주택재건축에 있어 무상양여받은 토지를 비조합원용 토지에 우선 사용한 것으로 보아 비조합원용 토지 면적에서 무상양여 토지 면적을 차감하여 취득세 등을 산정하여야 하는지 여부 (일반행정, 광주지방법원)
공포일: 2023.05.11 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

▣ 청 구 취 지

피고가2020. 12. 29.원고에게 한 취득세509,188,790원,지방교육세43,644,750원,농어촌특별세1,039,400원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.
▣ 이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 광주 서구 ○○동 ○○○일대 지상에 공동주택(아파트)및 부대복리시설 신축을 목적으로 결성된 재건축조합으로, 2008. 10. 22.피고로부터 조합설립인가를 받아2008. 10. 28.설립등기를 마쳤다.
나. 원고는2011. 6. 10.위 정비구역에 연면적584,248.08㎡규모의 아파트35개동3,726세대를 신축하는 내용의 ○○○○아파트 주택재건축정비사업(이하‘이 사건 사업’이라 한다)에 관한 사업시행인가를 받았고, 2011. 11. 11.위 사업에 관한 관리처분계획인가를 받았다.
다. 원고는 이 사건 사업의 진행을 위해 조합원들로부터162,048.96㎡의 토지(존치 국공유지도 일부 포함되어 있으며,이하 통칭하여‘조합원 신탁 토지’라 한다)를 신탁받고,제3자로부터17,933.71㎡의 토지(이하‘제3자 매입 토지’라 한다)를 매수하였으며,지방자치단체 등으로부터14,162.00㎡의 토지(이하‘무상양여 토지’라 한다)를 무상양여 받아 사업부지 면적 합계194,144.67㎡(= 162,048.96㎡+ 17,933.71㎡+ 14,162.00㎡,이하‘이 사건 사업부지’라 한다)를 마련하였다.
라. 원고는2012년경부터2014년경까지 제3자 매입 토지에 대한 취득세,지방교육세,농어촌특별세(이하 농어촌특별세를‘농특세’라 하고,전부를 지칭할 때는‘취득세 등’이라 한다)합계1,029,199,400원을 신고ㆍ납부하였다.한편,원고는 무상양여 토지에 대하여는 지방자치단체 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하였다는 사유로2014. 3.경 지방세법 제9조 제2항에 따른 지방세 감면(취득세100%감면)을 신청하여 취득세를 감면받았다.
마. 원고는 이 사건 사업에 따른 공사를 완료한 후2016. 4. 6.준공인가를 받았고, 2016. 10. 25.1)이 사건 사업으로 조성된 대지 등에 관한 소유권이전 고시를 하였다.
바.이 사건 사업부지 중112,335.37㎡토지(이하‘조합원용 토지’라 한다)는 조합원 주택 및 상가로, 43,831.30㎡2)토지(이하‘비조합원용 토지’라 한다)는 일반분양 주택으로 각 분양되었고, 236.60㎡토지(이하‘주민센터 토지’라 한다)는 주민센터 부지로서, 37,741.40㎡토지(이하‘정비기반시설 토지’라 한다)는 새로 설치한 정비기반시설 부지로서 각 지방자치단체 등에게 기부채납되었다.
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주1) ○○○○아파트 주택재건축정비사업 이전고시(갑 제5호증)에‘2016. 8. 30.’이라고 기재되어 있으나,실제 이전고시일은‘2016. 10. 25.’로 보인다(갑 제10호증 제1차 경정청구서 및 세액계산내역서 중44쪽 참조).
주2)실제 면적은43,831.2959㎡이나 편의상 원고가 소장에 기재한 면적을 기재하도록 한다.다른 면적도 마찬가지이다.
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사.원고는2016. 11. 15.피고에게 비조합원용 토지에 대하여 시가표준액41,341,678,293원(=과세면적43,831.30㎡×시가표준액943,200원/㎡)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세1,446,958,720원,지방교육세124,025,020원,농특세82,683,340원,합계1,653,667,080원을 신고ㆍ납부하였다.
아.원고는,제3자 매입 토지에 대하여 이미 취득세 등을 납부하여 추가적으로 취득세 등 납부 의무가 없는데,제3자 매입 토지는 이 사건 사업부지 중 비조합원용 토지에 우선 사용되므로,비조합원용 토지에 대한 과세표준을 계산할 때 제3자 매입 토지 면적을 차감한 면적25,897.59㎡(=비조합원용 토지43,831.30㎡-제3자 매입 토지17,933.71㎡)를 취득세 등의 과세면적으로 삼아야 하고, ‘주거전용면적 기준으로1세대당85㎡이하인 국민주택과 이에 부수하는 토지에 대한 농특세’(이하‘국민주택 관련 농특세’라 한다)를 비과세하여야 한다고 주장하면서, 2019. 5. 10.피고에게1차 경정청구(이하‘1차 경정청구’라 한다)를 하였다.
자.피고는2019. 7. 10. 1차 경정청구를 대부분 받아들여 아래와 같이 과세표준과 취득세 등을 감액하는 경정결정(이하‘이 사건 경정결정’이라 한다)을 하였다.
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차.원고는,무상양여 토지도 취득세 등 납부 의무가 있고 제3자 매입 토지와 마찬가지로 비조합원용 토지에 우선 사용되므로,비조합원용 토지 전체 면적에서 제3자 매입 토지 면적 외에도 무상양여 토지 면적을 추가로 차감한 면적을 기준으로 과세표준 및 취득세 등을 산출하여야 하고,이에 따라 국민주택 관련 농특세도 비과세하여야 한다고 주장하면서, 2020. 12. 7.피고에게2차 경정청구(이하‘2차 경정청구’라 한다)를 하였다.
카.피고는,원고가 지방자치단체 등으로부터 귀속 또는 기부채납을 조건으로 용도폐지되는 정비기반시설을 구성하는 부동산을 무상양여 받은 후 이를 취득세 비과세 대상으로 신고하였으므로,무상양여 토지는 제3자 매입 토지와 달리 비조합원용 토지가 아닌 정비기반시설 토지에 우선 사용된다는 이유로, 2020. 12. 29. 2차 경정청구를 거부하는 처분(이하‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
타.원고는 이 사건 처분에 불복하여2021. 1. 11.조세심판원장에게 심판청구를 하였으나2022. 6. 23.기각결정을 받았다.(조심2021지1228)

