법인세등부과처분취소 (일반행정, 서울고등법원)
공포일: 1997.01.16 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
기타
【주문】
1. 피고가 1991.11.16. 원고에 대하여 한 법인세 금 14,35

4,098,190원 및 방위세 금 2,246,491,920원의 각 부과

처분 중 법인세 금 4,314,631,150원 및 방위세 금 760,5 18,050원을 초과하는 부분은 이를 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 이를 17분하여 그 1는 원고의, 나머지는 피 고의 각 부담으로 한다.
【이유】

1. 이 사건 처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1,2,갑제3호증의 1 내지 6, 갑제14호증의 1 내지 30, 갑제15,16호증, 갑제20호증의 1,2, 갑제21호증의 1 내지 4, 을제1,2,6,7호증, 을제8호증의 1 내지 24, 을제9호증의 1 내지 16, 을제10호증의 1 내지 13의 각 기재와 증인권영신의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 반증이 없다.
가. 원고는 토목, 건축 등의 설계시공 청부업 등을 목적사업으로 하고 매년 1.1.부터 12.31.까지를 사업연도로 하는 주식회사인데, 1986.9.11. 자신이 소유중이던소외 한라건설주식회사(이하 “한라건설”이라 한다)의 비상장 주식 15,858,000주(이하 “이 사건 주식”이라 한다)를 액면가액인 1주당 금 500원씩으로 계산하여 소외정몽구에게 금 7,929,000,000원(15,858,000주 × 500원)에 양도하였다.
나.한라건설은 1986.9.12.소외 한국도시개발주식회사(이하 “한국도시개발”이라 한다)와 사이에한라건설이한국도시개발을흡수합병하되한라건설과한국도시개발의 합병비율을 1ː1(액면금액 금 1,000원인한국도시개발의 주식 1주당 액면금액 금 500원인한라건설주식 2주를 교부하기로 함)로 하기로 하는 내용의 합병계약을 체결하고 같은 해 9.27. 각기 주주총회를 통하여 합병절차를 마친 후 같은 해 11.28. 합병된 회사의 상호를 현대산업개발주식회사로 변경하는 한편 같은 달 29. 그 합병등기를 마쳤다.
다. 원고는 피고에게 1987.3.30. 1986년도 법인세 과세표준을 금 19,268,773,489원으로 신고하면서 법인세로 기납부세액 금 2,972,114,141원 외에 금 2,803,517,905원을 자진납부하고, 방위세로 기납부세액 금 772,078,305원 외에 금 3,838,713,581원을 자진납부하였으며, 그후 피고는 1986년도 법인세 과세표준을 금 24,252,369,180원으로 정하고 산출세액 금 7,270,710,754원과 가산세액 금 1,146,102,318원을 합하여 결정세액을 금 8,416,813,072원으로 경정한 후 1990.1.16. 원고에게 위 결정세액에서 기납부 및 자진납부한 세액을 공제한 나머지 법인세 금 2,641,181,020원{8,416,813,072원 － 5,775,632,046원(2,972,114,141원 ＋ 2,803,517,905원): 고지되는 세액의 10원 미만은 버림, 이하 같다)과 방위세 금 448,523,610원을 부과하였고(1차 처분), 이어서 과세표준을 금 25,810,489,844원으로 정하고 산출세액 금 7,738,146,953원과 가산세액 금 1,588,692,405원을 합하여 결정세액을 금 9,326,839,358원으로 경정한 후 1990.11.16. 원고에게 위 결정세액에서 기납부 및 자진납부한 세액과 기부과세액을 공제한 나머지 법인세 금 910,026,280원(9,326,839,358원 - 5,775,632,046원 - 2,641,181,026원)과 방위세 금 140,230,850원을 추가부과하였다(2차 처분).
