부가가치세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2005.06.30 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 마포세무서장
【변론종결】2005. 6. 9.
【주 문】
1. 피고가 2004. 8. 1. 원고에 대하여 한 2003년 제2기분 부가가치세 165,817,450원의 부과처분을 취소한다. 
2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【청구취지】주문과 같다. 
【이 유】1. 부과처분의 경위 
아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증, 을 제1호증의 1 내지 8의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다. 
⑴ 원고는 2003. 8. 6.소외 1과 서울 마포구 서교동 407-7 대 503.6㎡와 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)에 관하여 합계 45억 9,000만 원(대지가격 3,082,568,615원 + 건물가격 1,507,431,385원, 건물분 부가가치세 150,743,138원은 별도)을 매매대금으로 하는 매매계약을 체결하고, 2003. 10. 24. 원고 명의로 소유권이전등기절차를 마쳤다.
⑵ 원고는 2003. 11. 14. 피고에게 위 부동산을 사업장으로 하고 개업일을 2003. 8. 6.로 하여 부동산임대업의 사업자등록신청을 하였다. 
⑶ 그 후 원고는 2004. 1. 24. 피고에게 2003년 제2기분 부가가치세 확정신고를 함에 있어 위 건물의 공급가액 부분에 대한 매입세액 150,743,138원(이하 ‘이 사건 매입세액’이라고 한다)을 매출세액에서 공제하였다. 
⑷ 그런데 피고는, 원고가 2003. 10. 24.소외 1로부터 위 건물 공급가액분에 대한 부가가치세액 150,743,138원이 기재된 세금계산서를 교부받았음을 전제로 이 사건 매입세액은 사업자등록신청일인 2003. 11. 14.부터 역산하여 20일 이전의 것이라는 이유로 2004. 8. 1. 그 공제를 부인하고 신고불성실 가산세 15,074,313원을 포함한 부가가치세 165,817,450원을 원고에게 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부 
가. 당사자의 주장
⑴ 원고 
부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되어 2004. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1항 제2호 소정의 ‘재화가 이용가능한 때’라 함은 재화를 실지로 사용할 수 있게 되는 때를 말하는데, 원고는 2003. 10. 24.자로 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기절차를 마친 것은 사실이나,소외 1과 매매계약을 변경하면서 이 사건 부동산을 2003. 11. 1.자로 명도받는 것으로 정하였으므로 그 공급시기는 이 사건 부동산을 실제로 사용할 수 있는 2003. 11. 1.이라 할 것이고, 세금계산서에 공급일자가 2003. 10. 24.로 기재되어 있으나 이는소외 1로부터 2003. 11. 14.자로 교부받으면서 다만 공급일자를 이 사건 부동산의 등기일인 203. 10. 24.자로 소급하여 기재한 것에 불과하다. 따라서 이 사건 부동산의 공급시기는 사업자등록신청일로부터 역산하여 20일 내에 있어 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 함에도 불구하고, 이 사건 부과처분은 이를 부인하고 있어 위법하다.
⑵ 피고
원고는소외 1로부터 2003. 10. 24.자로 이 사건 건물에 관한 세금계산서를 교부받았으므로 그에 따른 매입세액은 사업자등록신청일로부터 역산하여 20일 내의 매입세액에 해당하지 아니하여 그 공제를 부인한 것은 적법하다.
나. 인정사실
아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 3, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7, 8호증, 갑 제9 내지 12호증의 각 1, 2, 갑 제13, 14호증의 각 1, 2, 3, 갑 제15, 16호증의 각 1, 2, 갑 제17, 18호증의 각 1, 2, 3, 갑 제19, 20호증, 갑 제24호증의 6, 7, 갑 제25호증의 1, 2, 갑 제26호증의 1 내지 6, 을 제1호증의 1 내지 8, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 각 기재와 증인소외 2의 일부 증언(뒤에서 배척하는 부분 제외)에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있고, 갑 제24호증의 1 내지 4의 각 기재와소외 2의 일부 증언은 이에 방해가 되지 아니한다.
⑴ 원고는 2003. 8. 6.소외 1과 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결한 후 다시 2003. 9. 8. 당초 매수인인 원고가 승계하기로 하였던소외 1 명의의 은행대출금 3억 5,000만 원을 잔금 기일에 매도인인소외 1이 변제하기로 하고 또한 이 사건 부동산의 명도일을 2003. 11. 1.자로 하여 당초 계약을 일부 변경하였다.
⑵ 그리하여 원고는 2003. 10. 24.자로 이 사건 부동산에 관하여 잔금 등을소외 1에게 모두 지급하고 원고 명의로 소유권이전등기절차를 마친 후 2003. 11. 1.자로소외 1로부터 이 사건 부동산을 명도받아 같은 날 이 사건 부동산의 세입자들과 각각 임대차계약을 체결하였다.
⑶ 한편소외 1은 2003. 10. 24. 원고로부터 잔금을 수령한 후 소유권이전등기에 필요한 서류와 함께 부가가치세액이 150,743,138원, 원고의 주민등록번호가 기재된 세금계산서(을 제1호증의 4)를 원고에게 교부하였다. 그런 후 자신이 하던 부동산임대업에 대하여 2003. 10. 24.자로 폐업신고 하였고, 2003년 2기분 부가가치세 확정신고를 함에 있어 거래기간을 2003. 7. 1.부터 2003. 10. 24.로, 매출세액 중 이 사건 건물에 관한 매출세액 150,743,138원을 주민등록번호발행분 세금계산서로 분류하였다.
다. 관계 법령
별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다. 
