藤木の研究内容について、同じ団地で暮らしていたこともあり親交が深かった東京都立大学(1949-2011)名誉教授の峰岸純夫は、「中近世の過渡期にあたる戦国時代を対象に一般の人々に焦点をあてた点が特筆される」と評価した。