법인세 공제·감면 컨설팅 사무처리규정 (훈령, 국세청)
공포일: 20250501 / 시행일: 20250501

제1조(목적) 이 규정은 법인세 공제ㆍ감면 컨설팅 제도 운영에 필요한 사항과 사무처리 절차를 규정함으로써 체계적이고 효율적인 사무집행을 도모하며, 납세자의 성실신고를 지원하는데 그 목적이 있다.

제2조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.1. "법인세 공제ㆍ감면 컨설팅" 제도란 「조세특례제한법」 제2조제1항제8호에 따른 조세특례 중 세액공제 또는 세액감면를 적용받으려는 중소기업이 특정한 거래 또는 행위에 대해 세액공제 또는 세액감면의 적용 가능 여부, 공제세액 또는 감면세액의 계산, 제출서류, 절차 등을 자문하는 경우 관할 지방국세청장이 서면으로 답변하는 등 납세서비스를 제공함으로써 세액공제 또는 세액감면에 대한 불확실성을 사전에 해소하여 중소기업의 성장을 지원하는 제도를 말한다.2. "현장확인"이란 간접확인 방식의 업무처리로는 이 규정에 따른 업무수행이 부적합한 경우에 사실관계 확인을 위해 제5호에 따른 공제ㆍ감면 컨설팅 담당이 해당 납세자 또는 사업장 등에 직접 출장하여 당초 출장목적 범위에서 특정 사항이나 사업 실상 등을 확인하는 행위를 말한다.3. "신고내용 확인"이란 납세자의 자발적인 성실신고를 유도할 수 있도록 신고 안내자료의 반영 여부 등 신고내용을 검토하여 특정 항목이나 유형의 오류 또는 누락 혐의가 있는 납세자를 확인 대상자로 선정하고, 서면으로 해명 및 수정신고를 안내하는 방법으로 신고내용의 적정 여부를 확인하는 업무를 말한다.4. "감면법인 사후관리"란 「조세특례제한법」에 따라 조세를 공제 또는 감면 받은 법인에 대해 법령에 정한 사후관리요건의 이행 여부 또는 세원관리상 필요에 따라 서면 또는 현장확인 방법 등으로 관리하는 것을 말한다.5. "공제ㆍ감면 컨설팅 담당"이란 법인세 공제ㆍ감면 컨설팅(이하 "공제ㆍ감면 컨설팅"이라 한다) 업무에 종사하는 국세공무원을 말한다.

제3조(비밀유지의 의무) ① 공제ㆍ감면 컨설팅 담당은 업무처리 과정에서 알게 된 신청법인의 과세정보를 외부에 제공 또는 누설하거나 목적 외의 용도로 사용하여서는 아니 된다. 다만, 「국세기본법」 제81조의13제1항 단서의 사유에 해당하는 경우에는 그 사용 목적에 맞는 범위에서 신청법인의 과세정보를 제공할 수 있다.② 공제ㆍ감면 컨설팅 담당 공무원은 공제ㆍ감면 컨설팅과 관련하여 알게 된 사실 중 일반적으로 공표되지 아니한 사항 또는 공표되는 경우 정부와 해당 법인에게 불이익이 되는 사항에 대하여는 재직 중은 물론 퇴직 후에도 누설해서는 아니 된다.

제5조(업무의 총괄 및 집행부서) ① 국세청 공익중소법인지원팀장은 공제ㆍ감면 컨설팅 업무를 총괄한다.② 제6조에 따라 공제ㆍ감면 컨설팅을 신청한 법인의 본점 또는 주사무소소재지 관할 지방국세청장(법인세과장)은 공제ㆍ감면 컨설팅 업무를 집행한다.

제6조(신청대상) 「조세특례제한법」제2조제1항제8호에 따른 세액공제 또는 세액감면(같은 법 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제는 제외한다)을 적용받고자 하는 「조세특례제한법 시행령」 제2조의 규정에 의한 중소기업(유예기간 중에 있는 기업을 포함한다)에 해당하는 법인은 공제ㆍ감면 컨설팅을 신청할 수 있다.

제7조(대리인) ① 신청법인이 공제ㆍ감면 컨설팅 신청을 대리인에게 위임한 경우에는 이를 신청법인이 신청한 것으로 본다.② 제1항에 따른 대리인이 법무법인(「변호사법」제89조의6제3항에 따른 법률사무소 포함한다), 세무법인, 회계법인에 소속된 경우에는 신청서에 법인명, 법인의 대표자 성명, 사업자등록번호를 기재하여야 한다.③ 신청법인이 공제ㆍ감면 컨설팅 신청과 관련하여 대리인을 위임 또는 해임한 때에는 그 내용을 증명할 수 있는 서류를 서면으로 제출하여야 한다.④ 대리인은 신청법인을 위하여 그 신청에 관한 행위를 할 수 있다. 다만, 그 신청의 취하는 별도로 취하에 대한 위임을 받은 경우에 한한다.

제8조(신청기한) ① 제6조의 요건을 갖춘 법인으로서 공제ㆍ감면 컨설팅을 신청하고자 하는 법인(이하 "신청법인"이라 한다)은 특정한 거래 또는 행위를 개시하거나 그 특정한 거래 또는 행위에 관한 의사결정을 한 날 이후 본점 또는 주사무소 소재지 관할 지방국세청장(법인세과장)에게 신청할 수 있다.② 제1항에서 "특정한 거래 또는 행위"란 이미 개시되었거나 개시될 것이 확인되는 거래 또는 행위를 말한다.③ 제1항에도 불구하고 「조세특례제한법」 제2조제1항제8호에 따른 세액공제 또는 세액감면을 적용받을 수 있는 특정한 거래 또는 행위를 개시한 날이 속하는 과세연도에 세액공제 또는 세액감면을 신청하지 못한 경우로서「국세기본법」에 따른 경정청구를 하는 경우에는 경정청구를 하기 전까지 신청할 수 있다.

