조세특례 예비타당성평가 운용지침 (훈령, 재정경제부)
공포일: 20260102 / 시행일: 20260102

제1조(목적) 이 지침은 「조세특례제한법」 제142조제5항과 같은 법 시행령 제135조 및 제135조의2에 따라 실시하는 조세특례 예비타당성평가의 대상 선정기준ㆍ평가수행기관ㆍ평가방법 및 절차 등에 관한 세부사항을 규정함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 지침에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "조세특례 예비타당성평가(이하 "예비타당성평가"라 한다)"란 「조세특례제한법」 제142조제5항 및 같은 법 시행령 제135조에 따라 신규로 도입하려는 조세특례를 대상으로 그 필요성 및 적시성, 기대효과, 예상되는 문제점 등을 평가하기 위하여 재정경제부장관 주관으로 실시하는 사전적인 타당성 검증ㆍ평가를 말한다.2. "조세특례"란 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입(損金算入) 등의 조세감면을 말한다.3. "신규 조세특례"란 「조세특례제한법」 제3조제1항에 열거된 법률(「지방세특례제한법」은 제외한다)에 아직 규정되지 않은 조세특례를 말한다.4. "조세특례금액"이란 특정한 조세특례의 시행으로 한 해 동안 발생할 것으로 예상되는 조세수입의 감소액을 말한다.

제3조(예비타당성평가 계획의 수립) ① 재정경제부장관은 예비타당성평가의 목적, 추진방향, 추진일정 등에 관한 계획을 「조세특례제한법」 제142조제1항에 따른 「조세특례 및 그 제한에 관한 기본계획」에 반영하여야 하며, 이를 관계 행정기관의 장 등에게 통보한다.② 재정경제부장관은 예비타당성평가 추진계획의 수립을 위한 관련 자료의 수집ㆍ분석, 평가 추진방향 등에 관하여 필요한 경우 전문기관 등에 평가ㆍ연구 등을 위탁하거나, 전문가의 의견을 들을 수 있다.

제4조(자료 수집 및 제출 요구) ① 재정경제부장관은 「조세특례제한법」 제142조제7항에 따라 관계 행정기관의 장 등에 대하여 자료의 제출 등을 요구할 수 있다.② 제1항에 따라 자료 등의 제출을 요청받은 관계 행정기관의 장 등은 제출기한이 따로 명시되지 아니한 경우에는 그 요청을 받은 날부터 10일 이내에 자료 등을 제출하여야 한다. 다만, 그 기간 내에 자료 등을 제출하기 어려운 경우에는 재정경제부장관과 협의하여 그 기간을 연장할 수 있다.③ 제2항에도 불구하고 관계 행정기관의 장은 해당 자료가 보관ㆍ관리되지 아니하거나 생산할 수 없는 것인 경우에는 그 사유와 향후 자료 관리계획을 재정경제부장관에게 제출하여야 한다.

제5조(예비타당성평가 대상) ① 예비타당성평가는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조세특례를 대상으로 실시한다.1. 신규 조세특례로서 연간 조세특례금액이 300억 원 이상인 경우2. 기존 조세특례의 내용을 변경하는 경우로서 기존 조세특례금액에 추가되는 연간 조세특례금액이 300억 원 이상인 경우② 개별 세법의 과세체계 내 조세특례로서 특정 납세자의 세부담 경감 목적이 아니며, 장기간 일정하게 유지될 것이 명백한 경우에는 예비타당성평가 대상에서 제외한다.③ 제1항제2호에 따른 "기존 조세특례의 내용을 변경하는 경우"란 특례세율을 변경하거나 적용대상을 추가하는 경우 등을 말하며, 기존 조세특례의 적용기한을 단순히 연장하는 경우는 제외한다.

제6조(평가대상의 단위) ① 예비타당성평가 대상 판정은 해당 법률의 조문을 기준으로 한다. 다만, 기존 법률 조문에 항이나 호 등을 신설 또는 변경하는 경우에는 그 신설ㆍ변경되는 내용을 예비타당성평가 대상으로 한다.② 예비타당성평가를 신청한 조세특례 중에서 상호연계성이 높고 도입 목적이 유사한 제도들은 일괄하여 예비타당성평가를 실시할 수 있다.

