一時、珍渦虫の遺伝子解析の結果から、これが後口動物に属する独立門とされ、珍渦虫動物門が含まれることになったが、後の解析の結果、無腸動物とともに珍無腸動物門を構成し、前口動物と後口動物を合わせた有腎動物と姉妹群に当たるとして後口動物から外れている。