伝統的には、渦鞭毛藻類は渦鞭毛植物門(dinophyta)として、門の階級を与えられてきたが、パーキンサス類、オキシリス類といった原生動物との近縁性から、これらを含めたdinozoa、もしくはdinoflagellataが、門の階級を与えられるようになってきている。