법인세등부과처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 2022.06.21 / 시행일:

【원고, 항소인 겸 피항소인】 ○○○서비스 (소송대리인 법무법인(유한) 민 담당변호사 김경선 외 1인)
【피고, 피항소인 겸 항소인】 서초세무서장 외 1인 (소송대리인 법무법인 남산 담당변호사 이창 외 1인)
【제1심판결】 서울행정법원 2014. 2. 7. 선고 2012구합9420 판결
【변론종결】2022. 4. 22.
【주 문】
1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
 가. 피고 서초세무서장이 원고에게 한 2011. 4. 6.자 2006 사업연도 법인세 3,021,505,260원의 부과처분 중 2,957,744,812원, 2012. 11. 19.자 2006 사업연도 법인세 가산세 2,484,583,779원의 부과처분 중 2,432,153,559원을 각 초과하는 부분을 각 취소한다.
 나. 피고 서초구청장이 원고에게 한 2011. 7. 13.자 2006 사업연도 법인세할 주민세(가산세 포함) 366,297,080원의 부과처분 중 358,567,380원을 초과하는 부분, 2013. 4. 10.자 2006 사업연도 법인세할 주민세(가산세 포함) 305,082,020원의 부과처분을 각 취소한다.
 다. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 각 기각한다.
2. 소송 총비용 중 원고와 피고 서초세무서장 사이에 생긴 부분의 95%는 원고가, 나머지는 피고 서초세무서장이 각 부담하고, 원고와 피고 서초구청장 사이에 생긴 부분의 50%는 원고가, 나머지는 피고 서초구청장이 각 부담한다. 

【청구취지 및 항소취지】1. 청구취지
 원고에게 한, ① 피고 서초세무서장의 2011. 4. 6.자 2006 사업연도 법인세 부과처분, 2012. 11. 19.자 2006 사업연도 법인세 가산세 부과처분, 2006년 제1기 부가가치세 신고불성실가산세 부과처분, ② 피고 서초구청장의 2011. 7. 13.자 2006 사업연도 법인세할 주민세(가산세 포함, 이하 같다) 부과처분, 2013. 4. 10.자 2006 사업연도 법인세할 주민세 부과처분을 각 취소한다.
2. 항소취지
 가. 원고
 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고 서초세무서장이 2012. 11. 19. 원고에게 한 2006년 제1기 부가가치세 신고불성실가산세 부과처분을 취소한다. 
 나. 피고들 
 제1심판결 중 피고들 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 피고들에 대한 청구를 각 기각한다.
【이 유】1. 이 법원의 심판범위
 원고는 제1심에서 청구취지를 변경하여 피고 서초세무서장을 상대로 별지 1 부과처분 제1~3 목록 기재 각 부과처분의 취소, 피고 서초구청장을 상대로 별지 1 부과처분 제4, 5 목록 기재 각 부과처분의 취소를 구하였다. 제1심은 원고의 청구를 일부 인용하였고, 이에 대하여 원고와 피고들이 모두 항소를 제기하였다.
 환송 전 당심 법원은 피고 서초세무서장이 원고에게 한 2011. 4. 6.자 2006 사업연도 법인세 부과처분, 2012. 11. 19.자 2006, 2008, 2009 사업연도 법인세 가산세 부과처분, 피고 서초구청장이 원고에게 한 2011. 7. 13.자 2006 사업연도 법인세할 주민세 부과처분, 2013. 4. 10.자 2006, 2008, 2009 사업연도 법인세할 주민세 부과처분을 각 일부 취소하고 나머지 청구를 기각하였다.
 이에 대하여 원고와 피고들이 모두 상고하였으나, 대법원은 원고 패소 부분 중 2006 사업연도 법인세 및 가산세 부분, 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 가운데 신고불성실가산세 부분, 2006 사업연도 법인세할 주민세 부분을 각 파기하고, 원고의 나머지 상고와 피고들의 상고를 모두 기각하였다. 
 따라서 피고 서초세무서장의 2011. 4. 6.자 2007 내지 2009 사업연도 법인세 및 그 가산세 부과처분, 2006년 제1기 부가가치세 가산세 부과처분 중 사업자미등록 가산세 부분, 2006년 제2기, 2007년 제1, 2기, 2008년 제1, 2기, 2009년 제1기 부가가치세 가산세 부과처분, 피고 서초구청장의 2011. 7. 13.자 2007 내지 2009 사업연도 법인세할 주민세 부과처분, 2013. 4. 10.자 2007 내지 2009 사업연도 법인세할 주민세 부과처분은 확정되었고, 이 법원의 심판범위는 피고 서초세무서장의 2006 사업연도 법인세 및 가산세 부과처분 부분, 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 가운데 신고불성실가산세 부과처분 부분, 피고 서초구청장의 2006 사업연도 법인세할 주민세 부과처분 부분에 한정된다.
2. 처분의 경위
 이 부분 판결 이유는 아래 내용과 같이 고치는 외에는 제1심 판결 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.
○ 3면 20행 "① 2006 사업연도에 관하여는"부터 4면 3행의 "각 법인세 가산세 부과처분" 부분을 아래와 같이 고친다.
【 ① 2006, 2007 사업연도에 관하여는 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 제1호 단서, 2008, 2009 사업연도에 관하여는 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제2항에 각 근거하여 제2목록 기재와 같은 각 법인세 가산세 부과처분 】
○ 4면 8, 10, 18, 21행의 "지방소득세"를 "법인세할 주민세"로 고친다. 
3. 관계 법령
 별지 5 관계 법령 기재와 같다.
4. 인정사실
 이 부분 판결 이유는 아래의 내용을 추가·변경·삭제하는 외에는 제1심판결 중 해당 부분(8면 2행부터 133면 밑에서 5행까지)과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.
○ 9면 3행의 "Service"를 "‘Carrier Service"로 고친다.
