2006年(平成18年)より指定管理者制度を導入し、伊勢志摩物産館協同組合が指定管理者として運営していたが、志摩市議会は同組合による休憩スペースでの物販や、トイレの衛生問題を理由に指定管理業務の延長を否決したため、2015年(平成27年)度は臨時職員を雇用して志摩市の直接運営に切り替えた。