라. 한편, 피고는한라건설과한국도시개발의 순자산가치의 비율이 1ː2.2임에도 불구하고 두회사가 1ː1의 비율로 합병됨으로써 합병 후한라건설의 주주는 그 소유주식의 가치상승으로 합병전후의 주가차액만큼의 이익을 얻게 되는 반면 한한국도시개발의 주주는 그 소유주식의 가치하락으로 위 차액만큼의 손해를 보게 되었는데, 위 두 회사의 각 지배주주이던 원고가 위와 같은 합병을 예상하고서도 자산가치가 하락하는 쪽의 주식(한국도시개발의 주식)을 그대로 보유한 채 자산가치가 상승되는 쪽의 주식(이 사건 주식)을 합병계약 하루 전날 원고와 사이에법인세법시행령 제46조 제1항 제1호소정의 특수관계에 있는 위정몽구에게 액면가로 저가양도하였으니 이는 원고가정몽구에게 합병으로 인한 경제적 이득을 미리 분여함으로써 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당한다고 하여,법인세법 제20조와법인세법시행령 제46조 제2항 제4호 또는 제9호에 따라 원고와정몽구간의 위 주식양도행위를 부인하고, 합병이 완료된 시점(합병등기일)인 1986.11.29.을 기준으로 하고, 서울 강남구삼성동 87, 87의 1,2,3, 89의 1대지 및 그 지상건물(이하 “영동사옥”이라 한다)을한라건설의 자산으로 보아 그 자산에 설정되어 있는 근저당권의 채권최고액으로 자산가액을 평가하는 한편,한라건설의 사용인 전원이 퇴직할 경우에 지급하여야 할 퇴직금 추계액중 50%만을 부채에 산입하여, 합병후의한라건설주식 1주당 가액을 금 1,574원으로 평가한 다음, 그 평가액과 실제 양도가액의 차액 금 17,031,492,000원｛(1,574원 － 500원) × 15,858,000｝을 익금가산하여 법인세 과세표준을 금 42,841,981,844원(2차 처분시 과세표준 25,810,489,844원 ＋ 익금가산액 17,031,492,000원)으로 정하고, 산출세액 금 12,847,594,553원과 가산세액 금 6,651,726,834원을 합하여 결정세액을 금 19,499,321,387원으로 경정한 후, 1991.1.16. 원고에게 위 결정세액에서 기납부 및 자진납부한 세액과 기부과세액을 공제한 나머지 법인세 금 10,172,482,020원(19,499,321,387원 － 5,775,632,046원 － 2,641,181,026원 － 910,026,286원)과 방위세 금 1,532,834,280원{(6,732,380,638원 － 기납부 및 자진납부세액과 기부과세액 5,199,546,356원(772,078,305원 ＋ 3,838,713,581원 ＋ 448,523,612원 ＋ 140,230,858원)}을 추가부과하였다(3차 처분).
마. 그후 피고는 합병후의한라건설주식 1주당 가액이 금 1,591원인데 당초 금 1,574원으로 잘못 평가하였다는 이유로 익금가산액(주식가액의 차액)을 금 17,301,078,000원｛(1,591원 － 500원) × 15,858,000｝으로 재산정하여 법인세 과세표준을 금 43,111,567,844원(2차 처분시 과세표준 25,810,489,844원 ＋ 익금가산액 17,301,078,000원)으로 정하고, 산출세액 금 12,928,470,353원과 가산세액 금 5,673,354,056원을 합하여 결정세액을 금 18,601,824,409원으로 경정한 다음, 위 결정세액에서 그 이전에 원고가 1987. 3. 30.까지 기납부 및 자진납부한 법인세 금 5,775,632,046원 및 3차처분 후 4차처분 이전에 자진납부한 법인세 금 3,551,207,312원을 공제한 나머지 법인세를 금 9,274,985,050원(18,601,824,409원 － 5,775,632,046원 － 3,551,207,312원)으로 감액경정(3차 처분액보다 금 897,496,970원이 감액됨)하고도, 1991. 4. 16. 원고에게 3차 처분액에 추가하여 법인세 금 10원 및 방위세 금 24,262,740원{산출세액 6,399,001,463원 ＋ 가산세 357,641,915원 － 기납부 및 자진납부세액 4,610,791,886원(772,078,305원 ＋ 3,838,713,581원) － 기부과세액 2,121,588,752원(448,523,612원 ＋ 140,230,858원 ＋ 1,532,834,282원)}을 추가 부과고지하였다(4차 처분).
바. 다시 피고는 합병 후의한라건설주식 1주당 가액이 금 1,637원인데 금 1,591원으로 잘못 평가하였다는 이유로 익금가산액(주식가액의 차액)을 금 18,030,546,000원｛(1,637원 － 500원) × 15,858,000｝으로 재산정하는 한편, 원고가 1986.8.22. 소외현대중공업주식회사의 주식 1,583,650주를 시가(1주당 금 2,713원)보다 저렴한 1주당 금 2,500원씩에 특수관계자인 소외정몽준에게 양도하였다 하여 그 차액 금 337,317,450원｛(2,713 － 2,500) × 1,583,650｝과 같은 해 6.30. 소외현대정공주식회사의 주식 2,057,670주를 시가(1주당 금 825원)보다 저렴한 1주당 금 800원씩에 특수관계자인 위정몽구에게 양도하였다 하여 그 차액 금 51,441,750원｛(825 － 800) × 2,057,670｝을 추가로 부당행위계산부인하고 익금에 가산하는 등 합계금 18,419,305,200원(18,030,546,000원 ＋ 337,317,450원 ＋ 51,441,750원)을 익금가산하여 법인세 과세표준을 금 44,229,795,044원(2차 처분시 과세표준 25,810,489,844원 ＋ 익금가산액 18,419,305,200원)으로 정하고, 산출세액 금 13,263,938,513원과 가산세액 금 5,968,294,764원을 합하여 결정세액을 금 19,232,233,277원으로 경정한 다음, 위 결정세액에서 기납부 및 자진납부한 세액과 4차 처분시까지의 정당한 기부과세액을 공제한 나머지 법인세 금 630,408,860원{19,232,233,277원 － 5,775,632,046원 － 3,551,207,312원 － 9,274,985,051원(10,172,482,029원 － 897,496,978원)} 및 방위세 금 100,640,440원(산출세액 6,482,868,503원 ＋ 가산세액 374,415,323원 － 기납부 및 자진납부세액 4,610,791,886원 － 기부과세액 2,145,851,492원(448,523,612원 ＋ 140,230,858원 ＋ 1,532,834,282원 소 24,262,740원)}을 추가 부과고지하였다(5차 처분).
