서울특별시 세무조사 운영규칙 (규칙, 서울특별시)
공포일: 20260119 / 시행일: 20260119

제2조(정의) 이 규칙에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "세무조사"란 「지방세기본법」(이하 "법"이라 한다)에서 규정하는 질문ㆍ검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 서울특별시 시세(이하 "시세"라 한다)의 부과ㆍ징수를 위하여 조사계획에 따라 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문을 하거나 장부, 서류, 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사, 조사 또는 제출을 명하는 활동을 말한다.2. "현장확인"이란 조사공무원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 세무조사에 의하지 아니하고 현장에 출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말한다.가. 조사 착수 전의 증거자료 수집 또는 세무조사 대상자(이하 "조사대상자"라 한다) 선정을 위한 사실관계의 확인 업무나. 조사 과정 중에 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 거래사실 등의 사실관계의 확인 업무다. 지방세관계법에 따른 비과세ㆍ감면 적용 후 추징 사유 또는 중과세 대상의 판단과 관련된 사실관계의 확인 업무라. 자료상혐의자료, 위장ㆍ가공자료, 범칙사건조사의 파생자료로서 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무마. 납세자의 거래사실 확인 등을 위한 계좌 등 금융거래의 확인 업무바. 납세자에 대한 사업장 현황 확인이나 기장확인 업무사. 민원처리 등을 위한 현장출장ㆍ확인이나 탈세제보자료, 과세대장ㆍ과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무아. 그 밖에 가목에서 사목에 준하는 사유로서 세무조사에 의하지 아니하고 현장에 출장하여 확인할 필요가 있는 업무3. "조사공무원"이란 서울특별시장(이하 "시장"이라 한다) 또는 서울특별시 관할 구청장(이하 "구청장"이라 한다)으로부터 특정 납세자에 대한 세무조사의 명령을 받은 세무공무원을 말한다.4. "조사책임자"란 세무조사 업무를 담당하는 부서의 장으로서 조사공무원을 직접 지휘ㆍ감독하는 자를 말한다.5. "정기선정"이란 법 제82조제1항에 따른 방법으로 조사대상자를 선정하는 것을 말한다.6. "수시선정"이란 법 제82조제2항에 따라 정기선정 외의 방법으로 조사대상자를 선정하는 것을 말한다.7. "일반세무조사"란 특정 납세자에 대하여 지방세의 과세요건 성립 여부, 과세표준 및 세율의 적정 여부, 비과세 또는 감면의 적정 여부 등을 검증하기 위해 정기선정하여 실시하는 세무조사를 말한다.8. "특별세무조사"란 일반세무조사와 별도로 세무조사 계획을 수립하여 실시하는 세무조사를 말한다.9. "긴급세무조사"란 조세채권의 조기 확보가 필요한 납세자에 대하여 그 사유가 발생하는 즉시 실시하는 세무조사를 말한다.10. "합동조사"란 둘 이상의 지방자치단체의 장이 합동으로 실시하는 세무조사를 말한다.11. "직접조사"란 납세자의 주사무소, 주된 사업장, 주소지 등에 직접 방문하여 실시하는 세무조사를 말한다.12. "서면조사"란 직접조사에 의하지 아니하고 납세자로부터 장부등을 제출받아 조사관청에서 실시하는 세무조사를 말한다.13. "통합조사"란 조사대상으로 선정된 과세기간에 대하여 신고ㆍ납부의무가 있는 모든 시세 세목을 함께 조사하는 것을 말한다.14. "세목별조사"란 특정 세목만을 대상으로 실시하는 세무조사를 말한다.15. "부분조사"란 필요한 부분에 한정하여 실시하는 세무조사를 말한다.

제4조(세무조사의 기본원칙) 조사공무원은 세무조사를 실시하는 경우 다음 각 호의 원칙에 따라 성실하게 수행하여야 한다.1. 신의성실의 원칙: 세무조사를 수행함에 있어서는 신의에 따라 성실하게 집행하여야 하며, 납세자에게 이미 공시한 사항에 반하는 처분을 하여서는 아니 된다.2. 근거과세의 원칙: 세무조사와 부과권의 행사는 법인장부와 이에 관계되는 증빙자료 등 객관적인 증거에 따라야 한다.3. 조사비례의 원칙: 세무조사는 세무조사 목적 달성에 필요한 최소한의 범위에서 실시하여야 한다.

