이 사건 지방소득세 처분의 위법 여부와 정당한 세액의 계산 (일반행정, 대법원)
공포일: 2019.04.05 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
지방소득세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용은 원고들이 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인들의 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2018. 11. 23. 선고 2018누54721 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.
2. 항소비용은 원고들이 부담한다.
【이유】

1. 제1심 판결 이유의 인용

이 판결 이유는, 제1심 판결 이유 중 아래와 같은 내용을 고치거나 추가하는 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
○ 4면 16행의 "○○구청장은" 다음에 "2016. 8. 1."을 추가한다.
○ 7면 14행의 "원고들이" 다음에 "매수한"을 추가한다.
○ 13면 11행의 "2008년 8월경"을 "2004년 8월경"으로 고친다.
○ 13면 20행의 "보이는 점" 다음에 "(위와 같은 부수 토목공사대금은 이 사건 토지 자체와 관련된 공사비용이 아니어서 이 사건 토지의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용으로 보기 어렵다)"를 추가한다.
○ 14면 14행부터 19행까지 부분을 아래와 같이 고친다.
「보인다(원고들의 주장과 같이 원고들이 조○돈에게 지급할 의무를 부담하는 금액을 정하기 위하여 매매계약서상의 매매대금을 증액하는 방법으로 이를 정할 필요가 없고, 토지조성 및 모델하우스 등의 공사비용 지급에 대한 증빙이 필요하다면 조○돈 등으로부터 그에 관한 영수증 등을 받으면 족하지 이를 위하여 아직 지급하지도 아니한 장래의 공사비용까지 감안하여 2차 매매계약서를 작성할 필요는 없어 보인다). 또한 원고들은 2차 매매계약서 작성 당시인 2004년경 시행되던 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)에 따르면 양도소득세는 원칙적으로 ‘실지거래가액’ 이 아니라 ‘기준시가’에 따라 양도차익이 산정되어 과세되므로 2차 매매계약서의 작성 등에 있어 양도소득세 포탈의 의사가 없었다는 취지로도 주장한다. 그러나 위 구 소득세법 제96조 제1항 단서 각 호에 해당하는 경우에는 양도차익의 계산에 있어서 양도가액 및 취득가액을 ‘기준시가’가 아닌 ‘실지거래가액’에 의한다고 규정하고 있어 위와 같은 경우에 해당한다면 ‘실지거래가액’에 의하여 양도차익이 산정되어 과세될 가능성이 있었던 점, 원고들이 2차 매매계약서를 작성할 당시에도 그 내용이 사실과 다르다고 볼 수 있는 점(적어도 건물공사대금 부분은 이 사건 토지와 관련된 공사비용으로 볼 수 없어 이 사건 토지의 매매대금에 포함될 성격이 아니고 이 사건 토지의 양도와 관련한 필요경비로 인정될 수도 없다), 원고들이 이 사건 토지에 대한 양도소득세 예정신고를 할 당시에는 ‘실지거래가액’에 따라 양도차익을 산정하여야 하는데, 원고들은 2차 매매계약서가 사실과 다르다는 것을 충분히 인식하고 있음에도 1차 매매계약서가 아닌 2차 매매계약서를 제출하면서 이를 토대로 양도소득세 예정신고를 한 점 등에 비추어 보면, 원고들에게 양도소득세 포탈의 의사가 없었다고 볼 수 없다.」

○ 16면 21행의 "판결 등" 다음에 "참조"를 추가한다.
○ 17면 18행의 "이유 없다" 다음에 "(원고들은 이 사건 처분이 이 사건 토지와 관련된 공사비용을 필요경비로 전혀 반영하지 않았다는 취지로 주장하나, 원고들과 소외 회사는 1차 매매계약서 작성 당시 이 사건 토지와 관련된 공사비용을 반영하여 그 매매대금을 정하였다 할 것이고, 이를 초과해서 이 사건 토지와 관련된 공사비용 명목으로 금원이 지급되었다고 인정할 만한 증거가 부족하므로, 원고들의 위 주장 역시 이유 없다)"를 추가한다.
○ 18면 15행의 "소득세 부과처분"을 "소득세 처분"으로 고친다.
2. 결론

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울행정법원 2018. 6. 21. 선고 2017구합59598 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 가. 피고 ○○세무서장이 2016. 7. 1. 원고 김○정에게 한 2008년 귀속 양도소득세 본세 663,112,080원의 부과처분 중 418,800,000원을 초과하는 부분, 가산세 780,085,050원의 부과처분 중 492,676,320원을 초과하는 부분,

나. 피고 ○○세무서장이 2016. 8. 1. 원고 권○신에게 한 2008년 귀속 양도소득세 본세 273,487,920원의 부과처분 중 195,000,000원을 초과하는 부분, 가산세 324,274,630원의 부과처분 중 231,211,500원을 초과하는 부분,

