포항신항만시설무상사용권확인 (일반행정, 대구지방법원)
공포일: 1999.03.11 / 시행일:

【원 고】 포항종합제철 주식회사 (소송대리인 법무법인 바른법률사무소 담당변호사 김찬진 외 2인)
【피 고】 대한민국
【주 문】
 1. 이 사건 소 중 1994. 3. 28.부터 20년 동안 별지목록 기재 정박구역 및 항로구역의 사용료가 금 23,713,130,000원에 이르기까지 원고에게 위 정박구역 및 항로구역을 무상으로 사용할 권리가 있음을 확인한다는 청구 부분의 소를 각하한다.
 2. 1994. 3. 28.부터 20년 동안 위 정박구역 및 항로구역의 사용료가 위 금 23,713,130,000원을 초과하여 금 27,232,250,991원에 이르기까지 원고에게 위 정박구역 및 항로구역을 무상으로 사용할 권리가 있음을 확인한다.
 3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 4. 소송비용은 이를 10분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】 1994. 3. 28.부터 20년 동안 주문 기재 정박구역 및 항로구역의 사용료가 금 29,970,098,968원에 이르기까지 원고에게 위 정박구역 및 항로구역을 무상으로 사용할 권리가 있음을 확인한다.
【이 유】 1. 이 사건 쟁송이 당사자소송의 형태를 취하여야 하는지 여부에 관한 판단
 가. 이 사건 소의 목적
 원고는, 1990. 7. 13. 산업기지개발촉진법(1990. 1. 13. 법률 제4216호 산업입지및개발에관한법률에 의하여 폐지되기 전의 것, 이하 '구 산업기지개발촉진법'이라 한다)에 의하여 산업기지개발사업시행자로 지정된 후, 포항항 항로 및 박지(이하 '이 사건 항만시설'이라 한다) 준설공사의 실시계획을 승인받아 비관리청으로서 이 사건 항만시설의 준설공사를 시행하였으므로,항만법 제17조 제3항,같은법시행령(1995. 12. 29. 대통령령 제14853호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 항만법시행령'이라 한다) 제18조,제19조에 의하여 그 총사업비(부가가치세 및 1994. 1. 31.까지의 건설이자를 포함하여 계산함)에 해당하는 금 29,970,098,968원에 이르기까지 이 사건 항만시설을 무상으로 사용할 권리가 있다고 주장함에 대하여, 피고 산하 포항지방해운항만청장(이하 '포항항만청장'이라 한다)은 총사업비 산정에 있어서 부가가치세를 포함하고 건설이자의 종기를 1994. 1. 31.로 삼은 것은 위법이라고 주장하며 원고는 금 23,713,130,000원에 이르기까지만 이 사건 항만시설을 무상으로 사용할 권리가 있음에 불과하다고 다투므로, 원고 회사는 피고에 대하여 이 사건 소로서 포항항만청장이 무상사용개시시기로 정한 1994. 3. 28.부터 20년 동안 이 사건 항만시설의 사용료가 금 29,970,098,968원에 이르기까지 원고 회사에게 이 사건 항만시설을 무상으로 사용할 권리가 있음을 확인한다라는 내용의 행정소송을 이 법원에 제기하기에 이르렀다.
 나. 항만시설 무상사용권의 성질
구 항만법(1995. 1. 5. 법률 제4925호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 항만법'이라 한다) 제9조 제2항은 "관리청이 아닌 자(이하 '비관리청'이라 한다)가 항만공사를 시행하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 항만공사의 계획을 작성하여 관리청의 허가를 받아야 한다."라고 규정하고,제17조 제1항은 "제9조 제2항의 규정에 의한 비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속된다."라고 규정하며,그 제3항은 "비관리청은제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위 안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다."라고 규정하고 있는바, 위 규정을 둔 취지는 항만시설은 국민경제와 공공의 이해에 밀접한 관련을 지니는 시설로서 신설·개축·유지·보수·준설 등의 항만공사에 엄청난 예산이 소요됨에도 불구하고 예산확보를 위한 현실적인 어려움이 있는 관계로 이를 극복하는 방편으로 민간자본의 유입을 촉진하기 위함에 있다 할 것이고 이에 따라 위 규정은 비관리청이 항만공사를 시행하는 것을 허가하고 공사가 완료된 시설물은 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 것으로 하는 대신 비관리청에게 총공사비에 이르기까지 항만시설을 무상으로 사용할 권리를 부여하고 있다 할 것이다.
 위와 같이 비관리청의 항만시설에 대한 무상사용권은 관계 법령에 의하여 정책적으로 당연히 부여되는 공법상의 권리라 할 것이므로, 비관리청은 항만공사 시행의 허가를 얻어 항만공사를 시행하고 그 시설물이 국가 또는 지방자치단체에 귀속하게 되면 그러한 일련의 절차를 거쳐 항만시설 무상사용권이라는 공권을 설정받게 되고, 그와 같은 공물에 대한 무상사용권은 이른바 특허에 의한 공물사용권에 해당한다 할 것이다.
 다. 항만시설 무상사용기간의 분쟁에 관한 쟁송방법
 앞서 본 바와 같이구 항만법 제17조 제3항은 "비관리청은제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위 안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다."라고 규정하고, 이에 따른구 항만법시행령 제19조 제2항은 "……무상으로 항만시설을 사용할 수 있는 기간은……총사업비에 달할 때까지로 한다."라고 규정하고 있으므로, 항만시설의 무상사용기간은 총사업비의 액수에 의하여 결정된다 할 것이고, 총사업비 산정에 관하여 다툼이 있어 무상사용기간이 확정되지 아니하여 공물에 대한 사용권이 불안정한 상태에 있다면 그로 인한 공권의 침해는 행정소송의 방법에 의하여 구제받을 수 있다 할 것인바, 무상사용기간에 대한 다툼은 공법상의 법률관계에 관한 쟁송에 해당한다 할 것이므로 권리주체인 피고를 상대로 한 공법상의 당사자소송에 의하여 해결하여야 한다고 봄이 타당하다.
 2. 이 사건 소의 적법 여부에 관한 판단
 가. 피고의 본안전 항변에 대한 판단
 (1) 피고의 본안전 항변
 피고는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 소는 부적법하므로 각하되어야 한다고 주장한다.
 (가) 확인의 소에 있어서 확인의 대상인 권리의무 및 법률관계에 관하여 즉시확정의 법률상 이익이 있고 또 그것이 가장 유효·적절한 수단일 때 권리보호의 필요성이 인정된다 할 것인데, 원고 회사가 이 사건에서 주장하는 바와 같이 항만시설의 관리청이 특허권자로서 가지는 우월한 지위는 공사시행의 허가, 실시계획의 승인, 준공확인에 그치는 것이고, 공사완공 후 비관리청이 갖는 항만시설의 무상사용권은 관리청의 처분 없이 법률의 규정에 의하여 직접 인정되는 것이라면, 포항항만청장으로서는 이 사건 항만시설의 무상사용권에 관하여 이를 불허하거나 범위를 제한할 아무런 권한이 없으므로 포항항만청장이 이 사건 항만시설에 대한 원고 회사의 무상사용기간을 원고 회사와 다르게 산정하고 있다고 하더라도 이로써 원고 회사의 권리 내지 법률관계를 부인하거나 침해하였다고 할 수 없고, 원고 회사에게 판결로서 보호받아야 할 법적인 위험 내지 불안이 현존한다고 보기 어렵다 할 것이므로 이 사건 소는 권리보호의 필요성이 없다.
