Mto Malagarasi ni mmojawapo kati ya mito mikubwa zaidi ya Tanzania (upande wa magharibi), ukishika nafasi ya pili kwa urefu (km 475), na ya Burundi (mkoa wa Makamba na mkoa wa Rutana). Unatiririka hadi ziwa Tanganyika, ukiwa mto unaoliingizia maji mengi zaidi. Beseni la Malagarasi lina eneo la kilomita za mraba 130,000 (sq mita 50,000). Chanzo cha mto ni karibu na mpaka wa Burundi na Tanzania. Kilomita 80 za kwanza za mto hufanya mipaka ya kimataifa kati ya Tanzania na Burundi. Matawimto kadhaa kutoka kwenye misitu ya Burundi hujiunga nao upande wa kulia. Baada ya kuungana na Mto Lumpungu, Malagarasi huingia Tanzania upande wa mashariki wa Ziwa Tanganyika kilomita 40 kusini mwa Kigoma, karibu na Ilagala. Mto Moyowosi ndio tawimto kuu, pamoja na mto Nikonga. Vyanzo vingine ni Mto Ugalla, Mto Gombe, Mto Ruchugi, Mto Lumpungu na Mto Nguya. Maji ya ziwa Tanganyika yanachangia mto Kongo na hatimaye bahari ya Atlantiki. Mto Malagarasi unavukwa na madaraja kadhaa, pamoja na daraja la Kikwete pale Uvinza.