시정명령등취소청구의소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2014.03.14 / 시행일:

【원 고】 주식회사 □□□ 외 2인 (소송대리인 변호사 임시규 외 1인)
【피 고】 공정거래위원회 (소송대리인 변호사 최재원)
【변론종결】2014. 2. 14.
【주 문】
 1. 피고가 2013. 2. 25.자 의결 제2013-039호로 한 [별지 1] 기재 제1 내지 4항 시정명령 중 제2, 3, 4항 시정명령, [별지 1] 기재 제5항 과징금 납부명령 중 원고 1 회사에 대하여 159,000,000원을 초과하는 부분, 원고 2 회사에 대하여 1,653,000,000원을 초과하는 부분, 원고 3 회사에 대한 부분을 각 취소한다.
 2. 원고 1 회사, 원고 2 회사의 나머지 청구를 기각한다.
 3. 소송비용 중 원고 1 회사와 피고 사이에 생긴 부분은 이를 10분하여 그 1은 원고 1 회사가 나머지는 피고가, 원고 2 회사와 피고 사이에 생긴 부분은 이를 10분하여 그 9는 원고 2 회사가 나머지는 피고가, 원고 3 회사와 피고 사이에 생긴 부분은 피고가 각 부담한다.

【청구취지】피고가 2013. 2. 25.자 의결 제2013-039호로 한 [별지 1] 기재 시정명령 및 과징금 납부명령을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 현황
 1) 지원주체 현황
 ① 원고 1 회사는 2011. 4. 30.까지 ◇◇◇ 매장(대형할인점), ☆☆☆ 매장(SSM)을 운영하였고, 2012. 4. 1. 현재 7개 □□□백화점을 운영하고 있다.
 ② 원고 2 회사는 2011. 5. 1. 원고 1 회사로부터 기업 분할되어 ◇◇◇ 매장, ☆☆☆ 매장을 운영하게 되었는데, ☆☆☆ 매장은 2012. 2. 29.까지 운영하였고, ◇◇◇ 매장은 2012. 4. 1. 현재 135개 매장에 이르고 있다.
 ③ 원고 3 회사는 2012. 3. 1. 원고 2 회사로부터 ☆☆☆ 매장 사업부문을 양수한 후 2012. 4. 1. 현재 72개 매장을 운영하고 있다.
 ④ 원고들(이하 ‘주식회사’는 생략한다)은 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘법’이라 한다) 제2조 제1호의 사업자로서, 원고들이 소속된 ‘□□□ 기업집단’은 2012. 4. 1. 피고에 의하여 상호출자제한 기업집단으로 지정되었다.
 2) 지원객체 현황
 ① 소외 11 회사는 1967. 8. 8. 설립되어 1997. 4. 16. ‘□□□ 기업집단’에 계열 편입되었고 관광호텔업을 영위하고 있다. 2012. 4. 현재 소외 11 회사의 주요 주주현황은 다음과 같다.
 〈주요 주주 지분현황〉 주주명소유주식수지분율 원고 2 회사15,306,23498.78% 소외 1168,8141.09% 
 ② 주식회사 ▽▽▽는 2005. 1. 5. 설립되어 2005. 2. 1. ‘□□□ 기업집단’에 계열편입되었고, 2010. 5. 1. 소외 11 회사가 운영하던 ‘◎◎◎’ 사업부문을 양수한 후 2012. 1. 4. 상호를 주식회사 ◁◁◁(이하 ‘소외 12 회사’라 한다)으로 변경하였다. 소외 12 회사의 2012. 4. 현재 주요 주주 및 재무현황은 다음과 같다.
 〈주요 주주 지분현황〉 주주명소유주식수지분율 소외 11 회사900,00045.0% 소외 2(주2)800,00040.0% 
 소외 2 
 〈소외 12 회사 재무현황〉 (단위: 백만 원) 구분20072008200920102011 자산총계49,15251,61744,73268,23386,098 부채총계29,05428,06418,63940,56756,354 자본총계8,77523,55214,57027,66529,743 매 출 액122,931134,191136,622167,777256,556 영업이익6,3586,4564,9572,9444,809 당기순이익3,6544,4543,5401,8283,613 
 소외 12 회사는 계열사인 원고들의 ◇◇◇, ☆☆☆, □□□백화점 매장 내에서 베이커리 빵(일부 양산 빵 포함), 피자, 기타 식음료 등을 판매하고 있으며 매출의 약 82.3%가 원고 1 회사, 원고 2 회사와의 거래에서 발생하고 있다.
 3) 관련 시장 현황
 ① 베이커리 시장 현황
 파리바게트, 크라운베이커리, 뚜레쥬르, 신라명과 등 프랜차이즈 베이커리 브랜드와 삼립, 기린, 샤니 등 양산 빵 브랜드, ♤♤♤, ▷▷브랑제리, ◆◆◆블랑제리 등 인스토어 베이커리 브랜드들이 경쟁사업자로서 베이커리 시장에 참여하고 있다.
 〈베이커리 시장 연도별 매출액 현황〉 (단위: 억 원, %) 구분2008200920102011 매출액점유율매출액점유율매출액점유율매출액점유율 프랜차이즈(4사(주4))9,62141.611,87144.014,51344.317,94747.5 양산베이커리(4사(주5))5,52323.96,09222.66,56320.07,79820.7 기타(주6)8,00034.59,00033.411,70035.712,00031.8 계23,14410026,96310032,77610037,745100 
 (4사) 
 (4사) 
 기타 
 ② 피자 시장 현황
 피자헛, 도미노피자, 미스터피자의 3개 브랜드가 피자시장의 대부분을 점유하고 있으며 피자에땅, 파파존스 등 중견업체의 시장과 다수 중저가 피자업체의 시장도 확대되고 있다. 대형할인점 내에 있는 인스토어 피자는 소외 13 회사가 1994년 처음으로 매장에 도입한 이래 2010. 7. ◇◇◇, 2011. 1. 소외 14 회사의 ▷▷마트 및 소외 15 회사, 2011. 4. 소외 16 회사가 피자 매장을 각각 자사 할인점 내에 개설하였다.
 나. 원고들과 소외 12 회사 사이의 특정매입거래 
 1) 원고 1 회사, 원고 2 회사(◇◇◇ 매장 내 ♤♤♤ 매장)
 ① 원고 1 회사는 ◇◇◇ 매장에 입점하여 ‘♤♤♤’라는 브랜드로 베이커리 빵을 판매하는 소외 12 회사와 특정매입거래를 하면서 ♤♤♤ 매장의 판매수수료율을 2005년 및 2006년 22%, 2007년 22.5%, 2008년 22.7%, 2009년 22.8%로 계속 인상하였다가, 2010. 3. 21.8%, 2011. 3. 20.5%로 계속 인하하였고, 원고 2 회사는 2011. 5. 원고 1 회사로부터 기업분할된 후 2012. 9. 25.까지 115개 ◇◇◇에 입점한 ♤♤♤ 매장의 판매수수료율을 20.5%로 유지하였는데, 그 판매수수료율 변동 내역은 다음과 같다.
 ?2005~20062007200820092010.3.~2011.2.2011.3.~2011.4.(주8)2011.5.~2012.9.25. 원고 1 회사22%22.5%22.7%22.8%21.8%20.5%? 원고 2 회사??????20.5% 
 2011.4. 
