断片の長さが長ければ長いほど、断片数が多ければ多いほど正しいオーバーラップを得ることができるが、それは裏を返すとよりたくさんの数のアライメントをしなければならず、より長いアライメントをしなければならなくなることから二次、あるいは指数関数的に計算量は増大してしまう。