취득세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.12.22 / 시행일:

【원고, 피상고인】 주식회사 선엔지니어링 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 변동걸 외 2인)
【피고, 상고인】 인천광역시 부평구청장 (소송대리인 변호사 고정길)
【원심판결】 서울고법 2009. 7. 15. 선고 2008누21524 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 1. 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8138호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제6조 제2항에서 ‘벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 따른 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업’을 창업벤처중소기업으로 정의하면서, 제119조 제3항 제1호에서 ‘창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(벤처기업으로 확인받은 날을 말한다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기’에 대하여 등록세를 면제하도록 규정하고, 제120조 제3항은 제119조 제3항 제1호에서 규정하는 사업용 재산의 취득에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하고 있다.
 한편 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2006. 3. 3. 법률 제7868호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘벤처기업법’이라 한다) 제25조 제1항, 제2항, 같은 법 시행령(2006. 6. 2. 대통령령 제19498호로 개정되기 전의 것) 제2조의2, 제18조의3 제2호, 같은 법 시행규칙(2006. 6. 5. 산업자원부령 제342호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘벤처기업법 시행규칙’이라 한다) 제8조는 벤처기업으로서 지원을 받고자 하는 기업이 벤처기업에의 해당 여부에 관하여 중소기업청장에게 확인을 요청하면 중소기업청장은 당해 기업이 벤처기업에 해당하는 때에는 유효기간을 확인일로부터 2년으로 한 벤처기업확인서를 발급하도록 규정하고 있고, 벤처기업법 시행규칙 제8조 제4항의 위임에 따른 중소기업청고시 제2003-12호 벤처기업 확인요령(이하 ‘벤처기업 확인요령’이라 한다)은 창업 후 6개월 이내의 자로서 예비적으로 벤처기업임을 확인받은 자 등을 예비벤처기업이라 하고(제2조 제1호), 지방중소기업청장은 벤처기업의 요건에 해당된다고 확인한 때에는 벤처기업확인서를 발급하되, 예비벤처기업확인서에는 ‘예비벤처기업’임을 명시하고 벤처기업법 제25조의 규정에 의하여 예비벤처기업임을 확인한다는 취지를 기재하며(제7조), 창업 후 예비벤처기업으로 확인받은 기업이 확인일로부터 6개월이 경과한 경우 지방중소기업청장에게 벤처기업확인서의 재발급을 신청하여야 하고(제9조 제1항 제4호), 재발급한 확인서의 유효기간은 종전 확인서의 유효기간으로 한다(제9조 제2항)고 각 규정하고 있다. 
 2. 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 괄호규정에서 창업벤처중소기업의 창업일로 보는 ‘벤처기업으로 확인받은 날’은 벤처기업법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 날을 의미한다고 할 것인데, 벤처기업법 제2조의2 제1항 제3호 (다)목 (2)와 제25조는 벤처기업의 요건과 확인절차를 규정함에 있어 예비벤처기업과 벤처기업을 구분하지 않고 있으며, 벤처기업 확인요령에서도 예비벤처기업확인은 벤처기업확인과 동일하게 벤처기업법 제25조의 규정에 의한 것임을 밝히고 있는 점, 벤처기업 확인요령에 의하면 창업 후 예비벤처기업확인서를 발급받은 경우 그로부터 6개월이 경과하기만 하면 벤처기업확인서를 발급받을 수 있고 그 유효기간도 예비벤처기업확인서의 유효기간과 동일하여 예비벤처기업확인을 받은 기업은 폐업을 하지 않는 한 벤처기업확인을 받은 기업으로 당연히 전환된다고 할 수 있는 점 등을 고려하면 벤처기업의 창업을 지원하기 위한 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항을 적용함에 있어 창업 후 예비벤처기업확인을 받은 기업이 창업 초창기에 사업용 재산을 취득하였음에도 예정된 벤처기업확인을 받기 전이라는 이유로 달리 취급할 필요가 없다고 할 것이므로, 벤처기업으로 확인받은 다음에 사업용 재산을 취득하고 등기한 경우뿐만 아니라 벤처기업확인으로 당연히 전환될 수 있는 예비벤처기업확인 이후 사업용 재산을 취득하고 그에 관한 등기를 마친 다음 실제로 벤처기업확인을 받은 경우에도 위 규정에 따른 취득세 및 등록세의 면제대상이 된다고 봄이 상당하다. 
 3. 원심은 그 채용 증거를 종합하여, ① 원고가 2005. 4. 1. 법인 설립을 마친 다음 2005. 7. 4. 인천지방중소기업청장에게 자동차부품 개발기술에 관한 신기술기업으로서 벤처기업확인신청을 하자, 인천지방중소기업청장은 중소기업진흥공단으로 하여금 원고에 대한 현장실사 및 적격평가를 실시하도록 한 다음 2005. 8. 3. 원고에게 유효기간을 2005. 8. 3.부터 2007. 8. 2.까지로 한 예비벤처기업확인서를 발급한 사실, ② 원고는 2005. 9. 29. 사업용 재산으로 인천 부평구 청천동 420-4 소재 토지 6,674㎡ 및 건물 7,011.44㎡(이하 이를 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하고 그에 관한 등기를 마친 사실, ③ 원고가 2006. 3. 3. 인천지방중소기업청장에게 벤처기업확인서의 재발급을 신청하자, 인천지방중소기업청장은 별도의 현장실사나 평가절차 없이 같은 날 원고에게 유효기간을 2005. 8. 3.부터 2007. 8. 2.까지로 한 벤처기업확인서를 재발급한 사실 등을 인정한 다음, 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항을 적용함에 있어 예비벤처기업확인 후 벤처기업확인까지 받은 경우에는 처음부터 벤처기업 확인을 받은 경우와 실질적으로 다르게 취급할 이유가 없으므로 이 사건에서 원고가 예비벤처기업확인을 받은 날 이후에 사업용 재산으로서 이 사건 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 마친 이상 이는 취득세 및 등록세 등의 감면대상에 해당한다고 판단하였다.
 이러한 원심의 판단은 앞서 본 각 규정과 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 위 규정에 관한 법리오해 등으로 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 없다. 
 4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 안대희(재판장) 김능환 민일영 이인복(주심)

