법인세부과처분등취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2023.03.21 / 시행일:

【원고, 피항소인】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인(유한) 태평양, 담당변호사 장성두)
【피고, 항소인】 강남세무서장
【제1심판결】 서울행정법원 2022. 6. 16. 선고 2021구합53900 판결
【변론종결】2022. 12. 16.
【주 문】
 피고의 항소를 기각한다.
 항소비용은 피고가 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 피고가 2017. 8. 9. 원고에 대하여 한 2014사업연도 법인세 482,604,780원의 증액경정처분 및 2017. 10. 25. 원고에 대하여 한 2013사업연도 법인세에 관한 결손금 727,735,587원의 감액경정처분을 각 취소한다.
2. 항소취지
 제1심 판결의 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소한 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다(원고 청구 중 일부만 인용하고 나머지를 기각한 제1심 판결 중 피고 패소 부분에 대해서만 피고가 항소하였으므로, 결국 그 부분만 당심의 심판 대상이 된다).
【이 유】1. 처분의 경위 및 관계 법령
 우리 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 다음과 같이 고치는 부분들을 빼면, 제1심 판결의 이유 제5항 및 제6항의 가. 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지까지 포함하여 이를 인용한다.
 ○ 제1심 판결 5면 마지막 행부터 6면 9행까지는 다음과 같이 고친다.
 "자. 한편, 이 사건 세무조사에 앞서 서울지방국세청장은 2016. 5. 2. 원고에게, △△△ 주식 등의 변동 과정에서 ‘2013년, 2014년 신주인수권 행사시 저가 신주를 사채발행시점 자기지분을 초과하여 인수한 혐의’와 관련하여 사실관계가 미비 또는 불분명한 사항이 있어 정확한 사실관계를 확인하고자, 해명(보완)자료로서 ‘2013년, 2014년 신주인수권증권 행사 관련 서류 일체’를 2016. 5. 13.까지 제출하여 달라는 취지로, "주식등 변동에 관한 해명(보완)자료 제출 안내"라는 제목의 서면을 보냈다(이하 ‘이 사건 자료 제출 요청’이라 한다). 위 서면에는 원고의 "주식등 변동사항에 관한 구체적인 거래내용을 확인하기 위해 실지조사 등의 번거로운 절차 없이 협조를 요청하는 것"이며, "기한 내에 해명(보완)자료를 제출하지 아니하거나 제출한 자료가 사실관계 확인에 충분하지 않을 경우에는 세무조사를 실시할 수 있음"을 알린다는 취지의 문구가 있다."
 ○ 제1심 판결 6면 18행의 "이 사건 1차 조사"를 "이 사건 자료 제출 요청"으로 고친다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장 요지
 1) 원고
 가) 이 사건 세무조사는 이 사건 자료 제출 요청과 겹치는 것으로서, 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정하기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4에서 금하는 재조사에 해당하고, 따라서 이에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.
 나) 원고가 이 사건 신주인수권의 행사로써 시가보다 낮은 가격에 이 사건 신주를 취득하기는 하였지만, 원고에게 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없는 이상, 원고의 행사가액과 당시 시가의 차액은 과세대상이 아니다. 나아가 이 사건 사채 발행 및 이 사건 신주인수권 행사는 부당행위계산 부인 규정의 적용 대상에 해당하지도 아니한다. 따라서 이 사건 세무조사가 중복세무조사가 아니어도 이 사건 처분은 위법하다.
 2) 피고
 가) 이 사건 자료 제출 요청은 소명자료의 제출을 요청하는 1회의 공문 발송에 불과하여 그 실질이 세무조사라고 할 수 없고, 따라서 이 사건 세무조사는 구 국세기본법이 금하는 재조사에 해당하지 아니한다.
