에너지기술개발사업 기술개발 평가관리지침 (예규, 기후에너지환경부)
공포일: 20260129 / 시행일: 20260129

제1조(목적) 이 지침은 「에너지기술개발사업 공통 운영요령」(이하 "공통운영요령" 이라 한다) 제48조에 따라 에너지기술개발사업 중 기술개발사업(이하 "사업")을 효율적으로 기획ㆍ평가ㆍ관리하는데 필요한 세부적인 기준과 방법을 정함을 목적으로 한다.

제2조(적용범위 등) ① 이 지침은 공통운영요령 제3조에 의한 사업 중 핵심ㆍ원천기술, 미래 유망기술, 상용화기술 등의 개발을 목적으로 기후에너지환경부장관(이하 "장관")이 추진하는 사업에 적용한다.② 장관은 제1항에 해당하는 사업 시행을 공고하는 때에는 해당 사업을 기획ㆍ평가ㆍ관리하는데 필요한 세부적인 사항에 대해서는 이 지침의 적용을 받는다는 사실을 명시하여야 한다.③ 장관은 이 지침을 적용하는 사업의 기획ㆍ평가ㆍ관리에 관한 사항은 이 지침에서 정한 기준과 절차에 따르도록 하되, 사업의 특성에 따라 필요한 경우 이 지침에서 정한 절차를 일부 생략할 수 있으며, 일부 절차를 생략한 경우 해당 절차에서 정한 추진체계를 구성하지 아니할 수 있다.④ 장관은 사업의 특성상 필요한 경우 이 지침에서 정하지 않는 절차를 추가하거나 변경할 수 있다. 이때, 추가 또는 변경하는 절차와 해당 절차를 시행하기 위한 필요한 기준과 방법 등은 해당 사업의 공고 시 명시한다.⑤ 제5조부터 제11조 이외에 지침에서 정하지 않은 추진체계는 공통운영요령을 따른다.

제3조(용어의 정의) ① 이 지침에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.1. "총괄주관연구개발기관"이라 함은 서로 연관되어 추진되는 2개 이상의 연구개발과제를 총괄하는 주관연구개발기관을 말한다.2. "총괄연구책임자"라 함은 서로 연관되어 추진되는 2개 이상의 연구개발과제를 총괄하는 주관연구개발기관에 소속되어 연구개발과제 전체를 관리하는 연구자를 말한다.3. "연구개발과제기획단"라 함은 공통운영요령 제8조의 프로그램 디렉터(이하 "PD"라 한다)가 없는 기술분야의 연구개발과제기획 등을 수행하는 기획단을 말한다. 이때, 관련 추진체계는 사업별 특성 또는 정책방향 등을 반영하여 다른 형태로 운영될 수 있다.4. "제재처분평가단"이라 함은 공통운영요령 제43조에 따라 제재처분을 전문적으로 검토ㆍ심의하는 평가단을 말한다.5. "협약"이라 함은 전체 연구개발기간에 대해 일괄로 체결하는 협약을 말하며, 사업 및 연구개발과제의 특성을 고려해 단계를 구분할 수 있다.6. "지정공모"라 함은 연구개발과제가 정책적으로 필요하다고 인정되는 경우 장관이 연구개발과제를 지정하되, 그 연구개발기관은 공모에 의하여 선정하는 방식을 말한다.7. "자유공모"라 함은 연구개발기관에 대하여 연구개발과제의 자유로운 신청을 허용하는 선정방식을 말한다.8. "정책지정"이라 함은 정책적으로 필요하다고 판단하여 연구개발과제와 그 연구개발기관을 장관이 지정하여 선정하는 방식을 말한다.9. "품목지정"이라 함은 장관이 품목을 지정하되 제시된 품목내에서 자유공모 방식으로 연구개발과제 및 연구개발기관을 선정하는 방식을 말한다.10. "선정평가"라 함은 신청받은 연구개발계획서에 대한 검토ㆍ심의 등을 거쳐 신규로 지원할 연구개발과제를 선정하기 위한 평가절차를 말한다.11. "진도점검"이라 함은 연구개발과제 수행현황 및 연구개발비 사용실태 등을 확인하기 위해 해당 연도 중간에 수행하는 점검절차를 말한다.12. "특별평가"라 함은 연구개발과제의 변경 및 중단 여부 등 기타 중요안건이 발생할 경우 해당사안을 결정하기 위한 평가절차를 말한다.13. "단계평가"라 함은 해당 단계 기술개발결과에 대해 단계보고서에 대한 검토ㆍ심의 등을 거쳐 계속 지원여부를 결정하는 평가절차를 말한다.14. "최종평가"라 함은 전체 연구개발기간의 기술개발결과에 대해 최종보고서에 대한 검토ㆍ심의 등을 거쳐 연구개발과제의 성공여부를 결정하는 평가절차를 말한다.15. "성과활용평가"라 함은 성과활용기간 동안 완료과제의 수행결과 활용현황, 파급효과 등에 대한 조사ㆍ분석 및 평가를 실시하는 것을 말한다.16. "신청과제"라 함은 선정평가를 받기 위하여 연구개발계획서를 전문기관에 제출한 연구개발과제를 말한다.17. "선정과제"라 함은 선정평가에 의해 지원대상으로 선정된 연구개발과제를 말한다.18. "계속과제"라 함은 단계평가 등을 통해 계속 수행하기로 확정된 연구개발과제를 말한다.19. "완료과제"라 함은 연구개발기간이 종료된 연구개발과제를 말한다.20. "총괄연구개발과제"라 함은 총괄주관연구개발기관이 사업의 총괄 목표 달성을 위해 연관된 연구개발과제들을 관리하는 연구개발과제를 말한다.21. "조기완료"라 함은 전체 연구개발기간 동안의 최종목표를 최종년도 이전에 달성하는 경우 또는 해당 단계 목표를 달성한 경우를 말한다.22. "종합평점"이라 함은 연구개발과제의 평가결과를 계량화한 종합점수를 말한다.23. "기지원"이라 함은 연구개발계획서에 제시된 기술개발의 목표 및 내용이 이미 지원 중이거나 지원이 확정된 다른 국가연구개발사업의 목표 및 내용과 전부 또는 일부가 동일한 경우를 말한다.24. "기개발"이라 함은 연구개발계획서에 제시된 기술개발의 목표 및 내용의 전부 또는 일부가 이미 국내의 업계 및 연구기관 등에서 개발된 경우를 말한다.25. "책임평가위원"이라 함은 선정된 연구개발과제가 당초 선정 취지와 같이 수행되는지를 전체 연구개발기간 동안 일관성을 가지고 평가 등의 업무를 수행하는 기술 및 사업화 전문가로 전문기관에서 지정한 평가위원을 말한다.26. "사전지원제외"라 함은 사전검토 단계에서 중복과제 여부, 참여제한 여부, 신청자격 등에 대한 검토시 결격 사유가 있어 "지원제외"로 분류되어 선정평가에 상정하지 않는 경우를 말한다.27. "심층검토자"라 함은 선정평가를 위해 제출된 연구개발계획서 등을 종합적으로 조사ㆍ분석하여 객관적인 검토결과를 연구개발과제평가단에 보고하는 자를 말한다.② 상기 제1항에서 정하는 용어 이외에는 공통운영요령에서 정하는 바에 따른다.

제5조(연구개발과제기획단) ① 공통운영요령 제8조의 PD가 위촉되지 않은 기술분야에 대해서는 별도의 연구개발과제기획단을 구성ㆍ운영하여 연구개발과제 발굴을 위한 사전 기획을 추진하게 할 수 있다.② 연구개발과제기획단은 산ㆍ학ㆍ연 전문가 10명 내외의 위원으로 구성한다.

