양도소득세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2010.10.05 / 시행일:

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 이수 담당변호사 최성용)
【피 고】 서초세무서장
【변론종결】2010. 8. 10.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【청구취지】 피고가 2009. 5. 1. 원고에 대하여 한 2008년 귀속 양도소득세 103,355,600원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 원고는 1988. 3. 11. 하남시 (주소 1 생략) 답 747㎡를, 1978. 2. 18. 같은 동 (주소 2 생략) 구거 251㎡, 같은 동 (주소 3 생략) 구거 26㎡(이하, ‘이 사건 제1 토지들’이라 한다)를 각각 취득하여 보유하다가 2008. 9. 9. 이를 355,000,000원에 양도하였다. 
 원고는 그 후 2008. 12. 29. 피고에게, 위와 같이 양도한 이 사건 제1 토지들에 대한 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 제1 토지들이 8년 이상 자경농지에 해당하나 2006년도에 이미 1억 원 상당의 자경농지 감면을 받았다는 이유로 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제133조, 제69조의 감면규정에 의한 감면신청을 하지 않은 채 양도소득 금액을 211,300,271원, 양도소득세를 68,461,280원으로 산정한 후 위와 같이 산정한 양도소득세를 자진 분할 납부하였다. 
 나. 원고는 1988. 5. 11. 하남시 (주소 4 생략) 전 337㎡를, 1974. 11. 6. 같은 동 (주소 5 생략) 전 1600㎡, 1971. 7. 29. 같은 동 (주소 6 생략) 전 2026㎡(이하, ‘이 사건 제2 토지들’이라 하고, 이 사건 제1, 2 토지들을 합쳐 ‘이 사건 토지들’이라 한다)를 각각 취득하여 보유하다가 2008. 9. 9. 이를 1,198,790,000원에 양도하였다. 
 원고는 그 후 2008. 11. 30. 피고에게, 위와 같이 양도한 이 사건 제2 토지들에 대한 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 이 사건 제2 토지들이 8년 이상 자경농지에 해당하나 2006년도에 이미 1억 원 상당의 자경농지 감면을 받았다는 이유로 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제133조, 제69조의 감면규정에 의한 감면신청을 하지 않은 채 양도소득 금액을 804,773,635원, 양도소득세를 260,746,650원으로 산정한 후 위와 같이 산정한 양도소득세를 자진 분할 납부하였다. 
 다. 원고는 그 후 조세특례제한법이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되면서 2008. 1. 1. 이후에 이루어지는 8년 이상 자경농지의 양도에 대하여는 같은 법 제133조, 제69조에 의한 양도소득세 감면 한도가 기존의 과세기간별 1억 원 및 5개 과세기간별 1억 원에서 과세기간별 2억 원 및 5개 과세기간별 3억 원으로 상향되었다는 이유로 2009. 2. 18. 피고에게 이 사건 토지들의 양도에 관하여 개정 규정에 따른 양도소득세 감면 신청을 하였다. 
 라. 이에 대하여 피고는 2009. 2. 24. 이 사건 토지들의 양도에 관한 양도소득세 감면 세액을 과세기간별 한도인 2억 원으로 결정하였다가, 이후 국세청 및 기획재정부(재산세제과)에 대한 문의를 거쳐 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호) 부칙 제36조 제2항에서는 같은 법 제133조, 제69조에 의한 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면 한도 산정에 관하여 5개 과세기간별 감면 양도소득세의 합계액을 산정 할 때에 위 법률 시행 전에 감면받은 자경농지 감면 세액은 이를 합산하지 아니한다고 규정하고 있었으나, 조세특례제한법이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되면서는 이와 같은 경과 규정이 없어졌으므로, 위 개정 법률 제133조, 제69조에 의하여 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면 한도 산정에 관하여 5개 과세기간별 감면 양도소득세액을 합산할 때에 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호) 부칙 제36조 제2항에서와 같은 제한을 받지 않고 5개 과세기간의 감면세액을 합산하여야 하는데, 원고가 이 사건 토지들의 양도 직전 4개 과세기간인 2004년부터 2007년까지 사이에 합계 238,454,597원(2004년 38,454,597원, 2005년 1억 원, 2006년 1억 원)의 자경농지 감면을 받았으므로, 2008년에 이루어진 이 사건 토지들의 양도에 관한 자경농지 감면은 3억 원에서 위와 같이 기 감면 받은 세액을 차감한 61,543,403원이 된다는 이유로 2009. 5. 1. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세로 103,355,600원을 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였다. 
