배출부과금부과처분취소 (일반행정, 대법원)
공포일: 2004.12.10 / 시행일:

【원고, 상고인】 목포산정농공단지 전처리공동방지시설운영위원회 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 천경송 외 2인)
【원고보조참가인, 상고인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 천경송 외 2인)
【피고, 피상고인】 전라남도지사
【원심판결】 광주고법 2003. 3. 13. 선고 98누792 판결 
【주 문】
 원심판결을 파기하고 사건을 광주고등법원으로 환송한다.

【이 유】 1. 시료 채취의 절차·방법·양 등에 관한 위법 유무
 가. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 환경오염물질 배출사업장의 지도·점검에 있어서 사업장 관할구분, 사업장 관계인의 입회, 시료 채취 확인서에 대하여 규정하고 있는 환경오염물질배출사업장지도·점검에관한규정(환경부훈령 제278호)이나 시료 채취방법과 채취량, 시료 보존방법 및 보존기간 등에 관하여 규정하고 있는 수질오염공정시험방법(환경부고시 제91호)은 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과하므로 피고측이 위 시료 채취 등과 관련하여 위 훈령이나 고시가 정한 절차 등을 따르지 아니하였다고 하여 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다고 판단하였다.
 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 정당하고 거기에 시료 채취의 절차위반에 대한 법리오해, 시료 채취방법과 채취량, 시료 보존방법과 보존기간에 관한 사실오인 및 법리오해, 행정행위 하자치유에 관한 사실오인, 법리오해의 위법이 없다. 이 부분 상고이유 제1, 2점의 주장은 이유 없다.
 나. 또한 기록에 의하면, 피고측이 오염물질 채취 등을 위한 환경오염물질방지시설의 출입·검사를 행함에 있어서 구 수질환경보전법(1999. 2. 8. 법률 제5870호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제49조 제3항에서 정한 증표제시의무를 이행하지 않아 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 주장에 대하여 원심이 판단하지 않았음은 상고이유의 주장과 같으나, 원고가 관계공무원의 오염물질 채취에 협조한 이상 피고측이 위 절차를 준수하지 않았다는 사유만으로 이 사건 처분이 위법하다고 보기도 어려우므로 위 판단유탈은 판결 결과에 영향이 없다고 할 것이다. 이 부분 상고이유 제1점의 주장도 이유 없다.
 2. 초과배출부과금 부과대상시설 해당 여부
 가. 법 제19조, 제8조, 법시행령(1998. 2. 24. 대통령령 제15673호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법시행령’이라 한다) 제13조, 법시행규칙(1998. 4. 8. 환경부령 제47호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법시행규칙’이라 한다) 제8조의 규정 등을 종합하면, 초과배출부과금은 폐수배출시설이 수질오염물질을 공공수역에 직접 배출하는 경우뿐 아니라 법 제25조의 규정에 의한 폐수종말처리시설 등을 통하여 공공수역에 배출하는 경우에도 부과할 수 있다고 할 것이므로, 종말처리시설의 배수구역 안에 위치한 폐수배출시설에 대하여 종말처리시설 설치사업시행자의 요청에 의하여 폐수종말처리시설의 설계기준 농도 이내에서 환경부장관이 별도로 정한 배출허용기준을 적용하도록 한 법시행규칙 제8조 [별표 5] 비고의 규정이 상위법령의 위임의 취지나 범위를 벗어난 무효의 규정이라고 할 수 없다.
 같은 취지의 원심 판단은 정당하고 거기에 법이 규정한 배출부과금의 부과대상에 관한 법리오해, 법시행규칙 제8조 [별표 5] 비고의 위임입법 한계에 관한 법리오해의 위법이 없다. 이 부분 상고이유 제4점의 주장은 이유 없다.
 나. 그러나 기록 및 원심이 적법하게 확정한 바에 의하면, 목포시는 산정농공단지(이하 ‘이 사건 농공단지’라 한다)로부터 배출되는 오염물질의 공동처리를 위하여 폐수종말처리장(이하 ‘이 사건 종말처리장’이라 한다)을 설치하면서 원고로 하여금 그 전단계의 오염물질 방지시설로 전(前)처리 공동방지시설(이하 ‘이 사건 공동방지시설’이라 한다)을 설치하도록 하였고, 원고는 이 사건 공동방지시설의 설치 및 관리운영비 전액을 부담하는 외에도 이 사건 종말처리장의 설치비의 1/2 및 관리운영비의 전액을 각 부담한 사실, 이 사건 농공단지의 개별 사업장에서 배출된 폐수는 전량이 이 사건 공동방지시설로 유입되어 물리·화학적 방식으로 처리된 후 약 20m 길이의 배수관거를 통하여 같은 부지 내에 있는 이 사건 종말처리장으로 유입된 다음 그 곳에서 생물학적 방식으로 처리된 뒤 방류되며, 다른 개별사업장 등에서 위 공동방지시설로 유입되거나 위 공동방지시설이 아닌 곳에서 이 사건 종말처리장으로 유입되는 폐수는 없는 사실, 환경부장관은 이 사건 공동방지시설이 위에서 본 법시행규칙 제8조 [별표 5] 비고 규정에 의하여 별도로 배출허용기준을 정할 수 있는 경우라고 보아 환경부고시 제1995-81호 목포산정농공단지 별도배출허용기준 고시(이하 ‘이 사건 고시’라 한다)로 "전남 목포 산정농공단지 공동처리구역 안에서 폐수종말처리시설의 차집관로에 배수설비를 연결할 경우의 배출허용기준은 생물학적 산소요구량(BOD) 927㎎/ℓ, 화학적 산소요구량(COD 377㎎/ℓ), 부유물질량(SS 204㎎/ℓ) 이하로 한다."고 고시한 사실을 알 수 있는바, 위와 같은 이 사건 공동방지시설과 종말처리시설의 설치 및 운영의 비용부담, 위치와 설계·구조상 밀접성 및 상호 보완관계 등에 비추어 보면, 양 시설은 유기적 일체성을 가진 하나의 시설로 봄이 상당하므로 법령에 의한 종말처리장의 방류수 수질기준과는 별도로 법시행규칙 제8조 [별표 5] 비고가 규정한 바에 의하여 별도의 배출허용기준을 고시할 수 있는 경우에 해당하지 않는다고 할 것이다.
 그럼에도 불구하고, 원심이 이 사건 공동방지시설과 종말처리장은 설치·운영의 주체, 시설 목적과 규모, 처리효율 등이 서로 다른 별개의 시설이라는 전제하에 이 사건 종말처리장의 운영권자인 목포시의 요청에 따라 환경부장관이 별도로 이 사건 공동방지시설의 배출허용기준을 정한 이 사건 고시가 유효하다고 보아, 이 사건 종말처리장을 통하여 최종 처리된 방류수의 오염물질 측정수치는 그 법령상의 기준을 하회하고 있음에도 불구하고 이 사건 공동방지시설에서 채취한 시료의 각 오염물질 측정수치가 이 사건 고시에 의한 배출허용기준을 초과하였다는 이유로 초과배출부과금을 부과한 이 사건 처분이 적법하다고 판단한 데에는 이 사건 처리시설의 성격에 관한 사실오인, 이 사건 고시의 효력에 관한 법리오해 등의 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 제3점의 주장은 이유 있다.
 3. 결 론
 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원으로 환송하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

