국가연구개발사업 예비타당성조사 수행 총괄지침 (훈령, 과학기술정보통신부)
공포일: 20240320 / 시행일: 20240320

제1조(목적) 이 지침은 「국가재정법」 제38조, 제38조의3 및 같은 법 시행령 제13조, 제13조의3, 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제36조에 따른 국가연구개발사업에 대한 예비타당성조사를 수행함에 있어 조사의 일관성 제고를 위해 필요한 예비타당성조사 수행절차, 분석방법 및 기준 등에 관한 사항을 명확히 규정함을 목적으로 한다.

제3조(역할 및 세부지침 등과의 관계) ① 이 지침은 국가연구개발사업 예비타당성조사를 수행하는데 있어서 공통적으로 적용되는 기준으로서 「국가연구개발사업 예비타당성조사 수행 세부지침」(이하 ‘세부지침’)의 기본 지침 역할을 한다.② 이 지침에서 규정하지 않은 세부적인 기준 및 조사방법 등에 대해서는 세부지침을 따르는 것을 원칙으로 한다. 다만, 필요할 경우 과학기술정보통신부장관과 사전협의를 거쳐 세부지침에 대한 보완 및 수정사항이 반영된 업무가이드라인 및 예비타당성조사 착수회의 자료를 우선 적용할 수 있다.

제4조(예비타당성조사 수행의 원칙) ① 국가연구개발사업 예비타당성조사 수행기관(이하 ‘수행기관’이라 한다)은 예비타당성조사를 수행함에 있어 공정성과 투명성이 확보되도록 하여야 한다.② 수행기관은 이 지침에서 정하는 절차와 방법에 따라 신규사업의 타당성을 객관적이고 중립적인 관점에서 평가하여야 한다.

제5조(예비타당성조사의 분석 내용) 국가연구개발사업 예비타당성조사는 향후 사업추진 여부 및 적정 사업시기와 사업규모 등에 대한 합리적인 의사결정이 이루어질 수 있도록 각 부처가 수립한 사업계획에 대한 타당성 및 대안의 검토, 사업 추진과정에서 고려할 점 등을 분석한다.

제6조(기본 수행절차) ① 국가연구개발사업 예비타당성조사를 수행하는 기본적인 수행절차는 다음 각 호의 순서와 같다.1. 사업의 개요 및 기초자료 분석 등을 통한 사업의 쟁점 파악2. 문제/이슈 도출의 적절성, 사업목표의 적절성, 세부활동 및 추진전략의 적절성 등을 분석하는 과학기술적 타당성 분석3. 해당 사업과 관련된 정책의 일관성 및 추진체제, 사업 추진상의 위험요인, 사업별 특수평가 항목 등의 평가항목들을 정량적 또는 정성적으로 분석하는 정책적 타당성 분석4. 국민경제적 파급효과와 투자의 적합성을 파악하기 위해 편익ㆍ비용 추정 등을 통한 경제적 타당성 분석5. 분석적 계층화법(AHP: Analytic Hierarchy Process)을 활용하여 과학기술적 타당성, 정책적 타당성 및 경제적 타당성 분석의 내용을 계량화된 수치로 도출하는 종합평가6. 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제9조에 따른 종합평가위원회 논의 내용을 포함한 기타 정책적 고려사항 등을 제시하는 정책제언② 제1항에 따라 국가연구개발사업 예비타당성조사를 수행하는데 있어 국가연구개발사업평가 총괄위원회에서 지정한 사업은 기술소위를 필수적으로 운영하여야 한다. 다만,「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」제35조의2에 따른 신속조사의 경우에는 기술소위를 운영하지 않을 수 있다.

