폐기물부담금부과처분취소청구등[담배에 대한 부담금 납부의무와 관련하여 ‘제조장에서 반출’의 의미 및 부칙규정의 위헌 여부가 문제된 사건] (일반행정, 대법원)
공포일: 2024.05.23 / 시행일:

【원고, 피상고인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 정병문 외 7인)
【피고, 상고인】 한국환경공단 외 2인 (소송대리인 법무법인 제이피 외 2인)
【원심판결】 서울고법 2021. 1. 27. 선고 2020누49524 판결
【주 문】
 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 
 명령에 대한 위헌 심사 결과
구 「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령」(2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정된 것) 부칙 제2조 중 ‘2015년 1월 1일부터 2015년 2월 2일까지 제조장 또는 보세구역에서 반출되는 분’ 부분은 헌법에 위반된다. 

【이 유】 1. 사안의 개요
 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
 가. 원고는 기획재정부장관으로부터 담배사업법에 의한 담배제조업의 허가를 받아 2012. 8. 2.부터 양산시 △△동에 있는 제조공장(이하 ‘이 사건 제조공장’이라고 한다)에서 담배를 제조하였다.
 나. 원고는 2014. 9. 2.까지 다음과 같은 방식으로 담배를 제조·판매하면서 담배소비세 및 지방교육세를 신고·납부하였다. 원고는 이 사건 제조공장에서 담배를 제조한 다음, 이를 운송·보관업무 등을 위탁한 주식회사 (회사명 생략)(이하 ‘소외 회사’라고 한다)을 통해 관세법에 따른 보세구역인 양산시 □□읍에 있는 보세창고(이하 ‘양산물류센터’라고 한다)로 옮기고, 그중 일부를 다시 광주시 ◇◇면에 있는 보세창고(이하 ‘서울물류센터’라고 하고, 양산물류센터와 합하여 ‘이 사건 각 물류센터’라고 한다) 등으로 옮긴 뒤, 도매업자 등으로부터 주문을 받으면 배송하는 방식으로 판매하였다. 이 과정에서 원고는 이 사건 제조공장에서 이 사건 각 물류센터로 담배를 옮길 때에는 구 지방세법(2014. 12. 23. 법률 제12855호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조 등에 따라 미납세 반출 대상 담배로 신고하였다가, 이 사건 각 물류센터에서 담배를 반출하는 시점에 담배소비세 및 지방교육세를 신고·납부하였다.
 다. 당초 담배는 개별소비세의 과세대상이 아니었고, 그중 ‘제1종 궐련’에 20개비당 641원의 담배소비세와 담배소비세액의 100분의 50에 상당하는 지방교육세가 부과되었다. 그런데 2014. 12. 23. 법률 제12846호로 개정된 개별소비세법(이하 ‘개정 후 개별소비세법’이라고 한다)은 제1조 제2항 제6호를 신설하여 ‘제1종 궐련’에 대하여 20개비당 594원의 개별소비세를 부과하도록 정하였다. 그리고 2014. 12. 23. 법률 제12855호로 개정되고 2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 지방세법(이하 ‘개정 후 지방세법’이라고 한다)은 제52조 제1항 제1호 (가)목에서 ‘제1종 궐련’에 대한 담배소비세율을 20개비당 1,007원으로 인상하였고, 제151조 제1항 제4호에서 지방교육세율을 담배소비세액의 1만분의 4,399로 인하하였다(다만 담배소비세율의 인상으로 담배소비세액이 증가하였고, 그 결과 지방교육세액도 증가하였다). 위 각 개정법률은 2015. 1. 1. 시행되었다.
 라. 원고는 개정 후 지방세법과 개정 후 개별소비세법(이하 ‘개정 후 지방세법 등’이라고 한다)이 시행되기 전인 2014. 9. 3.부터 2014. 12. 31.까지 사이에 이 사건 제조공장에서 제조한 담배 104,634,000갑을 보세창고가 아닌 양산시 □□읍에 있는 다른 창고(이하 ‘이 사건 임시창고’라고 한다)로 옮기면서 개정 전 세율에 따른 담배소비세 및 지방교육세만 신고·납부하였다. 원고는 위 담배 중 5,744,130갑을 2014. 12. 31. 이전에, 34,090,000갑을 2015. 1. 1. 이후에 이 사건 임시창고에서 이 사건 각 물류센터로 옮겼고[원고는 2015년 이후 일시불상경부터 서울물류센터를 대체하는 창고로 이천시 ☆☆면에 있는 물류센터(이하 ‘이천물류센터’라고 한다)를 사용하였는데, 이하 서울물류센터와 이천물류센터를 구분하지 않고 ‘서울물류센터’라고 한다], 보관 중 폐기된 7,258갑을 제외한 나머지 39,826,872갑(= 5,744,130갑 + 34,090,000갑 － 7,258갑, 이하 ‘이 사건 제1담배’라고 한다)을 2015. 1. 1. 이후에 양산물류센터 또는 서울물류센터에서 반출하여 도매업자 등에게 배송하였다.
