Bendera ya Panama imetungwa wakati nchi ilipotangaza uhuru wake kutoka Kolombia mwaka 1903 na kukubaliwa rasmi kwa maazimio mbalimbali ya bunge la nchi katika miaka 1904, 1925 na 1941. Rangi za bendera ni nyeupe, nyekundu na buluu. Maana ya rangi hizi ni kama ifuatayo: Nyeupe inamaanisha amani iliyopatikana tangu uhuru kati ya vikundi nchini Nyekundu ni rangi ya chama cha uhuru (liberal) Buluu ni rangi ya chama cha mapokezi na mila (conservative) Sababu ya kuingiza rangi za vyama hivi ilikuwa vita ya wenyewe kwa wenyewe kati ya wafuasi wa vyama hivi iliyozuka kote Kolumbia kabla ya uasi wa jimbo la Panama; amani kati ya wafuasi wa vikundi hivi ilikuwa muhimu sana kwa mianzo ya jamhuri mpya.