제주특별자치도 지방세 세무조사 운영 규칙 (규칙, 제주특별자치도)
공포일: 20190906 / 시행일: 20190906

제1조(목적) 이 규칙은 「지방세기본법」 제140조에 따라 지방세의 부과·징수에 관한 조사를 실시하는 경우 준수할 사항을 규정하여 세무조사가 납세자의 권익을 최대한 보장하는 가운데 효율적으로 실시되도록 함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 규칙에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. “세무조사”란 「지방세기본법」(이하 “법”이라 한다) 제140조에 따라 조사공무원이 납세자의 지방세에 대한 정확한 부과·징수를 위하여 조사계획에 의해 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문을 하거나 장부, 서류, 그 밖의 물건을 검사, 조사 또는 확인하는 행위를 말한다.2. “조사공무원”이란 제주특별자치도지사(이하 “도지사”라 한다)로부터 특정납세의무자에 대한 세무조사의 명령을 받은 세무공무원을 말한다.3. “조사책임자”란 세무조사 업무를 담당하는 부서의 장으로 조사공무원을 직접 지휘·감독하는 자를 말한다.4. “일반세무조사”란 특정납세자에 대하여 지방세의 과세요건 성립 여부, 과세표준 및 세율의 적정 여부, 비과세 또는 감면의 적정 여부 등(이하 “과세 적정성”이라 한다)을 검증하기 위해 정기적으로 실시하는 세무조사를 말한다.5. “특별세무조사”란 세금을 탈루한 방법이나 규모로 보아 일반세무조사의 방법으로는 실질적인 효과를 거두기 어려운 경우에 실시하는 세무조사를 말한다.6. “직접세무조사”란 납세자의 사무소, 공장, 사업장 또는 주소지 등(이하 “사무소 등”이라 한다)에 출장하여 직접 해당 납세자 또는 그 관련이 있는 자 등을 상대로 하는 세무조사를 말한다.7. “서면세무조사”란 직접세무조사 이외에 납세자가 신고하거나 제출한 서류 등으로 하는 세무조사를 말한다.8. “전부세무조사”란 납세자의 세무조사대상이 되는 기간에 대하여 납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 세무조사를 말한다.9. “부분세무조사”란 특정 항목·부분 또는 거래 일부에 대하여 실시하는 세무조사를 말한다.10. “전산분석”이란 지방세원의 관리를 위하여 납세자의 지방세 납부상황, 신고내용 등 보유·관리하는 전산자료와 지방세의 부과·징수를 위하여 수집하는 과세자료 등에 대한 전산분석 등을 통하여 하는 세무조사를 말한다.

제3조(세무조사의 기본원칙) 세무조사는 다음 각 호의 원칙에 따라 성실하게 수행하여야 한다.1. 신의성실의 원칙: 세무조사를 수행함에 있어서는 신의에 따라 성실하게 집행하여야 하며, 특히, 납세의무자에게 이미 공시한 사항에 반하는 처분을 하여서는 아니 된다.2. 근거과세의 원칙: 세무조사와 부과권의 행사는 법인장부와 이에 관계되는 증빙자료 등 객관적인 증거에 따라야 하고 이를 납세의무자가 납득할 수 있도록 하여야 한다.3. 조사비례의 원칙: 세무조사는 세무조사 목적달성에 필요한 최소한의 범위에서 실시하여야 한다.4. 납세의무자별 구분조사 원칙: 세무조사는 신고의 성실도와 업종 등 객관적인 기준에 따라 구분 실시하여야 한다.

제5조(세무조사의 관할)① 세무조사 사무는 도지사가 수행한다.② 도지사가 제1항에 따라 세무조사를 수행하는 경우에 조사의 효율성 등을 위해 필요하다고 인정되는 경우에는 다른 지방자치단체의 장에게 세무조사를 의뢰할 수 있다.

