朝鮮の役では、長崎から戻った叔父大浜玄雅らと共に出陣し、兵700・軍船17艘・属船8艘で渡海した五島勢は、小西行長の一番隊に属して活躍したが、翌文禄3年(1594年)7月の休戦交渉中、純玄は疱瘡(天然痘)にかかって、看病の甲斐なく死去した。