Proces s Jozefom Tisom, Alexandrom Machom a Ferdinandom Ďurčanským

Proces s Jozefom Tisom, Alexandrom Machom a Ferdinandom Ďurčanským bol súdny proces konaný po skončení druhej svetovej vojny s troma vysokými predstaviteľmi vojnovej Slovenskej republiky (Slovenský štát) a politickej strany HSĽS-SSNJ. Obžalovanými v tomto procese boli Jozef Tiso (bývalý prezident prvej Slovenskej republiky), Alexander Mach (podpredseda vlády, minister vnútra prvej Slovenskej republiky a veliteľ Hlinkovej gardy) a Ferdinand Ďurčanský (bývalý minister zahraničných vecí prvej Slovenskej republiky a člen vlády autonómneho Slovenska v rámci druhej ČSR).
Toto konanie sa radí medzi tzv. retribučné súdy, čo boli mimoriadne súdy, ktorých cieľom bolo vysporiadanie sa so zločinmi spáchanými počas druhej svetovej vojny. Pre tento účel bol v Bratislave zriadený Národný súd. Proces začal 2. decembra 1946, rozsudok bol vynesený 15. apríla 1947. Jozef Tiso a Ferdinand Ďurčanský (ktorý bol súdený v neprítomnosti) boli odsúdení na trest smrti. Konanie proti Alexandrovi Machovi bolo počas procesu vylúčené na samostatné konanie, v ktorom bol tento odsúdený na trest odňatia slobody v trvaní 30 rokov. Tiso bol popravený v skorých ranných hodinách 18. apríla 1947 v priestoroch Justičného paláca v Bratislave. Machovi bol neskôr trest zmiernený na 25 rokov, z ktorých si odsedel 23. Prepustený na slobodu bol 9. mája 1968 po amnestií. Ďurčanský prežil zvyšok života v exile v zahraničí.
Príprava procesu.
Pátranie po predstaviteľoch vojnovej Slovenskej republiky v cudzine, ich vydanie do Česko-Slovenska a tvorba súdnych orgánov.
Ešte pred skončením druhej svetovej vojny ušla vláda vojnovej Slovenskej republiky na čele s prezidentom Jozefom Tisom do Nemecka (konkrétne rakúska časť ríše). Po skončení vojny sa záujem spravodajských zložiek obnoveného Česko-Slovenska zameral na predstaviteľov Slovenska, ktorí boli zadržiavaní v okupovanom Nemecku (Rakúsku) predstaviteľmi americkej armády. Tisa zaistili Američania už v polovici júna 1945. Následne bol zhruba tri mesiace zadržiavaný v amerických internačných táboroch. Panovali obavy, že by členovia tejto vlády mohli v zahraničí hlásať pokračovanie Slovenskej republiky. Postupne sa podarilo dohľadať dokumentáciu, ktorú po svojom úteku zo Slovenska ukryli jeho vtedajší predstavitelia v Nemecku a Rakúsku. Nájsť sa podarilo aj tzv. tajný protokol Jozefa Tisa. Spočiatku nebolo známe ani miesto, kde sú bývalí predstavitelia Slovenskej republiky zadržiavaní. Po jeho zistení v júni 1945 požiadali predstavitelia ČSR o vydanie Jozefa Tisa a členov bývalej slovenskej vlády do ČSR. Situácia s vydaním samotného Jozefa Tisa však bola o niečo zložitejšia. Síce bol na zozname vojnových zločincov, no súčasne sa objavovali informácie, že sa za jeho osobu prihovárajú určité osoby priamo u vlády Spojených štátov. Na snahy o prihovorenie sa v prospech bývalého prezidenta však zrejme Američania nebrali ohľad, keďže podľa zistených poznatkov sa k nemu od počiatku chovali veľmi tvrdo a žiadnym spôsobom ho nezvýhodňovali pred inými zajatcami.
27. októbra 1945 bol Jozef Tiso a niektorí členovia vlády vydaní do ČSR. Najprv boli presunutí do Prahy (väznica Pankrác), o dva dni neskôr do Bratislavy, kde boli umiestnení do väzby. Samotného Jozefa Tisa vydali Američania v zmysle ustanovení Svätojakubskej deklarácie ako vojnového zločinca, keďže podľa tejto deklarácie boli jej signatári k takémuto postupu povinní. Podľa tejto deklarácie sa vojnoví zločinci vydávali do štátu, kde sa dopustili svojich zločinov. K formálnemu zatknutiu Jozefa Tisa a ďalších členov bývalej slovenskej vlády došlo až v Bratislave na letisku po ich dopravení. Toto vykonal vyšší predstaviteľ Povereníctva vnútra Rudolf Viktorin, ktorý v tom čase velil spravodajskému oddeleniu tohto povereníctva.
Vzhľadom na činnosť Slovenskej národnej rady, ako i faktickú existenciu výlučne slovenských orgánov, bola snaha, aby sa retribučné súdne procesy vykonávali na Slovensku osobitne a samostatne, teda nie ako súčasť česko-slovenskej retribúcie. 28. apríla 1945 vláda ČSR na zasadaní v Košiciach zobrala na vedomie, že SNR chce vydať retribučné predpisy pre Slovensko ako samostatné nariadenie. 15. mája 1945 tak prijala SNR Nariadenie č. 33/45 Zb. SNR o potrestaní fašistických zločincov, okupantov, zradcov a kolaborantov a o zriadení ľudového súdnictva (ďalej len "nariadenie č. 33/45") Toto nariadenie však retroaktívne postihovalo konanie spáchané v minulosti, čo je porušením zásady zákazu retroaktivity. Obžaloba tvrdila, že nariadenie č. 33/45 Zb. bolo vydané v súlade s Londýnskou chartou o stíhaní a potrestaní vojnových zločincov z 8. augusta 1945. Avšak dotknuté nariadenie bolo prijaté už 15. mája 1945, takže samotnú chartu časovo predchádza.&lt;ref name="33/45"&gt;&lt;/ref&gt; Dané nariadenie mal podľa Laca Novomeského za jeden večer napísať Gustáv Husák a to napriek tomu, že od februára 1945 pripravovalo takéto nariadenie Povereníctvo pre pravosúdie (spravodlivosti). Prijaté nariadenie neskôr doplnilo vykonávacie nariadenie Zboru povereníkov SNR č. 55/1945 Zb. n. SNR. Nariadenie č. 33/45 upravovalo skutkové podstaty konkrétnych trestných činov, procesnú stránku, zriaďovanie príslušných súdov, ako aj následné trestanie. Podľa tohto nariadenia došlo k zriadeniu Národného súdu so sídlom v Bratislave, okresných ľudových súdov so sídlom v jednotlivých okresných mestách a miestnych ľudových súdov so sídlom v každej politickej obci. Nariadenie taktiež upravovalo, kto spadá pod označenie "fašistický okupant". Mohlo ísť iba o cudzieho štátneho príslušníka, ktorý sa buď pričinil o rozbitie ČSR, alebo inak terorizoval slovenský národ (konkrétne uvedené v § 1 nariadenia č. 33/45). Za tieto činy bolo možné udeliť iba trest smrti. V § 2 nariadenie č. 33/45 definovalo činnosť tzv. "domácich zradcov". Jediným možným trestom bol v tomto prípade trest smrti. § 3 nariadenia č. 33/45 upravoval definíciu konania "kolaborantov". Trest za túto činnosť bol trest odňatia slobody do 30 rokov, alebo trest smrti. § 4 nariadenia č. 33/45 definoval tzv. "zradu na povstaní", za ktorú pripúšťal udelenie iba trestu smrti. Až § 5 nariadenia č. 33/45, ktorý definoval činnosť tzv. "previnilcov fašistického režimu" umožňoval udeliť miernejšie tresty, dokonca aj iba verejné pokarhanie. § 6 nariadenia č. 33/45 umožňoval za určitých podmienok zmiernenie trestu smrti na trest 30 rokov odňatia slobody, prípade v odôvodnených prípadoch aj iné tresty, či oslobodenie. Toto nariadenie detailne určovalo príslušnosť súdu vo vzťahu k obžalobe a ostatné náležitosti.
Už v roku 1945 tak bol zriadený Národný súd v Bratislave, súčasne došlo k zriadeniu aj Úradu obžaloby pri Národnom súde. Na čelo súdu sa dostal Igor Daxner (v júni 1945) a úradu obžaloby Ľudovít Rigan. Od počiatku bola snaha vládnych predstaviteľov, aby v zložení Národného súdu mali početné zastúpenie vojenskí sudcovia. Sudcov, prísediacich a obžalobcov na úrovni Národného súdu menovalo predsedníctvo SNR. Pri výkone svojej funkcie obžaloba pri Národnom súde podliehala predsedníctvu SNR.
Príprava obžaloby.
Jozef Tiso vypovedal už v prípravnom konaní. Prípravné konanie vykonávali príslušníci VI. odboru Povereníctva vnútra. Vypovedal pred Rudolfom Viktorinom a predpokladá sa, že ho vypočúval aj Gustáv Husák. Tento fakt však nie je potvrdený. Až 13. februára 1946 bol odovzdaný obžalobcom úradu obžaloby. Podľa vtedy účinných zákonov rozhodovalo o tom, kto bude obžalovaným pred Národným súdom predsedníctvo SNR. Toto mohlo tiež dávať pokyny členom úradu obžaloby. Reálne však predsedníctvo SNR iba formálne schvaľovalo navrhnuté texty obžalôb zo strany úradu obžaloby bez toho, aby na nich niečo menilo. Na druhej strane však predsedníctvo SNR zamietlo návrh na spoločné konanie voči prezidentovi a všetkým členom bývalej vlády Slovenska. Z tohto dôvodu sa konali samostatné procesy voči iným členom bývalej vlády Slovenska. Okrem Rigana boli členmi skupiny prokurátorov aj vojenský prokurátor Anton Rašla a prokurátor Juraj Šujan. Všetci mali rozdelené úlohy a časti obžaloby. Rigan sa venoval zločinom proti ľudskosti, represiám Židov a ich deportácii do koncentračných táborov v Nemecku. Rašla bol zodpovedný za časť týkajúcu sa vojenskej kolaborácie Jozefa Tisa s Nemeckom, jeho činnosti počas povstania a podielu na jeho potlačení a súčasne mal na starosti aj trestnú činnosť Alexandra Macha. Šujan sa venoval činnosti HSĽS-SSNJ v období pred Mníchovskou dohodou, pričom sa mu podarilo zhromaždiť veľké množstvo materiálov, čo predĺžilo prípravu obžaloby. Na súde však vystupovali všetci traja bez ohľadu na časť obžaloby. Najprv bolo potrebné stanoviť, za ktoré skutky budú jednotlivé osoby obžalované. Medzi tieto skutky mali patriť kolaborácia s nacistickým Nemeckom, rozbitie ČSR protiústavným vyhlásením nezávislosti Slovenska a činnosť niektorých členov HSĽS v súvislosti s Mníchovskou dohodou a v období po nej (títo mali udržiavať protištátne styky s predstaviteľmi nacistického Nemecka). Príprava obžaloby však bola poznačená tlakmi z viacerých strán a to tak zo strany predsedu Národného súdu Igora Daxnera, ako i zo strany prezidenta republiky Edvarda Beneša a iných politických predstaviteľov, ktorí neboli často ochotní akceptovať názory obžalobcov z tohto procesu a presadzovali vlastné záujmy.
Obžaloba bola dokončená 31. októbra 1946 a predložená Národnému súdu 11. novembra 1946 v štyroch častiach. Obsahovala obžalobu pre rozbitie republiky (ČSR), politickú, hospodársku a vojenskú spoluprácu s nacistickým Nemeckom, odstránenie demokracie a zavedenie totalitného systému na Slovensku, účasť na okupácii Poľska, vyslanie vojenských jednotiek do Sovietskeho zväzu, vojna proti Sovietskemu zväzu, USA a Veľkej Británii, marenie Slovenského národného povstania, zločiny proti ľudskosti, protirasové opatrenia, deportáciu Židov a zriaďovanie koncentračných táborov pre politických odporcov. Previnenia proti ľudskosti tvorili zhruba 17% obžaloby, protižidovské opatrenia iba 6%. Obžaloba navrhovala, aby sa celá trestná činnosť obžalovaných posudzovala ako jeden celok, ako pokračujúci trestný čin v tom zmysle, že nemožno tieto činy od seba nijako oddeľovať. Obžaloba mala spolu 213 strán. Spisový materiál mal niekoľko tisíc strán.
