법인세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2016.10.28 / 시행일:

【원 고】 주식회사 문화방송 (소송대리인 법무법인(유한) 화우 담당변호사 김용택 외 1인)
【피 고】 영등포세무서장 (소송대리인 법무법인 삼익 담당변호사 감병욱)
【변론종결】2016. 9. 30.
【주 문】
 1. 이 사건 소 중 2010 사업연도 법인세 565,370,744원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분을 각하한다. 
 2. 피고가 2013. 1. 2. 원고에 대하여 한,
 가. 2007 사업연도 법인세 387,255,390원의 부과처분 중 117,542,154원을 초과하는 부분을, 
 나. 2008 사업연도 법인세 415,495,440원의 부과처분 중 136,101,616원을 초과하는 부분을, 
 다. 2009 사업연도 법인세 556,025,580원의 부과처분 중 333,977,413원을 초과하는 부분을, 
 라. 2010 사업연도 법인세 565,370,744원의 부과처분 중 370,859,963원을 초과하는 부분을, 
 마. 2011 사업연도 법인세 745,999,589원의 부과처분 중 556,199,387원을 초과하는 부분을
 각 취소한다. 
 3. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 
 4. 소송 비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 

【청구취지】 피고가 2013. 1. 2. 원고에 대하여 한, 
 1. 2007 사업연도 법인세 387,255,390원의 부과처분 중 78,501,839원을 초과하는 부분을, 
 2. 2008 사업연도 법인세 415,495,440원의 부과처분 중 35,990,619원을 초과하는 부분을, 
 3. 2009 사업연도 법인세 556,025,580원의 부과처분 중 250,696,143원을 초과하는 부분을, 
 4. 2010 사업연도 법인세 621,416,781원의 부과처분을, 
 5. 2011 사업연도 법인세 745,999,589원의 부과처분 중 499,044,471원을 초과하는 부분을, 
 6. 2007년 제2기분 부가가치세 431,284,490원의 부과처분 중 35,780,745원을 초과하는 부분을, 
 7. 2008년 제1기분 부가가치세 453,997,540원의 부과처분을,
 8. 2009년 제1기분 부가가치세 587,790,380원의 부과처분(각 가산세 포함)을 
 모두 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 피고는 2013. 1. 2. 원고에게 〈표 1> 기재 ‘부과세액란’과 같은 내용의 법인세와 부가가치세를 부과하였다. 
〈표 1〉세목부과세액심판결정 후 잔존세액〈표 2〉 중 관련 쟁점법인세2007 사업연도387,255,390원387,255,390원2, 6쟁점2008 사업연도415,495,440원415,495,440원1, 2, 6쟁점2009 사업연도556,025,580원556,025,580원2, 3쟁점2010 사업연도1,521,748,190원565,370,744원1, 2쟁점2011 사업연도846,231,990원745,999,589원1, 2쟁점부가가치세2007년 제2기431,284,490원431,284,490원6쟁점2008년 제1기453,997,540원453,997,540원6쟁점2008년 제2기1,810,186,710원587,790,380원4, 5쟁점
 나. 원고는 2013. 3. 29. 조세심판원에 〈표 2〉와 같은 이유로 위 법인세 및 부가가치세 부과처분 중 일부를 취소해 달라는 내용의 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 8. 13. 〈표 2〉 중 IPTV 펀드 투자금 관련 쟁점 및 일산부지 개발사업 관련 쟁점에 관한 심판청구를 인용하고, 나머지 심판청구를 기각하는 결정을 하였다{이하 조세심판원 결정에 따라 감액되고 남은 법인세 및 부가가치세(〈표 1〉 기재 ‘심판결정 후 잔존세액란’ 금액)를 ‘이 사건 처분’이라 한다}. 
〈표 2〉구분비고원고가 수령한 국고보조금 관련 쟁점이하 ‘1쟁점’이라 한다주식회사 엠비씨아카데미에 대한 상호 사용료 관련 쟁점이하 ‘2쟁점’이라 한다스토리허브에 대한 채권의 임의포기 관련 쟁점이하 ‘3쟁점’이라 한다○○○○ 사업의 양도 관련 쟁점이하 ‘4쟁점’이라 한다SK건설로부터 수령한 30억 원 관련 쟁점이하 ‘5쟁점’이라 한다제이투픽쳐스, 이엠미디어 관련 쟁점이하 ‘6쟁점’이라 한다IPTV 펀드 투자금 관련 쟁점?일산부지 개발사업 관련 쟁점?
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재(가지 번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지
2. 이 사건 소 중 2010 사업연도 법인세 565,370,744원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부
 직권으로 살핀다. 
 이 사건 처분 중 조세심판원 결정 후 남아있는 2010 사업연도 법인세가 565,370,744원인 사실은 앞서 보았다. 이에 대하여 원고는 2010 사업연도 법인세 621,416,781원의 부과처분의 취소를 구하고 있으나, 2010 사업연도 법인세 565,370,744원을 초과하는 부분은 존재하지 않는 과세처분이므로 2010 사업연도 법인세 565,370,744원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 존재하지 않는 과세처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없거나 항고소송의 대상적격을 흠결하여 부적법하다(원고는 2010 사업연도 법인세에 추가로 손금 산입되어야 할 부분이 존재하므로 2010 사업연도 법인세 565,370,744원을 초과하는 부분의 취소를 구한다고 주장하나 이는 민사상 채무부존재 확인 청구 소송을 제기하거나 장래 과세관청의 처분 또는 환급결정에 따라 손금 산입이 인정되지 않았을 경우 이에 대한 경정청구를 통해 해결해야 할 것으로 보인다). 
3. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 1쟁점에 대한 판단
 1) 인정사실
 가) 원고는 2008년부터 2011년까지 한국방송통신전파진흥원으로부터 콘텐츠 제작지원금 명목으로 국고보조금 17억 2,000만 원(이하 ‘이 사건 보조금’이라 한다)을 수령하였고, ‘남극의 눈물’ 등 다큐멘터리 제작에 이 사건 보조금을 모두 지출하였다. 
 나) 피고는 원고가 국고보조금인 이 사건 보조금을 수령한 사업연도에 익금으로 산입하여야 함에도 불구하고, 이 사건 보조금을 익금에 산입하지 않은 사실을 발견하고, 원고가 이 사건 보조금을 수령한 각 사업연도에 해당 보조금을 익금 산입하여 2013. 1. 2. 원고에게 2008 내지 2011 사업연도 법인세 합계 494,307,050원을 경정·고지하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제23, 30 내지 33호증의 각 기재
 2) 원고의 주장
 이 사건 보조금을 익금산입하지 않은 것은 사실이나 이 사건 보조금에 대하여는 일시상각충당금의 손금산입이 허용되어 있고, 원고는 이 사건 보조금을 수령한 각 사업연도에 선수금 계정의 부채를 계상하는 방식으로 손금에 산입하였으므로 추가적인 신고조정(일시상각충당금)은 불필요하다. 
 3) 판단
 고정자산은 원래 감가상각에 의하여 손금화되는 것이 원칙이고 일시상각은 용인되지 않으나, 법인세법 제36조 제1항, 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제64조 제3항에서 일시상각충담금의 손금산입을 허용하는 취지는 국고보조금을 익금에 산입하여 일시에 과세하게 되면 그 보조금 중 일부를 세금으로 납부하게 되어 보조금 지급취지인 고정자산의 취득에 지장이 초래되므로 이를 방지함과 동시에 추후 당해 고정자산에 대한 감가상각비와 상계처리함으로써 과세를 이연시키는 효과를 달성하려는 데 있다고 할 것이고, 일시상각충당금을 손금으로 산입할 것인지 아니면 통상의 감각상각으로 처리할 것인지 여부는 전적으로 당해 법인의 선택에 달려 있다고 할 것인데, 법인세법은 이를 위한 절차적 규정으로 제36조 제5항에서 국고보조금 등으로 제공받은 자산의 가액을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입하기 위해서는 ‘국고보조금등과 국고보조금등으로 취득한 사업용자산의 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.’고 규정하고 있다. 
 살피건대, 법인세법이 일시상각특례를 규정한 입법취지 및 그 각 규정 내용을 종합하여 보면, 법인세법 제36조 제1항, 제5항에 의한 일시상각충당의 혜택을 받기 위해서는 위 각 규정에서 정한 바에 따라 국고보조금을 교부받은 당해 사업연도에 이를 익금에 산입하고 일시상각충당금을 손금으로 계상하여 법인세 신고를 하여야 하고 이러한 절차상 의무를 이행하지 않는 때에는 일시상각을 할 수 없다고 봄이 상당하고, 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 보조금을 선수금 계정의 부채로 계상하였다고 하더라도 이를 일정한 서류의 제출을 요건으로 하는 일시상각특례규정의 요건을 충족한 경우와 동일시할 수 없으므로(이를 허용하게 되면 일시상각특례규정의 요건을 별도로 정해 놓은 취지가 몰각되는 셈이 된다), 원고가 앞서 본 바와 같이 국고보조금을 교부받은 당해 사업연도에 이를 익금에 산입하고 일시상각충당금으로 계상하여 법인세 신고를 하지 아니한 이상 일시상각충당금의 손금산입요건을 충족하지 못하였다고 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 나. 2쟁점에 대한 판단
 1) 인정사실
 가) 원고는 아래와 같은 상표의 상표권자이고, 원고의 자회사인 주식회사 엠비씨아카데미(이하 ‘엠비씨아카데미’라고 한다)는 아래와 같은 상표를 사용하고 있다.

 나) 엠비씨아카데미는 2002년부터 화장 전문 미용학원을 운영하는 주식회사 뷰티르샤(이하 ‘뷰티르샤’라고 한다)와 사이에 뷰티르샤가 ‘MBC 아카데미 뷰티스쿨’ 상호를 사용하는 대신 엠비씨아카데미는 그 대가로 뷰티르샤로부터 상호사용료를 지급받기로 하는 내용의 상호사용계약을 체결하였다. 이에 따라 뷰티르샤는 ‘MBC 아카데미 뷰티스쿨’이라는 상호로 미용학원을 운영하면서 엠비씨아카데미의 사옥을 무상으로 사용하였고, 2007년부터 2011년까지 엠비씨아카데미에 상표권 사용대가를 지급하여 왔다. 
 다) 피고는 엠비씨아카데미가 원고와 상표 등의 허여계약 등을 체결하거나 상표사용료에 대한 대가를 전혀 지급하지 않은 채, ‘MBC’ 및 ‘MBC아카데미’라는 상호를 무상으로 이용하면서 문화, 방송교육 등의 사업을 영위하고 있다는 이유로 브랜드사업과 관련하여 원고가 제3자와 거래한 가격을 시가로 보고, (i) 엠비씨아카데미가 2007년부터 2011년까지 뷰티르샤로부터 수취한 상호사용료의 60%에 해당하는 1,452,490,145원, (ii) 같은 기간 엠비씨아카데미의 매출액 중 문화 사업 및 방송교육 사업 매출액의 3%에 해당하는 2,089,508,344원을 부당행위계산 부인하여 익금에 산입하여, 2013. 1. 2. 원고에게 2007 내지 2011 사업연도 법인세 합계 1,156,853,762원을 경정· 고지하였다.
