日本の川では、主に都市部においては生活排水や工業廃水・工場排水の流出により、水質汚染が進んだほか、治水の観点からコンクリート護岸で固められたり、利水のための取水によって川を流れる水量が極端に減少するなど、清流と呼べる河川は少なくなった。