파.국민주택 관련 농특세를 비과세하여야 한다는 것은 피고도 다투지 아니한다.
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 2, 4, 5, 6, 7, 9, 11, 12, 13호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함의 각 기재,변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

가. 피고는,비조합원용 토지 중 조합원 신탁 토지와 제3자 매입 토지가 차지하는 실지 면적을 알 수 없다면 비조합원용 토지는 제3자 매입 토지의 면적으로 우선하여 산정하여야 한다는 판례의 취지에 따라 비조합원용 토지 면적에서 제3자 매입 토지 면적을 차감한 면적을 과세면적으로 산정한 후 이 사건 경정결정을 하였다.피고가 비조합원용 토지 면적에서 제3자 매입 토지 면적을 제외한 면적을 과세면적으로 산정한 것은 원고가 제3자로부터 토지를 취득할 때 취득세 등을 납부하였음에도 비조합원용 토지 중 제3자 매입 토지에 상응하는 부분까지 취득세 등을 신고ㆍ납부한 것은 이중과세에 해당한다고 판단하였기 때문이다.
나. 원고가 지방자치단체 등으로부터 용도폐지되는 정비기반시설을 구성하는 부동산을 양여받는 것은 무상의 승계취득에 해당하므로,원고는 무상양여 토지를 취득한 때에 취득세 납부 의무를 부담한다.
다. 제3자 매입 토지와 마찬가지로,취득세 납부 의무가 있는 무상양여 토지가 비조합원용 토지에 우선 사용된다고 보아야 하므로,비조합원용 토지의 과세면적에서 제3자 매입 토지 면적뿐만 아니라 무상양여 토지 면적도 제외하여야 하고,그에 따라 국민주택 관련 농특세도 비과세하여야 한다.
라. 비록 원고가 무상양여 토지에 대하여 지방세 감면을 신청하여 취득세 감면을 받았다고 하더라도,과세관청은 과세권을 행사하여 취득세 부과제척기간 내에 원고에게 취득세 등 부과처분을 할 수 있으므로,비조합원용 토지의 과세면적을 산정할 때 원고의 취득세 감면 사실을 고려할 것은 아니다.
결국 이와 다른 전제에서2차 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 관계 법령

