세월호 선체조사위원회 진상규명조사에 관한 규칙 (규칙, 세월호 선체조사위원회)
공포일: 20180326 / 시행일: 20180326

제1조(목적) 이 규칙은 세월호 선체조사위원회의 설치 및 운영에 관한 특별법(이하 "법"이라 한다)이 정한 제5조의 업무와 관련한 진상규명조사(이하 "조사"라 한다)에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 규칙에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.1. "직권조사"란 법 제22조 전단에 따라 위원회가 직권으로 세월호 선체와 유류품 및 유실물에 대해 수행하는 정밀조사를 말한다.2. "신청조사"란 법 제22조 후단에 따라 피해자의 신청으로 법 제5조의 업무와 관련한 조사를 말한다.3. "조사부서의 장"이란 직권조사 또는 신청조사를 수행하는 조사1과장·조사2과장·조사3과장을 말한다.4. "조사관"이란 법 제26조제5항에 따라 법 제26조제1항의 조사를 수행하는 위원 또는 직원을 말한다.

제3조(적용범위) ① 세월호 선체조사위원회(이하 "위원회"라 한다)의 조사에 관한 사항은 법 및 동법 시행령(이하 "영"이라 한다)에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 규칙이 정하는 바에 따른다.② 이 규칙은 직권 또는 피해자의 신청에 의한 조사 모두에 적용된다.

제5조(조사신청서 제출) ① 법 제23조에 따라 조사신청을 하고자 하는 사람은 별지 제2호서식의 조사신청서, 별지 제3호서식의 개인정보이용동의서를 작성하여 위원회에 제출하여야 한다.② 신청인은 전항의 조사신청서를 우편 또는 전자우편의 방식으로 제출할 수 있다.

제6조(구술에 의한 신청) 법 제23조 단서에 따라 구술에 의한 신청을 접수하는 때에는 신청인으로 하여금 신청의 내용을 말하게 한 다음 별지 제2호서식의 조사신청서를 작성한 후 신청인에게 기재 내용을 확인시키고 서명 또는 날인하게 하여야 한다.

제7조(신청 기간) 신청인은 제5조(조사신청서 제출) 또는 제6조(구술에 의한 신청)에 따른 신청을 위원회 활동기간 이내에 하여야 한다. 다만, 우편에 의한 신청의 경우에는 신청인의 조사신청서가 위원회에 송달된 날을 신청일로 본다.

제8조(대리인 및 대표자 등) ① 신청인은 대리인을 선임할 수 있다. 이 경우 대리인임을 증명하는 서면을 제출하여야 한다.② 피해자 단체(법인 여부 및 형태 여하를 불문한다)가 신청할 때에는 대표자의 명의로 하여야 한다.③ 다수의 신청인이 동일한 사건에 대하여 신청을 하는 때에는 신청인 중 3인 이하의 대표자를 선정할 수 있다. 신청인이 대표자를 선정하지 아니한 경우에는 위원회는 대표자를 선정할 것을 권고할 수 있다. 이 경우 대표자와 그 구성원은 법 제2조제3호 및 제22조에 따른 피해자에 해당하여야 한다.④ 제3항의 규정에 의한 대표자는 별지 제4호서식의 대표자 선정 신고서를 제출하여야 한다.⑤ 대표자가 선정된 때에는 다른 신청인들은 그 대표자를 통하여 그 사건에 관한 행위를 할 수 있다. 위원회가 신청인에 대한 것임을 표시하고 대표자에게 행한 의사표시는 신청인에 대하여 직접 효력이 생긴다.⑥ 대표자를 해임하거나 변경하는 때에는 그 사실을 지체 없이 위원회에 문서로 신고하여야 한다.

제9조(신청 보완 요구) 위원회는 다음 각 호에 해당하여 조사신청서에 보완할 사항이 있는 때에는 신청인에게 별지 제5호서식에 따라 보완을 요구할 수 있다.1. 조사신청 내용이 특정되지 아니하여 조사신청의 요지를 알 수 없을 경우2. 조사신청 내용이 명백하게 법 제5조에서 규정한 위원회의 업무와 관련이 없는 경우3. 조사신청 내용이 그 자체로서 명백히 거짓이거나 이유 없다고 인정되는 경우4. 위원회가 각하한 조사신청과 동일한 사실에 관하여 조사신청한 경우5. 신청인이 피해자인지 불분명한 경우6. 기타 조사신청 접수담당자가 보완이 필요하다고 판단하는 경우

제10조(접수대장의 기재) 위원회 접수담당자는 조사신청서를 직접 접수하거나 우편으로 송달받은 경우에 별지 제6호서식에 접수순서대로 기재하여야 하고, 그 내용을 전산 입력하여야 한다.

