국고보조금 통합관리지침 (공고, 기획예산처)
공포일: 20260227 / 시행일: 20260304

제1조(목적) 이 지침은 「보조금 관리에 관한 법률」(이하 ‘보조금법’이라 한다)제26조의2에 따라 「보조금법」과 「보조금 관리에 관한 법률 시행령」(이하 ‘보조금법 시행령’이라 한다)에서 정한 사항 등의 세부적인 사항을 규정하는 것을 목적으로 한다.

제2조(적용범위) ① 이 지침은 「보조금법」 제2조제1호의 보조금과 제2조제4호의 간접보조금을 교부받아 수행하는 보조사업 또는 간접보조사업에 대해 적용한다.② 제1항에 따른 보조금 중 정당보조금, 국제기구 지원, 해외 긴급구호, 개도국 개발을 위한 국제협력 지원, 남북협력 등 이 지침의 적용이 어려운 경우에는 다른 법령 등에서 별도로 정하는 바를 우선하여 적용할 수 있다.

제3조(정의) ① 이 지침에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.1. ‘중앙관서의 장’이란 「국가재정법」 제6조제2항에 따른 중앙관서의 장을 말하며, 「국가재정법」 별표2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리ㆍ운용하는 자를 포함한다.2. ‘보조금’, ‘보조사업’, ‘보조사업자’, ‘간접보조금’, ‘간접보조사업’, ‘간접보조사업자’, ‘보조금수령자’는 「보조금법」 제2조의 정의에 따른다.3. ‘상위보조사업자’란 간접보조사업자에게 보조사업 목적에 따른 보조금을 교부해주는 보조사업자 또는 간접보조사업자를 말한다.4. ‘내역사업’이란 세부사업의 하위단위로서 「보조금법」 제12조에 따른 예산의 통지, 보조금의 교부신청, 집행, 정산 등 보조사업을 실제 수행하는 단위를 말한다.5. ‘국고보조금통합관리시스템(이하 ‘보조금시스템’이라 한다)’이란 「보조금법」 제26조의2에 따라 구축된 보조금통합관리망을 말한다.6. ‘부정수급’이란 「보조금법」 제30조제1항 및 제2항에 따라 교부결정을 취소하는 경우와 제33조제1항에 따라 보조금을 반환해야하는 경우를 말한다.7. ‘별도 계정’이란 「보조금법」 제34조에 따라 보조금 또는 간접보조금과 관련된 수입과 지출을 명백히 구분하여 회계처리하는 단위를 말한다.8. ‘중요재산’이란 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조금 또는 간접보조금으로 취득하거나 그 효용이 증가된 것으로 「보조금법 시행령」 제15조제1항에 따른 재산을 말한다.9. ‘보조사업비 카드’란 보조금의 집행을 목적으로 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드업자로부터 발급받는 신용카드 또는 직불카드로서 「보조금법 시행령」 제10조의8제3항제2호에 따른 보조금 전용카드를 말한다.10. ‘정산’이란 「보조금법」 제27조제2항에 따라 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조사업 또는 간접보조사업에 사용한 경비를 재원별로 명백히 계산하는 것을 말한다.11. ‘검증’이란 「보조금법」 제27조와 「보조금법 시행령」 제12조의2에 따라 정산보고서가 적절하게 작성되었는지 여부를 검토ㆍ확인하는 것을 말한다.12. ‘검증기관’이란 「보조금법」 제27조와 「보조금법 시행령」제12조의2에 따라 정산보고서를 검증하는 감사인을 말한다.13. ‘예탁기관’이란 「보조금법 시행령」제10조의8에 따라 보조금을 하위의 보조사업자 또는 간접보조사업자에게 재교부하는 경우 보조금 관리업무를 위탁 및 예탁 받은 기관으로 한국재정정보원을 말한다.14. ‘업무대행자’란 기획예산처장관 또는 중앙관서의 장이 지정한 전담기관이나 상위보조사업자로서 보조금시스템 사용을 대리하는 자를 말한다.② 제1항 외에 이 지침에서 사용하는 용어는 「보조금법」 제2조에서 정의한 바를 준용한다.

제4조(보조사업 관련자의 의무) ① 보조사업 선정 및 보조금 집행의 효율성과 투명성을 제고하기 위하여 기획예산처장관, 중앙관서의 장, 보조사업자, 간접보조사업자 및 보조금 수령자는 이 지침에서 정한 의무를 충실히 이행하여야 한다.② 기획예산처장관의 의무는 다음과 같다.1. 보조사업의 연장평가2. 보조금시스템 구축 및 운영, 통합관리지침 마련3. 보조금 관리위원회의 설치 및 운영4. 보조사업 적격성 심사5. 그 밖에 보조사업의 효율적 집행, 평가, 점검 등을 위한 조치③ 중앙관서의 장의 의무는 다음과 같다.1. 신규 보조사업의 타당성과 관리체계 사전검토2. 부정수급 실태점검 및 유사중복사업 통폐합3. 보조사업자 선정의 합리성과 투명성 확보4. 보조사업자 관리감독 및 보조사업의 집행점검5. 그 밖에 보조사업을 원활하게 수행하기 위한 보조사업 관리규정 마련 등④ 보조사업자 또는 간접보조사업자의 의무는 다음과 같다.1. 적법한 방법 및 절차를 통해 교부신청서와 사업계획서 등을 작성하여 제출2. 보조사업 수행상황을 중앙관서의 장 또는 상위보조사업자에게 보고3. 사업 완료시 보조사업실적보고서 제출, 정보공시, 감사보고서 제출, 중요재산에 대한 관리4. 간접보조사업자 또는 보조금수령자 등에게 보조금을 재교부하는 경우, 보조금 법령 등의 준수 여부에 대한 관리ㆍ감독 등⑤ 보조금수령자는 보조금법 및 보조금법 시행령, 보조금 교부결정의 내용 또는 법령에 따른 중앙관서의 장의 처분에 따라 정당한 방법과 절차를 통해 보조금을 수령하여 보조금의 지급 목적에 적합하게 사용하여야 한다.⑥ 기획예산처, 중앙관서, 보조사업자 및 간접보조사업자는 개인정보처리자로서, 개인정보취급자에 대한 관리ㆍ감독 및 교육 등 「개인정보 보호법」에서 정하는 사항을 준수하여야 한다.

제4조의2(보조금 예산의 관리) ① 중앙관서의 장은 보조사업을 보조금시스템을 통해 내역사업별로 관리하여야 한다.② 내역사업의 분류, 명칭, 속성정보는 별표 2 내지 별표 4에 따른다.③ 내역사업 중 하단계의 내역사업을 신설, 변경, 삭제시 임의적으로 변경할 수 없으며 기획예산처장관과 협의하여야 한다.④ 지방자치단체의 장은 국고보조금을 민간위탁금, 민간대행사업비, 공기관등에 대한 자본적 대행사업비, 출연금, 출자금 등으로 집행하는 경우에는 동 사업수행자를 보조사업자로서 보조금시스템을 통해 관리하여야 한다.

제4조의3 (보조금 예산의 통지) ① 중앙관서의 장은 특별한 사유가 없으면 보조금 예산안을 내역사업별로 해당 보조사업을 수행하려는 자에게 해당 회계연도의 전년도 9월 15일까지 보조금시스템을 통하여 통지하여야 한다.② 중앙관서의 장은 제1항에 따라 통지한 보조금 예산안이 국회에서 심의ㆍ확정된 후에는 그 확정된 금액 및 내역을 내역사업별로 해당 보조사업을 수행하려는 자에게 보조금시스템을 통하여 즉시 통지하여야 한다.

