화물운송업 및 화물운송주선업을 영위하는 법인이 산업용 건축물을 신축한 후 중소기업인 협력회사들의 사무실용으로 부동산을 임대한 경우, 취득세 및 재산세 감면대상인 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자’에 포함되는지 여부 (일반행정, 대전고등법원)
공포일: 2020.06.19 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 처분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.
피고가 원고에 대하여 2017. 7. 15.에 한 취득세 193,671,480원 중 31,322,101원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 10,623,080원 중 1,718,049원을 초과하는 부분, 지방교육세 12,756,860원 중 2,063,141원을 초과하는 부분, ○시 ○면 ○리 002-1 공장용지 99,408.9㎡ 중 3,664㎡에 관한 2014년도 재산세 851,620원 중 137,731원을 초과하는 부분, 지방교육세 170,320원 중 27,546원을 초과하는 부분, 2015년도 재산세 851,620원 중 137,731원을 초과하는 부분, 지방교육세 170,320원 중 27,546원을 초과하는 부분, 2016년도 재산세 969,620원 중 156,815원을 초과하는 부분, 지방교육세 193,920원 중 31,362원을 초과하는 부분, 위 토지 지상 건물 중 760.66㎡에 관한 2014년도 재산세 593,690원 중 96,016원을 초과하는 부분, 지방교육세 118,730원 중 19,202원을 초과하는 부분, 2015년도 재산세 584,370원 중 94,509원을 초과하는 부분, 지방교육세 116,870원 중 18,901원을 초과하는 부분, 2016년도 재산세 517,820원 중 83,746원을 초과하는 부분, 지방교육세 103,560원 중 16,749원을 초과하는 부분, 2017년도 재산세 508,500원 중 82,239원을 초과하는 부분, 지방교육세 101,700원 중 16,448원을 초과하는 부분, 2017. 9. 6.에 한 ○시 ○면 ○리 002-1 공장용지 99,408.9㎡ 중 3,664㎡에 관한 2017년도 재산세 1,015,780원 중 164,280원을 초과하는 부분, 지방교육세 203,150원 중 32,855원을 초과하는 부분의 각 부과처분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용 중 1/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.육상·해상 및 항공화물운송업 및 관련서비스업,화물운송주선업,물류센타 운영 및 관련서비스업 등을 영위하는 원고는2012. 10. 31.○시 ○면 ○리 002-1공장용지99,408.9㎡(이하‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하였고,그 지상에2013. 5. 10.제1동 사무동 일반철골구조(철근)콘크리트지붕2층 자동차 관련 시설 건물과 제2동 경비동 일반철골구조(철근)콘크리트지붕 단층 자동차 관련 시설 건물을, 2015. 7. 23.제3동 창고동 일반철골구조 기타지붕2층 창고시설 건물 등을 각 신축하여(이하 위 사무동 건물과 경비동 건물을 합하여‘이 사건 쟁점건물’이라 한다)각 임시사용승인을 받았다.
나.원고는 이 사건 토지 및 위 신축건물들이 각 그 취득 당시 시행되던 지방세특례제한법 제78조 제4항에서 정하고 있는’산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산‘에 해당한다는 이유로 이에 관한 취득세,농어촌특별세,지방교육세 등을 면제 또는 감경받았다.
다.그 후 원고는2013. 6. 17.○○물류 주식회사,주식회사□□특수화물,◎◎산업 주식회사 등(이하‘이 사건 협력회사들’이라 한다)과 사이에 이 사건 쟁점건물의 일부씩에 관하여 임대차계약을 체결하였는데,피고는2015. 5.경 이 사건 토지 등의 사용 현황에 관하여 현지 조사한 후 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제78조 제5항 제2호에 따라‘해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 임대 등 다른 용도로 사용한 경우’에 해당한다고 보아 원고에 대하여2017. 7. 15.에①이 사건 토지 중19,836.7㎡에 관한 취득세437,659,330원,농어촌특별세19,210,070원,지방교육세38,420,140원과 이 사건 쟁점건물 중 임대분760.66㎡에 관한 취득세112,822,960원,농어촌특별세7,074,430원,지방교육세5,659,540원,②이 사건 토지 중3,664㎡에 관한2014년도 재산세851,620원,지방교육세170,320원, 2015년도 재산세851,620원,지방교육세170,320원, 2016년도 재산세969,620원,지방교육세193,920원,③이 사건 쟁점건물 중 임대분760.66㎡에 관한2014년도 재산세593,690원,지방교육세118,730원, 2015년도 재산세584,370원,지방교육세116,870원, 2016년도 재산세517,820원,지방교육세103,560원, 2017년도 재산세508,500원,지방교육세101,700원을 각 부과하고, 2017. 9. 6.에 이 사건 토지 중3,664㎡에 관한2017년도 재산세1,015,780원,지방교육세203,150원을 부과하였다.
라.원고는 위 처분에 불복하여2017. 9. 21.(위2017. 9. 6.자 부과처분에 대하여는2017. 11. 1.)조세심판원에 심판청구를 하였고,조세심판원은2018. 3. 29. ‘취득세의 추징대상이 되는 이 사건 쟁점건물 중 임대분의 부속토지는 이 사건 토지 중3,664㎡로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이를 초과하는 면적에 대하여 과세한 취득세 등은 취소하는 것이 타당하다’는 이유로,이 사건 토지 중19,836.7㎡에 관한 취득세437,659,330원,농어촌특별세19,210,070원,지방교육세38,420,140원의 부과처분은 이 사건 토지 중3,664㎡의 취득세 등만을 과세하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,나머지 청구를 기각하였다.
마.피고는 위 조세심판원 결정에 따라2018. 4. 6.원고에게,위 처분 중 이 사건 토지 중19,836.7㎡에 관한 취득세437,659,330원을3,664㎡에 관한 취득세80,848,520원으로,농어촌특별세19,210,070원을3,548,650원으로,지방교육세38,420,140원을7,097,320원으로 각 감액·경정하여 고지하였다(이하 위와 같이 최종 감액·경정된 처분을‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함,이하 같다)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고의 주장 요지

