농지전용업무처리규정 (훈령, 농림축산식품부)
공포일: 20220810 / 시행일: 20220818

제1조(목적) 이 규정은 「농지법」ㆍ같은 법 시행령 및 같은 법 시행규칙에 따른 농지전용 및 농지보전부담금 부과ㆍ징수업무에 관하여 필요한 세부사항을 정함으로써 농지의 보전 및 이용에 관한 업무를 효율적으로 추진함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "농지"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적지목을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물재배지로 이용되는 토지. 다만, 다음에 해당하는 토지는 제외한다.1)「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따른 지목이 전ㆍ답, 과수원이 아닌 토지(지목이 임야인 토지는 제외한다)로서 농작물 경작지 또는 제2호 각 목에 따른 다년생식물 재배지로 계속하여 이용되는 기간이 3년 미만인 토지2)「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따른 지목이 임야인 토지로서 「산지관리법」에 따른 산지전용허가(다른 법률에 따라 산지전용허가가 의제되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다)를 거치지 아니하고 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 이용되는 토지나. 가목의 토지의 개량시설(유지, 양ㆍ배수시설, 수로, 농로, 제방)의 부지다. 가목의 토지에 설치하는 다음의 어느 하나에 해당하는 농축산물 생산시설의 부지. 다만, 「농지법」(이하 "법"이라 한다) 시행일 이전에 농지전용절차를 거쳐 설치한 시설물의 부지는 제외한다.1) 고정식온실ㆍ버섯재배사 및 비닐하우스와 그 부속시설2) 축사와 해당축사에 연접하여 설치된 시설로서 가축의 사육ㆍ관리ㆍ출하 등 일련의 생산과정에 직접 이용되는 급여시설, 착유시설, 위생시설, 가축분뇨 처리시설, 농기계 보관시설, 진입로, 가축운동장, 자가 소비용 사료의 간이처리 또는 보관시설 및 관리사(주거목적이 아닌 경우에 한정한다)3) 곤충사육사와 해당 곤충사육사에 연접하여 설치된 시설로서 자가 소비용 사료의 간이처리 또는 보관시설, 진입로, 사육 용기 세척시설 및 사육하는 곤충의 관리를 위해 설치하는 시설(주거 목적이 아닌 경우에 한정한다)4) 농막, 간이저온저장고, 간이퇴비장 또는 간이액비저장조2. "다년생식물재배지"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 식물의 재배지를 말한다.가. 목초ㆍ종묘ㆍ인삼ㆍ약초ㆍ잔디 및 조림용 묘목나. 과수ㆍ뽕나무ㆍ유실수 그 밖의 생육기간이 2년 이상인 식물다. 조경 또는 관상용 수목과 그 묘목(조경목적으로 식재한 것을 제외한다)3. "사실상 농지"란 제1호에 따른 농지 중 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」상 지목이 전ㆍ답 또는 과수원이 아닌 토지를 말한다.(농지개량시설의 부지를 제외한다)4. "농지의 전용"이란 농지를 농작물 경작이나 다년생식물의 재배 등 농업생산 또는 농지개량외의 목적에 사용하는 것을 말한다.5. "농업인"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 개인을 말한다.가. 1천제곱미터 이상의 농지에서 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하거나 1년중 90일 이상 농업에 종사하는 자나. 농지에 330제곱미터 이상의 고정식온실ㆍ버섯재배사ㆍ비닐하우스, 그 밖의 농업생산에 필요한 시설을 설치하여 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하는 자다. 대가축 2두, 중가축 10두, 소가축 100두, 가금 1천수 또는 꿀벌 10군 이상을 사육하거나 1년중 120일 이상 축산업에 종사하는 자라. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 자6. "농업법인"이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따라 설립된 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따라 설립된 농업회사법인(농업회사법인의 업무집행권을 가진 자 중 3분의 1 이상이 농업인일 것)을 말한다.

제4조(허가신청서 첨부서류의 확인) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)이 「농지법 시행령」(이하 "시행령"이라 한다) 제32조제1항에 따라 농지전용허가신청서를 제출받은 때에는 첨부서류가 다음 각 호에 적합하게 작성ㆍ첨부되어 있는지를 확인하여야 한다.1. 사업계획서 : 전용목적, 사업시행자 및 시행기간, 시설물 배치도, 자금소요액 및 조달방안, 시설물관리ㆍ운영계획, 「대기환경보전법 시행령」 별표 1의3 및 「물환경보전법 시행령」 별표 13에 따른 사업장 규모 등을 명시2. 지적도 : 5,000분의 1 이상의 도면을 사용하여 전용예정구역을 정확히 표시3. 지형도 : 5,000분의 1 이상의 도면을 사용하여 전용예정구역과 폐지되는 농로ㆍ수로 등 대체시설의 설치 위치를 정확히 표시4. 피해방지계획서 : 「농지법 시행규칙」(이하 "시행규칙"이라 한다) 제26조제2항제4호에 해당하는 경우에 제출하여야하며 다음 각 목의 내용을 기재가. 농지개량시설 또는 도로가 폐지ㆍ변경되거나 손괴가 우려되는 경우에는 대체시설 설치계획 또는 손괴방지시설 설치계획나. 토사의 유출이 예상되는 경우에는 토사유출방지계획다. 폐수의 배출 및 악취의 발생이 수반될 경우에는 정화시설 설치계획라. 그 밖에 농업경영과 농어촌생활환경에 피해가 예상되는 경우에는 피해의 종류별로 필요한 피해방지계획5. 변경내용을 증명할 수 있는 서류를 포함한 변경사유서(변경허가 신청의 경우에 한함)6. 농지보전부담금(이하 "보전부담금"이라 한다)을 납부한 후 전용허가를 받은 자의 명의가 변경되는 경우에는 보전부담금의 권리승계를 증명할 수 있는 서류(농지전용허가를 받은 자의 명의가 변경되어 변경허가 신청을 하는 경우에 한함)7. 보전부담금 분할납부신청서(분할납부를 신청하는 경우에 한함)② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따른 확인결과 첨부서류가 누락되거나 착오 기재되는 등 흠이 있다고 인정될 때에는 지체 없이 이를 보완 또는 보정하게 하여야 한다.

