その後承久の乱で父・後鳥羽院と同母弟・頼仁親王は乱の後それぞれ隠岐国と備前国へ配流され、また母・坊門局(西御方)も後鳥羽院に同行したが、礼子内親王は京に留まり、嘉禎2年(1236年)頃は仁和寺御所にいたとの記録がある(『如願法師集』)。