この不正に関連して、2015年(平成27年)9月に厚生労働省から、ワクチンなどについて出荷しないよう求められ出荷を自粛したが、a型肝炎ワクチンが100%、b型肝炎ワクチンが80%、日本脳炎ワクチンが40%、インフルエンザワクチンが約30%などという国内シェア率の高さから、同年末には一部医療機関でワクチン不足により、予防接種が停止する混乱が生じた。