総括や国家安全保障会議の事務を行う「総括・調整班」、アメリカ合衆国、ヨーロッパ諸国、aseanなどを担当する「政策第1班」、北東アジアとロシアを担当する「政策第2班」、中東、アフリカ、中南米を担当する「政策第3班」、防衛計画の大綱や国家安全保障戦略など中長期的な安全保障政策を担当する「戦略企画班」、機密情報を扱う関係省庁など政府内での連絡調整を行う「情報班」に分かれている。