その風潮のなかで、旧日本基督教会の中からも、アメリカやオランダの保守的立場に学び、教団合同の背後にある自由主義的な神学傾向そのものに反対していた勢力が1946年に早々に離脱し、「日本基督改革派教会(現・日本キリスト改革派教会)」(単に改革派、あるいはrcjと略称)を設立した。