과학기술정보통신부 국고보조금 관리에 관한 규정 (훈령, 과학기술정보통신부)
공포일: 20210226 / 시행일: 20210226

제1조(목적) 이 규정은 「보조금 관리에 관한 법률」(이하 ‘보조금법’이라 한다)및「보조금 관리에 관한 법률 시행령」(이하 ‘보조금법 시행령’이라 한다)과 「국고보조금 통합관리지침」(이하 ‘보조금통합지침’이라 한다)에서 정한 사항 등의 세부적인 사항을 규정하는 것을 목적으로 한다.

제2조(정의) ①이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.1. ~ 3. 삭제4. ‘보조사업부서’란 보조사업을 담당하는 부서 또는 소속기관을 말한다.5. ‘보조사업 관리기관’이란 「국가재정법」 별표2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리·운용하는 자로서 보조사업에 대한 기획·평가·관리 등의 업무를 수행하는 자를 말한다.6. ~ 9. 삭제10. ‘보조금관리위원회’란 「보조금법 시행령」 제6조의3에 따라 설치된 기획재정부 소관 위원회를 말한다.11. ~ 17. 삭제② 제1항 외에 이 규정에서 사용하는 용어는 「보조금법」 제2조 및 「보조금 통합지침」 제3조에서 정의한 바를 준용한다.

제3조(적용범위) ① 이 규정은 「보조금법」 제2조제1호의 보조금 및 제2조제4호의 간접보조금을 교부받아 수행하는 보조사업 또는 간접보조사업에 대해 적용한다.② 이 규정에서 정하지 않은 사항은 「보조금법」, 「국가균형발전 특별법」, 「국가연구개발혁신법」 등 다른 법령 및 「보조금통합지침」에서 정하는 바에 따른다.③ 이 규정에서 정하지 않은 사항 중 「보조금통합지침」에서 중앙관서의 장이 행하는 행위는 보조사업부서의 장 및 보조사업 관리기관의 장 등이 행한다.

제4조(보조사업 관련자의 의무) ① 보조사업 선정 및 보조금 집행의 효율성과 투명성을 제고하기 위하여 과학기술정보통신부장관, 보조사업부서의 장 및 보조사업 관리기관의 장, 보조사업자, 간접보조사업자 및 보조금 수령자는 「보조금법」, 「보조금법 시행령」, 「보조금통합지침」과 이 규정에서 정한 의무를 충실히 이행하여야 한다.② 과학기술정보통신부장관의 의무는 다음과 같다.1. 신규 보조사업에 대한 적격성 심사 등 보조사업의 타당성과 관리체계에 관한 관리2. 부정수급 실태점검 및 유사중복사업 통폐합계획 수립 등 총괄3. 과학기술정보통신부 소관에 속하는 보조사업을 원활하게 수행하기 위한 보조사업 관리규정의 제·개정③ 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장의 의무는 다음과 같다.1. 신규 보조사업에 대한 적격성 심사 실시 등 보조사업의 타당성과 관리체계에 관한 검토2. 보조사업자 선정의 합리성과 투명성 확보를 위한 선정기준 마련 및 공모제도 운영3. 보조사업 집행의 투명성과 효율성을 강화하기 위한 집행점검, 보조사업자의 정보공시·실적보고서 제출·회계감사 등에 대한 관리·감독4. 보조금 부정수급 대응 및 방지를 위한 제재부가금, 보조사업 수행배제 및 신고포상금 제도 등 운영5. 제2호부터 제4호까지의 주요 안건을 심의 할 수 있는 보조사업자선정위원회, 보조사업점검평가단, 부정수급심의위원회 등의 위원회 구성 및 운영6. ~ 7. 삭제④ 보조사업자 또는 간접보조사업자의 의무는 다음과 같다.1. 적법한 방법 및 절차를 통해 교부신청서와 사업계획서 등을 작성하여 제출2. 보조사업 집행점검시 보조사업 수행사항을 과학기술정보통신부장관 또는 보조사업자에게 보고3. 사업 완료시 보조사업실적보고서 제출, 정보공시, 회계감사보고서 제출, 중요재산에 대한 관리4. 간접보조사업자 또는 보조금수령자 등에게 보조금을 재교부하는 경우, 보조금 법령 등의 규정 준수여부에 대한 관리·감독 등⑤ 보조금수령자는 보조금 관리에 관한 법령, 보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 과학기술정보통신부장관의 처분에 따라 적법한 방법과 절차를 통해 보조금을 수령하여 보조금의 지급 목적에 적합하게 사용하여야 한다.

