부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2017.03.22 / 시행일:

【원고, 상고인】 현대자동차 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 조일영 외 2인)
【피고, 피상고인】 화성세무서장 (소송대리인 법무법인 가온 담당변호사 강남규 외 3인)
【원심판결】 서울고법 2016. 9. 22. 선고 2016누39186 판결
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조는 제1항 제1호에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하는 한편, 제2항 제3호에서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 들고 있다(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호도 같은 취지이다). 그리고 제17조 제7항의 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제3항은 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’의 범위에 관하여 법인세법 시행령 제48조에 규정하는 바에 따르도록 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항 제2호 (가)목 본문은 ‘비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 특수관계가 있는 경우 직전 사업연도의 매출액 총액에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다’라고 규정하고 있다.
 2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.
 가. 원고와 기아자동차 주식회사는 각종 차량 및 부분품의 제조·판매업을 영위하는 회사들로서 현대자동차 기업집단에 속한 계열회사이다.
 나. 원고는 2004. 6.경부터 기아자동차 주식회사와 이 사건 공동연구개발 약정을 체결하여 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 기술개발과 관련하여 발생한 전체 공동경비를 분담하고, 분담비율을 초과하여 지출한 금액에 대하여 상대방으로부터 정산금을 지급받았다.
 다. 전체 공동경비는 인건비 등 내부비용과 외부비용(이하 ‘이 사건 연구비’라고 한다)으로 구분되고, 외부비용은 부가가치세 과세대상 지출뿐만 아니라 면세대상 지출 등도 포함되어 있다. 그런데, 원고는 이 사건 연구비 중 부가가치세 과세대상 지출과 관련된 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라고 한다) 전부를 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였다.
 라. 이에 피고는 이 사건 연구비 중 과세대상 지출만을 기준으로 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 안분하여 원고의 분담비율을 초과하는 금액을 산정한 다음, 그 초과금액은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당한다는 이유로, 이 사건 매입세액 중 해당 금액에 대한 매입세액을 불공제하는 이 사건 처분을 하였다.
 3. 그런 다음 원심은, ① 법인세는 해당 법인이 지출한 경비 중 사업관련성이 있고 통상적인 것이라면 인건비 등 내부비용을 포함한 모든 비용을 손비로 산정하게 되나, 부가가치세는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 자에게 매출세액의 형태로 매입세액을 전가시키는 경우에만 공급받는 자의 매입세액으로 공제할 수 있는 점, ② 부가가치세에서는 사업관련성이 있는 지출이라고 하더라도 그 거래가 부가가치세 과세대상이 아니라면 애초부터 매입세액이 발생하지 아니하여 공제 여부가 문제 될 여지가 없는 점, ③ 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항이 구 법인세법 시행령 제48조 제1항을 준용하는 것은 부가가치세 과세대상이 되는 거래 중 매입세액의 공제가 허용되는 지출의 범위와 관련한 것이므로, 직전 사업연도 매출액 비율로 분담금액을 산출할 때 기준이 되는 공동경비는 부가가치세 과세대상인 지출에 한정되는 것으로 보아야 하는 점, ④ 원고의 주장처럼 인건비 등 내부비용을 포함한 전체 공동경비 또는 면세대상 지출까지 포함한 이 사건 연구비를 기준으로 분담금액을 산정하여 이 사건 연구비에 관한 매입세액 전부가 공제되어야 한다고 본다면, 부가가치세의 과세대상이 되지 않아 매입세액 공제 여부가 문제 되지 않는 내부비용이나 부가가치세가 면제되는 지출까지도 공제대상에 포함되게 되므로 부당한 점 등을 종합하여 보면, 부가가치세의 매입세액 공제 범위와 관련하여 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항에 의하여 준용되는 구 법인세법 시행령 제48조에서의 공동경비는 이 사건 연구비 중 부가가치세 과세대상인 지출에 한정되는 것으로 봄이 상당하다는 이유로, 이 사건 연구비 중 부가가치세 과세대상 지출만을 기준으로 원고의 매출액 비율에 따라 분담금액을 산출하고, 이를 초과하는 금액에 대한 매입세액을 불공제한 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다.
 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 부가가치세법상 매입세액 공제, 조세법률주의, 준용규정의 해석에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.
 4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김재형(재판장) 박병대 박보영(주심) 권순일

각종 차량 및 부분품의 제조·판매업을 영위하는 회사인 甲 주식회사가 같은 자동차 기업집단에 속한 계열회사인 乙 주식회사와 공동연구개발 약정을 체결하여 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 기술개발과 관련하여 발생한 전체 공동경비[전체공동경비는 인건비 등 내부비용과 외부비용(연구비)로 구분되고, 외부비용은 부가가치세 과세대상 지출뿐만 아니라 면세대상 지출 등도 포함되어 있다]를 분담하고, 분담비율을 초과하여 지출한 금액에 대하여 상대방으로부터 정산금을 지급받았는데, 甲 회사가 연구비 중 부가가치세 과세대상 지출과 관련된 매입세액 전부를 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고·납부하자, 관할 세무서장이 연구비 중 과세대상 지출만을 기준으로 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 안분하여 甲 회사의 분담비율을 초과하는 금액을 산정한 다음, 초과금액은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당한다는 이유로 매입세액 중 해당 금액에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 사안에서, 부가가치세의 매입세액 공제 범위와 관련하여 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항에 의하여 준용되는 구 법인세법 시행령 제48조에서의 공동경비는 연구비 중 부가가치세 과세대상인 지출에 한정된다는 이유로, 연구비 중 부가가치세 과세대상 지출만을 기준으로 甲 회사의 매출액 비율에 따라 분담금액을 산출하고, 이를 초과하는 금액에 대한 매입세액을 불공제한 위 처분이 적법하다고 본 원심판단이 정당하다고 한 사례