정부조치계획취소등 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2005.02.04 / 시행일:

【원 고】 원고 1 외 3538인 (소송대리인 법무법인 한울 담당변호사 김호철 외 4인)
【피 고】 국무총리 외 1인 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 유인의 외 5인)
【피고 보조참가인】 전라북도 (소송대리인 대표변호사 김학수 외 35인)
【변론종결】 2004. 11. 12.
【주 문】
1. 피고 농림부장관이 2001. 5. 24. 원고 97.에 대하여 한 공유수면매립면허 등 취소신청 거부처분을 취소한다.
2. 이 사건 소 중,
 가. 원고들의 피고 국무총리에 대한 새만금간척종합개발사업 정부조치계획취소 및 피고 농림부장관에 대한 위 정부조치계획에 대한 세부실천계획취소 부분,
 나. 원고 144. 내지 원고 3539.의 피고 농림부장관에 대한 1991. 10. 17.자 공유수면매립면허처분 및 1991. 11. 13.자 새만금간척종합개발사업시행인가처분의 각 무효확인 부분,
 다. 원고 3537. 내지 원고 3539.의 피고 농림부장관에 대한 공유수면매립면허 등 취소신청 거부처분 부분을 모두 각하한다.
3. 원고 1. 내지 원고 96. 및 원고 98. 내지 원고 143.의 피고 농림부장관에 대한 1991. 10. 17.자 공유수면매립면허처분 및 1991. 11. 13.자 새만금간척종합개발사업시행인가처분의 무효확인청구를 모두 기각한다.
4. 소송비용 중 원고 97.과 피고 농림부장관 사이에 생긴 부분은 보조참가로 인한 부분은 보조참가인이 부담하고 나머지 부분은 피고 농림부장관이 부담하고, 원고 97.과 피고 국무총리 사이에 생긴 부분은 보조참가로 인한 비용을 포함하여 원고 97.이 부담하고, 나머지 원고들과 피고들 사이에 생긴 부분은 보조참가로 인한 비용을 포함하여 나머지 원고들이 부담한다.

【청구취지】1. 가. 피고 국무총리가 2001. 5. 25.에 확정한 새만금간척종합개발사업에 대한 정부조치계획을 취소한다.
 나. 위 가.항과 선택적으로, 피고 농림부장관이 2001. 8. 6.에 확정한 위 정부조치계획에 대한 세부실천계획을 취소한다.
2. 가. 피고 농림부장관이 1991. 10. 17.에 한 공유수면매립면허처분 및 1991. 11. 13.에 한 새만금간척종합개발사업 시행인가처분은 각 무효임을 확인한다.
 나. 위 가.항과 선택적으로, 피고 농림부장관이 2001. 5. 24.에 원고 97. 및 원고 3537. 내지 원고 3539.에 대하여 한 공유수면매립면허 등 취소신청 거부처분을 취소한다.
【이 유】 1. 기초사실
 가. 새만금간척종합개발사업의 현황
 (1) 개 요
 새만금간척종합개발사업(이하 '새만금사업'이라 한다)은 전라북도 군산시, 김제시, 부안군에 인접한 하구해역 40,100㏊를 방조제로 막은 후 28,300㏊의 토지와 11,800㏊의 담수호를 조성하는 간척사업이다.
 (2) 당초의 새만금사업의 기본계획 
 새만금사업의 주관부서인 농림수산부가 관계 부처와의 협의를 거쳐 1989. 11. 6. 확정한 새만금사업의 기본계획은 다음과 같다.
 (가) 사업목적
 새만금사업은 국토의 외연적 확장과 수자원개발, 대체농지조성 및 쾌적한 복지농어촌을 건설하는 것을 목적으로 한다. 
 (나) 사업구역
 전라북도 부안군, 김제군, 옥구군의 1도 3군 17읍·면을 사업구역으로 한다.
 (다) 개발면적
 총 하구해역 40,100㏊를 방조제로 막은 후 28,300㏊의 토지와 11,800㏊의 담수호를 조성하는 것으로, 조성되는 28,300㏊의 토지는 식량단지 17,950㏊, 원예단지 2,500㏊, 해수어 및 담수어 양식단지 2,000㏊, 농촌도시 800㏊, 도로 등 기타 면적 5,050㏊로 구성된다.
 (라) 주요시설
 방조제 8조 32.8㎞, 배수갑문 2개소 470.4m, 방수제 6조 138.3㎞, 배수장 13개소, 용·배수로 320㎞가 시설된다.
 (마) 사업비
 공사비 1조 377억 원, 용지매수 보상비 205억 원, 어업권 보상비 954억 원, 설계 및 공사감리비 1,042억 원, 기타 486억 원을 합하여 총사업비는 1조 3,064억 원이 소요된다.
 (바) 사업기간
 새만금사업은 1989.부터 2001.까지 13년간에 걸쳐 시행되는데, 1989.부터 1996.까지 8년간은 방조제를 조성하는 외벽공사를 시행하고, 1996.부터 2001.까지는 방조제에 의하여 조성된 내부 간척지를 개발하는 것으로 되어 있다.
 (사) 사업시행주체
 농림수산부가 사업시행을 주관하고, 농업기반공사가 구체적인 사업시행을 담당하며, 전라북도가 용지매수 및 어업권보상업무를 담당한다.
 (3) 정부조치계획에 의하여 수정된 사업계획
 정부는 2001. 5. 25. 새만금사업의 사업기간을 당초 2001.에서 2011.으로 연장하고(2004.까지 방조제공사를 완공하고, 2004.부터 2011.까지 내부개발공사를 시행하기로 함), 총사업비를 당초 1조 3,064억 원에서 3조 489억 원으로 증액하며(방조제 공사비 1조 7,337억 원, 내부개발비 1조 3,152억 원), 방조제를 우선적으로 완공한 후 수질문제를 고려하여 수질이 상대적으로 양호한 동진강 수역을 먼저 개발하고, 만경강 수역은 수질이 목표기준에 적합하다고 평가될 때까지 개발을 유보하는 내용으로 새만금사업계획을 변경하였다. 그러나 위 정부조치계획상의 순차개발방식은 방조제공사를 2006.까지 완공한 후 동진수역에 대하여 2007.부터 2011.까지 담수화 작업을 진행하고 2012.부터 내부개발에 착수하는 것으로 다시 변경되었다. 
 (4) 새만금사업의 현재 공정
 현재 새만금사업은 방조제축조공사가 진행 중인바, 1호 방조제는 1998. 12. 준공되어 도로포장까지 완료된 상태이고, 2호 방조제는 1구간 1.1㎞와 2구간 1.6㎞ 등 2.7㎞만 개방되어 있을 뿐 나머지 구간은 물막이 공사가 완료되어 현재 물막이 공사가 완료된 부분에 대한 흙쌓기 및 돌붙임공사 등 보강공사가 진행되고 있으며, 3호 방조제와 4호 방조제는 물막이 공사가 완료되어 현재 흙쌓기 및 돌붙임공사 등 보강공사가 진행되고 있다.
 또한, 새만금지구에는 홍수량 배제와 담수호 수위조절을 위하여 가력도와 신시도에 2개소의 배수갑문이 설치되도록 계획되어 있는데, 가력배수갑문은 2003. 12. 완공되었고, 신시배수갑문은 현재 본체·교량부분의 콘크리트공사 및 문짝제작공사가 진행되고 있다.
 나. 새만금사업의 추진경위와 시행계획수립 및 고시
 (1) 새만금사업의 추진경위
 (가) 옥서지구 농업개발사업계획
 새만금사업은 1971. 수립된 옥서지구(전북 옥구, 충남 서천) 농업개발사업계획에서 유래하였다. 1단계로 금강 하구둑을 건설해 금강 주변의 관개배수를 개선하고, 2단계로 김제지구 간척을 포함한 김제, 부안, 옥구 등 만경강 주변 농경지에 대한 관개배수를 개선하는 내용의 옥서지구 농업개발사업계획은 IBRD 협력차관을 사용하기 위하여 구상되었고, 1972.에는 IBRD 조사단이 이 사업의 경제성을 직접 평가하기도 하였다.
 (나) 김제지구 간척지 농업개발사업
 김제지구 간척지 농업개발사업은 부안군 계화도와 옥구군 선연리를 연결하는 9.6㎞의 방조제를 쌓는 사업으로 김제, 만경, 진봉, 광할, 죽산면 일대의 관개배수 개선을 위하여 계획되었다. 농림수산부는 1981.부터 1984.까지 기본조사를 실시하고, 1986. 기본조사를 토대로 본격적인 타당성 검토에 착수하였다.
 (다) 부안지구 복지농어도 종합개발사업의 구상
 농림수산부는 1986. 5. 개별지구단위로 진행되는 농업 목적의 간척사업을 종합개발 사업으로 전환하고, 김제·옥구·부안 등 3개 지구의 간척사업을 1개의 사업으로 통합하는 내용의 부안지구 복지농어도 종합개발사업을 구상하였다.
 (라) 서해안 간척사업계획
 부안지구 복지농어도 종합개발사업은 그 후 서해안 간척사업계획으로 발전하였는바, 농림수산부는 1987. 5. 12. 서해안 간척사업이라고 이름이 붙은 새만금지구 간척사업의 추진계획을 발표하였다. 서해안 간척사업은 8,200억 원의 사업비를 투입하여 군산 외항과 오식도 ∼ 고군산열도 ∼ 계화도 ∼ 부안군 변산면 대항리를 연결하는 방조제 34㎞를 축조함으로써 총 42,000㏊의 간척지를 조성하는 사업이었다. 위와 같은 서해안 간척사업계획이 당시의 전라북도의 사회경제적 환경과 정치적 환경을 배경으로 새만금사업으로 이름을 바꾸어 추진되게 되었다.
 (2) 새만금사업 시행계획 수립 및 고시
 (가) 새만금사업 추진계획수립 및 관련 부처 간 협의
 농림수산부장관은 1987. 12. 11. 새만금지구의 사업타당성을 인정하여 사업추진계획을 발표한 데 이어 1988. 2. 1. 농림수산부 조성27245-142호로 새만금지구 간척지개발사업 추진계획 수립을 시달하였으며, 이에 따라 같은 달 22. 농업진흥공사 내에 새만금사업단이 설치되었고, 같은 해 3. 4. 새만금조사사업소가 개소되었다. 
 그 후 농림수산부장관은 1989. 5. 22. 내무부, 건설부, 국방부, 상공부, 교통부, 해운항만청, 수산청, 환경청, 전라북도 등에 새만금사업 기본계획 협의공문을 발송하여 새만금사업의 시행에 따른 관련 부처의 의견을 수렴하였다. 
 (나) 환경영향평가서의 작성과 환경처장관과의 협의
 농림수산부에서는 1986. 6.경부터 1989. 8.경까지 사이에 새만금사업의 시행으로 인한 환경영향평가를 실시하였는데, 위 환경영향평가에서는 새만금사업의 시행에 따라 환경에 영향을 받게되는 군산시, 옥구군, 김제군, 부안군 일대의 자연환경(기상, 지형·지질, 생태계, 해양환경), 생활환경(토지이용, 대기질, 수질, 토양오염, 폐기물, 소음·진동·악취, 위락·미관, 위생·공중보건), 사회·경제환경(인구, 산업, 농산물생산 및 내수면개발, 주거, 공공시설, 교통, 문화재)에 관한 영향을 조사하였고, 그 결과 자연 및 생활환경에서 안개일수증가, 방조제축조로 인한 리아스식 해안선의 단순화, 공사용 토석재 채취로 인한 국부적 지형변화 등의 환경의 변화가 있지만, 간이기상관측소 설치, 방풍림 녹지대 조성 등의 많은 대책을 시행함으로써 악영향을 최소화할 계획이고, 새만금사업은 인접한 전주, 이리, 군산, 부안 권역과 관련하여 산업 및 생활기반을 광역개발하고 해상관광 및 농업단지조성, 고군산군도에 해수욕장 개발, 위생공중보건시설 등 편익시설을 설치함으로 새로운 농촌환경기반이 조성되어 사업지역 주민의 생활이 많이 향상될 전망이므로, 새만금사업의 시행으로 인한 국토확장, 식량증산, 담수자원확보로 각종 용수원공급 등 직접적인 효과 외에 배수개선, 고용창출, 재해예방 등 간접효과가 있어 2000년대를 향한 국토의 효율적 균형개발사업으로 적극 추진되어야 한다는 내용의 환경영향평가서가 작성되었다. 
 한편, 환경청에서는 1989. 6. 22. 농림수산부장관의 1989. 5. 22.자 새만금사업 기본계획 협의공문에 대하여 농림수산부장관에게 새만금사업의 시행으로 해양환경에의 악영향이 예상된다는 이유로 조류의 변화(유향, 유속, 유량 등)에 따른 침식 및 토사퇴적에 의한 해저지형의 변화로 인한 해양환경변화 등 7개 사항을 보완한 후 재협의하여 줄 것을 요청하였고, 이에 대하여 농림수산부장관은 1989. 8. 22. 해양환경의 악영향이 우려되는 부분에 대한 보완자료와 함께 위 환경영향평가서를 제출하였다. 
 환경청장은 다시 1989. 12. 22. 농림수산부장관에게 새만금사업의 시행 여부에 대한 근본적인 재검토가 필요하며 재검토 결과 그 사업시행이 불가피하다면 사업시행의 불가피성에 대한 자료 등 7개 사항을 보완한 다음 재협의하여 줄 것을 요청하였고, 농림수산부장관은 1990. 3. 14. 환경처장관(1989. 12. 30. 법률 제4183호로 개정된 정부조직법 제26조, 부칙 제2조에 따라 환경처가 신설되어 환경청장의 소관사무를 환경처장관이 승계하였다)에게 위 보완사항에 대한 보완자료를 제출하였고, 환경처장관은 같은 해 12. 24. 새만금사업계획을 검토한 결과 방조제건설에 따른 부유토사 확산, 인공담수호의 부영양화 등 개발로 인한 해양오염이 예상된다는 이유로 환경영향평가 협의 결과에 따라 사업을 추진하도록 회신한 데 이어, 1991. 6. 8. 기상, 지형·지질, 해양, 대기질, 수질, 폐기물, 소음·진동 등의 항목별 협의내용 및 환경영향평가서(보완서 및 재보완서)에 제시된 환경피해저감방안과 사후환경관리계획을 반드시 이행하고, 환경정책기본법시행령 제12조 제2항의 규정에 의한 재협의대상과 협의내용 중 환경오염 저감대책 등과 관련되는 사항의 변경시에는 사전에 재협의 및 협의내용 변경을 할 것을 통지하여 구 환경정책기본법(1990. 8. 1. 법률 제4257호로 제정되고, 1993. 6. 11. 법률 제4567호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 환경정책기본법'이라 한다) 제26조 소정의 협의를 하였다. 
 (다) 새만금사업 기본계획 확정과 시행계획 수립 및 고시
 농림수산부장관은 새만금사업에 관하여 1989. 11. 6. 앞서 본 바와 같이 간척농지개발, 수자원확보 등을 사업목적으로 한 기본계획을 확정한 후 1991. 8. 13. 구 농촌근대화촉진법 제93조(1994. 12. 22. 법률 제4823호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 농촌근대화촉진법'이라 한다)에 의하여, 사업시행자를 농림수산부장관으로, 사업목적을 간척종합개발·수자원개발로 하는 등 앞서 본 당초의 새만금사업 기본계획과 같은 내용의 새만금사업 시행계획을 수립하고, 같은 달 19. 구 농촌근대화촉진법 제94조에 의하여 새만금사업 시행계획을 고시하였다. 
 (라) 공유수면매립면허처분
 농림수산부장관은 구 행정권한의위임및위탁에관한규정(1994. 12. 23. 대통령령 제14438호로 개정되기 전의 것) 제41조 제9항에 따라 건설부장관의 권한을 위임받아 1991. 10. 17. 구 공유수면매립법(1997. 4. 10. 법률 제5337호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 공유수면매립법'이라 한다) 제4조, 제29조의 규정에 의하여 농림수산부장관에게 새만금사업과 관련하여 아래와 같은 내용의 공유수면매립면허처분(이하 '이 사건 공유수면매립면허처분'이라 한다)을 하고, 같은 달 22. 이를 고시하였다. 
 ① 피면허인 : 농림수산부(대표자 : 농림수산부장관)
 ② 매립장소 : 전라북도 군산시, 옥구군, 김제군, 부안군(1도 1시 3군 19개 읍면동) 지선의 새만금사업지역 공유수면
 ③ 매립면적 : 40,100㏊ 
 ④ 매립의 목적 : 농지조성과 용수개발을 주목적으로 하는 간척종합개발
 ⑤ 준공기한 : 착공일로부터 14년 이내 
 (마) 새만금사업 시행인가처분
 농림수산부장관은 사업시행자의 지위에서 1991. 11. 13. 구 농촌근대화촉진법에 의한 사업시행인가권자인 농림수산부장관에게 새만금사업의 시행인가를 신청하여 구 농촌근대화촉진법 제96조, 구 공유수면매립법 제9조의2에 의하여 농림수산부장관으로부터 사업시행자(피면허자)를 농림수산부장관, 사업목적을 농지조성과 용수개발을 주목적으로 하는 간척종합개발로 하는 등 당초 새만금사업의 기본계획과 같은 내용의 새만금사업 시행인가처분(이하 '이 사건 시행인가처분'이라 하고, 이 사건 공유수면매립면허처분과 이 사건 시행인가처분을 모두 합하여 '이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분'이라 한다)이 있었고, 위 시행인가는 같은 달 16. 고시되었다. 
 다. 감사원의 특별감사
 감사원은 1998. 4. 27.부터 1998. 6. 13.까지 새만금사업의 추진실태에 대한 특별감사를 실시하고, 1998. 9. 25. 감사 결과를 발표하였는바, 새만금사업에 관하여 다음과 같은 문제점이 지적되었다.
 (1) 사업계획분야의 문제점
 (가) 새만금사업의 개발효과를 높이기 위한 연구용역을 하면서 농수산용지 및 공업용지의 수요를 비합리적으로 분석하였고, 복합산업단지로 개발하는 것이 가장 합리적인 것으로 검토를 하고서도 농수산 중심의 토지이용계획을 수립하였다.
 (나) 새만금간척지를 복합산업단지로 개발하는 안보다 농수산 중심개발안이 상대적으로 경제적 타당성이 떨어짐에도 불구하고, 비용을 적게 계상하고, 편익을 과다하게 계상하는 방법에 의하여 농수산 중심개발안이 복합산업단지안보다 경제적 타당성이 더 있는 것으로 분석하여 기본계획을 수립하였다. 
 (다) 농수산용지를 조성하는 것으로 시행인가된 새만금사업을 관계 법령에 따른 협의 등의 절차를 거치지 않고, 복합산업단지를 조성하는 것으로 임의변경을 추진하였다.
 (라) 재원확보대책 없이 사업계획을 확정하거나 사업비를 적게 산정함으로써 사업비 부족으로 사업이 지연되는 등 사업추진이 원활하지 못한 실정이다.
 (마) 새만금 담수호의 물을 필요 이상으로 많이 저수하도록 계획하여 수질오염 등을 가중시킬 우려가 있다.
 (2) 담수호 수질관리분야의 문제점
 (가) 환경영향평가서에 발생오염 부하량 산정 등에서 오류가 있음에도 환경영향평가서가 적정하게 작성된 것으로 보았고, 담수호 수질오염 방지대책이 미흡한 상태에서 사업을 시행하였다. 
 (나) 수질보전사업을 제대로 추진하지 아니하여 목표연도 내에 사업완료가 곤란하고, 복합산업단지로 토지이용계획을 변경하는 것을 추진하면서도 개발계획에 따른 환경영향평가를 다시 하지 않아 수질보전에 차질이 예상된다.
 (다) 새만금 담수호의 수질이 확보되지 않을 경우, 새만금사업의 시행목적을 달성할 수 없게 되는데도, 재원조달방안이 확보되지 아니한 환경기초시설 건설계획을 수립하고, 방조제 끝물막이까지 완료되어야 할 수질오염 방지시설을 방조제 끝물막이 후에 설치하는 것으로 계획하여 새만금 담수호의 수질확보가 곤란하다.
 (라) 환경기초시설의 설치계획을 수립함에 있어서 건설기간, 재원확보방안 등을 감안하지 아니하여 목표연도 내에 환경기초시설의 설치가 어렵게 되었다.
 (3) 사업집행분야의 문제점
 (가) 새만금 방조제의 축조로 인하여 발생되는 조류변동과 그에 따른 내측간석지의 지형변화 등을 제대로 조사하지 않고 사업을 추진하였다.
 (나) 파랑값을 실측하지 않고 가상자료를 이용한 추정값으로 방조제를 설계하여 방조제의 안전성이 저하될 우려가 있다.
 (4) 기타 분야의 문제점 
 (가) 전라북도는 새만금사업과 관련한 용지매수 및 보상업무만을 위임받았음에도 지역개발 및 사업관리업무까지 위임된 것으로 조직을 운영하고 있다.
 (나) 토지용도별 수요예측, 공간배치계획, 경제성 분석, 재원조달방안 등이 제대로 검토되지 아니한 상태에서 새만금간척지의 종합개발방안을 대내외적으로 홍보함으로써 사업시행에 혼선을 초래하고 있다.
 라. 정부조치계획 및 세부실천계획
 (1) 추진경위
 위와 같이 감사원의 특별감사에서 여러 가지 문제점들이 지적되고, 다른 한편 1998.부터 환경 관련 시민사회단체들로부터 새만금사업의 시행에 따른 환경영향, 수질, 경제성 등과 관련한 문제들이 제기되자, 정부는 일단 새만금사업 시행에 따른 공사를 잠정적으로 중단한 상태에서 민관공동조사단을 구성하여 1999. 5. 1.부터 14 개월간 환경대책, 경제성, 수질보전대책에 관하여 조사를 실시하게 하였다.
 그 후 피고 국무총리는 2001. 5. 25. 위 민관공동조사 결과, 관계 부처의 검토내용, 토론회 및 평가회의 결과를 참고로 하여 새만금사업에 대한 정부조치계획을 확정·발표하고 관계부처에 지시사항을 시달하였으며, 피고 농림부장관도 이에 응하여 2001. 8. 6. 새만금사업 후속 세부실천계획을 발표하기에 이르렀다.