 ② 원고 1 회사가 2011. 3.부터 2011. 4.까지, 원고 2 회사가 그 다음 날부터 2012. 9. 25.까지 ◇◇◇ 매장을 운영하던 중 ♤♤♤ 매장에서 발생한 매출액은 [별지 2] 해당란 기재와 같다.
 2) 원고들(☆☆☆ 매장 내 에브리데이♤♤♤ 매장)
 ① 원고 1 회사는 ☆☆☆ 매장에 입점하여 ‘에브리데이♤♤♤’라는 브랜드로 베이커리 빵을 판매하는 소외 12 회사와 특정매입거래를 하면서 에브리데이♤♤♤ 매장의 판매수수료율을 2009. 7. 22.8%에서, 2010. 3. 21.8%로 인하하였다가 2010. 7. 10%로 재인하하였다. 원고 2 회사는 2011. 5. 원고 1 회사로부터 기업분할된 후 ☆☆☆ 매장에 입점한 에브리데이♤♤♤ 매장의 판매수수료율을 기존의 10%로 유지하였다. 원고 3 회사는 2012. 3. 원고 2 회사로부터 ☆☆☆ 사업부문을 양수한 후 2012. 9. 25.까지 에브리데이♤♤♤ 매장에 대해 원고 2 회사와 동일한 판매수수료율 10%를 적용하여 소외 12 회사와 거래하였는데, 그 판매수수료율 변동내역은 다음과 같다.
 2009.7.2010.3.2010.7.~2011.4.2011.5.~2012.2.2012.3.~2012.9.25. 원고 1 회사22.8%21.8%10% 원고 2 회사10% 원고 3 회사10% 
 ② 원고 1 회사가 2010. 7.부터 2011. 4.까지, 원고 2 회사가 그 다음 날부터 2012. 2.까지, 원고 3 회사가 그 다음 날부터 2012. 9. 25.까지 ☆☆☆ 매장을 운영하던 중 에브리데이♤♤♤ 매장에서 발생한 매출액은 [별지 2] 해당란 기재와 같다.
 3) 원고 1 회사(◇◇◇ 매장 내 피자 매장)
 ① 원고 1 회사는 ◇◇◇ 매장에 입점하여 ‘수퍼프라임 피자(이하 ‘피자’라고 한다)’를 판매하는 소외 12 회사와 특정매입거래를 하면서 소외 12 회사에 대해 2010. 7.부터 1%의 판매수수료율을 적용하였다가, 2011. 3.부터 피자 판매수수료율을 5%로 상향조정하였다.
 ② 원고 1 회사가 2010. 7.부터 2011. 2.까지 ◇◇◇ 매장을 운영하던 중 피자 매장에서 발생한 매출액은 [별지 2] 해당란 기재와 같다. 
 4) 원고 1 회사(□□□백화점 내 ◎◎◎ 매장)
 ① 원고 1 회사는 ‘□□□백화점 본점’에 입점하여 ‘◎◎◎’라는 브랜드로 식음료를 판매하는 소외 12 회사(2010. 4.까지는 소외 11 회사)와 특정매입거래를 하면서 2005년부터의 판매수수료율 22%를 2009. 8. 8.부터 15%로 인하하였다. 또한 ‘□□□백화점 부산센텀점’과 ‘□□□백화점 강남점’에서도 각각 2009. 3. 및 2009. 9.부터 15%의 판매수수료율을 적용하였다.
 ② 원고 1 회사가 2009. 8. 8.부터 2012. 9. 25.까지 □□□백화점 본점을, 2009. 3.부터 2012. 9. 25.까지 □□□백화점 부산센텀점을, 2009. 9.부터 2011. 7.까지 □□□백화점 강남점을 각 운영하던 중 ◎◎◎ 매장에서 발생한 매출액은 [별지 2] 해당란 기재와 같다. 
 다. 시정명령 및 과징금 납부명령
 피고는, 원고 1 회사, 원고 2 회사가 ◇◇◇ 매장 내 ♤♤♤ 매장의, 원고들이 ☆☆☆ 매장 내 에브리데이♤♤♤ 매장의, 원고 1 회사가 ◇◇◇ 매장 내 피자 매장의, 원고 1 회사가 □□□백화점 본점, 부산센텀점, 강남점 내 ◎◎◎ 매장의 각 판매수수료율을 통상적인 거래가격에 비추어 낮은 가격으로 책정하는 방법으로 과다한 경제상 이익을 제공하였음을 전제로, 원고들에 대하여 2013. 2. 25.자 의결 제2013-039호로 위 각 특정매입거래 행위에 대하여 [별지 1] 기재 제1 내지 제4항의 시정명령 및 제5항의 과징금 납부명령을 하였는데, 원고들 및 소외 12 회사(◎◎◎ 매장의 경우 2010. 4.까지는 소외 11 회사)의 매장별 거래기간, 매출액, 정상판매수수료율, 적용판매수수료율, 차액(위반액), 부과기준율, 기본과징금, 임의적 조정과징금, 부과과징금의 산출내역은 [별지 2] 기재와 같다. 
 [증거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 기재, 변론 전체의 취지
 2. 관계 법령
 [별지 3] 기재와 같다.
 3. 시정명령에 관한 판단
 가. ♤♤♤ 매장
 1) 지원행위의 성립
 가) 정상판매수수료율
 법 제23조 제1항 제7호 소정의 현저히 유리한 조건의 거래에 해당하기 위해서는, 우선 당해 거래에서의 ‘급부와 반대급부 사이의 차이’가 정상가격에 비해 현저히 유리한 것이어야 하고, 여기서 정상가격이라 함은 지원주체와 지원객체 간에 이루어진 경제적 급부와 동일한 경제적 급부가 시기, 종류, 규모, 기간, 신용상태 등이 유사한 상황에서 특수관계가 없는 독립된 자 간에 이루어졌을 경우 형성되었을 거래가격을 의미하고(대법원 2006. 12. 7. 선고 2004두11268 판결 참조), 정상가격은 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법에 의하여 산출할 수 있다(국제조세조정에 관한 법률 시행령 제4조 제3항 참조).
 그러므로 원고 1 회사, 원고 2 회사가 ◇◇◇ 매장 내 ♤♤♤ 매장에 적용한 판매수수료율이 소외 12 회사에 현저히 유리한지 여부를 판단하기 위하여는 먼저 정상판매수수료율을 확정하여야 하므로 살피건대, 갑 제1호증의 기재에 의하면, ◇◇◇ 매장 내에 ♤♤♤ 매장과 고정인력배치, 판매되는 상품의 특성, 즉석제조 판매방식, 특정매입거래 등 유사한 형태로 운영되고 있는 계열회사가 아닌 업체(이하 ‘독립회사’라 한다)의 판매수수료율은 아래와 같이 23.3 ~ 23.8%인 사실을 인정할 수 있다.
