南北戦争が始まったとき、ストーンマンはテキサス州ブラウン砦を指揮しており、そこに新しく樹立されたアメリカ連合国当局に降伏しろというディビッド・e・トウィッグス少将の命令を拒み、部隊兵の大半を率いて北に逃亡した。