국가연구개발사업참여제한처분등취소 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2017.11.17 / 시행일:

【원 고】 서울대학교 산학협력단 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 로고스 담당변호사 김무겸 외 1인)
【피 고】 과학기술정보통신부장관 (소송대리인 법무법인 이제 담당변호사 유정훈)
【변론종결】2017. 8. 25.
【주 문】
 1. 원고 서울대학교 산학협력단의 소를 각하한다.
 2. 피고가 2016. 3. 15. 원고 2(대판 : 소외인)에 대하여 한 3년간의 국가연구개발사업 참여제한 처분 및 정부출연금 126,356,839원의 환수처분을 취소한다.
 3. 소송비용 중 원고 서울대학교 산학협력단과 피고 사이에 생긴 부분은 원고 서울대학교 산학협력단이 부담하고, 원고 2와 피고 사이에 생긴 부분은 피고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2016. 3. 15. 원고들에 대하여 한 3년간의 국가연구개발사업 참여제한처분 및 정부출연금 126,356,839원의 환수처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
 가. 과학기술기본법에 따른 전문기관으로서 국가연구개발사업의 기획·관리·평가 및 활용 등에 관한 피고의 업무를 대행하는 재단법인 한국연구재단(이하 ‘한국연구재단’이라 한다)은 2010. 4. 1.경 원고 서울대학교 산학협력단(이하 ‘원고 산학협력단’이라 한다)과 사이에 리더연구자지원사업(과제명: 융합스케일 아이소-지오메트릭 최적설계 연구단, 연구기간: 2010. 4. 1. ~ 2019. 2. 28., 이하 ‘이 사건 연구과제’라 한다)에 관한 연구개발과제표준협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였고, 한국연구재단과 원고 산학협력단은 2015. 3.경까지 매년 이 사건 협약을 갱신하여 체결하였다.
 나. 원고 산학협력단은 주관연구기관으로, 서울대학교 ○○대학△△△△△학과 교수인 원고 2는 주관연구책임자로 각 이 사건 연구과제에 참여하였다. 
 다. 원고 산학협력단은 이 사건 협약에 따라 2010. 4. 1.부터 2016. 2.까지 총 33억 9,000만 원의 정부출연금을 지원받았다.
 라. 한국연구재단은 2015. 4. 20. 피고 산학협력단에 ‘2015년 연구비 집행 정밀정산 현장점검 실시’를 통보하고, 이에 따라 2015. 4. 22.부터 2015. 4. 24.까지 원고 산학협력단에 대한 점검을 실시하였고, 위 점검의 실시결과 한국연구재단은 2015. 6. 9. 서울대학교에 이 사건 연구과제 연구비 집행의 적정성과 관련하여 ‘타 기관 소속 참여연구원인 □□대학교◇학과소외 2 교수는 원고 2의 배우자로서 연구과제에 대한 기여도를 인정할 수 없으므로 전문가 검토가 필요하고(소외 2가 집행한 직접비 및 연구수당 합계 44,402,807원), 원고 2 교수의 연구실에서 행정직원이 연구원에 대한 인건비 일부를 공동관리하면서 집행한 사실이 인정되며, 원고 산학협력단에 제출한 거래명세서 내역 중 2011년, 2013년, 2014년에 집행한 연구장비·재료비 12건 합계 13,140,300원의 금액이 실제 구입내역과 불일치하고 그 중 연구재료비로 허위 구매한 프린터는 소외 2에게 전달되었다’는 취지의 정밀정산 결과를 통보하였다. 