 라) 한편, 엠비씨아카데미는 방송교육사업 및 문화사업 등을 영위할 목적으로 1985. 8. 1. 설립되었는바, 방송아카데미와 MBC문화센터 등을 통하여 매년 20만 명 이상의 수강생을 배출하였고, 다문화 가정 여성들을 위한 네일아트 무료 봉사활동, 공무원들의 스피치역량 강화를 위한 아나운서 교육, 노인요양원에 계시는 어르신들에 대한 발 마사지 등 각종 재능기부를 통한 봉사활동을 하여 왔다. 
 마) 원고는 엠비씨아카데미 외에 부산MBC, 목포MBC, 대구MBC 등의 18개 지역계열사 및 MBC드라마넷, MBC미디어플러스 등의 14개 자회사로부터 상표의 사용대가를 지급받지 않았다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증의 기재, 변론 전체의 취지
 2) 원고의 주장
라는 상표는 엠비씨아카데미가 자체 고안한 상표이므로 위 상표의 상표권자는 원고가 아닌 점, 엠비씨아카데미는 방송아카데미 및 문화센터 등을 운영하여 ‘MBC’ 상표의 가치 상승에 기여하고 있는 점, 원고는 ‘MBC’ 상표를 사용하는 18개의 지역계열사 및 14개 자회사로부터 아무런 상표사용대가를 지급받고 있지 않는 점, 피고가 산정한 시가산정 기준은 전혀 합리성이 없는 점에서 이 사건 처분은 위법하다. 
 3) 판단
 살피건대 위 인정사실에 비추어 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하면 원고가 엠비씨아카데미로부터 상표사용료를 지급받지 않은 것이 법인세법상 부당행위에 해당하지 않거나 시가산정 방법이 잘못되었다고 볼 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 
 ① 상표권이란 상표권자의 독점적ㆍ배타적 권리로서 그 상표에는 상표권자가 상당한 자본과 노력, 시간을 투여하여 형성해 온 신용이 화체되어 있어 우리 법제도 상표법과 부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률 등을 통해 널리 알려진 재산적 가치가 있는 상표권을 보호하고 있는데, 중 부분은 원고가 보유하고 있는 상표에 해당하고 는 원고가 상표로 보유하고 있는 와 유사상표에 해당하는 점을 고려하면 원고가 엠 비씨아카데미에 상표사용료를 청구할 수 있을 것으로 보인다. 
 ② 그러나, 엠비씨아카데미의 공익적인 대외 활동으로 인하여 원고의 기업 이미지가 쇄신되고, 원고의 상표 가치가 상승되었다고 보이므로 원고가 엠비씨아카데미로부터 상표사용료를 청구하지 아니한 데에는 경제적 합리성이 인정된다. 
 ③ 원고가 영리활동을 하고 있는 ‘MBC’ 상표를 사용하는 18개의 지역계열사 및 14개 자회사들에게 상표사용료를 청구하고 있지 않은 상황에서 특별히 엠비씨아카데미에게만 상표사용료를 청구하여야 할 사정이 있다고 보이지 아니한다. 
 ④ 피고는 원고가 희원과 체결한 에이전트 계약상 ‘느낌표’ 및 ‘대장금’에 대한 상품화 사업과 관련하여 브랜드 총 수입금의 60%를 배분 받기로 하였음을 이유로 원고와 엠비씨아카데미 사이에서도 엠비씨아카데미가 뷰티르샤로부터 받은 수익금의 60%를 원고의 익금으로 산입하였고, 희원이 줄넘기나라와 ‘느낌표’ 브랜드 사용계약을 체결하고 출고가의 3%에 해당하는 로열티를 수취하기로 하였음을 이유로 위 사용료율 3%를 그대로 원고와 엠비씨아카데미 사이의 상표 사용료율로 보았다. 그런데, ‘느낌표’ 및 ‘대장금’이라는 특정 방송프로그램의 브랜드 가치와 ‘MBC’라는 특정 기업의 브랜드 가치를 같이 평가하기는 어려운 점, 원고와 희원은 공동사업을 운영하면서 그 수입을 6:4로 배분하기로 약정한 반면 원고와 엠비씨아카데미는 공동사업을 운영하였다고 보기 어려운 점, 위 사례 외에 피고의 시가산정 방법이 타당하다고 인정할 만한 자료를 찾기 어려운 점 등을 고려하면 피고의 시가산정 방법은 위법하다고 보인다. 
 다. 3쟁점에 대한 판단
 1) 인정사실
 가) 원고는 주식회사 해피테일(이하 ‘해피테일’이라 한다)과 3 : 7의 비율로 총 10억 원을 공동투자하여 16부작 미니시리즈 ‘스포트라이트’를 제작하고, 제작수익을 7(원고) : 3(해피테일)의 비율로 배분하기로 합의하였다. 원고는 2007. 12. 21. 스토리허브해피테일문화산업전문 유한회사(이하 ‘스토리허브’라 한다)의 설립준비금 명목으로 2억 9,900만 원을 지급하였고, 해피테일은 스토리허브에 7억 100만 원을 투자하여, 스토리허브는 2008. 2. 29. 설립되었다. 
 나) 원고와 해피테일 사이의 약정(갑 제5호증)에 따르면 해피테일은 투자한 금원 중 자본금 7,010만 원은 스토리허브가 청산된 후에 회수하기로 한 반면, 나머지 6억 3,000만 원은 스토리허브가 방송사로부터 지급받는 표준제작비 및 협찬수익이 발생하는 순간부터 선회수하기로 하였고, 원고는 해피테일의 투자원금을 보장하기로 하였다. 원고와 스토리허브 사이에 체결된 투자계약(갑 제6호증)에 따르면 원고가 스토리허브에 지급한 금원 중 자본금을 제외한 2억 6,910만 원에 대하여, 해피테일이 스토리허브로부터 6억 3,000만 원을 상환받는 조건과 동일한 조건으로 위 금원을 상환받기로 약정하였다. 
