Majaji wa Mahakama ya Afrika ya Haki za Binadamu walianza kuchaguliwa mnamo Januari 22, 2006 katika Mkutano wa Nane wa Kawaida wa Baraza Kuu la Umoja wa Afrika, uliofanyika Khartoum, Sudan. Majaji, wanaotokana na nchi 11 kati ya 53 wanachama wa Umoja wa Afrika, wanatoka katika hali tofauti za uzoefu wa kimahakama na ufahamu wa sheria za kimataifa na haki za binadamu. Kila jaji anahudumu kwa kipindi cha miaka sita, na anaweza kuchaguliwa tena mara moja. Rais na Makamu wa Rais huchaguliwa kwa vipindi vya miaka miwili na wanaweza tu kuchaguliwa mara moja.