しかし計画ルートに空港反対派の「一坪共有地」が含まれており、そこの元の地主が「一坪共有地」の維持を主張していたことから、地権者が全国841に及んでいたことで同意の取得が難航し、逆に芝山鉄道や芝山の住民団体は用地取得に応じるように地権者に求めるなど双方が手紙による地権者説得を争ったが、1999年(平成11年)12月8日に芝山町長が運輸省に空港反対派の「一坪共有地」を避ける路線への変更を要望するに至った。