농림축산식품 연구개발사업 운영규정 (훈령, 농림축산식품부)
공포일: 20260331 / 시행일: 20260331

제1조(목적) 이 규정은 「농림식품과학기술 육성법」, 「과학기술기본법」,「국가연구개발혁신법」, 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」,「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」,「농업생명자원의 보존ㆍ관리 및 이용에 관한 법률」,「식품산업진흥법」,「생명공학육성법」,「종자산업법」,「도시농업의 육성 및 지원에 관한 법률」등에 따른 농림축산식품부 소관 연구개발사업을 효율적으로 수행하기 위해 필요한 세부사항을 정함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "연구개발사업"이란 농림축산식품부장관(이하 "장관"이라 한다)이 농림축산식품 과학기술분야의 연구개발을 위해 그 비용의 전부 또는 일부를 출연하거나 지원하는 사업을 말한다.2. "전문기관"이란 연구개발사업에 대한 기획ㆍ관리ㆍ평가 및 활용 등의 업무를 지원할 수 있도록 장관이 지정한 기관을 말한다.3. "연구개발과제"란 연구개발사업을 추진하기 위하여 「농림식품과학기술 육성법」(이하 "육성법"이라 한다) 제6조 및 「국가연구개발혁신법」(이하 "혁신법"이라 한다) 제10조에 따라 장관이 정하는 과제를 말한다.4. "연구개발기관"이란 육성법 제6조제2항 및 혁신법 제2조제3호에 따라 연구개발사업을 수행하는 기관ㆍ단체를 말한다.5. "주관연구개발기관"이란 연구개발과제를 주관하여 수행하는 기관을 말하며, "연구책임자"란 해당 연구개발과제의 연구를 총괄하는 책임자를 말한다.6. "공동연구개발기관"이란 협약으로 정하는 바에 따라 연구개발과제를 주관연구개발기관과 분담하여 공동으로 수행하는 연구개발기관을 말한다.7. "위탁연구개발기관"이란 협약으로 정하는 바에 따라 특수한 전문지식 및 기술이 필요한 경우에 중앙행정기관의 장의 승인을 받아 주관연구개발기관으로부터 연구개발과제의 일부를 위탁받아 수행하는 기관을 말한다.8. "참여기업"이란 연구개발성과를 실시할 목적으로 해당 연구개발과제에 소요되는 연구개발비의 일부를 부담하는 기업, 그 밖에 장관이 정하는 기관을 말한다.9. "연구사업단"이란 연구개발사업의 특성과 연구개발과제의 성격, 규모 또는 기술발전 단계 등을 고려하여 독립된 형태로 운영하는 연구조직을 말한다.10. "연구센터"란 연구개발사업의 특성과 연구개발과제의 성격, 규모 또는 기술발전 단계 등을 고려하여 독립된 형태로 운영하는 주관연구개발기관 중심의 연구조직을 말한다.11. "실시"란 연구개발성과를 사용(연구개발성과를 사용하여 생산하는 경우를 포함한다), 양도(기술이전을 포함한다), 대여 또는 수출하는 것을 말한다.12. "기술실시계약"이란 연구개발성과를 소유한 자와 연구개발성과를 실시하려는 자가 실시권의 내용, 기술료 및 기술료 납부방법 등에 관하여 체결하는 계약을 말한다.13. "기술료"란 연구개발성과를 실시(연구개발성과를 사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수출하거나 연구개발성과의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위를 말한다. 이하 같다)하는 권리를 획득한 대가로 실시권자가 연구개발성과 소유기관에 지급하는 금액을 말한다.14. "정부지원 연구개발비"란 육성법 제6조에 따라 연구개발사업을 추진하기 위해 연구개발을 수행하는 기관이나 단체 등에 지급하는 출연금을 말한다.15. "추적조사"란 연구개발성과의 활용계획이 제대로 이행되고 있는지를 연구개발성과 활용보고서 등을 통하여 조사ㆍ분석하는 것을 말한다.16. "회수금"이란 연구비 집행잔액과 연구비 집행금액 중 혁신법 제13조제3항 및 제4항에 따라 집행되지 않아 정산 결과에 따라 회수하는 금액을 말한다.17. "통합정보시스템"이란 혁신법 시행령 제43조에 따른 시스템 및 업무체계를 말한다.18. "연구개발정보", "연구지원", "국가연구개발활동" 등 그 밖에 용어의 뜻은 혁신법 및 같은 법 시행령에서 규정한 바에 따른다.

제5조(총괄담당관) ① 장관은 연구개발사업이 농림축산식품정책과 유기적으로 연계되도록 농림축산식품부내 연구개발사업을 총괄ㆍ조정ㆍ지원하는 총괄담당관을 지정한다.② 총괄담당관은 과학기술정책과장으로 한다.③ 총괄담당관은 농림축산식품부내 연구개발사업에 관한 다음 각 호의 업무를 수행한다.1. 연구개발사업의 총괄ㆍ조정에 관한 사항2. 연구개발사업의 예산 확보 및 조정에 관한 사항3. 전문기관의 관리ㆍ감독에 관한 사항4. 그 밖에 이 규정에서 장관의 책무로 규정된 사항 등

제6조(사업담당관) ① 장관은 연구개발사업이 소관업무와 연관된 농림축산식품정책과 연계될 수 있도록 사업별 담당관(이하 "사업담당관"이라 한다)을 농림축산식품부 과장이나 팀장 중에서 별도로 정한다.② 사업담당관은 해당 연구개발사업에 관한 다음 각 호의 업무를 수행한다.1. 예산편성과 지출 등에 관한 사항2. 사업 전략 계획 수립 및 연구개발사업의 자체평가, 특정평가 등에 관한 사항3. 과제활용담당관의 지정에 관한 사항4. 그 밖에 연구개발사업의 효율적인 수행을 위해 장관이 필요하다고 인정하는 사항③ <삭제>④ 사업담당관은 사업별 특성을 감안한 평가기준과 배점, 기술료 등을 포함한 사업시행 지침을 본 규정과 달리 시행할 경우 장관 보고 후 시행하여야 한다. 이 경우 별도의 위원회를 구성하여 의견을 수렴할 수 있다.⑤ 사업담당관은 전문기관의 장에게 연구개발사업 관리에 필요한 자료제출을 요구할 수 있다.

제7조(과제활용담당관) ① 사업담당관은 연구개발사업의 효율적인 추진과 연구개발성과의 활용을 위해 연구개발과제와 관련된 부서와 공무원(이하 "과제활용담당관"이라 한다)을 지정하고, 총괄담당관 및 전문기관의 장에게 통보하여야 한다.② 과제활용담당관은 다음 각 호의 사항을 관장한다.1. 전문기관에서 실시하는 과제선정, 단계, 최종, 특별평가 업무 등에 참여2. 수행단계별로 진도관리ㆍ성과평가 및 성과관리에 관한 검토3. 사업담당관의 업무수행에 필요한 자료의 제출 및 보고4. 개발된 기술의 성과활용 및 보급방안 강구 등③ 과제활용담당관은 전문기관의 장에게 관장업무 수행에 필요한 자료의 제출을 요구할 수 있다.

제8조(전문기관의 지정 등) ① 장관은 혁신법 시행령 제49조제1항에 따른 농림식품기술기획평가원을 농림축산식품부 연구개발사업의 전문기관으로 한다. 다만, 중앙행정기관 간 협업이 필요한 국가연구개발 사업을 추진하는 경우 혁신법 제22조제2항 각 호에 따른 기관을 전문기관으로 지정할 수 있다.② 장관은 전문기관이 혁신법 제22조 및 혁신법 시행령 제49조에 따라 업무를 수행하게 하고 그 전문기관을 지휘ㆍ감독하며 다음 각 호의 사항을 반영하여 전문기관의 대행 업무 수행에 대한 평가를 할 수 있다.1. 국가연구개발사업 및 연구개발성과 관리의 효율성2. 연구개발과제 기획의 전문성3. 대행 업무의 서비스 만족도③ 전문기관의 장은 연구개발사업의 원활한 추진을 위해 별도의 지침 및 기준이 필요할 경우 장관의 승인을 얻어 제정ㆍ시행하여야 한다.④ 장관은 전문기관에 대하여 업무 대행에 사용되는 비용을 예산의 범위에서 지원할 수 있다.

제8조의2(사업 평가ㆍ관리 운영예산) ① 장관은 예산의 범위 내에서 기획, 평가ㆍ관리 및 성과활용 촉진 등 사업의 기획ㆍ평가ㆍ관리업무 수행에 필요한 소요경비(이하 "기획평가관리비"라 한다)의 전부 또는 일부를 전문기관에 지급할 수 있다.② 전문기관의 장은 회계연도마다 기획평가관리비 편성안을 장관에게 제출하여야 하며, 장관은 이를 확정한 후 전문기관의 장에게 통보한다.③ 전문기관의 장은 회계연도 개시 후 사업 및 운영계획 등의 사유로 제2항에 따라 확정된 기획평가관리비의 인건비, 직접비(인건비 제외), 간접비 간 예산을 변경할 필요가 있을 때에는 변경된 기획평가관리비를 편성하여 장관의 승인을 받아야 한다. 다만, 승인을 받기 전 기관 운영경비 등 예산집행이 불가피한 것에 한하여 경비를 집행할 수 있다.④ 전문기관의 장은 기획평가관리비를 별도 계정으로 관리하여야 하며, 장관이 확정한 비목별 사용 용도에 맞게 사용하여야 한다.⑤ 전문기관의 장은 매년 기획평가관리비 사용실적을 해당 연도 종료 후 2개월 이내에 장관에게 제출하여야 한다.⑥ 전문기관의 장은 국고보조금 통합관리지침 제25조제1항에 따라 기획평가관리비는 원칙적으로 다음 회계연도에 이월하여 사용할 수 없다. 이 경우 기획평가관리비 정산 결과에 따라 기획평가관리비 정산 잔액을 국고에 납입 해야 한다. 다만, 같은 지침 제25조제2항 및 제3항에 따라 이월할 경우 해당연도 말까지 장관의 사전 승인을 거쳐야 하며 이월액은 다른 용도로 사용할 수 없다.

제9조(연구사업단 등) ① 장관은 소관 연구개발사업 중 다수의 연구개발과제가 서로 연관된 대규모 연구개발을 수행할 필요성이 있다고 판단하는 경우에는 연구사업단 또는 연구센터를 설치하거나 구성하여 추진할 수 있다. 이 경우 연구사업단 및 연구센터는 제10조에서 정한 주관연구개발기관이 되며, 연구사업단의 장 및 연구센터의 장은 주관연구책임자가 된다.② 장관은 제1항에 따른 연구개발사업을 효율적으로 추진하기 위해 별도로 정하는 기준에 따라 운영위원회 등 협의체를 구성ㆍ운영하도록 할 수 있다.

