幕府からの支出もしくは助成として、1641年(寛永18年)に境内の伽藍をすべて再建、1665年(寛文5年)に修復料として500両の下賜、1688年(元禄元年)に廟所・諸堂を総じて修復、1738年(元文3年)に金200両と飛騨垂木2500梃が下賜されて諸堂を修復、1791年(寛政3年)に廟所・諸堂の修復料として金1500両、1793年(寛政5年)に金200両・金1950両・垂木1000梃が下賜、1815年(文化12年)には仏具修繕料として銀30枚、1818年(文政元年)に銀30枚、1826年(文政9年)に銀300枚などがあり、知られている限りの幕府からの支給額は総じて金3,300両・銀710枚に上るほか、堂宇の修復はおよそ20年に1度のペースであったとみられる。