농협 생필품매장 등이 재산세 경감대상 구판사업용 해당 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2016.05.12 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
재산세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제3항 및 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항(이하 위 각 조항을 합하여 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)은 농업협동조합중앙회 등이 구매ㆍ판매사업 등에 직접 사용하는 부동산 및「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」(이하 ‘농수산물유통법’이라 한다) 제70조에 의한 유통자회사에게 ‘농수산물 유통시설’로 사용하게 하는 부동산에 대하여 재산세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있다.
원심 및 원심이 인용한 제1심판결 이유에 의하면, 원심은 이 사건 감면조항 및 농수산물유통법 등의 관련 규정 내용과 입법목적, 조세감면 규정의 엄격해석 원칙 등을 이유로 이 사건 감면조항에 의한 재산세 경감대상인 ‘농수산물 유통시설’은 ‘농수산물에 관한’ 유통시설만을 의미하는 것으로 해석하면서, 농수산물 유통시설의 설치ㆍ운영에 필수불가결한 것이 아닌 생필품매장, 특정매입매장, 임대매장, 농협은행 등은 위 재산세 감면대상인 ‘농수산물 유통시설’에 포함된다고 할 수 없다고 판단하였다. 또한 구 농수산물유통법에 규정된 ‘농수산물 종합유통센터’에 농수산물의 판매 및 물류 관련 편의시설 등이 포함되는 것으로 규정되어 있다고 하더라도 이 사건 감면조항의 해석을 달리할 것이 아니라고 보았다.
원심판결 이유를 위 구 지방세법 규정의 개정 연혁 등에 비추어 살펴보면, 원심이 이 사건 감면조항에 규정된 ‘농수산물 유통시설’의 의미에 대하여 이는 농수산물유통법에서 차용한 개념이 아니라 세법에서 독자적으로 정한 것으로서 그 의미를 제한적으로 해석하여야 한다고 보는 전제에서 그 설시와 같은 이유로 이 사건 처분이 적법하다고 판단한 것은 옳다. 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 감면조항에서 정한 ‘농수산물유통시설’의 해석에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다. 상고이유에서 들고 있는 대법원 2009. 11. 26. 선고 2007두11184 판결은 이 사건과 사안이 달라 원용할 수 있는 선례에 해당하지 않는다.
2. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2014. 11. 20. 선고 2014누45545 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 판결에서 설시할 이유는 원고의 주장에 관한 판단을 아래 "제2항"과 같이 추가하는 이외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
2. 추가 판단 부분

가. 원고의 주장 요지

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제266조 제3항과 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항(이하, 위 규정들을 지칭할 때에는 ‘관련 지방세 규정’이라 한다)이 재산세 감면 대상으로 규정한 ‘농수산물 유통시설’은 그 필수시설 외에 편의시설까지 포함된 전체적인 시설을 지칭하는 단일한 용어에 해당하므로, ‘농수산물에 관한 유통시설’이라고 한정적·제한적으로 해석할 수 없다. 또한, 농수산물의 유통 활동을 위해서는 생필품 직판장, 식당, 은행 등과 같은 편의시설도 필요하므로, 농수산물 유통에 대한 세제상 지원으로 농업경제의 활성화를 도모하기 위한 관련 지방세 규정의 입법 취지를 살리기 위해서는 농수산물 유통에 직접 소요되는 시설 외에도 위와 같은 편의시설도 재산세 감면 대상에 해당한다고 보아야 한다. 결국, 위와 다른 전제에 기초한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 판단

