長享2年(1488年)8月に近江松尾(伊香郡)で高清と衝突、敗れて家臣の多賀経家と共に伊勢梅津へ逃れたが、翌延徳元年(1489年)に近江国人衆の協力を得て高清を追放、延徳2年(1490年)に幕府から京極氏当主と近江守護に補任されるが、2年後の明応元年(1492年)12月に10代将軍足利義稙に家督を取り上げられ、高清に与えられる。