その反面、インジェクションシステムへの安定した電圧供給のためにアイドリングが高目に設定されている(ツインカムエンジンについては、キャブとインジェクションでのメーカー指定アイドリング回転数の差は、1,025 rpmに対して1,050 rpmと実は25 rpmしかない)ことや、環境規制に対応するためにキャブ仕様のものよりも薄めの空燃比(理想的な14.7付近)となったことで燃焼室周りの温度も高めとなり、エンジン内部パーツへの熱的・化学的負担や、発生した熱によってライダーの快適性が損なわれやすいという課題も残されている。