과학기술정보통신부 소관 과학기술분야 연구개발사업 처리규정 (훈령, 과학기술정보통신부)
공포일: 20230824 / 시행일: 20230824

제1조(목적) 이 규정은 「국가연구개발혁신법」, 같은 법 시행령 및 같은 법 시행규칙에 따라 과학기술정보통신부 소관 과학기술분야 국가연구개발사업의 효율적 관리를 위하여 필요한 세부사항을 정함을 목적으로 한다.

제2조(정의) ① 이 규정에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "연구개발사업"이란 「국가연구개발혁신법」제2조제1호에 따른 국가연구개발사업으로 과학기술정보통신부장관이 추진하는 사업을 말한다.2. "연구개발기관"이란 「국가연구개발혁신법」제2조제3호에 따른 기관ㆍ단체를 말한다.3. "전문기관"이란 과학기술정보통신부의 연구개발사업의 추진을 위하여 「국가연구개발혁신법」제22조에 따라 지정된 기관을 말한다.4. "연구장비"라 함은 연구개발을 위한 유형의 자산으로서 분석, 시험, 계측, 기계가공, 제조, 전처리, 영상, 교정, 데이터 처리, 임상의료 등의 용도로 사용되는 기계장치를 말한다.② 제1항에서 규정한 것 외에 이 규정에서 사용하는 용어는 「국가연구개발혁신법」(이하 "법"이라 한다), 「국가연구개발혁신법 시행령」(이하 "영"이라 한다), 「국가연구개발혁신법 시행규칙」(이하 "규칙"이라 한다)에서 정하는 바에 따른다.

제3조(적용범위) ① 이 규정은 다음 각 호의 과학기술정보통신부 소관 과학기술분야 연구개발사업에 적용된다.1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제6조에 따른 기초연구사업 및 동 법 제14조에 따른 특정연구개발사업2. 「우주개발진흥법」 제6조의2에 따른 우주개발사업3. 「핵융합에너지개발진흥법」 제8조에 따른 핵융합에너지 연구개발사업4. 「원자력진흥법」 제12조에 따른 원자력연구개발사업5. 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」 제7조에 따라 추진하는 방사선 기술개발을 위한 사업6. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제12조에 따른 특구육성사업7. 「과학기술기본법」 제17조에 따른 협동ㆍ융합연구개발사업 및 동법 제18조에 따라 이루어지는 과학기술 국제화를 위한 사업8. 「과학기술기본법」 제31조에 따라 연구성과실용화 지원 시책을 위해 추진하는 사업9. 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조에 따라 연구개발서비스업 지원을 위해 추진하는 사업10. 그 밖에 장관이 필요하다고 인정하는 사업 및 분야② 연구개발사업에 관하여 이 규정에서 정하지 않는 사항은 법, 영, 규칙이 정하는 바에 따른다.

제4조(종합심의위원회) ① 연구개발사업에 관한 다음 각 호의 사항을 심의ㆍ조정하기 위하여 과학기술정보통신부장관(이하 "장관"이라 한다) 소속으로 연구개발사업 종합심의위원회(이하 "종합심의위원회"라 한다)를 둔다.1. 중ㆍ장기 계획수립 및 연도별 종합시행계획 수립에 관한 사항2. 중점 기술개발분야의 설정에 관한 사항3. 중요 연구개발 과제의 선정 및 추진에 관한 사항4. 기타 연구개발사업의 추진에 관한 중요사항③ 종합심의위원회는 공동위원장 2인을 포함한 20인 이내의 위원으로 구성한다.④ 종합심의위원회의 위원장은 과학기술정보통신부 제1차관과 제5항의 위원 중에서 과학기술정보통신부장관이 임명 또는 위촉하는 자로 한다.⑤ 위원은 제5조의 추진위원회 위원장과 산업계ㆍ학계ㆍ연구계의 과학기술 및 인문사회분야 전문가, 경제ㆍ산업전문가 중에서 장관이 임명 또는 위촉하는 자로 한다.⑥ 위원의 임기는 2년으로 하되 연임할 수 있다.⑦ 종합심의위원회의 위원장은 종합심의위원회를 대표하고, 그 사무를 총괄하며 회의를 소집한다.⑧ 종합심의위원회의 회의는 재적위원 과반수 출석으로 개의하고 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다.⑨ 종합심의위원회는 회의록을 작성하여 비치하여야 한다.⑩ 종합심의위원회에 간사 1인을 두되, 간사는 과학기술정보통신부 연구개발정책과장이 된다.

