そして主流左派の妥協により、連合加盟が確実となった1989年(平成元年)9月の定期大会を反主流派のほとんどが欠席したことで分裂は決定的なものになり、反主流派の大半は日本教職員組合から脱退して全日本教職員組合協議会を結成、全労連に加盟した。