산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 자가 부동산을 취득하더라도 스스로 이를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대할 목적이 있는 경우에는 그 임대가 이 사건 괄호규정이 정하는 중소기업자에 대한 임대가 아닌경우 취득세와 등록세의 면제대상에 해당하는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2012.11.29 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

상고이유를 판단한다.
구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제280조 제5항은 "대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 의하여 취득세·등록세 및 재산세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다."고 규정하면서, 그 제2호에서 "물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다."고 규정하고, 그 위임에 의한 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제226조의2 제2항은 "법 제280조 제5항 제2호에서 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제7호 각 목의 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 얻어 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우를 제외한다)을 말한다."고 규정하고 있다.
원심은 그 채택증거에 의하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 구 지방세법 제280조 제5항 및 구 지방세법 시행령 제226조의2 제2항은 물류사업을 영위하고자 하는 자가 물류단지시설을 새로 설치하기 위하여 토지와 건축물을 취득하는 경우에 취득세와 등록세를 면제하는 규정이므로 물류사업을 영위하고자 하는 자가 이미 설치되어 있는 물류단지시설을 취득하는 경우는 위 규정의 적용대상이 아니라고 전제하고, 원고가 물류단지개발사업 시행자인 00공사로부터 분양받은 이 사건 전유건물 및 이 사건 대지지분은 00공사가 물류단지시설로 설치한 대규모점포이고, 그 분양 이후 원고가 이 사건 전유건물에서 대형마트를 운영하기 위한 대수선을 하였다고 하더라도 그 전후에 걸쳐 이 사건 전유건물이 물류단지시설에 해당함에는 변함이 없으므로 원고가 물류단지시설을 새로 설치하기 위하여 이 사건 전유건물 및 이 사건 대지지분을 취득하였다고 볼 수 없어 이는 위 규정에 의한 취득세와 등록세 면제대상에 해당하지 않는다고 판단하였다. 나아가 원심은 구 지방세법 제280조 제5항이 ‘대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산’이라고 규정한 것은 대통령령으로 정하는 대상을 ‘물류단지’로 한정한 것이 아니라 ‘물류단지 안에서 취득하는 부동산’으로 한 것이므로 구 지방세법 시행령 제266조의2 제2항에 대한 모법의 위임근거가 없지 않다고 보아 이를 다투는 원고의 주장을 배척하였다.
앞서 본 법령규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 구 지방세법 제280조 제5항과 구 지방세법 시행령 제226조의2 제2항에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2012. 6. 8. 선고 2011누35370 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소한다.
위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
2. 원고의 항소를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 인정사실

갑 제1 내지 7호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.
[1]

○ 00000공사(이하 ‘00공사’라고 한다)가 서울 00구 00동 292 외 29필지를 대지로 하는 지하5층~지상10층의 집합건물을 신축하고 2009. 2. 3. 그 소유권보존등기를 마친 다음 2010. 2.부터 이를 분양하였다(이하 위 집합건물을 ‘이 사건 집합건물’이라고 한다).
○ 원고는 2010. 3. 5. 00공사와 사이에, 이 사건 집합건물 중 제비1-에이01호를 비롯한 면적 합계 9,895.59㎡의 261개 전유부분 및 위 대지 중 위 전유부분에 해당하는 3,495.09㎡에 관한 지분을 대금 합계 874억 원에 분양받는 계약을 체결하고, 그 대금을 모두 지급하였다(이하 위 261개 전유부분을 ‘이 사건 전유건물’이라고 하고, 위 지분을 ‘이 사건 대지지분’이라고 한다).
○ 원고는 2010. 12. 31. 이 사건 전유건물에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 이 사건 대지지분에 관하여는 소유권이전등기를 마치지 않았다.
[2]

○ 원고는 2010. 12. 31. 피고에게 △ 이 사건 전유건물과 이 사건 대지지분의 취득세 1,603,678,140원 및 농어촌특별세 160,367,180원, △ 이 사건 전유건물의 등록세 1,445,524,820원 및 지방교육세 289,104,960원을 각 신고·납부하였다.
○ 2010. 3. 31. 전부개정되어 2011. 1. 1.부터 시행되기 이전의「지방세법」제72조제1항은, 지방세를 신고·납부한 경우 그 신고·납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다고 규정하였고, 이에 따라 원고가 위와 같이 취득세와 등록세를 신고·납부하였을 때에 피고의 처분이 있었던 것으로 보게 되었다(이하 위와 같은 처분을 "이 사건 처분"이라고 한다).
2. 「지방세법」및 시행령
·원고가 앞서 본 바와 같이 이 사건 전유건물과 이 사건 대지지분을 분양받아 취득하였을 당시 시행되던「지방세법」은 아래와 같이 규정하였다.
제280조 (중소기업 등의 지원을 위한 감면)

⑤ 대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 의하여 취득세·등록세 및 재산세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
1. 물류단지개발사업 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다.
2. 물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.·위「지방세법」의 시행령은 아래와 같이 규정하였다.
제226조의2 (유통단지 및 유통사업의 범위)

① 법 제280조 제5항 각 호 외의 부분 본문에서 「대통령령이 정하는 물류단지란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제22조에 따른 물류단지를 말한다.
② 법 제280조 제5항 제2호에서 「물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산이란「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제7호 각 목의 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지취득일 전에 그 사용승인을 얻어 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우를 제외한다)을 말한다.
3. 원고의 주장

