Prout se hipotese was ’n poging in die vroeë 19de eeu om die bestaan van die onderskeie chemiese elemente te verduidelik aan die hand van ’n hipotese oor die interne struktuur van die atoom. In 1815 en 1816 het die Britse chemikus William Prout twee verslae gepubliseer waarin hy skryf dit lyk of die atoomgewigte vir die elemente wat destyds bekend was, heelgetalmeervoude van die atoomgewig van waterstof is. Hy het toe geglo die waterstofatoom is die enigste ware elementêre voorwerp, wat hy ’n protiel genoem het. Hy het verder geglo die atome van ander elemente is eintlik groeperings met verskillende hoeveelhede van die waterstofatoom. Prout se hipotese het ’n invloed op die Britse fisikus Ernest Rutherford gehad toe hy in 1917 daarin slaag om ’n waterstofkern uit stikstofatome te onttrek met alfadeeltjies. Hy het tot die gevolgtrekking gekom die kerns van alle elemente is opgebou uit waterstofkerns. In 1920 het hy voorgestel dit word protone genoem, ’n term wat van Prout se woord "protiel" afgelei is, met die agtervoegsel "on" vir deeltjies.