법인세부과처분취소 (세무, 서울행정법원)
공포일: 2017.06.30 / 시행일:

【원 고】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인 디카이온 담당변호사 서정호 외 1인)
【피 고】 강남세무서장
【변론종결】2017. 6. 14.
【주 문】
 1. 원고의 청구를 기각한다.
 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2016. 5. 4. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 법인세 2,164,284,254원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】1. 처분의 경위
 가. 원고는 2008. 6. 25. 설립된 컨텐츠제공사업, 소프트웨어개발사업 등을 목적으로 하는 회사인데 2013년 말 기준으로 소외 1 회사 발행 주식의 98.8%를, 소외 2 회사 발생 주식의 100%를 소유하고 있다(이하 소외 1 회사와 소외 2 회사를 통칭하여 ‘종속회사’라 한다).
 나. 원고는 2009. 10. 19. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 의하여 기술보증기금으로부터 벤처기업임을 최초로 확인받은 후(유효기간: 2009. 10. 19. ~ 2010. 10. 18.), 2010. 10. 18.(유효기간: 2009. 10. 19. ~ 2011. 10. 18.), 2011. 10. 17.(유효기간: 2011. 10. 19. ~ 2013. 10. 18.), 2012. 6. 19.(유효기간: 2012. 6. 19. ~ 2014. 6. 18.), 2014. 6. 19.(유효기간: 2014. 6. 19. ~ 2016. 6. 18.) 추가로 확인을 받았다. 
 다. 원고는 2014. 3. 31. 조세특례제한법 제6조 제2항, 조세특례제한법 시행령 제5조의 창업벤처중소기업에 해당한다는 이유로 피고에게 2013년 귀속 법인세 2,164,284,254원의 감면 신청을 함과 동시에 이를 공제한 나머지 법인세 2,410,056,416원을 신고·납부하였다.
 라. 그러나 피고는 2014. 7. 15. 2013사업연도에 원고는 관계기업으로서 중소기업에 해당하지 않고 중소기업 유예요건도 적용받을 수 없다는 이유로 원고에게 법인세 2,233,108,490원(납부불성실가산세 68,824,239원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 제1 처분’이라 한다).
 마. 이에 불복하여 원고가 2014. 10. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 2. 25. 이 사건 제1 처분이 위법하다는 이유로 취소하였는데(이하 ‘이 사건 제1 재결’이라 한다), 그 주요 내용은 다음과 같다.
1. 처분개요(생략)2. 원고 주장 및 피고 의견(생략)3. 심리 및 판단 가. 쟁점 원고가 조세특례제한법 제6조 제2항의 창업벤처중소기업에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 등 (생략) 다. 사실관계 및 판단 (1) 사실관계 부분 (생략) (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법 제6조 제2항에 의하면, 창업벤처중소기업에 대한 세액감면대상을 "벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업"이라고 규정하면서, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제5조 제4항에서는 대통령령이 정하는 기업을 "벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업"이라고 규정하고 있고, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2에서 벤처기업의 요건을 충족하기 위해서는 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업으로 규정하고 있다. (나) 처분청이 이 건 처분의 근거법령으로 한 조세특례제한법 시행령 제2조에 의한 중소기업 범위에 관한 규정은 조세특례제한법 제5조에 의한 중소기업 투자세액공제 규정에서 위임된 조항으로서 이 건 조세특례제한법 제6조에 의한 창업벤처중소기업에 대한 세액감면에는 원용할 수 없어 보인다. 즉, 조세특례제한법 제6조에 의한 창업벤처중소기업의 세액감면 규정을 적용하기 위해서는 조세특례제한법 시행령 제5조 제4항에 따라 벤처기업의 요건을 충족하여야 하고, 그 요건을 충족하려면 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업이어야 할 것이다. (다) 그렇다면, 중소기업기본법 제2조의 위임을 받은 중소기업기본법 시행령 제3조 및 제3조의3에 따라 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수, 매출액, 자기자본, 자산총액을 기준으로 하여야 하는바, 이 건 과세연도(2013사업연도)의 직전 사업연도인 2012사업연도의 매출액 등을 기준으로 판단해보면 원고는 물론 관계기업을 합산한다 하더라도 매출액 1천억원을 초과하지 아니하므로 ‘창업벤처중소기업’에 해당한다 할 것이다. (라) 따라서, 처분청이 청구법인에 대하여 조세특례제한법 제6조 제2항에 의한 창업벤처중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용하면서 조세특례제한법 시행령 제2조에 의한 중소기업의 범위를 원용하여 창업벤처중소기업에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 이 건 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.
