내항화물운송사업자 유류세보조금 지급지침 (고시, 해양수산부)
공포일: 20260324 / 시행일: 20260324

제2조(정의) 이 지침에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "유류세"란 경유에 부과되는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 주행세를 합한 세액을 말한다.2. "유류세보조금"이란 「에너지 및 자원사업 특별회계법」 제5조에 따른 에너지 및 자원관련 사업(석유가격구조개편에 따른 지원사업에 한정한다)을 추진하기 위하여 내항화물운송사업자의 선박에 사용하는 유류에 부과되는 세액의 인상액에 상당하는 금액의 전부 또는 일부를 보조해 주는 보조금을 말한다.3. "유가연동보조금"이란 ‘물가관계장관회의’ <2022. 4. 5.>, ‘경유 유가연동보조금 관련 관계부처 회의’ <2022. 5. 17.>, ‘비상경제장관회의’ <2022. 6. 19.>, ‘경유 유가연동보조금 관계부처 회의’ <2022. 9. 16.>, 「2023년 경제정책방향」 <2022. 12. 21.>, 「2023년 하반기 경제정책방향」 <2023. 7. 4.>, ‘비상경제민생회의’ <2023. 8. 31.>, ‘비상경제장관회의’ <2023. 10. 16.>, ‘비상경제장관회의’ <2023. 12. 13.>, ‘물가안정 관계부처 현안간담회’ <2024. 2. 22.>, ‘비상경제장관회의’ <2024. 4. 15.>, ‘물가관계차관회의’ <2024. 6. 21.>, ‘경제관계장관회의’ <2024. 8. 28.>, ‘경제관계차관회의 겸 물가관계차관회의’ <2024. 11. 5.>, ‘제49차 경제관계차관회의 겸 경제금융상황 점검 TF 겸 경제형벌 TF’ <2024. 12. 19.>, ‘제52차 경제관계차관회의 겸 물가관계차관회의 겸 민생경제점검 TF’ <2025. 2. 12.>, ‘물가관계차관회의’ <2025. 4. 25.>, ‘물가관계차관회의’ <2025. 6. 16.>, ‘경제관계장관회의’ <2025. 8. 14.>, ‘물가관계차관회의’ <2025. 10. 23.>, ‘경제관계장관회의’ <2025. 12. 31.>, ‘민생물가 특별관리 관계장관 TF 2차 회의’ <2026. 2. 26.> 및 ‘비상경제장관회의’ <2026. 3. 11.> 결과에 따라 내항화물운송사업자의 선박에 사용하는 경유 가격의 일부를 보조해 주는 보조금을 말하며, 이 지침에서 유류세보조금과 유가연동보조금을 구분하지 않은 경우 "유류세보조금"이란 유류세보조금과 유가연동보조금을 합친 것을 말한다. <전문개정>

제3조(유류세보조금의 사무관장 및 예산편성) 유류세보조금은 지방해양수산청장(이하 "지방청장"이라 한다)이 지급업무를 맡아 처리하며, 해당 지방해양수산청(이하 "지방청"이라 한다)의 세입ㆍ세출예산에 계상한다.

제4조(유류세보조금 지급 대상) ① 유류세보조금은 「해운법」(이하 "법"이라 한다) 제24조에 따라 등록한 내항화물운송사업자가 과세유로 구입한 선박용 연료유 중 경유[MDO, MF계열 등 경유와 중유가 혼합된 블랜딩(Blending)유를 포함하되, 함유된 경유량에 한정한다]에 한정하여 지급한다.② 제1항에도 불구하고 경유가 포함된 석유제품이라 하더라도 경유 이외의 유류로 분류되어 유류세가 부과되지 않는 유류(LRFO, B-A, B-C 등 중유로 분류되는 유류를 말한다)는 지원대상에서 제외한다.③ 제1항에도 불구하고 경유를 구매한 내항화물운송사업자가 법 제25조에 따라 등록 외 사업구역 일시 운송신고 후 외항구간을 운항하는 경우 외항구간에서 사용한 경유 중 유류세를 환급받은 부분은 유류세보조금을 지급하지 않는다.

제5조(유류세보조금 산정방법) ① 경유에 대한 유류세보조금 지급단가는 다음 공식에 따라 산정(算定)한다.<img id="162811515"></img>② 유류세보조금을 신청한 내항화물운송사업자에게 지급하는 유류세보조금은 다음 공식에 따라 산정한다. 이 경우 주유량은 별지 제2호서식 석유제품판매(공급) 및 인수 확인서를 통해 확인된 실제 주유 받은 경유량으로 한다.<img id="162812089"></img>③ 해양수산부장관은 유류세보조금 지급단가가 변경될 경우 지방청장에게 지급단가와 그 산정근거를 통보해야 한다.

