更に1964年筑後川水系、1965年(昭和40年)木曽川水系、1966年(昭和41年)吉野川水系、1974年(昭和49年)荒川水系、1991年(平成3年)豊川水系が指定水系となり、これに伴い建設省(現・国土交通省)が計画・建設していたダムが公団へ移管された。