법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2008.09.24 / 시행일:

【원 고】 농업협동조합중앙회 (소송대리인 변호사 정병문 외 4인)
【피 고】 남대문세무서장 (소송대리인 변호사 한대현)
【변론종결】2008. 6. 25.
【주 문】
1. 이 사건 소 중 2002 사업연도 귀속 법인세 부과처분에 대한 일부취소 청구 부분을 각하한다.
2. 피고가 2004. 9. 1. 원고에 대하여 한,(1) 1999 사업연도 귀속 법인세 3,700,569,314원의 부과처분 중 604,551,282원을 초과하는 부분,(2) 2000 하반기 사업연도 귀속 법인세 36,106,871,737원의 부과처분 중 32,673,691,206원을 초과하는 부분,(3) 2001 사업연도 귀속 법인세 27,119,511,769원의 부과처분 중 23,739,309,105원을 초과하는 부분,(4) 2003 사업연도 귀속 법인세 10,580,499,278원의 부과처분 중 6,433,431,407원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
4. 소송비용 중 2/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지】피고가 2004. 9. 1.(소장 기재 처분일 ‘2004. 9. 8.’은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한,(1) 1999 사업연도 귀속 법인세 3,700,569,314원의 부과처분 중 604,551,282원을 초과하는 부분,(2) 2000 사업연도(2000. 7. 1.～2000. 12. 31.) 귀속 법인세 36,106,871,737원의 부과처분 중 15,095,460,631원을 초과하는 부분,(3) 2001 사업연도 귀속 법인세 27,119,511,769원의 부과처분 중 14,487,375,529원을 초과하는 부분,(4) 2003 사업연도 귀속 법인세 10,580,499,278원의 부과처분 중 6,433,431,407원을 초과하는 부분을 각 취소하고, 원고가 부담한 2002 사업연도 귀속 법인세 250,817,806,142원 중 248,349,686,182원을 초과하는 부분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증의 1 내지 7, 갑2호증의 1 내지 13, 갑3, 12, 13, 14호증, 을1, 2호증, 을3호증의 1, 을4호증, 을5호증의 1 내지 10, 을6호증의 1, 2, 을7 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
가. 원고에 대한 세무조사의 실시 및 세무조정
(1) 원고는 별지 ‘법인세 신고 및 부과처분 내역’의 ‘당초 신고세액’란 기재와 같이 1999 사업연도 내지 2003 사업연도에 대한 법인세를 신고하였다.
(2) 서울지방국세청장은 2004. 4. 26.부터 2004. 7. 6.까지 사이에 원고에 대하여 법인세 조사를 실시하고 별지 ‘소득금액 조정 내역’ 기재와 같이 세무조정을 하였는데, 이 사건 쟁점과 관련된 사항에 대한 구체적인 세무조정 내용은 다음과 같다.
㈎ 원고가 최종거래일로부터 5년이 경과된 예금 중 100,000원 이상인 예금에 대하여는 상법상 소멸시효완성에 따른 채무면제이익을 전혀 계상하지 아니하고 100,000원 미만인 예금에 대하여는 예금잔액에 따라 최종거래일로부터 6년 내지 8년이 경과하였을 때 채무면제이익을 계상하였다는 이유로, 100,000원 이상인 예금에 대하여는 별지 ‘소득금액 조정 내역’의 ‘① 시효완성예금’란 기재와 같이 최종거래일로부터 5년이 경과된 시점의 각 사업연도의 익금에 산입하고, 이미 익금에 산입한 100,000원 미만인 예금에 대하여는 같은 내역의 ‘② 시효완성예금(귀속시기)’란 기재와 같이 최종거래일로부터 5년이 경과된 시점의 각 사업연도의 익금에 산입하되, 최종거래일로부터 6년 내지 8년이 경과하였을 때 이미 익금에 산입하였던 부분에 대하여는 손금으로 추인하는 방식으로 귀속시기를 조정하였다{예를 들면, ‘② 시효완성예금(귀속시기)’란 기재에서 보는 바와 같이 2001 사업연도에 소멸시효가 완성된 예금 3,409,244,365원을 익금에 산입하고 당초 2001 사업연도에 익금에 산입되었던 3,163,056,641원을 손금으로 추인하는 식으로 귀속시기를 조정하였다}.
㈏ 원고가 공제기간 만료 후 가입자가 2년이 경과하도록 지급청구를 하지 않은 만기공제금 및 생존공제금(공제금에 대한 배당금 포함)에 대하여 원고의 공제규정에 따라 상법상 소멸시효완성에 따른 수익을 계상하지 않았다는 이유로, 별지 ‘소득금액 조정 내역’의 ‘③ 시효완성 만기공제금’란 기재와 같이 공제기간 만료 후 2년이 경과된 시점의 각 사업연도의 익금에 산입하였다.
㈐ 대손충당금 설정과 관련하여,㉮ 은행업감독규정 제29조 제1항에 따르면 금융기관은 결산시 결산일 현재 은행계정 및 종합금융계정의 대출채권, 금융리스채권, 금융리스선급금 및 여신성 가지급금에 대하여 건전성 분류결과에 따라 정하는 금액을 대손충당금으로 적립하되, 차주가 대한민국 정부 또는 지방자치단체인 자산과 정상으로 분류된 대출채권 중 콜론, 환매조건부채권매수, 은행간 대여금, 은행간 외환대여금(이하 위 채권들을 합하여 ‘국가 등에 대한 채권’이라고 한다)에 대하여는 대손충당금을 적립하지 않을 수 있다고 규정하고 있는바, 원고는 2000. 12. 31. 현재 2000 하반기 사업연도에 대한 결산 당시 국가 등에 대한 채권 2,509,244,537,270원(=대한민국 정부 및 지방자치단체에 대한 채권 740,158,595,915원＋정상으로 분류된 원화 콜론 559,633,161,355원＋외화 콜론 7,558,200,000원＋은행간 대여금 51,894,580,000원＋환매조건부채권매수금액 1,150,000,000,000원)에 대하여 자산건전성별로 분류하지 아니한 채 대손충당금을 적립하지 아니하였고, 2001. 3.경 세무조정 당시 대손충당금한도액 산정에도 포함시키지 아니하였는데, 서울지방국세청장은 대손충당금적립액 중 자산건전성별로 분류한 채권을 기준으로 산정한 대손충당금한도액을 초과한 금액 33,421,579,512원을 2000 하반기 사업연도의 손금에 불산입하고 2001 사업연도에 동액 상당인 33,421,579,512원을 손금으로 추인하였고,㉯ 원고는 2001. 12. 31. 현재 2001 사업연도에 대한 결산 당시 국가 등에 대한 채권 1,873,969,651,036원(=대한민국 정부 및 지방자치단체에 대한 채권 964,714,730,591원＋정상으로 분류된 콜론 272,752,520,846원＋은행간 대여금 216,502,399,599원＋환매조건부채권매수금액 420,000,000원)에 대하여 대손충당금을 적립하지는 않았으나, 2002. 3.경 세무조정 당시 결산상 적립한 대손충당금이 세법상 한도를 초과하게 되자 국가 등에 대한 채권을 대손충당금한도액 산정에 포함하여 대손충당금 시부인조정을 하였는데, 서울지방국세청장은 대손충당금적립액 중 국가 등에 대한 채권을 제외한 채권을 기준으로 산정한 대손충당금한도액을 초과한 금액 40,640,249,702원을 2001 사업연도의 손금에 불산입하고, 2002 사업연도에 동액 상당인 40,640,249,702원을 손금으로 추인하였으며,㉰ 원고는 ‘금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률’에 따라 한국자산관리공사에 설치된 부실채권정리기금에 출연한 금액에 대하여 2001 사업연도에 18,390,000,000원, 2002 사업연도에 367,800,000원 및 2003 사업연도에 367,800,000원의 대손충당금을 각 적립하여 동액 상당을 손금에 산입하였는데, 서울지방국세청장은 부실채권정리기금에 대한 출연금은 채권이 아니므로 대손충당금 적립대상이 아니라는 이유로, 위 출연금 전액을 각 사업연도의 손금에 불산입하였다.
