법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2011.06.10 / 시행일:

【원 고】 쉘퍼시픽엔터프라이시스 주식회사 (소송대리인 변호사 백제흠 외 2인)
【피 고】 서대문세무서장
【변론종결】2011. 4. 19.
【주 문】
 1. 피고가 원고에 대하여, 2005. 3. 16.에 한 1999 사업연도 법인세 144,351,540원의 부과처분, 2006. 3. 28.에 한 2000 사업연도 법인세 332,601,870원의 부과처분 및 2006. 6. 1.에 한 2001 사업연도 법인세 2,212,420,000원의 부과처분, 2002 사업연도 법인세 1,468,604,640원의 부과처분을 각 취소한다.
 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 로열더치쉘그룹(이하 ‘쉘그룹’)은 네덜란드 법인 로열더치와 영국 법인 쉘트랜스포트앤드트레이딩을 모기업으로 하고 있는 다국적기업으로서 원유의 탐사와 채굴, 원유를 정제한 석유제품과 화학제품의 생산, 천연가스의 생산 및 전력생산을 주요 사업으로 하고 있다. 원고는 쉘그룹의 계열회사로 기초 석유제품 및 화학제품 등을 생산·판매하면서 홍콩에 본점(이하 ‘원고 본점’)을 두고 한국에 지점(이하 ‘원고 지점’)을 두고 있다.
 나. 원고 본점은 1999.1.1.부터 2003.12.31.까지 사업연도에 대한 법인세과세표준 및 세액 신고시 원고 본점 명의로 영업자금 등을 관리하면서 발생한 수입이자 1999 사업연도 393,680,399원, 2000 사업연도 563,590,023원, 2001 사업연도 193,788,982원, 2002 사업연도 20,847,355원, 2003 사업연도 14,418,819원 합계 1,186,315,578원과 지급이자 1999 사업연도 148,752,122원, 2000 사업연도 578,194원, 2001 사업연도 34,989,573원, 2002 사업연도 39,257,536원, 2003 사업연도 14,901,911원 합계 238,479,336원을 원고 본점 손익(이하 ’이 사건 본점 이자소득‘)으로 산입하였고, 원고는 원고 본점이 한국 내 거래처에게 지급한 판매장려금(리베이트 금액) 1999 사업연도 523,692,604원, 2000 사업연도 574,991,388원, 2001 사업연도 348,359,851원, 2002 사업연도 283,898,479원, 2003 사업연도 395,049,972원 합계 2,125,992,294원을 원고의 판매부대비용으로 보아 손금에 산입하여 신고하였다.
 다. 서울지방국세청장은 2004. 12. 9.부터 2005. 1. 26.까지 원고의 1999 내지 2003 사업연도에 대한 법인제세 세무조사를 실시하여, 원고 본점은 서류상의 명목회사(Paper Company)이므로 원고 지점을 실질적인 본점사업장으로 하여 이 사건 본점 이자소득을 원고의 국내원천손익으로 보아 원고 본점의 수입이자 1999 내지 2003 사업연도 합계 1,186,315,578원을 익금산입하고 지급이자 1999 내지 2003사업연도 합계 238,479,336원을 손금산입하는 한편, 1999 사업연도 리베이트 금액 중 연간 품목별 평균 순판매단가와 실제 판매단가와의 차액을 초과하는 리베이트 중 1999 사업연도 92,152,389원, 2000 사업연도 194,224,547원, 2001 사업연도 348,359,851원, 2002 사업연도 283,898,479원, 2003 사업연도 395,049,972원, 합계 1,313,685,238원을 접대비로 보아 손금불산입하고, 구 국제조세조정에 관한 법률(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국조법’)에 의한 해외특수관계자와의 정상가격(거래순이익률법)과의 차액에 대해 2001 사업연도 5,122,095,648원, 2002 사업연도 3,777,856,975원 합계 8,899,952,623을 익금산입(이하 ‘이 사건 이전가격과세’)하여 피고에게 통보하였으며, 피고는 이를 근거로 원고에게 2005.3.16. 1999 사업연도 196,878,490원, 2006.3.28. 2000 사업연도 441,963,090원, 2006.6.1. 2001 사업연도 2,394,014,160원, 2002 사업연도 1,579,533,250원, 2003 사업연도 142,625,780원 합계 4,755,014,770원의 법인세를 경정·고지하였다. 위 내용을 정리하면 다음과 같다.
