ストーリーが進むにつれ、出現するモンスターは強力になるが、同時に落とす魂も強力となり、また、アニマフュージョンを繰り返さないとホムンクルスのレベルの上限が上がらないため、ゲームを進める上でアニマフュージョンを行う事はほぼ必須となっている。