자율관리어업 관리 등에 관한 규정 (훈령, 해양수산부)
공포일: 20251218 / 시행일: 20251218

제1조(목 적) 이 규정은 「자율관리어업 육성 및 지원에 관한 법률」, 같은 법 시행령 제6조, 같은 법 시행규칙 제3조, 제6조, 제7조, 제8조에 따른 공동체의 구성, 등록, 자체규약, 평가 및 지원에 필요한 세부사항 및 절차를 정함을 목적으로 한다.

제2조(다른 규정과의 관계) 공동체의 자율관리어업 활동실적 평가에 따른 공동체 육성사업의 집행 및 사후관리에 관하여는 「보조금 관리에 관한 법률」 및 「해양수산부 국고보조금 관리에 관한 규정」 등에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 규정과 자율관리어업 육성지원사업 시행지침이 정하는 바에 따른다.

제3조(자율관리어업 기관별 역할) 자율관리어업 기관별 역할은 다음 각 호와 같다.1. 자율관리어업공동체위원장(이하 "공동체위원장"이라 한다)은 자율관리위원회를 구성하고 자율관리규약(이하 "규약"이라 한다) 제정 및 사업계획서에 따라 자율관리어업을 실시한다.2. 해양수산부장관(이하 "장관"이라 한다)은 자율관리어업 육성사업을 총괄하고 기본계획수립, 법령정비 및 제도개선, 자문위원회 운영과 공동체에 대한 행정ㆍ재정적 지원업무를 수행한다.3. 국립수산과학원장(수산자원관리를 담당하는 과장 및 연구소장)은 자율관리어업 대상어장 및 자원에 대한 조사ㆍ연구결과 자문을 통해 공동체에 관리방안을 제시한다.4. 지방해양수산청장은 자율관리어업 공동체의 지도ㆍ감독, 육성사업 추진현황 점검 및 사후관리 등을 수행한다.5. 지방자치단체(광역시ㆍ도ㆍ자치도, 시ㆍ군ㆍ자치구 이하 "지자체"라 한다)의 장은 지역협의회 운영, 공동체 선정 및 관리, 육성수면 지정 등 행정지도, 자율관리어업 육성사업 추진(지방비 확보) 및 사후관리를 수행한다.6. 각 광역시ㆍ도ㆍ자치도(이하 "시ㆍ도"라 한다)의 자율관리어업 전담기관(수산사무소 또는 유사업무 수행기관을 가리키며, 이하 "전담기관"이라 한다)은 관할 공동체에 대한 전담공무원 배치 및 기술지도, 참여공동체 발굴, 교육ㆍ홍보, 사업추진현황 점검 및 평가, 지역협의회 자문 등을 수행한다.7. 「자율관리어업 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제8조제2항에 따라 업무를 위탁받은 기관(이하 "수탁기관"이라 한다)의 장은 공동체 실태조사, 교육ㆍ홍보, 평가, 분쟁조정 및 연구 등 자율관리어업활성화를 위한 지원 업무를 수행한다.

제4조(공동체의 구성 및 참여 유형) ① 지역을 중심으로 자율관리어업 공동체를 구성할 경우 지구별 수산업협동조합(이하 "지구별 수협"이라 한다), 어촌계, 내수면어업계, 행정리 또는 이들의 연합체로 한다.② 어구ㆍ어법을 중심으로 자율관리어업 공동체를 구성할 경우 업종별 수산업협동조합, 같은 어구ㆍ어법을 사용하는 자 또는 이들의 연합체로 한다.③ 공동체의 유형은 다음 각 호와 같으며 신규로 참여하려는 공동체는 자체규약 및 사업계획서에 해당 유형을 선택하여 신청해야 한다.1. 마을어업 공동체: 마을어업 관련 어촌계 또는 어촌계원, 「양식산업발전법 시행령」 제9조제1항부터 제4항까지에 따른 양식업 중 바닥식양식업 면허를 받은 자 또는 「수산업법」 제48조에 따라 신고한 자로 구성된 공동체2. 어선어업 공동체: 「수산업법」에 따라 어선 및 어구를 이용한 어업허가를 받은 자로 구성된 공동체3. 양식업 공동체: 「양식산업발전법 시행령」 제9조제1항부터 제4항까지에 따른 양식업면허(바닥식양식업 및 축제식양식업은 제외한다)를 받은 자로 구성된 공동체4. 내수면어업 공동체: 「내수면어업법」 제6조, 제9조, 제11조에 따른 면허를 받은 자, 허가를 받은 자, 신고한 자 또는 「양식산업발전법 시행령」 제9조제8항에 따른 양식업면허를 받은 자로 구성된 공동체5. 복합어업 공동체: 마을어업 공동체 구성원과 별표 1에 따른 비율 이상의 어선 어업인으로 구성된 공동체

