また全ての種をツノゴケ目ツノゴケ科に分類する体系や、1目2科(ツノゴケ科とツノゴケモドキ科)に分類する体系、2目3科(ツノゴケ目ツノゴケ科とキノボリツノゴケ科、ツノゴケモドキ目・科)に分類する体系、4目5科(ツノゴケ目ツノゴケ科とツノゴケモドキ科、ミヤベツノゴケ目・科、スジツノゴケ目・科、キノボリツノゴケ目・科)に分類する体系など、さまざまな分類体系が提唱されていた。