Kaunti ya Mombasa imeshika nafasi ya wilaya ya Mombasa baada ya katiba mpya ya Jamhuri ya Kenya kupatikana mwaka 2010. Kaunti hii ni mojawapo ya kaunti mbili ambazo pia ni jiji na ndio kaunti ndogo kabisa kati ya kaunti zote. Inapakana na kaunti za Kwale na Kilifi ambazo pamoja na kaunti za Mombasa, Lamu, Tana River na Taita Taveta zilikuwa zinatengeneza Mkoa wa Pwani. Wakati wa sensa ya mwaka 2019 wakazi walikuwa 1,208,333 katika eneo la km2 219.9, msongamano ukiwa hivyo wa 5,495 kwa kilometa mraba. Makao makuu ya serikali ya kaunti yako katika jiji la Mombasa. Kaunti ya Mombasa inapakana na Bahari Hindi. Ina kisiwa cha Mvita ambacho huwa kati mwa Jiji la Mombasa. Kimetenganishwa na bara na Kijito cha Tudor na Kijito cha Port Reitz. Vijito hivyo hugawanywa na Makupa Causeway. Maeneo hayo mengine ya bara yameunganishwa kwa feri na daraja. Ardhi yake ni tambarare. Lindi la Bandari ya Kilindini, lenye kina cha mita 45-55, huiwezesha kuegeshwa meli kubwa. Mombasa ina misitu asilia mitatu ambayo ni 6% ya misitu ya mikoko ya Kenya. Misitu hiyo ni mojawapo ya makazi ya wanyamapori katika kaunti hii.