慶応元年六月二十日、勤王攘夷派は全員逮捕されて桝木屋の獄に入牢となり、十月下旬加藤司書たち7名は切腹、月形洗蔵たち14名は斬首、女性の野村望東尼の姫島流罪など、厳しい処分が断行された。