연구개발특구육성사업 운영관리지침 (예규, 과학기술정보통신부)
공포일: 20250416 / 시행일: 20250416

제1조(목적) 이 운영관리지침(이하 "지침"이라 한다)은 「국가연구개발혁신법」(이하 "법"이라 한다), 「국가연구개발혁신법 시행령」(이하 "영"이라 한다), 「국가연구개발혁신법 시행규칙」(이하 "시행규칙"이라 한다), 「과학기술정보통신부 소관 과학기술분야 연구개발사업 처리규정」(이하 "처리규정"이라 한다) 관련 행정규칙 제정 및 시행에 따른 연구개발특구육성사업(이하 "특구육성사업"이라 한다)을 효율적으로 시행하기 위하여 필요한 세부사항을 정함을 목적으로 한다.

제2조(용어의 정의) 이 지침에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.1. "특구육성사업"이란 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」(이하 "연구개발특구법"이라 한다) 제12조에 따른 특구육성사업을 말한다.2. "강소특구육성사업"이란 연구개발특구법 제12조에 따라 실시하는 특구육성사업 중 강소특구를 대상으로 추진하는 사업을 말하며, 공통수단 지원사업과 특화수단 지원사업으로 구분된다.가. "공통수단 지원사업"이란 강소특구육성사업 중 전문기관이 주관하여 추진하는 사업을 말한다.나. "특화수단 지원사업"이란 강소특구육성사업 중 기술핵심기관이 주관하여 추진하거나 수행하는 아래 각 사업으로서, 「국가연구개발혁신법」(이하 "혁신법"이라 한다) 제9조제4항제5호에 따라 공모 외의 방법으로 추진하며 세부 사항은 시행계획으로 정한다.1) "직접수행사업"이란 기술핵심기관이 특화수단 지원사업의 주관연구개발기관으로서 직접 수행하는 사업을 말한다.2) "특화개별사업"이란 특화수단 지원사업 중 기술핵심기관이 개별적으로 공고하여 실시하는 사업을 말한다.3. "사업화"란「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」제2조제3호의 규정에 따른 사업화를 말한다.4. "전문기관"이란 처리규정 제9조에 따른 "연구개발특구진흥재단"을 말한다.5. "기술사업화추진위원회"란 법 제14조제4항 본문에 따른 평가결과 심의 및 사업의 주요사항을 심의ㆍ조정하기 위해 사업별 심의위원회를 말한다.6. "기 지원"이라 함은 연구개발계획서에 제시된 연구개발의 목표 및 내용이 정부시행 사업에 의해 지원 중이거나 지원이 확정된 사업의 목표 및 내용과 일부 또는 전체가 동일한 경우를 말한다.7. "기 개발"이라 함은 연구개발계획서에 제시된 연구개발의 목표 및 내용의 일부 또는 전체가 이미 국내의 업계 및 연구기관 등에서 개발된 경우를 말한다.8. "회수금"이란 연구개발비 정산 결과에 따라 영 제26조제5항 및 「국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준」(이하 "연구개발비 사용기준"이라 한다.) 제83조제1항에 따른 회수 금액을 말한다.9. "정부납부기술료"라 함은 법 제18조제2항에 따라 연구개발성과소유기관이 중앙행정기관에게 납부하여야 하는 기술료의 일부 또는 연구개발성과로 인한 수익의 일부를 말한다.10. "총괄주관연구개발기관"이라 함은 연구개발과제가 총괄연구개발과제 및 세부연구개발과제로 구분되는 경우에 총괄연구개발과제의 관리를 수행하는 주관연구개발기관을 말한다.가. "강소특구육성사업"에서 "총괄주관연구개발기관"이란 특화개별사업을 기획, 평가 및 관리하는 업무를 총괄하는 기관으로서, 기술핵심기관이 특화개별사업의 총괄주관연구개발기관이 된다.11. "세부주관연구개발기관"이라 함은 연구개발과제가 총괄연구개발과제 및 세부연구개발과제로 구분되는 경우에 세부연구개발과제를 주도적으로 수행하는 주관연구개발기관을 말한다.12. "총괄연구책임자"라 함은 연구개발과제가 총괄연구개발과제 및 세부연구개발과제로 구분되는 경우에 총괄주관연구개발기관에 소속되어 연구개발과제 전체를 관리하는 연구책임자를 말한다.13. "세부연구책임자"라 함은 연구개발과제가 총괄연구개발과제 및 세부연구개발과제로 구성되는 경우에 세부주관연구개발기관에 소속되어 세부연구개발과제를 총괄하여 수행하는 연구책임자를 말한다.14. "기술핵심기관"이란 「연구개발특구법 시행령」(이하 "특구법 시행령"이라 한다) 제5조제3항제1호 및 「연구개발특구의 지정 등에 관한 세부고시」에 따라 과학기술정보통신부장관(이하 "장관"이라 한다)이 강소특구별로 지정한 기관으로서, 강소특구육성사업의 기획과 집행에 공동 참여하고 혁신주체의 연계 및 협력을 매개하는 역할을 수행하는 기관을 말한다.15. "특화지원기관"이란 강소특구육성사업 중 특화개별사업의 개별과제를 주관하여 수행하는 기관으로서 영 제2조에 따른 주관연구개발기관에 해당한다. 기술핵심기관 또는 기술핵심기관이 선정한 기관이나 기업 등이 개별과제의 특화지원기관이 되며, 기술적 역량과 설비 등을 활용하여 특화 개별사업을 직접 수행하거나 수혜기업에게 기술 지원 등의 서비스를 제공할 수 있다.16. "수혜기업"이란 강소특구육성사업에 따른 지원을 받는 기업으로서 개별과제의 특화지원기관이 아닌 기업을 말하며, 세부사항은 공고에서 정한다.

제3조(적용범위 등) ① 이 지침은 특구육성사업에 대하여 적용한다. 다만, 특구육성사업 이외의 사업에 대하여 필요시 이 지침을 적용할 수 있으며 해당사항을 공고 및 협약체결 시 명시한다.② 사업별 특성에 따라 이 지침에서 정한 절차를 일부 생략하거나 추가할 수 있으며, 해당 사항을 공고 시 명시한다.

제6조(전문기관) ① 전문기관의 장은 법 제22조 및 처리규정 제9조에 따라 장관과 협약을 체결하고, 처리규정 제9조에 따른 업무 및 다음 각 호에 해당하는 업무의 전부 또는 일부를 대행한다.1. 특구육성사업 연구개발계획의 수립 지원 및 관련 정책연구2. 연구개발계획서 검토ㆍ조정, 연차ㆍ단계ㆍ최종보고서 검토, 평가위원회의 운영에 관한 사항3. 연구개발기관과의 협약에 관한 사항4. 사업수행 실태점검, 연구개발비 지급 및 정산 등 사업의 수행관리5. 제재처분평가단의 운영6. 제재부가금 및 환수금의 징수에 관한 사항7. 사업의 성과분석, 성과의 관리ㆍ활용 및 사업화 촉진에 관한 사항8. 기술료의 징수 및 관리에 관한 사항9. 사업의 보안 및 연구윤리에 관한 사항10. 사업관리를 위한 시스템 구축ㆍ운영에 관한 사항11. 연구시설ㆍ장비 등록 및 관리에 관한 관리ㆍ감독12. 연구노트 작성 및 관리에 관한 관리ㆍ감독13. 제1호부터 제13호까지 관련된 부대 사항 및 기타 연구개발사업의 효율적 수행을 위하여 장관이 필요하다고 인정한 사항② 전문기관의 장은 제1항에 따른 대행업무에 대하여 개별조항에서 정하는 바에 따라 그 결과를 장관에게 보고하여야 한다.③ 전문기관의 장은 제1항에 따른 업무의 효율적 수행을 위하여 필요한 경우에는 이에 관한 연구를 직접 수행할 수 있으며, 이를 위하여 연구개발기관 및 관계기관 등으로부터 의견수렴, 자료요청 또는 현장조사를 할 수 있다.

제7조(기술사업화추진위원회) ① 장관은 법 제14조제4항 본문에 따른 평가결과 심의 및 사업의 주요사항을 심의ㆍ조정하기 위해 특구육성사업에 관한 심의위원회인 기술사업화추진위원회를 둘 수 있으며, 전문기관의 장으로 하여금 운영하게 할 수 있다. 이때, 전문기관의 장이 기술사업화추진위원회를 운영하는 경우 선정평가의 평가결과에 대해 기술사업화추진위원회 심의를 거친 후 장관에게 평가결과를 보고한다.② 위원은 다음 각 호의 자격을 갖춘 사람 중에서 장관이 위촉한다.1. 기술사업화 업무에 관한 학식과 경험이 풍부한 사람2. 특구육성사업 관련분야 15년 이상 경력을 가진 사람③ 위원장과 위원의 임기는 2년으로 하되 연임할 수 있다. 다만, 위원이 궐위된 경우 후임 위원의 임기는 전임자의 잔여임기로 한다.④ 위원의 임기가 만료되어 위원회를 다시 구성할 경우 차기 위원 선정시까지 기존 위원의 임기가 연장된 것으로 본다.⑤ 위원회에 상정된 심의 대상 사업의 연구책임자 또는 연구자로 위원이 참여하는 경우 해당 안건 심의에서 해당 위원을 의결에서 제외한다.⑥ 위원은 연구개발과제평가단에 포함될 수 없다.

제8조(평가위원회) ① 장관은 전문기관의 장으로 하여금 사업의 효율적인 평가ㆍ관리를 위하여 법 제14조 제1항에 따라 연구개발과제평가단(이하 "평가위원회"라고 한다)을 구성하여 다음 각 호의 사항을 심의하게 할 수 있다.1. 선정평가, 단계평가, 최종평가, 특별평가 등2. 기타 장관이 사업 또는 과제의 평가ㆍ관리를 위해 평가위원회 심의가 필요하다고 인정한 사항② 전문기관의 장은 다음의 기준에 따라 평가위원회를 구성한다. 이 경우 평가의 공정성을 위해 이해관계자는 스스로 회피신청을 하여야 한다.1. 영 제27조제1항의 평가위원 후보단 중에서 국가과학기술표준분류 등을 참고하여 7인 내외로 평가위원회를 구성한다. 이 경우 과제특성에 따라 사업화, 법, 제도, 정책, 표준화, 특허, 인재양성, 장비 등 다양한 전문영역의 전문가를 포함할 수 있다.2. 평가위원회 위원장은 평가위원회 개최 시 참석위원 중에서 호선한다.3. 간사는 전문기관의 담당자로 한다.③ 전문기관의 장은 평가위원이 평가위원회 및 현장실태조사 등에 참여하는 때에는 예산의 범위 안에서 수당과 여비를 지급할 수 있다.④ 평가위원회는 사업별로 정하는 바에 따라 발표평가, 서면평가, 현장방문평가, 토론평가, 대면평가(평가위원, 연구개발기관, 간사 등 평가위원회 참석자가 정해진 시간 장소에 함께 모이는 방식) 또는 비대면 온라인 평가(평가위원, 연구개발기관, 간사 등 평가위원회 참석자가 인터넷, 전자우편 등 정보통신매체를 이용하여 연락을 하는 방식) 등의 방법 중 하나 또는 복수의 방법을 활용하여 평가를 할 수 있으며, 필요 시 외부전문가의 검토의견을 평가위원회 평가자료로 활용할 수 있다.⑤ 연구개발계획서의 발표는 연구책임자가 발표함을 원칙으로 한다.⑥ 전문기관의 장은 각종 평가에 대한 이의신청이 연구개발기관으로부터 접수될 경우에는 그 적정성을 검토하여 원안확정 통보 또는 재심의 평가위원회에 상정할 수 있다. 재심의 평가위원회에 상정할 경우 이의 신청자가 기존 평가위원에 대해 기피 신청을 하면 기존 평가위원을 제외하고 전원 새로운 평가위원으로 위촉ㆍ구성하여 평가위원회를 개최함을 원칙으로 한다.⑦ 평가위원회는 이해관계, 불공정 논란 등으로 인해 평가가 곤란한 경우 1회에 한하여 30일 이내에 평가를 다시 실시할 수 있다.

