Oor die geskiedenis van Bhoetan voor die 16de eeu is min bekend. Dit is nogtans ongetwyfeld sterk verbind met die Boeddhistiese geloof en mitologie. In die 8ste eeu kom die Tibettaanse lama Padmasambhava of Guru Rimpoche na Bhoetan en stig die Ningma-pa-kloosterorde. Die tantriese Mahayana-Boeddhisme word deur hom die belangrikste geloof in die land, hoewel daar ook reste oorbly van die oorspronklike Bon-geloof wat in die hele gebied van die Himalaja bestaan het. In die 13de eeu stig Phajo Druk-Gom Kagyo die Druk-pa Kagyo-skool in Bhoetan. Dit word skielik die belangrikste skool en die Druk (die draak) word die nasionale simbool wat ook vandag in die titels van die land, die koning en selfs die lugvaartmaatskappy Druk Air teruggespoor kan word. In hierdie tyd is Bhoetan 'n versameling klein vorstedomme, een gesetel in elke dal van die bergagtige land. Daar is vele rusies tussen die leiers en selfs die kloosters wedywer met mekaar. Alles het egter egter begin verander teen 1616. 'n Lama van die Ralung-klooster in Tibet, Ngawang Namgyal (1594–1651), wat 'n afstammeling van Ralung se stigters is, kom na Bhoetan.