학교 설립인가 받을 예정자를 학교를 경영 하는 자로 볼 수 있는지 (일반행정, 대법원)
공포일: 2017.07.27 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2017. 4. 5. 선고 2016누62827 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 원고의 청구를 기각한다.
3. 소송총비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 제1심 판결의 해당 부분(2면 4행부터 3면 13행까지) 중 아래와 같이 고치는 것 외에는 제1심 판결과 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 따라 인용한다.
○ 2면 11, 12, 13행을 아래와 같이 고친다.
【 다. 원고는 이 사건 학교를 초·중등교육법에 따른 대안학교로 설립하기로 계획하고 학교의 설립인가를 받고자 2014. 3. 30. 경기도 성남교육지원청에 이 사건 학교에 대해 대안학교 설립계획신청서를 제출한 후, 당시 시행되던 학교보건법령에 따라 교육환경평가서를 제출하였고, 2회에 걸친 설립계획서의 보완서 제출을 거쳐 2015. 9. 16. 설립인가를 신청하여 2015. 11. 13. 설립인가를 받았다. 】

○ 2면 15행부터 18행까지를 아래와 같이 고친다.
【 마. 원고는 2014. 12. 19. 피고에게 이 사건 건물은 이 사건 학교의 교사로 사용될 시설이고 이 사건 학교에 대해 대안학교 설립 예정으로 설립인가 절차가 진행 중이라면서 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세특례제한법’이라 한다) 제41조에 따라 지방세 감면을 신청하였고, 피고는 같은 날 원고에게 이 사건 건물이 학교 사업용으로서 그 취득이「지방세특례제한법」제41조제1항에 따른 취득세 감면 대상이라는 이유로 취득세 감면 확인서를 발급해 주었다. 】

2. 처분의 적법 여부

2.1. 원고의 주장 요지

2.1.1.1.1. 주위적 주장

원고는 이 사건 건물의 취득 당시인 2014. 10. 20. 이 사건 학교에 대하여 설립인가 절차를 진행 중이었다가 건물 취득 이후인 2015. 11. 13. 설립인가를 받았고, 이 사건 건물은 원고가 이 사건 학교의 교사로 사용하기 위하여 취득한 것이므로 초·중등교육법에 따른 학교를 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여「지방세특례제한법」제41조제1항에 따라 그 취득세가 면제된다. 그렇지 않고 형식상 설립인가를 받지 않았다는 이유로 취득세가 면제되지 않는다는 해석은 학교의 설립인가 전·후의 부동산 취득자 사이에 취득세 감면의 우대조치를 합리적 이유 없이 차별하는 것이므로 조세평등주의에 위반된다.
2.1.1.1.2. 예비적 주장

2.1.1.1.2.1. 취득세 면제

지방세특례제한법령에 의하면, 대통령령으로 정하는 문화예술단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하고(법 제52조 제1항) 취득세가 면제되는 문화예술단체는 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 문화예술단체이다(시행령 제26조 제1호). 원고는 민법 제32조 등에 따라 2003. 8. 1. 통일부장관의 허가를 받아 같은 달 26. 설립되었고, 법인등기부등본 및 정관의 목적 사업에 의하면 남북한의 문화통합에 기여하는 문화예술단체로서 지방세특례제한법령에 정한 문화예술단체에 해당하므로 위 사업에 사용하고자 취득한 이 사건 건물에 대하여는 취득세가 면제된다.
2.1.1.1.2.2. 가산세를 면할 정당한 사유의 존재

피고가 △△꿈학교의 설립인가가 되지 아니한 사실을 알고도 취득세 면제를 확인하여 주자, 원고는 이를 믿고 취득세를 납부하지 아니하였을 뿐 아니라 이 사건 건물의 취득이 취득세 면제 대상인지에 대하여는 해석상 의의(疑意)가 있으므로 원고가 취득세 납세의무를 이행하지 아니한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 납부불성실가산세 부과처분은 위법하다.
2.2. 관계 법령

