과세전적부심사사무처리규정 (훈령, 국세청)
공포일: 20250701 / 시행일: 20250701

제1조(목적) 이 규정은 「국세기본법」 제81조의15, 같은 법 시행령 제63조의15, 같은 법 시행규칙 제37조의3에 따른 과세전적부심사 청구의 처리에 관한 사항을 규정함으로써 납세자의 사전권리구제 제도인 과세전적부심사청구를 신속하고 공정하게 처리하는데 이바지함을 목적으로 한다.

제2조(정의)이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.1."법"이란 「국세기본법」을 말하고, "영"이란 「국세기본법 시행령」을 말하며, "시행규칙"이란 「국세기본법 시행규칙」을 말한다.2."심리담당"이란 과세전적부심사청구의 심리를 담당하는 세무공무원을 말한다.3."심사담당관"이란 국세청 심사1담당관과 심사2담당관을 말한다.4."경미한 사항"이란 영 제53조제14항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사건을 말한다.5."세무조사결과 등 통지"란 세무조사결과통지, 감사결과 과세예고통지, 과세예고통지를 말한다.6."세무조사결과 등 통지서"란 세무조사결과 등 통지에 따른 통지서를 말한다.7. "전자불복청구"란 납세자가 위법하거나 부당한 세무조사 결과 등 통지로 권리나 이익에 침해를 입었을 경우 국세정보통신망(국세청 홈택스)을 이용하여 과세전적부심사청구서를 제출하고, 관련 민원신청과 진행상황 등을 조회할 수 있는 제도를 말한다.8. "국선대리인"이란 법 제59조의2제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 과세전적부심사청구인(이하 "청구인"이라 한다)의 과세전적부심사청구 업무를 지식기부를 통하여 대리하는 변호사, 세무사, 공인회계사로서 재결청의 위촉을 받은 사람을 말한다.

제3조(세무조사결과 등 통지) ① 세무서장 또는 지방국세청장이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 과세할 때에는 과세표준이나 예상 고지세액 등을 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다.1. 법 제81조의12에 따른 세무조사를 마친 때2.세무서장ㆍ지방국세청장에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사결과에 따라 과세할 때3.제2호의 업무감사결과에 따라 현지시정 조치하여 과세할 때4. 현장확인 결과에 따라 납부고지하려는 세액이 있는 때5.실제조사 등에서 확인된 해당 납세자 외의 자에 대한 과세자료를 처리하여 과세할 때6.제1호부터 제5호까지의 경우 외에 각종 과세자료 처리 결과 등[기한후신고하고 무(과소)납부하여 신고서 상 과세표준 및 세액과 동일하게 결정ㆍ고지하는 경우 제외]에 따라 납부고지하려는 세액이 1백만원 이상인 때② 제1항에 따라 서면으로 통지하였으나, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 공시송달하여야 한다. 다만, 제1항제1호의 세무조사에 따른 통지는 법 제81조의12에 따른다.1. 법 제11조에 따른 공시송달 사유에 해당하는 경우2. 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우③제1항에 따른 통지는 다음 각 호의 구분에 따른 통지서로 납세자에게 통지한다. 이 경우 제1항제2호부터 제6호까지의 규정에 따른 통지서에는 별지 제4호 서식의 수입금액, 과세표준 및 세액과 가산세의 산출명세와 과세예고 항목별 내역 및 사후관리할 사항을 첨부하여야 한다.1. 제1항제1호에 따른 통지 : 세무조사결과통지서(시행규칙 별지 제56호 서식)2. 제1항제2호 및 제3호에 따른 통지 : 감사결과 과세예고통지서(별지 제1호 서식)3. 제1항제4호부터 제6호까지의 규정에 따른 통지 : 과세예고통지서(별지 제2호 서식)4. 〈삭 제〉

제4조(과세전적부심사청구를 할 수 있는 자) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제5조에 따른 과세전적부심사청구 대상이 아닌 것을 제외하고 통지서를 받은 날부터 30일 이내에 그 통지를 한 세무서장ㆍ지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다. 다만, 감사결과 과세예고통지를 받은 자는 당초 감사결과 처분지시를 행한 지방국세청장ㆍ국세청장에게 청구한다.1.제3조제1항제1호의 규정에 따른 세무조사결과통지서를 받은 자2.제3조제1항제2호 및 제3호의 규정에 따른 감사결과 과세예고통지서를 받은 자3.제3조제1항제4호부터 제6호까지의 규정에 따른 과세예고통지서를 받은 자② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항에 대해서는 통지서를 받은 날부터 30일 이내에 국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다.1.법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 사항2.국세청장의 훈령ㆍ예규ㆍ고시 등과 관련하여 새로운 해석이 필요한 사항3.제1호 및 제2호의 규정에 해당하지 아니하는 사항 중 과세전적부심사 청구금액이 5억원(청구인이 법인인 경우 인정상여 등에 따른 원천세 납부액을 포함하며，같은 사건으로 청구인이 여러 명인 경우 그 청구세액의 합계액으로 한다) 이상인 경우4. 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 과세처분 하는 경우로 시정요구 전에 감사원의 지적사항에 대하여 납세자가 소명안내를 받지 못한 경우③세무서장 또는 지방국세청장에게 청구하는 과세전적부심사청구서는 시행규칙 별지 제56호의3 서식에 의하며, 국세청장에게 청구하는 과세전적부심사청구서는 시행규칙 별지 제56호의4 서식에 의한다.

제5조(과세전적부심사청구 대상이 아닌 경우) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제81조의15에 따른 과세전적부심사청구 대상이 아니므로 제4조의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제2호의 경우 고발 또는 통고처분과 관련없는 세목 또는 항목에 대해서는 그러하지 아니한다.1. 「국세징수법」 제9조에 규정하는 납부기한 전 징수 사유(「국세징수법」 제31조에 따라 확정 전 보전압류를 한 경우 포함)가 있거나 세법에 규정하는 수시 부과의 사유가 있는 경우2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우3. 세무조사결과 등 통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우4. 「국제조세조정에 관한 법률」에 따라 조세조약을 체결한 상대국이 상호합의절차의 개시를 요청한 경우5. 무납부경정 및 납부부족액, 이중환급으로 확인되어 경정고지한 경우6. 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우7. 과세전적부심사청구, 이의신청, 심사청구, 심판청구에 대한 재조사 결정에 따른 후속업무처리 결과를 통지 받은 경우8. 「국세기본법」제81조의15 제8항에 따라 조기결정 신청한 경우

제6조(조기결정 신청) ① 세무조사결과 등 통지를 받은 자는 그 통지를 한 세무서장(민원봉사실장 또는 통지 담당과장)ㆍ지방국세청장(운영지원과장 또는 통지 담당과장)에게 조기결정신청서(시행규칙 별지 제56호의5 서식)에 따라 통지한 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 즉시 결정 또는 경정결정하여 줄 것을 신청할 수 있다. 이 경우 조기결정 신청한 내용에 대하여는 과세전적부심사청구를 할 수 없다.② 조기결정신청서를 접수한 세무서장(통지 담당과장)ㆍ지방국세청장(통지 담당과장)은 국세청 대내포털시스템에 입력하고 세무조사결과 등 통지세액 중 조기결정 신청한 세액에 대하여 즉시 결정ㆍ고지하여야 한다. 이 때 결정결의서의 고지일은 조기결정신청서의 접수일로 한다.③ 세무공무원은 조기결정신청서의 제출을 강요해서는 아니 된다.

제7조(과세전적부심사청구 중 과세처분 유보) ① 과세전적부심사청구가 있는 경우 소관 세무서장 또는 지방국세청장은 그 청구부분에 대하여 결정이 있을 때까지 과세처분을 유보하여야 한다.② 제5조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 나중에 발견되거나 발생한 경우에는 과세전적부심사청구 중에 있더라도 필요한 과세처분을 할 수 있다. 이 경우 과세전적부심사 중 결정이유서(별지 제5호 서식)에 따라 그 이유를 청구인에게 통지하여야 한다.

제8조(청구의 승계) ① 과세전적부심사청구를 한 후 해당 청구인이 사망하거나 합병(청구인이 법인인 경우)된 때에는 다음 각 호에 해당하는 자가 그 청구를 승계한 것으로 본다.1.청구인이 사망한 때에는 그 상속인 또는 납세관리인2.청구인인 법인이 합병으로 인하여 소멸한 때에는 해당 합병으로 인하여 설립된 법인이나 합병 후 존속하는 법인3.법령의 규정에 따라 납세자의 지위를 승계한 자② 제1항 각 호에 해당하는 사유가 있는 것을 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장이 안 때에는 제1항 각 호에 해당하는 자로 하여금 승계사유의 사실을 증명하는 서류를 청구인 지위 승계신고서(시행규칙 별지25호의4 서식)에 첨부하여 지체 없이 소관 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하도록 하여야 한다.

