시정명령등취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 2024.02.01 / 시행일:

【원 고】 ○○○ 엘티디(△△△ Ltd.) (소송대리인 법무법인 율촌 담당변호사 박성범 외 3인)
【피 고】 공정거래위원회 (소송대리인 법무법인 서울 담당변호사 김종서)
【변론종결】2023. 11. 16.
【주 문】
 1. 피고가 2022. 4. 11. 의결 제2022-090호로 한 [별지 1] 기재 처분 중 원고에 대한 부분을 모두 취소한다. 
 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 

【청구취지】 주문과 같다.
【이 유】1. 처분의 경위
가. 원고의 일반현황
 원고는 대만 법률에 따라 설립된 법인으로서 주된 사무소가 대만에 존재하고 한국-동남아 항로에서 컨테이너 해상화물운송 서비스를 제공하는 외국 사업자이다. 원고는 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2020. 12. 29. 법률 제17799호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 공정거래법’이라 한다) 제2조 제1호의 규정에 따른 사업자에 해당하는바, 그 일반현황은 아래와 같다. 
[원고의 일반현황](해당년도 말 기준, 단위: 백만 원)연도자본금매출액영업이익당기순이익설립일20191,893,5801,686,0006,6654,2481968.9.25.20181,893,5801,241,00015,29510,73720171,893,5801,074,0008,648260,382
나. 시장구조 및 실태
1) 해상화물운송
 ‘해상운송’ 또는 ‘해운’은 해상에서 선박을 운송수단으로 하여 원양항로와 연안항로를 따라 여객 또는 화물을 운송하고 그 대가로서 운임을 받은 상행위이다. 
 해상운송 중 해상에서 선박으로 화물을 운송하는 사업을 해상 화물운송사업이라고 하는데, 해상 화물운송사업의 종류로는 국내항과 국내항 사이를 운행하는 사업인 ‘내항 화물운송사업’과 국내항과 외국항 사이 또는 외국항과 외국항 사이를 운행하는 사업인 ‘외항 화물운송사업’이 있다. 
 외항 화물운송사업은 다시 선박의 운항 형태에 따라 ‘외항 정기 화물운송사업’과 ‘외항 부정기 화물운송사업’으로 나뉘는데, 정기해운(liner shipping)은 화물의 많고 적음에 관계없이 사전에 작성·공표된 운임(tariff)과 운항일정(sailing schedule)에 따라 특정 항로(route)를 규칙적이고 반복적으로 운항하는 방식으로 운영된다.
2) 해상화물운임
 해상화물운임(Ocean Freight)은 선박으로 화물을 운송하는 서비스에 대하여 이용자가 지불하는 가격으로, 구분기준에 따라 공표운임 및 시장운임, 기본운임 및 부대운임으로 나누어진다. 
 해상화물운임은 기본적으로 개별 사업자가 자유롭게 결정한다. 그러나 외항 정기 화물운송사업자들은 과거로부터 특정 항로에서 상호 간에 기업적 독립성을 존중하면서 과당경쟁을 피하고 상호이익을 유지·증진하기 위하여 운임, 적취량, 배선, 기타 운송조건에 관하여 협정 또는 계약을 체결하는 ‘해운동맹(Shipping Conference)’을 결성하여 왔고, 해운동맹에 가입한 사업자들은 그들 간의 운임협정을 통하여 운임을 결정하였다. 
 해운산업상 운임결정의 위와 같은 특성을 고려하여 해운법 제29조는 외항 정기 화물운송사업자는 다른 외항 정기 화물운송사업자와 운임 등에 관한 공동행위를 할 수 있다고 규정하고 있다(제1항 본문). 다만 협약에 참가하거나 탈퇴하는 것을 부당하게 제한하는 것을 내용으로 하는 협약을 체결하는 것은 허용되지 않고(제1항 단서), 운임 등과 관련한 공동행위를 한 경우에는 그 내용을 해양수산부장관에게 신고하여야 하며(제2항), 위 신고 전에 화주단체와 운임 등 운송조건에 관하여 서로 정보를 충분히 교환하고 협의하여야 한다(제6항). 
다. 피고의 처분
 피고는 아래와 같은 요지의 이유로, 원고를 포함한 23개의 한국－동남아 항로 해상 화물운송사업자들(이하 ‘이 사건 해상 화물운송사업자들’이라 한다) 및 동남아정기선사협의회에게 [별지 1] 기재와 같이 운임에 관한 공동행위를 금지하는 시정명령과 합계 96,430,000,000원의 과징금납부명령을 하면서, 원고에게도 공동행위를 금지하는 시정명령과 3,399,000,000원의 과징금납부명령을 하였다(이하 원고에 대한 시정명령과 과징금납부명령을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
1) 공동행위의 합의
 이 사건 해상 화물운송사업자들은 2003년 12월경부터 2018년 12월경까지(원고의 경우는 2005. 8. 31.부터 2018. 1. 10.까지) 한국－동남아 항로에서의 해운동맹을 위한 단체인 IADA(Intra-Asia Discussion Agreement) 및 동남아정기선사협의회 내 회의를 통하여 120차례에 걸쳐 한국－동남아 항로에서 컨테이너를 통하여 화물을 운송하는 서비스의 가격(기본운임과 각종 부대비용을 모두 포함)을 합의하고, 이를 실행하였다(이하 ‘이 사건 공동행위’라 한다).
2) 공정거래법의 적용제외 여부
 이 사건 공동행위가 해운법에 따른 정당한 행위에 해당한다면 구 공정거래법 제58조에 의하여 공정거래법의 적용이 제외될 수 있다. 그러나 이 사건 해상 화물운송사업자들은 위 120건의 합의를 해양수산부 장관에게 신고하지 않았고, 합의한 운임 등 운송조건에 관하여 화주단체와 협의하지도 않았는바, 이 사건 공동행위는 해운법 제29조 제2항의 신고의무 및 제6항의 협의의무에 위반된다. 결국 이 사건 공동행위는 해운법에 따른 정당한 행위가 아니라 할 것이므로, 공정거래법이 적용된다. 
3) 부당한 공동행위의 성립
 이 사건 공동행위는 운임을 공동으로 결정·유지 또는 변경하는 가격담합으로서, 한국-동남아 항로 컨테이너 해상화물 운송서비스 시장의 경쟁을 부당하게 제한하였다. 따라서 이 사건 공동행위는 구 공정거래법 제19조 제1항 제1호에서 정한 부당한 공동행위로서 위법하다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제24호증, 변론 전체의 취지
2. 당사자의 주장
가. 원고
 1) 해운법 제29조 제5항 단서는 외항 화물운송사업자들의 공동행위가 부당하게 경쟁을 실질적으로 제한하는 경우 해양수산부장관이 필요한 조치를 명하고, 이를 피고에게 통보하도록 규정하고 있는바, 설령 이 사건 공동행위에 경쟁법적 문제가 있다 하더라도 이를 규제할 권한은 피고가 아니라 해양수산부장관에게 있다.
