両者は8月中に勝元の命令を受けて摂津で大内軍の上洛を防ごうとして果たせず、大内軍の後を追って入京したのだが、下京がほとんど西軍に占拠されていた状況で正面突入を諦め、東寺を経由して東へ迂回、16日に京都郊外の東岩倉・南禅寺の裏山に布陣した所で西軍に察知され、18日から西軍の南禅寺山攻撃が始まった。