1945年9月に国際軍事裁判が開かれることとなったニュルンベルクの刑務所に送られたが、刑務所でのカルテンブルンナーは、前述の通りヨーロッパにおけるユダヤ人の絶滅政策の執行にあたったという前歴や、日頃の酒癖の悪さも相まって、被告仲間からは「ssの豚野郎」と呼ばれるなど、ユリウス・シュトライヒャーと同様に忌み嫌われた存在であったという。