취득세 등 부과처분 취소 (일반행정, 수원지방법원)
공포일: 2020.10.15 / 시행일:

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가.원고는 건설교통부 고시 제2006-272호에 따른00택지개발사업(이하‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업시행자로서,사업지구에 포함된 토지들의 지목변경을 위한 택지조성공사를 수행하고 있고,이 사건 사업의 단계별 시행시기는 다음과 같다.
구분1단계2단계1공구2공구3공구4공구면적2,044㎢2,480㎢1,523㎢726㎢준공(예정)일2017. 12. 31.2017. 12. 31.2020. 12. 31.2020 12. 31.

나.이 사건 사업의 개발계획 및 실시계획은 여러 차례 변경되었다가, 2018. 10. 12.국토교통부 고시 제2018-604호로 변경되었는데,그 주요내용은 다음과 같다.
예정지구의 위치: 서울 송파구 거여동·장지동, 성남시 복정동·창곡동, 하남시 감이동·학암동 일원예정지구의 면적: 6,753,452.9㎡사업시행자의 명칭: 원고, △△도시공사개발기간: 2008. 8. 5. ~ 2020. 12. 31.(1단계: 2017. 12. 31., 2단계: 2020. 12. 31.)수용인구: 111,001인수용호수: 44,930호(아파트 40,446호, 연립주택 360호, 단독주택 636호, 주상복합 3,488호)

다.원고는 이 사건 사업의1단계 사업지구 중 지목변경 대상인00시00동655외9필지 총91,881㎡(이하‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여 개별 필지의 각 사용승낙일(2014. 9. 30. ~ 2016. 7. 25.,각 사용승낙일이 다르다.)을 취득시기로 보아,각 사용승낙일까지의 이 사건 사업부지 전체에 대한 택지조성 공사비용 합산액을 이 사건 사업부지 전체 면적으로 나눈 금액을1㎡당 조성원가로 산정하고,여기에 개별토지의 면적을 곱한 금액을 개별 필지의 지목변경에 따른 취득세 과세표준(이 사건 토지 전체의 과세표준 합계10,400,039,068원)으로 삼아 산출한 취득세 및 농어촌특별세 합계107,954,650원을2014. 12. 1.부터2016. 9. 23.까지 사이에 피고에게 신고·납부하였다.
제2조(정의) 이 협약에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다. 1. “이전대상시설”이라 함은 위례 택지개발사업 시행을 위하여 이전 또는 용도폐지되는 토지·건물 등 기존 국방·군사시설로서 다음 각 목의 시설을 말한다. 나. 제8248부대 아. 남성대 CC 자. 남성대 퍼블릭 골프장 및 골프연습장 차. 쌍둥이 골프연습장 카. 송파학사 <기타 생략> 2. “대체시설”이라 함은 기존 국방·군사시설의 용도에 대체되는 토지 및 시설물 등을 말한다. 3. “주거복지시설”이라 함은 사업지구 내 복지시설부지 또는 양 부처가 협의하여 정하는 지역에 설치할 군 아파트 및 복지시설 등을 말한다. 4. “예하부대 등”이라 함은 사업지구 내 소재한 국방부의 소속기관 및 그 예하부대를 말한다.제3조(대상사업) 이 협약의 대상사업은 다음의 각 호와 같다. 1. 서울 송파구 거여·장지동, 성남시 창곡동 및 하남시 학암동 일원 택지개발 본 단지(이하 “본 단지”라 한다) 사업 2. 기존 국방·군사시설의 이전을 위한 대체시설사업(인접 간선시설 포함) 3. 주거·복지시설건립사업(부지 포함) 4. 남성대 CC 및 퍼블릭 골프장의 대체시설 사업제5조(이전대상시설의 이전 등)① 국방부는 사업시행자로부터 제2조 제1호 각 목의 시설에 대한 대체시설을 인수한 후 이전대상시설을 이전하기로 한다. 제6조(대체시설사업 시행 등) ① 원고를 제3조의 대상사업의 사업시행자로 지정하기로 한다.② 국토해양부는 사업시행자로 하여금 대체시설사업을 자기비용으로 시행·준공한 후 이를 예하부대 등에 양도하도록 한다. 제7조(주거·복지시설의 배치)② 국토해양부는 사업시행자로 하여금 국방부와 협의를 통하여 아래 각 호의 주거·복지시설을 위례신도시 내 또는 양 부처가 협의하여 정하는 지역에 설치 및 제공하도록 한다. 2. 군자녀 기숙사(600실) 5. 군아파트(5,000세대 부지, 1,500세대 건축) <기타 생략>제8조(대체골프장 제공 및 국방부 사업지원)① 국토해양부는 사업시행자로 하여금 남성대 골프장과 퍼블릭 골프장을 양여받는 조건으로 국방부와 사전협의하여 수도권지역에 18홀 규모의 대체골프장 1개소를 매입하여 제공하게 하고, 국방부가 지정하는 지역에 18홀 규모의 골프장을 조성하여 제공하게 한다.제9조(비용부담 및 재산처분)① 국토해양부는 사업시행자로 하여금 자기비용으로 제3조 제2호 내지 제4호의 대상사업을 시행하고, 추후 본 단지 사업비에 이를 계상하도록 한다.② 토지, 건물 등 이전대상시설 및 대체시설의 처분은 국유재산법 및 국방·군사시설 사업에 관한 법률 등의 규정에 의한 기부 및 양여방식을 원칙으로 하되, 국무총리실 조정(2011. 6. 22.) 및 ‘위례신도시 군시설 기부·양여방안 관계차관회의 결과’(2011. 11. 4.)에 따른다.

