Elke munisipaliteit van Puerto Rico, insluitend die eilande van Culebra en Vieques het ’n vlag wat die streek en die inwoners verteenwoordig. Die kleure en ontwerpe van die vlae varieer soms. Sommige vlae bevat wapenskilde en beelde of voorwerpe wat met die streek verband hou soos ’n voël, dier of spesiale plant, soos in die geval van Lares. In 1952 het die Munisipale Vergadering die Rewolusionêre Vlag van Lares as sy amptelike vlag aanvaar. Die barrios (buurte) van die Caguas-munisipaliteit het ook hul eie vlae. Baie van die munisipale vlae van Puerto Rico bring hulde aan die Cacíques van die Taínostamme (die inheemse Puerto Ricaanse stam) wat die eiland regeer het voor die aankoms van die Spanjaarde. Die vlag van Utuado bevat byvoorbeeld ’n Taino-son ter ere van die Opper Taíno Cacique Agüeybaná. Die naam Agüeybaná beteken “Die Groot Son”. Ander vlae soos dié van San Germán bevat ’n muurkroon. Die kroon bring hulde aan die plaaslike calciques wat die gebied regeer het. Vlag van Puerto Rico "Barrios Vlae - Oorsig" (in Engels). Flags of the World. Geargiveer vanaf die oorspronklike op 11 April 2001.