제5조(공동체의 구성 요건) ① 공동체를 구성할 수 있는 자율관리어업은 공유수면을 대상으로 해야 한다. 다만, 개인사유지와 사유수면의 경우 수산물 위생안전, 유통구조개선, 시설 및 장비의 공동구매 등 어업생산 기반을 공고히 하기 위해 시도 단위 또는 시도 단위 이상의 광역지역으로 구성된 어업공동체는 자율관리어업 공동체를 구성할 수 있다.② 공동체별 최소 구성원 수는 다음 각 호와 같다.1. 마을어업 공동체: 제4조제3항제1호에 따른 자 20명 이상2. 어선어업 공동체: 제4조제3항제2호에 따른 자 20명 이상3. 양식업 공동체: 제4조제3항제3호에 따른 자 20명 이상4. 내수면어업 공동체: 제4조제3항제4호에 따른 자 10명 이상5. 복합어업 공동체: 별표 1에 따른 구성원 수6. 광역 공동체: 제4조제3항제1호부터 제5호까지의 참여 유형으로 시도 단위 또는 시도 단위 이상의 광역지역으로 구성된 공동체는 100명 이상. 다만, 제1항 단서에 따른 공동체의 경우에는 30명 이상으로 한다.

제6조(공동체의 등록) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 공동체 등록 내용을 전산시스템에 입력하고, 해양수산부, 시도, 관할 수협, 수탁기관, 한국자율관리어업연합회 등에 별지 제1호서식으로 통보해야 한다.② 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 등록증을 발급받은 공동체는 사업계획에 따라 구체적 사업에 착수하고, 활동실적을 활동일지 등에 사진 등 증빙자료를 첨부하여 기록ㆍ관리해야 하며, 자율관리어업 담당 공무원의 기술지도와 반기 또는 연간 사업추진현황 점검 시 적극 협조해야 한다.③ 공동체가 제2항에 따른 점검에 협조하지 않을 경우에는 활동실적 평가에서 제외할 수 있다.④ 제3항에 따라 활동실적 평가에서 제외하려는 경우에는 장관 또는 시도지사는 반드시 사유서를 작성해야 한다.⑤ 「자율관리어업 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙」(이하 "규칙"이라 한다) 제5조제3항, 제6조제3항에 따른 변경등록, 등록취소의 경우에 별지 제1호서식으로 통보해야 한다.

제7조(공동체 자체규약의 제정ㆍ변경) ① 공동체는 공동체 대표를 위원장으로 하고, 관계 어업인 대표를 위원으로 하는 자율관리어업위원회(이하 "위원회"라 한다)를 구성한다. 다만, 마을어업 공동체 또는 복합어업 공동체 구성원 중 어촌계원의 수가 과반 이상일 경우 어촌계의 어촌계장이 위원장이 된다.② 위원장은 위원 중 1명을 부위원장으로 두어 위원장이 업무를 수행할 수 없는 경우 직무를 대행하게 해야 한다.③ 위원회는 「자율관리어업 육성 및 지원에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제10조제1항 및 규칙 제7조제1항에 따른 공동체 자체규약을 제정해야 한다.④ 규칙 제5조제1항제2호 규정 이외의 기타 내용은 공동체 자체적으로 변경할 수 있다.⑤ 위원회가 자체적으로 규약을 변경하였을 경우에는 그 결과를 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 통보해야 하며, 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 시도지사와 관계 기관에 통보하여 관계기관에서 필요한 조치(수산정보통합시스템 입력 등)를 할 수 있도록 해야 한다.⑥ 공동체의 참여 유형에 대한 규약의 변경이 상반기 활동실적 평가 이후에 이루어진 경우에는 다음 연도 평가부터 이를 적용한다.

