연구·인력개발비 세액공제 사전심사 사무처리규정 (훈령, 국세청)
공포일: 20250501 / 시행일: 20250501

제1조(목적) 이 규정은 「조세특례제한법 시행령」 제9조제17항에 따른 "연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사"의 운영에 필요한 사항과 사무처리 절차를 규정함으로써 체계적이고 효율적인 사무집행을 도모하며, 납세자의 성실신고를 지원하는 데 그 목적이 있다.

제2조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다. 다만, 이 규정에서 특별히 정하지 아니한 것은 「국세기본법」 및 관련 세법이 정하는 바에 따른다.1. "연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사(이하 "사전심사"라 한다)"란 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받으려는 내국인이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 신청을 하기 전에 지출한 비용이 「조세특례제한법 시행령」 제9조에 따른 연구ㆍ인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청할 수 있는 제도를 말한다.2."내국인"이란 「소득세법」에 따른 거주자 및 「법인세법」에 따른 내국법인을 말한다.3. "현장확인"이란 간접확인 방식의 업무처리로는 이 규정에 따른 업무수행이 부적합한 경우에 사실관계 확인을 위해 제6호에 따른 사전심사 담당이 해당 납세자 또는 사업장 등에 직접 출장하여 당초 출장목적 범위에서 특정사항이나 사업실상 등을 확인하는 행위를 말한다.4. "신고내용 확인"이란 납세자의 자발적인 성실신고를 유도할 수 있도록 신고 안내자료의 반영 여부 등 신고내용을 검토하여 특정 항목이나 유형의 오류 또는 누락 혐의가 있는 납세자를 확인 대상자로 선정하고, 서면으로 해명 및 수정신고를 안내하는 방법으로 신고내용의 적정 여부를 확인하는 업무를 말한다.5. "감면법인 사후관리"란 「조세특례제한법」에 따라 조세를 감면 또는 공제받은 법인에 대해 법령에 정한 사후관리 요건의 이행 여부 또는 세원관리상 필요에 따라 서면 또는 현장확인 방법 등으로 관리하는 것을 말한다.6. "사전심사 담당"이란 사전심사 업무에 종사하는 국세공무원과 제17조에 따른 외부위원을 말한다.

제4조(업무의 총괄 및 집행 부서) ① 국세청장(공익중소법인지원팀장)은 사전심사 업무를 총괄한다.② 제7조에 따른 신청인의 본점 또는 주사무소 소재지 관할 지방국세청장(법인세과장)은 사전심사 업무를 집행한다.③ 제2항의 규정에 불구하고 국세청장이 별도의 사전심사 업무계획을 수립하여 시행하는 경우에는 해당 계획 등에서 정하는 바에 따른다.

제5조(비밀유지의 의무) ① 사전심사 담당은 업무처리 과정에서 알게 된 납세자의 과세정보를 외부에 제공 또는 누설하거나 목적 외의 용도로 사용하여서는 아니된다.② 사전심사 담당은 「서약서(별지 제1호 서식)」를 제출하여야 한다.

제6조(이해충돌방지 의무) 사전심사 담당 공무원은 공정한 직무 수행을 위해 「이해충돌방지법」, 「이해충돌방지법 시행령」, 「국세청 공직자의 이해충돌 방지제도 운영지침」을 준수하여야 한다.

제8조(대리인) ① 신청인이 사전심사 신청을 대리인에게 위임한 경우에는 이를 본인이 신청한 것으로 본다.② 신청인이 사전심사 신청과 관련하여 대리인을 위임 또는 해임한 때에는 그 내용을 증명할 수 있는 서류를 서면으로 제출하여야 한다.③ 대리인은 신청인 본인을 위하여 그 신청에 관한 행위를 할 수 있다. 다만, 그 신청의 취하는 별도로 취하에 대한 위임을 받은 경우에 한한다.

제9조(신청대상) ① 내국인이 지출하였거나 지출 예정인 연구ㆍ인력개발비와 관련된 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항을 신청대상으로 한다. 지출 예정인 연구ㆍ인력개발비란 이미 지출 중이거나 가까운 장래에 지출할 것임이 객관적인 증명서류에 의해 확인되는 연구ㆍ인력개발비를 의미한다.1. 연구ㆍ인력개발 활동이 「조세특례제한법」 제2조에 따른 연구ㆍ인력개발의 정의에 부합하는지 여부2. 연구ㆍ인력개발비가 세법상 공제대상에 해당하는지 여부② 다만, 연구개발 대상 기술이 「조세특례제한법 시행령」 별표7의 신성장ㆍ원천기술 또는 별표7의2의 국가전략기술 연구개발비의 연구개발 대상 기술의 범위에 포함되는지 여부에 관한 사항은 같은 법 시행령 제9조제15항에 따른 연구개발세액공제기술심의위원회에 심의를 신청하여야 한다.

제10조(신청기한 및 방법) ① 신청인은 「법인세법」 및 「소득세법」에 따른 과세표준 신고를 하기 전에 사전심사를 신청할 수 있다. 다만, 세액공제 신청 누락분에 대해서는 「국세기본법」에 따른 경정청구, 기한 후 신고를 하기 전까지 신청할 수 있다.②제1항에 따른 신청기한까지 「연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사 신청서(별지 제2호 서식)」, 「연구개발비 명세서(별지 2-1호 서식)」, 「연구개발 보고서(별지2-2호 서식)」, 그 밖의 공제대상 연구ㆍ인력개발비임을 증명하는 서류를 우편, 전자(홈택스), 직접방문의 방법으로 제출하여야 한다.