 마. 피고는 원고 2가 제출한 소명자료에 대한 검토 및 제재조치평가단의 심의를 거쳐 2016. 3. 15. 원고 2에 대하여 ‘연구비 용도외 사용(학생인건비 공동관리, 과제기여도 없는 타 기관 소속 연구원 참여, 연구장비·재료비 허위 구매 등)’을 처분사유로 과학기술기본법 제11조의2 제1항 제5호, 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제27조에 따라 국가연구개발사업 참여제한 3년의 처분 및 126,356,839원의 환수처분(제재부가금 116,667원 포함, 이후 피고는 제재부가금을 별도로 부과하기로 하여 이를 제외한 126,240,172원으로 환수금액을 변경하였다)을 하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 
 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 2. 원고 산학협력단의 소의 적법성에 대한 판단
 직권으로 원고 산학협력단의 소의 적법 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 한국연구재단은 2016. 3. 15. 원고 2에 대하여 이 사건 각 처분을 하였을 뿐이므로, 원고 산학협력단은 이 사건 각 처분의 상대방이라 할 수 없고 달리 원고 산학협력단에게 이 사건 각 처분의 취소를 구할 법률상 이익이 있다고 볼만한 사정도 찾아볼 수 없다. 따라서 원고 산학협력단의 소는 원고적격이 없는 자에 의하여 제기된 것으로서 부적법하다(을 제11호증의 기재에 의하면 피고는 2016. 9. 20. 원고 산학협력단에 대하여 별도로 126,240,172원의 환수처분을 한 사실이 인정되나, 위 처분은 이 사건 각 처분과 처분의 상대방, 처분 시기, 처분의 내용 등을 달리하는 것으로서 원고 산학협력단의 소를 위 2016. 9. 20.자 처분을 다투는 취지로 선해하여 판단할 수도 없다).
 3. 이 사건 각 처분의 적법 여부
 가. 원고 2의 주장
 1) 원고 2는 연구비를 사용용도 외로 사용하였다고 할 수 없으므로 이 사건 각 처분은 그 처분사유가 모두 인정되지 않아 위법하다. 
 가) 학생인건비 공동관리에 관하여(이하 ‘제1처분사유’라 한다)
 이 사건 연구과제와 관련하여 공동관리된 금원은 '학생인건비'가 아니라 '연구수당'으로서 연구수당은 학생인건비와 달리 공동관리가 금지되어 있지 않고, 원고 2가 소속 학생연구원들의 인건비를 공동으로 관리하였다 하더라도 이를 들어 연구개발비를 용도 외로 사용한 경우에 해당한다고 할 수 없으며, 원고 2는 이러한 공동관리를 지시하거나 그 관리에 관여한 적도 없다. 
 나) 과제기여도 없는 타 기관 소속 연구원 참여에 관하여(이하 ‘제2처분사유’라 한다)
 이 사건 연구과제의 연구목표는 원고 2가 소외 2로부터 다양한 변수(온도, 압력 등)를 고려하여 합성한 은과 금 나노 파티클을 제공 받아 이를 토대로 수학적 계산을 통해 변수의 영향을 확인하고, 이러한 연구를 반복하여 종국에는 나노 파티클의 크기와 형태에 영향을 미칠 수 있는 변수들을 모두 고려한 나노 스케일의 최적설계 이론을 개발하며, 이러한 나노 스케일의 최적설계 이론이 매크로 스케일(연속체)의 최적설계 이론의 정밀성에 영향을 미칠 수 있다는 전제하에 두 가지 스케일 모두를 융합하는 융합스케일 최적설계 이론을 설정하는 것이다. 소외 2는 이 사건 연구과제의 참여연구원으로서 원고 2는 소외 2의 연구참여에 관한 연구계획서를 제출하여 피고가 이를 승인하였는바 소외 2의 연구와 이 사건 연구과제 사이에는 관련성이 인정된다.
 다) 연구장비·재료비 허위 구매 등에 관하여(이하 ‘제3처분사유’라 한다)
원고 2의 연구실에서 구입한 제품들은 모두 이 사건 연구과제의 수행에 필요한 컴퓨터, 컴퓨터의 부속제품 및 기타 전자기기들로서 원고 2는 연구개발비를 용도에 맞게 사용하였고, 실제 구입한 물품의 내역과 원고 산학협력단에 제출한 거래명세서의 내역이 일부 다르다고 하더라도 실제 구입내역도 연구개발비의 사용용도에 부합하는 이상 연구개발비를 사용용도 외로 사용한 경우에 해당한다고 할 수 없다.
 2) 가사 이 사건 각 처분사유가 인정된다 하더라도 이 사건 각 처분은 재량권을 일탈·남용한 처분으로서 위법하다. 
