これらのモジュールは、タンパク質のアミノ酸残基間の各関係(グラフ理論用語では「エッジ」)、および入力配列アラインメントの各アミノ酸位置と各異なる配列との間の各関係について、情報のベクトルを段階的に洗練させるために使用される。