학교용지부담금이 취득세 과세표준에 포함되는지 여부 (일반행정, 서울행정법원)
공포일: 2019.09.06 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.원고는○○ ○○ ○○동00-1외6필지 지상에 주상복합시설(공동주택232세대,오피스텔176세대,판매시설,문화 및 집회시설,이하‘이 사건 주상복합시설’이라 한다)을 신축하면서2012. 1. 4.부터2012. 7. 9.까지4차례에 걸쳐 합계1,429,857,920원의 학교용지부담금(이하‘이 사건 학교용지부담금’이라 한다)을 피고에게 납부하였다.
나.이 사건 주상복합시설에 대하여2015. 3. 27.사용검사(사용승인)가 이루어짐에 따라,원고는2015. 4. 7. ‘학교용지부담금이 취득의 대상이 아닌 물건(학교)에 대한 비용이어서 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다’는 행정자치부의2005. 1. 26.자 유권해석(이하‘이 사건 유권해석’이라 한다)에 근거하여 이 사건 학교용지부담금을 제외한79,070,727,367원을 과세표준으로 하여 취득세 등 합계2,197,658,890원을 신고·납부하였다.
다.피고는 이 사건 학교용지부담금이 구 지방세법(2015. 7. 24.법률 제13427호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제10조 제5항 제3호,구 지방세법 시행령(2015. 6. 30.대통령령 제26369호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제18조 제1항 제3호에 따라 취득세 과세표준(취득가격)에 포함되는 간접비용에 해당하여 이 사건 주상복합시설의 취득가격에 포함되어야 한다는 이유로, 2016. 7. 11.원고에게 취득세45,306,550원(가산세 포함),지방교육세2,355,900원(가산세 포함),농어촌특별세1,887,300원(가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).
라.원고는 이 사건 처분에 불복하여2016. 10. 7.감사원에 심사청구를 하였으나,감사원은2018. 10. 5.이를 기각하였다.
[인정 근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지5호증,을 제1내지3호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.관계 법령

별지 기재와 같다.
3.이 사건 처분의 적법 여부

가.원고 주장의 요지

1)이 사건 학교용지부담금은 학교시설 확보를 위한 재정에 충당할 목적으로 부과되는 부담금이자 구「학교용지 확보 등에 관한 특례법」(2017. 3. 21.법률 제14604호로 개정되기 전의 것,이하‘구 학교용지법’이라 한다)제5조에 따라 이 사건 주상복합시설을 분양하기 위하여 지출한 비용일 뿐이어서 이 사건 주상복합시설의 신축 내지 취득 자체에 관한 비용으로 볼 수 없다.따라서 이 사건 학교용지부담금을 취득가격에 포함하여 취득세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
2)이 사건 유권해석이나 피고의 그간 과세관행에 비추어,이 사건 주상복합시설 취득 당시에는 학교용지부담금이 취득세 과세표준에 포함되지 않는다는 비과세관행이 성립되어 있었다.따라서 행정자치부가 이 사건 유권해석을 변경한2015. 12. 11.이전에 이미 종결된 원고의 이 사건 주상복합시설 취득에 대하여 이 사건 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함시켜서 한 이 사건 처분은 소급과세금지 원칙을 위반한 것으로서 위법하다.
3)원고로서는 학교용지부담금이 취득세 과세표준에 포함되지 않는다는 이 사건 유권해석을 신뢰할 수밖에 없었으므로,이 사건 유권해석이 변경되기 전 원고에게 이 사건 학교용지부담금을 과세표준에 포함하여 취득세를 신고·납부할 것을 기대할 수는 없다.따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분은 면제사유가 존재하여 위법하다.
나.이 사건 학교용지부담금이 취득세 과세표준에 포함되는지 여부