「지방세법」제280조 제5항 제2호는 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’에 대하여 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하였을 뿐, 이에 관하여 대통령령으로 정하도록 위임한 바가 없다.
따라서「지방세법」시행령 제226조의2 제2항이 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’에 관하여 규정한 것은, 모법인「지방세법」제280조 제5항 제2호의 의미를 구체화·명확화하는 범위 내에서만 해석해야 한다.
이러한 해석에 의하면, ‘물류사업자가 최초로 취득하는 부동산’에 대하여 취득세와 등록세를 면제하는 것으로서, ‘물류사업자가 직접 신축한 부동산’에 대해서만 취득세와 등록세를 면제하는 것이 아니다.
이와 달리「지방세법」시행령 제226조의2 제2항을 ‘물류사업자가 직접 신축한 부동산’에 대해서만 취득세와 등록세를 면제하는 것으로 해석한다면, 이는 조세법률주의의 엄격해석원칙과 위임입법의 한계에 어긋나는 것으로서 허용되지 않는다. 나아가 위 시행령이 위와 같이 해석될 수밖에 없다면, 이는 위임의 근거 없이 모법의 취지에 반하는 규정으로서 위헌·무효이다.
원고는 00공사로부터 이 사건 전유건물과 이 사건 대지지분을 분양받아 이를 취득하였으므로, 이는 ‘물류사업자가 최초로 취득하는 부동산’에 해당하여 취득세와 등록세가 면제되고, 따라서 이 사건 처분은 위법하다.
4. 판단

가. 「지방세법」및 그 시행령

[1]

(1) 법률의 시행령이나 시행규칙은 그 법률에 의한 위임이 없으면 개인의 권리·의무에 관한 내용을 변경·보충하거나 법률에 규정되지 아니한 새로운 내용을 정할 수는 없지만, 법률의 시행령이나 시행규칙의 내용이 모법의 입법취지 및 관련조항 전체를 유기적·체계적으로 살펴보아 모법의 해석상 가능한 것을 명시한 것에 지나지 아니하거나 모법 조항의 취지에 근거하여 이를 구체화하기 위한 것인 때에는 모법의 규율범위를 벗어난 것으로 볼 수 없으므로, 모법에 이에 관하여 직접 위임하는 규정을 두지 않았다고 하더라도 이를 무효라고 볼 수 없다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2008두13637 판결).
(2)「지방세법」제280조 제5항은, △ ‘대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산’에 대하여 취득세와 등록세 및 재산세를 감면한다고 규정하면서, △ ‘물류단지개발사업 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산’에 대하여 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하는 한편, △ ’물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산‘에 대하여 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하였다.
(3)「지방세법」제280조 제5항은 위와 같이 ‘대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산’에 대하여 취득세와 등록세 및 재산세를 감면한다고 규정하였는바, 이러한 취득세와 등록세 및 재산세는 모두 부동산에 대하여 과세하는 것이므로,「지방세법」제280조 제5항의 기본적인 입법취지는, 일정 범위로 제한된 부동산에 대하여 취득세와 등록세 및 재산세를 감면하는 것이라고 할 것이다.
「지방세법」제280조 제5항은 또한 ‘물류단지개발사업 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산’과 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’에 대하여 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하였는바, 이는 앞서 본 바와 같이 일정 범위로 제한된 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 감면함에 있어서, 그러한 부동산의 범위를 ’물류단지개발사업 시행자‘, ’물류사업을 영위하고자 하는 자‘, ’개발‘, ’취득‘, ’물류사업용‘ 등을 기준으로 제한한 것이라고 할 것이다.
(4) 위에서 본 바에 의하면,「지방세법」제280조 제5항이 ‘대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산’이라고 규정한 것은, △ 대통령령으로 정하는 대상을 ‘물류단지’로 한정한 것이 아니라, △ 대통령령으로 정하는 대상을 ‘물류단지 안에서 취득하는 부동산’으로 한 것으로서, △ ‘물류단지’에 관해 대통령령으로 정하면서 ‘취득’이나 ‘부동산’에 관해서도 대통령령으로 정할 수 있도록 한 것이라고 할 것이다.
[2]

(1)「지방세법」시행령 제226조의2 제1항은,「지방세법」제280조 제5항 소정의 ‘대통령령이 정하는 물류단지’는 물류시설법 제22조에 따른 물류단지를 말한다고 규정하였다.
이러한 시행령의 규정은, 앞서 본 바와 같이「지방세법」제280조 제5항이 ‘대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산’ 이라고 규정한 것 가운데 ‘물류단지’에 관하여 대통령령으로 정한 것이라고 할 것이다.
(2) 또한 위 시행령 제226조의2 제2항은,「지방세법」제280조 제5항 제2호 소정의 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’은「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」(이하 ‘물류시설법’이라고 한다) 소정의 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물을 말한다고 규정하면서, 토지취득일 전에 사용승인을 얻어 신축한 건축물을 포함하되 기존 건축물을 취득한 경우를 제외한다고 규정하였다.
이러한 시행령의 규정은, 앞서 본 바와 같이「지방세법」제280조 제5항이 ‘대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산’ 이라고 규정한 것 가운에 ‘취득’과 ‘부동산’에 관하여 대통령령으로 정한 것이라고 할 것이다.
[3]