제10조(연구개발기관 등) ① 주관연구개발기관의 장은 다음 각 호의 사항을 관장한다.1. 연구개발과제 협약체결 및 수행에 대한 종합적인 책임2. 연구개발과제 수행에 필요한 연구인력, 시설 및 행정지원3. 연구개발과제 연차ㆍ단계 및 연구개발비 사용실적 보고4. 연구개발과제 중간 및 최종보고서의 제출5. 연구개발성과의 활용 및 활용결과 보고서 등 제출6. 기술료의 징수ㆍ사용ㆍ관리 및 결과의 보고, 전문기관에 기술료 납부7. 국가연구개발사업의 조사ㆍ분석ㆍ평가자료 제출8. 연구개발과제의 보안관리9. 연구윤리 준수② 주관연구개발기관의 장은 공동연구개발과제, 위탁연구개발과제 등에 발생하는 사항에 최종책임이 있으며 공동연구책임자, 위탁연구책임자 등에게서 위반사항 발생 시 장관 또는 전문기관의 장에게 제재처분 등을 요청하여야 한다.③ 주관연구책임자는 해당 분야에 대하여 연구경험과 연구능력을 갖춘 자로서 주관연구개발기관에 소속되어 재직 중인 자로 한정하며 다음 각 호의 사항을 관장한다.1. 연구개발계획서의 작성2. 연구개발내용 및 수행방법 결정3. 참여연구원의 선정4. 연구개발비의 사용ㆍ관리, 연구관리비의 배분 결정5. 연구개발과제의 조정ㆍ감독6. 참여연구원의 평가와 인센티브 배분7. 연구개발성과(공동연구개발기관 및 위탁연구개발기관에서 수행하는 연구개발성과를 포함한다)의 보고8. 그 밖에 연구개발과제 수행에 필요한 사항④ 주관ㆍ공동ㆍ위탁연구책임자는 각각 해당 주관ㆍ공동ㆍ위탁연구개발기관에 소속되어 재직 중이며, 해당 분야에 대하여 연구경험과 연구능력을 갖춘 자이어야 한다. 이 경우 정부출연연구기관의 기업지원연구직 연구원이 기업에 파견되어 상근으로 근무하는 경우에는 해당 기업에 소속되어 재직 중인 자로 본다.⑤ 연구개발기관의 장은 연구책임자가 연구기간 중 정년퇴임, 임기만료, 장기해외연수 등으로 인하여 연구수행에 지장을 초래하지 않도록 연구책임자 선정 시 이를 고려하여야 한다.⑥ 연구개발기관 및 연구자는 혁신법 제6조 및 제7조에서 규정한 책임과 역할을 성실히 이행하여야 한다.

제11조(예고 및 사전 기획ㆍ조사 등) ① 장관은 매년 농림축산식품 연구개발사업의 추진계획을 수립하고, 매년 1월 31일까지 연구개발과제의 연구개발비와 공모 일정 등을 예고하여야 한다. 다만, 「국회법」에 따라 전년도에 확정된 예산에 편성되지 않는 등 특별한 사정이 있는 경우에는 그렇지 아니하다.② 장관은 전문기관의 장으로 하여금 사전기획 또는 육성법 시행규칙 제5조에 따라 실시한 현장 수요조사 결과를 활용하여 연구개발과제를 기획ㆍ발굴하도록 할 수 있다.③ 장관은 연구개발사업을 신규로 추진하려는 경우에는 그 사업의 기술적ㆍ경제적 타당성 등에 대한 사전조사 또는 기획연구를 수행하여야 한다.④ 제1항에 따른 추진계획 등의 예고 절차, 제2항에 따른 사전기획 및 수요조사의 세부 내용과 제3항에 따른 사전조사 또는 기획연구 등의 세부 내용은 혁신법 시행령 등에서 별도로 정하는 바에 따른다.

제12조(공모 및 신청 등) ① 장관은 공모를 통해서 연구개발과제와 이를 수행하는 연구기관을 선정해야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지정 등 공모 외의 방법으로 연구개발과제(이하 "정책지정과제"라 한다)와 이를 수행하는 연구개발기관을 선정할 수 있다.1. 국가안보 또는 사회ㆍ경제에 중대한 영향을 미치는 연구개발과제인 경우2. 정부가 국제기구 또는 외국의 정부ㆍ기관ㆍ단체와 체결한 협정ㆍ조약 등에 따라 연구개발과제와 연구개발기관을 특정한 경우3. 법령에 따라 연구개발기관이 지정된 경우4. 재난ㆍ재해, 경제여건 악화 등 사회적ㆍ경제적으로 긴급한 상황에 대응하기 위하여 정책적으로 국가연구개발사업의 추진이 필요한 경우5. 연구개발과제를 수행할 수 있는 연구개발기관이 한정되어 공모를 진행할 실익이 없는 경우② 장관은 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 연구개발과제 및 연구개발기관을 공모를 통하여 선정하려는 경우에는 다음 각 호의 사항을 포함하여 30일 이상 통합정보시스템에 공고해야 한다. 다만, 중앙행정기관의 장이 해당 연구개발과제의 신속한 추진이 필요하다고 인정하는 경우에는 공고기간을 단축할 수 있다.1. 연구개발과제에 관한 다음 각 목의 사항가. 목적나. 지원 내용다. 지원 기간라. 혁신법 제21조제2항에 따라 보안과제로 분류되었는지 여부(해당 사항을 공고하는 것이 곤란한 경우에는 제외한다)2. 연구개발과제를 수행하려는 연구개발기관에 관한 다음 각 목의 사항가. 연구개발과제의 신청 자격나. 혁신법 제10조제2항에 따른 선정평가 기준 및 절차③ 제2항에 따라 공모하는 연구개발과제의 종류는 다음 각 호와 같이 구분한다.1. 지정공모과제 : 제11조에 따른 연구개발과제 기획결과 등을 반영하여 시급히 개발해야 할 필요가 있거나 활용도가 높을 것으로 예상되는 기술 등을 장관이 지정하여 공모하는 과제2. 자유응모과제 : 농림축산식품분야 관련 미래를 대비한 기술 개발 등을 목적으로 연구자가 자유로이 발굴하여 제안토록 공모하는 과제3. 기획지원과제 : 정책적으로 개발이 필요하거나 연구현장에서 개발이 필요한 기술을 연구자가 발굴하여 제안토록 공모하여 기획연구를 수행하도록 지원하는 과제④ 장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 제안요구서에 대하여 추가 또는 재공고를 할 수 있다. 다만, 재공고에도 불구하고 단독신청한 경우에는 선정평가를 거쳐 과제 수행여부를 결정할 수 있다.1. 공고 결과 신청자가 없거나 신청자가 1명 또는 1개 기관인 경우2. 해당 분야의 연구개발과제 선정평가 결과 선정된 연구개발과제가 없는 경우3. 그 밖에 효율적인 연구개발사업 수행을 위해 장관이 필요하다고 인정하는 경우⑤ 장관은 제2항에도 불구하고 다음 각 호에 해당하는 경우에는 공고에 대한 홍보 및 기간 등을 간소화할 수 있다.1. 제4항에 따라 재공고할 경우2. 그 밖에 장관이 인정하는 특별한 사유가 있는 경우⑥ 연구개발과제 공모에 참여하거나 수행하고자 하는 기관ㆍ단체ㆍ연구자는 별도로 정하는 연구개발계획서를 작성하여 장관에게 신청하여야 한다. 이 경우 장관은 전문기관으로 하여금 연구개발계획서를 접수하게 할 수 있다.⑦ 제6항에 따라 연구자가 동시에 수행할 수 있는 연구개발과제는 혁신법 시행령 제64조에 따라 최대 5개 이내로 하며, 그 중 연구책임자로서 동시에 수행할 수 있는 연구개발과제는 최대 3개 이내로 한다.⑧ 장관은 혁신법 시행령 제2조제3호에 따른 외국법인인 연구개발기관(연구개발과제협약에 따라 연구개발비를 부담하는 연구개발기관으로 한정한다)과 연구개발과제를 공동으로 수행하는 국내 연구개발기관의 연구자에 대해서는 제7항에도 불구하고 연구자가 동시에 수행할 수 있는 연구개발과제 수를 최대 6개로, 그 중 연구책임자로서 동시에 수행할 수 있는 연구개발과제 수를 최대 4개로 제한할 수 있다.⑨ 제1항 내지 제5항에 따른 공고의 세부 내용, 제6항에 따른 연구개발과제 신청방법ㆍ절차 및 신청서류, 연구개발계획서 작성 내용 및 서식, 제7항에 따른 연구개발과제 수의 제한에 관한 사항은 혁신법 및 같은 법 시행령에서 정한 것을 제외하고는 별도로 정하는 기준에 따른다.

제13조(연구개발과제 및 수행 연구개발기관의 선정) ① 장관은 제12조제6항에 따라 연구개발과제 수행을 신청한 기관ㆍ단체ㆍ연구자에 대하여 참여제한 여부 등 혁신법 시행령 제11조에서 정하는 사항에 대해 사전검토를 실시하여야 한다.② 장관은 제1항의 요건을 만족시키는 연구개발과제에 한하여 육성법 시행령 제9조 및 육성법 시행규칙 제2조제2항에 따라 다음 각 호의 사항에 관한 선정평가를 거쳐 연구개발과제와 이를 수행하는 연구개발기관을 선정하여야 한다. 이 경우 장관은 별표 1의 연구개발과제 선정시 가ㆍ감점 부여 및 적용 기준에 따라 연구개발기관 또는 연구책임자를 대상으로 가ㆍ감점을 부여할 수 있다.1. 연구개발과제의 창의성 및 수행 계획의 충실성2. 연구자 또는 소속 기관ㆍ단체의 연구개발 역량3. 연구개발과제의 학술적ㆍ기술적ㆍ사회적ㆍ경제적ㆍ지역적 파급효과 및 연구개발성과의 활용 가능성4. 해당 연구개발사업 추진계획과의 부합성5. 그 밖에 혁신법에서 정한 연구개발과제 선정평가에 관한 사항③ 육성법 시행규칙 제2조제2항에 따른 정책부합성평가는 연구개발사업 또는 연구개발과제를 대상으로 필요하다고 인정하는 경우 제6조의 사업담당관 또는 제7조에 따른 과제활용담당관이 공개발표 평가 이전에 실시한다. 다만, 부득이한 경우에는 공개발표와 동시에 실시할 수 있다.④ 장관은 육성법 시행규칙 제2조제2항 및 제3항에 따라 정책적 필요성, 사업의 특성, 사안의 시급성 등을 고려하여 서면평가 또는 공개발표평가 중 어느 하나를 생략할 수 있다.⑤ 장관은 제2항의 선정평가와 별도로 3천만원 이상의 연구시설ㆍ장비 구축계획을 신청한 연구개발과제의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 연구장비 심의평가단으로 하여금 그 계획의 타당성을 심사하도록 할 수 있다.1. 3천만원 이상 1억원 미만 : 전문기관의 장이 구성ㆍ운영하는 연구개발과제평가단2. 1억원 이상 : 과학기술정보통신부 장관이 별도로 정하는 국가연구시설ㆍ장비 심의위원회⑥ 장관은 제1항 내지 제5항의 평가결과, 예산규모, 농림축산식품 연구개발 정책방향 등을 종합하여 연구개발과제 및 수행 연구개발기관을 선정하고 이를 연구개발과제를 신청한 연구개발기관의 장에게 통보한다. 이 경우 장관은 평가결과 점수가 동일한 과제에 대해서는 공개발표평가 점수가 높은 과제를 우선적으로 선정할 수 있으며, 예산 등 제반사항을 고려하여 선정예비과제를 둘 수 있다.⑦ 장관은 제6항에도 불구하고 제12조에 따라 신청한 연구개발과제의 연구개발계획서(공고에서 정한 신청서류를 포함한다)에 허위 기재가 있거나 위조ㆍ변조된 사실이 확인된 경우에는 해당 연구개발과제의 선정을 취소할 수 있다.⑧ 장관은 제1항에 따른 사전검토, 제2항 내지 제3항에 따른 선정평가 및 제5항제1호에 따른 연구장비 심사평가, 제6항 및 제7항에 따른 연구개발과제의 선정 및 취소 통보에 관한 업무를 전문기관으로 하여금 대행하도록 할 수 있다. 이 경우 연구개발사업별 사전검토 등의 범위, 선정평가기준, 선정절차 및 선정방법 등이 필요한 경우에는 장관의 승인을 받아 별도로 정한다.

