Die NG gemeente Windhoek is die oudste gemeente van die Nederduitse Gereformeerde Kerk in die Namibiese hoofstad, maar slegs die vyfde oudste gemeente in die land naas Mariental (1898), Otjiwarongo (1902), Keetmanshoop (1924) en Warmbad (1928). Met die stigting van die gemeente Gibeon in 1898, het Windhoek en distrik 'n buitewyk van die ontsaglike groot gemeente geword, waarvan die hoofdorp Gibeon en later Mariental was. Die Afrikaanse bevolking in dié deel van die land het egter vinnig aangegroei en so was dit nodig om in 1925 'n kerksaaltjie op Windhoek te bou en eerw. Leonard vanaf Gibeon hierheen te verskuif. In die loop van 1928 het die kerkraad van Gibeon besluit om Windhoek, Gobabis en Okahandja as 'n aparte gemeente af te stig. Op hulle beurt is NG gemeente Gobabis en NG gemeente Okahandja in onderskeidelik 1939 en 1946 van Windhoek afgestig. In die noorde van die land het die NG gemeente Otjiwarongo (vroeë Moria genoem) toe al van 1902 bestaan. Ds. K.W. le Roux is van Gibeon af beroep en aan die begin van Mei 1929 hier bevestig.