제12조(조사신청서의 분류 등) ① 운영지원과장은 접수된 조사신청서의 내용을 검토하여 법 제5조 및 규칙 제52조에 의한 사건유형에 따라 분류하여 유형별 사건번호를 부여한다.② 조사신청서의 내용이 위원회의 조사대상에 속하지 아니하는 경우에는 기타 사건으로 분류한다.

제14조(신청의 취하) ① 신청인은 조사개시 또는 각하결정이 있기 전까지 신청을 취하할 수 있다.② 신청의 취하는 별지 제8호서식의 조사신청 취하서 제출 또는 구술로 할 수 있다. 구술에 의한 경우 신청인으로 하여금 그 내용을 말하게 한 다음 별지 제8호서식을 작성한 후 신청인에게 기재 내용을 확인시키고 서명 또는 날인하게 하여야 한다.③ 조사부서의 장은 조사신청 취하서를 소관 소위원장에게 보고하고 해당 신청사건을 종결 처리한다. 다만, 소위원장은 필요한 경우 해당 사건에 대한 직권조사 개시 여부를 위원회에 의안으로 상정할 수 있다.

제16조(조사신청서 검토) ① 조사부서의 장은 조사신청서 및 제출 자료를 검토하여 지체 없이 신청서검토보고서를 별지 제9호서식에 따라 작성하고 해당 소위원장 및 사무처장에게 보고하여야 한다.② 제1항의 경우 사전조사 또는 조사개시가 필요한 사건은 조사할 사항·이유·조사계획을, 각하에 해당하는 사건은 확인사항·각하이유를 포함하여야 한다.③ 사실관계 등의 보완이 필요하다고 인정되는 사건에 대하여는 신청인에게 별지 제5호서식에 따라 보완을 요구할 수 있다.

제17조(사건의 분리·병합) 조사부서의 장은 다수의 사건이 동일하거나 유사한 경우 해당 소위원장의 지시를 받아 이를 병합하여 처리하게 하거나, 하나의 사건을 여러 개의 사건으로 분리하여 처리할 수 있다.

제18조(사전조사) ① 소위원장은 신청사건에 대한 각하 또는 조사개시 여부, 직권조사 개시 여부를 소위원회에 상정하기 위하여 필요한 범위에서 사전조사를 할 수 있다.② 사전조사 절차와 방법은 제20조(조사의 절차) 또는 제36조(실지조사 현장에서 진술청취)를 준용한다.③ 조사부서의 장은 사전조사를 마친 후 그 결과를 해당 소위원장 및 사무처장에게 보고하여야 한다.④ 전항의 경우 조사개시가 필요한 사건은 조사내용·조사사항·이유·조사계획을, 각하에 해당하는 사건은 조사내용·각하이유를 포함하여야 한다.

제19조(조사개시결정 등) ① 위원회는 위원회에 조사신청서가 접수되거나 구술신청을 받은 날로부터 60일 이내에 조사개시결정 또는 각하결정을 하여야 한다.② 소위원회는 조사신청서 검토결과 또는 사전조사결과 등을 기초로 다음 각 호의 사항을 심의·의결하여 전원위원회에 의안으로 회부하고, 전원위원회는 이를 심의·의결한다.1. 각하2. 조사개시③ 위원회는 각하 또는 조사개시 결정을 신청인에게 통지하여야 한다. 통지 방법에 대해서는 제48조(결정 등의 통지)를 준용한다.④ 조사부서의 장은 조사 진행 중 법 제24조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 사무처장 및 해당 소위원장에게 보고한다. 소위원장은 각하사유에 해당된다고 판단하는 경우 이를 소위원회에 의안으로 상정하고, 소위원회는 이를 심의·의결하여 의결된 사항을 전원위원회에 의안으로 회부한다.

