원천징수사무처리규정 (훈령, 국세청)
공포일: 20200921 / 시행일: 20200921

제2조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다. 다만, 이 규정에서 특별히 정하지 않는 것은 「국세기본법」 및 관련 세법이 정하는 바에 따른다.1. "원천징수의무자"란 국내에서 거주자, 비거주자 및 법인에게 세법에 따른 원천징수 대상 소득금액이나 수입금액을 지급하는 개인이나 법인으로서 세무서에 사업자등록이나 고유번호등록 여부에 관계없이 지급받는 자로부터 소득세·법인세를 원천징수하여 국고에 납부하여야 할 의무를 지는 자를 말한다.2. "납세의무자"란 세법에 따라 국세를 납부할 의무가 있는 자를 말한다.3. "원천징수자료"란 이자·배당·사업·근로·연금·기타·퇴직·종교인소득의 원천징수영수증 및 지급명세서를 말한다.4. "소득자료"란 원천징수자료와 세무공무원이 직접 수집하거나 작성하는 원천징수 관련 수입금액 및 소득금액자료를 말한다.5. "금융소득자료"란 이자소득(장기저축성보험 보험차익 포함), 배당소득 지급명세서를 말한다.6. "과세자료"란 명칭이나 형식에도 불구하고 일정서식으로 문서화되고, 직접·간접으로 국세의 과세(비과세, 과세미달 포함)에 근거가 되는 자료를 말한다. 다만, 탈세정보자료는 제외한다.7. "전산매체"란 CD(Compact Disk), DVD(Digital Versatile Disk) 등 전자적 정보저장매체를 말한다.8. "과징금"이란 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 부칙(제5493호, 1997.12.31.) 제6조에 따라 기존 비실명금융자산을 실명전환기한 경과 후 실명전환하는 경우에 부과하는 금액을 말한다.9. "무신고자"란 매월이나 반기별로 징수·납부할 근로소득세 등 원천제세에 대해서 신고와 납부를 모두 이행하지 않은 원천징수의무자를 말한다.10. "원천제세 담당과장"이란 법인세, 부가가치세, 종합소득세 업무를 총괄하면서 원천세 업무를 담당하는 부서의 과장을 말한다.11. "법인세 담당과장"이란 법인세 업무를 총괄하는 부서의 과장을 말한다.12. "소득세 담당과장"이란 종합소득세 업무를 총괄하는 부서의 과장을 말한다.13. "조사 담당과장"이란 조사 업무를 총괄하는 부서의 과장을 말한다.14. "전자신고"란 세법에 따른 신고 관련 서류를 국세정보통신망을 이용하여 신고하는 것을 말한다.15. "반기별 납부자"란 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 반기의 마지막 달의 다음 달 10일까지 신고·납부하도록 세무서장으로부터 승인을 받거나 국세청장으로부터 지정통지를 받은 원천징수의무자를 말한다.16. "내부업무처리자"란 원천제세의 세적관리, 분석관리, 각종 신고서 및 자료의 입력·오류정정 및 처리 등 원천제세 업무를 효율적으로 수행하기 위하여 내부적으로 지정한 종사직원을 말하며, "업무별 처리자"란 내부업무처리자가 처리하는 업무 이외에 각종 단위업무를 총괄하여 관리하거나 수시로 발생하는 업무를 처리하기 위하여 지정한 종사직원을 말한다.17. "현장확인"이란 무신고자나 과세자료를 처리하기 위하여 현장확인 계획에 따라 국세공무원이 해당 납세자나 사업장에 직접 출장하여 원래 출장목적 범위에서 관련된 내용을 확인하는 것을 말한다.18. "연말정산간소화 서비스"란 「소득세법」 제165조에 따라 제출받은 ‘소득공제 및 세액공제 증명서류’를 근로자에게 제공하는 것을 말한다.19. "장기주택마련저축"이란 「조세특례제한법」 제87조제1항을 적용받는 저축을 말한다.20. "연금소득·세액공제자료"란 「소득세법 시행령」 제201조의10제1항에 따른 소득·세액 공제자료를 말한다.21. "대학 등"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.가.「고등교육법」제2조에 따른 대학, 산업대학, 교육대학, 전문대학, 방송대학·통신대학·방송통신대학 및 사이버대학(이하 "원격대학"이라 한다), 기술대학, 각종학교나.「한국과학기술원법」,「광주과학기술원법」,「대구경북과학기술원법」,「울산과학기술원법」,「한국예술종합학교설치령」,「한국전통문화대학교설치법」,「근로자직업능력개발법」,「한국농수산대학설치법」,「한국학중앙연구원육성법」,「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」,「암관리법」에 따른 한국과학기술원, 광주과학기술원, 대구경북과학기술원, 울산과학기술원, 한국예술종합학교, 한국전통문화대학교, 한국폴리텍대학(ICT폴리텍대학), 한국농수산대학, 한국학대학원, 과학기술연합대학원대학교, 국립암센터국제암대학원대학교"로 한다.22. "의료비"란 「소득세법 시행령」 제118조의5제1항제1호, 제2호, 제6호 및 제7호에 따른 의료비를 말한다.23. "의료비 세액공제 증명서류"란 「소득세법」 제165조 및 「소득세법 시행령」 제216조의3제1항제3호 및 같은 조 제3항에 따라 의료기관 등이 국세청장에게 제출하는 자료(이하 "의료비 자료")를 말한다.24. "의료기관 등"이란 의료비 세액공제 증명서류를 발급하는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.가.「의료법」제3조에 따른 의료기관나.「약사법」에 따라 등록된 약국(한약방 포함)다.「지역보건법」에 따른 보건소, 보건의료원, 보건지소라.「농어촌 등 보건의료를 위한 특별조치법」에 따른 보건진료소25. "자료제출 대상자"란 「소득세법」 제165조 및 같은 법 시행령 제216조의3에 따라 소득·세액공제 증명서류를 제출하여야 하는 자로서 다음 각 목과 같다.가. 소득·세액공제 증명서류를 발급하는 자나. 「소득세법 시행령」 별표4에 따른 자료집중기관26. "정보주체"란 처리정보로 식별되는 자로서 해당정보의 주체가 되는 자를 말한다.27. "청년우대형주택청약종합저축"이란 「조세특례제한법」 제87조제3항을 적용받는 저축을 말한다.28. "비과세종합저축"이란 「조세특례제한법」 제88조의2를 적용받는 저축을 말한다.29. "개인종합자산관리계좌"란 「조세특례제한법」 제91조의18제1항을 적용받는 계좌를 말한다.30. "수정신고 안내"란 지방국세청장(법인세과장) 및 세무서장이 신고·신청내용의 확인 등의 방법으로 신고·신청내용을 검토하여 분석한 결과 오류 또는 탈루가 있는 경우 구체적인 근거를 제시하여 해명안내 및 수정신고를 권장하는 세원관리 방식을 말한다.31. "원천징수 이행실태 점검"이란 신고·제출한 원천징수이행상황신고서와지급명세서등을 검토하여 특정 항목이나 유형의 원천징수오류 또는 누락 혐의가 있는 대상자를 선정하여 원천징수 이행의적정 여부를확인하는 업무를 말한다.

제3조(원천징수업무의 범위) 지방국세청장 및 세무서장은 다음 각 호의 원천징수관련 업무를 집행한다.1. 원천징수의무자의 세적관리2. 원천징수에 관한 납세안내 및 홍보3. 원천제세의 신고·납부·결정·경정·환급4. 원천제세와 관련된 자료의 수집·관리5. 원천징수와 관련된 금융상품 관련 자료의 수집·관리6. 과징금 신고·납부·결정·경정·환급7. 원천제세 업무를 처리하기 위한 현장확인8. 장기주택마련저축 가입자의 가입요건 확인관리9. 개인종합자산관리계좌 가입자의 가입요건 확인관리10. 청년우대형주택청약종합저축 가입자의 소득요건 확인관리11. 비과세종합저축 가입자의 가입요건 확인관리12. 소득금액변동자료(인정 상여·배당·기타소득) 신고·납부관리, 과세자료 통보13. 연말정산간소화 서비스를 위한 소득·세액공제 증명서류 수집 및 제공14. 보고 및 통계15. 그 밖의 관련 업무 및 문서철 정리 등

제4조(업무분장) ① 세무서장(원천제세 담당과장)은 신고관리, 자료관리 등의 원천세 사무를 수행하기 위하여 내부업무처리자 및 업무별처리자를 지정하되 내부업무처리자는 1년을 주기로 변경하는 것을 원칙으로 한다.② 내부업무처리자 및 업무별처리자의 지정은 반드시 서면으로 하여야 한다. 다만, 부득이한 경우 업무별처리자는 구두로 지정 할 수 있으나 이 경우에도 처리자 지정현황을 문서로 기록·유지하여야 한다.③ 원천징수관련 업무의 계획, 처리, 취합 및 보고 등의 업무는 세무서 원천제세 담당과 법인세 담당과장이 총괄한다. 다만, 원천징수관련 신고내용의 분석, 지급명세서 연계분석, 현장확인, 기부금 표본조사 업무 등 분석·점검이 필요한 업무는 지방청장(법인세과장)이 총괄한다.④ 원천세 업무를 처리하는 경우 ‘정보화센터’와 관련된 사항은 「정보화센터 사무처리규정」에 따른다.