제7조(사업의 개요 분석) ① 수행기관은 각 중앙관서의 장이 과학기술정보통신부장관에게 국가연구개발사업 예비타당성조사를 요구하면서 제출하는 사업계획서를 기본적인 조사자료로 이용한다.② 예비타당성조사 대상 사업의 개요에 포함되어야 할 주요 내용은 다음 각 호와 같다.1. 사업의 배경 및 목적2. 사업의 추진경위 및 추진주체3. 사업의 내용③ 수행기관은 중앙관서의 장이 과학기술정보통신부장관에게 제출한 사업계획서와 관련 문헌 등에서 얻은 정보를 종합하여 사업의 개요를 파악하고 이를 보고서에 기술하여야 한다.

제8조(추가제출자료 요구) ① 수행기관은 동 지침 제7조 제1항에 따른 사업계획서 이외에 조사수행을 위해 확인이 필요한 사항에 대해 가능한 한 조사 초기단계에서 해당 중앙관서의 장에게 추가제출자료를 요구할 수 있다.② 추가제출자료 요구를 받은 중앙관서의 장은 신속히 자료를 제출하여 효율적인 조사가 진행될 수 있도록 협조하여야 한다.

제9조(기초자료의 분석) ① 국가연구개발사업의 기초자료는 사업별 특성에 따라 과학기술의 개념, 개요, 연구개발 동향 등 사업의 이해도를 높일 수 있는 자료를 말하며 수행기관은 조사 초기단계에 기초자료를 수집하여 분석한 후 대상사업의 성격에 따라 분석한 주요 내용을 보고서에 기술하여야 한다.② 수행기관은 기초자료 분석 시 단순히 과학기술개발 현황에 대한 정형화된 자료를 나열하기보다는 조사 사업과 관련된 해당 연구개발의 현황 등을 충분히 기술하여야 한다.　 (예시) 자율주행차 사업 수행 시 국내외 관련 분야의 현황을 조사함으로써 국내외 기술개발 수준을 점검하고 향후 기술개발의 방향 및 시장 점유가능성 등 확인

제10조(조사의 쟁점검토) 수행기관은 사업의 개요 및 기초자료를 정밀하게 분석하여 사업추진과정에서 제기될 수 있는 과학기술적 타당성, 재원 마련 가능성, 연구현장의 의견 등의 중요한 쟁점을 파악한 후 그 해결방안을 검토하여야 한다.　 (예시) 세부 편익항목을 구분하여 합산하는 경우 편익의 중복가능성　 (예시) 문제/이슈 도출의 적절성, 사업목표의 적절성, 세부활동 및 추진전략의 적절성 등

제11조(대안 및 시나리오의 검토) ① 수행기관은 필요시 제안된 사업계획 이외의 사업규모의 축소, 여러 단계로 구성된 사업의 분리 시행 등 대안에 대해서도 검토할 수 있다.② 수행기관은 사업 타당성에 영향을 미치는 중요한 요소를 예비타당성조사 수행단계에서 확정하기 어려운 경우에는 시나리오를 설정하여 분석할 수 있다.　 (예시) 사업 타당성에 크게 영향을 미칠 것으로 예상되는 과학기술개발계획이 예비타당성조사 단계에서 확정되기 어려울 경우, 그 시행여부를 시나리오로 설정③ 수행기관은 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제12조 제2항 제1호와 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제12조 제3항 제2호를 모두 만족하는 사업에 대해서는 원안의 타당성이 부족할 경우, 대안 검토를 원칙으로 조사를 수행한다. 다만, 과학기술적 타당성, 정책적 타당성 및 경제적 타당성 분석에 대한 분석결과를 고려할 때, 대안 검토가 적절하지 않은 명확한 사유가 있는 경우 대안을 검토하지 않을 수 있다.

제12조(예비타당성조사의 분석 방법) 국가연구개발사업 예비타당성조사 결과는 과학기술적 타당성, 정책적 타당성 및 경제적 타당성 분석에 대한 분석결과를 종합적으로 고려하여 제시한다. 다만, 수행기관은 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제12조 제2항 제1호와 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제12조 제3항 제2호를 모두 만족하는 사업의 예비타당성조사에 대해서는 불확실성을 감안하여 평가항목을 선택ㆍ적용하는 방법으로 조사할 수 있다.

