Mto Mukabagenzi unapatikana katika mkoa wa Ruyigi (mashariki mwa Burundi). Maji yake huelekea Ziwa Nyanza, Mto Naili na hatimaye Bahari ya Kati. Orodha ya mito ya mkoa wa Ruyigi Orodha ya mito ya Burundi Mito mirefu ya Afrika Geonames.org