제14조(연구개발계획서의 보완 및 제출) ① 장관은 제13조제2항에 따라 선정된 연구개발기관의 장에게 평가의견을 반영하여 20일 이내로 기간을 정하여 연구개발계획서를 보완할 것을 요청할 수 있다. 이 경우 그 요청을 받은 연구개발기관의 장은 정당한 사유가 없으면 그 기간 내에 보완된 연구개발계획서를 전문기관의 장에게 제출하여야 한다.② 전문기관의 장은 제1항에 따라 제출받은 연구개발계획서를 과제조정위원회 등을 통해 검토하고 보완이 완료된 연구개발과제에 대해 제15조에 따라 연구개발기관의 장과 협약을 체결하여야 한다. 이 경우 과제조정위원회의 구성 및 운영에 관한 사항은 전문기관의 장이 장관의 승인을 받아 별도로 정한다.③ 제12조제1항 단서에 따른 정책지정과제를 선정한 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 주관연구개발기관의 장으로 하여금 보완된 연구개발계획서를 장관에게 직접 제출하게 할 수 있다. 이 경우 연구책임자는 제6조의 사업담당관과 사전에 그 구성내용에 대해 협의하여야 한다.

제15조(협약의 체결) ① 전문기관의 장은 육성법 시행령 제10조 및 제18조제4항에 따라 특별한 사정이 없는 한 연구개발과제 선정을 통보한 날로부터 30일 이내에 연구개발기관의 장과 협약을 체결하여야 한다. 이 경우 협약의 기간은 해당 연구개발과제의 전체 연구개발기간으로 한다.② 제1항에 따른 협약에는 다음 각 호의 사항을 포함한다.1. 육성법 시행령 제10조제3항에서 정하는 사항2. 혁신법 제11조제1항 및 같은 법 시행령에서 정하는 사항3. 그 밖에 연구개발과제의 수행에 필요한 사항으로서 이 규정에서 정하는 사항③ 제1항 및 제2항에 따라 협약을 체결하고자 하는 경우 주관연구개발기관의 장은 다음 각 호의 해당하는 서류를 제출하여야 한다.1. 연구개발과제 협약서2. 연구개발계획서3. 연구개발비집행계획서(2개 이상의 연구개발과제가 연관되어 추진되는 경우)4. 정부지원연구개발비청구서5. 그 밖에 해당 연구개발사업의 규정 및 공고에서 정하는 사항④ (삭제)⑤ (삭제)⑥ (삭제)⑦ 장관은 주관연구개발기관의 장이 정당한 사유 없이 선정 통보일로부터 30일 이내에 협약을 체결하지 않는 경우 해당과제의 선정을 취소할 수 있다.⑧ 전문기관의 장은 제3항에 따라 제출된 협약관련 서류에 대하여 주관연구개발기관의 장에게 수정ㆍ보완을 요청할 수 있다.⑨ 전문기관의 장은 연구개발과제 협약결과를 종합하여 장관에게 보고하여야 한다.⑩ 전문기관의 장은 연구개발과제를 효율적으로 관리하기 위해 과제별 고유번호를 부여하여야 한다.

제16조(협약의 변경) ① 장관은 다음 각 호에 해당하는 사유가 발생할 경우 전문기관의 장에게 협약의 내용을 검토하고 변경하게 할 수 있다. 다만, 제28조제1항 각호에 해당하는 사유가 발생한 경우에 특별평가를 실시하여 협약을 변경할 수 있으며, 제12조제1항 단서에 따른 정책지정과제의 경우는 주관연구개발기관, 최종목표, 주관연구책임자의 변경을 위해 장관의 승인을 얻어야 한다.1. 장관 또는 전문기관의 장이 협약의 내용을 변경할 필요가 있다고 인정하는 경우2. 연구개발기관의 장이 연구개발기관(주관연구개발기관ㆍ공동연구개발기관ㆍ위탁연구개발기관)ㆍ연구책임자ㆍ연구기간ㆍ연구목표ㆍ참여기업ㆍ연구개발비 변경 또는 연구개발기관의 명칭 등의 변경을 사유로 협약내용의 변경을 요청하는 경우3. 다년도 협약을 체결한 연구개발과제의 경우 정부의 예산사정, 해당 연구개발과제의 단계평가 결과 등에 따라 협약내용을 변경할 필요가 있는 경우② 주관연구개발기관의 장은 제1항제2호에 따라 협약변경이 필요한 경우 전문기관의 장이 별도로 정한 서식에 따라 협약변경 신청서와 관련서류를 구비하여 협약변경 사유 발생일로부터 15일 이내에 전문기관의 장에게 제출하여야 한다. 다만, 제1항 단서에 해당하는 경우는 해당 서류를 장관에게 직접 제출할 수 있다.③ 전문기관의 장은 제2항에 따라 협약변경을 요청받은 경우 접수일로부터 15일 이내에 검토결과를 주관연구개발기관의 장에게 통보하여야 하고, 그 결과를 취합하여 매분기말 기준 다음달 15일까지 장관에게 보고하여야 한다. 이 경우 주관연구개발기관의 장은 통보 받은 협약변경내용을 즉시 이행하여야 한다.④ 주관연구개발기관의 장은 혁신법 제11조제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 협약변경사항을 전문기관의 장에게 자체 승인한 날로부터 30일 이내에 통보하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 변경사항을 통합정보시스템에 등록한 경우 이를 통보한 것으로 갈음할 수 있다.1. 연구개발과제의 추진 방법의 변경2. 연구개발과제를 수행하는 연구자(연구책임자는 제외한다)의 변경3. 연구개발비 사용에 대한 개괄적인 계획의 변경(간접비 및 연구수당을 늘리는 사항은 제외한다)4. 연구개발기관의 연락처, 연구지원을 전담하는 인력(이하 "연구지원인력"이라 한다)의 변경 등 연구개발과제 수행에 영향을 주지 않는 변경5. 연구개발기관의 장이 효율적이고 쉬운 연구개발과제의 수행을 위하여 중앙행정기관의 장과 연구개발과제협약으로 별도로 정한 사항6. 장관이 법 제12조제3항 또는 법 제15조제1항에 따라 연구개발과제를 변경하게 되어 연구개발과제협약의 변경이 필요한 사항⑤ 제2항 및 제4항에 따른 주관연구개발기관의 해당 사유별 협약변경 절차와 방법 및 협약변경 신청 또는 통보시 구비서류는 별표 4에서 정한 기준에 따른다.

제17조(협약의 해약) ① 장관은 다음 각 호에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 협약이 정하는 바에 따라 전문기관의 장에게 해당 연구개발과제 협약을 해약하게 할 수 있다.1. 혁신법 제12조제3항 및 이 규정 제18조에서 정한 단계평가 결과에 따라 연구개발과제가 중단되는 경우2. 혁신법 제15조제1항 및 이 규정 제28조에서 정한 특별평가 결과에 따라 연구개발과제가 중단되는 경우② 주관연구개발기관의 장은 제1항에 따라 협약이 해약된 경우 연구개발비의 사용내역과 연구수행결과를 협약 해약된 날로부터 3개월 이내에 전문기관의 장에게 보고하여야 한다.③ 제1항에 따라 협약이 해약되어 혁신법 제24조제3항제1호에 따라 해당 연구개발과제를 통해 취득한 연구시설ㆍ장비의 활용 목적이 상실된 경우, 전문기관의 장은 해당 시설ㆍ장비를 재배치하도록 주관연구개발기관에 요청할 수 있다.④ 제2항에 따른 연구개발비 정산ㆍ회수에 관하여는 혁신법 제13조 및 혁신법 시행령 제26조의 규정을 따른다.

