산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 자가 부동산을 취득하더라도 이를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대할 목적이 있는 경우 취득세와 등록세의 면제대상에 해당하는지 여부 (일반행정, 대법원)
공포일: 2014.05.16 / 시행일:

【심급】
6심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

상고이유를 판단한다.
구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2호 별표2 제1호는 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준의 하나로 ‘제3조 제1호 나목에 따른 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것’을 요건으로 규정하고 있다.
원심판결 이유에 의하면, 원심은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 나목에서 ‘제1호 나목에 따른 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 직접 또는 간접적으로 소유하고 있는 기업이 아닐 것’이라고 규정하면서, 부칙 제2조에서 ‘이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011. 12. 31.까지는 중소기업으로 본다’는 규정을 두고 있는 점 등을 종합하여, 구 중소기업기본법 시행령에서 ‘발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유’하는 경우에 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 간접 소유하는 경우까지 포함하는 것으로 해석할 수는 없다고 판단하였다.
앞서 본 구 중소기업기본법 시행령의 규정 문언과 관련 규정의 개정경과 및 입법취지 등에 비추어 볼 때 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 관계 법령과 조세법률주의 및 실질과세의 원칙에 관한 법리를 오해한 위법이 없다. 상고이유에서 들고 있는 대법 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결, 대법 2013. 5. 24. 선고 2013두659 판결은 이 사건과 사안이 달라서 원용하기에 적절하지 아니하다.
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2013. 10. 2. 선고 2012누38062 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다.
2. 피고가 2010. 11. 10. 원고에 대하여 한 00시 00읍 00리 610-2 지상 2호 건물 10,038.07㎡ 증축부분에 대한 취득세 192,055,990원 및 농어촌특별세 19,205,590원 부과처분을 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
【이 유】

【심판범위】

원고는 제1심에서 00시 00읍 00리 610-2 지상 2호 건물 10,038.07㎡ 증축부분(이하 ‘이 사건 증축부분’이라 한다)과 같은 리 610-2 지상 7호 건물 79.05㎡ 증축부분(이하 ‘2차 증축부분’이라 한다)에 대한 취득세 및 농어촌특별세 부과처분의 각 취소를 구하였는데, 제1심 법원은 이 사건 증축부분에 대한 취득세 및 농어촌특별세의 부과처분 취소 청구 부분을 기각하고, 2차 증축부분에 대한 취득세 및 농어촌특별세 부과처분 취소 청구 부분을 인용하였다. 이에 대하여 원고만이 항소한 환송 전 이 법원에서 항소를 받아들이는 승소 판결을 받았고, 피고가 상고한 환송판결에서 파기환송 판결을 받았다. 이에 따라 환송 후 이 법원의 심판범위는 이 사건 증축부분에 대한 취득세 및 농어촌특별세 부과처분 취소 청구 부분에 한정된다.
1. 처분의 경위

가. 동업약정 및 토지 등의 취득

1) 000, 000, 000, 000, 000, 000, 000, 000, 000, 000, 000(이하 ‘공동사업자 11인’이라 한다)는 2007. 1.경 00시 소재 00공단 내 00화학 주식회사(이하 ‘00화학’이라 한다) 소유의 토지와 창고를 매입하고 별도로 설립한 법인을 통해 그곳에 창고를 증축한 뒤 이를 제3자에게 임대하여 그 사용료 등의 이익을 공동으로 분배하기로 하는 동업약정을 체결하였다.
2) 위 동업약정에 따라 공동사업자 11인 중 000, 000, 000, 000, 000, 000, 000, 000(이하 ‘공동사업자 8인’이라 한다)은 00화학 소유의 00시 00읍 00리 610 잡종지 6,158.6㎡ 중 합계 3,341.8718/6,158.6 지분과 00화학 소유의 같은 리 610-1 잡종지 8,462.5㎡ 중 합계 4,592.0482/8,462.5 지분을 매수하여 2007. 3. 14. 그 각 지분에 관하여 공유등기를 마쳤고, 나머지 3인의 공동사업자인 000, 000, 000는 공동사업자 8인이 위와 같이 매수하고 남은 00화학 소유 지분 중 위 610 토지에 대해서는 합계 835.4679/6,158.6 지분을, 위 610-1 토지에 대해서는 합계 1,148.0121/8,462.5 지분을 매수하여 2007. 4. 2. 그 각 지분에 관하여 공유등기를 마쳤다.
3) 공동사업자 11인은 2007. 7. 31. 위 토지들의 합병과 공유물 분할을 거쳐 생긴 00시 00읍 00리 610-2 잡종지 8,462.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 000 1,322.32/8,462.5 지분, 000, 000, 000, 000, 000 각 991.74/8,462.5 지분, 000, 000 각 826.45/8,462.5 지분, 000 176.2/8,462.5 지분, 000, 000 각 176.19/8,462.5 지분의 비율로 공유하게 되었다.
4) 공동사업자 11인은 2007. 5. 1. 이 사건 토지 지상에 농산물 냉장보관창고를 신축·운영하여 생기는 이익의 분배를 목적으로 이 사건 토지에 대한 각자의 소유 지분을 출자하는 내용의 동업계약서를 정식으로 작성하고, 상호를 ‘00농산’으로, 사업자를 공동사업자 11인으로, 개업일을 2007. 5. 25.로, 사업장소재지를 이 사건 토지로, 사업의 종류를 창고업, 제조업, 부동산업으로 하여 사업자등록을 마쳤다.
5) 한편 이 사건 토지 지상에는 00화학 소유의 철근콘크리트조 단층 창고시설 3,384㎡(이하 ‘기존건물’이라 한다)가 있었는데, 공동사업자 8인이 2007. 7. 2. 이를 취득하였다.
나. 원고의 설립과 창고증축

