フィリピン軍はアメリカ軍への敗北を重ねた上、内部分裂が進行したためにアギナルドはアントニオ・ルナ准将を粛清して内部を固めた上で6月6日に首都をターラックを移転し、7月7日に新たな革命議会を開催したが、アメリカ軍の追撃は更に進み、1899年11月11日の敗走中にバヤンバンにてゲリラ戦への転換を指示し、1900年8月には最後の拠点イサベラ州パラナンに到達したものの、翌1901年3月にアギナルド大統領はアメリカ軍の捕虜となり、アメリカ軍のアーサー・マッカーサー2世軍政長官に対する「忠誠の誓い」と全軍への休戦を指示した。