부가가치세경정청구거부처분취소 (세무, 서울고등법원)
공포일: 1999.12.22 / 시행일:

【원고, 피항소인】 효성물산주식회사의 소송수계인 주식회사 효성(소송대리인 변호사 진행섭)
【피고, 항소인】 영등포세무서장
【원심판결】 서울행정법원 1999. 3. 31. 선고 98구24859 판결
【변론종결】1999. 11. 17.
【주 문】
1. 원심판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 제1, 2심 모두 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 1998. 1. 19. 효성물산주식회사에 대하여 한 부가가치세 1996년도 제2기분 금 24,055,393원, 1997년도 제1기분 금 36,088,772원에 대한 각 감액경정청구거부처분을 모두 취소한다라는 판결.
【이 유】1. 이 사건 처분의 경위
다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1·2호증, 갑3호증의 2, 갑4호증의 1～4, 을1～6호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 
 가. 효성물산주식회사(이하 "소외 회사"라 한다)는 자동차 수입·판매업 등을 영위하는 회사로서, 1996. 12. 26. 자동차정비공장으로 사용할 목적으로 사업자인 소외인으로부터 그 소유의 별지 목록 1 기재 각 토지 및 그 지상의 같은 목록 2 기재의 각 건물(이하 같은 목록 2 기재의 각 건물을 통틀어 "이 사건 건물"이라 한다)을 대금 10,586,850,000원에 매수하고 계약금 2,117,000,000원을 지급하면서, 1997. 3. 31. 및 같은 해 6. 30.에 1·2차 중도금 각 금 1,588,000,000원, 같은 해 8. 30.에 잔대금 5,293,850,000원을 각 지급하기로 약정하였다. 위 매매대금 중 부가가치세 과세대상인 이 사건 건물에 대한 부분은 계약금 중 금 240,553,930원, 1·2차 중도금 중 각 금 180,443,860원, 잔대금 중 금 180,443,860원의 합계 금 781,885,510원이다.
 나. 그 후 소외 회사는 위 매매계약에 따라 소외인에게 각 약정일에 매매대금을 모두 지급하였으나, 그로부터 계약금 및 1·2차 중도금 지급시마다 이 사건 건물의 공급가액에 대한 각 세금계산서를 교부받지 아니하였고, 다만, 잔대금 지급일인 1997. 8. 30.에 이르러 1996. 12. 26.자 공급가액 금 240,553,930원, 세액 금 24,055,393원, 1997. 3. 31.자 및 같은 해 6. 30.자 각 공급가액 금 180,443,860원, 세액 금 18,044,386원으로 된 세금계산서 3매(이하 이들을 "이 사건 세금계산서"라 한다)를 함께 교부받았는데, 이 사건 세금계산서상의 작성연월인과 인도연월일은 각 실제 대금 지급일로 소급 기재되어 있다. 
 다. 소외 회사는 피고에게 법정신고기한 내인 1997. 1. 25.과 같은 해 7. 25.에 각각 1996년도 제2기분 및 1997년도 제1기분의 부가가치세 확정신고를 함에 있어 이 사건 건물의 공급에 대한 부가가치세액을 매입세액에 포함시키지 아니하였다가, 각 과세기간이 경과한 후 위와 같이 소외인으로부터 작성일자가 소급 기재된 이 사건 세금계산서를 교부받게 되자, 같은 해 10. 27. 피고에게 국세기본법 제45조의2 제1항에 의하여 이 사건 세금계산서에 의한 매입세액을 공제받기 위하여 1996년도 제2기분 부가가치세 중 위 매입세액 금 24,055,393원, 1997년도 제1기분 부가가치세 중 위 매입세액 금 36,088,772원(=18,044,386×2) 부분에 대한 부가가치세 과세표준 및 세액 경정청구를 하였다. 
 라. 그러나 피고는 1998. 1. 19. 소외 회사에 대하여 이 사건 세금계산서는 부가가치세법(이하 "법"이라 한다) 제16조에 의한 세금계산서 교부시기를 위반하였고 그 작성연월일이 실제 작성 연월일과 다르게 기재된 것으로서 법 제17조 제2항 제1의2호에 의하여 각 매입세액의 공제대상이 될 수 없다는 이유로 소외 회사의 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. 