 업체명(주10)납품품목판매수수료율 2010. 3. ~ 2011. 2.2011. 3. ~ 2012. 2.2012. 3. ~ 2013. 2. ♡♡♡도너츠23.3%23.3%23.3% ●●●만두23.3%23.4%23.8% ▲▲▲만두, 도너츠23.3%23.3%23.3% 
 업체명 
 또한 을 제3, 4호증의 기재에 의하면, 원고 2 회사의 부사장 소외 6은 피고의 조사과정에서 특수관계가 없는 동일·유사업종의 독립회사에 대한 판매수수료율 등을 감안하였을 때 ♤♤♤ 매장의 판매수수료율은 23%가 적절하다고 진술한 사실, 원고 1 회사는 2009. 2. 6. 타 부문 협력회사 간 수수료율과의 형평성을 고려하여 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지 판매수수료율을 2008년도의 22.7%에서 23%로 인상하겠다는 취지의 ‘2009년 계약조건 변경의 건’(을 제3호증)을 작성하여 판매수수료율 인상을 시도하였으나, 0.1%p 인상에 그쳐 22.8%로 정해진 사실을 인정할 수 있다.
 위와 같은 종전 판매수수료율의 추이와 23% 인상 계획 및 다른 대형할인점 내에 ♤♤♤ 매장과 비교할 만한 독립회사 운영의 베이커리 매장이 존재하지 않아 부득이하게 ◇◇◇ 매장 내 도너츠, 만두 매장과 비교할 수밖에 없었던 사정 등에 비추어 보면, ◇◇◇ 매장 내 ♤♤♤ 매장의 정상판매수수료율은 23%로 봄이 상당하다.
 이에 원고 1 회사, 원고 2 회사는, 인스토어 베이커리 업계의 판매수수료율은 13 ~ 25% 사이에서 형성되고 있기 때문에 23%가 정상판매수수료율이 아니라고 주장한다. 살피건대, 갑 제1, 29, 30, 37호증, 갑 제38호증의 1, 2의 각 기재, 이 법원의 소외 17 회사, 소외 18 회사, 소외 19 회사에 대한 각 사실조회 결과에 의하면, ① 다른 대형할인점인 ■■■와 ▷▷마트에도 각 그 계열회사로서 인스토어 베이커리 업체인 ◆◆◆블랑제리와 ▷▷브랑제리가 입점하여 있고 각 그 판매수수료율이 22% 및 21.5%인 사실, ② 서울민자역사에 입점한 파리바게뜨, 뉴코아아울렛 강남점, 산본점, 농협하나로마트 모현점에 입점한 뚜레쥬르 등 특수관계 없는 프랜차이즈 베이커리 업체들의 판매수수료율이 16 ~ 21% 수준인 사실, ③ 기업형 슈퍼마켓인 ★★★슈퍼마켓에 입점한 ▼▼▼ 베이커리의 판매수수료율은 22 ~ 25%, 같은 ■■■익스프레스에 입점한 ◀◀◀의 판매수수료율은 20 ~ 25%, 같은 ▶▶▶마트에 입점한 ♠♠♠의 판매수수료율은 18 ~ 20%인 사실을 인정할 수 있다.
 그러나 ① ■■■와 ▷▷마트의 판매수수료율은 독립회사에 대한 것이 아니므로 정상판매수수료율 산정의 기준으로 삼을 수 없고, ② 서울민자역사 등에 입점한 프랜차이즈 베이커리 업체에 적용된 판매수수료율은 거래당사자의 시장점유율, 인지도, 매출액이 유사한 상황에 있었는지 단정할 수 없어 이를 정상판매수수료율로 볼 수 없으며, ③ 다른 기업형 슈퍼마켓에 입점한 베이커리 업체들의 경우에도 대형할인점인 ◇◇◇에 입점한 ♤♤♤와 동일선상에서 비교하기 어려우므로, 원고 1 회사, 원고 2 회사의 위 주장은 이유 없다.
 나) 현저성
 원고 1 회사, 원고 2 회사는, 23%가 정상판매수수료율이라고 하더라도 정상판매수수료율과 실제 적용된 판매수수료율의 차이는 2.5%p(23%p-20.5%p)로서 이는 정상판매수수료율의 10.86% (2.5%p/23%p)에 불과한데, 법리상 정상판매수수료율과의 차이가 대략 16 ~ 20% 초과하는 경우라야 현저히 유리한 조건의 거래라고 할 것이므로 ◇◇◇ 매장 내 ♤♤♤ 매장의 판매수수료율을 20.5%로 인하하여 거래한 것은 현저히 유리한 조건의 거래에 해당하지 않는다고 주장한다.
 살피건대 ‘현저히 낮거나 높은 대가로 제공 또는 거래하거나 현저한 규모로 제공 또는 거래하여 과다한 경제상 이익을 제공’한 것인지의 여부를 판단함에 있어서는 급부와 반대급부 사이의 차이는 물론 지원성 거래규모와 지원행위로 인한 경제상 이익, 지원기간, 지원횟수, 지원시기, 지원행위 당시 지원객체가 처한 경제적 상황 등을 종합적으로 고려하여 구체적·개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2004. 10. 14. 선고 2001두2935 판결 참조).
 그런데 ① 원고 1 회사, 원고 2 회사가 ◇◇◇ 매장 내 ♤♤♤ 매장의 판매수수료율을 20.5%로 인하해줌으로써 2011. 3.부터 2012. 9. 25.까지 소외 12 회사가 얻게 된 경제적 이익은 총 3,369,402,454원(362,384,450원+3,007,018,004원, [별지 2] 해당란 기재 참조)으로서 이는 위에서 본 소외 12 회사의 영업이익, 당기순이익에 비추어 보아도 상당한 액수인 점, ② ◇◇◇ 매장에 베이커리 빵을 공급하는 업체는 소외 12 회사뿐이며 소외 12 회사의 □□□ 기업집단 소속 계열사 간 내부거래비율이 2010년 93.2%, 2011년 91.0%에 달하는 점을 감안할 때 그 거래규모 또한 매우 현저한 점, ③ 경쟁이 치열한 베이커리 업계에서 1%p의 판매수수료율 인하로도 시장의 경쟁에 큰 영향을 미칠 수 있는 점 등을 종합하여 고려하면, 판매수수료율 차이가 16%에 미치지 못하더라도 현저성 요건을 충족한다고 볼 것이므로, 원고 1 회사, 원고 2 회사의 위 주장은 이유 없다.