 다) 스토리허브는 2008년 결산 제작 손익 정산 결과 5억 3,754만 원의 손실이 발생하였고, 2009. 10. 31. 적자 청산하였다. 해피테일은 스토리허브가 적자 청산하기 전인 2008. 6. 선급금 6억 3,000만 원을 전액 상환 받은 반면, 원고는 선급금 2억 6,910만 원을 회수하지 못하고 2009 사업연도에 전액 대손금으로 손금 산입하였다. 이에 피고는 원고가 선급금 2억 6,910만 원의 채권을 회수할 수 있었음에도 불구하고 이를 임의로 포기한 것으로 보아 위 대손금을 부인하고 손금불산입하여 2013. 1. 2. 원고에게 2009 사업연도 법인세 83,024,880원을 과세하였다.
 라) 원고는 2008.경 스토리허브에 외주제작비 35억 5,800만 원을 지급할 채무를 부담하는 한편 스토리허브에게 TV 협찬금의 매출 5억 9,700만원을 청구할 수 있는 채권 및 스토리허브에게 지급한 2억 6,910만 원의 선급금을 상환 받을 채권을 보유하고 있었는데, 2008. 5. 2.부터 2008. 8. 18.까지 스토리허브에 위 외주제작비 채무액인 35억 5,800만 원에서 위 협찬금 매출금액 5억 9,700만 원만을 상계한 29억 6,100만 원을 지급하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 7호증, 을 제10호증의 각 기재
 2) 원고의 주장
 가) 원고가 스토리허브로부터 투자원금을 회수하지 못한 것은 해피테일에 대한 투자원금보장 약정에 따른 것으로 채권을 임의포기한 것이 아니므로 원고의 스토리허브에 대한 투자원금 반환채권은 대손금으로서 손금 산입 대상에 해당한다.
 나) 설령 원고의 스토리허브에 대한 투자원금 반환채권이 대손부인된다고 하더라도 그 범위는 원고와 해피테일의 수익배분 약정에 비추어 볼 때 30%를 넘을 수 없다. 
 3) 판단
 가) 첫 번째 주장에 대한 판단
 살피건대, 위 인정사실에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고는 해피테일이 스토리허브로부터 선급금을 모두 상환받은 2008. 6. 이후에도 스토리허브에 지급하여야 할 채무가 존재하였으므로 원고가 선급금반환채권을 상환받으려는 의사가 있었다면 충분히 상계 처리가 가능하였던 점, ② 원고가 해피테일과 한 원금보장약정과 원고의 스토리허브에 대한 선급금반환채권의 행사 여부는 아무런 관련이 없는 점, ③ 드라마의 방송이 종료된다고 하더라도 해외 판권 수익, 부가가치세 환급금 발생 등을 고려하면 스토리허브의 부도가 확정적이었다고 볼 수도 없는 점 등을 종합하면 원고가 스토리허브로부터 2억 6,910만 원을 회수하지 못한 것은 채권을 임의포기한 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 나) 두 번째 주장에 대한 판단
 살피건대, 원고와 해피테일 사이에 수익 외에 손실에 대해서도 7 : 3의 비율로 부담하기로 하는 약정이 있었다고 볼 만한 증거가 없고, 위와 같은 수익배분 약정은 스토리허브의 잔존 수익을 대상으로 하는 것이지 원고가 스토리허브에 대하여 보유하고 있는 채권을 대상으로 하는 것이 아니므로 수익배분 약정과 원고의 투자원금 반환채권 상당의 손실액 사이에 아무런 관련이 없는 점 등을 종합하면 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다. 
 라. 4쟁점에 대한 판단
 1) 인정사실
 가) 원고는 2007. 9. 6. 멕시코에 소재한 어린이 직업체험 테마파크인 ‘○○○○’의 멕시코 본사(○○○○ S.A. DE C.V 및 ○○○○ 멕시코. S.A. DE C.V.)로부터 국내 라이센스를 취득한 후 계약금, 부지 수수료, 디자인 수수료 명목으로 5억 4,900만 원을 순차적으로 지급하였고, 2008. 4. 23. 주식회사 호텔롯데와 사업부지에 관한 임대차계약을 체결하였다. 
 나) 이후 원고는 ○○○○ 법인 설립준비팀을 운영하여 2008. 9. 25. 주식회사 엠비씨플레이비(이하 ‘엠비씨플레이비’라 한다)를 설립하였고, 같은 달 30. 엠비씨플레이비에게 주식회사 호텔롯데와 체결한 임대차계약의 임차인 지위를 승계해 주었으며, 2009. 3. 12.경 엠비씨플레이비에게 원고의 ○○○○ 라이센스를 양도하였고, 엠비씨플레이비로부터 그 대가로 5억 4,900만 원을 지급받았다. 한편, ○○○○ 법인 설립준비팀 총 6명 중 소외 1, 소외 2, 소외 3은 원고에서 엠비씨플레이비로 근무처가 변경된 반면, 소외 4는 원고에서 한국커넥션 주식회사로, 이후 엠비씨플레이비로 근무처가 변경되었다. 