○ 10면 6, 7행의 "2005. 12.경 홍콩에 원고를 설립하였다."를 아래와 같이 고친다.
【 2005. 12. 13. 홍콩에 주소지를 ‘(주소 1 생략)’으로 하여 설립하고 그 등기를 마쳤다. 】
○ 10면 10행의 "별지 1, 2 도면"을 "별지 3-①, ② 도면"으로, "(을가55)"를 "(을가49-1, 2)"로 각 고친다.
○ 13면 27행의 "6)" 다음에 "기획관리팀의 소외 1 및 소외 2, 소외 3 등은 2006년 초경부터 시노트랜스의 소외 4와 함께 원고그룹과 시노트랜스의 중국 내 합작회사 설립을 구체적으로 논의하였고,"를 추가하고, 13면 28행의 "을가216"을 "을가212 내지 216"으로 고친다.
○ 14면 16, 17, 18행을 아래와 같이 고친다.
【 8) 소외 1은 2009. 5. 27. 소외 5(참조: 소외 6, 소외 7)에게 원고와 운송주선인인 싱코(Cinko Ro Ro Shipping, 이하 ‘싱코’라 한다) 사이의 합작회사 설립에 대한 Proposal Review, 기본안 및 상호 Advantages를 보고하면서 선박 1척의 이관문제 및 소외 4 사장과 관계 재정립 등의 문제가 남아있다는 내용의 메일을 보냈고, 2009. 5. 28. 소외 6(참조: 소외 2)에게 원고가 싱코의 지분 49%를 인수하는 방식으로 중국 해운업에 합작 투자하는 방안을 검토하는 메일을 보냈다(을가88-71, 208). 】
○ 14면 20행 다음에 아래 내용을 추가한다.
【 10) 소외 5는 2007. 10. 30. 소외 8, 소외 7, 소외 9 등에게 ‘조직개편안’이라는 제목의 메일을 보냈는데, 그 중 기타 항목에는 ‘당분간 기획, 인사, 총무, 경리업무는 종전대로 서울서 총괄 관리’라고 기재되어 있다(을가88-4). 】
○ 14면 22행의 "(1) 보고서 등" 다음에 아래 내용을 추가하고, 14면부터 21면까지의 "(가)에서 (바)까지"를 순차로 "(나)에서 (사)"로 고친다.
【 (가) 2003년경 시도홍콩에서 작성된 ‘Pure Car Carrier Operation Scheme 〈Draft〉’ 및 ‘NEW(HMC/KIA) CAR CARRIER OPERATION-SCHEME 〈DRAFT〉’는 SCCS와 CCCS 바하마의 설립과 관련하여 투자구조 및 사업운영 등의 대략적인 구도를 나타내고 있는데, 그 내용은 아래와 같다(을가18, 20). 
《내용 1, 2 생략》
 이와 같이 SCCS와 CCCS 바하마는 당초 국내 중고차나 현대, 기아차 등 국내기업 차량의 해상운송사업을 위해 설립된 수송선사이나 국내가 아닌 조세피난처 파나마와 바하마에 회사를 두고 포괄적 업무위탁계약을 통해 국내회사에서 위 업무를 수행하도록 계획되었다. 】
○ 23면 1행의 "발송하였다" 다음에 "(을가45)"를 추가한다.
○ 23면 6행의 "별지 3"을 "별지 4"로 고친다.
○ 25면 3, 4행을 아래와 같이 고친다.
【 (나) 원고의 임직원 현황과 그 수행 업무는 아래와 같고, 원고그룹의 기획관리팀이 2005. 12. 20.자로 마련한 원고의 기본운영안에 의하면, 원고는 2006. 1. 1. 업무개시일을 기준으로 소외 10과 소외 5의 업무 지휘 아래 영업팀, 운항팀, 안전품질팀, 관리팀으로 조직되어 있는데, 그 중 관리팀(회계·관리 담당)을 제외한 나머지 부서들의 구성은 임시안이었다(을가9, 51-2, 91). 】
○ 27면 표 아래 6행 다음에 "(을가54)"를 추가한다.
○ 37면 10행부터 38면 6행까지 부분을 삭제하고, 38면 7행의 "(라)"를 "(다)로 고친다. 
○ 42면 23행 다음에 아래 내용을 추가하고, 42면 24행의 "(가)" 및 43면 2행의 "(나)"를 "(나)" 및 "(다)"로 각 고친다.
【 (가) 소외 11은 2009. 1. 23. 소외 12에게 원고의 법인 신용카드와 관련하여, 소외 12의 지시에 따라 원고의 2008년 법인 신용카드 내역과 시도홍콩과 원고의 전체 관리용(공동사용) 카드의 사용 방법 및 용도, 법인카드의 소지자 현황 등을 보고하는 메일을 보냈다(을가150). 】 
○ 48면 25행 다음에 아래 내용을 추가한다.
【 또한, 유도해운의 소외 13은 2007. 9. 11. 소외 14에게 메일로 원고의 신규운임에 관하여 자동차선 선복형태에 따라 승용, 승합, 화물로 구분하여 적용 방법을 검토하여 달라고 요청하였고, 이에 소외 14는 2007. 9. 13. 타 선사의 중국운임을 조사한 결과를 보고하였다(을가81-38).】
○ 50면 3행 다음에 "(을가131 내지 141)"을 추가한다.
○ 52면 12행의 "(을가82)"를 삭제하고, 14행 다음에 "(을가82-1)"을, 17행 다음에 "(을가82-4, 6 내지 14)"을 각 추가한다.
○ 52면 18, 19, 20행을 아래와 같이 고친다.