 나) 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 같은 시행령 제88조 제1항 제8호의2에 따른 자본거래로 특수관계인에게서 분여받은 이익을 수익으로 보아 익금에 산입할 수 있도록 정하고 있고, 이때 ‘이익을 분여한 특수관계인’은 법인 주주 뿐 아니라 개인 주주까지 포함한다고 보아야 한다. 원고는 이 사건 신주인수권 행사로, 지분율에 따라 배정받을 수 있는 수를 초과하여, 시가보다 낮은 가액으로 이 사건 신주를 인수함으로써, 원고와 특수관계에 있는 △△△의 개인 주주들로부터 이익을 분여받았고, 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2 소정의 ‘「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여’한 경우에 해당하므로, 이 사건 신주 인수권 행사가액과 당시 시가의 차액은 원고가 분여받은 이익에 해당하며, 당연히 익금에 산입하여야 한다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다. (피고는 2022. 9. 19.자 항소이유서를 당심 제1회 변론기일에서 진술함으로써 기존에 주장하던 다른 처분사유는 철회하고 위 주장만 유지하는 것으로 소송관계를 정리하였다).
 나. 관계 법령
 제1심 판결의 별지 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.
 다. 판단
 1) 이 사건 세무조사가 중복세무조사에 해당하는지
 가) 세무공무원의 조사행위가 이후의 재조사를 금지하는 ‘세무조사’에 해당하는지는 조사의 목적과 실시 경위, 질문 조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합 고려하여 구체적 사안마다 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두64043 판결 등 참조).
 나) 앞서 인정한 사실들 및 이 사건 변론에 드러난 다음의 여러 사정에 비추어 보면, 이 사건 자료 제출 요청은 이 사건 사채의 발행이나 이 사건 신주인수권의 행사와 관련하여 세무조사를 실시하기 전에 사실관계 확인 차원에서 자료 협조를 요청한 것으로 봄이 타당하며, 이를 재조사 금지의 전제가 되는 ‘세무조사’로 보기는 어렵다(앞서 본 대법원 2016두64043 판결, 대법원 2022. 3. 17. 선고 2017두59703 판결의 제1심 판결인 서울행정법원 2016. 8. 11. 선고 2015구합72337 판결, 항소기각과 심리불속행 상고기각으로 확정된 부산지방법원 2019. 7. 25. 선고 2018구합22259 판결 등 각 참조). 따라서 이 사건 세무조사 역시 구 국세기본법 제81조의4 제2항 소정의 재조사에 해당하지 않는다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.
 (1) 이 사건 자료 제출 요청과 관련하여, 서울지방국세청장이 한 일은 원고 보유 △△△ 주식의 변동에 관한 사실관계 확인을 위하여 자료의 제출을 요청하는 공문의 1회 발송뿐이고, 원고의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 원고의 대표자, 임직원 등을 직접 접촉하여 과세표준이나 세액 결정에 관련이 있는 질문을 하는 등의 추가적인 조사행위로 나아갔던 것으로 보기는 어렵다(당심 증인 소외 1의 증언은 당시 △△△의 직원이었던 자신이 서울지방국세청이 요구한 자료를 원고를 대신하여 제출하면서 그 기회에 관련 내용을 설명하였다는 취지에 불과하므로, 그것만으로는 원고의 주장을 인정하기 부족하다).
 (2) 이 사건 자료 제출 요청 공문에는 ‘원고 보유 △△△ 주식의 변동에 관하여 사실관계 확인을 위하여 자료를 요청하는 것으로 실지조사의 절차 없이 협조를 구하는 것’이라는 취지를 명시하고 있다.
 (3) 원고가 이 사건 자료 제출 요청을 받고 서울지방국세청에 제출한 자료는 ‘이 사건 사채 인수계약서, 예상발행가액 산정표, 이 사건 신주인수권 매매계약서 및 매매보고서, 신주인수권 행사 청구서, 행사가액 결정 및 행사결과에 관한 자료’ 등인데, 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 사채와 관련한 거래는 경영상의 어려움을 타개하기 위한 중요 거래로서, 원고로서는 이에 관한 핵심 자료를 당연히 보관·관리하고 있었을 것이므로, 원고의 입장에서 그 제출을 준비하면서 감수한 부담이 영업의 자유를 실질적으로 제한할 정도에 이르렀다고 보기도 어렵다.