제6조(연구개발과제평가단 등) ① 연구개발과제평가단은 사업의 추진과 관련하여 공통운영요령 제6조제1항 각 호의 사항을 심의한다.② 전문기관의 장은 다음의 기준에 따라 연구개발과제평가단을 구성한다. 단, 사업별 특성에 따라 별도의 평가계획을 수립한 경우 해당 기준에 따른다.1. 공통운영요령 제6조에 따라 평가 대상 분과(동시에 평가하는 연구개발과제의 묶음)별로 7명 내외로 구성함을 원칙으로 하되 연구개발과제별 또는 사업별 특성에 따라 평가위원을 추가로 구성할 수 있다.2. 연구개발과제평가단의 위원장은 연구개발과제평가단 개최 시 참석위원 중에서 호선한다.3. 간사는 전문기관의 담당연구원으로 한다.4. 연구개발과제평가단은 과제의 성격에 따라 통합조정할 수 있으며, 산학연 분야별로 적정하게 구성한다.5. 전문기관의 장은 이의신청에 따른 재심의를 위한 연구개발과제평가단을 운영할 경우 이의 신청자가 기존 평가위원에 대해 기피 신청을 하면 기존 평가위원을 제외하고 전원 새로운 평가위원으로 위촉ㆍ구성하여 운영함을 원칙으로 한다.③ 평가위원장은 참여제한 중인 자 등 평가절차에 참여하기 적절하지 않다고 판단되는 자의 배석을 금지하는 등 평가절차의 질서 유지와 공정한 운영을 위하여 필요한 조치를 취할 수 있다.

제7조(제재처분평가단) ① 장관은 공통운영요령 제42조의 제재 및 정부지원연구개발비 환수ㆍ관리 등에 관한 사항을 심의하기 위하여 전문기관으로 하여금 제재처분평가단을 구성ㆍ운영하게 할 수 있다.② 제재처분평가단은 국가연구개발혁신법(이하 "혁신법"이라 한다) 시행령 제27조제1항 전단에 따른 연구개발과제평가위원 후보단 위원, 전문기관의 담당부서장 등 7명 내외로 구성하고 공통운영요령 제42조 제1항 각호를 심의할 수 있다.③ 제재처분평가단은 공통운영요령 제42조 제1항 각 호의 사유가 발생한 사실을 인지한 때로부터 4개월 이내에 개최함을 원칙으로 한다. 다만, 수사기관의 결정, 법원의 판결 등 사실관계의 확인 등이 필요한 경우 예외로 할 수 있다.④ 전문기관의 장은 관련기관 및 관련자가 요청할 경우 소명기회를 부여할 수 있다.

제8조(전문기관) ① 전문기관은 사업의 추진과 관련하여 공통운영요령 제9조제1항 각 호의 업무를 대행한다.② 장관은 사업을 공고하는 때에는 해당사업의 전문기관을 명시하여야 하며, 공통운영요령 제9조제3항에 따라 전문기관의 업무 일부를 별도의 기관이나 단체가 대행하게 할 때에도 해당기관 또는 단체를 명시하여야 한다.

제9조(연구개발기관) ① 주관연구개발기관 및 공동연구개발기관의 자격, 권한 및 책임은 공통운영요령 제10조부터 제12조를 따른다.② 공동연구개발기관의 자격, 권한 및 책임은 주관연구개발기관과 같다.③ 연구개발기업은 공통운영요령 제23조에 따른 기관부담연구개발비를 부담하여야 하며, 전문기관의 장 또는 주관연구개발기관의 장과 기술실시계약을 체결한 때에는 실시기관의 권리ㆍ의무를 가진다.

제10조(실시기관) ① 해당연구개발과제의 기술개발결과를 실시하는 기업 등을 말하며, 실시기관의 권리ㆍ의무와 관계된 사항은 혁신법 제18조에 따라 체결하는 기술실시계약에서 정하는 바에 따른다.② 실시기관의 장은 기술실시계약이 정하는 바에 따라 주관연구개발기관의 장, 공동연구개발기관의 장 또는 전문기관의 장에게 정부납부기술료를 납부하여야 하며, 이 경우 정부납부기술료 납부 등에 관한 세부사항은 혁신법 시행령 제38조 및 관련 기술료 요령에 따른다.

제11조(연구책임자) ① 연구책임자의 자격은 공통운영요령 제13조제1항의 기준에 적합한 자로 한다.② 연구책임자는 공통운영요령 제13조제2항에 따른 권한과 책임을 가진다.③ 총괄연구책임자의 자격, 권한과 책임은 다음 각 호와 같다.1. 총괄연구책임자의 자격은 다음과 같다.가. 공통운영요령 제13조제1항의 기준에 적합한 자나. 총괄주관연구기관에 소속된 자로 해당 기술분야의 전문가로서 객관적이고 전문적으로 총괄관리ㆍ조정능력을 갖추고 연구개발과제관리를 전담할 수 있는 자2. 총괄연구책임자의 권한과 책임은 다음과 같다.가. 총괄연구책임자는 연구책임자의 권한과 책임을 가진다.나. 서로 연관되어 추진되는 연구개발과제별 추진상황 점검 및 조정다. 종합적인 기술개발 조정 및 감독 등

제12조(연구개발과제의 사전기획 및 절차) ① 기술수요조사를 실시하는 경우 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.1. 제안하는 기술의 개발 목표 및 내용2. 제안하는 기술의 기술개발 동향 및 파급효과② PD 및 연구개발과제기획단은 기술수요조사, 기술 및 시장 동향 등을 고려하여 기획대상 후보과제를 발굴한다. PD 및 연구개발과제기획단은 사전기획 과정에서 연구개발과제간의 연계나 유사 기술간 통합, 차별성 등을 적극적으로 검토하여, 전략적이고 통합적인 사전기획을 하여야 한다.③ PD 및 연구개발과제기획단은 제2항의 기획대상 후보과제 중에서 예산의 규모, 기술정책방향 등을 고려하여 기술분야별 기획대상 연구개발과제를 선정한다.④ PD 및 연구개발과제기획단은 제3항의 기획대상 연구개발과제에 대해 공통운영요령 제16조에 따른 사전기획을 실시한다. 안전관리형 과제의 경우, 6-7인 내외의 안전 전문가로 구성된 별도의 위원회를 통해 연구개발과제별 안전관리 사항 등을 심의한다.⑤ 제4항의 사전기획에 대한 검증과 우선순위 도출을 위한 절차는 다음 각 호와 같다.1. 전문기관의 장은 사전기획 수행기간 중 의견 수렴을 위해 인터넷 공시 또는 공청회 등을 실시할 수 있다.2. PD 및 연구개발과제기획단은 제1호에 따른 인터넷 공시 또는 공청회에서 제시된 의견 등을 사전기획 시 충실히 반영하여야 한다.3. PD 및 연구개발과제기획단은 사전기획 결과에 대한 국가지원의 필요성, 기술성, 경제성 등을 종합 고려하여 연구개발과제의 우선순위를 정한다.⑥ 장관은 사업별 심의위원회를 구성ㆍ운영하여 PD 및 연구개발과제기획단의 사전기획 결과 및 우선순위, 예산의 규모, 기술정책 방향 등을 종합적으로 고려하여 지원대상 연구개발과제를 심의ㆍ확정한다.⑦ 장관은 제6항의 사업별 심의위원회 개최 전에 사전조정회의를 개최하여 PD 및 연구개발과제기획단의 사전기획 결과 및 우선순위에 연구개발과제별 예산 배분(안) 등을 사전 검토하고 조정하게 할 수 있다.⑧ 장관은 사업별 특성에 따라 제1항부터 제7항에 해당하는 절차를 일부 생략하거나, 별도의 절차를 정해 사전기획을 실시할 수 있다.

