新幹線の経由地が旧駅舎の南側約300mに位置し且つ旧駅舎周辺の空間が狭小であった事などから、乗り継ぎの利便性向上と、旧駅舎付近を経由予定地としている長野県道97号飯山斑尾新井線のバイパス(都市計画道路斑尾線)建設に伴う駅構内の保守基地の機能集約を目的として、jr東日本と県、市では駅舎の移設工事を進め、2014年(平成26年)11月9日の始発列車から、旧駅舎より豊野方約300mの場所に位置する現駅舎の運用が開始された。