【 3) 소외 13은 2008. 8. 22. 소외 2(참조: 소외 10, 소외 6, 소외 15, 소외 16)에게 일본 3대 선사(MOL, NYK, K-LINE)의 하반기 순이익 감소 전망에 관한 내용의 메일을, 2008. 11. 27. 소외 2(참조: 소외 10, 소외 6, 소외 17)에게 ‘한국 중고차 운임조정안’이라는 제목으로 한국 중고차 시장의 동향 및 한시적인 운임 인하 방안 등에 관한 내용의 메일을 각 보냈다(을가82-16, 17). 】
○ 54면 2행 다음에 아래 내용을 추가한다.
【 9) 유도해운의 소외 6은 2006. 4. 21. 소외 10(참조: 소외 3, 소외 2)에게 원고의 자동차해상운송에 있어서 운송 물량의 확보 현황 및 예상되는 수준과 이에 따른 선박 조달 계획과 함께 종전과 다른 항로 변경 사항 및 항로별 선박 배정에 관한 결정 사항과 그 결정의 근거를 보고하였다(을가81-18).
 10) 유도해운의 소외 18은 2008. 5. 8. 소외 17, 소외 6, 소외 14, 소외 4 등에게 남미서안 선적실적이 유코에 비해 현저히 낮은 문제의 심각성을 지적하면서 그 대책으로 취해야 할 조치 및 지원 사항을 알려 줄 것을 메일로 요청하였다(을가87-22). 
 11) 소외 14는 원고 소속으로 있는 동안 2008. 5. 20. 유도해운의 임원들인 소외 2, 소외 6, 소외 18에게 흑해 수송 및 아프리카 콘테이너 운반 등에 관한 선복계획과 운임을 검토한 메일을 보냈다(을가85-7). 】
○ 57면 9 내지 12행을 아래와 같이 고친다.
【 사) 쉽익스프레스의 소외 19는 2007. 12. 18. 유도해운의 소외 13(참조: 소외 20)에게 월엑스포트(Walexport)와 계약을 체결하는 데 필요한 장기운송계약(COA) 초안에 대하여 승인 여부를 알려달라는 내용의 메일을 보냈고, 2008. 4. 15. 유도해운의 소외 13과 소외 15에게 노톤에 방문하여 협의한 내용을 메일로 보고하였다(을가81-43, 87-21). 】 
○ 58면 2행 다음에 아래 내용을 추가한다.
【 차) 유도해운의 소외 13은 2009. 2. 11. 소외 2(참조: 소외 10, 소외 16)에게 영업협의를 위하여 쉽익스프레스 측 BMW를 방문할 예정으로 관련 협의지침 등을 전달하였고, 보다 구체적인 영업협의는 2009. 2.말경 또는 3.초경으로 예정된 유도해운의 유럽 출장 시 BMW를 직접 방문하여 할 것임을 메일로 보고하였다(을가81-70). 】
○ 58면 3행 다음에 아래 내용을 추가하고, 4행의 "유도해운의"를 "나) 유도해운의"로 고친다.
【 가) 노톤의 소외 21은 2006. 6. 7. 유도해운의 소외 22, 소외 23에게 노톤이 원고한테 보낼 거래명세표를 메일로 먼저 보내어 작성의 적절성 여부 등에 관한 검토를 요청하였다. 】
○ 58면 마지막행의 "을가156"을 "을가156-3, 5"로 고친다.
○ 60면 20행 다음에 아래 내용을 추가한다.
【 7) 소외 2는 2006. 11. 9. 영업팀 직원들에게 ‘① 모든 recap of fixture, ② 모든 fixture memo 및 계약서, ③ 모든 운임을 포함한 입금처리서 및 출금처리서’에 관하여는 소외 2를 최종 결재자로 한 결재를 올리되 그 시기는 즉시이며, 영업지원팀의 협조 서명 또는 e-mail copy도 보내달라는 내용의 메일을 보냈다(을가271). 】
○ 66면 5행 다음에 아래 내용을 추가한다.
【 7) 소외 6은 2009. 6. 30. 소외 16, 소외 24 등을 비롯한 유도해운의 직원들에게, 용선관련 CP 등과 관련하여 유도해운에서 작성된 계약서 원본을 원고의 홍콩사무실로 보낼 때에는 홍콩에서 서류를 보관·관리하는 담당자의 부재를 이유로 유실되거나 다른 자료와 섞이는 경우를 방지하고자 하겠다면서 수신인을 ‘Megan’으로 단일화하고, 보내는 계약서가 어떤 내용인지에 관해 간략히 설명을 덧붙일 것을 메일로 요청하였다. 】
○ 89면 14행 다음에 아래의 내용을 추가한다.
【 이에 대하여 로(Law)는 같은 날 소외 1에게 한 답장에서, 홍콩 PWC가 컨설팅 수행 과정에서 당해 프로젝트가 누설된 점을 사과하고 재발 방지를 약속함과 동시에, 위 원고그룹의 기획관련 프로젝트를 ‘람마(Lamma)’ 프로젝트로 부르자고 제안하였다(을가50-1). 】
○ 98면 12행 다음에 아래의 내용을 추가하고, 13행의 "(너)"를 "(더)"로 고친다.
【 (너) 소외 25는 2010. 6. 28. 소외 2에게 메일로 보낸 ‘유도해운 2010. 3. 결산 세무조정 결과 보고’에는 ‘국세청 제출 세무조정명세서 중 특이사항’으로 유도해운과 원고는 국제조세조정에 관한 법률 시행령에 따른 특수관계에 해당하여 국세거래명세서를 제출할 의무가 있다는 점 및 ‘유도해운의 세무 RISK 사항’으로 법인세 조사 시 원고의 실질사업장에 대한 논란의 소지가 있고 유도해운의 영업이익이 동종업계 평균이익률보다 밑도는 경우 특수관계로 인해 평균이익률만큼 법인세 부과소지가 있다는 점 등을 지적하고 있다(을가79). 】
○ 106면 16행의 "피고인의"를 "소외 10의"로 고친다.