 2) 이 사건 공동행위는 해운법 제29조 제1항에 따른 것인바, 해운법 제29조 제2항 및 제6항에서 정한 신고의무 및 협의의무는 단순한 절차상 의무에 불과하므로(더욱이 이 사건 공동행위는 위 신고의무 및 협의의무를 모두 준수하였다), 이 사건 공동행위는 ‘해운법에 따른 정당한 행위’로서, 이에 대하여 공정거래법은 적용되지 않는다.
 3) 원고는 이 사건 공동행위에 가담하지 않았고, 이 사건 공동행위는 경쟁제한성 및 부당성이 인정되지 않으므로, 원고에게는 구 공정거래법 제19조 제1항 제1호 위반이 성립하지 않는다.
 4) 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙, 실효의 원칙에 반하고, 피고의 과징금 산정에도 중대한 오류 내지 재량권 일탈·남용이 있다. 
나. 피고
 1) 이 사건 외항 화물운송사업자들은 18차례의 RR(Rate Restoration) 협약만을 신고하였을 뿐, 120차례의 AMR(Agreed Minimum Rate) 협약은 신고하지 않았는바, 해운법 제29조 제2항에서 정한 신고의무를 위반하였고, 나아가 해운법 제29조 제6항에서 정한 화주단체와의 협의의무도 위반하였는바, 이 사건 공동행위는 ‘해운법에 따른 정당한 행위’라고 할 수 없으므로, 이에 대하여는 공정거래법이 적용되어야 한다.
 2) 해운법 제29조 제5항 단서는 해양수산부장관으로 하여금 필요한 조치를 명할 경우 그 내용을 피고에게 통보하도록 하고 있는바, 이는 피고에게 외항 화물운송사업자들의 공동행위가 공정거래법에 위반되는지 여부에 관하여 심사할 수 있는 권한이 있음을 전제로 하는 것이므로, 피고는 이 사건 공동행위를 규제할 권한을 가진다.
 3) 원고는 이 사건 공동행위에 가담하였고, 이 사건 공동행위는 전형적인 가격담합으로서 경쟁제한성 및 부당성이 인정되므로, 원고에게는 구 공정거래법 제19조 제1항 제1호 위반이 성립한다.
 4) 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙, 실효의 원칙에 반하지 않고, 피고의 과징금 산정에는 아무런 오류나 재량권 일탈·남용이 없다. 
3. 관계 법령
 이 사건의 전체 관계 법령은 [별지 2] 기재와 같은바, 그 중 가장 핵심적인 규정은 아래와 같다.
■ 구 공정거래법제58조(법령에 따른 정당한 행위)이 법의 규정은 사업자 또는 사업자단체가 다른 법률 또는 그 법률에 의한 명령에 따라 행하는 정당한 행위에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.?■ 해운법제29조(운임 등의 협약)① 외항화물운송사업의 등록을 한 자(이하 "외항화물운송사업자"라 한다)는 다른 외항화물운송사업자(외국인 화물운송사업자를 포함한다)와 운임·선박배치, 화물의 적재, 그 밖의 운송조건에 관한 계약이나 공동행위(외항 부정기 화물운송사업을 경영하는 자의 경우에는 운임에 관한 계약이나 공동행위는 제외하며, 이하 "협약"이라 한다)를 할 수 있다. 다만, 협약에 참가하거나 탈퇴하는 것을 부당하게 제한하는 것을 내용으로 하는 협약을 하여서는 아니 된다.② 외항화물운송사업자(국내항과 외국항에서 해상화물운송사업을 경영하는 외국인 화물운송사업자를 포함한다)가 제1항의 협약을 한 때에는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 그 내용을 해양수산부장관에게 신고하여야 한다. 협약의 내용을 변경한 때에도 또한 같다.③ 해양수산부장관은 제2항에 따른 신고 또는 변경신고를 받은 날부터 2일 이내에 신고수리 여부를 신고인에게 통지하여야 한다.④ 해양수산부장관이 제3항에서 정한 기간 내에 신고수리 여부 또는 민원 처리 관련 법령에 따른 처리기간의 연장 여부를 신고인에게 통지하지 아니하면 그 기간이 끝난 날의 다음 날에 신고를 수리한 것으로 본다.⑤ 해양수산부장관은 제2항에 따라 신고된 협약의 내용이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 협약의 시행 중지, 내용의 변경이나 조정 등 필요한 조치를 명할 수 있다. 다만, 제3호에 해당하는 경우에 대한 조치인 때에는 그 내용을 공정거래위원회에 통보하여야 한다. 1. 제1항 단서 또는 국제협약을 위반하는 경우 2. 선박의 배치, 화물적재, 그 밖의 운송조건 등을 부당하게 정하여 해상화물운송질서를 문란하게 하는 경우 3. 부당하게 운임이나 요금을 인상하거나 운항 횟수를 줄여 경쟁을 실질적으로 제한하는 경우⑥ 제1항에 따라 협약을 체결한 외항화물운송사업자와 대통령령으로 정하는 화주단체(화주단체)는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 운임과 부대비용 등 운송조건에 관하여 서로 정보를 충분히 교환하여야 하며, 제2항에 따른 신고를 하기 전에 운임이나 부대비용 등 운송조건에 관하여 협의를 하여야 한다. 이 경우 당사자들은 정당한 사유 없이 이를 거부하여서는 아니 된다.
4. 판단
가. 쟁점의 정리 : 해운법상 공동행위에 대한 규제권한의 소재
 원고는 설령 이 사건 공동행위가 부당하다 하더라도 이를 규제할 권한은 피고(이하 맥락에 따라 ‘공정거래위원회’라 한다)가 아니라 해양수산부장관에게 있다고 주장하고, 피고는 이 사건 공동행위는 해운법 제29조에 따른 정당한 행위가 아니므로 공정거래법 제58조에 의한 적용제외가 인정되지 않는다고 주장하는바, 즉 원고는 규제권한의 소재를 중심으로 주장하고, 피고는 공정거래법의 적용제외 여부를 중심으로 주장한다.
 그런데 공정거래법의 공적(公的) 집행은 원칙적으로 공정거래위원회의 소관이고(구 공정거래법 제54조 제1항 등 참조), 공정거래법의 적용제외란 그 범위 내에서 위와 같은 공정거래위원회의 규제권한을 배제하는 의미를 가지므로, 공정거래법의 적용제외 여부와 공정거래위원회 규제권한의 존부는 서로 밀접한 관련을 가지는 문제로서 마치 동전의 양면과 같다.
