領地は東西交流の要となる近江国の蒲生・甲賀・野洲・坂田・浅井の5郡で、秀次は蒲生郡の現在の近江八幡市に居城を構えることとし、安土を見下ろして琵琶湖にも近い場所に、八幡山城を築いた。