Fort Klapperkop en drie ander forte, naamlik Fort Schanskop, Fort Wonderboompoort en Fort Daspoortrand, is op die vooraand van die Tweede Vryheidsoorlog rondom Pretoria gebou. Fort Klapperkop lê in die buurt Groenkloof en 3 km oos van Fort Schanskop. Die doel daarmee was om die suidelike toegangsroetes van Pretoria teen 'n verrassingsaanval op die goudvelde van die Witwatersrand te beskerm. Dieselfde ingenieurs, argitek, bou-aannemer en tegnici as by Fort Schanskop was by die oprigting van hierdie fort betrokke. By die oprigting van hierdie fort moes 22 000 m³ grond verskuif word om plek te maak vir die versterkte kaserne en magasyn. Rondom die fort is 'n grag (sonder water) en 'n ophaalbrug. Pres. Paul Kruger het die amptelike ingebruikneming op 15 Januarie 1898 waargeneem. Op 5 Januarie 1900 het die Royal Scot Fusiliers die fort oorgeneem sonder dat enige weerstand gebied is. Tot 1951 is die fort vir militêre doeleindes gebruik, alhoewel dit reeds op 8 Julie 1938 tot monument verklaar is. Tydens die Eerste en die Tweede Wêreldoorlog is dit as ammunisiedepot gebruik. In die 1960's is die gebou deeglik gerestoureer en tot militêre museum omskep.