また、攻撃等は全て妖怪に任せるオートバトル方式から、スピンオフである「妖怪ウォッチバスターズ」シリーズ同様に一人(ウォッチャーまたは妖怪)は自分で操作する方式に変更された(全てオートバトルに切り替えも可)。