Die nie-amptelike vlag van die Johnston-atol is op 7 Desember 2001 in gebruik geneem. Die vlag vertoon ’n horisontale tweekleur in blou, wit en blou met vier blou vyfpuntige sterre en ’n gestileerde geel voël in die wit baan met die woorde “Johnston Atoll” in geel in die onderste blou baan. Die vier sterre in die wit baan stel die vier eilande van die atol, nl. Akau, Hikina, Sand en Johnston, voor. Die amptelike vlag van die atol is die vlag van die Verenigde State. Amptelike vlag van die Johnston-atol "Johnston-eiland vlag" (in Engels). 26 April 2012. Geargiveer vanaf die oorspronklike op 4 November 2019. Besoek op 30 Julie 2013. (en) Johnston-atol by Flags of the World.