同年7月に松井元興が総長に就任し、同月10日、法学部全教授15名の辞表を鳩山に進達したところ、鳩山は強硬派と目された佐々木惣一ら6名の辞表のみ受理し、他は却下した。そこで松井は、当時の法学部の長老・中島玉吉の献策に基づいて折衝し、7月18日にいわゆる松井解決案を示した。すなわち、文相が今回の瀧川の「処分ハ非常特別ノ場合ニシテ、文部当局ガ教授ノ進退ヲ取扱フニ付、総長ノ異状二依ルコトハ多年ノ先例二示ス通リナリ」との言明を与えるもので、これにより結果的に大学の自治が守られるとするものであった。