バキュームブレーカの吸気弁は空気中の埃や塵も吸い込むことから吸気弁パッキンへの付着した異物を定期的に清掃しないと便器洗浄の通水時に吸気弁パッキンが開閉(昇降)動作が妨げられ機能障害が発生する他、吸気弁パッキン閉まりきれずに完全にシールされず水漏れの原因となる他、吸気が完全に妨げられるとバキュームブレーカが取り付けられていないフラッシュバルブと同様の状態になり、フラッシュバルブ閉止後、フラッシュバルブから便器へ繋がる配管が負圧(真空)状態になり、便器の吐水口から空気が逆流して配管内に空気が入り込む状態となり、このため配管内が大気圧状態に戻るまでは便器の吐水口から配管への空気逆流音が聞こえる現象が発生することもある。