後を継いだ嫡男・和丸(後の土御門晴榮)はまだ幼く、更に新政府にも天文や測量は科学の礎でありまた陸海軍の円滑な運営にも欠かせないという正確な認識が広まると共に、それらが古い陰陽寮に縛られる事への危惧や、非科学的な陰陽道が日本の近代科学導入の障害になる事が指摘されるようになり、新政府は晴雄の死の翌年の明治3年(1870年)、陰陽寮を解体した。