San Juan (Spaans: [saŋ ˈxwan], Engels: [ˌsæn ˈhwɑːn]; amptelik Municipio de la Ciudad Capital San Juan Bautista, Municipality of the Capital City, Saint John the Baptist) is die hoofstad en grootste stad van Puerto Rico, 'n eilandgebied van die Verenigde State van Amerika, en is in 1509/1521 deur Spanjaarde as Ciudad de Puerto Rico gestig. Die stad het 'n bevolking van 395 326 en van 2 478 905 in die metropolitaanse gebied in 2010 gehad en het 'n oppervlakte van 199,31 km². San Juan is vernoem ná Johannes die Doper (Juan el Bautista). San Juan is geleë in die noorde van die eiland Puerto Rico aan die kus van die Atlantiese Oseaan en is die belangrikste hawestad van die eiland. Die stad is die tweede-oudste Europese nedersetting in die Amerikas ná Santo Domingo, die hoofstad van die Dominikaanse Republiek. Sedert die Spaans-Amerikaanse Oorlog in 1898 maak San Juan saam met Puerto Rico deel uit van die eilandgebiede van die Verenigde State, maar is nie amptelik geïnkorporeer nie. Die oustad en die Spaanse vesting is in 1983 deur die UNESCO as 'n wêrelderfenisgebied gelys.