사. 따라서 피고가 최종적으로 원고에게 부과한 1986년도 법인세는 금 14,354,098,190원(2,641,181,020원 ＋ 910,026,280원 ＋ 10,172,482,020원 ＋ 10원 ＋ 금 630,408,860원)이고 방위세는 금 2,246,491,920원(448,523,610원 ＋ 140,230,850원 ＋ 1,532,834,280원 ＋ 24,262,740원 ＋ 100,640,440원)이 된다(이하 위 최종적인 부과처분을 “이 사건 처분”이라 한다).
아. 원고가 이 사건 주식을 양도할 당시, 원고의 총발행주식 중 위정몽구가1.4％, 그의 아버지소외 정주영이12.9％를 각 소유하고 있는 것을 비롯하여 위정주영의 친족과 그들이 출자한 법인들이 총 72.6％를 소유하고 있었고,한라건설의 총발행주식 30,000,000주(1주당 금 500원) 중 원고가 52.9％(이 사건 주식 15,858,000주), 위정주영이9.5％, 위정몽구가10.9％를 각 소유하고 있는 것을 비롯하여 위정주영의 친족과 그들이 출자한 기업들이 100％를 소유하고 있었으며,한국도시개발의 총발행주식 27,000,000주(1주당 금 1,000원)는 원고가 66.7％, 위정주영이3.4％, 위정몽구가10.2％를 각 소유하고 있는 것을 비롯하여 역시 위정주영의 친족과 그들이 출자한 기업이 100％를 소유하고 있었다.
2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고한국도시개발의 총발행주식의 50/100 이상을 보유하고 있어 위 두 회사의 의사를 결정할 수 있는 지위에 있던 원고가 두 회사의 합병계획을 사전에 잘 알 수 있어 두 회사가 1ː1의 비율로 합병할 경우한라건설의 주식가치가 상승할 것을 충분히 알 수 있음에도 불구하고, 이 사건 주식양도 및 그 이후의 합병절차라는 하나의 다단계우회적 행위를 통하여 특수관계자인 위정몽구에게 이 사건 주식의 합병전후의 주가차액만큼의 이익을 분여하고 이로써 원고가 부담할 법인세를 부당하게 감소시켰으므로,한라건설과한국도시개발을 합병함으로써 조세회피 내지 이익분배가 완료된 합병등기일인 1986.11.29.을 기준으로 하여 이 사건 주식의 가액을 평가하여 한 이 사건 처분은 관계법령의 규정에 비추어 적법하다고 주장한다.