 2) 지원행위의 부당성(공정거래저해성)
 부당지원행위가 성립하기 위하여는 지원주체의 지원객체에 대한 지원행위가 부당하게 이루어져야 하는바, 지원주체의 지원객체에 대한 지원행위가 부당성을 갖는지 유무를 판단함에 있어서는 지원주체와 지원객체와의 관계, 지원행위의 목적과 의도, 지원객체가 속한 시장의 구조와 특성, 지원성 거래규모와 지원행위로 인한 경제상 이익 및 지원기간, 지원행위로 인하여 지원객체가 속한 시장에서의 경쟁제한이나 경제력 집중의 효과 등은 물론 중소기업 및 여타 경쟁사업자의 경쟁능력과 경쟁여건의 변화 정도, 지원행위 전후의 지원객체의 시장점유율의 추이, 시장개방의 정도 등을 종합적으로 고려하여 당해 지원행위로 인하여 지원객체의 관련 시장에서 경쟁이 저해되거나 경제력 집중이 야기되는 등으로 공정한 거래가 저해될 우려가 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2004. 3. 12. 선고 2001두7220 판결 참조). 부당지원행위가 부당성을 갖는지 유무는 오로지 공정한 거래질서라는 관점에서 평가되어야 하는 것이고, 공익적 목적, 소비자 이익, 사업경영상 또는 거래상의 필요성 내지 합리성 등도 공정한 거래질서와는 관계없는 것이 아닌 이상 부당성을 갖는지 유무를 판단함에 있어 고려되어야 하는 요인의 하나라고 할 것이나, 지원행위에 단순한 사업경영상의 필요 또는 거래상의 합리성 내지 필요성이 있다는 사유만으로는 부당지원행위의 성립요건으로서의 부당성 및 공정거래저해성이 부정된다고 할 수는 없다(대법원 2004. 10. 14. 선고 2001두2935 판결 참조). 지원객체가 당해 지원행위로 인하여 일정한 거래분야에 있어서 유력한 사업자의 지위를 형성·유지 또는 강화할 우려가 있는 경우, 지원객체가 속하는 일정한 거래분야에 있어서 당해 지원행위로 인하여 경쟁사업자가 배제될 우려가 있는 경우, 지원객체가 당해 지원행위로 인하여 경쟁사업자에 비하여 경쟁조건이 상당히 유리하게 되는 경우, 지원객체가 속하는 일정한 거래분야에 있어서 당해 지원행위로 인하여 지원객체의 퇴출이나 타사업자의 신규진입이 저해되는 경우, 부당한 지원행위에 해당한다고 할 수 있다(헌법재판소 2003. 7. 24. 2001헌가25 전원재판부 결정, 부당한 지원행위의 심사지침 참조).
 살피건대 갑 제1호증, 을 제1, 6, 14, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 소외 12 회사의 과장 소외 3의 2009년 업무 노트(을 제1호증)에는 2009. 12. 사장단 회의 등에서 원고 1 회사의 경영지원실장 소외 8이 베이커리(소외 12 회사의 전신인 소외 11 회사를 지칭하는 것으로 보인다)를 지원할 것을 당부하고 회의 후에도 원고 2 회사의 대표이사 소외 9에게 재차 당부한 사실이 구체적으로 기재되어 있어 2010. 3. 판매수수료율을 22.8%에서 21.8%로 낮출 때부터 지원의도가 엿보이는 점, ② 원고 2 회사의 파트장 소외 4의 개인노트(을 제15호증)에 "2010. 6. 4. 사장단 내용 발표, ♤♤♤ 부실 심화, 활성화에 ◇◇◇가 많이 기여해 줘라", "2011. 6. 14. 임원회의(16:00), 관계사와의 불공평 계약(베이커리 등)"이라는 내용이 기재되어 있어 원고 1 회사, 원고 2 회사 임원의 소외 12 회사에 대한 부당지원 의도가 추정되는 점, ③ 소외 12 회사의 ‘2010년 경영계획(안)’(을 제6호증)에 따르면 2009년 당시 ♤♤♤는 외부 경쟁환경 심화, 경기침체, 식품코너 내 경쟁심화, 특설매대 운영미흡, 고객만족도 저하 등으로 전년 대비 점당 매출이 하락하는 등 역신장하였으나, 판매수수료율이 인하된 후 인스토어 베이커리 부문 점유율이 2010년 47.4%에서 2011년 54.9%로 증가한 점(같은 기간 ▷▷브랑제리의 시장점유율은 25.3%에서 22.7%로, ◆◆◆블랑제리의 시장점유율은 27.3%에서 22.4%로 하락하였다), ④ 판매수수료율 인하가 있었던 2010년 ♤♤♤ 매장의 매출액은 전년대비 2.8% 증가하였음에도 불구하고, 원고 1 회사의 ♤♤♤ 관련 판매수수료 총액은 전년대비 5.7% 감소하여 원고 1 회사가 자신의 이익을 위해 판매수수료율을 인하하였다고 보기 어려운 점(을 제14호증의 심사보고서 34면), ⑤ 소외 12 회사가 판매수수료율 인하를 통하여 2011. 3.부터 2012. 9. 25.까지 지원받은 33억 6,900여만 원은 소외 12 회사의 2011년 당기순이익 36억 1,300만 원의 93.2%에 해당하는 점, ⑥ ◇◇◇ 매장의 ♤♤♤ 매장에 대한 판매수수료율은 ■■■, ▷▷마트의 계열회사 매장에 대한 판매수수료율보다도 낮은 점 등에 비추어 보면, 원고 1 회사, 원고 2 회사의 ◇◇◇ 매장 내 ♤♤♤ 매장에 대한 지원행위는 기업집단 차원에서 ♤♤♤의 경쟁력을 강화하고 손실을 보전하는 등 계열회사를 지원할 목적과 의도하에 행해진 것으로서, 이러한 지원은 소외 12 회사의 사업기반을 강화시킴과 동시에 재무상태를 안정적으로 유지·강화시킴으로써 소외 12 회사의 경쟁조건을 경쟁사업자에 비해 현저히 유리하게 하여 소외 12 회사가 속한 관련 시장에서 ‘경쟁자 배제’ 또는 ‘잠재적 경쟁자의 신규 진입 억제’ 등 시장 기능을 저해하는 위험성을 초래하였다고 보기에 충분하므로, ♤♤♤ 관련 지원행위는 그 부당성이 인정된다.
 이에 원고 1 회사, 원고 2 회사는, 위 판매수수료율 인하는 ◇◇◇ 매장의 박리다매 정책인 EDLP(Every Day Law Price) 정책에 따른 것으로서 판매가를 동결하게 된 상황에서 원재료비 급등에 따른 소외 12 회사의 경제적 손실을 일부 흡수하기 위해서 부득이하게 이루어진 것이므로 부당성이 없다고 주장한다.
 살피건대 을 제5호증, 갑 제18호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① EDLP 정책은 ◇◇◇ 매장이 가격결정권을 지닌 직매입거래의 경우에 주로 이루어졌고, ♤♤♤와 같이 가격결정권이 없이 판매수수료율만을 지급받는 특정매입거래에서는 잘 이루어지지 않았던 사실, ② 일부 특정매입거래 매장인 유제품 매장에 대하여 EDLP 정책에 따른 판매수수료율 인하가 이루어진 바 있으나 이는 그 거래기간 중 일부에 한하였고 가격할인이 시행된 행사상품에 한정되어 있었던 반면, 소외 12 회사에 대한 판매수수료율 인하는 거래기간인 2011. 3.부터 2012. 9. 25.까지 전 상품에 대하여 지속적으로 이루어진 사실, ③ 원고 2 회사의 과장 소외 5는 원자재비, 인건비 등 가격인상요인 발생 시 가격을 동결하고 판매수수료율을 조정하는 경우는 없었다고 진술한 사실을 인정할 수 있다. 이에 더하여 지원행위에 단순한 사업경영상의 필요 또는 거래상의 합리성 내지 필요성이 있다는 사유만으로는 부당지원행위의 성립요건으로서의 부당성 및 공정거래저해성이 부정된다고 할 수 없는 점(대법원 2004. 10. 14. 선고 2001두2935 판결 참조)을 고려하면, EDLP 정책의 유지라는 경영전략상의 필요만으로 소외 12 회사를 대상으로 위와 같이 광범위하고 지속적으로 판매수수료율을 인하한 행위가 정당화된다고 보기 어려우므로, 원고 1 회사, 원고 2 회사의 위 주장은 이유 없다.
