アジアへ行けなかったがドイツ(神聖ローマ帝国)へ赴任、1546年にスペイン王兼神聖ローマ皇帝カール5世の軍隊付牧師となり、帝国議会で宗教改革を巡る論争に参加したが、1548年のアウクスブルク仮信条協定に反対したためカール5世に追放されイタリアへ戻った。