トリパンブルーは、オルトトリジンが持つ2つのアミノ基をジアゾ化した化合物に、それぞれ1分子ずつの1-アミノ-8-ナフトール-3,6-ジスルホン酸(1-amino-8-naphthol-3,6-disulfonic acid)がアゾカップリングした構造をしている。