(2) 이에 대하여, 원고는 첫째로, (가) 이 사건 주식의 양도에 의하여 특수관계자인 위정몽구에게 원고법인의 이익이 분여되었는지를 살피기 위한 전제로서 이 사건 비상장 주식의 가액을 평가함에 있어서는법인세법시행규칙 제16조의2,상속세법시행령 제5조 제5항에 따라 합병전인 양도일 현재의 시가 또는 법령 소정의 평가가액을 기준으로 하여야 하고 그 법령 소정의 평가가액을 정함에 있어서 위영동사옥은 소유권에 관하여 다툼이 있었으므로 조세목적상한라건설의 자산으로 볼 수 없고, (나) 이 사건 주식의 가액을 평가함에 있어서한라건설의 사용인 전원이 퇴직할 경우에 지급하여야 할 퇴직금추계액 전액을 부채에 산입하여야 하는데도 불구하고, 그중 50%만을 부채에 산입하였으며, (다) 이와 같이 사정하에서 이 사건 주식의 양도일 현재 1주당 평가가액은 금 374원(영동사옥을 순자산에 포함시키지 아니하였을 때)으로서 실제 이 사건 주식의 1주당 양도가액인 금 500원 미만이므로 원고가 위정몽구에게 이 사건 주식을 1주당 금 500원에 양도한 행위가 저가양도에 해당하지 아니하여법인세법시행령 제46조 제2항 제4호소정의 부당행위(저가양도)에 해당하지 아니하고,같은 항 제9호소정의 부당행위(기타 이익분여행위)에 해당할 수도 없는 법리이며(왜냐하면 같은 항 제9호 소정의 부당행위는 법인의 어떤 행위가 같은 항 제1호 내지 제8호의 거래유형에 해당하지는 않지만 그와 유사한 거래유형을 취하여 법인의 이익을 분여하였다고 판단되는 경우에 한정적으로 적용해야 할 것이기 때문이다), 위정몽구가이 사건 주식을 양수하고 그 후의 불평등 합병으로 인하여 그 주가가 상승하는 이익을 얻었더라도 그러한 이익이 발생하게 된 것은 원고의 이 사건 주식의 양도행위 때문이 아니라 그 이후한라건설과한국도시개발간에 이루어진 불평등 합병 때문이라 할 것이고, 또한 원고의 이 사건 주식 양도행위와 원고와는 별개의 법인들 사이에 이루어진 불평등 합병행위를 묶어서 원고의 다단계 또는 우회적 행위라는 하나의 행위로 볼 수도 없으므로, 위정몽구가얻는 위와 같은 이익에 대한 과세문제는한국도시개발의 주주(원고도 그 주주이다)로부터한라건설의 주주인 위정몽구에게로 이루어진 이익의 이전문제로서 위정몽구에 대한 증여세과세로 해결해야 할 것이지 억지로 부당행위계산부인을 통하여 원고에 대한 법인세부과로 해결할 수는 없고, 더구나 그러한 증여세의 과세도 이 사건 주식양도일 및 합병일 이후인 1990.12.31. 법률 제4283호로서상속세법 제34조의4의 증여의제규정이 신설됨으로써 가능하게 된 이상 어느 모로 보나 이 사건 주식의 양도가 부당행위계산부인의 대상이 된다고 볼 수 없어, 이 사건 처분 중 이 사건 주식의 가액을 평가함에 있어서영동사옥을한라건설의 자산으로 보고, 퇴직금 추계액중 50%만을 부채로 보면서 이 사건 주식의 가액을 이 사건 주식의 양도시기가 아닌한라건설과한국도시개발의 합병시를 기준으로 하여 부당행위계산부인을 하여 한 이 사건 처분은 위법하고, 둘째로 가사 이 사건 주식양도가 부당행위계산부인의 대상이 된다고 하더라도, 이 사건 처분이 있기까지 대부분의 기업들이 원고의 경우와 같은 주식양도 및 합병을 하였으나 국세청에서는 이에 대한 법인세 또는 증여세를 부과할 법적 근거가 없다 하여 세금을 부과하지 아니하였고 특히 재무부장관의 1988년 국회 예산결산위원회에서의 답변과 국세청장의 1989년 감사원의 질의에 대한 답변에서 이 사건과 같은 경우 과세할 수 없다고 하는 공식견해를 밝혀 놓고서도 그 후에 유독 원고에 대하여만 이 사건 주식의 양도에 따른 부당행위계산부인을 하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되어 위법하며, 셋째로 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 해태하였을 때 가해지는 일종의 행정벌의 성질을 가진 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다고 할 것인데, 원고의 이 사건 주식 양도행위에 대하여는 국세청장도 처음에는 과세의 근거가 없는 것으로 해석하고 법인세를 부과하지 않고 있다가 감사원의 지적을 받고서 비로소 이 사건 법인세를 부과할 정도로 법령의 해석이 어려운 사항이어서 원고로서도 납세의무의 존부에 관한 판단을 할 수 없어 과세표준의 신고 및 세액자진납부를 하지 아니하였던 만큼, 정당한 이유가 있어 이 사건 처분 중 가산세 부과부분은 위법하다고 주장한다.
나. 원고의 첫째 주장에 대한 판단

(1) 관계법령 및 해석

(가) 법인세법 제20조는 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에도 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고, 이를 받은 법인세법시행령(1990.12.31. 대통령령 제13195호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제1항 제1호는 출자자(제31조의2에서 규정하는 소액주주를 제외한다)와 그 친족을 위 “특수관계 있는 자”의 하나로 들고 있으며, 같은 조 제2항 은 법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 하면서, 출자자 등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하거나 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때(제4호)와 기타 출자자 등에게 법인이 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때(제9호) 등 9가지 경우를 들고 있고, 법인세법시행규칙(1991.12.28. 재무부령 제1866호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조의2는 영 제46조의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의하되 다만 증권거래소에 상장되지 아니한 주식은 상속세법시행령 제5조 제5항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다고 규정하고 있다.