제5조(농지면적등 확인 및 허가신청서 송부) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 시ㆍ도지사에게 농지전용허가신청서를 송부하기 전에 동 신청서 기재사항 및 내부자료 등에 의하여 다음 각 호의 사항을 확인하여야 한다.1. 전용대상농지의 지목별 면적이 정확하게 산출되어 있는지 여부2. 사실상 농지 또는 농지개량시설부지의 누락여부3. 농업생산기반 정비사업지구 또는 동 사업 시행예정지구 편입여부4. 한국농어촌공사(이하 "공사"라 한다) 관리지역의 편입여부② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따라 확인을 함에 있어 설치하고자 하는 시설물이 오염물질의 배출우려가 있거나 사실상 농지의 면적 등이 누락될 우려가 있는 경우에는 현지 확인을 실시하여야 한다.③ 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 농지전용허가권자(이하 "관할청"이라 한다)에게 농지전용허가신청서를 송부하고자 할 때에는 별표 1의 서류를 첨부하여야 한다.④ 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 직접 전용허가를 할 경우에는 제3항에 따른 서류를 비치하여야 한다.

제6조(농지전용허가의 심사) ① 법 제34조에 따른 농지전용허가(협의) 요청이 있는 경우 다음 각 호의 심사기준에 따라 심사하여야 한다.1. 법 제32조(농업진흥지역안의 농지인 경우에 한한다) 및 법 제37조에 위배되지 아니할 것2. 다음 각 목의 사항 등을 참작할 때 전용하려는 농지가 전용목적사업에 적합하게 이용될 수 있을 것으로 인정될 것가. 시설의 규모 및 용도의 적정성나. 건축물의 건축에 해당하는 경우에는 도로ㆍ수도 및 하수도의 설치 등 해당 지역의 여건3. 다음 각 목의 사항 등을 참작할 때 전용하려는 농지의 면적이 전용목적사업의 실현을 위하여 적정한 면적일 것가. 「건축법」의 적용을 받는 건축물의 건축 또는 공작물의 설치에 해당하는 경우에는 건폐율 등 「건축법」의 규정나. 건축물 또는 공작물의 기능ㆍ용도 및 배치계획4. 다음 각 목의 사항 등을 참작할 때 전용하려는 농지를 계속하여 보전할 필요성이 크지 아니할 것가. 경지정리 및 수리시설 등 농업생산기반정비사업 시행 여부나. 해당 농지가 포함된 지역농지의 집단화 정도다. 해당 농지의 전용으로 인하여 인근 농지의 연쇄적인 전용 등 농지잠식 우려가 있는지의 여부라. 해당 농지의 전용으로 인근농지의 농업경영 환경을 저해할 우려가 있는지의 여부마. 해당 농지의 전용으로 인하여 농지축이 절단되거나 배수가 변경되어 물의 흐름에 지장을 주는지의 여부5. 해당 농지의 전용이 인근 농지의 농업경영과 농어촌생활환경의 유지에 피해가 없을 것. 다만, 그 피해가 예상되는 경우에는 다음 각 목의 사항 등을 참작할 때 그 피해방지계획이 타당하게 수립되어 있을 것가. 해당 농지의 전용이 농지개량시설 또는 도로의 폐지ㆍ변경을 수반하는 경우 예상되는 피해 및 피해방지계획의 적정성나. 해당 농지의 전용이 토사의 유출, 폐수의 배출, 악취ㆍ소음의 발생을 수반하는 경우 예상되는 피해 및 피해방지계획의 적정성다. 해당 농지의 전용이 인근농지의 일조ㆍ통풍ㆍ통작(通作)에 현저한 지장을 초래하는 경우 그 피해방지계획의 적정성6. 해당 농지의 전용이 용수의 취수를 수반하는 경우 그 시기ㆍ방법ㆍ수량 등이 농수산업 또는 농어촌생활환경 유지에 피해가 없을 것. 다만, 그 피해가 예상되는 경우에는 피해방지계획이 타당하게 수립되어 있을 것7. 사업계획 및 자금조달계획이 전용목적사업의 실현에 적합하도록 수립되어 있을 것8. 전용목적사업이 농지전용의 허가 또는 변경허가를 받으려는 자에게 관련 법령에서 허용되어 있을 것② 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 관할청에 농지전용허가신청서를 송부하기 위하여 심사의견서를 작성하고자 할 때에는 제1항에 따라 심사를 하여야 한다.