(1) 한편으로 2008. 2. 4.부터 시행된 물류시설법은, △ 물류시설을 합리적으로 배치ㆍ운영하고 물류시설 용지를 원활히 공급하여 물류산업의 발전을 촉진함으로써 국가경쟁력을 강화하고 국토의 균형 있는 발전과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하면서(제1조), △ 국가 또는 지방자치단체는 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 위하여「지방세법」등으로 정하는 바에 따라 지방세 등을 감면할 수 있다고 규정하였다(제58조).
또한 물류시설법은, △ 물류단지라고 함은 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치·육성하기 위하여 지정·개발하는 일단의 토지를 말한다고 규정하고(제2조 제6호), △ 물류단지시설은「유통산업 발전법」소정의 대규모점포, 전문상가단지 등을 말한다고 규정하였으며(제2조 제7호), △ 물류단지개발사업 시행자는 물류단지개발사업에 따라 개발한 토지ㆍ시설 등을 직접 사용하거나 분양 또는 임대하여야 한다고 규정하고(제50조 제1항), △ 물류단지의 입주기업체는 물류단지개발사업 시행자와 분양계약을 체결한 날부터 국토해양부령으로 정하는 기간 안에 그 물류단지시설의 건설공사에 착수하거나 토지ㆍ시설 등을 처분하여야 한다고 규정하였다(제50조의2 제1항).
(2)「지방세법」제280조 제5항은 앞서 본 바와 같이 일정 범위로 제한된 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 감면함에 있어서 그러한 부동산의 범위를 ’물류단지개발사업 시행자‘, ’물류사업을 영위하고자 하는 자‘, ’개발‘, ’취득‘, ’물류사업용‘ 등을 기준으로 제한하였다.
「지방세법」제280조 제5항의 위와 같은 규정과 앞서 본 물류시설법의 규정을 종합해 보면,「지방세법」제280조 제5항의 입법취지는, △ 물류단지개발사업 시행자가 물류단지를 개발하여 분양하고, 물류사업을 영위하고자 하는 자가 위 시행자로부터 토지를 분양받아 물류단지시설을 설치하는 물류시설법 소정의 관계에 기초하여, △ 관련 취득세와 등록세를 면제함으로써, △ 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 통한 물류산업 발전을 촉진하는 것이라고 할 것이다.
[4]

(1)「지방세법」시행령 제226조의2 제2항은 앞서 본 바와 같이,「지방세법」제280조 제5항 제2호 소정의 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’은 물류시설법 소정의 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물을 말한다고 규정하면서, 토지취득일 전에 사용승인을 얻어 신축한 건축물을 포함하되 ‘기존 건축물’을 취득한 경우를 제외한다고 규정하였다.
위와 같이 ‘물류단지시설을 설치하기 위하여’라고 규정한 것에 비추어 보면, 위 시행령의 규정은, △ 물류사업을 영위하고자 하는 자가 물류단지시설을 새로 설치하기 위하여 토지와 건축물을 취득하는 경우에 취득세와 등록세를 면제하는 것으로서, △ 물류사업을 영위하고자 하는 자가 이미 설치되어 있는 물류단지시설을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제하지 않는 것이고, 또한 물류단지시설이 아닌 기존의 건축물을 취득하여 물류단지시설을 설치하는 경우에도 취득세와 등록세를 면제하지 않는 것이라고 할 것이다.
(2) 위 시행령의 모법인「지방세법」제280조 제5항의 입법취지는 앞서 본 바와 같이, △ 물류단지개발사업 시행자가 물류단지를 개발하여 분양하고, 물류사업을 영위하고자 하는 자가 위 시행자로부터 토지를 분양받아 물류단지시설을 설치하는 물류시설법 소정의 관계에 기초하여, △ 관련 취득세와 등록세를 면제함으로써, △ 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 통한 물류산업 발전을 촉진하는 것이다.
(3) 그런데 물류시설법은 앞서 본 바와 같이, △ 물류단지라고 함은 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치·육성하기 위하여 지정·개발하는 일단의 토지를 말한다고 규정하고(제2조 제6호), △ 물류단지시설은「유통산업 발전법」소정의 대규모점포, 전문상가단지 등을 말한다고 규정하였으며(제2조 제7호), △ 물류단지개발사업 시행자는 물류단지개발사업에 따라 개발한 토지ㆍ시설 등을 직접 사용하거나 분양 또는 임대하여야 한다고 규정하고(제50조 제1항), △ 물류단지의 입주기업체는 물류단지개발사업 시행자와 분양계약을 체결한 날부터 국토해양부령으로 정하는 기간 안에 그 물류단지시설의 건설공사에 착수하거나 토지ㆍ시설 등을 처분하여야 한다고 규정하였다(제50조의2 제1항).
위와 같은 규정에 의하면, △ 물류사업을 영위하고자 하는 자가 물류단지개발사업 시행자로부터 물류단지에 속하는 토지를 분양받아 그 토지에 물류단지시설을 건설하는 경우, 물류산업의 기초가 물류사업자에 의하여 마련된다고 할 수 있는데, △ 물류단지개발사업 시행자가 물류단지시설을 설치하여 분양하는 경우에는, 물류단지개발사업 시행자에 의하여 물류산업의 기초가 이미 마련된 상태에서 물류사업을 영위하고자 하는 자가 물류단지시설을 분양받을 뿐이다.
(4) 그렇다면,「지방세법」시행령 제266조의2 제2항이 물류사업을 영위하고자 하는 자가 이미 설치되어 있는 물류단지시설을 취득하는 경우나 물류단지시설이 아닌 기존의 건축물을 취득하여 물류단지시설을 설치하는 경우 취득세와 등록세를 면제하지 않는 것으로 규정한 것은, 모법인「지방세법」제280조 제5항의 입법취지와 관련법률인 물류시설법에 근거한 것으로서, 위 시행령의 규정이 모법의 위임이 없는 것이라거나 모법의 규율범위를 벗어난 것이라고 할 수 없다.
나. 이 사건 전유건물 및 이 사건 대지지분