제13조(과학기술적 타당성 분석체계) ① 과학기술적 타당성 분석은 국가연구개발사업의 추진에 있어 향후 발생할 수 있는 불확실성 등 사전에 고려하여야 할 평가요소에 대한 분석을 포함한다.② 과학기술적 타당성 분석에 포함해야 할 평가항목은 평가 내용에 따라 [별표1]과 같이 일반적으로 문제/이슈 도출의 적절성, 사업목표의 적절성, 세부활동 및 추진전략의 적절성 등 3개의 중분류 항목으로 범주화하여 평가구조를 설정한다. 다만, 수행기관은 기본 평가항목 이외의 내용에 대한 검토가 필요하다고 판단되는 경우에는 특수 평가항목을 추가할 수 있다.

제14조(문제/이슈 도출의 적절성) 수행기관은 사전 기획활동 등을 통해 식별된 문제/이슈의 적절성을 검토해야 한다. 다만, 각 중앙행정기관의 고유 업무에 해당하는 기존 사업(예비타당성조사 대상 기준금액 미만)들을 통합ㆍ재기획한 계속사업은 재정 효율성 및 기존 사업의 성과, 다수 내역사업의 단일사업 구성 필요성 등을 문제/이슈로 인정하여 조사할 수 있다.

제16조(세부활동 및 추진전략의 적절성 분석) 수행기관은 세부활동과 사업목표의 논리적 연계, 적절한 수준의 세부활동 도출 및 세부활동의 성과지표, 기간 추정과 시간적 선후관계, 추진전략의 적절성 등에 대하여 검토해야 한다.

제17조(정책적 타당성 분석체계) ① 정책적 타당성 분석은 과학기술적 타당성 분석 및 경제적 타당성 분석에서 다루지 못하지만 사업의 시행 여부를 판단하는 데 있어서 고려하여야 할 평가요소들에 대한 분석을 포함한다.② 정책적 타당성 분석에 포함해야 할 평가항목은 평가내용에 따라 [별표 1]과 같이 일반적으로 정책의 일관성 및 추진체제, 사업추진상의 위험 요인 등 2개의 중분류 항목으로 범주화하여 평가구조를 설정한다. 다만 수행기관은 개별사업의 특성을 반영할 필요가 있다고 판단될 경우 사업특수 평가항목을 반영하는 등 정책적 타당성 분석 항목을 조정할 수 있다.

제18조(정책 일관성 및 추진체제 분석) 수행기관은 사업추진과정에서의 정책 일관성 및 추진체제를 고려하기 위해 다음 각 호에 따라 상위계획과의 부합성, 사업 추진체제 및 추진의지를 검토해야 한다.1. (상위계획과의 부합성) 수행기관은 관련분야의 상위계획에 해당 사업의 반영 여부, 주무부처 정책방향과의 일치성, 정부차원의 정책적 합의 등을 검토해야 한다.2. (사업 추진체제 및 추진의지) 수행기관은 가능한 객관적인 자료에 근거하여 사업 거버넌스 및 사회적 합의, 주무부처의 사업에 대한 선호도와 추진의지를 검토해야 한다.

제19조(사업추진상의 위험요인 분석) 수행기관은 사업 추진과정에서의 위험요인으로서 다음 각 호에 따라 재원조달 가능성, 법ㆍ제도적 위험요인 등을 검토하여야 한다.1. (재원조달 가능성) 수행기관은 사업 추진에 필요한 재원을 국가 또는 지자체가 충분히 제공할 능력과 의사가 있는지 여부, 민간기업이 사업에 참여할 유인이 있는지 여부 등을 검토한다.2. (법ㆍ제도적 위험요인) 수행기관은 국내 국가연구개발사업 관련 법ㆍ제도, WTO 보조금협정을 비롯한 국제협약 등과 관련한 위험요인 등을 검토한다.