제5조(원천징수 항목 등 입력) ① 세무서장(납세자보호담당관)은 사업자등록신청서나 고유번호지정신청서를 접수하여 전산 입력하는 경우 자동으로 등록되는 원천징수 유형이 다음 각 호 어느 하나의 유형으로 변경할 필요가 있는지를 확인하여 즉시 정정 입력하여야 한다.1. 월납2. 신청반기납3. 의무소멸, 의무없음4. 본점일괄납부5. 지정반기납6. 사업자단위과세② 세무서장(원천제세 담당과장)은 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 원천징수의무가 없는 경우에는 원천징수 유형을 제1항제3호로 정정하여 전산입력한다.1. 상시고용인원이 없어 월별 징수세액이 발생하지 않는 법인2. 독립채산제에 의해 운영되지 아니한 지점법인3. 하부기관 직원의 급여를 상급기관에서 일괄지급·처리함에 따라 각 기관별로 근로소득세 원천징수세액이 발생하지 않는 기관 등③ 세무서장(원천제세 담당과장)은 원천세 무신고자를 확인하여 해당 무신고자가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 원천징수 유형을 정정하여 전산입력한다.

제6조(휴·폐업 원천징수의무자 관리) 세무서장(원천제세 담당과장)은 휴·폐업한 원천징수의무자가 원천징수한 세액을 신고·납부하지 아니한 경우에는 즉시 미납부 세액을 확인하여 징수하여야 한다.

제7조(원천징수이행상황신고서의 수집) ① 세무서장(원천제세 담당과장)은 원천징수의무자가 원천징수한 날의 다음 달 10일(반기별납부자는 반기 마지막 달의 다음 달 10일)까지 원천징수이행상황신고서(이하 "신고서"라 한다)를 제출하도록 하여야 한다. 비과세, 조정환급 또는 소액부징수 등으로 납부할 세액이 없는 경우에도 신고서를 제출하도록 하여야 한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 원천징수의무자가 신고서 및 원천징수자료 등을 국세정보통신망을 이용하여 전자신고 또는 전자제출하거나 우편으로 신고 또는 제출하도록 안내하여야 한다.③ 세무서장(원천제세 담당과장)은 국가·지방자치단체 등이 원천징수세액만 납부하고 신고서를 제출하지 않은 경우에는 기한 후 신고서를 제출하도록 안내하고, 해당 국가·지방자치단체 등이 원천징수세액을 납부하는 경우 신고서를 함께 제출하도록 안내하여야 한다.

제8조(신고서 이송 및 입력)① 세무서 납세자보호담당관 또는 세무서 원천제세 담당과장은 원천징수의무자가 제출한 신고서(수정분·기한 후 신고분 포함)를 접수한 경우에는 「정보화센터 사무처리규정」에 따라 민원접수 및 전자서고에 등록한 후 정보화센터로 이송하여야 한다. 원천징수세액 반기별납부자가 반기별 납부의 포기 또는 소득처분 등에 따른 신고서를 반기 중에 제출한 경우에도 월별납부자와 같은 방법으로 처리하여야 한다.② 정보화센터장은 신고서를 제출연월 기준으로 입력하되, 소득 귀속연월 또는 지급연월이 서로 다른 신고서는 제출연월이 같더라도 각각 별지로 신고서를 제출하도록 하여 이를 구분 입력하여야한다.

제9조(원천징수이행상황 수정·기한 후 신고 안내) ① 세무서장(원천제세 담당과장)은 원천징수의무자가 이미 제출한 신고서에 기록사항 또는 금액계산상 오류나 누락이 있는 경우 해당 사유가 발생한 달의 다음 달 10일까지 수정신고서를 제출하고 추가납부할 세액이 있는 경우 해당세액을 납부하도록 해당 원천징수의무자에게 안내하여야 한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 수정·기한 후 신고서에 대해서는 정기분 신고서의 처리절차(제8조)를 준용하여 처리하여야 한다.③ 세무서장(원천제세 담당과장)은 수정신고 및 기한 후 신고에 대해서도 전자신고하도록 원천징수의무자에게 안내하여야 한다.④ 수정·기한 후 신고서를 받은 세무서장(원천제세 담당과장)은 세액의 납부와 지급명세서를 제출했는지를 확인하여야 한다.

제10조(신고·납부 불일치 전산대사) ① 국세청장(법인납세국장)은 매월 수집된 신고서 자료와 수납 자료를 전산 비교할 수 있도록 전산 구축한다.② 지방국세청 전산관리과장(정보화센터 운영요원)은 제1항에 따라 신고·납부불일치명세서를 생성하여 「정보화센터 사무처리규정」에 따라 불일치 사유를 규명하고 무납부·과소납부자에 대해서는 세무서장(원천제세 담당과장)에게 통보하여 필요한 조치를 하여야 한다.

제12조(기한연장 사후관리 목록 구축) 국세청장(법인납세국장)은 전월 말일까지 연장된 기한이 도래한 건에 대하여 기한연장 사후관리 목록을 전산 구축하고 세무서장(원천제세 담당과장)은 해당 목록을 확인하여 납부가 이루어지지 않은 경우 즉시 결정결의하여야 한다.

제15조(무납부·과소납부 고지)① 국세청장(법인납세국장)은신고·납부 불부합 전산대사 후 원천세 무납부·과소납부 내역(원천세 당연경정결의서)을 생성하여야 한다.② 세무서 원천제세 담당과장은 무납부·과소납부 징수의무자에 대해서 추가로 납부하였는지를 확인한 후 추가 납부한 경우에는 기한내에 당연경정결의 취소작업을 완료하여야 한다.③ (삭제)④ 세무서 원천제세 담당과장은 원천세 무납부·과소납부 결정 내용을 세무서 운영지원과장에게 전산으로 통보하여야 한다.⑤ 세무서 운영지원과장이 확정 통보를 한 고지서는 본청 우편물자동화센터에서 출력하여 발송하거나 세무서 원천제세 담당과장이 그날 출력하여 발송하여야 한다.

제16조(무신고자료 처리)①국세청장(법인납세국장)은 무신고자 관리를 위하여 필요한 경우 원천세 무신고자를 전산구축하여 그 명단을 출력 지시 또는 전산 등재하여야 한다.② 세무서 원천제세 담당과장은 그 사유를 확인하여 세액을 결정·고지하고, 휴·폐업자 등 세적변동 내용을 전산 입력하여야 한다.

제17조(원천징수세액의 조정환급 및 환급신청 안내) ① 세무서장(원천제세 담당과장)은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세액 중 과오납이 있어 다른 세목(법인세, 소득세, 농특세)의 징수세액에서 조정환급을 하려는 경우에는 신고서에 그 조정환급내용을 기재하여 제출하도록 안내하여야 한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 전월이월 미환급세액을 해당 월에 납부할 세액에서 충당하고도 이월 미환급세액 잔액이 있는 원천징수의무자가 관할세무서장으로부터 환급을 받으려는 경우에는 원천징수이행상황신고서 및 원천징수세액환급신청서(「소득세법 시행규칙」 별지 제21호 서식)를 제출하도록 안내하여야 한다.

제18조(원천징수세액 환급신청서의 접수 및 환급결의) ① 세무서장(납세자보호담당관)은 원천징수이행상황신고서 및 원천징수세액환급신청서(「소득세법 시행규칙」 별지 제21호 서식)를 접수한 경우에는 제8조에 따른 정기분 신고서의 처리절차를 준용하여 처리하여야 한다.② 국세청장(법인납세국장)은 전자신고된 원천징수세액환급신청서와 수동으로 신고되어 정보화센터에서 전산입력한 원천징수세액환급신청서에 따라 원천세 개별환급(환급신청)대상자를 매월 1회 관서별로 전산 구축한다.③ 세무서 원천제세 담당과장은 원천세 개별환급(환급신청)대상자에 대하여 개별환급결의하고 환급통보서 및 국세환급금결정결의서를 세무서 운영지원과장에게 전산으로 통보하여야 한다.④ 국세청장(법인납세국장)은 연말정산분 환급신청의 경우 매년 1회 원천징수세액 환급신청서에 따라 원천세일괄환급결정결의서를 전산구축하고 처리하도록 지시할 수 있다.