살피건대, ① 관련 지방세 규정에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 원고가 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 등에 대하여 재산세의 감면을 규정하고 있는 것은 농업의 경쟁력 강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고, 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 주된 목적으로 설립된 원고로 하여금 그 업무를 원활히 수행할 수 있도록 세제상 지원을 함으로써 농업과 농업인을 보호·육성하기 위한 정책적 고려에 따른 것이라고 보이는 이상, 관련 지방세 규정이 정한 재산세 감면 대상인 농수산물 유통시설에 해당되는지 여부는 위와 같은 입법 목적에 직접적으로 부합하는 시설인지 여부로 판단하여야 할 것인 점[종래 행정안전부 (이 사건 변론종결일 기준으로는 ‘안전행정부’로 그 명칭이 변경되었다. )도 2012. 4. 13.자로 농수산물 종합유통센터의 공산품 매장으로 사용되는 부분을 관련 지방세 규정이 정한 농수산물 유통시설로 보아 재산세를 감면할 수 있는지에 대한 서울특별시의 질의에 대해, 기본적으로 ‘농산물, 축산물, 수산물의 유통시설‘로 한정하는 것이 지방세 감면 취지에 부합하고, 원고 등의 유통자회사가 운영하는 공산품 매장에 대한 재산세 감면은 농수산물 유통시설에 대한 세제 지원 기본취지에 부합하지 않는다는 취지로 회신한 바 있다(을 제2호증 참조)], ② 관련 지방세 규정의 문언 내용과 그 입법 취지, 조세법규 엄격해석의 원칙 등에 비추어 보면, 관련 지방세 규정에서 정한 ‘농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산’에는 농수산물의 유통에 필요한 시설 자체가 들어서 있는 부동산만이 아니라 그러한 시설들의 설치·운영에 필수불가결한 부동산도 포함된다고 볼 것이지만, 그 외의 부동산은 그러한 시설의 설치·운영과 관련이 있다 하더라도 여기에 포함된다고 할 수 없다 할 것인데, 앞서 인용한 사실과 증거 등에 의할 때, 피고가 이 사건 처분 당시 관련 지방세 규정이 정한 재산세 감면 대상이 아니라고 본 생필품 매장 등(이하, ‘쟁점 매장 부분’이라 한다)은 이 사건 부동산에서 농수산물 유통시설을 설치·운영함에 있어서 필수불가결한 부분이라고 인정되지 않는 점, ③ 또한, 관련 지방세 규정은 특혜 규정에 해당되어 그에 대한 유추·확장해석은 원칙적으로 허용될 수 없다 할 것인데, 만약 앞서 본 원고의 주장과 같이 관련 지방세 규정이 정한 ‘농수산물 유통시설’을 해석한다면, 이는 사실상 농수산물유통법 제69조가 규정한 ‘농수산물 종합유통센터’로 설치·운용되는 시설에 대하여는 그 전체가 관련 지방세 규정이 정한 재산세 감면이 허용된다고 해석하는 것이라 할 것이고, 그와 같은 해석은 명문의 규정도 없이 재산세 감면 대상을 확장하는 것에 해당된다 할 것인 점, ④ 나아가, 앞서 인용한 사실과 증거 등에 의하면, 농수산물 유통시설의 설치·운용에 필수불가결한 시설로 보이지 않는 쟁점 매장 부분은 수익사업의 일환으로 설치·운용되는 것으로 보이는데, 그에 대한 재산세 감면 허용은 농수산물 유통시설을 설치함에 있어 그 운영에 필수불가결한 시설이 아닌 부분까지도 필요 이상으로 과다하게 설치할 유인을 제공할 수 있어, 영농산업 등의 보호·육성과 농업 경제의 활성화를 도모하기 위한 관련 지방세 규정의 세제 지원 취지가 불합리한 경제적 효과를 유발할 수 있다고 할 것인 점, ⑤ 한편, 원고가 이 사건 처분이 위법하다고 주장하면서 들고 있는 ‘대법원 2009. 11. 26. 선고 2007두11184 판결’은 취득세 등의 감면을 허용할 근거와 그 감면의 정도가 관련 법령의 해석상 비교적 명확히 존재하는 사안인 것으로 보여, 쟁점 매장 부분을 관련 지방세 규정이 정한 농수산물 유통시설로 볼 만한 명시적인 법령상의 근거가 불충분한 이 사건과는 그 사안이 같지 않다 할 것이고, 원고가 주장하는 나머지 대법원 판결들도 이 사건에 직접 원용하기에는 적절하지 아니한 사안들이라고 판단되는 점 등을 앞서 인용한 여러 사정과 종합해 볼 때, 원고가 제출한 증거들과 항소심에서 추가로 주장하는 사정들을 모두 고려한다고 하더라도, 쟁점 매장 부분을 관련 지방세 규정이 정한 바와 같이 재산세가 감면되는 농수산물 유통시설에 해당한다고 볼 수는 없다. 결국 그와 다른 전제로 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 위 주장은 이를 받아들일 수 없다(원고가 이 사건 변론종결 이후에 이 법원에 제출한 ‘2014. 11. 11.자 참고서면’ 및 그에 첨부한 자료의 기재 내용을 모두 고려하더라도 위와 같은 결론을 뒤집기에 부족하다).
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인데, 제1심 판결은 그와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각한다.
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【하급심-서울행정법원 2014. 2. 14. 선고 2013구합50067 판결】

