」の予言の如く、鎌倉幕府の覇権主義により嵯峨上皇及び亀山天皇遺詔は踏躙られ、次いで足利尊氏の叛逆に依り後醍醐天皇の王位は犯され、足利尊氏の擁立した持明院統と吉野朝廷との抗争が続き、大石寺衆徒も公・武に面々別れ争い、後醍醐天皇に依って本門護国寺の勅許は下されたものの伽藍の建立を見ることが出来なかったが、元中九年(1392年)の両統和睦を以って富士天城邸に富士山本門護国寺の伽藍は整い「本因妙大本尊」が本堂に安置された。