皇帝のユダヤ教優遇策やアリウス派以外の様々な異端(アポリナリオス主義等)による紛擾が起きる中、キュリロスはエルサレム教会における異端との論争や、異端から教会に戻った人々を含めた教会の和睦に努めた。