법인(원천)세징수처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2026.02.12 / 시행일:

【원고, 상고인】 ○○정밀소재 주식회사 (소송대리인 변호사 김의환 외 3인)
【피고, 피상고인】 아산세무서장 (소송대리인 법무법인 남산 담당변호사 이창 외 4인)
【원심판결】 대전고법 2021. 1. 29. 선고 2020누10799 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
 1. 사안의 개요 
 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 
 가. 원고는 미국 법인인 ○○ 인터내셔널 코포레이션[(영문명 1 생략), 이하 ‘소외 1 회사’라고 한다]과 △△전자 주식회사(이하 ‘소외 2 회사’라고 한다)가 체결한 합작투자계약에 따라 설립된 외국인투자기업으로서, 소외 1 회사로부터 1995년 및 1998년경 합계 120억 원의 외국인투자를 받아 ‘디스플레이 및 부품사업’ 등 구 「외국인투자 및 외자도입에 관한 법률」(1998. 9. 16. 법률 제5559호로 폐지되기 전의 것)상의 고도기술 수반사업(이하 ‘기존 감면사업’이라고 한다)을 영위하고, 위 법 등에 따라 법인세 등 조세감면을 받았다. 
 나. 원고는 ‘소외 1 회사로부터 신규 외국인투자를 받아 고도기술 수반사업인 TFT-LCD용 정밀평판유리 제조업(이하 ‘증자 감면사업’이라고 한다)을 영위하겠다.’는 내용의 조세감면신청을 하였고, 2005. 9. 14. 조세감면결정을 받았다.
 다. 원고와 소외 1 회사는 증자 감면사업에 대한 외국인투자를 소외 1 회사가 아닌 헝가리국 법인인 ○○ 헝가리 데이터 서비스[(영문명 2 생략), 이하 ‘소외 3 회사’라고 한다]가 하는 것으로 당초 계획을 변경하였다. 그에 따라 소외 1 회사는 기존 감면사업에 대한 외국인투자로 취득한 원고의 주식 120만 주(1주당 10,000원, 이하 ‘이 사건 기존주식’이라고 한다)를 2005. 12. 12. 소외 3 회사에 현물출자하면서, 그러한 주식양도를 관계기관에 신고하였고, 원고는 2006. 1. 17. 증자 감면사업의 외국투자가를 소외 1 회사에서 소외 3 회사로 변경한다는 내용의 외국인투자내용 변경신고서를 제출하였다. 
 라. 원고는 2006. 2. 3. 소외 3 회사와 소외 2 회사로부터 합계 1,500억 원의 증자를 받기로 하고 총 1,500만 주의 주식을 발행하였는데, 소외 3 회사는 750억 원을 투자하고 증자주식 중 750만 주를 배정받았다(이하 소외 3 회사가 배정받은 750만 주를 ‘이 사건 증자주식’이라고 하고, 이 사건 기존주식을 포함하여 소외 3 회사가 보유하는 원고의 주식 870만 주를 ‘소외 3 회사 보유 전체주식’이라고 한다). 그 후 소외 3 회사는 2006. 2. 10. 외국인투자금액을 ‘870억 원’으로 변경하여 외국인투자기업 등록을 마쳤다. 
 마. 원고는 2007~2010 사업연도의 배당가능이익을 재원으로 2010. 11.부터 2012. 11.까지 소외 3 회사에 합계 3,053,405,478,338원의 배당금(이하 ‘이 사건 배당금’이라고 한다)을 지급하고, 이에 대한 법인세를 원천징수하여 납부하였다. 그 과정에서 증자 감면사업을 다른 사업과 구분경리하였다면서 증자 감면사업을 기준으로 모든 주주들에게 배당할 총배당금에 사업연도별 감면사업 소득비율, 증자 감면사업을 위한 자본금 중 소외 3 회사의 지분율, 조세감면이 적용되는 소외 3 회사의 지분율을 모두 곱하여 감면대상 배당금을 산출하고, 소외 3 회사가 실제로 지급받은 배당금에서 이를 공제하여 과세대상 배당금을 산출하는 방법으로 원천징수세액을 계산하였다. 그런데 원고는 2007 사업연도의 배당가능이익을 재원으로 지급한 배당금에 대해서는 조세감면이 적용되는 소외 3 회사의 지분율로 0.8621(소외 3 회사 보유 전체주식 중 이 사건 증자주식이 차지하는 비율을 말한다. 이하 ‘이 사건 증자주식 비율’이라고 한다)을 적용하여 이 사건 기존주식으로부터 배당받는 비율을 감면대상 배당금에서 제외하였으나, 2008 사업연도 이후의 배당가능이익을 재원으로 지급하는 배당금부터는 조세감면이 적용되는 소외 3 회사의 지분율로 1을 적용하여 이 사건 기존주식으로부터 배당받는 비율까지 포함하여 감면대상 배당금을 산출하였다. 
 바. 피고는 원고가 2008 사업연도 이후의 배당가능이익을 재원으로 하는 배당금부터 이 사건 증자주식 비율을 적용하지 않음으로써 감면대상 배당금을 과다하게 산출하여 소외 3 회사의 배당소득에 대한 원천징수세액을 과소납부하였다고 보아, 2015. 7. 10. 원고에게 2010~2012 사업연도 귀속 원천징수대상 법인세 합계 약 968억 원(납부불성실가산세 포함)의 납부를 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). 
