とはいえ、依然として、中医協の性格は大きく変わることがなく、2008年5月には、当時の舛添要一厚労相が「中医協の診療報酬配分の決定には透明性がない」と発言し、国民から解離した中医協の在り方を見直す必要があることを指摘した。