Kuba tana da muhalli wanda ya hada da yawa abubuwa daban-daban halaye na zahiri kuma yana ginuwa zuwa yawan nau'ikan, da yawa daga cikinsu suna da haɗari. Tun zuwan Turawan da suka koma kasar Cuba ta sha fama da sare itatuwa sakamakon karin dazuzzukan da mutane ke karbewa domin amfani da su wajen noma. Haka kuma sare itatuwa domin itacen wuta da kuma samun kayan gini ya taimaka wajen asarar dazuzzuka da bacewar wasu nau'ikan. Tun lokacin da wayar da kan muhalli ta karu a Cuba kuma a ƙarshen shekarar 1990s da kuma a cikin shekarata 2000s gwamnatin Cuban ta fara sabbin shirye-shirye don kare muhalli da ƙara yawan gandun daji. Lalacewar kasa da kwararowar hamada sune manyan abubuwan da ke haifar da matsalolin muhalli. Bugu da kari Kuma,kasar Cuba tana da wasu batutuwa kamar sare itatuwa, gurbacewar ruwa, da asarar nau'in halittu, da gurbacewar iska . Lalacewar ƙasa da kwararowar hamada ana samun su ne sakamakon rashin ingantattun dabarun noma da bala'o'i. Sare dazuzzuka yana kashe dajin, misali sare itatuwa. Gurbacewar ruwa ita ce gurbatar ruwa da masana'antu daban-daban ke haifarwa.