법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2017.07.11 / 시행일:

【원고, 상고인】 대한기독교연합회어린이선교회 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 3인)
【피고, 피상고인】 용산세무서장
【원심판결】 서울고법 2016. 11. 29. 선고 2016누48586 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 상고이유 제4점에 관하여
법인세법 제3조 제3항 제5호는 비영리법인의 수익사업에서 생기는 소득의 하나로 ‘고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입’을 규정하면서, 그 괄호 부분에서 ‘고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것을 제외한다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항 전문(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)은 위 ‘대통령령으로 정하는 것’에 관하여 ‘해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것’으로 규정하고 있다.
 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 이 사건 시행령 조항은 법인세법 제3조 제3항 제5호 괄호 부분의 위임에 따라 비과세대상의 범위를 합리적 기준에 의하여 제한하고 있고, 그 규정 내용이 위 법률 규정의 위임에 의하여 충분히 예측할 수 있는 범위 내에 있으므로, 평등원칙 또는 실질과세원칙 등에 위반되거나 모법의 위임 한계를 벗어난 무효의 규정이라고 볼 수는 없다고 판단하였다.
 앞서 본 규정과 관련 법리 등에 따라 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하다. 거기에 이 사건 시행령 조항의 효력에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 2. 상고이유 제3점에 관하여
법인세법 제3조 제3항 제5호 및 이 사건 시행령 조항은 비영리국내법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 관하여 법인세를 부과한다고 규정하고 있을 뿐, 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 경우에는 달리 본다는 규정을 두고 있지 아니하므로, 토지의 처분대금을 법인세 과세소득으로 보아야 하는지를 결정함에 있어 해당 비영리법인이 토지를 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 없는지는 이를 따질 필요가 없다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 참조).
 같은 취지의 원심판단은 정당하고, 거기에 이 사건 시행령 조항의 적용요건에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 3. 상고이유 제1점, 제2점에 관하여
법인세법 제41조 제1항 제1호는 내국법인이 타인으로부터 매입하여 취득한 자산의 취득가액은 매입한 자산의 매입가액에 부대비용을 더한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 법인세법 제42조 제1항 본문은 내국법인이 보유하는 자산의 장부가액을 증액 또는 감액한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 하도록 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령 제19조 제2호는 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’을 손비로 규정하고 있다. 위 각 규정을 종합하여 보면, 구 법인세법 시행령 제19조 제2호에서 정한 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’이란 취득 당시 매입가액 등을 기초로 하되, 기업회계에 따른 장부가액이 아니라 세무회계에 따른 장부가액을 의미하고(대법원 2013. 5. 23. 선고 2010두28601 판결 참조), 자산의 취득 후 기업회계상 평가차익이 발생하였더라도 이를 ‘자산의 장부가액’에 반영할 수 없다. 이러한 법리는 비영리사업회계에 속하는 자산이 수익사업회계에 전입된 때 비영리사업과 수익사업의 구분경리에 관한 법인세법 시행규칙 제76조 제4항에 의하여 기업회계에 따른 장부가액이 당초 매입가액에 평가차익이 추가된 시가로 계상되었더라도 마찬가지이다.
 원심은 같은 취지에서, 법인세법 시행규칙 제76조는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 비영리사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하기 위한 구분경리에 관한 것일 뿐이어서 법인의 ‘고정자산의 처분으로 인하여 생긴 수입’을 산정할 때 영향을 미칠 수 없으므로, 과거 비영리사업에 사용한 기간 동안의 평가차익 부분을 양도 시점에서의 손금으로 반영하여 공제할 수 없다는 이유를 들어, ‘이 사건 토지의 양도 시 손비로 인정되는 양도한 자산의 양도당시의 장부가액은 1992. 12. 9. 토지 취득 당시의 매입가액 등이 아니라 2006. 1. 9. 이 사건 토지가 비영리사업회계에서 수익사업회계로 전입될 당시의 시가로 보아야 한다’는 원고의 주장을 배척하였다.
 앞서 본 규정과 법리에 따라 기록을 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하다. 거기에 장부가액의 의미, 조세공평의 원칙에 대한 법리오해, 판단누락 등의 잘못이 없다.
 4. 상고이유 제5점에 관하여
 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어, 원고가 이 사건의 토지의 양도에 관하여 법인세법에 따른 신고·납부의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다고 판단하였다.
 관련 법리와 기록에 따라 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하다. 거기에 가산세를 면할 정당한 사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.
 5. 결론
 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 고영한(재판장) 김창석 조희대(주심) 박상옥

[1] 비영리국내법인이 고정자산인 토지를 처분한 대금을 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 구 법인세법 시행령 제2조 제2항 전문에 따라 법인세 과세소득으로 보아야 하는지 결정하는 경우, 해당 비영리법인이 토지를 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지를 살펴야 하는지 여부(소극)
[2] 구 법인세법 시행령 제19조 제2호에서 정한 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’의 의미 및 자산의 취득 후 발생한 기업회계상 평가차익을 ‘자산의 장부가액’에 반영할 수 있는지 여부(소극) / 이러한 법리는 비영리사업회계에 속하는 자산이 수익사업회계에 전입된 때 비영리사업과 수익사업의 구분경리에 관한 법인세법 시행규칙 제76조 제4항에 의하여 기업회계에 따른 장부가액이 당초 매입가액에 평가차익이 추가된 시가로 계상되었더라도 마찬가지인지 여부(적극)

[1] 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 전문은 비영리국내법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 고정자산의 처분으로 생기는 수입에 관하여 법인세를 부과한다고 규정하고 있을 뿐, 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 경우에는 달리 본다는 규정을 두고 있지 아니하므로, 토지의 처분대금을 법인세 과세소득으로 보아야 하는지를 결정하는 경우 해당 비영리법인이 토지를 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 없는지는 따질 필요가 없다.
[2] 법인세법 제41조 제1항 제1호는 내국법인이 타인으로부터 매입하여 취득한 자산의 취득가액은 매입한 자산의 매입가액에 부대비용을 더한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 법인세법 제42조 제1항 본문은 내국법인이 보유하는 자산의 장부가액을 증액 또는 감액한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 하도록 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제2호는 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’을 손비로 규정하고 있다. 이러한 각 규정을 종합하여 보면, 구 법인세법 시행령 제19조 제2호에서 정한 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’이란 취득 당시 매입가액 등을 기초로 하되, 기업회계에 따른 장부가액이 아니라 세무회계에 따른 장부가액을 의미하고, 자산의 취득 후 기업회계상 평가차익이 발생하였더라도 이를 ‘자산의 장부가액’에 반영할 수 없다. 이러한 법리는 비영리사업회계에 속하는 자산이 수익사업회계에 전입된 때 비영리사업과 수익사업의 구분경리에 관한 법인세법 시행규칙 제76조 제4항에 의하여 기업회계에 따른 장부가액이 당초 매입가액에 평가차익이 추가된 시가로 계상되었더라도 마찬가지이다.