갑 제1 내지 9호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.
[1]

○ 00시장이 2004. 11. 25.「유통단지 개발촉진법」에 기하여 서울 00구 00동 280 일대 515,116㎡를 ‘00000 유통단지’로 지정하고, 00공사를 위 ‘유통단지개발사업’의 시행자로 지정하였다(00시 고시 제2004-391호).
○ 2008. 2. 4. 물류시설법이 시행되면서, 위 ‘유통단지’를 ‘물류단지’로, 위 ‘유통단지개발사업’을 ‘물류단지개발사업’으로 보게 되었다(이하 위 ‘00000 유통단지를 ’이 사건 물류단지‘라고 한다).
○ 00시장이 2010. 3. 18. 물류시설법에 기하여 이 사건 물류단지를 변경 지정하고 그 실시계획을 변경 승인하였다(00시 고시 제2010-95호).
○ 위와 같이 변경 승인된 실시계획에서는, 이 사건 물류단지에 ‘물류단지시설’로 아래와 같은 ‘물류시설’ 및 ‘상류시설’을 설치하기로 하였다.·물류시설 : 물류터미널, 집배송센타, 창고, 차고지
·상류시설 : 전문상가, 대규모점포, 복합시설(상)

○ 또한 위 실시계획에서는 위 ‘상류시설’ 중 ‘대규모점포’에 관하여, 그 ‘권장 용도’를「유통산업 발전법」제2조 제3호에 의한 대규모점포 및 부대시설로 하고, ‘허용 용도’를 유동상업지역 내 설치가능한 용도로 하였다.
[2]

○ 00공사는 위 실시계획에 따라 이 사건 물류단지에 ‘물류단지시설’로서, ‘00000’(0000000)라고 칭하는 일단의 건물들을 신축하였다.
○ 위 ‘00000’는 5개 구역으로 나누어진 일단의 건물들이었는데, 이러한 5개 구역은, △ 00000 라이프‘(0000000 Life)라고 칭하는 복합 문화쇼핑 구역, △ ’00000 웍스‘(0000000 Works)라고 칭하는 기술제품 유통 구역, △ ’00000 툴‘(0000000 Tool)이라고 칭하는 공구 및 기초소재 유통 구역, △ ’00000 익스프레스‘(0000000 Express)라고 칭하는 물류터미널 및 집배송센터 등의 물류 구역, △ ’00000 드림‘(0000000 Dream)이라고 칭하는 업무 구역이었다.
[3]

○‘00000’는 위와 같이 5개 구역으로 나누어진 일단의 건물들이었는데, 00공사가 그 건물들 중의 하나로서, 서울 00구 00동 292 외 29필지를 대지로 하는 이 사건 집합건물을 신축하였다.
○ 이 사건 집합건물은 판매시설, 창고시설, 업무시설 건물로서, 위 ‘00000’의 5개 구역 중 △ ‘00000 라이프’ 구역, △ ’00000 웍스‘ 구역, △ ’00000 툴‘의 3개 구역이 이 사건 집합건물에 위치하였다.
[4]

○ 원고는 앞서 본 바와 같이 2010. 3. 15. 00공사와 사이에 이 사건 전유건물 및 이 사건 대지지분을 분양받는 계약을 체결하고 그 대금을 모두 지급하였는데, △ 이 사건 전유건물은 이 사건 집합건물 중 공구 및 기초소재 유통을 위한 점포들로 구분되어 있는 ‘00000 툴’ 구역에 위치한 것으로서 면적 합계 9,895.59㎡의 261개 전유부분이고, △ 이 사건 대지지분은 이 사건 집합건물의 대지 중 이 사건 전유건물에 해당하는 3,495.09㎡에 관한 지분이었다.
○ 그 후 원고는 이 사건 전유건물에서 대형마트를 운영하기 위하여 2011. 2. 9. 피고로부터 건축·대수선·용도변경 허가를 받아 약 150억 원을 투자하여 대수선을 하였고, 2011. 6. 21. 사용승인을 받았다.
다. 납세의무