㈑ 원고는 1999. 4. 1. 자산재평가법에 따라 소유자산에 대하여 아래의 표와 같이 재평가를 실시하고, 2000. 3. 24. 1999 사업연도에 대한 법인세 신고 당시 재평가 대상인 토지 중 재평가세율이 1%가 적용되는 토지(1984. 1. 1. 이후에 취득한 토지이거나, 1983. 12. 31. 이전 취득한 토지로서 1984. 1. 1. 이후 재평가한 토지)에 대한 재평가차액 505,333,635,256원에서 재평가세 6,249,585,796원을 차감한 499,084,049,460원을 익금산입하고 기타 사외유출로 처분하는 한편 이에 상당하는 압축기장충당금 설정하여 손금산입하고 유보로 처분하였고, 2000. 5. 25. 재평가차액 중 세무조정이 누락된 재평가세 6,249,585,796원에 대하여 추가로 익금산입하고 기타 사외유출로 처분하고 이에 상당하는 압축기장충당금을 설정하여 손금산입하고 유보로 처분하는 것으로 수정신고하였다가, 2002. 8. 23. 1998 사업연도 대손충당금 부분에 관한 심판청구결정에 따른 1999 사업연도 법인세 추가 납부사유가 발생하여 수정신고를 하면서 비영리법인의 자산재평가차액은 법인세법상 비영리법인의 과세소득범위에 포함될 수 없다고 보고 위와 같이 익금산입한 재평가차액 505,333,635,256원과 손금산입한 압축기장충당금 505,333,635,256원을 전액 제거하는 세무조정을 하였는데, 서울지방국세청은 위와 같이 재평가세율이 1%가 적용되는 토지 중 원고가 2000. 1. 1.부터 2002. 12. 31.까지 사이에 양도한 토지에 대한 재평가차액 상당액 만큼 압축기장충당금이 설정되어 있는 것으로 취급하여 별지 ‘소득금액 조정 내역’의 ‘⑤ 압축기장충당금’란 기재와 같이 각 사업연도의 익금에 산입하였다.
 (단위 : 원) 
구분적용 재평가세율(①)재평가차액(②)재평가세(③=①×②)차액(④=②-③)건물3% 51,221,502,520633,469,039 50,588,033,481토지3% 16,620,940,655205,555,276 16,415,385,379토지1% 505,333,635,256 6,249,585,796 499,084,049,460 계 ？ 573,176,078,431 7,088,610,111 566,087,468,320 
㈒ 서울지방국세청장은 시효완성예금과 시효완성공제금의 익금산입으로 인한 과세금액에 대하여는 부당과소신고가산세를 적용하도록 하여 조사결과를 처분청인 피고에게 통보하였다.
(3) 피고의 2004. 9. 1.자 법인세 부과처분 및 원고의 불복
㈎ 위와 같은 세무조사결과를 통보받은 피고는 2004. 9. 1. 원고에게 별지 ‘법인세 신고 및 부과처분 내역’의 ‘부과세액’란 기재와 같이 1999, 2000 상반기, 2000 하반기, 2001, 2003 사업연도에 대하여는 각 법인세 경정처분(이하, ‘각 사업연도에 대한 법인세 부과처분’이라 한다)을, 2002 사업연도에 대하여는 법인세 환급결정을 하였고, 각 사업연도에 대한 법인세 부과세액에는 과소신고가산세 및 미납부가산세 등이 포함되어 있다.
㈏ 이에 원고가 이의신청 및 심판청구를 제기하는 등 불복하여 별지 ‘법인세 신고 및 부과처분 내역’의 ‘불복취소세액’란 기재와 같이 각 사업연도에 대한 법인세 부과처분 중 일부가 취소되거나 피고에 의하여 직권 경정되었는데, 위 이의신청이나 심판청구에서 이 사건 쟁점과 관련된 원고의 주장은 모두 배척되었고, 다만 국세심판원은 시효완성 예금과 시효완성 공제금에 대하여 원고가 고의로 익금산입을 누락한 것이 아니므로 부당과소신고가산세를 적용할 것이 아니라 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다고 결정하였다.
2. 당사자의 주장 및 판단
가. 당사자의 주장
(1) 소멸시효완성 예금에 관한 사항
㈎ 원고의 주장
① 원고는 고객이 예치한 예금에 대하여 최종거래일로부터 5년이 지나기 전에 이자가 발생하면 그 예금계좌에 이자를 지급하였고, 언론 및 영업장을 통하여 최종거래일로부터 5년이 지난다고 하더라도 예금채무가 소멸하는 것은 아니라고 홍보하는 방법 등으로 예금채무를 승인하였으므로 그 예금채무에 대한 소멸시효는 중단되었다고 할 것이다.
② 설령 소멸시효가 중단되지 아니하고 완성되었다고 하더라도, 원고는 5년이 지난 예금에 대하여 금액에 따라 소멸시효완성기간을 달리하거나 소멸시효를 배제하였고, 고객이 언제라도 인터넷 뱅킹, 텔러 뱅킹 등을 통하여 잔액을 조회하고 고객이 원하면 거래할 수 있도록 하였으며, 금융감독원의 2003. 8. 28.자 지시에 따라 고객예금(휴면예금) 찾아주기 운동을 실시하면서 각 영업장 및 인터넷 팝업창에 홍보용 포스터 및 안내문을 게시하고 언론기관에 보도자료를 배포하여 보도되도록 하는 등 시효완성 예금을 지급하겠다는 의사를 고객에게 공고하였으므로, 이로써 시효이익을 포기하였다고 할 것이다.
③ 또한 법인세법상 권리의무 확정주의에 의하여 수익을 계상할 수 있기 위하여는 납세의무자가 현실적으로 수익을 지급받은 것이 있어야 하는 것이 아니지만 그것을 지급받을 수 있는 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되어 있어야 하는데, 이 사건 예금은 비록 5년의 기간이 경과하였다고 하더라도 금융감독원 지시, 휴면예금 찾아주기에 대한 홍보, 금융기관으로서의 공익성 등에 의하여 소멸시효가 완성된 때에 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 성숙, 확정된 것으로 볼 수 없다.
④ 나아가 시효완성예금 중 귀속시기를 달리하는 부분의 경우 전체 수익금액에서는 아무런 차이가 없어 원고가 수익금액을 누락한 것이라고 볼 수는 없고, 다만 수익의 기간귀속에 있어서 차이가 있을 뿐이므로, 가산세를 부과하는 것은 부당하다.