라.택지개발예정지구 내에 위치한 국방·군사시설부지 및 시설물과 관련하여,국토해양부와 국방부 사이에 체결된‘국토해양부와 국방부 간의00택지개발예정지구 내 군 시설 이전사업 협력을 위한 기본협약‘이2012. 10. 15.최종 수정되었는데,그 주요내용은 다음과 같다.
원고는 위 기본협약에 따라 국방부로부터 택지개발예정지구 중00시 내에 있는 국가 소유의 토지와 건물을 양여받아 이를 취득한 다음,이 중 건물분9건(이하‘이 사건 건물’이라 한다)에 대하여 취득세,지방교육세,농어촌특별세 합계1,316,473,520원을2014. 8. 29.부터2017. 2. 27.까지 사이에 피고에게 신고·납부하였다.원고는 이 사건 건물을 철거하고 그 부지에 주거·복지시설 등을 신축하였으며,그 부지는 국가에 귀속 또는 기부채납되었다.
마.피고는 세무조사를 실시한 뒤2019. 5. 8.원고에게,이 사건 토지에 관하여 지목변경에 따른 취득세의 과세표준은 이 사건 사업1단계 준공일인2017. 12. 31.을 기준으로 투입된 택지개발공사비를 법인장부를 조사하여 산출한 후 이를1단계 사업지구의 면적으로 나눈 금액을1㎡당 조성원가로 산정하여,여기에 이 사건 토지의 면적을 곱하는 방식으로 산출한 과세표준은18,871,989,876원이고,기신고분을 제외하면8,471,950,808원(18,871,989,876원-10,400,039,068원)이므로,이에 따른 취득세111,620,620원,농어촌특별세10,448,650원 합계122,069,270원(각 가산세 포함,이하‘이 사건 제1처분’이라 한다)을 부과·고지하였다.한편 이 사건 건물에 관하여는 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제32조 제1항,제73조의2제1항,제76조 제1항 등에서 정한 취득세 비과세·감면 대상에 해당하지 않음에도,원고가 위 규정을 적용하여 과소신고·납부하였다고 보아 취득세2,434,885,230원,지방교육세153,586,050원,농어촌특별세214,889,810원 합계2,803,361,090원(각 가산세 포함,이하‘이 사건 제2처분’이라 하고,이 사건 제1처분과 함께‘이 사건 처분’이라 한다)을 부과·고지하였다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지4, 13, 14, 15호증(가지번호 포함,이하 같다)의 각 기재,변론 전체의 취지

