취득세등부과처분취소 (일반행정, 광주지방법원)
공포일: 2002.05.21 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 피고가 2001. 5. 10. 원고에 대하여 한 취득세 4,500,000원, 농어촌특별세 412,500원, 등록세 900,000원, 지방교육세 165,000원의 부과처분을 각 취소한다.
2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 천주교광주대교구에 속하는 모든 교회의 운영 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 1995. 2. 16. 광주남구 임암동 산88-1임야 1,686㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)을 대금 2,500만원에 취득하고, 1995. 3. 3. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.
나. 이에 피고는 비영리법인인 원고가 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하여 등기한 것으로 보고,구 지방세법 107조,127조에 의하여 취득세와 등록세를 부과하지 아니하였다.
다. 그 후 원고는 이 사건 토지를 원고 재단 산하의 천주교남동교회에 관리를 맡겨 그 신도를 위한 묘지로 사용하게 하였다. 그러자 피고는 2001. 5. 10. 원고가 이 사건 부동산의 취득일 및 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이를 그의 고유 목적사업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로, 취득세에 관하여는구 지방세법(1998. 12. 28. 법률 제5598호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제107조단서를, 등록세에 관하여는같은법 제127조 제1항단서를 각 적용하여 이 사건 토지에 관하여 과세하지 아니하였던 청구취지 기재의 취득세, 등록세 등을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
[인정근거 : 다툼없는사실, 갑3～갑6, 갑9-2, 갑10-2, 을1～을5(가지번호 포함)]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자 주장

(1) 원고

① 원고가 이 사건 토지를 취득한 날은 1995. 2. 16.(1995. 2. 15.은 착오기재로 선해한다)이고, 소유권이전등기를 경료한 날은 1995. 3. 3.인바, 이때로부터 5년의 지방세 부과권의 제척기간과 5년의 지방세 징수권의 소멸시효가 경과한 2001. 5. 10.자 이 사건 처분은 당연무효이다.
② 비록 법인등기부상의 목적에 교회 묘지 조성ㆍ관리사업이 명기되어 있지 않지만 신도들에게 제공할 목적으로 묘지를 조성, 관리하는 사업은 장례미사나 위령미사 등 종교의식에 수반되는 사업으로 원고 재단의 목적사업(전교 및 기타 자선사업)에 포함된다고 할 것인바, 이 사건 토지의 취득 및 등기일 무렵부터 이 사건 토지를 천주교남동교회 신도 등의 묘지로 사용하였으므로, 원고로서는 이 사건 부동산을 그 고유 목적사업에 직접 사용하였다고 할 것이며, 이 사건 토지의 취득 및 등기에 대하여는 취득세, 등록세 등을 부과하여서는 아니됨에도 불구하고, 이와 달리 보고 취득세, 등록세 등을 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
(2) 피고

① 지방세 부과권 제척기간 및 징수권 소멸시효의 기산일은 유예기간 3년이 경과하여 신고납부기한 30일이 지난 후가 되고, 이 사건 처분일은 이때로부터 5년이 도과되지 않아 적법하다.
② 교회 묘지 조성ㆍ관리사업은 원고 재단의 법인등기부상 목적사업에 포함되어 있지 않아 원고 재단의 고유의 목적사업이라 할 수 없고, 나아가 묘지 관리사업은 한국산업표분표상의 묘지 및 화장업(그외 기타 서비스업)에 해당할 뿐만 아니라 묘지 및 화장업묘지를 이용하는 신도들로부터 연2만원의 관리비까지 징수하고 있으므로,지방세법 107조,127조각 단서의 수익사업에 해당하여 비과세 대상이 아니다.
나. 관계법령