제19조(납세의무자에게 직접 환급) 원천징수의무자가 원천징수 관할세무서장에게 환급신청을 한 후 폐업·부도 등으로 인해 소재 불명됨에 따라 납세의무자에게 환급세액을 지급하는 것이 사실상 불가능한 경우 근로자는 「폐업·부도기업 근로자 연말정산 환급금 신청서(별지 제36호 서식)」를 원천징수의무자 관할 세무서장에게 제출하여 본인에게 환급금을 직접 지급하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 해당 원천징수의무자 관할세무서장(원천제세 담당과장)은 「국세기본법」 제51조에도 불구하고 해당 환급금에서 충당할 세액이 있더라도 충당하지 아니하고 해당 납세의무자에게 직접 개별환급한다. 다만, 원천징수의무자가 근로소득세를 체납한 경우에는 환급세액과 충당한 후 환급한다.

제20조(잘못 지급된 환급금 반환) ① 세무서장(원천제세 담당과장)은 오류로 환급금을 과다결정하였거나, 환급대상자가 아닌 자에게 환급결정하여 환급금을 잘못 지급한 경우 각 세목별로 잘못 지급된 국세환급금을 결정고지하는 방법으로 국세환급금의 반환을 청구하는 절차를 밟아야 한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 결정고지시 세목, 산출근거, 초과환급금의 반환을 구하는 취지의 안내를 명확히 표시 고지하여야 하며, 이 규정에서 정하지 아니하는 내용은 「국세청 징수사무처리규정」에 따른다.

제21조(반기별납부 승인신청서 접수)① 세무서장(원천제세 담당과장)은 원천징수의무자가 「소득세법」 제128조 및 「법인세법」 제73조제7항에 따라 원천징수세액을 반기별로 납부하려하는 경우에는 반기별로 납부하려는 반기의 직전 월의 1일부터 말일까지 원천징수세액 반기별납부 승인신청서(「소득세법 시행규칙」 별지 제21호의2 서식)를 국세정보통신망으로 전자신청하거나 관할세무서에 제출하도록 하여야 한다.② 세무서 납세자보호담당관은 "원천징수세액 반기별납부 승인신청서"가 접수되면 전산입력한 후 납세자에게 접수증을 발급하고, 정기분 신고서의 처리절차(제8조)를 준용하여 처리하여야 한다.

제22조(반기별납부 승인신청서 처리) ① 세무서장(원천제세 담당과장)은 반기별납부 승인신청서를 검토하여 승인할지를 결정하고, 국세청장(전산정보관리관)은 세무서장(원천제세 담당과장)의 결정내용에 따라 상반기는 1월 12일부터 2월 8일 사이에, 하반기는 7월 12일부터 8월 8일 사이에 세적에 반영하여야 한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 원천징수세액 반기별납부 승인신청서(「소득세법 시행규칙」 별지 제21호의2 서식)를 제출한 원천징수의무자가 승인신청 요건을 갖추지 못하였거나 금융·보험업을 경영하는 경우에는 승인을 거부하여야 하며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 원천징수이행상황을 월별로 관리할 필요가 있다고 판단되는 경우에는 승인하지 아니할 수 있다.1. 직전 과세기간 중 3회 이상 체납한 사실이 있는 자2. 신고서를 제출하지 않거나 늦게 제출하는 등 원천징수의무의 이행상황이 매우 불성실하다고 인정되는 자3. 소비성서비스업종, 국가·지방자치단체, 납세조합 등 특별히 원천징수이행상황을 매월 관리할 필요가 있다고 인정되는 경우

제23조(승인여부 통지 및 승인의제)① 세무서장(원천제세 담당과장)은 제22조제1항의 신청서를 접수한 날이 속하는 반기의 다음 달 말일까지 원천징수세액 반기별납부 승인통지서(「소득세법 시행규칙」 별지 제21호의3 서식) 또는 원천징수세액 반기별납부 제외통지서(별지 제1호 서식)로 승인여부를 통지하여야 한다.② 원천징수의무자가 제1항에서 정하는 날까지 승인제외 통지를 받지 못한 경우에는 관할세무서장이 승인한 것으로 본다.

제24조(반기별납부의 지정)① 국세청장(법인납세국장)은 직전 과세기간(신규사업자의 경우 신청일이 속하는 반기)의 상시고용인원이 20명 이하인 원천징수의무자(금융 및 보험업을 경영하는 자 제외) 또는 「소득세법 시행령」 제41조제15항에서 규정하는 종교단체(이하 "종교단체"라 한다) 중에서 제23조제2항을 준용하여 반기별납부 대상자를 지정할 수 있다.② 국세청장(법인납세국장)이 반기별납부 대상자를 지정하려는 경우에는 반기별로 납부대상 사업자에게 전환안내문을 사전에 발송하여 반기납부대상자로 지정하고, 그 내용을 반기 직전 월의 말일까지 해당 원천징수의무자에게 원천징수세액 반기별 납부 지정통지서(별지 제2호 서식)로 통지하여야 한다.③ 국세청장(전산정보관리관)은 반기별납부 대상자로 지정을 받은 자에 대해서는 제23조제1항을 준용하여 전산으로 세적을 정리하여야 한다.

제25조(반기별납부 승인 및 지정의 효력)① 반기별납부 승인을 받거나 지정통지를 받은 원천징수의무자가 세적을 변경하는 경우에도 변경 전 납세지 관할세무서장(원천제세 담당과장)의 승인이나 지정은 납세지 변경 후에도 유효하다.② 원천징수 관할세무서장의 반기별납부 승인은 해당 원천징수의무자가 승인요건을 계속 갖춘 경우에는 다음 반기 이후에도 유효하다.③ 국세청장(법인납세국장)의 반기별납부 대상자 지정은 그 지정을 철회하기 전까지는 다음 반기 이후에도 유효하다.

제26조(원천징수세액 반기별 신고·납부)① 세무서장(원천제세 담당과장)은 매반기 마지막 달의 말일까지 반기별납부 승인이나 지정을 받은 원천징수의무자에 대해서 원천징수세액 반기별 신고·납부안내(별지 제3호 서식) 등으로 해당 반기 동안 원천징수한 세액을 해당 반기 마지막 달의 다음 달 10일까지 신고·납부하도록 하여야한다.② 반기별로 납부할 원천징수세액은 해당 반기 중에 징수한 세액을 말하며 연말정산분의 징수세액은 포함하되, 「소득세법」 제128조제2항 각 호에 따른 원천징수세액은 제외한다. 다만, 연말정산분 금액에 대한 신고서는 월별납부자와 같이 해당 반기 중에 제출할 수 있으며, 이 경우 제출하는 신고서에 납부할 세액이 있는 경우에는 징수한 달의 다음 달 10일까지 납부하여야 한다.③ 세무서장(원천제세 담당과장)은 반기별 납부 승인이나 지정을 받은 원천징수의무자가 폐업한 경우에는 폐업일이 속하는 해당 반기동안 원천징수한 세액을 폐업일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 신고·납부하도록 하여야 한다.

제27조(월별납부대상자 명단 출력 및 월별납부 안내) 세무서장(원천제세 담당과장)은 해당 과세기간의 상시고용인원이 20명을 초과하는 경우 원천징수의무자(종교단체 제외)에게 다음 과세기간의 1월 징수분부터 원천징수세액을 월별로 납부하도록 원천징수세액 반기별납부 제외통지서(별지 제1호 서식)로 통지하여야 한다.

제28조(반기별납부자의 환급)① 세무서장(원천제세 담당과장)은 반기별납부자에게 연말정산 등으로 환급할 세액이 발생한 경우에는 제19조를 준용하여 처리한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 원천징수의무자가 반기 중에 환급신청을 하려는 경우에는 해당 반기의 첫째 달부터 최종 조정환급한 달까지의 징수 및 조정환급내용을 1장의 신고서(귀속연월은 반기 첫째 월, 지급연월은 최종 조정환급한 월을 적음)에 기재하여 최종 조정환급한 달의 다음 달 10일까지 원천징수이행상황신고서 및 원천징수세액 환급신청서(「소득세법 시행규칙」 제21호 서식)와 함께 제출하도록 하여야 한다.

