Die Gereformeerde kerk Naboomspruit, met sy middelpunt op Mookgophong in Limpopo, is die vyfde oudste van die agt Suid-Afrikaanse gemeentes in GKSA se Klassis Waterberg, waartoe ook vyf Namibiese gemeentes behoort. Einde 2015 was hier 285 belydende en 49 dooplidmate, die derde meeste in die Klassis. Met die afstigting van Potgietersrus van Waterberg (Nylstroom) is by die vasstelling van die gemeentegrense in gedagte gehou dat Naboomspruit asook Vaalwater eendag selfstandige gemeentes kon word. Maar Naboomspruit het 'n wyk van Potgietersrus gebly en Vaalwater 'n wyk van Waterberg, tot in 1957 en 1958, toe Naboomspruit en Vaalwater onderskeidelik as selfstandige gemeentes afgestig het. In Februarie 1955 het die wyke op Naboomspruit en Rooiwal te groot geword en is ekstra wyke ingedeel. Gedurende 1956 was daar vier ouderlinge en vier diakens vir die wyke Naboomspruit. Nagmaalsdienste is op Naboomspruit gehou in die kerksaal van die plaaslike NG gemeente (gestig 1939). Toe reeds is in beginsel besluit dat Naboomspruit teen 1959 sou afstig en dat kerkraadslede vir die wyke Naboomspruit voortaan op Naboomspruit verkies en bevestig sou word. Van NG gemeente Naboomspruit is die kerksaal vir eredienste en katkisasie teen £35 per kwartaal gehuur.