제20조(추가 평가 및 특수평가 항목) 수행기관은 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제40조 제2항에 따른 정책적 타당성 분석을 수행함에 있어 지역균형발전, 인력양성효과, 일자리효과, 안전성 평가, 도전ㆍ혁신성, 그 밖의 정책효과 등 사업 특성에 따라 타당성 평가에 중요하게 고려할 사회적 가치가 있을 경우에는 추가 평가항목 또는 특수평가 항목으로 분석에 반영하여야 한다.

제21조(경제적 타당성 분석방법) ① 경제적 타당성은 사업추진을 위해 소요되는 비용과 그로 인한 효과(편익)를 사회 전반의 관점에서 분석한다.② 국가연구개발사업 예비타당성조사에서 경제적 타당성 분석은 비용-편익 분석기법(Cost-Benefit Analysis)을 이용하거나 또는 사업의 특성상 화폐가치로 계량화된 편익을 추정하기 어렵거나 편익추정이 의미를 가지지 않는 경우에는 비용-효과(Cost-Effectiveness) 분석 등의 대체 분석기법을 이용할 수 있으며, 객관적 근거를 제시할 수 있는 경우에는 총괄지침에서 제시되지 않은 방법론의 적용이 가능하다.

제22조(사업 유형별 경제적 타당성 분석방법) 국가연구개발사업 유형에 따라 다음 각 호의 방법론을 적용한다.1. 도전ㆍ혁신형사업 : 비용-효과분석(Cost-Effectiveness Analysis)을 기본적인 방법론으로 채택하여 분석. 단 , 비용-효과분석이 적합하지 않다고 판단되는 사업의 경우에는 비용-편익분석(Cost-Benefit Analysis)을 실시2. 성장형사업 : 비용-편익분석을 기본적인 방법론으로 채택하여 분석. 단, 비용-편익분석이 적합하지 않다고 판단되는 사업의 경우에는 비용-효과분석을 실시3. 기반조성형사업 : 사업 특성에 따라 비용-편익분석과 비용-효과분석을 선택하여 분석

제23조(비용추정) ① 연구ㆍ개발 등에 소요되는 모든 경비, 연구시설 및 장비의 구축, 운영 등에 소요되는 모든 경비 및 이후 투입되는 유지관리비와 운영비 등 필요한 모든 비용을 가능한 가장 현실적으로 산정하여야 하며, 총사업비가 중복적으로 계상되어 과다한 비용이 산정되지 않도록 유의하여야 한다.② 총사업비는 사업추진에 소요되는 모든 비용을 합한 금액으로서 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제14조에 따르며, 비용 추정에 필요한 세부사항은 세부지침에 따른다.③ 국가연구개발사업의 총사업비에는 포함되지 않지만, 편익이 발생하기 위하여 추가적인 비용이 필요한 경우에는 이를 추정하여 비용-편익 분석에 반영한다.④ 수행기관은 이 지침 또는 세부지침에서 규정하지 않은 비용을 추정하는 경우 과거 유사사례, 국내외 공공기관의 자료 등 공신력 있는 자료를 활용하여야 하며, 사업의 타당성에 큰 영향을 줄 수 있는 비용의 추가로 인해 소관부처와 중요사항에 대해 이견이 있을 경우에는 제39조에 따른 실무조정위원회를 통해 해당 비용의 반영여부를 결정할 수 있다.　 (예시) 유사 사업 또는 과거 예비타당성조사에서 반영되지 않은 비용을 반영함에 따라 비용-편익분석에 큰 영향을 미치는 경우 등

제24조(총사업비의 검토) ① 수행기관은 해당 사업의 사업계획서 상 총사업비를 검토하여 그 결과를 제시하여야 하며, 대안 또는 시나리오를 설정한 경우에는 대안 또는 시나리오에 대한 총사업비 검토결과도 함께 제시하여야 한다.② 총사업비 검토안은 사업계획서의 규모를 준용하되, 산출오류 수정 및 적정 단가 등을 적용하여 검토한다.③ 대안의 총사업비 검토는 제시된 사업계획서 내용과 비교하여 동등 이상의 기능을 수행하면서 관련기준에 부합하는 최적화된 과제규모 및 사업비를 검토한다.