제29조(반기별납부의 포기) ① 세무서장(원천제세 담당과장)은 세무서장의 승인을 얻거나 지정을 받아 원천징수세액을 반기별로 납부하고 있는 원천징수의무자가 원천징수세액을 매월별로 납부하려는 경우에는 원천징수한 세액을 매월별로 납부하려는 월(지급연월)의 직전 월 말일까지 원천징수세액 반기별납부 포기신청서(별지 제4호 서식)를 제출하도록 안내하여야 한다. 이 경우 반기별납부 포기신청은 세무서장의 승인을 필요로 하지 않는다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 원천징수의무자가 원천징수세액 반기별납부 포기신청서(별지 제4호 서식)를 제출한 경우에는 해당 반기의 첫번째 달부터 포기신청서를 제출한 달까지의 징수내용을 1장의 신고서(귀속연월은 반기 개시월을, 지급연월은 포기신청서 제출 월을 적음)에 기재하여 신청서를 제출한 달의 다음 달 10일까지 관할세무서장에게 제출하고 징수한 세액을 납부하도록 하여야 한다.

제30조(반기별납부 포기신청서 처리) ① 세무서 납세자보호담당관은 원천징수세액 반기별납부 포기신청서가 접수되면 정기분 신고서의 처리절차(제8조)를 준용하여 처리하여야 한다.② 세무서 원천제세 담당과장은 세무서 납세자보호담당관으로부터 포기신청서를 전산 통보받은 경우에는 제30조제2항에 따라 신고·납부하는지를 사후관리하여야 한다.

제31조(반기별납부 승인 및 지정의 철회) ① 세무서장(원천제세 담당과장)은 반기별납부 승인이나 지정을 받은 원천징수의무자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 반기별납부 승인이나 지정을 철회할 수 있다.1.원천징수세액을 반기 마지막 달의 다음 달 10일까지 신고·납부하지 아니한 경우2.원천징수이행상황이 불성실하여 월별로 관리할 필요가 있다고 인정되는 경우② 반기별납부 승인을 철회한 세무서장(원천제세 담당과장)은 해당 원천징수의무자에게 원천징수세액 반기별납부 제외통지서(별지 제1호 서식)를 통지하고 제외사실을 전산입력하여야 한다.③ 승인철회 사실을 통보받은 원천징수의무자의 신고·납부에 대해서는 제30조제2항을 준용한다. 이 경우 포기신청서를 제출한 달은 승인철회 사실을 통보받은 달로 본다.④세무서장(원천제세 담당과장)은 포기 및 승인철회 내용과 제3항에 따라 신고·납부하는지를 사후관리한다.

제32조(본점일괄납부 신고서의 접수 및 처리) ①세무서장(원천제세 담당과장)은 법인이 독립채산제에 의하여 독자적으로 회계사무를 처리하는 지점·영업소 그 밖의 사업장(이하 "지점"이라 한다)에서 지급하는 소득의 원천징수세액을 본점·주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소(이하 "본점"이라 한다)에서 일괄납부하려는 경우에는 일괄납부하려는 달의 말일부터 1개월 전까지 본점 관할세무서장에게 원천징수세액 본점일괄납부신고서(「법인세법 시행규칙」 별지 제62호의2 서식)를 제출하도록 하여야한다.② 세무서 납세자보호담당관은 원천징수세액 본점일괄납부신고서(「법인세법 시행규칙」 별지 제62호의2 서식)가 접수되면 납세자에게 접수증을 발급하고, 정기분 신고서의 처리절차(제8조)를 준용하여 처리하여야 한다.③ 세무서장(원천제세 담당과장)은 일괄납부 신청된 지점 및 원천징수 세목의 기재사항을 검토하고 전산입력하여야 한다.

제33조(일괄납부방법 등 안내) ① 본점일괄납부의 경우 세무서장(원천제세 담당과장)은 해당 법인이 원천징수한 세액 중 본점일괄납부 신고에서 제외된 세목에 해당하는 세액이 있는 경우 해당 원천징수세액은 각 지점별로 신고·납부하도록 하고, 해당 세액에서 환급할 세액이 발생한 경우 일괄납부할 세액에서 조정환급하지 아니하도록 안내하여야 한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 사업자단위로 등록한 법인의 경우 본점 등을 원천징수세액의 납세지로 할 수 있으며, 사업자단위과세자로 전환되는 월 이후 지급하거나 연말정산하는 소득에 대해 법인의 본점 등에서 총괄하여 신고·납부하도록 안내하여야 한다.

제34조(일괄납부 철회 신청) ① 본점일괄납부 신고에 의해 원천징수세액을 본점에서 일괄납부하는 법인이 해당 원천징수세액을 각 지점별로 납부하려는 경우에는 본점 관할세무서장에게 원천징수세액 본점일괄납부 철회신청서(별지 제5호 서식)를 제출하도록 하여야 한다.② 원천징수세액 본점일괄납부 철회신청서(별지 제5호 서식)는 본점일괄납부 신고서의 접수 및 처리에 관한 절차를 준용하여 처리한다.③ 원천징수세액 본점일괄납부 신청을 한 법인은 신청일로부터 3년 이내에는 철회신청을 하지 못한다. 다만, 해당 법인의 정보시스템 운영이 중단되는 등 부득이한 사유가 있는 경우에는 예외로 한다.

제35조(원천징수 관련 소득자료의 수집) ① 세무서장(원천제세 담당과장)은 「소득세법」 제164조 및 제164조의2, 「법인세법」 제120조 및 제120조의2에 따라 원천징수의무자가 제출하는 다음 각 호의 자료(수정제출분을 포함한다)를 해당 법에서 규정한 제출기한(다음 해 2월 말일, 단, 제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 해 3월 10일까지이며 휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 제출하도록 안내하고, 수집하여야 한다.1. 이자소득2. 배당소득3. 「소득세법 시행령」 제184조에서 정하는 사업소득4.근로소득이나 퇴직소득5. 연금소득6. 기타소득(제7호에 따른 봉사료 제외)7. 「소득세법」 제127조제1항제8호의 봉사료8. 「소득세법 시행령」 제213조제6항의 장기저축성보험의 보험차익② 세무서장(원천제세 담당과장)은 「소득세법」 제164조제3항에 해당하는 자에 대해서는 지급명세서를 국세정보통신망을 이용하여 제출하거나 전산매체로 제출하도록 안내하여야 한다.③ 원천징수세액 반기별납부자의 경우에도 지급명세서는 제1항부터 제2항까지의 규정에 따라 수집한다.

제36조(지급명세서 제출 특례)① 원천징수의무자는 제36조제1항제1호 및 제2호의 소득에 대해서는 이자·배당소득 지급명세서(「소득세법 시행규칙」 별지 제23호 서식(1))를 갈음하여 이자·배당소득 지급명세서(「소득세법 시행규칙」 별지 제30호 서식(1))를 제출할 수 있다.② 원천징수의무자는 제36조제1항제3호의 사업소득 중 「소득세법」 제144조의2에 따른 연말정산대상 사업소득의 소득금액이 본인에 대한 기본공제의 합계액 이하인 사업자에 대해서는 거주자의 사업소득 지급명세서(연말정산용)(「소득세법 시행규칙」 별지 제23호 서식(3))를 갈음하여 사업소득지급명세서(별지 제6호 서식)를 제출할 수 있다.③ 원천징수의무자는 제36조제1항제4호의 근로소득에 대해서는 총급여액이 근로소득공제액, 본인에 대한 기본공제액의 합계액 이하인 거주자에 대해서는 근로소득 지급명세서(「소득세법 시행규칙」 별지 제24호 서식(1))를 갈음하여 근로소득지급명세서(별지 제7호 서식)를 제출할 수 있다.

제37조(소득자료의 작성요령) ① 소득자료의 작성은 한글과 아라비아 숫자로 써넣는다.② "주민등록번호(납세번호)란"에는 법인은 법인등록번호를 기입하고 외국인은 외국인등록번호를 기입한다. 다만, 사업소득 원천징수 시 사업자등록이 된 자에 대해서는 사업자등록번호와 주민등록번호를 각각 기입한다.