 나. 관계 법령
 별지 관계 법령 기재와 같다.
 다. 이 사건 각 처분사유의 인정 여부에 대한 판단
 1) 제1처분사유의 인정 여부
 가) 인정사실
 (1) 교육부장관은 학술진흥법에 따라 한국연구재단에 위임하여 학술지원사업을 추진한다. 교육부장관은 서울대학교를 학술지원 대상자로 선정하고, 서울대학교 총장과 ‘2단계 두뇌한국(BK) 21 사업’(사업기간: 2012. 3. 1. ~ 2013. 2. 28.) 협약을, ‘BK21 플러스 사업’(사업기간: 2013. 9. 1. ~ 2020. 8. 31.) 협약을, ‘세계수준의 연구중심대학 육성(WCU) 사업’(사업기간: 2008. 12. 1. ~ 2013. 8. 31.) 협약을 각 체결하였다(이하 위 세 가지 사업을 통틀어 ‘이 사건 관련사업’이라 한다). 
 (2) 원고 산학협력단은 교육부장관으로부터 이 사건 관련사업의 사업비를 지급받아 관리하였고, 원고 2는 이 사건 관련사업의 연구자로 참여하였다.
 (3) 한국연구재단은 이 사건 연구과제와 이 사건 관련사업을 합하여 원고 2에 대한 정밀정산 현장점검을 실시하였는데 원고 2의 연구실 소속 대학원생들이 2011. 5.경부터 2015. 4.경까지 개인계좌로 지급받은 인건비, 연구수당 중 일부를 다시 공동관리 계좌(행정직원의 계좌)로 반환하여 합계 140,673,491원이 입금된 사실이 확인되었다. 한국연구재단은 공동관리 계좌의 세부내역을 토대로 각 사업별 공동관리된 금원을 산정하되 관련된 사업을 특정할 수 없는 경우에는 지급된 인건비의 비율로 입금액을 안분하여 사업별 공동관리 금액을 산정하였고, 그 결과 별지 2 기재와 같이 2단계 두뇌한국(BK) 21 사업 12,230,048원, BK21 플러스 사업 16,055,232원, 세계수준의 연구중심대학 육성(WCU) 사업 43,691,146원, 이 사건 연구과제 68,697,065원이 공동관리된 것으로 산정되었다. 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
 나) 판단
구 과학기술기본법(2014. 5. 28. 법률 제12673호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제11조의2 제1항 제5호에서 중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발사업에 참여한 기관, 연구책임자 등이 연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우 5년의 범위에서 소관 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있으며, 이미 출연한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있다고 규정하고 있고, 제5항에서 참여제한 사유별 참여제한기간의 구체적 기준 및 사업비의 환수 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다. 이에 따라 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2012. 5. 14. 대통령령 제23788호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 규정’이라 한다) 제12조 제1항은 중앙행정기관의 장은 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연할 수 있다고 규정하면서 제5항에서 중앙행정기관의 장이 지급하는 연구개발비의 비목은 인건비·직접비·위탁연구개발비 및 간접비로 구성하며, 각 비목별 계상기준은 별표 2와 같다고 규정하고, 별표 2는 인건비의 세목으로 ‘내부인건비’와 ‘외부인건비’ 등을, 직접비의 세목으로 ‘연구수당’등을 각 규정하면서 비고 제3항에서 ‘외부인건비 중 대학 및 특정연구기관의 학생연구원에게 지급되는 인건비는 연구책임자가 공동관리해서는 안 된다’고 규정하고 있다. 
 이 사건 연구과제에 관한 주관연구책임자인 원고 2는 이 사건 연구과제에 관하여 피고로부터 지급받은 연구개발비 중 인건비가 이 사건 연구과제에 직접 참여하는 학생연구원들에게 지급되어 귀속되도록 관리할 책임이 있으므로, 위 인건비가 학생연구원들에게 직접 귀속되지 아니하고 연구실의 공동경비 등으로 사용되게 한 경우 연구개발비를 용도 외로 사용한 경우에 해당한다. 또한 인건비를 공동관리하는 것은 이 사건 규정이 금지하고 있는 행위에 해당하여 사후적·결과적으로 그 공동관리된 돈이 학생연구원에게 지급되었는지 여부를 불문하고 그 공동관리 자체가 용도에 어긋나는 사용에 해당한다고 보아야 한다. 
