مركز منفلوط كان زمان اقليم اسمه المنفلوطيه ، و كان من الاعمال اللى استجدت فى الروك الناصرى سنة 1315 فى الوجه القبلى فى مصر عن طريق فصل قراه من الأشمونين و من السيوطيه بإسم الاعمال المنفلوطيه. و بعدين اتسمى ولاية المنفلوطيه. و فى سنة 1826 اتسمى مأمورية منفلوط. و فى سنة 1831 صدر امر عالى بضمه لمأمورية اسيوط ، و كده اتلغت مأمورية منفلوط و بقت من وقتها تابعه لمديرية اسيوط اللى بقى محافظة اسيوط.