北海道の財政が逼迫していることもあって、今後の在り方について廃港も含めて検討され、2009年4月9日0:00(jst)から2015年3月31日0:00(jst)まで供用休止し、同じく2015年3月31日まで礼文空港滑走路14/32の進入角指示灯及び滑走路末端識灯の供用も休止された。