長野県や諏訪地域、上伊那地域の自治体などは伊那谷ルートを支持しているが、jr東海は最短距離で建設できる南アルプスルートを考えており、糸魚川静岡構造線の大断層帯を長大トンネルで貫通することになるため、地質調査を行い、2008年10月に適切な施工法を選択すれば建設可能との調査結果をまとめた。