법인세등부과처분취소청구사건 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1987.12.18 / 시행일:

【원 고】 재단법인 기독교 대한감리회유지재단
【피 고】 소공세무서장
【주 문】
 피고가 1985.10.2. 원고에 대하여 한 법인세 금 32,259,740원과 방위세 금 246,761,980원의 각 부과처분 중 법인세 금 28,403,530원과 방위세 금 12,130,440원을 각 초과하는 부분은 이를 취소한다.
 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 소송비용은 이를 7분하여 그 6을 피고의, 나머지를 원고의 각 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1985.10.2. 원고에 대하여 한 법인세 금 32,259,740원과 방위세 금 246,761,980원의 각 부과처분은 이를 취소한다.
【이 유】 피고가 1985.10.2. 원고에 대하여 법인세 금 32,259,740원과 방위세 금 246,761,980원의 각 부과처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 각 성립에 다툼이 없는 갑 제6호증(회신), 갑 제8호증의 1(준공검사필증교부), 2(준공신고서 및 준공검사필증), 3(신청건물동별개요), 갑 제9호증의 1(공평구역 제6지구 재개발사업완료공문), 2(준공검사필증), 3(재개발사업완료공문), 갑 제10호증의 1(구획정리신청), 2(사업완료신고서), 갑 제13호증의 1(임야대장), 2(확인서), 갑 제14 내지 16, 20 내지 45호증(각 토지대장등본), 갑 제17 내지 19호증(각 등기부등본) 갑 제46호증(확정지적조서), 갑 제49호증의 1, 2(각 계산서), 을 제1 내지 3호증(각 갱정결의서), 을 제18호증(기준시가액표), 을 제19호증(세액계산서), 을 제20 내지 22호증(각 토지대장등본), 을 제23호증(계산명세서), 을 제24호증(자료명세서)의 각 기재에 증인 주광섭의 증언과 변론의 전취지를 모아보면, 원고가 별표 1(가)항 1 내지 20 기재 토지를 같은 표(나)항 기재 일자에 증여 혹은 매매에 의하여 취득한 후 위 토지들에 대하여 1981.4.24. 서울특별시 고시 제143호로 인가, 고시된 도시재개발사업을 시행하여 건평 2,918.60평방미터의 빌딩을 짓고 771.40평방미터의 도로를 개설하는 등으로 위 공사를 완료한후 1983.4.6.이를 공고하였으며 그로부터 1년 이내인 같은 해 12.26.부터 같은 달 30. 사이에 위 토지들 중 지분 880.79/4335.36를 소외 중소기업은해 등 27인에 별표 2기재와 같이 모두 금 3,932,426,144원을 받고 양도한 사실, 원고는 또 1980.6.1. 신도들로부터 별표 1의(가)항 21기재 토지를 증여받아 같은 해 9.25. 소유권이전등기를 마쳤다가 1983.5.17. 이를 소외 신동아건설주식회사에 대금 48,600,000원을 받고 양도하고 같은 달 31. 소유권이전등기를 넘겨 준 사실, 원고는 또 1969.9.5. 별표1의 (가)항 22,23 기재 토지를 증여받아 같은 해 10.2. 소유권이전등기를 마쳤다가 위 토지들이 충주댐수몰지구에 해당하여 1983.11.21. 나라에 수용당하고 토지보상금 35,217,700원을 받은 사실, 원고는 1984.3.14.