1986年(昭和61年)12月に国鉄越美南線を第三セクター鉄道に転換して開業した長良川鉄道では、配置13両、使用12両の体制で運用を続けてきたが、開業時に導入したナガラ1形が12年を経過して老朽化が進行したことから、更新のため1998年(平成10年)から2001年(平成13年)にかけて両運転台、前面貫通式、トイレなし、16 m車体のナガラ3形7両が製造された。