질병관리청소관 국고보조금 관리규정 (훈령, 질병관리청)
공포일: 20240528 / 시행일: 20240528

제1조(목적) 이 규정은 「보조금 관리에 관한 법률」(이하 ‘보조금법’이라 한다) 및 「보조금 관리에 관한 법률 시행령」(이하 ‘보조금법 시행령’이라 한다)과 「국고보조금 통합관리지침」에 따라 질병관리청 소관 보조사업자 선정, 국고보조금 집행, 사후관리 등에 관하여 필요한 사항을 규정함으로써 보조사업을 원활하게 수행하여 보조금의 중복ㆍ부정 수급을 방지하고 보조금 관리의 효율성ㆍ투명성ㆍ책임성을 제고함을 목적으로 한다.

제2조(정의) ① 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. <종전의 제목 외의 부분에서 이동>1. ‘보조금’, ‘보조사업’, ‘보조사업자’, ‘간접보조금’, ‘간접보조사업’, ‘간접보조사업자’, ‘보조금수령자’는 「보조금법」 제2조의 정의에 따른다.2. ‘부정수급’이란 「보조금법」제30조제1항 및 제2항에 따라 교부결정을 취소하는 경우와 제33조제1항에 따라 보조금을 반환해야하는 경우를 말한다. <전문개정>3. ‘별도계정’이란 「보조금법」제34조에 따라 보조금 또는 간접보조금과 관련된 수입과 지출을 명백히 구분하여 회계처리하기 위하여 설정한 계정(計定)을 말한다.4. ‘중요재산’이란 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조금 또는 간접보조금으로 취득하거나 그 효용이 증가된 것으로서 「보조금법」제35조제1항 및 「보조금법 시행령」제15조제1항에 따른 재산을 말한다.5. ‘정산’이란 「보조금법」제27조제2항에 따라 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조사업 또는 간접보조사업에 든 경비를 재원별로 명백히 계산하는 것을 말한다.6. ‘검증’이란 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따른 감사인이 「보조사업 정산보고서 검증지침」에 따른 절차를 수행하고 정산보고서가 「보조사업 정산보고서 작성지침」에 따라 적절하게 작성되었는지 여부를 보고하는 것을 말한다.7. ‘검증기관’이란 「보조사업 정산보고서 검증지침」을 적용하여 정산보고서를 검증하는 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따른 감사인을 말한다.② 제1항 외에 이 규정에서 사용하는 용어는 「보조금법」 제2조 및 「국고보조금통합관리지침」 제3조에서 정의한 바를 준용한다.

제3조(적용범위) ① 이 규정은 「보조금법」에 따른 보조금 및 간접보조금을 교부받아 수행하는 보조사업 또는 간접보조사업에 대해 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 보조사업의 경우에는 이 규정을 적용하지 아니한다.1. 세계보건기구(WHO) 지역보건의료체계 구축 관련 사업2. 세계보건기구(WHO), 경제협력개발기구(OECD) 등에 대한 분담금3. 해외 긴급구호 등 재난 또는 재해 지원 사업4. 북한 지역에 지원하는 구호 사업5. 저개발 국가의 보건복지 지원 사업(준정부기관이 수행하는 사업 포함)② 국가연구개발사업(R&D)의 경우에는 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」을 이 규정에 우선하여 적용한다.

제4조(보조사업 관련자의 의무) ① 보조사업 선정 및 보조금 집행의 효율성과 투명성을 제고하기 위하여 기획재정담당관, 보조사업부서, 보조사업자 및 간접보조사업자, 보조금 수령자는 이 규정에서 정한 의무를 충실히 이행하여야 한다.② 기획재정담당관의 의무는 다음 각 호와 같다.1. 신규 보조사업의 타당성과 보조금 관리체계에 관한 사전 검토2. 보조사업 집행점검, 유사중복사업 통폐합계획 수립 등 총괄3. 질병관리청 소관 국고보조금 관리규정의 제ㆍ개정③ 보조사업을 담당하는 부서(이하 ‘보조사업부서’라 한다)의 의무는 다음 각 호와 같다.1. 보조사업자 선정의 합리성과 투명성 확보를 위한 선정기준 마련 및 공모제도 운영2. 보조사업 집행의 투명성과 효율성 강화를 위한 보조사업 집행점검, 부정수급 등 보조사업자 관리ㆍ감독3. 보조사업을 원활하게 수행하기 위한 보조사업 지침 마련④ 보조사업자 또는 간접보조사업자의 의무는 다음 각 호와 같다.1. 적법한 방법 및 절차를 통해 교부신청서와 사업계획서 등을 작성하여 제출2. 보조사업 집행점검시 보조사업 수행사항을 질병관리청장 또는 보조사업자에게 보고3. 사업 완료시 보조사업 실적보고서 제출, 정보 공시, 감사보고서 제출, 중요재산에 대한 관리4. 간접보조사업자 또는 보조금 수령자 등에게 보조금을 재교부하는 경우 보조금 법령 등의 규정 준수여부에 대한 관리ㆍ감독 등⑤ 보조금수령자는 보조금 법령, 보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 질병관리청장의 처분에 따라 적법한 방법과 절차를 통해 보조금을 수령하여 보조금의 지급 목적에 적합하게 사용하여야 한다.

제5조(보조사업의 선정기준) 보조사업부서는 보조사업을 신규로 선정하거나 사업의 계속 여부를 검토하는 경우 다음 각 호의 사항을 면밀히 검토하여야 한다. 이에 따른 세부내용은 별표 1과 같다.1. 사업의 타당성: 사업목적의 타당성, 사업내용의 명확성과 구체성, 유사중복여부, 재정지원 규모의 적정성2. 사업관리체계: 보조사업자 선정계획의 타당성과 적절성, 부적정 지출에 대한 대응체계, 수혜자의 명확성과 적절성, 사후평가계획

제6조(보조사업의 시행 공고) 기획재정담당관은 별지 제1호서식에 따른 보조사업 총괄표와 세부사업계획을 해당 보조사업을 시행하는 회계연도의 3월31일까지 홈페이지에 30일 이상 공시하여야 한다. 다만, 사업계획 수립 여부, 사업 진행상황 등을 고려하여 공고시기, 공고 기간 등을 조정할 수 있으며, 외교, 통일, 안보 등과 관련된 사항으로 공고가 적절치 않다고 인정되는 경우에는 공고하지 않을 수 있다.

