また、諸司領は天皇に奉仕し、また天皇を中心とする朝廷組織の運営に使われている点において禁裏御料の性格も有していたから、諸司領の売却などの目的外行為が発覚した場合には、天皇は官司の長を解官した上で諸司領も没収し、更に朝廷や幕府による徳政令や公領興行令が出される場合もあった。