법인세부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2010.12.09 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 엘에스에프 케이디아이씨 인베스트먼트 컴퍼니 리미티드 (소송대리인 변호사 김수형 외 2인)
【피고, 피항소인 겸 항소인】 역삼세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 손호철)
【제1심판결】 서울행정법원 2009. 11. 6. 선고 2007구합47176 판결
【변론종결】2010. 9. 30.
【주 문】
 1. 제1심 판결 중 2004 사업년도 법인세 부과처분 부분을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고가 원고에 대하여 2007. 6. 1.자로 한 2004 사업년도 법인세 18,095,748,820원의 부과처분 중 2,646,546,595원을 초과하는 부분을 취소한다.
 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
 2. 원고의 나머지 항소 및 피고의 항소를 모두 기각한다.
 3. 소송총비용 중 15%는 원고가, 85%는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
 피고가 원고에 대하여 한, 2005. 10. 14.자 2001 사업년도 법인세 2,135,350,470원 및 2002 사업년도 법인세 641,266,130원의 부과처분과 2007. 6. 1.자 2004 사업년도 법인세 18,095,748,820원의 부과처분을 모두 취소한다(원고는 2004 사업년도 법인세 부과처분에 관하여, 주위적으로 최종 증액경정일 기준 최종 증액된 금액의 취소를, 예비적으로 처분일 및 처분사유별로 나누어 각개의 처분의 취소를 구하고 있으나, 2004 사업년도 법인세 부과처분에 관하여는 결국 증액경정처분만 있었으므로, 이를 주위적, 예비적으로 나누어 판단하지 않는다).
 2. 항소취지
 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한, 2005. 10. 14.자 2001 사업년도 법인세 2,135,350,470원 중 165,036,610원 부분 및 2002 사업년도 법인세 641,266,130원의 부과처분 중 95,656,270원 부분과 2007. 6. 1.자 2004 사업년도 법인세 18,095,748,820원의 부과처분 중 6,806,141,510원 부분을 모두 취소한다.
 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 당사자의 지위
 원고는 2000. 8. 10. 내국법인인 정리금융공사와 버뮤다국에 설립된 외국법인인 엘에스에프 쓰리 코리안 포트폴리오 인베스트먼트1 리미티드(LSF 3 Korean Portfolio Investment I, Ltd., 이하 ‘KP’라 한다)가 각 50%씩 출자하여 역시 버뮤다국에 본점을 두고 설립한 회사로서, 부동산이나 부실채권을 인수·매각하는 것 등을 사업 목적으로 하는 유동화전문회사(SPC)인 외국법인이며 국내에 영업소를 두고 있다.
 나. 원고의 부실채권 등의 양수 및 채권형 유동화증권 발행
 ⑴ 원고는 정리금융공사가 제일은행, 주택은행, 신한은행으로부터 매입하여 보유하고 있던 11,900여 명의 채무자에 대한 13,000여 건의 부실 대출채권(총 채권액 4,130여 억 원)(이하 ‘기초자산’이라 한다)을 회수가능성, 회수기간 등을 고려하여 실질가치를 평가한 후 2000. 12. 1. 이를 2,150억 1,300만 원에 매수한 다음, 2000. 12. 19. 그 취득가액의 86% 상당의 유동화증권을 발행하면서, 발행가액의 1/7은 주식형으로 발행하고, 나머지 6/7에 해당하는 미화 154,832,519달러(당시 환율기준으로 한화 약 1,842억 원) 상당은 7년 만기, 연리 17%(이하 ‘이 사건 증권이자율’이라 한다) 조건의 채권형으로 발행하였다(이하 위 채권형 유동화증권을 ‘이 사건 증권’이라 한다).
 ⑵ 정리금융공사와 KP는 2000. 12. 19. 위 채권형 유동화증권을 각 50%씩 인수하였고, KP는 2001. 1. 19. 아일랜드 법인인 론스타 인터네셔날 파이낸스 리미티드(Lone Star International Finance Limited., 이하 ‘LSIF’라 한다)에 위와 같이 인수한 채권형 유동화증권(이하 ‘KP인수분’이라 한다)을 매도하였다.
 다. LSIF의 자금차입 및 원고의 LSIF에 대한 이자 지급
 ⑴ LSIF는 KP로부터 이 사건 증권을 인수하기 위한 자금 중 약 70%는 은행에서 차입하여 조달하기로 하고, 위 증권매수 당일인 2001. 1. 19. 주식회사 하나은행(이하 ‘하나은행’이라 한다)으로부터 미화 5,350만 달러를「LIBOR(London Inter-Bank Offered Rate, 런던 은행간 거래 금리) ＋ 3.5%」의 이자율로 차입하였다(이하 ‘이 사건 차입거래’라 한다).
 ⑵ 원고는 LSIF에게 아래 표와 같이 이 사건 증권에 대한 이자를 지급하였다.
 (단위 : 백만 원)사업년도 20002001200220032004계 지급이자 590 13,560 5,1674,5843,91227,813 
 라. 원고의 부산화물터미널부지 거래 및 과세표준 신고
 ⑴ 원고는 2004. 3. 29.경 주식회사 해밀컨설팅그룹(이하 ‘해밀’이라 한다)에게 원고 소유의 부산 사상구 엄궁동 651-1·2·3 소재 부산종합화물터미널 부지(이하 ‘이 사건 부지’라 한다)를 매도하였다.
 ⑵ 원고는 2005. 3. 31. 피고에 대하여 이 사건 부지의 양도가액을 1,030억 원으로 하여 2004 사업년도 법인세 과세표준을 신고하였다.
 마. 서울지방국세청의 세무조사
 ⑴ 서울지방국세청은 2003. 2. 4.부터 2003. 6. 13.까지 원고의 2000. 8. 15.부터 2001. 12. 31.까지의 사업년도에 대한 세무조사(이하 ‘제1차 세무조사’라 한다)를 실시한 다음, 2003. 10. 22. 원고의 법인 소득계산 및 세무조정 신고가 적정하다는 취지의 조사 결과를 통지하였다.
 ⑵ 또한 서울지방국세청은 2005. 7. 7.부터 2005. 10. 31.까지 원고의 2002. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지의 사업년도에 대하여 법인제세 통합조사(이하 ‘제2차 세무조사’라 한다)를 실시하였다.
 ⑶ 서울지방국세청장은 ⓛ 원고가 국외 특수관계자인 LSIF에 지급한 이 사건 증권에 대한 이자율이 「국제조세조정에 관한 법률」(이하 ‘국제조세법’이라 한다) 제5조에 규정한 정상이자율보다 높다고 보고 이 사건 차입거래를 비교대상거래로 선정하여 이 사건 차입거래의 이자율을 증권발행 시점(2000. 12. 19.)을 기준으로 환산한 이자율 10.02%를 정상이자율로 산정한 후, 원고가 LSIF에 지급한 이자 중 위 정상이자율 10.02%를 초과하는 부분인 아래 표와 같은 금액을 손금불산입하고, ② 원고가 해밀에 양도한 이 사건 부지의 매매대금이 1,030억 원이 아닌 1,210억 원이어서 원고가 그 차액인 180억 원을 신고누락하였다고 보아 그 금액을 세무조정한 다음, 2005. 10. 14. 피고에 대하여, 원고의 2001 사업년도부터 2004 사업년도에 대한 법인세가 약 104억 원 상당이라는 세무조사결과를 통지하였다.
(단위 : 원)사업년도2001200220032004합계손금불산입액 3,847,614,5131,466,296,9041,300,631,4201,110,035,3097,892,128,796
 바. 피고의 법인세 부과처분
 ⑴ 피고는 위 세무조사 결과를 기초로 2005. 10. 14. 원고에 대하여 2001 사업년도 법인세 2,135,350,470원, 2002 사업년도 법인세 641,266,130원, 2004 사업년도 법인세 784,209,600원의 각 부과처분을 하였다(2003년은 결손금 발생으로 고지세액 없음).
 ⑵ 또한 피고는 2006. 3. 2. 원고에 대하여, 이 사건 부지의 양도가액을 신고액보다 180억 원이 많은 1,210억 원이라고 보아 2004 사업년도의 익금으로 추가 산입하여 2004 사업년도 법인세 6,906,429,860원을 추가로 경정·고지하였다(이하 ‘제1차 경정처분’이라 한다).