 (나) 가사 원고 회사에게 법적 지위의 불안 또는 위험이 존재한다 하더라도 원고 회사로서는 우선 포항항만청장이 산정한 사용기간 동안 이 사건 항만시설을 무상으로 사용한 후, 포항항만청장이 무상사용기간의 경과를 이유로 항만사용료를 부과하여 원고 회사에 대한 권리침해가 현실화되면 그 부과처분의 위법을 다투며 항고소송으로 권리를 구제받을 수 있음에도 불구하고, 단순한 사실행위로서 아무런 법률효과를 가지지 아니하는 포항항만청장의 총사업비확정통보가 있자 법적 지위의 불안·위험이 현존한다는 사유를 내세워 제기한 이 사건 소는 권리보호의 이익이 없다.
 (2) 판 단
 (가) 첫째 주장에 관한 판단
 앞서 본 바와 같이 비관리청이 관리청으로부터 항만공사 시행의 허가를 얻어 항만공사를 완료하고 완료된 시설물이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되기만 하면 비관리청은 항만 관계 법령에 의하여 총공사비의 범위 내에서 항만시설을 무상으로 사용할 공물사용권을 가지게 되고, 그 무상사용기간은 구 항만법시행령 제19조 제2항에 의하여 인정되는 기간까지가 될 것이므로, 관리청이 비관리청의 항만시설 무상사용권 부여 여부를 결정하거나 그 범위를 정할 권한은 없다고 할 것이다.
 그러나 갑 제2호증(산업기지개발사업실시계획승인)의 기재에 의하면, 건설부장관은 1990. 12. 13.구 산업기지개발촉진법 제8조의 규정에 의하여 원고 회사에게 이 사건 항만시설의 항로 및 박지에 대한 산업기지개발사업 실시계획을 승인하면서 그 승인조건으로 "본 공사시행으로 준공된 수역시설의 무상사용 등에 관한 사항은 포항항만청장과 협의할 것"을 들고 있고,항만시설사용규칙(1992. 4. 27. 교통부령 제975호로 개정된 것, 이하 '항만규칙'이라 한다) 제2조 제1항은 "항만법 제17조 제3항의 규정에 의한 비관리청이동조 제1항의 규정에 의하여 국가에 귀속될 항만시설을 무상으로 사용하고자 할 때에는법 제12조 제1항의 규정에 의한 공사준공보고서의 제출시법 제17조 제3항의 규정에 의한 총사업비의 산정을 위한 관련서류를 함께 지방해운항만청장에게 제출하여야 한다."라고 규정하고,제2항은 "지방해운항만청장은제1항의 항만시설에 대한 준공확인 후 2월 이내에 총사업비를 산정하여야 한다."라고 규정하며, 제5조는 "지방해운항만청장은 비관리청의 무상사용기간이 만료될 때 그 사실을 비관리청에게 통보하고 게시판에 공고하여야 한다."라고 규정하고 있어서 결국 지방해운항만청장의 총사업비 산정결과에 따라 비관리청의 항만시설에 대한 무상사용기간이 현실화되는 것이므로, 이 사건에 있어서 비록 포항항만청장이 원고 회사에게 이 사건 항만시설에 대한 무상사용권을 부여하거나 그 범위를 제한할 실질적인 권한을 가지고 있지 않다 하더라도 포항항만청장이 총사업비를 산정함에 있어서 관계 법령이 정하는 산정기준을 따르지 아니하여 관계 법령이 허용하는 무상사용기간보다 짧은 무상사용기간을 인정한다면 결국 원고 회사는 이로써 공법상의 권리를 침해당하였다 할 것이고, 그러한 원고 회사의 공법상 지위 내지 권리관계에 위험·불안이 현존한다면 원고 회사는 소로써 권리보호를 구할 필요성이 있다 할 것이다.
 (나) 둘째 주장에 관한 판단
 확인의 소에 있어서는 권리보호요건으로서 확인의 이익이 있어야 하고 그 확인의 이익은 원고 회사의 권리 또는 법률상의 지위에 현존하는 불안·위험이 있고 그 불안·위험을 제거함에 있어서 피고를 상대로 확인판결을 받은 것이 가장 유효·적절한 수단일 때에만 인정된다 할 것인바, 이 사건에 있어서 포항항만청장이 원고 회사 주장보다 적은 금액의 총사업비를 산정하게 됨에 따라 원고 회사의 공법상의 권리관계에 불안·위험이 초래하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 나아가 그러한 불안·위험이 현존하는지 여부와 이 사건 소가 그러한 불안·위험을 제거함에 있어서 유효·적절한 수단인지 여부에 관하여 살펴본다.
 원고 회사가 이 사건 변론종결일까지 이 사건 항만시설을 무상으로 사용한 사용료가 피고가 주장하는 총사업비 금 23,713,130,000원에는 아직 미치지 아니하여 포항항만청장이항만규칙 제5조의 규정에 따라 원고 회사의 무상사용기간이 만료된 사실을 통보하는 등의 조치를 취하지는 아니한 사실은 변론의 전취지에 의하여 알 수 있는바, 위 사실에 의하면 원고 회사는 포항항만청장이 산정한 무상사용기간 동안 포항항만청장의 저항 없이 이 사건 항만시설에 대한 무상사용권을 행사할 수 있고 현재까지 이 사건 항만시설에 대한 무상사용권의 행사에 장애가 있는 것도 아니어서 외형상 원고 회사의 항만시설 무상사용권에 어떠한 불안·위험이 현존한다고 보기는 어려운 면이 있는 듯하나, 한편 포항항만청장은 원고 회사의 이 사건 항만시설에 대한 무상사용기간을 사용료가 금 23,713,130,000원에 이르기까지만 인정하고 있어 그 사용료에 달한다면 포항항만청장은 원고 회사의 이 사건 항만시설에 대한 사용을 금지하거나 사용료를 청구하는 등의 권리행사를 통하여 원고 회사의 공법상 권리를 제한하려고 할 것임이 당연히 예상되고, 원고 회사가 이 사건 항만시설을 사용료 금 23,713,130,000원에 달하도록 사용하는 시기 즉 무상사용기간의 종기가 언제 도래할지 예상할 수도 없다. 따라서 현재 포항항만청장이 원고 회사의 무상사용권에 대하여 어떠한 제한을 가하고 있지 않다 하더라도 위 무상사용권에 대한 제한은 잠재적으로 존재하고 있고 언제 현실화될지 알 수 없는 처지에 있으므로 원고 회사의 이 사건 항만시설에 대한 무상사용권은 현재도 여전히 불안한 지위에 있다고 보아야 할 것이다. 결국 원고 회사로서는 위와 같이 공법상의 권리관계에 현존하는 불안·위험을 제거하기 위하여 권리의 귀속주체인 피고를 상대로 당사자소송으로서 권리범위의 확인을 구할 필요나 이익이 있다 할 것이고, 또 그러한 확인소송을 제기하는 이외에 달리 그 불안·위험을 제거하는 데 유효하고 적절한 수단은 보이지 아니한다.
 (다) 따라서 피고의 위 본안전 항변은 모두 이유 없다.
 나. 직권판단 부분(금 23,713,130,000원 상당 무상사용권 존재확인청구의 소 부분의 적법 여부에 관한 판단)
 직권으로 살피건대, 권리 또는 법률관계의 존부 확인은 다툼이 있는 범위에 대해서만 청구하면 되는 것이므로 채무자가 채권자 주장의 채권 중 일부의 채권이 있음을 인정하고 이를 초과한 채권이 없다고 다투는 경우 채무자가 인정하는 채권 부분에 대하여 다툼이 없으므로 확인의 이익이 없고, 이를 초과하는 부분에 대해서만 채권자로서 채권존재의 확인을 구할 이익이 있다 할 것인바(대법원 1983. 6. 14. 선고 83다카37 판결 참조), 원고 회사가 무상사용권의 범위를 사용료가 금 29,970,098,968원에 이르기까지라고 주장함에 대하여 피고는 사용료가 금 23,713,130,000원에 이르기까지의 무상사용권에 관하여 이를 인정하고 이를 초과한 부분에 관하여 이를 부인하고 다투므로, 피고가 다투지 아니하는 부분의 무상사용권 부분에 대하여는 확인의 이익이 없어 그 부분의 소는 부적법하다 할 것이다.
