特殊救難基地の組織は、指揮官として基地長がおり、次長・専門官・管理係長が置かれ、実働部隊として、統括隊長1名の下、それぞれ6名(隊長1名・副隊長1名・隊員4名(火災、危険物担当・レンジャー担当・潜水担当・救急担当(救急救命士))の隊員からなる、第一特殊救難隊から第六特殊救難隊の6個隊(統括隊長を含めて計37名)が編成されている。