残る敦賀駅から大阪に至るルートの選定に当たり、整備計画通り小浜市を経由するか、あるいは敦賀から大阪方面へと短絡する琵琶湖西岸または東岸を通るか、さらに京都府北部や関西文化学術研究都市を経由するか、複数の案が取りざたされ、福井県、京都府、滋賀県による誘致活動に加え、山陰新幹線構想、開業を急ぐ関西広域連合や経済界、営業主体の西日本旅客鉄道(jr西日本)の意見など、2012年に敦賀以東のルートが着工して以降、議論が続けられた。