제9조(청구서의 보정) ① 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 과세전적부심사청구의 내용 등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 20일 이내의 기간을 정하여 청구인(대리인이 있는 경우 대리인)에게 보정요구서(별지제7호 서식)에 의하여 보정요구하여야 한다.1.청구의 취지나 이유가 기록되지 아니하였거나 불분명한 경우2.청구인의 서명 날인이 없는 경우3.대리인을 선임한 경우 그 대리인의 권한을 증명하는 서면이 없는 경우4.세무조사결과 등 통지서를 받은 날이 기록되지 아니한 경우5.제1호부터 제4호까지의 규정과 유사한 사항으로서 보정이 필요하다고 인정되는 경우② 제1항에 규정하는 보정기간은 제33조제1항 및 제52조제1항에서 규정하는 결정기간에 산입하지 아니한다.

제10조(청구의 취하) ① 청구인은 그 청구에 대한 결정이 있기 전에 그 전부 또는 일부를 취하할 수 있다. 이 경우 그 취하된 부분에 대해서는 처음부터 청구가 없었던 것으로 본다.② 제1항에 따라 취하하려는 청구인 및 청구인의 대리인(특별한 위임을 받은 경우로 한정한다.)은 취하서(별지 제20호 서식)를 소관 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 이 경우 지방국세청장 또는 국세청장에게 청구한 사건에 대한 취하서가 세무서 또는 지방국세청에 접수된 경우 이를 즉시 소관 지방국세청장 또는 국세청장에게 송부한다.③과세전적부심사청구의 취하서를 접수한 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 청구인 및 세무조사결과 등 통지를 한 소관과장에게 그 사실을 통지하여야 한다. 이 때 감사결과 과세예고 통지분에 대한 청구의 경우에는 해당 감사관에게도 통지한다.

제11조(서류의 송달) ① 다음 각 호에 해당하는 서류는 우편배달증명이 되는 등기우편 또는 교부의 방법으로 청구인에게 송달하여야 한다. 다만, 교부의 방법으로 송달할 때에는 수령증에 서명 또는 날인하게 하여야 한다.1. 보정요구서2. 과세전적부심사청구에 대한 결정서3. 그 밖의 중요하다고 인정되는 심리관련 자료② 제1항 단서에 규정하는 수령증에는 다음 사항을 기록하여야 한다.1. 서류의 명칭과 주요내용2. 교부장소3. 교부연월일4. 수령자의 주소ㆍ성명 및 주민등록번호③ 지방국세청장 또는 국세청장은 제1항제2호에 따라 우편으로 발송한 과세전적부심사청구의 결정서가 반송된 때에는 해당 결정서를 즉시 납세지 관할세무서장에게 송부하고, 송부받은 납세지 관할세무서장(납세자보호담당관)이 이를 청구인에게 송달하여야 한다.

제13조(청구서의 전산입력 및 활용) ① 과세전적부심사청구서를 접수한 세무서장(납세자보호담당관) 또는 지방국세청장(납세자보호담당관)은 즉시 국세청 대내포털시스템에 청구내용을 전산입력하여야 하며, 과세전적부심사청구서 외에 불복대리업무 담당 지정서(국세심사사무처리규정 별지 제33호 서식)가 제출된 경우에는 국세청 대내포털시스템에 접수한 후 관련 내용을 전산입력ㆍ관리하여야 한다. 이 때 전산입력 업무의 총괄은 세무조사결과 등 통지를 한 세무서 또는 지방국세청의 납세자보호담당관이 된다. 다만, 국세청장에게 청구하는 과세전적부심사청구서를 접수한 세무서장 또는 지방국세청의 납세자보호담당관은 국세청 대내포털시스템에 재결청을 국세청장으로 하여 그 내용을 전산입력한다.② 제1항의 경우에 있어 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장 또는 지방국세청장이 아닌 다른 관서장(국세청장을 포함한다)이 접수한 때에는 해당 청구서를 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장 또는 지방국세청장에게 이송하고, 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장 또는 지방국세청장이 제1항에 따라 전산입력하여야 한다.③ 세무서장, 지방국세청장 및 국세청장은 과세전적부심사청구에 대한 결정을 한 경우에는 국세청 대내포털시스템에 전산입력하여야 한다. 이 경우 입력업무의 총괄은 세무서장 및 지방국세청장에게 청구된 과세전적부심사청구의 경우에는 세무서 및 지방국세청의 납세자보호담당관이 하고, 국세청장에게 청구된 과세전적부심사청구의 경우에는 국세청 심사담당관이 한다.④세무서장(납세자보호담당관) 또는 지방국세청장(납세자보호담당관)은 과세전적부심사청구에 대한 결정에 따라 세무조사결과 등 통지 내용을 취소하거나 정정한 경우에는 즉시 과세전적부심사청구로 인한 감액되는 세액을 국세청 대내포털시스템에 전산입력하여야 한다. 이 때 감액되는 세액 입력은 정수로 입력한다.⑤ 세무서장(납세자보호담당관) 또는 지방국세청장(납세자보호담당관)은 과세전적부심사청구에 대한 결정이 재조사인 경우 그 재조사에 대한 결과가 확정되면 그 결과를 국세청 대내포털시스템에 즉시 전산입력한다.⑥ 세무서장, 지방국세청장 및 국세청장은 과세전적부심사청구 처리 시 해당 통지에 관련된 입력사항을 전산조회하여 활용할 수 있다.

제14조(심리자료의 전자문서화) ① 과세전적부심사청구서가 접수된 경우 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장(납세자보호담당관) 또는 지방국세청장(납세자보호담당관)은 접수된 해당 과세전적부심사 청구서류 모두를 접수일부터 2일 이내에 국세청 대내포털시스템에 전자문서로 수록한 후 제18조, 제19조 및 제41조의 규정에 따른 심리자료 제출 및 의견서를 작성하여야 할 세무조사결과 등 통지를 한 소관과장(감사결과 과세예고통지의 경우에는 감사관), 제18조제2항의 사업장 관할 세무서장 등(이하 "소관과장 등"이라 한다)에게 전산으로 통지하여야 한다. 이 때 전자문서 수록업무의 총괄은 세무조사결과 등 통지를 한 세무서 및 지방국세청의 납세자보호담당관이 한다. 다만 국세청장에게 직접 접수한 과세전적부심사청구서의 경우 전자문서 수록업무 총괄은 국세청 심사2담당관이 한다.② 제18조, 제19조 및 제41조에 따라 심리자료 제출 및 의견서를 작성하여야 할 소관과장 등은 제1항의 규정에 따른 통지를 받은 날부터 5일 이내(접수일부터 7일 이내)에 해당 과세전적부심사청구에 대한 의견서 및 심리자료를 국세청 대내포털시스템에 전자문서로 수록한 후 재결청(심리부서 담당과장)에게 전산으로 통지하여야 한다. 이 때 전자문서 수록업무의 총괄은 의견서 작성 및 심리자료를 제출하여야 할 부서의 담당과장이 한다.③ 세무서장, 지방국세청장 및 국세청장은 과세전적부심사청구에 대한 결정을 한 경우에는 결정서와 결정서 송달증빙 및 심리과정에서 확보한 증빙을 국세청 대내포털시스템에 전자문서로 수록하여야 한다. 이 때 전자문서 수록업무의 총괄은 세무서장 및 지방국세청장에게 청구된 과세전적부심사청구의 경우에는 세무서 및 지방국세청의 납세자보호담당관이 하고, 국세청장에게 청구된 과세전적부심사청구의 경우에는 국세청 심사담당관이 한다.④ 과세전적부심사청구에 대한 결정이 재조사인 경우 그 재조사를 실시한 소관과장 등은 재조사에 대한 결과가 확정되면 재조사 종결보고서와 재조사 과정에서 확보한 증빙을 국세청 대내포털시스템에 전자문서로 수록하여야 한다. 이 때 전자문서 수록 업무의 총괄은 재조사를 실시한 부서의 담당과장이 한다.

