2006年(平成18年)3月のダイヤ改正では臨時列車化され、同年6月から夏季に特急「はなたび利尻」として運転されるようになったが、なおも利用が減少傾向にあることから、2008年(平成20年)4月にjr北海道が廃止を発表し、事実上2007年(平成19年)9月30日の運行を最後に廃止された。