 마. 한편 원고는 이 사건 제조공장에서 제조한 후 구 지방세법상 미납세 반출 대상 담배로 신고하고 이 사건 각 물류센터로 옮겨 보관하던 담배 191,133,000갑에 대하여, 2014. 9. 5.부터 2014. 12. 31.까지 사이에 실물을 이동하지 않았음에도 이 사건 각 물류센터에서 반출된 것처럼 전산시스템에 관리코드를 변경 입력한 다음(이하 ‘이 사건 전산입력’이라고 한다), 개정 전 세율에 따른 담배소비세 및 지방교육세만 신고·납부하였다. 원고는 위 191,133,000갑 중 66,377,702갑(이하 ‘이 사건 제2담배’라고 하고, 이 사건 제1담배와 합하여 ‘이 사건 담배’라고 한다)을 2015. 1. 1. 이후에 양산물류센터 또는 서울물류센터에서 반출하여 도매업자 등에게 배송하였다.
 바. 감사원은 2016년경 ‘원고가 담배에 대한 세금 및 부담금 등(이하 ‘담뱃세’라고 한다)의 인상차액을 취할 목적으로 담배 실물의 반출 없이 허위의 반출량을 신고하고 담뱃세를 신고·납부하는 등으로 담뱃세 인상 전에 이 사건 담배를 탈법적 재고로 축적한 후 2015. 1. 1. 이후에 인상된 담뱃세를 반영한 가격으로 위 재고를 판매하여 담뱃세 인상차액을 취하고 담뱃세 1,691억 원을 포탈하였다.’는 감사결과를 환경부장관 등 관계기관에 통보하였다. 
 사. 1) 피고 한국환경공단(이하 ‘피고 공단’이라고 한다)은 원고가 2014년 제조장에서 반출한 담배를 970,899,593갑으로 보고, 구 「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률」(2017. 1. 17. 법률 제14532호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항, 구 「자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령」(2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 자원재활용법 시행령’이라고 한다) 제11조 [별표 2] 제5호에 따라, 2015. 4. 30. 원고에게 2014년도 폐기물부담금 7,874,869,500원을 부과하였고, 원고는 이를 모두 납부하였다.
 2) 개정 전 자원재활용법 시행령이 2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정되어 담배 20개비당 부과되는 폐기물부담금의 요율이 7원에서 24.4원으로 인상되었고(제11조 [별표 2] 제5호, 이하 ‘이 사건 개정규정’이라고 한다), 이 사건 개정규정의 적용시기에 대해 부칙 제2조(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라고 한다)에서 ‘2015년 1월 1일 이후 제조장 또는 보세구역에서 반출되는 분부터 적용한다.’고 정하였다(이하 위와 같이 개정된 시행령을 ‘개정 후 자원재활용법 시행령’이라고 한다).
 3) 피고 공단은 앞서 2014년에 반출된 것으로 보았던 담배 중 이 사건 담배는 2014년이 아니라 2015년에 제조장으로부터 반출된 것이라는 이유로, 2017. 2. 1. 원고에게 이 사건 담배에 대하여 개정 후 자원재활용법 시행령을 적용하여 산출한 폐기물부담금과 이미 납부한 폐기물부담금의 차액 1,729,976,930원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 폐기물부담금 부과처분’이라고 한다).
 아. 1) 피고 보건복지부장관(이하 ‘피고 장관’이라고 한다)은 원고가 2014. 9. 1.부터 2014. 12. 31.까지 제조장 또는 보세구역에서 반출한 담배를 408,517,170갑으로 보고, 2014. 10.부터 2015. 1.까지 4회에 걸쳐 구 국민건강증진법(2014. 12. 23. 법률 제12859호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 국민건강증진법’이라고 한다) 제23조에 따라 국민건강증진부담금 합계 144,805,645,580원을 부과하였고, 원고는 이를 모두 납부하였다.
 2) 개정 전 국민건강증진법은 2014. 12. 23. 법률 제12859호로 개정되어 궐련 20개비당 부과되는 국민건강증진부담금이 354원에서 841원으로 인상되었고(제23조 제1항 제1호), 이러한 개정규정은 ‘2015년 1월 1일 이후 최초로 제조장 또는 보세구역에서 반출하는 분부터 적용한다.’고 규정되었다(부칙 제2조, 이하 위와 같이 개정된 법률을 ‘개정 후 국민건강증진법’이라고 한다).
 3) 피고 장관은 위 감사원의 감사결과에 따라 2017. 2. 2. 원고에게 이 사건 담배에 대한 국민건강증진부담금(재고차익) 51,721,627,530원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 국민건강증진부담금 부과처분’이라고 한다).
 자. 1) 담배사업법 제25조의3 제1항에 의하면 기획재정부장관은 제조업자로 하여금 그가 판매하는 담배 중 궐련에 대하여 20개비당 20원의 범위에서 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 보건의료·환경보호 등의 공익사업을 하는 자에게 출연하도록 할 수 있는바, 담배사업법 시행규칙이 2014. 12. 31. 기획재정부령 제453호로 개정되어 연초경작지원 등 사업을 위한 출연의 근거 규정인 제17조가 신설되었다. 위 조항에 의하면 제조업자는 연초 경작자의 영농기술 개발을 직접 지원하기 위하여 기획재정부장관의 승인을 받아 설립된 법인에 출연하여야 하고(제1항), 그 금액은 제조업자가 제조하여 판매하는 담배 중 궐련 20개비당 5원으로 하며(제2항), 이러한 개정규정은 ‘이 규칙 시행 이후 제조장에서 반출하는 분’부터 적용하는 것으로 정하였다(부칙 제4조, 이하 위와 같이 개정된 담배사업법 시행규칙을 ‘개정 후 담배사업법 시행규칙’이라고 한다). 위 개정규칙 제17조는 2015. 1. 1.부터 시행되었다(부칙 제1조 단서).