별지 기재와 같다.
다. 인정사실

(1) 원고(1938. 5. 24. 성립)는 1957. 11. 27. 광주남구 임암동 산86-3임야 25,587㎡을 취득하였는바, 1958. 3. 20.박문규가 위 임야에 대하여 전남도지사로부터 사설묘지허가를 받아 그 무렵부터 원고 신도를 위한 묘지(약600여기)를 설치하여 관리하여 왔다.
(2) 원고는 1995. 2. 15. 위산86-3임야에 기설치하여 운영중인 묘지와 연계하여 신도들에게 새로운 묘지를 제공할 목적으로 위산86-3임야 중심부에 위치한 이 사건 토지를정도성으로부터 2,500만원에 매수한 후 1995. 2. 16.정도성에게 잔금을 지급하고, 1995. 3. 3. 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.
(3) 이 사건 토지 중 약80% 정도에 해당하는 면적에 분묘가 설치되어 있고, 나머지는 아직 묘지로 사용되고 있지 않다.
(4) 이 사건 토지상의 묘지는 원고 재단 산하 천주교남동교회효천묘지 관리 위원회에서 관리를 하고 있고, 위 교회에 교적을 둔 자와 그 가족 등으로 한정하여 묘지를 제공하고, 연2만원의 관리비를 받고 있다.
(5) 등기부등본에 기재된 원고 재단의 주요 목적사업은 아래와 같다.
- 교회가 설립 안된 각 시,읍면에 교회를 신설하고 전교사업을 행한다.
- 기타 자선사업

- 각호에 부속되는 일체의 사업 및 각호의 사업을 위하여 이미 확보된 교회의 일부 재산 및 일부시설을 임대할 수 있다.
[인정근거 : 갑1～갑6, 갑10-2, 을3-2, 을5-1, 을6, 을7, 을8-2, 을10-2, 이 법원의 현장검증결과, 변론의 전취지]

라. 판단

(1) 판단의 전제

(가)지방세법 107조단서,127조단서의 취지는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여, 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하는 혜택을 주되, 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 이를 정당한 사유 없이 고유의 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는, 취득세 및 등록세를 부과함으로써, 부동산의 효용가치를 증대시키고, 부동산투기 등을 근절하는 데 있다.
(나) 위 각 규정 소정의 "직접 사용"의 범위는 아무런 규정을 둔 바 없으므로, 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 1995. 4. 14. 선고 94누8211, 94누8228 판결등 참조).
(2) 원고의 첫째 주장에 대한 판단

취득세나 등록세에 있어서 유예기간의 경과와 함께 비업무용부동산이 되어 취득세나 등록세를 중과하는 경우의 중과되는 취득세 등의 납세의무의 성립시기는 그 유예기간이 경과한 때이고(대법원 1991. 2. 26. 90누7050 판결등 참조), 한편,지방세법 120조및150조의 2 각 3항,시행령 14조의 2 2항 3호에 의하면, 이 법에 의하여 취득세(등록세)를 비과세 받은 후에 과세물건이 취득세(등록세) 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일로부터 30일 이내에 신고납부하여야 하고, 비과세 받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날이 제척기간의 기산일이 되므로, 이 사건 취득세 제척기간의 기산일은 1998. 3. 16.이 되고(납세의무성립일은 1995. 2. 16.부터 3년이 경과한 1998. 2. 16.이 됨), 이 사건 등록세 제척기간의 기산일은 1998. 4. 3.(납세의무성립일은 1995. 3. 3.로부터 3년이 경과한 1998. 3. 3.이 됨)이 되어 이 사건 처분일은 이때로부터 5년이 지나지 않음이 역수상 명백하므로, 이와 다른 전제에선 원고의 위 주장은 이유없다(원고는 징수권 소멸시효 도과도 주장하나 징수권은 조세채권이 확정되었을 것을 전제로 하는 것인바, 이 사건 처분으로 비로소 조세채권이 확정되었으므로, 위 주장도 이유없다).
(3) 원고의 둘째 주장에 대한 판단

