고유업무에 직접사용하는 부동산의 의미와 그 가산세 적법여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2018.12.13 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용은 각자가 부담한다
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인들의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없으므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 모두 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2018. 6. 27. 선고 2017누77222 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
가. 피고가 별지1 [표 1], [표 2] ‘처분일자’란 기재 각 일자에 원고에 대하여 한 위 각 표 ‘부과처분 내용’란 기재 각 취득세, 농어촌특별세, 재산세, 재산세 도시지역분, 지방교육세 부과처분(각 가산세 포함) 중 별지6 [정당세액 표 1], [정당세액 표 2] ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
2. 소송 총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결 제3쪽 제5행의 ‘별지2’를 ‘별지3’으로 고치는 외에는 제1심판결의 이유 제1항 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결의 이유 제2.의 가.항 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
나. 관계 법령

별지7 관계 법령 기재와 같다.
다. 인정사실

1) 이 사건 쟁점 시설은 그 실제 업종이 편의점, 은행, 약국, 병원, 매점, 식품, 금융기관, 식당, 카페, 핸드폰 판매점 등인데, 이 사건 건물 판매동 및 테마동 내 이 사건 쟁점 시설 중에는 즉석에서 수산물을 회로 손질하여 판매하는 시설(별지4 [표 1], [표 2] 중 ‘구분’란에 ‘회 판매’로 되어 있는 시설, 이하 ‘이 사건 회 판매 식당’이라 한다)과 소비자들이 구매한 수산물을 시장 내에서 먹을 수 있도록 식기, 조리도구, 장소 및 밑반찬 등을 제공하는 시설(별지4 [표 1], [표 2] 중 ‘구분’란에 ‘양념 식당’으로 되어 있는 시설, 이하 ‘이 사건 양념식당’이라 한다)이 포함되어 있다.
2) 이 사건 건물, 이 사건 쟁점 시설, 이 사건 회 판매식당, 이 사건 양념 식당의 면적 등은 아래 표 기재와 같다.
<표생략>

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 5, 10호증, 을 제1, 2, 6 내지 9호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 회 판매 식당 부분

구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제15조 제2항 제1호 및 제3호(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다)에서는 원고와 같이 지방공기업법에 따라 농수산물의 원활한 유통 및 적정한 가격의 유지를 목적으로 설립된 지방공사의 경우 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 100(100분의 100의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 농수산물공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(지방공기업법 제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다]을 곱한 금액을 2016. 12. 31.까지 감면하고 있고, 같은 법 제2조 제1호, 제8호, 제15조 제1항에 의하면 ‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말하되, 농수산물 가격안정법 제2조 제7호부터 제9호까지의 규정에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우를 포함하며, ‘고유업무’란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다고 규정하고 있다.
살피건대, 앞서 든 증거에 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 회 판매 식당을 운영하는 상인은 식당에 설치된 수조에서 수산물을 소비자가 고르면 이를 손질하여 판매하는 업을 영위하는 자이므로 수산물의 판매 또는 유통에 종사하는 소매인에 해당하고, 이는 이 사건 회 판매 식당에서 수산물을 판매함과 아울러 이를 회로 손질하여 주고, 손질된 회를 즉석에서 먹을 수 있도록 식당 내에 공간과 식기, 양념 등을 함께 제공하고 있다고 하여 달리 볼 수 없다. 따라서 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 회 판매 식당 부분은 위에서 본 원고의 ‘고유업무’에 ‘직접 사용’되는 부동산으로서 이 사건 감면규정에 따른 취득세 및 재산세 등의 감면대상에 해당한다고 할 것이므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 있다. 2) 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 회 판매 식당을 제외한 나머지 시설 부분

가) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결참조).
나) 인정사실

(1) 2013년 지방세특례제한법 개정 과정에서 1995년부터 계속된 지방공사·공단 등에 대한 지방세 감면규정을 유지할 것인지에 관한 논의가 있었고, 그 결과 국회는 지방재정 건전성을 강화하기 위하여 지방공사 및 자치단체 출자·출연법인에 대한 감면을 축소하되 서민물가와 관련 있는 농수산물공사, 도시철도공사 및 지방공단에 대한 지방세 감면은 현행 수준에서 연장하는 것을 내용으로 하는 지방세특례제한법 개정안을 의결하였으며, 이에 따라 지방세특례제한법은 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 농수산물공사 등에 대한 지방세 감면을 그 당시 수준과 동일하게 2016. 12. 31.까지 연장하는 내용으로 개정되었다. 한편 위 감면규정을 비롯하여 지방세특례제한법에 자주 사용되는 용어인 ‘직접 사용’의 주체와 관련하여 소유관계를 기준으로 해당 부동산의 소유자가 직접 자신의 목적사업에 사용하는 경우로 한정할 것인지, 소유관계보다는 사용용도 측면에서 직접 사용 여부를 판단할 것인지에 관하여 해석상 다툼의 소지가 있었는데, 지방세특례제한법에서 수익사업을 규정하고 있는 점(임대 포함, 제2조 제1항 제2호), 지방세 감면의 수혜자가 해당 부동산의 소유자인 점, 직접 사용의 주체를 구분하지 않을 경우 제3자 임대 등 다른 수익적 방법이 있는 경우까지 과도한 감면혜택으로 이어지는 불합리한 점을 고려하여 ‘직접 사용’의 주체가 해당 부동산의 소유자임을 명확하게 하는 취지에서 ‘직접 사용’의 의미를 ‘부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것’으로 정의하는 규정(제2조 제1항 제8호)이 신설되었다. (2) 원고는 이 사건 건물의 취득 전부터 서울 송파구 가락동에서 농수산물 도매시장을 관리·운영하고 있었는데, 위 도매시장 내에는 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인이 사용하는 시설은 물론 이 사건 쟁점 시설과 같은 식당, 매점, 병·의원, 약국 등 부대편의시설이 존재하였고, 도매시장 내 위 각 시설은 별도의 구분 없이 원고가 직접 사용하는 부동산으로 보아 위와 같이 개정되기 전의「지방세특례제한법」제15조제2항에 따라 재산세 등을 감면받고 있었는데, 위 ‘직접 사용’ 조항의 신설로 직접 사용의 주체가 해당 부동산의 소유자로 한정되자 원고가 도매시장 내의 상인들에게 임대한 위 각 시설 부분이 재산세 등의 과세대상으로 전환되는지 여부가 문제되었다.
(3) 서울특별시장은 요금인상에 따른 서민물가의 영향 등을 고려하여 과도한 세부담이 발생하지 않도록 원고 등 지방공단에 대하여는 현행 수준으로 2016. 12. 31.까지 지방세 감면을 연장하도록 한 지방세특례제한법의 개정 취지에 부합하도록 원고가 ‘도매시장 내 시설을 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 등에게 사용하도록 하고 그에 대해 사용료 등을 받는 경우’를 원고가 그 고유 업무에 ‘직접 사용’하는 경우에 포함하는 내용의 개정의견을 안전행정부장관(현 행정안전부장관, 이하 ‘행정안전부장관’이라 한다)에게 제출하였다.
(4) 원고는 위 개정의견에 의할 경우 도매시장 내에 입점해 있는 임대상인, 임대 유통인, 은행 및 식당 등 입주민 이용 시설에 대한 감면 여부에 대해 논란이 발생할 우려가 있다며 서울특별시에 수정을 요청하였고, 이에 서울특별시는 포괄적으로 감면이 적용되는 규정으로의 개정은 곤란하므로 ‘도매시장 내 시설을 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인, 소매상인 등 유통인들에게 사용하는 경우’를 포함하도록 하는 것이 좋을 것 같다는 의견을 제시하며 서울특별시 농수산물도매시장 조례(2014. 5. 14. 서울특별시조례 제5710호로 개정된 것) 제71조 제1항에서 임대상인 등을 ‘부속 영업인’으로 표현하고 있으므로 이를 포함하여 개정의견을 제출하겠다고 하였는데, 위 조례 제71조 제1항 및 제2항에서는 ‘부속 영업인’의 의미를 ‘도매인과 거래관계자를 위하여 시장이 필요하다고 인정하는 편익업소 및 부대업소의 영업인’으로 정하고 있었다.
(5) 그 후 서울특별시장은 ‘도매시장 내 시설을 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인, 부속 영업인 등에게 사용하도록 하고 그에 대해 사용료 등을 받는 경우’를 ‘직접 사용’에 포함하는 내용의 개정의견을 행정안전부장관에게 제출하였는데, 그 후 개정 지방세제한특례법 제15조 제1항은 ‘농수산물 가격안정법 제2조 제7호부터 제9호까지의 규정에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우’를 원고가 위 부동산을 고유업무에 ‘직접 사용’하는 경우에 포함시키고 있다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7 내지 15호증, 을 제3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

