사모투자(투자목적)전문회사를 공정거래법상 지주회사로 보아 과점주주 간주취득세를 감면할 수 있는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.01.29 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
1. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위에서 입법 취지 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).
2. 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘조세특례제한법’이라고 한다) 제120조 제6항 제8호(이하 ‘이 사건 특례조항’이라고 한다)는 "‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률’에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써「지방세법」제22조제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 해당 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한「지방세법」제105조제6항을 적용하지 아니한다"라고 정하고 있다. 또한 ‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률’(이하 ‘공정거래법’이라고 한다) 제2조 제1호의2, 같은 법 시행령 제2조 제1항, 제2항은 지주회사를 ‘주식(지분을 포함한다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사’로 정의하면서, 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지는 ‘회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인지’를 기준으로 판단하도록 정하고 있다.
한편 ‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률’(이하 ‘자본시장법’이라고 한다) 제276조 제1항은 "공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다"고 정하고 있다. 여기에서 사모투자전문회사라고 함은 ‘경영권 참여·사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자·운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구’를 가리키고(자본시장법 제9조 제18항 제7호), 투자목적회사라고 함은 ‘사모투자전문회사 등이 주주 또는 사원이 되어 회사 자산을 사모투자전문회사 재산의 운용방법과 동일하게 투자하는 주식회사 또는 유한회사’를 가리킨다(자본시장법 제271조 제1항).
지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 특례조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다고 할 것이다. 그런데 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사는 투자한 회사의 기업가치를 높여 창출한 수익을 투자자에게 배분하는 것을 주된 목적으로 하여 설립된 회사로서, 수직적 출자구조를 통하여 자회사의 사업을 지속적으로 지배함으로써 소유와 경영의 합리화를 도모하려는 취지에서 도입된 공정거래법상의 지주회사와는 설립목적이나 기능 등이 사뭇 다르다. 따라서 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사의 경우에는 공정거래법 제2조 제1호의2 등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었다고 하여도 이를 모두 지주회사로 취급하여 공정거래법상의 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것은 적절하지 아니하므로, 자본시장법 제276조 제1항은 위에서 본 바와 같이 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 10년간 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 정하고 있다. 이는 결국 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사는 공정거래법상의 지주회사로 보지 아니하겠다는 취지라고 봄이 상당하다.
또한 자본시장법 제276조 제3항 본문은 "사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여는 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다"고 정하고 있는데, 그 문언의 내용과 이 사건 특례조항의 입법 취지 등에 비추어 보면 위 규정에 따라 금융지주회사로 보지 아니하는 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 특례조항이 적용되지 아니한다고 볼 것이다. 그렇다면 사모투자전문회사나 투자목적회사가 일반 지주회사인지 아니면 금융지주회사인지에 따라 이 사건 특례조항의 적용을 다르게 할 합리적 이유도 없다.
나아가 공정거래법상의 지주회사에 대하여는 이 사건 특례조항 외에도 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례(조세특례제한법 제38조의2), 수입배당금액의 익금불산입제도(법인세법 제18조의2) 등이 마련되어 있는 반면, 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도(법인세법 제51조의2 제1항 제2호)나 등록세 중과배제제도(조세특례제한법 제119조 제7항) 등이 규정되어 있는 등 세법상의 규율에도 차이가 있다.
위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법이 이 사건 특례조항(당시에는 제120조 제5항 제8호)을 신설할 당시에는 구 ‘간접투자자산 운용업법’(2009. 2. 4.부터 시행된 자본시장법 부칙 제2조로 폐지되었다)에 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 도입되지 아니하였던 점 등을 종합하면, 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 자본시장법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 특례조항도 적용되지 아니한다고 볼 것이다.
3. 원심이 같은 취지에서, 자본시장법 제276조 제1항에 따라 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 투자목적회사인 원고에게는 이 사건 특례조항이 적용되지 아니한다는 이유로 피고의 이 사건 간주취득세 부과처분이 적법하다고 판단한 것은 정당하다. 거기에 상고이유의 주장과 같이 조세법규의 엄격해석에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2011. 7. 7. 선고 2010누36413 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 9. 10. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다)에 의한 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하는 주식회사이다.
나. 0000파트너스 이호 사모투자전문회사가 2009. 9. 8. 김인호, 김인성으로부터 주식회사 00엔지니어링의 발행주식 총수인 8,241,600주를 132,300,000,000원에 매수하였는데, 원고가 2009. 9. 14. 0000파트너스 이호 사모투자전문회사로부터 위 계약의 매수인 지위를 인수한 다음, 2009. 10. 27. 김인호, 김인성에게 위 주식매수대금 132,300,000,000원을 지급함으로써 위 주식을 취득하였다.
다. 원고는 위 주식 취득으로 2009. 10. 27. 현재 자산 총액이 140,170,000,000원, 자회사인 주식회사 00엔지니어링의 주식가액의 합계액이 자산 총액의 94.3%에 해당하는 132,300,000,000원이 되었다.
라. 원고는 2009. 11. 피고에게 취득세 및 등록세를 신고하면서 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항에서 정한 과점주주의 취득세 납부에 관하여는, 원고가 위 주식 취득으로 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조에서 정한 지주회사가 되었으므로 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제6항 제8호에 따라 위 취득세 납부의무가 없다는 이유로 면제를 신청하여, 취득세 납부를 면제받았다.
마. 그런데 행정안전부가 2009. 12. 16. 지방세 운영담당자들에게 원고와 같은 투자목적회사는 공정거래법에 따른 지주회사로 볼 수 없다는 이유로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 정한 과점주주의 취득세 면제대상에 해당하지 아니한다는 취지의 세정운영기준을 통보하였고, 이에 피고가 2010. 3. 12. 원고에 대하여 취득세 52,472,510원을 부과하는 처분(이하 이 사건 처분‘이라 한다)을 하였다.
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 3, 4, 갑 제4, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우 과점주주의 취득세를 면제한다고 규정하고 있어, 공정거래법에 의한 지주회사라는 요건 외에 다른 요건을 부가하고 있지 아니한 점, 자본시장법 제276조 제1항에서 투자목적회사에 대하여 일정한 경우 10년간 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으나, 이는 일정한 경우 투자목적회사가 지주회사가 되는 것을 전제로 투자목적회사 제도 도입의 실효성을 확보하기 위하여 투자목적회사에 대하여 공정거래법상 지주회사의 행위제한규정을 적용하지 아니하겠다는 취지이지, 투자목적회사에 대하여 공정거래법상 지주회사의 정의규정까지도 적용을 배제하여 투자목적회사를 공정거래법상 지주회사로 보지 아니하겠다는 의미는 아니라 할 것인 점, 자본시장법 제276조의 표제에서 지주회사에 대한 규제의 특례를 규정하고 있음을 나타내고 있는 점, 투자목적회사를 공정거래법상 지주회사로 보지 아니하려 했다면 자본시장법 제276조 제1항에서 10년의 적용배제 기간을 둘 필요가 없는 점, 자본시장법 제276조 제1항과 같은 조 제3항의 문언이 다른데, 이는 투자목적회사를 금융지주회사로 보지는 아니하지만 지주회사로는 보는 것인 점 등을 종합하여 보면, 공정거래법에서 정한 지주회사의 정의규정 요건을 충족하는 투자목적회사는 공정거래법에 의한 지주회사로서 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호가 적용되어 취득세가 면제되어야 한다. 따라서 공정거래법에서 정한 지주회사의 정의규정 요건을 충족하는 원고 역시 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호가 적용되어 취득세가 면제되어야 한다. 이와 달리 원고가 공정거래법상 지주회사에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 조세법률주의원칙, 조세평등원칙에 어긋나 위법하다.
나. 관계 법령

【지방세법】(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 지방

제22조 (출자자의 제2차 납세의무)

법인(주식을 「한국증권선물거래소법」제2조 제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 당해 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자

제105조 (납세의무자등)

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.
【조세특례제한법】(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제120조 (취득세의 면제 등)