1) 공동사업자 11인 중 6인과 그 외 공동사업자의 배우자 등 5명, 기타 2명 등 총 13명은 기존건물을 증축하여 창고업 등을 영위할 목적으로 2007. 8. 8. 자본금 30억 원으로 원고를 설립하였고, 공동사업자 11인은 2008. 1. 7. 그들 명의로 이 사건 토지에서의 건물증축공사허가를 받았다.
2) 원고는 2007. 9. 10.경 000건설 주식회사와 위 건물증축공사에 관한 도급계약을 체결하였고, 그에 따라 완공된 일반철골구조 경사판넬지붕 4층 공장·창고시설(1층 창고 5,603.94㎡, 2층 사무실 760㎡, 3층 공장 1,674.15㎡, 3층 창고 3,925.83㎡, 4층 창고 1,458.15㎡)은 2008. 9. 12. 사용승인을 받았다(사용승인을 받은 건물은 기존건물과 이 사건 증축부분으로 이루어져 있는바, 이하에서는 이를 ‘이 사건 증축건물’이라 한다). 한편 원고는 이 사건 증축부분의 완공을 위하여 000건설 주식회사에 대한 도급공사비 등 합계 6,740,226,455원의 비용을 지출하였다.
3) 그런데 이 사건 증축부분에 대한 건축허가 명의(공동사업자 11인)가 기존건물의 소유 명의(공동사업자 8명)와 다르다는 이유로 이 사건 증축부분에 대한 등기신청이 반려되자, 공동사업자 11인은 기존건물 소유자인 공동사업자 8인의 소유 지분 중 일부를 나머지 공동사업자 3인에게 매매하는 내용의 형식적인 계약서를 작성하여 이를 근거로 2008. 11. 17. 위 3인 명의의 소유권지분이전등기를 마침으로써 기존건물의 소유자를 공동사업자 11인으로 변경한 다음, 2008. 11. 19. 그 등기부의 표제부를 기존건물에서 이 사건 증축건물로 변경하는 표제부 변경등기를 마쳤다.
다. 사용계약 등의 체결

- 제1조 (계약의 목적)

00농산은 기존건물을 증축하여 냉장냉동창고 및 식품가공공장을 건립운영하고자 한다. 본 계약은 기존건물을 증축하는 비용과 행위를 원고가 부담한 뒤 원고가 00농산에게 20년간 건물사용권을 선수양도하고 20년간 00농산으로부터 사용료를 지급받고자 하는 데 목적이 있다.
- 제2조 (계약의 존속기간)

증축이 완료되어 사용승인을 받은 날로부터 20년간으로 한다.
- 제5조 (원고의 의무)

원고는 원고의 자본금 30억 원으로 증축을 수행하고, 증축에 직접 소요되는 건축비, 부수적으로 요구되는 제세공과금을 부담한다.
- 제6조 (대지사용료의 지불)

원고는 2008. 1. 1.부터 증축건물 사용승인일까지 00농산에게 대지사용료를 지불한다.
- 제9조 (증축면적의 명의)

증축면적에 대한 등기는 00농산의 명의로 한다. 00농산 명의로 하는 것은 현행법상 증축면적에 대하여 원고 명의로 등기할 경우 제3자가 원고 명의로 된 부분에 압류 등의 조치를 취함으로써 00농산의 지상권을 침해할 수 있기 때문에 이를 미연에 방지하고자 하기 위함이다. 증축부분에 대한 등기는 공동사업자 11인의 지분율에 따르며 등기, 취득, 보유 등에 소요되는 제세공과비용은 00농산이 부담한다.
- 제10조 (사용권)