제5조(추진위원회) ① 연구개발사업별 또는 개별연구과제별로 연구 전반에 걸친 주요사항을 심의ㆍ조정하기 위하여 사업별 추진위원회를 둘 수 있다.② 각 추진위원회는 위원장 1인을 포함하여 20인 이내의 위원으로 구성한다.③ 각 추진위원회의 위원장 및 위원은 관계 중앙행정기관의 소속 공무원과 산업계ㆍ학계ㆍ연구계의 해당분야 전문가 중에서 장관이 임명 또는 위촉하는 자로 한다.④ 각 추진위원회에는 간사를 두되, 간사 1인은 제8조에 따른 연구개발사업별 과제조정관이 된다.⑤ 추진위원회의 회의는 해당사업별 간사가 위원장과 협의하여 장관 또는 전문기관의 장이 소집한다.⑥ 추진위원회 회의는 재적위원 과반수의 출석으로 개의하고 추진위원회 심의의견은 출석위원 과반수의 찬성으로 정한다.⑦ 평가에 관하여 추진위원회의 심의를 받은 경우 법 제14조제4항에 따른 심의위원회의 심의를 거친 것으로 본다.⑧ 추진위원회 구성 및 운영에 대한 사항은 장관이 따로 정할 수 있다.

제6조(정부합동추진위원회) ① 인공위성 수요부처에서 참여하거나 요청이 있는 우주개발사업에 대하여 그 성과를 국가 차원에서 효율적으로 운영하고 활용하기 위하여 위성개발 주관부처 및 수요부처 간 별도의 위원회(이하 "정부합동추진위원회"라 한다)를 구성하여 운영할 수 있다.② 정부합동추진위원회는 해당 과제의 수행 및 활용과 관련한 주요 사항을 심의ㆍ조정하고 사업 추진과 관련된 사항은 해당 사업의 추진위원회에 상정한다.③ 정부합동추진위원회의 구성 및 운영에 관하여 필요한 사항은 주관부처 및 수요부처 간 협의 하에 별도로 정한다.

제7조(의견청취 및 위원의 제척ㆍ 회피 등) ① 종합심의위원회 및 추진위원회는 필요한 경우 연구개발과제를 신청하거나 수행중인 관계자 또는 연구개발과제에 관한 전문지식을 가진 관계전문가를 위원회에 출석시켜 설명하게 하거나 의견을 들을 수 있다.② 종합심의위원회 및 추진위원회의 위원 중 안건 심의의 공정성을 크게 저해할 우려가 있는 자는 그 과제의 심의 및 평가에 참여하지 못한다.③ 종합심의위원회 및 추진위원회의 위원과 회의에 출석한 전문가에게 예산의 범위 안에서 수당, 여비 등 필요한 경비를 지급할 수 있다. 다만, 공무원인 위원이 그 소관업무와 직접적으로 관련하여 위원회에 출석하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제8조(과제조정관) ① 연구개발사업의 효율적인 추진을 위하여 과제조정관을 둔다.② 과제조정관은 해당분야의 업무를 담당하는 과장(팀장을 포함한다. 이하 같다) 또는 담당관이 된다.③ 과제조정관은 다음 각 호의 사항을 관장한다.1. 유사ㆍ중복과제의 통합, 연구과제의 조직화 등 과제의 조정ㆍ선정 발의2. 해당 연구개발기관 또는 전문기관에 선정연구과제 통보3. 연구개발계획서 또는 연구개발제안서의 검토 및 조정4. 연구개발비 지급방법 및 교부 발의5. 연구개발수행의 관리 및 감독6. 연구개발과제의 평가 및 평가결과에 따른 후속조치에 관하여 필요한 사항7. 국가의 보안유지가 필요한 과제의 심의ㆍ평가8. 연구개발 성과의 활용에 관한 사항9. 추진위원회의 운영10. 기타 연구개발수행에 관하여 필요한 사항