제38조(수정 소득자료의 작성)① 소득자료의 수정은 각 기록사항(주민등록번호, 소득금액, 필요경비, 소득공제, 세액공제 등)의 착오 및 원천징수 납부세액의 정정에 한한다.② 수정된 소득자료를 전산매체로 제출하는 경우 수정부분을 포함한 전체 기록내용을 새로 작성하고, 수동으로 제출하는 경우 원천징수의무자와 소득자 인적사항(주소, 성명, 주민등록번호, 사업자등록번호), 지급연월일, 소득구분 및 공통사항의 각 란을 원래 제출한 소득자료와 같게 기입한 후 각 해당란에 원래 보고된 자료금액을 붉은 글자로 상단에 써넣고 정정된 자료금액은 같은 란 하단에 검은 글자로 작성한다.

제39조(소득자료의 추가 수집) 세무서장(원천제세 담당과장)은 원천징수의무자가 지급명세서를 제36조에 따른 기한까지 제출하지 않은 경우에는 별도의 기한을 정하여 제출하도록 안내하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 근로소득세액의 연말정산을 하지 않은 경우에는 원천징수 관할세무서장(원천제세 담당과장)은 즉시 연말정산을 하고 그 소득세를 원천징수의무자로부터 징수하고 그 내용이 종합소득 합산과세 및 소득금액 증명 등에 활용될 수 있도록 전산입력하여야 하며, 이 경우 원천징수의무자가 행방불명이 된 때에는 원천징수 관할세무서장(원천제세 담당과장)은 해당 근로소득이 있는 자에게 과세표준 확정신고를 하여야 한다는 것을 통지하여야 한다.

제41조(자료의 접수) ① 지급명세서의 접수는 원칙적으로 세무서 납세자보호담당관이 관장한다.② 세무서 납세자보호담당관은 원천징수의무자가 지급명세서를 수동제출하는 경우에는 소득자료제출집계표(별지 제12호 서식)를 덧붙이도록 하여야 한다.

제42조(자료 이송 및 입력의뢰) 세무서 납세자보호담당관은 접수한 지급명세서에 대해「정보화센터 사무처리규정」의 예에 따라 정보화센터에 이송하여 전산 입력·수록되도록 조치하여야 한다.

제43조(지급명세서 전산매체 처리)① 세무서 원천제세 담당과장은 세무서 납세자보호담당관으로부터 인계받은 지급명세서 전산매체 (CD, DVD 등)에 대하여 적합성검사 후 국세청장(법인납세국장)에게 전송한다.② 세무서 원천제세 담당과장은 적합성검사 결과 국세청장(전산정보관리관, 법인납세국장)이 정한 제출기준에 부적합하여 처리가 불가능한 경우에는 원천징수의무자(대리제출의 경우에는 대리 제출자)에게 통보하여 제출기준에 맞게 보완하여 다시 제출받은 후 적합성 검사를 하고 국세청장(법인납세국장)에게 전송한다.

제44조(대량 전산매체 처리)① 세무서 원천제세 담당과장은 세무서 납세자보호담당관으로부터 인계받은 지급명세서 전산매체 중 1천만건 이상의 자료가 수록된 대량 전산매체(CD, DVD 등)는 취합하여 지급명세서 접수 관리부와 함께 지방국세청장(법인세과장)에게 송부한다.② 지방국세청장(법인세과장)은 세무서에서 송부받은 대량 전산매체(CD, DVD 등)에 수록된 자료를 국세청장(법인납세국장)에게 송부한다.

제45조(전산매체 관리)① 지급명세서 전산매체를 접수한 세무서장(원천제세 담당과장) 및 지방국세청장(법인세과장)은 지급명세서 전산매체 접수/관리부(별지 제25호 서식)를 작성하여야 하고, 전산매체와 함께 보안캐비넷에 5년간 보관하여야 하며, 보존기간이 만료된 전산매체는 지급명세서 전산매체 파기대장(별지 제26호 서식)에 결재를 득한 후 파기하여야 한다.② 소득공제 및 세액공제 증명서류 전산매체를 접수한 세무서장(원천제세 담당과장)은 소득공제 및 세액공제 증명서류 전산매체 접수/관리부(별지 제27호 서식)를 작성하여야 하고, 전산매체와 함께 보안캐비넷에 5년간 보관하여야 하며, 보존기간이 만료된 전산매체는 소득공제 및 세액공제 증명서류 전산매체 파기대장(별지 제28호 서식)에 결재를 득한 후 파기하여야 한다.

제46조(오류일람표 처리) ① 국세청장(법인납세국장)은 전송받은 지급명세서의 오류사항을 검증하여 소득자료 오류일람표를 세무서에서 출력 가능하도록 조치한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 소득자료 오류일람표를 출력한 후 오류사항을 수정하거나 정보화센터장에게 정정을 의뢰한다.③ 정보화센터장은 세무서장(원천제세 담당과장)이 정정 의뢰한 소득자료 오류일람표를 전산으로 정정하여 입력한다.

제47조(지급명세서 수정분 및 추가제출분 처리) ① 세무서장(원천제세담당과장)은 원천징수의무자가 지급명세서 수정분을 제출하거나 기한까지 제출하지 못한 지급명세서를 제출하는 경우 정보화센터장에게 인계하여야 한다. 인계받은 정보화센터장은 국세청장(법인납세국장)이 정하는 바에 따라 전산입력하여야 한다.다만, 추가 제출한 지난해 귀속분은 내부업무처리자가 자료내용을 검토 후 정보화센터장에게 인계하여야 한다.② 자료의 접수 및 입력 방법은 제46조와 제47조를 준용한다.

제48조(원천징수 이행실태 점검 실시) ①지방국세청장(법인세과장)과 세무서장(원천제세 담당과장)은 신고·제출한원천징수이행상황신고서와지급명세서 등을 검토하여 특정 항목이나 유형의 원천징수 오류 또는 누락 혐의가 있는 대상자를 선정하여 원천징수 이행 실태 점검을 실시할 수 있다.②제1항에 따라 원천징수 이행 실태 점검을 실시하는 지방국세청장(법인세과장)과세무서장(원천제세 담당과장)은 종사인력, 업무의 중요도, 대상자 수, 원천징수 오류 또는 누락 혐의 등을 고려하여 자체 실정에 맞는 원천징수 이행실태 점검 계획을 수립·운영하여야 한다.③ 원천징수 이행실태 점검 실시와 관련한 그 밖의 절차는 「법인세사무처리규정」, 「소득세사무처리규정」 및 「조사사무처리규정」의 예(例)에 따른다.

제49조(현장확인의 실시) ① 지방국세청장(법인세과장) 또는 세무서장(원천제세 담당과장)은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 현장확인을 실시할 수 있다.1. 원천징수의무자가 신고·제출한 원천징수이행상황신고서 및 지급명세서가 사실과 다르다고 소득자 등이 민원을 제기한 경우2. 무신고자의 세액결정을 위하여 필요한 경우3. 원천징수 이행실태 점검, 그 밖에 단순 과세자료 처리, 증거자료 수집 및 원천제세 세원관리를 위해 현장확인이 필요한 경우② 현장확인과 관련한 그 밖의 절차는 「법인세사무처리규정」 및 「소득세사무처리규정」의 예(例)에 따른다.

제50조(표본조사의 실시) ① 지방국세청장(법인세과장)과 세무서장(원천제세 담당과장)은 「소득세법」 제59조의4제4항에 따라 기부금을 세액공제받은 근로소득자에 대하여 다음 각 호의 방법에 따라 표본조사를 실시할 수 있다.1. 기부금 세액공제를 받은 근로소득자에 대한 수정신고 안내 또는 직접조사2. 근로소득자가 속한 원천징수의무자를 통한 수정신고 안내 또는 간접조사3. 기부금영수증을 발행한 기부금단체를 통한 간접조사② 표본조사는 실지조사·서면조사 등의 방법으로 실시한다.③ 표본조사와 관련한 그 밖의 절차는 「법인세사무처리규정」, 「소득세사무처리규정」 및 「조사사무처리규정」의 예(例)에 따른다.