1)원고가 영위하는 화물운송업 및 화물운송주선업은 직영운송 외에도 위탁운송도 가능한데,원고로부터 화물 운송을 위탁받은 이 사건 협력회사들에게 이 사건 쟁점건물을 임대하였다 하더라도 이 사건 쟁점건물은 오로지 원고의 물류사업을 위해 제공되고 있고,원고는 이 사건 협력회사들을 지휘·통제하면서 이 사건 쟁점건물을 관리·감독하고 있으므로,원고는 이 사건 쟁점건물을 원고의 사업과 목적에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다.
2)설령‘직접 사용’에 임대가 배제되더라도,구 지방세특례제한법 제78조 제4항 제2호 가.목의 괄호에‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다’라고 규정되어 있는바,이 사건 협력업체 중21개 업체는 중소기업자이고,위 규정 중 괄호의‘공장용 부동산’과 규정 중 본문의‘산업용 건축물’은 다른 의미가 아니므로,원고는‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자’에 해당하여 취득세 등이 감면되어야 한다.
나.관련 법리

구 지방세특례제한법 제78조 제4항은 산업단지 등에서 취득하는 부동산에 대해서는 산업용 건축물등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는2014년12월31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고,제5항 제2호는 해당 용도로‘직접 사용’한 기간이2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 위 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있다.
위와 같이 구 지방세특례제한법 제78조 제4항은 그 본문 괄호규정(이하‘이 사건 괄호규정’이라 한다)에서‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 경우’를 예외적으로 그 본문에 의한 취득세 면제대상에 포함시키고 있다.위 규정의 입법취지와 개정연혁,그 본문과 단서의 관계 등에 비추어 볼 때,이 사건 괄호규정의‘공장용 부동산’은 그 본문규정의‘산업용 건축물’과 달리 보기 어렵고,따라서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 자가 부동산을 취득하더라도 스스로 이를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대할 목적이 있는 경우에는 그 임대가 이 사건 괄호규정이 정하는 중소기업자에 대한 임대가 아닌 한 구 지방세특례제한법 제78조 제4항 본문에 의한 취득세와 지방세 감면대상에 해당하지 않는다고 해석하여야 한다(대법원2012. 11. 29.선고2012두17179판결참조).
다.판단