 (2) 주요 내용
 (가) 정부조치계획
 먼저, 그 기본방향으로 새만금사업공사가 이미 58% 이상 진척되어 있어 공사를 중단하는 경우 막대한 사회경제적 손실이 초래될 뿐만 아니라, 미래의 식량위기, 남북통일 등에 대비하기 위해서는 이 사건 사업의 완성이 반드시 필요하다는 점을 밝히면서 다만, 수질과 갯벌보전, 환경문제 등의 해결을 위해 보완대책의 마련이 필요하다는 것이고, 다음 그 추진사항으로 방조제는 완공하되, 동진수역부터 먼저 개발하고 만경수역은 수질이 목표수준에 적합하다고 평가될 때까지 개발을 유보하며, 그 밖에 '친환경적 사업추진계획', '갯벌보전·관리 종합대책추진', '새만금사업의 환경관련 소요예산판단', '추진체계 구축운영' 등 사업의 계속추진과 관련된 사항을 밝힘과 아울러 농림부·환경부·해양수산부 등 관계 부처별 주요 조치사항을 정하고, 이에 따라 소관부처별로 세부실천계획을 2001. 7. 말까지 마련, 추진할 것을 지시하고 있다.
 (나) 세부실천계획
 피고 농림부장관의 새만금사업 후속 세부실천계획의 주요내용은 먼저 그 기본방향으로 위 정부조치계획에 따라 수질보전 및 친환경적 대책을 마련한 후 사업을 추진한다는 점 등을 밝히고, 다음으로 그 세부실천계획을 크게 수질보전대책, 새만금내부 친환경간척계획, 해양환경보전대책 등으로 나누어 추진사업과 사업비 등을 정하고 있으며, 그 밖에 '과학적인 물관리체계구축', '사업추진체계구축', '재원조달계획' 등에 관한 사항을 밝히면서, 위 세부실천계획은 국무조정실 내 민관공동으로 구성된 새만금환경대책위원회에 상정·평가될 계획이라는 점과 향후 세부실천계획 시행과정에서 환경단체 등 시민단체, 전문가의 조사·연구와 새로운 환경처리기술 등을 반영하여 계속 보완발전시켜 나간다는 점을 덧붙이고 있다. 
 마. 당사자의 지위
 (1) 원고들 중 원고 1.(원고 1)부터 원고 99.까지는 전북 부안군에, 원고 100.부터 원고 107.까지는 김제시에, 원고 108.부터 원고 143.까지는 군산시에 각 거주하고 있고(이하 원고 1.부터 원고 143.까지를 '원고 1 등 143명'이라 한다), 그 외 나머지 원고들은 목포시, 익산시, 전북 완주군, 전주시, 서울 등에 거주하고 있다.
 (2) 1996. 8. 8. 법률 제5153호로 개정된 정부조직법 제41조, 부칙 제2조에 따라 해양수산부가 신설되어 종전의 농림수산부장관의 소관사무 중 수산 등에 관한 사무를 해양수산부장관이 승계하게 되었고, 농림수산부는 농림부로 명칭 및 조직이 변경되었으며, 현재 농림부가 새만금사업수립 및 예산지원업무 등을 담당하고 있고, 한편 피고 국무총리는 대통령의 명을 받아 각 중앙행정기관의 장을 지휘ㆍ감독하고, 중앙행정기관의 장의 명령이나 처분이 위법 또는 부당하다고 인정할 때에는 대통령의 승인을 얻어 이를 중지 또는 취소할 수 있는 권한이 있는 중앙행정기관이다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 58호증, 갑 제60호증의 1 내지 10, 갑 제65호증의 1 내지 36, 갑 제102, 104호증, 을가 제1 내지 3, 6, 53호증, 변론의 전취지 
 2. 피고들에 대한 정부조치계획 및 세부실천계획취소 청구에 관한 판단
 가. 당사자들의 주장
 (1) 원고들의 주장
 (가) 피고 국무총리의 이 사건 정부조치계획은 중지되었던 새만금사업에 대하여 그 사업계획의 내용을 변경시켜 다시 시행하도록 명령하는 조치로서 그로 말미암아 매립대상지에서 어업권을 행사하는 사람들의 권리행사가 다시 제한되는 등 국민의 권리 내지 법률상 이익을 직접 규제하거나 박탈하는 효과를 가져오는 명령적 계획이므로 행정소송법 제2조 제1항 제1호 소정의 처분이고, 피고 농림부장관의 이 사건 세부실천계획은 이 사건 정부조치계획을 구체화한 것이므로, 모두 행정소송법상 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당한다.
 (나) 당초 민관공동조사단의 조사 결과에 따라 피고들이 새만금사업의 계속 추진 여부를 결정하려고 하였는데, 민관공동조사단은 정부측의 비민주적인 운영으로 말미암아 새만금사업의 환경영향과 타당성 등에 대하여 위원들 사이에 검증을 거치지 못하여 그 조사 결과만으로는 사업진행 여부를 결정할 수 없다는 결론에 이르렀고, 대통령 직속 지속가능발전위원회는 현상황에서 새만금사업의 추진 여부를 판단할 수 없고 사회적 합의와 합리적인 정책결정에 도달하기 위하여 투명하고 공정한 검토와 논의가 필요하다는 취지로 대통령에게 건의하였으며, 정부 내 관련 부처인 환경부는 목표수질을 달성하는 것이 불가능하다는 이유로, 해양수산부는 간척이익 보다 큰 갯벌과 해양생태가치를 보전하여야 한다는 등의 이유로 새만금사업의 추진이 불가능하다는 의견을 피고 국무총리에게 각 제출하였는바, 위와 같은 의견들에 의하면, 새만금사업의 무리한 재개로 인하여 국가적인 손실과 환경재앙을 초래할 위험이 크므로 새만금사업과 관련된 제반 이익을 보다 신중하고 정당하게 비교형량할 필요가 있음을 알 수 있다.
 그럼에도 불구하고, 피고 국무총리는 이 사건 정부조치계획을 확정함에 있어 이익형량을 전혀 하지 않거나 이익형량의 고려대상에 마땅히 포함시켜야 할 사항을 누락한 경우 또는 이익형량을 하였더라도 비례원칙에 위반하여 정당성 및 객관성을 결여하는 잘못을 저질렀고 이는 계획재량권을 일탈, 남용한 위법한 행위로서 취소되어야 하며, 그에 터잡아 이루어진 피고 농림부장관의 이 사건 세부실천계획 역시 마찬가지로 위법하므로 취소되어야 한다.
 (2) 피고들의 주장
 이에 대하여 피고들은, 이 사건 정부조치계획 및 세부실천계획은 종전의 행정계획 및 관련 처분에 의해 추진되어오던 사업을 재검토하여 환경친화적인 방법으로 추진한다는 내용의 보완적인 행정계획에 불과하고, 그 자체가 독립적인 행정계획은 아니므로, 당초의 행정계획과 관련 처분과 별도로 취소소송의 대상이 될 수 없을 뿐만 아니라, 그 자체로 직접 국민의 권리를 제약하거나 의무를 부과한다거나 특정인의 법률상 이익을 개별적 구체적으로 규제하는 효과가 있는 것이 아니므로 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당하지 않고, 따라서 이를 대상으로 한 이 부분 소는 부적법하다고 주장한다.
 나. 처분성 여부에 대한 판단
 이 사건 정부조치계획 및 세부실천계획이 항고소송의 대상인 처분에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 피고 국무총리의 이 사건 정부조치계획 및 지시사항시달은 이 사건 사업에 관한 국무총리의 관계 부처에 대한 지휘·감독권의 행사(정부조직법 제19조)의 일환으로 행해진 것으로, 당초 농림부장관의 새만금사업을 변경시키거나 그 사업을 대체하는 것이 아니라, 동 사업을 계획대로 계속 시행하되, 다만 환경친화적인 개발이 되도록 관계 부처에 보완대책을 수립·추진하라는 것을 내용으로 하고 있고, 피고 농림부장관의 이 사건 세부실천계획 또한 피고 국무총리의 지시사항을 이행한 실천계획을 정한 것으로, 새만금사업에 대한 환경친화적인 개발의 이행계획을 내용으로 하고 있으며, 새만금사업에 대한 공사재개행위는 당초 사업계획에 따라 진행되다가 중단된 공사를 재개하는 것에 불과하여, 위 각 행위 자체로 독립하여 새로이 직접 원고들의 귄리를 침해하고 있는 것이 아니므로, 피고들의 위 각 행위는 항고소송의 대상인 행정처분에 해당하지 아니한다고 할 것이다(헌법재판소 2003. 1. 30.자 2001헌마579 결정 등 참조).
 다. 소결론
 그렇다면 원고들의 피고들에 대한 이 사건 소 중 이 사건 정부조치계획 및 세부실천계획의 취소를 구하는 부분은 항고소송의 대상이 될 수 있는 처분성이 없어 부적법하다고 할 것이다. 
 3. 피고 농림부장관에 대한 무효확인 및 거부처분취소 청구에 관한 판단
 가. 처분경위 및 판단대상
 원고들은 피고 농림부장관을 상대로 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 무효확인을 구하고 원고 97. 및 원고 3537. 내지 원고 3539.는 이 사건 공유수면매립면허 등 취소신청 거부처분 취소를 구함에 대하여, 위 피고는 우선, 본안전 항변으로 위 무효확인청구에 있어서 원고적격에 관한 주장을 하고 위 거부처분청구에 있어서 처분성(대상적격)에 관한 주장을 하므로, 양 청구에 관하여 본안전 항변을 함께 판단한 다음 본안에 나아가 판단하기로 한다.
 이에 앞서 각 처분경위에 관하여 보건대, 피고 농림부장관은 앞서 기초사실에서 본 바와 같이 1991. 10. 17.과 1991. 11. 13.자로 각각 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분을 하였고, 그 후 아래와 같은 경위로 2001. 5. 24. 공유수면매립면허 등 취소신청에 대한 거부처분을 하였다.
 원고들은 2001. 3. 21. 새만금사업에 대한 사업목적, 환경영향평가, 경제성분석 등에 있어서 앞서 감사원에서 지적한 문제점을 근거로 공유수면매립법(1999. 2. 8. 법률 제5911호로 전문 개정된 것, 이하 같다) 제32조, 농어촌정비법 제98조 제1항 소정의 취소사유가 발생하였음을 들어 피고 농림부장관에게 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분을 취소하여 줄 것을 신청하였고, 이에 대하여 피고 농림부장관은 2001. 5. 24. 민원에 대한 회신으로 아래와 같은 이유로 위 취소신청을 거부하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라 한다).
 즉, 새만금사업은 1989. 환경영향평가 당시 총인(T-P, 이하 '총인'이라 한다) 등의 수질이 모두 4급수 기준 이내를 유지하는 것으로 분석되었고, 일부 오염원 산정이 미흡하다는 감사원의 지적사항은 매립면허를 취소할 정도의 중대한 하자는 아니며, 그 후 민관공동조사단 및 정부 관계 기관의 조사 결과에서 만경수역의 총인이 4급수 기준을 약간 초과하는 것으로 예측됐으나 호소로서의 기능유지가 가능한 것으로 전망되고, 경제성분석에 관하여 감사원으로부터 일부 편익 및 비용상의 문제가 지적되었으나 이를 이유로 한 취소요구는 없었고 이후 민관공동조사단에서 10개 시나리오 모두 경제적 타당성이 있는 것으로 분석되었으며, 새만금사업은 우리 나라가 람사협약에 가입하기 이전에 이미 착수되었고, 간척지에 농지를 조성한다는 정부방침에 변함이 없으며, 공정이 지연된 것은 민간공동조사단의 조사활동과 사업비증액 등 복합적인 요인에 기인한 것이라는 점 등의 사정을 종합하여 볼 때, 예상하지 못한 사정변경이 발생하였다는 등 공유수면매립법 등 소정의 취소사유가 존재하지 않는다.
 나. 본안전 항변에 대한 판단
 (1) 무효확인청구를 구할 원고적격이 없다는 주장에 대하여
 (가) 당사자들의 주장
 피고 농림부장관은 원고들에게 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 무효확인을 구할 원고적격이 없다고 주장함에 대하여, 원고들은 아래와 같은 사유에 의하여 그 법률상 이익이 있다고 주장한다.
 1) 원고들 중 새만금사업의 사업시행지역으로 환경영향평가대상지역에 거주하면서 관습에 의하여 공유수면으로부터 인수하거나 공유수면에 배수하는 자들이거나 사업시행지역 내에 토지의 소유권, 기타 물권을 가지고 있는 자들은 새만금사업의 근거법규가 되는 구 공유수면매립법, 구 농어촌근대화촉진법 등에 의하여 보호되는 법률상 구체적 이익을 가진다.
 2) 나머지 원고들에 대하여는 헌법 제35조 제1항에서 "모든 국민은 건강하고 쾌적한 환경에서 생활할 권리를 가지며, 국가와 국민은 환경보전을 위하여 노력하여야 한다."고 규정하고, 환경정책기본법 제6조에서 "모든 국민은 건강하고 쾌적한 환경에서 생활할 권리를 가지며 국가 및 지방자치단체의 환경보전시책에 협력하고 환경보전을 위하여 노력하여야 한다."라고 규정하고 있는 등 기본권으로서의 환경권이 헌법 및 법률에서 명문으로 인정하고 있는 상황에서, 환경권을 법으로 보호해 주어야 하는 중대한 이익에 해당하는 구체적인 권리로 볼 수 있으므로 환경오염을 발생하여 타인의 생명, 신체, 재산 등에 대한 피해를 가하거나 가할 우려가 있을 때에는 당연히 그 배제를 청구할 수 있는 실체적 권리가 인정되어야 할 뿐만 아니라, 한강 이남의 유일한 대형 하구생태계인 새만금갯벌이 사라질 경우, 새만금 사업지역에 거주하는 원고들은 물론 나머지 원고들에게도 희귀생태계의 소멸 등에 따른 환경피해가 현실화될 것이므로, 그러한 환경이익의 침해는 원고들을 위하여 법률상 당연히 보호되어야 하는 것이다.
 (나) 판 단
 1) 환경영향평가 관련 법령에 의하여 보호되는 법률상 이익의 침해 여부
 가) 환경영향평가 관련 법령이 근거 법규에 해당하는지 여부 
 새만금사업은 매립면적이 40,100㏊로서 구 환경보전법시행령(1991. 2. 2. 대통령령 제13303호로 제정된 환경정책기본법시행령 부칙 제3조에 의하여 폐지되기 전의 것) 제4조의2 제2항 [별표 1], 구 환경정책기본법시행령(1992. 8. 22. 대통령령 제13715호로 개정되기 전의 것) 제7조 제2항 [별표 2] 차의 (1)에 의한 환경영향평가대상사업에 해당한다. 
 그런데 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 당시 시행되던 구 환경정책기본법은 제1조에서 환경보전에 관한 국민의 권리·의무와 국가의 책무를 명확히 하고 환경보전시책의 기본이 되는 사항을 정함으로써 환경오염으로 인한 위해를 예방하고 자연환경 및 생활환경을 적정하게 관리·보전함을 목적으로 한다고 규정하고 있고, 제26조 제1항, 제2항에서 도시의 개발, 산업입지 및 공업단지의 조성, 에너지개발, 항만건설, 도로건설, 수자원개발 기타 대통령령이 정하는 환경보전에 영향을 미치는 사업을 하고자 하는 사업자는 사업계획안과 그 사업이 환경에 미치게 될 영향의 예측 및 평가에 관한 서류인 환경영향평가서를 작성하여 미리 환경처장관에게 협의를 요청하여야 하는데, 사업자는 당해 사업시행으로 인하여 영향을 받게 되는 주민의 의견을 수렴하여 이를 환경영향평가서의 내용에 포함시켜야 한다고 규정하고 있으며, 제27조에서 환경처장관은 환경영향평가서를 검토한 후, 그 사업이 환경보전에 지장을 초래할 위험이 있어 사업계획의 조정이 필요하다고 인정할 때에는 그 사업자 또는 관계 행정기관의 장에게 사업계획의 조정 및 보완 등 필요한 조치를 할 것을 요청할 수 있고, 환경처장관은 환경영향평가서를 검토함에 있어서 필요하다고 인정할 때에는 사업자에 대하여 관련 자료 등의 제출을 요청할 수 있으며, 환경처장관의 요청을 받은 자는 이에 상응하는 조치를 하여야 한다고 규정하고 있고, 제28조 제1항, 제2항에서 환경처장관은 환경영향평가서에 대한 협의내용의 이행 여부를 조사·확인하여야 하고, 조사·확인 결과 사업자가 환경영향평가서에 대한 협의내용을 이행하지 아니하였다고 인정하는 때에는 관계 행정기관의 장에게 시정을 위한 필요한 조치를 할 것을 요청하여야 하며, 이 경우 관계 행정기관의 장은 특별한 사유가 없는 한 이에 응하여야 한다라고 규정하고 있는바, 앞서 본 바와 같이 이 사건 공유수면매립면허처분은 구 공유수면매립법 제4조에 의한 것이고, 이 사건 시행인가처분은 구 농촌근대화촉진법 제96조 및 구 공유수면매립법 제9조의2에 의한 것으로서, 피고 농림부장관이 그 매립면적이 40,100㏊로 구 환경정책기본법상 환경영향평가대상사업에 해당하는 새만금사업에 관하여 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분을 함에 있어서는 구 환경정책기본법에서 정한 환경영향평가를 거쳐서 환경처장관에게 협의를 요청하고 그 협의내용이 이행되어야 하므로, 구 환경정책기본법 역시 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 근거 법규에 해당한다. 
 한편, 새만금사업의 환경영향평가는 구 환경정책기본법이 시행되기 전인 구 환경보전법(1989. 12. 30. 법률 제4183호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조, 제5조의2 등의 규정에 의한 것이었는데, 구 환경정책기본법 부칙 제3조에 의하면, 종전의 환경보전법 규정에 의하여 행한 환경영향평가에 관한 서류의 작성 및 협의 등은 구 환경정책기본법 제26조 또는 제27조의 규정에 의한 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 구 환경보전법 역시 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 근거 법규가 된다. 
 나) 환경영향평가 관련 법령에 의하여 법률상 보호되는 이익의 인정 여부
 위와 같은 환경영향평가 관련 법령의 규정들의 취지는 환경영향평가대상사업이 주변환경을 해치지 아니하게 시행되도록 함으로써 주변의 환경공익을 보호하려는 데에 그치는 것이 아니라 환경영향평가대상지역 안의 주민 개개인이 개발 전과 비교하여 수인한도를 넘는 환경침해를 받지 아니하고 쾌적한 환경에서 생활할 수 있는 개별적 이익까지도 이를 보호하려는 데 있다 할 것이므로, 적어도 환경영향평가대상지역 안의 주민이 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분과 관련하여 갖고 있는 위와 같은 환경상의 이익은 단순히 공익보호의 결과로 국민 일반이 공통적으로 가지게 되는 추상적·평균적·일반적인 이익에 그치지 아니하고 처분의 근거 법률에 의하여 개별적으로도 보호되는 직접적·구체적인 이익이라고 보아야 할 것이고(대법원 1998. 4. 24. 선고 97누3286 판결 등 참조), 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분은 새만금사업이라는 행정목적을 달성하기 위한 일련의 단계적 처분들로서 위와 같은 환경상의 이익은 위 처분 모두에 의하여 침해되거나 침해될 우려가 있는 것이다. 
 다) 원고들의 경우
 따라서 새만금사업의 사업시행지역으로 환경영향평가대상지역에 거주하는 원고 1 등 143명의 경우에는 위 환경영향평가 관련 법령에 의하여 법률상 보호되는 이익이 있다고 할 것인데 새만금사업으로 인하여 위와 같이 법률상 보호되는 직접적이고 중대한 환경피해를 입거나 입을 우려가 있다고 볼 수 있으므로, 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 무효확인소송을 제기할 원고적격이 인정된다. 
 그러나 나머지 원고들의 경우에는 환경영향평가대상지역 밖에 거주하는 일반 국민의 환경상 이익에 대하여 위 환경영향평가 관련 법령에 그들의 개별적ㆍ직접적ㆍ구체적 이익을 보호하려는 규정을 두지 아니하였으므로, 일반 국민의 환경상 이익의 침해를 이유로 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 무효확인소송을 제기할 법률상 이익이 없다. 
 2) 구 공유수면매립법 및 구 농촌근대화촉진법에 의하여 보호되는 법률상 이익의 침해 여부
구 공유수면매립법 제5조 제1항, 제6조에서 "공유수면에 관하여 권리를 가지는 자라 함은 공유수면의 점유ㆍ사용 허가를 받은 자, 어업권자 또는 수산업법 제2조 제7호의 규정에 의한 입어자, 법령의 규정에 의하여 허가를 받아 공유수면으로부터 인수하거나 공유수면에 배수하는자, 관습에 의하여 공유수면을 인수하거나 공유수면에 배수하는 자를 말한다."고 규정하고, 구 농촌근대화촉진법 제6조에서 "이 법에서의 이해관계인이라 함은 당해 농지개량사업 또는 농가주택개량사업에 관계가 있는 토지 및 그 토지에 부착된 물건의 소유자나 그 토지 또는 물건에 관하여 등기된 권리를 가진 자 또는 어업권자와 수산업법 제2조 제7호의 규정에 의한 입어자를 말한다."고 규정하고 있다. 
 그런데 나머지 원고들이 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분과 관련된 구 공유수면매립법상의 공유수면에 관하여 권리를 가진 자 또는 구 농촌근대화촉진법상의 이해관계인에 해당한다고 인정할 아무런 자료도 없으므로, 그들에게 구 공유수면매립법 및 구 농촌근대화촉진법에 의하여 보호되는 법률상 이익이 있다고 할 수 없다. 
 3) 헌법상 환경권 및 환경정책기본법에 의하여 보호되는 법률상 이익의 침해 여부
헌법 제35조 제1항은 "모든 국민은 건강하고 쾌적한 환경에서 생활할 권리를 가지며, 국가와 국민은 환경보전을 위하여 노력하여야 한다."고 규정하고 있고, 환경정책기본법 제6조에서 "모든 국민은 건강하고 쾌적한 환경에서 생활할 권리를 가지며 국가 및 지방자치단체의 환경보전시책에 협력하고 환경보전을 위하여 노력하여야 한다."라고 규정하고 있다.
헌법 제35조 제1항은 환경권을 기본권의 하나로 승인하고 있으므로, 법률의 해석과 적용에 있어서도 이러한 기본권이 충분히 보장되도록 배려하여야 하나, 헌법상의 기본권으로서의 환경권에 관한 위 규정만으로서는 그 보호대상인 환경의 내용과 범위, 권리의 주체가 되는 권리자의 범위 등이 명확하지 못하여 이 규정이 개개의 국민에게 직접으로 구체적인 권리를 부여한 것이라고 보기는 어렵고, 환경권이 인정되려면 그에 관한 명문의 법률 규정이 있거나 관계 법령의 규정 취지나 조리에 비추어 권리의 주체, 대상, 내용, 행사방법 등이 구체적으로 정립되어야 인정하는 것인데(대법원 1998. 9. 22. 선고 97누19571 판결, 1999. 7. 27. 선고 98다47528 판결 등 참조), 환경정책기본법 제6조는 그 규정 내용 등에 비추어 국민에게 구체적인 권리를 부여한 것으로 볼 수는 없다.
