국토교통 보조사업 관리규정 (훈령, 국토교통부)
공포일: 20250708 / 시행일: 20250708

제1조(목적) 이 규정은 국토교통부 소관의 「보조금 관리에 관한 법률」에 따른 보조사업 및 보조사업자의 선정, 집행, 사후관리 등에 관하여 필요한 사항을 규정함으로써 보조금의 중복ㆍ부정 수급을 방지하고 보조금 관리의 효율성ㆍ투명성ㆍ책임성을 제고함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 지침에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. ‘보조금’ 이란 국가 외의 자가 행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위해 교부하는 보조금, 부담금, 기타 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금을 말한다.2. ‘보조사업’이란 보조금의 지원대상이 되는 사무 또는 사업을 말한다.3. ‘보조사업자’란 보조사업을 수행하는 자를 말한다.4. ‘간접보조금’이란 국가 외의 자가 보조금을 재원의 전부 또는 일부로 하여 상당한 반대급부를 받지 아니하고 그 보조금의 교부 목적에 따라 다시 교부하는 급부금을 말한다.5. ‘간접보조사업’이란 간접보조금의 대상이 되는 사무 또는 사업을 말한다.6. ‘간접보조사업자’란 간접보조사업을 수행하는 자를 말한다.7. ‘보조금수령자’란 보조사업자 또는 간접보조사업자로부터 보조금 또는 간접보조금을 지급받은 자를 말한다.8. ‘부정수급’이란 「보조금의 관리에 관한 법률」(이하 "보조금법"이라 한다) 제30조에 따라 거짓신청이나 부정한 방법으로 보조금을 교부받은 경우, 보조금을 다른 용도에 사용한 경우, 법령 및 보조금 교부결정의 내용 또는 법령에 따른 국토교통부장관의 처분을 위반한 경우를 말한다.9. ‘별도계정’이란 보조금법 제34조에 따라 보조금 또는 간접보조금과 관련된 수입과 지출을 명백히 구분하여 회계처리하는 단위를 말한다.10. ‘중요재산’이란 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조금 또는 간접보조금으로 취득하거나 그 효용이 증가된 것으로 보조금법 시행령 제15조제1항에 따른 재산을 말한다.11. ‘정산’이란 보조금법 제27조제2항에 따라 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조사업 또는 간접보조사업에 든 경비를 재원별로 명백히 계산하는 것을 말한다.12. ‘보조금관리위원회’란 보조금법 제15조의2조에 따라 기획재정부에 설치된 위원회를 말한다.13. ‘보조사업부서’란 보조사업을 담당하는 부서를 말한다.14. ‘보조금시스템’이란 「보조금법」 제26조의2에 따라 구축된 보조금통합관리망을 말한다.

제3조(적용범위 등) ① 이 규정은 국토교통부 소관 사업으로서 보조금법 제2조제1호의 보조금 및 제2조제4호의 간접보조금을 교부받아 수행하는 보조사업 또는 간접보조사업에 대해 적용한다.② 제1항에 따른 보조금 중 부담금과 급부금의 사용ㆍ관리 등에 대하여 다른 법령에서 별도로 정하는 바가 있는 경우 그 법령을 우선하여 적용한다.

제4조(보조사업 관련자의 의무) ① 보조사업 선정 및 보조금 집행의 효율성과 투명성을 제고하기 위하여 재정담당관, 보조사업부서, 보조사업자, 간접보조사업자 및 보조금 수령자는 이 규정에서 정한 의무를 충실히 이행하여야 한다.② 재정담당관의 의무는 다음 각 호와 같다.1. 신규보조사업에 대한 적격성 심사 등 보조사업의 타당성과 관리체계에 관한 사전검토2. 부정수급 실태점검 총괄 및 유사중복사업 통폐합계획 수립 및 수행3. 국토교통부 소관 보조사업을 원활하게 수행하기 위한 국토교통 보조사업 관리규정의 제ㆍ개정③ 보조사업부서의 의무는 다음 각 호와 같다.1. 보조사업자의 선정의 합리성과 투명성 확보를 위한 선정기준 마련 및 공모제도 운영2. 보조사업 집행의 투명성과 효율성을 강화하기 위한 집행점검, 보조사업자의 실적보고서 제출 등에 대한 관리ㆍ감독2의2. 보조금 부정수급 대응 및 방지를 위한 제재부가금, 보조사업 수행 제한 및 신고포상금 제도 등 운영3. 제1호, 제2호 및 제2호의2의 주요 안건을 심의할 수 있는 보조사업자선정위원회, 보조사업점검평가단, 부정수급심의위원회 등의 위원회 구성 및 운영4. 총사업비 또는 중기재정계획상 100억 원 이상 보조사업에 대하여 해당 보조사업을 원활하게 수행하기 위한 보조사업 관리지침 마련④ 보조사업자 또는 간접보조사업자의 의무는 다음 각 호와 같다.1. 적법한 방법 및 절차를 통해 교부신청서와 사업계획서 등을 작성하여 제출2. 보조사업 집행점검시 보조사업 수행사항을 국토교통부장관 또는 보조사업자에게 보고3. 사업 완료시 보조사업실적보고서 제출, 중요재산에 대한 관리4. 간접보조사업자 또는 보조금 수령자 등에게 보조금을 재교부하는 경우 보조금 법령 등의 규정 준수여부에 대한 관리ㆍ감독 등⑤ 보조금수령자는 보조금 관리에 관한 법령, 보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 국토교통부장관의 처분에 따라 적법한 방법과 절차를 통해 보조금을 수령하여 보조금의 지급 목적에 적합하게 사용하여야 한다.⑥ 재정담당관, 보조사업부서, 보조사업자 및 간접보조사업자는 개인정보처리자로서, 「개인정보 보호법」제28조에 따라 개인정보취급자에게 적절한 관리ㆍ감독을 하고, 정기적으로 교육을 실시하는 등 관련 법령에서 정하는 사항을 준수하여야 한다.

제5조(위원회의 구성) ① 보조사업에 대한 중요사항을 결정하고 보조사업의 선정, 집행, 부정수급을 관리하기 위하여 국토교통부에 국토교통 국고보조사업 관리위원회(이하 ‘위원회’라 한다)를 둔다.② 위원회는 위원장 및 부위원장 각 1명을 포함하여 15명 이내의 위원으로 구성한다.③ 위원장은 기획조정실장이 되며, 부위원장은 정책기획관으로 하고 위원은 다음 각 호의 사람으로 한다.1. 보조사업을 담당하는 부서의 과장2. 다음 각 호의 사람 중 위원장이 위촉하는 사람 : 3명 이상가. 보조금 관리에 관한 전문지식이 있는 조교수 이상의 대학교수나. 박사학위 소지자로서 보조금에 관한 전문지식이 있는 정부출연기관 소속 직원다. 5년 이상의 실무경험이 있는 변호사ㆍ공인회계사ㆍ세무사 및 금융업무 전문가라. 보조금 운영 및 관리 경험이 있는 시민단체 및 사업자 단체 대표 등마. 그 밖에 보조금 운영ㆍ관리체계에 관한 전문지식과 경험이 풍부한 사람④ 제2항제2호에 따른 위원의 임기는 2년으로 하며, 연임할 수 있다.⑤ 위원회는 간사 1인을 두며, 간사는 재정담당관이 된다.⑥ 간사는 위원장의 직무를 보좌하며, 위원회에 상정되는 안건에 대한 사전검토 등을 수행한다.

