보조사업자 회계감사 세부기준 (공고, 기획예산처)
공포일: 20231229 / 시행일: 20240102

제2조(정의) 이 기준에서 사용하는 "재무제표"란 보조사업자 또는 간접보조사업자가 작성하는 다음 각 호의 서류를 말한다.1. 재무상태표2. 손익계산서 또는 포괄손익계산서3. 자본변동표4. 현금흐름표5. 주석

제3조(적용범위) ① 「보조금 관리에 관한 법률」 제27조의2제1항에 따라 회계연도 중 중앙관서로부터 교부받은 보조금 또는 간접보조금 총액이 10억원 이상인 지방자치단체를 제외한 보조사업자 또는 간접보조사업자 (이하 ‘특정사업자’라 한다)는 재무제표 또는 결산서(이하 ‘재무제표 등’이라고 한다)를 작성하여 독립된 외부의 감사인(이하 ‘감사인’이라 한다)에 의한 회계감사(이하 ‘회계감사’라 한다)를 받아야 한다.② 중앙관서의 장은 제1항에도 불구하고 특정사업자가 다음 각 호에 해당하는 경우 회계감사 대상에서 제외할 수 있다.1. 특정사업자가 국제기구인 경우2. 특정사업자가 보조금의 대부분을 간접보조사업자 또는 보조금수령자에게 다시 교부ㆍ지급하여 특정사업자가 직접 집행하는 금액이 5억원 미만인 경우3. 그 밖에 중앙관서의 장이 특정사업자의 특성 상 감사보고서를 작성ㆍ제출하기에 적합하지 아니하다고 인정하는 경우③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 「보조금 관리에 관한 법률」 제27조의2제2항에 따른 특정사업자가 다른 법률에 의해 이미 회계감사를 받는 경우 다른 법률에 따라 작성한 감사보고서에 제4조의 주석사항을 포함하여야 한다.

제4조(보조사업 관련 주석사항) ① 「보조금 관리에 관한 법률」또는 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 특정사업자는 주석에 다음 각 호의 내용을 포함하여야 한다.1. 보조사업별 세부내용 및 보조금 증감내역2. 보조사업별 유ㆍ무형자산 내역② 주석 양식은 별지서식에 따른다.

제6조(감사인 선임) ① 특정사업자는 보조금 또는 간접보조금의 교부결정을 통지받은 날부터 3개월 이내에 감사인을 선임하여야 한다.② 특정사업자는 다음 각 호의 사유가 발생한 경우 그 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 감사인을 다시 선임하여야 한다.1. 감사인인 회계법인이 파산 등의 사유로 해산(합병으로 인한 해산의 경우는 제외한다)하는 경우2. 감사인인 회계법인 또는 감사반이 등록취소처분을 받은 경우3. 감사인인 회계법인이 업무정지처분(감사인인 감사반의 구성원이 직무정지처분을 받은 경우를 포함한다)을 받아 해당 사업연도의 회계감사가 불가능하게 된 경우4. 그 밖에 감사인이 해당 사업연도의 회계감사를 사실상 수행할 수 없게 된 경우③ 다만 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법률에 따른다.

제7조(감사인 해임) ① 특정사업자는 감사인이 다음 각 호의 사항에 해당할 경우 지체없이 감사인과의 감사계약을 해지하여야 하고, 감사계약을 해지한 날부터 2개월 이내에 새로운 감사인을 선임하여야 한다.1. 「공인회계사법」 제21조 또는 제33조를 위반한 경우2. 감사인이 특정사업자의 기밀을 누설하는 등 직무상 의무를 위반한 경우3. 감사인이 그 의무를 게을리하여 특정사업자에 손해를 입힌 경우4. 감사인이 회계감사와 관련하여 부당한 요구를 하거나 압력을 행사한 경우② 다만 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법률에 따른다.

제8조(감사인 선임 등 보고) ① 특정사업자는 감사인을 선임ㆍ변경선임 또는 선정하는 경우 감사계약을 체결한 날부터 1개월 이내 다음 각 호의 서류를 첨부하여 중앙관서의 장 또는 보조사업자에게 보고하여야 한다. 다만, 특정사업자가 직전 감사대상 사업연도와 동일한 감사인을 선임한 경우 보고를 생략할 수 있다.1. 해당 감사인과의 감사계약서 사본2. 해당 특정사업자의 등기부등본② 다만 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법률에 따른다.

제9조(감사인 지정) ① 중앙관서의 장 또는 보조사업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 특정사업자에 대하여 중앙관서의 장 또는 보조사업자가 지명하는 자를 감사인으로 변경선임 하거나 선정할 것을 요구할 수 있다.1. 제6조에 따른 기한 내에 감사인을 선임하지 아니한 경우2. 특정사업자가 감사인을 교체한 사유가 부당하다고 인정된 경우3. 제7조에 따라 감사계약을 해지하지 아니하거나 새로운 감사인을 선임하지 아니한 경우② 다만 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법률에 따른다.