별지 기재와 같다.
2.3. 판단

2.3.1.1.1. 주위적 주장에 관하여

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2007두3275 판결 등 참조).
지방세특례제한법령 규정의 문언 내용 및 그 입법목적 등을 종합하여 인정되는 다음과 같은 점을 종합하여 보면,「지방세특례제한법」제41조제1항에 정한 ‘초·중등교육법에 따른 학교를 경영하는 자’는 부동산 취득 당시 초·중등교육법이 정하는 바에 따라 적법한 설립인가를 받은 자를 의미할 뿐 향후 초·중등교육법에 따라 설립인가를 받아 학교를 경영할 예정인 자는 포함되지 않는다고 해석되므로 원고의 이 사건 건물의 취득은「지방세특례제한법」제41조에 따라 그 취득세가 면제된다고 할 수 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다.
①「지방세특례제한법」제41조제1항은 취득세가 면제되는 학교 및 외국교육기관의 범위에 관하여 제한적·열거적으로 규정하면서 ‘초·중등교육법에 따른 학교를 경영하는 자’를 취득세 면제 대상자의 하나로 규정하고 있다.
② 초·중등교육법에 의하면, 학교를 설립·경영하기 위해서는 법령에 정한 설립기준을 갖추어 관할 교육감의 인가를 받아야 하고(제4조 제1, 2항), 학교의 설립인가(또는 변경인가)를 받지 아니하고 학교를 운영하거나 거짓 또는 그 밖의 부정한 방법으로 설립인가(변경인가)를 받은 경우에는 형사처벌을 받게 되며, 시설 폐쇄명령까지 받도록 정하여져 있는 점(제63조 제1항, 제65조 제1항, 제67조 제2항) 등에 비추어 보면, 취득세 면제 대상자 중 하나인 ‘초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자’라 함은 초·중등교육법이 정하는 일정한 요건과 절차에 따라 학교 설립인가를 받은 자만을 의미한다고 해석하는 것이 규정의 문언이나 취지에 부합한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두2070 판결 참조).
③ 학교의 설립인가를 받지 아니한 채 학교의 설립인가를 받을 예정인 상태에서 사실상 학교를 경영하는 자도 ‘초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자’로 인정하여 취득세를 면제하는 경우에는 초·중등교육법을 위반하여 형사처벌과 폐쇄명령을 받게 될 처지에 있는 자에게 취득세 면제의 혜택을 주는 결과가 되는데, 이는 초·중등교육법의 입법취지나 국민의 교육을 받을 권리의 실현을 위하여 학교 경영자에게 취득세 면제 혜택을 주는 지방세특례제한법의 규정 취지에도 반한다.
④ 학교의 설립인가를 받을 것을 예정하고 있는 자는 학교의 설립인가 절차를 밟는 단계에 따라 그 위치가 각기 다를 수 있는데, 그 중 일부를 설립인가 절차의 단계에 따라 달리 취급하거나 이미 학교의 설립인가를 받아 학교를 경영하는 자와 같이 취급할 근거가 없으므로, 학교의 설립인가를 받을 것을 예정하고 있는 자 중 일부에 대하여 학교의 설립인가를 받은 자와 같이 취급하여 면제규정을 적용하는 것은 취득세 면제 대상의 기준이 불명확하게 될 우려가 있다.
⑤ 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호 및 구 지방세법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제79조 제1항 제2호는 부동산을 취득하는 시점에서 ‘유치원을 경영하는 자’만을 비과세대상으로 규정하였다가, 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 구 지방세법은 ‘영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다’는 규정(제272조 제5항)을 신설하였고, 위 규정은 지방세특례제한법에도 그대로 이어졌다(제19조 제1항). 이처럼 지방세특례제한법은 유치원에 대하여는 부동산을 취득하는 시점에서 그 취득주체가 유치원을 경영하는지와 관계없이 ‘유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산’으로 규정하여 면제대상을 확대하고 있음에도, 학교에 대하여는 부동산 취득시점에 ‘학교를 경영하는 자’로 그 주체를 제한하고 있다. 이와 같이 유치원의 경우 비과세 및 면제 규정이 변경된 반면 학교의 경우에는 그대로 유지된 개정 경위 등에 비추어 보면, ‘초·중등교육법에 따른 학교를 경영하는 자’는 부동산의 취득 당시에 초·중등교육법이 정하는 바에 따라 학교의 설립인가를 받은 자만을 당연한 전제로 한 것으로 보인다.
⑥ 지방세특례제한법은 ‘초·중등교육법에 따른 학교를 경영하는 자’ 외에 ‘사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인’(제22조 제1항), ‘의료법 제48조에 따라 설립된 의료법인(제38조 제1항)’ 등이 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여도 취득세 면제 대상으로 규정하고 있다. 그런데 사회복지사업법이나 의료법이 정하는 절차에 따라 시·도지사의 허가를 받지 아니하였으나 설립 허가를 받을 것을 예정하고 있는 사실상의 사회복지법인이나 의료법인에 대하여도 면제 규정을 적용하는 것은 사회정책적인 차원에서 면세 혜택을 주는 지방세특례제한법의 입법취지에도 반하고, 면세 대상의 범위가 모호하게 될 우려가 있다.
⑦ 학교의 설립인가를 받을 것을 예정하고 있는 자와 학교의 설립인가를 받은 자를 같이 취급하여 면제규정을 적용하는 것은 취득세 면제 대상의 기준이 불명확하게 될 우려가 있는 점 등에 비추어 보면 학교의 설립인가를 기준으로 취득세 면제 여부를 달리 정하고 있다고 하여 합리적 이유 없이 차별한다거나 조세평등주의에 위반된다고 할 수 없다.
2.3.1.1.2. 예비적 주장에 관하여

