부가가치세 매입자 납부특례제도를 운영하는 금융회사의 지정 등에 관한 고시 (고시, 국세청)
공포일: 20250630 / 시행일: 20250701

제1조(목적) 이 고시는 「조세특례제한법」 제106조의4제3항, 제106조의9제3항, 제106조의11제3항 같은 법 시행령 제106조의9제2항제1호, 제5항, 제13항, 제106조의13제1항제1호, 제4항, 제12항, 제106조의15제2항, 제4항, 제6항, 및 같은 법 시행규칙 제48조의4, 제48조의6, 제48조의7에서 국세청장에 위임한 바에 따라, "금거래계좌"와 "스크랩등거래계좌" 및 "면세점송객용역거래계좌"를 관리하는 금융회사를 지정하고 금융회사에 입금된 부가가치세액의 관리, 거래자료의 보존 등과 관련하여 금융회사가 지켜야 할 사항과 해당 사업자가 계좌개설 시 준수할 사항을 정하는 것으로 한다.

제2조(정의) 이 고시에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "금 관련 제품"이란「조세특례제한법」제106조의4제1항에 규정된 품목을 말한다.2. "스크랩등"이란「조세특례제한법」제106조의9제1항에 규정된 품목을 말한다.3. "면세점송객용역"이란 「조세특례제한법」제106조의11제1항에 규정된 용역을 말한다.4."사업자"란「조세특례제한법」제106조의4제1항, 제106조의9제1항에 따라 금 관련 제품과 스크랩등을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자와 「조세특례제한법」제106조의11제1항에 따라 면세점송객용역을 공급하거나 공급받으려는 사업자를 말한다.5."거래계좌"란「조세특례제한법」제106조의4제1항, 제106조의9제1항, 제106조의11제1항에 따라 개설된 계좌를 말한다. 다만, 제106조의4제1항은 금거래계좌이고 제106조의9제1항은 스크랩등거래계좌, 제106조의11제1항은 면세점송객용역거래계좌로 구분한다6. "매출세액"이란 사업자가 금 관련 제품과 스크랩등 및 면세점송객용역을 공급하고 거래계좌를 통해 공급받은 자로부터 입금받은 부가가치세액을 말한다.7."매입세액"이란 사업자가 금 관련 제품과 스크랩등 및 면세점송객용역을 공급받고 거래계좌를 통해 공급한 자에게 입금한 부가가치세액을 말한다.8."수입 부가가치세액"이란 사업자가 금 관련 제품과 스크랩등을 수입할 때 세관에 납부한 부가가치세액을 말한다.

제3조(지정금융회사) 거래계좌를 관리하여야 하는 금융회사는 ㈜경남은행, ㈜광주은행, ㈜국민은행, 농협은행㈜, ㈜부산은행, 수협은행, ㈜신한은행, ㈜아이엠뱅크, ㈜우리은행, ㈜전북은행, 중소기업은행, ㈜하나은행, 한국산업은행(이하 ‘지정금융회사’라고 한다.)으로 한다.

제4조(지정금융회사에 입금된 부가가치세액의 관리) ① 지정금융회사는 사업자의 매입세액을 매출세액의 범위에서 환급한다. 다만,「조세특례제한법」제106조의4제1항의 금거래계좌와 같은 법 제106조의9제1항의 스크랩등거래계좌 및 제106조의11제1항의 면세점송객용역거래계좌는 각각 관리하고 각 거래계좌를 통합하여 환급해서는 안된다.② 지정금융회사는 제1항에 따라 환급하고 남은 부가가치세액을 부가가치세 예정 및 확정 신고기한까지 국고에 입금한다.