제25조(연구시설ㆍ장비구축 비목별 총사업비 산정원칙) ① 공사비라 함은 총사업비 중 보상비와 시설부대경비를 제외한 일체의 경비로서 기획재정부 「총사업비관리지침」 제61조에 따른다.② 공사비는 사업유형에 따라 예비타당성조사 단계에서 산출 가능한 수준에서 주요 공종별로 물량과 단가를 구하여 추정하는 것을 원칙으로 한다. 다만 건물 신축사업 등과 같이 공종별 물량집계가 어렵거나 실익이 없는 경우에는 유사사업의 사례, 한국부동산원의 「건물신축단가표」의 단가, 전문업체의 자문 등을 통해 추정할 수 있다.③ 용지보상비는 용지구입비와 지장물보상비로 구분하여 산정하며 예비타당성조사 단계에서는 사업대상지 현장조사를 통한 엄밀한 보상비 추정이 용이하지 않으므로 조사시점에서 확인이 가능한 선에서 다음 각 호의 방법 중 적용 가능한 방법을 선택하여 적용한다.1. (감정평가에 의한 방법) 감정평가 자료를 사용하며, 필요한 경우 표본감정 적용을 통해 추정한다.2. (주변 보상사례 가격 활용) 보상전례가 있을 경우 이 보상자료를 분석하여 해당 지역에 적용할 보상배율을 추출하여 전체 용지보상비를 산정한다.3. (보상배율 적용방법) 공시지가에 [별표 2]의 지역별ㆍ지목별 보상배율을 적용하여 산출하되, 사업현장 여건에 따라 지장물보상비를 추가하여 전체 용지보상비를 산정한다.④ 시설부대경비는 설계비, 감리비, 시설부대비로 구성되며 「총사업비관리지침」에 따라 공사비에 대한 기획재정부 「예산안 편성 및 기금운용계획안 작성지침」의 요율을 적용하여 각각 산출한다.⑤ 예비비는 사업추진과정에서 예기치 못한 불확실성에 대응하기 위하여 비용으로 부가세가 포함된 공사비와 보상비 및 시설부대경비 합계의 10%를 적용하는 것을 원칙으로 하되 사업추진단계에 따라 달리 적용할 수 있다.

제26조(운영비) 시설 및 장비의 관리 및 운영에 필요한 비용으로 수행기관은 다음 각 호 및 사업 유형별 특성을 고려하여 운영비를 추정한다.1. 토지ㆍ건물ㆍ설비ㆍ장비 등의 고정자산 기능을 유지하고 생애주기비용(Life Cycle Cost)을 고려한 운영비를 산정한다.2. 단순 이전에 해당하는 비용은 제외한다.

제27조(기타 비용) 수행기관은 예비타당성조사 분석기간 중 발생하는 재투자비, 잔존가치 등을 다음 각 호에 따라 산정한다.1. 재투자비는 시설물별ㆍ장비별 내용연수를 고려하여 초기 투자비용의 전체 또는 일부를 반영한다.2. 잔존가치는 용지구입비와 재투자된 시설물ㆍ장비의 사용 가능 기간을 기준으로 잔존가치를 고려하여 산정한다.3. 총사업비에는 포함되지 않더라도 사업 추진과정에서 추가적인 소요가 예측되는 비용은 추가로 반영할 수 있다.

제28조(편익항목의 식별) 수행기관은 편익 추정을 위해 우선 편익항목을 식별하는 작업을 다음 각 호에 따라 시행하여야 한다.1. 편익은 사업의 성격과 유형에 적합하게 선정한다.2. 편익은 사업의 목적과 직접적인 연관성을 가진 항목을 고려한다.