2.3.1.1.2.1. 취득세 면제 여부

「지방세특례제한법」제52조제1항은 ‘대통령령으로 정하는 문화예술단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2015. 12. 31.까지 면제한다’고 규정하고 있고, 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 11. 19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것) 제26조는 ‘법 제52조제1항에 따른 문화예술단체의 하나로 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 문화예술단체에 해당하는 단체’로 규정하고 있다. 문화예술진흥법은 문화예술에 관하여 ‘문학, 미술(응용미술을 포함한다), 음악, 무용, 연극, 영화, 연예(演藝), 국악, 사진, 건축, 어문(語文), 출판 및 만화’로 정의하고 있다(제2조 제1항 제1호).
지방세특례제한법령에 정한 문화예술단체는 위 각 규정의 취지에 비추어 문화예술 분야 활동을 주된 목적으로 하는 단체를 의미한다고 할 것이므로(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누7515 판결 등 참조), 문화예술 분야 활동이 부대사업의 하나에 불과한 단체는 문화예술단체로 보기 어렵다.
갑 제3, 13호증의 각 기재에 의하면, 원고의 법인등기부등본 및 정관의 목적 사업 중에는 ‘한민족 구성원 및 소외된 이웃을 위한 창의적 문화통합교육, 상호 교류 및 개선 사업’, ‘국내외 한민족 문화통합 및 통일 관련 학술 연구, 연수, 강연회 개최 및 관련 단체교류 사업’이 포함되어 있는 사실은 인정된다. 그러나 갑 제10호증의 4, 갑 제17호증의 각 기재에 의하면, 원고의 비영리민간단체등록증상의 주된 사업은 ‘△△꿈학교 등 북한이탈주민 국내정착 지원 사업 추진’으로 되어 있는 사실, △△꿈학교는 탈북 청소년 대안학교로서 15~26세 탈북 청소년에 대한 기술교육이나 체험활동을 중점 분야로 하여 대학입시 교육도 병행하면서 교육을 주된 활동으로 하고 있는 사실을 인정할 수 있다.
위 인정사실에 의하면, 원고의 정관 및 법인등기부상 일부 목적 사업 중에 문화통합교육과 문화통합 학술 연구 등이 포함되어 있더라도 원고의 주된 사업이 북한이탈주민 국내정착 지원 사업으로서 그 중점 분야는 교육 활동이어서 원고가 문학, 미술, 음악, 무용, 연극 등의 문화예술 활동을 주된 목적으로 하는 단체라고 인정하기 어려우므로, 원고는「지방세특례제한법」제52조제1항에서 정한 문화예술단체라고 볼 수 없다. 원고의 위 주장도 이유 없다.
2.3.1.1.2.2. 가산세를 면할 정당한 사유의 존부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려하지 아니하고, 법령의 부지·착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조). 또한 납세의무자가 세무공무원의 틀린 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없다(2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).
앞서 인정한 사실을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 학교의 설립인가를 받을 것을 예정하고 있을 뿐이어서 ‘초·중등교육법에 따른 학교를 경영하는 자’에 해당하지 아니하여「지방세특례제한법」제41조제1항의 규정상 취득세 면제 대상이 아님은 분명한 이상, 원고가 이 사건 건물을 취득하였음에도 이로 인한 취득세를 납부하지 아니한 것은 지방세특례제한법령의 감면 규정을 오해한 것에 불과하고, 원고가 세무공무원으로부터 취득세 감면확인서를 받았다고 하더라도 세무공무원이 관계법령의 감면 대상 요건을 충분히 검토하지 못한 데에서 비롯된 착각이거나 관계법령에 어긋나는 것임이 명백한 점에 비추어 원고가 이를 믿고 따랐다 하여 취득세 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 원고의 위 주장 또한 이유 없다.
3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 기각한다.
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【하급심-수원지방법원 2016. 8. 23. 선고 2016구합62765 판결】

