明治2年11月までに薩摩藩内1066カ所の寺が廃絶し、2964人いた僧侶も明治7年(1874年)までには還俗させられ、廃仏毀釈の期間が過ぎた後も数年間は、寺院は全て無く、僧侶も全ていない状態になったと『鹿児島県史』にも記されている状況であり、島津氏における6代から28代までの当主の墓が並び、最盛期には約1500人の僧侶がおり南九州屈指の寺だった福昌寺ですら、有志が2度も再建を試みたものの許可されず、約30年後の明治31年(1898年)にようやく、直線距離で30km以上離れた現在の薩摩川内市内に再建でき、日新寺や薩摩藩屈指の有力寺院だった一乗院など、島津氏に深く関わりがあった数々の寺も、廃仏毀釈によりその多くは再興に到らず、廃寺のままとなっているが、妙円寺はそうした中、再興にまで至った数少ない例であり、恵まれた幸運な寺でもある。