제8조(활동실적 평가 및 등급부여) ① 시도지사, 한국자율관리어업연합회, 수협 및 내수면평가협의체는 법 제11조제2항, 영 제6조, 규칙 제8조에 따라 공동체의 자율관리어업 활동실적을 별표 2의 평가매뉴얼에 따라 평가해야 한다.② 장관은 제1항의 평가결과 및 육성사업비 지원 실적 등에 따라 다음 각 호와 같이 공동체등급을 부여한다. 단, 제2호 및 제3호에서의 육성사업비는 참여공동체에 지원된 사업비는 포함하지 않는다.1. 1등급(선진공동체): 자립공동체 중 전체 공동체 활동실적 평가 결과 3회 이상 상위 5% 이내에 포함된 공동체2. 2등급(자립공동체): 활동실적이 우수하여 육성사업비를 5회 또는 6억원 이상 지원 받은 공동체3. 3등급(모범공동체): 활동실적이 우수하여 육성사업비를 3회 또는 3억원 이상 지원 받은 공동체4. 4등급(협동공동체): 참여 및 모범 이상 등급 공동체에 속하지 않은 공동체5. 5등급(참여공동체): 참여기간이 등록일 기준으로 1년이 경과하지 않은 공동체

제10조(우수 공동체 인센티브 부여) ① 제8조제1항에 따른 평가결과 활동실적이 우수한 공동체에 대하여는 육성사업비 지원, 공동체 지정패 수여, 정부포상, 해외연수기회 제공 등 인센티브를 부여할 수 있다. 다만, 사업추진여건 미비, 불법어업 과다, 어업권 타인지배, 행정처분, 어업분쟁, 사업비 부당수령 사례 등이 확인된 공동체는 육성사업비 지원대상에서 배제할 수 있다.② 장관은 제1항에 따른 공동체 지정패의 수여기준을 별도로 정하여 운영할 수 있다.

제11조(공동체 육성사업) ① 장관은 법 제11조 및 영 제6조제2항에 따른 지원을 하기 위하여 매년 공동체 육성사업 지원계획을 수립하고, 이를 시도지사에게 통보한다.② 시도지사는 지원대상 공동체를 선정한 후 그 결과를 장관 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 통보하고, 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 해당 공동체위원장 및 지구별수산업협동조합장에게 선정사실을 통보한다.③ 지원대상으로 선정된 공동체는 사업계획을 수립한 후, 사업계획서 및 자부담 능력을 증명할 수 있는 서류와 함께 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 보조금교부 및 자금요구를 신청해야 한다.④ 지원대상 공동체는 「수산업협동조합법」에 근거하여 설립된 어촌계, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 근거하여 설립된 영어조합법인으로 보조금 교부 및 자금신청을 할 수 있으며 이 경우 공동체의 대표자 및 구성원이 일치해야 한다.⑤ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제출된 사업계획서 및 자부담 능력을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 시도지사에게 보조금교부 및 자금요구를 신청하고 시도지사는 장관에게 보조금 교부 및 자금요구를 신청해야 한다.⑥ 장관은 시도지사에게 보조금교부결정 및 자금배정을 하고, 시도지사는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 보조금 교부결정 및 자금배정을 한다.⑦ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보조금교부결정 및 자금배정이 완료되면 사업집행지침과 이 규정에 따라 사업을 시행하고 사업이 완료되면 시도지사를 거쳐 장관에게 사업정산보고를 함으로써 사업이 완료된다.

