協会は、国際的なハラール認証機関であるマレーシアのとインドネシアの(jakim)、シンガポールのウラマー評議会から認証されており、このうちインドネシアのウラマー評議会が認証している食品部門の国内のハラール認証機関は2014年時点で日本ムスリム協会のみである。