2.원고의 주장

가.이 사건 제1처분

(1)조세법률주의 위반

구 지방세법 시행령(2016. 12. 30.대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것,이하 같다)1)제18조 제1항은‘취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 한다.’고 규정하고 있고,제20조 제10항은‘토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 보는데,토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.’고 규정하고 있다.따라서 택지개발 중인 토지에 대한 지목변경 취득시기는 지목이 사실상 변경된 날과 토지사용승낙일 중 빠른 날이므로,이 사건 토지의 경우 각 사용승낙일이 취득시기가 되고,이를 기준으로 법인장부에 따라 입증된 토지의 지목변경에 든 비용으로 계산한 원고의 과세표준 산정방식은 정당하다.
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각1)이 사건 토지의 취득시기는2014. 9. 30. ~ 2016. 7. 25.에 걸친 사용승낙일이어서 그 동안 지방세법 시행령이 수차례 개정되었으나,이 사건에 적용되는 조항의 실질적 내용이 동일하므로 최종 취득시기를 기준으로 한 적용법령을 기재한다.
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그런데 이 사건 제1처분은 위례택지개발사업1단계 사업의 준공일인2017. 12. 31.을 기준으로 법인장부에 따라 입증된 택지조성비용으로 과세표준을 산정하였는바,이 경우 이 사건 토지의 각 사용승낙일 이후 준공일 사이에 추가로 소요된 비용이 취득가격에 포함되므로,지목변경을 위한 택지조성공사비용을 관련 법령에 반하여 과다 산정하는 것이어서 위법하다.
(2)신뢰보호의 원칙 위반

행정안전부는 택지개발 중인 토지에 대한 지목변경 취득시기는 지목이 사실상 변경된 날과 토지사용승낙일 중 빠른 날이라는 유권해석을 표명하였고(지방세운영과-2527),이를 전제로 취득가격 산정 기준시점에 관한 질의를 하여2015. 3.경 경기도지사로부터 취득시기 이후 추가로 발생한 비용은 과세표준에 포함되지 아니한다는 회신을 받은바,원고는 이를 신뢰하여 이 사건 토지의 사용승낙 시점을 기준으로 취득세 등을 신고·납부하였음에도,이에 반하여 이루어진 이 사건 제1처분은 위법하다.
나.이 사건 제2처분

원고는 이 사건 건물의 부지를 국가에 귀속 또는 기부채납하기 위한 공익적인 목적으로 이 사건 건물을 취득하여 이 사건 건물을 철거하고 주거·복지시설을 신축한 후 해당 부지를 국가에 귀속 또는 기부채납하였다.지방세법 제9조 제2항 및 구 지방세특례제한법 제73조의2제1항의 문언과 입법취지 등에 비추어 보면,이 사건 건물에 대한 취득세 등은 해당 부지와 마찬가지로 위 규정에 따라 면제되어야 한다.
3.관계 법령

