チーム運営は2011年3月設立の特定非営利活動法人「三田・だ・エスペランサ」がおこなっていたが、2020年3月「三田・だ・エスペランサ」の解散に伴い、一般社団法人「兵庫ブルーサンダーズ」の運営に移行した。