제5조(위원회의 구성) ① 「보조금법」 제15조의2의 보조금관리위원회 위원장은 기획예산처차관으로 하며 위원회를 대표하고 위원회의 업무를 총괄하며. 위원장이 부득이한 사유로 직무를 수행할 수 없을 때에는 위원장이 지명하는 기획예산처 소속 공무원이 그 직무를 대행할 수 있다.② 위원회의 정부위원은 보조사업을 관리하는 주요 중앙관서의 1급 공무원으로 한다.③ 위원회의 민간위원은 다음 각 호의 1에 해당하는 사람 중에서 학식ㆍ경험ㆍ성별을 고려하여 12명 이내로 하며 임기는 3년으로 한다.1. 보조금 관리에 관한 전문지식이 있는 조교수 이상의 대학교수2. 정부출연기관에 소속된 박사학위 소지자로서 보조금에 관한 전문 지식이 있는 자3. 5년 이상의 실무경험이 있는 변호사ㆍ공인회계사ㆍ세무사 및 금융업무 전문가4. 시민단체 대표5. 보조금 집행 및 보조사업 관리 경험이 있는 사업자 단체 대표 등6. 그 밖에 보조금에 관한 전문지식과 경험이 풍부한 사람④ 제3항에도 불구하고 위원회 민간위원의 임기가 만료된 경우 새로운 위원이 위촉될 때까지는 그 임기가 종료되지 않은 것으로 본다.⑤ 위원회는 위원장의 직무를 보좌하기 위하여 기획예산처 재정성과국장을 간사로 둔다

제6조(회의) ① 위원회의 회의는 민간위원과 정부위원을 포함한 과반수 이상 참석으로 개의하고 참석위원 과반수 이상의 찬성으로 의결한다.② 위원회의 회의는 위원장의 요청에 따라 개회하며 분기별 개회를 원칙으로 하되 필요에 따라 수시로 개최할 수 있으며 「보조금법」 제15조의2제2항 각 호의 사항을 심의한다.③ 공무원인 정부위원이 위원회에 출석하지 못할 때에는 하위직급에 있는 자가 대리하여 출석할 수 있으며, 대리출석한 공무원은 위원회에서 발언하고 표결에 참여할 수 있다.④ 위원회에 출석한 위원에게는 예산의 범위 안에서 수당과 여비를 지급할 수 있다. 다만, 공무원인 위원이 그 소관 업무와 직접 관련하여 위원회에 출석하는 경우에는 그러지 아니한다.

제8조(관계기관 등에 대한 협조 요청) 위원회는 그 직무를 수행하기 위하여 관계 공무원이나 전문가의 의견을 듣거나, 관계기관ㆍ법인ㆍ단체 등에 대하여 자료 제출 및 의견 제시 등 필요한 협조를 요청할 수 있다.

제9조(보조사업 선정기준) ① 중앙관서의 장이 보조사업을 신규로 선정하거나 사업의 계속 여부를 검토할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려해야 한다.1. 사업의 타당성2. 사전절차 이행 여부3. 사업관리체계의 적정성4. 보조사업의 연내 집행 가능성 여부 등② 중앙관서의 장은 법령에 의한 기본계획 중 연차별 계획에 따라 진행되는 사업을 선정할 때에는 실시설계 등 사전절차를 이행한 사업을 우선적으로 선정한다.

제10조(보조사업 적격성 심사) ① 중앙관서의 장은 총사업비 또는 중기사업계획서에 의한 재정지출금액 중 국고보조금 규모가 100억원 이상인 신규 보조사업을 예산안에 반영하고자 하는 경우, 기획예산처장관에게 적격성 심사를 요청하여야 한다.② 제1항에 따른 적격성 심사의 대상, 절차, 방법 등 심사기준은 보조금관리위원회에서 정한다.③ 기획예산처장관은 제1항에 따른 적격성 심사를 실시하기 위하여 해당 분야의 전문가로 구성된 평가단을 운영할 수 있다.④ 적격성 심사 결과는 보조금관리위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 확정한다.⑤ 기획예산처장관은 주요정책방향 등을 고려하여 제4항의 적격성 심사 결과를 보조금 관련 예산편성 및 기타 재정운용 등에 활용할 수 있다.

제11조(보조사업의 존속기간과 연장평가) ① 보조사업의 존속기간과 연장평가는 「보조금법」 제15조 및 부칙 제2조(보조사업의 존속기간에 관한 적용례 등), 「보조금법 시행령」 제6조에 따르며 구체적인 평가대상, 평가기준, 평가방법 등과 평가결과는 보조금관리위원회에서 정한다.② 기획예산처장관은 주요정책방향 등을 고려하여 제1항의 연장평가 결과를 보조금 관련 예산편성 및 기타 재정운용 등에 활용할 수 있다.

제12조(보조사업의 시행 공고) 중앙관서의 장은 별지 제1호 서식에 따른 보조사업 총괄표와 세부사업계획을 해당 보조사업을 시행하는 회계연도의 3월 31일까지 보조금시스템 및 해당부처 홈페이지에 30일 이상 공고하여야 한다. 다만, 중앙관서의 장은 사업계획 수립여부, 사업 진행상황 등을 고려하여 공고시기, 공고기간 등을 조정할 수 있으며 외교, 통일, 안보 등과 관련된 사항으로 공고가 적절치 않다고 중앙관서의 장이 인정하는 경우 공고하지 않을 수 있다.

제13조(보조사업자 선정기준) ① 중앙관서의 장이 보조사업자를 선정하고자 할 경우에는 보조사업자의 재무안정성, 자부담 능력, 계속기업으로서의 존속능력, 사업수행에 관한 법령 위반의 이력, 사업능력, 사업관리체계의 적정성 등을 고려해야 한다.② 중앙관서의 장은 동일 보조사업자에 대한 보조금 계속 지원 여부를 결정하기 위하여 보조사업자의 보조사업 신청시 수혜이력과 실적을 제출하게 할 수 있다.③ 보조사업자가 지방자치단체인 경우 중앙관서의 장은 해당 지방자치단체의 지방비 부담 가능성과 지방재정영향평가결과, 부지확보 여부 등 사전 행정절차 이행여부 등을 고려해야 한다.④ 중앙관서의 장은 보조사업자가 다음 각 호에 해당하는 경우 보조사업자 선정에서 제외하여야 한다.1. 「보조금법」 제31조의2에 따라 보조사업 또는 간접보조금의 수행대상에서 배제되거나 보조금 또는 간접보조금의 교부를 제한받은 경우2. 제14조의2제1항에 따라 중복수급에 해당되는 경우3. 「근로기준법」 제43조의4제1항에 따라 상습체불사업주로 결정된 경우

제14조(보조사업자 공모) ① 중앙관서의 장은 2개 이상의 법인ㆍ단체 또는 개인이 수행할 수 있는 보조사업은 공모를 통해 보조사업자를 선정해야 한다. 다만, 「보조금법」 제16조제2항 각 호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.② 중앙관서의 장이 공모방식을 통해 보조사업자를 선정하고자 하는 경우에는 보조금시스템을 통하여 다음 각 호의 내용을 포함한 사업자 선정 공고문을 게시하되 15일 이상의 접수기간을 부여하여야 하며, 해당 부처 홈페이지나 일간지 등에 공고문을 함께 게시할 수 있다.1. 사업추진 기본방향2. 지원대상사업3. 지원사업 대상기관 및 응모방법4. 지원 및 선정절차5. 수행 일정6. 사업수행ㆍ보조사업 관련 계약 등에 대한 안내 및 유의사항7. 그 밖에 중앙관서의 장이 게시가 필요하다고 인정한 사항③ 제2항의 보조사업자 선정 공고에 부합하는 보조사업자가 없는 경우에는 재공모하여야 한다. 다만, 중앙관서의 장은 사업의 시급성 등을 고려하여 재공모 접수기간을 조정할 수 있다.④ 보조사업자가 공모방식으로 간접보조사업자를 선정하고자 할 때에도 제1항 내지 제3항을 준용한다.

