종합소득세경정거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2014.01.23 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 역삼세무서장
【변론종결】2013. 11. 14.
【주 문】
 1. 피고가 2012. 12. 26. 원고에 대하여 한 별지1. 목록 ‘경정청구 세액’란 기재 2002년 내지 2010년 귀속 종합소득세 경정청구에 대한 거부처분을 모두 취소한다. 
 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지】 주문과 같다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 1985. 9.경 주식회사 대연식품(이후 상호가 ‘주식회사 마니커’로 변경됨, 이하 ‘소외 법인’이라고만 한다)을 설립하고, 2011. 5. 25.까지 대표이사로 재직하였다. 
 나. 중부지방국세청장은 2012. 1. 31.부터 2012. 5. 19.까지 소외 법인에 대한 세무조사를 실시하였는데, 소외 법인이 공사비를 과다계상하고 차액을 업체로부터 돌려받는 방법으로 비자금을 조성하였음을 확인하고, 2012. 5. 30. 비자금 조성 과정에서 발생한 매출누락금액 등을 소외 법인의 익금으로 산입하고, 아래와 같이 합계 64억 31,847,396원(이하 ‘이 사건 소득’이라 한다)이 사외유출되어 원고에게 귀속되었다는 이유로 이를 원고에 대한 상여로 소득처분하였다. 
소득종류소득귀속연도소득금액(원)조사내용상여2002212,000,000가공자산 취득금액 손금불산입20032,362,767,079가공자산 매입금액 손금불산입200444,200,000가공자산 매입금액 손금불산입2005437,600,000가공자산 취득금액 손금불산입20061,066,722,693가공자산 취득금액 손금불산입특수관계자 대여금 인정이자 익금산입마니커농산 청산금 익금산입2007235,335,326가공자산 매입금액 손금불산입특수관계자 대여금 인정이자 익금산입200857,286,975특수관계자 대여금 인정이자 익금산입20091,997,524,986가공자산 취득금액 손금불산입특수관계자 대여금 인정이자 익금산입201018,410,301특수관계자 대여금 인정이자 익금산입합계？6,431,847,360？
 용인세무서장은 이에 따라 2012. 7. 1.과 2012. 7. 2. 소외 법인에 소득금액변동통지를 하였다. 
 다. 소외 법인은 2012. 8. 10. 용인세무서장에게 위 소득금액변동통지에 따른 원천징수세액 2,505,486,800원(=근로소득세 2,277,715,280원+주민세 227,771,520원)을 납부하였고, 2012. 10.경 원고에 대한 연말정산 수정신고를 하여 근로소득원천징수세액 중 109,639,000원(=근로소득세 99,671,810원+주민세 9,967,190원)을 환급받아 결국 2,395,847,800원(=소득세 2,178,043,470원+주민세 217,804,330원)을 납부하였다. 소외 법인은 2012. 9. 28. 중부지방국세청장을 상대로 소득금액변동통지에 대하여 이의신청을 하였으나 2012. 12. 14. 기각결정을 받았다. 
 소외 법인은 2013. 2. 6. 원고를 상대로 원천징수세액 2,395,847,800원 및 이에 대하여 2012. 8. 11.부터 지연손해금을 구하는 구상금 청구 소송(서울중앙지방법원 2013가합504890호)을 제기하여 현재 계속 중이다. 
 라. 원고는 2002년 내지 2010년 귀속 종합소득세를 법정신고기한까지 제출하였는데, 소외 법인에 소득금액변동통지가 있자 이 사건 소득을 합산하여 2002년 내지 2010년 귀속 종합소득세를 다시 계산한 후 2012. 9. 28. 피고에게 2002년 내지 2010년 귀속 종합소득세 추가신고를 하고, 같은 날 19,035,100원을 납부하였다. 
 마. 원고는 2012. 10. 31. 소득금액변동분 익금 산입에 불복한다는 이유로 별지1. 목록 기재와 같이 2002년 내지 2010년 귀속 종합소득세 수정신고 세액 합계 41억 99,883,939원을 20억 24,730,882원으로 감액 경정하여 줄 것을 청구하였다. 피고는 2012. 12. 26. 원고의 감액경정청구를 기각하는 결정(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 
 바. 원고는 이에 불복하여 2013. 3. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 이 사건 변론 종결일까지 결정을 받지 못하였다. 