제7조(조세특례금액의 계산) ① 조세특례금액은 예비타당성평가를 신청하는 관계 행정기관의 장 등이 제시하는 금액을 기준으로 한다. 다만, 재정경제부장관과 협의하는 과정에서 금액이 변경된 경우에는 변경된 금액을 조세특례금액으로 한다.② 연간 조세특례금액은 해당 조세특례가 시행ㆍ적용되는 기간 중에 발생할 것으로 예상되는 매년 조세수입 감소액의 합계액을 해당 조세특례의 적용 연수(年數)로 나누어 계산한다.③ 준비금 설정, 이월 과세, 과세 이연 등 간접 감면은 감면에 따른 이자 상당액을 기준으로 제2항에 따라 조세특례금액을 계산한다.

제8조(면제대상) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조세특례는 제 16조의 예비타당성평가 면제절차에 따라 예비타당성평가 대상에서 제외한다.1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경제ㆍ사회적 상황에 대응하기 위하여 도입하려는 경우로서 국무회의의 심의를 거친 사항가. 경제성장률ㆍ고용률 등의 경기 지표가 하락하는 등 경제 전반에 상당한 위축이 발생하였거나 발생할 우려가 있는 경우나. 특정 산업부문 또는 생산ㆍ고용ㆍ투자 등 특정 경제활동에 상당한 위축이 발생하였거나 발생할 우려가 있는 경우다. 소득 격차 확대, 빈곤율 증가 등 주요 사회지표가 악화되었거나 악화될 우려가 있는 경우2. 남북교류협력에 관계되거나 국가 간 협약ㆍ조약에 따라 추진하는 사항3. 국제대회나 국가행사 등 지원 기간이 일시적이고 적용기한이 명확하며 사업의 추진을 위하여 시급히 도입할 필요가 있는 사항4. 「조세특례제한법」 제142조제4항에 따른 평가 결과를 반영하여 기존 조세특례를 개선하려는 경우로서 재정경제부장관이 같은 법 제142조제4항에 따른 평가 내용에 같은 법 시행령 제135조제8항 각 호의 내용이 포함된 것으로 인정하는 사항

제9조(평가대상의 선정) ① 재정경제부장관은 각 관계 행정기관의 장 등의 요구에 따라 또는 직권으로 예비타당성평가 대상을 선정할 수 있다.② 재정경제부장관은 「국가재정법」 제88조에 따른 국세감면율 관리와 「조세특례제한법」 제142조제1항에 따른 「조세특례 및 그 제한에 관한 기본계획」 수립 등을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 해당 관계 행정기관의 장 등의 요구가 없더라도 예비타당성평가를 실시할 수 있다.

제10조(예비타당성평가의 요구) ① 각 관계 행정기관의 장 등은 예비타당성평가 대상에 해당하는 조세특례를 세법 개정안에 반영하고자 하는 경우에는 해당 세법 개정을 건의하는 해의 전년도 8월31일까지 재정경제부장관에게 예비타당성평가를 요구하여야 한다. 다만, 신규 조세특례의 도입이 시급하고 불가피한 사유가 있는 경우에는 그 사유를 소명하여 예비타당성평가를 요구할 수 있다.② 각 관계 행정기관의 장 등이 제1항에 따라 예비타당성평가를 요구하고자 하는 경우에는 제12조에 따른 예비타당성평가 요구서를 작성하여 제출하여야 한다.③ 각 관계 행정기관의 장 등은 기존 조세특례와 차별성이 없는 조세특례에 대해서는 제1항의 예비타당성평가를 요구할 수 없다.

제11조(우선순위의 제출 및 도입 계획의 구체성 확보) ① 각 관계 행정기관의 장 등이 둘 이상의 조세특례에 대한 예비타당성평가를 요구하는 경우에는 국가 및 부처의 정책방향, 조세지원 필요성, 정책 효과성 등을 고려하여 조세특례 간 우선순위를 결정하고 이를 예비타당성평가 요구서에 반영하여야 한다.② 각 관계 행정기관의 장 등은 예비타당성평가 요구에 앞서 사전 연구용역 등을 통하여 예비타당성평가 요구서에 포함되는 제12조 각 호의 사항 등을 구체화할 수 있다. 이 경우 재정경제부장관은 제14조제1항에 따라 평가 대상을 선정할 때 사전연구용역 등을 거친 조세특례를 우선적으로 고려할 수 있다.