 2) 담배사업법 제25조의3 제1항, 개정 후 담배사업법 시행규칙 제17조에 따른 출연 대상인 피고 재단법인 (재단명 생략)(이하 ‘피고 재단’이라고 한다)은 기획재정부로부터 통보받은 세무조사 결과에 따라 2017. 2. 13. 원고에게 이 사건 담배에 대한 연초생산안정화기금(이하 ‘출연금’이라고 한다) 추가 징수분 531,022,870원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 출연금 부과처분’이라고 하고, 이 사건 폐기물부담금 부과처분, 이 사건 국민건강증진부담금 부과처분 및 이 사건 출연금 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 각 부과처분’이라고 하며, 이 사건 각 부과처분의 근거가 된 개정 후 자원재활용법 시행령, 개정 후 국민건강증진법, 개정 후 담배사업법 시행규칙을 통틀어 ‘이 사건 각 개정법령’이라고 한다).
 2. 원심의 판단
 원심은 그 판시와 같은 이유로, 이 사건 부칙규정, 개정 후 국민건강증진법 부칙 제2조 및 개정 후 담배사업법 시행규칙 부칙 제1조 단서(이하 위 각 부칙규정을 통틀어 ‘이 사건 각 부칙규정’이라고 한다) 등에 의하면 2015. 1. 1. 이후 제조장에서 반출한 담배에 대하여만 이 사건 각 개정법령을 적용할 수 있는데, 이 사건 담배는 2014. 12. 31. 이전에 제조장인 이 사건 제조공장에서 반출된 것으로 보아야 하므로 이 사건 각 개정법령을 적용할 수 없다고 판단하였다.
 3. 상고이유에 대한 판단
 가. 이 사건 제1담배 부분에 관하여
 1) 2014. 12. 31. 이전 이 사건 임시창고에서 이 사건 각 물류센터로 옮긴 담배 부분
 원심판결 이유를 관련 규정과 아래 2)에서 보는 ‘제조장에서 반출’에 관한 법리, 아래 4항에서 보는 이 사건 부칙규정의 효력 및 기록에 비추어 살펴보면, ‘이 사건 제1담배 가운데 2014. 12. 31.(폐기물부담금의 경우에는 2015. 2. 2.을 말한다) 이전에 이 사건 임시창고에서 이 사건 각 물류센터로 옮긴 담배’에 대하여 이 사건 각 개정법령을 적용할 수 없다고 본 원심의 이유 설시에 일부 부적절한 부분이 있기는 하나 그 결론은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유 주장과 같은 법리오해 등으로 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 없다. 
 2) 2015. 1. 1. 이후 이 사건 임시창고에서 이 사건 각 물류센터로 옮긴 담배 부분
 가) 원심의 판단 중 ‘이 사건 제1담배 가운데 2015. 1. 1.(폐기물부담금의 경우에는 2015. 2. 3.을 말한다) 이후에 이 사건 임시창고에서 이 사건 각 물류센터로 옮긴 담배’에 대하여 이 사건 각 개정법령을 적용할 수 없다고 본 부분은 수긍하기 어렵다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다.
 (1) 폐기물부담금, 국민건강증진부담금, 출연금(이하 위 각 부담금을 통틀어 ‘이 사건 각 부담금’이라고 한다)의 성격, 이 사건 각 부칙규정을 비롯한 이 사건 각 개정법령의 입법 취지 등에 비추어 볼 때, 제조자가 담뱃세의 인상차액을 얻기 위하여 담뱃세가 인상되기 전에 통상적인 행위 또는 거래 형태에서 벗어나서 제조장에서 일시적인 방편으로 마련된 장소로 담배를 옮긴 것에 불과하다면, 이를 제조장에서 반출한 것으로 볼 수 없다(대법원 2023. 7. 13. 선고 2020두51341 판결, 대법원 2023. 7. 13. 선고 2020두52375 판결 참조).
 (2) 원심판결 이유와 기록에 의하여 알 수 있는 원고의 통상적인 유통구조, 원고와 소외 회사 사이의 물류 서비스 계약의 내용, 기획재정부장관의 「담배 매점매석행위에 관한 고시」시행 직전에 이 사건 제조공장에서 이 사건 임시창고로 옮긴 담배의 수량, 이 사건 임시창고의 인적·물적 설비 수준, 사용기간 및 재고 관리 실태, 이 사건 임시창고로 옮긴 담배의 실제 판매시점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 제1담배를 이 사건 임시창고로 옮긴 것은 담뱃세의 인상차액을 얻기 위하여 담뱃세가 인상되기 전에 통상적인 행위 또는 거래 형태에서 벗어나서 제조장에서 일시적인 방편으로 마련된 장소로 담배를 옮긴 것에 불과하다고 할 것이다. 따라서 원고가 이 사건 제1담배를 이 사건 제조공장에서 이 사건 임시창고로 옮긴 때가 아니라, 이 사건 임시창고에서 이 사건 각 물류센터로 옮긴 때 비로소 제조장에서 반출한 것으로 보아야 하므로, 이 사건 제1담배 가운데 이 사건 각 개정법령이 시행된 2015. 1. 1.(다만 개정 후 자원재활용법 시행령의 경우에는 2015. 2. 3.) 이후에 이 사건 임시창고에서 이 사건 각 물류센터로 옮겨진 담배에 대하여는 이 사건 각 개정법령을 적용할 수 있다.