제9조(전문기관) ① 장관은 연구개발사업의 효율적 연구기획ㆍ관리ㆍ평가를 위하여 「한국연구재단법」에 따라 설립된 한국연구재단, 연구개발특구의 육성에 관한 특별법」에 따라 설립된 연구개발특구진흥재단, 「민법」 제32조에 따라 설립된 과학기술사업화진흥원, 한국산업기술진흥협회, 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」에 따라 설립된 한국방사선진흥협회 등을 전문기관으로 지정하고, 다음 각 호의 업무를 대행하도록 한다. 다만, 장관은 연구개발 성과보급ㆍ사업화의 운영ㆍ관리 등의 업무를 효율적으로 추진하기 위해 「민법」 제32조에 따라 설립된 과학기술사업화진흥원에 관련 업무를 위탁할 수 있다.1. 연구개발사업계획의 수립과 관련된 기술동향 등의 조사ㆍ분석, 기술기획 및 미래기술수요의 예측 등 연구개발사업의 기획 및 정책개발 지원에 관한 사항2. 연도별 연구개발과제의 선정과 관련된 연구개발과제의 검토, 운영관리 및 기술적 지원3. 연구개발과제 및 연구성과의 평가, 후속연구 지원 등 연구성과 활용ㆍ확산에 필요한 추가지원 및 관리4. 정부 등의 위탁사업 및 출연금의 관리5. 연구개발사업비 지급 및 관리에 관한 사항6. 법 제33조에 따른 제재처분 평가단 구성 및 운영7. 법 제33조제7항에 따른 참여제한자의 정보 관리8. 기술료의 징수 및 관리9. 연구시설ㆍ장비 등록 및 관리에 관한 관리ㆍ감독10. 그 밖에 연구개발사업의 수행에 관하여 장관이 필요하다고 인정하는 사항② 제1항에 따른 전문기관의 전문성과 공정성을 제고하기 위하여 장관은 전문기관의 업무수행 과정 전반에 대하여 평가하고 그 결과를 추후 예산편성 등에 활용할 수 있다. 평가단의 구성ㆍ운영 및 평가결과의 활용 등과 관련하여 필요한 사항은 장관이 따로 정한다.③ 제1항에 따른 전문기관이 대행 업무를 수행하는 과정에서 다음 각 호의 상황이 발생한 경우에는 이를 인지한 즉시 장관에게 보고하여야 하며, 구체적인 내용은 보고일로부터 5일 이내에 추가로 제출하여야 한다.1. 연구개발 관련 정보자료의 무단 유출, 연구개발정보시스템 해킹 등 보안사고2. 연구개발비 횡령 등 전문기관이 대행하는 연구개발사업 연구개발비 무단 유출3. 그밖에 전문기관의 공정하고 효율적인 대행업무를 위하여 장관이 필요하다고 인정하는 사항④ 제3항에 따른 보고에 따라 장관은 사고의 경위를 조사하고 대책을 마련하여야 하며, 이 경우 전문기관, 관련자 등은 성실히 조사에 협조하여야 한다.

제10조(연구개발사업단) ① 장관은 연구개발사업의 산ㆍ학ㆍ연 협동연구 및 학제 간 융합연구를 촉진하고 연구관리의 효율화를 위하여 연구개발사업단을 설치ㆍ운영할 수 있으며, 연구개발사업단으로 하여금 장관이 별도로 정하는 바에 따라 전문기관의 일부 역할을 수행하게 할 수 있다.② 연구개발사업단장은 장관이 정하는 바에 따라 다음 각 호의 업무를 수행한다.1. 장관 또는 전문기관의 장, 주관연구개발기관의 장과의 협약체결2. 소관연구개발과제의 총괄적 관리3. 연도별 자체평가 계획수립 및 평가결과 보고4. 기타 장관 또는 전문기관의 장이 대행하도록 정한 사항③ 연구개발사업단이 주관연구개발기관으로서 수행하는 연구개발과제의 수행과정에서 얻어지는 유형적 성과 및 무형적 성과는 연구개발사업단의 소유로 한다.④ 장관은 연구개발사업단의 성과분석, 기술이전 및 사업화 촉진 등을 위해 별도의 지원조직을 설치ㆍ운영할 수 있다.⑤ 연구개발사업단 및 지원조직의 효율적인 운영 및 관리를 위해 필요한 사항은 장관이 따로 정한다.

제11조(사전기획) ① 장관은 제2항에 따른 사전 기획을 위하여 정기적으로 연구개발에 대한 수요를 조사하고, 그 결과를 연구개발사업의 추진에 반영하여 연구개발과제를 발굴하여야 한다. 다만, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 기초연구사업, 기술비지정 연구개발사업 등 연구자가 직접 연구과제를 제안하는 형태의 사업분야는 수요조사를 실시하지 아니할 수 있다.② 장관은 법 제9조제3항 및 영 제8조에 따라 사전 기획을 통하여 연구개발사업을 발굴할 수 있으며, 이 경우 다음 각 호의 사항을 포함하여야 한다.1. 연구개발사업의 목표, 세부추진내용 및 추진체계2. 연구개발사업의 평가계획3. 필요한 자원의 규모 및 인력 확보방안4. 정부지원의 타당성 검토 결과5. 연구개발성과의 활용방안 및 기대효과6. 국내외 특허 및 기술 동향, 표준화동향 및 표준특허동향(표준화동향 및 표준특허동향은 연구개발성과와 표준화 및 표준특허를 연계할 필요가 있는 경우에만 해당한다.)③ 장관은 연구개발사업 기획 시 연구개발의 효과성을 높이고 인력양성과의 연계를 강화하기 위하여 연구개발사업과 인력양성사업을 공동으로 기획할 수 있다.④ 장관은 연구개발사업을 추진하는 경우 대학, 정부출연연구기관ㆍ특정연구기관 및 산업체 간에 협력하여 연구를 추진할 필요가 있다고 인정되면 공동 기획ㆍ연구ㆍ사업화, 기술이전ㆍ자문 및 보유자원 공동활용 등의 방법으로 산학연협력을 할 수 있도록 장려하여야 한다.