제7조(보조사업자 선정기준) ① 보조사업부서는 보조사업자를 선정하는 경우 「보조금법」제17조제1항 및 별표 2에 따른 해당 보조사업자의 재무안정성, 계속사업으로서의 존속능력, 사업 수행에 관한 법령 위반 이력, 사업능력, 사업관리체계의 적정성, 중복ㆍ편중지원 여부 등을 면밀하게 검토하여야 한다. 이 경우 보조사업부서는 보조사업자에 대한 중복수급 여부를 보조사업자 선정 시 보조금시스템을 통해 확인ㆍ점검하여야 한다.② 보조사업부서는 같은 보조사업자에게 보조금을 2회 이상 지원하는 경우 보조사업 평가 결과, 해당 보조사업자의 수행실적 평가 결과 및 보조사업 실적보고서 등을 검토하여 지원 여부를 결정하여야 한다.③ 제2항의 경우 지원은 3회를 초과할 수 없다. 다만, 해당 보조사업 또는 보조사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보조금을 계속 지원할 수 있다.1. 법령 등에 따라 보조사업자 및 간접보조사업자 등이 결정된 사업인 경우2. 일정한 요건을 갖추면 지원대상이 되는 경상보조 성격의 사업인 경우3. 특정분야의 산업진흥 등 정책적 요구에 따라 지속적인 지원이 필요한 사업인 경우4. 기타 보조사업 또는 보조사업자의 특성을 고려하여 계속적인 지원이 필요하여 보조사업자 선정위원회의 심의를 받아 질병관리청장이 인정한 경우④ 보조사업부서는 제3항에 따라 같은 보조사업자에 대한 보조금 계속 지원 여부를 결정하기 위하여 보조사업자의 보조사업 신청시 수혜이력을 제출하게 하거나, 보조사업 실적보고서 제출시 관계공무원으로 하여금 해당 보조사업자의 수행실적을 평가하게 할 수 있다.⑤ 보조사업자가 지방자치단체인 경우 소관 보조사업부서는 해당 지방자치단체의 지방비 부담 능력 유무 및 지방재정영향평가결과(국비와 매칭사업의 경우에 한정한다), 부지확보 여부(보조사업이 부지를 필요로 하는 경우에 한정한다), 인허가 서류, 주민동의서 사전행정절차 이행 여부, 연내 집행가능성 등을 확인하여야 한다.⑥ 보조사업부서는 보조사업자를 선정하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보조사업자로 선정하지 아니하여야 한다.1. 기타 해당 보조사업자가 수행하고자 하는 보조사업이 「보조금법」제2조제1호에 따른 보조금의 취지에 부합하지 않는 경우 <종전의 제2호에서 이동>⑦ 보조사업자가 간접보조사업자를 선정하고자 하는 경우에는 제1항부터 제3항까지 및 제6항을 준용한다.

제8조(보조사업자 공모) ① 보조사업부서는 2개 이상의 법인ㆍ단체 또는 개인이 수행할 수 있는 보조사업에 대해 보조사업자를 선정할 경우 공모방식으로 하여야 한다.② 제1항에 따라 공모방식으로 보조사업자를 선정하려는 경우 보조사업부서는 보조금시스템, 홈페이지 등을 통해 다음 각 호의 내용이 포함된 보조사업자 선정 공고문을 게시하여야 하며, 접수기간은 15일 이상을 부여하여야 한다.1. 사업추진 기본 방향2. 지원대상사업3. 지원사업 대상기관 및 응모방법4. 선정 및 지원 절차5. 수행 일정6. 기타 필요한 사항③ 보조사업부서는 필요시 보조사업 지원대상자 접수 마감 전에 사업설명회를 개최하여 보조사업에 대한 정보제공 및 홍보 활동을 수행할 수 있다.④ 보조사업부서는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「보조금법」제16조제2항 단서에 따라 공모하지 않고 보조사업자를 선정할 수 있다.1. 지방자치단체가 보조사업을 수행하는 경우2. 법령 등에 따라 공공기관 등이 보조사업을 수행하는 경우3. 법령 등에 따라 준정부기관 등이 보조사업을 수행하는 경우4. 보조사업을 수행하려는 자의 신청에 따라 예산에 반영된 사업 중 그 신청자가 수행하지 아니하고는 보조사업의 목적을 달성할 수 없다고 질병관리청장이 인정하는 경우⑤ 보조사업자가 간접보조사업자를 선정하는 경우에는 제1항부터 제4항까지를 준용한다.

제9조(보조사업자선정위원회) ① 보조사업부서는 공모방식으로 보조사업자를 선정하고자 할 때에는 보조사업자선정위원회(이하 ‘선정위원회’라 한다)의 심의(별지 제2호서식)를 받아야 한다. 다만, 공모외 방식으로 보조사업자를 선정하고자 할 때에도 적격여부에 대한 심의 등 질병관리청장이 필요하다고 인정하는 경우에는 보조사업자선정위원회의 심의를 거칠 수 있다.② 선정위원회는 분야별 보조사업을 고려하여 국ㆍ관별, 국립보건연구원의 경우는 부ㆍ센터로 구성하며, 위원장 1인을 포함하여 5인 이상 15인 이내의 위원으로 구성한다.③ 선정위원회에는 소속 공무원과 예산ㆍ재정 및 해당 분야의 전문성과 경험이 있는 2인 이상의 민간전문가를 포함하여야 한다. 다만, 해당 보조사업과 이해관계가 있는 경우에는 위원으로 선정하여서는 아니 된다.④ 선정위원회의 외부 위원의 임기는 2년으로 하되 연임할 수 있다.⑤ 선정위원회는 보조사업자 공모 선정 심의내용을 해당 보조사업부서에 별지 제3호서식에 따라 통보하여야 한다.⑥ 보조사업자가 공모방식으로 간접보조사업자를 선정하고자 하는 경우에도 제1항에서 제3항까지의 규정을 준용하되, 구체적인 사항에 대하여는 보조사업자가 정한다.⑦ 선정위원회의 보조사업자 선정 심의에 참여한 위원에게 예산의 범위 안에서 수당과 여비를 지급할 수 있다.⑧ 제1항에도 불구하고 해당 사업 관련 법령 등에 따라 보조사업자 선정을 포함한 관련 위원회 심의를 거친 경우에는 선정위원회 심의를 거친 것으로 본다.⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정이외에 선정위원회의 구체적인 구성과 운영에 대해서는 국ㆍ관별, 국립보건연구원의 경우는 부ㆍ센터별로 정한다.

제10조(보조사업 적격성심사) ① 신규 보조사업은 보조사업의 타당성, 유사중복 여부, 부정수급 발생 가능성, 관리체계의 적절성 등을 평가하기 위하여 질병관리청장이 주관하여 적격성심사를 실시한다. 이 경우 세부사업 기준으로 하되 하위의 내역사업으로 구성된 사업중 적격성심사 요건에 해당하는 내역사업에 대하여도 실시한다.② 보조사업 적격성심사는 총 사업비 또는 중기사업계획서에 의한 재정지출금액 중 보조금 규모가 100억 원 이상인 신규 보조사업을 대상으로 실시한다. 다만, 사업기간의 정함이 없이 계속 추진되는 보조사업의 경우에는 5년간의 사업비 합계를 기준으로 적격성심사 대상 여부를 판단한다.③ 질병관리청장은 보조사업 적격성심사 대상에 해당하는 사업을 예산안 또는 기금운용계획안에 반영하고자 하는 경우에는 조사에 소요되는 기간을 감안하여 적격성심사를 실시하여야 한다.④ 질병관리청장은 보조사업 적격성심사 결과 및 적격성심사 면제사업을 해당 회계연도의 전년도 3월 31일까지 보조금관리위원회에 보고하여야 한다.⑤ 보조사업 적격성심사에 관한 세부사항에 대하여는 기획재정부의 「보조사업 적격성심사 표준모델」을 적용한다.