㈏ 피고의 주장
① 원고의 내부규정에 의하면 소멸시효완성 예금은 금액에 관계 없이 잡수익으로 계상하도록 규정하고 있고, 세법에서는 권리의무확정주의를 취하고 있어법인세법 시행령 제11조(수익의 범위)에서 규정하는 바와 같이 소멸시효가 완성된 채무는 채무자가 소멸시효를 원용하지 않는다고 하더라도 소멸되어 채무자의 수익이 되므로 소멸시효가 완성되는 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하는 것이며, 채무의 승인으로 시효중단의 효력이 발생하기 위하여는 그 승인의 의사표시가 상대방에 대하여 행하여져야 하고 상대방에게 도달하여야 되는데, 이자의 지급, 영업장이나 언론을 통한 홍보 등의 방법만으로는 상대방에 대하여 권리가 존재함을 인식하고 있다는 뜻을 표시한 것이 아니어서 채무의 승인이라고 볼 수 없고, 채무의 승인에 해당한다고 하더라도 상대방인 예금주에 대하여 행하여졌다고 볼 수 없거나 상대방에게 도달하였다고 볼 수 없다.
② 시효이익의 포기는 시효가 완성된 후에 가능하므로 시효완성전의 포기의 의사표시는 시효이익의 포기로서의 효력이 없고, 고객이 언제라도 인터넷 뱅킹, 텔러 뱅킹 등을 통하여 잔액을 조회하고 고객이 원하면 거래할 수 있도록 하고 영업장, 인터넷 홈페이지 및 언론을 통하여 고객예금(휴면예금) 찾아주기 운동을 실시하였다고 하더라도 상대방에 대한 의사표시가 아니어서 시효이익의 포기라고 볼 수는 없다.
③ 소멸시효가 완성된 예금계좌는 채권자가 그 계좌나 잔액의 존재도 인식하지 못하고 있거나 전혀 관리하고 있지 않은 것으로서 회수해 갈 가능성이 크지 않은 점, 세법상 대손제도에 의하면 소멸시효가 완성되면 그대로 대손을 인정하고 있는 점, 시효완성에 대한 절대적 소멸설을 취한다면 소멸시효의 기간이 경과함으로써 당연히 채권자의 권리는 소멸한다고 할 것인 점, 일단 소멸시효가 완성되면 그 사업연도에 익금산입하여 그에 대하여 법인세를 납부한 다음 추후에 원고가 변제한 경우에는 그 지급액은 지급일이 속하는 사업연도에 손금에 산입하면 족한 점 등에 비추어 보면, 상법상 소멸시효가 완성되는 최종거래일로부터 5년이 경과한 때에 수익을 지급받을 수 있는 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙 확정되었다고 할 것이다.
(2) 소멸시효완성 공제금에 관한 사항
㈎ 원고의 주장
① 원고는 소멸시효기간이 경과한 만기공제환급금에 대하여 시효를 배제하는 공제규정을 가지고 있고, 위 공제규정은 약관의 일종으로서 공제계약의 일부를 구성하는데, 공제제도에 대하여 상법상 보험의 소멸시효에 관한 규정이 적용된다고 하더라도, 위 상법규정은 보험계약자측에 불리하게 변경하는 것이 금지되는 편면적 강행규정이므로, 단기소멸시효기간의 적용을 배제하는 공제규정이 있는 경우에는 상법상 보험의 소멸시효기간은 그 적용이 배제되어야 한다.
② 원고는 시효기간이 경과한 공제금 찾아주기 운동을 실시하여 각 영업장에 홍보용 포스터 및 안내문을 게시하고 인터넷 홈페이지에 홍보하며 언론에 보도되도록 하는 등 이 사건 공제금을 지급하겠다는 의사를 고객에게 표시하였으므로, 이로써 시효이익을 포기하였다고 할 것이다.
③ 또한 법인세법상 권리의무 확정주의에 의하여 수익을 계상하기 위하여는 납세의무자가 현실적으로 수익을 지급받은 것이 있어야 하는 것이 아니지만 그것을 지급받을 수 있는 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되어 있어야 하는데, 이 사건 공제금은 비록 2년의 기간이 경과하였다고 하더라도 원고의 공제규정, 소멸시효기간이 경과한 만기공제환급금 찾아주기에 대한 홍보, 금융기관으로서의 공익성 등에 의하여 소멸시효가 완성된 때에 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 성숙, 확정된 것으로 볼 수 없다.
④ 설령 만기로부터 2년이 경과하여 공제금이 시효로 소멸되었다고 하더라도 만기공제금 및 생존공제금에 대하여 익금에 산입하지 않는 것은 공제규정에 따른 것이고 공제규정에도 불구하고상법 제622조가 규정하고 있는 2년의 소멸시효가 적용되는지에 관하여는 해석상 견해의 대립이 있을 수 있는데, 이 부분에 가산세를 부과하는 것은 부당하다.
㈏ 피고의 주장
① 소멸시효는민법 제184조 제2항에 따라 법률행위에 의하여 배제, 연장 또는 가중할 수 없으므로, 원고의 내부 지침에 불과한 공제규정으로 상법상 소멸시효규정의 적용을 배제할 수 없고, 언론이나 영업장을 통한 공제금 찾아주기 운동을 실시하였다고 하더라도 고객에게 공제금을 지급하겠다는 의사를 표시한 것으로 볼 수 없으므로 시효이익의 포기로서의 효력이 없다.
② 소멸시효가 완성된 공제금은 세법상 대손제도에 의하면 소멸시효가 완성되면 그대로 대손을 인정하고 있는 점, 시효완성에 대한 절대적 소멸설을 취한다면 소멸시효의 기간이 경과함으로써 당연히 채권자의 권리는 소멸한다고 할 것인 점, 일단 소멸시효가 완성되면 그 사업연도에 익금산입하여 그에 대하여 법인세를 납부한 다음 추후에 원고가 변제한 경우에는 그 지급액은 지급일이 속하는 사업연도에 손금에 산입하면 족한 점 등에 비추어 보면, 상법상 소멸시효가 완성되는 보험금 지급기일로부터 2년이 경과한 때에 수익을 지급받을 수 있는 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙 확정되었다고 할 것이다.
(3) 대손충당금에 관한 사항
㈎ 원고의 주장
① 대손충당금은 원고가 어떠한 방법으로 설정하였는지와 관계 없이 법인세법에서 정한 손금한도액 범위 내에서 손금산입되어야 하고, 금융감독위원회(현 금융위원회)가 재정경제부장관(현 지식경제부장관)과 협의하여 정한 은행감독규정에 의한 대손충당금 한도액은 원고가 회계상 계상한 금액이 아니라 원고의 채권을 은행감독규정에 따라 분류한 후 금융감독위원회가 정한 항목별 최소한의 설정률을 적용하여 산출한 금액이 되어야 되는데, 국가 등 채권 중 정상으로 분류된 채권에 대하여는 자산의 0.5% 이상을 대손충당금으로 설정할 수 있도록 하되 법인의 선택에 따라 대손충당금을 설정하지 않을 수 있는 예외를 인정하고 있지만, 대손충당금 한도액을 계산함에 있어서는 법인의 회계처리와는 무관하게 모든 법인에게 동일하게 적용되어야 하므로 최소한의 설정금액인 0.5%를 국가 등 채권에 대한 대손충당금 한도액으로 보아야 한다.
 따라서 2000 하반기 사업연도의 경우 원고가 대손충당금 한도액 계산시 국가 등 채권을 누락하였다고 하더라도 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서는 이를 포함하여 대손충당금 한도액을 다시 계산하여야 하고, 2001 사업연도의 경우 국가 등 채권에 대한 대손충당금을 적립하지 않았지만 대손충당금 한도액에 이를 포함하여 대손충당금 시부인 조정을 할 수 있다.