 이 사건 규정이 인건비의 공동관리를 금지하는 취지는 책임연구원인 교수가 우월한 지위에서 인건비를 공동관리하여 이를 다른 용도로 전용함으로써 연구원에게 지급되어야 하는 인건비를 본래의 용도로 사용하지 않아 연구원의 최소한의 경제적 기반을 무너뜨리고 연구의욕을 저하시키는 것을 방지하는 데 있다. 그런데 해당 연구개발사업에 참여하는 연구원에 대한 고정적 급여의 성격을 갖는 ‘외부인건비’와 달리 ‘연구수당’은 직접비의 한 세목으로서 해당 연구개발과제 수행과 관련된 연구책임자 및 참여연구원의 보상금·장려금 지급을 위한 인센티브로서의 성격을 지니고, 이 사건 규정은 연구개발비의 비목을 인건비·직접비·위탁연구개발비 및 간접비로 명시적으로 구별하면서 그 문언상 외부인건비에 한하여 공동관리를 금지하고 있는바, 이러한 이 사건 규정의 내용 및 연구수당의 성격에 비추어 보면 연구수당은 인건비와 구별되는 것으로서 공동관리가 금지되는 금원이라 할 수 없다. 
 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 피고가 이 사건 연구과제의 제1처분사유와 관련된 용도 외 사용금액을 68,697,065원으로 산정한 것은 을 제1호증 ‘사업별 학생인건비 배분자료’에 근거한 것인데 피고는 원고 산학협력단이 이를 직접 작성하였다고 주장하고 원고 2는 원고 산학협력단의 작성사실을 부인하고 있는바 을 제4호증의 기재만으로는 원고 산학협력단이 위 자료를 작성하였다는 점을 인정하기 부족하므로 을 제1호증은 그 작성주체, 작성경위가 분명하지 않아 이를 그대로 믿기 어려운 점, ② 을 제1호증의 세부내역 중 ‘인센티브 반납’으로 기재되어 있는 부분은 연구수당을 공동관리 계좌에 반환한 것이고 다수의 금원은 그 세부내역상 이 사건 연구과제가 아닌 이 사건 관련사업에 대한 인건비를 반납한 것으로 기재되어 있음에도 을 제1호증은 그 중 일부 금액을 이 사건 연구과제의 인건비를 반납한 것으로 산정되어 있는 점, ③ 을 제1호증 기재 2012. 4. 29., 4. 30., 5. 21. 각 260만 원의 입금액은 두뇌한국 사업에서 지급한 인건비 액수와 정확히 일치하여 해당 인건비를 반납한 것으로 보임에도 그 중 일부 금액을 이 사건 연구과제의 인건비를 반납한 것으로 분배되어 있는 점, ④ 그 밖에 명시적으로 이 사건 연구과제의 인건비를 반납한 것으로 특정할 수 있는 내역이 존재하지 않고 그 세부내역 기재 및 금원의 액수에 비추어 관련된 사업이 명확히 특정되지 않는 인건비 반납내역도 대부분 이 사건 관련사업의 인건비를 반납한 것으로 보임에도 뚜렷한 근거 없이 이 사건 연구과제의 인건비가 반납된 것으로 간주한 것은 부당한 점 등에 비추어 보면, 을 제1호증의 기재만으로는 원고가 이 사건 연구과제의 ‘인건비’ 68,697,065원을 공동관리하였다는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 부분 처분사유는 인정되지 아니한다. 
