しかしながら、菅根のみならず、道真の盟友であった左大弁兼侍従・紀長谷雄も上皇の参内を阻止したとされることや、宇多上皇がかつて在位中に天皇の許可の得ない上皇の参内を禁じたともされることから、左大臣・藤原時平もしくは醍醐天皇の命令に従って、菅根はその職責を果たしたに過ぎないとする見方もある。