제11조(보조금 교부조건) ① 보조사업부서는 다음 각 호에 관한 사항을 국고보조금 교부결정통지서(별지 제4호서식)에 명시하여야 한다. <각 호 외 전문개정>1. 다음 각 목에 해당하는 행위로 인해 보조금 교부결정의 전부 또는 일부를 취소하고 반환 명령을 하는 등 필요한 조취를 취할 수 있다는 사실 <전문개정>가. 허위의 신청이나 기타 부정한 방법으로 보조금을 교부받은 경우나. 보조금을 다른 용도에 사용한 경우다. 보조사업자가 법령의 규정, 보조금의 교부조건의 내용 또는 법령에 의한 중앙관서의 장의 처분에 위반한 경우라. 해당 보조금 지원과 직접 관련된 전제 조건이 사후에 충족되지 아니하는 경우마. 동일 또는 유사한 사업계획으로 다른 기관으로부터 중복하여 보조금을 받은 경우2. 부정수급 행위 시 다음 각 목의 제재 및 벌칙을 부과할 수 있다는 사실 <전문개정>가. 보조금법 제31조의2에 따른 수행배제나. 보조금법 제33조의2에 따른 제재부가금다. 보조금법 제36조의2에 따른 명단공표라. 보조금법 제40조 내지 제41조에 따른 벌칙3. 삭제4. 삭제5. 삭제② 보조사업부서는 보조금을 교부할 때 교부결정통지서에 일반사항, 집행, 정산, 부정수급 관련 교부조건 이외에 사업별 특성을 반영한 교부조건을 부가할 수 있다.③ 보조사업자가 간접보조사업자에게 간접보조금을 교부할 때에는 제1항 및 제2항을 준용한다.

제12조(보조금 교부방법) ① 보조사업부서는 보조금을 최소 2차례 이상으로 나누어 교부하고, 1차 교부와 최종교부사이에 교부된 보조금이 당초 목적대로 사용되고 있는지 여부를 점검하여 그 결과에 따라 잔여 보조금의 교부 여부를 결정하여야 하며 보조사업자가 계약을 체결하여 추진하는 사업은 낙찰차액이 발생하는 경우 이를 감안하여 교부한다.다만 해당 보조금이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 보조금 교부방법을 달리 정할 수 있다.1. 일정한 요건을 갖추면 지원대상이 되는 경상보조성격의 사업인 경우2. 다른 법령에 따라 보조금 교부 방법 및 절차가 정해진 경우② 보조사업부서는 보조금의 교부여부를 결정할 때 보조사업 계획의 구체성, 실현가능성, 지방비 부담능력, 사전 행정절차 이행여부(「지방재정법」에 따른 재정투융자 사업심사, 부지확보 여부, 인허가서류, 주민동의서 등), 연내 집행가능성(계속사업의 경우 전년도 집행 및 실집행 실적), 이월금 보유현황 등에 대한 검토를 통해 보조금의 연례적 이월 및 보조금 교부 후 사업취소 등이 최소화되도록 하여야 한다. <전문개정>③ 보조사업부서 및 지방자치단체의 장, 보조사업자는 「보조금법」제26조의2에 따른 보조금시스템을 통하여 지방자치단체의 장이 아닌 보조사업자에게 보조금을 교부하고자 할 때는 그 보조금을 예탁기관에 예탁하여야 한다. 단, 다른 법령에 따라 별도의 기관에 예탁하여 교부되는 보조금 또는 기획재정부장관이 예탁이 적절하지 않다고 인정하는 보조금의 경우에는 그러하지 아니 한다.④ 보조사업자가 간접보조사업자에게 간접보조금을 교부하는 경우에도 제1항 및 제3항을 준용한다.

제13조(보조금 사용기준) ① 보조사업자 또는 간접보조사업자(이하 ‘보조사업자등’이라 한다)는 보조금을 관련 법령이나 보조금의 교부 목적에 맞게 사용해야 하며 다른 용도에 사용할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 질병관리청장의 승인을 받아 사용할 수 있다.1. 사정의 변경으로 보조사업의 내용을 변경하거나 보조사업에 소요되는 경비의 배분을 변경하고자 하는 경우2. 보조사업을 다른 사업자에게 인계하거나 중단 또는 폐지하고자 하는 경우3. 보조금에 의하여 취득하거나 그 효용이 증가된 중요재산을 양도ㆍ교환ㆍ대여ㆍ담보의 제공 등 또는 교부 목적에 위배되는 용도로 사용하는 경우② 보조사업부서는 예산 편성시 협의되지 않았던 사업을 내역사업 등으로 집행하는 것을 최소화하여야 한다. 다만, 정책목표 달성 및 예산의 효율적 집행을 위하여 부득이한 경우에는 기획재정부장관과 협의하여야 한다.③ 보조금 사업방식은 보조금 교부 신청 시 신고한 보조금 통장에서의 직접 계좌이체 또는 보조사업비 카드(신용카드 또는 체크카드를 구분하지 아니 한다) 사용만 인정하며, 이때 카드 매출전표 등의 증빙자료는 보조금시스템에 전자적 형태로 수신된 정보만을 제출하여야 한다.④ 보조금은 보조사업을 수행하는 기간에 사용함을 원칙으로 한다. 다만, 보조사업기간 중 지출원인행위가 완료된 금액은 보조금을 사용한 것으로 볼 수 있다.⑤ 보조사업자등이 부가가치세, 관세 등 사후환급이나 공제 받을 수 있는 금액은 집행금액에서 제외한다. 다만, 세무서 등이 사후환급이 불가하다고 하는 경우에는 집행금액에 포함한다.

제14조(카드사용 및 제한) ① 보조사업자등은 보조금 입금계좌와 연결된 은행의 보조금 결제 전용 보조사업비 카드를 발급받아 사용해야 하며, 2개 이상 발급하여 사용할 수 있다.② 보조사업자등은 보조금의 적정한 사용을 위하여 별표 3의 공통적용 제한 업종 및 자율적용 제한 업종 가맹점에서 보조사업비 카드를 사용할 수 없다. 다만, 보조사업부서는 별표 3의 자율적용 제한 업종에 대해서는 보조사업별 특성에 따라 별도로 정하여 보조사업비 카드의 사용을 허용할 수 있다.③ 보조사업자등은 별표 3의 카드사용 제한 업종으로 지정되지 않았더라도 보조사업의 성격ㆍ사업내용 등을 고려하여 업무추진과 무관한 업종에 대하여는 보조사업비 카드를 사용할 수 없다.④ 보조사업자등이 보조금 집행 시 보조사업자의 임직원(직계존비속을 포함한다) 등이 운영하는 업체 또는 단체(계열 관계에 있는 업체 또는 단체를 포함한다)와는 거래할 수 없다. 다만, 보조사업부서의 승인을 받은 경우에는 그러하지 아니하다.