제29조(국가연구개발사업의 편익) ① 국가연구개발사업의 편익항목은 사업유형에 따라 다음 각 호와 같으며 수행기관은 사업특성을 감안하여 선택적으로 반영할 수 있으나, 편익항목이 중복계상되거나 누락되지 않도록 유의하여야 한다.1. 연구개발 결과를 통한 소비자의 후생 향상 또는 산출물의 시장거래를 통한 신규 부가가치 창출과 관련된 가치창출 편익2. 개발된 기술의 적용을 통해 특정 분야에서의 소요 비용감소와 관련된 비용저감 편익 등② 수행기관은 편익을 산정함에 있어 사업시행으로 인해 발생하는 모든 편익이 반영될 수 있도록 검토하여야 한다.③ 수행기관은 계량화의 어려움 등으로 인해 편익산정에 반영하지 못하는 편익은 중장기적으로 지속적인 검토를 통해 편익으로 반영할 수 있도록 노력해야 한다.④ 수행기관은 사업의 특성상 사업타당성에 큰 영향을 미치는 편익항목 등 중요사항에 대해 소관부처와 이견이 있을 경우에는 제39조에 따른 실무조정위원회를 통해 해당 편익의 제거 또는 추가를 결정할 수 있다.

제30조(비용-편익 분석) ① 사업추진 전과 후(Before-After)가 아닌 사업의 시행과 미시행시(With-Without)의 관점에서 사업추진에 의한 비용과 편익을 분석한다.② 편익을 발생시키기 위해 소요되는 모든 비용을 포함하여 분석하고, 비용이 반영되었다면 그로 인해 발생하는 모든 편익을 반영하여 비용과 편익의 논리적 인과성을 확보하여야 한다.③ 사업을 위해 소요되는 가시적인 비용뿐만 아니라 암묵적인 비용 즉, 기회비용을 반영한다. 그러나 이미 발생하여 추가적인 편익창출에 영향을 미치지 못하는 매몰비용은 반영하지 않는다.④ 세금 등은 한 곳에서 다른 곳으로 이전하는 지출로 순수한 경제적 비용으로 간주할 수 없기 때문에 가능한 범위까지는 배제하고 분석하여야 하며, 원칙적으로 총사업비 가운데 부가가치세를 제외한 사업비를 경제적 비용으로 간주하여 경제적 타당성 분석의 비용으로 반영한다.⑤ 수행기관은 경제적 타당성이 있는지를 판단하기 위해 비용-편익 분석을 수행하여야 하며 이때 편익/비용 비율(Benefit Cost Ratio: B/C Ratio), 순현재가치(Net Present Value: NPV), 내부수익률(Internal Rate of Return: IRR)등의 지표를 구하여야 하며 각 지표가 갖는 의미는 다음과 같다.1. (B/C 비율) 예비타당성조사에서는 편익/비용 비율이 1.0이상(B/C ≥ 1.0)이면 경제적 타당성이 있다고 판단한다.2. (순현재가치) 사업에 수반된 모든 비용과 편익을 기준연도의 현재가치로 할인하여 총편익에서 총비용을 제한 값이며 순현재가치가 0이상(NPV ≥ 0)이면 경제적 타당성이 있다고 판단한다.3. (내부수익률) 편익과 비용의 현재가치로 환산된 값이 같아지는 할인율 R을 구하는 방법으로 사업의 시행으로 인한 순현재가치를 0으로 만드는 할인율이다. 내부수익률이 사회적 할인율보다 크면 경제적 타당성이 있다고 판단한다.

제31조(비용-효과 분석) 수행기관은 비용-효과 비율(효과 한 단위 당 비용) 또는 효과-비용 비율(비용 한 단위 당 효과) 등을 측정하여 사업의 경제적 타당성을 분석하는 비용-효과분석을 시행한다.　 예시 1) (비용-효과 비율) 청년 취업률을 1% 증가시키는 데 가장 적은 비용이 들어가는 대안을 선정　 예시 2) (효과-비용 비율) 동일한 비용으로 청년 취업률을 가장 많이 증가시킬 수 있는 대안을 선정

