慶長5年(1600年)、関ヶ原の戦いで西軍が敗れ、宇多頼次は同年9月17日、石田三成の居城佐和山城で自刃した(大阪城下の石田屋敷の留守居役を任されていたため死に遅れ、逃亡して後に寺沢堅高の家臣となったともいう)。