법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2013.06.28 / 시행일:

【원 고】 주식회사 △△△ (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 한위수 외 1인)
【피 고】 반포세무서장
【변론종결】2013. 5. 29.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 원고에게 한, ① 2012. 3. 2.자 2006 사업연도 법인세 368,603,690원(가산세 포함)의 부과처분과 ② 2012. 4. 2.자 2007 사업연도 법인세 787,229,940원(가산세 포함)의 부과처분 중 225,668,940원을 초과하는 부분, 2008 사업연도 법인세 774,158,470원(가산세 포함)의 부과처분, 2009 사업연도 법인세 1,384,456,880원(가산세 포함)의 부과처분 중 858,568,880원, 2010 사업연도 법인세 886,103,320원(가산세 포함)의 부과처분 중 406,014,320원을 초과하는 부분, 2008년 제1기분 부가가치세 54,961,450원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 가. 원고는 2006 사업연도부터 2010 사업연도까지 (등기이사 겸 이사회의장이고, 38.1%의 주식을 보유한) 소외 1에게 아래 〈표1〉 기재와 같이 성과상여금을 지급하였다. 원고는 (원고로부터 33.3%를 출자받고, 터미널관리를 위탁받은) 주식회사 □□□(변경전 상호: ◇◇◇, 이하 ‘소외 17 회사’라 한다)에게 2008년 상반기 임금인상분 및 손실 보전 명목으로 용역비 599,550,000원을 지급하였다.
 〈표1〉 소외 1 성과상여금 지급내역 (단위: 백만 원) 사업연도20062007200820092010합계 성과상여금9001,5001,8001,9001,9008,000 
 나. 피고는 원고에게 "소외 1의 성과상여금은 지급기준 없이 지급된 잉여금 처분이다. 소외 17 회사의 용역비는 용역 제공과 무관한 자금지원의 부당행위이다."는 이유로, 각 손금불산입하고, 소외 17 회사의 용역비를 매입세액 불공제하여, ① 2012. 3. 2. 2006 사업연도 법인세 368,603,690원(가산세 포함), ② 2012. 4. 2. 2007 사업연도 법인세 787,229,940원(가산세 포함), 2008 사업연도 법인세 774,158,470원(가산세 포함), 2009 사업연도 법인세 1,384,456,880원, 2010 사업연도 법인세 886,103,320원(가산세 포함), 2008년 제1기분 부가가치세 54,961,450원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 다. 원고는 2012. 5. 15. 심사청구를 제기하였으나, 2012. 7. 20. 국세청장으로부터 기각결정을 받았다. 
[인정근거] 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부 
 가. 원고의 주장
 (1) 세무조사의 위법성에 관하여
 (가) 중복조사 및 예외적 허용사유에 관하여
 2006 사업연도 및 2007 사업연도에 소외 1에게 지급된 성과상여금은 중복조사되었고, 중복조사의 예외적 허용사유에 해당하지 아니하므로, 성과상여금을 손금불산입하여 이루어진 2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다. 
 (나) 조사범위확대통지에 관하여
 (중복조사의 예외적 허용사유에 해당한다 하더라도) 2006 사업연도로 조사범위를 확대하면서 확대사유와 범위를 통지하지 아니하였으므로, 2006 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다. 
 (2) 성과상여금에 관하여
 이익처분이 아니라 이사회결의에서 정해진 급여지급기준에 따라 지급된 점, 소외 1의 경영성과를 반영한 점, 소외 1은 지배주주가 아닌 점 등을 고려할 때, 성과상여금 전액을 손금산입하여야 하는데도, 이익처분에 의한 상여임을 전제로 전액 손금불산입하여 이루어진 법인세 부과처분은 위법하다.
 (3) 용역비에 관하여
 ① 계약상 인건비를 비롯한 공과잡비를 부담하고, 기업이윤보장을 위하여 손실을 보전해 줄 의무가 있으므로, 용역비는 임금협상 지연에 따른 임금인상분 및 누적된 손실 중 일부를 보전한 것이고, ② (계약상 의무가 없더라도) 인건비 증가분 보전은 인력파견 및 관리업체의 일반적인 거래관행인 점, 소외 17 회사의 용역은 원고의 사업수행에 필수적인 점, 임금 인상이나 물가 상승으로 비용 지출이 늘었는데도, 낮은 요율의 용역비를 정액으로 지급받았기 때문에 소외 17 회사의 누적손실이 발생한 점, 손실보전액은 과거에 적게 지급하였던 용역비를 물가 상승 및 임금 인상 수준에 맞추어 지급한 것이므로 매년 실비정산한 것과 동일한 점, 소외 17 회사의 노동조합에서 노동쟁의를 할 경우 발생하는 추가비용(원고의 사업 방해, 다른 용역업체를 물색하거나 직접 용역을 수행함에 따른 거래비용), 소외 17 회사가 파산할 경우 출자자로서의 손실 뿐만 아니라 원고의 영업에 큰 타격이 발생하는 점 등을 고려할 때, 누적손실 중 일부를 보전한 것에 경제적 합리성이 있으므로, 용역비 지급이 용역 제공과 무관한 특수관계인에 대한 자금지원의 부당행위임을 전제로 손금불산입하고 매입세액 불공제하여 이루어진 법인세 부과처분과 부가가치세 부과처분은 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 인정사실
 (1) 세무조사 관련
 (가) ① 원고는 2008. 7. 3. 서울지방국세청장으로부터 아래와 같이 세무조사 사전통지를 받았다(이하 ‘1차조사’라 한다). 이에 첨부된 ‘세무조사 준비사항 안내’에 2003년 이후 주주명부, 이사회회의록, 주주총회결의서를 제출하도록 되어 있다.
 조사대상세목법인사업자통합조사(법인세, 부가가치세, 원천세, 주식이동조사 등 포함) 조사대상기간2005. 1. 1. ~ 2005. 12. 31. 조사사유2005 사업연도 신고내용에 대한 성실도 전산분석 결과 동종업체 중 신고 성실도 하위자에 해당되어 신고의 적정성을 검증하기 위하여 조사대상자로 선정되었다. 