 그러므로 보건대, 이 사건의 경우 공동행위의 부당성을 논하기에 앞서 만일 피고에게 이를 규제할 권한이 없다면, 즉 공정거래법의 적용이 제외되는 경우라면 나머지 점에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 이 사건 처분은 위법하다 할 것이므로, 이하 그 판단을 위하여 공정거래법의 적용제외란 무엇인지, 구 공정거래법 제58조(법령에 따른 정당한 행위)는 어떻게 작용하고 그에 관한 규제권한은 누구에게 있는지, 이와 관련하여 해운법 제29조(운임 등의 협약)는 어떤 의미를 가지는지의 순서로 본다. 
나. 공정거래법의 적용제외 : 자유경쟁의 원칙과 그 예외
헌법 제119조 제1항은 "대한민국의 경제질서는 개인과 기업의 경제상의 자유와 창의를 존중함으로 기본으로 한다."고 규정함으로써, 우리나라의 경제질서가 자유시장경제를 기본으로 함을 선언하고 있다. 공정거래법은 이러한 우리나라 경제질서의 기본법으로서 원칙적으로 모든 산업분야의 모든 사업자에 대하여 적용된다. 
 그러나 위와 같이 자유시장경제를 경제질서의 기본으로 삼고 있다 하더라도 모든 경제활동을 오로지 시장의 자율기능 내지 경쟁원리에만 맡겨 놓을 수는 없다. 즉 애당초 시장기능이나 경쟁원리에 따른 조정 자체가 그리 적절하지 않은 경우가 있고(국방, 치안, 공교육 등), 시장에 맡겨두려 하더라도 해당 산업분야의 특성상 경쟁이 제대로 작동할 수 없거나 경쟁의 긍정적 효과를 기대하기 어려운 경우가 있으며(자연독점, 과당경쟁, 부정적 외부효과 등에 따른 시장실패 등), 설령 시장이 제대로 기능할 수 있다 하더라도 그와 다른 차원의 정책적·사회적 목표를 추구하기 위하여 경쟁원칙을 일부 희생할 수밖에 없는 경우도 있기 때문이다(경기정책, 산업구조정책, 중소기업정책, 고용정책 등). 한편 다소 다른 차원의 문제로서, 비록 경쟁을 제한하는 결과를 초래하는 행위라 하더라도 그것이 국민의 청원권을 행사하거나 정치적 의사를 표현하기 위한 수단인 경우 등에 있어서는 그에 대하여 반드시 경쟁법적 규제를 가하는 것만이 능사가 아닐 수도 있다[이른바 ‘노어 면제(Noerr Immunity)’의 법리 등].
 이에 자유시장경제를 기본으로 하고 있는 나라들도 예외 없이 일정한 산업이나 사업자에 대하여는 경쟁법의 적용을 전부 또는 일부 면제하여 왔고, 이는 우리나라의 경우에도 마찬가지인바, 구 공정거래법은 제58조(법령에 따른 정당한 행위), 제59조(무체재산권의 행사행위), 제60조(일정한 조합의 행위)에서 공정거래법의 적용제외를 규정하고 있다. 요컨대 공정거래법의 적용제외는 자유경쟁의 원칙에 대한 예외를 의미한다.
다. 구 공정거래법 제58조의 해석 : 공정거래위원회의 규제권한
1) 다른 법령에 따른 정당한 행위
구 공정거래법 제58조는 "이 법의 규정은 사업자 또는 사업자단체가 다른 법률 또는 그 법률에 의한 명령에 따라 행하는 정당한 행위에 대하여는 이를 적용하지 아니한다."고 규정하고 있다.
 이는 "당해 사업의 특수성으로 경쟁제한이 합리적이라고 인정되는 사업 또는 인가제 등에 의하여 사업자의 독점적 지위가 보장되는 반면 공공성의 관점에서 고도의 공적규제가 필요한 사업 등에 있어서 자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정하고 있는 법률 또는 그 법률에 의한 명령의 범위 내에서 행하는 필요·최소한의 행위"에 대하여는 경쟁법적 규제를 면제한다는 것을 의미한다(대법원 1997. 5. 16. 선고 96누150 판결, 대법원 2014. 5. 16. 선고 2012두13665 판결 등 참조).
 즉 다른 법령에 기초한 행위라는 이유만으로 즉시 공정거래법의 적용이 제외되는 것은 아닌바, ① 그 다른 법령이 자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정한 것이어야 하고, ② 문제된 행위가 해당 법령이 허용한 범위 내의 것으로서(양적 측면), ③ 필요·최소한의 정도에 머무른 경우(질적 측면)에 한하여 적용제외가 인정된다. 이는 공정거래법이 경제질서의 기본법으로서 그 사명을 다하기 위하여는 설령 다른 법령에 기초한 행위라 하더라도 그것이 ‘해당 법령이 허용한 범위나 필요한 정도를 넘어 부당하게 경쟁을 제한할 경우’ 이를 규제할 필요가 있기 때문이다. 결국 구 공정거래법 제58조에 의한 적용제외는 반드시 경쟁법적 규제의 완전한 포기를 의미하는 것이 아니라, 오히려 ‘그 다른 법령의 목적과 취지, 해당 제도의 내용, 당해 행위가 공정하고 자유로운 경쟁에 미치는 영향(구 공정거래법 제59조, 즉 독점적·배타적 성격의 지식재산권 행사에 대하여 경쟁법적 규제를 면제하는 ‘무체재산권의 정당한 행사행위’에 관한 대법원 2014. 2. 27. 선고 2012두24498 판결 등 참조)’ 등에 따라 경쟁법적 규제가 가능할 수 있음을 내포하는 것이다.
 한편 위와 같은 적용제외는 앞서 본 경쟁법의 이론적·정책적 측면은 물론 법질서의 통일성이라는 관점에서도 설명될 수 있는데, 경쟁의 한계 및 경쟁이 추구하는 목적과 다른 차원의 정책적 필요성 등을 고려하여 ‘자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정’한 법령이 있는 경우, 그에 따른 정당한 행위를 ‘경쟁을 제한한다’는 이유로 규제하는 것은 법질서의 통일성 측면에서도 허용될 수 없다 할 것이다.
2) 적용제외의 작용기제
 위와 같은 적용제외가 문제되는 상황은 일반적으로 다른 법령에 기초한 행위가 그 경쟁제한성으로 인하여 공정거래법에 위반된다는 의심이 있는 경우에 발생한다. 즉 공정거래위원회가 문제된 행위는 ‘법령에 따른 정당한 행위’가 아니라는 이유로 공정거래법을 적용하여 규제를 가하고, 이에 대하여 사업자가 자신의 행위는 ‘법령에 따른 정당한 행위’에 해당하므로 공정거래법의 적용이 제외되어야 한다고 주장하면서 처분에 불복하는 경우가 대표적이다. 
