증권거래세사무처리규정 (훈령, 국세청)
공포일: 20221124 / 시행일: 20221124

제3조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.1. "주식변동자료"란 「법인세법」 제60조에 따른 법인세의 과세표준신고서에 첨부하는 서류중 같은법 시행규칙 제82조 제1항 제52호에 규정하는 주식등변동상황명세서에 의하여 주식의 변동 내용을 기재한 자료를 말한다.2. "장외거래자료"란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2제4항제1호에 따른 유가증권시장, 코스닥시장, 코넥스시장(이하 "증권시장"이라 함) 외에서 매매한 증권의 거래내용을 기재한 자료를 말한다.3. "재산제세 담당과장"이란 세무서에서 증권거래세 사무를 담당하는 재산세과장을 말하며 재산법인세과장, 세원관리과장을 포함한다.4. "파생자료"란 지방국세청장 또는 세무서장이 법인세조사등 세무조사 과정에서 주식등변동상황명세서와 실제 주식변동내용이 다른 사실과 기타 주권 등의 양도사실을 확인한 경우에 그 거래내용을 기재한 자료를 말한다.5. "NTIS(엔티스)"란 국세의 부과ㆍ징수업무를 통합 관리하기 위하여 운영하는 국세행정 전산시스템을 말한다.6. "과세자료"란 증권거래세 과세(비과세ㆍ면제 포함)의 근거가 되는 자료를 말하며 "자료전"이란 과세자료의 내용을 수록한 규격화된 문서를 말한다.7. "현장확인"이란 증권거래세 세원관리, 과세자료처리 등 업무를 처리하기 위해 납세자 및 관련인 등을 상대로 세무조사에 의하지 않고 현장확인 계획에 따라 현장 출장하여 사실관계를 확인하는 것을 말한다.

제4조(신고서의 접수 및 입력) ① 증권거래세 신고 및 자진납부계산서의 접수를 담당하는 납세자보호담당관(민원봉사실장) 또는 재산제세 담당과장은 「증권거래세법」 및 「조세특례제한법」에 따른 신고서 등을 접수하고 전자서고에 등록하여야 한다.② 세무서장(납세자보호담당관 또는 재산제세 담당과장)은 접수된 신고서 등을 NTIS(엔티스)에 입력하기 위하여 정보화센터로 전산 이송하여야 한다.③ 신고서 등의 접수 및 전산입력에 대해 이 규정에서 정해지지 아니한 사항은「정보화센터사무처리규정」과「국세청민원사무처리규정」에 따른다.

제5조(신고서 등의 오류 검토) 증권거래세 신고업무 담당자는 신고서 및 부속서류(이하 "신고서등"이라 한다) 기재사항의 정확성 여부 및 제출서류의 누락여부 등을 검토하여야 한다. 다음과 같은 사항에 대해서는 입력오류 방지와 과세근거 확보 등을 위하여 중점 검토하여야 한다.1. 정확한 인적사항의 기재여부2. 상호 관련되는 서식간, 항목간의 불일치 및 기재누락 여부3. 합계란의 정확한 기재여부4. 기타 오류가 발생하기 쉬운 항목(세액계산, 각종코드 오류 등)5. 주식 등의 매매계약서, 비과세양도명세서 등 첨부서류 누락 여부

제6조(신고ㆍ납부 불일치 사유의 규명) 국세청장(자산과세국장)은 신고ㆍ납부 불일치 명세서를 NTIS(엔티스)에 생성하고, 납세지 관할 세무서장(재산제세 담당과장)은 납부기한 다음달 마지막 날(자산과세국장이 별도 지정한 경우 그 지정일)까지 불일치 사유를 규명하여야 한다.

