창업중소기업 취득세 등 감면 제외대상인 동종업종에 해당되는지 (일반행정, 대법원)
공포일: 2017.05.31 / 시행일:

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.
【이유】

【심리불속행기각】

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【하급심-부산고등법원 2017. 1. 25. 선고 2015누12130 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 제1심 판결을 취소한다.
2. 피고가 2014. 10. 10. 원고에 대하여 한 취득세 202,132,800원(가산세 포함), 지방교육세 19,346,120원(가산세 포함), 농어촌특별세 8,666,640원(가산세 포함), 재산세 2,864,220원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.
3. 소송총비용은 피고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 10. 8. 선박의장품 산업기계, 플랜트 제작업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 2012. 10. 16. 피고에게, 공장 부지를 "00시 00합포구 00면 00리 522-1 공장용지 11,171㎡, 00시 00합포구 00면 00리 523-1 공장용지 189㎡", 업종을 "구조용 금속 판제품 및 금속공작물 제조업(25112)", 생산제품을 "해양 플랜트 구조 구성품", 종업원 수 25명으로 하여 구 중소기업창업 지원법(2013. 8. 6. 법률 제12009호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조에 따른 창업사업계획 승인을 신청하였고, 피고는 원고의 설립이 중소기업의 창업에 해당한다고 보아 2012. 10. 24. 위 창업사업계획을 승인하였다.
나. 한편 원고의 대표이사 정△교는 향후 설립할 원고의 재산으로 하기 위하여 2012. 9. 21. 지엘◇◇철강 주식회사(이하 "지엘◇◇철강"이라고 한다)로부터 00시 00합포구 00면 00리 522-1 공장용지 11,360㎡, 00시 00합포구 00면 00리 523-1 공장용지 189㎡ 및 위 각 지상의 공장(총 연면적 4,298.87㎡)(토지 가액: 23억 원, 건물 가액: 13억 원), 기계기구(가액: 7억 6,000만 원)를 매수하는 매매계약을 체결하고 2012. 10. 31. 원고 명의로 위 각 부동산 등을 취득하였다(이하 위 각 부동산을 "이 사건 각 부동산"이라고 하고, 위 각 부동산 및 기계기구를 통틀어 "이 사건 자산"이라고 한다).
다. 원고는 이 사건 각 부동산이 창업중소기업인 원고의 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용 재산에 해당한다는 이유로 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제3항에 따라 취득세 등의 감면을 신청하였고, 이에 피고는 원고에 대하여 이 사건 각 부동산에 관한 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세를 면제하고, 토지분 및 건물분 재산세를 100분의 50으로 감면하였다.
라. 그 후 피고는 00시의 원고에 대한 세무조사(창업중소기업 감면 사후관리) 결과에 따라, "원고는 종전 사업에 사용되던 자산을 양수하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에 해당하므로 취득세 등의 감면대상인 창업중소기업에 해당하지 않는다."라는 이유로 2014. 10. 10. 원고에게, 취득세 202,132,800원(가산세 포함), 지방교육세 19,346,120원(가산세 포함), 농어촌특별세 8,666,640원(가산세 포함), 재산세 2,864,220원(가산세 포함)을 부과하는 처분을 하였다(이하 "이 사건 처분이라고 한다).
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.
1) 원고가 피고로부터 창업사업계획 승인을 받은 업종은 "구조용 금속 판제품 및 금속공작물 제조업"이고, 지엘◇◇철강의 업종은 "절삭가공 및 유사 처리업"으로서 원고와 지엘◇◇철강이 영위한 사업은 명백하게 다른 업종에 해당하므로, 원고는 구 중소기업창업 지원법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24432호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제1호가 규정한 "타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우"에 해당하지 아니한다. 그럼에도 피고는 이와 다른 전제에서 원고가 창업중소기업에 해당하지 아니한다고 보아 이 사건 처분을 하였다.
2) 피고는 원고의 창업사업계획을 승인하였고 그 후 이루어진 사후조사(실사)에서도 원고의 사업 업종에 대해 아무런 문제를 제기하지 아니하였으며, 원고는 이를 신뢰하여 이 사건 자산을 취득하고 이 사건 각 부동산에 관한 취득세 등을 감면받았는데, 피고가 그로부터 상당한 시간이 경과하였음에도 일방적인 세무조사를 실시하여 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호원칙에 위배된다.
나. 관계 법령