 이때 법원은 문제된 행위가 공정거래법에 위반되는지 여부를 따지기에 앞서 그것이 ‘자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정한 법령의 범위 내에서 행하는 필요·최소한의 행위인지’를 살펴 적용제외 여부에 관하여 판단함으로써, ① 만일 공정거래법의 적용제외가 인정된다면 그 자체로 공정거래위원회의 처분을 취소하고, ② 그렇지 않다면 추가적으로 공정거래법 위반 여부를 따져, 그 위반이 인정될 경우 사업자의 청구를 기각하고, 위반이 인정되지 않을 경우 공정거래위원회의 처분을 취소하게 될 것이다. 
 그런데 위와 같은 경우에도 적용제외 여부에 관한 유권적 판단은 그 다른 법령을 소관하는 기관이 아니라 어디까지나 공정거래법을 소관하는 공정거래위원회가 하는 것이고, 다만 공정거래위원회의 판단이 잘못된 경우 그에 기초한 처분이 위법하게 될 뿐인바(법원의 재판은 공정거래위원회의 판단에 대한 사후적·사법적 통제이다), 이러한 의미에서 경쟁법적 규제권한은 여전히 공정거래위원회가 가진다고 볼 수 있다. 즉 구 공정거래법 제58조에 의한 적용제외가 문제되는 경우에 있어서도, 그에 관한 판단과 경쟁법적 규제 여부는 엄연히 공정거래위원회의 입장에 달려있다 할 것이다. 
라. 해운법 제29조의 해석 : 해양수산부장관의 규제권한
1) 해운동맹의 필요성과 해운법 제29조
가) 해운동맹의 경쟁법적 의미
 일정한 시간마다 규칙적으로 운송서비스를 제공하는 정기선 화물운송사업의 경우, 사업자가 시장에 진입하기 위하여는 상당한 수의 선박을 확보하여야 하므로 대규모의 초기자본을 투입하여야 하고, 시장에 진입한 이후에도 선박의 유지·보수 등을 위하여 계속적으로 추가적인 고정비용을 부담하여야 한다. 한편 해운산업의 경우 경기변동에 따른 운임의 등락이 심한 특성이 있는데, 이는 호황기에도 선박의 공급에는 상당한 시간이 소요될 수밖에 없고, 불황기에도 선복을 줄이기가 거의 불가능하기 때문인바, 이러한 측면은 정시성이 관건인 정기선 운항의 경우 더욱 심화된다. 
 이러한 상황에서 다수의 선사들이 낮은 운임 등으로 무제한적인 출혈경쟁을 하게 되면, 대부분의 중·소규모 사업자들은 결국 도산에 이르고, 소수의 대규모 사업자만이 생존하게 될 우려가 있다. 이는 곧 독과점 사업자의 출현으로 이어져 노선의 제한과 운항의 축소 및 운임의 인상 등을 초래하고, 이로써 직접적 소비자인 화주들의 경제적 피해는 물론 결과적으로 전반적인 국가경제와 원활한 국제운송 등에도 상당한 피해가 발생하게 된다. 
 이른바 해운동맹은 주로 위와 같은 정기선 화물운송사업의 구조적 난점을 극복하기 위하여 결성된 것이다. 이를 통하여 정기선 운송사업자들은 상호간 선복을 공유하고 노선을 조정하는 것은 물론 내부적 협약을 통하여 최소한의 운임을 공동으로 결정하였는바, 비록 정도의 차이는 있지만 이러한 공동행위는 많은 국가들에서 불가피한 것으로 받아들여졌으며, 국제적으로도 그 합리성이 널리 인정되어 왔다. 
나) 해운법 제29조의 분석
 이에 해운법은 위와 같은 정기선 화물운송산업의 특성을 고려하여 제29조 제1항 본문에서 ‘외항 화물운송사업자들은 운임·선박배치, 화물의 적재, 그 밖의 운송조건에 관한 계약이나 공동행위를 할 수 있다.’고 규정하고 있는바, 자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정하고 있다(가격 등 경쟁요소에 관한 공동행위를 허용한다는 것은 그 자체로 자유경쟁의 예외를 인정하는 것인바, 이는 아래에서 보는 바와 같이 일정한 경우 규제가 가능하다 하더라도 다르지 않다). 다만 위 제1항은 ‘외항 부정기 화물운송사업자들의 운임에 관한 공동행위는 제외한다.’고 규정함으로써 그 허용범위를 제한하고 있는바, 결국 운임에 관한 공동행위는 외항 정기 화물운송사업자들만 가능하다.
 그런데 또한 해운법은 제29조 제5항에서 ‘해양수산부장관은 다음 각 호의 경우 그 협약의 시행 중지, 내용의 변경이나 조정 등 필요한 조치를 명할 수 있다.’고 규정하고, 제3호에서 "부당하게 운임이나 요금을 인상하거나 운항 횟수를 줄여 경쟁을 실질적으로 제한하는 경우"를 들고 있는바, 제1항에 의하여 허용되는 외항 정기 화물운송사업자들의 운임에 관한 공동행위라 하더라도 그것이 해운업의 발전과 화물의 원활하고 안전한 운송 등에 필요한 정도를 넘어 지나치게 과도한 경우, 즉 공동으로 결정한 운임이 지나치게 높은 경우에는 해양수산부장관이 이를 규제할 수 있도록 하였다(공동행위는 그 자체로 경쟁을 제한하는 것이므로, 그러한 공동행위를 허용하면서도 ‘경쟁을 제한한다’는 이유로 이를 규제하기 위하여는 그것이 ‘부당한 경쟁제한’일 것이 요구되는바, 여기서 그 부당성의 표지는 운임이 지나치게 높은 것을 말한다).
 한편 해운법은 제29조 제5항 단서에서 "다만, 제3호에 해당하는 경우에 대한 조치인 때에는 그 내용을 공정거래위원회에 통보하여야 한다."고 규정하고 있는바, 즉 공정거래위원회는 외항 정기 화물운송사업자들이 공동으로 결정한 운임이 지나치게 높은 경우에도 해양수산부장관이 그 시정을 위한 조치를 한 경우에 한하여 이를 사후적으로 통보받을 수 있을 뿐이다(해양수산부장관이 위 조치에 관하여 공정거래위원회와 사전 협의를 하거나 사전 통보를 할 필요는 없는바, 결국 공정거래위원회로서는 사후적으로 또는 비공식적으로 의견을 개진할 수 있을 뿐이다).
