明治時代になると、葉山修験はますます衰亡し、1946年(昭和21年)大円院の敷地がghqアメリカ陸軍大高根演習場の着弾地に指定されると、大円院への立ち入りが禁止され、寺院は取り壊されて葉山修験はほぼ消滅してしまった。