実際には、頼朝により初の全国的な武家政権として発足した鎌倉幕府において実朝が暗殺され源氏将軍の血筋が断絶して以降、頼朝の遠縁(妹の曾孫)とはいえ藤原氏の嫡流である摂家より4代将軍として藤原頼経が招かれ摂家将軍が成立し、後に皇族から宮将軍が招かれたように、源氏でなければ将軍になれないという慣例は鎌倉幕府自身によって否定されている。