제6조(보조사업 적격성심사) ① 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 총 사업비 또는 중기사업계획서에 의한 재정지출금액 중 보조금 규모가 100억원 이상인 보조사업을 신규로 선정하고자 할 경우에는 사업타당성 및 사업관리체계 등 해당 보조사업의 적격성 심사를 제3의 기관에게 의뢰하여야 한다.② 보조사업부서와 보조사업 관리기관은 제1항에도 불구하고 심사대상사업이 다음 각 호에 해당하는 경우는 적격성심사를 면제할 수 있다.1. 국가재정법 제7조제2항제4호의2에 따른 의무지출사업2. 국가재정법 제38조에 따른 대규모사업에 대한 예비타당성조사 대상사업3. 지방재정법 제37조제2항에 따른 타당성조사 대상사업4. 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관예비타당성조사 대상사업5. 개별 법률에 따라 과학기술정보통신부 주관으로 사전 타당성 평가를 수행한 사업으로 기획재정부장관과 미리 협의한 경우③ 제1항에 따라 적격성 심사를 수행하는 경우 보조사업부서와 보조사업 관리기관은 「정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 및 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 연구기관에 적격성 심사를 의뢰하여야 한다. 다만 전문적인 평가를 위해 필요한 경우 정부출연연구기관 외에 해당 분야의 전문성을 보유한 대학 등의 기관에 의뢰할 수 있다.④ 과학기술정보통신부장관은 적격성심사 결과를 해당 회계연도의 전년도 3월 31일까지 보조금관리위원회에 보고하여야 한다.⑤ 과학기술정보통신부장관은 「보조금법」 제6조제3항에 따라 보조금 예산을 요구할 때에는 예산계상 신청내용 및 조정내용과 함께 보조금관리위원회의 심의를 거친 적격성심사결과를 기획재정부장관에게 제출하여야 한다.⑥ 제1항부터 제5항까지 규정한 내용 외에 보조사업 적격성심사의 구체적인 수행체계 및 분석방법 등은 기획재정부 "보조사업 적격성심사 운용지침"을 준용한다.

제7조(보조사업의 시행 공고) 과학기술정보통신부장관은 별지 제1호 서식에 따른 보조사업 총괄표와 세부사업계획을 해당 보조사업을 시행하는 회계연도의 3월 31일까지 보조금시스템 및 부처 홈페이지에 30일 이상 공고하여야 한다. 다만, 과학기술정보통신부장관은 사업계획 수립여부, 사업 진행상황 등을 고려하여 공고시기, 공공 기간 등을 조정할 수 있으며 외교, 통일, 안보 등과 관련한 사항으로 공고가 적절치 않다고 인정하는 경우 공고하지 않을 수 있다.

제8조(보조사업자 선정기준) ① 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 보조사업자를 선정하고자 할 경우에는 「보조금법」 제17조제1항 및 별표 2에 따른 당해 보조사업자의 재무안정성, 사업능력, 사업관리체계의 적정성, 중복편중지원 여부 등을 면밀하게 검토하여야 한다.② 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 동일 보조사업자에게 보조금을 2회 이상 지원하는 경우 보조사업 평가결과, 해당 보조사업자의 수행실적 평가 결과 및 보조사업실적보고서 등을 검토하여 지원여부를 결정하되 최대 3회까지만 지원하여야 한다. 다만 해당 보조사업 또는 보조사업자가 다음 각 호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니할 수 있다.1. 법령 등에 따라 보조사업자 등이 결정된 사업인 경우2. 일정한 요건을 갖추면 지원대상이 되는 경상보조 성격의 사업인 경우3. 특정분야의 산업진흥 등 정책적 요구에 따라 지속적인 지원이 필요한 사업인 경우4. 기타 과학기술정보통신부장관이 보조사업 또는 보조사업자의 특성을 고려하여 계속적인 지원이 필요하다고 인정한 경우③ 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 제2항에 따른 동일 보조사업자에 대한 보조금 계속지원여부를 결정하기 위하여 보조사업자의 보조사업 신청시 수혜이력을 제출하게 하거나, 보조사업 실적보고서 제출시 관계공무원으로 하여금 해당 보조사업자의 수행실적을 평가하게 할 수 있다.④ 보조사업자가 지방자치단체인 경우 해당 지방자치단체의 지방비 부담 능력 유무와 함께 지방재정영향평가결과, 부지확보 여부, 인허가 서류, 주민동의서 사전행정절차 이행여부, 연내 집행가능성 등을 확인하여야 한다.⑤ 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 보조사업자가 다음 각 호에 해당하는 경우 보조사업자 선정에서 제외하여야 한다.1. 「보조금법」 제31조의2에 따라 보조사업 수행대상에서 배제되거나 보조금 또는 간접보조금의 교부를 제한받은 경우2. 불법시위를 주최 또는 주도한 단체의 경우3. 삭제⑥ 보조사업자가 간접보조사업자를 선정하고자 할 때에도 제1항, 제2항 및 제5항을 준용한다.

