해양수산부 국고보조금 관리에 관한 규정 (훈령, 해양수산부)
공포일: 20250918 / 시행일: 20250918

제1조(목적) 이 훈령은 「보조금 관리에 관한 법률」 제26조의2에 따라 「보조금 관리에 관한 법률 시행령」 및 기획재정부의 「국고보조금 통합관리지침」에서 정한 사항 등의 세부적인 사항을 규정하는 것을 목적으로 한다.

제2조(정의) ① 이 훈령에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "주관부서의 장"이란 「해양수산부와 그 소속기관 직제 시행규칙」에 따라 보조사업 예산 편성과 집행을 총괄하는 과(팀)장 또는 담당관(이하 "총괄 부서장"이라 한다)과 실제 보조사업을 기획하고 관리하는 과(팀)장 또는 담당관(이하 "보조사업부서의 장"이라 한다)을 말한다.2. "사업담당부서의 장"이란 해양수산부, 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도ㆍ특별자치도(이하 "시ㆍ도"라 한다), 시ㆍ군ㆍ자치구(이하 "시ㆍ군ㆍ구"라 한다), 해양수산 관련기관ㆍ단체(이하 "관련기관ㆍ단체"라 한다) 등에서 보조사업을 집행하고 관리하는 부서의 장을 말한다.3. "자금부서의 장"이란 자금지출을 담당하는 해양수산부의 운영지원과장을 말한다.4. "보조금", "보조사업", "보조사업자", "간접보조금", "간접보조사업", "간접보조사업자", "보조금수령자"는 「보조금 관리에 관한 법률(이하 "보조금법"이라 한다)」 제2조의 정의에 따른다.5. "상위보조사업자", "내역사업", "국고보조금통합관리시스템(이하 "보조금시스템"이라 한다)", "부정수급", "별도 계정", "중요재산", "보조사업비 카드", "정산", "검증", "검증기관", "예탁기관", "업무대행자"는 기획재정부의 「국고보조금 통합관리지침」(이하 "지침"이라 한다) 제3조의 정의에 따른다.② 제1항 외에 이 규정에서 사용하는 용어는 「보조금법」 제2조에서 정의한 바를 준용한다.

제3조(적용범위) ① 이 훈령은 「보조금법」 제2조제1호의 보조금과 제2조제4호의 간접보조금을 교부받아 수행하는 보조사업 또는 간접보조사업에 대해 적용한다.② 제1항에 따른 보조금 중 정당보조금, 국제기구 지원, 해외 긴급구호, 개도국 개발을 위한 국제협력 지원, 남북협력 등 이 훈령의 적용이 어려운 경우에는 다른 법령 등에서 별도로 정하는 바를 우선하여 적용할 수 있다.

제4조(보조사업 관련자의 의무) ① 보조사업 선정 및 보조금 집행의 효율성과 투명성을 제고하기 위하여 주관부서의 장, 보조사업자, 간접보조사업자 및 보조금수령자는 이 훈령에서 정한 의무를 충실히 이행해야 한다.② 주관부서의 장의 의무는 다음 각 호와 같다.1. 신규 보조사업의 타당성과 관리체계 사전검토2. 부정수급 실태점검 및 유사중복사업 통폐합3. 보조사업자 선정의 합리성과 투명성 확보4. 보조사업자 관리감독 및 보조사업의 집행점검5. 그 밖에 보조사업을 원활하게 수행하기 위한 보조사업 관리규정 마련 등③ 보조사업자 또는 간접보조사업자의 의무는 다음 각 호와 같다.1. 적법한 방법 및 절차를 통해 교부신청서와 사업계획서 등 작성ㆍ제출2. 보조사업부서의 장 또는 상위보조사업자에게 보조사업 수행사항 보고3. 사업 완료 시 보조사업 실적보고서 제출, 정보공시, 감사보고서 제출, 중요재산에 대한 관리4. 간접보조사업자 또는 보조금수령자 등에게 보조금을 재교부하는 경우, 보조금 법령 등을 준수하는지에 대한 관리ㆍ감독 등④ 보조금수령자는 「보조금법」 및 「보조금 관리에 관한 법률 시행령」(이하 "보조금법 시행령"이라 한다), 보조금 교부결정의 내용 또는 법령에 따른 보조사업부서의 장의 처분에 따라 정당한 방법과 절차를 통해 보조금을 수령하여 보조금의 지급 목적에 적합하게 사용해야 한다.⑤ 해양수산부, 보조사업자 및 간접보조사업자는 개인정보처리자로서, 개인정보취급자에 대한 관리ㆍ감독 및 교육 등 「개인정보 보호법」에서 정하는 사항을 준수해야 한다.

제5조(보조금 예산의 관리) ① 주관부서의 장은 보조금시스템을 통해 보조사업을 내역사업별로 관리해야 한다.② 내역사업의 분류, 명칭, 속성정보는 별표 2부터 별표 4까지에 따른다.③ 내역사업 중 하위 단계의 내역사업은 신설, 변경, 삭제 시 기획재정부장관과 협의해야 한다.④ 지방자치단체의 장은 국고보조금을 민간위탁금, 민간대행사업비, 공공기관 등에 대한 자본적 대행사업비, 출연금, 출자금 등으로 집행하는 경우에는 동 사업수행자를 보조사업자로 간주하여 보조금시스템을 통해 관리해야 한다.

제6조(사업계획서 등의 제출) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음연도의 사업계획서 및 예산요구서를 매년 3월 31일까지 시ㆍ도지사에게 제출해야 한다.② 시ㆍ도지사는 제1항에 따라 제출받은 사업계획서 및 예산요구서에 대해서는 사업별로 시ㆍ군ㆍ구별 사업량 및 소요예산과 사업별 우선순위 등을 정하여 매년 4월 30일까지 보조사업부서의 장에게 제출해야 한다.③ 해양수산부로부터 보조금을 직접 교부받아 보조사업을 수행하려고 하는 자는 제2항을 준용하여 사업계획서 등을 보조사업부서의 장에게 제출해야 한다.

제7조 (보조금 예산의 통지) ① 보조사업부서의 장은 특별한 사유가 없으면 보조금 예산안을 내역사업별로 해당 보조사업을 수행하려는 자에게 해당 회계연도의 전년도 9월 15일까지 보조금시스템을 통하여 통지해야 한다.② 보조사업부서의 장은 제1항에 따라 통지한 보조금 예산안이 국회에서 심의ㆍ확정된 후에는 그 확정된 금액 및 내역을 내역사업별로 해당 보조사업을 수행하려는 자에게 보조금시스템을 통하여 즉시 통지해야 한다.③ 보조사업부서의 장은 다음연도의 보조금 예산액 통지 후 지체 없이 내역사업별로 예산배정계획을 수립하여 해당 보조사업을 수행하려는 자에게 보조금시스템을 통하여 통지해야 한다.

제8조(보조사업 선정기준) ① 주관부서의 장은 보조사업을 신규로 선정하거나 사업을 계속할 것인지 검토할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려해야 한다.1. 사업의 타당성2. 사전절차 이행 여부3. 사업관리체계의 적정성4. 보조사업의 연내 집행 가능성 여부 등② 주관부서의 장은 법령에 따른 기본계획 중 연차별 계획에 따라 진행되는 사업을 선정할 때에는 실시설계 등 사전절차를 이행한 사업을 우선적으로 선정한다.

제9조(보조사업 적격성 심사) 신규 보조사업의 적격성 심사대상, 심사기준, 심사방법 등과 심사결과는 「보조금법」 제15조의2의 보조금관리위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 확정한다.[전문개정]

제10조(보조사업의 존속기간과 연장평가) 보조사업의 존속기간과 연장평가는 「보조금법」 제15조 및 같은 법 부칙 제2조(보조사업의 존속기간에 관한 적용례 등), 「보조금법 시행령」 제6조에 따르며 구체적인 평가대상, 평가기준, 평가방법 등과 평가결과는 「보조금법」 제15조의2 보조금관리위원회에서 정한다.