제15조(재결청) ① 세무서장 또는 지방국세청장에게 청구한 과세전적부심사청구의 결정은 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장 또는 지방국세청장이 한다. 다만, 지방국세청장 또는 국세청장의 감사결과 과세예고통지(현지시정분을 포함하며, 권고사항은 제외한다)에 대한 과세전적부심사청구는 처분지시를 한 지방국세청장 또는 국세청장이 결정한다.② 세무서의 관할구역 변경으로 세무조사결과 등 통지를 한 세무서 또는 지방국세청이 과세전적부심사청구를 할 때의 세무서 또는 지방국세청과 다른 경우 과세전적부심사청구는 과세전적부심사청구를 할 때의 납세지를 관할하는 세무서장 또는 지방국세청장이 결정한다.③ 청구인의 납세지 변경으로 세무조사결과 등 통지를 한 세무서 또는 지방국세청이 과세전적부심사청구를 할 때의 세무서 또는 지방국세청과 다른 경우 과세전적부심사청구의 결정은 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장 또는 지방국세청장이 한다.④ 제1항부터 제3항까지의 규정에도 불구하고 법 제81조의15제2항 단서에 따라 국세청장에게 청구한 과세전적부심사청구의 결정은 국세청장이 한다.

제16조(접수절차) ① 세무서장 또는 지방국세청장에게 청구하는 과세전적부심사청구서를 접수한 세무서장(납세자보호담당관) 또는 지방국세청장(납세자보호담당관)은 제13조 규정에 따라 청구서를 전산 입력하고 그 접수순에 따라 일련번호(이하 "사건번호"라 한다)를 부여한 후 심리담당을 지정하고 국세청 대내포털시스템에 입력하여야 한다.② 청구인이 과세전적부심사청구를 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장, 지방국세청장에게 제출하지 아니하였을 경우에는 그 청구서를 접수한 다른 세무서장은 즉시 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장, 지방국세청장에게 이송하고 청구인에게 그 사실을 서면으로 통지하여야 한다.③영제63조의15제1항제4호에 해당하는 사항으로서 과세전적부심사청구를 세무서장 또는 지방국세청장에게 청구한 자는 청구기간 이내에는 재결청을 국세청장으로 변경하여 줄 것을 요구할 수 있고, 변경요구를 받은 세무서장 또는 지방국세청장은 재결청을 국세청으로 변경하여 처리한다. 다만, 그 변경 요구가 청구기간이 경과한 후에 있는 때에는 재결청을 변경할 수 없으므로 당초 청구를 받은 세무서장 또는 지방국세청장이 심리하여야 한다.④제2항 및 제3항의 경우 과세전적부심사청구는 최초의 세무관서에 접수된 날에 그 청구를 한 것으로 본다.

제17조(과세전적부심사청구서 등 송부) 지방국세청장에게 청구하는 과세전적부심사청구서를 접수한 세무서장(납세자보호담당관)은 제14조제1항에 따라 접수일부터 2일 이내에 과세전적부심사청구 서류 모두를 국세청 대내포털시스템에 전자문서로 수록하고, 소관과장 등에게 제14조제2항에 따라 5일 이내(접수일부터 7일 이내)에 제18조제1항에 따른 심리자료를 국세청 대내포털시스템에 전자문서로 수록하도록 청구서 접수내용을 통지한 후 지방국세청장에게 전산으로 통지하여야 한다. 이 경우에도 세무서장은 과세전적부심사청구서 정본을 접수일부터 2일 이내에 지방국세청장에게 이송하여야 한다.

제18조(심리자료 제출) ① 과세전적부심사청구서를 접수한 세무서 또는 지방국세청의 납세자보호담당관은 세무조사결과 등 통지를 한 소관과장 등에게 다음 각 호에 해당하는 자료(이하 "심리자료"라 한다)를 접수일부터 7일 이내의 기한까지 제출할 것을 요구하여야 한다.1. 과세전적부심사청구에 대한 의견서(별지 제9호 서식)2. 세무조사결과 등 통지에 있어서 그 통지내용에 관계되는 조사서 및 과세하고자 하는 근거서류3. 송달증빙서류 등 그 밖의 해당 청구사건 심리에 필요한 참고자료4. 납세자가 과세전적부심사 청구 시 새로이 제출한 증빙자료에 대한 검토서(별지 제9호의2 서식)② 제1항의 세무조사결과 등 통지가 지방국세청장의 감사결과 시정지시(현지시정을 포함하고, 권고사항은 제외한다)에 따른 통지인 경우 또는 사업장 관할 세무서장 등의 조사ㆍ결정에 따른 통지인 경우에는 그 지방국세청장(감사관) 또는 사업장 관할 세무서장(소관과장) 등에게 제1항 각 호의 심리자료를 제출할 것을 요구하여야 한다.③ 제2항에서 사업장 관할 세무서장 등이란 사업장 또는 재산소재지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 다음 각 호의 금액을 조사ㆍ결정하여 세무조사결과 등을 통지하는 경우 그 세무서장 또는 지방국세청장을 말한다.1. 「소득세법 시행령」제141조제5항에 따라 사업장 관할세무서장이 조사ㆍ확인한 사업장별 수입금액2. 공동사업자의 사업장 관할세무서장이 실제조사ㆍ결정한 소득금액3. 법인소재지 관할세무서장이 조사ㆍ결정한 소득처분금액4. 법인소재지 관할세무서장이 조사ㆍ결정한 주식이동에 대한 증여세 과세가액5. 재산소재지 관할세무서장이 조사하여 확인한 양도 또는 취득시의 실지거래가액6. 제1호부터 제5호까지의 규정과 유사한 사항④ 제1항의 기한 내에 심리자료가 제출되지 않은 경우 세무서 또는 지방국세청의 납세자보호담당관은 기한을 정하여 심리자료 제출을 촉구하고 해당 기한 내에도 제출되지 않은 경우에는 심리절차를 진행할 수 있다.

제19조(청구에 대한 의견서 작성) ① 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장 또는 지방국세청장은 과세전적부심사청구서를 접수한 즉시 통지내용의 적법 여부를 검토한 후 통지내용이 적법ㆍ타당하다고 판단되는 경우에는 과세전적부심사청구에 대한 의견서(별지 제9호 서식)에 그 통지내용의 적법성을 논리정연하게 충실히 기술하여야 한다.② 의견서는 세무조사결과 등 통지를 한 세무서의 소관과장 등이 담당자, 담당팀장을 지휘하여 작성하여야 한다.③ 과세전적부심사청구의 대상이 지방국세청장의 조사ㆍ결정에 따른 세무조사결과 등 통지인 경우에는 해당 통지에 관하여 조사ㆍ결정한 지방국세청의 담당과장 또는 담당국장이 지휘ㆍ작성하여야 한다.④ 과세전적부심사청구의 대상이 지방국세청장의 감사결과 시정지시(현지시정을 포함하고, 권고사항은 제외한다)에 따른 세무조사결과 등 통지인 경우의 의견서는 해당 통지에 관하여 시정지시(현지시정을 포함하고, 권고사항은 제외한다)를 한 지방국세청의 감사관이 제3항의 규정에 준하여 지휘ㆍ작성하여야 한다. 다만, 시정지시 사항 외의 부분에 대한 과세전적부심사청구인 경우의 의견서는 그 통지를 한 세무서장이 지휘ㆍ작성하여야 한다.⑤ 과세전적부심사청구의 대상이 제18조제3항에 따른 사업장 관할세무서장 등의 조사결과(현장확인 등을 포함한다. 이하 이조에서 같다)에 따른 세무조사결과 등 통지인 경우에는 사업장 관할 세무서장 등이 제2항 또는 제3항에 준하여 지휘ㆍ작성하여야 하여야 한다.⑥ 과세전적부심사청구의 대상이 청구인이 아닌 다른 납세자에 대한 조사결과 파생된 자료에 따른 세무조사결과 등 통지인 경우에는 자료를 수보한 관서의 장이 제2항 또는 제3항에 준하여 지휘ㆍ작성하여야 한다. 다만, 세무조사결과 등 통지가 제18조제3항제3호에 따른 소득처분금액에서 파생된 자료에 따른 경우에는 해당 소득처분금액을 조사ㆍ결정한 세무서의 소관과장 또는 지방국세청의 담당과장 또는 담당국장이 지휘ㆍ작성하여야 한다.

