伝統的には、こうしたクラドグラムは、概ね形態学的特徴に基づいて作成されてきたが、今ではdnaやrnaの配置のデータが解明され、がクラドグラムの作成に常用されるようになっており、純然と分子系統学的手法によって作成されるものもあれば、形態学を組み合わせて作成されるものもある。