(1) 위 인정사실에 의하면, △ 이 사건 집합건물은 00공사가 물류단지개발사업 시행자로서 그 실시계획에 따라 ‘물류단지시설’ 중 ‘상류시설’로 신축한 것으로서, 이러한 상류시설은 전문상가, 대규모점포, 복합시설이고, △ 원고가 00공사로부터 분양받은 이 사건 전유건물은 이 사건 집합건물 중 공구 및 기초소재 유통을 위한 점포들로 구분되어 있는 ‘00000 툴’ 구역에 위치한 것으로서 면적 합계 9,895.59㎡의 261개 전유부분이고, △ 원고가 00공사로부터 분양받은 이 사건 대지지분은 이 사건 집합건물의 대지 중 이 사건 전유건물에 해당하는 3,495.09㎡에 관한 지분이었다.
한편으로 물류시설법에서는 물류단지시설의 하나로서「유통산업 발전법」제2조 제3호 소정의 대규모점포를 규정하였고,「유통산업 발전법」제2조 제3호 및 그 시행령 제3조에 의하면, 위와 같은 대규모점포는 하나 또는 2 이상의 연접되어 있는 건물 안에 하나 또는 여러 개로 나누어 설치되고 상시 운영되며 매장면적의 합계가 3,000㎡ 이상인 매장을 보유한 점포의 집단으로서 대형마트, 전문점, 백화점, 쇼핑센터 등이다.
(2) 그렇다면, △ 원고가 이 사건 전유건물 및 이 사건 대지지분을 분양받은 것은, 물류단지개발사업 시행자인 00공사가 물류단지시설로 설치한 대규모점포를 분양받은 것이고, △ 그 분양 이후 원고가 이 사건 전유건물에서 대형마트를 운영하기 위한 대수선을 하였다고 하더라도, 그 대수선 이전이나 이후에 있어서 이 사건 전유건물이 대규모점포에 해당하는 것은 변함이 없다고 할 것이며, △「지방세법」제280조 제5항 및 그 시행령 제266조의2 제2항에 의하면, 물류사업을 영위하고자 하는 자가 이미 설치되어 있는 물류단지시설을 취득하는 경우 취득세와 등록세를 면제하지 않는 것이므로, △ 결국 이 사건 전유건물 및 이 사건 대지지분에 대하여는 취득세와 등록세가 면제되지 않는다고 할 것이다.
(3) 따라서 원고는 이 사건 전유건물 및 이 사건 대지지분에 대하여 취득세와 등록세 및 이에 따른 농어촌특별세와 지방교육세의 납세의무가 있다고 할 것이고, 원고가 위와 같은 조세를 신고·납부할 때 이 사건 처분이 있었던 것으로 보게 되었으므로, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없다고 할 것이다.
5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
[별지 2]

관계 법령

<1>

「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
7. 「물류단지시설「이란 화물의 운송ㆍ집화ㆍ하역ㆍ분류ㆍ포장ㆍ가공ㆍ조립ㆍ통관ㆍ보관ㆍ판매ㆍ정보처리 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는 다음 각 목의 시설을 말한다.
가. 물류터미널 및 창고나.「유통산업발전법」제2조제3호ㆍ제7호ㆍ제15호 및 제17조의2의 대규모점포ㆍ전문상가단지ㆍ공동집배송센터 및 중소유통공동도매물류센터다. 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제2조제2호ㆍ제5호 및 제12호의 농수산물도매시장ㆍ농수산물공판장 및 농수산물종합유통센터라. 「궤도운송법」에 따른 궤도사업을 경영하는 자가 그 사업에 사용하는 화물의 운송ㆍ하역 및 보관 시설마. 「축산물위생관리법」제2조제11호의 작업장바. 「농업협동조합법」ㆍ「수산업협동조합법」ㆍ「산림조합법」또는 「중소기업협동조합법」에 따른 조합 또는 그 중앙회가 설치하는 구매사업 또는 판매사업 관련 시설사. 「화물자동차 운수사업법」제2조제2호의 화물자동차운수사업에 이용되는 차고, 화물취급소, 그 밖에 화물의 처리를 위한 시설아. 「약사법」제44조제2항제2호의 의약품 도매상의 창고 및 영업소시설자. 그 밖에 물류기능을 가진 시설로서 대통령령으로 정하는 시설차. 가목부터 자목까지의 시설에 딸린 시설(제8호가목 또는 나목의 시설로서 가목부터 자목까지의 시설과 동일한 건축물에 설치되는 시설을 포함한다)

제50조(개발한 토지ㆍ시설 등의 처분)

① 시행자는 물류단지개발사업에 따라 개발한 토지ㆍ시설 등을 직접 사용하거나 분양 또는 임대하여야 한다.
제50조의2(물류단지시설 등의 건설공사 착수 등)

① 입주기업체 또는 지원기관은 시행자와 분양계약을 체결한 날(물류단지개발사업의 준공 전에 분양계약을 체결한 경우에는 준공일을 말하고, 물류단지개발사업의 준공인가 전 사용허가를 받은 경우에는 사용허가일을 말한다)부터 국토해양부령으로 정하는 기간 안에 그 물류단지시설 또는 지원시설의 건설공사에 착수하거나 토지ㆍ시설 등을 처분하여야 한다. 다만, 국토해양부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
제50조의3(이행강제금)

① 물류단지지정권자는 제50조의2에 따른 의무를 이행하지 아니한 자에 대하여 국토해양부령으로 정하는 기한까지 그 의무를 이행할 것을 명하여야 하며, 그 기한까지 의무를 이행하지 아니하면 해당 토지ㆍ시설 등 재산가액(「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가업자의 감정평가액을 말한다)의 100분의 20에 해당하는 금액의 이행강제금을 부과할 수 있다.
제58조(조세 등의 감면)

국가 또는 지방자치단체는 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 위하여 「지방세법」·지방세감면조례·「농업·농촌기본법」·「농지법」·「산지관리법」·「개발이익환수에 관한 법률」·「수도권정비계획법」등으로 정하는 바에 따라 지방세·농지보전부담금·대체산림자원조성비·개발부담금 또는 과밀부담금 등을 감면할 수 있다.
<2>

