年間650億円(2007年実績)と、総合通信局の予算に対しても少ない額ではないため、支出には透明性が要求されるが、当初の目的である総合無線局監理システムや電波監視システムの整備・運用、周波数逼迫対策のための技術試験事務、携帯電話の過疎地での基地局維持・設置などに充てられている額は、電波利用全体の半分程度であり、「その他」の支出項目において、多額の人件費が支出されていることなど、不透明な支出が多いことが問題視されることがある。