부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득세 감면규정은 금융감독원장에게 등록한 집합투자기구가 취득하는 부동산에 한하여 적용되는 지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2018.11.29 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용 중 보조참가로 인한 부분은 피고보조참가인이, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

상고이유를 판단한다.
1. 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제120조 제4항 제2호는 ‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 2012. 12. 31.까지 취득하는 부동산’에 대하여 취득세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다).
한편 구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 자본시장법’이라 한다)은, 집합투자업자인 위탁자가 신탁업자에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 그 집합투자업자의 지시에 따라 투자·운용하게 하는 투자신탁 형태의 집합투자기구를 설정하거나 설립한 경우에 집합투자업자가 이를 원칙적으로 금융위원회에 등록하도록 하고 있다(제182조 제1항).
2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
가. 구 자본시장법상 집합투자업자인 ○○○자산운용 주식회사(이하 ‘소외 집합투자업자’라 한다)는 구 자본시장법상 신탁업자인 원고와 사이에, 소외 집합투자업자가 원고에게 신탁한 재산을 원고로 하여금 소외 집합투자업자의 지시에 따라 투자·운용하되, 그 재산 중 100의 50 이상을 초과하여 부동산에 투자·운용하고, 수익자는 50인 미만으로 하는 구 자본시장법상 투자신탁 형태의 사모부동산집합투자기구(이하 ‘이 사건 집합투자기구’라 한다) 설정계약을 체결하기에 앞서 위 집합투자기구의 집합투자증권을 판매하였고, 2012. 9. 21. 이 사건 집합투자기구 설정계약(이하 ‘이 사건 투자신탁계약’이라 한다)을 체결하면서 그 판매대금으로 신탁원본을 납입하였다.
나. 소외 집합투자업자가 2012. 9. 27. 금융감독원장에게 이 사건 집합투자기구 등록을 신청하였으나 등록이 수리되지 않은 상태에서, 원고는 2012. 10. 5. 위와 같이 납입받은 집합투자재산으로 서울 마포구 서교동 490 지상 메세나폴리스 오피스텔 건물 101호에서 3201호(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하였다. 원고는 같은 날 이 사건 부동산이 이 사건 감면규정의 ‘자본시장법에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산’에 해당한다며 취득세 감면을 신청하였고, 취득세 등 세액의 30%를 감면받아 감면된 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세를 납부하였다. 그 후 2012. 11. 1. 이 사건 집합투자기구의 등록이 수리되었다.
다. 피고는 2014. 11. 7. 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 이 사건 집합투자기구가 등록을 마치지 않아 이 사건 감면규정을 적용할 수 없다는 이유로, 원고에 대하여 감면되었던 취득세 1,762,620,010원, 지방교육세 176,262,000원, 농어촌특별세 88,131,000원을 다시 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
3. 그런 다음 원심은, ① 구 자본시장법이 등록제도를 둔 것은 투자자들로 하여금 일정한 요건을 갖추지 못한 집합투자기구에 투자하는 위험을 방지하여 궁극적으로 투자자들을 보호하기 위한 것으로, 집합투자기구의 실체를 감독기관으로 하여금 점검하여 그 내용을 등재함과 아울러 대외적으로 알려 집합투자기구를 둘러싼 투자환경의 신인도를 보장하려는 데에 있을 뿐인 점, ② 이 사건 감면규정의 취지는 부동산투자신탁 등을 통한 부동산간접투자에 대해 세제지원을 함으로써 부동산간접투자제도의 원활한 도입과 부동산시장의 활성화를 도모하고자 하는 데 있는데, 이 사건 감면규정의 적용에 따른 조세감면 여부는 투자 여부를 결정하는 중요한 요소가 되는 점, ③ 집합투자기구가 등록을 마치기 전에 행한 부동산 취득도 사법상 유효하다고 볼 수 있고, 이 사건 부동산 취득 당시 이 사건 투자신탁에 따라 부동산집합투자기구가 설정·설립되어 있었을 뿐만 아니라, 특히 금융위원회에 등록신청을 하고 원고가 부동산을 취득한 후 곧바로 그 등록 신청이 수리되기도 하였던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부동산 취득에 이 사건 감면규정이 적용된다고 할 수 있으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.
4. 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이유 설시에 일부 부적절한 점이 없지 아니하나, 이 사건 처분이 위법하다고 본 결론은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 감면규정의 해석 및 적용에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.
5. 그러므로 상고를 모두 기각하고 상고비용은 패소자들이 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2015. 12. 1. 선고 2015누49841 판결】

【주문】 처분청패소

1. 제1심판결을 취소한다.
2.피고가 2014. 11. 7. 원고에 대하여 한 취득세 1,762,620,010원, 지방교육세176,262,000원, 농어촌특별세 88,131,000원의 각 부과처분을 취소한다.
3. 소송총비용 중 원고와 피고 사이에 생긴 부분은 피고가, 보조참가로 인한 부분은 피고보조참가인이 각 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 쓸 이유는 제1심판결의 이유 부분 중 ‘1. 처분의 경위’ 항목과 같으므로행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 아래와 같은 점을 들어 이 사건 감면규정은 ‘자본시장법에 따라 적법하게 설정·설립된 부동산집합투자기구‘가 집합투자재산으로 부동산을 취득한 경우라면 부동산집합투자기구가 금융위원회에 등록되었는지 여부와 관계없이 적용되어야 한다고 주장한다.
① 이 사건 감면규정은 ‘등록’을 감면요건으로 규정하지 않고 있으므로 이 사건 감면규정을 ‘금융위원회에 등록된 부동산집합투자기구’에 대하여만 적용되는 것으로 본다면 법률의 근거 없이 조세감면요건을 추가하거나 축소해석한 것이어서 조세법률주의에 반한다.
② 자본시장법상 금융위원회에 대한 등록을 자본시장법상 ‘부동산집합투자기구’의 성립 또는 효력 발생요건으로 볼 수 없고, 이를 ‘집합투자재산’에 해당하는지 여부와 관계가 있다고 볼 수도 없다.
③ 이 사건 감면규정의 연혁을 보더라도, 이 사건 감면규정은 자본시장법상 집합투자기구에 관한 등록제도가 신설되기 이전에 도입된 이후 소관 법률의 변경이나 표현 순화에 따라 일부 표현이 변경되었을 뿐, 그 내용이 실질적으로 변경되었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 감면규정이 ‘금융위원회에 등록된 부동산집합투자기구’에 대하여 만 적용될 것을 전제로 제·개정된 것이라고 보기 어렵다.
④ 금융위원회에 대한 등록 여부를 기준으로 이 사건 감면규정의 적용을 배제하는 것은 부동산간접투자기구 지원을 통한 부동산 시장 활성화라는 이 사건 감면규정의 입법 취지에도 배치된다.
⑤ 금융위원회는 집합투자기구 등록 이전의 사모집합투자증권 판매행위를 규제하지 않았고, 오히려 사모집합투자증권 판매 후에 집합투자기구로 등록하도록 행정지도하고 있었으므로 집합투자기구 등록 이전의 집합투자증권 판매를 가벌성이 인정되는 위법행위라고 단정할 수 없다. 설령 이러한 사모집합투자증권 판매가 자본시장법 위반에 해당한다고 하더라도, 이를 들어 이 사건 감면규정의 적용을 배제한다면 그로 인한 조세부담은 실질적으로 투자자들에게 전가되는 것이어서 오히려 투자자 보호라는 입법 목적을 달성하지 못하게 되는 것이어서 비합리적이다.
⑥ 집합투자기구 등록 이전의 집합투자증권 판매를 이유로 이 사건 감면규정의 적용을 배제한다면 그간의 등록제도의 운용 현실에 반하는 것이고, 신탁업자, 집합투자업자, 투자자 사이에 비용 부담에 대한 분쟁이 일어나게 되며, 집합투자업자들의 도산 우려도 있으며, 이 사건 감면 규정을 신뢰한 집합투자업자와 투자자들의 신뢰이익도 침해하게 되는 등 구체적 타당성에 반한다.
(2) 피고의 주장

피고는 아래와 같은 점을 종합하면 이 사건 감면규정은 ‘자본시장법에 따라 금융위원회에 적법하게 등록을 마친 부동산집합투자기구’가 집합투자재산으로 부동산을 취득한 경우에만 적용될 수 있다고 주장한다.
① 조세감면요건 중 이 사건 감면규정과 같이 특혜규정에 해당하는 것은 엄격하게 해석해야 하는바, 이 사건 감면규정은 ‘자본시장법에 따른’ 부동산집합기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산에 대해서만 취득세 등을 감면하도록 규정하고 있으므로 부동산을 취득하는 주체가 자본시장법에 따른 부동산집합투자기구에 해당하여야 할 뿐 아니라 그 취득절차 등도 자본시장법이 정한 적법한 절차에 따른 경우에만 적용될 수 있다고 보아야 한다.
② 금융위원회의 등록은 행정청이 실체적 요건에 관한 심사를 한 후 수리하여야 하는 등록에 해당하며, 등록 이전에 당사자의 사적인 법률행위에 따라 설정·설립된 단계에서의 집합투자기구를 자본시장법의 규율 대상이 되는 집합투자기구라고 보기 어렵다. 또한 집합투자기구가 금융위원회에 등록을 마친 후, 집합투자증권 판매를 통하여 모집된 투자금을 신탁원본으로 납입하여야 하며, 납입된 신탁원본으로 부동산을 취득한 경우에 한하여, 자본시장법에 따른 집합투자재산으로 부동산을 취득한 경우에 해당한다고 보아야 한다.
③ 입법자가 사모투자신탁에 대하여 구 간접투자법보다 금융위원회 및 금융감독원장의 규제 및 감독을 강화하는 방향으로 자본시장법을 제정한 이후 조세특례제한법에서 이 사건 감면규정을 신설하였는바, 이와 같은 이 사건 감면규정의 연혁을 고려하면 이 사건 감면규정이 부동산집합투자기구가 등록 전 집합투자증권 판매행위를 통하여 취득한 집합투자재산으로 금융감독원의 집합투자재산 운용에 대한 사전 심사가 이루어지기도 전에 부동산을 취득한 경우에까지 조세감면의 혜택을 부여하려 하였다고 보이지는 않는다.
④ 구 자본시장법에서 집합투자기구에 대한 사전 등록 제도를 도입하면서 등록 이전의 집합투자증권 판매나 집합투자기구를 등록하지 아니한 행위 등에 관한 처벌규정을 두고 있는 점을 함께 고려하면, 이 사건 감면규정의 입법취지도 구 자본시장법상 절차를 준수하여 투명하게 운영되는 집합투자기구에 대한 혜택으로 취득세를 감면하기로 한 것이라고 보아야 한다.
⑤ 등록 이전의 부동산집합투자기구가 취득하는 부동산에 대하여도 이 사건 감면규정이 적용된다고 해석한다면, 이 사건 감면규정이 부동산 취득 후 등록 수리가 거부되는 경우에도 적용된다거나 취득세 등을 감면받기 위한 조세회피수단으로 악용될 우려가 있다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 쟁점(이 사건 감면규정의 요건)에 대한 판단

(1) 문제의 제기

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이지 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조), 다만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).
이 사건 감면규정은 부동산집합투자기구에 세제상의 특혜를 부여하는 규정에 해당한다. 그런데 이 사건 감면규정의 문언은 ‘자본시장법에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산’이라고만 되어 있을 뿐 감면요건으로 등록을 마친 집합투자기구가 취득하는 부동산에 한정되는지 또는 그 취득자금인 집합투자재산이 집합투자기구가 등록을 마친 후 해당 집합투자증권을 판매하여 마련한 것 등에 한정되는지, 아니면 등록과 무관하게 ‘자본시장법에 따라 설정된 부동산집합투자기구가 집합투자재산으로 취득하는 부동산’이면 족하는지 여부가 문언 자체만으로는 분명하지 아니하다. 따라서 이 사건 감면규정에서 요구하는 감면의 요건은 결국 그 문언과 감면제도의 입법취지 및 연혁, 집합투자기구에 요구하는 등록의 제도적 취지 및 그 법적 효력, 등록제에 관한 금지규정의 내용 및 위반의 효력, 그 밖의 관련 규정의 내용 및 일반 법리를 종합하여 확정하여야 할 것이다.
(2) 문언의 의미

이 사건 감면규정은 "자본시장법에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산"이라고 규정하고 있는데, 구 조세특례제한법은 이 사건 감면규정과 관련하여 ‘부동산집합투자기구‘, ‘집합투자재산‘에 대한 별도의 정의규정을 두지 아니하고 있고, 다만 구 자본시장법에서 그 정의규정을 두고 있다.
먼저 구 자본시장법에서는 ‘부동산집합투자기구’를 ‘집합투자재산의 100분의 40 이상으로서 대통령령으로 정하는 비율을 초과하여 부동산에 투자하는 집합투자기구’로 정의하고 있다(구 자본시장법 제229조 제2호). 또한 구 자본시장법은 ‘집합투자’를 ‘2인 이상에게 투자권유를 하여 모은 금전 등 또는 국가재정법 제81조에 따른 여유자금을 투자자 또는 각 기금관리주체로부터 일상적인 운용지시를 받지 아니하면서 재산적 가치가 있는 투자대상자산을 취득·처분, 그 밖의 방법으로 운용하고 그 결과를 투자자 또는 각 기금관리주체에게 배분하여 귀속시키는 것’으로 규정하고(구 자본시장법 제6조 제5항 본문), ‘집합투자기구’를 ‘집합투자를 수행하기 위한 기구’로 정의하면서 그 중 이 사건에서 문제가 된 집합투자기구의 한 형태인 ‘투자신탁’을 ‘집합투자업자인 위탁자가 신탁업자에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 그 집합투자업자의 지시에 따라 투자·운용하게 하는 신탁 형태의 집합투자기구’로 규정하고 있다(구 자본시장법 제9조 제18항 제1호).
또한, ‘집합투자재산’에 관하여는 구 자본시장법에서 ’집합투자기구의 재산으로서 투자신탁재산, 투자회사재산, 투자유한회사재산, 투자합자회사재산, 투자조합재산 및 투자익명조합재산‘이라고 정의하고 있다(구 자본시장법 제9조 제20항).
이처럼 그 정의규정 자체만 보면 부동산집합투자기구의 설립·설정의 요건이나 효력발생요건으로 별도의 등록을 요구하지 않고 있으며 집합투자재산에 관하여도 등록을 마친 집합투자기구가 보유하는 재산일 것을 요구하고 있지도 않다.
(3) 등록의 제도적 취지 및 법적 효력

