양도소득세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 1997.12.26 / 시행일:

【원고,상고인】 
【피고,피상고인】 양재세무서장
【원심판결】 서울고법 1997. 6. 18. 선고 96구12469 판결
【주문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고의 부담으로 한다.

【이유】 상고이유를 본다.
 1. 제1점, 제2점에 대하여
 구 소득세법(1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전의 법률：이하 같고, 그냥 '법'이라고 한다) 제23조 제4항, 제45조 제1항 제1호, 법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14083호로 개정되기 전의 시행령) 제170조 제4항 제3호의 각 규정은 자산을 양도한 경우에 그 양도차익을 산정함에 있어서 기준시가의 원칙을 선언한 것으로, 위 규정에 의하면, 자산을 양도한 경우에 자산의 양도차익예정신고나 과세표준확정신고가 없거나 그 신고시 실지거래가액을 증명하는 증명서류의 제출이 없었던 경우 또는 그 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득가액 또는 양도가액 중 어느 하나만의 실지거래가액이 확인되는 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 것이며 설사 그 뒤에 실지거래가액이 확인되더라도 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정할 수는 없다고 할 것이고, 그 신고시 제출한 증빙서류가 허위로 작성된 것이어서 이것으로 실지의 취득가액 또는 양도가액을 확인할 수 없는 경우에도 마찬가지이며(대법원 1987. 2. 10. 선고 86누287 판결, 1991. 6. 11. 선고 90누8558 판결, 1996. 5. 10. 선고 95누13807 판결 등 참조), 이와 같은 증빙서류의 제출은 당해 양도소득세부과처분의 관할 관청에 대하여 이루어져야 하는 것이지 양도소득세와는 무관한 부가가치세부과처분의 관할 관청에 부가가치세의 환급을 받기 위한 자료로 제출하였다 하여 그와 같은 증빙서류를 제출한 것으로 볼 수는 없다고 할 것이다.
 원심판결 이유에 의하면, 원심은, 원고가 그 판시 건물(이하 이 사건 '건물'이라 한다)의 실지거래가액에 의한 취득가액의 증빙서류로 제출한 공사도급계약서(을 제7호증)는 허위로 작성된 것이어서 그 증빙서류라고 할 수 없고, 원고가 부가가치세 환급신청을 하면서 송파세무서장에게 그 판시와 같은 증빙서류를 제출하였다고 하여 그 관할이 전혀 다른 피고에게 이 사건 건물의 실지거래가액에 의한 취득가액의 증빙서류를 제출한 것으로 볼 수 없다고 판단하였는바, 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이와 같은 사실인정과 판단은 수긍이 가고, 거기에 채증법칙을 위배한 잘못이나 양도차익산정에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 이 점에 관한 상고이유는 모두 받아들일 수 없다.
 2. 제3점에 대하여
토지와 건물은 별개의 부동산으로서 각각 양도소득세부과처분의 대상이 되고, 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도하더라도 각각 별개의 방법에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있는 것으로 반드시 동일한 기준에 의하여 그 양도차익을 산정하여야 하는 것은 아니라고 할 것이므로, 어느 일방이 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하였다고 하여 다른 일방의 양도차익을 산정함에 있어서도 반드시 그와 같은 방법을 사용하여야 하는 것은 아니라고 할 것이다. 
 원심이 같은 취지에서, 이 사건 건물에 대하여는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하고, 그 판시 토지(이하 이 사건 '토지'라 한다)에 대하여는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정한 조치는 정당하고, 거기에 양도차익의 산정기준에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 그리고 동일 과세연도에 2개 이상의 자산이 양도되거나 2회 이상의 자산양도가 있는 경우에 그 양도소득세는 각 양도자산이나 양도횟수별로 계산하여 부과되는 것이 아니라 모든 양도자산에 대하여 하나의 양도소득세액을 산출하여 부과하여야 하는 것이므로(대법원 1988. 2. 9. 선고 86누617 판결, 1991. 5. 24. 선고 91누865 판결 등 참조), 토지와 그 지상건물을 동시에 양도함에 있어서 양도차익과 양도차손이 각각 발생하였다면, 위 토지와 건물의 양도로 인한 양도소득금액은 그 양도차익에서 양도차손을 공제한 금액이 된다고 함은 상고이유에서 지적하고 있는 바와 같고(대법원 1985. 6. 25. 선고 85누205 판결 참조), 한편 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 있어서도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수는 없다고 함이 대법원의 확립된 판례인바(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누4022 판결, 1997. 2. 11. 선고 96누860 판결, 1997. 3. 28. 선고 95누17960 판결 등 참조), 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 동일 과세연도에 2개 이상의 자산이 양도되거나 2회 이상의 자산양도가 있는 경우에 있어서도 개개 자산의 양도차익 산정기준에 따라 양도차익이나 양도차손을 별개로 산정한 다음 이를 정산하여 단일한 세액을 산출하고 그 세액과 각각의 자산에 대한 실지거래가액에 의한 양도차익 또는 양도차손을 산정하여 이를 정산한 금액과를 비교하여 그 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘는지 여부를 판단하여야 할 것이다. 
 원심판결 이유에 의하면, 원심은, 이 사건 토지에 대하여는 실지 취득가액은 금 420,000,000원이고 실지 양도가액은 금 735,912,000원이라고 인정하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정한 다음 이를 기초로 그 양도소득세액을 금 111,238,850원으로 확정하고, 이 사건 건물에 대하여는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이나 이 사건 건물의 실지 취득가액은 금 729,799,455원인데 실지 양도가액은 금 614,088,000원에 불과하여 양도차익이 없었음을 이유로 이 사건 건물의 양도에 관하여는 양도소득세를 부과할 수 없다고 판단하였는바, 원심이 이처럼 이 사건 토지와 건물에 대하여 별도로 양도소득세액을 산정한 조치는 2개 이상의 자산이 양도된 경우에 있어서 양도소득세액산정에 관한 앞에서 본 법리를 오해한 잘못을 저지른 것이라고 하겠다.
 그러나 원심은 기준시가에 의할 경우 이 사건 건물의 양도로 인하여 양도차익이 발생한 사실을 인정하고서도 양도소득세액을 산정함에 있어서는 그 양도차익을 감안하지 아니한 채 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익만을 기준으로 이 사건 토지 및 건물의 양도로 인한 양도소득세액을 산정하였으므로 이는 오히려 원고에게 유리한 결과가 되었다고 할 것이고, 한편 원심이 적법하게 확정한 사실관계에 의하더라도, 실지거래가액에 의할 경우, 이 사건 토지에 대한 양도차익은 금 312,453,895원이고, 이 사건 건물에 대한 양도차손은 금 115,711,455원(금 729,799,455원－금 614,088,000원)이라는 것이므로, 이 사건 토지 및 건물의 양도로 인한 양도차익은 결국 금 196,742,440원(금 312,453,895원－금 115,711,455원)이 된다 할 것인데, 원심이 인정한 세액인 금 111,238,850원은 이 사건 토지 및 건물의 실지거래가액에 의한 양도차익을 초과하지도 않음이 계산상 분명하므로, 원고만이 상고한 이 사건에서 원심의 앞서와 같은 잘못은 결국 판결 결과에 영향이 없는 것이라고 하겠다. 이 점에 관한 상고이유 역시 모두 받아들일 수 없다.
 3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 상고인인 원고의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

