취득세등경정거부처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2016.01.29 / 시행일:

【원 고】 재단법인 ○○○ (소송대리인 법무법인 세종 담당변호사 조춘)
【피 고】 서울특별시 양천구청장
【변론종결】2015. 12. 11.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2014. 1. 7. 원고에 대하여 한 취득세 372,187,200원, 지방교육세 55,828,080원, 농어촌특별세 9,304,680원의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 2013. 10. 16. 어업인 자녀를 위한 장학관(기숙사) 용도로 서울 양천구 (주소 1 생략) 대 289.7㎡ 및 지상 건물, (주소 2 생략) 대 280.9㎡ 및 지상 건물(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하여 2013. 11. 20. 소유권이전등기를 마쳤다.
 나. 원고는 이 사건 부동산의 취득가액 4,652,340,000원을 과세표준으로 하여 취득세 372,187,200원, 지방교육세 55,828,080원, 농어촌특별세 9,304,680원 합계 437,319,960원(이하 ‘취득세 등’이라 한다)을 신고·납부하였다.
 다. 원고는 2014. 1. 6. 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조 제1항, 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 11. 19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조(이하 위 각 규정을 합하여 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 규정된 ‘장학단체’에 해당하여 이 사건 부동산에 대한 취득세 등이 면제되므로 이미 납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 1. 7. 원고가 이 사건 조항에 정한 장학단체에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 라. 원고는 이에 불복하여 2014. 2. 12. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 6. 30. 이를 기각하였다. 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 조항에 규정된 장학단체에 해당하므로 이 사건 부동산에 관한 취득세 등을 면제받아야 함에도 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.
 1) 원고는 공익법인의 설립·운영에 관한 법률(이하 ‘공익법인법’이라 한다) 제4조에 따라 설립허가를 받은 공익법인이고, 위 설립허가증 및 원고의 정관에 장학사업이 목적사업으로 기재되어 있는 이상 원고는 ‘공익법인법에 따라 설립된 장학법인’으로서 당연히 장학단체에 해당한다.
 2) 원고는 취득세 등의 납세의무가 성립한 이 사건 부동산 취득 당시인 2013년경 집행된 예산 중 약 69.35%를 장학사업에 사용하였고 2013년말 원고의 자산 중 이 사건 부동산의 비중이 약 62.7%를 차지하고 있었으므로 원고는 장학사업을 주된 목적으로 하는 장학단체에 해당한다.
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다.
 다. 인정사실
 1) 원고는 2009. 8. 26. 민법 제32조, 공익법인법 제4조 및 같은 법 시행령 제5조에 의하여 주무관청인 농림수산식품부장관으로부터 허가를 받아 2009. 9. 10. 설립된 재단법인이고, 그 설립허가증에 기재된 사업내용은 다음과 같다.
○ 어촌문화사업 및 어업인 교육·지원사업○ 어업인의 복지증진을 위한 사업○ 장학사업○ 조사 및 연구지원사업○ 표창 및 시상사업○ 수협 대내외 홍보를 위한 사업○ 그 밖에 목적달성을 위하여 필요한 사업
 2) 원고는 정관 중 주요 내용은 다음과 같다.
제1조(목적) 본 법인은 어업인의 보호·육성 및 복지증진을 위한 사업을 통하여 어업인들에 대한 교육·지원의 활성화 및 어촌 지역사회의 유지 발전과 어업인의 삶의 질 향상에 기여하고 이바지함을 목적으로 한다.제4조(사업)① 본 법인은 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 목적사업을 행한다.1. 어촌문화사업2. 어업인 교육·지원사업3. 어업인의 복지증진을 위한 사업4. 장학사업5. 조사·연구지원사업6. 표창 및 시상사업7. 수협 대내·외 홍보를 위한 사업8. 그 밖에 목적달성을 위하여 필요한 사업제5조(수익사업) 본 법인은 목적사업의 시행에 필요한 경비를 충당하기 위하여 수익사업을 할 수 있다. 이 경우, 수익사업마다 이사회의 의결을 거쳐 주무관청의 승인을 받아야 하며, 이를 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.