(단위 : 원)사업연도19992000200120022003합계＼적출내용이전가격 익금산입 5,122,095,6483,777,856,975 8,899,952,623수입이자 익금산입393,680,399563,590,023193,778,98220,847,35514,418,8191,186,315,578지급이자 손금산입△148,752,122△578,194△34,989,573 △39,257,536 △14,901,911△238,479,336접 대 비 손금불산입 92,152,389 194,224,547 348,359,851 283,898,479395,049,9721,313,685,238기타(환차손익) 7,975,612△828,824△421,8146,724,974합계337,080,666757,236,3765,637,220,5204,042,516,449394,145,06611,168,199,077고지세액196,878,490441,963,0902,394,014,1601,579,533,250142,625,7804,755,014,770
 라. 이에 원고는 2006. 6. 15., 2006. 6. 27. 및 2006. 9. 5.자로 위 각 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2009. 6. 7., 2009. 9. 17. 및 2010. 9. 13.자로 리베이트를 접대비로 보아 손금불산입한 합계 1,313,685,238원 외에는 원고의 나머지 청구를 기각하는 결정을 하였는바, 피고는 조세심판원의 결정내용에 따라 다음과 같이 법인세과세표준 및 세액 감액경정(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 하고, 1999, 2000 사업연도 법인세 부과처분을 ‘이 사건 제1부과처분’, 2001, 2002 사업연도 법인세 부과처분을 ‘이 사건 제2부과처분’이라 한다)을 하였다.
(단위 : 원)사업연도19992000200120022003합계＼경정구분당초고지세액196,878,490441,963,0902,394,014,1601,579,533,250142,625,7804,755,014,770감액경정세액52,526,959109,361,225181,594,164110,928,616142,870,105597,281,069차가감경정세액144,351,531332,601,8652,212,419,9961,468,604,634△244,3254,157,733,701
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 당사자들의 주장 및 쟁점
가. 원고의 주장
 1) 이 사건 각 처분은 홍콩의 법률에 의하여 적법하게 설립되어 온 원고 본점의 실체와 그 본점이 수행한 거래관계를 무차별적, 전면적으로 부인하고, 이를 원고 지점의 행위로 의제하여 과세한 것으로서 위법·부당하다.
 2) 이전가격 과세시 비교대상업체를 기준으로 정상가격 과세조정을 하고자 하는 경우에는 구 국조법 시행령 제5조 제1항에 따라 합리적 조정을 하여야 하는바, 원고와 비교대상업체들 간에는 그 취급 제품이나 거래단계 등에 중대한 차이가 있어 특수관계 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 거래 사이에 비교가능성이 낮음에도 이 사건 제2부과처분에는 원고와 비교대상업체들의 연도별 영업이익률을 단순 비교하는 오류가 포함되어 있다.
나. 피고의 주장
 1) 원고 본점은 물적·인적시설이 전혀 없는 서류상의 회사로서 이 사건 본점 이자소득에 대한 예금관리 업무를 행한 사실이 없고, 사업활동에 관여하지도 않았으며 자금운용 의사결정도 하지 않았다. 원고 본점에서 발생한 이자수익 등은 국내사업활동을 통하여 발생한 소득을 원천으로 발생하였고, 원고 본점 계좌의 관리기능 역시 원고 지점이 실제로 행한 것이므로 이 사건 본점 이자소득은 국세기본법상 실질과세원칙에 따라 국내사업장에 귀속되는 것으로서 구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제132조 제2항 제1호에서 규정한 국내원천소득에 해당한다.
 2) 이 사건 이전가격과세와 관련하여 피고가 정상가격 산출방법으로서 거래순이익률 방법을 적용한 것은 합리적이며, 비교대상업체의 선정 절차 또한 합리성이 있을 뿐만 아니라, 원고와 비교대상업체의 재무자료에 대하여 합리적 차이조정을 수행하였다. 따라서 이 사건 각 처분은 적법하다.
다. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
라. 이 사건의 쟁점
 따라서 이 사건의 쟁점은 ① 원고 본점이 홍콩 과세당국에 신고한 이 사건 본점 이자소득이 원고 지점의 국내 원천사업소득에 포함되는지 여부, ② 원고가 조세법상 특수관계가 없는 제3자인 한국의 고객들에게 수출·판매하기 위하여 원고의 국외 특수관계자로부터 매입한 석유화학제품의 거래가격(이전가격)을 정상가격으로 보아 국조법상 과세조정 없이 이를 그대로 손금 산입할 수 있는지, 즉 피고가 산출한 정상가격이 적법한 것인지 여부이므로, 이에 관하여 순차로 살펴본다.
3. 첫 번째 쟁점에 대한 판단
가. 인정사실
 1) 원고 본점은 1977. 1. 28. 화학제품사업을 수행하기 위하여 홍콩 법률에 따라 홍콩에 설립되었고, 1999년 말 현재 총자산 33,870,000달러, 총부채 29,363,000달러, 자기자본 4,507,000달러(=자본금 3,027,000달러+이익잉여금 1,480,000달러)이었고, 2000년 중에 7,600,000달러의 배당금(갑 제6호증의 2)을, 2003 사업연도말 이익잉여금에서 3,500,000달러의 배당금(갑 제6호증의 4)을 각 지급하였다.
 2) 원고는 1977. 3.경 국내에서 사업활동을 하기 위하여 원고 지점을 설립하였다. 원고 지점은 ① 판매지원사업, 즉 원고 본점이 쉘그룹 계열회사 혹은 비계열회사들로부터 화학제품을 구입하여 국내 고객에게 판매하는 업무를 지원하는 업무, ② 오퍼업, 즉 쉘그룹 계열회사가 직접 국내 고객에게 판매하는 화학제품에 대한 오퍼서비스를 제공하는 업무, ③ 용역업, 즉 쉘그룹 계열회사들에게 필요한 자료 및 정보 등을 수집하여 제공하는 업무 등의 사업활동을 수행하고 있고, 원고 본점으로부터 송금받은 영업자금과 오퍼업 및 용역업을 수행하면서 각 계열회사로부터 지급받은 용역수입수수료 대금으로 사업을 운영하고 있다.
 3) 원고가 설립되던 1970년대 및 1980년대에는 국내 석유화학제품의 제조기업(수요자)들이 국제 사업역량이 부족하여 트레이딩을 직접 실행할 능력이 없었고, 그러한 능력이 있었다고 하더라도 대외무역 혹은 외국환거래관련 규정상으로도 국내 기업이 트레이딩 거래 중 역외 트레이딩(Offshore trading, 국내기업이 해외에서 물품을 구매하여 이를 수입하지 않고, 해외에서 재판매하는 거래)을 하는 것이 금지되어 있는 등 법적 규제가 많았기 때문에 국내 기업들로서는 해외 트레이딩 회사와 거래를 할 수 밖에 없었다.
 4) 이 사건과 관련된 석유화학제품 판매 사업에 대한 원고 본점과 원고 지점의 업무 분장 내역은 다음과 같다.
원고 본점원고 지점본점고유기능○ 이사회, 주주총회 개최판매행위○ 국내 고객과 접촉, 판촉, 판매조건 협상○ 투자, 배당 의사결정○ 영업상 주요 계약서 검토 및 승인, 서명○ 구매처와 업무 연락일반업무○ 구매대금 지급일반업무○ 대금수취에 문제가 있을 경우 연락업무○ 판매대금 수취○ 당좌구좌관리○ 본점 회계장부기장○ 지점 회계장부 기장○ 회계감사 수검○ 지점 회계감사 수검○ 세무신고 등○ 지점 세무신고 등
 5) 원고 지점의 사업부문 중 하나인 화학제품의 판매지원사업은, 원고 본점이 그 명의로 쉘그룹의 계열회사나 비계열회사로부터 제품을 구입하여 국내의 고객들에게 수출 판매함에 있어 구매활동과 관련한 제조업자와의 접촉, 고객과의 접촉, 재판매가격의 결정 등 주요 활동을 원고 본점 대신 수행하는 사업활동으로서 법인세법상 원고 지점은 원고 본점의 국내 고정사업장에 해당하므로 국내 제품판매에 따른 모든 매출액과 매출원가를 ‘세무상’ 신고조정으로 국내원천소득에 포함하여 법인세를 신고하였다.