(가) 등록제의 내용

① 구 자본시장법에 의하면 집합투자기구가 설정·설립되면 금융위원회에 집합투자재산의 운용에 관한 사항, 그 밖에 투자자를 보호하기 위하여 필요한 사항으로서 금융위원회가 정하여 고시하는 사항 등을 기재한 등록신청서를 제출하여야 하고[법 제182조 제1항, 제3항, 제9항 및 구 자본시장법 시행령(2013. 8. 27. 대통령령 제24679호로 개정되기 전의 것) 제211조 제1항 제9호, 제15호], 금융위원회는 접수된 등록신청서가 등록요건을 갖춘 경우 등록을 결정하여 집합투자기구등록부에 필요한 사항을 기재하여야 하며, 등록내용을 인터넷 홈페이지 등에 공고하여야 한다(법 제182조 제4, 5, 6, 7항). 또한 집합투자기구는 등록사항이 변경된 경우에도 2주 이내에 금융위원회에 변경등록을 하여야 하며(법 제182조 제8항), 만일 집합투자기구를 등록하지 아니하는 행위, 거짓 또는 부정한 방법으로 등록 또는 변경등록을 하는 경우에는 3년 이하의 징역 또는 1억 원 이하의 벌금에 처하고(법 제445조 제23호, 제24호), 집합투자기구를 변경등록하지 아니하는 경우에는 5천만 원 이하의 과태료를 부과한다(법 제446조 제40호).
② 구 자본시장법은 집합투자기구의 등록요건으로 그 집합투자재산을 운용하는 집합투자업자, 그 집합투자재산을 보관·관리하는 신탁업자, 그 집합투자증권을 판매하는 투자매매업자·투자중개업자 등이 업무정지기간 중에 있지 아니할 것, 집합투자규약이 법령을 위반하거나 투자자의 이익을 명백히 침해하지 아니할 것 등을 열거하였는데(법 제182조 제1항 제1호, 제3호), 금융위원회는 위 등록요건을 갖추지 못한 집합투자기구에 대하여 등록을 거부할 수 있고(법 제182조 제6항), 집합투자기구의 등록을 수리한 이후에도 거짓 또는 부정한 방법으로 등록 또는 변경등록이 이루어진 경우, 등록요건이 상실된 경우 등에는 그 등록을 취소할 수 있으며(법 제253조 제1항), 만일 등록이 취소된 후 그 취소된 업무를 영위하면 3년 이하의 징역 또는 1억 원 이하의 벌금에 처한다(법 제445조 제29호).
③ 한편, 집합투자기구는 그 단체법적 구조에 따라 투자신탁, 투자회사, 투자유한회사, 투자합자회사, 투자유한책임회사, 투자합자조합, 투자익명조합의 7개 유형으로 분류되는데, 위 모든 유형의 집합투자기구에 있어 금융감독원장의 등록 취소는 해지·해산 사유에 해당한다(법 제192조 제2항 제4호, 제202조 제1항 제6호, 제211조 제2항, 제216조 제3항, 제221조 제1항 제3호, 제227조 제3항).
④ 집합투자기구의 집합투자증권을 판매하고자 하는 경우에는 투자매매업자와 판매계약을 체결하거나 투자중개업자와 위탁판매계약을 체결하여야 하고(법 제184조 제5항 본문), 투자신탁 형태의 집합투자기구(이하 ‘투자신탁’이라고만 한다)에 있어 집합투자업자가 자본시장법에 따라 금융위원회의 인가를 받은 투자매매업자 또는 투자중개업자인 경우에는 그 자신이 투자매매업자 또는 투자중개업자로서 위 판매를 할 수 있으나(법 제184조 제5항 단서), 어느 경우에나 투자매매업자 또는 투자중개업자는 집합투자기구가 등록되기 전까지 집합투자증권을 판매하여서는 아니 되고(법 제76조 제3항), 이를 위반한 경우 3년 이하의 징역 또는 1억 원 이하의 벌금에 처한다(법 제445조 제13호).
(나) 등록제도의 도입과 입법취지

자본시장법이 제정되기 이전에 시행되던 구 간접투자자산 운용업법[자본시장법 부칙<제8635호, 2007. 8. 3.> 제2조 제3호에 따라 2009. 2. 4. 폐지된 것, 이하 ‘구 간접투자법’이라 한다]은 투자회사의 등록제도는 두고 있었으나(제41조), 부동산간접투자기구에 대한 등록제도는 별도로 두고 있지 않았고, 다만 자산운용회사가 투자신탁 형태의 간접투자기구를 설정하려면 미리 작성한 신탁약관에 의하여 신탁계약을 체결하도록 하고, 자산운용협회가 작성한 표준신탁약관에 의하여 신탁계약을 체결하지 않는 경우에는 신탁계약 체결 이전에 금융위원회에 그 신탁약관을 보고하도록 하였으나(제28, 29, 30조), 사모간접투자신탁에 대하여는 사전 보고 대신 설정일로부터 7일 이내에 금융위원회에 신탁약관을 보고할 의무만을 부과하고 있었고(제28조 제1항, 제2항, 제29조 제1항, 제175조 제2항), 금융위원회가 보고의 수리를 거부할 수 있는지에 관하여는 아무런 정함이 없었다.
한편, 집합투자기구의 금융위원회 등록제도는 자본시장법이 2007. 8. 3. 법률 제8635호로 제정되어 2009. 2. 4. 시행되면서 비로소 도입되었다. 자본시장법 시행 이후에는 적격투자자만을 대상으로 사모로만 발행하는 집합투자기구 중 사모투자전문회사를 제외한 집합투자기구(이하 ‘적격투자자대상 사모집합투자기구’라 한다)인 투자신탁의 집합투자업자는 적격투자자대상 사모집합투자기구가 설정된 경우에는 그 날부터 1개월 이내에 금융위원회에 보고하면 되지만(구 자본시장법 제249조의2 제6항, 제1항), 적격투자자대상 사모집합투자기구를 제외한 나머지 사모집합투자기구인 투자신탁의 집합투자업자는 구 간접투자자산 운용업법과 달리 집합투자기구가 설정된 경우 그 집합투자기구를 금융위원회에 등록하여야 한다(구 자본시장법 제182조).
구 자본시장법에서 위와 같이 사모집합투자기구에 관하여도 원칙적으로 금융위원회의 등록을 거치도록 규정하면서 등록 전 집합투자증권을 판매하는 행위를 금지하고 이에 대한 형사처벌 규정을 두는 등으로 제재하는 목적은 금융감독관청이 집합투자기구에 대하여 자본시장법 제182조 제2항 각 호의 등록요건을 갖추었는지를 사전에 심사하고, 등록 이후 행정감독을 강화함으로써 집합투자기구에 투자하는 일반 투자자들을 보호하고자 하는 것이다.
(다) 등록제도의 운용 및 변천

집합투자업자는 투자신탁을 설정하는 경우 신탁업자에게 해당 신탁계약에서 정한 신탁원본 전액을 금전으로 납입하여야 하는데(구 자본시장법 제188조 제4항), 집합투자기구에 관한 사전등록제를 도입하여 집합투자기구가 등록되기 전에 해당 집합투자증권을 판매할 수 없게 됨으로써, 신탁계약을 체결하면서 신탁원본 납입이 이루어지지 않은 투자신탁인 이른바 ‘공(空)펀드’가 난립하는 문제가 발생하였다. 만일, 공펀드가 집합투자증권을 예정대로 판매하지 못하여 집합투자재산을 확보할 수 없다면 그러한 투자신탁은 존재할 실익이 없게 된다.
이에 따라 금융감독당국은 공펀드를 규제하여 사모집합투자기구가 신탁원본을 납입하지 아니한 상태에서 등록하는 것을 지양하도록 행정지도를 하였고, 이 사건 투자신탁을 비롯하여 사모부동산집합투자기구의 집합투자증권 판매 이후의 등록 신청을 아무런 제재 없이 모두 수리하였으며, 위 판매행위에 대하여 형사고발 조치를 취하지도 아니하였다.
그러다가 2015. 7. 24. 법률 제13448호로 개정되어 2015. 10. 25.부터 시행된 자본시장법은 전문투자형 사모집합투자기구를 설정·설립한 날부터 2주일 이내에 금융위원회에 보고하도록 규정함으로써 사모펀드의 설립규제를 사전등록제에서 사후보고제로 전환하였다(법 제249조의6, 경영참여형 사모집합투자기구의 경우에도 제249의20에서 등록에 관한 제182조의 적용을 배제하였다). 이와 같은 법개정의 취지는 창의적이고 혁신적인 자본인 사모집합투자기구의 순기능이 제고될 수 있도록 사모펀드의 설립규제를 사전등록제에서 사후보고제로 전환함으로써, 신속하게 투자자를 모집하고 투자대상 자산에 투자할 수 있도록 하여 자본시장의 부가가치 창출기능을 강화하고 우리 경제의 역동성을 높이기 위한 것인바, 개정된 자본시장법이 시행됨에 따라 이 사건에서와 같은 사모집합투자기구의 경우 등록 전 집합투자증권 판매행위 금지 규정 및 위 처벌 규정이 적용될 여지가 없게 되었다.
(라) 등록제의 법적 효력

앞에서 본 바와 같이 구 자본시장법상 등록제도의 요체는, 집합투자업자 및 투자회사 등이 집합투자기구가 설정·설립된 경우 금융위원회에 등록신청서를 제출하고, 금융투자위원회는 그 집합투자기구가 자본시장법에 따라 적법하게 설정·설립되었는지, 집합투자규약이 법령을 위반하거나 투자자의 이익을 명백히 침해하지 아니하는지 등을 검토하여 등록 여부를 결정하고, 등록을 결정한 경우 집합투자기구등록부에 필요한 사항을 기재한 후 그 내용을 인터넷 홈페이지 등에 공고하는 것이다. 이는 투자자들로 하여금 그 요건을 갖추지 못한 집합투자기구에 투자하는 위험을 방지하여 궁극적으로 투자자들을 보호하기 위한 데에 있다. 요컨대 등록제도의 취지는 어디까지나 집힙투자기구의 실체를 감독기관으로 하여금 점검하여 그 내용을 등재함과 아울러 대외적으로 알려 집합투자기구를 둘러싼 투자환경의 신인도를 보장하려는 데에 있을 뿐 그 등록이 집합투자기구의 설정·설립요건이라거나 효력발생요건이 되는 것은 아니라고 할 것이다.
(4) 이 사건 감면규정의 입법취지 및 입법연혁

(가) 이 사건 감면규정의 입법 경위 및 변천

1) 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되어 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)에 의한 등록세 감면대상(제119조 제6항)은 ‘간접투자자산운용업법에서 정하는 부동산간접투자기구(이하「부동산간접투자기구」라 한다)의 신탁재산으로 취득하는 부동산’, 취득세 감면대상(제120조 제4항)은 ‘제119조 제6항의 규정에 의한 부동산간접투자기구의 신탁재산으로 취득하는 부동산’이었다. 앞서 본 바와 같이 구 간접투자법은 부동산간접투자기구에 대한 등록제도를 두고 있지 않았으므로, 그 당연한 귀결로써 위 등록세 및 취득세 감면규정을 적용함에 있어서 부동산간접투자기구의 등록이 요구되지 아니하였다.
2) 2009. 2. 4. 구 간접투자법이 폐지됨과 동시에 자본시장법이 시행되었고, 그에 따라 개정된 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되어 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)에는 등록세 감면대상(제119조 제6항)은 ‘「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에서 정하는 부동산집합투자기구(이하 「부동산집합투자기구」라 한다)의 집합투자재산으로 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산’으로 규정되었고, 한편, 취득세 감면대상(제120조 제4항)은 ‘부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 일정 시한까지 취득하는 부동산’으로 규정되었다. 이는 위 1)항과 비교하여 볼 때, 법률명과 법률 개정에 따른 용어 변경만 있을 뿐이고 문언상 별다른 변화가 없다.
3) 지방세법이 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 등록세와 취득세를 통합하는 내용으로 개정됨에 따라 함께 개정된 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되어 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)에는 부동산 등기에 관한 등록세 감면규정이 삭제되고 이 사건 감면규정이 위와 같이 통합된 취득세 감경대상을 규율하게 되었다. 그런데 이 사건 감면규정에 의한 취득세 감경대상은 ‘자본시장법에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 일정 시한까지 취득하는 부동산’으로서 다른 문언은 그대로 유지되면서 ‘자본시장법에서 정하는’이라는 부분만 ‘자본시장법에 따른’으로 개정되었는바, 이는 입법자가 다른 법률에서의 규정방식과 통일을 기하기 위하여 단순히 표현만 달리 한 것으로 보인다.
4) 조세특례제한법이 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되면서 이 사건 감면규정이 삭제되었고, 대신 개정된 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호) 제180조의2 제1항 제2호에 이 사건 감면규정이 이관되어, 취득세 감경대상을 ‘자본시장법 제229조 제2호에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 재산’으로 규정하였다(즉, 종전 조세특례제한법의 ‘자본시장법에 따른’이라는 부분이 ‘자본시장법 제229조 제2호에 따른’으로 개정된 것이다). 이는 지방세인 취득세에 관한 이 사건 감면규정을 지방세 감면 및 특례에 관한 사항 등을 규정하는 지방세특례제한법에서 규정함으로써 법률의 체계를 정비하기 위한 것으로 보이고, 특별히 이 사건 감면규정의 범위를 축소하려는 의도가 있었던 것으로 보이지는 않는바, 자본시장법 제229조 제2호는 집합투자기구의 종류 중 하나인 부동산집합투자기구를 정의하는 규정에 해당하는 점을 고려하면, ‘자본시장법에 따른’이라는 의미가 자본시장법에서 정한 부동산집합투자기구의 정의를 차용하려는 취지라는 것이 더욱 분명하게 되었다.
(나) 이 사건 감면규정의 입법취지

이 사건 투자신탁과 같이 대규모의 집합투자재산을 조성하여 부동산을 취득하는 경우 이 사건 감면규정의 적용에 따른 조세감면 여부는 부동산집합투자기구의 수익률에 적지 않은 영향을 미쳐 투자 여부를 결정하는 중요한 요소가 되는 점을 감안하면, 위 규정의 취지는 부동산투자신탁 등을 통한 부동산간접투자에 대해 세제지원을 함으로써 부동산간접투자제도의 원활한 도입과 부동산시장의 활성화를 도모하고자 하는 데 있었다고 보이며, 이후 관련 법령의 개정에 따라 대상으로 삼은 부동산간접투자의 형태는 달라졌지만, 부동산집합투자기구에 관한 조세감면의 취지는 이 사건 감면규정에 이르기까지 동일하게 유지되어왔다고 보인다.
(5) 등록제도 관련 금지규정의 법적 성격과 위반의 효력