원고가 증축을 완료하고 사용승인을 받은 날부터 00농산은 증축면적 전체에 대해 20년간 사용권을 보유한다. 원고가 증축에 소요되는 일정을 단축시킨 데 대한 보상으로서 원고가 2008. 9. 이내에 사용승인을 받는 경우에 한하여 00농산은 원고가 화주나 임차인으로부터 증축부분에 대한 사용승인이 주어진 달과 그 다음달, 혹은 공장부분에 대한 공장등록이 완료된 달과 그 다음달의 기간 동안의 사용권을 원고에게 부여한다.
- 제12조 (증축가액의 계정처리)

원고는 증축건물을 00농산의 명의로 등기하면서 그 증축가액을 원고에게 계약기간 20년 동안 선급건물사용권 양도로 계정하고 부가가치세 영수증을 교부한다.
원고는 증축가액을 20년간 분할하여 매년 선급건물사용권으로 계정한다.
00농산은 증축건물의 등기명의를 양도받으면서 그 증축가액을 20년 선수건물사용권으로 계상하고 20년간 분할하여 매년 선수건물사용권을 계정한다.
- 제13조 (사용료)

00농산은 원고에게 사용료를 매월 선금으로 지급한다. 월 사용료는 1억 원으로 한다.
1) 원고는 공동사업자 11인이 설립한 동업체인 00농산과 2007. 9. 10.자로 이 사건 증축건물에 관하여 다음과 같은 내용의 사용권계약을 체결하였다.
2) 원고는 00농산과 2009. 4. 2.자로 다음과 같은 내용의 추가계약을 체결하였다.
원고는 00농산과 2007. 9. 10.자 사용권계약을 체결한 바 있고 20년 사용권 대가를 증축비용으로 산정하여 교부한 세금계산서에 대하여 00세무서의 조사를 받아 그 교부가 적정하다는 세무조사결과통지서를 수령하였다. 그 과정에서 원고와 00농산은 20년 사용권 양도양수라는 개념이 자칫 과세당국의 불필요한 오해를 불러일으킬 수 있음을 인식하였는바, 2009. 4. 2. 원계약서에 아래 조건을 부기하는 데 서로 동의한다.
1. 원고와 00농산은 적절한 시기에 사용권계약을 취소하고 00농산이 점유·사용하고 있으나 실제 소유권은 원고에게 있는 증축부분에 대하여 00농산이 그 증축공사비용을 지급함으로써 소유권을 매입하기로 한다.
2. 원고는 00농산의 동의하에 2008. 12.부터 원고의 비용으로 2.5톤 4대의 화물승강기 추가공사를 00농산 명의로 수행하여 왔고, 그로 인해 증축건물의 건축면적이 79.05㎡ 증가되었다. 이 부분에 대하여 원고와 00농산은 사용권계약을 체결하지 않고 원고가 소요한 비용을 00농산이 지급함으로써 추가공사한 화물승강기 부분을 매입한다.
3. 원고는 화물승강기 추가공사부분이 차지하는 79.05㎡에 대하여 사용승인이 주어지는 즉시 00농산에게 세금계산서를 발급하여야 하며, 그 매입금액은 00농산이 실제 사용한 공사금액을 근거로 00농산이 취득세, 등록세 신고시 제출하여야 할 금액을 적용하기로 한다.
4. 00농산은 위 금액을 세금계산서 발부일로부터 2개월 이내에 원고에게 지급하며 추가공사부분에 대해서는 아무런 사용료도 원고에게 지급하지 않는다.
2007. 9. 10.자 사용권계약의 취지는 원고가 증축한 부분에 대하여 소유권은 원고가 보유하고 00농산은 20년 사용권을 보유하려는 것이나, 이를 취소하고 추가계약 제1의 1항에 따라 원고의 증축공사비용과 그에 따른 건설이자를 00농산이 지불하되, 선인도 장기분할지급 방식으로 하며, 매입대금은 00농산의 직접 지급, 혹은 원고의 부채금액인수, 혹은 00농산의 사용권포기 방식으로 지급한다.
3) 원고는 00농산과 2009. 5. 25.자로 다음과 같은 내용의 추가계약을 체결하였다.
라. 이 사건 처분

피고는 2010. 11. 9. 원고가 이 사건 증축부분의 사실상 취득자라는 이유로 원고에 게 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제2항에 따라 이 사건 증축부분에 대하여 취득세 192,055,990원 및 농어촌특별세 19,205,590원 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 갑 제13 내지 15호증, 갑 제17 내지 19호증, 갑 제23 내지 31호증, 갑 제37 내지 40호증, 갑 제42, 43, 46, 47, 49, 50, 60호증, 을 제1 내지 7호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장

