補因子として、シスタチオニン-γ-シンターゼとシスタチオニン-β-リアーゼは共にピリドキシル-5'-ホスフェートを、5-メチルテトラヒドロ葉酸-ホモシステインメチルトランスフェラーゼ(mtr)は補因子であるメチルコバラミン(meb12)を含み、5-メチルテトラヒドロ葉酸(n5-methyl-thf)とホモシステインを基質とする。