제14조의2(중복수급 확인ㆍ점검) ① 중앙관서의 장 및 상위보조사업자는 보조사업자에 대한 중복수급 여부를 보조사업자 선정시 보조금시스템을 통해 확인ㆍ점검하여야 한다.② 기획예산처장관, 중앙관서의 장 및 보조사업자는 보조사업자 또는 보조금수령자에 대한 중복수급 여부를 사후에 보조금시스템을 통해 확인ㆍ점검할 수 있다.③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 「사회보장기본법」 제37조제2항에 따른 사회보장정보시스템 등 기획예산처장관과 협의한 보조사업은 해당 정보시스템에서 중복수급 여부를 점검할 수 있다.④ 보조금수령자의 사생활을 현저히 침해할 우려가 있거나 외교, 안보 등 국가기밀 유지가 필요한 사업은 제1항 및 제2항의 중복수급 확인ㆍ점검 대상에서 제외할 수 있다.⑤ 기획예산처장관은 제4항에 따라 중복수급 검토에서 제외된 내역사업 및 동 내역사업의 모든 하위 상세내역사업이 제1항 및 제2항에 따른 중복수급 확인ㆍ점검 시 제외되도록 보조금시스템에서 관리하여야 한다.

제14조의3(수급자격 확인ㆍ점검) ① 기획예산처장관 및 중앙관서의 장, 상위보조사업자 또는 보조사업자는 보조사업자 또는 보조금수령자에 대한 수급자격의 적격 여부를 보조금시스템을 통해 확인ㆍ점검할 수 있다. 단, 「사회보장기본법」 제37조제2항에 따른 사회보장정보시스템 등 기획예산처장관과 협의한 보조사업은 해당 정보시스템에서 수급자격을 확인ㆍ점검할 수 있다.② 제1항에 따라 민간보조사업자가 하위보조사업자, 보조금수령자에 대한 수급자격 확인ㆍ점검하는 경우에 민간보조사업자는 필요한 정보를 당해 보조사업을 관장하는 중앙관서의 장, 지방자치단체의 장에게 보조금시스템을 통해 요청할 수 있다.③ 제2항에 따른 요청을 받은 중앙관서의 장, 지방자치단체의 장은 보조금시스템을 통해 관계기관에 관련자료를 요청할 수 있다.④ 제3항에 따라 자료를 요청받은 관계기관의 장은 요청받은 자료를 보조금시스템을 통해 처리하여야 한다.

제15조(보조사업자선정위원회) ① 중앙관서의 장은 「보조금법」 제17조제2항에 따라 공모방식으로 보조사업자를 선정하고자 할 때에는 보조사업자선정위원회의 심의를 거쳐야 한다. 다만, 공모외방식(이하, "지정방식")으로 보조사업자를 선정하고자 할 때에도 적격여부에 대한 심의 등 중앙관서의 장이 필요하다고 인정하는 경우에는 보조사업자선정위원회의 심의를 거칠 수 있다.② 보조사업자선정위원회는 위원장 1인을 포함하여 5인 이상 15인 이내의 위원으로 구성하되, 해당 중앙관서 소속 공무원과 예산ㆍ재정 및 해당 분야의 전문성과 경험이 있는 2인 이상의 민간전문가로 구성한다. 다만 해당 보조사업과 이해관계가 있는 경우에는 위원으로 선정하여서는 아니된다.③ 제2항에 따라 구성된 보조사업자선정위원회는 공모 관련 보조금 교부신청서 및 관련 서류의 심의내용을 해당 중앙관서의 장에게 제출하여야 한다.④ 중앙관서의 장은 제3항에 따른 보조사업자 선정 관련 심의내용을 고려하여 보조사업자를 선정한다.⑤ 보조사업자가 공모방식으로 간접보조사업자를 선정하고자 할 때에도 제1항내지 제3항을 준용한다.

제16조(보조금 교부조건) ① 중앙관서의 장은 「보조금법」 제18조에 따라 교부조건을 붙이는 경우에 다음 각 호에 관한 사항을 명시하여야 한다.1. 다음 각 목에 해당하는 행위로 인해 보조금 교부결정의 전부 또는 일부를 취소하고 반환 명령을 하는 등 필요한 조치를 취할 수 있다는 사실가. 허위의 신청이나 기타 부정한 방법으로 보조금을 교부받은 경우나. 보조금을 다른 용도에 사용한 경우다. 보조사업자가 법령의 규정, 보조금의 교부조건의 내용 또는 법령에 의한 중앙관서의 장의 처분에 위반한 경우라. 해당 보조금 지원과 직접 관련된 전제 조건이 사후에 충족되지 아니하는 경우마. 동일 또는 유사한 사업계획으로 다른 기관으로부터 중복하여 보조금 또는 지방보조금을 받은 경우2. 부정수급 행위 시 다음 각 목의 제재 및 벌칙을 부과할 수 있다는 사실가. 「보조금법」 제31조의2에 따른 수행배제나. 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금다. 「보조금법」 제36조의2에 따른 명단공표라. 「보조금법」 제40조 내지 제41조에 따른 벌칙3. 삭제4. 삭제5. 삭제② 보조사업자가 계약을 통해 수행할 경우, 중앙관서의 장은 「국고보조금 통합관리지침」 및 중앙관서의 장이 정한 바에 따라 계약을 체결하여 이행하도록 이를 보조금 교부조건에 명시하도록 하여야 한다.③ 중앙관서의 장은 보조금교부결정통지서를 작성하는 경우 별지 제2호 서식의 예를 참조할 수 있다.④ 보조사업자가 중앙관서의 장에게 교부신청시 보조사업별 계좌정보를 포함하여 교부신청하여야 한다.⑤ 보조사업자가 간접보조사업자에게 간접보조금을 교부할 때에도 제1항 내지 제4항을 준용한다.

제17조(보조금 교부방법) ① 중앙관서의 장은 보조금을 최소 2차례 이상으로 나누어 교부하고, 1차 교부와 최종교부사이에 교부된 보조금이 당초 목적대로 사용되고 있는지 여부를 점검하여 그 결과에 따라 잔여 보조금의 교부 여부를 결정하여야 하며 보조사업자가 계약을 체결하여 추진하는 사업은 낙찰차액이 발생하는 경우 이를 감안하여 교부한다. 다만 해당 보조금이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 보조금 교부방법을 달리 정할 수 있다.1. 일정한 요건을 갖추면 지원대상이 되는 경상보조성격의 사업인 경우2. 다른 법령에 따라 보조금 교부 방법 및 절차가 정해진 경우3. 추가경정예산(당시 기금운용계획변경 포함)으로 사업이 신설된 경우② 중앙관서의 장은 보조금의 교부여부를 결정할 때 보조사업 계획의 구체성, 실현가능성, 지방비 부담능력, 사전 행정절차 이행여부(「지방재정법」에 따른 재정투융자 사업심사, 부지확보 여부, 인허가서류, 주민동의서 등), 연내 집행가능성(계속사업의 경우 전년도 집행 및 실집행 실적), 이월금 보유현황 등에 대한 검토를 통해 보조금의 연례적 이월 및 보조금 교부 후 사업취소 등이 최소화되도록 하여야 한다.③ 중앙관서의 장 및 지방자치단체의 장, 보조사업자는 「보조금법」 제26조의2에 따른 보조금시스템을 통하여 지방자치단체의 장이 아닌 보조사업자에게 보조금을 교부하고자 할 때는 그 보조금을 예탁기관에 예탁하여야 한다. 단, 다른 법령에 따라 별도의 기관에 예탁하여 교부되는 보조금 또는 기획예산처장관이 예탁이 적절하지 않다고 인정하는 보조금의 경우에는 그러하지 아니한다.④ 보조사업자가 간접보조사업자에게 간접보조금을 교부하는 경우에도 제1항 및 제3항을 준용한다.

제18조(보조금 사용 및 증빙자료 제출 방법) ① 보조금 사용방식은 보조금 입ㆍ출금 계좌에서의 계좌이체(지로를 포함한다) 또는 보조사업비 카드(신용카드 또는 체크카드를 구분하지 아니한다) 사용만을 인정하며, 이때 카드 매출전표 등의 증빙자료는 보조금시스템에 전자적 형태로 수신된 정보만을 제출하여야 한다.② 보조금 지출거래시 세금계산서는 전자세금계산서를 사용하여야 하며, 이때 전자세금계산서는 보조금시스템에 전자적형태로 수신된 정보만을 제출하여야 한다.③ 교통, 통신시설 미비 등으로 제1항과 제2항에 따른 사용 및 제출이 곤란한 경우에는 그러하지 아니하다. 다만, 이 경우 중앙관서의 장은 보조금 사용 내역의 증빙자료가 보조금시스템에 중복 또는 누락된 상태로 제출되는 것을 방지하기 위하여 보조금 사용 내역을 상세히 점검하고 관리하여야 하며, 증빙자료 미비 등 필요한 경우에는 추가 증빙자료를 요구하거나 현장조사를 실시할 수 있다.

