組織上は第三管区海上保安本部に属してはいるが、出動管区に限定は無く、通常の各巡視船艇の装備・人員では対応が難しい特殊な海難(船舶火災、毒物劇物の流出、転覆・沈没船からの救助)が発生した場合、各管区海上保安本部からの出場要請に基づいて航空機・ヘリコプターなどを乗り継いで現場海域へ急行する。