2000年代から2010年代前期の分子系統解析では、ムカデエビ類や鰓脚類との類縁関係を示唆する結果が出ていたが、2010年代後期の複数の解析では、カシラエビ類は前述のどの甲殻類にも類縁でないとされ、鰓脚類・ムカデエビ類・六脚類と単系統群(異エビ類allotriocarida)を構成し、その中でカシラエビ類は最も早期に分岐しているとされる。