 3. 본안에 관한 판단
 가. 인정 사실
 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1 내지 3, 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7호증, 갑 제8호증의 1 내지 3, 갑 제9, 13, 25, 26호증, 갑 제27호증의 20, 28, 29의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
 (1) 원고 회사는 1990. 4. 27. 건설부장관에게 당시 시행중인구 산업기지개발촉진법 제7조 제2항,같은법시행령 제5조의 규정에 의하여 이 사건 항만시설 준설사업을 위한 산업기지개발사업 시행자지정신청을 하여, 같은 해 7. 13. 건설부장관으로부터 그 사업시행자 지정을 받은 후, 같은 해 12. 13. 사업시행기간을 1990. 11.부터 1992. 12.까지로 하고, 사업내용을 포항항 25만 DWT 부두 신설에 따라 현재의 항로 및 박지 수심 18 내지 18.5m를 20만 DWT급 선박이 만선 입항할 수 있도록 19 내지 20m로 증심준설로 하는 외 그에 따르는 항만관제설비를 설치키로 하는 내용의 포항항 항로 및 박지 준설사업(이하 '이 사건 항만공사'라 한다)의 실시계획승인을 얻어 이 사건 항만공사에 착수하였다.
 (2) 원고 회사는 이 사건 항만공사 중 준설사업부분을 완공하고 포항항만청장에게 준공확인 전 사용허가신청을 하여 1992. 11. 23. 사용기간 중 항만시설 사용료는 유상으로 함을 조건으로 하여 이 사건 항만시설에 대한 준공확인 전 사용허가를 받았다.
 (3) 원고 회사는 1993. 2. 6. 포항항만청장에게 항만관제설비를 포함한 이 사건 항만공사의 준공인가를 신청하였으나, 포항항만청장은 원고 회사가 설치한 항만관제설비가 인근의 해군 레이다망과 간섭현상을 일으키고 있다는 사유를 들어 관제설비의 보완을 지시하며 같은 해 3. 19. 준공인가서류 일체를 반려하는 한편, 같은 달 3. 이 사건 항만공사의 준공검사 신청과 관련한 국가귀속자산의 총사업비 확정을 위하여 도급공사, 사급자재비, 기타 제 비, 간접비(총사업비산정의 범위에는 포함되지 아니함), 건설자금이자의 산정자료 제출을 원고 회사에게 요청하였다.
 (4) 이에 원고 회사는 같은 해 3. 31. 포항항만청장에게 이 사건 항만공사 중 항만관제설비를 제외한 항로 및 박지 준설공사부분에 관하여 분리준공승인을 요청하였으나, 포항항만청장은 항만관제설비는 포항항 항로 및 박지준설공사의 일부 공정으로서 분리준공이 어려운 실정이라는 사유를 들어 같은 해 4. 8. 항만관제설비 보완 후 다시 검사요청하라는 취지로 원고 회사의 분리준공승인요청을 거절하였다.
 (5) 원고 회사는 포항항만청장 및 인근 해군부대와 항만관제설비의 보완에 관하여 협의를 계속한 결과 혼신에 대한 보완책으로 레이더 전시기(16″ P. P. I. 1대 및 부속장치) 1대를 추가로 설치하여 해군에 귀속시키기로 합의하는 한편, 같은 해 12. 22. 사업내용에 위 레이다 전시기 부분을 추가하고 사업기간을 1994. 1.까지로 변경하여 포항항만청장에게 항만공사 실시계획 변경승인신청을 하였고, 포항항만청장은 1994. 1. 24. 이를 승인하였다.
 (6) 원고 회사는 항만공사 실시계획 변경에 따른 일체의 공사를 끝내고 1994. 1. 31. 총사업비 명세서{순공사비 금 21,201,359,831원(사급 금 57,440,787원＋도급 금 21,143,919,044원), 기타 제 비 금 73,001,757원(설계용역비 금 48,000,000원＋변호사 사례비 금 25,000,000원＋UTILITY 사용료 금 1,757원), 1994. 1. 31.까지의 건설이자 금 5,994,945,853원, 부가가치세 금 2,726,930,743원 합계 금 29,996,238,184원} 등 관련 서류를 첨부하여 포항항만청장에게 이 사건 항만공사에 대한 준공인가를 신청하였고, 해운항만청은 같은 해 3. 4. 공사기간을 1990. 11.부터 1994. 1. 31.까지로 하고, 준공시설(국가귀속)을 포항항 항로 및 박지준설(2,321,669㎡), 항만관제설비 1식으로 하여 이 사건 항만공사에 대한 준공확인필증을 교부하였다.
 (7) 이에 원고 회사는 1994. 3. 18. 총사업비(추정)를 금 29,996,238,000원으로 하고 무상사용기간을 무상사용 금액이 위 총사업비에 달할 때까지의 20년 이내로 하여 이 사건 항만시설에 대한 무상사용승인 신청을 하였고, 포항항만청장은 같은 달 25. 무상사용의 개시시기를 1994. 3. 28. 00:00로 정하고 총사업비 항목에는 별도산정이라고 기재하여 원고 회사의 이 사건 항만시설에 대한 무상사용을 승인하였다.
 (8) 포항항만청장은 1994. 4. 감사원으로부터 이 사건 항만공사의 총사업비가 과다하게 산정된 위법이 있다며 그 시정을 요구받고, 같은 해 12. 27. 원고 회사에게 총사업비 검토결과 해군 레이더망과의 간섭현상으로 인한 실시계획의 보완시행은 원고 회사가 당초 사업기간 내에 공사를 원활히 수행하지 못한 사유로 준공이 지연되었으므로 항만공사 준공 전 사용허가가 있은 1992. 11. 23.까지의 건설이자만 산정하고, 부가가치세는 총사업비 항목에서 제외하여 다시 총사업비를 계산하여 제출할 것을 요구하고, 이에 대한 원고 회사의 이의신청을 부적절하다고 회신한 후, 같은 해 7. 16. 원고가 제출한 무상사용 승인신청 금액인 금 29,996,238,000원 중에서 일부인 금 23,713,130,000원(순공사비 중 항만관제설비비 항목의 무역협회비 금 1,046,879원과 기타 제 비 항목의 변호사 사례비 금 25,000,000원 및 이에 대한 각 건설이자를 제외하며, 나머지 공사비에 대한 건설이자는 1992. 11. 23.까지의 건설이자 금 2,464,908,453원만 인정하고, 부가가치세를 제외함)만을 총사업비로 인정하여 원고 회사에게 '포항항 항로 및 박지 준설사업' 총사업비 확정 통보를 하였다.
