関係者の間で協議が行われた結果、当該区間の整備新幹線を建設した日本鉄道建設公団(後の鉄道建設・運輸施設整備支援機構)がjr東日本から受けとる新幹線に対する線路使用料を原資として、jr貨物の支払う線路使用料を補填することになった。