 ② 원고는 2008. 8. 4. 서울지방국세청장으로부터 1차조사결과통지를 받았는데, 이에 첨부된 조사항목별 적출내역은 아래 〈표2〉 기재와 같다. 
 〈표2〉 적출항목 (단위: 백만 원) 추징항목적출소득 합계조사내용사업연도별 20032004200520062007 법인세잡손실1,4902005년 미확정손배상금 손금불산입(2006년 손금해당)--1,490-1,490- 세금과 공과322005년 비용계상한 가산세 등 손금불산입--32-- 비업무용부동산2552005년 서울 강동구 암사동 소재 비업무용 부동산 유지비용 등 손금불산입4848425759 세금과 공과-1,233아래 면세사업관련 매입세액 부가가치세 추징하고, 동 추징세액 손금산입-226-250-259-246-251 기부금472006년, 2007년 소득금액변동에 따른 기부금한도초과액재계산, 손금불산입---389 부가가치세1,233(세액)공항버스 운송사업(면세사업) 관련 외주용역비, 유류비 매입세액 불공제-179184******-*******83152143 
 * ‘부가가치세’의 사업연도별 상단은 상반기, 하단은 하반기
 ③ 원고가 이 법원에 제출한 ‘세무조사반 요청서류’에 아래와 같이 기재되어 있다. 
 요청일자요청서류파일종류개수제출일자해당팀비고 2008. 7. 23.○ 임원보수??2008. 7. 23.경영기획팀2005년 ~ 2008년 이사회회의록 제출 - 임원퇴직금 지급규정사본1부 - 임원성과급지급규정정본(파일)1부 
 (나) ① 서울지방국세청창은 원고에게, 2007 사업연도 내지 2010 사업연도 법인제세 통합조사 사전통지 후(이하 ‘2차조사’라 한다), 2012. 2. 14. 아래와 같이 조사범위확대통지를 하고, 원고로부터 수령증을 교부받았다.
 구분당초변경 조사대상 세목법인제세 조사대상 과세기간2007 사업연도 ~ 2010 사업연도2006 사업연도 ~ 2010 사업연도 조사기간2011. 11. 8. ~ 2012. 2. 27. 조사유형통합조사부분조사(2006 사업연도) 통합조사(2007 사업연도 ~ 2010 사업연도) 조사범위확대사유특정항목의 명백한 세금탈루혐의 또는 세법적용착오 등이 다른 과세기간에 연결 
 ② 원고는 2012. 3. 14. 서울지방국세청장으로부터 2차조사결과통지를 받았다. 
 (다) 소외 2는 이 법원에서 아래와 같이 진술하였다.
 ○ 1차조사 시 서울지방국세청 조사2국으로부터 소외 1에게 지급된 상여금과 관련하여 임원 상여금 지급기준을 제출하라는 요청을 받고, 임원보수, 퇴직금, 상여금 지급규정을 제출하였다. ○ 1차조사 시 원고의 2006 사업연도 및 2007 사업연도의 임원상여금에 관하여 검토하였지만, 소외 1에게 지급된 상여금을 특별히 문제삼지 않았다. 
 (2) 성과상여금 관련
 (가) 임원 성과상여금 지급내역
 원고가 임원에게 지급한 성과상여금은 아래 〈표3〉 기재와 같다.
 〈표3〉 임원 성과상여금 지급내역 (단위: 백만 원) 성명직책지급연도 20062007200820092010합계 소외 1이사회의장9001,5001,8001,9001,9008,000 소외 3대표이사63200120100100583 소외 4전무52????52 소외 2경영지원본부장?15603323131 소외 5임대사업본부장?20???20 소외 6웨딩사업본부장?20103?? 소외 7터미널사업본부장?15???15 소외 8임대사업본부장??10302060 소외 9회장??5??5 소외 10감사??5?38 소외 11감사??5?38 소외 12고문??5??5 
 (나) 주주현황
 2006 사업연도부터 2010 사업연도까지 원고의 주주현황은 아래 〈표4〉 기재와 같다. 소외 1 지분을 제외한 나머지 지분의 소유자는 ☆☆교 관련 단체이다(이하 ‘소외 18 회사, 소외 19 회사, 소외 20 회사, 소외 21 회사’를 ☆☆교 관련 단체’라 한다).
 〈표4〉 주주현황 주주명주식수지분율비고 소외 122,860,126주38.10%? 소외 18 회사16,320,000주27.20%61.16% 소외 19 회사15,832,821주26.39% 소외 20 회사2,864,468주4.77% 소외 21 회사994,450주1.66% 소외 22 회사682,887주1.14% 합계59,554,752주99.26%? 
 (다) 대주주별 지급내역 
 원고가 소외 1에게 지급한 성과상여금, ☆☆교 관련 단체에 지급한 기부금 및 광고선전비는 아래 〈표5〉 기재와 같다. 
 〈표5〉 대주주별 지급내역 (단위: 백만 원) 구분계정과목20062007200820092010합계 소외 1성과급9001,5001,8001,9001,9008,000 비율34%35%38%35%33%35% ☆☆교 관련단체기부금·광고선전비1,7332,8003,0003,6003,82914,962 비율66%65%62%65%67%65% 합계금액2,6334,3004,8005,5005,72922,962 
 (라) 임원 성과상여금 등 지급근거
 1) 원고의 정관 제35조 제1항은 "전체 임원의 보수한도는 주주총회의 결의로서 정하고, 개별 임원의 보수는 이사회 의결로 정한다"고, 원고의 이사회운영규정 제15조는 "이사회의 결의를 거쳐야 할 사항 중 법령 또는 정관에 정한 것을 제외하고는 이사회의 결의로써 대표이사에게 그 결정을 위임할 수 있다"고 각 규정하고 있다.