제7조(무ㆍ과소납부 고지) ① 세무서장(재산제세 담당과장)은 신고납부 불일치 규명작업이 끝난 후 출력되는 증권거래세 당연경정결의서에 기재된 건수ㆍ금액 등이 정확한지를 확인한 후 전산결재하여 체납징세과장에게 전산으로 부과통보하여야 한다.② 세무서장(재산제세 담당과장)은 무ㆍ과소납부자 중 출국자 및 신고 후 부도발생자 등 조세채권의 조기확보를 위하여 즉시 경정이 필요한 경우는 제1항에도 불구하고 개별 무ㆍ과소납부자 경정결의 후 체납징세과장에게 전산으로 부과통보하여야 한다.

제8조(환 급) ① 국세청장(전산정보관리관)은 신고납부자료의 비교작업이 끝나면 과다납부자 등 환급대상자를 전산에 의하여 일괄 선정하고 환급대상자명단을 생성하여 전산에 수록하여야 한다.②세무서장(재산제세 담당과장)은 환급대상자 명세서를 출력하거나 화면조회하여 환급내용을 확인하고 환급대상자 여부 및 금액 등을 검토한 후 환급결정하도록 한다. 또한, 신고납부 불일치 규명 작업 시 과다납부자로 확인된 경우에도 환급결정결의서를 작성하여 환급결정하도록 한다.③ 세무서장(체납징세과장)은 환급대상이 된 국세 등을 납부한 자와 환급금에 대한 권리의 양도 또는 기타의 사유로 인하여 환급금의 지급대상자가 서로 다른 경우에는 정당한 지급대상자를 전산에 수록하여 환급통보서를 작성할 때 착오가 없도록 하여야 한다.

제9조(수정신고서 및 기한 후 신고서의 처리) ① 세무서장(재산제세 담당과장)은 증권거래세 수정신고서나 기한 후 신고서(이하 "수정신고서 등"이라 한다)를 접수한 경우에는 제4조와 제5조를 준용하여 처리하여야 한다.② 세무서장(재산제세 담당과장)은 수정신고서가 접수된 경우 당초 신고한 내용과 수정신고서의 내용을 신고일로부터 2개월 이내에 검토하여야 한다.③ 세무서장(재산제세 담당과장)은 기한 후 신고서가 접수된 경우 신고내용과 증빙서류 등을 검토하여 신고일로부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 부득이한 사유로 신고일로부터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.④ 제2항 및 제3항의 수정신고서 등의 처리과정에서 납세자에게 서면으로 보완요구를 하거나 현장확인을 실시할 수 있으며, 양도소득세 등 관련 조세의 신고 및 적정성 여부도 함께 검토하여야 한다.⑤ 세무서장(재산제세 담당과장)은 기한 후 신고서(기한 후 신고서의 수정신고서를 포함한다)를 제출한 세무대리인 중 공직퇴임세무사 수임제한 대상으로 조회되는 경우에는 수임제한 예외사유 해당 여부 등을 검토하여 검토 의견을 작성하여야 한다.⑥ 수임제한 예외사유에 해당되지 않아 최종 수임제한 대상으로 확인되는 경우에는 「세무대리업무에 관한 사무처리규정」 제23조(징계요구) 및 제26조(징계요건 조사보고)에 따른 절차를 진행하도록 하여야 한다.