 나. 당사자의 주장과 판단
 (1) 총사업비 재산정 적법 여부에 관한 판단
 (가) 당사자의 주장
 원고는, 이 사건 항만공사 실시계획의 변경에 따라 그 내용에 적합한 공사를 완료하고 1994. 1. 31. 총사업비를 합계 금 29,996,238,184원으로 하여 준공인가신청을 하자 포항항만청장은 준공확인필증을 교부하면서 준공확인필증 제6항에 (1) 포항항 항로 및 박지준설(2,321,669㎡), (2) 항만관제설비 1식을 아무런 조건 없이 기재함으로써 원고 회사가 신청한 총사업비 합계 금 29,996,238,184원을 포함한 준공인가신청서의 기재내용을 모두 인정하였을 뿐만 아니라, 원고 회사가 무상사용금액이 총사업비 금 29,996,238,000원에 달할 때까지 이 사건 항만시설에 대한 무상사용 승인신청을 하자 포항항만청장은 같은 해 3. 18. 이를 그대로 승인한 바 있으므로, 이로써 원고 회사가 공사를 시행한 이 사건 항만시설은 피고에게 귀속되고 그 대가로 원고 회사는 항만사용료의 누계가 위 총사업비에 달할 때까지 이를 무상으로 사용할 수 있는 권리관계가 확정되었다 할 것이며, 더구나항만규칙 제2조 제2항에 의하면 포항항만청장은 이 사건 항만시설에 대한 준공확인 후 2개월 내에 총사업비를 산정하여 확정할 의무가 있음에도 불구하고, 감사원 감사에 따른 지적이 있자 이 사건 항만시설에 대한 준공확인 후 9개월이 경과한 1994. 12. 27. 비로소 비관리청 항만공사준공에 따른 건설이자와 이윤 및 부가가치세 항목을 제외하여 총사업비를 산정할 것을 요구하고 원고 회사가 이에 응하지 아니하자 1996. 7. 16. 일방적으로 총사업비를 금 23,713,130,000원으로 산정하여 원고 회사에게 통보하였는바, 총사업비 재산정의 계기가 된 감사원의 지적은 행정기관 내부의 문제에 불과한데 이를 이유로 이미 확정된 권리관계에 대하여 재조정을 요구하는 것은 법률상 아무런 근거가 없어 불가능하다 할 것이고,항만규칙 제2조 제2항이 정하고 있는 총사업비 산정기간은 임의규정이 아닌 제척기간으로서 그 기간을 경과하여 이루어진 총사업비의 재산정은 위법하다고 주장함에 대하여, 피고는 포항항만청장이 총사업비를 산정하는 행위는 행정청 내부의 재량행위로서 관계 법령의 규정에 비추어 적법한 것이라 다툰다.
 (나) 판 단
 살피건대, 원고 회사가 항만공사 실시계획 변경에 따른 일체의 공사를 끝내고 총사업비를 합계 금 29,996,238,184원으로 기재한 명세서를 첨부하여 항만공사 준공인가신청을 하였고, 포항항만청장은 같은 해 3. 4. 공사기간을 1990. 11.부터 1994. 1. 31.까지로 하고, 준공시설을 포항항 항로 및 박지준설(2,321,669㎡), 항만관제설비 1식으로 하여 이 사건 항만공사에 대한 준공확인필증을 교부한 사실, 그 후 원고 회사는 총사업비(추정)를 금 29,996,238,000원으로 하고 무상사용기간을 무상사용 금액이 위 총사업비에 달할 때까지의 20년 이내로 하여 이 사건 항만시설에 대한 무상사용승인신청을 하였고, 이에 대하여 포항항만청장이 무상사용의 개시시기를 1994. 3. 28. 00:00로 정하고 총사업비 항목에는 별도산정이라고 기재하여 원고 회사의 이 사건 항만시설에 대한 무상사용을 승인한 사실은 앞서 인정한 바와 같으므로, 위와 같이 포항항만청장이 이 사건 항만공사의 준공확인필증에 원고 회사가 준공신청서에 기재한 항만시설(관제설비 포함)을 그대로 기재하였다는 사정만으로 원고 회사가 산정한 총사업비를 모두 인정하였다고는 볼 수 없고, 오히려 원고 회사 자신도 무상사용신청을 할 당시 총사업비를 기재하면서 총사업비 항목 뒤 괄호 안에 '추정'이라고 기재하고(갑 제6호증의 1), 포항항만청장도 무상사용을 승인하면서 제5항 총사업비：'별도산정'이라고 기재하여(갑 제6호증의 2) 당사자 쌍방이 총사업비를 확정하지 아니하고 유보적인 태도를 보이고 있음을 알 수 있을 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 비관리청이 항만 관계 법령에 의하여 항만시설의 사업시행자로서 항만시설을 무상으로 사용할 수 있는 권한은 사업시행의 결과 관계 법령에 의하여 당연히 부여되는 것으로서 관리청이 우월한 행정청의 지위에서 비관리청에게 그 권리를 부여하거나 범위를 제한할 권한이 있는 것은 아니라 할 것이므로, 원고 회사의 이 사건 항만시설에 대한 무상사용기간은 포항항만청장의 총사업비 산정에 의하여 결정되는 것은 아니며 따라서 포항항만청장이 원고 회사의 총사업비 산정신청에 관하여 아무런 이의 없이 이를 수용하였다 하더라도 원고 회사에게 관계 법령이 정하는 총사업비 범위 이상의 무상사용권이 인정되는 것은 아니라 할 것이다. 또한항만규칙 제2조 제2항이 "지방해운항만청장은제1항의 항만시설에 대한 준공확인 후 2월 이내에 총사업비를 산정하여야 한다."라고 규정하고 있지만 이는 훈시규정으로서 준공확인 후 가능한 이른 시간 내에 총사업비 산정을 위한 자료제출 및 검토를 마쳐 관계 법령이 인정하는 무상사용기간을 구체화하라는 취지에 불과하다 할 것이므로, 위 기간을 넘어 총사업비의 산정에 이의를 제기하고 그 조정을 요구하는 것이 위법하다고는 보이지 아니한다.
 따라서 총사업비 산정이 포항항만청장의 재량행위라는 피고의 주장을 받아들일 수는 없지만, 원고 주장과 같이 포항항만청장이 총사업비의 산정을 위하여 항만규칙 소정을 기간을 경과하였음에도 원고에게 다시 자료제출을 요구하고 그 조정에 나선 것이 위법하여 그 자체로 허용되지 아니한다고는 할 수 없다.
 (2) 건설이자의 산정에 관한 주장과 판단
 (가) 법령의 규정
구 항만법시행령 제18조는 "법 제17조 제2항 및제3항의 규정에 의한 총사업비는 당해 항만공사의 준공확인일을 기준으로 하여 당해 항만공사와 관련된 다음 각호의 기준에 따라 산정한 제비용을 합산한 금액으로 한다."라고 규정하면서 그 제1호 조사비, 제2호 설계비, 제3호 순공사비, 제4호 보상비, 제5호 부대비, 제6호 건설이자를 각 들고 있고, 제6호 건설이자는 "제1호 내지 제5호의 사업비에 대한 건설이자(이자율은 은행법에 의한 금융기관에서 적용하는 대출금리 중 관리청이 지정하는 대출금리로 한다)를 말한다."라고 규정하고 있으므로, 총사업비를 산정함에 있어서 건설이자는 당연히 이를 포함시켜야 할 것인데, 아래에서는 건설이자의 범위(특히 건설이자 계산의 종기)에 관한 당사자의 주장에 관하여 살펴보기로 한다.
 (나) 당사자의 주장
 원고는, 항만공사 준공확인필증상 공사준공일인 1994. 1. 31.까지의 건설이자를 총사업비에 포함시켜야 한다고 주장함에 대하여, 피고는 위와 같이 공사준공일을 건설이자의 종기로 삼기 위하여는 공사기간의 연장에 관하여 원고 회사의 책임사유가 없는 경우에만 가능하다 할 것인데, 이 사건에 있어서 포항항만청장은 1992. 9. 16.경 인근 해군부대로부터 원고 회사가 설치한 항만관제설비가 해군 레이더망과 간섭현상을 일으키고 있다는 통보를 받고 같은 해 10. 2. 원고 회사에게 그와 같은 사실을 통지하고 간섭현상에 따른 보완대책수립을 지시하였음에도 불구하고 원고 회사가 그에 따른 완벽한 보완책을 마련하지 못하는 바람에 공사기간이 연장된 것이고, 이 사건 항만공사는 준설공사가 주된 부분을 이루고 항만관제설비공사는 전체 공정의 5%에 불과한 부대공사에 불과할 뿐이어서 공사비의 대부분이 위 준설공사에 투입된 점, 준설공사의 경우 이미 1992. 11.경 거의 완료되어 같은 달 23.부터는 항로 및 박지 준공 전 사용허가를 얻어 원고 회사가 이 사건 항만시설에 대한 사용을 개시한 점 등의 사정을 고려하면 이 사건에 있어서 건설이자의 종기는 원고 회사가 사실상 이 사건 항만시설에 대한 사용을 개시한 1992. 11. 23.이 되어야 한다고 주장한다.
