敦賀駅以西のルートについては様々な議論がなされたが、2016年(平成28年)12月、政府与党の整備新幹線建設推進プロジェクトチーム(与党pt)は敦賀駅から西進して福井県小浜市を経由、そこから南下して京都駅につなぐ「小浜・京都ルート」を正式採用した。