종합토지세부과처분등무효확인 (세무, 전주지방법원)
공포일: 2010.08.24 / 시행일:

【원 고】 
【피 고】 정읍세무서장 외 1인
【변론종결】2010. 7. 20.
【주 문】
 1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 1. 피고 전주세무서장에 대한 청구
 피고 전주세무서장이 2007. 3. 28. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 소득금액 220,011,000원(소장의 423,918,000원은 오기임이 명백하다)의 변동통지처분은 무효임을 확인한다. 
 2. 피고 정읍세무서장에 대한 청구
 선택적으로, 피고 정읍세무서장이 2008. 2. 4. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 종합소득세 77,763,020원의 부과처분은 무효임을 확인한다, 또는 피고 정읍세무서장이 2008. 2. 4. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 종합소득세 77,763,020원의 부과처분을 취소한다. 
【이 유】1. 처분의 경위
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 
 가. 주식회사 한국데이타콤(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)은 소프트웨어 자문 및 개발 공급업 등을 영위하는 회사인데, 원고는 1999. 6. 10.부터 2002. 6. 10.까지, 2002. 12. 7.부터 2003. 2. 13.까지 이 사건 회사의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있었다.
 나. 이 사건 회사는 2002년 제2기에 주식회사 아이티엔정보기술로부터 매입금액 423,918,000원의 세금계산서 7장(위 7장 중 2002. 10. 14. 이전에 수취한 세금계산서 3장의 매입금액은 220,011,000원이고, 2002. 10. 14. 후에 수취한 세금계산서 4장의 매입금액은 203,907,000원이다. 이하 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부받고 이를 근거로 위 423,918,000원을 손금산입하여 2002년 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다. 
 다. 피고 전주세무서장은 이 사건 세금계산서가 가공의 매입세금계산서라는 이유로 위 세금계산서상의 매입금액을 손금불산입하고, 2004. 6. 29. 원고에 대한 인정상여로 423,918,000원을 소득처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하는 한편, 원고의 주소지를 관할하는 피고 정읍세무서장에게 그 과세자료를 통보하여 피고 정읍세무서장은 2005. 3. 2. 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 184,220,000원의 부과처분을 하였다. 
 라. 원고가 2005. 4. 3.경 위 종합소득세부과처분에 대하여 이의를 제기하자, 피고 전주세무서장은 원고의 이의를 받아들여 2005. 4. 8. 원고에 대한 위 소득금액변동통지를 취소하였고, 피고 정읍세무서장도 그 무렵 위 종합소득세 부과처분을 취소하였다. 
 마. 그 후 피고 전주세무서장은 2007. 3. 28. 위 423,918,000원을 귀속 불명의 사외유출로 보아 사외유출 당시 이 사건 회사의 대표이사로 인정되는 원고에 대한 인정상여로 423,918,000원을 소득처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였다가, 2007. 10. 8. 소득금액을 220,011,000원(2002. 10. 14. 이전에 수취한 세금계산서 3장의 매입금액 합계이다)으로 감액하여 통지하였으며(이하 2007. 3. 28.자 통지 중 감액 후 남은 부분에 대한 것을 ‘이 사건 소득금액변동통지처분’이라 한다), 이에 따라 피고 정읍세무서장은 2008. 2. 24. 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 77,763,020원의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 한다). 
2. 이 사건 처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장
 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 소득금액변동통지처분 및 종합소득세 부과 처분은 위법하므로 당연무효이거나 취소되어야 한다고 주장한다. 
 (1) 피고 정읍세무서장이 2005. 3. 2. 부과처분한 종합소득세에 대하여 원고가 이의를 제기하자, 피고 전주세무서장은 원고에 대한 소득금액변동통지를 취소하고 피고 정읍세무서장도 종합소득세 부과처분을 취소하였음에도, 그 후 다시 원고에게 이 사건 소득금액변동통지 처분을 하고 종합소득세 부과처분을 한 것은 일사부재리 원칙에 위반된다. 
