지방세특례 예비타당성조사 운용기준 (훈령, 행정안전부)
공포일: 20231129 / 시행일: 20231129

제1조(목적) 이 운용기준은 「지방세특례제한법」 제181조제7항과 같은 법 시행령 제124조제5항에 따라 실시하는 지방세특례 예비타당성조사의 대상 선정ㆍ조사수행기관ㆍ조사방법 및 절차 등에 관한 세부사항을 규정함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 기준에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "지방세특례 예비타당성조사(이하 "예비타당성조사"라 한다)"란 「지방세특례제한법」 제181조제7항 및 같은 법 시행령 제124조제3항에 따라 신규로 도입하려는 지방세특례를 대상으로 그 필요성, 경제적 및 사회적 기대효과, 지역경제 및 지방세수 영향, 조세의 형평성, 정책수단의 적절성, 예상되는 문제점 등을 평가하기 위하여 행정안전부장관 주관으로 실시하는 사전적인 타당성 검증ㆍ평가를 말한다.2. "지방세 특례"란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등 「지방세특례제한법」으로 규정되는 과세특례를 말한다.3. "지방세특례금액"이란 특정 지방세특례의 시행으로 인해 제도 시행기간 동안에 발생할 것으로 예상되는 지방세수입의 감소액 총액을 말한다.

제3조(예비타당성조사 계획의 수립) ① 행정안전부장관은 예비타당성조사의 목적, 추진방향, 추진일정 등에 관한 계획을 「지방세특례제한법」 제181조제1항에 따른 「지방세 특례 및 그 제한에 관한 기본계획」에 반영하여야 하며, 이를 관계 행정기관의 장 등에게 통보한다.② 행정안전부장관은 예비타당성조사 추진계획의 수립을 위한 관련 자료의 수집ㆍ분석, 조사 추진방향 등에 관하여 필요한 경우 전문기관 등에 조사ㆍ연구 등을 의뢰하거나, 전문가의 의견을 들을 수 있다.

제4조(자료 수집 및 제출 요구) ① 행정안전부장관은 「지방세특례제한법」 제181조제9항에 따라 관계 행정기관의 장 등에 대하여 자료의 제출 등을 요구할 수 있다.② 제1항에 따라 자료 등의 제출을 요청받은 관계 행정기관의 장 등은 제출기한이 따로 명시되지 아니한 경우에는 그 요청을 받은 날부터 10일 이내에 자료 등을 제출하여야 한다. 다만, 그 기간 내에 자료 등을 제출하기 어려운 경우에는 행정안전부장관과 협의하여 그 기간을 연장할 수 있다.③ 제2항에도 불구하고 관계 행정기관의 장은 해당 자료가 보관ㆍ관리되지 아니하거나 생산할 수 없는 것인 경우에는 제1항에 따른 요청을 받은 날부터 10일 이내에 그 사유와 향후 자료 관리계획을 행정안전부장관에게 제출하여야 한다.

제5조(예비타당성조사 대상) ① 예비타당성조사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지방세특례를 대상으로 실시한다.1. 행정안전부장관이 지방세특례 신설을 위하여 타당성 평가가 필요하다고 인정하는 경우로서 해당 특례안의 감면기간 동안 발생할 것으로 예상되는 지방세 감면 추계액이 100억원 이상인 것2. 기존 지방세특례의 내용을 변경하는 경우에는 기존 지방세특례 금액에 해당 특례안의 감면기간 동안 추가되는 예상 감면액이 100억원 이상인 경우② 제1항제2호에 따른 "기존 지방세특례의 내용을 변경하는 경우"란 특례세율을 변경하거나 적용대상을 추가하는 경우 등을 말하며, 기존 지방세특례의 적용기한을 단순히 연장하는 경우는 제외한다.

제6조(조사대상의 단위) ① 예비타당성조사 대상 판정은 「지방세특례제한법」의 조문을 기준으로 한다. 다만, 기존 조문에 항이나 호 등을 신설 또는 변경하는 경우에는 그 신설ㆍ변경되는 내용을 예비타당성조사 대상으로 한다.② 예비타당성조사를 신청한 지방세특례 중에서 상호연계성이 높고 도입 목적이 유사한 제도들은 일괄하여 예비타당성조사를 실시할 수 있다.