○ 128면 16행의 "2006. 3. 39."를 "2006. 3. 28."로 고친다.
○ 133면 16 내지 23행의 "인정근거"에 "을가 제45, 54, 79, 131 내지 141, 150, 271, 282호증"을 추가한다.
5. 피고 서초세무서장의 부과처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
1) 절차적 하자
가) 원고는 세무조사결과에 대한 통지를 받지 못하였고, 피고 서초세무서장은 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기간이 경과하기 전에 원고에게 과세처분을 하는 등 원고의 절차적 권리를 침해하였으므로, 피고 서초세무서장의 각 과세처분은 절차상 하자가 중대·명백하여 무효이다.
나) 원고는 피고 서초세무서장의 2012. 11. 19.자 2006 사업연도 법인세 가산세 부과처분, 2006년 제1기 부가가치세 가산세 부과처분 납세고지서를 송달받지 못하였으므로, 위 각 부과처분은 효력이 발생하지 않았다.
다) 피고 서초세무서장은 이 사건 부과처분을 하면서 본세인 법인세 및 부가가치세와 각 가산세 부과처분에 대하여 처분별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하지 않았고, 이는 납세의무자인 원고로 하여금 과세처분의 내용을 알기 어렵도록 한 중대한 하자이므로, 피고 서초세무서장의 이 사건 각 부과처분은 위법하다.
2) 2006 사업연도 법인세 및 그 가산세 부과처분에 관하여
가) 피고 서초세무서장이 2006 사업연도의 법인세 및 가산세 부과처분의 대상인 소득에 대하여 그 처분사유를 당초에는 원고가 내국법인으로서 얻은 소득이라고 하였다가 당심에 이르러 원고가 유도해운이라는 국내사업장을 통하여 얻은 외국법인의 국내원천소득이라고 변경한 것은 기초적 사실관계의 동일성이 인정되지 않는 처분사유의 변경에 해당하여 부적법하다.
나) 위와 같은 처분사유의 변경이 적법하다고 하더라도, 원고가 유도해운의 사무실에 대한 처분권한 또는 사용권한을 가지고 있고, 유도해운에서 원고의 본질적이고 중요한 사업활동이 수행되었다는 점에 관한 피고 서초세무서장의 주장과 증명이 없으므로, 유도해운은 법인세법상 외국법인인 원고의 국내사업장으로 볼 수 없다. 
다) 유도해운이 원고의 국내사업장으로 인정되더라도, 선박의 외국항행으로 인하여 발생한 소득은 상호면세 규정에 따라 법인세의 과세표준에서 공제되어야 한다.
라) 원고는 홍콩에 본점을 둔 외국법인으로서, 원고에게 법인세 신고납부의무가 있는지 여부에 관하여 해석이나 의견의 대립이 있어, 납세의무자에게 의무 이행을 기대하기 어려운 경우에 해당하므로 원고에게는 가산세 면제의 정당한 사유가 존재한다.
3) 2006년 제1기 부가가치세 가산세 중 신고불성실가산세 부분에 관하여
가) 원고는 영세율 과세표준 신고의무를 부담한다고 보기 어렵고, 외국법인의 외국항행 용역에 대하여는 국내에서 화물이 적재되는 경우에만 부가가치세 과세대상이 되고 영세율이 적용되어 과세표준 신고의무가 있으므로, 원고의 매출수익 중 국외선적 화물로 인한 매출액에 대한 신고불성실가산세 부과처분은 위법하다.
나) 영세율 과세표준 신고의무와 관련하여 법률조항의 문언해석상 원고가 스스로 신고할 것을 기대하기는 어려우므로 이를 이유로 가산세를 부과한 것은 위법하다
나. 절차상 하자 주장에 대한 판단
1) 과세전적부심 관련 절차적 하자
 다음 사정을 종합하면 원고에게 과세전적부심사의 기회가 부여되지 않았다고 하더라도 이를 위법하다고 볼 수 없다. 
가) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의15 제1항 제1호에 의하면 세무조사결과에 대한 서면통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있다. 그러나 같은 조 제2항 제2호는 조세범처벌법 위반 혐의로 고발 또는 통고처분하는 경우를 제1항이 적용되지 않는 예외사유의 하나로 정하고 있고, 서울지방국세청장은 2011. 3. 말경 원고를 조세범처벌법 위반으로 고발하였으므로, 원고에게는 과세전적부심사에 관한 규정이 적용되지 않는다. 세무조사결과통지는 과세전적부심사의 전제 조건으로 기능한다는 점에 그 의의가 있으므로, 원고가 과세전적부심사를 청구할 수 없었던 이상, 세무조사결과통지의 누락으로 인해 원고의 절차적 권리가 침해당하였다고 볼 수 없다.
나) 고발 이후 법원에서 일부 또는 전부 무죄판결이 선고되었다고 하더라도 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다는 결론에는 아무런 영향이 없다. 
다) 부과예정세액의 극히 일부만이 조세포탈과 관련이 있음에도 과세관청이 과세전적부심사의 기회를 의도적으로 배제하기 위하여 고발 또는 통고처분을 거쳐 과세권을 행사하는 등 과세권 남용으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않은 과세처분이 위법하다고 할 수 있을 것이나, 이 사건에서 과세관청이 원고의 과세전적부심사의 기회를 의도적으로 배제하기 위하여 과세권을 남용한 것이라고 인정할 증거가 없다. 
2) 납세고지서 송달의 하자
 을 제285, 361, 362호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 2006 사업연도 법인세 가산세, 2006년 제1기 부가가치세 가산세 납세고지서가 2013. 3. 27. 홍콩에 소재한 원고의 본점으로 발송되어, 현지시간으로 2013. 4. 2. 도달한 사실이 인정된다. 따라서 각 가산세 납세고지서를 송달받지 못하였다는 원고의 주장은 이유 없다.