에 1983년도 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 별표 1의 (가)항 1 내지 21기재 토지에 대하여는 과세시가표준액에 의하여 양도가액과 취득가액을 산정, 이를 전제로 양도차익을 계산한 후 그중 1 내지 20 토지에 대하여는 특별부가세가 면제되는 것으로 보고 방위세만을, 21토지에 대하여는 특별부가세와 방위세를 각 산출하고 별표 1이(가)항 22, 23기재 토지는 양도당시까지 토지등급이 설정되어 있지 않아 과세시가표준액에 의한 양도가액과 취득가액을 산정할 수 없다는 이유로 방위세를 산출하지 않은 후 그 밖의 다른 부동산들의 양도차익 등과 합산하여 특별부가세과세표준을 금 9,895,995원, 세액을 금 2,473,997원, 방위세과세표준을 특별부가세과세분 금 24,473,997원, 특별부가세비과세분 금 288,536,093원, 세액을 금 58,495,542원으로 하여 신고한 사실, 이에 대하여 피고는 원고가 신고하지 아니한 여러개의 부동산 양도사실을 찾아내는 한편 별표 1(가)항의 다른 토지들은 조세감면규제법의 관계규정에 따라 특별부가세가 면제되지만 21 기재 토지는법인세법 제59조의 3 제1항 제17호에도 해당하지 않아 특별부가세의 부과대상이 되는 것으로 보고, 또 별표 1의 (가)항 22, 23 기재 토지에 대하여는 국세청 기준시가액표의 토지에 대한 기준시가적용방법 제3항 제1호(다) 목에 근거하여 소외 단양군수에게 등급서정을 요청, 위 단양군수가 1984.7.1. 품위와 정황이 유사한 인근토지인 충북 단양읍 복하리 251의1 토지의 등급가액을 기준으로 설정한 당해 토지의 등급가액을 적용하기로 하고법인세법 제59조의2 제3항,같은법시행령 제124조의2 제6항,소득세법시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목,제170조,제1항,제4항 제1호,소득세법시행규칙 제56조의5 제5항 제1호에 따라 양도가액은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 알 수 없는 취득가액은 양도 당시의 실지거래가액×취득당시의 과세시가포준액/양도당시의 과세시가표준액-의 방식에 의하여 산성한 후 이를 기초로 별표 3 기재와 같이 양도소득을 계산한 다음 이에 따라 별표 4 세액산출표 기재와 같이 산출된 위 법인세 금 32,259,740원과 방위세 금 246,761,980원의 가 부과처분을 한 사실을 각 인정할 수 있고 반증없다.
 피고는 위 각 처분사유와 적용법조 등을 들어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장함에 대하여 원고는 첫째로, 별표 1(가)항의 21기재 토지는 원고가 교회건물을 신축하기 위하여 증여받았다가 군사시설보호구역이라는 이유로 건축허가가 나지 않아 부득이 타에 양도하여 그 돈으로 다른 곳에 교회를 짓고 있으므로법인세법 제59조의 3 제1항 제17호에 의하여 위 양도소득에 대하여 특별부가세를 부과할 수 없음에도 이를 과세소득으로 보고서 한 피고의 이 부분 특별부가세부과처분은 위법하고 둘째로, 별표 1(가)항의 1 내지 20 기재 토지 중 소외 조성하외 1인에 양도한 지분 7.02/4,335.26부분은 위 매수인과의 사이에 매매계약이 해제되어 원상회복되었으므로 이 부분에 대하여는 방위세가 부과될 수 없음에도, 이 부분까지 양도된 것을 전제로 한 피고의 이 부분 방위세부과처분은 위법하며 셋째로, 이 사건 토지들의 양도당시의 실지거래가액은 알수 있으나 취득당시의 실지거래가액은 증여받은 부분이나 매수한 부분모두 이를 알수 없으므로법인세법 제59조의2 제3항 단서에 의하여 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 함에도 피고는 위에서 본 바와 같이 양도가액은 실지거래가액에 의하고 취득가액은 환산가액에 의하여 양도차익을 산정한 위법이 있고 네째로, 별표 1(가)항의 22, 23기재 토지는 양도당시까지 토지등급이 설정되어 있지 않았으므로 과세시가표준액에 의한 양도차액산정이 불가능하여 그 양도로 인한 소득에 대하여는 과세할 수 없음에도, 피고는 위에서 본 바와 같이 사후에 군수에게 토지등급설정을 요청하여 이를 설정받은 후 그 취득당시의 그와 품위 등이 유사한 다른 토지의 등급을 기준하여 양도차익을 산정, 방위세를 부과한 위법이 있다고 다투고 있다.
