大治3年(1128年)に調整され、天文4年(1535年)書写された熊野本宮大社伝の古文書には、平安時代後期に薬師如来を本尊とする堂塔が存在したことを推測させる記述があり、仁和寺蔵の『熊野縁起』(正中3年〈1326年〉)には境内に湯ノ峯王子が祀られたとあるほか、鎌倉時代の熊野曼荼羅図には、湯峯金剛童子が薬師堂に隣接して描かれている。