しかし、カブトガニ類とウミサソリ類にはいずれも該当する特徴をもたない種類が存在し(例えば基盤的なカブトガニ類は分節した後体と鋏型でない脚をもち、アシナガウミサソリ亜目のウミサソリの最終の脚は歩脚型である)、前述の共通点は直接的な系統関係を反映しない可能性が示唆される。