부가가치세부과처분취소 (세무, 대법원)
공포일: 2013.03.28 / 시행일:

【원고, 상고인】 주식회사 푸드웰 (소송대리인 법무법인 바른 담당변호사 정인진 외 1인)
【피고, 피상고인】 동대구세무서장
【원심판결】 대구고법 2012. 11. 2. 선고 2012누1526 판결 
【주 문】
 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.
 1. 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제16조는 제1항에서 ‘납세의무자로 등록한 사업자가 재화나 용역을 공급하는 경우에는 세금계산서를 발급하여야 한다.’고 규정하고, 제2항에서 ‘법인사업자 등은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 전자적 방법에 의한 세금계산서(이하 ‘전자세금계산서’라 한다)를 발급하여야 하되, 법인사업자는 2010. 12. 31.까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다.’고 규정하고 있다.
 한편 법 제16조 제3항은 ‘전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.’고 규정하고, 제20조 제1항은 ‘사업자가 법 제16조 제1항, 제2항 등에 따라 세금계산서를 발급한 경우에는 매출처별 세금계산서합계표를 해당 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다. 다만 제16조 제3항 등에 따라 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송한 경우에는 그러하지 아니하다.’고 규정하고 있다. 나아가 법 제22조 제4항 제1호는 ‘법 제20조 제1항에 따른 매출처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 그 공급가액의 100분의 1에 해당하는 가산세(이하 ‘세금계산서합계표 미제출가산세’라 한다)를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.’고 규정하고, 법 제22조 제2항 본문 및 제2호는 ‘전자세금계산서를 발급한 사업자가 정해진 기한까지 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송하지 아니한 경우 그 공급가액의 100분의 1에 해당하는 가산세(이하 ‘전자세금계산서 발급명세 미전송가산세’라 한다)를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.’고 규정하면서 법 제22조 제2항 단서에서 ‘법인사업자에 대해서는 2010. 12. 31.까지 제2호의 규정을 적용하지 않는다.’고 규정하고 있으며, 법 제22조 제8항은 ‘법 제22조 제4항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항을 적용하지 아니한다.’고 규정하고 있다.
 위 각 규정의 체계, 문언 및 내용, 전자세금계산서 제도의 조기정착을 위하여 마련한 규정들의 취지 등을 종합하여 보면, 법인사업자가 2010. 12. 31. 이전이라도 일단 전자세금계산서를 발급한 경우에는 법 제16조 제3항에 규정된 전자세금계산서 발급명세 전송의무와 아울러 법 제20조 제1항에 규정된 세금계산서합계표 제출의무도 함께 부담하고, 전자세금계산서를 발급한 법인사업자가 전자세금계산서 발급명세를 전송하면 법 제20조 제1항 단서에 의하여 세금계산서합계표 제출의무를 면하게 되어 전자세금계산서 발급명세 미전송가산세는 물론 세금계산서합계표 미제출가산세도 면하게 되나, 세금계산서합계표를 제출하였을 뿐 전자세금계산서 발급명세를 전송하지 않았으면 전자세금계산서 발급명세 미전송가산세를 부담하여야 하며(다만, 법 제22조 제2항 단서에 의하여 2010. 12. 31.까지는 이를 면하게 된다), 세금계산서합계표를 제출하지 않고 전자세금계산서 발급명세도 전송하지 않으면 법 제22조 제8항에 의하여 전자세금계산서 발급명세 미전송가산세 규정의 적용이 배제되어 세금계산서합계표 미제출가산세만 부담하게 된다. 
 2. 원심은 그 채택 증거를 종합하여, 원고가 2010년 제1기에 발급한 전자세금계산서 중 일부에 대하여만 그 발급명세를 국세청장에게 전송하였을 뿐 나머지에 대하여는 그 발급명세를 국세청장에게 전송하지 아니하였을 뿐만 아니라 매출처별 세금계산서합계표도 제출하지 아니한 사실을 인정한 다음, 법인사업자인 원고가 2010. 12. 31. 이전에 전자세금계산서를 발급하였더라도 그 발급명세를 국세청장에게 전송하지 않은 경우에는 세금계산서합계표 제출의무를 부담하므로, 원고가 이를 제출하지 아니한 이상 피고가 법 제22조 제4항 제1호에 따라 원고에게 세금계산서합계표 미제출가산세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.
 원심의 이러한 판단은 앞서 본 규정과 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 원고가 상고이유로 주장하는 법 제22조 제2항 단서, 제22조 제4항 제1호의 적용범위에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.
 3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이상훈(재판장) 신영철 김용덕 김소영(주심)

법인사업자가 2010. 12. 31. 이전에 전자세금계산서를 발급한 경우 구 부가가치세법 제16조 제3항의 전자세금계산서 발급명세 전송의무와 같은 법 제20조 제1항의 세금계산서합계표 제출의무도 함께 부담하는지 여부(적극) 및 위 전자세금계산서 발급명세 전송의무, 세금계산서합계표 제출의무와 전자세금계산서 발급명세 미전송가산세, 세금계산서합계표 미제출가산세 사이의 부담 관계

구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제16조 제1항, 제2항, 제3항, 제20조 제1항, 제22조 제2항 제2호, 제4항 제1호, 제8항 규정의 체계, 문언 및 내용, 전자세금계산서 제도의 조기정착을 위하여 마련한 규정들의 취지 등을 종합하여 보면, 법인사업자가 2010. 12. 31. 이전이라도 일단 전자세금계산서를 발급한 경우에는 법 제16조 제3항에 규정된 전자세금계산서 발급명세 전송의무와 아울러 법 제20조 제1항에 규정된 세금계산서합계표 제출의무도 함께 부담하고, 전자세금계산서를 발급한 법인사업자가 전자세금계산서 발급명세를 전송하면 법 제20조 제1항 단서에 의하여 세금계산서합계표 제출의무를 면하게 되어 전자세금계산서 발급명세 미전송가산세는 물론 세금계산서합계표 미제출가산세도 면하게 되나, 세금계산서합계표를 제출하였을 뿐 전자세금계산서 발급명세를 전송하지 않았으면 전자세금계산서 발급명세 미전송가산세를 부담하여야 하며(다만, 법 제22조 제2항 단서에 의하여 2010. 12. 31.까지는 이를 면하게 된다), 세금계산서합계표를 제출하지 않고 전자세금계산서 발급명세도 전송하지 않으면 법 제22조 제8항에 의하여 전자세금계산서 발급명세 미전송가산세 규정의 적용이 배제되어 세금계산서합계표 미제출가산세만 부담하게 된다.