久秀が信長に屈して以降の宗厳の動向ははっきりせず、柳生村史『柳生の里』は足利義昭の放逐による幕府崩壊を機に、天正元年以降は一切の係累を断って柳生谷に身を隠したとし、柳生厳長も『正伝新陰流』で同意する。