Die São Thomé was 'n volgelaaide Portugese handelsvaartuig wat in Maart 1589 van Indië na Portugal onderweg was. Net oos van die kus van KwaZulu-Natal het dit êrens gesink. Weens die agtelosigheid van die offisiere en die navigator het die meeste van die mense aan boord gesterf. 'n Verslag van die ramp is geskryf gegrond op die verhale van die enkele oorlewendes. Weens swak waterdigting het die skip vinniger begin lek as wat die water uitgepomp kon word. Dus het die skip stadig gesink. Die offisiere het met die enigste sloep vertrek en die skip en sy 375 bemanningslede, vroue en slawe aan hul lot oorgelaat. Twee dae later het die sloep met amper 100 mense die kus by óf St. Luciabaai óf die Sibayameer bereik. Op 23 Maart 1589 het die geselskap op 'n staptog noordwaarts vertrek deur Tongaland, verby Kosibaai, en Delagoabaai op 4 April bereik. Dit was 'n lydensweg. Verskeie het van honger, dors en koors en in botsings met die inheemse bevolking gesterf. 'n Paar mense het Sofala en Mosambiek bereik. Onduidelikheid oor die presiese roete van die stappers en die posisie van die wrak is waarskynlik te wyte aan die onbekwame navigator.