当初はゲンドウの命令で、そしてeva零号機のパイロットである少女綾波レイの負傷を目の当たりにしたため仕方なくevaに乗っていたシンジだが、使徒との戦い、そして戦闘指揮官であり保護者役となった葛城ミサト、同級生鈴原トウジ・相田ケンスケらとの交流によって次第に自らの意思でevaで戦うようになる。