별지 기재와 같다.
4.처분의 적법 여부

가.이 사건 제1처분

(1)조세법률주의 위반 여부

취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다(지방세법 제10조 제1항).취득 당시의 가액은 원칙적으로 취득자가 신고한 가액에 의하나,그 신고가액이 위 법 제4조가 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 시가표준액으로 하고(같은 조 제2항),판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 위2항에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다(같은 조 제5항).위 규정의 취지는 취득자가 사실상 취득가액으로 신고한 금액을 취득세의 원칙적인 과세표준으로 하되 지방세법 제10조 제5항의 요건이 충족된 경우에는 그 입증된 사실상의 취득가액으로 과세표준이 정하여진다는 의미이다.
토지의 지목 변경의 경우 취득세의 과세표준에 관하여,지방세법 제7조 제4항은‘토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우’를‘취득’으로 보고,지방세법 제10조 제3항은‘지목변경으로 인하여 증가한 가액’을 과세표준으로 한다고 규정하고 있다.지목변경으로 인하여 증가한 가액의 구체적인 산정 방법에 관하여는 구 지방세법 시행령 제17조에서 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액으로 하되,판결문 또는 법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 경비가 입증되는 경우에는 그 비용으로 하도록 정하고 있다.이는 지방세법 제10조가 정한 취득세 과세표준 산정의 원칙과 일관하여 토지의 지목 변경에 따른 가액 증가분을 토지의 시가표준액을 기준으로 산정하되 판결문이나 법인장부 등에 의하여 그 소요경비가 객관적으로 입증되는 경우에는 시가표준액을 기준으로 한 산정방식에 우선하여 위와 같이 입증된 가액으로서 과세표준을 산정하여야 함을 규정한 것이다.
갑 제5내지10호증에 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면,원고가 당초 신고·납부한 취득세의 과세표준 산정방식은 관계법령이 정한 산정방식에 위반되고,오히려 피고가 이 사건 제1처분에서 취득세의 과세표준을 산정한 방식이 보다 관계법령에 부합하므로 이 사건 제1처분은 적법하다.
①이 사건 토지의 지목변경을 위한 택지조성공사비용을 정확하게 산정하는 방식은 개별 필지별로 사용승낙일을 기준으로 해당 필지의 지목변경 관련 공사비용을 법인장부에 의하여 확인하여 산정한 후 이를 합산하는 것이다.그러나 원고는 지목변경 관련 공사비용을 개별 필지별로 법인장부에 계상하지 아니하여 개별 필지의 조성원가를 알 수 없으므로,이 사건 토지에 관하여 위 방식으로는 구 지방세법 시행령 제17조 단서에서 정한 법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 경비가 입증되는 경우에 해당하지 않는다.
②원고는 이 사건 토지의 개별 필지의 사용승낙일까지 투입된 이 사건 사업 전체 부지에 대한 누적 택지조성 공사비용을 이 사건 사업 부지의 전체 면적(6,772,950.7㎡)으로 나누어1㎡당 조성원가를 산정하고,여기에 개별토지의 면적을 곱하여 산출한 금액을 개별 필지별 지목변경에 따른 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고·납부하였다.그러나 개별 필지의 사용승낙일을 기준으로 할 경우 그때까지 조성이 완료된 필지뿐만 아니라 조성 중이거나 미조성된 필지가 존재하는데,그럼에도 위 사용승낙일까지 기투입된 택지조성 공사비용 합산액을 택지조성공사의 진행정도를 반영한 면적이 아닌 위례택지개발사업 부지의 전체 면적으로 나누게 되면, 1㎡당 조성원가가 부당하게 과소 산정됨은 명백하다.2)결국 원고 주장의 산정방식은 법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 경비가 입증되는 경우라고 볼 수 없다.
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각2)택지조성공사의 진행정도를 반영한 면적을 산정함에 있어,개별 필지의 위치·형상 등의 차이로 필지별로 단위면적당 택지조성공사비용이 다른 경우라면 그 요인에 따른 가감율도 반영되어야 할 것이다. 1㎡당 조성원가가 부당하게 과소 산정되는 원고 산정방식의 오류는 사용승인일의 순서에 따라 사용승인일이 빠른 택지부터 마지막 사용승인일의 택지 순서로1㎡당 조성원가가 증가하는 결과를 가져오고,이는 원고가 신고·납부한 취득세 등의1㎡당 신고단가의 추이를 보더라도 명백하다(갑1호증의2).
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③피고는 원고로부터 제출받은 이 사건 사업1단계(1·2공구)장부에 기초하여,준공예정일2017. 12. 31.기준으로 지목변경이 완료된 위례택지개발사업지구1단계(1, 2공구)에 투입된 택지개발공사비(직접비용과 간접비용 합계)를 산출한 뒤 이를1단계 사업지구의 면적(4,524,000㎡)으로 나누어1㎡당 조성원가를 산정하고,여기에 이 사건 토지의 개별 필지 면적을 곱하여 산출한 금액을 과세표준으로 이 사건 제1처분을 하였다.이는 비록 취득시기인 개별 필지의 사용승낙일을 기준으로 한 법인장부에 의하여 입증된 경비는 아니더라도 이 사건 토지를 포함한1단계 사업지구 전체의 택지조성공사가 완료된 준공예정일을 기준으로 함으로써 조성 중이거나 미조성된 필지가 존재하지 아니하여 원고 주장의 방식과 같은 과세표준이 부당하게 과소산정되는 오류는 없다.원고는 이 산정방식이 준공예정일을 기준으로 비용을 산정함으로써 이 사건 토지의 각 사용승낙일 이후 준공일 사이에 추가로 소요된 비용이 취득가격에 포함되어 부당하다고 주장하나,이 사건은 여러 필지에 걸친 광범위한 면적을 대상으로 하는 택지의 지목변경 사건으로서 지목변경 비용 중 사용승낙일 이후 준공일까지 소요된 비용을 상정하거나 이를 따로 가려내기가 현실적으로 불가능하고,원고는 추가로 소요된 비용을 장부에 의하여 특정하지도 못하고 있으므로,이러한 사정만으로 이 사건 제1처분의 산정방식이 위법하다고 볼 수는 없다.
④피고가 산출한 택지개발공사비는 조성원가 산정내역 및 자금투자가 계획되어 있던 범위 내에서 지급이 당연히 예정된 것이고,원고의 장부에 기재되어 있던 금원에 기초하여 산정된 것이며,이는 구 지방세법 시행령 제17조 단서에 의한‘법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우’에 해당한다고 볼 수 밖에 없는 점에 비추어 보면,피고는 지방세법 및 그 시행령의 관련 규정에 따라 토지의 지목 변경에 든 비용을 정당하게 평가한 것으로 보인다.
(2)신뢰보호의 원칙 위반 여부