제7조(심사결과 처리기준) ① 관할청은 제5조 및 제6조에 따라 심사결과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제37조제2항 및 시행령 제33조제2항에 따라 원칙적으로 전용허가를 하여서는 아니 된다.1. 법 제32조 및 시행령 제44조에 따른 농지전용 제한사항에 해당하는 경우2. 전용하고자 하는 농지가 농업생산기반이 정비되어 있거나 농업생산기반정비사업의 시행예정지역으로 편입되어 우량농지로 보전할 필요성이 있는 경우3. 해당 농지의 전용 또는 타용도일시사용이 일조ㆍ통풍ㆍ통작에 현저한 지장을 초래하거나 농지개량시설의 폐지를 수반하여 인근 농지의 농업경영에 현저한 영향을 미치는 경우4. 해당 농지의 전용 또는 타용도일시사용에 따른 토사의 유출 등으로 인근 농지 또는 농업기반시설을 손괴할 우려가 있는 경우5. 전용목적의 실현을 위한 사업계획 및 자금조달계획이 불확실한 경우6. 전용하려는 면적이 전용목적 실현을 위한 면적보다 과다한 경우② 시ㆍ도지사가 전용허가를 하는 경우에는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 제출한 심사의견서를 참작하여 심사를 하여야 한다.

제8조(장기사업계획구역에 편입되는 농지의 전용) ① 시행기간이 3년 이상 소요되는 사업의 경우에는 사업시행계획이 구체적으로 수립되어 있는 부분을 대상으로 전용허가를 신청토록 하여야 한다. 다만, 해당사업의 특성상 사업구역의 분할이 곤란한 경우에는 그러하지 아니하다.② 제1항의 경우에는 사업시행자로부터 전용허가 되지 아니한 농지에 대한 철저한 보전관리 등을 내용으로 하는 별지 제1호서식의 각서를 제출하게 할 수 있다.

제9조(농지전용허가ㆍ협의) ① 지방자치단체의 장이 법 제34조 또는 농지전용허가가 의제되는 다른 법률에 따라 농지의 전용에 관한 협의를 하고자 하는 때에는 시행규칙 별지 제20호서식에 따른 농지전용협의요청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 관할청에 제출하여야 한다.1. 농지전용허가 및 다른 법률에 따른 농지전용허가가 의제되는 경우(농지전용허가협의) : 별표 12. 법 제34조제2항에 따른 농지전용협의(도시계획재정비 등)의 경우 : 별표 2② 지방자치단체의 장이 농림축산식품부장관(이하 "장관"이라 한다)에게 농지전용협의를 요청하는 경우에는 시ㆍ도의 농지부서에서 제1항에 따른 서류가 적정하게 첨부되어 있는지 여부를 확인하고 농지전용심사의견서 및 농지전용협의의견서를 첨부하여 관계서류를 송부하여야 한다.③ 농지전용협의요청 서류의 확인 및 심사와 심사결과처리에 관하여는 제4조 및 제6조부터 제8조까지를 준용한다.

제10조(농지전용신고) ① 시행령 제36조 별표 1에서 "농업인"이란 다음 각 호에 모두 해당하는 세대의 세대원으로서 제2조제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.1. 농업인 1인 이상으로 구성되는 세대의 농업ㆍ임업 또는 축산업수입액이 해당 세대의 연간 총수입액의 2분의 1을 초과하거나 해당 세대원의 노동력의 2분의 1 이상으로 농업ㆍ임업 또는 축산업을 영위하는 세대2. 농업인 1인 이상으로 구성되는 세대로서 해당 세대의 농업ㆍ임업 또는 축산업경영의 근거가 되는 농지ㆍ산림ㆍ축사 등이 소재하는 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면 또는 이에 연접한 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면의 관할구역안에 거주하고 있는 세대② 신고수리권자는 농업인이 해당 농지를 전용한 후에도 제2조제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에 한하여 신고를 수리할 수 있으며, 농업인주택은 무주택인 농업인세대의 세대주가 농업진흥지역밖에 설치하는 최초의 시설에 한하여 신고를 수리할 수 있다.③ 신고수리권자는 신고자에 대하여 신고일 이전 5년간 해당시설의 부지로 신고전용한 사실이 있는지를 확인하여 그 5년간의 신고면적과 신고하고자 하는 면적을 합산한 면적이 시행령 제36조 별표 1의 제2호부터 제9호까지 면적범위 이내인 경우에 한하여 신고를 수리할 수 있으며, 그 범위를 초과하는 경우에는 전용허가를 받도록 하여야 한다.④ 신고수리권자는 신고자로 하여금 가급적 농업생산기반이 정비되어 있지 아니하고 보전가치가 낮은 농지를 활용하도록 유도하여야 한다.

제11조(타용도 일시사용 허가ㆍ협의대상) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 농지를 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도로 제3항에 따른 기간동안 사용한 후 농지로 복구하는 조건으로 타용도 일시사용의 허가 또는 협의를 할 수 있다.1. 「건축법」에 따른 건축허가 또는 건축신고 대상시설이 아닌 간이 농축산업용시설(제2조제1호 다목의 시설을 제외한다)과 농수산물의 간이 처리시설의 설치2. 주목적사업(해당 농지에서 허용되는 사업만 해당한다)을 위하여 불가피하게 그 사업장의 인근에 현장사무소나 부대시설, 그 밖에 이에 준하는 시설을 설치하거나 물건을 적치하거나 매설하는 경우3. 「골재채취법」 제2조제1항제1호에 따른 골재를 채굴하는 경우4. 「광업법」 제3조에 따른 광물을 채굴하는 경우5. 적조방제ㆍ농지개량 또는 토목공사용으로 사용하거나 공업용 원료로 사용하기 위한 토석을 채굴하는 경우② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 주무부장관이나 지방자치단체의 장이 다른 법률에 따른 사업 또는 사업계획 등의 인가ㆍ허가 또는 승인 등과 관련하여 농지의 타용도일시사용 협의를 요청하면 그 인가ㆍ허가 또는 승인 등을 할 때에 해당 사업을 시행하고자 하는 자에게 제3항에 일정기간동안 해당 농지를 사용한 후 농지로 복구한다는 조건을 붙일 것을 전제로 협의할 수 있다.③ 제1항 및 제2항에 따른 농지의 타용도 일시사용허가 또는 협의를 하는 경우 농지의 타용도 일시사용기간은 다음과 같다.1. 법 제36조제1항제1호의 경우 : 7년 이내2. 법 제36조제1항제2호 또는 같은조 제2항의 경우 : 그 주목적사업의 시행에 필요한 기간이내3. 제1호 및 제2호 외의 경우 : 5년 이내④ 제1항에서 "복구"란 농지의 경작여건을 타용도로 일시사용 하기전과 같거나 더 양호한 상태로 만드는 것을 말한다.