제15조(별도계정 설정 등) ① 보조사업자등은 교부받은 보조금에 대하여 별도의 계정(計定)을 설정하고 자체의 지출을 명백히 구분하여 회계처리를 하여야 한다.② 보조사업자등은 보조금을 관리하기 위하여 기관 명의의 수시 입출금이 가능하고 원금이 보장되며 담보설정이 되지 않는 보통예금 등으로 계좌를 별도로 개설하여 관리하여야 하고, 특별한 사유 없이 계좌를 변경하여서는 아니 된다.③ 2개 이상의 보조사업을 수행하는 경우에는 별도의 계좌를 사용하는 것을 원칙으로 한다. 다만, 보조사업에 따라 하나의 계좌를 사용할 수 있으나 이 경우 보조사업별로 별도의 계정(計定)을 두어 관리하여야 한다.

제16조(보조사업 관련 계약) ① 보조사업자 또는 간접보조사업자는 보조금시스템을 통하여 보조사업과 관련된 계약업무를 관리하여야 하며, 보조사업자는 제2항의 방법으로 계약을 체결하는 경우에는 보조금시스템을 통하여 계약 체결을 요청하거나 수행하여야 한다.② 보조사업부서는 민간 보조사업자등이 다음 각 호의 수요물자 구매나 시설공사계약 체결을 조달청장 또는 지방자치단체의 장에게 위탁하도록 보조금 교부조건에 명시하여야 한다.1. 2천만 원을 초과하는 물품 및 용역 구매2. 2억 원(전문공사는 1억 원)을 초과하는 시설공사 계약③ 보조사업부서는 보조사업자등이 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 수요물자의 구매나 시설공사 계약을 직접 체결할 때에는 「전자조달의 이용 및 촉진에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 국가종합전자조달시스템을 이용하여 공고ㆍ입찰ㆍ계약체결 등을 하도록 교부조건에 명시하여야 한다.④ 보조사업부서는 보조사업 관련 시공ㆍ납품업체가 부당한 방법으로 계약을 체결ㆍ수행한 사실이 확인된 경우 보조사업자등으로 하여금 계약을 해지하도록 하는 등의 조치를 하여야 한다. 이 경우 보조사업부서는 조치한 사항을 기획재정담당관에게 알려야 한다.⑤ 보조사업부서는 제4항에 따른 조치 후에는 해당 사실을 기획재정담당관에게 통보하여야 하며, 기획재정담당관은 제4항에 따라 부당한 방법으로 계약을 체결ㆍ수행한 사실을 확인한 날로부터 2년간 해당 업체를 보조사업 수행업체로 선정할 수 없도록 모든 보조사업 관련 부서에 통보하여야 한다.⑥ 보조사업자는 보조사업 관련 계약을 체결하는 경우 계약일로부터 15일 이내에 보조금시스템에 계약서를 등록하여야 한다.⑦ 보조사업부서는 제2항 각 호의 금액 기준에 관하여 보조사업자나 간접보조사업자가 계약을 부당하게 여러 건으로 나누는 방식으로 절차를 우회하지 않도록 감독하여 계약 절차가 실질적으로 적용되도록 하여야 한다.⑧ 보조사업부서는 제1항 내지 제7항에서 규정한 사항 외에 사적이해관계자(「공직자의 이해충돌 방지법」제2조의 ‘사적이해관계자’ 범위를 준용)와의 거래 등 계약과 관련하여 보조금의 부정한 사용이 없도록 관리하여야 한다.

제16조의2(30억원 이상 보조사업 시설공사) ① 제16조에도 불구하고 추정가격이 30억원(전문공사, 전기공사, 정보통신공사, 소방공사의 경우에는 3억원) 이상인 공사 관련 계약을 체결하는 민간보조사업자는 다음 각 호의 사항을 조달청장에게 요청하여야 한다. <각 호 외 전문개정>1. 실시설계 단계에서의 설계적정성 검토2. 공사계약 체결 <전문개정>3. 공사비가 계약금액의 10%이상 증가하는 설계변경에 대한 타당성 검토② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 대하여는 설계적정성 검토, 계약체결, 설계변경 타당성 검토를 조달청에 의뢰하지 않을 수 있다.1. 해외 공사, 재해 또는 긴급 복구 공사, 기술의 특수성을 요구하는 공사2. 지방자치단체, 공공기관 등의 시설분야 전문인력이 기획, 설계 등을 관리하는 사업. 단 공사계약 체결은 제1항에 따른다.3. 그 밖에 조속한 사업추진 등을 위해 불가피하다고 질병관리청장이 인정하는 경우③ 질병관리청장은 공사 준공 이전에 현장조사 등 집행점검을 위해 조달청의 참여를 요청할 수 있다.

제17조(보조사업자의 자부담금 집행) ① 질병관리청장은 보조사업자등이 자부담금을 포함하여 보조사업을 추진하는 경우 해당 보조사업자로 하여금 자부담금을 우선 집행하도록 하여야 한다.② 보조사업자등은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 자부담금을 우선 집행하지 아니할 수 있다.1. 보조사업 연간사업계획에 반영되지 않은 추가 자부담의 경우2. 지방자치단체 매칭사업의 경우3. 「사회기반시설에 관한 민간투자법」에 따른 민간투자사업인 경우4. 그 밖에 보조사업부서가 보조사업자 또는 보조사업 특징에 따라 자부담금 집행을 달리 정한 사업인 경우③ 질병관리청장은 제2항제2호의 경우 지방자치단체의 장이 자부담분을 확보하기 이전에 보조금을 교부하여 사업을 우선 추진하도록 할 수 있다. 다만,「보조금법」제27조제1항에 따라 보조사업 실적보고 사유가 발생한 날까지 자부담분을 확보하지 못한 경우 지방자치단체의 장에게 보조금을 전액 반납하게 하거나 다음 연도 예산편성시 감액할 수 있다.