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는,과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고,납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며,납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고,과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원2006. 4. 27.선고2003두7620판결, 2013. 5. 9.선고2012두28940판결 참조).
갑11, 16호증의 각 기재에 의하면,안전행정부가2014. 8. 1.택지개발 중인 토지에 대한 지목변경 취득시기는 지목이 사실상 변경된 날과 토지사용 승낙일 중 빠른 날로 한다(지방세운영과-2527)는 내용의 질의회신을 한 사실,경기도지사가 원고에게‘취득세 지급에 있어 지목변경에 대한 과세표준은 취득시기까지 실제 공사가 완료된 부분의 기성고 금액을 기준으로 해야 하고,취득가격에는 취득시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 비용만 포함되어야 하며 이후 추가로 발생한 비용은 과세표준에 포함되지 아니한다.’는 내용의 회신을 보낸 사실은 인정된다.
그러나 위 안전행정부의 질의회신은 원고의 질의에 대한 답변이 아니므로 원고에 대한 견해표명으로 볼 수 없고,위 질의회신이 대외적으로 공표되었다고 하더라도 이는 불특정납세자를 상대로 일반적으로 공표한 세법 세칙에 관한 견해의 표명에 불과하다.경기도지사 회신의 경우,경기도지사와 피고는 동일한 과세관청이 아니고,조세법률관계에서 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합한다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 적용되는 것인데(대법원2013. 12. 26.선고2011두5940판결 등 참조)이 사건에 있어 그러한 특별한 사정이 있다고 볼 수도 없다.나아가 원고 주장의 과세표준 산정방식이 위법함은 앞서 본 바와 같고,위 각 회신의 내용에 따라 취득가격에 취득시기 이후 추가로 발생한 비용이 과세표준에 포함되지 않아야 한다는 일반원칙을 관철하여 이 사건 토지에 대하여 법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 경비가 입증되지 않는 경우라고 본다면,결국 구 지방세법 시행령 제17조 본문에 따라 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액을 과세표준으로 하여야 한다.이는 피고의 산정방식보다 원고에게 불리할 뿐만 아니라 현실적으로 가능한 차선의 방법으로 법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 경비를 산정할 수 있음에도 추가로 발생한 비용이 포함될 수 있다는 사정만으로 이 사건 제1처분이 위법하다고 보게 되어 부당한 결과를 가져온다.원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
나.이 사건 제2처분

