本校は北播磨地区唯一の単位制の総合学科であるため、本来であれば兵庫県立三木北高等学校と兵庫県立吉川高等学校は同じ普通科である兵庫県立三木高等学校と合併すべきものであり、教育委員会の一方的方針に対し、今後は地域全体の問題として議論の紛糾が予想される。