Proteïensmasspektrometrie verwys na die toepassing van massaspektrometrie op die studie van proteïene. Massaspectrometrie is 'n belangrike metode vir die akkurate massa bepaling en karakterisering van proteïene, en 'n verskeidenheid metodes en instrumente is ontwikkel vir sy baie gebruike. Die toepassings sluit in die identifikasie van proteïene en hul post-translasie modifikasies, die opheldering van proteïenkomplekse, hul subeenhede en funksionele interaksies, sowel as die globale meting van proteïene in proteomika. Dit kan ook gebruik word om proteïene aan die verskillende organelle te lokaliseer, en bepaal die interaksies tussen verskillende proteïene sowel as met membraan lipiede.. Die twee primêre metodes wat gebruik word vir die ionisasie van proteïen in massaspektrometrie is elektrospray-ionisasie (ESI) en matriksassistente laser desorpsie / ionisasie (MALDI). Hierdie ionisasie tegnieke word gebruik in kombinasie met massa ontleders soos tandem massaspektrometrie. In die algemeen word die proteïene geanaliseer, óf in 'n "top-down" benadering waarin proteïene ongeskonde geanaliseer word óf 'n "bottom-up" benadering waarin proteïene eers in fragmente verteer word. 'N Intermediêre "middel-af" -benadering waarin groter peptiedfragmente ontleed word, kan ook soms gebruik word.