しかしながら、このdna上でのβ-カテニン/tcf相互作用によってwnt標的遺伝子の発現が調節されているという原則は、tcf/lefタンパク質のwntやβ-カテニン非依存的な機能(ゼブラフィッシュの中枢神経系の発生など)や、β-カテニンとsox、foxo、tbxなど他のdna結合転写因子との機能的結合といった例外も発見されている。