1)구 지방세법 제10조 제5항 제3호는‘판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득’에 대하여는 취득세 과세표준을 사실상의 취득가격에 의하도록 규정하고 있다.그 위임을 받은 구 지방세법 시행령 제18조 제1항은 구 지방세법 제10조 제5항 제3호 등에 따른 취득가격을‘취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액’으로 규정하면서,농지법에 따른 농지보전부담금,산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용(제3호)등을 취득가격에 포함되는 간접비용으로 규정하고 있다.
2)관계 법령의 규정 내용 및 취지 등과 앞서 본 사실 및 갑 제11호증,을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 사실을 종합하여 보면,이 사건 학교용지부담금은 이 사건 주상복합시설을 취득하기 위하여 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용으로서 취득가격인 간접비용에 해당한다고 봄이 타당하다.그 이유는 다음과 같다.
가)구 학교용지법 제5조 제1항은‘시·도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자에게 부담금을 부과·징수할 수 있다’고 규정하고 있다.그런데 처분권자인 피고에게 학교용지부담금을 부과·징수할 것인지 여부에 대하여 재량이 있다고 하더라도,일단 피고가 그와 같은 재량권을 행사하여 원고에게 이 사건 학교용지부담금을 부과한 이상,원고로서는 이 사건 학교용지부담금을 납부하지 않고서는 이 사건 주상복합시설의 신축 및 분양사업을 제대로 진행하여 이를 취득할 수 없다.이와 같이 원고의 이 사건 주상복합시설 신축에 대하여 이 사건 학교용지부담금이 부과된 이상,이는 원고가 이 사건 주상복합시설을 취득하기 위하여 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하여야 하는 간접비용으로서의 요건을 충족한다.
나)또한 구 지방세법 시행령 제18조 제1항 제3호 문언에 의하면, ‘농지보전부담금’, ‘대체산림자원조성비’는 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용의 예시에 불과하다.실제 그 부담금 부과에 대하여 재량의 여지가 있는 하수도법상 원인자부담금 등 역시 일단 부과되어 해당 물건을 취득하기 위해서 그 부담금을 납부하여야만 하는 경우 취득세 과세대상 물건의 취득대가 혹은 이에 준하는 취득절차비용으로서 취득가격에 포함되어 왔다(대법원2015. 11. 26.선고2015두47386판결 참조).
다)원고는 이 사건 학교용지부담금은 이 사건 주상복합시설의 신축 내지 취득과 관련하여 부과된 것이 아니라 이 사건 주상복합시설을 분양함에 따라 부과된 것이어서 이를 취득가격에 포함시킬 수 없다고 주장하나,구 학교용지법은 학교용지부담금의 부담주체를‘개발사업을 시행하는 자’라고 명시하고 있고(제2조 제3호),다만 구체적인 부담금의 부과·징수에 있어 공동주택을 분양하는 경우에는 그 대상자를‘공동주택을 분양하는 자’로 하면서(제5조 제1항),부담금의 산정기준은 분양가격으로 하고 있다(제5조의2).이는 학교용지부담금은 공동주택 신축·분양사업 시행자가 부담하되,다만 그 부담금의 부과·징수 및 부담금의 액수를 분양 후 분양가격에 연동하여 산정하도록 규정하고 있는 것에 지나지 않으므로,학교용지부담금은 공동주택 등 취득에 관한 비용이라 할 것이지 이를 분양에 관한 비용이라고 볼 수는 없다.
라)학교용지부담금은 초·중·고등학교의 학교용지 확보에 관한 수요를 충족시키기 위하여 부과되는 것으로 원인자부담금의 하나에 해당하는데,그 부담금 부과대상자가2005. 3. 24.법률 제7397호로 개정되면서‘공동주택을 분양받는 자’에서‘공동주택을 분양하는 자’로 변경되었다.이는 공동주택을 분양하는 개발사업자는‘개발사업지역에서 공동주택을 건설하여 분양함으로써 개발사업으로 이익을 창출함과 동시에 학교신설의 필요성을 야기하였으므로 학교용지 확보라는 과제의 달성에 관하여 조세외적으로 부담을 져야 할 책임을 가지는 점을 감안한 것인데,개발사업자가 사업이익을 현실적으로 취득하는 것은 분양계약의 체결 및 이에 따른 분양대금 수령에 의한 것이나 이는 공동주택의 건설 및 그 소유권 취득을 전제로 하는 것이라는 점에서 학교용지부담금을 공동주택 취득과는 무관한 분양에 관한 비용이라고 할 수는 없다.또한 이 사건 학교용지부담금으로 인하여 이 사건 주상복합시설에 거주하는 사람들을 위한 기반시설이 마련될 수 있어,이 사건 주상복합시설의 가치가 높아질 수 있다.이에 비추어 이 사건 학교용지부담금은 이 사건 주상복합시설 취득과 대가관계에 있다고 볼 수 있으며,그 성격상 간접비용으로 볼 여지가 많다.
3)따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
다.소급과세금지원칙에 반하는지 여부

