Moroni (Arabies: موروني Mūrūnī) is die hoofstad (sedert 1958) en die grootste stad van die Comore-eilande, 'n eilandnasie in Oos-Afrika in die Indiese Oseaan. Die stad is aan die weskus van die eiland Grande Comore, die Comore se grootste eiland, geleë. In 2011 het die stad 'n bevolking van 54 000 gehad en 'n oppervlakte van 30 km². Die vroeë geskiedenis van Moroni is vaag. Die vroegste geskrewe getuienis vir vestiging op die Comore-eilande kom nie vroeër as die 7de eeu voor nie en was moontlik deur Arabiese navigasies en Bantoesprekende landboukundiges gedoen. Keramiekvondste uit die 7de tot 10de eeu bewys dat die eilande deel was van die ontwikkelende Swahili beskawing, maar wanneer Moroni self gevestig is, is dit nie bekend nie. Teen die middel van die tweede millenium was Moroni egter 'n gevestigde stad met handelsnetwerke regdeur die Indiese Oseaan. Die Badjanani-moskee, wat in 1427 gebou is, is 'n bewys van die stad se rykdom, in die tyd van die goue eeu van ander Swahili-stede.