2002年には厚生労働省の施設等機関の再編の一環として、国立感染症研究所、国立公衆衛生院(現在の国立保健医療科学院)からの一部組織移管などにより組織形態の見直しを行い、遺伝子細胞医薬部、食品衛生管理部、医薬安全科学部が新設され、伊豆薬用植物栽培試験場が廃止された。