また、通常確変ステージが、「チルドレンモード(渚カヲル編)」となり、前作までのチャンスタイムに代わって、内部確変の可能性がある「チルドレンモード(碇シンジ編・惣流・アスカ・ラングレー編・綾波レイ編)」と、tv版第九話のユニゾン特訓をメイン演出にした「特訓モード」が新たに搭載されている。