제20조(직권시정) ① 과세전적부심사청구를 접수한 세무서장 또는 지방국세청장은 통지내용이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 스스로 바로잡고 청구인에게 그 결과를 서면으로 통지하여야 한다.1.세법령ㆍ기본통칙ㆍ훈령ㆍ예규 등에 명백히 위배된 경우2.판례ㆍ조세심판결정례ㆍ국세심사결정례ㆍ예규 등에 따라 일반적인 해석기준이 확립되어 있는 경우3.청구인이 제시한 정당한 증거서류만으로도 충분히 입증되는 경우4.세무조사 또는 감사 시 사실판단을 명백히 그르쳤거나 계산착오가 있는 경우5.제1호부터 제4호까지의 규정과 유사한 사유가 있는 경우② 제1항에 따른 직권시정은 국세청장에게 청구한 과세전적부심사청구 사건에 대하여도 할 수 있다. 이 경우 소관 세무서 또는 지방국세청의 소관과장 등은 스스로 바로잡을 내용을 7일 이내 시정하고 그 결과를 전자문서로 국세청장(심사담당관)에게 보고하여야 한다.③ 과세전적부심사청구가 청구기간이 경과되었어도 그 통지내용이 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 동 규정에 따라 스스로 바로잡아야 한다.

제21조(진행상황 안내) ① 과세전적부심사청구 사건을 배정받은 심리담당은 즉시 사건번호, 심리담당 등 진행상황을 과세전적부심사청구 진행상황 안내(별지 제10호 서식)에 의하여 청구인(대리인이 있는 경우 대리인)에게 송부하여야 한다.② 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항의 진행상황 안내 시 과세전적부심사청구에 대한 의견서(별지 제9호 서식)를 함께 송부하여야 한다.③ 청구인에게 제2항에 따른 의견서를 통지한 이후 소관과장의 의견이 변경되거나 추가되는 경우에는 그 변경되거나 추가된 의견서를 제1항 및 제2항의 규정에 준하여 청구인에게 다시 통지하여야 한다.

제22조(사건파악 및 처리방향 결정) ① 심리담당은 과세전적부심사청구를 배정받는 즉시 통지내용, 청구인주장, 쟁점 등 사건내용을 파악한 후 보정요구, 심사제외결정, 사실관계 추가조사, 직권시정 요구, 국세심사위원회 심의요구 등 처리방향을 정하여야 한다.② 〈삭 제〉③ 심리담당은 과세전적부심사청구서와 청구에 대한 의견서를 검토하여 쟁점 및 사실관계를 신속히 확정하기 위해 필요하다고 인정될 경우 조사담당자 및 청구인 또는 대리인을 참석하도록 하여 의견을 청취할 수 있으며, 의견청취 결과는 사건조사서에 반영하여야 한다.

제23조(사건의 병합심리) ① 심리담당은 과세전적부심사청구서를 배정받은 즉시 청구인이 공동상속인ㆍ공동사업자 등이거나 같은 사안에 대한 관련 사건이 있는지 등을 확인하여 이를 납세자보호담당관에게 보고하여야 한다.② 납세자보호담당관은 효율적인 심리를 위하여 필요하다고 인정될 경우에는 제1항의 관련사건을 병합하여 심리할 수 있다.③ 납세자보호담당관은 제2항에 따라 병합한 사건을 국세청 대내포털시스템에 수록하여야 한다.

제24조(요건심리) ① 과세전적부심사청구를 심리할 때에는 청구내용을 심리하기에 앞서 청구기간 및 제5조의 규정에 해당되는지 여부 등에 대한 청구요건을 심리하고, 제9조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제9조에 따라 그 보정을 요구하여야 한다.② 청구요건이 갖추어지지 아니한 경우에도 청구내용이 제20조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 스스로 바로잡아야 한다.③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 제33조제4항의 규정에 따라 처리한다.1.과세전적부심사청구에 대한 결정을 청구의 대상으로 한 경우2.제4조제1항 각 호의 자 외의 자가 청구한 경우3.제5조 각 호의 어느 하나에 해당되어 과세전적부심사청구대상이 아닌 경우4. 심리할 대상이 없거나 대리권 없는 자가 청구한 경우

제24조의1(법령해석자문 신청) 세무서장(납세자보호담당관)이 과세전적부심사청구의 심리과정에서 법령해석이 필요하다고 판단한 경우에는 국세청장(징세법무국장)에게 법령해석자문을 신청할 수 있다.

제25조(증거서류 수집 등 사실관계 조사) ① 과세전적부심사청구 내용을 심리할 때 증거서류 등이 필요하다고 인정되면 청구인과 관계공무원에게 그 제출을 요구할 수 있다. 이 경우 증거서류는 신빙성과 객관성이 인정되는 것에 한정하여 원본에 따라 심리함을 원칙으로 하며 부득이 사본에 의할 경우에는 관계공무원이 원본을 대조하여 확인하고 서명 날인하여야 한다.② 관계공무원이 과세전적부심사청구에 대한 심리자료의 보완 또는 추가제출 요구를 받은 경우에는 지정기한 내에 제출하여야 한다.③ 청구내용을 심리할 때 중요한 사항은 객관적인 근거자료 등에 따라 구체적으로 심리함으로써 합리적이고 적법ㆍ타당한 판단을 하도록 하여야 하며, 이를 위해 필요하다고 인정되면 스스로 사실조사를 할 수 있다.④ 청구인이 증거서류로 제출한 원본을 반환 요구하는 경우에는 이를 복사한 후 원본을 반환한다.

제26조(영세납세자에 대한 증거조사 특례) ① 대리인을 선정하지 않은 영세납세자가 수집하여 제시하기 어려운 금융기관자료, 관공서자료 등은 심리담당이 직접 수집하거나 관련기관에 조회하여 처리할 수 있다. 다만, 금융거래에 대하여 조회하였으나 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」에 따라 회신받을 수 없는 등 직접 수집이 곤란한 경우에는 그러하지 아니하다.② 제1항에서 영세납세자란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(법인사업자를 제외한다)를 말한다. 다만, 법령해석에 관한 사항과 가짜세금계산서판매상 확정자료 관련사건은 제외한다.1. 청구세액이 3천만원 이하인 사건2. 그 밖의 납세자보호담당관이 직접 수집이 필요하다고 인정한 사건③ 심리담당은 사건을 배정받는 즉시 제1항 및 제2항의 기준에 해당하는지를 확인하여야 한다.

제27조(현장확인) ① 청구인 또는 그 대리인은 과세전적부심사청구와 관련하여 현장확인을 청구할 수 있다.② 제1항에 따른 현장확인을 청구하려는 자는 현장확인신청서(국세심사사무처리규정 별지 제6호 서식)에 현장확인이 필요한 이유, 장소, 일시 등을 기록하여 세무서장이나 지방국세청장에게 신청하여야 한다.③ 제2항에 따른 신청이 있는 경우 심리담당은 확인 신청내용이 과세전적부심사청구의 쟁점과 관련된 것인지 및 현장확인을 할 필요가 있는지 여부를 검토하여 현장확인신청검토서(국세심사사무처리규정 별지 제7호 서식)에 따라 납세자보호담당관의 결재를 받아야 한다.④ 심리담당은 현장확인을 하는 것으로 결정된 때에는 즉시 현장 확인 장소와 일시 등을 전화 등으로 통지하고, 현장확인을 하지 않는 것으로 결정한 때에는 그 사유를 접수일부터 3일 이내에 서면으로 통지하여야 한다.⑤ 현장확인은 해당 심리담당을 포함하여 심리업무 담당 공무원 2명 이상이 확인하는 것을 원칙으로 하되, 부득이한 경우 심리담당이 단독 확인할 수 있다.⑥ 제5항에 따라 현장확인을 하는 경우 현장확인출장증(별지 제22호 서식)에 출장자, 현장확인대상, 출장목적, 출장기간, 현장확인범위 등을 기재하여 현장확인 대상 청구인 또는 대리인에게 제시하여야 한다.⑦ 현장확인을 한 심리담당은 그 결과를 즉시 담당과장에게 구두 또는 문서로 보고하고 과세전적부심사청구사건조사서(별지제12호 서식)의 조사내용 또는 과세전적부심사결정서(별지 제16호 서식)의 사실관계에 명확히 기록하여 이를 반영하여야 한다.

