生まれつき運が悪い倉上進矢は、とある事故で長期入院したため学園へ通えなくなり困っていたが、幼なじみの神凪莉都の助けにより故郷・御津上市(みつかみし)へ久々に戻り、天都原(あまつはら)学園へ編入する。