デジモンの生態である「進化」とはまた違った変異であるデジクロスや、主人公勢に対する敵性勢力の存在であるバグラ軍はアニメ版と共通するが、物語の筋やキャラクターそれぞれの持つ背景を大きく異にした作品となっており、アニメ版や玩具には存在しないオリジナルのデジモンとキャラクターやデジクロスも数多く登場している。