新選組が内山を暗殺した動機は、前年、新選組が大坂出張をした際に小野川部屋力士らと乱闘騒ぎを起こした「大阪角力事件」で、内山が小野川部屋に協力した疑いがあったことや、その吟味が高圧的で近藤との間に確執が起きたための遺恨である、あるいは内山が倒幕派志士と結託して米価や油の値を吊り上げていると疑った上での天誅であると言われている。