등록세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2011.06.10 / 시행일:

【원고, 상고인】 재단법인 한국기독교장로회총회유지재단 (소송대리인 법무법인 바른 담당변호사 김관중)
【피고, 피상고인】 서울특별시 강북구청장 (소송대리인 법무법인 동인 담당변호사 홍성무 외 1인)
【원심판결】 서울고법 2008. 9. 30. 선고 2008누4499 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호, 구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항 및 구 지방세법 시행규칙(2008. 3. 24. 행정안전부령 제10호로 개정되기 전의 것) 제55조의2의 각 규정에 의하면, 등록세 중과 요건인 대도시 내에서의 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산등기에 있어 지점 또는 분사무소는 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 그 명칭 여하를 불문하고 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 당해 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하는바, 여기서 말하는 인적 설비는 당해 법인의 지휘·감독하에 인원이 상주하는 것을 뜻할 뿐이고 그 고용형식이 반드시 당해 법인에 직속하는 형태를 취할 것을 요구하는 것은 아니다(대법원 1998. 4. 24. 선고 98두2737 판결, 대법원 2007. 8. 24. 선고 2005두13469 판결 참조). 
 그리고 위 각 규정은 대도시 내로의 인구유입에 따른 인구팽창을 막고 대도시의 인구 분산을 기하는 데 그 목적이 있는 것이나, 일단 위 각 규정에 정한 요건사실이 충족되면 일률적으로 위 각 규정을 적용하여야 하는 것이 원칙이고, 구체적인 사안에서 그 입법 목적과의 배치 여부를 따져 그 적용 여부를 결정할 수는 없다(대법원 1999. 3. 26. 선고 98두1673 판결, 대법원 2007. 8. 23. 선고 2005두13162 판결 참조).
 2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, ① 원고는 기독교 선교활동 등을 목적으로 1980. 11. 26. 서울 종로구 (주소 1 생략)에 주사무소를 두고 설립된 비영리법인으로서, 서울 서대문구 (주소 2 생략) 대지를 증여받아 그곳에 총회회관을 신축하여 임대할 목적으로, 2003. 5. 26. 사업장 소재지를 그곳으로 하고 업종을 부동산임대업으로 한 사업자등록과 함께 분사무소 설치등기를 마친 사실, ② 그런데 그곳에 있던 건물이 문화재로 지정되는 바람에 총회회관의 신축계획이 무산되자, 원고는 그 대안으로 2004. 12. 20. 서울 강북구 (주소 3 생략) 등 토지 및 그 지상의 각 건물(이하 위 각 토지와 건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하여 2005. 3. 21. 원고의 주사무소를 서울 강북구 (주소 3 생략)으로 이전한 후 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마친 사실, ③ 원고는 이 사건 부동산 중 원고의 주사무소가 위치한 종교시설 부분을 제외한 기존의 숙박시설 부분을 호텔로 운영하기로 하고, 2005. 7. 4. 주식회사 에이치티씨(이하 ‘에이치티씨’라 한다)와 그에 관한 위탁운영계약을 체결하면서 원고가 에이치티씨에 대한 업무감독권, 시정요구권 및 회계담당직원의 지정권 등을 가지고 필요한 자금이나 인건비를 직접 지급하며, 에이치티씨가 원고에게 매일 발생한 수입금을 송금함과 아울러 매월 운영실적도 보고하도록 한 사실, ④ 이어서 원고는 2005. 8. 29. 서울 서대문구 (주소 2 생략)을 소재지로 한 사업자등록에 관하여 그 사업자명을 호텔의 이름을 딴 ‘재단법인 ○○○○○○○○○’로, 그 소재지를 서울 강북구 (주소 3 생략)으로 각 변경하고 업종에 호텔업·한식업·외환교환업을 추가하는 내용의 사업자등록정정을 한 다음, 2006. 1. 20. 그에 따른 분사무소 이전등기까지 마친 사실, ⑤ 이에 피고는 2006. 12. 10. 이 사건 부동산 중 숙박시설 부분에 원고의 분사무소가 새롭게 설치된 것으로 보아 그에 관한 소유권이전등기는 대도시 내에서의 지점 등의 설치에 따른 부동산등기에 해당한다는 이유로 그 등록세를 중과한 이 사건 부과처분을 한 사실 등을 인정하였다.
 원심은 위와 같은 사실관계를 토대로 하여, 원고가 숙박시설 부분에 관하여 호텔업 등을 위한 사업자등록을 갖춘 것은 별도의 분사무소를 설치하기 위한 것으로 보일 뿐만 아니라 그에 관한 회계도 구분하였고, 원고가 에이치티씨의 호텔영업에 관한 업무와 회계에 광범위하게 관여하고 감독할 수 있었으므로, 원고가 이 사건 부동산 중 숙박시설 부분에 관하여 각종 물적 설비를 갖추고 에이치티씨의 직원들을 지휘·감독함으로써 그 인적 설비까지 갖추어 호텔업 등의 사업을 계속적으로 행하였다고 봄이 상당하다는 이유로, 원고가 그곳에 분사무소를 실질적으로 새롭게 설치하였다고 보아 그에 관한 등록세를 중과한 이 사건 부과처분이 적법하다고 판단하였다.
 앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 등록세 중과요건에 관한 법리오해나 이유불비 등의 잘못이 없다. 
 3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이인복(재판장) 김능환 민일영(주심)