제12조(예비타당성평가 요구서) ① 별지 제1호서식의 예비타당성평가 요구서에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.1. 조세특례 도입 계획(안)2. 조세특례 도입의 필요성3. 부처의 기존 정책방향ㆍ목표와의 부합 여부4. 조세특례금액 추정 및 재원확보방안5. 제도의 위험요인과 대응방안6. 선행 예비타당성평가 이력7. 기타 참고할 사항② 제1항제1호의 제도도입 계획(안)에는 제도의 도입목적, 정책대상자 현황, 조세지원 방법, 기존 유사 재정지출 및 유사 조세특례와의 관계설정, 사전용역의 수행여부 및 기대효과 등이 포함되어야 한다.③ 제1항제4호의 재원확보방안에는 관계 행정기관의 기존 조세특례 또는 관련 세출예산의 조정 여부가 포함되어야 한다. 이 경우 세출예산과의 관련 여부는 성과관리계획서상의 단위과제를 기준으로 하되, 제도도입 목적 등을 종합적으로 고려하여 판단한다.

제13조(예비타당성평가의 재요구) ① 각 관계 행정기관의 장은 예비타당성평가가 이미 실시된 조세특례에 대해서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 재평가를 요구할 수 없다.1. 이미 수행된 예비타당성평가 결과를 변경할 수 있을 정도로 해당 조세특례와 관련된 경제ㆍ사회적 여건이 변동된 경우2. 기존 예비타당성평가 결과의 반영 등을 통해 관련 조세특례를 전면적으로 재설계한 경우② 제1항제2호에 따라 조세특례를 전면적으로 재설계한 경우에는 단순한 특례세율의 변경이나 특례제도의 경미한 보완 등은 제외한다.

제14조(평가대상 선정기준) ① 재정경제부장관은 다음 각 호의 사항을 종합적으로 고려하여 평가 대상을 선정한다.1. 부처의 기존 정책방향ㆍ목표와의 부합 여부 : 부처별 임무와 비전의 반영 여부, 국정과제 또는 지역발전계획 등 타 법령에 따른 계획과의 부합 여부, 기타 관련 계획과의 연계성2. 제도도입 계획의 구체성 : 제도의 목적, 지원 대상, 운용 방안, 조세특례금액, 운용 기간, 제도관리 방안 등의 구체화 여부3. 다른 제도와의 관계 : 다른 재정지출 사업 또는 조세특례 등과의 유사 중복 여부, 다른 제도와의 차별성 또는 역할분담의 타당성 등4. 제도도입의 시급성 : 정부의 국정목표상 우선순위, 동일 부처 내 조세특례 간 우선순위, 경제ㆍ사회적 상황 변화에 신속히 대응할 필요성 등5. 소득재분배, 지역균형발전 등 형평성 : 가계 또는 개인의 소득격차, 기업 규모별 또는 지역간 불균형 완화에 미치는 영향 등② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조세특례에 대해서는 제1항의 선정기준을 고려하여 평가 대상으로 우선하여 선정할 수 있다.1. 연간 조세특례금액의 변경 등으로 예비타당성평가 대상에 해당된 사항2. 「국세기본법」 제20조의2에 따른 중장기 조세정책 운용계획의 수립과정에서 해당 조세특례를 추진하기로 재정경제부장관과 소관 부처 간 협의가 완료된 사항3. 경제관계장관회의 등 장관급 회의체에서 특정 조세특례의 도입이 필요하다고 결정되어 예비타당성평가가 요구된 사항

제15조(평가대상 선정절차) ① 재정경제부장관은 관계 행정기관의 장의 예비타당성평가 요구내용을 제14조에 따른 평가대상 선정기준에 따라 검토한 후 제17조에 따른 조세특례 성과평가 자문위원회의 심의를 거쳐 평가 대상을 선정한다.② 재정경제부장관이 제1항에 따라 평가 대상을 선정한 경우에는 그 선정결과를 즉시 관계 행정기관의 장 등에게 통보한다.