원고 재단의 천주교 교회는 신도가 사망하면 장례미사를 거행하고 묘지에 매장한 후 수시로 위령미사를 실시하는데, 묘지는 이러한 장례미사 등의 종교의식이 행하여 지는 장소로서 원고 재단이 교회 묘지를 관리ㆍ운영하는 것은 교회 의식에 대한 장례절차의 수행 등 여러 가지 종교행사를 통하여 원고 재단의 종교를 보다 널리 알리고, 저렴한 비용으로 교회 묘지를 사용할 수 있는 특혜를 교인들에게 줌으로 인해 원고 재단의 교인을 보다 많이 확보하기 위한 전교에 그 본질적인 목적이 있다고 할 것인데(원고 재단의 목적사업에 명시적으로 묘지의 조성이나 관리사업이 기재되어 있지 않았다고 하여 달리 볼 것은 아니고, 위와 같은 묘지의 설치 목적과 위 인정사실에서 나타난 운영형태, 위 규정취지 등에 비추어 교회 묘지의 조성ㆍ관리사업은 적어도 위 전교사업에 부속되는 사업범위에 포함된다 할 것이다), 위 인정사실에 나타난 바와 같이 원고 재단이 신도들에게 교회 묘지로 제공할 목적으로 이 사건 토지를 취득하여 등기를 경료한 이후 그 무렵부터 원고 재단 산하 천주교남동교회 묘지 위원회에 관리를 맡겨 위남동교회 신도들에게 묘지로 제공하게 하였으므로, 결국 원고 재단은 이 사건 토지를 취득 및 등록일로부터 3년 이내에 그 고유 목적사업에 직접 사용한 때에 해당하여 이와 다른 전제에서 원고에 대하여 취득세, 등록세 등을 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다(이 사건 토지를 둘러싼 위산86-3임야 전체가 원고 재단의 교회묘지로 조성되어 관리되고 있는 점, 이 사건 토지의 위치 등을 감안하면, 이 사건 토지를 교회묘지로 추가 사용하는 것이 이 사건 토지의 효용가치를 증대시킨다고 볼 수 있어 위 (1)의 (가)항에서 본 규정취지에도 부합한다고 할 것이다).
피고는, 묘지 조성ㆍ관리 사업이 한국표준산업분류표상의 서비스업의 일종으로 분류된 점과 원고 재단(천주교남동교회 묘지 위원회)이 묘지 제공 대가로 신도들로부터 연2만원의 관리비를 징수하는 것을 근거로 교회 묘지 조성ㆍ관리사업이지방세법 107조,127조각 단서의 수익사업에 해당한다는 취지로 주장하므로 살피건대,법인세법 시행령 2조 1항및 을11호증의 기재에 의하면, 묘지 관리사업이 한국표준산업분류표상 서비스업의 일종으로 분류된 사실이 인정되어 일응 수익사업에 해당한다고 할 수 있으나, 한편, 관계법령(법인세법 시행령 2조 1항단서,부가가치세법 시행령 37조)에 의하면, “주무관청에 등록된 종교단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역”은 수익사업에 포함되지 아니한바, 앞서 본 바와 같이 교회 묘지 조성ㆍ관리 사업은 저렴한 비용으로 교회 묘지를 사용할 수 있는 특혜를 교인들에게 줌으로 인해 원고 재단의 교인을 보다 많이 확보하기 위한 전교에 그 본질적인 목적이 있다는 사정에 위 인정사실에서 나타난 원고 재단의 사업목적, 이 사건 토지의 취득목적, 실제사용관계, 관련법의 취지 등을 전체적으로 고려하여 보면, 원고 재단의 교회 묘지 조성ㆍ관리 사업은 원고 재단이 신도들에게 실비(연2만원)로 공급하는 재화 및 용역에 포함되어 위 수익사업에 해당되지 않는다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에선 피고의 위 주장은 이유없다.
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

납세의무자의 재단은 신도들에게 교회 묘지로 제공할 목적으로 토지를 취득하여 등기를 경료한 이후 그 무렵부터 재단 산하 천주교 남동교회 묘지 위원회에 관리를 맡겨 남동교회 신도들에게 묘지로 제공하게 하였으므로 이는 토지를 취득 및 등록일로부터 3년 이내에 그 고유 목적사업에 직접 사용한 경우에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 처분은 위법하다.