 그러므로 먼저 원고의 첫째주장에 대하여 살피건대,법인세법 제59조의 3 제1항은, 다음 각호의 소득에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니한다고 하면서그 제17호에서, 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격 없는 사단, 재단 기타 단체를 포함한다)이 고유목적에 직접 사용하는 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득을 들고 있고 여기에서 "고유목적에 직접 사용하는 토지"라 함은 현실적으로 고유목적에 사용하고 있는 토지에 한하지 않고 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 재단소속 교회를 짓기 위하여 교회부지로 용도를 특정하여 부동산을 매수하고 기본재산에 편입시켜 설계 등 신축준비를 하던 중 당국의 토지구획정리사업의 시행으로 교회를 지을 수 없게 되자 주무관청인 문화공보부장관의 인가를 받아 타인 소유의 토지와 교환하여 그 위에 교회를 신축, 사용해오고 있는 경우도 포함된다(대법원 1986.6.24. 선고 85누189 판결 참조)고 할 것인데, 각 성립에 다툼이 없는 갑 제4호증(등기부등본), 갑 제5호증(질의회서), 갑 제7호증(정관), 갑 제11호증(취득인가), 갑 제12호증(전환인가)의 각 기재에 위 증인 주광섭의 증언과 변론의 전취지를 모아보면, 원고는 기독교 대한 감리회에 속한 모든 교회와 이 교회에서 경영하는 전도, 교육, 구호와 어린이집 사업 기타 사회교화, 봉사사업을 위하여 필요한 재산을 공급함을 목적으로 하는 법인인 사실, 원고는 1980.6.1. 별표1(가)항이 21 기재 토지를 취득한 후 같은 해 8.26. 문화공보부장관으로부터 원고소속 대림교회에서 이용하기로 하는 조건하에 기본재산취득인가를 받았다가 1983.5.6. 문화공보부장관으로부터 광명시 철산동 464의 12 대 240.7평방키터와 함께 위 토지를 공정한 시가에 처분하여 그 처분대금과 교인들의 헌금으로 서울 동대문구 용두동 40의 2 대1,650평방미터 지상에 철근 콘크리트조 교회 1동을 증축하여 용두동감리교회로 사용하도록 하는 조건하에 기본재산전환인가를 받아 같은 달 31. 위 토지를 위 신동아건설주식회사에 양도한 사실, 위 토지를 사람들이 살지 않는 지역에 있으며, 원고가 취득하기 이전부터 군사시설보호구역으로 지정되어 건축을 할 수 없는 지역이었고 이러한 사정을 알면서 위 토지를 취득한 원고는 위 토지상에 교회를 신축하겠다는 신청을 서울특별시에 해 보지도 아니한 사실을 각 인정할 수 있고, 반증없는 바, 위 인정사실에 의하면 원고는 위 토지를 교회부지로 사용할 목적으로 취득한 것이라고 보기 업렵고 설사 그러한 목적으로 취득하였다 하더라도 건축할 수 없는 지역임을 알면서 취득한 것이므로 이를 가리켜법인세법 제59조의 3 제1항 제17호가 말하는 "고유목적에 직접 사용하는 토지"라고 할 수 없고 따라서 원고의 위 주장은 그 이유없다.
 다음 원고의 둘째주장에 대하여 살피건대, 부동산에 대한매매계약이 합의해제 또는 중도금 및 잔금을 지급하지 아니함으로써 해제된 경우에는 그 매매계약의 효력은 상실되어 원상회복의 문제만이 남게 되므로 매도인에게 그 부동산의 양도로 인한 소득이 있었음을 전제로 한 특별부가세나 방위세의 부과처분을 할 수 없다 할 것이나(대법원 1986.7.8. 선고 85누709 판결 참조), 과연 별표1(가)항의 1 내지 20 기재 토지중 소외 조성하, 안선희에게 양도한 지분 7.02/4,335.26부분에 대하여 위 조성하등과 사이에 매매계약이 해제되었는지를 보면, 이에 부합하는 증인 주광섭의 증언은, 각 성립에 다툼이 없는 갑 제47호증(인낙조서), 갑 제48호증(등기부등본)의 각 기재에 위 당사자간의 매매계약중 건물부분만 해제된 것으로 되어 있는 점에 비추어, 이를 믿을 수 없고, 달리 이를 인정할 증거없으므로, 원고의 위 주장 또한 그 이유없다.