 2) 원고의 이사회는 2005. 11. 8. "소외 1은 창업주로서 건물을 분양하지 않고 임대시설로 유지하여 지속적인 수익가능모델을 만드는 데 일익한 점, 수익의 큰 부분을 차지하는 ▽▽▽백화점과 ◎◎◎호텔 유치, ▽▽▽백화점 임대면적 추가제공 및 수수료율 인상으로 인한 수익구조 개선 등의 장기적·지속적인 손익개선에 크게 기여한 점, 이사회 의장으로서 주도적으로 자금조달시 금리인하 유도, 지방세 절세방안 제시 등 경영상 업적이 지대한 점을 감안하여, 당기순이익이 발생하는 경우에 한하여 매년 백화점 및 호텔 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 지급한다. 지급시기 및 금액 등은 원고의 여건, 자금사정 등을 고려하여 매년 이사회에서 정한다."고 결의하였다.
 3) 원고의 주주총회 및 이사회는 전체 임원 성과상여금의 한도만을 정하고, 이사회는 그 집행시기, 대상, 배분 기준을 대표이사에게 위임하였다. 
 4) 원고의 주주총회 및 이사회에서 아래 〈표6〉 기재와 같이 임원의 보수 및 성과상여금, 기부금에 관하여 결의하였다. 
 〈표6〉 주주총회 및 이사회결의 일자구분내용비고 2006. 3. 3.이사회기부금 한도액(자본금 0.7%, 21억 원)서면결의 임원보수 한도 30억 원 2006. 3. 22.주주총회임원보수 한도 30억 원? 2006. 4. 20.이사회경영실적에 관한 임원 성과상여금 지급(소외 1 9억 원)? 2006. 9. 29.이사회임원보수지급? 2007. 3. 6.주주총회임원보수 한도 50억 원? 2007. 3. 16.이사회임원보수 한도를 50억 원으로 조정함? 2007. 5. 15.이사회기부금 한도(자본금 0.87%, 26억 원)? 임원 성과상여금 한도 19억 원 2007. 5. 22.이사회성과상여금지급 소외 1 15억 원(대표이사가 집행결정)대표이사만 서명 2008. 3. 11.주주총회임원보수 한도 50억 원? 2008. 4. 8.이사회기부금 한도 30억 원? 성과상여금 한도 22억 원 2009. 2. 24.이사회기부금 한도 40억 원? 성과상여금 한도 30억 원 2009. 3. 16.주주총회이사보수 한도 40억 원? 감사보수 한도 3억 원 2009. 3. 17.이사회이사보수 한도 40억 원? 2010. 2. 3.주주총회이사보수 한도 50억 원? 감사보수 한도 5억 원 2010. 3. 10.이사회기부금 한도 40억 원, 성과상여금 한도 30억 원? 
 5) 원고의 내부문서인 ‘사별성과급지급현황’에 2006 사업연도 및 2007 사업연도 소외 1 성과상여금 지급기준은 지분율로 기재되어 있다. 원고의 경영기획팀에서 기안한 2008. 3. 27.자 ‘기부금/성과급 한도 설정 검토’에 아래와 같이 기재되어 있다.
 ○ 2008년 기부금 및 성과급 한도 설정(안) (단위: 백만 원) 구분2006년2007년2008년(안)구성비주식지분율 기부금2,1002,6003,30062.3%61.6% 성과급9001,5002,00037.7%38.4% 합계3,0004,1005,300100.0%100.0% * 주식지분율: 주식지분율은 자사주 및 기타소액주주 제외 시 지분율. 기부금에 해당하는 주식지분율은 재단 관련 합산 지분임 ○ 기부금 관련 법인세 절감 방안 - 기 계획된 지정기부금 30억 원을 법인세법상 예상되는 기부금 한도 약 13억 원 기준 이하로 지출하되, 잔액은 광고선전비로 집행하여 추정되는 법인세 비용 약 4억 7,000만 원을 전액 절감하는 방안 - 광고선전비는 ○○○○ 프로축구단과 타이틀 스폰계약을 체결하여 유니폼, 경기장 롤링보드 등 다양한 노출효과로 당사의 이미지제고 및 법인세비용을 절감하고자 함 
 6) 원고의 내부문서인 ‘대주주 주식수 및 성과·기부금 배분율’에 아래와 같이 기재되어 있다.
 구분소외 1소외 18 회사소외 19 회사소외 20 회사소외 21 회사소외 22 회사소외 13총주식수 (자사주 제외 ) 주식수22,860,126주16,320,000주15,832,821주2,864,468주994,450주682,887주24,494주59,591,248주 지분율38.36%27.39%26.57%4.81%1.67%1.15%0.04%99.98% 주식수22,860,126주??????59,591,248주 지분율(Ⅰ)38.36%??????99.98% 지분율(Ⅱ)38.37%??????100.00% 성과급배분(Ⅰ)2,241,242,535원?????? 성과급배분(Ⅱ)2,200,000,000원??????5,800,000,000원 
 7) 원고는 기부금 및 성과상여금 지출내역을 함께 집계·관리하였다.
 (마) 원고의 재무현황
 1) 원고의 사업장인 서울 서초구 반포동 소재 서울고속버스터미널에 ▽▽▽백화점 및 ◎◎◎호텔을 유치함에 따른 당기순이익은 아래 〈표7〉 기재와 같다.
