運賃設定にあたっては乗り入れ4社が各社の他路線と独立した運賃体系とし、各社の「神戸高速線」を跨いで乗り継いでも共通の運賃としたこと、さらに各社間の精算にあたっては乗り入れ4社の運賃相当額を委託料として神戸高速鉄道が受け取る形態としたことで、営業面では神戸高速鉄道が路線管理の責任を追うとともに、第一種鉄道事業相当の運賃収入を得ることになって、従前からと共通の取り扱いがなされた。