(가) 금지규정의 내용

집합투자기구 등록 이전의 행위를 직접적으로 금지하는 규정으로, 앞서 본 구 자본시장법 제76조 제3항은 ‘투자매매업자 또는 투자중개업자는 집합투자기구가 법 제182조에 따라 등록되기 전까지 집합투자증권을 판매하여서는 아니 된다’고 규정하고 있고, 그 처벌규정으로 구 자본시장법 제445조 제13호는 이를 위반한 경우 3년 이하의 징역 또는 1억 원 이하의 벌금에 처한다고 규정하고 있다.
(나) 단속규정과 효력규정의 구별 기준

국가가 행정상의 목적을 위하여 일정한 행위를 금지하거나 제한하는 것을 내용으로 하는 규정들을 넓은 의미의 단속법규 또는 단속규정이라 할 것인데, 이러한 규정들은 당해 법규의 공법적 금지의 측면이 강조되어 그 위반행위에 대하여 행정상 또는 형사상의 제재가 가하여질 뿐 그 사법상의 효력은 부인되지 아니하는 좁은 의미의 단속규정과, 사법적 금지의 측면이 강조되어 그 사법상의 효력까지도 부인되는 효력규정으로 나뉘어진다. 좁은 의미의 단속규정과 효력규정 중 어디에 해당하는지 여부에 관하여는 그 규정이 일정한 행위자체를 금지, 제한하는 것을 목적으로 하는 것인지, 그 행위의 결과에 의하여 재화 또는 경제적 이익이 귀속되는 것을 방지하려는 것인지 그 입법의 취지를 참작하고, 위반행위에 대한 사회의 윤리적 비난의 정도나 위법행위에 따른 법률효과의 발생이나 그 이익의 귀속 그 자체에 대한 부당성의 유무 등 그 행위에 대한 반사회적 또는 반도덕성에 관한 사회적 평가나 이를 감안한 사회경제정책의 방향을 고려하며, 당해 법률행위의 유효성 유무가 거래의 안전에 미치는 영향이나, 양당사자 사이의 신의와 형평을 비교교량하는 등 제반사정을 구체적으로 살펴, 그 위반행위에 대한 처벌만으로 그 실효를 거둘 수 없고, 그 사법상의 효력까지도 부인하여야만 비로소 그 목적을 이룰 수 있는지 여부 등을 종합적으로 판단해 보아야 할 것이다. (다) 이 사건 금지규정 위반의 효력

먼저 집합투자기구를 등록하기 이전에 집합투자증권을 판매한 경우, 그 판매약정의 사법상 효력에 관하여 본다.
살피건대, ① 구 자본시장법에서는 집합투자기구 등록 전의 집합투자증권 판매 행위에 관하여 형사처벌한다는 규정을 두고 있을 뿐, 그 판매약정의 효력이나 원상회복 등에 관한 규정을 두고 있지는 않은 점, ② 집합투자기구 등록 전에 집합투자증권 판매하였다는 사유만으로 그 판매약정이 당연무효라고 한다면, 사적 경제활동의 일환으로 집합투자증권의 취득을 기대하고 자금을 투입한 투자자들에게 지나친 공권적 규제를 가하는 것이 되어 사경제 거래주체의 신뢰에 반할 뿐만 아니라 그 자금의 반환이나 부동산 취득의 효력 등과 관련하여 복잡한 분쟁이 발생할 소지가 있는바, 이는 "자본시장에서의 금융혁신과 공정한 경쟁을 촉진하고 투자자를 보호하며 금융투자업을 건전하게 육성함으로써 자본시장의 공정성·신뢰성 및 효율성을 높여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적"으로 하는 구 자본시장법의 취지에 오히려 반하는 점, ③ 집합투자기구 등록 전의 집합투자증권 판매를 금지하는 목적은 투자자 보호에 있는데, 집합투자기구가 사후적으로라도 등록되었다면 투자자 보호와 관련하여서도 문제될 것이 없는 점, ④ 집합투자기구 등록 전의 집합투자증권 판매 행위가 그 사법상 효력을 부인하여야 할 정도로 현저히 반사회성, 반도덕성을 지닌 것이라고 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 집합투자기구를 등록하기 이전에 집합투자증권을 판매하는 행위를 금지하는 구 자본시장법 제76조 제3항 본문은 이른바 단속규정으로 볼 것이고, 이를 위반하여 집합투자기구 등록 이전에 집합투자증권을 판매하더라도, 그 판매약정 자체는 사법상 유효하다고 봄이 상당하다.
또한, 집합투자기구 등록 이전의 집합투자증권 판매약정이 사법상 유효한 이상, 판매약정으로 지급받은 투자금은 집합투자기구의 재산으로 확정적으로 귀속되어 집합투자재산이 된다고 보아야 하는 점(구 자본시장법 제9조 제20항), 구 자본시장법상 집합투자기구가 설정·설립되었음에도 이를 등록하지 아니하는 자를 처벌하는 규정은 있을지라도(제445조 제23호) 부동산집합투자기구가 등록을 마치기 전에 부동산을 취득하는 행위를 금지하는 규정은 따로 존재하지 않는 점, 그 밖에 앞서 본 구 자본시장법의 입법목적 등을 종합하여 보면, 집합투자기구가 등록을 마치기 전에 행한 부동산 취득도 사법상 유효하다고 봄이 마땅할 것이다.
(6) 행정법규 위반과 조세감면규정의 적용 범위

(가) 일반 원칙

행정법규를 위반하였다고 하더라도 조세법령에서 그러한 위반사실을 감면배제 내지 추징 사유로 규정하고 있지 아니하다면, 행정법규 위반을 이유로 조세감면 혜택이 배제된다고 할 수 없다.
가령「지방세특례제한법」제74조제3항 본문은 ‘도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업을 시행하여 취득하는 대통령령으로 정하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제한다’고 규정하여 지방세 면제 혜택을 부여하지만, 같은 조항 단서는 ‘다만, 그 취득일부터 5년 이내에「지방세법」제13조제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다’고 규정하여 관계 법령 위반을 지방세 면제의 소극적 요건으로 명시하고 있다.
(나) 당사자의 신뢰와 위반의 정도 및 과세의 형평성

나아가, 갑 제12, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고에 대하여 한 것은 아니지만, ① 금융위원회 사무처 자본시장국 자산운용과 소속 직원은 2011. 11. 15. 국민권익위원회 국민신문고 인터넷 홈페이지에 ‘사모집합투자기구가 소수 투자자로부터 투자금을 납입받아 신탁을 설정하고 동 신탁재산으로 부동산을 매수한 경우 비록 집합투자기구의 등록을 위 부동산 매수 후에 하였다고 하더라도 동 신탁 재산은 자본시장법상 집합투자재산에 해당하는 것인지 여부’에 관한 질의에 대하여 ‘자본시장법 제182조에 의한 등록 여부는 집합투자기구와 그 재산으로 인정되는데 영향을 미치지 아니함을 알려드립니다’라는 취지로 답변한 사실, ② 서울특별시장은 ‘부동산집합투자기구를 설정한 날 부동산을 취득하고 그 이후 집합투자기구가 등록된 사안에서 자본시장법 제182조 규정에 의한 등록 여부가 취득세 감면의 요건이 되는지 여부’에 대한 서대문구청장의 문의에 대하여 2011. 12. 5. ‘부동산집합투자업자가 투자자로부터 투자금을 납입받아 신탁을 설정하고 신탁업자로 하여금 재산을 운용하게 하여 투자대상자산, 즉 부동산을 취득하게 한 이후에 자본시장법 제182조에 따른 집합투자기구 등록을 하였다고 하더라도, 그 부동산의 취득은 조세특례제한법 제120조 제4항 제2호에 의한 취득세 감면대상이라고 판단된다. 다만, 이에 대해서는 과세권자가 구체적인 사실관계 및 관계법령을 종합적으로 검토하여 최종결정할 사안이다.’라고 답변한 사실이 인정된다.
위에서 본 사정들을 감안하면, 원고를 비롯한 이 사건 감면규정의 일반 수범자들로서는 이 사건 부동산 취득 당시 이 사건 투자신탁이 금융위원회에 등록되지 않은 상태였다는 이유로 취득세 감면이 배제된다고 예측하기는 어려웠을 것으로 보이는데, 만일 이에 반하여 취득세 감면을 배제한다면 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 내지 예측가능성을 침해할 여지가 있다.
피고는 이 사건 감면규정을 적용함에 있어 사모부동산집합투자기구가 등록 전 집합투자증권 판매행위를 한 모든 경우에 감면된 취득세 등을 추징한 것이 아니라, 사모부동산집합투자기구가 부동산을 취득한 후 등록한 경우에만 감면된 취득세 등을 추징하였다.
그러나, 구 자본시장법을 위반하였다는 측면에서 보면, 사모부동산집합투자기구가 등록하기 전 집합투자증권을 판매하였지만 부동산을 취득하기 전에는 등록한 경우와 사모부동산집합투자기구가 부동산을 취득한 후에 등록한 경우를 달리 볼 이유 없으므로, 과세의 형평성 측면에서 보더라도 이 사건 감면규정의 적용 여부가 사모부동산집합투자기구의 등록 시기에 좌우된다고 보아서는 아니 된다.
(7) 소결론

이러한 제반 사정을 염두에 두고 이 사건 감면규정의 감면요건을 살피기로 한다.
우선 이 사건 감면규정 및 구 자본시장법의 문언을 보면, ‘부동산 취득 당시에 아직 등록을 마치지 않은 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득한 부동산’이라고 하여 이 사건 감면규정의 적용대상에서 제외된다고 보기 어렵다. 또한 부동산간접투자에 대한 취득세(등록세) 감면제도 도입 당시 부동산간접투자기구의 등록제도는 존재하지 않았고, 집합투자기구에 대한 등록제도가 도입될 당시 이 사건 감면규정의 형식이 변경된 바 없었으며 그 후 이 사건 감면규정의 형식이 일부 수정되었으나 관련법령의 개정에 따라 법률조항이 정비되면서 이루어진 단순한 문구수정에 불과한 것인 점 등 이 사건 감면규정의 개정연혁 등에 비추어 보더라도, 입법자가 이 사건 감면규정을 제정 내지 개정할 당시 그 감면요건으로 집합투자기구가 금융위원회에 등록될 것을 예정하였다고 보기는 어렵다. 특히 개정 자본시장법의 시행에 따라 이 사건에서와 같은 사모집합투자기구의 경우에는 사전등록제에서 사후보고제로 변경되었다는 점을 고려하면 더욱 그러하다. 나아가 등록이 집합투자기구의 설정·설립요건이나 효력발생요건이 아니며 등록을 마치기 전에 행하여진 집합투자증권의 판매행위 역시 사법상 그 효력을 부인하기 어려움은 앞에서 본 바와 같다. 그밖에 이 사건 부동산 취득 전후의 금융위원회나 서울특별시장의 행정지도 및 의사표명의 내용이라거나 그에 따른 수범자들의 법적안정성 내지 예측가능성도 보호될 필요성이 있으며, 사모부동산집합투자기구가 등록하기 전 집합투자증권을 판매하였다가 등록 후 부동산을 취득한 경우와의 형평성도 아울러 고려되어야 할 것이다.
따라서 일단 자본시장법에 따라 적법하게 설정·설립된 부동산집합투자기구인 이상 비록 금융위원회에 등록을 마치기 전이라고 할지라도 집합투자상품을 판매하여 취득한 부동산에 관하여 이 사건 감면규정이 적용된다고 봄이 타당할 것으로 여겨진다. 이와 달리 부동산집합투자기구의 설정·설립 후 금융감독원의 심사를 거쳐 등록 절차가 완료된 이후에 집합투자증권을 판매하여 부동산을 취득하는 경우에 한하여 이 사건 감면규정의 적용대상이 된다고 본다면, 부동산집합투자기구를 통한 간접투자가 위축됨으로써 부동산 시장을 활성화한다는 이 사건 감면규정의 입법취지에도 반하는 결과가 초래될 수 있다. 또한 이 사건 감면규정과 관련하여 등록 이전에 집합투자증권을 판매하는 등 법령 위반이 인정되는 경우 감면규정의 적용을 배제한다거나, 감면된 세액을 추징하도록 하는 규정을 두고 있지도 아니하므로, 이를 반대해석하면 이 사건 감면규정은 구 자본시장법에 따른 투자신탁의 설정 이외에 등록을 추가적인 요건으로 하지 아니하고 조세감면혜택을 부여하고자 하는 것으로 볼 수 있다.
이러한 법리에 비추어 이 사건 부동산의 취득에 이 사건 감면규정이 적용되는지에 관하여 보건대, ① 이 사건 부동산 취득 당시 이 사건 투자신탁에 따라 자본시장법상 집합투자업자인 소외 집합투자업자가 신탁업자인 원고에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 그 집합투자업자의 지시에 따라 투자, 운용하게 하는 신탁 형태의 부동산집합투자기구가 설정·성립되어 있었을 뿐만 아니라, 원고가 이 사건 부동산의 취득과 동시에 금융위원회에 등록을 신청한 이후 곧바로 그 등록 신청이 수리되었던 점에 비추어 그 부동산집합투자기구는 ‘적법하게’ 설정·성립되어 있었던 점(구 자본시장법 제182조 제2항 제2호에서는 집합투자기구가 자본시장법에 따라 적법하게 설정·설립되었을 것을 등록요건으로 규정하고 있다), ② 또한 소외 집합투자업자가 투자신탁에 대한 수익권인 집합투자증권을 판매하였고, 집합투자기구 등록 이전의 집합투자증권의 판매를 금지하는 규정이 단속규정에 해당하는 이상 소외 집합투자업자가 집합투자증권을 판매하여 조달한 투자금은 부동산집합투자기구의 재산으로 확정적으로 귀속되어 집합투자재산이 된 점, ③ 마지막으로, 이 사건 부동산은 이러한 집합투자재산으로 취득된 것인 점 등 이 사건 감면규정에서 요구하는 감면요건을 모두 갖추었다고 할 것이다.
그렇다면 원고의 이 사건 부동산 취득에 관하여 이 사건 감면규정, 구 지방세법(2013. 1. 1. 법률 제11617호로 개정되기 전의 것) 제151조 제1항 제1호 나목 1), 농어촌특별세법 제5조 제1항 제6호에 의한 취득세 등의 감면을 부인하고 이미 감면된 취득세 등을 추징한 이 사건 처분은 위법하므로 모두 취소되어야 한다.
3. 결론

