目的タンパク質とgstの連結部に特異的なプロテアーゼ(例として、prescission proteaseやthrombin)の切断箇所を導入したベクターを使用していれば、アフィニティ精製後にプロテアーゼでgstを切断して目的タンパク質だけを単離することが可能である。