[인정근거] 갑 제2 내지 7호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 당사자들의 주장
 1) 원고
 ① 원고는 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따라 경정청구가 가능하다. ② 원고의 2002년 내지 2006년 귀속 종합소득세 납세의무는 부과 제척기간 5년이 지나 이미 소멸하였고, 관련 형사판결에 따르면 이 사건 소득 중 상당 부분은 소외 법인으로부터 사외유출되어 원고에게 귀속되었다고 할 수 없으므로 원고에 대한 상여처분이 적법함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 
 2) 피고
 ① 원천징수의무자인 소외 법인이 소득금액변동통지에 대하여 다툴 수 있을 뿐 원고가 경정청구를 할 수 있는 근거가 없고, 경정청구가 가능하다 하더라도 자신이 납부한 19,035,100원에 한하여 경정청구를 할 수 있을 뿐이다. ② 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 신설되어 2012. 1. 1. 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용되는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단 개정 규정(이하 ‘쟁점 규정’이라 한다)에 따라 원고에 대한 2002년 내지 2006년 귀속 종합소득세 부과 제척기간은 10년이다. ③ 원고는 경정청구 당시 아무런 자료를 제출하지 않았고, 수정신고로 확정된 종합소득세에 대한 경정청구의 적법 여부에 관한 입증책임은 원고에게 전환되므로 이 사건 처분은 적법하다. 
 나. 관계 법령
 별지2. 관계 법령 기재와 같다. 
 다. 경정청구권의 존부 
 1) 과세관청이, 사외유출된 익금가산액이 임원 또는 사용인에게 귀속된 것으로 보고 상여로 소득처분을 한 경우, 당해 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법인에 대하여는 소득금액변동통지서가 당해 법인에 송달된 날에 그 원천징수의무가 성립하는 것(소득세법 제135조 제4항, 제131조 제2항 제1호)과는 달리, 그 소득의 귀속자에 대하여는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지와 상관없이 소득처분이 있게 되면 소득세법 제20조 제1항 제3호의 ‘법인세법에 따라 상여로 처분된 금액’에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 되고, 당해 소득금액은 부과처분의 대상이 되는 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로(소득세법 제39조 제1항, 소득세법 시행령 제49조 제1항 제3호), 소득의 귀속자의 종합소득세 납세의무는 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 특별한 표시가 없으면 같다) 제21조 제1항 제1호가 정하는 바에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다(2006. 7. 13. 선고 2004두4604 판결 참조). 
 2) 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’ 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고, 소득세법 시행령 제134조 제1항은 종합소득 과세표준확정신고기한이 지난 후에 법인세법에 따라 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당·상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 종합소득 과세표준확정신고 의무가 없었던 자, 세법에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고납부한 때에는 소득세법 제70조 또는 제74조의 기한까지 신고납부한 것으로 본다고 규정하고 있다. 
 즉 소득세법 시행령 제134조 제1항은 원래 종합소득과세표준 확정신고기한 경과 후에 소득처분이 이루어져 소득금액에 변동이 생긴 경우에는 소득의 귀속자인 원천납세의무자에게 원래의 과세표준 확정신고기한 내에 그 변동된 소득금액에 대한 과세표준 및 세액을 신고·납부할 것을 요구하는 것이 현실적으로 불가능하므로, 과세표준 확정신고 및 납부기한을 소득금액변동통지서가 송달된 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 유예하여 주기 위하여 마련된 것이다{대법원 2011. 11. 24. 선고 2009두20274 판결 참조, 이에 따라 종합소득과세표준 확정신고기한 경과 후에 소득처분에 의하여 변동이 생긴 소득금액에 대한 세액의 추가 납부불이행에 대한 제재로서 부과되는 납부불성실가산세는 그 법정 추가 납부기한인 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일의 다음 날부터 기산하여 산정하게 된다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2004두9944 판결 참조)}. 