【주 문】 처분청승소

【이 유】

1. 처분의 경위

가. 재산세 감면과 분리 과세

(1) 원고의 유통자회사인 주식회사 농협유통(이하 ‘농협유통’이라 한다)은 2007년부터 2011년까지 원고로부터 서울 00구 00동 230 대 62,448㎡, 같은 동 230-1 대 1,913.8㎡와 각 지상 건물(지상 3층, 지하 1층) 및 부속건물(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 임차하여 ‘하나로클럽’을 운영하여 왔다.
(2) 피고는 위 기간 동안 "이 사건 부동산이 원고의 구매·판매사업(이하 ‘구판사업’이라 한다)에 직접 사용되거나 원고가 농협유통에게 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산에 해당한다."고 보아, 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제3항과 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항에 근거하여 이 사건 부동산에 관한 재산세 등 세율에 50 내지 75%의 감면율을 적용하고, 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제102조 제5항 제12호에 근거하여 재산세의 50%(세율 0.2%)를 분리 과세하여 왔다.
나. 처분 등

(1) 피고는 2012. 4. 24. 원고에게 "이 사건 부동산 중 생필품매장, 특정매입매장(대규모소매업자가 납품업자로부터 상품을 외상매입하여 판매하고 재고품은 반품하는 위ㆍ수탁거래형태인 특정매입거래 방식에 의한 매장), 임대매장, 농협은행은 원고가 구판사업 등에 직접 사용하는 부동산이 아니고, 농협유통에 ‘농수산물 유통시설’로 사용하게 하는 부동산도 아니므로, 재산세 감면대상에 해당하지 아니한다."는 이유로, 별도의 합산 세율을 적용한 차액분에 관한 과세예고 통지를 하였다.
(2) 피고는 원고에게, 2012. 5. 8. 별지 목록 중 2007년 재산세, 도시계획세, 공동시설세, 지방교육세 합계 283,722,400원, 2012. 6. 12. 별지 목록 중 2008 내지 2011년 재산세, 도시계획세, 공동시설세, 지방교육세 1,526,897,740원의 각 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
(3) 이에 불복하여 원고는 2012. 8. 6. 심판청구를 하였으나, 2012. 10. 24. 조세심판원으로부터 기각 결정을 받았다.
다. 하나로클럽의 운영 현황

하나로클럽의 각 연도별 사용용도와 사용면적 현황은 아래와 같다.
(단위: ㎡)

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 포함), 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) ‘직접 사용’에 관하여

사용용도가 직접 본래의 업무에 사용하면 족하고, 그 사용방법이 스스로 같은 용도에 제공하거나 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부를 가리지 아니하므로, 원고가 유통자회사인 농협유통에게 임대하였다 하더라도 서울특별시조례에서 정한 ‘구매ㆍ판매 및 그 부속사업’에 해당하면 족하다.
한편, 농업협동조합법 제134조 제1항 제2호 가목에 ‘회원을 위한 구매ㆍ판매ㆍ제조ㆍ가공 등의 사업’이라고 되어 있는 점, 농업협동조합은 농업발전만을 위한 조직이 아니라, 농업인의 경제적, 사회적, 문화적 지위를 향상시키고자 하는 목적으로 설립된 조직이므로(제1조), 농산물 판매장소에서 생필품까지 판매하도록 하는 것이 회원들의 삶의 질을 높이고, 농산품 판매 촉진으로 농업경제와 농업인의 공동이익을 증진할 수 있는 점, 제57조 제1항 제2호 다목에 ‘조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입ㆍ제조ㆍ가공ㆍ공급 등의 사업’을 규정함으로써 생필품의 공급도 구판사업의 범위에 포함하고 있는 점, 조세심판원(2011. 9. 30.자 2010지410 결정)은 "불특정다수인에 대한 공산품 판매도 취득세 및 등록세 감면 대상이 된다."고 결정을 한 점 등을 고려할 때, 생필품 등의 판매도 원고의 ‘구매ㆍ판매 및 그 부속사업’에 해당한다.
따라서 이 사건 부동산을 임대한 것은 ‘직접 사용’에 해당하고, 생필품 등을 판매도 ‘구매ㆍ판매 및 그 부속사업’에 해당하므로, 원고는 이 사건 부동산을 ‘구매ㆍ판매 및 그 부속사업에 직접 사용’하였다.
(2) 유통자회사의 ‘농수산물 유통시설 사용’에 관하여