제13조(시행계획의 수립 및 공고) ① 장관은 공통운영요령 제17조에 따라 시행계획을 수립하여 공고한다. 단, 정책지정 사업은 별도 공고 없이 정책적으로 필요한 경우 연구개발과제 및 연구자를 지정할 수 있다.② 지정공모 및 품목지정의 경우, 장관은 연구개발과제 또는 품목 기획을 실시하여 지원대상 연구개발과제 또는 품목을 확정하고 공통운영요령 제17조에 따라 사업별 시행계획을 수립하여 공고한다. 이때, 연구개발과제 또는 품목 기획 결과로 확정된 지원대상 연구개발과제의 제안요구서(RFP) 또는 품목을 포함하여야 한다.③ 장관은 기술혁신주체의 자유로운 연구개발과제 신청을 통해 우수 연구개발과제를 발굴하고 지원하기 위해 자유공모 사업을 추진할 수 있으며, 이 경우 공통운영요령 제17조에 따라 사업별 시행계획을 수립하여 공고하여야 한다.④ 장관은 사업별 시행계획을 홈페이지(통합정보시스템 등), 언론매체 등을 통해 30일 이상 공고하여야 한다. 다만, 에너지기술정책상 시급히 추진할 필요가 있는 경우는 그러하지 아니하다.⑤ 장관은 공고 할 때 공통운영요령 제17조제2항 각 호의 사항을 포함하여야 한다.⑥ 정부납부기술료 징수 연구개발과제의 경우 영리기관의 참여를 원칙으로 한다.⑦ 사업별로 신청서류 및 접수 방법(인터넷 접수, 방문접수 등)을 달리 정할 수 있으며, 그 구체적 접수 방법은 공고 할 때 안내한다.⑧ 신청기관은 공고된 내용에 따라 사업별로 정하는 접수 방법(인터넷 접수, 서류 접수 등)으로 연구개발과제를 접수하여야 한다.

제14조(선정평가 계획의 수립) 전문기관의 장은 신청 현황, 평가 일정, 평가 기준(감점 기준 포함), 평가 방법, 평가 지표, 연구개발과제평가단 운영 등 선정평가에 관한 전반적인 내용이 포함된 평가계획을 수립하여 장관에게 보고하여야 한다. 단, 사업별 특성에 따라 제13조의 사업별 시행계획으로 선정평가 계획을 갈음할 수 있다.

제15조(사전검토) ① 전문기관의 장은 신청기관의 장이 제출한 연구개발계획서 및 첨부 서류로 각 호 사항을 검토하며 세부적인 제출서류 및 신청자격 검토, 사전지원제외 대상 및 처리기준은 별표 2와 같다.1. 제출서류 검토2. 신청자격 검토가. 공고 내용과의 부합성나. 기개발ㆍ기지원 연구개발과제와의 차별성다. 의무사항 불이행 여부라. 참여제한 여부마. 채무불이행 및 부실위험 여부바. 참여연구자의 총인건비계상률 및 참여 연구개발과제수사. 기타 공고에서 정한 사전지원제외 대상 기준 및 신청자격 관련 사항 등② 전문기관의 장은 제1항 각 호의 검토를 위하여 신청기관의 장에게 필요시 제출 서류 이외의 관련 자료 제출을 요구할 수 있으며 현장검토, 대면(발표)검토 등을 실시할 수 있다.③ 제1항제2호나목의 경우 연구개발과제평가단에서 차별성 여부를 판단 할 수 있으며 일부 중복의 경우 해당 사항의 삭제 또는 변경을 조건으로 지원대상 연구개발과제로 할 수 있다.④ 장관 또는 전문기관의 장은 제1항제2호마목의 경우 접수마감일 이후 별표 2의 ‘2. 신청자격 검토’중 ‘⑤채무불이행 및 부실위험 여부’의 사전지원제외 기준에 해당하게 된 때에는 해당 연구개발과제의 선정을 취소할 수 있으며, 필요한 경우 연구개발과제평가단에서 제외 여부를 심의할 수 있다.⑤ 장관은 사업별 특성에 따라 별표 2의 ‘2. 신청자격 검토’ 중 ‘⑤채무불이행 및 부실위험 여부’의 일부 또는 전체에 대해 적용하지 않을 수 있다.⑥ 전문기관의 장은 평가계획에 따라 필요시 연구개발과제평가단 중 연구개발과제별 심층검토자를 지정할 수 있다. 이때 심층검토자는 연구개발계획서를 종합분석한 결과를 연구개발과제평가단에 보고하여야 한다.

제16조(감점 기준) ① 전문기관의 장은 신청기관의 장이 제출한 자료를 바탕으로 감점 대상인지를 확인한다.② 접수 마감일 현재 감점 유효기간이 경과하거나 그 사유가 소멸한 경우에는 적용하지 아니한다.③ 장관은 감점 기준을 아래 각 호와 같이 정하되, 감점 배점 및 적용 여부는 사업별 시행계획 공고시 별도로 정할 수 있다.1. 최근 3년 이내에 혁신법 제32조 제1항 제3호에 따른 사유로 제재처분을 받은 제재대상자(연구개발기관, 연구개발기관의 장, 연구자 등)가 새로운 연구개발과제를 신청하는 경우2. 최근 3년 이내에 정당한 사유 없이 연구개발과제 수행을 포기한 자(연구개발기관, 연구개발기관의 장, 연구자 등)가 새로운 연구개발과제를 신청하는 경우3. 접수마감일 현재 해당 연구개발기관 또는 소속 연구책임자가 혁신법 제32조제1항에 따른 제재부가금 또는 혁신법 제32조제3항에 따른 환수금의 전부 또는 일부의 납부 의무를 불이행하고 있는 경우

제17조(선정평가) ① 전문기관의 장은 신청 연구개발과제에 대한 평가를 위해 평가계획에 따라 연구개발과제평가단을 운영한다. 이때 연구개발과제평가단의 형태는 서면평가, 대면(발표)평가, 온라인평가, 현장평가 등의 형태로 할 수 있다.② 전문기관의 장은 연구개발과제평가단의 사전 서면검토 결과 확인이 필요한 사항에 대하여 추가자료를 요청 할 수 있으며 이 경우 신청기관의 장은 이에 응하여야 한다.③ PD는 특별한 사정이 없는 한 연구개발과제평가단에서 평가 전에 연구개발과제기획 의도를 설명해야 한다.④ 연구개발계획서의 발표는 특별한 사정이 없는 한 연구책임자가 하여야 한다.⑤ 연구개발과제의 평가점수는 위원별 점수 중 최고점수와 최저점수를 제외한 점수를 산술평균 하여 계산한 후, 제16조의 감점을 반영한다. 단, 평가결과 감점 요인이 조정된 경우는 조정된 사항을 반영한다.⑥ 위원장은 평가위원의 의견을 반영하여 종합평가표를 작성 또는 확인 한다.⑦ 전문기관의 장은 평가점수가 70점 이상인 연구개발과제는 "지원 가능 연구개발과제"로 분류하고 70점 미만인 연구개발과제는 "지원제외"로 분류한다. 평가점수가 동일한 경우 사업화 및 경제성, 기술성, 감점 항목 순으로 개별 항목 점수가 높은 연구개발과제를 우선 선정한다. 이때 사업별 특성 또는 평가계획에 따라 평가 절차 및 평가결과의 구분을 달리 정할 수 있다.⑧ 전문기관의 장은 사업별 특성에 따라 복수의 연구개발기관을 지원할 수 있다.