 ⑶ 그 후 피고는 서울지방국세청으로부터 이 사건 부지의 양도가액이 1,460억 6,500만 원이라는 조사결과를 통보받고 2004 사업년도의 익금으로 250억 6,500만 원(＝ 1,460억 6,500만 원－1,210억 원)을 다시 추가산입하여, 2007. 6. 1. 2004 사업년도 법인세 10,405,109,360원을 추가로 경정·고지하였다[이와 같이 경정된 처분을 ‘제2차 경정처분’이라 하고, 피고가 원고에 대하여 한, 2005. 10. 14.자 2001 사업년도 법인세 2,135,350,470원 및 2002 사업년도 법인세 641,266,130원의 부과처분과 2007. 6. 1.자로 증액된 2004 사업년도 법인세 합계 18,095,748,820원(＝ 784,209,600원＋6,906,429,860원＋10,405,109,360원)의 부과처분을 합쳐 이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다].
 [인정 근거 : 갑 1, 2, 8, 9, 10 및 12 내지 14호증, 을 1 내지 5 및 28, 29호증 가지번호 포함]
2. 원고의 주장
 가. 중복 세무조사금지의 원칙 관련
 이 사건 각 처분 중 2001 사업년도에 대한 법인세 부과처분은 제1차 세무조사와 같은 세목 및 과세기간에 대하여 한 중복 세무조사인 제2차 세무조사를 바탕으로 한 것으로 위법하다.
 나. 정상이자율 산정 부분
 이 사건 차입거래를 이 사건 증권의 발행(이하 ‘이 사건 증권거래’라 한다)과 비교하면 채권의 위험도 및 담보력, 만기, 금리변동 여부, 실질이자율, 대주의 위험 수용 성향 등에서 서로 현저한 차이를 보이므로, 이를 국제조세법상의 정상가격을 산출하기 위한 비교대상거래로 삼을 수 없다.
 다. 이 사건 부지 매각 관련
 ⑴ 이 사건 부지의 매매대금은 최초 계약 이후 2차에 걸친 수정계약 과정을 거쳐 최종적으로 1,100억 원으로 결정되었으므로 그 양도로 인한 익금 산입액도 그 금액을 기준으로 산정하여야 한다.
 ⑵ 원고와 해밀은 2004 사업년도 법인세 신고기간 내로서 재무제표 확정일 이전인 2005. 1. 20.경 이 사건 부지의 매매대금 중 70억 원을 감액하기로 합의하였으므로, 그 금액만큼은 익금 산입에서 제외되어야 한다.
3. 관계 법령 등
 별지 4 기재와 같다.
4. 중복 세무조사금지 원칙의 위배 여부(2001 사업년도 법인세 관련)
 가. 인정사실
 ⑴ 원고 및 그 출자자인 KP, 이 사건 증권을 매수한 아일랜드 법인 LSIF는 미국의 사모펀드인 론스타 펀드가 미국 델라웨어주법에 의하여 설립한 ‘론스타 펀드 Ⅱ 및 Ⅲ 리미티드 파트너쉽(Limited Partnership)’의 지배를 받는 법인들이고, 론스타 펀드는 국내 부실채권의 투자와 관련하여 론스타 어드바이저즈 코리아(Lone Star Advisors Korea, LLC. 이하 ‘LSAK’라 한다)와 허드슨 어드바이저즈 코리아(Hudson Advisors Korea, Inc. 이하 ‘허드슨’이라 한다)를 설립·운영하였는데, LSAK는 론스타 펀드가 한국에 투자하는 부실채권의 물색 및 투자결정을 주된 사업으로 수행하였고, 허드슨은 론스타 펀드가 설립한 유동화전문회사의 자산관리 및 수탁업무를 주된 사업으로 수행하였다.
 ㈏ 서울지방국세청장은 원고를 포함한 LSAK, 허드슨 등 론스타 펀드와 관련된 20개 회사에 대한 제1차 세무조사를 통보하면서 조사대상 회사들에게, 모회사 및 국내외 관계회사의 조직도, 출자흐름도, 재무제표 및 감사보고서, 세무조정계산서 및 결산서, 국외특수관계자와의 거래시 적용한 이전가격 관련 서류, 자산평가 관련서류, 자산취득 및 매각계약서, 금융감독기관에 제출한 서류(유동화계획등록신청서·자산양도등록신청서 및 각 관련 서류), 채권형 유동화증권별 발행흐름도 및 발행내역, 자산관리 위탁계약 관련 서류, 원리금 및 배당금 지급 관련 서류, 발행비용 및 액면이자율 산출 근거서류 등의 자료를 준비할 것을 요구하였고, 제1차 세무조사 중에는 LSIF의 장기부채(Loan payable) 관련 대부자(채권자) 명단과 각각의 이자지급 내역(관계회사 및 제3자 포함), LSIF의 영업이익(Operating Income) 산출과정을 알 수 있는 구체적인 설명자료(예컨대 자금투자시 수취이자율과 투자금액 명세, 자금차입시 지급이자율과 차입금액 명세) 등의 제출을 요구하였다. 원고는 위 서류들을 모두 제출하였고, 이전가격 측면에서 이 사건 증권의 이자율이 적정하다는 취지의 구체적인 의견서를 제출하기도 하였다. 
 ㈐ 서울지방국세청장은 2003. 10. 22.경 원고에게 “법인 소득계산 및 세무조정 신고 적정함”이라고 하여 제1차 세무조사 결과를 통지하였는데, 그 내용에 이 사건 증권의 이자율이 정상가격 범위 내인지에 대해서 따로 명시한 것은 없었다.
 ㈑ 서울지방국세청은 2005. 4. 12.경 론스타 펀드 계열 국내 회사들이 위치한 서울 강남구 역삼동 737 강남파이낸스센터 30층에 세무조사공무원들을 보내 론스타 펀드가 국내 투자를 위하여 설립한 법인들에 대한 전반적인 특별세무조사에 착수하였다. 당시 세무조사 대상으로 정식 통보된 법인은 LSAK, 허드슨, 엘에스에프프로퍼티유동화전문 유한회사, 엘에스에프프로퍼티투유동화전문 유한회사, 엘에스에프쓰리코리아프로퍼티컴파니원, 스타프로퍼티매지지먼트 주식회사 등 6개의 유동화전문회사였으나, 실제로는 원고를 포함한 론스타 펀드 계열의 국내 유동화전문회사들과 관련된 전반적인 장부 및 서류 일체를 제출받거나 영치하였다.
 ㈒ 위 특별세무조사 과정에서 허드슨이 제출한 자료 중에는 허드슨의 경리팀장 소외 1이 2002. 11. 25. 자금관리담당 소외 2 등 2명에게 보낸 ‘유동화전문회사의 구체적인 주식 담보제공 상황, 그 담보가 알려진 범위, 지급이 완료된 차입금이 있다면 최초 차입약정서를 고쳐서 주식담보가 없었던 것으로 처리할 수 있는지에 관하여 알려주기 바란다’는 내용의 이메일과, 그 이메일에 대하여 소외 2가 ‘스타 타워를 제외한 나머지의 경우 전체 국내자금 차입시 주식이 담보로 제공되어 있고 유동화전문회사의 경우에는 유동화계획에 등록되어 있는 것으로 알고 있음’이라는 내용으로 보낸 답장이 포함되어 있었다. 서울지방국세청은 위 이메일 자료 등을 근거로 론스타 펀드의 국내 자회사가 소요 자금을 조달함에 있어 해외 모회사로부터 출자는 적게 받는 대신 차입을 늘려 법인세 부담을 의도적으로 줄이고자 하는 조세회피 행위를 하였다고 추정하고 론스타 펀드의 자회사들인 유동화전문회사가 발행한 유동화증권의 수익률이 적정한지 여부를 본격적으로 조사하였다.
 ㈓ 그 결과 서울지방국세청장은 론스타 펀드가 설립한 원고를 포함한 유동화전문회사들은 직접 국내은행으로부터 연 8 내지 10%의 저금리로 자금을 차입할 수 있었음에도 국외 특수관계자인 LSIF에 연 17 내지 19%의 높은 이자를 지급하는 유동화증권을 취득하게 함으로써 정상가격을 초과한 이자를 지급하는 방식으로 법인세를 포탈하였다는 혐의를 포착하였다. 이에 2005. 6. 30. 원고에게 공식적으로, 조사대상 세목은 ‘법인제세 통합조사’, 조사대상기간은 ‘2002. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지’, 조사기간은 ‘2005. 7. 7.부터 2005. 8. 25.까지’(이후 2005. 10. 31.까지로 연장됨)로 정한 세무조사 사전통지를 하면서, 법인세 신고서 및 회계장부, 유동화자산 인수관련 증빙서류, 유동화계획 등록신청서류, 채권형 유동화증권 발행 관련서류 및 제증빙, 유동화자산 회수 및 양도관련 서류(각 채권별 회수내역 포함) 등의 자료를 준비할 것을 요구하였고, 2005. 7. 7.부터 2005. 10. 31.까지 제2차 세무조사를 실시하였다.