농협유통은 ‘농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률’(이하 ‘농수산물유통법’이라 한다) 제70조 제1항에 의하여 설립된 점, 농협유통의 정관 제2조 제3호에 ‘생필품 등 공산품의 수집 및 배송ㆍ판매’도 목적사업으로 규정되어 있는 점, 농협유통이 운영하는 ‘하나로클럽’은 농수산물유통법 제69조에서 정한 농수산물종합유통센터에 해당하고, 1995년 사업계획을 작성할 때나 1995. 6. 23. 농림수산부장관의 승인을 받을 때 생필품 판매가 포함되어 있었던 점, 관련 생필품까지 구입하게 함으로써 농산품의 판매도 촉진하고, 결과적으로 농어업 활성화라는 목적을 달성할 수 있는 점, 유통산업발전법 제12조의2는 ‘농수산물의 매출액 비중이 51% 이상인 대규모 점포’를 대형마트로 규정하고 있는데, ‘하나로클럽’은 농수산물의 매출, 매입이 약 70% 이상을 차지하고 있는 점 등을 고려할 때, ‘농수산물 유통시설’은 농수산물유통법 제69조에 근거해 집약된 하나의 매장 또는 시설로서 농산품뿐만 아니라 생필품 또는 다른 공산품 및 이에 부수하는 것을 포함하여 전체로서 하나의 농수산물종합유통센터로 운영되고 있는 것을 의미하므로, 일부 생필품 등의 판매도 ‘농수산물 유통시설 사용’에 해당한다.
나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.
다. 판단

(1) ‘직접 사용’에 관하여

2007년 내지 2010년의 재산세 등에 관하여는 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제3항이 적용되는데, "농업협동조합중앙회가 구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(농수산물유통법 제70조의 규정에 의한 유통자회사에게 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다)"라고 규정하고 있다. 한편, 2011년의 재산세 등에 관하여는 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항이 각 적용되는데, "농업협동조합중앙회가 구매ㆍ판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(농수산물유통법 제70조 제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다)"라고 규정하고 있다.
위 법령을 종합해 보면, ‘직접 사용’부분과 괄호부분이 나뉘어져 규정되어 있는 점,「지방세특례제한법」제2조제1항 제8호는 "직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다."고 규정하여 소유자에 의한 사용으로 한정하고 있는 점, 임대하는 경우도 당연히 ‘직접 사용’으로 본다면 괄호 안의 규정은 아무런 의미가 없게 되는 점(괄호 안의 규정에 의하여 예외적으로 "유통자회사에 의한 사용을 ‘직접 사용’으로 보아 감면하겠다."는 입법자의 의도로 보이고, 이렇게 해석하는 것이 지방세특례제한법에서 정한 ‘직접 사용’의 정의 규정과도 일관되게 된다),「지방세법」제107조(제127조) 단서에 의하면, "대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세(등록세)를 부과한다."고 규정하고 있는데, 이와 같이 사용주체와 관계없이 용도에 따른 직접 사용의 경우에는 법문상 직접 사용 앞에 용도만을 전제하고 있는 점(이에 반하여 위 법령에는 농업협동조합중앙회가 목적 사업에 ‘직접 사용’하여야 한다고 규정함으로써 2중의 제한을 두었다), 농업협동조합중앙회의 목적사업에 ‘그 밖에 설립 목적의 달성에 필요한 사업으로서 농림축산식품부장관의 승인을 받은 사업’도 포함되어 있어(농업협동조합법 제57조 제1항 제10호) 농협유통을 운영하는 것 자체가 목적사업이라고 해석될 수 있으나, 농협유통은 원고와는 별개의 법인격인데다가 괄호 안에서 별도 규정하고 있고, 구판사업 또는 구매ㆍ판매 사업으로 한정되어 농협유통 운영이 여기에 해당한다고 해석하기에 무리가 있는 점, 농협유통은 원고와 달리 수익을 목적으로 설립된 법인이므로, 공익목적법인인 원고와 동일하게 취급할 수 없으므로, 위 법령에 제한을 둔 것으로 볼 수 있는 점, 조세법률주의의 원칙상 조세에 관한 법률규정은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장 또는 유추하여 해석하는 것은 허용되지 않지만, 법률규정 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지와 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을 하는 것은 불가피한 점(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 참조) 등을 고려할 때, 위 법령에서의 ‘직접 사용’은 농업협동조합중앙회가 사용하는 경우를 의미하고, 임대 등은 여기에 해당하지 않는다고 해석함이 타당하므로, 원고의 위 주장(구판사업의 범위 등)은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
(2) 유통자회사의 ‘농수산물 유통시설 사용’에 관하여