제12조(사업집행주체) ① 육성사업의 집행주체는 시도지사로 한다. 다만, 시도지사가 필요하다고 인정할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 사업집행주체를 위임할 수 있다.② 사업집행주체는 육성사업의 효율적인 추진을 위하여 필요하다고 인정하는 경우, 국립수산과학원의 연구지원부서의 장에게 협조를 요청할 수 있다. 이 경우 국립수산과학원의 연구지원부서의 장은 특별한 사유가 없는 한 이에 협조해야 한다.

제13조(사업계획수립 및 협의) ① 공동체는 육성사업계획을 수립할 경우에 이미 실시된 사업과 가급적 중복되는 사업을 선정하여서는 안 되며, 다수 어업인이 이용할 수 있는 시설 및 사업을 우선 선정해야 한다.② 사업집행주체는 공동체가 수립한 사업계획 등 다음 각 호의 사항을 심의하기 위한 육성사업비 사전심의위원회(이하 "사전심의위원회"라 한다)를 구성ㆍ운영해야 한다.1. 공동체 사업계획 수립 및 그 변경에 관한 사항2. 육성사업비 집행계획에 관한 사항3. 그 밖에 육성사업비 집행에 관한 사항③ 사전심의위원회는 위원장 1명을 포함한 5명 이내의 위원으로 구성한다.④ 사전심의위원회의 위원장은 시도 또는 시군구 수산업무 담당과장으로 하고, 위원은 다음 각 호의 사람 중에서 사업집행주체가 위촉하는 사람이 된다.1. 한국자율관리어업연합회 관할지역 시군구 연합회장 1명2. 관할지역 지구별ㆍ업종별 수협 조합장 1명3. 수산분야 전문가 2명⑤ 사전심의위원회는 제2항에 따라 사업계획을 심의할 때에는 해당 공동체 위원장에게 위원회에 출석하여 의견을 말할 수 있는 기회를 부여해야 한다.⑥ 사전심의위원회는 심의 결과 사업계획의 내용이 적절하지 않다고 판단될 경우 사업계획의 변경 또는 보완을 요구할 수 있다.⑦ 사업집행주체는 사업시행으로 인한 환경피해 등이 우려되는 사업에 대하여는 관계 법령에 따라 환경영향평가 등을 실시해야 한다.

제14조(사업내용) ① 육성사업비로 수행할 수 있는 사업은 공동체의 공동이익 증진을 위한 사업으로 다음 각 호와 같다. 다만, 해양수산부 등 중앙정부와 지자체에 의하여 수행되는 사업과 중복되어서는 안 되나, 사업집행 주체가 판단하여 해당 사업의 타당성이 인정되는 경우에는 지원할 수 있다. 이 경우 육성사업비의 1/2을 초과하여 지원할 수 없다.1. 공동작업장, 물양장(物揚場) 등 어획물 양육 편의시설, 소형선박인양기 등 재해대책시설, 어선 접안(接岸)용 잔교(棧橋) 및 부잔교(浮棧橋) 시설, 어선안전설비ㆍ장비[어획강도를 높일 수 있는 어군탐지기 등의 장비는 제외한다. 단, 총허용어획량(TAC) 참여어선은 제한을 받지 않는다] 및 어선안전을 위한 수리ㆍ정비, 친환경어구 구입, 어업인의 안전을 위한 장비 구입, 어업용 창고, 가공처리시설, 냉동냉장시설, 사료저장시설, 간이 중간육성수조, 임시축양수조, 산지 간이 위판장, 활선어 등 수산물 신선ㆍ안전 운반시설, 어획물 운반차량, 어장진입갯벌로 , 공동판매장 등 생산관리시설 및 사업2. 쓰레기적치장, 쓰레기소각로, 폐유수거탱크, 정화처리시설, 패각분쇄처리장, 노후어장저질개선, 어장정화, 해적생물 퇴치장비(어구포함), 어장관리선 등 어장환경개선시설 및 사업3. 투석, 인공어초투하, 수산종자방류(패류종자는 어장정화 및 유해생물 구제후 살포), 먹이공급용 해조장ㆍ해중림조성 등 자원조성시설 및 사업4. 공동체 특산품 개발연구, 홍보(동영상, 전광판 포함), 공동체회관 등 교육시설, 그 밖의 자원보호, 공동체구성원의 안전과 소득증대를 위하여 필요하다고 판단되는 시설 및 사업5. 공동체 평가위원회에서 선진공동체 특별사업비 지원 대상으로 선정된 사업② 제1항에 따른 부수되는 소모품만을 구입하는 경우에는 지원하여서는 안 된다.