다) 판단 살피건대, 위 인정사실에 갑 제6 내지 15호증, 을 제5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 회 판매 식당을 제외한 나머지 시설 부분은 원고의 고유업무에 직접 사용된 부동산으로서 이 사건 감면규정에 따른 취득세 및 재산세 등의 감면대상에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 부분과 관련한 피고의 이 사건 각 처분은 적법하고, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
①「지방세특례제한법」제2조제8호에서 ‘직접 사용’이란 ‘부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다’고 하여 부동산의 ‘직접 사용’을 소유자에 의한 사용으로 한정하면서, 개정「지방세특례제한법」제15조제1항에서 ‘농수산물 가격안정법 제2조 제7호부터 제9호까지의 규정에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우’를 원고가 부동산을 고유업무에 직접 사용하는 경우에 포함시키도록 규정하고 있는바, 위 개정 지방세특례제한법의 조항에 해당하는 경우가 아닌 이상 원고가 임대한 이 사건 건물 부분은 원칙적으로 이 사건 감면규정에 따른 감면대상인 ‘원고가 고유업무에 직접 사용하는 부동산’에 해당한다고 할 수 없다.
② 원고는 지방공기업법, 농수산물 가격안정법 및 서울특별시농수산식품공사 설립 및 운영에 관한 조례(2012. 11. 1. 서울특별시조례 제5373호로 개정된 것, 이하 ‘이 사건 서울특별시 조례’라 한다)에서 정한 바에 따라 농수산물 유통의 원활을 기하고 적정한 가격을 유지 공급하게 함으로써 국민생활의 안정에 기여함을 목적으로 설립되었고, 지방세특례제한법에서 재산세 등을 감면하여 주는 취지 역시 위와 같은 목적 달성을 위해 원고로 하여금 그 업무를 원활히 수행할 수 있도록 세제상 지원을 하기 위한 것인바, 결국 원고가 이 사건 건물 내 부동산을 고유업무에 직접 사용하는 경우에 해당하는지 여부는 위와 같은 입법 목적에 직접적으로 부합하는지 여부로 판단하여야 하는 것이고, 단순히 원고의 목적 사업에 부수사업 등이 포함되어 있다는 것만으로 상인 내지 이용객들이 사용할 수 있는 모든 시설 사업 내지 원고의 목적 달성에 간접적으로 기여하거나 기여할 가능성이 있는 모든 사업이 고유목적 사업에 해당한다고 할 수는 없다.
③ 이 사건 건물 내 임대시설 중 농수산물의 유통 및 판매 시설이 아닌 부분에 대하여서까지 지방세 감면의 혜택이 적용된다고 볼 경우 원고의 도매시장 운영과 필수적으로 관련이 없는 시설들까지 필요 이상으로 과다하게 설치할 유인을 제공할 수 있어, 농수산물의 원활한 유통 및 적정한 가격의 유지·공급을 도모하기 위한 세제 지원 취지가 불합리한 경제적 효과를 유발할 수 있다.
④ 원고는, 농수산물 가격안정법 제67조 및 같은 법 시행규칙 제44조 제1항 [별표 2]의 시설기준에서 ‘금융기관 점포, 기타 이용자의 편의를 위하여 필요한 시설’ 등을 원고가 운영하는 도매시장 등의 최소기준 시설로 규정하고 있음을 들어 이 사건 쟁점시설 중 이 사건 회 판매 식당과 이 사건 양념식당을 제외한 나머지 시설 부분의 경우에도 원고가 이를 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 위 별표에서도 부수시설 및 금융기관 점포, 기타 이용자의 편의를 위하여 필요한 시설과 같은 기타시설의 경우 이를 반드시 보유할 것을 요구하고 있지 않고, 이 사건 감면규정은 특혜 규정에 해당되어 그에 대한 유추·확장해석은 원칙적으로 허용될 수 없다 할 것인데, 위 감면규정에 포함된 직접 사용의 의미를 원고의 위 주장과 같이 해석할 경우 이는 사실상 위 별표 시설기준에서 정한 시설에 대하여는 그 전체가 관련 지방세 규정이 정한 재산세 등의 감면이 허용된다고 해석하는 것이어서 원고의 위와 같은 주장은 받아들이기 어렵다.
⑤ 이 사건 감면규정의 문언 내용과 그 입법 목적, 지방공기업법, 농수산물 가격안정법 및 이 사건 서울특별시 조례 등에 따른 원고의 설립 목적 등을 고려할 때, 이 사건 감면규정에서 정한 '그 밖의 소매인 등이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우‘라 함은 원고로부터 이 사건 건물 중 일부를 임차한 상인이 직접 농수산물의 유통 또는 판매업을 영위하거나 그에 준하는 영업을 하는 경우에 한하고, 그 외의 소매인 등은 여기에 포함된다고 할 수 없다 할 것인데, 이 사건 양념식당을 운영하는 상인은 소비자가 구매한 농수산물을 시장 내에서 먹을 수 있도록 식기, 조리도구, 밑반찬 및 장소 등의 편의나 서비스를 제공하는 자일 뿐 ’농수산물‘의 판매 또는 유통에 종사하는 자에 해당한다고 볼 수 없고, 이 사건 쟁점시설 중 이 사건 회 판매 식당과 이 사건 양념식당을 제외한 나머지 시설 부분의 경우 이 사건 건물 내 상인과 건물 이용자는 물론 일반 시민들을 상대로 한 수익사업 시설에 해당할 뿐 농수산물의 유통 또는 판매 시설에 해당하지 않는다.
⑥ 또한, 이 사건 감면규정은 당초 원고가 행정안전부장관에게 제안한 ‘원고가 도매시장 내 시설을 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인, 부속 영업인 등에게 사용토록 하고 그에 대해 사용료, 수수료 등을 받는 경우 그 시설을 직접 사용하는 것으로 본다’가 아니라 ‘농수산물 가격안정법 제2조 제7호부터 제9호까지의 규정에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우를 원고가 위 부동산을 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다’는 내용으로 개정된 이상 위 ‘그 밖의 소매인’에 종전에 재산세 등 감면대상이 된 이 사건 시설 내 모든 부속 영업인이 포함된다고 보기도 어렵다.
⑦ 원고는 ‘그 밖의 소매인’이라는 용어는 농수산물 가격안정법에 규정되어 있지 않기 때문에 이 사건 감면규정의 문언만으로는 위 용어가 농수산물의 유통 및 판매에 종사하는 자를 의미하는 것인지 알 수 없었고, 당초 원고가 제안한 ‘부속 영업인’이라는 문구가 ‘그 밖의 소매인’으로 변경된 것은 단순한 표현의 변경일 뿐이라고 주장한다. 그러나 이 사건 감면규정의 입법 취지 및 이 사건 감면규정에 ‘도매시장법인, 시장도매인, 중도매인’이 ‘그 밖의 소매인’과 대등하게 병렬적으로 규정되어 있는 점, 농수산물 가격안정법 제2조 제7호부터 제9호는 위 ‘도매시장법인’ 등의 의미를 ‘농수산물의 도매나 매매의 중개 등’ 농수산물의 판매나 유통과 관련된 영업을 하는 법인 또는 개인으로 정의하고 있는 점을 고려하면, ‘그 밖의 소매인’도 규모의 차이만 있을 뿐 위 ‘도매시장법인’ 등과 마찬가지로 ‘농수산물의 판매 또는 유통에 종사하거나 이에 준하는 영업을 하는 자’에 한정되는 것으로 해석함이 상당하고, ‘도매인과 거래관계자 등을 위하여 시장이 필요하다고 인정하는 편익업소 및 부대업소의 영업인’인 ‘부속 매수인’과 같은 의미라거나 단순히 그 표현만 변경된 것으로 볼 수는 없다.
⑧ 원고는 ‘그 밖의 소매인’을 위와 같이 제한적으로 해석하는 경우에도, 이 사건 양념식당은 농수산물의 소매업에 부속되는 필수시설이므로 이 사건 양념식당 부분에 관한 재산세 등이 면제되어야 한다고 주장한다. 그러나 이 사건 양념식당은 이 사건 건물에서 농수산물을 구매한 소비자가 즉석에서 이를 먹을 수 있도록 편의를 제공하는 시설에 해당할 뿐이고, 농수산물의 소매업에 부속되는 필수시설로 볼 수는 없다.
3) 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 회 판매 식당을 제외한 나머지 부분에 대한 가산세 면제 여부