다) 해운법 제29조 위반행위에 대한 규제권한
 위와 같은 해운법 제29조의 규정을 종합하면, 외항 정기 화물운송사업자들의 경우 원칙적으로 운임에 관한 공동행위를 하는 것이 허용되나, 그 공동행위에 따라 결정된 운임이 지나치게 높아 부당한 경우 해양수산부장관은 이를 시정하기 위한 조치를 할 수 있고, 위 조치를 한 경우 해양수산부장관은 사후적으로 공정거래위원회에 이를 통보하여야 한다. 즉 외항 정기 화물운송사업자들의 운임에 관한 공동행위는 해운법에 따른 정당한 행위로서 원칙적으로 공정거래법의 적용이 제외되고, 설령 그 공동행위에 따라 결정된 운임이 필요한 정도를 넘어 지나치게 높아 부당하다 하더라도(달리 말하자면, 해운법에 따른 ‘정당한’ 행위로 볼 수 없는 경우에도) 이를 규제할 권한은 해양수산부장관에게 있으므로, 결국 이 경우 공정거래위원회가 구 공정거래법 제58조에 의한 적용제외가 인정되지 않는다는 이유로 규제권한을 행사할 수는 없다.
 그런데 해운법 제29조에 의하면, 외항 부정기 화물운송사업자들의 운임에 관한 공동행위는 허용되지 않지만, 그 위반에 대하여 해양수산부장관이 취할 수 있는 조치는 따로 규정되어 있지 않다. 즉 만일 외항 부정기 화물운송사업자들이 운임에 관한 공동행위를 하였다면, 이는 해운법이 허용한 공동행위의 범위를 벗어난 것이고, 이에 관하여 별도의 규제방식이 마련되어 있지도 않으므로, 이러한 경우에는 공정거래위원회가 구 공정거래법 제58조에 의한 적용제외가 인정되지 않음을 들어 규제권한을 행사할 수 있다.
 요컨대, 해운법 제29조는 ① 외항 ‘정기’ 화물운송사업자들의 운임에 관한 공동행위를 허용함으로써 자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정하고, 다만 그 공동행위를 통하여 결정된 운임이 지나치게 높아 부당한 경우에는 해양수산부장관이 필요한 조치를 하되, 이를 공정거래위원회에 통보하도록 하면서, ② 외항 ‘부정기’ 화물운송사업자들의 운임에 관한 공동행위는 이를 허용범위에서 제외하고, 그 위반에 관하여 별도의 규제방식을 마련하고 있지 않다. 따라서 ① 만일 외항 ‘부정기’ 화물운송사업자들이 운임에 관한 공동행위를 하였다면 공정거래위원회가 해운법에 의하여 허용된 범위를 벗어났다는 이유로 규제권한을 행사할 여지가 있으나, 이와 달리 ② 외항 ‘정기’ 화물운송사업자들의 운임에 관한 공동행위에 관하여는 설령 그 운임이 다소 높다 하더라도 이는 해양수산부장관이 그 부당성 여부를 판단하여 규제할 문제일 뿐, 이에 대하여 공정거래위원회가 해운법에 따라 필요한 정도를 넘는다고 주장하면서 규제권한을 행사할 수는 없다고 보아야 한다. 
라) 해운법의 입법연혁
 위와 같은 해석은 해운법 제29조의 입법연혁을 살펴보면 더욱 명확한데, 외항 화물운송사업자들의 공동행위를 허용하는 규정의 입법연혁은 [별지 3] 기재와 같은바, 최초의 규정은 구 해상운송사업법(1983. 12. 31. 해운업법으로 전부개정되기 전의 것)이 1978. 12. 5. 법률 제3145호로 개정되면서 제7조의2를 신설한 것으로서, 그 주요 내용은 외항 선박운항사업자들의 공동행위를 명시적으로 허용하되(제1항), 다만 그 공동행위의 내용을 해운항만청장에게 지체 없이 신고하도록 하고(제2항), 공동행위의 내용이 심히 부당하다고 인정되는 경우에는 해운항만청장이 필요한 조치를 하게 할 수 있다는 것이었다(제3항). 
 공정거래법은 위와 같이 구 해상운송사업법에 의하여 외항 선박운항사업자들의 공동행위가 명시적으로 허용된 이후인 1980. 12. 31. 비로소 제정되었고, 그에 따라 사업자들의 부당한 공동행위가 규제의 대상이 되었으나(제11조 내지 제14조), 해상운송사업법과 공정거래법의 관계 내지 해운항만청장과 공정거래위원회의 규제권한 조정에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않았다. 
 그 후 해운법이 1995. 12. 29. 법률 제5114호로 개정되면서 제29조 제3항 각호를 신설하였고, 이를 통하여 해운항만청장이 필요한 조치를 명할 수 있는 행위의 유형을 구체화하였는데, ‘부당하게 운임 또는 요금을 인상한 경우’와 ‘부당하게 운항을 감축한 경우’가 그 중 하나로 포함되었다. 
 한편 독점규제 및 공정거래에 관한 법률의 적용이 제외되는 부당한 공동행위 등의 정비에 관한 법률(이른바 ‘카르텔일괄정리법’)이 1999. 2. 5. 법률 제5815호로 제정되었으나, 위 법에서도 해운법상 공동행위는 문제삼지 않았다.
 이후 해운법은 1999. 4. 15. 법률 제5976호로 개정되면서 해운법의 목적으로 ‘공정한 경쟁의 확보’를 추가하고(제1조), 기존의 제29조 제3항 각호 중 ‘부당하게 운임 또는 요금을 인상한 경우’와 ‘부당하게 운임을 감축한 경우’를 통합하여 ‘부당하게 운임 또는 요금을 인상하거나 운항회수를 감축하여 경쟁을 실질적으로 제한하는 경우’로 정하였으며(제29조 제3항 제3호), 해양수산부장관이 이를 이유로 필요한 조치를 취하는 경우에는 그 내용을 공정거래위원회에 사후적으로 통보하도록 하는 규정을 신설하였는바(제29조 제3항 단서), 이 개정법이 별다른 변화 없이 현행법으로 이어지고 있다.
 위와 같은 해운법 제29조의 입법연혁과 그 취지 및 공정거래법과 이른바 카르텔일괄정리법의 태도에 비추어 보면, 입법자는 외항 정기 화물운송사업자들의 공동행위를 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 허용하고, 그것이 운임(가격)이나 운항횟수(공급량)를 과도하게 인상 또는 감축하는 등 부당한 경우에 한하여 예외적으로 규제하되, 이 경우에도 해운산업의 특성을 고려하여 그 규제권한은 공정거래법을 소관하는 공정거래위원회가 아니라 해운법을 소관하는 해양수산부장관에게 부여하고자 하였다 할 것이다.