 나. 에브리데이♤♤♤ 매장
 1) 지원행위가 현저히 유리한지 여부를 판단함에 있어서는 먼저 정상가격을 확정할 수 있어야 하는 점은 위에서 본 바와 같고, 정상가격이 시정명령이나 과징금부과 등 제재적 행정처분의 근거가 된다는 점이나 공정거래법이 부당지원을 금지하는 취지 등을 고려할 때, 당해 거래 당시의 실제 사례를 찾을 수 없어 부득이 여러 가지 간접적인 자료에 의해 정상가격을 추단할 수밖에 없는 경우에는, 통상의 거래 당사자가 당해 거래 당시의 일반적인 경제 및 경영상황과 장래 예측의 불확실성까지도 모두 고려하여 보편적으로 선택하였으리라고 보이는 현실적인 가격을 규명하여야 할 것이고, 단순히 제반 상황을 사후적, 회고적인 시각으로 판단하여 거래 당시에 기대할 수 있었던 최선의 가격 또는 당해 거래가격보다 더 나은 가격으로 거래할 수도 있었을 것이라 하여 가벼이 이를 기준으로 정상가격을 추단하여서는 아니 될 것이며, 정상가격에 대한 입증책임은 어디까지나 피고에게 있다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두1446 판결 참조).
 2) ◇◇◇ 매장 내 정상판매수수료율을 ☆☆☆ 매장 내 정상판매수수료율로 볼 수 있는지 여부
 피고는 원고들의 ☆☆☆ 매장 내 에브리데이♤♤♤ 매장의 정상판매수수료율이 ◇◇◇ 매장 내에서와 동일하게 23%라고 주장하나, 에브리데이♤♤♤ 매장은 기업형 슈퍼마켓인 ☆☆☆ 매장에 입점해 있으므로 대형할인점인 ◇◇◇에 입점해 있는 ♤♤♤ 매장과는 그 인지도, 매출액 등에서 차이가 있어 ◇◇◇ 매장 내 ♤♤♤ 매장의 정상판매수수료율을 ☆☆☆ 매장 내 에브리데이♤♤♤ 매장의 정상판매수수료율로 단정할 수 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.
 3) 종전 판매수수료율을 정상판매수수료율로 볼 수 있는지 여부
 또한 을 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 1 회사는 기업형 슈퍼마켓인 에브리데이♤♤♤의 경우 즉석식품 매장이 없어 대형할인점인 ◇◇◇ 내에 있는 즉석식품 매장을 가장 유사한 형태의 상품 및 거래형태로 보고 ◇◇◇ 매장 내 ♤♤♤ 매장과 동일한 판매수수료율을 적용하였다가(에브리데이♤♤♤의 2009년 22.8%, 2010. 3.부터 6.까지 21.8%의 판매수수료율은 같은 기간 ◇◇◇ 매장 내 ♤♤♤ 매장의 판매수수료율과 동일하다), 에브리데이♤♤♤ 매장의 매출액이 ♤♤♤ 매장의 10%에 불과한 반면 매출액 대비 상당히 높은 수준의 집기투자비 및 인건비 등이 발생하여 2010. 7.경에 판매수수료율을 10%로 인하한 사실을 인정할 수 있으나, 이러한 사정만으로 2010. 7. 인하 전의 판매수수료율 22.8% 혹은 21.8%를 정상판매수수료율로 추단할 수도 없다.
 4) 최소한의 정상판매수수료율을 15%로 볼 수 있는지 여부
 다음 피고는 ☆☆☆와 같은 기업형 슈퍼마켓에 입점해 있는 특수관계 없는 인스토어 베이커리 업체에 대한 판매수수료율을 종합적으로 고려하면 최소한의 정상판매수수료율을 15%로 볼 수 있다고 주장하므로 살피건대, 갑 제5호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ☆☆☆에 입점한 ▼▼▼ 등 비계열회사인 인스토어 베이커리 업체에 대한 판매수수료율은 15~18%이고, ☆☆☆ 고흥점의 베이커리조 등 일부 업체의 수수료율은 13~14%인 사실, 기업형 슈퍼마켓인 ★★★슈퍼마켓, ▷▷슈퍼, ■■■익스프레스, ▶▶▶마트에 입점해 있는 인스토어 베이커리 업체의 판매수수료율이 18~25%인 사실을 인정할 수 있다.
 그러나 ☆☆☆나 다른 기업형 슈퍼마켓에 입점한 다른 베이커리 매장의 경우 그 거래형태, 설비 및 인테리어 비용의 부담 주체 등을 확인할 수 없고 에브리데이♤♤♤와 달리 점포별, 연도별로 수수료율이 모두 다르므로, 위 기준이 동종 업계의 통상적인 판매수수료율이라고 단정할 수 없으며, 달리 최소한의 정상판매수수료율이 15%라는 점을 인정할 만한 객관적이고 합리적인 근거를 찾아볼 수 없어, 피고의 위 주장도 이유 없다.
 5) 적용판매수수료율 10%가 정상판매수수료율의 폭을 현저히 벗어난 것인지 여부
 나아가 정상판매수수료율은 구체적으로 특정할 수 없다고 하더라도 원고 1 회사, 원고 2 회사가 에브리데이♤♤♤ 매장에 적용한 판매수수료율 10%가 정상판매수수료율의 폭을 현저히 벗어난 것이라고 인정할 만한 증거도 없다.
 다. 피자 매장
 1) 인상 후의 판매수수료율 5%를 정상판매수수료율로 볼 수 있는지 여부
 피고는 원고 1 회사의 ◇◇◇ 매장 내 피자 매장의 정상판매수수료율이 5%라고 주장하므로 살펴본다.
