しかし、異常増殖や、絶滅危惧種である在来種の駆逐や交雑による遺伝的撹乱、遺伝子汚染など生態系と遺伝的多様性への悪影響が危惧され、2005年6月に外来生物法によってアカウキクサ属のうちオオアカウキクサ節のa.microphylla、a.mexicana、a.carolinianaを統合したアゾラ・クリスタータ(a.cristata)は特定外来生物に指定された。