어업허가취소처분취소 (일반행정, 제주지방법원)
공포일: 2025.07.08 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 센텀 담당변호사 김동인)
【피 고】 제주특별자치도지사 (소송대리인 법무법인 승민 담당변호사 부성혁)
【변론종결】2025. 6. 10.
【주 문】
 1. 피고가 2024. 8. 27. 원고에 대하여 한 어업허가 취소처분을 취소한다. 
 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 
 3. 제1항 기재 처분은 이 사건 항소심 판결 선고 후 30일(소 취하나 항소 포기 등 기타 사유로 종료되면 그 종료 시)까지 그 집행을 정지한다. 

【청구취지】 주문 제1항과 같다. 
【이 유】 1. 처분의 경위 
 ○ 원고는 제○○○△△호[어선번호 1000000-0000000, 44t, 이하 ‘이 사건 어선’이라 한다]의 선주로서, 피고로부터 위 어선에 대하여 제주 근해연승어업허가(허가번호 생략)를 받았다(이하 ‘이 사건 어업허가’라 한다). 
 ○ 원고는 2023. 12. 24. 06:25경 일본의 배타적 경제수역(일본 나가사키현 고토리시 메지마 등대로부터 진방위 206도, 거리 121.5해리, 북위 30도 10.3분, 동경 127도 18.2분, 561-5해구)에서 허가를 받지 않은 채 이 사건 어선을 사용하여 갈치 약 82kg을 포획하는 어업활동을 하였고(이하 ‘이 사건 위반행위’라 한다), 이 사건 어선은 일본 수산청 규슈어업조정사무소 단속선에 의해 나포되었다. 이 사건 어선은 2023. 12. 24. 16:00경 일본 수산청에 담보금 5,500만 원을 납부하고 풀려났다. 
 ○ 피고는 2024. 8. 27. 원고가 ‘외국과의 어업에 관한 협정 또는 일반적으로 승인된 국제법규와 외국의 수산에 관한 법령(이하 ‘어업협정 등’이라고만 한다)을 위반하여 나포되었다.’는 이유로, 수산업법 제50조, 제34조 제6호, 제33조 제1항 제9호, 구 수산관계법령 위반행위에 대한 행정처분의 기준과 절차에 관한 규칙(2024. 11. 1. 해양수산부령 제699호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 규칙’이라 한다) 제4조 [별표] ‘어업등행정처분의 기준과 해기사행정처분의 요구기준’의 Ⅱ. 개별기준 제2호 (가)목 7. 가.항(이하 수산관계법령 위반행위에 대한 행정처분의 기준과 절차에 관한 규칙 제4조 [별표]를 ‘이 사건 제재기준’이라 하고, 이 사건 제재기준 중 Ⅱ. 개별기준 제2호 (가)목 7. 가.항 부분을 ‘이 사건 쟁점조항’이라 한다)에 따라, 원고에 대하여 이 사건 어업허가를 취소하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제2 내지 5호증의 기재, 변론 전체의 취지
 2. 관계 법령과 한일어업협정 
 가. 관계 법령
 관계 법령은 별지 기재와 같고, 관계 법령의 주요 내용은 다음과 같다. 
 (1) 시·도지사의 어업허가 취소·정지 권한 
수산업법 제50조 제1항, 제40조 제2항, 제34조 제6호, 제33조 제1항 제9호에 따르면, 시·도지사는 어업허가권자가 어업협정 등을 위반한 경우 어업허가 취소·정지 등의 제재처분을 할 수 있다. 
 (2) 이 사건 제재기준의 내용과 개정 
수산업법 제33조 제3항은 어업의 제한 등의 처분 기준과 절차에 필요한 사항은 해양수산부령으로 정하도록 규정하고, 그 위임에 따라 이 사건 규칙이 제정되었으며, 이 사건 제재기준은 수산업법과 양식산업발전법에서 정한 어업허가·면허의 취소·정지 등의 행정처분의 기준을 정하고 있다(이 사건 규칙 제4조, 제2조 제1호, 제3호). 
 2004. 1. 16., 2021. 2. 25. 이 사건 제재기준의 어업허가 취소 사유와 관련하여 개정이 이루어졌다(각 개정으로 변경된 내용 중 이 사건과 관련된 부분은 아래 표 기재와 같다. 변경·삭제·추가된 부분은 밑줄로 표시). 특히 어업협정 등의 위반행위에 관하여, 2021. 2. 25. 개정 전 ‘1차 위반 시 영업정지 30일, 2차 위반 시 영업정지 45일, 3차 위반 시 영업정지 60일’로 정하였던 것을, 개정을 통하여 ‘나포된 경우 1차 위반 시 허가 취소, 그 밖의 경우 1차 위반 시 영업정지 30일, 2차 위반 시 영업정지 60일, 3차 위반 시 영업정지 90일’로 강화하여, 이 사건 쟁점조항에 이르게 되었다. 
