조세특례 심층평가 운용지침 (훈령, 재정경제부)
공포일: 20260102 / 시행일: 20260102

제1조(목적) 이 지침은 「조세특례제한법」 제142조제4항과 같은 법 시행령 제135조 및 제135조의2에 따라 실시하는 조세특례 심층평가의 대상 선정과 평가내용, 그리고 평가수행체계와 평가 결과의 활용 등에 관한 세부적인 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 지침에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "조세특례 심층평가(이하 "심층평가"라 한다)"란 「조세특례제한법」 제142조제4항 및 같은 법 시행령 제135조에 따라 평가대상 조세특례의 운용 성과를 점검하고 그 결과를 향후 조세특례 운용에 반영하기 위하여 재정경제부장관이 실시하는 사후적인 평가를 말한다.2. "의무심층평가"란 「조세특례제한법」 제142조제4항 단서 및 같은 법 시행령 제135조제4항에 따라 해당 연도에 적용기한이 종료되는 사항으로서 연간 조세특례금액이 300억 원 이상인 조세특례를 대상으로 하는 심층평가를 말한다.3. "임의심층평가"란 「조세특례제한법」 제142조제4항 본문 및 같은 법 시행령 제135조제2항에 따라 주요 조세특례를 대상으로 하는 심층평가를 말한다.4. "조세특례"란 「조세특례제한법」 제3조제1항에 열거된 법률(「지방세특례제한법」은 제외한다)에 규정된 사항으로, 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입(損金算入) 등의 조세감면을 말한다.5. "조세특례금액"이란 특정한 조세특례의 시행으로 한 해 동안 발생하였거나 발생할 것으로 예상되는 조세수입의 감소액을 말한다.

제3조(심층평가계획의 수립) ① 재정경제부장관은 심층평가의 목적, 추진방향, 추진일정 등에 관한 계획을 「조세특례제한법」 제142조제1항에 따른 「조세특례 및 그 제한에 관한 기본계획」에 반영하여야 하며, 이를 관계 행정기관의 장 등에게 통보한다.② 재정경제부장관은 심층평가 추진계획의 수립을 위한 관련 자료의 수집ㆍ분석, 평가 추진방향 등에 관하여 필요한 경우 전문기관 등에 조사ㆍ연구 등을 위탁하거나, 전문가의 의견을 들을 수 있다.

제4조(자료 수집 및 제출 요구) ① 재정경제부장관은 「조세특례제한법」 제142조제7항에 따라 관계 행정기관의 장 등에게 자료의 제출 등을 요구할 수 있다.② 제1항에 따라 자료 등의 제출을 요청받은 관계 행정기관의 장 등은 제출기한이 따로 명시되지 아니한 경우에는 그 요청을 받은 날부터 10일 이내에 자료 등을 제출하여야 한다. 다만, 그 기간 내에 자료 등을 제출하기 어려운 경우에는 재정경제부장관과 협의하여 그 기간을 연장할 수 있다.③ 제2항에도 불구하고 관계 행정기관의 장은 해당 자료가 보관ㆍ관리되지 아니하거나 생산할 수 없는 것인 경우에는 그 사유와 향후 자료 관리계획을 재정경제부장관에게 제출하여야 한다.

제5조(심층평가 대상) ① 재정경제부장관은 해당 연도에 적용기한이 종료되는 사항(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항은 제외한다)으로서 연간 조세특례금액이 300억 원 이상인 조세특례에 대해서 의무심층평가를 실시한다.1. 지원대상의 소멸로 조세특례의 폐지가 명백한 사항2. 남북교류협력에 관계되거나 국가 간 협약ㆍ조약에 따라 추진하는 사항3. 최근 2년 이내에 심층평가를 거친 사항으로서 재정경제부장관이 그 규모와 적용대상 등 기존 조세특례의 내용에 중요한 변화가 없는 것으로 인정하는 사항② 제1항에 따라 의무심층평가를 실시하는 경우 외에도 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조세특례에 대해서 임의심층평가를 실시할 수 있다.1. 유사 목적의 조세특례들로서 분야별로 일괄하여 평가가 필요한 사항2. 향후 지속적 감면액 증가가 예상되어 객관적 검증을 통해 조세지출 효율화가 필요한 사항3. 「조세특례제한법」 제142조제3항에 따른 조세특례에 대한 의견서의 확인ㆍ점검 결과 심층평가가 필요하다고 판단되는 사항4. 지속적인 조세특례 시행에도 불구하고 객관적인 성과평가가 미흡했다고 판단되는 사항5. 그 밖에 조세특례 제도의 효과적 운영을 위하여 재정경제부장관이 심층적인 분석ㆍ평가가 필요하다고 인정하는 사항