제9조(제재처분평가단) ① 장관은 전문기관의 장으로 하여금 법 제33조제1항에 따라 제재처분평가단을 구성ㆍ운영하도록 할 수 있다.② 제재처분평가단은 다음 각 호의 사항을 심의한다.1. 법 제32조제1항에 따른 제재처분에 필요한 사항2. 법 제33조제4항단서에 따라 소관 중앙행정기관의 장이 실시하는 재검토에 대한 심의3. 정부납부기술료 납부 기한의 연장 및 감면4. 장관이 필요하다고 인정하는 경우 환수금 및 제재부가금의 분할 납부 및 납부기한 변경5. 기타 장관이 연구개발사업의 관리와 관련하여 제재처분평가단의 심의가 필요하다고 인정한 사항

제10조(평가위원 예비후보자) ① 장관은 전문기관의 장으로 하여금 영 제27조제1항후단에 따라 평가위원회 후보단 구성에 관한 의견을 제출하기 위하여 다음 각 호에서 정한 조건을 갖춘 사람들 중에서 연구개발과제 평가위원회 후보단 구성에 적합한 사람(이하 "평가위원 예비후보자"라 한다)을 선정하도록 할 수 있다.1. 기업체(기업ㆍ업종별 단체 및 민간협회 등을 포함한다) 및 연구계 종사자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당되는 자가. 박사학위 소지자나. 석사학위 소지자로서 해당분야 5년 이상 경력자다. 학사학위 소지자로서 해당분야 7년 이상 경력자라. 논문, 특허, 저서, 자격증 등 다양한 방법으로 해당 분야 상당한 경력이 인정되는 자2. 「고등교육법」 제2조제1호부터 제6호까지에 해당하는 학교의 강사 이상 또는 학교의 부설기관 재직자로 제1항제1호가목에서 라목까지 어느 하나에 해당되는 자3. 제1항제1호가목에서 라목까지 어느 하나에 해당되는 공무원으로서 해당분야의 전문성이 인정되는 자4. 기타 위와 동등한 자격이 있다고 전문기관의 장이 인정하는 자② 제1항에도 불구하고 평가위원 예비후보자 구성에 일반국민의 참여가 필요하다고 인정되는 경우 등의 사유가 있는 때에는 전문기관의 장은 그 사유를 명시하여 제1항에서 정한 자격 조건을 충족하지 못한 자를 평가위원 예비후보자로 선정할 수 있다.③ 평가위원 예비후보자는 본인의 신청이나 관계기관의 추천을 받아 모집한다.④ 다음 각 호에 해당되는 자는 평가위원 예비후보자가 될 수 없으며 이미 평가위원 예비후보자로 선정되어 평가위원후보단에 등록된 자는 평가위원후보단에서 제외할 수 있다. 다만, 다음 각 호에서 정하는 사유가 해소되는 경우 평가위원 예비후보자로 재선정 할 수 있다.1. 사망, 이민, 연락 두절, 기본 정보 미제공이나 미흡으로 활용이 불가능한 자2. 퇴직 또는 이직 등으로 인하여 제1항 각 호의 요건을 충족하지 아니하게 된 자3. 명시적으로 거부의 의사표시를 한 자4. 국가연구개발사업에 참여제한을 받고 있는 자5. 평가위원 예비후보자 등록을 신청할 때 허위사실을 기재한 자6. 불성실하거나 불공정하게 평가를 행한 사실이 있는 자7. 기타 평가후보단으로 활용하기에 적합하지 않다고 인정되는 자

제11조(주관연구개발기관) ① 해당 연구개발과제를 주도적으로 수행하는 주관연구개발기관 및 주관연구개발기관의 장은 다음 각 호의 권한과 책임을 갖는다.1. 연구개발계획서 등 신청 서류 제출2. 연구개발과제 협약체결 및 수행에 대한 종합적인 관리2의1. 전문기관, 세부주관연구개발기관 및 공동연구개발기관간의 협약체결, 연구개발과제 수행에 대한 총괄관리 및 종합적인 관리(총괄주관연구개발기관의 경우)3. 기관부담연구개발비를 의무화 하는 사업의 경우 주관연구개발기관이 부담하기로 한 연구개발비의 부담4. 연구개발과제 수행에 필요한 참여인력, 시설의 확보 및 연구지원5. 연구개발비의 관리 및 사용실적의 보고6. 연차ㆍ단계보고서 및 최종보고서의 제출6의2. 총괄주관연구개발기관에 연차ㆍ단계보고서 및 최종보고서 제출(세부주관연구개발기관의 경우)7. 연구개발과제 수행결과의 활용 및 성과활용보고서 등 제출8. 기술료의 징수ㆍ사용과 정부납부기술료의 납부 및 그 실적의 보고9. 국가연구개발사업의 조사ㆍ분석ㆍ평가자료 제출10. 연구개발과제의 보안관리11. 연구윤리 준수12. 장비의 활용, 관리 및 관련자료의 제공13. 연구개발과제(연구자 또는 연구지원인력 포함)의 부정행위 발생 시 전문기관에 통보14. 연구노트의 관리15. 시설 및 장비(시작품 포함)의 안전 등 연구개발과제 수행과 관련한 전반적 안전관리② 장관은 사업의 목적을 효과적으로 달성하기 위해 사업에 참여할 수 있는 주관연구개발기관의 자격 및 형태 등을 시행계획을 공고 할 때 별도로 정하여 공고하여야 한다.③ 주관연구개발기관의 장은 협약에서 정하는 바에 따라 하나의 연구개발과제를 다른 기관과 공동으로 수행할 수 있다.④ 주관연구개발기관의 장은 연구개발기관의 부도ㆍ폐업, 연구책임자 유고 등 기술개발사업의 추진체계상 중대한 변동사항이 발생하였을 경우 이를 즉시 전문기관에게 통보하여야 한다.

제12조(공동연구개발기관) ① 공동연구개발기관 및 공동연구개발기관의 장은 다음 각 호의 권한과 책임을 갖는다.1. 연구개발과제의 공동 참여 및 협력2. 연구개발과제 협약체결 및 수행에 대한 관리3. 기관부담연구개발비를 의무화 하는 사업의 경우 공동연구개발기관이 부담하기로 한 연구개발비의 부담4. 연구개발과제 수행에 필요한 참여인력, 시설의 확보 및 연구지원5. 연구개발비의 관리 및 주관연구개발기관의 연구개발비 사용실적의 보고 협조6. 주관연구개발기관의 연차ㆍ단계보고서 및 최종보고서 작성 지원7. 연구개발과제 수행결과의 활용 및 주관연구개발기관의 성과활용보고서 작성 등 협조8. 기술료의 징수ㆍ사용과 정부납부기술료의 납부 및 그 실적의 보고9. 주관연구개발기관의 국가연구개발사업의 조사ㆍ분석ㆍ평가자료 작성 협조10. 연구개발과제의 보안관리11. 연구윤리 준수12. 장비의 활용, 관리 및 관련자료의 제공13. 연구개발과제의 부정행위 등 문제 발생 시 전문기관에 통보14. 연구노트의 관리15. 시설 및 장비(시작품 포함)의 안전 등 연구개발과제 수행과 관련한 전반적 안전관리② 장관은 사업의 목적을 효과적으로 달성하기 위해 사업에 참여할 수 있는 공동연구개발기관의 자격 및 형태 등을 시행계획을 공고 할 때 별도로 정하여 공고할 수 있다.

제13조(위탁연구개발기관) 위탁연구개발기관은 다음 각 호의 권한과 책임을 갖는다. 다만, 사업별 특성에 따라 위탁연구개발기관의 자격은 장관이 해당사업을 공고하는 때에 별도로 정할 수 있다.1. 위탁받은 연구개발과제 일부의 수행 및 협력2. 연구개발과제에 대한 특수한 전문지식 또는 기술의 활용3. 주관연구개발기관에 대한 연구개발성과의 보고 및 활용방법 안내4. 연구장비의 활용, 관리 및 관련 자료의 제공5. 과제의 부정행위 등 문제 발생 시 전문기관에 통보6. 기타 연구개발과제의 관리에 필요한 사항으로 장관이 정하는 경우

제14조(연구책임자 및 공동연구책임자) ① 연구책임자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 주관연구개발기관에 소속된 자이어야 하며, 해당 분야의 전문가로서 총괄관리 및 조정 능력을 갖추고 과제 관리에 전념할 수 있는 자로 한다.1. 관련 법령에 의거하여 원 소속 기관장이 겸임 또는 겸직을 허가한 경우2. 산업기술연구조합이 주관연구개발기관인 경우3. 기업에 근무하는 정부출연연구기관 또는 전문생산기술연구소의 기업지원 연구직의 경우② 연구책임자는 다음 각 호의 권한과 책임을 갖는다.1. 연구개발계획서의 작성2. 연구개발비의 사용 발의, 관리 및 집행3. 연구개발과제 수행과정의 조정 및 감독4. 연구개발과제의 연차ㆍ단계 보고서 및 최종 보고서, 성과활용보고서의 작성 및 결과 보고5. 연구개발과제 수행결과의 실시 등 성과활용6. 장비의 활용, 관리 및 관련자료의 제공7. 세부연구개발과제별 추진상황의 점검 및 조정(총괄연구책임자의 경우)8. 종합적인 연구개발 조정 및 감독 등(총괄연구책임자의 경우)9. 연구노트의 작성 및 관리에 관한 사항10. 시설 및 장비(시작품 포함) 등의 안전관리11. 안전사고 발생 시 즉각적인 사후조치 및 안전사고의 내용, 발생원인, 사후조치 및 경과 보고③ 주관연구개발기관의 장은 연구개발과제를 수행 중인 연구책임자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 연구책임자를 변경하여야 한다. 단, 장관 또는 전문기관의 장과 사전 협의를 통해 승인을 받은 경우 변경하지 아니할 수 있으며, 국제공동연구의 경우에는 예외로 할 수 있다.1. 연구책임자가 6개월 이상 계속하여 외국에 체류하려는 경우2. 주관연구개발기관의 장이 연구책임자를 6개월 이상 계속하여 국내ㆍ외 기관에 파견(교육훈련, 출장, 연수 등을 포함한다)하려는 경우3. 제1호 및 제2호에서 규정한 사항 외에 연구책임자가 6개월 이상 계속하여 해당 연구개발과제를 수행하기 어려운 사유가 발생한 경우④ 선정평가, 특별평가, 단계평가, 최종평가시 연구개발계획 및 계획대비 실적에 대한 발표는 특별한 사정이 없는 한 연구책임자가 발표하여야 한다.⑤ 공동연구책임자에 대하여 제1항 내지 제3항을 준용한다. 단, 제1항 내지 제3항에서 ‘주관연구개발기관’은 ‘공동연구개발기관’으로, ‘연구책임자’는 ‘공동연구책임자’로 본다.