제18조(연구개발과제의 수행 및 관리) ① 연구개발과제의 전체 연구개발기간은 10년을 초과할 수 없으며, 연구개발기관과 연구개발과제에 참여하는 연구자는 연구개발기간을 여러 단계로 구분하여 연구개발을 수행할 수 있다. 이 경우 장관은 연구개발사업 특성상 필요하다고 인정하는 경우 별도로 정하는 기준 또는 해당 연구개발과제의 공고에서 정하는 바에 따라 단계를 구분하여 연구자로 하여금 연구개발과제를 신청하도록 할 수 있다.② 장관은 전문기관의 장으로 하여금 연구개발과제의 수행과정에서 다음 각 호의 사항에 대하여 단계평가(연구개발과제의 각 단계가 끝나는 때에 실시하는 평가를 말한다. 이하 같다) 및 최종평가(연구개발기간이 끝나는 때에 실시하는 평가를 말한다. 이하 같다)를 실시하도록 할 수 있다.1. 연구개발과제의 수행 내용 및 과정2. 연구개발과제의 수행 결과 및 목표 달성 정도3. 연구개발성과 및 관련 분야에 대한 기여4. 연구개발성과의 관리 및 활용 계획5. 향후 연구개발과제 수행계획(이 경우 최종평가 시에는 제외한다)③ 장관은 제2항에 따른 평가결과를 다음 각 호와 같이 분류하되, 연구개발과제의 수행과정이 부적절하고 연구개발성과가 계획 대비 매우 미흡한 경우 제4호로 분류한다.1. 우수2. 보통3. 미흡4. 극히 불량④ 장관은 제3항에 따른 단계평가 결과 별도로 정하는 기준을 충족하여 계속수행이 필요하다고 평가된 연구개발과제의 경우에는 연구개발기관에 그 결과를 통보하고 연구개발기관의 장으로 하여금 해당 연구개발과제를 보완ㆍ변경하거나 연구개발비를 감액ㆍ증액하도록 할 수 있다. 다만, 제3항제4호에 해당하는 경우에는 제17조에 따른 협약 해약 및 연구개발비 정산 등을 실시하고 제46조에 따른 위반사항 제재 등의 조치를 취할 수 있다.⑤ 장관은 제3항에 따른 최종평가 결과 별도로 정하는 기준을 충족하여 후속지원이 필요하다고 평가된 연구개발과제의 경우에는 후속 연구개발과제로의 연계 등 추가 지원을 할 수 있다. 다만, 제3항제4호에 해당하는 경우에는 제46조에 따른 위반사항 제재 등의 조치를 취할 수 있다.⑥ 제4항에 따른 단계평가 결과의 통보, 연구개발계획서의 보완 등은 이 규정 제14조에서 정하는 바에 따른다. 이 경우 제16조에 따라 협약당사자간 협약변경이 이루어진 것으로 본다.⑦ 제5항에 따른 최종평가 결과에 따라 후속 연구개발과제를 지원하는 경우에는 제12조 및 제13조에서 정한 연구개발과제 공모 및 선정과정을 이루어진 것으로 본다. 다만, 보완된 연구개발계획서의 제출, 협약체결 등에 관한 사항은 제14조 및 제15조를 따른다.⑧ 장관은 전문기관으로 하여금 연구개발과제 중 장기간에 걸쳐 추진할 필요가 있다고 인정되는 연구개발과제에 대하여 그 연구개발과제와 관련된 국내외 특허 동향, 기술 동향, 표준화 동향, 표준특허 동향(표준화 동향 및 표준특허 동향은 연구개발성과와 표준화 및 표준특허를 연계할 필요가 있는 경우만 해당한다) 및 사업화 가능성 등을 조사하여 그 단계평가에 반영하도록 할 수 있다.⑨ 그 밖에 제1항 내지 제5항에 따른 단계평가 및 최종평가에 관한 평가기준, 평가방법 및 절차, 평가결과 분류 등에 관한 사항과 제7항에 따른 후속 연구개발과제 지원기준, 연구개발계획서의 제출 및 협약 등에 관한 세부적인 사항은 전문기관의 장이 장관의 승인을 받아 별도로 정한다.

제19조(보고서의 제출) ① 주관연구개발기관과 주관연구책임자는 다음 각 호의 사항을 포함하여 해당연도의 연구개발과제 수행에 대한 보고서(이하 "연차보고서"라 한다)를 매년 12월 31일까지 전문기관의 장에게 제출하여야 한다. 다만, 매년 6월 30일 이후에 협약이 체결된 연구개발과제에 대해서는 그 다음 연도 연차보고서로 제출하게 할 수 있다.1. 연구개발과제의 수행 내용 및 결과2. 향후 연구개발계획② 주관연구개발기관과 주관연구책임자는 다음 각 호의 사항을 포함하는 단계보고서(해당 단계의 연구개발과제 수행에 대한 보고서를 말한다)를 연구개발과제의 각 단계 종료일 45일 전까지 평가용 보고서를 제출하고, 단계가 끝난 날까지 평가 결과를 반영하여 수정ㆍ보완이 완료된 보고서를 전문기관의 장에게 제출하여야 한다. 이 경우 해당 연도의 연차보고서는 제출된 것으로 본다.1. 연구개발과제의 개요2. 연구개발과제의 수행 내용 및 과정3. 연구개발과제의 수행 결과 및 목표 달성 수준4. 연구개발성과 및 관련 분야에 대한 기여5. 연구개발성과의 관리 및 활용계획6. 향후 연구개발계획③ 주관연구개발기관과 주관연구책임자는 다음 각 호의 사항을 포함하는 최종보고서(전체 연구개발기간의 연구개발과제 수행에 대한 보고서를 말한다. 이하 같다)를 협약종료일 후 60일까지 전문기관의 장에게 제출하여야 한다. 이 경우 해당연도의 연차보고서는 제출된 것으로 본다.1. 연구개발과제의 개요2. 연구개발과제의 수행 내용 및 과정3. 연구개발과제의 수행 결과 및 목표 달성 수준4. 연구개발성과 및 관련 분야에 대한 기여5. 연구개발성과의 관리 및 활용계획④ 주관연구개발기관의 장 및 주관연구책임자는 제18조제2항 및 제18조제3항에 따른 최종평가의 결과를 반영하여 제3항에 따라 제출한 최종보고서를 보완하여야 하며, 최종평가의 결과를 통보받은 날부터 30일 이내에 전문기관의 장에게 제출하여야 한다.⑤ 주관연구개발기관과 주관연구책임자는 연구개발성과에 대한 정보 및 활용실적, 과학적ㆍ기술적ㆍ경제적 파급효과 등을 포함한 연구개발성과의 활용에 대한 보고서(이하 "성과활용보고서"라 한다)를 연구개발기간이 종료된 이후 협약이 정하는 바에 따라 전문기관의 장에게 제출하여야 한다.⑥ 장관 및 전문기관의 장은 연구개발기관 및 연구책임자에게 연구개발과제와 관련된 보고 또는 자료의 제출을 요구할 수 있다. 이 경우 제1항 내지 제5항에 따라 주관연구개발기관 및 주관연구책임자가 전문기관의 장에게 제출한 각종 연구개발보고서는 장관에게 제출한 것으로 본다.⑦ 제1항 내지 제5항에 따른 각종 보고서의 표준 서식은 혁신법 시행령 제18조제6항에 따른다.

제20조(연구개발비의 지원 및 부담 등) ① 연구개발과제의 연구개발비는 정부가 지원하는 연구개발비와 연구개발기관이 별표 2에 따라 부담하는 연구개발비를 포함하여 산정한다. 다만, 장관이 필요하다고 인정하는 연구개발사업 또는 연구개발과제의 경우 장관과 과학기술정보통신부장관이 협의하여 별도의 기준을 정할 수 있으며 사회ㆍ경제적 위기 상황으로 긴급을 요하는 때에는 변경 후 지체없이 과학기술정보통신부장관에게 통보하여야 한다.② 연구개발비는 다음 각 호의 비용으로 구성하며, 그 사용용도 및 계상기준은 각각 별표 3의 연구개발비 사용용도 및 혁신법 제13조제4항에 따른 국가연구개발사업 연구개발비 사용기준을 따른다.1. 직접비 : 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 있는 비용2. 간접비 : 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 공통적으로 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 없는 비용③ 연구개발기관의 장은 연구개발과제의 연구개발기간(단계로 구분한 경우 해당 단계를 말함) 동안 정부지원금 이자를 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도로 사용하여야 한다. 다만, 연구개발기간이 종료된 이후에 발생한 이자는 제4호 또는 제5호에 따른 용도로 사용해야 한다.1. 해당 연구개발과제의 연구개발비에 산입2. 연구개발에 재투자3. 연구개발성과의 창출 지원, 보호 및 활용 역량의 강화4. 국고에 납입5. 그 밖에 장관의 승인을 받은 용도④ 장관은 매년 연구개발사업에 소요되는 연구개발비(제1항에 따른 정부가 연구개발기관에 지원하는 연구개발비와 제6조 및 제8조에 따라 전문기관에 지원하는 사업관리비를 포함한다)를 전문기관의 장에게 일시불 또는 분할하여 지급할 수 있다.⑤ 전문기관의 장은 협약에서 정하는 바에 따라 혁신법 제20조에 따른 통합정보시스템(이 경우 연구비통합관리시스템을 말한다)을 통하여 연구개발기관의 장에게 일시불 또는 분할하여 제1항에 따른 정부가 지원하는 연구개발비를 지급하여야 한다.⑥ 전문기관의 장은 다음 연도 2월말까지 사업담당관에게 해당 연구개발사업의 연구개발비(사업관리비, 이자를 포함한다) 사용내역을 보고하여야 한다.⑦ 각 사업담당관은 제6항에 따라 전문기관의 장이 보고한 사항을 검토하고 그 인정액을 확정하여 전문기관의 장에게 통보하여야 한다.⑧ 전문기관의 장은 제7항에 따라 사업담당관이 확정하여 통보한 연구개발비(사업관리비를 포함한다) 및 발생이자 인정액을 제외한 연구개발비 잔액과 발생이자 잔액을 농림축산식품부의 세입징수 결정을 받아 국고에 납입하여야 한다.⑨ 그 밖에 연구개발비의 지원과 부담에 관한 사항은 혁신법 시행령 제19조를 따른다.

제21조(연구개발비의 관리 및 사용) ① 연구개발기관의 장은 제20조에 따라 지급받은 연구개발비를 혁신법 제20조에 따른 통합정보시스템(이 경우 연구비통합관리시스템을 말한다)을 통하여 사용ㆍ관리하여야 한다.② 연구개발기관의 장은 통합정보시스템에서 연구개발과제마다 별도의 계정을 생성하여 그 계정과 연결된 신용카드 또는 직불카드(이하 "연구개발비카드"라 한다)를 발급받아 사용ㆍ관리하여야 한다.③ 연구개발기관의 장은 연구개발비를 지출하는 경우 연구개발비카드를 사용하거나 계좌이체의 형태로 연구개발비를 지출해야 한다. 다만, 연구개발비카드의 사용 또는 계좌이체가 불가능한 경우에는 현금을 사용할 수 있다.④ 연구개발기관의 장은 연구개발비를 지출하는 경우 그 근거가 되는 증명자료를 갖추어야 한다. 다만, 연구개발기관의 장이 통합정보시스템에 증명자료를 등록한 경우(연구개발비 지출의 근거로 활용할 수 없는 자료를 등록한 경우는 제외한다)에는 해당 증명자료를 갖춘 것으로 본다.⑤ 연구개발기관의 장은 연구개발비를 별표 3의 연구개발비 사용용도 및 혁신법 제13조제4항에 따른 국가연구개발사업 연구개발비 사용기준에 따라 사용하여야 한다. 이 경우 관세, 부가가치세 등 사후환급이나 공제 받을 금액은 연구개발비 사용액에서 제외한다.⑥ 연구개발기관의 장은 국가연구개발사업 연구개발비 사용기준 제73조제1항 각 호의 경우에 한하여 연구개발계획서상의 연구개발비 변경이 필요한 경우에는 전문기관의 장에게 사전 승인을 받아야 한다. 이 경우 연구개발비 변경의 방법 및 절차는 제16조에서 정한 바에 따른다.⑦ 연구개발기관의 장은 해당 단계에 발생한 사용잔액을 다음 단계 연구개발비로 이월하여 사용하고자 하는 경우에는 별표 6의 비목별 연구개발비 이월사용기준에 따른다. 이때 사용잔액을 다음 단계로 이월하고자 하는 경우에는 전문기관의 장에게 이월하고자 하는 사유와 내용을 명시한 이월신청서를 단계종료 15일 전까지 제출하여 사전승인을 받아야 한다.⑧ 연구개발기관의 장은 제6항 단서에 따라 다음 단계로 이월하지 않은 정부지원 연구개발비 지분에 해당하는 사용잔액 및 사용하지 아니한 정부지원금 이자는 단계종료 후 전문기관의 장에게 반납하여야 한다. 이 경우 정부지원금 이자 산출기준 등은 혁신법 제13조제4항에 따른 국가연구개발사업 연구개발비 사용기준에 따른다.⑨ 장관은 전문기관의 장으로 하여금 연구개발비의 사용내역을 통합정보시스템(이 경우 연구비통합관리시스템을 말한다)을 통해 상시 점검하도록 할 수 있으며 전문기관의 장은 연구개발기관의 장에게 연구개발비 사용내역에 대한 증명자료의 제출을 요구하되 불응 시 해당 연구개발비를 회수할 수 있다.⑩ 연구개발기관의 장은 관계부처 및 전문기관 등이 지식재산 관리, 연구개발비의 집행 등 연구 및 연구지원 역량 강화에 관한 교육을 실시하는 경우 연구책임자, 참여연구원 및 연구지원 인력 등이 참여할 수 있도록 지원하여야 한다.⑪ 통합정보시스템(이 경우 연구비통합관리시스템을 말한다)을 적용받는 사업 및 과제의 연구개발기관의 장은 연구개발비 사용 후 5일 이내에 해당하는 연구개발비 사용내역 등을 각각 통합정보시스템(이 경우 연구비통합관리시스템을 말한다)에 입력하거나 연구개발비를 사용할 내역 등을 입력한 후 사용하여야 한다.⑫ 그 밖에 연구개발비의 사용 및 관리에 관한 사항은 혁신법 제13조 및 혁신법 시행령 제20조 내지 제24조를 따른다.

