농림축산식품부, 중소벤처기업부, 민원인 - 농지보전부담금 면제 요건을 갖추어야 하는 시기 등(「농지법」 제38조제6항 등 관련) (법령해석례, 법제처)
공포일: 2021.10.15 / 시행일:

「농지법」 제38조제1항제1호에서는 같은 법 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자는 농지보전부담금을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 내야 한다고 규정하고 있고, 「중소기업진흥에 관한 법률」(이하 “중소기업진흥법”이라 함) 제62조의10제2항제1호에서는 소기업1)1) 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “산업집적법”이라 함) 제2조제1호에 따른 공장의 건축면적 또는 이에 준하는 사업장의 면적이 1천제곱미터 미만인 소기업을 말함이 수도권 외의 지역2)2) 「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역을 말하며, 이하 같음에서 공장을 신축ㆍ증축 또는 이전하려는 경우로서, 신축ㆍ증축 또는 이전 후 공장의 총건축면적과 이에 준하는 사업장 총면적의 합이 1천제곱미터 미만인 경우에는 「농지법」 제38조에 따른 농지보전부담금을 면제한다고 규정하고 있으며, 「농지법」 제38조제6항제3호 및 그 위임에 따른 같은 법 시행령 별표 2 제3호쿠목12)에서는 중소기업진흥법 제62조의10제2항에 해당하는 경우 농지보전부담금의 감면비율을 100퍼센트로 규정하고 있고, 「농지법」 제38조제5항에서는 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자가 농지보전부담금을 환급해야 하는 경우를 규정하고 있는바,가. 농지전용허가를 받은 소기업이 「농지법」 제38조제6항 또는 중소기업진흥법 제62조의10제2항에 따라 농지보전부담금을 면제받기 위해서는 반드시 농지보전부담금 납부 전에 면제 요건을 갖추어야 하는지?나. 「농지법」 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받기 위해 공장의 총건축면적등3)3) 공장의 총건축면적과 이에 준하는 사업장 총면적의 합을 말하며, 이하 같음이 1천제곱미터 이상에 해당하는 내용으로 사업계획서를 제출한 소기업이 같은 법 제38조제1항에 따라 농지전용허가를 받기 전에 농지보전부담금을 납부하였다가, 경미한 사유4)4) 「농지법」 제34조제1항 각 호 외의 부분 후단에 따른 변경허가 및 이에 준하는 행정처분을 받아야 하는 사유 외의 사유를 말하며, 이하 같음로 실제 신축 후 공장의 총건축면적등이 1천제곱미터 미만으로 변경되었으나 실제 농지전용면적은 당초 농지전용허가를 받은 면적 그대로 유지되는 경우, 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자는 「농지법」 제38조제5항에 따라 농지보전부담금을 환급해야 하는지?< 질의 배경 >민원인은 위 질의요지와 관련하여 농림축산식품부와 이견이 있어 법제처에 법령해석을 요청하였고, 농림축산식품부 및 중소벤처기업부에서도 법제처에 각각 법령해석을 요청함.

가. 질의 가에 대해이 사안의 경우 소기업이 「농지법」 제38조제6항 또는 중소기업진흥법 제62조의10제2항에 따라 농지보전부담금을 면제받기 위해서 반드시 그 부담금 납부 전에 면제 요건을 갖추어야 하는 것은 아닙니다.나. 질의 나에 대해이 사안의 경우 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자는 「농지법」 제38조제5항에 따라 농지보전부담금을 환급해야 합니다.

가. 질의 가에 대해법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 하고, 나아가 그러기 위해서는 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하면서, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제정ㆍ개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적ㆍ논리적 해석방법을 추가적으로 동원해야 하는데, 중소기업진흥법 제62조의10제2항 각 호 외의 부분 및 「농지법 시행령」 별표 2 제3호쿠목12)에서는 소기업이 수도권 외의 지역에서 신축ㆍ증축 또는 이전하는 공장을 농지보전부담금의 면제 대상으로 규정하면서 “신축ㆍ증축 또는 이전 후” 공장의 총건축면적등이 1천제곱미터 미만인 경우로 한정하고 있는바, 해당 규정에 따른 면제 여부는 공장 신축ㆍ증축ㆍ이전 후의 총건축면적등을 기준으로 판단해야 하는 점은 문언상 분명합니다.그런데 중소기업진흥법 제62조의10제2항은 경쟁력이 취약한 소기업의 활동을 제약하고 있는 규제를 철폐하고 소기업의 자유로운 생산활동을 촉진하기 위해 구 「소기업지원을위한특별조치법」(1997년 4월 10일 법률 제5331호로 제정된 것을 말함)이 제정됨에 따라 도입된 규정으로,5)5) 같은 법 제정이유 및 주요내용 참조소기업의 기업 활동 촉진을 위해 예외적으로 농지보전부담금을 면제해 주려는 취지인바, 이 사안에서 농지보전부담금 면제 여부와 그 요건은 「농지법」이 아닌 개별 법률인 중소기업진흥법에서 정하고 있는 실체적 규정에 따라 해석해야 합니다.