제10조(감사인의 권한) ① 감사인은 언제든지 특정사업자의 회계에 관한 장부와 서류를 열람 또는 등사하거나 회계에 관한 자료의 제출을 요구할 수 있으며, 그 직무를 수행하기 위하여 특별히 필요한 경우 특정사업자의 업무와 재산상태를 조사할 수 있다.② 감사인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 사업연도 중에 감사계약을 해지할 수 있다.1. 제5조에 따라 특정사업자의 감사인이 될 수 없는 경우2. 독립성이 훼손된 경우 등 제11조의 회계감사기준에서 정하는 사유가 발생한 경우3. 「공인회계사법」 제43조제1항에 따른 직업윤리에 관한 규정에서 정한 감사인의 독립성이 훼손된 경우4. 특정사업자가 사업연도 중 감사보수의 지급에 관한 감사계약상의 의무를 이행하지 아니한 경우5. 감사계약을 체결한 후 특정사업자의 합병, 분할 또는 사업의 양도ㆍ양수로 주요 사업부문의 성격이나 특정사업자의 규모가 현저히 달라졌으나 감사보수에 대한 재계약이 이루어지지 않은 경우6. 감사의견과 관련하여 특정사업자로부터 부당한 요구나 압력을 받은 경우③ 감사인은 제2항에 따라 감사계약을 해지한 경우에는 지체 없이 그 사실을 중앙관서의 장 또는 보조사업자에게 보고하여야 한다.④ 다만 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법률에 따른다.

제12조(재무제표 등의 작성 및 제출) ① 특정사업자는 감사대상 사업연도에 대한 재무제표 등을 작성할 책임이 있다.② 특정사업자는 해당 사업연도의 재무제표 등을 작성하여 사업연도 종료 후 3개월 이내에 감사인에게 제출하여야 한다.③ 특정사업자의 감사인은 다음 각 호의 행위를 하여서는 아니 된다.1. 특정사업자를 대신하여 재무제표 등을 작성하는 행위2. 특정사업자의 재무제표 등의 작성과 관련된 회계처리에 대한 자문에 응하는 행위3. 특정사업자의 재무제표 등의 작성에 필요한 계산 또는 회계분개를 대신하여 해주는 행위4. 특정사업자의 재무제표 등의 작성과 관련된 구체적인 회계처리방법의 선택이나 결정에 관여하는 행위④ 다만 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법률에 따른다.

제13조(감사보고서의 작성 및 제출) ① 감사인은 감사결과를 기술한 감사보고서를 작성하여 제14조에 따른 특정사업자의 감사보고서 제출일로부터 5일 이전까지 제출하여야 한다.② 제1항의 감사보고서에는 감사범위, 감사의견과 이해관계인의 합리적 의사결정에 유용한 정보가 포함되어야 한다.

제14조(감사보고서가 첨부된 재무제표 제출) 특정사업자는 감사보고서가 첨부된 재무제표 등을 보조금 또는 간접보조금을 교부한 모든 중앙관서의 장에게 사업연도 종료일로부터 4개월 이내에 각각 제출하여야 한다.

제15조(비밀엄수) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 직무상 알게 된 비밀을 누설하여서는 아니된다.1. 감사인2. 감사인에 소속된 공인회계사3. 감사와 관련하여 제1호내지 제2호의 자를 보조하거나 지원하는 자② 다만 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법률에 따른다.

제16조(부정행위 등의 보고) ① 감사인은 그 직무를 수행할 때 특정사업자의 직무수행에 관하여 부정행위 또는 법령이나 정관에 위반되는 중대한 사실을 발견하면 중앙관서의 장 및 보조사업자에게 보고하여야 한다.② 감사인은 특정사업자의 회계처리 등에 관하여 회계처리기준을 위반한 사실을 발견한 경우 중앙관서의 장 및 보조사업자에게 보고하여야 한다.③ 다만 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법률에 따른다.

제17조(회계처리의 기준) 특정사업자는 다음 각 호의 기준을 적용한다.1. 일반기업회계기준2. 중소기업회계기준3. 공기업ㆍ준정부기관 회계기준4. 공익법인회계기준5. 그 밖에 감사인의 감사에 통일성과 객관성이 확보될 수 있는 회계기준

제18조(감사조서) ① 감사인은 감사를 실시하여 감사의견을 표명한 경우에는 특정사업자의 회계기록으로부터 감사보고서를 작성하기 위하여 적용하였던 감사절차의 내용과 그 과정에서 입수한 정보 및 정보의 분석결과 등을 문서화한 서류(자기테이프ㆍ디스켓, 그 밖의 정보보존장치를 포함한다. 이하 ‘감사조서’라 한다)를 작성하여야 한다.② 감사인은 감사조서를 감사종료 시점부터 5년간 보존하여야 한다.③ 감사인(그에 소속된 자 및 그 사용인을 포함한다)은 감사조서를 위조ㆍ변조ㆍ훼손 및 파기하여서는 아니 된다.④ 다만 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법률에 따른다.

제19조(회계감사에 대한 감리 등) ① 중앙관서의 장은 다음 각 호의 경우 제14조에 따른 감사보고서에 대하여 감리하여야 한다.1. 계량적 분석 또는 무작위 표본추출 등에 따라 감리대상으로 선정된 경우2. 그 밖에 이해관계인 또는 기관의 통보 등에 따라 인지한 회계처리기준 위반혐의가 있는 경우② 다만 다른 법률에 따라 회계감사를 받는 경우 다른 법률에 따른다.

제20조(재검토기한) 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」(대통령 훈령 제394호)에 따라 이 지침에 대하여 2020년 7월 1일을 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 6월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.