제12조(연구개발정책연구심의회) ① 장관은 연구개발사업 관련 기획사업에 대한 심의 등을 위하여 연구개발정책연구심의회(이하 "연구심의회"라 한다)를 둘 수 있다.② 연구심의회 위원장은 해당 사업의 담당 국장(급) 공무원이 되고, 위원은 과학기술정보통신부의 관련 과장, 법 제22조제1항에 따라 지정된 전문기관 관계자 등 10인 내외로 구성하여 운영한다.③ 연구심의회의 구성 및 운영에 관한 세부사항은 장관이 별도로 정할 수 있다.

제13조(추진계획의 수립 및 예고) ① 장관은 법 제9조제1항에 따라 제4조에 따른 종합심의위원회의 심의를 거쳐 매년 연구개발사업의 연도별 종합시행계획을 수립하여야 한다.② 장관은 영 제6조에서 정하는 바에 따라 연구개발과제의 목적, 연구개발비, 공모 일정 및 지원내용ㆍ기간을 예고하여야 한다.

제14조(연구개발과제의 선정) ① 장관은 법 제10조제2항에 따라 연구개발과제를 선정하기 위한 선정평가시 연구개발사업의 특성상 필요한 경우에는 해외전문가 또는 국민의 평가점수나 의견을 반영할 수 있다. 이 경우 구체적인 평가 참여 방법 등에 관하여 필요한 사항은 장관이 따로 정한다.② 장관은 영 제12조제3항에 따른 항목을 종합적으로 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 차별성을 인정할 수 있다.1. 경쟁이나 상호보완이 필요한 경우2. 연구목표, 연구수행방식이나 연구단계 등이 다른 경우③ 장관은 영 제12조제4항에 따라 별표 1에서 정하는 바에 따라 연구개발과제 선정평가기준을 공고하고, 연구개발기관 또는 연구책임자를 우대하거나 불리하게 대우할 수 있다. 다만, 연구개발사업의 성격, 규모 등을 고려하여 세부 기준을 달리할 수 있다.

제15조(협약의 체결) ① 장관 또는 전문기관의 장은 협약을 서면 또는 전자문서(「전자서명법」 제2조제3호에 따른 공인전자서명이 있는 것만 해당한다)의 형태로 체결할 수 있다.② 연구개발기관이「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2제1항에 따른 기업부설연구소로서 대표권이 없는 경우 연구개발과제는 연구개발기관의 책임 하에 수행하되 협약은 그 기관이 속한 법인의 대표자와 체결할 수 있으며, 그 대표자는 해당 연구개발과제에 대한 권리와 의무를 갖는다.③ 삭제④ 삭제⑤ 삭제⑥ 원자력연구개발사업의 경우 연구개발계획서 제출시 "핵연료주기관련연구과제(원자력안전위원회의 국제규제물자 등의 보고에 관한 규정)"인 경우 핵물질사용계획서(별지 제1호 서식)를 제출하여야 한다.⑦ 삭제⑧ 장관은 2025년 12월 31일 이전까지 공고하는 국가연구개발과제의 수행기관이 기업인 경우 총수행기간의 정부출연금 총액을 기준으로 매 5억원 당 1명 이상의 만 18세 이상 34세 이하의 참여연구자(이하 "청년인력"이라 한다)를 신규채용하고 1년 이상 고용상태를 유지하도록 할 수 있다. 이 경우 장관은 세부적인 사항을 정하여 해당 과제 공고시 명시하여야 한다.⑨ 제8항에 따라 청년인력을 신규채용 하여야하는 기업은 협약시 신규채용계획을 제출하고, 1차 회계년도 이내에 이를 입증할 수 있는 자료를 제출하여야 한다.⑩ 참여연구자 중에 학생연구자가 있는 경우 협약체결시 기술료의 사용에 관한 사항에는 학생연구자에 대한 보상금(법 제18조제5항에 따라 지급하는 보상금을 말한다) 지급 기준이 포함되어야 한다.