(가) 농수산물유통법 제70조 제1항은 "농림수협 등은 농수산물 유통의 효율화를 도모하기 위하여 필요한 경우에는 종합유통센터ㆍ도매시장 공판장을 운영하거나 그 밖의 유통사업을 수행하는 별도의 법인(이하 ‘유통자회사’라 한다)을 설립ㆍ운영할 수 있다."고 규정하고 있다.
위와 같이 유통자회사는 ‘종합유통센터ㆍ도매시장 공판장ㆍ그 밖의 유통사업’을 광범위하게 영위할 수 있는 점, 농수산물유통법 제70조에 의하여 설립된 농협유통은 법인등기부(갑 제4호증)에 농수산물 구입, 판매 이외에 ‘유류판매, 특정주류 판매, 의료기기 판매, 임대사업, 음식점업 등’, 정관(갑 제7호증)에 "‘생필품 등 공산품의 수집 및 배송ㆍ판매 등’이 목적사업으로 각 규정되어 있는 점, 농수산물유통법 제2조에 농수산물도매시장(제2호), 농수산물공판장(제5호), 농수산물종합유통센터(제12호)가 별도로 규정되어 있는 점, ‘농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법’ 제3조 제1호, 제6호, 동 시행령 제2조, 제5조 제1항, 제2항에 의하면 "농산물이란 농작물재배업, 축산업, 임업 등 농업활동으로 생산되는 산물"로, "수산물이란 수산동식물을 포획ㆍ채취하거나 양식하는 산업 등 어업활동으로 생산되는 산물"로 각 규정되어 있는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조) 등을 고려할 때, 농협유통이 농수산물유통법 제70조 제1항에서 정한 농수산물도매시장(제2호), 농수산물공판장(제5호), 농수산물종합유통센터(제12호) 이외에 그 밖의 유통사업(유류판매 등)을 운영할 수 있는 상황을 감안하여, 위 법률은 ‘농수산물에 관한 유통시설’만을 면세대상으로 규정한 것으로 해석함이 타당하다(만일, 원고 주장대로 한다면 법령이 유통자회사에게 ‘유통시설로 사용하게 하는 부동산’이 아니라 ‘농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산’이라고 한정적으로 규정한 취지를 설명할 수 없다).
(나) 이에 대하여 원고는 농림수산부장관의 1995. 6. 23.자 승인을 근거로 ‘농수산물 유통시설’에 해당한다고 주장한다. 그러나 갑 제8호증의 기재에 의하면 승인공문의 제목은 ‘96 농수산물 물류센타 건설지원 승인’이라고 되어 있고, 공문의 수령인은 농협중앙회, 수협중앙회로 되어 있으므로, 해석상 농협유통에 관한 것이 아닌 점, 농림수산부장관이 승인한 농수산물류센터는 "이 사건 부동산 17,930평 중 1,750평을 생필품 집배송장으로 사용한다."는 기재가 있을 뿐 농협유통이 판매하고 있는 형태의 판매시설이 아닌 점, 주요시설 내역도 채소, 과실 집배송장, 옥외배송장 등 물류센터에 관한 것이고, 판매시설에 관한 것이 아닌 점 등을 고려할 때, 농림수산부장관의 승인은 이 사건 부동산에 관한 농협유통의 생필품 등 판매 승인이 아니라 물류센터 신축 승인에 관한 것이므로, 농림수산부장관의 승인을 근거로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.
원고는 ‘하나로클럽’이 농수산물유통법 제69조에서 정한 농수산종합유통센터에 해당하고, 농수산물유통법 시행규칙 제46조 제3항 [별표 3] 농수산물종합유통센터의 시설기준 중 2. 편의시설에 ‘직판장, 수출지원실, 휴게실, 식당, 금융회사 등의 점포, 그 밖에 이용자의 편의를 위하여 필요한 시설’이 규정되어 있으므로, 생필품 등의 판매도 ‘농수산물 유통시설’에 해당한다고 주장한다. 그러나 앞에서 본 바와 같이 유통자회사의 경우 ‘농수산물 유통시설’로 위 법령에 한정적으로 규정되어 있고, 농수산물유통법은 ‘농수산물 유통시설’에 관한 정의 규정을 두고 있지 아니한 점, 농수산물유통법 제2조 제12호에 농수산물종합유통센터는 ‘농수산물의 수집ㆍ포장ㆍ가공ㆍ보관ㆍ수송ㆍ판매 및 그 정보처리 등 농수산물의 물류활동에 필요한 시설’이라고 규정하고 있는 등 물류활동에 필요한 시설로 동 시행규칙 제46조 제3항 [별표 3]의 편의시설이 포함됨을 규정하고 있는 점 등을 고려할 때, 농수산물유통법에서 정한 농수산물종합유통센터에 생필품 판매 등이 규정되어 있다 하더라도 이것만으로 위 법령에서 정한 ‘농수산물 유통시설’에 해당한다고 볼 수 없다.
(3) 면세대상에 관하여

