Bendera ya Benin ilianzishwa Desemba 1958 wakati koloni ya Kifaransa ya Dahomey ilipopewa madaraka ya kujitawala. Mwaka 1960 Dahomey ikapata uhuru wa kitaifa ikaendelea na bendera ileile. Baada ya mapinduzi ya Mathieu Kérékou jina la Dahomey lilibadilishwa kuwa Benin. Kufuatana na itikadi mpya ya Umarx bendera ilibadilishwa kuwa kijani (kwa ajili ya wakulima) yenye nyota nyekundu (kwa ajili ya ujamaa na mapinduzi). Baada ya mwisho wa ukomunisti bendera ya awali ilirudishwa tangu Agosti 1990. Bendera huonyesha rangi za Umoja wa Afrika yaani zilezile kama bendera ya Ethiopia na nchi mbalimbali za Kiafrika.