Verskeie omgewingskwessies in Bhoetan wek kommer. Daaronder tel die tradisionele bymekaarmaak van vuurhout, beskerming van vee en gewasse en afvalverwydering, asook moderne kwessies soos nywerheidsbesoedeling, die beskerming van die natuurlewe en klimaatsveranderings, wat Bhoetan se bevolking en biodiversiteit bedreig. Grond- en waterverbruik het ook kommerwekkend geword in beide landelike en stedelike gebiede. Lug- en geraasbesoedeling is ook ’n probleem in stedelike en nywerheidsgebiede. In baie gevalle trek die mense wat finansieel en polities die slegste daaraan toe is, aan die kortste end van omgewingskwessies. In die loop van 2011 het Bhoetan se vinnig toenemende ekonomiese bedrywighede druk geplaas op natuurlike hulpbronne soos grond, lug en water. Ontwikkelingsbedrywighede het verstedeliking, industrialisering, landbou, mynbou en steengroefuitgrawings vinnig laat toeneem. Die agteruitgang van grond en verlies aan biodiversiteit en habitat, ’n hoë brandstof-hout-verbruik en konflikte tussen die mens en die natuur is nog van die uitdagings in Bhoetan wat die omgewing betref. Ondanks dié probleme bly die land oor die algemeen koolstofneutraal en taamlik vry van kweekhuisgasse. Die onafhanklike Nasionale Omgewingskommissie (NOK) en Bhoetan-trustfonds, asook die departemente van gesondheid (vir chemiese en radioaktiewe afval), ekonomiese sake en landbou en bosbou pak omgewingskwessies.