『愚管抄』は記録所が頼通にも文書提出を求めた時、「そんなものはないので全て没収しても構わない」と答え、頼通の荘園のみ文書の提出を免除されたという話を伝えているが、実際には頼通の荘園も文書を提出したことや、その審査の過程で上野国土井荘などの規定外の荘園が没収されたことなどが、孫の師通の日記『後二条師通記』や『近衛家所領目録』に記されていて、このことから摂関家の経済基盤がこの荘園整理令で大打撃を受けたことがうかがえる。