九九式襲撃機・九九式軍偵察機は、日中戦争(支那事変)後期から太平洋戦争(大東亜戦争)全期にわたって使用され、主に飛行分科「襲撃」・「軍偵」の飛行戦隊・独立飛行中隊に配備、中国大陸から南方戦線(マレー半島、インドネシア、ビルマ、ニューギニア、フィリピンなど)各地の広範囲で活躍した。