中部圏開発整備本部の長である中部圏開発整備長官には国務大臣を以て充てることとされ、初代の中部圏開発整備長官には第1次佐藤内閣第1次改造内閣の国務大臣・瀬戸山三男(建設大臣・首都圏整備委員会委員長・近畿圏整備長官を兼任)が就任した。