(가) 위와 같이 농협유통이 농수산물 유통을 위하여 제공된 시설만이 재산세 등이 면제되므로, 생필품, 특정매입매장 중 식당(푸드코트), 임대매장, 농협은행부분은 재산세 등의 부과처분 대상이 된다.
(나) 한편 특정매입매장 중 생필품, 농수산물 가공품, 특산품이 있고, 여기에 농수산물에 해당하는 물품이 있는 것으로 보인다. 그러나 원칙적으로 지방세법 제266조 제3항 본문 등에 의하여 이 사건 매장이 농수산물 유통시설로 재산세 등 감면 대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있다(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 참조). 따라서 특정매입매장에서 농수산물이 판매되었거나 특산품에 농수산물이 포함되어 있었다는 사정에 관하여는 이에 따른 재산세 등의 감면을 주장하는 원고에게 입증책임이 있는바, 농수산물 가공품, 특산품 중 생필품을 제외한 농수산물의 판매면적을 확인할 증거가 없으므로, 전체를 재산세 등의 부과처분 대상으로 볼 수밖에 없다.
이에 대하여, 원고는 상당부분 농수산물 유통시설로 사용하거나 농수산물 판매 촉진에 도움이 되므로, 시설 단위로 이 사건 부동산 전체에 관하여 재산세 등을 면세하여야 한다고 주장한다. 그러나 판매 면적으로 사용면적을 환산할 수 있는 점, 농수산물 유통과 관계없는 부분까지 재산세 등 면세이익을 부과하는 것은 입법자의 의도에 반하는 점, 농림수산부장관의 1995. 6. 23.자 승인은 물류센터 건립승인에 관한 것일 뿐인 점, 농협유통은 농수산물 이외의 생필품 등 일반 물품유통 사업을 수행하는 법인이므로, 모든 판매행위에 면세혜택을 부여하는 것은 위 법령에서 정한 취지가 아닌 점, 세법은 농수산물유통법 등의 규정에 구속되어 판단되는 것이 아니고 세법의 독자적인 관점에서 입법취지에 비추어 판단되어야 하는 점 등을 고려할 때, 원고의 위 주장은 이유 없다.
(다) 따라서 농수산물 판매 면적을 제외한 생필품 등 판매면적에 대하여 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.
1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

2. 대통령령이 정하는 마을회등 주민공동체의 주민공동소유를 위한 부동산 및 선박의 취득

5. 「별정우체국법」에 의하여 별정우체국사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

6. 임시흥행장, 공사현장사무소등 존속기간이 1년을 초과하지 아니하는 임시용건축물의 취득. 다만, 존속기간이 1년을 초과하는 경우에는 취득세를 부과한다.
제127조(용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.
1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

2. 대통령령이 정하는 마을회등 주민공동체의 주민공동소유 부동산 및 선박의 등기

3. 「사립학교법」에 의한 학교법인 또는 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기

5. 기타 대통령령으로 정하는 등기 또는 등록

제182조(과세대상의 구분)

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.
3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 다음 각목의 1에 해당하는 토지

가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령이 정하는 임야

다. 제112조제2항의 규정에 의한 골프장(동조동항 각호외의 부분 후단의 규정을 적 용하지 아니한다)용 토지와 동조동항의 규정에 의한 고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지

라. 「산업집적활성화 및 공장설립에관한 법률」제2조제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령이 정하는 토지

마. 가목 내지 라목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지

제266조(농어민관련사업 등에 대한 감면)

③ 농업협동조합중앙회·수산업협동조합중앙회·산림조합중앙회가 구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제70조의 규정에 의한 유통자회사에게 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다. 이 경우 당해 지방자치단체의 조례로 그 경감률을 100분의 50을 초과하여 정할 수 있으며, 부동산의 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다.
■ 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면)

① 농업협동조합중앙회, 수산업협동조합중앙회, 산림조합중앙회가 구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제70조제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2012년 12월 31일까지 경감한다.
1. 구매·판매·보관·가공·무역 사업용 토지와 건축물

2. 생산 및 검사 사업용 토지와 건축물

3. 농어민 교육시설용 토지와 건축물

■ 농업협동조합법

제1조(목적)

이 법은 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위를 향상시키고, 농업의 경쟁력 강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이며, 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제57조(사업)

① 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다.
2. 경제사업

가. 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업

나. 조합원이 생산한 농산물의 유통 조절 및 비축사업

다. 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급 등의 사업

10. 그 밖에 설립 목적의 달성에 필요한 사업으로서 농림축산식품부장관의 승인을 받은 사업

제134조(사업)

① 중앙회는 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다.
2. 농업경제사업

가. 회원을 위한 구매·판매·제조·가공 등의 사업

8. 제1호부터 제7호까지의 사업과 관련되는 부대사업

■ 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률

제1조(목적)

이 법은 농수산물의 유통을 원활하게 하고 적정한 가격을 유지하게 함으로써 생산자와 소비자의 이익을 보호하고 국민생활의 안정에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조(정의)

