マウスの系統化は非常に進んでおり、代表的なクローズドコロニーとしてicr、ddyが、代表的な近交系としてa(アルビノ)、akr(アルビノ)、balb/c(アルビノ)、c3h(野生色)、c57bl/6(黒色)、dba/2(淡チョコレート色)などが知られている。