 나) 그런데도 원심은 판시와 같은 이유만으로 이 사건 각 부과처분 중 ‘이 사건 제1담배 가운데 2015. 1. 1.(폐기물부담금의 경우에는 2015. 2. 3.을 말한다) 이후에 이 사건 임시창고에서 이 사건 각 물류센터로 옮긴 담배’에 관한 부분에 대하여 해당 담배를 2014. 12. 31.(폐기물부담금의 경우에는 2015. 2. 2.을 말한다) 이전에 제조장에서 반출된 것으로 보아 이 사건 각 개정법령을 적용한 부분이 위법하다고 판단하였다. 원심의 이러한 판단에는 ‘제조장에서 반출’에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고들의 상고이유 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다. 
 나. 이 사건 제2담배 부분에 관하여
 1) 2015. 2. 2. 이전 반입장소에서 다시 반출된 담배에 대한 이 사건 폐기물부담금 부과처분 부분 
 원심판결 이유를 관련 규정과 아래 4항에서 보는 이 사건 부칙규정의 효력 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이유 설시가 부적절하기는 하나, ‘이 사건 제2담배 가운데 2015. 2. 2. 이전에 반입장소에서 다시 반출된 담배’에 대하여 이 사건 개정규정을 적용할 수 없다고 본 원심의 판단은 그 결론에 있어서 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같은 법리오해 등으로 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 없다. 
 2) 이 사건 각 부과처분 중 위 1)에서 본 폐기물부담금 부과처분 부분을 제외한 나머지 부분 
 가) 담배 제조업자가 담배 공급의 편의를 위하여 제조장 또는 보세구역에서 다른 제조장 또는 보세구역으로 담배를 미납세 반출하였다가 개정 후 지방세법 등이 시행된 2015. 1. 1. 이후 반입장소에서 다시 반출한 경우에는 과세물품인 담배를 미납세 반출한 때가 아니라 그 담배를 반입장소에서 다시 반출하는 때에 납세의무가 성립한다고 보아야 한다. 따라서 미납세 반출되었다가 개정 후 지방세법 등이 시행된 2015. 1. 1. 이후에 반입장소에서 다시 반출된 담배에 대하여는 개정 후 지방세법 등의 부칙규정에 따라 그 반출시점에 시행되는 개정규정에서 정한 개정세율이 적용된다(앞서 본 대법원 2020두51341 판결과 대법원 2020두52375 판결 참조). 위와 같은 개정 후 지방세법 등에서의 미납세 반출과 반출의 의미에 관한 법리는 이 사건 각 부담금의 부과요건사실인 ‘제조장에서 반출’에 관한 해석에도 동일하게 적용된다고 봄이 타당하다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다. 
 (1) 부담금은 행정법규에 정해진 부과요건이 충족되는 때에 그 내용과 범위가 정해지는데, 이 사건 각 부담금 부과에 관한 근거 규정의 문언과 취지 등을 종합하면 이 사건 각 부담금의 산출기준은 ‘제품의 생산 내지 제조’가 아니라 ‘제품의 출고’에 두고 있어, 이 사건 각 부담금이 제품의 출고시기를 기준으로 부과됨을 알 수 있다. 즉, 이 사건 각 부담금의 부과요건사실은 ‘제조장 또는 보세구역에서 반출’이라고 할 것이므로, 담배가 ‘제조장 또는 보세구역에서 반출되는 때’에 담배 제조업자의 이 사건 각 부담금 납부의무가 성립한다. 따라서 원칙적으로 담배에 관한 담배소비세 등의 납세의무 성립시기와 이 사건 각 부담금의 납부의무 성립시기는 모두 ‘제조장 또는 보세구역에서 반출한 때’로 일치한다. 
 (2) 이 사건 각 부담금은 담배소비세 등과 마찬가지로 담배 판매가격의 원가를 구성함으로써 실질적으로 소비자에게 그 부담이 최종적으로 전가된다. 
 (3) 개정 전 국민건강증진법 및 개정 후 국민건강증진법 각 제23조와 개정 후 담배사업법 시행규칙 제17조 제2항은 지방세법 제54조 등에 따라 담배소비세가 면제되거나 담배소비세액이 공제 또는 환급되는 담배를 국민건강증진부담금과 출연금의 부과대상에서 제외하고 있다. 이와 같은 부담금에 관한 근거 규정의 문언 등에 비추어 보면, 부담금의 부과는 담배소비세 부과와 연동되어 있음을 알 수 있다.
 (4) 특히 개정 전 자원재활용법 시행령 및 개정 후 자원재활용법 시행령 각 제11조의 [별표 2] 제5호는 지방세법 제53조(미납세 반출), 제54조(과세면제) 등에 따라 담배소비세를 면제하거나 환급하는 담배를 폐기물부담금 부과대상에서 제외한다고 규정하고 있어 담배 제조업자가 제조장에서 담배를 미납세 반출한 것만으로는 폐기물부담금 납부의무가 성립하지 않음을 명확히 하고 있다. 