제10조(경정 등의 청구의 처리) ① 증권거래세 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정의 청구(이하 "경정 등의 청구"라 한다)를 받은 납세지 관할 세무서장(재산제세 담당과장)은 청구를 받은 날부터 2월 이내에 처리하고, 그 결과를 청구인에게 문서로써 통지(납세자의 경정 등의 청구 내용대로 결정ㆍ경정하여 환급하는 경우에는 환급금 통지서로 갈음할 수 있다)하여야 한다. 다만, 처리기한까지 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 그 진행상황을 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.② 경정등의 청구 처리과정에서 법률 자문이 필요하거나 현장확인 이외의 사실 판단이 필요한 경우에는 과세기준자문 또는 과세사실판단자문위원회의 자문을 받아 처리하여야 한다.③ 세무서장(재산제세 담당과장)은 경정 등의 청구 처리과정에서 추가 증빙 또는 해명자료의 제출을 요구하는 경우에는 ‘해명자료 제출 안내’(별지 제12호 서식)와 ‘권리보호 요청제도에 관한 안내’(별지 제12호의1 서식)를 납세자에게 서면으로 발송하여야 하며, 현장확인이 필요하다고 인정되는 경우에는 제24조에 따라 실시하여야 한다.④ 세무서장(재산제세 담당과장)은 경정 등의 청구 처리결과를 NTIS(엔티스)에 입력하여야 한다.⑤ 세무서장(재산제세 담당과장)은 경정청구서를 제출한 세무대리인 중 공직퇴임세무사 수임제한 대상으로 조회되는 경우에는 수임제한 예외사유 해당 여부등을 검토하여 검토 의견을 작성해야 한다.⑥ 수임제한 예외사유에 해당되지 않아 최종 수임제한 대상으로 확인되는 경우에는 「세무대리업무에 관한 사무처리규정」 제23조(징계요구) 및 제26조(징계요건 조사보고)에 따른 절차를 진행하도록 하여야 한다.

제11조(과세자료의 수집) 국세청장(자산과세국장) 또는 세무서장(재산제세 담당과장)은 증권거래세 과세에 필요한 다음 각 호의 자료를 수집하여 NTIS(엔티스)에 입력하여야 한다.1. 행정기관 등으로부터 과세에 활용할 수 있는 자료를 수집하거나 제출받는 경우2. 「증권거래세법」 등 각종 법률에 따른 자료3. 세무조사, 과세자료 처리 등 업무처리과정에서 증권거래세 과세자료로서 활용할 가치가 있다고 인정되어 파생되는 자료4. 그 밖의 증권거래세 과세자료로 활용할 수 있는 자료

제12조(증권계좌 간 이체내용 자료활용) ① 국세청장(자산과세국장)은 금융투자업자가 관리하는 증권계좌를 통해 증권거래세법 제3조제3호에 해당하는 납세의무자가 주권을 양도하는 경우 해당거래의 증권계좌 간 이체 내용 등을 수집하여야 한다.② 국세청장(자산과세국장)은 수집한 증권계좌 간 이체내용 자료와 증권거래세 신고ㆍ결정내용을 비교하여 일치하지 않는 경우 전산으로 구축하고 과세자료로 활용하여야 한다.

제13조(명의개서자료 활용) 국세청장(자산과세국장)은 한국예탁결제원 등에서 수집한 명의변경자료와 증권거래세 신고ㆍ결정내용을 비교하여 일치하지 않는 경우 전산으로 구축하고 과세자료로 활용하여야 한다.

제14조(주식변동자료와 양도소득세 결정자료 활용) ①국세청장(자산과세국장)은 주식변동자료와 증권거래세 신고ㆍ결정내용을 비교하여 일치하지 않는 경우 전산으로 구축하고 과세자료로 활용하여야 한다.②국세청장(자산과세국장)은 양도소득세 신고ㆍ결정내용과 증권거래세 신고ㆍ결정내용을 비교하여 일치하지 않는 경우 전산으로 구축하고 과세자료로 활용하여야 한다.

제15조(파생자료) ① 지방국세청장 및 세무서장이 세무조사과정에서 수집한 조사파생자료는 NTIS(엔티스) 과세자료관리에 전산입력하여 해당 세무조사를 종료한 날부터 10일 이내에 해당 세무서장(재산제세 담당과장)에게 통보하여야 한다.② 국세청장(자산과세국장)은 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따른 증여세 결정ㆍ결의서에 입력된 시가와 증권거래세 납세의무자의 신고ㆍ결정내용을 비교하여 일치하지 않는 경우 전산으로 구축하고 과세자료로 활용하여야 한다.

제16조(과세자료 통ㆍ수보) ① 세무서장(재산제세 담당과장)은 수시로 증권거래세 자료전 이송내역을 확인하여 수보결재하고 타서로부터 수보한 증권거래세자료전을 즉시 처리하여야 한다.② 타서관할 자료는 해당 자료를 수보한 날부터 20일 이내에 납세지 관할세무서장에게 전산으로 이송처리하여야 한다.