[1] 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 등록세 중과 요건인 ‘대도시 내 지점 또는 분사무소 설치에 따른 부동산등기’에서 ‘지점 또는 분사무소’의 의미와 그 인적 조직의 고용형식이 반드시 당해 법인에 직속하는 형태를 취해야 하는지 여부(소극) 및 등록세 중과 요건 사실이 충족된 경우 입법 목적에 배치되는지에 따라 적용을 달리할 수 있는지 여부(소극)
[2] 비영리법인 甲이 주사무소가 위치한 부동산 중 일부 숙박시설 부분을 호텔로 운영하기로 하고 乙 회사와 위탁운영계약을 체결하였으나, 계속 乙 회사의 호텔영업 업무와 회계에 관여하고 乙 회사 직원들을 지휘·감독하면서 숙박시설 부분에 甲 법인 명의 사업자등록과 분사무소 이전등기까지 마치자 행정관청이 숙박시설 부분에 甲 법인의 분사무소가 설치된 것으로 보고 등록세를 중과하는 처분을 한 사안에서, 부과처분은 적법하다고 한 원심판단을 수긍한 사례

[1] 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호, 구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항 및 구 지방세법 시행규칙(2008. 3. 24. 행정안전부령 제10호로 개정되기 전의 것) 제55조의2의 규정에 의하면, 등록세 중과 요건인 ‘대도시 내 지점 또는 분사무소 설치에 따른 부동산등기’에서 ‘지점 또는 분사무소’는 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 그 명칭 여하를 불문하고 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 당해 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하는데, 여기서 말하는 인적 설비는 당해 법인의 지휘·감독하에 인원이 상주하는 것을 뜻할 뿐이고 고용형식이 반드시 당해 법인에 직속하는 형태를 취할 것을 요구하는 것은 아니다. 그리고 위 각 규정은 대도시 내 인구유입에 따른 인구팽창을 막고 대도시의 인구 분산을 기하는 데 목적이 있는 것이나, 일단 위 각 규정에 정한 요건사실이 충족되면 일률적으로 규정을 적용하여야 하는 것이 원칙이고, 구체적인 사안에서 입법 목적과의 배치 여부를 따져 적용 여부를 결정할 수는 없다.
[2] 기독교 선교활동 등을 목적으로 설립된 비영리법인 甲 법인이 주사무소가 위치한 토지 및 건물의 종교시설 부분을 제외한 기존 숙박시설 부분을 호텔로 운영하기로 하고 제3자인 乙 회사에게 그에 관한 위탁운영계약을 체결하였으나, 계속 乙 회사의 호텔영업에 관한 업무와 회계에 광범위하게 관여하고 乙 회사 직원들을 지휘·감독하면서 숙박시설 부분에 甲 법인 명의의 사업자등록과 분사무소 이전등기까지 마치자 행정관청이 숙박시설 부분에 甲 법인의 분사무소가 새롭게 설치된 것으로 보고 그에 관한 소유권이전등기는 ‘대도시 내에서의 지점 등의 설치에 따른 부동산등기’에 해당한다는 이유로 등록세를 중과하는 처분을 한 사안에서, 甲 법인이 숙박시설 부분에 호텔업 등을 위한 사업자등록을 갖춘 것은 별도의 분사무소를 설치하기 위한 것으로 보일 뿐만 아니라 그에 관한 회계도 구분하였고, 甲 법인이 乙 회사의 호텔영업에 관한 업무와 회계에 광범위하게 관여하고 감독할 수 있었으므로, 甲 법인이 부동산 중 숙박시설 부분에 관하여 각종 물적 설비를 갖추고 乙 회사 직원들을 지휘·감독함으로써 인적 설비까지 갖추어 호텔업 등의 사업을 계속적으로 행하였다고 봄이 상당하다는 이유로, 甲 법인이 그곳에 분사무소를 실질적으로 새롭게 설치하였다고 보아 등록세를 중과한 처분이 적법하다고 한 원심판단을 수긍한 사례.