연구개발세액공제기술심의 위원회 운영 세칙 (고시, 산업통상부)
공포일: 20250828 / 시행일: 20250903

제2조(정의) 이 지침에서 사용되는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.1. "신성장ㆍ원천기술"이란 「조세특례제한법 시행령」 별표 7에 따른 기술을 말한다.2. "신성장ㆍ원천기술연구개발비"란 「조세특례제한법 시행령」 제9조제3항에 따른 비용을 말한다.3. "신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설(이하 "신성장사업화시설"이라 한다)"이란 「조세특례제한법 시행령」 제21조제4항제1호가목 및 「조세특례제한법 시행규칙」 별표 6에 따른 시설을 말한다.4. "신성장ㆍ원천기술 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용시설(이하 "신성장연구개발시설"이라 한다)"이란 「조세특례제한법 시행령」 제21조제4항제1호나목에 따른 시설을 말한다.5. "국가전략기술"이란 「조세특례제한법 시행령」 별표 7의2에 따른 기술을 말한다.6. "국가전략기술연구개발비"란 「조세특례제한법 시행령」 제9조제7항에 따른 비용을 말한다.7. "국가전략기술의 사업화를 위한 시설(이하 "국가전략기술사업화시설"이라 한다)"이란 「조세특례제한법 시행령」 제21조제4항제2호가목 및 「조세특례제한법 시행규칙」 별표 6의 2에 따른 시설을 말한다.8. "국가전략기술 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용시설(이하 "국가전략기술연구개발시설"이라 한다)"이란 「조세특례제한법 시행령」 제21조제4항제2호나목에 따른 시설을 말한다.9. "전담기관"이란 「연구개발세액공제기술심의위원회의 구성 및 운영에 관한 규칙」(이하 "규칙"이라 한다) 제4조 제1항 각 호의 질의사항에 대한 검증 또는 조사 등을 총괄하여 수행하는 기관을 말한다.10. "사업화"란 기술을 이용하여 제품을 개발 또는 생산하여 판매하거나 그 과정의 관련 기술을 향상시키는 것을 말한다.11. "연구개발세액공제기술심의위원회"란 「조세특례제한법 시행령」제9조 제15항 및 규칙에 따라 설치된 위원회를 말한다.12. "연구개발세액공제기술"이란 연구개발세액공제기술심의위원회에서 심의하는 기술 및 시설을 말한다.

제3조(연구개발세액공제기술심의위원회) ① 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관은「연구개발세액공제기술심의위원회의 구성 및 운영에 관한 규칙」에 따라 연구개발세액공제기술심의위원회(이하 "위원회"라 한다)를 구성ㆍ운영한다.② 제6조에 따라 지정된 전담기관은 신성장ㆍ원천기술, 국가전략기술, 신성장사업화시설, 국가전략기술사업화시설, 신성장연구개발시설 및 국가전략기술연구개발시설 심의ㆍ인정에 필요한 사항을 조사하고, 그 결과에 관한 종합의견서를 위원회에 보고한다.③ 위원회는 제2항에 따라 전담기관이 보고한 종합의견서를 근거로 해당 신청에 대해 신성장ㆍ원천기술 인정 여부, 신성장사업화시설 인정 여부, 신성장연구개발시설 인정 여부, 국가전략기술 인정 여부, 국가전략기술사업화시설 인정 여부 또는 국가전략기술연구개발시설 인정 여부를 최종 심의한다.④ 위원회의 업무를 처리하기 위하여 위원회에 간사 1명을 두며, 간사는 제6조에 따라 지정된 전담기관의 위원회 운영 지원 업무를 수행하는 단장 또는 센터장으로 한다.

제4조(위원회 회의) ① 위원회 회의는 분기당 1회 개최한다. 다만, 해당 분기에 제9조에 따른 신청이 없을 경우 개최하지 않는다.② 제1항에도 불구하고 위원회의 위원장이 필요하다고 판단하는 경우에 회의를 개최할 수 있다.③ 전담기관의 장은 회의 개최 2주 전까지 위원회의 각 위원에게 회의 개최의 일시, 장소 및 심의안건 등을 서면(전자문서를 포함한다)으로 통지하여야 한다. 다만, 긴급을 요하는 등 기타 부득이한 경우에는 그러하지 않는다.④ 위원회는 경미한 안건이거나 긴급하게 처리할 필요가 있는 등 부득이한 사정이 있는 경우에는 서면으로 심의ㆍ의결할 수 있다.

제5조(전문위원회) ① 위원회는 위원회 심의 사항에 대한 사전 검토, 연구개발세액공제기술의 존폐여부, 신규 기술 검토ㆍ제안, 기타 위원회가 위임하는 사항 등을 위하여 필요한 경우 기술 분야별 전문위원회를 운영할 수 있다.② 전문위원회의 위원장은 위촉위원 중에서 위원회의 위원장이 협의하여 위촉하고, 전문위원회 위원은 연구개발세액공제기술에 대한 학식과 경험이 풍부한 사람으로 구성한다.