② 예비적으로 은행감독규정에 따라 대손충당금 한도액을 설정하였다고 하더라도 피고가 대손충당금 한도액을 다시 계산함에 있어서는법인세법 시행령 제61조 제2항에 따라 원고가 채권잔액의 2%, 대손실적율 또는 은행감독규정 중 가장 유리한 기준을 선택할 수 있다고 해석되어지므로, 이 사건과 같이 채권잔액의 2% 기준에 의한 대손충당금 한도액이 은행감독규정에 의한 것보다 더 큰 경우 채권잔액의 2% 기준을 적용하여 대손충당금 한도액을 설정하고 이에 따라 과세하여야 한다.
㈏ 피고의 주장
 원고가 결산조정사항인 대손충당금을 자산건전성분류에 따른 최소한 금액으로 설정한 경우에 개별채권이 은행업감독규정상 대손충당금 적립기준을 충족한 이상 세무조정을 통한 대손충당금 설정을 인정할 수는 없는 것이므로, 결산 당시 대손충당금 설정 여부에 관한 선택이 가능한 국가 등 채권에 대하여 대손충당금을 설정하지 않았다면 은행업감독규정에 따라 대손충당금을 ‘0’으로 설정한 것으로 보아야 하고, 원고가 대손충당금 설정방법을 선택하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 이상 다른 방법이 당초 신고한 방법보다 한도액을 크게 계산할 수 있다고 하여 대손충당금 설정방법을 변경할 수는 없다.
(4) 자산재평가에 관한 사항
㈎ 원고의 주장
 비영리법인의 경우 순자산증가를 익금으로 보는 영리법인과는 달리법인세법 제3조에 열거된 수입금액에 대하여만 과세되는데, 자산재평가차익은법인세법 제3조에 과세대상으로 열거되어 있지 않으므로 자산재평가차익을 비영리법인의 익금에 산입할 수 없다.
㈏ 피고의 주장
 비영리법인의 수익사업에서 생긴 소득이라 함은 주된 수입금액 뿐만 아니라 이와 관련하여 생긴 부수수익도 포함하는데 토지의 재평가차액은 사업의 부수수익에 해당하므로 익금에 산입되어야 하고, 자산재평가에 관한 법인세법 및 자산재평가법의 규정은 내국법인에 모두 적용되므로 비영리내국법인에도 적용된다고 할 것이며, 설령 비영리법인의 과세소득에 재평가차액이 포함되지 않는다고 하더라도 고정자산처분이익은 비영리법인의 과세소득에 해당하고 재평가세율 1%가 적용된 이 사건 재평가차액은법인세법 제18조 제1호의 규정에 의한 익금불산입 항목에 해당하지 않으므로 원래 재평가 당시 익금에 산입하여 과세되어야 하나,법인세법 제39조 제1항 및자산재평가법 제33조 제1항에 따라 과세시점만 양도시점으로 이연되는 것으로 이 사건 재평가차액의 익금산입은 정당하다.
나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다(법령의 개정이 있었으나 실질적인 내용의 변동이 없거나, 새로운 사항이 추가되었으나 추가된 사항이 이 사건과는 관련이 없는 경우에는 현행법령을 인용하기로 한다). 
다. 인정사실
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑3 내지 11, 14, 22, 23호증, 을1호증, 을3호증의 2, 3, 을6호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.
(1) 소멸시효완성 예금에 관하여
㈎ 원고는 고객이 예치한 예금 중 최종거래일로부터 5년이 경과하기 전의 예금에 대하여 이자가 발생한 경우 이자를 계산하여 이자소득세를 원천징수한 다음 나머지 금액을 그 예금계좌에 정기적으로 지급하였고, 5년이 경과한 예금에 대하여도 고객이 언제라도 인터넷 뱅킹, 텔러 뱅킹 등을 통하여 잔액을 조회하고 거래를 할 수 있도록 하였으며, 고객정보조회표 전산출력시 3년 이상 거래가 없는 기명식 예금을 ‘휴면’으로 표시하고 있으나 그러한 계좌를 거래중지계좌에 편입시켜 거래를 중지시키지는 않았다.
㈏ 금융감독원은 2003. 8. 28.경 각 금융기관에게 ‘휴면예금처리에 대한 업무협조 요청(은감금 9120-00997, 2003. 8. 28.)’이라는 공문을 보내어 각 금융기관이 ‘휴면예금 찾아주기운동’에 적극 협조하여 줄 것을 요청하면서 소멸시효완성예금의 잡이익처리업무를 합리적으로 설정·운영하는 등 소멸시효 완성을 이유로 기계적인 잡이익 편입을 지양하고, 일정 금액 이상 예금의 잡이익 편입시 예금주에게 서면통지할 것을 요청하였고, 이에 원고는 2003. 9. 15.부터 2003. 12. 31.까지 사이에 ‘잊고 계신 고객예금 찾아주기’ 추진운동을 실시하여 각 영업장에 홍보용 포스터 및 안내문을 게시하고 인터넷 홈페이지에 홍보하며 언론에 보도되도록 하였다.
㈐ 원고의 소멸시효완성 예금 관련 회계처리에 대한 질의에 대하여 금융감독원은 2004. 9. 15. ‘상법상 소멸시효가 완성된 예금이라고 하더라도 예금거래의 공공성, 동종업계의 관행, 감독당국의 지침 등으로 인하여 사실상의 예금지급의무를 부담하고 있다면 그 예금을 상법상 소멸시효 완성시점이 아닌 실질적으로 부담하는 예금지급의 경제적 의무가 소멸되었다고 추정되는 시점에 수익으로 인식하는 것이 타당하고, 예금지급에 대한 경제적 의무가 사실상 소멸되었다고 추정되는 시점은 예금잔액의 규모, 예금청구기간, 과거의 예금지급실적 및 은행의 예금지급정책 등을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다’고 회신하였다.
㈑ 원고의 은행거래기본약관에는 소멸시효로 인한 잡수입 처리에 대하여 규정하고 있지는 않으나, 자체 내부규정에는 최종거래일로부터 5년 이상 경과하여 시효가 완성된 예금은 잡이익으로 처리하되, 예금주로부터 환급청구가 있으면 시효를 주장하지 않고 원금에 이자(잡이익 처리전까지는 약정이율로, 잡이익처리일로부터 지급일 전일까지는 지급시점의 보통예금이율로 계산)를 가산하여 지급하고 잡손실로 처리하도록 규정하고 있다.
(2) 소멸시효완성 공제금에 관하여
㈎ 원고의 공제규정 제62조 제4항 제1호에는 ‘공제수익자가 공제금 지급청구를 2년 이내에 하지 아니하였을 때 공제금을 지급하지 아니할 수 있고, 다만, 생존공제금의 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있고, 제82조 제5항 제1호에는 ‘공제수익자가 공제금 지급청구를 2년 이내에 하지 아니하였을 때 공제금을 지급하지 아니할 수 있고, 다만, 만기공제금의 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다.
㈏ 원고는 2001. 8. 1.부터 2001. 10. 31.까지 및 2002. 8. 1.부터 2002. 10. 31.까지 사이에 공제 소멸환급금 찾아주기 운동을 실시하여 각 영업장에 홍보용 포스터 및 안내문을 게시하고 인터넷 홈페이지에 홍보하며 언론사에 보도자료를 배포하였고, 공제계약자 및 공제수익자에 대하여 개별 안내서를 일괄하여 발송하였다.
(3) 대손충당금에 관하여
 금융감독위원회가 재정경제부장관과 협의하여 정하는 ‘은행업감독규정’상 대손충당금 등의 적립기준은 다음과 같다.
