Aga Khan Academy, mjini Mombasa ni moja kati ya shule za Aga Khan Academy, zinaozfunza elimu ya kiwango cha kimataifa na iliyo bora katika aina yoyote ya elimu. Shule hii hutoa elimu pana yenye masomo mengi, na husisitiza masomo ya sanaa. Wanafunzi hujifunza masomo mbalimbali ikiwemo, historia; fasihi; masomo ya sayansi kama fizikia, baiolojia na kemia; falsafa na maadili; ujuzi wa lugha ya kigeni na somo la tamaduni za kigeni; somo la dini; historia, nadharia na ukosoaji wa sanaa na sayansi ya kijamii, pamoja na sayansi ya siasa, serikali na uchumi wa kimataifa. Kujiunga na shule hii hutegemea mafanikio ya mwanafunzi. Pia ni kwa njia-kipofu - ambayo ni, uteuzi hautegemei uwezo wa kulipa karo lakini kwa usahihi wa vigezo anuwai, kama vile uwezo wa mwanafunzi kufaulu mtihani. Shule ya Aga Khan Academy, Mombasa ni inatekeleza mfumo wa elimu inayojulikana kote duniani inayoitwa International Baccalaureate kwa Shule ya Msingi. Mfumo huu unafaa kwa wanafunzi wenye umri wa miaka 5-11 katika madarasa 1-6, inayolenga katika maendeleo ya mtoto, kwa kushughulikia maswala ya kijamii, kimwili, na mahitaji ya kitamaduni na kimaadili, na vilevile kuwapa wanafunzi msingi imara katika maeneo muhimu ya elimu.