Príprava obhajoby.
Od vzatia Jozefa Tisa do väzby sa hľadal vhodný obhajca, ktorý by ho mohol zastupovať, pričom tento nemal mať minulosť spojenú s režimom Slovenského štátu. Výber obhajcu mal na starosti z poverenia Demokratickej strany bratislavský advokát Barnabáš Lojek, ktorý oslovil Ernesta Žabkaya. Ten bol v minulosti členom KSS (KSČ), no už v roku 1945 ho vylúčili, lebo obhajoval obžalovaných pred retribučnými súdmi. Žabkay tak patril medzi advokátov zapísaných v zozname obhajcov oprávnených obhajovať pred Národným súdom a okresnými ľudovými súdmi. Jozef Tiso tak mal na počiatku dvoch obhajcov, Lojeka a Žabkaya. Žabkay dostal najprv 22. mája 1946 splnomocnenie na obhajobu Jozefa Tisa od jeho dvoch sestier a brata. Následne mu plnú moc podpísal aj Jozef Tiso. Ako vôbec prvý obhajca pred Národným súdom tak bol Žabkay zvolený priamo svojim klientom, nebol teda ustanovený súdom.
Možnosti obhajoby v prípravnom konaní (teda konaní pred súdnym konaním) malo svoje limity. Styk obhajcu a klienta povoľoval priamo úrad obžaloby. Obhajca nemohol byť s klientom osamote, vždy musel byť prítomný aj zástupca úradu obžaloby. Táto situácia sa zmenila až po podaní obžaloby na súd.
V júni 1946 boli obaja obhajcovia, teda tak Žabkay ako aj Lojek predvolaní na VII. odbor Povereníctva vnútra. Tu ich vypočúvali práve v súvislosti s obhajobou Jozefa Tisa. Oboch okamžite prepustili až po zásahu predsedu SNR Jozefa Lettricha. Po výsluchu sa však Barnabáš Lojek vzdal obhajoby Jozefa Tisa, keďže od Lettricha nedostal záruku, že štát nebude zasahovať do práv obhajcov. Povereníctvo vnútra však vyhlásilo, že Lojek sa vzdal obhajoby účelovo s tým, že túto skutočnosť počas procesu využije Tiso ako argument, že mu je znemožnená obhajoba. Žabkay tak vyhľadal nového druhého obhajcu, ktorým sa nakoniec po odmietnutí viacerých iných advokátov stal Martin Grečo. Po rozhovore s Tisom podpísal tento splnomocnenie aj Grečovi. Podľa pôvodnej dohody mal Žabkay na starosti časti obžaloby A a B, to znamená obžaloba pre rozbitie republiky, politická, hospodárska a vojenská spolupráca s Nemeckom, odstránenie demokracie a zavedenie totalitného systému na Slovensku, účasť na okupácii Poľska, vyslanie armády do ZSSR a vojna proti ZSSR, USA a Veľkej Británii. Grečo mal na starosti časti C a D obžaloby, teda marenie SNP, zločiny proti ľudskosti, protirasové opatrenia, deportácia Židov, zriaďovanie koncentračných táborov pre politických odporcov. Nakoniec sa však Grečo venoval iba účasti Tisa na boji za autonómiu Slovenska a na Žabkayovi zostala prakticky celá obhajoba, čím sa fakticky stal hlavným obhajcom Jozefa Tisa. Tiso navrhol výsluch bývalého nemeckého ministra zahraničia Joachima von Ribbentropa, s čím úrad obžaloby súhlasil. Žabkay postupne s Tisom prechádzal všetky obvinenia. Už tu vznikali prvé komplikácie, ktoré vyplývali z postojov Tisa k udalostiam, na ktoré sa obvinenia vzťahovali. Obhajoba sa preto rozhodla klásť dôraz na okolnosti, ktoré mali vplyv na dotknuté udalosti a súčasne mohli byť v prospech Jozefa Tisa. Išlo napríklad o nátlak zo strany Adolfa Hitlera na vznik Slovenského štátu pod hrozbou rozdelenia Slovenska medzi susedné štáty. Obhajoba mala za cieľ dokázať, že Jozef Tiso konal v krajnej núdzi, čo by vylučovalo jeho vinu. Napriek snahe Žabkaya však v otázke SNP Tiso názor odmietal zmeniť, keďže povstanie považoval za akciu ZSSR proti Slovensku. V otázke vyhlásenia nezávislosti Slovenska však uviedol, že nezávislosť nechcel, lebo na ňu nebolo Slovensko pripravené, no bol donútený hrozbami Nemecka.
Súdny proces.
Hlavné pojednávanie.
Predseda súdneho senátu Igor Daxner mal od začiatku konflikty s obhajcami. Ernest Žabkay ho požiadal o doručenie obžaloby a možnosť poradiť sa s klientom (Tisom) bez prítomnosti tretej osoby. Obžalobu však Daxner poskytol obhajobe až po jej vyhlásení a možnosť porady s klientmi bez prítomnosti tretej osoby odoprel. Súčasne Daxner odoprel obhajcom nahliadnutie do spisu. Nahliadnuť do spisu umožnil až týždeň pred začiatkom hlavného pojednávania. Obhajcovia sa teda so sťažnosťami obrátili na predsedu SNR, keďže práve SNR menovala predsedu Národného súdu. Igor Daxner vytýčil termín hlavného pojednávania na 2. december 1946, obžaloba bola obhajcom doručená až 19. novembra 1946, čím nebola dodržaná zákonná lehota 14 dní na doručenie obžaloby pred začiatkom hlavného pojednávania. Keďže obžaloba aj spis boli veľmi rozsiahle, požiadala obhajoba o odročenie pojednávania, čo však predseda senátu Daxner zamietol. 30. novembra 1946 tak obhajcovia Jozefa Tisa uplatnili voči predsedovi senátu Daxnerovi námietku predpojatosti, rovnako namietali aj zloženie súdneho senátu. Námestník predsedu Národného súdu Daxnera Karel Bedrna v deň začiatku hlavného pojednávania námietku predpojatosti zamietol. V januári 1947 námietku predpojatosti Daxnera zamietlo aj predsedníctvo SNR, keď sa vyhlásilo v tejto veci za nekompetentné.
Hlavné pojednávanie sa začalo 2. decembra 1946. Prvý deň súdneho procesu bol naživo vysielaný v rozhlase. Keďže však mali politickí predstavitelia obavy, aby túto skutočnosť Jozef Tiso nevyužil vo svoj prospech, po krátkom čase vysielanie zrušili. Ako prvé neúspešne namietala obhajoba spôsob vydania Jozefa Tisa do ČSR, ktorý považovala za protizákonný. Prakticky od začiatku procesu vzbudzoval pozornosť predseda senátu Igor Daxner, ktorý mal snahu sa neustále s Jozefom Tisom konfrontovať. Práve on presadil priame vysielanie procesu v rozhlase. Jeho činnosť skoro vyústila do jeho odvolania z funkcie predsedu Národného súdu. Prvé dni sa tak Daxner snažil opakovane konfrontovať Tisa, čo sa mu však veľmi nedarilo, naopak Tiso ho svojimi odpoveďami prakticky vždy rozčúlil, čo malo negatívny ohlas u verejnosti. Hlavne z tohto dôvodu došlo k zrušeniu priamych prenosov v rozhlase.
Časť obžaloby A (obvinenie z rozbitia republiky a spolupráce s nacistickým Nemeckom).
Obžaloba smerovala aj na trestný čin rozbitia republiky (ČSR). V zmysle obžaloby bolo vyhlásenie nezávislosti Slovenského štátu protiústavné a teda malo za následok rozbitie ČSR. Obžalovaní mali k rozbitiu republiky prispieť, samotné rozbitie štátu však malo vykonať Nemecko. Protiprávne konanie obžalovaných sa tak malo začať najneskôr v roku 1938 a jeho výsledkom malo byť vyhlásenie nezávislého štátu 14. marca 1939. Pod protiprávne konanie patrilo podľa obžaloby všetko, čo smerovalo k rozbitiu ČSR, takže nie len návštevy nemeckých predstaviteľov, ale i politické, či novinárske prejavy obžalovaných v tomto smere. Obžaloba však vyhlásenie nezávislosti Slovenska považovala za nelegálne. Tu sa obžaloba odvolávala aj na konštatovanie Medzinárodného trestného tribunálu, ktorý konanie Adolfa Hitlera a Nemecka pred začiatkom druhej svetovej vojny v roku 1939 klasifikoval ako ""konšpiráciu pre rozpútanie zločineckej vojny" s tým, že Mníchovskú dohodu a ďalšie právne akty s ňou súvisiace považoval za nezákonné. Ako ďalší dôkaz konšpirovania obžalovaných s Nemeckom slúžila tzv. Ochranná zmluva s Nemeckom, ktorej text mal byť pripravený ešte pred vyhlásením nezávislosti Slovenska, pričom obžalovaní boli s touto zmluvou už v tej dobe plne uzrozumení. Uzatvorenie tejto zmluvy malo byť v skutočnosti podľa obžaloby formou pomoci obžalovaných Nemecku pri jeho budúcom útoku na Poľsko, keďže zmluva umožňovala prítomnosť nemeckých vojsk na území Slovenska. V tejto súvislosti obžaloba poukázala na stretnutie Ferdinanda Ďurčanského a Alexandra Macha s Hermannom Göringom z októbra 1938, kedy títo ponúkli Nemecku slovenské územie pre možné budúce letecké útoky najmä na východ, pričom obranná zmluva bola v podstate podľa ponuky Ďurčanského. Obžaloba predkladala listinné dôkazy, ktoré potvrdzovali, že obžalovaní boli o úmysle Nemecka zaútočiť na Poľsko vopred informovaní, pričom na území Slovenska prebiehali v tejto súvislosti aj rôzne úpravy mostov a ciest, aby sa umožnil efektívny útok. Obžalovaným bolo už pred útokom na Poľsko zo strany nemeckých predstaviteľov prisľúbené, že Slovensko dostane späť územia, ktoré Poľsko okupovalo. 
Obhajcovia pri obvinení z trestného činu rozbitia republiky tvrdili, že dotknuté ustanovenie Trestného zákona bolo účinné aj v čase Mníchovskej dohody, resp. pred ňou. A keďže v tej dobe, kedy stále ČSR existovala, nebolo voči obžalovaným pre ich činnosť vznesené obvinenie, nemali by byť pre svoju činnosť stíhaní ani v tejto chvíli. V dobe pred Mníchovskou dohodou totiž podľa obhajoby ČSR nebola rozvrátená a teda bola stále plne funkčná a schopná stíhať prípadnú protištátnu činnosť, čo sa však v prípade týchto obžalovaných nestalo. Nemožno teda podľa obhajoby použiť ustanovenia nariadenia č. 33/45 aj na dobu pred Mníchovskou dohodu, kedy boli platné zákony plne funkčné, účinné a vynútiteľné. Obhajoba tiež poukázala, že v období Mníchovskej dohody bolo na obžalovaných podaných viacero trestných oznámení, no vo všetkých prípadoch bolo trestné stíhanie zastavené. Obhajoba tiež poukazovala na osobu Vojtecha Tuku, ktorý mal byť podľa nej v skutočnosti zodpovedný za podrobenie sa Nemecku. V tejto súvislosti obhajcovia uvádzali, že Jozef Tiso a Tuka mali medzi sebou veľmi zlé vzťahy a vzájomne si politicky škodili. Tu obhajoba nadviazala, keď uvádzala, že to bol práve Jozef Tiso, ktorý presadzoval zotrvanie v ČSR a presadil tiež podporu prezidenta Beneša vo voľbách zo strany HSĽS. Obhajcovia taktiež odmietli, že by obžalovaní ako čelní predstavitelia HSĽS zostrili svoju politiku súčasne so začiatkom nacistických nárokov na okolité štáty, lebo mali tieto poznať z Hitlerovej knihy Mein Kampf. Tu obhajoba poukazovala na skutočnosť, že táto kniha bola známa aj v iných zahraničných štátoch, no napriek tomu sa nenašiel žiadny štátnik, ktorý by predpokladal udalosti, ktoré nasledovali. Návrhy HSĽS na autonómiu Slovenska boli podľa obhajoby stále totožné, pričom boli podané trikrát a to v rokoch 1922, 1930 a 1938 a mali vychádzať z Pittsburskej dohody. Obhajoba taktiež odmietla obvinenie, že HSĽS na čele s Tisom sa malo dohodnúť na spoločnom postupne so stranami nemeckej, maďarskej a poľskej menšiny tak, aby spoločne dosiahli rozbitie republiky. Obžaloba však argumentovala telegramom Nemeckého zahraničného výboru z 19. septembra 1938, ktorý bol adresovaný HSĽS s tým, že strana má začať presadzovať záujmy Slovákov. Na tento argument obhajoba tvrdila, že nie je dôkaz, ktorý by potvrdzoval doručenie tohto telegramu HSĽS, keďže osoba, ktorá tak mala urobiť niečo také popiera. Podľa obžaloby však Tiso a Martin Sokol boli už 20. septembra 1938 u predsedu vlády ČSR Milana Hodžu a následne i u prezidenta Beneša, kde žiadali vyriešenie slovenskej otázky.
