多くは触媒残基としてセリン(serine,ser)、ヒスチジン(histidine,his)、アスパラギン酸(aspartic acid,asp)の3残基を有しているが、ヒスチジンおよびアスパラギン酸残基は他のアミノ酸残基で代用されているものもまれにある。