国家公安委員会の管理権と検察官の捜査指揮権が相反する場合にどちらを優先させるかが問題となるが、あくまでも正当性の判断主体は国家公安委員会であり、国務大臣たる国家公安委員長を長とする国家公安委員会の管理権は民主主義的基盤を持っているため、行政機関である検察官の指揮権よりも優位する。