제11조(세부사업계획의 수립) ① 보조사업부서의 장은 다음연도에 시행할 보조사업에 대하여 별지 제1호서식에 따른 세부사업계획을 작성하여 해당 연도 12월 10일까지 총괄 부서장에게 제출해야 한다.② 총괄 부서장은 제1항에 따라 제출받은 세부사업계획을 확정하여 사업시행연도의 1월 10일까지 보조사업부서의 장에게 통보하고, 이를 통보받은 보조사업부서의 장은 시ㆍ도에 통보하고, 이를 통보받은 시ㆍ도는 즉시 시ㆍ군ㆍ구 및 관련 기관ㆍ단체에 통보해야 한다.③ 보조사업부서의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우 제2항의 세부사업계획에 새로운 사업을 추가하거나 내용을 변경할 수 있다. 다만, 미리 관련부서 및 총괄 부서장과 협의해야 한다.1. 부득이한 사유로 인해 세부사업계획에 반영되지 못한 사업2. 사업의 효율적인 추진을 위해 세부사업계획의 세부처리 절차 및 사후관리규정 등을 개정하려고 할 경우3. 보조금을 받으려고 하는 자가 사업담당부서의 장에게 제출하거나 첨부해야 할 서식 등이 사업내용을 충분히 반영하기 곤란할 경우

제12조(보조사업의 시행 공고) ① 보조사업부서의 장은 별지 제1호서식에 따른 보조사업 총괄표와 세부사업계획을 해당 보조사업을 시행하는 회계연도의 3월 31일까지 보조금시스템 및 해양수산부의 홈페이지에 30일 이상 공고해야 한다. 다만, 사업계획 수립여부, 사업 진행상황 등을 고려하여 공고시기, 공고기간 등을 조정할 수 있으며 외교, 통일, 안보 등과 관련된 사항으로 공고가 적절치 않다고 인정하는 경우 공고하지 않을 수 있다.② 사업담당부서의 장은 제11조제2항에 따라 보조사업부서의 장으로부터 확정된 세부사업계획을 통지받은 때에는 지체 없이 다음 각 호의 사항에 대하여 30일 이상 공고해야 한다.1. 사업의 종류와 그 신청자격, 지원조건 및 지원내용2. 신청기간, 신청서 제출기관, 신청방법 및 보조사업자 선정절차3. 보조금 지원을 받은 사업의 경우 보조금 범위에서 부기등기 설정 또는 근저당 등 담보 설정에 관한 사항4. 그 밖에 사업을 신청할 때 알아야 할 사항③ 제2항에 따른 사업신청 공고는 다음 각 호의 방법으로 한다.1. 보조금시스템2. 사업담당부서가 속한 기관의 홈페이지에 게시3. 사업담당부서가 속한 기관의 게시판 게시 또는 반상회보 등재④ 사업담당부서의 장은 제2항에 따라 공고를 한 후 공고한 사업의 주요내용에 대하여 지역설명회를 개최하는 등 적극 홍보해야 한다.⑤ 시장ㆍ군수ㆍ구청장, 관련기관ㆍ단체장 등은 전 직원에게 세부사업계획에 대하여 교육을 실시하여 보조사업 수요자 등에게 적극 홍보토록 해야 한다.

제13조(보조사업자 선정기준) ① 사업담당부서의 장은 보조사업자를 선정하려고 할 경우에는 보조사업자의 재무안정성, 자부담 능력, 계속기업으로서의 존속능력, 사업수행에 관한 법령 위반의 이력, 사업능력 사업관리체계의 적정성 등을 고려해야 한다.② 사업담당부서의 장은 같은 보조사업자에게 보조금을 계속 지원할 것인지를 결정하기 위하여 보조사업자의 보조사업 신청 시 수혜이력과 실적을 제출하게 할 수 있다.③ 보조사업자가 지방자치단체인 경우 보조사업부서의 장은 해당 지방자치단체의 지방비 부담 가능성과 지방재정영향평가결과, 부지를 확보하였는지 등 사전 행정절차 이행여부 등을 고려해야 한다.④ 사업담당부서의 장은 보조사업자가 다음 각 호에 해당하는 경우 보조사업자 선정에서 제외해야 한다.1. 「보조금법」 제31조의2에 따라 보조사업 또는 간접보조금의 수행대상에서 배제되거나 보조금 또는 간접보조금의 교부를 제한받은 경우2. 제16조제1항에 따라 중복수급에 해당되는 경우3. 삭제

제14조(보조사업자 공모) ① 사업담당부서의 장은 2개 이상의 법인ㆍ단체 또는 개인이 수행할 수 있는 보조사업은 공모를 통해 보조사업자를 선정해야 한다. 다만, 「보조금법」 제16조제2항 각 호에 해당하는 경우에는 그렇지 않다.② 사업담당부서의 장은 공모방식을 통해 보조사업자를 선정하려고 하는 경우에는, 보조금시스템을 통하여 다음 각 호의 내용을 포함한 사업자 선정 공고문을 게시하되 15일 이상의 접수기간을 부여해야 하며, 해당 부처 홈페이지나 일간지 등에 공고문을 함께 게시할 수 있다.1. 사업추진 기본방향2. 지원대상사업3. 지원사업 대상기관 및 응모방법4. 지원 및 선정절차5. 수행 일정6. 사업수행ㆍ보조사업 관련 계약 등에 대한 안내 및 유의사항7. 그 밖에 사업담당부서의 장이 게시가 필요하다고 인정한 사항 <종전의 제6호에서 이동>③ 사업담당부서의 장은 필요하면 보조사업 지원대상자 접수 마감 전에 사업설명회를 개최하여 보조사업 정보제공 및 홍보 활동을 수행할 수 있다.④ 제2항의 보조사업자 선정 공고에 부합하는 보조사업자가 없는 경우에는 재공모해야 한다. 다만, 사업담당부서의 장은 사업의 시급성 등을 고려하여 재공모 접수기간을 조정할 수 있다.⑤ 보조사업자가 공모방식으로 간접보조사업자를 선정하려는 때에도 제1항부터 제4항까지를 준용한다.

제16조(중복수급 확인ㆍ점검) ① 사업담당부서의 장은 보조사업자 선정 시 보조사업자에 대한 중복수급 여부를 보조금시스템을 통해 확인ㆍ점검해야 한다.② 사업담당부서의 장 또는 보조사업자는 보조사업자 또는 보조금수령자에 대한 중복수급 여부를 사후에 보조금시스템을 통해 확인ㆍ점검할 수 있다.③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 「사회보장기본법」 제37조제2항에 따른 사회보장정보시스템 등 기획재정부장관과 협의한 보조사업은 해당 정보시스템에서 중복수급 여부를 점검할 수 있다.④ 보조금수령자의 사생활을 현저히 침해할 우려가 있거나 외교, 안보 등 국가기밀 유지가 필요한 사업은 제1항 및 제2항의 중복수급 확인ㆍ점검 대상에서 제외할 수 있다.

제17조(수급자격 확인ㆍ점검) ① 사업담당부서의 장, 상위보조사업자 또는 보조사업자는 보조사업자 또는 보조금수령자에 대한 수급자격의 적격 여부를 보조금시스템을 통해 확인ㆍ점검할 수 있다. 다만, 「사회보장기본법」 제37조제2항에 따른 사회보장정보시스템 등 기획재정부장관과 협의한 보조사업은 해당 정보시스템에서 수급자격을 확인ㆍ점검할 수 있다.② 제1항에 따라 지방자치단체를 제외한 보조사업자가 간접보조사업자 또는 보조금수령자에 대한 수급자격을 확인ㆍ점검하는 경우에 민간보조사업자는 보조금시스템을 통해 필요한 정보를 해당 보조사업을 관장하는 보조사업부서의 장, 지방자치단체의 장에게 요청할 수 있다.③ 제2항에 따른 요청을 받은 보조사업부서의 장, 지방자치단체의 장은 보조금시스템을 통해 관계기관에 관련 자료를 요청할 수 있다.④ 제3항에 따라 자료를 요청받은 관계기관의 장은 보조금시스템을 통해 요청받은 자료를 처리해야 한다.

제18조(보조사업자선정위원회) ① 사업담당부서의 장은 「보조금법」 제17조제2항에 따라 공모방식으로 보조사업자를 선정하려고 할 때에는 보조사업자선정위원회의 심의를 거쳐야 한다. 다만, 공모 외 방식으로 보조사업자를 선정하려는 때에도 적격 여부에 대한 심의 등 사업담당부서의 장이 필요하다고 인정하는 경우에는 보조사업자선정위원회의 심의를 거칠 수 있다.② 보조사업자선정위원회는 위원장 1명을 포함하여 5명 이상 15명 이내의 위원으로 구성하되, 소속 공무원 또는 관련기관ㆍ단체의 직원과 예산ㆍ재정 및 해당 분야의 전문성과 경험이 있는 2명 이상의 민간전문가를 포함해야 한다. 다만, 해당 보조사업과 이해관계가 있는 경우에는 위원으로 선정해서는 안 된다.③ 제2항에 따라 구성된 보조사업자선정위원회는 공모 관련 보조금 교부신청서 및 관련 서류의 심의내용을 사업담당부서의 장에게 제출해야 한다.④ 사업담당부서의 장은 제3항에 따른 보조사업자 선정 관련 심의내용을 고려하여 보조사업자를 선정하고, 그 내용을 보조사업부서의 장에게 보고해야 한다.⑤ 보조사업자가 공모방식으로 간접보조사업자를 선정하려고 할 때에도 제1항부터 제3항까지를 준용한다.

