법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2006.09.22 / 시행일:

【원고, 피상고인】 
【피고, 상고인】 영등포세무서장
【원심판결】 서울고법 2006. 3. 23. 선고 2005누11892 판결
【주 문】
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이 유】상고이유를 판단한다.
일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 하여야 할 것이며, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).
 이 사건에서 피고는 원고가 확정 부가가치세 신고를 하면서 원고 소유의 토지매도와 관련된 매출처별계산서합계표를 제출하지 아니하였음을 이유로구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제76조 제9항 제2호에 의하여 법인세 가산세 33,842,240원을 부과하는 처분을 하였고, 이에 대하여 원고는 매출처별계산서합계표를 부가가치세 신고서에 첨부하여 피고의 여의도지점센타에 설치된 신고서 투여함에 투입하는 방법으로 제출하였다고 주장하는바, 원심은 과세요건사실의 증명책임에 관한 위의 법리를 전제로 하면서도 다음과 같은 이유를 들어 피고의 이 사건 가산세 부과처분이 위법하다고 판단하였다. 즉, 원고의 경리부장인 권혁찬은 이 사건 부가가치세 신고 당시 위 토지매도로 인한 매출이 면세대상이라는 사실을 정확히 알면서 매입처별세금계산서합계표와 함께 매출처별계산서합계표도 같이 첨부하여 제출하였다고 증언하고 있으며, 원고로서는 부가가치세 면세대상인 위 토지매도에 관하여 매출처별계산서합계표를 제출하지 아니할 아무런 경제적인 실익이 없는 점, 원고는 부가가치세 신고서의 면세수입금액란을 기재하지 아니하였지만 매출세액란 역시 기재하지 아니함으로써 위 토지매도로 인하여 납부할 부가가치세가 없다는 취지를 표시한 것으로 보이고, 이는 위 토지매도로 인한 매출이 면세대상인 것과 상통하는 것으로서, 위와 같은 신고서의 기재 내용만으로 매출처별계산서합계표의 제출 여부를 가늠하기는 어려운 점, 위 토지의 매수인인 이삭종합건설 주식회사가 그에 관한 계산서합계표를 제출하지 아니한 이유에 대하여 원고는 위 회사가 세금신고기한 전에 부도에 이르렀기 때문이라고 주장하고 있는 점, 원고가 피고의 신고서 투여함에 부가가치세 신고서 및 첨부서류를 투입한 때부터 피고가 그 신고내용을 전산으로 입력할 때까지의 과정에서 서류의 분실 또는 누락사고 등이 일어나지 않는다는 보장도 없을 뿐 아니라, 더욱이 원심 변론종결 무렵에야 위 부가가치세 신고서 및 그 첨부서류의 보존연한 5년이 갓 지났음에도 피고는 위 첨부서류의 원본은 물론 피고가 이미 그 사본을 증거로 제출한 바 있는 위 부가가치세 신고서의 원본조차도 세무서 이전 등의 과정에서 분실하였다는 이유로 제출하지 못하고 있는바 그 경위가 석연치 아니한 점 등을 고려해 보면, 경험칙에 비추어 원고가 매출처별계산서합계표를 제출하지 아니하였다는 사실이 추정된다고 할 수 없다는 것이다.
 그러나 이와 같은 원심의 판단은 다음에서 보는 바와 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
 원심이 인정한 바에 따르면, 원고가 제출한 부가가치세 신고서 1면의 첨부서류란에 아무런 표시가 없고, 또 위 토지매도로 인한 매출은 부가가치세 면세대상임에도 원고는 신고서 3면의 면세수입금액란에 아무런 기재를 하지 않았다는 것인바, 신고서에 전혀 언급하지 않은 내용에 대하여 근거서류만을 첨부·제출한다는 것은 상식에 맞지 않을 뿐만 아니라, 과세매출금액란을 기재하지 않은 것과 면세수입금액란을 기재하지 않은 것을 동일한 취지의 의사표시로 보기도 어렵고, 오히려 원고의 세무신고 담당직원이 위 토지매도로 인하여 납부할 부가가치세가 없다고 생각하였다면 그 부분에 관하여 신고서에 기재하지 아니하고 관련서류도 첨부하지 않았을 가능성이 크며, 여기에 더하여 원고의 담당직원이 원고 소유의 부동산 양도와 관련하여 세무신고를 한 것은 처음이었고 이 사건 부가가치세 신고서 제출 당시 신고서 서식이 개정되었다는 점을 제대로 알지 못한 채 개정 전의 서식을 사용하였음에 비추어 세무신고에 대한 정확한 지식을 갖추고 있지는 않았던 것으로 보이는 점까지 고려하면 위와 같은 면세수입금액 미신고 및 관련 첨부서류 미제출의 가능성은 더욱 크다고 할 것이고, 이것은 위 미신고 및 미제출로 인하여 원고가 얻을 경제적인 실익이 없다고 하여 달리 볼 수 있는 것이 아니다.
 그 밖에, 원고가 이 사건 부가가치세 신고 당시 철사기(스테이플러)로 찍어 함께 제출하였다는 첨부서류 중 매입처별세금계산서합계표의 내용은 피고의 전산시스템에 정상적으로 입력되어 있는 점, 이 사건 신고 이전에 이미 원고는 위 토지의 매수인인 이삭종합건설 주식회사를 상대로 매매계약의 해제를 주장하면서 민사소송을 제기하였으며 위 회사는 부도에 이른 상태였고 위 회사 역시 위 토지의 매수와 관련된 계산서합계표를 제출하지 않은 점 등 이 사건 기록에 비추어 알 수 있는 사정들을 모두 종합해 보면, 경험칙에 비추어 이 사건 과세요건사실, 즉 원고가 매출처별계산서합계표를 제출하지 않았다는 사실을 추정할 수 있을 정도의 간접사실은 충분히 밝혀졌다고 할 것이고, 원고가 피고의 신고서 투여함에 부가가치세 신고서 및 첨부서류를 투입한 때부터 피고가 그 내용을 전산입력할 때까지의 과정에서 서류의 분실 또는 누락사고가 일어났을 가능성을 배제할 수 없다거나 피고가 보존연한이 채 지나지 않은 부가가치세 신고서 원본은 원심법원에 제출하지 못하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로는 위 매출처별계산서합계표 미제출 사실이 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 위와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점이 증명되었다고 할 수는 없다.
 그럼에도 불구하고, 원심은 원고가 매출처별계산서합계표를 제출하지 아니하였다는 사실을 인정할 증거가 없다는 이유로 이 사건 법인세 가산세 부과처분을 위법하다고 단정하여 그 처분의 취소를 구하는 원고의 청구를 인용하였으니, 이러한 원심판결에는 과세요건사실의 증명에 관한 법리를 오해하거나 채증법칙에 위반하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유가 있다. 
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김황식(재판장) 김영란 이홍훈 안대희(주심)

[1] 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임의 소재 및 증명 정도
[2] 경험칙에 비추어 부가가치세 신고 당시 매출처별계산서합계표를 제출하지 않았다는 사실을 추정할 수 있을 정도의 간접사실이 충분히 밝혀졌다고 한 사례