제6조(위원회의 운영) ① 위원회 회의는 분기에 1회 개최한다. 다만 위원장이 필요하다고 인정하는 때에도 개최할 수 있다.② 위원회에서는 다음 각 호의 사항에 대하여 심의한다.1. 국토교통 보조사업 관리규정의 제ㆍ개정에 관한 사항2. 적격성 심사 및 주요 보조사업의 보조사업자 선정 관련 사항3. 보조사업 집행점검평가에 관한 사항4. 보조금 부정수급 방지대책 관련 사항5. 유사ㆍ중복사업의 통폐합과 관련된 사항6. 기타 위원장이 위원회의 심의가 필요하다고 인정하여 회의에 부치는 사항③ 회의는 재적위원의 과반수의 출석으로 개의하고, 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다.④ 회의는 긴급히 의결할 경우가 있는 등 부득이한 경우에는 서면으로 대체할 수 있다.

제7조(보조사업의 선정기준) 국토교통부장관은 보조사업을 신규로 선정하거나, 사업의 계속 여부를 검토할 때는 다음 각 호의 사항을 면밀히 검토하여야 한다. 이에 따른 세부내용은 별표 1과 같다.1. 사업의 타당성: 사업목적의 타당성, 사업내용의 명확성과 구체성, 유사중복여부, 재정지원 규모의 적정성2. 사업관리체계: 보조사업자 선정계획의 타당성과 적절성, 부적정 지출에 대한 대응체계, 수혜자의 명확성과 적절성, 사후평가계획

제7조의2(보조사업 적격성심사) ① 보조사업부서는 총사업비 또는 중기사업계획서에 따른 재정지출금액 중 보조금 규모가 100억원 이상인 보조사업을 신규로 선정하고자 할 경우 기획재정부장관의 적격성심사를 거쳐야 한다.② 제1항에도 불구하고 심사대상사업이 보조금관리위원회에서 정한 심사면제 대상에 해당하는 경우에는 적격심사를 면제할 수 있다.1. 삭제2. 삭제3. 삭제4. 삭제5. 삭제③ 제1항에 따른 보조사업부서는 익년도 보조금 예산 요구전에 해당 사업에 대한 적격심사 자료를 작성하여 3월 15일까지 재정담당관실에 제출하여야 하며, 재정담당관은 제출받은 적격성심사 자료를 3월말까지 보조금관리위원회에 제출하여야 한다.④ 재정담당관은 보조금법 제6조제3항에 따라 보조금 예산을 요구할 때에는 예산계상 신청 내용 및 조정내용과 함께 보조금관리위원회 심의를 거친 적격성심사결과를 기획재정부장관에게 제출하여야 한다.⑤ 보조사업 적격성심사의 구체적인 수행체계 및 분석방법 등은 기획재정부에서 통보하는 해당연도의「신규 보조사업 적격성 심사기준」을 따른다.

제8조(보조사업의 시행 공고) 재정담당관은 별지 제1호서식에 따른 보조사업 총괄표와 세부사업계획을 해당 보조사업을 시행하는 회계연도의 3월31일까지 보조금시스템 및 홈페이지에 30일이상 공시하여야 한다.

제9조(보조사업자 선정기준) ① 보조사업부서는 보조사업자를 선정할 때에는 보조금법 제17조제1항 및 별표 2에 따른 해당 보조사업자의 재무안정성, 자부담 능력, 계속기업으로서의 존속능력, 사업 수행과 관련한 법령 위반 이력, 사업능력, 사업관리체계의 적정성, 중복ㆍ편중지원 여부 등을 면밀하게 검토하여야 한다.② 보조사업부서는 같은 보조사업자에게 보조금을 2회 이상 지원하는 경우 보조사업 평가결과, 해당 보조사업자의 수행실적 평가 결과 및 보조사업실적보고서 등을 검토하여 지원여부를 결정하여야 한다. 이 경우 지원은 3회를 초과할 수 없다.③ 제2항에도 불구하고 해당 보조사업 또는 보조사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보조금을 계속 지원할 수 있다.1. 법령 등에 따라 보조사업자 및 간접보조사업자(이하 ‘보조사업자등’이라 한다) 등이 결정된 사업인 경우2. 일정한 요건을 갖추면 지원대상이 되는 경상보조 성격의 사업인 경우3. 특정분야의 산업진흥 등 정책적 요구에 따라 지속적인 지원이 필요한 사업인 경우4. 기타 국토교통부장관이 보조사업 또는 보조사업자의 특성을 고려하여 계속적인 지원이 필요하다고 인정한 경우④ 보조사업부서는 제3항에 따라 같은 보조사업자에 대한 보조금 계속지원여부를 결정하기 위하여 보조사업자의 보조사업 신청시 수혜이력을 제출하게 하거나, 보조사업 실적보고서 제출시 관계공무원으로 하여금 해당 보조사업자의 수행실적을 평가하게 할 수 있다.⑤ 보조사업자가 지방자치단체(이하 ‘자치단체’라 한다)인 경우 소관 보조사업부서는 해당 자치단체의 지방비 부담 능력 유무 및 지방재정영향평가결과(국비와 매칭사업일 경우로 한정한다), 부지확보 여부(보조사업이 부지가 필요한 경우에 한정한다), 인허가 서류, 주민동의서 사전행정절차 이행여부, 연내 집행가능성 등을 확인하여야 한다.⑥ 보조사업부서는 보조사업자를 선정할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보조사업자에서 보조사업자 선정에서 제외할 수 있다.1. 보조금법 제31조의2에 따라 보조사업 수행대상에서 배제되거나 보조금 또는 간접보조금의 수급을 제한받는 경우2. 「국고보조금 통합관리지침」제14조의2제1항에 따라 중복수급에 해당되는 경우3. 기타 해당 보조사업자가 수행하고자 하는 보조사업이 보조금법 제2조제1호에 따른 보조금의 취지에 부합하지 않는 경우⑦ 보조사업자가 간접보조사업자를 선정하고자 할 때에는 제1항부터 제3항까지 및 제6항을 준용한다.

제10조(보조사업자의 교부신청서 제출) ① 보조금을 교부받으려는 보조사업자는 보조금법 제16조에 따라 같은 법 시행령 제7조제1항의 교부신청서 및 제7조제2항의 사업계획서를 보조사업부서에 제출하여야 한다.② 보조사업자는 간접보조금을 교부받으려는 간접보조사업자에 대하여 제1항에 따른 교부신청서 등을 제출하게 할 수 있다.

제11조(보조사업자 공모) ① 보조사업부서는 2개 이상의 법인ㆍ단체 또는 개인이 수행할 수 있는 보조사업에 대해 보조사업자를 선정할 경우 공모방식으로 하여야 한다. 다만, 「보조금법」 제16조제2항의 각 호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.② 제1항에 따라 공모방식으로 보조사업자를 선정하려는 경우 보조사업부서는 보조금시스템을 통하여 다음 각 호의 내용을 포함한 사업자 선정 공고문을 게시하되 15일 이상의 접수기간을 부여하여야 하며, 홈페이지나 일간지 등에 공고문을 함께 게시할 수 있다.1. 사업추진 기본방향2. 지원대상사업3. 지원사업 대상기관 및 응모방법4. 선정 및 지원절차5. 수행 일정6. 사업수행ㆍ보조사업 관련 계약 등에 대한 안내 및 유의사항7. 기타 필요한 사항③ 보조사업부서는 필요시 보조사업 지원대상자 접수 마감 전에 사업설명회를 개최하여 보조사업에 대한 정보제공 및 홍보 활동을 수행할 수 있다.④ 제2항의 보조사업자 선정 공고에 부합하는 보조사업자가 없는 경우에는 재공모하여야 한다. 다만, 사업의 시급성 등을 고려하여 재공모 접수기간을 조정 할 수 있다.⑤ 보조사업자가 간접보조사업자를 선정하는 경우에는 제1항부터 제4항까지를 준용한다.

