これに追い打ちをかけたのが、2009年8月のアクアライン通行料金のetc普通車800円への値下げで、同年度の年間利用客は約98万人まで落ち込み、輸送車両数も値下げ前の2008年度より約3割減少したため、2010年以降は2隻での運航となっている。