1) 이 사건 증축부분은 다음과 같은 사정에 따라 공동사업자 11인이 원시취득하였으므로, 원고가 원시취득하였음을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
가) 이 사건 증축부분은 공동사업자 11인 소유의 기존건물에 부합되었다.
나) 원고와 00농산이 체결한 사용권계약은 토지 임차인인 원고가 지상에 건물을 증축하여 사용하되 그 증축부분을 토지 임대인인 공동사업자 11인(00농산) 소유로 귀속시키기로 한 약정일 뿐만 아니라, 이 사건 토지는 산업시설구역인 00국가산업단지 내 00지구에 있고, 위 단지 내에서 할 수 있는 임대 및 창고업종은 ‘비주거용 건물 임대업’, ‘비주거용 건물개발 및 공급업’으로 제한되는바, 00농산이 등기소유권을 취득한 뒤 원고에게 그 사용권을 주어야 ‘비주거용 건물임대업’을 하는 경우에 해당하여 위 산업단지 내에서 영업을 할 수 있으므로, 공동사업자 11인(00농산)이 이 사건 증축부분의 소유권을 취득하는 것이 당사자들의 실질적인 의사였다.
2) 설령 원고가 이 사건 증축부분을 원시취득하였다고 하더라도, 이 사건 증축건물은 현재 임대되어 공장과 냉동창고로 사용되고 있으므로 이는 산업용 건축물 등의 직접 사용에 해당한다. 이와 같이 해석하지 않는다고 하더라도, 원고는 이 사건 증축건물을 중소기업자에게 임대하였으므로 구 지방세법 제276조 제1항 본문이 정한 취득세와 등록세 면제대상에 해당한다.
나. 관계 법령

■ 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제104조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음과 같다.
8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.
제105조(납세의무자등)

① 취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·승마장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.
② 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 민법·광업법·수산업법·선박법·「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」·건설기계관리법·자동차관리법 또는 항공법등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비·항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다.
제111조(과세표준)

③ 건축물을 건축(신축 및 재축을 제외한다) 또는 개수한 경우와 대통령령이 정하는 선박·차량 및 기계장비의 종류변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령이 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
제276조(산업단지 등에 대한 감면)

①「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물 등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.
■ 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전문 개정되기 전의 것)

제81조(증축 등의 과세표준액)

① 법 제111조 제3항의 규정에 의한 과세표준액은 취득세의 납세의무자나 그 취득물건에 관하여 그와 거래관계가 있었던 자가 관계장부 기타 증빙서류를 비치하고 있을 때에는 이에 의하여 시장ㆍ군수가 조사하여 결정한다.
② 제1항의 규정에 의한 관계장부 기타 증빙서류를 비치하지 아니하거나 그 내용 중 취득경비 등의 금액이 시가표준액에 미달하는 경우에는 당해 취득물건과 유사한 물건을 취득하는 경우에 일반적으로 소요된 것으로 인정되는 자재비ㆍ인건비 기타 취득에 필요한 경비 등에 관하여 매년 1월 1일 현재의 시가를 기초로 하여 행정안전부장관이 정하는 기준에 따라 시장ㆍ군수가 정한 시가표준액에 의하여 산정한 금액을 과세표준액으로 한다.
제224조의2 (산업용 건축물 등의 범위)

법 제276조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 건축물"이라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.
1.「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조의 규정에 의한 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물 및 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물

2.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」제6조 제5항의 규정에 의한 폐기물 수집운반 및 처리업ㆍ창고업ㆍ화물터미널 그 밖에 물류시설을 설치 및 운영하는 사업ㆍ운송업(여객운송업을 제외한다)ㆍ산업용기계장비임대업ㆍ전기업ㆍ농공단지에 입주하는 지역특화산업ㆍ「도시가스사업법」 제2조제5호의 규정에 의한 가스공급시설용 및 「집단에너지사업법」제2조 제6호의 규정에 의한 집단에너지공급시설용 건축물

3.「산업기술단지 지원에 관한 특례법」의 규정에 의한 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물

4.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제30조 제2항의 규정에 의한 관리기관이 산업단지의 관리, 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 설치하는 건축물(법 제107조의 규정에 의한 수익사업용으로 사용되는 부분을 제외한다)

■ 농어촌특별세법

제3조 (납세의무자)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
5. 「지방세법」에 따른 취득세 또는 레저세의 납세의무자.
■ 구 중소기업기본법(2011. 7. 25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것)

제2조 (중소기업자의 범위)

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

가. 업종의 특성

나. 상시 근로자 수

다. 자산규모

라. 매출액 등

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

■ 구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것)