대법관 고현철(재판장) 강신욱 박재윤

[1] 폐수종말처리시설 안에 위치한 폐수배출시설에 대하여 환경부장관이 종말처리시설의 설계기준 농도 이내에서 별도로 정한 배출허용기준을 적용하도록 한 구 수질환경보전법시행규칙 제8조 [별표 5] 비고의 규정이 상위법령의 위임의 취지나 범위를 벗어난 무효의 규정인지 여부(소극)
[2] 농공단지 폐수종말처리장과 그 전단계 오염물질 방지시설로 전(前)처리 공동방지시설을 설치한 경우, 법령에 의한 종말처리장의 방류수 수질기준과는 별도로 구 수질환경보전법시행규칙 제8조 [별표 5] 비고가 규정한 바에 의하여 별도의 배출허용기준을 고시할 수 없다고 한 사례

[1] 구 수질환경보전법(1999. 2. 8. 법률 제5870호로 개정되기 전의 것) 제19조, 제8조, 같은법시행령(1998. 2. 24. 대통령령 제15673호로 개정되기 전의 것) 제13조, 같은법시행규칙(1998. 4. 8. 환경부령 제47호로 개정되기 전의 것) 제8조의 규정 등을 종합하면, 초과배출부과금은 폐수배출시설이 수질오염물질을 공공수역에 직접 배출하는 경우뿐 아니라 같은 법 제25조의 규정에 의한 폐수종말처리시설 등을 통하여 공공수역에 배출하는 경우에도 부과할 수 있다고 할 것이므로, 종말처리시설의 배수구역 안에 위치한 폐수배출시설에 대하여 종말처리시설 설치사업시행자의 요청에 의하여 폐수종말처리시설의 설계기준 농도 이내에서 환경부장관이 별도로 정한 배출허용기준을 적용하도록 한 같은법시행규칙 제8조 [별표 5] 비고의 규정이 상위법령의 위임의 취지나 범위를 벗어난 무효의 규정이라고 할 수 없다.
[2] 농공단지 폐수종말처리장과 그 전단계 오염물질 방지시설로 전(前)처리 공동방지시설을 설치한 경우, 양 시설의 설치 및 운영의 비용부담, 위치와 설계·구조상 밀접성 및 상호 보완관계 등에 비추어 유기적 일체성을 가진 하나의 시설로 봄이 상당하므로 법령에 의한 종말처리장의 방류수 수질기준과는 별도로 구 수질환경보전법시행규칙(1998. 4. 8. 환경부령 제47호로 개정되기 전의 것) 제8조 [별표 5] 비고가 규정한 바에 의하여 별도의 배출허용기준을 고시할 수 없다고 한 사례.