ペプチド結合を切断する機構は、システインとスレオニンを持つアミノ酸残基(プロテアーゼ)または水分子(アスパラギン酸、金属プロテアーゼ、酸プロテアーゼ)がペプチドカルボキシル基を攻撃できるように求核性にすることである。