 〈표7〉 당기순이익 (단위: 백만 원) 사업연도20002001200220032004200520062007200820092010 총임대료7,37720,95025,18926,15231,35137,03140,13141,28343,75850,64361,950 백화점1,3645,5357,0087,47612,02615,15315,48416,04316,93323,43230,140 호텔1,6112,0682,9263,4153,8844,2454,2834,5434,4564,4464,910 합계2,9757,6039,93410,89115,91019,39820,12720,85621,38927,87835,050 점유비40.3%36.3%39.4%41.6%50.7%52.4%50.2%49.9%48.9%55.0%56.5% 호텔지분법 평가이익-15,0872,149-1,2452,4294,5756,5766,1044,1444,5428,493 영업이익-5,2082,07715,27411,21820,51731,24534,64635,31234,55137,97953,318 당기순이익-40,687-34,263-15,127-23,4141,99726,09224,35621,30224,35728,28637,321 
 2) 원고는 2004 사업연도부터 순이익이 발생되었고, 주주들에게 2011. 2.경 595억 원, 2012. 2.경 375억 원을 현금배당하였다. 
 (바) 소외 1의 급여
 원고가 소외 1에게 지급한 급여내역(상여금은 없다)은 아래 〈표8〉 기재와 같다.
 〈표8〉 소외 1 급여내역 (단위: 백만 원) 사업연도2001200220032004200520062007200820092010 급여103101100101104119136136136379 
 (사) 소외 2 등 진술
 1) 소외 2는 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다.
 ○ 2006. 3.경부터 상무로서 경영업무를 총괄하는 경영지원본부장으로 근무하고 있다. 경영지원본부는 기획재무, 관리, 구매부서로 구분된다. 원고의 경영지원본부 총괄담당이고, 계열사 재무 및 인사업무, 노조업무를 맡고 있다. ○ ☆☆교 관련 단체는 UCI(세계통일연합)에서 투자한 해외펀드로 알고 있다. ○ 소외 22 회사는 국내 ☆☆교 계열사로 알고 있다. ○ 소외 1은 창업주로서 99.97%의 주식을 보유하고 있다가, 2012. 10.경 49.90%의 주식을 양도하면서 경영에서 손을 떼고, 이사회 의장만 맡았다. 소외 1은 이사회 의장으로서 경영보고 및 경영관련 지침, 정책에 관여하고 있다. ▽▽▽백화점 및 ◎◎◎호텔 계액 수수료 요율 책정이 낮은 경우 소외 3에게 요율을 올리라고 지시하고, ◎◎◎호텔 객실 리노베이션 디자인 등에 관여한다. 임대계약서 및 주요 계약서 작성 또는 협상시 직접 참여하지는 않고, 이사회를 통하여 보고를 받는다. 실제 경영에서 손을 뗐기 때문에 직접 결재하는 일은 없다. ○ 입사 이후부터 2010 사업연도까지 배당을 실시한 적은 없다. ○ 직원상여금의 경우 매년 임단협에서 직급별로 기본급에 따라 상여금이 결정되고, 상여금의 종류는 명절특식비, 하계휴가비 등이며, 일률적으로 정하여진 것은 없다. 임원상여금의 경우 일반적인 상여금은 직원들과 똑같이 임단협에서 결정된 사항을 따르고, 일부 연간 경영실적에 따라 성과급을 지급하기도 한다. ○ 성과급이란 경영진의 개별적인 노력의 대가이다. 경영성과가 좋을 경우 매년 이사회의 결의를 통하여 매출총이익의 일정률의 총액한도를 정하고, 인별 지급액은 대표이사가 위임받아 집행하고 있다. ○ 임원의 인별 노력도를 측정할 만한 기준은 없고, 공로에 따라 성과급을 지급한다. ○ 임원 상여금 지급기준 및 산정근거는 없다. 대표이사가 위임받아 자신이 생각하는 공헌도에 따라 상여금 지급액을 결정하고 있다. ○ 소외 1은 다른 임원들과 차등을 두어 성과급을 지급하고 있다. ○ ‘사별성과급지급현황’에 소외 1의 성과급 기준으로 기재된 ‘지분율기준’은 참고사항일 뿐 별다른 의미는 없다. ○ ‘대주주 주식수 및 성과·기부금 배분율’에 매 연도마다 주주들의 지분율에 따라 소외 1은 성과급으로, ☆☆교 관련 단체는 기부금으로 원고의 자금을 지급하도록 되어 있는데, 소외 1만 급여로 거액이 지급되면 다른 주주들 입장에서도 억울함이 있을 것 같아 양자 인지하에 지분율을 근거로 하여 소외 1은 상여금을 지급하고, ☆☆교 관련 단체에게는 상대방이 원하는대로 기부금 또는 광고선전비로 처리하였다. ○ 소외 1의 상여금이나 ☆☆교 관련 단체의 기부금, 광고선전비는 지분율에 따라 지급된 것이다. 지급금액과 지분율에 일부 차이는 양자간 이해에 의하여 용인된 것이고, 크게 지분율대로 배부되었다.
 소외 2는 이 법원에서 아래와 같이 진술하였다.
