さらに1657年にフリートウッドとアイルランド総督を交代したヘンリーの秘書となり、クロムウェル父子と親しいアイルランド貴族でボイルの兄でもあるブロッグヒル男爵ロジャー・ボイル、アイルランドの聖職者と共にヘンリーを支える役割も担うことになり、クロムウェル家の庇護の下、イングランド西部コーンウォールの選出の庶民院議員ともなった。