教授を頂点とする医局のシステムは診療科の診療方針全般及び上記のように関連病院の人事について決定権を持つため、治療薬の選択、医療機器の導入、各医学部による関連病院の実質的な支配など大きな利権が生じる余地があること、医局ごとに独立性が強い一方で他の医局との連携が悪かったために「隣の医局は外国よりも遠い」と表現されており、長年批判の対象となってきた。