 (5) 이 사건 각 부칙규정도 개정 후 지방세법 등의 부칙규정과 동일하게 담배가 2015. 1. 1. 이후 제조장 또는 보세구역에서 반출되었는지를 기준으로 이 사건 각 개정법령의 적용 여부를 정하고 있다. 이와 같은 이 사건 각 부칙규정의 내용을 통해 알 수 있는 입법자의 의사는 개정 후 지방세법 등과 이 사건 각 개정법령에 따라 세율이나 금액이 인상되거나 부담금 등이 새롭게 도입되는 담배의 범위와 대상을 일치시키려는 것으로 보인다. 
 (6) 담배소비세 등 조세와 이 사건 각 부담금은 모두 동일한 단위인 담배(궐련) 20개비를 기준으로 책정되고, 위 조세와 이 사건 각 부담금의 인상 내지 도입은 정부가 담뱃값 인상이라는 단일한 목적하에 취한 일련의 조치였다. 따라서 이 사건 각 부담금의 부과요건인 ‘제조장에서 반출’의 의미를 담배소비세 등의 과세요건인 ‘제조장으로부터 반출’의 의미와 동일하게 해석하는 것이 입법 목적이나 취지에 부합한다.
 나) 원심판결 이유와 기록에 의하면, 이 사건 제2담배는 원고가 이 사건 제조공장에서 미납세 반출 대상 담배로 신고하고 이 사건 각 물류센터로 옮겨 보관하던 중 이 사건 각 개정법령이 시행된 2015. 1. 1.(다만 개정 후 자원재활용법 시행령의 경우에는 2015. 2. 3.) 이후 반입장소에서 다시 반출하여 도매업자 등에게 배송하였으므로, 이 사건 제2담배(다만 폐기물부담금의 경우에는 이 사건 제2담배 가운데 2015. 2. 3. 이후 반입장소에서 다시 반출된 부분만을 말한다. 이하 같다)에 대하여는 이 사건 각 부칙규정에 따라 이 사건 각 개정법령이 적용된다. 원고가 이 사건 제2담배를 반입장소인 이 사건 각 물류센터에서 다른 장소로 현실적으로 반출하지 않은 상태에서 2015. 1. 1. 이전에 반출된 것처럼 이 사건 전산입력을 하였다 하여 달리 볼 것은 아니다. 
 다) 그런데도 원심은 판시와 같은 이유만으로 이 사건 각 부과처분 중 이 사건 제2담배에 대하여 이 사건 각 개정법령을 적용한 부분이 위법하다고 판단하였다. 원심의 이러한 판단에는 ‘제조장에서 반출’에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고들의 상고이유 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다. 
 다. 그 밖의 상고이유에 관하여 
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 그 판시와 같은 이유로 이 사건 출연금 부과처분에 관한 본안전항변을 배척한 데에 피고 재단의 상고이유 주장과 같이 항고소송의 대상이 되는 처분에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.
 4. 이 사건 부칙규정의 헌법 위반 여부에 관한 직권 판단 
 가. 이 사건 각 부칙규정은 모두 2015. 1. 1. 이후 제조장 또는 보세구역에서 반출된 담배에 대해서 개정규정을 적용한다고 규정하고 있다. 그런데 개정 후 자원재활용법 시행령의 경우 2015. 1. 1. 전에 개정이 이루어진 다른 개정법령들과 달리 2015. 2. 3. 뒤늦게 개정이 이루어졌음에도 이 사건 부칙규정은 그 개정 전에 이미 제조장 또는 보세구역에서 반출된 담배에 대해서도 이 사건 개정규정을 소급하여 적용하도록 정하고 있다. 만일 이 사건 부칙규정이 헌법상 소급입법금지원칙에 위반되어 무효일 경우 2015. 1. 1.부터 개정 후 자원재활용법 시행령이 개정되어 시행되기 전인 2015. 2. 2.까지 제조장 또는 보세구역에서 반출된 담배에 대해서는 이 사건 개정규정을 적용해서는 아니 된다. 따라서 이 사건 부칙규정의 효력에 관하여 직권으로 살펴볼 필요가 있다.
 나. 소급입법은, 새로운 입법을 이미 종료된 사실관계 또는 법률관계에 적용하도록 하는 진정소급입법과 현재 진행 중인 사실관계 또는 법률관계에 적용하도록 하는 부진정소급입법으로 나눌 수 있다. 이 중에서 기존의 법에 의하여 이미 형성된 개인의 법적 지위를 사후입법을 통하여 박탈함을 내용으로 하는 진정소급입법은 개인의 신뢰보호와 법적 안정성을 내용으로 하는 법치국가원리에 의하여 허용되지 않는 것이 원칙이다(대법원 2020. 4. 29. 선고 2019두32696 판결 참조). 
폐기물부담금의 부과요건사실은 ‘제조장 또는 보세구역에서 반출’이라고 할 것이므로, 담배가 ‘제조장 또는 보세구역에서 반출되는 때’에 담배 제조업자의 폐기물부담금 납부의무가 성립함은 앞서 본 바와 같다. 
