水産学部は札幌農学校水産学科として発足したが、1935年(昭和10年)に函館高等水産学校として函館に独立し、1949年(昭和24年)の新制大学制度の施行に伴い、函館水産専門学校は北海道大学に包括され、農学部水産学科と併せ水産学部となった。