有名な神社であっても、金刀比羅宮・鎌倉宮・靖国神社・伏見稲荷大社・日光東照宮・気多大社・白崎八幡宮・梨木神社・新熊野神社・富岡八幡宮など神社本庁との被包括関係を有せず、単立宗教法人として運営される場合がある。