とりわけ百万羽以上が棲息するコシジロウミツバメにいたっては日本唯一の繁殖地であることから、1951年(昭和26年)6月9日に「大黒島海鳥繁殖地」として国の天然記念物に指定され、1972年(昭和47年)11月1日に国指定大黒島鳥獣保護区(集団繁殖地)に指定されている(面積107ヘクタール、全域が特別保護地区)。