開館以来、市から直接業務を受託していたが、指定管理者制度の導入に伴い、市の外郭団体で市有施設の運営管理を行う「財団法人新潟市開発公社」とnsgグループ傘下の「愛宕商事」と共同事業体を編成し、市の公募・選定を経て2009年4月1日付で管理業務の受託を開始。