【주문】 처분청승소

1. 피고가 2015. 6. 17. 원고에 대하여 한 취득세 73,988,700원, 지방교육세 4,227,910원, 농어촌특별세 5,284,900원의 부과처분을 각 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 북한이탈주민의 국내정착 지원 사업 등을 추진하기 위하여 2003. 8. 26. 통일부 장관의 허가를 받아 설립된 법인으로서, 2003년경부터 탈북청소년을 위한 대안학교인 ‘△△꿈학교’(이하 ‘이 사건 학교’라고 한다)를 운영하고 있다.
나. 원고는 이 사건 학교를 위한 교사를 신축하기로 하고 2014. 1. 16. 무상으로 임차한 성남시 00구 00동 641-15 종교용지 1793.8㎡ 지상에서 지상 4층, 지하 1층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 신축공사에 착수하였다.
다. 원고는 이 사건 학교를 초·중등교육법에 따른 대안학교로 설립하기로 계획하고 2014. 3. 30. 경기도 성남교육지원청에 이 사건 학교에 대해 초·중등교육법에 따라 대안학교 설립인가를 신청하였다.
라. 이 사건 건물은 2014. 10.경 완공되었고, 2014. 10. 20. 사용승인이 내려졌다.
마. 원고는 2014. 12. 19. 피고에게 이 사건 건물은 이 사건 학교의 교사로 사용될 예정이고 이 사건 학교에 대해 대안학교 설립인가 절차가 진행 중이라고 신고하여「지방세특례제한법」제41조에 따라 이 사건 건물의 취득에 대한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세를 면제받았다.
바. 피고는 2015. 6. 17. 원고에게 ‘「지방세특례제한법」제41조제1항의 초·중등교육법에 따른 학교라 함은 사립학교의 경우 초·중등교육법 제4조에 따라 교육감의 설립인가를 받은 학교를 의미하고 학교를 경영하는 자라 함은 취득 당시 설립인가를 받아 학교를 경영하고 있던 자를 의미하는데, 원고는 이 사건 건물 취득 당시 교육감으로부터 설립인가를 받아 학교를 경영하고 있던 자에 해당하지 않는다’라는 이유로 이 사건 건물의 가액 2,507,786,071원을 과세표준으로 하여 취득세 73,988,700원, 지방교육세 4,227,910원, 농어촌특별세 5,284,900원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
사. 경기도교육감은 2015. 11. 13. 원고에 대하여 초·중등교육법 제4조 제2항 및 대안학교설립·운영에 관한 규정 제4조에 따라 이 사건 학교를 초·중등교육법상 각종학교(대안학교)로 인가하였다. 원고는 2016. 3. 1.경부터 설립 인가를 받은 대로 이 사건 건물에서 이 사건 학교를 개교하여 운영하고 있다.
아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 9. 14. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2016. 1. 7. 조세심판원으로부터 원고의 청구를 기각하는 심판이 내려졌다.
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1호증(가지번호 붙은 호증 모두 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 당사자 주장의 요지

