「吉野の桜」として売り出された経緯からヤマザクラと混同されることもあったが、1900年(明治33年)に藤野寄命が日本園芸雑誌に「染井吉野」の名前を発表し、翌1901年に松村任三が学名("prunus yedonsis" matsum.)を発表し、ソメイヨシノの存在が植物学的に分類された。