この頃には、利用者が沿線の和歌山県立吉備高等学校(現在の和歌山県立有田中央高等学校)への通学生にほぼ限られていたため、1995年3月6日から、第2・第4土曜日と日曜・休日(つまり学校の休日)は全列車運休して、並行する道路を走る路線バスで代替しつつ、1日の運行本数も次第に減少していった。