천징수세액을 납부하지 않자 2003. 9. 18. 2001 사업연도분 원천징수기타소득세로 15,986,054,490원을 부과·고지하였다가, 2003. 12. 9. 위 원천징수기타소득세를 3,996,513,620원 증액하는 부과처분을 하였다(이하 추가 고지되어 19,982,568,110원으로 증액된 원천징수기타소득세 처분을 ‘이 사건 원천징수처분’이라 한다).
[인정근거] 갑 제1, 3 내지 12, 16 내지 18호증, 을 제1 내지 3, 5 내지 12, 17, 18호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
3. 주장 및 판단
가. 이 사건 비상장주식 처분손실금 손금불산입
(1) 원고의 주장
(가) 이 사건 비상장법인들은 모두 인터넷 업체이고, 인터넷 업체들의 가치는 그 기업의 장부에 계상된 자산가치만으로 평가할 수 없으며, 시장상황, 성장가능성 등 제반요인을 고려하여 그 가치가 평가되어야 하는바, 원고는 이 사건 비상장주식을 취득할 때 그와 같은 제반요인이 참작된 이 사건 비상장주식의 시가로 이를 취득한 것이지, 정상가격을 초과하여 고가로 매입한 것이 아니고, 가사 이 사건 비상장주식의 취득가액이 정상가격을 초과하였다고 하더라도 위 취득가액은 현금매수가 아닌 주식교환의 방법으로 이 사건 비상장법인을 인수하는 과정에서 평가된 금액이어서 그와 같은 금액으로 취득할만한 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 어느 모로 보나법인세법 시행령 제35조 제2호를 적용하여 정상가격을 산출하여야 할 고가매입에 해당되지 않는다.
(나)법인세법 시행령 제35조 제2호의 적용대상이 된다고 하더라도, 같은 조에서 ‘시가’를 정하는 방법을 규정하고 있지 아니함에도 부당행위계산부인과 관련된 시가 규정인같은 시행령 제89조를 그대로 적용한 것은 위법하며, 가사같은 시행령 제89조 제2항 제2호에 따라구 상증세법 제63조 규정에 의한 보충적 평가방법으로 시가를 평가하는 것이 타당하다고 하더라도, 구체적인 보충적 평가방법의 적용에 위법이 있다.
(2) 판단
(가) 시가로 거래된 주식에 대하여법인세법 시행령 제35조 제2호가 적용될 수 없음은 규정의 내용상 명백한바, 증권거래소에 상장되지 아니하고 거래의 선례가 없는 주식에 대한 거래가 이루어진 경우라도 그 거래가 일반적이고 정상적인 방법에 의하여 이루어진 것이어서 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 있으면 그 거래가격을 당시의 시가로 볼 수 있는 것이다(대법원 1992. 10. 27. 선고 92누1971 판결 등 참조).
 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제15호증의 1, 2, 갑 제19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 이 사건 비상장주식을 취득할 당시(2000. 3.경부터 2000. 7.경까지) 국내에는 벤처열풍으로 인해 인터넷 관련 업종 회사들의 주가가 고평가되고 있었으나, 원고가 이 사건 비상장주식을 처분할 당시에는 벤처 열풍이 빠지고 코스닥지수가 최저점에 달하는 시점(코스닥지수는 2000. 3. 2.에는 2,188.0까지 치솟았으나 2001. 12. 3.에는 710.3까지 떨어졌다)이어서, 이 사건 비상장주식을 취득할 당시의 취득가액에 비하여 처분가액이 과도하게 낮다는 이유만으로 취득가액이 당시의 객관적 교환가치를 초과하는 금액이라고 단정 지을 수는 없는 점, ② 원고와 이 사건 비상장법인의 주주들 사이에 이 사건 비상장주식을 고가로 평가하여야 할 특수관계가 없고, 거래 후 아이펜텍의 주주들인소외 2 등이 원고를 상대로 자신들의 주식과 교환한 원고 발행 주식이 과대평가되어 손해를 입었다는 등의 이유로 손해배상청구 소송을 제기하였으나 패소한 사정 등에 비추어, 원고와 이 사건 비상장법인의 주주들은 각자 자신의 이익을 최대화 할 목적으로 대등한 협상을 통하여 상호 주식의 가치를 평가하고 가격을 결정하였던 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 비상장주식의 취득은 원고가 발행한 주식과의 교환과정에서 이루어진 것으로, 이 사건 비상장주식의 취득가액이 고액이라는 것은 결국 그와 대가관계에 있는 원고 발행 주식이 고액이라는 것인데, 원고 발행주식에 대해서는 교환과정에서의 평가액을 그대로 인정하면서 이 사건 비상장주식에 대해서만 보충적 평가방법에 의해 시가를 평가하는 것은 부당하다는 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 비상장주식을 취득한 거래는 일반적이고 정상적인 방법에 의하여 이루어진 것으로 그 취득가액을 당시의 시가로 볼 수 있다고 할 것이므로, 이는법인세법 시행령 제35조 제2호의 적용대상이 될 수 없다고 할 것이다.
