Johann Deisenhofer (amezaliwa 30 Septemba 1943) ni mwanakemia kutoka nchi ya Ujerumani akiwa amefanya kazi nchini Marekani tangu mwaka wa 1988. Hasa alichunguza elimu ya fuwele. Mwaka wa 1988, pamoja na Robert Huber na Hartmut Michel alikuwa mshindi wa Tuzo ya Nobel ya Kemia.