In die chemie is 'n isomeer 'n stof wat uit dieselfde atome bestaan, maar wat 'n ander struktuur, en daardeur ook ander eienskappe besit. Hierdie verskynsel word isomerie genoem. Daar is verskeie soorte isomere. Konfigurasie-isomere verskil omdat dieselfde atome verskillend bymekaar gehou word. Byvoorbeeld C4H10 kan n-butaan wees, 'n lineêre ketting van 4 koolstofatome, maar dit kan ook isobutaan of 2-metielpropaan wees met 'n vertakte ketting. Indien 'n benseenring twee substituente besit kan hulle bure wees (orto), een plek verder (meta) of aan die teenoorgestelde kant van ring sit (para). Oor die algemeen kom cis–trans-isomerie (voorheen "geometriese isomerisme") in molekules voor waar die relatiewe oriëntasie van twee onderskeibare funksionele groepe beperk word deur 'n ietwat onbuigsame raamwerk van ander atome. In die CIS-vorm is die funksionele groepe aan dieselfde kant, in die TRANS-vorm aan weerskante. Hierdie soort isomere word ook "konformasie isomere" (of net "konformasies") genoem. 'n Ander vorm van isomerie is stereo-isomere wat in hulle 3D-ruimtelike skikking verskil.