Obhajoba v tejto súvislosti poukazovala na skutočnosť, že vyhlásenie nezávislosti Slovenska nemožno podradiť pod trestný čin rozbitia republiky, keďže Slovenský štát mal podľa obhajoby vzniknúť v dôsledku hrozieb Adolfa Hitlera, ktoré sa týkali možného rozdelenia jeho územia medzi susedné štáty. Obhajoba taktiež poukazovala na skutočnosť, že Mníchovskou dohodou ČSR aj tak fakticky zanikla a prezident Beneš podal demisiu a odišiel do exilu. Obhajoba tiež poukazovala na skutočnosť, že Tiso mal mať možnosť vyhlásiť nezávislosť Slovenska už niekoľkokrát pred tým, dokonca už v roku 1938, no neurobil tak, lebo chcel zotrvanie v ČSR. Obhajoba tiež uvádzala, že na Tisa bolo tlačené počas stretnutia s Hitlerom 13. marca 1939, aby už priamo v Berlíne vyhlásil nezávislosť Slovenska, čo však mal Tiso odmietnuť a uviesť, že o tejto veci nemôže rozhodnúť sám. Na toto stretnutie bol Tiso zavolaný, nešiel tam z vlastnej vôle. 14. marca 1939 mal Tiso informovať Slovenský snem o stretnutí s Hitlerom, pričom mal podľa obhajoby uviesť: "Počuli ste môj sucho zhrnutý referát, uvažujte a rozhodujte." Po rokovaní Tisa s Hitlerom, kde malo dôjsť k ultimátu zo strany Hitlera na vznik Slovenského štátu, mal Tisovi odovzdať vysoký predstaviteľ nacistickej strany Wilhelm Keppler list, podľa ktorého mal Tiso vypracovať vlastný, ktorým v mene Slovenska mal požiadať Nemecko o ochranu. Napriek tomu podľa obhajoby takýto list Tiso nenapísal, zaslal iba ďakovný list Hitlerovi, čo malo nemeckú stranu sklamať. Následne mali Nemci obsadiť územie od hraníc k rieke Váh. Až po týchto udalostiach mal podľa obhajoby Tiso pristúpiť na uzatvorenie ochrannej zmluvy. Podľa obhajoby mal síce Tiso rokovať s Hitlerom o ochrannej zmluve už 17. marca 1939, no z vôle Nemecka a predložený návrh mal byť pre Slovensko nevýhodný (malo prísť o územie až po rieku Váh), Tiso mal chcieť rokovanie niekoľkokrát opustiť, no nakoniec pristúpil na kompromis, že územie zostane Slovensku, no Nemci si na ňom budú môcť zriadiť vojenské základne.
Obhajoba tiež odmietla konšpiratívnosť stretnutí Tisa, Macha a Ďurčanského s nemeckými predstaviteľmi v čase existencie ČSR. Stretnutie Macha a Ďurčanského s Hermannom Göringom v októbri 1938 sa malo podľa obhajoby zaoberať iba rokovaním o hraniciach Slovenska a Maďarska. Obhajoba považovala nemecký zápis z tohto stretnutia za pochybný a dodatočne vyrobený, čo mal vyjadriť aj norimberský tribunál. Obhajoba tiež uvádzala, že aj stretnutie Tisa a Ďurčanského s nemeckým ministrom zahraničia Joachimom von Ribbentropom sa malo týkať výlučne slovensko-maďarských hraníc a nie konšpirácie voči ČSR. Toto mal podľa obhajoby vo svojej výpovedi potvrdiť aj samotný Joachim von Ribbentrop. Navyše o tomto stretnutí mal Tiso podľa obhajoby informovať aj česko-slovenskú vládu. Vo veci stretnutia Ďurčanského s Arthurom Seyß-Inquartom vo Viedni obhajoba uviedla, že neexistuje žiadny dôkaz tohto stretnutia. Rovnako obhajoba spochybňovala aj ďalšie stretnutia Tisa, Macha a Ďurčanského s nacistickými predstaviteľmi. Obhajoba súčasne spochybňovala poznámku Vojtecha Tuku, ktorý tvrdil, že keď bol v októbri 1938 u Hermanna Göringa z poverenia Ďurčanského, mal na tomto stretnutí žiadať vytvorenie samostatného Slovenského štátu a tiež tvrdil, že o výsledkoch stretnutia informoval Jozefa Tisa. Obhajoba v tejto súvislosti poukázala na výpoveď samotného Hermanna Göringa, ktorý mal uviesť, že dané stretnutie sa týkalo výlučne Viedenskej arbitráže. Obhajoba ďalej uviedla, že aj samotný Tuka vo svojom vlastnom procese nakoniec uviedol, že o tomto stretnutí Tisa neinformoval. Obhajoba tiež spochybnila, že Tuku do Nemecka na rokovania vôbec niekedy v čase existencie ČSR vyslal Jozef Tiso.
Na obvinenia z kolaborácie s Nemeckom Jozef Tiso odpovedal, že sa riadil heslom: "čert ťahaj káru, keď ma vezieš". Na obvinenia týkajúce sa vyhlásenia vojny Sovietskemu zväzu, Veľkej Británii a USA odpovedal Jozef Tiso, že on vojnu nikomu nevyhlásil a vinu za tento akt preniesol na Vojtecha Tuku a Ferdinanda Čatloša. Na obvinenia, ktoré boli potvrdzované listinami z vlastného archívu Jozefa Tisa tento odpovedal, že si na dané veci nespomína a takýmito drobnými záležitosťami sa vôbec nezaoberal. Obžaloba taktiež tvrdila, že obžalovaní prejavovali svoje sympatie k nacizmu okrem iného aj tým, že kritizovali komunizmus, resp. marxizmus rovnako, ako nacisti v Nemecku. Obhajoba k týmto skutočnostiam uvádzala, že kritika zo strany obžalovaných a HSĽS ako takej voči komunizmu a marxizmu vyplývala z ideovej podstaty tejto strany a v tejto kritike bola konzistentná už od počiatku svojej existencie, teda dávno pred príchodom Hitlera. Obhajcovia navyše poukázali, že aj iné parlamentné strany v ČSR kritizovali komunizmus rovnako tvrdo, ako HSĽS a teda kritiku komunizmu nemožno stotožňovať so sympatiami k nacizmu. Obžaloba však poukazovala na fakt, že Komunistická strana bola rozpustená krátko po 6. októbri 1938 a následne v novembri 1938 bola zastavená činnosť aj Sociálnodemokratickej strany. Dokonca aj Slovenskej národnej strane bola zastavená činnosť. Obhajoba na tento argument uviedla, že podobné kroky boli v podstate vynútené Nemeckom, ktoré vo svojom okolí netolerovalo štáty, kde pôsobia marxistické politické strany. Obžaloba tiež uvádzala, že 18. decembra 1938 usporiadala slovenská autonómna vláda z podnetu obžalovaných voľby do autonómneho Slovenského snemu podľa vzoru nacistického Nemecka, pričom do týchto volieb bola pripustená iba jednotná kandidátka HSĽS. Obhajoba bránila Tisa v tomto smere tvrdením, že iba využil medzeru v zákone a nie je ho možné za toto stíhať. Obhajoba tiež uviedla, že dané voľby preskúmal aj Volebný súd v Prahe a nezistil žiadne pochybenia.
Obžaloba ďalej uvádzala, že obžalovaný Jozef Tiso, ako i ďalší obžalovaní, už koncom októbra 1938 po vzájomnej dohode v snahe získať sympatie pre svoje separatistické ciele u predstaviteľov nacistického Nemecka, v médiách a na verejných zhromaždeniach verejne popudzovali k nenávisti a nepriateľským činom voči Židom. Obhajoba v tejto súvislosti tvrdila, že nie je vôbec dokázané, že do 13. marca 1939 by mal Tiso akýkoľvek prejav namierený proti Židom a ani nebolo podľa obhajoby dokázané, že by iní, ktorí takéto prejavy mali, tieto konzultovali s Tisom.
Ďalšia časť obžaloby obviňovala Jozefa Tisa, že sa podieľal na založení Hlinkovej gardy podľa vzoru nemeckej SA, pričom gardu mal založiť s úmyslom pretvoriť s jej pomocou demokratický systém v krajine a ohrozovať jednotu štátu. Obhajoba však namietala a poukazovala na svedecké výpovede, z ktorých vyplýva, že HG mali založiť iné osoby ako Jozef Tiso, napr. Karol Sidor a jej účelom v tej dobe bola ochrana politických zhromaždení HSĽS proti útokom zo strany odporcov. Obhajoba nespochybňovala zločiny HG z následného obdobia, no spochybňovala skutočnosť, že by ju zakladal Tiso, alebo že by bola zakladaná s úmyslom páchať v budúcnosti zločiny. Obhajoba tiež poukazovala na údajný odpor samotnej HG voči Tisovi, pričom po vypuknutí SNP už nemala byť táto podľa obhajoby vôbec pod Tisovým vplyvom. Obžaloba však argumentovala, že HG nariadením z 28. októbra 1938 bola vyhlásená za jedinú brannú organizáciu s úmyslom, aby bola oporou autoritatívneho a totalitného režimu na Slovensku a aby mohla byť použitá v prípade ozbrojeného konfliktu s ústrednou česko-slovenskou vládou. Obhajoba tu síce priznala, že HG v období po vzniku Slovenského štátu páchala neprávosti, no súčasne vyslovila názor, že neexistuje dôkaz, že bola za týmto účelom rovno založená. Obhajoba tiež uviedla, že HG sa mala dokonca pokúsiť voči Tisovi o prevrat.
Časť obžaloby B (obvinenie zo zavedenia fašistického režimu na Slovensku, uzavretia Zmluvy o ochrane s Nemeckom, Salzburský diktát, hospodárskej spolupráce s Nemeckom, podpory nemeckého vedenia vojny, vyhlásenia vojny proti Spojencom a ZSSR).
