اضطهاد هيرقليوس هو اضطهاد اتعرض ليه مسيحيين مصر فى عهد هيرقليوس ( هرقل ) Heraclius امبراطور الامبراطوريه البيزنطيه. و هو اخر اضطهاد بيزنطى يتعرض ليه المصريين اكمن الحكم البيزنطى فى نواحى مصر انتهى بالكامل بطردهم من اسكندريه سنة 645. هيرقليوس اللى كان والى بيزنطى على افريقيه اتمرد على حكم الامبراطور فوكاس Phocas و وقف المصريين فى صفه وبالذات اهالى نقيوس اللى اعترفو بحكم هيرقليوس عليهم. فوكاس كان اضطهد مسيحيين مصر و امر بطردهم من الخدمه فى الحكومه و الدواوين. فى الاول فوكاس غلب هيرقليوس لكن الاخير رجع و هجم على اسكندريه و المصريين ساندوه و انتصر على جيش فوكاس و بقى هو امبراطور البيزنطيين فى سنة 610. لكن بعد شويه هجم الفرس على الاراضى التابعه للامبراطوريه البيزنطيه فى الشام و بعدين زحفو على مصر و احتلوها لمدة 10 سنين لغاية ماقدر هيرقليوس انه يغلبهم و يسترجع مصر و المناطق التانيه منهم. بعد ما استرجع هيرقليوس مصر من الفرس كلف سرجيوس بطريرك قسطنطينيه و اسقف اسمه " كيروس " و اساقفه يونانيين بعمل منشور اسمه " الكثيسيس " يعنى " مشروع الاتحاد " ، و طلب منهم انهم مايجيبوش فى المنشور سيرة مجمع خلقدونيا اللى المسيحيين المصريين بيكرهوه.