「유통산업발전법」

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.1. 「유통산업「이라 함은 농산물·임산물·축산물·수산물(가공 및 조리물을 포함한다) 및 공산품의 도매·소매 및 이를 영위하기 위한 보관·배송·포장과 이와 관련된 정보·용역의 제공 등을 목적으로 하는 산업을 말한다.2. 「매장「이라 함은 상품의 판매와 이를 지원하는 용역의 제공에 직접 사용되는 장소를 말한다. 이 경우 매장에 포함되는 용역의 제공장소의 범위는 대통령령으로 정한다.3. 「대규모점포「라 함은 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 매장을 보유한 점포의 집단으로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.가. 하나 또는 대통령령이 정하는 2 이상의 연접되어 있는 건물 안에 하나 또는 여러 개로 나누어 설치되는 매장일 것나. 상시 운영되는 매장일 것다. 매장면적의 합계가 3천제곱미터 이상일 것3의2. "준대규모점포"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 점포로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.가. 대규모점포를 경영하는 회사 또는 그 계열회사(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 계열회사를 말한다)가 직영하는 점포나. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 상호출자제한기업집단의 계열회사가 직영하는 점포다. 가목 및 나목의 회사 또는 계열회사가 제5호가목에 따른 직영점형 체인사업 및 같은 호 나목에 따른 프랜차이즈형 체인사업의 형태로 운영하는 점포

<3>

「유통산업발전법」시행령

제3조(대규모점포의 종류 등)

① 법 제2조 제3호 각 목 외의 부분에서 「대통령령이 정하는 것「이라 함은 별표 1 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
[별표 1]

대규모점포의 종류(제3조제1항 관련)

1. 대형마트

제2조에 따른 용역의 제공장소(이하 "용역의 제공장소"라 한다)를 제외한 매장면적의 합계가 3천제곱미터 이상인 점포의 집단으로서 식품ㆍ가전 및 생활용품을 중심으로 점원의 도움 없이 소비자에게 소매하는 점포의 집단

-------------------------------------------------------

【하급심-서울행정법원 2011. 9. 1. 선고 2011구합10690 판결】

【주 문】 처분청일부승소

1. 피고가 2010. 12. 31. 원고에 대하여 한 1,603,678,140원의 취득세 부과처분 중 1,445,524,820원을 초과하는 부분, 160,367,810원의 농어촌특별세 부과처분 중 144,552,470원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 00시장은 2004. 11. 25. 00시 고시 제2004-391호로 00 00구 00동 280 일대 515,116㎡(약 155,823평)를 00000유통단지(이하 ‘이 사건 물류단지’라 한다)로, 00000공사(이하 ‘00공사’라 한다)를 위 유통단지개발사업의 사업시행자로 지정·고시하였다(이후 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률의 규정에 따라 위 유통단지는 물류단지로, 00공사는 유통단지개발사업시행자에서 물류단지개발사업시행자로 변경지정되었다).
나. 00공사는 물류단지개발사업시행자로서 이 사건 물류단지를 조성하는 한편, 전문상가의 입점을 위한 집합건축물(이하 ‘00000’라 한다)을 신축하여 2009. 2. 3. 소유권보존등기를 한 후, 2010. 2.경부터 이를 분양하였다.
다. 원고는 백화점 및 대형 소매점(대형 할인마트) 경영 등의 유통업을 주된 사업으로 하는 법인으로서, 이 사건 물류단지 안에서 물류단지시설인 대형마트(000)를 운영하기 위하여 2010. 3.경 00공사로부터 00000 다블록 지하 1층 전체 토지 및 건물(대지지분: 3,495.09㎡, 분양면적: 33,783.69㎡, 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 874억 원에 분양받는 계약을 체결하고 2010. 12. 31.까지 위 분양대금을 모두 지급한 후 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하였다(다만 대지지분에 관한 소유권이전등기는 미경료 상태임).
라. 원고는 2010. 12. 31. 별지 과세내역 기재와 같이 이 사건 부동산에 관한 취득세, 등록세 등을 신고납부하였다[구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항에 의하면 지방세를 신고납부한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 의제하고 있으므로, 이하 원고의 위 취득세, 등록세 등의 신고납부를 ‘이 사건 처분’이라 한다].
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 지방세법 제280조 제5항 제2호는 물류단지 안에서 물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 원고는 이 사건 물류단지 안에서 물류사업을 영위하고자 하는 자로서 물류사업용 부동산인 이 사건 부동산을 최초로 취득하였으므로 이 사건 부동산에 관한 취득세와 등록세가 면제되어야 함에도 원고가 00공사로부터 이 사건 부동산을 승계취득하였음을 이유로 그 취득세와 등록세가 면제되지 않는다고 본 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령

■ 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)

제72조 (청구대상)

① 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있다.
제111조 (과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.
제112조 (세율)

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.
제280조 (중소기업 등의 지원을 위한 감면)

⑤ 대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 의하여 취득세·등록세 및 재산세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
1. 물류단지개발사업시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다.
2. 물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.
제292조 (감면신청)

이 장의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 지방세감면신청을 하여야 한다. 다만, 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다.
■ 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제226조의2 (유통단지 및 유통사업의 범위)

