西表島、石垣島の両島をはじめ、石垣島と西表島との間にある石西礁湖と呼ばれるサンゴ礁の海域と、その海域に点在する黒島、竹富島、小浜島、新城島、西表島北方の鳩間島や南西方の仲の神島などからなる。