제7조(지방세특례금액의 계산) ① 지방세특례금액은 예비타당성조사를 신청하는 관계 행정기관의 장 등이 제시하는 금액을 기준으로 한다. 단 행정안전부장관은 제시된 지방세특례금액에 대한 검증과정을 통해 관계 행정기관에 그 금액에 대한 재평가를 요구할 수 있다. 최초 제시된 금액과 재평가된 금액이 상이한 경우 재평가된 금액을 지방세특례금액으로 한다.② 행정안전부장관과 협의하는 과정에서 관계 행정기관의 장 등이 최초 제시한 지방세특례금액이 변경된 경우에는 그 변경사유를 지방세특례금액 산정시에 반영한다.

제8조(조사제외대상) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지방세특례는 제16조의 예비타당성조사 제외 승인절차에 따라 예비타당성조사 대상에서 제외한다.1. 경제성장률ㆍ고용률 등 주요 경제지표에 있어 국가경제 또는 지역경제에 위기로 인정되는 상황이 발생하는 경우2. 천재지변ㆍ국가적 재난사태 등 심각한 자연적ㆍ사회적 현안이 발생하는 경우3. 국가 간 협약ㆍ조약에 따라 추진하는 사항이나 국제대회나 국가행사 등 국가적 사업의 추진을 위해 한시적 지방세지원이 요구되는 경우

제9조(조사대상의 선정) ① 행정안전부장관은 각 관계 행정기관의 장 등의 요구에 따라 또는 직권으로 예비타당성조사 대상을 선정할 수 있다.② 행정안전부장관은 「지방재정법」 제28조의2제1항에 따른 지방세감면율의 제한과 「지방세특례제한법」 제181조제1항에 따른 「지방세특례 및 그 제한에 관한 기본계획」 수립 등을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 해당 관계 행정기관의 장 등의 요구가 없더라도 예비타당성조사를 실시할 수 있다.③ 삭제

제10조(예비타당성조사의 요구) ① 각 관계 행정기관의 장 등은 예비타당성조사 대상에 해당하는 지방세특례를 지방세특례제한법 개정안에 반영하고자 하는 경우에는 「지방세 특례 및 그 제한에 관한 기본계획」에서 정하는 기간 내에 행정안전부장관에게 예비타당성조사를 요구하여야 한다. 다만, 신규 지방세특례의 도입이 시급하고 불가피한 사유가 있는 경우에는 그 사유를 소명하여 예비타당성조사를 요구할 수 있다.② 각 관계 행정기관의 장 등이 제1항에 따라 예비타당성조사를 요구하고자 하는 경우에는 제12조에 따른 예비타당성조사 요구서를 작성하여 제출하여야 한다.③ 각 관계 행정기관의 장 등은 「지방세 특례 및 그 제한에 관한 기본계획」의 지방세지출 기본원칙에 부합하지 않는 지방세특례에 대해서는 제1항에 따른 예비타당성조사를 요구할 수 없다.

제11조(우선순위의 제출 및 도입 계획의 구체성 확보) ① 각 관계 행정기관의 장 등이 둘 이상의 지방세특례에 대한 예비타당성조사를 요구하는 경우에는 국가 및 부처의 정책방향, 지방세 지원 필요성, 정책 효과성 등을 고려하여 지방세특례 간 우선순위를 결정하고, 이를 예비타당성조사 요구서에 반영하여야 한다. 다만, 해당 연도에 적용기한이 종료되는 지방세특례가 있는 경우에는 이를 포함하여 별도로 우선순위를 결정하고 [별지 3] 서식에 따라 행정안전부장관에게 제출하여야 한다.② 각 관계 행정기관의 장 등은 예비타당성조사 요구에 앞서 사전 연구용역 등을 통하여 예비타당성조사 요구서에 포함되는 제12조 각 호의 사항 등을 구체화할 수 있다. 이 경우 행정안전부장관은 제14조제1항에 따라 조사 대상을 선정할 때 사전연구용역 등을 거친 지방세특례를 우선적으로 고려할 수 있다.

