Pekalongan (Indonesies kalong = vlermuis) is 'n stad en lê in die provinsie Midde-Java in Indonesië. Die stad is veral bekend om sy batik-kleding fabrieke. Die stad het 4 buurte/distrikte (Indonesies:kecamatan): Pekalongan Utara (Noord) Pekalongan Selatan (Suid) Pekalongan Barat (Wes) Pekalongan Timur (Oos)