2002年から会津鉄道キハ8500系による快速「aizuマウントエクスプレス」が特急「きぬ」と会津若松駅方面との連絡列車として運行されるようになり「南会津」の運行本数は年々減少し、残った1往復も2005年3月1日のダイヤ改正で新藤原駅発着の「ゆのさと」と新藤原-会津田島間の快速列車に振り替えられたことで廃止となった。