 마. 소외 회사는 1998. 11. 27. 원고와 합병되어 원고가 그 지위를 포괄 승계하였다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 당사자의 주장
 피고는 위 처분사유와 관계법령의 규정을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, 이 사건 세금계산서는 거기에 기재된 작성연월일이 실제의 작성연월일과 다를 뿐 나머지 기재사항은 모두 진실로서 그 기재 내용대로 거래사실이 확인되는 것이어서 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 작성된 것이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 세금계산서에 의한 각 매입세액은 해당 거래가 있었던 1996년도 제2기분 및 1997년도 제1기분 부가가치세의 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장한다.
 나. 관계법령
법 제9조 제1항, 법시행령(이하 "영"이라 한다) 제21조 제1항 제4호, 법시행규칙 제9조에 의하면, 재화가 인도 또는 이용 가능하게 되기 전에 계약금 이외의 대가를 지급하는 경우로서 대금지급 약정기간이 6개월 이상인 중간지급조건부 재화의 공급에 있어서는 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 재화의 공급시기가 되고, 법 제16조 제1항, 영 제53조 제1항, 제54조에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화를 공급하는 때에는 그 거래시기마다 그때 그때의 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액와 부가가치세액, 작성연월일 등 필요적 기재사항 및 인도연월일 등 임의적 기재사항이 기재된 세금계산서를 공급을 받는 자에게 교부함이 원칙이고, 다만, 거래처별로 월합계세금계산서를 교부하거나 관계증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 때에는 재화의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있도록 하는 세금계산서의 교부특례가 인정되어 있다. 
또한, 법 제17조 제1항, 제2항 제1의2호, 영 제60조 제2항에 의하면, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제하는 이른바 전단계세액공제법(前段階稅額控除法)에 의하되, ' 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우' 또는 '교부받은 세금계산서에 법 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우'에는 매입세액의 공제를 배제하고, 다만 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었더라도 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 매입세액을 공제하도록 하고 있다. 
 다. 판 단
 (1) 부가가치세법에 의한 세금계산서는, 거래시기가 도래하기 전에 세금계산서를 미리 교부하는 경우( 법 제9조 제3항 참조) 또는 영 54조의 교부특례(즉 영 제54조 제1호에 의한 월합계세금계산서, 영 제54조 제2호에 의한 거래관행상 정해진 기간의 합계세금계산서 및 영 제54조 제3호에 의한 실제거래사실이 확인되는 경우 공급일 다음달 10일까지 교부된 세금계산서)에 해당하지 않는 한 원칙적으로 재화의 공급시기에 교부하도록 되어 있으나, 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 작성·교부하게 하는 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로, 법 제16조 제1항 소정의 작성·교부 시기를 위반하여 실제 거래시기 이후에 작성연월일만을 거래시기로 소급하여 작성·교부된 세금계산서라 하더라도 거기에 기재된 작성연월일이 실제 작성한 날과 다르게 되어 있을 뿐 거래사실은 세금계산서의 기재대로 확인된다면 거래사실에 관한 매입세액은 공제되어야 하는 것이다( 대법원 1988. 1. 19. 선고 87누956 판결 등 참조). 
그렇지만, 이렇게 세금계산서의 작성·교부가 거래시기 이후에 이루어지고 작성연월일이 실제 거래시기로 소급 기재된 경우에 그 거래사실이 확인된다 하더라도, 매입세액 공제가 허용되는 것은, 세금계산서의 실제 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 할 것이다. 
첫째, 법 제16조의 규정을 위반하여 세금계산서를 거래시기 이후에 사후적으로 작성·교부하는 경우로는, ① 작성연월일만 거래시기로 소급하여 기재하는 경우와 ② 작성일자를 거래시기로 소급 기재하지 아니하고 실제 작성일자로 기재하거나 거래시기와 다른 날짜로 기재하는 경우가 있는바, 이 두 가지 경우에 작성연월일을 실제 공급시기에 일치시켰는가 아닌가 하는 우연한 사정에 따라 달리 볼 합리적인 이유가 없으므로, 위 ②의 경우에 세금계산서 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 때에 한하여 매입세액 공제가 허용된다고 해석하는 것( 대법원 1995. 8. 11. 선고 95누634 판결 등 참조)과의 균형상, 위 ①의 경우에도 이와 동일하게 해석함이 상당하다. 