제29조(대손충당금 등의 적립기준)
① 금융기관의 대손충당금 적립기준은 다음과 같다.
 1. 금융기관은 결산시(분기별 가결산을 포함한다, 이하 이조에서 같다) 결산일 현재 은행계정 및 종합금융계정의 대출채권, 금융리스채권, 금융리스선급금 및 여신성 가지급금에 대하여 건전성 분류결과에 따라 다음 각목에서 정하는 금액을 대손충당금으로 적립하여야 한다.
 가. “정상” 분류 자산의 100 분의 0.5 이상
 나. “요주의” 분류 자산의 100 분의 2 이상
 다. “고정” 분류 자산의 100 분의 20 이상
 라. “회수의문” 분류 자산의 100 분의 50 이상
 마. “추정손실” 분류 자산의 100 분의 100
 2. 제1호의 규정에도 불구하고 차주가 대한민국 정부 또는 지방자치단체인 자산과 “정상”으로 분류된 대출채권 중 콜론, 환매조건부 채권매수, 은행간 대여금, 은행간 외화대여금에 대하
여는 대손충당금을 적립하지 아니할 수 있다. 
(4) 자산재평가 사항에 관하여
 위와 같이 재평가세율 1%가 적용되는 토지 중 원고가 2000. 1. 1.부터 2002. 12. 31.까지 사이에 양도한 토지는 주로 금융점포, 사택, 창고, 물류센터, 경제사업장, 교육원 등의 부지로서 업무용으로 사용되어져 왔고, 그에 대한 재평가차액 상당액은 별지 ‘소득금액 조정 내역’의 ‘⑤ 압축기장충당금’란 기재 각 금액과 같다.
라. 판단
(1) 2002 사업연도 귀속 법인세에 대한 일부취소 청구에 관한 소의 적법 여부
 직권으로 살피건대, 원고는 2002 사업연도 귀속 법인세의 신고납부가 법인세 부과처분에 해당함을 전제로 그 일부의 취소를 구하고 있으나, 법인세와 같은 신고납세방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 때에 조세채무가 확정되고, 신고가 없거나 신고내용에 오류, 탈루가 있는 경우에는 과세관청의 결정 또는 경정에 의하여 조세채무가 확정되는데, 이러한 경우지방세법 제72조 제1항은 “신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다.”고 명문으로 규정하고 있지만, 국세기본법은 이에 관하여 아무런 규정이 없을 뿐만 아니라 경정청구제도(국세기본법 제45조의2)를 도입하고 있는 점에 비추어 보면, 법인세의 신고만으로 법인세 부과처분이 있었다고 볼 수는 없으므로(앞서 본 바와 같이 피고가 세무조사결과 및 이의신청, 심판청구의 결정에 따라 2002 사업연도에 대한 법인세 환급결정을 하였어도 위 결론에 변동이 있는 것은 아니다), 2002 사업연도 귀속 법인세의 신고가 법인세 부과처분에 해당함을 전제로 하여 그 취소를 구하는 원고의 이 부분 소는 결국 존재하지 아니하는 처분의 취소를 구하는 것이 되어 부적법하다고 할 것이다.
(2) 소멸시효완성 예금에 관한 판단
㈎ 시효중단사유로서의 채무의 승인과 시효이익 포기의 일반론
① 시효중단사유로서의 승인이란 시효의 이익을 받을 자가 시효에 의하여 권리를 잃게 될 자에 대하여 그 권리의 존재를 인식하고 있다는 것을 표시하는 행위로서 관념의 통지이고, 그 방법은 권리의 존재를 인식한다는 것을 상대방에게 표시함으로써 족하고 아무런 형식이 요구되지 않으며, 명시적 승인 뿐만 아니라 묵시적인 승인도 가능하고, 승인으로 인한 시효중단의 효력은 그 승인의 통지가 상대방에게 도달하는 때에 발생하나, 관념의 통지와 같은 준법률행위의 도달은 의사표시와 마찬가지로 사회관념상 상대방이 통지의 내용을 알 수 있는 객관적 상태에 놓여졌을 때를 지칭하고, 그 통지를 상대방이 현실적으로 수령하였거나 그 통지의 내용을 알았을 것까지는 필요하지 않으며(대법원 1983. 8. 23. 선고 82다카439 판결 취지 참조), 승인으로 인하여 시효가 중단되면 다시 새로이 시효가 진행하게 된다.
② 시효이익의 포기는 상대방에 대한 의사표시에 의하여 행하여지나 특별한 방식이 요구되지는 않고, 명시적인 포기 뿐만 아니라 묵시적인 포기도 가능하며, 단독행위인 점에서 관념의 통지인 시효중단사유로서의 승인과는 구별되나 구체적인 태양에 있어서는 승인과 유사하고, 시효이익은 시효완성 전에 미리 포기하지 못한다.
㈏ 채무의 승인 내지 시효이익의 포기 여부
 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 최종거래일로부터 5년이 지난다고 하더라도 예금채무가 소멸하는 것은 아니라는 내용을 언론이나 영업장을 통하여 홍보하거나, 5년이 지난 예금에 대하여 고객이 언제라도 인터넷 뱅킹, 텔러 뱅킹 등을 통하여 잔액을 조회하고 고객이 원하면 거래할 수 있도록 하고 고객예금(휴면예금) 찾아주기 운동을 실시하면서 각 영업장 및 인터넷 팝업창에 홍보용 포스터 및 안내문을 게시하고 언론기관에 보도자료를 배포하여 보도되도록 하였다고 하더라도, 이런 방법만으로는 직접 상대방인 예금주에 대하여 통지 내지는 의사표시가 행하여졌다고 보기는 어려우므로, 이로써 채무의 승인이나 시효이익의 포기가 있다고 할 수는 없다.
 그러나 앞서 본 바와 같이 원고는 최종거래일로부터 5년이 경과하기 전의 예금에 대하여 이자가 발생한 경우 이자를 그 예금계좌에 정기적으로 입금하는 방식으로 지급하고, 3년 이상 거래가 없는 기명식 예금계좌를 거래중지계좌에 편입시켜 거래를 중지시키지는 않았는데, 위와 같은 원고의 이자 지급행위는 원고가 예금주의 예금채권의 존재를 인식하고 있다는 것을 전제로 한 것이어서 채무의 승인에 해당한다고 할 것이고, 이자가 예금계좌에 입금되면 예금주는 영업소를 방문하거나 온라인 자동화 기기, 인터넷 뱅킹, 텔레 뱅킹 등을 통한 잔액조회를 함으로써 이자 지급사실을 확인할 수 있고, 지급된 이자는 원칙적으로 예금주 이외에 누구도 인출할 수 없어 예금주가 그 처분권을 취득하게 되므로, 설령 상대방인 예금주가 이자 지급사실을 알지 못하였다고 하더라도, 이자의 지급행위에 의하여 원고가 예금채권의 존재를 인식하고 있다는 통지의 내용을 예금주가 객관적으로 알 수 있는 상태에 놓였다고 할 것이어서 이자의 지급으로 인한 채무 승인의 통지는 예금주에게 도달하였다고 할 것이다.
 따라서 원고가 예금계좌에 이자를 지급하는 방법으로 예금채무를 승인하였으므로 그 예금채무에 대한 소멸시효는 중단되었다고 할 것이다(원고의 내부 규정에 최종거래일로부터 5년 이상 경과하여 시효가 완성된 예금은 잡수익으로 처리하되, 예금주로부터 환급청구가 있으면 잡손실로 처리하도록 규정하고 있다고 하더라도, 위와 같은 이자 지급으로 인한 채무의 승인에 영향을 미치지는 아니한다).