 결국, 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분으로 말미암아 새만금갯벌이 사라짐으로써 발생하는 환경침해가 크다고 하더라도, 환경권에 대하여 명문의 법률 규정이나 관계 법령의 규정 취지 및 조리에 비추어 권리의 주체·대상·내용·행사방법 등이 구체적으로 정립되어 있다고 볼 수 없는 이상 환경권을 실체적 권리를 가지는 구체적인 권리로 볼 수는 없어 법률상 보호되는 이익으로 인정될 수 없다 할 것이므로, 나머지 원고들에게 환경권에 기하여 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 무효확인의 소송을 제기할 원고적격이 있다고 볼 수 없다. 
 (다) 소 결
 따라서 원고 1 등 143명을 제외한 나머지 원고들의 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 무효확인 소에 대하여는 그 원고적격이 인정되지 아니하여 부적법하다. 
 (2) 공유수면매립면허 등 취소신청의 신청권이 없다는 주장에 대하여
 (가) 당사자들의 주장
 원고 97.(원고 97, 이하 '원고 97.'이라고만 한다) 및 원고 3537. 내지 원고 3539.가 2001. 3. 21. 피고 농림부장관에게 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분을 취소하여 줄 것을 신청한 것에 대하여 피고 농림부장관이 2001. 5. 24. 이를 거부한다는 내용의 회신을 한 행위는 재량권의 일탈ㆍ남용으로서 위법한 거부처분이라는 이유로 그 취소를 구하는 소에 있어서, 피고 농림부장관은, 공유수면매립법, 농어촌정비법 등에 국민이 농림부장관의 제3자에 대한 공유수면매립면허 등의 취소를 요구할 수 있는 취지의 규정이 없고, 공유수면매립법 제32조 및 농어촌정비법 제98조는 소정의 사유가 있는 경우에 농림부장관 등 처분청이 공유수면매립면허처분 등을 취소ㆍ변경하거나 공사의 중지, 물건의 개축 등 필요한 조치를 명할 수 있는 권한 내지 권능을 부여하고 있을 뿐, 농림부장관에게 그 의무를 규정한 것이 아니므로 위 조항들도 그 근거 규정이 될 수 없으며, 그 밖에 조리상으로도 위 원고들에게 공유수면매립면허처분 등의 취소를 요구할 권리가 인정되지 아니므로, 이 부분 소는 취소소송의 대상이 될 수 없는 행위를 대상으로 하여 부적법하다고 주장한다.
 (나) 관계 법령
 해양수산부장관은 매립공사의 준공인가 전에 공유수면의 상황변경 등 예상하지 못한 사정변경으로 인하여 공익상 특히 필요한 경우에는 면허 또는 인가 등을 취소ㆍ변경하거나 매립공사의 시행구역 안에 있는 공작물 기타 물건의 개축ㆍ제거 또는 원상회복 기타 필요한 처분을 할 수 있고(공유수면매립법 제32조 제3호), 농업을 주목적으로 하는 매립에 있어서는 농림부장관이 해양수산부장관으로부터 권한을 위탁받아 공유수면매립법 제32조 소정의 면허취소 등의 처분을 할 수 있으며(공유수면매립법 제40조, 같은법시행령 제40조 제4항, 제1항 제10호), 농림부장관은 사정의 변경으로 인하여 정비사업의 계속적인 시행이 불가능하거나 현저히 공익을 해할 우려가 있다고 인정되는 경우에는 농림부령이 정하는 바에 의하여 이 법에 의한 인가 등을 취소하거나 공사의 중지, 물건의 개축·변경·이전·제거의 조치를 명하거나 기타 필요한 처분을 할 수 있다(농어촌정비법 제98조 제1항). 
 그런데 공유수면매립법 제32조에서는 각 호의 사유가 있는 경우에 농림부장관 등 처분청이 공유수면매립면허 등을 취소ㆍ변경하거나 공사의 중지, 물건의 개축 등 필요한 조치를 명할 수 있다고 규정하고 있을 뿐 그 의무를 규정하고 있지는 않으나, 공유수면매립법상 해양수산부장관은 10년마다 공유수면매립기본계획을 수립하도록 하면서(같은 법 제4조), 그 내용에 환경 및 생태계의 변화 중 대통령령이 정하는 사항과 그 대책, 토지이용계획과 관련한 경제성비교에 관한 사항을 포함하도록 규정하고 있고(같은 법 제6조 제4호, 제5호), 매립으로 인한 환경 및 생태계의 변화라 함은 간석지 또는 내륙 습지의 훼손 및 변화, 해류 및 조류의 변화와 토사의 이동, 수산동식물의 서식환경 등의 변화를 말하고(같은법시행령 제5조), 위와 같은 공유수면매립기본계획을 인근 주민을 포함한 일반인이 열람할 수 있도록 하고(같은 법 제7조 제2항), 해양수산부장관은 5년마다 그 타당성 여부를 검토하고 매립기본계획의 변경 또는 폐지 등 필요한 조치를 하고(같은 법 제8조), 매립면허 부여 여부를 결정함에 있어서 매립기본계획에 적합한 범위 안에서 하여야 한다고 규정하고 있다(같은 법 제9조 제3항).
 (다) 판 단
 행정소송법상 처분이라 함은 행정청이 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서의 공권력의 행사 또는 그 거부와 그 밖에 이에 준하는 행정작용을 말하고(행정소송법 제2조 제1항 제1호), 국민의 적극적 행위신청에 대하여 행정청이 그 신청에 따른 행위를 하지 않겠다고 거부한 행위가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것이라고 하려면, 그 신청한 행위가 공권력의 행사 또는 이에 준하는 행정작용이어야 하고, 그 거부행위가 신청인의 법률관계에 어떤 변동을 일으키는 것이어야 하며, 그 국민에게 그 행위발동을 요구할 법규상 또는 조리상의 신청권이 있어야만 한다(대법원 2003. 4. 11. 선고 2001두9929 판결 등 참조).
 공유수면매립법 등 관계 법령에 국민이 행정청에 대하여 제3자에 대한 공유수면매립 등의 취소 등의 조치를 요구할 수 있다는 취지의 규정이 없고 공유수면매립법 제32조에서 소정의 사유가 있는 경우에 피고 농림부장관 등 처분청이 공유수면매립면허처분 등을 취소ㆍ변경하거나 공사의 중지, 물건의 개축 등 필요한 조치를 명할 수 있다고 규정하고 있을 뿐 피고 농림부장관 등에게 그 의무를 규정하고 있지는 않으나, 한편 앞서 본 바와 같이 공유수면매립면허와 관련하여 사전적으로는 환경 및 생태계변화, 경제성비교 등을 포함한 매립기본계획을 수립하고, 이에 대한 타당성을 5년마다 검토하여 폐지ㆍ변경 등을 하며, 매립면허부여 결정을 함에 있어 매립기본계획에 적합한 범위 안에서 하도록 하고 있고, 사후적으로는 일정한 사유가 있는 경우, 매립면허를 취소ㆍ변경할 수 있도록 규정하고 있는데, 공유수면매립기본계획 및 그 범위 안에서 행하여져야 하는 매립면허처분은 장기성ㆍ종합성이 요구되는 영역이기는 하나, 공유수면매립은 일단 완료된 후에는 그 원상회복이 불가능하여 그 매립기본계획 및 매립면허처분에 대한 외부의 참여 또는 통제필요성이 절실하다는 점, 특히 환경 및 생태계변화는 그 성격상 위 매립기본계획을 수립할 때나 면허처분을 할 당시 도저히 예측하지 못한 상황으로 진행될 가능성이 높아 당초의 예측을 고정시켜 놓고 계속하여 사업을 진행하게 될 경우 자칫 환경 및 생태계변화에 더 큰 위험을 초래할 가능성을 배제할 수 없는 점, 또한 대규모의 간척사업에서 발생할 수 있는 막대한 환경피해에 관하여 전문성 등을 갖춘 개인이 행정절차에 참여할 필요성이 더욱 절실해지고 있는 현실상황에 있어서, 개인의 환경이익 보호요청을 행정청에 대한 직권발동촉구의 의미로 한정하여 볼 수는 없는 점, 환경 및 생태계의 변화, 기타 사정변경으로 인하여 당초에 예측하지 못한 환경피해를 입을 위험이 있는 개인으로서는 매립면허처분의 취소 등 행정권의 발동으로 위와 같은 환경상의 불이익이 해소될 수 있는데 이를 거부하는 행위는 실질적으로 그 개인의 환경상 이익을 침해하는 결과에 이를 수 있다는 점 등의 여러 사정에 비추어 보면, 적어도 환경영향평가대상지역 내의 주민들에 대하여는 환경상 이익을 보호하기 위하여 행정청에 공유수면매립법 제32조 소정의 취소 등의 처분과 관련한 조리상의 신청권이 있다고 할 것이다.
 그렇다면 이 사건에 있어서, 위와 같은 관계 법령 및 환경영향평가 법령들의 취지나 환경영향평가 대상지역 안의 주민이 가지는 환경상의 이익 등에 비추어 볼 때, 위 원고들 중 원고 97.은 환경영향평가대상지역 안에 거주하는 주민으로서 피고 농림부장관에게 행정권발동을 요구할 조리상의 신청권이 있다고 할 것이다. 
 그러나 환경영향평가대상지역 내에 거주하지 아니하는 원고 3537. 내지 원고 3539.에게는 위와 같은 조리상의 신청권을 인정하기 어려우므로, 위 원고들의 이 부분 소는 부적법하다.
 (라) 소 결
 따라서 이 사건 거부처분 취소청구의 소 중 원고 97. 부분만 적법하고, 원고 3537. 내지 원고 3539. 부분은 부적법하다. 
 (3) 판단대상
 이 사건 소 중 본안에 나아가 판단할 수 있는 부분은 원고 97.의 이 사건 거부처분 취소청구와 원고 1 등 143명의 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 무효확인청구라 할 것이고, 그 중 원고 97.은 위 양 청구를 선택적으로 구하고 있다.
 다. 이 사건 거부처분 취소청구에 대한 판단
 (1) 주장 및 쟁점
 (가) 원고 97.(이하 다.항에서는 '원고'라 한다)의 주장
 아래와 같이 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분에 공유수면매립법 제32조 각 호 에서 규정하는 취소사유가 존재하고 있음에도 피고 농림부장관이 그 취소사유의 존재를 부인하며 취소권의 행사를 거부하겠다는 취지의 이 사건 거부처분을 하였는바, 이는 갯벌의 상실 등 회복불가능한 중대한 환경침해를 최소화할 수 있는 수단인 취소권을 발동하지 않음으로써 환경영향평가대상 내에 거주하는 원고의 법률상 이익까지 침해하는 것이므로 재량권의 일탈ㆍ남용으로서 위법하다는 취지로 주장한다.
 1) 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 당시 환경영향평가와 경제성 평가를 부실하게 실시하였고 이는 공유수면매립법 제32조 제1호 소정의 허위 또는 부정한 방법으로 면허 등 처분을 한 경우에 해당된다.
 2) 새만금사업에 대하여 당초 환경영향평가 및 경제성 평가가 부실하게 실시된 상태에서 사업이 강행됨으로써 국민들의 반대에 부딪치게 됨에 따라 사업완료 예정시기인 2001.을 현저히 초과하여 진행될 수밖에 없는 상황에 이르렀는바, 이는 공유수면매립법 제32조 제2호 소정의 매립면허를 받은 자의 귀책사유로 인하여 예정공정에 현저히 미달된 경우에 해당한다.
 3) 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 이후 감사원의 특별감사 결과와 민관공동조사단의 조사 결과 등을 통하여 농지조성이라는 당초의 사업목적 자체가 제대로 특정되어 있지 않고 농업용수 확보를 위한 새만금담수호의 수질이 농업용수 수질기준에 미달될 만큼 악화되었으며 농지조성을 위한 간척사업의 경제적 타당성이 희박하다는 등의 여러 문제점이 발견되고 지적되었는바, 이는 공유수면매립법 제32조 제3호 소정의 공유수면의 상황변경 등 예상하지 못한 사정변경으로 인하여 농림부장관의 취소권 발동이 공익상 필요한 경우에 해당한다.
 4) 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 당시 본래의 사업목적을 은닉한 채 형식상 농지를 사업목적으로 하고 보상없이 사업을 시행하였는바, 이는 공유수면매립법 제28조, 제32조 제5호 등의 규정에서 정하는 법령에 위반한 경우에 해당한다.
 (나) 쟁 점
 전체적으로 볼 때 원고 주장의 취지는, 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분에 대하여 공유수면매립법 제32조 소정의 취소사유가 있음을 전제로 피고 농림부장관이 그 취소 등 행정권을 발동하지 않고 이 사건 거부처분을 한 것이 위법하다는 것으로 보이는바, 그렇다면 우선 위 규정에 따른 취소사유가 존재하는지 여부 특히 사정변경이 존재하는지 여부를 규명한 후 이를 토대로 그 거부처분에 대한 위법성 여부 등을 검토하기로 한다.
 그런데 공유수면매립법 제32조 소정의 사정변경은 처분 이후 발생한 사회적ㆍ경제적ㆍ정치적 상황 변화 등을 포함하여 처분과 직ㆍ간접적으로 관련된 사정의 변화로서 처분의 적법성ㆍ타당성을 훼손시킬 만한 제반 사정을 의미하는 것인바, 앞서 원고가 주장하는 사유들을 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 근거법규 등과 관련하여 살펴볼 때, 사정변경으로 문제될 수 있는 항목으로는 간척지의 사용용도 등을 포함한 사업목적, 사업의 경제적 타당성, 담수호의 수질관리, 공유수면(갯벌)의 가치평가 등이므로, 이하에서는 위 각 점에 있어서 사정변경이 존재하는지 여부 및 그것이 취소 등 행정권을 발동할 정도의 것인지 여부 등을 중심으로 살펴보기로 한다.
 (2) 간척지의 사용용도 등 사업목적상에 사정변경이 발생하였는지 여부
 (가) 간척지의 사용용도 등 사업목적이 문제되는 이유
 새만금사업은 앞서 본 바와 같이 새만금간척지를 농지로 사용하는 것을 전제로 그에 대한 경제성 평가를 하고, 환경영향평가를 한 후 환경부와 협의를 거쳤다.
 그런데 만일 새만금간척지를 농지가 아닌 복합산업단지 등 다른 용도로 개발할 경우에는 매립목적의 변경에 해당하여 공유수면매립법 제32조에서 규정하는 바와 같이 사정변경 등을 사유로 피고 농림부장관이 취소 등 행정권을 발동하는 등의 절차를 검토하여야 할 뿐만 아니라 환경영향평가를 다시 하고, 환경부와 재협의를 거쳐야 하고, 그에 대한 경제성 평가도 다시 하여야 한다.
 (나) 인정 사실
 1) 새만금사업 구상의 정치적 배경과 착공에 이르게 된 경위
 가) 새만금사업 구상의 정치적 배경
 1987. 12. 제13대 대통령선거를 앞두고 있던 여당은 노태우 후보를 대통령 후보로 결정하고, 정권재창출을 위하여 다양한 수단을 강구하였는바, 새만금사업은 당시 야당 후보였던 김대중 후보의 지지기반인 전라북도에서 유권자들의 지지를 정부·여당으로 돌릴 수 있는 획기적인 방안이었으므로, 새만금사업이 실제로 경제성이 있는지 여부, 새만금사업의 추진으로 환경에 어떤 악영향을 주는지와 무관하게 단지 전라북도 유권자들의 지지를 얻을 수 있다는 정치적 이유만으로 선거공약에 포함되어 추진되었다.
 당시 여당인 민정당의 노태우 후보는 1987. 11. 11. '새로운 서해안시대를 대비한 개발전략'이라는 서해안지역의 선거공약을 발표하였다. 그 내용은 군산, 옥구해안과 충남 서천군 서남해안 일대에 1조 970억 원이 소요되는 군산·장항 광역산업기지를 건설하고, 인천과 목포를 연결하는 서해안고속도로를 건설하며, 변산반도국립공원 등 이 지역의 중·단기 관광개발계획을 추진한다는 것이었는데, 전라북도 주민들이 지대한 관심을 가지고 있는 새만금사업은 정작 노태우 후보의 위 서해안지역의 선거공약에 포함되어 있지 아니하였다. 
 이는 경제기획원이 1987. 11. 4. 경제부처 장관회의에서 새만금사업과 군장지구개발사업 2개의 안을 보고하면서, 새만금사업은 쌀이 남아도는 상황에서 농지조성을 위한 간척이 경제성이 없고, 새만금지구 인근에 대불공단이나 군장산업기지 건설이 추진되고 있었기 때문에 굳이 공업지역으로 개발할 필요도 적음을 이유로 군장지구개발사업의 추진을 건의하였기 때문이었다. 
 이에 대하여 전라북도 지역에서는 여당 후보의 지역개발공약에서 새만금사업이 빠진 것에 대하여 실망하며 민감하게 반응하자, 노태우 후보는 뒤늦게 1987. 12. 10. 군산에서의 선거유세에서 새만금사업을 적극 추진하겠다고 공약하고, 새만금 간척사업이 완공되면 임해공단과 식량단지, 축산원예단지 등이 조성되고, 농촌형 도시가 새롭게 탄생될 것이라고 공언하였다.
 농림부는 그와 같은 노태우 후보의 선거공약을 뒷받침하기 위하여 대통령선거를 며칠 앞둔 1987. 12. 11. 새만금사업을 정부계획으로 추진하겠다고 공식적으로 발표하였다. 방조제 축조에 4,800억 원, 내부개발에 4,900억 원 등 총 9,700억 원을 투입하며, 1996.까지 방조제 34㎞를 축조한 후 2000.까지 내부개발을 통하여 농경지 26,000㏊, 양식어업단지 2,000㏊, 농촌도시 1,000㏊, 담수호 13,000㏊를 조성한다는 내용이었다. 
 한편, 제13대 대통령선거에 출마하였던 김영삼, 김대중 후보도 새만금사업의 추진을 선거공약으로 내놓았다.
 이처럼 새만금사업은 경제부처에서 사업성을 검토한 결과, 재원조달의 어려움과 경제성이 없음을 이유로 사업추진불가로 결론이 났음에도 제13대 대통령선거를 위한 선심성 선거공약으로 탄생하였고, 그 후에 치러진 제13대 대통령선거에서 노태우 후보가 대통령에 당선되자 새만금사업은 정부사업으로 공식 추진되었다.
 나) 새만금사업이 착공에 이르게 된 경위
 새만금사업을 공약으로 내걸고 당선된 노태우 대통령 시절에도 새만금사업은 제대로 착공될 수 없었고, 새만금사업은 노태우 정권 4년이 다 가도록 공약으로만 남아 있었다. 전라북도의 표를 의식하여 서둘러 만든 공약인 데다 실제 사업을 집행하기에는 그 규모가 너무나 방대하여 사업비 조달이 쉽지 않았기 때문이었다. 그리고 새만금사업의 경제적 타당성이 없음을 간파한 경제부처의 완강한 반대로 인하여 새만금사업에는 예산이 배정되지 못하였다.
 그러나 새만금사업을 결국 착공하게 만든 것은 김대중 당시 신민당 총재였다. 김대중 총재는 자신의 주요지지기반인 전라북도에서 시행되는 새만금사업에 많은 관심을 가지고 있었고, 1990. 여름 부안군 변산면 새만금방조제 공사예정지를 방문하여 당시 농업진흥공사 사장으로부터 직접 새만금사업에 관한 브리핑을 받기도 하였다. 김대중 총재는 1991. 7. 16. 열린 여야영수회담에서 노태우 대통령에게 새만금사업에 대한 예산배정을 강력하게 촉구하였고, 노태우 대통령이 이를 수락함으로써 그 해 편성된 추경예산에 새만금사업비 200억 원이 반영되었다.
 그리하여 새만금사업은 1991. 11. 28. 마침내 그 기공식이 거행되었다. 이 자리에 참석한 노태우 대통령은 2004.까지 내부개발을 완료하여 새만금 임해공단을 조성하고, 연간 5,000만t 하역능력을 가진 새만금 국제항을 조성하여 새만금 지역이 서해안의 관문이 되게 하는 등 공단과 항만, 농수산단지와 관광시설이 함께 개발되는 종합개발계획을 추진하겠다고 역설하였다. 노태우 대통령의 그와 같은 발언은 1989. 11. 6. 확정된 새만금사업의 기본계획에서 새만금 간척지를 농지로 조성하겠다고 한 것과 명백히 배치되는 발언이었다.
 2) 간척지의 사용용도를 둘러싼 이해당사자들의 입장
 가) 농림부와 농업기반공사
 농림부가 입안한 새만금사업의 기본계획 등에서 보는 바와 같이 새만금 간척지에는 식량단지, 원예단지, 해수어 및 담수어 양식단지 등을 조성하도록 되어 있는 등 당초 농림부와 농업기반공사는 새만금사업으로 형성되는 간척지를 농지로 사용한다는 것을 기본입장이었다. 
 그러나 농업기반공사는 1993. 한국농지개발연구소로부터 '새만금간척사업의 효과 조기구현 방안'이라는 제목의 연구보고서를 제출받고, 이를 토대로 새만금간척지를 복합산업단지로 개발하는 방안을 확정하였다. 농업기반공사가 확정한 새만금간척지의 개발방안에 따르면, 군장국가공업단지와 만경강 사이에는 공업단지 및 원예단지, 공항배후지, 과학연구단지를 유치하고, 만경강과 동진강 사이에는 관광, 식량, 농업연구단지를 배치하며, 동진강과 변산반도 사이에는 담수 및 해양양식장, 식량단지를 배치하고, 신시도에 새만금 국제항을 설치하는 내용이었다.
 농업기반공사는 1994.부터 1998.까지 자체 사업시행계획에서 새만금간척지를 농지로 활용하는 것이 아니라 위와 같이 복합산업단지를 설치하는 것으로 새만금간척지의 사용용도를 변경하였고, 농림부는 이러한 농업기반공사의 사업시행계획을 그대로 용인함으로써 당초 농업용지를 조성하는 것으로 인가된 사업용도를 관계 법령에 따른 환경영향평가, 관계부처와의 협의 등을 거치지 아니한 채 복합산업단지의 조성으로 임의로 변경한 결과가 되었다.