제19조(카드사용 및 제한) ① 보조사업자는 보조금 입출금계좌와 연결된 은행의 보조금 결제 전용 보조사업비 카드를 발급받아 사용함을 원칙으로 하며, 복수 발급하여 사용할 수 있다.② 보조사업자는 보조금의 적정한 사용을 위하여 별표 1의 업종에는 보조사업비를 사용할 수 없다. 다만, 보조사업의 목적에 부합하는 경우에는 그러하지 아니하다.③ 보조사업자는 별표 1의 업종으로 지정되지 않은 경우에도 보조사업의 목적과 무관한 업종에 대하여는 보조사업비를 사용해서는 안된다.④ 제1항 내지 제3항은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제19조의2(보조사업비카드 부수수익의 배분 등) 예탁기관은 보조사업비카드 사용으로 발생하는 캐시백 등 부수수익을 보조사업 재원별 비율에 따라 해당 보조사업자에게 배분하여야 한다. 다만, 국고보조금에 해당하는 부수수익은 예탁기관이 기획예산처장관이 지정하는 한국은행 계좌로 입금한다.

제20조(별도 계정 등) ① 보조사업자는 「보조금법」 제34조에 따라 교부받은 보조금에 대하여 별도의 계정을 설정하고 구분하여 회계처리를 하여야 한다.② 보조사업자는 보조사업별로 보조금 관리를 위하여 기관 명의의 수시 입출금이 가능하고 원금이 보장되며, 담보설정이 되지 않는 보통예금 등으로 계좌를 별도로 개설하여 관리하여야 하며 특별한 사유가 없는 한 계좌는 변경할 수 없다.③ 2개 이상의 보조사업을 수행하는 경우 별도의 계좌를 사용하여야 한다. 다만, 제17조제3항에 따라 예탁기관에 예탁하는 보조사업을 수행하는 보조사업자의 경우에는 2개 이상의 보조사업을 수행하는 경우에도 하나의 계좌를 사용할 수 있다.④ 보조사업 수행과정에서 수익금이 발생할 경우에도 보조사업비와 구분하여 별도의 계좌를 개설하여 관리하여야 한다.⑤ 제1항 내지 제4항의 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제20조의2(업무처리의 대행) ① 보조금시스템으로 업무처리를 수행하지 못하는 보조사업자 또는 간접보조사업자는 업무대행자를 지정하여 보조금시스템 업무처리를 위임할 수 있다.② 업무대행자의 지정을 원하는 보조사업자 또는 간접보조사업자는 별지 제9호 서식에 따라 보조금시스템 업무처리 위임장 및 개인정보 수집ㆍ이용ㆍ제 3자 제공 동의서를 업무대행자에게 제출하여야 한다.

제20조의3(중소기업제품 우선 구매) 회계연도 기준으로 100억원 이상 보조금을 수령한 보조사업자 또는 간접보조사업자는 보조사업과 관련하여 제품을 구매하는 경우 중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 제4조제3항을 따른다.

제21조(보조사업 관련 계약) ① 보조사업자는 보조금시스템을 통하여 보조사업과 관련된 계약업무를 관리하여야 한다.② 제1항에 따라 보조금시스템을 통하여 계약업무를 관리함에 있어서 민간보조사업자 등이 제3항 각 호에 해당하는 계약을 체결하는 경우에는 다음 각 호의 방법으로 계약을 체결하도록 하여야 한다. 다만, 국가유산과 연계된 국가유산 관련 공사, 연구결과의 현장적용 가능성을 판단하기 위한 시범사업 등 이에 따르는 것이 곤란하다고 중앙관서의 장이 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다.1. 조달청장에게 위탁하여 계약 체결2. 지방자치단체장에게 위탁하여 계약 체결3. 「전자조달의 이용 및 촉진에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 국가종합전자조달시스템(나라장터)을 이용하여 계약 체결③ 제2항의 방법으로 계약을 체결하여야 하는 경우는 다음과 같다.1. 추정가격이 2천만원을 초과하는 물품 및 용역구매 계약을 체결하는 경우2. 「건설산업기본법」에 따른 건설공사(같은 법에 따른 전문공사는 제외한다)로서 추정가격이 2억원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우3. 「건설산업기본법」에 따른 전문공사로서 추정가격이 1억원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우4. 그 밖의 공사 관련 법령에 따른 공사로서 추정가격이 8천만원을 초과하는 공사계약을 체결하는 경우④ 보조사업자는 제2항의 방법으로 계약을 체결하는 경우에는 보조금시스템을 통하여 계약 체결을 요청하거나 수행하여야 한다.⑤ 보조사업자는 보조사업 관련 계약을 체결하는 경우 계약일로부터 15일 이내에 보조금시스템에 계약서를 등록하여야 한다.⑥ 제1항 내지 제5항의 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다.⑦ 중앙관서의 장은 제3항 각 호의 금액 기준에 관하여 보조사업자나 간접보조사업자가 계약을 부당하게 여러 건으로 나누는 방식으로 절차를 우회하지 않도록 감독하여 계약 절차가 실질적으로 적용되도록 하여야 한다.⑧ 중앙관서의 장은 제1항 내지 제5항에서 규정한 사항 외에 사적이해관계자(「공직자의 이해충돌 방지법」 제2조의 ‘사적이해관계자’ 범위를 준용)와의 거래 등 계약과 관련하여 보조금의 부정한 사용이 없도록 관리하여야 한다.⑨ 이 지침에 규정된 사항 이외에 다음 각 호의 계약업무는 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」을 준용한다. 다만, 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우에는 다른 법령을 우선 적용할 수 있다.1. 입찰공고의 시기(제35조)2. 입찰공고의 내용(제36조)