㈐ 시효의 완성과 권리의무 확정주의와 관계
① 소멸시효가 완성되면 그 효과로서 당사자의 원용이 없어도 사법상 채권자의 권리는 소멸한다고 할 것이나(절대적 소멸설), 법인세법상 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙, 확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상·사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 할 것이다(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결 등 참조).
② 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 이자를 계속 지급하면서 고객의 청구가 있으면 언제든지 시효완성예금을 지급하고 인터넷 뱅킹이나 텔레 뱅킹을 통하여 그 권리를 고객으로 하여금 확인할 수 있도록 하는 상태에 계속 두고 있는 점, 고객예금이 5년이 경과하여 소멸시효가 완성하였다고 하더라도, 원고는 최종거래일로부터 5년이 지났어도 예금채무가 소멸하는 것은 아니라는 내용을 언론이나 영업장 등을 통하여 홍보하고 고객의 휴면예금 찾아주기 운동을 실시하고 있고, 원고의 감독기관인 금융감독원은 휴면예금에 대하여 소멸시효 완성을 이유로 잡수익에 편입하는 것을 지양하고 고객에게 돌려줄 것을 요구하고 있으며, 원고도 휴면예금에 대하여 예금주의 청구가 있으면 언제든지 지급하고 있고 예금주도 자신의 예금을 찾을 수 있다는 신뢰가 어느 정도 형성되어 있는 것으로 보이는 점, 위와 같은 상태에서 원고가 소멸시효의 완성을 주장하는 것은 예금주의 신뢰를 저버리는 것으로서 신의성실의 원칙에 반하는 점 등에 비추어 보면, 소멸시효의 완성에도 불구하고 원고가 실질적으로 예금채무를 계속 부담하고 있는 이상 소멸시효가 완성된 때에 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 볼 수 없다.
㈑ 소결론
 따라서 원고의 예금채무의 승인으로 인하여 예금채무에 대한 소멸시효가 중단되었거나, 소멸시효가 완성된 예금도 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 볼 수 없으므로, 별지 ‘소득금액 조정 내역’의 ‘① 시효완성예금’란 및 ‘② 시효완성예금(귀속시기)’란 기재와 같이 100,000원 이상인 예금에 대하여 최종거래일로부터 5년이 경과된 시점의 각 사업연도의 익금에 산입하거나, 이미 익금에 산입한 100,000원 미만인 예금에 대하여 최종거래일로부터 5년이 경과된 시점의 각 사업연도의 익금에 산입하되, 최종거래일로부터 6년 내지 8년이 경과하였을 때 이미 익금에 산입하였던 부분에 대하여는 손금으로 추인하는 방식으로 귀속시기를 조정한 것은 위법하다고 할 것이다(본세에 관하여 위법하다고 판단한 이상, 이 부분 가산세에 대한 원고의 주장에 대하여는 따로이 판단하지 아니한다).
(3) 소멸시효완성 공제금에 관한 판단
㈎ 상법상 보험의 소멸시효기간 적용 배제 여부
 살피건대민법 제184조 제2항은 “소멸시효는 법률행위에 의하여 이를 배제, 연장 또는 가중할 수 없으나 이를 단축 또는 경감할 수 있다”고 규정하고 있는바, 소멸시효의 배제, 연장, 가중에 대한 당사자의 특약이나 합의에 의하여 소멸시효에 관한 상법이나 민법 규정의 적용을 배제할 수는 없으므로(대법원 1987. 6. 23. 선고 86다카2107 판결), 원고의 내부 지침에 불과한 공제규정으로 상법상 소멸시효규정의 적용을 배제할 수는 없다고 할 것이고,상법 제663조 규정의 취지는 보험계약에 있어서 경제적 약자인 보험계약자 또는 피보험자나 보험수익자를 보호하기 위한 것에 불과하므로 이로써 소멸시효기간의 적용을 배제하는 것으로 해석할 수는 없다고 할 것이다.
㈏ 시효이익의 포기 여부
 살피건대, 원고가 시효기간이 경과한 공제금 찾아주기 운동을 실시하여 각 영업장에 홍보용 포스터 및 안내문을 게시하고 인터넷 홈페이지에 홍보하며 언론에 보도되도록 하였다고 하더라도, 이런 방법만으로는 직접 상대방인 공제계약자 및 공제수익자에 대하여 의사표시가 행하여졌다고 보기는 어려우므로, 이로써 시효이익의 포기가 있다고 할 수는 없다.
 그러나 앞서 본 바와 같이 원고는 2001. 8. 1.부터 2001. 10. 31.까지 및 2002. 8. 1.부터 2002. 10. 31.까지 사이에 공제 소멸환급금 찾아주기 운동을 실시하면서 직접 공제계약자 및 공제수익자에 대하여 공제 소멸환급금을 찾아가라는 개별 안내서를 일괄하여 발송하였는바, 위와 같은 개별 안내서의 발송에 의하여 공제계약자 및 공제수익자는 원고가 소멸시효완성 공제금에 대하여 시효이익을 포기하였음을 객관적으로 알 수 있는 상태에 놓였다고 할 것이므로, 원고의 시효이익 포기의 의사표시는 적법하게 효력이 발생하였다고 할 것이다.
㈐ 권리의무 확정주의와의 관계
 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고의 공제규정에 따르면 공제수익자가 공제금 지급청구를 2년 이내에 하지 않았다고 하더라도 생존공제금과 만기공제금의 경우 원고로서는 반드시 지급하여야 하는 점, 위 공제규정은 원고 내부의 업무처리지침으로서의 성질을 가지고는 있지만, 농업협동조합법 또는구 농업협동조합법(2004. 12. 31. 법률 제7273호로 개정되기 전의 것) 제61조에는 공제규정에 대하여 관할관청인 농림수산식품부장관의 인가를 받거나 농림부장관(현재 농림수산식품부장관)이 정하는 사항을 공제규정으로 정하도록 규정하고 있어 공제규정의 내용이 농림수산식품부장관에 의하여 통제되고 원고의 의사와는 상관 없이 강제되어지는 것으로 보이는 점, 원고가 시효기간이 경과한 공제금 찾아주기 운동을 실시하여 각 영업장에 홍보용 포스터 및 안내문을 게시하고 인터넷 홈페이지에 홍보하며 언론에 보도되도록 하여 금융기관으로서의 공익성, 공제규정 등으로 인하여 공제계약자 및 공제수익자가 자신의 공제금을 찾을 수 있다는 신뢰가 어느 정도 형성되었을 것이라고 예견되고, 위와 같은 상태에서 원고가 소멸시효의 완성을 주장하는 것은 공제계약자 및 공제수익자의 신뢰를 저버리는 것으로서 신의성실의 원칙에 반하는 점 등에 비추어 보면, 소멸시효의 완성에도 불구하고 원고가 실질적으로 공제금반환채무를 계속 부담하고 있는 이상 소멸시효가 완성된 때에 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 볼 수 없다.
㈑ 소결론
 따라서 원고는 소멸시효완성 공제금에 대하여 시효이익 포기의 의사표시를 적법하게 하였고, 또한 소멸시효완성 공제금이 수익으로 인식할 만큼 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 볼 수 없으므로, 원고가 소멸시효완성 공제금에 대하여 원고의 공제규정에 따라 상법상 소멸시효완성에 따른 수익을 계상하지 않았다는 이유로, 공제기간 만료 후 2년이 경과된 시점의 각 사업연도의 익금에 산입한 것은 위법하다고 할 것이다(본세에 관하여 위법하다고 판단한 이상, 이 부분 가산세에 대한 원고의 주장에 대하여는 따로이 판단하지 아니한다).