제12조(보조사업자선정위원회) ① 보조사업부서는 공모방식으로 보조사업자를 선정하고자 할 때에는 보조사업자선정위원회의 심의를 받아야 한다. 다만, 공모 외 방식으로 보조사업자를 선정하고자 할 때에 적격여부에 대한 심의 등이 필요한 경우에는 보조사업자선정위원회의 심의를 거칠 수 있다.② 보조사업자선정위원회는 위원장 1인을 포함하여 10인 이상 15인 이내의 위원으로 구성하되, 반드시 사업전문가 및 보조금 전문가 각 2인 이상을 포함하여야 한다. 다만, 해당 보조사업과 이해관계가 있는 경우에는 위원으로 선정하여서는 아니된다.③ 제2항에 따라 구성된 보조사업자선정위원회는 공모 관련 서류의 심의내용을 해당 보조사업부서에 제출하여야 한다.④ 보조사업부서는 제3항에 따른 보조사업자 선정 관련 심의내용을 고려하여 보조사업자를 선정하고, 그 내용을 재정담당관에게 통보하여야 한다.⑤ 보조사업자가 공모방식으로 간접보조사업자를 선정하고자 하는 경우에도 제1항에서 제3항까지의 규정을 준용한다.⑥ 보조사업부서는 보조사업자선정위원회 심의에 참여한 위원에게 예산의 범위 안에서 수당과 여비를 지급할 수 있다.⑦ 제1항에도 불구하고 해당 사업 관련 법령 등에 따라 보조사업자 선정을 포함한 관련 위원회 심의를 거친 경우에는 보조사업자선정위원회 심의를 거친 것으로 본다.⑧ 재정담당관은 보조사업부서에서 제출받은 보조사업자 선정결과 등을 보조금관리위원회에 제출하여야 한다.

제13조(현장조사) ① 보조사업부서는 보조사업자가 교부 신청한 보조금이 일정금액 이상인 경우 관계기관과 합동으로 현장 확인 또는 조사를 실시할 수 있다. 이 경우, 확인ㆍ조사 대상이 되는 보조금의 기준은 보조사업부서가 해당 보조사업의 특성 등을 고려하여 결정한다.② 간접보조사업자가 현장확인 또는 조사를 실시하는 경우 제1항을 준용한다.

제14조(보조금 교부조건) ① 보조사업부서는 보조사업자에게 보조금을 교부할 때에 다음 각 호에 관한 사항을 교부조건통지서(별지 제2호 서식)에 명시하여야 한다.1. 다음 각 목에 해당하는 행위로 인해 보조금 교부결정의 전부 또는 일부를 취소하고 반환 명령을 하는 등 필요한 조치를 취할 수 있다는 사실가. 허위의 신청이나 기타 부정한 방법으로 보조금을 교부받은 경우나. 보조금을 다른 용도에 사용한 경우다. 보조사업자가 법령의 규정, 보조금의 교부조건의 내용 또는 법령에 의한 중앙관서의 장의 처분에 위반한 경우라. 해당 보조금 지원과 직접 관련된 전제 조건이 사후에 충족되지 아니하는 경우마. 동일 또는 유사한 사업계획으로 다른 기관으로부터 중복하여 보조금 또는 지방보조금을 받은 경우2. 부정수급 행위 시 다음 각 목의 제재 및 벌칙을 부과할 수 있다는 사실가. 보조금법 제31조의2에 따른 수행배제나. 보조금법 제33조의2에 따른 제재부가금다. 보조금법 제36조의2에 따른 명단공표라. 보조금법 제40조 내지 제41조에 따른 벌칙3. 삭제4. 삭제5. 삭제② 보조사업부서는 보조사업자가 계약을 통해 수행할 경우, 「국고보조금 통합관리지침」, 「국토교통 보조사업 관리규정」 및 국토교통부장관이 정한 바에 따라 계약을 체결하여 이행하도록 보조금 교부조건에 명시하여야 한다.③ 보조사업부서는 보조금을 교부할 때 교부조건통지서에 일반사항, 집행, 정산, 부정수급 관련 교부조건 이외에 사업별 특성을 반영한 교부조건을 부가할 수 있다.④ 보조사업자가 간접보조사업자에게 간접보조금을 교부할 때에는 제1항에서 제3항까지의 규정을 준용한다.

제15조(보조금 교부방법) ① 보조사업부서는 보조금을 최소 2차례 이상으로 나누어 교부하고, 1차 교부와 최종교부사이에 교부된 보조금이 당초 목적대로 사용되고 있는지 여부를 점검하여 그 결과에 따라 잔여 보조금의 교부 여부를 결정하여야 하며 보조사업자가 계약을 체결하여 추진하는 사업은 낙찰차액이 발생하는 경우 이를 감안하여 교부한다. 다만, 해당 보조금이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보조금 교부방법을 달리 정할 수 있다.1. 일정한 요건을 갖추면 지원대상이 되는 경상보조성격의 사업인 경우2. 다른 법령에 따라 보조금 교부 방법 및 절차가 정해진 경우3. 추가경정예산(당시 기금운용계획변경 포함)으로 사업이 신설된 경우② 보조사업부서는 보조금시스템을 통하여 지방자치단체의 장이 아닌 보조사업자에게 보조금을 교부하고자 할 때는 그 보조금을 예탁기관에 예탁하여야 한다. 단, 다른 법령에 따라 별도의 기관에 예탁하여 교부되는 보조금 또는 기획재정부장관이 예탁이 적절하지 않다고 인정하는 보조금의 경우에는 그러하지 아니 한다.③ 보조사업자가 간접보조사업자에게 간접보조금을 교부하는 경우에도 제1항 및 제2항을 준용한다.

제16조(보조금 사용기준) ① 보조사업자등은 보조금을 관련 법령이나 보조금의 교부 목적에 맞게 사용해야 하며 다른 용도에 사용할 수 없다. 또한, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 국토교통부장관의 승인을 받아야 한다.1. 사정의 변경으로 보조사업의 내용을 변경하거나 보조사업에 소요되는 경비의 배분을 변경하고자 하는 경우2. 보조사업을 다른 사업자에게 인계하거나 중단 또는 폐지하고자 하는 경우3. 보조금에 의하여 취득하거나 그 효용이 증가된 중요재산을 양도ㆍ교환ㆍ대여ㆍ담보의 제공 또는 교부 목적에 위배되는 용도로 사용하는 경우② 보조사업부서는 예산 편성시 협의되지 않았던 사업을 내역사업 등으로 집행하는 것을 최소화하여야 한다. 다만, 정책목표 달성 및 예산의 효율적 집행을 위하여 부득이한 경우에는 기획재정부장관과 협의하여야 한다.③ 보조금 사업방식은 보조금 교부 신청 시 신고한 보조금 통장에서의 직접 계좌이체 또는 보조사업비 카드(신용카드 또는 체크카드를 구분하지 아니 한다) 사용만 인정한다.④ 보조금은 보조사업을 수행하는 기간에 사용함을 원칙으로 한다. 다만, 보조사업기간 중 지출원인행위가 완료된 금액은 보조금을 사용한 것으로 볼 수 있다.⑤ 보조사업자 등이 부가가치세, 관세 등 사후환급이나 공제 받을 수 있는 금액은 집행금액에서 제외한다. 다만, 세무서 등이 사후환급이 불가하다고 하는 경우에는 집행금액에 포함한다.⑥ 보조사업부서는 보조사업자등이 보조금을 다른 용도로 사용한 사실이 확인된 때에는 보조금법 제31조의2제1항 및 같은 법 제41조에 따라 필요한 조치를 하여야 한다.