제6조(세무조사의 관할) ① 세무조사는 「서울특별시 시세 기본 조례」 제3조제1항에 따라 시세의 납세지를 관할하는 구청장이 수행한다. 다만, 구청장이 의뢰하거나 「서울특별시 시세 기본 조례」 제3조제4항 각 호에 해당하는 경우에는 시장이 직접 세무조사를 수행할 수 있다.② 시장 또는 구청장은 제1항에 따른 세무조사와 관련하여 조사의 효율성을 제고하기 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 합동조사를 실시할 수 있다.

제7조(세무조사의 협조) ① 시장 또는 구청장은 조사 관할을 달리하는 주소지(본점 또는 주사무소의 소재지를 포함한다), 사업장 또는 거래처에 대한 과세자료 조사, 현장확인 등이 필요한 경우에는 해당 주소지ㆍ사업장ㆍ거래처 관할 지방자치단체의 장에게 협조를 요청할 수 있다.② 시장 또는 구청장은 상호 간에 조사 방법의 자문, 조사 인력의 지원 등 조사사무의 지원을 요청할 수 있다.

제8조(조사대상자 선정의 원칙) ① 시장 또는 구청장은 공정하고 객관적인 기준에 따라 조사대상자를 선정하여야 한다. 이 경우 납세자의 성실한 신고납부를 유도하고 공평과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 조사대상자를 선정하여야 한다.② 조사공무원이 세무조사 대상 선정에 관한 사무를 수행할 때에는 특별한 사정이 없는 한 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 서류 등이 진실한 것이라고 추정하여야 한다.

제9조(조사대상자 선정방법) ① 조사대상자의 선정방법은 정기선정과 수시선정으로 구분한다.② 정기선정을 하는 경우 서울특별시 지방세심의위원회의 심의를 거쳐 조사대상자를 선정하여야 한다. 이 경우 법인명, 대표자명, 사업장 소재지 등의 정보를 표기하지 않음으로써 그 심의 대상을 식별할 수 없도록 하여야 한다.③ 수시선정을 하는 경우 세무자료 수집, 현지확인 등의 객관적인 절차에 따라 그 사유를 확인하여야 한다.④ 시장 또는 구청장은 제2항에 따라 조사대상자를 선정하는 경우 업종별 신고성실도, 규모 등을 감안하여 조사 비율이 적정하게 유지되도록 노력하여야 한다.

제10조(세무조사 유예) ① 시장 또는 구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 납세자에 대해서는 해당 사유 발생일로부터 3년의 범위에서 세무조사를 유예할 수 있다. <개정 2026.1.19>1. 「서울특별시 모범납세자 등의 지원에 관한 조례」 제2조제3호에 따라 유공납세자로 선발된 자2. 「중소기업기본법」 제2조제2항에 따른 소기업 및 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 소상공인3. 「서울특별시 남녀고용평등과 일ㆍ생활 균형 지원에 관한 조례」 제2조제3호에 따른 일ㆍ생활 균형 직장환경을 조성하여 시장으로부터 일정 등급 이상 확인받은 기업4. 고용노동부장관이 선정한 대한민국 일자리 으뜸기업 중 중소기업5. 성평등가족부장관이 인증한 가족친화기업 중 중소기업② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 유예하지 아니하고, 세무조사가 유예된 납세자에 대해서는 그 유예를 취소한다.1. 법 제82조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우2. 조세채권의 조기 확보 등을 위하여 긴급세무조사를 실시할 필요가 있는 경우3. 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우4. 제1항 각 호 어느 하나에 해당하는 납세자가 세무조사 유예되기 전에 취득물건별 가액이 100억 원 이상인 부동산을 취득한 경우로써 그 유예기간 중 취득 부동산에 대하여 법 제38조제1항에 따른 부과의 제척기간이 만료되는 경우. 다만, 취득 부동산에 대하여 세무조사를 실시한 경우는 제외한다.5. 시세 체납액(「신탁법」에 따라 위탁자가 수탁자에게 신탁한 신탁재산에 대한 체납액을 포함한다)이 있는 경우

