2008年1月12日天満別院(大阪市)で告別式が行われ、小沢一郎代表、菅直人代表代行、鳩山由紀夫幹事長といった民主党幹部、江田五月参議院議長、平松邦夫大阪市長らが参列し、小沢は弔辞で「山本氏は格差を放置拡大してきた昨今の政治に真っ正面から戦い続けて生きた」「がんに侵されながら、不屈の精神で法の成立に心血を注がれた。