他のフォーマットや他の電子書籍リーダとの違いはわずかなものだが、mobipocketはユーザにとっては非常に重要なこだわりの部分を改善できる柔軟なシステムとなっており、他のシステムでは全く対応できないような場合でも手間を掛ければ対応できる余地がある。