Vo veci obžaloby zo zavedenia fašistického režimu na Slovensku obhajoba argumentovala, že v období po vyhlásení nezávislosti Slovenska bolo nacistické Nemecko určujúcim elementom v oblasti. Slovensko bolo na druhej strane odkázané samé na seba, takže bolo nútené svoju politiku riadiť tak, aby Nemecko nenašlo dôvod k zásahu do vnútorných vecí Slovenského štátu. Obhajoba poukazovala tiež na nebezpečenstvo z Maďarska, ktoré odmietalo uznať existenciu Slovenska a malo snahu túto situáciu neustále zvrátiť. Podľa obhajoby musel Jozef Tiso konať práve pod vplyvom tejto situácie a nemohol konať slobodne. Tiso musel podľa obhajoby čeliť tiež silnej opozícii vo vnútri vlastnej strany, ktorú predstavovalo radikálne krídlo Vojtecha Tuku. Práve Tuka si mal s pomocou Nemecka postupne upevňovať svoje pozície, čo Tisa oslabovalo. Obhajoba poukazovala na tzv. Salzburský diktát z 28. júla 1940, ktorý mal výrazne ovplyvniť politické pomery na Slovensku. V tejto súvislosti najprv obhajoba poukázala na prípravu prevratu (Lichardusov puč) proti Tisovi, ktorý organizoval práve Tuka za podpory Nemecka. Práve do Salzburgu mal Hitler, ktorý bol nespokojný s politikou Tisa a jeho umierneného krídla pozvať okrem Tisa i Ďurčanského, Tuku a Macha. Tu mal prinútiť Tisa, aby odvolal Ďurčanského z postu ministra zahraničných vecí a na miesto neho menoval Tuku. Súčasne si mal Hitler podľa obhajoby na tomto stretnutí vynútiť úplné podriadenie slovenskej zahraničnej politiky Nemecku. Obhajoba poukazuje na to, že pri stretnutí v Salzburgu sa predstavitelia nacistického Nemecka úplne nediplomaticky vyhrážali následkami, ktoré môžu Slovensku vzniknúť a teda Tiso súhlas s podmienkami Nemecka z tohto stretnutia nemohol nedať. Súčasne sa svojej funkcie Tiso podľa obhajoby nevzdal iba preto, aby moc v krajine nezískala úplne skupina Vojtecha Tuku. Podľa obhajoby mal Tiso viackrát žiadať Nemecko, aby mu umožnilo Tuku odvolať, no neúspešne. Tieto tvrdenia dokazovali aj viaceré svedecké výpovede, medzi ktoré patria aj výpovede zodpovedných nemeckých predstaviteľov. Obhajoba tiež tvrdila, že Jozef Tiso nemal po Salzburskom diktáte ako zabrániť rozširovaniu národného socializmu na Slovensku. Podľa obhajoby prijal Tiso národný socializmus za svoj iba preto, aby zabránil jeho skutočnému rozšíreniu a jeho cieľom bolo v skutočnosti iba zachovať tradičné ľudáctvo. Podľa obhajoby to bol práve Tuka, ktorý mal snahu rozširovať skutočný národný socializmus a bol to práve Tiso, ktorý mu v tom zabraňoval.
Obžaloba tiež obviňovala Ferdinanda Ďurčanského, že so súhlasom Jozefa Tisa mal 17. marca 1939 uzavrieť dohodu s Maďarskom o odstúpení východného Slovenska. Podľa obžaloby túto dohodu zatajili pred národom tým, že predstierali, že na toto územie zaútočilo maďarské vojsko. Obhajoba však tvrdila, že tieto obvinenia sa zakladajú iba na výpovedi jedného redaktora a nie sú ničím podložené. Súčasne však obžaloba nadväzovala obvinenia v tom zmysle, že v tejto súvislosti mali 18. a 23. marca 1939 v Berlíne obžalovaní uzatvoriť s Nemeckom tzv. Zmluvu o ochrane. Na základe tejto zmluvy malo Nemecko právo v určitom pásme zriaďovať vlastné vojenské základne a súčasne malo Slovensko organizovať vlastné vojsko v zhode s Nemeckom. Obhajoba však tvrdila, že uzatvorenie tejto zmluvy bolo iba výsledkom situácie, ktorá nastala v súvislosti s vynútením vzniku Slovenského štátu a bola dôsledkom faktickej závislosti štátu od Nemecka. A práve kvôli maďarskému útoku na východ Slovenska bolo Slovensko podľa obhajoby nútené Zmluvu o ochrane s Nemeckom uzatvoriť.
Obžaloba tiež vinila obžalovaných z toho, že uzatvorili s Nemeckom za Slovensko Dohodu o hospodárskej spolupráci a Dohodu o platovej úprave. Toto malo podľa obžaloby viesť k úzkej spolupráci medzi Slovenskom a Nemeckom na hospodárskej a obchodnej úrovni a k obrovskému využívaniu slovenského hospodárstva, ktoré bolo pre Slovensko nevýhodné. Obhajoba pripustila, že uvedené skutočnosti boli pravdivé, no súčasne poukázala, že aj v zložitej situácii dokázala vláda viesť dobrú hospodársku politiku.
Vo veci obvinenia z podpory vojny proti Poľsku obhajoba pripustila, že je pravda, že od počiatku existencie Slovenského štátu prechádzali cez Slovensko nemecké vojenské transporty. Obhajoba však uviedla, že neexistuje dôkaz, že na toto dal súhlas Jozef Tiso. Obhajoba priznala, že Tiso o týchto nemeckých vojenských opatreniach vedel, no Nemci si tieto vojenské opatrenia tvrdo vynucovali a teda im Tiso musel ustúpiť. Obhajoba ďalej tvrdila, že Slovensko nemalo žiadny plán útoku na Poľsko a že o akcii slovenských jednotiek proti Poľsku nevedel ani Tiso a ani minister národnej obrany Ferdinand Čatloš. Podľa vyjadrenia Čatloša si od neho 2. septembra 1939 revolverom vynútil podpísať písomné vyhlásenie, že sa slovenská armáda zúčastní na poľskom ťažení Nemecka nemecký generál Erwin Engelbrecht. Pod týmto tlakom mal generál Čatloš sám rozhodnúť o vyhotovení plánov prípravy útoku na Poľsko a to bez príkazu od Tisa. Podľa obhajoby bolo počas dokazovania preukázané, že Tiso sa dozvedel o slovenskej účasti na útoku na Poľsko až potom, čo slovenské jednotky prekročili poľské hranice. Tu obhajoba vyjadrila názor, že Čatloš v skutočnosti nemeckému nátlaku nečelil, keďže v tej dobe bol priaznivec Vojtecha Tuku, útok pripravil sám z vlastnej iniciatívy práve Čatloš.
Následne sa obžaloba venovala podielu obžalovaných na útočnej vojne proti ZSSR. Tu poukázala na to, že už na konci apríla 1941 došlo k stretnutiu obžalovaných a predstaviteľov Nemecka, z ktorého vyplynul zámer Nemecka napadnúť ZSSR. Následne 5. mája 1941 vydal na podklade výsledkov daného stretnutia Alexander Mach dva tajné plány a to Plán Prešov a Plán Nitra. Tieto upravovali prechod nemeckej armády cez Slovensko smerom na východ. V súvislosti s tým prijala slovenská vláda také opatrenia, aby tento prechod maximálne utajila. Nemecký generál Franz Halder druhý deň po začiatku útoku na ZSSR dokonca listom poďakoval Vojtechovi Tukovi ako predsedovi vlády za slovenskú pomoc pri príprave útoku. Na tieto obvinenia Jozef Tiso reagoval tým, že z podpory Nemecka obvinil Vojtecha Tuku a pripustil iba to, že dva dni po začiatku útoku na ZSSR napísal telegram Adolfovi Hitlerovi, kde mu oznámil, že Slovensko sa pridáva vo vojne proti ZSSR na stranu Nemecka. Obžaloba však doložila svedectvá nemeckých generálov, ktorí potvrdili, že od Slovenska nikto z nemeckej strany nežiadal, aby sa k vojne pridalo.
Obhajoba spochybnila aktívnu účasť na príprave útoku na ZSSR. Tvrdila, že o svojom pláne Nemci neinformovali nikoho. V tejto súvislosti opäť obhajoba spomenula nedôveru nemeckých predstaviteľov voči Jozefovi Tisovi, čo mu dali jasne najavo pri Salzburskom diktáte. Obhajoba tiež uvádza, že pripojenie Slovenska k útočnému paktu proti ZSSR nebolo slovenskou iniciatívou, lebo na to nemalo žiadnu silu. Obhajoba sa odvoláva na výpovede nemeckých svedkov, ktorí uviedli, že pri vstupe Slovenska do vojny proti ZSSR rozhodovala skôr Zmluva o ochrane. Tento akt bol podľa obhajoby nevyhnutým výsledkom reálnej situácie a polohy Slovenska. Obhajoba tvrdila, že v rovnakom duchu treba posudzovať všetky dohody medzi Slovenskom a Nemeckom, na základe ktorých Slovensko nejakým spôsobom podporovalo nemecké vojenské akcie. V tejto súvislosti obhajoba poukázala na výsluch Vojtecha Tuku z jeho vlastného procesu. Tu Tuka uviedol, že 22. júna 1941 bol Jozef Tiso na svojej fare v Bánovciach nad Bebravou a v ten istý deň Tuka na pôde Snemu Slovenskej republiky vyhlásil, že 22. júna 1941 vypukla vojna so ZSSR a že ráno toho istého dňa bol do Berlína odoslaný telegram o účasti Slovenska v tejto vojne. Obhajoba v tejto súvislosti poukazuje na ďakovný list nemeckých predstaviteľov adresovaný Tukovi. Tieto tvrdenia potvrdili aj nemeckí svedkovia v tomto procese, ktorí uviedli, že 22. júna 1941 zaslali telegram o vypuknutí vojny so ZSSR práve Tukovi. A podľa rovnakých výpovedí sa Nemci opýtali Tuku, ako sa zachová Slovensko, pričom Tuka mal vyjadriť ochotu Slovenska vstúpiť do vojny po boku Nemecka. Čatloš vo svojom výsluchu uviedol, že mu Tuka oznámil, že Nemecko vyzvalo v tejto súvislosti Slovensko, aby si splnilo svoje záväzky a následne mal byť Tisovi predložený text vyhlásenia vojny. Podľa obhajoby však Tiso odmietol text vyhlásenia vojny podpísať a napísal nový text. Obhajoba ďalej poukazovala na skutočnosť, že slovenské jednotky vstúpili na územie ZSSR už 23. júna 1941, no Tiso napísal daný telegram až 24. júna 1941. Z tohto obhajoba usudzovala, že Jozef Tiso bol už postavený pred hotovú vec. Obhajoba následne spomenula viaceré výpovede členov slovenskej vlády, ktorí potvrdili, že Tuka mal na rokovaní vlády o vojne so ZSSR vyhlásiť, že on sám je za túto vojnu zodpovedný. Tu obhajoba znova poukázala na silné postavenie Vojtecha Tuku po stretnutí v Salzburgu, kedy bol tento pod priamou ochranou Nemecka a Tiso tak nemal mať žiadny dosah na jeho rozhodnutia a kroky.
Vo vzťahu k západným Spojencom však neboli zistené žiadne okolnosti, ktoré by obžalovaných usvedčovali z nejakého konania. Tu obhajoba poukázala, že to bol opäť Tuka, ktorý podpísal vyslanie slovenských členov pracovného zboru do Nemecka pre potreby protileteckej obrany. Vyslanie slovenských jednotiek zo ZSSR do Talianska bolo podľa obhajoby vykonané bez rozhodnutia slovenských predstaviteľov. Obhajoba pripustila, že Tiso podpísal vyhlásenie vojny západným Spojencom, no označila tento čin iba za prázdne gesto v rámci vyhovenia Nemecku.
Časť obžaloby C (obvinenie z marenia príprav SNP, pozvania nemeckých vojsk a zločinov spáchaných po potlačení povstania).
Ďalšou časťou bol podiel na potlačení Slovenského národného povstania. Činnosť obžalovaných sa v tomto smere hodnotila ako tzv. zrada na povstaní. Obžaloba tvrdila, že v tomto smere sa už obžalovaní nemohli vyhovoriť na tlak zo strany Nemecka, keďže v dobe vypuknutia povstania už malo byť jasné, že Nemecko vojnu prehrá. Obžalovaní sa bránili, že v tej dobe dúfali v uzatvorenie kompromisného mieru. Obžaloba poukazovala nie len na vojenskú podporu Nemecka v boji proti povstalcom, ale i na úlohu režimu v propagande proti povstaniu. Jozef Tiso na svoju obranu uvádzal, že nevedel, že v povstaní má isť o vec slovenského národa.
