一時期は両課程を修了しなければ艦艇の運用能力や業務処理能力が高くとも1佐への昇任はほとんど認められず、陸自・空自での扱いに近くなった時もあったが、その後、指揮幕僚課程又は幹部専攻科課程を修了しているかどうかは人事、特に2佐又は1佐への昇任の際には参考にする程度の扱いに下げられた。