 ○ 원고는 1993. 6. 21. ▽▽▽백화점과 센트럴시티 빌딩 일부를 ▽▽▽백화점에 임대하는 계약을 체결한 후, 2003. 8. 18. 위 임대차계약을 변경하는 계약(이하 ‘1차 변경계약’이라 한다)을 거쳐, 2009. 3. 26. 임대면적을 추가하고 임대료율을 높이는 내용의 변경계약(이하 ‘2차 변경계약’이라 한다)을 체결하였다. 원고가 ▽▽▽백화점과 최초 임대차계약 당시에는 ▽▽▽백화점 강남점의 총매출액에서 임대료가 차지하는 비율인 임대료율이 1.62%에 불과하였는데, 1차 변경계약을 통하여 임대료율이 2.27%로 증가된 후, 2차 변경계약 이후에는 임대료율이 3.25%로 책정되었다. 원고가 1차 변경계약 이후 ▽▽▽백화점과 2차 변경계약을 체결하기 위하여 소외 3을 통하여 ▽▽▽백화점 경영진을 만나려고 수차례 노력하였는데도 만나지 못하여 협상이 지지부진하였다. 이와 같은 상황에서 소외 1이 원고의 이사회 의장의 지위에서 ▽▽▽백화점 대표이사인 소외 15와 명예회장인 소외 16을 만나 임대면적 추가 및 임대료율 증가와 관련된 협상을 유리하게 이끌어 냄으로써 2차 변경계약이 체결되었다. ○ 원고가 ▽▽▽백화점으로부터 지급받는 임대료를 적정하게 산정하기 위해서는 ▽▽▽백화점 강남점의 매출액을 정확하게 확인하는 것이 중요한데, 소외 1이 처음으로 ▽▽▽백화점 강남점의 매출액을 확인하여 임대료가 적정하게 징수될 수 있도록 조치를 취하였다. ○ 소외 1은 매일 아침 출근하면 대표이사인 소외 3, 임원들과 티타임을 가졌고, 점심시간에 업무회의를 하였으며, 주간회의 및 월간회의의 모든 내용을 서면으로 보고받았다. 소외 1은 이사회 의장으로서 이사회에서 사회를 보고 한달 동안의 업무보고를 청취한 후 미비점에 관한 업무지시를 하였다. ○ 소외 1은 최초로 ▽▽▽백화점과 ◎◎◎호텔에 대한 경영위탁체계를 유지하였고, 백화점 계약변경이나 ◎◎◎호텔과의 분쟁으로 인한 계약변경에 관여하여 원고의 이익이 증대되었기 때문에 다른 임원들보다 많은 상여금을 지급받았다. 이사회에서 경영이 흑자로 전환될 경우 호텔과 백화점 매출액의 10% 이내의 성과급을 지급하자는 결의사항이 있었고, 그것에 따라서 매년 소외 1에게 별도로 성과급을 지급하였던 것으로 알고 있다. ○ 2006 사업연도부터 2010 사업연도까지 원고의 지배주주는 ☆☆교 관련 단체였다. ○ ‘사별성과급지급현황’(을 제4호증), ‘기부금/성과급한도검토’(을 제5호증), ‘기부금/광고선전비 내역’(을 제6호증의 1), ‘성과급내역’(을 제6호증의2), ‘기부금 및 성과급 지급내역’(을 제6호증의3), ‘대주주 주식수 및 성과급, 기부금 배분율’(을 제7호증), ‘연도별 기부금, 성과급 내역’(을 제8호 증), ‘기부금, 성과급, 광고비 집행내역’(을 제9호증)은 지배주주가 소외 1에게 호텔이나 백화점 매출액의 10% 내의 금액을 성과급으로 지급하기로 하였으나, 차후에 지배주주로서 그 금액이 너무 과다하지 않느냐는 식으로 이의제기할 것이 염려되어 실무자들이 참고자료로 지분율을 계산해 보았던 자료이다. ○ 이사회회의록에는 "백화점이나 호텔 매출액의 10% 범위 내에서 성과급을 지급한다"는 결의사항이 있었기 때문에, 세무조사에서 그것을 기준으로 매년 이사회에서 금액만 조정해서 지급하였다고 진술하였는데, 조사관이 법인세법상 구체적인 기준이 없으면 안된다고 하여 기준이 없다고 대답하였다. ○ 소외 1에게는 "매년 백화점 및 호텔 임대수입의 10% 이내에서 보수를 지급한다"고 정해져 있었기 때문에, 대표이사가 기업의 경영손익이나 자금사정에 따라 10%를 모두 지급할 것인지 여부를 정하였는데, 임원들에 대한 평가는 사실상 어려웠기 때문에 대표이사가 업무내용이나 결과표를 보고 임의적으로 판단하였다. 
 2) 소외 14는 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다.
 ○ 기획재무팀에서 사업계획, 예산, 이사회, 주주총회업무를 담당하고 있다. ○ 예전에는 경제적 부가가치를 기준으로 성과급, 기부금 합계금액을 산출하여 소유주식수 비율로 소외 1과 ☆☆교 관련 단체의 성과급, 기부금 한도를 이사회에서 정하였고, 이후에는 성과급, 기부금 합계금액이 산출되면, 소외 18 회사 등 4개주주에 해당하는 금액을 기부금한도로 하고, 소외 1에게 해당하는 금액이 얼마인지 계산하여 이를 성과급 한도로 이사회에서 정한다. 
 (3) 용역비 관련
 (가) 원고는 소외 17 회사와 아래 〈표9〉 기재와 같이 ‘리무진버스운행용역계약’ 및 ‘터미널관리운영도급계약’을 체결하였다.
 〈표9〉 계약내역 계약일계약기간계약금액(원)용역내용 2005. 7. 29.2005. 4. 1. ~ 2005. 12. 31.월 132,404,000리무진운행 2005. 7. 29.2005. 4. 1. ~ 2005. 12. 31.월 160,075,000터미널관리 2008. 6. 30.2008. 1. 1. ~ 2008. 12. 31.연 2,520,000,000 2009. 3. 24.2009. 1. 1. ~ 2009. 12. 31.월 210,101,200 2010. 6. 1.2010. 1. 1. ~ 2010. 12. 31.연 2,204,976,000 2011. 3. 31.2011. 1. 1. ~ 2011. 12. 31.연 2,007,708,000 
 (나) ‘리무진버스운행용역계약’ 및 ‘터미널관리운영도급계약’의 각 내용은 아래와 같다. 
 ○ 리무진버스운행용역계약 제3조(용역금액) ① 월간금액: 132,404,000원(부가가치세 별도) ② 용역금액은 월 정액으로 한다. 만일 투입인원이 변동될 경우 이에 따른 용역금액 변동은 원고와 소외 17 회사의 사전 서면합의에 의한 경우에만 인정된다. 특약사항 제2조(단계별 이행사항) ① 기본용역 계약부문 1. 1차년도(2005. 4. 1. ~ 2005. 12. 31.) 원고는 소외 17 회사에게 본 계약서 제3조에 명시된 정액 용역금액을 지급한다. 2. 2차년도 이후(2006. 1. 1. ~) 원고는 소외 17 회사에게 용역인원을 고려하여 제2항에 의한 공과잡비·기업이윤을 가산한 용역금액을 지급한다. ② 공과잡비·기업이윤 2차년도(2006. 1. 1.이후)부터 원고가 소외 17 회사에게 지급하는 공과잡비·기업이윤의 지급기준은 별도로 합의하기로 한다. 