제17조(처리담당자의 지정) 국세청장(자산과세국장), 지방국세청장 및 세무서장은 제11조부터 제16조에 따른 증권거래세 과세자료를 NTIS(엔티스)에 생성하여 납세지 관할세무서장(재산제세 담당과장)에게 통보하고 세무서장(재산제세 담당과장)은 즉시 전산으로 처리담당자를 지정하여 처리하도록 한다.

제18조(과세자료 해명안내) ① 세무서장(재산제세 담당과장)은 증권거래세 과세자료 처리 시 납세자의 해명이 필요한 경우에는 ‘해명자료 제출 안내(별지 제12호 서식)와 ‘권리보호 요청제도에 관한 안내(별지 제12호의1 서식)’를 납세자에게 발송하여야 한다. 또한 해명안내에 대해 납세자가 해명자료를 제출하는 경우 ‘납세자 해명자료’(별지 제13호의1 서식)에 따라 제출하도록 안내하여야 한다.② 세무서장(재산제세 담당과장)은 납세자가 해명자료를 제출한 경우에 전산 접수하고 관련서류를 스캔하여 전자서고에 수록해야 하며, 해명자료를 성실하게 검토 후 그 처리결과를 해명자료 제출(접수)일로부터 30일 이내(기한의 말일이 토요일 또는 공휴일인 경우 그 다음날)에 ‘해명자료 검토결과 안내’(별지 제13호 서식)에 따라 해당 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 해명자료 검토결과에 대해 「과세전적부심사사무처리규정」에 따라 과세예고 통지서를 발송하는 경우에는 해명자료 검토결과 안내를 생략할 수 있다.③ 제1항에 따른 해명내용이 불명확하거나, 사실관계 확인 지연 등으로 기한연장이 필요한 경우 사유를 기재하고 30일 이내 처리기한을 지정하여 납세자에게 ‘해명자료 검토결과 연장통지서’(별지 제13호의2 서식)를 발송하여야 하며, 납세자가 해명요구에 따르지 않는 경우에는 제24조에 따라 현장확인을 거쳐 처리할 수 있다.

제19조(고지결정 등 처리) ① 세무서장(재산제세 담당과장)은 제18조제1항에 따라 발송한 안내문에 지정한 기한까지 해명자료를 제출하지 아니하거나 해명자료 검토 결과 「과세전적부심사사무처리규정」제3조제1항에 해당하는 경우에는 ‘과세예고 통지서’를 발송하여야 한다.② 과세예고 통지와 관련된 업무처리절차는 「과세전적부심사사무처리규정」에 따른다.③ 세무서장(재산제세 담당과장)은 증권거래세 과세자료를 처리하고 다음 각 호의 구분에 따라 해당 납세자에게 과세표준과 세액을 통지하여야 한다.1. 고지세액이 있는 경우에는 해당 고지서의 ‘산출근거’ 란에 과세표준,세율, 세액, 그 밖의 필요한 사항을 기재하여 고지2. 고지세액이 없는 경우에는 ‘증권거래세 납부할 세액이 없음’(별지 제15호 서식)을 서면으로 통지3. 당초 신고 또는 부과 처분된 증권거래세를 취소하는 경우에는 ‘증권거래세 부과처분 취소 통지서’(별지 제14호 서식)를 서면으로 통지④ 유가증권시장, 코스닥시장, 코넥스시장 상장법인 주주로서 증권시장을 통하여 주권 등을 양도한 사실이 확인된 때에는 증권거래세 과세자료 처리보고서(DC10)에 장내거래임을 등재한 후 종결 처리한다.⑤ 세무서장(재산제세 담당과장)은 과세자료 업무 관련 진행상황을 NTIS(엔티스)에 입력하여 관리하여야 한다.