 3) 원고의 2010년부터 2014년까지의 연도별·사업별 예산편성 및 그 집행내역은 다음 표와 같다(‘수협장학관운영’ 및 ‘푸른어촌희망가꿈 장학금 지원’ 사업이 장학사업에 해당한다).
연도별·사업별 예산편성 및 집행실적(단위 : 백만 원)구분사업명2010년2011년2012년2013년2014년예산집행예산집행예산집행예산집행예산집행자체사업수협장학관운영--------150135푸른어촌희망가꿈 장학금 지원------300284450450어업인 리더 경영마인드 교육502550311007810029--어업인질병치료 지원--15021150315010506여성 어업인 문화 강좌----503010019--어촌지역 정보화기기 지원------1506610033수산관련 도서보급지원--------10067계502520052300111800408850691특별적립금 지원사업어업인 의료지원240191220174350287350315180158어촌 주택태양열 전환사업130--------어촌복지지원확대 연구용역5050--------흑산도 선원위령탑 복지사업50--------어촌문화복지회관 건립200--------어촌 다문화가정 모국방문 지원901008720018220019010095어황방송 운영 및 시청시설 확대450--------외국인 선원복지증진--100100100100100100100100어촌지역도서보급--10010010010010082--계(주 1)1,161520464750669750687380353

[인정근거] 갑 제7 내지 12호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
 라. 판단
 1) 첫 번째 주장에 관하여
 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결 등 참조).
 한편, 구 지방세특례제한법 제45조 제1항은 "대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2015. 12. 31.까지 면제한다"라고 규정하고, 구 지방세특례제한법 시행령 제22조는 "‘대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다"고 하면서 "정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 장학단체(1호)", "안전행정부장관이 미래창조과학부장관 또는 교육부장관과 협의하여 고시하는 단체(2호)"를 규정하고 있으므로, 취득세 등의 면제 대상에 해당하기 위해서는 구 지방세특례제한법 시행령 제22조 각 호의 1에 해당하는 단체이어야 하고, 같은 조 제1호 소정의 장학단체라 함은 규정의 취지에 비추어 학업을 장려하기 위한 일련의 후원을 주된 목적으로 하는 단체를 의미하고, 장학사업이 부대사업의 하나에 불과한 경우에는 이를 같은 조항에 정한 장학단체로 볼 수 없으며, 어느 단체가 ‘장학단체’에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하를 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동 내역, 예산집행 상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두1115 판결 등 취지 참조).
 이 사건의 경우, 원고가 공익법인법에 따라 설립된 재단법인이라 하더라도 장학사업 뿐만 아니라 어촌문화사업, 어업인 교육·지원사업, 어업인의 복지증진을 위한 사업, 조사·연구지원사업, 표창 및 시상사업, 수협 대내·외 홍보를 위한 사업, 그 밖에 목적달성을 위하여 필요한 사업 등을 목적사업으로 하고 있는 사실은 앞서 본 바와 같고, 이와 같이 원고가 여러 목적사업을 수행하는 경우 어느 것이 주된 사업인지는 원고의 정관, 사업실적, 예산의 사용용도 및 그 비중 등을 비교하여 판단하여야 할 것이므로, 단지 장학사업이 원고의 목적사업 중 하나라는 이유만으로 원고가 공익법인에 따라 설립된 장학법인 내지 이 사건 조항에 정한 장학단체에 해당한다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
 2) 두 번째 주장에 관하여
 앞서 본 관련법리에 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 들고 있는 사정만으로는 원고가 장학사업을 주된 목적으로 하는 장학단체에 해당한다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이를 다투는 원고의 주장 역시 이유 없다.
 가) 원고의 설립근거 법령인 공익법인법 제2조는 ‘재단법인이나 사단법인으로서 사회 일반의 이익에 이바지하기 위하여 학자금·장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인’을 ‘공익법인’으로 규정하고 있는바, 위 법령이 장학사업을 주된 목적으로 하는 법인의 설립만을 예정하고 있지는 아니하다.