 다) 이에 피고는 원고가 취득한 국내 라이센스를 엠비씨플레이비에 양도한 것에 대하여 재산적 가치가 있는 재화의 양도가 있는 것으로 보아 2013. 1. 2. 원고에게 2009년 제1기 부가가치세 395,503,740원을 경정·고지하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제8 내지 15, 25호증, 을 제2호증의 각 기재
 2) 원고의 주장
 원고는 ○○○○ 관련 사업을 스스로 영위할 의도 없이 사업의 포괄적 양도를 염두에 두고 자회사를 설립하기 이전에 라이센스를 대신 취득한 것에 불과한 점, 자회사인 엠비씨플레이비가 설립되자 ○○○○ 시설물 부지에 대한 임대차계약상 임차인으로서의 지위 및 라이센스에 관한 권리와 의무를 엠비씨플레이비에게 포괄적으로 승계시킨 점, ○○○○ 사업 관련 업무를 담당하던 직원들도 모두 엠비씨플레이비에 승계시킨 점에 비추어볼 때, 원고가 ○○○○ 라이센스 지위를 양도한 것은 포괄적인 사업권의 양도로서 부가가치세 과세대상이 아니다.
 3) 판단
부가가치세법 제10조 제8항 제2호 및 그 시행령 제23조 소정의 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적·인적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 뜻한다고 할 것이므로, 그 사업은 인적·물적시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이어야 한다(대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결 참조). 
 살피건대, 위 인정사실에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 부가가치세가 부과되지 않는 사업의 양도라고 보기 위해서는 그 사업이 인적·물적시설의 유기적 결합체로서 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있어야 하는바, 이 사건에서 원고가 엠비씨플레이비에게 양도한 것은 라이센스계약의 라이센시 지위, 사업부지 임대차계약의 임차인 지위에 불과하여 위와 같은 법률상 권리만으로는 독립적인 사업이라고 볼 수 없는 점, ② 원고로부터 고용이 승계된 ○○○○ 법인 설립팀 인원은 6명 중 3명(소외 4는 근무처가 원고 → 한국커넥션 주식회사 → 엠비씨플레이비로 변경되었으므로 고용이 승계되었다고 볼 수 없다)에 불과하고, 위 인원들은 법인 설립을 준비하기 위한 인원으로 ○○○○ 사업을 실제로 운영하기 위한 인력이라고 보기도 어려운 점 등을 종합하면 원고는 엠비씨플레이비에게 사업을 양도한 것으로 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 마. 5쟁점에 대한 판단
 1) 인정사실
 가) 원고는 2004. 3. 19. 에스케이건설 주식회사(이하 ‘SK건설’이라 한다), 주식회사 한국토지신탁(이하 ‘한국토지신탁’이라 한다) 사이에 아래와 같은 내용의 개발사업약정(이하 ‘이 사건 개발사업약정’이라 한다, 을 제3호증)을 체결하였다. 
원고(이하 ‘갑’), SK건설(이하 ‘을’) 및 한국토지신탁(이하 ‘병’)은 MBC일산부지개발사업(이하 ‘본건 사업’이라 한다)과 관련하여 상호 동등한 입장에서 다음과 같이 약정(이하 ‘본 약정’이라 한다)하고 신의와 성실로써 계약상의 의무를 이행할 것을 확약한다.제1-1조(본건 사업의 개요)② 본 약정의 위탁자 겸 수익자는 갑이나, 본건 사업과 관련된 제반 수익 중 제6-2조의 규정을 제외하고는 모두 을에게 귀속되고, 그 대가로 을은 제작센터의 책임준공 및 양도책임을 지며, 수익시설과 관련한 제반 책임부담의 주체가 된다.제1-4조(업무 범위와 역할)② 갑의 업무범위와 역할 1. 사업부지의 소유권 확보, 제3자의 권리 및 제3자에 대한 채무 말소 2. 사업부지의 신탁등기절차의 이행 3. 을과 병이 체결할 제작센터 공사도급계약 내용의 승인 4. 본건 사업 추진과 관련된 제반 건축 인·허가의 지원③ 을의 업무범위와 역할 1. 건축계획에 따른 대관청 건축 인·허가업무의 진행 3. 공사도급계약서 상의 공사기간 내 사업건물의 책임준공 및 건축물의 사용승인 후 하자보수책임 5. 제작센터의 준공 및 갑에 대한 인도 6. 수익시설의 분양업무의 대행④ 병의 업무범위와 역할 3. 수탁자로서 신탁사무의 처리 및 신탁재산의 관리제5-1조(분양방법 및 가격의 결정)① 병은 을과 수익시설에 대한 분양용역계약을 체결하기로 한다.② 수익시설의 분양은 병 명의로 수분양자와 분양계약을 체결하기로 하고 분양계약의 법률적 효과는 병에게 귀속된다.③ 수익시설의 분양가격과 일정 등은 갑 및 병과 사전 협의를 거쳐 을이 결정하기로 한다.제6-1조(수익의 정산)② 본건 사업 결과 완공된 제작센터 및 수익시설은 병이 병의 명의로 소유권보존등기 및 신탁등기를 이행한 이후에 갑 및 분양계약자 명의로 이전하기로 한다.제6-2조(수익의 교부)① 갑의 신탁계약에 따른 수익은 제작센터 등으로 교부하기로 하고, 그 구체적인 방법 및 절차는 본 약정의 취지에 따라 신탁계약, 공사도급계약 등에서 정하는 바에 따른다.② 을은 갑에 대하여 제1항의 제작센터의 준공 및 소유권 확보를 보증하기로 한다. 다만, 제작센터 이외의 본건 사업의 수지계산 결과 손실이 발생하는 경우에는 을이 그 손실을 부담하고, 수익이 발생하는 경우에는 그 수익을 을이 제공하는 용역의 대가로 충당하기로 한다.③ 제1항과 제2항의 규정에도 불구하고 사업정산시 신탁수익이 4,000억 원을 초과할 경우 4,230억 원까지는 4,000억 원을 초과하는 금액의 15%, 4,230억 원 이상은 4,230억 원을 초과하는 금액의 30%를 갑이 신탁계약에 따른 수익으로 다음과 같이 교부받기로 한다. 4. 상업시설 일괄매각에 따라 발생하는 초과금액 98억 원(매각 1,386억 - 당초 목표액 1,288억)에 대하여는 상기사항과 별도로 50억 원을 을이 갑에게 수익으로 교부하기로 한다(변경: 2007. 2. 15).