제32조(분석기준일 및 분석기간) ① 할인되는 분석의 기준일은 해당 사업의 분석이 착수된 전년도말로 하며 기타 사항은 다음 각 호를 따른다.1. 부득이 자료 확보의 한계 등으로 인해 편익ㆍ비용 추정을 위해 적용한 수치의 기준연도가 경제적 타당성 분석을 위한 기준연도와 상이할 경우 이를 보정하여 경제적 타당성 분석을 수행한다.2. 비용 및 편익 보정은 건설투자 GDP Deflator(국내총생산에 대한 지출 Deflator 중 건설투자 항목) 및 소비자물가지수를 적용하는 것을 원칙으로 하되, 항목별 특성에 따라 별도의 보정 지수를 사용할 경우에는 그 근거를 명확히 서술하여야 한다.② 국가연구개발사업의 경제적 타당성 분석기간은 기술분야에 따라 발전속도가 다른 특성을 고려하여 기술의 특허 분석을 통해 산출되는 기술수명기간(Technology Cycle Time : TCT)을 사업별로 편익 회임기간 이후부터 적용한다.　 주) 편익 회임기간은 사업별 특성에 따라 추가 연구개발 기간 등을 고려하여 기존 문헌의 데이터, 기존 유사사례, 전문가 의견, 소관부처 의견 등을 종합하여 산정③ 분석기간 동안 사업비의 연차별 지출비율은 사업 계획을 준용하나, 사업의 특성 등을 고려하여 변경할 수 있다.

제34조(민감도 분석) 수행기관은 경제적 타당성 분석 시 내재된 불확실성에 대처하기 위해 경제적 타당성에 영향을 미칠 수 있는 사업비, 운영비, 기술수요, 할인율 등의 주요 변수가 일정량만큼 변화되었을 때 경제적 타당성이 어떻게 변화하는지를 파악하기 위하여 민감도 분석(sensitivity analysis)을 시행할 수 있다.

제35조(종합평가의 방법) ① 수행기관의 분석 종료 시 종합평가위원회를 통해 분석적 계층화법(AHP)을 이용하여 사업의 타당성을 종합적으로 평가하여야 한다.② AHP평가자는 평가대상 사업에 대한 충분한 지식과 공공이익의 관점에서 사업을 평가할 수 있는 객관성을 가진 전문가로 구성하며, 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제6조 제4항에 따른 국가연구개발사업평가 총괄위원회 민간위원, 제8조 제3항에 따라 위촉된 분과위원회 민간위원, 제9조 제4항에 따른 종합평가 민간위촉위원(사업에 따라 필요시), 제32조 제2항 내지 제3항에 따른 PM, 연구진, 사업별 자문위원 등을 포함하여 14인 내외로 구성한다.③ 국가연구개발사업 예비타당성조사는 기본적으로 [별표 3]과 같은 AHP 계층구조를 따른다.④ 평가기준 가중치 측정 시 최상위계층인 과학기술적 타당성 분석, 정책적 타당성 분석 및 경제적 타당성 분석의 가중치의 경우, 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제42조 제2항에서 정한 가중치 범위를 적용한다.⑤ 평가기준별 가중치와 각 기준에 대한 대안들의 평점을 곱해서 대안별 종합평점을 구한다. 대안별 종합평점 산정 시 최댓값과 최솟값을 부여한 평가자를 제외한 응답결과를 활용한다.⑥ AHP 분석의 유용성을 높이기 위해 다음 각 호 중 어느 하나 이상의 사유가 발생할 경우에는 ‘환류과정(feedback : 점검 및 반영과정)’을 거칠 수 있다.1. 평가자의 응답설문 결과가 일관성을 확보하지 못한 경우(비일관성 비율(Consistency Ratio)이 0.15를 초과하는 경우)2. 평가자가 재설문에 대한 의사를 밝힌 경우3. 그 밖에 종합평가에 참여한 위원의 과반수 이상이 종합평가의 공정성과 객관성이 현저하게 훼손되었다고 인정하는 경우⑦ 사업 시행 대안의 종합평점이 사업 미시행 대안보다 상대적으로 높은 경우(0.5 이상인 점수)에는 사업의 종합적인 타당성이 있다는 결론을 도출한다.

