1993年(平成5年)、羽田空港新国内線ターミナルビル(現・第1旅客ターミナルビル)の供用開始に伴い、旧ターミナルビル屋上に祀られてきた羽田航空神社のみ新ターミナルビルに遷座され、穴守稲荷空港分社は穴守稲荷神社本社へ合祀されることになった。