등록세등부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2008.01.09 / 시행일:

【원 고】 재단법인 한국기독교장노회총회유지재단 (소송대리인 법무법인 바른 담당변호사 김관중)
【피 고】 서울특별시 강북구청장 (소송대리인 법무법인 동인 담당변호사 김용진)
【변론종결】2007. 12. 5.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】피고가 2006. 12. 10. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 등록세 588,067,340원의 부과처분 중 40,385,260원을 초과하는 부분, 지방교육세 108,779,610원의 부과처분 중 7,470,370원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 1980. 11. 26. 재단 소유재산 관리, 기독교 선교활동, 학생육영 및 봉사사업 등을 목적으로 설립된 재단법인으로, 2004. 12. 20. 재단법인 대화문화아카데미와의 사이에 서울 강북구 수유동 (지번 1 생략) 임야 18,215㎡, (지번 2 생략) 대지 1,474㎡, (지번 3 생략) 대지 684㎡ 및 위 지상 각 건물(토지면적 합계 20,373㎡, 건물면적 합계 6,906.86㎡, 이하 위 각 토지와 건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 대금 12,043,000,000원에 매수하는 내용의 매매계약을 체결한 다음, 2005. 2. 28. 매매잔금을 지급하였다.
 나. 원고는 이 사건 부동산 중 수익사업 용도의 숙박시설로 사용되는 ‘아카데미하우스’(토지면적 15,250.71㎡, 건물면적 5,170.30㎡)에 대하여는 2005. 5. 25.을 취득일로 하여 2005. 6. 24. 피고에게 취득세 175,346,080원 및 농어촌특별세 17,534,600원을 신고·납부하였고, 그 외에 ‘영성수련원’(토지면적 2,211.67㎡, 건물면적 749.8㎡)과 ‘기장총회회관’(토지면적 2,910.62㎡, 건물면적 986.76㎡)은 지방세법 제107조, 제127조 제1항에서 규정한 종교단체가 목적사업에 직접 사용하는 부동산이라는 이유로 비과세신청을 하여 피고로부터 취득세 및 등록세 등을 비과세 받았다. 
 다. 피고는 이 사건 부동산에 관한 세무조사를 실시한 후, 2006. 12. 10. 원고에 대하여 ① 원고가 이 사건 부동산을 2005. 2. 28. 취득하였음에도 취득신고를 지연하여 2005. 6. 24. 신고납부하였다는 이유로 그에 따른 취득세 가산세 39,593,290원 및 농어촌특별세 가산세 1,753,520원가 부과되어야 하고, ② 이 사건 부동산 중 비과세한 ‘영성수련원’ 및 ‘기장총회회관’ 건물 1,736.56㎡ 중 ‘영성수련원’ 및 ‘기계실’ 803.37㎡가 호텔의 숙박시설 등 수익사업 용도로 사용되고 있다는 이유로 그 해당부분 면적을 안분하여 산출한 취득가액 1,516,647,248원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 40,385,260원, 농어촌특별세 3,336,610원, 등록세 40,385,260원 및 지방교육세 7,470,370원이 부과되어야 하며, ③ 원고가 2003. 5. 26. 서울 서대문구 충정로2가 (지번 4 생략)에 분사무소를 설치하여 (사업자등록번호 1 생략)을 필하고 2003. 11. 28. 분사무소 설치등기를 하였다가 이 사건 부동산을 취득한 후 ‘아카데미하우스’에 호텔업을 운영하기 위하여 2005. 8. 29. 이 사건 부동산 소재지인 서울 강북구 수유동 (지번 1 생략)으로 사업장을 이전하는 사업자변경등록을 필한 다음 2006. 1. 20. 