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당되지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).
나) 살피건대, 원고는 이 사건 건물을 취득하기 전부터 서울 송파구 가락동에서 농수산물 도매시장을 관리·운영하고 있었고, 위 도매시장 내에는 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인이 사용하는 시설뿐 아니라 이 사건 쟁점 시설과 같은 식당, 매점, 병·의원, 약국 등 부대편의시설이 존재하였는데, 원고는 위 부대편의시설에 대하여도 재산세 등을 감면받은 사실, 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법에 부동산 ‘직접 사용’의 의미에 관한 정의 규정이 추가되었고, 이와 관련하여 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정된 지방세특례제한법에서 ‘농수산물 가격안정법에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우’를 원고가 ‘직접 사용’하는 경우에 포함하는 내용의 개정이 이루어진 사실은 앞에서 본 바와 같다.
다) 그러나, 갑 제7 내지 15호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 위에서 인정한 사실만으로는 원고가 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 회 판매 식당을 제외한 나머지 시설 부분과 관련한 취득세와 재산세 등을 납부하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 따라서 피고가 원고에게 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 회 판매 식당을 제외한 나머지 시설 부분에 대한 지방세 및 재산세 등과 관련하여 가산세를 부과한 것은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.
① 개정 지방세특례제한법에서 지방세 감면의 대상이 되는 부동산 ‘직접 사용’의 범위를 확대하고 있기는 하나, 지방세특례제한법상 부동산 ‘직접 사용’의 원칙적인 의미, 이 사건 감면규정을 통해 원고에게 지방세를 감면하여 주는 취지 등을 고려하여 보면, 이 사건 감면규정에 따라 지방세 감면의 대상이 되는 부동산은 농수산물 유통 및 판매에 관한 시설로 한정되는 것으로 보아야 한다.
② 부동산 ‘직접 사용’의 범위와 관련한 개정 지방세특례제한법의 내용이 서울특별시장이 행정안전부장관에게 제안한 ‘부속영업인’ 대신 ‘그 밖의 소매인’으로 변경되어 개정되었다.
③ 원고가 이 사건 건물 신축 전에 피고로부터 이 사건 쟁점 시설과 같은 부대편의시설에 대하여 재산세 등을 감면받은 사실이 있다 하더라도 지방세특례제한법에 ‘직접 사용’의 정의 규정이 신설되었고, 이 사건 감면규정에 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인’과 ‘그 밖의 소매인’을 병렬적으로 규정하고 있는데 농수산물 가격안정법 제2조 제7호부터 제9호는 위 ‘도매시장법인’ 등의 의미를 ‘농수산물의 도매나 매매의 중개 등’ 농수산물의 판매나 유통과 관련된 영업을 하는 법인 또는 개인으로 정의하고 있는 점 등에 비추어 보면, 종전의 과세 관행이 그대로 유지된다거나 그와 같은 과세 관행이 유지될 것이라는 점에 관한 원고의 신뢰가 보호할 만한 것이라고 보기도 어렵다.
4) 이 사건 각 처분 중 취소되어야 하는 부분

