Molekuli ni maungano ya kudumu ya angalau atomi mbili au zaidi. Ni pia kitengo kidogo cha kila dutu. Kama molekuli inapasuliwa ni dutu tofauti zinazojitokeza. Molekuli ni ndogo sana haionekani kwa macho. Atomi ndani ya molekuli hushikwa kwa nguvu ya elektroni au muungo atomia. Maungano ya atomi katika molekuli hufuata maumbile ya atomi. Maumbile haya Kwa mfano atomi za hidrojeni huwa na nafasi moja ya kushikana na atomi nyingine, oksijeni huwa na nafasi mbili ya kushikana na atomi nyingine. Kaboni ina nafasi nne na naitrojeni ina nafasi tatu. Hapo ni sababu ya kwamba maji ni molekuli ya H2O yaani hidrojeni ina mkono mmoja na oksijeni ina mikono miwili hivyo atomi moja ya oksijeni ikishika atomi za hidrojeni (yenye mkono moja) mbili ni molekuli thabiti na imara hakuna mkono unaobaki. Fomula ya molekuli inaeleza idadi na aina ya atomi ndani ya molekuli. Kwa mfano sukari ina formula ya C6H12O6. Maana yake ni kwamba molekuli moja ya sukari huwa na atomi 6 za kaboni, 12 za hidrojeni na 6 za oksijeni. Katika gesi molekuli zina uhuru wa kuelea. Katika gimba mango kila molekuli ina mahali pake. Katika kiowevu molekuli zinakaa pamoja lakini ni rahisi kubadilishana nafasi.