다. 피고 서울특별시 ○○구청장이 2016. 7. 1. 원고 김○정에게 한 지방소득세 144,319,710원의 부과처분 중 91,147,629원을 초과하는 부분

라. 피고 서울특별시 ○○구청장이 2016. 8. 1. 원고 권○신에게 한 지방소득세 59,776,250원의 부과처분 중 42,621,145원을 초과하는 부분을

각 취소한다.
2. 원고들의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 2/3는 원고들이, 나머지는 피고들이 각 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고들은 부부로서, 2004. 8. 31. 주식회사 ○○○건설(이하 ‘소외 회사’라고 한다)로부터 원고 김○정이 경기 ○○군 ○○면 ○○리 산7 임야 6,050㎡와 같은 리 203-6 전 991㎡를(이하 ‘김○정 토지’라 한다), 원고 권○신이 같은 리 204-13 답 약 2,259㎡를(이하 ‘권○신 토지’라 하고, 김○정 토지와 함께 ‘이 사건 토지’라고 한다) 각 매수하여 취득하였다가, 2008. 1. 23. 이○근에게 김○정 토지는 34억 800만 원에, 권○신 토지는 10억 9,280만 원에 각 양도하였다.
나. 원고들은 당초 2004년 4월경 소외 회사와 사이에서 이 사건 토지를 평당 40만 원에 매매하기로 정하고, 김○정 토지는 852,000,000원(= 2,130평 × 40만 원)을, 권○신 토지는 273,600,000원(= 684평 × 40만 원)을 매매대금으로 하는 매매계약서를 작성하였으나(이하 ‘1차 매매계약’이라 한다), 원고들이 소외 회사의 대표이사 조○돈에게 건축공사를 맡기기로 하면서 2004년 8월경 원고들이 조○돈에게 지급하여야 할 공사비를 매매대금에 포함시켜서 김○정 토지의 매매대금은 1,550,000,000원으로, 권○신 토지의 매매대금은 598,600,000원으로 정하여 다시 매매계약서를 작성하였다(이하 ‘2차 매매계약’이라 한다).
다. 원고 김○정은 2008. 1. 23. 피고 ○○세무서장에게 양도소득세 예정신고를 하면서 김○정 토지의 취득가액을 1,550,000,000원으로 하여 양도소득세 1,001,472,910원과 주민세 100,147,290원을 신고·납부하였고, 원고 권○신은 2008. 2. 11. 피고 ○○세무서장에게 양도소득세 예정신고를 하면서 권○신 토지의 취득가액을 598,600,000원으로 하여 양도소득세 358,301,531원과 주민세 35,830,150원을 신고·납부하였다.
라. 서울지방국세청장은 2016. 5. 16.부터 2016. 6. 30.까지 원고들에 대한 양도소득세 조사를 실시한 다음, 이 사건 토지에 관하여 원고들이 신고한 취득가액을 부인하고 김○정 토지의 취득가액은 444,813,200원, 권○신 토지의 취득가액은 142,786,800원이라고 보아 위 취득가액을 적용하여 양도소득세를 과세할 것을 피고 ○○세무서장, ○○세무서장에게 각 통보하였다.
마. 이에 따라 피고 ○○세무서장은 2016. 7. 1. 원고 김○정에게 2008년 귀속 양도소득세 1,443,197,120원(= 본세 663,112,080원 + 가산세 780,085,050원)을, 피고 ○○세무서장은 2016. 8. 1. 원고 권○신에게 양도소득세 597,762,550원(본세 273,487,920원 + 가산세 324,274,630원)을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 양도소득세 처분’이라 한다). 바. 이 사건 양도소득세 처분에 따라 피고 서울특별시 ○○구청장은 2016. 7. 1. 원고 김○정에게 지방소득세 144,319,710원을, 피고 서울특별시 ○○구청장은 원고 권○신에게 지방소득세 59,776,250원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 지방소득세 처분’이라 하고, 이 사건 양도소득세 처분과 함께 ‘이 사건 처분’이라 한다).
사. 원고 김○정은 2016. 9. 26. 조세심판원에 이 사건 처분에 불복하는 심판청구를 하여 2016. 12. 27. 이 사건 지방소득세 처분에 관한 기각결정을, 2017. 2. 20. 이 사건 양도소득세 처분에 관한 기각결정을 받았다. 한편 원고 권○신은 2016. 10. 21. 조세심판원에 처분청을 피고 ○○세무서장으로 하여 이 사건 처분에 대하여 불복하는 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2017. 2. 20. 원고 권○신의 이 사건 양도소득세 처분에 관한 심판청구에 대하여는 기각결정을 하였으나, 이 사건 지방소득세 처분에 관하여는 별도의 결정을 하지 않았다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제3호증, 을가 제1호증 내지 제3호증, 을가 제20호증, 을다 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고 서울특별시 ○○구청장의 본안전 항변에 관한 판단

