父の可寛は初代美濃郡上藩主金森頼旹の嫡子であったが、享保13年(1728年)に37歳で死去したため、頼錦は享保14年(1729年)に跡継ぎとなり、将軍徳川吉宗に拝謁、従五位下若狭守に叙任した。