Zanzibar ilhali ni sehemu ya Jamhuri ya Muungano wa Tanzania ilipata tena bendera ya pekee tangu Januari 2005. Inaunganisha bendera ya Tanzania na ile ya Jamhuri ya Watu wa Zanzibar ya mwaka 1964 iliyotumika kati ya mapinduzi ya Januari na muungano ya Zanzibar na Tanganyika wa tarehe 26 Aprili 1964. Zanzibar ilikuwa na bendera yake tangu kuhamia kwa Sultani wa Omani kutoka Maskat kuja Zanzibar. Bendera nyekundu ilikuwa sawa na ile ya Sharifa wa Maka. Baada ya kupata uhuru mwaka 1963 usultani uliongeza alama ya karafuu katika bendera yake. Zanzibar yawa na bendera yake "Flags of the World" - Bendera za Tanzania na Zanzibar Archived 22 Agosti 2006 at the Wayback Machine.