둘째, 위와 같이 제한하지 아니하면, 세금계산서의 작성·교부가 없이 당해 과세기간이 이미 경과한 후라도 국세기본법 제45조의2 제1항에 의한 경정청구 기간(1년)에 이르기까지 세금계산서의 작성·교부가 허용되는 결과가 되어 매입세액 공제 여부가 상당기간 동안 유동적으로 될 수밖에 없다. 
셋째, 세금계산서제도는 전단계세액공제법에 의한 현행 부가가치세법제 아래에서 당사자간의 정상적인 거래를 유도하고 부가가치세의 성실납세 풍토를 조장하며 부가가치세 탈루를 방지하기 위한 일종의 원천징수영수증으로서의 역할을 제대로 수행하도록 하는 데 그 취지가 있는데, 당해 과세기간이 이미 경과한 후에 작성연월일을 거래시기로 소급하여 작성·교부된 세금계산서에 대하여 경정청구 단계에서 매입세액의 공제 주장을 허용한다면 위와 같은 세금계산서제도가 부가가치세제 속에서 차지하는 위와 같은 가장 핵심적인 역할이 제대로 수행되지 아니할 것이다.
따라서, 당해 과세기간이 경과한 후에 실제의 공급시기에 맞추어 작성연월일을 소급하여 작성·교부된 세금계산서는, 그것이 비록 작성연월일을 제외한 기재사항은 모두 사실에 부합하고 그 기재 내용대로의 거래사실이 있었음이 경정청구 단계에서 사후적으로 확인되는 것이라 하더라도, 이는 특별한 사정이 없는 한 법 제17조 제2항 제1의2호에 의하여 매입세액 공제대상에서 배제된다고 할 것이다. 
 (2) 위에서 본 바와 같이 소외 회사가 경정청구 단계에서 매입세액을 공제받기 위하여 제출한 이 사건 세금계산서는 각 거래시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 실제의 공급시기에 맞추어 소급 작성·교부된 것이므로, 비록 각 작성연월일을 제외한 나머지 기재사항이 모두 진실로서 그 기재 내용대로의 거래사실이 확인된다 하더라도, 법 제17조 제2항 제1의2호에 의하여 매입세액을 공제할 수 없는 것이다. 
3. 결 론
 그렇다면, 이 사건 세금계산서에 대하여 매입세액 공제를 주장한 소외 회사의 경정청구를 받아들이지 아니한 이 사건 처분은 적법하므로, 이 사건 처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 원심판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하고 피고의 항소는 이유 있으므로, 주문과 같이 판결한다.

판사 고현철(재판장) 황정근 김인욱

부가가치세법 제16조 제1항 소정의 작성·교부 시기를 위반하여 실제 거래시기 이후에 작성연월일만을 거래시기로 소급하여 작성·교부된 세금계산서라 하더라도 거기에 기재된 작성연월일이 실제 작성한 날과 다르게 되어 있을 뿐 거래사실은 세금계산서의 기재대로 확인된다면 거래사실에 관한 매입세액은 공제되어야 하는 것이지만, 세금계산서의 작성·교부가 거래시기 이후에 이루어지고 작성연월일이 실제 거래시기로 소급 기재된 경우에 그 거래사실이 확인된다 하더라도, 매입세액 공제가 허용되는 것은 세금계산서의 실제 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 하므로, 당해 과세기간이 경과한 후에 실제의 공급시기에 맞추어 작성연월일을 소급하여 작성교부된 세금계산서는 그것이 비록 작성연월일을 제외한 기재사항은 모두 사실에 부합하고 그 기재 내용대로의 거래사실이 있었음이 경정청구 단계에서 사후적으로 확인되는 것이라 하더라도, 이는 특별한 사정이 없는 한 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호에 의하여 매입세액 공제대상에서 배제된다.