제18조(선정평가 결과의 보고) 전문기관의 장은 선정평가를 완료한 후 연구개발과제별 종합평가의견(평가위원별 평가점수 및 의견은 제외)을 포함한 평가 결과를 장관에게 보고하여야 한다.

제19조(사업별 심의위원회 심의ㆍ조정) 장관은 공통운영요령 제5조에 따라 전문기관의 장이 보고한 평가결과에 대해 사업별 심의위원회를 개최하여 조정ㆍ심의하고 평가 결과를 확정하여야 한다. 다만, 중앙행정기관의 장이 심의위원회의 심의를 거칠 필요가 없다고 인정한 경우에는 그러하지 아니하다.

제20조(선정과제 및 연구개발기관의 선정 확정) ① 장관은 기술개발사업의 예산규모, 기술정책방향, 선정평가 결과, 사업별 심의위원회 조정ㆍ심의 결과 등을 종합적으로 고려하여 연구개발과제 및 연구개발기관을 선정한다.② 장관은 전문기관의 장에게 연구개발과제 및 연구개발기관 선정결과를 통보한다.

제21조(선정평가 결과의 통보 및 이의신청) ① 전문기관의 장은 장관이 확정한 평가결과(평가단 명단, 종합평가의견(평가위원별 평가점수 및 의견은 제외)을 포함)을 연구개발기관의 장 및 연구책임자에게 통보하여야 하며, 연구개발과제별 선정된 연구개발기관은 국가과학기술지식정보서비스(NTIS)를 통해 공개할 수 있다.② 연구개발기관의 장 및 연구책임자는 통보받은 평가결과에 대해 이의가 있을 경우 평가결과를 통보 받은 날부터 10일(마지막 날이 토요일 또는「관공서의 공휴일에 관한 규정」에 따른 공휴일 및 대체공휴일, 「근로자의 날 제정에 관한 법률」에 따른 근로자의 날인 경우에는 그 다음날로 한다) 이내에 전문기관의 장에게 이의신청을 할 수 있다. 단 이의신청은 1회에 한하며 주관연구개발기관의 장은 공동연구개발기관의 장이 이의신청할 것을 요청하면 이에 응하여야 한다.③ 전문기관의 장은 제2항에 따른 이의신청이 접수되면 이의신청 내용의 타당성을 검토하여 원안 확정 또는 재심의 여부를 결정할 수 있다.④ 전문기관의 장은 제3항의 검토 결과에 따라 재심의를 실시할 경우 이의신청자가 기존 평가위원에 대해 기피 신청을 하면 제6조제2항제5호에 따라 전원 새로운 평가위원으로 구성함을 원칙으로 한다. 재심의로 인해 선정평가 결과가 변경된 경우 제17조부터 제21조제1항을 준용한다.⑤ 전문기관의 장은 선정 되지 않은 연구개발과제 또는 선정 통보 후 협약하지 않은 연구개발과제의 연구개발계획서와 선정평가 관련 서류들을 제1항의 통보일로부터 1년 동안 보관하되, 그 이후에는 폐기할 수 있다.

제23조(협약의 준비) ① 연구개발기관은 전문기관의 안내에 따라 협약서류를 작성한다. 이때, 전문기관의 장은 사업의 특성에 따라 협약서식의 내용을 조정할 수 있다.② 전문기관의 장은 기관부담연구개발비 중 현금을 부담하는 연구개발과제의 연구개발기관으로 하여금 해당연도 기관부담연구개발비 중 현금을 전문기관이 지정하는 계좌로 입금하도록 할 수 있다.③ 연구개발기관은 기관부담연구개발비 중 현금부담 금액을 연도별 연구개발기간 종료일 3개월 전까지 입금 완료해야 한다. 다만 연구개발기간이 6개월 미만인 연도의 경우, 전문기관의 장은 연구개발기관으로 하여금 해당연도 종료일 1개월 전까지 기관부담연구개발비 중 현금부담 금액을 입금하도록 할 수 있다.④ 연구개발기관의 장은 공통운영요령에 따라 중소기업 및 중견기업이 신규로 채용하는 연구자의 인건비를 현금으로 지급받고자 하는 경우 협약시 "신규인력 채용(예정) 확인서" 또는 연구개발계획서에 일자리 창출 계획을 작성하여 제출하여야 한다.⑤ 창업초기 중소기업(사업개시일로부터 협약기간 시작일까지 3년이 지나지 아니한 중소기업)의 경우에는 기존인력의 인건비를 현금으로 계상하고자 하는 경우에는 창업초기임을 증빙하는 서류를 제출하여야 한다.⑥ 전문기관의 장은 연구개발과제평가단에서 연구개발계획의 수정이나 보완을 요구한 사항이 있는 경우 주관연구개발기관의 장으로 하여금 이를 반영하여 연구개발계획서를 수정하거나 보완하게 하여야 한다. 단, 시급히 협약을 체결할 필요가 있는 경우 협약체결 시 정한 기한 내에 수정ㆍ보완된 연구개발계획서를 제출하게 할 수 있다.⑦ 전문기관의 장은 연구개발과제별 규모 등을 고려하여 연구개발비의 적정성 검토를 위해 연구비검증단을 운영할 수 있으며, 연구개발기관의 장은 연구비검증단의 검토 결과를 연구개발계획서에 반영하여야 한다.⑧ 전문기관의 장은 제6항에 따라 주관연구개발기관의 장이 수정 또는 보완한 연구개발계획서에 평가결과가 충분히 반영 되었는지 확인하고, 수정 또는 보완이 미흡한 경우 주관연구개발기관의 장에게 추가적인 수정ㆍ보완을 요구할 수 있다.

제24조(협약의 체결) ① 전문기관과 연구개발기관은 다음 각 호의 협약 방식 중 하나를 적용하여 일괄 협약을 체결한다.1. RCMS 적용 서면협약2. RCMS 비적용 서면협약3. RCMS 적용 전자협약4. RCMS 비적용 전자협약② 전문기관의 장은 주관연구개발기관의 장이 제출한 협약 서류 일체를 확인하고, 주관연구개발기관 및 공동연구개발기관의 장과 협약을 체결한다.③ 협약 체결이 완료되면 협약서를 전문기관 및 주관연구개발기관ㆍ공동연구개발기관에서 각각 1부씩 보관한다.④ 연구개발과제 및 연구개발기관 선정 후 협약을 체결하기 전에 연구개발계획의 주요내용을 변경할 필요가 있는 경우에는 제25조의 협약 변경 절차와 기준을 준용하되, 전문기관의 장은 관련 서류 검토 또는 연구개발과제평가단을 개최하여 해당 연구개발과제의 지원여부에 대해 재결정 할 수 있으며 선정을 취소 또는 철회하여야 할 사유가 발생한 경우에는 장관에게 보고하고 그 결과를 확정 받아야 한다.⑤ 선정과제의 연구개발기간 시작일은 특별한 사정이 없는 한 선정 결과를 통보한 월의 첫 날부터 협약체결일까지 중 어느 하루로 정할 수 있으며, 계속과제의 경우 차단계 연구개발기간 시작일은 전단계 종료일(전체 연구개발기간 연장 포함) 익일부터 기산한다.