2004. 1. 16. 해양수산부령 제264호로 개정되기 전의 것Ⅰ. 일반기준6. 관할행정기관은 행정처분 등을 함에 있어 지역실정과 그 지역의 어업여건상 참작할 만한 사유가 있거나 수산업발전에 기여한 공로로 인하여 포상을 받는 사실이 있는 경우에는 다음 각호의 범위 안에서 개별기준에 의한 행정처분 등의 기준을 감경할 수 있다. 나. 어업 또는 어획물운반업등록취소 또는 해기사면허취소 요구의 대상인 경우: 90일 이상의 어업정지·어획물운반업정지 또는 해기사면허정지 요구Ⅱ. 개별기준2. 허가어업(원양어업을 제외한다)·신고어업 및 어획물운반업 가. 수산업법 6. 외국과의 어업에 관한 협정 또는 일반적으로 승인된 국제법규와 외국의 수산에 관한 법령에 위반한 때(제7호의 경우를 제외한다) - 1차 위반 정지 30일, 2차 위반 정지 45일, 3차 위반 정지 60일 7. 외국의 영해 또는 어업전관수역을 침범하여 조업을 함으로써 당해국가로부터 처벌받은 때 - 1차 위반 정지 60일, 2차 위반 정지 90일, 3차 위반 취소 11. 근해어업의 허가를 받은 어선을 이용하여 당해 어업 외에 다음 각 목의 어업을 하거나 어획물운반업을 한 때 가. 대형기선저인망어업·중형기선저인망어업·근해트롤어업을 한 때 － 1차 위반 취소 마. 선박안전조업규칙 7. 동·서해 어로한계선 또는 조업자제선을 월선하여 조업하거나 항해한 때 가. 피랍된 때 － 1차 위반 취소
2021. 2. 25. 해양수산부령 제469호로 개정되기 전의 것Ⅰ. 일반기준6. 관할 행정청은 행정처분 등의 대상자가 수산업발전과 관련하여 「상훈법」 제2조에 따른 대한민국훈장 및 포장, 중앙행정기관의 장 및 지방자치단체장의 포상(공로패를 포함한다) 또는 수산업협동조합중앙회 회장의 표창(공로패를 포함한다)을 받은 사실이 있으면 다음 각 목의 범위 안에서 Ⅱ. 개별기준에도 불구하고 행정처분 등의 기준을 1회에 한하여 감경할 수 있다. 나. 어업·양식업 면허·허가의 취소, 어획물운반업등록취소 또는 해기사면허취소 요구의 대상인 경우: 90일 이상의 어업·양식업의 정지, 어획물운반업정지 또는 해기사면허정지 요구Ⅱ. 개별기준2. 허가어업·신고어업 및 어획물운반업 가. 수산업법 7. 외국과의 어업에 관한 협정 또는 일반적으로 승인된 국제법규와 외국의 수산에 관한 법령을 위반한 경우 － 1차 위반 정지 30일, 2차 위반 정지 45일, 3차 위반 정지 60일 26. 근해어업의 허가를 받은 어선을 이용하여 당해 어업 외에 다음 각 목의 어업을 하거나 어획물운반업을 한 때 가. 외끌이·쌍끌이 대형저인망어업, 동해구외끌이·서남해구외끌이·서남해구쌍끌이 중형저인망어업, 대형트롤어업 또는 동해구중형트롤어업을 한 경우 － 1차 위반 취소 다. 어선안전조업법 3) 제11조에 따른 조업한계선 또는 조업자제선의 이탈 금지를 위반한 경우 가) 피랍되거나 나포된 경우 － 1차 위반 취소 나) 그 밖의 경우 － 1차 위반 정지 30일, 2차 위반 정지 60일, 3차 위반 정지 90일
2021. 2. 25. 해양수산부령 제469호로 개정된 것(이 사건 제재기준)Ⅰ. 일반기준7. 관할 행정청은 행정처분 등의 대상자가 수산업발전과 관련하여 「상훈법」 제2조에 따른 대한민국훈장 및 포장, 중앙행정기관의 장 및 지방자치단체장의 포상(공로패를 포함한다) 또는 수산업협동조합중앙회 회장의 표창(공로패를 포함한다)을 받은 사실이 있으면 다음 각 목의 범위 안에서 Ⅱ. 개별기준에도 불구하고 행정처분 등의 기준을 1회에 한하여 감경할 수 있다. 나. 어업·양식업 면허·허가의 취소, 어획물운반업등록취소 또는 해기사면허취소 요구의 대상인 경우: 90일 이상의 어업·양식업의 정지, 어획물운반업정지 또는 해기사면허정지 요구Ⅱ. 개별기준2. 허가어업·신고어업 및 어획물운반업 가. 수산업법 7. 외국과의 어업에 관한 협정 또는 일반적으로 승인된 국제법규와 외국의 수산에 관한 법령을 위반한 경우 가. 나포(선박 및 그에 실린 재화나 사람을 붙잡는 것)된 경우- 1차 위반 취소 나. 그 밖의 경우 － 1차 위반 정지 30일, 2차 위반 정지 60일, 3차 위반 정지 90일 35. 어업허가의 제한 및 조건을 위반한 경우 가. 대체되는 노후어선의 폐기 등의 조치결과를 제출하지 않은 경우 － 1차 위반 취소
 나. 한일어업협정
 ○ 1994. 11. 16. 해양법협약의 발효로 200해리 배타적 경제수역이 인정되는 등 새로운 세계해양법질서가 형성되게 되자, 이를 반영한 ‘대한민국과 일본국 간의 어업에 관한 협정’(이하 ‘한일어업협정’이라 한다)이 1999. 1. 22. 발효되었다.