 2. 감면대상 배당금 산정방법에 관한 상고이유에 대하여
 가. 관련 규정 및 법리
 1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결, 대법원 2025. 9. 4. 선고 2025두33456 판결 등 참조). 다만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 허용된다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).
 법령의 어느 조항이 특정 사항에 관하여 규율하고 있는 다른 조항을 준용한다고 규정할 때 그 ‘준용’한다는 취지는, 특정 사항에 관한 다른 조항을 기계적으로 그대로 적용한다는 뜻이 아니라 규율의 내용과 성질에 반하지 않는 범위 안에서 그 다른 조항을 필요한 변경 후 적용한다는 의미로 새겨야 한다(대법원 2016. 8. 30. 선고 2015도13103 판결 등 참조).
 2) 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조의4(이하 ‘이 사건 원칙규정’이라고 한다) 제1항 본문은 외국인투자기업이 증자하는 경우에 ‘그 증자분에 대한 조세감면’에 대해서 구 조세특례제한법 제121조의2(이하 ‘이 사건 감면규정’이라고 한다)를 준용하도록 규정하고 있고, 이 사건 감면규정 제1항은 각 호에서 정하는 감면대상사업을 하기 위한 일정한 외국인투자에 대하여 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면하도록 규정하고 있다. 그에 따라 이 사건 감면규정 제2항은 「외국인투자 촉진법」에 따른 외국인투자기업의 법인세 또는 소득세의 경우 감면대상사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되 해당 법인세 또는 소득세 상당 금액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 곱하여 감면대상세액을 산정하도록 규정하고 있고, 제3항은 「외국인투자 촉진법」에 따른 외국투자가가 취득한 외국인투자기업의 주식 등에서 생기는 배당금에 대한 법인세 또는 소득세의 경우 감면대상사업을 함으로써 발생한 소득의 비율에 따라 감면하도록 규정하고 있다. 그리고 이 사건 감면규정 제6항 본문은 ‘외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다.’고 규정하고 있고, 제8항 본문은 ‘기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청을 받으면 주무부장관과 협의하여 그 감면 여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다.’고 규정하고 있다. 
 위와 같이 이 사건 원칙규정 제1항 본문이 ‘그 증자분에 대한 조세감면’에 관하여 준용하도록 한 이 사건 감면규정 제2항에서는 외국인투자비율을 곱하여 감면대상세액을 산정하도록 규정하고, 이 사건 감면규정 제3항에서는 외국인투자기업이 지급하는 전체 배당금 중 외국투자가에게 지급하는 배당금에 대한 법인세 등을 감면대상으로 삼도록 규정하고 있다. 이러한 규정들의 문언과 내용 및 체계 등을 종합하면, 이 사건 원칙규정이 ‘준용’하여야 하는 이 사건 감면규정 제2항의 외국인투자비율과 이 사건 감면규정 제3항의 외국투자가가 취득한 주식은 이 사건 감면규정 제6항, 제8항에 따라 외국인투자에 대해 감면결정이 이루어지는 것을 공통적인 바탕으로 한다고 볼 수 있다. 이는 감면대상사업에서 발생하는 소득 가운데 외국인투자가 실질적으로 기여한 부분에 한정해서만 감면이 이루어지도록 하기 위한 취지이다. 같은 견지에서 외국투자가 또는 외국인투자기업이 이 사건 감면규정 제6항에 따라 조세감면신청을 한 후 이 사건 감면규정 제8항에 따른 조세감면결정을 받아야 하는 것은, 요식적인 절차에 그치지 아니하고 이 사건 감면규정 제2항, 제3항에 따른 법인세 감면과 관련하여 감면대상사업에서 발생하는 소득 중 외국인투자가 실질적으로 기여한 부분을 도출하기 위한 필수적인 전제에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 감면규정 제2항, 제3항에 의한 외국인투자가 또는 외국인투자기업에 대한 법인세 등의 감면은, 위와 같은 조세감면결정에 따라 해당 외국인투자가 감면대상으로 인정받은 경우에 한하여 적용될 수 있고, 감면대상으로 인정받지 아니한 외국인투자에 대하여는 별도로 조세감면결정이 이루어지는 등의 특별한 사정이 없는 한 이 사건 감면규정 제2항, 제3항에 의한 감면을 적용받을 수 없다고 보아야 한다.
