Makoto Kobayashi (amezaliwa 7 Aprili, 1944) ni mwanafizikia kutoka nchi ya Japani. Hasa amechunguza chembe za atomu. Mwaka wa 2008, pamoja na Toshihide Maskawa na Yoichiro Nambu, alikuwa mshindi wa Tuzo ya Nobel ya Fizikia.