翌1849年にアメリカへと到着してボストンに居を構え、ブリジット・マーフィー(1824-1888)との間に男子2人を含む5人の子どもが生まれたが、3番目の長男ジョン・ケネディ3世がコレラでわずか2歳に満たずに早世した。