제15조(지방자치단체) ① 강소특구별 해당 소관 지방자치단체는 다음 각 호의 권한과 책임을 갖는다.1. 「연구개발특구의 지정 등에 관한 세부고시」 제7조 및 같은 법 별표 6에 따른 기술핵심기관과의 협약2. 해당 강소 특구의 연차별 특구 시행계획의 작성, 심의 및 제출3. 연구개발특구육성(R&D) 예산의 국비 총액 대비 20퍼센트 이상의 지방비 출연 및 기타 재원의 마련4. 기타 강소특구의 운영 및 활성화를 위한 지원책의 마련 및 시행② 강소특구별 해당 소관 지방자치단체는 제1항제2호의 연차별 특구 시행계획 심의를 위한 자체 기준을 마련하여 장관의 승인을 얻어야 한다.

제16조(기술핵심기관) ① 기술핵심기관은 해당 강소특구의 연차별 육성사업 시행계획 작성 등 기타 관련 사업의 기획ㆍ추진을 지원하고, 장관 또는 전문기관의 해당 강소특구 현장점검, 성과보고, 자료제출 등 요청에 대해 성실히 수행해야 한다.② 기술핵심기관은 직접수행사업의 주관연구개발기관으로서 제11조에 따른 역할과 책임을 부담한다.③ 기술핵심기관은 특화개별사업의 총괄주관연구개발기관으로서 다음 각 호의 권한과 책임을 갖는다.1. 특화개별사업의 개별 과제 등에 관한 모집 공고2. 특화개별사업의 개별 과제 등 선정 평가 및 결과 보고3. 특화지원기관 또는 수혜기업과의 협약 등 체결4. 특화개별사업의 개별 과제 등에 관한 연구개발비 예산의 산정, 지급 및 관리5. 사업의 중간점검 및 수행 관리6. 특화개별사업의 개별 과제별 수행 결과 평가 및 보고7. 특화개별사업의 정산 및 연구개발비 잔액 등 회수④ 기술핵심기관은 제3항에 따른 업무를 수행하기 위하여 다음 각 호의 사항에 관한 자체 기준을 마련하여 전문기관의 승인을 얻어야 한다. 이미 마련된 기준을 개정하거나 변경하는 경우에도 동일하다.1. 수혜기업 등의 선정 기준 및 절차에 관한 사항2. 특화개별사업의 개별과제 평가 기준 및 절차에 관한 사항3. 특화개별사업의 개별과제 협약 변경 및 해약에 관한 사항4. 특화개별사업의 연구개발비 지급, 관리 및 정산 등에 관한 사항5. 의무 불이행 또는 협약 등을 위반한 수혜기업 또는 특화지원기관의 처리에 관한 사항

제17조(연간 사업시행계획 수립 및 공고) ① 장관은 처리규정 제13조에 따른 연도별 종합시행계획에 따라 특구육성사업에 대한 연도별 세부시행계획을 수립한다.② 장관은 법 제9조의 예고 및 공고를 전문기관의 장으로 하여금 대신 수행하게 할 수 있다.③ 영 제9조제1항 따라 공고하는 사업별 시행계획에는 영 제9조제1항 각 호의 내용 및 「국가연구개발사업 동시수행 연구개발과제 수 제한 기준」제2조제1항의 동시수행제한제외과제 여부를 포함하여야 하며, 다음 각 호의 사항을 포함할 수 있다.1. 사업 공모(지정공모, 자유공모, 품목지정 등) 방식 및 지원대상 분야2. 신청방법 및 신청기한3. 기술료 징수 여부, 기준 및 방법4. 근거법령 및 규정5. 사업의 전문기관6. 공고 과제에 대한 중복성 제기 기간 및 접수 창구7. 사업별 특성이 반영된 의무사항 및 필수제출 서류8. 데이터관리계획(장관이 필요하다고 인정하는 연구개발과제에만 해당한다)9. 기타 연구개발계획서 심의 등을 위해 필요한 사항④ 전문기관의 장은 연구개발 사업의 원활한 수행을 위해 사업설명회 등을 통하여 필요한 사업을 홍보하여야 한다. 다만, 긴급한 연구개발 사업일 경우에는 생략할 수 있다.

제18조(연구개발과제의 신청) ① 연구개발과제를 수행하고자 하는 연구개발기관 등은 영 제9조제2항에 따른 연구개발계획서를 전문기관의 장에게 제출하여야 한다. 다만, 대외보안이 필요한 경우 또는 정책지정과제인 경우에는 연구개발계획서를 장관에게 직접 제출할 수 있다.② 신청기관은 영 제11조에 따른 사전검토를 위해 전문기관의 장이 요청하는 사항에 대해 협조하여야 한다.

제19조(사전검토) ① 전문기관의 장은 영 제11조에 따라 연구개발계획서의 구비요건, 자격조건 등에 대한 다음 각 호의 사전검토를 실시하여 평가대상 여부를 결정한다. 이때 전문기관의 장은 신청기관의 장에게 필요시 제출 서류 이외의 관련 자료 제출을 요구할 수 있으며, 사업별 특성에 따라 [별표 2]의 ‘사전지원제외’ 및 ‘사후관리’를 전체 또는 일부에 대해 적용하지 않을 수 있다1. 참여제한 여부2. 신청자격 적합여부(공고내용과의 부합성, 기 개발 및 기 지원 여부, [별표 2]의 사전지원제외 해당 여부 및 기타 공고시 정한 결격사유 해당 여부)② 전문기관의 장은 연구개발기관의 장이 제출한 우대 및 감점 기준 관련 자료를 바탕으로 우대 및 감점 여부를 확인하여 평가에 반영한다. 다만, 접수 마감일 현재 우대 및 감점 유효기간이 지난 때에는 적용하지 아니한다.③ 연구개발계획서를 검토할 때 서류검토를 원칙으로 하되, 주관연구개발기관 및 공동연구개발기관 등의 사업수행 능력 등을 확인하기 위하여 필요하다고 판단될 경우 면담조사 또는 현장 실태조사를 실시할 수 있다.

제20조(선정평가) ① 전문기관의 장은 제18조에 따라 제출된 연구개발계획서의 평가를 위하여 평가기본계획을 수립하여 장관에게 보고하여야 한다. 이때 장관은 평가기본계획을 수정ㆍ보완하거나 전문기관의 장으로 하여금 이를 수정ㆍ보완하게 할 수 있으며, 사업별 특성에 따라 사업별 시행계획으로 평가기본계획을 갈음할 수 있다.② 전문기관의 장은 연구개발계획서의 평가를 위해 평가위원회를 구성하고, 법 제10조제2항 및 영 제12조제2항에 따라 다음 각 호의 사항을 종합적으로 고려하여 평가를 실시하여야 한다. 다만, 사업별 특성에 따라 제3호부터 제11호까지의 사항 중 일부 또는 전부를 평가하지 아니할 수 있다.1. 과제의 창의성 및 수행계획의 충실성2. 연구자 또는 소속 기관ㆍ단체의 연구개발 역량3. 연구개발과제의 학술적ㆍ기술적ㆍ사회적ㆍ경제적ㆍ지역적 파급효과 및 연구개발성과의 활용 가능성4. 특구육성사업 공고 및 추진계획과의 부합성5. 선정평가 대상 과제와 국가연구개발사업으로 추진됐거나 추진되고 있는 다른 연구개발과제와의 차별성6. 과제 관련 연구시설ㆍ장비 구축계획의 타당성7. 과제의 국내외 연계ㆍ협력 가능성8. 연구개발비 계상 및 연구개발기간의 타당성9. 사업화 등 연구개발결과의 활용 가능성10. 보안과제 분류의 타당성11. 데이터관리계획(장관이 필요하다고 인정하는 연구개발과제만 해당한다.)③ 장관은 법 제10조제2항에 따른 선정평가 기준에 따라 연구개발기관을 우대할 수 있으며, 사업별 특성에 따라 사업별 우대 기준 및 적용 여부는 연구개발 사업 공고 시 5점 이내에서 별도로 정할 수 있다.④ 장관은 영 제12조제5항 각 호에 해당하는 경우에 해당하는 과제를 불리하게 대우할 수 있다. 이때, 사업별 특성에 따라 사업별 감점 기준 및 적용 여부는 연구개발 사업 공고 시 별도로 정한다.⑤ 과제의 평가점수는 위원별 점수 중 최고점수와 최저점수를 제외한 점수의 산술평균점수를 계산한 후, 가점 및 감점 점수를 포함시킨다. 단, 평가결과 가점 및 감점 요건이 조정된 경우는 조정된 사항을 반영한다.⑥ 전문기관의 장은 종합평가점수가 60점 이상인 과제를 "지원 가능 과제"로 분류하고, 60점 미만인 과제는 "지원 제외"로 구분한다. 이때, 사업별 특성 또는 평가계획에 따라 평가 결과 구분 및 기준을 달리 정할 수 있다.⑦ 전문기관의 장은 "지원 가능 과제"에 대하여 사업별 예산의 범위 내에서 종합평가점수가 높은 순서로 우선순위에 따라 협약대상으로 선정할 수 있다.⑧ 장관은 제2항제5호에 따른 과제의 차별성 검토를 실시할 때 영 제12조제3항 각 호를 고려하여 평가하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 차별성을 인정할 수 있다.1. 경쟁 또는 상호보완이 필요한 경우(연구개발과제를 복수의 연구기관이 수행하도록 하거나 유사한 연구개발과제를 수행할 필요가 있는 경우, 기 개발된 소프트웨어의 기술 또는 제품에 대해 혁신적인 기능을 추가하거나 성능을 향상시키기 위한 연구개발인 경우 등)2. 연구개발 주제, 목표, 수행방식 등이 다른 경우⑨ 전문기관의 장은 선정평가위원회 평가 후 과제별 종합평가의견(평가위원별 평가점수 및 의견은 제외) 등을 포함한 결과를 장관에게 보고하여야 한다.