제19조(보조사업자 확정) ① 사업담당부서의 장은 보조사업자를 확정하고, 이를 대상자에게 즉시 통지해야 한다.② 보조사업자가 사업을 포기하는 등 부득이한 사유로 제1항에 따라 확정된 보조사업자를 변경하려고 할 때에는 보조사업자선정위원회의 별도 심의 없이 당초 심의결과에 따라 차순위자를 보조사업자로 확정하고, 차순위자 등이 없을 때에는 사업담당부서의 장이 세부사업계획 등을 참고하여 지원대상자를 새로이 확정할 수 있다.

제20조(보조사업자 확정 공지) 사업담당부서의 장은 보조사업자를 확정하였을 때에는 사업별 지원계획 및 보조사업자 등에 관한 확정내용을 보조금시스템 및 사업담당부서가 속한 기관의 홈페이지 또는 홍보지, 반상회보 등에 적절한 방법으로 신속히 공지해야 한다.

제21조(보조금 교부신청) ① 보조금을 교부받으려고 하는 자는 별지 제4호서식의 보조금교부신청서를 보조사업부서의 장에게 제출해야 한다.② 제1항의 신청서를 제출할 때에는 별지 제5호서식의 사업계획서와 보조사업부서의 장이 별도로 정하는 서류가 있을 경우 이를 첨부해야 한다. 다만, 지방자치단체가 수행하는 보조사업은 제1항의 신청서만 제출하면 된다.

제22조(보조금 교부결정) ① 보조사업부서의 장은 제21조에 따른 보조금의 교부신청이 「보조금법」 제17조의 규정에 적합하다고 인정될 경우에는 별지 제6호서식에 따라 보조금 교부결정을 하고, 그 결과를 시ㆍ도, 관련기관ㆍ단체 및 해양수산부 자금부서에 통지해야 한다.② 보조사업부서의 장은 제1항에 따라 보조금 교부결정 시 보조금의 범위에서 부기등기 설정 또는 근저당 등 담보설정을 하려고 할 경우에는 담보설정에 관한 조건을 부여해야 한다.

제23조(보조금 교부조건) ① 사업담당부서의 장은 「보조금법」 제18조에 따라 교부조건을 붙이는 경우에 다음 각 호에 관한 사항을 구체적으로 밝혀야 한다.1. 다음 각 목에 해당하는 행위로 인해 보조금 교부결정의 전부 또는 일부를 취소하고 반환 명령을 하는 등 필요한 조치를 할 수 있다는 사실가. 허위의 신청이나 그 밖에 부정한 방법으로 보조금을 교부받은 경우나. 보조금을 다른 용도에 사용한 경우다. 보조사업자가 법령의 규정, 보조금의 교부조건의 내용 또는 법령에 따른 해양수산부장관의 처분에 위반한 경우라. 해당 보조금 지원과 직접 관련된 전제 조건이 사후에 충족되지 않은 경우마. 동일 또는 유사한 사업계획으로 다른 기관으로부터 중복하여 보조금 또는 지방보조금을 받은 경우2. 부정수급 행위 시 다음 각 목의 제재 및 벌칙을 부과할 수 있다는 사실가. 「보조금법」 제31조의2에 따른 수행배제나. 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금다. 「보조금법」 제36조의2에 따른 명단공표라. 「보조금법」 제40조ㆍ제41조에 따른 벌칙3. 삭제4. 삭제5. 삭제② 보조사업자가 계약을 통해 수행할 경우, 사업담당부서의 장은 지침 및 사업담당부서의 장이 정한 바에 따라 계약을 체결하여 이행하도록 이를 보조금 교부조건에 명시하여야 한다.③ 사업담당부서의 장은 보조금교부결정통지서를 작성하는 경우 별지 제6호서식의 예를 참조할 수 있다. <종전의 제2항에서 이동>④ 사업담당부서의 장은 보조금을 교부할 때 일반사항, 집행, 정산, 부정수급 관련 교부조건 외에 사업별 특성을 반영한 교부조건을 부과할 수 있다. <종전의 제3항에서 이동>⑤ 보조사업자는 사업담당부서의 장에게 교부신청 시 보조사업별 계좌정보를 포함하여 교부신청 해야 한다. <종전의 제4항에서 이동>⑥ 보조사업자가 간접보조사업자에게 간접보조금을 교부할 때에도 제1항부터 제5항까지를 준용한다. <종전의 제5항에서 이동>

제24조(보조금 교부방법) ① 보조사업부서의 장은 보조금을 최소 2차례 이상으로 나누어 교부하고, 1차 교부와 최종 교부 사이에 교부된 보조금이 당초 목적대로 사용되고 있는지를 점검하여 그 결과에 따라 잔여 보조금의 교부 여부를 결정해야 하며 보조사업자가 계약을 체결하여 추진하는 사업은 낙찰차액이 발생하는 경우 이를 감안하여 교부한다. 다만, 해당 보조금이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보조금 교부방법을 달리 정할 수 있다.1. 일정한 요건을 갖추면 지원대상이 되는 경상보조성격의 사업인 경우2. 다른 법령에 따라 보조금 교부 방법 및 절차가 정해진 경우3. 추가경정예산(당시 기금운용계획변경 포함)으로 사업이 신설된 경우② 보조사업부서의 장은 보조금의 교부여부를 결정할 때 보조사업 계획의 구체성, 실현가능성, 지방비 부담능력, 사전 행정절차 이행여부(「지방재정법」에 따른 재정투융자 사업심사, 부지확보 여부, 인허가서류, 주민동의서 등), 연내 집행가능성(계속사업의 경우 전년도 집행실적) 등에 대한 검토를 통해 보조금의 연례적 이월(移越) 및 보조금 교부 후 사업취소 등이 최소화되도록 해야 한다.③ 보조사업부서의 장 및 지방자치단체의 장, 보조사업자는 「보조금법」 제26조의2에 따른 보조금시스템을 통하여 지방자치단체의 장이 아닌 보조사업자에게 보조금을 교부하려는 때는 그 보조금을 예탁기관에 예탁해야 한다. 다만, 다른 법령에 따라 별도의 기관에 예탁하여 교부되는 보조금 또는 기획재정부장관이 예탁이 적절하지 않다고 인정하는 보조금의 경우에는 그렇지 않다.④ 보조사업자가 간접보조사업자에게 간접보조금을 교부하는 경우에도 제1항 및 제3항을 준용한다.⑤ 삭제⑥ 삭제

제25조(보조금 교부) ① 시ㆍ도지사 또는 관련기관ㆍ단체의 장은 제22조에 따라 보조금의 교부결정통지서를 받은 후에는 보조사업 집행에 필요한 자금을 보조사업부서의 장에게 요청해야 한다.② 보조사업부서의 장은 제1항에 따라 시ㆍ도지사 또는 관련기관ㆍ단체의 장이 요청한 자금 소요내역이 적정하다고 인정될 때는 자금부서에 별지 제7호서식에 따라 국고송금요청을 해야 한다.③ 보조사업부서의 장으로부터 보조금의 국고송금요청을 받은 자금부서는 지출한도액 범위에서 제24조제3항에 따라 관련 계좌로 송금해야 한다.④ 자금부서의 장은 국고송금요청액보다 지출한도액이 부족한 경우에는 보조사업부서의 장의 의견을 들어 국고송금을 시행해야 한다.