구 ‘벤처기업육성에 관한 특별조치법’에 따라 예비벤처기업확인을 받고 사업용 재산을 취득하여 등기를 마친 다음 실제로 벤처기업확인을 받은 경우, 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항에 따른 취득세 및 등록세 면제대상이 되는지 여부(적극)

구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8138호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제119조 제3항 제1호 괄호규정에서 창업벤처중소기업의 창업일로 보는 ‘벤처기업으로 확인받은 날’은 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2006. 3. 3. 법률 제7868호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘벤처기업법’이라 한다) 제25조에 의하여 벤처기업으로 확인받은 날을 의미하는데, 벤처기업법 제2조의2 제1항 제3호 (다)목 (2)와 제25조는 벤처기업의 요건과 확인절차를 규정하면서 예비벤처기업과 벤처기업을 구분하지 않고 있으며, 벤처기업 확인요령(중소기업청고시 제2003-12호, 이하 ‘벤처기업 확인요령’이라 한다)에서도 예비벤처기업확인은 벤처기업확인과 동일하게 벤처기업법 제25조에 의한 것임을 밝히고 있는 점, 벤처기업 확인요령에 의하면 창업 후 예비벤처기업확인서를 발급받은 경우 그로부터 6개월이 경과하기만 하면 벤처기업확인서를 발급받을 수 있고 유효기간도 예비벤처기업확인서의 유효기간과 동일하여 예비벤처기업확인을 받은 기업은 폐업을 하지 않는 한 벤처기업확인을 받은 기업으로 당연히 전환된다고 할 수 있는 점 등을 고려하면 벤처기업의 창업을 지원하기 위한 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항을 적용할 때 창업 후 예비벤처기업확인을 받은 기업이 창업 초창기에 사업용 재산을 취득하였음에도 예정된 벤처기업확인을 받기 전이라는 이유로 달리 취급할 필요가 없으므로, 벤처기업으로 확인받은 다음에 사업용 재산을 취득하고 등기한 경우뿐만 아니라 벤처기업확인으로 당연히 전환될 수 있는 예비벤처기업확인 이후 사업용 재산을 취득하고 그에 관한 등기를 마친 다음 실제로 벤처기업확인을 받은 경우에도 위 규정에 따른 취득세 및 등록세의 면제대상이 된다고 보는 것이 타당하다.