 한일어업협정은 대한민국의 배타적 경제수역과 일본의 배타적 경제수역에서의 어업에 관한 사항을 정한다. 배타적 경제수역에서의 상호입어에 관하여, 각 체약국은 자국의 배타적 경제수역에서의 해양생물자원의 상태, 자국의 어획능력, 상호입어의 상황 및 기타 관련요소를 고려하여, 타방 체약국에 허용할 어종, 어획량, 조업구역 및 기타 조업에 관한 구체적인 조건을 매년 결정하고, 이를 타방 체약국에 통보하며, 이를 결정함에 있어 한일어업공동위원회의 협의결과를 존중한다(한일어업협정 제2조, 제3조). 
 각 체약국의 국민 및 어선이 타방 체약국의 배타적 경제수역에서 어획할 때에는 이 협정 및 어업에 관한 타방 체약국의 관계 법령을 준수하고, 각 체약국은 타방 체약국이 결정하는 타방 체약국의 배타적 경제수역에서의 조업에 관한 구체적인 조건과 이 협정의 규정을 준수하도록 필요한 조치를 취한다(한일어업협정 제5조).
 각 체약국은 타방 체약국의 국민 및 어선이 자국의 배타적 경제수역에서 어획할 때에는 자국이 결정하는 자국의 배타적 경제수역에서의 조업에 관한 구체적인 조건과 이 협정의 규정을 준수하도록 국제법에 따라 자국의 배타적 경제수역에서 필요한 조치를 취할 수 있는데, 그 조치로서 타방 체약국의 어선 및 그 승무원을 나포 또는 억류한 경우에는 취하여진 조치 및 그 후 부과된 벌에 관하여 외교경로를 통하여 타방 체약국에 신속히 통보하며, 나포 또는 억류된 어선 및 그 승무원은 적절한 담보금 또는 그 제공을 보증하는 서류를 제출한 후에는 신속히 석방된다(한일어업협정 제6조). ○ 한일어업협정이 체결된 후, 매년 한일어업공동위원회에서 협상을 통해 상호 간 배타적 경제수역에 입어 조건을 정하여 2016. 6. 29.까지 상호조업을 허용하였다. 
 ○ 일본은 2015년 협상에서 대한민국 연승어선의 불법어업 문제를 제기하며 연승어선 입어 척수의 대폭 축소를 요구하였다. 
 ○ 2016년 이후 한일어업협상은 결렬되었고, 2018. 6. 이후 독도 중간수역 문제, 한일 외교 관계 문제 등이 대두되어, 한일어업협상은 진행되지 않았다. 
 3. 이 사건 쟁점조항의 위법성 
 가. 원고의 주장 
 먼저, 이 사건 쟁점조항은 어업권자가 어업협정 등을 위반하여 나포된 경우의 제재기준으로 ‘허가의 취소’만을 규정하고 있으나, 다음과 같은 이유로 이 사건 쟁점조항은 수산업법령에 위배되거나 비례원칙에 위배되어 무효이다. ① 어업협정 등 위반행위는, 다른 수산업법령 위반행위에 비하여 중하다고 볼 수 없고, 이 사건 제재기준에서 어업허가를 취소하도록 정한 다른 위반행위에 비하여 경미하다. ② 이 사건 제재기준의 Ⅰ. 일반기준에서는 어업협정 등을 위반하여 외국에 억류된 경우 영업정지 처분을 전제로 그 억류기간을 영업정지 기간에서 제외하고 있음에도, Ⅱ. 개별기준에서 나포되는 경우에는 영업정지를 할 수 있는 근거가 없어, 일반기준과 개별기준이 서로 모순된다. ③ 일본의 배타적 경제수역을 침범하여 조업하는 동일한 위반행위에 대하여 ‘나포’라는 일본 측의 단속사정에 따라 처분기준이 달라지는 것은 불합리하다. 