 나) 이 사건 조항은 부동산을 장학사업에 사용하려는 목적일지라도 그 취득의 주체가 장학단체인 경우에 한하여 취득세를 면제하는 것으로 규정함으로써 구 지방세특례제한법 제44조, 제46조와는 달리 취득의 목적과 아울러 취득의 주체까지 제한하고 있고, 취득세 감면 여부를 판단함에 있어 부동산 취득 이후의 사정까지 고려할 경우 그 판단이 납세의무자의 주관적인 사업계획 등에 좌우되는 문제가 발생하므로, 원고가 이 사건 조항에 정한 장학단체에 해당하는지 여부는 원고의 설립 당시부터 취득세 등의 납세의무가 성립한 이 사건 부동산 취득 시점, 즉 2013. 11. 20.까지의 주된 수행업무 등을 기준으로 판단하여야 할 것이다. 
 다) 한편, 원고는 자체 예산으로 진행한 사업 이외에도 한국마사회법 제42조, 같은 법 시행령 제23조, 한국마사회 특별적립금 운영요령(농림수산식품부고시 제2010- 132호, 이하 같다) 제6조, 제7조, 제9조, 제12조 등에 따라 지원받은 한국마사회 특별적립금(이하 ‘특별적립금’이라고만 한다)으로 진행한 사업도 다수 있다. 
 한국마사회 특별적립금 운영요령에 의하면, 사업주관기관 또는 사업주관과가 분야별(① 마사진흥사업, ② 농어업인 자녀 및 농어업인 후계인력 장학사업, ③ 농업·농촌에 대한 이해증진 및 농축산물 소비촉진사업, ④ 농어촌 사회복지 증진사업)로 특별적립금 지원사업을 공모하면, 원고가 자발적인 의사에 따라 작성한 사업계획서 및 특별적립금 지원신청서를 사업주관과에 제출함으로써 사업주관기관으로부터 지원금액을 지급받게 되는 것이므로, 원고의 실질적인 활동내역 및 예산 집행내역을 검토함에 있어 특별적립금 지원사업 또한 고려해야 한다.
 라) 그런데 먼저 원고의 자체 사업만을 기준으로 2013년 말까지 누적된 예산 편성 및 집행내역을 보아도, 장학사업 예산으로 편성된 금액 300,000,000원은 총 예산편성금액 1,300,000,000원의 약 23%에 불과하고, 장학사업의 예산으로 집행된 금액 284,000,000원은 총 예산집행금액 596,000,000원의 약 47.6%로서 과반수에 이르지 못하고 있다. 나아가 2013년에 편성되어 집행된 예산에 국한하여 보더라도 특별적립금 지원사업 예산의 집행실적을 고려하면, 장학사업 예산으로 편성된 금액 300,000,000원은 총 예산편성금액 1,550,000,000원의 약 19.4%에 불과하고, 장학사업의 예산으로 집행된 금액 284,000,000원은 총 예산집행금액 1,095,000,000원의 약 25.9%이며, 오히려 어업인 의료지원 사업의 예산으로 집행된 금액이 325,000,000원(=자체사업 10,000,000원+특별적립금 지원사업 315,000,000원)으로 장학사업보다 많다.
 마) 앞서 본 바와 같이 농어업인의 자녀 및 농어업인 후계인력 장학사업이 특별적립금 지원 분야의 하나로 관련법령에 명시되어 있음에도 원고는 설립 이후 이 사건 부동산 취득 시점까지 장학사업 분야에 대하여는 특별적립금 지원 신청을 하지 않은 것으로 보인다. 
 바) 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 전까지 장학사업 관련 자산을 보유한 바 없다가 위 부동산을 취득함으로써 2013년 말 장학사업 관련 자산이 총 자산의 62.7%에 이르게 되었다는 사정은 원고가 이 사건 부동산 취득 당시 이 사건 조항에 정한 장학단체인지 여부를 판단함에 있어 고려할 사정은 아니다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김정숙(재판장) 남성우 김재현