 나) SK건설은 2006. 8.경 상업시설에 대한 3차 분양계획을 추진하였고, 2006. 12. 11. 원고에게 아래와 같은 상업시설 일괄매각 계약 체결 건(갑 제16호증)을 통보했다. 
Ⅰ. 사업개요Ⅱ. 일괄매각 진행경과Ⅲ. 일괄매각의 타당성Ⅳ. 재분양가 및 SK 입장 ■ 재분양가 ■ 추가수익 배분 관련 각사 입장 ■ SK 결론 1) 분양방식: 현재까지 3사 합의하에 진행한 일괄매각 추진 2) 재분양가: 매각금액 86억 증액 및 시장환경 변화에 따라 2,380억으로 상향 조정Ⅴ. 제안 및 요청사항 ·제안내용?·매각대상 면적에서 일정부분 원고에 제공 - 2층 분양면적 약 300평을 MBC 문화센터 및 방송관련시설 등으로 활용 → 상업시설 일정부분 원고에 무상 제공, 상징성 및 상가활성화 기대 ∴ 원고 수익효과 약 30억 - 수익 확보효과(2층 분양가 평당 1,000만 원 기준)· 매출액 증액에 따른 추가수익 배분비율 조정 - 사정약정상 상업시설에 대한 수익배분 비율 30% → 50%로 상향 조정매출액증액원고 수익배분 조정당초일괄매각30%50%1,288억1,388억98억29억50억→ 최종 수익 효과 약 80억 ·요청사항 일괄매각 완료 후, 공사미수금 및 선급금으로 매각금액 당사에 지급(약 1,300억) 현재 진행중인 일괄매각이 원고와 원만히 해결되기를 바랍니다.
 다) 원고의 동의 절차를 거쳐 한국토지신탁은 2006. 12. 28. 민주산업개발 주식회사(이하 ‘민주산업개발’이라 한다)에 상업시설 3차 분양분을 일괄적으로 매각하는 내용의 계약을 체결하였는바, SK건설은 2007. 10. 10. 원고에게 상업시설 일괄매각 계약 체결 건의 내용에 따라 상업시설 2층 약 300평을 제공하기로 하였으나 대신 현금 30억 원을 지급하겠다는 내용을 통보하였다. 
 라) 원고는 매출액 증액에 따라 SK건설로부터 지급받은 50억 원에 대하여는 부가가치세 신고를 하였으나, 위 30억 원에 대하여는 보상금에 해당한다는 이유로 부가가치세 신고를 하지 않았다. 
 마) 피고는 원고가 SK건설로부터 수취한 위 30억 원은 수익시설 분양대금에 부수하여 추가로 지급받은 금전에 해당한다고 보아 2013. 1. 2. 원고에게 2009년 제1기 부가가치세 502,680,000원을 경정· 고지하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제16, 17호증, 을 제3, 4호증의 각 기재
 2) 원고의 주장
 SK건설로부터 수취한 30억 원은 ① 당초 원고가 일괄매각 방안을 수용해 준 것에 대한 보상으로 무상제공 받기로 하였던 상가 중 300평을 대신하여 지급 받은 것일 뿐 ‘재화 제공에 대한 대가(상가매매대금)’가 아니고, ② 원고가 상가매수인인 민주산업개발이 아니라 건물신축분양의 수급인인 SK건설로부터 지급받았다는 점에서 ‘거래 상대방’으로부터 받은 대가가 아니므로, 매매대금과 별도로 지급받은 보상금으로서 부가가치세 과세대상이 아니다.
 3) 판단
 살피건대, 위 인정사실에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 개발사업약정에 따라 수익을 모두 귀속받기로 한 SK건설이 2006. 12. 11. 원고에게 보낸 상업시설 일괄매각 계약 체결 건의 서면에서 일괄매각 동의 조건으로 원고에게 50억 원과 상업시설 2층 약 300평을 주기로 한 점, ② 2004. 3. 19. 체결된 이 사건 개발사업약정은 2007. 2. 15. 변경되어 제6-2조 제3항 제4호가 추가되었는바, 위 규정은 원고가 SK건설로부터 지급받는 50억 원이 일괄매각 조건에 따라 지급받는 수익이라고 정하고 있는 점, ③ 위와 같이 원고가 SK건설로부터 매출액 증액에 따라 지급받은 50억 원과 상업시설 2층 약 300평 대신 지급받은 현금 30억 원은 상업시설 일괄매각 조건에 따라 원고가 받은 것으로 두 금원이 성격을 달리한다고 볼 수 없는 점 등을 종합하면 원고가 지급받은 30억 원은 상가시설 분양과 직접적으로 관련된 대가로서 부가가치세 과세 대상에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 
 바. 6쟁점에 대한 판단
 1) 인정사실
 가) 주식회사 엠비씨프로덕션(2011. 8. 17. 주식회사 엠비씨씨앤아이로 상호 변경, 이하 ‘엠비씨프로덕션’이라 한다)은 1991. 1. 10. 설립되어 방송프로그램 제작 및 판매사업 등을 영위하는 회사로서 원고가 지분 100%를 소유하고 있다. 주식회사 제이투픽쳐스(이하 ‘제이투픽쳐스’라고 한다)는 2003. 2. 12. 설립되어 영상물제작업을 영위하던 회사로 2008. 3. 18. 폐업하였고, 주식회사 이엠미디어(이하 ‘이엠미디어’라고 한다)는 2003. 11. 12. 설립되어 방송프로그램 제작업을 영위하는 외주제작사이다. 