 다음으로, 이 사건 처분은 다음과 같은 사정을 적절히 고려하지 않았으므로, 재량권을 행사하지 않았거나 재량권을 일탈·남용하였다. ① 이 사건 위반행위의 동기 및 경위, 이 사건 위반행위로 인하여 원고가 얻은 이익과 위법성의 정도, 그리고 이 사건 처분으로 인하여 얻게 되는 공익의 비교 형량, ② 이 사건 위반행위는 이 사건 어선의 선주인 원고가 아닌 선장에 의하여 이루어졌고, 원고는 선장의 수산업법령 위반행위를 방지하기 위하여 상당한 주의와 감독을 게을리하지 않음, ③ 피고는 이 사건 처분을 하면서 원고의 표창장 수여 등 이 사건 제재기준에서 정한 감경사유를 고려하지 않음.
 나. 관련 법리 
 제재적 행정처분이 재량권의 범위를 일탈하였거나 남용하였는지 여부는, 처분사유인 위반행위의 내용과 그 위반의 정도, 그 처분에 의하여 달성하려는 공익상의 필요와 개인이 입게 될 불이익 및 이에 따르는 제반 사정 등을 객관적으로 심리하여 공익침해의 정도와 처분으로 개인이 입게 될 불이익을 비교·교량하여 판단하여야 한다. 이러한 제재적 행정처분의 기준이 부령 형식으로 규정되어 있더라도 그것은 행정청 내부의 사무처리준칙을 규정한 것에 지나지 않아 대외적으로 국민이나 법원을 기속하는 효력이 없다. 따라서 그 처분의 적법 여부는 처분기준만이 아니라 관계 법령의 규정 내용과 취지에 따라 판단하여야 한다. 그러므로 처분기준에 부합한다 하여 곧바로 처분이 적법한 것이라고 할 수는 없지만, 처분기준이 그 자체로 헌법 또는 법률에 합치되지 않거나 그 기준을 적용한 결과가 처분사유인 위반행위의 내용 및 관계 법령의 규정과 취지에 비추어 현저히 부당하다고 인정할 만한 합리적인 이유가 없는 한, 섣불리 그 기준에 따른 처분이 재량권의 범위를 일탈하였다거나 재량권을 남용한 것으로 판단해서는 안 된다(대법원 2007. 9. 20. 선고 2007두6946 판결 등 참조). 
 비례의 원칙은 법치국가 원리에서 당연히 파생되는 헌법상의 기본원리로서, 모든 국가작용에 적용된다. 행정목적을 달성하기 위한 수단은 그 목적달성에 유효·적절하고, 또한 가능한 한 최소 침해를 가져오는 것이어야 하며, 아울러 그 수단의 도입으로 인한 침해가 의도하는 공익을 능가하여서는 안 된다. 특히 처분상대방의 의무위반을 이유로 한 제재처분의 경우 의무위반의 내용과 제재처분의 양정 사이에 엄밀하게는 아니더라도 전체적으로 보아 비례 관계가 인정되어야 하며, 의무위반의 내용에 비하여 제재처분이 과중하여 사회통념상 현저하게 타당성을 잃은 경우에는 재량권 일탈·남용에 해당하여 위법하다고 보아야 한다(대법원 2019. 9. 9. 선고 2018두48298 판결, 대법원 2020. 6. 4. 선고 2015두39996 판결 등 참조).
 다. 판단 
 (1) 이 사건 처분의 위법성
 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제23호증의 기재, 이 법원의 해양수산부에 대한 각 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지를 종합하여, 인정·판단되는 아래와 같은 근거를 종합하면, 비록 이 사건 쟁점조항이 부령 형식으로 행정청 내부의 사무처리준칙을 규정한 것에 지나지 않아 대외적으로 국민이나 법원을 기속하는 효력이 없다고 하더라도, 이 사건 쟁점조항은 합리적 이유 없이 과잉금지의 원칙을 위반하여 피고의 재량권을 과도하게 제한하였으므로, 이 사건 쟁점조항은 위법하고, 이를 근거로 한 이 사건 처분 역시 재량권의 범위를 일탈·남용하여 위법하다. 
 (2) 피고의 재량권 소멸 
 수산업법을 제정한 입법자는 시·도지사인 피고에게 어업권자의 어업협정 등 위반행위에 대해 어업허가 취소·정지 등의 제재처분을 할 수 있는 재량권을 부여하였는바, 피고는 어업협정 등에 따라 금지되는 행위의 내용, 위반의 경위와 위법성 정도, 위반자에 대한 비난가능성의 정도 등 여러 사정을 참작하여 합리적인 범위 내에서 제재처분의 종류와 경중을 정할 수 있는 재량권을 갖고 있다. 
