江戸幕府も基本的には豊臣政権の方針を引き継ぎ、慶長10年(1605年)の内裏改築、慶長16年(1611年)の後陽成上皇の仙洞御所造営と共に、対象地にあった公家屋敷・寺院・町家の上地と移転を進め、公家の集住地区が更に東側に広がった(この頃まで、公家の集住が進められている中でも武家や町人の住居が混在していた)。