太平洋戦争中には陸軍で編成された飛行第47戦隊(初代隊長・下山登中佐、第2代隊長・奥田暢少佐)と、海軍で編成された第三四三海軍航空隊戦闘三〇一飛行隊(隊長・菅野直大尉)も「新選組」と呼称されている。