제22조(연구개발비의 사용내역 보고 및 정산 등) ① 연구개발기관의 장은 혁신법 제13조제6항에 따라 연구개발과제별, 연도별 연구개발비 사용내역을 연도별 연구개발기간 종료 후 1개월 이내에 전문기관의 장에게 보고하여야 한다. 이 경우 연구개발기관의 장은 통합정보시스템을 통하여 연구개발비 사용내역을 등록하는 방법으로 보고할 수 있다.② <삭제>③ 연구개발기관의 장은 혁신법 제13조제7항에 따른 정산을 실시하기 위해 연구개발과제의 각 단계가 끝나는 날부터 3개월 이내에 해당 단계의 연구개발비 사용실적보고서를 전문기관의 장에게 제출하여야 한다.④ 전문기관의 장은 연구개발비 사용실적보고서 제출일로부터 3개월 이내에 연구개발비 사용실적보고서에 적힌 사용용도와 사용실적이 별표 3의 연구개발비 사용용도와 혁신법 제13조제4항에 따른 국가연구개발사업 연구개발비 사용기준에 적합한지 여부를 검토하는 방법으로 연구개발비 정산을 실시하여야 한다.⑤ 장관은 전문적인 정산 검증을 위해 전문기관의 장이 외부 회계기관의 장에게 의뢰하도록 할 수 있다. 이 경우 정산 검증에 필요한 비용은 연구개발기관이 해당 연구개발과제에서 부담하여야 하며, 외부 회계기관이 정산 검증을 위해 연구개발기관에 연구개발비 사용실적보고서 및 이에 관한 증명자료 제출을 요청하는 경우 협조하여야 한다.⑥ <삭제>⑦ 전문기관의 장은 혁신법 시행령 제26조제3항에 해당하는 연구개발과제의 경우 그 연구개발비 사용실적보고서의 제출 여부를 확인하는 방법으로 정산을 실시할 수 있다. 다만 제23조제1항에 따른 정밀검토 대상과제는 제외 한다.⑧ 전문기관의 장은 제4항에 따른 연구개발비 정산결과를 연구개발기관의 장에게 통보하고, 연구개발기관의 장은 통보받은 날로부터 30일 이내에 정부지원연구개발비 중 다음 각 호의 회수금을 전문기관의 장에게 반납하여야 한다.1. 직접비 사용 잔액(혁신법 시행령 제20조제4항제1호 또는 제2호에 따른 사용 기준이 적용되는 학생인건비 또는 연구시설ㆍ장비비는 제외한다)2. 제4항에 따른 정산 결과 사용용도와 사용기준을 위반하여 연구개발기관이 연구개발비를 사용한 경우에는 위반하여 사용한 연구개발비 전액3. 직접비 집행비율이 100분의 50 이하인 연구개발과제의 간접비 집행비율이 직접비 집행비율을 초과한 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액4. 혁신법 제11조제4항 및 이 규정 제17조에 따라 연구개발과제협약이 해약된 경우에는 간접비 사용잔액5. 연구개발기관이 혁신법 시행령 제19조제1항제1호, 제2호 또는 제4호에 해당하는 경우에는 간접비 사용잔액6. 기관부담연구개발비 중 연구개발기관이 실제 부담하지 않은 금액에 상응하는 금액으로서 과학기술정보통신부장관이 정하여 고시하는 금액⑨ 연구개발기관의 장은 제8항에 따라 통보받은 정산결과에 이의가 있는 경우 1개월 이내에 전문기관의 장에게 재검토를 요청할 수 있다. 이 경우 이의신청은 1회에 한한다.⑩ 전문기관의 장은 제9항에 따른 재검토 요청사항을 심의하기 위해 정산실무위원회를 구성ㆍ운영하여야 한다. 이 경우 정산실무위원회의 구성 및 운영에 대한 사항은 전문기관의 장이 장관의 승인을 받아 별도로 정한다.⑪ 전문기관의 장은 제10항에 따른 이의신청 검토결과를 연구개발기관의 장에게 통보하여야 한다. 이 경우 회수 금액의 반납에 관한 사항은 제8항을 따른다.⑫ 전문기관의 장은 매분기 연구개발비 집행액, 사용잔액과 회수금을 구분하여 매분기말 기준 다음 달 말까지 회수금 적립실적 및 연구개발비 정산현황을 종합하여 장관에게 보고하여야 한다.⑬ 이 규정에서 전문기관의 장이 실시한 연구개발비 정산, 정산결과 통보 및 연구개발비 회수, 이의신청의 처리 등은 장관이 실시한 것으로 보며, 그 밖에 연구개발비 정산기준, 정산방법 등에 관한 세부지침은 장관의 승인을 받아 별도로 정한다.

제23조(정밀검토 등) ① 장관은 특정 연구개발과제가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 전문기관의 장으로 하여금 연구개발비 사용ㆍ관리 및 연구개발비 정산에 대하여 정밀검토를 하도록 할 수 있다. 이 경우 전문기관의 장은 현지조사를 실시하거나 증명서류 일체를 제출받아 서류조사를 실시할 수 있다.1. 단계평가 결과가 "중단"으로 평가된 과제2. 최종평가 결과가 "극히 불량"으로 평가된 과제3. 제재처분 검토 대상과제4. 그 밖에 장관 또는 전문기관의 장이 연구개발비 사용용도와 사용기준 위반이 의심되어 필요하다고 인정하는 과제② 전문기관의 장은 제1항에 따른 정밀검토 결과 별표 3의 연구개발비 사용용도 및 혁신법 제13조제4항에 따른 국가연구개발 연구개발비 사용기준을 위반한 경우 연구개발기관에 회수금을 통보하고 회수 및 환수할 수 있다.③ 전문기관의 장은 연구개발과제 수행에 지장을 주지 아니하는 범위 내에서 연구개발비 정산 실시 전에 연구비통합관리시스템을 통하여 연구개발비의 사용 내역을 점검하고, 그 결과 연구개발비 사용용도나 사용기준을 위반할 소지가 있다고 판단되는 사용 내역에 대하여는 연구개발기관의 장에게 확인을 요구할 수 있다.④ 전문기관의 장은 제1항 및 제3항, 제22조제4항에 따라 연구개발비의 사용 내역을 점검하는 경우에 정보ㆍ자료의 추가ㆍ보완ㆍ정정을 요구할 수 있다. 다만, 적법한 전자문서 및 전자화문서가 제출된 경우 출력은 요구할 수 없다.⑤ 전문기관의 장은 통합정보시스템에 연구개발비 사용내역을 입력하지 아니하는 경우 연구개발기관의 장에게 확인을 요구할 수 있으며, 사용내역이 입력되지 않은 것이 확인된 경우 연구개발기관의 장은 연구개발비 사용내역을 조속히 입력할 수 있도록 조치하여야 한다.

제24조(연구개발비 회수 등) ① 장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 전문기관의 장으로 하여금 연구개발기관으로부터 정부지원 연구개발비 지분에 해당하는 연구개발비 회수대상금액(이하 이 조에서 "연구개발비 회수금"이라 한다)을 회수하여야 한다.1. 제21조제7항에 따른 정부지원 연구개발비 지분에 해당하는 연구개발비 사용잔액 및 이자2. 제22조제8항 내지 제11항 및 제23조에 따른 정부지원 연구개발비 지분에 해당하는 연구개발비 회수금② 연구개발기관의 장은 제1항에 따른 반납내역을 확인하고, 연구개발비 회수금을 연구비통합관리시스템을 통해 납부하여야 한다.③ 장관은 전문기관의 장이 연구개발비 회수금을 주관연구개발기관의 장에게 통보하였음에도 불구하고 주관연구개발기관 및 공동ㆍ위탁연구개발기관의 장이 통보받은 날로부터 정당한 사유 없이 30일 이내에 해당 금액을 반납하지 아니할 경우 납입기한이 지난 후 15일 이내에 독촉장을 발송하고 독촉 기한 10일 이내에도 반납하지 않은 경우 혁신법 시행령에서 정하는 바에 따라 제재처분 등을 취할 수 있다.④ 전문기관의 장은 연구개발기관의 부도, 폐업, 파산 또는 이에 준하는 상황이 발생하여 제22조에 따른 연구개발비 사용실적보고서 제출, 연구개발비 정산 및 연구개발비 회수금의 반납이 불가능하다고 판단되는 경우 장관에게 증명자료를 구비하여 그 내용을 보고하고 연구개발비 정산 및 회수 등을 종료할 수 있다.⑤ 연구개발기관의 장은 부도ㆍ폐업ㆍ파산 또는 이에 준하는 경영 악화에 처하거나 재난, 재해, 그 밖에 경제적ㆍ사회적으로 중대한 사유가 발생하여 회수 금액을 제때 납부하기 곤란한 경우에는 2년의 범위에서 기한을 연장하거나 분할하여 납부할 수 있도록 전문기관의 장에게 신청할 수 있다.⑥ 전문기관의 장은 제5항에 따른 신청에 대해 2년의 범위에서 연구개발비 회수금의 반납기한을 연장하거나 분할하여 납부하도록 할 수 있다. 이 경우 전문기관의 장은 반납기한의 연장을 검토하는 데 필요한 경우에 실태조사를 실시할 수 있다.⑦ 전문기관의 장은 제6항에 따라 반납기한 연장 등을 승인한 경우에는 해당 사유와 연장기간ㆍ금액 및 분할방식ㆍ금액 등의 내용을 제22조제12항에 따른 보고내용에 포함하여 장관에게 보고하여야 한다.⑧ 전문기관의 장은 제22조에 따른 연구개발비 정산 및 제1항에 따른 연구개발비 회수가 완료된 과제에 대해 연구개발비 회수금 및 운영이자 등 연구개발비 집행잔액 종합관리계좌의 적립금액을 장관에게 반기별로 반납하여야 한다. 이 경우 전문기관의 장은 연구개발비 반납과 관련되는 일체의 자료를 5년간 보존하여야 한다.⑨ 그 밖에 연구개발비 회수금 징수, 연구개발비 국고반납 등에 관한 세부지침은 장관의 승인을 받아 별도로 정한다.