위 분사무소 이전등기를 하였다는 이유로, ‘아카데미하우스’ 및 위 ②에서 수익사업 용도라고 추가로 파악한 ‘영성수련원’ 및 ‘기계실’ 부분에 관한 소유권이전등기는 구 지방세법(2006. 12. 30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제138조 제1항 제3호 소정의 대도시 내에서의 지점 또는 분사무소 설치에 따른 부동산등기로서 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아, 위 ①, ②, ③을 종합하여 과세표준액을 당초 원고가 신고한 8,767,304,000원과 위에서 추가로 인정한 1,516,647,248원의 합계 10,283,951,248원을 기준으로 산정한 세액에서 원고가 당초 신고납부한 세액을 공제하여 산출한 2005년 귀속 등록세 547,682,080원, 지방교육세 101,309,240원을 부과, 고지하였다{결국 원고의 이 사건 부동산 취득으로 인하여 추가로 부과, 고지된 등록세는 588,067,340원(=40,385,260원+547,682,080원)이고, 지방교육세는 108,779,610원(=7,470,370원+101,309,240원)이나, 원고는 그 중 위 ③의 사유로 인한 등록세와 지방교육세 부분의 취소를 구하므로 이하에서는 위 등록세 부과처분 중 40,385,260원을 초과하는 부분과 위 지방교육세 부과처분 중 7,470,370원을 초과하는 부분을 합하여 ‘이 사건 부과처분’이라 한다}. 
 라. 원고가 2007. 2. 1. 행정자치부장관에게 이 사건 부과처분에 대한 심사청구를 하였으나, 행정자치부장관은 같은 해 4. 30. 위 심사청구를 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증 내지 갑4호증의 2, 을8호증의 1, 2의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 부과처분의 적법 여부
 가. 원고의 주장 
 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장한다.
 원고는 새로운 총회회관을 건립하여 그 건물에 대한 임대사업을 영위하기 위하여 서울 서대문구 충정로2가 (지번 4 생략)에 주소를 둔 분사무소를 설치 및 등기하였으나, 서울특별시가 2004. 11. 10. 위 주소 위에 있던 기존 건물을 문화재로 등록하는 바람에 위 분사무소는 아무런 물적·인적 설비를 갖추지 못하고 영업활동이나 업무를 수행해 보지도 못한 채 사업자등록 및 법인등기부 상으로만 분사무소로 존재하게 되었다. 그런데 서울 강북구 수유동 (지번 1 생략)으로 원고의 주사무소를 옮기면서 종교사업 용도에 직접 사용되지 않는 숙박시설인 아카데미하우스에 대하여 원고가 호텔사업을 운영해 본 경험 등이 없어 시설관리용역은 주식회사 신진개발이엔지(이하 ‘신진개발이엔지’라 한다)에게, 호텔의 운영과 영업관리는 주식회사 에이치티씨(HTC, 이하 ‘에이치티씨’라 한다)에게 각 위탁하였고, 다만 사업자등록은 기존의 사업자등록을 이용하되 사업장을 주사무소 소재지로 하는 변경등록을 필하였다. 따라서 아카데미하우스의 운영은 원고의 지휘·감독 없이 에이치티씨가 독자적으로 운영책임을 지고 있으므로 원고의 본점 이외에 아카데미하우스 운영을 위한 독립한 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무소 또는 사업이 행하여지는 장소가 없으므로 분사무소의 설치라는 실질에 해당되지 않아 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 대도시내에서의 지점 또는 분사무소 설치에 해당하지 않음에도 불구하고 이에 대하여 등록세 등을 중과세하는 것은 부당하다. 
 나. 관계법령
 별지 관계법령 기재와 같다.
 다. 인정사실
 (1) 원고는 1980. 11. 26. 본점소재지를 서울 종로구 연지동 136-56으로 하여 법인 설립등기를 마쳤다. 