결국, 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 회 판매 식당 부분은 재산세 및 취득세 등의 과세대상이 되지 않고, 이 사건 회 판매 식당을 제외한 나머지 부분은 재산세 및 취득세 등의 과세대상이 된다고 할 것인바, 이 사건 각 처분의 취득세 및 재산세 등 중에서 이 사건 회 판매 식당과 관련한 재산세 및 취득세 등 세액을 계산하면 별지5 순번1 내지 3의 각 계산 내역 기재와 같고, 그에 따라 이 사건 건물 및 증축 주차장과 관련하여 원고에게 부과되어야 하는 취득세 및 재산세 등의 정당세액은 별지6 [정당세액 표 1] 및 [정당세액 표 2] 기재와 같다. 따라서 이 사건 각 처분 중 별지6 [정당세액 표 1] 및 [정당세액 표 2] 기재 각 세액을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.
3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

관계 법령

■ 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.
8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
제15조(한국농수산식품유통공사 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면)

① 「한국농수산식품유통공사법」에 따라 설립된 한국농수산식품유통공사와 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제70조 제1항에 따른 유통자회사가 농수산물종합직판장 등의 농수산물 유통시설과 농수산물유통에 관한 교육훈련시설에 직접 사용(「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」제2조 제7호부터 제9호까지의 규정에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 그 시설에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다.
② 「지방공기업법」에 따라 농수산물의 원활한 유통 및 적정한 가격의 유지를 목적으로 설립된 지방공사(이하 "농수산물공사"라 한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2016년 12월 31일까지 감면한다.
1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 100(100분의 100의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 농수산물공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(「지방공기업법」 제53조제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 감면한다.
2. 그 법인등기에 대해서는 등록면허세의 100분의 100(100분의 100의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 감면한다.
3. 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100(100분의 100의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 감면한다.
제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

■ 지방공기업법

제49조(설립) ① 지방자치단체는 제2조에 따른 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사(이하 "공사"라 한다)를 설립할 수 있다. 이 경우 공사를 설립하기 전에 특별시장, 광역시장, 특별자치시장, 도지사 및 특별자치도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)는 행정안전부장관과, 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다)은 관할 특별시장ㆍ광역시장 및 도지사와 협의하여야 한다.
② 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 그 설립, 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다.
③ 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 주민복리 및 지역경제에 미치는 효과, 사업성 등 지방공기업으로서의 타당성을 미리 검토하고 그 결과를 공개하여야 한다.
④ 제3항에 따른 타당성 검토는 전문 인력 및 조사ㆍ연구 능력 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 전문기관으로서 행정안전부장관이 지정ㆍ고시하는 기관에 의뢰하여 실시하여야 한다.
■ 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
7. "도매시장법인"이란 제23조에 따라 농수산물도매시장의 개설자로부터 지정을 받고 농수산물을 위탁받아 상장하여 도매하거나 이를 매수하여 도매하는 법인(제24조에 따라 도매시장법인의 지정을 받은 것으로 보는 공공출자법인을 포함한다)을 말한다.
8. "시장도매인"이란 제36조 또는 제48조에 따라 농수산물도매시장 또는 민영농수산물도매시장의 개설자로부터 지정을 받고 농수산물을 매수 또는 위탁받아 도매하거나 매매를 중개하는 영업을 하는 법인을 말한다.
9. "중도매인"이란 제25조, 제44조, 제46조 또는 제48조에 따라 농수산물도매시장·농수산물공판장 또는 민영농수산물도매시장의 개설자의 허가 또는 지정을 받아 다음 각 목의 영업을 하는 자를 말한다.
가. 농수산물도매시장·농수산물공판장 또는 민영농수산물도매시장에 상장된 농수산물을 매수하여 도매하거나 매매를 중개하는 영업

나. 농수산물도매시장·농수산물공판장 또는 민영농수산물도매시장의 개설자로부터 허가를 받은 비상장 농수산물을 매수 또는 위탁받아 도매하거나 매매를 중개하는 영업

제67조(유통시설의 개선 등) ② 도매시장·공판장 및 민영도매시장이 보유하여야 하는 시설의 기준은 부류별로 그 지역의 인구 및 거래물량 등을 고려하여 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정한다.
■ 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 시행규칙

제44조(시설기준) ① 법 제67조 제2항에 따라 부류별 도매시장ㆍ공판장ㆍ민영도매시장이 보유하여야 하는 시설의 최소기준은 별표 2와 같다.
<표생략>

■ 서울특별시 농수산물도매시장 조례(2014. 5. 14. 서울특별시 조례 제5710호로 개정된 것)

제71조(시설의 용도지정 등) ① 법인, 시장도매인, 중도매인 및 부속 영업인이 사용하는 도매시장 시설의 위치, 면적, 사용기간 및 그 밖의 사용조건은 시장이 거래규모, 시설여건, 평가결과 등을 고려하여 지정한다. 다만, 그 시설이 시 이외의 자의 소유인 때에는 그 시설별 용도와 도매시장의 건전한 운영을 확보하기 위하여 즉시 그 이용관계를 제한할 필요가 있다고 인정되는 경우에 한하여 지정한다.
② 도매시장 안에는 법인, 시장도매인, 중도매인과 거래관계자를 위하여 시장이 필요하다고 인정하는 편익업소 및 부대업소 이외의 업소를 둘 수 없다.
■ 서울특별시 농수산물공사 설립 및 운영에 관한 조례(2012. 11. 1. 서울특별시조례 제5373호로 개정된 것)

제16조(사업) 공사는 다음 각 호의 사업을 수행한다.
1. 시가 건립 또는 관할하는 도매시장의 관리 및 운영

2. 도매시장의 공정·투명한 거래질서 확립

3. 도매시장의 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 그 밖의 유통업무종사자에 대한 지원 및 지도감독

4. 농수산식품 유통구조 개선

5. 도매시장 시설물의 유지 관리 및 개선

6. 학교급식사업과 관련된 농수산식품의 유통

7. 농수산식품의 안전·품질 관리

8. 농수산식품에 관한 조사·연구 및 유통정보의 제공

9. 국내외 도매시장의 수탁 관리 및 컨설팅

10. 정관이 정하는 사업

11. 그 밖에 개설자가 도매시장의 관리를 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하여 이 조례 및 규칙으로 정하는 사업

12. 제1호부터 제11호까지의 사업의 부대사업

■ 원고의 정관

제6조(사업의 범위) ① 공사는 제1조의 규정에 의한 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업을 행한다.
1. 시가 건립 또는 관할하는 농수산물도매시장의 관리 및 운영

2. 도매시장의 공정·투명한 거래질서 확립

3. 도매시장의 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 기타 시장관계자에 대한 지원 및 지도감독

4. 농수산물 및 농수산식품 유통구조 개선

5. 도매시장 환경 및 위생에 관한 지도

6. 상품규격화, 등급, 포장개선, 선도유지 관리

7. 도매시장 사용료 및 수수료, 임대료 등의 산정 및 징수

8. 거래투명성 및 대금정산의 안전성 확보를 위한 정산기구의 운영

9. 도매시장 시설물의 유지, 관리 및 개선

10. 학교급식사업과 관련된 농수산식품의 유통

11. 중소슈퍼, 전통시장 등의 경쟁력 제고 또는 농수산물 및 농수산식품 등의 유통·단체급식을 위한 물류센터의 설치·운영

12. 농수산물 및 농수산식품의 전자거래소 운영

13. 농수산물 및 농수산식품의 안전·품질 관리

14. 농수산물 및 농수산식품 분야 전문인력 양성(교육 및 훈련)

