Historia ya Timor Mashariki inahusu historia ya eneo ambalo leo linaunda jamhuri ya Timor Mashariki. Kisiwa cha Timor kilikuwa kituo cha biashara cha Wareno tangu karne ya 16. Visiwa vingine vya Indonesia ya leo vilivamiwa na Waholanzi na Timor ilibaki kisiwa pekee chini ya utawala wa Ureno katika sehemu hii ya dunia. Katika karne ya 19 Waholanzi walifika pia Timor. Mikataba ya miaka 1859 na 1916 ilithibitisha ugawaji wa kisiwa. Sehemu ya magharibi ilikuwa chini ya Uholanzi (na baadaye sehemu ya Indonesia), lakini sehemu ya mashariki ilibaki koloni la Ureno. Baada ya mapinduzi ya Ureno ya 1974 Wareno waliondoka Timor bila maandalizi ya kutosha. Viongozi wazalendo walitangaza uhuru. Lakini siku chache baada ya tangazo hilo, jeshi la Indonesia lilivamia nchi ambayo ikatangazwa kuwa jimbo la Indonesia. Hali hiyo haikutambuliwa na Umoja wa Mataifa. Vita vikali vya msituni vilifuata kati ya wapigania uhuru na jeshi la Indonesia. Mabadiliko yalipatikana mwaka 1998 baada ya rais Suharto wa Indonesia kujiuzulu, na rais mpya Bacharuddin Jusuf Habibie kuwa tayari kuipa Timor ya Mashariki hali ya kujitawala ndani ya Indonesia. Karibu wananchi wote (98 %) walihudhuria katika kura ya maoni ya tarehe 30 Agosti 1999 na zaidi ya robo tatu