 (2) 원고는 2003. 5. 1. 재단법인 가나다연합교회유지재단으로부터 서울 서대문구 충정로2가 (지번 4 생략) 대 3,736㎡를 증여받아 그 지상의 한국기독교장로회 선교교육원 건물을 철거하고 원고의 총회회관 건물을 신축하려는 계획을 수립한 후 2003. 5. 26. 건축허가를 받음과 동시에 법인명(단체명)을 (재)한국기독교장로회총회유지재단으로, 사업장 소재지를 서울 서대문구 충정로2가 (지번 4 생략)으로, 본점 소재지를 서울 종로구 연지동 136-56 연합회관 1501호로, 사업의 종류를 부동산임대업으로 한 (사업자등록번호 1 생략)을 필하고 2004. 3. 9. 위 장소를 원고의 분사무소로 법인등기부에 등기하였다. 
 (3) 그런데 서울특별시가 2004. 11. 19. 서울 서대문구 충정로2가 (지번 4 생략) 지상 한국기독교장로회 선교교육원 건물을 문화재로 지정하여 문화재등록 예고통보(등록번호 142호)를 하는 바람에, 위 건물을 철거하여 그 곳에 총회회관을 신축하려던 원고의 계획이 무산되었다.
 (4) 이에 원고는 총회회관 건립에 대한 대안으로 이 사건 부동산을 취득한 다음, 2005. 3. 21. 주사무소를 서울 강북구 수유동 (지번 1 생략)으로 이전하고 같은 해 7. 20. 법인등기부에 이를 등기하였다. 또한 원고는 2005. 8. 29. 위 사업자등록상 법인명(단체명)을 (재)기장아카데미하우스로 변경하고, 사업장 소재지를 서울 강북구 수유동 (지번 1 생략)으로 이전하며, 사업의 종류에 호텔업·한식업·외환교환업을 추가하는 사업자변경등록을 하였고, 2006. 1. 20. 위 장소로 원고의 법인등기부상 분사무소 이전등기가 경료되었다.
 (5) 원고는 2004. 12. 30. 신진개발이엔지와의 사이에 다음과 같은 내용으로 '아카데미하우스‘ 건물에 관한 시설관리용역계약을 체결하였다.
 (가) 신진개발이엔지는 월별 시설유지 등에 관한 유지, 관리 등의 사항을 원고에게 보고, 승인을 득한 후 계획에 따라 제반 업무를 수행한다(제5조).
 (나) 신진개발이엔지는 1일 업무일지 등을 작성하여 원고의 관리책임자에게 보고하여야 한다(제6조).
 (다) 신진개발이엔지의 시설유지보수작업에 필요한 각종 소모품과 자재는 원고가 공급한다(제7조).
 (라) 신진개발이엔지는 원고의 지시감독하에 작업을 실시하고 원고가 직원의 근무상태에 대하여 점검결과 부적합하다고 통보를 받았을 때에는 즉각 시정하여야 한다(제8조).
 (마) 신진개발이엔지의 종업원은 근무시간에 작업현장을 이탈하여서는 안되고 결근, 조퇴 시에는 신진개발이엔지의 현장책임자에게 결재를 득하여야 하며 신진개발이엔지는 원고의 관리책임자에게 통보하여야 한다(제11조).
 (6) 또한 원고는 2005. 7. 4. 에이치티씨와의 사이에 다음과 같은 내용으로 ‘아카데미하우스’ 및 ‘영성수련원‘의 숙박시설에 관한 위탁운영계약을 체결하였다.
 (가) 원고는 계약 시설의 대표로서 권리와 의무를 다하고, 자신의 명의로 건축허가, 사용검사 및 영업허가 등 계약시설과 관련된 인·허가를 취득하여야 하며, 계약시설에 대한 건축 및 실내장식을 완료하고 계약시설의 운영에 필요한 설비, 가구, 집기, 유니폼, 린넨류, 전산기기, 사무용 집기 및 비품 등을 구비 또는 비치하여야 한다(제5조).
 (나) 원고는 사업과 관련한 에이치티씨의 업무를 감독하고, 원고가 지명한 자로 하여금 계약시설에 관련된 모든 장부의 열람, 회계감사(년 2회), 시설점검을 할 수 있으며, 에이치티씨의 사업과 관련한 업무처리가 관계법규 등에 위배되거나 부당하다고 인정된 때에는 이에 대한 시정을 요구할 수 있고, 에이치티씨는 정당한 사유가 없는 한 이에 응하여야 한다(제6조).