제11조(중복조사금지) 조사공무원은 동일한 납세자를 대상으로 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없으며, 세무조사를 시작한 후에 중복조사의 사실을 확인한 경우에는 즉시 조사를 철회하여야 한다. 다만, 법 제80조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제12조(조사계획의 수립) ① 시장 또는 구청장은 특정 납세자에 대한 일반세무조사와 특별세무조사를 실시하기 전에 조사계획을 먼저 수립하여야 한다. 다만, 긴급세무조사를 실시하는 경우에는 조사계획을 별도로 수립하지 않고 조사를 실시할 수 있다.② 제1항에 따른 조사계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.1. 세무조사의 실시 목적2. 조사반 편성에 관한 사항3. 조사대상자 및 대상선정 사유4. 조사방식5. 조사기간, 조사대상기간 및 조사범위6. 그 밖에 조사의 실시와 관련하여 필요한 사항③ 조사공무원은 조사대상자의 선정, 조사방식의 결정, 조사기간ㆍ조사범위의 설정 등 조사계획의 수립을 위하여 현장확인을 실시할 수 있다.

제13조(조사방식) ① 시장 또는 구청장은 조사계획을 수립할 때 조사대상자의 선정 사유, 업종, 규모, 납세이력, 사업 현황 및 과세정보 등을 종합적으로 고려하여 직접조사 또는 서면조사의 방식을 결정한다.② 서면조사는 납세자의 영업 환경, 업종별ㆍ지역별 특성, 조사의 효율성 또는 납세자의 편의 등을 고려할 때 직접조사에 의하지 아니하고도 세무조사의 목적 달성이 가능하다고 판단될 때 실시한다.③ 제2항 외의 경우에는 직접조사를 실시한다. 다만, 조사의 효율성 등을 위하여 부득이한 경우에는 직접조사와 서면조사 방식을 병행하여 조사를 실시할 수 있다.

제14조(조사범위) ① 세무조사는 통합조사를 실시하는 것을 원칙으로 한다.② 제1항에도 불구하고 법 제84조의3제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세목별조사를 실시할 수 있다.③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 법 제84조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 부분에 한정하여 부분조사를 실시할 수 있다.

제15조(조사기간) ① 시장 또는 구청장은 조사대상 세목ㆍ기간ㆍ업종ㆍ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간을 20일 이내의 범위에서 최소한이 되도록 정하여야 한다. 다만, 법 제84조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 그 사유가 해소되는 날부터 20일 이내로 세무조사 기간을 연장할 수 있다.② 조사기간의 계산은 조사시작일부터 조사종결일까지의 기간으로 하며, 조사기간 중의 토요일 및 공휴일을 포함하여 계산한다.

제16조(세무조사의 사전통지) ① 조사공무원은 세무조사 시작일 15일 전까지 법 제83조제1항에서 정하는 사항을 조사대상자에게 사전통지하여야 한다.② 제1항에도 불구하고 사전에 알릴 경우 증거인멸 등으로 세무조사의 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 사전통지를 생략할 수 있다. 이 경우 법 제83조제6항에 따른 세무조사통지서를 납세자에게 교부하여야 한다.1. 사전통지 시 장부등을 은닉하거나 조작할 우려가 있는 경우2. 사전통지 시 거래상대방 또는 제3자와 담합의 우려가 있는 경우3. 조세채권을 확보하기 위하여 긴급세무조사를 실시하는 경우4. 제1호부터 제3호에 준하는 사유로 조사목적을 달성하기 어렵다고 인정되는 경우③ 제2항 후단에도 불구하고 조사대상자가 세무조사통지서의 수령을 거부ㆍ회피하거나 사업을 폐업한 경우 등에는 세무조사통지서를 교부하지 아니할 수 있다.

제17조(세무조사의 연기 등) ① 제16조에 따른 통지에 대하여 조사대상자가 「서울특별시 납세자 보호에 관한 조례」제21조에 따라 세무조사 연기 신청을 한 경우 조사공무원은 법 제77조제2항에 따른 납세자보호관의 결정이 있기 전까지 세무조사를 개시할 수 없다.② 조사책임자는 세무조사 연기 기간이 종료되거나 연기 사유가 소멸한 경우에는 지체 없이 조사공무원이 조사를 시작하도록 지시하여야 한다.

제18조(납세자권리헌장의 교부 등) 조사공무원이 세무조사를 시작할 때 조사대상자에게 법 제76조제3항에 따라 납세자권리헌장의 교부 및 낭독, 권리구제 절차 등을 설명하여야 한다. 다만, 서면조사의 경우에는 납세자권리헌장의 요지와 설명하여야 하는 사항을 조사대상자에게 서면으로 알려주는 것으로 갈음할 수 있다.