(나) 한편, 법인이 특수관계 없는 자로부터 매입한 주식의 가격이 정상가격보다 높은 가액이라 하더라도, 그 주식을 매입한 것이 특수한 상황 하에서 이루어진 거래라고 한다면 법인으로서는 위 주식을 그 가액으로 매입할 만한 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다고 할 것인바(대법원 1997. 11. 14. 선고 97누195 판결 등 참조), 가사 이 사건 비상장주식의 취득가액이 정상가격보다 높다고 하더라도, 원고가 이 사건 비상장주식을 취득한 것은 실제적인 현금의 투자 없이 상호 주식을 교환하는 방법으로 이 사건 비상장법인을 인수하기 위한 목적에 기인한 것이므로, 이와 같은 특수상황 하에서 원고로서는 이 사건 비상장주식을 그 취득가액으로 매입할 만한 정당한 사유가 있었다고 봄이 상당하다고 할 것이므로, 이 점에서도 이 사건 비상장주식의 취득에 대하여법인세법 시행령 제35조 제2호를 적용할 수는 없다.
나. 이 사건 인정이자 익금산입 및 소득처분
(1) 원고는,국조법 제4조에 의한 과세조정은 거주자와 국외특수관계자의 거래를 기본 전제로 하는 것인데, 이 사건 국외거래는 그 실질이 원고와 국조법 소정의 국외특수관계가 없는 아시아넷 구주주 사이의 주식교환거래이므로, 실질과세의 원칙에 따라 이 사건 국외거래는 국조법 소정의 과세조정의 대상이 되지 않는다고 주장한다.
 살피건대,구 국조법 제7조의 제3자 개입거래 규정은 거주자가 국외특수관계자가 아닌 자(이하 ‘제3자’라 한다)와의 거래라는 형식을 빌려 국외거래를 함으로써같은 법 제4,5조의 과세조정 적용을 회피하는 것을 방지하기 위한 것이고, 그 요건으로는 거주자와 국외특수관계자간의 사전계약 및 실질적인 거래조건 결정만이 요구되고 있으므로, 그 요건이 충족되어같은 법 제7조가 적용되는 경우 그 국제거래는 그 형식에 관계없이 거주자와 국외특수관계자가 거래를 한 경우와 같이 보아같은 법 제4,5조의 과세조정을 하게 되는 것일 뿐, 그 밖에 그 국외거래의 최종적인 목적 등을 고려하여 과세조정의 대상인지 여부를 결정할 수 있는 것은 아니라고 할 것이다.