제15조(자체자금) ① 사업집행주체는 보조금교부를 신청할 때, 자체자금과 관련된 공동체 총회 의결사항 또는 자체자금 예치증명서 등 관련서류를 제출하도록 해야 하며, 자체자금의 집행상황을 세금계산서 등 증빙서류에 의하여 철저히 확인해야 한다.② 자체자금은 사업을 착수할 때부터 집행하며, 자체자금에 의한 사업실적에 따라 사업비의 지원 비율에 일치시켜 보조금을 지원해야 한다.

제16조(사업수행) ① 육성사업은 사업집행주체 또는 공동체가 수행한다. 다만, 공동체가 사업을 수행할 경우에 사업집행주체는 공동체에 대한 지도ㆍ감독을 강화해야 한다.② 사업집행주체는 공동체와의 사업수행에 대한 구체적 협의를 통하여 세부사업 시행계획을 수립하고 이를 이행해야 한다.③ 사업집행주체는 사업시행자 선정 시 「엔지니어링산업 진흥법」 등 관련 법령에 따라 해양수산 분야로 신고된 업체 등 사업시행에 가장 적합하다고 인정되는 자를 선정하되, 보조사업자와의 계약에 관한 사항은 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 따라야 한다.④ 공동체가 직접 수행하는 단위사업의 계약에 관한 사항은 제3항에 불구하고 수산업협동조합중앙회장이 제정한 조합계약규정(예)에 따른다. 이 경우 사업집행주체는 계약의 투명성 확보와 과도한 단가 이상의 계약체결을 방지하기 위하여 해당 공동체와의 협의를 거쳐 계약체결 등의 절차를 사업집행주체 또는 공동체를 관할하는 지구별수산업협동조합장에게 대행하게 할 수 있으며 사업추진 시에는 관계 공무원이 입회ㆍ지도하도록 조치해야 한다.⑤ 사업집행주체는 제4항에 따라 계약을 체결하는 경우에는 보조금 교부결정 시 보조사업자에게 이를 준수하도록 통보하고 보조금 지급 및 정산(精算) 시 이를 확인한 후 보조금을 교부해야 한다.⑥ 사업집행주체는 육성사업으로 추진하려는 대상사업이 해양수산부가 이미 지원하고 있는 개별수산사업과 유사한 경우에는 특별한 경우가 아닌 경우를 제외하고는 가급적 그 단위사업의 단가를 적용해야 한다.⑦ 사업집행주체는 사업시행자에 대한 철저한 지도ㆍ감독(시설사업에 대한 사업설계서는 사업집행주체가 미리 검토해야 함)으로 사업이 차질 없이 추진될 수 있도록 해야 한다.⑧ 사업집행주체는 사업시행자로 하여금 본 사업의 추진상황을 수시 확인할 수 있도록 일일작업일지를 작성하고 갖추어 놓도록 해야 한다.

