法令が出された際に、菱垣廻船に貸与した藩の船印を返却するよう命ぜられた紀州藩もその1つで、徳川御三家の紀州家の威光で江戸廻送を有利にしようという企図を挫かれたことから恨みを抱き、これが上知令にからむ忠邦打倒運動の動機になったともいわれる。