제3조 (중소기업의 범위)

「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 맞는 기업

[별표 2]

중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조 제2호 관련)

1. 제3조 제1호 나목에 따른 법인이 발행주식(「상법」제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것

2. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 관한 판단

가) 이 사건 증축부분이 기존건물에 부합되었는지 여부

건물이 증축된 경우에 증축부분이 기존건물에 부합된 것으로 볼 것인가 아닌가 하는 점은 증축부분이 기존건물에 부착된 물리적 구조뿐만 아니라 그 용도와 기능의 면에서 기존건물과 독립한 경제적 효용을 가지고 거래상 별개의 소유권 객체가 될 수 있는지의 여부 및 증축하여 이를 소유하는 자의 의사 등을 종합하여 판단하여야 할 것이다(대법 2002. 5. 10. 선고 99다24256 판결 등 참조).
이러한 법리에 비추어 본다. 갑 제49, 50호증, 갑 제62 내지 67호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 증축건물은 단층인 기존건물의 평면적을 확장한 뒤 그 위로 2층에서 4층까지 증축한 것으로 기존건물과 이 사건 증축부분이 내부적으로 서로 연결되어 있는 사실, 이 사건 증축건물의 1층에는 냉동창고, 사무실, 휴게실, 화장실이, 2층에는 농산물냉장냉동창고, 사무실과 각종 회의실, 휴게실, 탈의실 등이, 3층에는 농산물냉장냉동창고, 가공실, 보관실, 창고 등이, 4층에는 농산물냉장냉동창고가 위치하고 있는데, 각 층에 위치한 창고들은 그 안에 적재된 수입농산물이 검역·통관(1층), 보관(1층~4층), 가공·포장(3층), 반출(1층) 등의 작업을 효율적으로 거칠 수 있도록 이송도어나 리프트도어 등을 통해 같은 층 또는 다른 층의 다른 창고와 유기적으로 연결되도록 설계되어 있는 사실, 이 사건 증축건물의 전기인입시설은 기존건물과 이 사건 증축부분의 것이 독립되지 않은 채 4층 옥상에 설치되어 있는 사실, 이 사건 증축건물 2층 이상의 층은 독립된 외부통로가 없어 기존건물이 있었던 위치에 설치된 계단을 통해서만 출입이 가능한 사실이 인정된다.
이와 같은 인정사실에 의하면 이 사건 증축부분은 그 구조나 용도에 비추어 기존건물과 함께 하나의 통합된 용도로 사용하기 위하여 증축된 것으로 보이고 그 자체로서는 별다른 경제적 효용을 가지지 못하며 기존건물과 함께 이 사건 증축건물의 일부로서만 사용가치가 있는 것으로 보인다. 따라서 이 사건 증축부분은 물리적 구조뿐만 아니라 그 용도와 기능 면에서 기존건물에 부합되었다고 봄이 타당하다.
나) 이 사건 증축부분의 소유권 귀속

