当初は、チャレンジリーグ入替戦予選大会で勝ち残った2チームがチャレンジリーグ下位2チーム(ジュブリーレ鹿児島およびhoyoスカラブfc)との入替戦をホーム・アンド・アウェーで行うとされていたものの、その後hoyoスカラブfcのチャレンジリーグからの退会に伴い、チャレンジリーグ入替戦予選大会から1チームが自動昇格できることとなり、また入替戦も一発勝負に変更された。