제26조(보조금 사용 및 증빙자료 제출 방법) ① 보조금 사용방식은 보조금 입출금계좌에서의 계좌이체(지로를 포함한다) 또는 보조사업비 카드(신용카드 또는 체크카드를 구분하지 않는다) 사용만을 인정하며, 이때 카드 매출전표 등의 증빙자료는 보조금시스템에 전자적 형태로 수신된 정보만을 제출해야 한다.② 보조금 지출거래 시 세금계산서는 전자세금계산서를 사용해야 하며, 이때 전자세금계산서는 보조금시스템에 전자적 형태로 수신된 정보만을 제출해야 한다.③ 교통, 통신시설 미비 등으로 제1항과 제2항에 따른 사용 및 제출이 곤란한 경우에는 그렇지 않다. 다만, 이 경우 사업담당부서의 장은 보조금 사용 내역의 증빙자료가 보조금시스템에 중복 또는 누락하여 제출되는 것을 방지하기 위하여 보조금 사용 내역을 상세히 점검하고 관리해야 한다. <전문개정>

제27조(카드사용 및 제한) ① 보조사업자는 보조금 입출금계좌와 연결된 은행의 보조금 결제 전용 보조사업비 카드를 발급받아 사용함을 원칙으로 하며, 복수 발급하여 사용할 수 있다.② 보조사업자는 보조금의 적정한 사용을 위하여 별표 1의 업종에는 보조사업비를 사용할 수 없다. 다만, 보조사업의 목적에 부합하는 경우에는 그렇지 않다.③ 보조사업자는 별표 1의 업종으로 지정되지 않은 경우에도 보조사업의 목적과 무관한 업종에 대해서는 보조사업비를 사용해서는 안 된다.④ 보조사업자는 보조금 집행 시 보조사업자의 임직원[배우자(사실상의 배우자를 포함한다), 6촌 이내의 혈족, 4촌 이내의 인척을 포함한다] 등이 운영하는 업체 또는 단체, 계열 관계에 있는 업체 또는 단체와는 거래를 할 수 없다. 다만, 보조사업부서의 장의 승인을 얻은 경우에는 그렇지 않다.⑤ 제1항부터 제4항까지는 간접보조사업자에게도 준용한다.

제27조의2(보조사업비카드 부수수익의 배분 등) 예탁기관은 보조사업비카드 사용으로 발생하는 캐시백 등 부수수익을 보조사업 재원별 비율에 따라 해당 보조사업자에게 배분해야 한다. 다만, 국고보조금에 해당하는 부수수익은 예탁기관이 기획재정부장관이 지정하는 한국은행 계좌로 입금한다.

제28조(별도 계정 등) ① 보조사업자는 「보조금법」 제34조에 따라 교부받은 보조금은 별도의 계정을 설정하고 구분하여 회계처리를 해야 한다.② 보조사업자는 보조사업별로 보조금 관리를 위하여 기관 명의의 수시 입출금이 가능하고 원금이 보장되며, 담보설정이 되지 않는 보통예금 등으로 계좌를 별도로 개설하여 관리해야 하며 특별한 사유가 없으면 계좌는 변경할 수 없다.③ 2개 이상의 보조사업을 수행하는 경우에도 각 보조사업별로 별도의 계좌를 사용해야 한다. 다만, 제24조제3항에 따라 예탁기관에 예탁하는 보조사업을 수행하는 보조사업자의 경우에는 2개 이상의 보조사업을 수행하는 경우에도 하나의 계좌를 사용할 수 있다.④ 보조사업 수행과정에서 수익금이 발생할 경우 보조사업비와 구분하여 별도의 계좌를 개설하여 관리해야 한다.⑤ 제1항부터 제4항까지는 간접보조사업자에게도 준용한다.

제29조(업무처리의 대행) ① 보조금시스템으로 업무처리를 수행하지 못하는 보조사업자 또는 간접보조사업자는 업무대행자를 지정하여 보조금시스템 업무처리를 위임할 수 있다.② 업무대행자의 지정을 원하는 보조사업자 또는 간접보조사업자는 별지 제8호서식에 따라 보조금시스템 업무처리 위임장 및 금융정보제공동의서를 업무대행자에게 제출해야 한다.

제29조의2(중소기업제품 우선 구매) 회계연도 기준으로 100억원 이상 보조금을 수령한 보조사업자 또는 간접보조사업자는 보조사업과 관련하여 제품을 구매하는 경우 「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률」 제4조제3항을 따른다.

제30조(보조사업 관련 계약) ① 보조사업자 또는 간접보조사업자는 보조금시스템을 통하여 보조사업과 관련된 계약업무를 관리해야 한다.② 제1항에 따라 보조금시스템을 통하여 계약업무를 관리하는 데 민간보조사업자 등이 제3항 각 호에 해당하는 계약을 체결하려는 경우에는 다음 각 호의 방법으로 계약을 체결하도록 해야 한다. 다만, 국가유산과 연계된 국가유산 관련 공사, 연구결과의 현장적용 가능성을 판단하기 위한 시범사업 등 이에 따르는 것이 곤란하다고 사업담당부서의 장이 인정하는 경우에는 그렇지 않다.1. 조달청장에게 위탁하여 계약 체결2. 지방자치단체장에게 위탁하여 계약 체결3. 「전자조달의 이용 및 촉진에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 국가종합전자조달시스템(나라장터)을 이용하여 계약 체결③ 제2항의 방법으로 계약을 체결해야 하는 경우는 다음과 같다.1. 2천만원을 초과하는 물품 및 용역구매 계약을 체결하는 경우2. 「건설산업기본법」에 따른 건설공사(같은 법에 따른 전문공사는 제외한다)로서 추정가격이 2억원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우3. 「건설산업기본법」에 따른 전문공사로서 추정가격이 1억원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우4. 그 밖의 공사 관련 법령에 따른 공사로서 추정가격이 8천만원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우④ 보조사업자는 제2항의 방법으로 계약을 체결하는 경우에는 보조금시스템을 통하여 계약 체결을 요청하거나 수행해야 한다.⑤ 보조사업자는 보조사업 관련 계약을 체결하는 경우 계약일로부터 15일 이내에 보조금시스템에 계약서를 등록해야 한다.⑥ 제1항부터 제6항까지 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다.⑦ 사업담당부서의 장은 제3항 각 호의 금액 기준에 관하여 보조사업자나 간접보조사업자가 계약을 부당하게 여러 건으로 나누는 방식으로 절차를 우회하지 않도록 감독하여 계약 절차가 실질적으로 적용되도록 해야 한다.⑧ 사업담당부서의 장은 제1항부터 제5항까지 규정한 사항 외에 사적이해관계자(「공직자의 이해충돌 방지법」 제2조의 ‘사적이해관계자’ 범위를 준용)와의 거래 등 계약과 관련하여 보조금의 부정한 사용이 없도록 관리해야 한다.⑨ 이 훈령에 규정된 사항 이외에 다음 각 호의 계약업무는 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」(이하 "영"이라 한다)을 준용한다. 다만, 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우에는 다른 법령을 우선 적용할 수 있다.1. 입찰공고의 시기(영 제35조)2. 입찰공고의 내용(영 제36조)

제30조의2(보조사업 관련 계약방식) ① 민간보조사업자 등이 계약을 체결하는 경우(제30조제2항 각 호에 의한 방식으로 계약을 체결하는 경우를 포함한다), 원칙적으로 일반경쟁에 부쳐야 한다. 다만, 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 제7조제1항 단서 및 같은 법 시행령 제26조에 따른 사유로 수의계약을 체결할 수 있다.② 제1항에 따라 수의계약을 체결하려는 때에는 미리 최소 2개 이상의 업체로부터 견적을 받아 집행금액의 적정성 등을 확인한 후 계약을 체결해야 한다. 다만, 계약의 목적이나 보조사업의 특성상 견적서 제출이 어려운 경우 또는 견적서 제출자가 1인밖에 없을 것으로 예상되는 경우 등으로 사업담당부서의 장이 인정하는 경우에는 그렇지 않다.

제31조(30억원 이상 보조사업 시설공사) ① 제21조에도 불구하고 추정가격이 30억원 이상인 공사 관련 계약을 체결하는 보조사업자는 다음 각 호의 사항을 조달청장에게 요청해야 한다. 다만, 제2호는 민간보조사업자가 추진하는 계약에 한정하여 적용하며, 전문공사, 전기공사, 정보통신공사, 소방공사의 경우에는 3억원 이상으로 한다,1. 실시설계 단계에서의 설계적정성 검토2. 공사계약 체결 <전문개정>3. 공사비가 계약금액의 10퍼센트이상 증가하는 설계변경에 대한 타당성 검토② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 해당하는 경우에는 설계적정성 검토, 계약체결, 설계변경 타당성 검토를 조달청에 의뢰하지 않을 수 있다.1. 해외 공사, 재해 또는 긴급 복구 공사, 기술의 특수성을 요구하는 공사, 국가유산과 연계된 국가유산 관련공사2. 중앙관서, 지방자치단체, 공공기관 등의 시설분야 전문인력이 관리ㆍ감독(기획, 설계 등)하는 사업. 다만, 공사계약 체결은 제1항에 따른다.3. 그 밖에 조속한 사업추진 등을 위해 불가피하다고 보조사업부서의 장이 인정하는 경우③ 사업담당부서의 장은 공사 준공 이전에 현장조사 등 집행점검을 위해 조달청의 참여를 요청할 수 있다.

