Die jaar 1039 was 'n gewone jaar wat volgens die Gregoriaanse kalender op 'n Dinsdag begin het. Dit was die 39ste jaar van die 11de eeu n.C. Soos ander gewone jare het die jaar 12 maande, 52 weke en 365 dae gehad. 16 April – Willem III van Weimar. 27 Mei – Graaf Dirk III van Holland.