 ㈔ 서울지방국세청 소속 세무조사공무원은 2005. 8. 30. 하나은행의 대출담당자였던 소외 3 팀장을 방문조사하였는데, 소외 3은 이 사건 차입거래 등 론스타 펀드가 설립한 국내 유동화전문회사에 대한 대출조건은 허드슨의 회계팀 소속 임원과 협상하여 정하였고, 그 과정에서 대출명의자인 LSIF와 직접 대출조건을 논의하거나 LSIF의 신용도를 이자율 등 대출조건의 결정에 고려한 바는 없으며, 국내 유동화전문회사가 보유한 부실채권의 회수가능성을 개별적으로 확인하여 대출 여부 등을 결정하였다는 취지로 진술하였다. 그 후 서울지방국세청은 하나은행으로부터 여신승인 검토서, 이 사건 차입거래가 이 사건 증권의 기초자산의 가치에 기초한 금융이라는 점에 관한 심사의견 및 주요 조사내용, 이자율 산정 자료들(을 32 내지 34호증 가지번호 포함) 등 이 사건 차입거래 및 이 사건 증권의 기초자산에 관한 자료들을 제출받았다.
 ㈕ 서울지방국세청은 원고에 대한 제2차 세무조사 결과 2002 내지 2004 사업년도 기간 동안 이 사건 증권에 대한 이자율을 과다약정한 점 등 잘못이 있다고 보고, 이러한 잘못이 그 이전인 2001 사업년도에도 동일하게 존재하는지 여부를 확인하고자 원고에 대하여 이 사건 증권의 발행 및 하나은행 차입거래 계약과 그 이자율 산정에 관한 자료 제출을 요구하여 원고로부터 이를 제출받아 검토한 다음 2001 사업년도에도 위와 동일한 잘못이 존재하는 것으로 파악하였다.
 [인정근거 : 갑 5 내지 12호증, 을 7, 8 및 32 내지 37호증 가지번호 포함]
⑵ 판단
 ㈎ 중복 세무조사 금지 원칙
 세무조사라 함은 세무공무원이 세법에 규정되어 있는 질문검사권 내지 질문조사권을 행사하여 납세의무자 등에게 직무상의 필요에 따라 질문을 하고 또 관계서류·장부 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미한다(법인세법 제122조, 소득세법 제170조 등 참조). 한편 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의3, 제2항은 특별한 예외적 사유가 없는 한 중복조사를 할 수 없도록 하고 있는바, 이는 반복적인 세무조사에 의한 납세자의 영업의 자유 등 권익 침해와 과세관청의 자의적인 권한남용을 방지하고자 하는 것이므로, 위 규정에서 금지한 중복조사에 기한 조세 부과처분은 위법하다고 할 것이다(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결 등 참조).
 ㈏ 중복조사 해당 여부
 앞서 본 바와 같이 서울지방국세청장은 2003년에 4개월에 걸쳐 제1차 세무조사를 실시하면서 원고를 비롯한 론스타 펀드와 관련된 전체 회사의 전반적인 자료를 요구하여 이를 모두 제출받았고, 특히 LSIF에 대하여는 원고가 발행한 채권형 유동화증권에 대한 투자금액명세서 및 수취이자율, 차입금액명세서 및 지급이자율에 관한 자료를 제출받아 조사하였다. 또한 2005. 4. 12. 론스타 펀드 계열의 법인들에 대한 전반적인 특별세무조사에 착수하면서 6개 유동화전문회사 등을 세무조사 대상법인으로 정하여 통보하였으나, 실제로는 조사대상으로 통보한 법인뿐만 아니라 원고를 포함한 론스타 펀드 계열의 다른 국내 유동화전문회사들과 관련된 장부 및 서류도 모두 제출받아 조사하였고, 그 제출된 자료에는 유동화전문회사들의 채권형 유동화증권의 이자율에 관련된 자료도 포함되었던 것으로 보인다. 그 제2차 세무조사 당시 세무공무원들은 제1차 세무조사 대상기간인 2000. 8. 15.부터 2001. 12. 31.까지의 사업년도에 대한 조사에서 이미 확보한 자료를 검토하거나 단순한 사실확인 등 현지확인을 하는 것에 그치지 아니하고, 제1차 세무조사 대상기간에 대하여도 ‘범칙조사’ 명목으로 추가로 자료를 제출받아 조사하였다.
 이상과 같은 조사의 대상 및 범위와 조사방식 등을 종합해 보면, 서울지방국세청장이 제1차 세무조사와 제2차 세무조사에 착수하게 된 동기 및 계기가 다르고, 제2차 세무조사의 대상기간을 제1차 세무조사기간과 달리 2002. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지로 통지하였다고 하더라도, 위 제2차 세무조사는 2001 사업년도에 대하여는 실질적으로 중복조사를 한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.
 ㈐ 중복조사 금지의 예외 사유에 해당하는지 여부
 그러나 앞서 본 바와 같이 서울지방국세청이 원고에 대하여 실시한 제2차 세무조사는 당초 제1차 세무조사 대상기간에는 들어있지 않은 2002 내지 2004 사업년도를 그 대상기간으로 삼았으나, 조사 결과 원고가 LSIF에 지급한 이 사건 증권의 이자가 정상가격인 하나은행 차입거래 이자를 초과한다는 사실을 확인하고 그러한 사유가 세무조사 대상기간 이전인 2001 사업년도에도 동일하게 존재하였는지를 확인하고자 2001년도분의 자료 제출을 요구하는 등 조사대상기간을 확대한 것이고, 최종적으로 2001 사업년도에서도 동일하게 처리된 사실을 확인하고 이를 피고에게 통보함에 따라 피고가 원고에 대하여 2001 사업년도 해당 법인세 부과처분을 한 것이다. 더구나 이 사건 증권에 대한 이자율은 2000. 12. 증권 발행 당시에 일괄하여 결정된 것이고 그 약정 이자율에 따라 2000년부터 매년 LSIF에게 동일한 이자율에 의한 이자가 지급되었으므로, 이는 위 2차 세무조사의 당초 대상기간인 2002년부터 2004 사업년도에만 관련된 것이라고는 할 수 없다. 따라서 위 이자율이 정상이자율의 범위 내에 속하는 것인지의 문제는 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 중복조사를 인정한 “2 이상의 사업년도와 관련하여 잘못이 있는 경우”에 해당한다고 봄이 상당하다(원고는 구 국세기본법 제81조의3 제2항은, 수입금액과 비용의 귀속시기에 관한 문제와 같이 ‘어떠한 잘못이 2 이상의 사업년도 상호간에 불가분의 일체를 이루고 있어 어느 한 사업년도에 대한 세무조정이 다른 사업년도에 대한 세무조정에 영향을 미치는 경우’를 의미하는 것으로 제한하여 새겨야 한다고 주장한다. 그러나 이 사건 증권 발행처럼 최초의 단일한 원인행위로부터 파생하여 매년 발생하는 이자 지급채무와 같은 부수적 비용에 대한 세무조정은 위 규정에 정한 ‘2 이상의 사업년도와 관련’ 된 것에 해당한다고 봄이 상당하므로 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다).
 따라서 원고의 2001 사업년도에 대한 제2차 세무조사는 중복조사 금지 원칙의 예외 사유에 해당하여 적법하다 할 것이므로, 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 없다.
5. 이 사건 차입거래의 이자율을 정상이자율로 볼 수 있는지 여부
 가. 인정사실
 ⑴ 이 사건 증권 발행 및 차입거래의 내역은 아래 표와 같다.
유동화증권 발행(원고)하나은행차입(LSIF) 발행일 금액(달러) 이자율 차입일자금액(달러) 이자율 2000. 12. 19.154,832,519 17%(7년만기) 2001. 1. 19. 53,500,000 Libor +3.5% 
 ⑵ 원고는 자산유동화에 관한 법률(2007. 8. 3. 법률 제8636호로 개정되기 전의 것)에 따라, 정리금융공사가 보유한 이 사건 기초자산의 매입가액 및 이를 기초로 한 유동화증권의 발행가액과 발행조건 등을 정한 자산유동화계획을 금융감독위원회에 등록하였는데, 그 계획 수립 및 확정은 원고에 대한 투자자인 KP 및 정리금융공사 사이에서도 사전에 충분히 논의가 되었다. 
