Pathojeni (au kiambukizi; kwa Kiingereza: pathogen, kutoka Kigiriki: πάθος pathos “mateso” na -γενής -genēs “kuzaa”) ni kile kinachosababisha ugonjwa. Kwa kawaida ni vidubini kama vile bakteria, virusi, fungi au vimelea vinavyoweza kusababisha maradhi. Vidubini hivyo vyote ni vidogo mno, havionekani na macho. Hata hivyo, si kila bakteria au fungi anasababisha ugonjwa, kinyume chake tunaishi kwa kuwa na mamilioni ya bakteria katika utumbo ambao ni lazima kuwepo kwa afya yetu. Athira hatari ya vidubini ni hasa tatu zifuatazo: vinaharibu tishu kwa kula seli za mwili (phagocytosis) vinasababisha mjibizo mkali wa kingamwili, hasa homa ya juu inayoweza kuhatarisha uhai vinatoa dutu ambazo ni sumu na zinazosababisha uharibifu mwilini Mwili una mbinu mbalimbali za kujitetea dhidi za pathojeni. Hasa mfumo wa kingamwili unatambua na kuondoa pathojeni. Kuna pia bakteria kadhaa zinazoishi mwilini (kwa mfano tumboni) zinazoweza kupigana na pathojeni kadhaa. Lakini kama mfumo wa kingamwili umedhoofishwa kwa mfano kwa ambukizo la UKIMWI au kwa kutibiwa kwa dawa za antibiotiki bakteria wa kigeni wanaweza wakaongezeka na kuleta hasara.