제25조(협약의 변경) ① 전문기관의 장은 공통운영요령 제25조를 준용하여 협약의 변경사항을 처리한다.② 주관연구개발기관 장이 협약 변경 승인 신청시 제출하여야 하는 서류는 별표 3과 같다.③ 연구개발기관의 변경 등을 통해 해당 과제에 처음 참여하는 연구개발기관의 자격에 대해서는 제15조제1항을 적용한다.④ 연구개발기관이 변경되거나 기업 유형이 변경된 경우 협약 체결 당시 정한 비율을 따르는 것이 원칙이나 정부지원연구개발비 비율이 달리 적용되어야 하는 경우 또는 기관부담 연구개발비 비율이 달리 적용되어야 하는 경우에는 전문기관과 연구개발기관의 상호 협의 하에 다음 연도 연구개발기간부터 변경된 비율을 적용한다.⑤ 연구개발기간 연장의 경우 특별한 사유가 없는 한 연차별로 총 6개월을 초과할 수 없다. 다만, 주관연구개발기관의 요청이 있는 경우 특별평가위원회의 심의를 거쳐 타당성이 인정되는 경우 6개월을 초과하여 연구개발기간을 연장할 수 있다. 이 때, 안전관리형 과제는 공통운영요령 제2조제1항제38호에 따라 수립한 안전관리 계획과 그 이행현황을 심의에 반영하여야 한다.⑥ 연구책임자 또는 공동연구책임자의 변경은 사망, 이민, 퇴직, 연구개발과제와 무관한 부서로의 이동 및 요령 제13조제3항의 사유에 해당하는 경우에 한한다.⑦ 주관연구개발기관의 장 또는 공동연구개발기관의 장이 협약당사자 변경에 대한 승인을 요청할 때에는 변경 후의 기관이 변경 전 기관의 모든 권한과 책임(해당 사업에 출자한 현금 및 현물분 등)을 승계한다는 내용의 공증된 양도/양수계약서 사본을 전문기관의 장에게 제출하여야 한다. 다음단계에서 연구개발기관이 변경될 경우에도 동일하다. 단, 인수합병 등의 요인으로 인해 양도/양수계약서 작성이 불가능한 경우에는 종전 회사의 협약상 권리ㆍ의무 일체를 포괄적으로 승계하는 의사를 표현한 확인서 및 합병계약서, 합병에 관한 주주총회 의사록으로 갈음할 수 있다.

제26조(협약체결의 중지) ① 전문기관의 장은 선정과제의 협약을 체결하여야 하는 주관연구개발기관, 주관연구개발기관의 장, 공동연구개발기관, 공동연구개발기관의 장, 연구책임자 등이 정당한 사유 없이 다음의 하나에 해당하게 된 경우 협약의 체결을 중지할 수 있다. 다만, 제2호에 대해서는 시급히 협약을 체결할 필요가 있는 경우 협약체결 시 정한 기한 내에 수정ㆍ보완된 연구개발계획서를 제출하게 할 수 있다.1. 협약 체결 전에 연구개발과제 수행을 포기한 경우2. 평가결과를 연구개발계획서에 반영하지 아니하거나 보완요청을 이행하지 아니한 경우3. 기관부담연구개발비 중 현금을 입금하지 않은 경우4. 협약기한 이내에 협약에 필요한 서류를 제출하지 않은 경우5. 협약 대상 연구개발과제가 제15조제1항제2호의 다목 부터 사목 중 하나에 해당하는 경우6. 그 밖에 장관이 필요하다고 인정하는 경우② 제1항제2호부터 제6호 중 하나에 해당하는 자가 평가결과 통보일로부터 2개월 이내에 해당 사유가 해소된 때에는 협약체결 절차에 따라 협약을 체결한다.③ 전문기관의 장은 제2항의 기간 내에 제1항의 각 호의 사유가 해소되지 않거나 해소가 불가능한 연구개발과제는 "지원제외"로 처리한다.

제27조(협약의 해약) ① 전문기관의 장은 공통운영요령 제26조제1항 각 호 중 하나에 해당하는 경우에는 연구개발과제수행 도중에 협약을 해약 할 수 있다.② 연구개발과제의 단계평가 또는 특별평가 결과에 따라 연구개발과제의 중단이 확정된 경우 평가결과의 통보로써 협약 해약의 통지를 갈음한다.

제29조(진도점검) ① 전문기관의 장은 연구개발과제의 컨설팅, 연구개발비 사용 실태 등을 확인하기 위해 필요시 진도점검을 실시할 수 있다.② 전문기관의 장은 진도점검을 실시하기 위해 주관연구개발기관의 장에게 연차보고서 내용에 준하는 별도 요청 서식을 제출하게 할 수 있으며, 제출된 보고서 내용을 확인하기 위하여 연구개발기관에 대한 서면검토, 대면(발표)검토, 온라인검토 또는 현장검토를 실시할 수 있다.③ 전문기관의 장은 주관연구개발기관의 장이 정당한 사유 없이 보고서를 제출하지 않은 경우에는 문제과제로 처리할 수 있다.④ 전문기관의 장은 진도점검 결과를 연구개발계획서에 반영할 수 있으며, 연구개발과제평가단을 통한 검토ㆍ판단이 필요한 때에는 공통운영요령 제30조의4에 따라 특별평가를 개최하여 연구개발과제 변경ㆍ중단 등 필요한 조치를 취할 수 있다.⑤ 주관연구개발기관의 장은 해당 연도 연구개발기간 종료일의 1개월전까지 전문기관의 장에게 연차보고서를 제출하여야 하며, 전문기관의 장은 필요한 경우 연구개발비 지급 전 서면검토, 대면(발표)검토, 온라인검토 또는 현장검토를 실시할 수 있다.

제30조(단계평가) ① 주관연구개발기관의 장은 해당 단계 종료일 2개월 전까지 단계평가용 단계보고서를 전문기관의 장에게 제출하여야 한다. 이때 정당한 사유없이 단계보고서를 제출하지 않은 경우 전문기관의 장은 해당 연구개발과제를 문제과제로 처리할 수 있다.② 연구개발과제평가단은 제출된 단계보고서의 내용을 검토하여 당초 계획 대비 단계목표의 달성 여부와 차기단계 연구개발계획 등을 평가한다.③ 전문기관의 장은 주관연구개발기관의 장이 제출한 단계보고서에 대한 평가계획을 수립하고 장관에게 보고한다.④ 전문기관의 장은 단계보고서 내용의 확인을 위해 대면(발표)검토 또는 현장검토를 실시 할 수 있다.⑤ 연구개발과제별 평가점수는 위원별 점수 중 최고점수와 최저점수를 제외한 점수의 산술평균점수로 하며 단계평가 결과는 다음과 같이 구분한다.1. 우수 : 단계평가 결과 85점 이상인 연구개발과제2. 보통 : 단계평가 결과 70점 이상 85점 미만인 연구개발과제3. 미흡 : 단계평가 결과 60점 이상 70점 미만인 연구개발과제4. 극히 불량 : 단계평가 결과 60점 미만인 연구개발과제⑥ 연구개발과제평가단은 총괄주관연구개발기관이 주관하여 서로 연관되어 추진되는 연구개발과제의 경우, 총괄 또는 일부 연구개발과제가 해당 평가에서 중단되었을 때 나머지 연구개발과제의 계속여부를 연구개발내용 재분배를 포함하여 판단하고, 해당 평가기간 내에 판단이 곤란한 경우 제7항에 따라 평가를 다시 실시한다.⑦ 연구개발과제평가단을 통한 단계평가 시 이해관계, 불공정 논란, 추가자료 확인 필요 등을 사유로 연구개발과제 수행결과에 대한 평가가 곤란한 경우 1회에 한하여 2개월 이내에 평가를 다시 실시할 수 있다.⑧ 제5항에 따라 단계평가 결과가 우수, 보통, 미흡으로 분류된 과제의 경우 연구개발기관의 장은 단계평가 결과를 반영한 단계보고서를 단계종료일까지 제출해야 한다. 다만, 평가 결과 우수, 보통, 미흡으로 분류된 연구개발과제가 혁신법 제15조제1항1호부터 5호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하여 중단(조기완료를 포함한다) 또는 변경 등이 필요한 경우 공통운영요령 제30조의4에 따른 특별평가를 실시해야 한다.⑨ 전문기관의 장은 연구개발과제평가단으로 하여금 평가 결과 극히 불량으로 분류된 과제에 대해 사안에 따라 공통운영요령 제42조의 제재대상, 제재범위 및 연구개발비 환수 등을 구분하게 하고, 기술개발을 성실히 수행하였는지 여부와 귀책사유에 대한 의견 및 제재ㆍ환수 관련 규정에 의거한 조치사항의 범위를 검토하게 하여야한다. 공통운영요령 제43조의 제재처분평가단은 연구개발과제평가단의 의견을 검토하여 반영할 수 있다.⑩ 전문기관의 장은 단계평가 결과를 장관에게 보고 후 확정된 평가결과를 연구개발기관의장 및 연구책임자에게 통보한다.⑪ 단계평가결과에 대한 이의신청, 이의신청 처리기준 및 절차는 제21조제2항부터 제4항을 준용한다.⑫ 연구개발기관의장은 평가시 지적된 사항을 연구개발계획서에 반영하여야 한다.

