その後、南北朝時代に、南朝の後醍醐天皇が再興し、延元4年/暦応2年(1339年)6月26日に腹心で第120代東寺一長者だった文観房弘真を補任した(『後醍醐天皇宸翰天長印信(蠟牋)』奥書・『瑜伽伝灯鈔』)。