宮内庁では被葬者を特に定めない陵墓参考地(男狭穂塚陵墓参考地)に治定しているが、被葬候補者として瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)を挙げ、隣接する女狭穂塚古墳(女狭穂塚陵墓参考地)では被葬候補者として妃の木花開耶姫(このはなのさくやひめ)を挙げる。