제20조(조사의 절차) ① 소위원장은 조사개시 및 직권조사 결정된 사건에 대하여 조사관을 배정하여 조사하게 할 수 있다.② 조사관은 별지 제10호서식의 조사관 증 등 그 권한을 표시하는 증표를 지니고 이를 관계인에게 제시하여야 한다.③ 조사관은 법 제26조제1항의 규정에 의한 검증 및 검증의뢰·감정인의 지정 및 감정의뢰·진술서 제출요구·출석요구 및 진술청취·자료 또는 물건의 제출요구 및 조사·사실조회·실지조사 등의 조치를 문서로 하여야 하고, 해당 사건기록 및 각각의 통지대장에 기재하여야 한다.④위원회는 진상규명조사와 관련하여 필요하다고 인정하는 때에는 관계 전문가 등을 조사에 참여하게 할 수 있고, 공청회 개최 등의 방법으로 국내외 전문가·이해관계인·학식과 경험이 있는 자의 의견을 들을 수 있다.⑤ 조사에 필요한 경우 사무처 해당 부서의 책임자에게 지원을 요구할 수 있다.⑥ 소위원회는 필요한 경우 사건에 대한 자료 열람 및 중간 조사 보고를 소위원장에게 요구할 수 있다. 이 경우, 조사부서의 장은 소위원회 회의에서 담당 직원 등을 배석하게 하여 관련 자료를 제시하고 중간 조사 경과 및 조사결과 개요 등을 보고할 수 있다.⑦위원회는 필요한 경우 사건에 대한 중간 조사 보고를 소위원장에게 요구할 수 있고, 소위원장은 해당 사건의 중간 조사 경과 및 조사결과 개요 등을 위원회에 보고할 수 있다.

제21조(검증의뢰) 법 제26조제1항제1호 및 제32조에 따라 검증을 하는 경우 위원장은 검증의 대상이 되는 자료 또는 물건의 관리자(국가기관등의 경우 그 기관의 장을 말한다)에게 별지 제11호서식에 의한 검증실시통보서를 발부한다. 이 경우 검증실시통보서는 검증일 3일 전까지 송달되어야 한다.

제25조(조사대상자 등 진술청취) ① 법 제26조제1항제4호에 따라 조사대상자 등으로부터 진술을 청취하는 경우에는 별지 제15호서식에 의한 진술조서를 작성하여야 한다.② 전항의 경우 형사소송법 제244조의3을 준용하여 조사대상자등에게 진술을 하지 않을 수 있고 변호인의 조력을 받을 수 있다는 것을 알려주어야 한다. 조사관은 이를 알려 준 때에는 이 권리를 행사할 것인지의 여부를 질문하고, 이에 대한 조사대상자 등 답변을 조서에 기재하여야 한다.③ 제1항의 조서는 조사대상자 등에게 열람하게 하거나 읽어 들려주어야 하며, 진술한 대로 기재되지 아니하였거나 사실과 다른 부분의 유무를 물어 조사대상자 등이 증감 또는 변경의 청구 등 이의를 제기하거나 의견을 진술한 때에는 이를 조서에 추가로 기재하여야 한다. 이 경우, 조사대상자 등이 이의를 제기하였던 부분은 읽을 수 있도록 남겨 두어야한다.④ 조사대상자 등이 조서에 대하여 이의가 없음을 진술한 때에는 조사대상자 등으로 하여금 조서 하단에 "이의없음"을 기재하게 하고, 조서에 간인한 후 기명날인 또는 서명하게 한다.

제26조(참고인 등 진술청취) ① 법 제26조제1항제4호에 따라 참고인 등으로부터 진술을 청취하는 경우에는 별지 제16호서식에 의한 진술조서를 작성하여야 한다.② 제1항의 조서는 참고인 등이 열람하게 하거나 참고인 등에게 읽어주어야 하며, 진술한 대로 기재되지 아니하였거나 사실과 다른 부분의 유무를 물어 참고인 등이 증감 또는 변경의 청구 등 이의를 제기하거나 의견을 진술한 때에는 이를 조서에 추가로 기재하여야 한다. 이 경우 참고인 등이 이의를 제기하였던 부분은 읽을 수 있도록 남겨 두어야 한다.③ 참고인 등이 조서에 대하여 이의가 없음을 진술한 때에는 참고인등으로 하여금 조서 하단에 "이의없음"을 기재하게 하고, 조서에 간인한 후 기명날인 또는 서명하게 한다.

