2000年第42回衆議院議員総選挙でも民主党の小林千代美と小沢自由党の小野が出馬して野党の票が割れた恩恵もあり小選挙区で勝利、第2次森改造内閣では文部大臣、科学技術庁長官、原子力委員会委員長を務め、中央省庁再編により初代文部科学大臣となった。