제16조(예비타당성평가의 면제절차) ① 각 관계 행정기관의 장 등이 제8조에 따라 예비타당성평가를 면제받고자 하는 경우에는 제10조에 따른 예비타당성평가 요구절차에 따라 재정경제부장관에게 예비타당성평가 면제를 요구하여야 한다.② 재정경제부장관은 제1항에 따른 예비타당성평가 면제 요구가 제8조의 면제 요건에 해당하는지 여부를 검토한 후 제17조에 따른 조세특례 성과평가 자문위원회의 심의를 거쳐 예비타당성평가 면제여부를 결정한다. 다만, 제8조제1호의 면제 요건에 해당하는 경우에는 조세특례 성과평가 자문위원회의 심의를 생략한다.

제17조(조세특례 성과평가 자문위원회) ① 예비타당성평가 제도의 운용과 관련된 재정경제부장관의 자문에 응하고 중요사항을 심의하기 위해 재정정책자문위원회에 조세특례 성과평가 자문위원회를 설치ㆍ운영한다.② 제1항에 따른 조세특례 성과평가 자문위원회의 설치ㆍ운영에 관한 세부사항은 재정경제부장관이 따로 정한다.

제18조(예비타당성평가 중 제도의 변경) ① 예비타당성평가 대상으로 선정된 조세특례의 주요 내용을 변경(당초 제도도입 목적과 취지를 벗어나지 않는 범위 내로 한정한다)할 필요가 있는 경우 각 관계 행정기관의 장은 예비타당성평가가 시작된 날로부터 2개월 이내에 재정경제부장관에게 제도도입 계획의 변경을 요청하여야 한다.② 제1항에 따른 제도도입 계획의 변경을 요청받은 재정경제부장관은 당초 제도도입 목적과의 부합 여부, 변경 계획의 실현가능성, 예비타당성평가 연구진의 의견 등을 종합적으로 고려하여 제도도입 계획의 변경 여부를 결정한다.

제19조(예비타당성평가의 철회) 예비타당성평가 수행 과정에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당되어 예비타당성평가 수행의 실익이 없게 되는 경우에는 재정경제부장관은 직권으로 또는 각 관계 행정기관의 장 등의 요청에 의하여 평가를 철회할 수 있다.1. 연간 조세특례금액의 추정 오류 등을 보정한 조세특례금액이 300억 원보다 100분의 30 이상 낮은 것으로 확인된 경우2. 예비타당성평가 대상 선정 이후 제도도입 계획의 변경 등으로 연간 조세특례금액이 300억 원보다 100분의 30 이상 낮은 금액으로 조정된 경우3. 예비타당성평가 수행과정에서 관계 행정기관의 업무협조가 미흡하거나 평가에 필요한 자료를 확보할 수 없는 등 평가 수행이 불가능한 경우4. 예비타당성평가 수행 중 국회에서 입법되어 관련 제도가 도입 또는 변경된 경우5. 예비타당성평가 수행 중 제8조에 따른 면제사유가 발생하여 예비타당성평가가 면제된 경우