15. 농수산물 및 농수산식품에 관한 조사·연구 및 유통정보의 제공

16. 식생활 교육 및 식문화 보급 사업

17. 국내외 도매시장의 수탁 관리 및 컨설팅 사업

18. 농수산물 유통개선을 위한 사채발행, 차관사업과 자금의 차입 및 상환

19. 국가 또는 지방자치단체의 업무 대행

20. 상기 각 호의 부대사업. 끝.
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【서울행정법원 2016구합85347, 2017. 9. 14.】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고가 별지1 [표 1], [표 2] ‘처분일자’란 기재 각 일자에 원고에 대하여 한 위 각 표 ‘부과처분 내용’란 기재 각 취득세, 농어촌특별세, 재산세, 재산세 도시지역분, 지방교육세 부과처분(각 가산세 포함) 중 별지5 [정당세액 표 1], [정당세액 표 2] ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 지방공기업법, 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률 및 서울특별시 농수산물공사 설립 및 운영에 관한 조례에서 정한 바에 따라 농수산물 유통의 원활을 기하고 적정한 가격을 유지 공급하게 함으로써 국민생활의 안정에 기여함을 목적으로 설립된 지방공기업이다.
나. 원고는 2015. 6. 30. 서울 송파구 양재대로 932(가락동)에 아래 표 기재와 같이 연면적 210,957.93㎡인 ‘가락몰’ 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)을 신축·취득하였다.
다. 원고는 2015. 8. 18. 피고에게 이 사건 건물 전체 면적을 고유목적에 직접 사용하기 위하여 취득하였음을 이유로「지방세특례제한법」제15조제2항 제1호에 따른 감면신청을 하여 위 건물의 취득과 관련한 취득세 7,586,068,000원, 농어촌특별세 541,862,000원, 교육세 433,489,600원 등 합계 8,561,419,600원을 감면받았다.
라. 피고는 2016. 7. 15. 원고가 이 사건 건물 중 별지2 목록 기재와 같이 식당·은행·병원·약국 등의 용도로 임대한 79개 호실(이하 ‘이 사건 쟁점 시설’이라 한다) 부분 및 이 사건 건물 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 공실로 남아 있던 15,263.91㎡(이하 ‘이 사건 공실’이라 한다) 부분이 원고의 고유 업무에 직접 사용되지 않아「지방세특례제한법」제178조제1호에 따른 취득세 등의 추징 대상에 해당한다는 내용의 세무조사결과를 통보하였다.
마. 이에 원고는 2016. 8. 12. 서울특별시장에게 과세전적부심사를 청구하였고, 서울특별시장은 2016. 10. 4. 이 사건 쟁점 시설 부분을 제외한 이 사건 공실 부분의 경우 원고의 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 보아 원고의 위 청구를 일부 채택하는 결정을 하였으며, 피고는 이 사건 쟁점 시설 부분 및 공용부분인 증축된 주차장 중 이 사건 쟁점 시설 부분이 차지하는 비율과 관련하여 원고에게 별지1 [표 1] '부과처분 내용‘란 기재 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세(각 가산세 포함)를 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 취득세 등 부과처분’이라 한다).
바. 또한 피고는 2016. 7. 13. 이 사건 쟁점 시설 부분 및 이 사건 공실 부분이 원고의 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다고 보아 원고에게 재산세 114,633,910원, 도시계획세 64,194,980원, 지역자원시설세 443,124,690원, 지방교육세 22,926,750원 등 합계 644,880,330원을 부과·고지하였다.
사. 이에 원고는 2016. 8. 22. 서울특별시장에게 위 재산세 등 부과처분 중 지역자원시설세를 제외한 나머지 부분에 대하여 지방세심사청구를 하였고, 서울특별시장은 2016. 9. 29. 이 사건 쟁점 시설 부분을 제외한 이 사건 공실 부분은 원고의 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 보아 위 재산세 부과처분을 일부 취소하고 이 사건 쟁점 시설 부분과 관련한 원고의 청구는 기각하는 결정을 하였다(피고의 위 바.항 기재 재산세 등 부과처분 중 위와 같이 취소되고 남은 부분은 별지1 [표 2] ‘부과처분 내용’란 기재와 같고, 이를 ‘이 사건 재산세 등 부과처분’이라 하며, 이 사건 취득세 등 부과처분과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
아. 법인등기사항전부증명서상 원고의 목적 사업은 아래 표 기재와 같다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 3, 5 내지 9호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 쟁점 시설은 이 사건 건물과 같이 원고가 관리·운영하는 도매시장에 대하여 적용되는 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률(이하 ‘농수산물 가격안정법’이라 한다)에 따른 최소기준 시설에 해당하므로, 이 사건 쟁점 시설을 관리·운영하는 것은 그 자체로 원고의 고유업무에 해당한다. 또한 2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정된 지방세특례제한법(이하 ‘개정 지방세특례제한법’이라 한다)에서 ‘농수산물 가격안정법에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우’를 원고가 위 부동산을 고유업무에 직접 사용하는 경우에 포함시키는 내용이 추가되었는데, 이 사건 쟁점 시설을 운영하는 부속영업인은 위 추가된 내용 중 ‘그 밖의 소매인’에 해당하며, 이 사건 쟁점 시설은 도매시장의 활성화 및 입주상인들의 편의를 위한 부대시설로 원고의 목적사업 중 도매시장의 관리·운영과 관련된 부대사업 또는 지원사업과 관련한 시설로 평가할 수 있으므로, 이 사건 쟁점 시설은 원고의 고유업무에 직접 사용되는 부동산으로서 지방세 감면대상에 해당한다.
2) 설령, 이 사건 쟁점 시설이 지방세 감면 대상에 해당하지 않더라도, 위 시설은 이 사건 건물을 취득하기 전에 원고가 관리·운영한 도매시장 내에도 존재하였던 시설로서 개정 지방세특례제한법 전후에 걸쳐 재산세 등이 부과되지 않았던 점, 개정 지방세특례제한법의 ‘직접 사용’의 의미와 관련하여 이 사건 쟁점 시설의 취득이 취득세 등의 감면 대상인지에 대하여는 해석상 의의(疑意)가 있는 점 등을 고려할 때, 원고가 이 사건 각 처분에 따른 납세의무를 이행하지 아니한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 각 처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
나. 관계 법령