제21조의2(보조사업 관련 계약방식) ① 민간보조사업자 등이 계약을 체결하는 경우(제21조제2항 각호에 의한 방식으로 계약을 체결하는 경우를 포함한다), 원칙적으로 일반경쟁에 부쳐야 한다. 다만, 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 제7조 제1항 단서 및 동법 시행령 제26조에 따른 사유로 수의계약을 체결할 수 있다.② 제1항에 따라 수의계약을 체결하고자 할 때에는 사전에 최소 2개 이상의 업체로부터 견적을 받아 집행금액의 적정성 등을 확인한 후 계약을 체결하여야 한다. 다만, 계약의 목적이나 보조사업의 특성상 견적서 제출이 어려운 경우 또는 견적서 제출자가 1인밖에 없을 것으로 예상되는 경우 등으로 중앙관서의 장이 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제22조(30억원 이상 보조사업 시설공사) ① 제21조에도 불구하고 추정가격이 30억원 이상인 공사 관련 계약을 체결하는 보조사업자는 다음 각 호의 사항을 조달청장에게 요청하여야 한다. 단, 제2호는 민간보조사업자가 추진하는 계약에 한하여 적용하며, 이 경우 전문공사, 전기공사, 정보통신공사, 소방공사의 추정가격은 3억원 이상으로 한다.1. 실시설계 단계에서의 설계적정성 검토2. 공사계약 체결3. 공사비가 계약금액의 10%이상 증가하는 설계변경에 대한 타당성 검토② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 대하여는 설계적정성 검토, 계약체결, 설계변경 타당성 검토를 조달청에 의뢰하지 않을 수 있다.1. 해외 공사, 재해 또는 긴급 복구 공사, 국가유산과 연계된 국가유산 관련공사 및 중앙관서의 장이 인정하는 기술의 특수성이 요구되는 공사2. 중앙관서, 지방자치단체, 공공기관 등의 시설분야 전문인력이 관리ㆍ감독(기획, 설계 등)하는 사업, 단 공사계약 체결은 제1항에 따른다.3. 그 밖에 조속한 사업추진 등을 위해 불가피하다고 중앙관서의 장이 인정하는 경우③ 중앙관서의 장은 공사 준공 이전에 현장조사 등 집행점검을 위해 조달청의 참여를 요청할 수 있다.④ 제1항 내지 제3항의 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제23조(보조사업자의 자기부담금 집행) ① 중앙관서의 장은 보조사업자가 자기부담금을 포함하여 보조사업을 추진하는 경우 해당 보조사업자로 하여금 자기부담금을 우선 집행하도록 하여야 한다.② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 보조사업자는 자기부담금을 우선 집행하지 아니할 수 있다.1. 보조사업 연간사업계획에 반영되지 않은 추가 자부담의 경우2. 지방자치단체 매칭사업의 경우(국비와 지방비 매칭사업에 한한다.)3. 그 밖에 중앙관서의 장이 보조사업자 또는 보조사업 특성에 따라 자부담금 집행을 달리 정한 사업인 경우③ 중앙관서의 장은 제2항제2호의 경우 지방자치단체의 장이 자기부담분 확보 이전에 보조금을 교부하여 사업을 우선 추진하도록 할 수 있다.④ 중앙관서의 장은 제1항에도 불구하고 민간보조사업자의 자기부담금 확보가 불가피하게 어렵다고 판단하는 경우 자기부담금 확보이전에도 보조금을 교부할 수 있다.⑤ 제4항의 경우, 중앙관서의 장은 전년도 자기부담금 확보 및 보조사업의 집행 실적을 고려하여야 한다.⑥ 중앙관서의 장은 지방자치단체의 장 또는 민간보조사업자가 「보조금법」 제27조제1항에 따른 보조사업 실적보고 사유가 발생한 날까지 자기부담금을 확보하지 못한 경우 지방자치단체의 장 또는 민간보조사업자에게 보조금을 반납하도록 하거나 차년도 예산 편성시 감액조치를 할 수 있다.⑦ 제1항, 제2항, 제4항 내지 제6항은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제24조(예산절감액 등) 지방자치단체의 장이 보조사업의 목적을 달성하고 자체 노력으로 예산을 절감한 경우에는 「보조금법」 제31조제4항과 「보조금법 시행령」 제13조의2에 따라 초과액을 반환하지 아니할 수 있으며, 「보조금법 시행령」 제13조의2제1항제4호의 소액은 500만원 미만인 경우를 말한다.

제25조(보조사업비의 이월) ① 보조사업자는 보조금을 교부받은 후 원칙적으로 다음 회계연도에 이월하여 사용할 수 없다.② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 해당하는 경우 다음 회계연도로 이월하여 사용할 수 있다.1. 연도 내에 지출원인행위를 하고 불가피한 사유로 연도 내에 지출하지 못한 경비와 지출원인행위를 하지 아니한 그 부대경비2. 인건비 등 경상적 경비, 재해복구 경비3. 지출원인행위를 위하여 입찰공고를 한 경비 중 입찰공고 후 협상에 의한 계약 등으로 장기간이 소요되는 경비4. 그 밖에 이월이 불가피하다고 중앙관서의 장이 인정하는 경우③ 제2항에 따른 이월을 위해서는 보조사업자는 해당연도 교부금액, 집행액, 집행잔액 중 이월이 필요한 금액 및 반납금액을 포함한 이월명세서를 첨부하여 해당연도 말까지 중앙관서의 장의 승인을 거쳐야 하며 이월액은 다른 용도로 사용할 수 없다.④ 중앙관서의 장은 제3항의 이월 승인 시 제17조제2항을 준용하여 이월의 적정성을 판단하여야 한다.⑤ 제1항 내지 제4항은 간접보조사업자에게도 준용한다.⑥ 다른 법령 등에서 별도로 정한 경우는 해당 규정을 우선 적용할 수 있다.

제25조의2(보조사업비의 재이월) ① 제25조에 따라 이월한 경비 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경비의 금액은 재이월하여 사용할 수 있다.1. 제25조제2항제2호에 따라 이월한 경비2. 제25조제2항제3호 내지 제4호에 따라 이월한 경비 중 이월한 회계연도 내에 지출원인행위를 하고 불가피한 사유로 해당연도 내에 지출하지 못한 경비와 지출원인행위를 하지 아니한 그 부대경비3. 제25조제2항제4호에 따라 이월한 경비 중 이월한 회계연도 내에 지출원인행위를 위하여 입찰공고를 하였으나 입찰공고 후 협상에 의한 계약 등으로 지출원인행위까지 장기간이 소요되는 경비② 제1항에 따른 재이월의 경우 제25조제3항 내지 제4항, 제6항을 준용한다.③ 제1항 내지 제2항은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제26조(보조사업 실적보고 및 집행잔액 등 반납) ① 중앙관서의 장은 보조사업이 완료되었을 때, 폐지의 승인을 한 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 「보조금법」 제27조와 「보조금법 시행령」 제12조에 따라 보조사업자 등으로부터 정산보고서 등이 포함된 실적보고서를 제출받아야 하며 집행잔액과 보조금으로 발생한 이자, 보조사업의 수익금(교부목적에 위배되지 않는 범위내에서 보조금으로 인해 발생한 수익금을 반환하도록 교부조건에 명시한 경우에 한한다)을 반납받아야 한다.② 보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상하는 것을 원칙으로 한다. 다만 부가가치세 환급금을 동일한 사업에 재투자 하고자 할 경우에는 그 내역을 명확히 하여 사업계획에 미리 반영하거나 사업계획을 변경하여 사용할 수 있다.③ 제1항의 반납 받아야 하는 ‘집행잔액’은 보조금시스템의 재원별 사용금액 잔액을 기준으로 하고, 반납받아야 하는 ‘보조사업의 수익금’은 국고보조금 비율 등에 따라 산정한다. 다만, 「보조금법」 제26조의2제2항에 따라 통일ㆍ안보 등에 관련된 보조사업 또는 간접보조사업으로서 보조금시스템을 통하여 업무를 수행하는 것이 적절하지 아니하다고 기획예산처장관이 관계 중앙관서의 장과 협의하여 정하는 보조사업 또는 간접보조사업은 국고보조금 비율 등에 따라 집행잔액을 산정한다.④ 중앙관서의 장은 보조금 집행잔액과 이자, 보조사업의 수익금의 반납기한을 반납금액, 결산일정 등을 감안하여 정하되 사업이 완료된 해의 다음 연도 내에는 보조금시스템을 통해 반납이 완료될 수 있도록 하여야 한다.⑤ 보조사업자는 예탁된 보조금의 집행잔액, 이자수입 및 보조사업의 수익금을 예탁기관으로 하여금 중앙관서의 장 또는 지방자치단체의 장에게 반납하게 할 수 있다.⑥ 제1항과 제5항은 간접보조사업자에게도 준용한다.⑦ 삭제⑧ 삭제

