島根県仁多郡奥出雲町の船通山を源流とし、出雲平野から宍道湖へと流れ(河川整備計画等では宍道湖合流点より上流側の区間を斐伊川本川と称する)、宍道湖から大橋川・中海・境水道を経て、鳥取県境港市と島根県松江市の境界から日本海に注ぐ。