 6) 원고 본점은 원고 지점에 영업자금(2003년 말경 약 77억 원)을 지원하여 국내에서의 사업활동을 하도록 하였고, 원고 본점이 해외 등으로부터 구입하여 국내에 판매하는 화학제품의 거래와 관련하여 일시적으로 필요한 금융거래, 즉 자금의 회수 및 지급, 잉여자금의 예치와 부족자금의 차입을 위하여, 홍콩 씨티은행 등에 원고 본점 명의로 계좌를 개설하고 금융거래를 하였다. 
 7) 위와 같은 잉여자금 등의 예치와 부족자금의 차입으로 인하여 원고 본점은 아래와 같이 1999 내지 2003 사업연도 사이에 수입이자 합계 11억 8,600만 원, 지급이자 합계 2억 3,900만 원이 발생하였다(백만 원 이하 버림, 처분의 경위 참조).
(단위 : 백만 원)구분19992000200120022003합계수입이자39456319421141,186지급이자1490353915238순 수입이자245563159-18-1948
 8) 수입자인 원고의 국내 고객사들은 직접 또는 국내 신용장 개설은행을 통하여 원고 지점을 거치지 않고 직접 법률상·계약상 거래당사자인 원고 본점의 예금계좌에 직접 입금하였으며, 원고는 석유화학제품 매입금액 및 매출금액을 원고 본점의 회계장부에만 기록하였다.
 9) 원고 본점의 이사회 의사록에 의하면 홍콩에서 개최된 이사회에서 외국인 이사들은 원고와 애경산업 사이의 알파 올레핀 제품의 공급계약 체결안을 검토하여 승인하였고, 애경쉘주식회사에 대한 원고의 출자지분을 전액 매각하기로 결정하는 등 다수의 중요한 관리 또는 상업적 의사결정이 국외에서 개최된 이사회를 통해 수행되었다.
 10) 원고 본점은 홍콩에 소재한 관계회사인 Shell Hong Kong Limited와 Service Agreement(갑 제7호증)를 체결하고, 원고 본점의 재무 및 자금과 관련된 사항과 법인비서기능(이사회의 개최 준비, 서류의 작성과 제출, 각종 신고 등 홍콩에서 소요되는 제반 행정업무)을 Shell Hong Kong Limited에 위탁하여 수행하고 있다. 
 11) 원고 본점 예금계좌의 인출권한은 관련 이사회의 결의에 따라 별도로 지정된 서명권자에게만 허락되어 있으며(갑 제6호증의 1 및 5), 원고 지점은 그 예금계좌의 관리권한이 없다.
 12) 한편, 원고 본점은 설립 이후 지금까지 홍콩의 과세당국에 위와 같은 수입이자 및 지급이자에 대해 법인세 신고를 하여 왔으나 홍콩 세법상 이러한 수입이자 및 지급이자는 비과세항목이므로 이로 인하여 홍콩에서 실제로 납부한 세액은 없었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
나. 판단
 이 사건 본점 이자소득이 원고 지점의 국내 원천사업소득에 포함되는지 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 본점 이자소득은 외국법인인 원고 본점의 독자적인 사업활동에 의한 소득으로 보아야 할 것이어서 이에 대하여 원고 지점에 법인세를 부과한 이 사건 제1부과처분과 이 사건 제2부과처분 중 첫 번째 쟁점과 관계된 부분은 위법하다고 할 것이다.