 (다) 에이치티씨는 기업회계기준에 따라 적당한 회계체제를 수립·유지하여야 하고, 모든 회계장부와 기록은 계약시설 내에 보관하고 원고의 명의로 하며, 수탁시설의 운영에서 당일 발생한 수입금은 익일 오전까지 원고가 지정한 통장에 입금하여야 하고, 매월 수입 및 비용의 내역과 운영실적을 익월 10일까지 원고에게 보고하여야 하며, 원고는 필요시 원고의 직원을 회계담당으로 지정할 수 있다(제9조).
 (라) 원고는 본 계약과 관련한 에이치티씨의 종업원에 대한 인건비(퇴직금 및 복리후생비 포함)는 매월 25일 지급하고, 에이치티씨는 합의된 인건비 총액 범위 내에서 지출하되 이를 초과할 사유가 발생할 경우 원고와 에이치티씨가 합의하여 집행한다(제11조).
 (마) 계약시설의 운영을 위한 필요 자금은 에이치티씨의 요청에 의하여 원고가 지정한 통장에 이체하여 에이치티씨가 사용한다(제12조).
 (바) 원고가 위탁 운영의 대가로, 에이치티씨가 연간 운영이익이 7억 5,000만원 초과시 운영이익의 5%를 기본 수수료로 지급하고, 연간 운영이익이 7억 5,000만원과 기본 수수료를 초과한 금액이 발생하였을 경우에는 5년차까지 초과금액의 40%, 6년차 이후는 초과금액의 30%로 하며 지급시기는 익년 2월말로 하며, 매년 매출액이 재료비 및 인건비에도 도달하지 못할 경우에는 이에 대한 모든 책임을 에이치티씨가 진다(제13조). 
 (7) 원고의 홈페이지상 ‘영성수련원’은 신관으로 표현되어 온돌스위트룸은 객실당 220,000원에, 온돌룸은 110,000원에 제공되고 숙박자를 대상으로 24시간 비즈니스센터(인터넷, 팩스, 프린터, 복사기 등 비치 제공)을 운영하고 있는 것으로 나타나 있다.
 (8) 재단법인 기장아카데미하우스 명의( 사업자등록번호 1 생략)로 에이치티씨가 고용한 일용근로자의 근로소득세, 사업소득세는 원고의 본점과는 별도로 원천징수되어 도봉세무서에 신고·납부되었고, 2005 사업연도에 원고 명의( (사업자등록번호 2 생략), 업태 : 부동산, 종목 : 임대)의 법인세 과세표준 및 세액신고와 재단법인 기장아카데미하우스 명의( (사업자등록번호 1 생략), 업태 : 숙박외, 종목 : 호텔외)의 법인세 과세표준 및 세액신고가 별도로 이루어졌다. 
[인정근거] 갑4호증의 1 내지 갑14호증, 을1호증 내지 을3호증의3, 을6호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지 
 라. 판단
 (1) 구 지방세법 제138조 제1항 제3호가 규정하는 등록세 중과세 요건인 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산등기에 있어서 지점 또는 분사무소라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 그 명칭 여하를 불문하고 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 당해 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하고, 여기서 말하는 인적 설비란 당해 법인의 지휘·감독 하에 인원이 상주하는 것을 뜻할 뿐이고 그 고용형식이 반드시 당해 법인에 직속하는 형태를 취할 것을 요구하는 것은 아니다( 대법원 1998. 4. 24. 선고 98두2737 판결 참조). 