한편 「농지법」 제38조제4항에서는 농지보전부담금의 납부시기를 농지전용허가 전까지로 규정하고 있는데, 이는 농지전용허가 등을 받은 자가 부담금을 장기간 납부하지 않는 등 그 체납 비율이 계속 증가되는 점을 고려해 농지보전부담금의 체납을 방지하려는 취지의 규정이고,6)6) 구 「농지법」(2015. 1. 20. 법률 제13022호로 일부개정된 것) 개정이유 및 주요내용 및 관련 국회 검토보고서 참조같은 조 제6항에서 공장의 총건축면적등 감면 요건을 농지보전부담금의 납부 시기까지 충족하도록 하는 명시적인 근거도 두고 있지 않으므로, 같은 조에 따른 농지보전부담금의 납부ㆍ감면 규정과 중소기업진흥법에 따른 농지보전부담금 면제 요건 충족 시점을 연계하여 중소기업진흥법에 따른 면제 요건을 제한적으로 해석하는 것은 타당하지 않습니다.따라서 이 사안의 경우 소기업이 「농지법」 제38조제6항 또는 중소기업진흥법 제62조의10제2항에 따라 농지보전부담금을 면제받기 위해서 반드시 그 부담금 납부 전에 면제 요건을 갖추어야 하는 것은 아닙니다.나. 질의 나에 대해「농지법」 제38조제5항에서는 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자는 농지보전부담금을 낸 자의 허가가 취소된 경우(제1호), 농지보전부담금을 낸 자의 사업계획이 변경된 경우(제2호), 농지보전부담금을 납부하고 허가를 받지 못한 경우(제2호의2) 및 그 밖에 이에 준하는 사유로 전용하려는 농지의 면적이 당초보다 줄어든 경우(제3호)에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 환급해야 한다고 규정하고 있는바, 이 사안의 경우에는 같은 항 제2호의 “농지보전부담금을 낸 자의 사업계획이 변경된 경우”에 해당하는지 여부가 문제됩니다.먼저 「농지법」 제38조제5항은 농지보전부담금으로 납부된 금액 중 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 “부당이득”에 해당하는 금액이 있는 경우7)7) 대법원 2006. 6. 30. 선고 2004다1028 판결례 및 대법원 2011. 5. 26. 선고 2008다23460 판결례 참조, 이를 납부자에게 반환하도록 하여 납부자의 재산상 권리를 보호하고, 농지보전부담금 부과의 공정성 및 투명성을 확보하려는 취지의 규정인바,8)8) 「부담금관리 기본법」 제5조제1항 참조같은 항 제2호에 따른 “사업계획이 변경된 경우”는 납부자에 대한 정의와 공평의 관점에서 폭넓게 해석할 필요가 있습니다.그런데 「농지법 시행규칙」 제26조제2항제1호에서는 농지전용허가신청서에 첨부하여야 할 서류로서 전용목적, 사업시행자 및 시행기간, 시설물의 배치도, 소요자금 조달방안, 시설물관리ㆍ운영계획, 「대기환경보전법 시행령」 별표 1 및 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 시행령」 별표 13에 따른 사업장 규모 등을 명시한 사업계획서를 규정하고 있는바, 이러한 사업계획서의 내용에 비추어 볼 때, 농지법령에서의 사업계획은 행정처분을 수반하는 사업계획뿐만 아니라 행정처분을 수반하지 않는 사실상의 사업계획까지 포괄하는 의미로 보아야 하고, 이는 사업계획의 변경 여부를 판단하는 경우에도 마찬가지라 할 것입니다.또한 이 사안의 경우 결과적으로 공장의 총건축면적등이 1천제곱미터 미만으로 중소기업진흥법에 따른 농지전용부담금 면제 요건을 충족하였다는 점에 비추어 볼 때, 농지전용허가 전 사업계획 단계부터 면제 요건을 충족한 경우와 달리 취급할 이유가 없고, 변경허가 대상이 되는 사업계획의 변경과 경미한 사유로 변경허가 대상이 아닌 사업계획 변경을 농지보전부담금 환급에 있어 달리 취급할 합리적인 이유도 없으므로, 공장의 총건축면적등의 변경을 「농지법」 제38조제5항제2호에 따른 “사업계획의 변경”에 해당하는 것으로 보고 농지보전부담금을 환급하는 것이 형평에 부합하는 법해석입니다.한편 「농지법 시행령」 제51조제2항제3호에서는 변경허가일 또는 이에 준하는 행정처분의 결정일을 기준으로 농지보전부담금환급금을 산정하도록 규정하고 있으므로, 「농지법」 제38조제5항제2호의 농지보전부담금 환급 대상이 되는 “농지보전부담금을 낸 자의 사업계획이 변경된 경우”를 변경허가 등 행정처분을 수반하는 사업계획의 변경만을 의미한다고 보아야 한다는 의견이 있으나, 같은 항에서는 환급 사유를 같은 항 각 호에 직접 열거하여 규정하면서 농지보전부담금을 환급하는 절차 등에 대해서만 대통령령으로 위임하고 있을 뿐, 같은 항 각 호의 환급 사유와 관련해서는 대통령령으로 위임하고 있지 않은바, 환급가산금 산정에 필요한 기간을 정하기 위한 기준에 불과한 같은 법 시행령 제51조제2항제3호의 변경허가일을 근거로 같은 법 제38조제5항제2호의 사업계획 변경의 의미를 한정할 수는 없다는 점에서 그러한 의견은 타당하지 않습니다.따라서 이 사안의 경우 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자는 「농지법」 제38조제5항에 따라 농지보전부담금을 환급해야 합니다.