피고 서울특별시 ○○구청장은 원고 권○신이 이 사건 양도소득세 처분에 관하여 심판청구를 하였을 뿐 이 사건 지방소득세 처분에 관하여는 심판청구를 하지 않았으므로, 원고 권○신의 소 중 지방소득세 취소 청구 부분은 제소기간을 도과한 것으로서 부적법하다고 주장한다.
갑 제20호증의 기재에 의하면, 원고 권○신은 2016. 10. 21. 조세심판원에 심판청구서를 제출하면서 ‘처분청’란에 ‘○○세무서장’이라고만 기재하였으나, ‘처분의 내용’란에는 이 사건 양도소득세 처분과 이 사건 지방소득세 처분을 모두 기재한 사실이 인정되는바, 비록 원고 권○신이 이 사건 지방소득세 처분에 관하여 처분청을 정확히 특정하지 못한 잘못은 있지만, 원고 권○신의 의사는 이 사건 지방소득세 처분에 관하여도 불복하려는 것이 분명하였던 점, 국세기본법 제63조 제1항은 ‘국세청장은 심사청구의 내용이나 절차가 이 법 또는 세법에 적합하지 아니하나 보정할 수 있다고 인정되면 20일 이내의 기간을 정하여 보정할 것을 요구할 수 있다. 다만, 보정할 사항이 경미한 경우에는 직권으로 보정할 수 있다.’고 규정하고 국세기본법 제81조는 위 제63조를 조세심판원에 대한 심판청구에도 준용하고 있는 점, 조세심판원은 원고 권○신에게 이 사건 지방소득세 처분에 관하여 처분청을 잘못 지정하였다는 취지로 보정을 요구하지도 아니하였고 이 사건 지방소득세 처분에 관하여 별도로 각하 결정을 하지도 않은 점 등을 종합하여 보면, 원고 권○신은 이 사건 지방소득세 처분에 관하여도 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원이 이에 대한 결정을 하지 않은 것으로 보아야 한다.
그리고 국세기본법 제56조 제3항은 세법에 따른 처분에 대한 행정소송은 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 하지만, 90일 이내에 심사결정 또는 심판결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 행정소송을 제기할 수 있다고 규정하고 있으므로, 원고 권○신이 2016. 10. 21. 이 사건 지방소득세 처분에 관하여 심판청구를 제기한 날로부터 90일이 지났음이 역수상 분명한 2017. 3. 27. 이 사건 소를 제기한 것은 적법하다.
피고 서울특별시 ○○구청장의 본안전 항변은 이유 없다.
3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 이 사건 처분은 원고들이 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’로 양도소득세를 포탈한 경우로서 10년의 제척기간이 적용됨을 전제로 이루어졌다. 그런데 원고들은 조○돈과 이 사건 토지를 전원주택단지 조성이 가능한 상태에서 양도받기로 한 약정에 따라 토지조성비용 등을 매매대금에 포함시켜 2차 매매계약서를 작성한 것이고, 조○돈의 의무불이행으로 실제로는 공사가 이루어지지 않았다고 하더라도 토지조성비용은 양도가액에서 공제가 가능한 것인 점, 그 중 건물신축비용을 별도로 특정할 수도 없었던 점 등을 고려하면 원고들이 양도소득세 신고를 하면서 2차 매매계약서를 제출한 것을 적극적인 사기 기타 부정한 행위라고 할 수 없다. 그리고 원고들이 동일한 계좌이체내역을 중복으로 제출하거나, 소급하여 허위작성된 영수증 등을 제출한 행위 역시 원고들이 법률문외한으로서 단순 착오 등에 따라 이루어진 것이므로, 위와 같은 원고들의 행위는 모두 세금포탈의 목적 없이 이미 존재하는 문서나 자료를 잘못 사용한 것에 불과하고, 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 ‘부정행위’라고 할 수 없다. 따라서 원고들에 대한 조세범처벌법위반죄 등의 피의사실에 관하여도 불기소처분이 이루어진 것인바, 이 사건 처분은 국세의 부과제척기간 5년을 도과하여 이루어진 것으로서 위법하여 무효이다.
2) 설령 10년의 부과제척기간이 적용된다고 하더라도, 취득가액은 원칙적으로 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙자료가 존재하지 않거나 중요한 부분이 미비하여 신뢰할 수 없는 등으로 특별한 사정이 존재하는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 취득가액으로 한다. 이 사건의 경우 조○돈이 2차 매매계약서의 진정성립을 인정하고 있는 이상, 2차 매매계약서에 기재된 매매대금 합계 2,148,600,000원이 원고들이 이 사건 토지의 취득가액으로 인정되어야 하고, 피고들이 이를 함부로 부인할 수 없다. 설령 2차 매매계약서의 매매대금을 이 사건 토지의 실지거래가액으로 인정할 수 없다고 하더라도, 피고들이 진정한 실지거래가액을 입증하지 못하는 이상, 환산가액 등에 의하여 이 사건 토지의 취득가액을 결정하여야 하는데, 피고들은 원고들이 제출한 자료 중 임의로 일부 금액만을 선택하여 이 사건 토지의 취득가액 합계를 587,600,000원으로 결정하였으므로 위법하다.
3) 설령 2차 매매계약서에 기재된 매매대금을 실지거래가액으로 인정할 수 없다고 하더라도, 소외 회사가 분양광고한 금액 및 원고들이 이 사건 토지에 관하여 조○돈에게 지급한 금액이 1,233,130,000원이라는 검찰수사결과 등에 비추어 보면, 적어도 1차 매매계약서에 따른 매매대금이 이 사건 토지의 실지거래가액에 해당한다고 봄이 타당하므로, 최소한 평당 40만 원으로 계산한 김○정 토지 매매대금 852,000,000원, 권○신 토지 매매대금 273,600,000원 합계 1,125,600,000원이 이 사건 토지의 취득가액으로 인정되어야 하고, 공사비 875,637,000원(= 원고들이 조○돈에게 지급한 2,001,237,000원 - 이 사건 토지 매매대금 1,125,600,000원)도 필요경비로서 양도소득세를 산정할 때 공제되어야 하므로, 이 사건 처분의 정당세액은 다시 산정되어야 한다.
4) 지방소득세는 2010. 1. 1. 지방세법 개정을 통하여 신설된 세목으로서, 지방세법 부칙(법률 제9924호, 2010. 1. 1.) 제4조에 따르면 지방소득세는 2010. 1. 1. 이후 최초로 신고 또는 결정하는 분부터 부과될 수 있는데, 원고들은 그 이전인 2008년 1월경 이 사건 토지를 양도하여 그 무렵 양도소득세 및 지방소득세 납세의무가 성립하였으므로 지방소득세는 부과될 수 없고, 다만 구법에 따라 ‘(소득세할)주민세’ 만이 부과될 수 있다. 그런데 지방소득세와 주민세는 완전히 다른 내용의 세목이므로, 피고 서울특별시 ○○구청장, ○○구청장이 원고들에게 이 사건 지방소득세 처분을 한 것은 위법하다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 인정사실

