Sonam Gyatso (Tibettaans: བསོད་ནམས་རྒྱ་མཚོ་; 1543–1588) was die eerste persoon wat as Dalai Lama erken en bekragtig is, hoewel die titel terugwerkend aan sy twee voorgangers toegeken is. Hy is in 1543 naby Lhasa gebore; hy is erken as die reïnkarnasie van Gendun Gyatso en kort daarna bekragtig deur Panchen Sonam Dragpa, die 15de Ganden Tripa. Sonam Gyatso het aan die Drepung-klooster studeer en die klooster se ab geword. Sy politieke mag en dié van die Gelug-skool het teen die 1570's prominent in Tibet geword. Die titel "Dalai Lama" is in 1578 deur die Mongoolse heerser Altan Khan aan Sonam Gyatso toegeken nadat Altan hom genooi het om na Mongolië te kom en sy mense in Boeddhisme te onderrig. Sonam Gyatso het verklaar Altan Khan is die reïnkarnasie van Koeblai Khan, en Altan het op sy beurt die titel "Dalai Lama" aan Sonam Gyatso gegee, maar ook terugwerkend aan sy twee voorgangers, en so het Sonam Gyatso die 3de Dalai Lama geword. Altan Khan se agterkleinseun, Yonten Gyatso, is ná Sonam Gyatso se dood aangewys as die 4de Dalai Lama.