제12조(타용도 일시사용 허가ㆍ협의시 준수사항) 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 농지의 타용도 일시사용의 허가 또는 협의를 할 경우에는 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.1. 타용도 일시사용허가신청서 또는 협의요청서에 첨부하는 서류에는 다음 각 호의 사항이 명시되도록 하여야 한다.가. 복구계획서 : 사용할 흙의 종류 및 매립ㆍ성토의 높이와 취토원의 소재지(복구설계서 첨부)나. 복구비용명세서 : 산정근거(사용할 흙의 수량, 단가, 운반비 등) 및 거래실례가격2. 대상농지는 사업내용과 입지여건상 불가피한 경우를 제외하고는 농업진흥지역밖의 농지를 활용하게 하여야 한다.3. 제1호의 서류를 검토하여 복구비용이나 복구계획이 실현가능성이 없는 경우에는 허가나 협의를 하여서는 아니된다.4. 허가증 등에는 다음 각 목의 조건을 명시하여 일시사용기간이 종료된 후에는 지체없이 복구되도록 하여야 한다.가. 타용도 일시사용 기간 및 복구의 기한 (영농기 도래전 복구를 원칙으로 한다)나. 복구의 방법 및 정도다. 복구하지 아니할 경우의 조치사항5. 타용도 일시사용기간은 목적달성에 필요한 최소한의 기간으로 제한하여야 한다.

제13조(복구확인) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 시행령 제43조에 따라 복구비용예치금을 반환하고자 할 때에는 현지조사 그 밖의 방법으로 해당농지가 허가(협의 포함)신청할 때 제출한 복구계획서와 허가시 부여한 조건에 적합하게 복구되었는지를 확인하여야 한다.② 제1항에 따른 확인결과 당초 제출한 복구계획서와 허가시 부여한 조건에 적합하게 복구되지 아니한 경우에는 복구비를 반환하여서는 아니되며, 재차 원상복구를 위한 행정조치를 하여야 한다.

제15조(허가ㆍ신고조건 이행여부 조사 등) ① 관할청은 관계공무원으로 하여금 농지전용의 허가 또는 농지의 타용도 일시사용의 허가를 받았거나 농지전용신고를 한 자가 허가ㆍ신고조건을 이행하는지 여부 등을 조사하여 제39조제1항 각 호의 어느 하나에 규정된 허가취소 등의 사유에 해당하는지 관리하여야 한다.② 관할청은 농지전용의 협의 또는 농지의 타용도일시사용의 협의를 거친 농지에 위반사항이 발생되었을 경우에는 지체 없이 협의요청기관에 대하여 허가취소 등 필요한 조치를 요구하여야 한다.

제16조(용도변경의 승인) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호에 모두 적합한 경우에 한하여 용도변경승인을 할 수 있다.1. 농지전용의 허가 또는 협의를 받거나 신고를 하고 당초의 전용목적사업에 사용되고 있거나 사용된 토지일 것2. 시행령 제29조 및 제30조에 따른 행위제한에 저촉되지 아니할 것3. 시행령 제33조제1항에 따른 심사기준에 적합할 것② 관할청 또는 관계행정기관의 장은 농지전용허가ㆍ신고증 또는 농지의 전용이 수반되는 관련 인ㆍ허가증 등에 "전용목적이 완료된 날부터 5년 이내에 전용목적을 변경하고자 할 경우에는 용도변경승인을 받아야 하며, 이 때 보전부담금의 감면비율이 달라지는 경우에는 승인일을 기준으로 달라지는 감면비율에 따라 보전부담금을 추가 납입하여야 함"을 명시하여야 한다.

제17조(협의권자) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 도시관리계획의 결정(변경) 또는 도시관리계획이 결정(변경)된 것으로 보는 산업단지ㆍ택지개발예정지구ㆍ전원개발사업구역 및 예정구역의 지정ㆍ변경 그 밖에 이와 유사한 토지이용계획의 지정ㆍ변경(이하 "도시관리계획변경등"이라 한다)의 협의권자는 다음 각 호와 같다.1. 농업진흥지역안의 농지가 1ha 이상 편입되는 경우 : 장관2. 농업진흥지역밖의 농지가 20ha 이상 편입되는 경우 : 장관3. 농업진흥지역안의 농지가 1ha 미만 편입되는 경우 : 시ㆍ도지사4. 농업진흥지역밖의 농지가 20ha 미만 편입되는 경우 : 시ㆍ도지사다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제36조에 따른 자연녹지지역, 계획관리지역의 농업진흥지역 밖 농지에 대하여는 시ㆍ도지사에게 모두 위임5. 변경 협의 농지가 감소하는 경우(주요 개발계획이 변경되는 경우는 제외) : 시ㆍ도지사6. 변경 협의 농지가 총 1ha 미만 증가되거나 농업진흥지역내 농지의 면적이 1ha 미만 증가하는 경우(주요 개발계획이 변경되는 경우는 제외) : 시ㆍ도지사