제6조(전담기관의 지정) ① 전담기관은 한국산업기술진흥원으로 한다.② 전담기관은 다음 각 호의 업무를 수행한다.1. 연구개발세액공제기술 심의ㆍ인정 사업계획 수립 및 운영실적 보고2. 연구개발세액공제기술 심의ㆍ인정 관련 정책 및 제도 개선 제안3. 연구개발세액공제기술 인정 신청서 접수 및 검토4. 위원회의 운영 지원5. 사전조사6. 전문위원회의 운영 지원7. 기타 연구개발세액공제기술ㆍ인정 제도에 필요한 사항③ 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관은 전담기관의 업무수행을 위해 행정적ㆍ재정적 지원을 할 수 있다.

제7조(연구개발세액공제기술 심의사무국의 설치) 전담기관의 장은 제6조제2항 각 호의 업무를 수행하기 위하여 연구개발세액공제기술 심의사무국(이하 "심의사무국"이라 한다)을 설치하고 업무 수행에 필요한 능력을 갖춘 인원을 배치하여야 한다.

제8조(사전조사단의 구성 및 운영) ① 전담기관의 장은 위원회의 심의를 지원하기 위해 사전조사단을 구성하고 운영할 수 있다.② 사전조사단은 제14조 각 호에 해당하는 자 등 해당 분야 전문가 3명 이상으로 구성한다.③ 제2항에도 불구하고 「조세특례제한법 시행령」 별표7에 따른 신성장ㆍ원천기술 및 「조세특례제한법 시행령」 별표7의2에 따른 국가전략기술 분야별 대상기술 관계부처의 추천을 받은 자를 사전조사단 위원으로 위촉할 수 있다.④ 사전조사단은 신청인의 신청내용에 대한 조사(이하 "사전조사"라 한다)를 위해 필요시 서면조사, 현장실사 등을 수행할 수 있다.

제9조(인정 신청 접수 및 처리기간) ① 「연구개발세액공제기술심의위원회의 구성 및 운영에 관한 규칙」 제4조제1항 각 호에 따른 질의를 하려는 자(이하 "신청인"이라 한다)는 전담기관의 심의사무국에 별지 제1호, 제2호, 제3호, 제4호, 제5호, 제6호 서식의 신청서(이하 "신청서"라 한다)에 다음 각 호의 서류(전자문서를 포함한다. 이하 같다)를 첨부하여 제출하여야 한다.1. 신성장ㆍ원천기술, 국가전략기술, 신성장사업화시설, 국가전략기술사업화시설, 신성장연구개발시설 또는 국가전략기술연구개발시설 해당 여부 확인에 필요한 다음 각 목의 서류가. 연구개발: 연구개발 인정 신청서(별지 제1호, 제4호), 연구개발 사업보고서(별지 제7호), 과제(프로젝트)별 연구개발 보고서(별지 제8호) 및 그 밖에 연구개발을 증명하는 서류나. 사업화시설투자: 사업화시설투자 인정 신청서(별지 제2호, 제5호), 사업화시설투자 사업보고서(별지 제9호), 사업화시설투자 명세서(별지 제10호) 및 그 밖에 기술의 사업화를 위한 시설임을 증명하는 서류다. 연구개발시설투자: 연구개발시설투자 인정 신청서(별지 제3호, 제6호), 연구개발 사업보고서(별지 제7호), 과제(프로젝트)별 연구개발 보고서(별지 제8호), 연구개발시설투자명세서(별지 11호) 및 그 밖에 기술의 연구개발을 위한 시설임을 증명하는 서류2. 기타 전담기관의 장이 신성장ㆍ원천기술, 국가전략기술, 신성장사업화시설, 국가전략기술사업화시설, 신성장연구개발시설 또는 국가전략기술연구개발시설 인정을 위해 필요하다고 판단하여 요구한 자료② 전담기관의 장은 신청서 및 첨부서류의 내용이 미비하거나 추가로 필요한 자료가 있는 경우에는 신청인에게 15일 이내의 기간을 정하여 그 보완을 요청할 수 있다.③ 전담기관의 장은 제2항에 따라 지정된 기간 내에 신청인이 신청서 및 첨부서류를 보완하여 제출하지 않는 경우 해당 신청을 반려할 수 있다.④ 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관은 신청서를 접수한 날이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내(이하 "처리기간"이라 한다)에 신성장ㆍ원천기술, 국가전략기술, 신성장사업화시설, 국가전략기술사업화시설, 신성장연구개발시설 또는 국가전략기술연구개발시설 인정 여부를 결정하여야 한다. 다만, 제2항에 따라 신청서 및 첨부서류의 보완에 소요되는 기간은 처리기간에 산입하지 않는다.⑤ 전담기관의 장은 제출된 신청서 및 첨부서류를 신청인에게 반환하지 않으며, 신청인의 동의 없이 신청서 및 첨부서류의 내용을 공개하여서는 안된다.

