과세자료 확보에 관한 훈령 (훈령, 관세청)
공포일: 20250701 / 시행일: 20250701

제1조(목적) 이 훈령은 「관세법」 제12조, 제27조, 제30조제4항, 제37조의4, 제38조제3항, 제110조의3, 제245조, 제263조, 제266조 및 「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 제20조제3항 등에서 규정하고 있는 서류의 보관ㆍ제출 및 납세협력 의무 이행을 통하여 과세자료를 원활하게 확보하기 위해 필요한 절차 및 세부사항을 정하는 것을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 훈령에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.1. "관세조사"란 「관세법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제20호에 따른 관세조사를 말하며, 정기 관세조사와 비정기 관세조사로 구분한다.2. "세액심사"란 법 제38조제2항에 따른 세액심사를 말한다.3. "과세자료 등"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류 등을 말한다.가. 법 제27조에 따라 납세의무자가 수입신고 시 가격신고를 하기 위해 제출하도록 요구되는 「관세법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제15조제5항에 해당하는 자료(이하 "과세가격결정자료"라 한다.)나. 법 제37조의4제1항, 제2항 및 제6항에 따라 특수관계에 있는 자가 수입하는 물품의 과세가격 적정성을 심사하기 위해 제출하도록 요구하는 영 제31조의5에 해당하는 자료 등(이하 "과세가격결정자료등"이라 한다)다. 법 제30조제4항에 따라 제출 요구한 자료라. 법 제38조제3항에 따라 제출 요구한 자료마. 법 제245조제3항에 따라 제출 요구한 장부 및 그 밖의 관계 자료바. 법 제263조에 따라 제출 요구한 서류사. 법 제266조제1항에 따라 제출 요구한 장부, 서류 등 관계 자료아. 「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 제20조제3항에 따라 제출 요구한 서류나 그 밖의 관계 자료자. 그 밖의 법 제2조제20호에 따른 관세조사(세율ㆍ통관요건구비ㆍ관세환급ㆍ관세감면ㆍ보세구역 등) 및 법 제38조제2항에 따른 세액심사를 수행하기 위하여 제출 요구한 서류나 관계 자료4. "특수관계자"란 구매자와 판매자 간에 법 제30조제3항제4호에 따른 특수관계가 있는 자를 말한다.5. "관세조사 방문기간 연장"이란 영 제139조의2제2항 및 「관세조사 운영에 관한 훈령」 제12조제2항에 따른 방문 조사 기간의 연장을 말한다.6. "관세조사 중지"란 영 제139조의2제3항에 따라 관세조사를 중지하는 것을 말한다.7. "월별납부"란 법 제9조제3항의 규정에 의하여 납부기한이 동일한 달에 속하는 세액을 그 달의 말일에 월별로 일괄하여 납부할 수 있도록 하는 것을 말한다.8. "수정수입세금계산서"란 세관장이 「부가가치세법」 제35조제2항에 따라 수입하는 자에게 발급하는 수정한 수입세금계산서를 말한다.

제3조(가격신고에 관한 과세자료 제출 요구) ① 세관장은 「관세평가 운영에 관한 고시」 제4조제1항 단서에 따라 사실확인이 필요하다고 인정하는 경우 또는 가격신고 할 때 자료를 제출하지 않은 경우 납세의무자에게 과세가격결정자료를 수입신고가 수리된 후에 요구할 수 있다.② 제1항에 따라 세관장이 사실확인이 필요하다고 인정하는 경우는 법 제27조제2항에 따라 가격신고를 할 때 과세가격결정자료를 제출하지 않은 경우와 「관세평가 운영에 관한 고시」 제4조제5항 단서에 따라 과세가격결정자료 미제출 사유에 해당하지 않는 경우로 한다.

제4조(세액심사에 관한 과세자료 제출 요구) 세관장은 「납세업무 처리에 관한 고시」 제30조에 따라 사후세액심사에 필요하다고 인정한 때에는 납세의무자, 대행수입업체, 판매업체 또는 신고인 등에게 법 제113조제2항 및 제38조제3항에 따라 질문하거나 관련 자료를 제출하도록 요구할 수 있다.

제5조(관세조사에 관한 과세자료 제출 요구) 세관장은 「관세조사 운영에 관한 훈령」 제38조제2항에 따라 관세조사 대상자에게 관세조사에 필요한 문서화ㆍ전산화된 장부, 서류 등 관계 자료의 제출을 요구할 수 있다.

