2005年からドイツ大学改革の一環として始まったエリート大学養成プログラム「エクセレンス・イニシアティブ」()では、フランクフルト大学は第1期プログラムにおいて「大学の先端研究強化のための未来構想」(zukunftskonzept)に応募したものの、落選となった。