 그러나 농업기반공사의 그와 같은 사업목적의 임의변경은 앞서 본 바와 같이 감사원의 새만금사업에 관한 특별감사에서 지적대상이 되었고, 새만금간척지를 복합산업단지로 활용할 경우 환경오염에 대한 시비가 더 커져 새만금사업 자체가 무산될 것을 걱정한 농림부의 제동으로 무산되었다.
 또한, 농림부와 농업기반공사는 감사원의 특별감사에서 새만금간척지의 용도를 복합산업단지로 임의로 변경한 것을 문제점으로 지적받은 이후 이 사건 소송에 이르기까지 새만금사업은 농지조성을 위한 것이라고 주장하고 있으나, 2003년도 농림부 주요업무계획(갑 제127호증)에 의하면, 농림부는 2003년도 주요업무계획 중 새만금사업과 관련하여 전라북도에서 전문기관용역, 공청회 등을 통해 기본개발구상을 마련하는 바에 따라 새만금 간척지의 이용계획을 수립하고, 2005. 말까지 각계의 의견을 수렴하고, 환경영향평가를 거쳐 효율적인 토지이용방안을 수립하겠다고 밝히고 있다(농림부는 현재도 인터넷 홈페이지에서 새만금의 내부간척지는 전문가 연구용역과 각계 의견을 수렴하여 지역발전과 국익에 도움이 되는 미래지향적인 활용방안을 수립해 나갈 계획이라고 밝히고 있다). 
 나) 전라북도
 전라북도는 낙후된 지역경제를 부흥시키기 위하여 새만금간척지를 농지로 활용하는 것에 대하여 반대하고 새만금간척지를 기업들의 대규모 유치를 위한 산업단지로 개발하여야 한다는 입장이고, 이러한 전라북도의 구상은 새만금간척지를 농지로 활용한다는 농림부의 공식 입장과는 상충되는 것이다. 
 전라북도는 새만금간척지를 복합산업단지로 개발하기 위하여 1993. 12. 산업연구원과 국토개발원에 새만금간척지가 이른바 경제특구로서의 여건을 갖추고 있는지, 여건을 갖추고 있다면 어떤 방식으로 개발할 것인지에 대한 연구용역을 의뢰하였다.
 산업연구원과 국토개발원이 전라북도의 연구용역에 의하여 작성한 '새만금 국제경제자유지역 조성방안'이라는 보고서에 의하면, 토지공급 및 가격조건, 기존 공단과의 연계성, 국제공항 및 국제항, 연계교통망 등의 물류조건, 배후도시 기능 및 인력공급 여건, 국제교역 거점기능 적합도, 지역균형개발 효과 등 6가지 측면에서 평가한 결과, 새만금간척지를 산업단지, 사회간접시설, 배후도시 기능을 갖추도록 개발하면서 새만금지구를 무역투자자유지역으로 지정할 경우, 새만금지구는 국제적인 교역·생산도시로 성장할 수 있다고 하였다.
 당시 정치권 일부에서는 투자자유지역 지정을 제도화하기 위하여 국제경제자유지역 지정 및 조성을 위한 특별법의 제정을 추진하고 있었는바, 새만금지구가 경제특구로 지정될 경우, 새만금항의 건설은 물론 내부개발이 저절로 진행될 수 있으므로 전라북도는 위 특별법의 제정에 상당한 기대를 걸고, 정책적 분위기 조성을 위하여 세미나를 개최하고, 경제특구 지정을 위한 범도민추진위원회를 구성하기도 하였다.
 새만금지구를 경제특구로 지정하려는 전라북도의 노력은 위 특별법의 입법화 무산과 더불어 좌절되고 말았다.
 그러나 전라북도는 그 이후에도 새만금간척지를 복합산업단지로 개발하기 위하여 다양한 노력을 기울였다. 새만금간척지를 복합산업단지로 개발하기 위한 외자유치를 위하여 1995. 9. 미국 뉴욕에서 전라북도에 대한 투자설명회를 개최하기도 하였고, 외국기업의 투자자문회사들을 국내로 초청하여 투자유치설명회를 갖기도 하였으며, 1997. 4. 새만금간척지의 개발을 위한 연구보고서를 발간하기도 하였으며, 새만금개발추진위원회를 구성하고, 새만금종합개발계획 특별법의 제정을 정치권에 요구하기도 하였다.
 또한, 전라북도는 2003. 새만금환경논쟁 종식을 위한 도민총궐기대회를 개최하기도 하고, 새만금완공촉구 200만 서명운동을 전개하여 이를 중앙부처에 전달하기도 하였으며, 도내 각 대학교에 새만금 관련 연구소를 설치하여 환경·관광분야 등에 관한 전문적인 연구를 진행하고 있다.
 그리고 전라북도는 2004. 1. 20. 새만금사업에 관한 로드맵을 수립하여 발표하였다. 위 로드맵에는 세부사업별 추진일정과 새만금간척지를 생산·물류단지 등으로 개발하는 내용이 포함되어 있다. 2004. 8. 30.에는 전라북도를 방문한 국무총리에게 정부가 마련 중인 복합관광레저단지 조성계획에 반영해 줄 것을 건의하는 형식으로 새만금간척지에 540홀 규모의 골프장을 조성하는 계획을 발표하였고, 가장 최근인 2005. 1. 6.경에는 도지사가 새해 인터뷰 자리에서 정부의 내부토지이용계획안과 관련하여 새만금간척지에 2000만 평 규모의 복합레저형 국제기업도시를 유치하려 하고 새만금 신항건설을 위한 노력도 계속할 것이라는 의견을 피력하는 등 지금까지 전라북도에서는 새만금간척지를 복합산업단지로 조성하려는 종전의 입장을 이어가고 있다.
 다) 역대 대통령의 입장
 노태우, 김영삼, 김대중 대통령은 새만금간척지를 복합산업단지로 개발하겠다는 의지를 수차에 걸쳐 표명하였다.
 현 노무현 대통령은 당초 해양수산부 장관 시절 새만금사업을 유보하여야 한다는 입장을 취하였다. 노무현 대통령이 장관으로 있던 당시 해양수산부는 현 시점에서 갯벌의 진정한 가치를 객관적으로 평가하는 데 한계가 있고, 갯벌은 일단 훼손되면 대체나 복원이 곤란하므로 과학적 조사를 통하여 국민적 합의를 이룰 때까지 새만금사업의 추가 시행을 유보하는 것이 바람직하다는 내용의 보고서를 작성하였다.
 그 후 노무현 대통령은 민주당의 대통령 후보경선에서는 새만금사업을 확실하게 추진하겠다고 공언하였고, 대통령에 당선된 후 전주에서 열린 전북지역 국정토론회에 참석한 자리에서는 새만금사업을 친환경적으로 하겠다는 현 정부의 원칙을 기본적으로 유지하겠으나, 그 동안 여러 상황의 변화가 있는 만큼 사업의 방향과 내용은 재조정할 필요가 있다고 말하였다. 
 3) 농지의 필요성과 관련된 상황변화
 농림부는 2011.까지 전국에서 33,077㏊의 신규 농경지가 필요할 것으로 추정하고, 새만금사업에서 17,950㏊를 공급하는 것으로 계획하였으나, 새만금사업에 대한 타당성 조사 당시인 1988.경에 이미 삽교천지구 등 10개 지구에서 30,269㏊의 농경지를 조성하기 위한 신규간척사업을 시행하고 있었을 뿐만 아니라 새만금사업의 기본계획이 확정된 1989. 당시 휴경지면적은 26,200㏊, 새만금사업이 시행된 1991. 당시 휴경지면적은 40,400㏊에 이를 정도로 우량농지 등 신규농경지 조성의 필요성이 크지 않았다. 감사원의 특별감사 결과 위와 같이 신규농지의 수요를 잘못 계산한 잘못이 지적되기도 하였다.
 현재 우리 나라는 국제적으로 쌀시장 개방압력을 지속적으로 받고 있어 쌀공급량이 급격하게 증대할 우려가 있는 반면, 쌀수요는 계속 감소하고 있어 농가소득 감소가 예상되는 상황에 있고, 이에 따라 최근 농림부에서는 휴경을 조건으로 보상금을 지급하는 이른바 휴경보상제를 실시하고, 벼재배면적을 2005.까지 130,000㏊ 정도 줄이기로 결정한 바 있다.
 4) 김포매립지의 용도변경 과정
 김포매립지도 당초 농지조성을 위하여 간척한 토지이나, 김포매립지에서 농사만을 지어서는 수지타산이 맞지 아니하므로(현재 농업기반공사가 김포매립지에서 농사를 짓고 있으나 매년 거액의 적자를 보고 있는 형편이다), 김포매립지의 소유자인 동아건설 주식회사는 김포매립지에 상업단지 및 위락단지를 조성할 수 있도록 김포매립지의 용도변경을 지속적으로 펼쳐왔다.
 1999. 5. 부도 위기에 몰린 동아건설 주식회사로부터 김포매립지의 소유권을 이전받은 농업기반공사 역시 1999.말 김포매립지의 상당부분을 주거, 관광, 물류 유통, 연구단지로 활용하자는 안을 내놓았고, 결국 정부는 2001. 11. 24.에 열린 경제장관회의에서 김포매립지의 용도변경방침을 정하고, 2002. 4. 5.에는 김포매립지를 경제특구로 지정하여 김포매립지에 화훼수출단지, 위락·주거 및 국제금융업무지역을 조성하기로 하였다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5, 7, 33, 34, 71, 90, 91호증, 갑 제93호증의 1 내지 3, 갑 제94, 95, 102, 104호증, 갑 제105 내지 111호증의 각 1 내지 3, 갑 제116, 117호증, 갑 제118호증의 1, 2, 갑 제121 내지 127호증, 을나 제46 내지 48호증, 증인 소외 1(일부), 소외 2(일부), 소외 3(일부), 변론의 전취지
 (다) 소 결
 새만금사업은 본래 농업을 목적으로 하는 간척사업으로서 이를 사업목적으로 하여 농림수산부장관이 스스로에게 농지개량사업시행인가 및 공유수면매립면허를 각 부여하는 내용의 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분을 하였으므로, 그 후 위 사업목적을 유지하지 못할 정도의 사정이 발생한 경우에는 당초의 위 각 처분을 취소하거나 변경하여야 할 필요가 있을 것이다.
 앞서 본 사실관계에서 본 바와 같이, 우선 농지조성이라는 사업목적이 계속 유지될 수 있을지에 대하여도 상당한 의문이 제기되고 있는바, 감사원의 특별감사에서 지적된 바와 같이 농림부는 새만금사업의 기본계획을 수립함에 있어서 새만금사업에 대한 연구용역 결과, 새만금 간척지를 공업단지 등을 포함한 복합산업단지로 개발하는 것이 가장 합리적이라고 검토하고서도 농지 중심의 토지이용계획을 수립하였다는 잘못이 지적되었다는 점, 농림부와 농업기반공사는 당초 농업용지를 조성하는 것으로 시행인가된 사업을 관계 법령에 따른 환경영향평가, 관계 부처와의 협의 등을 거치지 아니한 채 복합산업단지의 조성으로 임의로 변경하려고 하는 등 농림부와 농업기반공사로서도 농지조성이라는 사업목적의 타당성에 확신이 없어 보이는 점, 공식적으로 농림부에서는 새만금간척지를 농지로 사용하겠다는 입장을 보이고 있으나, 위 사업목적은 현재 쌀이 남아돌아 처리가 곤란하고 쌀농사를 짓지 않는 휴경지에 대하여는 보상금까지 지급하는 상황과 배치될 뿐만 아니라 새만금사업이 구상된 정치적 배경(특히, 대통령선거 과정에서 공약으로 제시된 것처럼 새만금사업은 산업화 과정에서 경제적으로 낙후된 전라북도 지역을 경제적으로 발전시키기 위하여 필요한 대단위의 임해공업단지, 관광단지 등을 조성하는 사업으로 전라북도에 인식되어 온 점)에 비추어 변경될 가능성이 높다는 점 등의 여러 사정에 비추어 농지조성이라는 위 사업목적이 계속 유지되기는 어려울 것으로 보인다.
 이에 대하여 피고 농림부장관은 이 사건 소송에서 감사원의 특별감사 이후 농지조성이라는 당초의 사업목적을 일관되게 추진하고 있고 앞으로도 사업목적 자체에 아무런 변동이 없을 것이라는 취지로 주장하나, 전라북도 주민들 대다수가 새만금간척지를 복합산업단지로 사용하기를 희망하고 있고, 대통령까지 새만금간척지를 다른 용도로 사용하는 것을 검토하여야 한다고 하는 데다가 김포매립지의 용도변경 과정에서 보여준 농림부 및 농업기반공사의 태도 등에 비추어 볼 때, 위 주장은 받아들이기 어렵다.
 그렇다면 당초 새만금간척지에 농지를 조성하겠다는 사업목적에는 앞서 본 바와 같이 이를 유지하기 어려운 여러 사정이 발생하였거나 발생할 개연성이 높은 단계에 있음을 알 수 있고, 이는 피고 농림부장관으로 하여금 취소ㆍ변경 등 행정권을 발동하게 할 정도의 사정변경에 해당한다고 봄이 타당하다.
 (3) 담수호에 대한 수질관리상에 사정변경이 발생하였는지 여부
 (가) 담수호의 수질관리가 문제되는 이유
 새만금사업은 사업계획상 농지조성과 수자원개발을 주된 사업목적으로 하고 있고, 위와 같은 목적을 달성하려면 향후 농업용수로 공급될 새만금담수호의 수질오염을 방지하여 농업용수기준에 상응하는 수질을 유지할 수 있어야 한다. 
 위와 같이 새만금담수호의 수질관리는 사업목적의 달성 여부와 직결될 만큼 중요한 문제인바, 우리 나라 호소(湖沼)에 있어서 농업용수로서의 수질기준은 별지 수질환경기준상(환경정책기본법시행령 제2조 [별표 1]) 4급수로서 화학적 산소요구량(COD, 이하 '화학적산소요구량'이라 한다) 8ppm 이하, 총인(T-P) 0.1ppm 이하, 총질소(T-N, 이하 '총질소'라 한다) 1.0ppm 이하라는 수준을 충족하여야 한다. 
 그리고 위와 같은 수질기준을 충족하기 위한 적법한 환경영향평가를 거쳤음을 전제로 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분이 이루어지고 새만금사업이 개시된 것이므로, 그 이후 환경영향평가와 수질관리 등에 문제가 발생하였다면 이 역시 중대한 사정변경이 될 수 있는 것이다.
 이하에서는 이러한 전제하에 새만금담수호에 관하여 지금까지 제시된 수질예측치와 수질개선대책 등을 포함한 수질관리 문제를 검토하기로 한다.
 (나) 인정 사실
 1) 새만금담수호에 대한 수질예측 경과 및 내용
 가) 환경영향평가
 농업기반공사는 새만금사업 매립면허 이전인 1989. 8. 29.경 당시 시행중인 구 환경보전법에 따라 환경영향평가와 환경영향평가협의를 거쳤다. 위 환경영향평가 중 수질분야에서는 2001년도에 완공예정인 새만금담수호의 수질과 관련하여 아래와 같이 예측하였다.
 즉, 새로 조성되는 새만금담수호의 수질에 영향을 미치는 만경강과 동진강 유역의 장래수질을 예측한 다음, 그 수질개선대책으로서 새만금사업의 시행으로 건설될 새만금담수호의 부영양화는 불가피하지만 전주·이리 등 상류에 하수처리장을 완벽하게 건설하고, 금강하류까지 15㎞의 연결수로를 만들어 초당 20t씩 방류해 새만금담수호 물을 희석시키며, 저층수 배제시설(만경강 1개소, 동진강 1개소)을 설치하여 오염된 호수 밑바닥 물을 외해로 방출하면 당초 새만금담수호의 수질기준인 농업용수의 수질은 유지될 것이라고 예측하였다.
 그러나 앞서 본 바와 같이 감사원에서 1998. 9. 25.경 실시한 특별감사 결과, 농업기반공사가 작성한 위 환경영향평가에는 새만금담수호에 대한 수질예측을 하면서 농지를 조성할 예정인 내부간척지에서 발생되는 오염부하량을 참작하지 않고 유역 내 인구 및 축산폐수 배출량 등을 적게 추정하여 수질예측을 하였을 뿐만 아니라, 새만금담수호의 예상수질은 생물학적 산소요구량(BOD, 이하 '생물학적 산소요구량'이라 한다)이 12.1㎎/ℓ이 되어 농업용수로 사용할 수 없는 정도에 이르는데도 그러한 중대한 환경상의 악영향을 누락하였다는 점이 지적되었다. 
 위와 같이 새만금담수호의 예상수질이 제시된 수질개선대책만으로는 농업용수 수준을 달성할 수 없음에도 불구하고 위 환경영향평가에서는 오염부하량을 적게 산정하는 등으로 부실하게 환경영향평가를 작성하였다. 
 나) 환경부의 수질개선대책 시안과 민관공동조사단 수질개선분과의 조사보고 
 시화호의 오염을 계기로 1998.부터 환경단체 등 시민단체가 새만금사업 시행에 따른 환경영향, 수질, 경제성 등에 대하여 문제를 제기하자, 정부는 새만금환경영향 민관공동조사단을 구성하여 수질개선대책을 비롯한 경제성, 환경영향평가 등을 조사하게 함과 아울러, 환경부 등 유관기관으로 하여금 수질개선대책을 수립하라는 정부종합계획을 지시하게 되었다.
 이에 따라 환경부에서는 1999. 12.경 새만금담수호 수질개선 종합대책을 수립하게 되었는데, 위 수질개선 종합대책의 주요내용은, ⓐ 환경기초시설 54개소 설치(795,000㎥/일), ⓑ 하수처리장 고도처리시설 6개소 설치(665,000㎥/일), ⓒ 하수관거 정비 (2,464㎞ 확충·정비), ⓓ 생활계 분뇨, 정화율 제고, ⓔ 축산폐수 공공처리시설 확충, ⓕ 축산분뇨 개별처리율 제고(94% 이상 처리), ⓖ 왕궁지역 축산폐수 처리대책, ⓗ 왕궁지역지구의 장기적 관리대책, ⓘ 신규양식장 허가불허, ⓙ 기존 양식장 면허연장불허, ⓚ 농경지 시비량 30% 감축 ⓛ 수변 정화기능강화, ⓜ 인공습지조성, ⓝ 금강호 희석수 도입(520,000,000t/년), ⓞ 동진강 유입수를 만경호로 배분, ⓟ 수질관리 전용 침전지 2개소 설치, ⓠ 무산소층인 바닥 부위의 물을 바다로 보내는 장치인 저층수 배제시설(低層水 排除施設) 설치, ⓡ 유보지 확보, ⓢ 새만금유역 오염총량관리제도 도입, ⓣ 전주권 그린벨트 내 대규모 개발억제 등이고, 이는 당시 우리 나라에서 이론적으로 시행이 가능한 대부분의 수질대책을 총망라한 것이었다.
 한편, 민관공동조사단 수질분과에서는 농업기반공사에서 수행한 각종 조사보고자료와 환경부가 앞서 본 바와 같이 1999. 12.에 제시한 '새만금담수호 수질개선 종합대책(시안)' 및 관련 조사자료를 세밀하게 검토하는 방법으로 2012. 조성예정인 새만금담수호의 수질이 농업용수 목적에 적합한 수준인 수질환경기준 4등급이 될 수 있을 것인가에 초점을 맞추어 위 수질개선대책의 현실적 이행가능성 여부와 위 대책에 의한 수질목표(4급수) 달성의 가능성 여부에 대한 연구를 하였는데, 다른 분야와 마찬가지로 수질분야에 있어서도 조사위원들의 의견이 일치되지 아니하여 새만금사업의 계속 추진 여부에 대하여 결론을 내리지 못한 채 조사 결과만 제출하였다.
 또한, 민관공동조사단 수질분과에서는 수질개선대책과 관련하여, 
 ㉮ 아무런 추가적인 대책 없이 1998.의 환경기초시설로 새만금담수호가 완공될 예정인 2012.에 이를 경우(시나리오 1), 
 ㉯ 환경부가 제시한 시안으로서 위에서 언급한 바와 같이 환경기초시설의 신설과 확충에 따른 오염부하량의 삭감과 아울러 축산분뇨를 자가처리 및 공공처리를 통하여 축산계 오염부하를 생물학적 산소요구량 기준으로 42.9% 삭감하고 농경지의 시비량을 30% 감축하는 등의 경우(시나리오 2), 
 ㉰ 시나리오 2를 시행하되 축산분뇨에 대해서는 퇴비, 액비, 공공처리장, 자가처리 등의 방법으로 철저하게 관리하고, 농경지의 오염부하량을 감축하기 위하여 물고 높이 3㎝ 올려 총인을 16% 추가 감축하는 경우(시나리오 3),
 ㉱ 시나리오 3과 같은 대책을 시행하되 축산사육두수가 앞으로 감소하는 경우(시나리오 4),
 ㉲ 시나리오 2를 시행하되 하수관거에서 55%가 누수되어 처리되지 않는다고 가정하는 경우(시나리오 5),
 ㉳ 시나리오 5에다가 하수관거를 개선하여 하수관거 누수율을 15%로 줄이는 경우(시나리오 6), 
 ㉴ 시나리오 2에 제시된 호안 인공습지의 처리효율을 개선하는 경우(시나리오 7)와 같이 7가지로 분류한 다음, 위 7가지 방안에 따라 앞으로 조성될 새만금담수호의 수질예측 결과와 수질환경기준을 아래와 같이 분석하였다.
 즉, 시나리오 1의 경우에는 만경수역과 동진수역을 평균한 새만금담수호의 연평균 수질에 대하여 화학적산소요구량, 총질소, 총인 세항목 모두 5등급 수준으로 추정되어 목표수질을 만족하지 못하는 결과가 나타났고, 환경부 시안인 시나리오 2에서 제시한 환경기초시설과 호수 수질관리대책 등 수질개선대책이 마련되는 경우에는 새만금담수호의 평균수질에 대하여 화학적산소요구량 3등급, 총인은 4등급 수준으로 추정되었으며, 그 밖의 5개 시나리오의 경우에도 새만금담수호의 평균수질은 화학적산소요구량 모두 3등급, 총인은 모두 4등급을 만족하는 것으로 예측되었고, 동진수역보다도 수질이 나쁜 만경수역에서 4등급 수질을 만족시키는 방안은 축산분뇨를 철저히 관리하는 시나리오 3과 4의 경우였다. 
 그러나 만경수역의 경우, 위 환경부 시안(시나리오 2)과 같은 수질개선대책에 의하더라도 총인 농도를 0.103ppm으로까지 밖에 끌어내릴 수가 없다고 예측하고 있다.