제21조(연구개발기관의 선정 확정) ① 장관은 제20조에 따른 선정평가위원회 평가결과, 예산규모, 기술정책방향, 기술사업화추진위원회 심의 결과 등을 종합적으로 검토하여 연구개발기관을 최종 확정하여야 하며, 그 결과를 전문기관의 장에게 통보하고, 전문기관의 장은 평가위원 명단, 종합평가의견(평가위원별 평가점수 및 의견은 제외)을 포함한 평가결과를 영 제29조제1항 각 호에 정한 자에게 통보한다.② 연구개발기관의 장은 통보받은 평가결과에 대해 법 제14조제6항에 따라 이의신청을 하려는 경우 결과를 통보받은 날부터 10일 이내에 규칙 제2조제8호 서식에 따른 이의신청서를 전문기관의 장에게 제출해야 한다. 다만, 이의신청은 1회에 한한다.③ 전문기관의 장은 영 제12조제6항에 따라 연구개발기관의 장에게 평가위원회 의견을 반영하여 연구개발계획서를 보완하여 다시 제출하게 할 수 있다. 이때, 연구개발기관의 장은 평가의견을 충분히 반영한 연구개발계획서를 정해진 기간 이내에 전문기관의 장에게 제출하여야 한다.④ 장관은 협약을 체결하기 전에 연구개발계획서 내용 등이 허위로 작성되었거나 동일과제가 중복되어 선정된 사실을 확인한 경우, 해당과제의 선정을 취소할 수 있다.

제22조(협약전 변경) ① 선정과제의 협약전 변경은 불가함을 원칙으로 한다. 다만, 연구책임자의 사망 및 퇴직, 공동연구개발기관의 해산, 청산, 부도, 폐업, 추가 및 수행포기 등 변경 승인이 불가피하게 요구되는 경우 또는 전문기관의 장의 요청 등에 따른 변경은 예외로 하며, 변경할 경우에는 제25조를 준용하여 처리한다.② 선정과제의 협약전 변경 승인이 불가피하게 요구되는 경우 전문기관의 장은 서류 검토 또는 평가위원회를 개최하여 지원여부에 대한 재평가를 할 수 있다.

제23조(연구개발비의 지원과 부담) ① 전문기관의 장은 법 제13조 및 「국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준」(이하 "연구비사용기준"이라 한다)에 따라 연구개발비를 산정한다. 다만, 관련 법령 및 제27조 2항, 별표 2에서 정하는 분야에 대해서는 인건비의 현금계상을 인정할 수 있다.② 제1항에 따라 인건비 현금 계상 인정분야로 신청한 경우라도 평가위원회에서 인정하지 않는 경우에는 현금으로 산정할 수 없다.

제24조(협약의 체결) ① 전문기관의 장은 연구개발기관의 장과 법 제11조제1항 및 영 제13조에 따라 별도로 정하는 서식으로 협약을 체결하여야 한다. 다만, 연구개발비 등의 지원과 관련하여 장관이 협약을 체결할 필요가 있는 경우에는 장관이 직접 협약을 체결한다.② 연구개발기관의 장은 제1항에 따라 협약을 체결하는 데 필요한 소정의 서류를 전문기관의 장에게 제출하여야 하며, 정당한 사유 없이 선정평가 결과 통보일로부터 1개월 이내에 협약을 체결하지 않는 경우 장관은 해당 과제의 선정을 취소할 수 있다.③ 법 제2조제3호의 가목부터 바목에 해당하는 기관에 소속된 부속기관의 장이 연구개발기관의 자격으로 협약을 체결하고자 할 때에는 해당기관의 장으로부터 해당과제의 수행과 관련된 권리와 의무를 위임받은 위임장을 제출하여야 한다.④ 전문기관의 장은 신규과제로 선정되어 협약을 체결하여야 하는 연구개발기관이 정당한 사유 없이 다음 각 호의 하나에 해당하게 된 경우 협약의 체결을 중지할 수 있다. 이때 적용대상은 연구개발과제 수행을 신청한 기관ㆍ단체ㆍ연구자이다.1. 협약 체결 전에 과제수행을 포기한 경우2. 평가결과를 연구개발계획서에 반영하지 않은 경우3. 제14조 검토결과에 따라 사전지원제외 대상이 된 경우4. 지방자치단체의 지방비 출연 미이행 또는 협약 체결 지연5. 제26조에 해당하는 사유가 발생하는 경우6. 기타 사업을 진행하기 어렵다고 생각하는 중대한 사정 변경⑤ 전문기관의 장은 제4항에 따라 협약 체결이 중지된 경우, 전문기관은 기간을 정하여 협약 체결의 중지 사유를 해소하도록 요구할 수 있다. 필요한 경우 확약서의 제출 등 기타 중지 사유 해소를 보장하는 서류를 제출하도록 하고 협약을 체결할 수 있다.⑥ 전문기관의 장은 제4항의 각 호의 사유가 해소되지 않거나 해소가 불가능한 연구개발과제는 "지원제외"로 처리한다.⑦ 장관 또는 전문기관의 장은 연구개발특구 사업관리시스템 또는 법 제20조에 따른 통합정보시스템을 통하여 전자적 형태로 제1항의 협약을 체결할 수 있다. 이 경우 전자 협약서에는「전자서명법」제2조 제2호에서 정하는 전자서명이 있어야 한다.

제25조(협약의 변경 등) ① 연구개발기관의 장은 법 제11조제2항, 처리규정 제16조제1항 및 「국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준」 제73조제1항에서 중요한 사항으로 정하는 사항에 대해 협약 변경을 하려는 경우 영 제14조제1항에 따라 변경 사유와 내용을 사전에 문서로 명확히 알리고 전문기관과 사전협의를 거친 후, 전문기관의 장에게 협약 변경을 요청하여 승인을 얻어야한다.② 제1항의 협약 변경 시 기준은 다음과 같다.1. 연구책임자는 연구개발과제 수행의 일관성 유지를 위해 정당한 사유가 인정되는 경우(사망, 이민, 퇴직, 부서이동, 제14조제3항 각 호에 해당하는 경우 등)를 제외하고는 원칙적으로 변경할 수 없다.2. 연구개발기관의 장이 협약당사자 변경을 요청할 때에는 변경 후의 기관이 변경 전 기관의 모든 권한과 책임(해당 사업에 출자한 현금 및 현물분, 정부납부기술료 등)을 승계한다는 내용의 공증된 양도ㆍ양수계획서 사본을 전문기관의 장에게 제출하여야 한다. 단, 인수합병 등의 요인으로 인해 양도ㆍ양수계획서 작성이 불가능한 경우에는 종전 회사의 협약상 권리ㆍ의무 일체를 포괄적으로 승계하는 의사를 표현한 확인서 및 합병계약서, 합병에 관한 주주총회 의사록으로 갈음할 수 있다.3. 연구개발기간 연장은 특별한 사유가 없는 한 연차별로 총 6개월 이상을 초과할 수 없다.③ 법 제11조제3항에 따른 사항은 발생일로부터 15일 이내에 협약 당사자 간의 통보로 해당 연구개발과제 협약이 변경된 것으로 본다.④ 제1항 및 제3항의 사항은 연구개발과제 성격에 따라 연구개발특구 사업관리시스템 및 법 제20조에 따른 통합정보시스템에 입력하는 것으로 승인요청 및 통보를 갈음할 수 있다.⑤ 전문기관의 장은 제3항에 따른 참여연구자 변경 통보사항에 대하여 법 제32조제1항에 따른 참여제한자 여부를 검토하고, 참여제한자인 경우 연구개발기관에 통보하여 변경을 취소하여야 한다.⑥ 전문기관의 장 및 연구개발기관의 장은 영 제14조제2항제6호의 경우에는 전문기관의 평가결과 통보를 협약의 변경으로 간주한다.⑦ 제1항에 따라 변경하는 협의의 내용은 협약 당사자 간 협의가 완료되어 전문기관의 승인을 득한 날로부터 협약이 변경된 것으로 본다.

제26조(협약의 해약) ① 전문기관의 장은 법 제11조제4항에 따른 사항에 대해 장관의 승인을 얻어 협약을 해약할 수 있다.② 전문기관의 장은 특화수단 지원사업에 한하여 지방자치단체의 지방비 출연 미이행 또는 지체로 인하여 사업을 진행하기 어려운 경우 특별평가를 거쳐 그 결과에 따라 기술핵심기관과의 협약을 해약하거나 지원사업의 축소 또는 지원금액을 감액할 수 있다.

제27조(연구개발비의 산정기준) ① 연구개발비는 과제의 연구개발기관별로 계상하며, 연구개발비의 사용 용도 및 기준은 영 [별표 2] 및 연구개발비 사용기준에 따른다. 이 경우, 장관 또는 전문기관의 장은 사업별 특성에 따라 사용 용도를 구체화하거나 제한할 수 있다.② 연구개발비 사용기준 제65조제4항에 따라 영리기관 소속 참여연구자의 인건비를 다음 각 호의 기준에 따라 현금으로 산정할 수 있다.1. 연구개발비 사용기준 제65조제4항제1호에 따른 중소ㆍ중견기업인 연구개발기관이 신규로 채용하는 참여연구자2. 위 1호에 따라 채용한 신규 내부연구자의 인건비가 해당과제 연구개발기관 인건비 총액의 30퍼센트 이상일 경우, 협약 시에 한하여 기존 소속 참여연구자 인건비를 신규 참여연구자의 인건비에 해당하는 금액만큼 현금으로 산정할 수 있다. 다만, 신규 참여연구자의 인건비 실집행액이 해당 연구개발기관 인건비 집행액의 30퍼센트 이상이어야 한다.3. 「연구산업진흥법」 제2조제1호가목 및 나목의 산업을 영위하는 사업자 중 제6조제1항에 따른 전문사업연구자로 신고한 연구개발기관에 소속되어 해당 연구개발과제에 참여하는 참여연구자의 인건비4. 창업기업(사업개시일로부터 협약기간 시작일까지 7년이 지나지 아니한 중소기업)5. 인건비 현금 인정 분야의 과제를 수행하는 중소ㆍ중견기업 소속 참여연구자의 인건비. 이 경우 인건비 현금 인정 분야의 범위는 [별표 3]에 따르되, 인건비 현금 인정 분야로 신청된 경우라 하더라도 평가위원회에서 인정하지 않는 경우에는 현금으로 산정할 수 없다.6. 해당 사업 특성 또는 국가 경제 및 사회적 상황에 따른 연구개발 수행여건 변화 등 기타 기업 소속 연구자에 대해 인건비를 지원할 필요가 있다고 장관이 인정하는 분야. 이 경우 지급범위와 지급기준은 해당사업을 공고하는 때에 별도로 정하거나, 해당 사업의 연구개발기관에 개별 통보할 수 있다.