 이 사건에 관하여 보면, 거주자인 원고와 사이에 국조법 소정의 국외특수관계가 있는 자는 아시아넷의 구주주가 아니라 아시아넷 자체이므로(이는 원고의 주장과 같다),같은 법 제7조가 적용되는 경우 이 사건 국외거래는 원고와 아시아넷의 거래로 간주될 수 있을 뿐, 더 나아가 그 거래의 최종적이고 실질적인 목적을 감안하여 원고와 아시아넷의 구구주 사이의 거래로까지 간주될 수는 없는 것이므로,같은 법 제7조가 적용되는 경우 이 사건 국외거래가 원고와 아시아넷 구주주 사이의 거래로 간주된다는 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다(원고는 이 사건 국외거래가 종국적으로는 원고와 아시아넷의 구주주가 상호주식을 교환하는 것과 같은 결과로 완결되었다는 이유로 그 실질이 원고와 아시아넷의 구주주 사이의 거래라고 주장하나, 그와 같은 결과는 이 사건 국외거래 외에서 이루어진 아시아넷과 그레이하운드의 거래, 원고와 아시아넷의 거래 및 아시아넷의 구주 소각과 원고의 신주 교부 등의 과정이 추가되어 종합적으로 이루어진 결과여서,국조법 제7조에 의하여 간주될 수 있는 거래의 범위를 벗어난다. 한편, 위와 같이 이 사건 국외거래가 원고와 아시아넷의 거래로 간주되기 때문에 피고의 기타소득의 소득처분도 아시아넷에 대하여 하게 된 것이다).
(2) 원고는, 출자의 납입·환급에 해당하는 자본거래는 원칙적으로 부당행위계산부인의 대상이 되지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 국제거래에서의 부당행위계산부인에 상응하는 국조법상의 과세조정 역시 원칙적으로 자본거래를 그 대상에 포함하지 않는다고 할 것인바, 이 사건 국외거래는 원고가 아시아넷으로부터 신주 200만 주를 인수하는 자본거래에 해당하게 되어 국조법의 과세조정 대상이 될 수 없고, 가사 과세조정의 대상이 된다고 하더라도법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의 ‘주주 등인 법인과 특수관계자인 다른 주주 등’의 거래인 경우에 한하여 과세조정의 대상이 될 수 있다는 취지로 주장한다.
 살피건대, 국조법상 국제거래는 ‘…… 기타 거래자의 손익 및 자산에 관련된 모든 거래’로 정의되고 있는바(제2조 제1항 제1호), 위 문언만으로는 자본거래가 당연히 위 국제거래의 범위에서 배제되는 것은 아니라고 보이고, 나아가법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호는 자본거래 중 부당행위계산의 유형에 포함되는 경우를 열거(특히나.목은 ‘신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우’를 부당행위계산의 유형으로 명시하고 있다)하고 있는 점에 비추어 보면 자본거래라는 이유만으로 논리필연적으로 부당행위계산에서 제외되어야 하는 것도 아니므로, 국제거래에 대한 부당행위계산 부인을 목적으로 하는 국조법상 국제거래에 대한 과세조정에는 ‘신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 자본거래’도 포함된다고 해석할 것이다.
 또한,법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호가 직접 국제거래에 적용되는 것은 아니고 국조법에 그와 같은 제한이 없는 이상, 과세조정의 대상인 국제거래에 그와 같은 거래의 제한이 있다고 할 수 없다.
 따라서 이 사건 국외거래가 자본거래이기 때문에 또는법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의 요건을 갖추지 못한 자본거래이기 때문에 국조법의 과세조정의 대상이 아니라는 원고의 주장은 이유 없다.
(3) 원고는, 자본거래가 국조법상 과세조정의 대상인 국제거래의 범위에 포함된다고 하더라도, 국조법의 과세조정은 국내소득의 국외이전을 방지하기 위한 제도인 점에 비추어 보면, 이 사건의 경우처럼 내국법인인 원고가 국외특수관계자인 아시아넷의 신주를 인수함으로써 아시아넷의 100% 주주가 되는 경우에는 그 거래가격인 13억 달러는 아시아넷의 주식에 화체된 채 거주자인 원고의 지배 하에 있게 되어 국외로 소득이 이전되었다고 할 수 없으므로, 아시아넷 신주인수가액이 정상가격에 부합하는지 여부는 애초에 문제가 되지 않는다고 주장한다.