Obžaloba vinila Jozefa Tisa z toho, že v auguste 1944 povolil, aby časť slovenského územia prešla do právomoci nemeckej armády. Toto územie bolo následne vyhlásené za operačné územie, čo umožnilo Nemcom bojovať proti partizánom a Sovietom. Súčasne bolo Nemcom povolené odzbrojiť dve východoslovenské divízie, pričom ich dôstojníci boli odvlečení do koncentračných táborov, čo mal Tiso strpieť. Obhajoba v tejto súvislosti uvádzala, že nebolo dokázané, že by Tiso niečo podobné povolil a podľa názoru obhajoby si zrejme ani nemecká strana na tento krok nepýtala žiadne povolenie. Obhajoba tiež uviedla, že Tiso nemal inú možnosť, ako kroky Nemecka strpieť, pričom toto nekonanie nepovažovala za trestné. Odzbrojenie slovenských divízii bolo podľa obhajoby výlučne nemeckým rozhodnutím, o ktorom bol Tiso informovaný až dodatočne. Tu obhajoba poukázala na viaceré výpovede, ktoré potvrdzovali, že Tiso sa prihováral priamo u Heinricha Himmlera za prepustenie odvlečených dôstojníkov, čo malo byť aspoň čiastočne z nemeckej strany vykonané. Obžaloba v tejto súvislosti obviňovala Jozefa Tisa, že požiadal 23. augusta 1944 Nemecko o pomoc proti povstalcom v rámci SNP. Svoje obvinenia doložila obžaloba listinami z nemeckých archívov a iných nemeckých správ. Obhajoba však vierohodnosť týchto listín spochybňovala s odôvodnením, že Nemci často falšovali svoju dokumentáciu. Podľa obhajoby samotní Nemci požiadali o povolenie vstúpiť na územie Slovenska a to až 25. augusta 1944, pričom táto žiadosť im mala byť slovenskou stranou zamietnutá, s čím súhlasil aj Jozef Tiso. Obhajoba ďalej poukazovala na to, že nemecký vyslanec na Slovensku dostal 28. alebo 29. augusta 1944 priamo z Berlína príkaz vyžiadať si súhlas na obsadenie Slovenska. Až po tomto naliehaní mal Tiso podľa obhajoby nemecké vojská na slovenské územie pozvať. Túto verziu pri svojom výsluchu uviedol aj samotný Jozef Tiso. Podľa obhajoby však Tisovmu súhlasu predchádzalo vyhlásenie slovenskej generality, ktorá sa vyjadrila, že Slovensko vlastnými silami nedokáže nastoliť poriadok. Obhajoba tiež spochybnila, že by v úplnom počiatku SNP Jozef Tiso vedel, že sa jedná a o veľké organizované povstanie, naopak, mal sa domnievať, že sa jedná iba o sériu menších záškodníckych akcii riadených zo zahraničia. Tisov ostrý protipartizánsky prejav z 30. augusta 1944 zdôvodňovala obhajoba skutočnosťou, že územie Slovenska už bolo pod nemeckou kontrolou a Tiso chcel udržať pokoj a dosiahnuť, aby Nemci rešpektovali slovenské orgány. Podľa obhajoby dal Jozef Tiso odzbrojiť bratislavskú posádku preto, aby zabránil krviprelievaniu a zničeniu Bratislavy, keďže z Nemecka prišiel nemeckej okupačnej armáde jasný príkaz túto posádku za každú cenu odzbrojiť.
Obhajoba tiež odmietala, že by Tiso riadil akcie Pohotovostných oddielov Hlinkovej gardy. V hláseniach, ktoré Tiso o činnosti POHG dostával nemali byť podľa obhajoby informácie, z ktorých by vyplývalo, na akých zločinoch sa táto zložka podieľa. Hneď ako sa mal Tiso dozvedieť o konkrétnom zločine, mal nechať okamžite zatknúť jeho páchateľa. Tak tomu bolo aj v prípade člena POHG Heliodora Gombarčíka. K vyznamenávaniu nemeckých vojakov zo strany Jozefa Tisa, ktoré sa uskutočnilo 30. októbra 1944 v Banskej Bystrici obhajoba uviedla, že bol na tento účel Tiso nemeckou stranou zneužitý. Obhajoba tvrdila, že Nemci naplánovali v rámci propagandy Tisov prejav a že Tiso mal v Banskej Bystrici konať z donútenia. Nemeckí generáli a predstavitelia, ktorí dohliadali na udalosti v Banskej Bystrici však tvrdili, že Tisovi žiadne pokyny v tejto veci nedali a predpokladali, že keby sa o to pokúsili, tak Tiso by sa zháčil. Nemeckí svedkovia tiež uviedli, že Tisovi síce na začiatku v Bratislave nepovedali celý program, ktorý sa mal v Banskej Bystrici uskutočniť, no požiadali ho o vykonanie svätej omše a dali mu na zváženie aj prednesenie prejavu. Podľa obhajoby však nemeckí svedkovia nehovorili v tomto smere pravdu. Poukázali na výpoveď iných svedkov, ktorí tvrdili, že Tiso mal byť po návrate z Banskej Bystrici rozmrzený, lebo tam spravili parádu, o čom vopred nevedeli. Ďalší svedok, ktorým bol biskup Andrej Škrábik uviedol, že Tiso slúžil v tento deň tzv. tichú omšu, teda nie omšu ďakovnú. Tiež uviedol, že Tiso odoprel slúžiť slávnostnú omšu aj po požiadaní zo strany prítomného nemeckého dôstojníka. Tiso sa v tejto súvislosti vyjadril, že nevedel vopred o programe v Banskej Bystrici.
Bolo tiež poukazované na to, že obžalovaní, no predovšetkým Ferdinand Ďurčanský, už počas roka 1944 plánovali svoj útek do Nemecka, kde chceli pokračovať vo svojej politike. Z vedenia kampane režimu bol obviňovaný predovšetkým Ďurčanský, ktorého propaganda mala byť jednak protičeská, protislovanská a protidemokratická. Jozef Tiso bol v tejto súvislosti obviňovaný z toho, že Durčanskému dával pokyny, čo presne má hovoriť a písať. Obžaloba predložila aj prepis prejavu Jozefa Tisa z jeho nemeckého (rakúskeho) azylu, kde okrem iného uviedol, že: "Neváham dnes vyhlásiť, že keby sme dnes znovu začínali svoju politickú prácu, zasa by sme ju tak konali, ako za uplynulých šesť rokov." Obžaloba poukazovala, že v čase týchto výrokov už nebol prítomný napríklad Vojtech Tuka, na ktorého sa Jozef Tiso pri iných obvineniach často vyhováral. Vtedajšie výroky Ďurčanského z emigrácie hodnotila obžaloba ako pokračovanie vyhlásení samotného Jozefa Tisa. Obžalovaní boli súčasne vinení z toho, že pripravovali diverzné akcie na území Slovenska po jeho oslobodení.
Časť obžaloby D (obvinenie z odsunu českých občanov a prenasledovania odporcov režimu, Salzburg a židovská otázka, Židovský kódex a výnimky, deportácie Židov).
Obžaloba vinila Jozefa Tisa aj z toho, že po vzniku Slovenského štátu mal spolupôsobiť pri vysťahovaní Čechov. Podľa obžaloby mali byť Česi prepúšťaní zo zamestnaní a vyháňaní do Protektorátu Čechy a Morava. Obžaloba tiež Tisa obviňovala z toho, že sa podieľal na príprave vládneho nariadenia č. 32/29 Sl. zák., na základe ktorého boli v Ilavskom zaisťovacom tábore uväznení česko-slovensky a komunisticky orientované osoby. Obhajoba v tomto prípade uvádzala, že skutočnú vinu na tejto udalosti má Vojtech Tuka, ktorý mal z pozície ministra vnútra s Nemeckom aj uzatvoriť Zmluvu o odsune Čechov do Protektorátu a to údajne bez vedomia Tisa a vlády. Proti tejto zmluve však mal nakoniec Tiso podľa tvrdení obhajoby zakročiť, takže sa nerealizovala. Obhajoba tiež uvádzala, že Tiso sa mal pričiniť, že Česi síce boli prepúšťaní, no iba postupne a v niekoľkých vlnách boli daní k dispozícii protektorátnej vláde podľa ich nadbytočnosti. Obhajoba v tomto smere argumentovala, že po odchode Čechov sa znížilo zaťaženie štátneho rozpočtu, keďže títo mali vysoké mzdy. Obhajoba odmietla, že by mal Tiso zodpovednosť za činy, ktoré na Čechoch spáchali príslušníci HG. Vo veci obvinenia z väznenia čecho-slovakistov a komunistov v Ilave obhajoba uvádzala, že Tiso chcel týmto opatrením iba konsolidovať štát a zabrániť, aby prišli na územie Slovenska robiť poriadok Nemci. Obhajoba tiež poukázala na to, že na Veľkú noc 1939 mali byť na Tisov príkaz všetci väzni z ilavského tábora prepustení. Po diktáte zo Salzburgu však už podľa obhajoby nemal Tiso na tábor reálny dosah. Obhajoba tiež zdôraznila, že na Slovensku nebola v tej dobe žiadna poprava. Obžaloba v tejto súvislosti poukázala na skutočnosť, že Jozef Tiso dal povolenie nemeckej službe Sicherheitsdienst, aby mohla pôsobiť na Slovensku. Práve táto služba mala zo Slovenska podľa obžaloby odvliecť množstvo ľudí.
Obžaloba vinila Jozefa Tisa aj z podielu na riešení židovskej otázky na Slovensku, ktorá mala za cieľ vyradenie a odstránenie Židov zo slovenského prostredia. Bolo poukázané aj na prejav Tisa, kde sľúbil, že židovskú otázku vyrieši vláda. Obhajoba v tomto prípade tvrdila, že situácia na Slovensku bola oveľa miernejšia, než v iných štátoch. Tiež tvrdila, že práve Tiso bránil radikálom a HG v páchaní svojvoľných činov voči Židom. Nakoniec obhajoba tvrdila, že Slovensko nemalo v danej situácii pod tlakom nacistického Nemecka v tejto otázke na výber.
Vo veci deportácii Židov tvrdil Jozef Tiso, že s tým nemal nič spoločné. Súčasne však tvrdil, že deportácie boli bežnou záležitosťou, keďže v Nemecku boli potrebné pracovné sily. Na otázku, na akú prácu boli určené deti a starí ľudia a či sa vôbec zaujímal o to, čo sa v skutočnosti s deportovanými Židmi v Nemecku deje odpovedal Jozef Tiso, že mal iné starosti, prípadne, že si na nejaké správy o represiách voči Židom v Nemecku už nespomína. Na otázku, či sa niekedy dozvedel o tom, čo sa deje so slovenskými Židmi, ktorí boli deportovaní do Generálneho gouvernementu (súčasné Poľsko) odpovedal Jozef Tiso, že nedozvedel.
V tajnom archíve Jozefa Tisa, ktorý sa našiel na území bývalého nacistického Nemecka bolo zaznamenané, že Jozef Tiso bol po úteku dvoch židovských väzňov z koncentračného tábora Auschwitz-Birkenau v apríli 1944 informovaný o tom, čo sa skutočne v podobných táboroch deje. Tento záznam bol v tomto archíve iba uložený ad acta. Práve toto použila obžaloba proti Jozefovi Tisovi v súvislosti s jeho odpoveďou, že o týchto činoch nevedel. Tisovi boli tieto dokumenty, ktoré obsahovali aj jeho podpisy predložené, no aj v tomto prípade odpovedal rovnako, teda že si na to nespomína. Na poznámku sudcu Daxnera o tom, že na dokumentoch je podpis Jozefa Tisa, tento iba stroho odpovedal, že jeho podpis sa tam mohol dostať všelijako.