제18조(협의서류 작성) 광역도시계획, 도시기본계획, 도시관리계획변경 등의 협의요청서에 첨부하는 서류의 종류ㆍ기재사항 및 작성방법은 다음 각 호와 같다.1. 광역도시계획, 도시기본계획(변경) 등 협의 : 별표 32. 도시관리계획결정(변경) 협의 : 별표 43. 도시관리계획결정(변경) 협의 중 도시지역 확장의 경우 ： 별표 54. 도시관리계획결정(변경) 협의 중 관리지역 세분화의 경우 ： 별표 6

제19조(첨부서류의 확인) ① 지방자치단체의 장이 도시관리계획변경등에 관하여 협의하고자 하는 경우에는 미리 해당 지방자치단체의 농지부서로 하여금 제18조에 따른 서류가 적정하게 첨부되어 있는지의 여부를 확인하게 하고 관계서류에 별지 제4호서식에 따른 농지분야 협의의견서를 첨부하여 제출하여야 하며, 협의권자가 장관일 경우에는 시ㆍ도지사(농지부서)가 관계서류를 재확인하고 농지분야 협의의견서를 첨부하여야 한다.② 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 작성하는 농지분야 협의의견서에는 다음 각 호에 관한 의견이 반드시 포함되어야 한다.1. 해당농지의 생산성 및 보전가치2. 사업시행시 인근농지 또는 농업환경에 미치는 영향3. 피해가 있을 경우 피해방지계획의 타당성4. 진흥지역 농지인 경우 해당농지 이외의 활용 가능한 토지유무

제20조(사실상 농지등에 대한 부과기준 적용) ① 사실상 농지는 주재배 작목에 따라 답 또는 전으로 분류하고, 과수원은 전으로 분류하여 보전부담금을 부과한다.② 부과기준일 현재 「부동산 가격공시에 관한 법률」(이하 "부동산공시법"이라 한다)에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다)가 결정ㆍ공시되지 않은 토지에 대하여는 공시지가 업무담당부서에 같은 법 제10조에 따른 개별공시지가의 결정ㆍ공시를 의뢰하여 해당 토지에 대한 개별공시지가를 통보받아 보전부담금을 부과하여야 한다. 다만, 분할ㆍ합병 등으로 부동산공시법 제10조에 따라 개별공시지가가 결정되기 전에 부과를 하는 경우에는 분할ㆍ합병 전 각각의 필지별 개별공시지가를 적용하여 부담금을 부과하여야 한다.

제21조(농지전용협의에 따른 보전부담금 부과) ① 사업시행자 및 시행기간 등이 확정된 도시계획시설 결정 또는 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 인가ㆍ허가ㆍ승인ㆍ신고수리 등(이하 "인가등"이라 한다)을 하기 위한 농지전용협의가 있을 때에는 다음 각 목에 의하여 보전부담금을 부과ㆍ징수한다.가. 협의요청기관의 장은 농지전용협의요청서에 지번별 지적 및 전용면적을 기재한 전용농지조서와 전용목적ㆍ사업시행자ㆍ사업기간을 명시한 사업계획서를 첨부하여 관할청에 전용협의를 요청한다.나. 관할청은 협의요청기관이 인가등 전에 보전부담금의 납입을 확인하여야 함을 명시하여 농지전용을 협의한다.다. 협의요청기관의 장은 보전부담금의 납입을 확인한 후 인가 등을 하고, 그 결과를 지체 없이 관할청에 통보하여야 한다.라. 관할청은 가목에 따른 협의요청을 받은 때에는 시행령 제47조부터 제48조에 따라 보전부담금을 부과결정하고 부과명세서 또는 부과결정서에 시행규칙 제38조제2항에 따른 관계서류를 첨부하여 공사에 통보하여야 하며, 시행규칙 제38조제2항에 따른 관계서류 중 군수의 현지조사확인서는 별지 제19호서식에 의한다.② 사업시행자 및 시행기간 등이 확정되지 아니한 도시계획 또는 공원계획 등을 결정하기 위한 농지전용협의가 있을 때에는 다음 각 목에 따라 보전부담금을 부과징수한다.가. 협의요청기관의 장은 전용협의요청서에 전용하고자 하는 농지내역 등 필요한 서류를 첨부하여 농지전용협의를 요청하여야 한다.나. 관할청은 농지전용협의를 하고 협의요청기관의 장에게 별표 9의 도시지역등내 농지전용에 따른 보전부담금 부과ㆍ징수요령을 송부한다.다. 협의요청기관의 장은 도시계획 또는 공원계획 등을 결정하고, 그 결과를 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 통보하여야 하며, 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 별지 제6호서식에 따른 도시지역등의 전용예정 농지대장을 작성 비치하여야 한다.라. 관계행정기관의 장은 전용예정구역내의 농지에 대한 개발행위허가신청 등(허가신청등의 취소ㆍ변경 또는 철회를 포함한다)을 한 때에는 전용농지의 위치ㆍ면적(진흥구역ㆍ보호구역ㆍ진흥지역밖, 전ㆍ답 구분)ㆍ전용목적, 개별공시지가, 전용신청자의 주소ㆍ성명, 허가신청일 등을 명기하여 관할청에 통지하여야 한다.마. 가목에 따라 협의요청을 받은 관할청은 보전부담금을 부과결정하고 부과명세서 또는 부과결정서에 시행규칙 제38조제2항에 따른 관계서류를 첨부하여 공사에 통보하여야 한다.바. 보전부담금의 산출기준은 시행규칙 제39조에 따른 보전부담금 부과기준일의 부과기준 및 감면비율을 적용한다.사. 공원계획이 결정된 농지에 대하여는 점ㆍ사용허가 신청면적 등 형질변경 하고자 하는 농지면적을 기준으로 한 농지전용허가ㆍ협의권자가 보전부담금을 부과결정한다.③ 관할청이 협의요청기관과 농지전용에 관한 협의를 하는 때에는 협의요청기관이 보전부담금의 납입을 확인한 후에 인가등을 하도록 명시하여야 한다.④ 공사는 시행규칙 제40조에 따른 부과결정서에 누락 또는 흠이 있는 것이 발견된 때에는 지체 없이 그 사실을 관할청에 통보하여야 하며, 관할청은 이를 보완하여 공사에 통보하여야 한다.⑤ 관할청은 시행령 제32조제5항 각 호의 사항이 변경되었을 경우 그 사실을 즉시 공사에 통보하여야 한다. <단서삭제>