 뿐만 아니라, 민관공동조사보고서에서 제시한 새만금담수호의 수질예측 결과는 위 환경부시안에서 제시한 2012년의 인문ㆍ사회적 조건에서 오염부하량이 1998. 현재 수준보다 약 20% 정도만 증가한다고 전제한 것인바, 위 조건을 만족하기 위하여는 전주권 그린벨트 해제토지를 녹지로 보존하고, 새만금유역에 환경기초시설을 확충 및 신설하며, 비점오염원 관리 등의 삭감대책을 통해 배출부하량을 적정수준에서 관리하는 오염총량관리제도가 단계적으로 도입되어야 한다는 전제조건이 달성되어야 한다.
 다) 환경부의 수질예측 및 검토의견
 i) 수질예측 방법
 환경부에서는 2차례에 걸쳐 2012년도 완공예정인 새만금담수호의 수질을 예측함에 있어 민관공동조사단의 조사 결과를 기초로 하되 농림부 등 관련 부처 조치계획 등을 종합하여 새만금유역의 오염부하량, 수질개선대책 등을 설정하였는바, 그 수질예측 방법 등을 구체적으로 보면 아래와 같다.
 첫째, 1차 수질예측에서는 오염원변화에 관하여, ① 2012. 새만금유역 인구는 1998. 보다 90,000명이 자연증가한 1,438,000명이 되고, ② 2012.에는 1998. 현재와 토지이용상 큰 차이가 없으나 전, 답, 임야가 약간씩 감소하고, ③ 2012.에는 1998. 보다 산업폐수량이 25% 증가하고, ④ 2012.에는 1998. 보다 한우가 10.0% 감소하고, 젖소는 20.0%, 돼지는 15.8%, 가금류는 6.0% 각 증가하고, ⑤ 2012.에는 양식면적이 1998. 보다 가두리 20.5%, 유수식 10.4%, 도전양식 84.0% 각 증가할 것으로 전망하였다.
 둘째, 1차 수질예측에서는 민관공동조사단, 관련부처에서 제시된 수질개선대책들을 실행가능성 여부에 따라 3개의 조합{ⓐ 실현가능성이 높은 대책, ⓑ 실현가능성은 있으나 재원조달계획이 미확정인 대책, ⓒ 실현가능성이 불투명하거나 낮은 대책으로 분류하여 ⓐ(대책조합 1), ⓐ+ⓑ(대책조합 2), ⓐ+ⓑ+ⓒ(대책조합 3)로 대책조합을 구성}으로 구성한 후 각 대책조합별로 수질을 예측하였다. 
 셋째, 2차 수질예측에서는 기존의 대책조합에다가 ① 간척지 내 농촌마을 규모조정하는 방안 ② 환배수로 통수량을 초당 8㎥에서 초당 30㎥로 늘리는 방안, ③ 2012년도의 축산사육두수를 1998년도 보다 한우 36.8%, 젖소 4.6%, 돼지 16.9% 각 감소하는 것으로 추정하는 방안, ④ 인공수초섬에 의한 영양물질 제거 방안 등의 대책을 추가함으로써 오염원변화 및 대책조합을 약간 달리하였다.
 넷째, 수질예측시에 새만금담수호를 16개 수역(만경수역 9개 수역, 동진수역 7개 수역)으로 구분하여 각 수역 구간별 수질측정을 하는 한편, 수량가중평균과 산술평균으로 나누고 논에 물을 끌어쓰는 관개기간 등 특정시기의 수질을 예측하는 등의 방법을 사용하였다.
 ii) 수질예측 결과
 위 수질예측 결과, 동진수역은 화학적 산소요구량 4.0ppm, 총인 0.072 내지 0.073ppm 등으로 모두 농업용수 수질기준을 충족한 반면, 만경수역의 경우 총인이 1차 예측에서 0.117 내지 0.128ppm, 2차 예측에서 0.103ppm으로 각 예측되어 농업용수 수질기준을 초과하였는바, 그 세부적인 내용은 아래와 같다.
 첫째, 수질문제는 수질이 나쁜 시기에 나쁜 수역구간에서 발생하므로 산술평균, 구역별, 시기별로 각 산출된 예측수질을 모두 살펴보아야 하는데 특히 새만금담수호에서는 수량가중 연평균 농도의 수질대표성이 낮다.
 만경수역의 총인 농도는 ① 1차 예측시 산술평균 0.114 내지 0.153ppm, 2차 예측시 산술평균 0.127ppm, ② 가장 나쁜 수역구간인 2구역의 경우 1차 예측시 연평균 0.180 내지 0.188 ppm(연 36일 지속되는 경우 0.284 내지 0.292ppm), 2차 예측시 0.158ppm(연 36일 지속되는 경우 0.234ppm)으로 각 예측되었다.
 둘째, 총인은 과영양상태로 예측되어 조류과다 번식과 조류의 사멸ㆍ분해 과정에서 호소생태계에 악영향이 예상된다.
 셋째, 만경수역의 화학적 산소요구량은 수질오염이 사회문제화된 1996. 당시의 시화호 수준에 근접하여 호소수질관리 및 농업용수 사용에 어려움이 있을 것이다.
 만경수역의 화학적 산소요구량은 ① 1차 예측시 6.2 내지 7.0ppm(산술평균 8.0 내지 8.9ppm), 2차 예측시 5.5ppm(산술평균 7.4ppm), ② 가장 나쁜 수역구간인 2구역의 경우, 1차 예측시 연평균 10.3 내지 11.4ppm(연 36일 지속되는 경우 16.7 내지 18.4ppm), 2차 예측시 9.7ppm(연 36일 지속되는 경우 15.0ppm)으로 각 예측되었다.
 넷째, 만경수역의 조류(藻類, Chl-a, 이하 '크로로필-a'라 한다)농도는 일년 내내 조류경보(25mg/㎥ 이상) 발령기준에 해당되고, 조류대발생(100mg/㎥ 이상)에 해당되는 시기도 있는 등 조류가 과다 번식할 경우 악취가 발생하고 어패류가 폐사할 우려가 있다. 
 만경수역의 조류농도는 ① 1차 예측시 45.1 내지 49.4mg/㎥(산술평균 58.4 내지 62.5mg/㎥), 2차 예측시 38.8mg/㎥(산술평균 52.0mg/㎥), ② 가장 나쁜 수역구간인 2구역의 경우 1차 예측시 연평균 84.8 내지 89.8mg/㎥(관개기 15일 지속되는 기간 81.0 내지 160.0mg/㎥), 2차 예측시 75mg/㎥(관개기 15일 지속되는 기간 68.9 내지 137.0mg/㎥)로 각 예측되었다.
 iii) 환경부의 검토의견 
 환경부는 위와 같은 수질예측 결과를 종합하여 아래와 같은 의견을 제시하고 있다.
 첫째, 향후 예측되는 만경수역의 영양상태와 현재 비슷한 수준을 보이는 아산호, 삽교호 등 기타 간척지 호수나 아산호 등의 농업용수 이용실태를 고려할 때 농업용수만으로 이용되는 경우 만경수역에서 예측되는 총인이 결정적인 지장을 줄 것으로 보이지는 않는다.
 둘째, 만경수역의 연평균 영양상태는 과영양수준일 것으로 예측되어 일조량, 수온 등 다른 외부조건이 조류발생에 적합하게 조성될 경우에는 해당수역에서 조류가 과다번식할 수 있고, 과다번식된 조류가 사멸ㆍ분해되는 과정에서 호소생태계에 악영향을 줄 것으로 전망된다.
 셋째, 일년 중 1달 여(36일)는 화학적 산소요구량 8.5ppm, 총인 0.157ppm을 초과하는 수질이 예측되는 등 호소수질관리에 어려움이 있을 것으로 예상된다.
 넷째, 동진수역의 물이 유입되기 이전의 유로 폭이 좁은 2 내지 5 구간은 1년 중 1달 여 동안 화학적 산소요구량 12.3ppm, 총인 0.235ppm을 초과하여 조류발생에 따른 환경영향이 상당할 것으로 예상된다.
 다섯째, 시기별로는 상층수(上層水)의 경우 갈수기ㆍ저수기에 조류의 대량발생으로 인한 수중의 유기물 내부생산이 증가하여 오염이 심할 것으로 예측되고, 심수층(深水層)은 하절기에 염분 및 수온차이에 의한 성층화(成層化)로 인하여 용존산소가 고갈됨으로써 동물상이 파괴됨과 동시에 퇴적물에서 나온 오염물질이 용출되는 등의 환경영향이 예상된다.
 결론적으로 환경부에서는, 동진수역의 연평균 수질은 4급수 수준으로 예측되나 만경수역은 현실적으로 실현불가능한 수질개선대책 모두가 실행된다 하더라도 수질기준을 달성하기 어려울 뿐만 아니라 유역이 좁고 오염이 심한 구역에서는 하절기에 총인 및 클로로필-a의 농도가 대단히 높아져 조류경보가 상시 발령될 가능성이 높으므로 악취가 나고 물고기가 대량 폐사하는 등 수질관리에 상당한 어려움이 있을 것으로 예측하면서 해수유통을 고려할 필요도 있다고 제안하였다.
 2) 정부조치계획 이후 확정된 수질개선대책
 환경부를 포함한 정부관계부처는 합동으로 2001. 8. 6. 새만금사업 후속 세부실천계획을 수립하면서 아래와 같은 수질개선대책을 확정하였다.
 첫째, 만경강ㆍ동진강 수질개선대책으로서, ① 하수처리장 23개 추가설치, 하수고도처리시설 6개 설치, 하수관거 2,820㎞ 확충 정비, 생활계분뇨 및 정화오니 수거율제고 등의 환경기초시설확충, ② 축산분뇨처리시설 확충(분뇨처리 315개소, 퇴비사 등 622개소), 왕궁특수지역 축산폐수 처리대책 등의 축산분뇨 관리대책, ③ 오염총량관리제도를 도입하고 전주권그린벨트 해제예정지역을 오염원이 증가되지 않도록 녹지지역으로 지정ㆍ관리하는 등의 방안이 있는바, 그 소요사업비는 총 1조 1,859억 원에 이르고 그 중 2002.부터 2005.까지 매년 1,718억 원, 그 이후부터 2011.까지 매년 679억 원을 각 투입하여 위 시설들을 단계별로 설치할 예정이다.
 둘째, 새만금내부 수질개선대책 중 ① 호소유입부 수질개선대책으로서, 침전지 2개 설치, 인처리시설 1개 설치, 금강호 물을 만경수역에 끌어들이는 유입수로 설치 등의 방안이 있고, ② 호소내부 수질개선대책으로서, 인공습지 등 습지 5개 조성, 인공수초섬(0.4㏊) 설치, 저층수배제시설 2개 설치, 만경강물의 외해배제를 위한 환배수로 설치, 저류지 5개 설치, 동진강물을 희석수로 이용하기 위한 연결수로 설치 등이 있으며, ③ 끝으로 내부간척지주거지 내에 하수처리시설 2개 설치하는 방안이 있는바, 그 소요사업비는 총 2,257억 원에 이르고 이를 연차별로 투입하여 2006. 방조제완공 이전에는 저층수배제시설만이 설치되고 나머지 시설들은 2011년도에 완공될 예정에 있다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 8, 10, 27, 28, 30, 31호증, 갑 제45호증의 1 내지 3, 갑 제46호증의 1, 2, 갑 제47 내지 53, 55 내지 58호증, 갑 제61 내지 64호증, 갑 제102호증, 을가 제1 내지 3, 6, 7호증, 을가 제12호증의 1 내지 6, 을가 제31호증, 을가 제54호증의 1, 2, 을가 제57 내지 60, 65호증, 증인 소외 4(일부), 소외 5(일부), 소외 6(일부), 소외 7(일부), 소외 8(일부), 이 법원의 환경부장관에 대한 사실조회 결과(2003. 8. 18.자), 변론의 전취지
 (다) 수질개선대책의 실현가능성 문제
 민관공동조사보고서 및 환경부에서 제시한 새만금담수호의 수질예측 결과는 앞서 본 바와 같이 새만금담수호 유역의 오염부하량이 1998. 현재 수준보다 약 20% 정도만 증가하고, 환경부 시안에서 제시한 환경기초시설 등이 제때 완비되어 오염물질의 삭감이 이루어진다는 전제하에서 제시된 것이고, 사실상 실현가능성이 불확실한 수질개선대책까지 고려하여 오염수준을 최소한도로 설정한 것이었다.
 만약, 환경기초시설이 제때에 건설되지 않거나, 전주권 그린벨트해제 후 도시의 확장과 공단의 조성이 추진되거나 또는 만경강과 동진강 유역 내에 대규모 오폐수 발생원이 입지하게 되는 경우에는 위 민관공동조사보고서 및 환경부에서 제시한 새만금담수호의 수질예측 결과와 상당한 차이가 발생하게 된다.
 앞서 본 바와 같이 환경부에서는 실현가능성이 전혀 없거나 재원조달계획이 확정되지 않은 대책까지 모두 적용해도 만경수역의 연평균 총인 농도는 농업용수 수질기준에 미달하는 0.103ppm에 머무는 것으로 예측했다. 여기에는 실현가능성이 거의 없다고 환경부가 판단한 추가대책까지 포함한 결과이다. 
 그런데 정부는 환경부의 위 수질예측을 토대로 다양한 수질개선대책을 확정하였는바, 위 수질개선대책 역시 아래에서 보는 바와 같이 그 실현가능성 내지 실효성에 대하여 상당한 의문이 제기되고 있다.
 첫째, 만경강ㆍ동진강 수질개선대책으로서 오염원을 줄이는 방안 중 오염총량제는 현재 생물학적 산소요구량만을 관리대상으로 하고 있어 총인 등을 처리하기에는 문제가 있을 뿐만 아니라 그린벨트해제 제한과 마찬가지로 위 제도가 시행될 경우, 도시성장 및 산업발전에 장애가 될 수도 있다.
 둘째, 유입하천상류 및 호소 내에서 오염원을 제거하는 방안 중 금강호 물의 희석수 도입방안은 금강호 수질 및 인근 해역에 미치는 영향 등을 포함한 환경생태계 영향조사 등이 선행되어야 하고, 환배수로를 통하여 연중 266일 동안이나 만경강물을 바다로 끌어내는 방안은 해양환경에 미치는 영향 등이 먼저 검토되어야 할 뿐만 아니라 농업용수 확보목적과 배치되는 것으로 보이며, 침전지 및 인공습지를 설치하는 방안은 과다한 설치비용에 비해 그 효능이 아직 검증되지 않은 단계라는 등의 한계를 가지고 있다. 
 뿐만 아니라, 위와 같은 수질개선대책이 실현가능하다 하더라도 이를 위하여 2001.부터 2011.까지 투입되어야 할 수질개선 총비용 1조 4,116억 원 중 6,000억 원 상당은 그 재원확보대책이 불명확하다. 또한, 도시하수고도처리설치 및 왕궁지역 축산폐수처리대책비, 환경기초시설비 등에 필요한 9,700억 원 정도에 대하여는 현행법령체계상 상당 부분을 지방자치단체인 전라북도에서 지방비로 부담하여야 할 것인데, 전라북도의 열악한 재정자립도를 고려할 때 재원마련에 상당한 어려움이 따를 것으로 보인다. 
 여기에다가 기존 하수관거에 대한 재정비비용 등이 추가될 가능성도 있고, 또한 앞으로 오염원 증가로 장래 수질이 악화되거나 사업목적 변경으로 더 엄격한 수질이 요구될 경우 그에 비례하여 수질개선비는 더 늘어나게 될 것인데, 새만금담수호의 수질을 유지하기 위하여 위와 같은 천문학적인 돈을 상수원수질개선비 등에 비하여 상대적으로 우선 순위가 떨어지는 농업용수를 확보하고자 투입하는 것은 자원배분의 형평성과 효율성이라는 측면에서도 문제가 있다.
 (라) 새만금담수호의 수질관리상 어려움
 1) 담수호의 특성과 수질관리의 어려움
 간척지 호수인 담수호들은 오염저감을 위하여 정부가 상당한 예산을 투입하여 환경기초시설 등을 설치하여 왔음에도 불구하고 수질이 악화되거나 정체되어 있는 등 수질관리에 어려움을 겪고 있다. 현실적으로 영산호, 아산호, 삽교호, 시화호 등 대부분의 담수호들이 호소 수질기준에 미치지 못하고 있는데, 이는 담수호들의 경우 하천 상류에 위치하는 댐호들에 비하여 인구밀집지 및 산업시설 등 많은 오염발생원을 가지고 있고 그 증가 속도를 수질개선대책이 따라가지 못하기 때문이다.
 특히, 수심이 얕고 담수호면적이 크며 호수로 유입되는 오염부하가 많은 담수호의 경우 아래 시화호의 예에서 보듯이 극단적인 부영양화 등으로 호수로서의 기본적인 기능조차 유지할 수 없게 될 가능성을 배제할 수 없는바, 강하구를 막아 담수호를 만들었던 시화호는 아래와 같이 수질악화 등으로 인하여 엄청난 예산만 낭비한 채 현재 사업 자체가 무산된 상태이다. 
 시화호는 '죽음의 호수'로 불릴 정도로 수질이 악화되었다가 해수유통으로 담수화를 포기한 사례이다. 총 사업비 4,950억 원을 투입하여 방조제공사를 완공한 시화호의 경우 1994. 1. 24. 담수화를 시작하였으나, 유역하천에서의 오염부하량 증가와 환경기초시설 미비 등으로 인하여 그 수질이 5등급 이하(농업용수는 커녕, 공업용 3급에도 미달하는 수준으로 화학적 산소요구량 12ppm 수준)로 악화되었고, 그 후 수질개선을 위하여 1996. 5.경부터 배수갑문으로 해수유통을 시키고 4,493억 원 정도를 투입하였음에도 사실상 담수호로서의 사업목적을 달성하지 못하였다.
 새만금담수호는 시화호와 비교할 때, 오염원의 단위면적당 밀도에 있어 1/10 정도 작고, 물의 순환주기에 있어 더 빠르고, 체류시간에 있어 더 짧다는 점에서는 수질관리상 유리한 측면이 있는 반면, 담수호면적에 있어 시화호의 2배 정도이고 오염원분포에 있어 시화호 보다 더 많은 산업체가 들어서 있을 뿐만 아니라 수심이 더 얕고, 형태상 상류부분이 하천처럼 길게 생겨 오염물질의 확산이 쉽지 않는 등으로 수질관리상 불리한 측면도 가지고 있다.
 2) 새만금담수호 수질관리상의 어려움
 담수호로 조성될 새만금담수호는 기본계획상의 사업목적상 적어도 농지에 농업용수를 공급할 수 있는 정도의 수질인 4급수 기준을 유지하여야 한다. 
 그러나 담수호면적이 서울의 강남구, 서초구, 송파구를 합친 면적과 비슷할 만큼 대규모인 새만금담수호에 있어서는, 그 수질기준이 단순히 농업용수를 공급할 수 있는 정도에 그쳐서는 안 되고 최소한 호수로서의 기능을 유지할 수 정도에 이르러야 한다. 이는 앞서 본 바와 같이 새만금 간척지의 사용용도 자체가 불확실할 뿐만 아니라 경제성 평가시 관광효과 등이 사업편익에 포함되어 있다는 점 등을 고려할 때 그 필요성은 더욱 크다고 할 것이다.
 위와 같은 여러 사정을 감안하여 볼 때, 자칫 만에 하나 새만금담수호의 수질관리에 실패하게 될 경우, 절반 크기인 시화호오염과는 비교할 수 없을 정도의 엄청난 환경재앙이 초래될 수 있으므로, 새만금담수호의 수질은 더욱 엄격하게 관리되어야 할 것이다. 
 시화호의 경우, 오염부하량증가와 수질개선대책의 미비 등으로 발생한 최악의 오염 상황으로 볼 수도 있다. 그러나 수심이 얕고 담수호면적이 크며 호수로 유입되는 오염부하량이 많은 대규모 담수호의 경우, 부영양화가 일정한 수준을 넘어서서 진행되는 극단적인 부영양화 상황에 이르러 호수로서의 기본적인 기능조차 유지하지 못하고 사업 자체가 표류하게 될 가능성을 배제할 수는 없다. 
 더구나 새만금담수호는 유역에서 발생하는 축산분뇨 등의 오염부하량이 많아 부영양화가 우려되는 등 수질관리상 여러 가지 어려움이 예상되는바, 일반적으로 축산분뇨 등에서는 부영양화의 원인이 되는 총인을 대량 배출하는데 보존성 물질인 총인은 호소로 끌어내리지 않는 한 언제나 호소 안에 머물다가 조류를 발생시키는 특질을 가지고 있다. 
 새만금담수호 중 만경수역의 경우 앞서 본 바와 같이 환경부의 수질예측 결과 실현가능성이 희박해 보이는 수질개선대책까지 모두 동원하더라도, 총인 농도는 농업용수 기준을 초과한 0.103ppm으로, 그리고 부영양화의 직접 지표인 클로로필-a의 농도 역시 조류경보 발령기준을 초과한 38.8mg/㎥(특히, 취수구역 중 가장 나쁜 구역인 2구역의 경우 연평균 75.0mg/㎥, 관개기에 15일간 지속되는 동안 68.9 내지 137mg/㎥)으로 각 예측되었던 점 등에 비추어 부영양화의 우려가 높은 것으로 나타났고, 나아가 환경부에서는 만경수역의 경우 담수호로서의 수질관리가 사실상 불가능할 것으로 판단하고 적정수질의 유지를 위하여 해수유통이 불가피하다는 의견을 제시하였다.
 한편, 동진수역의 경우 앞서 본 바와 같이 모든 수질예측 결과에서 농업용수 수질기준을 유지할 수 있을 것으로 예측되고 있다. 그러나 순차개발방식에 따라 동진수역에 대하여만 방조제공사 완료 이후인 2007.부터 2011.까지 담수화작업을 하고 2012.부터 내부개발을 한다 하더라도 그 과정에서 어패류 집단패사 등으로 인한 부영양화가 초래되어 수질관리에 어려움이 야기될 위험성을 배제할 수는 없다.
 (마) 소 결
 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 당시 적법하게 환경영향평가가 이루어지고 농업용수로서의 수질관리에 아무런 문제가 없다는 것을 전제로 하여 새만금사업이 시작된 것이다. 
 그러나 앞서 본 바와 같이 오염원을 허위로 산정하는 등으로 부실하게 환경영향평가가 실시되었고 이로 인하여 환경영향평가를 실시하지 않은 것과 마찬가지로의 상황이 되었을 뿐만 아니라, 정부에서 마련한 수질개선대책을 모두 시행한다 하더라도, 만경수역의 경우 수질관리의 주무부서인 환경부가 담수호로의 수질관리가 사실상 불가능하다고 판단할 정도로 그 수질관리에 상당한 어려움이 예상되고 있다.
