しかし、1945年の敗戦により本土と切り離されている沖縄の教会である沖繩キリスト教団との再合同(1969年2月25日)や、大阪万博(1970年)における万国キリスト教館の出展問題に端を発する「反万博闘争」等を通じてキリスト教会の社会的役割を重視するグループ(社会派)とキリスト教会の形成や伝道を重視するグループ(教会派)との対立が深まりいわゆる「教団紛争」と称する状況が継続している。