運用は乗用車航送可能な、青森第1岸壁と函館第2岸壁を使用する甲系統に充当され、この2隻で1日5往復し、全便で鉄道車両航送が、ほんとんどの便で乗用車航送が行われたが、定期の旅客扱いは、深夜の続行便の先発便(11便、12便1982年(昭和57年)11月15日のダイヤ改正以降は101便、102便)のみであった。