 ○ 2005. 7. 29.자 터미널관리운영도급계약 제3조(도급금액) 월간 160,075,000원(부가가치세 별도) 특약사항 제1조 ② 원고는 소외 17 회사의 투입인원이 소외 17 회사의 의사에 의한 자체구조조정으로 인하지 않고, 소외 17 회사의 정책변화 혹은 사업규모변화에 의한 변경이 발생한 경우 원고와 소외 17 회사는 사전 서면합의에 의하여 본 계약서 제3조에 명시된 정액도급금액을 변경할 수 있다. 단, 본 계약서 제8조 및 제21조에 명시된 실비 정산금액은 해당 조항에 의거 부담한다. 제2조 ① 기본 용역계약부문 - 1차년도(2005. 4. 1. ~ 2005. 12. 31.): 원고는 소외 17 회사에게 본 계약서 제3조에 명시된 정액 용역금액을 지급한다. - 2차년도 이후(2006. 1. 1. ~): 원고는 소외 17 회사에게 인당 생산성을 고려하여 제2항에 의한 공과잡비· 기업이윤을 보장한다. ② 공과잡비·기업이윤 2차년도(2006. 1. 1.이후)부터 원고가 소외 17 회사에게 지급하는 공과잡비·기업이윤의 지급기준은 별도로 합의하기로 한다. 
 ○ 2008. 6. 30.자 터미널관리운영도급계약 제3조(도급금액) 월간 2,520,000,000원(부가가치세 별도) 특약사항 제2조(계약금 정산방식) 원고는 소외 17 회사가 본 계약서 및 특약조항을 성실히 임하는 것을 조건으로 매년 12. 31.을 기준으로 본 계약서 제3조의 도급금액을 상호협의하여 실비정산하기로 한다. 
 (다) 소외 17 회사는 2008. 4. 16. 원고에게 아래와 같이 공문을 발송하였다.
 터미널관리운영도급계약과 관련하여 2005년 이후로 용역비가 동결되어 왔고, 원고의 리무진사업 매각과 관련하여 자신이 지급한 승무원 퇴직금 및 위로금 등으로 인한 누적 결손이 상당히 발생하여 자신의 자본금이 잠식되어 운영상 상당한 애로가 발생하고 있는바 이의 보전을 요청한다. 
 (라) 원고의 2008. 6. 24.자 ‘결손금 보전계획서’에 아래와 같이 기재되어 있다. 
 터미널관리운영도급계약과 관련하여 용역비 책정을 위한 연간 예산금액에 별도로 원고의 리무진사업 매각과 관련하여 소외 17 회사에 의하여 지급된 승무원 퇴직금 및 위로금 등이 포함된 소외 17 회사의 2008. 1.말 기준 결손금에 대한 보전액으로 2008년도에 6억 원을 가산하여 보전하여, 이후 2010년까지는 실비정산하여 보전한다. 사업연도200820092010 보전액6억 원실비정산실비정산 
 (마) 원고는 2008. 6. 30. 소외 17 회사로부터 "품목: 2008년도 매표대행용역비 소급분, 공급가액: 599,550,000원, 부가가치세액: 59,955,000원"으로 기재된 세금계산서를 교부받았다. 
 (바) 소외 17 회사의 수입금액 및 순이익 현황은 아래 〈표10〉 기재와 같다.
 〈표10〉 소외 17 회사의 재무현황 사업연도20042005200620072008 매출액합계4,2464,1773,5123,5092,531 매표대행1,7011,9251,9211,9212,523 리무진대행2,5452,2521,5911,5888 순이익-***-****-****0 잉여금 누계-104-72-230-615-545 
 (사) 원고는 2012. 7. 31. 소외 23 회사와 아래와 같이 ‘센트럴시티 오/중수 처리시설 관리대행도급계약’을 체결하였다.
 제5조(계약조건의 조정, 변경) ① 원고는 필요하다고 인정되어 도급업무 내용을 변경, 추가하거나 업무의 전부나 일부를 중지할 경우에는 변경계약서 등의 서면을 사전에 소외 23 회사에게 교부하여야 한다. ② 제1항에 따른 계약금액의 증감 및 계약체결 이후 물가변동 등의 이유로 본건 계약과 관련하여 추가비용이 소요되거나 감액되는 때에는 그 내용과 비율에 따라 상호협의하여 계약금액을 조정할 수 있다. ③ 제2항 중 물가변동 등의 이유로 계약금액이 조정되는 경우 해당사유 발생 기준일 이후의 본건 계약업무에 대해서만 적용하되, 물가변동기준일 이전에 이미 완료된 부분에 대하여는 적용하지 아니한다. 
 원고는 2012년경 상호불상의 회사(이하 ‘수탁회사’라 한다)와 아래와 같이 ‘미화관리도급계약’을 체결하였다.
 제7조(도급비의 변동 및 조정) 원고와 수탁회사는 다음 각호의 도급비의 변동 및 조정사유가 발생한 경우 상호합의하여 도급비를 조정할 수 있고, 변경 도급비는 익월 도급비에 변경일로부터 일괄정산하여 지급한다. ① 원고로부터 위탁받은 건물의 업무(관리면적) 및 제3조(관리대상 및 범위)의 증감요인이 발생한 경우 ② 예측불가능한 사항 및 경제변동에 의한 도급비의 현저한 증감요인이 발생한 경우 
[인정근거] 갑 제3 내지 15호증, 을 제3 내지 28호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 소외 2의 증언, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 (1) 세무조사의 위법성에 관하여
 (가) 중복조사 및 예외적 허용사유에 관하여
 1) 중복조사의 해당성
 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의3은 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하고 있는 점, 국세기본법 제81조의11은 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 경우[동 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의12는 ① 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모, 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우, ② 조세채권의 확보 등을 위하여 긴급히 조사할 필요가 있거나 혐의 내용이 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에만 한정되어 그와 관련된 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우, ③ 그 밖에 세무조사의 효율성, 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우로 한정하고 있다]를 제외하고는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 정하고 있는 점, 국세기본법 제81조의4 제2항은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 "① 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, ② 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, ③ 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, ④ 제65조 제1항 제3호에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우, ⑤ 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우"에만 재조사를 할 수 있다고 제한한 점 등을 고려할 때, 세무조사는 통합조사를 하여야 하고, 예외적으로 특정 세목만을 조사할 수 있으며, 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여는 법에서 정한 예외적 사유가 있어야만 재조사를 할 수 있다.
