以前は、(細菌の)胞子(ほうし、spore)、内生胞子(ないせいほうし、endospore)とも呼ばれていたが、真菌やシダ植物の胞子とは役割が異なるため、それらと区別するために、芽胞という名称で呼ばれるようになった。