だが、調査局の目論見に気付いた軍部がこれに反発、9月2日に山縣有朋が伊藤と会談を行い、伊藤が妥協して12日に軍令に関する件(明治40年軍令第1号)が制定され、勅令とは別の法形式である軍令は陸相・海相の副署だけでよいとなり、軍部を抑える試みは挫折した。