제12조(예비타당성조사 요구서) ① 별지 제1호서식 예비타당성조사 요구서에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.1. 지방세특례 필요성 및 도입 계획(안)2. 예상 지방세특례금액 및 재원확보방안3. 특례건의 관련 부처 제도 개요4. 재정지원 등 관련 지원 현황5. 관련 연구 및 사례6. 그 밖에 행정안전부장관이 정하는 사항7. 삭제② 제1항제1호의 지방세특례 필요성 및 도입 계획에는 제도의 도입목적, 지방사무 및 지역경제 관련성, 지방세 지원 방법 등이 포함되어야 한다.③ 제1항제6호의 행정안전부장관이 정하는 사항에는 정책대상자에 대한 현황, 관련 분야의 사전 용역 또는 기존 연구, 외국의 유사 사례 등을 포함할 수 있다.

제13조(예비타당성조사의 재요구) ① 각 관계 행정기관의 장은 예비타당성조사가 이미 실시된 지방세특례에 대해서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 재조사를 요구할 수 없다.1. 이미 수행된 예비타당성조사 결과를 변경할 수 있을 정도로 해당 지방세특례와 관련된 경제ㆍ사회적 여건이 변동된 경우2. 기존 예비타당성조사 결과의 반영 등을 통해 관련 지방세특례를 전면적으로 재설계한 경우② 제1항제2호에 따라 지방세특례를 전면적으로 재설계한 경우에는 단순한 특례세율의 변경이나 특례제도의 경미한 보완 등은 제외한다.

제14조(조사대상 선정기준) 행정안전부장관은 다음 각 호의 사항을 종합적으로 고려하여 조사대상을 선정한다.1. 지방사무 또는 지역발전계획 관련성2. 지역경제 활성화 효과 및 지방재정 영향3. 재정지출 사업 및 기존 조세지원과의 차별성4. 도입목적, 시급성, 지원대상 및 운용방안 적합성

제15조(조사대상 선정절차) ① 행정안전부장관은 관계 행정기관의 장의 예비타당성조사 요구내용을 제14조에 따른 조사대상 선정기준에 따라 검토한 후 제17조에 따른 지방세특례 평가 자문위원회에 심의를 거쳐 조사 대상을 선정한다.② 행정안전부장관이 제1항에 따라 조사 대상을 선정한 경우에는 그 선정결과를 즉시 관계 행정기관의 장 등에게 통보한다.

제16조(예비타당성조사의 제외 승인절차) ① 각 관계 행정기관의 장 등이 제8조에 따라 예비타당성조사의 조사제외 대상으로 승인받고자 하는 경우에는 제10조에 따른 예비타당성조사 요구절차에 따라 별지 제1호서식을 작성하여 행정안전부장관에게 예비타당성조사 제외를 요구하여야 한다.② 행정안전부장관은 제1항에 따른 예비타당성조사 조사제외 요구가 제8조의 조사제외 요건에 해당하는지 여부를 검토한 후 제17조에 따른 지방세특례 평가 자문위원회의 심의를 거쳐 예비타당성조사 제외에 대한 승인 여부를 결정한다.

제17조(지방세특례 평가 자문위원회) ① 행정안전부장관은 예비타당성조사 제도의 운용과 관련된 사항을 자문하고 중요사항을 심의하기 위해 지방세특례 평가 자문위원회(이하 ‘자문위원회’)를 설치ㆍ운영한다.② 제1항에 따른 자문위원회는 행정안전부 및 지방자치단체 소속 공무원과 학계 및 연구기관(정부출연연구기관 및 지방자치단체 출연 연구원에 한정한다) 종사 전문가(이하 이 조에서 "전문가위원"이라 한다) 7명 내외로 구성하며, 위원장은 행정안전부 지방세제국장으로 한다.③ 위원 중 전문가위원의 임기는 2년으로 하되 연임할 수 있다. 다만, 임기가 종료된 전문가위원은 신규 전문가위원이 위촉될 때까지 그 지위를 유지한다.④ 자문위원회는 다음 각 호의 사항에 대한 자문과 심의를 담당한다.1. 지방세특례 예비타당성조사 대상 및 조사제외대상의 선정 및 운영에 관한 사항2. 지방세특례 심층평가 대상의 선정 및 운영에 관한 사항3. 예비타당성조사 및 심층평가 제도의 운영과 개선을 위해 자문위원회 위원장이 필요하다고 인정하여 부의한 사항⑤ 자문위원회는 위원장의 요청에 따라 수시로 개최한다. 단, 긴급을 요하거나 대면회의 개최가 어려운 경우에는 서면 자문과 심의가 가능하다.⑥ 위원회는 필요하다고 인정할 때에는 지방세특례제도와 관련된 공무원과 그 밖의 관련 분야 전문가를 초청하여 의견을 청취할 수 있다.

