Bakteriolojia ni tawi la biolojia linalochunguza bakteria. Ni sehemu ya mikrobiolojia. Bakteria waligunduliwa mara ya kwanza na Antonie van Leeuwenhoek mwaka 1676, kwa kutumia hadubini ya lensi moja ya muundo wake mwenyewe. Aliwaita "animalcules" na alichapisha habari za utafiti wake kwenye msururu wa barua kwa Shirika la Muungano wa Mfalme. Jina bacteriam lililetwa miaka mingi baadaye, na Christian Gottfried Ehrenberg katika mwaka 1838. Mwaka 1859 Louis Pasteur alionyesha kuwa mchakato wa kuchachusha unasababishwa na ukuaji wa vijiumbe, na kwamba ukuaji huo si wa kizazi cha kujianzia. (Hamira na kuvu, ambazo kwa kawaida zinahusishwa na uchachushaji, si bakteria, ila ukungu.) Pamoja na mwenzake, Robert Koch, Pasteur alikuwa wa kwanza kuitetea nadharia ya kijidudu kisababishi cha ugonjwa. Robert Koch alikuwa mwanzilishi wa taaluma ya uuguzi wa mikrobiolojia na alishughulikia kipindupindu, kimeta na kifua kikuu. Katika utafiti wake wa kifua kikuu, Koch hatimaye alithibitisha nadharia ya kijidudu, ambayo ilimfanya atunukiwe Tuzo la Nobel mwaka 1905. Katika madai yake, Koch aliweka vigezo vya kutathmini kama kiumbehai ndiye husababisha ugonjwa, na madai hayo yanatumika mpaka leo hii. Ingawa katika karne ya 19 ilijulikana kwamba bakteria ndio chanzo cha magonjwa mengi, hakuna matibabu yoyote ya viuabakteria yaliyopatikana.