 살피건대, 원고가 인수한 아시아넷 신주 200만 주의 인수가액 13억 달러가 국내에서 국외로 지급된 이상 그 소득이 이전되지 않았다고 할 수도 없으며, 나아가 뒤에서 보는 바와 같이 주식의 가치평가 자체가 잘못된 경우에는 여전히 국조법에 의한 과세조정이 필요하다고 할 것이므로, 원고의 위 주장 역시 이유 없다.
(4) 원고는, 이 사건 국외거래가 과세조정의 대상이 되는 행위유형에 속한다고 하더라도, 그 거래가격인 13억 달러는 세계 유수의 금융기관인 리만 브라더스의 평가결과에 따른 정상가격이므로 과세조정이 불필요하다는 취지로 주장한다.
 살피건대, 을 제4호증의 2, 을 제14호증의 2, 을 제15호증의 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고와 아시아넷 주식의 교환비율을 1:7로 평가한 리만 브라더스는 오래전부터 원고가 속한 리타워 그룹의 밀접한 금융파트너로서 아시아넷의 나스닥 상장 주간사로 활동하였고, 나스닥 상장이 좌절되어 코스닥으로 눈을 돌린 후 이 사건 국외거래가 성사되는 것을 조건으로 평가의견서 제출에 대한 수수료를 받기로 되어 있었으며, 나아가 13억 달러를 실질적으로 대여하여 그 이자를 수수한 사실, 리만 브라더스는 원고와 아시아넷이 제출한 자료만으로 위 주식교환비율을 산정하였고 그 평가의견서에는 주식교환비율 산정에 관한 구체적인 근거자료가 없으며, 평가의견서에 “이 총체적인 계획거래의 조건 등 좀 더 상세한 내용은 원고와 아시아넷 사이의 2000. 7. 1.자 계약서에 의하여 확인할 수 있다.”라든지 “아시아넷은 우리가 이 의견을 제출함에 따르는 어떠한 책임도 면책해 주기로 약속하였다.” 또는 “이 의견서는 아시아넷 이사회에게만 한정되어 있고 계획거래와 관련한 회사의 어떠한 조치에 대한 각각의 주주들이 행사하게 될 문제 등에 관한 추천자료로서는 활용할 수 없으며 그런 목적이 될 수 없다.”라는 등의 내용이 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있다.
 그렇다면, 위 평가의견서는 원고와 아시아넷 주식의 객관적인 가치를 평가한 것이라기 보다는 주식교환이라는 궁극적 목적을 이루기 위한 방편으로 원고와 아시아넷의 의사에 따라 그 내용이 부실하게 기재되었을 개연성이 높다고 할 것이므로, 원고가 매수한 아시아넷 신주 200만 주의 정상가격이 13억 달러라는 리만 브라더스사의 평가가 적정하다는 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
(5) 원고는, 이 사건 국외거래에 대하여 과세조정을 하는 것이 타당하다고 하더라도, 원고는 이 사건 국외거래의 종료와 동시에 아시아넷에 대한 출자자의 지위에 있게 되므로 그 익금산입액은구 국조법 시행령 제15조 제3호가 아닌같은 조 제2호를 적용하여 ‘출자의 증가’로 소득처분 되어야 하고, 출자의 증가로 소득처분될 경우 원고의 법인세 과세표준에 산입되거나 아시아넷의 기타소득을 구성할 인정이자는 없게 되므로, 이 사건 원천징수처분은 위법하다고 주장한다.