1) 원고의 주장

원고는 이 사건 건물의 취득 당시 이 사건 학교에 대하여 설립인가 절차를 진행 중이었고 이 사건 건물 취득 이후 설립인가를 받았고, 이 사건 건물은 원고가 이 사건 학교의 교사로 사용하기 위하여 취득한 것이므로, 이 사건 건물은 초·중등교육법에 따른 학교를 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여「지방세특례제한법」제41조에 따라 그 취득세가 면제되어야 한다.
2) 피고의 주장

조세법률주의에 따라 조세감면요건은 법 문언대로 해석되어야 하는바,「지방세특례제한법」제41조제1항의 면제요건은 부동산 취득 당시 초·중등교육법에 따라 적법하게 설립되어 인가받은 학교를 경영하는 자의 경우에만 적용된다. 이 사건 학교가 사실상 학교와 같은 기능을 하고 있었다고 하더라도 원고가 이 사건 건물을 취득할 당시 이 사건 학교에 대해 적법한 설립인가가 내려지지 않은 이상 원고를 초·중등교육법에 따른 학교를 경영하는 자로 볼 수 없다.
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단

1)「지방세특례제한법」제41조제1항이 부동산 취득 당시를 기준으로 설립인가를 받은 학교를 경영하는 자에 한하여 적용되는지 여부

「지방세특례제한법」제41조제1항은 초·중등교육법 등에 따른 학교를 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세를 면제하도록 규정하고 있다. 여기서 ‘초·중등교육법에 따른 학교를 경영하는 자’라 함은 초·중등교육법에 정하는 바에 따라 적법한 설립인가를 받은 자를 의미한다고 보아야 한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두2070 판결). 그런데 다음의 사정에 비추어 보면, ‘초·중등교육법에 따른 학교를 경영하는 자’에는 부동산 취득 당시 이미 초·중등교육법 등에 따라 설립인가를 받은 학교를 경영하고 있는 자 뿐만 아니라, 향후 초·중등교육법 등에 따라 설립인가를 받아 학교를 운영할 예정인 자로서 당해 교육사업에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 이후 실제 초·중등교육법에 따라 적법한 설립인가를 받은 자도 포함된다고 해석함이 타당하다.
가) 초·중등교육법 제4조 제1항, 같은 법 시행령 제2조와 그 위임에 따라 각급 학교의 설립에 필요한 시설·설비기준에 관해 규정한 고등학교 이하 각급 학교 설립·운영 규정(유치원, 초·중·고등학교 등과 대안학교를 제외한 각종학교의 설립·운영 기준에 관해 규정함), 대안학교의 설립·운영에 관한 규정(각종학교 중 대안학교의 설립·운영 기준에 관해 규정함)에 따르면 사립학교의 설립인가를 받기 위해서는 원칙적으로 당해 학교를 설립·경영하는 자가 일정한 요건을 갖춘 교사와 교지를 소유하고 있어야 한다. 다만 대안학교의 설립·운영에 관한 규정에 따르면 북한이탈주민과 그 자녀 등을 교육대상으로 하는 일부 대안학교의 경우에는 안정적 사용이 가능하다고 교육감이 판단하는 부동산을 일정 기간 이상 임대하는 경우에는 교사와 교지의 요건을 갖춘 것으로 보고(제3조의2 제2항), 사립 대안학교의 설립인가를 받으려는 자가 필요한 시설·설비를 갖추기 전에 대안학교 설립계획서를 교육감에게 제출하는 경우에는 교육감은 설립인가의 가능성 등 대안학교 설립을 위한 협의에 성실히 응하여야 한다(제4조 제3항).
위와 같은 법령의 내용에 따르면, 이 사건에서와 같이 기존에 보유하던 부동산이 아닌 새로이 취득할 부동산을 교사나 교지로 사용하여 학교를 설립하고자 하는 경우에는 부동산의 취득을 완료하여야만 학교의 설립인가를 위한 시설기준을 충족하게 된다. 따라서 해당 부동산의 취득이 완료되지 않은 이상 학교의 설립인가를 받을 수 없으므로, 교사나 교지로 사용할 부동산 취득 시에 이미 해당 부동산이 사용될 학교에 대해 설립인가를 받아 두는 것은 법적으로 불가능하다.
나)「지방세특례제한법」제41조제1항이 초·중등교육법 등 관련 법령에 따라 설립인가를 받은 학교가 해당 교육사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세를 면제하도록 규정하고 있는 것은 시설·설비 등의 설립기준 및 운영에 관해 관련 법령과 주무관청의 규율을 받는 사립학교의 설치를 장려하기 위함이다. 그런데 만일 피고의 주장과 같이 부동산의 취득 당시 이미 초·중등교육법 등에 따라 설립인가를 받은 학교를 경영하는 자에 한하여 취득세를 면제받을 수 있다고 해석한다면, 가)항에 기재한 사정에 비추어 볼 때 최초로 학교를 설립하여 경영하려는 자에 대해서는「지방세특례제한법」제41조제1항의 취득세 면제규정이 적용될 여지가 전혀 없게 되고, 기존에 학교의 설립인가를 받은 자가 추가로 학교를 설립하기 위해 부동산을 취득하는 경우 또는 기존에 학교의 설립인가를 받은 자가 교사를 이전하기 위하여 부동산을 취득하는 경우에 한해 위 취득세 면제규정이 적용되는 결과가 된다. 그러나 이미 학교의 설립인가를 받은 자가 학교를 추가로 신설하거나 교사를 이전하는 경우와 새로이 학교를 설립하려고 하는 자 사이에 앞서 본 입법 목적을 달성함에 있어 차이를 둘 만한 합리적인 이유를 찾을 수 없다.
다)「지방세특례제한법」제41조제1항 단서는 초·중등교육법 등에 따른 학교를 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세를 면제하였으나 이를 수익사업에 사용하거나 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 등에는 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바, 향후 학교의 설립인가를 받을 것을 전제로 부동산 취득에 관해 취득세를 면제받은 자가 학교의 설립인가를 받지 못하거나 이를 실제 교육사업에 사용하지 아니한 경우에는 위 단서 규정을 통해 면제된 취득세를 추징할 수 있으므로 위 법령에서 규정한 ‘초·중등교육법에 따른 학교를 경영하는 자’에 초·중등교육법에 따라 설립인가를 받아 학교를 경영할 예정인 자로서 해당 교육사업에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 이후에 그 설립인가를 받은 자를 포함하더라도 그 입법 취지가 잠탈될 염려는 없을 것으로 보인다.
2) 이 사건에 대한 판단