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로「지방세법」제22조제2호에 따른 과점주주(과점주주)에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대해서는 같은 법 제105조 제6항을 적용하지 아니한다.
8. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우

【독점규제 및 공정거래에 관한 법률】

제2조 (정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1의2. "지주회사"라 함은 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다.
제8조 (지주회사 설립·전환의 신고)

지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환한 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 공정거래위원회에 신고하여야 한다.
제8조의2 (지주회사 등의 행위제한 등)

② 지주회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니된다.(이하 본문 생략)

【독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령】

제2조 (지주회사의 기준)

① 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조(정의) 제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.
1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할ㆍ분할합병ㆍ물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일ㆍ합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억원 이상인 회사

2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사

② 법 제2조(정의)제1호의2 후단에 따른 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)가액의 합계액(제1항 각 호의 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표상에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50이상인 것으로 한다.
[자본시장과 금융투자업에 관한 법률]

제9조 (그 밖의 용어의 정의)

이 법에서 "집합투자기구"란 집합투자를 수행하기 위한 기구로서 다음 각 호의 것을 말한다.
7. 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자·운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구(이하 "사모투자전문회사"라 한다)

제184조 (집합투자기구의 업무수행 등)

⑦ 투자회사등은 상근임원 또는 직원을 둘 수 없으며, 본점 외의 영업소를 설치할 수 없다.
제268조 (설립 및 등록)

① 사모투자전문회사의 정관에는 다음 각 호의 사항을 기재하고, 총사원이 기명날인 또는 서명하여야 한다.
5. 회사의 존속기간(설립등기일부터 15년 이내로 한다)

제270조 (사모투자전문회사재산의 운용방법)

① 사모투자전문회사(대통령령으로 정하는 방법에 따라 다른 사모투자전문회사와 공동으로 운용하는 경우를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 사모투자전문회사재산을 운용하여야 한다.
1. 다른 회사(투자회사, 투자유한회사, 투자합자회사, 그 밖에 대통령령으로 정하는 회사를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상 되도록 하는 투자

2. 제1호에 불구하고 임원의 임면 등 투자하는 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 하는 투자

3. 증권(지분증권을 제외한다)에 대한 투자(제1호 또는 제2호를 목적으로 하는 경우에 한한다)

4. 투자대상기업(사모투자전문회사 또는 제271조에 의한 투자목적회사가 제1호 또는 제2호의 방법으로 투자한 기업을 말한다. 이하 이 장에서 같다)이 발행한 증권에 대한 투자위험을 회피하기 위한 투자로서 대통령령으로 정하는 장내파생상품 또는 장외파생상품에 대한 투자

5. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따른 사회기반시설투융자회사가 발행한 증권에 대한 투자

6. 제271조에 따른 투자목적회사(이하 "투자목적회사"라 한다)의 지분증권에 대한 투자

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지의 투자에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 투자

③ 사모투자전문회사는 사원이 출자한 날부터 6개월 이상의 기간으로서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 출자한 금액의 100분의 50 이상으로서 대통령령으로 정하는 비율 이상 출자한 금액을 제1항 제1호·제2호·제5호 또는 제6호(투자목적회사가 제1항 제1호·제2호 또는 제5호의 방법으로 투자한 경우에 한한다)의 방법으로 운용하여야 한다. 다만, 투자대상기업을 선정하기 곤란한 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우로서 미리 금융위원회의 승인을 받은 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 사모투자전문회사는 제1항 제1호 또는 제2호에 부합되는 날부터 6개월 이상 투자대상기업이 발행한 지분증권을 소유하여야 하며, 6개월 미만의 기간 중에는 그 지분증권을 처분하여서는 아니 된다. 다만, 그 지분증권을 계속 소유함으로써 사원의 이익을 명백히 해할 우려가 있는 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우로서 미리 금융위원회의 승인을 받은 경우에는 6개월 미만의 기간 중에 이를 처분할 수 있다.
⑤ 사모투자전문회사(제271조 제1항 제3호 나목 또는 다목에 따라 투자목적회사의 주주 또는 사원이 된 자를 포함한다)는 투자목적회사가 발행한 지분증권을 취득한 날부터 6개월 이상 소유하여야 하며, 6개월 미만의 기간 중에는 그 지분증권을 처분하여서는 아니 된다. 다만, 투자목적회사의 지분증권을 계속 소유함으로써 사원의 이익을 명백히 해할 우려가 있는 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우로서 미리 금융위원회의 승인을 받은 경우에는 6개월 미만의 기간 중에 이를 처분할 수 있다.
⑥ 사모투자전문회사는 다른 회사의 지분증권을 최초로 취득한 날부터 6개월이 경과할 때까지 제1항 제1호 또는 제2호에 부합하지 아니하는 경우에는 이미 취득한 그 다른 회사의 지분증권 전부를 다른 자(그 사모투자전문회사와 출자관계를 가지고 있거나 같은 자로부터 출자에 의한 지배를 받는 자를 제외한다)에게 대통령령으로 정하는 기간 이내에 이를 처분하고 금융위원회에 지체 없이 보고하여야 한다. 다만, 지분증권의 처분이 곤란한 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우로서 미리 금융위원회의 승인을 받은 경우에는 대통령령으로 정한 기간 이내에 이를 처분하지 아니할 수 있다.
⑦ 사모투자전문회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 자금을 차입하거나 투자대상기업 또는 투자대상기업과 관련된 타인을 위한 채무보증을 할 수 있다. 이 경우 차입금액 및 채무보증액의 합계는 사모투자전문회사재산의 100분의 10을 초과하지 못한다.
1. 사원의 퇴사에 따른 출자금을 지급하기 위하여 불가피한 경우

2. 운영비용에 충당할 자금이 일시적으로 부족한 경우

3. 투자대상기업에 투자하기 위하여 필요한 자금이 일시적으로 부족한 경우

⑧ 사모투자전문회사재산의 투자비율의 산정방식, 그 밖에 사모투자전문회사재산의 운용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제271조 (투자목적회사)

① 투자목적회사는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 회사를 말한다.
1. 「상법」에 따른 주식회사 또는 유한회사일 것

2. 제270조 제1항 제1호부터 제5호까지의 투자 또는 제7호의 투자를 목적으로 할 것

3. 그 주주 또는 사원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하되, 가목에 해당하는 주주 또는 사원의 출자비율이 대통령령으로 정하는 비율 이상일 것

가. 사모투자전문회사

나. 투자목적회사가 투자하는 회사의 임원 또는 대주주

다. 그 밖에 투자목적회사의 효율적 운영을 위하여 투자목적회사의 주주 또는 사원이 될 필요가 있는 자로서 대통령령으로 정하는 자

4. 그 주주 또는 사원인 사모투자전문회사의 사원의 수와 사모투자전문회사가 아닌 주주 또는 사원의 수를 합산한 수가 50인 이내일 것

5. 상근임원을 두거나 직원을 고용하지 아니하고, 본점 외에 영업소를 설치하지 아니할 것

② 이 법에 특별한 규정이 없는 한 「상법」의 주식회사 또는 유한회사에 관한 규정은 투자목적회사에 적용한다.
③ 투자목적회사는 차입을 하거나 투자대상기업 또는 투자대상기업과 관련된 타인을 위하여 채무보증을 할 수 있다. 이 경우 차입금액과 채무보증액의 합계는 대통령령으로 정하는 한도를 초과하지 못한다.
④ 제242조, 제269조 제3항, 제270조 제4항·제6항·제8항 및 제274조는 투자목적회사에 준용한다.
⑤ 「상법」제317조 제2항 제2호·제3호 및 제549조 제2항 제2호는 투자목적회사에는 적용하지 아니한다

제276조 (지주회사 규제의 특례)