별지 기재와 같다.
4. 판단

가. 무상양여 토지가 이 사건 사업부지 중 비조합원용 토지에 사용되는지 여부

1) 관련 법리

가) 구 지방세법(2017. 2. 8.법률 제14569호로 개정되기 전의 것,이하‘구 지방세법’이라 한다)에서는‘취득세의 부과대상이 되는 취득이란 매매,교환,상속,증여,기부,법인에 대한 현물출자,건축,개수,공유수면의 매립,간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득,승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말하는데(제6조 제1호),그에 대한 예외로서 국가 또는 지방자치단체 등이 취득하는 경우와 신탁법에 따라 신탁등기가 병행되는 신탁으로 인한 재산의 취득으로서 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우에는 취득세를 부과하지 않는다(제9조 제1항,제3항 제1호 본문)’고 규정하고 있다.한편,구 도시 및 주거환경정비법(2017. 2. 8.법률 제14567호로 전부 개정되기 전의 것)제16조 제2항에 따른 재건축조합이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산,즉 공동주택과 부대시설·복리시설 및 그 부속토지는 그 조합원이 취득한 것으로 간주되므로(구 지방세법 제7조 제8항 본문),재건축조합이 조합원들의 신탁에 따라 취득한 조합주택용 부동산 중 조합원용에 해당하는 부분은 재건축조합에 대해 취득세가 부과되지 않는다.
그러나 재건축조합이 취득한 비조합원용 부동산은 취득세 비과세 대상에서 제외되고,조합원이 직접 취득한 것으로 간주되지도 아니하므로,재건축조합은 조합주택용 부동산 중 비조합원용 부동산의 취득에 따른 납세의무를 부담한다(구 지방세법 제7조 제1항,제2항,제8항 단서,제9조 제3항 단서).
나) 재건축조합이 조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 기반으로 아파트와 상가 등을 신축하는 사업을 시행한 다음 이를 조합원과 조합원 외의 자에게 분양함으로써 토지 중 일부가 조합원에게 귀속되고 나머지가 조합원 외의 자에게 귀속된 경우,조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 부동산 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 실지귀속에 따라 가리는 것이 원칙이겠으나,조합원으로부터 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용됨으로써 그중 어느 것이 조합원에게 귀속되고 어느 것이 조합원 외의 자에게 귀속되는지의 실지귀속을 구분할 수 없다면,특별한 사정이 없는 한 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 부동산 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 주택조합 등이 제3자로부터 매입한 토지의 면적으로 우선하여 산정하여야 한다(대법원2015. 10. 29.선고2010두1804판결 등 참조).
2) 구체적 판단