1)앞서 든 증거들과 갑 제8내지12, 14내지16호증,을 제1, 8, 10, 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정,즉

①임대차는 당사자 일방이 상대방에게 목적물을 사용·수익하게 할 것을 약정하고 상대방이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생기는데(민법 제618조),원고가 이 사건 협력회사들과 체결한 임대차계약은 통상적인 임대차계약과 마찬가지로 원고가 이 사건 협력회사들로 하여금 매월 일정한 금액의 차임을 받고 이 사건 쟁점건물의 사용·수익을 허락하는 것을 그 내용으로 하고 있어,이 사건 협력회사들이 원고와의 사이에 화물 운송 위탁계약을 체결한 화물자동차 운송업자들이라는 점을 제외하면,원고와 이 사건 협력회사들 사이의 임대차계약은 통상의 임대차계약과 다르다고 볼 수 없는 점,

②이 사건 협력회사들은 원고로부터 임차한 부분을 모두 사무실 용도로 사용하고 있고 소수의 사무직원만을 상주시키고 있는데,이 사건 협력회사들이 그 소속 지입차주들과 화물자동차를 원고의 영업점과 가까운 곳에 대기하게 할 경우 원고로부터 위탁받은 화물을 신속히 운송할 수 있다고 하더라도,개별 화물 운송의 수탁 및 배차 관리,기타 행정사무를 처리하는 사무실까지 반드시 원고의 영업점과 가까운 곳에 위치할 필요가 있다고 보기 어려운 점,

③화물운송업자들 또는 화물운송주선업자들이 직영운송과 위탁운송을 혼용하여 사업을 수행한다고 하더라도,해당 산업을 영위하기 위한 전제요건으로 협력업체들에 대한 사무실 임대가 필연적으로 요구된다고 볼 수 없고,실제로 대부분의 화물운송업자들이나 화물운송주선업자들이 위탁운송의 특수성으로 인하여 협력업체들에게 사무실을 임대하고 있다고 볼 만한 자료도 없는 점,

④2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정되어 같은 날 시행된 구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호는“직접 사용”에 대해“부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.”고 규정하고 있다.이러한 법률의 개정 취지는 직접 사용의 주체를 구분하지 아니할 경우 제3자 임대 등 다른 수익적 방법이 있는 경우까지 과도한 감면혜택으로 이어지는 불합리한 점이 있으므로,그와 같은 경우에는 그 사용의 주체를 명확히 하여 특례를 제한함으로써 건전한 지방재정 운영 및 공평과세 실현에 이바지하려는 구 지방세특례제한법의 입법 목적에 맞추려는 것으로 보이는데,앞서 살펴본 관련 법령의 취지 등에 비추어 개정 전이라고 하더라도‘직접 사용’을 위 문언과 달리 해석하여야 할 이유가 없는 점 등을 종합하여 보면,원고의 주장처럼 원고가 이 사건 협력회사들에 임대한 이 사건 쟁점건물이 오로지 원고의 물류사업을 위해 제공되고 있고,원고가 이 사건 협력업체들을 지휘·통제하면서 관리·감독한다는 이유로 원고가 이 사건 쟁점건물을 직접 사용하였다고 보기는 어렵다.
2)다만 위에서 본 바와 같이 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 자가 부동산을 취득하더라도 스스로 이를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대할 목적이 있는 경우 그 임대가 이 사건 괄호규정이 정하는 중소기업자에 대한 임대라고 한다면 구 지방세특례제한법 제78조 제4항 본문에 의한 취득세와 지방세 감면대상에 해당한다고 볼 것이므로 이 사건 협력회사들 중에 중소기업자에 해당하는지 여부에 대해서 아래에서 살피기로 한다.
라.이 사건 협력회사들이 중소기업자에 해당하는지 여부

