Die jaar 1539 was 'n gewone jaar wat volgens die Gregoriaanse kalender op 'n Sondag begin het. Dit was die 39ste jaar van die 16de eeu n.C. Soos ander gewone jare het die jaar 12 maande, 52 weke en 365 dae gehad. Edik van Villers-Cotterêts in Frankryk: Die Noord-Franse taal word die enigste ampstaal. 23 Februarie – Pous Paulus III stel Ugo Boncompagni (later Pous Gregorius XIII) aan as abbreviatore del Parco Maggiore. 2 Maart – Pous Paulus III stel Ugo Boncompagni (later Pous Gregorius XIII) aan as solleciatore van pouslike briewe. 1 Junie – Ugo Boncompagni (later Pous Gregorius XIII) tree toe tot die priesterskap. 15 Oktober – Ugo Boncompagni (later Pous Gregorius XIII) word regter van die Campidoglio. 19 Desember – Pous Paulus III stel nog 12 nuwe kardinale aan waaronder Marcello Cervini (later Pous Marcellus II). Onbekend – Jan van der Noot, Suid-Nederlandse digter († 1595) 22 September – Ghoeroe Nanak Dev, die stigter van die Sikhgeloof (* 1469).