しかし、天智天皇の尊牌は、1876年(明治9年)の宮内省通達による「京都府下各寺院之尊牌」結集で、山内塔頭の法安寺から遷されたものであり、天武系統の天皇は、奈良県内の薬師寺や東大寺、西大寺などに祀られている。