理学部の施設は学部事務室の置かれている東京都文京区本郷の本郷キャンパスの他、同弥生の浅野キャンパス(生物化学科、生物情報科学科)、目黒区駒場の駒場iキャンパス(数学科)にも分散して置かれている。