その後、上越新幹線の建設開始と併せて南口駅舎の新設が決定したのに伴い、1974年に電車・客車の車両基地機能は上沼垂運転区(現:新潟車両センター)へ移転したが、気動車の基地は移転の目途が立たず、新幹線開通に間に合わない状況となった。