제18조(보조금 집행잔액 및 이자반납) ① 보조사업부서는 보조사업이 완료되거나, 폐지가 승인되거나 회계연도가 종료된 때에는 집행된 보조금을 정산하여 집행 잔액과 보조금으로 발생한 이자를 함께 반납받아야 한다.② 보조사업부서는 보조금 집행잔액 및 이자가 조속히 반납될 수 있도록 조치하여야 하며, 반납기한은 반납금액, 결산일정 등을 감안하여 정하되 최소한 사업이 완료된 회계연도의 다음 회계연도 내에 반납이 완료될 수 있도록 하여야 한다.③ 보조사업자등이 지방자치단체를 제외한 민간보조사업자인 경우 발생이자 산정이 곤란한 때에는 「민법」제379조의 법정이율인 연 5%를 적용한다.④ 보조사업자등이 지방자치단체인 경우 발생이자 산정이 곤란한 때에는 지방자치단체가 금융기관과 약정한 보통예금 금리로 산정한다. 다만, 보조금으로 발생한 이자 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자의 경우에는 반납대상에서 제외한다.1. 지급받은 날로부터 1개월 이내에 집행된 보조금 금액으로서 인하여 발생한 이자2. 천재지변이나 그 밖에 이에 준하는 사유로 보조사업이 지연된 기간에 발생한 이자3. 보조금 교부 후 법령 개정 등으로 인하여 그 집행방법 등을 개선하여야 하는 경우 그 개선 기간 중에 발생한 이자4. 지방자치단체의 보조금 교부 신청과 무관하게 보조사업부서에서 주기적으로 교부하는 보조금으로 인하여 발생한 이자⑤ 보조사업부서는 장기 미납된 보조금 잔액등에 대하여 환수계획을 마련하여 조속히 환수할 수 있도록 조치하여야 한다.

제18조의2(보조사업비의 이월) ① 보조사업자는 보조금을 교부받은 후 원칙적으로 다음 회계연도에 이월하여 사용할 수 없다.② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 해당하는 경우 다음 회계연도로 이월하여 사용할 수 있으며 제2호의 경우 재이월하여 사용할 수 있다.1. 연도 내에 지출원인행위를 하고 불가피한 사유로 연도 내에 지출하지 못한 경비와 지출원인행위를 하지 아니한 그 부대경비2. 인건비 등 경상적 경비, 재해복구 경비, 입찰공고 후 장기간이 소요되거나 협상에 의한 계약 등으로 장기간이 소요되는 경비3. 그 밖에 이월이 불가피하다고 질병관리청장이 인정하는 경우③ 제2항에 따른 이월과 재이월을 위해서는 질병관리청장의 승인을 거쳐야 하며 이월액은 다른 용도로 사용할 수 없다.④ 제1항 내지 제3항은 간접보조사업자에게도 준용한다.⑤ 다른 법령 등에서 별도로 정한 경우는 해당 규정을 우선 적용할 수 있다.

제19조(예산절감액 및 집행잔액의 동일 부문 내 사업 사용) ① 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 초과액을 반납하지 않고 질병관리청장이 교부한 보조사업 중 국가재정운용계획상의 같은 부문 내 사업에 사용할 수 있다.1. 보조사업의 목적을 달성하고 「보조금법 시행령」제13조의2에 따른 자체 노력으로 예산을 절감한 경우2. 집행 잔액이 50만 원 미만인 경우② 제1항의 경우 지방자치단체의 장은 초과액의 사용대상, 사용시기 등이 포함된 사용계획을 질병관리청장에게 제출하여야 한다.③ 지방자치단체의 장은 초과액을 사용한 때에는 초과액 발생사유 및 산출(발생)근거, 초과액을 사용한 보조사업 내역(보조사업의 목적, 사업계획, 집행액 등을 포함한 사용명세서)을 초과액을 사용한 날로부터 1개월 이내에 질병관리청장에게 통보하여야 한다.④ 제1항에도 불구하고 「보조금법 시행령」제4조제1항에 따른 보조금 지급 대상 제외 사업에는 초과액을 사용할 수 없다.

제20조(보조금 전액 반환 시 보조금과 이자반납) ① 보조사업부서는 교부한 보조금이 사업의 취소 등으로 인하여 해당 사업에 사용되지 못한 경우에는 보조사업자로 하여금 보조금 전액과 그 이자를 함께 반납하도록 하여야 한다.② 보조사업부서는 보조금과 이자가 조속히 반납될 수 있도록 조치하여야 한다.③ 발생이자 산정이 곤란한 경우에는 제19조제3항 및 제4항 본문에 따른다.

제21조(보조사업 실적보고서의 제출) ① 보조사업자등은 「보조금법」 제27조제3항에 따라 보조사업 또는 간접보조사업을 완료하였을 때, 폐지의 승인을 받았을 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 제2항의 기한까지 정산보고서가 첨부된 보조사업 또는 간접보조사업의 실적보고서를 보조사업부서 또는 간접보조사업자인 경우 보조사업자에게 제출하여야 한다.② 보조사업자등은 보조사업 실적보고서를 「보조금법 시행령」제12조제1항에 따라 실적 보고 사유가 발생한 날로부터 2개월(지방자치단체의 장이 보조사업자의 경우에는 3개월) 이내에 제출하여야 한다.③ 보조사업부서는 제1항의 보조사업 실적보고서를 「보조금법」제28조에 따라 심사하고 그 정산 결과가 적합하지 않다고 판단되는 경우에는 해당 보조사업자등에 대하여 보조사업의 시정을 위하여 필요한 조치를 명할 수 있다.④ 보조사업부서는 제1항부터 제3항까지에서 정한 보조사업 정산절차가 완료되지 않은 보조사업자에게 보조금을 추가로 교부해서는 아니 되며, 정당한 사유 없이 정산보고서 제출을 지연한 보조사업자에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 정산보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금을 삭감할 수 있다.1. 3개월 이상 지연 제출하는 경우 10%이내 보조금 삭감2. 6개월 이상 지연 제출하는 경우 20%이내 보조금 삭감3. 12개월 이상 지연 제출하는 경우 50%이내 보조금 삭감⑤ 보조사업부서는 생계급여, 기초연금, 양육수당과 같이 일정 요건을 충족하는 경우 정액으로 지급하는 보조금의 보조금 수령자에 대해서는 제1항에 따른 보조사업 실적보고서를 제출하지 아니하게 할 수 있다. 다만, 보조사업자등이 개인에게 해당 보조금을 다시 교부하는 운영자금, 시설자금 등의 경우에는 제1항에 따라 보조사업 실적보고서를 제출하여야 한다.

제22조(정산보고서 작성) ① 보조사업자등은 보조사업 또는 간접보조사업의 실적을 보고할 때 「보조금법」 제27조제2항에 의한 정산보고서를 작성하여 첨부하여야 한다.② 보조사업자등이 작성하는 정산보고서는 다음 각 호의 항목을 포함한다.1. 일반현황2. 보조사업의 개요3. 당해연도 보조사업비4. 보조사업비 사용실적 및 보조금 반환액③ 정산보고서 작성에 관한 세부사항에 대하여는 기획재정부의 「보조사업 정산보고서 작성지침」을 적용한다. 다만, 보조사업부서의 장이 보조사업의 특성에 따라 정한 서류를 함께 첨부하여야 한다.④ 보조사업자등은 정산보고서를 검증기관으로부터 검증을 받는 경우 검증보고서를 첨부하여야 한다.