 따라서 원천납세의무자로서는 소득처분에 따라 소득금액에 변동이 생긴 경우 소득세법 시행령 제134조 제1항에서 정한 기한(법인에 소득금액변동통지서가 송달된 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지) 내에 추가신고를 하면 법정신고기한 내에 신고를 한 것으로 간주되게 된다. 
 원고는 2002년부터 2010년 귀속 종합소득세 과세표준 및 세액을 신고하였는데, 소외 법인이 2012. 7. 1. 및 2012. 7. 2.경 소득금액변동통지를 받은 후 추가신고기한 내인 2012. 9. 28. 종합소득세 추가신고서를 제출하였음은 앞서 본 바와 같다. 그러므로 원고는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 원천납세의무자로서 수정신고에 대하여 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 근거하여 경정청구를 할 수 있다. 
 3) 국세기본법 제45조의2는 당초 원천징수와 관련하여 아무런 규정을 두지 않았는데, 국세기본법(2003. 12. 30. 법률 제7008호로 개정된 것) 제45조의2 제4항이 신설되면서 근로소득 등만이 있어 원천징수 및 연말정산절차에 의하여 당해 소득에 대한 소득세가 정산·납부되어 종합소득과세표준 확정신고를 하지 아니한 원천납세의무자나 원천징수의무자에게 경정청구권을 인정하게 되었다. 
국세기본법 제45조의2 제4항의 신설 경위나 제1항의 내용, 추가 신고 및 납부를 게을리함에 따른 원천납세의무자에게 신고·납부 불성실 가산세 등 불이익이 있는 점 등을 고려하면, 원천납세의무자는 자신이 종합소득과세표준 확정신고를 한 경우에는 국세기본법 제45조의2 제1항에 의하여, 원천징수의무자는 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 지급조서를 지급기한 내에 제출한 경우에는 국세기본법 제45조의2 제4항 제1호에 의하여 경정청구가 가능하다고 할 것이고, 원천징수의무자가 경정청구가 가능하다거나 소득금액변동통지에 대하여 다투는 것이 가능하다고 하여 원래 인정되던 불복수단이 제한되는 것은 아니다. 
 4) 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세액에서 환급받을 환급세액이 있는 경우 그 환급액은 그 원천징수의무자가 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 충당하고 남은 금액을 환급한다(국세기본법 제51조 제5항). 즉 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세액에서 추후 원천납세의무의 존부에 관하여 범위가 달라져 환급받아야 할 금원이 생긴 경우 이는 원천징수의무자가 환급받는 것일 뿐 원천징수세액을 납부하지 않은 원천납세의무자가 환급받아 가는 것은 아니다. 
 원천징수의무자인 소외 법인이 소득금액변동통지를 다투고, 원천납세의무자인 원고가 납세의무의 존부에 관하여 경정청구거부처분에 관하여 다투더라도 원천징수세액을 직접 납부하지 않은 원천납세의무자인 원고가 원천징수의무자가 납부한 세액을 환급받을 수는 없고, 결국 원천납세의무자가 경정청구권을 행사하여 승소하더라도 국가로부터 원천징수의무자가 납부한 세액을 직접 환급받을 수 있는 것은 아니어서, 실익은 원천징수의무자의 구상권 행사 범위를 사전에 제한하는 정도밖에 없다. 
 여기에 원천납세의무자로서는 원천징수가 누락되었을 경우 과세관청으로부터 종합소득세 부과처분을 당할 수도 있고(대법원 1981. 9. 22. 선고 79누347 전원합의체 판결 참조), 원천납세의무자로서 신고·납부 불성실 가산세의 불이익이 있는 점, 원천징수의무자는 소득금액변동통지가 항고소송의 대상이 되는 처분으로 인정되는 판례(2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체) 이후 비로소 소득금액변동통지를 다투는 것이 가능하게 되었으므로 위 판례로 인하여 이전부터 존재하던 권리구제 수단이 제한되는 것은 아니고, 오히려 원천징수의무자가 다툴 수 있는 수단까지 넓어진 것으로 보아야 하는 점 등을 고려하더라도 원천징수의무자가 소득금액변동통지를 다투고 있다고 하여 원천납세의무자가 자신의 납세의무 존부에 관하여 다툴 수 없다고 할 수 없다. 
