なお、大本山の制度に則り、末寺のうち「竜昌院(後の宗江院)」、「清涼院」、「徳泉寺」、「昌明寺」、「大円寺」の五つの寺を輪番寺とし、それらの住職が交代で長善寺の住職を務めた。