明治3年7月12日(1870年8月8日)、国漢学派と洋学派との対立内紛による(大学)本校(昌平学校の後身)の閉鎖(洋学派の勝利)により「大学」はほとんど機能停止に陥ったため、大学南校は事実上独立した。