国連・日本政府と和議しゼーレの量産機を倒した本編との分岐点を経て、人類補完計画の後始末と再発動の防止のために存続したnerv japanと、そこに残った17歳になった3人のチルドレン、改造・強化を施された新型エヴァンゲリオンの活躍が描かれる。