 갑 제6, 7호증, 갑 제9호증의 1 내지 3, 갑 제31, 32, 33, 36, 42호증, 을 제8, 9, 16, 17호증의 각 기재, 증인 소외 6의 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고 1 회사는 ◇◇◇ 매장 내에 집객 전략상품으로 초저가 피자를 도입하기로 하였는데 소외 12 회사도 위험을 감수하고 ◇◇◇의 전략에 동참한 사실, ② 2010. 7. 출시된 피자는 대형할인점에서 최초로 시도된 초저가 집객상품인 반값 피자(지름 18인치 대형 피자가격이 11,500원으로 당시 시중의 대형 피자가격은 33,500원 ~ 34,500원이었다)로서 고객들의 관심을 끌어 매장 방문율을 높이고 이로써 ◇◇◇ 내 다른 상품의 매출을 동반 상승시키는 미끼 상품으로서의 역할을 하였고, 출시 당시 세전 이익률이 0.8%에 불과하였는데 2010. 9.경부터 ‘반값 피자’라는 언론 보도가 이어지면서 판매량이 급증하여 2011. 2.경에는 세전 이익률이 8.2%에 이르게 된 사실, ③ 당시 다른 대형할인점에는 동일한 운영방식, 동일한 가격의 반값 피자 상품이 출시된 바 없어 비교 가능한 동종 업계의 판매수수료율이 존재하지 않았던 사실[소외 13 회사가 이미 동일한 사이즈의 피자를 12,500원에 판매하였고 그 마진율(수수료율)이 5% 수준이었으나, ◇◇◇에 비해 점포 수가 상대적으로 적으며 특정매입거래가 아닌 직영운영방식이었다], ④ 소외 12 회사가 피자를 출시한 이후에 경쟁사인 ■■■, ▷▷마트가 특정매입 방식으로 자사 점포 내에 피자 매장을 운영하고 있는데 양 사 모두 인테리어 비용을 일부 부담하는 전제하에 ■■■는 독립회사인 피자 제조업체들에 5~7%의 판매수수료를 부과하는 한편 ▷▷마트는 10%의 판매수수료를 부과하고 있는 사실, ⑤ 피자 판매를 기획한 원고 2 회사 직원 소외 10의 진술(을 제17호증)에 의하더라도 당시 시범적으로 운영한 이태리 냉동피자 판매(판매수수료율 17.8%)가 실패하여 소외 13 회사의 저가 피자를 벤치마킹하여 매출 활성화를 도모한 것이고, 달리 5%의 판매수수료율이 적정하다고 판단하면서도 의도적으로 수수료율을 1%로 낮게 책정한 정황이 나타나지 않는 사실, ⑥ 피자 상품 이외에도 원고 1 회사나 다른 대형할인점들이 적자를 감수하고 삼겹살, 치킨 등 초저가 집객용 전략상품을 출시하여 할인행사를 진행한 사례가 존재하는 사실(갑 제31, 32, 33호증), ⑦ 원고 1 회사는 경쟁업체와의 비교, 소외 12 회사의 피자 수익성 등을 고려할 때 피자에 대한 정상판매수수료율은 5% 정도가 적정하다고 판단하여 2011. 3. 재계약을 하면서 5%로 인상한 사실을 인정할 수 있다. 
 위 인정 사실에 비추어 보면, 원고 1 회사는 비교 가능한 동종 업계의 판매수수료율이 존재하지 않는 상황에서 집객상품의 특성을 반영하여 피자 매장의 판매수수료율을 1%로 정한 것으로서, 원고 1 회사가 2011. 3. 피자 판매수수료율을 5%로 인상하였다는 사후적인 사정만으로 2010. 7. 출시 당시의 정상판매수수료율을 5%라고 추단할 수 없다.
 이에 대하여 피고는 원고 1 회사가 내부 검토를 통하여 2011. 2.경 피자 판매수수료율을 1%에서 5%로 상향 조정한 것은 원고 1 회사 스스로도 피자의 판매수수료율은 5%가 적정하다는 사실을 이미 알고 있었기 때문이고, 피자 판매사업의 손익상황에 따라 피자 판매수수료율의 정상가격이 달라질 수는 없으므로 정상판매수수료율을 5%로 보아야 한다고 주장한다.
 그러나 앞서 본 바와 같이 원고 1 회사가 1%의 판매수수료율을 적용한 것은 전략적인 집객상품으로서의 특수성, 2010. 7. 당시 경쟁업체인 ▷▷마트, ■■■가 피자 상품을 출시하지 않아 비교 대상이 존재하지 않았던 점, 소외 12 회사의 적자 발생 가능성 등을 고려한 것이며, 이후 판매수수료율을 인상할 당시에는 이미 ■■■, ▷▷마트가 후발주자로 반값 피자를 출시하여 그 시장 상황이 바뀌었고 피자 판매가 증가하면서 수익성이 향상된 상태였기 때문에 변화된 상황을 반영한 것으로 보이므로, 위와 같은 사정만으로는 피자 매장에 대한 정상판매수수료율을 5%로 인정하기에는 부족하다.
 2) 적용판매수수료율 1%가 정상판매수수료율의 폭을 현저히 벗어난 것인지 여부
 나아가 정상판매수수료율은 구체적으로 특정할 수 없다고 하더라도 원고 1 회사가 피자 매장에 적용한 판매수수료율 1%가 정상판매수수료율의 폭을 현저히 벗어난 것이라고 인정할 만한 증거도 없다. 
 라. ◎◎◎ 매장
 1) 델리 매장의 평균 판매수수료율을 정상판매수수료율로 볼 수 있는지 여부
 위에서 본 바와 같이 원고 1 회사는 2005. 8.경 □□□백화점 본점에 ◎◎◎ 매장을 입점시킨 이래 22%의 판매수수료율을 유지하고 있다가 2009. 3.경 부산센텀점에 입점한 ◎◎◎ 매장의 판매수수료율을 15%로 적용하였고, 강남점은 2009. 9.부터 동일한 판매수수료율 15%를 적용하였으며, 이후 본점도 2009. 8. 8. 재계약하면서부터 15%로 인하하는 등 소외 11 회사(2010. 4.까지 운영), 소외 12 회사가 운영하는 ◎◎◎ 매장에 대하여 일괄적으로 판매수수료율을 15%로 책정하였다.
 이에 피고는 원고 1 회사의 □□□백화점 본점, 부산센텀점, 강남점 내 ◎◎◎ 매장의 정상판매수수료율이 각 그 백화점 내에 입점하여 있는 델리 매장에 대한 평균 판매수수료율인 [별지 2] 정상판매수수료율란 기재와 같다고 주장하므로 살펴본다.
 갑 제1호증, 을 제12호증의 각 기재에 의하면, □□□백화점 내 델리 매장의 평균 판매수수료율은, 본점의 경우 2009년 25.4%, 2010년 24.9%, 2011년 및 2012년 24.3%, 부산센텀점의 경우 2009년 20.2%, 2011년 및 2012년 20.7%, 강남점의 경우 2009년 24.2%, 2010년 및 2011년 24.3%인 사실은 인정할 수 있다.
 그러나 갑 제10호증의 1 내지 3, 갑 제11호증, 갑 제12호증의 1, 2, 갑 제13, 14, 17, 34, 35호증, 을 제10, 11, 13호증의 각 기재, 증인 소외 7의 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하면, ① ◎◎◎는 샐러드, 파스타, 음료, 베이커리 등 다양한 종류의 식품을 제공하면서 매장 내에서 위 식품들을 간편하게 먹거나 포장해 갈 수 있도록 하고 있고, 통상적인 델리 매장에 비하여 넓은 면적의 매장에서 홀 서비스를 제공하고 있어 그 운영방식이나 규모, 종업원 수 등에서 델리 매장과는 차이가 있는 사실, ② □□□백화점 부산센텀점의 ◎◎◎ 매장 옆에 입점해 있는 베이커리 카페 매장인 ‘○○○ ’은 원고 1 회사와 특수관계가 없는 업체로서 15%의 판매수수료율이 적용되었던 사실(원고 1 회사가 2009. 5. 28. 작성한 ‘소외 11 회사 운영브랜드 거래내용 조정(안)’에 의하면, 원고 1 회사는 ◎◎◎ 매장의 판매수수료율을 인하하면서 ○○○ 매장의 판매수수료율도 함께 고려하였다), ③ 다른 레스토랑이나 카페 매장들의 판매수수료율은 대략 8~15%의 수준으로서 델리 매장의 수수료율인 20.2~25.4%에 비하여 상대적으로 낮은 사실, ④ 부산센텀점에 입점해 있는 델리 매장인 ‘△△△’의 경우 15%의 판매수수료율이 적용되는 등 같은 델리, 스위트 매장들 사이에서도 그 브랜드 인지도, 고객집객 효과에 따라 판매수수료율이 상대적으로 낮은 사례가 존재하는 사실, ⑤ ◎◎◎ 매장에 대하여 판매수수료율을 15%로 책정할 당시에, 원고 1 회사가 □□□백화점 지하 1층 식품관에 입점한 다른 특정매입거래 업체들에 대하여도 판매수수료율을 인하한 바 있는 사실, ⑥ □□□백화점이 아닌 타 백화점에 입점해 있는 유사한 형태의 인스토어 베이커리 매장이나 베이커리 카페 매장에 대한 판매수수료율에 관한 자료는 없는 사실, ⑦ 소외 11 회사는 2009년경 경영악화를 이유로 판매수수료율을 22%에서 8%로 낮춰주지 않으면 □□□백화점에서 철수하겠다고 하였고, 원고 1 회사는 소외 11 회사와의 교섭 결과 2009. 5. 28. 그 중간선인 15%로 판매수수료율을 조정한 사실을 인정할 수 있다.