 바. 그런데 서울지방국세청장은 2015. 10. 5. ~ 2015. 10. 23. 피고에 대한 감사시 원고에 대한 법인세 감면의 적정여부를 검토한 결과, 원고가 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득에 대한 것으로 그 감면기한이 2012사업연도까지임에도 2013사업연도에도 세액감면을 적용하였음을 확인하고 이를 부인하고 법인세를 부과하도록 피고에게 지시하였다. 이에 따라 피고는 2016. 5. 4 원고에 대하여 2013사업연도 법인세 2,660,987,490원(납부불성실가산세 496,703,236원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 제2 처분’이라 한다).
 사. 이에 불복하여 원고가 2016. 7. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2016. 12. 28. 이 사건 제2 처분이 이 사건 제1 재결의 기속력을 위배하였다고 보기 어렵고, 개정 조세특례제한법 제6조 제2항에 의하여 2013사업연도에도 법인세 감면대상이라는 원고의 주장은 이유 없으나, 이 사건 제1 처분을 한 다음날부터 이 사건 제2 처분시까지는 납부불성실가산세를 감면할만한 정당한 사유가 있다는 이유로 "이 사건 제2 처분은 납부불성실가산세 427,879,000원을 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다."는 결정을 하였다(이 사건 제2 처분 중 경정 후 남아 있는 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 
[인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9 내지 12호증(각 가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부 판단
 가. 원고 주장의 요지
 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.
 1) 이 사건 제2 처분은 이 사건 제1 재결의 기속력과 총액주의 원칙에 반하고, 이 사건 제1 재결에 따라 취소된 이 사건 제1 처분과 동일한 내용의 이 사건 제2 처분을 적법하다고 판단한 이 사건 제2 재결은 재결의 불가변력에 반한다. 
 2) 조세특례제한법 제6조 제2항의 본문의 해석 및 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제4조의 해석에 의할 때, 2013사업연도에도 원고는 조세특례제한법 제6조 제2항의 법인세 감면대상에 해당함에도 이 사건 처분은 이를 부인하였다. 
 나. 관련 법령
 별지 기재와 같다.
 다. 판단
 1) 원고 주장 1)에 대하여
 재결의 기속력은 재결의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에만 미친다. 따라서 종전 처분이 재결에 의하여 취소되었더라도 종전 처분시와 다른 사유를 들어 처분을 하는 것은 기속력에 저촉되지 아니한다. 여기서 동일한 사유인지 다른 사유인지는 종전 처분에 관하여 위법한 것으로 재결에서 판단된 사유와 기본적 사실관계에서 동일성이 인정되는 사유인지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2005. 12. 9. 선고 2003두7705 판결, 대법원 2017. 2. 9. 선고 2014두40029 판결). 그리고 새로운 처분의 처분사유가 종전 처분의 처분사유와 기본적 사실관계에서 동일하지 않은 다른 사유에 해당하는 이상, 해당 처분사유가 종전 처분 당시 이미 존재하고 있었고 당사자가 이를 알고 있었다 하더라도 이를 내세워 새로이 처분을 하는 것은 재결의 기속력에 저촉되지 않는다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2015두48235 판결 참조). 
 위와 같은 법리에 비추어 앞서 인정한 사실, 갑 제1, 2, 11, 12호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면 이 사건 처분은 이 사건 제1 재결의 기속력과 총액주의 원칙에 반한다고 볼 수 없고, 이 사건 제2 재결이 재결의 불가변력에 반한다고도 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.