위 관계법령을 종합해 보면, 경제적 관찰방법 또는 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 법형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위계산의 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 하는바, 이에 따라 법인세법시행령도 제46조 제2항 제1호 내지 제9호에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우를 개별적구체적으로 열거하고 있으므로, 위 시행령 제9호의 “기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때”의 의미는 법인의 어떤 행위가 같은 항 제1호 내지 제8호 소정의 거래유형에는 해당하지 않는 행위이지만 그에 준하는 행위로서 출자자 등에의 이익분여가 인정되는 경우를 의미하는 것으로 해석함이 상당하고(대법원 1992.9.22. 선고 91누13571 판결 참조), 위 법인세법시행령 제46조 제2항 제4호 소정의 “시가”라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 의미하므로 비상장 주식과 같이 시장성이 적은 자산의 시가는 객관적 교환가치가 적정하게 반영되었다고 인정되는 거래의 실례가 있거나 또는 그러한 실례가 없더라도 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 특단의 사정이 없는 한 위 법인세법시행규칙 제16조의2에 의하여 상속세법시행령 제5조 제5항을 준용하여 평가한 가액에 의하여야 할 것이다(대법원 1994.12.22. 선고 93누22333 판결 참조).
(나) 한편 상속세법시행령(1986. 12. 31. 대통령령 제12038호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제5항은 유가증권의 평가방법에 관하여 규정하고 있는데, 제1호 나목 본문에서 증권거래소에 상장되지 아니하는 주식은 일정한 산식에 의하도록 규정하고, 다목에서 (나)목의 재산가액은 상속개시일 현재의 재산을 이 영이 정하는 바에 의하여 평가한 가액에서 부채를 공제한 것으로 하되, 다만 순자산가액은 공신력있는 감정기관의 시가감정서에 의할 수 있다고 규정하고, 상속세법시행규칙(1991.3.9. 재무부령 제1849호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항 제3호는 시행령 제5조 제5항 제1호 나목에서 규정한 부채에는 다음 각호의 금액을 포함하는 것으로 한다고 규정하면서, 제3호에서 상속개시일 현재 재직하는 사용인의 전원이 퇴직할 경우에 지급하여야 할 퇴직금추계액중 100분의 50에 상당하는 금액으로 규정하고 있다.
상속세법시행령 제5조 제5항 제1호 나목에서 규정하는 비상장주식의 보충적인 평가방법의 요소 중 순자산가액평가법은, 다른 요소인 수익력가치평가법이나 유사상장법인 비교평가법이 법인의 계속가치를 전제로 평가하는 것과는 달리, 법인이 청산될 것을 가정하는 이른바 청산가치에 의한 평가를 전제로 하고 있는 것으로 보아야 할 것이고, 순자산가액을 청산가치에 의하여 산정하는 이상 평가 당시 당해 법인의 사용인 전원이 퇴직할 경우에 지급하여야 할 퇴직금추계액 전부가 그 (다)목 소정의 부채에 해당하여 그 전액이 공제대상이 된다고 할 것이며, 따라서 상속세법시행규칙 제5조 제3항 제3호는 상위법령의 근거나 위임이 없이 비상장법인의 순자산가액을 산정함에 있어 위 퇴직금추계액의 100분의 50만을 부채에 포함된다고 규정하여 그 공제대상범위를 축소하였으니, 이는 납세의무자에게 불리한 규정으로서 조세법률주의 원칙에 위배되어 그 효력이 없다고 6할 것이다(대법원 1996. 2. 15. 선고, 94누16243 판결 참조).
(2) 판 단

(가) 우선, 위정몽구가원고의 총발행주식의 1.4％를 소유한 주주인 사실은 앞서 본 바와 같으므로 위정몽구는원고와 사이에법인세법시행령 제46조 제1항 제1호소정의 특수관계에 있는 자라고 할 것이고, 이 사건 비상장 주식의 양도 당시 그 객관적인 교환가치가 적정하게 반영되었다고 인정할 만한 거래의 실례가 없었던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.