 그런데 법률의 위임을 받은 해양수산부장관은 해양수산부령으로 이 사건 제재기준을 마련하고 이 사건 쟁점조항을 개정하여, 어업협정 등을 위반하여 나포된 경우 1차 위반만으로도 어업허가를 필수적으로 취소하도록 규정하였다. 이 사건 제재기준 및 쟁점조항은 해양수산부령으로 법규성이 인정되지 않으나, 이 사건 제재기준은 대통령령과 마찬가지로 모두 헌법 제75조, 제95조에서 정하고 있는 위임명령에 근거하여 제정된 점, 2004. 1. 16. 이 사건 제재기준 Ⅰ. 일반기준 제6호의 개정으로 ‘지역실정과 그 지역의 어업여건상 참작할 만한 사유가 있는 경우’가 삭제되어 현재 이 사건 제재기준에는 포상 등의 사유 외에는 일반 감경근거가 없는 점 등을 종합적으로 고려하면, 시·도지사인 피고는 어업권자가 어업협정 등을 위반하여 나포된 경우, 이 사건 쟁점조항에 근거하여 어업허가를 취소해야 할 뿐 달리 처분할 재량권이 사실상 없다고 판단된다. 
 (3) 목적의 정당성 
 배타적 경제수역 연안국의 해양권익 보호와 국제해양질서 확립을 위하여 타국의 배타적 경제수역에서의 무허가 어업행위를 방지할 필요가 있고, 그 위반행위로 인하여 타국에 나포되는 경우 외교적 분쟁을 초래할 위험도 있어, 어업권에 대해 일정한 불이익을 가하는 것은 어느 정도 불가피한 측면이 있다. 
 다만 이 사건 쟁점조항의 개정이유는 ‘외국의 관할 수역을 침범하여 조업하는 사례가 지속적으로 발생함에 따라 한일어업협정의 조기 타결을 위해 이 사건 쟁점조항을 개정하여 제재처분을 강화하는 것’이고, 피고는 ‘배타적 경제수역 침범 등은 접경수역 내 나포·피랍 위반과 처분기준이 상이하여 형평성을 제고하고 재발을 방지하는 것’도 개정이유로 주장하고 있으므로, 이 개정이유의 정당성에 관하여 살핀다. 
 먼저, 이 사건 쟁점조항 개정 무렵인 2021년경 일본의 배타적 경제수역을 침범하여 조업하는 사례가 지속적으로 발생하였는지에 관하여 살피건대, 이 법원의 해양수산부에 대한 사실조회회신(2024. 12. 24. 자)에 따르면 1999년부터 2024년까지 나포된 한국어선은 294척이나, 2020년 및 2021년경 일본의 배타적 경제수역을 침범하여 조업을 하는 사례가 빈번히 발생하였다는 사실을 엿볼 수 있는 자료는 없고, 오히려 2016년 이후 대한민국 연승어선 척수의 문제뿐만 아니라, 독도 중간수역 문제, 한일 외교 관계 문제 등이 겹쳐 한일어업협상이 진행되지 못했음은 앞에서 인정하였는바, 이 사건 쟁점조항 개정 무렵인 2021년경 어업협정 등 위반행위로 나포된 경우의 제재를 최고한도로 강화할 정도로, 대한민국 어선의 불법조업 문제가 한일어업협정의 협상 및 체결에 중요한 장애요인으로 작용하였다고 단정하기 어렵다. 다음으로, 일본의 배타적 경제수역 내 나포와 북·러 접경수역 내 나포·피랍의 처분기준이 형평에 맞지 않게 상이하다는 점에 관하여는, 아래 (5)에서 판단하는 바와 같이, 형평에 맞지 않다고 단정하기 어렵다. 따라서 이 사건 쟁점조항의 개정이유의 정당성은 선뜻 수긍하기 어렵다. 
 (4) 제재처분 가중사유로서의 나포
수산업법 제33조 제1항 제9호의 "외국과의 어업에 관한 협정 또는 일반적으로 승인된 국제법규와 외국의 수산에 관한 법령을 위반한 경우"는 이 사건의 경우 한일어업협정을 위반한 경우에 해당하는데, 한일어업협정과 수산업법 제64조 제1항에 따르면, 일본의 배타적 경제수역에서 어업을 하는 경우, 일본의 해당 행정관청으로부터 어업허가를 받아야 하고, 한일어업공동위원회의 협의결과에 따라 정해진 조업조건을 준수해야 한다. 따라서 ‘한일어업공동위원회에서 협의가 이루어지 않은 상황에서 일본의 허가 없이 일본의 배타적 경제수역을 침범하여 어업을 한 자체’가 수산업법 제33조 제1항 제9호에 해당하고, 나포는 어업협정 등 위반행위에 직접 해당하지 않는다. 
 해양법에 관한 국제연합 협약(이하 ‘유엔해양법협약’이라 한다) 제73조, 한일어업협정 제6조 등에 따르면, 배타적 경제수역 연안국은 그 배타적 경제수역에서 어업을 하는 자에 대해 추적, 정선명령, 회항명령, 나포, 억류 등의 조치를 취할 수 있다. 연안국의 조치들은 연안국의 주권적 권한 행사로, 연안국의 자의적 결정에 따라 이루어진다. 배타적 경제수역을 침범하여 한 어업은 연안국에 적발되지 않을 수도 있고, 적발되었으나 연안국의 회항명령에 따라 별다른 조치를 받지 않고 돌아올 수도 있으며, 적발되어 추적·정선명령 등을 받고 최종적으로 나포될 수도 있는바, 나포라는 결과는 위반자의 위반행위와 밀접한 관련 없이 우연적으로 나타난다. 따라서 이러한 나포의 자의성, 우연성은 행정제재의 책임원칙에 부합하지 않는다. 
