最大加速エネルギーはシンクロトロンの方が上回るものの、サイクロトロンは連続してビームを加速することが可能であり、大強度(粒子数が多い)のビームを生成できることから、放射性同位元素の生成や原子核物理学の実験、半導体デバイスのの検証などの目的で多用されている。