 (2) 이 사건 소득금액변동통지처분으로 인한 종합소득세는 이 사건 회사에게 원천징수납부의무가 있음에도, 원고에게 이 사건 소득금액변동통지 처분 및 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다.
 (3) 원고는 2002. 9. 14. 소외 1(대법원판결의 소외인)과 사이에 이 사건 회사의 양도계약을 체결하고 소외 1로부터 계약금 120,000,000원을 지급받으면서 대표이사로서의 모든 권한을 이전하여 주었으며, 그 후에는 이 사건 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없다. 그럼에도 원고를 2002. 10. 14.까지 이 사건 회사의 실질적인 대표자로 보고 이 사건 소득금액변동통지처분 및 이 사건 부과처분을 한 것은 실질과세원칙 및 근거과세원칙에 어긋나 위법하다.
 나. 관계법령
 별지 기재와 같다. 
 다. 인정사실
 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 2, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 을 제3호증의 1 내지 3, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 
 (1) 이 사건 회사는 비상장 중소기업으로 그 자본금은 170,000,000원, 발행주식 총수는 34,000주로 주주명부상 그 소유지분 및 출자지분은, 2002년 사업연도에는 원고 28,000주(82.35%), 원고의 처인 소외 3 5,000주(14.71%), 소외 1 1,000주(2.94%)로 등재되어 있다가, 2003년 사업연도에는 원고 17,000주(50%), 소외 2, 4, 5 각 4,080주(12%), 그 외 7명이 각 340주(1%) 내지 1,020주(3%)씩을 나누어 소유하고 있는 것으로 등재되어 있으며, 주권은 발행되지 않았다.
 (2) 원고는 2002. 9. 14. 소외 1과 아래와 같은 내용으로 이 사건 회사 양도·양수 계약을 체결하였다.
 제1. (양도목적물과 범위) 원고는 이 사건 회사 목적설비 일체 및 부대되는 시설전부를 소외 1에게 양도한다. 
 제2. (양도대금) 소외 1은 위 회사양수의 대금으로 원고에게 3억 2천만 원을 지급할 것을 약속한다. 계약금 1억 2천만 원(지급기일 2002. 9. 14.), 중도금 1억 원{지급기일 2003.(계약서상의 2002.는 2003.의 오기이다) 1. 30.}, 잔금 1억 원(지급기일 2003. 9. 30.) 
 제3. (계약금 지급 등과 동시이행사항) 소외 1은 본계약서의 공증을 행하는 날(2002. 10. 11.)에 계약금을 지급하거나 계약이행 전 원고의 계좌에 계약금 1억 2천만 원을 입금하되 위 계약금 지급과 동시에 원고는 회사양도를 주주전원이 동의하였다는 주주총회의 결의를 공증한 서면 및 주주총원 명부를 소외 1에게 교부하여야 한다. 동시에 소외 1도 주주총원이 회사양수를 동의한 결의가 공증된 서면을 원고에게 교부하여야 한다. 
 1. 계약에 서명날인 후 계약금 지급과 동시에 이 사건 회사의 모든 대표직 권한 일체를 소외 1이 수행한다.
 2. 양수대가 금액 중 잔대금을 지급하기 전까지 원고를 이 사건 회사의 사외이사로 추 대하며 그에 합당한 지원금으로 매월 일정금액을 지원한다.
 제4. (중도금의 지급과 상호등기 등의 이전) 소외 1은 중도금 1억 원을 2003. 1. 30. 원고에게 지급하며, 이와 동시에 소외 1은 대표이사직을 승계한다.
 제8. (경영자인 지위승계의 확정일) 소외 1은 제4.에 규정된 일자에 본건 영업의 경영자가 되며, 따라서 동일 이후의 영업효과는 모두 소외 1에게 귀속하고 잔대금을 지급하기 전까지의 공조공과는 모두 이 사건 회사가 부담한다.
