Apollo, voorheen bekend as HMS Royal Scotsman, was die Kerk van Sciëntologie se eerste vlagskip (as deel van 'n klein vloot) en spirituele hoofkwartier tussen 1967 en 1975. In 1967 is die skip deur die Kerk van Sciëntologie gekoop en het onder sy nuwe naam Apollo as vlagskip van die Kerk se religieuse orde, die Sea Org, en as die privaat woning van Kerkstigter L. Ron Hubbard en sy gesin gedien. Op see het Hubbard, wat homself tot Commodore verklaar het, verdere navorsing gedoen oor hoër spirituele vlakke vir die mensdom, soos hy dit gestel het. Vanuit die laer perspektief van landbewoners op Madeira en in die Middellandse Seegebied het gerugte die rondte gedoen dat die skip 'n groep agente van die Amerikaanse geheimediens CIA sou huisves. Die CIA was blykbaar inderdaad betrokke, maar eerder om die aktiwiteite van die Apollo dop te hou - net soos die FBI, buitelandse regerings en die sensasiepers. Terwyl Apollo in die Middellandse See en langs die kuste van Europa en Afrika gevaar het, het dit as hoofkwartier van die Kerk van Sciëntologie gedien totdat in 1975 'n nuwe vastelandse hoofkwartier in Clearwater, Florida gevestig is.