本亜種は花の色や分布などにより、いくつかの変種・品種、例えば、北海道に分布するエゾミヤマクワガタvar. "yezo-alpinum" 、白神山地に分布するシラガミクワガタvar. "shiragamiense" 、本州の奥羽山脈に分布するミチノククワガタf. "tomentosum" 、山陰地方等に分布するダイセンクワガタf. "daisenense" などに区別されるが、文献によって扱いが異なっている。