大きな政治的混乱の末に1899年には米比戦争が勃発し、1901年5月22日にフィリピン諸島島民政府(insular government of the philippine islands)が設置され、フィリピン委員会は法令131号を制定し、マニラ気象観測所を内務省(department of interior)気象局(weather bureau)に改編した。