부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2010.01.14 / 시행일:

【원고, 상고인】 전주월드컵개발 주식회사 (소송대리인 변호사 손지열외 3인)
【피고, 피상고인】 북전주세무서장 (소송대리인 법무법인 청와 담당변호사 김두형외 5인)
【원심판결】 광주고법 전주부 2007. 9. 14. 선고 2007누134 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 광주고등법원에 환송한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조 제1항은 ‘사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제2항 제4호는 위 제1항의 규정에도 불구하고 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령(이하 ‘시행령’이라 한다) 제60조 제6항은 ‘법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서, 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액(제1호), 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액(제2호), 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액(제3호)에 해당하는 것을 말한다’고 규정하고 있다.
 위 각 규정의 내용과 입법 연혁, 토지관련 매입세액을 불공제하는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화이어서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하다는 데 있고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수되는 점 등에 비추어 보면, 시행령 제60조 제6항 소정의 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미한다고 봄이 타당하므로, 당해 토지의 소유자 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 법 제17조 제2항 제4호, 시행령 제60조 제6항 소정의 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다고 할 것이다. 
 원심은 그 채용 증거를 종합하여 원고가 2003. 7. 18.경 전주시 소유의 이 사건 토지를 연간 대부료 3,000,001,000원에 대부받아 골프장으로 조성한 후 2005. 4. 1.부터 2025. 3. 31.까지 20년간 사용하되, 원고가 조성한 골프장은 전주시에 기부채납한다는 내용의 공유재산대부계약을 체결한 사실, 그 후 원고가 이 사건 토지에 골프장을 조성하면서 토목공사와 토사매입 등의 토지 조성공사 비용으로 2003년 제2기부터 2004년 제1기까지 합계 1,743,856,000원(이하 ‘이 사건 토지 조성비용’이라 한다)을 지출한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 토지의 조성은 원고의 전주시에 대한 용역의 공급에 해당하지 않는다는 이유로 피고가 그에 관련된 매입세액의 공제를 부인하여 한 이 사건 부가가치세 부과처분이 적법하다고 판단하였다.
 앞서 본 법리와 관련 규정 및 원심이 인정한 사실관계에 비추어 살펴보면, 토지 소유자 아닌 원고가 지출한 이 사건 토지 조성비용과 관련된 매입세액은 법 제17조 제2항 제4호, 시행령 제60조 제6항 소정의 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않으므로, 원심으로서는 이 사건 토지의 조성에 관련된 매입세액이 원고의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액에 해당하는지 여부를 살펴 매출세액에서 공제될 수 있는지를 판단하였어야 함에도 불구하고, 이와 달리 이 사건 토지의 조성이 원고의 전주시에 대한 용역의 공급에 해당하지 않는다는 이유만으로 그에 관련된 매입세액이 매출세액에서 공제될 수 없다고 단정하고 말았으니, 이러한 원심 판단에는 법 제17조 제2항 제4호, 시행령 제60조 제6항 소정의 토지관련 매입세액에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 박시환(재판장) 안대희 차한성(주심) 신영철

[1] 해당 토지의 소유자 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우, 그에 관련된 매입세액이 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항에서 정한 매입세액 불공제대상인 ‘토지관련 매입세액’에 해당하는지 여부(소극)
[2] 회사가 지방자치단체 소유의 토지를 대부받아 골프장으로 조성한 후 일정기간 사용하되 그 골프장은 기부채납하기로 공유재산대부계약을 체결한 사안에서, 회사가 골프장을 조성하면서 지출한 토목공사와 토사매입 등의 토지 조성비용과 관련된 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항에서 정한 매입세액 불공제대상인 ‘토지관련 매입세액’에 해당하지 않는다고 한 사례

[1] 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항, 제2항 제4호, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 각 규정의 내용과 입법 연혁, 토지관련 매입세액을 불공제하는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화이어서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하다는 데 있고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수되는 점 등에 비추어 보면, 위 시행령 규정에서 정한 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미한다고 봄이 타당하므로, 당해 토지의 소유자 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 위 법 제17조 제2항 제4호, 위 시행령 제60조 제6항에서 정한 매입세액 불공제대상인 ‘토지관련 매입세액’에 해당하지 않는다.
[2] 회사가 지방자치단체 소유의 토지를 대부받아 골프장으로 조성한 후 일정기간 사용하되, 그 골프장은 기부채납하기로 공유재산대부계약을 체결한 사안에서, 회사가 골프장을 조성하면서 지출한 토목공사와 토사매입 등의 토지 조성비용과 관련된 매입세액은 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제4호, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항에서 정한 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다고 한 사례.