 나아가 원고의 셋째 주장에 대하여 살피건대,법인세법 제59조의2 제3항은, 특별부가세의 과세표준인 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 및 취득가액에 대통령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 재산한 금액을 공제한 금액으로 하되 다만 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 가각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있는같은법시행령 제124조의2 제2항은.법 제59조의2 제3항에서 "취득가액"이라 함은제48조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(부당행위계산에 의한 사가초과액을 제오한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액를 말한다고 규정하고 있으며같은법시행령 제48조의 제2항은 매입한 고정자산은 매입당시의 그 대가(등록세, 취득세 기타 부대비용을 포함한다)를, 자기가 건설, 제작 등에 의하여 취득한 고정자산은 원재료비, 노무비, 운임, 하역비, 보험료, 수수료, 공과(등록세와 취득세를 포함한다), 설치비 기타 부대비용의 합게금액을, 그 이외의 고정자산은 취득당시의 정상가액을 취득가액으로 하도록 규정하고 있는 바, 위 각 규정들을 종합하면 양도가액이나 취득가액은 다같이 실지거래가액이나 기준시가에 의하여야 하고 위 양도 및 취득가액 중 어느 하나는 실지거래가액에 다른 하나는 기준시가에 의한다는 것은 형평상 허용될 수 없다 할 것이며 매수한 토지는 매입당시의 그 대가, 무상증여받은 토지는 취득당시의 정상가액을 각 취득가액으로 보나 매입 당시의 대가나 그 정상가액이 불분명한 때에는 양도 및 취득가액을 모두 기준시가에 의하여 계산하여야 할 것이고(대법원 1985.6.25. 선고 84누531 판결 참조, 위 판결은법인세법 제59조의2 제3항이 1978.12.5. 법률 3099호로 개정되기 전의 사안에 대한 것이나 그 당시의 조문내용은 "기준시가"가 "시가표준"으로 되어 있고 공제할 금액 중에 "토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용"과 "취득가액에 대통령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액" 대신 "대통령이 정하는 비용"을 들고있던 점이 다를 뿐이다)한편같은법시행령 제124조의2 제6항은,법 제59조의2 제3항에 규정하는 기준시가는소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 규정하고있고소득세법시행령 제115조 제1항 제1호(가)목 및(나)목은, 토지의 기준시가는 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의하고 그 이외의 지역에 있어서는 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액으로 한다고 규정하고 있으며 이 사건 토지 중 별표1(가)항의 21기재 토지를 제외한 나머지 토지들은 양도당시 국세청장이 정하는 특정지역에 있지 않았고 위 21기재 토지는 양도당시는 특정지역이었으나 취득당시에는 특정지역이 아니었으므로 이 사건 토지 모두에 대하여 양도 및 취득가액을 모두 지방세법상의 과세시가표준액에 의하여 산정하여야 할 것인 바(대법원 1987.1.20. 선고 86누576판결 참조), 피고는법인세법시행령 제124조의2 제6항이 준용하는소득세법시행령 제115조 제1항 제1호가그(다)목에서,제170조 제1항 단서의 경우에는 양도 또는 취득당시의 실지거래가액에 인근지역의 지가상승률을 감안하여 재무부령이 정하는 방법에 다라 환산한 가액을 기준시가로 하도록 규정하고 있고소득세법시행규칙 제56조의5 제5항은,영 제115조 제1항 제1호(다)목의 규정에 의한 가액은 다음 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다고 하면서그 제1호에서 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액은 양도당시의 실지거래가액×취득당시의 과세시가포준액/양도당시의 과세시가표준액의 방식에 의하다고 하고 있으며소득세법시행령 제170조 제1항 단서는,제4항 제1호 및제2호의 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거랙액을 확인할 수 없는 다른 하나는제115조 제1항 제1호(다)목의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하여야 한다고 하고있고소득세법시행령 제170조 제4항 제1호가 국가, 지방자치단체 기타 법인과의 거래에 있어서 양도 또는 취득당시의 실지거랙액이 확인된 경우를 들고 있다는 이유를 들어 이 사건 토지의 양도차익의 계산에 있어 양도가액은 실지거래가액에 의하고 취득가액은 위소득세법시행규칙 제56조의5 제5항 제1호가 정하는 방법에 의하고 있으나, 위소득세법시행령 제170조 제1항 단서는 양도가액과 취득가액 중 그 어느 하나를 기준시가에 의하는 경우 다른 하나는 실지거래가액에 의하여 결정할 수 있음을 시사하는소득세법 제23조 제2항,제4항,제45조 제1항에 근거하는 것으로(대법원 1986.7.22. 선고 84누490 판결 참조)위 소득세법과 규정내용을 달리하는법인세법 제59조의2 제3항 단서의 경우에는 적용될 수 없다
 할 것이어서,소득세법시행령제115조 제1항 제1호(나)목에 따른 지방세법상의 과세시가표준액에 의하지 않고같은 호(다)목에 따라 양도차익을 산정한 피고의 이 사건 과세처분은 위법하다 할 것이다.
