翼指竜亜目(プテロダクティルス亜目)-オルニトケイルス上科-プテラノドン科に分類するのが一般的だが、オルニトケイルス上科をオルニトケイルス亜目(もしくは、プテラノドン亜目)として翼指竜亜目と区別する説もある。