研究がよく進んでいる環境dnaの分析対象となるサンプルとして土壌と水が挙げられるが、その中でも用途は極めて多様で、現在までに海水や河川、湖沼の水、海底や湖沼の堆積土、永久凍土など従来の方法では解析の難しいものも含めた様々な環境の分析に用いられ始めている。