법인세경정거부처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2009.07.09 / 시행일:

【원고, 피상고인】 원고 주식회사 (소송대리인 변호사 이임수외 3인)
【피고, 상고인】 중부세무서장 (소송대리인 변호사 진행섭)
【원심판결】 서울고법 2006. 12. 21. 선고 2006누14348 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
 1. 상고이유 제1점에 대하여
 구 국세기본법(2005. 7. 13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제2호, 제3항의 규정에 의하면, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하였으나 그 과세표준신고서에 기재된 결손금액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액에 미달하는 때에는 관할세무서장에게 결손금액의 증액을 내용으로 하는 경정청구를 할 수 있고, 이 경우 경정청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 결손금액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 할 의무가 있으므로, 만약 세무서장이 납세자의 결손금액증액경정청구에 대하여 그 전부나 일부를 거부한 경우에는 납세자로서는 그 거부처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기할 수 있다. 
 같은 취지에서, 결손금액증액경정청구 거부처분이 항고소송의 대상이 된다고 본 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 행정소송의 대상이 되는 처분에 관한 법리오해의 위법이 없다.
 상고이유에서 내세우는 대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결 등은 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.
 2. 상고이유 제2점에 대하여
 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항은 ‘증권거래법에 의한 한국증권거래소에 당해 기업의 주권을 상장한 기업 또는 한국증권업협회에 등록한 기업이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 주가안정을 위하여 증권거래법 제189조의2 제1항의 규정에 의하여 취득한 자기주식을 처분함에 따른 손실을 보전할 목적으로 자사주처분손실준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도에 취득한 자기주식의 취득가액에 100분의 30을 곱하여 산출한 금액의 범위 안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다’고 규정하고, 법인세법 제61조 제1항은 ‘내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다’고 규정하고 있다.
 법인세법 제61조 제1항이 자사주처분손실준비금을 비롯한 조세특례제한법상 준비금을 세무조정계산서에 계상하는 방법으로 손금에 산입하는 것을 허용한 취지는 이와 같은 준비금은 실제로 발생한 비용이 아니어서 기업회계상 이를 법인의 장부에 비용으로 계상할 수 없다는 점을 고려하여 특별히 신고조정의 방법에 의하여 그 준비금의 설정에 따른 손금산입이 허용되는 것임을 밝힌 데에 있으므로, 내국법인이 당초 조세특례제한법상 준비금을 손금으로 계상하지 아니한 채 과세표준을 계산하여 그 과세표준신고서를 제출하였다고 하더라도 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 경정청구기간 내에는 경정청구를 통하여 신고조정의 방법에 따라 당해 준비금을 손금에 산입할 수 있다. 
 한편, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 허용된다고 할 것인데(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조), 법인세법 제61조 제1항이 조세특례제한법상 준비금의 손금산입요건으로 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금 상당액을 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있는 취지는 손금에 산입한 준비금 상당액이 추후 익금에 산입될 때까지 배당 등을 통하여 사외로 유출되는 것을 방지하고자 하는 데에 있으므로, 비록 법인세법 제61조 제1항이 손금으로 계상한 준비금 상당액을 ‘당해’ 사업연도의 이익처분에 있어서 적립금으로 적립하도록 규정하고 있더라도, 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 적립하여야 할 금액에 미달하게 적립한 때에는 그 미달액 상당액이 배당 등을 통하여 사외로 유출될 여지가 없는 점, 조세특례제한법상 준비금의 손금산입제도는 납세자에게 조세를 영구히 면제하여 주는 것이 아니라 추후에 그 목적용도에 사용한 경우 준비금과 상계하거나 상계 후 잔액을 익금에 산입하여 일시적으로 과세를 이연하는 제도인 점 등에 비추어 보면, 어느 법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 준비금 상당액 전액을 적립금으로 적립할 수 없는 때에는 당해 사업연도의 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 이 경우 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 조건으로 손금산입을 허용하되, 만일 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하였음에도 이를 적립하지 않는 때에는 그 한도 내에서 손금산입을 부인하는 것으로 해석함이 상당하고, 이는 조세특례제한법상 준비금의 하나인 구 조세특례제한법 제104조의3 소정의 자사주처분손실준비금에 대하여도 마찬가지라 할 것이다. 
 같은 취지에서 원심은, 원고가 2003. 12. 26. 주가안정을 위하여 국가로부터 자기주식인 이 사건 주식을 취득하였음에도 2003 사업연도에는 처분가능이익이 없어 이익처분에 의하여 이 사건 자사주처분손실준비금에 상당하는 금액을 적립하지 못하였으나 그 후인 2004 사업연도 중에 발생한 처분가능이익으로 이를 적립할 것을 전제로 위 준비금을 신고조정의 방법으로 손금에 산입하겠다는 내용의 경정청구를 하였음에도, 피고가 이를 거부한 것은 위법하다고 판단하였는바, 앞서 본 각 법리와 기록에 비추어 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 자사주처분손실준비금에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 3. 결론
 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이홍훈(재판장) 김영란 김능환 차한성(주심)