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
다. 판단

1) 원고의 창업중소기업 해당 여부

원고는, 원고와 지엘◇◇철강이 영위하는 업종이 서로 다른 이상 원고는 구 중소기업창업 지원법 시행령 제2조 제1항 제1호가 규정한 "타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우"에 해당하지 아니하므로 구 조세특례제한법 제120조 제3항 및 제121조의 적용대상인 창업중소기업이라는 취지로 주장하나, 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 이 사건 처분사유는 원고가 구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호가 규정한 "종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우"에 해당하여(답변서 제7면 참조) 구 조세특례제한법상 취득세 등의 감면대상인 창업중소기업에 해당하지 않는다는 것으로 보이는바, 비록 그 적용 법령이 다르긴 하나 원고가 주장하는 이 사건의 쟁점 역시 원고가 지엘◇◇철강과 같은 종류의 사업을 영위하는지 여부라고 할 것이므로, 아래에서는 원고가 구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호가 규정한 경우에 해당하는지 여부에 관하여 살펴본다.
가) 구 조세특례제한법 제6조가 제2장 국세 부분에 규정되어 있는 소득세 또는 법인세 감면규정이기는 하나, "조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적"으로 하는 법의 목적(제1조)에 비추어 조세특례의 적용대상인 "창업중소기업"을 판단함에 있어 직접국세와 지방세를 달리 취급해야 할 이유가 없을 뿐만 아니라, 구 조세특례제한법 제6조 제1항이 세액감면의 대상이 되는 창업중소기업에 관하여 정의하고 있고, 같은 조 제6항이 "창업으로 보지 아니하는 경우"를 규정하고 있으므로, 구 조세특례제한법 제6조 이하에서 "창업중소기업"에 해당하는지 여부에 관하여는 위 규정이 적용된다고 할 것이고, 따라서 구 조세특례제한법 제120조 제3항 소정의 "창업중소기업"에 해당하는지 여부도 구 조세특례제한법 제6조에 따라 판단하여야 한다(대법원 2007. 4. 26. 선고 2006두18614 판결 등 참조).
구 조세특례제한법 제120조 제3항 본문은 "창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다."라고 규정하고 있는데, 여기에서 말하는 창업중소기업에 관하여 구 조세특례제한법 제6조는 제1항에서 그 의미를 "2012. 12. 31. 이전에 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업"으로 정의하는 한편, 제6항에서 "합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우"(제1호 본문), "거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우"(제2호), "폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우"(제3호), "사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우"(제4호)를 창업의 범위에서 제외하고 있는데, 그 취지는 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업창출의 효과가 있는 경우에만 소득세 또는 법인세의 감면혜택을 주려는 데 있다고 봄이 상당하다(대법원 2014. 3. 27. 선고 2011두11549 판결 참조).
나) 한편 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전부 개정되면서 법명이 "조세특례제한법"으로 변경되었다)에서 중소기업의 창업에 대한 조세특례규정을 두게 된 경위 및 그 변천 과정 등을 종합하면, 구 조세특례제한법 제6조의 창업중소기업 등에 대한 세액감면 규정은 중소기업창업 지원법과 그 시행령에서 정하고 있는 창업을 전제로 여기에 해당하는 중소기업에 대하여 세액감면의 혜택을 부여하고자 한 것으로 봄이 타당하고, 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정된 조세특례제한법 제6조 제4항에서 중소기업창업 지원법 및 그 시행령에서와 같은 창업의 범위를 제한하는 규정이 신설되었다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다(대법원 2007. 7. 13. 선고 2007두5240 판결 참조).
앞서 본 법리와 구 조세특례제한법 제6조, 구 중소기업창업 지원법 제2조, 구 중소기업창업 지원법 시행령 제2조의 규정 내용을 종합해 보면, 구 조세특례제한법 제6조, 제120조 등과 같은 창업중소기업에 대한 세액감면 규정은 중소기업창업 지원법과 그 시행령에서 정하고 있는 창업을 전제로 하고 있으나, 설령 원고가 중소기업창업 지원법령상 "창업"의 개념을 충족시킨다고 하더라도, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 원고의 사업개시로 인한 원시적인 사업창출의 효과가 없으므로, 구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호 본문이 규정한 "종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우"에 해당하여 "창업"의 범위에서 제외된다고 봄이 타당하다.
