كان مجيء مرقس الرسول سنة 62 ميلادي الى الأسكندرية البداية للكنيسة القبطية في مصر حيث بشر أهلها بالمسيحية مؤسسًا كرسي الأسكندرية الرسولي المعروف باسم الكنيسة القبطية. وللكنيسة القبطية (المرقسية) مكانة كبيرة في تاريخ الكنيسة العالمي لأن منها كان بطاركة الاسكندرية الأقباط العلماء اللى واجهوا الهرطقات المختلفة. وكان أول المؤمنين بالمسيحية صانع أحذية مصري يدعى انيانوس وقد حول بيته ليكون أول كنيسة في افريقيا والتي عرفت باسم كنيسة بوكاليا ومكانها هو مكان الكاتدرائية المرقسية الحالية وهذا المكان يتوسط الاسكندرية القديمة. أصبحت الكنيسة المرقسية مقراً لبطريرك الكنيسة لمدة ألف سنه ثم انتقل المقر عدة مرات الى ان أصبح الآن في أرض الأنبا رويس بالعباسية. بعد سيامه خرستوذولس بابا الاسكندرية انتقل من الاسكندرية الى مصر، واتخذ كنيسة المعلقة بظاهر الفسطاط مقرًا له. كما جدد كنيسة القديس مرقريوس وجعلها كاتدرائيه كبرى ومركزًا لكرسيه، وجعل أيضًا كنيسة السيدة العذراء في حي الروم مقر له يأوي اليه عند اللزوم وذلك برضى أسقف بابليون. أما سبب ذلك فهو انتقال عظمة مدينة الاسكندرية الى مدينة القاهرة، وكثرة عدد المسيحيين فيها، ولارتباطه بالحكومة. فصار البابا يعين أسقفًا للاسكندرية باسم وكيل الكرازة المرقسية. في سنة 68 ميلادي استشهد القديس مارمرقس بالاسكندرية ووُضِع جسده في الكنيسة وفي سنة 311 ميلادي، قبيل استشهاد البابا بطرس خاتم الشهداء صلى صلاة أخيرة فوق قبر مارمرقس.