 나아가 앞서 본 이 사건 원칙규정의 문언과 내용 및 관련 법리 등에 비추어 볼 때, 이 사건 감면규정의 내용은 외국인투자기업이 증자하는 경우 그 증자 국면에 맞추어 필요한 변경을 거쳐 취지에 맞게 적용되어야 한다. 그러므로 외국인투자기업이 감면대상사업을 하며 증자를 하여 이를 통해 창출된 소득을 재원으로 배당을 하는 경우, ‘그 증자분에 대한 조세감면’은 이미 조세감면 혜택을 받은 기존 투자에 따른 감면대상사업이 아니라 이 사건 감면규정 제6항, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 증자 사업에 관한 외국인투자로 해당 외국투자가가 취득한 주식에 터 잡아 수취하는 배당금 부분에 한정하여 이루어져야 한다. 
 나. 판단
 원심은, 이 사건 감면규정의 전체적인 의미와 취지에 비추어 이 사건 감면규정 제3항의 감면대상은 조세감면결정을 받은 사업을 위한 신규 투자로 배정받은 주식에서 생기는 배당금으로 보아야 한다는 전제에서, 이 사건 기존주식에 대한 투자액 120억 원은 증자 감면사업을 영위하기 위한 투자가 아니고, 이에 따라 이 사건 기존주식은 증자 감면사업을 위해 취득한 주식이라 볼 수 없으며, 이 사건 기존주식에 대해서는 주주인 소외 1 회사가 8년간 법인세 감면을 받아 이미 감면기간이 종료되었으므로, 이를 승계취득한 소외 3 회사가 이 사건 기존주식으로부터 수취한 배당금에 대해서는 설령 그 소득이 증자 감면사업에서 발생한 것이라 하더라도 법인세 감면을 받을 수 없다고 판단하였다.
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 판시에 다소 적절하지 아니한 부분이 있기는 하나, 이 사건 배당금에 대한 법인(원천)세의 감면대상 배당금을 산정하는 과정에서 외국투자가인 소외 3 회사가 보유한 전체 주식 중에서 증자 감면사업에 대한 감면결정 당시 신고된 외국인투자에 따라 취득한 주식이 차지하는 비율을 반영하여, 즉 이 사건 기존주식으로부터 배당받는 비율만큼 공제하는 방식으로 계산함이 타당하다고 판단한 것은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 감면규정 제3항의 감면요건 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 3. 제한세율의 적용방법에 관한 상고이유에 대하여
 가. 구 「국제조세조정에 관한 법률」(2013. 1. 1. 법률 제11606호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항은 ‘조세조약의 규정상 외국법인의 국내원천소득 중 배당에 대해서는 조세조약상의 제한세율과 다음 각 호의 1에 규정된 세율 중 낮은 세율을 적용한다.’고 규정하고 있다. 그리고 「대한민국 정부와 헝가리인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」(이하 ‘이 사건 조세조약’이라고 한다) 제10조 제2항 (가)목은 ‘일방체약국의 거주자인 법인이 타방체약국의 거주자에게 지급하는 배당은 그 배당을 지급하는 법인이 거주자인 체약국에서 동 국의 법에 따라 과세될 수 있다. 다만 수령인이 그 배당의 수익적 소유자인 경우에 그렇게 부과되는 조세는 수익적 소유자가 배당을 지급하는 법인의 자본의 최소한 25%를 직접 소유하는 법인인 경우에는 총배당액의 5%를 초과하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 
 나. 원심은 판시와 같은 이유로, ‘이 사건 배당금 중 이 사건 감면규정 제3항에 따른 조세감면을 적용한 후의 과세대상 배당금에 법인세법상 원천징수세율 20%를 적용한 금액’이 이 사건 조세조약에서 배당소득 과세의 상한으로 정한 ‘총배당액의 5%’를 초과하지 않으므로 위 금액을 원고가 납부하여야 할 원천징수세액이라고 보아, 위 과세대상 배당금에 이 사건 조세조약상 제한세율인 5%를 적용하여 원천징수세액을 계산하여야 한다는 원고의 주장을 배척하였다. 
 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 이 사건 감면규정 제3항에 따른 세액계산에 있어 제한세율의 적용방법 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 
 4. 결론 
 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 마용주(재판장) 노태악 신숙희(주심)