제7조(과세자료 등 제출 비협조자) ① 과세자료 등 제출 비협조자란 영 제138조제1항제1호에 해당하여 납세자의 성실성이 배제된 자로, 세관장의 과세자료 등 제출 요구에 대하여 다음 각 호에서 정한 정당한 사유 없이 그 제출을 지연 또는 거부하거나, 거짓으로 제출하는 등 세관장의 자료제출 요구에 비협조적인 행위가 명백한 자를 말한다.1. 자료제출을 요구받은 자가 천재지변 또는 화재ㆍ도난 등의 사유로 자료를 제출할 수 없는 경우2. 자료제출을 요구받은 자가 사업 상 중대한 위기에 처하여 자료를 제출하기 매우 곤란한 경우3. 관련 장부ㆍ서류 등이 권한 있는 기관에 압수되거나 영치된 경우4. 자료의 수집ㆍ작성에 상당한 기간이 걸려 기한 내에 자료를 제출하는 것이 불가능하다고 인정되는 경우5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지에 준하는 사유가 있어 기한까지 자료를 제출할 수 없다고 판단되는 경우② 제1항의 정당한 사유 없이 제출을 지연 또는 거부하거나, 거짓으로 제출하는 경우란 다음 각 호와 같다.1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하여 제출을 지연하는 경우 (이하 "제출 지연"이라 한다.)가. 요구 목적 및 내용에 부합하는 자료가 아닌 부수적인 자료만 제출하는 경우나. 요구자료 중 일부만을 제출하는 등 상당한 기간이 소요되도록 하는 경우다. 그 밖에 다른 법령에 따라 제출ㆍ보관하여야 하는 자료 또는 무역 관행 상 수입자 또는 수출자가 통상적으로 보유하고 있는 자료임에도 불구하고 제출을 지연하는 경우 등2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하여 제출을 거부하는 경우 (이하 "제출 거부"라 한다.)가. 영업비밀, 본사 정책 등을 이유로 국내 소재 수입자 또는 국외 소재 수출자 등이 제출거부 의사를 표시한 경우나. 관세조사 시 관세조사팀이 요구한 회계정보 시스템(ERP) 접근권한 또는 회계정보 시스템에 등록된 데이터 일체 등의 제공을 거부하는 경우 등3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하여 거짓으로 제출하는 경우 (이하 "거짓 제출"이라 한다.)가. 자료제출을 요구받은 자가 원본 자료를 가공 또는 위조하여 이중자료를 작성하거나, 유리한 부분만을 선별하여 제출하는 경우 등나. 세관장이 제출을 요구한 자료를 보유하고 있음에도 보유하고 있지 않다고 답변하는 경우 등

제8조(과세자료 등 제출 비협조자에 대한 대응의 원칙) ① 과세자료 등 제출 비협조자에 대한 대응조치는 제출 지연, 제출 거부, 또는 거짓 제출된 과세자료 등의 신속하고 정확한 확보를 위해 필요한 최소한의 범위 내에서 집행하여야 한다.② 세관장은 자료제출 요구 대상자에게 2회 이상의 자료제출 요구를 통해 대상자에게 충분한 자료제출 기회를 부여하여야 하며 자료제출 요구 기간은 각 20일 이상으로 한다. 다만, 세관장의 판단에 따라 자료제출 요구의 횟수 및 기간을 변경할 수 있다.③ 세관장은 자료 미제출에 대한 제9조부터 제14조까지 대응조치를 이 훈령에 따라 순차적으로 집행하되, 제11조와 제12조의 대응조치는 동시에 집행한다. 다만, 세관장의 판단에 따라 대응조치의 순서를 변경하거나 생략할 수 있다.④ 세관장은 과세자료 등 제출 비협조자에게 제3항에 따른 대응조치를 집행하려는 경우 본청 업무담당 과장에게 보고하여야 한다.⑤ 세관장은 자료제출 비협조 행위가 시정된 경우 즉시 적용된 대응 조치를 종료하고 원 상태로 복구하여야 한다. 다만, 각 조치의 근거규정에 납세자의 성실도 또는 협력의무 이행사항 등이 요건으로 포함되어 있어 자료제출 이후에도 대응 조치가 지속되는 경우에는 해당 근거규정이 정하는 바에 따른다.

제9조(관세조사 방문조사 기간 연장) 세관장은 관세조사를 위해 자료제출을 요구한 경우 제7조의 과세자료 등 제출 비협조자에 대하여 영 제139조의2제2항에 따라 20일 이내의 범위에서 관세조사 방문기간을 연장할 수 있다.

제10조(관세조사 중지) 세관장은 관세조사를 위해 자료제출을 요구한 경우 제7조의 과세자료 등 제출 비협조자에 대하여 영 제139조의2제3항에 따라 관세조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 기간은 조사기간 및 조사연장기간에 산입하지 아니하며, 조사대상자가 과세자료 등을 제출하여 중지사유가 소멸하면 즉시 조사를 재개하여야 한다.