제19조(청렴서약서의 작성 및 사적 이해관계 신고) ① 조사공무원이 세무조사를 시작하는 때에는 조사대상자 및 세무대리인(변호사, 세무사 또는 공인회계사를 말한다. 이하 같다)과 함께 별지 제1호서식에 따른 청렴서약서를 작성하여야 한다. 다만, 서면조사의 경우에는 청렴서약서 작성을 생략할 수 있다.② 조사공무원은 조사대상자 또는 세무대리인 등의 직무관련자와 「공직자의 이해충돌 방지법」 제5조제1항에 따른 사적 이해관계가 있는 경우에는 시장 또는 구청장에게 그 사실을 신고하고 회피를 신청하여야 한다.

제20조(도움을 받을 권리의 보장) ① 조사공무원은 납세자가 세무조사를 받는 경우에 세무대리인을 조사에 참여하게 하거나 의견을 진술하게 할 수 있으며, 이 경우 해당 세무대리인은 별지 제2호서식에 따른 위임장을 제출하여야 한다.② 제1항에 따른 위임장을 제출하지 아니한 세무대리인은 세무조사 과정에 참여할 수 없다.③ 조사공무원은 세무대리인이 제1항에 따른 조력의 범위를 넘어 조사를 방해하거나 늦추려는 경우, 거짓으로 진술하는 경우 또는 납세자가 직접 진술할 필요가 있는 경우 등에는 납세자가 직접 의견을 진술하도록 요구할 수 있다.

제21조(납세자의 권익보호) 조사책임자는 세무조사 진행 중 납세자보호관이 납세자의 권리를 보호하기 위하여 「서울특별시 납세자 보호에 관한 조례 시행규칙」 제11조제2항에 따른 시정 요구를 한 경우에는 즉시 그 수용 여부를 판단하여야 하며, 납세자보호관의 시정 요구가 정당하지 아니하거나 시정 요구를 수용하기 곤란한 사유가 있는 경우 조사책임자는 그 의견을 납세자보호관에게 통보하여야 한다.

제22조(세무조사 실시) ① 조사공무원은 조사목적의 달성을 위한 최소한의 범위에서 조사장소, 장부등의 검사 범위 등을 합리적으로 정하여 실시하도록 노력하여야 한다.② 조사공무원이 세무조사 과정에서 조사대상자 또는 관련인에게 질문을 하거나 장부등을 조사할 때에는 그 영업이나 경제활동에 제약이 없도록 신속하게 진행하여야 한다.③ 조사공무원은 세무조사의 효율적인 실시 및 조사기간의 단축을 위하여 필요한 경우에는 사전에 조사대상자의 동의를 얻어 회계장부나 관계서류 등의 일부를 사본으로 제출받아 조사관청에서 검토할 수 있다.

제23조(조사장소) 세무조사는 조사대상자의 주사무소, 주된 사업장, 주소지 또는 조사관청 등에서 실시하여야 한다. 다만, 조사대상자의 주사무소, 주된 사업장 등이 납세지 관할구역 외에 소재하는 경우에는 관할구역 내 사무소, 사업장 등에서 세무조사를 실시할 수 있다.

제24조(조사시간) 조사공무원이 조사대상자를 직접 상대로 하여 조사하는 경우에는 그 조사대상자의 일과시간 내에 실시하여야 한다. 다만, 조사대상자의 요구가 있거나 조사대상자의 동의를 받은 경우에는 일과시간 외에도 세무조사를 실시할 수 있다.

제25조(조사범위 등의 준수) ① 조사공무원은 세무조사를 실시하는 동안 조사대상기간 및 조사대상 세목, 조사기간 등에 대하여 사전에 정한 범위와 한계를 준수하여야 한다.② 제1항에도 불구하고 조사공무원이 세무조사 과정에서 법 제80조의2제1항에 따라 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우에는 조사책임자의 승인을 받아 조사범위를 확대할 수 있다.③ 제2항에 따라 조사범위를 확대하는 경우에는 별지 제3호서식에 따라 조사범위가 확대된 사유 등을 구체적으로 기재하여 조사대상자에게 통지하여야 한다.