제27조(진술청취 시 신뢰관계에 있는 자의 동석) ① 조사관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우, 조사대상자 및 참고인의 직계친족·형제자매·배우자·가족·동거인 등 조사대상자 및 참고인의 심리적 안정과 원활한 의사소통에 도움을 줄 수 있는 자를 진술청취에 동석하게 할 수 있다.1. 조사대상자 및 참고인이 신체적 또는 정신적 장애로 사물을 변별하거나 의사를 결정·전달할 능력이 미약할 때2. 조사대상자 및 참고인의 연령·성별 등의 사정을 고려하여 그 심리적 안정의 도모와 원활한 의사소통을 위하여 필요한 때② 조사대상자 및 참고인 또는 그 법정대리인이 제1항에 기재된 자에 대한 동석신청을 한 때에는 조사관은 별지 제17호서식의 동석신청서와 조사대상자 및 참고인과 동석신청자의 관계를 소명할 수 있는 자료를 제출받아 기록에 편철하여야 한다. 다만, 동석신청서를 작성할 시간적 여유가 없는 경우 등에는 이를 작성하게 하지 아니하고, 진술조서에 그 취지를 기재하는 것으로 갈음할 수 있으며, 조사의 긴급성 또는 동석의 필요성 등이 현저한 경우에는 예외적으로 동석 조사 이후에 조사대상자 및 참고인과 동석자와의 관계를 소명할 자료를 제출받아 기록에 편철할 수 있다.③ 조사관은 제2항의 신청이 없더라도 동석의 필요성이 있다고 인정되는 때에는 조사대상자 및 참고인과 동석자와의 관계를 확인한 후 직권으로 동석하게 할 수 있다. 이 경우, 이러한 취지를 조서에 기재하여야 한다.④ 조사관은 동석신청자가 조사기밀 누설이나 조사방해 등을 통하여 조사에 부당한 지장을 초래할 만한 상당한 이유가 있는 경우에는 동석을 거부할 수 있다.⑤ 동석자는 조사대상자 및 참고인의 심리적 안정과 원활한 의사소통에 도움을 주는 행위 외의 불필요한 행위를 하여서는 아니 되고, 조사관은 조사기밀 누설이나 조사 방해 등을 통하여 조사에 부당한 지장을 초래할 우려가 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있거나 동석자가 부당하게 조사의 진행을 방해하는 경우에는 조사 도중에 동석을 중지시킬 수 있다.

제28조(조사과정 확인서의 작성과 편철 등) 조사대상자 및 참고인을 조사하는 때에는 별지 제18호서식의 조사과정 확인서에 조사과정을 기록하고, 이를 진술조서의 끝부분에 편철하여 조서와 함께 간인함으로써 조서의 일부로 하거나, 별도의 서면으로 기록에 편철하여야 한다.

제29조(진술의 녹음 등) 조사대상자 및 참고인의 진술을 청취하는 경우에 있어서 필요하다고 인정되는 때에는, 조사관 또는 직원으로 하여금 진술인의 동의를 얻어 진술내용을 녹음하게 하거나 진술 장면을 녹화하게 할 수 있다.

제30조(진술의 영상녹화) ① 조사대상자 및 참고인의 진술을 영상녹화할 경우 별지 제19호서식에 의한 동의를 받아 행한다.② 조사관은 조사를 마친 후 조서 정리에 장시간을 요하는 때에는 조서정리 과정을 영상녹화하지 아니하고, 조서를 열람하는 때부터 영상녹화를 재개할 수 있다.③ 조사관은 조사대상자 또는 참고인에 대한 조사과정을 영상녹화하는 경우 조사대상자 또는 참고인에게 다음 각 호의 사항을 고지하여야 한다.1. 조사자 및 참여자의 성명과 직책2. 영상녹화 사실 및 장소, 시작 및 종료 시각3.「형사소송법」제244조의3에 따른 진술거부권 및 변호인의 조력을 받을 권리4. 조사를 중단하거나 재개하는 경우, 중단 이유·중단 시각· 중단 후 재개하는 시각④ 조사관은 영상녹화를 함에 있어 조사실 등 조사장소 전체가 확인가능하고 조사대상자 및 참고인의 얼굴과 음성이 식별 가능하도록 하여야 한다.⑤ 조사대상자 또는 참고인의 요구가 있는 때에는 영상녹화물을 재생하여 시청하게 하여야 한다. 이 경우, 그 내용에 대하여 이의를 진술하는 때에는 그 취지를 기재한 서면을 첨부하여야 한다.⑥ 영상녹화를 실시한 경우 영상녹화용 컴퓨터 등에 저장된 영상녹화파일을 이용하여 영상녹화물(CD, DVD 등) 2개를 제작한다. 제작한 영상녹화물 중 하나는 조사대상자 및 참고인의 기명날인 또는 서명을 받아 조사대상자 및 참고인 또는 그 변호인의 면전에서 봉인하여 보관하고, 나머지 하나는 사건기록에 편철한다.⑦ 영상녹화를 하는 경우 진술조서를 작성하지 않을 수 있고, 이 경우 진술요지서 등을 작성하여 사건기록에 편철하여야 한다. 진술요지서, 녹취록 등은 진술조서 작성 절차를 준용한다.

제31조(진술의 녹음) ① 조사대상자 및 참고인에 대한 진술청취를 녹음할 경우에는 별지 제19호서식에 의한 동의를 받아 행한다.② 제1항의 경우 제30조제3항·제6항·제7항의 규정을 준용한다. 이 경우 "영상녹화"를 "녹음"으로 본다.

