sirnaが細胞膜を越えて輸送された場合、その量が最適化されていなければ意図しない毒性が生じたり、オフターゲット効果(部分的な配列相補性を持つ遺伝子に対する意図しないダウンレギュレーションなど)が生じたりする可能性がある。