다) 앞서 본 구 조세특례제한법 규정에 따른 조세감면제도의 내용과 그 취지에 비추어 보면 구 조세특례제한법상 "창업중소기업"의 개념은 단지 법인 설립 등과 같은 "창업"의 외형만을 가지고 볼 것이 아니라, 당해 중소기업의 설립 경위, 종전 사업과 신설 중소기업의 구체적인 거래 현황, 규모 및 실태 등을 종합적으로 참작하여 조세감면의 혜택을 주는 것이 공평의 원칙 등에 부합하는지를 기준으로 실질적으로 판단하여야 한다.
(1) 위 법리에 비추어 원고가 구 조세특례제한법 제6조에서 정한 "창업중소기업"에 해당하는지에 관하여 보건대, 앞서 본 사실관계, 갑3, 5 내지 12, 14 내지 19의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함), 당심 증인 정△교, 장기호의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려해 보면, 원고는 지엘◇◇철강으로부터 이 사건 자산을 매입하였지만 지엘◇◇철강과 다른 종류의 사업을 하고 있다고 봄이 타당하므로, 구 조세특례제한법 제6조에서 정한 "창업중소기업"에 해당한다.
① 구 조세특례제한법 제2조 제3항에 따른 한국표준산업분류에 의하면, 원고가 창업사업계획 승인을 받은 업종은 "구조용 금속 판제품 및 공작물 제조업(25112)" (건물 및 기타 구축물에 설치 또는 부착되는 각종 구조용 금속 판제품 및 금속 공작물을 제조하는 산업활동을 말한다.)이고 지엘◇◇철강이 원고에게 이 사건 자산을 양도하기 전에 영위한 업종은 "절삭가공 및 유사 처리업(25924)" (선반, 레이저 및 기타 전자응용 기계 등을 이용하여 철강 또는 비철금속 물질을 절삭, 식각, 재단 및 기타 표면 가공하여 특정 제품의 부분품, 반제품 또는 완제품 형태의 각종 철강 또는 비철금속제품을 생산하는 산업활동을 말한다.) 이므로, 양자는 명백하게 다른 업종이다. 원고가 영위하는 구조용 금속 판제품 및 공작물 제조업에 해당하는 해양 플랜트 제작은 기존에 지엘◇◇철강이 영위하던 절단가공업에서 더 나아가 다른 작업과정이 추가됨에 따라 더 큰 부가가치를 창출하는 새로운 사업으로서 원시적인 사업창출의 효과가 있다.
② 원고의 설립 초기에는 절단가공 부분의 매출이 상당 부분 차지한 것은 맞지만, 이는 원고가 아래에서 보는 바와 같이 해양 플랜트 제작에 착수하는 데 시간 등이 필요하여 해양 플랜트 제작보다 해양 플랜트 제작의 공정 일부에 속하는 절단가공 수주를 먼저 하였기 때문인 것으로 보인다. 원고는 2012. 11. 2.경 해양 플랜트 제작에 관하여 ISO9001 인증을 획득한 후 2012. 12. 10.경 해양 플랜트 제작에 관하여 삼성중공업 주식회사의 실사를 거쳐 2013. 3. 4.경 협력업체로 등록되었고, 그 무렵부터 삼성중공업 등으로부터 해양 플랜트 제작 수주를 받아 2013년 상반기부터 해양 플랜트 제작에 대한 매출을 많이 발생시켰다.
③ 원고가 지엘◇◇철강으로부터 매입한 이 사건 자산이 원고의 유형자산에서 상당 부분을 차지하는 것은 맞지만, 원고는 추가로 해양 플랜트 제작에 필요한 기계를 매입하였다. 원고가 지엘◇◇철강의 직원 총 16명 중 12명의 직원과 근로계약을 체결한 것은 맞지만, 지엘◇◇철강의 종전 직원들이 지엘◇◇철강에서 퇴직하고 원고와 새로 근로계약을 체결한 것으로, 원고가 영위할 해양 플랜트 제작에 위 종전 직원들이 필요하였기 때문인 것으로 보인다. 그리고 원고는 추가로 해양 플랜트 제작에 필요한 인력을 충원하였다.
④ 지엘◇◇철강의 법인등기부의 목적 란에 철강재 절단 및 가공생산업 이외에 철구조물 제작 및 공사업, 담수 및 발전설비 플랜트 제작 시공업이 기재되어 있는 것은 맞지만, 이에 대하여 지엘◇◇철강의 대표이사인 당심 증인 장기호는 지엘◇◇철강이 장래 해양 플랜트 제작을 할 계획을 가지고 있었지만 기술력 부족 등을 이유로 절단가공업만을 영위하였다는 취지로 증언하고 있고, 지엘◇◇철강의 해양 플랜트 제작에 관한 매출이 있었다는 점을 인정할 아무런 증거가 없다.
⑤ 원고와 지엘◇◇철강의 본점 소재지가 00시 00합포구 00면 진북신촌로 63으로 동일하지만, 이에 대하여 당심 증인 장기호는 이 사건 자산 양도 이후에도 지엘◇◇철강의 본점 소재지를 옮기지 않은 것은 별다른 이유가 없고 지엘◇◇철강은 폐업을 하지 않고 00시 상남동 소재 사무실에서 건설자재 도소매 관련 사업을 영위하고 있다는 취지로 증언하였고, 실제 지엘◇◇철강은 원고에게 이 사건 자산 양도 이후로도 현재까지 사업을 영위하면서 매출을 발생시키고 있다.
(2) 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다(이 사건 처분이 위와 같은 이유로 위법하다고 보는 이상 원고의 나머지 주장에 대하여는 판단하지 아니한다).
3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-창원지방법원 2015. 11. 3. 선고 2014구합22296 판결】