제18조(예비타당성조사 중 제도의 변경 및 철회) ① 예비타당성조사 대상으로 선정된 지방세특례의 주요 내용을 변경(당초 제도도입 목적과 취지를 벗어나지 않는 범위 내로 한정한다)할 필요가 있는 경우 각 관계 행정기관의 장은 예비타당성조사 조사대상으로 선정된 시점에서 1개월 이내에 행정안전부장관에게 제도도입 계획의 변경을 요청하여야 한다.② 제1항에 따른 제도도입 계획의 변경을 요청받은 행정안전부장관은 당초 제도도입 목적과의 부합 여부, 변경 계획의 실현가능성, 제17조에 의한 자문위원회의 자문의견 등을 종합적으로 고려하여 제도도입 계획의 변경 여부를 결정한다.③ 예비타당성조사 수행 과정에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 행정안전부장관은 직권으로 또는 각 관계 행정기관의 장 등의 요청에 의하여 조사를 철회할 수 있다.1. 예비타당성조사 수행과정에서 관계 행정기관의 업무협조가 미흡하거나 조사에 필요한 자료를 확보할 수 없는 등 조사 수행이 불가능한 경우2. 예비타당성조사 수행 중 국회에서 입법되어 관련 제도가 도입 또는 변경된 경우3. 예비타당성조사 수행 중 제8조에 따른 조사제외 사유가 발생한 경우

제19조(예비타당성조사 수행기관) ① 행정안전부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조세 관련 조사ㆍ연구기관 중에서 예비타당성조사 수행기관(이하 "조사 수행기관"이라 한다)을 선정할 수 있다.1. 「지방세기본법」 제151조에 따른 지방세연구원2. 그 밖에 행정안전부장관이 정하여 고시하는 기관이나 법인 또는 단체3. 삭제4. 삭제5. 삭제② 조사 수행기관의 선정에 대하여는 이 운용기준에서 정한 것을 제외하고는 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」의 규정을 준용하며, 선정된 조사 수행기관은 예비타당성조사의 개별 수행과제를 관리하고 총괄하는 업무를 수행한다.③ 조사 수행기관은 개별 조사사업을 효율적으로 관리하기 위하여 지방세특례의 특성에 맞춰 과제관리자(PM : Project Manager)를 선정하여야 한다. 과제관리자는 국세 및 지방세, 재정평가사업, 제24조의 경제성 분석 등 관련분야에 연구 경력이 있는 전문가로 구성되어야 하며, 조사 수행기관은 과제관리자의 선정을 위해 행정안전부장관과 사전 협의하여야 한다.④ 조사 수행기관은 조사의 전문성 및 객관성, 개별 수행과제 간의 일관성, 전체 과제의 효율적 운영을 위해 개별 조사사업 연구진으로 구성된 별도의 예비타당성조사 전문가위원회(이하 "전문가위원회"라 한다)를 구성할 수 있다.⑤ 조사 수행기관은 최종보고서를 제출한 날부터 5년간 예비타당성조사를 위해 수집한 자료를 보관하고, 행정안전부장관의 요청이 있을 경우 이를 제출하여야 한다.⑥ 조사결과 등 예비타당성조사의 내용을 별도의 연구에 사용 또는 발표하거나, 평가를 위해 수집한 자료를 다른 연구를 위해 활용하고자 할 경우에는 사전에 행정안전부장관의 동의를 구하여야 한다. 다만, 예비타당성조사 결과를 단순 인용하는 경우는 제외한다.

