Die Gereformeerde kerk Waterberg is die oudste gemeente in die GKSA se Klassis met dieselfde naam. In 2015 was dit met 278 belydende en 30 dooplidmate die vierde grootste van die 13 gemeentes in die Klassis Waterberg, wat ook tot 2016 vyf Namibiese gemeentes ingesluit het. Buiten die hoofdorp, Modimolle, sluit die gemeentegrense ook die nedersettings Alma, Nutfield, Sussenvale, Swaershoek en Tuinplaas in. Die Gereformeerde kerk Waterberg is in 1859 gestig, die stigtingsjaar van die GKSA ná die stigting van die Gereformeerde kerk Rustenburg op 11 Februarie daardie jaar deur ds. Dirk Postma, die grondlegger van dié kerkverband. Dit was ’n jaar voor die stigting van die NG gemeente Waterberg, wat ook sy middelpunt op Modimolle het. Die staatkundige distrik Waterberg is eers in Maart 1866 gevorm uit die noordelike gedeelte van die distrik Rustenburg en die westelike deel van Soutpansberg. Die landdrossetel is op Nylstroom gevestig. Die Hervormde gemeente Waterberg, gestig op 20 November 1865, is ook ouer as die staatkundige distrik. Aan die begin is eredienste op die plase Vaalkop en Tweefontein gehou, maar op 6 Maart 1885 het ’n lidmaat, H.J. Smit, gevra geld moet ingesamel word vir ’n eie kerkgebou sodra op ’n bepaalde dorp as middelpunt van die gemeente besluit is.