제32조(보조사업자의 자기부담금 집행) ① 사업담당부서의 장은 보조사업자가 자기부담금을 포함하여 보조사업을 추진하는 경우 해당 보조사업자로 하여금 자기부담금을 우선 집행하도록 해야 한다.② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 보조사업자는 자기부담금을 우선 집행하지 않을 수 있다.1. 보조사업 연간사업계획에 반영되지 않은 추가 자기부담의 경우2. 지방자치단체 매칭사업의 경우(국비와 지방비 매칭사업에 한정한다)3. 그 밖에 보조사업부서의 장이 보조사업자 또는 보조사업 특성에 따라 자기부담금 집행을 달리 정한 사업인 경우③ 보조사업부서의 장은 제2항제2호의 경우 지방자치단체의 장이 자기부담분 확보 이전에 보조금을 교부하여 사업을 우선 추진하도록 할 수 있다.④ 보조사업부서의 장은 제1항에도 불구하고 민간보조사업자의 자기부담금 확보가 불가피하게 어렵다고 판단하는 경우 자기부담금 확보이전에도 보조금을 교부할 수 있다.⑤ 제4항에 따라 보조금을 교부하는 경우, 보조사업부서의 장은 전년도 자기부담금 확보 및 보조사업의 집행 실적을 고려해야 한다.⑥ 보조사업부서의 장은 지방자치단체의 장 또는 민간보조사업자가 「보조금법」 제27조제1항에 따른 보조사업 실적보고 사유가 발생한 날까지 자기부담금을 확보하지 못한 경우 지방자치단체의 장 또는 민간보조사업자에게 보조금을 반납하도록 하거나 차년도 예산 편성 시 감액조치를 할 수 있다.⑦ 사업담당부서의 장은 보조사업자가 금융리스를 활용하지 않도록 하고, 사업비 일부를 금융리스로 집행한 경우에는 해당 금액만큼 보조금이 자기부담으로 변경된 것으로 보며 보조금으로 지출해서는 안 된다.⑧ 제1항, 제2항 및 제4항부터 제7항까지는 간접보조사업자에게도 준용한다.

제33조(예산절감액 등) 지방자치단체의 장이 보조사업의 목적을 달성하고 자체 노력으로 예산을 절감한 경우에는 「보조금법」 제31조제4항과 「보조금법 시행령」 제13조의2에 따라 초과액을 반환하지 않을 수 있으며 「보조금법 시행령」 제13조의2제1항제4호의 소액은 50만원 미만인 경우를 말한다.

제34조(보조사업비의 이월) ① 보조사업자는 보조금을 교부받은 후 원칙적으로 다음 회계연도에 이월하여 사용할 수 없다.② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 해당하는 경우 다음 회계연도로 이월하여 사용할 수 있으며, 제2호의 경우 재이월하여 사용할 수 있다.1. 연도 내에 지출원인행위를 하고 불가피한 사유로 연도 내에 지출하지 못한 경비와 지출원인행위를 하지 않은 부대경비2. 인건비 등 경상적 경비, 재해복구 경비, 입찰공고 후 장기간이 소요되거나 협상에 의한 계약 등으로 장기간이 소요되는 경비3. 그 밖에 이월이 불가피하다고 보조사업부서의 장이 인정하는 경우③ 제2항에 따른 이월과 재이월을 위해서는 보조사업자는 해당연도 교부금액, 집행액, 집행잔액 중 이월이 필요한 금액 및 반납금액을 포함한 이월명세서를 첨부하여 해당연도 말까지 보조사업부서의 장의 승인을 거쳐야 하며, 이월액은 다른 용도로 사용할 수 없다.④ 제1항부터 제3항까지는 간접보조사업자에게도 준용한다.⑤ 다른 법령 등에서 별도로 정한 경우는 해당 규정을 우선 적용할 수 있다.

제35조(보조사업 실적보고 및 집행잔액 반납) ① 보조사업부서의 장은 보조사업이 완료되었을 때, 폐지의 승인을 한 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 「보조금법」 제27조와 「보조금법 시행령」 제12조에 따라 보조사업자 등으로부터 정산보고서 등이 포함된 실적보고서를 제출 받아야 하며 집행잔액과 보조금으로 발생한 이자, 보조사업의 수익금(교부목적에 위배되지 않는 범위에서 보조금으로 인해 발생한 수익금을 반환하도록 교부조건에 명시한 경우에 한정한다)을 반납 받아야 한다.② 보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상하는 것을 원칙으로 한다. 다만, 부가가치세 환급금을 동일한 사업에 재투자 하려고 할 경우에는 그 내역을 명확히 하여 사업계획에 미리 반영하거나 사업계획을 변경하여 사용할 수 있다.③ 제1항의 반납 받아야 하는 ‘집행잔액’은 보조금시스템의 재원별 사용금액 잔액을 기준으로 하고, 반납받아야 하는 ‘보조사업의 수익금’은 국고보조금 비율 등에 따라 산정한다. 다만, 「보조금법」 제26조의2제2항에 따라 통일ㆍ안보 등에 관련된 보조사업 또는 간접보조사업으로서 보조금시스템을 통하여 업무를 수행하는 것이 적절하지 않다고 기획재정부장관이 해양수산부장관과 협의하여 정하는 보조사업 또는 간접보조사업은 국고보조금 비율 등에 따라 집행잔액을 산정한다.④ 보조사업부서의 장은 보조금 집행잔액과 이자, 보조사업의 수익금 반납기한을 반납금액, 결산일정 등을 감안하여 정하되, 사업이 완료된 해의 다음 연도 내에는 반납이 완료될 수 있도록 해야 한다.⑤ 보조사업자는 예탁된 보조금의 집행잔액, 이자수입 및 보조사업의 수익금을 예탁기관으로 하여금 보조사업부서의 장 또는 지방자치단체의 장에게 반납하게 할 수 있다.⑥ 보조사업자 등이 지방자치단체를 제외한 민간사업자인 경우로서 발생이자 산정이 곤란한 때에는 「민법」 제379조의 법정이율인 연 5퍼센트를 적용한다.⑦ 보조사업자 등이 지방자치단체인 경우로서 발생이자 산정이 곤란한 때에는 지방자치단체가 금융기관과 약정한 보통예금 금리로 산정한다. 다만, 반납대상에서 제외하는 이자는 「보조금법」 제31조제2항과 「보조금법 시행령」 제13조에 따른다.⑧ 제1항, 제5항과 제7항은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제36조(보조사업 실적보고서의 심사) ① 보조사업부서의 장은 제35조의 보조사업 실적보고서를 「보조금법」 제28조에 따라 심사해야 한다.② 보조사업부서의 장은 정산 결과가 적합하다고 인정될 때에는 별지 제9호서식에 따른 보조금 교부확정서를 시ㆍ도 또는 관련기관ㆍ단체 사업담당부서의 장 및 자금부서의 장에게 통지해야 한다.③ 보조사업부서의 장은 정산 결과가 적합하지 않다고 인정될 경우에는 「보조금법」 제29조에 따라 해당 보조사업자 등에 대하여 보조사업의 시정을 위하여 필요한 조치를 명할 수 있으며 정당한 사유 없이 보조사업 정산절차가 완료되지 않은 보조사업자에게는 보조금을 추가로 교부해서는 안 된다.④ 보조사업부서의 장은 정산보고서 제출을 지연한 보조사업자 등에 대해서는 다음 각 호에서 정한 지연기간에 따른 보조금 삭감한도에 일 단위로 계산한 비율 따라 정산보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금을 삭감할 수 있다.1. 3개월 이상 지연 제출하는 경우 10퍼센트이내 보조금 삭감2. 6개월 이상 지연 제출하는 경우 20퍼센트이내 보조금 삭감3. 12개월 이상 지연 제출하는 경우 50퍼센트이내 보조금 삭감⑤ 보조사업자 등의 정산 방법, 정산보고서 등과 관련하여 필요한 사항은 기획재정부의 「보조사업 실적보고서 및 정산보고서 작성지침」(이하 "작성지침"이라 한다)에 따른다.