 2) 제2처분사유의 인정 여부
 가) 인정사실
 (1) 최적설계란, ‘어떠한 설계를 할 때, 성능·재료·가공방법 등을 가장 알맞은 것으로 적용하는 것’을 말하고, 최적설계론은 위와 같은 가장 적절한 설계의 방법을 찾아내는 것을 말한다. 아이소-지오메트릭 최적설계 기법은 다양한 최적설계론 중의 하나로서 최적설계론은 주로 나노[1나노미터(nm) = 10억 분의 1m] 스케일(scale) 보다 훨씬 큰 연속체 스케일(continuum scale)에서 연구가 이루어져 왔다. 이 사건 연구과제에 관한 2015. 5. 14.자 연구계획서에는 연속체-나노 스케일의 융합을 통해 설계와 해석이 통합된 융합스케일 아이소-지오메트릭 최적설계 기법 개발을 목표로 한다는 점이 포함되어 있고, 그 연구내용에도 연속체 스케일의 엄밀한 형상설계와 나노 스케일 거동을 고려한 융합스케일 최적 설계기법을 개발한다는 점이 포함되어 있다. 
 (2) 원고 2는 이 사건 사업의 2년차 협약을 앞두고 2011. 7.경 피고에게 리더연구자지원사업(창의적연구) 연차·실적계획서를 제출하였는바, 위 계획서에는 2년차인 2011년도부터 ‘국내외 연구자 이론 및 실험적 기반 연구단’을 꾸려 ‘다중스케일 분자동역학 해석과 아이소-지오메트릭 최적설계의 이론 및 실험적 검증을 하겠다’는 내용의 연구목표가 포함되어 있고, 소외 2를 연구원으로 참여시킨다는 점도 명시되어있다.
 (3) 소외 2는 2012. 9. 1.부터 일반연구자지원사업인 ‘슈퍼박테리아 대응을 위한 새로운 금속나노입자의 제조’의 연구책임자로서 연구를 수행하고 있고, 금, 은 나노입자의 합성에 성공한 경력이 있다. 
 (4) 2012년 이후 원고 2와 소외 2, 학생연구원들이 공동으로 발표한 논문 중 SCI급 논문 25편이 존재하고, 그 중 “(논문명 1 생략)”(분자동역학을 이용한 나노재료의 기계적 특성에 대한 설계민감도 해석)은 학생연구원인 소외 6의, “(논문명 2 생략)(앙상블과 포텐셜 변수들의 불확실성을 고려한 나노재료의 설계민감도 해석)”은 학생연구원인 소외 5의 각 박사학위 논문으로 발표되었다.
 (5) 한국연구재단은 2015. 5. 14. 공학 전문가 2인, 약학 전문가 3인으로 검토위원회를 구성하여 원고 2가 제출한 연구계획서, 연구결과보고서 및 소명자료를 검토한 다음 종합의견을 도출하는 방법으로 이 사건 연구과제에 소외 2가 참여한 것이 적정한지 여부 등에 관하여 검토하였다(이하 ‘이 사건 검토’라 한다). 검토위원회의 이 사건 검토결과의 요지는 아래와 같다.
종합의견서1. 검토위원회 검토결과에 대한 사항소외 2가 창의과제에 참여한 것은 부적절하게 보이며, 창의과제 실적에서 소외 2의 논문을 사용한 것은 부적절하다고 판단됨. 일반연구자사업 하에서의 연구 내용 및 수행에서는 심각한 문제가 없다고 사료됨.2. 기타 의견최초 연구계획에 없는 내용을 무리하게 추가 및 예산을 사용함. 연구책임자는 MD 해석, 참여 연구원은 나노합성을 하였으나 창의과제, 본 과제의 핵심인 아이소-지오메트릭과 무관하고 관련 연구를 수행하지 않았음.
 (6) 원고 2 및 소외 2가 공동저자인 논문 ‘(논문명 3 생략)’은 2016. 9. 6. 사이언티픽 리포트(Scientific Reports) 학술지에 게재되었는데 위 논문에는 소외 2가 금 나노입자를 합성하여 촬영한 사진들(HR-TEM)이 포함되어 있다.