이 사건에서 원고는 2015. 1. 1.부터 2015. 2. 2.까지 제조장 또는 보세구역에서 반출한 담배에 대해서 그 각 반출시점에 개정 전 자원재활용법 시행령에 따라 인상되기 전 요율의 폐기물부담금을 납부할 의무를 부담하고 있었는데, 이 사건 부칙규정으로 인하여 위 기간 동안 제조장 또는 보세구역에서 반출한 담배에 대해서도 소급하여 이 사건 개정규정에 따른 인상된 요율의 폐기물부담금을 납부할 의무를 부담하게 되었다. 따라서 이 사건 부칙규정은 이미 종결된 폐기물부담금의 부과요건사실(2015. 1. 1.부터 2015. 2. 2.까지 제조장 또는 보세구역에서의 반출)에 대해서까지 소급하여 이 사건 개정규정을 적용하는 것으로서 헌법상 원칙적으로 금지되는 진정소급입법에 해당한다. 
 다. 이 사건 부칙규정은 예외적으로 허용되는 진정소급입법에 해당한다고 보기도 어렵다. 그 구체적 사정은 아래와 같다. 
 1) 진정소급입법은 예외적으로 국민이 소급입법을 예상할 수 있었거나 신뢰보호의 요청에 우선하는 심히 중대한 공익상의 사유가 소급입법을 정당화하는 경우 등에만 허용될 수 있다(대법원 2012. 2. 23. 선고 2010두17557 판결 등 참조). 단지 법령의 개정이 미리 예정되어 있었다는 사유만으로 소급입법을 허용하는 것은 헌법 제13조 제2항의 소급입법금지원칙을 형해화시킬 수 있으므로 예외사유에 해당하는지 여부는 매우 엄격하게 판단하여야 한다. 
 2) 정부가 2014. 9.경 ‘2015. 1. 1.부터 담뱃값을 2,500원에서 4,500원으로 인상하겠다.’는 정책안을 발표하고 2015. 1. 1.부터 담배 한 갑당 부과되는 폐기물부담금의 요율을 7원에서 24.4원으로 인상하는 내용의 ‘자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령 일부개정령(안)’을 2014. 10. 29.에 입법예고함에 따라 그 취지대로 관련 법령이 개정될 것이 미리 예정되어 있었으며, 담뱃세를 구성하는 다른 조세와 부담금에 대해서는 2015. 1. 1.이 되기 전에 근거 규정이 개정되기는 하였다. 그러나 원고가 기존 폐기물부담금을 인상하는 내용의 개정이 있을 것을 전혀 예상할 수 없었던 것은 아니더라도, 앞서 본 사정만으로 원고가 폐기물부담금을 인상하는 내용의 이 사건 개정규정이 이 사건 부칙규정을 통하여 2015. 1. 1.부터 제조장 또는 보세구역에서 반출된 담배에 대해서도 소급적용되어 추가적으로 폐기물부담금을 부담할 것까지 예상하였다고 단정하기는 어렵다. 
 3) 정부가 담뱃세 인상을 통하여 달성하려는 공익적 목적은 건강에 해로운 담배의 소비 감소 및 금연 유도와 더불어 재원조달에 있고, 이러한 공익적 목적 자체의 정당성은 인정된다. 그러나 이 사건 부칙규정은 과거로 소급하여 담배 제조업자에게 폐기물부담금을 추가로 부담시키는 것이어서 흡연율 감소나 금연 유도와는 무관하므로, 이 사건 부칙규정으로 달성할 수 있는 공익적 목적은 주로 국가의 재원조달에 한정된다고 할 것이다. 그런데 이러한 공익상의 사유가 진정소급입법으로 인한 원고의 신뢰와 법적 안정성 침해를 정당화할 만큼 심히 중대하거나 압도적이라고 보기 어렵다. 더욱이 이 사건 부칙규정을 통해 이 사건 개정규정이 소급적용되는 기간과 폐기물부담금의 액수, 개정 전후의 폐기물부담금 인상 폭 등을 고려하면, 이 사건 부칙규정을 통하여 조달되는 재원규모도 그리 크지 않을 것으로 보인다. 
 4) 한편 다른 담뱃세와 달리 폐기물부담금을 인상하는 내용의 개정이 지연된 것은 국가기관이 이를 적시에 하지 못한 탓이라고 할 것인데, 소급입법을 통하여 담배 제조업자에게 폐기물부담금을 추가로 부담시키는 것은 개정 지연에 대한 책임을 담배 제조업자에게 전가시키는 것이 된다. 앞서 본 이 사건 부칙규정을 통해 달성하려는 공익적 목적을 고려하더라도 소급입법을 통해서까지 이를 실현하여야 할 합리적인 이유가 있다고 보기 어렵다.
 라. 이 사건 부칙규정 중 이 사건 개정규정을 2015. 1. 1.부터 2015. 2. 2.까지 제조장 또는 보세구역에서 반출된 담배에 대하여도 소급하여 적용하도록 정한 부분은 헌법에 위반되어 무효이다. 따라서 폐기물부담금의 경우 위 기간 중에 제조장 또는 보세구역에서 반출된 담배에 대해서는 이 사건 개정규정이 적용되어서는 아니 된다. 
