スキャフォールド内におけるコンティグ間のギャップは、例えばpcr増幅とその後のシーケンシング(小さいギャップの場合)、あるいはbacクローニング法とシーケンシング(大きいギャップの場合)などを経ることで、シーケンスによる配列決定を進めることもできる。