제17조(사업비 집행) ① 자율관리어업 육성사업비는 사업집행주체의 책임으로 집행해야 한다.② 사업비라 함은 실시설계용역비, 시설비, 자재구입비, 작업비, 감리감독비, 운송비, 그 밖에 사업집행주체가 인정하는 부대비를 말하며, 토지구입비, 근저당설정비등 이에 준하는 각종 비용은 사업비 집행에서 제외해야 한다.③ 사업집행주체는 공동체의 협력에 의하여 수행이 충분히 가능하다고 판단되는 사업이나 단순인건비에 대한 사업비의 집행방지 등, 자율관리 어업의 목적에 위배되는 사업에 사업비를 집행하지 않도록 해야 한다. 다만, 장비구입 및 사용료 지급을 위한 사업비는 집행할 수 있다.④ 보조금 및 자부담금의 집행은 「보조금 관리에 관한 법률」 및 「해양수산부 국고보조금 관리에 관한 규정」 등 관계 규정에 따르며 「부가가치세법」 제8조제1항에 따른 등록을 마친 자(이하 "사업자등록증소지자"라 한다)가 자필로 서명한 영수증 또는 세금계산서, 사업자등록증소지자의 금융기관 거래자료, 그 밖에 사업자등록증 소지자가 직접 작성한 증빙에 의해야 한다.⑤ 공동체가 직접 집행하는 사업은 제4항의 규정 외에 현지 확인 및 관련 규정이 정하는 계약서와 공동체가 작성한 작업일지 또는 공사감리자의 감리일지 등을 확인한 후 보조금을 교부 확정해야 한다.⑥ 사업집행주체는 사업의 효율적 추진과 사업비 집행의 투명성을 확보하기 위하여 주요 사업비 집행 시 관계 공무원으로 하여금 입회ㆍ확인하도록 해야 한다.⑦ 공동체가 입찰차액 또는 부가가치세 환급액을 동일 사업에 활용하려는 경우에는 사업집행주체의 승인을 받아 사용할 수 있다.

제18조(공사감독 등) ① 사업집행주체는 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 제13조에 따라, 시설사업인 경우에는 관계 공무원을 감독관으로 지명하여 사업현장에 상주(常住)토록 하고, 시설사업외 사업인 경우에는 사업의 주요과정별로 입회해야 한다. 다만, 사업집행주체의 업무 수행상 부득이하다고 인정하는 경우에는 공사현장을 순회하여 감독하도록 할 수 있다.② 사업집행주체는 「국가재정법」 및 건설공사 표준품셈, 물가조사기관의 조사가격 등 공신력 있는 기준에 따라 전문기술직공무원으로 하여금 사업계획서, 설계 도서를 심사하게 하고 공사를 감독하도록 조치해야 한다.③ 감독ㆍ감리ㆍ준공검사 등은 「건설기술관리법」, 「엔지니어링산업 진흥법」, 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 등 관련 법령이 정하는 바에 따른다.

제19조(보고) 사업집행주체는 해당 연도의 육성사업을 완료하거나 회계연도가 종료된 때에는 완료(종료)한 날부터 2개월 이내에 사업 소요경비를 공정별로 명백히 한 사업 정산서를 첨부하여 장관에게 보고해야 하며, 사업과 관련하여 장관이 필요하다고 인정되는 자료의 요구가 있을 때는 이를 제공해야 한다.

제20조(사후관리) ① 육성사업비로 지원된 모든 시설물 및 사업의 사후관리는 「해양수산부 국고보조금 관리에 관한 규정」에 따라 사업집행주체가 수행한다.② 육성사업비로 지원된 소득원 및 시설물 또는 재산의 사후관리 기간은 해당 보조금 교부 목적 달성까지로 하되, 「해양수산부 국고보조금 관리에 관한 규정」에 따라 중요재산을 관리해야 한다.③ 사업집행주체는 해당 연도 육성사업의 주요과정을 카메라, 캠코더 등으로 촬영하여 그 결과물을 보관해야 한다.④ 사업집행주체는 육성사업비로 수산종자(패)를 매입 방류(살포)하는 사업을 실시한 경우에는 방류효과의 극대화를 위해 공동체로 하여금 방류수역에 대해 일정기간 어업제한, 포획금지기간 등을 설정하는 등의 필요한 보호조치를 하도록 조치해야 하며, 해당 지역에 추가로 수산종자를 방류하려는 경우 해양수산사업 집행지침(수산종자관리사업)을 준용할 수 있다.⑤ 사업집행주체는 육성사업을 효율적으로 관리하기 위하여 관리책임자를 지정하고 시도의 총괄부서가 정하는 형식에 따라 관리대장을 갖추어 놓고 매년 1회 이상 운영 및 관리 실태를 점검하여 부실운영ㆍ관리 시 필요한 행정조치 등을 하고 그 결과를 정확히 기록ㆍ유지해야 한다.⑥ 사업집행주체는 보조사업자로 하여금 사업 완료 후 다음 연도부터 2년간 사업효과를 분석하도록 해야 한다.⑦ 사업집행주체는 육성사업비로 지원한 시설ㆍ설비ㆍ장비 등(이하 "시설 등"이라 한다) 중 관계 법령에 따라 등록이 가능한 시설물에 대하여는 준공 후 60일 이내에 공동체가 어촌계 또는 공동체의 총유(總有)로 등록을 마치도록 지도해야 한다.⑧ 사업집행주체는 육성사업비를 지원 받아 설치한 시설 등에는 「해양수산부 국고보조금 관리에 관한 규정」 제50조제4항 별표 5의 보조사업 안내문 표준안에 따른 표지를 시설 등의 입구ㆍ몸체 또는 그 밖에 잘 보이는 곳에 견고하게 설치하거나 부착해야 한다. 다만, 사업장 안전관리에 위해(危害)가 되거나 표지의 시설이 필요 없다고 사업집행주체가 인정하는 경우에는 설치하지 않을 수 있다.⑨ 해양수산사업의 계획과 집행 및 사후관리 업무에 참여한 해양수산부, 시도, 시군구 등의 공무원은 모든 관련 자료에 실명을 표기한 기록을 유지해야 한다.

