'n Flottielje is 'n formasie van klein oorlogsskepe, wat 'n onderdeel van 'n groter vloot kan vorm. Die woord "flottielje" is afgelei van die Spaanse verkleinwoord vir flota (vloot); "flota van klein skepe"; afgelei van die Oudfranse flotte; afgelei van die Oudnoorse flotti. 'n Flottielje bestaan meestal uit 'n homogene groep oorlogsskepe van dieselfde klas, soos torpedojaers, fregatte, torpedobote, duikbote, slagskepe of mynveërs. Groter oorlogsskepe word in eskaders gegroepeer. 'n Flottielje word oor die algemeen deur 'n skoutadmiraal, 'n kommandeur of 'n seekaptein gelei, afhangend van die belangrikheid van die bevelstruktuur. 'n Flottielje word dikwels onderverdeel in twee of meer divisies, wat elk gelei sal word deur die hoogste bevelvoerder volgens rang. 'n Flottielje is dikwels, maar nie altyd nie, 'n permanente formasie. In moderne vlote blyk flottieljes steeds skaarser te word in bestuurde eenhede. Omrede oorlogskepe steeds groter en groter word, word die begrip flottielje vir formasies van torpedojaers, fregatte en duikbote in die meeste vlote dikwels vervang met die begrip eskader.