分庁方式では各庁舎に業務部門を設置することになるが、離島である伊良部町に業務部門を設置することで生じる問題点や、分庁方式となった場合の行政サービスの低下を懸念する声などがあり、伊良部庁舎は伊良部総合支所として設置することになった。