y染色体の分析はgeno1.0の場合、12のstr(マイクロサテライト)のマーカー(y-dna:dys393,dys439,dys388,dys385a,dys19,dys389-1,dys390,dys385b,dys391,dys389-2,dys426,dys392)の分析を基礎として、さらに基準となるsnpの分析を併用して結果を得る方式であり、ミトコンドリアdnaの場合はhvr1の分析を行う方式である。