제17조(카드사용 및 제한) ① 보조사업자등은 보조금 입금계좌와 연결된 은행의 보조금 결제 전용 보조사업비 카드를 발급받아 사용해야 하며, 2개 이상 발급하여 사용할 수 있다.② 보조사업자등은 보조금의 적정한 사용을 위하여 별표3의 공통적용 제한 업종 및 자율적용 제한업종 가맹점에서 보조사업비 카드를 사용할 수 없다. 다만, 보조사업부서는 별표3의 자율적용 제한업종에 대해서는 보조사업별 특성에 따라 별도로 정하여 보조사업비 카드의 사용을 허용할 수 있다.③ 보조사업자등은 별표3의 카드사용 제한업종으로 지정되지 않았더라도 보조사업의 성격ㆍ사업내용 등을 고려하여 업무추진과 무관한 업종에 대하여는 보조사업비 카드를 사용할 수 없다.④ 보조사업자등이 보조금 집행 시 보조사업자의 임직원(배우자, 사실상의 배우자, 직계존비속을 포함한다) 등이 운영하는 업체 또는 단체(계열 관계에 있는 업체 또는 단체를 포함한다)와는 거래할 수 없다. 다만, 보조사업부서의 승인을 받은 경우에는 그러하지 아니하다.⑤ 보조사업부서는 보조사업자등이 제1항부터 제4항까지의 규정을 위반한 경우 보조금법 제30조에 따라 보조금 교부결정 취소 등의 조치를 할 수 있다.

제18조(별도 계정 등) ① 보조사업자등은 교부받은 보조금에 대하여 별도의 계정을 설정하고 구분하여 회계처리를 하여야 한다.② 보조사업자등은 보조사업별로 보조금 관리를 위하여 기관 명의의 수시 입출금이 가능하고 원금이 보장되며, 담보설정이 되지 않는 보통예금 등으로 계좌를 별도로 개설하여 관리하여 하며, 특별한 사유 없이 계좌를 변경할 수 없다.③ 2개 이상의 보조사업을 수행하는 경우에는 별도의 계좌를 사용하여야 하나, 보조사업에 따라 하나의 계좌를 사용할 수 있다. 이 경우 보조사업별로 별도 계정을 두어 관리하여야 한다.

제19조(보조사업 관련 계약) ① 보조사업부서는 보조사업 추진을 위해 보조사업자가 시공 및 구매 계약 등을 체결하는 경우 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 또는 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 따라 계약을 체결하고 집행하도록 하여야 한다.② 보조사업부서는 보조금의 투명ㆍ효율적인 집행을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 민간 보조사업자등이 다음 각 호의 수요물자 구매나 시설공사계약 체결을 조달청장 또는 자치단체의 장에게 위탁하도록 보조금 교부조건에 명시할 수 있다.1. 2천만원을 초과하는 물품 및 용역구매 계약을 체결하는 경우2. 「건설산업기본법」에 따른 건설공사(같은 법에 따른 전문공사는 제외한다)로서 추정가격이 2억원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우3. 「건설산업기본법」에 따른 전문공사로서 추정가격이 1억원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우4. 그 밖의 공사 관련 법령에 따른 공사로서 추정가격이 8천만원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우③ 보조사업부서는 민간 보조사업자등이 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 수요물자의 구매나 시설공사 계약을 직접 체결할 때에는 「전자조달의 이용 및 촉진에 관한 법률」제2조제4호에 따른 국가종합전자조달시스템을 이용하여 공고ㆍ입찰ㆍ계약체결 등을 하도록 교부조건에 명시하여야 한다.④ 보조사업자등은 제2항 및 제3항에 따라 계약을 체결하는 경우에는 보조금시스템을 통하여 계약 체결을 요청하거나 수행하여야 한다.⑤ 보조사업부서는 보조사업 관련 시공ㆍ납품업체가 부당한 방법으로 계약을 체결ㆍ수행한 사실이 확인된 경우 보조사업자등으로 하여금 계약해지 등의 조치를 하여야 한다. 이 경우 보조사업부서는 조치한 사항을 재정담당관에 알려야 한다.⑥ 보조사업부서는 제5항에 따른 조치 후에는 해당 사실을 재정담당관에 통보하여야 하며, 재정담당관실은 제4항에 따라 부당한 방법으로 계약을 체결ㆍ수행한 사실을 확인한 날로부터 2년간 해당 업체를 보조사업 수행업체로 선정할 수 없도록 모든 보조사업 관련 부서에 통보하여야 한다.

제19조의2(보조사업 관련 계약방식) ① 민간보조사업자 등이 계약을 체결하는 경우(제19조제2항 또는 제3항에 의한 방식으로 계약을 체결하는 경우를 포함한다), 원칙적으로 일반경쟁에 부쳐야 한다. 다만, 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 제7조제1항 단서 및 동법 시행령 제26조에 따른 사유로 수의계약을 체결할 수 있다.② 제1항에 따라 수의계약을 체결하고자 할 때에는 사전에 최소 2개 이상의 업체로부터 견적을 받아 집행금액의 적정성 등을 확인한 후 계약을 체결하여야 한다. 다만, 계약의 목적이나 보조사업의 특성상 견적서 제출이 어려운 경우 또는 견적서 제출자가 1인밖에 없을 것으로 예상되는 경우 등으로 국토교통부장관이 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제19조의3(30억원 이상 보조사업 시설공사) ① 제19조에도 불구하고 추정가격이 30억원 이상인 공사 관련 계약을 체결하는 보조사업자는 다음 각 호의 사항을 조달청장에게 요청하여야 한다. 단, 제2호는 민간보조사업자가 추진하는 계약에 한하여 적용하며, 전문공사, 전기공사, 정보통신공사, 소방공사의 경우에는 3억원 이상으로 한다,1. 실시설계 단계에서의 설계적정성 검토2. 공사계약 체결3. 공사비가 계약금액의 10%이상 증가하는 설계변경에 대한 타당성 검토② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 대하여는 설계적정성 검토, 계약체결, 설계변경 타당성 검토를 조달청에 의뢰하지 않을 수 있다.1. 해외 공사, 재해 또는 긴급 복구 공사, 기술의 특수성을 요구하는 공사, 국가유산과 연계된 국가유산 관련공사2. 중앙관서, 지방자치단체, 공공기관 등의 시설분야 전문인력이 관리ㆍ감독(기획, 설계 등)하는 사업, 단 공사계약 체결은 제1항에 따른다.3. 그 밖에 조속한 사업추진 등을 위해 불가피하다고 국토교통부장관이 인정하는 경우③ 국토교통부장관은 공사 준공 이전에 현장조사 등 집행점검을 위해 조달청의 참여를 요청할 수 있다.④ 제1항 내지 제3항의 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제20조(보조사업자의 자부담금 집행) ① 보조사업부서는 보조사업자등이 자부담금을 포함하여 보조사업을 추진하는 경우 해당 보조사업자로 하여금 자부담금을 우선 집행하도록 해야 한다.② 보조사업자등은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 자부담금을 우선 집행하지 아니할 수 있다.1. 보조사업 연간사업계획에 반영되지 않은 추가 자부담의 경우2. 자치단체 매칭사업의 경우3. 「사회기반시설에 관한 민간투자법」에 따른 민간투자사업인 경우4. 그 밖에 보조사업부서가 보조사업자 또는 보조사업 특징에 따라 자부담금 집행을 달리 정한 사업인 경우③ 국토교통부장관은 제2항제2호의 경우 자치단체장이 자부담분 확보 이전에 보조금을 교부하여 사업을 우선 추진하도록 할 수 있다.④ 국토교통부장관은 제1항에도 불구하고 민간보조사업자등의 자부담금 확보가 불가피하게 어렵다고 판단하는 경우 자부담금 확보이전에도 보조금을 교부할 수 있다.⑤ 제4항의 경우, 국토교통부장관은 전년도 자부담금 확보 및 보조사업의 집행 실적을 고려하여야 한다.⑥ 국토교통부장관은 자치단체의 장 또는 민간보조사업자등이 「보조금법」 제27조제1항에 따른 보조사업 실적보고 사유가 발생한 날까지 자부담금을 확보하지 못한 경우 자치단체의 장 또는 민간보조사업자등에게 보조금을 반납하도록 하거나 차년도 예산 편성시 감액조치를 할 수 있다.