① 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다.
② 사모투자전문회사 또는 투자목적회사는 제1항에 해당하는 경우에는 그 요건을 충족한 날부터 2주일 이내에 그 사실을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 금융위원회에 보고하여야 하며, 금융위원회는 그 사항을 공정거래위원회에 통보하여야 한다.
③ 사모투자전문회사(사모투자전문회사의 무한책임사원 중 상호출자제한기업집단 계열회사 또는 금융지주회사가 아닌 자를 포함한다) 및 투자목적회사에 대하여는 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다. 다만, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 대통령령으로 정하는 1개 이상의 금융기관을 지배하는 경우에는 같은 법 제45조부터 제45조의4까지 및 제48조를 준용한다.
다. 판단

⑴ 지주회사와 투자전문회사 등의 도입배경 및 관련 법령

㈎ 지주회사의 도입취지와 관련 법령

① 지주회사의 일반적 정의 및 유형

지주회사(持株會社, holding company)란, 지배회사 또는 모회사라고도 하는데, 산하에 있는 종속회사(자회사)의 주식을 전부 또는 일부 지배가능 한도까지 매수함으로써, 기업합병에 의하지 아니하고 자회사를 지배·관리하는 회사를 말한다. 지주회사는 타 기업(자회사)의 주식을 보유함으로써 그 기업을 지배·관리하는 것을 유일한 업무로 하며 독립적인 사업을 할 수 없는 순수지주회사(pure holding company)와 직접 어떤 사업을 하면서 타 기업(자회사)의 주식을 보유함으로써 그 기업을 지배·관리하는 사업지주회사(operating holding company, 혼합지주회사라고도 함)로 나뉜다.
② 지주회사 제도의 도입배경

지주회사는 피라미드형의 기업지배를 가능하게 하여 소자본을 가지고도 거대한 생산과 자본에 대한 독점지배망을 넓힐 수 있고, 분사화를 통한 사업의 분리매각이 쉬워 구조조정을 촉진하는 기능이 있으며, 자회사별 책임경영을 촉진하여 경영효율성을 높이는 등의 장점이 있는 반면, 경제력 집중수단으로 악용되거나 이를 심화시키는 부작용이 있어 우리나라에서는 지주회사의 설립과 전환을 원칙적으로 금지해왔으나, 1990년대 말 외환위기 무렵, 기존의 대규모 기업집단이 계열기업간의 상호출자나 상호보증으로 인하여 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어질 위험성이 많았고, 실제로도 이런 이유로 인한 사회경제적 폐해가 적지 아니하였다. 이에 비하여 지주회사 제도는 투명경영이 가능한 수직적인 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄도산의 위험을 차단할 수 있고, 지주회사와 자회사의 특성을 통해 전략적인 의사결정과 일상적인 의사결정을 분리함으로써, 경영의 효율성을 제고하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지할 수 있는 점 등 장점이 크게 부각되었다. 이에 정부는 외국자본의 유치 및 기업구조조정의 필요성 등을 이유로 1999. 2. 5. 공정거래법 규정을 통하여 지주회사제도를 도입하게 되었다.
③ 지주회사와 취득세 면제규정

「지방세법」제22조, 제105조는 "법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다."라고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법은 제120조 제6항 제8호에서 "공정거래법에 따른 지주회사의 경우 지방세법에 의한 과점주주의 취득세 부과규정을 적용하지 아니한다."라고 하여 과점주주에 대한 취득세 면제규정(이하 ‘취득세 면제규정’이라 한다)을 두고 있는데, 위 면제규정은 지주회사 제도의 도입에 따라 기존의 기업집단 내에서 지주회사로의 전환이나 지주회사의 신규 설립을 촉진하기 위한 세제지원책으로 1999. 12. 28. 구 조세특례제한법에 신설된 규정이다.
④ 지주회사 관련 법령

현행 공정거래법은 지주회사에 대하여, ‘주식(지분을 포함)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상이고, 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 경우’라고 정의하고 있고(공정거래법 제2조 제1의2, 같은 법 시행령 제2조), 제8조에서 지주회사를 설립한 경우 공정거래위원회에 신고하도록 하고 있으며, 제8조의2 제2항 내지 제5항에서는 부채비율, 자회사 주식 보유비율, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있고, 같은 법 제66조, 제68조에서는 신고의무를 위반하거나 행위제한규정을 위반한 자에 대하여 벌칙을 부과하는 등 지주회사에 대하여 각종 행위제한의무를 부여하고 있다. 입법자는 1990년대 말 외환위기를 맞아 공정거래법을 개정하여 그 동안 금지하여 오던 지주회사제도를 허용하는 대신, 지주회사 제도의 도입으로 초래될 수 있는 경제력 집중의 폐해를 방지하기 위하여 부채비율 제한 등 각종 규제규정을 마련한 것이다.
㈏ 사모투자전문회사 및 투자목적회사의 도입취지와 관련 법령

① 사모투자전문회사(Private Equity Fund, ‘PEF) 및 투자목적회사의 정의 등

사모투자전문회사는 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분 증권 등에 투자·운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구이고, 투자목적회사는 사모투자전문회사 등이 주주 또는 사원이 되어 회사자산을 사모투자전문회사의 재산운용방법과 같이 투자하는 주식회사 또는 유한회사를 말하는 것으로(자본시장법 제9조 제18항 제7호, 제271조, 이하 ‘투자전문회사 등’이라 한다), 구 간접투자자산 운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 폐지되기 전의 것)이 2004. 10. 5. 개정되면서 도입되어 자본시장법의 시행으로 구 간접투자자산 운용업법이 폐지되면서 그 정의, 운용 및 규율에 관한 규정이 자본시장법의 규율대상이 되었다.
② 투자전문회사 등의 도입배경

투자전문회사 등은, 1990년대 말 외환위기 이후 해외의 거대 헤지펀드들이 국내 주요 금융기관, 기업 등을 매입하여 경영정상화 후 재매각함으로써 거액의 차익을 실현하고, 그 과정에서 해외자본에 의한 국내금융기관 지배·국부유출 등의 논란이 발생하게 된 것을 계기로, 풍부한 시중의 부동자금을 생산적인 자금으로 전환될 수 있도록 유도하여 투자를 활성화하고, 금융기관과 기업의 구조조정 등의 과정에서 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급하여 투자자들에게 중장기로 기업주식 및 경영권에 투자할 수 있는 다양한 투자기회를 제공하며, 자산운용업의 경쟁력확보와 관련하여 외국 자본과 동등하게 경쟁하면서 자산운용산업의 발전계기를 마련하고자 도입되었다.
③ 자본시장법의 관련 규정

자본시장법 제276조(지주회사 규제의 특례) 제1항은 ‘자본시장법 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건, 즉 투자전문회사 등이 다른 회사의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상 되도록 투자하거나 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 투자하는 경우에는 그 요건을 충족한 날부터 10년간 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 적용하지 아니한다’고 규정하는 한편, 제276조 제2항은 ‘투자목적회사가 위 요건을 충족하는 경우에 금융위원회에 신고하여야 하고, 금융위원회는 그 사항을 공정거래위원회에 통보하도록’ 하고, 제271조 제1항, 제271조 제5항, 제274조 제1항은 차입 및 채무보증한도, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있다.
⑵ 투자전문회사 등에 대한 취득세 면제규정의 적용 여부