제25조(과오납금의 처리) ① 연구개발기관의 장은 회수금을 초과하여 반납함으로써 과오납금이 발생한 경우 전문기관의 장에게 해당 과오납금의 반환을 요청할 수 있다.② 전문기관의 장은 과오납금이 발생한 것을 확인하였거나 제1항에 따른 연구개발기관의 장의 요청이 있는 경우 이를 검토하여 해당 금액을 반환하여야 한다.

제26조(평가단의 구성ㆍ운영) ① 장관은 선정평가, 단계평가, 최종평가, 특별평가를 실시하는 때에는 전문기관의 장에게 육성법 시행령 제9조제1항 및 혁신법 시행령 제27조에 따른 연구개발과제평가단(이하 "평가단"이라 한다)을 구성하여 평가를 하도록 하여야 한다. 다만, 연구개발과제가 보안과제로 분류되는 등 국가안보를 위해 필요한 경우에는 평가단을 구성하지 아니할 수 있으며, 제12조제1항 단서에 따른 정책지정과제의 경우 장관이 별도의 평가단을 구성하여 운영할 수 있다.② 장관은 제1항에 따른 평가단을 구성하고자 할 경우에는 평가 때 마다 별도의 평가단을 구성하여야 한다.③ 장관은 평가단의 평가 결과를 심의하기 위하여 연구개발사업별로 심의위원회를 구성하고, 별표 10에서 정하는 바에 따라 심의위원회의 심의를 거쳐 평가단의 평가 결과를 확정하여야 한다. 다만, 장관이 심의위원회의 심의를 거칠 필요가 없다고 인정한 경우에는 그러하지 아니하다.④ 제1항 내지 제3항에 따른 평가단 및 연구개발과제평가후보단의 구성ㆍ운영 및 심의위원회의 심의서 등에 관한 세부적인 사항은 전문기관의 장이 장관의 승인을 받아 별도로 정한다.

제27조(평가결과 이의신청 등) ① 전문기관의 장은 선정평가, 단계평가, 최종평가 및 특별평가 결과를 장관에게 보고하며 장관은 확정결과를 전문기관의 장에게 통보한다. 전문기관의 장은 확정된 평가결과를 연구개발기관 및 연구책임자에게 통보하여야 한다.② 제1항에 따라 평가결과를 통보받은 자는 통보를 받은 날부터 10일 이내에 장관에게 이의신청을 할 수 있다. 이 경우 이의신청은 다음 각 호의 사항을 기재한 문서로 하여야 한다.1. 신청인의 성명 또는 명칭 및 주소2. 평가결과를 통지받은 날 및 통지된 내용3. 이의신청의 요지 및 이유③ 장관은 제2항에 따른 이의신청을 받은 날부터 30일 이내에 관계자의 의견을 듣고 필요한 조치를 하여야 하며, 그 결과를 이의신청을 한 자에게 즉시 통지하여야 한다.④ 제1항에 따른 평가결과의 통보, 제2항 및 제3항에 따른 이의신청 서식 및 이의신청의 처리방법ㆍ처리절차에 관한 세부 사항은 전문기관의 장이 장관의 승인을 받아 별도로 정한다.

제28조(특별평가의 실시) ① 장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 연구개발과제의 변경 및 중단 여부를 결정하기 위한 평가(이하 "특별평가"라 한다)를 거쳐 해당 연구개발과제의 연구개발 목표, 연구책임자 등을 변경하거나 해당 연구개발과제를 중단할 수 있다. 이 경우 특별평가의 실시를 통보받은 연구개발기관은 평가의 대상이 되는 연구개발과제에 대하여 그 결과가 확정되기 전까지 연구개발비를 추가적으로 집행하여서는 아니 된다.1. 연구개발과제의 수행 과정에서 혁신법 제31조제1항에 따른 국가연구개발사업 관련 부정행위가 발생한 경우2. 혁신법 제32조 및 제33조에 따라 연구책임자의 국가연구개발활동에 대한 참여제한이 확정된 경우3. 연구개발 환경이 변경되어 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 불필요하다고 판단되는 경우4. 장관이 제2항에 따른 요청을 인정한 경우5. 연구개발과제를 수행하는 연구자 또는 연구개발기관이 혁신법 또는 협약에 따른 의무를 이행하지 아니하거나 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 불가능하다고 인정되는 경우6. 그 밖에 연구개발과제의 변경 및 중단이 필요한 경우로서 혁신법 시행령에서 정하는 경우② 연구개발기관 또는 연구책임자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 연구개발과제의 연구개발 목표 또는 연구책임자 등의 변경을 요청하거나 연구개발과제의 중단을 요청할 수 있다.1. 연구개발 환경이 변경되었거나 연구개발과제 목표를 조기에 달성하여 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 필요하지 아니하다고 판단되는 경우2. 연구개발과제를 계속하여 수행하는 것이 불가능하다고 판단되는 경우③ 제2항에 따라 변경이나 중단을 요청하려는 연구개발기관 또는 연구개발책임자는 장관에게 요청서를 제출하여야 하며 혁신법 시행령 제31조제2항에 따른 요청서와 증명서류를 첨부하여 장관에게 제출해야 한다.④ 장관은 제1항 각 호에 해당하는 사유가 발생하는 경우 연구개발과제의 변경 및 중단 여부를 결정하기 위하여 다음 각 호의 사항을 포함하여 특별평가의 실시를 연구개발기관과 연구책임자에게 통보하여야 한다.1. 특별평가 실시 시기2. 특별평가 실시 사유3. 소명 자료의 제출 시한4. 특별평가에 따라 해당 연구개발과제가 변경되거나 중단될 수 있다는 사실⑤ 연구개발기관 또는 연구책임자는 제2항에 따른 요청을 하는 경우에는 장관에게 해당 사유와 그 근거자료를 서면으로 제출하여야 한다.⑥ 전문기관의 장은 제26조에 따라 평가단을 구성하여 특별평가를 실시하고, 그 평가결과를 반영하여 제16조 내지 제17조에서 정한 바에 따라 연구개발과제의 협약을 변경하거나 협약 해약, 제재처분 등을 취할 수 있다.⑦ 장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 특별평가를 거쳐 연구개발과제를 중단하는 경우에는 최종평가를 실시해야 한다.1. 제1항제3호의 사유2. 제1항제4호의 사유(연구개발기관 또는 연구책임자가 같은 조 제2항제1호의 사유로 연구개발과제의 중단을 요청한 경우로 한정한다)⑧ 연구개발기관의 장은 제5항에 따라 통보받은 특별평가결과에 이의가 있는 경우 제27조제2항에 따라 이의신청할 수 있다. 이 경우 이의신청은 1회에 한한다.

제29조(연구개발성과의 소유 및 관리) ① 연구개발성과는 혁신법 제16조 및 혁신법 시행령 제32조에서 정하는 바에 따라 연구개발기관, 연구자, 국가 등이 소유한다.② 연구개발성과를 소유한 연구개발기관(이하 "연구개발성과소유기관"이라 한다)의 장은 연구성과 활용 및 관리, 기술실시계약 체결 등을 수행하고 그 결과를 전문기관의 장에게 보고하여야 한다.③ 연구개발성과 소유기관의 장은 연구개발성과를 실시하는 기업(이하 "실시기업"이라 한다)의 대표와 협의하여 연구개발성과를 다른 적절한 기관에 양여할 수 있다.④ 그 밖에 연구개발성과의 소유 및 관리에 관한 사항은 혁신법 제16조 및 혁신법 시행령 제32조 및 제33조를 따른다.

제30조(연구개발성과의 활용 및 추적조사 등) ① 연구개발성과 소유기관의 장 또는 전문기관의 장은 연구개발성과가 널리 활용될 수 있도록 출원 중인 지식재산권을 포함한 연구개발성과를 대상으로 기술실시계약(양도를 포함한다)을 체결하는 등 연구개발성과를 활용하는 데에 필요한 조치를 하여야 한다. 이때 장관은 연구개발기관이 연구개발과제협약으로 정하는 바에 따라 외국에 소재한 기관ㆍ단체 또는 외국인과 공동으로 연구를 수행하는 경우 연구개발성과를 국내 소재 연구개발기관의 소유로 하거나 이들 기관이 우선적으로 연구개발성과실시를 할 수 있도록 지원해야 한다.② 연구개발성과 소유기관의 장은 제1항의 기술실시계약을 하는 경우 대상 연구개발성과를 창출한 연구개발기관이 우선적으로 연구개발성과실시를 할 수 있도록 하여야 한다.③ 연구개발성과소유기관의 장은 혁신법 제16조제1항 또는 제2항에 따라 소유하는 연구개발성과에 대하여 연구개발성과실시를 할 때 같은 연구개발과제에서 발생한 다른 연구개발기관이 소유하는 연구개발성과에 대하여 연구개발성과실시가 필요한 경우에는 그 연구개발기관의 장에게 해당 연구개발성과실시를 요청해야 하며, 그 요청을 받은 연구개발기관의 장은 그 실시를 허락해야 한다. 이 경우 그 실시 기간 및 조건은 서로 합의하여 정하되, 다른 자보다 실시를 요청한 연구개발기관에 실시 기간 및 조건을 우대해서 정해야 한다.④ 연구개발성과소유기관의 장은 국내외에 등록한 지식재산권을 포기하려는 경우 해당 지식재산권 창출에 기여한 연구자 또는 중소기업에 양도하는 것을 우선적으로 검토해야 한다. 이 경우 그 양도로 발생한 수입의 사용에 관하여는 제33조를 준용한다.⑤ 연구개발과제를 수행한 연구개발기관의 장은 연구개발과제가 종료된 해의 다음 해부터 5년 동안 매년 2월 말일까지 성과활용보고서를 전문기관의 장에게 제출하여야 한다. 다만, 제12조제3항제3호에 따른 기획지원과제의 경우 및 제17조에 따라 해약된 과제는 제외한다.⑥ 장관은 연구개발성과의 활용실적에 대해 추적조사를 실시하는 등 연구개발성과의 활용을 촉진하여야 한다. 이 경우 장관은 전문기관의 장에게 추적조사 업무를 수행하도록 한다.⑦ 연구개발성과 소유기관의 장은 연구종료 후 5년 이상 기술실시계약을 체결하지 않은 지식재산권의 소유를 전문기관의 장의 승인을 거쳐 특정기관에 양도할 수 있다. 이 경우 그 양도로 발생한 수입의 사용에 관하여는 제33조를 따른다.⑧ 연구개발성과 소유기관의 장은 연구개발 성과의 체계적 관리를 위해 연구개발과제에 대한 지속적인 사후관리를 하여야 한다.⑨ 주관연구개발기관의 장과 주관연구책임자는 연구성과가 널리 확산될 수 있도록 홍보계획을 수립하고 시행하여야 한다.⑩ 그 밖에 연구개발성과의 활용촉진 및 추적조사에 관한 사항은 혁신법 시행령 제34조, 제36조 및 제37조를 따른다. 이 경우 전문기관의 장이 수행하는 것은 장관이 수행하는 것으로 본다.