제21조(예산절감액 및 집행잔액의 동일 부문 내 사업 사용) ① 자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 초과액을 반납하지 않고 국토교통부장관이 교부한 보조사업 중 국가재정운용계획상의 같은 부문 내 사업에 사용할 수 있다.1. 보조사업의 목적을 달성하고 보조금법 시행령 제13조의2에 따른 자체노력으로 예산을 절감한 경우2. 집행잔액이 50만원 미만인 경우② 제1항의 경우 자치단체의 장은 초과액의 사용대상, 사용시기 등이 포함된 사용계획을 국토교통부장관에게 제출하여야 한다.③ 자치단체의 장은 초과액을 사용한 때에는 초과액 발생사유 및 산출(발생)근거, 초과액을 사용한 보조사업 내역(보조사업의 목적, 사업계획, 집행액 등을 포함한 사용명세서)을 초과액을 사용한 날부터 1개월 이내에 국토교통부장관에게 통보하여야 한다.④ 제1항에도 불구하고 보조금법 시행령 제4조제1항에 따른 보조비 지급 대상 제외 사업에는 초과액을 사용할 수 없다.

제22조(보조금 집행잔액 및 이자반납) ① 보조사업부서는 보조사업이 완료되거나, 폐지가 승인되거나 회계연도가 종료된 때에는 집행된 보조금을 정산하여 집행잔액과 보조금으로 발생한 이자, 보조사업의 수익금(교부목적에 위배되지 않는 범위내에서 보조금으로 인해 발생한 수익금을 반환하도록 교부조건에 명시한 경우에 한한다)을 함께 반납 받아야 한다.② 보조사업부서는 보조금 집행잔액과 이자, 보조사업의 수익금이 조속히 반납될 수 있도록 조치하여야 하며, 반납기한은 반납금액, 결산일정 등을 감안하여 정하되 최소한 사업이 완료된 해의 다음 연도 내에 반납이 완료될 수 있도록 하여야 한다.③ 보조사업자등이 자치단체를 제외한 민간사업자인 경우 발생이자 산정이 곤란한 때에는 「민법」제379조의 법정이율인 연 5%를 적용한다.④ 보조사업자등이 자치단체인 경우 발생이자 산정이 곤란한 때에는 자치단체가 금융기관과 약정한 보통예금 금리로 산정한다. 다만, 보조금으로 발생한 이자 중 집행잔액에 대한 이자가 아닌 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 반납대상에서 제외한다.1. 지급받은 날부터 1개월 이내에 집행된 보조금 금액으로서 인하여 발생한 이자2. 천재지변이나 그 밖에 이에 준하는 사유로 보조사업이 지연된 기간에 발생한 이자3. 보조금 교부 후 법령 개정 등으로 인하여 그 집행방법 등을 개선하여야 하는 경우 그 개선기간 중에 발생한 이자4. 자치단체의 교부 신청과 무관하게 보조사업부서에서 주기적으로 교부하는 보조금으로 인하여 발생한 이자⑤ 보조사업부서는 장기미납 국고보조금에 대해 환수계획을 마련하여 조속히 환수할 수 있도록 조치하여야 한다.

제23조(보조금 전액 반환 시 보조금과 이자반납) ① 보조사업부서는 보조사업자에게 보조금을 교부한 후 사업의 취소 등으로 보조금이 해당 사업에 사용되지 못하여 전액 반환하도록 함으로써 보조금에 대한 이자가 발생한 경우에는 보조금과 이자를 함께 반납하도록 하여야 한다.② 보조사업부서는 보조금과 이자가 조속히 반납될 수 있도록 조치하여야 한다.③ 발생이자 산정이 곤란한 경우에는 제22조제3항 및 제4항 각 호외의 부분 중 본문에 따른다.

제24조(보조사업 실적보고서의 제출) ① 보조사업자등은 보조금법 제27조제3항에 따라 보조사업 또는 간접보조사업을 완료하였을 때, 폐지의 승인을 받았을 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 제2항의 기한까지 정산보고서가 첨부된 보조사업 또는 간접보조사업의 실적보고서를 보조사업부서 또는 간접보조사업자인 경우 보조사업자에게 제출하여야 한다.② 보조사업자등은 보조사업 실적보고서를 보조금법 시행령 제12조제1항에 따라 실적 보고 사유가 발생한 날부터 2개월(자치단체의 장이 보조사업자의 경우에는 3개월) 내에 제출하여야 한다.③ 보조사업부서는 제1항의 보조사업 실적보고서를 보조금법 제28조에 따라 심사하고 그 정산 결과가 적합하지 않다고 판단되는 경우에는 해당 보조사업자등에 대하여 보조사업의 시정을 위하여 필요한 조치를 명할 수 있다.④ 보조사업부서는 제1항부터 제3항까지에서 정한 보조사업 정산절차가 완료되지 않은 보조사업자에게 보조금을 추가로 교부해서는 아니 되며, 정당한 사유 없이 정산보고서 제출을 지연한 보조사업자에 대해서는 지연 기간에 따라 다음 각 호에서 정한 지연기간에 따른 보조금 삭감한도에 일할을 적용한 비율에 따라 정산보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금을 삭감할 수 있다.1. 3개월 이상 지연 제출하는 경우 10%이내 보조금 삭감2. 6개월 이상 지연 제출하는 경우 20%이내 보조금 삭감3. 12개월 이상 지연 제출하는 경우 50%이내 보조금 삭감⑤ 보조사업부서는 취업지원, 양육수당과 같이 일정 요건을 충족하는 경우 정액으로 지급하는 보조금의 보조금수령자에 대해서는 제1항에 따른 보조사업 실적보고서를 제출하지 아니하게 할 수 있다. 다만, 보조사업자등이 개인에게 해당 보조금을 다시 교부하는 경우에는 제1항에 따라 보조사업 실적보고서를 제출하여야 한다.⑥ 보조사업자등의 정산 방법 등과 관련하여 필요한 사항은 기획재정부 「국고보조금 통합관리지침」 중 「보조사업 실적보고서 및 정산보고서 작성지침」에 따른다.