제37조(보조금 반환절차) ① 사업담당부서의 장은 집행잔액 및 이자 등이 발생한 경우 다음 각 호와 같이 조치하도록 해야 한다.1. 지방자치단체보조사업의 경우, 지방자치단체의 장은 보조사업자에게 세입고지서 발급2. 민간보조사업의 경우, 보조사업자가 실적보고서 등을 첨부하여 사업담당부서의 장에게 세입고지서 발급요청② 지방자치단체의 장은 제1항제1호에 따라 보조사업자에게 세입고지서를 발급할 때에는 납부기한을 정하여 통보하고, 반환결과를 보조사업부서의 장에게 통보해야 한다.③ 보조사업부서의 장은 제1항제2호에 따라 보조사업자로부터 세입고지서 발급 요청서를 접수한 때에는 이를 해양수산부의 수입징수관에게 통보하고, 수입징수관은 납부기간을 정하여 해당 민간보조사업자에게 세입고지서를 발급해야 한다. 다만, 부득이한 사유로 납부기한을 연장하려는 보조사업자는 해양수산부의 수입징수관에게 납부기한 연장신청을 해야 한다.

제38조(정산보고서의 검증) ① 지방자치단체를 제외한 보조사업자 등의 정산보고서 검증은 「보조금법」 제27조2항과 「보조금법 시행령」 제12조의2에 따른다. 다만, 보조사업자가 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조에 따른 공기업 등 공공기관, 「지방공기업법」 제2조 및 제3조에 따른 지방공기업은 해당 법령에 따른 결산서 또는 회계감사 보고서로 갈음할 수 있다.② 검증기관의 정산보고서 검증 방법 등과 관련하여 필요한 사항은 기획재정부의 「보조사업 정산보고서 검증지침」(이하 "검증지침"이라 한다)에 따른다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 경우 「보조금법」 제27조2항에 따라 감사인이 작성하는 검증보고서의 형식, 작성방법, 검증항목 등은 보조사업부서의 장이 달리 정할 수 있다.1. 보조사업자의 보조금 지출 내역에 대한 증빙을 확인한 후에 보조금을 전액 교부ㆍ지급하는 사후 보조의 경우2. 그 밖에 보조사업, 보조사업자 등의 특성으로 인해 검증지침에 따른 검증이 곤란한 경우

제39조(검증기관의 책임) 사업담당부서의 장은 검증기관의 정산결과가 기획재정부의 작성지침과 검증지침에서 정한 바에 따라 작성되지 않아 오류나 누락이 외부 기관의 감사 등에 의하여 발견된 경우 보조사업자 또는 간접보조사업자가 각 호의 조치를 하도록 할 수 있다.1. 보조사업자 또는 간접보조사업자는 검증기관의 고의 또는 중과실로 중대한 오류나 누락이 발생한 경우, 해당 사실을 안 날부터 3년간 해당 기관을 검증기관으로 선정하는 것을 제한2. 보조사업자 또는 간접보조사업자는 검증기관의 부주의 또는 과실로 중대한 오류나 누락이 발생한 경우, 해당 사실을 안 날부터 2년간 해당 기관을 검증기관으로 선정하는 것을 제한3. 보조사업자 또는 간접보조사업자는 검증기관의 부주의 또는 과실로 경미한 오류나 누락이 발생한 경우 또는 정당한 사유 없이 검증을 지체하거나 검증 조서의 작성ㆍ관리가 부실한 경우 주의 조치를 하며 연간 3번 이상 주의 조치를 받은 경우, 해당 기관을 검증기관으로 선정하는 것을 1년간 제한

제40조(특정사업자에 대한 회계감사) ① 회계감사를 위한 세부기준은 기획재정부의 「보조사업자 회계감사 세부기준」에 따른다.② 「보조금법 시행령」 제12조의3제2항의 회계연도가 보조사업자 등의 사업연도와 다른 경우에는 보조사업자 등의 사업연도를 회계연도로 본다. 다만, 다른 법령에 따라 회계감사를 받는 경우 그 법령에 따른다.③ 「보조금법」 제27조의2제1항에 따라 감사보고서를 제출해야 하는 특정사업자는 보조금 또는 간접보조금을 교부한 모든 사업담당부서의 장에게 감사보고서를 각각 제출해야 한다.

제41조(자료보관) ① 보조사업자 등은 보조사업의 수행, 정산, 회계감사 등과 관련된 자료는 5년 동안 보관해야 한다. 다만, 카드사, 국세청 등으로부터 카드사용내역, 세금계산서 등을 정보처리시스템을 통해 전송받은 경우, 종이영수증 원본을 별도로 출력하여 보관하지 않고 전자적으로 보관할 수 있다.② 제1항에도 불구하고 보조금시스템에 제출하여 등록된 자료는 보관하지 않을 수 있다.

제42조(보조사업 집행점검) ① 보조사업부서의 장은 「보조금법」 제25조제2항에 따라 보조사업 등의 수행상황을 점검하며 다음 각 호의 보조사업 등을 주요 점검대상으로 한다.1. 총사업비 중 보조금 규모가 100억원 이상인 내역사업의 경우2. 공모에 의하지 않고 보조사업자를 선정한 보조사업의 경우3. 부정수급이 발생하였거나 발생할 우려가 높은 보조사업의 경우4. 그 밖에 보조사업부서의 장이 보조사업의 집행점검이 필요하다고 인정하는 경우② 보조사업부서의 장은 내역사업 내 모든 상위 보조사업자로 하여금 보조금시스템을 통하여 다음 각 호의 사항에 대하여 월 1회 이상 점검을 실시하도록 하고 그 결과를 전송받아 관리해야 한다. 또한, 보조사업부서의 장이 교부한 보조금에 대해서도 월 1회 이상 점검을 실시해야 한다.1. 보조사업자 또는 하위 보조사업자에게 교부한 보조금의 세부 집행내역2. 매월 집행실적 및 집행마감 결과3. 보조사업자가 지방자치단체인 경우 지방재정관리시스템과의 월 집행마감 결과 대조 후 일치 여부③ 보조사업부서의 장은 점검결과에 따라 필요한 경우 현장조사를 실시할 수 있으며, 현장조사는 조사개시 7일 전까지 서면으로 통지해야 한다. 다만, 현장조사를 실시하기 전에 관련 사항을 미리 통지하는 때에는 증거인멸 등으로 현장조사의 목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우, 현장조사의 개시와 동시에 조사대상자에게 구두로 통지할 수 있다.④ 보조사업부서의 장은 조사 결과에 따라 보조금 교부결정 취소, 보조금 반환, 강제징수, 제재부가금 부과, 보조사업 수행 제한 등의 필요한 조치를 해야 하며 보조금 반환 결정은 검찰의 공소제기 시까지 해야 한다.⑤ 보조사업부서의 장은 조사결과 고의, 거짓 등의 방법으로 부정수급을 행한 사실이 있다고 사료되는 때에는 「형사소송법」 제234조제2항에 따라 고발해야 한다.⑥ 사업담당부서의 장은 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 보조사업 집행점검의 원활한 추진을 위하여 별지 제10호서식의 실태점검계획서 및 별지 제11호서식의 전년도 집행점검결과를 보조사업부서의 장에게 해당 회계연도의 1월 31일까지 제출해야 한다.

제43조(보조사업점검평가단) 총괄 부서장은 제42조의 보조사업 집행점검을 위하여 보조사업점검평가단을 구성ㆍ운영하며, 보조사업점검평가단에 해당 분야의 전문성과 경험이 있는 민간전문가를 포함할 수 있다. 이 경우 총괄부서장은 점검실적을 연 1회 「보조금법」 제15조의2 보조금관리위원회에 보고한다.