 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 구 조세특례제한법(법률 제9272호)이 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면 한도를 확대한 것은 2007. 1. 1.부터 자경농지의 양도에 관한 양도소득세 신고, 납부가 실지 거래가액에 기초하여 이루어지면서 늘어난 자경농민의 세 부담을 덜어주기 위한 것이라는 점, 기존에 자경농지 보유자들이 구 조세특례제한법(법률 제7839호) 부칙 제36조 제2항의 경과 규정에 따라 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면 한도 산정에 관하여 5개 과세기간별 감면 양도소득세액을 합산할 때 2006. 1. 1. 이후의 자경농지 감면 세액만을 합산하는 것으로 신뢰하여 온 것을 보호할 필요가 있다는 점 등을 고려하면, 구 조세특례제한법(법률 제9272호)이 2008. 1. 1. 이후에 이루어지는 8년 이상 자경농지의 양도에 대하여 같은 법 제133조, 제69조에 의한 양도소득세 감면 한도를 기존의 과세기간별 1억 원 및 5개 과세기간별 1억 원에서 과세기간별 2억 원 및 5개 과세기간별 3억 원으로 확대하면서 위 개정 법률 제133조, 제69조에 의하여 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면 한도 산정에 관하여 5개 과세기간별 감면 양도소득세액을 합산할 때 구 조세특례제한법(법률 제7839호) 부칙 제36조 제2항과 같은 경과 규정을 두지 않았다는 이유만으로 위 개정 법률 시행 이후에 이루어지는 8년 이상 자경농지의 양도에 대하여 양도소득세 감면 한도를 산정하면서 5개 과세기간별 감면 양도소득세액을 합산할 때 2006. 1. 1. 이전의 자경농지 감면 세액을 합산하는 것은 기존에 형성된 납세자의 신뢰를 침해하는 것으로서 소급과세금지의 원칙에 위반되고 또한 과세권의 남용에도 해당하여 위법하다. 
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 (1) 살피건대, 구 조세특례제한법(법률 제7839호) 제133조 제1항, 제2항은 개인이 같은 법 제69조 등에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억 원을 초과하거나 당해 과세기간에 감면받을 세액과 직전 4개 과세기간의 감면 세액을 합한 5개 과세기간의 감면 세액이 합계 1억 원을 초과하는 경우에는 그 각 초과액을 감면하지 아니하는 것으로 규정하면서 같은 법 부칙 제36조 제2항에서 같은 법 제133조, 제69조에 의한 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면 한도 산정에 관하여 5개 과세기간별 감면 양도소득세의 합계액을 산정할 때에 위 법률 시행 전에 감면받은 자경농지 감면 세액은 이를 합산하지 아니한다고 규정하고 있었으나, 조세특례제한법이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되면서는 같은 법 제133조, 제69조에 의한 양도소득세 감면 한도가 기존의 과세기간별 1억 원 및 5개 과세기간별 1억 원에서 과세기간별 2억 원 및 5개 과세기간별 3억 원으로 확대되었음에도, 위와 같은 양도소득세 감면 한도 산정에 관하여 5개 과세기간별 감면 양도소득세액을 합산할 때 구 조세특례제한법(법률 제7839호) 부칙 제36조 제2항에서와 같은 경과 규정은 두지 않았다. 한편, 위와 같은 개정 조세특례제한법(법률 제9272호)의 시행과 관련하여 위 개정 법률 부칙 제1조는 ‘제133조의 개정 규정은 공포한 날(2008. 12. 26.)부터 시행한다.’고, 제29조는 ‘제133조의 개정 규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.’고 각 규정하고 있다. 
 그런데, ① 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하는 점(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결, 대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조), ② 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다는 점(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 참조), ③ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하므로(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조), 위 개정 법률 부칙에서 종전의 부칙 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 개정 규정의 해석에 있어 종전의 부칙 규정을 적용할 수 있다고 함부로 확장해석 할 것은 아닌 점(위 2007두15124 판결, 대법원 1995. 8. 22. 선고 95누825 판결 등 참조), ④ 특히 위 개정 법률 제133조가 대토농지 등에 대한 기존의 양도소득세 감면 한도를 자경농지와 합치면서 자경농지 등의 양도소득세 감면 한도를 확대한 것이 자경농민의 양도소득세 부담을 경감하려는 의도에서 비롯된 것이라고 하더라도 위와 같은 감면 한도 상향과 함께 자경농지 등의 양도소득세 감면 한도 산정에 관하여 5개 과세기간별 감면 양도소득세액을 합산할 때 구 조세특례제한법(법률 제7839호) 부칙 제36조 제2항에서와 경과 규정을 두지 않은 것은 자경농민 등에 대한 지나친 양도소득세 부담 경감을 막기 위한 것으로 해석할 여지도 있다는 점 및 위 각 규정의 내용 등에 비추어 볼 때, 위 개정 법률 제133조, 제69조에 의한 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면 한도 산정에 관하여 5개 과세기간별 감면 양도소득세액을 합산할 때 구 조세특례제한법(법률 제7839호) 부칙 제36조 제2항에서와 같은 제한을 받는다고 보기는 어렵다. 
 (2) 따라서 이와 결론을 같이 한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.
 3. 결론
 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 한다.
[별지 관계 법령 생략]

판사 정총령