庁舎は地上9階・地下1階・延床面積約1万7,000平方メートルの鉄骨鉄筋コンクリート構造で、東京水上警察署(港区港南五丁目)から海を挟んで約2km南東の江東区青海二丁目に建設が進められ、2008年(平成20年)2月に完成した。