Karantini (kwa Kiingereza: quarantine) ni uzuiaji wa watu au wanyama wasitolewe kutoka eneo moja hadi jingine ili kuzuia uenezaji wa magonjwa ya kuambukiza (infectious diseases). Mara nyingi karantini inamaanisha kuzuia miendo ya watu ambao wanaweza kuathiriwa na ugonjwa wa kuambukiza ilhali ugonjwa kwao haukuweza kuthibitishwa bado. Istilahi ya karantini hutumiwa pia kama mgonjwa anazuiliwa kukutana na watu wengine ili kuzuia uenezaji wa ugonjwa hatari. Karantini inaweza kutumika kwa wanadamu, lakini pia kwa wanyama wa aina mbalimbali, na wote kama sehemu ya udhibiti wa mpakani na ndani ya nchi. Asili ya neno karantini iko katika lahaja ya Venisi, ni kifupi kwa Kiitalia "quaranta giorni" yaani "siku arobaini". Wakati wa epidemiki ya tauni katika Ulaya ya karne za kati, mabaharia na abiria kutoka meli walipaswa kusubiri siku 30 kwenye kisiwa kidogo nje ya mji kabla hawajaruhusiwa kuingia mjini penyewe. Kama mtu kwenye meli angekuwa na viini vya tauni, ugonjwa ungeanza katika kipindi hicho na kuonekana kwake tu bila kuambukiza watu kwenye nchi kavu. Kuweka watu karantini huathiri mara nyingi haki za raia, haswa kama watu hulazimishwa muda mrefu kukaa mahali fulani wakizuiliwa kukutana na wengine, hata na familia zao.