 배타적 경제수역을 침범하여 어업을 하다 연안국에 적발되어 정선명령 등을 받았으나 응하지 않고 도주하여 국적국의 영해로 돌아올 수도 있다. 이 경우 연안국은 그의 추적권이 소멸하여 나포할 수 없다(유엔해양법협약 제111조 참조). 외국의 권한 있는 행정관청의 어선 정선명령 또는 회항명령을 받은 자는 이를 따라야 하는데(수산업법 제64조 제2항, 수산업법 제108조 제4호), 나포를 제재처분 가중사유로 규정한 것은 배타적 경제수역을 침범하더라도 연안국의 명령에 따르지 말고 가급적 나포되지 말라고 요구하는 것과 다르지 않고, 나포되지 않고 국적국 영해로 돌아온 경우의 어업협정 등 위반행위의 위법성, 위반행위자에 대한 비난가능성이 나포된 경우와 비교하여 더 낮다고 평가하기도 어렵다. 
 이 사건 쟁점조항은 ‘나포’라고만 규정할 뿐, 나포의 경위와 적법성, 배타적 경제수역 침범의 경위 등을 전혀 고려하지 않아, 불법적이거나 부당한 나포에 대해서도 필수적으로 어업허가 취소 처분을 해야 한다. 
 결국 이러한 사정들을 종합적으로 고려하면, 배타적 경제수역에서의 나포를 제재처분의 가중사유로 삼은 것에 합리적이고 타당한 근거가 있는지 의문이 든다. 
 (5) 이 사건 제재기준의 다른 필수적 취소 조항과 관계
 이 사건 제재기준에서 수산관계법령 위반행위에 대하여 1차 위반 시 허가취소를 정한 경우는, 이 사건 쟁점조항, ‘거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 어업허가를 받은 경우’(개별기준 Ⅱ. 2. 가. 24.), ‘근해어업의 허가를 받은 어선을 이용하여 해당 어업 외에 외끌이·쌍끌이 대형저인망어업, 동해구외끌이·서남해구외끌이·서남해구쌍끌이 중형저인망어업, 대형트롤어업 또는 동해구중형트롤어업을 한 경우’(개별기준 Ⅱ. 2. 가. 26. 가.), ‘대체되는 노후어선의 폐기 등의 조치결과를 제출하지 않은 경우’(개별기준 Ⅱ. 2. 가. 35. 가.), ‘수산업법 또는 수산자원관리법에 따른 어업 외의 어업의 방법으로 수산동식물을 포획·채취하거나 양식한 경우’(개별기준 Ⅱ. 2. 가. 56. 및 어선안전조업 및 어선원의 안전·보건 증진 등에 관한 법률(2024. 1. 2. 법률 제19908호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 어선안전조업법’이라 한다)에 따른 ‘조업한계선 또는 조업자제선 이탈 금지를 위반하여 피랍되거나 나포된 경우’[개별기준 Ⅱ. 2. 다. 3) 가)]가 있다. 
 먼저, 의 경우는 법률에서 필수적 취소 사유로 규정하고 있고(수산업법 제34조 제1호 등 참조), , 의 경우는 노후어선의 중복 조업 위험성, 허가 범위를 넘어선 어업행위의 방식·규모상 그 위반행위로 인하여 해양수산자원에 미치는 영향이 큰 점 등에 비추어 1차 위반만으로도 어업허가를 박탈할 필요성과 상당성이 인정되는 경우라고 판단된다.
 피고는 이 사건 쟁점조항의 나포와 북·러 접경수역 내 나포·피랍의 처분기준이 형평에 맞지 않게 상이하다고 주장하므로, 에 관하여 살핀다. 의 경우는 구 어선안전조업법을 위반한 것이고, 이 사건의 경우는 수산업법이 정한 어업협정 등을 위반한 것이어서, 그 중요성을 달리하는 점, 조업한계선 또는 조업자제선을 넘은 조업 및 항행은 원칙적으로 금지되나(구 어선안전조업법 제2조, 제11조), 배타적 경제수역을 넘은 조업은 경우에 따라 허용되는 점, 북한과는 한일어업협정과 같은 조약이 체결되지 않은 점, 이 사건 제재기준은 최초 제정 시부터 이 경우에 해당하는 경우를 1차 위반 시 어업허가 취소로 규정하고 있었던 점, 조업한계선의 이탈금지를 위반하여 나포된 사건이 발생하여, 해양수산부장관이 이 사건 기준 Ⅱ. 2. 다. 3)에 근거하여 시·도지사에게 허가의 취소를 요청하면 시·도지사는 법률에 따라 이를 그대로 따라야 하는 점(구 어선안전조업법 제49조 제1항, 제2항) 등을 종합적으로 고려하면, 경제적 배타수역을 침범하여 나포된 경우와 조업한계선 등을 침범하여 나포된 경우의 처분기준을 같이하는 것이 형평에 맞고, 달리하는 것이 형평에 맞지 않는다고 단정하기 어렵다. 
