1887年設立時の校地は音楽取調掛の所在地であった東京府下谷区(現・東京都台東区)の上野公園東四軒寺跡地であったが、1890年には同じく上野公園内の西四軒寺跡の文部省用地に122坪の校舎・奏楽堂が建設されてこの地に移転・開校、新制移行後の東京芸術大学音楽学部の校地(現・上野キャンパス)として継承され、さらに東京美術学校の敷地の一部(現上野音楽学部キャンパスのうち、美術学部と接する部分、約半分強)が音楽学部に移管され、現在に至っている。