제28조(금융증빙 등의 조회) ① 청구인 또는 그 대리인은 과세전적부심사청구와 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증빙(이하 이 조에서 "금융증빙 등"이라 한다)을 직접 조회할 수 없는 경우에는 이를 세무서장 및 지방국세청장이 대신 조회해 줄 것을 청구할 수 있다.1. 과세전적부심사청구와 관련된 금융증빙2. 거래상대방 등 과세전적부심사청구와 관련된 자의 장부 등3. 관공서 보관증빙② 제1항에 따른 금융증빙 등의 조회를 청구하고자 하는 자는 금융증빙 등 조회신청서(국세심사사무처리규정 별지 제8호 서식)에 금융증빙 등의 조회가 필요한 이유, 조회대상 및 범위 등을 기록하여 세무서장이나 지방국세청장에게 신청하여야 한다.③ 제2항에 따른 신청이 있는 경우 심리담당은 조회 신청내용(특히 사건관련인의 금융증빙 조회)이 과세전적부심사청구의 쟁점과 관련된 것인지 및 금융증빙 등의 조회가 필요한지 여부를 검토하여 금융증빙 등 조회신청검토서(국세심사사무처리규정 별지 제9호 서식)에 따라 납세자보호담당관의 결재를 받아야 한다.④ 심리담당은 금융증빙 등을 조회하기로 결정한 때에는 즉시 조회대상 및 범위 등을 전화 등으로 통지하고, 조회를 하지 않기로 결정한 때에는 그 사유를 접수일부터 3일 이내에 서면으로 통지하여야 한다.⑤ 금융증빙 등의 조회는 공문으로 조회하는 것을 원칙으로 하되, 납세자보호담당관의 결재를 받아 직접 출장하여 수집할 수 있다.⑥ 출장 수집의 경우 해당 심리담당을 포함하여 심리업무 담당 공무원 2명 이상이 출장하여 수집하는 것을 원칙으로 하되, 부득이한 경우 심리담당이 단독 출장하여 수집할 수 있다.⑦ 제5항 및 제6항에 따라 금융증빙 등을 수집한 심리담당은 그 결과를 즉시 담당과장에게 구두 또는 문서로 보고하고, 과세전적부심사청구 사건조사서(별지 제12호 서식)의 조사내용 또는 과세전적부심사결정서(별지 제16호 서식)의 사실관계에 명확히 기록하여 이를 반영하여야 한다.

제29조(사건조사서 등 작성) ① 심리담당이 사건조사를 완료한 때에는 과세전적부심사청구 사건조사서(별지제12호서식)를 작성하여야 한다. 다만, 청구인의 의견진술 신청이 없는 경미한 사항이거나 국세심사위원회에 일괄하여 심의할 사건에 대해서는 사건조사서를 작성하지 아니하고 결정서(안)을 작성할 수 있다.② 제1항의 본문 규정 중 국세심사위원회에서 일괄 심의할 사건(이하 "일괄상정 안건"이라 한다)은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사건으로서 시행규칙 제23조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 사건을 말한다.1. 청구사항이 법령의 해석에 관한 것이 아닌 것2. 청구사항이 법령의 해석에 관한 것으로서 동일하거나 유사한 청구에 대하여 이미 국세심사위원회의 심의를 거쳐 결정된 사례가 있는 경우③ 사건조사서에는 사실관계, 통지내용, 청구주장 및 통지관서 의견, 관련법령ㆍ기본통칙ㆍ예규ㆍ판례 등 선결정례, 사실관계 조사내용 및 심리담당 의견(판단) 등이 포함되어야 한다.

제30조(심리자료 사전열람 및 의견진술 안내) ① 심리담당은 국세심사위원회 개최일 7일 전까지 심리자료(사건조사서나 결정서(안)의 심리의견 또는 판단을 제외한 부분을 말하며, 이하 이 조에서 "심리자료"라 한다.)를 심리자료 사전열람 및 의견진술 신청 안내(별지 제13호 서식)에 첨부하여 청구인(대리인이 있는 경우 대리인)과 통지관서(의견서를 작성한 세무서장 또는 지방국세청장을 포함한다)의 소관과 팀장에게 송부하여야 한다. 다만, 의견진술이 없는 경우로서 청구요건을 갖추지 못하여 제33조제4항에 따라 심사제외 결정하는 경우는 제외한다.② <삭 제>③ <삭 제>④ 심리담당은 제1항의 심리자료와 제21조제2항의 통지관서 의견서(이하 "심리자료 등"이라 한다)를 열람한 청구인이나 소관과에서 주장 또는 증거자료를 추가로 제출하는 경우에는 이를 사건조사서 등에 기록하여 반영하여야 한다.⑤ 세무서장이나 지방국세청장은 제1항 및 제21조제2항에 따라 심리자료 등을 청구인 및 통지관서에 송부할 때에 의견진술을 하려면 국세심사위원회 개최일 7일 전까지 의견진술신청을 하도록 안내하여야 한다.⑥ 제1항 및 제21조제2항의 심리자료 등은 청구인 또는 대리인에게는 국세청 대내포털시스템의 전산자료를 활용하거나 국세청 메일 또는 국세청 전자팩스 시스템을 이용하여 송부하고, 의견서를 작성한 소관과에는 심리자료를 내부 메일을 이용하여 송부하여야 한다.⑦ 심리담당은 청구인 및 대리인의 메일이 확인되지 아니할 경우에는 세무조사결과 등 통지를 한 세무서(납세자보호실)나 지방국세청(심사팀)에서 심리자료 등을 열람할 수 있다는 내용의 안내문을 청구인 및 대리인에게 팩스로 송부하거나 전화 등으로 안내하여야 한다.

제31조(국세심사위원회 심의 요구) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 과세전적부심사청구에 대한 사건조사를 완료한 때에는 과세전적부심사청구 심리의견 및 심의요구서(별지 제15호 서식)에 사건조사서를 첨부하여 세무서ㆍ지방국세청 국세심사위원회에 회부하여 심의를 요구하여야 하고, 일괄상정안건에 대해서는 과세전적부심사청구 심리의견 및 심의요구서(별지 제15호 서식)에 결정서(안)을 첨부하여 심의를 요구하여야 한다. 다만, 청구인의 의견진술 신청이 없는 경미한 사항에 대해서는 그러하지 아니할 수 있다.② 제1항에 따라 세무서ㆍ지방국세청 국세심사위원회에 회부하는 사건은 위원장과 각 위원에게 회의 개최 5일 전까지 사건조사서 등을 배부하여야 한다.③ 제1항에 따른 과세전적부심사청구에 대한 심의절차와 세무서ㆍ지방국세청 국세심사위원회의 구성 및 운영 등에 관한 사항은 「국세심사사무처리규정」을 준용한다.

제32조(조기처리분석반 설치ㆍ운영) ① 세무서장(납세자보호담당관) 및 지방국세청장(납세자보호담당관)은 제31조제1항의 단서에 따라 국세심사위원회에 회부하지 아니하고 과세전적부심사청구 결정을 하는 경우는 신속하고 효율적인 업무처리를 위하여 관서 형편에 맞도록 심리담당 직원 2명에서 4명까지 구성한 조기처리분석반을 설치ㆍ운영하여야 한다.②조기처리분석반은 제33조제1항에 따라 과세전적부심사청구를 결정할 때에는, 심리 내용이 선결정례에 배치되는지 또는 내용의 논리적 모순이 없는지 등에 대한 충분한 토의를 거쳐 결정서(안)을 심리하고, 과세전적부심사청구 심리의견 및 결정서(별지 제17호 서식)에 조기처리분석반의 심리담당이 연명하여 서명ㆍ날인하여야 한다.

제33조(과세전적부심사청구에 대한 결정) ① 과세전적부심사청구를 받은 세무서장 또는 지방국세청장은 원칙적으로 청구를 받은 날부터 30일 이내에 결정하여야 한다. 다만, 영세납세자가 청구하는 사건에 대해서는 가능하면 20일 이내에 결정한다.②과세전적부심사청구에 대한 결정서는 별지 제16호 서식에 따라 작성한다. 다만, 제4항의 심사제외결정은 별지 제18호 서식에 따라 작성한다.③ 결정서에는 결정 주문과 이유를 기록하되 그 이유는 다음 각 호의 순서에 따라 별지로 작성하며, 내용이 명확하고 논리의 일관성이 유지되도록 작성하여야 한다. 이 경우 청구인 이외의 자에 관한 정보에 대해서는 필요한 경우 익명으로 처리할 수 있다.1. 사실관계 및 통지내용2. 청구주장3. 통지관서(감사관ㆍ조사관서) 의견4. 심리 및 판단가. 쟁점나. 관련법령다. 사실관계라. 판단5. 결론④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 심사제외결정을 한다.1. 청구기간을 경과하거나 제9조제1항에 규정하는 보정요구 기간 내에 보정하지 아니하는 경우2. 제7조제2항에 따라 과세전적부심사청구 기간 중 과세처분을 한 부분3. 제20조에 따라 스스로 바로잡아 심리할 대상이 없는 경우4. 제24조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우

제34조(결정서의 통지 및 불복방법의 안내 등) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 과세전적부심사청구에 대한 결정을 하는 즉시 그 결정내용을 청구인(대리인이 있는 경우 대리인)과 세무조사결과 등 통지를 한 소관과장 등(감사결과 과세예고통지의 경우 감사관 포함)에게 통지하여야 한다. 이때 세무조사 결과 등 통지를 한 소관과장 등에 대한 결정서 송부는 국세청 대내포털시스템을 이용하여 불복결정결과를 수록하는 것으로 할 수 있다.②제1항에 따라 과세전적부심사청구에 대한 결정을 한 세무서장 또는 지방국세청장은 청구인이 세무조사결과등 통지를 받은 후 납세지를 변경한 경우에는 결정 즉시 그 결정서와 관련 서류를 변경 후 납세지 관할세무서장(과세전적부심사청구 결정에 따라 부과처분을 하여야 할 세무서장을 말한다)에게 이송하여 처리하도록 하여야 한다.③ 제1항에 따라 통지하는 결정서에는 고지서를 받은 날(처분이 있은 것을 안 날 또는 처분의 통지를 받은 날)부터 90일 내에 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구를 할 수 있다는 뜻을 덧붙여 적어 처분 후의 불복방법을 안내하여야 한다.

