アマルナ文書は1885年、アマルナで肥料として使用する日乾煉瓦の材料を探していた地元女性によって偶然発見され、1891年、エジプト考古学者のフリンダーズ・ピートリーによってアテン大神殿の南、ファラオ通信文書館跡から出土したものであることが確認された。