プレイヤーが操作するキャラクターは、マリオとルイージの2人のみと、1作目と同様のシステムに回帰しているが、巨大化したルイージを3ds本体を縦持ちして操作するなど、前作『マリオ&amp;ルイージrpg3!!!』にあった要素も一部引き継がれている。