제35조(결정지연 통지) 과세전적부심사청구를 받은 세무서장 또는 지방국세청장은 부득이하게 결정기간(청구일로부터 30일) 내에 결정을 하지 못한 경우에는 과세전적부심사 결정지연통지서(별지 제19호 서식)에 따라 결정이 늦어진 내용을 청구인에게 통지하여야 한다.

제36조(결정지연에 따른 납부지연가산세 감면) 과세전적부심사청구에 대한 결정에 따라 부과처분을 할 세무서장 또는 지방국세청장은 과세전적부심사청구에 대한 결정이 과세전적부심사 결정ㆍ통지기간(청구일로부터 30일 이내)에 청구인(대리인이 있는 경우 대리인)에게 통지되지 아니한 경우에는 과세전적부심사결정(심사제외결정 포함)에 따른 세액의 결정ㆍ경정시 법 제48조제2항제3호의 규정에 따라 과세전적부심사 결정ㆍ통지가 늦어진 기간에 부과되는 납부지연가산세(법 제47조의4) 중 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여 결정ㆍ경정한다.

제37조(결정서의 오류정정) ① 제34조에 따라 과세전적부심사청구에 대한 결정서가 청구인(대리인이 있는 경우에는 대리인) 및 소관과장 등에게 송달된 후 결정서의 내용이 잘못 기록되어 있거나 계산오류가 있는 것이 명백한 때에는 소관 세무서장 또는 지방국세청장은 납세자보호담당관의 보고를 받아 스스로 바로잡거나 청구인(대리인이 있는 경우에는 대리인)의 신청에 따라 이를 정정하여야 한다.② 제1항에 따라 정정을 한 때에는 해당 정정결정서를 지체 없이 청구인(대리인이 있는 경우에는 대리인) 및 소관과장 등에게 통지하여야 한다.

제38조(결정 후 과세절차의 진행) ① 제34조 및 제37조에 따라 결정서를 통보받은 소관 세무서장 또는 지방국세청장은 지체 없이 수입금액 또는 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 등의 필요한 절차를 진행하여야 하며, 통보받은 결정내용이 채택, 일부채택인 경우에는 7일 이내에 청구인에게 그 변경 처리결과를 별지 제21호 서식에 따라 통지하여야 한다.② 법 제81조의15제5항제2호 단서에 따른 재조사결정을 통보받은 소관 세무서장 또는 지방국세청장은 결정일로부터 60일 이내에 재조사를 완료하여야 하며 재조사는 해당 과세예고 통지를 한 업무담당과장이 실시한 후 그 결과에 따라 후속 업무처리를 하고, 국세청 대내포털시스템에 후속업무처리 결과를 수록한 후 청구인에게 과세전적부심사 재조사결정에 따른 처리결과를 별지 제21호 서식에 따라 통지 하여야 한다. 다만, 재조사에 많은 기일이 필요한 경우 등 부득이한 사정이 있어 그 기일 내에 재조사를 완료할 수 없을 때에는 청구인에게 그 사실을 통지하여야 한다.③ 제2항의 경우 조사업무를 담당하지 않는 과장으로서 재조사와 관련하여 현장확인 등을 실시하였음에도 재조사결정의 목적을 달성할 수 없는 경우에는 즉시 관서장의 결재를 받아 조사업무를 담당하는 과장에게 재조사를 의뢰할 수 있으며, 제18조제3항에 해당하는 조사관서가 따로 있는 경우에는 해당 조사 관할 관서장이 재조사를 담당한다.④ 제2항 및 제3항의 경우 재조사를 하는 소관 세무서장 또는 지방국세청장은 재조사 시 당초 업무처리자(조사팀의 경우 팀장 포함)를 조사담당에서 제외하고 재조사의 범위는 결정서 주문에 한정한다.⑤제2항의 경우 재조사에 상당한 기일이 필요한 경우 등 부득이한 사정이 있어 그 기일내에 재조사를 완료할 수 없을 때에는 법 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다.

제39조(접수절차) ① 국세청장에게 청구하는 과세전적부심사청구는 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장 또는 지방국세청장을 거쳐 국세청장에게 청구하거나 국세청장에게 직접 청구할 수 있다.② 청구인이 과세전적부심사청구를 국세청장에게 직접 접수한 경우에는 국세청장은 제14조제1항에 따라 수록한 전자문서를 즉시 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장, 지방국세청장에게 이송하여야 한다.③ 청구인이 국세청장에게 청구하는 과세전적부심사청구를 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장, 지방국세청장에게 제출하지 아니하였을 경우에는 그 청구서를 접수한 다른 세무서장은 즉시 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장, 지방국세청장에게 이송하고, 청구인에게 그 사실을 서면으로 통지하여야 한다.④ 제1항 및 제2항에 따라 청구서를 접수한 세무서장(납세자보호담당관) 또는 지방국세청장(납세자보호담당관)은 즉시 제13조에 따라 국세청 대내포털시스템에 재결청을 국세청으로 하여 청구내용을 전산입력하여야 하며, 심리담당을 지정하고 국세청 대내포털시스템에 입력하여야 한다.⑤ 제3항의 경우 과세전적부심사청구는 최초의 세무관서에 접수된 날에 그 청구를 한 것으로 본다.

제40조(과세전적부심사청구서 등 송부) ① 국세청장에게 제기하는 과세전적부심사청구서를 접수한 세무서장(납세자보호담당관) 또는 지방국세청장(납세자보호담당관)은 제14조제1항에 따라 접수일부터 2일 이내에 과세전적부심사청구 서류 모두를 국세청 대내포털시스템에 전자문서로 수록하고, 소관과장 등에게 제14조제2항 규정에 따라 5일 이내(접수일부터 7일 이내)에 제18조제1항 및 제41조에 따른 심리자료를 국세청 대내포털시스템에 전자문서로 수록하도록 접수 내용을 통지한 후 국세청장에게 전산으로 통지하여야 한다. 이 경우에도 세무서장 또는 지방국세청장은 과세전적부심사청구서 정본을 접수일부터 2일 이내에 국세청장에게 이송하여야 한다.② 세무서장 또는 지방국세청장에게 청구한 과세전적부심사청구 내용이 제4조제1항 단서 및 제4조제2항제1호부터 제2호까지에 해당하여 국세청장에게 청구해야 할 대상이라고 판단되는 경우 해당 세무서장 또는 지방국세청장은 제14조제1항 및 제2항에 따라 전자문서 수록 후 그 내용을 과세전적부심사청구에 대한 의견서(별지제9호서식)에 기록하여 국세청장에게 이송하고, 그 사실을 청구인에게 통지하여야 한다.③ 국세청장은 제2항에 따라 국세청장에게 이송된 과세전적부심사청구서에 대하여 즉시 제4조제2항 각 호의 규정에 해당하는지 여부를 검토하고, 해당하지 않을 경우 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장 또는 지방국세청장에게 이송하며, 그 사실을 서면으로 청구인에게 통지하여야 한다.

제41조(심리자료 제출 및 의견서 작성에 관한 준용규정) 국세청장에게 청구하는 과세전적부심사청구에 대한 심리자료 제출 및 청구에 대한 의견서 작성은 제18조 및 제19조의 규정을 준용한다.

