その一方函館本線の小樽方面にそれらの列車の運行はなく、小樽方面は1日4本の普通列車のみが運行される事実上のローカル線区間となっており、jr北海道が制定している駅番号・区間カラーにおいても札幌駅-(千歳線)-沼ノ端駅-(室蘭本線)-長万部駅-(函館本線)-函館駅にかけてが一体の区間として「h」の記号・青が割り振られている一方で、札幌駅-小樽駅-長万部駅間の函館本線には別途「s」の記号・赤が割り振られている。