이 사건에서 원고는 이 사건 건물을 취득하기 이전에 이 사건 학교에 대해 대안학교 설립인가를 신청하였고, 이 사건 건물을 완공하여 이를 취득한 이후 이 사건 학교에 대하여 대안학교 설립인가를 받았으며, 실제 이 사건 건물을 이 사건 학교의 교사로 이용하고 있는바, 이 사건 건물은「지방세특례제한법」제41조제1항의 취득세 면제요건을 갖추었다고 할 것이다.
따라서 이 사건 건물이 취득세 면제요건에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

[지방세특례제한법]

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

① 「초ㆍ중등교육법」및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제42조 제1항에 따른 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

[초·중등교육법]

제2조(학교의 종류)

초ㆍ중등교육을 실시하기 위하여 다음 각 호의 학교를 둔다.
1. 초등학교ㆍ공민학교

2. 중학교ㆍ고등공민학교

3. 고등학교ㆍ고등기술학교

4. 특수학교

5. 각종학교

제4조(학교의 설립 등)

① 학교를 설립하려는 자는 시설·설비 등 대통령령으로 정하는 설립 기준을 갖추어야 한다.
② 사립학교를 설립하려는 자는 특별시·광역시·특별자치시·도·특별자치도 교육감(이하 "교육감"이라 한다)의 인가를 받아야 한다.
③ 사립학교를 설립·경영하는 자가 학교를 폐교하거나 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려면 교육감의 인가를 받아야 한다.
제60조(각종학교)

① "각종학교"란 제2조 제1호부터 제4호까지의 학교와 유사한 교육기관을 말한다.
② 각종학교는 그 학교의 이름에 제2조 제1호부터 제4호까지의 학교와 유사한 이름을 사용할 수 없다. 다만, 관계 법령에 따라 학력이 인정되는 각종학교(제60조의2에 따른 외국인학교와 제60조의3에 따른 대안학교를 포함한다)는 그러하지 아니하다.
③ 각종학교의 수업연한, 입학자격, 학력인정, 그 밖에 운영에 필요한 사항은 교육부령으로 정한다.
제60조의3(대안학교)

