M. Gilles Lurton appelle l'attention de M. le ministre délégué auprès du ministre de l'économie et des finances, chargé du budget, sur la remise en cause du statut des jeunes entreprises innovantes (JEI). Ce dispositif prévoit notamment que les entreprises nouvelles, se lançant dans des travaux de recherche jugés innovants, bénéficient de conditions fiscales et sociales avantageuses. Les administrations en charge de la mise en oeuvre de la politique de l'innovation (la direction générale pour la recherche et l'innovation, la direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services, Oseo) ont, durant des années, fait la promotion de ce dispositif incitant les JEI à collaborer avec la recherche publique. Selon le rapport de la Cour des comptes d'octobre 2011, 2 000 entreprises françaises parmi lesquelles des centaines de JEI déclaraient au titre du crédit impôt recherche des investissements dans la recherche publique. Or la direction de la législation fiscale a remis en cause dès septembre 2011 ce dispositif entraînant le redressement des JEI ayant bénéficié « du doublement des montants » investis dans la recherche publique. À l'heure actuelle, de nombreuses JEI confrontées à ce changement de doctrine administrative sont contraintes d'interrompre leurs travaux. Il lui demande donc quelles sont les mesures que le Gouvernement entend prendre pour soutenir les jeunes entreprises innovantes travaillant avec la recherche publique et soutenir ainsi l'innovation en France. Le dispositif d'aide aux projets des jeunes entreprises innovantes (JEI), qui a bénéficié à 2 940 entreprises en 2011, vise à soutenir, par des exonérations de cotisations sociales et des avantages fiscaux, la croissance de petites et moyennes entreprises (PME) de moins de 8 ans réalisant un effort marqué de recherche. Ce dispositif avait fait l'objet de modifications en loi de finances initiale pour 2011 conduisant, par des plafonnements et un taux d'aide dégressif dans le temps, à restreindre les exonérations de cotisations sociales dont bénéficient les JEI. La quatrième loi de finances rectificative pour 2011 a atténué partiellement ces modifications sans remettre en cause les orientations de cette réforme. Or ce dispositif est un élément important de la politique publique en faveur de l'innovation des entreprises, qui est le principal levier de compétitivité hors-prix. C'est pourquoi le Président de la République a annoncé le 20 septembre 2012 le retour au dispositif antérieur à 2011, plus avantageuux pour les entreprises, puisqu'il ne prévoit pas de dégressivité des allègements de charges sociales. Cette décision a été réaffirmée dans le cadre du Pacte national pour la croissance, la compétitivité et l'emploi. L'un des critères pour être reconnu comme une JEI est de réaliser des dépenses de recherche représentant au moins 15 % de ses charges fiscalement déductibles. L'article 44 sexies-0 A du code général des impôts précise que les dépenses de recherche à prendre en compte sont celles définies aux a à g du II de l'article 244 quater B du même code. L'article 244 quater B est l'article décrivant le crédit impôt recherche (CIR). La nature des dépenses concernées est ainsi établie et respecte pleinement la volonté initiale du législateur, clairement exprimée dans le rapport de l'Assemblée nationale, du 14 octobre 2003, sur le projet de loi de finances pour 2004, Tome II, article 6 : les dépenses doivent s'apprécier pour leur montant réel. Cet élément a seulement été rappelé par l'instruction fiscale du 16 septembre 2011. S'agissant du calcul du CIR, certaines dépenses (les rémunérations des jeunes docteurs et les sommes versées à des laboratoires publics) sont retenues pour le double de leur montant, afin de les encourager particulièrement. Dans ces conditions, le Gouvernement considère que ses services ne développent pas une approche contradictoire concernant ce dispositif, qu'il n'y a pas lieu de modifier.