관세경정청구거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2009.07.23 / 시행일:

【원고, 상고인】 원고 주식회사 (소송대리인 변호사 이임수외 5인)
【피고, 피상고인】 대구세관장
【원심판결】 대구고법 2006. 11. 24. 선고 2006누959 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제121조의3 제1항은 제1호에서 ‘외국인투자기업이 고도의 기술을 수반하는 사업에 소요되는 자본재로서 외국투자가로부터 출자받은 대외지급수단 또는 내국지급수단으로 도입하는 것 중 대통령령이 정하는 자본재가 외국인투자촉진법 제5조 제1항의 규정에 의하여 신고된 내용에 따라 도입되는 경우에는 관세·특별소비세 및 부가가치세(이하 ‘관세 등’이라 한다)를 면제한다’고, 제3항(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제121조의3 제2항도 동일한 내용임)은 ‘외국투자가 또는 외국인투자기업이 제1항의 규정에 의하여 관세 등을 면제받고자 할 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다’고 각 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행규칙 제51조의5 제3호는 ‘법 제121조의3 제3항(2004. 3. 6. 재정경제부령 제358호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행규칙은 제2항)의 규정에 의하여 관세 등의 면제신청을 하고자 하는 자는 관세 등의 면제신청서에 외국인투자촉진법 시행령 제38조 제2항의 규정에 의한 확인을 받은 자본재의 도입물품명세확인서 사본 1부를 첨부하여 세관장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있으며, 구 외국인투자촉진법 시행령(2007. 10. 26. 대통령령 제20344호로 개정되기 전의 것) 제38조 제2항은 ‘조세특례제한법 제121조의3 제1항의 규정에 의하여 관세 등의 면제대상이 되는 자본재를 도입하고자 하는 자는 자본재의 수량·규격·가격 및 제작자 등을 명시한 도입물품명세서를 작성하여 선적 전에 주무부장관에게 그에 관한 검토·확인을 신청하여야 한다’고 규정하고 있고, 한편, 구 조특법 제121조의5 제2항, 구 조세특례제한법 시행령(2007. 12. 31. 대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것) 제116조의8 제1항 제2호는 ‘관세법에 의한 수입신고수리일부터 3년 이내(특별소비세 및 부가가치세의 경우에는 5년)에 신고된 목적 외에 사용하거나 처분하는 자본재에 대하여는 그 감면된 관세액을 추징한다’고 규정하고 있다.
 그리고 구 관세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것 및 2003. 12. 30. 법률 제7009호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항, 제2항, 관세법 시행규칙 제8조 제1항 제1호는 ‘물품을 수입하고자 하는 자는 수입신고를 하는 때에 세관장에게 관세의 납부에 관한 신고(이하 ‘납세신고’라 한다)를 하여야 하고, 신고한 세액에 대하여는 수입신고를 수리한 후에 이를 심사하되, 법률 또는 조약에 의하여 관세 또는 내국세를 감면받고자 하는 물품에 대한 세액은 수입신고수리 전에 이를 심사한다’고 규정하고 있고, 관세법 시행령 제32조 제1항 제2호는 ‘법 제38조 제1항의 규정에 의하여 납세신고를 하는 자가 법 기타 관세에 관한 법률 또는 조약에 의하여 관세의 감면을 받는 경우에는 수입신고서에 그 감면액과 법적 근거를 기재하여 세관장에게 제출하여야 한다’고, 제112조 제1항은 ‘법 기타 관세에 관한 법률 또는 조약에 의하여 관세의 감면을 받고자 하는 자는 당해 물품의 수입신고수리 전에 감면의 법적 근거 등을 기재한 신청서를 세관장에게 제출하여야 한다’고 각 규정하고 있으며, 제132조 제1항(2003. 8. 21. 대통령령 제18086호로 개정되기 전의 구 관세법 시행령 제132조 제1항도 동일한 취지임)은 감면물품의 사후관리에 대하여 ‘세관장은 관세의 감면을 받은 물품에 대하여 관세청장이 정하는 바에 따라 당해 조건의 이행을 확인하기 위하여 필요한 조치를 취할 수 있다’고 규정하고 있다.
 구 조특법 및 구 관세법의 위 각 관련 규정의 문언, 체계와 취지, 특히 관세의 감면 대상 물품에 대한 세액심사는 수입신고수리 전에 하여야 하는 점 및 외국인투자기업이 구 조특법 제121조의3 규정에 의하여 관세 등을 면제받은 때에는 수입신고수리 후부터 사후관리를 받아야 하며 만일 당해 수입물품을 면제받은 용도로 사용하지 않으면 관세 등을 추징당하는 점 등을 종합하여 보면, 외국인투자기업이 구 조특법 제121조의3 규정에 의하여 관세 등을 면제받기 위해서는 수입신고수리 전에 세관장에게 면제신청을 하여야만 하고, 수입신고수리 후에 경정청구를 통하여 면제신청을 한 때에는 관세 등을 면제받을 수 없다고 할 것이다. 
 원심은, 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 구 조특법 제121조의3, 관세법 시행령 제112조 제1항 등의 규정에 비추어 원고가 이 사건 수입물품의 도입에 따른 관세 등을 면제받기 위해서는 수입신고수리 전에 관계 서류를 첨부하여 세관장에게 그 면제신청을 하여야 함에도 이를 하지 아니하여 구 조특법 제121조의3 규정에 따른 관세 등의 면제요건을 갖추지 못하였다고 판단하고, ‘구 조특법 제121조의3 제3항 소정의 면제신청 규정은 납세의무자의 협력의무를 규정한 훈시규정에 불과하여 그 면제신청이 없더라도 당연히 관세 등이 면제되는 것이므로 그 면제신청의 시기에 제한이 없다’는 원고의 주장을 배척하는 한편, 관세법 시행령 제112조 제1항의 면제신청시기 규정은 구 조특법 제121조의3 규정에 따른 관세 등의 면제에 있어서 새로운 면제요건을 규정한 것이 아니라는 이유로 법률유보의 원칙이나 법률우위의 원칙 등에 위배된다는 원고의 주장도 배척하였는바, 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 면제신청의 법적 성격 및 특별법 우선의 원칙 내지 법률유보의 원칙 등에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 상고이유에서 내세우는 대법원 1986. 3. 11. 선고 85누695 판결, 대법원 1997. 10. 24. 선고 97누10628 판결 등은 적용법령과 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절한 것이 아니다.
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김영란(재판장) 이홍훈 김능환(주심) 차한성

구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 및 구 관세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것)의 각 관련 규정의 문언, 체계와 취지, 특히 관세의 감면 대상 물품에 대한 세액심사는 수입신고수리 전에 하여야 하는 점 및 외국인투자기업이 위 구 조세특례제한법 제121조의3 규정에 의하여 관세 등을 면제받은 때에는 수입신고수리 후부터 사후관리를 받아야 하며 만일 당해 수입물품을 면제받은 용도로 사용하지 않으면 관세 등을 추징당하는 점 등을 종합하여 보면, 외국인투자기업이 위 구 조세특례제한법 제121조의3 규정에 의하여 관세 등을 면제받기 위해서는 수입신고수리 전에 세관장에게 면제신청을 하여야만 하고, 수입신고수리 후에 경정청구를 통하여 면제신청을 한 때에는 관세 등을 면제받을 수 없다.