物語は「アウターヘブンにつながるミッシングリンク」とのことで、スネーク(ビッグ・ボス)が悪魔の兵器「メタルギア」と出会い、伝説の傭兵部隊「foxhound」と戦士の楽園「outer heaven」を作るようになったきっかけや、「ビッグ・ボスは、何故一度救った世界を危機に晒したのか?