자기의 비용과 노력으로 건물을 신축한 자는 그 건축허가가 타인의 명의로 된 여부에 관계없이 그 소유권을 원시취득한다(대법 2002. 4. 26. 선고 2000다16350 판결 등 참조). 그런데 원고가 그 비용과 노력으로 이 사건 증축부분을 신축·완공한 점은 앞서 본 바와 같다. 여기에 앞서 인정한 사실과 증거 등에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고와 공동사업자 11인(00농산) 또는 공동사업자 8인 사이에서는 이 사건 증축부분의 소유권을 원고에게 귀속시키기로 하는 약정이 있었다고 봄이 타당하다.
원고와 00농산 사이에 작성된 2007. 9. 10.자 사용권계약서, 2009. 4. 2.자 및 2009. 5. 25.자 각 추가계약서의 내용은 모두 원고가 이 사건 증축부분의 소유자임을 전제로 하는 것으로 해석된다.
원고는, 원고와 공동사업자 11인(00농산) 사이에서는 이 사건 증축부분의 소유권을 공동사업자 11인에게 귀속시키려는 의사였고, 위 사용권계약서 등은 000이 계약당사자 쌍방을 대리하여 일방적으로 작성한 것에 불과하다고 주장한다. 그러나 원고가 제출한 증거들에 의하더라도 처분문서인 위 사용권계약서 등의 문언과 다른 내용의 소유권 귀속 약정이 있었다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다[오히려, 원고가 제출한 갑 제72호증의 2에는 "사용권계약서는 000이 박종규와 저(박수남), 그리고 다른 투자자들의 의견을 반영하여 만든 것이며…"라는 기재도 있다].
또한, 원고는 당초에는 이 사건 증축부분의 소유권을 원고에게 취득시킬 계획이었으나, 2007. 7. 2. 원고가 아니라 공동사업자 8인(공동사업자 11인 중 기존건물 취득에 반대한 박종규 측의 3인 제외)의 명의로 기존건물을 취득하게 된 것을 계기로 위 계획을 수정하여, 이 사건 증축부분의 소유권을 공동사업자 11인이 취득하고 원고는 20년간의 사용권만을 취득하기로 하였다고 주장한다. 그러나 원고 및 00농산을 대리한 000과 유한회사 0000(이하 ‘0000’라 한다) 사이에 2007. 3. 30. 체결된 양해각서에 의하면, "00농산은 원고에게 00시 00읍 00리 610 소재 토지의 사용권을 20년간 부여하고, 원고는 그 지상에 건축될 그 소유의 냉장창고를 0000에게 임대한다"는 내용으로 되어 있어 원고가 이 사건 증축부분의 소유권을 취득함을 전제하고 있는 것으로 해석된다. 그런데 원고 주장과 같이 2007. 7. 2. 기존건물 취득 이후 이 사건 증축부분의 소유권 귀속에 관한 계획을 변경하였음에도 위와 같은 내용의 양해각서를 그대로 두고 2010. 7. 5. 법률사무소에서 공증까지 받았다는 것(갑 제12호증)은 선뜻 납득하기 어렵다.
원고는 2008. 6. 19. 0000에게 이 사건 증축건물을 임대하기 위한 임대차계약을 체결하고 임대료와 보증금을 수령하여 공사대금에 충당하였는데, 위 임대차계약에도 원고에게 이 사건 증축부분에 대한 사용권만이 아니라 소유권이 있음을 전제로 하는 것으로 보이는 내용[제1조 ⑶ D) 항 "임대인이 임대차 목적물을 판매, 이전, 양도, 처분할 때에는 임차인에게 사전통보해야 한다"는 부분 등]이 존재한다.
다) 소결론

이 사건 증축부분의 소유권이 원고에게 귀속되지 아니하였음을 전제로 한 이 부분 원고 주장은 받아들일 수 없다.
2) 두 번째 주장에 관한 판단

가) 산업용 건축물 등의 직접 사용에 해당하는지 여부

⑴ 구 지방세법 제276조 제1항은 "·산업입지 및 개발에 관한 법률·에 의하여 지정된 산업단지와·산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률·에 의한 유치지역 및·산업기술단지 지원에 관한 특례법·에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 ‘산업용 건축물 등’이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세를 추징한다."고 규정하고 있다.
위와 같이 구 지방세법 제276조 제1항은 그 본문 괄호규정(이하 ‘이 사건 괄호규정’이라 한다)에서 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 경우’를 예외적으로 그 본문에 의한 취득세와 등록세 면제대상에 포함시키고 있다. 위 규정의 입법취지와 개정연혁, 그 본문과 단서의 관계 등에 비추어 볼 때, 이 사건 괄호규정의 ‘공장용 부동산’은 그 본문규정의 ‘산업용 건축물’과 달리 보기 어렵고, 따라서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 자가 부동산을 취득하더라도 스스로 이를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대할 목적이 있는 경우에는 그 임대가 이 사건 괄호규정이 정하는 중소기업자에 대한 임대가 아닌 한 구 지방세법 제276조 제1항 본문에 의한 취득세와 등록세 면제대상에 해당하지 않는다고 해석하여야 한다.
⑵ 이러한 법리에 비추어 이 사건에 관하여 본다. 앞서 인정한 사실과 증거 등에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 이 사건 증축부분이 포함된 이 사건 증축건물은 산업시설구역인 00국가산업단지 00지구 내에 위치하고 있는 점, 공동사업자 11인(00농산)은 이 사건 토지에서 건물증축공사허가를 신청하기 전인 2007. 9.경 00국가산업단지공단에 업종을 ‘냉장 및 냉동창고업, 과실가공 및 저장 처리업’으로 한 사업계획서를 제출한 점(갑 제54호증), 원고는 2008. 6. 19. 사용승인을 전제로 이 사건 증축건물을 0000과 0000푸드 주식회사(이하 ‘0000푸드’라 하고, 0000과 함께 지칭할 때에는 ‘이 사건 임차인들’이라 한다)에 임대하였고, 이 사건 임차인들은 이 사건 증축건물을 현재까지 냉장 및 냉동창고, 과실가공 및 저장 처리장 등으로 사용하고 있는 점(갑 제32 내지 36호증) 등을 종합하여 보면, 원고는 산업용 건축물인 이 사건 증축부분을 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 이 사건 임차인들에게 임대할 목적이 있었음을 알 수 있으므로, 이 사건 임차인들이 이 사건 괄호규정에서 말하는 중소기업자에 해당하지 않는 한 이 사건 증축부분은 구 지방세법 제276조 제1항 본문이 정한 취득세 등 면제대상이 될 수 없다.
나) 이 사건 임차인들이 중소기업자에 해당하는지 여부