제11조(보완요구) 국세청장(공익중소법인지원팀장) 또는 지방국세청장(법인세과장)은 신청서 및 첨부서류의 내용이 미비하거나 사전심사를 위해 추가로 필요한 자료가 있는 경우에는 신청인에게 14일 이내의 기간을 정하여 보완을 요구할 수 있다.

제12조(신청의 취하) ① 신청인은 제15조에 따른 심사결과를 통지하기 전까지 그 신청을 취하할 수 있다.② 신청인은 문서로 취하 의사를 표시하여야 하며, 우편이나 직접방문 등의 방법으로 취하서를 제출할 수 있다.

제13조(심사제외) 국세청장(공익중소법인지원팀장) 또는 지방국세청장(법인세과장)은 신청내용이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 심사를 제외(반려) 할 수 있다. 이 경우 그 사유를 서면으로 신청인에게 통지하여야 한다.1. 「조세특례제한법 시행령」 제9조제15항에 규정된 연구개발세액공제기술심의위원회에서 심의할 사항에 대하여 사전심사를 신청한 경우2. 이미 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 반영하여 신청한 경우 다만, 세액공제 신청을 누락한 비용에 대하여는 그러하지 아니한다.3. 제11조에 따른 보완요구에 대해 보완하지 아니한 경우4. 정당한 사유없이 답변이나 자료 제출을 거부하는 경우5. 단순 법령해석 사항인 경우6. 그 밖의 사유로 심사를 진행하기 곤란한 경우

제14조(심사방법 및 현장확인) ① 심사방법은 전화ㆍ서면에 따른 사실확인 요청 등 납세자 비대면 방식으로 하는 서면심사를 원칙으로 하고, 심사에 필요한 경우에 한하여 현장확인을 실시할 수 있다.② 사전심사 담당이 제1항에 따라 현장확인을 실시하고자 하는 경우에는 출장일부터 3일 전에 신청인에게 「현장확인을 위한 출장통지서(별지 제3호 서식)」를 송달하고, 현장확인 장소와 일시 등을 신청인과 협의하여야 한다.③ 사전심사 담당은 업무수행 과정에서 필요하다고 판단되는 경우 신청인에게 질의하거나, 자료제출을 요구할 수 있다.

제15조(심사결과 통지 및 재심사 신청) ① 사전심사 담당은 사전심사의 처리를 종결한 때에는 그 결과를 「연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사 결과 통지서(별지 제4호 서식)」에 의하여 신청인 및 신청인이 지정한 세무대리인에게 서면으로 통지하여야 한다.② 신청인이 제1항에 따른 심사결과에 이의가 있는 경우에는 「연구ㆍ인력개발비 세액공제 사전심사 결과에 대한 재심사 신청서(별지 제5호 서식)」에 의하여 1회에 한하여 재심사를 신청할 수 있다.

제16조(심사효력) 신청인이 제15조에 의한 심사결과 통지를 신뢰하고, 통지내용에 따라 「조세특례제한법」에 규정된 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 신청한 경우에는 해당 세액공제 금액에 대해 다음 각 호와 같은 효력을 부여한다. 다만, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경ㆍ누락 및 탈루혐의가 있는 경우에는 그러하지 아니한다.1. 「국세기본법」 제48조(가산세 감면 등)제1항제2호에 따라 과소신고가산세를 부과하지 아니한다.2. 위 통지내용에 해당하는 부분은 연구ㆍ인력개발비에 대한 신고내용 확인 및 감면법인 사후관리 대상에서 제외한다.

제17조(외부위원 위촉 등) ① 국세청장(공익중소법인지원팀장)은 연구개발 관련 전문가 등(이하 "외부위원"이라 한다)을 외부위원으로 위촉할 수 있으며, 외부위원은 사전심사 담당 공무원과 함께 사전심사 업무에 참여할 수 있다.② 국세청장(공익중소법인지원팀장)은 「연구개발세액공제기술심의 위원회 운영 세칙」제6조에 규정된 전담기관에 외부위원 위촉과 관련하여 협조를 요청할 수 있다.③ 사전심사 업무에 참여한 외부위원에게 예산의 범위 안에서 수당과 여비를 지급할 수 있다.④외부위원은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 하고, 이를 위반한 경우에는 즉시 해촉하거나 재위촉을 제한할 수 있다.1. 전문성과 객관성을 바탕으로 공정하게 심사할 것2. 제5조에 규정된 비밀유지의 의무를 준수할 것3. 본인과 이해관계가 있는 경우에 해당 심사에는 참여하지 아니할 것

제18조(보안유지) ① 신청인이 제출한 모든 서류와 자료 등은 사전심사 업무, 신고내용 확인, 감면법인 사후관리 등 성실신고 지원 외에 다른 목적으로 활용하여서는 아니되고, 사전심사 담당에 한하여 열람할 수 있으며, 전산자료는 반드시 암호를 설정하여 관리하여야 한다.② 신청인이 사전심사 과정에서 제출한 서류와 자료 등과 관련하여 원본을 반환 요청하면 국세청장(공익중소법인지원팀장) 또는 지방국세청장(법인세과장)은 특별한 사정이 없는 한 즉시 신청인에게 반환하여야 한다.

제19조(재검토기한) 이 규정은 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」에 따라 2025년 5월 1일 기준으로 매 3년이 되는 시점(매 3년째의 4월 30일까지를 말한다)마다 그 타당성을 검토하여 개선 등의 조치를 하여야 한다.