제6조(세무조사의 협조)① 납세자 주소지(본점 또는 주사무소의 소재지를 포함한다. 이하 같다)와 사업장(지점, 제조장, 직매장, 하치장 등을 포함한다. 이하 같다)이 납세지 관할을 달리하여 다른 지방자치단체의 협조가 필요한 때에는 도지사는 조사 시작 전 또는 조사 진행 중에 협조사항을 구체적으로 기재하여 다른 지방자치단체의 장에게 협조를 요청할 수 있다.② 도지사는 다른 지방자치단체의 장으로부터 협조를 요청받은 경우에는 기간 내에 조사를 하고 그 결과를 회보할 수 있다.

제9조(선정기준의 공정성과 타당성 유지) 조사대상자 선정기준을 정함에 있어서는 납세의무자가 납득할 수 있는 명백하고 객관적인 기준을 제시함으로써 세무조사의 타당성과 공정성을 유지하여야 한다.

제11조(일반세무조사의 대상자)① 도지사는 해당 납세자의 세원종합관리상황과 서면신고내용을 종합적으로 검토하여 일반세무조사 대상자를 선정하여야 하며, 제3항의 직접조사 대상은 재산의 취득유형, 지방세 감면규모, 사업규모(자본금, 취득금액, 종업원 수 등) 등을 고려하여 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상자를 선정하여야 한다. 다만, 연간 정기선정 대상 건수가 30건을 초과하는 경우에는 「제주특별자치도세 기본조례」 제7조에 따른 제주특별자치도세심의위원회를 거쳐 선정하여야 한다.② 제1항의 세무조사대상자 선정에 관한 제주특별자치도세심의위원회 진행은 위원이 세무조사대상자를 식별 할 수 없도록 법인명, 대표자명, 사업장 소재지 등을 표기하지 않은 상태로 진행한다.③ 도지사는 일반세무조사 시 별지 제5호서식에 따른 서면세무조사를 원칙으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 직접세무조사를 할 수 있다.1. 서면조사서를 제출하지 아니하거나 불성실하게 작성한 경우2. 자본금이 10억원 이상인 법인 또는 종업원의 급여총액이 「지방세법시행령」 제85조의2제2항에서 정하는 금액에 50을 곱한 금액 이상인 경우3. 10억원 이상의 부동산을 취득한 경우4. 1천만원 이상의 지방세를 비과세·감면받은 경우5. 그 밖에 도지사가 필요하다고 인정하는 경우④ 동일한 납세자에 대한 중복조사방지, 신고납부 풍토조성, 경제·사회정책의 효율적 지원 등을 위하여 필요한 경우에는 공평성을 해치지 아니하는 범위에서 조사대상을 제외할 수 있다.

제12조(특별세무조사의 대상자)① 특별세무조사 대상자는 탈세정보자료에 의하여 세금을 탈루한 혐의가 있거나 세금을 탈루한 것으로 의심이 되는 자로 한다.② 제1항에 따른 특별세무조사 대상자의 선정은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함하되 그 구체적인 선정기준은 도지사가 따로 정한다.1. 납세자가 지방세관계법에서 정하는 신고·납부, 담배의 제조·수입 등에 관한 장부의 기록 및 보관 등 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우2. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우3. 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우4. 납세자가 세무조사를 신청하는 경우5. 지방세관계법과 관련된 판례·지침·유권해석 등의 변경으로 세무조사가 필요한 경우6. 제1호부터 제5호까지의 규정에 준하는 사유로서 일반세무조사로 조사의 목적을 달성할 수 없다고 도지사가 인정하는 경우③ 제1항 및 제2항에 따라 특별세무조사 대상자를 선정하는 경우에는 탈루유형, 재산의 취득유형, 지방세 감면규모, 사업규모(자본금, 취득금액, 종업원 수 등을 말한다) 등을 고려하여 도지사가 별도의 계획과 객관적 기준에 따라 공정하게 조사대상을 선정하여야 한다.