제27조(보조사업 실적보고서의 심사) ① 중앙관서의 장은 제26조의 보조사업 실적보고서를 「보조금법」 제28조에 따라 심사하여야 한다.② 중앙관서의 장은 정산 결과가 적합하지 않다고 인정될 경우에는 「보조금법」 제29조에 따라 해당 보조사업자 등에 대하여 보조사업의 시정을 위하여 필요한 조치를 명할 수 있다.③ 중앙관서의 장은 제32조제1항제4호에 따른 집행점검 결과 정당한 사유 없이 보조사업 정산절차가 완료되지 않았거나, 정산 후 집행잔액 등을 국고로 반납하지 않은 보조사업자에게는 해당 보조사업과 관련된 보조금을 추가로 교부하여서는 아니된다.④ 중앙관서의 장은 정산보고서 제출을 지연한 보조사업자 등에 대해서는 다음 각 호에서 정한 지연기간에 따른 보조금 삭감한도에 일할을 적용한 비율에 따라 정산보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금을 삭감할 수 있다.1. 3개월 이상 지연 제출하는 경우 10%이내 보조금 삭감2. 6개월 이상 지연 제출하는 경우 20%이내 보조금 삭감3. 12개월 이상 지연 제출하는 경우 50%이내 보조금 삭감⑤ 보조사업자 등의 정산 방법, 정산보고서 등과 관련하여 필요한 사항은 「국고보조금 통합관리지침」 중 「보조사업 실적보고서 및 정산보고서 작성지침」에서 정한다.⑥ 제1항과 제4항은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제28조(정산보고서의 검증) ① 지방자치단체를 제외한 보조사업자 등의 정산보고서 검증은 「보조금법」 제27조제2항과 「보조금법 시행령」 제12조의2에 따른다. 다만 보조사업자가 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조에 따른 공기업 등 공공기관, 「지방공기업법」 제2조 내지 제3조에 따른 지방공기업은 해당 법령에 따른 결산서 또는 회계감사 보고서로 갈음할 수 있다.② 검증기관의 정산보고서 검증 방법 등과 관련하여 필요한 사항은 「국고보조금 통합관리지침」 중 「보조사업 정산보고서 검증지침」에 따른다. 다만 다음 각 호에 해당하는 경우 「보조금법」 제27조제2항에 따라 감사인이 작성하는 검증보고서의 형식, 작성방법, 검증항목 등은 중앙관서의 장이 달리 정할 수 있다.1. 보조사업자의 보조금 지출 내역에 대한 증빙을 확인한 후에 보조금을 전액 교부ㆍ지급하는 사후 보조의 경우2. 그 밖에 보조사업, 보조사업자 등의 특성으로 인해 이 지침에 따른 검증이 곤란한 경우

제29조(검증기관의 책임) 중앙관서의 장은 검증기관의 정산결과가 「국고보조금 통합관리지침」 중 「보조사업 실적보고서 및 정산보고서 작성지침」과 「보조사업 정산보고서 검증지침」에 따라 작성되지 않아 오류나 누락이 외부 기관의 감사 등에 의하여 발견된 경우 보조사업자 또는 간접보조사업자가 각 호의 조치를 취하도록 할 수 있다.1. 보조사업자 또는 간접보조사업자는 검증기관의 고의 또는 중과실로 중대한 오류나 누락이 발생한 경우, 해당 사실을 안 날부터 3년간 해당 기관을 검증기관으로 선정하는 것을 제한2. 보조사업자 또는 간접보조사업자는 검증기관의 부주의 또는 과실로 중대한 오류나 누락이 발생한 경우, 해당 사실을 안 날부터 2년간 해당 기관을 검증기관으로 선정하는 것을 제한3. 보조사업자 또는 간접보조사업자는 검증기관의 부주의 또는 과실로 경미한 오류나 누락이 발생한 경우 또는 정당한 사유 없이 검증을 지체하거나 검증 조서의 작성ㆍ관리가 부실한 경우 주의 조치를 취하며 연간 3번 이상 주의 조치를 받은 경우, 해당 기관을 검증기관으로 선정하는 것을 1년간 제한

제30조(특정사업자에 대한 회계감사) ① 회계감사를 위한 세부기준은 「보조사업자 회계감사 세부기준」에 따른다② 「보조금법 시행령」 제12조의3제2항의 회계연도가 보조사업자 등의 사업연도와 다른 경우에는 보조사업자 등의 사업연도를 회계연도로 간주한다. 다만, 다른 법령에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법령에 따른다.③ 「보조금법」 제27조의2제1항에 따라 감사보고서를 제출해야 하는 특정사업자는 보조금 또는 간접보조금을 교부한 모든 중앙관서의 장에게 감사보고서를 각각 제출하여야 한다.

제31조(자료보관) ① 보조사업자 등은 보조사업의 수행, 정산, 회계감사 등과 관련된 자료를 5년간 보관하여야 한다. 다만, 카드사, 국세청 등으로부터 카드사용내역, 세금계산서 등을 정보처리시스템을 통해 전송받은 경우, 종이영수증 원본을 별도로 출력하여 보관하지 않고 전자적으로 보관할 수 있다.② 제1항에도 불구하고 보조금시스템에 제출하여 등록된 자료는 보관하지 않을 수 있다.

제32조(보조사업 집행점검) ① 중앙관서의 장은 「보조금법」 제25조제2항에 따라 보조사업 등의 수행상황을 점검하며 다음 각 호의 보조사업 등을 주요점검대상으로 한다.1. 총사업비 중 보조금 규모가 100억원 이상인 내역사업의 경우2. 공모에 의하지 아니하고 보조사업자를 선정한 보조사업의 경우3. 부정수급이 발생하였거나 발생할 우려가 높은 보조사업의 경우4. 2회계연도 이상 정산을 완료하지 아니하였거나, 정산 후 집행잔액 등을 국고로 반납하지 않은 보조사업의 경우5. 보조금관리위원회가 점검이 필요하다고 인정한 보조사업의 경우6. 그 밖에 중앙관서의 장이 보조사업의 집행점검이 필요하다고 인정하는 경우② 중앙관서의 장은 내역사업내 모든 상위 보조사업자로 하여금 보조금시스템을 통하여 다음 각 호의 사항에 대하여 월 1회 이상 점검을 실시하도록 하고 그 결과를 전송받아 관리하여야 한다. 또한, 중앙관서의 장이 교부한 보조금에 대해서도 월 1회 이상 점검을 실시하여야 한다.1. 보조사업자 또는 하위 보조사업자에게 교부한 보조금의 세부 집행내역2. 매월 집행실적 및 집행마감 결과3. 보조사업자가 지방자치단체인 경우 지방재정관리시스템과의 월 집행마감 결과 대조 후 일치 여부③ 중앙관서의 장은 점검결과에 따라 필요한 경우 현장조사를 실시할 수 있으며, 현장조사는 조사개시 7일전까지 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 현장조사를 실시하기 전에 관련 사항을 미리 통지하는 때에는 증거인멸 등으로 현장조사의 목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우, 현장조사의 개시와 동시에 조사대상자에게 구두로 통지할 수 있다.④ 중앙관서의 장은 조사 결과에 따라 보조금 교부결정 취소, 보조금 반환, 강제징수, 제재부가금 부과, 보조사업 수행 제한 등의 필요한 조치를 하여야 하며 보조금 반환 결정은 검찰의 공소제기 시까지 하여야 한다.⑤ 중앙관서의 장은 조사결과 고의, 거짓 등의 방법으로 부정수급을 행한 사실이 있다고 사료되는 때에는 「형사소송법」 제234조제2항에 따라 고발하여야 한다.⑥ 중앙관서의 장은 제4항에 따라 조치를 한 경우 보조금시스템에 그 결과를 즉시 등록하여야 한다.

제33조(보조사업점검평가단) 중앙관서의 장은 제32조의 보조사업 집행점검을 위하여 보조사업점검평가단을 구성ㆍ운영하며 보조사업점검평가단에 해당 분야의 전문성과 경험이 있는 민간전문가를 포함할 수 있다. 점검실적은 연1회 보조금관리위원회에 보고한다.

제33조의2(보조금관리정보의 목적 외 이용) ① 「보조금법」 제26조의6제3항에 따라 목적 외의 용도로 보조금관리정보를 이용하려는 자는 별지 제10호의 서식에 따라 기획예산처장관에게 신청하여야 한다.② 기획예산처장관은 제1항에 따른 신청이 있는 경우에는 다음 각 호의 사항을 고려하여 보조금관리정보의 제공을 승인할 수 있다.1. 이용 목적의 정당성2. 이용자료범위의 적정성3. 개인의 사생활 침해 여부4. 신청내용의 타당성ㆍ적합성ㆍ공익성5. 이용자료의 목적 외 사용 방지 및 안전관리대책 확보 여부③ 제1항에도 불구하고 「보조금법」 제26조의6제2항제1호 및 제2호에 따라 보조금관리정보를 이용하는 경우 별지 제10호 서식에 의한 신청을 생략할 수 있다.④ 보조금시스템을 통해 운영ㆍ관리하는 보조금관리정보 중 중앙관서가 다른 법령에 따라 관리권한을 갖는 정보의 제공 또는 공개는 각 중앙관서의 장이 제2항 각 호의 사항을 고려하여 행한다.