제22조(농지전용신고에 따른 보전부담금의 감면) ① 시행령 제36조 별표 1의 농지전용신고대상자가 신고대상시설을 도시지역내 녹지지역ㆍ개발제한구역 및 도시개발예정지역의 농지에 설치하고자 할 경우에는 법 제34조제2항에 불구하고 농지전용신고를 할 수 있으며, 이 경우 보전부담금은 시행령 제52조 별표 2 제3호나목에 따라 감면한다.② 제1항의 용도구역안에서 농지전용협의를 거쳐 개발행위허가 등을 받은 경우에는 시행령 제52조 별표 2 제3호나목의 감면규정을 적용하지 아니한다.

제22조의2(보전부담금 감면 공개) 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 제21조 및 제22조에 따라 보전부담금을 감면한 경우에는 보전부담금 부과결정서를 공사에 통보하는 날에 해당 사업명, 감면금액, 감면사유 등을 해당 시ㆍ군ㆍ구 홈페이지에 7일 이상 공개하여야 한다.

제24조(보전부담금 납입통지) ① 공사는 관할청에서 통보한 보전부담금의 부과명세서 또는 부과결정서를 접수한 때에는 지체없이 보전부담금의 납입통지서를 납입의무자에게 송부하여야 한다.② 공사는 제1항에도 불구하고 전용대상농지의 면적이 10만제곱미터를 초과하는 사업지구에 대한 서류를 송부받은 때에는 보전부담금의 부과누락 여부를 조사하여야 하며, 필요한 경우에는 관할청의 협조를 받아 현지 확인을 하여야 한다.③ 공사는 제2항에 따른 조사 및 확인결과 부과누락 농지가 있을 때에는 관할청에 이를 통보한 후 관할청의 보전부담금 부과결정 정정에 따라 보전부담금의 납입통지서를 발부하여야 한다.④ 관할청은 제3항에 따라 부과 누락내용을 통보받은 때에는 지체 없이 이를 확인하여 보전부담금 부과결정을 정정하고, 부과명세서 또는 부과결정서 등 관련서류를 공사에 송부하여야 한다.⑤ 공사가 시행규칙 제41조제2항에 따라 보전부담금 납입통지서를 재 발부하고자 할 때에는 관할청에 주소를 조회하여야 하며, 관할청은 농지전용신청자의 주소변경사실 등을 즉시 공사에 통보하여야 한다.⑥ 삭제

제25조(납입기간 연장 및 분할납부 신청) ① 시행령 제50조제2항에 단서에 따른 보전부담금의 납입기간 연장은 당초 납입기간의 만료일전까지 신청한 경우에 이를 승인할 수 있다.② 시행령 제50조에 따른 보전부담금의 분할납부는 농지전용허가(전용허가가 의제되는 인가 등을 포함하며 이하 "농지전용허가등"이라 한다)를 신청할 때에 분할납부를 신청한 경우에 한하여 이를 승인할 수 있다.

제26조(납입기간이 경과된 보전부담금의 납입) ① 농지전용자는 납입기한(연장된 경우에는 그 기한)내에 보전부담금을 납입하여야 한다.② 관할청은 과실로 인하여 당초 납입기한 또는 연장된 기한 내에 보전부담금을 납입하지 못한 납입의무자가 기한 경과 후에 납입신청을 한 때에는 이를 검토하여 승인여부를 결정하여야 하며, 승인결정을 한 때에는 당초의 부과결정 사항을 취소하고 재부과결정을 하여야 한다.③ 관할청은 제2항에 따라 재부과 결정을 한 때에는 그 내용을 지체 없이 공사에 통보하여야 한다.

제28조(보전부담금의 납입확인) ① <삭제>② 농지전용허가증 등은 보전부담금을 완납한 후에 내어주어야 한다. 다만, 시행규칙 제45조에 따라 분할납부가 결정된 경우에는 목적사업 허가 전에 납입하여야 할 해당금액 납입영수증 및 보증서를 확인한 후 농지전용허가등을 내주어야 하며, 보증서는 허가일로부터 30일 이내에 예치하도록 하여야 한다.③ 보전부담금 등을 납입한 자(이하 "납입자"라 한다)가 납입확인서(별지 제8호서식) 발급을 신청한 경우 공사는 신청인과 납입자의 관계를 확인한 후 납입확인서를 즉시 발급하여야 한다.

제29조(보전부담금 조달방안 확인) 관할청이 농지전용허가등을 하고자 할 경우에는 보전부담금 조달방안 제출여부를 사업계획서에 의하여 확인하고, 소요자금 확보가 불가능하다고 인정될 때에는 허가신청서 등을 반려할 수 있다.

