症状所見が類似しているため鑑別すべき疾患として、原発性線毛機能不全症、閉塞性細気管支炎、嚢胞性線維症、関節リウマチに伴う細気管支炎、非結核性抗酸菌症、htlv-1関連疾患、免疫グロブリン欠損・低下症(iga,iggサブクラス)、granulomatosis with polyangiitis、young症候群、bare lymphocyte症候群、yellow nail症候群、好酸球性多発血管炎性肉芽腫症、好酸球性細気管支炎があげられる。