Následne začali na hlavnom pojednávaní premietať komentované filmy, ktoré zachytávali koncentračné tábory po ich oslobodení. Tieto filmy mali slúžiť ako podporný dôkaz o tom, že správa dvoch židovských väzňov, ktorým sa podarilo utiecť z koncentračného tábora Auschwitz-Birkenau bola pravdivá. Premietali sa tiež zábery vypálených slovenských obcí. Podľa dochovaných záznamov sa však Jozef Tiso pri premietaní týchto filmov iba pozeral bokom, či do zeme. K filmom sa však vyjadril, keď protestoval proti ich premietaniu s odôvodnením, že s tým nemá nič spoločné. To, čo videl na záberoch však napriek všetkému neodsúdil. Na ostatných prítomných však zábery veľmi zapôsobili, jeden z prokurátorov plakal a obžalovaný Alexander Mach sa zrútil. Počas hlavného pojednávania vypovedal aj Dieter Wisliceny, ktorý sa podieľal na perzekúciách Židov nie len v Nemecku, ale i na Slovensku. Tento uviedol, že mal pri plnení svojich úloh (deportáciách Židov) na Slovensku ľahkú úlohu, keďže "Tiso nerobil také drahoty, ako Horthy".
Obhajoba vo veci deportácii Židov zo Slovenska uviedla, že tieto začali nie zo slovenskej iniciatívy, ale po nemeckej žiadosti o pracovné sily, na čo im mal Vojtech Tuka ponúknuť práve slovenských Židov. Obhajoba tiež tvrdila, že zo Slovenska začali transporty Židov odchádzať až vo februári 1942, teda dva roky potom, čo začali tieto odchádzať z iných štátov, ktoré okupovalo alebo inak ovládalo Nemecko. Podľa obhajoby mal mať hlavnú úlohu v deportáciách zo slovenskej strany Tuka. Ten mal podľa tvrdenia obhajoby prezentovať Tisovi deportácie ako odsun pracovných síl, s ktorými pôjdu aj rodinní príslušníci, aby sa nepretrhali rodinné väzby. Obhajoba tvrdila, že nemecká strana odvážanie Židov odôvodňovala ako kolonizáciu. V tejto súvislosti malo podľa obhajoby Nemecko požiadať o kolonizačný poplatok vo výške 500 mariek za každého Žida.
Obhajoba však konštatovala, že Slovensko bolo prvým štátom, ktorý zastavil transporty Židov do Nemecka a to už v októbri 1942. Teda hneď po tom, čo sa objavili prvé správy o zlom zaobchádzaní so Židmi v Nemecku. Tiso mal podľa obhajoby v tejto veci žiadať medzinárodnú kontrolu. Obhajcovia tiež argumentovali, že už v roku 1940 vystúpili proti umiernenému krídlu HSĽS (Tiso) predstavitelia radikálneho krídla na čele s Vojtechom Tukom, ktorým sa nepozdávali podľa nich stále mierne protižidovské zákony. Radikálne krídlo preto presadilo stretnutie Hitlera a Tisa, ktoré sa uskutočnilo v júni 1940 v Salzburgu. Na tomto stretnutí mal byť po nariadení od Hitlera Tiso prinútený odovzdať politickú moc v štáte Tukovi ako predsedovi vlády. Práve táto zmena mala podľa obhajoby odštartovať začiatok skutočne protižidovských rasových zákonov na Slovensku a to Zmocňovacieho zákona a Židovského kódexu. Na tvorbe a prijatí týchto zákonov však už Tiso nemal podľa obhajoby žiadny podiel. Obhajoba ďalej argumentovala, že Jozefovi Tisovi sa podarilo dosiahnuť aspoň získanie práva na udeľovanie výnimiek z platnosti Židovského kódexu. Podľa dôkazov predložených obhajobou mal Tiso udeliť približne 9 000 výnimiek, ktoré sa vzťahovali aj na rodinných príslušníkov a mali znamenať záchranu asi 27 000 až 30 000 Židov. Presný počet výnimiek však zostal podľa obhajoby utajený, nakoľko by výnimky mohlo využiť radikálne krídlo HSĽS. V tejto veci nepripustil dokazovanie ani Národný súd. Udeľovanie výnimiek zo strany Tisa potvrdili vo svojich výpovediach i nitriansky biskup Karol Kmeťko a guvernér Národnej banky SR Imrich Karvaš. Títo tiež vypovedali, že Tisa mali cez rôznych prostredníkov požiadať rôzne skupiny slovenských Židov, aby zotrval na svojom poste, lebo sa obávali radikálneho krídla HSĽS. V tomto smere však Národný súd taktiež nepripustil ďalšie dokazovanie, takže sa tieto tvrdenia nedali potvrdiť, ani vyvrátiť. Podľa obhajoby od prijatia rasových zákonov do 15. mája 1942 bolo deportovaných 38 169 Židov, do 20. októbra 1942 ešte 19 668, spolu 57 837 ľudí. Na Slovensku tak 20. októbra zostalo iba 30 000 Židov. V nasledujúcom období už zo Slovenska neodchádzali nové transporty. Deportácie sa obnovili až po SNP, kedy došlo k okupácii Slovenska nemeckým vojskom. Obhajoba ďalej uviedla, že Tiso nevedel, čo sa v skutočnosti so Židmi v Nemecku deje. Následne obhajoba spomenula aj Tisov prejav z 15. augusta 1942 z Holíča, kde Tiso útočil na Židov a hovoril o práve Slovákov zbaviť sa Židov ako odvekých nepriateľov. Obhajcovia však tento prejav vysvetľovali ako kamufláž voči Nemecku, lebo pre veľký počet výnimiek si mal Tiso u Nemcov vyslúžiť kritiku. Obhajoba tiež argumentovala, že síce na jeseň 1942 sa začali objavovať prvé správy, ktoré uvádzali, čo sa v skutočnosti v Nemecku so Židmi deje, no v tej dobe tomu podľa obhajoby neverili ani západní Spojenci, dokonca ani česko-slovenská exilová vláda, ktorá tieto správy pokladala podľa obhajoby v tej dobe sa provokáciu na zdiskreditovanie iných spojeneckých správ o situácii v Nemecku. Obhajoba tiež uviedla, že po vypuknutí SNP a teda okupácii slovenského územia Nemeckom začali Židov násilne deportovať Nemci, voči čomu mala slovenská vláda protestovať diplomatickou nótou, ktorú Nemci odmietli.
Záverečná časť hlavného pojednávania.
Záverečné reči a posledné slová obžalovaných mali začiatok naplánovaný na 19. marca 1947. Táto časť procesu trvala spolu päť dní. Deň pred záverečnými rečami boli všetci traja prokurátori predvolaní pred predsedníctvo SNR. K obžalobe však nedostali žiadne inštrukcie, ani pokyny. Záverečné reči predniesli všetci traja prokurátori samostatne, každý ku svojej časti obžaloby. Trestnej činnosti každého z troch obžalovaných sa prokurátori venovali samostatne. Vedúci úradu obžaloby Rigan požiadal prokurátora Rašlu, aby on žiadal vo svojej časti záverečnej reči trest smrti pre Jozefa Tisa. Rigan sa vo svojej záverečnej reči venoval zločinom proti ľudskosti. Tie zahŕňali rasové zákony a perzekúciu Židov na Slovensku. Rašla sa v záverečnej reči zaoberal účasťou Jozefa Tisa a zvyšných obžalovaných na vojnových zločinoch. Pod tie spadala pomoc Nemecku pri príprave útočnej vojny proti Poľsku, ZSSR a západným Spojencom. Ďalším bodom bola účasť obžalovaných na potlačení povstania (zrada na povstaní). Keďže Alexander Mach ľutoval svoje konanie, Rašla pre neho požiadal v záverečnej reči o trest smrti zastrelením a nie obesením. Nemohol však žiadať iný trest, keďže za trestné činy, z ktorých bol Mach obžalovaný, sa mohol udeliť iba trest smrti. Iba § 6 nariadenia č. 33/45 umožňoval zmierniť trest, no iba pre ľudí, ktorí síce najprv kolaborovali, no nakoniec sa zúčastnili povstania, prípadne sa zaslúžili o záchranu ľudských životov. Rašla argumentoval, že obžalovaní naopak práve počas povstania vykonali podstatnú časť svojich zločinov a preto nie je možné u nich uplatniť zmiernenie trestu smrti. Prokurátor Rašla ďalej uviedol viacero priťažujúcich okolností u všetkých obžalovaných a to iniciatívnosť, opakovanie, pokračovanie v činnosti, zákernosť konania (predovšetkým na SNP) a hlavne skutočnosť, že ich pričinením bola spôsobená veľká škoda, hlavne na životoch. Tiso sa nepriznal, ani neoľutoval, u neho tým pádom neboli žiadne poľahčujúce okolnosti. Mach aspoň oľutoval. Rašla následne navrhol, aby boli všetci obžalovaní uznaní za vinných vo všetkých bodoch obžaloby a bol vo všetkých prípadoch vynesený trest smrti, pričom Tiso a Ďurčanský sa mali popraviť povrazom.
Nasledovala záverečná reč obhajoby. Bolo by v rozpore s právnymi zásadami, aby obhajca uvádzal také okolnosti, ktoré by jeho klientovi uškodili alebo priťažili. Záverečná reč Ernesta Žabkaya bola veľmi obsiahla, trvala 6 hodín. Napriek tomu, že záverečná reč sa nesmie prerušovať, predseda senátu Daxner prerušil záverečnú reč Ernesta Žabkaya hneď niekoľkokrát, keďže uvádzal množstvo porušení zo strany súdu v neprospech Jozefa Tisa. Žabkay uviedol, že i nacistické Nemecko rešpektovalo v politických procesoch právo obhajcu sa bez prítomnosti tretej osoby rozprávať so svojim klientom (obžalovaným). Taktiež obhajoba poukázala na to, že väčšina svedkov bola vypočutá pracovníkmi úradu obžaloby ešte v rámci prípravného konania (teda predsúdneho konania) a tieto boli na súde už iba prečítané, takže obhajcovia a ani obžalovaní nemohli týmto osobám klásť otázky. Žabkay potom obsiahlo hovoril o tom, prečo je tento proces politickým procesom. Následne začal uvádzať dôvody, pre ktoré bol presvedčený, že je konanie nezákonné. Tieto dôvody odvíjal od nezákonnosti Slovenskej národnej rady a ňou prijatých zákonných opatrení, keďže takúto právomoc mal podľa neho iba prezident ČSR v exile, ktorý vydával dekréty. Tieto dekréty boli po oslobodení potvrdzované Národným zhromaždením ČSR ako ústavné zákony. To sa však v prípade zákonných opatrení prijatých SNR nestalo. Dokonca podľa obhajoby mal prezident Beneš cez rádiogram odkázať SNR, že aj pre územie Slovenska platia zákony ČSR platné do 29. septembra 1938 a od tohto času iba dekréty prezidenta ČSR a nariadenia vlády ČSR v exile. Následne mala aj samotná SNR uznať právo prezidenta na zákonodarnú pôsobnosť vo veciach celoštátnej povahy, pričom tu obhajoba zdôraznila, že práve trestné stíhania pred Národným súdom a okresnými ľudovými súdmi sú vecou celoštátnej povahy. Až dohoda z 11. apríla 1946 dáva SNR potrebné právomoci. Tieto však nemala v čase prijatia nariadenia č. 33/45 Zb., ktorým bol zriadený jednak Národný súd a jednak sa ním riadilo aj trestanie obžalovaných pred týmto súdom. Daxner následne dokonca zakázal Žabkayovi, aby porušenia zákonov a zásad trestného konania zo strany súdu ďalej uvádzal. Obhajca Július Kšiňan, ktorý obhajoval Macha mal pomerne útočnú záverečnú reč, v ktorej obhajoval právo Slovákov na vlastný štát a právo svojho klienta Macha konať tak, ako konal. Dá sa konštatovať, že Kšiňaň v podstate schvaľoval trestnú činnosť Macha. Po tejto záverečnej reči presvedčil Ernest Žabkay Alexandra Macha, aby vypovedal plnú moc Kšiňanovi, lebo sa obával, že by mohla priťažiť Jozefovi Tisovi, ale i samotnému Machovi. Alexander Mach skutočne po skončení záverečnej reči vypovedal svojmu obhajcovi Kšiňanovi plnú moc s odôvodnením, že nesúhlasí s jeho záverečnou rečou. Podľa zákona mal súd v prípade nezvolenia nového obhajcu ustanoviť obhajcu z úradnej povinnosti, čo sa však nestalo. Nasledovala záverečná reč Štefana Kráľa, obhajcu Ďurčanského v neprítomnosti.
