ピースボート側は、外務省側からは事前に国後島への渡航に関して「問題はない」との回答を受けており、日露市民相互の信頼関係を築くための国際交流の一環であり、まったく正当なものだと主張しているが、外務省は同省の見解を歪曲したものであると指摘している。