中でも主要な作品は「3つの前奏曲とフーガ」op.37(1837年)と「6つのオルガンソナタ」op.65(1845年)であり、エリック・ウェルナー(eric werner)の記すところによれば「メンデルスゾーンのオルガンソナタは、バッハ作品に次いで、全てのオルガニスト必須のレパートリーである」