제5조의2(유가연동보조금 산정방법) 경유에 대한 유가연동보조금의 지급단가는 다음과 같이 산정한다.1. {평균 판매가격(원/ℓ) - 기준가격(1,700원/ℓ)}의 70퍼센트로 하며, 지급액은 183.21원/ℓ을 초과하지 못한다. 다만, 「조세특례제한법」 제111조의5에 따라 유류세 감면(78.96원/ℓ)을 받는 경우에는 104.25원/ℓ을 한도로 지급한다.2. 지급단가를 산정할 때 경유가격은 한국석유공사 유가정보시스템(www.opinet.co.kr)에서 제공하는 자료에 따르되, 구매일이 속한 해당 주(週)에 발표하는 전국 주유소 경유 평균 판매가격을 적용한다.3. 경유 구매일은 출하전표일을 기준으로 하되, 출하전표일과 실거래일이 7일 이상 차이가 나는 등 출하전표일을 적용하기가 적합하지 않은 경우에는 실거래일을 확인할 수 있는 세금계산서 발행일 또는 거래명세표 거래일을 구매일로 하여 지급할 수 있다.

제6조(유류세보조금 배정 방법) ① 해양수산부장관은 지방청별 전년도 보조금 집행 비율에 따라 해당연도 예산을 재배정한다. 다만, 필요하다고 인정하는 경우 재배정 금액을 조정할 수 있다.② 지방청장은 유류세보조금 재배정 예산 범위에서 유류세보조금을 지급하기 위한 모든 행정적인 절차를 이행해야 한다.

제7조(유류세보조금 지급주기) ① 유류세보조금은 매 분기 지급함을 원칙으로 한다. 다만, 지방청장이 필요하다고 인정한 경우에는 지급주기를 달리 할 수 있다.② 지방청장은 다음 각 호의 사항이 포함된 유류세보조금 지급계획을 작성하여 유류세보조금 수급 대상자에게 통지해야 하며, 필요할 경우 한국해운조합에 통지하여 유류세보조금 지급사항을 개별수급 대상자에게 안내하도록 할 수 있다.1. 유류세보조금 지급대상2. 유류세보조금 지급단가3. 유류세보조금 청구서 제출기한4. 신청서 첨부서류5. 그 밖의 유의사항

제8조(유류세보조금 청구 방법) ① 유류세보조금은 제4조제1항에 따른 경유를 공급받은 선박을 운항선박명세서 상에 등재하고 있는 내항화물운송사업자에게 지급한다. 다만, 해당 선박이 내항화물운송사업자로부터 1년 미만 단기 용선(傭船)된 경우에는 용선한 자에게 지급할 수 있다.② 제1항에 따라 유류세보조금을 지급받으려고 하는 자는 별지 제1호서식에 따라 작성된 유류세보조금 지급 청구서에 다음 각 호의 증명서류를 첨부하여 지방청장에게 청구해야 한다.1. 유류판매(공급)사업자별 거래명세서2. 별지 제2호서식의 석유제품 판매(공급) 및 인수 확인서3. 세금계산서4. 위성위치확인시스템(GPS) 항적자료 등 운항실적을 증명하는 자료(필요한 경우에 한정한다)5. 유류세를 환급받았거나 유류세를 납부했음을 증명하는 서류(법 제25조제2항에 따라 등록 외 사업구역을 일시 운송한 경우 그에 따른 유류세 환급 또는 유류세 납부를 증명할 수 있는 서류)6. 선박연료공급업자가 발급한 연료유공급서(BDR)7. 「석유 및 석유대체연료사업법」에 따라 등록ㆍ신고한 석유사업자가 발급한 출하전표③ 유류세보조금을 지급받으려고 하는 자는 제2항에 따른 유류세보조금 청구서를 기한 내에 지방청장에게 제출해야 하며, 이 기한을 지나 청구할 경우 지방청장은 유류세보조금을 지급하지 않는다. 다만, 유류세보조금을 지급받으려고 하는 자가 부득이한 사유로 신청 기간 내에 청구서를 제출하지 않은 경우, 지방청장은 다음 분기 1회에 한정하여 청구서를 제출하도록 하여 유류세 보조금을 지급할 수 있다.