⑴ 구 중소기업기본법(2011. 7. 25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항은 업종의 특성, 상시 근로자의 수, 자산규모, 매출액 등을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당하고, 그 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업을 영위하는 자를 중소기업자라고 한다고 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1호 [별표 1]은 상시 근로자 수·자본금 또는 매출액의 규모에 따라 업종별로 중소기업의 기준을 정하면서, 상시 근로자 수 300명 미만 또는 매출액 300억 원 이하의 대형 종합 소매업(제3호), 상시 근로자 수 200명 미만 또는 매출액 200억 원 이하의 창고 및 운송 관련 서비스업(제4호), 상시 근로자 수 100명 미만 또는 매출액 100억 원 이하의 도매 및 상품 중개업(제5호)을 들고 있다. 한편 같은 법 시행령 제3조 제2호 [별표 2]는 중소기업의 실질적 독립성의 기준에 관하여 제3조 제1호 나목 규정에 따른 법인이 발행주식(·상법·제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 소유하는 기업이 아닐 것을 규정하고 있는데, 제3조 제1호 나목은 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억 원 이상인 법인이라고 규정하고 있다.
⑵ 우선 이 사건 임차인들이 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1호 [별표 1] 업종별 상시 근로자 수·자본금 또는 매출액의 규모기준을 충족하는지 본다. 0000은 업종 운수창고/도소매로, 0000푸드는 업종 도소매/부동산업으로 각 사업자등록을 하고 사업체를 운영하고 있는 사실(갑 제80호증), 2007년 사업연도의 상시 근로자 수는 0000 63인, 0000푸드 46인으로 모두 100명 미만에 해당하는 사실(갑 제81호증) 등을 종합하여 보면, 이 사건 임차인들은 모두 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1호 [별표 1]이 정한 중소기업 기준을 충족한다고 볼 수 있다(이에 대하여 피고는 0000과 그 자회사인 0000푸드의 상시 근로자 수를 합산하여 중소기업자 해당 여부를 판단하여야 한다고 주장하나, 0000과 0000푸드가 별개의 법인인 이상 피고 주장과 같이 이들의 상시 근로자 수를 합산하는 것으로 해석할 근거가 없다).
⑶ 다음으로 이 사건 임차인들이 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 [별표 2] 실질적 독립성 기준을 충족하는지 본다. 앞서 인정한 사실과 증거 등에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 임차인들은 모두 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 [별표 2]에 따른 실질적 독립성 기준도 충족한다고 볼 수 있다.
㈎ 0000 발행주식의 91.67%는 000가 보유하고 있고(갑 제79, 82호증), 0000푸드 발행주식의 100%는 0000이 보유하고 있다(갑 제83호증). 그런데 000와 0000은 2007. 12. 31. 현재 대차대조표상 자산총액이 모두 5천억 원 미만이므로(갑 제77, 78, 85호증, 변론 전체의 취지), 이 사건 임차인들은 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1호 나목에 따른 법인이 그 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업에 해당하지 않는다.
㈏ 한편 회사정보를 제공하는 사이트인 인사이드뷰(Insideview)에 000의 자회사라고 되어있는 사실(을 제12호증), 0000의 인터넷 홈페이지에 "0000은 세계최대 청과회사인 000이 1991. 4.경 개설한 한국사무소이고, 0000푸드는 0000이 2002. 4.경 설립한 자회사이다"라고 소개되어 있는 사실(을 제8호증), 000은 2007. 12. 31. 현재 대차대조표상 자산총액이 약 4조 3,000억 원에 달하는 사실(을 제11호증)이 인정되기는 한다. 그러나 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 [별표 2]를 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 간접 소유하는 경우까지 포함하는 것으로 해석할 수는 없다.
조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법 2002. 7. 26. 선고 2000두4378 판결 등 참조). 그런데 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 [별표 2] 제1호는 ‘제3조 제1호 나목에 따른 법인이 발행주식(·상법·제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것’이라고 규정하고 있을 뿐이므로, 그 문언에 따르더라도 자회사 등을 통하여 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 간접 소유하는 경우까지 적용범위에 포함되는 것으로 확대 해석할 수는 없다.
한편 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 중소기업기본법 시행령에서는 제3조 제2호 나목에서 ‘제1호 나목에 따른 법인이 발행주식(·상법·제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접 또는 간접적으로 소유하고 있는 기업이 아닐 것’이라고 규정하면서 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 부칙 제2조의 경과조치에 의해 2011. 12. 31.까지 중소기업으로 본다는 규정을 두고 있다. 이러한 규정의 개정이유와 관련하여 중소기업청은 규모가 큰 기업들이 중소기업에 대하여 실질적으로 지배적인 영향력을 행사하고 있음에도 직접 소유 규정만 두고 있던 문제점을 보완하여 간접 소유의 경우까지 그 적용대상을 확대하는 데 있는 것으로 설명하고 있다(갑 제84호증). 이와 같은 관련 규정의 개정경과와 입법취지 등을 감안하더라도, 개정된 중소기업기본법 시행령 시행에 따라 비로소 간접 소유까지 그 적용범위가 확대되었다고 봄이 타당하다.
그 밖에 이 사건 임차인들은 2007 사업연도 법인세 신고를 하면서 세무조정계산서와 중소기업기준검토표 등을 제출하였는데, 그 당시 삼정회계법인이 작성한 중소기업기준검토표에 따르더라도 이 사건 임차인들이 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 [별표 2]에 따른 실질적 독립성 기준을 충족하는 것으로 검토되어 있다(갑 제77, 78호증).
⑷ 이 사건 임차인들은 이 사건 괄호규정에서 말하는 중소기업자에 해당한다.
다) 소결론

