M. Jean-Christophe Lagarde attire l'attention de M. le ministre délégué auprès du ministre de l'économie et des finances, chargé du budget, sur le statut de jeune entreprise innovante (JEI). Depuis 2004, la France a mis en place le statut de jeune entreprise innovante. Ce statut prévoit, notamment, que les entreprises nouvelles se lançant dans des travaux de recherche jugés innovants bénéficient de conditions fiscales et sociales avantageuses. En échange d'un engagement de dépense de 15 % de leurs charges, dans leurs travaux, les JEI sont, par exemple, non imposables sur leurs trois premières années de vie. Face à la situation économique difficile et pour inciter les JEI à investir dans la recherche publique, la loi prévoit également que les dépenses de recherche confiées à une université ou à un laboratoire public de recherche soient retenues pour le double de leur montant. Les administrations en charge de la mise en oeuvre de la politique de l'innovation (la direction générale pour la recherche et l'innovation, la direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services ou encore OSEO innovation) ont, durant des années, fait la promotion de ce dispositif incitant les JEI à collaborer avec la recherche publique. Or le ministère du budget, via notamment la direction de la législation fiscale, a remis en cause en septembre 2011 (soit plus de sept ans après l'application de la loi) ce dispositif entraînant ainsi le redressement des JEI ayant bénéficié du « doublement des montants » investis dans la recherche publique. De nombreuses JEI sont prises dans les filets de ce changement de doctrine administrative. L'instruction du 16 septembre 2011, BO 4 A-3-11, constitue un détournement de l'esprit du législateur. C'est pourquoi il lui demande ce que le Gouvernement entend faire sur ce sujet et s'il entend revenir sur l'instruction du 16 septembre 2011 qui aboutit à des conséquences désastreuses pour l'innovation en France. Le dispositif d'aide aux projets des jeunes entreprises innovantes (JEI), qui a bénéficié à 2 940 entreprises en 2011, vise à soutenir, par des exonérations de cotisations sociales et des avantages fiscaux, la croissance de petites et moyennes entreprises (PME) de moins de 8 ans réalisant un effort marqué de recherche. Ce dispositif avait fait l'objet de modifications en loi de finances initiale pour 2011 conduisant, par des plafonnements et un taux d'aide dégressif dans le temps, à restreindre les exonérations de cotisations sociales dont bénéficient les JEI. La quatrième loi de finances rectificative pour 2011 a atténué partiellement ces modifications sans remettre en cause les orientations de cette réforme. Or ce dispositif est un élément important de la politique publique en faveur de l'innovation des entreprises, qui est le principal levier de compétitivité hors-prix. C'est pourquoi le Président de la République a annoncé le 20 septembre 2012 le retour au dispositif antérieur à 2011, plus avantageux pour les entreprises, puisqu'il ne prévoit pas de dégressivité des allègements de charges sociales. Cette décision a été réaffirmée dans le cadre du Pacte national pour la croissance, la compétitivité et l'emploi. L'un des critères pour être reconnu comme une JEI est de réaliser des dépenses de recherche représentant au moins 15 % de ses charges fiscalement déductibles. L'article 44 sexies-0 A du code général des impôts précise que les dépenses de recherche à prendre en compte sont celles définies aux a à g du II de l'article 244 quater B du même code. L'article 244 quater B est l'article décrivant le crédit impôt recherche (CIR). La nature des dépenses concernées est ainsi établie et respecte pleinement la volonté initiale du législateur, clairement exprimée dans le rapport de l'Assemblée nationale, du 14 octobre 2003, sur le projet de loi de finances pour 2004, Tome II, article 6 : les dépenses doivent s'apprécier pour leur montant réel. Cet élément a seulement été rappelé par l'instruction fiscale du 16 septembre 2011. S'agissant du calcul du CIR, certaines dépenses (les rémunérations des jeunes docteurs et les sommes versées à des laboratoires publics) sont retenues pour le double de leur montant, afin de les encourager particulièrement. Dans ces conditions, le Gouvernement considère que ses services ne développent pas une approche contradictoire concernant ce dispositif, qu'il n'y a pas lieu de modifier.