物語の前半(1-25話)は、ゲーム第1作目『バトルネットワークロックマンエグゼ』に登場する組織、www(ワールドスリー)の対決を、後半(26話-56話)は第2作『バトルネットワークロックマンエグゼ2』に登場する組織、ゴスペルとの対決を描く。