【주 문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 10. 8. 선박의장품 산업기계, 플랜트 제작업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 2012. 10. 16. 피고에게 그 업종을 ‘구조용 금속판제품 및 금속공작물 제조업’으로 하여 구 중소기업창업 지원법(2013. 8. 6. 법률 제12009호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조에 따른 창업사업계획 승인을 신청하였고, 피고는 원고의 설립이 중소기업의 창업에 해당한다고 보아 2012. 10. 24.경 원고에게 위 창업사업계획을 승인한다는 내용의 통지를 하였다.
나. 한편 원고는 2012. 10. 31. 지엘◇◇철강 주식회사(이하 ‘지엘◇◇철강’이라 한다)로부터 00시 00합포구 00면 00리 522-1(도로명 주소: 00시 00합포구 00면 진북신촌로 63) 토지 11,360㎡ 및 그 지상의 공장 4298.87㎡(토지 가액: 23억 원, 건물 가액: 13억 원), 기계기구(가액: 7억 6,000만 원)를 취득하였다(이하 위 각 부동산 및 물건을 통틀어 ‘이 사건 자산’이라 한다).
다. 원고는 이 사건 자산이 창업중소기업인 원고의 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용 재산에 해당한다는 이유로 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제3항에 따라 취득세 등의 감면을 신청하였고, 이에 피고는 원고에 대하여 이 사건 자산에 관한 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세를 면제하고, 토지분 및 건물분 재산세를 100분의 50으로 감면하였다.
라. 그 후 피고는 00시의 원고에 대한 세무조사(창업중소기업 감면 사후관리) 결과에 따라, "원고는 종전사업에 사용되던 자산을 양수하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에 해당하므로 취득세 등의 감면대상인 창업중소기업에 해당하지 않는다."는 이유로 2014. 10. 10. 원고에게, 취득세 202,132,800원(가산세 포함), 지방교육세 19,346,120원(가산세 포함), 농어촌특별세 8,666,640원(가산세 포함), 재산세 2,864,220원(가산세 포함)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.
1) 원고가 피고로부터 창업사업계획 승인을 받은 업종은 ‘구조용 금속판제품 및 금속공작물 제조업’이고, 지엘◇◇철강의 업종은 ‘절삭가공 및 유사처리업’으로서 원고와 지엘◇◇철강이 영위한 사업은 명백하게 다른 업종에 해당하므로, 원고는 구 중소기업창업 지원법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24432호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제1호가 규정한 ‘타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우’에 해당하지 아니한다. 그럼에도 피고는 이와 다른 전제에서 원고가 창업중소기업에 해당하지 아니한다고 보아 이 사건 처분을 한 위법이 있다.
2) 피고는 원고의 창업사업계획을 승인하였고 그 후 이루어진 사후조사(실사)에서도 원고의 사업 업종에 대해 아무런 문제를 제기하지 아니하였으며, 원고는 이를 신뢰하여 이 사건 자산을 취득하고 그에 관한 취득세 등을 감면받았는데, 그로부터 상당한 시간이 경과하였음에도 일방적인 세무조사를 실시하여 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호원칙에 위배된다.
나. 관계 법령