 이에 의하면 ◎◎◎ 매장은 레스토랑, 카페, 베이커리, 델리 매장의 성격을 복합적으로 갖고 있는 특성이 있을 뿐만 아니라 레스토랑, 카페 매장과 델리 매장은 그 판매수수료율의 편차가 크므로, 델리 매장 평균 판매수수료율을 ◎◎◎ 매장에 그대로 적용할 수 없고, 달리 ◎◎◎ 매장의 정상판매수수료율을 산정할 만한 객관적이고 합리적인 증거가 없다.
 이에 대하여 피고는 원고 1 회사가 ◎◎◎ 매장을 다수의 델리 매장들이 있는 지하 1층에 입점시켜 델리 매장으로 분류하여 관리하고 있으며, ◎◎◎ 매장의 판매수수료율을 결정할 당시 원고 1 회사 스스로도 같은 층의 유사한 업종을 취급하는 델리 매장을 기준으로 결정되었어야 한다는 점을 인식하였으므로 델리 매장의 평균 판매수수료율을 정상판매수수료율로 보아야 한다고 주장한다.
 그러나 델리존, 스위트존 등과 같은 파트 구분은 관리의 편의를 위한 것으로서 반드시 그 매장의 성격이 동일하다거나 동일 수준의 판매수수료율 적용대상이라고 할 수는 없을 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 같은 지하 1층 식품관에 위치한 델리 매장이나 유사한 베이커리 카페 매장 등에 대하여도 판매수수료율을 15% 수준으로 적용하거나 인하해 준 사례가 존재하고 원고 1 회사도 이를 고려한 것으로 보이는바, 위와 같은 사정만으로는 ◎◎◎ 매장에 대한 정상판매수수료율을 델리 매장의 연도별 평균 판매수수료율인 위 20.2~25.4%로 인정하기에는 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다. 
 2) 종전 판매수수료율을 정상판매수수료율로 볼 수 있는지 여부
 또한 피고가 객관적인 비교가 가능한 다른 유사한 백화점 내 베이커리 매장이나 □□□백화점 내 다른 베이커리 매장의 정상판매수수료율을 수집하기 위한 노력을 다하였다거나 그 입수가 용이하지 않았다는 점을 인정할 만한 자료가 없는 점, 판매수수료율을 15%로 적용하기 시작한 2009. 3.부터 2009. 9.까지 원고 1 회사의 지원의도를 추단케 할 만한 자료도 없는 점 등에 비추어, □□□백화점 본점의 종전 판매수수료율 22%를 본점의 정상판매수수료율로 의제하거나 이를 부산센텀점, 강남점에 그대로 적용하기도 어렵다.
 3) 적용판매수수료율 15%가 정상판매수수료율의 폭을 현저히 벗어난 것인지 여부
 나아가 정상판매수수료율은 구체적으로 특정할 수 없다고 하더라도 원고 1 회사가 ◎◎◎ 매장에 적용한 판매수수료율 15%가 정상판매수수료율의 폭을 현저히 벗어난 것이라고 인정할 만한 증거도 없다.
 마. 소결
 따라서 [별지 1] 기재 제1 내지 4항 시정명령 중 원고 1 회사, 원고 2 회사에 대한 ♤♤♤ 매장 관련 시정명령은 적법하나, 원고 1 회사가 에브리데이♤♤♤, 피자, ◎◎◎ 매장에 적용한 판매수수료율, 원고 2 회사, 원고 3 회사가 에브리데이♤♤♤ 매장에 적용한 판매수수료율이 각 그 정상판매수수료율에 현저히 미치지 못한다는 점에 관한 피고의 입증은 부족하다고 할 것이므로, 각 그 지원행위의 부당성에 관하여 나아가 판단할 필요 없이, ① 원고 1 회사에 대한 에브리데이♤♤♤, 피자, ◎◎◎ 매장 관련 시정명령, ② 원고 2 회사에 대한 에브리데이♤♤♤ 매장 관련 시정명령, ③ 원고 3 회사에 대한 시정명령은 위법하다.
 4. 과징금 납부명령에 관한 판단
 가. 일부 취소 여부
 원고 1 회사, 원고 2 회사에 대한 ♤♤♤ 매장 관련 시정명령은 적법하나, 원고 1 회사에 대한 에브리데이♤♤♤, 피자, ◎◎◎ 매장 관련 시정명령, 원고 2 회사에 대한 에브리데이♤♤♤ 매장 관련 시정명령, 원고 3 회사에 대한 시정명령이 위법한 이상, ① 원고 1 회사에 대한 과징금 납부명령 중 ♤♤♤ 매장 관련 부분을 제외한 에브리데이♤♤♤, 피자, ◎◎◎ 매장 관련 부분, ② 원고 2 회사에 대한 과징금 납부명령 중 ♤♤♤ 매장 관련 부분을 제외한 에브리데이♤♤♤ 매장 관련 부분, ③ 원고 3 회사에 대한 과징금 납부명령도 위법하다.
 한편 피고가 부당지원행위에 대한 과징금을 부과함에 있어 여러 개의 위반행위에 대하여 하나의 과징금 납부명령을 하였으나 여러 개의 위반행위 중 일부의 위반행위만이 위법하고 소송상 그 일부의 위반행위를 기초로 한 과징금액을 산정할 수 있는 자료가 있는 경우에는, 하나의 과징금 납부명령일지라도 그중 위법하여 그 처분을 취소하게 된 일부의 위반행위에 대한 과징금액에 해당하는 부분만을 취소할 수 있다(대법원 2006. 12. 22. 선고 2004두1483 판결 참조).
 그런데 갑 제1호증의 기재에 의하면, 원고 1 회사에 대한 부과과징금은 ♤♤♤, 에브리데이♤♤♤, 피자, ◎◎◎ 매장과 관련한 4개의 위반행위에 대하여 매장별 매출액에 정상판매수수료율에서 적용판매수수료율을 공제한 율을 곱한 금액을 부당지원금액으로 보고 여기에 소정의 부과기준율을 곱하여 매장별 기본과징금을 산정하여 합산한 후 각 그 위반행위에 임원이 직접 관여하였다고 보아 합산액에 10%를 가중하여 임의적 조정과징금을 산정하거나 2차 조정을 하고 다시 백만 원 미만을 절사하여 산정한 사실, 원고 2 회사에 대한 부과과징금도 ♤♤♤, 에브리데이♤♤♤ 매장과 관련한 2개의 위반행위에 대하여 같은 방법으로 산정한 사실을 인정할 수 있다.