 ⑶ 위 자산유동화계획의 구체적인 내용은 다음과 같다.
 ○ 원고는 이 사건 기초자산을 토대로 주식형 및 채권형 유동화증권을 발행하고, 발행된 유동화증권은 “론스타를 중심으로 한 해외투자자”와 정리금융공사가 각각 1/2씩 인수하며, 위 기초자산을 구성하는 채권의 회수 등은 허드슨에 위탁하여 관리한다.
 ○ 채권형 증권은 미국 달러 표시로 발행하며 그에 대한 이자는 연리 17%로 한다.
 ○ 원고는 매달 20일에 전월의 현금 회수액 중 운영경비에 충당된 부분을 제외한 나머지 금액으로 채권형 증권의 이자를 지급하고 남는 금액으로 원금을 상환하며, 채권형 증권에 대한 상환이 완료되면 주식형 증권의 상환을 한다.
 ○ 허드슨에 의하여 회수된 금액은 원고 명의의 구좌에 입금하되 허드슨이 관리한다.
 ⑷ 이 사건 차입거래 계약은 대주인 하나은행과 차주인 LSIF 외에 KP 및 허드슨도 계약당사자로 참여하여 체결되었는바, 원금상환 및 이자지급 부분의 계약조건은 아래와 같다.
 ○ 이자는 LIBOR에 마진 3.5%를 합한 금액을 2001. 2. 20.부터 매월 20일에 지급하며, 채무 이행 만기는 2003. 7. 20.까지 또는 이 사건 기초자산의 처분종료일로 한다.
 ○ 차주는 하나은행에 운영계좌(Operating Account), 보관계좌(Escrow Account) 및 유보계좌(Reserve Account)를 개설하고, 원고에게도 별도의 운영계좌를 개설하도록 하며, 차입금 상환이 완료될 때까지 그 각 계좌를 유지한다.
 ○ 허드슨은 이 사건 기초자산으로부터 회수된 금액 중 운영경비를 제외한 순수익금 전액을 원고 명의의 위 운영계좌에 입금하고, 그 중 50%는 KP가 지급받을 배당이 있으면 먼저 지급하고 그 나머지는 이 사건 증권 상환에 관한 지급대리인인 하나은행이 이 사건 차입금의 상환자금으로 사용할 수 있도록 LSIF가 개설한 위 3개 계좌에 입금하되, 향후 3개월분 지급이자 상당액은 유보계좌에 입금하고, 따로 합의된 방식으로 산출한 상환자금은 보관계좌에 입금한 후 그 나머지를 운영계좌에 입금하며 보관계좌에 예치된 금액은 차입금 전액이 상환될 때까지 그 목적으로만 사용한다.
 ○ 차주는 위 차입금의 상환 등과 관련한 채무불이행 상황이 발생하더라도 위 기초자산에서 회수되는 자금으로 담보되는 이상의 이행책임을 지지 아니하며, 대주는 이를 이유로 차주의 재산에 대한 압류 등을 하거나 손해배상을 청구하지 아니한다.
 ○ 차주는 언제든지 채무액의 조기상환을 할 수 있지만 조기상환금액에 대해서는 1%의 징벌금을 부담하여야 하고, 차입금의 전액 상환 이전에는 이 사건 기초자산을 매각, 양도 등 어떠한 형태로든 처분하지 아니하며, 원금 및 이자 지급이 연체되면 지연이자 13.5%가 계상된다.
 ⑸ 피고는, LSIF와 허드슨 및 원고는 이 사건 차입거래를 하면서 이 사건 기초자산에서 회수되는 금액은 전액 하나은행에 입금하되, 그 중 정리금융공사에 돌아갈 몫을 제외한 나머지 50%는 이 사건 차입금의 상환 용도로 우선 사용하도록 한 것인바, LSIF와 허드슨 및 원고는 모두 론스타 펀드의 지배하에 있는 특수관계에 있으므로, 결국 이 사건 차입거래는 형식상은 LSIF가 차주로 되어 있지만 실질적으로는 이 사건 증권을 담보로 원고가 하나은행에서 직접 차입한 것과 동일하게 평가할 수 있고, 따라서 원고가 이 사건 증권 중 LSIF 보유분에 대하여 지급한 이자 중 이 사건 차입금이 차지하는 비율에 해당하는 69.1%[= 차입금 5,350만 달러 ÷ LSIF의 증권 양수대금 77,416,259.86 × 100, LSIF의 증권 양수대금은 78,586,106 달러로 계약되었으나(갑 33호증), 이 사건 차입거래 계약서에는 77,416,258.86 달러로 되어 있다(갑 4호증)]는 국외특수관계자와의 국제거래에서 정상가격보다 높게 거래한 경우에 해당한다고 판단하였다. 이에 따라 구 국제조세법(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항 제1호에 정한 ‘비교가능 제3자 가격방법’에 근거하여 이 사건 차입거래 이자율을 이 사건 증권발행 시점을 기준으로 환산하여 산정한 10.02%를 이 사건 증권 거래에 대한 정상가격(정상이자율)이라고 보고 그 이율을 초과하여 지급한 이자 상당액을 손금불산입하여 이 사건 각 처분의 법인세를 산정하였다.
 [인정근거 : 갑 1 내지 4 및 7, 11, 21 내지 25, 39, 40, 을 32 내지 37 및 51, 52호증 가지번호 포함]
 나. 판단
⑴ 비교가능 제3자 가격방법에 의한 정상가격의 산정
구 국제조세법 제4조 제1항은 “과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다”고 하고, 여기에서 말하는 ‘정상가격’이라 함은 “거주자·내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계자가 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격”을 의미한다고 규정하고 있다(제2조 제1항 제10호).
 또한 위 법 제5조 제1항은 정상가격 산출방법을 나열하고, 그 중 하나로 제1호에서 ‘비교가능 제3자 가격방법’을 규정하면서 이를 “거주자와 국외특수관계자 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법”이라고 정의하고 있고, 위 법 시행령(2002.12.30. 대통령령 17832호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조는 그 산출방법의 선택에 관한 구체적 기준을 아래와 같이 규정하였다. 
▣ 제5조(정상가격산출방법의 선택)
 ① 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에는 다음 각호에서 정하는 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.
 1. 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각목의 1에 해당하는 경우를 말한다.
 가. 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우
 나. 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우
 2. 사용되는 자료의 확보·이용 가능성이 높을 것
 3. 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래를 비교하기 위하여 설정된 경제여건·경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것
 4. 사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상 가격에 미치는 영향이 작을 것
 ② 제1항 제1호의 규정에 의하여 비교가능성이 높은지의 여부를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제여건 등의 요소를 분석하여야 한다.
 아울러 2006. 8. 24. 신설된 국제조세법 시행령 제6조 제7항은 정상이자율의 판단시 고려사항으로서 채무액, 채무의 만기, 채무의 보증 여부, 채무자의 신용 정도를 열거하고 있는바, 위 규정이 신설되기 전에도 국세청의 국제조세법 기본통칙 5-0…2 [이자의 정상가격]에서 같은 취지의 규정을 두고 있었으므로 조세부과의 실무는 위 규정 신설 전후로 동일하였다.
 이상의 법령 규정 등을 종합해 보면, 국외 특수관계자와 사이에 국제 금융거래를 하고 이자를 지급한 경우 그 지급이자가 정상가격을 초과한 것으로 보고 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하려면, 그 거래가격, 즉 지급이자율이 법령에 정한 조건에 부합하는 방법에 의하여 산정한 정상이자율을 초과하여야 한다. 그리고 그 정상이자율을 비교가능 제3자 가격방법에 의하여 산정할 때는 채무의 금액, 변제기까지의 기간, 담보의 존부 및 담보가치의 비율, 채무자의 신용 및 채무불이행의 위험성 정도 등 이자율 산정을 위한 제반 조건에 차이가 있는지 여부를 분석하고, 그 결과 조건의 차이가 있고 그것이 거래가격(이자율)에 중대한 영향을 미치는 경우에는 그 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정을 하여야 한다. 따라서 위와 같은 조건에 차이가 있음에도 불구하고 합리적인 조정이 이루어지지 않은 경우에는, 합리적인 조정이 불가능하여 비교가능 제3자 가격방법을 선택한 것 자체가 잘못이거나 구체적으로 산정된 이자율이 합리적인 조정을 거친 정상가격이라 할 수 없다 할 것이니 그 이자율에 근거한 과세는 위법하다 할 것이다.