제23조(정산보고서의 검증) ① 지방자치단체를 제외한 보조사업자등이 「보조금법」제27조제2항에 따라 보조사업 실적보고서를 제출하는 경우로서 해당 보조사업 또는 간접보조사업에 대한 보조금이 1억 원 이상일 경우에는 검증기관으로부터 정산보고서를 검증받아 정산보고서와 함께 제출하여야 한다. 이 경우 지방자치단체로부터 민간이전사업으로 지원된 보조사업을 포함한다.② 제1항에도 불구하고 보조사업자등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보조사업자등이 정산보고서의 검증을 받지 아니하게 할 수 있다.1. 보조사업자등이 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조에 따른 공기업 또는 준정부기관이거나 「지방공기업법」제2조 및 제3조에 따른 지방공기업인 경우2. 보조사업자등의 보조금 지출 내역에 대한 증빙을 확인한 후에 보조금을 교부ㆍ지급하는 사후 보조의 경우③ 검증기관의 정산보고서 검증 방법 등 세부사항에 대하여는 기획재정부의 「보조사업 정산보고서 검증지침」을 적용한다.

제24조(자료 보관) ① 보조사업자등은 보조사업의 수행과 관련한 「계산증명규칙」 제2조에 따른 계산서, 증거서류 및 첨부서류를 사업기간 종료 후 5년간 보관하여야 한다.다만, 카드사, 국세청 등으로부터 카드사용내역, 세금계산서 등을 정보처리시스템을 통해 전송받은 경우, 종이영수증 원본을 별도로 출력하여 보관하지 않고 전자적으로 보관할 수 있다.② 보조사업자등은 질병관리청장의 관련 자료 제출 요구시 즉시 응하여야 한다.③ 질병관리청장은 보조사업자등이 제1항의 자료 보관 의무를 이행하지 않거나, 제2항의 자료 제출요구에 불응하거나 성실히 대응하지 않을 경우 이후 관련 사업참여시 감점 및 참여 제한 등의 불이익을 줄 수 있다.④ 제1항에도 불구하고 보조금시스템에 제출하여 등록된 자료는 보관하지 않을 수 있다.

제25조(보조사업 집행점검) ① 보조사업부서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 보조사업 또는 간접보조사업의 경우 연 1회 이상 사업 수행 상황을 점검하여야 한다.1. 총사업비 또는 중기사업계획서에 의한 재정지출금액 중 보조금 규모가 100억 원 이상인 경우2. 제8조제4항제1호 및 제2호에 따라 사업자 공모없이 사업자를 선정한 사업의 경우3. 동일ㆍ유사 보조금을 2회 이상 수급한 보조사업자가 수행하는 보조사업의 경우4. 부정수급이 발생하거나 발생 우려가 높은 보조사업인 경우5. 그 밖에 보조사업부서의 장이 집행점검이 필요하다고 인정하는 경우② 보조사업부서는 제1항의 점검결과에 따라 필요한 경우 현장조사를 실시할 수 있고, 조사 결과에 따라 보조금 교부결정 취소, 보조금 반환, 강제징수, 제재부가금 부과, 보조사업 수행제한 등의 필요한 조치를 하여야 하며 보조금 반환 결정은 검찰의 공소제기 시까지 하여야 한다.③ 보조사업부서는 별지 제5호서식의 보조사업 실태점검 계획서 및 별지 제6호서식의 전년도 보조사업 집행점검결과를 당해 회계연도의 2월말까지 기획재정담당관에게 제출하여야 한다.④ 보조사업부서는 조사결과 고의, 거짓 등의 방법으로 부정수급을 행한 사실이 있다고 사료되는 때에는 형사소송법 제234조제2항에 따라 고발하여야 한다. <전문개정>

제26조(보조사업점검평가단) ① 제25조의 보조사업 집행점검을 위하여 국ㆍ관별, 국립보건연구원의 경우는 부ㆍ센터별로 보조사업점검평가단(이하 ‘점검평가단’이라 한다)을 5인 이상 10인 이내로 구성ㆍ운영한다.② 점검평가단의 단장은 고위공무원단에 속하는 공무원으로 하고, 보조사업을 담당하는 과장급 공무원과 민간전문가 2인 이상으로 구성한다.③ 분야별 점검평가단의 집행점검 총괄업무는 주무 부서에서 그 업무를 수행하며, 점검반은 보조사업을 담당하는 과장을 반장으로 하여 해당 부서의 공무원과 민간전문가로 반원을 구성한다.④ 민간위원은 해당 사업의 전문가 및 보조금 전문가로 한다. 다만, 해당 보조사업 관련 이해관계가 있는 경우에는 위원으로 선임하지 않아야 한다.

제27조(보조사업점검평가단의 운영) ① 점검평가단은 보조사업부서의 분기별 보조사업 점검계획의 수립여부를 확인한다.② 점검반은 점검대상 보조사업이 다수인 경우 대상사업 중 일부를 선정하여 점검할 수 있으며, 이 경우 다음 각 호에 해당하는 사업을 우선 선정하여야 한다.1. 최근 2년 이내 감사, 수사 등에서 지적을 받은 사업2. 최근 3년 이내 보조사업 관련 점검을 받지 않은 사업③ 점검반은 현장 점검을 원칙으로 하되 부득이한 사정이 있는 경우 서면 점검으로 대체할 수 있다.④ 점검반은 다음 각 호의 사항을 점검하여 별지 제6호서식의 보조사업 집행점검결과서를 분기 다음달 15일까지 점검평가단에 제출하고, 점검평가단은 기획재정담당관에게 제출하여야 한다.1. 보조사업 추진계획 대비 실적2. 보조금 교부조건 이행사항, 자부담 이행여부 등 관련 법령 및 규정에 따른 준수여부3. 사업 관리감독에 관한 사항

제28조(중요재산의 보고) ① 보조사업자등은 다음 각 호에 해당하는 중요재산을 취득하는 경우 취득 후 15일 이내에 별지 제7호서식의 중요재산 현황을 질병관리청장에게 보고하여야 하며, 반기별로 변동 현황을 수정 보고하여야 한다.1. 부동산과 그 종물(從物)2. 선박, 부표(浮標), 부잔교(浮棧橋) 및 부선거(浮船渠)와 그 종물3. 항공기4. 그 밖에 구입 가격 5백만 원 이상의 물품② 현재액은 시장에서 형성된 가격으로 하며, 시장가격이 없는 경우에는 전문성 있는 평가인의 평가에 의하여 결정된 가격으로 한다. 이 경우 전문성 있는 평가인이란 자산평가업무에 대한 전문지식, 경험 및 평가대상 자산과 관련된 시장에 대한 충분한 지식을 보유하고 있는 사람을 말한다.③ 재평가는 공정가액과 장부금액의 차이가 공정가액의 30%를 초과할 경우에 실시한다. 다만, 차액이 1억 원 이하일 경우에는 그러하지 아니하다.④ 질병관리청장은 제1항에 따라 보조사업자등으로부터 보고받은 후 1개월 이내에 국고보조금중요재산공개시스템 또는 국고보조금통합관리시스템에 다음 각 호의 기간 동안 공시하고 반기별로 수정 공시하여야 한다.1. 부동산과 그 종물의 경우 10년2. 선박, 부표, 부잔교 및 부선거와 그 종물의 경우 10년3. 항공기의 경우 10년4. 그 밖에 기계 장비 등 중요재산의 경우 5년

