세종특별자치시 세무조사 운영 규칙 (규칙, 세종특별자치시)
공포일: 20241230 / 시행일: 20241230

제2조(정의) 이 규칙에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. “세무조사”란 「지방세기본법」(이하 “법”이라 한다) 제140조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 질문하거나 그 자의 장부, 서류 또는 그 밖의 물건을 검사하는 행위를 말한다.2. “조사공무원”이란 세종특별자치시장(이하 “시장”이라 한다)으로부터 세무조사의 명령을 받은 공무원을 말한다.3. “조사책임자”란 세무조사 업무를 담당하는 부서의 장으로서 조사공무원을 직접 지휘ㆍ감독하는 사람을 말한다.4. “일반세무조사”란 법 제82조제1항에 따른 세무조사로서 특정 납세자에 대하여 지방세의 과세요건 성립 여부, 과세표준ㆍ세율의 적정 여부 또는 비과세ㆍ감면의 적정 여부 등을 검증하기 위하여 정기적으로 실시하는 세무조사를 말한다.5. “특별세무조사”란 법 제82조제2항에 따른 세무조사로서 지방세 탈세 방법의 다양화 등으로 일반세무조사의 방법으로는 세무조사의 효과를 기대하기 어려운 경우에 실시하는 세무조사를 말한다.6. “직접세무조사”란 납세자의 사무소, 공장, 사업장 또는 주소지 등에 출장하여 직접 해당 납세자 또는 납세자와 관련 있는 자에 대하여 실시하는 세무조사를 말한다.7. “서면세무조사”란 납세자가 신고하거나 제출한 장부, 서류 등을 대상으로 실시하는 세무조사를 말한다.8. “전부세무조사”란 법 제38조에 따른 부과의 제척기간이 지나지 아니한 해당 납세자에게 납부 의무가 발생한 모든 세목을 통합하여 실시하는 세무조사를 말한다.9. “부분세무조사”란 특정 세목, 부분 또는 거래에 대하여 실시하는 세무조사를 말한다.10. “전산분석”이란 시장이 보유ㆍ관리하고 있는 지방세 관련 전산자료와 지방세의 부과ㆍ징수를 위하여 수집하는 과세자료 등을 전자적 방법으로 분석하는 것을 말한다.

제3조(세무조사의 기본원칙) 세무조사는 다음 각 호의 원칙에 따라 성실하게 수행하여야 한다.1. 신의성실의 원칙: 세무조사는 신의에 따라 성실하게 실시하여야 한다.2. 근거과세의 원칙: 세무조사는 법인장부 등 객관적인 증거에 의하여 실시하여야 한다.3. 비례의 원칙: 세무조사는 세무조사의 목적 달성을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 실시하여야 한다.4. 납세자별 구분조사 원칙: 세무조사는 납세자의 신고 성실도 및 업종 등 납세자별 특성에 맞게 구분하여 실시하여야 한다.

제4조(세무조사의 관할)① 세무조사는 세종특별자치시 시세를 관할하는 시장이 수행한다.② 시장은 세무조사의 효율성 등을 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 다른 지방자치단체의 장에게 세무조사를 의뢰할 수 있다.

제5조(세무조사의 협조)① 법 제119조제1항에 따라 납세자의 주소지(본점 또는 주사무소의 소재지를 포함한다. 이하 같다)와 사업장(지점, 제조장, 직매장, 하치장 등을 포함한다. 이하 같다)이 납세지의 관할을 달리하여 다른 지방자치단체의 장의 협조가 필요한 경우 시장은 세무조사 시작 전 또는 세무조사 진행 중에 협조 사항을 구체적으로 기재하여 다른 지방자치단체의 장에게 협조를 요청할 수 있다.② 시장이 다른 지방자치단체의 장으로부터 협조 요청을 받은 경우에는 기간 내에 세무조사를 실시하고 그 결과를 회신하여야 한다.

제6조(일반세무조사 대상자의 선정)① 시장은 법 제82조제1항에 따라 지방세심의위원회의 심의를 거쳐 일반세무조사 대상자를 선정하여야 한다. 이 경우 법인명, 대표자명, 사업장 소재지 등의 정보를 표기하지 아니하여 그 심의 대상을 식별할 수 없도록 하여야 한다.② 시장은 납세자의 신고성실도, 재산취득 유형, 지방세 감면 규모, 업종, 사업 규모(자본금, 취득금액, 종업원 수를 말한다) 등을 고려하여 제1항에 따른 일반세무조사 대상자의 선정을 위한 세부적인 기준을 정할 수 있다. [전문개정, 2024. 12. 30.]

