信濃川と関屋分水の分岐部に建設された信濃川水門と連携しており、平常時は新潟大堰を制御することで、240〜480立方メートル毎秒の流量のうち、関屋分水へは30立方メートル毎秒のみを流下することで海水の遡上を防止、出水時には信濃川水門を制御することで流量調整を行い、最大流量4200立方メートル毎秒のうち、3200立方メートル毎秒を関屋分水に流下することで本川の流量を抑え、新潟市中心部の洪水被害防止に貢献している。