「シンプルプラン」によるspecホルダー抹殺計画の真実と、前作で登場した少女・青池潤(演:森山樹、大島優子)と謎の青年・セカイの正体が明らかにされ、人類の存亡を賭けてそのspecを開放する当麻の戦いおよび、野々村や瀬文との関係の結末が描かれる。