収入の7割以上を占め経営の柱であった貨物輸送がなくなり、転換交付金も底をつく見込みであることから、2005年6月29日に神岡鉄道は神岡線を2006年末限りで廃止する方針を決め、2005年8月2日の臨時株主総会で2006年12月1日廃止が正式決定された。