3) 납세고지의 하자
 가산세는 본세의 세목별로 그 종류가 매우 다양할 뿐 아니라 부과기준 및 산출근거도 제각각이다. 따라서 납세고지서에 가산세의 산출근거 등이 기재되어 있지 않으면 납세의무자로서는 무슨 가산세가 어떤 근거로 부과되었는지 파악하기가 쉽지 않은 것이 보통일 것이다. 이와 같은 점에 비추어 보면, 납세고지에 관한 국세징수법 제9조 제1항의 규정이나 개별 세법의 규정 취지는 가산세의 납세고지에도 그대로 관철되어야 마땅하다. 한편 본세의 부과처분과 가산세의 부과처분은 각 별개의 과세처분인 것처럼, 같은 세목에 관하여 여러 종류의 가산세가 부과되면 그 각 가산세 부과처분도 종류별로 각각 별개의 과세처분이라고 보아야 한다. 따라서 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 판결 참조).
 을 제1, 2, 285호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 피고 서초세무서장은 2011. 4. 6. 원고에게 2006 사업연도 법인세 및 가산세, 2006년 1기 부가가치세 가산세 부과처분을 하였다가 이후 위 2010두12347 판결의 취지에 따라 가산세의 종류와 산출근거를 명시하기 위하여 2012. 11. 19. 위 각 가산세 부과처분을 직권 취소하고, 가산세의 종류와 산출근거 등을 명시하여 다시 각 가산세를 고지한 사실이 인정된다. 이로써 당초 납세고지의 하자는 치유되었다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
다. 2006 사업연도 법인세 및 그 가산세 부과처분의 적법 여부
1) 처분사유의 변경 가부
가) 조세소송의 소송물은 과세관청이 결정한 소득금액의 존부이고, 과세관청으로서는 그 처분의 동일성을 해하지 아니하는 범위 내에서 과세처분 취소소송의 변론종결 시까지 당해 과세처분에서 인정한 과세표준액 등이 객관적으로 존재함을 인정할 모든 주장과 자료를 제출하고 그때까지 제출한 주장과 자료에 의하여 소득금액의 존부를 판단할 것을 주장할 수 있다(대법원 1989. 12. 22. 선고 88누7255 판결 참조). 한편, 법인세법 제2조 제1항 제2호, 제91조 제1항 등은 국내사업장을 가진 외국법인에 대하여는 국내원천소득이 있는 경우 이를 과세표준으로 하여 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고 있는데, 같은 법 제94조 제1항, 제2항, 제4항의 문언 내용 및 그 취지 등에 비추어 보면, 국내에 외국법인의 고정사업장이 존재한다고 하기 위하여는 외국법인이 ‘처분권한 또는 사용권한’을 가지는 국내의 건물, 시설 또는 장치 등의 ‘사업상의 고정된 장소’를 통하여 외국법인의 직원 또는 그 지시를 받는 자가 예비적이거나 보조적인 사업활동이 아닌 ‘본질적이고 중요한 사업활동’을 수행하여야 하며, ‘본질적이고 중요한 사업활동’인지 여부는 그 사업활동의 성격과 규모, 전체 사업활동에서 차지하는 비중과 역할 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2009두19229, 19236 판결 참조). 
 내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 ‘실질적 관리장소’란 법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소를 뜻하고, 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리·처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말한다. 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록·보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 1. 14. 선고 2014두8896 판결 참조).
나) 위 외국법인의 국내사업장 법리, 사업의 실질적 관리장소의 의미 및 그 판단기준으로부터 알 수 있는 다음의 사정 즉, 외국법인에 대한 국내사업장 인정 여부에 관한 판단의 고려요소는 모두 동일한 사실관계를 기초로 하여 그 소득이 실질적으로 어디에 귀속되는지에 대한 것인 점, 변경 전후의 처분이 법인세로서 세목과 과세기간이 같고 사업장이 국내로서 같은 점 등에 비추어 보면, 과세관청인 피고 서초세무서장이 당초 원고의 실질적 관리장소를 국내로 인정하여 내국법인의 소득으로 법인세를 부과하였다가 이 사건 소송계속 중 유도해운을 원고 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정된 장소로서 구 법인세법 제94조(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에서 정하는 국내사업장으로 보아 외국법인의 국내원천소득으로 법인세를 부과한 것은 당초의 과세원인사실과 동일한 사실의 범위 내로서 과세의 기초사실이 달라지는 것이 아니므로 처분의 동일성이 유지되어 적법하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
2) 처분의 적법 여부
가) 2006 사업연도 수익 및 과세표준
 을가 제3호증의2, 을가 제285의15의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고의 2006 사업연도 손익계산서상의 2006 사업연도 수익은 매출수익과 기타수익(other operating income)으로 구성되어 있고, 매출수익과 기타수익에서 매출원가 등 비용을 공제한 순수익은 95,290,021홍콩달러이며, 위 순수익에는 기타수익 2,008,836홍콩달러가 포함되어 있는 사실, 피고 서초세무서장은 위 순수익 95,290,021홍콩달러에 1홍콩달러당 평균환율 126.96원을 적용하여 원고의 2006 사업연도 과세표준을 12,098,021,066원(= 95,290,021 × 126.96, 원 미만 버림, 이하 같다)으로 산정한 사실을 인정할 수 있다. 
나) 매출수익 부분
(1) 외국법인의 국내원천소득이라 함은 법인세법 제93조 각 호에 열거된 소득으로서 그 소득의 발생원천지가 국내인 것을 말하는 것인데, 그 중 위 조항 제11호 (차)목은 ‘국내에서 행하는 사업이나 국내에서 제공하는 인적 용역 또는 국내에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익으로 인한 소득 또는 이와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득’을 국내원천소득으로 규정하고 있다. 한편, 국내사업장을 가진 외국법인이 사업활동으로 내국법인에 공급한 용역의 중요하고 본질적인 부분이 국내사업장에서 이루어졌다면 그 용역으로 얻은 소득은 전부 국내사업장에 귀속되는 것으로 보아야 하고, 그 용역의 일부가 국외에서 이루어졌더라도 그 부분만 독립하여 국내사업장에 귀속되지 않는 것으로 볼 것은 아니다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2014두13829 판결, 대법원 1992. 6. 23. 선고 91누8852 판결 등 참조). 