제26조(금융거래 등의 확인) ① 조사공무원은 세무조사를 실시하거나 실시하기 전에 시세 탈루 혐의를 확인할 목적 등으로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금융거래정보 등(이하 이 조에서 "금융거래정보등"이라 한다)의 확인을 실시할 수 있다. 이 경우 관련 법령에서 정한 범위와 절차를 준수하여야 한다. <개정 2026.1.19>1. 「특정 금융거래정보의 보고 및 이용 등에 관한 법률」 제10조제1항 및 제4항에 따른 시세 탈루 혐의 확인을 위한 특정금융거래정보2. 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제4조제1항제2호에 따른 시세 탈루의 혐의를 인정할 명백한 자료의 확인을 위한 금융거래의 내용에 대한 정보 또는 자료② 조사공무원은 조사대상자 또는 관련인(이하 "이 항에서 조사대상자등"이라 한다)의 금융거래정보등을 확인하고자 하는 경우에는 조사대상자등의 조회대상 금융거래 또는 조회 계좌 등의 범위와 대상기간 등을 특정하여 시장 또는 구청장의 승인을 받아야 한다. 이 경우 조회대상 기간은 조사대상 과세기간으로 한정하되, 조사대상 과세기간 내의 탈루혐의 확인 등과 관련하여 필요한 경우에는 조사대상 과세기간 외의 기간으로 확대할 수 있다.

제27조(명령사항 위반 등에 대한 조치) ① 조사공무원은 조사대상자가 장부등을 파기ㆍ은닉하거나 열람 또는 제출명령에 대하여 기피ㆍ지연하는 경우에는 조사기간의 연장, 범칙사건조사의 실시, 법 제108조에 따른 과태료의 부과, 법 제121조에 따른 통고처분 등의 적절한 조치를 취하여야 한다.② 조사공무원은 누구든지 세무조사와 관련하여 부정한 청탁을 하거나 금품 또는 향응을 제공ㆍ알선하고자 하는 경우에는 이를 거부하고 「부정청탁 및 금품등 수수의 금지에 관한 법률」 또는 「서울특별시 공무원 행동강령」에 따라 필요한 조치를 하여야 한다. <개정 2026.1.19>

제28조(조사의 종결) ① 조사공무원이 세무조사를 종결하고자 할 때에는 조사한 내용을 정리하여 시장 또는 구청장에게 보고하여야 한다.② 조사종결 보고를 받은 시장 또는 구청장은 그 내용을 검토하여 조사의 종결 여부를 결정하여야 한다.③ 조사공무원은 법 제85조에 따라 세무조사 결과를 조사대상자에게 통지하여야 한다.

제29조(과세정보 통보와 조사기법의 개발보급) ① 조사과정에서 파악되는 각종 과세정보 중 다른 지방자치단체와 관련된 과세자료 또는 국세와 관련된 자료는 그 지방자치단체의 장 또는 세무서장에게 지체 없이 통보하여야 한다.② 시장은 조사기법을 개발하고 이를 보급하기 위하여 조사기법 사례를 관리하여 구청장에게 통보하여야 한다.

제30조(세무조사 명부 및 자료 관리) ① 구청장은 세무조사 대상 법인의 현황ㆍ조사연혁 및 폐업사실 등을 작성ㆍ관리하여야 한다.② 조사공무원은 중복 세무조사 방지 및 업무 효율화를 위해서 다음 각 호를 서울특별시 세무종합시스템에 입력하고 관리하여야 한다.1. 조사대상자2. 세무조사 기간ㆍ내용ㆍ추징세액ㆍ추징사유ㆍ불복내용 등3. 납세자별, 세목별조사 결과 대장 관리 등 기타 필요한 업무③ 시장은 세무조사 자료의 효율적인 관리를 위하여 서울특별시 세무종합시스템을 최적화 상태로 유지하여야 한다.

제31조(조사공무원 행동수칙 등) ① 법 제140조제2항에 따른 조사공무원의 증표는 시장이 조사공무원별로 1매씩 발급하고, 퇴직ㆍ전출 등의 변동사유가 발생하는 경우에는 지체 없이 증표를 회수하여 파기하여야 한다.② 시장은 적법하고 공정한 세무조사 집행을 위해 조사공무원이 준수하여야 할 행동수칙을 마련할 수 있다.

부칙 <제4684호, 2025.1.20>제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.제2조(세무조사 유예에 관한 적용례) 제10조제1항제3호부터 제5호까지의 개정규정은 이 규칙 시행 이후 확인ㆍ선정ㆍ인증받은 경우부터 한 차례만 적용한다. 다만 확인ㆍ선정ㆍ인증받기 전에 조사대상자로 선정된 기업의 경우 다음연도부터 적용한다.
부칙(서울특별시 규칙 어려운 용어 정비 등을 위한 일괄개정규칙) <제4746호, 2026.1.19>이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.