제7조(부분세무조사 대상자의 선정) 시장은 법 제84조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 납세자를 부분세무조사 대상자로 선정할 수 있다.[전문개정, 2024. 12. 30.]

제8조(영세ㆍ성실기업 등에 대한 세무조사 유예)① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 유예대상자 선정일 현재 지방세 체납액이 없는 경우에는 세무조사를 3년간 유예한다.1. 최근 5년 간 10억 원 미만의 부동산을 취득한 자2. 「세종특별자치시 성실납세자 등 지원에 관한 조례」 제4조에 따라 성실납세자로 선발된 자<개정, 2024. 10. 10.>3. 「세종특별자치시 기업의 지원 및 육성에 관한 조례」 제13조에 따른 우수기업인<신설, 2024. 12. 30.>4. 「중소기업기본법」 제2조제2항에 따른 소기업 및 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인. 다만, 최근 5년간 10억원 이상의 부동산을 취득한 소기업 및 소상공인은 제외한다.[제3호에서 이동, 2024. 12. 30.]5. 고용노동부장관이 인증한 고용창출 100대 우수기업 중 중소기업[제4호에서 이동, 2024. 12. 30.]② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 해당하는 경우에는 유예대상에서 제외한다.1. 해당 납세자에 대한 탈세정보가 포착된 경우2. 「건설산업기본법」 제9조에 따라 건설업의 등록을 한 법인의 연간 도급가액이 100억 원 이상인 경우3. 법인의 종업원 수가 50인을 초과하는 경우

제10조(부분세무조사의 실시)① 시장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부분세무조사를 실시할 수 있다.1. 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 탈세 혐의 등을 고려하여 특정 세목에 대한 세무조사가 필요가 있는 경우2. 조세채권의 확보 등을 위하여 특정 세목에 대한 긴급히 세무조사가 필요가 있는 경우3. 세무조사를 하면서 거래 상대방에 대한 거래 내용의 확인이 필요한 경우4. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에 대한 확인이 필요한 경우

제11조(중복 세무조사의 금지)① 동일한 납세자에게 부과된 같은 과세연도의 같은 세목에 대하여는 중복 조사를 하여서는 아니 되며, 조사 시작 후에도 중복 조사 사실이 확인되는 경우에는 즉시 조사를 철회하여야 한다. 다만, 법 제80조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.② 시장이 세무조사계획을 수립할 때에는 중복조사를 방지하기 위하여 필요한 조치를 마련하여야 한다.③ 부분세무조사를 실시한 납세자에 대하여 전부세무조사를 실시하는 경우 부분세무조사를 받은 부분은 전부세무조사 대상에서 제외한다.

제12조(세무조사 범위 확대의 제한)① 조사공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 세무조사 중에 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.1. 구체적인 탈세 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 다른 과세기간ㆍ세목 등과 관련되어 있어 이에 대한 조사가 필요한 경우2. 그 밖에 구체적인 탈세 혐의가 인정되어 시장이 세무조사의 범위를 확대할 필요가 있다고 인정하는 경우② 조사공무원이 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

제13조(세무조사 방식) 시장은 조사대상자의 선정 사유, 납세자의 사업현황, 과세정보, 납세이력, 납세자의 편의 등을 종합적으로 고려하여 다음 각 호의 구분에 따른 세무조사 방식을 결정한다. 다만, 조사의 효율성 등을 위하여 부득이한 경우에는 직접세무조사와 서면세무조사 방식을 병행하여 세무조사를 할 수 있다.1. 직접세무조사: 제2호 외의 경우2. 서면세무조사: 직접세무조사를 하지 않아도 세무조사의 목적 달성이 가능하다고 판단되는 경우 [전문개정, 2024. 12. 30.]

제14조(세무조사 장소) 세무조사는 납세자의 주소ㆍ거소ㆍ사무소 또는 사업장에서 실시한다. 다만, 서면세무조사 및 시장이 해당 납세자의 편의를 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제17조(세무조사 계획의 수립)① 시장은 세무조사 대상 세목ㆍ업종ㆍ규모ㆍ조사 난이도 및 조사공무원 현황 등을 고려하여 연간 세무조사 종합계획을 수립하여야 한다.② 시장은 제1항에 따라 조사계획을 수립할 때에는 동일한 납세자가 중복 세무조사를 받지 아니하도록 필요한 조치를 하여야 한다.