그러므로 원고의 청구는 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 피고가 원고에게 한 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

■ 구 조세특례제한법(2011. 5. 19. 법률 제10684호로 개정되어 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전까지의 것)

제120조 (취득세의 면제 등)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」제13조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우「지방세법」제13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산

■ 구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것)

제6조(금융투자업)

① 이 법에서 "금융투자업"이란 이익을 얻을 목적으로 계속적이거나 반복적인 방법으로 행하는 행위로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업을 말한다.
1. 투자매매업

2. 투자중개업

3. 집합투자업

6. 신탁업

② 이 법에서 "투자매매업"이란 누구의 명의로 하든지 자기의 계산으로 금융투자상품의 매도·매수, 증권의 발행·인수 또는 그 청약의 권유, 청약, 청약의 승낙을 영업으로 하는 것을 말한다.
③ 이 법에서 "투자중개업"이란 누구의 명의로 하든지 타인의 계산으로 금융투자상품의 매도·매수, 그 청약의 권유, 청약, 청약의 승낙 또는 증권의 발행·인수에 대한 청약의 권유, 청약, 청약의 승낙을 영업으로 하는 것을 말한다.
④ 이 법에서 "집합투자업"이란 집합투자를 영업으로 하는 것을 말한다.
⑤ 제4항에서 "집합투자"란 2인 이상에게 투자권유를 하여 모은 금전등 또는 국가재정법 제81조에 따른 여유자금을 투자자 또는 각 기금관리주체로부터 일상적인 운용지시를 받지 아니하면서 재산적 가치가 있는 투자대상자산을 취득·처분, 그 밖의 방법으로 운용하고 그 결과를 투자자 또는 각 기금관리주체에게 배분하여 귀속시키는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외한다.
1. 대통령령으로 정하는 법률에 따라 사모의 방법으로 금전등을 모아 운용·배분하는 것으로서 대통령령으로 정하는 투자자의 총수가 대통령령으로 정하는 수 이하인 경우

2. 「자산유동화에 관한 법률」제3조의 자산유동화계획에 따라 금전등을 모아 운용·배분하는 경우

3. 그 밖에 행위의 성격 및 투자자 보호의 필요성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우

⑧ 이 법에서 "신탁업"이란 신탁을 영업으로 하는 것을 말한다.
제8조(금융투자업자)

① 이 법에서 "금융투자업자"란 제6조제1항 각 호의 금융투자업에 대하여 금융위원회의 인가를 받거나 금융위원회에 등록하여 이를 영위하는 자를 말한다.
② 이 법에서 "투자매매업자"란 금융투자업자 중 투자매매업을 영위하는 자를 말한다.
③ 이 법에서 "투자중개업자"란 금융투자업자 중 투자중개업을 영위하는 자를 말한다.
④ 이 법에서 "집합투자업자"란 금융투자업자 중 집합투자업을 영위하는 자를 말한다.
⑦ 이 법에서 "신탁업자"란 금융투자업자 중 신탁업을 영위하는 자를 말한다.
제9조(그 밖의 용어의 정의)

⑦ 이 법에서 "모집"이란 대통령령으로 정하는 방법에 따라 산출한 50인 이상의 투자자에게 새로 발행되는 증권의 취득의 청약을 권유하는 것을 말한다.
⑧ 이 법에서 "사모"란 새로 발행되는 증권의 취득의 청약을 권유하는 것으로서 모집에 해당하지 아니하는 것을 말한다.·이 법에서 "집합투자기구"란 집합투자를 수행하기 위한 기구로서 다음 각 호의 것을 말한다.
1. 집합투자업자인 위탁자가 신탁업자에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 그 집합투자업자의 지시에 따라 투자·운용하게 하는 신탁 형태의 집합투자기구(이하 "투자신탁"이라 한다)

2. 「상법」에 따른 주식회사 형태의 집합투자기구(이하 "투자회사"라 한다)

3. 「상법」에 따른 유한회사 형태의 집합투자기구(이하 "투자유한회사"라 한다)

4. 「상법」에 따른 합자회사 형태의 집합투자기구(이하 "투자합자회사"라 한다)

5. 「민법」에 따른 조합 형태의 집합투자기구(이하 "투자조합"이라 한다)

6. 「상법」에 따른 익명조합 형태의 집합투자기구(이하 "투자익명조합"이라 한다)

7. 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자·운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구(이하 "사모투자전문회사"라 한다)
·이 법에서 "사모집합투자기구"란 집합투자증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구로서 대통령령으로 정하는 투자자의 총수가 대통령령으로 정하는 수 이하인 것을 말한다.·이 법에서 "집합투자재산"이란 집합투자기구의 재산으로서 투자신탁재산, 투자회사재산, 투자유한회사재산, 투자합자회사재산, 투자조합재산 및 투자익명조합재산을 말한다.·이 법에서 "집합투자증권"이란 집합투자기구에 대한 출자지분(투자신탁의 경우에는 수익권을 말한다)이 표시된 것을 말한다.·이 법에서 "집합투자규약"이란 집합투자기구의 조직, 운영 및 투자자의 권리·의무를 정한 것으로서 투자신탁의 신탁계약, 투자회사·투자유한회사·투자합자회사의 정관 및 투자조합·투자익명조합의 조합계약을 말한다.·이 법에서 "신탁"이란「신탁법」제2조의 신탁을 말한다.
제76조(집합투자증권 판매 등에 관한 특례)

③ 투자매매업자 또는 투자중개업자는 집합투자기구가 제182조에 따라 등록되기 전에는 해당 집합투자증권을 판매하거나 판매를 위한 광고를 하여서는 아니 된다. 다만, 투자자의 이익을 해할 우려가 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 판매를 위한 광고를 할 수 있다.
제182조(집합투자기구의 등록)

① 투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자 또는 투자회사·투자유한회사·투자합자회사 및 투자조합(이하 이 편에서 "투자회사등"이라 한다)은 집합투자기구가 설정·설립된 경우 그 집합투자기구를 금융위원회에 등록하여야 한다.
② 제1항에 따른 집합투자기구의 등록요건은 다음 각 호와 같다.
1. 다음 각 목의 자가 업무정지기간 중에 있지 아니할 것

가. 그 집합투자재산을 운용하는 집합투자업자

나. 그 집합투자재산을 보관·관리하는 신탁업자

다. 그 집합투자증권을 판매하는 투자매매업자·투자중개업자

라. 투자회사인 경우 그 투자회사로부터 제184조제6항의 업무를 위탁받은 일반사무관리회사(제254조에 따른 일반사무관리회사를 말한다. 이하 같다)

2. 집합투자기구가 이 법에 따라 적법하게 설정·설립되었을 것

3. 집합투자규약이 법령을 위반하거나 투자자의 이익을 명백히 침해하지 아니할 것

4. 그 밖에 제9조 제18항 각 호의 집합투자기구의 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

③ 투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자 또는 투자회사등은 집합투자기구를 등록하려는 경우에는 금융위원회에 등록신청서를 제출하여야 한다.
④ 금융위원회는 제3항의 등록신청서를 접수한 경우에는 그 내용을 검토하여 20일 이내에 등록 여부를 결정하고, 그 결과와 이유를 지체 없이 신청인에게 문서로 통지하여야 한다. 이 경우 등록신청서에 흠결이 있는 때에는 보완을 요구할 수 있다.
⑤ 제4항의 검토기간을 산정함에 있어서 등록신청서 흠결의 보완기간 등 총리령으로 정하는 기간은 검토기간에 산입하지 아니한다.
⑥ 금융위원회는 제4항의 등록 여부를 결정함에 있어서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 없는 한 그 등록을 거부하여서는 아니 된다.
1. 제2항의 등록요건을 갖추지 아니한 경우

2. 제3항의 등록신청서를 거짓으로 작성한 경우

3. 제4항 후단의 보완요구를 이행하지 아니한 경우

⑦ 금융위원회는 제4항에 따라 등록을 결정한 경우 집합투자기구등록부에 필요한 사항을 기재하여야 하며, 등록내용을 인터넷 홈페이지 등에 공고하여야 한다.
⑧ 투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자 또는 투자회사등은 제1항에 따라 등록된 사항이 변경된 경우에는 투자자 보호를 해할 우려가 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 2주 이내에 그 내용을 금융위원회에 변경등록하여야 한다. 이 경우 제2항부터 제7항까지의 규정을 준용한다.
⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 등록신청서의 기재사항 및 첨부서류 등 등록 및 변경등록의 신청에 관한 사항과 등록검토의 방법·절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제184조(집합투자기구의 업무수행 등)

⑤ 투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자 또는 투자회사 등은 집합투자기구의 집합투자증권을 판매하고자 하는 경우 투자매매업자와 판매계약을 체결하거나 투자중개업자와 위탁판매계약을 체결하여야 한다.
제188조(신탁계약의 체결 등)

① 투자신탁을 설정하고자 하는 집합투자업자는 다음 각 호의 사항이 기재된 신탁계약서에 의하여 신탁업자와 신탁계약을 체결하여야 한다.
1. 집합투자업자 및 신탁업자의 상호

2. 신탁원본의 가액 및 수익증권의 총좌수에 관한 사항

3. 투자신탁재산의 운용 및 관리에 관한 사항

4. 이익분배 및 환매에 관한 사항

5. 집합투자업자·신탁업자 등이 받는 보수, 그 밖의 수수료의 계산방법과 지급시기·방법에 관한 사항. 다만, 집합투자업자가 기준가격 산정업무를 위탁하는 경우에는 그 수수료는 해당 투자신탁재산에서 부담한다는 내용을 포함하여야 한다.
6. 수익자총회에 관한 사항

7. 공시 및 보고서에 관한 사항

8. 그 밖에 수익자 보호를 위하여 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항

④ 집합투자업자는 제1항에 따라 투자신탁을 설정하는 경우(그 투자신탁을 추가로 설정하는 경우를 포함한다) 신탁업자에게 해당 신탁계약에서 정한 신탁원본 전액을 금전으로 납입하여야 한다.
제192조(투자신탁의 해지)

② 투자신탁을 설정한 집합투자업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 투자신탁을 해지하여야 한다. 이 경우 집합투자업자는 그 해지사실을 지체 없이 금융위원회에 보고하여야 한다.
4. 투자신탁의 등록 취소

제229조(집합투자기구의 종류)

집합투자기구는 집합투자재산의 운용대상에 따라 다음 각 호와 같이 구분한다.
2. 부동산집합투자기구 : 집합투자재산의 100분의 40 이상으로서 대통령령으로 정하는 비율을 초과하여 부동산(부동산을 기초자산으로 한 파생상품, 부동산 개발과 관련된 법인에 대한 대출, 그 밖에 대통령령으로 정하는 방법으로 부동산 및 대통령령으로 정하는 부동산과 관련된 증권에 투자하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 투자하는 집합투자기구

제249조(사모집합투자기구에 대한 특례)

① 제57조, 제81조 제1항 제1호·제3호·제4호 및 같은 조 같은 항 각 호 외의 부분 단서(대통령령으로 정하는 경우에 한한다), 제88조, 제89조(제186조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다), 제90조(제186조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다), 제91조 제3항(제186조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다), 제93조, 제230조 제3항, 제238조 제7항, 제239조 제3항부터 제5항까지, 제240조 제3항부터 제9항까지, 제241조, 제247조 및 제248조는 사모집합투자기구에는 적용하지 아니한다.
⑥ 사모집합투자기구의 요건, 운용 특례, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제249조의2(적격투자자만을 대상으로 하는 사모집합투자기구에 대한 특례)

① 제57조, 제76조 제2항부터 제6항까지, 제81조(같은 조 제1항 제1호 마목·같은 항 제2호는 제외한다), 제82조, 제83조, 제88조, 제89조(제186조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다), 제90조(제186조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다), 제91조 제3항(제186조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다), 제92조, 제93조, 제94조 제1항부터 제4항까지 및 제6항, 제182조, 제183조 제1항, 제184조 제3항·제4항 및 제6항, 제186조(제87조를 준용하는 경우는 제외한다), 제188조 제2항 및 제3항, 제195조, 제197조, 제198조 제2항 및 제3항, 제199조, 제200조, 제207조 제5항, 제211조 제1항, 제213조 제5항, 제216조 제1항, 제218조 제3항, 제222조 제1항, 제224조 제3항, 제227조 제1항, 제229조, 제230조, 제235조, 제237조, 제238조 제4항부터 제8항까지, 제239조 제2항부터 제5항까지, 제240조 제3항부터 제8항까지 및 제10항, 제241조, 제243조, 제247조, 제248조 및 제249조 제1항·제2항·제6항은 집합투자증권을 대통령령으로 정하는 적격투자자만을 대상으로 사모로만 발행하는 집합투자기구 중 사모투자전문회사를 제외한 집합투자기구(이하 이 조에서 "적격투자자대상 사모집합투자기구"라 한다)에는 적용하지 아니한다.
⑥ 적격투자자대상 사모집합투자기구인 투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자 또는 적격투자자대상 사모집합투자기구인 투자회사 등은 적격투자자대상 사모집합투자기구가 설정·설립되거나 그 밖에 대통령령으로 정한 사유가 발생한 경우에는 그 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 금융위원회에 보고하여야 한다.
제253조(집합투자기구의 등록취소 등)

① 금융위원회는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 집합투자기구의 등록을 취소할 수 있다. 다만, 제3호의 경우에는 등록을 취소하여야 한다.
1. 거짓, 그 밖의 부정한 방법으로 제182조 제1항 또는 제8항에 따른 등록이나 변경등록을 한 경우

2. 제182조 제2항 각 호에 따른 등록요건을 갖추지 못하게 된 경우

5. 제182조 제8항에 따른 변경등록을 하지 아니한 경우

제438조(권한의 위임 또는 위탁)

④ 금융위원회 또는 증권선물위원회는 이 법에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 금융감독원장에게 위탁할 수 있다.
제445조(벌칙)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 3년 이하의 징역 또는 1억원 이하의 벌금에 처한다.
13. 제76조 제3항을 위반하여 집합투자증권을 판매하거나 판매를 위한 광고를 한 자

23. 제182조 제1항을 위반하여 집합투자기구를 등록하지 아니한 자

29. 제253조 제1항에 따라 등록이 취소된 후 그 취소된 업무를 영위한 자

제449조(과태료)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여는 5천만원 이하의 과태료를 부과한다.
40. 제182조 제8항(제279조 제3항에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 변경등록을 하지 아니한 자

■ 구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령(2013. 8. 27. 대통령령 제24679호로 개정되기 전의 것)