(나) 다음,영동사옥이한라건설의 자산이냐 여부에 따라 이 사건 주식의 평가가액이 달라지므로영동사옥을한라건설의 자산으로 볼 수 있는지의 여부에 관하여 살피건대, 갑제3호증의 1 내지 6, 갑제4호증의 1 내지 4, 갑제13호증의 5, 갑제17호증, 갑제18,19,20호증의 각 1,2, 갑제21호증의 1 내지 5, 을제11호증 내지 제15호증, 을제19호증, 을제20호증의 1 내지 4, 을제21호증의 1 내지 18, 을제22호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 위영동사옥은 토지부분이 1979.9.14.과 1983.2.1.에, 건물부분이 1980.4.7.에 각한라건설로부터한국중공업주식회사(이하 “한국중공업”이라 한다) 앞으한라건설은영동사옥이 그 소유라고 주장하면서한국중공업을상대로 소유권 회복을 위한 등기말소청구소송을 제기하고 같은 해 8.6.영동사옥에 대한 말소예고등기를 경료해 두었다가 1992.12.22. 서울지방법원 동부지원88가합18512,20645호로 패소판결을 선고받고 이에 항소하여 1995.1.25. 서울고등법원93나7329,7336호로 당시한라건설의 대표이사이던 소외정인영이 이사회의 승인없이영동사옥을한국중공업에게 매도하였으니 그 매매행위가 무효라는 이유로한국중공업으로 하여금한라건설에게영동사옥에 관한 등기를 말소하라는 내용의 승소판결을 받았으며, 이에한국중공업이상고를 하였지만 1996. 5. 28. 상고가 기각되어 위 원고 승소판결이 확정된 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다.
위 인정사실에 의하면영동사옥은 이 사건 처분 이전부터 이 사건 변론종결시까지 원고 소유이고 이는 위 대법원판결에 의하여 확인되었다고 할 것이며, 이 사건 변론종결시까지 이를 포함하여 이 사건 주식의 가액을 평가할 수 있는 이상, 이를한라건설의 자산에 포함하여 이 사건 주식의 가액을 평가하여야 할 것이므로, 이를 다투는 원고의 주장은 이를 받아들이지 아니한다.
(다) 그러나 위에서 본 바와 같이 이 사건 주식의 가액을 평가함에 있어서는한라건설의 사용인 전원이 퇴직할 경우에 지급하여야 할 퇴직금 추계액 전액을 부채에 산입하여야 하는데도 불구하고 그중 50%만을 산입하여 이 사건 주식의 가액을 평가한 피고의 조치는 위법하므로 이를 다투는 원고의 주장은 이유 있다.
(라) 또한, 이 사건 주식의 가액을 평가함에 있어서 그 평가시기를 원고의 주장과 같이 이 사건 주식의 양도일(1986.9.11.)로 할 것인지 아니면 피고의 주장과 같이한라건설과한국도시개발의 합병등기일(1986.11.29.)로 할 것인지에 따라 이 사건 주식의 평가가액이 달라지므로 이를 살피건대, 법인의 주식양도라는 거래행위를 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정하여 부당행위계산부인을 하려면 그 양도일 당시의 양도주식의 평가가액을 기준으로 판단하여야 하는 것이고, 그 양도일 이후에 이루어진 새로운 사실 즉 불평등 합병이라는 별개의 사정에 의하여 양도주식의 가액평가가 달라진다고 하여 위 새로운 사실을 포함시켜 거래일에 소급하여 이를 평가할 수는 없다 할 것이므로, 이 사건 주식의 가액평가는 양도일 당시인 1986.9.11.을 기준으로 하여야 할 것이다.
이와 관련하여, 주식양도후 불평등한 합병비율에 의하여 위정몽구가주가상승분 만큼의 이익을 얻었다 할지라도 이는한국도시개발주주의 위정몽구에 대한 이익의 증여문제로서 위 이익에 대하여 증여세를 부과하기 위하여는 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적구체적 근거 규정이 있어야 하는데, 그 당시에는 1990.12.31. 법률 제4283호로 상속세법이 개정되기 이전이어서 과세근거규정이 없어 과세할 수 없었는바, 그렇다고 해서법인세법시행령 제46조 제2항의 규정을 유추확장해석하여 이를 원고에 대한 부당행위계산부인의 대상으로 보아 기어이 원고에 대한 법인세를 부과하여 어쨌든 과세의 목적을 달성하려고 하는 것은 조세법률주의에 반한다고 할 수밖에 없다고 할 것이다.
그러므로 이 사건 주식의 가액평가는 양도일을 기준으로 하여야 한다고 하는 원고의 주장은 이유 있다.
(마) 원고가 이 사건 주식을 위정몽구에게 양도할 당시 이 사건 주식의 가액을 평가함에 있어서, 위에서 판단한 바와 같이영동사옥은한라건설의 소유이고,한라건설의 사용인 전원이 퇴직할 경우에 지급하여야 할 퇴직금추계액 전액을 부채에 산입하며, 위 양도일을 기준으로 하여 이 사건 주식의 가액을 산정하면 그 가액이 1주당 금 615원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.
따라서 이 사건 주식을 1주당 금 500원에 매도한 것은 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 것으로서법인세법 제20조 법인세법시행령 제46조 제2항 제4호소정의 부당행위계산부인의 대상이 된다고 할 것이므로, 이 사건 주식의 양도가 부당행위계산부인의 대상이 되지 아니한다고 하는 원고의 첫째 주장은 결과적으로 이유 없다.