㈎ 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 허용된다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).
㈏ 앞서 살펴본 지주회사와 투자전문회사 등의 입법취지와 도입배경 및 관련 법령의 내용 등 제반 사정을 종합하여 보면, 원고와 같은 투자목적회사는 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호가 적용되지 아니한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.
① 공정거래법 제2조 제1의2호는 ‘지주회사’를 ‘주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 「지배」하는 것을 주된 사업으로 하는 회사’로 정의하고 있음에 반하여 자본시장법은 ‘사모투자전문회사’를 ‘경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 「투자ㆍ운용」하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구’(자본시장법 제9조 제18항 제7호)로, ‘투자목적회사’를 ‘사모투자전문회사 등이 주주 또는 사원이 되어 회사 자산을 사모투자전문회사의 재산운용방법과 같이 「투자」하는 주식회사 또는 유한회사’(자본시장법 제271조 제1항)로 규정함으로써, 투자전문회사 등을 공정거래법상 지주회사와 명확히 구별하여 정의하고 있다.
② 공정거래법상의 지주회사는 기업구조조정 등의 필요성에 따라 1999년부터 허용하되, 이로 인한 과도한 경제력 집중 우려를 방지하기 위해 부채비율 제한, 자회사 지분율 요건 등 각종 장치를 마련하여 도입된 것이므로, 지주회사는 본연의 기능을 수행하면서도 한편으로 지주회사를 허용함에 따른 부작용을 최소화하려는 정책의 목적에 부합하여야 한다. 따라서 구 조세특례제한법상 취득세 면제규정은 공정거래법상의 규제나 제한을 감수하고서라도 지주회사로 전환ㆍ설립하려는 기업에 적용될 때 의미가 있는 것이고, 위 면제규정 신설 당시의 조세특례제한법 중 개정법률안 검토보고에서도 이를 분명히 하고 있다{조세특례제한법 중 개정법률안 검토보고서(기록 제77쪽) 참조}. 즉, 공정거래법상 지주회사는 법에서 정한 형식적인 요건을 갖춘 것만 가지고는 부족하고 거기에 더하여 부작용 위험의 방지를 위한 각종 규제까지 함께 적용을 받을 때에야 비로소 공정거래법에서 말하는 진정한 의미의 지주회사에 해당한다고 해석하는 것이 정의와 형평의 이념 및 실질과세원칙에 부합한다{이에 대하여 원고는, 공정거래법상의 행위제한규정까지 적용을 받아야만 취득세 면제요건을 갖춘 것으로 해석한다면, 공정거래법 제8조의2 제2항 각호 단서에서는 지주회사에 적용되는 각종 규제에 대한 유예기간을 정하고 있으므로 이러한 유예기간 중의 지주회사들은 공정거래법상의 제한을 받지 아니하여 취득세 면제요건을 충족하지 못한다는 부당한 결론에 이른다고 주장하나, 위와 같은 유예기간의 허여는 지주회사 제도의 정착을 위한 일환으로 지주회사의 설립 또는 지주회사로의 전환을 용이하게 하기 위한 일시적 정책상의 수단에 불과할 뿐이어서 원고 주장과 같이 해석되지 아니한다고 할 것인바, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다).
③ 지주회사가 자회사의 장기간 사업지배를 주된 목적으로 함에 반하여, 투자전문회사 등은 단기간의 수익극대화를 목적으로 하는 점에서 양자 간에 본질적인 차이가 있고, 투자전문회사 등의 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익의 창출이라는 주된 목적을 취하는 데 따른 수단으로 발현되는 것에 불과하다. 즉, 지주회사는 수직적인 단순한 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄 도산의 위험을 차단하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지하는 측면이 있어 그 전환이나 설립을 촉진하기 위하여 과점주주인 지주회사에 대하여 조세특례제한법상 세제지원을 하는 것임에 반하여, 투자전문회사 등은 ‘자회사의 지배’보다는 ‘투자에 의한 수익창출’이 본질적인 목적이라 할 수 있어 지주회사의 외관을 갖추게 되는 것도 결국 투자목적으로 자산을 운용하는 과정에서 나타나는 현상에 불과할 뿐이므로, 자본시장법에 따라 공정거래법상 규제를 받지 않는 기업에까지 이러한 세제혜택을 주는 것은 취득세 면제규정의 입법취지에 부합하지 아니한다.
④ 또한, 지주회사의 경우 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지면서 자회사에 대한 지속적인 지배로 경영합리화를 이루려는 것이 주된 목적이고, 지주회사의 취득세 면제 규정은 기존 기업집단 내에서 지주회사로의 전환 또는 지주회사의 설립을 활성화하기 위해 장려책으로 도입되었다. 이에 비하여 원고와 같은 투자목적회사는 처음부터 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사의 실체를 가지지 않는 투자기구(Paper company)로서 회사의 경영권을 한시적으로 확보한 후 기업가치를 최대한 높여 투자자들의 이익을 극대화시키는 것이 주된 목적이므로, 투자전문회사 등이 형식적으로 공정거래법상 지주회사의 외형적 요건을 충족시킨다고 하더라도, 이를 지주회사와 동일하게 취급할 수는 없다.
⑤ 지주회사가 소액의 자본으로 거대자본을 지배하는 등의 폐단을 방지하고자 공정거래법은 각종의 행위제한을 규정하고 있으나, 간접투자법은 투자전문회사 등이 지주회사의 형식 요건을 갖추었다고 하더라도 다른 회사에 대한 지배력 행사가 가능한 형태의 투자를 한 경우에는 그로부터 10년간 이러한 규제를 받지 아니하도록 명시하고 있다. 이는 투자전문회사 등이 투자활동 과정에서 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖추었다 하더라도 그 본질이 지주회사와는 달리 투자활동을 통한 수익창출을 목적으로 하고 있으므로 이를 반영하여 원칙적으로 지주회사와 달리 취급하겠다는 것이고, 다만 이러한 투자 상태가 10년 이상 장기간 지속되는 경우에는 그 투자대상회사에 대한 지속적인 지배기능을 수행하는 사실상 지주회사의 성격을 갖는 것으로 보아 공정거래법상의 지주회사 규정을 적용하겠다는 취지의 규정이지, 투자전문회사 등이 지주회사임을 전제로 한 특별히 공정거래법의 적용을 배제한 것이 아니다(따라서 자본시장법 제276조의 표제가 ‘지주회사 규제의 특례’라고 하여, 이를 두고 입법자가 원고와 같은 투자전문회사를 공정거래법상의 지주회사로 인정한 것이라고 보기는 어렵다). 자본시장법에서 투자전문회사 등에 대하여 각종 행위제한규정을 둔 것은 공정거래법과는 별도로 이러한 형태의 회사를 규율하겠다는 것이므로, 관련 법령은 지주회사와 투자전문회사 등을 명백히 별개의 제도로 인식하고 규율하고 있다.
⑥ 원고는, 공정거래위원회가 삼성에버랜드 주식회사를 비롯한 여러 회사들이 자회사 주식의 시가 상승 등을 이유로 우연히 공정거래법에서 정한 형식적 요건(자산총액 1,000억 원 이상, 자회사의 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상)을 갖춘 경우 이를 모두 지주회사로 인정한 사례에서 알 수 있듯이, 공정거래법은 지주회사의 성립요건으로 위와 같은 형식적 요건만을 규율하고 있을 뿐이라고 주장하나, 갑 제9호증의 1, 2, 3, 4, 갑 제12호증의 1, 2, 갑 제13호증의 기재에 의하면, 원고가 주장하는 위와 같은 지주회사들은 원고와 같은 투자전문회사가 아니어서, 비록 공정거래위원회가 원고 주장과 같이 우연히 공정거래법이 정한 형식적 요건을 갖추게 된 위 회사들을 모두 지주회사로 인정하였다고 하더라도, 이를 두고 자본시장법의 규율을 받는 투자전문회사인 원고가 공정거래법에 따른 지주회사라고 단정할 수는 없다.
㈐ 소결론

