'n Patogeen (algemeen bekend as 'n kiem) is 'n biologiese agent wat siektes in sy gasheer veroorsaak. Die moontlike bestaan van patogene is vir die eerste keer genoem in die 1ste eeu v.C. (eeue voor die ontdekking van mikrobes) deur die Romeinse geleerde en skrywer Marcus Terentius Varro. Hy het gesê dat daar piepklein wesens is wat die menslike oog nie kan sien nie, wat in die lug ronddryf en dan die lyf binnegaan deur die mond en neus en mens uiters siek kan maak. Die liggaam bevat baie natuurlike verdedigingsmaatreëls teen sommige van die algemene patogene. Die menslike vel is die eerste vorm van verdediging en 'n voorbeeld van nie-spesifieke verdediging. 'n Meer spesifieke vorm van verdediging word deur die menslike immuunstelsel, wat vreemde voorwerpe herken en vernietig, verskaf. Die "nuttige" bakterieë teenwoordig in die menslike liggaam se normale flora verskaf ook beskerming teen patogene. Maar, as die vel, immuunstelsel of "goeie" bakterieë op enige wyse beskadig word (soos deur brandwonde, chemoterapie, MIV of antibiotika) kan patogene bakterieë toeneem en skade aan die gasheer veroorsaak.