اضطهاد بولكيريا و ماركيانوس هو اضطهاد قام به البيزنطيون على المسيحيين المصريين و كنيسة الإسكندرية بعد مجمع خلقدونيا. فبعد وفاة الامبراطور البيزنطي تيودوسيس خلفته أخته بولكيريا Pulcheria على عرش بيزنطة سنة 450. سبق أن وهبت بولكيريا نفسها للرهبنة ، لكنها بعد ذلك تجوزت برجل كبير فى السن من أعيان بيزنطة اسمه ماركيانوس Marcianus فبقي امبراطور على الامبراطورية البيزنطية . لم يكن المستعمرون البيزنطيون يشعرون بالراحة من مسيحيي مصر ولا من كنيستهم القومية التي لايزالوان ملتفين حولها ضد الطغيان البيزنطي، فبدأت بولكيريا باستفزاز ومهاجمة البابا ديوسقوروس الاول بطريرك الأقباط المصريين و اتفقت مع بطريرك روما على عمل مكيدة ضد ديوسقوروس عن طريق الترويج لمذهب يرى إن المسيح له طبيعتان و مشيئتان . وهذا مخالف لمذهب كنيسة الإسكندرية التي تؤمن بمذهب الطبيعة الواحدة ، و خيروا ديوسقوروس بين الأخذ بمذهبهم أو العزل و اضطهاد كنيسته ، وعندما رفض قرروا إقامة مجمع يناقش الموضوع وينتهي بعزل ديوسقوروس وتعيين بطريرك موالي لمذهبهم ، فأقيم مجمع خلقدونيا و ذهب ديوسقوروس إليه للمشاركة رغم نصح المصريين له بعدم الذهاب .