2018年12月25日、文部科学省から「不適切な可能性が高い」と指摘されたことを受け、普段から大学の監査を担当している公認会計士と弁護士の2人による内部調査を始めることを決めたが、2018年12月28日、柴山昌彦文部科学大臣(当時)は閣議後記者会見で「率直に言って何をしているんだろうと思います。