Die vlag van Bonaire is op 11 Desember 1981 amptelik in gebruik geneem. Die vlag vertoon 'n geel driehoek in die skildhoek en ’n blou driehoek aan die wapperkant. Die twee driehoeke word geskei deur ’n breë wit diagonale baan waarin ’n rooi sespuntige ster binne ’n swart kompas is. Die Amerikaanse vlagdeskundige Whitney Smith het die riglyne tydens die ontwerp van die vlag gegee. Die kompas stel die seelui en vissers van Bonaire voor. Die vier gelyksydige driehoeke wat die punte van die kompas uitmaak stel die gelykheid van alle mense uit die noorde, ooste, suide en weste voor. Die sespuntige rooi ster is opgebou uit twee gelyksydige driehoeke en verteenwoordig die oorspronkelijke ses dorpies op Bonaire (Playa, Kiniboko, Tera Korá, Antriol, Nort Saliña en Rincon). Die rooi kleur stel die bloed en oorlewingskrag van die Bonairese samelewing voor. Die geel driehoek stel die son en die blommeprag van die eiland voor omdat die meeste inheemse Bonairese blomme geel van kleur is (soos die Kibrahacha, die Anglo en die kaktusblomme). Die wit stel vrede en internasionalisme voor. Die blou stel die see en die groot golwe voor.