(4) 대손충당금에 관한 판단
㈎ 대손충당금 한도액 계산시 국가 등 채권 포함 여부
①법인세법 제34조 제1항에서 “내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다”고 규정하고 있는 바와 같이, 대손충당금은 법인이 스스로 사업연도의 기말정리를 통하여 장부상에 계상하고 이를 결산에 반영함으로써 손금으로 용인받을 수 있는 결산조정사항이므로, 결산 당시 대손충당금을 설정하지 않았다면 세무조정으로 대손충당금을 추가로 설정할 수는 없다고 할 것이다.
② 한편구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제61조 제2항은 “법 제34조 제1항에서 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액이라 함은 당해 사업연도종료일 현재의제1항의 규정에 의한 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 장부가액의 합계액(이하 이 조에서 "채권잔액"이라 한다)의 100분의 1(다음 각호의 1에 해당하는 금융기관 등은 100분의 2)에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 말한다”고 규정하면서, 그 단서에 “금융기관(신용사업에 한한다)의 경우에는 금융감독위원회가 재정경제부장관과 협의하여 정하는 대손충당금적립기준에 따라 적립하여야 하는 금액으로 할 수 있다"고 규정하고 있고, 앞서 본 바와 같이 금융감독위원회가 재정경제부장관과 협의하여 정하는 은행업감독규정 제29조 제1항은 결산시 대출채권 등에 대하여 건전성 분류결과에 따라 정상, 요주의, 고정, 회수의문, 추정손실까지 5단계로 분류하여 0.5%～100%의 서로 다른 비율에 의한 대손충당금을 적립하되, 차주가 대한민국 정부 또는 지방자치단체인 자산과 “정상”으로 분류된 대출채권 중 콜론, 환매조건부 채권매수, 은행간 대여금, 은행간 외화대여금에 대하여는 대손충당금을 적립하지 아니할 수 있다고 규정하고 있다.
 그런데 여기서 금융기관은,구 법인세법 시행령 제61조 제2항 본문에 따라 채권의 장부가액의 합계액의 100분의 2에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액의 범위 안에서 대손충당금을 적립하는 방법과 은행업감독규정 제29조 제1항에서 정하는 대손충당금적립기준에 따라 대손충당금을 적립하는 방법 중 한가지 방법을 선택할 수는 있으므로, 각 금융기관마다 대손충당금적립액이나 그 한도액을 달리 할 수 있으나, 결산 당시 대손충당금을 적립하기 위한 기준을 선택하여 대손충당금을 적립한 후 세무조정을 함에 있어서 다른 방법이 당초 신고한 방법보다 한도액을 크게 계산할 수 있다고 하면 임의적인 세무조정을 인정하게 되어 조세회피를 위한 수단으로 악용될 수 있으므로 대손충당금 설정방법을 변경할 수는 없다고 할 것이고, 은행업감독규정에 의하여 대손충당금을 적립하는 경우 자산건전성 분류결과에 따라 적립률을 달리 하는 취지는 대손위험을 달리하는 각 채권에 대하여 그에 맞는 각자의 대손적립률을 적용함으로써 장차 대손이 발생할 것에 합리적으로 대응하기 위함이고, 또한 국가 등 채권에 대하여는 대손충당금을 적립하지 않을 수 있다고 규정한 것은 국가 등 채권은 그 차주가 정부, 지방자치단체, 금융기관 등이어서 대손위험이 거의 없는 무위험자산에 가깝기 때문이므로, 자산건전성 분류결과에 따른 각 분류자산과 국가 등 채권은 각각 서로 대손위험과 성질을 달리하는 것으로서 다른 채권의 대손충당금적립 및 한도액설정에 이용되어질 수 없다.
③ 따라서 원고는 2000 하반기 사업연도의 경우 국가 등 채권에 대하여 대손충당금을 적립하지 아니하였다가, 피고가 위 사업연도에 대한 법인세 부과처분을 함에 있어서 국가 등 채권을 포함하는 것으로 하여 대손충당금 한도액을 다시 계산할 수는 없고, 2001 사업연도의 경우 결산 당시 국가 등 채권에 대한 대손충당금을 적립하지 아니하였다가 세무조정 당시 대손충당금 한도액 계산시 국가 등 채권을 포함하여 대손충당금 시부인 조정을 할 수 없다고 할 것이다.
㈏ 채권잔액의 2%, 대손실적율 또는 은행감독규정 중 유리한 기준 선택 여부
 살피건대, 앞서 본 바와 같이 금융기관은구 법인세법 시행령 제61조 제2항 본문에 따라 채권의 장부가액의 합계액의 100분의 2에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액의 범위 안에서 대손충당금을 적립하는 방법과같은 령 제61조 제2항 단서에 따라 은행업감독규정 제29조 제1항에서 정하는 대손충당금적립기준에 따라 대손충당금을 적립하는 방법 중 한가지 방법을 선택할 수는 있으나, 결산 당시 대손충당금을 적립하기 위한 기준을 선택하여 대손충당금을 적립한 후 세무조정을 함에 있어서 다른 방법이 당초 신고한 방법보다 한도액을 크게 계산할 수 있는 대손충당금 설정방법을 변경할 수는 없다고 할 것이므로,구 법인세법 시행령 제61조 제2항 단서에 따라 은행감독규정에서 정하는 기준에 의하여 대손충당금 한도액을 설정하고 대손충당금을 적립하였다면 그 후 대손충당금 한도액을 다시 계산함에 있어서는법인세법 시행령 제61조 제2항 본문에서 규정하고 있는 채권잔액의 2%와 대손실적율에 의한 방법으로 변경할 수는 없다.
 다만, 현행법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정된 것) 제61조 제1항 단서는 금융기관이 은행감독규정에 따라 대손충당금을 적립하는 경우 은행감독규정에 따라 적립하여야 하는 금액, 채권잔액의 100분의 2에 상당하는 금액 또는 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다고 규정하고 있으나, 위 규정은 법인세법 시행령이 2007. 2. 28. 개정되면서 변경된 것이므로 그 개정 전의 사안인 이 사건 대손충당금 적립에 있어서는 적용할 수 없다.
㈐ 소결론
 따라서 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.
(5) 자산재평가 사항에 관한 판단
㈎법인세법 제3조 제2항은 비영리내국법인에 대한 과세소득의 범위를 정하고 있고법인세법 시행령 제2조는 비영리내국법인의 수익사업의 범위를 정하고 있으나, 한편구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1호 및제42조 제1항 제1호와자산재평가법 제13조 제1항 제1호에 의하면 “내국법인의 각 사업연도의 소득금액의 계산에 있어서 1984. 1. 1. 이후 취득한 토지이거나 1983. 12. 31. 이전에 취득한 토지로서 1984. 1. 1. 이후 재평가를 실시한 토지에 대한 재평가차액은 자산의 평가차익에 대한 익금불산입에서 제외된다”고 규정하고 있고,자산재평가법 제11조에 의하면 “자산재평가법에 의한 재평가를 한 법인 중민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인이나사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 학교법인 등 일정한 비영리법인의 경우에는 재평가세를 부과하지 않는다”고 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 내국법인은 영리법인 또는 비영리법인을 구분하지 아니하고 자산재평가법에 따른 자산재평가를 할 수 있으며, 자산재평가를 한 비영리내국법인의 각 사업연도 소득금액 계산에 있어서 1984. 1. 1. 이후 취득한 토지이거나 1983. 12. 31. 이전에 취득한 토지로서 1984. 1. 1. 이후 재평가를 실시한 토지에 대한 재평가차액을 익금에 산입하도록 해석하는 것이 타당하다고 할 것이다.
