'n Molekuuldinamieksimulasie is 'n rekenkundige metode wat daartoe dien om te voorspel hoe dele van 'n molekuul, byvoorbeeld enkele atome, met verloop van tyd beweeg. Dit is gebaseerd op 'n statiese driedimensionele struktuur wat onder andere deur X-straalkristallografie, elektronmikroskopie of kernmagnetieseresonansie bepaal kan word. Hoefsaaklik word die berekening met behulp van kragvelde uitgevoer wat interaksies tussen atome of atoomgroepe volgens formules van die klassiese meganika beskryf, omdat sulke benadering minder berekeningstyd verg as 'n presiesere model op die grondslag van kwantummeganika. Een gebied waarop molekuuldinamieksimulasies benut word, is die biomediese navorsing waar kwessies soos die effek van mutasies op proteïenstrukture of die ondersoek van intermolekulêre interaksies belangrike toepassings is. Deur te ontleed watter kontakte byvoorbeeld 'n potensiële nuwe geneesmiddel met sy teiken vorm, kan sonder duur en ingewikkelde eksperimente 'n eerste onderskeiding tussen waarskynlik doeltreffende en vermoedelik vals positiewe stowwe verkry word. Daar bestaan sommige deels kostelose programme soos NAMD, AMBER of gromacs waarmee molekuuldinamieksimulasies vir gewone proteïene en kernsure relatief maklik deurvoerbaar is. Dit is egter belangrik om nie te vergeet dat die realiteit daarby slegs nageboots word nie sodat die afgeleide stellings beslissend van die gekose parameters se kwaliteit afhang.