별지6 관계 법령 기재와 같다.
다. 인정사실

1) 이 사건 쟁점 시설은 그 실제 업종이 편의점, 은행, 약국, 병원, 매점, 식품, 금융기관, 식당, 카페, 핸드폰 판매점 등인데, 이 사건 건물 판매동 및 테마동 내 이 사건 쟁점 시설 중 일부는 즉석에서 수산물을 회로 손질하여 판매하는 시설(별지3 [표1], [표2] 중 ‘구분’란에 ‘회 판매’로 되어 있는 시설, 이하 ‘이 사건 회 판매 식당’이라 한다), 소비자들이 구매한 수산물을 시장 내에서 먹을 수 있도록 식기, 조리도구, 장소 및 밑반찬 등을 제공하는 시설(별지3 [표1], [표2] 중 ‘구분’란에 ‘양념 식당’으로 되어 있는 시설, 이하 ‘이 사건 양념식당’이라 하고, 이 사건 회 판매 식당과 합하여 ‘이 사건 식당’이라 한다)이 포함되어 있다.
2) 이 사건 건물, 이 사건 쟁점 시설, 이 사건 식당의 면적 등은 아래 표 기재와 같다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 5, 10호증, 을 제1, 2, 6 내지 9호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법리 등

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결등 참조). 그러나 조세법규의 문언 자체에 의하더라도 그 의미가 분명하지 아니하거나 외견상 법규 상호 간에 배치되거나 충돌하는 것처럼 보이는 경우 법원으로서는 당연히 법규 상호 간의 조화로운 해석을 통하여 문제가 되고 있는 문언의 진정한 의미를 밝혀내야 한다. 이 경우 법관은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 법규의 합목적적 해석을 할 수 있음은 물론이다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결,대법원 2015.4.16. 선고 2011두5551 판결등 참조).
나) 한편, 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제15조 제2항 제1호 및 제3호(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다)에서는 원고와 같이 지방공기업법에 따라 농수산물의 원활한 유통 및 적정한 가격의 유지를 목적으로 설립된 지방공사의 경우 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 100(100분의 100의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 농수산물공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(지방공기업법 제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다]을 곱한 금액을 2016. 12. 31.까지 감면하고 있고, 같은 법 제2조 제1호, 제8호, 제15조 제1항에 의하면 ‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말하되, 농수산물 가격안정법 제2조 제7호부터 제9호까지의 규정에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우를 포함하며, ‘고유업무’란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다고 규정하고 있다.
2) 원고의 주장에 대한 판단

가) 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당 부분 관련

살피건대, 갑 제7 내지 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당 부분은 농수산물 유통의 원활을 기한다는 원고의 고유업무에 직접 사용된 부동산으로서 이 사건 감면규정에 따른 취득세 및 재산세 등의 감면대상에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당 부분과 관련한 원고의 주장은 이유 있다.
① 2013년 지방세특례제한법 개정 과정에서 1995년부터 계속된 지방공사·공단 등에 대한 지방세 감면규정을 유지할 것인지에 대한 논의가 있었고, 그 결과 국회는 지방재정 건전성을 강화하기 위하여 지방공사 및 자치단체 출자·출연법인에 대한 감면을 축소하되 서민물가와 관련 있는 농수산물공사, 도시철도공사 및 지방공단에 대한 지방세 감면은 현행 수준에서 연장하는 것을 내용으로 하는 지방세특례제한법 개정안을 의결하였으며, 이에 따라 지방세특례제한법은 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 농수산물공사 등에 대한 지방세 감면을 그 당시 수준과 동일하게 2016. 12. 31. 까지 연장하는 내용으로 개정되었는데, 위 개정과정에서 위 감면규정 중 부동산 ‘직접 사용’의 의미를 명확하게 하기 위하여 ‘직접 사용’을 ‘부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것’으로 정의하는 규정(제2조 제1항 제8호)이 신설되었다.
② 원고는 이 사건 건물의 취득 전부터 서울 송파구 가락동에서 농수산물 도매시장을 관리·운영하고 있었고, 위 도매시장 내에는 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인이 사용하는 시설은 물론 이 사건 쟁점 시설과 같은 식당, 매점, 병·의원, 약국 등 부대편의시설이 존재하였으며, 도매시장 내 위 각 시설은 별도의 구분 없이 원고가 직접 사용하는 부동산으로 보아 위와 같이 개정되기 전의「지방세특례제한법」제15조제2항에 따라 재산세 등을 감면받고 있었는데, 위 ‘직접 사용’ 정의 조항의 신설로 원고가 도매시장 내의 상인들에게 임대한 위 각 시설 부분이 재산세 등의 부과대상에 포함되는지 여부가 문제되었다.
③ 이와 관련하여 서울특별시장은 요금인상에 따른 서민물가의 영향 등을 고려하여 과도한 세부담이 발생하지 않도록 지하철공사, 농수산물공사, 시설공단 등은 현행 수준으로 2016년까지 지방세 감면을 연장한다는 개정 지방세특례제한법의 개정취지 등을 고려할 때, ‘직접 사용’의 범위를 위 개정취지 등에 맞게 보완할 필요가 있음을 이유로, 2014. 7. 28. ‘원고가 도매시장 내 시설을 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인, 부속 영업인 등에게 사용토록 하고 그에 대해 사용료, 수수료 등을 받는 경우’를 원고가 그 시설을 직접 사용하는 것으로 보는 내용을 신설하도록 하는 지방세특례제한법 개정의견을 안전행정부장관(현 행정안전부장관, 이하 ’행정안전부장관‘이라 한다)에게 제출하였다.
④ 당초 서울특별시장은 ‘원고가 도매시장 내 시설을 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 등이 사용하고 이에 대한 수수료를 받는 경우’를 원고가 직접 사용에 포함한다는 문구를 재산세 감면과 관련한 조항에 추가하는 내용의 개정의견을 행정안전부장관에게 제출하였으나, 원고는 이에 의할 경우 도매시장 내에 입점해 있는 부대편의시설에 대한 감면 여부 및 취득세 감면 여부에 대한 논란이 있을 것을 우려하여 서울특별시에 위와 같은 시설에 대한 재산세 및 취득세가 면제될 수 있게 문구를 수정해 줄 것을 요청하였고, 서울특별시장은 원고의 요청을 받아들이면서 행정안전부장관에게 당시의 서울특별시 농수산물 도매시장 조례(2014. 5. 14. 서울특별시 조례 제5710호로 개정된 것, 이하 ‘이 사건 서울특별시 조례’라 한다) 제71조 제1항에서 사용하고 있는 ‘부속 영업인’이라는 용어를 포함한 위 ③항 기재 수정 개정의견을 제출하였는데, 당시 위 조례 제71조 제1항 및 제2항에서는 ‘부속 영업인’의 의미를 ‘도매인과 거래관계자 등을 위하여 시장이 필요하다고 인정하는 편익업소 및 부대업소의 영업인’으로 정하고 있었다.
⑤ 이후 서울특별시장의 행정안전부장관에 대한 위 지방세 법령 개정 건의에 따라 개정된 개정 지방세제한특례법 제15조 제1항은 ‘농수산물 가격안정법 제2조 제7호부터 제9호까지의 규정에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우’를 원고가 위 부동산을 고유업무에 직접 사용하는 경우에 포함시키고 있는바, 이 사건 감면규정의 문언 내용 및 개정 경위, 이 사건 감면규정을 통해 원고에게 지방세를 감면하여 주는 취지, 이 사건 서울특별시 조례와 원고의 법인등기사항전부증명서 등에서 정하고 있는 원고의 목적 사업 내용 등을 고려할 때, 이 사건 건물 내에서 농수산물의 판매 또는 유통에 종사하거나 그와 직접적으로 관련이 있는 영업을 하는 소매인은 이 사건 감면규정에서 말하는 ‘그 밖의 소매인’에 해당한다고 봄이 상당하다.
⑥ 그런데 이 사건 식당을 운영하는 상인은 소비자들이 고른 수산물을 회로 손질하여 판매하는 자이거나 이를 시장 내에서 먹을 수 있도록 식기, 조리도구, 장소 및 밑반찬 등을 제공하는 자로서 농수산물의 판매 또는 유통에 종사하거나 그와 직접적으로 관련이 있는 영업을 하는 소매인에 해당하는 것으로 보일 뿐만 아니라, 이러한 시설은 복잡한 조리과정 없이 바로 먹을 수 있고, 신선도에 따라 가치가 크게 달라지는 수산물 및 축산물의 특성상, 시장에 소비자가 구매한 수산물 등을 바로 손질하여 먹을 수 있도록 장소 등을 제공하는 시설이 필요하기 때문에 존재하는 것으로, 농수산물 시장에 필요한 시설로 보이고, 농수산물의 원활한 유통과도 밀접한 관련이 있는 것으로 보인다.
⑦ 피고는, 서울특별시장이 행정안전부장관에게 개정 건의하였던 내용 중 ‘부속 영업인’이 ‘그 밖의 소매인’으로 변경되어 개정되었고, 위 ‘그 밖의 소매인’은 농수산물 가격안정법의 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인에 대한 정의 규정에 부합되게 해석하여야 하므로, 위 ‘그 밖의 소매인’은 농수산물을 매수 또는 위탁받아 매매하거나 매매를 중개하는 등의 농수산물 유통, 판매업에 종사하는 소매인에 한정되어야 한다고 주장한다. 그러나, 농수산물 가격안정법은 농수산물도매시장 등 농수산물의 대량유통을 전제로 하여 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인에 대한 정의 규정만 두고 있을 뿐 소매인에 대한 정의 규정을 별도로 두고 있지 않으므로, 개정 지방세특례제한법상의 ‘그 밖의 소매인’을 위 법의 정의 규정에 부합되게 해석할 이유 내지 근거가 없는 점, 이 사건 건물 내에 원고가 주장하는 것과 같은 방식으로 농수산물 유통, 판매업에 종사하는 소매인이 별도로 존재하지 않는 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 위와 같은 피고의 주장은 받아들이기 어렵다.
다) 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당을 제외한 나머지 시설 부분 관련

