법인세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2025.02.20 / 시행일:

【원고, 피상고인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 세종 담당변호사 백제흠 외 2인)
【피고, 상고인】 울산세무서장
【원심판결】 부산고법 2024. 8. 29. 선고 (울산)2023누10811 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 가. 원고는 스위스 소재 자회사인 △△△ AG(이하 ‘소외 1 회사’라 한다)의 지분 75.9% 및 스위스 소재 다른 자회사인 □□□ AG(이하 ‘소외 2 회사’라 한다)의 지분 100%를 보유하고 있었다. 
 나. 원고는 2016. 11. 24. 소외 1 회사와, 원고가 소외 2 회사 발행주식 9,000주(이하 ‘이 사건 출자주식’이라 한다)를 현물출자하고 그 대가로 소외 1 회사 발행주식 27,555주(이하 ‘이 사건 취득주식’이라 한다)를 교부받기로 하는 현물출자계약을 체결하였는데(이하 ‘이 사건 현물출자’라 한다), 그 현물출자계약서(이하 ‘이 사건 계약서’라 한다)에는 이 사건 출자주식의 가액이 65,519,071 스위스 프랑(원화로 환산하면 약 756억 원인데, 이는 원고의 회계장부상 가액과 동일하다)으로 기재되어 있다. 
 다. 원고는 이 사건 취득주식의 가액을 이 사건 출자주식의 회계장부상 가액과 동일하게 약 756억 원으로 회계장부에 계상한 후, 구 「상속세 및 증여세법」(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다)상 보충적 평가방법을 적용하여 산정한 약 558억 원과의 차액인 약 198억 원(= 약 756억 원－약 558억 원)을 이 사건 출자주식의 처분 손실로 보아 손금에 산입하여 2016 사업연도 법인세를 신고하였다. 
 라. 피고는 2020. 10. 5. 원고에게, 이 사건 출자주식의 회계장부상 가액 약 756억 원이 구 「국제조세조정에 관한 법률」(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다)에 따른 정상가격임에도 원고가 시가 약 558억 원 상당의 이 사건 취득주식만을 교부받아 그 대가를 과소하게 수취하였으므로 구 국제조세조정법상 정상가격에 의한 과세조정 대상에 해당한다고 보아(이하 ‘주위적 처분사유’라 한다), 거래가격과 정상가격의 차액인 약 198억 원을 익금에 산입하여 2016 사업연도 법인세를 경정·고지하였다. 
 마. 한편 피고는, 원심에서 ‘이 사건 현물출자는 자산의 유상 양도에 해당하므로 양도자산의 양도금액은 익금에 산입하고 그 장부가액은 손금에 산입하여야 하는데, 익금에 산입할 이 사건 출자주식의 양도금액은 이 사건 현물출자에 따라 증가된 소외 1 회사의 자본 증가액이자 이 사건 계약서에서 정한 이 사건 출자주식의 가액인 약 756억 원임에도 원고가 이 사건 출자주식의 양도금액을 약 558억 원으로 산정하여 익금에 산입한 것은 잘못이므로, 그 차액인 약 198억 원을 추가로 익금에 산입하여야 한다.’는 처분사유를 예비적으로 추가하였다(이하 ‘예비적 처분사유’라 한다).
 2. 주위적 처분사유 관련 상고이유에 관한 판단
 가. 구 국제조세조정법은, 제2조 제1항 제10호에서 ‘정상가격이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말한다.’고 규정하고 있고, 제5조 제1항에서 정상가격의 산출방법에 관하여 비교가능 제3자 가격방법(제1호), 재판매가격방법(제2호), 원가가산방법(제3호), 이익분할방법(제4호), 거래순이익률방법(제5호)으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한하여, 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법(제6호)으로 정상가격을 산출하도록 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」(2019. 2. 12. 대통령령 제29525호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제4조 제3항은 "법 제5조 제1항 제6호에서 ‘대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법’이란 법에서 정한 산출방법 외에 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법을 말한다."라고 규정하고 있다. 
 나. 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 구 국제조세조정법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 사정에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).
