その結果、1998年には生長の家社会事業団が教団とは独自路線を歩むようになり、2003年には新教育者連盟(新教連)が教団による支配を弱める内容の「財団法人新教育者連盟寄付行為施行細則」の改正を強行、新教連の教団系の支部長(全体の八割を占めた)がそれに抗議して辞任する事態となった。