살피건대, 갑 제6 내지 15호증, 을 제5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당을 제외한 나머지 시설 부분은 원고의 고유업무에 직접 사용된 부동산으로서 이 사건 감면규정에 따른 취득세 및 재산세 등의 감면대상에 해당한다고 보기 어려우므로, 이 부분과 관련한 피고의 이 사건 각 처분은 적법하고, 그와 관련한 원고의 주장은 이유 없다.
①「지방세특례제한법」제2조제8호에서 ‘직접 사용’이란 ‘부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다’고 하여 부동산의 ‘직접 사용’을 소유자에 의한 사용으로 한정하고 있고, 개정「지방세특례제한법」제15조제1항에서 ‘농수산물 가격안정법 제2조 제7호부터 제9호까지의 규정에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우’를 원고가 부동산을 고유업무에 직접 사용하는 경우에 포함시키도록 별도로 규정하고 있는바, 위 개정 지방세특례제한법의 조항에 해당하는 경우가 아닌 이상 원고가 임대한 이 사건 건물 부분은 원칙적으로 이 사건 감면규정에 따른 감면대상인 ‘원고가 고유업무에 직접 사용하는 부동산’에 해당한다고 할 수 없다.
② 또한, 이 사건 감면규정은 당초 원고가 행정안전부장관에게 제안한 ‘원고가 도매시장 내 시설을 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인, 부속 영업인 등에게 사용토록 하고 그에 대해 사용료, 수수료 등을 받는 경우 그 시설을 직접 사용하는 것으로 본다’는 내용이 아닌 ‘농수산물 가격안정법 제2조 제7호부터 제9호까지의 규정에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우를 원고가 위 부동산을 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다’는 내용으로 변경된 이상 위 ‘그 밖에 소매인’에 종전에 재산세 등 감면대상이 된 이 사건 시설 내 모든 부속영업인이 당연히 포함된다고 할 수도 없다.
③ 원고는 지방공기업법, 농수산물 가격안정법 및 이 사건 서울특별시 조례에서 정한 바에 따라 농수산물 유통의 원활을 기하고 적정한 가격을 유지 공급하게 함으로써 국민생활의 안정에 기여함을 목적으로 설립되었고, 지방세특례제한법에서 감면하여 주는 취지 역시 위와 같은 목적 달성을 위해 원고로 하여금 그 업무를 원활히 수행할 수 있도록 세제상 지원을 하기 위한 것인바, 결국 원고가 이 사건 건물 내 부동산을 고유목적에 직접 사용하는 경우에 해당하는지 여부는 위와 같은 입법 목적에 직접적으로 부합하는지 여부로 판단하여야 하는 것이고, 단순히 원고의 목적 사업에 부수사업 등이 포함되어 있다는 것만으로 상인 내지 이용객들이 사용할 수 있는 모든 시설 사업 내지 원고의 목적 달성에 간접적으로 기여하거나 기여할 가능성이 있는 모든 사업이 고유목적 사업에 해당한다고 할 수는 없다.
④ 이 사건 감면규정의 문언 내용과 그 입법 목적, 지방공기업법, 농수산물 가격안정법 및 이 사건 서울특별시 조례 등에 따른 원고의 설립 목적 등을 고려할 때, 이 사건 감면규정에서 정한 '그 밖의 소매인 등이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우‘라 함은 원고로부터 이 사건 건물 중 일부를 임차한 상인이 직접 농수산물의 유통 또는 판매업을 영위하거나 그와 직접적으로 관련된 영업을 영위하는 경우에 한하고, 그 외의 소매인 등은 그러한 시설의 설치·운영과 간접적으로 관련이 있다 하더라도 여기에 포함된다고 할 수 없다 할 것인데, 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당을 제외한 나머지 시설의 경우 농수산물의 유통 또는 판매와 직접 관련이 있다고 보기 어렵다(나아가 이 사건 쟁점 시설 중 병의원, 금융기관, 카페 등 이 사건 식당을 제외한 나머지 시설의 경우 이 사건 건물 내 상인과 건물 이용자는 물론 일반 시민들을 상대로 한 수익사업 시설로 보일 뿐이고, 원고가 위 시설과 관련하여 이 사건 건물 내 상인 내지 건물 이용자에 대하여 취급을 달리하고 있다는 등의 사정도 보이지 않는다).
⑤ 이 사건 건물 내 임대시설 중 농수산물의 유통 및 판매 등과 직접적으로 관련이 없는 시설에 대하여서까지 지방세 감면의 혜택이 적용된다고 볼 경우 원고의 도매시장 운영과 필수적으로 관련이 없는 시설들까지 필요 이상으로 과다하게 설치할 유인을 제공할 수 있어, 농수산물 원활한 유통 및 적정한 가격의 유지·공급을 도모하기 위한 세제 지원 취지가 불합리한 경제적 효과를 유발할 수 있다.
⑥ 원고는, 농수산물 가격안정법 제67조 및 같은 법 시행규칙 제44조 제1항 [별표 2]의 시설기준에서 ‘금융기관 점포, 기타 이용자의 편의를 위하여 필요한 시설’ 등을 원고가 운영하는 도매시장 등의 최소기준 시설로 규정하고 있음을 들어 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당을 제외한 나머지 시설의 경우에도 원고가 이를 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 위 별표에서도 부수시설 및 금융기관 점포, 기타 이용자의 편의를 위하여 필요한 시설과 같은 기타시설의 경우 이를 반드시 보유할 것을 요구하고 있지 않고, 이 사건 감면규정은 특혜 규정에 해당되어 그에 대한 유추·확장해석은 원칙적으로 허용될 수 없다 할 것인데, 위 감면규정에 포함된 직접 사용의 의미를 원고의 위 주장과 같이 해석할 경우 이는 사실상 위 별표 시설기준에서 정한 시설에 대하여는 그 전체가 관련 지방세 규정이 정한 재산세 등의 감면이 허용된다고 해석하는 것이어서 원고의 위와 같은 주장은 받아들이기 어렵다.
라) 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당을 제외한 나머지 시설 부분과 관련한 가산세 면제 여부

