天文5年(1536年)に天文法華の乱で伽藍を焼失すると、寺は堺に避難するが、天文11年(1542年)、後奈良天皇は法華宗帰洛の綸旨を下し、堺に避難していた法華宗寺院は相次いで京に戻った。