제20조(예비타당성평가 수행기관) ① 예비타당성평가는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 전문적인 조사ㆍ연구를 수행할 기관(이하 "평가 수행기관"이라 한다)으로 지정할 수 있다.1. 「정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 한국조세재정연구원2. 「정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 한국개발연구원3. 그 밖에 조세특례의 평가 등과 관련하여 재정경제부장관이 전문 인력과 조사ㆍ연구 능력 등을 갖춘 것으로 인정하는 기관② 평가 수행기관은 예비타당성평가 운용지침에 따라 수행과제를 효율적으로 관리하기 위하여 조세특례의 특성에 맞춰 과제관리자(PM : Project Manager)를 선정하고, 학계ㆍ연구기관ㆍ민간 회계법인 또는 세무법인 등 다양한 분야의 전문가로 연구진을 구성하여야 한다. 이 경우 재정경제부장관과 미리 협의하여야 한다.③ 평가 수행기관은 평가의 전문성 및 객관성 확보를 위해 필요한 경우 별도의 자문위원회를 구성하여 활용할 수 있다.④ 평가 수행기관은 최종보고서를 제출한 날부터 5년간 예비타당성평가를 위해 수집한 자료를 보관하고, 재정경제부장관의 요청이 있을 경우 이를 제출하여야 한다.⑤ 평가결과 등 예비타당성평가의 내용을 별도의 연구에 사용 또는 발표하거나, 평가를 위해 수집한 자료를 다른 연구를 위해 활용하고자 할 경우에는 사전에 재정경제부장관의 동의를 구하여야 한다. 다만, 예비타당성평가 결과를 단순 인용하는 경우는 제외한다.

제21조(예비타당성평가 연구진의 선정) ① 예비타당성평가는 평가 수행기관이 연구책임을 맡아 수행하는 내부과제와 외부 전문가가 연구책임을 맡아 수행하는 외부 위탁과제로 구분하여 추진할 수 있다.② 평가 수행기관이 제1항에 따라 예비타당성평가를 내부과제와 외부 위탁과제로 구분하여 추진하고자 하는 경우에는 재정경제부장관과 미리 협의하여 내부과제와 외부 위탁과제의 구분기준을 작성하여야 한다.③ 평가 수행기관은 재정경제부장관과 미리 협의하여 내부과제의 연구진을 연구자의 전공ㆍ연구 분야ㆍ예비타당성평가 수행경험 등을 고려하여 평가 대상에 적합하게 선정하여야 한다.④ 외부 위탁과제의 연구진은 공개경쟁을 통하여 선정한다. 다만, 「조세특례제한법 시행령」 제135조의2에 따라 지정된 조사ㆍ연구기관과 정부출연 연구기관에 대해서는 수의계약으로 선정할 수 있다.

제22조(예비타당성평가 수행기간) ① 예비타당성평가 수행기간은 7개월 이내로 한다. 다만, 평가 대상의 성격, 자료 확보의 용이성 등을 고려하여 평가 수행기간을 따로 정하거나 연장할 수 있다.② 제18조에 따라 제도도입 계획이 변경되는 등 불가피한 사유가 발생하여 예정된 기간 내에 평가 완료가 어렵다고 판단되는 경우 평가 수행기관의 장은 수행기간의 연장을 재정경제부장관에게 요청할 수 있다.

제23조(예비타당성평가 수행 서약서) 예비타당성평가 연구진은 예비타당성평가 수행 과정에서 자료 유출 금지 등 연구진이 준수하여야 할 사항을 규정한 별지 제2호서식의 서약서를 제출하고 해당 서약서에 따라 평가를 수행하여야 한다.

제24조(예비타당성평가 분석내용) 평가 수행기관은 「조세특례제한법 시행령」 제135조제8항에 따라 다음 각 호에서 정하는 분석을 각각 수행하고, 제28조에 따라 종합평가를 실시하여 그 평가 결과를 제시하여야 한다.1. 정책성 분석 : 조세특례의 필요성 및 적시성, 제도 운용의 기대효과, 예상되는 문제점 및 지원방법 등 분석2. 경제성 분석 : 고용ㆍ투자 등 경제 각 분야에 미치는 영향 분석3. 형평성 분석 : 가구ㆍ기업ㆍ지역 등 사회 각 분야의 소득재분배에 미치는 영향 분석

제25조(정책성 분석) ① 정책성 분석은 해당 조세특례와 관련된 정책의 필요성과 적시성, 제도 운용과 관련된 기대효과 및 예상되는 문제점, 제도별 특수성 평가 등의 평가항목들을 정량적 또는 정성적으로 분석한다.② 정책성 분석의 수행과정에서 공익적 가치 등에 대한 고려가 필요하거나 그 가치에 기여하는 바가 큰 제도에 대해서는 제1항에 따른 특수성 평가 항목에 구체적으로 반영하여야 한다.③ 제2항에 따른 공익적 가치 등이라 함은 교육, 사회복지, 의료, 예술 및 문화 등 공익적 재화 및 용역을 제공하는 비영리단체 등의 활동에 의해 산출되는 사회적 효용 및 가치를 말한다.

