법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2014.04.17 / 시행일:

【원 고】 미래에셋캐피탈 주식회사 (소송대리인 법무법인 정안 담당변호사 김송경 외 1인)
【피 고】 남대문세무서장
【변론종결】2014. 3. 27.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다. 
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 

【청구취지】피고가 2012. 8. 6. 원고에 대하여 한 2008. 4. 1.부터 2009. 3. 31.까지 사업연도 법인세 1,678,255,740원의 부과처분 중 6,163,370원을 초과하는 부분을 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위 
 가. 원고는 1997. 6. 4. 설립되어 신기술사업자에 대한 투자 등을 하는데, 1999. 11. 12. 여신전문금융업법 제3조 제1항에 의하여 금융위원회에 신기술사업금융업 등록을 하였다. 
 나. 원고는 미래에셋증권 주식회사(이하 ‘미래에셋증권’이라고만 한다)의 지분을 보유하고 있다. 원고는 2007년 및 2008년에 미래에셋증권으로부터 22,128,973,500원의 배당금을 수령하였다. 
(단위: 원)사업연도배당금익금 불산입률익금불산입 대상금액익금불산입 차감금액익금불산입액 (쟁점금액)법인세2007년 (2007. 4. 1.~ 2008. 3. 31.)7,383,726,50050%3,691,863,2502,789,639,096897,224,1540 (결손금 과다)2008년 (2008. 4. 1.~2009. 3. 31.)14,755,247,00050%7,377,623,5003,606,262,6043,771,360,8961,678,255,740합계22,138,973,500？11,069,486,7506,395,901,7004,668,585,050？
 원고는 ‘지주회사의 수입배당금액의 익금불산입’에 관한 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법‘이라 한다) 제18조의2 제1항 제4호 단서 규정을 적용하여 ’미래에셋증권이 계열회사에 출자한 금액 중 일정액(이하 ‘재출자액‘이라 한다)’도 익금불산입 차감금액이 아니라 익금불산입액에 포함하는 것으로 ’익금불산입액‘(이하 ‘쟁점금액’이라 한다)‘을 산출하고, 법인세를 신고하였다. 
 다. 서울지방국세청장은 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하고, 원고가 지주회사가 아닌 법인이어서 법 제18조의2 제1항 제4호 단서 규정을 적용할 수 없고, 같은 법 제18조의3 제1항 제4호에 따라 재출자액도 ‘차감금액’이라고 판단하고, 익금불산입액을 재계산하여 피고에게 통보하였다. 피고는 2012. 8. 10. 쟁점금액을 익금산입하고, 원고에게, 2007년도 사업연도 법인세는 결손금 과다로 추가납부세액이 없으나, 2008년 사업연도 법인세 1,678,255,740원의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
 라. 원고는 불복하여 심판청구를 하였고, 2013. 6. 28. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다. 
[인정근거] 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장 
 일반법인 수입배당금 익금불산입 규정(법 제18조의3 제1항 제4호)은 지주회사 수입배당금 익금불산입 규정(법 제18조의2 제1항 제4호)을 준용하고 있다. 법 제18조의3 제1항 제4호는 법 제18조의2 제1항 제4호 본문 뿐 아니라, 재출자액을 익금불산입액에서 차감하지 않는 법 제18조의2 제1항 ‘제4호 단서’ 부분도 준용한다. 따라서 일반법인 수입배당금 익금불산입액을 계산할 때에도 법 제18조의2 제1항 제4호 단서에 따라 기관투자자인 미래에셋증권이 계열회사에 재출자한 금액을 수입배당금 익금불산입액에 포함하여야 한다. 
 나. 관계 법령
 별지. 관계 법령 기재와 같다. 
 다. 인정사실
 1) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘독점규제법’이라 한다)은 1999. 2. 5. 법률 제5813호로 개정되면서, 지주회사 설립을 허용하였다. 지주회사의 경우 자회사로부터 받는 배당이 주된 수입이다. 지주회사 배당소득에 대한 이중과세를 조정·해소함으로써 지주회사의 원활한 설립과 운영을 세제상으로 뒷받침하기 위하여, 1999. 12. 28. 법 제18조의2(지주회사의 수입배당금액의 익금불산입)가 신설되었다. 제18조의2 제1항 제4호는 신설 당시부터, 연쇄출자에 의한 계열확장을 억제하기 위하여 지주회사의 자회사가 계열회사에 재출자한 경우 재출자비율을 반영하여 계산한 재출자액을 익금불산입액에서 차감하도록 하였다. 
 2) 일반법인이 지급받은 배당금에 대하여도 이중과세 조정장치를 도입하여 지주회사와 일반법인간 과세 형평을 도모하기 위하여, 2000. 12. 29. 법 제18조의3(일반법인의 수입배당금액의 익금불산입)이 신설되었다. 법 제18조의3 신설 당시 재출자액을 익금불산입액에서 차감하는 규정은 없었다. 
 3) 법 제18조의2 제1항 제4호는, 2000. 12. 29. 개정되면서, 금융지주회사법에 의한 손자회사 보유가 허용되는 것을 감안하여 금융지주회사의 자회사가 손자회사에 재출자한 경우 익금불산입이 허용되었다. 또한 2001. 12. 31. 금융지주회사의 자회사가 기관투자자인 경우에도 익금불산입이 허용되었다. 2003. 12. 30. 독점규제법에 의한 자회사가 공정거래위원회가 정하는 사업관련 손자회사에 출자한 경우에도 익금불산입이 허용되었다. 