 ① 조세특례제한법 제6조 제2항에 따라 법인세를 감면받기 위해서는 창업벤처중소기업에 해당하고, 감면기간 내에 있어야 한다. 그런데 이 사건 제1 처분은 원고가 창업벤처중소기업에 해당하지 않는다는 사유로 이루어졌고, 이 사건 제1 재결은 피고가 원고를 창업벤처중소기업에 해당하지 않는다고 본 것은 위법하다는 이유로 이 사건 제1 처분을 취소하였다. 반면에 이 사건 제2 처분은 원고가 창업벤처중소기업에 해당함을 전제로 2013사업연도는 감면기간에 해당하지 않는다는 사유로 이루어졌고, 이 사건 제2 재결은 가산세 부분을 제외하고는 이 사건 제2 처분이 적법하다고 판단하였다. 그런데 원고가 창업벤처중소기업에 해당하는지 여부와 감면기간에 해당하는지 여부는 기본적 사실관계가 동일하거나 밀접하다고 볼 수 없는 별개의 사유라고 봄이 타당하고, 감면기간에 해당하지 않는다는 사유가 이 사건 제1 처분 당시 존재하고 있었고 피고가 면밀히 검토하였다면 이러한 사정을 알 수 있었다 하더라도 이 사건 제2 처분은 새로운 처분에 해당한다. 따라서 이 사건 제2 처분은 이 사건 제1 재결의 기속력에 반한다고 볼 수 없다. 
 ② 총액주의란 과세처분 취소소송(심판)의 소송물의 범위를 처분의 위법성 일반으로 넓게 보아 과세관청이 처분사유에 국한하지 않고 다른 사유를 들어 처분의 적법성을 주장할 수 있다는 소송법상 원칙일 뿐, 과세관청이 과세처분 취소소송(심판) 과정에서 주장하지 않은 사유를 이유로 한 재처분을 금지하는 효력이 있다고 볼 수 없다. 
 ③ 앞서 본 바와 같이 이 사건 제1 처분과 이 사건 제2 처분이 서로 다른 사유로 이루어진 이상, 이 사건 제2 처분을 적법하다고 판단한 이 사건 제2 재결이 이 사건 제1 처분을 위법하다고 판단한 이 사건 제1 재결의 내용을 직권으로 변경하거나 취소한 것으로 볼 수 없으므로, 이 사건 제2 재결은 재결의 불가변력과는 관계가 없다. 
 2) 원고 주장 2)에 대하여 
 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결, 2008. 2. 14. 선고 2007두21242 판결 등 참조). 위와 같은 법리에 비추어 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항 및 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 구 조세특례제한법 부칙 제4조의 의미를 해석해본다.
구 조세특례제한법 제6조 제2항(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)은 "벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 ‘벤처기업’이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2012년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 ‘창업벤처중소기업’이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다."고 규정하고 있다.
 ① 여기서 감면기간의 개시시점을 "확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도"로 규정한 것은 창업벤처중소기업으로 확인을 받았더라도 결손이 발생한 경우에는 감면기간의 개시시점을 최초로 소득이 발생한 과세연도로 유예해주기 위한 것일 뿐, 확인받은 날이 속하는 과세연도를 제외하기 위한 것이 아닌 점, ② 문언상으로도 확인받은 날이 속하는 과세연도를 포함하지 않는다고 해석할 이유가 없는 점, ③ 벤처기업 확인은 과세연도 중간에 이루어질 수 있는 반면에 기간과세인 법인세와 소득세의 경우 각 과세연도의 소득은 과세연도 종료시 비로소 발생하는 것이므로 "확인받은 날 이후"라고 표현한 것으로 보이는 점, ④ 같은 조문에서 감면기간 개시시점의 유예기간을 최대 5년으로 하면서 감면기간의 개시시점을 ‘확인받은 날로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도’로 규정하고 있을 뿐 ‘확인받은 날로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도’를 제외하고 있지 않은 것과 균형에 맞게 해석해야 하는 점, ⑤ 같은 조문 단서상 과세연도 중간에 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도 전부를 감면대상에서 제외하고 있으므로 그 균형상 과세연도 중간에 확인을 받은 경우에 확인일이 속하는 과세연도 전부를 감면대상에 포함하는 것이 부당하다고 보이지 않는 점을 종합할 때, 확인받은 날이 속하는 과세연도에 최초로 소득이 발생한 경우에는 당해 과세연도부터 감면기간이 개시한다고 봄이 타당하다. 반면에 확인받은 날이 속하는 과세연도는 포함하지 않아야 한다는 원고의 주장은 합리적 이유 없는 확장해석에 해당하므로 받아들이지 않는다.