제24조의2(정산보고서의 검증) ① 지방자치단체를 제외한 보조사업자 등의 정산보고서 검증은 「보조금법」제27조제2항과 「보조금법 시행령」제12조의2에 따른다. 다만, 보조사업자가 「공공기관의 운영에 관한 법률」제5조에 따른 공기업 등 공공기관, 「지방공기업법」제2조 및 제3조에 따른 지방공기업은 해당 법령에 따른 결산서 또는 회계감사 보고서로 갈음할 수 있다.② 검증기관의 정산보고서 검증 방법 등과 관련하여 필요한 사항은 「국고보조금 통합관리지침」중「보조사업 정산보고서 검증지침」에 따른다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 경우「보조금법」제27조제2항에 따라 감사인이 작성하는 검증보고서의 형식, 작성방법, 검증항목 등은 보조사업부서에서 달리 정할 수 있다.1. 보조사업자의 보조금 지출 내역에 대한 증빙을 확인한 후에 보조금을 전액 교부ㆍ지급하는 사후 보조의 경우2. 그 밖에 보조사업, 보조사업자 등의 특성으로 인해 이 지침에 따른 검증이 곤란한 경우

제25조(자료 보관) ① 보조사업자등은 보조사업의 수행과 관련한 「계산증명규칙」제2조에 따른 계산서, 증거서류 및 첨부서류를 사업기간 종료 후 5년간 보관하여야 한다. 다만, 카드사, 국세청 등으로부터 카드사용내역, 세금계산서 등을 정보처리시스템을 통해 전송받은 경우, 종이영수증 원본을 별도로 출력하여 보관하지 않고 전자적으로 보관할 수 있다.② 보조사업자등은 국토교통부장관의 관련 자료 제출 요구 시 즉시 응하여야 한다.③ 국토교통부장관은 보조사업자등이 제1항의 자료 보관 의무를 이행하지 않거나, 제2항의 자료 제출요구에 불응하거나 성실히 대응하지 않을 경우 이후 관련 사업참여시 감점 및 참여 제한 등의 불이익을 줄 수 있다.④ 제1항에도 불구하고 보조금시스템에 제출하여 등록된 자료는 보관하지 않을 수 있다.

제26조(보조사업 집행점검) ① 국토교통부장관은 「보조금법」제25조제2항에 따라 보조사업 등의 수행상황을 점검하며 다음 각 호의 보조사업 등을 주요점검대상으로 한다.1. 총사업비 중 보조금 규모가 100억원 이상인 내역사업의 경우2. 공모에 의하지 아니하고 보조사업자를 선정한 보조사업의 경우3. 부정수급이 발생하였거나 발생할 우려가 높은 보조사업의 경우4. 보조금관리위원회가 점검이 필요하다고 인정한 보조사업의 경우5. 그 밖에 국토교통부장관이 보조사업의 집행점검이 필요하다고 인정하는 경우② 보조사업부서는 내역사업내 모든 상위 보조사업자로 하여금 보조금시스템을 통하여 다음 각 호의 사항에 대하여 월 1회 이상 점검을 실시하도록 하고 그 결과를 전송받아 관리하여야 한다, 또한, 직접 교부한 보조금에 대해서도 월 1회 이상 점검을 실시하여야 한다1. 보조사업자 또는 하위 보조사업자에게 교부한 보조금의 세부 집행내역2. 매월 집행실적 및 집행마감 결과3. 보조사업자가 지방자치단체인 경우 지방재정관리시스템과의 월 집행마감 결과 대조 후 일치 여부③ 국토교통부장관은 점검결과에 따라 필요한 경우 현장조사를 실시할 수 있으며, 현장조사는 조사개시 7일전까지 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 현장조사를 실시하기 전에 관련 사항을 미리 통지하는 때에는 증거인멸 등으로 현장조사의 목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우, 현장조사의 개시와 동시에 조사대상자에게 구두로 통지할 수 있다.④ 보조사업부서는 조사 결과에 따라 보조금 교부결정 취소, 보조금 반환, 강제징수, 제재부가금 부과, 보조사업 수행 제한 등의 필요한 조치를 하여야 하며 보조금 반환 결정은 검찰의 공소제기 시까지 하여야 한다.⑤ 보조사업부서는 조사결과 고의, 거짓 등의 방법으로 부정수급을 행한 사실이 있다고 사료되는 때에는 형사소송법 제234조제2항에 따라 고발하여야 한다.⑥ 보조사업부서는 제4항에 따라 조치를 한 경우 보조금시스템에 그 결과를 즉시 등록하여야 한다.

제27조(보조사업점검평가단) ① 국토교통부장관은 보조사업 집행점검을 위한 보조사업점검평가단을 구성ㆍ운영한다.② 보조사업점검평가단의 단장은 정책기획관으로 하고 총괄반과 점검반으로 구성하며, 다음 각 호에 따른 업무를 수행한다.1. 총괄반 : 분기별 보조사업 점검계획 수립, 주요 사업의 점검, 사업별 점검반의 점검결과 취합 및 보조금관리위원회 보고2. 점검반 : 소관 보조사업에 대한 점검③ 총괄반은 재정담당관을 반장으로 하고, 반원은 재정담당관 소속의 공무원과 민간전문가로 한다.④ 점검반은 보조사업부서별 구성하며, 해당 보조사업을 담당하는 과장을 반장으로 하고, 반원은 해당 부서의 공무원과 민간전문가로 한다.⑤ 민간위원은 1인 이상이 되어야 하며, 해당 사업의 전문가 및 보조금전문가로 한다. 다만, 해당 보조사업 관련 이해관계가 있는 경우에는 위원으로 선임하지 않아야 한다.

제28조(보조사업점검평가단의 운영) ① 총괄반은 매년 1월말까지 보조사업부서와 협의하여 분기별 보조사업 점검계획을 수립한다.② 점검반은 점검대상 보조사업이 다수인 경우 대상사업 중 일부를 선정하여 점검할 수 있으며, 이 경우 다음 각 호에 해당하는 사업을 우선 선정하여야 한다.1. 최근 2년이내 감사, 수사 등에서 지적을 받은 사업2. 최근 3년이내 보조사업 관련 점검을 받지 않은 사업③ 점검반은 현장 점검을 원칙으로 하되 부득이한 사정이 있는 경우 서면점검으로 대체할 수 있다.④ 점검반은 다음 각 호의 사항을 점검하여 별지 제2호 서식의 점검결과서를 총괄반에 제출하여야 한다.1. 보조사업 추진계획 대비 실적2. 교부조건 이행사항, 자부담 이행여부 등 관련 법령 및 규정에 따른 준수여부3. 사업관리감독⑤ 총괄반은 제4항에 따라 제출된 보조사업 점검결과서를 종합하여 위원회 및 보조금관리위원회에 보고하여야 한다.