제9조(유류세보조금 청구내역 심사 및 지급) ① 지방청장은 제8조제2항에 따라 유류세보조금 청구서가 접수된 경우 항만운영정보시스템(Port-MIS), 해상교통관제(VTS) 자료 등 객관적 자료를 통해 실제 운항한 사실이 있는지 등을 확인하고, 내부 자료로 확인이 불가능할 경우에는 청구권자로부터 위성위치확인시스템(GPS) 항적 자료 등 운항사실 입증자료를 제출받아 확인하는 등 부정수급 방지를 위하여 노력해야 한다.② 지방청장은 유류세보조금 청구서를 심사하는 과정에서 다음 각 호와 같은 특이 사항이 발견된 경우에는 관련자에게 소명서 등 관련서류를 제출하도록 하고, 현장을 확인할 수 있다.1. 평소에 비해 유류사용량이 갑자기 급증한 경우2. 주유한 시간ㆍ횟수ㆍ지역ㆍ금액 등 주유행태가 특이한 경우3. 등록된 선박의 척수에 비하여 유류사용량이 많다고 여겨지는 경우4. 주유 받은 유류의 양만큼 실제 운항실적이 없다고 의심되는 경우5. 선박을 휴항 없이 연속하여 운항하는 등 운항실적이 비정상적인 경우6. 그 밖에 이상거래 징후 등 부정수급이 의심되는 경우③ 지방청장은 유류세보조금 지급청구 내용을 심사한 결과 이상이 없다고 판단하면 특별한 사정이 없을 때에는 빠른 시일 내에 유류세보조금 지급을 완료해야 한다. 다만, 지방청장은 해당 연도 또는 분기에 유류세보조금 소요예산이 부족한 상황이 발생할 경우에는 다음 연도 또는 분기 예산에 편성하여 지급할 수 있다.

제11조(부정수급 방지대책) ① 유류세 보조금을 지급받는 내항화물운송사업자는 법 제41조의3제1항 각 호 및 같은 법 시행규칙(이하 "규칙"이라 한다) 제26조의4에 규정된 행위를 해서는 안 된다.② 제1항에 따른 금지행위를 하여 유류세보조금을 부정한 방법으로 지급 받거나, 보조금 지급요건을 갖추지 못한 경우 또는 잘못 지급된 것이 확인된 경우 지방청장은 해당 주유 건에 대하여 지급된 유류세보조금을 환수 조치해야 한다. 이 경우 부정수급이 고의로 이루어지는 등 범죄로 의심되는 사실이 발생했음을 알게 된 경우 사법당국에 형사 고발해야 한다.③ 제2항에 따라 환수한 유류세보조금은 유류비를 부담한 자가 따로 있을 경우 그 자에게 다시 지급할 수 있다.④ 지방청장은 분기별로 유류세보조금 부정수급 행위가 발생했는지를 조사하여 해양수산부장관에게 보고해야 한다. 다만, 중앙부처 합동조사가 있는 경우에는 분기별 조사를 생략할 수 있다.⑤ 지방청장은 부정수급 신고 시 포상금을 지급할 수 있도록 신고포상제도를 마련하여 시행할 수 있다.

제12조(행정상 제재) 지방청장은 유류세보조금을 지급받는 내항화물운송사업자가 제11조제1항에 따른 금지행위를 한 경우 「해운법 시행령」 제21조의2에 따라 선박의 운항정지를 명하거나 유류세 보조금을 지급하지 않을 수 있다.

제13조(문서 등의 보존) 지방청장 및 유류세보조금을 지급받은 자는 유류세보조금 청구 및 지급과 관련된 서류(전산파일을 포함한다)를 생산한 해의 다음 연도부터 5년간 보존하고 파기해야 한다. 다만, 지방청장은 보조금의 중복ㆍ부정 수급 방지를 위하여 다음 각 호의 자료는 5년을 초과하여 보유할 수 있다.1. 보조금 중복ㆍ부정 수급 여부 확인에 관한 자료2. 보조금 교부 결정의 취소 및 환수에 관한 자료3. 제재부가금 및 가산금의 부과ㆍ징수에 관한 자료

제15조(보칙) ① 이 지침에서 구체적으로 밝히지 않은 사항은 「해양수산부 국고보조금 관리에 관한 규정」 및 해양수산부장관의 유권해석에 따른다.② 제2조제3호에 따른 유가연동보조금은 2022년 5월 1일부터 2023년 4월 30일까지 및 2023년 7월 11일부터 2026년 4월 30일까지 구매분에 한시적으로 지급한다.

제16조(재검토기한) 해양수산부장관은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 고시에 대하여 2026년 7월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 해야 한다.