M. Patrice Martin-Lalande attire l'attention de M. le ministre de l'économie et des finances sur la récente remise en cause d'un dispositif favorable aux entreprises travaillant avec la recherche publique. En effet, l'instruction du 16 septembre 2011 de la Direction générale des finances publiques a mis fin au dispositif qui permettait à une entreprise, pour être qualifiée de « Jeune entreprise innovante » (JEI), de retenir le double du montant des dépenses de recherche éligibles lorsque celles-ci étaient confiées à des organismes de recherche publics, des établissements d'enseignement supérieur délivrant un diplôme conférant un grade de master, des fondations de coopération scientifique agréées, des établissements publics de coopération scientifique, ou des fondations reconnues d'utilité publique du secteur de la recherche agréées. Dorénavant, « ces dépenses ne sont pas retenues pour le double de leur montant, mais pour leur montant réel ». Autrement dit, l'instruction du 16 septembre 2011 double le montant des dépenses à engager par une entreprise travaillant avec la recherche publique pour être éligible au statut de « JEI » et bénéficier des avantages fiscaux et sociaux afférents (exonération d'impôt sur les bénéfices sur cinq exercices ; exonération d'imposition forfaitaire annuelle ; exonération de taxe foncière). Elle emporte entre autres conséquences que les entreprises et parmi elles des JEI sont de plus en plus nombreuses à déclarer au titre du crédit impôt recherche (CIR) leurs investissements dans la recherche publique. Il lui demande quelles sont les raisons qui ont motivé cette instruction et ce que le Gouvernement compte faire pour faciliter l'accès au statut « JEI » des entreprises travaillant avec la recherche publique. Le dispositif d'aide aux projets des jeunes entreprises innovantes (JEI), qui a bénéficié à 2 940 entreprises en 2011, vise à soutenir, par des exonérations de cotisations sociales et des avantages fiscaux, la croissance de petites et moyennes entreprises (PME) de moins de 8 ans réalisant un effort marqué de recherche. Ce dispositif avait fait l'objet de modifications en loi de finances initiale pour 2011 conduisant, par des plafonnements et un taux d'aide dégressif dans le temps, à restreindre les exonérations de cotisations sociales dont bénéficient les JEI. La quatrième loi de finances rectificative pour 2011 a atténué partiellement ces modifications sans remettre en cause les orientations de cette réforme. Or ce dispositif est un élément important de la politique publique en faveur de l'innovation des entreprises, qui est le principal levier de compétitivité hors-prix. C'est pourquoi le Président de la République a annoncé le 20 septembre 2012 le retour au dispositif antérieur à 2011, plus avantageux pour les entreprises, puisqu'il ne prévoit pas de dégressivité des allègements de charges sociales. Cette décision a été réaffirmée dans le cadre du Pacte national pour la croissance, la compétitivité et l'emploi. L'un des critères pour être reconnu comme une JEI est de réaliser des dépenses de recherche représentant au moins 15 % de ses charges fiscalement déductibles. L'article 44 sexies-0 A du code général des impôts précise que les dépenses de recherche à prendre en compte sont celles définies aux a à g du II de l'article 244 quater B du même code. L'article 244 quater B est l'article décrivant le crédit impôt recherche (CIR). La nature des dépenses concernées est ainsi établie et respecte pleinement la volonté initiale du législateur, clairement exprimée dans le rapport de l'Assemblée nationale, du 14 octobre 2003, sur le projet de loi de finances pour 2004, Tome II, article 6 : les dépenses doivent s'apprécier pour leur montant réel. Cet élément a seulement été rappelé par l'instruction fiscale du 16 septembre 2011. S'agissant du calcul du CIR, certaines dépenses (les rémunérations des jeunes docteurs et les sommes versées à des laboratoires publics) sont retenues pour le double de leur montant, afin de les encourager particulièrement. Dans ces conditions, le Gouvernement considère que ses services ne développent pas une approche contradictoire concernant ce dispositif, qu'il n'y a pas lieu de modifier.