慶長3年(1598年)に秀吉が伏見城で死去すると、翌慶長4年(1599年)3月には徳川家康が留守居役として伏見城に入城し、豊臣政権下の徳川家康の上方における居城となった(ただし家康は同年9月に大坂城に移った)。