1) 원고들이 소외 회사로부터 이 사건 토지를 매수하였을 무렵인 2004년 5월경 네이버뉴스 등에는 ‘○○○건설(소외 회사)은 경기도 ○○군 ○○면 ○○리에서 전원주택단지 10필지를 분양한다. 평당 분양가는 40만~45만 원 선. 현재 토지매입을 끝내고 토목공사가 한창이다. 계약자는 잔금납부와 함께 등기이전이 가능하다.’는 내용의 분양광고기사 실렸다. 그리고 그 무렵 제3자인 김시내가 소외 회사로부터 ○○군 ○○면 ○○리 204-2 토지를 평당 42만 원에 분양받기도 하였다.
2) 조○돈이 2016. 11. 4. 작성한 진술서의 주요 내용은 다음과 같다.
○ 진술인은 2002년경 ○○○○○, ○○○건설(소외 회사)을 운영하면서 회사 직원인 오○연을 통해서 원고들을 소개받아 ○○군 ○○리 일대 전원주택단지 토지를 분양한 사실이 있다.
○ 진술인은 2002년~2003년 사이에 ○○리 ○○마을 윗마을 임야를 약 30필지 정도로 분필해 전원주택단지로 조성하여 분양을 했는데, 당시 원고들에게도 몇 필지 분양하였고 2003년에 사업자금이 필요해서 원고 권○신으로부터 몇 차례에 걸쳐 1억 원 남짓을 융통하고 그 금액은 나중에 이 사건 토지 매매대금으로 포함시켜 정산하였다.
○ 어비계곡 마을 전원주택단지는 약 10필지 정도를 조성해서 원고들, 백영희, 김시내에게 분양하였다. 참고로 ○○리 203-1, 204-2, 203-7 등 3필지는 원고 권○신이 저한테 대토로 받은 토지인데, 등기부에 매수인으로 나오는 윤○호라는 사람은 원고 권○신이 대토를 전매한 상대방으로 보여서 진술인이 이름은 기억하지 못하였다.
○ 진술인이 분양한 분양가는 평당 40만 원 ~ 45만 원으로 신문광고도 냈었는데, 실제 분양가는 깎아달라는 사람이 있었고, 토지 위치 등을 고려하여 평당 37만 원 ~ 42만 원 정도로 분양했던 것으로 기억한다.
○ 원고 김○정에게는 2필지를, 원고 권○신에게는 1필지를 분양했는데, 3필지를 토지대금 평당 40만 원씩으로 쳐서 분양을 했고, 산7에는 모델하우스 1채, 204-13에는 주택 1채까지 진술인이 건축해드리기로 했다. 산7에는 도로만 개설되면 건축허가를 받을 수 있기 때문에 장기적으로는 30채 정도를 건축할 계획이었다.
○ 2004년 3월~4월에 1차 매매계약서를 작성하였는데, 토지대금은 정확한 금액까지는 기억나지 않지만, 3필지 합계가 2,814평이니까 평당 40만 원으로 곱한 금액인 1,125,600,000원 정도였을 것이다. 그 후 2004. 8. 31. 소유권등기이전 할 때 원고 권○신이 매매계약서에 공사비까지 같이 적어달라고 해서 매매대금을 토지대금과 공사비를 합한 금액으로 수정하여 매매계약서를 다시 작성했다. 작성일이 2004년 4월로 되어 있는 것은 정확히 기억나지는 않지만 여직원이 1차 매매계약서의 금액 부분만 수정하고 나머지는 그대로 베끼는 과정에서 1차 계약서 작성 날짜를 그대로 베껴적었을 것으로 보인다.
○ 토지대금 금액은 1차 계약서와 동일했고, 공사비는 당시 진술인이 토목공사, 건축공사 등 설계도, 조감도 등 각종 서류, 항목별 견적서 등 수백여 장의 서류를 보여드리고 추정치를 말씀드려서 합의하여 결정했다.
