Historia ya Sudan Kusini inahusu eneo la Afrika Mashariki ambalo wakazi wake leo wanaunda Jamhuri ya Sudan Kusini. Kuna nyaraka chache sana za historia ya mikoa ya kusini mpaka mwanzo wa utawala wa Misri upande wa kaskazini mapema 1820 na baadaye kuendelezwa kwa biashara ya utumwa kuingia kusini. Kabla ya wakati huo, habari zote zinapatikana kwa misingi ya historia simulizi. Kulingana na mila hizo, watu wa Niloti (Wadinka, Nuer, Shilluk) na wengine waliingia kusini mwa Sudan kwa mara ya kwanza wakati fulani kabla ya karne ya 10. Katika kipindi cha kati ya karne ya 15 na karne ya 19, uhamiaji wa makabila, hasa kutoka eneo la Bahr al Ghazal, ulileta watu hawa katika maeneo yao ya sasa. Makabila yasiyo Niloti yaani Waazande, ambao waliingia Sudan Kusini katika karne ya 16, waliunda jimbo kubwa zaidi katika kanda hii. Katika karne ya 18, watu wa Avungara waliingia na kwa haraka wakaweka mamlaka yao juu ya Waazande. Utawala wa Avungara ulikaa kwa muda bila kupingwa mpaka kuwasili kwa Waingereza mwishoni mwa karne ya 19. Vizuizi vya kijiografia viliwalinda watu wa kusini kutokana na kuenea kwa Uislamu, na kuwawezesha kurejesha turathi zao za kijamii na kitamaduni na urithi wao wa kisiasa na taasisi za kidini.