中新世の後半、ヨーロッパ地中海がメッシニアン塩分危機の末期にあって干上がっていたとき、ファイユームも同様に乾いたくぼ地となっており、ナイル川はそこを通過して峡谷の最低部(およそ2400m以上の深さで、現在のカイロのある場所)へと流れていた。