○ 매매대금은 진술인이 사업자금(사업 현장의 제반 공사비, 다른 사업현장의 토지 확보를 위한 계약금 등)이 필요할 때마다 그때그때 수십 차례에 걸쳐서 원고 권○신에게 일부씩 요청하여 받았다. 진술인 계좌로 받거나 오○연 계좌로 받았고, 수표로 받았던 적도 몇 번 있었다.
○ 매매대금을 워낙 여러 차례로 나누어 받았고 받은 금액도 그때그때 달라서 최종 지급받은 총액을 기억하기 어렵지만, 토지대금은 등기 전에 다 받았으니까 등기를 해 드린 것이고, 공사비는 등기 후에도 몇 번에 걸쳐 받기는 했는데, 공사가 도중에 중단이 돼서 공사비 일부는 못 받았다.
○ 이 사건 토지 매매대금 총액 2,148,600,000원 중에서 실제로 지급받은 금액은 원고 권○신이 정리한 지급내역표 합계 2,001,237,000원이 맞는 것으로 보인다.
3) 서울지방국세청은 원고들을 조세범처벌법위반죄로 고발하였는데, 서울서부지방검찰청은 ‘금융거래내역에 의해 원고들의 김○정 토지 취득가액을 1,060,737,000원으로 인정함이 상당하고, 이 경우 원고 김○정의 양도소득세 포탈액은 448,086,781원으로 5억 원을 초과하지 아니하므로, 2013. 1. 22. 조세범처벌법상 조세포탈의 공소시효는 5년이 완성되었다’는 이유로 2016. 9. 9. 원고들에 대하여 ‘공소권없음’ 결정을 하였다. 이에 서울지방국세청이 항고하였으나, 서울서부지방검찰청은 2017. 6. 16. ‘관계인들 전원이 김○정 토지의 취득가액이 1,561,000,000원이라고 진술하고 있고, 각 서증이 이에 부합하는 것으로 작성되어 있는 이상, 일단 위 취득가액이 진정한 것이라고 인정하는 것이 형사절차의 원칙에 부합하므로, 위 금액은 김○정 토지 자체의 가격에 위 토지의 효용을 높이기 위한 각종 기초공사 비용이 포함된 금액이라고 인정할 수 있고, 원고 권○신의 금융거래내역을 보면 조○돈 또는 오○연에게 지급한 금액이 1,233,130,000원에 달하는 사실이 인정되며, 달리 원고들이 사기 기타 부정한 행위로 조세를 포탈하려 하였다고 볼 만한 증거가 부족하다’는 이유로, 원고들에 대한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)죄의 피의사실에 대하여 ‘혐의없음(증거불충분)’의 불기소결정을 하였다.
4) 서울지방국세청 소속 직원들은 2016. 6. 20. 이 사건 토지를 방문하였으나, 토목공사 등이 진행된 흔적은 없었고, 다만 권○신 토지에 축대공사가 되어 있었으며, 원고 권○신 토지와 맞닿은 다른 토지들과 사이에 경계석이 발견되었다.
5) 원고들이 검찰수사 및 조세심판원 불복절차 등을 거치면서 최종적으로 조○돈에게 지급한 금액(소외 회사의 영업이사 오○연을 통하여 지급한 금액 포함)을 정리하여 제출한 내역은 아래 표와 같이 합계 2,001,237,000원이다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증 내지 제16호증, 을가 제13호증 내지 제17호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 사기 기타 부정한 행위로 인하여 10년의 부과제척기간이 적용되는지 여부

