1990年代以降の山下に特筆される活動は、j・s・バッハによる「無伴奏ヴァイオリン・ソナタとパルティータ」全曲、同「無伴奏チェロ組曲」全曲、同「リュート組曲」全曲、カステルヌオーヴォ＝テデスコによる「ゴヤによる24のカプリチョス」(1991年)、同「プラテーロとわたし」(1997年)、そして「黎明期の日本ギター曲集」(1999年文化庁芸術祭大賞を受賞。