カラムクロマトグラフィーとtlcとは両者とも"r"f値の順番で化合物が流出することがほとんどであるが、まれにカラムとtlcとで溶離順が一致しないことがあるので注意が必要である(大抵は、"r"f値が0.5以上の条件で溶離したり、無理に流速を上げたり、またはサンプルをオーバーロードしたりといった、クロマトグラフィーの原理を無視することで発生する)。