前年の『劇場版仮面ライダーウィザードin magic land』と同様に、テレビシリーズとは異なるパラレルワールドを舞台とし、主人公である葛葉紘汰がテレビシリーズの世界から本作品の世界へ迷い込むというストーリーが展開される。