(2) 앞서 인정된 사실에 의하여 알 수 있는 다음의 사정을 위 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 유도해운은 원고의 본질적이고 중요한 사업활동이 이루어진 국내사업장으로서 원고의 실질적 업무 수행 장소에 해당하므로, 2006 사업연도에 대한 원고의 매출수익은 모두 유도해운에서 행하는 사업이나 유도해운에서 제공하는 인적 용역 또는 그곳에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익으로 인한 소득으로서 국내원천소득에 해당한다. 
(가) 유도해운이 원고의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소로서 실질적 관리장소로 인정되는 이상 원고의 사업에 중요하고 본질적인 부분이 유도해운에서 이루어졌다고 볼 수 있다.
(나) 원고의 대표이사 소외 10이 유도해운에 사무실을 두고 업무를 처리한 점, 유도해운의 직원들이 실제 수행한 위와 같은 업무내용 등에 비추어 유도해운은 원고의 ‘처분권한 또는 사용권한’을 가지는 국내의 건물, 시설 등으로서 ‘사업상의 고정된 장소’에 해당한다. 
(다) 원고의 매출은 자동차해상운송부분과 용대선부분으로 나뉘고 자동차해상운송부분이 그 대부분을 차지하고 있는데, 원고가 각국의 대리점을 개설·관리하고 거래처들과 운송계약을 체결하거나 선복의 운용·영업계획을 수립하는 업무의 본질적 사항이 모두 유도해운에서 이루어졌다.
(라) 유도해운의 직원들이 용선계약 검토 및 용선계약 체결, 용선료 청구 등을 비롯하여 원고의 용대선업무를 수행한 후 소외 10에게 그 진행사항과 결과 등을 보고하여 왔고, 영업1팀이 유도해운의 조직도상 2006. 1. 1.부터 용대선업무를 담당하였으며 그 업무내역으로도 용대선업무가 포함되어 있을 뿐만 아니라 용대선계약서 및 그 관리대장, 용선료에 관한 거래명세표 등이 대부분 유도해운에서 작성·보관되어 왔다. 
(3) 선박의 외국항행으로 인한 소득의 공제
구 법인세법 제91조 제1항은 "국내사업장을 가진 외국법인 등의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 국내원천소득의 총합계액(제98조 제1항, 제98조의3 또는 제98조의5에 따라 원천징수되는 국내원천소득금액을 제외한다)에서 다음 각 호의 규정에 따른 금액 또는 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다."라고 규정하고 있고, 같은 항 제3호는 "선박 또는 항공기의 외국항행으로 인하여 발생하는 소득. 다만, 그 외국법인의 본점 또는 주사무소가 있는 외국이 우리나라의 법인이 운용하는 선박 또는 항공기에 대하여 동일한 면제를 하는 경우에 한한다."라고 규정하고 있다. 
 한편 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있으므로(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 참조), 선박의 외국항행으로 인한 소득공제를 받기 위해서는 원고가 2006 사업연도 매출수익 중 선박의 외국항행으로 발생한 소득을 증명하여야 할 것이다. 그러나 원고는 시일이 상당히 경과하여 분실, 폐기 등으로 관련 자료 등을 찾기 어렵다고 할 뿐(2022. 4. 18.자 준비서면), 그에 관한 아무런 자료를 제출하지 않고 있으므로, 결국 선박의 외국항행으로 인한 소득은 이를 공제할 수 없다. 
다) 기타수익 부분
 피고 서초세무서장은 위 기타수익에 관하여 원고가 선박에 의한 사업을 영위하면서 발생한 매출수익 이외의 수익을 의미한다고 하면서 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목에 해당하는 국내원천소득이라고만 주장할 뿐 그 수익의 구체적 내용이나 원고가 국내에서 행하는 사업이나 국내에서 제공하는 인적 용역 또는 국내에 있는 자산과의 관련성이나 유사성 등을 주장·증명하고 있지 아니하다. 이와 같이 기타수익의 구체적인 내용 등이 밝혀지지 않은 이상 그 수익이 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목에 해당하는 원고의 국내원천소득에 해당한다고 단정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
3) 가산세 면제의 정당한 사유
 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2001두4689 판결 참조). 원고가 법인세 신고납부의무를 이행하지 못한 것은 단순히 법령의 부지나 법령 해석의 착오에 기인한 것이므로, 원고에게 가산세 면제사유로서의 정당한 사유를 인정하기 어렵다.
4) 소결론
 피고 서초세무서장이 당초 원고를 내국법인으로 보아 파악한 2006 사업연도 소득 중 위 기타수익 부분을 공제한 소득만이 유도해운을 원고의 국내사업장으로 보아 파악한 원고의 국내원천소득과 같다. 따라서 2006 사업연도 법인세 및 그 가산세의 각 부과처분은 변경된 처분사유에 따라 위 국내원천소득으로 산정된 과세표준에 의한 세액의 범위 내에서 적법하고, 이를 제외한 나머지 부분은 위법하다.
5) 정당한 세액
 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조). 
