为什么普遍认为外星智慧都是邪恶的？而不是高尚的？

不一定是杞人忧天。首先我要说明，我不认为黑暗森林状态就一定是宇宙社会的真相，但我也不认为这种可能性不会发生。毕竟我们目前对宇宙社会（如果它存在的话）一无所知，我们目前所知道的，仅仅只是宇宙这个庞大秘密的很小的一部分。

黑暗森林状态，这种想法是怎么来的呢？这并非是作者刘慈欣的原创，他是借用了在科幻圈子里比较流行的一些想法，在那个基础之上再加以创作。这些想法其实源自一个非常有意思的悖论：
1、生物可以在适当的环境下从无到有的发展出来，且有可能进化为智慧生命。生物有传播自身的天性，在智慧和科技的帮助下，生物可以以极快的速度向四周传播，这个速度将成指数的不断增长。据估计，人类一旦拥有了跨恒星系航行的能力，只需要几百万年，就可以填满整个银河系，就像我们现在填满地球表面一样，将银河系上每一个可以落脚的地方都占满。
2、宇宙已经诞生了138亿年，而地球只有46亿年，且宇宙中的恒星与行星浩如烟海，有极大的可能性是，早在地球诞生之前，也就是40多亿年之前，宇宙中就已经有很多文明的存在了（重申，这指的是很大可能性）。人类仅仅用了几百万年的时间，就拥有了如今的科技水平，可能再过几个世纪，就有了航向茫茫宇宙传播自身文明的实力。那么，从这个角度来说，那些几十亿年前就诞生的文明，根据第1条，他们有着几十亿年的时间，应该早就已经融入宇宙，将自身文明传播得到处都是了。
3、然而，我们无论是看，还是听，无论是喊，还是找，在我们探测范围所能及的茫茫星海里，我们没有发现一个外星文明存在的直接证据。
所以————————
他们在哪？

这就是费米悖论。这个悖论有很多可能性予以解释，题主有兴趣的话可以搜索知乎，有不少精彩的答案。在这个题目下，费米悖论的解答不是重点所以省略，我们只需要知道，黑暗森林理论，是解答费米悖论的有力竞争方案之一。宇宙中确实有可能存在这种法则，因为生命发展对物质的无限渴求，类似于人类发展史上抢地盘抢资源的事，在宇宙中很有可能也在不断上演。乘对方立足未稳，科技不够发达，抢先消灭隐患，可能是最省力的做法。拿地球上的事举例来说，美国至今没有和俄罗斯开战，可能仅仅因为两国打起来会两败俱伤。假如美国人以科技和军事的绝对优势条件下“发现了”东欧大陆，美国人有飞机坦克，俄罗斯人只有马车长矛，那么结果可能显而易见——立即消灭这个隐患，比和平相处培养对方的合作意愿以求长治久安，要方便得多。对一个新生文明来说，可能第一次下手还会于心不忍，但对一个已经在宇宙间纵横了几十亿年的老油条，或许毁灭一个文明仅仅是按按钮那么冰冷和常见的事。假如老大们都这么干，其它进入宇宙的文明，也没理由不去效仿，毕竟茫茫宇宙里隐藏总好过开战，只发展了几千万年的文明，即使联盟起来，可能也不及几十亿年级别的超级文明的一根手指头——更何况地球文明只发展了几百万年。
在这样的前提下，黑暗森林状态就有可能已经是我们现实宇宙的即成事实。我重申一遍，黑暗森林状态仅仅只是科幻爱好者们幻想的可能性之一，是对费米悖论的可能的解答之一。它不一定真的是事实，但它有可能已经是事实。

这就是黑暗森林理论在科幻圈子里形成的原因，所以你就知道，为什么很多科幻作品里，外星人一定会向地球开战。因为地球文明虽然不太可能威胁到几十亿年级别的超级文明（如果他们存在的话），但是，闷头发展的话，是有可能超越千万年级别的普通文明的。如果他们发现地球，直接消灭地球文明这个未来的竞争对手，可能是外星人的备选项之一。如果黑暗森林状态真的存在，那么消灭地球就几乎是发现地球的外星文明的唯一选项。

以上是回答你的第一个问题。
其它问题都很泛泛，也就大略的回复一下。

就好比说现代国家社会如果还是停留在如中国春秋战国时期的国家思想，每天都在想通过战争互相摧毁吞并，而且多数国家都是中央集权帝国主义社会的，在掌握核子武器技术后，应该全世界就完了吧？
并不。我们现在所拥有的和平，是依靠恐怖的核平衡来实现的。掌握核子技术的我们，并不仅仅只是依靠文明和道德来实现和平（虽然这可能是和平的原因之一），主要的原因，还是依靠核子技术本身。大国之间都有核武力，每个大国之下，又有很多小国依附形成利益团体，这些以不同大国为首的团体之间之所以还没开打第三次世界大战，很大的一部分原因是恐怖的核平衡。你有毁灭我的能力，我也能毁灭你。所以我们即使有争斗，也尽量把战斗控制在局部，小范围内，甚至是打大国对小国的不对称战争，而尽量避免大国之间的摩擦。
在这个平衡之下，大国之间的合作多过竞争，随着经济贸易等各项领域的合作关系越来越深入，大国间都是勾肩搭背一起发财，就算有什么摩擦，也是互相揍对方利益团体里的小国家了事。这才是地球目前处在相对和平时期的真实原因。