다. 원고의 둘째 주장에 대한 판단

(1) 관련법령 등

국세기본법 제15조는 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 쫒아 성실히 하여야 하고, 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다고 규정하며, 제18조 제3항은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다.
위 각 규정이 정하는 신의칙 내지 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요한다고 할 것이다(대법원 1996. 1. 26. 선고, 95누15575 판결 참조).
(2) 판 단

갑제22호증의 1,2, 갑제23,24호증, 갑제25호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 1988.11.15. 제144회 국회 예산결산특별위원회에서 , 1987년경 누적결손액이 약 27억원인 주식회사금성사와금성마그네테크주식회사가 합병한 1987.6.29. 직전금성사그룹 부회장인소외 구자학이금성 마그테테크에 100억원을 증자시킴과 아울러 계열사가 보유하고 있는금성마그네테크의 주식을 위소외 구자학에게 일괄양도시킴으로써, 위구자학이금 612억원 정도를금성사로부터 증여받은 결과가 되었다고 주장하는 국회의원의 질의에 대하여, 재무부장관은 상법상 합병으로 인하여 소유권을 이전하거나 주식을 다시 교부해 주는 것은 일반적인 매매와는 달리 형식적인 소유권이전에 불과하므로 취득세나 양도소득세를 과세하지 아니하며 합병시의 청산소득이나 의제배당 계산시에도 상법상 자본금을 기준으로 한 후 피합병회사의 주주가 합병주식을 처분하거나 상속증여로 실제적인 소유권이동이 생기게 되면 그때가서 그 처분에 대하여 과세한다는 취지로 답변한 사실, 1989.2.경 감사원 사무처에서 국세청장 등에게 합병직전의 계열법인이 소유하고 있는 부실법인의 주식을 대주주등 특수관계인에게 양도한 후 건실한 계열기업과 합병함으로써 기업자산을 개인하게 변칙증여하는 경우의 법령상 과세문제를 질의하였고, 이에 대하여 국세청장은 주식양도 사실만을 기준으로 판단하면 부당행위로도 볼 수 있지만, 합병으로 순자산가액이 낮은 합병관련 법인의 주주가 분여받은 이익은 불공정한 합병비율에 의한 합병의 실행에 기인되는 것으로 이와 같이 분여받는 경제적 이익에 대하여는 현행법상 증여 또는 과세소득으로 볼 수 있는 별도의 세법상 규정이 없다고 답변한 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없다.
위 인정사실에 의하면, 과세관청은 이 사건과 같이 주식양도 후 합병에 의하여 분여받은 이익에 대하여는 과세할 수 없다는 취지로 의견표시를 하였다고 볼 수 있을 뿐, 그 내용이 주식의 양도당시의 가액을 기준으로 하여 부당행위계산부인의 대상이 되는 경우에도 과세할 수 없다는 취지는 아니며, 달리 그와 같은 경우에 과세하지 않는다고 하는 과세관행이 있다고 인정할 증거도 없으므로, 이 사건 주식의 양도와 관련하여 앞서 본 바와 같이 양도당시의 가액을 기준으로 부당행위계산부인의 대상여부를 판단하여 법인세를 부과하는 이상 이는 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하는 경우에 해당되지는 아니한다고 할 것이어서, 결과적으로 이를 다투는 원고의 둘째 주장도 이유 없다.
라. 원고의 셋째 주장에 대한 판단

(1) 가산세의 법적 성질과 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다고 하는 것은 원고 주장과 같다.
(2) 그러면 과연 이 사건에서 이 사건 주식 양도행위와 관련하여 과세표준의 신고 및 자진납부를 하지 아니한데 대하여 정당한 사유가 있는지 여부에 관하여 살피건대, 원고의 둘째 주장에 대한 판단 부분에서 본 사실관계 및 변론의 전취지를 종합하면 과세관청은 이 사건과 같은 경우 부당행위계산부인의 대상에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 기준시점에 관하여 합병당시가 아니라 양도시를 기준으로 하는 취지의 견해를 갖고 있었으나, 1991년경 실질과세의 원칙에 입각하여 합병등기된 날을 기준으로 이 사건 주식의 가액을 산정하여야 한다는 판단하에 이 사건 처분을 한 사실을 인정할 수 있지만, 앞서 본 바와 같이 이 사건에서는 이 사건 주식의 양도당시를 기준으로 하여 이 사건 주식의 가액을 산정하여야 하는 것으로 판단되므로, 원고로서는 그와 같은 판단하에 이 사건 주식의 양도와 관련되는 부분을 포함하여 법인세를 신고 및 납부하여야 할 의무가 있다고 할 것이다.