제31조(최종평가) ① 주관연구개발기관의 장은 전체 연구개발기간 종료일로부터 60일 이내에 최종보고서를 전문기관의 장에게 제출하여야 한다. 이때 정당한 사유없이 단계보고서를 제출하지 않은 경우 전문기관의 장은 해당 연구개발과제를 문제과제로 처리할 수 있다.② 전문기관의 장은 최종보고서 내용의 확인을 위해 대면(발표)검토 또는 현장검토를 실시 할 수 있다.③ 연구개발과제평가단은 제출된 최종보고서의 내용을 검토하여 당초 계획 대비 최종목표의 달성 여부 및 사업화 가능성 등을 평가한다.④ 전문기관의 장은 평가대상 연구개발과제수를 고려하여 기술분야를 통합해 연구개발과제평가단을 운영할 수 있으며, 사업별 특성을 반영하여 평가 절차를 달리 정할 수 있다. 이때, 통합형 과제 등 서로 연관된 연구개발과제의 경우 종합적인 연구개발 결과 검토를 위해 최종평가를 함께 실시할 수 있다.⑤ 특별한 사정이 없는 한 연구책임자가 평가에서 연구개발과제의 추진실적 및 사업화 계획을 발표하며 평가위원은 연구책임자의 발표, 질의 응답, 현장검토 의견 등을 종합적으로 고려하여 평가지표에 따라 평가한다.⑥ 연구개발과제별 평가점수는 위원별 점수 중 최고점수와 최저점수를 제외한 점수의 산술평균점수로 하며 최종평가 결과는 다음과 같이 구분한다.1. 우수 : 최종평가 결과 85점 이상인 연구개발과제2. 보통 : 최종평가 결과 70점 이상 85점 미만인 연구개발과제3. 미흡 : 최종평가 결과 60점 이상 70점 미만인 연구개발과제4. 극히 불량 : 최종평가 결과 60점 미만인 연구개발과제⑦ 혁신도전형 과제의 최종평가 시 전문기관의 장은 목표 달성 여부 및 정도에 따른 등급 부여를 하지 아니하고 연구개발기관으로 하여금 산업적 파급력 등을 포함한 연구개발 결과를 공개행사에서 발표하게 하는 것으로 평가를 갈음할 수 있다.⑧ 전문기관의 장은 연구개발과제평가단으로 하여금 "극히 불량"으로 평가된 연구개발과제에 대해 사안에 따라 공통운영요령 별표 2의 제재여부, 제재대상 및 정부지원연구개발비 환수 등을 구분토록 하고 "극히 불량"의 귀책 사유에 대한 의견 및 제재ㆍ환수 관련 규정에 의거한 조치 사항의 범위를 정하도록 하여야 한다.⑨ 연구개발과제평가단을 통한 최종평가시 이해관계, 불공정 논란, 추가자료 확인 필요 등을 사유로 연구개발과제 수행결과에 대한 평가가 곤란한 경우 1회에 한하여 2개월 이내에 평가를 다시 실시할 수 있다.⑩ 전문기관의 장은 평가결과를 장관에게 보고 후 확정된 평가결과를 연구개발기관의 장 및 연구책임자에게 통보한다.⑪ 최종평가 결과에 대한 이의신청, 이의신청 처리기준 및 절차는 제21조제2항부터 제4항을 준용한다.

제32조(특별평가) ① 전문기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우 특별평가를 거쳐 해당 연구개발과제의 연구개발 목표, 연구책임자 등을 변경하거나 해당 연구개발과제를 중단할 수 있다. 이 경우 특별평가의 실시를 통보받은 연구개발기관은 특별평가의 실시 대상이 되는 연구개발과제에 대하여 그 결과가 확정되기 전까지 연구개발비를 추가적으로 집행해서는 안된다.1. 연구개발과제의 수행과정에서 혁신법 제31조제1항에 따른 국가연구개발사업 관련 부정행위가 발생한 경우2. 혁신법 제32조 및 제33조에 따라 연구책임자의 국가연구개발활동에 대한 참여제한이 확정된 경우3. 연구개발 환경이 변경되어 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 불필요하다고 판단되는 경우4. 연구개발기관 또는 연구책임자의 다음 각 목에 따른 요청을 장관이 인정한 경우가. 연구개발 환경이 변경되었거나 연구개발과제 목표를 조기에 달성하여 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 필요하지 아니하다고 판단되는 경우나. 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 불가능하다고 판단되는 경우5. 연구개발과제를 수행하는 연구자 또는 연구개발기관이 혁신법 또는 협약에 따른 의무를 이행하지 아니하거나 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 불가능하다고 인정되는 경우② 전문기관의 장은 제1항에 따른 특별평가를 실시할 경우 특별평가 대상 연구개발기관과 연구책임자에게 실시 시기와 사유, 소명 자료의 제출 시한, 특별평가에 따라 해당 연구개발과제가 변경되거나 중단될 수 있다는 사실 등을 미리 통보해야 한다.③ 연구개발과제평가단의 평가위원은 특별평가 사유에 맞게 성과목표 대비 달성도, 연구진행 정도, 연구수행과정 및 내용 등을 종합적으로 고려하여 연구개발과제를 평가ㆍ검토해야 한다.④ 전문기관의 장은 특별평가를 진행하기 전에 연구개발내용의 현장 확인이 필요한 경우 현장조사를 실시할 수 있으며, 특별평가의 평가위원을 대상으로 사전 자료 공유를 통한 예비검토를 실시할 수 있다.⑤ 특별평가 결과는 다음 각 호와 같이 분류한다.1. 계속지원2. 계속지원(변경)3. 조기완료4. 중단⑥ 전문기관의 장은 제5항에 따른 평가 결과 조기완료로 분류된 과제의 경우 제31조에 따라 최종평가를 실시한다. 다만, 제30조제8항 단서에 따라 단계평가 이후 특별평가를 실시하여 조기완료로 분류된 과제의 경우에는 해당 단계평가 결과를 제31조에 따른 최종평가 결과로 갈음하고, 연구개발기관 및 연구책임자에게 최종보고서를 제출하게 할 수 있다.⑦ 전문기관의 장은 제5항에 따른 평가 결과 중단으로 분류된 과제의 경우 제27조에 따른 협약해약 조치를 하고 최종평가를 실시해야 하며, 필요 시 제재처분 여부를 결정하기 위한 제재처분평가단을 구성ㆍ운영할 수 있다. 다만 제30조제8항 단서에 따라 단계평가 이후 특별평가를 실시하여 중단으로 분류된 과제의 경우에는 해당 단계평가의 평가 결과를 제31조에 따른 최종평가의 결과로 갈음할 수 있다.⑧ 전문기관의 장은 평가결과를 장관에게 보고 후 확정된 평가결과를 연구개발기관의 장 및 연구책임자에게 통보한다.⑨ 최종평가 결과에 대한 이의신청, 이의신청 처리기준 및 절차는 제21조제2항부터 제4항을 준용한다.⑩ 평가절차의 효율적인 추진을 위해 제30조에 따른 단계평가 또는 제31조에 따른 최종평가와 특별평가를 통합하여 운영할 수 있다.

