Uganda inaendelea kuwa na ugumu katika kuheshimu haki za binadamu katika masuala mbalimbali, lakini katika ripoti ya mwaka 2012 kuna nafuu fulani. Mgogoro wa kaskazini mwa nchi kati ya Uganda People's Defence Force (UPDF) na Lord's Resistance Army (LRA) imeharibu uchumi, kupunguza maendeleo ya maeneo yaliyoathirika na umeleta ukiukaji mwingi wa haki za binadamu. Tangu Yoweri Museveni awe rais (mwaka 1986), jumla ya Waganda milioni 2 wameyakimbia makazi yao na makumi ya maelfu wameuawa. Wastani wa watoto 20,000 wametekwa nyara na LRA kwa matumizi yao kama askari watoto na watumwa tangu mwaka 1987. Ila kuepuka kutekwa nyara, maelfu ya watoto huacha vijiji vyao kila usiku na kujificha katika misitu, hospitali, na makanisa. Katika tukio ovu zaidi katika historia ya vita, zaidi ya raia 330 waliuawa na LRA katika kambi ya wasio na makazi Barlonyo mwezi Februari 2004. Mnamo Oktoba 2009, muswada ulifikishwa katika Bunge la Uganda unaoitwa "Anti-Homosexuality Bill 2009" unaotoa wito kwa adhabu kali zaidi kwa mashoga, hadi adhabu ya kifo. Sheria hii pia inadai kwamba raia yeyote ambaye anamshuku mtu mwingine kuwa shoga, anahitajika amripoti polisi, la sivyo yeye pia anaweza kupokea faini au kufungwa gerezani.