1. "농수산물"이란 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 및 임산물 중 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정하는 것을 말한다.
2. "농수산물도매시장"이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 또는 시가 양곡류ㆍ청과류ㆍ화훼류ㆍ조수육류(조수육류)ㆍ어류ㆍ조개류ㆍ갑각류ㆍ해조류 및 임산물 등 대통령령으로 정하는 품목의 전부 또는 일부를 도매하게 하기 위하여 제17조에 따라 관할구역에 개설하는 시장을 말한다.
5. "농수산물공판장"이란 지역농업협동조합, 지역축산업협동조합, 품목별ㆍ업종별협동조합, 조합공동사업법인, 품목조합연합회, 산림조합 및 수산업협동조합과 그 중앙회(농협경제지주회사를 포함한다. 이하 "농림수협등"이라 한다), 그 밖에 대통령령으로 정하는 생산자 관련 단체와 공익상 필요하다고 인정되는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 "공익법인"이라 한다)이 농수산물을 도매하기 위하여 제43조에 따라 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)의 승인을 받아 개설ㆍ운영하는 사업장을 말한다.
12. "농수산물종합유통센터"란 제69조에 따라 국가 또는 지방자치단체가 설치하거나 국가 또는 지방자치단체의 지원을 받아 설치된 것으로서 농수산물의 출하 경로를 다원화하고 물류비용을 절감하기 위하여 농수산물의 수집ㆍ포장ㆍ가공ㆍ보관ㆍ수송ㆍ판매 및 그 정보처리 등 농수산물의 물류활동에 필요한 시설과 이와 관련된 업무시설을 갖춘 사업장을 말한다.
제69조(종합유통센터의 설치)

① 국가나 지방자치단체는 종합유통센터를 설치하여 생산자단체 또는 전문유통업체에 그 운영을 위탁할 수 있다.
② 국가나 지방자치단체는 종합유통센터를 설치하려는 자에게 부지 확보 또는 시설물 설치 등에 필요한 지원을 할 수 있다.
⑤ 종합유통센터의 설치, 시설 및 운영에 관하여 필요한 사항은 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정한다.
제70조(유통자회사의 설립)

① 농림수협등은 농수산물 유통의 효율화를 도모하기 위하여 필요한 경우에는 종합유통센터ㆍ도매시장공판장을 운영하거나 그 밖의 유통사업을 수행하는 별도의 법인(이하 "유통자회사"라 한다)을 설립ㆍ운영할 수 있다.
③ 국가나 지방자치단체는 유통자회사의 원활한 운영을 위하여 필요한 지원을 할 수 있다.
■ 농수산물 품질관리법

제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "농수산물"이란 다음 각 목의 농산물과 수산물을 말한다.
가. 농산물:「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」제3조제6호가목의 농산물

나. 수산물:「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」제3조제6호나목의 수산물(「소금산업 진흥법」제2조제1호에 따른 소금은 제외한다)

13. "농수산가공품"이란 다음 각 목의 것을 말한다.
가. 농산가공품: 농산물을 원료 또는 재료로 하여 가공한 제품

나. 수산가공품: 수산물을 대통령령으로 정하는 원료 또는 재료의 사용비율 또는 성분함량 등의 기준에 따라 가공한 제품

■ 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법

제3조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "농어업"이란 다음 각 목의 산업을 말한다.
가. 농업: 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것

나. 어업: 수산동식물을 포획·채취하거나 양식하는 산업, 염전에서 바닷물을 자연 증발시켜 제조하는 염산업 및 이들과 관련된 산업

6. "농수산물"이란 다음 각 목의 것을 말한다.
가. 농산물: 농업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것

나. 수산물: 어업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것

■ 유통산업발전법

제12조의2(대규모점포등에 대한 영업시간의 제한 등)

① 특별자치시장·시장·군수·구청장은 건전한 유통질서 확립, 근로자의 건강권 및 대규모점포등과 중소유통업의 상생발전(상생발전)을 위하여 필요하다고 인정하는 경우 대형마트(대규모점포에 개설된 점포로서 대형마트의 요건을 갖춘 점포를 포함한다)와 준대규모점포에 대하여 다음 각 호의 영업시간 제한을 명하거나 의무휴업일을 지정하여 의무휴업을 명할 수 있다. 다만, 연간 총매출액 중 「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」에 따른 농수산물의 매출액 비중이 55퍼센트 이상인 대규모점포등으로서 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 대규모점포등에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 영업시간 제한

2. 의무휴업일 지정

■ 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제102조(분리과세대상 토지의 범위)

