1987年1月には2次車の3204f-3206fが製造され、初期車を含めた3201f-3206fは1988年の京都市営地下鉄烏丸線乗り入れ開始に際して、1987年11月に中間車2両(モ3400(m)-サ3300(t)、3次車)を組み込んで6両編成化され、先頭車の側面にvvvf制御車のシンボルマークを貼り付けられた。