국세기본법 제26조의2 제1항 제1호,「지방세기본법」제38조제1항 제1호의 입법취지는, 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 및 지방세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세 및 지방세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 당해 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데 있고, 여기서 ‘사기 기타 부정한 행위'라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 조세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두29168 판결, 대법원 2018. 3. 29. 선고 2017두69991 판결 등 참조).
원고들이 2004년 4월경 소외 회사로부터 이 사건 토지를 평당 40만 원에 매수하였고, 그 금액(김○정 토지 852,000,000원, 권○신 토지 273,600,000원)을 매매대금으로 하여 1차 매매계약서가 작성되었는데, 2008년 8월경 원고 권○신의 요구로 조○돈이 원고들로부터 지급받아야 할 공사대금을 포함한 금액을 이 사건 토지의 매매대금으로 수정하여 2차 매매계약서를 작성한 사실은 앞서 본 것과 같다. 이때 2차 매매계약서에 포함된 공사대금이 어떤 공사에 대한 것인지에 관한 객관적인 증거는 존재하지 않지만, 원고들이 제출한 조○돈의 진술서에 의하더라도 ‘이 사건 토지에 모델하우스 1채, 주택 1채를 건축해주기로 했고, 원고 권○신의 요구로 공사대금을 더하여 2차 매매계약서를 작성하였는데, 토지대금 금액은 1차 계약서와 동일했고, 공사비는 토목공사, 건축공사 등 설계도, 조감도 등 각종 서류, 항목별 견적서 등 수백여 장의 서류를 보여주고 추정치로 합의하여 결정했다’는 것이므로 2차 매매계약서 작성 시 증액된 금액은 모델하우스 및 주택의 신축 공사대금 및 그에 부수하는 토목공사대금으로 보이는 점, 소외 회사의 이 사건 토지 일대에 관한 전원주택단지 분양 기사에도 ‘토목공사가 한창’이라고 기재되어 있는 점, 전원주택단지로서 분양하는 토지는 통상 기본적인 토지정리를 마친 상태에서 분양될 것으로 예상되고 토지 분양가에 이미 그와 같은 공사대금이 반영되어 있을 것인 점 등에 비추어 보면, 2차 매매계약서 작성 시 1차 매매계약서보다 증액된 금액은 이 사건 토지 자체에 관련된 공사대금이라기보다는, 이 사건 토지에 신축할 주택 및 모델하우스에 관한 공사대금이라고 봄이 타당하므로, 증액된 대금 부분을 이 사건 토지에 관한 필요경비로 인정하기 어렵다.
원고들은 조○돈과 오○연의 요청에 따라 수시로 이 사건 토지 매매대금과 공사대금을 보내주면서 공사계약과 관련된 명백한 증빙이 없는 것이 불안하여 이 사건 토지 매매계약서에 공사대금을 반영하여 다시 작성하게 된 것이라고도 주장하나, 그러한 경우라면 공사를 수행할 범위와 공사대금을 분명히 하여 별도의 공사계약서를 작성하는 것이 통상적이고 합리적인 방법으로 보이고, 원고들과 같이 공사내역이나 공사대금에 관한 아무런 기재 없이, 토지매매대금과 건물공사대금을 구분하지 아니한 상태에서 토지매매계약서의 매매대금을 증액하여 재작성하는 방법을 택하는 것은 매우 이례적이라고 보인다. 오히려 원고들이 이 사건 토지를 매수한지 4년이 되기 전에 이를 다시 매도한 점, 이 사건 토지는 매우 넓어서 주택을 30채 이상 건축할 수 있는 상황이었던 점 등에 비추어 보면, 원고들은 이 사건 토지의 전부 또는 일부를 다시 매도할 것을 염두에 두고 이 사건 토지를 취득하였다고 보는 것이 자연스러우므로, 모델하우스 신축공사대금 등까지도 이 사건 토지 취득가액에 포함시켜 향후 양도소득세를 포탈하려는 유인이 있는 상황이었다.
위와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고들은 이 사건 토지와 무관한 모델하우스 신축대금 등을 이 사건 토지 매매대금에 포함시키는 방법으로 이 사건 토지의 취득가액을 높여서 향후 양도소득세를 포탈할 목적으로 허위의 2차 매매계약서를 작성·제출하였다고 볼 수 있으므로, 원고들의 이와 같은 행위는 단순한 착오 등에 기한 것이 아니라, 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 하여 양도소득세 및 지방소득세를 포탈하기 위한 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당한다고 할 것이다.
한편 일정한 법규위반 사실이 행정처분의 전제사실이 되는 한편 이와 동시에 형사법규의 위반 사실이 되는 경우에 행정처분과 형벌은 각기 그 권력적 기초, 대상, 목적을 달리하고 있으므로 동일한 행위에 관하여 독립적으로 행정처분이나 형벌을 과하거나 이를 병과할 수 있는 것이고(대법원 1986. 7. 8. 선고 85누1002 판결), 행정재판이나 민사재판은 반드시 검사의 무혐의불기소처분사실에 대하여 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있는 것이므로(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결), 원고들에 대하여 앞서 본 것과 같이 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)죄의 피의사실에 관한 불기소처분이 있었다고 하더라도 그러한 사정은 이 법원이 원고들의 행위가 사기 기타 부정한 행위로서 국세 및 지방세를 포탈한 경우에 해당한다고 판단하는 데 장애가 되지 아니한다.
결국 이 사건 처분에는 10년의 제척기간이 적용되어야 하므로, 이 사건 처분에 5년의 제척기간이 적용됨을 전제로 하여, 이 사건 처분이 제척기간 도과로 무효라는 원고들의 주장은 이유 없다.
2) 2차 매매계약서의 매매대금이나 환산가액을 취득가액으로 할 수 있는지 여부