 라. 제척기간의 도과 여부(2002년 내지 2006년 귀속 소득) 
 1) 쟁점 규정은, 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 등의 부과제척기간을 10년으로 규정하고 있다. 
 조세법률주의를 규정한 헌법 제38조, 제59조의 취지에 따르면 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 부과하는 규정은 그 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용대상으로 삼을 수 있음이 원칙이고(대법원 2011. 9. 2. 선고 2008두17363 전원합의체 판결 등 참조), 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 규정하는 세법 조항의 소급 적용은 과세요건을 실현하는 행위 당시 납세의무자의 신뢰가 합리적 근거를 결여하여 이를 보호할 가치가 없는 경우, 그보다 중한 조세 공평의 원칙을 실현하기 위하여 불가피한 경우 또는 공공복리를 위하여 절실한 필요가 있는 경우 등에 한하여 법률로써 그 예외를 설정할 수 있다고 할 것이다(대법원 1983. 4. 26. 선고 81누423 판결 등 참조). 그리고 소급입법은, 신법이 이미 종료된 사실관계에 작용하는지(과거에 완성된 사실 또는 법률관계를 규율대상으로 하는지), 아니면 과거에 시작되었으나 아직 완성되지 아니하고 현재 진행 중에 있는 사실관계에 작용하는지에 따라 이른바 ‘진정 소급입법’과 ‘부진정 소급입법’으로 구분되는데, 진정 소급입법은 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙이라 할 것이다(헌법재판소 2011. 7. 28. 선고 2009헌바311 결정 등 참조). 
 2) 소외 법인이 공사비 과다계상 등을 통하여 비자금을 조성하였음은 위 처분의 경위에서 본 바와 같다. 그런데 이는 소외 법인에 대한 법인세를 포탈하기 위한 행위일 뿐 소외 법인의 대표이사이던 원고가 장차 은닉된 소외 법인의 소득이 사외유출되어 원고에게 귀속됨으로써 상여처분을 받을 것까지 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위한 것으로 인정할 수는 없다. 또한, 원고가 은닉된 비자금을 실제 사용하여 횡령이 인정된 시기는 비자금 조성 시기와 일치하지도 않는다. 
 따라서 이 사건 소득 중 2002년 내지 2006년 귀속 소득과 관련한 원고의 종합소득세 납세의무는 소외 법인에 대한 소득금액변동통지일(2012. 7. 1. 또는 2012. 7. 2.) 이전인 2008. 6. 1.부터 2012. 6. 1. 이미 그 부과 제척기간이 도과되었다(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조). 
 3) 피고 주장과 같이 쟁점 규정을 근거로 원고에 대한 2002년 내지 2006년 귀속 종합소득세 납세의무에 대한 부과 제척기간을 10년으로 인정할 수 있다고 해석한다면, 이는 쟁점 규정이 사실상 이미 완성된 사실 또는 법률관계를 규율대상으로 하는 진정 소급입법에 해당하는 것으로써 헌법적으로 허용될 수 없는 해석이다. 또한, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건에서 쟁점 규정을 통한 진정 소급입법을 허용할 만한 중대한 공익상 필요 등 특별한 사정이 인정되지도 않으므로 쟁점 규정을 근거로 원고에 대한 2002년 내지 2006년 귀속 종합소득세의 부과 제척기간을 10년이라고 볼 수는 없다.
 4) 이 사건 소득 중 2002년 내지 2006년 귀속 소득에 대한 원고의 소득세 납세의무는 부과 제척기간이 도과하여 이미 소멸하였으므로, 2002년 내지 2006년 귀속 소득금액이 소외 법인의 익금에 산입할 금액으로서 원고에게 사외유출되어 귀속되었는지 에 대한 판단을 할 필요도 없이, 이 사건 소득 중 2002년 내지 2006년 귀속 소득은 원고의 종합소득에 합산되어서는 안된다. 