제51조(소득금액 변동자료 처리)① 지방국세청장 또는 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우 「소득세법 시행령」 제192호에 따라 소득금액변동통지서를 해당 법인에게 통지하고, 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득 처분을 받은 거주자에게는 해당 법인에게 소득금액변동통지를 하였다는 사실을 소득금액 변동사항 통지서(별지 제13호 서식)로 알려야 한다.다만, 해당 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해법인이 「국세징수사무처리규정」제126조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 해당하는 경우에는 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 소득금액변동통지서를 통지하고, 해당 거주자의 주소지 관할세무서장에게 소득처분을 받은 거주자의 소득세 신고·납부·결정 등 사후관리에 활용할 수 있도록 전산출력된 소득금액변동통지서를 과세자료로 통보하여야 한다.② (삭제)③ 제1항에 따라 소득금액 변동통지를 한 지방국세청장(조사국장)은 소득금액변동통지서 사본에 그 통지 여부 및 통지일자를 기재하여 해당 법인의 납세지 관할세무서장(조사 담당과장)에게 통보하여야 한다.④ (삭제)⑤ 세무서 조사 담당과장이 제1항에 따라 소득금액변동통지를 하거나 제2항에 따른 지방국세청장의 소득금액변동통지서 사본을 통보받은 경우에는 그 사본을 지체 없이 세무서 법인세 담당과장에게 인계하여야 한다.⑥ 세무서 법인세 담당과장은 직접 제1항에 따라 소득금액변동통지를 하거나 제3항에 따라 소득금액변동통지서 사본을 인계받은 경우 원천징수의무자가 납부기한까지 세액을 납부하였는지와 소득금액 변동사항에 따른 지급명세서를 제출하였는지를 확인하여야 하며, 납부하지 않은 세액은 지체 없이 결정·고지하고 제출하지 않은 지급명세서는 제40조에 따라 처리하여야 한다.⑦ 세무서 법인세 담당과장은 원천징수의무자가 소득금액 변동사항에 따른 원천세 수정신고 여부, 원천징수 미이행시 세무서 결정·고지 여부 및 소득자 관할 세무서로 자료통보 여부 등을 전산 입력하여 사후관리하여야 한다.⑧ 세무서 법인세 담당과장은 거주자의 주소지 관할세무서장에게 소득처분을 받은 거주자의 종합소득세 합산과세 및 소득금액 증명 등에 활용할 수 있도록 과세자료를 통보하여야 한다. 다만, 제1항 단서에 따라 지방국세청장(조사국장)과 세무서장(조사 담당과장)이 해당 거주자의 주소지 관할세무서장에게 과세자료를 통보한 경우는 생략한다.

제52조(법인세신고 파생자료 처리)세무서 법인세 담당과장은 법인세과세표준 및 세액신고서(수정, 기한 후 신고서 포함)를 접수하는 경우에는 다음 각 호의 과세자료가 제출되었는지와 세액을 납부하였는지 등을 제54조를 준용하여 처리하여야 한다.1. 잉여금처분에 따른 상여·배당·퇴직소득2. 「법인세법」에 따라 처분되는 상여·배당·기타소득3. 의제배당 등

제53조(원천세 과세자료의 수집 및 통보)지방국세청장 또는 세무서장은 다음에 열거하는 원천제세에 관한 과세자료를 수집하는 경우에는 수집한 날로부터 10일 이내에 원천징수의무자 관할세무서장에게 통보하여야 한다.1. 사채이자(비영업대금의 이익 등)자료2. 원천징수대상 사업소득 수입금액자료3. 행정기관자료4. 자체개발자료5. 그 밖의 원천징수대상 소득의 발생에 관한 자료

제54조(과세자료 처리)① 원천제세 과세자료는 소명자료를 제출하도록 서면으로 요구하여 처리함을 원칙으로 한다.② 지방국세청장 또는 세무서장은 납세자의 해명이 필요한 자료에 대하여는 과세자료 해명안내문(별지 제14호 서식)을 발송하여 해명결과에 따라 처리하여야 한다. 다만, 과세자료의 내용이 명확하여 해명이 필요 없다고 인정되는 경우에는 과세자료 해명안내문 발송을 생략할 수 있다.③ 제1항에 의하여 납세자가 해명자료를 제출한 경우에는 해명자료를 성실하게 검토하여 그 결과에 따라 처리하고, 처리유형에 관계없이 그 처리결과를 해명자료 검토결과 통지서(별지 제15호 서식)로 통지하여야 한다. 다만, 해명자료검토결과에 대해 「과세전적부심사 사무처리규정」에 따라 과세예고통지서를 발송하는 경우에는 해명자료 검토결과 통지서 발송을 생략할 수 있다.④ 지방국세청장(법인세과장) 또는 세무서장(원천제세 담당과장)은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제52조에 따라 현장확인 계획을 수립하여 처리할 수 있다.1. 해명자료를 제출하지 아니하거나 제출한 해명자료의 내용이 불분명한 경우2. 제출한 해명자료만으로 과세목적을 달성하기 곤란하다고 인정되는 경우3. 그 밖에 해명자료 제출을 요구하는 경우 조세채권의 일실우려가 있다고 인정되는 등 불가피한 사유가 있는 경우 등

제55조(과세자료 처리 시 준용규정)지방국세청장 또는 세무서장은 원천제세 과세자료를 처리하면서 제58조 이외의 사항은 「소득세사무처리규정」 및 「법인세사무처리규정」의 자료관리에 관한 규정의 예(例)에 따른다.

제56조(장기주택마련저축 가입자의 가입요건 확인과 관리) ① 국세청장(법인납세국장)은 장기주택마련저축의 가입자가 장기주택마련저축의 계약일부터 7년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일과 해당 과세연도 이후 매 3년이 되는 과세연도 종료일 현재 「조세특례제한법」 제87조제1항 각 호의 요건(기준시가가 3억원 이하인 주택인지 여부는 제외한다)을 갖추었는지를 확인하여 저축취급금융기관에 통보한다.② 장기주택마련저축의 가입자는 「조세특례제한법」 제87조제8항제1호 및 제2호에 따라 국세청장(법인납세국장)이 저축취급금융기관에 통보한 내용에 이의가 있으면 저축취급금융기관이 국세청장(법인납세국장)에게서 통보를 받은 날로부터 2개월 이내에 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)에게 「장기주택마련저축 가입요건 충족여부 통보에 대한 의견서」(「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제58호의6 서식, 이하 "의견서"라 한다)를 제출하여야 한다.③ 장기주택마련저축의 가입자가 사망, 해외장기출장, 그 밖의 부득이한 사유로 위 기간 내에 의견서를 제출하지 못한 경우에는 그 사유가 끝난 날부터 7일 이내에 의견서를 제출할 수 있다.④ 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)은 의견서 및 증명서류 등을 접수한 날부터 14일 이내에 검토하여 그 검토결과를 국세통합전산망에 입력하고 전산결재를 하여야 한다. 또한, 제출기한 경과 후 접수된 의견서의 검토결과를 입력하거나 최종 전산 결재까지 완료된 의견서를 재검토하여 기존에 입력된 검토결과를 수정하려는 경우에도 의견서를 작성하여 결재한 후 그 검토결과를 국세통합전산망에 입력하여야 한다.⑤ 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)은 장기주택마련저축의 가입자가 의견서 검토결과를 서면으로 요청하는 경우 「장기주택마련저축 가입요건 충족여부 검토결과 통지서」(별지 제16호 서식)를 작성하여 통보한다.⑥ 국세청장(법인납세국장)은 이의제기 수용여부 결과를 의견서 접수일로부터 14일 이내에 해당 저축취급금융기관에 통보한다.

제57조(청년우대형주택청약종합저축 가입자의 소득요건 확인과 관리) ① 국세청장(법인납세국장)은 청년우대형주택청약종합저축계좌의 가입자가 가입 당시 「조세특례제한법」 제87조제3항 각 호의 요건을 갖추었는지를 확인하여 가입연도(해당 가입자에 대해 「소득세법」 제80조에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 결정 또는 경정이 있는 해당 연도)의 다음 연도 2월 말일까지 저축 취급기관에 통보하여야 한다.② 청년우대형주택청약종합저축의 가입자는 「조세특례제한법」 제87조제10항제3호에 따라 국세청장(법인납세국장)이 저축취급기관에 통보한 내용에 이의가 있는 경우에는 저축 취급기관이 국세청장(법인납세국장)의 통보를 받은 날부터 2개월 이내에 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)에게 「청년우대형주택청약종합저축 소득요건 충족여부의 통보에 대한 의견서(이하 "의견서"라 한다)」(「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제60의21 서식)를 제출하여야 한다.③ 청년우대형주택청약종합저축의 가입자가 사망, 해외 장기출장, 그 밖의 부득이한 사유로 제2항에 따른 기간 내에 의견서를 제출하지 못한 경우에는 그 사유가 끝난 날부터 7일 이내에 의견서를 제출할 수 있다.④ 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)은 의견서 및 증명서류 등을 접수한 날부터 14일 이내에 검토하여 그 검토결과를 국세통합전산망에 입력하고 전산결재를 하여야 한다.⑤ 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)은 가입자에게 검토결과를 유선으로 통보하되, 가입자가 서면으로 요청하는 경우 「청년우대형주택청약종합저축 소득요건 충족여부 검토결과 통지서」(별지 제34호 서식)로 통보한다.⑥ 국세청장(법인납세국장)은 이의제기 수용여부 결과를 의견서 접수일로부터 14일 이내에 해당 저축 취급기관에 통보하여야 한다.