대법관 박준서(재판장) 정귀호 김형선 이용훈(주심)

[1] 하나의 매매계약으로 체결된 토지와 건물에 대하여 각각 별개의 방법에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있는지 여부(적극)
[2] [1]항의 경우, 그 세액과 양도차익의 산출·비교 방법

[1] 토지와 건물은 별개의 부동산으로서 각각 양도소득세부과처분의 대상이 되고, 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도하더라도 각각 별개의 방법에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있는 것으로 반드시 동일한 기준에 의하여 그 양도차익을 산정하여야 하는 것은 아니라고 할 것이므로, 어느 일방이 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하였다고 하여 다른 일방의 양도차익을 산정함에 있어서도 반드시 그와 같은 방법을 사용하여야 하는 것은 아니다.
 [2] 동일 과세연도에 2개 이상의 자산이 양도되거나 2회 이상의 자산양도가 있는 경우에 그 양도소득세는 각 양도자산이나 양도횟수별로 계산하여 부과되는 것이 아니라 모든 양도자산에 대하여 하나의 양도소득세액을 산출하여 부과하여야 하는 것이므로, 토지와 그 지상건물을 동시에 양도함에 있어서 양도차익과 양도차손이 각각 발생하였다면, 위 토지와 건물의 양도로 인한 양도소득금액은 그 양도차익에서 양도차손을 공제한 금액이 되고, 한편 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 있어서도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수는 없다고 함이 대법원의 확립된 판례인바, 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 동일 과세연도에 2개 이상의 자산이 양도되거나 2회 이상의 자산양도가 있는 경우에 있어서도 개개 자산의 양도차익 산정기준에 따라 양도차익이나 양도차손을 별개로 산정한 다음 이를 정산하여 단일한 세액을 산출하고 그 세액과 각각의 자산에 대한 실지거래가액에 의한 양도차익 또는 양도차손을 산정하여 이를 정산한 금액과를 비교하여 그 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘는지 여부를 판단하여야 한다.