類似種との見分けのポイントは、オナモミは果実の長さが0.9-1.8 cmと他の類似種よりも小ぶりで、表面に毛が多くてとげがある点が特徴で、よく似るが果実が2-2.5 cmと大きくて表面に毛が少ないオオオナモミや、表面に毛が多い点は共通するが果実が2-3 cmと大きくてイガ状に毛が生えるイガオナモミと識別できる。