<관계 법령>농지법제38조(농지보전부담금) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위한 부담금(이하 “농지보전부담금”이라 한다)을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 내야 한다.1. 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자2. 제34조제2항제1호에 따라 농지전용협의를 거친 지역 예정지 또는 시설 예정지에 있는 농지(같은 호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 포함한다)를 전용하려는 자2의2. 제34조제2항제1호의2에 따라 농지전용에 관한 협의를 거친 구역 예정지에 있는 농지를 전용하려는 자3. 제34조제2항제2호에 따라 농지전용협의를 거친 농지를 전용하려는 자4. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자5. 제35조나 제43조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하려는 자② ㆍ ③ (생 략)④ 농지를 전용하려는 자는 제1항 또는 제2항에 따른 농지보전부담금의 전부 또는 일부를 농지전용허가ㆍ농지전용신고(다른 법률에 따라 농지전용허가 또는 농지전용신고가 의제되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다) 전까지 납부하여야 한다.⑤ 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 환급하여야 한다.1. 농지보전부담금을 낸 자의 허가가 제39조에 따라 취소된 경우2. 농지보전부담금을 낸 자의 사업계획이 변경된 경우2의2. 제4항에 따라 농지보전부담금을 납부하고 허가를 받지 못한 경우3. 그 밖에 이에 준하는 사유로 전용하려는 농지의 면적이 당초보다 줄어든 경우⑥ 농림축산식품부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다.1. ㆍ 2. (생 략)3. 제35조제1항 각 호에 따른 시설이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우⑦ ∼ ⑭ (생 략)⑮ 농지보전부담금의 납부기한, 납부 절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.농지법 시행령제51조(농지보전부담금의 환급) ① 농림축산식품부장관은 납부의무자가 농지보전부담금으로 납부한 금액 중 과오납입한 금액이 있거나 법 제38조제5항에 따라 환급하여야 할 금액이 있으면 지체 없이 그 과오납액 또는 환급금액을 농지보전부담금환급금으로 결정하고 이를 농지보전부담금납부자와 한국농어촌공사에 각각 통지하여야 한다. 다만, 법 제42조제1항제3호 또는 제4호에 따라 농지의 원상회복을 명한 경우에는 농지의 원상회복 여부를 확인한 후에 통지하여야 한다.② 농림축산식품부장관은 제1항에 따라 농지보전부담금환급금을 통지하는 때에는 농지보전부담금환급금에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날의 다음 날부터 환급결정을 하는 날까지의 기간과 「국세기본법 시행령」 제43조의3제2항에 따른 국세환급가산금의 이율에 따라 계산한 금액을 환급가산금으로 결정하고 이를 농지보전부담금환급금과 함께 통지하여야 한다.1. 착오납입ㆍ이중납입 또는 납입 후의 그 부과의 취소ㆍ정정으로 인한 농지보전부담금환급금에 있어서는 그 납입일. 다만, 그 농지보전부담금이 2회 이상 분할납입된 것인 때에는 그 최후의 납입일로 하되, 농지보전부담금환급금이 최후에 납입된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지의 납입일의 순서로 소급하여 계산한 농지보전부담금환급금의 각 납입일로 한다.2. ㆍ 2의2. (생 략)3. 납입자의 사업계획의 변경 그 밖에 이에 준하는 사유로 인한 농지보전부담금환급금에 있어서는 그 변경허가일 또는 이에 준하는 행정처분의 결정일. 다만, 법 제42조제1항제4호에 따라 농지의 원상회복을 명한 경우에는 농지의 원상회복일로 한다.③ 제1항에 따른 농지보전부담금환급금과 제2항에 따른 환급가산금은 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 농지관리기금에서 이를 지급한다.중소기업진흥에 관한 법률제62조의10(소기업의 공장설립에 관한 특례) ① (생 략)② 소기업 중 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 공장의 건축면적 또는 이에 준하는 사업장의 면적이 1천제곱미터 미만인 기업이 「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 외의 지역(이하 이 조에서 “수도권 외의 지역”이라 한다)에서 공장을 신축ㆍ증축 또는 이전하려는 경우(신축ㆍ증축 또는 이전 후 공장의 총건축면적과 이에 준하는 사업장 총면적의 합이 1천제곱미터 미만인 경우에 한정한다)에는 다음 각 호의 부담금을 면제한다.1. 「농지법」 제38조에 따른 농지보전부담금2. ㆍ 3. (생 략)③ ㆍ ④ (생 략)