 그리고 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 구 조세특례제한법 제6조 제2항 은 "벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2015년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다."고 규정하여 감면기간을 기존 3년에서 4년으로 연장하고, 부칙 제4조는 "제6조의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 창업, 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다."고 규정하고 있다. 
 그런데 ① 동일한 취지의 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 구 조세특례제한법 부칙 제3조는 "제6조의 개정규정은 이 법 시행 후 ‘최초로’ 창업하거나 벤처기업으로 확인받는 분부터 적용한다."라고, 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 구 조세특례제한법 부칙 제3조는 "제6조의 개정규정은 이 법 시행 후 ‘최초로’ 창업하는 중소기업부터 적용한다."라고, 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정된 구 조세특례제한법 부칙 제3조는 "제6조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 ‘최초로’ 벤처기업으로 확인받는 분부터 적용한다."라고 각 규정하고 있는 점에 비추어 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 구 조세특례제한법 부칙 제4조 역시 2013년 1월 1일 이후 ‘최초로’ 창업, 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다는 취지로 해석함이 입법 연혁상 자연스러운 점, ② 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정된 구 조세특례제한법 제6조 제2항은 "창업 후 3년 이내에 2009년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업"을 적용대상으로 하고, 부칙 제3조에서 "제6조 제2항의 개정규정은 이 법 시행(2008년 1월 1일) 후 최초로 벤처기업으로 확인받는 분부터 적용한다"라고, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 구 조세특례제한법 제6조 제2항은 "창업 후 3년 이내에 2012년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업"을 적용대상으로 하고, 부칙 제5조 제1항에서 "제6조 제2항의 개정규정은 이 법 시행(2010년 1월 1일) 후 창업, 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다"라고, 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 구 조세특례제한법 제6조 제2항은 "창업 후 3년 이내에 2015년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업"을 적용대상으로 하고, 부칙 제4조에서 "제6조의 개정규정은 2013년 1월 1일(시행일) 이후 창업, 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다."라고 각 규정하여 기존규정의 벤처기업 확인 기한이 끝나는 날의 다음날을 개정규정의 시행일로 하여 계속 개정이 이루어진 입법 연혁에 비추어 입법자는 벤처기업으로 최초 확인받은 날을 기준으로 적용 법령을 결정하려는 의도로 보이는 점, ③ 원고의 주장처럼 창업시기나 벤처기업으로 최초 확인받은 날이 언제인지 불문하고 2013년 1월 1일 이후 다시 벤처기업으로 확인받기만 하면 감면기간이 1년 연장된 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 구 조세특례제한법 제6조 제2항이 적용된다고 본다면 벤처기업 확인 기한을 둔 취지가 몰각될 우려가 있는 점을 종합할 때, 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 구 조세특례제한법 제6조 제2항은 2013년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지의 기간 동안 최초로 벤처기업 확인을 받은 경우에 한하여 적용된다고 봄이 타당하므로, 2008년 창업하여 2009. 10. 19. 최초로 벤처기업 확인을 받은 원고도 2013. 1. 1. 이후인 2014. 6. 19.에 다시 벤처기업 확인을 받았으므로 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 구 조세특례제한법 제6조 제2항이 적용되어야 한다는 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.
3. 결 론
 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지 생략]

판사 김정숙(재판장) 권수아 김지건