위 법리에 비추어 살피건대,아래와 같은 사정들을 종합하면,무상양여 토지는 이 사건 사업부지 중 비조합원용 토지에 우선하여 사용된다고 보는 것이 타당하다.
①이 사건 사업부지는 조합원 신탁 토지,제3자 매입 토지,무상양여 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용되어 그중 어느 부분이 조합원 또는 조합원 외의 자에게 귀속되었는지,기부채납되었는지 등 그 실지귀속을 구분할 수 없다.
②구 지방세법 제7조 제8항은 재건축조합이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산은 그 조합원이 취득한 것으로 본다고 규정함으로써 재건축조합이 조합원으로부터 신탁받은 토지가 공동주택과 부대시설,복리시설 등을 신축하는 사업의 완료 이후에 우선적으로 조합원에게 귀속하는 것으로 정하고 있으므로,조합원 신탁 토지는 우선적으로 조합원용 토지에 사용한 것으로 보는 것이 신탁의 본지나 당사자들의 의사에 부합한다.
③재건축조합이 조합원 신탁 토지를 우선적으로 취득세 비과세대상인 정비기반시설 토지나 주민센터 토지로 사용할 수 있음에도 과세대상인 비조합원용 토지로 사용한다고 보는 것은 납세의무자가 여러 가지 선택 가능성이 있는 행위 중에서 세무상 더 불이익한 행위를 우선하여 행한 것으로 의제하는 것이어서 합리적이지 않으므로,조합원용 토지에 사용하고 남은 조합원 신탁 토지는 비조합원용 토지보다는 정비기반시설 토지나 주민센터 토지에 사용하였다고 보는 것이 타당하다.
④이 사건의 경우,조합원 신탁 토지는162,048.96㎡이므로,조합원용 토지112,335.37㎡,주민센터 토지236.60㎡,정비기반시설 토지37,741.40㎡에 모두 사용한 후에도11,735,59㎡(= 162,048.96㎡- 112,335.37㎡- 236.60㎡- 37,741.40㎡)가 남는다.따라서 조합원 신탁 토지 중 비과세대상인 토지에 충당하고 남은 토지11,735.59㎡와 제3자 매입 토지17,933.71㎡및 무상양여 토지14,162.00㎡가 비조합원용 토지43,831.30㎡(= 11,735.59㎡+ 17,933.71㎡+ 14,162.00㎡)를 구성한다고 보는 것이 합리적이다(피고는,원고가 지방자치단체 등으로부터 귀속 또는 기부채납을 조건으로 용도폐지되는 정비기반시설을 구성하는 부동산을 무상양여 받은 후 새로 설치한 정비기반시설을 지방자치단체 등에게 기부채납하므로,무상양여 토지가 정비기반시설 토지에 우선하여 사용되는 것으로 보아야 한다고 주장하나,관련 법령이나 납세의무자인 원고의 추정적 의사 등에 비추어 이와 같이 볼 근거가 부족하다).
나. 비조합원용 토지의 과세면적에서 무상양여 토지 면적 제외 여부

이 사건 경정결정에서 비조합원용 토지 면적에서 제3자 매입 토지 면적을 제외한 면적을 과세면적으로 산정한 것은 원고가 제3자로부터 토지를 취득할 때 취득세 등을 납부하였음에도 비조합원용 토지 면적 중 제3자 매입 토지 면적에 상응하는 부분까지 취득세 등을 신고ㆍ납부한 것은 이중과세에 해당한다고 판단하였기 때문이다.
그런데 원고가2014. 3.경 무상양여 토지에 대하여 지방세 감면을 신청하여 취득세를 감면받은 사실은 앞서 본 바와 같으므로,원고가 비조합원용 토지 면적 중 무상양여 토지 면적에 상응하는 부분까지 취득세 등을 신고ㆍ납부하였더라도 거기에 이중과세금지의 원칙 위반 등과 같은 어떠한 위법이 존재한다고 보기 어렵다.
그리고 피고가 원고의 지방세 신고내용 오류(무상양여 토지도 취득세 과세대상에 해당함에도 이를 비과세로 신고한 내용)를 경정하지 않은 잘못이 있다고 하더라도,무상양여 토지에 대한 피고의 취득세 부과제척기간이 도과하여 무상양여 토지에 대한 취득세 부과처분이 불가능한 이 사건에 있어서,원고가 비조합원용 토지 면적 중 무상양여 토지 면적에 상응하는 부분까지 취득세 등을 신고ㆍ납부하였더라도 원고가 무상양여 토지 면적에 상응하는 부분의 취득세를 이중으로 부담할 가능성은 소멸하였으므로,결국 피고의 위와 같은 잘못으로 인하여 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수도 없다.3)