제16조(협약의 변경) ① 협약 당사자는 법 제11조제2항에 따른 중요한 사항에 대한 협약 변경 시 상호 협의를 하여야 하며, 법 제11조제3항에 따른 경미한 사항에 대해서는 협약 당사자 간 통보로 협약의 내용을 변경할 수 있다.② 전문기관의 장은 제1항에 따라 중요한 사항에 대한 협약을 변경한 경우 그 결과를 장관에게 보고하여야 한다.③ 제1항에 따른 협약변경요청 중 주관연구개발기관 변경으로 인한 협약변경요청의 경우 당해 연구개발비로 구입한 연구장비의 소유권은 변경 전 주관연구개발기관에 귀속되는 것을 원칙으로 한다. 다만, 연구개발사업의 안정적 수행을 위해 연구장비의 공동활용 또는 이전이 필요한 경우 연구책임자는 변경 전ㆍ후 주관연구개발기관의 장과 협의하여 그 결과를 전문기관의 장에게 통보하여야 한다.④ 삭제

제17조(연구개발과제의 수행전념) 주관연구개발기관의 장은 연구개발과제를 수행 중인 연구책임자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 장관 또는 전문기관의 장의 승인을 받아야한다.1. 연구책임자가 외국에 6개월 이상 계속하여 체류하려는 경우2. 연구개발기관의 장이 연구책임자를 국내외 기관에 6개월 이상 계속하여 파견(교육훈련, 출장, 연수 등을 포함한다)하려는 경우3. 제1호 및 제2호에서 규정한 사안 외에 연구책임자가 6개월 이상 계속하여 해당 연구개발과제를 수행하기 어려운 사유가 발생한 경우4. 제1호부터 제3호까지의 사유가 발생하여 연구책임자를 변경하려는 경우

제18조(연구개발비의 산정등에 관한 특례) ① 장관은 과제의 특성에 따라 필요시 과기혁신본부와 사전협의를 거쳐 국가연구개발혁신법 시행령 별표1에 따른 정부의 연구개발비 지원비율, 기업의 현금부담비율을 조정할 수 있고, 대상기관에 대한 간접비를 조정할 수 있다. 이 경우 장관 또는 전문기관의 장은 개별과제의 공모 시 과제 제안요구서(RFP)에 정부의 연구개발비 지원비율, 기업의 현금 부담비율 및 대상기관에 대한 간접비 비율을 사전에 제시하여야 한다.② 제10조에 따른 연구개발사업단 및 지원조직이 연구성과 권리강화 및 기술이전 사업화를 위해 사용하고자 하는 경비는 사업단 기획ㆍ관리 과제의 직접비에 계상할 수 있다.③ 영 제19조제2항에 따라 「우주개발진흥법」 제6조의2에 따른 우주개발사업의 연구개발성과를 국가의 소유로 할 경우에는 연구개발비 전액을 출연할 수 있다.④ 장관은 특수한 응용 또는 사업을 직접적 목표로 하지 아니하고 현상 및 관찰 가능한 사실에 대한 새로운 지식을 얻기 위하여 수행하는 이론적 또는 실험적 연구단계(이하 "기초연구단계"라 한다)의 연구개발과제의 경우 영 제19조제3항 별표 1의 기준에도 불구하고 과기혁신본부와 사전협의를 거쳐 더 높은 연구개발비를 출연할 수 있다.⑤ 「우주개발진흥법」제6조의2에 따른 우주개발사업의 연구개발성과를 국가의 소유로 할 경우 동 연구개발과제를 수행하는 기업에 소속된 연구자로서 해당 연구개발과제에 직접 참여하는 연구자의 인건비는 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준 제65조제4항제00호 에 따라 인건비 전액을 해당 연구개발과제에 현금으로 계상하여 사용하게 할 수 있다.⑥ 집단연구지원사업의 경우 간접비 총액의 50 퍼센트 이상을 연구책임자의 발의에 따라 집행하여야 한다.⑦ 전문기관의 장은 집행잔액을 관리하기 위한 종합관리계좌를 별도로 설치하여야 하며, 적립된 집행잔액은 다른 용도의 자금과 분리하고 별도의 장부를 작성ㆍ비치하여 관리ㆍ운용하여야 한다. 전문기관의 장은 종합관리계좌에 수입 또는 인출이 발생한 경우 기관 회계 규정에 따라 관리하여야 하며, 수입 및 인출현황을 종합하여 익월 말일까지 연구개발과제별 집행잔액 입금 및 출금현황 보고서를 작성하여 장관에게 보고하여야 한다.⑧ 그밖에 연구개발비의 산정, 지급, 관리, 사용, 변경, 사용내역 관리, 사용실적 보고, 정산, 사용잔액의 회수, 이자관리 등에 관하여는 「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」이 정하는 바에 따른다. <종전의 제7항에서 이동>

제19조(연구개발목표의 조기달성) ① 주관연구개발기관의 장은 연구종료일 전이라도 연구개발계획서에서 제시한 연구개발목표가 모두 달성된 과제에 대하여 장관 또는 전문기관의 장에게 연구개발성과를 보고하고 법 제15조에 따른 특별평가를 신청할 수 있다.② 제1항에 따른 신청을 받은 장관 또는 전문기관의 장은 그 타당성을 검토하여 해당 과제에 대한 특별평가 및 최종평가를 실시할 수 있다.③ 장관 또는 전문기관의 장은 제2항에 따른 평가 결과 우수한 것으로서 제20조제3항제1호 및 제2호 모두에 해당하는 연구개발과제에 대하여 연구개발목표를 조기달성한 과제로 인정할 수 있다.④ 제3항에 따라 연구개발목표의 조기달성 인정을 받은 연구개발과제에 대해서는 해당 연구개발과제와 관련된 후속연구 등 연구목표 변경을 위해 제16조에 따라 협약을 변경한다.⑤ 제2항에 따른 특별평가 및 최종평가의 방법 및 절차 등에 관하여는 영 제16조 및 제27조를 준용한다.

