등록세등부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.02.15 / 시행일:

【원고, 상고인】 골든시그너스 주식회사 (소송대리인 법무법인 세종 담당변호사 조춘 외 1인)
【피고, 피상고인】 경기도 하남시장 (소송대리인 법무법인 하나로 담당변호사 백강수 외 5인)
【원심판결】 서울고법 2012. 1. 31. 선고 2011누12025 판결 
【주 문】
 원심판결 중 등록세, 지방교육세, 농어촌특별세의 각 가산세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 상고이유 제2점에 관하여
 구 지방세법(2009. 2. 6. 법률 제9433호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제126조 제2항은 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.
 위 규정의 입법 취지는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하여 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하여 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 등록세를 비과세하는 구 지방세법 제126조 제1항과 같은 취지에서 등록세를 비과세하겠다는 데에 있으므로, 위 규정에 의하여 등록세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하여 그에 관한 등기를 할 당시에 그 취득자가 당해 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2010두6977 판결 참조).
 원심은, 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 각 토지 중 하남시에 무상으로 귀속된 1,118.02㎡는 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산이므로 그 등기에 대하여는 구 지방세법 제126조 제2항에 의하여 등록세가 비과세되어야 한다는 원고의 주장에 대하여, 원고가 이 사건 각 토지를 취득하여 그에 관한 등기를 한 후 이 사건 건물에 대한 건축허가가 이루어졌을 때 비로소 원고와 하남시 사이에 이 사건 각 토지 중 일부를 하남시에 기부채납하기로 하는 합의가 이루어졌으므로 이 사건 각 토지를 취득할 당시에 그 일부를 하남시에 기부채납할 것으로 조건으로 하였다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다고 판단하여 위 주장을 배척하였다.
 원심판결 이유를 증거들에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 앞에서 본 법리에 기초한 것으로서 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 등록세의 비과세에 관한 법리오해나 무상귀속 등에 관한 의사 합치 존재 및 그 시점 등에 관하여 심리를 다하지 아니한 잘못으로 인하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 없다.
 2. 상고이유 제1점, 제3점에 관하여
 구 지방세법 제138조 제1항은 본문 제3호에서 대도시 내에서의 법인의 설립 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 일반세율의 3배에 의하여 중과한다고 규정하면서, 같은 항 단서와 구 지방세법 시행령(2009. 5. 6. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제5호에서 국토해양부에 등록된 주택건설사업 업종에 사용하기 위하여 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산(그 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)은 예외로 한다고 규정하고 있다. 그리고 구 지방세법 제150조의2 제2항은 ‘등록세 과세물건을 등기한 후 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고하고 납부하여야 한다’고 규정하고, 구 지방세법 시행령 제104조의2 제2항 제3호는 구 지방세법 제150조의2 제2항에서 규정하는 ‘대통령령이 정하는 날’의 하나로 ‘제101조 제1항 각호의 업종에 사용하기 위하여 취득한 부동산이 법 제138조의 적용대상이 된 때에는 다음 각목이 정하는 날’이라고 규정하면서, (가)목에서 ‘부동산을 취득한 후 제101조 제2항의 기간인 3년 내에 당해 업종에 사용하지 아니하는 경우에는 그 기간이 경과된 날’이라고 규정하고 또한 (나)목에서 ‘부동산을 취득한 후 다른 업종에 겸용하는 경우에는 겸용을 개시한 날’이라고 규정하고 있다.
 이와 같이 주택건설사업 업종에서 취득한 부동산이라고 하더라도 주택건설용으로 취득하여 실제로 이에 사용되는 경우에 한하여 대도시 법인의 등록세 중과세 대상에서 벗어날 수 있고 주택건설과 다른 용도로 겸용하는 경우에는 그때부터 등록세 중과세 대상이 되는 것에 비추어 보면, 주상복합아파트를 신축할 경우라 하더라도 주택과 구분되는 판매시설을 건축하기 위하여 그 부지로 취득·사용되는 토지 부분에 대하여는 등록세 중과세 대상이 된다 할 것이며, 주택과 판매시설의 공동부지로 취득·사용되는 토지의 경우에는 판매시설 면적의 비율에 따른 토지의 지분이 판매시설을 위한 부지에 해당하는 것으로 보아 등록세 중과세 대상이 된다고 봄이 상당하다. 