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주3)피고는 이 사건 경정결정에서 산정한 비조합원용 토지의 과세면적25,897.59㎡를 기준으로 국민주택 관련 농특세를 계산하여 이미 감액경정 하였으므로,위 비조합원용 토지의 과세면적이 감소되는 경우에 비로소 국민주택 관련 농특세를 추가로 감액경정 할 수 있다.그런데,피고가 관련 법령에 따라 국민주택 관련 농특세가 비과세된다는 원고의 주장 자체를 다투지 않는다고 하여 과세면적 변동과 상관없이 원고의 농특세 감액경정청구를 다투지 않는다고 보기는 어렵고,앞서 본 바와 같이 위 비조합원용 토지의 과세면적이 변동되지 않았으므로, 2차 경정청구 중 국민주택 관련 농특세만 감액될 여지는 없다.
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5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

■구 지방세법(2017. 2. 8.법률 제14569호로 개정되기 전의 것)

제6조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. "취득"이란 매매,교환,상속,증여,기부,법인에 대한 현물출자,건축,개수(改修),공유수면의 매립,간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다),승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.
제7조(납세의무자 등)

①취득세는 부동산,차량,기계장비,항공기,선박,입목,광업권,어업권,골프회원권,승마회원권,콘도미니엄 회원권,종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서“부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.
②부동산등의 취득은「민법」,「자동차관리법」,「건설기계관리법」,「항공안전법」,「선박법」,「입목에 관한 법률」,「광업법」또는「수산업법」등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다.다만,차량,기계장비,항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.
⑧ 「주택법」제11조에 따른 주택조합과「도시 및 주거환경정비법」제16조 제2항에 따른 주택재건축조합(이하 이 장에서“주택조합등”이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다.다만,조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서“비조합원용 부동산”이라 한다)은 제외한다.
제9조(비과세)

①국가 또는 지방자치단체(다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제되는 법인은 제외한다.이하 같다),지방자치단체조합,외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.다만,대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대해서는 취득세를 부과한다.
②국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서“국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다.이하 이 항에서“귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.
1.국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2.국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

③신탁(「신탁법」에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.다만,신탁재산의 취득 중 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다.
1.위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

■구 도시 및 주거환경정비법(2017. 2. 8.법률 제14567호로 전부 개정되기 전의 것)

제16조(조합의 설립인가 등)

②주택재건축사업의 추진위원회(제13조제6항에 따라 추진위원회를 구성하지 아니하는 경우에는 토지등소유자를 말한다)가 조합을 설립하고자 하는 때에는「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」제47조 제1항 및 제2항에도 불구하고 주택단지 안의 공동주택의 각 동(복리시설의 경우에는 주택단지 안의 복리시설 전체를 하나의 동으로 본다)별 구분소유자의 과반수 동의(공동주택의 각 동별 구분소유자가5이하인 경우는 제외한다)와 주택단지 안의 전체 구분소유자의4분의3이상 및 토지면적의4분의3이상의 토지소유자의 동의를 얻어 제1항 각 호의 사항을 첨부하여 시장ㆍ군수의 인가를 받아야 한다.인가받은 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.다만,제1항 단서에 따른 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 조합원의 동의없이 시장ㆍ군수에게 신고하고 변경할 수 있다.
■농어촌특별세법

제4조(비과세)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
11.대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세

■구 농어촌특별세법 시행령(2022. 2. 15.대통령령 제32431호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세)

④법 제4조 제9호 및 제11호에서"대통령령으로 정하는 서민주택"이란「주택법」제2조 제6호에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」별표1제1호 다목에 따른 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다)이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가,지방자치단체 또는「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.<표 생략>

■주택법

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. “국민주택규모”란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하“주거전용면적”이라 한다)이1호(戶)또는1세대당85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」제2조제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은1호 또는1세대당 주거전용면적이100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다.이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.끝.