しかし、前述の走行性能差の問題があることや、経年劣化が進行していることに加え、「のぞみ」のn700系化に伴い、余剰となった500系の8両化改造・「こだま」転用が2008年12月から行われ、さらに2011年3月12日の山陽・九州新幹線直通列車「みずほ」「さくら」への専用車両となるn700系7000番台・8000番台投入により余剰となった700系7000番台を「こだま」で運用したことにより、運用は縮小した。