제10조(사전조사) ① 전담기관의 장은 제9조제1항에 따라 신청을 받은 경우에 해당 신청에 대하여 사전조사를 할 수 있다.② 전담기관의 장은 제3항 각 호에 따른 사전조사를 위하여 신청인에게 질의, 증빙서류 등 사전조사에 필요한 자료 등을 요청할 수 있다. 이 경우 신청인은 특별한 사유가 없는 한 사전조사에 협조해야 한다.③ 전담기관의 장은 다음 각 호의 사항을 조사한다.1. 신청인이 지출한 연구개발비의 연구개발 대상 기술이 「조세특례제한법 시행령」 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술에 해당되는지 여부의 판단에 필요한 사항2. 신청인이 지출한 연구개발비의 연구개발 대상 기술이 「조세특례제한법 시행령」 별표 7의2에 따른 국가전략기술에 해당되는지 여부의 판단에 필요한 사항3. 신청인이 투자한 대상 사업화시설이 「조세특례제한법 시행령」 제21조제4항제1호가목 및 「조세특례제한법 시행규칙」 별표 6에 따른 신성장기술의 사업화를 위한 시설에 해당되는지 여부의 판단에 필요한 사항4. 신청인이 투자한 대상 사업화시설이 「조세특례제한법 시행령」 제21조제4항제2호가목 및 「조세특례제한법 시행규칙」 별표 6의2에 따른 국가전략기술 사업화를 위한 시설에 해당되는지 여부의 판단에 필요한 사항5. 신청인이 투자한 대상 연구개발시설이 「조세특례제한법 시행령」 제21조제4항제1호나목에 따른 신성장연구개발시설에 해당되는지 여부의 판단에 필요한 사항6. 신청인이 투자한 대상 연구개발시설이 「조세특례제한법 시행령」 제21조제4항제2호나목에 따른 국가전략기술연구개발시설에 해당되는지 여부의 판단에 필요한 사항7. 기타 신성장ㆍ원천기술, 국가전략기술, 신성장사업화시설, 국가전략기술사업화시설, 신성장연구개발시설 또는 국가전략기술연구개발시설 인정 검토에 필요한 사항④ 전담기관의 장은 제1항 내지 제3항에 의한 사전조사의 내용을 기재한 별지 제12호 서식의 신성장ㆍ원천기술, 국가전략기술, 신성장사업화시설, 국가전략기술사업화시설, 신성장연구개발시설 또는 국가전략기술연구개발시설 사전조사결과 종합의견서를 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관에게 송부하고, 제3조 제2항에 따라 그 종합의견서를 위원회에 보고한다.

제12조(이의신청 절차 등) ① 신성장ㆍ원천기술, 국가전략기술, 신성장사업화시설, 국가전략기술사업화시설, 신성장연구개발시설 또는 국가전략기술연구개발시설 인정 심의 결과에 대해 심의 방법이나 절차에 중대한 하자가 있다고 판단하는 경우 1회에 한하여 이의를 전담기관의 장을 경유하여 위원회에 제기할 수 있다.② 제1항의 이의제기를 하려는 자는 제11조에 따른 통지를 받은 날로부터 30일 이내에 별지 제13호 서식의 이의신청서와 관련된 서류 등을 제출해야 한다.③ 위원회는 제2항에 따라 이의신청서를 접수한 경우 해당 내용을 심의하고 이의신청서를 접수한 날부터 45일 이내에 그 심의결과를 이의신청인에게 통지하여야 한다.④ 위원회는 제1항에 따른 이의신청에 관하여 전담기관의 장에게 필요한 조사를 하게 할 수 있다.

제14조(사전조사 위원의 요건) 사전조사 위원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다.1. 산업계 : 박사학위 소지자 또는 석사(학사)학위 소지자로서 해당분야 5년(7년) 이상 경력자 또는 주식회사의 임원2. 학계 : 「고등교육법」 제2조의 학교에서 조교수 이상 전임 교원3. 연구계 : 박사학위 소지자 또는 석사(학사)학위 소지자로서 해당분야 5년(7년) 이상 경력자4. 전문자격자 : 공인회계사 또는 변리사 자격증 소지자로서 해당분야 5년 이상 경력자5. 공무원 : 5급 이상의 공무원6. 전담기관의 장이 제1호 내지 제5호와 동등한 자격이 있다고 인정하는 자

제15조(사전조사 위원의 준수사항) 사전조사 위원은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.1. 전문성과 객관성을 바탕으로 공정하게 조사할 것2. 사전조사와 관련하여 비밀을 준수할 것3. 본인과 이해관계가 있는 경우에 해당 사전조사에 참여하지 않을 것

제16조(재검토기한) 기획재정부장관 및 산업통상자원부장관은 이 고시에 대하여 고시 발령후 법령이나 현실여건의 변화 등을 검토하여 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 12월 31일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.