제44조(제재부가금 부과 등 결정절차) ① 보조사업부서의 장은 「보조금법」 제33조의2와 「보조금법 시행령」 제14조의2 및 별표 5에 따라 다음 각 호에 해당하는 경우에는 해당 보조사업자 등에게 제재부가금을 부과ㆍ징수해야 한다.1. 「보조금법」 제30조에 따라 교부결정을 취소하고 「보조금법」 제31조제1항에 따라 보조금의 반환을 명한 경우2. 「보조금법」 제33조에 따라 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조금수령자에게 보조금 또는 간접보조금의 반환을 명한 경우② 제1항제2호에 해당하는 경우에 보조사업자 또는 간접보조사업자는 「보조금법」 제33조제2항과 「보조금법 시행령」 제14조에 따라 보조금 또는 간접보조금의 반환명령에 대한 사항을 보조사업부서의 장에게 통보해야 한다.③ 보조사업부서의 장은 제1항에 따라 반환을 명한 경우 보조사업자 등에게 위반행위의 종류와 예상 제재부가금 등 관련사항을 통지하고 통지를 받은 날부터 15일 이내에 자료제출 등 소명기회를 주어야 한다.④ 보조사업부서의 장은 재판결과의 확인, 그 밖에 제재부가금을 부과하거나 그 금액을 결정하기 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 절차를 일시 정지할 수 있으며 그 절차의 정지 또는 재개 사실을 보조사업자 또는 간접보조사업자에게 통지해야 한다.⑤ 보조사업부서의 장은 제재부가금 부과 여부 및 금액을 결정한 경우 「보조금법 시행령」 제14조의2제5항에 따라 위반행위의 종류와 제재부가금, 납부방법 등을 서면으로 알려야 하며 「국고금 관리법 시행규칙」 별지 제5호서식의 납입고지서를 발부해야 한다.⑥ 제5항에 따라 통보를 받은 자는 「보조금법」 제37조에 따라 이의를 제기할 수 있다.

제45조(과오납의 환급) 보조사업부서의 장은 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금 부과 등과 관련하여 과오납이 있는 경우에 이를 환급하되, 환급 가산금의 이자율은 「국세기본법 시행규칙」 제19조의3에 따른 이자율을 적용한다.

제46조(보조사업 수행배제 등 결정 절차) ① 보조사업부서의 장은 보조사업자, 간접보조사업자 또는 보조금수령자가 「보조금법」 제31조의2제1항 및 제2항에서 정한 요건에 해당하는 경우에는 보조사업자 등의 수행배제 또는 보조금 등의 교부제한과 지급제한 결정 절차를 개시한다.② 보조사업부서의 장은 보조사업자 또는 간접보조사업자에 제1항의 사실을 통지하고 통지한 날로부터 15일 이내에 보조사업 수행배제에 관한 자료제출 등 소명기회를 주어야 한다.③ 보조사업부서의 장은 재판결과의 확인 그 밖에 보조사업 수행제한 또는 보조금수령자 수급제한을 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 절차를 일시 정지할 수 있으며, 그 절차의 정지 또는 재개 사실을 보조사업자 등에게 통지해야 한다.④ 보조사업부서의 장은 제1항의 사항을 보조사업자 등에게 통보해야 한다.⑤ 제4항에 따라 통보를 받은 당사자는 「보조금법」 제37조에 따라 이의를 제기할 수 있다.⑥ 보조사업부서의 장은 제1항에 따라 보조사업자 등의 수행배제 또는 보조금 등의 교부제한과 지급제한 결정 절차를 개시하거나 타 기관에서 통보되어 부정수급으로 인지된 사항이 있을 경우 보조금시스템에 입력하여 관리해야 한다.

제47조(부정수급심의위원회) ① 해양수산부장관은 보조금 부정수급 대응 및 방지를 위하여 부정수급심의위원회를 구성ㆍ운영할 수 있다.② 부정수급심의위원회는 다음 각 호의 사항을 심의할 수 있다.1. 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금의 부과ㆍ징수와 관련한 사항으로서 제재부가금 산정, 가중 및 감경에 관한 사항, 제재부가금 대상자 및 기관이 제출한 소명자료 검토에 관한 사항, 그 밖에 제재부가금 부과를 위하여 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항2. 「보조금법」 제31조2에 따른 보조사업 수행배제 등과 관련된 사항으로 보조사업자 등이 제출한 소명자료 검토에 관한 사항, 그 밖에 보조사업 수행배제 등을 위하여 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항3. 「보조금법」 제39조의2와 「보조금법 시행령」 제18조에 따른 신고포상금 지급에 관한 사항으로 신고 포상금 지급요건 충족 여부, 포상금액 및 그 밖에 신고 포상금 지급을 위하여 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항4. 「보조금법」 제30조제1항 및 제2항, 제33조제1항 각 호의 해당 여부가 불명확한 경우 등 부정수급 여부 판단에 있어 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항③ 부정수급심의위원회는 위원장 1명을 포함하여 5명 이상 10명 이내의 위원으로 구성하는 것을 원칙으로 하되, 위원장은 해양수산부장관이 지정하는 고위공무원으로 하며, 예산ㆍ재정 및 보조사업에 전문성과 경험이 있는 2명 이상의 민간전문가를 포함한다.④ 부정수급위원회 위원장은 제재부가금 및 보조사업 수행배제 대상과 이해관계가 있는 사람은 부정수급심의위원회에 포함해서는 안 된다.⑤ 부정수급심의위원회는 제2항에 따른 심의안건 관련 담당공무원, 대상자 및 참고인의 출석을 요청하여 의견을 들을 수 있고 의뢰기관에 대하여 필요한 자료 등을 요청할 수 있다.⑥ 부정수급심의위원회의 회의는 재적위원 과반수의 출석으로 개의하고, 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다.⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정 외에 구체적인 사항은 해양수산부장관이 정한다.

제48조(부정수급 점검 등) ① 주관부서의 장은 다음 각 호의 사항을 점검하고 매년 상반기의 점검 결과는 당해연도 9월 30일까지, 하반기의 점검 결과는 다음 연도 3월 31일까지 보조금시스템에 입력해야 한다. 다만, 제3호의 경우 당해연도의 점검 결과를 다음 연도 3월 31일까지 입력해야 하며, 다음 각 호의 사항이 지방자치단체에 대한 보조사업에 해당하는 경우 행정안전부장관에게도 관련 내용을 제출해야 한다.1. 「보조금법」 제31조제1항 또는 제33조에 따른 보조금 반환 건수 및 반환 금액2. 「보조금법」 제39조의2에 따른 신고포상금 지급 건수 및 지급 금액3. 「보조금법」 제36조의2에 따른 명단공표 대상자 수 및 명단4. 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금 및 가산금 징수 건수 및 금액5. 「보조금법」 제31조의2에 따른 보조사업 수행 배제 건수 및 대상자 명단6. 「보조금법」 제31조제2항에 따른 보조금 반환금액이 기한 내 반환되지 않은 경우 해당 건수 및 금액7. 그 밖에 보조금관리위원회 위원장이 보조사업 관련 정책수립 및 부정수급 대응 등을 위해 필요하다고 인정하여 요청한 사항 <종전의 제6호에서 이동>② 총괄 부서장은 제1항 각 호의 사항을 보조금관리위원회에 제출해야 한다.

제48조의2(부정수급 모니터링) ① 보조사업부서의 장은 기획재정부장관으로부터 보조금시스템을 통해 부정수급 의심사항을 통보받은 경우 자체 점검계획을 수립하여 점검해야 하며, 필요한 경우 현장조사를 실시할 수 있다.② 보조사업부서의 장은 제1항의 점검 결과에 따라 보조금 교부결정 취소, 보조금 반환, 제재부가금 부과, 보조사업 수행 배제 등 필요한 조치를 해야 한다.③ 보조사업부서의 장은 제1항에 따라 부정수급이 의심되는 보조사업을 통보받은 날부터 45일 이내 점검을 완료해야 한다.④ 보조사업부서의 장은 제1항 및 제3항에 따른 점검 및 조치를 실시한 즉시, 그 내용을 보조금시스템에 등록하여 관리해야 한다.

제49조(중요재산의 처분승인권자) ① 시ㆍ도, 시ㆍ군ㆍ구, 관련기관ㆍ단체 또는 민간인이 해양수산부로부터 보조금을 교부 받아 취득한 중요재산의 처분승인권자는 보조사업부서의 장으로 한다.② 제1항에 따른 사무는 「행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정」 제41조의2제6항제3호에 따라 시ㆍ도지사가 처리할 수 있다.③ 제2항에도 불구하고 해양수산부장관은 「행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정」 제6조에 따라 시ㆍ도지사의 승인 후에도 그 처리가 위법하거나 부당하다고 인정될 경우 이를 취소할 수 있다.