제211조(등록의 방법 및 절차 등)

① 법 제182조 제3항에 따른 등록신청서에는 다음 각 호의 사항을 기재하여야 한다.
1. 집합투자기구의 명칭

2. 투자목적·투자방침 및 투자전략에 관한 사항

3. 권리의 내용 및 투자위험요소에 관한 사항

4. 운용보수, 판매수수료·판매보수, 그 밖의 비용에 관한 사항

5. 출자금에 관한 사항(투자신탁인 경우는 제외한다)

6. 재무에 관한 사항

7. 집합투자업자(투자회사인 경우에는 발기인과 감독이사를 포함한다)에 관한 사항

8. 투자운용인력에 관한 사항

9. 집합투자재산의 운용에 관한 사항

10. 집합투자증권의 판매 및 환매에 관한 사항

11. 집합투자재산의 평가 및 공시 등에 관한 사항

12. 손익분배 및 과세에 관한 사항

13. 신탁업자 및 일반사무관리회사(일반사무관리회사가 있는 경우만 해당한다)에 관한 사항

14. 법 제42조에 따른 업무위탁에 관한 사항(그 업무위탁이 있는 경우만 해당한다)

15. 그 밖에 투자자를 보호하기 위하여 필요한 사항으로서 금융위원회가 정하여 고시하는 사항

② 제1항에 따른 등록신청서에는 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. 이 경우 금융위원회는「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 법인 등기사항증명서를 확인하여야 한다.
1. 집합투자규약(부속서류를 포함한다)

2. 법인 등기사항증명서에 준하는 것으로서 법인 설립을 증명할 수 있는 서류(법인 등기사항증명서로 확인할 수 없는 경우로 한정하며, 투자신탁, 투자조합 및 투자익명조합의 경우는 제외한다)

3. 출자금의 납입을 증명할 수 있는 서류(투자신탁인 경우는 제외한다)

4. 다음 각 목의 자와 체결한 업무위탁계약서(부속서류를 포함한다)의 사본(집합투자기구 등록을 위하여 이미 제출한 업무위탁계약서와 다른 경우만 제출한다)

가. 집합투자업자(투자신탁 및 투자익명조합인 경우는 제외한다)

나. 신탁업자

다. 일반사무관리회사(그 일반사무관리회사와 업무위탁계약을 체결한 경우만 해당한다)

라. 법 제42조에 따른 업무수탁자(그 업무수탁자와 업무위탁계약을 체결한 경우만 해당한다)

6. 그 밖에 투자자를 보호하기 위하여 필요한 서류로서 금융위원회가 정하여 고시하는 서류

③ 법 제182조 제8항에 따른 변경등록의 신청서에는 금융위원회가 정하여 고시하는 방법에 따라 변경사유 및 변경내용을 기재하여야 하며, 변경결의를 한 집합투자자총회나 이사회의사록 사본, 집합투자규약, 등기부 등본, 주요계약서 사본 등 변경내용을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여야 한다.
④ 금융위원회는 법 제182조제1항에 따른 등록 및 같은 조 제8항에 따른 변경등록의 신청내용에 관한 사실 여부를 확인하고, 그 신청내용이 같은 조 제2항(같은 조 제8항에서 준용하는 경우를 포함한다)의 등록요건 및 변경등록요건을 충족하는지를 검토하여야 한다.
⑤ 투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자 또는 투자회사등이 법 제182조제3항에 따른 등록신청서를 증권신고서와 함께 제출하는 경우에는 그 증권신고의 효력이 발생하는 때에 해당 집합투자기구가 등록된 것으로 본다.
⑥ 투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자 또는 투자회사 등이 법 제122조 제1항에 따른 정정신고서를 제출한 경우에는 법 제182조제8항에 따른 변경등록의 신청서를 제출한 것으로 본다. 이 경우 그 정정신고의 효력이 발생하는 때에 해당 집합투자기구가 변경등록된 것으로 본다.
⑦ 금융위원회는 사모집합투자기구의 등록에 관하여 제1항 또는 제3항에 따른 기재사항을 달리 정하여 고시할 수 있다.
⑧ 제1항부터 제7항까지에서 규정한 사항 외에 등록의 신청과 검토, 신청서의 서식과 작성방법 등에 관하여 필요한 사항은 금융위원회가 정하여 고시한다.
제387조(권한의 위임 또는 위탁)

③ 금융위원회 또는 증권선물위원회는 법 제438조 제4항에 따라 별표 20 각 호에 따른 권한을 금융감독원장에게 위탁한다.
[별표 20] 금융위원회 또는 증권선물위원회가 금융감독원장에게 위탁하는 권한의 범위(제287조 제3항 관련)

59. 법 제182조 제1항에 따른 집합투자기구의 등록, 같은 조 제3항에 따른 등록신청서 제출의 접수, 같은 조 제4항 전단에 따른 등록신청서 내용의 검토, 등록여부 결정, 신청인에 대한 문서 통지 및 같은 항 후단에 따른 흠결에 대한 보완 요구, 같은 조 제7항에 따른 집합투자기구등록부 기재 및 등록내용의 공고 및 같은 조 제8항 전단에 따른 변경등록(법 제279조 제3항에서 준용하는 경우를 포함한다).
■ 지방세기본법

제18조(신의성실)

납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다.
제20조(해석의 기준 등)

③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.
■ 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제151조(과세표준과 세율)

① 지방교육세는 다음 각 호에 따라 산출한 금액을 그 세액으로 한다.
1. 취득물건(제15조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다)에 대하여 제10조의 과세표준에 제11조 제1항제1호부터 제7호까지와 제12조의 세율(제14조에 따라 조례로 세율을 달리 정하는 경우에는 그 세율을 말한다. 이하 같다)에서 1천분의 20을 뺀 세율을 적용하여 산출한 금액(제11조 제1항 제8호의 경우에는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액)의 100분의 20. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 목에서 정하는 금액으로 한다.
나. 「지방세특례제한법」, 「조세특례제한법」및 지방세감면조례(이하 "지방세감면법령"이라 한다)에서 취득세를 감면하는 경우 1) 지방세감면법령에서 취득세의 감면율을 정하는 경우: 이 호 각 목 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 지방교육세액을 해당 취득세 감면율로 감면하고 남은 금액 2) 지방세감면법령에서 취득세의 감면율을 정하면서 이 법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니하도록 정하는 경우: 이 호 각 목 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 지방교육세액을 해당 취득세 감면율로 감면하고 남은 금액 3) 1)과 2) 외에 지방세감면법령에서 이 법과 다른 취득세율을 정하는 경우: 해당 취득세율에도 불구하고 이 호 각 목 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 지방교육세액. 다만, 세율을 1천분의 20으로 정하는 경우에는 과세대상에서 제외한다.
■ 농어촌특별세법

제5조(과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
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【하급심-서울행정법원 2015. 6. 17. 선고 2015구합52456 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 부동산 투자신탁 설정 계약, 부동산 취득 및 취득세 등의 감면

1) 원고는 2012. 9. 21. 케이비자산운용 주식회사(이하 ‘소외 집합투자회사’라 한다)와 사이에 자본시장 및 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다)에서 정한 집합투자업자인 소외 집합투자회사가 같은 법률에서 정한 신탁업자인 원고에게 납입한 재산을 원고로 하여금 소외 집합투자회사의 지시에 따라 투자·운용하되, 그 재산 중 100의 50 이상을 초과하여 부동산에 투자·운용하고, 수익자는 50인 미만으로 하는 구 자본시장법(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 자본시장법’이라고만 한다) 제9조 제18항 제1호, 제9조 제19항, 제188조, 제229조 제2호가 정한 투자신탁 형태의 사모부동산집합투자기구(명칭 : ‘KB와이즈스타사모부동산투자신탁 2호’, 이하 ‘이 사건 투자신탁’이라 한다)를 설정하는 계약서를 작성하였다.
2) 그런데 소외 집합투자회사는 이 사건 투자신탁 설정 계약 체결 이전에 이미 자본시장법에서 정한 투자매매업자, 투자중개업자로 하여금 위 투자신탁의 집합투자증권인 수익증권을 수익자들에게 판매하도록 하여 그 판매대금을 수령해두었다가 위 계약서 작성 당일 수탁자인 원고에게 위 판매대금으로 신탁원본을 납입하였다.
3) 원고는 2012. 10. 5. 위와 같이 납입받은 집합투자재산으로 서울 마포구 서교동 490 지상 메세나폴리스 오피스텔 건물 101호~3201호(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하고, 같은 날 피고에게 원고가 취득한 이 사건 부동산이 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제120조 제4항 제2호(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다)가 정한 ‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산’에 해당한다는 이유로 별지 1. [표] 본세란 기재 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 부분에 대한 세액감면신청을 하였고, 피고는 위 감면신청을 받아들여 원고가 자진신고·납부한 나머지 세액만 납부받았다.
나. 집합투자기구 등록

소외 집합투자회사는 2012. 9. 27. 금융감독원장에게 이 사건 투자신탁에 관한 집합투자기구 등록신청서를 제출하였으나, 금융감독원장의 보완요구에 따라 2012. 11. 1. 보완신청서를 제출하였고, 2012. 11. 1.에 이르러 위 등록이 수리되었다[금융감독원장은 금융위원회로부터 자본시장법 제438조 제4항, 구 자본시장법 시행령(2013. 8. 27. 대통령령 제24679호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고만 한다) 제387조 제3항 및 별표 20 제59호에 따라 부동산집합투자기구 등록신청서 접수, 등록신청서 내용 검토, 등록여부 결정 등에 관한 업무 권한을 위임받았다. 이하에서는 법령의 내용을 인용하는 부분을 제외하고 위 각 업무와 관련하여서는 ‘금융감독원장’으로만 기재한다].
다. 이 사건 처분

1) 그런데 안전행정부에서는 2013. 10. 25. ‘이 사건 감면규정은 금융감독원장에게 등록을 마친 집합투자기구가 부동산을 취득하는 경우에 한하여 적용된다’는 취지의 유권해석(지방세운영과-2733)을 하였다.
2) 그러자 피고는 2014. 8. 8.에 이르러「이 사건 감면규정은 금융감독원장에게 등록한 집합투자기구가 취득하는 부동산에 한하여 적용되는데, 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 이 사건 투자신탁이 위 등록을 마치지 않았으므로, 위 부동산 취득과 관련하여 감면규정을 적용할 수 없다」는 이유로, 원고에 대하여 이 사건 부동산 취득과 관련하여 별지 1. [표] 본세 및 가산세란 기재 세액에 관하여 과세처분을 할 것임을 예고통지하였다.
3) 원고는 2014. 9. 4. 서울특별시장에게 과세전적부심사청구를 하였는데, 서울특별시장은 2014. 10. 7. 위 심사청구 주장 중 별지 1. [표] 가산세란 기재 각 금액에 관한 예고통지 내용의 위법을 주장하는 부분에 관하여 채택 결정을, 나머지 주장 부분에 관하여는 불채택 결정을 하였다.
4) 피고는 2014. 11. 7. 원고에 대하여 별지 1. [표] 본세란 각 세액에 관하여 부과처분(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주위적 주장에 대한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 감면규정은 부동산 취득의 주체를 ‘자본시장법에 따른 부동산집합투자기구’라고 규정하고 있으므로, ‘자본시장법에 따라 설정·설립된 부동산집합투자기구’가 집합투자재산으로 부동산을 취득하는 경우에만 해당하면 위 감면규정이 적용된다고 보아야 한다.
한편 자본시장법 제188조 제1항, 제8항에 따르면, 투자신탁 형태의 집합투자기구는 신탁계약서에 의한 투자신탁계약 체결 및 신탁원본 납입만으로 설정되는데, 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 이 사건 투자신탁은 위 설정 요건을 모두 갖추어 자본시장법이 정한 집합투자기구로서 설정되어 있었다.
따라서 이 사건 부동산 취득은 이 사건 감면규정의 요건을 모두 갖추고 있으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계법령