제21조(준용지침) ① 육성사업으로 추진하려는 대상사업 가운데 동일연도에 해양수산부가 지원하고 있는 개별 수산사업과 유사한 사업(이하 "유사사업"이라 한다)을 하려는 경우에는 이 규정이 정하는 사항 외의 사업실시에 관한 규정은 유사사업 시행지침의 관련 규정을 준용한다. 다만, 사업추진 여건상 특별한 사유가 있어 제3항에서 규정하고 있는 사항은 준용대상에서 제외한다.② 사업집행주체는 육성사업비로 수산종자(패)를 매입 방류(살포)하는 사업을 실시할 경우에는 사업계획 수립 시 질병검사에 필요한 비용을 육성사업비에서 집행할 수 있다.③ 제1항의 단서에 따라 유사사업 시행지침의 관련 규정 중 대상사업의 관련규정을 준용하지 않아도 되는 내용은 다음 각 호와 같다.1. 수산종자 매입방류 사업 중 ‘방류장소’ 및 효과조사에 관한 사항2. 그 밖에 사업추진 여건상 특별한 사유가 있어 장관의 승인을 얻은 사항

제22조(사업추진실태 점검) ① 장관은 필요시 시도별 육성사업의 추진실태를 점검하여 미비점을 개선 보완해야 한다.② 장관은 제1항에 따라 실시한 점검결과가 우수한 시도 및 사업자 등에 대하여는 이를 포상하거나 다음 해의 예산 등을 증액하여 지원할 수 있다.

제23조(경영장부의 기록 등) ① 사업집행주체는 정부와 지자체로부터 5천만원 이상을 지원받은 사업 중 경영이 수반되는 사업의 공동체에 대하여는 경영 장부를 기록하여 사업장에 갖추어 놓게 하고, 사업자로 하여금 사업의 진행상황과 경영성과 등을 분석토록 해야 한다.② 사업집행주체는 공동체가 정부와 지자체로부터 지원받은 금액이 5천만원 미만을 지원받은 사업 중 경영이 수반되는 사업에 해당되는 경우에는 해당 공동체에 대하여 경영일지에 수입 및 지출상황을 기록하게 할 수 있다.③ 사업집행주체는 육성사업비를 지원받은 공동체에 대하여 어장의 위치 및 면적, 자원관리 내용, 회원 및 체험객 준수사항 등이 표시된 자율관리어업 활동 안내판을 별표 3에 따라 작성ㆍ설치하도록 해야 한다. 다만, 이미 안내판을 설치한 공동체에 대해서는 그렇지 않다.

