世界観は『電撃!ピカチュウ』とリンクしており、ロケット団員がミュウ捕獲の為にマスターボールを撃ち出すライフルを装備していたり、「ミュウツーはプロトタイプで、後にロケット団の命令で感情を持たない兄弟が多数作られる予定だった」といった、オリジナル要素が追加されている。