제20조(평가에 따른 조치) ① 장관은 단계평가 결과 극히 불량 등급에 해당하는 연구개발과제의 경우에는 법 제12조제3항에 따라 해당 연구개발과제를 중단할 수 있으며, 단계평가에서 지적된 사항을 반영하여 다음 단계의 연구개발계획을 수립하도록 하여야 한다.② 장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법 제15조에 따른 특별평가를 통해 해당 연구개발과제를 중단시키거나 연구개발의 목표를 변경하는 등의 조치를 할 수 있다.1. 단계평가의 대상인 연구개발과제의 연구개발성과와 유사한 것이 이미 개발되어 그 연구개발이 불필요하다고 판단되는 경우2. 이전에 예측한 연구개발 환경이 변경되어 다음 단계의 연구개발의 수행이 불필요하다고 판단되는 경우③ 장관은 최종평가 결과가 우수한 것으로서 다음 각 호 모두에 해당하는 연구개발과제에 대해서는 우수성과에 대한 실용화 지원 등의 후속대책을 마련할 수 있다.1. 최종평가 결과가 상대평가 시 상위 10퍼센트 이내, 절대 평가 시 만점의 90퍼센트 이상(이하 ‘최우수 등급’)인 과제2. 연구개발계획서에서 제시한 연구개발목표가 모두 달성된 과제3. 연구개발 성과의 활용을 통하여 해당 분야 기술경쟁력을 높이는 데 현저히 기여할 수 있다고 평가되는 과제④ 장관은 연구개발성과의 평가를 종합하여 일정 시기별로 연구개발평가백서를 발간할 수 있다.⑤ 장관은 우수 연구개발성과의 성과확산을 촉진하기 위하여 제3항에 해당하는 연구개발과제의 제목, 연구책임자 및 연구개발성과 등의 정보를 관계 중앙행정기관의 장에게 알려야 한다.⑥ 장관은 제3항에 해당하는 연구개발과제를 수행한 연구책임자가 다음 각 호의 사업을 수행하려는 경우 우선 지원할 수 있다.1. 연구개발성과의 특허 출원 또는 국제표준제정2. 국제표준과 연계된 연구개발성과의 특허 보정3. 같은 기술 분야의 후속단계에 해당하는 연구개발⑦ 장관은 최종평가 결과가 우수하여 추천된 연구개발성과 중에서 우수한 연구성과를 선정할 수 있다. 이 경우 장관은 우수한 연구성과를 낸 해당 연구자에게 적절한 포상을 할 수 있다.

제21조(기술료의 납부) ① 영 제38조제1항에 따라 연구개발성과소유기관이 기술실시계약을 체결한 경우 계약한 날로부터 30일 이내에 국가연구개발사업 기술실시계약 보고서, 계약서 사본을 전문기관의 장에게 제출해야 한다. 전문기관의 장은 이를 종합하여 매 분기 말까지 장관에게 보고해야 한다.② 영 제38조제1항에 따라 연구개발성과소유기관이 기술료를 징수한 경우 징수한 때로부터 30일 이내에 기술료 징수 결과 보고서 및 입금 확인증(징수액 이체내역)을 전문기관의 장에게 제출해야 하며, 전문기관의 장은 이를 종합하여 매 분기 말까지 장관에게 보고해야 한다.③ 장관은 제2항에 따른 기술료 징수 결과 보고서를 받은날로부터 30일 이내에 납부고지서를 기술료등납부의무기관에 송부해야 한다. 이 경우 장관은 직권으로 또는 기술료등납부의무기관의 장의 요청에 따라 해당 납부액을 분할하여 납부하게 할 수 있다. 납부고지서를 받은 기술료등납부의무기관의 장은 그 고지서를 받은날로부터 90일 이내에 장관에게 기술료를 납부해야 한다.④ 기술료등납부의무기관은 영 제38조제3항에 따라 기술료 등을 납부한 경우 입금 확인증(납부액 이체내역) 및 별지 제3호 서식에 따라 납부 결과 보고서를 전문기관의 장에게 제출해야 하며, 전문기관의 장은 이를 종합하여 매 분기 말까지 장관에게 보고해야 한다.⑤ 연구개발성과소유기관은 기술실시계약에 따라 실시기관으로부터 기술료를 징수하기 위하여 필요한 조치를 취해야 하며, 실시기관의 부도ㆍ폐업 등의 사유가 발생하였을 경우에는 지체 없이 기술료 징수와 관련한 모든 조치를 취한 후 그 결과를 장관 또는 전문기관의 장에게 보고해야 한다.