 (2) 이 사건에 돌아와 보건대, 위 인정사실에서 본 바와 같은 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 위 사업자등록상 상호 및 사업장 소재지를 변경하는 한편 사업의 종류에 호텔업·한식업·외환교환업을 추가하는 사업자변경등록을 한 후, 이 사건 부동산에 법인등기부상 분사무소 이전등록을 하였을 뿐만 아니라 그 이후 원고의 본점과는 별도로 사업자등록을 한 후 원고의 본점과는 별도로 일용근로자의 근로소득세, 사업소득세를 신고·납부하는 등 원고의 본점과 회계를 분리하여 별개로 처리한 점, ② 원고가 위탁운영업체인 에이치티씨에게 계약시설의 운영에 필요한 설비, 가구, 전산기기, 사무용 집기 및 비품 등의 물적 시설을 모두 제공하여 ‘아카데미하우스’와 ‘영성수련원’에 비치하였을 뿐만 아니라 운영수수료와는 별도로 매월 에이치티씨의 종업원들에 대한 인건비를 지급하는 한편 합의된 인건비 총액을 초과할 사유가 발생할 경우 원고와 에이치티씨가 합의하여 집행하도록 하는 등 원고가 에이치티씨 소속 종업원들에 대한 인건비에 대하여까지 통제 및 감독을 한 점, ③ 위탁운영계약상 원고가 에이치티씨의 업무를 감독하고, 장부의 열람, 시설점검을 함은 물론 회계와 관련하여 에이치티씨가 수탁시설의 운영에서 당일 발생한 수입금을 매일 원고가 지정한 통장에 입금하며 매월 수입 및 비용의 내역과 운영실적을 원고에게 보고하여야 하는 등 원고가 위탁운영계약상 에이취티씨의 회계업무에 광범위하게 관여하고 감독할 수 있다고 보이는 점, ④ 신진이엔지와의 시설관리용역계약상 신진이엔지는 월별 시설유지 등에 관한 유지, 관리 등에 관한 사항을 원고에게 보고하고, 승인을 얻어 업무를 수행하는 한편, 시설유지보수작업에 필요한 각종 소모품과 자재를 원고가 공급하며, 원고의 지시, 감독 하에 작업을 실시하는 등 원고가 신진이엔지의 시설관리업무에 있어서도 상당 부분 지휘감독권을 행사한 점, ⑤ ‘영성수련원’은 ‘아카데미하우스’와 별개의 건물이지만, 원고와 에이치티씨와의 위탁운영계약상 위탁운영의 대상으로 명시되어 있을 뿐만 아니라 원고 스스로 홈페이지에서 신관으로 표현하면서 숙박시설로 이용하고 있는 점 등을 종합해 볼 때, 원고는 이 사건 부동산 중 ‘아카데미하우스’, ‘영성수련원’ 및 ‘기계실’ 부분에 숙박시설을 위한 각종 물적 설비를 갖추고, 비록 원고가 신진이엔지와의 시설관리용역계약 및 에이치티씨와의 위탁운영계약을 통하여 그 직원들이 원고에 직속하는 고용형식을 취하지는 않았지만 신진이엔지와 에이치티씨 소속 직원을 실질적으로 지휘·감독함으로써 인적 설비까지 갖추어 이 사건 부동산 중 ‘아카데미하우스’, ‘영성수련원’ 및 ‘기계실’ 부분에서 원고의 호텔업 등의 사업을 계속적으로 행하였다고 봄이 상당하므로 이 사건 부동산 중 ‘아카데미하우스’, ‘영성수련원’ 및 ‘기계실’ 부분은 실질적으로는 원고의 분사무소로서의 역할을 하였다고 할 것이다.
 (3) 따라서 이 사건 부동산 중 ‘아카데미하우스’, ‘영성수련원’ 및 ‘기계실’ 부분을 원고의 분사무소로 보고 그에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 대도시 내에서의 지점 설치에 따른 부동산등기에 해당한다고 보아 등록세 등을 중과한 이 사건 부과처분은 적법하다. 
3. 결론
 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
[별지 관계 법령 생략]

판사 전성수(재판장) 정준화 이주영