제20조(불명자료의 처리) ① 납세의무자의 주소지 이전 등으로 인하여 안내문이 반송된 자료는 그 주소지를 전산 조회하여 전출이 확인되는 경우에는 전출지를 관할하는 세무서장(재산제세 담당과장)에게 이송하여야 한다.② 납세의무자의 주소, 성명 등의 불명으로 인하여 주소지를 확인할 수 없는 자료는 해당 자료가 발생한 법인을 관할하는 세무서장(재산제세 담당과장)에게 반송하여야 한다.③ 제2항에 따라 자료를 반송 받은 세무서장(재산제세 담당과장)은 해당 자료가 발생한 법인에 조회하여 납세의무자의 주소, 성명, 양도한 주권 등의 수 및 양도가액에 대하여 원래 자료와 다른 내용을 확인하고 이를 정정한 후 증권거래세 납부여부를 확인하여 종결 또는 이송처리 하여야 한다.④ 전산등록된 과세자료는 이송, 반송사항 등 처리결과를 전산 관리하여야 한다.

제21조(무상 양도자료 등의 조치) 과세자료를 처리할 때에 해당 주식 등이 무상 양도한 것으로 확인되거나 명의신탁 한 것으로 판명된 자료는 양도자 또는 양수자의 확인 등 증빙서류를 첨부하여 관할 세무서장에게 통보하여야 한다.

제22조(국세물납 자료의 처리) ① 국세를 주식으로 물납허가한 세무서장은 주식으로 물납한 납세자의 주소지 관할세무서장에게 그 사실을 즉시 통보하여야 한다.② 제1항의 통보를 받은 세무서장(재산제세 담당과장)은 증권거래세 신고납부여부를 확인하여 증권거래세를 무신고하거나 무납부하였을 경우에는 고지결정하여야 한다.

제23조(증권거래세 과세자료 처리시 양도소득세 병행 처리) 제17조에 따라 지정된 담당자는 과세자료 처리시 해당 주식 등에 대한 양도소득세 신고서의 양도가액, 주식 수, 양도자 등이 적정한지 검토하고 양도소득세 무신고 또는 실제 양도가액, 주식 수 등이 양도소득세 신고내용과 다른 경우에는 「양도소득세사무처리규정」 제27조 내지 제32조에 따라 양도소득세를 결정 또는 경정하여야 한다.

제24조(현장확인) ① 세무서장(재산제세 담당과장)은 증권거래세의 결정 또는 경정시 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유 등을 구체적으로 명시한 출장계획을 수립하여 현장확인을 실시할 수 있다.1. 증권거래세 비과세ㆍ감면신청 등의 사실관계 확인을 위해 현장확인이 필요한 경우2. 납세자가 제출한 해명자료에 대한 사실 확인이 필요하거나 세무서장(재산제세 담당과장)의 해명요구에 응하지 아니한 경우로서 현장확인이 필요한 경우3. 그 밖에 제1호부터 제2호까지의 규정과 유사한 업무처리를 위해현장확인이 필요하다고 인정되는 경우② 제1항의 현장확인은 증권거래세 납세지를 관할하는 세무서장(재산제세 담당과장)이 실시함을 원칙으로 한다. 다만, 현장확인 장소가 다른 지방국세청 관할에 소재하거나 1일 근무시간 내에 처리가 어려운 경우에는 현장을 관할하는 세무서장(재산제세 담당과장)에게 현장확인을 의뢰할 수 있다.③현장확인 계획 수립시에 현장확인 기간은 5일(토요일ㆍ공휴일 제외) 이내로 하여야 한다.④ 제2항의 단서에 따라 현장확인을 의뢰받은 세무서장(재산제세 담당과장)은 의뢰받은 날로부터 20일 이내에 현장확인 결과를 납세지를 관할하는 세무서장(재산제세 담당과장)에게 회신하여야 한다.⑤ 세무서장(재산제세 담당과장)은 현장확인을 실시할 경우 현장확인반 편성, 현장확인할 내용 및 현장확인 결과 등을 기록하여 관리하여야 한다.⑥ 재산제세 담당과장은 현장확인 업무를 수행하는 출장자에 대해 정해진 확인범위를 준수하고 현장확인과 직접적인 관련이 없는 자료제출 등을 요구하지 않도록 사전에 교육하여야 한다.⑦ 현장확인 출장명령을 받은 직원은 납세자 및 관련인 등에게 ‘현장확인 출장증’(별지 제16호 서식)을 반드시 제시하여야 하며, ‘사실관계 확인을 위한 현장확인 안내’(별지 제17호 서식)와 ‘권리보호 요청제도에 대한 안내’(별지 제12호의1 서식)를 함께 교부하여 세무조사로 인식되지 않도록 해야 한다.⑧ 출장자는 현장확인이 끝나면 업무수행사항 등을 관리자에게 보고하여야 한다. 다만, 출장장소가 원거리 등의 사유로 복귀가 어려운 경우에는 관리자의 승인을 받아 전화로 간략히 보고하고 다음 근무일에 업무 수행사항을 구체적으로 보고할 수 있다.