제32조(자료 또는 물건 제출요구) ① 법 제26조제1항제5호에 의해 조사대상자, 참고인, 그 밖의 관계 기관, 시설, 단체 등에 자료 또는 물건의 제출을 요구하는 경우에는 별지 제13호서식에 따른다.② 제1항의 경우에 형사소송법 제110조(군사상비밀과 압수), 제111조(공무상비밀과 압수), 제112조(업무상비밀과 압수)를 준용한다.

제33조 (자료 또는 물건의 보관) ① 법 제26조제1항제5호에 의해 자료 또는 물건을 제출받아 이를 보관하여야 할 필요가 있는 때에는 별지 제20호서식의 보관조서와 별지 제21호서식의 보관목록을 작성하여야 하고, 소유자·소지자·보관자·기타 이에 준하는 자에게 보관목록을 교부하여야 한다.② 보관물에는 보관목록에 기재한 번호, 보관물명, 사건명, 사건번호, 소유자 성명, 담당자 성명을 기입한 별지 제22호서식의 표찰을 견고하게 붙여야 한다.③ 운반 또는 보관에 불편한 보관물에 관하여는 간수자를 두거나 소유자 또는 적당한 자의 승낙을 얻어 보관하게 할 수 있다. 이 때 별지 제23호 서식의 보관증을 받아야 하며, 보관자의 선정에 유의하여 그로 하여금 보관물을 성실하게 보관하도록 하여야 한다.④ 보관물을「형사소송법」제130조제2항의 규정을 준용하여 폐기하는 때에는 별지 제24호서식의 폐기조서와 별지 제25호서식의 폐기목록을 작성하고 사진을 촬영하여 이에 첨부하여야 한다.⑤ 보관물에 대하여는 그 상실 또는 파손 등의 방지를 위하여 상당한 조치를 하여야 한다.⑥ 보관물을 보관할 필요가 없는 때에는 지체 없이 이를 제출자에게 반환하여야 한다.

제35조(실지조사) ① 법 제26조 제1항 제8호에 따라 위원회 업무 수행을 위하여 출입이 필요하다고 인정되는 장소에 출입하여 장소·시설·자료나 물건에 대하여 실지조사를 하는 경우, 미리 관계 기관·시설·단체 등에 대하여 그 일시·장소·목적 등을 통지하여야 한다. 다만, 긴급을 요하는 경우에는 예외로 한다.② 제1항의 통지는 별지 제27호서식에 의한 실지조사통지서에 의한다.③ 실지조사를 마친 경우에는 별지 제28호서식에 의한 실지조사서를 작성하여야 한다.

제36조(실지조사 현장에서 진술청취) ① 실지조사를 하는 경우 현장에서 조사대상자 또는 참고인으로부터 진술을 청취할 수 있다.② 전항의 조사대상자 또는 참고인 진술을 청취할 때에는 제25조부터 제27조를 준용한다.

제37조(실지조사 현장에서 자료·물건의 제시 요구 등) ① 실지조사를 하는 경우 실지조사의 대상인 장소·시설 등의 관리자에 대하여 필요한 자료나 물건의 제시를 요구할 수 있다.② 실지조사 현장에서 자료 또는 물건의 제출을 요구할 때에는 제32조와 제33조를 준용한다.

제38조(동행명령장 발부) ① 위원장은 법 제28조제1항에 따라 법 제27조에 따른 출석요구를 받은 사람 중 위원회의 조사에 관한 결정적 증거자료를 보유하거나 정보를 가진 것으로 인정되는 사람이 정당한 사유 없이 2회 이상 출석요구에 응하지 아니하는 때에는 위원회 의결로 동행할 것을 명령하는 동행명령장을 발부할 수 있다.② 동행명령장을 발부하는 경우에 별지 제29호서식에 의해 다음 각 호의 사항을 기재하고 위원장이 서명·날인한 뒤, 별지 제30호서식의 동행명령장원부에 기재하여야 한다.1. 대상자의 성명·주거2. 동행명령을 하는 이유3. 동행할 장소4. 발부연월일5. 유효기간 및 그 기간을 경과하면 집행하지 못하며 동행명령장을 반환하여야 한다는 취지6. 동행명령을 받고 거부하면 과태료를 부과한다는 취지③ 동행명령장을 발부하는 경우에 대상자의 성명이 분명하지 아니한 때에는 인상, 체격, 그 밖에 대상자를 특정할 수 있는 사항으로 표시할 수 있으며 주거가 분명하지 아니하는 때에는 주거기재를 생략할 수 있다.