 다. 원심은 그 판시와 같은 이유로, 이 사건 현물출자는 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 해당하므로, 같은 항 제6호 및 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제3항에서 정한 ‘거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법’에 의하여 정상가격을 산출하여야 한다고 전제한 다음, 피고가 정상가격이라고 주장하는 이 사건 출자주식의 회계장부상 가액 약 756억 원은 원고가 이 사건 출자주식을 취득하면서 지급한 대가를 취득 당시의 환율을 적용하여 원화로 환산한 금액으로서 이 사건 출자주식에 대한 취득원가에 불과하여 ‘거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법’으로 산출되었다고 볼 수 없고, 따라서 피고의 주위적 처분사유는 위법하다고 판단하였다. 
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고 상고이유 주장과 같이 정상가격에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다. 
 3. 예비적 처분사유 관련 상고이유에 관한 판단
 가. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조는 제1항에서 ‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.’고 규정하고 있고, 제3항에서 "제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."라고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 「법인세법 시행령」(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제11조 제2호는 수익의 하나로 ‘자산의 양도금액’을 정하고 있다. 한편, 구 법인세법 제41조 제1항 제3호 및 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호 (나)목은 "출자법인이 현물출자로 인하여 피출자법인을 새로 설립하면서 그 대가로 주식 또는 출자지분(이하 ‘주식 등’이라 한다)만을 취득하는 경우 이외의 현물출자(이하 ‘그 밖의 현물출자’라 한다)의 경우에 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식 등의 취득가액은 ‘해당 주식 등의 시가’로 한다."라고 규정하고 있다. 
이러한 관련 규정의 내용과 입법 취지 등에 비추어 보면, 출자법인이 그 밖의 현물출자로 발생하는 수익으로서 익금에 산입하여야 할 ‘자산의 양도금액’은 특별한 사정이 없는 한 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호 (나)목에서 현물출자로 취득한 주식 등의 취득가액으로 정한 ‘해당 주식 등의 시가’에 의하여 산정하여야 한다고 봄이 타당하다.
한편 구 법인세법 시행령은 위 규정에서 말하는 ‘시가’의 개념이나 그 산정방법을 별도로 규정하지 않은 채, 제14조 제1항 제1호 (라)목의 괄호에서 법 제52조의 규정에 따른 시가를 그 이하의 조문에서 ‘시가’로 약칭하고 있다. 따라서 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호 (나)목에서 말하는 ‘시가’ 역시 구 법인세법 제52조에 따른 시가를 의미한다고 보아야 하므로, 원칙적으로는 구 법인세법 제52조 제2항에 따라 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’에 의하여야 한다. 다만 주식 등의 시가가 불분명한 경우에는 구 법인세법 제52조 제4항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호에 따라 구 상증세법 제63조의 보충적 평가방법을 적용하여 평가한 가액에 의하여야 하고, 이 경우 시가에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2013. 6. 14. 선고 2011두29250 판결 등 참조).
 나. 원심은 같은 취지에서 이 사건 출자주식의 양도금액은 특별한 사정이 없는 한 원고가 이 사건 현물출자로 취득한 이 사건 취득주식의 시가에 의하여 산정하여야 한다고 전제한 다음, 피고가 제출한 증거만으로는 이 사건 취득주식의 시가가 약 756억 원이라고 인정하기에 부족하므로 피고의 예비적 처분사유도 위법하다고 판단하였다. 
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고 상고이유 주장과 같이 이 사건 출자주식의 양도금액에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다. 
 4. 결론
 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신숙희(재판장) 노태악(주심) 서경환 노경필

[1] 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 구 국제조세조정에 관한 법률 제4조 제1항에서 정한 정상가격을 기준으로 과세처분을 할 때 정상가격을 산출하는 방법 및 정상가격이 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임의 소재(=과세관청)
 [2] 출자법인이 그 밖의 현물출자로 발생하는 수익으로서 익금에 산입하여야 할 ‘자산의 양도금액’을 산정하는 방법 / 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호 (나)목에서 정한 ‘시가’의 의미와 주식 등의 시가가 불분명한 경우 이를 산정하는 방법 및 이 경우 시가에 대한 증명책임의 소재(=과세관청)