 이러한 상황에 비추어 새만금사업은 농업용수를 공급하려던 당초의 사업목적을 달성하지 못하고 사업 자체가 무산될 가능성도 배제할 수 없는데, 이는 환경영향평가 당시 수질관리에 문제가 없다고 예측했던 것과는 상당히 달라진 것으로서 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 이후에 발생한 중대한 사정변경에 해당한다고 할 것이다.
 (4) 사업의 경제성 평가상에 사정변경이 발생하였는지 여부
 (가) 사업의 경제적 타당성이 문제되는 이유
 농림수산부장관은 직권 또는 이 법에 의한 사업시행자의 신청에 의하여 농지개량사업시행예정지를 조사할 수 있고, 그 결과 농지개량사업의 사업성이 인정되는 지구에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의한 기본계획을 수립하며, 그 기본계획에 따라 농지개량사업을 시행할 필요가 있다고 인정되는 지구에 대하여는 농지개량사업시행계획을 수립하여 사업시행자를 지정하고 고시하여야 하고(구 농촌근대화촉진법 제91조, 제92조, 제93조 제1항), 위 기본계획과 사업시행계획에 '수지예산서, 공사비 내역, 사업효율 분석' 등이 포함되어야 한다(구 농촌근대화촉진법시행령 제43조, 제44조, 제45조 참조).
 위 각 규정에서 보는 바와 같이 새만금사업은 농지로 사용할 간척지를 조성하는 농지개량사업으로서 사업성을 기본 전제로 하므로, 그로 인하여 소요되는 비용 보다 얻을 수 있는 이익(편익)이 더 많아야 할 것이다. 즉, 경제적 타당성을 갖추고 있어야 한다. 
 당초 농림수산부장관은 농지조성을 사업목적으로 한 새만금사업에 경제적 타당성이 있음을 전제로 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분을 한 것으로 보인다. 그러나 아래에서 보는 바와 같이 그 기초가 되는 경제성 분석에 많은 문제점이 지적되고 있다. 만약, 간척지에 농지를 조성하더라도 경제적 타당성이 없어 사업성이 불확실하다고 판단될 경우 사업을 계속할 수 없을 정도의 중대한 사정변경에 해당할 수 있을 것이다.
 (나) 인정 사실
 1) 경제성분석 경과
 농림부에서는 새만금사업의 경제성 분석을 위하여 한국산업경제연구원이 1988. 작성한 '새만금지구 간척지의 최적이용을 위한 구상연구'라는 경제성 분석 결과에 따라 새만금사업은 농지조성을 전제로 하더라도 경제적으로 타당성이 있는 것으로 판단하고 1989. 11. 6.경 새만금기본계획서를 작성하였다. 
 그 후 위 경제성 분석 결과에 대하여 감사원 특별감사 결과, 문제점이 지적되자 민관공동조사단 경제성 분과에서는 1999. 5. 1.부터 14개월 간 경제성 분석을 다시 실시하여 조사보고서를 작성하였다. 그러나 아래에서 보는 바와 같이 위 조사보고서에 대하여도 편익항목 설정과 분석방법 등 상당한 분야에 걸쳐 조사위원들을 포함한 전문가들 사이에 많은 논란이 제기되고 있어 그 점에 대한 재검토가 필요한 상황이다.
 2) 민관공동조사단 이전의 경제성 분석
 가) 새만금사업에 대한 1988. 당시의 경제성 분석에서는 토지이용계획을 ① 간척지를 모두 미곡위주의 순농경지로 활용하는 방안(대안 1), ② 간척지를 모두 농경지로 조성하되 일부 토지를 전용가능하도록 조성하는 방안(대안 2), ③ 농업용지 및 공업용지로의 복합개발방안(대안 3)으로 구분한 후 각 대안별로 나누어 경제성 평가를 하였다. 그 결과, 할인율 10%를 적용할 경우 모든 대안들에 있어서 편익비용 비율이 1을 넘어 경제적 타당성이 있는 것으로 분석되었다.
 그러나 위 경제성 분석에서는 새만금사업으로 인한 경제적 비용으로 직접투자비와 유지관리비만을 계상하였을 뿐, 환경오염 및 생태계변화에 따른 사회적 비용을 전혀 계상하지 아니한 채 경제적 타당성 분석을 하였다는 비판을 받고 있을 뿐만 아니라 감사원의 특별감사 결과 아래와 같은 오류가 지적된 바 있다.
 첫째, 위 경제성 분석에서는 편익ㆍ비용항목 등을 정확하게 산정하지 아니하고 지반조성을 위한 성토 등 투자비용을 적게 산정하거나, 관광ㆍ항만ㆍ담수어양식장 등 편익을 과대 계상하였다. 즉, 농수산중심개발안의 경우 관광 및 항만시설 투자비용은 누락한 채 관광편익 2,021억 원 및 항만편익 4,006억 원만을 계상하고, 수질오염 등으로 시행이 불투명한 담수어양식편익 6,370억 원을 계상하고, 도시용지 잔존가치 267억 원을 이중계상하였다. 복합산업단지개발안의 경우 공업단지 및 도시용지의 성토공사비 1조 6,712억 원 상당을 과소 계상하고, 공단용지 잔존가치 714억 원 및 도시용지 잔존가치 2,672억 원을 이중계상하였으며, 항만편익 및 양식편익에 대하여는 농수산중심개발안과 동일한 오류를 범하였다.
 둘째, 위 오류를 정정하여 감사원에서 새만금사업의 경제성을 재검토한 결과 농수산중심개발안의 경우 경제성 타당성이 입증되는 내부수익률 13%에 미달되게 됨에도 불구하고, 농수산중심개발의 경우 내부수익률 11.5%, 복합산업단지 개발의 경우 내부수익률 17.0%인 것처럼 부실하게 경제성을 분석하였다는 점이 지적되었다.
 나) 한편, 농림부는 위와 같은 문제점을 안고 있는 경제성 분석 결과를 기초로 1989. 11. 6. 새만금기본계획서를 작성하였다.
 따라서 위 새만금기본계획서에 대하여도 감사원으로부터 아래와 같은 지적을 받고 있다. 즉, 감사원은 특별감사에서 "위 기본계획 당시 농림부는 경제적 타당성이 높은 것으로 분석된 복합산업단지개발안에 대한 검토를 하지 아니한 채 농수산중심개발안의 투자비용 중 어업보상비를 적게 계상하거나 도시기반시설조성비를 제외시키고, 편익효과가 높으나 수질오염으로 사업시행이 불투명한 담수어양식장의 편익을 과다계상하는 방법으로 경제성 분석을 하였고, 위 오류를 정정하여 감사원에서 경제성 분석을 재검토한 결과, 농수산중심개발로는 내부수익률이 9.92%에 불과한데도, 농림부는 부(負)의 편익 934억 원이 발생하는 것을 참작하지 아니하고 내부수익률이 정부투자사업에 있어 경제적 타당성 기준(13.0%) 이상인 13.5%가 되는 것처럼 산정하여 농수산 중심으로 개발할 경우, 경제적 타당성이 있는 것으로 분석한 후 기본계획을 확정함으로써 경제적 타당성이 입증되지 아니한 농수산중심개발 계획으로 사업이 시행되게 하였다"는 점을 지적하고 있다.
 3) 민관공동조사단의 경제성 분석
 가) 분석 방법 
 사업편익으로서 농산물증산액, 배수불량지증산액, 홍수방지, 국토확장효과, 담수호창출, 관광효과, 고군산군도재산증식, 육운개선, 갯벌회복, 논의 공익가치, 수질개선편익, 해일방지, 인공어초제공 등 13개 항목을 설정하고, 사업비용으로서 수산물의 가치, 갯벌의 인간중심가치와 생태계기능가치, 환경오염방지비용, 환경유지관리비, 환경시설대체비, 투자사업비 등 7개 항목을 설정하였다.
 위와 같이 설정된 사업 편익과 비용 항목을 조합하여 제1안에서 제10안에 이르는 10개의 시나리오를 만들고 이에 따라 각 시나리오별로 비용과 편익을 비교하는 방법으로 새만금사업의 경제적 타당성을 평가하였는데, 그 분석방법을 요약하면 아래와 같다.
 첫째, 기존에 해 오던 편익비용분석 방법이 아니라 국내에서 처음으로 확장된 편익비용분석 방법을 적용하였다. 국토확장효과, 식량안보가치, 담수호 창출효과 등 그 동안 정립된 이론이 없었던 간접효과들에 대하여 새로이 계량화를 시도하였다.
 둘째, 경제적 연관효과를 계측하기 위하여 시장가격으로 평가할 수 있는 것은 시장가격으로 평가하였고 그렇지 못한 것은 대체비용법을 원용하여 평가하였으며, 갯벌의 환경생태학적 경제가치와 쌀의 식량안보가치는 가상가치법(Contingent Value Method : CVM)을 사용하여 전문기관에 표본선정과 실사를 위탁하였고 그 조사 결과를 기초로 비시장재화의 가치를 추정하였다.
 셋째, 확장편익비용분석의 결과로 도출되는 경제적 타당성 판정기준인 편익-비용비율(B/C Ratio), 사업순수익의 현재가치총액(NPV), 사회경제적수익률(ERR)은 국내미가, 안보미가 및 국제미가에 따라 또는 사업편익의 대안과 수질편익의 대안에 따라 여러 가지 시나리오별로 분석하여 제시하였다.
 그러나 위와 같은 분석방법들에 대하여 조사위원들 간에 편익ㆍ비용 항목설정, 평가방법 등을 둘러싸고 견해차이가 심하여 의견일치를 보지 못하였다.
 나) 분석 결과
 민관공동조사단에서는 위와 같은 분석을 통하여 할인율을 연 8%로 할 경우, 편익비용비율이 최저인 시나리오 4에서 1.25, 최고인 시나리오 2에서 3.81 사이로 나타나는 등 시나리오 모두에서 새만금사업이 경제성이 있는 것으로 분석되었다.
 그러나 1988. 경제성분석 당시의 편익항목을 그대로 유지하되 그 때 누락되었던 사회적비용으로 갯벌손실에 의한 비용과 수질개선비용을 포함시키는 것을 전제로 하여 새만금사업의 경제적 타당성을 분석한 견해에 의하면, 편익비용비율이 0.22 내지 0.25로 나와 경제적 타당성이 없는 것으로 분석되기도 하였다. 
 다) 분석 방법 등에 대한 비판제기
 위와 같이 민관공동조사단에서는 새만금간척지를 농지로 이용할 경우에도 모든 시나리오에서 경제성이 있는 것으로 분석하였다. 그러나 이에 대하여는 아래에서 보는 바와 같이 전문가들 사이에 논란과 함께 많은 비판이 제기되고 있다. 
 첫째, 13개의 편익항목은 기존에 이루어진 경제성 분석에서 9개 정도의 편익항목과 비교해 보면 그 항목이 대폭 추가되었을 뿐만 아니라 그 가치도 상당히 증가된 것인데, 위 사업편익 중 국토확장효과, 담수호창출효과, 식량안보가치 등의 경우, 정립된 이론이 없고 이러한 편익들이 차지하는 비중이 절반을 넘는 등 편익 항목 자체의 정당성에 대하여 전문가들 간에 견해 차이가 상당히 크다.
 둘째, 편익과 비용의 가치는 특별한 사정이 없는 한 시장가격을 기준으로 평가하여야 한다. 시장가격을 사용하여서는 안 될 명백한 경우에 한하여 다른 방법을 사용하는 것이 일반적인 관례로 되어 있음에도 민관공동조사단에서는 국내미가 보다 3배 정도 비싼 안보미가라는 기준을 적용하여 간척지 농산물 증산액을 평가하고 있다.
 셋째, 갯벌의 가치 및 해양생태계에 미치는 영향 등 자연과학적인 검증이 필요한 분야로서 민관공동조사단의 수질분과와 환경분과로부터 필요한 자료를 건네 받아 검토를 하여야 새만금사업으로 인한 사회적 비용을 제대로 평가할 수 있다. 그러나 실제 경제성 평가에 있어서는 다른 분과와 사이에 의견 내지 정보 교류가 거의 이루어지지 않음으로써 갯벌의 환경생태학적 가치, 새만금해역 적조방제 및 모니터링으로 인한 비용, 홍수조절과 배수갑문조작으로 인하여 해양생태계에 미치는 영향 등이 누락되거나 제대로 평가되지 못하였다.
 넷째, 가상가치법 연구는 비시장재화의 가치를 계량화하기 위하여 가상시장을 설정하고 소비자들에게 사전 정보를 제공한 후 조건부 상품에 대한 지불의사를 표현하도록 하는 방법인데, 가상가치법을 사용하기 위하여는 전문가를 통하여 엄격한 방법으로 실시되어야 함에도 경제성 분과에서는 그러하지 못하였다.
 다섯째, 10개의 시나리오를 임의적으로 설정하였다는 문제가 있다. 일반적으로 공공사업의 경제성 타당성을 분석할 때 여러 가지 시나리오를 만드는 이유는 가장 낙관적인 상황과 가장 비관적인 상황을 포함한 다양한 상황을 모두 보여주기 위한 것인데, 10개 시나리오 중 편익-비용비율이 가장 낮은 시나리오 4의 경우, 논란의 대상이 된 편익항목 가운데 국토확장효과를 제외하고 간척지생산 농산물을 국내미가로 평가하였으나 담수호창출효과, 논의 공익적 가치 등을 여전히 편익에 포함시킨 반면, 비용항목에 있어서 생태환경이 아닌 인간중심가치 방식으로 갯벌의 가치를 평가하고 환경오염방지비용, 환경유지관리비 등을 제외하여 비용을 줄이고 있으므로 가장 비관적인 경우를 상정하였다고 보기는 어렵다. 
 라) 주요 편익항목의 내용 
 ① 국토확장효과
 새만금사업이 바다를 육지화하여 국토를 확장하는 입지조성기능과 그것을 농지로 이용할 수 있게 하는 농지조성기능이라는 양면성을 가지고 있음을 전제로 새만금사업으로 인하여 국가전체로 볼 때 산업용지 등 토지이용기회가 증가하는 잠재적 효과를 창출한다고 보고, 국토확장효과는 조성토지의 기회비용(간척사업으로 조성된 토지를 최선의 용도에 사용하지 못함으로써 잃게 되는 경제적 가치)으로 평가되며, 구체적으로는 농지가 타용도로 이용되는 경우의 지대와 농지로 이용되는 경우의 지대차액을 산출하여 이를 간척면적에 곱하는 방법으로 국토확장효과를 추정하였다.
 즉, 새만금사업지구와 관련된 3개 시군의 평균농지전용가격과 평균 논의 가격과의 지대차액에다가 새만금간척지 전체 면적을 곱하여 총 12조 3,610억 원의 지대차액을 추정한 후 할인율 8%를 적용하여 연간 지대를 9,889억 원으로 한 국토확장효과를 산출하였다.
 그러나 국토확장효과에 대하여는 아래와 같은 비판이 제기되고 있다.
 첫째, 새만금사업은 기본계획상 농지조성을 사업목적으로 하고 있어 다른 용도로의 전용가능성을 상정하는 자체가 모순이기 때문에 토지의 전용에 따른 기회비용은 영(零)이라고 보아야 한다. 
 둘째, 새만금사업의 일차적 편익은 농산물증산액이고 농지가격은 농작물수입의 합이라는 경제이론에 의할 때 농산물증산액과 별도로 국토확장효과를 사업편익에 포함시키는 것은 이중계산에 해당한다.
 셋째, 간척토지를 도시용도로 전용할 경우, 생태계에 미치는 영향을 고려하여 이를 비용에 포함시켜야 한다.
 넷째, 갯벌 역시 토지와 마찬가지로 국가의 관리를 받으면서 다양한 가치를 제공하고 있으므로 국토의 개념을 확장하여 재해석할 경우 갯벌 역시 국토로 볼 여지도 있다.
 다섯째, 1988. 경제성 평가에서는 토지 38%를 도시 및 산업용지로 이용할 경우, 국토확장효과로 1,344억 원의 편익을 추정한 것과 비교하더라도, 민관공동조사단에서 추정한 12조 3,610억 원의 국토확장효과는 편익을 지나치게 과장한 것이다.
 ② 새만금간척지 논의 식량안보가치 추정
 '안보미가'라는 개념을 통하여 식량안보가치를 편익으로 포함시키고 있다. 즉, 논이 가지는 식량안보가치를 공공재로 상정하여 가상가치법을 이용한 설문조사의 방법으로 추정하는 방법으로 새만금간척농지 전체 면적인 20,450㏊가 논으로 조성되어 쌀을 생산할 경우 1㏊ 당 매년 10,433,549원(할인율 8%)의 추가적인 식량안보가치가 발생한다고 한다.
 그러나 식량안보가치 추정에 대하여도 아래와 같은 비판이 제기되고 있다.
 첫째, 식량안보가 문제되는 상황이라는 것은 우리 나라에서 재고미도 없는 상태에서 대흉작이 들고 해외에서 쌀을 수입하기로 어려운 여건이 동시에 만들어져야 가능한 것인데, 위와 같이 비현실적인 상황을 전제로 그 개념조차 막연한 식량안보가치를 추정하는 것은 무의미해 보인다.
 둘째, 가상가치법이라는 것은 시장가격이 형성되어 있지 않을 때와 같은 불가피한 경우에 설문조사를 통해 가치를 평가하는 방법인데, 쌀시장의 경우 완전경쟁체제에 가까운 시장에서 거래되고 있고 농업보호정책 등으로 국내미가에 이미 안보가치가 포함되어 있으므로 가상가치법을 통해 식량안보가치를 추정하는 것은 타당성이 없다.
 셋째, 가상가치법을 사용하더라도 가상가치법의 기법이 매우 복잡하고 조사자에 따라 결과가 크게 달라질 수 있는 것이므로 가상가치법 연구 분야에 정통하고 검증된 연구자가 이를 수행하여야 함에도 비전문가를 통하여 가상가치법이 실시되었고, 설문지 내용상 쌀소비가 감소되는 추세에 있고 쌀에 대한 대체재가 존재하고 있으며 국내미가가 국제미가에 비하여 3배 정도 비싸다는 정보들이 응답자들에게 제공되어 있지 않았다는 점 등에 비추어 볼 때 가상가치법에 의한 식량안보가치 추정 결과의 신뢰성이 높다고 볼 수는 없다.
 넷째, 식량안보가치는 새만금간척농지 및 배수불량지의 농업편익, 담수호창출효과 및 국토창출효과 등에 이미 포함되어 있으므로 이중 계산의 위험성이 있다. 
 ③ 간척지 논의 공익적 효과
 간척지 논은 휴식제공기능, 대기정화기능, 산소공급기능, 대기냉각기능, 수질정화기능이 있고, 이를 통하여 연간 3,806억 원에 이르는 공익적효과가 창출된다고 한다.
 이는 간척지 논이 이를 통해 생산될 수 있는 쌀의 가치로만 평가되어야 하는 것이 아니라, 논 그 자체가 공익에 기여하는 추가적인 가치도 함께 평가되어야 한다는 의미에서 편익에 포함된 것이다.
 그러나 이에 대하여도 아래와 같은 비판이 제기되고 있다.
 위와 같은 공익적 효과 중 상당 부분은 갯벌이 가지고 있는 것과 중복되고 그 효과도 미미할 것으로 보이는 데다가 수질정화기능의 경우 생활하수나 산업폐수를 유입하였을 때를 가정하고 논이 이러한 폐수를 정화하는 효과를 계산한 것으로서 농약으로 오염된 물이 담수호로 유입된다고 본다면 논의 수질개선효과를 인정하기가 어렵게 된다. 또한, 간척지 논의 공익적 기능을 경제성 분석에 고려하고자 할 때에는 수질오염, 대기오염 및 온실효과와 같은 부정적 기능에 대한 비용도 반드시 고려되어야 할 것이다. 
 ④ 담수호 창출효과
 이는 새만금담수호의 저수능력에 상응하는 댐건설비가 절감된다는 전제에서 댐건설비를 계산한 것이다. 새만금담수호의 경제분석가치는 현재가치로 총 2,615억 원이고, 연간 경제분석가치는 209억 원인데, 이와 같은 새만금담수호의 대체비용가치가 사업편익으로 계상되었다.
 그러나 기존에 시행된 새만금사업의 경제성 평가에서는 간척지에 공급되는 농업용수가치가 간척지 생산물의 최종가치에 반영된다고 보아 농업용수의 가치를 따로 추정하지 않았고, 또한 새만금담수호는 농업용수 용도이므로 다목적댐의 건설비를 대체비용으로 환산하는 것은 과대평가의 소지가 있으며 농업용수 공급에 따른 추가비용 역시 고려되어야 한다는 비판이 제기되고 있다.
 ⑤ 수질개선편익
 새만금담수호의 수질개선에 대하여 주민들이 부여하는 가치를 측정하여 이를 새만금담수호 수질오염방지비용에 상응하는 수질오염방지편익으로 보고, 새만금담수호의 수질개선 편익을 비시장재화에 대한 가치측정법인 가상가치법을 적용하여 분석하였다. 즉, 수질개선 수준을 ㉠ 악취나고 쓸모 없는 물에서 생활보전용 수질로 개선할 때 연간 총편익 1,315억 원, ㉡ 생활보전용에서 농사가능수질로 개선할 때 연간 총편익 1,109억 원, ㉢ 악취나고 쓸모 없는 물에서 농사가능 수질로 개선시킬 때 연간 총편익 1,888억 원이 각 발생한다고 한다.
 그러나 앞서 본 바와 같이 가상가치법이 비전문가에 의하여 실시되는 등 분석방법에 문제가 있을 뿐만 아니라 농업용수 수질기준에 미달하는 등으로 수질개선에 실패할 경우에는 수질개선편익이 발생하지 않고 이미 논의 공익적 효과 등 다른 편익 항목에 수질개선편익이 포함되어 이중계산의 여지도 있다는 비판이 제기되고 있다.
 ⑥ 신규갯벌창출효과 
 방조제 준공 후 2023.경에 갯벌회복면적이 628㏊에 이를 것으로 보아 그 총가치를 66억 원으로 추정하였다. 
 그러나 갯벌신규갯벌의 생성 여부 및 그 가치에 대하여 환경영향분과에서 결론을 내리지 못하고 쟁점분야로 남겨놓았던 것임에도 막연히 이를 기정사실화하여 편익에 포함하는 것은 타당하다고 볼 수 없다는 비판이 있다.
