天文22年(1553年)、13代将軍の義輝は三好政権を成立させた三好長慶に反撃を試み、洛外の近江国朽木に追放され、5年後和睦し戻ったが、永禄8年5月(1565年6月)永禄の変で二条御所を軍勢で襲われ殺害され、将軍といえども不犯の存在ではなくなった。