앞서 살핀 것과 같이 2차 매매계약서에 기재된 매매대금에는 이 사건 토지의 매매대금뿐 아니라, 이 사건 토지 지상에 건축될 예정이던 주택 및 모델하우스에 관한 공사대금까지 포함되어 있는 사실이 인정되므로, 2차 매매계약서에 기재된 매매대금은 이 사건 토지의 실지거래가액으로 볼 수 없음이 분명하다. 그리고 아래 3)항에서 보는 것과 같이 1차 매매계약서에 기재된 매매대금을 이 사건 토지의 실지거래가액으로 인정하는 이상, 이 사건 토지는 ‘취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우’에 해당하지 않으므로, 환산가액 등에 의하여 이 사건 토지의 취득가액을 계산하여야 하는 경우로 볼 수도 없다. 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.
3) 1차 매매계약서에 따른 실지거래가액 인정 여부 및 원고들이 조○돈에게 송금한 금액의 필요경비 인정 여부

우선 1차 매매계약서에 기재된 이 사건 토지 매매대금(평당 40만 원)이 순수한 이 사건 토지 매매대금에 해당한다는 사실은 앞서 본 조○돈의 진술서 및 소외 회사의 분양광고내용 등에 의하여 뒷받침되고, 달리 1차 매매계약서의 매매대금 기재를 허위라고 볼 만한 특별한 사정이 없다. 따라서 1차 매매계약서에 기재된 매매대금, 즉 김○정 토지 852,000,000원, 권○신 토지 273,600,000원은 이 사건 토지의 실지거래가액으로 인정된다. 따라서 이 사건 토지의 취득가액에 관한 원고들의 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.
한편 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하는 것이지만, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등).
앞서 인정한 사실에 의하면 원고들이 조○돈에게 이 사건 토지에 관한 매매대금 및 공사대금으로 지급하였다고 주장하는 금액 합계 2,001,237,000원은 2003. 6. 29.부터 2006. 1. 28.까지 장기간에 걸쳐 지급된 내역인데, 이 사건 계약 체결 전인 2004년 3월 이전에 지급된 금액 합계가 249,180,000원, 이 사건 토지에 관하여 원고들 명의의 등기가 마쳐진 2004. 9. 1. 이후 지급된 금액 합계가 215,950,000원에 이르는 등으로 이 사건 토지와 무관하게 지급된 것으로 보이는 금액이 상당히 포함되어 있고, 위와 같은 점에 비추어 보면 원고들과 조○돈 사이에는 이 사건 토지 매매 외의 다른 원인에 기한 금전거래도 존재하였을 가능성이 높다. 그리고 앞서 살핀 것과 같이 위와 같이 원고들이 조○돈에게 지급한 금액에는 건물신축공사대금 역시 포함되어 있으므로, 원고들이 조○돈에게 금전을 지급하였다는 사정만으로 그 금액이 모두 이 사건 토지와 관련한 필요경비라고 단정할 수 없는 이상, 그 관련성에 관한 입증책임은 원고들에게 돌아간다고 보아야 한다. 그런데 원고들이 제출한 증거만으로는 위 금원의 지급원인이 분명히 드러나지 아니하므로, 결국 원고들이 조○돈에게 지급한 금액 중 이 사건 토지 매매대금을 초과하는 부분은 모두 이 사건 토지에 관련된 공사대금이라는 원고들의 주장을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
따라서 이 사건 토지의 취득가액은 1차 매매계약서에 따른 금액으로 인정되지만, 위 금액을 초과하여 원고들이 조○돈에게 지급한 금액 전부가 이 사건 토지의 공사대금 등 필요경비로 공제되어야 한다는 원고들의 주장은 이유 없다.
4) 이 사건 지방소득세 처분의 위법 여부