제20조(예비타당성조사 연구진의 선정) ① 예비타당성조사는 조사 수행기관의 책임하에 조사 수행기관의 내부 연구진이 직접 조사를 수행하는 것을 원칙으로 한다. 다만, 조사 수행기관이 수행과제의 효율적인 관리를 위하여 외부 전문가를 연구진으로 구성할 필요가 있다고 판단하는 경우에는 행정안전부장관과 협의하여 정하는 비율 이내의 외부 전문가를 연구진으로 선정할 수 있다.② 조사 수행기관은 제1항에 따른 연구진의 구성에 있어 행정안전부장관과의 협의를 거쳐야 하며, 협의시에는 연구자의 전공ㆍ해당분야 연구실적ㆍ유사 연구 수행경험 등을 고려하여야 한다.③ 예비타당성조사 연구진은 예비타당성조사 수행 과정에서 자료 유출 금지 등 연구진이 준수하여야 할 사항을 규정한「지방세특례 및 그 제한에 관한 기본계획」상의 준수서약서를 제출하고 해당 준수서약서에 따라 조사를 수행하여야 한다.

제21조(예비타당성조사 수행기간) ① 예비타당성조사 수행기간은 조사 대상의 성격, 자료 확보의 용이성 등을 고려하여 행정안전부장관과 조사수행기관이 협의하여 정한다.② 제18조에 따라 제도도입 계획이 변경되는 등 불가피한 사유가 발생하여 예정된 기간 내에 조사 완료가 어렵다고 판단되는 경우 조사 수행기관의 장은 수행기간의 연장을 행정안전부장관에게 요청할 수 있다.

제22조(예비타당성조사 분석내용) 조사 수행기관은 다음 각 호에서 정하는 분석을 각각 수행하고, 제26조에 따라 종합평가를 실시하여 그 평가 결과를 제시하여야 한다.1. 정책성 분석 : 지방세특례 도입의 필요성 및 적절성, 제도목표의 명확성 및 성과지표의 구체성, 제도대상의 적절성, 제도설계의 명확성 및 유인왜곡 가능성 등 분석2. 경제성 분석 : 지방세특례와 관련된 정책이 제시하는 정책목표의 달성에 따른 국민 복리후생 영향, 지방세특례의 도입이 정책목표 달성에 미치는 효과성 및 지방재정에 미치는 영향 등을 종합하여 분석3. 형평성 분석 : 조세의 수직적 및 수평적 형평성에의 부합 여부, 제도 간ㆍ지역 간 형평성 등을 분석

제23조(정책성 분석) ① 정책성 분석은 해당 지방세특례의 필요성과 적절성, 제도목표의 명확성 및 성과지표의 구체성, 제도대상의 명확성 및 적절성, 제도설계의 명확성 및 유인왜곡 가능성 등을 정량적 또는 정성적으로 분석한다.② 지방세특례의 필요성과 적절성은 지방세특례의 필요성, 지방세특례의 일관성(「지방세특례제한법」제181조제1항에 따른 지방세 특례 및 그 제한에 관한 기본계획과의 일관성을 포함한다), 정책수단의 적절성, 지방세특례와의 정합성 및 재정사업과의 중복성 등을 말한다.③ 제도목표의 명확성 및 성과지표의 구체성은 정책의 도입을 통해 달성하고자 하는 목표의 명확성, 정책을 달성하는 각 단계별 목표의 구체적인 성과지표 등에 대한 분석을 말한다.④ 제도대상의 적절성은 제도대상이 관련 법령 및 규정에 명확하게 규정되어 있는지, 감면 목적 상 정책대상이 적절한지 등에 대한 분석을 말한다.⑤ 제도설계의 명확성 및 유인왜곡가능성은 감면적용 대상자, 감면대상, 시행방법, 추징 규정 등이 명확하게 제시되어 있는지 및 경제주체의 의사결정을 왜곡시킬 가능성이 있는지 등에 대한 분석을 말한다.