 나아가 특정 세목 중 일부 항목에 관하여 조사를 한 경우 나머지 항목에 관하여 재조사할 수 있는지에 관하여 보건대, 세무조사 과정에는 필연적으로 납세자에 대한 어느 정도의 권리침해가 수반되므로, 가급적 이를 제한할 필요가 있는 점, 국세기본법은 "통합조사를 원칙으로 하고, 특정 세목만을 조사하지 못한다"고 규정하고 있는데, 이는 조사로 인한 납세자의 권리침해를 방지하기 위한 규정인 점, 만일 같은 세목이라 하더라도 항목별로 아무런 제한 없이 재조사할 수 있다고 해석한다면, 재조사를 제한한 국세기본법 제81조의4 제2항을 무력화하는 효과가 발생하는 점, 국세기본법 제81조의4 제2항에 의한 사유가 있다면 재조사를 할 수 있으므로, 같은 세목 중 일부 항목에 대한 조사 후에도 재조사를 할 수 없다고 하더라도 조세포탈 등에 관하여 대처할 수 있는 점 등을 고려할 때, 같은 세목인 법인세 중 일부 항목에 관하여 조사를 한 경우에도 "국세기본법 제81조의4 제2항에서 정한 예외적 사유가 없는 한 재조사를 할 수 없다"고 해석함이 타당하다(조사사무처리규정 제12조 제3항도 국세기본법 제81조의4 제2항에 의하여 재조사를 할 경우 이미 실시한 조사부분을 제외하는 취지로 해석할 수 있으므로, 이러한 해석이 조사사무처리규정과 반하는 것도 아니다). 
 이 사건으로 돌아와 보건대, 위 인정사실에 의하면 1차조사에서 2003 사업연도 이후 주주명부, 이사회회의록, 주주총회결의서를 제출한 점, 원고가 제출한 ‘세무조사반 요청서류’에 임원 보수와 관련하여 2005 사업연도부터 2008 사업연도까지의 이사회의사록, 임원성과급규정을 제출한 것으로 기재되어 있는 점, 이에 부합하는 소외 2의 진술이 있는 점, 1차조사에서 2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세 항목이 적출된 점, 2차조사에서 2006 사업연도 부분조사 및 2007 사업연도 전부조사를 조사한 점 등을 고려할 때, 중복조사에 해당한다. 
 2) 예외적 허용사유의 해당성
 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에 의하면, ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’ 같은 세목 및 같은 과세기간에 관하여 재조사를 할 수 있는바, 단일한 원인행위로부터 파생하여 매년 발생하는 비용에 대한 세무조정은 ‘2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다. 
 이 사건으로 돌아와 보건대, 뒤에서 보는 바와 같이 소외 1의 성과상여금은 2005. 11. 8.자 이사회결의에 따라 급여지급기준 없이 소외 1의 지분율에 따라 지급된 점, 소외 1이 성과상여금을 지급받는 기간 동안 소외 1의 지분율에 변동이 없었던 점 등을 고려할 때, 소외 1의 성과상여금은 매년 동일한 원인으로 지급되었고, 이는 ‘2개 이상의 과세연도와 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다 
 (나) 조사범위확대통지에 관하여 
 피고는 2012. 2. 14. 원고에게 "2006 사업연도를 부분조사한다"는 조사범위확대통지를 하였고, 원고로부터 수령증을 교부받았으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
 (2) 성과상여금에 관하여
 (가) 주식회사의 자본은 자본금과 잉여금으로 구분되는데, 잉여금은 일정시점에서 자본금을 초과하는 자기자본 초과액을 의미한다. 잉여금은 (주식의 납입, 환급 자본 수정 등 자본거래로 발생하는) 자본잉여금과 (기업의 경상적인 영업활동, 고정자산의 처분, 그밖의 자산의 처분 및 기타 임시적인 손익거래에서 발생하는) 이익잉여금으로, 이익잉여금은 미처분이익잉여금(세금공제 후의 당기순이익에서 임의적립금·특별충당금을 차감하고 전기이월액을 가산한 금액)과 처분필이익잉여금(특정 및 일반목적을 위하여 미처분이익에서 유보된 금액으로 적립금이라고도 한다)으로 각 분류된다. 한편 이익처분이란 회사가 미처분이익잉여금에 임의적립금이입액(전기 이전에 적립하여 둔 미사용분으로서 다시 잉여금으로 돌려놓은 금액)을 가산한 금액을 주주총회의 결의에 의해 처분하는 것을 말한다. 이익처분항목에는 사외유출항목으로서 배당금·임원상여금 등이 있고, 사내유보항목으로서 이익준비금·임의적립금·차기이월이익잉여금 등이 있다. 