제31조(연구개발성과의 공개) ① 연구개발성과의 공개에 관해서는 혁신법 제17조 및 혁신법 시행령 제35조를 따른다. 이 경우 전문기관의 장이 연구개발성과의 공개와 관련한 업무를 수행하는 것은 장관이 수행한 것으로 본다.② 주관연구개발기관의 장은 제19조제4항에 따른 최종보고서에 「공공기록물관리에관한법률」제22조에 따라 발간등록번호를 표기하여야 하며, 발간등록번호 발행 후 15일이 경과하기 전까지 별도로 정한 기관에 송부하고, 그 결과를 전문기관의 장에게 보고하여야 한다.③ 전문기관의 장은 종료된 연구개발과제의 연구성과보고서 및 우수성과사례집을 발간하거나 전자문서 등으로 제작하여 널리 홍보하여야 한다.

제32조(기술료의 납부) ① 연구개발성과 소유기관의 장은 연구개발성과를 실시하려는 자와 실시권의 내용 및 범위, 기술료 및 기술료 납부방법 등에 관한 계약을 체결하고 해당 기술료를 징수하여야 한다. 이 경우 장관에게 기술료 징수 결과보고서를 제출해야 한다.② 연구개발성과 소유기관의 장은 제1항에 따라 기술실시계약을 체결할 때에는 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」제35조에 따라 지정된 기술평가기관을 통하여 기술평가를 실시하고 기술료 등을 산정하도록 노력하여야 한다.③ 혁신법 제18조제2항에서 "「상법」 제169조에 따른 회사 등 대통령령으로 정하는 연구개발성과소유기관"이란 혁신법 시행령 제19조제1항 각호에서 정한 연구개발성과소유기관(이하 "기술료등납부의무기관"이라 한다.)을 말한다.④ 연구개발성과 소유기관의 장은 기술실시계약을 체결함에 있어 기술실시 범위에 지식재산권이 포함된 경우 "사용" 또는 "양도" 등으로 명시하고 기술실시 유형을 "전용실시" 또는 "통상실시" 등으로 구체적으로 명시하여야 한다.⑤ 장관은 기술료등납부의무기관이 제1항에 따라 기술료를 징수하거나 연구개발성과를 직접 실시하는 경우 기술료등납부의무기관의 장으로부터 기술료를 징수한다. 이 경우 기술료등납부의무기관의 장이 납부하는 기술료 납부한도, 납부금액의 산정, 납부방법, 납부기간 등은 혁신법 시행령 제38조 및 제39조를 따른다.⑥ 기술료등납부의무기관의 장은 육성법 시행령 제14조에 따라 제5항의 기술료 납부를 감면받고자 하는 경우에는 별도로 정하는 기술료감면신청서를 장관에게 제출하여야 한다.⑦ 연구개발성과 소유기관의 장은 혁신법 제18조제3항 및 혁신법 시행령 제40조제1항에 따라 장관이 연구개발성과의 활용을 촉진하기 위하여 공개 활용이 필요하다고 인정하는 연구개발성과 또는 협약에서 정하는 바에 따라 실시를 목적으로 하지 아니하는 연구개발성과에 대해서는 기술료를 전부 또는 일부 감면할 수 있다.⑧ 장관은 혁신법 제18조제4항 및 혁신법 시행령 제40조제2항에 따라 국가안보, 사회ㆍ경제적으로 긴급한 상황, 연구개발기관의 경영악화 또는 그 밖에 이에 준하는 사유로 인해 제5항의 납부액을 납부하는 것이 곤란하다고 인정되는 경우 그 전부 또는 일부를 감면할 수 있다.⑨ 장관은 제5항에 따른 기술료 징수 실적을 매년 12월 31일까지 과학기술정보통신부에 통보하여야 한다.⑩ 장관은 전문기관의 장으로 하여금 제5항에 따른 기술료의 징수 및 제6항 내지 제8항에 따른 기술료의 감면 등에 관한 업무를 수행하도록 할 수 있다. 이때 기술료의 징수와 감면 등에 관한 절차와 서식 등은 전문기관의 장이 장관의 승인을 받아 정한다.

제33조(기술료 사용) ① 기술료등납부의무기관은 실시권자로부터 징수한 기술료 중 제32조제5항에 해당하는 금액을 제외한 금액을 혁신법 시행령 제41조제1항에 따라 연구자, 직원 등에 대한 보상금, 연구개발 재투자, 지식재산권 출원ㆍ등록ㆍ유지 비용, 운영경비로 사용하여야 한다.② 기술료등납부의무기관을 제외한 연구개발성과소유기관은 기술료 중 총 연구개발비 대비 정부지원 연구개발비가 차지하는 비율에 해당하는 금액(이하 "정부지분기술료"라 한다)을 다음 각호의 구분에 따른 용도 및 사용비율 기준에 따라 사용해야 한다.1. 연구개발과제에 참여한 연구자에 대한 보상금 : 정부지분기술료의 100분의 60 이상2. 기술이전ㆍ사업화 및 지식재산권 출원ㆍ등록ㆍ유지 : 정부지분기술료의 100분의 15 이상3. 성과 활용에 기여한 직원 등에 대한 보상금 : 정부지분기술료의 100분의 10 이상4. 연구개발 재투자 및 기관운영경비 등: 제1호부터 제3호까지의 규정에 따라 사용한 금액을 제외한 나머지 금액③ 연구개발성과 소유기관의 장은 제2항제1호와 제3호에 따른 보상금 지급을 위해 연구개발과제에 참여한 연구원 및 성과 활용에 기여한 직원 등에 대한 보상금 지급 기준을 마련하여야 한다.④ 연구개발성과 소유기관의 장은 해당 연도의 기술료 사용실적을 별도로 정하는 기술료 징수 및 사용현황 보고서에 따라 다음해 2월 28일까지 전문기관의 장에게 보고하고, 전문기관의 장은 이를 종합하여 3월 31일까지 장관에게 보고하여야 한다.⑤ 장관은 제1항 및 제2항에 따른 기술료 사용금액 중 연구개발에 재투자한 실적이 우수한 연구개발과제의 주관연구책임자에 대하여는 제18조에 따른 최종평가 시 가점을 부여하는 등의 우대조치를 할 수 있다.

제34조(연구개발정보의 처리 등) ① 장관은 혁신법 제19조제1항에 따라 과학기술정보통신부장관이 고시하는 정보처리기준에 따라 연구개발정보를 공동활용할 수 있도록 조치하여야 한다.② 그 밖에 연구개발정보의 처리 등에 관한 사항은 혁신법 제19조 및 혁신법 시행령 제42조를 따른다.

제35조(연구장비정보의 관리) ① 연구개발기관의 장은 연구개발과제 수행 중 취득한 연구시설ㆍ장비 중 3천만원(부가가치세 및 설치ㆍ구입 등에 필요한 부대비용을 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 이상이거나 3천만원 미만이라도 공동활용이 가능한 연구시설ㆍ장비는 취득 후 30일 이내에 연구시설ㆍ장비종합정보시스템(ZEUS)에 등록하여야 하며, 연 1회 이상 주기적인 자체심의를 통해 자체활용, 임대, 유휴, 저활용, 불용, 폐기, 소유권이전 등 그 활용 실적을 등록하여야 한다.② 장관은 연구개발기관의 장이 매년 12월 31일까지 제1항에 따른 등록을 하지 않은 경우 전문기관의 장으로 하여금 해당 연구시설ㆍ장비ㆍ기자재를 타 기관에 기탁하여 운영하도록 할 수 있다.③ 그 밖에 연구개발성과의 등록ㆍ기탁ㆍ활용 및 그 정보관리에 관한 사항은 혁신법 시행령 제33조를 따른다. 이 경우 전문기관의 장이 연구개발정보를 관리하는 것은 장관이 관리하는 것으로 본다.

제37조(연구개발사업 등의 보안) ① 장관 및 연구개발기관의 장은 소관 국가연구개발사업 및 연구개발과제와 관련하여 중요 정보의 유출을 방지하기 위하여 보안대책을 수립ㆍ시행하여야 한다.② 장관은 연구개발과제 선정 시 다음 각 호의 기준에 따라 연구개발과제를 보안과제로 분류하고 이에 따른 조치를 이행하여야 한다.1. 「방위사업법」 제3조제1호에 따른 방위력개선사업과 관련된 연구개발과제2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기술과 관련된 연구개발과제가. 외국에서 기술이전을 거부하여 국산화를 추진 중인 기술나. 장관이 보호의 필요성이 인정되는 미래핵심기술다. 「산업기술의 유출방지 및 보호에 관한 법률」 제2조제2호에 따른 국가핵심기술라. 「대외무역법」 제19조제1항에 따른 수출허가 등 제한이 필요한 기술3. 그 밖에 장관이 보안과제로 분류되어야 할 사유가 있다고 인정하는 과제③ 장관은 소관 국가연구개발사업에 대한 보안관리 실태를 국가정보원장 등 관계 기관의 장과 합동으로 점검하고 그에 대한 개선조치를 명할 수 있다.④ 전문기관의 장은 제2항에 따른 보안과제의 분류, 제3항에 따른 보안관리 실태 점검 등 보안관리 조치현황을 종합하여 다음 연도 2월 말까지 장관에게 보고한다.⑤ 제1항에 따른 보안대책의 기준과 절차, 제2항에 따른 보안과제의 분류절차, 세부기준, 제3항에 따른 보완관리 실태 점검에 관하여 필요한 사항 및 그 밖에 국가연구개발사업 및 연구개발과제의 보안에 관한 사항은 혁신법 제21조 및 혁신법 시행령 제44조에 따른 국가연구개발사업 보안대책을 따른다. 다만, 장관이 해당 국가연구개발사업의 특성에 따라 보안규정이 필요하다고 인정한 경우 전문기관의 장이 장관의 승인을 받아 별도로 정한다.