 (7) 이 사건 검토위원회 위원인 ☆☆대학교 교수 소외 4는 소외 2가 원고에게 제공한 은나노, 금나노 입자의 합성물을 이용한 원고의 연구에 대하여 ‘분야가 너무 다르기 때문에 어떻게 쓰이는지를 확실히 이해하기 힘들었다. 공학 이공계 학문은 뿌리가 같기 때문에 전혀 연관성이 없다고 할 수는 없고, 어느 정도는 전부 연결되어 있다. 다만 최적화는 응용수학분야이고 물성에 대하여 대략적으로 알려진 값을 집어넣고 기법을 개발하기 때문에, 재료와의 연관성이 도움은 되더라도 핵심요소는 아니다. 이 사건 연구과제에 소외 2의 연구를 연계한 것은 당초 연구계획과의 관련성이 낮다.’는 취지로 증언하였다. 이 사건 검토위원회 위원인 ▽▽▽▽▽▽▽ 교수 소외 3도 같은 취지에서 ‘현대과학은 모든 것이 연결되어 있다. 소외 2의 연구결과인 합성물의 결과는 원고 2의 계산 프로세스에 사용되지 않았으나 참고하였을 수는 있다. 소외 2의 연구가 서울대학교 산학협력단 및 원고 2의 연구에 어떤 기여를 한 것인지 알 수 없다’는 취지로 증언하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제9, 10, 11호증, 을 제14호증의 각 기재, 증인 소외 3, 소외 4의 각 증언, 변론 전체의 취지
 나) 판단
 (1) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 나노재료에 대한 설계민감도 해석과 관련되어 있는 것으로 보이는 원고 2와 소외 2, 학생연구원이 공동저자인 다수의 논문이 존재하고 학술지에 게재되기도 한 점, ② 이러한 공동연구내용은 연구계획서에 반영되었고 피고 및 한국연구재단은 이에 대하여 별다른 이의를 제기하지 않은 채 이 사건 협약을 갱신 체결해 온 점, ③ 이 사건 검토위원회 의견의 주된 취지는 원고 2와 소외 2의 연구 사이에 관련성을 알 수 없거나 그 관련성이 낮다는 것일 뿐 그 관련성을 전적으로 배제할 수 있다는 것은 아닌 점, ④ 이 사건 연구과제는 리더연구자지원사업으로서 리더연구자지원(창의연구)사업은 창의적 아이디어 또는 지식을 지닌 연구자를 발굴하고 세계를 선도할 수 있는 수준의 연구자를 지원하기 위한 목적에서 연구 과제를 공모하고 소수의 연구자를 선별하여 지원하는 사업으로서 그 특성상 연구방법은 기존의 주류적인 연구방법에서 벗어난 창의적인 내용일 수 있고, 이 사건 연구과제는 약 9년 동안 장기간에 걸쳐 이루어지는 것으로서 연구개발의 경과에 따라 당초 계획은 변경될 수 있고 당해 변경의 적정성은 중간 평가 및 협약의 갱신을 통하여 검증절차를 거치게 되므로 어떠한 연구방법이 연구의 주제 또는 당초의 계획과 관련성이 없다는 판단은 보다 신중하여야 하는 점 등에 비추어 보면, 소외 2의 연구가 이 사건 연구과제와 무관하다거나 과제기여도가 없다고 단정할 수는 없다.