제34조(보조금에 대한 반환이자 산정) ① 중앙관서의 장은 「보조금법」 제31조에 따라 보조사업자로부터 보조금을 반환받을 때 보조금으로 인해 발생한 이자를 반환받아야 한다.② 제1항의 이자는 보조금의 교부시점으로부터 반환할 때까지 실제 발생한 이자를 포함하되 해당 기간동안 실제 발생한 이자의 산정이 곤란한 경우에는 제3항 및 제4항에 따라 발생이자를 계산한다.③ 보조사업자가 지방자치단체를 제외한 민간보조사업자인 경우에는 제20조의 보조금 관리 계좌의 약정이율을 적용하되, 무이자 약정 또는 별도의 약정이 없는 등 발생이자 산정이 곤란한 때에는 「민법」 제379조의 법정이율인 연 5%를 적용하여 산정한다.④ 보조사업자가 지방자치단체인 경우로서 발생이자 산정이 곤란한 때에는 자치단체가 금융기관과 약정한 보통예금 금리로 산정한다. 다만, 반납대상에서 제외하는 이자는 「보조금법」 제31조제2항과 「보조금법 시행령」 제13조에 따른다.⑤ 보조금 최종 정산반환이 완료된 이후 「보조금법」 제30조에 따른 교부결정 취소가 있는 경우 정산일로부터 보조금 반환기한까지의 기간은 발생이자 산정에서 제외한다. 다만, 이에 대해 중앙관서의 장과 보조사업자 간 별도의 협약이 있는 경우 그 협약에 따라 발생이자를 산정할 수 있다.⑥ 제1항 내지 제5항에 관한 규정은 간접보조사업자에게도 준용한다.

제41조(제재부가금 부과 등 결정절차) ① 중앙관서의 장은 「보조금법」 제33조의2와 「보조금법 시행령」 제14조의2 및 별표 8에 따라 다음 각 호에 해당하는 경우에는 해당 보조사업자 등에게 제재부가금을 부과ㆍ징수하여야 한다.1. 「보조금법」 제30조에 따라 교부결정을 취소하고 「보조금법」 제31조제1항에 따라 보조금의 반환을 명한 경우2. 「보조금법」 제33조에 따라 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보조금수령자에게 보조금 또는 간접보조금의 반환을 명한 경우② 제1항제2호에 해당하는 경우에 보조사업자 또는 간접보조사업자는 「보조금법」 제33조제2항과 「보조금법 시행령」 제14조에 따라 보조금 또는 간접보조금의 반환명령에 대한 사항을 중앙관서의 장에게 통보하여야 한다.③ 중앙관서의 장은 제1항에 따라 반환을 명한 경우 보조사업자 등에게 위반행위의 종류와 예상 제재부가금 등 관련사항을 통지하고 통지를 받은 날로부터 15일 이내에 자료제출 등 소명기회를 주어야 한다.④ 중앙관서의 장은 재판결과의 확인 그 밖에 제재부가금의 부과 여부나 금액을 결정하기 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 절차를 일시 정지할 수 있으며 그 절차의 정지 또는 재개 사실을 보조사업자 또는 간접보조사업자에게 통지하여야 한다.⑤ 중앙관서의 장은 제재부가금 부과 여부 및 금액을 결정한 경우 「보조금법 시행령」 제14조의2제5항에 따라 위반행위의 종류와 제재부가금, 납부방법 등을 서면으로 알려야 하며 「국고금관리법 시행규칙」 별지 제5호 서식의 납입고지서를 발부하여야 한다.⑥ 제5항에 따라 통보를 받은 자는 「보조금법」 제37조에 따라 이의를 제기할 수 있다.

제42조(과오납의 환급) 중앙관서의 장은 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금 부과 등과 관련하여 과오납이 있는 경우에 이를 환급하되, 환급 가산금의 이자율은 「국세기본법 시행규칙」 제19조의3에 따른 이자율을 적용한다.

제43조(보조사업 수행배제 등 결정 절차) ① 중앙관서의 장은 보조사업자, 간접보조사업자 또는 보조금수령자가 「보조금법」 제31조의2제1항 및 제2항에서 정한 요건에 해당하는 경우에는 보조사업자 등의 수행배제 또는 보조금 등의 교부제한과 지급제한 결정 절차를 개시한다.② 중앙관서의 장은 보조사업자 또는 간접보조사업자에 제1항의 사실을 통지하고 통지한 날로부터 15일 이내에 보조사업 수행배제에 관한 자료제출 등 소명기회를 주어야 한다.③ 중앙관서의 장은 재판결과의 확인 그 밖에 보조사업 수행제한 또는 보조금수령자 수급제한을 결정하기 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 절차를 일시 정지할 수 있으며, 그 절차의 정지 또는 재개 사실을 보조사업자 등에게 통지하여야 한다.④ 중앙관서의 장은 제1항의 사항을 보조사업자 등에게 통보하여야 한다.⑤ 제4항에 따라 통보를 받은 당사자는 「보조금법」 제37조에 따라 이의를 제기할 수 있다.⑥ 중앙관서의 장은 제1항에 따라 보조사업자 등의 수행배제 또는 보조금 등의 교부제한과 지급제한 결정 절차를 개시하거나 타 기관에서 통보되어 부정수급으로 인지된 사항을 보조금시스템에 입력하여 관리하여야 한다.

제44조(부정수급심의위원회) ① 중앙관서의 장은 보조금 부정수급 대응 및 방지를 위하여 부정수급심의위원회를 구성ㆍ운영할 수 있다.② 부정수급심의위원회는 다음 각 호의 사항을 심의할 수 있다.1. 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금의 부과ㆍ징수와 관련한 사항으로서 제재부가금 산정, 가중 및 감경에 관한 사항, 제재부가금 대상자 및 기관이 제출한 소명자료 검토에 관한 사항, 그 밖에 제재부가금 부과를 위하여 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항2. 「보조금법」 제31조2에 따른 보조사업 수행배제 등과 관련된 사항으로 보조사업자 등이 제출한 소명자료 검토에 관한 사항, 그 밖에 보조사업 수행배제 등을 위하여 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항3. 「보조금법」 제39조의2와 「보조금법 시행령」 제18조에 따른 신고포상금 지급에 관한 사항으로 신고 포상금 지급요건 충족 여부, 포상금액 및 그 밖에 신고 포상금 지급을 위하여 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항4. 「보조금법」 제30조제1항 및 제2항, 제33조제1항 각 호의 해당여부가 불명확한 경우 등 부정수급 여부 판단에 있어 부정수급심의위원회의 심의가 필요하다고 인정한 사항③ 부정수급심의위원장은 해당 중앙관서에서 보조사업을 담당하는 고위공무원 중 중앙관서의 장이 임명하는 자로 하며 관련 분야의 민간전문가를 위원으로 위촉할 수 있다. 이 경우 제재부가금 및 보조사업 수행배제 대상과 이해관계가 있는 자는 부정수급심의위원회에 포함하여서는 아니된다.④ 부정수급심의위원회는 제2항에 따른 심의안건 관련 담당공무원, 대상자 및 참고인의 출석을 요청하여 의견을 들을 수 있고 의뢰기관에 대하여 필요한 자료 등을 요청할 수 있다.⑤ 부정수급심의위원회의 회의는 재적위원 과반수의 출석으로 개의하고, 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다.⑥ 제1항 내지 제5항 외에 구체적인 사항은 중앙관서의 장이 정한다.

