법인세부과처분취소 (일반행정, 대법원)
공포일: 2002.11.13 / 시행일:

【심급】
2심
【세목】
기타
【주문】
원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송한다.
【이유】

1. 먼저 상고이유 제2, 3점에 대하여 본다.
구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되기 전의 것) 제42조 제2항,구 조세감면규제법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문개정되기 전의 것) 제36조 제6항,구 조세감면규제법시행규칙(1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 전문개정되기 전의 것) 제13조의 2 제1호의 규정에 의하면, 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제하되, 제조공장의 경우 구공장 또는 신공장의 대지가지방세법시행령 제84조의 4 제3항 제6호소정의 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 면제를 배제하도록 되어 있으며,구 지방세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14041호로 개정되기 전의 것) 제84조의 4 제3항 제6호, 구 지방세법시행규칙(1993. 9. 10. 내무부령 제592호로 개정되기 이전의 것) 제46조의 5 별표 4의 규정에 의하면, 공장입지기준면적은 공장건축물연면적을 품목별 기준공장면적율로 나눈 면적에 100분의 10(3,000㎡를 한도로 한다)을 더하여 계산하되, 무허가 건축물은 공장건축물연면적에서 제외하고, 도시계획상의 녹지지역, 활주로, 철로, 6미터이상 도로접도구역과 공장구내의 저수지침전지의 면적은 공장입지기준면적에서 제외하도록 되어 있다.
한편 위 감면규정에서 말하는 ‘대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인’이란 자신이 직접 사업을 영위하는 사업자를 말하는 것이지 임대인은 포함되지 아니하는 것이므로(대법원 1988. 3. 8. 선고 87누745 판결참조), 양도한 공장건물 중 타에 임대한 부분이 있을 경우 그 임대부분의 면적은 공장입지기준면적을 산정함에 있어 무허가 건축물과 마찬가지로 공장건축물연면적에서 제외하여야 할 것이다.
원심판결 이유에 의하면, 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 이 사건 토지 중 도시계획상의 도로저촉토지에 해당하여 공장입지기준면적에서 제외하여야 한다고 주장하는 8필지 토지 약 500㎡는 이 사건 토지에 포함되지 아니하였다고 판단하고, 이어서 구공장 부지상의 허가건물면적이 모두 6,638.7㎡인데 그 중 원고가 타에 임대하였다가 반환받은 허가건물의 면적이 1,638.6㎡여서 이를 공제하고 원고가 직접 사용한 허가건물면적 5,000.1㎡(6,638.7㎡-1,638.6㎡)를 기준으로 공장입지기준면적을 계산하면, 피고가 이 사건 부과처분시에 계산한 면적을 초과하게 되어 이를 기초로 계산한 법인세 및 특별부가세의 감면세액은 당초 원고가 법인세 신고시에 산정한 감면세액을 초과하므로 이 사건 부과처분은 위법하다는 원고의 주장에 대하여는, 원고가 직접 사용한 허가건물의 면적이 5,000.1㎡라는 원고의 주장을 인정하기 어렵고, 오히려 원고가 허가를 받아 구공장 부지상에 연면적 6,642.25㎡의 공장 및 창고, 사무실 등의 건물을 지어 사용하다가 그 중 건물 3,176.8㎡를 타에 임대한 사실이 인정되며, 이를 기초로 계산한 이 사건 토지의 양도로 인한 법인세 및 특별부가세의 정당한 감면세액은 이 사건 부과처분시에 피고가 산정한 감면세액보다 더 적으므로 그 범위내에서 이루어진 이 사건 부과처분은 정당하다고 판단하였다.
관련 법규정과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 사실인정 및 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 채증법칙 위배로 인한 사실오인이나 심리미진, 논리모순, 공장입지기준면적의 산정에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다. 이 부분 상고이유의 주장은 이유 없다.
2. 다음으로 상고이유 제1점에 대하여 본다.