① 학업을 중단하거나 개인적 특성에 맞는 교육을 받으려는 학생을 대상으로 현장 실습 등 체험 위주의 교육, 인성 위주의 교육 또는 개인의 소질ㆍ적성 개발 위주의 교육 등 다양한 교육을 하는 학교로서 각종학교에 해당하는 학교(이하 "대안학교"라 한다)에 대하여는 제21조 제1항, 제23조 제2항ㆍ제3항, 제24조부터 제26조까지, 제29조 및 제30조의4부터 제30조의7까지를 적용하지 아니한다.
② 대안학교는 초등학교ㆍ중학교ㆍ고등학교의 과정을 통합하여 운영할 수 있다.
③ 대안학교의 설립기준, 교육과정, 수업연한, 학력인정, 그 밖에 설립ㆍ운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
[초·중등교육법 시행령]

제2조(학교의 설립기준)

「초ㆍ중등교육법」(이하 "법"이라 한다) 제4조제1항의 규정에 의하여 학교를 설립하고자 하는 자가 갖추어야 하는 시설ㆍ설비 등 학교의 설립기준에 관한 사항은 따로 대통령령으로 정한다.
제3조(사립학교의 설립인가 신청)

법 제4조제2항에 따라 사립학교의 설립인가를 받으려는 자는 교육부령으로 정하는 바에 따라 학교의 설립목적ㆍ명칭ㆍ위치 및 개교예정일 등을 기재한 학교설립 인가신청서에 다음 각 호의 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부하여 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도ㆍ특별자치도교육감(이하 "교육감"이라 한다)에게 신청하여야 한다. 이 경우 교육감은「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 교지ㆍ실습지의 지적도 및 학교법인의 등기부를 확인하여야 한다.
1. 학칙

2. 경비와 유지방법

3. 교사(체육장을 포함한다)의 배치도ㆍ평면도

4. 병설학교 등을 둘 경우에는 그 계획서

5. 설립자가 법인인 경우에는 출연금 등에 관한 서류

6. 설립자가 사인인 경우에는 경비의 지급 및 변제능력에 관한 서류

7. 설비 관련 서류 및 그 밖에 교육부령으로 정하는 서류

[고등학교 이하 각급 학교 설립·운영 규정]

제1조(목적)

이 영은「유아교육법」제8조, 「초ㆍ중등교육법」제4조, 「사립학교법」제5조 및 「유아교육법 시행령」제8조, 「초ㆍ중등교육법 시행령」제2조의 규정에 의하여 유치원ㆍ초등학교ㆍ중학교ㆍ고등학교ㆍ공민학교ㆍ고등공민학교ㆍ고등기술학교와 이에 준하는 각종학교(대안학교는 제외한다)의 설립ㆍ운영에 있어서 필요한 시설ㆍ설비기준과 학교법인이 설립ㆍ경영하는 사립학교의 경영에 필요한 재산의 기준 등에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제3조(교사)

① 각급학교의 교사(교실, 도서실 등 교수ㆍ학습활동에 직ㆍ간접적으로 필요한 시설물을 말한다)는 교수ㆍ학습에 적합하여야 하고, 그 내부환경은 「학교보건법」제4조의 규정에 의한 환경위생 및 식품위생의 유지ㆍ관리에 관한 기준에 적합하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의한 교사의 기준면적은 별표 1과 같다. 다만, 각급 학교의 학교별 특성을 고려하여 교육상 지장이 없는 범위 안에서 시ㆍ도 조례로 정하는 바에 따라 기준면적의 3분의 1의 범위 안에서 완화하여 적용할 수 있다.
제4조(교사용 대지)

교사용 대지의 기준면적은 건축관련법령의 건폐율 및 용적률에 관한 규정에 따라 산출한 면적으로 한다.
제7조(사립학교 교사 및 교지의 소유주체 등)

