選挙結果では得票率で闘争民主党が第1党、ゴルカルが第2党、pkbは第3党となり、大統領指名選挙ではメガワティが当選するものと思われたが、各派の駆け引きの結果、1999年10月20日、ワヒドが大統領に就任、その後、nuの議長を退任した。