제28조(연구개발비의 지급) ① 전문기관의 장은 장관으로부터 받은 연구개발비를 「국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준」 제19조 및 제20조에 따른 방법으로 연구개발기관에 연구개발비를 지급할 수 있다. 다만, 법 제15조제1항 각 호의 사유 발생이 의심되는 경우에는 연구개발비의 지급을 중지할 수 있다.② 제1항 단서에 따르는 경우, 연구개발기관의 연구개발비관리계좌에 대한 지급정지, 계좌가압류, 계좌동결 등의 조치를 취할 수 있다.③ 지방자치단체가 지방비를 부담하는 사업의 경우 지방자치단체가 지방비를 부담하지 않거나 그 부담을 지연하는 경우 전문기관의 장은 연구개발비의 지급을 중단하거나 감액, 분할 지급 등의 조치를 취할 수 있다.

제29조(연구개발비의 관리 및 사용) ① 연구개발기관의 장은 연구개발비를 연구비카드 또는 계좌이체의 형태로 사용하여야 한다. 다만, 불가피하게 현금 또는 소속기관 법인카드를 사용할 경우, 해당 건별로 전문기관에 소명자료를 제출하여야 한다.② 연구개발비는 「국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준」 제22조제4항에 따라 협약기간 내에 사용함을 원칙으로 하되, 협약기간 중 지출원인행위가 완료된 금액은 지출의 원인이 되는 물품ㆍ용역 및 서비스의 공급이 협약기간 내에 이루어지고 사업수행 결과에 반영되어야 하며 연구개발비 지출은 연구개발비 사용실적 보고 시까지 이루어져야 한다.③ 전문기관의 장은 연구개발기관의 연구개발비 사용 실태를 조사하기 위해 현장점검을 실시할 수 있다

제30조(연구개발기관 교육) ① 장관은 협약체결 이후 시행되는 사업의 효율성 제고, 연구개발비의 적정한 집행 및 성과제고를 위하여 전문기관으로 하여금 연구개발기관의 연구책임자ㆍ연구개발 실무자ㆍ회계책임자 등을 대상으로 교육을 실시하게 할 수 있다.② 장관은 연구개발기관이 제1항에 따른 교육 참가에 필요한 경비의 일부를 연구개발기관의 연구개발비로 부담케 할 수 있다.③ 전문기관의 장은 제1항에 따른 교육을 실시할 경우, 사업의 특성 및 전문기관별 예산을 고려하여 교육대상, 범위, 시기, 횟수 등을 별도로 정한다.

제31조(진도점검) ① 전문기관의 장은 과제수행현황 및 연구개발비 사용 실태 등을 확인하기 위해 협약기간 내에 1회 이상 진도점검을 실시할 수 있다.② 전문기관의 장은 진도점검을 실시하기 위해 연구개발기관의 장에게 별도 서식에 따른 진도실적 보고서를 제출하게 할 수 있으며, 제출된 보고서 내용의 확인을 위해 면담조사 또는 연구개발기관에 대해 현장실태조사를 실시할 수 있다.

제32조(단계평가) ① 주관연구개발기관의 장이 해당 단계 종료일 30일 전까지 단계보고서와 차기 단계 연구개발계획서를 제출하여야 하며, 정당한 사유없이 단계보고서 및 차기 단계 연구개발계획서를 제출하지 않은 경우 전문기관의 장은 해당 연구개발과제를 문제과제로 처리할 수 있다.② 전문기관의 장은 제출된 단계보고서의 내용을 검토하여 당초 계획 대비 단계목표의 달성 여부를 확인하며, 차기단계 연구개발계획서 검토 시 차기단계에 처음 참여하는 기관 및 기업의 신청자격에 대해서는 제19조에 따른 사전검토를 실시한다. 다만, 기존 연구개발기관이라 하더라도 단계보고서의 향후 연구개발과제 수행계획 내용에 대해서 선정평가에 준하여 차별성 검토를 실시한다.③ 전문기관의 장은 단계보고서 내용의 확인을 위해 면담조사 또는 현장실태조사를 실시 할 수 있으며 단계평가를 실시하여 계속 수행 여부 또는 차기단계 연구개발과제를 결정한다.④ 단계평가는 절대평가를 원칙으로 하되 정부 정책 반영, 연구개발비 차등 지원 등의 경우에 상대평가를 병행하거나, 두 방식을 혼합한 혼합평가를 할 수 있다. 이때, 사업별 특성을 반영하여 평가 절차 및 중단 비율을 달리 정할 수 있으며 성과 제고를 위해 기술성 평가와 사업화 평가로 분리하여 실시 할 수 있다.⑤ 단계평가 결과는 다음과 같이 구분한다.1. 우수 : 단계평가 결과 90점 이상인 연구개발과제로서, 성실하게 수행하여 과제성과가 혁신적이고 사업화 가능성이 높은 경우 등2. 보통 : 단계평가 결과 70점 이상 90점 미만인 연구개발과제로서, 과제수행 과정이 성실하고 과제성과와 사업화 가능성이 양호한 경우 등3. 미흡 : 단계평가 결과 60점 이상 70점 미만인 과제로서, 과제를 성실하게 수행하였으나, 계획된 최종 개발 목표를 미달성하고 수행결과의 사업화 가능성이 낮을 경우 등4. 극히 불량 : 단계평가 결과 60점 이하인 과제로서, 수행과정이 부적절하고 성과가 계획대비 매우 미흡한 경우⑥ 전문기관의 장은 제5항에 따른 단계평가 결과를 반영하여 평가위원회를 통해 해당 연구개발과제의 보완ㆍ변경, 연구개발비 감액ㆍ증액 또는 연구개발과제 계속ㆍ중단 등을 판정하게 할 수 있으며 해당 결과에 따른 조치계획을 수립해야 한다.⑦ 주관연구개발기관이 최종목표를 조기에 달성한 경우 해당 연구개발과제와 관련된 후속연구개발 계획을 전문기관에 제출하고, 평가위원회는 그 필요성 및 타당성 유무를 검토하여 "계속"이나 "조기종료"로 판정할 수 있다. 평가 결과가 "계속"으로 확정된 경우 주관연구개발기관 및 공동연구개발기관은 전체 연구개발기간 중 잔여기간 동안 제출한 계획에 따라 후속연구를 수행한다.⑧ 평가위원회에서 "중단"으로 판정된 연구개발과제는 평가결과의 통보로써 제26조에 따라 협약이 해약된 것으로 본다.⑨ 단계평가 시 이해관계, 불공정 논란, 추가자료 확인 필요 등을 사유로 연구개발과제 수행결과에 대한 평가가 곤란한 경우 1회에 한하여 2개월 이내에 평가를 다시 실시할 수 있다.⑩ 단계평가 시 외부환경 변화에 따른 목표의 상향 조정 등이 필요한 경우, 주관연구개발기관과 전문기관은 협약이 정한 연구개발 목표 및 내용을 변경할 수 있다.⑪ 전문기관의 장은 극히 불량 등급으로 평가된 연구개발과제에 대해 사안에 따라 법 제32조의 제재대상, 제재범위 및 연구개발비 환수 등을 구분토록 하고, 기술개발을 성실히 수행하였는지 여부와 귀책사유에 대한 의견 및 제재ㆍ환수 관련 규정에 의거한 조치 사항의 범위를 검토하게 하여야 한다. 제9조의 제재처분평가단은 연구개발과제평가단의 의견을 검토하여 반영할 수 있다.⑫ 전문기관의 장은 단계평가결과를 장관에게 보고 후 확정된 평가결과를 연구개발기관의 장 및 연구책임자에게 통보한다.⑬ 단계평가 결과에 대한 이의신청, 이의신청 처리기준 및 절차는 제36조를 준용한다. 다만, 상대평가에 대한 결과와 조치계획에 따라 "계속"으로 결정된 연구개발과제의 경우에는 별도의 이의절차 개시 여부 검토 없이 그 신청을 반려할 수 있다.⑭ 연구개발기관의 장은 평가 시 지적된 사항을 차기 연구개발계획에 반영하여야 한다.⑮ 제10항 및 제11항의 단계평가 결과와 조치계획에 따라 "조기종료"로 결정된 연구개발과제는 다음의 후속 조치를 취하여야 한다.1. 주관연구개발기관의 장은 평가결과 통보일로부터 1개월 이내에 최종보고서를 전문기관의 장에게 제출하여야 한다.2. 주관연구개발기관의 장은 연구개발기간 종료일로부터 3개월 이내에 전문기관에 연구개발비 사용실적보고서를 제출하여야 한다.3. 정부납부기술료에 대한 징수 및 관리는 제55조에 따라 처리한다.

제33조(특별평가) ① 전문기관의 장은 연구개발과제 수행 도중이라도 연구개발기관의 갑작스러운 경영악화, 수행 지연 및 법 제15조제1항의 사유 발생 시 연구개발과제 변경ㆍ중단 여부 또는 기타 조치를 취하기 위한 특별평가를 실시할 수 있다. 이때에는 다음 각 호의 사항을 연구개발기관과 연구책임자에게 통보해야 한다.1. 특별평가 실시 시기2. 특별평가 실시 사유3. 소명 자료의 제출 시한4. 특별평가에 따라 해당 연구개발과제가 변경되거나 중단될 수 있다는 사실② 특별평가의 실시를 통보받은 연구개발기관은 평가의 대상이 되는 연구개발과제에 대하여 그 결과가 확정되기 전까지 연구개발비를 추가적으로 집행하여서는 아니된다. 그밖에 특별평가 절차 및 기준에 관하여는 제32조, 제34조를 준용한다.④ 연구개발 과정에서 기술 또는 시장 환경이 변하여 계속 수행의 필요성이 없다고 판단될 경우 전문기관의 장은 직권으로 또는 주관연구개발기관의 신청에 따라 포기의 정당성을 검토하기 위한 특별평가를 실시할 수 있다.⑤ 주관연구개발기관의 장은 연구개발과제 목표를 조기에 달성하여 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 필요하지 아니하다고 판단되는 경우 제34조제1항의 최종보고서를 제출하여 연구개발과제의 중단을 요청할 수 있으며, 이 경우 전문기관의 장은 특별평가와 최종평가를 통합하여 운영 가능하다.