제45조(부정수급 점검 등) ① 각 중앙관서의 장은 다음 각 호의 사항을 점검하고 매년 상반기의 점검 결과는 당해연도 9월 30일까지, 하반기의 점검 결과는 다음연도 3월 31일까지 보조금시스템에 입력하여야 한다. 다만, 제3호의 경우 당해연도의 점검 결과를 다음연도 3월 31일까지 입력하여야 하며, 다음 각 호의 사항이 지방자치단체에 대한 보조사업에 해당하는 경우 각 중앙관서의 장은 행정안전부장관에게도 관련 내용을 제출하여야 한다.1. 「보조금법」 제31조제1항 또는 제33조에 따른 보조금 반환 건수 및 반환 금액2. 「보조금법」 제39조의2에 따른 신고포상금 지급 건수 및 지급 금액3. 「보조금법」 제36조의2에 따른 명단공표 대상자 수 및 명단4. 「보조금법」 제33조의2에 따른 제재부가금 및 가산금 징수 건수 및 금액5. 「보조금법」 제31조의2에 따른 보조사업 수행 배제 건수 및 대상자 명단6. 「보조금법」 제31조제2항에 따른 보조금 반환금액이 기한 내 반환되지 않은 경우 해당 건수 및 금액7. 기타 보조금관리위원회 위원장이 보조사업 관련 정책수립 및 부정수급 대응 등을 위해 필요하다고 인정하여 요청한 사항② 각 중앙관서의 장은 제1항 사항을 보조금관리위원회에 제출하여야 한다.

제45조의2(부정수급 모니터링) ① 기획예산처장관은 보조금시스템을 통해 보조금 부정수급 모니터링을 실시하여 부정수급이 의심되는 보조사업은 해당 중앙관서의 장에게 통보할 수 있다.② 제1항에 따라 부정수급이 의심되는 보조사업을 통보받은 중앙관서의 장은 자체 점검계획을 수립하고 그 내용을 보조금시스템에 등록한 후 점검하여야 하며, 필요한 경우 현장조사를 실시할 수 있다. 또한 기획예산처장관은 보조금시스템 모니터링 결과에 대한 점검 및 현장조사를 할 수 있다.③ 중앙관서의 장은 제2항의 점검 결과에 따라 부정수급심의위원회 개최, 보조금 교부결정 취소, 보조금 반환, 제재부가금 부과, 보조사업 수행 배제 등 필요한 조치를 하여야 한다.④ 중앙관서의 장은 제1항에 따라 부정수급이 의심되는 보조사업을 통보받은 날로부터 45일 이내 점검을 완료하여야 한다.⑤ 중앙관서의 장은 제2항 및 제4항에 따른 점검 및 조치를 실시한 즉시, 그 내용을 보조금시스템에 등록하여 관리하여야 한다.⑥ 기획예산처장관은 제2항에 따른 기획예산처장관의 점검 및 현장조사 결과와 제5항에 따른 중앙관서의 장의 등록 결과가 다른 경우 중앙관서의 장에게 재검토를 요청할 수 있으며, 중앙관서의 장은 해당사업에 대한 재검토 결과를 부정수급심의위원회에 상정하여 심의하고, 그 결과를 보조금시스템에 등록하여야 한다.⑦ 제5항에 따라 등록한 모니터링 점검 결과를 변경하고자 하는 경우에는 부정수급심의위원회의 심의결과, 감사 및 수사결과, 소송결과를 보조금시스템에 반드시 첨부하여야 한다.

제46조(중요재산의 보고 및 공시) ① 보조사업자 등의 중요재산 보고는 「보조금법」 제35조제1항과 「보조금법 시행령」 제15조제1항 및 제2항에 따르며 별지 제5호 서식 ‘중요재산 현황’을 작성하여 중요재산 취득 후 15일 이내에 해당 중앙관서의 장 또는 지방자치단체의 장에게 보고하고 이후 중요재산 처분제한기간 이전까지 매년 6월과 12월에 변동현황을 보고하여야 한다. 다만, 변동 사항이 없거나 미미한 경우에는 보고를 생략할 수 있다.② 「보조금법」 제35조의 현재액은 시장에서 형성된 가격이며 시장가격이 없는 경우에는 감정평가사 등 자산평가업무에 전문성 있는 평가인의 평가에 의한 가격으로 한다. 단, 중앙관서의 장은 「보조금법 시행령」 제15조제5항에 따른 금액을 산정할 때 복수의 감정평가사 등으로 하여금 현재가치를 평가하게 할 수 있다.③ 중앙관서의 장 또는 지방자치단체의 장은 「보조금법 시행령」 제15조제2항 및 제3항에 따라 보조사업자 또는 간접보조사업자가 보고한 중요재산 취득현황과 변동현황을 확인ㆍ점검 후 보조금시스템에 공시해야 한다. 이때, 취득현황은 보고를 받은 날부터 1개월 이내에 공시하고, 변동현황은 매년 6월말과 12월말까지 공시해야 한다. 이 경우 공시 기간은 최초 공시일로부터 다음 각 호의 기간으로 한다.1. 부동산과 그 종물의 경우 10년2. 선박, 부표, 부잔교, 부선거와 그 종물의 경우 10년3. 항공기의 경우 10년4. 그 밖의 기계, 장비, 물품 등 중요재산의 경우 5년④ 보조사업자 또는 간접보조사업자는 「보조금법 시행령」 제15조제1항에 따른 중요재산을 제1항에 따라 관리하되 취득가액이 50만원 이하는 그러하지 아니하다. 다만, 중앙관서의 장이 보조금 교부 목적을 달성하기 위해 인정한 50만원 이하 내구성재산은 포함하여야 한다.⑤ 중앙관서의 장 또는 지방자치단체의 장은 보조사업자 및 간접보조사업자로 하여금 중요재산 취득가액 및 시기, 사용 장소, 재정 지원 내용 등의 재산정보를 표기한 안내문 등을 부착하여 관리하게 할 수 있다.

제47조(재산처분의 제한) ① 보조사업자 등의 중요재산 처분제한과 반환은 「보조금법」 제35조와 「보조금법 시행령」 제15조에 따른다② 중앙관서의 장의 승인 없이 재산양도 등을 할 수 있는 경우는 「보조금법 시행령」 제16조에 따르며 「보조금법 시행령」 제16조제2호의 중앙관서의 장이 교부조건 등을 통해 정하는 기간이 없는 경우 해당 재산의 통상적인 내용연수까지 재산처분을 제한한 것으로 본다.

제48조(중요재산의 부기등기) ① 보조사업자 등의 중요재산의 부기등기는 「보조금법」 제35조의2에 따른다.② 보조사업자 등이 제1항에 따라 부기등기를 할 때에는 별지 제6호 서식 "보조금이 지원된 부동산 증명서"를 관할 등기소에 제출하여야 한다.③ 보조사업자 등이「보조금법」 제35조의2제4항에 따라 부기등기를 말소하고자 할 때에는 별지 제7호 서식 ‘부기등기 말소대상 부동산 증명서’를 관할 등기소에 제출하여야 한다.

제49조(신고 포상금 지급절차) ① 「보조금법」 제39조의2와 「보조금법 시행령」 제18조에 따라 포상금을 지급하는 경우에는 중앙관서의 장은 신고 또는 고발한 자에게 별지 제8호 서식의 신청서 제출을 요청하게 할 수 있다.② 「보조금법 시행령」 제18조제2항에 따라 포상금 지급기한은 통보한 날부터 60일 이내로 하되 행정심판, 소송 등이 진행되는 기간은 포함하지 아니한다.③ 중앙관서의 장은「보조금법」 제39조의2에 따라 지급된 포상금이 신고 또는 고발한 자가 허위, 그 밖의 부정한 방법으로 포상금을 지급받은 경우, 그 밖에 착오 등의 사유로 포상금이 잘못 지급된 경우(다른 법령 등에 따라 동일한 사항에 대해 중복하여 지급한 경우를 포함한다.)는 포상금의 전부 또는 일부를 환수하여야 한다.④ 포상금 지급에 관여한 심의위원 또는 공무원은 신고 또는 고발한 자의 신원 또는 신고내용 등에 관하여 비밀을 유지하여야 한다.⑤ 중앙관서의 장은 신고포상금 지급과 관련하여 신고자의 신분, 신고내용 등이 외부에 공개된 경우에는 관련 사실을 조사하여 필요한 조치를 할 수 있다.⑥ 각 중앙관서는 포상금 지급기준에 부합하는 대상자를 분기별로 심의한다.

제50조(재검토기한) 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」(대통령 훈령 제394호)에 따라 이 지침에 대하여 2020년 7월 1일을 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.