제26조(경제성 분석) ① 경제성 분석은 해당 조세특례에 따른 국민 경제적 효과와 지원 적합성 등을 비용-편익 분석(Cost-Benefit Analysis, B/C 분석)을 통해 분석한다.② 제1항의 비용-편익 분석은 해당 조세특례 시행에 따른 행태변화를 추정하여 편익을 산정하고, 조세특례금액과 해당 제도의 운용에 필요한 모든 경비를 합하여 비용을 산정한다.③ 제1항에도 불구하고 비용-편익 분석이 적합하지 않다고 판단되는 조세특례에 대해서는 해당 조세특례 시행에 따른 경제ㆍ사회적 파급효과 등을 산출하고 이를 통해 비용-효과 분석(Cost-Effectiveness Analysis, E/C 분석)을 실시 할 수 있다.

제27조(형평성 분석) 형평성 분석은 소득 계층간 소득 격차의 변화 및 대ㆍ중소기업간 또는 지역간 소득 불균형의 변화 등 소득재분배 효과, 낙후지역 등에 대한 파급효과 등을 정량적 또는 정성적으로 분석한다.

제28조(종합평가) ① 조세특례의 타당성에 대한 종합평가는 평가항목별 분석결과를 토대로 계층화 분석법(AHP : Analytic Hierarchy Process)을 활용하여 계량화된 수치로 도출한다.② 제1항에 따른 AHP를 수행하는 경우에 각 평가항목별 가중치는 특별한 사유가 없는 한 조세특례에 대한 분석 유형별로 다음 각 표의 구분에 따른 가중치 범위 내에서 적용한다.<img id="160956617"></img>③ 제6조제2항에 따라 유사 조세특례에 대해 일괄하여 예비타당성평가를 수행하고 조세특례의 타당성에 대한 종합평가를 실시하는 경우에는 제1항에 따른 계층화 분석법(AHP) 또는 그 밖에 조세특례들의 연계추진에 따른 시너지효과 등을 고려한 별도의 적절한 방법으로 개별 조세특례의 타당성 여부를 판단하여야 한다.

제29조(정책제언) ① 평가 수행기관은 제28조에 따른 종합평가 이외에 필요한 경우 조세특례 도입에 따른 위험요인 및 기타 정책적 고려사항 등을 정책제언으로 제시할 수 있다.② 제1항의 정책제언을 함에 있어서는 해당 조세특례의 특성, 향후 조세특례금액의 증가 가능성, 재평가에 소요되는 비용 등을 종합적으로 고려하여 조세특례 심층평가(「조세특례제한법」 제142조제4항에 따른 평가를 말한다) 실시 필요성, 평가시기, 평가를 위한 관련 자료의 축적 등에 관한 의견을 정책제언으로 제시할 수 있다.

제30조(시범적 예비타당성평가) ① 재정경제부장관은 제5조에 따른 예비타당성평가 대상의 범위 및 요건에도 불구하고 조세특례 운용의 효율성 및 효과성 제고를 위해 예비타당성평가 대상 분야의 확대 또는 정책적인 평가가 필요하다고 판단될 경우에는 시범적 예비타당성평가를 실시할 수 있다.② 시범적 예비타당성평가를 실시하는 경우에는 제24조부터 제28조까지의 규정에도 불구하고 조세특례의 특성을 고려하여 다음 각 호의 분석방법을 적용할 수 있다.1. 예비타당성평가의 평가항목 중 일부만 적용하는 방법2. AHP 수치를 제시하지 않고 정성적 기술로 대체하는 방법3. 그 밖에 합리적이고 타당하다고 인정되는 분석방법

제31조(예비타당성평가 결과의 제출 및 공개) 평가 수행기관이 예비타당성평가를 완료한 때에는 최종보고서를 재정경제부장관에게 제출하고, 그 결과는 평가 수행기관의 홈페이지 등을 통해 공개한다.