1)중소기업 임차 현황

갑11, 12, 13의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래 표에서 보는 바와 같이 이 사건 쟁점건물을 임차한 총24곳의 협력업체 중○○물류 주식회사를 비롯하여21개 협력사가 중소기업자에 해당하고,그들이 임차한 면적이 합계637.64㎡로서,이 사건 쟁점건물 중 임대부분에 해당하는760.66㎡의83.83%에 이른다는 사실을 인정할 수 있다.
구 분번호협력사명면적(㎡)임대기간월 임차료(원)증빙서류중 소 기 업1○○물류30.462013. 6. 17. ~276,000갑11-1, 12-1, 13-12-특수31.682013. 6. 17. ~287,000갑11-2, 12-2, 13-23◎◎산업31.672013. 6. 17. ~287,000갑11-3, 12-3 4-지스31.582013. 6. 17. ~286,000갑11-4, 12-4, 13-35-운수29.152013. 6. 17. ~264,000갑11-5, 12-5 6-인터내셔날29.152013. 6. 17. ~264,000갑11-6, 12-6 7-화물29.152013. 6. 17. ~264,000갑11-7, 12-7, 13-48㈜-29.152013. 6. 17. ~264,000갑11-8, 12-8, 13-59㈜-로지스30.672013. 6. 17. ~278,000갑11-9, 12-9, 13-610-앤지30.132013. 6. 17. ~273,000갑11-10, 12-10, 13-711㈜-서30.132013. 6. 17. ~273,000갑11-11, 12-11, 13-812우-30.132013. 6. 17. ~273,000갑11-12, 12-12, 13-913-통운30.132013. 6. 17. ~273,000갑11-13, 12-13, 14-운수30.132013. 6. 17. ~273,000갑11-14, 12-14 15-운수28.542013. 6. 17. ~259,000갑11-15, 12-15 16-성30.132013. 6. 17. ~273,000갑11-16, 12-16, 13-1017-지스31.482013. 6. 17. ~285,000갑11-17, 12-1718-TNS29.552013. 6. 17. ~268,000갑11-18, 12-1819-로지스틱스27.042013. 6. 17. ~245,000갑11-19, 12-1920-일33.412013. 6. 17. ~303,000갑11-20, 12-20, 13-1121-운수34.182013. 6. 17. ~310,000갑11-21, 12-21, 13-12 합 계637.64이 사건 쟁점건물 760.66㎡의 83.83%기 타22-성TNS45.582013. 6. 17. ~413,000갑11-22, 갑12-22, 갑13-1323-중공업47.322013. 6. 17. ~429,000갑11-23, 갑12-23, 갑13-1424-통운30.132013. 6. 17. ~273,000갑11-24, 갑12-24총 합계760.66 

2)정당세액의 계산

이 사건 처분이 이 사건 쟁점건물 중 이 사건 협력회사들에 임대한760.66㎡와 이 사건 토지 중 위 임대분760.66㎡에 대한 부속토지로 봄이 상당한3,664㎡에 대한 취득세(농어촌특별세,지방교육세 포함)및2014~2017년도 재산세(지방교육세 포함)이고,이는 전체 사무동 및 이 사건 토지 전체에 대한 취득세와 재산세를 추징대상이 되는 건물 임대분과 그 부속토지의 면적이 차지하는 비율로 안분하여 계산되었음은 당사자 사이에 다툼이 없다.
따라서 이 사건 쟁점건물 중 전체 임대면적인760.66㎡에서 중소기업 임대면적에 해당하는637.64㎡를 제외한 추징면적123.02㎡(= 760.66㎡- 637.64㎡)가 차지하는 비율인16.1728%(= 123.02/760.66 × 100)를 각 세액에 적용하여 산출된 정당 세액은 아래의 표와 같다.
구 분(처분일: 2017.7.15.)이 사건 처분(단위: 원)정당 세액(단위: 원)취득세취득세쟁점건물112,822,96018,246,632부속토지80,848,52013,075,469 193,671,48031,322,101농특세쟁점건물7,074,4301,144,133부속토지3,548,650573,916 10,623,0801,718,049지방교육세쟁점건물5,659,540915,306부속토지7,097,3201,147,835 12,756,8602,063,141토지분재산세2014재산세851,620137,731지방교육세170,32027,5462015재산세851,620137,731지방교육세170,32027,5462016재산세969,620156,815지방교육세193,92031,3622017(처분일: 2017.9.6.)재산세1,015,780164,280지방교육세203,15032,855건물분 재산세2014재산세593,69096,016지방교육세118,73019,2022015재산세584,37094,509지방교육세116,87018,9012016재산세517,82083,746지방교육세103,56016,7492017재산세508,50082,239지방교육세101,70016,448

