原核緑藻は、その光合成色素組成から、発見当初は藍藻とは異なる原核藻類群であるとして原核緑色植物門(学名:)に分類され、また同じクロロフィル "b" をもつことから、緑色植物の葉緑体の起源となったのではないかとも考えられていた。