 (3) 소외 1은 원고에게 위 계약의 계약금으로 2002. 9. 7. 55,000,000원, 2002. 9. 13. 65,000,000원 등 합계 120,000,000원을 지급하였고, 2003. 2. 12. 중도금으로 100,000,000원을 지급하였으며, 법인등기부상 2003. 2. 13.자로 소외 1이 대표이사에 취임하였다는 내용이 등재되었다. 
 (4) 원고, 소외 3은 2003. 2. 20. 소외 4, 5 등에게 이 사건 회사의 주식 일부를 양도하였다는 내용의 증권거래세 과세표준신고를 2003. 3. 10. 피고 전주세무서장에게 하였다. 
 (5) 한편 원고는 2004. 4. 15. 피고 전주세무서장으로부터 제2차 납세의무를 지는 과점주주로 지정되자, ‘2002. 9. 14.경 소외 1에게 이 사건 회사의 주식을 모두 양도하였다’는 취지로 주장하여 2004. 10. 11.경 제2차 납세의무 지정이 취소되었다. 
 (6) 이에 피고 전주세무서장은 2004. 10. 15. 소외 1을 제2차 납세의무자로 지정하고 법인세 및 부가가치세 부과처분을 하였고, 소외 1은 위 부과처분에 불복하여 전주지방법원 2005구합1555호로 법인세 등 부과처분 취소소송을 제기하여 패소판결을 선고받았으나, 광주고등법원 2006누168호로 항소하여 2006. 10. 19. “2002. 12. 31. 당시 소외 1이 이 사건 회사의 주식을 양수하였다고 볼 수 없어 이 사건 회사의 과점주주로 인정되지 않는다”는 이유로 승소판결을 선고받았으며, 이에 대하여 피고 전주세무서장이 대법원 2006두17499호로 상고하였으나 2007. 2. 22. 상고가 기각되어 위 판결이 확정되었다. 
 라. 판단 
 (1) 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단
 과세관청이 부과처분을 취소하면 그 취소처분에 위법사유가 있다고 하더라도 당연 무효가 아닌 한 일단 유효하게 성립하여 부과처분을 확정적으로 상실시키는 것이므로 과세관청은 부과의 취소를 다시 취소함으로써 원 부과처분을 소생시킬 수는 없으나, 납세의무자에게 종전의 과세대상에 대한 납부의무를 지우기 위하여 다시 법률에서 정한 부과절차에 따라 동일한 내용의 새로운 부과처분을 할 수 있다(대법원 1995. 3. 10. 선고 94누7027 판결 참조). 
 이 사건에 관하여 보건대, 피고 전주세무서장이 2004. 6. 29. 원고에 대하여 한 소득금액변동통지처분과 피고 정읍세무서장이 2005. 3. 2. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 종합소득세 부과처분이 직권으로 취소되었음은 앞서 인정한 바와 같으나, 이 사건 소득금액변동통지 처분 및 종합소득세 부과처분은 위 각 직권취소처분을 다시 취소하는 것이 아니라 소외 1에 대한 법인세 및 부가가치세 부과처분이 판결에 의하여 취소됨에 따라 다시 법률에서 정한 부과절차에 따라 새로 소득금액변동통지처분 및 종합소득세 부과 처분을 한 것이므로 일사부재리 원칙에 반한다고 할 수 없고, 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 (2) 원고의 두 번째 주장에 대한 판단
 근로소득이 원천징수할 소득이라 하더라도 그 원천징수가 누락되었다면 그 소득자에 대하여 종합소득세를 부과할 수 있고(대법원 1981. 9. 22. 선고 79누347 전원합의체 판결, 대법원 2006. 7. 13. 선고 2004두4604 판결 등 참조), 과세관청이 사외 유출된 익금 가산액이 임원 또는 사용인에게 귀속된 것으로 보고 상여로 소득처분을 한 경우 당해 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법인에 대하여는 소득금액변동통지서가 당해 법인에게 송달된 날에 그 원천징수의무가 성립하는 것과는 달리, 그 소득의 귀속자에 대하여는 법인에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지 여부와 상관없이 소득처분이 있게 되면 소득세법 제20조 제1항 제3호가 정한 ‘법인세법에 따라 상여로 처분된 금액’에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 되고, 당해 소득금액은 부과처분의 대상이 되는 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로 소득의 귀속자의 종합소득세 납세의무는 국세기본법 제21조 제1항 제1호가 정하는 바에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다(대법원 2006. 7. 13. 선고 2004두4604 판결 참조).