마) 해운법 제31조의2의 반대해석
 또한 위와 같은 해석은 해운법 제31조의2를 통하여도 뒷받침될 수 있는바, 해운법이 2019. 8. 20. 법률 제16521호로 개정되면서 신설된 제31조의2는 ‘외항 정기 화물운송사업자가 해운법 제28조 제1항, 제29조의2 제1, 2항, 제31조를 위반하였다고 신고된 경우(제1, 2항), 해양수산부장관은 해상운송 시장의 건전한 발전을 해칠 우려가 있다고 인정되면 필요한 조치를 명할 수 있으나(제3항 본문), 다만 그 내용이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률, 하도급거래 공정화에 관한 법률, 대리점거래의 공정화에 관한 법률 등 다른 법률을 위반하였다고 판단되는 때에는 필요한 조치를 명하는 대신 관계부처에 신고의 내용을 통보하여야 한다(제3항 단서).’고 규정하고 있다. 
 위 조항의 취지는 외항 정기 화물운송사업자의 행위가 단순히 해운법 제31조의2 제1항에서 정한 해운법의 규정을 위반한 것에 그치지 않고 공정거래법 등 다른 법률까지 위반한 경우에는 해양수산부장관이 스스로 판단하여 필요한 조치를 명할 수 없으며, 공정거래위원회 등에 그 내용을 통보하여 관계부처에 의한 규제가 이루어지도록 하여야 한다는 것으로 보이는바, 결국 해운법 제31조의2에서 정한 경우에 관하여는 해양수산부장관이 아닌 관계부처에 규제권한이 있다고 볼 수 있다. 
 그런데 해운법 제31조의2는 ‘제28조 제1항, 제29조의2 제1, 2항, 제31조’만을 열거하고 있을 뿐 ‘제29조’는 전혀 언급하고 있지 않은바, 그 반대해석상 해운법 제29조 위반에 관하여는 위와 같은 규제방식이 적용되지 않는다 할 것이고, 이는 결국 해운법 제29조에 관한 공정거래위원회의 일반적 규제권한을 부정하는 취지라고 보인다. 
바) 철도사업법, 항공사업법, 보험업 등과의 비교
 한편 일응 해운법과 유사한 취지 내지 제도를 규정하고 있는 철도사업법, 항공사업법, 보험업법 등을 보더라도 일정한 시사점을 찾을 수 있는데, ① 철도사업법 제13조는 철도사업자가 다른 철도사업자와 공동경영에 관한 계약이나 그 밖의 운수에 관한 협정을 체결하거나 변경하는 경우 국토교통부장관의 인가를 받도록 하면서(제1항), 국토교통부장관이 위 협정을 인가하려면 미리 공정거래위원회와 협의하도록 규정하고 있고(제2항), ② 항공사업법 제15조도 항공운송사업자가 운수에 관한 협정을 체결 또는 변경하거나 운항일정·운임·홍보·판매에 관한 영업협력 등 제휴에 관한 협정을 체결 또는 변경하기 위하여는 국토교통부장관의 인가를 받도록 하면서(제1항), 국토교통부장관으로 하여금 미리 공정거래위원회와 협의하여 인가 여부를 결정하도록 정하고 있으며(제4항), ③ 보험업법 제125조 역시 보험회사가 그 업무에 관한 공동행위를 하기 위하여 다른 보험회사와 상호협정을 체결·변경·폐지하는 경우에는 금융위원회의 인가를 받도록 하고(제1항), 금융위원회로 하여금 보험업의 건강한 발전을 위하여 특히 필요하다고 인정되는 경우 위 협정의 체결·변경·폐지를 명하거나 그 협정의 전부 또는 일부에 따를 것을 명할 수 있도록 하되(제2항), 이를 위하여는 사전에 공정거래위원회와 협의하도록 하고 있다(제3항).
 즉 위 법들은 모두 해운법과 달리 공동행위의 인가를 위하여 사전에 공정거래위원회와 협의하도록 규정하면서, 사업자들의 공동행위가 부당하게 경쟁을 제한하는 경우 이를 국토교통부장관이나 금융위원회가 직접 판단하여 규제할 수 있도록 하는 규정은 두고 있지 않은바, 이에 비추어 보더라도 해운법상 공동행위에 관한 규제권한은 해양수산부장관에게 있다고 봄이 타당하다 할 것이다.
2) 해운법상 공동행위에 대한 공정거래위원회의 관여 가능성
가) 통보규정의 의미
 피고는, 해운법 제29조 제5항의 통보규정이 공정거래위원회에 규제권한을 부여하는 취지라고 주장한다.
 그러나 앞서 본 바와 같이 위 통보는 해양수산부장관이 일정한 조치를 한 이후의 사후적 통보를 의미한다 할 것인바, 이에 기초하여 공정거래위원회의 규제권한을 인정할 수는 없다. 
 오히려 이 법원의 해양수산부에 대한 사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 해운법이 1999년 위 통보규정을 도입할 당시 관련부처 간 협의 과정에서 공정거래위원회는 ‘해양수산부장관이 조치를 하기 전에 미리 공정거래위원회와 협의’하는 방안을 제시하였으나 받아들여지지 않았고, 이에 추가적인 협의 끝에 최종적으로 ‘해양수산부장관이 먼저 필요한 조치를 하고 이를 공정거래위원회에 사후적으로 통보’하기로 합의된 것으로 보이는바, 공정거래위원회 역시 해운법 제29조에 따른 공동행위에 관한 규제권한은 해양수산부장관에게 있다는 점을 인정하였던 것으로 보일 뿐이다. 
나) 해운법상 신고의무와 협의의무
 피고는, 이 사건 공동행위는 해운법 제29조 제2항의 신고의무와 제6항의 협의의무를 위반하였으므로 해운법에 따른 정당한 행위라고 볼 수 없고, 따라서 공정거래법이 적용되어야 하는바, 결국 공정거래위원회의 규제권한이 인정된다고 주장한다. 
 그러나 해운법은 제29조 제2항의 신고의무 위반에 관하여 1억 원 이하의 과징금 부과만을 규정하고 있을 뿐이고(제32조, 제19조 제1항 10호), 제29조 제6항의 협의의무 위반에 관하여는 그조차 규정하지 않음으로써 결과적으로 아무런 제재도 예정하지 않고 있으며, 그 밖에 신고의무 또는 협의의무를 위반한 공동행위의 효력 등에 관하여도 아무런 규정을 두고 있지 않다. 이러한 해운법의 태도에 비추어 보면, 설령 해운법 제29조 제1항에 따라 허용된 공동행위에 위와 같은 신고의무 위반 내지 협의의무 위반이 있다 하더라도, 다른 특별한 사정이 없는 한 그러한 이유만으로 즉시 해운법에 따른 정당한 행위가 아니라고 볼 수는 없다 할 것인바, 결국 공정거래법의 적용제외가 부정된다고 보기는 어렵다. 