[1] 관할세무서장이 납세의무자의 결손금액증액경정청구의 전부나 일부를 거부한 경우, 납세의무자가 그 거부처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기할 수 있는지 여부(적극)
[2] 내국법인이 당초 조세특례제한법상 준비금을 손금으로 계상하지 아니한 채 과세표준을 계산하여 그 과세표준신고서를 제출한 경우, 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간 내에 경정청구를 통하여 신고조정의 방법에 따라 당해 준비금을 손금에 산입할 수 있는지 여부(적극)
[3] 법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 조세특례제한법상 준비금 상당액 전액을 적립할 수 없는 경우, 다음 사업연도 이후에 발생할 처분가능이익을 추가로 적립하는 것을 조건으로 법인세법 제61조 제1항에 따라 그 준비금을 손금에 산입할 수 있는지 여부(적극)

[1] 구 국세기본법(2005. 7. 13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제2호, 제3항의 규정에 의하면, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하였으나 그 과세표준신고서에 기재된 결손금액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액에 미달하는 때에는 관할세무서장에게 결손금액의 증액을 내용으로 하는 경정청구를 할 수 있고, 이 경우 경정청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 결손금액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 할 의무가 있다. 그러므로 만약 세무서장이 납세자의 결손금액증액경정청구에 대하여 그 전부나 일부를 거부한 경우에는 납세자로서는 그 거부처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기할 수 있다.
[2] 법인세법 제61조 제1항이 자사주처분손실준비금을 비롯한 조세특례제한법상 준비금을 세무조정계산서에 계상하는 방법으로 손금에 산입하는 것을 허용한 취지는 이와 같은 준비금은 실제로 발생한 비용이 아니어서 기업회계상 이를 법인의 장부에 비용으로 계상할 수 없다는 점을 고려하여 특별히 신고조정의 방법에 의하여 그 준비금의 설정에 따른 손금산입이 허용되는 것임을 밝힌 데에 있다. 그러므로 내국법인이 당초 조세특례제한법상 준비금을 손금으로 계상하지 아니한 채 과세표준을 계산하여 그 과세표준신고서를 제출하였다고 하더라도 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간 내에는 경정청구를 통하여 신고조정의 방법에 따라 당해 준비금을 손금에 산입할 수 있다.
[3] 비록 법인세법 제61조 제1항이 손금으로 계상한 준비금 상당액을 ‘당해’ 사업연도의 이익처분에 있어서 적립금으로 적립하도록 규정하고 있더라도, 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 적립하여야 할 금액에 미달하게 적립한 때에는 그 미달액 상당액이 배당 등을 통하여 사외로 유출될 여지가 없는 점, 조세특례제한법상 준비금의 손금산입제도는 납세자에게 조세를 영구히 면제하여 주는 것이 아니라 추후에 그 목적용도에 사용한 경우 준비금과 상계하거나 상계 후 잔액을 익금에 산입하여 일시적으로 과세를 이연하는 제도인 점 등에 비추어 보면, 어느 법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 준비금 상당액 전액을 적립금으로 적립할 수 없는 때에는 당해 사업연도의 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 이 경우 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 조건으로 손금산입을 허용하되, 만일 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하였음에도 이를 적립하지 않는 때에는 그 한도 내에서 손금산입을 부인하는 것으로 해석함이 상당하고, 이는 조세특례제한법상 준비금의 하나인 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제104조의3에서 정한 자사주처분손실준비금에 대하여도 마찬가지이다.