라. 판단
⑴ 이 사건 부동산의 공급시기
부가가치세법 제9조 제1항 제2호는 “재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 된 때”를 재화가 공급되는 시기로 규정하고 있고, 이는 재화를 실지로 사용할 수 있게 되는 때를 말하는 것이므로, 공급받은 재화가 부동산인 경우 그 부동산을 명도받기로 한 때라 할 것인바(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누1745 판결 참조), 이 사건에 있어서 앞서 인정한 바와 같이 원고는소외 1로부터 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기절차를 마친 후인 2003. 11. 1.에 이 사건 부동산을 명도받기로 약정하였고 실제로 같은 날 명도받았으므로 그 공급시기는 2003. 11. 1.이라 할 것이다.
⑵부가가치세법 제9조 제3항과부가가치세법 제17조 제2항 제5호 및부가가치세법시행령 제60조 제9항의 적용
㈎ 그런데부가가치세법 제9조는제1항에서 재화의 원칙적인 공급시기에 대하여 재화의 이동이 필요한 경우와 필요하지 아니한 경우로 구분하여 규정하는 한편,제3항에서 “사업자가제9조 제1항 … 에서 규정하는 시기가 도래하기 전에제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 …의 공급시기로 본다.”라고 규정하여 재화의 공급시기에 관한 특례규정을 두고 있는바, 이러한 특례규정은 세금계산서라는 것이 원래 재화의 공급이 먼저 있을 것을 전제로 하여 발행ㆍ교부되는 것으로서 그 공급이 없음에도 불구하고 세금계산서가 교부되었다고 하여 그 때를 공급시기로 보는 것은 실제와 어긋나는 면이 있으므로 그 적용범위는 어디까지나 제도의 취지를 실현하는데 필요한 범위 내로 한정하여야 한다 할 것이고, 이러한 관점에서 보면 장래 재화의 공급이 있을 것을 예상하여 미리 세금계산서를 발부한 경우에는 과세기간의 확정이라는 범위 내에서 재화를 실제 공급한 시점이 거래시기가 아니라 그 이전의 세금계산서 발부시점을 거래시기로 본다는데 위 특례규정의 취지가 있는 것으로 풀이되는 만큼, 어떤 사정에 의하여 사후에 재화의 공급이 없게 되었음에도 불구하고 단지 세금계산서가 발행ㆍ교부되었다는 사실만으로 재화의 공급이 있었다고 본다거나, 과세기간 확정의 범위를 넘어 모든 면에서 언제나 세금계산서발부시기를 재화의 공급시기로 본다는 뜻은 아니라 할 것이다.
㈏ 한편,부가가치세법 제17조 제2항 제5호는 사업자등록의 성실이행을 확보하기 위하여 사업자등록 전의 매입세액을 공제대상에서 제외하면서도(원래 사업자등록하기 전에는 사업자등록번호가 없고 또한 사업자등록번호는 세금계산서상의 필요적 기재사항이므로 이것이 기재되지 않는 세금계산서상의 매입세액은 당연히 공제대상에서 제외되는 것이기도 하다) 그 단서와 그에 따른부가가치세법시행령 제60조 제9항은 그에 대한 예외를 인정하여 사업자등록신청일로부터 역산하여 20일 이내의 매입세액은 이를 공제할 수 있도록 규정하고 있는데, 이는부가가치세법 제5조 제1항에서 사업자등록기간을 사업개시일로부터 20일로 정하고 있는 것을 염두에 둔 것이라 할 수 있다.
㈐ 그런데 여기서 공제대상이 되는 등록 전 매입세액인지 여부를 판단함에 있어서는 계약시점이나 대금지급시점이 아니라부가가치세법 제9조 제1항(용역의 경우에는제2항)에서 규정하는 공급시기가 기준이 된다 할 것이나, 앞서 본 바와 같은부가가치세법 제9조 제3항의 규정은 공급시기에 관한 예외적인 특례규정으로서 과세기간의 확정을 위한 한정된 범위 내에서 적용되는 것으로 해석하여야 하는 점과부가가치세법 제17조 제2항 제5호 단서 및부가가치세법시행령 제60조 제9항에서 사업자등록신청일로부터 역산하여 20일 이내의 매입세액을 공제대상으로 규정한 것은 사업자등록에 관한 20일의 유예기간을 실질적으로 보장하려고 한 것이어서 여기서의 매입세액은 실제 매입의 거래가 이루어진 시기에 따라 판정하여야 할 것인 점에 비추어 보면, 세금계산서의 발부시점과 같은 과세기간에 속하는 경우에는부가가치세법 제9조 제3항은 여기에 적용될 여지가 없다고 봄이 옳다고 할 것이다. 만약 이렇게 해석하지 않는다면 실제의 공급시기 보다 의제된 공급시기가 등록신청일로부터 역산하여 20일 이전인 경우에는 단지 세금계산서가 먼저 발행ㆍ교부되었다는 사유만으로 실제로는 사업자등록의 유예기간 내에 공급받은 것임에도 불구하고 매입세액을 공제받지 못하는 결과가 되어 유예기간 설정의 취지가 반감되기 때문이다.
⑶ 소결
이를 전제로 하여 이 사건을 보면, 이 사건 부동산의 공급시기는 이 사건 부동산을 명도받기로 한 2003. 11. 1.이라 할 것이고, 이는 원고가 사업자등록신청을 한 2003. 11. 14.로부터 역산하여 20일 이내인 것은 역수상 명백하므로,부가가치세법 제17조 제2항 제5호 단서 및부가가치세법시행령 제60조 제9항에 따라 이 사건 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다 할 것이다.
3. 결 론
그렇다면, 이와 다른 전제에서 이를 부정한 이 사건 부과처분은 위법하다 할 것이므로, 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 

판사 조해현(재판장) 박순영 신상렬