별지 기재와 같다.
다. 판단

1) 원고의 창업중소기업 해당 여부

원고는, 원고와 지엘◇◇철강이 영위하는 업종이 서로 다른 이상 원고는 구 중소기업창업 지원법 시행령 제2조 제1항 제1호가 규정한 ‘타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우’에 해당하지 아니하므로 구 조세특례제한법 제120조 제3항 및 제121조의 적용대상인 창업중소기업이라는 취지로 주장하나, 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 이 사건 처분사유는 원고가 구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호가 규정한 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우’에 해당하여(답변서 제7면 참조) 구 조세특례제한법상 취득세 등의 감면대상인 창업중소기업이 아니라는 것으로 보이는바, 비록 그 적용 법령이 다르긴 하나 원고가 주장하는 이 사건의 쟁점 역시 원고가 지엘◇◇철강과 같은 종류의 사업을 영위하는지 여부에 있으므로, 아래에서는 원고가 구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호가 규정한 경우에 해당하는지 여부에 관하여 살펴본다.
가) 구 조세특례제한법 제6조가 제2장 국세 부분에 규정되어 있는 소득세 또는 법인세 감면규정이기는 하나, ‘조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적’으로 하는 법의 목적(제1조)에 비추어 조세특례의 적용대상인 ‘창업중소기업’을 판단함에 있어 직접국세와 지방세를 달리 취급해야 할 이유가 없을 뿐만 아니라, 구 조세특례제한법 제6조 제1항이 세액감면의 대상이 되는 창업중소기업에 관하여 정의하고 있고, 같은 조 제6항이 ‘창업으로 보지 아니하는 경우'를 규정하고 있으므로, 구 조세특례제한법 제6조 이하에서 ‘창업중소기업’에 해당하는지 여부에 관하여는 위 규정이 적용된다고 할 것이고, 따라서 구 조세특례제한법 제120조 제3항 소정의 ‘창업중소기업’에 해당하는지 여부도 구 조세특례제한법 제6조에 따라 판단하여야 한다(대법원 2007. 4. 26. 선고 2006두18614 판결 등 참조).
구 조세특례제한법 제120조 제3항 본문은 "창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다."고 규정하고 있는데, 여기에서 말하는 창업중소기업에 관하여 구 조세특례제한법 제6조는 제1항에서 그 의미를 ‘2012. 12. 31. 이전에 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업’으로 정의하는 한편, 제6항에서 ‘합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우’(제1호 본문), ‘거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우’(제2호), ‘폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우’(제3호), ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우’(제4호)를 창업의 범위에서 제외하고 있는데, 그 취지는 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업창출의 효과가 있는 경우에만 소득세 또는 법인세의 감면혜택을 주려는 데 있다고 봄이 상당하다.
나) 한편, 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전부개정되면서 법명이 ‘조세특례제한법’으로 변경되었다)에서 중소기업의 창업에 대한 조세특례규정을 두게 된 경위 및 그 변천 과정 등을 종합하면, 구 조세특례제한법 제6조의 창업중소기업 등에 대한 세액감면 규정은 중소기업창업 지원법과 그 시행령에서 정하고 있는 창업을 전제로 여기에 해당하는 중소기업에 대하여 세액감면의 혜택을 부여하고자 한 것으로 봄이 타당하고, 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정된 조세특례제한법 제6조 제4항에서 중소기업창업 지원법 및 그 시행령에서와 같은 창업의 범위를 제한하는 규정이 신설되었다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다(대법원 2007. 7. 13. 선고 2007두5240 판결 참조).
