Eukariote is lede van die domein Eukaryota: organismes wat organelle binne-in hul selle bevat, soos die selkern, golgi-apparaat, mitochondrium en in plante, chloroplaste. Die domein bevat alle plante, diere, alge, swamme en protiste. In taksonomie word eukariote beskou as een van die drie biologiese domeine waarin lewe verdeel kan word. Die ander twee domeine, Archaea en Bacteria, word saam "prokariote" genoem. Die verwantskap tussen die eukariote is steeds 'n onderwerp van navorsing. Hierdie is 'n vereenvoudigde kladogram wat die belangrikste groepe toon: Sakaguchi M, Takishita K, Matsumoto T, Hashimoto T, Inagaki Y (Julie 2009). "Tracing back EFL gene evolution in the cryptomonads-haptophytes assemblage: separate origins of EFL genes in haptophytes, photosynthetic cryptomonads, and goniomonads". Gene. 441 (1–2): 126–31. doi:10.1016/j.gene.2008.05.010. PMID 18585873. Adl SM, Simpson AG, Lane CE, Lukeš J, Bass D, Bowser SS, et al. (September 2012). "The revised classification of eukaryotes" (PDF). The Journal of Eukaryotic Microbiology.