 살피건대, 국제거래에 대한 과세조정으로 인한 소득처분에 대하여구 국조법 시행령 제15조 제2호를 적용할 것인지제3호를 적용할 것인지 여부는 그 국제거래가 행해진 시점을 기준으로 결정해야 할 것인바, 이 사건 국외거래 당시 원고와 아시아넷 사이에는제15조 제2호의 관계에 있지 아니하였음이 명백하므로 원고의 위 주장은 이유 없다(한편, 원고는제3호에 의한 대여금 간주시점이 사업연도 종료일인 2000. 12. 31.이고, 원고는 그 시점에제2호의 요건을 충족하고 있으므로,제2호를 적용하여야 한다는 취지로도 주장하나,제3호의 대여금 간주시점 규정은 이자기산일을 정하기 위한 것으로 보일 뿐만 아니라,제3호가 적용될 경우의 간주시점을 가지고제2호의 적용 여부를 판단할 수도 없다고 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다).
(6) 원고는, 피고가 아시아넷 신주 200만 주의 정상가격을 산정한 방법이 국조법의 정상가격 산정방법에 위반된 것이라고 주장하므로, 피고가 아시아넷 신주 200만 주의 정상가격을 산정한 방법[그 내용은 위 2.나.(4)(나)항에서 설명하였다]이국조법 제5조 제1항 제4호,국조법 시행령 제4조 제3호 소정의 ‘기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법’에 해당한다고 볼 수 있는지 살펴본다.
 먼저, 피고가 아시아넷 신주의 정상가격을 평가하기 위하여 비교회사로 선정한 CMGI사와 ICGE사는 나스닥에 상장된 회사들이어서 나스닥에 상장되지도 않은 아시아넷과 이들 회사의 주가를 단순 비교하기에는 무리라고 보이고, 또한 아시아넷의 주가와 CMGI사 및 ICGE사의 각 주가를 직접 비교한 것도 아니고 아시아넷 주가하락률과 위 나스닥 상장회사들의 주가하락률이 동일하다는 사실을 인정할 아무런 근거도 없이 이들 나스닥 상장회사들의 주가가 하락한 비율만큼 아시아넷의 주가도 하락하였을 것이라는 가정 하에 위 나스닥 상장회사들의 주가하락률을 적용하여 아시아넷 신주의 정상가격을 산정한 이상, 이러한 평가방법은 합리적이라고 보기 어렵다. 
 덧붙여, 갑 제11호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 아시아넷 주식이 분할된 이후인 2000. 3. 14.경 홍콩의 리카싱 파운데이션사가 아시아넷 주식 1,920,000주를 미화 28,800,000달러(1주당 15달러)에 매입하였고, 홍콩의 맨세터사도 아시아넷 주식 930,000주를 미화 13,950,000달러(1주당 15달러)에 매입한 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실에 비추어 보아도 피고가 아시아넷 주식이 분할될 당시의 1주당 가격이 4.5909달러라는 전제 하에서 위 나스닥 상장회사들의 주가하락률을 적용한 것은 합리적인 평가방법이라고 할 수 없다.
 따라서 피고가 아시아넷 신주의 정상가격을 평가한 위와 같은 방법은국조법 제5조 제1항 제4호,같은 법 시행령 제4조 제3호 소정의 ‘기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이를 토대로 이루어진 이 사건 원천징수처분은 위법하다.
다. 이 사건 선임료
(1) 원고는,소외 10이 원고의 대표이사의 지위에서 이 사건 외국인 현금투자를 수반한 원고와 아시아넷 구주주 사이의 간접적 주식교환거래를 총괄 지휘하였고, 그 점 때문에 주가조작혐의로 기소된 것이므로 원고 대표이사로서의 직무수행과 관련하여 기소된 것이고, 이 사건 선임료는 위 형사사건을 변론하기 위하여 원고가 지출한 변호사 보수이므로, 이 사건 선임료는 원고의 업무와 관련된 비용으로서 손금으로 산입되어야 한다고 주장한다.
(2) 법인의 구성원은 적법한 방법으로 그 법인을 위한 업무를 수행하여야 하므로, 법인의 구성원이 업무수행에 있어 관계 법령을 위반함으로써 형사재판을 받게 되었다면 그의 개인적인 변호사비용을 법인자금으로 지급하는 것은 횡령에 해당하고, 그 변호사비용을 법인이 부담하는 것이 관례라고 하여도 그러한 행위가 사회상규에 어긋나지 않는다고 할 만큼 사회적으로 용인되어 보편화된 관례라고 할 수 없다(대법원 2003. 5. 30. 선고 2002도235 판결 등 참조).