제39조(동행명령장 집행) ① 동행명령장의 집행은 동행명령장을 대상자에게 제시함으로써 한다.② 동행명령장은 직원으로 하여금 집행토록 하거나 법 제28조제5항에 따라 교도관리에게 집행을 위임할 수 있다. 이 경우 별지 제30호서식의 동행명령장원부에 소정의 사항을 기재하여야 한다.③ 동행명령장에 의한 동행의 집행을 교도관리에게 위임하는 경우에는 별지 제31호서식에 의한 동행명령장 집행위임장에 의한다.④ 위원장은 동행명령장의 집행을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 관할 경찰서장에게 국가경찰공무원의 협조를 요청할 수 있다.

제40조(동행명령장 집행보고) ① 동행명령장을 집행하는 직원 또는 교도관리는 집행결과를 별지 제32호서식에 의해 보고하여야 한다.② 동행명령장의 집행이 불가능하거나 필요 없게 된 때 또는 동행명령장의 유효기간이 경과된 때에는 지체 없이 별지 제33호서식에 의한 동행명령장반환서에 따라 동행명령장을 반환하여야 한다.③ 제1항과 제2항의 경우 별지 제30호서식의 동행명령장원부에 소정의 사항을 기재하여야 한다.

제42조(사건기록관리책임 등) ① 조사부서의 장은 사건기록관리책임자가 되어 해당 사건기록을 관리하여야 한다.② 사건기록관리책임자는 사건기록 및 그 사본을 생산·관리하고 별지 제34호서식의 사건기록관리대장에 그 내용을 기재하여야 한다.

제43조(사건기록의 작성) ① 사건기록은 사건별로 구분하여 작성하고 관리하여야 하며 전자적 형태가 아닌 사건기록철을 작성할 경우 사건기록을 차례로 끈으로 묶어 편철하고 사건기록이 훼손되지 않도록 관리하여야 한다.② 사건에 관련된 문서를 생산 또는 접수한 때에는 전자기록생산시스템으로 생산 또는 접수 등록번호를 부여하여야 한다.③ 사건별로 별지 제35호서식의 사건표지와 별지 제36호서식의 사건기록목록, 별지 제37호서식의 관계인주소록을 작성하여 등록하여야 한다.④ 조사 진행 중 계속 작성하는 사건표지, 각종 대장 및 목록 등의 기록은 관련 업무가 종료되는 즉시 전자기록생산시스템에 등록하여 관리하여야 한다.⑤ 전자적 형태가 아닌 사건기록철을 작성할 경우 문서의 부본을 편철하여야 하며, 접수 또는 작성한 순서에 따라 사건기록의 뒷부분에 편철한 후 사건기록의 장수를 문서 하단에 기재하고 사건기록목록에 그 문서의 표제 및 장수를 기재하여야 한다.⑥ 사건기록에 송달한 문서·진술조서·제출받은 서류 등을 차례로 편철하고, 조사사항 및 사건관련자명부의 주소 등 변동사항을 기재하여야 한다.⑦ 사건이 위원회 및 소위원회에 상정되는 경우에는 사건기록의 표지에 그 내용을 기재하여야 한다.⑧ 여러 개의 사건을 병합하여 처리하기로 한 경우에는 사건번호 순서에 따라 편철하며, 하나의 사건을 분리한 경우에는 사본으로 별책을 만들어 운영지원과장과 협의하여 별도의 사건번호를 붙이고, 사건마다 사건기록표지에 처리 결과를 기재하여야 한다.

제44조(물건 등의 편철) ① 신청인으로부터 물건, 녹음·녹화테이프, 기타 문서가 아닌 것(이하 "물건 등"이라 한다)을 수령하거나 조사과정에서 이를 입수 또는 작성한 경우에 사건기록에 그 물건 등의 번호·명칭·내용·제출자 및 소유자의 성명과 주소를 기재한 뒤 서명 또는 기명·날인하여야 한다. 이 경우, 별지 제38호서식의 물건 등의 보관 표지를 붙인 후 봉투에 넣거나 포장하여 안전하게 보관하여야 한다.② 제1항에 의하여 수령·입수 또는 작성한 물건 등이 조사에 필요한 내용을 포함하고 있는 경우에는 그 내용을 문서에 나타낸 다음 이를 사건기록에 편철하여야 한다. 다만, 부득이한 경우에는 그 정보의 요지 또는 중요한 부분만을 나타낸 문서를 사건기록에 편철할 수 있다.③ 조사에 필요한 사항을 컴퓨터파일의 형태로 수령·입수한 경우에는 그 내용을 문서에 출력하여 사건기록에 편철하여야 한다. 다만, 부득이한 경우에는 그 정보의 요지 또는 중요한 부분만을 나타낸 문서를 사건기록에 편철할 수 있다.