제34조(정부납부기술료 징수 등) ① 정부납부기술료 징수 연구개발과제 중 특별ㆍ단계ㆍ최종평가에서 조기완료, 우수, 보통, 미흡으로 평가된 연구개발과제에 대해서는 정부납부기술료 징수 절차를 개시한다.② 동 지침에서 정하지 않은 정부납부기술료 관련 사항은 기술료요령을 적용한다.

제35조(기술개발결과의 공개) ① 전문기관의 장은 최종보고서를 관련 연구기관, 산업계, 학계, 국ㆍ공립도서관 등에 배포할 수 있다. 단, 전문기관의 장은 국가 보안유지 및 연구개발기관의 비공개 요청을 받고 정당한 사유가 인정되는 경우 해당기술개발 결과를 비공개 할 수 있다.② 전문기관의 장은 정부납부기술료 비징수 연구개발과제, 정부납부기술료 면제과제 및 정당한 사유 없이 정부납부기술료를 미납한 연구개발과제에 대하여 기술이전, 무상 공개 활용 등의 필요한 조치를 취할 수 있다.

제36조(기술개발결과 활용현황보고서 제출 및 보고) ① 특별평가, 단계평가 또는 최종평가시 "극히 불량", "중단" 연구개발과제 등 공통운영요령 제38조제1항에 의한 면제 대상을 제외한 연구개발기관의 장은 연구개발과제가 종료된 해의 다음 해부터 5년간 매년 2월 말일까지 전문기관이 활용하는 정보시스템에 기술개발결과 활용현황보고서(이하 "성과활용보고서"라 한다)를 제출하여야 한다. 이때, 사업별 특성에 따라 공동연구개발기관이나 실시기관 등이 제출할 수 있다.② 제1항에도 불구하고 장관은 사업별 특성 및 과학기술정보통신부의 국가연구개발사업 성과 조사, 분석 및 평가 일정에 따라 제출기간 및 제출 마감일을 조정할 수 있으며, 성과활용현황보고서 제출이 불필요하다고 인정되는 경우에는 이를 면제할 수 있다.③ 장관은 전문기관의 장으로 하여금 제1항에 따라 제출받은 성과활용보고서의 분석결과를 제출하게 할 수 있다.

제37조(성과활용평가) ① 전문기관의 장은 성과조사 등을 근거로 기술개발 종료 후 5년 이내 연구개발과제에 대해 일부 또는 전부를 대상으로 전문가 검토 등을 통해 연구결과 활용현황 및 파급효과 등에 대한 조사ㆍ분석 및 평가를 실시 할 수 있다. 이때, 전문기관의 장은 부도 및 폐업 등 연락이 되지 않는 경우에는 평가대상에서 제외할 수 있다.② 전문기관의 장은 제1항의 성과활용평가를 실시하기 위해 주관연구개발기관의 장에게 기지원한 연구개발과제의 성과에 관련된 자료를 요구하거나, 성과 검증 및 실패사유 분석 등을 위해 현장실태조사를 실시할 수 있으며, 주관연구개발기관의 장은 이에 응하여야 한다.

제38조(문제과제의 처리 등) ① 전문기관의 장은 공통운영요령 제30조의4에 의거하여 연구개발과제 수행 도중이라도 연구개발기관의 갑작스러운 경영악화, 수행 지연, 공통운영요령 제26조의 협약 해약 사유가 발생하였거나 발생할 것으로 의심되는 사유가 발견되는 경우 등에는 연구개발과제 중단 여부 또는 기타 추가적 조치를 취하기 위하여 특별평가(필요시 현장조사 포함)를 개최할 수 있다. 또한 연구개발기간이 종료된 후 종전 연구개발과제 평가 과정에서 발견되지 아니한 공통운영요령 제26조제1항 각 호의 사유가 의심되는 경우에는 공통운영요령 제30조의7에 따라 사후점검을 실시할 수 있다.② 제1항에 의한 현장조사 또는 평가는 단계평가 또는 최종평가 절차를 준용한다.③ 전문기관의 장은 문제과제에 대한 현장조사 또는 평가시 연구개발과제 수행의 성실성 정도, 규정 또는 협약 위반의 고의 유무 등을 검토하여 참여제한 또는 제재부가금 등의 처리 시 참고할 수 있다.④ 장관은 각종 이행사항 위배, "극히 불량" 등의 연구개발과제에 대하여 공통운영요령 제42조에 따라 세부적인 제재여부 및 제재대상을 제재처분평가단에서 결정하고 필요한 조치를 하여야 한다.⑤ 주관연구개발기관의 장은 제재처분평가단 결과에 이의가 있을 경우 혁신법 제33조의 이의신청 기준 및 절차에 따른다. 이때, 전문기관의 장은 제재처분평가단 심의 사항 이외의 사항(평가결과 등)에 대한 이의신청은 반려할 수 있다.⑥ 전문기관의 장은 부도ㆍ폐업의 사유로 정부납부기술료, 정산ㆍ환수금을 미납한 경우 선 조치를 취하고, 제재처분평가단에 보고하여 조치 결과를 확정할 수 있다. 단, 선 조치 후 4개월 이내에 제재처분평가단에 보고하여야 한다.⑦ 전문기관의 장이 긴급히 조치가 필요하다고 판단할 때에는 연구개발비 집행중지 등의 선 조치를 취할 수 있다.⑧ 장관은 공통운영요령 제42조에 따라 참여제한을 결정할 때에는 지체 없이 해당기관의 장, 다른 관계 중앙행정기관의 장에게 그 사실을 통보하여야 한다. 또한 공통운영요령 제42조 제4항의 사항에 대하여는 공통운영요령 제42조 제11항에 따라 제재처분의 내용을 통합정보시스템에 공개하여야 한다.⑨ 주관연구개발기관 및 공동연구개발기관에 대한 참여제한은 귀책사유에 따라 부설기관(연구소)단위로 참여를 제한할 수 있다.