제5조(수입업자 및 금 관련 제품 제련업자에 대한 매입세액 환급) ① 지정금융회사는 수입업자 및 금지금제련업자가「조세특례제한법 시행규칙」제48조의4, 제48조의6에 따라 금 관련 제품 또는 스크랩등을 다른 사업자에게 공급한 때에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 해당 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)으로 보아 매출세액의 범위에서 환급한다.1. 수입업자：금 관련 제품 또는 스크랩등 수입 시 세관에 납부한 부가가치세액2.금 관련 제품 제련업자：매입자가 입금한 부가가치세액(매출세액)에서 해당 제련업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)을 뺀 금액의 100분의 70에 해당하는 금액②지정금융회사로부터 환급을 받고자 하는 수입업자는「스크랩등 수입업자 부가가치세 환급신청서」또는「금관련 제품 수입업자 부가가치세 환급신청서」를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 그 환급신청을 받은 사업장 관할 세무서장은 이를 확인하고 결과를 지정금융회사에 통보한다.③ 제2항의 스크랩등 수입업자가 「스크랩등 수입 부가가치세 납부사실 확인신청서」를 관할세무서에 제출한 경우 제2항에 따른「스크랩등 수입업자 부가가치세 환급신청서」를 제출하지 않을 수 있다.④ 스크랩등 수입업자는 제2항에 따른「스크랩등 수입업자 부가가치세 환급신청서」또는 제3항에 따른 「스크랩등 수입 부가가치세 납부사실 확인신청서」를 수입 부가가치세액을 세관에 납부한 날이 속하는 분기의 종료일 다음 달 15일까지 제출하여야 하며, 금관련 제품 수입업자는 제2항에 따른「금관련 제품 수입업자 부가가치세 환급신청서」를 수입 부가가치세액을 세관에 납부한 날이 속하는 분기의 종료일 다음 달 15일까지 제출하여야 한다.⑤지정금융회사로부터 환급을 받고자 하는 금지금 제련업자는「금지금 제련업자 부가가치세 환급신청서」를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 그 환급신청을 받은 사업장 관할 세무서장은 이를 확인하고 결과를 지정금융회사에 통보한다.⑥제2항 및 제5항에 따라 사업장 관할 세무서장의 통보를 받은 지정금융회사는 통보받은 세액을 제1항에 따라 지체 없이 환급한다.

제6조(특례기간 신고사업자에 대한 의제매입세액 환급) ① 관할세무서장은 사업자가 특례기간에 제출한 「조세특례제한법 시행규칙」제61조제1항제70의2「스크랩등 매입세액 공제신고서」의 의제매입세액을 지정금융회사에 통보하여야 한다.② 지정금융회사는 제1항에 따라 관할세무서장으로부터 통보된 사업자의 의제매입세액을 스크랩등 매출세액의 범위에서 해당 사업자에게 지체 없이 환급한다.

제7조(거래은행 지정) ① 사업자는 지정금융회사 중 1개의 특정은행에서만 거래계좌를 개설해야 한다.② 사업자는 제1항의 특정은행 내에서 하나의 사업자번호로 둘 이상의 거래계좌를 개설 할 수 있다.

제8조(거래은행 변경) ① 사업자는 거래은행을 변경할 수 있다. 다만, 제7조에 의해 변경전 은행의 모든 거래계좌를 해지 또는 보통예금계좌로 변경처리가 선행되어야 한다.② 제1항의 변경으로 인해 변경전 은행에서 관리하는 부가가치세액은 부가가치세 예정 및 확정 신고기한까지 국고로 입금된다.

제9조(거래자료의 관리) ① 지정금융회사는 금관련 제품과 스크랩등 및 면세점송객용역 거래자료의 훼손ㆍ멸실ㆍ변경을 방지할 수 있는 보안계획 및 보안방안을 마련하여야 한다.② 국세청장은 필요한 경우 제1항에서 규정한 보안계획 및 보안방안이 적절히 수립ㆍ이행되고 있는지에 대하여 점검할 수 있다.③ 거래자료는 금관련 제품과 스크랩등 및 면세점송객용역을 공급받은 날이 속한 과세기간의 확정신고 기한일로부터 10년간 보존하여야 하며, 국세청장이 요구하는 경우 열람 및 출력이 가능하도록 하여야 한다.

제10조(재검토기한) 국세청장은 이 고시에 대하여「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 2025년 7월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.