1630年代半ばには、中国人やヨーロッパ諸国、東南アジアとの貿易を管理していた長崎奉行への命令(いわゆる鎖国令)により、日本人の東南アジアや台湾方面への渡航と、日本町在住の日本人の帰国が禁じられ、また、中国人を長崎に集住させ、ポルトガル人を長崎の出島に収容させた。