제6조(평가대상의 단위) ① 심층평가는 「조세특례제한법」 제142조의2에 따른 조세지출예산서에 열거된 조세특례를 대상으로 한다.② 심층평가는 평가의 목적과 대상에 따라 개별조세특례 심층평가와 조세특례군 심층평가로 구분한다.1. 개별조세특례 심층평가: 원칙적으로 조세지출 예산서의 개별 조세특례를 대상으로 효과성ㆍ타당성 등에 대한 성과평가를 실시하고, 효과적인 조세특례 운용 방안을 도출하기 위한 평가2. 조세특례군 심층평가: 조세특례의 소관부처, 관련 세법 규정 등을 불문하고 정책 목적 등 성격이 유사한 다수의 조세특례들을 하나의 군(群)으로 묶어 조세특례군 및 개별조세특례의 효과성, 타당성 등에 대한 성과평가를 실시하고, 유사ㆍ중복 제도의 통폐합 등 종합적인 개선방안을 도출하기 위한 평가

제7조(조세특례금액의 계산) 연간 조세특례금액은 조세지출예산서 상의 최근 3년 금액을 평균하여 계산한다. 다만 다음 각 호의 경우에는 각 호에서 정하는 바에 따른다.1. 자료 집계의 시차, 감면금액의 특이값 등에 따라 해당 연도의 조세특례금액이 예외적으로 급증 또는 급감한 경우에는 해당 연도를 제외한 기간 동안의 연평균 조세특례금액으로 한다.2. 조세특례 적용기간이 3년 미만인 경우에는 적용기간 동안의 연평균 조세특례금액으로 한다.3. 최근 3년 중 조세특례의 지원 대상, 지원방식 등 내용의 일부가 변경된 경우에는 변경 이후 연도의 연평균 조세특례금액으로 한다.4. 여타의 조세특례금액과 달리 증가 또는 감소하는 명백한 추세가 있는 경우에는 최근 연도의 조세특례금액으로 한다.

제9조(평가대상 선정기준) 재정경제부장관은 다음 각 호의 사항을 종합적으로 고려하여 심층평가 대상을 선정한다.1. 정책적 기준: 평가대상의 조세정책상 중요성, 국민ㆍ사회의 관심도, 국가정책과의 적합성 등 평가의 실익이 있는지 여부2. 기술적 기준: 평가대상 관련 자료의 확보 가능성, 타 조세특례 간 비교가능성, 평가 소요기간 등 평가수행의 용이성

제10조(평가대상 선정 절차) ① 재정경제부장관은 제5조에 따른 평가대상의 심층평가 필요성 및 가능성 등을 제9조에 따른 선정기준에 따라 검토하여 심층평가의 우선순위를 결정하고 제12조에 따른 조세특례 성과평가 자문위원회의 심의를 거쳐 예산의 범위 내에서 평가대상을 선정한다.② 관계 행정기관의 장 등은 심층평가가 필요하다고 판단되는 조세특례에 대하여 재정경제부장관에게 심층평가 실시를 건의할 수 있다. 이 경우 평가대상의 범위, 조세특례금액, 평가 필요성 등을 명시한 별지 제1호서식의 심층평가 건의서를 작성하여 제출하여야 한다.③ 재정경제부장관은 제1항에 따라 평가대상을 선정한 경우에는 그 선정 결과를 즉시 관계 행정기관의 장 등에게 통보한다.

