Historia ya Honduras inahusu eneo ambalo leo linaunda jamhuri ya Honduras. Honduras ilikuwa sehemu ya maeneo ya Wamaya, lakini miji yao ilikwisha tayari, kabla ya kufika kwa Wahispania. Kristoforo Kolombo alifika mwaka 1502 karibu na Trujillo katika kaskazini na kuita nchi "Honduras" (kwa Kihispania "vilindi") kwa sababu ya maji marefu mwambaoni. Miaka 1524 na 1525 Wahispania walianza kuvamia nchi wakaunda mji wa Comayagua mwaka 1540. Mji mkuu wa leo ulianzishwa mwaka 1579 kama kituo cha kuchimba madini kama dhahabu na fedha. Mwaka 1821 Honduras ilijiunga na ghasia ya maeneo mengine ya Amerika ya Kati dhidi ya utawala wa Hispania. Mwanzoni nchi hizo ndogo zilijiunga na Meksiko lakini baada ya miaka miwili zilianzisha "Shirikisho la Amerika ya Kati" lililokwisha mwaka 1839. Tangu mwaka huo Honduras imekuwa nchi ya kujitegemea kabisa.