[1] 조세법규의 해석 방법 내지 원칙 및 특히 조세감면요건 규정 가운데 명백한 특혜규정의 해석 방법 / 예외적으로 합목적적 해석이 허용되는 경우

 [2] 법령의 어느 조항이 특정 사항에 관하여 규율하고 있는 다른 조항을 준용한다고 규정할 때 ‘준용’한다는 취지의 의미

 [3] 구 조세특례제한법 제121조의2 제2항, 제3항에 따른 외국인투자가 또는 외국인투자기업에 대한 법인세 등의 감면은 조세감면결정에 따라 해당 외국인투자가 감면대상으로 인정받은 경우에 한하여 적용되는지 여부(적극) / 외국인투자기업이 감면대상사업을 하며 증자하여 이를 통해 창출된 소득을 재원으로 배당하는 경우, 구 조세특례제한법 제121조의4 제1항에 따른 ‘그 증자분에 대한 조세감면’은 조세감면결정을 받은 증자 사업에 관한 외국인투자로 해당 외국투자가가 취득한 주식에 터 잡아 수취하는 배당금 부분에 한정해 이루어져야 하는지 여부(적극)

[1] 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다. 다만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 허용된다.

 [2] 법령의 어느 조항이 특정 사항에 관하여 규율하고 있는 다른 조항을 준용한다고 규정할 때 ‘준용’한다는 취지는, 특정 사항에 관한 다른 조항을 기계적으로 그대로 적용한다는 뜻이 아니라 규율의 내용과 성질에 반하지 않는 범위 안에서 다른 조항을 필요한 변경 후 적용한다는 의미로 새겨야 한다.

 [3] 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제121조의4(이하 ‘원칙규정’이라 한다) 제1항 본문이 ‘그 증자분에 대한 조세감면’에 관하여 준용하도록 한 같은 법 제121조의2(이하 ‘감면규정’이라 한다) 제2항에서는 외국인투자비율을 곱하여 감면대상세액을 산정하도록 규정하고, 감면규정 제3항에서는 외국인투자기업이 지급하는 전체 배당금 중 외국투자가에게 지급하는 배당금에 대한 법인세 등을 감면대상으로 삼도록 규정하고 있다. 이러한 규정들의 문언과 내용 및 체계 등을 종합하면, 원칙규정이 ‘준용’해야 하는 감면규정 제2항의 외국인투자비율과 감면규정 제3항의 외국투자가가 취득한 주식은 감면규정 제6항, 제8항에 따라 외국인투자에 대해 감면결정이 이루어지는 것을 공통적인 바탕으로 한다고 볼 수 있다. 이는 감면대상사업에서 발생하는 소득 가운데 외국인투자가 실질적으로 기여한 부분에 한정해서만 감면이 이루어지도록 하기 위한 취지이다. 같은 견지에서 외국투자가 또는 외국인투자기업이 감면규정 제6항에 따라 조세감면신청을 한 후 감면규정 제8항에 따른 조세감면결정을 받아야 하는 것은, 요식적인 절차에 그치지 않고 감면규정 제2항, 제3항에 따른 법인세 감면과 관련하여 감면대상사업에서 발생하는 소득 중 외국인투자가 실질적으로 기여한 부분을 도출하기 위한 필수적인 전제에 해당한다고 보는 것이 타당하다. 따라서 감면규정 제2항, 제3항에 따른 외국인투자가 또는 외국인투자기업에 대한 법인세 등의 감면은, 위와 같은 조세감면결정에 따라 해당 외국인투자가 감면대상으로 인정받은 경우에 한하여 적용될 수 있고, 감면대상으로 인정받지 않은 외국인투자에 대하여는 별도로 조세감면결정이 이루어지는 등의 특별한 사정이 없는 한 감면규정 제2항, 제3항에 따른 감면을 적용받을 수 없다.
 나아가 원칙규정의 문언과 내용 및 관련 법리 등에 비추어 볼 때, 감면규정의 내용은 외국인투자기업이 증자하는 경우 그 증자 국면에 맞추어 필요한 변경을 거쳐 취지에 맞게 적용되어야 한다. 그러므로 외국인투자기업이 감면대상사업을 하며 증자를 하여 이를 통해 창출된 소득을 재원으로 배당을 하는 경우, ‘그 증자분에 대한 조세감면’은 이미 조세감면 혜택을 받은 기존 투자에 따른 감면대상사업이 아니라 감면규정 제6항, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 증자 사업에 관한 외국인투자로 해당 외국투자가가 취득한 주식에 터 잡아 수취하는 배당금 부분에 한정하여 이루어져야 한다.