In biologie is filogenie die studie van die ewolusionêre verwantskap tussen groepe organismes (bv. spesies of bevolkings), wat nagespeur word deur molekulêre ordeningsdata en morfologiese datamatryse. Die term filogenie word afgelei van die Griekse woorde phyle (φυλή) en phylon (φῦλον), wat 'n “stam” en “ras” aandui; en die woord genetikos (γενετικός), wat “rakende geboorte” beteken, van genesis (γένεσις) “geboorte”. Taksonomie, die klassifikasie, identifikasie, en naamgewing van organismes, word ryklik toegelig deur filogenie, maar bly metodies en logies onderskeibaar. Die studierigtings filogenie en taksnomie oorvleuel in die wetenskap van filogenetiese sistemantiek as een metodologie, kladisme onderverdeel afgeleide kenmerke (sinapomorfië) wat aangewend word vir die opstel van voorouer-nageslag boomstrukture (kladogramme) en afbakening van taksa (klade). In biologiese sistematiek in geheel, het filogenetiese analise noodsaaklik geword in die navorsing van die ewolusionêre boom van lewe. Edwards AWF, Cavalli-Sforza LL (1964). Systematics Assoc. Publ. No. 6: Phenetic and Phylogenetic Classification (red.). Reconstruction of evolutionary trees. pp.