 마지막으로 원고의 네째 주장에 대하여 살피건대, 위에서 본 바와 같이 별표1(가)항의 22,23기재 토지는 지방세법상의 과세시가표준액에 의한 가액에 따라 양도가액과 취득가액을 산정, 양도차익을 계산함이 원칙이나 위 토지에 대하여는 양도당시까지 등급설정이 되어 있지 않아 그 양도 및 취득당시의 과세시가표준액을 산정할 수 없는데 이러한 경우 그 산정바업에 대하여 소득세법시행령등에 아무런 규정이 없으므로(소득세법시행령 제115조 제1항 제1호(나)목 단서는 양도당시의 과세시가표준액과 취득당시의 과세시가표준액이 동일한 경우의 양도차익 산정방법에 대하여는 규정하고있으나 과세시가표준액 자체를 산정할 수 없는 경우에 대하여는 언급이 없고, 피고가 근거로 삼은 국세청 기준시가액표는 국세청내부에서만 효력을 가질 뿐 일반 국민을 규율하는 것이 아니다)위 양도로 인한 소득금액을 결정할 수 없어 이에 대하여는 과세할 수 없다 할 것임에도, 이와 달리 사후에 군수에게 토지등급의 설정을 요청하여 이를 설정받은 후 그 취득 당시의 그와 품위, 정황이 유사한 다른 토지의 등급을 기준하여 양도차익을 산정, 방위세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
 따라서, 별표1(가)항의 1 내지 21 기재 토지에 대하여 지방세법상의 과세시가표준액에 따라 양도가액과 취득가액을 산정하기로 하고, 위 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제20 내지 제45호증, 갑 제49호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 모아보면, 위 각 토지의 취득 및 양도당시의 등급 및 과세시가표준액은 같은표(다) 내지 (바)항 기재와 같은 사실을 인정할 수 있고 반증없으므로, 이를 전제로 원고가 얻은 양도소득을 산출하면 별표 5기재와 같이 되고, 이를 기초로 원고가 부담할 세액을 산출하면 별표 6 세액산출표 기재와 같이 법인세(특별부가세 포함)금 28,403,530원과 방위세 금 12,130,440원이 된다.
 그렇다면, 피고의 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 원고의 본소청구는 법인세 금 28,403,530원과 방위세 금 12,130,440원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 범위내에서 정당하여 이를 인용하고 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제89조,제92조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

판사 이재화(재판장) 박장우 김영식

가. 양도당시의 실지거래가액은 알수 있으나 취득당시의 실지거래가액을 알 수 없는 토지의 양도로 인한 법인세특별부가세의 산정기준
나. 양도당시까지 등급이 설정되어 있지 않은 토지이 양도의 경우, 기준시가에 의한 양도차익의 산정가부

가. 양도당시의 실지거래가액은 알 수 있으나 취득당시의 실지거래가액을 알수 없는 토지의 양도로 인한 법인세특별부가세는 다같이 기준시가에 의하여 산정할 것이고,소득세법시행령 제170조 제1항은 단서는 적용될 여지가 없다.
나. 양도당시까지 등급이 설정되어 있지 않은 토지의 양도의 경우, 그로 인한 소득금액을 결정할 수없으므로 이에 대하여는 법인세특별부가세를 과세할 수 없다.