제26조(지역협의회) ① 다음 각 호의 사항을 자문하기 위하여 시도에는 시도 지역협의회를, 시군구(자치구를 말한다. 이하 같다)에는 시군구 지역협의회를 각각 둔다.1. 공동체의 등록 및 취소 등에 관한 사항2. 공동체의 평가 및 우수공동체 추천에 관한 사항3. 공동체 자체규약 심의 및 참여 유형 변경에 관한 사항4. 사업실태 점검에 관한 사항5. 그 밖에 시도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 자문을 요청한 사항② 지역협의회는 위원장 1명을 포함한 15명 이내의 위원으로 구성하고, 위원은 다음 각 호의 사람 중에서 시도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 위촉하거나 임명하는 사람이 된다.1. 공동체 대표2. 지구별ㆍ업종별 수산업협동조합장3. 대학, 연구기관, 공공기관에서 자율관리어업 업무 관련자로 추천한 사람4. 법 제2조제4호에 따른 민간단체 또는 수탁기관에서 추천한 사람5. 해당 시도 또는 시군구의 수산담당공무원6. 그 밖에 자율관리어업의 정착과 확산에 필요한 전문성과 역량을 갖추고 있는 사람③ 지역협의회의 위원장은 위원 중에서 호선(互選)한다.④ 제2항에 따라 위촉된 위원의 임기는 2년으로 한다. 다만, 위원의 사임 등으로 인하여 새로 위촉된 위원의 임기는 전임위원 임기의 남은 기간으로 한다.⑤ 지역협의회의 위원장은 지역협의회의 회의를 소집하고, 그 의장이 된다.⑥ 지역협의회의 회의는 재적위원 과반수의 출석으로 개의(開議)하고, 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다.⑦ 지역협의회를 효율적으로 운영하기 위하여 시도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 자율관리어업 담당부서로 하여금 사무국 역할을 수행하게 할 수 있다.⑧ 제1항부터 제7항까지에서 정한 사항 외에 지역협의회의 운영 등에 필요한 사항은 지역협의회의 의결을 거쳐 위원장이 정한다.

제27조(자율조정협의회) ① 어업인간 또는 지역간ㆍ업종간 발생하는 문제와 분쟁을 당사자간 협의와 토론에 의하여 자체 해결토록 조정하기 위하여 자율조정협의회를 수탁기관에 설치하며 위원장은 수탁기관의 장이 되고 수탁기관에서 사무국역할을 수행한다.② 자율조정협의회는 민ㆍ관ㆍ학계 전문가, 어업인대표 등 20명 이내로 구성한다.③ 협의회는 총괄협의회(연 2회)와 분과협의회(수시)로 운영하며 해양수산부, 지자체, 각 시도 전담기관, 수협, 어업인 등이 요청한 사항을 조정한다.④ 그 밖에 협의회 운영 및 절차와 관련한 사항은 사무국에서 정하여 운영한다.

제28조(한국자율관리어업연합회) ① 자율관리어업 참여어업인간의 정보교환과 친목도모를 통하여 확산분위기를 조성하고 정부와 참여공동체 지도자간의 가교역할을 수행하기 위하여 다음 각 호의 한국자율관리어업연합회를 구성 운영한다.1. 한국자율관리어업연합회 시군구 연합회: 관내 참여공동체 시군구 연합회장으로 구성2. 한국자율관리어업연합회: 한국자율관리어업연합회 시도 연합회장으로 구성② (사)한국자율관리어업연합회에서 한국자율관리어업연합회 시도 연합회 및 시군구 연합회를 별도로 정하여 운영한다.

제29조(교육 및 홍보) ① 장관은 자율관리어업의 성공적 정착과 전국적 확산을 유도하기 위해 민간단체로 하여금 2년마다 자율관리어업 전국대회를 개최하게 하고 개최비용의 일부를 지원할 수 있다.② 장관은 자율관리어업을 성공적으로 추진하는 등 활동실적이 우수한 공동체를 대상으로 사례집과 영상물(DVD)을 제작 배포할 수 있다.③ 장관은 각 시도 전담기관 및 민간단체 등을 통하여 자율관리활성화를 위한 교육프로그램을 개발 실시할 수 있다.

제30조(재검토기한) 장관은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 훈령에 대하여 2025년 7월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 해야 한다.