 (6) 일본의 제재수준과 비교 
 일본이 대한민국의 배타적 경제수역에서 허가 없이 조업한 자국의 어업권자에 대하여 어떠한 제재처분을 하는지에 관하여, 현재까지 제출된 자료에 의하면, 일본은 자국 선박이 대한민국의 경제적 배타수역을 침범하여 나포된 경우, 필수적으로 어업허가를 취소하는 규정은 마련하고 있지 않은 것으로 보이는바, 국제관계에서의 측면에서 이 사건 쟁점조항은 적절하다고 보이지 않는다. 
 (7) 법익 침해의 최소성과 법익의 균형성 
 어업허가가 취소되는 경우, 어업을 영위할 수 없고 2년간 어업허가를 받지 못하는바(수산업법 제40조 제5항, 수산업법 시행규칙 제43조 제1항 [별표 10] 제5호), 이 사건 쟁점조항은 어업권자의 재산권과 직업의 자유를 제한한다. 
 피고는, 지난 17년간 일본의 배타적 경제수역에 입어하였던 우리나라 어선이 입고 있는 금전적 손해가 막대하여, 배타적 경제수역 조업을 갈망하는 대다수 선량한 어업인들의 이익보호를 위해 한일어업협정 타결이 필요한데, 개인의 일탈행위는 한일어업협정 타결에 중대한 악영향을 미치므로, 이 사건 쟁점조항을 마련하여 위와 같은 공익을 달성할 필요가 있다는 취지로 주장한다. 
 그러나 ① 2016년 이후 우리나라 어업인들이 일본의 배타적 경제수역에서 조업을 하지 못한 것은 한일어업협상 결렬 후 다시 체결되지 못했기 때문으로, 우리나라 어선의 불법조업 문제가 한일어업협정의 협상 및 체결에 중요한 장애요인으로 작용하였다고 단정하기 어렵다는 점은 앞에서 판단한 점, ② 한일어업협정 타결은 국가의 책임으로 이를 국민 개인의 탓으로 돌리는 것과 침해되는 국민인 어업권자의 기본권보다 가중된 징벌적 제재수단의 일반 예방적 효과를 강조하는 것은 적절하지 않은 점, ③ 어업협정 등을 위반하여 나포되면 외교적 분쟁을 초래할 위험이 있다고 하더라도, 나포의 경위와 적법성, 위반의 경위와 위법성 정도, 위반자에 대한 비난가능성 정도 등 여러 사정을 고려하여, 위반 횟수에 따라 차등을 두는 방법, 임의적 취소로 규정하는 방법, 일반적 감경규정을 도입하는 방법, 어업허가의 정지 등을 규정하는 방법 등, 어업협정 등 위반행위를 방지하면서 어업권자의 기본권을 덜 침해할 수 있는 적절한 수단은 충분히 마련될 수 있을 것으로 판단되는 점, ④ 이 사건 쟁점조항 개정 전에는 제재기준으로 1차 위반 정지 30일, 2차 위반 정지 45일, 3차 위반 정지 60일을 규정하였을 뿐, 허가 취소는 규정하지도 않았는데, 이 사건 쟁점조항 개정으로 과다하게 가중된 점, ④ 원고에게 이 사건 쟁점조항 개정 전 규정을 적용하면, 1차 위반으로 정지 30일에 불과한 점(이 사건 제재기준 Ⅱ. 개별기준 제2호 (가)목 7.항 참조) 등을 종합적으로 고려하면, 이 사건 쟁점조항은 어업권자가 받는 재산권 침해 등 불이익이 이 사건 쟁점조항으로 달성하는 공익에 비하여 더 클 수 있어, 법익 침해의 최소성과 법익의 균형성 원칙을 위반하였다고 판단된다. 
 4. 집행정지
 이 사건 기록에 따르면, 이 사건 처분의 집행으로 원고에게 회복하기 어려운 손해가 발생할 우려가 있고, 그 손해를 예방하기 위하여 긴급한 필요가 있다는 점이 인정되며, 달리 위 처분의 집행을 정지할 경우 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 있다고 인정하기 어렵다. 따라서 직권으로 이 사건 처분은 이 사건 항소심 판결 선고 후 30일(소 취하나 항소 포기 등 기타 사유로 종료되면 그 종료 시)까지 그 집행을 정지한다. 
 5. 결론
 원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다. 