⑵ 이 사건 차입거래의 이자율을 정상이자율로 볼 수 있는지 여부
 서울지방국세청장은 앞서 본 바와 같이, 이 사건 증권에 대한 정상이자율을 산정함에 있어서 비교가능 제3자 가격방법을 채택하고, 비교대상거래로서 이 사건 차입거래를 선정하였다.
 그러나 아래에서 보는 여러 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 증권거래와 이 사건 차입거래는 그 비교되는 상황 및 조건의 차이가 크고 이는 정상이자율의 산정에 중대한 영향을 미친다고 할 것이므로, 피고는 이 사건 증권거래와 비교되는 상황 및 조건이 유사한 다른 비교대상 거래를 선정하거나, 아니면 적어도 이 사건 차입거래와의 이자율 조건의 차이를 상쇄할 수 있는 합리적 조정을 거쳐서 정상이자율을 산정하였어야 할 것이다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 차입 거래를 비교대상거래로 정한 다음 그 조건의 차이를 감안한 최소한의 조정조차도 전혀 하지 아니하고, 이 사건 차입 거래의 이자율을 시점만 조정하여 환산한 다음 이를 그대로 이 사건 증권거래에 적용될 정상이자율이라고 보았으니 이는 위 법령 규정에 위배된다고 할 것이다.
 ㈎ 원고에게 투자한 KP 및 이 사건 증권을 양수한 LSIF, 그 밖에 이 사건 기초자산을 토대로 한 자산유동화계획의 수립·집행과 원고의 설립 등에 관여한 허드슨과 LSAK 등은 모두 론스타 펀드의 실질적 지배를 받고 있고, 이 사건 증권의 발행, 인수 및 양수 과정과 이 사건 차입거래의 결정 과정에서도 그 거래조건 등에 대하여 분리검토가 된 것이 아니라, 거래명의자가 누구인지와 상관없이 실질적으로는 통합하여 의사결정이 이루어진 것으로 인정된다. 특히 이 사건 차입거래의 경우 대출명의자는 LSIF이지만 KP와 허드슨도 계약당사자로 개입되었고, 그 대출금채무는 오로지 이 사건 기초자산으로부터 회수되는 자금에서 KP 인수분의 증권에 지급되는 수익으로부터만 회수하고, 설사 채무불이행 상황이 생기더라도 차용주체인 LSIF조차도 그 이상의 채무를 부담하지는 않는 것으로 되어 있으며, 따라서 하나은행으로서도 LSIF의 신용이나 자산 정도는 대출 여부의 결정에 전혀 고려할 요소가 아니었던 것으로 보인다. 이와 같은 제반 정황을 종합해 보면, 이 사건 증권 중 KP인수분에 관한 한 그 발행자인 원고와 이 사건 차입거래의 채무자인 LSIF는 경제적 실질에서 동일한 주체라고 볼 충분한 근거가 있다.
 그럼에도 불구하고 이 사건 증권거래와 차입거래는 그 기반이 되는 경제적 실질이 동일하거나 유사하다고 보기는 어렵다. 우선 이 사건 증권은 원고가 정리금융공사로부터 양수한 기초자산을 토대로 발행된 것이므로 그 원리금 상환은 위 기초자산인 채권의 회수 정도에만 전적으로 의존하는 것이다. 다만 그 자산취득가액의 6/7이 채권형 증권으로 발행되고 그 상환이 주식형 증권에 우선하도록 되어 있었으므로, 이 사건 증권의 실질적인 ‘자산 대비 대출금 비율’[LTV(Loan to Value), 이하 ‘대출비율’이라 한다]은 86% 정도이다. 반면 론스타 펀드 측은 KP로 하여금 이 사건 증권의 50%를 인수하게 하고 LSIF를 내세워 이를 다시 양수하면서 그 소요자금의 30%는 현금으로 투자하고, 나머지 70%를 이 사건 차입거래에 의하여 은행대출을 받아 조달하였다. 그 과정에서 LSIF는 위 KP인수분 증권에 대한 상환금액 전액을 이 사건 차입금의 상환에 우선 사용하도록 합의하였다. 결국 이 사건 차입거래의 대출비율은 60%(≒ 86% × 0.7) 정도로서 이 사건 증권거래보다 실질 담보가치가 한층 높다고 할 것이고, 그 결과 이 사건 증권거래보다는 이 사건 차입거래가 채무불이행 상태에 빠질 위험이 훨씬 낮다 (대출비율이 86%와 60%로 차이가 나더라도 채무자의 실질 자산 상태가 매우 건실하여 그 차이 정도는 채무불이행 상태에 빠질 위험에 전혀 영향을 미치지 못하는 정도라는 등 특별한 사정이 있다면 달리 볼 수도 있겠지만, 이 사건의 경우에 증권 발행시점 및 차입거래 시점에서 이 사건 기초자산의 채권회수 가능성 등이 그렇게 확실하였다는 증거는 없다). 
 ㈏ 피고의 이 사건 처분은, 원고가 이 사건 증권을 발행하여 KP에게 인수시키고 다시 LSIF에게 매각한 것은 형식적 권리주체만 변경되었을 뿐 실질적 자금원과 이익귀속 주체는 결국 론스타 펀드 하나이므로, LSIF가 차용명의자가 되어 그 증권 매입자금을 은행에서 차입을 하여 조달한 것은 실질에서는 원고가 은행에서 직접 차용한 것과 동일하게 평가할 수 있다는 논리를 기초로 하고 있다. 
 그러나 이 사건 증권의 이자율을 포함한 발행조건은 원고의 설립 이전부터 공기업인 정리금융공사의 관여 아래 상당한 검토가 되어 결정된 것으로 보이고, 따라서 제3자가 자기자본을 투자하여 이 사건 증권을 인수하는 경우의 기대수익은 달리 특별한 사정이 없는 한 이 사건 증권의 발행 이자율인 17% 수준이 정상적인 시장가격이라고 추정함이 상당하다. 또한 원고가 KP인수분만큼의 이 사건 증권을 담보로 직접 은행에서 대출을 받을 경우 인수대금의 70% 상당은 그 차용의 실질 주체와 담보가치 등에서 큰 차이가 없으므로 이 사건 차입거래와 비슷한 이자율 조건으로 조달 가능할 수도 있을 것이다. 그러나 나머지 30% 부분의 증권 이자율은 이를 독립적인 제3자가 인수한다고 할 경우에 형성되는 가격이 정상가격이라고 할 것인데, 위와 같이 KP인수분의 증권 전부에 대하여 이미 은행이 선순위로 사실상의 권리 확보를 하고 있는 상태에서 후순위의 담보가치만으로도 이자율이 10.02% 선에서 동일하게 형성될 것으로 기대하기는 어렵다고 할 것이다. 오히려 그 30% 부분의 증권발행 이자율 또는 자금조달 이율은 더 높아질 수밖에 없고, 그 결과 KP인수분 전체에 대한 정상이자율도 위 10.02%보다는 훨씬 높게 형성될 개연성이 높다.
 뿐만 아니라 피고의 이 사건 처분이 정당하다면 론스타 펀드 측이 자기자본으로 조달한 투자금은 연 17%, 은행대출에 의한 타인자본으로 조달한 투자금은 연 10.02%가 정상이자율이라는 셈이 되는데, 그렇게 볼 합리적인 근거가 없다. 타인자본으로 투자하는 증권인수자라고 하여 증권 이자를 전액 그대로 대출금 이자에 충당해야 한다면, 결국 그 증권거래로부터는 아무런 수익도 기대할 수 없게 되는 구조가 되는데 이를 정상적인 투자거래라고 할 수는 없고, 이는 이 사건에서처럼 그 인수자와 증권발행자가 경제적 이익의 귀속관계를 공유한다고 해서 달리 볼 수도 없기 때문이다.
 ㈐ 이 사건 차입거래는 이 사건 기초자산 중 50%로부터 회수되는 자금이 전액 하나은행 계좌에 입금되고, 하나은행이 그 처분에 관한 지급대리인 역할을 담당하기로 계약조건이 되어 있으므로, 결국 LSIF는 그 대출금, 즉 KP인수분의 증권 인수대금 중 70% 부분에 대해서는 은행의 우선적 지위를 인정하고, 나머지 LSIF의 현금조달분 30%에 상응한 증권은 후순위로 권리실현을 하기로 한 셈이 된다. 따라서 피고가 위 70% 부분의 정상이자율은 10.02%라고 보면서도 30% 부분은 당초의 증권이자율인 17%를 적용한 데 대하여 원고는 단일거래를 임의로 분할하여 재구성하는 것이므로 그 자체로 위법하다고 주장하지만, 이는 그 거래의 실질과 투자자금의 조달 원천 등에 비추어 내용적으로 그와 같이 정상이자율을 구분하여 적용할 수 있다는 것이고, 사정에 따라 그러한 구분이 가능한 경우가 있을 수도 있다고 할 것이다.