Po záverečnej reči obhajoby mali právo posledného slova obžalovaní. Prvý posledné slová preniesol Jozef Tiso. Tento ich mal pripravené a jeho posledné slová boli pomerne dlhé. V úvode spochybňoval obžalobu týkajúcu sa protištátnej činnosti HSĽS-SSNJ a protiústavného rozbitia ČSR vyhlásením nezávislého Slovenského štátu. Následne sa zameral na obranu amerických Slovákov, no tí neboli v skutočnosti v obžalobe žiadnym spôsobom obviňovaní. Potom sa zameral na časť obžaloby týkajúcu sa deportácií a perzekúcie slovenských Židov a potlačenie povstania. Tu uviedol, že vinné boli iné osoby, nie on. Tiso v záverečnej reči nepriznal vinu, neprejavil ľútosť a uviedol, že by znova konal v podstate tak, ako konal vtedy. Jeho obhajca Žabkay Tisov prejav hodnotil negatívne, keďže neodsúdil ani zločiny proti ľudskosti. V záverečnej reči však Tiso pripustil, že slovenský národ má právo žiť ako rovný s rovným v akejkoľvek konštelácii, teda aj v obnovenej ČSR.
Alexander Mach pri svojom poslednom slove prejavil ľútosť. Svoje konanie počas existencie vojnovej Slovenskej republiky zdôvodňoval krajnou núdzou a nutnosťou zastávať slovenský záujem. Uviedol, že svoje rozhodnutia konal často v omyle. Podstatnú časť svojej reči venoval ľútosti nad osudom slovenských Židov. Za svoje činy prebral zodpovednosť, no de facto vinu nepriznal. Posledné slovo Macha vzbudilo veľký rozruch, keďže vyvolalo voči nemu všeobecné sympatie. Jeden z troch prokurátorov dokonca plakal. Po ukončení posledných slov bolo pojednávanie odročené o dva týždne, kedy mal byť vyhlásený rozsudok.
Dvojtýždňový priestor bol pomerne dlhý. Počas tejto doby padlo rozhodnutie po dohode predsedu súdneho senátu Daxnera a obžaloby, že Alexander Mach bude aj v tejto fáze vylúčený na samostatné konanie. Ako zámienka bol využitý zlý zdravotný stav Macha, ktorý sa z tohto dôvodu nemohol zúčastniť na pojednávaní. V skutočnosti však jeho zdravotný stav nebol až tak vážny, že by mu neumožňoval zúčastniť sa na pojednávaní, no Daxner a obžaloba mali už v tom čase zámer umožniť udelenie miernejšieho trestu pre Macha. Pokračovalo sa teda v pojednávaní už iba proti Tisovi a neprítomnému Ďurčanskému, trestná vec Macha bola skutočne nakoniec vylúčená na samostatné konanie.
Rozsudok.
Po vylúčení Macha na osobitné konanie pokračovalo 15. apríla 1947 hlavné pojednávanie už vyhlásením rozsudkov. Rozsudok samotný bol taktiež veľmi rozsiahly, mal 233 strán, z toho výroková časť rozsudku mala 36 strán. Jeho čítanie trvalo trinásť hodín. Jozef Tiso bol odsúdený na trest smrti, rovnako aj Ferdinand Ďurčanský bol v neprítomnosti odsúdený na trest smrti, obaja mali byť obesení povrazom. Súčasne boli odsúdení na stratu občianskych práv a konfiškáciu celého majetku. Rozsudok nad Machom bol vynesený o zhruba dva týždne, teda už v čase, kedy bol Tiso mŕtvy. Machovi bol nakoniec uložený trest odňatia slobody v trvaní 30 rokov. Teda podľa § 6 nariadenia č. 33/45, ktorý takýto postup v špecifických prípadoch umožňoval. Alexander Mach bol vo väzení nakoniec 23 rokov, do roku 1968, kedy bol prepustený po amnestii prezidenta republiky na slobodu. Miernejší trest pre Macha vyvolal už v tej dobe pomerne veľkú polemiku. Protesty vyjadrila nie len Židovská obec, ale i odbojári. Práve Macha totiž považovali za jedného z hlavných strojcov perzekúcie Židov na Slovensku. Objavovali sa správy, že zmiernenie trestu v prípade Macha bolo výsledkom jeho dobrých vzťahov s komunistami. Rozsudok Národného súdu voči obžalovaným nebol nikdy zrušený.
Jozef Tiso bol odsúdený konkrétne za skutky, ktoré boli opísané v 65. bodoch a ktoré boli rozdelené v jednotlivých častiach pôvodnej obžaloby. Oslobodený bol v 17. bodoch obžaloby. Súd tak dal obžalobe za pravdu vo väčšine obvinení. Keďže je však rozsudok veľmi rozsiahly, nie je možné ho celý náležite opísať. Súd v Tisovom prípade neuznal žiadnu poľahčujúcu okolnosť, iba priťažujúce. Nenašiel ani žiadny dôvod umožňujúci zmiernenie trestu.
V bode obžaloby A (ktorá bola ešte rozdelená na ďalšie časti, ako aj všetky ostatné body) bol Jozef Tiso uznaný vinným, že ako člen vlády, Slovenského snemu a exponovaný politický činiteľ a príslušník fašistických organizácii sa pričinil o rozbitie ČSR, odstránenie jej demokratického poriadku a o zavedenie fašistického režimu. Menovite za tým účelom iniciatívne a exponovane pôsobil k 6. októbru 1938 a 14. marcu 1939 a priamym vyjednávaním a iným spôsobom prispel k utvoreniu Slovenského štátu pod ochranou Nemecka. Týmto konaním podľa súdu spáchal trestný čin domácej zrady podľa § 2 písm. a) nariadenia č. 33/45 Zb. SNR v znení vyhlášky č. 58/46 Zb. nariadení SNR.
V bode obžaloby B bol taktiež Tiso uznaný vinným, že ako člen slovenskej vlády a Slovenského snemu a exponovaný príslušník slovenských fašistických organizácii sa pričinil o odstránenie demokratického poriadku ČSR a zavedenie fašistického režimu. Ďalej mal podporiť v značnej miere vojenské, politické a hospodárske záujmy Nemecka a Maďarska. Tiež mal spôsobiť škodu vojnovému úsiliu ZSSR a Spojencov, spôsobil škodu slovenskému národu, domácim, demokratickým a protifašistickým organizáciám a skupinám, ktoré viedli boj za slobodu. Pričinil sa o vypovedanie vojny ZSSR a Spojencom. Bral významnú účasť na týchto konfliktoch. Propagoval činnosť a idey fašistických okupantov a domácich zradcov. Verejne hanobil ZSSR a Spojencov a ich štátne zriadenie a armády. Týmto konaním podľa súdu spáchal trestný čin domácej zrady podľa § 2 písm. a) až d) nariadenia č. 33/45 Zb. SNR v znení vyhlášky č. 58/46 Zb. nariadení SNR.
V bode obžaloby C bol Tiso uznaný vinným, že akýmkoľvek spôsobom maril boj slovenského národa proti zradcom a okupantom za slobodu a za obnovenie ČSR. Maril prípravy SNP a účasť vojenských jednotiek na ňom. Zúčastnil sa na úsilí fašistických okupantov a domácich zradcov v úmysle potlačiť SNP a znemožniť partizánsky boj. Spolupôsobil pri prenasledovaní účastníkov SNP a partizánskeho boja a aj inak pomáhal okupačným vojskám a orgánom. Túto zradcovskú činnosť propagoval, verejne obhajoval a schvaľoval, pričom vystupoval ako exponovaný politický činiteľ a príslušník fašistických organizácii. Týmto konaním podľa súdu spáchal trestný čin zrady na povstaní podľa § 4 písm. a), b), c) nariadenia č. 33/45 Zb. SNR v znení vyhlášky č. 58/46 Zb. nariadení SNR a trestný čin domácej zrady podľa § 2 písm. d) tohto nariadenia.
V bode obžaloby D bol Tiso uznaný vinným, že ako člen slovenskej vlády, Slovenského snemu, exponovaný politický činiteľ a príslušník slovenských fašistických organizácii spôsobil škodu slovenskému národu, domácim demokratickým a protifašistickým organizáciám a skupinám vedúcom boj za slobodu. Nariadil, organizoval a horlivo vykonával perzekúcie demokratických a protifašistických osôb a organizácii pre ich politickú činnosť. Spôsobil iným protiprávne ujmy pre rasovú, národnú, náboženskú a politickú príslušnosť a pre protifašistické presvedčenie. Činnosť kolaborantov verejne propagoval. Napomáhal činnosti fašistických okupantov a s nimi spolupracoval v úmysle napomáhať nemeckému vedeniu vojny. Spolupôsobil pri prenasledovaní účastníkov SNP a partizánskeho boja a inak pomáhal okupačným vojskám a orgánom. Týmto konaním podľa súdu spáchal trestný čin domácej zrady podľa § 2 písm. b) nariadenia č. 33/45 Zb. SNR v znení vyhlášky č. 58/46 Zb. nariadení SNR, trestný čin kolaborantstva podľa § 3 písm. a), b), e) tohto nariadenia a trestný čin zrady na povstaní podľa § 4 písm. b) tohto nariadenia za priťažujúcich okolností.
Ferdinand Ďurčanský bol v neprítomnosti uznaný vinným z trestného činu domácej zrady podľa § 2 písm. a), b), d) nariadenia č. 33/45 Zb. SNR v znení vyhlášky č. 58/46 Zb. nariadení SNR, trestného činu zrady na povstaní podľa § 4 písm. a), c), d) tohto nariadenia a trestného činu kolaborantstva podľa § 3 písm. b), c), d) tohto nariadenia. Dôvody boli obdobné, ako v prípade Jozefa Tisa.
Rozhodovanie o milosti a vykonanie rozsudku.
Ešte počas čítania rozsudku podal na pošte Ernest Žabkay poštou žiadosť o milosť pre Jozefa Tisa. Po prečítaní rozsudku sa predseda senátu Daxner opýtal Tisa, či žiada milosť, na čo tento odpovedal, že jeho obhajcovia už v jeho mene túto žiadosť zaslali prezidentovi republiky, vláde ČSR, ministrovi spravodlivosti ČSR, predsedníctvu SNR a povereníkovi SNR pre pravosúdie (spravodlivosť) poštou. Keď sa však Daxner Tisa spýtal, či žiada milosť, okrem oznámenia, že ju už podali jeho obhajcovia, sa k tejto otázke aj sám vyjadril. V krátkosti na otázku Daxnera či žiada milosť odpovedal, že "z mravnej povinnosti áno". Následne sa rovnakú otázku opýtal Daxner aj obžaloby. Títo odpovedali rôzne, Rigan navrhol udeliť milosť, Rašla a Šujan neodporúčali udeliť milosť. Nakoniec sa k otázke milosti vyjadril samotný senát Národného súdu, ktorý prezidentovi republiky neodporučil milosť udeliť. Obhajoba spolu s Tisom očakávali po vynesení rozsudku udelenie milosti vzhľadom na priaznivú verejnú mienku a politickú situáciu na Slovensku.