제34조(최종평가) ① 주관연구개발기관의 장은 총사업기간 종료일로부터 60일 이내에 최종보고서를 전문기관의 장에게 제출하여야 하며, 총괄연구개발과제 및 세부연구개발과제 형태로 구성된 사업의 경우 총괄주관연구개발기관의 장이 총괄연구개발과제 및 세부연구개발과제별 최종보고서를 제출하여야 한다. 이때 정당한 사유 없이 보고서를 제출하지 않은 경우 전문기관의 장은 해당 연구개발과제를 문제과제로 처리할 수 있다.② 전문기관의 장은 평가일정, 평가기준, 평가 방법 등 최종평가에 관한 전반적인 내용이 포함된 평가계획을 사업별로 수립하여야 한다. 다만, 사업별 특성에 따라 최종보고서를 최종평가로 갈음할 수 있다.② 전문기관의 장은 필요시 영 제18조제4항에 따른 보고서 제출기한을 단축할 수 있다.③ 전문기관의 장은 제출된 최종보고서의 내용을 검토를 위해 면담조사 또는 현장실태조사를 실시할 수 있다.④ 특별한 사정이 없는 한 연구책임자가 평가에서 연구개발과제의 추진실적 및 사업화 계획을 발표하며 평가위원은 연구책임자의 발표, 질의 응답, 현장실태조사 검토의견 등을 종합적으로 고려하여 평가지표에 따라 평가한다.⑤ 연구개발과제별 평가점수는 위원별 점수 중 최고점수와 최저점수를 제외한 점수의 산술평균점수로 하며 최종평가 결과는 다음과 같이 구분한다.1. 우수 : 최종평가 결과 90점 이상인 연구개발과제로서, 성실하게 수행하여 과제성과가 혁신적이고 사업화 가능성이 높은 경우 등2. 보통 : 최종평가 결과 70점 이상 90점 미만인 연구개발과제로서, 과제수행 과정이 성실하고 과제성과와 사업화 가능성이 양호한 경우 등3. 미흡 : 최종평가 결과 60점 이상 70점 미만인 과제로서, 과제를 성실하게 수행하였으나, 계획된 최종 개발 목표를 미달성하고 수행결과의 사업화 가능성이 낮을 경우 등4. 극히 불량 : 최종평가 결과 60점 미만인 연구개발과제로서 연구개발과제의 수행과정이 부적절하고 연구개발성과가 그 수행계획에 비하여 매우 미흡한 경우, 연구개발비 관리가 불성실한 경우 또는 의무사항(최종보고서 미제출 등)ㆍ시행조치 불이행의 경우 등⑥ 전문기관의 장은 평가위원으로 하여금 "극히 불량"으로 평가된 연구개발과제에 대해 사안에 따라 법 제32조에 따른 제재여부, 제재대상 및 정부지원연구개발비 환수 등을 구분토록 하고 "극히 불량"의 귀책 사유에 대한 의견 및 제재ㆍ환수 관련 규정에 의거한 조치 사항의 범위를 정하도록 하여야 한다.⑦ 최종평가시 이해관계, 불공정 논란, 추가자료 확인 필요 등을 사유로 연구개발과제 수행결과에 대한 평가가 곤란한 경우 1회에 한하여 2개월 이내에 평가를 다시 실시할 수 있다.⑧ 전문기관의 장은 평가결과를 장관에게 보고 후 확정된 평가결과를 연구개발기관의 장 및 연구책임자에게 통보한다.⑨ 최종평가 결과에 대한 이의신청, 이의신청 처리기준 및 절차는 제35조를 준용한다.

제35조(평가결과에 대한 이의신청) ① 연구개발기관의 장은 통보받은 평가결과에 대해 법 제14조제6항에 따라 이의신청을 하려는 경우 결과를 통보받은 날부터 10일 이내에 규칙 제2조제8호 서식에 따른 이의신청서를 전문기관의 장에게 제출해야 한다. 다만, 이의신청은 1회에 한한다.② 전문기관의 장은 제1항의 이의신청에 대해 적정성 검토위원회를 통하여 적정성을 검토한 후, 원안 확정 통보 또는 재심의 평가위원회에 상정할 수 있다.③ 재심의 평가위원회에 상정할 경우 이의 신청자가 기존 평가위원에 대해 기피 신청을 하면 기존 평가위원을 제외하고 전원 새로운 평가위원으로 위촉ㆍ구성하여 평가위원회를 개최함을 원칙으로 한다.

제36조(연구개발비 사용실적 보고 및 정산 등) ① 연구개발기관의 장은 각 단계가 종료된 날부터 3개월 이내에 연구개발비 사용실적 보고서를 전문기관의 장에게 제출하여야 하며, 전문기관의 장은 법 제13조제7항, 영 제26조 및 연구개발비 사용기준에 따라 연구개발비의 정산을 실시하여야 한다.② 전문기관의 장은 법 제13조제7항에 따른 정산업무를 실시하기 위하여 필요한 경우에는 외부전문기관(이하 "위탁정산기관"이라 한다.)에 정산에 필요한 자료의 검토를 의뢰할 수 있다. 이 경우 연구개발기관의 장은 영 제26조제1항에 따른 연구개발비 사용실적 보고서를 위탁정산기관에 제출하여야 한다.③ 연구개발기관의 장은 전문기관의 장으로부터 통보 받은 정산결과에 이의가 있을 경우 전문기관의 장에게 연구개발비 사용기준 제84조제1항 및 별표 제7호 서식에 따른 이의신청서를 제출할 수 있다.④ 전문기관의 장은 연구개발비 정산 결과 사용 잔액이 있거나 부당하게 집행한 금액이 있는 경우에는 영 제26조제5항 및 연구개발비 사용기준 제83조에 따라 금액을 회수하고, 국고에 납입하여야 한다.⑤ 연구개발비 사용기준 제75조 따라 납입이 되는 정부지원금이자는 해당 금융기관의 적용이율 또는 연 5퍼센트(민법 제379조)의 금리를 적용한다. 이때, 연구개발비 사용기준 제75조제2항의 연구개발기간 종료 후 발생한 이자는 연구개발과제 종료일로부터 사용실적보고서 제출일까지 발생된 이자를 말한다.⑥ 전문기관의 장 또는 위탁정산기관의 장은 연구개발비 사용기준 제82조에 따라 정산실시 전에 연구비통합관리시스템을 통하여 연구개발비의 사용 내역을 상시 점검할 수 있으며, 연구개발기관의 장은 연구개발비 사용용도나 사용기준을 위반할 소지가 있거나 연구개발비 사용 내역을 입력하지 않은 경우 전문기관 또는 위탁정산기관에 소명자료를 제출하여야 한다.⑦ 전문기관의 장은 연구개발비 정산과 관련하여 필요한 경우 현장실태조사 등을 실시하여 관련 증빙자료 등을 요구할 수 있다.⑧ 전문기관의 장은 「정부지원연구개발비 비례 신규 인력 채용」적용에 따라 채용된 청년인력의 고용 유지기간을 충족하지 못하거나 채용예정계획을 제출하고 채용하지 아니한 경우 해당 인건비 전액(기 지급한 금액 포함)을 연구개발비 사용기준 제83조제1항제2호의 계산식에 따라 회수한다. 다만, 해당 인력의 자발적 퇴사의 경우 2개월 이내에 대체인력을 채용하거나, 채용노력을 지속한 경우 해당 인력에게 기 지급한 금액은 예외로 한다.

제37조(회수금 미납 처리) ① 전문기관의 장은 회수금 납부를 독촉하는 경우에는 납부기한이 지난 후 30일 이내에 다음 각 호의 사항들을 포함하여 문서로 통지하여야 하며, 통지 후 정당한 사유 없이 납부기한까지 반납을 지체하는 경우 채권추심 등 법적조치를 취할 수 있으며, 장관은 회수금 미납 연구개발기관에게 법 제32조제1항에 따라 제재처분을 할 수 있다.1. 연구개발비 회수금 미납액2. 납부기한(독촉장 발급일로부터 30일 이내)3. 납부장소(또는 납부계좌)② 연구개발기관의 장은 연구개발비 사용기준 제85조제1항에 따라 부도ㆍ폐업ㆍ파산 또는 이에 준하는 경영 악화(기업신용평가기관 신용평가등급이 D 이하인 경우)에 처하거나 재난, 재해, 그 밖에 경제적ㆍ사회적으로 중대한 사유가 발생하여 회수금을 정상적으로 납부하기 곤란한 경우 전문기관에 반납기간의 연장 및 분할납부를 신청할 수 있다. 이 경우 전문기관의 장은 회수금의 반납기간을 2년 이내의 범위에서 연장하거나 분할납부하도록 할 수 있다.

제38조(연구개발에 따른 결과물의 귀속 등) 연구개발기관의 장은 해당 사업 수행과정에서 취득한 유ㆍ무형적 결과물의 유지 및 관리에 대한 책임을 가지며, 기술의 실시 등 적정한 사유가 인정되는 경우를 제외하고는 연구개발기간 중에는 임의로 처분할 수 없다.

제39조(사업 정보 및 연구 장비의 관리) ① 연구 장비의 관리는 「국가연구개발 시설ㆍ장비 등에 관한 표준지침」(이하 "장비 표준지침"이라 한다.)을 따른다.② 장관은 필요하다고 인정하는 연구개발과제를 정하여 연구개발기관의 장 또는 연구책임자에게 데이터관리계획의 작성 및 제출을 요구할 수 있다.

제40조(연구개발성과의 공개 및 활용 촉진) ① 연구개발기관의 장은 법 제17조제2항단서 및 영 제35조제2항 각 호의 사유에 해당하는 경우에는 전문기관의 장에게 연구개발성과의 비공개를 요청할 수 있으며, 요청을 받은 전문기관의 장은 영 제35조제3항 각 호에 따라 일정한 기간을 정하여 비공개를 승인할 수 있다.② 전문기관의 장은 연구개발성과의 활용을 촉진하기 위하여 기술개발사업, 기반조성사업, 인력양성사업, 표준화사업 간의 연계 등 필요한 조치를 취할 수 있다.③ 기술기반의 구축을 목적으로 하는 과제의 주관연구개발기관의 장은 조성된 기술기반의 공동 활용 등 연구개발성과를 활용하는 데 필요한 제반조치를 취하여야 한다. 이 때 장관은 연구개발기간 종료 후 성과활용을 위해 필요하다고 인정되는 과제에 대하여 연구개발기간과 동일한 기간 내에서 연구개발비를 추가로 지원할 수 있다.④ 연구개발기관의 장은 소프트웨어 관련 연구개발성과 중 기술실시계약이 체결되지 않는 등 활용이 미흡한 기술의 확산을 위해 공개소프트웨어로 배포하는 것이 바람직하다고 판단되는 경우에는 해당 성과를 공개소프트웨어로 배포할 수 있다.

제42조(강소특구육성사업의 추진체계 및 절차) ① 강소특구 육성사업의 추진체계 및 절차, 특화개별사업에 대한 세부사항은 시행계획에서 정하는 바에 따른다.② 특화수단 지원사업은 영 제64조제3항제3호에 따라 특화수단 지원사업의 연구책임자, 참여연구원이 동시에 수행할 수 있는 연구개발과제 수의 제한을 적용하지 아니한다.

