1956年から1960年末までは海軍司令部(ヴィルヘルムスハーフェン、1958年に艦隊司令部に改編)、海軍基地司令部(ヴィルヘルムスハーフェン)、海軍訓練司令部(キール)、艦艇試験司令部(キール)の4個基幹コマンドが組織された。