 (2) 또한, 이 사건 연구과제와 소외 2의 연구 사이에 관련성이 희박하다 하더라도 그러한 사정만으로 구 과학기술기본법 제11조의2가 규정하고 있는 사용용도 외의 사용행위가 인정된다고 단정할 수도 없다. 구 과학기술기본법은 과학기술혁신이 인간의 존엄을 바탕으로 자연환경 및 사회윤리적 가치와 조화를 이루고 경제·사회 발전의 원동력이 되도록 하며, 과학기술인의 자율성과 창의성이 존중받도록 하는 것을 기본이념으로 하고 있다(제2조). 이에 비추어 연구수행의 내용에 대한 제재는 구 과학기술기본법이 명시적으로 규정하고 있는 범위 내에서 이루어져야 할 것인데 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항은 연구참여제한 및 사업비 환수처분의 요건을 규정하면서 제1호에서 연구개발의 결과가 극히 불량하여 중앙행정기관이 실시하는 평가에 따라 실패한 사업으로 결정된 경우를, 제7호에서 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 연구개발을 수행한 경우를 각 규정하고 있다. 당해 처분사유가 참여연구원으로 지정되지 않은 사람이 연구비를 집행하였다거나, 연구비로 사용할 수 없는 항목에 대하여 연구비를 집행한 경우와 같이 형식적으로 확정할 수 있는 것이 아니라면 단순히 연구자체의 내용이 부적절하다거나, 참여연구원을 연구에 참여시킨 행위 자체에 윤리적 문제가 있다는 사정은 그것이 부정한 방법에 의한 것이거나 그 결과 전체가 극히 불량한 경우에 한하여 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항 제1호 또는 제7호에 의하여 제재할 수 있을 뿐이고 이를 넘어서 곧바로 사용용도 외 사용에 해당한다고 보는 것은 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항 제5호의 규율목적을 넘어서는 것에 해당한다. 소외 2가 이 사건 연구과제의 참여연구원으로 지정되어 연구비를 집행한 사실은 앞서 본 바와 같으므로 그 연구비 집행행위 자체를 사용용도 외 사용이라 할 수 없다. 
 (3) 그러므로 이 부분 처분사유는 인정되지 아니한다. 
 3) 제3처분사유의 인정 여부
 가) 인정사실
 (1) 한국연구재단이 2014. 12.경 발행한 국가연구개발사업 연구비 관리 매뉴얼에는 ‘연구개발계획서상에 반영되지 않은 사무기기, 시설의 유지보수비 및 범용성 장비(PC, 프린터, 복사기 등 OA기기 및 주변기기 포함) 구입비’를 연구비의 부당집행사례로 규정하고 있다. 
 (2) 서울대학교 연구처·산학협력단 연구비집행가이드는 계획서에 계상되지 않은 1,000만 원 상당의 연구장비를 계획변경 승인 절차 없이 구입 후 소모성 재료비로 집행 청구한 경우를 부당 집행 사례로 명시하고 있고, 이 경우 연구장비는 집행 전 계획서 계상 여부를 확인하고 미계상 장비일 경우 사전에 산학협력단(또는 사안에 따라 연구비 지원기관)으로부터 연구계획변경 승인을 받은 후 집행하여야 한다는 내용의 개선방법을 명시하고 있다. 
 (3) 원고 2는 이 사건 연구과제에 관하여 별지 3 주식회사 코코링크 거래원장 각 항목별 기재와 같이 원고 산학협력단에 제출한 거래명세서 내역과 다른 물품을 공급받았다. 
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증, 을 제9, 10호증의 각 기재, 증인 소외 5의 증언, 변론 전체의 취지
 나) 판단
 위 인정사실에 의하면, 원고 2는 연구비를 원고 산학협력단 거래명세서에 기재된 내용대로 집행하여야 함에도 원고 산학협력단에 프린터 카트리지 등 재료비를 지출한 것처럼 신고하고 실제로는 별지 3 기재와 같이 노트북, 프린터, 컴퓨터의 CPU, 모니터, 키보드, RAM, SSD 등 전자제품 기기를 구입하는데 사용하였다. 국가의 연구개발비 지원은 특정 연구과제 수행을 위한 것이지 연구실의 일반 운영비를 지원하는 것이 아니기 때문에, 국가에서 지급한 연구개발비가 연구실의 일반 운영비 또는 사무비품 구입 목적으로 전용되는 것을 방지함으로써 국가의 연구개발비 지원 목적에 부합하는 적정한 예산 집행을 도모할 필요가 있고 특히 프린터, 복사기와 같은 범용성 장비의 경우 특정 과제 수행을 위해 사용된 것인지 여부를 판단하기 어렵기 때문에, 신고한 내역과 다른 내용의 연구장비 및 재료비를 구매·사용했다면 이러한 행위는 연구비를 사용용도 외로 사용한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다. 같은 맥락에서 한국연구재단이 2014. 12.경 발행한 국가연구개발사업 연구비 관리 매뉴얼에는 ‘연구개발계획서상에 반영되지 않은 사무기기, 시설의 유지보수비 및 범용성 장비구입비’를 연구비의 부당집행사례로 규정하고 있고, 서울대학교 연구처·산학협력단 연구비집행가이드도 계획서에 미계상된 연구장비 구입 후 소모성 재료비로 집행 청구한 경우를 부당 집행 사례로 명시하고 있다. 따라서 원고 2가 실제 구입한 제품이 연구실에서 사용되었는지 여부와 관계없이 이 부분 처분사유는 인정된다. 
