Die Tsjagatai-khanaat (Mongools: Цагадайн Хаант Улс, Tsagadain Chaant Oels) was ’n Mongoolse wegbreek-khanaat wat deur Tsjagatai Khan en sy afstammelinge en opvolgers regeer is. Tsjagatai was die tweede oudste seun van Djengis Khan. Die khanaat was aanvanklik deel van die Mongoolse Ryk, maar het later onafhanklik geword toe die Yuan-dinastie in die laat 14de eeu omvergewerp is. Die Tsjagatai-khans self het die opperheerskappy van die Mongoolse khagans tussen 1206 en 1270 en weer tussen 1304 en 1368 erken. Toe dit in die laat 13de eeu op sy grootste was, het die khanaat van suid van die Aralsee tot aan die Altaigebergte op die grens van die hedendaagse Mongolië en China gestrek. Dit het in die een of ander vorm bestaan van die 1220's tot in die laat 17de eeu, hoewel die westelike helfte in die 1360's aan Timoer (Tamerlane) afgestaan is. Die oorblywende oostelike deel onder die Tsjagatai-khans was daarna óf in ’n oorlog met Timoer se opvolgers gewikkel óf hul bondgenote. Dit is eindelik deur naburige volke oorgeneem.