 (다) 판 단
 ① 인정 사실
 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2, 11, 12, 14 내지 16, 18, 22 내지 24호증, 갑 제27호증의 28, 29, 36 내지 38, 40 내지 42, 45, 46, 49 내지 51의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있다.
 ㉮ 건설부장관은 1990. 12. 13. 원고 회사에게구 산업기지개발촉진법 제8조의 규정에 의한 포항항 항로 및 박지준설공사의 실시계획을 승인하면서제8항 (다)목에서 "사업계획 중 등부표 및 항만관제시설 등 항만운영상 필요한 시설물의 설치에 관한 사항은 시공 전 포항항만청장과 협의할 것"을 승인조건으로 들고 있다.
 ㉯ 포항항만청장은 원고 회사의 업무협조 및 자문 요청에 따라 1991. 4.경 관제용 레이더 설치의 필요성, 포항항의 현황 및 문제점, 레이더 설치위치 현황 및 관제범위, 레이더의 성능기준, 레이더 장비의 선정, 관제용 레이더 및 사이트의 설치안, 레이더 설치에 따른 조건 등을 상세히 제시한 관제용 레이더 설치기준안을 작성하여 이를 원고 회사에게 송부하고, 원고 회사가 1991. 7. 위 설치기준안에 따라 구입할 관제설비의 구체적인 성능과 사양을 기재한 포항항 항만관제 레이더 설비 구입사양서를 작성하자, 포항항만청장은 같은 달 24. 위 구입사양서를 첨부하여 주식회사 장산엔지니어링 등 4개 업체에게 선박관제용 레이더설치 공급제안서를 제출할 것을 요청하였다.
 ㉰ 포항항만청장은 1991. 10. 18. 포항항만청장실에서 위원장 포항항만청장, 위원 포항항만청 해무과장 김병수, 한국해양대학 교수 정세모, 포항도선사협회 도선사 송정석, 원고 회사 과장 김택동을 참석케 하여 포항항 항만관제설비 설치를 위한 기술검토 회의를 열고 사이트 전송방식은 모뎀방식을 취하고, 노르웨이 NORCONTROL사 제품으로 기종을 선정하기로 참가위원 전원 만장일치로 결의한 후, 원고 회사에게 그 사실을 통지하고 최적의 관제용 레이더가 설치될 수 있도록 제반 조치를 취하라고 지시하였다.
 ㉱ 이에 따라 원고 회사는 항만관제설비 계약기술사양서를 작성하고, 1992. 1. 22. 포항항만청장에게 위 회의결과에 따른 항만관제설비의 사양, 공급 범위 등을 확정하고 계약추진하고자 업무협의하니 검토결과를 알려달라는 업무협의를 하였으며, 같은 해 8. 20. 포항항만청장의 항만관제설비 설치관련 검토요청에 의거하여 공사추진 일정을 설치공사는 같은 해 8. 14.부터 같은 해 9. 30.까지, 시운전 및 성능보장 시험은 같은 해 10. 1.부터 같은 달 31.까지, 무선국 허가준공은 같은 달 20.부터 같은 달 31.까지 하기로 하고, 공급사의 보완도면 및 관련 자료와 현장성능시험요령서를 첨부하여 포항항만청장에게 송부하고 무선국 허가준공에 차질이 없도록 협조하여 줄 것을 요청하였으며, 그 후 공급사와 공사 협의 결과 당초의 공사추진 일정을 15일 정도 뒤로 변경하는 일정조정에 합의하고 그 사실을 포항항만청장에게 통보하며 항만관제설비 설치공사를 진행하였다.
 ㉲ 포항항만청장은 인근 해군부대로부터 원고 회사가 설치한 레이더 사이트 설치장소가 인근 해군부대의 레이더와 인접거리 및 동일 출력, 주파수대로 간섭현상의 발생가능성이 있다는 통지를 받고 해군부대와 업무협의를 계속하는 한편 1992. 10. 2. 원고 회사에게 그 사실을 통보하고, 같은 해 11. 2.에는 해군부대의 회신요구가 있자 레이더 안테나 등을 설치하여 레이더 간섭현상을 실험하여 간섭현상이 없을 것으로 예상되나 만약 간섭현상이 일어나면 자체 계획을 보완할 계획임을 회신하고, 원고 회사에게는 그 회신사항을 알려 왔으며, 같은 달 12.에는 해군부대의 재회신요구에 대하여 1년 이상 간섭현상을 실험할 것이라는 내용의 보완대책을 재회신하고, 원고 회사에게 그 회신사항을 통보하였다.
 ㉳ 원고 회사는 항만관제설비의 설치공사와 관련하여 담당과장 김택동으로 하여금 포항항만청 해무과장, 관제실장, 주식회사 장산엔지니어링 대표이사 김홍곤과 함께 수차례에 걸쳐서 공사진행, 무선국 가허가 및 시운전 등 제반 업무를 협의하여 처리하게 하였는데, 포항항만청장은 1992. 12. 9. 해군부대 관계자와 위 김택동 등이 참석한 가운데 해군 레이더와의 간섭현상을 시험한 결과 간섭현상이 나타나지 아니하므로, 같은 달 10. 원고 회사에게 시운전 결과 해군부대의 레이더 화면상에 어떠한 간섭도 발견할 수 없으며 해군측에서 가 끔 제밍현상이 발생한다고 하나 이 현상은 포항 신항을 입·출항하는 모든 선박의 레이더 운영시에도 나타나는 현상으로서 일반적인 현상이며 해군 레이더의 운영에 포항항만청장의 레이더가 간섭현상을 주지 않는 것으로 확인되었다는 의견을 통보하였다.
 ㉴ 그러나 그 후에도 해군부대는 간섭현상이 계속되고 있다고 주장하므로 1993. 2. 9. 경북체신청에게 간섭현상 시험을 의뢰하였으나 간헐적인 간섭현상이 일어나지만 정확한 판단을 할 수 없고 중앙전파관리소 부산분소에 의뢰하는 것이 좋겠다는 의견을 듣고 뚜렷한 대책을 세우지 못하고 있던 중, 원고 회사는 같은 해 4. 22. 포항항만청장에게 항만관제용 12″레이더와 동일한 기종을 해군부대에 신설하거나 해군 보유 16″레이더와 유사한 기종을 해군부대에 신설하는 방안을 대안으로 제시하며 해군부대와 상의하여 그 결과를 통보하여 달라고 요청하였고, 이에 따라 포항항만청장은 같은 달 26., 같은 해 6. 10., 같은 해 7. 26., 같은 해 8. 27. 등 수차례에 걸쳐서 해군부대에게 그와 같은 대안을 제시하며 회신을 촉구하였으나 해군부대에서 아무런 응답을 하지 않고 있다가 같은 해 11.경 포항항만청장과 해군부대 사이에 포항항만청장이 해군부대에 레이더 전시기(16″P. P. I. 1대 및 부속장치) 1대를 추가로 설치하는 것을 내용으로 하는 합의가 이루어져 원고 회사는 그 합의내용에 따른 공사를 마치게 되었다.
