Die Groot Donker Vlek (ook bekend as GDS-89, vir Great Dark Spot, 1989) was een van ’n reeks donker vlekke op Neptunus, met ’n voorkoms soortgelyk aan dié van Jupiter se Groot Rooi Vlek. GDS-89 was die eerste Groot Donker Vlek wat op die planeet waargeneem is, in 1989 deur Nasa se ruimtetuig Voyager 2. Nes Jupiter se vlek is die Groot Donker Vlekke antisikloniese storms. Hulle binnekant is egter redelik wolkloos en dit lyk of hulle korter duur as Jupiter se Groot Rooi Vlek, wat al honderde jare bestaan. Volgens waarnemings deur Voyager 2 en sedertdien deur die Hubble-ruimteteleskoop lyk dit of Neptunus sowat die helfte van die tyd ’n Groot Donker Vlek het. Die donker, ovaalvormige vlek (met aanvanklike afmetings van 13 000 × 6 600 km) van GDS-89 was omtrent dieselfde grootte as die Aarde en het nes Jupiter se Groot Rooi Vlek gelyk. Winde van tot 2 100 km/h is aan die rand van die vlek gemeet, wat die vinnigste winde is wat nog in die Sonnestelsel aangeteken is. Die Groot Donker Vlek is vermoedelik ’n gat in die metaanwolkkombers van Neptunus.