제43조(특구별 시행계획의 제출 및 확정) ① 강소특구별 소관 지방자치단체의 장은 장관의 요청을 받은 날부터 30일 이내에 별표 제5호 서식에 따른 특구별 시행계획 및 지방비 출연계획을 작성하고 자체 심의위원회의 심의를 거쳐 전문기관에 제출하여야 한다.② 전문기관의 장은 제1항에 따라 접수된 강소특구별 시행계획을 검토하여 그 결과를 장관에게 보고하고, 장관은 보고된 내용을 검토하여 사업 시행 여부를 확정한다.③ 전문기관의 장은 제2항에 따른 확정 결과를 지방자치단체의 장에게 통보하고, 기술핵심기관으로 하여금 영 제10조제1항에 따라 특화수단 지원사업의 연구개발계획서를 작성하여 제출하도록 안내하여야 한다.④ 전문기관의 장과 지방자치단체의 장은 별표 제6호 서식의 지방비 출연에 관한 협약을 체결하여야 한다.

제44조(연구개발계획서의 검토 및 평가) ① 전문기관의 장은 기술핵심기관이 영 제10조제1항에 따라 제출한 특화수단 지원사업의 연구개발계획서 및 첨부서류를 확인하고, 필요한 경우 제출 서류 이외의 관련 자료를 제출하도록 요구할 수 있다.② 전문기관의 장은 기술핵심기관에서 제출한 서류에 대해 다음 각 호의 사항을 검토하고, 필요한 경우 사업계획의 수정 또는 변경을 요구할 수 있다.1. 사업목적과의 부합 여부2. 기 개발ㆍ기 지원 과제와의 차별성3. 의무사항 불이행 또는 참여제한 여부③ 전문기관의 장은 법 제14조제3항에 따라 특화수단 지원사업을 평가하기 위한 평가단을 구성하지 않을 수 있다. 다만, 연구개발계획서의 내용을 검토하기 위하여 별도의 검토위원회를 구성, 운영할 수 있으며 필요한 경우 면담, 방문 등을 실시할 수 있다.④ 전문기관의 장은 제3항에 따른 검토위원회 결과를 반영하여 연구개발계획서의 보완을 요구할 수 있고, 기술핵심기관은 요구 사항을 반영하여 연구개발계획서를 보완하여야 한다.

제45조(특화수단 지원사업 실행의 준비) ① 기술핵심기관의 장은 전문기관의 안내에 따라 제24조 및 별표 제7호 서식에 따른 협약에 필요한 서류를 작성, 제출하여야 한다.② 기술핵심기관이 연구개발비를 일부 부담하는 경우, 기술핵심기관의 장은 해당 연도 기관부담연구개발비 현금을 입금한 통장사본 등 증빙서류 또는 현물의 확보 내역을 확인할 수 있는 증빙서류를 전문기관의 장에게 제출하여야 한다. 다만, 필요한 경우에는 기관부담연구개발비 현금 납입 확약서로 증빙서류를 대신할 수 있다.③ 기술핵심기관의 장은 제16조제4항에 따른 사업관리 기준을 마련하여 전문기관의 장에 제출하여야 한다. 전문기관의 장은 해당 기준이 본 지침 및 상위 법령, 규정의 취지를 반영하고 있는지 검토하고, 필요한 경우 수정 또는 보완을 요구할 수 있다.

제46조(연구개발비 산정 및 확정) ① 특화수단 지원사업의 연구개발비는 국비와 지방비로 구성한다.② 지방비는 특화개별과제에 한해 별표 4에 따라 사용할 수 있으며, 기술핵심기관의 장은 사용에 관한 세부 사항을 전문기관의 장과 협의하여 정할 수 있다.③ 제2항에 불구하고, 기술핵심기관의 장은 특화개별과제를 국비로 지원할 수 있으며, 세부사항은 전문기관의 장과 협의하여 정한다.④ 그밖에 연구개발비의 비목별 계상 기준 및 사용에 관한 세부 사항은 연구비사용기준을 따른다. 다만, 특화개별사업에 한해 직접비에서 위탁연구개발비를 제외한 금액의 40퍼센트를 초과하여 위탁연구개발비를 계상할 수 있다.⑤ 전문기관의 장은 제44조에 따른 연구개발계획서 검토 단계 또는 변경 연구개발계획서 검토 단계에서 연구개발비 예산 내역을 검토하고 조정할 수 있다.⑥ 연구개발비 예산은 정부 정책의 변경 등 사유에 따라 조정될 수 있다.

제47조(특화개별사업의 공고) ① 기술핵심기관의 장은 전문기관의 장과 제18조에 따른 협약 체결 후 30일 이내에 특화개별사업 공고를 하여야 한다. 다만, 특화개별사업의 신속한 추진을 위하여 필요한 경우에는 전문기관의 장과 사전 협의하여 협약 체결 전에 특화개별사업 공고를 할 수 있다.② 특화개별사업의 공고에 포함되어야 할 사항은 영 제9조에 따른다.③ 제2항에 불구하고, 기술핵심기관이 소속 인력을 매칭하여 수혜기업을 지원하거나 직접 수혜기업을 지원하는 경우에는 사업 특성 및 내용을 고려하여 공고 내용을 정할 수 있다.

제48조(수혜기업 등의 선정) ① 기술핵심기관의 장은 제16조제4항에 따라 전문기관의 장의 승인을 얻은 선정기준 및 절차를 준수하여 특화지원기관 및 수혜기업 등을 선정하여야 한다.② 기술핵심기관의 장은 선정 결과를 전문기관의 장에 보고하여야 하며, 전문기관은 필요에 따라 보고된 내용을 검토하여 추가적인 보완 및 개선 등을 요구할 수 있다.

제49조(수혜기업 등과의 협약체결) ① 기술핵심기관은 총괄주관연구개발기관으로서, 특화지원기관의 장 및 수혜기업의 장과 협약을 체결한다.② 기술핵심기관이 특화지원기관이 되는 경우, 기술핵심기관의 장은 수혜기업의 장과 지원협약을 체결한다. 이때 별표 제9호 서식에 따른 수혜기업의 확약서(기관부담 연구개발비가 있는 경우 수혜기업의 기관부담연구개발비 사용계획 포함)를 제출받음으로써 협약의 체결로 본다.③ 기술핵심기관 이외의 기관 또는 기업이 특화지원기관이 되는 경우, 기술핵심기관의 장은 특화지원기관의 장과 별표 제8호 서식에 따른 위탁협약을 체결하고, 수혜기업이 있는 경우 수혜기업의 장과 지원협약을 체결한다. 이때 수혜기업의 확약서(수혜기업의 기관부담연구개발비 사용계획 포함)를 제출받음으로써 지원협약의 체결로 본다.④ 총괄주관연구개발기관의 장은 제1항 내지 제3항에 따라 체결한 협약 서류 및 수정연구개발계획서를 전문기관의 장에 제출하고, 전문기관의 장은 제출된 서류에 대하여 검토결과를 통보하며, 필요한 경우 추가적인 보완 및 시정 조치 등을 요구할 수 있다.

제50조(특화개별사업의 중단 등 보고) ① 기술핵심기관의 장은 수혜기업에 대한 지원 중단 또는 특화지원기관과의 협약 해약 등 사유가 발생하는 경우 자체 평가위원회의 평가를 거쳐 처리한 결과 및 그 후속조치에 관한 사항을 전문기관에 즉시 보고하여야 한다.② 기술핵심기관의 장은 수혜기업 또는 특화지원기관의 협약 변경 사유가 발생하는 경우, 그 변경 결과를 전문기관의 장에 즉시 보고하여야 한다.③ 전문기관의 장은 보고된 내용을 검토하여 필요한 경우 추가적인 보완 및 시정 조치, 제도 개선 등을 요구할 수 있다.

제51조(특화개별사업 평가결과의 보고 및 승인) ① 기술핵심기관의 장은 특화개별사업 종료 후 제16조제4항에 따라 전문기관의 장의 승인을 얻은 선정기준 및 절차를 준수하여 자체 평가위원회를 통한 평가를 실시하고, 그 결과를 전문기관의 장에 보고하여야 한다.② 전문기관의 장은 보고 결과를 검토하여 필요한 시정, 보완, 개선 등을 기술핵심기관의 장에 요구할 수 있으며, 보고 결과 검토시 또는 수시로 필요한 경우 진도점검을 실시할 수 있다.

제52조(특화개별사업의 정산) ① 특화지원기관은 특화개별사업이 종료된 날부터 1개월 이내에 연구개발비 사용실적 보고서를 총괄주관연구개발기관의 장에게 제출하여야 하며, 기술핵심기관의 장은 연구개발비의 정산을 실시하여야 한다.② 총괄주관연구개발기관의 장은 제1항에 따른 정산업무를 실시하기 위하여 필요한 경우 위탁정산기관에 정산에 필요한 자료의 검토를 의뢰할 수 있다. 이 경우 특화지원기관의 장은 영 제26조제1항에 따른 연구개발비 사용실적 보고서를 위탁정산기관에 제출하여야 한다.③ 특화지원기관의 장은 총괄주관연구개발기관의 장으로부터 통보 받은 정산결과에 이의가 있을 경우 총괄주관연구개발기관의 장에게 연구개발비 사용기준 제84조제1항 및 별지 제7호 서식에 따른 이의신청서를 제출할 수 있다.④ 총괄주관연구개발기관의 장은 정산 결과 사용 잔액이 있거나 부당하게 집행한 금액이 있는 경우에는 금액을 회수하고, 전문기관에 반납하여야 한다.⑤ 총괄주관연구개발기관의 장은 특화지원기관에게 연구개발비 정산과 관련하여 필요한 경우 현장실태조사 등을 실시하여 관련 증빙자료 등을 요구할 수 있다.⑥ 그 밖의 사항은 연구개발비 사용기준에 따른다.

제53조(특화수단 지원사업의 정산) 제52조의 적용범위와 다른 특화수단 지원사업의 정산은 제37조를 따른다. 단, 지방비의 이자 및 잔액은 이월하여 사용하도록 할 수 있으며, 세부사항은 전문기관이 정하는 바에 따른다.

제54조(기술료의 징수) ① 연구개발성과소유기관이 기술료를 징수한 경우 영 제38조제1항에 따라 전문기관의 장에게 기술료 징수 결과 보고서를 제출해야 한다. 전문기관의 장은 영 제38조제4항에서 정하는 납부고지서를 기술료등납부의무기관에 송부해야 한다. 이 경우 직권으로 또는 기술료등납부의무기관의 장의 요청에 따라 해당 납부액을 분할하여 납부하게 할 수 있다.② 영 제38조제2항에서 정하는 기술료등납부의무기관은 법 제18조제2항에 따라 기술료 등을 납부한 경우 입금 확인증 및 납부 결과보고서를 전문기관의 장에게 제출해야 한다.③ 전문기관의 장은 영 제41조제4항에 따라서 연구개발성과소유기관의 장에게 기술료 사용결과의 제출을 요청할 수 있다.