따라서 지주회사와 투자전문회사 등이 실제 기업지배나 자산운용 과정에서 외형상 유사성이 나타날 수 있음을 감안한다 하더라도, 지주회사와 투자전문회사 등은 제도의 취지와 본질, 기능과 법적 근거를 달리하고 있음이 명백하므로, 원칙적으로 원고와 같은 투자목적회사를 취득세 면제규정이 적용되는 공정거래법상 지주회사라고 볼 수는 없다 할 것이고, 원고가 이 사건 주식을 취득하여 10년 이상 이 사건 법인을 사실상 지배함으로써 공정거래법상 지주회사로 볼 수 있는 경우에도 해당하지 아니하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울행정법원 2010. 10. 1. 선고 2010구합20591 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1~4, 갑 제4, 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.
가. 원고는 2009. 9. 10. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다)에 의한 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하는 주식회사이다.
나. 0000파트너스 이호 사모투자전문회사가 2009. 9. 8. 김인호, 김인성으로부터 주식회사 00엔지니어링의 발행주식 총수인 8,241,600주를 132,300,000,000원에 매수하였는데, 원고가 2009. 9. 14. 0000파트너스 이호 사모투자전문회사로부터 위 계약의 매수인 지위를 인수한 다음, 2009. 10. 27. 000, 000에게 위 주식매수대금 132,300,000,000원을 지급함으로써 위 주식을 취득하였다.
다. 원고는 위 주식 취득으로 2009. 10. 27. 현재 자산 총액이 140,170,000,000원, 자회사인 주식회사 00엔지니어링의 주식가액의 합계액이 자산 총액의 94.3%에 해당하는 132,300,000,000원이 되었다.
라. 원고는 2009. 11. 피고에게 취득세 및 등록세를 신고하면서,「지방세법」제105조제6항에서 정한 과점주주의 취득세 납부에 관하여는, 원고가 위 주식 취득으로 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조에서 정한 지주회사가 되었으므로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 따라 위 취득세 납부의무가 없다는 이유로 면제를 신청하여, 취득세 납부를 면제받았다.
마. 그런데 행정안전부가 2009. 12. 16. 지방세 운영담당자들에게 원고와 같은 투자목적회사는 공정거래법에 따른 지주회사로 볼 수 없다는 이유로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 정한 과점주주의 취득세 면제대상에 해당하지 아니한다는 취지의 세정운영기준을 통보하였고, 이에 피고가 2010. 3. 12. 원고에 대하여 취득세 52,472,510원을 부과하는 처분(이하 이 사건 처분‘이라 한다)을 하였다.
2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우 과점주주의 취득세를 면제한다고 규정하고 있어, 공정거래법에 의한 지주회사라는 요건 외에 다른 요건을 부가하고 있지 아니한 점, 자본시장법 제276조 제1항에서 투자목적회사에 대하여 일정한 경우 10년간 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으나, 이는 일정한 경우 투자목적회사가 지주회사가 되는 것을 전제로 투자목적회사 제도 도입의 실효성을 확보하기 위하여 투자목적회사에 대하여 공정거래법상 지주회사의 행위제한규정을 적용하지 아니하겠다는 취지이지, 투자목적회사에 대하여 공정거래법상 지주회사의 정의규정까지도 적용을 배제하여 투자목적회사를 공정거래법상 지주회사로 보지 아니하겠다는 의미는 아니라 할 것인 점, 자본시장법 제276조의 표제에서 지주회사에 대한 규제의 특례를 규정하고 있음을 나타내고 있는 점, 투자목적회사를 공정거래법상 지주회사로 보지 아니하려 했다면 자본시장법 제276조 제1항에서 10년의 적용배제 기간을 둘 필요가 없는 점, 자본시장법 제276조 제1항과 같은 조 제3항의 문언이 다른데, 이는 투자목적회사를 금융지주회사로 보지는 않지만 지주회사로는 보는 것인 점 등을 종합하여 보면, 공정거래법에서 정한 지주회사의 정의규정 요건을 충족하는 투자목적회사는 공정거래법에 의한 지주회사로서 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호가 적용되어 취득세가 면제되어야 한다. 따라서 공정거래법에서 정한 지주회사의 정의규정 요건을 충족하는 원고 역시 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호가 적용되어 취득세가 면제되어야 한다. 이와 달리 원고가 공정거래법상 지주회사에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 조세법률주의원칙, 조세평등원칙에 어긋나 위법하다.
나. 관계법령

[지방세법]

제22조 (출자자의 제2차 납세의무)

법인(주식을 「한국증권선물거래소법」제2조 제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 당해 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자

제105조 (납세의무자등)

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다

[조세특례제한법]

제120조 (취득세의 면제 등)

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로「지방세법」제22조제2호에 따른 과점주주(과점주주)에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대해서는 같은 법 제105조제6항을 적용하지 아니한다.
8. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우

[독점규제 및 공정거래에 관한 법률]

제2조 (정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1의2. "지주회사"라 함은 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다.
제8조의2 (지주회사 등의 행위제한 등)

② 지주회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니된다.
1. 자본총액(대차대조표상의 자산총액에서 부채액을 뺀 금액을 말한다. 이하 같다)의 2배를 초과하는 부채액을 보유하는 행위. 다만, 지주회사로 전환하거나 설립될 당시에 자본총액의 2배를 초과하는 부채액을 보유하고 있는 때에는 지주회사로 전환하거나 설립된 날부터 2년간은 자본총액의 2배를 초과하는 부채액을 보유할 수 있다.
2. 자회사의 주식을 그 자회사 발행주식총수의 100분의 40[자회사가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "상장법인"이라 한다)인 경우, 주식 소유의 분산요건 등 상장요건이 국내 유가증권시장의 상장요건에 상당하는 것으로 공정거래위원회가 고시하는 국외 증권거래소에 상장된 법인(이하 "국외상장법인"이라 한다)인 경우, 공동출자법인인 경우 또는 벤처지주회사의 자회사인 경우에는 100분의 20으로 한다. 이하 이 조에서 "자회사주식보유기준"이라 한다] 미만으로 소유하는 행위. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 인하여 자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.
가. 지주회사로 전환하거나 설립될 당시에 자회사의 주식을 자회사주식보유기준 미만으로 소유하고 있는 경우로서 지주회사로 전환하거나 설립된 날부터 2년 이내인 경우

나. 상장법인 또는 국외상장법인이거나 공동출자법인이었던 자회사가 그에 해당하지 아니하게 되어 자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 해당하지 아니하게 된 날부터 1년 이내인 경우

다. 벤처지주회사이었던 회사가 그에 해당하지 아니하게 되어 자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 해당하지 아니하게 된 날부터 1년 이내인 경우

라. 자회사가 주식을 모집하거나 매출하면서 「증권거래법」제191조의7(우리사주조합원에 대한 우선배정)의 규정에 따라 우리사주조합에 우선 배정하거나 당해 자회사가 「상법」제513조(전환사채의 발행) 또는 제516조의2(신주인수권부사채의 발행)의 규정에 따라 발행한 전환사채 또는 신주인수권부사채의 전환이 청구되거나 신주인수권이 행사되어 자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 미달하게 된 날부터 1년 이내인 경우

마. 자회사가 아닌 회사가 자회사에 해당하게 되고 자회사주식보유기준에는 미달하는 경우로서 당해 회사가 자회사에 해당하게 된 날부터 1년 이내인 경우

바. 자회사를 자회사에 해당하지 아니하게 하는 과정에서 자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 미달하게 된 날부터 1년 이내인 경우(자회사주식보유기준에 미달하게 된 날부터 1년 이내에 자회사에 해당하지 아니하게 된 경우에 한한다)

사. 자회사가 다른 회사와 합병하여 자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 미달하게 된 날부터 1년 이내인 경우

3. 계열회사가 아닌 국내회사(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조(민간투자사업의 추진방식)제1호부터 제4호까지의 규정에 정한 방식으로 민간투자사업을 영위하는 회사를 제외한다. 이하 이 호에서 같다)의 주식을 당해 회사 발행주식총수의 100분의 5를 초과하여 소유하는 행위(소유하고 있는 계열회사가 아닌 국내회사의 주식가액의 합계액이 자회사의 주식가액의 합계액의 100분의 15 미만인 지주회사에 대하여는 적용하지 아니한다) 또는 자회사 외의 국내계열회사의 주식을 소유하는 행위. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 사유로 인하여 주식을 소유하고 있는 계열회사가 아닌 국내회사나 국내계열회사의 경우에는 그러하지 아니하다.
가. 지주회사로 전환하거나 설립될 당시에 이 호 본문에서 규정하고 있는 행위에 해당하고 있는 경우로서 지주회사로 전환하거나 설립된 날부터 2년 이내인 경우