 따라서 이와 다른 전제에서 2002년 내지 2006년 귀속 종합소득세에 대한 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다. 
 마. 2007년 내지 2010년 귀속 소득
 1) 인정사실
 가) 원고는 소외 법인의 대표이사로서 영업 및 자금관리 업무를 총괄하고, 소외 5는 소외 법인의 부회장으로 소외 법인의 영업 및 자금관리 업무를 담당하는데, 원고와 소외 5는 공모하여 소외 법인의 비자금을 조성할 목적으로 공사업체에 대한 공사대금을 과대계상하고 회사자금을 지급한 후 과다계상한 차액을 되돌려 받아 비자금을 조성한 후 소외 1로 하여금 4,498,782,210원, 소외 2로 하여금 1,989,886,820원을 각 관리하게 하였다. 
 나) 중부지방국세청장의 소외 법인에 대한 세무조사결과 중 원고에게 상여처분된 2007년 내지 2010년 귀속 소득과 관련된 내용은 다음과 같다. 
순번내역과세연도금액(원)1공사원가 과다계상 후 법인자금 사외유출20092,012,000,0002특수관계자 대여금 인정이자 계상 누락2007209,000,0003200857,000,0004200957,000,0005201019,000,000？합계？2,354,000,000
 위 인정이자는, 원고가 회사 자금을 개인적 이익을 위해 사용하였음을 전제로, 부당행위계산 부인(법인세법 제52조 제1항, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호) 규정에 따라 적정이자율로 계산한 금액과 실제 수입이자와의 차액인 인정이자가 원고에게 귀속되었다고 보아 산출한 것이다. 
(단위: 원)구분금액2007년2008년2009년2010년빌라시행투자금2,500,000,000173,576,712？？？소외 3 대여금750,000,00025,150,685？？？소외 4 대여금900,000,00010,208,21954,000,00040,241,096？소외 2 가지급금2,002,000,000？？16,783,890？소외 2 가지급금432,000,000？？？18,410,301○○○ 대여금10,562,000,000？3,286,975？？합계？208,935,61657,286,97557,024,98618,410,301
 다) 원고는, ① 소외 1 및 소외 2가 관리하던 비자금을 횡령하고, ② 회사자금 횡령(인정이자 계산과 관련하여 회사자금으로 개인적 이익을 위해 빌라시행투자금 2,500,000,000원을 사용하고, 소외 4에게 900,000,000원을 대여하였으며, 소외 2에게 가지급금 명목으로 432,000,000원을 교부한 것을 포함), ③ 배임(인정이자 계산과 관련하여 ○○○에게 회사자금을 대여한 것)으로 공소가 제기되었는데, 1심(서울중앙지방법원 2011고합453), 2심(서울고등법원 2012노505)을 거쳐 최종적으로 ① 소외 1 관리 비자금 합계 1,001,176,820원 횡령(=2009. 12. 28.부터 2011. 2. 14.까지 관련자 대여 및 출자 명목 합계 146,089,620원 + 2002. 12. 30.부터 2005. 10. 11.까지 원고의 개인적 소비액 138,007,750원 + 2002. 9. 11.부터 2010. 4. 13.까지 소외 5 소비액 717,079,450원), 소외 2 관리 비자금 491,387,170원 횡령{=2009. 9. 28. 391,387,170원 소외 4(△△산업)의 소외 회사에 대한 대여금 상환 + 2009. 10. 8. 69,000,000원 DM푸드 원고 명의 주식 취득 + 2009. 10. 12. 31,000,000원 DM푸드 원고 명의 주식 취득}, ② 회사자금 횡령(소외 2에 대한 가지급금 432,000,000원) 범죄사실만 인정되었다. 