 2006 사업연도 원고의 국내사업장에 대한 국내원천소득은 총수익 12,098,021,066원에서 기타수익 255,041,818원(= 2,008,836 × 126.96)을 공제한 11,842,979,248원이므로, 위 금액을 과세표준으로 한 정당한 세액은, 법인세는 별지 2-① 기재와 같이 2,957,744,812원이고, 법인세 가산세는 별지 2-② 기재와 같이 2,432,153,559원이다. 따라서 피고 서초세무서장의 2006 사업연도 법인세 및 그 가산세의 각 부과처분 중 위 정당한 세액을 초과한 나머지 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 
라. 2006년 제1기 부가가치세 가산세 중 신고불성실가산세 부분의 적법 여부
1) 영세율 과세표준 신고의무의 범위
가) 관련 법리
구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제3호 및 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제1항에 의하면 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 외국항행 용역의 공급에 대하여는 영세율이 적용된다. 한편, 구 부가가치세법 제10조 제2항 제2호는 국내외에 걸쳐 용역이 제공되는 국제운송의 경우에 사업자가 비거주자 또는 외국법인인 때에는 여객이 탑승하거나 화물이 적재되는 장소를 용역이 공급되는 장소로 규정하고 있고, 같은 법 제11조 제2항은 사업자가 비거주자 또는 외국법인인 경우에는 그 외국에서 대한민국의 거주자 또는 내국법인에게 동일한 면세를 하는 경우에 한하여 영세율을 적용하도록 규정하고 있다. 
 위와 같은 관련 규정의 체계와 문언을 종합하면, 비거주자 또는 외국법인에 의하여 제공되는 외국항행 용역의 경우에는 여객의 탑승이나 화물의 적재가 국내에서 이루어지는 경우에 한하여 부가가치세 과세대상이 되고, 특히 해당 외국법인이 상호면세국의 사업자인 경우에는 우리나라에서 여객이나 화물이 탑승 또는 적재되는 경우에만 영세율이 적용되므로, 외국항행 용역을 제공하는 외국법인은 위와 같은 경우에만 영세율이 적용되는 과세표준을 신고할 의무가 있다(대법원 2021. 2. 25. 선고 2017두237 판결 참조).
 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결, 대법원 2020. 6. 25. 선고 2019두36971 판결 등 참조). 위와 같은 법리는 이 사건과 같이 외국법인의 전체 매출액 중 부가가치세법 영세율 신고의무가 없는 매출액이 얼마인지가 문제되는 경우에도 유추적용할 수 있다.
나) 이 사건의 경우
 원고는 2006 사업연도에는 국내사업장을 둔 외국법인으로서, 국내뿐 아니라 국외에서도 화물을 수송하는 사업을 수행하여 왔으므로 2006 사업연도에 국외에서 선적된 화물의 운송에 관한 원고의 매출분에 대해서는 영세율 신고의무가 없다. 그런데 원고의 손익계산서상 매출 중 국외에서 선적된 화물의 운송에 관한 매출에 대해서는 영세율 신고의무가 없어 부가가치세 납세의무도 없다는 사정은 납세의무자인 원고에게 유리한 것일 뿐만 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 원고의 지배영역 안에 있는 것이어서 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려할 때 원고로 하여금 그 매출액을 증명하게 하는 것이 합리적이므로, 원고의 손익계산서 매출 중 국외에서 선적된 화물의 운송에 관한 매출의 존재 및 그 범위에 관하여는 원고가 증명하여야 한다.
 그러나 원고는 시일이 상당히 경과하여 분실, 폐기 등으로 관련 자료 등을 찾기 어렵다고 할 뿐(2022. 4. 18.자 준비서면), 그에 관한 아무런 자료를 제출하지 않고 있으므로, 원고의 매출 중 국외에서 선적된 화물의 운송에 관한 매출은 이를 확인할 수 없고, 결국 피고 서초세무서장이 원고의 손익계산서상 매출 전체를 영세율 신고대상 매출로 보고 가산세를 산출한 것은 위법하다고 할 수 없다.
2) 가산세 면제의 정당한 사유
 원고가 영세율 과세표준을 신고하지 못한 것은 단순히 법령의 부지나 법령 해석의 착오에 기인한 것이므로, 원고에게 가산세 면제사유로서의 정당한 사유를 인정하기 어렵다.
3) 소결론
 원고는 국내에 사업장을 둔 외국법인으로서 영세율이 적용되는 과세표준을 신고할 의무가 있음에도 이를 이행하지 아니하였고, 원고에게는 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 인정되지도 않으므로, 피고 서초세무서장의 원고에 대한 부가가치세 가산세 부과처분 중 신고불성실가산세 부분은 적법하다. 
6. 피고 서초구청장의 처분의 적법 여부
가. 2011. 7. 13.자 2006년 사업연도 법인세할 주민세
1) 원고의 주장
가) 원고는 세무조사결과에 대한 통지를 받지 못하였고, 피고 서초구청장은 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기간이 경과하기 전에 원고에게 과세처분을 하였으므로 이는 원고의 절차적 권리를 침해한 것으로서 그 하자가 중대·명백하여 무효이다.
나) 원고는 법인세 및 그 가산세 납부의무가 없으므로 이에 근거한 피고 서초구청장의 법인세할 주민세 부과처분도 위법하다. 그렇지 않더라도 법인세할 주민세의 과세표준은 법인세 본세에 한하고 그 가산세는 포함되지 아니하므로 이 사건 법인세할 주민세 부과처분 중 법인세 가산세를 과세표준으로 한 부분은 위법하다.
2) 과세전적부심 관련 절차적 하자
구 지방세기본법(2016. 12. 17. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세기본법’이라 한다) 제116조 제1항 제1호에 의하면 세무조사결과에 대한 서면통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있다. 그러나 같은 조 제2항 제1호는 지방세관계법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우를 제1항이 적용되지 않는 예외사유의 하나로 정하고 있으며, 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제175조 제3항은 법인세할은 납세지를 관할하는 시·군에서 수시부과한다고 규정하고 있으므로, 법인세할 주민세는 과세전적부심사의 대상이 아니라고 할 것이다(법인세할 주민세는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방세로, 법인세의 존부에 따라 그 납부의무 및 세액이 결정되므로, 법인세에 대한 과세전적부심사와 별도로 법인세할 주민세에 대하여 과세전적부심사를 인정할 필요가 없다).
