その後も事件の舞台であるシャドー・モセス島の格納庫内に放置されており、再びモセス島を訪れたソリッド・スネークと、オタコンの操作するメタルギアmk.iiiにより、輸送機ノーマッドの機内から制御プログラムをエミュレートして再起動、リキッド・オセロットの駆るメタルギアrayと対決する。