① 법 제280조 제5항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령이 정하는 물류단지"란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제22조에 따른 물류단지를 말한다.
② 법 제280조 제5항 제2호에서 "물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이란「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제7호 각 목의 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지취득일 전에 그 사용승인을 얻어 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우를 제외한다)을 말한다.
■ 구 농어촌특별세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제3조(납세의무자)

다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자

제5조(과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
호별 6

과세표준 지방세법에 의하여 납부하여야 할 취득세액

세율 100분의 10

■ 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률

제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
7. "물류단지시설"이란 화물의 운송·집화·하역·분류·포장·가공·조립·통관·보관·판매·정보처리 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는 다음 각 목의 시설을 말한다.
나.「유통산업발전법」제2조제3호·제7호·제15호 및 제17조의2의 대규모점포·전문상가단지·공동집배송센터 및 중소유통공동도매물류센터

■ 유통산업발전법

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
3. "대규모점포"라 함은 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 매장을 보유한 점포의 집단으로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.
가. 하나 또는 대통령령이 정하는 2 이상의 연접되어 있는 건물 안에 하나 또는 여러 개로 나누어 설치되는 매장일 것

나. 상시 운영되는 매장일 것

다. 매장면적의 합계가 3천제곱미터 이상일 것

■ 유통산업발전법 시행령

제3조(대규모점포의 종류 등)

① 법 제2조 제3호 각 목 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 별표 1 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
[별표 1]

대규모점포의 종류(제3조제1항 관련)

1. 대형마트

제2조에 따른 용역의 제공장소(이하 "용역의 제공장소"라 한다)를 제외한 매장면적의 합계가 3천제곱미터 이상인 점포의 집단으로서 식품ㆍ가전 및 생활용품을 중심으로 점원의 도움 없이 소비자에게 소매하는 점포의 집단

다. 판단

1) 구 지방세법 제280조 제5항은 대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 의하여 취득세·등록세 및 재산세를 감면한다고 규정하면서, 그 제1호에서 물류단지개발사업시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다고 하고 있고, 그 제2호에서 물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감하도록 하고 있다.
그리고 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제226조의2 제2항은 구 지방세법 제280조 제5항 제2호에서 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’이라 함은 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제2조 제7호 각 목의 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 얻어 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우를 제외한다)을 말한다고 규정하고 있고, 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제2조 제7호 나목은 위 물류단지시설의 하나로 화물의 판매 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는 유통산업발전법 제2조 제3호의 대규모점포를 들고 있다.
위 규정들의 입법취지는 물류단지개발사업시행자와 물류사업을 영위하려는 자에게 물류단지를 개발하거나 물류사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 세제 혜택을 부여하여 물류단지개발 촉진 및 물류비용 절감을 통한 물류사업 촉진을 도모하고자 함에 있다고 할 것이다.
2) 원고가 이 사건 물류단지 안에서 물류사업을 영위하고자 이 사건 부동산을 취득하였다는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건의 쟁점은 이 사건 부동산이 구 지방세법 시행령 제226조의2 제2항에 정한 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’에 해당하는지 여부이다.
살피건대, 구 지방세법 제280조 제5항 제2호에 의하여 취득세 등이 감면되는 ‘물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’은 ① 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와, ② 그 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지취득일 전에 그 사용승인을 얻어 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우를 제외한다)일 것을 요하는바, 위 ①과 관련하여서는 물류사업을 영위하고자 하는 자가 물류단지시설을 ‘설치하기 위하여’ 물류단지개발사업시행자 등으로부터 물류단지 안의 토지를 취득할 것을 요하고(이점에서 이미 물류단지시설이 설치되어 있는 상태에서 이를 승계취득한 경우에는 물류사업을 영위하고자 하는 자가 물류단지 안에서 최초로 토지를 취득하는 경우라 하더라도 취득세, 등록세가 면제되지 않는다 할 것이고, 물류단지개발사업시행자가 물류단지를 ‘개발하기’ 위하여 취득하는 부동산과도 구별된다고 할 것이다), 위 ②와 관련하여서는 위 ①에 해당하는 토지를 취득하였음을 전제로 그 토지 취득일부터 5년 이내에 추가로 물류사업을 위한 토지를 취득하거나 물류사업을 위한 건축물을 ‘신축’하여 취득하여야 하고, 최초 토지 취득일부터 5년 이내의 물류사업을 위한 취득이라 하더라도 기존 건축물을 취득한 경우는 이에 해당하지 않는다 할 것이며(이점에서 위 규정의 기존 건축물은 물류사업자들 사이에서 승계취득한 건축물만을 의미한다는 원고의 주장은 이유 없다), 다만 최초 토지 취득일 전에 그 토지에 대한 사용승인을 얻어 ‘신축’한 물류사업을 위한 건축물은 최초 토지 취득일 이후에 신축한 건축물과 달리 볼 이유가 없으므로 그 역시 취득세, 등록세가 면제되는 물류사업용 부동산에 해당된다고 할 것이다.
이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 물류단지 안에서 물류단지시설인 대형마트(이마트)를 설치하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 것으로 보이므로, 이 사건 부동산 중 토지부분(대지지분)은 구 지방세법 제280조 제5항 제2호, 같은 법 시행령 제226조의2 제2항의 ‘물류사업을 영위하는 자가 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지’에 해당한다고 할 것이나, 이 사건 부동산 중 건물 부분은 물류단지개발사업시행자인 00공사가 신축한 기존 건축물을 취득한 것이어서 위 규정에 의한 취득세 등 감면대상 건축물에 해당된다고 볼 수 없다.
피고는, 00공사에 의하여 이미 물류단지시설이 설치된 상태에서 원고가 이를 승계취득한 것이므로 위 규정에 의한 감면대상 부동산에 해당되지 않는다는 취지로 주장하나, 앞서 본 인정사실에 의하면, 00공사는 물류단지개발사업시행자로서 물류단지를 개발, 조성하기 위하여 00000의 부속토지를 포함한 일단의 토지를 취득하고 건물을 신축한 것으로 보이고, 따라서 00공사가 이 사건 부동산 중 건물 부분을 신축한 것을 원고가 설치하려고 한 물류단지시설인 대형마트를 설치한 것으로 볼 수는 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.
3) 원고의 주장에 대한 판단