제29조(중요재산의 보고) ① 보조사업자등은 다음 각 호에 해당하는 중요재산을 취득하는 경우 별지 제7호 서식 "중요재산 현황"을 취득 후 15일 이내에 보조사업부서에 보고하여야 하며, 반기별로 변동현황을 수정 보고하여야 한다.1. 부동산과 그 종물(從物)2. 선박, 부표(浮標), 부잔교(浮棧橋) 및 부선거(浮船渠)와 그 종물3. 항공기4. 그 밖에 보조사업부서에서 보조금의 교부 목적을 달성하기 위하여 특히 필요하다고 인정하는 재산② 현재액은 시장에서 형성된 가격으로 하며, 시장가격이 없는 경우에는 전문성 있는 평가인의 평가에 의하여 결정된 가격으로 한다.③ 재평가는 공정가액과 장부금액의 차이가 공정가액의 30%를 초과할 경우에 실시한다. 다만, 차액이 1억원 이하일 경우에는 그러하지 아니하다.④ 제2항의 전문성 있는 평가인이란 자산평가업무에 대한 전문지식, 경험 및 평가대상 자산과 관련된 시장에 대한 충분한 지식을 보유하고 있는 자를 말한다.⑤ 보조사업부서는 제1항에 따라 보조사업자등으로부터 보고받은 후 1개월 이내에 보조금시스템에 다음 각 호의 기간 동안 공시하고 반기별로 수정 공시하여야 한다.1. 부동산과 그 종물의 경우 10년2. 선박, 부표, 부잔교 및 부선거와 그 종물의 경우 10년3. 항공기의 경우 10년4. 그 밖에 기계 장비 등 중요재산의 경우 5년⑥ 보조사업자등은 「보조금법 시행령」제15조제1항에 따른 중요재산을 제1항에 따라 관리하되 취득가액이 50만원 이하는 그러하지 아니하다. 다만, 국토교통부장관이 보조금 교부 목적을 달성하기 위해 인정한 50만원 이하 내구성재산은 포함하여야 한다.⑦ 국토교통부장관 또는 지방자치단체의 장은 보조사업자 및 간접보조사업자로 하여금 중요재산 취득가액 및 시기, 사용 장소, 재정 지원 내용 등의 재산정보를 표기한 안내문 등을 부착하여 관리하게 할 수 있다.

제30조(재산 처분의 제한) ① 보조사업자등은 해당 보조사업을 완료한 후에도 국토교통부장관의 승인 없이 중요재산에 대하여 다음 각 호의 행위를 하여서는 아니 된다.1. 보조금의 교부 목적에 위배되는 용도에 사용2. 양도, 교환, 대여3. 담보의 제공② 제1항의 규정에도 불구하고 보조금법 시행령 제16조에 따라 다음 각 호에 해당하는 경우에는 국토교통부장관의 승인 없이 제1항 각 호에 해당하는 행위를 할 수 있다.1. 보조금법 제18조제2항의 수익반환 조건부 교부결정에 따라 보조사업자가 보조금의 전부에 해당하는 금액을 국가에 반환하는 경우2. 보조금 교부 목적과 해당 재산의 내용연수를 고려하여 국토교통부장관이 정하는 기간이 지난 경우. 다만, 교부조건에 처분 제한기간의 정함이 없는 경우 해당 재산의 통상적인 내용연수까지는 재산처분을 제한한 것으로 본다.3. 자치단체가 보조금 또는 간접보조금으로 취득한 재산인 경우. 다만, 승계취득은 포함되지 않으며, 제2호의 기간이 미경과한 재산을 처분하는 경우에는 국토교통부장관과 반드시 협의하여야 한다.③ 국토교통부장관은 보조사업자등이 제1항을 위반한 경우 보조금법 제35조제4항 및 같은 법 제41조에 따라 필요한 조치를 하여야 한다.

제31조(중요재산의 부기등기) ① 보조사업자등은 보조금법 제35조의2제1항에 따라 중요재산 중 부동산에 관한 소유권 등기를 할 때에는 다음 각 호의 사항을 표기내용으로 하는 부기등기를 하여야 한다. 다만, 「국유재산법」 등에 따라 국가ㆍ자치단체 등이 취득ㆍ관리하는 부동산의 경우에는 그러하지 아니하다.1. 해당 부동산은 보조금을 지원받아 취득하였거나 그 효용가치가 증가한 재산이라는 사항2. 보조금 교부 목적과 해당 부동산의 내용연수를 고려하여 중앙관서의 장이 정한 기간이 지나지 아니하였음에도 그 부동산을 보조금의 교부 목적에 위배되는 용도에 사용, 양도, 교환, 대여 및 담보로 제공하려는 경우에는 국토교통부장관의 승인을 받아야 한다는 사항② 보조사업자등이 제1항에 따라 부기등기하고자 할 때는 별지 제8호서식의 보조금이 지원된 부동산 증명서를 관할 등기소에 제출하여야 한다.③ 보조사업자등이 보조금법 제35조의2제3항에 따라 부기등기를 말소하고자 할 때에는 별지 제9호 서식의 부기등기 말소대상 부동산 증명서를 관할 등기소에 제출하여야 한다.④ 국토교통부장관은 보조사업자등이 제1항의 의무를 위반한 경우 보조금법 제30조제1항에 따라 보조금 교부결정 취소 등의 시정조치를 할 수 있다.

제32조(부정수급심의위원회) ① 재정담당관은 보조금 부정수급 대응 및 방지를 위하여 부정수급심의위원회를 구성ㆍ운영 할 수 있다.② 부정수급심의위원회는 다음 각 호의 사항을 심의할 수 있다.1. 보조금법 제31조의2에 따른 보조사업 수행 제한 여부, 대상, 가중 및 감경에 관한 사항, 보조사업 수행 제한 대상자 및 기관이 제출한 소명자료 검토에 관한 사항, 그 밖에 보조사업 수행 제한을 위해 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항2. 보조금법 제33조의2에 따른 제재부가금 부과여부, 부과대상, 제재부가금 산정, 가중 및 감경에 관한 사항, 제재부가금 대상자 및 기관이 제출한 소명자료 검토에 관한 사항, 그 밖에 제재부가금 부과를 위해 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항3. 보조금법 제39조의2 및 같은 법 시행령 제18조에 따른 신고 포상금 지급에 관한 사항으로 신고 포상금 지급 요건 충족여부, 포상금액 및 그 밖에 신고 포상금 지급을 위하여 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항4. 「보조금법」 제30조제1항 및 제2항, 제33조제1항 각 호의 해당여부가 불명확한 경우 등 부정수급 여부 판단에 있어 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항③ 부정수급심의위원회 구성은 제5조에 따른 위원회의 당연직 위원으로 구성하며, 필요에 따라 민간위원을 위촉할 수 있다. 위원 중 심의안건과 이해관계가 있는 자는 위원회에서 제척된다.④ 보조사업부서의 장은 부정수급심의위원회의 심의사항을 전문적으로 검토하기 위하여 분야별 분과위원회를 구성ㆍ운영할 수 있다. 이 경우 분과위원장은 사업 소관 정책관 또는 국장으로 하고 보조사업 담당 과장을 당연직 위원으로 하며, 필요에 따라 민간전문가를 위촉할 수 있다.⑤ 부정수급심의위원회는 제2항에 따른 심의안건 관련 담당공무원, 대상자 및 참고인의 출석을 요청하여 의견을 들을 수 있고 의뢰기관에 대하여 필요한 자료 등을 요청할 수 있다.

