慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いでは光教は東軍に与して大垣城攻略に貢献したことから、戦後に1万石加増の上で美濃揖斐藩に移封され、曽根藩は廃藩となり、その所領は徳川直轄領となった。