 그러나 이 사건 증권거래의 경우는, 동종의 증권을 동시에 일괄 발행한 것인 이상, 그 증권에 대한 적정이자율이 그 중 70%는 연 10.02%이고 30%는 연 17%라고 볼 수는 없다. 오히려 위 피고 주장이 맞다고 가정하더라도 이 사건 증권 거래에 대한 적정이자율은 12.1%[={(10%×0.7)+(17%×0.3)}]가 될 뿐이니, 그에 따라 손금불산입할 액수도 10.02% 초과분이 아니라 12.1% 초과지급분의 이자로 한정되어야 할 것이다. 이는 곧 이 사건 증권거래의 비교대상거래로 이 사건 차임거래를 선정할 수 있다고 하더라도 그 정상가격은 합리적 조정이 있어야만 한다는 것을 반증하는 것이라고 할 수 있다.
 ㈑ 피고는 이 사건 증권거래와 이 사건 차입거래는 정리금융공사로부터 인수한 동일한 기초자산의 현금흐름을 담보로 하는 것에 지나지 않으므로 LSIF가 보유한 증권의 인수금액 중 하나은행 차입금이 차지하는 비율에 상응하는 정상이자율 초과분만을 손금불산입한 이상, 이 사건 차입거래에 적용된 이자율을 더 이상 조정할 필요없이 정상이자율로 평가해도 된다는 것을 이 사건 처분의 근거로 삼고 있다. 그러나 비교대상거래와 차이가 나는 중요 요소가 있으면 합리성이 인정되는 상당한 방법으로 조정하는 과정을 거쳐야 하는 것이고, 피고가 한 것처럼 이자율 자체는 그대로 두고 이자 발생의 원본을 제한하여 그 중 일부에 대한 이자만을 손금불산입하였다는 것으로는 정상이자율을 합리적인 조정을 거쳐 산정하였다고 보기 어렵다.
⑶ 정상가격 산정에 관한 입증의 필요가 전환되었는지 여부
 피고는, 나름대로 합리적으로 최선의 노력을 다하여 이 사건 증권의 이자율에 대한 비교대상거래를 선정하고 정상이자율을 산정한 이상, 국외 특수관계자와의 거래에 의하여 결정된 이 사건 증권에 대한 이자율이 정상이자율의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 대해서는 그 입증의 필요가 원고에게 전환된 것으로 보아야 한다고 주장한다.
 그러나 과세요건 사실 및 그 처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세권자에게 있다고 할 것이므로, 이 사건의 경우 피고가 적용한 정상이자율이 국제조세법의 관계 규정에 따라 합리적으로 산정되었다는 점, 특히 이 사건 증권의 발행 거래와 그 비교대상거래인 이 사건 차입 거래의 각 이자율 결정에 중대한 영향을 미치는 요소의 차이를 합리적으로 조정하였다는 점은 피고가 증명하여야 하고(대법원 2004. 10. 29. 선고 2003두12493 판결, 대법원 2005. 5. 13. 선고 2004두1520 판결 등 참조), 그것이 증명된 경우에 비로소 당해거래의 이전가격이 정상이자율과 차이가 있지만 비교가능성 있는 다른 독립사업자 간에 이루어진 신뢰할 만한 거래가격이 여러 개 존재하고 그에 의하여 산정된 정상가격의 범위 내에 당해 거래의 이전가격이 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점 등에 대한 입증의 필요가 납세의무자인 원고에게 넘어간다고 할 것이다(대법원 2001. 10. 23. 선고 99두3423 판결, 대법원 2006. 7. 13. 선고 2004두4239 판결 참조).
 그런데 이 사건의 경우에는 앞에서 본 바와 같이 피고가 산정한 이 사건 증권에 대한 정상이자율이 비교대상거래인 이 사건 차입거래와 차이가 나는 중요 조건에 대한 합리적인 조정을 거쳐서 산정된 것이라고 보기 어려운 이상, 위와 같은 입증 필요의 전환을 인정할 만한 전제조건이 충족되지 못하였다 할 것이므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.
⑷ 이 사건 차입거래의 이자율을 정상이자율로 볼 수 있는지 여부
 따라서 이 사건 각 처분 중 이 사건 차입거래를 비교대상거래로 선정하고 그 환산 이자율 10.02%를 정상이자율로 하여 원고가 이 사건 증권에 대하여 지급한 이자 중 위 이자율을 초과한 부분을 손금불산입하여 계산한 이 사건 각 처분의 법인세 부분은 위법하다 할 것이므로, 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 있다.
6. 이 사건 부지의 매매대금(2004 사업년도 법인세 관련)
 가. 인정사실
 ⑴ 론스타 펀드는 허드슨을 통하여 원고가 취득한 부산종합화물터미널 부지인 이 사건 부지를 임대·관리하기 위하여 유한회사 창일인베트스먼트(이하 ‘창일’이라 한다)를 설립하였고, 원고는 2002. 12.경부터 창일에 대하여 자산관리수수료를 지급하여 왔다.
 ⑵ 허드슨은 준공업지역인 이 사건 부지를 일반상업지역 및 주거지역 등으로 용도변경하여 매각하기로 하고 부산시와 협의하였던바, 부산시는 론스타 펀드 측에서 부산종합화물터미널 주식회사(이하 ‘부산터미널회사’이라 한다)에 대한 채무를 탕감하고 터미널 부지 이전비용을 지원하는 경우 용도변경을 추진하겠다는 의견을 제시하였다.
 ⑶ 이에 원고는 2004. 3. 29. 해밀과 사이에 이 사건 부지에 대한 매매계약을 체결하면서, ⓛ 원고가 준공업지역인 이 사건 부지를 자신의 비용으로 아래 표와 같이 용도변경을 하여 그 기준가격으로 산출된 금액에 매도하기로 하되, 해밀은 원고에게 그 매매대금 중 1,350억 6,500만 원을 지급하기로 하는 한편, ② 나머지 110억 원에 관해서는, 원고는 자산유동화에 관한 법률 제22조에 따라 자산유동화계획에 등록되지 않은 투자 또는 기부행위를 할 수 없으므로, 원고가 부산시에게 지원하기로 한 터미널 부지 이전자금 110억 원(이하 ‘이 사건 이전자금’이라 한다)을 해밀이 창일에게 무상으로 대여하고 이를 다시 창일이 부산터미널회사에게 무이자로 대여하되, 원고가 추진하는 용도변경이 최종적으로 불가능한 것으로 결정된 경우에는 해밀은 창일에 대한 위 무상대여계약을 해제할 수 있고, 용도변경이 이루어진 경우에는 해밀은 창일의 지분을 모두 인수한 후 창일의 이 사건 이전자금 반환채무를 면제하기로 약정하였다(이하 ‘제1차 매매계약’이라 한다).
구분면적(평)단가(평당) 금액비고일반상업지역 4,694 750만 원352억 500만 원？준주거지역 3,000 500만 원150억 원？일반주거지역 26,628360만 원958억 6,000만 원3종 일반주거지역법원건립용지 12,081？？기부채납예정 기타공공용지 4,550 ？？도로, 공원 등합계？？1,460억 6,500만 원？※ 단, 일반주거지역이 2종으로 확정될 경우에는 토지 평당 단가를 280만 원으로 조정하기로 한다.
 ⑷ 2004. 8. 6. 원고와 해밀은 위 제1차 매매계약상 해밀의 창일에 대한 무상대여금액을 184억 원으로 증액하되, 이 사건 이전자금 110억 원은 무상으로 대여하고, 나머지 74억 원은 연리 10%의 이자로 대여하기로 하는 계약을 체결하였고(이하 ‘제2차 매매계약’이라 한다), 그에 따라 해밀은 2004. 8. 12.경 창일에 대하여 터미널 이전자금 184억 원을 지급하였다.
 ⑸ 원고와 해밀은 2004. 11. 30. 이 사건 부지에 대한 기존 매매계약 내용을 아래와 같이 수정하여 계약하였다(이하 ‘제3차 매매계약’이라 한다).