제36조(종합결론 및 정책제언) 종합결론 및 정책제언은 예비타당성조사 보고서를 종합하는 부분으로서 다음 각 호의 내용을 포함한다.1. 조사결과 종합 : 과학기술적 타당성 분석 및 정책적 타당성 분석, 경제적 타당성 분석의 주요 내용과 AHP 분석 결과2. 정책제언 : 분과위원회 논의 내용을 포함한 기타 정책적 고려사항

제37조(핵심품목분야 사업에 대한 특례) ① 국가전략 핵심품목관련 소재ㆍ부품사업 중 국가연구개발사업평가 총괄위원회의 검토ㆍ심의를 거쳐 정책적 타당성 평가 시 우대하도록 확정한 사업에 대하여는 종합평가 시 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」제40조 제5호의 정책적 타당성 항목의 특수평가 항목으로서 사업의 특성을 고려하여 [별표4]와 같이 1점에서 9점의 범위 내에서 평가하여야 한다.② 국가전략 핵심품목관련 소재ㆍ부품사업 중 국가연구개발사업평가 총괄위원회의 검토ㆍ심의를 거쳐 경제적 타당성 평가에 비용-효과 분석기법을 적용하도록 확정한 사업에 대하여는 종합평가 시 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」제41조 제1항에도 불구하고 사업특성을 고려하여 필요한 경우 비용-효과 분석을 우선 적용하여야 한다.

제38조(예비타당성조사 수행기관의 관리ㆍ감독) ① 과학기술정보통신부장관은 국가연구개발사업에 대한 예비타당성조사 수행과정에서 주기적인 점검회의 등을 통해 수행기관에게 분석의 세부내용에 대한 협의를 요청할 수 있다.② 과학기술정보통신부장관은 수행기관의 국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침, 총괄지침, 세부지침 준수 여부에 대해 점검을 실시하고 필요한 지시를 하거나 조치를 할 수 있다.

제39조(실무조정위원회 운영) 과학기술정보통신부장관은 예비타당성조사 과정에서 이견 조정이 필요한 경우 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제10조에 따른 국가연구개발사업평가 실무조정위원회를 개최하여 심의ㆍ조정할 수 있다.

제40조(보고서의 작성 및 공개) ① 수행기관은 다음 각 호의 사항을 보고서에 수록하여야 한다.1. 사업의 개요2. 기초자료 분석 및 조사의 주요 쟁점3. 과학기술적 타당성 분석 결과4. 정책적 타당성 분석 결과5. 경제적 타당성 분석 결과6. AHP 분석 결과7. 종합결론 및 정책제언② 수행기관은 특별한 사유가 없는 한 「국가재정법」 제38조의2 및 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제47조 제2항에 따라 국가연구개발사업에 대한 예비타당성조사 결과 등을 공개하여야 한다.

제41조(지침 위반사항에 대한 제재) 과학기술정보통신부장관은 수행기관이 지침을 위반하여 예비타당성조사를 수행하거나 조사의 공정성, 투명성, 신뢰성을 크게 훼손한 경우에는 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제33조를 준용하여 예비타당성조사 수행기관의 장에게 관련자 제재 등의 조치를 요구할 수 있다.

제42조(지침 개정의 절차) ① 과학기술정보통신부장관은 사회ㆍ경제적인 여건의 변동, 관련 기준 등의 변경 등으로 인해 지침의 개정이 필요할 경우에는 기획재정부와 사전에 협의하여야 하고, 관계부처, 수행기관 및 해당 분야 전문연구기관 의견 등을 충분히 수렴하여 지침 개정안을 마련하여야 한다.② 지침 개정안은 「국가연구개발사업 예비타당성조사 운용지침」 제4조에 따른 국가연구개발사업평가 총괄위원회의 심의를 거쳐 확정한다.

제43조(재검토기한) 과학기술정보통신부장관은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 지침에 대하여 2022년 11월 1일을 기준으로 매3년이 되는 시점(매 3년째의 11월1일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.