1897年(明治30年)に創立された大分尋常中学校杵築分校(後に大分県杵築中学校として独立した後、大分県立杵築中学校に改名)と、1908年(明治41年)に創立された杵築町外4カ村組合立女子実業補習学校(後に大分県に移管され県立杵築高等女学校と改名)の両校を母体とする。