⑴ 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당되지 아니한다(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결등 참조).
⑵ 살피건대, 원고는 이 사건 건물을 취득하기 전부터 서울 송파구 가락동에서 농수산물 도매시장을 관리·운영하고 있었고, 위 도매시장 내에는 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인이 사용하는 시설뿐 아니라 이 사건 쟁점 시설과 같은 식당, 매점, 병·의원, 약국 등 부대편의시설이 존재하였는데, 원고는 위 부대편의시설에 대하여도 재산세 등을 감면받은 사실, 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법에 부동산 ‘직접 사용’의 의미에 관한 정의 규정이 추가되었고, 이와 관련하여 개정 지방세특례제한법에서 ‘농수산물 가격안정법에 따른 도매시장법인, 시장도매인, 중도매인 및 그 밖의 소매인이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우’를 원고의 부동산 직접 사용에 포함시키는 내용을 추가하는 개정이 이루어진 사실은 앞에서 본 바와 같다.
그러나, 갑 제7 내지 15호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 개정 지방세특례제한법에서 지방세 감면의 대상이 되는 부동산 ‘직접 사용’의 범위를 확대하고 있기는 하나, 지방세특례제한법상 부동산 ‘직접 사용’의 원칙적인 의미, 이 사건 감면규정을 통해 원고에게 지방세를 감면하여 주는 취지 등을 고려할 때, 이 사건 감면규정에 따라 지방세 감면의 대상이 되는 부동산은 농수산물 유통 및 판매와 직접적으로 관련이 있을 것이 요구된다고 보이는 점, ② 부동산 ‘직접 사용’의 범위와 관련한 개정 지방세특례제한법의 내용이 서울특별시장이 행정안전부장관에게 제안한 ‘부속영업인’ 대신 ‘그 밖의 소매인’으로 변경되어 개정된 점, ③ 원고가 이 사건 감면규정에 따라 피고에게 이 사건 건물의 취득세 등 감면신청을 함에 있어 위 건물 전체를 임대하지 않고 직접 사용하겠다는 내용의 사용계획서를 작성하여 제출하였음에도, 이후 고유목적과 관련이 없는 제3자에게까지 위 건물을 임차하여 수익을 얻어온 점, ④ 취득세는 신고납세방식의 조세이므로 취득세 면제 대상에 해당하는지 여부는 기본적으로 원고가 법령에 따라 판단할 사항이고, 피고가 지방세특례제한법에 직접 사용에 관한 정의규정이 신설된 이후에도 상당 기간 원고에게 재산세 등을 부과하지 않았다고 하여 이와 달리 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 위에서 인정한 사실만으로는 원고가 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당을 제외한 나머지 시설 부분과 관련한 취득세와 재산세 등을 납부하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.
따라서 피고가 원고에게 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당을 제외한 나머지 시설 부분에 대한 지방세 및 재산세 등과 관련하여 가산세를 부과한 것은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.
마) 이 사건 각 처분 중 취소되어야 하는 부분

결국, 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당 부분은 재산세 및 취득세 등의 과세대상이 되지 않고, 이 사건 식당을 제외한 나머지 부분은 재산세 및 취득세 등의 과세대상이 된다고 할 것인바, 이 사건 각 처분의 취득세 및 재산세 등 중에서 이 사건 식당과 관련한 재산세 및 취득세 등 세액을 계산하면 별지4 순번1 내지 4의 각 계산 내역 기재와 같고, 그에 따라 이 사건 건물 및 증축 주차장과 관련하여 원고에게 부과되어야 하는 취득세 및 재산세 등의 정당세액은 별지5 [정당세액 표1] 및 [정당세액 표2] 기재와 같다. 따라서 이 사건 각 처분 중 별지5 [정당세액 표1] 및 [정당세액 표2] 기재 각 세액을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

이 사건 감면규정에서 정한 '그 밖의 소매인 등이 해당 부동산을 그 고유업무에 사용하는 경우‘라 함은 원고로부터 이 사건 건물 중 일부를 임차한 상인이 직접 농수산물의 유통 또는 판매업을 영위하거나 그와 직접적으로 관련된 영업을 영위하는 경우에 한하고, 그 외의 소매인 등은 그러한 시설의 설치·운영과 간접적으로 관련이 있다 하더라도 여기에 포함된다고 할 수 없다 할 것인데, 이 사건 쟁점 시설 중 이 사건 식당을 제외한 나머지 시설의 경우 농수산물의 유통 또는 판매와 직접 관련이 있다고 보기 어렵고 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당되지 아니한다.