天皇もこうした動きに対して手を拱いていた訳ではなく、長期の不出仕に対しては昇進停止や解官などの措置を取る一方、正規の暇の手続を取った者に対しては在国が長期にわたる事態も公認したり、禁裏小番の制度を改革して負担の軽減(番自体の削減・番文による出仕期間の事前通知・在京親族による代役許可など)することで、公家の地方下向が直ちに禁裏(公家政権)からの離脱につながらないようにする方針も取られた。