’n Mikroörganisme (van die Griekse mikros, "klein", en organismós, "organisme") is ’n mikroskopiese organisme wat eensellig of meersellig kan wees. Die studie van mikroörganismes word mikrobiologie genoem. Die veld het ontstaan nadat die Nederlandse wetenskaplike Antonie van Leeuwenhoek mikroörganismes in 1675 onder ’n mikroskoop ontdek het wat hy self ontwerp het. Mikroörganismes is baie uiteenlopend en sluit in al die bakterieë en archaea en die meeste van die protosoë. Hulle sluit ook sommige lede van die fungusse, alge en diere soos wieldiertjies in. Baie makrodiere en -plante het jong stadiums wat ook mikroörganismes is. Sommige mikrobioloë sluit ook virusse in, maar ander beskou hulle as nie-lewend. Die meeste mikroörganismes is mikroskopies, maar daar is bakterieë soos Thiomargarita namibiensis en sommige protosoë soos Stentor wat met die oog gesien kan word. Mikroörganismes kom in alle biosfere voor, insluitende in die grond, in warmwaterbronne, op die seebodem en in rotse onder die Aarde se kors. Hulle is uiters belangrik vir die herwinning van voedingstowwe in ekosisteme omdat hulle stowwe ontbind.