 나) 원고는 2007. 11. 27. 제이투픽쳐스와 MBC 아침 드라마로 방송할 “그래도 좋아”(이하 ‘이 사건 드라마’라 한다)를 제이투픽쳐스가 제작하여 원고에게 납품하는 것을 내용으로 하는 아래와 같은 프로그램 제작계약을 체결하였다. 
영상저작물 외주계약서원고(이하 ‘갑’)와 제이투픽쳐스(이하 ‘을’)는 방송 프로그램의 제작 및 납품과 관련하여 다음과 같이 계약을 체결한다.제작비 금액 회당금액: 40분 29,089,000원?특약사항2. 프로그램 판매수입 배분에 관한 사항 갑은 한국과 북한 미국을 제외한 세계 모든 지역의 방송권(지상파, 위성, 케이블) 및 복제배포권 판매로 인한 콘텐츠 판매 입금액 중 20%(판매과정에서 발생하는 원천제세를 포함)를 대행수수료로 공제한 후, 잔액의 50%를 을에게 배분하되 을은 갑의 최종회 본방송 종료일부터 3년간 판매계약한 금액 중 입금액(미수금 제외)에 대하여만 판매수입을 배분받을 권리를 가진다.6. 협찬에 관한 사항 가. 협찬은 갑과 을이 공히 유치할 수 있되, 유치한 협찬금은 각자의 수입으로 한다.
 제이투픽쳐스는 2007. 11.경 엠비씨프로덕션에게 이 사건 드라마 제작을 재하청하는 아래와 같은 내용의 계약을 체결하였고, 이에 따라 엠비씨프로덕션은 방송용 영상을 제작하였다. 
제작계약서제1조(목적)이 약정은 갑이 을에게 이 사건 드라마를 제작하고 방송함에 있어 발생하는 사항을 상호 성실히 수행하기 위해 계약을 체결한다.제5조(계약금액 및 제작비 지급) 가. 갑은 을의 제작지원에 대한 대가로 갑이 원고에서 지급받는 총제작비(편당 29,089,000원/부가가치세 별도)를 을에게 지급하기로 한다. 다. 갑은 본 프로그램의 제작비(출연료, 미술비, 진행비 등) 정산으로 인한 손익과는 무관하며 본 프로그램 제작으로 원고로부터 수령하는 총제작비의 초과분에 대하여 을이 책임진다. 갑: 제이투픽쳐스 을: 엠비씨프로덕션
 이후 제이투픽쳐스의 대표이사가 2007. 12. 13. 사망하였고, 제이투픽쳐스의 채권자들이 제이투픽쳐스가 원고로부터 지급받게 될 제작비 채권을 압류하는 등의 사정이 발생하여 제이투픽쳐스의 엠비씨프로덕션에 대한 제작비 지급에 차질을 빚게 되자, 원고는 2007. 12. 28. 제이투픽쳐스와의 프로그램 제작 계약을 해지하고, 2008. 1. 경 이엠미디어와 다시 프로그램 제작계약(계약 내용은 원고와 제이투픽쳐스 사이에 체결된 프로그램 제작계약과 동일함)을 체결하였으며, 이엠미디어는 2008. 2. 29. 엠비씨프로덕션과 아래와 같은 내용의 드라마제작 위탁계약을 체결하였다.
프로그램 제작용역 업무 위탁 계약서제1조(계약의 목적)본 계약의 목적은 갑이 제작하는 이 사건 드라마 제작과 관련, 갑이 을에게 제작용역 업무를 위탁하고 을은 수탁업무를 자신의 권한과 책임하에 수행하여 양질의 프로그램 제작에 상호 협력함을 목적으로 한다.제5조(제작용역업무의 보수 지급)① 갑은 을에게 제작용역의 보수로 프로그램 1회당 832만 원(부가세 별도)을 갑의 총제작비에서 지급한다.제7조(제작용역업무 중 발생한 비용의 지급)을의 제작용역업무 수행 중 제2조 제2항에 의거 을이 제작비라고 인정하는 부분이 발생시 을은 갑에게 청구하고 갑은 그 비용을 7일 이내로 총제작비에서 을 또는 제작과 관계된 업체 또는 인력에게 지급한다.제8조(실비정산 부분)① 을은 HD 촬영테이프를 제공하고 갑은 이에 대하여 프로그램 총제작비에서 실비 정산하도록 한다.② 을이 직접 집행한 제작비가 프로그램에 투여한 것이 확인되는 한 갑은 이를 인정하고 총제작비에서 을에게 지급한다.제9조(을의 총제작비 손실에 대한 책임 및 수익에 대한 인센티브)② 갑과 을이 합의한 총제작비의 최종 정산에서 순수익에 손실이 발생시, 이 손실에 대해서는 을은 전액에 대하여 책임진다.제10조(프로그램의 총매출 및 총제작비의 관리)③ 을이 인정하지 않는 한 갑은 임의로 제작비를 집행할 수 없다. 갑: 이엠미디어 을: 엠비씨프로덕션
 다) 원고는 2007. 10. 1.부터 2008. 4. 11.까지 제이투픽쳐스 및 이엠미디어에게 제작비로 합계 4,091,615,000원을 지급하고 매입세금계산서를 수취하여 2007년 제2기 및 2008년 제1기 부가가치세 신고 시 매출세액에서 위 매입세액을 공제하여 신고하였다.