가) 원고는 물류사업을 영위하고자 하는 자의 입장에서 최초 취득한 부동산이라는 점에는 다름이 없는데도 이 사건 부동산 중 대지지분에 대하여만 취득세 등이 면제되고, 건물 부분에 대하여는 취득세 등이 면제되지 않는다고 해석하는 것은 구 지방세법 제280조 제5항 제2호의 입법목적에 부합하지 않는다는 취지로 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않으며(대법원 2004. 3. 12. 선고 2002두5955 판결 참조), 또한 위와 같은 해석이 물류사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 관하여 세제 혜택을 부여하여 물류비용 절감을 통한 물류사업 촉진을 도모하고자 하는 위 규정의 입법취지에 어긋난다고 할 수도 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
나) 원고는 모법인 구 지방세법 제280조 제5항의 위임이 없음에도 구 지방세법 시행령 제226조의2 제2항의 규정을 모법과 달리 제한하여 해석하는 것은 조세법률주의의 엄격해석원칙과 위임입법의 한계에 어긋난다고 주장하나, 구 지방세법 시행령 제226조의2 제2항의 규정은 모법인 구 지방세법 제280조 제5항 제2호의 의미를 구체화·명확화한 것에 불과하고, 구 지방세법 제280조 제5항의 문언 자체가 위와 같은 구체화·명확화를 예정하고 있다고 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.
다) 원고는 구 지방세법 제280조 제5항 단서에서 취득세 등이 감면되는 부동산을 그 취득일부터 일정 기간 내에 직접 사용하지 않거나 매각하는 등 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는데, 만약 물류단지개발사업자로부터 최초로 분양받은 물류사업용 부동산에 대하여 취득세 등의 면제를 부인한다면 물류사업을 영위하고자 하는 자가 처음부터 분양받은 물류사업용 부동산을 물류사업과 무관한 용도로 사용하거나 시세차익을 노리고 전매하더라도 아무런 불이익이 따르지 않기 때문에 위 규정의 단서 조항이 독자적인 의미가 없다고 주장하나, 위와 같은 사정을 근거로 이 사건 부동산 중 건물 부분이 구 지방세법 제280조 제5항 제2호에 정한 취득세 등이 면제되는 물류사업용 부동산이라고 해석할 수는 없고, 원고가 지적한 위와 같은 사안은 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제65조 제7호에 따라 같은 법 제51조 제1항 위반을 이유로 형사처벌을 함으로써 규제가 가능하므로, 원고의 위 주장역시 이유 없다.
4) 소결론

그렇다면 이 사건 처분 중 이 사건 부동산의 토지부분(대지지분)에 대하여 취득세 및 농어촌특별세가 면제되지 않는다고 본 부분은 위법하고, 나머지 각 부과처분은 적법하다 (피고는, 원고가 구 지방세법 제292조에 정한 감면신청 절차를 거치지 않고 이 사건 부동산 중 대지지분에 관한 취득세를 신고납부하고도 위 취득세가 면제되어야 한다고 주장하는 것은 그 자체로 이유가 없거나 신의칙에 반한다고 주장하나, 위 감면신청에 관한 규정은 취득자로 하여금 감면자료를 제출하도록 하는 협력의무를 부과한 것에 불과하다 할 것이고, 구 지방세법 제280조 제5항 제2호의 요건이 충족되면 취득세, 등록세가 당연히 면제되는 것이며, 취득자의 감면신청이 있어야만 면제되는 것은 아니라고 봄이 상당하므로, 피고의 위 주장은 이유 없다).
따라서 별지 과세내역 기재 1,603,678,140원의 취득세 부과처분 중 이 사건 부동산의 토지부분(대지지분)의 취득세액 158,153,320원(= 취득가액 7,907,666,049원 × 20/1,000, 10원 미만 버림, 이하 같다)을 제한 정당한 세액 1,445,524,820원을 초과하는 부분, 160,367,810원의 농어촌특별세 부과처분 중 이 사건 토지부분(대지지분)의 농어촌특별세액 15,815,332원(= 이 사건 부동산의 토지부분의 취득세액 158,153,320원 × 10/100) 을 제한 정당한 세액 144,552,470원을 초과하는 부분은 각 위법하여 취소되어야 한다.
3. 결 론

원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다.

산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대할 목적이 있는 경우에는 그 임대가 이 사건 괄호규정이 정하는 중소기업자에 대한 임대가 아닌 한 구 지방세법 제276조 제1항 본문에 의한 취득세와 등록세의 면제대상에 해당하지 않는다고 해석함이 상당하다.