제31조(보전부담금의 환급) ① 관할청이 시행규칙 제46조제1항에 따라 공사에 보전부담금환급금 및 환급가산금 결정통지서를 송부할 때에는 그 산출내역을 명시하여야 한다.② 공사는 시행규칙 제46조제2항에 따라 보전부담금을 환급하고자 하는 경우로서 납입자와 환급대상자가 서로 다를 때에는 관할청에 시행령 제46조제3항에 따른 농지전용허가 변경 승인 여부 등을 확인하여야 한다.③ 삭제④ 관할청이 법 제42조제1항제3호 또는 제4호에 따라 농지의 원상회복을 명한 경우에는 농지의 원상회복 여부를 확인한 후에 현장사진 및 출장복명서 등 근거서류를 비치하고 보전부담금 환급결정을 하여야 한다.⑤ 제4항에 따라 관할청이 농지의 원상회복 여부를 확인할 때에는 해당 농지의 상태가 종전과 같거나 더 양호한 상태인지 여부를 확인하여야 한다.

제32조(보전부담금 업무추진) ① 관할청과 공사는 보전부담금의 부과, 징수, 환급, 결손처분 등과 관련된 업무의 원활한 추진을 위하여 상호 적극적으로 협조하여야 한다.② 공사는 시행령 제48조에 따른 보전부담금 수납회계업무를 대행하기 위하여 그 소속직원 중에서 수납담당임원 또는 수납담당자를 따로 지정하여 운영하여야 한다.③ 관할청은 보전부담금 징수와 관련된 행정소송 등에 대한 소장을 송달받은 때에는 그 사실을 공사에 통보하고, 공사는 보전부담금 통지 및 수납 등 소송관련 업무를 적극 지원하여야 한다.

제33조(체납대장 등 작성 및 관리) ① 공사는 보전부담금미납대장(별지 제9호서식)을 전산정보처리조직을 활용하여 기록ㆍ관리하여야 한다. <단서 삭제>② 관할청은 시행령 제56조에 따른 미납상황 통보를 받은 즉시 체납자관리대장(별지 제10호서식)에 제반사항을 기록ㆍ관리하여야 하며, 체납자별로 그 사유를 조사하고 관계법령에 따라 필요한 조치를 하여야 한다.③ 관할청은 1건당 체납액이 1억원 이상인 납입의무자를 대상으로 고액체납자관리카드(별지 제11호서식)를 작성하여 별도 관리하여야 한다.④ 관할청은 해당 체납이 완전히 정리될 때까지의 모든 관계서류를 철저히 보관ㆍ관리하여야 하며, 체납이 완결될 때까지 분기 1회 이상 체납정리 추진사항을 자체 점검하여야 한다.

제34조(체납관리에 관한 협조 등) ① 관할청은 시행령 제56조제2항에 따라 공사로부터 보전부담금 체납에 관한 사항을 통보받은 때에는 그 내용에 따라 체납처분, 협의(허가) 취소 등 필요한 조치를 하여야 한다.② 관할청이 제1항에 따라 체납처분, 허가 등의 취소 등 조치를 함에 있어 공사에 대해 농지상태조사, 법률자문 등을 요청할 수 있으며, 공사는 요청사항에 대해 적극 지원하여야 한다.

제35조(농지전용허가 취소 등) ① 관할청은 보전부담금 납입의무자가 시행령 제49조제5항에 따른 독촉장에 정하여진 납입기한 내에 보전부담금과 가산금을 납입하지 아니한 경우에는 법 제38조제11항에 따라 국세 또는 지방세 체납처분의 예에 따라 징수하거나 법 제39조제1항에 따라 허가취소 등의 조치를 하여야 한다.② 관할청은 법 제39조제1항에 따라 보전부담금의 납입대상인 농지전용허가 등을 취소한 경우에는 다음 각 호의 사항을 공사에 통보하여야 한다.1. 통지번호 및 보전부담금 납입의무자의 성명2. 전용농지의 소재지 및 전용면적3. 허가취소 사유4. 그 밖의 허가취소와 관련된 사항

제36조(농지보전부담금 체납정리심의회 구성ㆍ운영) ① 법 제38조제12항 및 시행령 제54조에 따른 체납액의 결손처분에 관한 사항을 심의하기 위하여 관할청에 농지보전부담금 체납정리심의회(이하 "심의회"라 한다)를 둔다.② 심의회는 위원장 1인을 포함하여 위원 5인 이상 7인 이내로 구성하되, 위원장은 관할청의 부책임자(단, 농림축산식품부 및 특ㆍ광역시, 도는 담당국장으로 한다)가 되며 위원은 위원장이 농지부서 공무원 3인 이내, 국세ㆍ지방세 관계부서 공무원 2인 이내, 공사의 체납담당직원 1인을 임명 또는 위촉한다.③ 심의회는 보전부담금 체납액의 결손처분 등에 관한 사항을 심의하되, 체납액에 대하여 결손처분을 하고자 할 경우에는 심의회의 심의를 거쳐야 한다.④ 위원장은 심의회의 회의를 소집하고 그 의장이 되며, 회의록을 작성ㆍ비치하여야 한다.⑤ 회의는 재적위원 과반수의 출석과 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다.⑥ 심의회는 의안에 대하여 필요하다고 인정할 경우에는 체납자 또는 이해관계인의 의견을 들을 수 있다.⑦ 심의회 위원은 본인 또는 친족이 관계되어 있는 체납액에 관한 의안의 심의에는 관여하지 못한다.

