応仁の乱・明応の政変以後も室町殿による家領安堵の権限が完全には失われていなかったことは、室町幕府最後の時期に加賀国井家荘を巡って二条晴良と勧修寺晴右が争った際に正親町天皇が晴右に安堵する裁決を下したにもかかわらず、将軍足利義昭が晴右が前将軍義栄の支持者であったことを理由に勅命を無視して晴良に安堵したこと、義昭の後ろ盾である織田信長からの公家に対する朱印状が、義昭の「仰(おおせ)」「御下知」に従って発給されていたことからも理解できる。