幼稚園と保育所は異なる歴史的経緯により設立されたため、運営基準・職員の資格(幼稚園は幼稚園教諭、保育所は保育士)・所管庁(幼稚園は文部科学省初等中等教育局の幼児教育課、保育所は厚生労働省児童家庭局の保育課)が異なっている。