1)지방세기본법 제20조 제3항은‘이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니 한다’고 규정하고 있다.위 규정에 해당하기 위해서는 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르러야 하고,단순히 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없으며,그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원2013. 12. 26.선고2011두5940판결).
2)관계 법령의 개정 경위 및 내용에 앞서 본 사실,을 제3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 사실 또는 사정을 더하여 보면,원고가 제출한 자료들만으로는 원고가 이 사건 주상복합시설을 취득하였을 당시 학교용지부담금이 취득가격에 포함되지 않는다는 법령의 해석 또는 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다고 보기 부족하다.
가)구 지방세법 시행령(2010. 1. 1.대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)제82조의3제1항은 취득세의 과세표준인 취득가격에 관하여, ‘취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료,설계비,연체료,할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되,법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다’라고 규정하고 있다가, 2010. 1. 1.대통령령 제21975호로 개정되면서 구 지방세법 제18조 제1항과 같은 체계로 개정되었다.
나)행정자치부는2005. 1. 26.학교용지부담금이 취득의 대상이 아닌 물건(학교)에 대한 비용이어서 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다는 이 사건 유권해석을 하여,이에 따른 과세실무가 형성되었던 것으로 보인다.그러나 앞서 본 구 지방세법 시행령 제82조의3제1항이2010. 1. 1.위 가)항에서 본 것과 같이 개정되자,○○시(세무과)는2010년 및2014년 학교용지부담금이 취득세 과세표준에 포함된다는 내용을 담은‘부동산 취득세 운영실무’를 발간하였다(을 제4호증 참조).이에 따라2011. 9.경부터○○시 관내에서 공동주택을 건설하였던○○○○주식회사 및○○○○지역주택조합 등 여러 사업시행자들은 학교용지부담금을 과세표준에 포함하여 취득세를 신고·납부하였다.이와 같은 사정을 종합하면,원고가 이 사건 주상복합시설을 취득한2015. 3. 27.무렵 비록 이 사건 유권해석이 변경되지는 않았더라도 학교용지부담금이 취득세 과세표준에 포함되지 않는다는 구 지방세법 시행령의 해석 또는 이에 대한 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져 있었다고 보기 어렵고,설사 원고가 위와 같은 관행이 있다고 믿었더라도 그러한 원고의 신뢰가 정당하다고 볼 수 없다.
다)원고가 피고로부터 학교용지부담금이 취득세 과세표준에서 제외된다는 확인을 받고 이 사건 주상복합시설에 대한 취득세를 신고·납부하였다고 인정할 만한 증거가 없다.또한 취득세는 신고납세방식의 조세로서,납세의무자가 스스로 과세요건이 충족되었는지를 조사ㆍ확인하여 과세표준과 세액을 신고하면 그 조세채무가 확정된다.이는 과세물건의 파악은 누구보다도 납세의무자가 정확히 알고 있다는 전제 하에1차적으로 그 측정 작업을 맡기는 것이기는 하나,현실에서는 취득세의 납세의무자가 세금을 덜 내기 위하여 과세표준과 세액을 실제보다 적게 신고하기도 할 뿐만 아니라,고의가 아니더라도 착오 등으로 정당한 과세표준 및 세액보다 낮게 신고되는 경우를 어렵지 않게 상정할 수 있다.또한 과세관청이 납세의무자의 취득세 신고를 수리하더라도 이는 단순 사실행위에 불과할 뿐,그 신고내용을 수리 단계에서 실질적으로 심사하는 것이 아니라는 점에서 그 진실성이 담보된다고도 보기 어렵다.이와 같은 사정을 고려하면,원고가 취득세를 신고·납부한 이후 그 부과제척기간 내에 이루어진 이 사건 처분이 소급과세금지원칙 등에 반하는 것으로서 원고의 신뢰를 부당하게 침해한다고 보기도 어렵다.
3)따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
라.가산세 면제사유의 존부

1)세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고,납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서,납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당되지 않는다(대법원2013. 5. 23.선고2013두1829판결 등 참조).
2)구 지방세법 시행령 제18조 제1항 제3호는 농지보전부담금,대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용을 취득세 과세표준에 포함하도록 규정하고 있으므로,원고가 이 사건 주상복합시설에 대한 취득세 등을 신고·납부할 당시 위와 같은 규정을 제대로 숙지하였더라면 이 사건 학교용지부담금이 취득세 과세표준에 포함될 수 있다는 합리적인 의심을 가졌을 것으로 판단된다.그럼에도 원고는 이 사건 주상복합시설을 취득하기10년여 전의 이 사건 유권해석에 따라 이 사건 학교용지부담금을 포함하지 않았다.이와 같은 사정에 비추어,원고가 이 사건 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하지 않은 것은 법령의 부지·착오에 의한 것이어서 이에 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
3)따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
마.소결론

이 사건 학교용지부담금을 이 사건 주상복합시설에 대한 취득세 과세표준(취득가격)에 포함되는 비용으로 보아 이루어진 이 사건 처분은 결국 적법하다.
4.결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.