제25조(본점일괄납부 신고서의 접수 및 처리) ① 「증권거래세 본점일괄납부 신고서(시행규칙 서식1)」를 접수한 납세자보호담당관은 신고서를 본점 또는 주사무소 관할 세무서장(재산제세 담당과장)에게 즉시 인계하여야 한다.② 제1항에 따라 신고서를 인수한 세무서장(재산제세 담당과장)은 본점일괄 납부하려는 달의 전달 20일까지 제출된「증권거래세 본점일괄납부 신고서」의 다음 각 호 기재내역과 첨부서류가 적정한 지 여부를 확인하고 적정하지 않을 경우 서류보완을 요구하여야 한다.1. 신청인의 법인명, 대표자, 사업자등록번호와 법인등록번호 등 납세의무자 인적사항2. 지점등의 현황3. 본점 또는 주사무소 소재지4. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제13조에 따른 금융투자업 인가서5. 지방세 완납증명서③ 세무서장(재산제세 담당과장)은 본점일괄납부 신고한 자가 「증권거래세법 시행령」 제1조의3 제4항에 따른 다음의 각 호에 해당하는 경우 신고 수리를 거부하고 신고서를 제출한 달의 말일까지 「본점일괄납부 거부 통지」(별지 제8호 서식)를 하여야 한다.1. 본점일괄납부를 신고한 자가 신고일로부터 과거 2년 이내에 「조세범처벌법」에 따라 처벌받은 경우2. 본점일괄납부를 신고한 자가 신고일 현재 국세 또는 지방세를 체납하고 있는 경우3. 그 밖의 사정의 변경으로 인하여 본점일괄납부가 적당하지 아니한 경우④ 본점일괄납부가 적정하여 신고를 수리할 경우 전산에 신고서를 입력하고 신고서를 제출한 달의 말일까지「본점일괄납부 대상자 통지서」(별지 제5호 서식)를 발송하여야 한다.

제26조(본점일괄납부의 변경신고 및 처리) ① 「증권거래세 본점일괄납부 변경신고서(시행규칙 서식 1의2 )」를 접수한 납세자보호담당관은 이를 본점 또는 주사무소 관할 세무서장(재산제세 담당과장)에게 인계하여야 한다.② 제1항에 따라「증권거래세 본점일괄납부 변경신고서」를 인수한 세무서장(재산제세 담당과장)은 변경사항을 즉시 전산에 입력하여야 한다.

제27조(본점일괄납부의 포기 및 직권철회) ① 「증권거래세 본점일괄납부 포기신고서(시행규칙 서식 1의3 )」를 접수한 납세자보호담당관은 이를 본점 또는 주사무소 관할 세무서장(재산제세 담당과장)에게 인계하여야 한다.② 제1항에 따라 신고서를 인수한 세무서장(재산제세 담당과장)은 본점일괄 납부를 포기하려는 달의 전달 20일까지 제출된「증권거래세 본점일괄납부 포기신고서(시행규칙 서식 1의3)」를 전산에 입력하여 본점일괄납부 포기처리 하여야 한다.③ 제25조에 따른 일괄납부대상자로서 본점에서 일괄하여 납부하고 있는 중에 제25조 제3항 각 호의 사유가 발생하여 본점일괄납부가 적당하지 아니한 경우 본점일괄납부 대상에서 제외하고 본점(주사무소)에 「본점일괄납부 거부 통지」(별지 제8호 서식)를 할 수 있다.

