'n Pseudoknoop is 'n sekondêre struktuur van nukleïnsure waar ten minste twee stamlusstrukture voorkom, en waar die helfte van die een stam tussen die twee helftes van 'n ander stam geïnterkaleer is. Die pseudoknoop is in 1982 vir die eerste keer waargeneem in die raap-geelmosaïekvirus. Pseudoknope vou hulself in knoopvormige driedimensionele konformasies op, maar is nie ware topologiese knope nie. Die strukturele konfigurasie van pseudoknoope leen homself nie tot opsporing deur bioberekening nie, as gevolg van sy kontekssensitiwiteit of oorvleuelingskarakter. Die basis-paring in pseudoknope is nie goed "genes" nie, met ander woorde, basispare kom voor wat in die volgorde oorvleuel. Dit maak die teenwoordigheid van pseudoknope in ribonukleïensuur (RNS)-reekse moeiliker voorspelbaar deur standaardmetodes van dinamiese programmering: hulle gebruik meesal 'n rekursiewe puntestelsel om gepaarde stingels te identifiseer en kan gevolglik nie ongeneste basispare opspoor nie. Nuwer metodes van stogastiese konteksvrye grammatika ly ook aan hierdie probleem. Gewilde sekondêre struktuurvoorspellingsmetodes soos Mfold Geargiveer 26 April 2006 op Wayback Machine en Pfold Geargiveer 10 Mei 2012 op Wayback Machine sal dus nie pseudoknoopstrukture uitken nie; hulle sal slegs die meer stabiele een van die twee pseudoknoopstamme uitken.