その後、『希望の森』と名付けた広大な森で黄ピクミン、その先の『樹海のヘソ』と名付けた薄暗い洞窟で青ピクミンに出会い、最初に不時着した『遭難地点』と名付けた場所を改めて探索するなど、更なるパーツ回収を進めて行く。