사립의 각급학교의 교사 및 교지는 당해 학교를 설립ㆍ경영하는 자(이하 "설립주체"라 한다)의 소유이어야 하며, 교지안에는 설립주체외의 자가 소유하는 건축물을 둘 수 없다. 다만, 문화 및 복지시설, 생활체육시설, 평생교육시설, 주차장 등 교육 및 공공의 목적에 부합하는 시설 중 설립주체에게 그 소유권이 이전되는 경우에는 설립주체외의 자가 소유하는 건축물을 교지 안에 둘 수 있다.
제15조(각급학교의 인가기준 등)

① 시ㆍ도교육감은 사립의 고등학교를 설립ㆍ경영하고자 하는 자가 다음 각 호의 기준을 갖추어 학교설립의 인가를 신청한 때에는 이를 인가한다. 이 경우 학교의 전 학년의 총학생정원은 60명이상이어야 한다.
1. 제3조의 규정에 의한 교사

2. 제6조의 규정에 의한 교지

3. 제13조의 규정에 의한 수익용기본재산

② 사립의 각급학교 및 특수학교를 설립ㆍ경영하고자 하는 자는 「유아교육법 시행령」제9조 또는 「초ㆍ중등교육법 시행령」제3조에 따른 학교설립의 인가를 신청하기 전에 교육부령으로 정하는 바에 따라 학교설립계획서를 시ㆍ도교육감에게 제출하여야 한다. 다만,「유아교육법」제2조제2호 또는 「초ㆍ중등교육법」제2조에 따른 기존학교를 개편하여 다른 종류의 학교를 설립하고자 하는 경우와 이 영에 의한 시설ㆍ설비기준을 확보한 경우 및 국가시책상 특히 필요하여 설립되는 학교로서 교육부장관이 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
[대안학교의 설립·운영에 관한 규정]

제3조의2(사립 대안학교 교사ㆍ교지 등의 소유주체 등)

① 사립 대안학교의 교사 및 교지는 해당 대안학교를 설립ㆍ경영하는 자의 소유이어야 한다.
② 제1항에도 불구하고 대안학교의 정원을 기준으로 특별시ㆍ광역시ㆍ도 또는 특별자치도 교육감(이하 "교육감"이라 한다)이 정하여 고시하는 비율 이상의 「북한이탈주민의 보호 및 정착지원에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 북한이탈주민 및 그 자녀, 「다문화가족지원법」제2조제1호에 따른 다문화가족의 자녀, 「재한외국인 처우 기본법」제2조 제1호에 따른 재한외국인의 자녀 또는 「초ㆍ중등교육법」(이하 "법"이라 한다) 제28조에 따른 학습부진아등을 교육대상으로 하는 대안학교를 설립하려는 자가 다음 각 호의 건물ㆍ시설 또는 부지를 교육감이 정하여 고시하는 기간 이상 임대하는 경우 그에 해당하는 교사와 교지의 요건을 갖춘 것으로 본다.
1. 「폐교재산의 활용촉진을 위한 특별법」제2조 제1호에 따른 폐교

2. 교육감이 안정적 사용이 가능하고 교육상 지장이 없다고 판단하는 건물이나 시설

제4조(설립인가)

① 법 제4조 제2항에 따라 사립 대안학교의 설립인가를 받으려는 자는 다음 각 호의 사항이 기재된 서류를 갖추어 교육감에게 신청하여야 한다. 이 경우 교육감은「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 교지의 지적도 및 법인 등기사항증명서(설립자가 법인인 경우로 한정한다)를 확인하여야 한다.
3. 위치

7. 설비

9. 교사(체육장을 포함한다)의 배치도ㆍ평면도

② 교육감은 제1항에 따라 대안학교를 설립인가하는 경우 해당 학교의 교육과정 운영계획을 고려하여 그 대안학교를 졸업한 자에게 인정할 수 있는 학력을 설립인가서에 표시하여야 한다.
③ 법 제4조 제2항에 따라 사립 대안학교의 설립인가를 받으려는 자가 필요한 시설ㆍ설비를 갖추기 전에 대안학교 설립계획서를 교육감에게 제출하는 경우에는 교육감은 설립인가의 가능성 등 대안학교 설립을 위한 협의에 성실히 응하여야 한다.
④ 제3항에 따른 대안학교 설립계획서에 포함하여야 할 사항 등 협의에 필요한 사항은 교육감이 정하여 고시한다. 끝.