제41조(제도개선의 권고) ① 장관은 소관 전문기관ㆍ연구개발기관에 혁신법 제30조제1항에 따른 제도 개선을 권고하는 경우 이행기간 및 점검 방법 등을 포함한 문서로 알려야 한다.② 혁신법 제30조제1항에 따라 개선을 권고받은 기관은 이를 이행하고 그 결과를 장관에게 보고하여야 한다.③ 혁신법 제30조제1항의 개선을 권고받은 기관이 그 권고를 이행하는 것이 곤란한 경우에는 권고를 받은 날로부터 20일 이내에 장관에게 권고 내용에 대한 재검토를 요청할 수 있다. 이 경우 장관은 국가과학기술자문회의에 권고 내용에 대한 재심의를 요청하고 그 결과를 고려하여 해당 기관에 다시 권고할 수 있다④ 장관은 혁신법 제30조제4항에 따른 이행실태 확인ㆍ점검 결과를 국가과학기술자문회의에 보고하여야 한다.

제43조(연구윤리의 확보) ① 연구개발기관의 장은 소속 연구자 및 연구지원인력의 연구윤리 확보를 위하여 필요한 지원을 하여야 하며, 혁신법 시행령 제58조에 따른 연구윤리 규정을 마련하고 운영하여야 한다.② 연구책임자는 인공지능 개발과 활용을 하는 경우에는 인권 보장, 프라이버시 보호, 다양성 존중, 침해금지, 공공성, 연대성, 데이터 관리, 책임성, 안전성, 투명성 등 인공지능 윤리기준을 준수하기 위해 노력해야 한다.

제44조(국가연구개발사업 관련 부정행위의 금지) 올바른 연구윤리 확보를 위하여 연구자 및 연구개발기관은 국가연구개발활동을 수행하는 경우 혁신법 제31조제1항 및 혁신법 시행령 제56조에 따른 국가연구개발사업 관련 부정행위(이하 "부정행위"라 한다)를 하여서는 아니 된다.

제45조(부정행위 검증 및 조치) ① 연구개발기관의 장은 혁신법 제31조제2항에 따른 부정행위의 검증ㆍ조치를 위하여 혁신법 시행령 제57조제1항에 따라 자체규정을 마련ㆍ운영하여야 한다.② 연구개발기관의 장은 혁신법 제31조제2항에 따라 부정행위로 의심되는 행위를 자체규정에 따라 검증하여 부정행위로 판단한 경우로서 부정행위자가 그 연구개발기관에 소속된 경우에는 그 부정행위자를 징계할 수 있으며, 부정행위자가 그 연구개발기관에 소속되지 않은 경우에는 그 부정행위자의 소속 기관의 장에게 징계를 요청할 수 있다.③ 연구개발기관의 장은 혁신법 제31조제2항에 따른 검증ㆍ조치의 결과가 확정된 날부터 10일 이내에 그 결과를 문서로 장관에게 보고하여야 한다. 이 경우 제15조의 협약에 따라 연구개발기관의 장이 전문기관의 장에게 보고한 경우 장관에게 보고한 것으로 본다.④ 장관은 혁신법 제31조제3항 및 혁신법 시행령 제57조에 따라 전문기관의 장으로 하여금 부정행위 조사 등에 관한 업무를 수행하도록 할 수 있으며, 이에 따른 세부기준 및 절차 등은 별도의 지침으로 정한다.

제46조(부정행위 등에 대한 제재처분 등) ① 장관은 혁신법 제32조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 별표 8의 참여제한 처분기준에 따라 국가연구개발활동(연구지원은 제외한다)에 대한 참여를 제한하거나, 별표 9의 제재부가금 처분기준에 따른 제재부가금을 부과할 수 있다.② 장관은 연구개발기관이 사용용도와 사용기준을 위반하여 연구개발비를 사용한 경우 해당 연구개발기관을 대상으로 혁신법 제32조제3항에 따라 정부지원 연구개발비 중 사용용도와 사용기준을 위반하여 사용한 정부지원 연구개발비 금액만큼 환수할 수 있다.③ 장관은 혁신법 제33조제1항 및 혁신법 시행령 제60조에 따라 제재처분평가단(이하 이 조에서 "평가단"이라 한다)을 구성 및 운영할 수 있다. 다만, 연구개발과제가 제37조에 따라 보안과제로 분류된 경우에는 평가단을 구성하지 아니할 수 있다.④ 장관은 평가단이 검토한 결과를 고려하여 다음 각 호의 사람에게 제재처분의 내용 등 「행정절차법」제21조제1항 각 호의 사항을 미리 통지하여야 한다.1. 제재대상자2. 제재대상자의 소속 기관의 장3. 관계 중앙행정기관의 장⑤ 장관은 제3항에 따른 제재처분평가단의 구성ㆍ운영 등에 관한 업무를 전문기관의 장으로 하여금 수행하도록 할 수 있으며, 이에 따른 세부기준 및 절차 등은 별도의 지침으로 정한다.⑥ 제1항에 따른 제재처분은 그 제재사유가 발생한 연구개발과제의 종료일 또는 그 제재사유가 발생한 국가연구개발활동의 종료일로부터 10년이 지나면 할 수 없다.

제47조(제재처분의 재검토 등) ① 제46조제4항 및 제5항에 따라 통지된 제재처분의 내용(이하 이 조에서 "통지내용"이라 한다)에 대하여 이의가 있는 제재대상자는 그 통지를 받은 날부터 20일 이내에 그 사유를 갖추어 장관에게 통지내용의 재검토를 요청하는 의견을 제출할 수 있다.② 제1항에 따라 의견을 받은 장관은 혁신법 시행령 제61조에 따라 연구자 권익보호ㆍ연구 부정방지 및 제재처분의 적절성 검토 등을 위하여 과학기술정보통신부 소속으로 설치된 연구자권익보호위원회(이하 이 조에서 "위원회"라 한다)에 의견의 검토를 요청하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 재검토를 요청한 자가 장관에게 재검토를 희망하는 경우에는 장관이 재검토를 실시할 수 있다.③ 장관은 제2항에 따른 위원회의 검토 결과 등을 고려하여 제1항의 의견을 받은 날부터 30일 이내에 제재처분의 종류와 수준을 결정하여야 한다.④ 장관은 제3항에 따른 결정을 한 때에는 지체 없이 그 내용을 제46조제4항 각 호의 사람에게 통보하고, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사항에 대하여는 통합정보시스템 등에 등록ㆍ공개하여야 한다. 다만, 제재처분과 관련하여 행정심판이나 행정소송이 계류 중인 경우 또는 제재처분 정보공개 대상자의 사망ㆍ폐업으로 명단 공개의 실효성이 없는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.1. 기간이 5년 이상인 참여제한2. 부과금액이 이미 지급한 정부지원연구개발비의 3배 이상인 제재부가금⑤ 장관은 제4항에 따른 통합정보시스템 등록ㆍ공개 등에 관한 업무를 전문기관의 장으로 하여금 수행하도록 할 수 있으며, 이에 따른 세부기준 및 절차 등은 별도의 지침으로 정한다.⑥ 그 밖에 제재처분평가단의 구성, 제재처분 정보의 등록 및 공개 등에 관한 사항은 혁신법 시행령 제60조 및 제62조를 따른다.

제48조(제재처분의 사후관리) ① 장관은 관계 중앙행정기관의 장으로부터 혁신법 제33조제6항에 따른 결정을 통보받은 경우 참여제한 처분을 받은 자에 대하여 지체 없이 모든 국가연구개발활동(연구지원은 제외한다)에 대한 참여를 제한하여야 한다.② 제재부가금 또는 연구개발비환수를 통보받은 납부의무자는 해당 처분의 통보를 받은 날로부터 30일 이내에 장관이 정하는 수납기관에 납부해야 한다.③ 장관은 납부의무자가 제2항에 따른 기한까지 납부하지 아니하면 납부기한이 지난 후 15일 이내에 납부의무자에게 독촉장을 송부하고, 그 지정된 기간 내에도 납부하지 아니하면 국세 강제징수의 예에 따라 징수한다.④ 그 밖에 환수금 및 제재부가금의 분할 납부, 납부기한 연장 등에 관한 사항은 혁신법 시행령 제63조를 따른다.

제49조(연구수행과제 및 연구개발성과의 작성ㆍ기록 관리 등) ① 연구개발과제에 참여하는 연구자와 연구개발기관의 장은 연구개발과제 수행 과정과 연구개발성과를 기록한 자료(이하 "연구노트"라 한다)를 작성하고 관리하여야 한다.② 연구개발기관의 장은 연구노트의 작성 및 관리에 관한 자체지침을 마련ㆍ운영하여야 한다.③ 장관은 전문기관의 장에게 연구개발과제를 수행하는 연구개발기관의 장이 제2항에 따른 자체지침을 마련하여 실효성 있게 운영하고 있는지 점검하게 할 수 있다.

제50조(고유식별정보의 처리) 장관 또는 전문기관의 장이 고유번호를 부여하는 등 연구개발과제의 정보를 처리ㆍ관리하는 경우에는 「개인정보보호법」 및 동법 시행령 등 관련 법령에 따라 해당 개인정보의 보호 및 보안을 위한 노력을 다하여야 한다.

제51조(연구개발사업의 부패방지) ① 장관은 연구개발비의 용도 외 사용에 관한 신고제도를 전문기관의 장으로 하여금 운영하게 할 수 있다.② 전문기관의 장은 장관의 승인을 얻어 제1항에 따른 신고제도의 운영을 위한 별도의 세부지침을 마련할 수 있다.

제52조(세부 지침의 제정ㆍ운영) ① 장관은 효율적인 사업추진 및 사업의 특수성이 인정되는 경우 별도의 지침 및 기준을 제정하여 운영할 수 있다.② 전문기관의 장은 장관의 승인을 얻은 후 제1항에 따른 별도의 지침 및 기준을 제정ㆍ시행할 때에는 이 규정에 어긋나지 아니하는 범위에서 한다.

제53조(기타) ① 이 규정에서 달리 정하지 않는 사항은 혁신법 및 같은 법 시행령을 따른다.② 제1항에도 불구하고 명시되지 않은 사항이나 해석상 발생하는 의문은 장관의 결정 및 해석에 따른다.

제54조(재검토기한) 농림축산식품부장관은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 훈령에 대하여 2026년 7월 1일을 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.