 ② 관제설비 완공지연이 원고의 책임사유로 인한 것인지 여부에 관한 판단
구 항만법시행령 제18조 제6호는 현행 시행령과는 달리 항만공사의 준공확인일을 기준으로 하여 건설이자가 총사업비의 범위에 포함됨을 정하고 있을 뿐 사업시행자의 고의로 공사가 지연된 경우 또는 사업시행자의 중대한 과실로 인하여 실시계획에서 정한 시기에 관리청의 준공확인을 받지 못한 경우 등 비관리청의 책임 있는 사유로 사업기간이 연장된 경우 그 연장기간에 대한 건설이자를 총사업비의 범위에 포함시킬지 여부에 관하여는 따로 정하고 있지 않다. 살피건대, 구 항만법시행령이 인정하는 건설이자는 항만공사의 시행에 투입된 건설자금의 금융비용에 해당하는 부분으로서 사업시행자는 항만공사에 막대한 자금과 장기간의 공사기간을 투여하였음에도 불구하고 공사준공 후 그 시설물은 종국적으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속하게 되고 사업시행자는 준공확인 후 비로소 항만시설을 무상으로 사용할 수 있음에 그치므로, 항만공사가 진행되고 있는 동안의 건설자금에 대한 이자손실은 고스란히 사업시행자의 부담으로 돌아가기 때문에 이를 보전해 줄 필요성이 있어서 건설이자를 총사업비에 포함시키고 있다 할 것이다. 그런데 항만공사 중 공사기간이 연장되어 늘어난 건설이자 부분에 관하여 공사기간 연장사유를 묻지 아니하고 이를 전부 총사업비에 산입한다면 사업시행자에게 부당한 이익을 안겨줄 우려가 있으므로 허용되지 아니한다 할 것이고, 사업시행자의 책임 있는 사유로 당초 예정보다 공사가 지연된 경우 그 지연기간의 건설이자는 사업시행자의 부담으로 그대로 두는 것이 합리적인 해석이라 할 것이다.
 이 사건에 있어서 항만관제설비가 항만의 설치와 유지를 위한 필수불가결한 요소는 아니라 할지라도 항만을 이용하는 선박이 대형화하고, 선박의 입·출항이 빈번하며, 사고 또한 빈발하여 항만관제설비에 의한 항만관제 자동화의 필요성이 높아가고 있는 실정과 건설부장관이 1990. 12. 13. 원고 회사에게 항만공사 사업실시계획을 승인하면서 승인조건으로 등부표 및 항만관제시설 등 항만운영상 필요한 시설물의 설치에 관한 사항은 시공 전 포항항만청장과 협의할 것을 들고 있는 등의 사정을 고려하면, 항만관제설비는 이 사건 항만공사의 중요한 부분을 이루고 있는 것으로서 항만관제설비의 설치, 운영과 관련하여 책임 있는 당사자는 이 사건 항만공사 전체에 대하여 그 지연과 관련한 책임이 있다고 할 것인바, 앞서 인정한 바와 같이 원고 회사는 포항항만청장이 마련한 관제용 레이더 설치기준안에 따라 구입사양서를 작성하고, 포항항만청장의 주도로 공급업체들에게 선박관제용 레이더 설치 공급 제안서의 제출을 요구한 점, 원고 회사는 포항해운청장이 위원장이고 포항항만청장의 실무진들이 다수인 기술검토위원회에서 결정하여 원고 회사에게 통보한 기종과 사양의 계약기술사양서를 작성하여 업무를 추진한 점, 원고 회사는 항만관제설비의 설치공사와 관련하여 그 공정의 진행 정도에 따라 포항항만청장에게 그 추진일정을 상세히 보고하고 자문을 구한 점, 원고 회사는 포항항만청장으로부터 해군부대 레이더망과의 간섭현상을 통보받고 비로소 그와 같은 사실을 알게 되었는데 해군부대와의 실무협의는 포항항만청장이 전담하였고 원고 회사는 포항항만청장을 통하여 해군부대에 입장을 전달함에 그친 점, 원고 회사는 해군부대의 레이더 간섭현장에 대한 주장이 계속되자 1992. 4. 22. 포항항만청장에게 구체적인 대안을 제시하며 해군부대와의 조속한 타결을 요청하였고 포항항만청장도 곧바로 이러한 대안을 해군부대측에 제시하였으나 해군부대측의 무응답으로 해결을 하지 못하다가 7개월이 지난 같은 해 11.경 원고 회사가 제시한 대안 중 하나를 선택하여 항만관제설비의 미비책 보완이 이루어진 점 등 이 사건 변론에 나타난 여러 사정을 종합하면, 원고 회사는 항만관제설비의 사업시행자이기는 하지만 운용주체가 아니어서 경험과 지식이 부족하므로 실제 운용주체가 될 포항항만청장의 자문과 업무협조를 통하여 항만관제설비의 완벽한 시공을 위하여 최선을 다하였다 할 것이고, 따라서 원고 회사의 책임 있는 사유로 항만관제설비의 공사기간이 연장되었다고는 보이지 아니한다.
 ③ 건설이자의 산정
 별지 건설이자 내역서 기재와 같은 회계일자에 그에 해당하는 건설자금을 들여 이 사건 항만공사를 시행한 사실(원고 회사가 무상사용 승인신청시 포함하였던 변호사 사례비와 무역협회비 및 이에 대한 각 건설이자 부분은 이 사건 소에서 포기하였다)과 은행법에 의한 금융기관에서 적용하는 대출금리 중 관리청이 지정하는 대출금리가 연 13.95%인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.
 그런데 건설이자를 계산함에 있어서 종기를 어느 날로 삼을 것인지에 관하여 구 항만법시행령이 항만공사의 준공확인일을 기준으로 한다라고 정하고 있어서 준공확일필증상의 준공일로 하여야 할 것인지, 준공확인필증을 교부한 날로 하여야 할 것인지에 관하여 다툼이 있다. 살피건대,구 항만법 제17조 제1항은 "제9조 제2항의 규정에 의한 비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속된다."라고 규정하고,제3항 "비관리청은제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위 안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다."라고 규정하고 있으며, 이에 따른 항만공사시행허가 및 시설물관리·운영에 관한 업무처리요령(1992. 5. 26. 해운항만청 고시 제1992－27호) 제27조 제1항은 "무상사용기간은 무상사용권자가 시행한 항만시설의 귀속일로부터 시작된다."라고 정하고 있는바, 위 규정들을 종합하면 항만시설은 그 준공이 있기만 하면 관리청의 준공확인이나 사업시행자의 귀속동의 등의 의사표시를 하지 않더라도 당연히 국가 또는 지방자치단체에 귀속하고, 그 귀속이 있으면 사업시행자는 그 때부터 당연히 이를 무상으로 사용할 수 있다 할 것이고, 현실적으로도 사업시행자는 무상으로 항만시설을 사용할 수 있게 된 날 비로소 투하된 건설자금을 회수할 수 있게 되었다 할 것이므로, 원고 회사는 이 사건 항만공사가 준공된 1991. 1. 31.부터 이 사건 항만시설을 무상으로 사용할 권리가 있다 할 것이고(원·피고는 무상사용일을 1994. 3. 28.로 정함에 다툼이 없으나 원칙적인 것은 아니라 할 것이다), 건설이자는 무상으로 사용할 수 있게 된 그 날 즉 실제의 준공일(준공확인필증 교부일보다는 준공확인필증상의 준공일이 더 정확할 것이다)을 기준으로 삼아 산정하여야 할 것이다.
