tsubameでは、「みんなのスパコン」として、既存のスーパーコンピュータシステムでは実施不可能な規模の計算を可能とするとともに、学内外のすそ野の広いユーザー層をとりこみ、将来のシミュレーション科学に携わる人間を養成するため、多くのユーザーにとって簡便なスパコン環境や他のサービスを提供するという、二律背反的な要素を同時に満たすべく、リーダーの松岡聡の下で開発や調達が進められた。