この間、2001年夏から3年後の策定を目標に国の原子力安全委員会耐震指針検討分科会にて、耐震設計指針の見直し作業が開始されていたが、確率的安全性評価の採用の是非などを巡って地震学者と工学者の意見が対立し、策定されたのは2006年であった。