 5. 파기의 범위
 위와 같은 이유로 원심판결 중 이 사건 제1담배 가운데 2015. 1. 1.(폐기물부담금의 경우에는 2015. 2. 3.) 이후에 이 사건 임시창고에서 이 사건 각 물류센터로 옮긴 담배에 관한 부분 및 이 사건 제2담배에 관한 부분(폐기물부담금에 관하여는 2015. 2. 3. 이후 반입장소에서 다시 반출된 부분)을 파기하여야 하는데, 환송 후 원심에서 위 파기의 취지를 반영하여 다시 정당한 부담금과 출연금을 계산할 필요가 있으므로, 원심판결을 전부 파기하여야 한다. 
 6. 결론
 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 

대법원장 조희대(재판장) 김선수 이동원(주심) 노정희 김상환 노태악 이흥구 오경미 오석준 서경환 엄상필 신숙희

[1] 담배 제조자가 담뱃세의 인상차액을 얻기 위해 담뱃세 인상 전에 통상적인 행위 또는 거래 형태에서 벗어나 제조장에서 일시적인 방편으로 마련된 장소로 담배를 옮긴 경우, 이를 제조장에서 반출한 것으로 볼 수 있는지 여부(소극)
 [2] 담배 공급의 편의를 위하여 제조장 또는 보세구역에서 다른 제조장 또는 보세구역으로 미납세 반출되었다가 2014. 12. 23. 법률 제12855호로 개정된 지방세법, 2014. 12. 23. 법률 제12846호로 개정된 개별소비세법이 시행된 2015. 1. 1. 이후 반입장소에서 다시 반출된 담배에 대하여 그 반출시점에 시행되는 개정규정에서 정한 개정세율이 적용되는지 여부(적극) 및 이와 같은 개정 후 지방세법 등에서의 미납세 반출과 반출의 의미에 관한 법리는 폐기물부담금, 국민건강증진부담금, 연초생산안정화기금의 부과요건사실인 ‘제조장에서 반출’에 관한 해석에도 동일하게 적용되는지 여부(적극)
 [3] 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령 부칙(2015. 2. 3.) 제2조가 헌법상 원칙적으로 금지되는 진정소급입법에 해당하는지 여부(적극)

[1] 폐기물부담금, 국민건강증진부담금, 연초생산안정화기금의 성격, 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령 부칙(2015. 2. 3.) 제2조, 국민건강증진법 부칙(2014. 12. 23.) 제2조 및 담배사업법 시행규칙 부칙(2014. 12. 31.) 제1조 단서를 비롯한 2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정된 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령, 2014. 12. 23. 법률 제12859호로 개정된 국민건강증진법, 2014. 12. 31. 기획재정부령 제453호로 개정된 담배사업법 시행규칙의 입법 취지 등에 비추어 볼 때, 제조자가 담뱃세의 인상차액을 얻기 위하여 담뱃세가 인상되기 전에 통상적인 행위 또는 거래 형태에서 벗어나서 제조장에서 일시적인 방편으로 마련된 장소로 담배를 옮긴 것에 불과하다면, 이를 제조장에서 반출한 것으로 볼 수 없다.
 [2] 담배 제조업자가 담배 공급의 편의를 위하여 제조장 또는 보세구역에서 다른 제조장 또는 보세구역으로 담배를 미납세 반출하였다가 2014. 12. 23. 법률 제12855호로 개정된 지방세법, 2014. 12. 23. 법률 제12846호로 개정된 개별소비세법(이하 ‘개정 후 지방세법 등’이라 한다)이 시행된 2015. 1. 1. 이후 반입장소에서 다시 반출한 경우에는 과세물품인 담배를 미납세 반출한 때가 아니라 그 담배를 반입장소에서 다시 반출하는 때에 납세의무가 성립한다고 보아야 한다. 따라서 미납세 반출되었다가 개정 후 지방세법 등이 시행된 2015. 1. 1. 이후에 반입장소에서 다시 반출된 담배에 대하여는 개정 후 지방세법 등의 부칙규정에 따라 그 반출시점에 시행되는 개정규정에서 정한 개정세율이 적용된다. 위와 같은 개정 후 지방세법 등에서의 미납세 반출과 반출의 의미에 관한 법리는 폐기물부담금, 국민건강증진부담금, 연초생산안정화기금(이하 ‘출연금’이라 한다)의 부과요건사실인 ‘제조장에서 반출’에 관한 해석에도 동일하게 적용된다. 구체적인 이유는 다음과 같다. 
 ① 부담금은 행정법규에 정해진 부과요건이 충족되는 때에 그 내용과 범위가 정해지는데, 각 부담금 부과에 관한 근거 규정의 문언과 취지 등을 종합하면 각 부담금의 산출기준은 ‘제품의 생산 내지 제조’가 아니라 ‘제품의 출고’에 두고 있어, 각 부담금이 제품의 출고시기를 기준으로 부과됨을 알 수 있다. 즉, 각 부담금의 부과요건사실은 ‘제조장 또는 보세구역에서 반출’이라고 할 것이므로, 담배가 ‘제조장 또는 보세구역에서 반출되는 때’에 담배 제조업자의 각 부담금 납부의무가 성립한다. 따라서 원칙적으로 담배에 관한 담배소비세 등의 납세의무 성립시기와 각 부담금의 납부의무 성립시기는 모두 ‘제조장 또는 보세구역에서 반출한 때’로 일치한다. 