제29조(재산 처분의 제한) ① 보조사업자등은 해당 보조사업을 완료한 후에도 질병관리청장의 승인 없이 중요재산에 대하여 다음 각 호의 행위를 하여서는 아니 된다.1. 보조금의 교부 목적에 위배되는 용도에 사용2. 양도, 교환, 대여3. 담보의 제공② 제1항의 규정에도 불구하고 「보조금법 시행령」 제16조에 따라 다음 각 호에 해당하는 경우에는 질병관리청장의 승인없이 제1항 각 호에 해당하는 행위를 할 수 있다.1. 「보조금법」제18조제2항의 수익반환 조건부 교부결정에 따라 보조사업자가 보조금의 전부에 해당하는 금액을 국가에 반환하는 경우2. 보조금 교부 목적과 해당 재산의 내용연수를 고려하여 질병관리청장이 정하는 기간이 지난 경우. 다만, 교부조건에 처분 제한기간의 정함이 없는 경우 해당 재산의 통상적인 내용연수까지는 재산처분을 제한한 것으로 간주3. 지방자치단체가 보조금 또는 간접보조금으로 취득한 재산인 경우. 다만, 승계취득은 포함되지 않으며, 제2호의 기간이 미경과한 재산을 처분하는 경우에는 질병관리청장과 반드시 협의

제30조(중요재산의 부기등기) ① 보조사업자등은 「보조금법」제35조의2제1항에 따라 중요재산 중 부동산에 관한 소유권 등기를 할 때에는 다음 각 호의 사항을 표기내용으로 하는 부기등기(附記登記)를 하여야 한다. 다만,「국유재산법」등에 따라 국가ㆍ지방자치단체 등이 취득ㆍ관리하는 부동산의 경우에는 그러하지 아니하다.1. 해당 부동산은 보조금을 지원받아 취득하였거나 그 효용가치가 증가한 재산이라는 사항2. 보조금 교부 목적과 해당 부동산의 내용연수를 고려하여 질병관리청장이 정한 기간이 지나지 아니하였음에도 그 부동산을 보조금의 교부 목적에 위배되는 용도에 사용, 양도, 교환, 대여 및 담보로 제공하려는 경우에는 질병관리청장의 승인을 받아야 한다는 사항② 보조사업자등이 제1항에 따라 부기등기하고자 할 때에는 별지 제8호서식에 따른 보조금이 지원된 부동산 증명서를 관할 등기소에 제출하여야 한다.③ 보조사업자등이「보조금법」제35조의2제4항에 따라 부기등기를 말소하고자 할 때에는 별지 제9호서식에 따른 부기등기 말소대상 부동산 증명서를 관할 등기소에 제출하여야 한다.④ 보조사업자등이 제1항의 의무를 위반한 경우「보조금법」제30조제1항제2호 및 같은 법 제30조제2항제2호에 따라 보조금 교부결정 취소 등의 시정조치를 할 수 있다.

제31조(보조사업평가 사후 조치) 보조사업부서는 「보조금법」제6조에 따라 보조금 예산을 요구할 때는 반드시 기획재정부장관이 실시한 보조사업 평가결과를 반영하고 관련 조치사항을 명시하여야 한다. 다만, 평가결과를 반영하지 못하였을 때는 반드시 타당한 사유에 대한 자료를 예산요구시 기획재정부장관에게 함께 제출하여야 한다.

제32조(부정수급심의위원회 구성ㆍ운영) ① 보조금 부정수급 대응 및 방지를 위하여 부정수급심의위원회(이하 ‘심의위원회’라 한다)를 구성ㆍ운영 할 수 있다. 이 경우 「국가재정법」제98조 및 「국가재정법 시행령」제49조에 따른 예산집행심의회 위원으로 구성한다.② 심의위원회는 보조사업부서의 요청(별지 제10호서식)에 따라 다음 각 호의 사항을 심의할 수 있다.1. 「보조금법」제33조의2에 따른 제재부가금의 부과ㆍ징수와 관련한 사항으로서 제재부가금 산정, 가중 및 감경에 관한 사항, 제재부가금 대상자 및 기관이 제출한 소명자료 검토에 관한 사항, 그 밖에 제재부가금 부과를 위하여 심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항2. 「보조금법」제31조의2에 따른 보조사업 수행배제 또는 보조금 수령자 수급제한과 관련한 사항으로 배제 대상이 되는 보조사업자 등이 제출한 소명자료 검토에 관한 사항, 그 밖에 보조사업 수행배제 등을 위하여 심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항3. 「보조금법」 제30조제1항 및 제2항, 제33조제1항 각 호의 해당여부가 불명확한 경우 등 부정수급 여부 판단에 있어 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항③ 심의위원회는 제2항에 따른 심의안건 관련 담당공무원, 대상자 및 참고인의 출석을 요청하여 의견을 들을 수 있고 의뢰기관에 대하여 필요한 자료 등을 요청할 수 있다.④ 제1항부터 제3항까지의 규정이외에 구체적인 운영 규정은 질병관리청장이 정한다.

제33조(보조금부정수급자 명단공표심의위원회의 구성ㆍ운영) ① 「보조금법」 제36조의2 제2항 및 「보조금법 시행령」제17조의2에 따른 보조금부정수급자 명단공표심의위원회(이하 ‘공표심의위원회’라 한다)는 「국가재정법」제98조 및 「국가재정법 시행령」제49조에 따른 예산집행심의회 위원으로 구성한다.② 보조사업부서는 보조금 부정수급 명단공표가 필요한 사항에 대하여 공표심의위원회에 심의를 요청(별지 제11호서식)할 수 있다.③ 명단공표 방법 등에 관하여는 「보조금법 시행령」제17조의2의 규정에서 정한 바에 따른다.

제34조(제재부가금 부과 등 결정절차) ① 질병관리청장은 「보조금법」제33조의2제1항에 관하여 수사기관의 수사 결과 통보 또는 법원의 판결 등에 따라 제재부가금 부과 결정 절차를 개시한다.② 질병관리청장은 보조사업자등에게 제1항에 따른 절차가 개시된 사실을 통지하고, 통지를 받은 날로부터 15일 이내에 부과금액에 관한 소명자료를 제출할 기회를 부여하여야 한다.③ 재판결과의 확인, 제재부가금의 부과 여부 또는 부과금액의 결정을 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 절차를 일시 정지할 수 있다. 이 경우 그 절차의 정지 및 재개 사실을 보조사업자등에게 통지하여야 한다.④ 질병관리청장은 심의위원회의 심의를 거쳐 제재부가금 부과 여부 및 부과금액을 보조사업자등에게 통보하여야 한다.⑤ 제4항에 따라 통보를 받은 보조사업자등은 「보조금법」제37조에 따라 이의를 제기할 수 있다.

