1973年(昭和48年)に新幹線整備計画が発表された時点では「九州新幹線長崎ルート」という名称を用いていたが、2005年(平成17年)10月に沿線自治体である長崎県と佐賀県が独自に「九州新幹線西九州ルート」へと名称を変更した。