조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고,합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원1994. 2. 22.선고92누18603판결,대법원2004. 5. 27.선고2002두6781판결 등 참조).
지방세법 제9조 제2항 본문은‘국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.’고 규정하고 있다.한편 지방세법이2015. 12. 29.법률 제13636호로 개정되면서 신설된 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호는‘국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.’고 규정하고 있는 반면,같은 날인2015. 12. 29.법률 제13637호로 신설된 구 지방세특례제한법 제73조의2제1항은‘지방세법 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는2018. 12. 31.까지 취득세를 면제한다.’고 규정하고 있다.지방세법 제9조 제2항 본문의 입법 취지는,국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로,국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 등을 비과세하겠다는 데에 있다(대법원2011. 7. 28.선고2010두6977판결 참조).
위와 같은 다른 조항과의 체계,입법취지 등에 문언적 해석을 더하여 보면,지방세법 제9조 제2항 본문은 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는‘당해 부동산 자체’에 대한 취득세 비과세를 규정하고 있을 뿐인바,이를 두고 귀속 또는 기부채납을 이행하기 위하여 또는 이를 목적으로 취득하는 다른 부동산에 대해서까지 취득세를 과세하지 않겠다는 의미로 해석할 수는 없다.나아가 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정,즉①지방세법상 토지와 건물은 별개의 취득세 과세대상에 해당할 뿐만 아니라,사법상 별개의 물건이므로,이 사건 건물을 국가에 귀속 또는 기부채납되는 해당 부지와 동일하게 취급할 수는 없는 점,②원고가 이 사건 건물을 취득한 것은 이를 국가에 귀속시키거나 기부채납을 하기 위해서가 아니므로,이를 두고 국가가 직접 이 사건 건물을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수는 없는 점,③이 사건 건물은 처음부터 국가에 귀속되거나 기부채납되는 것이 아니라 철거될 것으로 예정되어 있었고,그 후 실제로 철거가 이루어진 점 등에 비추어 보면,국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 당해 부동산에 해당하지 않음이 명백한 이 사건 건물에 관하여는 위 면제규정이 적용될 여지가 없으므로,이 사건 제2처분은 적법하다.
5.결론

이 사건 처분은 적법하므로 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각한다.
별지

관계 법령

■구 지방세법(2016. 12. 27.법률 제14475호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등)

④선박,차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.
제9조(비과세)

②국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서"국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다.이하 이 항에서"귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.
1.국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2.국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

제10조(과세표준)

③건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박,차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다.이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부,그 밖의 무상취득 및「소득세법」제101조제1항 또는「법인세법」제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
3.판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

■구 지방세법 시행령(2016. 12. 30.대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것)

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준)

법 제10조제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다.다만,제18조제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.
1.지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장·군수가 산정한 가액을 말한다)

2.지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

제18조(취득가격의 범위 등)

①법 제10조제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다.다만,취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
③법 제10조제5항제3호에서"대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2.법인장부:금융회사의 금융거래 내역 또는「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서.
제20조(취득의 시기 등)

⑩토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다.다만,토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.
■구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것)

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면)

① 「지방세법」제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서"국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서"귀속등"이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는2018년12월31일까지 취득세를 면제한다.끝.

이 사건 건물은 처음부터 국가에 귀속되거나 기부채납되는 것이 아니라 철거될 것으로 예정되어 있었고, 그 후 실제로 철거가 이루어진 점 등에 비추어 보면, 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 당해 부동산에 해당하지 않음이 명백하므로 이 사건 처분은 적법하다.