再び、確実に一致するようになるのは鎌倉時代後期の正安3年(1301年)に訴訟によって北野別当の地位を得た慈順以降であり、彼とその弟子で実の姪孫でもあった慈厳が門跡寺院としての曼殊院を確立させたと考えられる。