제18조(준비 조사)① 조사공무원은 효율적인 세무조사가 될 수 있도록 세무조사에 착수하기 전 다음 각 호의 자료를 수집ㆍ분석하는 등 준비 조사를 하여야 한다.1. 신고납부 내용2. 전산분석 자료3. 행정기관 자료4. 그 밖의 정보 및 수집자료 등② 조사공무원은 준비 조사 과정에서 발견된 문제점을 준비 조사서에 기재하여야 하고, 이를 조사책임자에게 보고하여야 한다.③ 조사책임자는 준비 조사서에 기재된 내용을 면밀히 검토한 후 조사공무원에게 구체적인 세무조사 범위를 지시하여야 한다.

제19조(세무조사의 시작 등)① 조사공무원이 세무조사를 시작할 때에는 신분을 증명하는 증표를 납세자 또는 관계인에게 제시하여야 하고, 납세자 권리 헌장을 교부하면서 그 요지를 직접 낭독하여야 하며, 조사 사유, 조사 기간, 법 제77조제2항에 따른 납세자보호관의 납세자 권리보호 업무에 관한 사항ㆍ절차 및 권리구제 절차 등을 설명하여야 한다. 다만, 서면세무조사의 경우에는 납세자 권리 헌장 등의 내용을 기재한 서면 통지로 대신할 수 있다.② 제1항에 따른 조사공무원의 신분을 증명하는 증표는 「지방세기본법 시행규칙」 제52조에 따른 세무공무원증으로 하되, 시장이 조사공무원별로 1매씩 발급하며, 퇴직ㆍ전출 등의 변동 사유가 발생하는 경우에는 지체 없이 증표를 회수하여 파기하여야 한다.③ 조사공무원은 별표에 따른 조사공무원 행동수칙을 숙지하고 준수하여야 한다.

제20조(세무조사의 진행 관리)① 조사공무원은 준비 조사 과정에서 발견된 문제점과 조사책임자의 지시 사항에 대하여 정확하게 조사하여야 하고, 조사기간 중 수시로 조사 내용에 대하여 조사책임자에게 서면으로 보고하여야 한다.② 조사책임자는 조사공무원의 보고 내용을 확인하고 조사의 적정 여부 및 조사가 누락되어 추가로 조사할 부분에 대하여 검토한 후 조사공무원에게 필요한 지시를 하여야 한다.③ 조사공무원은 세무조사 결과 확인된 사항에 대하여 증거 서류를 확보하여야 한다.

제21조(세무조사의 종결)① 조사공무원이 세무조사를 종결하려면 조사한 내용을 정리하여 조사책임자에게 세무조사 종결을 보고하여야 하고, 세무조사 종결을 보고받은 조사책임자는 그 내용을 검토하여 세무조사의 종결 여부를 결정하여야 한다.② 세무조사의 종결이 결정되면 조사공무원은 납세자 또는 납세관리인에게 세무조사 결과에 대하여 구체적으로 설명하여야 하고, 세무조사 결과에 대한 권리구제 방법을 상세히 알려주어야 한다.

제23조(과세정보의 통보 및 조사기법의 개발 보급)① 세무조사 과정에서 파악되는 각종 과세정보는 과세자료 처리대장에 등재하고, 다른 지방자치단체 또는 국세와 관련된 과세 자료는 그 지방자치단체의 장 또는 세무서장에게 지체 없이 통보하여야 한다.② 시장은 세무조사 과정에서 발견된 법령 또는 제도상의 문제점을 행정안전부장관에게 보고하여야 한다.

제24조(세무조사 명부 및 자료 관리)① 시장은 세무조사 대상 법인의 현황ㆍ조사연혁 및 폐업사실 등을 작성ㆍ관리하여야 한다.② 조사공무원은 중복 세무조사 방지 및 업무 효율화를 위해서 다음 각 호를 지방세통합정보통신망에 입력하고 관리하여야 한다.<개정, 2024. 12. 30.>1. 세무조사 대상자2. 세무조사 기간ㆍ내용ㆍ추징세액ㆍ추징사유ㆍ불복내용 등3. 납세자별ㆍ세목별 세무조사 결과를 작성ㆍ관리한 대장③ 시장은 세무조사 자료의 효율적인 관리를 위하여 지방세통합정보통신망을 최적화 상태로 유지하여야 한다.<개정, 2024. 12. 30.>

부 칙 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.부 칙 <규칙 제372호, 2024. 10. 10.> <법령, 자치법규 제명 인용 정비 등을 위한 세종특별자치시 14개 규칙의 일부개정에 관한 규칙> 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.부 칙 <규칙 제380호, 2024. 12. 30.> 제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.제2조(세무조사 방식에 관한 적용례) 제13조의 개정규정은 이 규칙 시행 이후 세무조사를 시작하는 경우부터 적용한다.