제10조(보조사업자 공모) ① 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 2개 이상의 법인·단체 또는 개인이 수행할 수 있는 보조사업의 보조사업자를 선정할 경우 공모방식을 통해 보조사업자를 선정하여야 한다.② 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 제1항에도 불구하고 「보조금법」 제16조제2항 단서에 따라 공모에 의하지 아니하고 보조사업자를 선정할 수 있다.③ 보조사업부서와 보조사업 관리기관은 필요시 보조사업 지원대상자 접수 마감 전에 사업설명회를 개최하여 보조사업 정보제공 및 홍보 활동을 수행할 수 있다.④ 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 제2항에 따라 공모에 의하지 아니하고 보조사업자를 선정한 경우, 그 사유 및 보조사업자 선정 결과를 과학기술정보통신부장관에게 보고ㆍ제출하여야 한다.⑤ 보조사업자가 간접보조사업자를 선정하는 경우에도 제1항부터 제4항을 준용한다.

제11조(보조사업자선정위원회) ① 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 공모방식으로 보조사업자를 선정하고자 할 때에는 보조사업자선정위원회의 심의를 거쳐야 한다.② 보조사업자선정위원회는 위원장 1인을 포함하여 5인 이상 10인 이내의 위원으로 구성하되, 반드시 사업전문가 및 보조금 전문가 각 2인 이상을 포함하여야 한다. 다만 해당 보조사업과 이해관계가 있는 경우에는 위원으로 선정하여서는 아니된다.③ 제2항에 따라 구성된 보조사업자선정위원회는 공모 관련 보조금 교부신청서 및 관련 서류의 심의내용을 과학기술정보통신부장관에게 제출하여야 한다.④ 과학기술정보통신부장관은 제3항에 따른 보조사업자 선정 관련 심의내용을 고려하여 보조사업자를 선정하고, 그 내용을 보조금관리위원회에 보고하여야 한다.⑤ 보조사업자가 공모방식으로 간접보조사업자를 선정하고자 할 때에도 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다.

제12조(현장조사) ① 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 보조사업자가 교부 신청한 보조금이 100억원 이상인 경우 관계기관과 합동으로 현장 확인 또는 조사를 실시할 수 있다.② 제1항은 보조사업자가 간접보조사업자를 선정하는 경우에도 준용한다.

제15조(보조사업의 내용변경 등) ① 보조사업자는 보조금을 법령이나 보조금의 교부 목적 외의 다른 용도에 사용하여서는 아니되며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보조사업부의 장과 보조사업 관리기관의 장의 승인을 받아야 한다.1. 사정의 변경으로 보조사업자 또는 간접보조사업자가 변경되거나 사업목표, 사업기간, 보조사업에 소요되는 경비의 배분을 변경(보조비목간 변경, 보조비목 중 인건비·여비의 보조세목간 변경)하고자 하는 경우2. 보조사업을 다른 사업자에게 인계하거나 중단 또는 폐지하고자 하는 경우3. 보조금에 의하여 취득하거나 그 효용이 증가된 중요재산을 양도·교환·대여·담보의 제공 또는 교부 목적에 위배되는 용도로 사용하는 경우② ~ ⑨ 삭제

제16조(보조사업 집행제한) ① ~ ③ 삭제④ 보조사업자는 보조금 집행 시 보조사업자의 임직원(직계존비속을 포함한다) 등이 운영하는 업체 또는 단체, 계열 관계에 있는 업체 또는 단체와는 거래를 할 수 없다. 다만, 과학기술정보통신부장관의 승인을 얻은 경우에는 그러하지 아니하다.⑤ 삭제⑥ 제4항은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제23조(보조사업 실적보고서의 제출) ① ~ ③ 삭제④ 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 「보조금통합지침」 제26조 및 제27조에 따른 보조사업 실적보고 및 정산절차가 완료되지 않은 보조사업자에게 보조금을 추가로 교부하여서는 아니된다. 다만, 기관 또는 시설의 유지 운영에 필요한 비용(인건비, 경상경비, 고유사업비)을 지원하는 보조사업은 「보조금법 시행령」제12조제1항에서 정한 정산절차 완료시기까지 필요한 실비용을 교부할 수 있다.⑤ 삭제⑥ 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 취업지원, 양육수당과 같이 일정 요건을 충족하는 경우 정액으로 지급하는 보조금의 보조금수령자에 대해서는 보조사업 실적보고서를 제출하지 아니하게 할 수 있다. 다만, 보조사업자 등이 개인에게 해당 보조금을 다시 교부하는 경우에는 「보조금통합지침」 제26조에서 정한 바에 따라 보조사업 실적보고서를 과학기술정보통신부장관에게 제출하여야 한다.⑦ 삭제