제35조(제재부가금 등 납부절차) ① 질병관리청장은 「보조금법」제33조의2에 따른 제재부가금 또는 가산금을 부과하는 경우 위반행위의 종류와 금액 등을 밝혀 보조사업자등에게 이를 납부할 것을 서면으로 알려야 한다.② 질병관리청장은 제재부가금의 금액 등을 통지할 때에는 「국고금관리법 시행규칙」별지 제5호서식의 납입고지서를 발부하고, 변경 통지 등에 관한 사항은 국고금관리법 시행규칙을 준용한다.

제36조(과오납의 환급) 질병관리청장은「보조금법」제33조의2에 따른 제재부가금부과 등과 관련한 과오납이 있는 경우에 이를 환급하되, 환급 가산금의 이자율은 「국세기본법 시행규칙」제19조의3에 따른 이자율을 적용한다.

제37조(보조사업 수행 등의 배제 결정 절차) ① 질병관리청장은 「보조금법」제31조의2제1항에 관하여 전담기관의 보고, 수사기관의 수사 결과 통보 또는 법원의 판결 등에 따라 보조사업 수행배제 또는 보조금수령자 수급제한 결정 절차를 개시하여야 한다.② 제1항의 경우 질병관리청장은 보조사업자등에게 제1항의 사실을 통지하고 통지한 날로부터 15일 이내에 보조사업 수행배제에 관한 소명자료 제출기회를 부여하여야 한다.③ 재판결과의 확인 그 밖에 보조사업 수행제한 또는 보조금수령자 수급제한을 결정하기 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 절차를 일시 정지할 수 있으며, 그 절차의 정지 또는 재개 사실을 보조사업자 등에게 통지하여야 한다.④ 심의위원회의 심의를 거쳐 보조사업 수행배제 또는 보조금 수령자 수급제한 사항을 보조사업자 등에게 통보하여야 한다.⑤ 제4항에 따라 통보를 받은 당사자는 「보조금법」제37조에 따라 이의를 제기할 수 있다.

제38조(사무의 위임 등) ① 보조금의 교부 및 관리 등을 효율적으로 수행하기 위하여 보조사업부서는 소관 보조금 사업에 대하여 「보조금법」 제38조 및 같은 법 시행령 제17조에 따라 다음 각 호의 사무를 소속기관의 장 또는 지방자치단체의 장에게 위임할 수 있다.1. 「보조금법」 제16조제1항에 따른 보조금 교부 신청의 접수2. 「보조금법」 제17조제1항에 따른 보조금의 교부결정3. 「보조금법」 제21조제1항 및 제30조제1항ㆍ제2항에 따른 교부 결정의 취소4. 「보조금법」 제27조제1항에 따른 보조사업실적보고서 또는 간접보조사업 실적보고서의 접수5. 「보조금법」 제28조에 따른 보조사업의 실적 심사 및 보조금의 금액 확정6. 「보조금법」 제31조에 따른 보조금의 반환에 관한 처분7. 「보조금법」 제36조에 따른 보고의 접수 및 검사 또는 질문② 보조사업부서는 소속기관의 장 또는 지방자치단체의 장에게 사무를 위임함에 있어 사무의 통일성을 위하여 보조금 사업별로 업무처리지침을 제정ㆍ시행할 수 있다.

제39조(부정수급 관련 정보관리) ① 보조사업부서는 다음 각 호의 사항을 관리하여야 한다.1. 「보조금법」제39조의2에 따른 신고포상금 지급 건수 및 지급 금액2. 「보조금법」제36조의2에 따른 위반사실 공표 대상자 수 및 명단3. 「보조금법」제33조의2에 따른 제재부가금 및 가산금 징수 건수 및 금액4. 「보조금법」제31조의2에 따른 보조사업 수행 배제 등의 제한 건수 및 대상자 명단5. 「보조금법」제31조제1항 또는 제33조에 따른 보조금 반환 건수 및 반환 금액② 기획재정담당관은 제1항 각 호의 사항에 대하여 자료 제출을 요청할 수 있다.[종전의 제38조에서 이동]

제40조(보조사업자 회계감사) ① 「보조금법」제27조의2제1항에 따라 회계연도중 중앙관서로부터 교부받은 보조금 또는 간접보조금 총액이 10억 원 이상인 지방자치단체를 제외한 보조사업자등(이하 ‘특정사업자’라 한다)은 재무제표 또는 결산서(이하 ‘재무제표 등’이라고 한다)를 작성하여 독립된 외부의 감사인(이하 ‘감사인’이라 한다)에 의한 회계감사(이하 ‘회계감사’라 한다)를 받아야 한다.② 특정사업자가 다음 각 호에 해당하는 경우 기획재정부장관과의 협의를 거쳐 회계감사 대상에서 제외할 수 있다.1. 특정사업자가 국제기구인 경우2. 특정사업자가 다른 나라의 준정부기관인 경우3. 특정사업자가 보조금의 대부분을 간접보조사업자 또는 보조금수령자에게 다시 교부ㆍ지급하여 특정사업자가 직접 집행하는 금액이 5억 원 미만인 경우4. 사회복지사업법, 민법, 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인이 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우5. 법령에 따라 설립된 특수법인이 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우6. 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 준정부기관 또는 기타 공공기관으로 지정되어 회계감사를 받는 경우7. 그 밖에 사업담당부서의 장이 특정사업자의 특성을 고려하여 회계감사보고서를 작성ㆍ제출하기에 적합하지 아니하다고 인정하는 경우③ 보조사업자의 회계감사에 관한 세부사항에 대하여는 기획재정부의 「보조사업자 회계감사 세부기준」을 적용한다.[종전의 제39조에서 이동]

제41조(보조사업자 정보공시) ① 보조사업자등은 다음 각 호의 사항을 공시하여야 한다. 다만, 제5호는 「보조금법」제27조의2제1항 또는 제2항에 따라 회계감사를 받는 특정사업자에 대해서만 적용한다.1. 보조금 교부신청서 및 사업계획서2. 보조사업 또는 간접보조사업의 수입ㆍ지출내역3. 정산보고서 및 정산보고서에 대한 검증보고서4. 보조사업 또는 간접보조사업 관련 감사 지적사항5. 감사보고서가 첨부된 재무제표 또는 결산서6. 그 밖에 질병관리청장이 정하는 사항② 보조사업자의 정보공시에 관한 세부사항에 대하여는 기획재정부의 「보조사업자 정보공시 세부기준」을 적용한다.[종전의 제40조에서 이동]

제42조(재검토기한) 질병관리청장은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 훈령에 대하여 2020년 9월 12일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 9월 11일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.[종전의 제41조에서 이동]