앞서 본 법리와 구 조세특례제한법 제6조, 구 중소기업창업 지원법 제2조, 구 중소기업창업 지원법 시행령 제2조의 규정 내용을 종합해 보면, 구 조세특례제한법 제6조, 제120조 등과 같은 창업중소기업에 대한 세액감면 규정은 중소기업창업 지원법과 그 시행령에서 정하고 있는 창업을 전제로 하고 있으나, 설령 원고가 중소기업창업 지원법령상 ‘창업’의 개념을 충족시킨다고 하더라도, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 원고의 사업개시로 인한 원시적인 사업창출의 효과가 없으므로, 구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호 본문이 규정한 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우’에 해당하여 ‘창업’의 범위에서 제외된다고 봄이 타당하다.
다) 앞서 본 구 조세특례제한법 규정에 따른 조세감면제도의 내용과 그 취지에 비추어 보면 구 조세특례제한법상 ‘창업중소기업’의 개념은 단지 법인 설립 등과 같은 ‘창업’의 외형만을 가지고 볼 것이 아니라, 당해 중소기업의 설립 경위, 종전 사업과 신설 중소기업의 구체적인 거래 현황, 규모 및 실태 등을 종합적으로 참작하여 조세감면의 혜택을 주는 것이 공평의 원칙 등에 부합하는지를 기준으로 실질적으로 판단하여야 할 것인바, 앞서 본 사실관계, 갑 제3호증, 을 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정, 즉 ① 원고는 지엘◇◇철강으로부터 이 사건 자산을 매입하여 그 설립 당시부터 2015년 상반기까지 지엘◇◇철강이 기존에 영위하던 절단가공업을 그대로 영위하고 있는 점, ② 원고가 지엘◇◇철강으로부터 매입한 이 사건 자산이 2012년 말 기준 원고의 유형자산(토지, 건물, 기계장치) 총 가액의 대부분을 차지하고 있는 점, ③ 지엘◇◇철강의 직원 총 16명 중 대표이사 장기영, 차장 이헌 등을 제외한 나머지 12명의 직원이 원고의 창업이 승인된 2012. 10. 24.부터 급여를 원고로부터 지급받는 등 원고는 그 설립 무렵부터 지엘◇◇철강의 고용관계를 승계한 것으로 보이는 점, ④ 원고의 2012년도 2분기 매출처 7곳 중 3곳[주식회사 천해지(이하 ‘천해지’라 한다), 주식회사 대광, 주식회사 대일씨텍(이하 ‘대일씨텍’이라 한다)이 2012년도 지엘◇◇철강의 매출처와 일치하고, 원고의 2012년도 2기분 매출액 510,533,041원 중 가장 큰 비중을 차지하는 것이 천해지에 대한 매출액(428,441,937원)인데 지엘◇◇철강의 2012년도 전체 매출액 역시 그 상당 부분이 천해지에 대한 매출액인 점 등에 비추어 원고는 지엘◇◇철강의 주요 매출처도 승계한 것으로 보이는 점, ⑤ 원고와 천해지 사이의 2012. 10. 31.자 단가합의서(가공) 계약 내용을 살펴보면, 계약조건을 비롯한 전반적인 내용이 지엘◇◇철강과 천해지 사이의 2011. 4. 1.자 단가합의서(가공) 계약과 유사할 뿐만 아니라, 그에 따른 원고의 작업범위 역시 지엘◇◇철강과 마찬가지로 ‘PLATE 등의 절단작업’인 점, ⑥ 원고와 대일씨텍 사이의 공사하도급 계약 내용을 살펴보면, 계약조건을 비롯한 전반적인 내용이 지엘◇◇철강과 대일씨텍 사이의 2012. 7. 20.자 공사하도급 계약(위 계약서에는 원고 대표이사인 정△교가 지엘◇◇철강의 대표이사로 기재되어 있다)과 유사할 뿐만 아니라, 그에 따른 원고의 공사범위 역시 지엘◇◇철강과 마찬가지로 ‘STEEL 철판(N.C 절단 일체)’인 점, ⑦ 원고와 지엘◇◇철강의 본점 소재지가 00시 00합포구 00면 진북신촌로 63으로 동일한 점, ⑧ 원고가 제출한 ‘매출현황집계표’에 따르더라도, 원고의 2012년 ~ 2013년 전체 매출액 중 각 91%, 56%가 지엘◇◇철강이 영위하던 기존 사업인 절단가공 분야에서 발생한 점 등을 종합해 보면, 원고는 지엘◇◇철강으로부터 이 사건 자산을 매입하여 지엘◇◇철강과 같은 종류의 사업을 계속하고 있다고 봄이 타당하므로, 구 조세특례제한법 제6조에서 정한 ‘창업중소기업’에 해당하지 아니한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2) 신뢰보호원칙 위반 여부

가) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2011. 11. 24. 선고 2009두22980 판결 등 참조).
나) 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 앞서 본 사실관계, 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 원고의 창업사업계획을 승인하였고, 이후 원고의 공장설립 완료 신고에 따라 피고 측 공무원이 2012. 10. 26. 원고의 공장을 확인하였는데, 그 출장(견문)보고서에는 ‘기존 공장건축물에 제조시설 설치를 완료하여 제품을 생산하고 있어 승인된 업종과 부합한다’는 취지로 기재되어 있는 사실, 피고는 원고에 대하여 이 사건 자산에 관한 취득세 등을 감면해 주었고, 2013. 8. 20. 실시된 창업중소기업 감면대상자에 대한 현지조사 과정에서도 별다른 문제를 제기하지 아니한 사실은 인정할 수 있으나, 한편 위 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 위 2012. 10. 26.자 조사는 원고가 설립된 지 1개월도 지나지 않아 공장등록조차 완료되지 않은 시점에 이루어진 것으로서 당시에는 아직 담당공무원이 원고의 구체적인 거래 현황, 규모 및 실태 등을 파악하여 원고가 지엘◇◇철강과 같은 종류의 사업을 영위하고 있는지 여부를 알 수 없었을 것으로 보이는 점, ② 2013. 8. 20.자 현지조사 과정에서 담당공무원은 취득세 등을 감면받은 창업중소기업에 대하여 사업용 재산의 직접 사용 및 매각, 임대 여부 등을 현지조사하고, 사업용 재산의 취득일부터 2년 내에 그 재산을 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용 또는 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징할 수 있다는 취지의 안내를 한 것에 불과하고, 해당 기업이 실제로 구 조세특례제한법상 창업중소기업의 요건을 갖추었는지 여부에 관하여는 따로 조사하지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 앞서 본 일부사실만으로는 원고가 창업중소기업에 해당하여 이 사건 자산에 관한 취득세 등을 감면받을 수 있다는 피고의 공적인 견해표명이 있었다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.
3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계 법령】

■ 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)

제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)

① 2012년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과「중소기업창업 지원법」 제6조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.
2. 제조업

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.
1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.
2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

⑦ 제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.
제120조(취득세의 면제 등)

③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.
제121조(재산세의 감면)

창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업에 직접 사용하는 사업용 재산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별 적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터 5년간 재산세(「지방세법」제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
■ 구 중소기업창업 지원법(2013. 8. 6. 법률 제12009호로 개정되기 전의 것)

제2조 (정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "창업"이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다.
제33조 (사업계획의 승인)

① 창업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업계획을 작성하고, 이에 대한 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장만을 말한다. 이하 같다)의 승인을 받아 사업을 할 수 있다.
② 시장·군수 또는 구청장은 제1항에 따른 사업계획의 승인을 할 때에는 그 공장의 건축면적이 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제8조에 따른 기준공장면적률에 적합하도록 하여야 한다.
③ 시장·군수 또는 구청장은 제1항에 따른 사업계획의 승인 신청을 받은 날부터 20일 이내에 승인 여부를 알려야 한다. 이 경우 20일 이내에 승인 여부를 알리지 아니한 때에는 20일이 지난 날의 다음 날에 승인한 것으로 본다.
④ 중소기업청장은 창업에 따른 절차를 간소화하기 위하여 제1항에 따른 사업계획 승인에 관한 업무를 처리할 때 필요한 지침을 작성하여 고시할 수 있다.
■ 구 중소기업창업 지원법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24432호로 개정되기 전의 것)

제2조 (창업의 범위)

①「중소기업창업 지원법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1호에 따른 창업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 것으로서 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것을 말한다.
1. 타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우. 다만, 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이나 그 외의 자가 사업을 개시하는 경우로서 지식경제부령으로 정하는 요건에 해당하는 경우는 제외한다. 끝.