 1) 원고가 설립될 당시 국내의 법률적, 경제적 상황 하에서 쉘그룹이 역외 트레이딩(Offshore trading)업무 등을 하면서 국내 수요자에게 쉘그룹의 화학제품을 효율적으로 공급하기 위해서 앞서 본 바와 같은 법적 규제의 부담을 지는 국내에 법인을 설립하기 보다는 해외에 법인을 설립하여 업무를 수행하고, 국내에는 원고 지점을 설치하여 그 업무를 지원하도록 하는 사업구조를 택하였던 것으로 보이고, 이와 같은 사업형태를 30년 이상 유지하여 왔으며, 제품판매에 따라 원고 지점에 대하여 국내원천소득을 신고한 점 등에 비추어 보면, 원고가 단순히 조세회피를 목적으로 설립되었다고 보기 어렵다.
 2) 원고 본점은 이사회를 개최하고 배당을 실시하며 증자, 자산의 매각 등 회사로서의 독자적인 활동을 하고 있어 단순히 서류상의 회사로 보기 어렵다.
 3) 원고 지점은 원고 본점의 예금계좌에 대한 지배·관리·처분권한이 전혀 없고, 위 예금계좌에 자금을 예치하거나 투자한 것으로 볼 수도 없으며, 원고의 국내 고객사들은 원고 지점을 거치지 않고 대금을 원고 본점에 직접 입금하였기 때문에 원고 지점이 이에 대한 자금을 일시적으로라도 보유할 수는 없었다.
 4) 원고 본점이 국내 고객들에게 석유화학제품을 수출·판매한 거래에 대하여 원고 지점의 국내원천사업소득으로 신고하였지만(다만, 원고 지점의 회계장부에 기록하지는 않았다) 이는 위 판매의 주문을 받고 거래조건을 협의하는 등 중요한 계약체결 활동을 한국 지점이 수행하고 있기 때문에 한국 지점의 사업활동과 관련된 것으로 보아서 한 것이고, 이 사건 본점 이자소득은 원고 본점의 예금계좌에서 발생된 것으로서 그와 관련된 예금과 차입금의 법률적·실질적 소유권자는 본점으로 보아야 한다.
 5) 원고 본점의 수입이자와 지급이자는 증자, 배당, 자산의 매각 등 원고 본점 고유의 독자적인 자금운용 의사결정에 의하여 발생한 것이고, 원고 지점의 활동(석유화학제품의 판매증대를 위한 활동)과 직접적인 관련이 없다.
 6) 원고 본점이 이 사건 본점 이자소득에 대하여 홍콩에서 법인세를 납부하지 않은 것은 홍콩 법인세법상 그러한 유형의 소득에 대하여 과세하지 않도록 규정하고 있기 때문이고, 홍콩 과세당국이 위 소득을 국내(한국)원천소득이라는 이유로 과세에서 제외하는 것은 아니다.
 7) 문답서(을 제3호증)의 기재에 의하면 원고 지점에서 원고 본점의 판매활동과 관련된 업무를 하였다는 것인바, 이는 업무분장과 사업활동에 관한 진술로서 이러한 사정만으로 그 대금의 법적인 귀속 주체가 원고 지점이라고 단정할 수 없다.
4. 두 번째 쟁점에 대한 판단
가. 인정사실
 1) 서울지방국세청장은 원고의 2001, 2002 사업연도 중 국외비특수관계자로부터 구입한 화학제품의 매출총이익률에 비하여, 국외특수관계자로부터 구입한 화학제품의 매출총이익률이 5개년 평균(1999년 내지 2003년)치보다도 현저히 낮아, 원고에 대하여 국외특수관계자에게 과세소득이전 혐의가 있다고 판단하였다.
 2) 서울지방국세청장은 원고와 동종업종을 영위한다고 판단되는 업체 중 산업용 기초화합물 수입·판매(도매업), 합성고무 및 플라스틱 물질 수입·판매(도매업) 및 상품도매업 중 산업용 기초화합물 수입·판매(도매업)를 하고 있는 업체를 선정하고, ① 총 1,904개 업체 중 외부감사를 받은 법인 42개 업체, 상장법인 및 코스닥등록업체, ② 외부감사를 받은 법인 42개 업체 중 최근 3개 사업연도 재무자료가 없거나, 특수관계자와의 거래, 사업형태 또는 주요취급품목 상이, 감사의견 부적정 업체를 제외한 5개 업체와 상장법인 중 거래형태가 유사한 상품도매업 1개 업체 및 코스닥등록법인 중 거래형태가 유사한 1개 업체를 포함한 7개 업체를 비교대상업체로 최종 선정하였다.
