最初期であるmsxおよびファミコン版ではぷよの数が最大6色だったが、現在の基本ルールのベースとなったアーケード版の流れを受けて「なぞなぞぷよぷよ」が収録されたゲームギアおよびpc-98版以降は最大5色となっており、これ以降のなぞぷよもこの色数が標準となる。