Ekosisteemekologie is die geïntegreerde studie van lewende (biotiese) en nie-lewende (abiotiese) komponente van ekosisteme en hul wisselwerking binne die raamwerk van 'n ekosisteem. Hierdie wetenskap ondersoek hoe ekosisteme werk en bring dit in verband met hul komponente soos chemikalieë, bodemrotse, grond, plante en diere. Ekosisteemekologie ondersoek fisiese en biologiese strukture en hoe hierdie ekosisteemeienskappe met mekaar in wisselwerking is. Uiteindelik help dit ons om te verstaan hoe om hoë gehalte water en ekonomies lewensvatbare kommoditeitproduksie te handhaaf. 'n Belangrike fokus van ekosisteemekologie is op funksionele prosesse, ekologiese meganismes wat die struktuur en dienste wat deur ekosisteme geproduseer word in stand hou. Dit sluit primêre produktiwiteit (produksie van biomassa), ontbinding, en trofiese wisselwerking in. Studies van die werking van ekosisteme het die menslike begrip van die volhoubare produksie van veevoer, vesel, brandstof en die voorsiening van water baie verbeter. Funksionele prosesse word deur klimaat, van streeks- tot plaaslike vlak, versteuring en bestuur gemedieer. Dus verskaf ekosisteemekologie 'n kragtige raamwerk vir die identifisering van ekologiese meganismes wat in wisselwerking met globale omgewingsprobleme is, soos veral aardverwarming en die agteruitgang van oppervlakwater.