Metanogenese is die vorming van metaan deur mikrobes wat ook as metanogene bekend staan. Organismes wat daartoe in staat is om metaan te produseer is almal afkomstig uit die koninkryk Archaea, 'n groep wat filogeneties onderskei kan word van beide eukariote en bakterieë, alhoewel baie van hulle in nou met anaërobiese bakterieë saamleef. Die produksie van metaan is 'n belangrike en wydverspreide vorm van mikrobiese metabolisme. In die meeste omgewings is dit die finale stap in die ontbinding van biomassa. Onlangs is daar getoon dat die blaarweefsels van lewende plante metaan uitskei. Die meganisme waarop sodanige metaanproduksie geskied is egter nog onbekend, maar die implikasies is verreikend aangesien dit 'n voorbeeld is van metanogenese is wat in nie-mikrobiese organismes voorkom, skynbaar onder aërobiese toestande. Die meeste inligting bekend oor metanogenese is afkomstig vanuit studies van mikrobes. Metanogenese in mikrobe is 'n vorm van anaërobiese respirasie. Metanogene gebruik nie suurstof vir asemhaling nie, die groei van metanogene word inteendeel daardeur beperk. Die finale elektron akseptor is nie suurstof nie maar wel koolstof.