이 사건 증축부분은 원고가 중소기업자에게 임대할 목적으로 취득한 것으로서 구 지방세법 제276조 제1항 본문이 정한 취득세 등 면제대상에 해당한다. 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.
3. 결론

제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 이 사건 처분을 취소한다.
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【대법원 2012.11.29. 선고, 2012두17179 판결】

【주 문】 처분청승소

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고법에 환송한다.
【이 유】

상고이유를 판단한다.
1. 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항은 "「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 ‘산업용 건축물 등’이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세를 추징한다."라고 규정하고 있다.
2. 원심은 채택 증거에 의하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 구 지방세법 제276조 제1항 단서는 ‘산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우’를 그 본문에 의하여 면제된 취득세와 등록세의 추징사유로 규정하고 있으나 위 규정의 취지에 비추어 여기서의 ‘직접 사용’은 당해 재산을 그 본래의 업무에 사용하는 것이면 충분하며 스스로 그와 같은 용도에 직접 사용하지 않고 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 사용하게 하더라도 무방하다고 보아야 하는 점, 원고는 아산국가산업단지 내의 산업용 건축물에 해당하는 이 사건 증축부분을 유한회사 돌코리아와 디에프씨푸드 주식회사(이하 ‘이 사건 임차인들’이라 한다)에 임대하여 이를 냉장·냉동창고, 과실가공처리장 등으로 사용하도록 한 점 등을 이유로 이 사건 증축부분은 구 지방세법 제276조 제1항에 의한 취득세와 등록세의 면제대상에 해당한다고 판단하였다.
3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
구 지방세법 제276조 제1항은 그 본문의 괄호규정(이하 ‘이 사건 괄호규정’이라 한다)에서 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 경우’를 예외적으로 그 본문에 의한 취득세와 등록세 면제대상에 포함시키고 있는바, 위 규정의 입법 취지와 개정연혁, 그 본문과 단서의 관계 등에 비추어 볼 때, 이 사건 괄호규정의 ‘공장용 부동산’은 그 본문규정의 ‘산업용 건축물’과 달리 보기 어렵다고 할 것이고, 따라서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 자가 부동산을 취득하더라도 스스로 이를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대할 목적이 있는 경우에는 그 임대가 이 사건 괄호규정이 정하는 중소기업자에 대한 임대가 아닌 한 구 지방세법 제276조 제1항 본문에 의한 취득세와 등록세의 면제대상에 해당하지 않는다고 해석함이 상당하다.
원심판결 이유에 나타난 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 산업용 건축물인 이 사건 증축부분을 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 이 사건 임차인들에게 임대할 목적이 있었으므로 이 사건 임차인들이 이 사건 괄호규정에서 말하는 중소기업자에 해당하지 않는 한 이 사건 증축부분은 구 지방세법 제276조 제1항 본문에 의한 취득세와 등록세의 면제대상이 될 수 없다고 할 것이다. 그렇다면 원심으로서는 이 사건 임차인들이 이 사건 괄호규정의 중소기업자에 해당하는지 여부를 심리·판단하였어야 함에도 이러한 심리·판단 없이 단지 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 증축부분이 구 지방세법 제276조 제1항 본문에 의한 취득세와 등록세의 면제대상에 해당한다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 구 지방세법 제276조 제1항에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
4. 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.