제11조(월별납부 승인 취소) ① 세관장은 제7조의 과세자료 등 제출 비협조 행위가 별표 3 제1호에 해당되는 경우 영 제1조의5제4항 및 「징수업무 처리에 관한 고시」 제24조에 따라 과세자료 등 제출 비협조자에 대한 월별납부 승인 취소를 할 수 있다.② 세관장은 월별납부 승인 취소 예정 사실을 사전에 서면으로 비협조자에게 통보하여야 한다.③ 월별납부 승인 취소 기간은 별표 3 제2호 기간으로 한다.④ 기타 월별납부 승인 취소에 관한 세부요령은 별표 3과 같다.

제12조(담보제공 생략 중지) ① 세관장은 제7조의 과세자료 등 제출 비협조 행위가 별표 4 제1호에 해당되는 경우「징수업무 처리에 관한 고시」 제35조제1항제7호다목에 따라 과세자료 등 제출 비협조자에 대한 담보제공 생략을 중지할 수 있다.② 세관장은 담보제공 생략 중지 예정 사실을 사전에 서면으로 비협조자에게 통보하여야 한다.③ 담보제공 생략 중지 기간은 별표 4 제2호 기간으로 한다.④ 기타 담보제공 생략 중지에 관한 세부요령은 별표 4와 같다.

제13조(비정기 관세조사 선정) 세관장은 자료제출 대상자가 세관장이 요구하는 과세자료 등을 제출하지 않거나, 관세조사 시 제출한 과세자료 등이 관세조사 종결 이후의 불복과정 등에서 거짓으로 확인된 경우에는 법 제110조의3제2항제1호에 따른 비정기 관세조사 대상으로 선정할 수 있다.

제14조(고발ㆍ송치의뢰 및 통고처분) ① 세관장은 과세자료 등 제출 비협조자가 법 제12조 및 영 제3조제1항을 위반하여 법 제276조제3항제2호에 해당하는 경우 고발ㆍ송치의뢰하거나 법 제311조에 따라 통고처분한다. 이때 통고처분액은 영 제270조의2제1항에 따라 600만원으로 하고, 영 제270조의2제2항ㆍ제3항에 따라 각 100분의 50 범위에서 가중ㆍ감경할 수 있다.② 통고처분 벌금상당액의 가중ㆍ감경에 관한 세부기준은 별표 5와 같다.

제15조(과태료) ① 세관장은 과태료 부과 사안이 발생한 경우 이 조 제2항부터 제6항까지에 따라 과태료를 부과한다.② 세관장은 과세가격결정자료등의 제출을 요구받은 특수관계자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 경우에는 법 제277조제1항에 따라 1억원 이하의 과태료를 부과한다.1. 과세가격결정자료등을 법 제10조에서 정하는 정당한 사유 없이 법 제37조의4제3항에 따른 기한까지 제출하지 않는 경우2. 과세가격결정자료등을 거짓으로 제출하는 경우③ 세관장은 특수관계자가 제2항에 따른 과태료를 부과받고도 제출 요구받은 과세가격결정자료등이나 거짓 제출된 내용을 시정한 자료를 법 제37조의4제7항에서 규정하는 제출 기한 이내에 제출하지 않는 경우 법 제277조제2항에 따라 2억원 이하의 과태료를 부과한다.④ 제2항 및 제3항에 따른 과태료의 부과기준은 별표 1과 같다.⑤ 세관장은 관세조사 과정에서 조사대상자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 5천만원 이하의 과태료를 부과한다.1. 세관공무원의 질문에 대하여 거짓의 진술을 하거나 관세조사 관련 직무의 집행을 거부 또는 기피하는 경우2. 법 제263조를 위반하여 서류의 제출ㆍ보고 또는 그 밖에 필요한 사항에 관한 명령을 이행하지 않거나 거짓의 보고를 하는 경우3. 법 제266조제1항에 따른 세관공무원의 자료 또는 물품의 제시요구 또는 제출요구를 거부하는 경우⑥ 세관장은 법 제12조제1항을 위반하여 신고필증을 보관하지 않는 경우에는 100만원 이하의 과태료를 부과한다.⑦ 제5항 및 제6항에 따른 과태료의 부과기준은 별표 2와 같다.

제16조(수정수입세금계산서 미발급) 세관장은 과세가격의 결정과 관계되는 자료 및 증명자료를 제출하도록 요구받은 특수관계자가 법 제37조의4제3항에 따른 기한까지 이를 제출하지 않거나 거짓의 자료를 제출하는 경우, 「부가가치세법」 제35조제2항제2호 및 「부가가치세법 시행령」 제72조제4항제1호에 따라 세액심사 및 관세조사 결과 경정된 부가가치세에 대해 수정수입세금계산서를 발급하지 아니한다.

제17조(재검토기한) 관세청장은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 훈령에 대하여 2025년 7월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 해야 한다.