⑤ 법 제106조제1항제3호마목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조제1항제3호다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다.
12. 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합, 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합, 「산림조합법」에 따라 설립된 조합 및 「엽연초생산협동조합법」에 따라 설립된 조합(해당 조합의 중앙회를 포함한다)이 과세기준일 현재 구판사업에 직접 사용하는 토지와 「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」제70조에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 토지 및 「한국농수산식품유통공사법」에 따라 설립된 한국농수산식품유통공사가 농수산물 유통시설로 직접 사용하는 토지

제132조(분리과세 대상토지의 범위)

⑤ 법 제182조제1항제3호마목에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제182조제1항제3호다목에 따른 토지를 제외한다)를 말한다.
13. 「농업협동조합법」에 의하여 설립된 조합·수산업협동조합·산림조합 및 엽연초생산협동조합(해당 조합의 중앙회를 포함한다)이 과세기준일 현재 구판사업에 직접 사용하는 토지와 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제70조의 규정에 의한 유통자회사에게 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 토지 및 「농수산물유통공사법」에 의하여 설립된 농수산물유통공사가 농수산물 유통시설로 직접 사용하는 토지

■ 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령

제2조(농업의 범위)

「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제1호가목에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.
1. 농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자·묘목 재배업(임업용 종자·묘목 재배업은 제외한다)

2. 축산업: 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업·증식업·부화업 및 종축업

3. 임업: 육림업(자연휴양림·자연수목원의 조성·관리·운영업을 포함한다), 임산물 생산·채취업 및 임업용 종자·묘목 재배업

제5조(농수산물의 범위)

① 법 제3조제6호가목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제2조의 농업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.
② 법 제3조제6호나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 법 제3조제1호나목의 어업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.
■ 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 시행규칙

제46조(종합유통센터의 설치 등)

① 법 제69조제2항에 따라 국가 또는 지방자치단체의 지원을 받아 종합유통센터를 설치하려는 자는 지원을 받으려는 농림축산식품부장관, 해양수산부장관 또는 지방자치단체의 장에게 다음 각 호의 사항이 포함된 종합유통센터 건설사업계획서를 제출하여야 한다.
1. 신청지역의 농수산물 유통시설 현황, 종합유통센터의 건설 필요성 및 기대효과

2. 운영자 선정계획, 세부적인 운영방법과 물량처리계획이 포함된 운영계획서 및 운영수지분석

3. 부지·시설 및 물류장비의 확보와 운영에 필요한 자금 조달계획

4. 그 밖에 농림축산식품부장관, 해양수산부장관 또는 지방자치단체의 장이 종합유통센터 건설의 타당성 검토를 위하여 필요하다고 판단하여 정하는 사항

② 농림축산식품부장관, 해양수산부장관 또는 지방자치단체의 장은 제1항에 따라 사업계획서를 제출받았을 때에는 사업계획의 타당성을 고려하여 지원 대상자를 선정하고, 부지 구입, 시설물 설치, 장비 확보 및 운영을 위하여 필요한 자금을 보조 또는 융자하거나 부지 알선 등의 행정적인 지원을 할 수 있다.
③ 법 제69조제1항에 따라 국가 또는 지방자치단체가 설치하는 종합유통센터 및 같은 조 제2항에 따라 지원을 받으려는 자가 설치하는 종합유통센터가 갖추어야 하는 시설기준은 별표 3과 같다.
[별표 3]

농수산물종합유통센터의 시설기준(제46조제3항 관련)

비고

1. 편의시설은 지역 여건에 따라 보유하지 않을 수 있다.
2. 부지 및 건물 면적은 취급 물량과 소비 여건을 고려하여 기준면적에서 50퍼센트까지 낮추어 적용할 수 있다.
■ 서울특별시세조례(2008. 3. 12. 서울특별시조례 제4611호로 개정되기 전의 것)

제18조(구판사업등 부동산에 대한 경감)

① 법 제266조제3항 에서 "구판사업등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산"이라 함은 다음의 것을 말한다.
1. 구매·판매 및 그 부속사업용 토지와 건축물

■ 서울특별시세 감면조례(2010. 12. 31. 서울특별시조례 제5062호로 개정되기 전의 것)

제31조(농업협동조합중앙회 등에 대한 감면)

①「지방세법」제266조제3항에서 "구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산"이란 다음 각 호와 같다.
1. 구매·판매 및 그 부속사업용 토지와 건축물

농협중앙회의 생필품매장, 특정매입매장, 임대매장, 농협은행 등은 농수산물 유통시설의 설치ㆍ운영에 필수불가결한 것이 아니므로 재산세가 경감되는 구판사업 등 또는 농수산물 유통시설에 직접 사용하게 하는 부동산에 해당하지 않음.