所以在这样曾经战争不断的环境生活过的外星种族应该在文明发展的历程中更加体会和平对文明发展的重要性，不然他们根本不可能发展出高度文明吧？自己不就会毁灭了自己了吗？
你说得对，但不全面。更精确的说，是长期稳定的和平对发展的重要性。
还是回到之前的假设，假如美国有坦克飞机，还有核弹。美国人突然发现，东欧还在驾着马车使用长矛，美国人的选择是冒着俄罗斯发展起来的隐患坚持和平呢，还是痛痛快快的一劳永逸？
毕竟，干干净净的一下子灭掉可能的竞争对手，也是换取和平的手段之一。而且这和平可能来得更加稳固一些。

而且生物不是应该随着科技文明系数的提高，道德系数也会跟着提高吗？而且一个文明与另一个文明接触也不见得有“见人就打”的必要性吧？
科技的提高会带来道德的提高吗？这是第一个问题。西班牙殖民者的科技水平远远高过美洲土著，后来呢？阿兹特克灭国了。
两个文明的接触，不见得有见面就开战的可能性这没错。但如果是在宇宙尺度上呢？以光年计的巨大的距离，将比大航海时代的海洋有更强的阻隔作用。换句话说，不同星系的文明，其发展水平差距，可能远远超过大航海时期的不同大陆上的文明差距。星系间的科技差距，可能远远大于枪炮对长矛这样的概念——如果你是某个星系的政客，你拥有强大的科技实力，突然有一天你发现某个躲在你舰队打击范围内的小文明，你消灭掉他，可能只是按个按钮这么简单，但你知道，再过几百几千年（这在宇宙概念里只是很短的一瞬间，想想宇宙的年龄），他将有可能发展出可以触摸到你的科技实力。你可以选择跟他接触，教育他要热爱和平，和你共创和谐宇宙，同时永远的留一只眼睛去注视着这个竞争者，提防他有朝一日发展出能和你抗衡的科技实力后不会反咬你一口。你也可以乘他还弱小到不值一提时，按下按钮，让他消失，永绝后患。你怎么选择呢？

两个星系的文明接触，会不会立即开打，这有各种的可能性和完全不同的结论。但有一点是可以肯定的：假如两个文明接触而不开打，最大的可能性，是这两个文明实力旗鼓相当，且已经互相发现了对方，失去了偷袭一击消灭的可能性。在谈判和平与持久战之间，两个文明选择了恐怖的毁灭平衡：你可以毁灭我，我也可以毁灭你，所以我们和平吧。从今天起，我们分享这几块星系的利益，濑尿虾你做，牛肉丸我做，大家一起发财。
正如今天的美国与俄罗斯。
但是，即使如此，达成和平的两支文明仍然很难放心安睡。身边就有可以随时毁灭你的文明在发展，就算你不想干掉他，至少也得防着他吧，他也是这么想的。你不得不和他展开军备竞赛，你至少在军力上不能比他弱，正如他，也是这么想的——你们的军队将越来越臃肿，直到你俩都受不了了，只好再回到谈判桌上，说好，咱俩别这么折腾了，我们都只保留合理的军队，你也别往高了弄，我也不会追赶你，咱俩维持一个双方都舒服的状态。两方说好了，各自回家，却仍然睡不安稳。他会不会偷偷发展大杀器？我要不要提防他偷袭？要不要布署一些爱国者防御导弹？我能把萨德放到多靠近他的位置？我得往他那边派间谍探探他有没有背着我干什么吧，他肯定也这么想，所以我还要反间谍。你的日子就在这种状态中度过，而这就是今日的和平。
所以，我们再回到本小节开头那一幕：假如两个星系的文明，实力相当，都有一瞬间毁灭对方的能力，但是，其中一个文明谨慎小心，另一个大大咧咧，前者率先发现了后者，而后者对前者一无所知——以致前者有那么个把握，可以在后者毫不知情的前提下，一瞬间毁灭后者，而不用担心遭到报复。
从此濑尿虾和牛肉丸都归我，而且我也不用和你谈判，担心你的军力膨胀或者科技赶超，你已经没了，成历史了，消失了，再也不用担心你了。
你猜，在前者率先发现后者的这一瞬间，前者会怎么做？是继续保持原样，但时刻担心着后者会不会发现自己，还是主动和后者打招呼，与后者分享利益，还是…
立即攻击？
所以，如果你是成熟的星系文明，当你在星系间漫步的时候，面对无边的宇宙星海，你会谨慎小心的隐蔽自己吗？
所以，两个实力相当的文明之间的和平，很有可能只会在已经互相发现的前提下才能诞生。如果有一方没有隐蔽好自己，我没有说他一定会被摧毁，只是，他将是否会被毁灭的决定权，交到了别人手上。
哪怕你是再热爱和平的种族，你也不会将自己的生死存亡的决定权，轻易拱手让人吧？
那就隐蔽好自己。不管黑暗森林是否存在，“隐蔽”很有可能是没错的。

就好比说非洲的原始部落，如果不是利益重叠，也不见得有必要去驱赶吧？虽然他们的武器水平根本不是跟外面的世界一个层次级的，但是外面的文明世界也没有必要去主动无理的伤害他们。毕竟所有武力都是有成本的。
非洲部落享受和平的原因并非如此。中国，美国，俄罗斯，还有其它大国，在非洲各个地区都有利益。非洲的各个国家，已然进入到前文所述的不同大国的利益团体。大国之间是平衡的，和平的，所以很多非洲国家才有和平。然而在利益存在不可调和的矛盾的地方，仍然充斥着战火。
假设，非洲一直隔绝于地球文明世界之外，突然在最近的某一天，大家发现，原来还存在着这么一块富饶的大陆，咦，上面还有一些用着长矛的土著。
在大国们还没有来得及把各自利益落实到这块大陆之前，你猜会怎么样？