별지 2. 관계법령 기재와 같다.
다. 판단

조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 1983. 6. 28. 선고 82누142 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두4810 판결 등).
그러나 조세법규의 문언 자체에 의하더라도 그 의미가 분명하지 아니하거나 외견상 법규 상호 간에 배치되거나 충돌하는 것처럼 보이는 경우 법원으로서는 당연히 법규 상호 간의 조화로운 해석을 통하여 문제가 되고 있는 문언의 진정한 의미를 밝혀내야 한다. 이 경우 법관은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위 내에서 당해 법령의 입법 취지와 목적, 그 제정·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려한 법규의 합목적적 해석을 할 수 있음은 물론이다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결, 대법원 2010. 12. 23. 선고 2010다81254 판결, 대법원 2012. 7. 5. 선고 2011두19239 전원합의체 판결 등 참조).
살피건대, 자본시장법 제182조 제1항은 ‘…… 집합투자기구가 설정·설립된 경우 그 집합투자기구를 금융위원회에 등록하여야 한다’고 규정하여 ‘자본시장법에 따라 설정·설립되었으나 등록되지 아니한 단계의 집합투자기구’와 ‘자본시장법에 따라 금융위원회에 등록을 마친 단계의 집합투자기구’를 모두 상정하고 있다[다만, 자본시장법 제249조의2 제1항은 대통령령으로 정하는 적격투자자만을 대상으로 사모로만 발행하는 집합투자기구 중 사모투자전문회사를 제외한 집합투자기구(이하 ‘적격투자자대상 사모집합투자기구’라고만 한다)에 관하여 자본시장법 제182조를 준용하지 아니하여 등록 대상에서 제외하고 있는데, 이하에서 별도의 언급이 없는 이상 ‘집합투자기구’, ‘부동산집합투자기구’는 적격투자자대상 사모집합투자기구에 해당하지 아니하는 것만을 의미한다].
그리고 조세특례제한법에서는 조세감면 대상자를 정의함에 있어 ‘…법에 따라 설립된’이라는 표현과 ‘…법에 따라 등록을 마친’이라는 표현을 모두 사용하고 있다(전자의 예로 제74조 제2항 등이 있고, 후자의 예로 제12조의2 제1항 등이 있다).
그런데 이 사건 감면규정은 조세감면 대상자를 ‘자본시장법에 따른 부동산집합투자기구’라고만 규정하고 있을 뿐 ‘자본시장법에 따라 설정·설립된 부동산집합투자기구’ 또는 ‘자본시장법에 따라 등록을 마친 부동산집합투자기구’라고 규정하고 있지 않으며, 이 사건 감면규정 앞머리에 있는 ‘자본시장법에 따른’이라는 문구가 부동산 취득 주체인 ‘부동산집합투자기구’만을 한정 수식하는지 아니면 부동산 취득 자금인 ‘집합투자재산’까지 수식하는지 여부도 문맥상 명백하다고 보기 어렵다.
따라서 이 사건 감면규정은 법문만으로는 그 의미를 일의적으로 확정하기가 곤란한 경우에 해당하고, 결국 위 감면규정의 의미는 위 규정의 입법취지, 자본시장법의 전체적인 규율 대상과 내용 등을 조세감면규정의 해석에 관한 일반적인 법리에 비추어 파악할 수밖에 없다고 할 것이다.
그런데, 다음 (1) 내지 (4)와 같은 점을 고려하여 보면, 이 사건 감면규정은 자본시장법이 부동산집합투자기구가 부동산을 취득하는 방식으로 정한 절차에 따라 취득하는 경우, 즉 부동산집합투자기구가 금융감독원장에게 등록을 마친 다음 집합투자업자가 투자매매업자 또는 투자중개업자로 하여금 집합투자증권을 판매하도록 하거나 집합투자업자 자신이 투자매매업자 또는 투자중개업자인 경우에는 직접 집합투자증권을 판매하여 얻은 대금을 신탁업자에게 납입하고, 그 집합투자재산을 운용하도록 하여 부동산을 취득하는 경우에만 적용되고, 이 사건 부동산 취득 당시 원고가 취한 방식과 같이 집합투자업자가 금융감독원의 집합투자기구 등록 수리가 이루어지기도 전에 투자매매업자 등으로 하여금 집합투자증권을 판매하도록 하고 그 판매대금을 신탁업자에게 납입하여 부동산을 취득하는 경우에는 적용되지 아니한다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 주위적 주장은 이유 없다.
(1) 조세감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정에 해당하는 것은 이를 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 등). 이 사건 감면규정은 부동산집합투자기구에 대하여 일정한 요건을 갖춘 부동산 취득세의 세액감면이라는 명백한 특혜를 부여하는 규정이다. 따라서 이 사건 감면규정의 문언이 ‘자본시장법에 따라 설정·설립된 부동산집합투자기구’로 되어 있지 않은 상태에서 다른 뚜렷한 실질적 근거나 합리적인 필요성이 없음에도 이를 설정·설립된 단계의 부동산집합투자기구이기만 하면 되는 것으로 섣불리 완화하여 해석할 수는 없다.
(2) 자본시장법의 입법 연혁 및 규율 내용 등에 비추어 보면, 이 사건 감면규정을 제정한 입법자는 자본시장법이 정한 절차에 따라 부동산을 취득하는 경우에 한하여 세액감면의 혜택을 부여하려고 하였던 것으로 보인다.
㈎ 구 간접투자자산운용업법[자본시장과 금융투자업에 관한 법률 부칙(제8635호, 2007. 8. 3.) 제2조 제3호에 따라 폐지된 것, 이하 ‘구 간접투자법’이라 한다]은, 자산운용회사가 투자신탁 형태의 간접투자기구를 설정하려면 미리 작성한 신탁약관에 의하여 신탁계약을 체결하도록 하고, 자산운용협회가 작성한 표준신탁약관에 의하여 신탁계약을 체결하는 경우가 아닌 이상에는 신탁계약 체결 이전에 금융위원회에 그 신탁약관을 보고하도록 하였으나(구 간접투자법 제28, 29, 30조), 사모간접투자신탁에 대하여는 사전 보고 대신 설정일로부터 7일 이내에 금융위원회에 신탁약관을 보고할 의무만을 부과하고 있었고(구 간접투자법 제28조 제1항, 제2항, 제29조 제1항, 제175조 제2항), 금융위원회가 보고의 수리를 거부할 수 있는지에 관하여도 아무런 정함이 없었다. 그런데 2007. 8. 3. 법률 제8635호로 제정되어 2009. 2. 4.부터 시행된 자본시장법은 적격투자자대상 사모집합투자기구를 제외한 모든 집합투자기구(구 간접투자법에서 정한 사모간접투자신탁과 그 개념이 실질적으로 동일한 사모집합투자신탁도 포함)에 관하여 금융감독원장에 대한 사전 등록을 의무화하고, 금융감독원장이 일정한 경우에는 그 등록을 거부할 수 있도록 하여, 사전 등록제로 전환하였다.
㈏ 현행 자본시장법의 집합투자기구 등록에 관한 구체적인 규율 내용을 개관하면 다음과 같다. ① 집합투자기구가 설정·설립되면 금융위원회에 집합투자재산의 운용에 관한 사항, 그 밖에 투자자를 보호하기 위하여 필요한 사항으로서 금융위원회가 정하여 고시하는 사항 등을 기재한 등록신청서를 제출하여야 하고(제182조 제1항, 제3항, 제9항 및 시행령 제211조 제1항 제9호, 제15호), 등록사항이 변경된 경우에도 2주 이내에 금융위원회에 변경등록을 하여야 하며(제182조 제8항), 집합투자기구를 등록하지 아니하는 행위, 거짓 또는 부정한 방법으로 등록 또는 변경등록을 하는 행위는 각각 3년 이하의 징역 또는 1억 원 이하의 벌금형의 형사처벌 대상이고(제445조 제23호, 제24호), 집합투자기구를 변경등록하지 아니하는 행위는 5천만 원 이하의 과태료 부과 대상이다(제446조 제40호). ② 자본시장법은 집합투자기구의 등록요건으로 그 집합투자재산을 운용하는 집합투자업자, 그 집합투자재산을 보관·관리하는 신탁업자, 그 집합투자증권을 판매하는 투자매매업자·투자중개업자 등이 업무정지기간 중에 있지 아니할 것, 집합투자규약이 법령을 위반하거나 투자자의 이익을 명백히 침해하지 아니할 것 등을 열거하고 있는데(제182조 제1항 제1호, 제3호), 금융위원회는 위 등록요건을 갖추지 못한 집합투자기구에 대하여 등록을 거부할 수 있고(제182조 제6항), 집합투자기구의 등록을 수리한 이후에도 거짓 또는 부정한 방법으로 등록 또는 변경등록이 이루어진 경우, 등록요건이 상실된 경우 등에는 그 등록을 취소할 수 있으며(제253조 제1항), 등록이 취소된 후 그 취소된 업무를 영위하는 행위도 3년 이하의 징역 또는 1억 원 이하의 벌금형에 해당하는 형사처벌 대상이다(제445조 제29호). ③ 한편 집합투자기구는 그 단체법적 구조에 따라 투자신탁, 투자회사, 투자유한회사, 투자합자회사, 투자유한책임회사, 투자합자조합, 투자익명조합의 7개 유형으로 분류되는데, 위 모든 유형의 집합투자기구에 있어 금융감독원장의 등록 취소는 해지·해산 사유에 해당한다(제192조 제2항 제4호, 제202조 제1항 제6호, 제211조 제2항, 제216조 제3항, 제221조 제1항 제3호, 제227조 제3항). ④ 집합투자기구의 집합투자증권을 판매하고자 하는 경우에는 투자매매업자와 판매계약을 체결하거나 투자중개업자와 위탁판매계약을 체결하여야 하고(제184조 제5항 본문), 투자신탁 형태의 집합투자기구(이하 ‘투자신탁’이라고만 한다)에 있어 집합투자업자가 자본시장법에 따라 금융위원회의 인가를 받은 투자매매업자 또는 투자중개업자인 경우에는 그 자신이 투자매매업자 또는 투자중개업자로서 위 판매를 할 수 있으나(제184조 제5항 단서), 어느 경우에나 투자매매업자 또는 투자중개업자는 집합투자기구가 등록되기 전까지 집합투자증권을 판매하여서는 아니 되고(제76조 제3항), 이를 위반한 경우 3년 이하의 징역 또는 1억 원 이하의 벌금에 처할 수 있다(제445조 제13호). ⑤ 자본시장법에서 집합투자기구가 설정·설립된 이후 등록신청서를 제출하여야 하는 기한을 명시하고 있지는 아니하나, 앞서 본 바와 같이 집합투자기구의 등록사항이 변경된 경우 2주 이내에 변경등록을 하도록 하고 있는 점, 등록이 취소된 후 그 취소된 업무를 영위하는 행위를 처벌 대상으로 하고 있는 점, 금융위원회로 하여금 집합투자기구 등록 신청서 접수일로부터 원칙적으로 20일 이내에 등록 여부를 결정하도록 하고 있는 점(제182조 제4항)을 고려할 때, 등록신청서 제출은 집합투자기구가 설정·설립된 직후 지체 없이 이루어져야 한다고 봄이 타당하다. ⑥ 앞서 본 바와 같이 자본시장법 및 시행령은 등록신청서 기재 사항으로 ‘집합투자재산의 운용에 관한 사항’을 들고 있는데, 자본시장법 제6조 제5항에 따르면, 집합투자기구가 집합투자재산으로 투자대상자산을 취득하는 행위는 집합투자재산의 운용에 해당하므로, 결국 자본시장법은 금융감독원장으로 하여금 집합투자기구의 등록 수리 단계에서 향후의 집합투자재산 운용 계획을 사전 심사하도록 하고 있는 것으로 해석된다.
㈐ 위와 같은 자본시장법의 입법 연혁, 규율 내용에 비추어 보면, 자본시장법은 집합투자기구가 설정·설립된 경우에 금융감독원장이 집합투자기구가 투자자 보호를 위한 요건을 갖추었는지 여부를 사전에 심사하여 그 심사 결과 위 요건이 갖추어졌다고 인정되는 경우에 등록을 수리하도록 하고, 그와 같이 등록된 집합투자기구의 집합투자업자가 투자매매업자 또는 투자중개업자로 하여금 또는 직접 투자매매업 또는 투자중개업자로서 집합투자증권을 판매하도록 하여, 그 판매대금 등을 신탁업자에게 지급한 다음 그 집합투자재산을 운영하여 투자대상자산인 부동산 등을 취득하는 것을 예정하고 있음이 분명하고, 위 집합투자기구 등록은 단순히 행정청이 행정목적상의 필요에 따라 정보를 파악·관리하기 위하여 국민으로 하여금 미리 일정한 사항을 알리도록 하는 최소한의 규제로서의 등록이 아니라 행정청이 실체적 요건에 관한 심사를 한 후 수리하여야 하는 등록에 해당한다고 할 것이다.
㈑ 위와 같은 점에다가 자본시장법이 금융투자업의 건전한 육성과 투자자 보호 등을 입법목적으로 하고 있는 점(제1조), 조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고, 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하며, 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로, 특히 정책목표달성이 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 하고(헌법재판소 1996. 6. 26. 선고 93헌바2 결정 참조), 이는 입법의 주요 원리인 점 등을 보태어 보면, 입법자가 위와 같이 사모투자신탁에 대하여 구 간접투자법보다 금융위원회 및 금융감독원장의 규제 및 감독을 강화하는 방향으로 자본시장법을 제정하고도 그 이후 이 사건 감면규정을 제정할 당시 자본시장법이 2007. 8. 3. 법률 제8635호로 제정되었음은 앞서 본 바와 같고, 뒤에서 보는 바와 같이 조세특례제한법에서 이 사건 감면규정과 유사한 취지의 규정은 2008. 12. 26. 제9272호로 개정된 법률에서 신설되었다.
에는 부동산집합투자기구가 등록 전 집합투자증권 판매 행위(자본시장법이 형사처벌 대상으로 하고 있다)를 통하여 취득한 집합투자재산으로 금융감독원의 집합투자재산 운용에 대한 사전 심사가 이루어지기도 전에 부동산을 취득한 경우에까지 조세감면의 혜택을 부여하려 하였다고는 보이지 아니한다.
㈒ 자본시장법에 따라 설정·설립된 부동산집합투자기구가 취득하는 부동산이기만 하면 이 사건 감면규정이 적용되어야 한다는 원고의 주장에 따르면, 이 사건 감면규정은 그 입법취지와 달리 자본시장법의 부동산집합투자기구에 관한 규율체계 전반을 무너뜨리는 유인으로 작용할 수 있다. 즉, 원고의 주장을 관철하게 되면, 부동산집합투자기구가 금융감독원장에게 등록을 마치기 이전에 집합투자재산으로 부동산을 취득하였으나 집합투자기구의 등록요건을 갖추지 못하여 부동산 취득 후 등록 수리가 거부되더라도 이 사건 감면규정에 따라 조세감면의 혜택을 부여하여야 한다는 결론에 이르게 된다. 또한 이 사건 감면규정은 ‘부동산집합투자기구’라고만 규정하고, 달리 그 종류를 제한하고 있지 않으므로, 위와 같은 결론은 이 사건 투자신탁과 같은 사모부동산집합투자신탁뿐만 아니라 모든 유형의 부동산집합투자기구(단체법적 구조에 따라 투자신탁, 투자회사, 투자유한회사, 투자합자회사, 투자유한책임회사, 투자합자조합, 투자익명조합의 유형이 있음은 앞서 본 바와 같고, 집합투자증권 취득 상대방에 따라 공모, 사모로 분류된다)에 그대로 적용되어, 예컨대 공모부동산집합투자회사가 금융감독원에게 등록을 마치기 전에 부동산을 취득하였으나, 그 집합투자업자 등이 업무정지기간 중에 있거나 집합투자규약의 내용이 투자자의 이익을 명백히 침해하는 것이어서 등록 수리가 거부되더라도 이 사건 감면규정에 따라 조세감면의 혜택을 받게 된다. 이 사건 감면규정의 입법취지가 조세감면이라는 수단으로 부동산집합투자기구의 부동산 취득을 유도하여 부동산 경기를 활성화하려는 데에 있다는 점을 감안하더라도 입법자가 이 사건 감면규정 제정 당시 그 이전에 충분한 검토를 거쳐 제정한 자본시장법의 규율체계를 무너뜨릴 수 있는 위와 같은 경우에까지 조세감면의 혜택을 부여하고자 한 것으로 보이지는 않는다.