 ⑦ 고군산지역의 재산가치 상승
 민관공동조사단에서는 고군산지역이 새만금방조제로 인하여 육지와 연결됨에 따라 접근성이 개선되어 생활환경이 개선될 뿐만 아니라 관광객의 증가 등으로 인해 재산가치가 증가될 전망이므로, 전국 개발지역 지가상승 추세를 고려한 지가변동 편익은 약 2,202억 원으로 추정하였다.
 그러나 위와 같은 개발로 인한 지가상승효과는 일반적으로 간접적인 개발편익에 불과한 것으로서 어느 범위까지 이를 사업의 편익에 포함시킬지가 불분명할 뿐만 아니라 금전적 편익은 공공사업의 비용편익분석에서 제외하는 것이 관례이므로 위 항목을 포함시키는 것은 무리라는 비판이 지배적이다.
 ⑧ 육운개선 및 관광편익
 민관공동조사단에서는 육운개선과 관광자원의 창출로 연간 613억 원의 편익이 발생한다고 보고 있다.
 그러나 교통량유발에 따른 대기오염 등 부작용이 고려되지 않았고, 새만금 담수호의 수질이 관광편익을 가지고 올 정도의 수준을 유지할 수 있을지가 불확실할 뿐만 아니라 관광객증가로 인한 환경오염비용이 누락된 채 신규창출 편익만을 계산한 것은 오류라는 비판이 제기되고 있다.
 마) 주요 비용항목의 내용
 ① 새만금갯벌의 경제적 가치
 민관공동조사단에서는 인간중심으로 평가된 가치와 갯벌중심으로 평가된 가치의 합으로 구성됨을 전제로 생태경제학적 접근방법을 통하여 새만금갯벌이 갖고 있는 경제적 가치를 도출하였다.
 우선, 인간중심가치의 경우 가상가치법에 의하여 지불용의액을 도출함에 있어 지불수단으로는 세금을, 지불용의액 도출방법으로는 지불카드를 이용한 개방형 지불방법을 사용하였고, 다음 갯벌중심가치의 경우 대체비용법을 이용한 선행연구에서 사용된 자료를 이용하여 그 가치를 도출함에 있어 환경부와 농업기반공사의 자료를 비교하여 최고치, 최저치 및 평균치를 제시하였다.
 인간중심으로 평가된 새만금갯벌의 가치는 1차 연도에 3,932억 원의 편익을 2차 연도부터는 연간 평균 약 2,081억 원이 산출되었다. 그리고 갯벌중심으로 평가된 새만금갯벌의 가치는 연간 평균하여 수산물생산가치 약 1,311억 원, 서식지기능 약 1,234억 원, 재해방지(해일방지)기능 약 459억 원, 수질정화기능 약 481억 원, 대기정화기능 약 62억 원, 심미적가치 약 244억 원을 모두 더하여 연간 평균 3,793억 원으로 산출되었다. 따라서 갯벌중심의 가치와 인간중심의 가치를 동시에 고려할 경우 약 5,873억 원, 생태계가치만 고려할 경우 3,793억 여원, 인간중심의 가치만 고려할 경우 2,080여 억 원의 가치를 각 산출하는 것으로 조사되었다.
 그러나 이에 대하여 아래와 같은 비판이 제기되고 있다.
 첫째, 어업권 보상비가 이미 비용으로 포함되었으나 갯벌의 수산물생산가치, 서식지기능, 수질정화, 대기정화, 심미적가치를 비용에 포함하여 분석함으로써 이들 가치가 이중으로 평가되어 과대 추정되었다는 지적이 있다.
 둘째, 위 조사 결과는 새만금갯벌에 적용할 수 있는 객관적이고 과학적인 자료가 존재하지 아니함으로써 갯벌의 가치 중 생태계안정성유지기능, 생물자원의 보고기능, 철새 등 이동성 조류의 종별 내지 개체별의 가치 등에 대한 계량화를 하지 못하여 위 가치들을 평가하지 아니하였다.
 ② 환경오염방지비용 추정
 민관공동조사단 수질 분과에서 환경기초시설비와 호소내관리비, 내부개발지오염방지비용을 더한 총사업비로 9,733억 원을 추정하였는데, 경제성 분과에서는 그 중 환경기초시설비 7,689억 원에 대하여 금강수계물관리대책의 일환으로 동진강 및 만경강의 수질보전을 위하여 설정된 것으로서 새만금사업이 아니더라도 시행하여야 하는 사업으로 보아 이를 새만금사업의 경제성분석에서 제외시키고 있다.
 그러나 위 환경기초시설들이 만경강 및 동진강 유역 수질의 개선과 함께 하류의 새만금담수호의 수질도 개선시키는 효과도 있으므로 만경강 및 동진강 유역의 수질개선을 위한 부분과 새만금사업으로 추가적으로 들어갈 부분을 분리할 필요가 있다는 견해가 제기되고 있다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 6, 5, 7, 8, 11 내지 13, 15호증, 갑 제14호증의 1 내지 3, 갑 제15, 16, 19 내지 24호증, 갑 제70 내지 72, 81, 102 내지 104호증, 을가 제71, 76, 79, 80, 118 내지 124호증, 증인 소외 9(일부), 소외 10(일부), 이 법원의 서울대학교총장에 대한 각 감정촉탁 결과(일부), 변론의 전취지
 (다) 소 결
 위에서 본 바와 같이, 농지조성을 전제로 한 당초의 경제성 분석에 대하여 감사원의 특별감사 결과 편익과대계상, 이중계산 등의 오류가 지적되는 등 그 경제성 분석에 문제가 있는 것으로 밝혀졌다.
 그리고 민관공동조사단의 경제성 분석을 보더라도 앞서 본 바와 같이 전문가들 사이에서조차 편익과대계상, 이중계산 등의 오류가 있다는 비판이 제기될 뿐만 아니라 그 평가방법, 평가항목 등 거의 전 범위에 걸쳐 상당한 견해 차이를 보이고 있는 등 그 분석 결과를 그대로 받아들일 수 없는 상황이어서 앞으로 심도 깊은 재검토가 필요할 것으로 보인다.
 따라서 위와 같은 경제성 분석에 의하여 농지조성을 사업목적으로 하는 새만금사업이 경제적으로 타당하다고 단정지울 수는 없고, 오히려 아래의 사정에 비추어 보면 그 타당성을 받아들이기 어려울 것이다.
 첫째, 새만금사업에 대한 경제성 분석은 그 근거법규인 구 농촌근대화촉진법에서 사업성을 요구하고 있는 점 등에 비추어 경제이론에 바탕을 두면서 농지조성이라는 사업목적의 제한을 받을 수밖에 없는바, 그렇다면 사업목적을 벗어나 새만금간척지를 도시용지 및 산업용지로 전용하는 것을 전제로 한 국토확장효과나 투기적인 이익에 불과한 고군산지역의 지가상승 등을 사업편익에 포함시킬 수 없을 것이다.
 둘째, 새만금사업은 농지 및 담수호 조성이라는 사업목적을 가지고 있고, 위 사업목적의 달성이 불가능해 질 경우 사업편익 자체가 발생할 수 없는 것인데, 담수호창출효과, 논의 공익적기능, 관광편익 등은 농업용수로서의 수질관리를 전제로 한 편익들이므로 앞서 본 바와 같이 수질관리에 상당한 어려움이 예상되고 있는 상황에서는 위 사업편익들을 기대할 수 없을 것이다.
 셋째, 정부에서는 만경수역에 대하여 그 수질이 목표기준에 적합하다고 평가될 때까지 개발을 유보하는 내용의 정부조치계획을 확정한 상태이므로, 그 수질이 목표기준에 적합하다고 평가될 때까지 편익 발생 자체가 불가능한 반면에 수질개선을 위한 비용은 계속하여 늘어날 수밖에 없게 된다. 그런데 앞서 본 바와 같이 만경수역의 경우 환경부의 수질예측결과 실현가능성이 희박한 수질개선대책에 의하더라도 농업용수 수질기준에 미달하는 등 수질관리가 사실상 불가능할 것으로 예측되고 있으므로 만경수역을 개발범위에 포함시킬 수는 없을 것으로 보이고, 만약 동진수역만을 전제로 할 경우에는 논란이 제기되고 있는 편익 항목을 모두 포함시킨다 하더라도 사업 자체의 경제적 타당성을 인정할 수 없을 것이다.
 결국 위와 같은 사정 등을 종합하여 보면, 새만금간척지를 농지로 조성하는 것이 경제적으로 타당하다고 평가할 수는 없을 것이다. 이는 당초 농림수산부장관이 새만금사업의 경제적 타당성을 인정하여 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분을 한 것과 비교하여 중대한 사정변경이 발생한 것으로 볼 수밖에 없다.
 (5) 새만금갯벌의 가치 및 그에 대한 평가상에 사정변경이 발생하였는지 여부
 (가) 갯벌의 가치가 문제되는 이유
 새만금사업 시행 당시에는 갯벌의 가치에 대한 평가가 전혀 이루어지지 않았고, 그 이후 민간공동조사단에서 실시한 경제성 평가에서도 앞서 본 바와 같이 갯벌의 가치를 계량화하는데 한계를 보여 주었다. 
 그러나 갯벌은 유지관리 비용이 전혀 들지 않음에도 우리에게 여러 가지 효용을 주고 있고, 앞으로 과학기술이 발전함에 따라 그 가치는 더 커질 것으로 보인다. 
 위와 같은 변화는 새만금사업 시행 당시 예측하지 못했던 사정으로서 갯벌의 가치가 커질수록 새만금사업의 타당성을 재고할 필요도 커질 것으로 보인다.
 (나) 인정 사실
 1) 새만금갯벌의 특성
 갯벌은 조수의 간만에 따라 주기적으로 노출을 반복하는 모래나 펄로 된 평평한 해안을 의미하는데, 일반적으로 조수간만의 차이가 크고 경사가 완만한 해안지형이나 하구에 발달한다. 
 새만금갯벌은 1998. 현재 전국 갯벌 면적 2,601㎢의 7.9%, 전라북도 갯벌 321.6㎢의 65%에 해당하는 208㎢(20,800ha)의 면적을 가진 대규모 갯벌로서, 만경강과 동진강이 유입되면서 바다와 만나는 곳에 형성된 하구갯벌의 특징상 다양한 생물들이 서식할 수 있는 대형 하구생태계를 형성하고 있을 뿐만 아니라 조수간만의 차이가 크고 경사가 완만하여 갯벌생태계에 필요한 여러 노출지역이 넓게 분포하여 패류의 성장에 알맞은 사니(砂泥)로 구성되어 종다양성이 높고 풍부한 생체량을 가지고 있다. 
 위와 같은 특징 때문에 우리 나라에 있어서 새만금갯벌을 포함한 서해안의 갯벌은 캐나다 동부해안, 미국 동부해안, 유럽 북해 연안, 아마존 강 유역과 더불어 세계 5대 갯벌 중의 하나라는 평가를 받고 있다.
 2) 새만금갯벌의 기능 및 가치
 가) 민관공동조사단 및 기존의 전문 연구기관 연구 결과 모두 갯벌에 대한 가치평가가 상이하여 일치된 견해는 없으나, 갯벌가치에 대한 과학적인 연구평가기법의 발전추세에 비추어 볼 때 향후 그 가치는 더욱 높아질 것으로 보인다.
 나) 갯벌의 기능과 가치는 대략 아래와 같다. 
 첫째, 갯벌은 수산물의 생산 및 서식지로서의 기능을 가진다.
 바다생물의 약 70%가 갯벌에서 알을 낳고 성장기를 보낸다고 할 정도로 수산자원의 기초가 되는 산란ㆍ생육장의 역할을 한다. 새만금사업 이전에는 새만금지역에서 전국 생산량과 비교하여 백합 65.1%, 동죽 81%, 맛 48.8% 등 일부 조개류의 경우 50% 이상을 생산하였다.
 둘째, 갯벌은 생물종의 다양성을 보존하는 기능을 가진다. 
 해양수산부 자료에 의하면 서해안 갯벌에 서식하는 어류는 230종, 게류는 193종, 새우류는 74종, 조개류는 58종에 이르고, 그 밖에 많은 해양무척추동물류들이, 100종이 넘는 바닷새 등과 함께 갯벌을 토대로 살아가고 있다. 특히 새만금갯벌은 한강지역을 제외하고는 마지막 남은 대형 하구생태계로서 풍부한 유기물질 등을 위 생명체들에게 공급하여 왔으며, 아직까지 그 가치가 증명되지 않은 무수한 생명체들이 새만금갯벌에서 서식하고 있다.
 셋째, 갯벌은 철새 도래지로서의 기능을 가지고 있다. 
 새만금갯벌은 멸종위기에 있는 월경성 철새의 주요이동 경로에 위치하고 있는데, 환경부에서 2000. 4. 6. 국내 최대 철새도래지라고 발표한 적이 있을 정도로 많은 철새들이 새만금갯벌에 도래하고 있다. 조류학자들의 연구자료에 의하면, 봄과 가을에 시베리아와 중국 등으로부터 20만 마리 이상의 도요ㆍ물떼새류가 도래하고, 겨울에도 7만 마리 이상의 오리류 등이 월동하고 있으며, 그 중 문화재청에서 천연기념물로 지정한 검은머리물떼새는 세계적으로 개체수가 8,000마리 정도에 불과한 희귀종이고, 그 외에도 환경부에서 멸종위기종 및 보호종으로 지정한 큰기러기, 가창오리, 넓적부리도요, 청다리도요사촌, 알락꼬리마도요와 검은머리갈매기등이 서식하고 있다고 한다. 특히 동진강유역은 동아시아 - 호주 도요ㆍ물떼새 보전 네트워크에서 주요 사이트로 지정하고 있는 서식지로서 보존가치가 높다. 
 넷째, 갯벌은 오염물질 정화기능을 가진다. 
 현재 새만금갯벌에 대한 오염물질 정화능력에 대하여는 충분한 연구 결과가 축적되어 있지는 않다. 그러나 새만금갯벌 자체에 의한 유기물 제거량이 1997. 현재 전라북도에서 가동중인 전주와 익산 하수처리장의 처리능력 보다 높다는 국내 연구 결과가 나와 있을 뿐만 아니라 일본의 이시오우 조간대를 대상으로 한 실험에서 갯벌 10㎢는 하루 최대 75.8t의 오수를 정화할 수 있다는 연구 결과도 있다.
 다섯째, 갯벌은 관광 또는 심미적 기능과 더불어 홍수 및 태풍의 피해를 줄이는 기능도 가지고 있다.
 갯벌은 그 자체 또는 주변의 자연환경과 어우러져 관광자원으로 활용될 수 있는데, 독일의 경우 갯벌을 국립공원으로 지정해 갯벌을 보존함과 아울러 이를 관광자원으로 이용함으로써 연간 250만명의 관광객을 유치하고 있다고 한다. 또한 갯벌은 물의 흐름을 완화시키고 저장하여 물을 장기간에 걸쳐 조금씩 흘려 보냄으로써 홍수량을 조절하는 역할을 할 뿐만 아니라 육지로 상륙하는 태풍의 완충지대 역할도 한다.
 다) 갯벌의 가치에 대한 평가
 위와 같은 갯벌의 여러 기능에 대한 체계적인 조사가 이루어지지 않고 있다. 이러한 점을 고려하여 정부조치계획 당시 해양수산부에서는 국내외 전문가들을 통하여 새만금갯벌의 신뢰성 있는 가치평가를 위한 연구를 진행시키는 것이 바람직하다는 의견을 제시한 바 있다.
 갯벌의 가치평가를 둘러싸고 전세계적으로 많은 논란이 제기되고 있는데, 영국의 과학전문지인 네이쳐(Nature)에 의하면 하구갯벌의 생태적 가치는 1㏊ 당 US$ 9,990으로 농경지의 가치인 US$ 92보다 100배 이상의 가치를 가진 것으로 평가하고 있고, 국내 연구 결과로는 한국해양연구원(1996.), 한국해양수산개발원(2000.)에서 갯벌이 농지보다 3.3배 내지 59배 이상 가치가 높다고 평가한 반면 한국산업경제연구원(1998.), 세종연구원(1999.) 등에서는 농지가 갯벌 보다 1.8 내지 2.6배 높다고 엇갈린 평가를 하고 있다.
 라) 방조제 완공이 갯벌에 미치는 영향
 새만금방조제 공사 이후 갯벌을 서식지로 하던 어패류들이 사라지는 등 수산자원이 멸종되고 있다. 이미 새만금사업 후 백합 등 조개류의 생산량이 98% 이상 감소하였다. 현재 새만금 방조제 북쪽의 내초도와 군산비행장 앞 해역에서 서식하고 있던 백합, 동죽, 바지락 등은 대부분 없어졌다. 그리고 새만금 방조제 건설공사 중인 현재 인근 해역에서 서식하던 황줄망둥어, 날개망둥어 등 망둥어 10여종이 최근 6-7년간 자취를 감추었고, 돌가자미와 양태 등 종전에 흔하게 잡히던 나머지 어종들도 출현량이 50% 이하로 격감하였다. 
 한편, 한국해양연구원의 조사 결과에 의하면, 2002. 현재 기준으로 아직 갯벌이 살아 있기는 하나, 방조제 공사가 완공되면 만경강유역 갯벌 50% 이상이 죽고, 신시갑문을 개방해 해수를 유통한다 하더라도 만경강유역 갯벌 20 내지 30%가 감소할 것으로 예측되고 있다.
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 9, 18, 25, 28, 32, 79, 80, 82, 84, 112 내지 115호증, 을가 제4, 93, 94, 97, 99호증, 증인 소외 11(일부), 소외 12(일부), 소외 13(일부), 이 법원의 현장검증 결과, 이 법원의 해양수산부장관에 대한 사실조회 결과, 변론의 전취지
 (다) 소 결
 새만금사업은 갯벌을 농지로 만드는 사업이다. 아직 갯벌의 진정한 가치에 대한 충분한 조사가 이루어지지 않은 단계에서 갯벌이 사라지게 될 운명에 처해있는 것이다. 
 앞서 본 바와 같이 현재의 과학기술로서는 새만금갯벌이 가지는 많은 기능과 가치들에 대하여 계량화를 통하여 경제적 평가를 하는 것은 어려운 일이나, 갯벌은 그 유지관리에 아무런 비용도 안 들고 오염물질도 유발하지 않는 등 이른바 지속가능한 발전을 가능하게 하는 자원으로서 앞으로 그 가치는 더욱 커질 것이고, '생태-경제 통합모델' 등과 같은 새로운 평가기법의 등장으로 그 가치에 대한 계량화작업도 발달할 것이다.
 이와 아울러 최근 우리 정부는 갯벌 및 철새 등의 보호와 관련하여 1997. 7. 28. '물새서식지로서 국제적으로 중요한 습지에 관한 협약'(람사협약)에 가입한 데 이어 후속절차로서 1999. 2. 8. 습지보전법(법률 제5866호)을 제정하는 등 갯벌을 포함한 습지를 보호관리하기 시작하였고, 국제적으로 우리 나라는 람사협약 등 여러 국제환경협약의 가입국이자 환경과 무역을 연계하고 있는 WTO의 가입국으로서 환경을 훼손 또는 파괴하였을 때의 막대한 국가적 불이익도 고려하여야 할 상황을 맞고 있다.
 위와 같은 여러 상황을 종합하여 볼 때, 갯벌의 가치는 더 커질 수밖에 없고 그에 따라 새만금사업으로 인하여 생길 농지와 사라질 갯벌에 대하여 그 가치를 비교하여 우열을 따지는 것이 더욱 힘들어 질 것으로 보인다. 이 역시 당초의 새만금사업에서 예상하지 못한 사정변경에 해당될 것이다. 
 (6) 해양환경 등의 변화상에 사정변경이 발생하였는지 여부
 (가) 해양환경의 변화가 문제되는 이유
 새만금지역의 해양환경생태계는 방조제 안쪽과 바깥쪽(외해역)으로 분리된다. 그런데 방조제 완공된 이후 방조제 안쪽을 포함한 해양환경에 어떤 악영향을 주는지에 대한 연구가 미진한 상태이고 해양생태계의 파괴를 막기 위한 대책 또한 부족한 상태이다. 이는 당초 환경영향평가를 하면서 제대로 조사되지 못한 분야로서 앞으로 그에 대한 연구 결과에 따라 큰 파장이 예상될 수도 있는 중요한 문제이다.
 (나) 인정 사실
 1) 민관공동조사단 및 한국해양연구원의 연구 결과
 앞서 본 바와 같이 당초 환경영향평가에서는 새만금사업으로 해양환경에의 악영향이 예상된다는 이유로 조류의 변화(유향, 유속, 유량 등)에 따른 침식 및 토사퇴적에 의한 해저지형의 변화로 인한 해양환경변화 등의 문제를 지적하였는데 그 후 민관공동사단 및 한국해양연구원에서 아래와 같이 환경영향평가 당시 보다 자세한 조사 연구를 하였다.
 우선, 민관공동조사단에서는 방조제 완공으로 인하여 방조제 안쪽에 니질(泥質)퇴적층조성 등 해저지형변화, 변산반도지역의 해수유통악화와 영양염축적 및 이로 인한 적조다발 우려, 담수 및 부영양물질 대량방류에 의한 방조제 바깥쪽 해양생태계 충격 등을 방조제완공 후 저감이 불가능한 피해로 지적하였다.
 다음으로, 한국해양연구원에서는, 현재 새만금 인근해역은 화학적 산소요구량 기준으로 2ppm 미만의 양호한 수질을 유지하고 있는데, 새만금방조제가 완공될 경우 방조제 전방 2㎞ 일대 해역에서 유속이 감소하여 부유물침하, 화학적 산소요구량 악화 등으로 인근해역의 수질악화가 불가피한 것으로 예상되고, 또한 새만금담수호의 목표수질인 화학적 산소요구량 8ppm 수준의 담수가 배출되더라도 주변해역의 수질이 악화되어 서해연안 생태계 면적의 2.9% 정도의 피해가 예상된다고 예측하였다.
 나아가 한국해양연구원에서는 해수유통과 관련하여 아래와 같은 연구 결과를 제시하고 있다.