제9조(신청방법) 신청법인은 다음 각 호의 서류를 우편, 팩스, 전자(홈택스) 또는 직접 방문의 방법으로 제출하여야 한다.1. 법인세 공제ㆍ감면 컨설팅 신청서(별지 제1호 서식)2. 특정한 거래 또는 행위에 관한 입증자료3. 특정한 거래 또는 행위에 관한 의사결정을 한 사실을 입증하는 자료

제10조(신청서의 이송) 본점 또는 주사무소 소재지 관할 이외의 지방국세청장 또는 세무서장이 제9조에서 규정한 신청서를 접수한 경우에는, 즉시 본점 또는 주사무소 소재지 관할 지방국세청장(법인세과장)에게 신청서를 이송하여야 한다.

제11조(보완요구) ① 지방국세청장(법인세과장)은 공제ㆍ감면 컨설팅 신청서 및 첨부서류의 내용이 미비하거나 공제ㆍ감면 컨설팅을 제공하기 위해 추가로 필요한 자료가 있는 경우에는 신청법인에게 14일 이내의 기간을 정하여 보완을 요구할 수 있다.② 제1항에 따른 보완 요구는 「법인세 공제ㆍ감면 컨설팅 신청서류 보정요구서(별지 제2호 서식)」로 한다.

제12조(신청의 취하) 신청법인은 공제ㆍ감면 컨설팅을 제공받기 전까지 그 신청을 취하할 수 있다. 이 경우 지방국세청장(법인세과장)은 제출된 신청서와 첨부서류를 신청법인에게 반환하여야 한다.

제13조(신청서의 반려) 지방국세청장(법인세과장)은 공제ㆍ감면 컨설팅 신청내용이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 신청법인에게 공제ㆍ감면 컨설팅 신청서를 반려할 수 있다. 이 경우 그 사유를 서면으로 신청법인에게 통지하여야 한다.1. 조세의 회피 또는 탈루 목적의 신청에 해당하는 경우2. 가정의 사실관계에 기초한 경우3. 특정한 거래나 행위가 법령 등에 저촉되거나 저촉될 우려가 있는 경우4. 제11조에 따른 보완요구를 하였으나 보완요구 기한 내에 보완하지 아니한 경우5. 신청내용에 대하여 「국세기본법」 제81조의7에 따른 세무조사 사전통지를 받았거나 결정 또는 경정이 있는 경우6. 과세예고 통지, 경정청구 결과통지 및 납세고지서와 관련된 사항에 대해 신청한 경우7. 「국세기본법」 제55조에 따른 불복이 진행 중이거나 같은 법 제81조의15에 따른 과세전적부심사가 진행 중인 사항을 신청한 경우

제14조(현장확인) ① 공제ㆍ감면 컨설팅을 제공하기 전에 사실관계 확인 등이 필요한 경우에 한하여 현장확인을 실시할 수 있다.② 제1항에 따라 현장확인을 실시하고자 하는 경우 지방국세청장(법인세과장)은 신청법인에게 「현장확인을 위한 출장통지서(별지 제3호 서식)」를 출장일부터 3일 전에 송달하여야 한다.

제15조(공제ㆍ감면 컨설팅의 제공) ① 지방국세청장(법인세과장)은 신청법인에게 공제ㆍ감면 컨설팅 신청일로부터 2개월 이내에 공제ㆍ감면 컨설팅을 제공하여야 한다.② 제1항에 따른 공제ㆍ감면 컨설팅 제공은 「법인세 공제ㆍ감면 컨설팅 신청에 대한 답변서(별지 제4호 서식)」에 의하여 신청법인에게 서면으로 통지하여야 한다.③ 지방국세청장(법인세과장)은 공제ㆍ감면 컨설팅 신청에 대한 답변서를 통지한 후 답변내용의 오류 또는 잘못이 발견될 경우 즉시 공문으로 정정 답변하여야 한다.

제16조(공제ㆍ감면 컨설팅의 효력) ① 신청법인이 제15조에 따른 「법인세 공제ㆍ감면 컨설팅 신청에 대한 답변서」를 신뢰하고 답변내용에 따라 특정한 거래 또는 행위를 이행하거나 「조세특례제한법」에 따른 세액공제 또는 세액감면을 신청한 경우에는 답변 내용에 해당하는 부분에 대해 다음 각 호와 같은 효력을 부여한다. 다만, 컨설팅 과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경ㆍ누락이 있는 경우에는 그러하지 아니한다.1. 「국세기본법」 제48조(가산세 감면 등)제1항제2호에 따라 과소신고가산세를 부과하지 아니한다.2. 신고내용 확인 및 감면법인 사후관리 대상에서 제외한다.

제17조(제도에 대한 홍보) ① 지방국세청장(법인세과장)은 제6조에 해당하는 법인을 대상으로 각 지방국세청의 인력을 감안하여 매년 공제ㆍ감면 컨설팅을 위한 제도홍보 계획을 수립하여 홍보를 실시한다.②국세청 공익중소법인지원팀장은 각 지방국세청에서 실시하는 제도홍보에 필요한 리플릿 등을 일괄 제작하여 제도 홍보 등을 지원할 수 있다.

제18조(재검토기간) 이 훈령은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」(대통령훈령 제431호)에 따라 2025년 5월 1일을 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 4월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.