가. 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 부동산의 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대한 법인세와 특별부가세는 그 과세표준과 세율이 서로 다르므로 피고로서는 이 사건 부과처분을 위한 납세고지를 함에 있어 납세고지서에 각 과세객체별로 과세표준 및 세율을 분리하여 기재하였어야 함에도 불구하고 이를 구분하지 아니한 채 일괄하여 법인세라고만 기재하였을 뿐 아니라 세율의 기재도 누락하여 이 사건 부과처분은 위법하다는 원고의 주장에 대하여, 특별부가세는 법인이 토지 등을 양도함으로 인하여 발생한 양도차익에 대하여 부과되는 것이나, 법인세와는 달리 국세기본법 제2조 제1호에 열거된 별도의 독립한 세목이 아니므로 피고가 납세고지서에 법인세와 특별부가세의 세목, 과세표준 등을 구분없이 일괄하여 기재하였다고 하여 이를 위법하다고 할 수 없으며, 또한 원고가 스스로 법인세 신고를 하면서 법인세 및 특별부가세 감면신청을 하는 등 이미 그 세율을 알고 있었으므로 세율의 기재 누락으로 인하여 이 사건 부과처분에 대한 불복여부의 결정이나 불복신청을 할 수 없었던 것은 아니라는 이유로 원고의 주장을 배척하였다.
나. 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.
납세고지서에 과세연도, 세목, 세액 및 그 산출근거, 납부기한과 납부장소 등의 명시를 요구한국세징수법 제9조나 과세표준과 세액계산명세서의 첨부를 명한구 법인세법(1993. 12. 31. 법률 제4664호로 개정되기 전의 것) 제37조,제59조의 5,구 법인세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것) 제99조등의 규정이 단순한 세무행정상의 편의를 위한 훈시규정이 아니라, 헌법과 국세기본법에 규정된 조세법률주의의 원칙에 따라 과세관청의 자의를 배제하고 신중하고도 합리적인 과세처분을 하게 함으로써 조세행정의 공정을 기함과 아울러 납세의무자에게 부과처분의 내용을 자세히 알려주어 이에 대한 불복여부의 결정과 불복신청의 편의를 주려는데 그 근본취지가 있으므로, 이 규정들은 강행규정으로 보아야 하고, 따라서 납세고지서에 세액산출근거 등의 기재사항이 누락되었거나 과세표준과 세액의 계산명세서가 첨부되지 않았다면 적법한 납세의 고지라고 볼 수 없으며(대법원 1989. 11. 10. 선고 88누7996 판결참조), 위와 같은 납세고지의 하자는 납세의무자가 그 나름대로 산출근거를 알고 있다거나 사실상 이를 알고서 쟁송에 이르렀다 하더라도 치유되지 않는다고 할 것이다(대법원 1985. 2. 26. 선고 83누629 판결참조).
또한 사업연도의 소득에 대한 법인세와 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 별개의 과세단위를 이루고 있는 것이므로 사업연도 소득에 대한 법인세부과처분과 토지 등 양도에 대한 특별부가세부과처분은 별개의 과세처분이라 할 것이어서(대법원 2001. 10. 30. 선고 99두4310 판결참조), 법인의 부동산 양도소득에 대하여 법인세와 특별부가세를 부과, 고지할 경우 납세고지서에는 그 세목과 과세표준 및 세율 등의 세액산출근거를 별도로 기재하여 고지하여야 하는 것이다.
따라서 법인세와 특별부가세의 세액과 과세표준을 세목별 구분없이 일괄하여 기재하고 그 세율도 기재하지 아니한 이 사건 납세고지는 위법함을 면치 못한다고 할 것이다.
그럼에도 불구하고 이 사건 납세고지는 적법하다고 판단한 원심판결에는 납세고지의 하자에 관한 법리오해의 위법이 있다 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.
3. 그러므로, 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리, 판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

구 조세감면규제법시행규칙 제13조의 2 제1호의 규정에 따라 공장이 지방으로 이전한다면 양도소득세 또는 특별부가세를 면제하되, 지방세법시행령 제84조의 4 제3항 제6호 소정의 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분은 면제를 배제하는 것이다. 따라서 임대인의 공장면적을 배제한 것은 적법하나, 법인세와 특별부가세의 세액과 과세표준을 세목별 구분없이 일괄하여 기재한 것은 잘못이 있다.