Innocentius IX was die 230ste pous van die Rooms-Katolieke Kerk vir twee maande van 29 Oktober tot 30 Desember 1591. Hy was die laaste in 'n reeks van drie pouse waarvan die pontifikate gesamentlik minder twee jaar geduur het. Pous Innocentius IX is gebore as Giovanni Antonio Facchinetti (of Giovanni Antonio Nocetti) op 20 Julie 1519 in Bologna, Italië, die seun van Antonio Facchinetti en Francesca Cini. Hy was 'n regsgeleerde wat promoveer aan die Universiteit van Bologna. Op 11 Maart 1544 word hy tot priester gewy. Hy word sekretaris van kardinaal Nicolò Ardinghelli en vervolgens van kardinaal Alessandro Farnese, broer van die hertog van Parma. Farnese, wat biskop van Avignon was, het Giovanni aangestel as sy saakgelastigde en maak hom ook goewerneur van Parma van 1556 tot 1558. Op 26 Januarie 1560 word Giovanni biskop van Nicastro in Calabrië en hy neem deel aan die konsilie van Trente. Pous Pius V stuur hom as nuntius na Venesië om die alliansie met Spanje en Venesië teen die Turke te versterk. Die alliansie sorg uiteindelik vir die oorwinning van Lepanto in 1571. Op 12 November 1576 (of 1575) word hy Latyns patriarg van Jerusalem (titulêr).