ストーリーの内容についてもドリームキャスト版から膨らまされ、ステージやボスキャラクターの特徴に関する説明や、エグゼリカやクルエルティアが地球に漂着してから地球人として過ごした日々を回想する場面、クルエルティアとフェインティア(オリジナル)の関係についての言及などが追加されている。