 3) 서울지방국세청장은 원고의 화학제품 재판매사업부문의 연도별 영업이익률을 비교대상기업의 연도별 영업이익률 범위와 비교하여 이전소득 조정액을 산출한 후, 원고와 비교대상업체의 비교가능성을 검토하고, 비교대상업체와 원고의 거래순이익의 차이에 대해 비교가능성을 높이기 위하여 재무자료 및 위험수준에 대해 차이를 조정한바, 대차대조표 항목상의 차이에 대한 이자비용을 계산하여 손익계산서 항목에 미치는 영향만큼 차이를 조정하였다. 이는 원고의 연평균 매출채권 및 매입채무 금액을 원고와 비교대상업체들의 매출액 규모 비율을 고려하여 환산한 후 비교대상업체들의 연평균 매출채권 및 매입채무 금액을 차감한 금액에 일정한 이자율을 곱하여 산출된 금액으로 비교대상업체들의 매출액 및 매출원가를 조정하고, 원고와 비교대상업체들간의 재고자산 보유금액과 기타 영업자산에 대한 투하자본 수준의 차이를 이와 유사한 방법으로 조정하여 기회비용(암묵적 이자비용) 차이를 조정한 것이다.
 4) 원고와 비교대상업체들의 취급 제품 및 거래단계는 다음과 같다.
구분취급 제품거래단계원고유기화학품(석유화학), 광물성 원료(석유 및 1차 가공품해외에서 국내로 수출○○○○상사동식물성유지, 무기화학품(非석유화학), 유기화학품, 단백질계 물질, 기타화공생산품, 플라스틱수입하여 국내 재판매△△산업무기화학품, 유기화학품, 단백질계 물질, 플라스틱, 고무수입하여 국내 재판매□□무역무기화학품, 유기화학품, 기타 화공생산품, 플라스틱, 고무수입하여 국내 재판매◇◇◇◇광물성생산품(소금 등), 플라스틱, 고무수입하여 국내 재판매☆☆케미칼광물성생산품, 무기화학품, 유기화학품, 기타 화공생산품, 플라스틱수입하여 국내 재판매▽▽▽코퍼레이션고무, 광물성생산품, 무기화학품, 유기화학품, 기타 화공생산품, 플라스틱수입하여 국내 재판매(원고의 고객사)◎◎◎◎상사유기화학품, 단백질계 물질, 기타 화공생산품, 플라스틱, 고무수입하여 국내 재판매
 5) 원고의 화학제품 재판매사업 매출액의 구성은 다음과 같다.

 6) 원고가 판매한 화학제품은 스티렌모노머, 솔벤트 등 주로 합성수지나 합섬원료와 같은 2차적 화학제품을 생산하는 데 사용되는 기초 석유화학제품으로서 액체 상태로 운반되어 수백 또는 수천 톤 단위로 판매되었으며, ◁◁물산, ▷▷네트웍스 등과 같이 화학제품을 실수요자에게 재판매하는 종합상사나, ♤♤♤♤, ◈◈석유화학, ◐◐◐유화 등 대기업 실수요자에게 주로 판매되었다.
 7) 원고와 비교대상업체들의 1999 내지 2003 사업연도 영업이익률은 다음과 같다.