 그리고 주택건설사업 업종에서 주상복합아파트를 신축할 목적으로 부동산을 취득한 경우에 그 취득시점에서 아직 건축허가 등에 의하여 주택과 판매시설의 면적이 확정되지 아니하여 등록세 중과세 대상인 판매시설을 위한 부지 지분을 특정할 수 없는 때에는 등록세 과세물건의 등기 후에 등록세 중과세 대상이 되는 경우의 신고·납부 절차를 정한 구 지방세법 제150조의2 제2항에 따라 처리함이 상당하며, 따라서 취득 후 3년이 지나도록 주택건설을 위한 착공을 하지 아니한 경우는 물론이고 주택건설을 위한 착공을 한 경우라도 위에서 본 바와 같이 판매시설 면적의 비율에 따른 판매시설 건설 부지 사용을 겸용하는 범위 내에서는 그때부터 30일 이내에 그 부분에 관한 등록세 중과세에 대하여 신고·납부하여야 할 것이다. 
 기록에 의하면, 원고는 2006. 3. 21. 대도시 내에 설립된 법인으로서 주상복합아파트인 이 사건 건물을 건설할 목적으로 2006. 6. 15.부터 2007. 7. 12.까지 이 사건 각 토지를 취득하여 소유권이전등기를 마친 사실, 원고는 2006. 5. 17. 피고에게 이 사건 각 토지상에 주상복합아파트 1동을 건설하는 내용의 건축허가 신청을 하여 2007. 4. 2. 건축 연면적을 99,201.67㎡(주거 부분 49.4%, 판매시설 부분 50.6%)로 하는 내용의 건축허가를 받았으며, 위 건축허가는 2007. 8. 3. 건축 연면적이 99,247.07㎡(주거 부분 49.47%, 판매시설 부분 50.53%)로 변경된 사실, 이에 대하여 피고는 원고가 2007. 4. 2. 위 건축허가를 받음으로써 그때 이 사건 각 토지 중 판매시설의 부지 지분에 해당하는 50.53%가 구 지방세법 제138조 제1항에 의한 등록세 중과세 대상이 되었음에도 구 지방세법 제150조의2 제2항에 따라 그때부터 30일 이내에 구 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부세액을 공제한 금액을 신고·납부할 의무를 이행하지 아니하였다는 이유로 2009. 2. 11. 원고에 대하여 이 사건 각 부과처분으로써 등록세 591,245,770원과 그 가산세(신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 포함, 이하 같다) 233,541,990원, 지방교육세 118,249,070원과 그 가산세 34,883,460원, 농어촌특별세 2,805,210원과 그 가산세 1,108,050원을 각 부과한 사실을 알 수 있다.
 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 각 토지는 그 취득·등기시에는 건축허가 등이 없어 판매시설의 부지 지분을 특정할 수 없으므로 그 전체가 구 지방세법 제138조 제1항에 의한 등록세 중과세 대상에서 제외되지만 그 후 이 사건 건물에 대한 건축허가를 받아 그에 따른 착공을 하면 이 사건 각 토지 중 판매시설의 부지 지분이 특정됨과 아울러 그에 관하여 판매시설 부지로의 겸용이 개시되었다고 할 수 있으므로 이 사건 건물의 건설을 위한 착공시에 이 사건 각 토지 중 판매시설의 부지 지분이 구 지방세법 제138조 제1항에 의한 등록세 중과세 대상이 된다고 할 것이다. 따라서 원고는 구 지방세법 제150조의2 제2항에 따라 이 사건 건물의 건설을 위한 착공을 한 때부터 30일 이내에 구 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부세액을 공제한 금액을 신고·납부할 의무가 있다고 할 것임에도 이러한 신고·납부의무를 이행하지 아니하였으므로 우선 이 사건 각 부과처분 중 각 가산세를 제외한 등록세 591,245,770원 및 그에 따른 지방교육세 118,249,070원, 농어촌특별세 2,805,210원의 각 부과처분은 적법하다고 할 것이다.