제37조(결손처분) ① 관할청은 체납자에 대한 재산 및 행방을 조사한 결과 법 제38조제12항 및 시행령 제54조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 때에는 해당 체납액을 결손처분할 수 있다.② 제1항의 결손처분은 심의회의 심의를 거쳐 결손처분의 결의를 하여야 한다. <단서조항 삭제>

제38조(결손처분시의 구비서류) ① 체납액을 결손처분 하고자 할 때에는 「국세징수법」 또는 「지방세법」 등에서 정한 다음 각 호의 서류를 구비하여야 한다. 다만, 소멸시효가 완성된 사항에 대하여는 다음 제2호의 서류를 생략할 수 있다.1. 결손처분표(별지 제12호서식)2. 재산수색조서(별지 제13호서식)3. 그 밖의 결손관계 서류② 결손처분은 제1항의 구비서류와 심의회의 심의안(별지 제14호서식)에 의하여 정확과 신중을 기하여 행하여야 한다.③ 관할청이 관련규정에 따라 결손처분을 한 때에는 시행규칙 제48조에 따라 즉시 그 결과를 공사에 통보하여야 하며, 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. 다만, 소멸시효가 완성된 사항에 대하여는 재산수색조서(별지 제13호서식) 첨부를 생략할 수 있다.1. 심의회 심의ㆍ의결조서(별지 제15호서식) 사본2. 의안가결 및 부결조서(별지 제16호서식) 사본3. 결손처분표 사본4. 그 밖의 결손처분과 관련된 서류④ 관할청으로부터 통보받은 결손처분결과에 대하여 공사가 사실확인 조회를 요청할 경우에 관할청은 이에 적극 협조하여야 한다.⑤ 공사는 관할청으로부터 통보받은 결손처분 결과에 대하여 농지보전부담금 관리시스템 전산자료에 등재하여야 하며, 매 분기마다 관할청별 결손처분현황을 장관에게 보고하여야 한다.

제39조(결손처분의 취소 등) ① 관할청은 결손처분된 건에 대하여 소멸시효 만료기간까지 매 분기마다 사후관리를 하여야 하며, 이 과정에서 압류할 수 있는 다른 재산을 발견하였을 때에는 지체 없이 결손처분을 취소하고 체납처분을 속행하여야 한다.② 제1항에 따라 결손처분을 취소한 경우에는 시행규칙 제48조에 따라 즉시 그 결과를 공사에 통보하여야 한다.

제41조(수수료 지급기준) ① 보전부담금 부과ㆍ수납업무 관련 수수료(이하 "수수료"라 한다) 중 시행령 제55조제1항제1호에 따라 시ㆍ도지사, 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 지급하는 수수료는 보전부담금 전국 수납액의 100분의 12 이내로 하며 세부 지급기준은 다음 각 호와 같다.1. 보전부담금 전국 수납액의 100분의 8은 부과결정서를 공사에 통보한 관할청별 수납액을 기준으로 다음과 같이 배분ㆍ지급한다.가. 농림축산식품부 부과 : 시ㆍ도 50%, 시ㆍ군ㆍ자치구 50%나. 시ㆍ도 부과 : 시ㆍ도 50%, 시ㆍ군ㆍ자치구 50%다. 시ㆍ군ㆍ자치구 부과 : 시ㆍ군ㆍ자치구 100%2. 보전부담금 전국 수납액의 100분의 4는 보전부담금 부과결정 및 농지의 보전ㆍ관리와 관련된 업무에 소요되는 비용 중 시ㆍ군ㆍ자치구의 사용계획, 예산편성 및 집행실적에 따라 배분ㆍ지급할 수 있다.② 시행령 제55조제1항제2호에 따라 공사에 지급하는 수수료는 회계연도 기준으로 수납액의 100분의 2 이내로 하며 세부 지급기준은 다음 각 호와 같다.1. 4천억원 이하 수납 시 : 수납액의 2%2. 4천억원 초과부터 1조원 미만 수납 시 : (4천억원 × 2%) + [(수납액 － 4천억원) ÷ 300]으로 산정한 금액3. 1조원 이상 수납 시 : 수납액의 1%[종전의 제42조에서 이동]

제41조의2(자료제공 등의 요청) ① 농림축산식품부장관은 시ㆍ도지사, 시장ㆍ군수ㆍ구청장 및 공사에게 제41조에 따른 업무 수행에 필요한 자료 및 정보의 제공을 요청할 수 있다.② 제1항에 따른 자료 및 정보의 제공을 요청 받은 자는 특별한 사유가 없으면 그 요청을 따라야 한다.

제42조(보전부담금 부과ㆍ수납업무 수수료 사용범위) 관할청 및 공사가 시행령 제55조제1항에 따라 지급받은 수수료의 사용범위는 다음 각 호와 같다.1. 관할청은 지급받은 수수료를 시행령 제55조제2항에 따라 농지관리업무 수행에 따른 인건비, 출장여비, 교육훈련ㆍ연수비, 인쇄ㆍ물품비 및 법 제44조에 따른 농지위원회 운영에 필요한 경비 등에 우선적으로 사용하여야 한다.2. 공사는 지급받은 수수료의 일부를 농지관리업무의 행정사무 전산화 지원 및 교육ㆍ연수 등 업무효율성 제고를 위한 비용과 법 제37조의3에 따른 농지관리위원회 운영에 필요한 경비 등에 사용할 수 있다.

제43조(수수료 지급 및 결과통보) 공사는 당월 수수료를 다음달 말일까지 관할청이 지정한 계좌에 입금하고 수수료 산출내역(별지 제17호서식) 및 수수료 지급현황(별지 제18호서식)을 시ㆍ도에 통보하여야 한다.

제45조(재검토기한) 농림축산식품부장관은 이 훈령에 대하여 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 2023년 1월 1일을 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 12월 31일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.