上方への帰途、秀吉は廃墟と化した博多(福岡市博多区)の復興に着手して、その直轄化をすすめ、また、キリスト教徒によってポルトガル領のようになっていた肥前長崎港(長崎県長崎市)を視察し、6月19日、博多でバテレン追放令を出し、翌20日にはガスパール・コエリョにそれを通知してキリスト教制禁をおこなった。