一方、汎節足動物は他の脱皮動物に対して非単系統だと示唆する分子系統解析もあり、特に緩歩動物を節足動物と有爪動物より線形動物などに近縁とする結果が多く見られ、他にも有爪動物を節足動物と鰓曳動物より基盤的とする結果がある。