 ○ 이 사건 부지에 대한 매매대금은 당초 약정한 1,460억 6,500만 원을 기준가격으로 설정하되 “용도변경을 전제로 한 용도변경 전의 매매대금”을 1,100억 원으로 하고, 해밀은 원고에게 이 금액을 2004. 12. 7.까지 지급하고 그와 동시에 이 사건 부지의 소유권이전등기 서류 일체를 교부받는다(계약서 제2조, 제5조 제3항)
 ○ 해밀이 창일에게 지급한 터미널부지 이전자금 중 무상대여한 110억 원은 용도변경이 성사되면 해밀이 창일의 법인 지분을 인수하고 그 반환채무를 면제하되, 용도변경에 실패한 경우에는 창일의 대여금반환채무와 별도로 원고도 해밀에게 110억 원 중 11억 원 및 이에 대한 연 10%의 이자를 지급한다(용도변경이 안 되어 계약이 해제된 경우 원고가 해밀에게 지급하기로 한 금액이 제1차 및 제2차 매매계약에서는 110억 원 전액이었으나 제3차 매매계약에서는 11억 원으로 변경되었다)(계약서 제6조, 9조)
 ○ 용도변경이 완료된 후 최종 매매대금은 위 당초 약정한 매매대금에서 이 사건 이전자금과 위 선지급한 1,100억 원에 대한 금융비용, 등록세 등을 차감한 금액으로 확정함과 아울러 이 사건 이전자금을 차용한 창일은 해밀이 인수한다(계약서 제3조, 제4조).
 ○ 용도변경은 원고의 책임 아래 2005. 5. 30.까지 완료되도록 추진하되, 용도변경이 안 되는 것으로 최종 결정된 경우 또는 위 날짜 이후 연장한 기한까지도 용도변경이 이루어지지 않는 경우에는 해밀은 매매계약을 해제하거나 환매를 요청할 수 있다(계약서 제6조).
 ○ 이 사건 부지에서 발생하는 수익은 등기상 소유명의와 상관없이 매매대금의 최종 정산이 될 때까지 생긴 것은 원고에게 귀속하고, 종합부동산세 등 보유세도 용도변경 업무가 완료될 때까지는 원고가 부담한다(계약서 제4조, 제10조).
 ⑹ 원고는 위 제3차 매매계약에 따라 2004. 12. 2.경 해밀로부터 위 매매대금 1,100억 원을 수령함과 동시에 해밀에게 이 사건 부지에 대한 소유권이전등기를 경료해 주었다.
 ⑺ 그러나 이 사건 부지에 대한 용도변경안을 포함하여 부산시가 상정한 도시기본계획안 중 용도변경 부분이 2004. 12. 28. 구 건설교통부 중앙도시계획심의위원회에서 특혜성 논란으로 시비가 되어 심의안건으로 상정조차되지 않아 원고가 이 사건 부지의 용도변경을 하는 것이 사실상 곤란해졌다. 이에 원고와 해밀은 2005. 3. 22.경 위 제3차 매매계약의 매매대금 1,100억 원을 1,030억 원으로 감액하되(이하 그 감액금 70억 원을 ‘이 사건 차감액’이라 한다), 원고는 2005. 12. 2.까지 용도변경을 더 추진해 보고, 해밀이 창일에게 무이자로 지급한 이 사건 이전자금은 용도변경 전까지 용도변경을 위한 영업보증금으로 하기로 하는 매매계약서를 2004. 12. 31.자로 소급하여 작성하였다. 
 ⑻ 해밀은 이 사건 이전자금을 재무제표에 채권(단기대여금으로 계상하다가 2004년부터는 영업보증금으로 계상하였다)으로 계상하였고, 부산터미널회사는 2005. 3. 24. 창일에게 이 사건 이전자금 등의 담보를 위하여 그 소유의 토지에 근저당권을 설정해 주기도 하였다.
 ⑼ 해밀은 2007년경 창일로부터 이 사건 이전자금을 비롯한 창일에 대한 채권을 창일의 부산터미널회사에 대한 채권으로 대물변제를 받는 방식으로 전액 회수하였다.
 [인정 근거 : 갑 16 및 34 내지 38호증, 을 5 및 9 내지 30호증 가지번호 포함]
 나. 2004 사업년도에 귀속될 양도대금
 ⑴ 위에서 본 바와 같이 피고는 제1차 매매계약의 약정대금인 1,460억 6,500만 원을 이 사건 부지의 양도대금으로 익금 산입한 반면, 원고가 제3차 매매계약에 의하여 2004년도에 실제 지급받은 매매대금은 1,100억 원이다.
 ⑵ 다만 위에서 인정한 이 사건 부지의 매매에 대한 3차례에 걸친 약정의 경위와 내용, 이 사건 이전비용의 처리 배경과 경과 등 제반 사정을 종합하면, 원고와 해밀은 제1차 매매계약 때는 이 사건 부지의 용도변경이 이루어질 것을 전제로 하여 그 매매대금을 1,460억 6,500만 원으로 하되 그 중 1,350억 6,500만 원은 직접 지급하고 나머지 110억 원은 창일에게 지급하여 원고 책임으로 처리하기로 한 용도변경을 위한 자금으로 활용하도록 한 것이라고 봄이 상당하므로, 그 당시 당사자 사이에 확정된 양도대금은 위 1,460억 6,500만 원 전액이라고 할 것이다. 그러나 그 후 용도변경의 성사 여부가 불투명한 상황에서 그 소요자금의 처리 등과 관련하여 제2차 매매계약으로 약정내용을 변경하였다가 결국 최종적으로 2004. 11. 30. 제3차 매매계약에 의하여 계약관계를 확정하였다고 할 것인바, 그 취지는 용도변경이 안 된 상태에서 이 사건 부지를 일단 양도하되 그 대금은 1,100억 원으로 하고, 용도변경이 성사될 경우에는 당초 약정한 1,460억 6,500만 원을 기준으로 매매대금 액수를 사후정산하여 확정하기로 한 것으로 봄이 상당하다.
 결국 제3차 매매계약 이후 원고가 해밀로부터 매매대금 1,100억 원을 지급받고 이 사건 부지에 대한 소유권이전등기까지 마친 후 2004. 12. 28. 이 사건 부지에 대한 용도변경이 사실상 불가능한 상황으로 일단락된 이상 2004 사업년도 중 이 사건 부지의 양도로 인한 원고의 익금은 실제 지급받은 매매대금 1,100억 원이라고 할 것이고, 용도변경이 성사된 경우 지급받을 수 있는 나머지 대금은 그 권리의 발생이 불확정적인 것이어서 이를 2004 사업년도에 귀속되는 익금으로 볼 수는 없다고 할 것이다.
 ⑶ 특히 이 사건 이전자금 110억 원과 관련해서는, 원고가 이 사건 부지의 양도대금으로 이를 취득할 수 있는 권리가 확정되어 있기만 하다면 그 수익의 귀속이 장래에 실현된다고 하더라도 이를 당해 연도의 수익에 포함시켜야 할 것이지만, 이와 같은 수익이 발생하였다고 하기 위해서는 그 수익에 대한 관리·지배와 발생수익의 객관화 정도, 납세자금의 확보시기 등 권리의 성질과 내용 및 법률상·사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려할 때 그 수익의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되어 있어야 하며, 그 정도에 이르지 아니한 불확실한 상태에서는 수익의 발생이 있다고 할 수 없다고 할 것인바(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결 및 대법원 2002. 7. 9. 선고 2001두809 판결 참조), 이 사건 이전자금은 다음과 같은 사정에 비추어 이 사건 부지의 양도대금의 일부로서 최종적으로 원고의 수익으로 귀속될 가능성이 상당한 정도로 성숙·확정되었다고 보기는 어렵다.
 ① 이 사건 이전자금은 이 사건 부지의 용도변경을 추진하기 위한 자금으로 선지급된 것으로서 용도변경이 성사되어야 그에 대한 원고의 권리관계가 확정되는 것인데, 용도변경 여부는 부산시 등 관계 행정기관의 권한 사항일 뿐 아니라, 여러 사정이 복합적으로 얽혀 있어서 해밀이 위 자금을 창일에게 지급할 당시나 원고와 해밀이 제3차 매매계약을 체결할 당시까지 과연 장차 용도변경이 될 수 있을지는 전혀 불투명한 상황이었다.
 ② 이 사건 이전자금은 해밀이 창일에 대하여 무상으로 대여한 형식이었고, 해밀의 회계처리에서도 해밀의 자산으로 처리되었으며, 부산터미널회사도 그 소유 부지에 이에 대한 담보를 위하여 근저당권을 설정해 주기도 하는 등 법적 형식과 그 경제적 실질, 회계처리 면에서 이 사건 부지의 매매대금의 일부로 평가할 수는 없다.