제39조(정부납부기술료, 회수금, 환수금의 환수 절차 등) ① 정부지원연구개발비 환수통보를 받은 연구개발기관의 장은 통보일로부터 1개월 이내에 현금을 전문기관의 장에게 납부하여야 한다.② RCMS 적용 대상 연구개발과제의 경우, 전문기관의 장은 정부지원연구개발비 지분의 잔액을 우선적으로 회수조치 하며, 연구개발과제의 회수금액에 대해서는 추가적으로 회수조치를 실시해야 한다.③ 전문기관의 장은 정부지원연구개발비 환수 시 정산, 또는 제재처분 과정 중 해당 금액을 복원(반환)한 경우 환수한 것으로 갈음할 수 있다.④ 전문기관의 장은 미납 정부납부기술료, 환수금의 환수를 위하여 채권추심업체에 의뢰하는 경우, 추심 환수금에서 추심비용을 계상하여 지급할 수 있다.⑤ 정부납부기술료 미납과제는 해당금액 중 기 납부한 금액을 제외한 금액을 환수한다.⑥ 전문기관의 장은 다음 각 호와 같은 사유로 환수가 사실상 어려운 것으로 판단되는 때에는 현장정밀실태조사(또는 재산 조사) 또는 제재처분평가단의 심의를 거쳐 법적조치를 중단 할 수 있다.1. 환수 대상 귀책대상기관의 부도, 폐업, 파산 및 이에 준하는 상황이 인정되는 경우2. 환수 대상 귀책대상기관의 화재, 천재지변 기타 이에 준하는 사유로 인하여 변제 자력을 상실한 경우⑦ 전문기관의 장은 제6항에 따라 법적조치가 중단된 기관에 대해서는 매년 기업신용조사 등 영업활동 개시 또는 자력 회복 여부를 확인하여야 한다.⑧ 전문기관의 장은 법적조치 결과 해당업체의 경영악화(기업 신용도 조사결과 열위 또는 불량인 경우) 등으로 인해 정부납부기술료, 회수금, 환수금, 제재부가금의 납부가 곤란한 경우에는 기술료요령 및 공통운영요령 제32조의2에 따라 처리하되, 아래의 세부 기준에 따라 정부지원연구개발비의 분할 납부 및 납부기한을 연장할 수 있다.1. 지급명령 확정일 또는 화해권고가 결정된 납부계획일로부터 2년 이내로 하며, 납부계획 승인일정에 맞추어 성실히 납부하는 경우 지연손해금(이자금액)을 가산하지 않을 수 있다.2. 다만, 정당한 사유 없이 납부계획일에 납부하지 않는 경우 납부계획승인 시 가산하지 아니한 지연손해금을 해당 납부일로부터 기산한 금원을 포함하여 강제집행을 실시할 수 있다.3. 강제집행 결과 압류가 대비 채권액이 높을 경우에서 2년 이내에서 분할 납부 및 납부기한을 연장할 수 있다.⑨ 기업신용도 평가결과는 기업신용평가기관의 기업신용도 평가결과를 준용하며, 아래 표의 기준에 따른다.<img id="162242683"></img>⑩ 전문기관의장은 미납정부납부기술료 등의 환수를 위하여 법적조치를 취할 수 있다.

제40조(제재부가금 및 환수금의 관리사용) ① 전문기관의 장은 연구개발사업의 제재부가금 및 환수금을 효율적으로 관리하기 위하여 별도의 관리계좌를 설치해야 하며, 동 계좌는 전문기관을 예금주로 하여 또는 금융기관에 개설(변경, 해약)해야 한다.② 전문기관의 장은 제재부가금 및 환수금의 수입ㆍ지출 등 관리계좌의 운영현황을 관리하여야 하며, 장관의 요청이 있을 경우 이를 제출해야 한다.③ 전문기관의 장은 장관의 허가를 득하지 의하지 아니하고는 관리계좌에서 인출 및 지출할 수 없다. 다만, 기획평가관리사업비에 반영되지 않은 재산조사, 채권추심, 소송 등에 소요되는 비용은 제외한다.④ 장관의 지출의뢰에 의하여 인출 및 지출한 경우 또는 재산조사 등에 인출 및 지출한 경우 증빙서 사본을 첨부하여 장관에게 보고해야 한다.⑤ 전문기관의 장은 제재부가금 및 환수금 납부액 실적을 매 분기 말까지 장관에게 보고하고, 국고에 납입해야 한다. 제재부가금 및 환수금 납부액 실적에 변경 사항이 발생한 경우에는 장관에게 추가하여 보고한다.

제41조(제재부가금 또는 환수금의 감면 및 유예) ① 전문기관의 장은 혁신법 시행령 제63조제2항에 따라 제재부가금 또는 환수금을 통보받은 납부의무자에게 불가피한 사유가 있어 제재부가금 또는 환수금 전액을 일시에 납부하기 어렵다고 인정하는 경우에는 제재부가금 또는 환수금을 분할하여 납부하게 하거나 납부기한을 연장할 수 있으며, 지급이행보증보험증권 등으로 납부하도록 할 수 있다.② 전문기관의 장은 제재부가금 또는 환수금을 통보받은 납부의무자가 부도, 폐업, 법정관리 또는 이에 준하는 상황으로 제재부가금 또는 환수금 납부가 불가능할 경우에는 제재처분평가단의 심의를 거쳐 5년의 범위 내에서 기간을 정하여 징수절차를 중지할 수 있다.③ 전문기관의 장은 제2항에 따른 조치를 받은 납부의무자가 징수절차 중지 기간 중 제재부가금 또는 환수금 납부가 가능해진 경우에는 즉시 이를 징수해야 한다. 다만, 징수절차 중지 기간 경과 후에도 제재부가금 또는 환수금 징수가 불가능한 경우에는 별도의 위원회를 거치지 않고 이를 감면할 수 있다.

제42조(환수금 또는 제재부가금 미납시 조치) ① 전문기관의 장은 제재부가금 또는 연구개발비환수를 통보받은 납부의무자가 처분의 통보를 받은 날부터 30일 이내에 제재부가금 또는 환수금을 납부하지 않을 경우에는 납부기한이 지난 후 15일 이내에 독촉장을 발급하여 납부의무자에게 송부해야 한다.② 전문기관의 장은 제1항에 따른 납부 독촉에도 불구하고 납부의무자가 지정된 기한 내 납부하지 않을 시 재산조사를 실시하여 소유재산이 있는 경우에는 국세 강제징수의 예에 따라 징수하고, 소유재산이 없는 경우에는 제41조제2항을 준용한다.

제43조(행정행위 등) ① 극히 불량 등에 따른 환수 대상액 및 정산 잔액, 미납 정부납부기술료에 대한 납부를 계속 불응하는 기관에 대하여는 타 정책자금의 지원 제한, 해당기관의 공개 및 기타 행정행위에 의한 제재조치를 취할 수 있다.② 참여제한 및 환수에 대해 지침에 명시되지 않은 기타의 경우는 연구개발과제평가단 또는 제재처분평가단에서 정하는 바에 따른다.③ 전문기관의 장은 연구개발기관의 규정 위반 또는 협약 위배 등의 행위가 범죄 행위에 해당된다고 판단하는 때에는 수사기관에 수사 의뢰, 형사 고소 등의 조치를 취할 수 있다.

제44조(사업의 홍보) ① 연구개발기관의 장은 동 사업으로 개발 중이거나 개발한 내용을 외부에 발표할 때에는 반드시 기후에너지환경부 지원 사업으로 수행한 것임을 밝혀야 하며, 특히, 논문 발표 시 부처명(기후에너지환경부) 및 연구개발과제명(연구개발과제번호 등)을 기재하여야 한다.② 전문기관의 장은 동 사업에 대한 지원내용과 기술개발결과 등을 적극적으로 홍보하여야 한다.

제47조(재검토기한) 기후에너지환경부장관은 이 고시에 대하여 2026년 1월 1일을 기준으로 매3년이 되는 시점(매 3년째의 12월 31일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.