 이 사건에 관하여 보건대, 을 제13호증의 1, 2의 각 기재에 의하면,소외 10에 대한 기소요지는, ⅰ) 1999. 9.경 아시아넷의 주식을 국내에 판매하는 증권사 직원에게 모집금액의 3%를 제공하기로 약속하고, 이에 따라 2000. 1.경 위 모집금액 3%에 해당하는 아시아넷 주식 18,000주를 인수할 수 있는 권리 등을 공여하였다는 점(금품공여약속 및 금품공여), ⅱ) 1999. 7.경부터 1999. 12.경까지 증권사를 통하여 아시아넷 주식을 국내에 판매하면서 유가증권신고서를 제출하지 아니한 점(증권거래법위반), ⅲ) 2000. 2.경 원고의 주가를 상승시키기 위하여 일간신문 기자 등에게, 원고에게 거액의 외자가 유치될 것이고 원고의 영업실적이 우수하다는 보도자료를 보내어 일간신문에 보도되게 한 점(주가조작)이었던 사실, 한편 위 사건에 대한 제1심(서울중앙지방법원 2001고단 3765)은 금품공여약속 및 금품공여의 점과 증권거래법위반의 점에 관하여는 유죄를 선고하였으나, 주가조작의 점에 관하여는소외 10의 고의를 인정할 수 없다는 이유로 무죄를 선고하였고, 제2심(서울중앙지방법원 2001노9717)은 제1심의 판단 중 금품공여 부분에 대하여도 무죄 취지의 판결을 선고하여 확정된 사실을 인정할 수 있는바,소외 10에 대한 기소요지 중 금품공여약속 및 금품공여의 점과 증권거래법위반의 점은소외 10이 아시아넷 주식을 국내에 판매하는 과정에서 발생한 것들로서 원고의 업무와 직접적인 관련이 없고, 주가조작의 점 역시소외 10이 위법한 방법으로 주가를 조작했다는 혐의로 재판을 받은 이상 이를 원고를 위한 업무로 볼 수는 없다고 할 것이어서, 결국 위 형사재판과 관련된 이 사건 선임료는 모두 원고의 업무와 관련이 없는 비용이라고 할 것이다.
(3) 따라서 이 사건 선임료를 손금으로 산입하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다. 
라. 소결론 
(1) 원고에 대한 이 사건 각 처분 중 법인세 부과처분은 그 과세표준으로 삼은 금액 중 이 사건 비상장주식에 대한 처분손실금의 손금불산입이 위법하고, 이 사건 인정이자 산정의 전제가 된 아시아넷 신주 200만 주의 정상가격 평가가 위법하여 결과적으로 위법하므로, 피고로서는 아시아넷 신주 200만 주의 정상가격을 평가하여 정당한 인정이자를 산정한 후 여기에 이 사건 선임료를 합산한 금액을 과세표준으로 하여 정당한 법인세를 산정하였어야 할 것이다. 
(2) 또한, 이 사건 원천징수처분 역시 아시아넷에 대한 기타소득처분의 전제가 된 아시아넷 신주 200만 주의 정상가격 평가가 위법하므로, 피고로서는 아시아넷 신주 200만 주에 대한 정상가격을 평가하여 정당한 기타소득처분액 및 원천징수액을 산정하였어야 할 것이다.
(3) 그런데 이 사건 기록에 나타난 자료만으로는 아시아넷 신주 200만 주의 정상가격을 평가할 수 없으므로, 당원으로서는 이 사건에서 정당한 법인세 및 원천징수액을 산정할 수 없어, 결국 이 사건 법인세 부과처분 및 원천징수처분을 모두 취소할 수밖에 없다.
4. 결론
 그렇다면, 이 사건 법인세 부과처분 및 원천징수처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 김종백(재판장) 이승한 이근수