㈓ 금융감독원장이 등록을 수리하지 아니한 부동산집합투자기구가 취득하는 부동산에 대하여도 이 사건 감면규정이 적용된다고 해석하는 경우 취득세 등을 감면받기 위하여 부동산집합투자기구를 설정·설립한 뒤 부동산을 취득하고 곧바로 이를 제3자에게 전매한 다음 투자신탁을 해지하는 방식으로 이 사건 감면규정을 조세회피수단으로 악용할 수도 있는 것으로 보인다[자본시장법 제192조 제1항, 시행령 제223조 제1호 및 이 사건 부동산 취득 당시 시행되던 구 금융투자업규정(2012. 8. 30. 금융위원회 고시 제2012-20호) 제7-9조에 의하면, 수익자 전원의 동의가 있는 경우에는 금융위원회의 승인 없이도 투자신탁을 해지할 수 있는 것으로 해석된다].
㈔ 이에 대하여 원고는, 금융감독원장에게 등록을 마친 부동산집합투자기구에 한하여 이 사건 감면규정이 적용될 수 있다고 해석할 경우, 부동산집합투자기구가 등록을 마치지 못한 상태에서 부동산을 취득하는 경우에 조세 부담이 증가하고, 이는 결국 투자자의 손실로 귀결되어 투자자의 이익을 보호하고자 하는 자본시장법의 사전 등록 제도 도입 취지에 반하는 결과를 초래할 수 있고, 이 사건 투자신탁과 같은 사모부동산집합투자신탁의 경우 금융감독원장의 등록 수리가 지연될 경우 집합투자재산을 신속하게 운용하지 못하여 그 지연기간 동안 수익을 창출할 수 없는 어려움이 있다는 점도 감안하여야 한다고 주장한다.
그러나 앞서 본 바와 같이 자본시장법이 부동산집합투자기구가 등록을 마친 뒤 집합투자증권을 판매하고, 집합투자재산을 운용하도록 한 취지는 금융감독원장의 ‘사전’ 심사를 통하여 등록된 집합투자기구가 금융위원회의 관리·감독 하에 집합투자재산을 운용하도록 함으로써 집합투자업자나 신탁업자가 투자자들의 이익에 반하는 활동을 하는 것을 미연에 방지하는 그 자체에 있는 것이지 사후적으로 집합투자기구가 운용 수익을 극대화하도록 하는 데에서 위 사전 등록 제도의 존재 의의를 찾을 것은 아니고, 위 사전 등록 제도의 존재 의의가 적법한 절차에 의하지 아니하고 부동산을 취득한 부동산집합투자기구의 취득세 등 감면에 대한 사실상의 기대를 보호하기 위하여 양보될 수 있는 성질의 것도 아니며, 자본시장법은 금융감독원장으로 하여금 등록신청서 접수일로부터 원칙적으로 20일 이내에 그 등록 여부를 결정하도록 하여 등록 수리 기간이 무한정 지연되는 것을 방지하고 있을 뿐만 아니라 수익 창출의 필요성 때문에 이 사건 감면규정과 관련하여 사모부동산집합투자신탁을 구 간접투자법상의 간접투자신탁 또는 현행 자본시장법상의 적격투자자대상 사모집합투자기구와 같이 취급하여야 한다는 것은 규범과 현실을 혼동한 주장에 불과하다.
(3) 이 사건 감면규정을 자본시장법이 정한 절차에 따라 취득한 부동산에 한하여 적용되는 것으로 해석하더라도 유추·확장해석 금지 원칙에 위반되지 아니한다.
㈎ 원고는, 이 사건과 같은 과세처분이 정당화되려면, 이 사건 감면규정에서 부동산 취득의 주체를 ‘금융위원회가 등록을 수리한 부동산집합투자기구’라고 규정하였어야 하고, 현재의 문언을 부동산 취득 전 금융감독원장의 등록 수리를 요하는 것으로 해석하는 것은 조세법규에 관한 유추·확장해석 금지 원칙에 위반된다고 주장한다.
㈏ 이 사건 감면규정에서 ‘자본시장법에 따라 설정·설립된 부동산집합투자기구’라고 규정하였다면, 부동산 취득 전 금융감독원장의 등록 수리를 요하는 것으로 해석하는 것은 조세법률주의에서 파생되는 유추해석·확장해석 금지 원칙에 위반된다고 볼 수밖에 없을 것이다. 그러나, 입법자는 조세특례제한법 중 이 사건 감면규정 이외의 다른 조항에서 감면 대상자를 정의함에 있어 ‘…법에 따라 설립된’이라는 표현을 사용하면서도 이 사건 감면규정에서는 ‘자본시장법에 따라 설정·설립된 부동산집합투자기구’라는 표현을 사용하지 않았다(입법자가 이 사건 감면규정이 원고 주장과 같이 해석되는 것을 의도하였다면 곧바로 위와 같이 규정할 수 있었다).
㈐ 근본적으로 이 사건 감면규정을 금융감독원장에게 등록을 마친 부동산집합투자기구가 부동산을 취득하는 경우에 한하여 적용된다고 보는 것은 법원이 법률에 정함이 없는 등록이라는 과세감면요건을 창설하였기 때문이라고 볼 수 없다. 이는 자본시장법의 규율 내용, 이 사건 감면규정과 자본시장법의 관계 등에 비추어 위 감면규정이 자본시장법이 정한 적법한 절차에 따라 취득하는 부동산에 한하여 적용된다고 해석하는 데에 따르는 귀결일 뿐이다(서울고등법원 2011. 8. 17. 선고 2011누3090 판결 취지 및 대법원 2012. 1. 12.자 2011두23634 심리불속행 판결 참조).
㈑ 또한 "자본시장법에 따른 부동산집합투자기구"라는 문언을 "자본시장법의 규율 대상이 되는 부동산집합투자기구"로 해석하더라도 그것이 문언의 해석 가능한 한계를 벗어난다고 볼 수 없다. 그런데 자본시장법은 집합투자기구가 당사자간의 법률행위 및 회사 형태의 집합투자기구의 경우 설립등기만으로 유효하게 설정·설립되는 것으로 규정하고 있어{제188조, 제194조, 제207조, 제213조, 제217조의2, 제218조, 제224조, 제182조, 상법 제172조. 다만, 투자신탁 형태의 집합투자기구의 경우 제188조 제4항과 관련하여 신탁계약서에 의한 신탁계약 체결뿐만 아니라 신탁원본의 납입도 그 설정요건인지 여부가 문제되나, 신탁원본 납입을 설정요건으로 파악하는 견해(요물계약설)에 따르더라도 제76조 제3항, 제182조 제1항과의 관계에서 집합투자기구로 등록되기 전 집합투자증권을 판매한 대금으로 신탁원본을 납입하는 것은 금지된다고 볼 것이다}, 집합투자기구가 단순히 설정·설립된 단계에서는 사적 단체로서의 성격이 강하고(이 사건 투자신탁과 같은 투자신탁 형태의 집합투자기구의 경우 설정·설립 단계에서는 계약당사자가 자본시장법에 따라 인가를 받은 집합투자업자, 신탁업자이어야 한다는 측면에서 간접적으로 공법적 감독을 받을 뿐이다), 집합투자기구는 금융감독원장의 등록 수리에 따라 본격적으로 자본시장법에서 정한 관리·감독을 받게 되므로, 당사자의 사적인 법률행위에 따라 설정·설립된 단계에서의 집합투자기구는 자본시장법의 규율 대상이 되는 집합투자기구라고 보기는 어렵다(대전고등법원 2015. 4. 30. 선고 2014누11425 판결 취지 참조).
㈒ 위와 같은 점들을 고려하면, 이 사건 감면규정을 금융감독원장의 등록수리를 마친 부동산집합투자기구가 부동산을 취득하는 경우에 한하여 적용되는 것으로 해석하는 것이 유추·확장해석 금지 원칙에 위반된다고 볼 수는 없다.
(4) 이 사건 감면규정을 위와 같이 해석하는 것이 조세감면의 요건으로 행정청에의 등록을 명시적으로 요구한 다른 규정들과의 관계에서 체계적·통일적 해석 원칙에 반하는 것이라고 보기도 어렵다.
㈎ 자본시장법에서는 집합투자기구 중 적격투자자대상 사모집합투자기구에 대하여는 등록이 아닌 보고를 하도록 하고 있다. 따라서 이 사건 감면규정에서 감면 대상자를 ‘금융감독원장에게 등록을 마친 부동산집합투자기구’로 정할 경우 적격투자자대상 사모부동산집합투자기구는 취득세 감면 대상에서 제외되게 된다. 그런데 이 사건 감면규정의 입법취지가 조세감면이라는 수단으로 부동산집합투자기구에 의한 부동산 투자를 유도하여 부동산 경기를 활성화하는 데에 있다고 보는 이상 그 부동산 취득 주체가 일반적인 부동산집합투자기구가 아니라 적격투자자 사모부동산집합투자기구라는 이유로 감면 혜택을 부여하지 않는 것은 불합리하다.
㈏ 한편, 조세특례제한법에서 감면 대상자를 규정함에 있어 ㉠ 연구개발특구의 육성에 관한 특별법(이하 ‘연구개발특별법’이라고만 한다) 제9조의3 제2항에 따라 2015년 12월 31일까지 등록한 연구소기업(제12조의2 제1항 제2호), ㉡ 도서관법에 따라 등록한 도서관을 운영하는 법인(제74조 제1항 제4호), ㉢ 박물관 및 미술관 진흥법에 따라 등록한 박물관 또는 미술관을 운영하는 법인(제74조 제1항 제5호), ㉣ 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(제104조의19 제1항 제1호) 등과 같이 관할관청에의 등록을 세금 감면의 요건으로 명시한 규정을 두고 있음은 원고가 지적하는 바와 같으나, 위 각 규정에서 등록이라는 요건을 명시한 것은 그 나름대로의 필요성에 따라 이루어진 것으로 보인다.
1) 우선 연구개발특별법 제2조 제6호는 연구소기업에 관하여 "공공연구기관의 기술을 직접 사업화하기 위하여 특구 안에 설립된 기업으로서 제9조의3 제2항에 따라 등록된 기업을 말한다"라고 정의하고 있어 위 법률에서의 등록은 연구소기업의 개념 자체에 내재된 요건이다. 그러므로 조세특례제한법 제12조의2 제1항 제2호에서 감면대상자를 ‘연구개발특별법에서 정한 연구소기업’이라고만 규정하고, ‘등록한’이라는 수식어를 별도로 사용하지 않았다고 하더라도 조세감면의 대상이 되는 연구소기업은 당연히 위 법률에 따라 등록한 연구소기업만을 의미할 수밖에 없고, 입법자가 위 수식어를 사용한 것은 그 등록이 ‘2015. 12. 31.까지’ 이루어진 경우에 한하여 혜택을 부여하겠다는 점을 나타내기 위한 것이라고 할 것이다.
2) 도서관법, 박물관 및 미술관 진흥법은 도서관 또는 박물관 및 미술관(이하 통틀어 ‘도서관 등’이라 한다)의 등록을 임의적인 것으로 규정하고 있고, 등록하지 않은 도서관 등의 운영 자체를 금지하는 것은 아니며, 다만 도서관 등이 국가 또는 지방자치단체의 지원을 받기 위해서는 일정한 규모와 설비를 갖추고 등록하도록 요구하고 있을 뿐이다(즉, 위 등록은 기본적으로 국민이 자유의 영역에 속하는 일정한 행위를 하고자 하는 경우에 허가제보다 규제를 완화하여 그 자유의 영역을 더욱 넓혀 주는 한편 행정목적상 필요한 정보를 파악·관리하기 위하여 국민으로 하여금 행정청에 미리 일정한 사항을 알리도록 하는 최소한의 규제를 가하고자 하는 데 그 취지가 있다고 할 것이다). 따라서 이 부분 조세특례제한법 규정은 도서관 등 운영자 중에서 등록을 마친 법인에 한하여만 조세감면의 혜택을 부여하려는 입법적 결단에 따른 것이라고 봄이 타당하다.
3) 한편 조세특례제한법 제104조의 19 제1항은 "다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다."고 규정하고, 제1호에서 감면대상자로 ‘주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자’라고 규정하고 있다. 그런데 주택법은 연간 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자에게 주택건설사업 등록을 할 의무를 부과하고(주택법 제9조 제1항), 그 위임에 따른 주택법 시행령 제10조 제1항은 위 대통령령이 정하는 호수에 관하여 단독주택의 경우에는 20호, 공동주택의 경우에는 20세대(제3조 제1항에 따른 도시형 생활주택의 경우와 같은 조 제2항 제1호의 경우에는 30세대)를 말한다고 규정하고 있으며, 등록을 마치지 않고 위와 같은 규모의 주택건설사업을 하는 경우에 대한 처벌 규정을 두고 있으나(주택법 제97조 제1호), 위 규모에 미달하는 주택건설사업을 하는 경우에는 등록 의무를 부과하고 있지 않다. 이러한 점에 비추어 보면, 조세특례제한법 제104조의19 제1항 제1호에서 ‘주택건설사업자 등록’을 감면 요건으로 규정한 것은 주택건설사업자 중 일정한 규모 이상의 주택건설사업을 영위하여 국민 다수의 주거생활에 필요한 주택의 공급에 이바지하는 바가 크고, 현실적으로도 그 사업 규모에 비추어 종합부동산세의 납세의무자가 될 가능성이 큰 주택건설사업자에 대하여만 종합부동산세 분리과세의 혜택을 부여하고자 한 것으로 보이고, 그러한 차이를 두는 것이 불합리하다고 보이지도 않는다.
㈐ 결국 이 사건 감면규정에서 등록이라는 표현을 사용하지 않은 것과 조세특례제한법의 다른 규정에서 행정청에의 등록을 명시적으로 요구한 것은 모두 각각의 합리적인 이유가 있는 것이어서 이 사건 감면규정에 등록이라는 요건이 명시되어 있지 않음에도 적격투자자대상 사모집합투자기구에 해당하지 않는 부동산집합투자기구에 있어 결과적으로 등록을 요하는 것으로 해석하더라도 그것이 체계적·통일적 해석 원칙에 반한다고 볼 수 없다.
3. 원고의 예비적 주장에 대한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 감면규정이 부동산집합투자기구가 자본시장법이 정한 절차에 따라 부동산을 취득하는 경우에 한하여 적용된다고 하더라도, 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 이전까지 피고를 비롯한 과세관청에서 사모부동산투자신탁의 경우에 대하여는 금융감독원장의 등록 수리 이전에 부동산을 취득하더라도 이 사건 감면규정을 적용하여 취득세 등을 감면하여 왔고, 그에 부합하는 듯한 관계기관의 유권해석도 있었기에 원고로서는 이 사건 부동산 취득에 대하여도 이 사건 감면규정이 적용될 것으로 믿었고, 그와 같은 신뢰에 아무런 귀책사유도 없었는데, 피고가 이제 와서 금융감독원장에게 등록을 마친 부동산집합투자기구가 부동산을 취득하는 경우에 한하여 감면규정이 적용될 수 있다고 보아 취득세 등을 부과하는 것은 신뢰보호 원칙에 위반되거나 비과세관행 형성 후의 소급과세에 해당하여 위법하다.
나. 판단