 이와 관련하여 피고는, 해운법 제29조 제5항은 ‘해운법 제29조 제2항에 따라 해양수산부장관에게 신고된 공동행위’에 한하여 해양수산부장관에게 필요한 조치를 취할 수 있다고 규정한 것이므로, ‘해운법 제29조 제2항에 따라 적법하게 신고되지 않은 공동행위’에 관하여는 공정거래위원회가 규제권한을 가진다고 주장하나, 해양수산부장관은 해운법 제29조에 따른 운임 등의 협약에 관하여 확인이 필요할 경우 외항 정기 화물운송사업자에게 협약서, 운임표 및 운임산출명세서, 선박배치, 화물의 적재, 그 밖의 운송 조건에 관한 계약이나 공동행위와 관련된 증빙자료, 화주단체와 협의한 내역 등을 제출하게 하거나 보고하게 할 수 있고(해운법 제50조 제1항 제7호, 해운법 시행규칙 제27조 [별표 5] 제9호), 자료의 제출 또는 보고를 하지 아니하거나 거짓의 자료를 제출하거나 거짓으로 보고한 경우에는 관계공무원으로 하여금 선박, 사업장, 그 밖의 장소에 출입하여 장부나 서류 그 밖의 물건을 조사하게 할 수도 있는바(해운법 제50조 제2항 제6, 7호), 적법하게 신고되지 않은 공동행위라 하더라도 이를 조사·적발하는 것은 해양수산부장관의 권한이고, 따라서 그러한 공동행위에 문제가 있는 경우 이를 규제하는 것 역시 해양수산부장관의 권한이라 할 것이다.
 한편 피고는, 적어도 해양수산부장관이 위와 같은 신고의무 위반을 제대로 적발·규제하지 못한 경우에는 공정거래위원회의 개입이 필요하다는 취지로도 주장하나, 이는 결국 공정거래위원회가 해양수산부장관의 사무를 감독·시정하겠다는 것과 다르지 않은바, 특별한 법령상 근거가 없는 한 공정거래위원회에게 위와 같은 권한을 인정할 수는 없다. 
다) 일본의 규제방식
 피고는, 일본의 경우 해상운송에 관하여도 공정취인위원회(우리나라의 공정거래위원회에 해당한다)가 그 최종적 규제권한을 가지는바, 이에 비추어 볼 때 해운법상 공동행위에 대한 공정거래위원회의 규제권한이 인정될 수 있다는 취지로 주장한다.
 살피건대, 일본의 해상운송법의 경우 일본의 항구와 일본 이외의 지역의 항구 사이의 항로에 있어 선박 운항 사업자가 다른 선박 운항 사업자와 운임 등에 관한 공동행위를 하는 경우 이를 국토교통대신에게 신고하도록 하고(제29조의2 제1항), 신고된 공동행위에 관하여는 일본의 경쟁법인 사적독점의 금지 및 공정거래 확보에 관한 법률을 적용하지 않으며(제28조 본문), 신고된 공동행위의 내용이 해상운송법 제29조 제2항 각 호에 적합하지 않으면 국토교통대신이 직접 공동행위의 내용 변경을 명하거나 그 행위를 금지하는 처분을 할 수 있고(제29조의2 제2항), 처분을 한 때에는 이를 공정취인위원회에 통지하도록 하는바(제29조의4 제1항), 우리 해운법과 그 체계가 상당히 유사한 측면이 있다. 
 그러나 일본의 해상운송법은 국토교통대신으로 하여금 신고 접수된 공동행위를 지체 없이 공정취인위원회에 통지하도록 하고(제29조의4 제1항), 공정취인위원회는 그 공동행위의 내용이 제29조 제2항 각 호에 적합하지 않으면 국토교통대신에게 제29조의2 제2항에 따른 처분을 할 것을 청구할 수 있으며(제29조의4 제2항), 국토교통대신이 일정 기간이 지나도록 그 취지에 따른 처분을 하지 않는 경우에는 사적독점의 금지 및 공정거래 확보에 관한 법률이 적용되므로(제28조 단서), 이로써 공정취인위원회가 직접 규제권한을 행사할 수 있게 되는바, 공정취인위원회가 해운사업자들의 공동행위에 관하여 개입할 수 있는 근거규정들을 두고 있다는 점에서 우리 해운법과는 분명한 차이가 있다. 
 즉 우리 해운법은 일본의 해상운송법과 달리 해양수산부장관의 규제권한만을 규정하고 있을 뿐, 그 과정에 공정거래위원회가 개입할 수 있다거나 공정거래위원회에 특정 처분을 하도록 청구할 수 있는 권한을 부여하는 등의 규정을 전혀 두고 있지 않은바, 이러한 상황에서 일본의 규제방식에 근거하여 우리나라의 경우에도 공정거래위원회에 규제권한이 있다고 볼 수는 없다 할 것이다. 
라) 규제권한의 충돌
 피고는, 설령 해운법상 공동행위에 관하여 기본적으로 해양수산부장관에게 그 규제권한이 있다고 보더라도, 해운법이 공정거래법의 적용을 배제할 수는 없고, 실제로 해운법 자체에서 공정거래법의 적용제외를 규정하고 있지도 않은바, 공정거래위원회는 여전히 공정거래법 제58조에 따라 문제된 행위가 해운법에 따른 정당한 행위인지 여부에 관하여 독자적으로 판단·규제할 수 있는 권한을 가진다고 주장한다.
 그러나 앞서 본 바와 같이 어떤 법령이 자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정하고, 나아가 허용된 범위를 벗어나거나 필요한 정도를 넘어 부당한 경우에 대하여 이를 직접 금지하면서, 그 규제권한의 소재와 구체적인 규제의 방법·절차까지 별도로 정하고 있다면, 더 이상 공정거래법 제58조는 적용될 여지가 없다 할 것이다. 
 만일 이와 달리 본다면 하나의 행위에 관하여 복수의 대등한 규제기관이 존재하는 것이 되고, 이러한 경우에는 양 기관의 입장이 서로 상반되더라도 그러한 충돌을 해결할 마땅한 방법이 없는바, 이는 수범자의 예측가능성을 침해하고 법적안정성을 저해하는 것으로서 그 자체로 결코 바람직하지 않다. 바로 이 사건에서 위와 같은 문제가 극명하게 드러나고 있는데, 이 사건 공동행위에 대하여 해양수산부장관은 별다른 문제가 없다고 보고 있음에 반하여, 공정거래위원회는 반드시 규제가 필요하다고 보고 있는바, 이로써 불필요한 혼란과 갈등이 지속되고 있다. 이러한 점에서도 해운법상 공동행위에 대하여 공정거래위원회의 규제권한을 인정하기는 어렵다 할 것이다.