 라. 이 사건 각 처분의 재량권 일탈·남용 여부에 대한 판단
 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 각 처분은 이로써 달성하고자 하는 공익에 비하여 이로 인하여 원고 2가 입게 되는 불이익이 지나치게 크다고 보이므로 재량권을 일탈·남용한 것으로서 위법하다.
 1) 이 사건 규정 제12조에 따라 주관연구기관에 지급되는 연구개발비는 과학기술을 혁신하고 국가경쟁력을 강화함으로써 국민경제의 발전을 도모하고 국민의 삶의 질을 높이며 인류사회의 발전에 이바지하기 위한 국가연구개발사업을 지원하기 위해 지급되는 것으로서, 그 지급 목적과 용도에 따라 적정하게 지출되도록 할 공익이 크다. 그러나 한편, 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항에 따른 참여제한 처분과 연구비 환수 처분은 역량 있는 주관연구기관 또는 연구책임자를 일정 기간 국가연구개발사업에서 배제하고, 그로부터 연구에 사용한 연구비를 환수하는 것으로서, 과학기술혁신을 통해 국가경쟁력을 강화하여 국민경제 발전을 도모하고자 하는 구 과학기술기본법의 궁극적인 목적을 저해할 우려도 있으므로, 참여제한 여부 및 그 기간, 연구비 환수 여부 및 그 범위 등을 정함에 있어서 행정청의 신중한 판단이 요구된다.
 2) 이 사건 각 처분은 원고 2에 대한 주요한 처분사유를 구성하는 제1, 2처분사유가 인정되지 않고 피고가 원고 2의 사용용도 외 사용금액으로 인정한 126,240,172원 중 실제로 그 처분사유가 인정되는 부분은 약 1/10인 13,140,300원에 불과하므로 제재기간 및 환수금액 산정의 기초가 된 사정들이 그대로 유지되기 어렵다. 
 3) 원고 2가 사용용도 외로 사용한 돈은 실제로는 노트북, 프린터, 컴퓨터의 CPU, 모니터, 키보드, RAM, SSD 등 장비를 구입하는데 사용되었고 이러한 장비가 이 사건 연구과제에 한정되어 활용된 것은 아니더라도 연구실 운영에 필요한 장비로서 이 사건 연구과제의 수행에 기여한 측면이 인정되며 달리 원고 2가 해당 금액을 개인적으로 횡령하거나 유용하는 등 개인적인 이익을 취한 것은 없어 보인다. 위와 같은 사정을 고려하면, 원고 2의 사용용도 외 사용행위는 이를 금지하는 구 과학기술기본법의 취지에 정면으로 반한다고 보기 어려워 비난가능성이 낮다.
 4) 원고 2는 이 사건 연구과제에 대하여 정상적으로 연구를 진행하여 다수의 논문을 발표하는 성과를 이루었다. 이처럼 상당한 연구 성과를 이루고 있는 원고 2를 3년간 국가연구개발사업에서 배제하게 되면 장기간 연구에 매진한 원고 2 개인에게 지나치게 가혹할 뿐만 아니라 해당 연구 분야에 관한 활동이 위축되어 과학기술발전을 위한 기반을 조성하여 과학기술을 혁신하고 국가경쟁력을 강화하려는 과학기술기본법령이 달성하려는 목적에도 반할 우려가 있다.
 마. 소결론
 따라서 이 사건 각 처분은 일부 처분사유가 인정되나 재량권을 일탈·남용한 처분으로서 위법하다.
 4. 결 론
 그렇다면 원고 산학협력단의 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 원고 2의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
 [별지 생략]

판사 김용철(재판장) 김남균 강민기