マールブルク＝ビーデンコプフ郡はギーセン行政管区の北部に位置し、北は北ヘッセンのヴァルデック＝フランケンベルク郡、北東は同じくシュヴァルム＝エーダー郡、東から南西にかけては中部ヘッセンのフォーゲルスベルク郡、ギーセン郡、ラーン＝ディル郡が並び、西はノルトライン＝ヴェストファーレン州のジーゲン＝ヴィトゲンシュタイン郡と境を接する。