Xiriirada diblomaasiyadeed ee u dhexeeya Jabaan iyo Soomaaliya ayaa markii ugu horraysay la aasaasay 1960-kii, oo la socday madax-bannaanida Jamhuuriyadda Soomaaliya. Sanadkii 1982, xukuumadda Soomaaliya waxay dhistay safaarada Tokyo. Waxaa markaa la xidhay 1990-kii. Ka dib markii ay bilowday dagaalkii sokeeye ee Soomaaliya sanadkii 1991, hay'adaha Japan ayaa ku yaboohay lacago horumarineed iyada oo loo marayo ururo caalami ah oo kala duwan. Dhismaha dowladda Federaalka Soomaaliya ee bishii Agoosto 2012 ayaa waxaa soo dhaweeyay masuuliyiinta Japan, kuwaas oo dib u xaqiijiyay taageerada Japan ee dowladda Soomaaliya, xuduudkeeda dhuleed iyo madaxbanaanideeda. Ra'iisul Wasaaraha Japan Shinzo Abe ayaa sidoo kale ku dhawaaqay in Japan ay dib u bilaabi doonto gargaarka tooska ah ee Soomaaliya, gaar ahaan dhinacyada ammaanka, horumarinta warshadaha, ganacsiga iyo maalgashiga labada dhinac. Japan ayaa xafiisyo diblomaasiyadeed ku heysa Soomaaliya iyada oo loo marayo safaaradeeda aan deegaanka ahayn ee Nairobi, Kenya. Bishii Janaayo 2014, Japan waxay u magacawday Tatsushi Terada oo ah Safiirka cusub ee Jabaan ee Soomaaliya, bedelaya Atoshisa Takata. Danjire Terada ayaa si rasmi ah u soo bandhigay aqoonsigiisa madaxweynaha Soomaaliya Xasan Sheekh Maxamuud xaflad ka dhacday Muqdisho.