제13조(부분세무조사의 대상자) 세원의 특정 항목·부분 또는 거래 일부의 검증으로 조사목적을 달성할 수 있다고 판단하는 다음 각 호의 어느 하나에 대하여는 부분세무조사 대상자로 선정할 수 있다.1. 법 제50조제3항에 따른 경정 등의 청구에 대한 처리 또는 법 제60조제1항에 따른 지방세환급금의 결정을 위하여 확인이 필요한 경우2. 법 제96조제5항(법 제100조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 같은 법 제88조제4항제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 사실관계의 확인 등이 필요한 경우3. 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우4. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우로서 해당 탈세 혐의에 대한 확인이 필요한 경우5. 명의위장, 차명계좌의 이용 등을 통하여 세금을 탈루한 혐의에 대한 확 인이 필요한 경우6. 위장·가공 거래 등 특정 거래 내용이 사실과 다른 구체적인 혐의가 있는 경우로서 조세채권의 확보 등을 위하여 긴급한 조사가 필요한 경우

제14조(영세·성실기업 등에 대한 세무조사 유예)① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 유예대상자 선정일 현재 지방세 체납액이 없는 경우에는 세무조사를 3년간 유예한다.1. 최근 5년간 10억원 미만의 부동산을 취득한 자2. 「제주특별자치도 모범납세자 등 지원 조례」에 따라 지방세 유공납세자로 선발된 자3. 「중소기업기본법」 제2조제2항에 따른 소기업 및 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인. 다만, 최근 5년간 10억원 이상의 부동산을 취득한 소기업 및 소상공인은 제외한다.4. 「제주특별자치도 일자리 창출 지원에 관한 조례」에 따라 인증된 고용우수기업5. 「제주특별자치도 기업&#61598;기업인 예우 및 기업활동 촉진에 관한 조례」 제17조에 따라 선정된 성장유망중소기업② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 해당하는 경우에는 유예대상에서 제외한다.1. 해당 법인에 대한 탈세정보가 포착된 경우2. 건설업으로 등록된 법인이 연간 도급가액 100억원 이상의 시공을 하는 경우3. 법인의 종업원 수가 50인을 초과하는 경우

제15조(중복조사 금지)① 동일한 납세자의 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 해서는 아니 되며, 조사시작 후에도 중복조사 사실이 확인되는 경우에는 즉시 조사를 철회하여야 한다. 다만, 법 제80조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.② 도지사가 세무조사계획을 수립할 때에는 중복조사를 방지하기 위하여 필요한 조치를 마련하여야 한다.③ 부분세무조사를 실시한 납세자에 대하여 전부세무조사를 실시하는 경우 부분세무조사를 받은 부분은 조사한 것으로 본다.

제17조(조사범위 확대의 제한)① 조사공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 세무조사가 진행되고 있는 중에 조사범위를 확대할 수 없다. 다만, 사전에 법 제76조제3항의 납세자보호관의 승인을 받은 경우에는 확대할 수 있다.1. 구체적인 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 다른 과세기간·세목 등과 관련되어 있어 이에 대한 조사가 필요한 경우2. 그 밖에 구체적인 세금탈루 혐의가 있어 세무조사의 범위를 확대할 필요가 있는 경우② 조사공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

제18조(조사방법) 세무조사는 조사대상자의 납세성실도 수준, 사업규모, 업종, 과세자료 분석내용 등을 고려하여 다음 각 호의 방법으로 실시할 수 있다.1. 직접조사를 하는 때에는 납세자가 비치, 기록하고 있는 장부 및 그와 관련된 증빙서류(전산조직으로 장부와 증빙서류를 작성하였을 때에는 전자기록을 포함한다. 이하 같다) 조사와 그 장부의 진실성 여부를 검증하기 위한 각종 현황조사, 거래처 또는 현장조사2. 서면조사를 하는 때에는 납세자가 신고하거나 제출한 서류에 의하여 지방세의 납부 또는 과세의 적정여부를 검증할 수 없는 경우에는 제1호의 조사방법을 준용3. 부분조사를 하는 때에 지방세원의 특정 항목·부분 또는 거래의 일부의 적정여부를 검증할 수 없는 경우에는 제1호의 조사방법을 준용

제20조(조사시간의 제한) 세무조사는 특별한 경우를 제외하고는 그 납세자의 일과시간 내에 실시하여야 한다. 다만, 납세자의 요구가 있거나 납세자의 동의를 얻은 경우에는 일과시간 외에도 세무조사를 실시할 수 있다.