제45조(사건기록의 인계인수) ① 담당 직원의 전보 등으로 사건기록을 인계·인수하는 경우에는 별지 제39호서식의 기록인계인수서를 작성하고, 인수자는 직근 상급자로 한다.② 제1항의 경우, 인수자는 별지 제36호서식의 사건기록목록과 기록물의 일치여부를 확인하여야 한다.

제46조(조사결과의 보고 및 공개) ① 조사부서의 장은 사건에 대한 조사를 마친 후 조사결과보고서를 작성하여 소위원장에게 보고하여야 한다.② 제1항의 조사결과보고서에는 다음 각 호의 사항 및 검토의견을 포함하여야 한다.1. 사건번호 및 당사자2. 신청 또는 사건의 개요3. 조사의 방법과 경과4. 쟁점과 규명 과제5. 조사결과 진상규명한 사실과 증거의 요지 또는 진상규명하지 못한 사항과 쟁점③ 제1항의 조사결과보고서에는 다음 각 호의 사항을 포함할 수 있다.1. 참고인이나 감정인의 보호, 관련된 자료의 확보 또는 인멸방지에 필요한 대책2. 진상을 밝히거나 중요한 자료 등을 발견 또는 제출한 자에게 필요한 보상 또는 지원에 관한 사항3. 조사결과 진상이 밝혀지지 않은 진상규명사건과 그 피해자에 대하여 국가가 하여야 할 조치4. 진상규명사건의 재발을 방지하기 위하여 국가가 하여야 할 조치5. 법령·제도·정책·관행의 시정 및 개폐에 관한 사항④ 소위원장은 조사결과보고서를 기초로 위원회에 상정할 진상규명보고서(안)를 작성하여 위원회에 의안으로 제출하여야 한다. 다만, 소위원장은 필요하다고 판단하는 경우 진상규명보고서(안) 대신에 조사결과보고서를 의안으로 제출할 수 있다.⑤ 위원회는 조사 진행상황에 대한 점검·확인이 필요하다고 판단하는 경우 조사결과보고서 완성 전에 조사심의회의를 개최할 수 있다.

제47조(위원회의 심의·의결) ① 위원회는 소위원장이 제출한 진상규명보고서(안)의 채택 여부를 심의·의결한다.② 위원회가 심의·의결하여 채택한 진상규명보고서에는 다음 각 호의 사항을 포함하여야 한다.1. 사건번호 및 당사자2. 신청 또는 사건의 개요3. 조사의 방법과 경과4. 쟁점 및 규명 과제5. 조사결과 진상규명한 사실과 증거의 요지 또는 진상규명하지 못한 사항과 쟁점6. 결론7. 의결일자8. 위원회의 명칭③ 제2항의 진상규명보고서에는 다음 각 호의 사항을 포함할 수 있다.1. 참고인이나 감정인의 보호, 관련된 자료의 확보 또는 인멸방지에 필요한 대책2. 진상을 밝히거나 중요한 자료 등을 발견 또는 제출한 자에게 필요한 보상 또는 지원에 관한 사항3. 조사결과 진상이 밝혀지지 않은 진상규명사건과 그 피해자에 대하여 국가가 하여야 할 조치4. 진상규명사건의 재발을 방지하기 위하여 국가가 하여야 할 조치5. 법령·제도·정책·관행의 시정 및 개폐에 관한 사항④ 심의한 결과 추가검토 또는 재조사가 필요하다고 인정할 경우에는 그 사항을 특정하여 추가검토 또는 재조사를 하게 하여야 한다.⑤ 조사부서의 장은 추가검토 또는 조사를 마친 후 소위원장에 그 결과를 보고하여야 하고, 소위원장은 이를 위원회에 의안으로 제출하여야 한다.⑥ 의결된 진상규명보고서 또는 조사결과보고서는 원본과 정본임을 각각 증명하여 원본은 위원회에서 보존하고, 정본은 당사자에게 교부 또는 송달한다.

제48조(결정 등의 통지) ① 조사부서의 장은 다음 각 호의 경우에 조사신청인 및 조사대상자에게 결정일 등으로부터 7일 이내에 그 사유를 명시하여 별지 제40호서식에 따라 결정 등의 통지를 하여야 한다. 다만, 조사신청인 및 조사대상자가 사망하였거나 소재불명인 경우에는 그 배우자 또는 직계비속에게 통지하여야 한다.1. 각하결정, 조사개시결정2. 의결된 진상규명보고서 또는 조사결과보고서② 전항의 통지는 위원회 심의·의결 후 위원장의 최종결재일을 그 기산일로 한다.