제22조(연구개발성과로 인한 수익의 납부) ① 영 제39조제1항에 따라 기술료등납부의무기관이 연구개발성과를 직접 실시하는 경우 실시를 개시한 날로부터 30일 이내에 기술실시 결과보고서를 전문기관의 장에게 제출해야 하며, 전문기관의 장은 이를 종합하여 매 분기 말까지 장관에게 보고해야 한다.② 기술료등납부의무기관의 장은 직접 연구개발성과실시를 하여 수익이 발생한 경우 영 제39조제1항에 따른 매출액 관련 자료, 수익에 관한 자료 및 증빙 자료 등을 그 실시를 한 날이 속하는 해의 다음해 6월 30일까지 전문기관의 장에게 제출해야 하며, 전문기관의 장은 이를 종합하여 지체 없이 장관에게 보고해야 한다.③ 영 제39조제3항에 따라 장관은 직권으로 또는 기술료등납부의무기관의 장의 신청이 있는 경우 제23조제2항에 따른 기술료 조정위원회의 검토 및 기술료등납부의무기관의 장과 협의하여 그 기술기여도를 변경할 수 있다.④ 제2항에 따른 매출액 및 수익에 관한 자료를 보고받은 장관은 보고 받은날로부터 30일 이내에 영 제39조제2항에 따라 산정한 납부액과 납부기한을 적은 납부고지서를 기술료등납부의무기관에 송부해야 한다. 이 경우 장관은 직권으로 또는 기술료등납부의무기관의 장의 요청에 따라 해당 납부액을 분할하여 납부하게 할 수 있다. 납부고지서를 받은 기술료등납부의무기관의 장은 그 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 장관에게 고지받은 기술료를 납부해야 한다.⑤ 기술료등납부의무기관은 영 제39조제2항에 따라 기술료 등을 납부하는 경우 입금 확인증(납부액 이체내역) 및 별지 제3호 서식에 따라 납부 결과 보고서를 전문기관의 장에게 제출해야 하며, 전문기관의 장은 이를 종합하여 매 분기 말까지 이내에 장관에게 보고해야 한다.⑥ 전문기관의 장은 기술료등납부의무기관으로부터 기술료를 징수하기 위하여 필요한 조치를 취해야 하며, 기술료등납부의무기관의 부도ㆍ폐업 등의 사유가 발생하였을 경우에는 지체 없이 기술료 징수와 관련한 모든 조치를 취한 후 그 결과를 장관에게 보고해야 한다.

제23조(기술료 등의 감면) ① 장관은 법 제18조제4항 및 영 제40조제1항에 따라 기초연구단계의 연구개발성과 등 연구개발성과의 활용을 촉진하기 위하여 공개 활용이 필요하다고 인정하는 연구개발성과 또는 협약에서 정하는 바에 따라 실시를 목적으로 하지 아니하는 연구개발성과에 대해서는 기술료를 징수하지 아니한다.② 장관 또는 전문기관의 장은 법 제18조제2항에 따라 연구개발성과소유기관이 해당 국가연구개발사업의 연구개발비를 지원한 중앙행정기관의 장에게 납부하는 기술료(기술료의 일부 또는 연구개발성과로 인한 수익의 일부를 말한다. 이하 "정부납부기술료"라 한다)의 기술기여도 조정, 분할 납부, 납부 유예 또는 감면 등에 관한 사항에 대해 전문적으로 검토ㆍ조정ㆍ심의하는 기술료 조정위원회를 구성ㆍ운영할 수 있다.③ 기술료 조정위원회는 산업계ㆍ학계ㆍ연구계의 전문가 5인 내지 7인으로 구성한다. 이 때 필요시 이해관계자나 전문가의 의견을 청취할 수 있다.④ 장관은 별지 제4호 서식에 따라 연구개발 성과 소유기관의 장이 정부납부기술료 감면을 신청한 경우, 다음 각 호에 해당하는 사유에 관한 조사 및 기술료 조정위원회의 심의를 거쳐 정부납부기술료를 감면할 수 있다.1. 해당 연구개발성과가 국가안보와 관련된 경우2. 사회적ㆍ경제적으로 긴급한 상황이 연구개발기관에 발생한 경우3. 관련 법규 및 사업환경의 변화 등으로 연구개발성과의 사업화가 불가하거나 일부만이 사업화된 경우4. 공공성, 수출입 전략상 또는 기초 선도기술로서 지원이 필요한 경우5. 공공기관 등 특정분야에 수요가 제한되어 사용되는 경우6. 원자력기금 원자력연구개발계정 부담자가 제21조에 따라 취득한 공동지식재산권 등을 실시할 경우에는 전액7. 연구개발기관의 경영 악화 또는 부도ㆍ폐업 및 그에 준하는 사유8. 「재난 및 안전관리 기본법」제3조제1호의 가목(같은 법 제60조에 따른 특별재난지역만 적용한다.) 및 나목에서 정한 재난에 의한 피해의 경우9. 기타 기술료 조정위원회가 정부납부기술료 감면이 필요하다고 인정하는 경우10. 그 밖에 장관이 필요하다고 인정하는 경우