을라 제1, 2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되어 2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조, 제6조의 세목에 ‘지방소득세’가 신설되었는데, 이는 개정 전 소득에 대해 부과하는 주민세 소득할과 사업소세 종업원할을 통합하여 지방소득세로 하려는 취지로서, 그 실질과 과표, 세율, 부과징수 체계 등은 기존의 주민세 소득할과 동일하지만 명칭과 세목만을 지방소득세로 변경한 것인 사실이 인정된다. 그리고 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호) 부칙 제4조(주민세 및 지방소득세의 적용례)는 개정 규정에 따른 지방소득세는 위 법 시행 후 최초로 신고 또는 결정하는 분부터 적용하도록 규정하고 있는데, 이 사건 지방소득세 처분은 이 사건 양도소득세 처분이 이루어짐에 따라 추가로 부과결정된 양도소득세 금액에 대하여, 피고 서울특별시 ○○구청장이 2016. 7. 1. 원고 김○정에게, 피고 서울특별시 ○○구청장이 2016. 8. 1. 원고 권○신에게 이 사건 지방소득세 부족분을 추가로 부과하기로 결정한 것이므로, 이는 구 지방세법이 시행된 후 결정하는 분에 해당하고, 위 피고들은 위 부칙 제4조에 따라 원고들에게 지방소득세를 부과할 수 있다. 다만 앞서 살핀 것과 같이 이 사건 양도소득세 처분이 이 사건 토지의 취득가액을 평당 40만 원으로 하여 산정한 범위 내에서만 적법하므로, 이 사건 양도소득세 결정세액을 과세표준으로 하는 이 사건 지방소득세 부과처분 역시 마찬가지로 이 사건 토지의 취득가액을 평당 40만 원으로 하여 산정한 범위 내에서만 적법하게 된다.
마. 정당한 세액의 계산

이 사건 토지의 실지거래가액에 의한 취득가액은 평당 40만 원으로 인정되어야 하고, 이 경우 정당한 세액은 아래 표 기재와 같으므로(피고들의 2018. 6. 20.자 참고서면 참조), 이 사건 처분 가운데 아래 표 기재 ‘정당한 세액’란 기재 금액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 원고들의 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.
3. 결론

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

■ 국세기본법

제26조의2(국세 부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.
3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

■ 국세기본법 시행령

제12조의2(부정행위의 유형 등)

① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 「조세범 처벌법」제3조제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.
■ 조세범 처벌법

제3조(조세 포탈 등)

⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」제5조의2제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

■ 지방세기본법

제38조(부과의 제척기간)

① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급·공제 또는 감면받은 경우: 10년

■ 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것)

제97조 (양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액

가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

3. 삭제 <2000.12.29>

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

② 양도자산 보유기간중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 년도의 부동산임대소득금액 또는 사업소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 따른 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 따른다.
1. 취득가액을 제1항제1호 가목 본문의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항제1호 가목 본문의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 같은 항 제2호부터 제4호까지의 금액을 가산한 금액

2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항제1호 가목 단서, 같은 호 나목, 제7항 또는 제114조제7항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.<신설 1996.12.30>

⑦ 제1항제1호 가목 본문의 규정을 적용함에 있어서 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 양도한 거주자가 당해 자산의 취득당시 대통령령이 정하는 방법에 의하여 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 당해 거주자의 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우

■ 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 일부개정되어 2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것)

제5조(지방세의 세목)

① 지방세는 보통세와 목적세로 한다.
② 보통세의 세목은 다음 각호와 같다.
5. 주민세

5의2. 지방소득세

5의3. 지방소비세

제6조(지방자치단체의 세목)

① 특별시세와 광역시세는 다음 각호와 같다. 다만, 광역시의 군지역에서는 제2항의 규정에 의한 도세를 광역시세로 한다.
부칙 <2010. 1. 1. 법률 제9924호>

제1조(시행일)

이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례)

이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제4조(주민세 및 지방소득세의 적용례)

제3장 제1절(제172조부터 제176조까지, 제176조의2부터 제176조의7까지)의 개정규정에 따른 주민세 및 같은 장 제1절의2(제176조의8부터 제176조의12까지, 제177조, 제177조의2부터 제177조의4까지, 제178조, 제179조, 제179조의3부터 제179조의10까지)의 개정규정에 따른 지방소득세는 이 법 시행 후 최초로 신고 또는 결정하는 분부터 적용한다. <끝>

이 사건 지방소득세 처분은 이 사건 양도소득세 처분이 이루어짐에 따라 추가로 부과결정된 양도소득세 금액에 대하여, 피고 서울특별시 ○○구청장이 2016. 7. 1. 원고 김○정에게, 피고 서울특별시 ○○구청장이 2016. 8. 1. 원고 권○신에게 이 사건 지방소득세 부족분을 추가로 부과하기로 결정한 것이므로, 이는 구 지방세법이 시행된 후 결정하는 분에 해당하고, 위 피고들은 위 부칙 제4조에 따라 원고들에게 지방소득세를 부과할 수 있다. 다만 앞서 살핀 것과 같이 이 사건 양도소득세 처분이 이 사건 토지의 취득가액을 평당 40만 원으로 하여 산정한 범위 내에서만 적법하므로, 이 사건 양도소득세 결정세액을 과세표준으로 하는 이 사건 지방소득세 부과처분 역시 마찬가지로 이 사건 토지의 취득가액을 평당 40만 원으로 하여 산정한 범위 내에서만 적법하게 된다.