 회사자금 횡령과 관련하여, 빌라투자금 2,500,000,000억 원 및 소외 3에 대한 대여금 750,000,000원은 대여 주체가 소외 법인이라는 이유로, 소외 4에 대한 대여금 900,000,000원은 원고가 공시절차를 피하기 위해 소외 4 명의로 차용한 것일 뿐 불법영득의사를 인정하기 어렵다는 이유로 무죄 판결이 선고되었다. 또한, 원고가 소외 법인의 대표이사로서임무에 위배하여 회사자금 105억 62,802,440원을 사실상 자신의 1인 회사인 ○○○에 대여하여 재산상 이익을 취득하고 소외 법인에게 같은 금액 상당의 손해를 가하였다는 공소사실과 관련하여, 소외 법인이 ○○○ 지분 19%, 원고와 자녀들이 81%를 소유하고 있는데, 소외 법인이 빌라신축사업을 위해 금원을 투자하였지만 사업이 제대로 진행되지 않자 ○○○을 통해 빌라신축부지 등을 낙찰받고 이를 취득하여 사업을 진행하였고, 소외 법인이 그 과정에서 이사회 결의 등을 거쳐 금원을 ○○○에 대여하여 원고의 ○○○에 대한 대여행위가 임무위배행위에 해당한다거나 배임의 고의가 없다는 이유로 무죄판결을 선고받았다. 
[인정근거] 갑 제1호증, 을 제3, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 2) 판단
 가) 법인세법 소정의 소득금액을 지급한 것으로 의제하는 소득처분의 경우와는 달리, 사외유출된 소득이 대표자 등에게 실지 귀속되었음을 이유로 대표자 등에 대한 소득세 부과처분이 적법하다고 하려면, 과세관청으로서는 사외로 유출된 소득이 대표자 등에게 현실적으로 귀속된 사실 및 그 소득의 종류를 주장·입증하여야 하는 것이고, 법인으로부터 사외유출된 소득의 귀속자가 분명하게 밝혀지지 아니한 경우 그것이 대표이사 등에게 현실적으로 귀속되었다고 추정할 수는 없다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15300 판결). 또한, 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있다 할 것이므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 참조). 
 즉 납세의무자의 신고에 의하여 확정된 신고납부방식의 조세의 경우에도 과세관청은 감액경정청구에 따라 정당한 과세표준 및 세액을 확인하여야 하고, 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 소송물은 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이며, 이 사건과 같이 사외유출 소득이 원고에게 귀속되었음을 전제로 하는 경우 실제 과세소득이 원고에게 귀속되었는지에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다고 할 것이다. 
 나) 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면, 이 사건 소득 중 2007년 내지 2010년 귀속 소득이 원고에게 귀속되었음을 전제로 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다. 
① 2009년 귀속 소득과 관련하여, 관련 형사사건에서 공사원가 과다계상 후 조성된 비자금 중 원고에게 실제로 귀속된 것으로 인정된 금원은 소외 1 관리 비자금 중 2009년도에 대여 및 출자한 32,277,100원과 소외 2 관리 비자금 491,387,170원 합계 523,664,270원 정도로 상여처분된 2,012,000,000원과 비교하면 4분의 1에 불과하다. 
② 인정이자와 관련하여 빌라시행투자금, 소외 3 대여금은 원고가 아니라 소외 법인이 그 자금을 대여한 것으로 보여 원고가 이를 횡령하여 사용하였음을 전제로 인정이자가 원고에게 귀속된다고 할 수 없다. 
③ 소외 2에 대한 가지급금 2,002,000,000원을 실제 원고가 사용하여 인정이자가 원고에게 귀속되었음을 인정할 만한 증거가 없고, ○○○에 대한 대여금은 실제 소외 법인이 사업 다각화 목적에서 투자한 것으로 보여 그 인정이자가 원고에게 귀속된다고 할 수 없다. 
④ 소외 4에 대한 대여금, 소외 2에 대한 대여금 432,000,000원의 인정이자가 원고에게 귀속되는 것은 인정되나, 2007년 내지 2009년 귀속 소득이 일부는 원고에게 귀속되는 것이 인정되고, 일부는 인정되지 않으므로 당초 수정신고 내용은 경정되어야 한다. 
 3. 결론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 김경란(재판장) 공현진 김동관