タンパク質の変成については、好熱菌はイオン結合を増やすことでこれを抑制している。イオン結合を形成するアミノ酸(arg,glu,val)のタンパク質中での割合が好熱菌では高く、逆にasn,asp,cys,gln,serの割合は低い。