(3) 다만 갑제3호증의 1 내지 6, 갑제4호증의 1 내지 4, 갑제5,6호증의 1 내지 5, 갑제7,8,9호증의 각 1 내지 7, 갑제10,11,12호증의 각 1 내지 6, 갑제13호증의 1 내지 5, 갑제17,18호증, 갑제19,20호증의 각 1,2, 갑제22호증의 1,2, 갑제23,24호증, 갑제25호증의 1,2,3, 을제11 내지 15,19호증, 을제20호증의 1 내지 4, 을제21호증의 1 내지 18, 을제22호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가한라건설의 주식을 양도할 당시인 1986.9.11. 이전부터 늦어도 앞에서 본 바와 같이한라건설과한국중공업사이에영동사옥에 관한 소송이 대법원의 판결에 의하여 확정된 1996.5.경까지 사이에영동사옥은한국중공업소유로 등기되어 있었고한국중공업이이를 점유하여 사용하면서 위 사옥에 대한 재산세등을 납부하고 그 소유의 자산이라 하여 자산재평가도 한 사실,한라건설은 위 소송을 위하여영동사옥을 그의 대차대조표상에 자산으로 등재하고 있었으나 이는 위 소송을 뒷받침하기 위한 것이고 실질적으로 소유자로서 소유권을 행사하거나 감각상각등 어떠한 세무계산도 하고 있지 아니한 사실, 피고도 이 사건 처분 이전에는 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부는 이 사건 주식양도시를 기준으로 하여야 한다고 판단하고 있다가 1991년경 앞서 본 바와 같은 경위로 이 사건 처분을 하게 되었는데, 이 사건 주식양도시를 기준으로 하고영동사옥을한라건설의 소유로 보는 경우 이 사건 주식의 1주당 가액은 금 615원이지만영동사옥을 제외하는 경우 이 사건 주식의 1주당 가액은 금 374원인 사실을 인정하고 있으면서도 위와 같이 1991년에 이르러 비로소 이 사건 처분을 한 사실에 비추어 볼 때 피고도 이 사건 처분을 하기 전에는영동사옥이한라건설의 소유로 보지 아니하였다고 보여지는 사실을 각 인정할 수 있는바, 이와 같은 사정하에서라면 원고가 1986년도 법인세를 신고하면서영동사옥을한라건설의 소유로 인정하고 이를 토대로 하여 이 사건 주식의 양도와 관련되는 부당행위계산부인되는 금액을 익금으로 산입할 것을 기대하는 것은 무리하고 할 것이므로, 그와 같은 조치를 취하지 아니한 데에 정당한 이유가 있다고 할 것이어서 이 사건 처분중 가산세 부분에 대하여는영동사옥이한라건설의 소유라는 사실을 전제로 하여 부과된 부분에 한하여 위법하다고 할 것이므로, 원고의 셋째 주장은 위 인정범위내에서 이유 있다고 할 것이다.
마. 정당한 세액계산

이 사건 주식의 양도당시의 가액이 금 615원인 사실을 토대로 하되,영동사옥을한라건설의 소유로 인정하지 아니함으로 인하여 발생하는 부분을 제외한 신고불성실 및 납부불성실 가산세를 합하여 원고가 납부하여야 할 정당한 1986년도 법인세(단 피고의 1차 처분 이전에 원고가 기납부 및 자진납부한 세액은 제외)는 금 4,314,631,150원, 방위세는 금 760,518,050원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 결국 이 사건 처분 중 법인세는 금 4,314,631,150원, 방위세는 금 760,518,050원을 초과하는 범위내에서 위법하다고 할 것이다.
3. 결 론

그렇다면, 피고가 1991.11.16. 원고에 대하여 한 이 사건 처분 즉 법인세 금 14,354,098,190원 및 방위세 금 2,246,491,920원 중 법인세 금 3,770,373,180원 및 방위세 금 623,742,780원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는, 법인세 금 4,314,631,150원 및 방위세 금 760,518,050원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 범위내에서 이유 있어 이를 인용하고, 그 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

건설회사와 도시개발주식회사의 합병 후에 과세관청이 법인세와 방위세를 부과처분하였다. 주식의 저가양도는 법인세법 제20조 법인세법시행령 제46조 제2항 제4호 소정의 부당행위계산부인의 대상이 되는 점, 양도당시의 가액을 기준으로 부당행위계산부인의 대상여부를 판단하여 법인세를 부과하는 이상 소급과세하는 경우에 해당되지는 않는 점에 비추어 볼 때 과세관청의 법인세 및 방위세 부과처분은 적법하다. 다만, 법인세 신고당시 건설회사소유의 사옥이라는 전제로 부과된 부분에 한하여는 이유있어 정당세액을 초과하는 부분은 취소한다.