 원심이 이 부분의 이유 설시에 있어 이 사건 토지 중 판매시설 부지 지분에 관하여 그 취득·등기 시에 구 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의한 등록세의 신고·납부의무가 있다고 본 것은 부적절하지만 이 사건 각 부과처분 중 등록세 591,245,770원과 지방교육세 118,249,070원, 농어촌특별세 2,805,210원의 각 부과처분이 적법하다고 본 부분의 결론은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 구 지방세법 제138조 제1항에 의한 등록세 중과세의 범위와 그 납세의무의 성립시기에 관한 법리오해 등으로 인하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 없다.
 하지만 구 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의하여 중과되는 등록세 및 그에 따른 지방교육세와 농어촌특별세의 신고·납부의무의 이행기는 위에서 본 바와 같이 이 사건 건물의 건설을 위한 착공 시부터 30일이 되는 날이므로 납부지연일수에 비례하는 그 각 납부불성실가산세는 그 이행기의 다음날부터 기산하여 산정하여야 할 것임에도, 피고는 이 사건 건물의 건축허가일부터 30일이 되는 날의 다음날부터 기산하여 이를 산정하였으므로 이 사건 건물의 건설을 위한 착공일이 그 건축허가일보다 늦다면 그 각 납부불성실가산세액이 과다하게 산정되었다고 할 것이다. 반면에 그 각 신고불성실가산세는 본세의 신고지연일수에 관계없이 본세의 일정비율만큼 부과되므로 그 세액이 과다하게 산정되었다고 할 수 없다. 그런데 피고는 이 사건 각 부과처분을 하면서 신고불성실가산세액과 납부불성실가산세액을 별도로 구분하여 고지하지 아니하였고 기록상으로도 이를 구분할 자료가 없으므로 이 사건 각 부과처분상의 각 가산세액 중 적법하게 산정된 부분과 과다하게 산정된 부분을 구별할 수 없다.
 그렇다면 원심으로서는 이 사건 각 부과처분상의 세액 중 각 신고불성실가산세액과 납부불성실가산세액을 구분한 다음 그 중 각 납부불성실가산세액에 관하여는 이 사건 건물의 건설을 위한 착공일이 언제인지를 심리하여 그에 따라 부적법한 부분을 가려내었어야 함에도 이러한 심리 없이 이 사건 각 가산세 부과처분도 모두 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 납부불성실가산세의 기산일에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 부분 상고이유는 이 점을 지적하는 범위 내에서 이유 있다.
 3. 결론
 그러므로 원심판결 중 이 사건 각 가산세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고는 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 신영철(재판장) 이상훈 김용덕(주심) 김소영

주택건설사업 업종에서 취득한 부동산이라고 하더라도 주택건설용으로 취득하여 실제로 이에 사용되는 경우에 한하여 대도시 법인의 등록세 중과세 대상에서 벗어날 수 있고 주택건설과 다른 용도로 겸용하는 경우에는 그때부터 등록세 중과세 대상이 되는 것에 비추어 보면, 주상복합아파트를 신축할 경우라 하더라도 주택과 구분되는 판매시설을 건축하기 위하여 그 부지로 취득·사용되는 토지 부분에 대하여는 등록세 중과세 대상이 된다 할 것이며, 주택과 판매시설의 공동부지로 취득·사용되는 토지의 경우에는 판매시설 면적의 비율에 따른 토지의 지분이 판매시설을 위한 부지에 해당하는 것으로 보아 등록세 중과세 대상이 된다고 봄이 상당하다. 그리고 주택건설사업 업종에서 주상복합아파트를 신축할 목적으로 부동산을 취득한 경우에 그 취득시점에서 아직 건축허가 등에 의하여 주택과 판매시설의 면적이 확정되지 아니하여 등록세 중과세 대상인 판매시설을 위한 부지 지분을 특정할 수 없는 때에는 등록세 과세물건의 등기 후에 등록세 중과세 대상이 되는 경우의 신고·납부 절차를 정한 구 지방세법(2009. 2. 6. 법률 제9433호로 개정되기 전의 것) 제150조의2 제2항에 따라 처리함이 상당하며, 따라서 취득 후 3년이 지나도록 주택건설을 위한 착공을 하지 아니한 경우는 물론이고 주택건설을 위한 착공을 한 경우라도 판매시설 면적의 비율에 따른 판매시설 건설 부지 사용을 겸용하는 범위 내에서는 그때부터 30일 이내에 그 부분에 관한 등록세 중과세에 대하여 신고·납부하여야 할 것이다.