 즉, 정부조치계획에 따른 순차개발방식에 따라 방조제 완공 후 동진수역부터 담수화를 진행시킨다고 하더라도, 방조제 안쪽 중 동진수역은 갑문조작 등의 인위적 통제를 받는 담수호로 전환되고 만경수역은 방조제에 의해 바깥 바다와의 해수유통이 제한되는 반폐쇄성 해역으로 전환되고, 방조제 바깥쪽은 방조제 축조로 자연적인 해안선과 갯벌이 상실된 해양환경으로 전환되며, 4호 방조제 연결 이후 남북방향의 해수순환이 동서로 배치된 고군산열도에 의하여 차단되어 고군산열도를 기준으로 남북으로 이원화된다. 또한 방조제 완공 후 현재 계획된 신시갑문과 가력갑문만을 유지할 경우 갑문구간을 제외한 전 해역에서 조류가 크게 약화되어 방조제 안쪽과 바깥 바다의 해수순환이 크게 제약될 것으로 보인다. 이로 인하여 하구역에서 바깥 바다로 이어지는 물질순환이 차단되어 방조제 안쪽에서는 물질이 축적되고 바깥쪽에서는 부족하게 되는 등의 물질불균형이 초래될 가능성이 높다.
 2) 토사퇴적 등 피해발생
 방조제로 인하여 위와 같이 해수유통이 제한됨으로써 벌써부터 토사퇴적 등의 문제들이 현실화되고 있어 그 대책이 시급한 실정이다.
 현재 새만금방조제 안쪽에는 토사가 쌓이는 현상이 나타나고 있는데, 방조제 안쪽에 토사가 쌓이게 되면 담수호의 수심이 점점 낮아지면서 결국에는 방조제의 안전을 위협하게 될 것이나 현재 새만금사업의 추진 계획상 이러한 토사의 준설에 관하여는 아무런 대책이 마련되어 있지 않다. 
 한편, 방조제 밖에서는 펄이 쌓이는 현상이 일어나고 있는데, 조류가 달라지므로 유속이 느린 곳에 펄이 쌓이게 되는 것이다. 서해안의 대표적인 해수욕장이었던 변산해수욕장은 새만금 방조제 건설 이후 밀려드는 펄 때문에 폐장 위기에 놓여 있다고 하나 이러한 펄의 준설대책 역시 전무하다. 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 6, 32, 76, 80, 82, 84호증, 증인 소외 12(일부), 소외 13(일부), 변론의 전취지
 (다) 소 결
 위 인정 사실에 의하면, 새만금사업은 현재 해수가 유통중인 방조제 구간의 완공을 전제로 하고, 방조제를 완공할 경우 앞서 본 바와 같이 인근 해양생태계에 막대한 악영향을 주게 될 것인바, 특히 해수유통악화와 이로 인한 적조 및 토사퇴적 등의 피해, 담수 및 부영양물질 대량방류에 의한 방조제 바깥쪽 해양생태계 충격 등의 피해에 대하여는 아직 별다른 피해저감 대책이 없는 상황이다. 
 위와 같은 문제들 역시 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 당시 예상하지 못한 사정변경에 해당될 것이다.
 (7) 취소등 사유의 존부 및 거분처분의 위법성에 대한 판단
 (가) 취소등 사유의 존부
공유수면매립법 제32조에서는 공유수면의 상황변경 등 예상하지 못한 사정변경으로 인하여 공익상 필요한 경우 농림부장관은 공유수면매립면허 등에 관하여 취소ㆍ변경 등 행정권을 발동할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 이하에서는 앞서 본 사실관계에 비추어 각 호의 사유 중 공유수면의 상황변경 등 예상하지 못한 사정변경으로 인하여 공익상 필요한 경우에 해당되는지 여부에 관하여 보기로 한다.
 앞서 본 사실관계 등에 의하면, 당초 새만금사업은 간척지를 농지로 사용하는 것을 전제로 경제성 평가를 하고 환경영향평가를 거쳐 수질관리대책을 세웠으나, 그 당시 예상하지 못했거나 간과하였던 여러 사정들의 변경으로 인하여 원래의 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분을 유지할 수 없는 상황에 처하게 되었는바, 감사원의 특별감사에서 간척지를 농지로 사용할 것인지 여부조차 제대로 특정되지 않았고 또한 담수호의 예상수질이 농업용수 수질기준에 미달되며 농지로서의 경제성 평가에 오류가 있다는 등의 문제점이 지적되었다는 점, 민관공동조사단 및 환경부의 수질예측 결과 등에 비추어 새만금담수호 중 만경수역에 대하여 농업용수로서의 수질관리가 사실상 불가능할 것으로 보이는 점, 위와 같은 수질관리문제를 감안하여 확정된 정부조치계획에 의하더라도 새만금지구의 상당 부분을 차지하는 만경수역의 경우 수질관리가 될 때까지 개발이 유보됨으로써 그 부분에 대한 편익은 전혀 발생하지 않음에도 수질개선을 위한 비용은 계속 증가하여 사업 자체의 경제적 타당성을 기대할 수 없게 될 것이 명백하다는 점 등의 사유들은 이미 막대한 예산이 소요된 새만금사업 자체를 무산시킬 뿐만 아니라 갯벌을 포함한 환경생태계를 파괴시킬 정도로 중대한 사정변경에 해당된다고 할 것이다.
 (나) 이 사건 거부처분의 위법성 
공유수면매립법 제32조에서는 각 호의 사유가 있는 경우에 농림부장관이 공유수면매립면허처분 등의 취소ㆍ변경 등 조치를 명할 수 있다고 규정하고 있을 뿐 그 의무를 규정하고 있지는 않으므로 통상의 경우 농림부장관은 재량에 의하여 취소 등 행정권을 발동할 수 있을 것이나 행정소송법 제27조에 따라 그 재량권행사에 있어 일탈ㆍ남용하지 않아야 할 의무가 있는바, 공유수면매립법 등 관계 법령의 규정내용 및 취지 등에 비추어 보면, 당초의 공유수면매립기본계획 내용을 근본적으로 번복하게 되는 결과를 초래하는 사항이 매립면허처분 이후에 발생하거나 발견될 경우에는 공유수면매립법 제32조의 규정형식에 불구하고 행정청으로서는 재량권의 일탈이나 남용이 없는 적법한 처분을 하여야 할 의무가 있다고 할 것이고, 특히 사후의 사정변경 등으로 대규모의 환경피해를 초래할 위험이 있는 상황에서 당초의 공유수면매립면허처분 및 이에 따른 후속행위로 인하여 실질적으로 그 영향범위내에 거주하는 주민들의 환경상 이익을 침해하는 결과에 이를 수 있는 예외적인 경우에 있어서, 그 주민들로부터 행정권의 발동을 요구받은 행정청으로서는 당초 공유수면매립면허처분 등의 취소ㆍ변경 등 필요한 처분을 할 의무가 있다고 할 것이다.
 이 사건에 있어서, 앞서 본 사업목적상의 문제 등은 사업목적, 수질관리, 경제성 평가 등의 사정이 실제와 달리 정하여졌거나 처분 이후 실질적으로 변경된 것으로 볼 수밖에 없는 것들로서, 그로 인하여 새만금사업의 당초 사업목적 달성이 어려워지는 것은 물론 갯벌과 주변 해양환경이 파괴될 뿐만 아니라 환경영향평가대상지역 안의 주민을 포함한 국민에게 회복 불가능할 정도로 중대하고 급박한 환경적ㆍ생태적ㆍ경제적 위험성을 초래할 것으로 예상되고 있는바, 이와 같은 예외적인 경우에 있어서는 공유수면매립면허 등의 취소ㆍ변경 등 행정권발동이 반드시 필요한 것으로 보인다.
 위와 같은 상황에서 환경영향평가대상지역 안에 거주하는 주민인 원고로부터 행정권 발동요구를 받은 피고 농림부장관으로서는 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 취소ㆍ변경 등 필요한 처분을 하여야 할 의무가 있음에도 새만금사업의 사업목적, 수질관리, 경제성 평가 등의 사정이 사후적으로 전혀 변경되지 않았다는 전제하에 필요한 처분을 하지 아니한 채 이 사건 거부처분에 이르렀으니, 이는 하자 없는 재량권을 행사하여야 할 의무를 저버리고 재량권 일탈ㆍ남용의 결과에 이른 것으로서 위법하다고 할 것이다.
 따라서 이 사건 거부처분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다.
 라. 무효확인청구에 대한 판단
 (1) 당사자들의 주장
 (가) 원고 1. 내지 원고 96. 및 원고 98. 내지 원고 143.의 주장
 위 원고들은, 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분에 대하여 아래와 같은 위법사유가 있음을 전제로 위 위법사유는 관련 법령의 취지 등에 비추어 중대한 하자에 해당할 뿐만 아니라, 새만금사업의 주관부서인 피고 농림부장관의 직무내용 등에 비추어 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 당시 명백히 인식할 수 있는 정도의 하자로서 무효사유에 해당하므로, 그 무효확인을 구한다고 주장한다.
 1) 적법한 환경영향평가의 결여 및 수질관리의 어려움
 새만금사업에 대하여 환경영향평가를 실시할 당시 새만금 담수호의 수질은 최악의 경우에도 총인 기준 3급수 수질기준을 달성할 것으로 예측하였으나, 위 환경영향평가에 대한 감사원의 특별 감사 결과 수질예측을 함에 있어 농지를 조성할 예정인 내부간척지에서 발생하는 오염부하량을 참작하지 않고 유역 내 인구 및 축산폐수 배출량 등을 적게 추정하였을 뿐만 아니라, 새만금 담수호의 예상수질이 농업용수로 사용할 수 없는 정도에 이르렀음에도 그러한 중대한 환경상의 악영향을 누락하였다는 잘못이 지적되었고, 나아가 그 당시 환경청장이 중대한 환경피해가 우려되므로 새만금사업에 대한 근본적인 재검토가 필요하다는 협의의견을 제시하였음에도 사업이 강행되기에 이르렀으며, 그 후 앞서 본 바와 같이 현실적으로 실현이 곤란한 수질대책까지 포함하여 실시된 민관공동조사단 및 환경부에 의한 수질예측 결과 새만금 담수호의 예상수질이 농업용수 4급수 수준도 유지할 수 없을 것으로 전망되었다는 사실에 의하더라도 당시 환경영향평가가 부실하게 실시되었고, 수질개선대책 역시 사회적으로 실현불가능하여 농업용수공급이라는 사업목적을 달성할 수 없음이 명백하다 할 것인바, 그렇다면 당초의 환경영향평가는 구 환경정책기본법 관련 규정들에 위반하여 허위로 작성된 것으로서 그 이후 실현불가능한 수질개선대책에 의하여 사업목적 달성이 사실상 불가능하다는 점 등에 비추어 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분은 중대한 하자를 가지고 있다.
 2) 부실한 경제성분석
 새만금사업에 대한 기본계획서 작성 당시 그 기초가 된 경제성분석에 대하여 앞서 본 바와 같이 편익을 과다계상하는 방법 등으로 경제성분석을 하여 경제적 타당성이 입증되지 아니한 농수산중심개발 계획으로 기본계획을 확정하게 하였는바, 위와 같이 허위 분석된 경제성분석에 근거하여 이루어진 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분은 중대한 하자를 가지고 있다.
 3) 법령에 위반하는 사업목적의 은닉
 새만금사업에 대한 감사원의 특별감사 결과 "사업시행자인 농업기반공사는 1994. 이후 1998.까지 새만금간척지를 복합산업단지로 조성하기 위한 사업시행계획서를 작성하여 농림부의 승인을 얻었을 뿐만 아니라 1998. 4. 22. 당정 협의시 복합산업단지 조성사업으로 보고까지 하였다."는 점이 지적되었는데, 이는 새만금간척지에 대하여 정부가 당초부터 그 사업목적이 복합산업단지라는 사실을 보여주는 단적인 예로서, 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 당시 본래의 사업목적을 은닉한 채 형식상 농지를 사업목적으로 한 것은 매립면허를 받은 매립예정지 등에 대하여 준공인가 전의 기간 및 준공인가일로부터 20년 이내에는 매립목적을 변경하여 사용할 수 없고, 사업인가 이전에 사업목적에 따른 환경영향평가를 거쳐야 한다는 등의 관련 규정을 잠탈하고 회피하기 위한 것이므로 중대한 하자에 해당한다.
 4) 보상 없는 사업시행
 구 공유수면매립법 등 관련 법령에 의하면 매립면허를 받은 자는 공유수면에 관하여 권리를 가진 자의 동의를 받거나 그들에게 보상을 한 후가 아니면 실시계획의 인가를 신청할 수 없음에도 피고 농림부장관은 관련 법령을 자의적으로 해석한 나머지 내초도에 거주하는 일부 원고들에 대하여 과거 군장공업단지 조성시 보상하였다는 이유로 처음부터 보상대상에서 제외하였는바, 이는 관련 법령에 위반하여 이루어진 위법한 것으로서 그 하자는 중대한 것이다.
 (나) 피고 농림부장관 및 피고보조참가인(이하 '피고 등'이라 한다)의 주장
 1) 아래와 같은 사유로 위 원고들 주장의 하자가 존재하지 않는다. 
 첫째, 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분이 부적법한 환경영향평가와 부실한 경제성 분석에 근거하였다는 점에 대하여 피고 등은, 새만금담수호에 대한 수질예측은 매우 기술적인 사항이라 그 예측시점, 예측방법, 수질대책 여하에 따라 그 결과가 크게 달라질 수 있는 점, 민관공동조사단에서 실시한 수질예측 결과 7개 시나리오 중 무대책인 경우를 제외한 나머지 6개 시나리오 모두에서 농업용수 수질기준을 만족하는 것으로 예측되었다는 점, 환경부의 수질예측 결과에 의할 경우 일반적으로 농업용수 판단 기준으로 보지 않는 총인만이 만경수역에서 4급수 기준을 약간 상회하였을 뿐 화학적 산소요구량 등 나머지 기준으로는 만경수역 및 동진수역 모두 4급수 기준을 만족하고 있는 점, 그 밖에 환경영향평가 당시 법령이 정하는 바에 따라 환경청장 등 관계 부처와의 환경영향평가협가가 충분히 이루어진 점 등에 비추어, 감사원의 지적사항만으로 당초 환경영향평가의 적정성 여부 및 장래의 수질관리가 어렵다고 볼 수는 없고, 새만금사업에 대한 경제성 분석은 그 분석방법이나 고려요소에 따라 분석 결과가 크게 달라질 수 있으므로 분석 결과에 명백한 오류가 있는 경우를 제외하고는 이를 법률적으로 판단할 것은 아니고, 민관공동조사단의 조사보고서에 의할 때 경제성이 있는 것으로 분석되었다는 점 등에 비추어, 감사원의 지적사항을 내세워 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분이 부실한 경제성 분석에 근거하였다고 볼 수는 없다고 주장한다.
 둘째, 법령에 위반하는 사업목적의 은닉이라는 점에 대하여 피고 등은, 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 당시부터 현재까지 농지조성 및 용수개발이라는 사업목적에 아무런 변경도 이루어지지 않았다고 주장한다. 
 셋째, 보상 없이 사업이 시행되었다는 점에 대하여 피고 등은, 새만금사업 이전에 이미 군산시 내초동 일대에 대한 보상이 적법하게 이루어졌다고 주장한다.
 2) 가사 위 원고들 주장과 같이 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분이 부정확한 환경영향평가와 부실한 경제성 분석에 근거하고, 법령에 위반하는 사업목적의 은닉이 있고, 보상없이 사업이 시행되었다고 하더라도, 그와 같은 사정만으로는 하자가 중대하고 명백하다고 볼 수 없으므로, 구 공유수면매립법 제22조 소정의 취소사유가 되는 것은 별론으로 하고, 무효사유는 될 수 없다고 주장한다.
 (2) 판 단
 하자 있는 행정행위가 당연무효가 되기 위하여는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이거나(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두4057 판결 참조), 그 행정행위의 내용이 사회통념에 비추어 실현불가능하다고 판단되는 경우에도 인정되어야 할 것이다.
 우선, 위 원고들 주장의 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백하다고 볼 수 있는지 여부에 관하여 보면, 앞서 본 바와 같이 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 당시 환경영향평가와 경제성 평가가 부실하게 실시되었음을 알 수 있으나, 위와 같은 사정만으로는 위 하자들이 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백하다고 볼 수는 없고, 나아가 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 내용이 사회통념에 비추어 실현불가능한지 여부에 관하여 보면, 앞서 본 바와 같이 새만금담수호의 수질관리를 위하여 실현가능성조차 희박한 수질개선대책을 동원하여야 할 뿐만 아니라 천문학적인 수질개선비용이 소요되어야 하고, 수질관리의 주무부서인 환경부에서조차 만경수역의 경우 수질관리가 사실상 불가능할 것으로 예측하고 있음을 알 수 있으나, 순차개발방식에 따라 만경수역과 분리하여 우선 개발되는 동진수역의 경우 수질예측결과 농업용수로서의 수질관리가 가능할 것으로 보이는 등의 사정에 비추어, 위와 같은 인정 사실만으로는 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 내용이 사회통념상 실현불가능하다고 보기에는 부족하다.
 그렇다면 위 인정 사실만으로는 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분이 당연무효라고 단정할 수는 없으므로, 위 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다.
 4. 결 론
 그렇다면 원고 97.의 피고 농림부장관에 대한 이 사건 거부처분 취소청구는 이유 있어 이를 인용하고, 이 사건 소 중 원고들의 피고들에 대한 이 사건 정부조치계획 및 세부실천계획에 대한 부분과, 원고 144. 내지 원고 3539.의 피고 농림부장관에 대한 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 무효확인청구 부분 및 원고 3537. 내지 원고 3539.의 피고 농림부장관에 대한 이 사건 거부처분 취소청구 부분의 소는 부적법하므로 이를 모두 각하하고, 원고 1. 내지 원고 96. 및 원고 98. 내지 원고 143.의 피고 농림부장관에 대한 이 사건 공유수면매립면허 및 시행인가처분 무효확인청구는 이유 없어 이를 모두 기각하고, 원고 97.의 소송비용부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제101조 단서를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

판사 강영호(재판장) 안덕호 김태호

[1]새만금간척종합개발사업의 시행에 관한 국무총리의 정부조치계획 및 농림부장관의 세부실천계획은 자체로 독립하여 새로이 직접 국민의 귄리를 침해하고 있는 것이 아니므로 항고소송의 대상인 행정처분에 해당하지 아니한다고 한 사례
[2]환경영향평가대상지역 내의 주민들에게 공유수면매립법 제32조에서 정한 행정청의 취소 등의 처분과 관련한 조리상의 신청권이 인정되는지 여부(적극)
[3]새만금간척종합개발사업이 시행되는 환경영향평가대상지역 내에 거주하는 주민으로부터 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 취소 등 행정권 발동요구를 받은 농림부장관이 그 취소·변경 등 필요한 처분의 행사를 거부한 경우, 그 거부처분이 재량권을 일탈·남용한 것으로서 위법하다고 본 사례
[4]새만금간척종합개발사업을 위한 공유수면매립면허 및 시행인가처분이 당연무효라고 단정할 수는 없다고 한 사례

[1]새만금간척종합개발사업의 시행에 관한 국무총리의 정부조치계획 및 농림부장관의 세부실천계획은 자체로 독립하여 새로이 직접 국민의 귄리를 침해하고 있는 것이 아니므로 항고소송의 대상인 행정처분에 해당하지 아니한다고 한 사례.
[2] 공유수면매립기본계획 및 그 범위 안에서 행하여져야 하는 매립면허처분은 장기성·종합성이 요구되는 영역이기는 하나, 공유수면매립은 일단 완료된 후에는 그 원상회복이 불가능하여 그 매립기본계획 및 매립면허처분에 대한 외부의 참여 또는 통제필요성이 절실하다는 점, 특히 환경 및 생태계변화는 그 성격상 위 매립기본계획을 수립할 때나 면허처분을 할 당시 도저히 예측하지 못한 상황으로 진행될 가능성이 높아 당초의 예측을 고정시켜 놓고 계속하여 사업을 진행하게 될 경우, 자칫 환경 및 생태계변화에 더 큰 위험을 초래할 가능성을 배제할 수 없는 점, 또한 대규모의 간척사업에서 발생할 수 있는 막대한 환경피해에 관하여 전문성 등을 갖춘 개인이 행정절차에 참여할 필요성이 더욱 절실해지고 있는 현실상황에 있어서, 개인의 환경이익 보호요청을 행정청에 대한 직권발동촉구의 의미로 한정하여 볼 수는 없는 점, 환경 및 생태계의 변화, 기타 사정변경으로 인하여 당초에 예측하지 못한 환경피해를 입을 위험이 있는 개인으로서는 매립면허처분의 취소 등 행정권의 발동으로 위와 같은 환경상의 불이익이 해소될 수 있는데 이를 거부하는 행위는 실질적으로 그 개인의 환경상이익을 침해하는 결과에 이를 수 있다는 점 등의 여러 사정에 비추어 보면, 적어도 환경영향평가대상지역 내의 주민들에게 환경상 이익을 보호하기 위하여 행정청에 공유수면매립법 제32조에서 정한 취소 등의 처분과 관련한 조리상의 신청권이 있다.
 [3] 새만금간척종합개발사업이 시행되는 환경영향평가대상지역 내에 거주하는 주민으로부터 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 취소 등 행정권 발동요구를 받은 농림부장관이 그 취소권 행사를 거부한 경우, 새만금간척종합개발사업의 사업목적, 수질관리, 경제성 평가 등의 사정이 실제와 달리 정하여졌거나 처분 이후 실질적으로 변경됨으로 인하여 당초 사업목적 달성이 어려워지는 것은 물론, 갯벌과 주변 해양환경이 파괴될 뿐만 아니라, 환경영향평가대상지역 안의 주민을 포함한 국민에게 회복 불가능할 정도로 중대하고 급박한 환경적·생태적·경제적 위험성을 초래할 것으로 예상되는 예외적인 경우에 있어서는 공유수면매립면허 등의 취소·변경 등 행정권발동이 반드시 필요하다는 이유로, 위 거부처분이 재량권을 일탈·남용한 것으로서 위법하다고 본 사례.
[4]새만금간척종합개발사업을 위한 공유수면매립면허 및 시행인가처분 당시 환경영향평가와 경제성 평가가 부실하게 실시되었다는 사정만으로는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백하다고 볼 수는 없고, 새만금담수호의 수질관리를 위하여 실현가능성조차 희박한 수질개선대책을 동원하여야 할 뿐만 아니라, 천문학적인 수질개선비용이 소요되어야 하고, 수질관리의 주무부서인 환경부에서조차 만경수역의 경우 수질관리가 사실상 불가능할 것으로 예측하고 있음을 알 수 있으나, 순차개발방식에 따라 만경수역과 분리하여 우선 개발되는 동진수역의 경우 수질예측 결과 농업용수로서의 수질관리가 가능할 것으로 보이는 등의 사정에 비추어 공유수면매립면허 및 시행인가처분의 내용이 사회통념상 실현불가능하다고 보기에는 부족하다는 이유로, 위 공유수면매립면허 및 시행인가처분이 당연무효라고 단정할 수는 없다고 한 사례.