3)이에 대하여 피고는,이 사건 괄호규정의‘공장용 부동산’과 그 본문규정의‘산업용 건축물’은 서로 다른 의미이고,원고가 이 사건 협력회사들에 사무실 용도로 임대하였으므로,원고를 이 사건 괄호규정의 공장용 부동산을 중소기업자에게 임대한 경우에 해당한다고 볼 수 없다는 취지로 다투나,위에서 본 대법원2012. 11. 29.선고2012두17179판결의 판시에서도 명확히 밝혔듯이 이 사건 괄호규정의 입법취지와 개정연혁,그 본문과 단서의 관계 등에 비추어 볼 때 이 사건 괄호규정의‘공장용 부동산’은 그 본문규정의‘산업용 건축물’과 달리 보기 어려운 점(대법원2013. 2. 28.선고2012두23426판결도 같은 취지),지방세법 시행령 제110조는 지방세법 제111조 제1항 제2호 나.목의‘대통령령으로 정하는 공장용 건축물’에서의 수식어‘대통령령으로 정하는’을 정의하기 위한 규정으로 보아야 하는데,지방세법은‘대통령령으로 정하는’으로 수식되지 않는‘공장용 건축물’도 다른 조항에서 규정하고 있어 결국 지방세법 시행령 제110조는 법 제111조 제1항 제2호 나.목의 건축물을 정의할 때에만 활용되는 규정이라고 봄이 타당하고,나머지 규정에서의‘공장용 건축물’은 당해 규정의 취지와 문맥에 맞게 달리 해석된다고 봄이 상당한 점,피고도 애초에 이 사건 토지와 쟁점건물을 구 지방세특례제한법 제78조 제4항에서 규정한‘산업용 건축물’에 해당한다는 이유로 취득세 등을 감면해 준 점 등에 비추어 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
마.소결

따라서 피고가 원고에 대하여2017. 7. 15.에 한 취득세193,671,480원 중31,322,101원을 초과하는 부분,농어촌특별세10,623,080원 중1,718,049원을 초과하는 부분,지방교육세12,756,860원 중2,063,141원을 초과하는 부분,○시 ○면 ○리 002-1공장용지99,408.9㎡중3,664㎡에 관한2014년도 재산세851,620원 중137,731원을 초과하는 부분,지방교육세170,320원 중27,546원을 초과하는 부분, 2015년도 재산세851,620원 중137,731원을 초과하는 부분,지방교육세170,320원 중27,546원을 초과하는 부분, 2016년도 재산세969,620원 중156,815원을 초과하는 부분,지방교육세193,920원 중31,362원을 초과하는 부분,위 토지 지상 건물 중760.66㎡에 관한2014년도 재산세593,690원 중96,016원을 초과하는 부분,지방교육세118,730원 중19,202원을 초과하는 부분, 2015년도 재산세584,370원 중94,509원을 초과하는 부분,지방교육세116,870원 중18,901원을 초과하는 부분, 2016년도 재산세517,820원 중83,746원을 초과하는 부분,지방교육세103,560원 중16,749원을 초과하는 부분, 2017년도 재산세508,500원 중82,239원을 초과하는 부분,지방교육세101,700원 중16,448원을 초과하는 부분, 2017. 9. 6.에 한○시 ○면 ○리 002-1공장용지99,408.9㎡중3,664㎡에 관한2017년도 재산세1,015,780원 중164,280원을 초과하는 부분,지방교육세203,150원 중32,855원을 초과하는 부분의 각 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.
3.결론

그렇다면 이 사건 처분 중 위 표 기재와 같은 정당 세액을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이므로,원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고,나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다.그런데 제1심판결 중 위 취소 부분에 해당하는 원고 패소 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로,원고의 항소를 일부 받아들여 이를 취소하고,원고의 나머지 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.