제42조(직권시정 요구) ① 국세청장은 과세전적부심사청구의 대상이 된 세무조사결과 등 통지가 제20조제1항에 해당하는 경우에는 소관 세무서장, 지방국세청장으로 하여금 스스로 바로잡게 할 수 있다.② 제1항에 따른 스스로 바로잡게 하는 요구는 문서에 의한다.③ 제1항에 따라 스스로 바로잡은 소관 세무서장, 지방국세청장은 그 결과를 결의서 첨부하여 7일 이내에 국세청장에게 보고하여야 한다.

제44조(사건파악 및 처리방향 결정) ① 심리담당은 과세전적부심사청구를 배정받는 즉시 통지내용, 청구인주장, 쟁점 등 사건내용을 파악한 후 보정요구, 심사제외결정, 관계 국ㆍ실ㆍ과의 의견조회, 사실관계 추가조사, 직권시정 요구, 국세심사위원회 심의요구 등 처리방향을 정하여야 한다.② 〈삭 제〉③ 심리담당은 과세전적부심사청구서와 청구에 대한 의견서를 검토하여 쟁점 및 사실관계를 신속히 확정하기 위해 필요하다고 인정될 경우 조사담당자 및 청구인 또는 대리인을 참석하도록 하여 의견을 청취할 수 있으며, 의견청취 결과는 사건조사서에 반영하여야 한다.

제45조(요건심리) ① 과세전적부심사청구를 심리할 때에는 청구내용을 심리하기에 앞서 청구기간 및 제5조의 규정에 해당되는지 여부 등에 대한 청구요건을 심리하고, 제9조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제9조 규정에 따라 그 보정을 요구하여야 한다.② 청구요건이 갖추어지지 아니한 경우에도 청구내용이 제20조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 직권시정 요구하여야 한다.③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 보정요구 없이 제52조제4항에 따라 처리한다.1.과세전적부심사청구에 대한 결정을 청구의 대상으로 한 경우2.제4조제1항 각 호의 자 외의 자가 청구한 경우3.제5조 각 호에 규정한 경우를 청구대상으로 한 경우4. 심리할 대상이 없거나 대리권 없는 자가 청구한 경우

제46조(관계 국ㆍ실의 의견조회) ① 심사담당관은 과세전적부심사청구 심리를 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 서면으로 청구내용에 관계되는 소관 국ㆍ실에 그 의견을 조회할 수 있고, 법원에서 국가가 반복 패소하는 등 기존의 세법해석을 변경 또는 새로운 해석이 필요하다고 판단되는 경우에는 법규과장에게 국세법령해석심의위원회의 심의를 요청할 수 있다.② 제1항의 규정에 따라 의견조회를 받은 관련 국ㆍ실은 이를 받은 날부터 7일 이내에 회보하여야 하고, 제1항 후단 규정에 따라 심의요구를 받은 법규과장은 국세법령해석심의위원회의 심의를 거쳐 조속한 시일 내에 회보하여야 한다.

제47조(사건조사서 등 작성) ① 심리담당은 관계 국ㆍ실 및 소관 세무서장 또는 지방국세청장의 의견 등을 참작하여 사건조사를 완료한 때에는 과세전적부심사청구 사건조사서(별지 제12호서식)를 작성하여야 하고, 국세심사위원회에서 일괄 심의할 사건에 대해서는 결정서(안)을 작성할 수 있다. 다만, 청구요건을 갖추지 못하여 제52조제4항에 따라 심사제외결정하는 경우에는 제외한다.② 제1항의 본문 중 국세심사위원회에서 일괄 심의할 사건(이하 이 규정에서 "일괄상정 안건"이라 한다)은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사건으로서 시행규칙 제23조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 사건을 말한다.1. 청구사항이 법령의 해석에 관한 것이 아닌 것2. 청구사항이 법령의 해석에 관한 것으로서 동일하거나 유사한 청구에 대하여 이미 국세심사위원회의 심의를 거쳐 결정된 사례가 있는 경우③ 사건조사서에는 사실관계, 통지내용, 청구주장 및 통지관서 의견, 관련법령ㆍ판례 등 선결정례, 사실관계 조사내용 및 심리담당 의견(판단)등이 포함되어야 한다.

제48조(심리자료 사전열람 및 의견진술 안내) ① 심리담당은 국세심사위원회 개최일 7일 전까지 심리자료(사건조사서나 결정서(안)의 심리의견 또는 판단을 제외한 부분을 말하며, 이하 이 조에서 "심리자료"라 한다.)를 심리자료 사전열람 및 의견진술 신청 안내(별지 제13호 서식)에 첨부하여 청구인(대리인이 있는 경우 대리인)과 통지관서(의견서를 작성한 세무서장 또는 지방국세청장을 포함한다)의 소관과 팀장에게 송부하여야 한다. 다만, 의견진술이 없는 경우로서 청구요건을 갖추지 못하여 제33조제4항에 따라 심사제외 결정하는 경우는 제외한다.② <삭 제>③ <삭 제>④ 심리담당은 제1항의 심리자료와 통지관서 의견서(이하 이조에서 "심리자료 등"이라 한다)를 열람한 청구인이나 소관과에서 주장 또는 증거자료를 추가로 제출하는 경우에는 이를 사건조사서 등에 기록하여 반영하여야 한다.⑤ 국세청장은 제1항에 따라 심리자료 등을 청구인 및 통지관서에 송부할 때에 의견진술을 하려면 국세심사위원회 개최일 7일전까지 의견진술신청을 하도록 안내하여야 한다.⑥ 제1항에 따른 심리자료 등은 청구인 및 대리인에게는 국세청 메일 또는 국세청 전자팩스 시스템을 이용하여 송부하고, 의견서를 작성한 소관과에는 심리자료를 내부 메일을 이용하여 송부하여야 한다.⑦ 심리담당은 청구인 또는 대리인의 전자우편이 확인되지 아니할 경우에는 세무조사결과 등 통지를 한 세무서(납세자보호실)ㆍ지방국세청(심사팀) 또는 국세청(심사담당관실)에서 심리자료 등을 열람할 수 있다는 내용의 안내문을 청구인 또는 대리인에게 팩스로 송부하거나 전화 등으로 안내하여야 하고, 청구인 또는 대리인이 세무조사결과 등 통지를 한 세무서, 지방국세청에서 심리자료 등을 열람할 수 있도록 세무서(납세자보호실장), 지방국세청(심사팀장)에게 내부 메일로 제1항에 따른 심리자료 등을 송부하여야 한다.

제49조(부심리담당과 세목별 심리전문관) ① 심사담당관은 과세전적부심사청구에 대한 심리를 공정하고 충실하게 하기 위하여 과세전적부심사청구의 심리담당 외에 부심리담당과 세목별 심리전문관을 정하여 운영할 수 있다.② 세목별 심리전문관은 심사1담당관실과 심사2담당관실에서 1명 이상 둘 수 있다.③ 심리담당은 합동심사실무위원회를 거치지 않는 일괄상정 안건에 대해서는 심리의견 적정여부 검토표(별지 제14호 서식)에 의하여 부심리담당과 세목별 심리전문관의 검토를 받아야 한다.④ 제3항의 심리담당이 세목별 심리전문관에게 검토를 받을 때에 심사1담당관실의 심리담당은 심사2담당관실의 세목별 심리전문관의 검토를 받아야 하고, 심사2담당관실의 심리담당은 심사1담당관실의 세목별 심리전문관의 검토를 받아야 한다.⑤ 심리전문관은 심리내용이 선결정내용에 배치되는지, 내용의 논리적 모순은 없는지 등을 검토한 후 검토의뢰 받은 날부터 3일 이내에 통보하여야 한다.⑥ 제1항에 따른 세목별 심리전문관은 「국세심사사무처리규정」 제55조에 따라 지정된 세목별 심리전문관에 의하여 운영한다.

제50조(심사실무위원회) ① 납세자보호관은 국세심사위원회의 심의에 회부하는 과세전적부심사 청구사건의 심리를 위하여 필요하다고 인정하면 해당 사건을 국세심사위원회에 회부하기 전에 납세자보호관실 합동심사실무위원회에 회부하여 심의할 수 있다.② 심사담당관은 과세전적부심사 청구사건의 심리를 위하여 필요하다고 인정하면 합동심사실무위원회에 회부하기 전에 과별심사실무위원회의 심의를 거칠 수 있다.③ 합동심사실무위원회 및 과별심사실무위원회의 구성에 관한 사항은 「국세심사사무처리규정」 제57조 규정에 따른다.