(1) 인정사실

갑 제7, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 가), 나), 다)의 각 사실을 인정할 수 있고, 피고가 2012. 10. 5. 이 사건 부동산 취득과 관련하여 이 사건 감면규정을 적용하여 별지 1. [표] 중 본세란 기재 세액 부분에 대한 감면신청을 받아들였음은 앞서 본 바와 같다.
가) 금융위원회 직원 답변

금융위원회 사무처 자본시장국 자산운용과 소속 직원 최○○은 2011. 11. 15. 변호사 한△△가 국민권익위원회에서 운영하는 국민신문고 인터넷 홈페이지의 민원신청란에 기재한 "사모집합투자기구가 소수 투자자로부터 투자금을 납입받아 신탁을 설정하고 동 신탁재산으로 부동산을 매수한 경우 비록 집합투자기구의 등록을 위 부동산 매수 후에 하였다고 하더라도 동 신탁 재산은 자본시장법상 집합투자재산에 해당하는 것인지 여부"에 관한 질의에 대하여 "자본시장법 제182조에 의한 등록 여부는 집합투자기구와 그 재산으로 인정되는데 영향을 미치지 아니함을 알려드립니다"라는 검토의견을 작성한 바 있다.
나) 서울특별시장의 검토의견 회신

서울특별시장도 2011. 12. 5. 서대문구청장의 2011. 9. 28.자 "자본시장법에 따라 설정되어 적법한 등록신청을 마친 부동산집합투자기구가 부동산을 취득하는 경우에만 이 사건 감면 규정의 적용 대상이 되는지 여부"에 관한 질의에 대하여 비공개를 전제로 "부동산집합투자기구가 신탁업자로 하여금 부동산을 취득하게 한 이후에 자본시장법 제182조에 따라 집합투자기구 등록을 하였더라도 그 부동산의 취득은 이 사건 감면 규정의 적용 대상으로 판단된다. 다만 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 사실관계 및 관계법령을 종합적으로 검토하여 최종결정할 사항이다"는 취지의 검토의견을 회신한 바 있다.
다) 사실상 비과세 상태

1) 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전 구 조세특례제한법 제119조 제6항 제2호, 제120조 제4항 제2호는 "간접투자자산운용업법에서 정하는 부동산간접투자기구의 간접투자재산으로 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산"에 대하여 취득세·등록세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하도록 하였다.
2) 위 법률 제9272호로 개정되어 2009. 1. 1. 2007. 8. 3. 법률 제8635호로 제정된 자본시장법의 시행일인 2009. 2. 4. 무렵이다.
시행된 구 조세특례제한법 제119조 제6항 제2호, 제120조 제4항 제2호에서는 "자본시장과 금융투자업에 관한 법률에서 정하는 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 2009년 12월 31일까지 취득하는 부동산"에 대하여 위 개정 전과 동일한 내용의 취득세·등록세액 감면규정을 두었다.
3) 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되어 같은 날 시행된 구 조세특례제한법은 위 개정 전 법률에서 정한 일몰기한을 2009년 12월 31일에서 2012년 12월 31일까지로 연장하고, 감면율을 100분의 50에서 100분의 30으로 변경하였다.
4) 2011. 5. 19. 법률 제10684호로 개정되어 원고의 이 사건 부동산 취득 당시까지 시행되던 구 조세특례제한법에서는 위 개정 전 조세특례제한법의 등록세액 감면에 관한 제119조를 삭제하고, 제120조 제4항 제2호의 문언을 "자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 ‘따른’ 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산"으로 개정하였다 그 후 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되어 같은 날 시행된 구 조세특례제한법에서 위 일몰기한을 다시 2014년 12월 31일까지로 연장하였으나, 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되어 2015. 1. 1.부터 시행된 구 조세특례제한법에서 부동산집합투자기구가 집합투자재산으로 취득하는 부동산의 취득세액 감면 내용이 포함되어 있는 제120조를 삭제하였다.
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5) 그런데 2009. 1. 1. 법률 제9272호 구 조세특례제한법이 시행된 이래 원고가 이 사건 부동산을 취득할 때까지 약 3년 8개월간 피고를 비롯한 지방자치단체에서는 금융감독원장에게 등록을 마치지 아니한 사모부동산집합투자신탁이 부동산을 취득하고, 취득세·등록세의 감면 신청을 한 경우에, 그 부동산 취득이 금융감독원장의 등록 수리 이후에 이루어졌는지 여부와 그 부동산 취득 자금이 위 등록 전 수익증권 판매로 마련된 것인지 여부 등을 별도로 확인하지 아니한 채, 감면 신청을 받아들이는 결정을 하거나 사모부동산집합투자신탁이 자진신고·납부한 세액만을 수령함으로써 사실상의 비과세 상태를 유지하여 왔다.
(2) 판단

(가) 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위반되는지 여부

과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없으며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하였는데, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되는 경우에는 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용될 수 있다(대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결 등). 그러나 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 신뢰보호의 원칙을 적용할 수 없고{대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두5203 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두19447, 2007두19454(병합) 판결 참조}, 과세관청이 구체적인 사안에 대하여 어떤 견해를 표명한 경우에도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없으며(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조), 과세관청이 법령해석 등을 잘못하여 납세의무자에게 비과세·감면 통지서나 확인서 등을 교부하여 주었다고 하더라도 이 역시 그 자체만으로는 신뢰보호 원칙의 적용대상이 되는 공적 견해표명에 해당한다고 보기 어렵고(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두28940 판결, 대법원 2012. 1. 12. 선고 2011두13491 판결, 대법원 2000. 2. 11. 선고 98두2119 판결 참조), 행정상 법률관계에 있어서 특정의 사항에 대해 신뢰보호의 원칙상 처분청이 그와 배치되는 조치를 할 수 없다고 할 수 있을 정도의 행정관행이 성립되었다고 하려면 상당한 기간에 걸쳐 그 사항에 대해 동일한 처분을 하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 처분청이 그 사항에 관해 다른 내용의 처분을 할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그러한 처분을 하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다 할 것이므로, 단순히 착오로 어떠한 처분을 계속한 경우는 이에 해당되지 않는다 할 것이고, 따라서 처분청이 추후 오류를 발견하여 합리적인 방법으로 변경하는 것은 위 원칙에 위배되지 않는다(대법원 1993. 6. 11. 선고 92누14021 판결 참조).
먼저 금융위원회 직원의 답변에 관하여 본다. 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 할 것인바, 비록 금융위원회에 과세권이 부여되어 있지 않고(금융위원회의 설치 등에 관한 법률 제17조 참조), 위 답변이 금융위원회와 별개의 기관인 국민권익위원회에서 운영하는 인터넷 홈페이지에서 이루어진 것이라는 점을 감안하더라도, 금융위원회에게 원고와 같은 부동산집합투자기구를 감독할 권한이 부여되어 있고, 집합투자기구의 등록을 수리하는 권한도 본래 금융위원회에 있는 점, 위 회신이 변호사의 질의에 따른 것이라는 점을 고려하면, 금융위원회의 직원이 과세에 관하여 공적인 견해표명을 할 수 있는 행정청에는 해당한다고 봄이 타당하다고 할 것이나, 위 검토의견은 이 사건 감면규정에 관하여 아무런 언급 없이 집합투자재산의 개념에 해당하는지 여부만을 추상적으로 질의한 데에 따른 것이지 구체적으로 감면규정의 적용 여부를 질의한 데에 따른 것이 아니다. 따라서 위 답변과 관련하여 과세관청의 공적 견해 표명이 있었다고 인정하기 어렵다.
다음으로 서울특별시장의 검토의견 회신에 대하여 본다. 서울특별시가 이 사건 취득세 등의 귀속 주체이기는 하나(「지방세기본법」제8조제1항), 위 검토의견 회신은 소외 서대문구청장의 질의에 대하여 비공개를 전제로 이루어진 것이어서 그것이 어떠한 경위로 외부에 공개되었다고 하더라도 이를 가리켜 서울특별시장이 일반적으로 공표한 견해라고 볼 수조차 없다. 설령 서대문구청장이 그 명의로 서울특별시장의 위 회신 내용을 공표하였다고 하더라도 서대문구청장이 이 사건 취득세 등에 대한 징수권자가 아님은 물론이고, 그 내용 역시 과세관청이 불특정 납세자를 상대로 하여 특정한 사안이 아니라 일반론적으로 공표한 세법 해석에 관한 견해의 표명에 불과한 것이지 원고의 질의에 대한 답변이 아님이 분명하므로 이를 원고에 대한 견해표명으로 볼 것도 아니다. 나아가 위 회신 내용도 "과세권자가 사실관계 및 관계법령을 종합적으로 검토하여 최종결정할 사항이다"라는 유보적인 것에 불과하여 이를 토대로 하여 어떠한 보호가치 있는 신뢰가 형성될 만한 확정적인 답변이라고 보기도 어렵다. 무엇보다 원고가 이 사건 부동산 취득 당시 위 회신 내용을 알고 있었다고 볼 만한 증거가 없으며, 설령 그렇다 하더라도 금융기관인 원고는 자본시장법의 등록 전 판매 금지 등 주요 내용을 인지하고 있었을 것이므로, 원고가 위 회신 내용을 믿었다고 하더라도 그와 관련하여 원고에게 아무런 귀책사유가 없다고 보기도 어렵다.
마지막으로 피고가 이 사건 감면규정을 적용하여 취득세 등을 감면한 것과 피고를 비롯한 지방자치단체에서 사실상 비과세 상태를 유지한 것은 모두 법령해석을 잘못한 데에 따른 것이라 할 것이므로, 이들 역시 신뢰보호 원칙 적용의 요건인 과세관청의 공적 견해 표명에 해당한다고 볼 수 없다.
그러므로 이 사건 처분에 신뢰보호원칙을 위반한 위법이 있다고 볼 수는 없다.
(나) 이 사건 처분이 비과세관행 형성 후 소급과세에 해당하는지 여부

조세법률관계에 있어서 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이므로, 비과세에 관하여 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 존재하여야 적용될 수 있는 것인데, 이는 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 의미하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없으며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조).
또한 과세관청의 행위에 대하여 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요하며(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결 등), 위와 같은 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2000. 1. 21. 선고 97누11065 판결 참조).
위와 같은 법리에 비추어 보건대, 피고를 비롯한 과세관청에서 사모부동산투자신탁이 금융감독원장에게 등록을 마치기 이전에 부동산을 취득하는 경우에 이 사건 감면규정에서 규정하고 있는 세액 부분에 관하여 별도로 과세하지 아니하고 있었던 사실은 앞서 본 바와 같으나, 과세관청이 위와 같은 경우가 이 사건 감면규정의 적용대상이 아니라는 점을 알면서도 비과세의 상태를 유지한 것으로 인정할 만한 아무런 증거가 없고, 과세관청에서 어떠한 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사를 대외적으로 표시하였다고 볼 만한 사정 역시 나타나지 않으며, 오히려 과세관청은 2013. 10. 25.자 안전행정부 유권해석이 있기까지 이 사건 감면규정의 의미를 오인하고 있었던 것으로 보일 뿐이다. 따라서 이 사건에서 사실상의 비과세 상태를 넘어서 어떠한 비과세의 ‘관행’이 형성되어 있었다고 보기는 어렵다.
또한 앞서 본 여러 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 부동산 취득과 관련하여 이 사건 감면규정이 적용되어 취득세 등의 감면 혜택을 받을 수 있다고 기대하였을 수는 있었던 것으로 보이기는 하나, 원고가 이 사건 부동산 취득 당시 금융기관으로서 등록 전 수익증권 판매 행위가 금지된다는 점과 같은 자본시장법의 주요 내용을 잘 알고 있었던 것으로 보이는 점, 자본시장법이 정한 절차에 따라 부동산을 취득하는 것이 이 사건 투자신탁의 운영에 현저한 지장을 초래하는 것으로 보이지도 않는 점(앞서 본 바와 같이 자본시장법에서는 금융감독원장으로 하여금 등록신청서 접수일로부터 원칙적으로 20일 이내에 그 등록 여부를 결정하도록 함으로써 등록 수리 기간이 무한정 지연되는 것을 방지하고 있다), 자본시장법에 따라 설정·설립되는 부동산집합투자기구가 예외 없이 금융감독원장에게 등록을 마치기 이전에 부동산을 취득하는 것으로 보이지도 않는데 이처럼 자본시장법이 정한 절차에 따라 부동산을 취득하는 다른 집합투자기구와의 형평도 고려하여야 하는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위와 같은 기대가 자본시장법의 규율 내용과 합법성의 원칙을 희생하면서까지 이를 보호하는 것이 정의 관념에 부합한다고 할 수 있을 만큼 특별히 가치 있는 신뢰에 해당한다고 보기도 어렵다.
그러므로 이 사건 처분에 비과세 관행 존중 원칙을 위반한 위법이 있다고 볼 수도 없다.
(4) 소결론

따라서 원고의 예비적 주장도 받아들이지 아니한다.
4. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

① 구 자본시장법이 등록제도를 둔 것은 투자자들로 하여금 일정한 요건을 갖추지 못한 집합투자기구에 투자하는 위험을 방지하여 궁극적으로 투자자들을 보호하기 위한 것으로, 집합투자기구의 실체를 감독기관으로 하여금 점검하여 그 내용을 등재함과 아울러 대외적으로 알려 집합투자기구를 둘러싼 투자환경의 신인도를 보장하려는 데에 있을 뿐인 점, ② 이 사건 감면규정의 취지는 부동산투자신탁 등을 통한 부동산간접투자에 대해 세제지원을 함으로써 부동산간접투자제도의 원활한 도입과 부동산시장의 활성화를 도모하고자 하는 데 있는데, 이 사건 감면규정의 적용에 따른 조세감면 여부는 투자 여부를 결정하는 중요한 요소가 되는 점, ③ 집합투자기구가 등록을 마치기 전에 행한 부동산 취득도 사법상 유효하다고 볼 수 있고, 이 사건 부동산 취득 당시 이 사건 투자신탁계약에 따라 부동산집합투자기구가 설정·설립되어 있었을 뿐만 아니라, 특히 원고가 이 사건 부동산의 취득과 동시에 금융위원회에 등록을 신청한 이후 곧바로 그 등록 신청이 수리되기도 하였던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 ‘자본시장법에 따라 적법하게 설정·설립된 부동산집합투자기구‘가 집합투자재산으로 부동산을 취득한 경우라면 부동산집합투자기구가 금융위원회에 등록되었는지 여부와 관계없이 취득세 감면규정이 적용되어야 함.