防衛書記官は防衛省本省の内部組織に属する防衛省職員に限られるため、地方協力本部、地方防衛局、防衛大学校や防衛医科大学校といった防衛省の施設等機関、特別の機関、地方支分部局および外局である防衛装備庁に異動した際には、転任、あるいは昇任したときでも防衛事務官あるいは防衛技官に転官する。