いっぽう、抗原の無い状態でのmhc自身の生成時にもmhcに自己由来のペプチド(いわゆる「自己ペプチド」)が結合して安定化していると考えられており、抗原の侵入・発生時には抗原由来のペプチドに置き換わる仕組みであると、考えられている。