Samuel Pepys ['piːps] (* 23 Februarie 1633 in Londen; † 26 Mei 1703 in Clapham naby Londen) was 'n staatssekretaris in die admiraliteit van die Koninkryk van Engeland, president van die Royal Society en afgevaardigde in die Engelse Laerhuis. Alhoewel Pepys nie oor enige seevaartkennis beskik het nie, is hy danksy sy harde werk en sy goeie administratiewe aanleg in sy loopbaan bevorder om uiteindelik as staatssekretaris van die Engelse admiraliteit onder koning Karel II en sy opvolger Jakobus II te dien. Sy invloed en sy hervormings het 'n beslissende rol by die vroeë professionalisering van die Koninklike Vloot gespeel. Samuel Pepys staan vandag veral bekend vir die breedvoerige dagboek wat hy as jong man tussen 1660 en 1669 bygehou het - 'n kroniek van die politieke en maatskaplike gebeure in die tydperk van die Stuart-Restaurasie onder koning Karel II wat vir die eerste keer in die 19de eeu gepubliseer is. Pepys se dagboek, waarin persoonlike onthullings met ooggetuie-verslae van opspraakwekkende gebeure soos die Groot Plaag (Swart Dood) van Londen in 1665, die Groot Brand van Londen in 1666 en die Tweede Engels-Nederlandse Oorlog gekombineer word, is een van die belangrikste primêre bronne oor die Restaurasie-tydperk.