 피고는 준공 전 가사용 허가가 난 1992. 11. 23.을 건설이자의 종기로 삼아야 한다고 주장하나, 준공 전 가사용 허가조건으로 항만사용료를 유상으로 하고 있음은 앞서 인정한 바와 같은바, 그렇다면 원고 회사는 준공 전 가사용이 가능할 정도로 항만공사를 이미 시행하였고 이 사건 항만공사의 내용이 박지준설을 주요한 부분으로 하고 있고 항만시설이 원래부터 국가 또는 지방자치단체에 귀속하고 있으므로 항만관제설비를 제외하면 항만공사 준공 후 항만시설이 국가 또는 지방자치단체로 귀속된다는 관념을 생각할 수 없는데, 피고는 박지준설공사가 완공된 후 곧바로 원고 회사의 무상사용을 허용하여야 할 것임에도 불구하고 이를 허용하지 않고 사용료를 징수하였으므로 피고가 사용료를 징수한 기간 동안 건설이자를 인정하여 원고 회사의 무상사용기간의 범위에 포함시키는 것이 상당하다 할 것이어서 위 주장은 이유 없다.
 위와 같은 인정 사실에 건설이자 계산의 종기를 1994. 1. 31.로 삼아 건설이자를 계산하면 별지 표 기재와 같이 합계 금 5,983,936,287원이 된다.
 (3) 부가가치세가 총사업비에 포함되는지 여부에 관한 판단
 (가) 원고의 주장
 원고는, 부가가치세의 납세의무자는 재화나 용역을 공급하는 자이기는 하지만 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때 부가가치세 상당액을 공급받는 자로부터 징수하도록 규정하고 있기 때문에 최종소비자에게 조세부담이 전가되도록 되어 있는바, 이 사건 항만공사의 경우 만일 공사완공 후 그 공사대금을 포항항만청장으로부터 지급받는 형식을 취한다면 원고 회사는 당연히 부가가치세액 상당을 포항항만청장으로부터 징수하여 납부할 것인데, 비관리청에 의한 항만공사의 경우 실제는 항만공사를 비관리청이 도급받아 공사한 것과 동일한 결과를 가져오면서도 비관리청이 항만시설을 기부체납하는 대신 항만사용료가 공사비에 달할 때까지 항만시설을 무상으로 사용하는 것으로 공사비의 지급에 갈음하도록 관계 법령이 규정하고 있다는 사정만으로 관리청으로부터 부가가치세를 징수하지 못하게 되는 것은 형평에 반하므로 부가가치세액에 상당하는 금액만큼 항만시설을 무상으로 사용할 수 있다는 것은 당연한 논리적 결과라 할 것이고,구 항만법시행령 제18조에서 총사업비 산정항목으로 정하고 있는제5호 소정의 부대비는 위와 같은 부가가치세를 포함하고 있다 할 것인데, 위와 같은 입법자의 의도를 보다 명백히 하기 위하여 현행항만법시행령 제18조(총사업비의 범위) 제7호에 부가가치세를 신설하여 해석상 당연히 인정되는 부분을 입법화하는 등의 여러 사정을 살펴보면 이 사건에 있어서 무상사용기간을 정하는 총사업비를 산정함에 있어서 부가가치세를 포함시키는 것이 상당하다고 주장한다.
 (나) 관계 법령
 구 항만법시행령 제18조는 총사업비의 범위를 정하면서그 제1호 조사비,제2호 설계비,제3호 순공사비,제4호 보상비,제5호 부대비,제6호 건설이자를 각 들고 있고,제5호 부대비는 "예산회계법시행령 제78조의 규정에 의한 예정가격 결정기준에 의한 일반관리비율에 의하여 산정한 일반관리비, 환경영향평가비, 시공감리비 등 항만공사 시행허가조건의 이행에 소요되는 제비용을 말한다."라고 정하고 있다.
 (다) 판 단
 비관리청이 그 사업상의 필요에 따라 산업기지 개발사업자로 지정되어 항만공사를 시행하고 준공확인 후 관계 법령이 정하는 총사업비에 달하도록 이를 무상으로 사용할 권리를 부여받는 대신 이를 국가에 기부체납하는 이 사건의 경우에 있어서 비관리청의 무상사용권 취득과 기부체납이라는 용역의 공급 사이에 경제적·실질적 대가관계가 있고 항만공사 및 기부체납 행위를 용역의 공급으로 보는 이상 원고 회사의 항만공사는 부가가치세법의 과세대상인 용역의 공급에 해당한다 할 것이므로, 원고 회사는 그 용역을 공급받는 자인 포항항만청장에 대하여 부가가치세를 징수할 수 있다 할 것이다. 그런데 원고 회사는 용역의 공급대가를 금전으로 받지 아니하고 항만시설에 대한 무상사용권을 취득하는 것으로 갈음하게 됨에 따라 현실적으로 부가가치세의 징수하는 것이 어렵게 되었고, 이에 따라 원고 회사가 납세의무를 부담하는 부가가치세액에 상당하는 금액을 공급받는 자로부터 징수하는 대신 용역공급과 대가관계에 있는 항만시설의 무상사용권의 범위에 부가가치세를 포함시키는 방식으로 총사업비를 산정할 필요가 있다 할 것이다.
 그러나 총사업비의 범위는 논리필연적으로 확정되는 것이 아니며 항만시설공사에 대한 민간자본 유입의 필요 정도, 관리청, 비관리청 및 다른 경제주체들의 경제적 이해관계, 항만시설 신설·유지·관리에 기여한 데에 대한 보상의 강도 등 여러 사정을 고려하여 결정될 입법정책의 문제라 할 것인바,구 항만법 제17조 제3항은 "비관리청은제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위 안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다."라고 정하면서 그에 따른시행령 제18조에서 앞서 살핀 바와 같이 총사업비의 범위를 열거하고 있는데, 쟁점이 된 부가가치세가그 시행령 제18조 소정의 조사비, 설계비, 순공사비, 보상비, 건설이자에 해당하지 않음은 명백하다 할 것이고, 원고가 주장하는그 제5호 소정의 부대비에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대,제5호는 부대비로 "……일반관리비, 환경영향평가비, 시공감리비 등 항만공사 시행허가조건의 이행에 소요되는 제비용……"을 들고 있는데, 부가가치세가 항만공사 시행허가조건의 이행에 소요되는 제비용으로서 일반관리비, 환경영향평가비, 시공감리비에 해당한다고 해석하는 것은 문리해석상 허용하기 어려울 것으로 보인다.
 따라서 부가가치세를 총사업비의 범위에 포함하여 무상사용기간을 정하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.
 (4) 원고의 이 사건 항만시설에 대한 무상사용기간
 이 사건 항만공사에 대하여 관계 법령이 인정하는 총사업비는 별지 건설이자 내역서 기재 준설공사비 합계 금 20,257,745,544원과 이에 대한 건설이자 합계 금 5,799,294,720원 및 항만관제설비공사비 합계 금 990,569,165원과 이에 대한 건설이자 합계 금 184,641,567원을 모두 더한 합계 금 27,232,250,991원이라 할 것이므로, 원고 회사는 포항항만청장이 무상사용개시시기로 정한 1994. 3. 28.부터 20년 동안 별지목록 기재 정박구역 및 항로구역의 사용료가 금 27,232,250,991원에 이르기까지 위 정박구역 및 항로구역을 무상으로 사용할 권리가 있다 할 것이다.