제51조(국세청 국세심사위원회 심의 요구) ① 국세청장은 과세전적부 심사청구에 대한 사건조사를 완료한 때에는 과세전적부심사청구 심리의견 및 심의요구서(별지 제15호 서식)에 사건조사서를 첨부하여 국세청 국세심사위원회에 회부하여 심의를 요구하여야 한다. 다만, 일괄상정 안건에 대해서는 과세전적부심사청구 심리의견 및 심의요구서(별지 제15호 서식)에 결정서(안)을 첨부하여 회부하고, 청구요건을 갖추지 못하여 심사제외결정하는 경우에는 제외한다.② 국세심사위원회에 회부하는 사건은 국세심사위원회에 회부하기 전에 국세심사위원장에게 보고하여야 한다.③ 제1항에 따라 국세심사위원회에 회부하는 사건은 위원장과 각 위원에게 회의개최 5일 전까지 사건조사서 등을 배부하여야 한다.④ 제1항에 따른 과세전적부심사청구에 대한 심의절차와 국세청 국세심사위원회의 구성 및 운영 등에 관한 사항은 「국세심사사무처리규정」(제59조 제6항을 제외한다)을 준용한다.⑤ 국세심사위원회의 심의내용이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 ‘재상정검토서(국세심사사무처리규정 별지 제19호 서식)에 따라 검토한 후 필요한 경우에 한하여 재상정할 수 있다. 다만, 심의결과 결론이 나지 않아 재심의하는 경우는 검토서 작성을 생략한다.1. 새로운 과세유형 등 국세행정에 중대한 영향을 미칠 것으로 예상되는 경우2. 법령이나 종전의 법령해석 등에 배치되는 경우3. 중요 사실관계가 미비(누락)하거나 새로운 사실관계 확인이 필요한 경우

제52조(과세전적부심사청구에 대한 결정) ① 과세전적부심사청구를 받은 국세청장은 원칙적으로 청구를 받은 날부터 30일 이내에 결정하여야 한다.②과세전적부심사청구에 대한 결정서는 별지 제16호 서식에 따라 작성한다. 다만, 제4항의 심사제외결정은 별지 제18호 서식에 따라 작성한다.③ 결정서에는 결정 주문과 이유를 기록하되 그 이유는 다음 각 호의 순서에 따라 별지로 작성하며, 내용이 명확하고 논리의 일관성이 유지되도록 작성하여야 한다. 이 경우 청구인 이외의 자에 관한 정보에 대해서는 필요한 경우 익명으로 처리할 수 있다.1. 사실관계 및 통지내용2. 청구주장3. 통지관서(감사관ㆍ조사관서) 의견4. 심리 및 판단가. 쟁점나. 관련법령다. 사실관계라. 판단5. 결론④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 심사제외결정을 한다.1. 청구기간을 경과하거나 제9조제1항에 규정하는 보정요구 기간 내에 보정하지 아니하는 경우2. 제7조제2항에 따라 과세전적부심사청구 기간 중 과세처분을 한 부분3. 제20조에 따라 스스로 바로잡아 심리할 대상이 없는 경우4. 제45조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우

제53조(사건의 병합 등에 관한 준용규정) 국세청장에게 청구하는 과세전적부심사청구에 대한 사건의 병합심리, 증거서류 수집 등 사실관계 조사, 현장확인, 금융증빙 등 조사, 결정서의 통지 및 불복방법의 안내 등, 결정지연 통지에 관한 사항은 제23조, 제25조, 제27조, 제28조, 제34조, 제35조의 규정을 준용한다.

제54조(결정 후 과세절차의 진행) 국세청장에게 청구하는 과세전적부 심사청구에 대한 결정지연에 따른 납부ㆍ환급불성실 가산세 감면, 결정 후 과세절차의 진행, 결정서의 오류정정, 결정 후 과세절차의 진행에 관한 사항은 제36조, 제37조, 제38조의 규정을 준용한다.

제55조(국세청 과세전적부심사결정사례의 활용) ① 세무공무원이 세법에 규정한 처분을 하는 때에는 일반적으로 받아들여진 과세전적부심사결정 사례를 존중하여 같은 유형의 부당한 처분이 반복되지 아니하도록 하여야 한다.② 납세자보호관은 국세청 국세심사위원회의 심의를 거쳐 결정된 과세전적부심사결정서가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 관계 국ㆍ실ㆍ과장에게 통보하여 훈령ㆍ기본통칙ㆍ예규 등의 개정 등을 요청할 수 있다.1.세법해석의 중요한 선례가 되는 과세전적부심사 결정사례2.훈령ㆍ기본통칙ㆍ예규 또는 조세심판례ㆍ대법원판례와 다른 과세전적부심사 결정사례3.그 밖의 국세행정집행에 있어서 중요하다고 인정되는 과세전적부심사 결정사례③ 제2항에 따라 통보 받은 관계 국ㆍ실ㆍ과장은 그 내용을 검토하여 필요한 사항은 지방국세청장 및 세무서장에게 앞으로의 처리방향을 알려주어야 한다.④ 관계 국ㆍ실ㆍ과장은 제3항의 처리결과를 납세자보호관에게 통보하여야 한다.⑤ 국세청장(심사담당관)은 과세전적부심사결정서를 익명화하여 국세법령정보시스템에 공개하여야 한다. 다만, 청구인의 비공개 요청이 있는 사건 등은 공개하지 아니할 수 있다.⑥ 제5항 단서의 비공개 요청이 있는 사건 등이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사건을 말한다.1.청구인의 비공개 요청이 있는 사건2.공개실익이 없는 심사제외, 취하, 피병합 사건3.익명화를 하더라도 특정인, 개인정보, 과세정보가 유추가능한 사건4.공개시 사회적으로 부정적인 영향을 미칠 우려가 있는 사건5.그 밖의 제2호부터 제4호에 준하는 사건⑦ 제6항제1호에 따라 비공개 요청을 하려는 자는 「결정서 비공개 요청서(별지 제23호 서식)」를 작성하여 재결청에 제출하여야 한다.⑧ 제6항에 따라 결정서 비공개가 필요한 경우 심리담당은 「결정서 비공개 검토서(별지 제24호 서식)」(제6항제2호의 경우를 제외)를 작성하여야 한다. 다만, 제6항제1호의 경우 공개 시 납세자 권익보호에 반할 우려가 있는 경우 등 비공개의 필요성을 검토하여야 한다.

제57조(국세정보통신망을 통한 과세전적부심사청구 등) ① 이 법에 따른 과세전적부심사청구를 신청하려는 자는 과세전적부심사청구서와 그 밖의 서류를 국세정보통신망(국세청 홈택스)을 이용하여 제출할 수 있으며, 과세전적부심사청구 관련 민원신청과 진행상황 등을 조회할 수 있다.② 제1항에 따라 제출된 과세전적부심사청구서 등은 국세정보통신망에 입력한 때에 접수한 것으로 본다.

제58조(세무조사결과통지서 등의 전산관리 및 활용) ① 세무조사결과 통지, (감사결과)과세예고통지를 하는 세무서 또는 지방국세청의 소관과장은 국세청 대내포털시스템에서 세무조사결과통지서ㆍ감사결과 과세예고통지서ㆍ과세예고통지서를 출력하여 납세자에게 통지한다.

제59조(과세전적부심사업무의 전산관리 및 활용 등) ① 세무서장, 지방국세청장 및 국세청장은 과세전적부심사청구 업무와 관련된 각종 보고ㆍ통계 및 분석자료를 전산출력하여 활용한다.②과세전적부심사청구 중 청구인에게 통지ㆍ안내하는 경우 청구인 또는 대리인이 과세전적부심사청구서에 기록한 휴대전화번호나 메일(전자우편)로 통지ㆍ안내할 수 있다.

제60조(이해충돌방지 의무) 과세전적부심사청구의 심리와 심의업무를 수행하는 세무공무원은 공정한 직무수행을 위해 「공직자의 이해충돌 방지법 시행령」 및 「국세청 공직자의 이해충돌 방지제도 운영지침」을 준수하여야 한다.

제61조(공직퇴임세무사 수임제한) ① 재결청은 과세전적부심사청구서를 제출한 세무대리인이 공직퇴임세무사 수임제한 대상으로 조회되는 경우에는 수임제한 예외사유 해당여부 등을 검토하여 검토 의견을 작성하여야 한다.②수임제한 예외사유에 해당되지 않아 최종 수임제한 대상으로 확인되는 경우에는 「세무대리업무에 관한 사무처리규정」제23조(징계요구) 및 제26조(징계요건 조사보고)에 따른 절차를 진행하도록 하여야 한다.

제62조(재검토기한) 이 훈령은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 2025년 7월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.