[별 지] 관계 법령: 생략

판사 홍순욱(재판장) 류지원 이승현

제주 근해연승어업 허가를 받은 어선의 선주 甲이 일본의 배타적 경제수역에서 허가를 받지 않은 채 어선을 이용하여 갈치를 포획하는 어업활동을 하던 중 일본 수산청 단속선에 나포되었다가 담보금을 납부하고 풀려나자, 제주특별자치도지사가 ‘외국과의 어업에 관한 협정 또는 일반적으로 승인된 국제법규와 외국의 수산에 관한 법령을 위반하여 나포되었다.’는 이유로 수산업법 제33조 제1항 제9호, 구 수산관계법령 위반행위에 대한 행정처분의 기준과 절차에 관한 규칙 제4조 [별표] Ⅱ. 개별기준 제2호 (가)목 7. 가. 등에 따라 甲에 대하여 어업허가를 취소하는 처분을 한 사안에서, 위 규칙 [별표] 조항은 합리적 이유 없이 과잉금지의 원칙을 위반하여 도지사의 재량권을 과도하게 제한하였으므로 위법하고, 이를 근거로 한 위 처분 역시 재량권의 범위를 일탈·남용하여 위법하다고 한 사례

제주 근해연승어업 허가를 받은 어선의 선주 甲이 일본의 배타적 경제수역에서 허가를 받지 않은 채 어선을 이용하여 갈치를 포획하는 어업활동을 하던 중 일본 수산청 단속선에 나포되었다가 담보금을 납부하고 풀려나자, 제주특별자치도지사가 ‘외국과의 어업에 관한 협정 또는 일반적으로 승인된 국제법규와 외국의 수산에 관한 법령을 위반하여 나포되었다.’는 이유로 수산업법 제33조 제1항 제9호, 구 수산관계법령 위반행위에 대한 행정처분의 기준과 절차에 관한 규칙(2024. 11. 1. 해양수산부령 제699호로 개정되기 전의 것) 제4조 [별표] Ⅱ. 개별기준 제2호 (가)목 7. 가.(이하 ‘규칙 [별표] 조항’이라 한다) 등에 따라 甲에 대하여 어업허가를 취소하는 처분을 한 사안이다. 
 위 어업허가 취소처분의 기준인 위 규칙 [별표] 조항이 부령의 형식으로 행정청 내부의 사무처리준칙을 규정한 것에 지나지 않아 대외적으로 국민이나 법원을 기속하는 효력이 없으므로 처분기준에 부합한다고 하여 곧바로 처분이 적법한 것이라고 할 수는 없고, 수산업법은 시·도지사에게 어업권자의 어업협정 등 위반행위에 대해 어업허가 취소·정지 등의 제재처분을 할 수 있는 재량권을 부여했는데, 법률의 위임을 받은 해양수산부장관이 해양수산부령으로 위 규칙 [별표]를 마련하고 Ⅱ. 개별기준 제2호 (가)목 7. 가.를 개정하여 어업협정 등을 위반하여 나포된 경우 1차 위반만으로도 어업허가를 필수적으로 취소하도록 규정함으로써 제주특별자치도지사는 어업권자가 어업협정 등을 위반하여 나포된 경우 위 규칙 [별표] 조항에 근거하여 어업허가를 취소해야 할 뿐 달리 처분할 재량권이 사실상 없는 점, 위 규칙 [별표] 조항의 개정 무렵인 2021년경 일본의 배타적 경제수역을 침범하여 조업을 하는 사례가 빈번히 발생했다는 자료가 없고, 어업협정 등 위반행위로 나포된 경우의 제재를 최고한도로 강화할 정도로 대한민국 어선의 불법조업 문제가 한일어업협정의 협상 및 체결에 중요한 장애요인으로 작용했다고 단정하기 어려워 ‘외국의 관할 수역을 침범하여 조업하는 사례가 지속적으로 발생함에 따라 한일어업협정의 조기 타결을 위해 제재처분을 강화하는 것’ 등이라는 위 규칙 [별표] 조항 개정이유의 정당성을 선뜻 수긍하기 어려운 점, 나포라는 결과는 위반자의 위반행위와 밀접한 관련 없이 우연적으로 나타나므로 이러한 나포의 자의성, 우연성은 행정제재의 책임원칙에 부합하지 않는 등 여러 사정을 고려하면 배타적 경제수역에서의 나포를 제재처분의 가중사유로 삼은 것에 합리적이고 타당한 근거가 있는지 의문인 점, 어업권자가 받는 재산권 침해 등 불이익이 위 규칙 [별표] 조항으로 달성하는 공익에 비하여 더 클 수 있어 위 규칙 [별표] 조항은 법익 침해의 최소성과 법익의 균형성 원칙을 위반했다고 판단되는 점 등을 종합하면, 위 규칙 [별표] 조항은 합리적 이유 없이 과잉금지의 원칙을 위반하여 도지사의 재량권을 과도하게 제한하였으므로 위법하고, 이를 근거로 한 위 처분 역시 재량권의 범위를 일탈·남용하여 위법하다고 한 사례이다.