제50조(중요재산의 관리책임 등) ① 중요재산의 관리책임은 법령 또는 사업시행지침에 정하는 경우를 제외하고는 사업담당부서의 장에게 있다.② 사업담당부서의 장은 선량한 관리자로서 주의의무를 다해야 하며, 중요재산이 효율적으로 활용되도록 사후관리를 철저히 해야 한다.③ 사업담당부서의 장 또는 중요재산의 처분승인권자는 보조금의 적정한 집행과 중요재산의 효율적 관리를 위하여 필요하다고 인정할 때에는 보조사업자 또는 해당 사업장에 대하여 사업 추진실태와 중요재산의 관리실태를 조사하고, 이를 기록ㆍ유지해야 한다.④ 보조사업자는 총사업비가 1억원 이상 지원되는 건축물ㆍ공작물ㆍ사업장 등에 중요재산을 설치하려는 경우, 별표 5의 보조사업 안내문 표준안에 따른 안내문 등을 중요재산 설치장소 등 잘 보이는 곳에 견고하게 설치ㆍ부착해야 한다. 다만, 보조사업이 확실하거나 표시의 실익이 없는 사업은 설치하지 않을 수 있다.

제51조(중요재산의 보고 및 공시) ① 보조사업자 등의 중요재산 보고는 「보조금법」 제35조제1항과 「보조금법 시행령」 제15조제1항 및 제2항에 따르며 별지 제12호서식 ‘중요재산 현황’을 작성하여 중요재산 취득 후 15일 이내에 사업담당부서의 장에게 보고하고 이후 중요재산 처분제한기간 이전까지 매년 6월과 12월에 변동현황을 보고해야 한다. 다만, 변동 사항이 없거나 미미한 경우에는 보고를 생략할 수 있다.② 「보조금법」 제35조의 현재액은 시장에서 형성된 가격이며 시장가격이 없는 경우에는 감정평가사 등 자산평가업무에 전문성 있는 평가인의 평가에 의한 가격으로 한다.③ 사업담당부서의 장은 「보조금법 시행령」 제15조제2항에 따라 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보고한 중요재산 취득현황을 「보조금법」 제35조제2항과 「보조금법 시행령」 제15조제3항에 따라 1개월 이내에 보조금시스템에 공시해야 하고 매년 6월말과 12월말까지 변동현황을 공시해야 한다. 이 경우 공시 기간은 최초 공시일부터 다음 각 호의 기간으로 한다.1. 부동산과 그 종물의 경우 10년2. 선박, 부표, 부잔교, 부선거와 그 종물의 경우 10년3. 항공기의 경우 10년4. 그 밖의 기계, 장비 등 시설의 경우 5년④ 보조사업자 또는 간접보조사업자는 제1항에 따라 중요재산을 관리하되 취득가액이 50만원 이하는 그렇지 않다.

제52조(재산처분의 제한) ① 보조사업자 등의 중요재산 처분제한과 반환은 「보조금법」 제35조와 「보조금법 시행령」 제15조에 따른다.② 해양수산부장관의 승인 없이 재산양도 등을 할 수 있는 경우는 「보조금법 시행령」 제16조에 따르며 「보조금법 시행령」 제16조제2호의 해양수산부장관이 교부조건 등을 통해 따로 정하는 기간이 없는 경우 별표 7의 중요재산의 표준내용연수까지 재산처분을 제한한 것으로 본다.

제53조(재산처분의 승인) ① 중요재산을 설치한 보조사업자 또는 이를 유지ㆍ운영하는 자(이하 "관리자"라 한다)는 「보조금법」 제35조제3항의 각 호에 따른 행위를 하기 위하여 승인권자의 승인을 받으려고 하는 경우 다음 각 호의 사항을 기재한 사유서를 중요재산 처분승인권자에게 제출해야 한다.1. 중요재산의 명칭2. 관리자의 주소, 성명 또는 명칭3. 중요재산의 소재지4. 중요재산의 설치 또는 취득 연도5. 취득가액(보조금, 자부담, 기타로 구분) 및 「보조금법」 제35조제1항에 따른 현재액6. 중요재산의 규모 및 능력7. 승인을 얻고자 하는 사항 및 사유8. 그 밖에 다음의 참고서류가. 중요재산을 당초에 목적한 용도외에 사용하려고 할 때에는 용도외 사용의 필요성 및 그 목적하는 사업계획서나. 중요재산에 중요한 변경을 하려고 할 때에는 변경에 필요한 금액과 변경의 상황을 명백히 한 도면을 포함한 변경계획서와 변경후의 사업계획서. 다만, 어선에 대해서는 변경의 상황을 명백히 한 도면을 포함한 변경계획서와 변경 후 사업계획서는 생략할 수 있다.다. 중요재산을 부기등기 설정 또는 담보에 제공하려고 할 때에는 피담보자의 주소, 성명 또는 명칭 및 담보물건 등을 명백히 한 서류라. 중요재산을 매각ㆍ양도ㆍ교환하려고 할 때에는 매매계약서안, 양도증서안 또는 교환계약서안마. 중요재산을 임대하려고 할 때에는 임대계약서안 및 임차인의 사업계획서바. 중요재산을 폐기하려고 할 때에는 폐기사유를 입증할 수 있는 자료② 제1항에 따라 중요재산의 매각ㆍ양도ㆍ교환으로 인하여 관리자를 변경하는 경우에는 해당 연도 사업시행지침에 의한 세부사업별 사업자선정 우선순위에 해당하는 자이어야 한다. 다만, 사업시행지침에 의한 해당자가 없을 때와 어선의 경우에는 다음 각 호 어느 하나에 해당되어야 한다.1. 관리자의 사망ㆍ질병으로 인하여 상속자(상속예정자를 포함한다)가 승계하여 계속 유지ㆍ운영하려고 할 때2. 파산선고 또는 부도로 인하여 양도가 부득이하다고 인정되는 때3. 법원에서 경매한 시설을 경락받았을 때4. 해외로 이주하거나 1년 이상 해외에 장기 체류함으로써 어업을 지속할 수 없거나 관리가 불가능하게 되었을 때5. 그 밖에 중요재산의 처분승인권자가 관리자 변경이 부득이 하다고 인정되는 경우③ 보조사업부서의 장은 제1항에 따른 중요재산 처분 승인 요청에 대해 승인이 필요하다고 판단되는 경우 별표 6의 산정기준에 따라 승인해야 한다.④ 보조사업부서의 장은 보조사업자 또는 간접보조사업자가 해당 보조사업을 완료한 후에도 해양수산부장관의 승인 없이 중요재산에 대하여 「보조금법」 제35조제3항의 각 호에 따른 행위를 한 경우에는 별표 6의 나목의 산정 기준에 따른 금액의 범위에서 반환을 명할 수 있다.

제54조(중요재산의 부기등기) ① 보조사업자 등의 중요재산의 부기등기는 「보조금법」 제35조의2에 따른다.② 보조사업자 등이 제1항에 따라 부기등기를 할 때에는 별지 제13호서식 "보조금이 지원된 부동산 증명서"를 관할 등기소에 제출해야 한다.③ 보조사업자 등이 「보조금법」 제35조의2제4항에 따라 부기등기를 말소하려고 할 때에는 별지 제14호서식 "부기등기 말소대상 부동산 증명서"를 관할 등기소에 제출해야 한다.

제55조(신고 포상금 지급절차) ① 「보조금법」 제39조의2와 「보조금법 시행령」 제18조에 따라 포상금을 지급하는 경우에는 보조사업부서의 장은 신고 또는 고발한 자에게 별지 제15호서식의 신청서 제출을 요청할 수 있다.② 「보조금법 시행령」 제18조제2항에 따라 포상금 지급기한은 통보한 날부터 60일 이내로 하되 행정심판, 소송 등이 진행되는 기간은 포함하지 않는다.③ 「보조금법」 제39조의2에 따른 포상금이 신고 또는 고발한 자의 허위, 그 밖의 부정한 방법으로 인하여 지급되었거나, 그 밖에 착오 등의 사유로 포상금이 잘못 지급된 경우(다른 법령 등에 따라 같은 사항에 대해 중복하여 지급한 경우를 포함한다)는 포상금의 전부 또는 일부를 환수해야 한다.④ 포상금 지급에 관여한 심의위원 또는 공무원은 신고 또는 고발한 자의 신원 또는 신고내용 등에 관하여 비밀을 유지해야 한다.⑤ 보조사업부서의 장은 신고포상금 지급과 관련하여 신고자의 신분, 신고내용 등이 외부에 공개된 경우에는 관련 사실을 조사하여 필요한 조치를 할 수 있다.

제56조(재검토기한) 해양수산부장관은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 훈령에 대하여 2025년 7월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 해야 한다.