제11조(임의심층평가 사전예고제도) ① 재정경제부장관은 평가대상 선정 과정에서 제9조제1호에 따른 정책적 기준을 충족하나 관련 자료가 축적되지 않는 등 제2호의 기술적 기준이 충족되지 않아 해당연도에 평가를 실시함이 부적절하다고 판단되는 경우 향후 일정기간이 경과한 후 심층평가 실시를 사전에 예고하고 관계 행정기관의 장 등에게 관련 자료를 축적하도록 요구할 수 있다.② 제1항에 따라 평가대상으로 사전 예고하는 조세특례의 선정 및 통보 등에 관한 절차는 제10조를 준용한다.③ 제1항 및 제2항에 따라 평가대상으로 사전 선정되었음을 통보받은 관계 행정기관의 장 등은 특별한 사유가 있는 경우를 제외하고는 통보받은 날부터 관련 자료를 축적하여야 한다. 다만, 해당 자료가 생산할 수 없는 경우에는 그 사유를 재정경제부장관에게 통보하여야 한다.

제12조(조세특례 성과평가 자문위원회) ① 심층평가 제도의 운용과 관련된 재정경제부장관의 자문에 응하고 중요사항을 심의하기 위해 재정정책자문위원회에 조세특례 성과평가 자문위원회를 설치ㆍ운영한다.② 제1항에 따른 조세특례 성과평가 자문위원회의 설치ㆍ운영에 관한 세부사항은 재정경제부장관이 따로 정한다.

제12조의2(심층평가의 철회) 심층평가 수행과정에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당되어 심층평가 수행의 실익이 없게 되는 경우에는 재정경제부장관은 직권으로 평가를 철회할 수 있다.1. 심층평가 수행과정에서 관계 행정기관의 업무협조가 미흡하거나 평가에 필요한 자료를 확보할 수 없는 등 평가 수행이 불가능한 경우2. 심층평가 수행 중 국회에서 입법되어 관련 제도가 변경 또는 폐지된 경우

제13조(심층평가 수행기관) ① 심층평가는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 전문적인 조사ㆍ연구를 수행할 기관(이하 "평가 수행기관"이라 한다)으로 지정할 수 있다.1. 「정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 한국조세재정연구원2. 「정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 한국개발연구원3. 그 밖에 조세특례의 평가 등과 관련하여 재정경제부장관이 전문 인력과 조사ㆍ연구 능력 등을 갖춘 것으로 인정하는 기관② 평가 수행기관은 심층평가 운용지침에 따라 수행과제를 효율적으로 관리하기 위하여 조세특례의 특성에 맞춰 과제관리자(PM : Project manager)를 선정하고, 학계ㆍ연구기관ㆍ민간 회계법인 또는 세무법인 등 다양한 분야의 전문가로 연구진을 구성하여야 한다. 이 경우 재정경제부장관과 미리 협의하여야 한다.③ 평가 수행기관은 평가의 전문성 및 객관성 확보를 위해 필요한 경우 별도의 자문위원회를 구성하여 활용할 수 있다.④ 평가 수행기관은 최종보고서를 제출한 날부터 5년간 심층평가를 위해 수집한 자료를 보관하고, 재정경제부장관의 요청이 있을 경우 이를 제출하여야 한다.⑤ 평가결과 등 심층평가의 내용을 별도의 연구에 사용 또는 발표하거나, 평가를 위해 수집한 자료를 다른 연구를 위해 활용하고자 할 경우에는 사전에 재정경제부장관의 동의를 구하여야 한다. 다만, 심층평가 결과를 단순 인용하는 경우는 제외한다.

제14조(심층평가 연구진의 선정) ① 심층평가는 평가 수행기관이 연구책임을 맡아 수행하는 내부과제와 외부 전문가가 연구책임을 맡아 수행하는 외부 위탁과제로 구분하여 추진할 수 있다.② 평가 수행기관이 제1항에 따라 내부과제와 외부 위탁과제로 구분하여 추진하고자 하는 경우에는 재정경제부장관과 미리 협의하여 내부과제와 외부 위탁과제의 구분기준을 작성하여야 한다.③ 평가 수행기관은 재정경제부장관과 미리 협의하여 내부과제의 연구진을 연구자 전공ㆍ연구 분야ㆍ심층평가 수행경험 등을 고려하여 평가대상에 적합하게 선정하여야 한다.④ 외부 위탁과제의 연구진은 공개경쟁을 통하여 선정한다. 다만, 「조세특례제한법 시행령」 제135조의2에 따라 지정된 조사ㆍ연구기관과 정부출연 연구기관에 대해서는 수의계약으로 선정할 수 있다.

