Mtaguso wa kwanza wa Lyon uliitishwa na Papa Inosenti IV (1243-1254) tarehe 24 Juni 1245 akiwa huko Lyon (Ufaransa), alipokimbilia usalama. Waliushiriki karibu viongozi 150 wa Kanisa Katoliki, ambalo linauhesabu kuwa mtaguso mkuu wa 13. Baada ya mashindano makali kati ya mamlaka ya kiroho ya Papa na ile ya kisiasa ya kaisari huko Ulaya, mtaguso huo uliitishwa ili kumhukumu moja kwa moja kaisari Federiko II kuwa Mpinga Kristo. Mtaguso ulianza tarehe 28 Juni 1245 wakiwepo maaskofu 144, halafu ukawa na vikao viwili vingine tena tarehe 5 Julai na 17 Julai. Hatimaye maaskofu walikuwa 225. Mwanzoni Papa alitangaza matatizo 5 yanayotesa Kanisa: kuharibika kwa imani na maadili; kushindwa kuikomboa Nchi takatifu (Yerusalemu ulitekwa tena na Waturuki mwaka 1244); kudumu kwa farakano la Waorthodoksi; kujitokeza hatari ya kuvamiwa na Watartari; kupambana na Federiko II. Maamuzi yalitangazwa tarehe 25 Agosti tu, baada ya papa na wasaidizi wake kurekebisha miswada, yakapokewa na kufafanuliwa na vyuo vikuu. Lakini uamuzi wa kumuondoa madarakani kaisari haukuweza kutekelezwa hata kwa vita. Conciliorum oecumenicorum decreta, a cura di G. Alberigo, Bologna 1973. Mtaguso wa kwanza wa Lyon katika Catholic Encyclopedia.