しかしながら、fireflyのソースコードの約60-70%、特にプラットフォーム特異的な部分(メモリ割り当て、ディスク入出力、ネットワーク)や数学関数(例えば行列演算)、量子化学的手法(ハートリー＝フォック法、メラー＝プレセット法、密度汎関数理論)は大幅に書き換えられている。