江戸時代初期には国中三郡を治める甲府藩、東部の郡内地方を治める谷村藩が設置されたが、甲府藩は慶長12年(1607年)、徳川義直が尾張清洲に転封されるといったん廃藩となり、慶長12年(1607年)から元和2年(1616年)まで城番制がしかれた。