 ③ 용도변경이 성사되지 못하여 계약이 해제된 경우 이 사건 이전자금과 관련하여 원고가 해밀에게 지급하기로 한 금액은 110억 원이 아니라 그 중 11억원과 그에 대한 이자 상당에 한정되는 것으로 약정되어 있는 점에 비추어, 해밀이 지급한 이 사건 이전자금의 회수는 이 사건 매매계약의 해제에 따른 원상회복 절차에 의하지 아니하고 그 대여금의 직접 차용자인 창일 및 2차 차용자인 부산터미널회사와 사이에서 정리하는 것으로 하고, 원고로부터는 이미 지급한 매매대금 1,100억 원 외에 용도변경 실패에 따른 위약금 유사 명목으로 위 11억 원 및 그 이자 상당액만을 지급받기로 한 것으로 이해되므로, 매매 당사자인 원고와 해밀의 의사도 이 사건 이전자금과 이 사건 부지의 양도대금은 별개라고 이해한 것으로 보인다.
 ④ 또한 용도변경이 된 경우에 정산 확정하기로 한 매매대금도 당초 약정한 1,460억 6,500만 원에서 이 사건 이전자금은 공제되는 것으로 약정되어 있어 이 사건 이전자금은 이 사건 부지의 용도변경이 되든지 안 되든지 상관없이 이 사건 부지의 양도대금과는 별개인 것으로 약정된 것으로 이해된다.
 ⑤ 용도변경이 성사된 경우에 창일의 부산터미널회사에 대한 대여금 반환채권은 여전히 창일이 가지는지 아니면 원고가 취득하기로 한 것인지가 당사자의 약정내용상 분명하지는 않다. 그러나 이 사건 매매계약 내용만으로 보면 이 사건 부지의 용도변경이 성사된 경우에는 이 사건 이전자금은 매매대금에 포함시키지 않기로 한 반면, 해밀은 창일을 인수하고 창일의 대여금반환채무를 면제하기로 하였으므로, 결국 이 사건 이전자금으로 부산터미널회사에 다시 무상대여한 창일의 채권은 이를 원고에게 이전하기로 하였다는 등 다른 특별한 사정도 없는 이상, 실질적으로 해밀의 지배 아래 들어가는 셈이 되어 이 점에도 이를 원고의 수익으로 보기는 어렵다.
 ⑥ 이 사건 부지에 대한 용도변경이 결국 원고의 2004 사업년도 중인 2004. 12. 28. 중앙도시계획심의위원회에 안건 상정조차 좌절되어 사실상 불가능하게 됨으로써 이 사건 이전자금을 이 사건 부지의 양도대금으로 할 수 있는 전제가 성립되지 못했다.
 ⑦ 해밀은 2007년경 이 사건 이전자금을 비롯한 창일에 대한 채권을 창일의 부산터미널회사에 대한 채권으로 대물변제를 받는 방식으로 전액 회수함으로써 이 사건 이전자금을 둘러싼 법률관계는 그 무렵 종결된 것으로 볼 수 있고, 이는 그 전후 경과에 비추어 이 사건 부지의 매매대금과 무관하게 처리된 것으로 보인다.
 ⑷ 또한 원고와 해밀이 2005. 3. 22. 이 사건 부지의 용도변경을 더 추진해 보기로 하고 그 결과가 나올 때까지는 이 사건 이전자금의 반환을 유보하기로 하였지만, 이는 이 사건 부지의 양도와 별도로 용도변경을 더 추진해 보기로 하는 새로운 약정을 한 것에 지나지 않는 것이고, 더구나 그 약정으로 2004 사업년도에 귀속되는 이 사건 부지의 양도대금 액수가 새삼 소급하여 변동된다고 볼 수도 없다. 
 ⑸ 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 부지의 양도로 인한 2004 사업년도의 원고의 익금을 1,100억 원을 초과하여 산입한 부분은 위법하다 할 것이다.
 다. 이 사건 차감액을 손금불산입한 처분의 적법 여부
 ⑴ 법인세법 제14조 제1항, 제40조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 하되, 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속 사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다’고 규정하고 있고, 위 법 제40조 제1항의 위임에 기한 시행령 제68조 제1항 제3호는 ‘상품 등 이외의 자산의 양도는 그 대금을 청산한 날로 하되, 다만 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용·수익하는 경우에는 그 이전등기일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다’고 규정하고 있다.
 ⑵ 따라서 이 사건의 경우, 앞서 본 바와 같이 원고가 2004. 12. 2.경 해밀로부터 이 사건 부지에 대한 매매대금 1,100억 원을 지급받고 그에 대한 소유권이전등기까지 마쳤으니, 이 사건 부지의 매각으로 인한 원고의 소득은 그 무렵 확정되어 귀속되었다고 할 것이고, 2004 사업년도가 지난 2005. 3. 22.경 원고가 해밀과 사이에 이 사건 부지의 매매대금 1,100억 원을 1,030억 원으로 감액하는 합의를 하여 매매계약서를 2004. 12. 31.자로 소급하여 작성하고 이 사건 차감액을 반환하였다고 하더라도, 이는 2005 사업년도에 발생한 사실로써 2004 사업년도에 귀속된다고 볼 수 없다. 만약 원고의 주장과 같이 2004 사업년도에 귀속된 이 사건 매매대금 중 이 사건 차감액 상당의 소득이 소급적으로 소멸된다고 한다면, 이미 과세요건이 충족되어 유효하게 성립한 조세법률관계를 당사자의 사후 약정에 의해 자의적으로 변경함으로써 법인세 과세를 면할 수 있는 조세회피행위를 용인하는 결과가 되어 부당하다. 따라서 원고가 주장하는 이 사건 차감액의 감액 합의는 2004 사업년도에 이미 귀속된 법인세 납세의무에 아무런 영향을 미칠 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2004두2332 판결 등 참조).
 ⑶ 이에 대하여 원고는, ⓛ 가사 이 사건 부지에 대한 매매대금으로 1,100억 원이라는 권리가 일응 성숙·확정되었다 하더라도 그 양도계약은 이 사건 차감액만큼 일부 해제되었으므로 그에 대한 원고의 납세의무는 소급적으로 소멸하였고, ② 법인세법 제43조는 기업회계기준 존중의 원칙을 규정하고 있는데, 이 사건 차감액이 발생한 부분은 이른바 ‘수정을 요하는 대차대조표일 후 사건’에 해당하므로 원고에 대한 2004 사업년도 법인세 부과처분에서 이 사건 차감액을 익금에 산입해서는 안된다고 주장한다.
 그러나 원고와 해밀 사이의 위 매매대금 감액 약정에도 불구하고 매매계약 관계의 본질에 변함이 없는 이상 위 감액 약정을 이 사건 부지에 대한 매매계약의 일부를 해제한 것으로 평가할 수는 없다. 또한 법인세법 제43조는 기업회계기준 존중의 원칙을 규정하고 있으나, 이는 법인세법상의 손익귀속에 관한 규정만으로 손익의 귀속을 정하기 어려운 경우에 법인세법상의 손익확정주의에 반하지 않는 한도에서 적용되는 것에 불과하므로(대법원 1992. 10. 23. 선고 92누2936 등 판결 참조), 이 사건과 같이 법인세법상의 손익귀속에 관한 규정만으로도 손익의 귀속을 정할 수 있는 경우에는 기업회계기준 존중의 원칙을 고려할 필요가 없다 할 것이니 원고의 위 주장은 이유 없다.
7. 정당한 세액의 계산
 따라서 이 사건 각 처분 중 정당한 세액은 별지 1 내지 3과 같이 2001 사업년도 법인세 165,036,610원, 2002 사업년도 법인세 95,656,270원, 2004 사업년도 법인세 2,646,546,595원이라 할 것이므로(국고금관리법 제47조 제1항에 따라 각 10원 미만 버림), 이 사건 각 처분 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 모두 위법하다 할 것이다. 
8. 결론
 그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것이다. 그러나 제1심 판결은 2001 사업년도 및 2002 사업년도 부분은 결론이 같지만, 2004 사업년도 법인세는 6,806,141,510원을 초과하는 부분에 한하여 취소함으로써 결론을 일부 달리하여 부당하다. 이에 원고의 항소를 일부 받아들여 2004 사업년도 법인세 부과처분에 관한 제1심 판결 부분을 변경하되, 원고의 나머지 항소와 피고의 항소는 모두 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
 [별지 생략]

판사 박병대(재판장) 이주헌 이언학