 (4) 원고가 소외 1을 통하여 서울지방국세청장에게 요청받은 자료를 제출하면서 그에 관한 간략한 설명을 했다 하여도, 이는 전체적으로 과세관청의 요구에 응하여 자발적으로 해명자료를 제출한 일련의 행위 중 일부로 평가할 수 있을 뿐이다. 
 (5) 이 사건 자료 제출 요청의 공문에는 ‘기한 내에 자료를 제출하지 아니하거나 제출한 자료가 확인에 불충분한 경우 세무조사를 실시할 수 있음’을 알리는 취지의 문구가 기재되어 있기는 하나, 이러한 정도의 경고문구가 있다는 것만으로 이 사건 공문이 원고에게 질문·조사·검사에 대한 수인의무를 부여한 것이라고 볼 수도 없다.
 2) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2를 적용할 수 있는지
 가) 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 "시행령 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익"을 익금의 범위에 포함하고 있고, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호(이하 ‘제8호’라고만 한다)는 "다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계인인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우"를 부당행위계산 부인 대상의 유형으로 들면서, 그 중 (나)목에서 "법인의 자본(출자액 포함)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채·신주인수권부사채 또는 교환사채 등 포함)를 배정·인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우"를 들고 있으며, 같은 시행령 제88조 제1항 제8호의2(이하 ‘제8호의2’라고만 한다)는 "제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, 상속세 및 증여세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본(출자액 포함)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 ‘법인의 이익’을 분여하였다고 인정되는 경우"를 부당행위계산의 한 유형으로 정하고 있다. 
 나) 제8호의2 첫머리의 ‘제8호 외의 경우로서’라는 문구는, 기본적으로 제8호의2가 제8호를 보충하는 규정의 성격을 띠고 있음을 전제로 하는데, 제8호는 자본거래로 인하여 주주 등인 ‘법인’이 ‘특수관계인’인 다른 주주에게 이익을 분여하거나 그로부터 이익을 분여받는 경우를 전제로 하므로(피고는 앞서 본 바와 같이 ‘이익을 분여한 특수관계인’은 법인 주주 뿐 아니라 개인 주주까지 포함한다고 주장하나, 이는 제8호 및 제8호의2의 문언이나 체계, 특히 제8조의2는 물론, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1부터 7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2의 보충 규정이라 할 수 있는 같은 항 제9호도 ‘법인의 이익을 분여’하였을 것을 부당행위계산의 요건으로 삼고 있는 점 등에 비추어 받아들이기 어려우니, 무엇보다도 개인 주주를 이익 분여자로 볼 경우, 그가 분여하는 이익은 ‘주식 발행 법인에 대하여 그 개인 주주가 갖는 이익’이지 그 ‘법인의 이익’이 아니기 때문이다), 제8호의2의 이익 분여 주체 또한 제8호와 마찬가지로 ‘법인’이어야 한다. 
 다) 따라서 이익 분여의 주체가 △△△의 개인 주주들임을 전제로 하는 피고의 당심 주장은 이유 없다. (물론, △△△ 발행 주식 중 원고 및 그와 특수관계인인 개인 주주 소외 2, 소외 3, 소외 4가 보유하지 아니하던 18,267,291주의 일부가 법인의 소유일 가능성은 있으나, 실제로 그 중 법인 주주가 있는지, 있다 해도 그 법인 주주가 원고의 특수관계인이라는 점에 대한 주장이나 입증은 전혀 없다.) 
 3) 취소의 범위 및 소결론
 우리 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 제2항 마. 및 바. 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.
3. 결 론
 그렇다면 원고의 각 청구는 위 인정 범위에서 이유 있어 인용하고, 나머지는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결의 피고 패소 부분은 결과적으로 이와 결론이 같아 부당하다고 볼 수 없다. 피고의 항소는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 심준보(재판장) 김종호 이승한