제49조(이의신청의 절차) 조사신청인은 결정 등의 통지를 받은 날로부터 30일 이내에 다음 각 호의 사항을 기재한 별지 제41호서식의 신청서를 작성하여 이의신청을 할 수 있다.1. 이의신청인의 성명, 생년월일, 주소 및 전화번호2. 통지받은 날짜3. 통지받은 사항4. 이의신청의 내용

제50조(이의신청의 처리) ① 운영지원과장은 이의신청서를 접수하는 경우에는 별지 제42호서식의 이의신청서 접수대장에 그 사실을 기재하고 조사부서의 장에게 인계하여야 한다.② 운영지원과장은 이의신청인에게 다음 각 호의 사항을 기재한 별지 제43호서식의 이의신청서 보정요구서에 따라 보정을 요구할 수 있다.1. 보정할 사항2. 보정을 요구하는 이유3. 보정기간4. 그 밖의 필요한 사항③ 조사부서의 장은 이의신청서를 검토한 후 그 결과를 별지 제44호의 서식에 따라 소위원장에게 보고하여야 한다. 소위원장은 해당 이의신청에 대해 소위원회의 심의·의결을 거쳐 위원회에 의안으로 제출하고, 위원회는 이를 심의·의결한다.④ 조사부서의 장은 위원회에서 이의신청에 대하여 결정 등을 한 경우 그 이유를 명시하여 별지 제45호서식에 따라 이의신청인에게 지체 없이 통지하여야 한다.⑤ 이의신청에 대한 결정 등은 보정기간을 제외하고 접수일로부터 30일 이내에 하여야 한다.⑥ 위원회는 재조사 개시결정을 한 경우에는 조사부서의 장을 지정하여 조사하게 하여야 한다.

제51조(이의신청에 따른 재조사) 위원회는 제50조제6항에 따라 재조사를 한 경우 재조사 결과를 반영하여 기존에 채택한 진상규명보고서의 내용을 위원회의 심의·의결을 통해 수정할 수 있다. 이 경우 수정된 진상규명보고서의 내용을 이의신청인 등에게 통지하여야 한다.

제52조(사건의 분류기호) 사건번호는 사건유형에 따라 다음 각 호의 문자부호를 붙여 일련번호에 의해 표시할 수 있다.1. 법 제5조제1호의 인양되어 육상 거치된 세월호 선체조사에 관한 사건 : "가"2. 법 제5조제2호의 세월호 선체 인양 과정에 대한 지도·점검에 관한 사건 : "나"3. 법 제5조제3호의 미수습자 수습, 세월호 선체 내 유류품 및 유실물 수습과정에 대한 점검에 관한 사건 : "다"4. 법 제5조제4호의 세월호 선체 처리에 관한 사건 : "라"5. 법 제5조제6호의 사고의 직접적인 원인 조사에 관한 사건 : "마"6. 법 제22조에 따른 직권조사에 관한 사건 : 위 유형별로 분류하여 "직가", "직나", "직다", "직라", "직마"7. 법 제23조에 따른 신청사건 : 위 유형별로 분류하여 "신가", "신나", "신다", "신라", "신마"8. 기타 신청의 내용이 다른 기관의 소관이거나 위원회 조사대상에 해당하지 아니하는 사건 : "기"

제53조(국내외 기관과 교류·협력 등) 위원장은 진상규명의 촉진을 위하여 국내외 기관과 교류·협력하거나, 필요한 경우에는 위원·직원 또는 관계 전문가를 파견하여 진상규명과 관련된 교육을 받게 하거나 자료를 수집하게 할 수 있다.

제54조(조사활동의 보호) ① 누구든지 위원회의 조사활동을 수행하는 위원·직원 또는 자문기구의 구성원이나 감정인에 대하여 폭행 또는 협박하거나 위계로써 그 조사활동을 방해하여서는 아니 된다.② 법 제38조제3항과 시행령 제15조제2항에 따라 위원장은 위원회의 위원, 위원회의 업무와 관련된 조사대상자 또는 참고인 등(이하 "조사대상자 등"이라 한다)이 다른 사람으로부터 생명·신체에 위협을 받거나 받을 염려가 있다고 인정되는 때에는 관계 기관에 해당 위원이나 조사대상자 등의 신변보호를 요청할 수 있다. 이 경우 위원회의 요청을 받은 관계 기관은 정당한 사유가 없으면 요청에 따라야 한다.