경정청구거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2017.10.12 / 시행일:

【원고, 상고인 겸 피상고인】 에스에이치씨매니지먼트 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 3인)
【피고, 피상고인 겸 상고인】 중부세무서장
【원심판결】 서울고법 2017. 2. 15. 선고 2016누621 판결
【주 문】
 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 피고의 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 피고의 상고이유에 대하여
 원심은 증거에 의하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 임직원들의 주식매수선택권 행사에 따라 지급한 이 사건 보전액이 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 제3항 및 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제3호 소정의 ‘인건비’에 해당하여 손금에 산입되어야 한다고 판단하였다.
 관련 규정과 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 법인세법상 손금산입 등에 관한 법리오해, 심리미진, 이유모순 등의 잘못이 없다.
 2. 원고의 상고이유에 대하여
 가. 원심은 증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
 1) 주식회사 신한금융지주회사(이하 ‘신한금융지주’라고 한다)의 자회사인 원고는 2002. 5.경부터 2006. 3.경까지 원고의 임직원들에게 신한금융지주의 주식에 대한 차액정산방식의 이 사건 주식매수선택권을 부여하였다. 한편 원고는 임직원들이 주식매수선택권을 행사할 경우 신한금융지주가 임직원들에게 지급할 차액정산 비용을 신한금융지주에 지급하기로 하였다.
 2) 원고는 2002년부터 2006년까지 장차 신한금융지주에 지급하여야 할 이 사건 주식매수선택권 비용 4,364,316,996원을 기업회계기준에 따라 주식보상비용(장기미지급비용)으로 인식하였으나, 법인세 과세표준을 계산함에 있어서는 이를 손금에 산입하지 아니하고 손금불산입(유보)으로 세무조정을 하였다.
 3) 이 사건 주식매수선택권 중 일부가 2007년 중 행사되자, 원고는 2007년에 주식매수선택권을 행사한 임직원들에게 이 사건 보전액 1,432,580,821원을 지급하였다.
 4) 한편 원고는 2007. 10. 1. 엘지카드 주식회사에 사업을 양도하면서 기업회계상 부채로 계상되어 있던 잔여 2,931,736,175원의 장기미지급비용(이하 ‘이 사건 양도액’이라고 한다)도 함께 양도하였다.
 5) 원고는 2007 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 주식매수선택권 비용 4,364,316,996원(이 사건 보전액 1,432,580,821원 + 이 사건 양도액 2,931,736,175원)을 손금산입{부(-)의 유보}함과 동시에 손금불산입(기타)으로 세무조정을 하여 결과적으로 위 주식매수선택권 비용을 모두 손금에 산입하지 아니하였다.
 6) 원고는 2011. 3. 16. 이 사건 주식매수선택권 비용 전부를 손금에 산입하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.
 나. 그런 다음 원심은, 원고가 손금불산입(유보)으로 세무조정한 이 사건 주식매수선택권 비용에 관한 금액이 사외로 유출되지 않고 법인 내부에 남아 있으나, 기업회계상 자산·부채와 세법상 자산·부채에 차이가 없는 경우에는 손금불산입(기타)으로 세무조정하는 것이 타당하므로, 이 사건 양도액은 손금에 산입할 수 없다고 판단하였다.
 다. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다.
 1) 구 법인세법 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정하고 있다. 기업회계에 따라 부채 내지 비용이 발생하였더라도 권리의무확정주의를 취하고 있는 세무회계와의 차이로 인하여 기업회계에 따른 비용의 손금산입을 부인하고 부채를 ‘유보’로 세무조정 등을 한 경우에는 나중에 사업양도로 그 부채가 소멸되었다고 하더라도, 세무회계상 부채로 볼 수 없는 이상 그 소멸의 효과를 부인하고 해당 사업연도에 손금산입을 하면서 ‘부(-)의 유보’로 세무조정 등을 하여야 한다. 이러한 조정을 거치지 아니하면 사업양도에 따른 세법상 양도차익이 과다하게 산정되기 때문이다.
 2) 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 기업회계상 장기미지급비용(부채)으로 계상해 두었던 이 사건 양도액 부분은 2002년부터 2006년까지 손금불산입(유보)으로 세무조정되었다가, 2007 사업연도에 사업양도로 인하여 그 부채가 소멸되었다고 하더라도, 그 소멸의 효과를 부인하여 손금산입하면서 ‘부(-)의 유보’로 처분하는 것이 타당하다.
 3) 그런데도 2007 사업연도에 이 사건 양도액 부분이 손금불산입(기타)으로 처분되어야 한다고 판단한 원심판결에는 세무조정 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하며, 피고의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박정화(재판장) 김용덕 김신(주심) 박상옥

세무회계와의 차이로 인하여 기업회계에 따른 비용의 손금산입을 부인하고 부채를 ‘유보’로 세무조정 등을 한 경우, 나중에 사업양도로 부채가 소멸되었더라도 세무회계상 부채로 볼 수 없는 이상 그 소멸의 효과를 부인하고 해당 사업연도에 손금산입을 하면서 ‘부(-)의 유보’로 세무조정 등을 하여야 하는지 여부(적극)

구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정하고 있다. 기업회계에 따라 부채 내지 비용이 발생하였더라도 권리의무확정주의를 취하고 있는 세무회계와의 차이로 인하여 기업회계에 따른 비용의 손금산입을 부인하고 부채를 ‘유보’로 세무조정 등을 한 경우에는 나중에 사업양도로 부채가 소멸되었더라도, 세무회계상 부채로 볼 수 없는 이상 그 소멸의 효과를 부인하고 해당 사업연도에 손금산입을 하면서 ‘부(-)의 유보’로 세무조정 등을 하여야 한다. 이러한 조정을 거치지 아니하면 사업양도에 따른 세법상 양도차익이 과다하게 산정되기 때문이다.