'n Vlagskip is 'n vaartuig wat gebruik word deur die bevelvoerder van 'n groep vlootskepe, kenmerkend van 'n vlagbeampte wat geregtig is deur gebruik om 'n onderskeidende vlag te vertoon. Meer losweg gebruik, is dit die leierskip in 'n vloot van skepe, tipies die eerste, grootste, vinnigste, swaarste gewapende, of die welbekendste skip. Oor die jare heen het die term "vlagskip" 'n metafoor geword wat gebruik word in bedrywe soos die uitsaaiwese, motors, lugrederye, akkommodasie en kleinhandel om te verwys na die bemarker se hoogste profiel of duurste produkte en plekke. In die algemene vlootgebruik, beteken die term vlagskip fundamenteel 'n tydelike aanwysing; die vlagskip is die vaartuig waarop die admiraal se vlag wapper. Admiraals benodig egter altyd addisionele fasiliteite, insluitend 'n vergaderkamer wat groot genoeg is om al die kapteins van die vloot te kan huisves, asook 'n plek vir die admiraal se personeel om planne te beraam en bevele saam te stel. Histories kon net groter skepe sodanige vereistes akkommodeer.