제24조(경제성 분석) ① 경제성 분석은 해당 지방세특례에 따른 국민경제 및 지역경제 효과와 지원 적합성 등을 비용-편익 분석(Cost-Benefit Analysis, B/C 분석)을 통해 제시하고, 지방재정에 미치는 영향 등을 정량적 또는 정성적으로 분석한다. 다만, 비용-편익 분석이 적합하지 않다고 판단되는 지방세특례에 대해서는 해당 지방세특례 시행에 따른 경제ㆍ사회적 파급효과 등을 추정한 비용-효과 분석(Cost-Effectiveness Analysis, E/C 분석)을 수행하고, 그 결과를 제시한다.② 제1항의 비용-편익 및 비용-효과 분석에서 편익이나 효과는 지방세특례 지원에 따른 행태 변화를 반영하여 추정한다. 비용은 지방세특례금액 및 기타 예상되는 경비를 합산하여 산정한다.③ 지방재정에 미치는 영향은 지방세수의 증감 정도, 재정자립도, 예상 감면액 추계 등에 대한 분석을 말한다.

제25조(형평성 분석) ① 형평성 분석은 조세의 수직적 및 수평적 형평성의 부합 여부, 다른 제도 간ㆍ지역 간 형평성 등을 정량적 또는 정성적으로 분석한다.② 제1항의 "수직적 형평성"이란 상이한 지불 능력을 가진 납세자들 간에 조세부담이 공정하게 배분되는지를 의미하며, "수평적 형평성"이란 동일한 위치에 있는 납세자들 간에 조세부담이 공정하게 배분되는지를 말한다.③ 현재 운영되고 있는 지방세특례에서 유사대상에 대한 규정이 있는 경우 해당 지방세특례에 따른 지원대상 및 지원내용을 고려한 제도적 형평성을 분석한다.

제26조(종합평가) ① 지방세특례의 타당성에 대한 종합평가는 평가항목별 분석결과를 토대로 계층화 분석법(AHP : Analytic Hierarchy Process)을 활용하여 계량화된 수치로 도출한다.② 제1항에 따른 AHP를 수행하는 경우에 각 평가항목별 가중치는 특별한 사유가 없는 한 다음 가중치 범위 내에서 적용한다.<img id="135138319"></img>③ 제2항의 경제성 분석항목에 대한 가중치 평가에 있어서는 비용-편익 분석이나 비용-효과 분석에서 사용되는 가정이나 전제조건의 수용성 및 현실적합성, 지방세특례 도입과 관련된 정책이나 제도에서 경제적 효과의 중요성 등이 고려되어야 한다.④ 제6조제2항에 따라 유사 지방세특례에 대해 일괄하여 예비타당성조사를 수행하고 지방세특례의 타당성에 대한 종합평가를 실시하는 경우에는 제1항에 따른 계층화 분석법(AHP) 또는 그 밖에 지방세특례들의 연계추진에 따른 시너지효과 등을 고려한 별도의 적절한 방법으로 개별 지방세특례의 타당성 여부를 판단하여야 한다.

제27조(정책제언) ① 평가 수행기관은 제26조에 따른 종합평가 이외에 필요한 경우 지방세특례 도입에 따른 위험요인 및 기타 정책적 고려사항 등을 정책제언으로 제시할 수 있다.② 제1항의 정책제언을 함에 있어서는 해당 지방세특례의 특성, 향후 지방세특례금액의 증가 가능성, 재평가에 소요되는 비용 등을 종합적으로 고려하여 지방세특례 심층평가(「지방세특례제한법」 제181조제6항에 따른 평가를 말한다) 실시 필요성, 평가시기, 평가를 위한 관련 자료의 축적 등에 관한 의견을 정책제언으로 제시할 수 있다.

제28조(예비타당성조사 결과의 제출 및 공개) 조사 수행기관이 예비타당성조사를 완료한 때에는 최종보고서를 행정안전부장관에게 제출하고, 그 결과를 해당 조사 수행기관의 홈페이지 등에 공개할 수 있다.

제29조(재검토기한) 행정안전부장관은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 이 훈령에 대하여 2024년 1월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 12월 31일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.