제33조(부정수급심의위원회의 운영) ① 회의는 제32조제3항에 따른 분과위원장의 안건 제출(별지 제11호 서식)에 따라 반기별로 소집하는 것을 원칙으로하며, 필요한 경우 서면으로 개최할 수 있다.② 회의는 재적위원 과반수의 출석으로 개의하고 재적위원 과반수의 찬성으로 의결한다.③ 위원장의 직무수행이 곤란할 때에는 부위원장 혹은 위원장이 지명하는 국토교통부 소속 공무원이 그 직무를 대행할 수 있다.④ 보조사업부서의 장은 안건 담당공무원으로 하여금 위원회에 참석하여 제출한 의안에 대하여 충분한 설명을 하게 하여야한다.⑤ 심의위원은 안건 담당공무원의 설명을 충분히 청취하고, 가부를 심의하여 심의의결서를 제출하여야 한다.⑥ 공무원인 위원이 위원회에 출석하지 못할 때에는 하위직급에 있는 자가 대리하여 출석할 수 있으며, 대리출석한 공무원은 위원회에서 발언하고 표결에 참여할 수 있다.⑦ 위원회에 출석한 위원에게는 예산의 범위 안에서 수당과 여비를 지급할 수 있다. 다만, 공무원인 위원이 그 소관 업무와 직접 관련하여 위원회에 출석하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제34조(보조사업 수행 등의 배제 결정 절차) ① 보조사업부서는 보조금법 제31조의2제1항에 관하여 전담기관의 보고, 수사기관의 수사 결과 통보 또는 판결의 선고 등에 따라 보조사업 수행배제 또는 보조금수령자 수급제한 결정 절차를 개시한다.② 보조사업부서는 보조사업자등에게 보조사업 수행 제한 결정 절차가 개시된 사실을 통지하고 통지한 날로부터 15일이내에 보조사업 수행배제에 관한 소명자료 제출기회를 부여야 한다.③ 보조사업부서는 재판 결과의 확인, 그 밖에 보조사업 수행배제 또는 보조금수령자 수급제한을 결정하기 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 절차를 일시 정지할 수 있으며, 그 절차의 정지 또는 재개 사실을 보조사업자등에게 통지하여야 한다.④ 보조사업부서는 부정수급심의위원회의 심의를 거쳐 보조사업 수행배제 또는 보조금수령자 수급제한 사항을 보조사업자등에게 통보하여야 한다.⑤ 제4항에 따라 통보를 받은 당사자는 보조금법 제37조에 따라 이의를 제기할 수 있다.

제36조(제재부가금 부과 등 결정절차) ① 보조사업부서는 보조금법 제33조의2제1항에 관하여 수사기관의 수사 결과 통보 또는 법원의 판결 등에 따라 제재부가금 부과 결정 절차를 개시한다.② 보조사업부서는 보조사업자등에게 제1항의 사실을 통지하고 통지를 받은 날로부터 15일 이내에 제재부가금의 부과여부 및 부과금액에 관한 소명자료 제출기회를 부여하여야 한다.③ 보조사업부서는 재판결과의 확인 그 밖에 제재부가금의 부과 여부나 금액을 결정하기 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 절차를 일시 정지할 수 있으며, 그 절차의 정지 또는 재개 사실을 보조사업자등에게 통지해야 한다.④ 보조사업부서는 보조사업자등에게 부정수급심의위원회의 심의를 거쳐 제재부가금 부과여부 및 금액을 보조사업자등에게 통보하여야 한다.⑤ 제4항에 따라 통보를 받은 자는 보조금법 제37조에 따라 이의를 제기할 수 있다.

제37조(제재부가금의 납부절차) ① 보조사업부서는 보조금법 제33조의2에 따른 제재부가금 또는 가산금을 부과하는 경우 위반행위의 종류와 금액 등을 밝혀 이를 납부할 것을 서면으로 알려야 한다.② 제재부가금의 금액 등을 통지할 때에는 「국고금관리법 시행규칙」별지 제5호서식의 납입고지서를 발부하여야 한다.③ 제1항에 따라 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 제재부가금을 납부하여야 한다. 다만, 천재지변이나 전시 또는 사변 등 부득이한 사유로 그 기간 내에 제재부가금을 납부할 수 없는 때에는 그 사유가 없어진 날부터 7일 이내에 납부하여야 한다.④ 보조사업부서는 제3항을 따르지 아니한 자에 대해 보조금법 제33조의2 및 제33조의3에 따라 처리하여야 한다.

제38조(과오납의 환급) 보조사업부서는 제재부가금에 대하여 과오납이 있는 경우에는 이를 환급하되, 환급 가산금의 이자율은 「국세기본법 시행규칙」제19조의3에 따른 이자율을 적용한다.

제39조(신고 포상금 지급절차) ① 「보조금법」 제39조의2와 「보조금법 시행령」 제18조에 따라 포상금을 지급하는 경우에 보조사업부서는 신고 또는 고발한 자에게 별지 제10호서식의 신청서 제출을 요청할 수 있다.② 「보조금법 시행령」 제18조제2항에 따라 포상금 지급기한은 통보한 날부터 60일 이내로 하되 행정심판, 소송 등이 진행되는 기간은 포함하지 아니한다.③ 부정수급심의위원회는 포상금 지급기준에 부합하는 대상자를 분기별로 심의한다.

제40조(신고 포상금 환수) 국토교통부장관은 보조금법 제39조의2에 따라 지급된 포상금이 신고 또는 고발한 자가 허위 그 밖의 부정한 방법으로 포상금을 지급받은 경우, 그 밖의 착오 등의 사유로 포상금이 잘못 지급된 경우 포상금의 전부 또는 일부를 환수하여야 한다.

제42조(부정수급 점검 등) ① 보조사업부서는 다음 각 호의 사항을 점검하고 매년 상반기의 점검 결과는 당해연도 9월 30일까지, 하반기의 점검 결과는 다음연도 3월 31일까지 보조금시스템에 입력하여야 한다. 다만, 제3호의 경우 당해연도의 점검 결과를 다음연도 3월 31일까지 입력하여야 한다.1. 「보조금법」제31조제1항 또는 제33조에 따른 보조금 반환 건수 및 반환 금액2. 「보조금법」제39조의2에 따른 신고포상금 지급 건수 및 지급 금액3. 「보조금법」제36조의2에 따른 명단공표 대상자 수 및 명단4. 「보조금법」제33조의2에 따른 제재부가금 및 가산금 징수 건수 및 금액5. 「보조금법」제31조의2에 따른 보조사업 수행 배제 건수 및 대상자 명단6. 「보조금법」제31조제2항에 따른 보조금 반환금액이 기한 내 반환되지 않은 경우 해당 건수 및 금액7. 기타 보조금관리위원회 위원장이 보조사업 관련 정책수립 및 부정수급 대응 등을 위해 필요하다고 인정하여 요청한 사항② 재정담당관은 제1항에 따라 통보받은 사항을 보조금관리위원회에 제출하여야 하며, 지방자치단체에 대한 보조사업에 대해서는 행정안전부장관에게도 관련 내용을 제출한다.

제42조의2(부정수급 모니터링 조치) ① 국토교통부장관은 기획재정부장관으로부터 보조금 부정수급 의심사항을 통보받은 경우 해당 보조사업부서로 하여금 자체 점검계획을 수립하여 보조금시스템에 등록하도록 하고, 통보받은 날로부터 45일 이내에 점검을 완료하도록 하여야 한다. 다만, 필요한 경우에는 현장조사를 실시할 수 있다.② 보조사업부서는 제1항의 점검 및 현장조사 결과에 따라 보조금 교부결정 취소, 보조금 반환, 제재부가금 부과, 보조사업 수행 배제 등 필요한 조치를 하여야 한다.③ 보조사업부서는 제1항에 따른 점검 및 현장조사, 제2항에 따른 조치를 실시한 경우 지체없이 그 내용을 보조금시스템에 등록하여 관리하여야 한다.④ 제3항에 따라 등록한 모니터링 점검 결과를 변경하고자 하는 경우에는 부정수급심의위원회의 심의결과, 감사 및 수사결과, 소송결과를 보조금시스템에 반드시 첨부하여야 한다.

제43조(재검토기한) 국토교통부장관은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 훈령에 대하여 2025년 7월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.