제28조(본점일괄 납부시기) 증권거래세 본점일괄납부 신고 또는 변경신고를 한 자는 「본점일괄납부거부통지」를 받지 않은 경우 그 신고한 달의 양도분에 대한 세액부터 일괄하여 본점 또는 주사무소에서 지점 등 사업장이 납부하는 증권거래세를 일괄하여 납부하여야 한다.

제29조(본점일괄납부 신고ㆍ수정신고) ① 「증권거래세법 시행령」 제1조의3에서 규정하는 본점일괄납부 신고수리를 받은 사업자의 신고ㆍ수정신고 및 경정은 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.1. 지점 등 사업자에 대한 매월분의 증권거래세 과세표준 신고는 「증권거래세법」 제10조에 따라 관할세무서장에게, 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고는 사유가 발생한 지점 등 사업장의 관할 세무서장에게 수정신고서를 각각 제출하도록 한다.2. 제1호에 따른 신고ㆍ수정신고에 대하여 본점, 주사무소 관할세무서장에게 일괄납부할 경우에 지점, 영업소별 증권거래세 과세표준 및 납부(환급)세액 신고명세서(별지 제9호 서식)를 제출하도록 한다.3. 본점, 주사무소 일괄납부승인을 받은 자로서 본점, 주사무소 및 지점 등 사업장의 경정사유가 발생한 경우에는 그 사유가 발생한 관할세무서장이 경정결정ㆍ고지하고 그 내용을 본점, 주사무소 관할세무서장에게 통보한다.② 증권거래세 납세의무자가 「부가가치세법」 제8조 제3항에 따른 사업자단위 과세사업자인 경우에는 제1항에도 불구하고 그 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고ㆍ납부할 수 있다.

제30조(본점일괄납부의 전산관리) 지방국세청장(소득재산세과장) 및 세무서장(재산제세 담당과장)은 일괄납부업무와 관련하여 다음 사항을 전산관리하여야 한다.1. 일괄납부의 승인(변경승인) 및 철회사실은 지방국세청장(소득재산세과장)이 전산입력하고 일괄납부 기각통지는 그 사유를 구체적으로 기재하여 신청인에게 통지하여야 한다.2. 본점, 주사무소 및 지점 사업장 관할세무서장(재산제세 담당과장) 및 지방국세청장(소득재산세과장)과 국세청장(자산과세국장)은 일괄납부에 관한 세적사항을 전산조회 등의 방법으로 활용해야 한다.

제31조(세액의 조정) 증권거래세법 제3조 제1호의 납세의무자가 당초 증권거래세 신고한 내용에 따라 납부한 사실이 있어 과오납이 발생한 경우에는 납부할 세액에서 조정하여 차감한 세액을 납부하거나 납부할 세액이 없을 경우 환급한다. 다만, 과오납이 발생한 날의 신고ㆍ납부기한 종료일의 다음 날부터 6월이 경과한 때에는 조정하여 환급하지 아니한다.

제32조(신고서의 검토) 제31조에 따라 증권거래세 조정환급이 발생한 때에는 관할세무서장(재산제세 담당과장)은 증권거래세 과세표준신고서 (시행규칙 서식2)를 확인하고 당초 거래징수한 내용의 적정여부와 조정환급 내용의 타당성 등을 검토하여 부당하게 조정환급하는 일이 없도록 철저히 관리하여야 한다.

제33조(재검토기한) 이 규정은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 2022년 11월 24일 기준으로 매 3년이 되는 시점(2025년 11월 23일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.