Die nasionale vlag van die Comore-eilande is op 7 Januarie 2002 amptelik in gebruik geneem. Die huidige vlag is in 2001 ontwerp. Die ontwerp vertoon ’n wit Turkse maan met vier vyfpuntige sterre binne ’n groen driehoek aan die vlagpaalkant van die vlag. Die vier bane aan die wapperkant is van bo na onder geel, wit, rooi en blou. Sowel die sterre as die horisontale bane van die vlag stel die vier eilande van die argipel voor; geel stel Mohéli voor, wit stel Mayotte voor, rooi stel Anjouan voor en blou stel Grande Comore voor. Daar moet ook genoem word dat Mayotte ’n Franse deelgebied is en tegnies nie tot die Comoros hoort nie hoewel die Comoros wel aanspraak op die eiland kan maak. Die ster en sekelmaan verteenwoordig Islam, die grootste geloof van die eilandgroep, en die groen driehoek verteenwoordig die federasie (en kan ook Islam verteenwoordig).