内閣官房に設置された緊急施策の担当を命ぜられた国務大臣とは異なり、内閣府特命担当大臣が命ぜられた事務の下部組織は、男女共同参画局、経済財政諮問会議、総合科学技術・イノベーション会議、中央防災会議、規制改革推進会議、沖縄振興局、北方対策本部、金融庁、消費者庁など、おおむねそれらの施策対象は時限的でなくある程度永続的なもの、または北方領土問題のようにいつ行政目的が達成されるか見通しがつかないものとなっている。