 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면, 피고 전주세무서장이 2002년 사업연도에 사외유출된 익금 가산액을 원고에게 상여로 소득처분하였고, 소득자통지용 소득금액변동통지서가 원고에게 적법하게 송달되었으므로, 소득의 귀속자인 원고의 종합소득세 납세의무는 법인의 원천징수의무 성립과 별도로 2002년도 소득세의 과세기간이 종료하는 때에 성립한다고 할 것이다. 
 이와 같이 소득처분에 따른 법인의 원천징수의무 성립과 관련 없이 소득처분이 있게 되면 소득의 귀속자인 원고에게 종합소득세 납세의무가 발생하므로 피고 정읍세무서장이 소득처분에 기초하여 원고에게 종합소득세를 부과한 것은 정당하고, 피고가 원고에게 직접 종합소득세를 부과한 것이 위법함을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
 (3) 원고의 세 번째 주장에 대한 판단
 (가) 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항이 규정하고 있는 대표자에 대한 인정상여제도는, 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는데 그 취지가 있는 것으로서, 그 대표자는 실질적으로 그 회사를 사실상 운영하는 대표자이어야 하므로 비록 회사의 대표이사로 법인등기부상 등재되어 있었다고 하더라도 회사를 실질적으로 운영한 일이 없다면 그와 같은 인정소득을 그 대표자에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없다. 
 (나) 살피건대, 이 사건 회사 양도·양수 계약(갑 제4호증)에 의하면, 원고와 소외 1은 양도·양수 계약금의 지급과 동시에 이 사건 회사의 모든 대표직 권한 일체를 소외 1이 행사하기로 약정하였으나(제3조 제1항), 한편 갑 제5호증의 1, 2, 을 제3호증의 2, 3, 을 제6호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1999. 6. 10.부터 2002. 6. 10.까지, 2002. 12. 7.부터 2003. 2. 13.까지 이 사건 회사의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있었고, 2002. 12.까지 이 사건 회사로부터 급여를 받아온 사실, 원고가 2002. 10. 14.까지 이 사건 회사의 금전출납부에 이 사건 회사의 대표이사로서 서명하였고, 2002. 10. 14. 거래처 식사비 명목으로 50,000원을 사용하였던 사실, 원고는 이 사건 회사를 상대로 매매잔대금 소송(전주지방법원 2003가단41229 사건)을 제기하면서 자신이 2003. 2. 13.까지 이 사건 회사의 주주이자 대표이사였다고 주장한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실을 종합하면, 원고는 적어도 2002. 10. 14.까지 이 사건 회사의 실질적 대표자로서 그 권한을 행사하여 왔다고 봄이 상당하다.
 (다) 따라서 원고는 2002. 2. 14.까지는 인정상여처분의 대상자인 이 사건 회사의 대표자에 해당한다고 할 것이므로(이와 달리 이 사건 인정상여금액 220,011,000원이 소외 1 등 원고가 아닌 다른 사람에게 귀속되었음을 인정할 자료도 없다), 이를 전제로 한 이 사건 부과처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 
3. 결론
 그렇다면, 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 관계법령 생략]

판사 강경구(재판장) 김희진 장영채