연도19992000200120022003평균◎◎◎◎상사2.7%2.0%1.8%0.7%0.8%1.6%☆☆케미칼6.6%4.0%4.6%5.0%5.4%5.1%○○○○상사5.8%6.5%4.0%5.5%5.0%5.4%▽▽▽코퍼레이션6.1%4.4%4.8%3.4%0.2%3.8%△△산업3.6%4.9%2.9%2.4%2.1%3.2%◇◇◇◇3.9%3.3%0.7% -0.1%0.0%1.6%□□무역5.6%2.9%0.8%1.5%1.0%2.4%상위사분위수6.0%4.8%4.4%4.6%4.3%4.8%중위수5.6%4.0%2.9%2.4%1.0%3.2%하위사분위수3.7%3.0%1.1%0.9%0.4%1.8%원고13.4%3.8%-3.3%-1.5%2.4%3.0%
 8) 한편, 석유화학제품과 관련된 국제가격 추이 등 경기 패턴(별지 각 그래프 참조)에 의하면 2000년부터 지속적인 가격하락기였고, 2002년 저점을 이루었다가 이후 상승하여 회복된 사실을 인정할 수 있다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제9 내지 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
나. 판단
 1) 앞서 본 바와 같이 원고의 석유화학제품 거래는 해외에서 국내로 수출하는 형태이므로 이 사건의 정상가격 산정을 위해서는 ① 특수관계가 없는 자간 국제거래라는 비교대상이 있어야 하고, ② 동 거래는 문제되는 당해 국제거래와 비교가능성이 높을 것이 요구된다. 이때 비교가능성이 높은지 여부를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제여건 등의 요소를 분석해야 한다. 한편, 과세처분 취소소송에 있어 당해 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로, 과세관청은 거주자와 국외특수관계자 사이의 거래에서 형성된 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과한다는 이유로 정상가격을 산정하여 이를 토대로 과세표준 및 세액을 결정함에 있어서는 과세처분의 기초가 된 정상가격이 최선의 노력을 확보한 자료에 기해 합리적으로 산정한 가격임을 증명해야 한다.
 2) 위 법리에 비추어 피고가 산출한 정상가격이 적법한지 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 제2부과처분 중 두 번째 쟁점과 관련된 부분은 국조법 소정의 비교가능성 요건을 충족시키지 못한 비교대상업체들을 기준으로 산정된 정상가격을 기준으로 이루어진 것으로 위법하다 할 것이다.
 가) 이 사건에서 원고가 취급하는 제품은 ‘유기화학품(석유화학) 또는 광물성원료(석유 및 1차 가공품)’으로서, 모두 유기화학제품에 해당하고, 원고의 거래는 ‘석유화학제품’만을 해외에서 한국으로 ‘수출’하는 형태를 띠고 있는 반면, 피고가 선정한 비교대상기업들은 ‘무기화학제품, 화공약품 등 다양한 품목’을 국내에서 ‘수입재판매’하는 업체들로서 취급 제품이나 거래단계에 질적인 차이가 있어 비교가능성이 결여된 것으로 보인다.
 나) 원고의 수익성이 국제유가의 변동이나, 석유화학산업의 국제경기변동에 따른 영향을 받아 변동한 반면, 같은 기간 피고가 선정한 비교대상기업들의 수익성은 별다른 영향을 받지 않고 안정적이었다는 점에서, 이러한 차이가 비교되는 가격이나 이익률에 중대한 영향을 미쳤을 것으로 판단된다.
 다) 앞서 본 석유화학제품과 관련된 국제가격 추이 등 경기 패턴을 고려하면, 원고가 2001, 2002 사업연도에 낮은 영업이익률(오히려 손실을 기록했다)을 기록한 것은 국제시세를 참조하여 이전가격을 책정하였지만 이전가격에 국제시세가 후행적으로 반영되는 원고의 이전가격 결정 특성상 당시 국제시세가 지속적으로 하락하였던 시기였기 때문이었던 것으로 보이고, 원고가 국제시세와 무관하게 이전가격을 높게 책정하였기 때문이라고 볼만한 증거가 없다.
 라) 앞서 본 바와 같은 차이조정은 거의 모든 이전가격 과세시에 일반적으로 행하여지는 조정으로서, 이 사건에서 쟁점이 되는 원고와 비교대상기업들의 본질적이고 가장 중요한 취급 제품 종류의 차이로부터 야기되는 경제 여건상의 차이 및 순이익에 미치는 영향의 차이는 조정되지 않은 것으로 보이고, 이와 달리 위 거래의 차이를 극복할 수 있을 정도의 합리적인 조정이 이루어졌음을 인정할 만한 아무런 자료도 없다.
5. 결론
 그렇다면, 이 사건 각 처분은 모두 위법하므로 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 이인형(재판장) 정재희 손철