제22조(조사기간 연장의 제한) 세무조사를 시작한 후 기한 내에 법 제84조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 도지사는 그 사유가 종료되는 날부터 20일 이내로 세무조사 기간을 연장할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니하고, 세무공무원은 납세자에 대하여 세무조사와 관련한 질문을 하거나 장부 등의 검사ㆍ조사 또는 그 제출을 요구할 수 없다.

제23조(수색, 압수 등의 금지)① 세무조사를 실시할 때에는 납세자의 주택 또는 사무실 등을 수색하거나 장부·서류 등을 압수·영치할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.1. 범칙행위가 행하여지는 것을 발견한 경우2. 비밀장부 등 범칙증거를 발견한 경우② 제1항 단서의 경우 조사공무원은 그 사실을 지체 없이 조사책임자에게 보고하고, 지방세 범칙사건조사로의 전환절차를 취하여야 한다.③ 제1항 단서에 따라 장부·서류 등을 압수·영치하려는 경우에는 별지 제1호 서식의 압수·영치증 및 별지 제2호서식의 압수·영치목록을 발급하여야 한다.

제24조(장부, 서류 등의 예치)① 특별세무조사를 실시하는 때에는 탈루혐의에 대한 증거서류 등을 확보하기 위하여 부득이한 경우 납세자의 동의를 얻어 장부·서류 등을 예치할 수 있다.② 제1항에 따라 장부·서류 등을 예치하려는 경우에는 별지 제3호서식의 예치증 및 별지 제4호서식의 예치목록을 내주어야 한다.③ 제1항에 따른 장부·서류 등의 예치는 조사목적에 필요한 최소한의 범위에서 실시하여야 한다.

제25조(조사권남용 조사공무원 등에 대한 조치) 도지사는 정당한 절차와 적법한 방법이 아닌 조사편의 등의 수단으로 조사권을 남용한 조사공무원과 조사책임자에 대하여는 재발방지를 위한 필요한 조치를 하여야 한다.

제27조(조사계획 수립)① 도지사는 업무량과 인력사정 등을 고려하여 연간 종합계획을 수립하여야 한다.② 도지사는 제1항에 따라 조사계획을 수립할 때에는 동일 납세자에게 중복조사를 하지 않도록 필요한 조치를 마련하여야 한다.

제28조(조사준비)① 조사공무원이 세무조사의 시작에 앞서 활용 가능한 다음 각 호의 자료를 분석, 검토하여 조사대상자에 대한 문제점과 중점조사 사항을 도출하는 조사방향을 설정함으로써 효율적인 조사가 될 수 있도록 하여야 한다.1. 신고납부 내용2. 전산분석 자료3. 행정기관 자료4. 그 밖의 정보 및 수집자료 등② 조사공무원은 준비조사에서 나타난 문제점을 도출하여 준비조사서를 작성하고 조사책임자에게 보고하여야 한다.③ 조사책임자는 효과적인 조사업무가 집행되도록 미리 조사방향을 설정하고 이를 구체적으로 조사공무원에게 제시하여야 한다.