제24조(기술료 등의 납부 유예) ① 장관은 영 제38조제5항 및 영 제39조제5항에 따라 별지 제4호 서식에 따른 실시기업의 신청과 다음 각 호에 해당하는 사유에 관한 조사와 기술료 조정위원회의 심의를 거쳐 정부납부기술료의 납부를 유예할 수 있다.1. 사업 수행결과의 보완 또는 관련 법규 등 제반 환경의 변화 등으로 인하여 사업화가 지연되는 경우2. 현저한 경영 악화로 인하여 정부납부기술료를 정상적으로 납부하기 곤란한 경우3. 기타 기술료 조정위원회가 정부납부기술료의 납부 유예가 필요하다고 인정하는 경우4. 그 밖에 장관이 정부납부기술료의 납부 유예가 필요하다고 인정하는 경우② 장관은 연구개발성과를 직접 실시하려는 자가 산업위기지역 소재 중소기업 또는 중견기업인 경우, 해당 지역에 대한 산업위기지역 지정이 해제되는 날까지 정부납부기술료의 납부를 유예할 수 있다.③ 제2항에 따른 정부납부기술료의 납부 유예는 2년 이내로 하되, 장관은 조사와 기술료 조정위원회의 심의를 거쳐 정부납부기술료의 납부를 재유예 할 수 있다. 이 경우 기술료 조정위원회는 정부납부기술료의 납부 유예에 필요한 조건을 정할 수 있다.

제25조(기술료 등의 징수에 관한 특례) ① 장관은 법 제18조제2항에 따라 연구개발성과를 실시하고자 2025년 12월 31일 이전 기술실시계약을 체결하거나 연구개발성과를 직접 실시하는 중소기업 또는 중견기업에 대하여 해당 중소기업 또는 중견기업이 해당 연구개발과제의 고도화 및 사업화를 위하여 청년인력을 다음 각 호와 같이 신규채용하고, 별지 제5호의 서식에 따라 신청한 경우, 정부납부기술료의 징수를 2년 동안 유예할 수 있다.1. 제3자 실시의 경우, 기술실시 계약 체결일 이전 6개월부터 기술실시계약 체결일까지 신규 채용2. 직접 실시의 경우, 과제종료일 후부터 기술료 등 확정 결과 통보일 후 1개월까지 신규 채용② 장관은 제1항에 따라 실시기관이 신규채용 한 청년인력의 고용을 제3자 실시의 경우 기술실시계약 체결일로부터 2년, 직접실시의 경우 기술료 등 확정 결과 통보일로부터 2년(이하 "기준일"이라 한다) 이상 유지한 경우, 제1항에 따라 유예된 정부납부기술료를 해당 인력에 대해 2년간 지급한 급여의 100분의 50에 해당하는 금액 이내에서 감면 후 징수할 수 있다. 단, 해당 청년인력의 고용을 기준일로부터 2년간 유지하지 못하거나 변경을 요구할 경우, 유예된 정부납부기술료를 본 항에 따른 감면 없이 징수한다.

제26조(기술료의 사용) 연구개발성과소유기관이 징수한 기술료를 사용하는 경우 다음해의 3월 말일까지 전문기관의 장에게 기술료 사용실적 보고서를 제출해야 하며, 전문기관의 장은 이를 종합하여 4월 말일까지 장관에게 제출해야 한다.

제27조(연구개발에 따른 성과의 소유 특례) 원자력연구개발사업의 경우 「원자력 진흥법 시행령」 제13조에 따라 지식재산권, 컴퓨터프로그램, 연구보고서의 판권 등 무형적 성과의 정부출연금 지분에 상당하는 부분은 협약에서 정하는 바에 따라 주관연구개발기관과 원자력기금 원자력연구개발계정 부담자의 공동소유로 할 수 있다.

제28조(국제공동연구사업에 관한 특례) 장관은 국내 연구개발주체가 외국정부, 국제기구 등 외국 기관 등과 공동으로 수행하는 국제공동연구의 수행 및 관리에 필요한 사항을 별도로 정할 수 있다.

제29조(재검토기한) 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 훈령에 대하여 2020년 1월 1일을 기준으로 매 3년이 되는 시점 (매 3년째의 12월 31일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.