 ② 각 부담금은 담배소비세 등과 마찬가지로 담배 판매가격의 원가를 구성함으로써 실질적으로 소비자에게 그 부담이 최종적으로 전가된다. 
 ③ 구 국민건강증진법(2014. 12. 23. 법률 제12859호로 개정되기 전의 것) 및 2014. 12. 23. 법률 제12859호로 개정된 국민건강증진법(이하 ‘개정 후 국민건강증진법’이라 한다) 각 제23조와 2014. 12. 31. 기획재정부령 제453호로 개정된 담배사업법 시행규칙(이하 ‘개정 후 담배사업법 시행규칙’이라 한다) 제17조 제2항은 지방세법 제54조 등에 따라 담배소비세가 면제되거나 담배소비세액이 공제 또는 환급되는 담배를 국민건강증진부담금과 출연금의 부과대상에서 제외하고 있다. 이와 같은 부담금에 관한 근거 규정의 문언 등에 비추어 보면, 부담금의 부과는 담배소비세 부과와 연동되어 있음을 알 수 있다.
 ④ 특히 구 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정되기 전의 것) 및 2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정된 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령(이하 ‘개정 후 자원재활용법 시행령’이라 한다) 각 제11조의 [별표 2] 제5호는 지방세법 제53조(미납세 반출), 제54조(과세면제) 등에 따라 담배소비세를 면제하거나 환급하는 담배를 폐기물부담금 부과대상에서 제외한다고 규정하고 있어 담배 제조업자가 제조장에서 담배를 미납세 반출한 것만으로는 폐기물부담금 납부의무가 성립하지 않음을 명확히 하고 있다. 
 ⑤ 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령 부칙(2015. 2. 3.) 제2조, 국민건강증진법 부칙(2014. 12. 23.) 제2조 및 담배사업법 시행규칙 부칙(2014. 12. 31.) 제1조 단서(이하 통틀어 ‘각 부칙규정’이라 한다)도 개정 후 지방세법 등의 부칙규정과 동일하게 담배가 2015. 1. 1. 이후 제조장 또는 보세구역에서 반출되었는지를 기준으로 개정 후 자원재활용법 시행령, 개정 후 국민건강증진법, 개정 후 담배사업법 시행규칙(이하 통틀어 ‘각 개정법령’이라 한다)의 적용 여부를 정하고 있다. 이와 같은 각 부칙규정의 내용을 통해 알 수 있는 입법자의 의사는 개정 후 지방세법 등과 각 개정법령에 따라 세율이나 금액이 인상되거나 부담금 등이 새롭게 도입되는 담배의 범위와 대상을 일치시키려는 것으로 보인다. 
 ⑥ 담배소비세 등 조세와 각 부담금은 모두 동일한 단위인 담배(궐련) 20개비를 기준으로 책정되고, 위 조세와 각 부담금의 인상 내지 도입은 정부가 담뱃값 인상이라는 단일한 목적하에 취한 일련의 조치였다. 따라서 각 부담금의 부과요건인 ‘제조장에서 반출’의 의미를 담배소비세 등의 과세요건인 ‘제조장으로부터 반출’의 의미와 동일하게 해석하는 것이 입법 목적이나 취지에 부합한다.
 [3] 소급입법은 새로운 입법을 이미 종료된 사실관계 또는 법률관계에 적용하도록 하는 진정소급입법과 현재 진행 중인 사실관계 또는 법률관계에 적용하도록 하는 부진정소급입법으로 나눌 수 있다. 이 중에서 기존의 법에 의하여 이미 형성된 개인의 법적 지위를 사후입법을 통하여 박탈하는 것을 내용으로 하는 진정소급입법은 개인의 신뢰보호와 법적 안정성을 내용으로 하는 법치국가원리에 의하여 허용되지 않는 것이 원칙이다. 
 폐기물부담금의 부과요건사실은 ‘제조장 또는 보세구역에서 반출’이므로, 담배가 ‘제조장 또는 보세구역에서 반출되는 때’에 담배 제조업자의 폐기물부담금 납부의무가 성립한다. 
 담배 제조업자는 2015. 1. 1.부터 2015. 2. 2.까지 제조장 또는 보세구역에서 반출한 담배에 대해서 각 반출시점에 구 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정되기 전의 것)에 따라 인상되기 전 요율의 폐기물부담금을 납부할 의무를 부담하고 있었는데, 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령 부칙(2015. 2. 3.) 제2조로 인하여 위 기간 동안 제조장 또는 보세구역에서 반출한 담배에 대해서도 소급하여 2015. 2. 3. 대통령령 제26088호로 개정된 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 시행령 제11조 [별표 2] 제5호에 따른 인상된 요율의 폐기물부담금을 납부할 의무를 부담하게 되었다. 따라서 위 부칙규정은 이미 종결된 폐기물부담금의 부과요건사실(2015. 1. 1.부터 2015. 2. 2.까지 제조장 또는 보세구역에서의 반출)에 대해서까지 소급하여 위 개정규정을 적용하는 것으로서 헌법상 원칙적으로 금지되는 진정소급입법에 해당한다.