 따라서 피고가 원고 1 회사, 원고 2 회사에 대하여 부과한 과징금은 그 위반행위별 금액과 산정근거를 각각 알 수 있는 자료가 있어 일부의 위반행위에 대한 과징금 부과처분만을 취소할 수 있다고 할 것이므로 살펴본다.
 나. 원고 1 회사, 원고 2 회사에 대한 과징금 산정
 1) 부당지원금액
 원고 1 회사가 2011. 3.부터 2011. 4.까지 ◇◇◇ 매장을 운영하던 중 ♤♤♤ 매장에서 발생한 매출액이 14,495,378,000원, 원고 2 회사가 2011. 5.부터 2012. 9. 25.까지 ◇◇◇ 매장을 운영하던 중 ♤♤♤ 매장에서 발생한 매출액이 120,280,720,160원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 여기에 위에서 인정한 정상판매수수료율 23%에서 적용판매수수료율 20.5%를 공제한 2.5%를 곱하면 부당지원금액이 362,384,450원, 3,007,018,004원이 됨은 계산상 명백하다.
 2) 기본과징금
 피고는 원고 1 회사의 법 위반행위에 대하여 과징금을 부과할 것인지 여부와 만일 과징금을 부과한다면 일정한 범위에서 과징금의 부과액수를 얼마로 정할 것인지에 대하여 재량을 가지고 있는바, 피고가 원고 1 회사, 원고 2 회사의 위 각 위반행위를 ‘중대한 위반행위’로 보아 부과기준율 40%, 50%(피고의 고시상 2012. 4. 1.부터 40%에서 50%로 개정되었다)를 적용한 것은 법 제24조의2, 법 시행령 제61조 제1항 [별표 2]에 정하여진 범위 내의 것으로서 재량권의 일탈·남용이라고 볼 수 없다.
 그렇다면 위 부당지원금액에 위 부과기준율을 곱한 기본과징금은 원고 1 회사가 144,953,780원(362,384,450원×40%), 원고 2 회사가 1,503,509,002원(3,007,018,004원×50%)이 된다.
 3) 임의적 조정과징금(피고의 고시상 2012. 4. 1.부터 2차 조정금액이라고 한다)
 원고 1 회사, 원고 2 회사의 위 각 위반행위에 원고 1 회사, 원고 2 회사의 임원이 직접 관여하였음은 위에서 본 바와 같으므로, 피고가 기본과징금에 10%를 가중한 것은 법 제24조의2, 법 시행령 제61조 제1항 [별표 2]에 정하여진 범위 내의 것으로서 재량권의 일탈·남용이라고 볼 수 없다.
 그렇다면 위 각 기본과징금에 10%를 가중하면 원고 1 회사가 159,449,158원(144,953,780원×110%), 원고 2 회사가 1,653,859,902원(1,503,509,002원×110%)이 된다.
 4) 부과과징금 
 위 임의적 조정과징금(2차 조정금액)에서 백만 원 미만을 절사하면 부과과징금이 원고 1 회사 159,000,000원, 원고 2 회사 1,653,000,000원이 된다.
 5) 원고 1 회사, 원고 2 회사의 주장에 대한 판단
 원고 1 회사, 원고 2 회사는 피고가 과징금을 산정하면서 공정거래 자율준수 프로그램(CP) 운영에 따른 감경을 하지 않고 오히려 임원들의 적극가담을 이유로 임의적 조정과징금 산정 시 10%를 가중한 것은 위법하다고 주장하나, ‘과징금부과 세부기준 등에 관한 고시’(2012. 3. 28. 공정거래위원회고시 제2010-6호) Ⅳ. 3. 나. (5)에 의하면 위반사업자의 이사 또는 그 이상에 해당하는 고위 임원이 위반행위에 직접 관여한 경우 과징금의 100분의 10 이내에서 가중하도록 규정하고 있고, 같은 고시 Ⅳ. 3. 다. (9) 및 ‘공정거래 자율준수 프로그램 운영 및 유인 부여 등에 관한 규정’(2012. 8. 20. 공정거래위원회고시 제2012-21호) Ⅴ. 1. 다. (5)에서는 공정거래 자율준수 프로그램의 모범적 설계·운용 시 그 등급에 따라 과징금을 감경할 수 있도록 하면서 다만 그 적용제외 사유로 고위 임원이 위반행위에 직접 관여한 경우를 규정하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 사장단 회의 등에서 원고 1 회사, 원고 2 회사의 임원이 베이커리 부문에 대한 지원을 당부함으로써 소외 12 회사에 대한 지원행위에 적극적으로 가담한 사실이 인정되는 이상, 원고 1 회사, 원고 2 회사의 위 주장은 이유 없다.
 다. 소결
 따라서 [별지 1] 기재 제5항 과징금 납부명령 중 원고 1 회사에 대하여 159,000,000원을 초과하는 부분, 원고 2 회사에 대하여 1,653,000,000원을 초과하는 부분, 원고 3 회사에 대한 부분은 위법하다.
 5. 결론
 그렇다면 피고가 2013. 2. 25.자 의결 제2013-039호로 한 [별지 1] 기재 제1 내지 4항 시정명령 중 제2, 3, 4항 시정명령, [별지 1] 기재 제5항 과징금 납부명령 중 원고 1 회사에 대하여 159,000,000원을 초과하는 부분, 원고 2 회사에 대하여 1,653,000,000원을 초과하는 부분, 원고 3 회사에 대한 부분은 위법하여 이를 각 취소하여야 할 것이므로, 원고 1 회사, 원고 2 회사의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하며, 원고 3 회사의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 이강원(재판장) 강상욱 정재훈

甲 주식회사 등이 자신들이 운영하는 대형할인점 등에 입점하여 빵을 판매하는 계열사 乙 주식회사와 특정매입거래를 하면서 판매수수료율을 통상적인 거래가격보다 낮게 책정하는 방법으로 과다한 경제상 이익을 제공하였다는 이유로 공정거래위원회가 시정명령 및 과징금 납부명령을 한 사안에서, 위 시정명령 등이 적법하다고 한 사례

甲 주식회사 등이 자신들이 운영하는 대형할인점 등에 입점하여 빵을 판매하는 같은 기업집단 소속 계열사 乙 주식회사와 특정매입거래를 하면서 판매수수료율을 통상적인 거래가격보다 낮게 책정하는 방법으로 과다한 경제상 이익을 제공하였다는 이유로 공정거래위원회가 甲 회사 등에게 시정명령 및 과징금 납부명령을 한 사안에서, 乙 회사 매장에 대하여 판매수수료율을 인하하여 거래한 것은 정상판매수수료율에 비하여 현저히 유리한 조건의 거래에 해당하고, 乙 회사가 속한 관련 시장에서 ‘경쟁자 배제’ 또는 ‘잠재적 경쟁자의 신규 진입 억제’ 등 시장 기능을 저해하는 위험성을 가져왔다고 보기 충분하여 부당지원행위에 해당하므로 시정명령 등이 적법하다고 한 사례.