제58조(비과세종합저축 가입자의 가입요건 확인과 관리) ① 국세청장(법인납세국장)은비과세종합저축의 가입자가 가입연도의 직전 3개 과세기간 동안 「소득세법」제14조제3항제6호에 따른 소득의 합계액이 1회 이상 연 2천만원을 초과한 자에 해당하는지 여부를 가입 연도의 다음 연도 4월 15일까지 확인하여 해당 금융회사 등에 통보하여야 하며, 금융회사 등은 통보받은 내용을 가입자에게 가입 연도의 다음 연도 4월 30일까지 통보하여야 한다.② 비과세종합저축의 가입자는 「조세특례제한법 시행령」 제82조의2조제7항에 따라 국세청장이 금융회사 등에 통보한 내용에 이의가 있는 경우에는 저축 취급기관이 국세청장(법인납세국장)의 통보를 받은 날부터 2개월 이내에 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)에게 의견서를 제출할 수 있다.③ 비과세종합저축 가입자가 사망, 해외 장기출장 또는 그 밖의 부득이한 사유로 제2항에 따른 기한까지 의견서를 제출하지 못한 경우에는 그 사유가 끝난 날부터 7일 이내에 의견서를 제출할 수 있다.④ 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)은 의견서 및 증명서류 등을 접수한 날부터 14일 이내에 검토하여 그 검토 결과를 국세통합전산망에 입력하고 전산결재를 하여야 한다.⑤ 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)은 가입자에게 검토 결과를 유선으로 통보하되, 가입자가 서면으로 요청하는 경우 「비과세종합저축 가입요건 검토결과 통지서」(별지 제35호 서식)로 통보한다.⑥ 국세청장(법인납세국장)은 이의제기 수용여부 결과를 의견서 접수일로부터 14일 이내에 해당 금융회사 등에 통보하여야 한다.

제59조(개인종합자산관리계좌 가입자의 가입요건 확인과 관리) ① 국세청장(법인납세국장)은 개인종합자산관리계좌의 가입자가 가입 당시 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 갖추었는지 여부를 다음 각 호의 구분에 따른 기한까지 확인하여 해당 신탁업자등에게 통보하여야 한다.1. 「조세특례제한법」 제91조의18제1항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제2항에 따른 요건 : 개인종합자산관리계좌 가입연도(해당 가입자에 대하여「소득세법」제80조에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 결정 또는 경정이 있는 해당 연도)의 다음 연도 2월 말일2. 「조세특례제한법」 제91조의18제1항제1호 또는 제2호에 해당하는 요건 : 개인종합자산관리계좌 가입연도(해당 가입자에 대하여 「소득세법」 제80조에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 결정 또는 경정이 있는 해당 연도)의 다음 연도 8월 31일② 개인종합자산관리계좌 가입자는 제1항에 따라 국세청장(법인납세국장)이 신탁업자 등에게 통보한 내용에 이의가 있는 경우에는 통보일로부터 2개월 이내에「개인종합자산관리계좌 가입요건 충족여부의 통보에 대한 의견서(이하 "의견서"라 한다)」(「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제60호의20 서식)를 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)에게 제출할 수 있다.③ 개인종합자산관리계좌 가입자가 사망, 해외이주, 계좌해지 후 다른 계좌 이전, 그 밖의 부득이한 사유로 위 기간 내에 의견서를 제출하지 못한 경우에는 그 사유가 끝난 날부터 7일 이내에 의견서를 제출할 수 있다.④ 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)은 의견서 및 증명서류 등을 접수한 날부터 14일 이내에 검토하여 그 검토결과를 국세통합전산망에 입력하고 전산결재를 하여야 한다.⑤ 주소지 관할세무서장(소득세 담당과장)은 가입자에게 검토결과를 유선으로 통보하되, 가입자가 서면으로 요청하는 경우 「개인종합자산관리계좌 가입유형 검토결과 통지서」(별지 제32호 서식)로 통보한다.⑥ 국세청장(법인납세국장)은 이의제기 수용여부 결과를 의견서 접수일로부터 14일 이내에 해당 신탁업자 등에 통보한다.

제60조(기타소득자료의 제공) ① 국세청장(전산정보관리관)은 「소득세법」 제164조제9항에 따라 다음 각 호의 기타소득에 대한 지급명세서를 소득자가 종합소득과세표준 확정신고를 하는데 사용할 수 있도록 국세정보통신망을 이용하여 기타소득금액의 납세의무자에게 제공한다.1. 「소득세법」 제21조제1항제15호가목(문화·학술 등 창작소득의 원고료)2. 「소득세법」 제21조제1항제19호가목·나목(일시적인 인적용역 대가)② 오류 등으로 그 내용에 변동이 발생한 경우에는 주소지 관할 세무서장(원천제세 담당과장)은 즉시 정정하고 해당 납세의무자에게 통지하여야 한다.

제61조(연금소득·세액 공제자료의 제공) ① 국세청장(법인납세국장)은 「소득세법 시행령」 제201조의10에 따른 연금소득금액 등 계산을 위한 소득·세액 공제자료를 연금소득자 등이 자료제공을 요청한 경우에 제공할 수 있도록 전산으로 자료를 구축한다.② 연금소득자 등은 국세정보통신망을 통하여 본인의 연금보험료 등 소득·세액 공제내용을 사실 조회용으로 조회·출력할 수 있으며, 국세 증명발급 등 민원신청서(국세청민원사무처리규정 제1호 서식)를 작성하여 각 세무서 민원봉사실에서도 신청할 수 있다.③ 연금소득자 등의 연금소득·기타소득 또는 퇴직소득 원천징수의무자는 연금소득자 등의 동의를 받아 국세 증명발급 등 민원신청서(국세청민원사무처리규정 제1호 서식)를 작성하여 소득·세액 공제자료 제공을 신청할 수 있다.④ 제2항 및 제3항의 신청서를 접수 받은 세무서장(납세자보호담당관)은 연금보험료 등 소득·세액공제확인서(「소득세법 시행규칙」 별지 제26호의2 서식)를 출력하여 제공하여야 한다.

제62조(대학 등의 교육비 세액공제증명자료의 수집) 대학 등이 소재하는 관할세무서장(원천제세 담당과장)은 그 대학 등이 지급받은 수업료, 입학금 등에서 장학금, 직계비속 등이 학자금 대출을 받아 지급하는 교육비 등을 제외한 교육비를 홈택스(www.hometax.go.kr)에서 제공하는 전산매체 제출요령 및 서식에 따라 인터넷으로 제출하도록 안내하여야 한다.

제63조(의료기관 등의 의료비자료 수집) ① 의료기관 등이 소재하는 관할세무서장(원천제세 담당과장)은 그 의료기관 등의 의료비자료를 제출하도록 안내하고, 다음 각 호의 방법으로 수집하여야 한다.1. 홈택스(www.hometax.go.kr)에서 제공하는 전산매체 제출요령 및 서식에 따라 인터넷으로 제출2. 제출 대상 환자 수가 50명 이하인 의료기관 등은 의료비 세액공제 증명서류 집계표(별지 제19호 서식) 및 의료비 세액공제 증명서류 명세서(별지 제20호 서식)를 작성하여 방문 또는 등기우편물을 통해 제출 가능② 세무서장(원천제세 담당과장)은 정보주체 본인이 본인의 의료비 내용과 관련된 서류가 국세청장에게 제출되는 것을 원하지 않을 경우 의료비 세액공제 증명서류 제출 제외 신청서(별지 제21호 서식)에 따라 해당 의료비 발급기관에 제출 제외 신청을 할 수 있음을 안내하여야 한다.

제64조(제출자료의 보완·전송 등) ① 소득공제 및 세액공제 증명서류를 제출받은 세무서장(원천제세 담당과장)은 대내포털(NTIS)에서 제출요령에 따라 해당 자료를 처리(수록)하고 오류 발생 여부를 확인하여야 한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 제출받은 자료에 대해서 보완이 필요하다고 인정하는 경우에는 해당 의료기관 등의 자료제출대상자에게 자료를 추가 또는 보완하여 제출할 것을 요구하여야 한다.③ 세무서장(원천제세 담당과장)은 국세청장(법인납세국장)으로부터 의료비 이외의 소득공제 및 세액공제 증명서류의 수집을 지시받는 경우 의료비자료 수집에 준하여 수집·처리하여야 한다.

