菌根はかつて外生菌根(ectotrophic mycorrhiza)と内生菌根(endotrophic mycorrhiza)とに分けられていたが、内生菌根とされたものに含まれる複数の菌根タイプ(アーバスキュラー菌根、エリコイド菌根、ラン菌根)は相互に全く異なることが明らかになり、内生菌根という用語は使われなくなった。