 따라서 이익처분은 잉여금 처분이고, 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항은 잉여금 처분을 손금에서 제외하고 있으므로, 동 시행령 제43조 제1항은 "이익처분에 의한 상여금을 손금불산입한다"고 규정하고 있다. 그런데 임원은 상여지급의 결정권을 갖고 있으므로, 이들에게 지급한 상여는 잉여금 처분으로서 본래적 의미의 상여인 경우가 많고, 잉여금 처분의 상여인지, 아니면 잉여금 처분이 아닌 상여인지를 구분하기 곤란하므로, 동 시행령 제43조 제2항은 정관·주주총회 또는 사원총회나 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 상여금에 한하여 손금으로 인정하고 있다. 따라서 잉여금 처분에 의하지 아니하고 급여지급기준 없이 지급된 상여라도, 실질이 잉여금 처분의 상여라면 손금불산입하는 것이 과세형평 및 실질과세의 원칙에 부합한다. 
 나아가 동 시행령(2006 사업연도 및 2007 사업연도 법인세는 2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 나머지 사업연도 법인세는 위 대통령령으로 개정된 것) 제43조 제3항은 과세관청으로 하여금 정당사유 또는 ‘동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급한 금액의 범위’만을 입증함으로써 손쉽게 손금불산입할 수 있도록 한 규정인 점, 제4항은 부당행위계산부인의 범위를 제외한다는 일반 규정을 그대로 확인하는 의미밖에 없는 점 등을 고려할 때, (지배주주 등인지, 상근, 비상근인지를 불문하고) 임원에게 잉여금 처분에 의하지 아니하고 급여지급기준 없이 지급된 상여라도 실질이 잉여금 처분의 상여라면 상여금 전부를 손금불입하여야 한다. 
 (나) 이 사건으로 돌아와 보건대, ① 급여지급기준: 주주총회 및 이사회는 임원보수한도만을 정한 점, 주주총회나 이사회에서 정한 임원보수한도액을 급여지급기준이라고 한다면 지배주주에 의한 이익처분을 허용하는 결과가 되어 법인세법 시행령 제43조 제1항의 규정을 무력화하게 되는 점, 이사회는 대표이사에게 상여금의 개별적·구체적인 지급기준이나 성과평가방법을 정함이 없이 지급을 위임한 점, 구체적인 지급사유나 성과평가에 관한 근거자료 없이 이사회결의로 지급액만 의결하거나 대표이사의 결정만으로 혹은 지급결정 없이 임의로 지급된 점 등을 고려할 때, 급여지급기준이 없는 경우에 해당하고, ② 소외 1의 공로: 소외 1이 경영에서 물러난 후 흑자법인으로 된 점, 소외 1의 경영성과를 뒷받침할 만한 자료가 없는 점 등을 고려할 때, 원고의 성장과 수익창출이 소외 1의 능력만으로 발생하였다고 단정할 수 없고, ③ 배분방식: 소외 1의 성과상여금, ☆☆교 관련 단체 기부금 및 광고선전비 한도를 대주주 지분율에 근거하여 함께 검토·책정하고, 이를 이사회결의로 확정하였으며, 그 지출내역을 연도별로 함께 관리한 점, 지분율과 성과상여금 지급비율의 일부 차이는 소외 1과 지배주주의 상호양해에 의하여 용인된 점 등을 고려할 때, 대주주간 이익배분을 도모하기 위하여 지분율에 따라 성과상여금을 지급하였다고 봄이 타당하고, ④ 지급의 특성: 당기순이익 발생연도에만 지급된 점, 당기순이익은 주주총회를 거쳐 이익잉여금으로 대체되는 항목인 점, 2010 사업연도까지 성과상여금 이외에 소외 1에게 배당이 이루어지지 않은 점, 원고의 성과상여금 중 90%는 소외 1에게 지급된 점 등을 고려할 때, 성과상여금은 잉여금 처분의 상여에 해당한다.
 따라서 성과상여금을 손금불산입하여 이루어진 법인세 부과처분은 적법하다.
 (3) 용역비에 관하여
 (가) 법인세법 제52조의 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 동 시행령(2006 사업연도 법인세는 2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 2007 사업연도 법인세는 2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 2008 사업연도 법인세는 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 2009 사업연도 및 2010 사업연도 법인세는 2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고, 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여, 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 참조).
 한편 부가가치세 제17조 제1항에 의하면, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액이고, 매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급이나 재화의 수입에 대한 세액이다. 따라서 재화 또는 용역의 공급이나 재화의 수입과 무관한 지출에 대한 세액은 매입세액에 해당하지 않으므로, 매입세액으로 공제하여서는 아니된다. 
 (나) 이 사건으로 돌아와 보건대, ① 계약내용: 소외 17 회사와의 계약상 용역비는 정액이고, 용역비 변경은 사전에 서면합의에 의하며, 용역비에 가산되는 기업이윤의 지급기준은 별도합의하도록 되어 있는 점, 용역비 변경에 관한 사전 서면합의나 용역비에 가산되는 기업이윤의 지급기준이 없는 점, "누적 결손금을 보전하여 달라"는 소외 17 회사의 요청을 받고 지급된 점 등을 고려할 때, 용역비 변경이 아니라 누적 결손금을 보전하여 준 것인데, 누적 결손금 보전은 계약상 의무가 아니고, ② 사회통념: 기업은 최대한 이윤창출을 위하여 통상 제3자와의 거래에서 매출가액을 최대한 높게, 원가를 최대한 낮게 책정하는 것이 일반적이므로, 거래상대방의 결손금 보전은 이례적이고, ③ 상관행: 원고가 제3자와 체결한 용역계약상 용역내용을 변경, 추가하거나 용역의 전부나 일부를 중지하는 등의 사유로 계약금액이 증감되거나, 물가변동 등의 불가항력적인 사유로 추가비용이 발생하는 경우 상호합의로 장래에 향하여 계약금액을 조정하거나 추가비용을 부담하도록 되어 있으므로, 용역제공과 무관하게 결손금 보전목적으로 자금지원한 행위는 상관행이라고 볼 수 없다.
 따라서 소외 17 회사의 용역비는 부당행위에 해당하므로, 손금불산입하거나 매입세액 불공제하여 이루어진 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분은 적법하다. 
 3. 결론 
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 문준필(재판장) 이승훈 손화정