제55조(연구개발성과로 인한 수익의 납부) ① 영 제38조제2항에서 정하는 기술료등납부의무기관의 장은 직접 연구개발성과를 실시하여 수익이 발생한 경우 영 제39조제1항에 따른 매출액 관련 자료를 그 실시를 한 날이 속하는 해의 다음해 6월 30일까지 전문기관의 장에게 제출해야 한다.② 전문기관의 장은 영 제39조제3항에 따라 기술기여도의 조정이 불가피하다고 인정되는 경우 기술료등납부의무기관의 장과 협의하여 그 기술기여도를 변경할 수 있다.③ 제1항에 따른 매출액 및 수익에 관한 자료를 보고받은 전문기관의 장은 영 제39조제4항에서 정하는 납부고지서를 기술료등납부의무기관에 송부해야 한다. 이 경우 직권으로 또는 기술료등납부의무기관의 장의 요청에 따라 해당 납부액을 분할하여 납부하게 할 수 있다.④ 기술료등납부의무기관은 법 제18조제2항에 따라 기술료 등을 납부하는 경우 입금 확인증 및 납부 결과보고서를 전문기관의 장에게 제출해야 한다.⑤ 전문기관의 장은 제55조제1항에 따라 기술료등납부의무기관이 제출한 매출액 관련자료를 조사하기 위하여 현장 확인 및 매출조사를 실시할 수 있다.

제56조(정부납부기술료의 납부기한 변경) ① 영 제38조제5항단서 및 영 제39조제5항단서에서 "중앙행정기관의 장이 정하는 사유로 그 기한까지 납부할 수 없는 사유가 발생한 경우"란 다음 각 호를 말한다.1. 현저한 경영 악화(기업신용평가기관 신용평가등급이 D 이하인 경우)로 인하여 기술료를 정상적으로 납부하기 곤란한 경우2. 기타 정부납부기술료 납부기한을 연장할 필요가 인정되는 경우② 전문기관의 장은 영 제38조제5항단서 및 영 제39조제5항단서에 따라서 해당 사실 여부의 조사 또는 제재처분평가단의 심의를 거쳐 정부납부기술료의 납부기한을 연장할 수 있다.③ 제2항의 경우에 납부기한의 연장은 2년 이내로 한다. 다만, 연장된 납부 기일 이후에도 기술료등납부의무기관의 현저한 경영악화 상태가 지속되는 등 정부납부기술료를 납부하기 어렵다고 판단되는 경우 제재처분평가단 심의를 거쳐 재연장할 수 있다.④ 제2항 및 제3항에 따라 정부납부기술료의 납부기한을 연장 및 재연장하는 경우 제재처분평가단의 심의를 거쳐 정부납부기술료 대상액 일부의 일시납부 등 연장 및 재연장에 필요한 조건을 정할 수 있다.

제57조(정부납부기술료의 감면) ① 영 제40조제2항제4호에서 "그 밖의 중앙행정기관의 장이 납부액의 전부 또는 일부를 감면할 필요가 있다고 인정하는 경우"란 다음 각 호를 말하며, 사유 조사 또는 제재처분평가단 심의를 거쳐 정부납부기술료의 일부 또는 전부를 면제할 수 있다.1. 기술료등납부의무기관의 부도ㆍ폐업ㆍ법적조치를 통해서도 집행불능, 경매 후 결손 발생 등 실익이 없는 경우 및 이에 준하는 사유 : 면제2. 기술료등납부의무기관의 회생ㆍ파산 : 채무 상환 계획분을 제외한 금액의 면제3. 기술료등납부의무기관이「재난 및 안전관리 기본법」제3조제1호의 가목(같은 법 제60조에 따른 특별재난지역만 적용한다.) 및 나목에서 정한 재난에 의한 피해에 해당하는 경우4. 기술료등납부의무기관이 중소ㆍ중견기업이면서 다음 각 목의 기준에 따라 기술개발 또는 사업화를 목적으로 만 15세 이상 34세 이하[채용시점 기준, 군 복무기간만큼 월 단위로 계산(1개월 미만은 올림)하여 추가로 인정하되 최대 만 39세까지 한정]의 연구원(이하 "청년인력"이라 한다)을 신규 채용하는 경우(정부납부기술료의 납부를 2년 동안 유예) : 해당 인력에 대해 2년간 지급한 급여의 100분의 50에 해당하는 금액 이내에서 감면(기술료등납부의무기관이 신규 채용한 청년인력의 고용을 2년 후 시점까지 유지하고 있는 경우 감면 가능하며, 해당 청년인력의 고용을 2년간 유지하지 못하거나 변경을 요구할 경우, 또는 해당 청년인력이 다른 정부 사업에서 인건비 지원을 받는 경우에는 유예된 기술료를 감면 없이 징수)가. 제3자 실시의 경우 : 과제종료일 후부터 최초 기술 실시계약 체결일까지 신규 채용나. 직접 실시의 경우 : 과제종료일 후부터 최초 매출액 자료 관련 제출일까지 신규 채용5. 그 외 장관이 정부납부기술료 전부 또는 일부를 감면할 필요가 있다고 인정하는 경우② 장관은 법 제18조제3항 각 호에 해당하는 경우 영 제9조에서 정하는 공고를 통해 연구개발성과소유기관의 장이 기술료의 전부 또는 일부를 징수하지 않도록 할 수 있다. 이 경우 해당 연구개발성과 소유기관의 장이 법 제18조제2항에 따라 납부하여야 하는 정부납부기술료를 징수하지 않을 수 있다.③ 제2항의 경우 주관연구개발기관은 비영리기관이 되는 것을 원칙으로 한다. 다만, 연구개발과제의 관리 및 조정을 위하여 필요가 있는 연구개발과제에 대해서는 영리기관이 주관연구개발기관이 될 수 있다.④ 정부납부기술료는 현금으로 납부하여야 한다.⑤ 제55조제1항 및 제55조제3항에 따라 정부납부기술료를 분할하여 납부하게 하는 경우 보증 수단은 다음 각 호에 해당하는 방법으로 한다. 이때 약속어음의 소멸시효 도래 등 제공된 보증 수단을 변경할 필요가 있는 경우에는 전문기관 장의 변경승인을 받아 대체보증 수단을 제공하여야 한다.1. 은행도약속어음2. 지급이행보증보험증권3. 공증약속어음4. 은행지급보증서5. 「전자어음의 발행 및 유통에 관한 법률」에 따른 전자어음6. 기타 장관이 인정하는 보증 수단

제58조(사업 종료 후 활용 보고) ① 전문기관의 장은 제35조의 최종평가결과 "극히 불량"이 아닌 과제로 평가된 과제의 연구개발기관의 장으로부터 영 제18조제5항에 따라 별도 서식으로 과제가 종료된 해의 다음해부터 5년간 매년 성과활용현황보고서를 제출받을 수 있다. 다만, 전문기관의 장은 사업별 특성에 따라 성과활용현황보고서의 제출기간을 조정할 수 있으며, 다음 각 호의 과제는 성과활용현황보고서를 제출받지 않을 수 있다.1. 기획연구 및 기획평가관리비2. 정책연구과제3. 부도 및 폐업 등 연락이 닿지 않는 과제4. 기타 장관이 성과활용현황보고서 제출이 불필요하다고 판단하는 경우② 전문기관의 장은 제1항에 따라 제출받은 성과활용현황보고서를 매년 종합 분석하여 장관에게 보고하여야 한다.③ 주관연구개발기관의 장은 성과활용기간 동안 연구책임자가 변경되는 경우 전문기관의 장에게 통보하여야 한다.

제59조(제재처분 및 제재처분 사후관리) ① 전문기관의 장은 제9조의 제재처분평가단이 제재처분에 필요한 사항을 심의한 결과를 장관에게 보고한다.② 장관은 제1항의 결과를 고려하여 법 제33조제2항에 따라 동항 각 호에서 정하는 사람에게 제재처분의 내용 등을 미리 통지하여야 한다.③ 장관은 법 제33조제4항단서에 해당하는 경우에 전문기관의 장에게 재검토 요청 사실을 통보하고 이 경우 전문기관의 장은 제재처분평가단을 개최하여 제1항의 심의결과를 재검토하도록 한다.④ 전문기관의 장은 장관에게 제3항에 따라 제재처분평가단이 재검토한 결과를 보고한다.⑤ 장관 또는 전문기관의 장은 제재부가금 부과처분 및 연구개발비 환수처분을 받은 자로부터 해당 금액을 납부 받은 때에는 이를 국고에 납입하여야 한다.⑥ 연구개발기관의 장은 영 제63조제2항의 사유로 인하여 제재부가금 또는 연구개발비환수의 부과금액 전액을 한꺼번에 납부하기 어려운 때에는 장관 또는 전문기관의 장에게 납부기한 연장 및 분할 납부를 신청할 수 있다.⑦ 장관 또는 전문기관의 장은 해당사유(경영악화는 기업신용평가기관 신용평가등급이 D 이하인 경우를 의미한다)가 인정된다고 판단되는 때에는 2년의 범위에서 징수기간을 연장하거나 분할납부하도록 할 수 있다. 이 경우 장관 또는 전문기관의 장은 제재처분평가단의 심의를 거치도록 할 수 있다.⑧ 장관 또는 전문기관의 장은 법 제32조제1항 각 호의 행위가 범죄행위에 해당된다고 판단하는 때에는 수사기관에 수사 의뢰, 형사고소ㆍ고발 등의 조치를 취할 수 있다.⑨ 장관 또는 전문기관의 장은 제5항에 따른 제재처분이 있을 경우 포괄적인 관리ㆍ감독책임이 있는 소속기관의 장 및 해당부서의 책임자에게 자체 징계를 조치하도록 권고할 수 있다.⑩ 법 제33조제6항에 따라 결정을 통보받은 연구개발기관의 장은 참여제한 처분을 받은 자에 대하여 지체 없이 모든 연구개발활동(연구지원은 제외)에 대한 참여를 제한해야 한다.

제60조(사업의 홍보) ① 연구개발기관의 장은 특구육성사업으로 개발 중이거나 개발한 내용을 외부에 발표할 때에는 반드시 과학기술정보통신부 지원사업으로 수행한 것임을 밝혀야 하며, 특히, 국내ㆍ외 논문 발표 시 지원하는 중앙행정기관 및 과제명이 누락되지 않도록 하여야 한다.② 전문기관의 장은 특구육성사업에 대한 지원내용과 기술개발결과 등을 적극적으로 홍보하여야 한다.

제61조(서식의 활용) 장관은 동 지침의 시행과 관련된 각종 신청ㆍ협약ㆍ평가ㆍ보고 등의 표준서식을 정할 수 있으며 전문기관의 장은 표준서식을 준용하되 사업별 특성을 반영하여 양식을 변경하여 사용할 수 있다.

제62조(재검토기한) 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」(대통령훈령 제431호)에 따라 이 예규에 대하여 2021년 10월 14일을 기준으로 매 3년이 되는 시점마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.