この混乱に乗じ、江東六十四屯の清国人を虐殺しアムール川を越えて南下、東三省を占領したロシアは、1900年11月に清と「第二次露清密約」(満洲に関する露清協定)を結び、満州への軍隊駐留権や要塞設置、ロシア人の保護、地方政府に対する監督権の行使など、鉄道沿線のみならず満州全域の軍事や行政も支配下に置いた。