 4. 결 론
 그렇다면 이 사건 소 중 1994. 3. 28.부터 20년 동안 별지목록 기재 정박구역 및 항로구역의 사용료가 금 23,713,130,000원에 이르기까지 원고에게 위 정박구역 및 항로구역을 무상으로 사용할 권리가 있음을 확인한다는 청구 부분의 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 1994. 3. 28.부터 20년 동안 위 정박구역 및 항로구역의 사용료가 위 금 23,713,130,000원을 초과하여 금 27,232,250,991원에 이르기까지 원고에게 위 정박구역 및 항로구역을 무상으로 사용할 권리가 있으므로 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.[별지생략]

판사 황영목(재판장) 권순탁 이헌숙

[1] 비관리청인 항만공사 시행자의 항만시설 무상사용권에 관한구 항만법 제17조 제3항의 규정 취지 및 그 법적 성질(＝특허에 의한 공물사용권)
 [2]구 항만법시행령 제19조 제2항 소정의 항만시설의 무상사용기간에 관하여 다툼이 있는 경우, 그 쟁송방법(＝공법상 당사자소송)
 [3] 지방해운항만청장이 비관리청인 항만공사 시행자에게 관계 법령이 허용하는 항만시설의 무상사용기간보다 짧은 기간을 인정하는 경우, 공사시행자에게 권리보호의 필요성이 있는지 여부(적극)
 [4] 지방해운항만청장의 항만시설 총사업비 산정기간에 관한항만시설사용규칙 제2조 제2항의 법적 성질(＝훈시규정)
 [5]구 항만법시행령 제18조 제6호 소정의 건설이자의 계산 종기
 [6]구 항만법 제17조 제3항,구 항만법시행령 제18조 소정의 총사업비에 부가가치세가 포함되는지 여부(소극)

[1]구 항만법(1995. 1. 5. 법률 제4925호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항,제17조 제1항,제3항의 규정 취지는 항만시설은 국민경제와 공공의 이해에 밀접한 관련을 지니는 시설로서 신설·개축·유지·보수·준설 등의 항만공사에 엄청난 예산이 소요됨에도 불구하고 예산확보를 위한 현실적인 어려움이 있는 관계로 이를 극복하는 방편으로 민간자본의 유입을 촉진하기 위함에 있다 할 것이고, 이에 따라 위 규정은 비관리청이 항만공사를 시행하는 것을 허가하고 공사가 완료된 시설물은 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 것으로 하는 대신 비관리청에게 총공사비에 이르기까지 항만시설을 무상으로 사용하는 권리를 부여하고 있는바, 위와 같이 비관리청의 항만시설에 대한 무상사용권은 관계 법령에 의하여 정책적으로 당연히 부여되는 공법상의 권리라 할 것이므로, 비관리청은 항만공사 시행의 허가를 얻어 항만공사를 시행하고 그 시설물이 국가 또는 지방자치단체에 귀속하게 되면 그러한 일련의 절차를 거쳐 항만시설 무상사용권이라는 공권을 설정받게 되고, 그와 같은 공물에 대한 무상사용권은 이른바 특허에 의한 공물사용권에 해당한다.
 [2]항만법 제17조 제3항과구 항만법시행령(1995. 12. 29. 대통령령 제14853호로 개정되기 전의 것) 제19조 제2항에 의하면 항만시설의 무상사용기간은 총사업비의 액수에 의하여 결정된다 할 것이고, 총사업비 산정에 관하여 다툼이 있어 무상사용기간이 확정되지 아니하여 공물에 대한 사용권이 불안정한 상태에 있다면 그로 인한 공권의 침해는 행정소송의 방법에 의하여 구제받을 수 있다 할 것인바, 무상사용기간에 대한 다툼은 공법상의 법률관계에 관한 쟁송에 해당한다 할 것이므로 권리주체인 국가 또는 지방자치단체를 상대로 한 공법상의 당사자소송에 의하여 해결하여야 한다.
 [3]항만시설사용규칙 제2조 제1항,제2항,제5조의 규정에 의하면 지방해운항만청장의 총사업비 산정결과에 따라 비관리청의 항만시설에 대한 무상사용기간이 현실화되는 것이므로, 비록 지방해운항만청장이 비관리청에게 항만시설에 대한 무상사용권을 부여하거나 그 범위를 제한할 실질적인 권한을 가지고 있지 않다 하더라도 지방해운항만청장이 총사업비를 산정함에 있어서 관계 법령이 정하는 산정기준을 따르지 아니하여 관계 법령이 허용하는 무상사용기간보다 짧은 무상사용기간을 인정한다면 비관리청은 이로써 공법상의 권리를 침해당하였다 할 것이고, 그러한 비관리청의 공법상 지위 내지 권리관계에 위험·불안이 현존한다면 소로써 권리보호를 구할 필요성이 있다.
 [4]항만시설사용규칙 제2조 제2항이 "지방해운항만청장은제1항의 항만시설에 대한 준공확인 후 2월 이내에 총사업비를 산정하여야 한다."라고 규정하고 있지만 이는 훈시규정으로서 준공확인 후 가능한 이른 시간 내에 총사업비 산정을 위한 자료제출 및 검토를 마쳐 관계 법령이 인정하는 무상사용기간을 구체화하라는 취지에 불과하다 할 것이므로, 위 기간을 넘어 총사업비의 산정에 이의를 제기하고 그 조정을 요구하는 것이 위법하다고는 보이지 아니한다.
 [5]구 항만법시행령(1995. 12. 29. 대통령령 제14853호로 개정되기 전의 것) 제18조 제6호 소정의 건설이자를 계산함에 있어서 종기를 어느 날로 삼을 것인지에 관하여 위 시행령이 항만공사의 준공확인일을 기준으로 한다고 정하고 있어서 준공확인필증상의 준공일로 하여야 할 것인지, 준공확인필증을 교부한 날로 하여야 할 것인지에 관하여 다툼이 있는바,구 항만법(1995. 1. 5. 법률 제4925호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항은 "제9조 제2항의 규정에 의한 비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속된다."라고 규정하고,제3항은 "비관리청은제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위 안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다."라고 규정하고 있으며, 이에 따른 항만공사시행허가및시설물관리·운영에관한업무처리요령(1992. 5. 26. 해운항만청 고시 제1992-27호) 제27조 제1항은 "무상사용기간은 무상사용권자가 시행한 항만시설의 귀속일로부터 시작된다."라고 정하고 있는바, 위 규정들을 종합하면 항만시설은 그 준공이 있기만 하면 관리청의 준공확인이나 사업시행자의 귀속동의 등의 의사표시를 하지 않더라도 당연히 국가 또는 지방자치단체에 귀속하고, 그 귀속이 있으면 사업시행자는 그 때부터 당연히 이를 무상으로 사용할 수 있다 할 것이고, 현실적으로도 사업시행자는 무상으로 항만시설을 사용할 수 있게 된 날 비로소 투하된 건설자금을 회수할 수 있게 된다 할 것이므로, 건설이자는 무상으로 사용할 수 있게 된 날, 즉 실제의 준공일(준공확인필증 교부일보다는 준공확인필증상의 준공일이 더 정확할 것이다)을 기준으로 삼아 산정하여야 할 것이다.
 [6] 총사업비의 범위는 논리필연적으로 확정되는 것이 아니며 항만시설공사에 대한 민간자본 유입의 필요 정도, 관리청, 비관리청 및 다른 경제주체들의 경제적 이해관계, 항만시설 신설·유지·관리에 기여한 데에 대한 보상의 강도 등 여러 사정을 고려하여 결정될 입법정책의 문제라 할 것인바,항만법 제17조 제3항과 그에 따른같은법시행령(1995 12. 29. 대통령령 제14853호로 개정되기 전의 것) 제18조에서 총사업비의 범위를 열거하고 있으나, 부가가치세가그 시행령 제18조 소정의 조사비, 설계비, 순공사비, 보상비, 건설이자에 해당하지 않음은 명백하고,제5호 소정의 부대비에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대,제5호는 부대비로 '…일반관리비, 환경영향평가비, 시공감리비 등 항만공사 시행허가조건의 이행에 소요되는 제비용…'을 들고 있는데, 부가가치세가 항만공사 시행허가조건의 이행에 소요되는 제비용으로서 일반관리비, 환경영향평가비, 시공감리비에 해당한다고 해석하는 것은 문리해석상 허용하기 어렵다.