3) 보론 : 해운동맹에 대한 시각의 변화와 입법적 과제
가) 해운동맹에 대한 새로운 시각
 앞서 본 바와 같이 해운동맹은 역사적으로 그 필요성과 합리성이 널리 인정되어 왔다. 그러나 최근에는 해운산업에 관하여도 경쟁법적 규제를 면제할 필요가 없고, 오히려 경쟁원리에 따라 규율하는 것이 타당하다는 시각이 대두되고 있다. 특히 운임에 관한 공동행위는 원칙적으로 불허하고, 선복과 배선 등에 관한 상호협력만을 허용하여야 한다는 입장이 있고, 실제로 미국, EU, 캐나다, 호주, 일본 등 여러 법제에서 위와 같은 취지로 해운동맹에 대한 규율을 재정비하고 있는 것으로 보인다.
 그러나 사정이 위와 같다 하더라도 현행법의 규정에 반하는 해석을 할 수는 없다. 만일 해운동맹을 원칙적으로 불허하거나 적어도 운임에 관한 공동행위는 이를 금지하고자 한다면, 이를 허용하더라도 그에 관한 실체적·절차적 통제를 보다 강화하고자 한다면, 이를 위하여 규제권한을 소관부처가 아닌 경쟁당국에 부여할 필요가 있다면, 해운법 또는 공정거래법을 개정하여야 할 것이다.
나) 해운법 개정안
 한편 이 사건 처분 이전에 이미 해운법 제29조에 관한 개정안이 국회에 제출된 바 있는데(발의자 위성곤 의원 등 19인, 발의일자 2021. 7. 22., 의안번호 11635), 그 주요 내용은 ① 해운법상 공동행위에 대하여 공정거래법이 적용되지 않음을 명확히 하되, ② 해양수산부장관이 공정거래위원회에 협약의 내용을 사전 통지하고, ③ 위 통지를 받은 공정거래위원회는 협약의 내용이 공정거래법에 저촉된다고 판단될 경우 이를 해양수산부장관에게 통보하여 필요한 조치를 하도록 요청할 수 있게 하는 것이다.
 즉 현행법상 공정거래법의 적용제외와 해양수산부장관의 규제권한은 그대로 유지하되, 공정거래위원회의 입장을 반영할 수 있는 통로를 마련하고자 하는 취지로 보이는바, 해운법상 공동행위에 대한 정당한 규율은 물론 불필요한 혼란과 갈등을 방지하기 위하여서라도 조속한 논의와 입법적 결단이 필요하다 할 것이다. 
마. 소결론 : 해운법상 공동행위에 대한 해양수산부장관의 배타적 규제권한
 공정거래법은 자유시장경제를 기본으로 하는 우리나라 경제질서의 기본법으로서 모든 산업분야의 모든 사업자에 대하여 적용되는 것이 원칙이다. 
 그러나 모든 경제활동을 오로지 시장의 자율기능 내지 경쟁원리에만 맡겨 놓을 수는 없는바, 이에 공정거래법의 적용제외가 인정되고, 이는 자유경쟁의 원칙에 대한 예외를 의미한다. 
 이에 관한 대표적인 경우가 구 공정거래법 제58조(법령에 따른 정당한 행위)에 의한 적용제외인데, 다른 법령이 자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정하고 있는 경우, 그 법령의 범위 내에서(양적 측면) 행하는 필요·최소한(질적 측면)의 행위에 대하여는 공정거래법의 적용이 제외되는바, 이는 경쟁법의 이론적·정책적 측면은 물론 법질서의 통일성이라는 관점에서도 반드시 필요한 것이다. 
 다만 위와 같은 적용제외의 인정 근거에 비추어 볼 때, 자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정한 법령에 기초한 행위라 하더라도, 그것이 허용된 범위를 벗어나거나 필요한 정도를 넘는다면, 그러한 행위에 대하여는 여전히 공정거래법이 적용될 수 있고, 이에 관한 판단은 공정거래위원회가 하는 것이므로, 위와 같은 경우에는 여전히 공정거래위원회가 규제권한을 가진다.
 그런데 어떤 법령이 자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정하고 있을 뿐만 아니라, 더 나아가 허용된 범위를 벗어나거나 필요한 정도를 넘는 부당한 경우에 대하여 이를 직접 금지하면서, 그 규제권한의 소재와 구체적인 규제의 방법·절차까지 별도로 정하고 있다면, 공정거래위원회가 구 공정거래법 제58조에 의한 적용제외가 인정되지 않는다는 점을 들어 개입할 여지는 없다 할 것인바, 즉 이러한 경우 공정거래위원회는 별도의 규제권한을 가지지 않는다. 
 해운법상 공동행위에 관하여 보건대, 해운법 제29조(운임 등의 협약)는 외항 ‘정기’ 화물운송사업자들의 운임에 관한 공동행위를 허용함으로써 자유경쟁의 예외를 구체적으로 인정하고, 다만 그 공동행위를 통하여 결정된 운임이 지나치게 높아 부당한 경우에는 해양수산부장관이 필요한 조치를 하되, 이를 공정거래위원회에 통보하도록 하면서, 외항 ‘부정기’ 화물운송사업자들의 운임에 관한 공동행위는 이를 허용범위에서 제외하고, 그 위반에 관하여 별도의 규제방식을 마련하고 있지 않다. 
 결국 만일 외항 ‘부정기’ 화물운송사업자들이 운임에 관한 공동행위를 하였다면 공정거래위원회가 해운법에 의하여 허용된 범위를 벗어났다는 이유로 규제권한을 행사할 여지가 있으나, 이와 달리 외항 ‘정기’ 화물운송사업자들의 운임에 관한 공동행위에 관하여는 설령 그 운임이 다소 높다 하더라도 이는 해양수산부장관이 그 부당성 여부를 판단하여 규제할 문제일 뿐, 이에 대하여 공정거래위원회가 해운법에 따라 필요한 정도를 넘는다고 주장하면서 규제권한을 행사할 수는 없다고 보아야 한다.
 요컨대, 해운법 제29조에서 규정하고 있는 외항 정기 화물운송사업자들의 운임에 관한 공동행위에 대하여는 해양수산부장관만이 배타적 규제권한을 가진다 할 것이고, 공정거래위원회에게는 이를 규제할 권한이 없다. 
 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 원고의 공동행위 가담 여부, 이 사건 공동행위의 경쟁제한성 내지 부당성 여부 등 그 나머지 점에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하다. 
5. 결론
 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
 [[별지 1] 피고의 처분 생략] 
 [[별지 2] 관계 법령 생략] 
 [[별지 3] 해운산업에 관한 공동행위 허용 규정의 입법연혁 생략] 
 [[별지 4] 해운법 개정안에 따른 제29조 신·구조문 대비표 생략] 

판사 김대웅(재판장) 김상철 배상원