나. 계열회사가 아닌 회사를 자회사에 해당하게 하는 과정에서 이 호 본문에서 규정하고 있는 행위에 해당하게 된 날부터 1년 이내인 경우(같은 기간내에 자회사에 해당하게 된 경우에 한한다)

다. 주식을 소유하고 있지 아니한 국내계열회사를 자회사에 해당하게 하는 과정에서 그 국내계열회사 주식을 소유하게 된 날부터 1년 이내인 경우(같은 기간내에 자회사에 해당하게 된 경우에 한한다)

라. 자회사를 자회사에 해당하지 아니하게 하는 과정에서 당해 자회사가 자회사에 해당하지 아니하게 된 날부터 1년 이내인 경우

4. 금융업 또는 보험업을 영위하는 자회사의 주식을 소유하는 지주회사(이하 "금융지주회사"라 한다)인 경우 금융업 또는 보험업을 영위하는 회사(금융업 또는 보험업과 밀접한 관련이 있는 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 회사를 포함한다)외의 국내회사의 주식을 소유하는 행위. 다만, 금융지주회사로 전환하거나 설립될 당시에 금융업 또는 보험업을 영위하는 회사 외의 국내회사 주식을 소유하고 있는 때에는 금융지주회사로 전환하거나 설립된 날부터 2년간은 그 국내회사의 주식을 소유할 수 있다.
5. 금융지주회사외의 지주회사(이하 "일반지주회사"라 한다)인 경우 금융업 또는 보험업을 영위하는 국내회사의 주식을 소유하는 행위. 다만, 일반지주회사로 전환하거나 설립될 당시에 금융업 또는 보험업을 영위하는 국내회사의 주식을 소유하고 있는 때에는 일반지주회사로 전환하거나 설립된 날부터 2년간은 그 국내회사의 주식을 소유할 수 있다.
③ 일반지주회사의 자회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니된다.
1. 손자회사의 주식을 그 손자회사 발행주식총수의 100분의 40(그 손자회사가 상장법인 또는 국외상장법인이거나 공동출자법인인 경우에는 100분의 20으로 한다. 이하 이 조에서 "손자회사주식보유기준"이라 한다) 미만으로 소유하는 행위. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 인하여 손자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.
가. 자회사가 될 당시에 손자회사의 주식을 손자회사주식보유기준 미만으로 소유하고 있는 경우로서 자회사에 해당하게 된 날부터 2년 이내인 경우

나. 상장법인 또는 국외상장법인이거나 공동출자법인이었던 손자회사가 그에 해당하지 아니하게 되어 손자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 해당하지 아니하게 된 날부터 1년 이내인 경우

다. 손자회사가 주식을 모집 또는 매출하면서 「증권거래법」제191조의7(우리사주조합원에 대한 우선배정)의 규정에 따라 우리사주조합에 우선 배정하거나 당해 손자회사가 「상법」제513조(전환사채의 발행) 또는 제516조의2(신주인수권부사채의 발행)의 규정에 따라 발행한 전환사채 또는 신주인수권부사채의 전환이 청구되거나 신주인수권이 행사되어 손자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 미달하게 된 날부터 1년 이내인 경우

라. 손자회사가 아닌 회사가 손자회사에 해당하게 되고 손자회사주식보유기준에는 미달하는 경우로서 당해 회사가 손자회사에 해당하게 된 날부터 1년 이내인 경우

마. 손자회사를 손자회사에 해당하지 아니하게 하는 과정에서 손자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 미달하게 된 날부터 1년 이내인 경우(같은 기간 내에 손자회사에 해당하지 아니하게 된 경우에 한한다)

바. 손자회사가 다른 회사와 합병하여 손자회사주식보유기준에 미달하게 된 경우로서 그 미달하게 된 날부터 1년 이내인 경우

2. 손자회사가 아닌 국내계열회사의 주식을 소유하는 행위. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 인하여 주식을 소유하고 있는 국내계열회사의 경우에는 그러하지 아니하다.
가. 자회사가 될 당시에 주식을 소유하고 있는 국내계열회사의 경우로서 자회사에 해당하게 된 날부터 2년 이내인 경우

나. 계열회사가 아닌 회사를 손자회사에 해당하게 하는 과정에서 당해 회사가 계열회사에 해당하게 된 날부터 1년 이내인 경우(같은 기간내에 손자회사에 해당하게 된 경우에 한한다)

다. 주식을 소유하고 있지 아니한 국내계열회사를 손자회사에 해당하게 하는 과정에서 당해 계열회사의 주식을 소유하게 된 날부터 1년 이내인 경우(같은 기간내에 손자회사에 해당하게 된 경우에 한한다)

라. 손자회사를 손자회사에 해당하지 아니하게 하는 과정에서 당해 손자회사가 손자회사에 해당하지 아니하게 된 날부터 1년 이내인 경우(같은 기간내에 계열회사에 해당하지 아니하게 된 경우에 한한다)

마. 손자회사가 다른 자회사와 합병하여 그 다른 자회사의 주식을 소유하게 된 경우로서 주식을 소유한 날부터 1년 이내인 경우

바. 자기주식을 보유하고 있는 자회사가 회사분할로 인하여 다른 국내계열회사의 주식을 소유하게 된 경우로서 주식을 소유한 날부터 1년 이내인 경우

3. 금융업이나 보험업을 영위하는 회사를 손자회사로 지배하는 행위. 다만, 일반지주회사의 자회사가 될 당시에 금융업이나 보험업을 영위하는 회사를 손자회사로 지배하고 있는 경우에는 자회사에 해당하게 된 날부터 2년간 그 손자회사를 지배할 수 있다.
[독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령]

제2조 (지주회사의 기준)

① 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조(정의)제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.
1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할ㆍ분할합병ㆍ물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일ㆍ합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억원 이상인 회사

2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사

②법 제2조(정의)제1호의2 후단에 따른 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)가액의 합계액(제1항 각 호의 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표상에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50이상인 것으로 한다.
[자본시장과 금융투자업에 관한 법률]

제9조 (그 밖의 용어의 정의)

이 법에서 "집합투자기구"란 집합투자를 수행하기 위한 기구로서 다음 각 호의 것을 말한다.
7. 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분증권 등에 투자·운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구(이하 "사모투자전문회사"라 한다)

제184조 (집합투자기구의 업무수행 등)

⑦ 투자회사등은 상근임원 또는 직원을 둘 수 없으며, 본점 외의 영업소를 설치할 수 없다.
제268조 (설립 및 등록)

① 사모투자전문회사의 정관에는 다음 각 호의 사항을 기재하고, 총사원이 기명날인 또는 서명하여야 한다.
5. 회사의 존속기간(설립등기일부터 15년 이내로 한다)

제270조 (사모투자전문회사재산의 운용방법)

①사모투자전문회사(대통령령으로 정하는 방법에 따라 다른 사모투자전문회사와 공동으로 운용하는 경우를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 사모투자전문회사재산을 운용하여야 한다.
1. 다른 회사(투자회사, 투자유한회사, 투자합자회사, 그 밖에 대통령령으로 정하는 회사를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상 되도록 하는 투자

2. 제1호에 불구하고 임원의 임면 등 투자하는 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 하는 투자

3. 증권(지분증권을 제외한다)에 대한 투자(제1호 또는 제2호를 목적으로 하는 경우에 한한다)

4. 투자대상기업(사모투자전문회사 또는 제271조에 의한 투자목적회사가 제1호 또는 제2호의 방법으로 투자한 기업을 말한다. 이하 이 장에서 같다)이 발행한 증권에 대한 투자위험을 회피하기 위한 투자로서 대통령령으로 정하는 장내파생상품 또는 장외파생상품에 대한 투자

5. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따른 사회기반시설투융자회사가 발행한 증권에 대한 투자

6. 제271조에 따른 투자목적회사(이하 "투자목적회사"라 한다)의 지분증권에 대한 투자

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지의 투자에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 투자