㈏ 또한자산재평가법 제33조 제1항 단서는 “자산재평가법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지의 재평가차액은 법인세법에 의한 소득금액 계산상 익금에 산입하되, 동법이 정하는 바에 의하여 당해 재평가차액에 상당하는 금액을 손금에 산입할 수 있다”고 규정하고 있으므로, 원고로서는 위 토지에 대한 재평가차액을 모두 익금에 산입하여 소득을 산정하는 방법과 위 토지에 대한 재평가차액의 익금산입에 상응한 재평가차액 상당액을 손금에 산입하고 압축기장충당금을 설정하여 재평가차액에 대한 법인세 과세시점을 양도시점으로 이연시키는 방법 중 한가지 방법을 선택할 수 있는데, 원고가 익금산입의 대상이 되는 토지에 대한 재평가차액의 익금산입 부분과 이에 상응하여 손금산입한 압축기장충당금을 모두 제거하였으므로, 이 사건 세무조사결과에 따라 전체 토지에 대한 재평가차액을 모두 익금에 산입하는 방법과 전체 토지에 대한 재평가차액의 익금산입에 상응한 재평가차액 상당액을 손금에 산입하고 압축기장충당금을 설정한 다음 토지의 양도시점에서 양도한 토지의 재평가차액에 대한 압축기장충당금을 차감하는 방식으로 익금에 산입하는 방법으로 세무조정을 할 수 있고, 그 중 후자의 방법이 원고에게 유리하다고 보여지고, 따라서 적어도 2000. 1. 1.부터 2002. 12. 31.까지 사이에 양도한 토지에 대한 재평가차액 부분은 양도로 인하여 실현되었으므로, 신고조정사항인 압축기장충당금이 설정되어 있는 것으로 취급하여 양도 토지의 재평가차액을 익금에 산입하는 것은 위법하지 않다고 할 것이다.
㈐ 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
마. 정당한 세액의 계산
(1) 살피건대, 위에서 보는 바와 같이 서울지방국세청의 세무조사결과 세무조정된 항목 중에서 시효완성예금과 시효완성공제금 부분에 대한 익금산입이나 손금산입(손금추인)을 제거하여 각 사업연도에 대한 총 소득금액을 기준으로 하여 법인세(가산세 포함)를 새로이 계산하여야 하는데, 편의상 역으로 위와 같이 제거된 소득금액을 기준으로 하여 취소하여야 할 법인세(가산세 포함)를 산출하면 아래의 표와 같다.
 그 구체적인 내용을 살펴보면,㉮ 제거한 소득금액 합계(⑥)에 각 사업연도에 적용하였던 한계세율(⑦)을 곱하면 취소하여야 할 법인세(⑧)가 산출되고(원미만 버림, 이하 같다),㉯ 피고는 당초 시효완성예금과 시효완성공제금의 익금산입으로 인한 과세금액에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하였으나 위 국세심판원의 결정에서 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다고 결정되어 일반과소신고가산세로 경정되었으므로, 시효완성예금과 시효완성공제금의 익금산입액 합계(④)를 기준으로 한계세율(⑦)과구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 제2호 나목 소정의 가산세율 10%를 곱하면 시효완성예금과 시효완성공제금의 익금산입으로 인한 과세금액에 대한 일반과소신고가산세가 산출되며,㉰구 법인세법 제76조 제1항 제3호 가목에 따라 취소되어야 할 미납부가산세는 법인세 취소분(⑧)에 미납일수(납부기한 다음날부터 고지일까지의 기간)와구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제119조 제1항 소정의 이자율 ‘1일 5/10000’나구 법인세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것) 제119조 제1항 소정의 이자율 ‘1일 3/10000’을 곱하면, 아래와 같이 취소되는 법인세에 대한 미납부가산세가 산출된다.
 1999 사업연도 : 1,712,873,046원×미납일수 1,615일×5/10000 = 1,383,144,984원
 2000 하반기 사업연도 : 1,969,040,077원×미납일수 1,250일×5/10000=1,230,650,048원
 2001 사업연도 : 2,134,654,396원×미납일수 884일×5/10000 = 943,517,243원
 2003 사업연도 : 3,615,592,955원×미납일수 154일×3/10000 = 167,040,394원
 (단위 : 원)
구분(취소부분) 1999 사업연도 2000 하반기 사업연도 2001 사업연도 2003 사업연도 ① 시효완성예금 1,224,833,478 3,044,730,613 6,377,390,642 14,461,389,216 ② 시효완성예금(귀속시기) 3,952,435,028 4,029,250,643 3,409,244,365 - ③ 시효완성공제금940,135,231 1,264,961,831 1,000,187,335 3,340,167,618 ④ 익금 합계(=①+②+③) 6,117,403,737 8,338,943,087 10,786,822,342 17,801,556,834 ⑤ 시효완성예금(손금추인) - 1,306,657,097 3,163,056,641 4,410,471,815 ⑥ 소득금액 합계(=④-⑤) 6,117,403,737 7,032,285,990 7,623,765,701 13,391,085,019 ⑦ 세율28% 28% 28% 27% ⑧ 법인세 취소분(=⑥×⑦) 1,712,873,046 1,969,040,077 2,134,654,396 3,615,592,955 ⑨ 일반과소신고가산세 취소분(=④×⑦×10%) 171,287,304 233,490,406 302,031,025 480,642,034 ⑩ 미납부가산세 취소분 (=⑧×미납일수×이자율)1,383,144,984 1,230,650,048 943,517,243 167,040,394 ⑪ 취소되어야 할 세액 (=⑧+⑨+⑩) 3,267,305,334 3,433,180,531 3,380,202,664 4,263,275,383 
(2) 따라서 피고가 2004. 9. 1. 원고에 대하여 한,㈎ 1999 사업연도 귀속 법인세 3,700,569,314원의 부과처분 중 433,263,980원(=3,700,569,314원-3,267,305,334원)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이나, 원고가 위 부과처분 중 604,551,282원을 초과하는 부분에 대한 취소를 구하고 있으므로, 1999 사업연도 귀속 법인세 3,700,569,314원의 부과처분 중 604,551,282원을 초과하는 부분은 취소되어야 하고,㈏ 2000 하반기 사업연도 귀속 법인세 36,106,871,737원의 부과처분 중 32,673,691,206원(=36,106,871,737원-3,433,180,531원)을 초과하는 부분,㈐ 2001 사업연도 귀속 법인세 27,119,511,769원의 부과처분 중 23,739,309,105원(=27,119,511,769원-3,380,202,664원)을 초과하는 부분은 취소되어야 하며,㈑ 2003 사업연도 귀속 법인세 10,580,499,278원의 부과처분 중 6,317,223,895(=10,580,499,278원-4,263,275,383원)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이나, 원고가 위 부과처분 중 6,433,431,407원을 초과하는 부분에 대한 취소를 구하고 있으므로, 2003 사업연도 귀속 법인세 10,580,499,278원의 부과처분 중 6,433,431,407원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.
3. 결론
 그렇다면 원고의 2002 사업연도 귀속 법인세에 대한 일부취소 청구에 관한 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 이를 제외한 원고의 나머지 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김용찬(재판장) 최석규 송민경