제65조(정보주체의 정보 제공 동의（동의취소） 신청서 관리) ① 정보주체가 직접 방문하거나 우편·팩스·홈택스(www.hometax.go.kr)로 연말정산간소화 서비스 소득공제 및 세액공제 정보제공(동의, 동의취소) 신청서(별지 제22호 서식)를 제출하는 경우 제출받은 세무서장(원천제세 담당과장)은 즉시 접수·처리하여야 한다.② 정보주체가 세무서를 직접 방문하여 신청하는 경우, 신청서는 세무서 납세자보호담당관이 접수하여 세무서 원천제세 담당과장에게 인계하고, 세무서 원천제세 담당과장은 이를 전산입력한다.③ 원천제세 담당과장은 신청 내용이나 붙임 서류가 미비한 신청서에 대해서는 신청자에게 보완서류 등을 제출받아 처리하여야 한다.④ 신청서를 처리한 부서에서는 신청서와 붙임 서류를 편철·관리하여야 한다.⑤ (삭제)

제66조(소득공제 및 세액공제 자료 출력) 정보주체 또는 대리인이 직접 방문하여 연말정산간소화 자료 출력 신청서(별지 제33호 서식)를 제출하는 경우 제출받은 세무서장(원천제세 담당과장)은 본인 확인 또는 위임 사실을 확인한 후 즉시 접수·처리하여야 한다. 본인 확인 또는 위임사실의 확인은 「국세청민원사무처리규정」을 준용한다.

제67조(과징금의 신고·납부)① 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률(이하 "실명법"이라 한다)」 제2조의 금융회사 등은 같은 법 부칙 제6조에 따라 과징금을 징수한 경우에는 징수한 달의 다음 달 10일까지 과징금 징수액 신고서(별지 제23호 서식)를 원천징수 관할세무서장에게 제출하고, 원천징수 관할세무서·한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 과징금을 납부하는 경우 납부서에 세목코드는 "90"을 기재하고 세목은 "과징금"으로 기재하여 납부하도록 안내하여야 한다.③ 세무서 납세자보호담당관은 금융회사 등이 과징금 징수액 신고서를 제출한 경우에는 지체 없이 세무서 원천제세 담당과장에게 인계하여야 한다.④ 국세청장(법인납세국장)은 매월 15일까지 과징금 수납내용을 전산으로 구축한다.

제68조(과징금의 사후·징수결정)① 세무서 원천제세 담당과장은 세무서 납세자보호담당관으로부터과징금 징수액 신고서를 인계받은 경우에는 원천징수의무자별로관리하여야 한다.② 세무서 원천제세 담당과장은 매월 말일까지 과징금 결정결의 내용과 부과통보 내용을 세무서 운영지원과장에게 통보하여야 한다.

제69조(과징금 무납부 고지 및 가산금) ⓛ 세무서장(원천제세 담당과장)은 금융회사 등이 징수하여야 할 과징금을 부족하게 징수하였거나 징수한 과징금을 납부하지 않은 경우에는 지체 없이 징수결정하여 고지하여야 한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 금융회사 등이 징수하였거나 징수하여야 할 과징금을 기한까지 납부하지 아니하거나 미달하게 납부하는 경우에는 무납부 또는 미달하게 납부한 과징금을 징수하는 외에 납부하지 않은 과징금 또는 미달하게 납부한 과징금의 100분의 10에 해당하는 금액을 가산금으로 징수하여야 한다.

제70조(과오납 과징금의 환급)① 과징금(벌과금)은 세액이 아니므로 환급할 과징금이 발생하는 경우에도 소득세·법인세 및 농어촌특별세 징수세액과 서로 충당할 수 없다.② 금융회사 등이 원천징수하여 납부한 과징금 중 과오납으로 환급받을 금액이 있는 경우에는 제3장제4절을 준용하여 그달에 납부할 과징금에서 조정환급하고 남은 과징금만 납부한다.③ 그달에 납부할 과징금이 없거나 부족할 경우 다음 달에 납부할 과징금에서 환급하며, 다음 달에도 납부할 과징금이 없거나 부족할 경우 원천징수 관할세무서장에게 과징금 환급신청서(별지 제24호 서식)를 제출하여 환급신청할 수 있다.

제71조(과징금 징수 및 환급요령)① 세무서 원천제세 담당과장은 과징금 징수 및 환급내용을 전산입력하고 그 결과를 세무서 운영지원과장에게 통보하여야 한다.② 제1항의 고지결정분 또는 환급결정분은 월별로 집계·관리하여야 한다.

제72조(과징금 등 징수·납부·환급 및 체납처분 절차)① 과징금 및 그 가산금의 징수·납부의 절차에 관하여 이 규정에 달리 정하지 아니한 것은 「국세기본법」, 「국세징수법」 및 「소득세법」에 따른 "원천징수의 예(例)"에 따른다.② 과징금 및 그 가산금에 대한 환급과 체납처분 절차는 "「국세기본법」 및 「국세징수법」에 따른 환급과 체납처분 절차의 예(例)"에 따른다.

제73조(납세 안내) 지방국세청장(법인세과장)과 세무서장(원천제세 담당과장)은 원천징수의무자에게 다음 사항을 안내·홍보하여야 한다.1. 원천징수관련 세법 및 기본통칙2. 원천징수의무자의 세액계산 및 징수방법3. 원천제세의 신고·납부절차 및 제출서류 작성요령4. 원천징수세액 반기별납부자 신고·납부 안내5. 근로소득·연금소득 또는 사업소득 연말정산 요령6. 음식·숙박업소 등의 봉사료 원천징수7. 세금우대저축명세서 등 제출요령8. 각종 원천징수관련 지침9. 납세협력단체의 업무협조사항 등

제74조(연말정산 안내)① 지방국세청장(법인세과장)과 세무서장(원천제세 담당과장)은 매년 국세청장(법인납세국장)이 배부하는 "연말정산 안내 책자"를 활용하여 소속직원과 원천징수의무자에게 근로소득·사업소득 및 연금소득 연말정산에 관하여 안내하여야 한다.② 세무서장(원천제세 담당과장)은 필요한 경우 원천징수에 관하여 안내가 필요하다고 인정되는 원천징수의무자에 대해서 소그룹 간담회 또는 개별 안내를 할 수 있다.

제75조(세액의 징수 및 환급)① 원천징수의무자가 연말정산 결과 징수할 소득세가 연말정산하는 달에 지급할 사업소득수입금액을 초과하는 경우 그 초과세액은 다음 달 사업소득수입금액 지급 시 징수하여 납부하여야 한다. 다만, 그 다음 달에 지급할 사업소득수입금액이 없는 경우에는 전액을 원천징수하여야 한다.② 원천징수의무자가 매월 원천징수하여 납부한 세액이 종합소득 산출세액에서 세액공제를 한 금액을 초과하는 경우에는 「소득세법 시행령」 제201조의 근로소득세액 연말정산 시의 환급 규정을 준용하여 환급하여야 한다.

제76조(신청서 처리)① 세무서 납세자보호담당관은 사업소득세액 연말정산 신청(포기)서(「소득세법 시행규칙」 별지 제25호의2 서식)를 접수한 경우에는 지체 없이 세무서 원천제세 담당과장에게 인계하여야 한다.② 제1항에 따른 사업소득세액 연말정산 신청(포기)서(「소득세법 시행규칙」 별지 제25호의2 서식)를 인계받은 세무서 원천제세 담당과장은 이를 관리대장에 등재하고 연말정산 이행 및 지급명세서의 제출 등을 확인하여야 한다.

제78조(그 밖의 세부사항)① 세무서장(원천제세 담당과장)은 비거주자·외국법인의 국내원천소득과 관련된 사항을 「국제조세사무처리규정」에 따라 처리한다.② 「과세자료제출및관리에관한법률」에 따른 과세자료의 수집·관리는 「과세자료 관리규정」에 따른다.

제79조(재검토기한) 이 규정은 「훈령·예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」(대통령훈령 제394호)에 따라 이 규정을 발령한 후의 법령이나 현실 여건의 변화 등을 검토하여야 하는 2023년 9월 20일까지 재검토한다.