제29조(부분조사의 실시)① 도지사는 납세자의 편의 및 조사의 효율성 등을 감안하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부분조사를 실시할 수 있다.1. 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우2. 조세채권의 확보 등을 위하여 특정 세목만을 긴급히 조사할 필요가 있는 경우3. 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우4. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에 대한 확인이 필요한 경우

제30조(조사지휘)① 모든 세무조사는 조사책임자의 지휘를 받아 실시한다.② 조사책임자가 장기간 조사지휘를 할 수 없는 사유가 있는 경우에는 그 직무를 대리하는 자가 조사책임자가 된다.

제32조(조사진행관리)① 조사공무원은 준비조사에서 도출된 문제점과 조사책임자의 지시사항에 대하여 빠짐없이 조사하고, 그 조사내용을 서면으로 보고하여야 한다.② 세무조사의 보고를 받은 조사책임자는 선정된 조사대상에 대한 조사가 누락되지 않도록 앞으로 조사할 사항과 새로운 문제점에 대하여 조사방향을 제시하여야 한다.③ 선정된 조사대상이 서면조사서 등 자료제출을 거부·기피하는 경우 법 제108조제1항에 따른 과태료를 부과하여야 한다.④ 조사공무원은 세무조사에서 적출된 모든 사항에 대하여 명확한 증거서류를 확보하고, 분쟁의 소지를 미리 예방하여야 한다.

제33조(조사의 종결)① 조사공무원은 세무조사를 종결하려는 경우에는 조사한 내용을 정리하여 조사책임자에게 조사결과를 보고하여야 한다.② 제1항에 따른 조사종결 보고를 받은 조사책임자는 그 내용을 검토하여 조사의 종결 여부를 결정하여야 한다.

제35조(과세정보 통보와 조사기법의 개발보급)① 조사과정에서 파악되는 각종 과세정보는 “과세자료처리대장”에 등재하고, 다른 지방자치단체와 관련된 과세자료 또는 국세와 관련된 자료는 그 지방자치단체의 장 또는 세무서장에게 지체 없이 통보하여야 한다.② 조사공무원은 조사과정에서 발견된 법령 및 제도상의 문제점이 시정될 수 있도록 도지사와 행정안전부장관에게 보고하여야 한다.③ 도지사는 조사기법을 개발하고 이를 보급하기 위하여 조사기법사례를 관리하여야 한다.

제36조(세무조사 명부 및 자료 관리)① 도지사는 세무조사 대상 법인의 현황·조사연혁 및 폐업사실 등을 작성·관리하여야 한다.② 조사공무원은 중복 세무조사 방지 및 업무 효율화를 위해서 다음 각 호를 표준지방세정보시스템에 입력하고 관리하여야 한다.1. 세무조사 대상자2. 세무조사 기간·내용·추징세액·추징사유·불복내용 등3. 납세자별, 세목별 세무조사 결과 대장 관리 등 그 밖에 필요한 업무③ 도지사는 세무조사 자료의 효율적인 관리를 위하여 표준지방세정보시스템을 최적화 상태로 유지하여야 한다.

제37조(조사공무원 행동수칙 등)① 법 제140조제2항에 따른 조사공무원의 증표는 도지사가 조사공무원별로 1매씩 발급하고, 퇴직·전출 등의 변동사유가 발생하는 경우에는 지체 없이 증표를 회수하여 파기하여야 한다.② 조사공무원은 별표의 조사공무원 행동수칙을 숙지하고 준수하여야 한다.

부칙 제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.제2조(다른 규칙의 개정) 제주특별자치도세 기본조례 시행규칙 일부를 다음과 같이 개정한다. 제2조제4호부터 제9호까지를 각각 삭제한다. 제14조부터 제25조까지를 각각 삭제한다. 별지 제11호서식부터 별지 제13호서식까지를 각각 삭제한다.제3조(다른 규칙과의 관계) 이 규칙 시행 당시 다른 규칙에서 종전의 「제주특별자치도세 기본조례 시행규칙」 또는 그 규정을 인용한 경우 이 규칙에 그에 해당하는 규정이 있을 때에는 이 규칙 또는 이 규칙의 해당 조항을 각각 인용한 것으로 본다.