そこで主人公・江戸川コナンの宿敵である黒の組織を劇場版に初登場させ、第3作『世紀末の魔術師』から登場していた組織の脱退者である灰原哀(宮野志保)にスポットを当てて従来の作品よりも新一と毛利蘭のラブコメを少なめにし、全編に渡って少年探偵団が本格的に事件に絡んで活躍するストーリーを作り上げている。