シリーズ本編第1作『幻想水滸伝』から第3作『幻想水滸伝iii』で搭載されていたセーブデータコンバートは採用されておらず、ストーリーも『幻想水滸伝』の150年前の物語であるため、旧作キャラクターのほとんどは登場しない。