② 사모투자전문회사는 제1항 각 호의 방법으로 운용하고 남은 사모투자전문회사재산을 다음 각 호의 어느 하나에 따른 방법으로 운용할 수 있다.
1. 대통령령으로 정하는 단기대출

2. 대통령령으로 정하는 금융기관에의 예치

3. 사모투자전문회사재산의 100분의 5 이내에서 대통령령으로 정하는 비율에 해당하는 사모투자전문회사재산을 증권에 투자하는 방법

4. 그 밖에 사모투자전문회사의 건전한 자산운용을 해할 우려가 없는 방법으로서 대통령령으로 정하는 방법

③ 사모투자전문회사는 사원이 출자한 날부터 6개월 이상의 기간으로서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 출자한 금액의 100분의 50 이상으로서 대통령령으로 정하는 비율 이상 출자한 금액을 제1항제1호·제2호·제5호 또는 제6호(투자목적회사가 제1항제1호·제2호 또는 제5호의 방법으로 투자한 경우에 한한다)의 방법으로 운용하여야 한다. 다만, 투자대상기업을 선정하기 곤란한 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우로서 미리 금융위원회의 승인을 받은 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 사모투자전문회사는 제1항제1호 또는 제2호에 부합되는 날부터 6개월 이상 투자대상기업이 발행한 지분증권을 소유하여야 하며, 6개월 미만의 기간 중에는 그 지분증권을 처분하여서는 아니 된다. 다만, 그 지분증권을 계속 소유함으로써 사원의 이익을 명백히 해할 우려가 있는 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우로서 미리 금융위원회의 승인을 받은 경우에는 6개월 미만의 기간 중에 이를 처분할 수 있다.
⑤ 사모투자전문회사(제271조제1항제3호나목 또는 다목에 따라 투자목적회사의 주주 또는 사원이 된 자를 포함한다)는 투자목적회사가 발행한 지분증권을 취득한 날부터 6개월 이상 소유하여야 하며, 6개월 미만의 기간 중에는 그 지분증권을 처분하여서는 아니 된다. 다만, 투자목적회사의 지분증권을 계속 소유함으로써 사원의 이익을 명백히 해할 우려가 있는 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우로서 미리 금융위원회의 승인을 받은 경우에는 6개월 미만의 기간 중에 이를 처분할 수 있다.
⑥ 사모투자전문회사는 다른 회사의 지분증권을 최초로 취득한 날부터 6개월이 경과할 때까지 제1항제1호 또는 제2호에 부합하지 아니하는 경우에는 이미 취득한 그 다른 회사의 지분증권 전부를 다른 자(그 사모투자전문회사와 출자관계를 가지고 있거나 같은 자로부터 출자에 의한 지배를 받는 자를 제외한다)에게 대통령령으로 정하는 기간 이내에 이를 처분하고 금융위원회에 지체 없이 보고하여야 한다. 다만, 지분증권의 처분이 곤란한 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우로서 미리 금융위원회의 승인을 받은 경우에는 대통령령으로 정한 기간 이내에 이를 처분하지 아니할 수 있다.
⑦사모투자전문회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 자금을 차입하거나 투자대상기업 또는 투자대상기업과 관련된 타인을 위한 채무보증을 할 수 있다. 이 경우 차입금액 및 채무보증액의 합계는 사모투자전문회사재산의 100분의 10을 초과하지 못한다.
1. 사원의 퇴사에 따른 출자금을 지급하기 위하여 불가피한 경우

2. 운영비용에 충당할 자금이 일시적으로 부족한 경우

3. 투자대상기업에 투자하기 위하여 필요한 자금이 일시적으로 부족한 경우

⑧사모투자전문회사재산의 투자비율의 산정방식, 그 밖에 사모투자전문회사재산의 운용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제271조 (투자목적회사)

① 투자목적회사는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 회사를 말한다.
1. 「상법」에 따른 주식회사 또는 유한회사일 것

2. 제270조제1항제1호부터 제5호까지의 투자 또는 제7호의 투자를 목적으로 할 것

3. 그 주주 또는 사원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하되, 가목에 해당하는 주주 또는 사원의 출자비율이 대통령령으로 정하는 비율 이상일 것

가. 사모투자전문회사

나. 투자목적회사가 투자하는 회사의 임원 또는 대주주

다. 그 밖에 투자목적회사의 효율적 운영을 위하여 투자목적회사의 주주 또는 사원이 될 필요가 있는 자로서 대통령령으로 정하는 자

4. 그 주주 또는 사원인 사모투자전문회사의 사원의 수와 사모투자전문회사가 아닌 주주 또는 사원의 수를 합산한 수가 49명 이내일 것

5. 상근임원을 두거나 직원을 고용하지 아니하고, 본점 외에 영업소를 설치하지 아니할 것

② 이 법에 특별한 규정이 없는 한 「상법」의 주식회사 또는 유한회사에 관한 규정은 투자목적회사에 적용한다.
③ 투자목적회사는 차입을 하거나 투자대상기업 또는 투자대상기업과 관련된 타인을 위하여 채무보증을 할 수 있다. 이 경우 차입금액과 채무보증액의 합계는 대통령령으로 정하는 한도를 초과하지 못한다.
④ 투자목적회사 재산의 투자비율 산정방식과 그 밖에 투자목적회사 재산의 운용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑤ 제242조, 제269조제3항, 제270조제4항·제6항 및 제274조는 투자목적회사에 준용한다.
⑥ 「상법」제317조제2항제2호·제3호 및 제549조제2항제2호는 투자목적회사에는 적용하지 아니한다.
제276조 (지주회사 규제의 특례)

① 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 제270조 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다.
③사모투자전문회사(사모투자전문회사의 무한책임사원 중 상호출자제한기업집단 계열회사 또는 금융지주회사가 아닌 자를 포함한다) 및 투자목적회사에 대하여는 제270조제1항제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다. 다만, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사가 대통령령으로 정하는 1개 이상의 금융기관을 지배하는 경우에는 같은 법 제45조부터 제45조의4까지 및 제48조를 준용한다.
다. 판단

1) 조세특례제한법에서 공정거래법상 지주회사의 취득세를 면제하는 취지

가) 과점주주에 대한 취득세 과세

「지방세법」제105조제6항은, 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다. 이는 법인의 과점주주가 되는 경우 당해 법인의 자산에 대한 관리·처분권을 취득하게 되어 실질적으로 당해 법인의 자산을 취득한 것이나 다름없게 되는바, 재산의 이전에 의하여 실질적으로 담세력이 발생한 곳에 과세하는 것으로서 공평과세 및 실질과세원칙상 취득세를 과세하는 것이다(헌법재판소 2006. 6. 29.자 2005헌바45 결정 참조).
나) 지주회사인 과점주주에 대한 취득세 특례

조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는, 공정거래법에 따른 지주회사의 경우「지방세법」제105조제6항에 의한 과점주주의 취득세 부과규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.
정부는 1990년대 말의 외환위기를 맞아 외국자본의 유치 및 기업구조조정의 필요성 때문에 1999. 2. 5. 공정거래법에 그 동안 금지하여 오던 지주회사제도를 도입하였다. 기존의 대규모 기업집단은 계열기업간의 상호출자나 상호보증으로 인하여 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어질 위험성이 많았고 실제로도 이런 이유로 인한 사회경제적 폐해가 적지 아니하였다. 이에 비하여 지주회사는 투명경영이 가능한 수직적인 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄도산의 위험을 차단할 수 있고, 지주회사와 자회사의 특성을 통해 전략적인 의사결정과 일상적인 의사결정을 분리함으로써 경영의 효율성을 제고하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지할 수 있는 점 등 장점이 크게 부각되었기 때문에 위와 같이 공정거래법을 통해 제도화되었고, 다만 경제력 집중의 폐해를 방지하기 위하여 지주회사에 대하여 일정한 행위를 제한하였다.
정부는 이런 시대상황과 제도의 변화에 따라 기존의 기업집단 내에서 지주회사로의 전환이나 또는 지주회사의 신규 설립을 촉진하기 위해 세제지원책으로 1999. 12. 28. 조세특례제한법에 공정거래법상 지주회사에 대하여는 과점주주라도 취득세를 면제하는 규정을 신설하기에 이르렀다.
2) 투자목적회사 등의 도입 취지

