原因としては、温暖化による海洋の成層構造の強化や、降水量・河川水量の増加による鉛直混合の弱化、一次生産の増大に伴う動物プランクトン増加に起因する酸素の大量消費などがあり、それぞれの無酸素事変の主要因については議論が続いている。