Mto Kayanja (Masindi) ni jina la mitatu kati ya mito inayopatikana katika wilaya ya Masindi, magharibi mwa Uganda. Maji yake yanaishia katika mto Naili na hatimaye katika Bahari ya Kati. Orodha ya mito ya Uganda Orodha ya mito ya wilaya ya Masindi Geonames.org Rivers and Lakes of Uganda.