사모투자전문회사는 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분 증권 등에 투자·운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구이고, 투자목적회사는 사모투자전문회사 등이 주주 또는 사원이 되어 회사자산을 사모투자전문회사의 재산운용방법과 같이 투자하는 주식회사 또는 유한회사를 말한다(자본시장법 제9조 제18항 제7호, 제271조, 이하 ‘투자전문회사 등’이라 한다).
투자전문회사 등은 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 투자자들에게 배분하는 것을 목적으로, 새로운 간접투자수단의 도입으로 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하고, 시중의 부동자금을 생산적인 자금으로 전환하도록 유도하여 투자를 활성화하며, 회사의 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급하고, 외국자본과 국내자본이 동등하게 경쟁할 수 있는 제도적 기반을 제공하기 위하여 2004. 10. 5. 간접투자자산운용업법의 개정에 따라 도입된 것이다.
3) 투자목적회사 등의 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 적용 여부

조세법규의 해석상 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 허용된다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 참조) 할 것인데, 앞서 본 각 제도에 관한 입법 취지와 목적 및 관계법령의 내용 등 제반 사정에 비추어 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고와 같은 투자목적회사 등에 대하여는 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호가 적용되지 아니한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.
가) 자본시장법 제276조 제1항은 ‘투자목적회사 등에 대하여 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는바, 법문에 비추어 보더라도 ‘지주회사에 관한 규정’에 공정거래법에서 정한 지주회사의 정의규정과 행위제한규정이 모두 포함된다고 봄이 상당하다. 이를 기술적으로 구분하여 지주회사의 정의규정은 포함되지 아니하고 이를 제외한 나머지 행위제한규정만 포함된다고 해석하는 것은 법문에 어긋날 뿐만 아니라, 지나치게 기교적인 구분으로 보인다. 법문 그대로 지주회사의 정의규정과 행위제한규정을 따로 구분할 것 없이 모두 포괄하여, 투자목적회사 등이 비록 공정거래법에 의한 지주회사의 요건에 형식적으로 부합하더라도 이를 지주회사로 보지 아니하고, 따라서 당연히 지주회사에 관한 각종 행위제한규정도 적용하지 아니하겠다는 의미로 해석하는 것이 자연스럽다.
나) 투자목적회사 등이 구조조정, 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익의 창출을 목적으로 설립되는 명목상 회사 형태의 금융투자수단에 불과하여 지주회사와 기본적 목적이 다른 점, 미국이나 유럽 국가에서도 투자목적회사 등을 지주회사로 규제하는 사례가 없는 점, 투자목적회사 등에 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 각종 규제가 그대로 적용될 경우 그 운용을 제약하여 활성화가 어려워지는 점 등에 비추어 볼 때, 자본시장법 제276조 제1항의 취지는 투자목적회사 등을 지주회사로 보지 아니하기로 하는 데에 있다 할 것이다.
다) 지주회사의 경우 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지면서 자회사를 지속적으로 지배하는 것이 주된 목적이다. 반면, 투자전문회사 등은 존속기간이 설립등기일부터 15년 이내로 제한되고(자본시장법 제268조 제1항 제5호), 상근임원이나 직원을 둘 수 없으며 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 명목상 회사인 점(자본시장법 제184조 제7항, 제271조 제1항 제5호) 등에 비추어 보더라도, 원고와 같은 투자목적회사 등은 투자대상기업의 경영권을 한시적으로 확보한 후 기업가치를 최대한 높여 그 수익을 투자자들에게 배분하는 것이 주된 목적이다. 따라서 투자목적회사 등이 형식적으로 공정거래법에 의한 지주회사의 외형적 기준을 충족시킨다고 하더라도 앞서 본 지주회사의 취득세 특례 규정의 도입 취지에 비추어 이를 그대로 적용하기에는 부적합하다.
라) 공정거래법 제2조 제1호의2는 ‘지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업내용으로 하는 회사’라고 규정하고 있다. 지주회사가 자회사의 지배를 목적으로 함에 반하여, 투자목적회사 등의 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익의 창출이라는 주된 목적을 위한 수단에 불과한 것으로 공정거래법이 당초 예정한 지주회사 본래의 모습에 본질적으로 부합하지 아니하는 요소가 있다.
마) 공정거래법상의 지주회사는 지주회사의 요건을 갖춤과 동시에 공정거래법에 의한 각종 행위제한을 받게 된다. 앞서 본 지주회사의 도입 및 행위제한의 취지, 지주회사의 취득세 특례 규정의 도입 취지에 비추어, 공정거래법에서 정하는 형식적인 지주회사의 요건을 갖추었으나 공정거래법에 의한 각종 행위제한을 받지 않는 투자목적회사 등은 취득세 면제대상에 해당한다고 보기 어렵다.
바) 자본시장법 제276조 제1항에서 투자목적회사 등에 대하여 일정한 요건을 갖춘 경우 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 그 요건을 갖춘 날부터 10년간 적용하지 아니하면서 그 이후에는 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하도록 규정한 취지는, 투자전문회사 등이 투자활동 과정에서 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖추었다 하더라도 그 본질이 지주회사와는 달리 투자수익의 창출을 목적으로 하고 있으므로 이를 반영하여 원칙적으로 지주회사로 보지 아니하되, 이러한 투자상태가 10년 이상 장기간 지속되는 경우에는 그 투자대상회사에 대한 지속적인 지배기능을 수행하는 지주회사의 성격을 갖는 것으로 보아 공정거래법상의 지주회사에 관한 규정을 적용하겠다는 것으로 보아야 할 것이다.
사) 자본시장법 제276조 제3항에서 ‘투자목적회사 등에 대하여는 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있다. 자본시장법 제276조 제3항의 취지가 앞서 본 자본시장법 제276조 제1항의 취지와 다르지 아니한 점에 비추어, 원고의 주장과 같이 투자목적회사 등을 금융지주회사로 보지는 않지만 지주회사로는 보는 것이라고 해석하기보다, 자본시장법 제276조 제3항의 ‘금융지주회사로 보지 아니한다’는 문언을 자본시장법 제276조 제1항의 ‘공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 …… 적용하지 아니한다’의 의미와 동일하게 보는 것이 자연스러운 해석이다.
아) 또한 원고의 주장과 같이 투자목적회사 등을 금융지주회사로 보지는 않지만 지주회사로는 보는 것이라고 해석한다면, 지주회사와 금융지주회사를 구분하지 아니하고 취득세 면제대상으로 규정한 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 문언상 투자목적회사 등이 지주회사의 요건을 갖춘 경우에는 취득세가 면제되고 금융지주회사의 요건을 갖춘 경우에는 취득세가 과세되는 결과에 이르게 된다. 그러나 투자목적회사 등이 투자하는 투자대상기업의 종류에 따라 취득세의 특례 여부를 다르게 정할 합리적인 이유가 없는 점에 비추어 보더라도, 그와 같은 해석은 부당하다.
자) 우리나라가 외환위기를 맞아 지주회사 제도를 도입하고 이를 뒷받침하기 위해 과점주주에 대한 취득세 부과규정의 적용을 면제하는 특례규정을 둘 당시 투자목적회사라는 특수한 형태의 회사는 아예 존재하지도 아니하였고 아울러 장래 그런 특수한 회사 제도가 도입될 것을 예정하였던 것도 아니다. 따라서 이 사건에서 문제된 조세특례제한법의 취득세 면제규정은 가능한 한 관계법령 본래의 입법 취지와 목적에 맞도록 해석하는 것이 정의와 형평의 이념에 부합한다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.