1947年までに4両(キハ42010,42020,42025,42030)が戦災などで廃車になり、このうち、所在が明らかにならなかった42020と42025は行方不明車として処理された。また、燃料不足などにより、20両が休車、客車代用として2両、倉庫代用として1両が使われ、キハ42500形も全車倉庫代用となっており、1949年までにさらに8両(キハ42000,42004,42015,42017,42024,42035,42037,42054)が廃車となった。