제16조(심층평가 수행 서약서) 심층평가 연구진은 심층평가 수행 과정에서 자료 유출 금지 등 연구진이 준수하여야 할 사항을 규정한 별지 제2호서식의 준수서약서를 제출하고 해당 준수서약서에 따라 평가를 수행하여야 한다.

제17조(심층평가 분석내용) ① 평가 수행기관은 다음 각 호에서 정하는 분석을 각각 수행하고 제21조에 따라 종합평가하여 평가 결과를 제시하여야 한다.1. 목표 달성도, 경제적 효과, 소득재분배 효과 및 재정에 미치는 영향 등 조세특례의 효과성에 대한 분석2. 정책 목적ㆍ대상ㆍ수단의 적절성, 제도간 유사중복 여부 등 조세특례의 타당성에 대한 분석3. 조세특례의 성과를 저해하는 원인과 그 개선방안에 대한 분석② 특정 정책목적 달성을 위해 정책수단의 적정성 검토가 필요한 경우 재정지출과 조세특례 간 효과성 비교 등 재정지출도 분석대상에 포함할 수 있다.

제18조(효과성 분석) ① 효과성 분석은 해당 조세특례 운용으로 인해 나타난 경제적 변화를 정량적 또는 정성적으로 분석한다.② 제1항에 따른 경제적 변화는 해당 조세특례 도입목적 달성 여부, 조세특례 수혜자들의 행태변화, 그로 인한 생산, 투자, 고용, 소득 등의 관련 경제적 파급효과와 소득재분배효과 그리고 재정에 미치는 영향 등을 포함한다.③ 제2항에 따른 재정에 미치는 영향은 해당 조세특례 운용을 위한 모든 비용과 함께 수혜자들의 행태변화 등 경제적 변화로 인한 세입효과도 반영하여야 한다.

제19조(타당성 분석) ① 타당성 분석은 해당 조세특례에 대한 정부 역할의 적절성, 수행방법의 적절성 등을 정량적 또는 정성적으로 분석한다.② 제1항에 따른 정부 역할의 적절성은 정부 개입의 근거와 타당성을 포함한다.③ 제1항에 따른 수행방법의 적절성은 해당 조세특례제도 대상 설정, 감면 방법, 제도 간 중복여부 등에 관한 타당성을 포함한다.

제21조(종합평가) 평가 수행기관은 제18조부터 제20조까지의 평가 항목별 분석결과를 토대로 하여 조세특례의 일몰연장 또는 폐지 여부, 제도개선 방안 등에 대한 종합적인 평가의견을 제시하여야 한다.

제22조(정책제언) 평가 수행기관은 제21조에 따른 종합평가 이외에 필요한 경우 다음 각 호의 사항을 포함한 향후 조세특례 성과제고에 필요한 정책제언을 함께 제시할 수 있다.1. 조세특례 또는 조세특례군의 목적 달성을 위한 지원 대상 및 지원 수준의 조정과 그에 따른 효과2. 기타 제도개선 방안 등

제23조(심층평가 결과의 제출 및 공개) ① 평가 수행기관이 심층평가를 완료한 때에는 최종보고서를 재정경제부장관에게 제출하고, 그 결과는 평가 수행기관의 홈페이지 등을 통해 공개한다.

제25조(세법 개정과의 연계) 재정경제부장관은 심층평가 결과를 토대로 조세특례의 개선방안을 정부의 세법개정안에 반영할 수 있다. 특히 조세지출의 효과가 대기업ㆍ고소득자에 집중되어 소득재분배 측면에서 부작용이 심각한 경우 등 정책 효과성이 크게 낮아 해당 조세특례를 일몰종료하거나 축소하도록 하는 심층평가 결과에 대해서는 원칙적으로 그 결과를 반영하여야 한다.