しかし谷は官軍と戦闘を行った甲陽鎮撫隊の動きが勝海舟や大久保一翁、山岡鉄舟らの指示によるものではないかと考え、拷問にかけ、背後関係を調べるよう主張したが、平田は江戸城開城を控えたこの時期に問題を起こすべきではないと反対した。