旅の途中、人々に「人間からポケモンを解放すべき」と説く謎の組織「プラズマ団」との衝突、独自の価値観からポケモン解放を目指す謎の人物「n(エヌ)」との出会いを経て、彼らと「ポケモンと人間のあり方」を巡り、壮大な戦いを繰り広げてゆく事となる。