 라) 한편, 원고는 실제 드라마 제작을 계열사인 엠비씨프로덕션에서 하였음에도 불구하고 방송법상 금지된 협찬 유치를 위해 제작능력이 없는 제이투픽쳐스와 이엠미디어를 내세워 드라마 외주제작계약을 체결하여 위법하게 협찬고지행위를 하였고 제작사를 제이투픽쳐스 또는 이엠미디어로 표시한 허위자료제출행위를 하였다는 이유로 과태료 30,000,000원의 결정을 받았고(서울남부지방법원 2009. 12. 29.자 2009과2889 결정), 이에 대하여 원고 및 검사가 항고하여 항고심 법원은 위 위반행위를 모두 인정한 후 협찬고지행위 1회당 각 250만 원, 허위자료제출행위 1회당 각 175만원의 과태료 결정을 하였으며(서울남부지방법원 2010. 7. 9.자 2010라12 결정), 다시 원고가 재항고를 하여 재항고심 법원은 방송사업자와 특수관계에 있는 자의 드라마 제작을 협찬하는 경우에도 협찬고지가 허용되는 것으로 방송법 시행령이 2011. 8. 19. 변경되었다는 이유로 협찬고지행위에 대한 부분을 파기하여 과태료에 처하지 아니하고, 나머지 재항고를 기각한다는 결정을 하였다(대법원 2012. 11. 21.자 2010마1221 결정). 
 마) 이에 피고는 원고가 제이투픽쳐스와 이엠미디어와 허위의 드라마 외주제작계약을 체결하고 제이투픽쳐스와 이엠미디어로부터 실물거래 없이 매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 2013. 1. 2. 원고에게 2007년 제2기, 2008년 제1기 부가가치세 합계 849,501,290원 및 2007, 2008사업연도 법인세 적격증빙불비가산세 합계 81,832,300원을 경정·고지하였다.
[인정근거] 갑 제18, 21, 26호증, 을 제5 내지 7, 11호증의 각 기재
 2) 원고의 주장
 제이투픽쳐스나 이엠미디어는 이 사건 드라마를 제작함에 있어 제작사로서의 실질적인 역할을 수행하였으므로 원고가 위 회사들로부터 수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. 
 3) 판단
 위 인정사실에 비추어 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면 제이투픽쳐스나 이엠미디어는 제작사로서의 실질적인 역할을 수행하였다고 볼 수 없다. 
 ① 제이투픽쳐스는 원고에게 받은 제작비를 그대로 엠비씨프로덕션에게 지급하기로 하였고, 손실 발생에 대하여 책임지지 않기로 하였는바, 이와 같은 약정에 의하면 제이투픽쳐스가 실제로 담당한 업무는 협찬 유치 외에는 전혀 없다. 
 ② 이엠미디어는 엠비씨프로덕션에 회당 832만 원 및 실비를 지급하기로 하였는바, 위 실비 지출은 엠비씨프로덕션의 동의 하에 이루어지도록 규정되어 있어 사실상 엠비씨프로덕션이 모든 제작을 담당한 것으로 보이고, 이엠미디어가 출연자 등에게 바로 출연료 등을 지급한 내역이 있다고 하더라도 이는 엠비씨프로덕션의 동의 하에 이루어진 것이므로 이러한 사정만으로 이엠미디어가 실제로 제작 등을 담당하였다고 볼 수 없다. 
 ③ 제이투픽쳐스와 이엠미디어는 사실상 원고 또는 엠비씨프로덕션에게 명의를 대여해 준 것으로 볼 수 있는바, 계약 내용에 따라 제이투픽쳐스와 이엠미디어가 지급받기로 한 해외 프로그램 판매 수입 및 각자의 수입으로 하기로 한 협찬금 등은 명의 대여에 따른 대가라고 보인다. 
 ④ 원고에 대한 과태료 사건에서 원고가 협찬 유치를 위해 제이투픽쳐스나 이엠미디어를 내세워 드라마 외주제작계약을 체결하였다는 점이 인정되었는바, 이와 달리 볼 만한 특별한 사정을 찾기 어렵다. 
 사. 관계 법령
 별지 기재와 같다. 
 아. 소결론
 따라서 원고가 다투고 있는 쟁점들 중 2쟁점은 이유 있고, 1, 3 내지 6쟁점은 이유 없는바, 2쟁점과 관련된 세액을 취소하여 이 사건 처분의 정당세액을 다시 계산하면 아래 표와 같다. 
세목부과세액심판결정 후 잔존세액정당세액법인세2007 사업연도387,255,390원387,255,390원117,542,154원2008 사업연도415,495,440원415,495,440원136,101,616원2009 사업연도556,025,580원556,025,580원333,977,413원2010 사업연도1,521,748,190원565,370,744원370,859,963원2011 사업연도846,231,990원745,999,589원556,199,387원부가가치세2007년 제2기431,284,490원431,284,490원431,284,490원2008년 제1기453,997,540원453,997,540원453,997,540원2008년 제2기1,810,186,710원587,790,380원587,790,380원
4. 결론
 그렇다면 이 사건 소 중 2010 사업연도 법인세 565,370,744원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 이 사건 처분 중 2007 사업연도 법인세 387,255,390원의 부과처분 중 117,542,154원을 초과하는 부분, 2008 사업연도 법인세 415,495,440원의 부과처분 중 136,101,616원을 초과하는 부분, 2009 사업연도 법인세 556,025,580원의 부과처분 중 333,977,413원을 초과하는 부분, 2010 사업연도 법인세 565,370,744원의 부과처분 중 370,859,963원을 초과하는 부분, 2011 사업연도 법인세 745,999,589원의 부과처분 중 556,199,387원을 초과하는 부분은 위법하므로 이를 각 취소하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 생략]

판사 김정숙(재판장) 남성우 김재현