3) 법인세할 주민세의 납부의무의 존부 및 과세표준
가) 관련 규정
구 지방세법 제172조 제4호는 "법인세할이라 함은 법인세법의 규정에 의하여 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 주민세를 말한다."고 규정하고 있고, 같은 법 제173조 제2항, 제172조 제2호는 "소득할(소득세할, 법인세할 및 농업소득세할을 총칭)의 납세의무자는 시·군내에서 소득세·법인세·농업소득세의 납세의무가 있는 개인과 법인으로 한다."고 각 규정하고 있다. 법인세할 주민세를 포함한 소득할 주민세의 계산방법에 관하여는 구 지방세법 제178조 제1항이 "소득할은 소득세법·법인세법 또는 이 법의 농지세의 규정에 의하여 신고하거나 결정·경정된 소득세·법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다) 또는 농업소득세로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제176조 제2항의 세율을 적용하여 계산한다"고 규정하고 있다. 한편, 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조 제1항, 제2항에 의하면, 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있고, 가산세는 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 한다. 
나) 법인세할 주민세의 납부의무의 존부
 위 각 규정에 의하면, 법인세할 주민세는 법인세법의 규정에 의하여 부과되는 법인세액을 과세표준으로 하여 당해 시·군 내에서 법인세 납세의무가 있는 법인에게 부과하는 것이므로 법인세의 납세의무 존재를 전제로 한다. 앞서 본 바와 같이 원고는 2006 사업연도 법인세에 대한 납세의무가 있으므로, 이에 대한 법인세할 주민세와 그 가산세의 납세의무도 부담한다. 
다) 법인세할 주민세의 과세표준
 위 각 규정에 의하면, 법인세할 주민세의 과세표준은 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 포함하여 법인세법 규정에 따라 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액이라고 보아야 한다(대법원 1999. 7. 9. 선고 98두12130 판결 참조). 
4) 정당한 세액
 원고는 2006 사업연도 법인세 및 그 가산세에 대한 납세의무를 전제로 법인세할 주민세와 그 가산세의 납세의무가 있는데, 다만 앞서 본 바와 같이 2006 사업연도 법인세 가산세 중 일부는 납세의무가 인정되지 아니하므로, 이에 해당하는 부분에 대한 피고 서초구청장의 법인세할 주민세 부과처분은 위법하여 취소되어야 하고, 앞서 본 바와 같이 과세처분취소소송에 있어 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다. 
 이 사건 2011. 7. 13.자 2006 사업연도 법인세할 주민세 부과처분의 정당한 세액은 별지 2-③ 세액계산서 기재와 같이 합계 358,567,380원이므로, 피고 서초구청장의 원고에 대한 2011. 7. 13.자 법인세할 주민세 부과처분 중 위 정당한 세액을 초과한 나머지 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
나. 2013. 4. 10.자 2006년 사업연도 법인세할 주민세
1) 원고의 주장
 피고 서초구청장이 2013. 4. 10. 원고에게 한 법인세할 주민세 부과처분 납세고지서를 송달받지 못하였으므로, 위 부과처분은 무효이다.
2) 판단
구 지방세기본법 제30조 제3항에 의하면 송달할 장소에서 서류를 송달받아야 할 자를 만나지 못하였을 때에는 그 사용인이나 그 밖의 종업원 또는 동거인으로서 사리를 판별할 수 있는 사람에게 서류를 송달할 수 있다. 법인에 대한 송달은 대표자에게 교부함이 원칙이지만 그 대표자를 만나지 못한 때에는 사무원이나 고용인으로서 사물을 변식할 지능이 있는 자에게 서류를 교부할 수 있다(대법원 1992. 2. 11. 선고 91누5877 판결 참조). 
 을나 제2, 3호증의 각 기재에 의하면, 피고 서초구청장의 2013. 4. 10.자 법인세할 주민세 납세고지서는 2013. 4. 16. 서울 서초구 (주소 2 생략) 5층에서 소외 26이 수령한 사실, 피고 서초구청장이 재발송한 납세고지서도 2013. 5. 15. 같은 장소에서 소외 26이 수령한 사실, 위 각 납세고지서의 등기조회내역에 수령인 소외 26이 ‘회사동료’라고 기재되어 있는 사실은 이를 인정할 수 있다. 그러나 위 송달장소가 당시 원고의 영업소 또는 사무소였다거나, 소외 26이 원고의 직원이었음을 인정할 아무런 자료가 없는 이 사건에서, 위 인정사실만으로는 위 납세고지서가 원고에게 적법하게 송달되었다고 인정할 수 없다.
 그렇다면 피고 서초구청장의 2013. 4. 10.자 2006년 사업연도 법인세할 주민세 부과처분은 효력이 발생하지 않아 무효이고, 무효를 선언하는 의미의 취소소송도 가능하므로, 원고의 청구 중 피고 서초구청장의 2013. 4. 10.자 2006년 사업연도 법인세할 주민세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있다.
7. 결론
 원고의 피고 서초구청장에 대한 청구 중 2013. 4. 10.자 2006 사업연도 법인세할 주민세 부과처분 부분은 이유 있어 인용하고, 원고의 피고 서초세무서장에 대한 청구 중 2006 사업연도 법인세 및 그 가산세, 2006년 제1기 부가가치세 가산세, 원고의 피고 서초구청장에 대한 청구 중 2011. 7. 13.자 2006 사업연도 법인세할 주민세 부과처분 부분은 일부 이유 있어 인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 피고들에 대한 항소 중 일부와 피고들의 항소 중 일부를 각 받아들여 제1심 판결을 주문과 같이 변경한다.
[별지 생략]

판사 이승한(재판장) 심준보 김종호