제23조의2(정산보고서 작성) ① 보조사업자등은 보조사업 또는 간접보조사업의 실적을 보고할 때 「보조금법」 제27조제2항에 의한 정산보고서를 작성하여 첨부하여야 한다.② 보조사업자등이 작성하는 정산보고서는 다음 각 호의 항목을 포함한다.1. 제목2. 보조사업의 개요3. 당해연도 보조사업비4. 보조사업비 사용실적 및 보조금 반환액③ 정산보고서 작성에 관한 세부사항에 대하여는 기획재정부의 「보조사업 정산보고서 작성지침」을 적용한다. 다만, 보조사업부서 및 보조사업 관리기관의 장이 보조사업의 특성에 따라 정한 서류를 함께 첨부하여야 한다.④ 제1항의 정산보고서에는 보조 비목 및 보조 세목별 사용명세서를 보조금, 지방자치단체 부담금, 자기부담금으로 구분하여 작성하며, 일자별 집행명세서를 첨부한다.⑤ 보조사업자등은 정산보고서를 검증기관으로부터 검증을 받는 경우 검증보고서를 첨부하여야 한다.

제28조(보조사업점검평가단) ① 보조사업부서의 장과 보조사업 관리기관의 장은 보조사업 집행점검을 위하여 보조사업점검평가단을 구성·운영하며 보조사업점검평가단에 해당 분야의 전문성과 경험이 있는 민간전문가를 포함할 수 있다.② ~ ④ 삭제

제32조(부정수급심의위원회) ① 보조사업부서의 장은 보조금 부정수급 대응 및 방지를 위하여 부정수급심의위원회를 구성·운영 할 수 있다.② 부정수급심의위원회는 위원장 1인을 포함하여 5인 이상 10인 이내의 위원으로 구성하되, 위원장은 보조사업을 담당하는 보조사업부서 고위공무원(나급)으로 하고 소관업무를 수행하는 담당과장은 당연직 위원으로 하며, 필요시 관련 분야의 민간전문가를 위원으로 위촉할 수 있다. 다만 제재부가금 및 보조사업 수행배제 대상과 이해관계가 있는 자는 부정수급심의위원회에 포함하여서는 아니 된다.③ ~ ⑤ 삭제

제37조(보조사업 수행배제 등 관련 정보 공시 등) ① 과학기술정보통신부장관은 「보조금법」 제36조의2 제1항에 따른 보조금 부정수급자 명단의 공표 여부를 심의하기 위하여 같은 법 제2항에서 정한 공표심의위원회를 「과학기술정보통신부 예산집행심의위원회 운영규정」에 따른 예산집행심의위원회로 대체 운영할 수 있다.② ~ ④ 삭제

제41조(부정수급 점검) 과학기술정보통신부장관은 매년 말까지 다음 각 호의 사항을 점검하고 점검 결과를 보조금시스템에 입력하여야 한다.1. 「보조금법」 제31조제1항 또는 제33조에 따른 보조금 반환 건수 및 반환 금액2. 「보조금법」 제39조의2에 따른 신고포상금 지급 건수 및 지급 금액3. 「보조금법」 제36조의2에 따른 명단공표 대상자 수 및 명단4. 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금 및 가산금 징수 건수 및 금액5. 「보조금법」 제31조의2에 따른 보조사업 수행 배제 건수 및 대상자 명단6. 기타 보조금관리위원회 위원장이 보조사업 관련 정책수립 및 부정수급 대응 등을 위해 필요하다고 인정하여 요청한 사항② 과학기술정보통신부장관은 제1항 사항을 보조금관리위원회에 제출하여야 한다.

제44조(재검토기한) 과학기술정보통신부장관은 「훈령·예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 훈령에 대하여 2021년 7월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.