 4) 법 제18조의3 제1항은 2005. 12. 31. 개정되면서, 일반법인의 자회사가 계열회사에 재출자 할 때 재출자액을 익금불산입액에서 차감하는 법 제18조의3 제1항 제4호가 신설되었다. 
 5) 법인 간 이중과세 조정이라는 수입배당금 익금불산입 제도의 본래 취지와 관계없는 규제를 폐지하기 위하여, 법이 2008. 12. 26. 개정되면서, 수입배당금 익금불산액 계산 시 재출자액을 차감하도록 하는 법 제18조의2 제1항 제4호, 제18조의3 제1항 제4호가 모두 삭제되었다. 
[인정근거] 갑 제3호증의 기재, 변론 전체의 취지 
 라. 판단
 다음과 같은 사정을 고려하면, 법 제18조의2 제1항 제4호 단서 가, 나, 다목의 규정은 법 제18조의3 제1항 제4호에 준용된다고 할 수 없다. 
 1) 법 제18조의2 제1항 제4호 단서 가목은 ‘독점규제법 제2조 제1호의3 규정에 의한 자회사가 공정거래위원회가 정하는 손자회사에 출자한 경우’ 재출자액 익금불산입액 차감에서 제외된다. 독점규제법 제2조 제1호의3, 같은 법 시행령 제2조 제3항은 자회사란 지주회사의 계열회사이고, 지주회사가 소유하는 주식이 특수관계인 중 최다출자자가 소유하는 주식과 같거나 많아, 지주회사에 의하여 사업내용을 지배받는 국내회사로 정의하고 있다. 독점규제법 제2조 제1호의4, 같은 법 시행령 제2조 제4항은, 손자회사란 자회사의 계열회사이고, 자회사가 소유하는 주식이 특수관계인 중 최다출자자가 소유하는 주식과 같거나 많아, 자회사에 의하여 사업내용을 지배받는 국내회사로 정의하고 있다. 
법 제18조의2 제1항 제4호 단서 나목은 ‘금융지주회사법 제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 자회사가 동항 제3호의 규정에 의한 손자회사에 출자한 경우’ 재출자액 익금불산입액 차감에서 제외된다. 구 금융지주회사법(2009. 7. 31. 법률 제9788호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제2호는 자회사란 금융지주회사에 의하여 지배받는 회사를 말하고, 제3호는 손자회사란 자회사에 의하여 지배받는 회사를 말한다고 정의하고 있다. 
법 제18조의 제1항 제4호 단서 다목은 ‘금융지주회사법 제2조 제1항 제2호의 규정에 따른 자회사가 대통령령이 정하는 기관투자자에 해당하는 경우’ 재출자액 익금불산입액 차감에서 제외된다. 법 시행령 제17조의2 제8항은 증권거래법에 따라 허가를 받은 증권금융회사 등을 기관투자자로 규정하였다. 
 이와 같이 법 제18조의2 제1항 제4호 단서 가, 나, 다목은 독점규제법, 금융지주회사법상의 자회사가 손자회사에 출자하거나, 금융지주회사법상의 자회사가 기관투자자인 경우에 한하여 재출자액을 익금불산입액에서 차감하는 것을 제외하도록 규정하고 있다. 
 2) ‘준용’이란 입법기술상의 한 방법으로 필요한 경우 그 한도에서 변경을 가하여 적용한다는 것이다. 법 제18조의3 제1항 제4호는 일반법인의 자회사에 관한 규정으로, 그 내용상 법 제18조의2 제1항 제4호 단서 가, 나, 다목에서 정한 독점규제법, 금융지주회사법의 자회사 관련 규정이 적용될 여지가 없다. 
 3) 개정연혁에서 알 수 있듯이, 법 제18조의2 제1항 제4호 단서 가, 나, 다목의 규정은 금융지주회사법과 독점규제법에서 재출자를 허용함에 따라 법에서도 재출자액을 익금불산입액에서 차감할 이유가 없어 익금불산입액에 포함하는 것이다. 일반법인의 자회사에 대하여는 금융지주회사법이나 독점규제법의 재출자가 허용되지 않아 위 규정을 그대로 준용할 수 없고, 필요하다면 별도로 규정하여야 한다. 
 4) 법 제18조의3 제1항 제4호에서 ‘제18조의2 제1항 제4호의 규정을 준용’한다는 것은, 제18조의2 제1항 제4호와 마찬가지로 ‘자회사로부터 받은 수입배당금액에 당해 자회사가 계열회사에 출자한 금액을 감안하여’ 재출자액을 산정한다는 계산 방식을 준용한다는 것을 의미한다. 
 5) 원고 주장과 같이 ‘일반법인의 자회사가 기관투자자에 해당하는 경우’만 익금불산입액에 포함하고자 한다면, 해당 부분만 제18조의3 제1항 4호 단서로 추가로 규정하면 될 뿐이다. 준용될 여지가 없는 가, 나목까지 함께 포함하여 규정하고 있는 제18조의2 제1항 4호의 규정을 준용한다고 할 이유가 없다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 김경란(재판장) 공현진 안좌진