K tejto žiadosti sa mal za normálnych okolností vyjadriť aj Najvyšší súd ČSR. Avšak v prípade rozsudkov Národného súdu v Bratislave platilo, že jeho rozsudky boli po ich vyhlásení právoplatné a vykonateľné a teda Najvyšší súd ČSR nemal voči Národnému súdu v Bratislave nijaké právomoci. Voči rozsudkom Národného súdu nebolo možné podať opravný prostriedok. K milosti sa tak najprv vyjadrilo predsedníctvo SNR. To však prekvapivo nezaujalo žiadne stanovisko pre nejednotnosť Demokratickej strany a žiadosť o milosť predložilo vláde ČSR do Prahy. Povereník pre spravodlivosť Ivan Štefánik navrhol udeliť milosť a zmeniť trest na doživotie. Vláda ČSR však rozhodla na mimoriadnom zasadnutí konanom 16. apríla 1947 väčšinou hlasov neodporučiť udelenie milosti pre Tisa. Prezident republiky Beneš tak žiadosť o milosť Jozefovi Tisovi zamietol, keďže sa pred tým zaviazal ako nadstranícky prezident rešpektovať rozhodnutie vlády. Jozefovi Tisovi bolo toto rozhodnutie oznámené 17. apríla 1947. Na túto správu reagoval Tiso slovami: "Zamietol, no dobre". Po dočítaní rozhodnutia bolo Tisovi oznámené, že popravený bude v nasledujúci deň ráno o 5.00 hod. Ako posledné sa zástupca súdu opýtal Tisa na posledné želanie. Ten požiadal o spovedníka kapucína a o cirkevný pohreb v Bánovciach nad Bebravou. Následne ešte bolo Tisovi umožnené stretnúť sa s príbuznými. Niekoľko hodín pred popravou napísal ceruzkou svoje posledné politické vyhlásenie: "Svornosť národa nech je pokrstená mojou obeťou. Cítim sa byť mučeníkom Slovenského národa a protiboľševického stanoviska.""
Jozef Tiso bol popravený obesením v budove Justičného paláca v Bratislave o 5.00 hod. dňa 18. apríla 1947 vo veku 59 rokov. Jeho popravy sa zúčastnili obaja obhajcovia Jozefa Tisa, teda Ernest Žabkay a Martin Grečo, zástupca Národného súdu Ľudovít Benada, prokurátor krajskej prokuratúry Karol Novomeský, ďalej úradník za Mestský národný výbor Bratislava, za povereníctvo vnútra Rudolf Viktorin a dvaja lekári. Tesne pred popravou dorazil aj dôstojník vyslaný prezidentom Benešom, ktorý mu mal podať správu o vykonaní rozsudku. Ferdinand Ďurčanský, ktorý bol taktiež odsúdený na trest smrti, bol už pred procesom v zahraničí. Súdený tak bol v neprítomnosti. Zomrel 15. marca 1974 v západonemeckom Mníchove vo veku 67 rokov. Alexander Mach bol vo väzení 23 rokov. V roku 1968 bol prepustený z väzenia po amnestií prezidenta republiky. Zomrel v Bratislave v roku 1980 vo veku 78 rokov.
Hodnotenie procesu.
Tento proces bol najrozsiahlejším retribučným procesom v histórii Slovenska. Trval 71 pojednávacích dní a zápisnica z pojednávania mala viac ako 8 000 strán. Objektivita procesu je v súčasnosti sporná. V skutočnosti išlo skôr o revolučný tribunál, kde je rozsudok vopred známy bez ohľadu na dôkaznú situáciu. Je potrebné objektívne priznať, že pri retribučných procesoch, vrátane procesu proti Jozefovi Tisovi, Alexandrovi Machovi a Ferdinandovi Ďurčanskému, išlo predovšetkým o odplatu. Súčasne mali byť tieto procesy aj výstrahou do budúcnosti, aby sa budúci politici vyhýbali činom, pre ktoré boli po druhej svetovej vojne súdení bývalí predstavitelia Slovenskej republiky. Aj samotné nariadenie č. 33/45 bolo retroaktívne, teda postihovalo konanie obžalovaných v čase, kedy toto nemuselo byť trestné. Niečo také je závažným porušením zásady zákazu retroaktivity a za normálnych okolností to nie je možné. Tvrdenia o neobjektivite procesu, prípadne o jeho politickom ovplyvňovaní čiastočne potvrdzujú aj skúsenosti obhajoby. Tá nemala prístup k archívnym materiálom. Predseda senátu Daxner robil kroky, ktoré obhajobe sťažovali, prípade aj znemožňovali efektívny výkon obhajoby. Obhajcovia nemohli pred začiatkom procesu nahliadnuť do spisu.
Historik Ivan Kamenec konštatuje, že tento proces mal zohrať úlohu slovenského norimberského procesu. Celý proces bol podľa neho spolitizovaný nie len zo strany Tisových odporcov, ale aj jeho prívržencov. Doplácal na to práve Tiso ako hlavný obžalovaný. Proces mal podľa neho síce atribúty súdneho konania, no súčasne bol stále viac jeho priebeh a aj výsledok ovplyvňovaný vtedajšími politickými súbojmi, čo nemali skrývať ani organizátori tohto procesu. Retribučné procesy boli zneužité aj na politické boje vedúce k posilneniu moci komunistických strán a ich spojencov v krajinách, ktoré sa mali neskôr stať súčasťou sovietskeho priestoru. Takéto prípady, no v menšej miere, sa mali vyskytnúť i v niektorých krajinách západnej Európy. Historik Milan Zemko v tejto súvislosti v minulosti uviedol, že politická činnosť Jozefa Tisa počas existencie vojnovej Slovenskej republiky bola dôvodom na súdny proces. Otázne však podľa neho je, či sa k výsledku dospelo správnym spôsobom. Niektoré časti obžaloby by podľa Zemka v normálnych demokratických pomeroch len ťažko obstáli. Historička Katarína Zavacká konštatovala, že tento proces mal všetky atribúty spravodlivého procesu, vrátane otvorenosti a dohľadu svetových médií.
Zaujímavá je aj osobnosť samotného predsedu Národného súdu v Bratislave a súčasne predsedu senátu v tomto procese Igora Daxnera. Ten bol za Slovenského štátu väznený, jeho brat bol dokonca internovaný v koncentračnom tábore v Ilave, následne v Nemecku a mesiac po vojne na následky väznenia zomrel. V septembri 1946 tiež Daxner navštívil prezidenta Edvarda Beneša a rozprával sa s ním o procese s Jozefom Tisom a o tom, či bude Tisovi udelená zo strany prezidenta milosť. Nie len tieto, ale i ďalšie okolnosti, tak robili z Daxnera osobu voči obžalovaného Jozefovi Tisovi jednoznačne zaujatú a teda sa nemal vôbec zúčastniť na procese. Jeho zaujatosť nakoniec dokladá aj jeho správanie počas procesu, kedy sa dopúšťal opakovane porušení zákona a zásad trestného konania v neprospech obžalovaných, predovšetkým voči Jozefovi Tisovi a s obžalovanými sa pravidelne počas procesu dokonca hádal. Zaujatosť prejavoval Daxner aj opatreniami voči Jozefovi Tisovi vo väzbe. Samotné Daxnerovo konanie mal počas celého priebehu procesu usmerňovať podpredseda Národného súdu Karel Bedrna, ktorý bol členom KSČ. Historik Ivan Kamenec v tejto súvislosti uvádza, že Tiso vystupoval pred súdom sebavedome, bez osobitného citového pohnutia. Zväčša sa vedel obratne brániť a svojimi odpoveďami či argumentmi neraz vyviedol z rovnováhy cholerického predsedu súdu Igora Daxnera. Daxner neumožnil vykonať množstvo dôkazov, ktoré navrhla obhajoba. Napriek tomu však mala obhajoba relatívnu slobodu pôsobenia, neporovnateľnú s politickými procesmi po komunistickom prevrate v roku 1948. Igor Daxner ako predseda senátu Národného súdu pri iných procesoch sa v niekoľkých prípadoch vyjadril ešte v priebehu hlavného pojednávania, že obžalovaných nechá aj tak obesiť. V jeho úplne prvom prípade prejednávanom pred Národným súdom v Bratislave sa pri zdôvodnení odsúdenia Jána Šmigovského (veliteľ nitrianskej vojenskej posádky, ktorá sa nepridala k SNP) na trest smrti, mal Daxner uviesť, že prísne tresty sú potrebné z dôvodu, aby si Národný súd získal autoritu.
Podobné súdy sa konali aj v iných európskych štátoch, kde dochádzalo počas druhej svetovej vojny k podobným udalostiam, ako na Slovensku. Rozsudky v nich boli spravidla prísne a tvrdé. Nebrali ohľad na zásluhy alebo popularitu obžalovaných, na ich dobré úmysly, ani na tzv. "politiku menšieho zla". Snahou obžaloby bolo spočiatku súdiť Jozefa Tisa a spol. nie preto, že boli predstaviteľmi Slovenskej republiky, ale preto, že aktívne kolaborovali na zločinoch nacistického Nemecka. Postupne však prevládol názor, že aj vytvorenie samostatného Slovenska znamenalo de iure, aj de facto porušenie vtedajšej česko-slovenskej ústavy, a tak je potrebné aj tento akt riešiť. Či tento názor prevládol po tlaku českej strany (napríklad priamo prezidenta Beneša) sa nedá vylúčiť, keďže tento sa v priebehu svojho exilu počas druhej svetovej vojny opakovane vyjadroval o nutnosti kolektívnej viny všetkých Slovákov za rozbitie ČSR. Známe sú tiež výroky Edvarda Beneša v exile o tom, že "Tiso musí visieť".
Obhajoba, ale i Jozef Tiso samotný odmietal obvinenia. Naopak sa snažil poukazovať na fakt, že on bol členom umierneného krídla HSĽS a teda bránil radikálnemu krídlu na čele s Vojtechom Tukom a Alexandrom Machom, aby nezačali ešte s väčšou perzekúciou odporcov a Židov. V tejto súvislosti sa však Alexander Mach po svojom prepustení z väzenia v roku 1968 mal podľa spomienok Antona Rašlu vyjadriť, že tvrdenia Jozefa Tisa o tom, že bez jeho vedomia jednali s nemeckými predstaviteľmi práve Tuka a Mach, neboli pravdivé. Naopak, hlavné slovo mal mať vždy práve Jozef Tiso. Na tieto tvrdenia nadväzujú zistenia z listín, ktoré boli po vojne nájdené v Liberci v Karmazinovom archíve. Ich súčasťou bola tzv. Fialová správa z Nemecka, v ktorej bola uvedená sťažnosť dôstojníkov SS, ktorým sa nepozdávala povinnosť dodržiavať pravidlá spojené s oficiálnymi návštevami aj ku vzťahu k Jozefovi Tisovi, ktorý podľa nich nebol skutočným prezidentom. Na ich námietky mal podľa záznamov Adolf Hitler odpovedať, že Tiso mu verí, a keďže slovenský národ verí kňazom a teda aj Tisovi, je potrebné, aby dôstojníci aj naďalej zachovávali potrebné pravidlá pri stretnutiach s predstaviteľmi Slovenskej republiky, nakoľko jej územie je pre vojnu so ZSSR dôležité. Aj Vojtech Tuka pri vlastnom procese uviedol, že na Slovensku platil tzv. vodcovský systém s tým, že Jozef Tiso bol prezidentom a vodcom štátu, predsedom a vodcom HSĽS-SSNJ a navyše kňazom, čo mu autoritu iba zvyšovalo. Tuka ďalej uviedol, že bol síce predsedom vlády, no nikdy nemohol rozhodovať proti vôli Jozefa Tisa, alebo bez jeho vedomia. Je samozrejme potrebné dodať, že všetci obžalovaní sa snažili zachrániť si pred súdom život a to aj keď vedeli, že im hrozí iba trest smrti a iný trest v ich prípade nie je možný. Alexander Mach však bol vo svojich tvrdeniach konzistentný aj v čase, kedy mu už trest smrti nehrozil.
Zrejme najdiskutovanejšou otázkou zostáva vykonanie trestu smrti na Jozefovi Tisovi. Je známe, že on aj jeho obhajcovia s udelením tohto trestu rátali, no súčasne sa domnievali, že bývalému prezidentovi bude vzhľadom na verejnú mienku a politickú situáciu udelená milosť. Dokonca aj Alexander Mach sa vyjadril podobne, keď uviedol, že síce očakáva trest smrti pre seba, no bol presvedčený, že Tiso by nemal byť popravený, keďže má podporu cirkvi a väčšiny verejnosti. Tiso počas procesu aj podľa vlastných obhajcov dobre nezapôsobil. Nebol vždy ochotný počúvať rady obhajcov. Radu svojich obhajcov, aby urobil vyhlásenie, v ktorom by odsúdil zločiny nacistického Nemecka odmietol s odôvodnením, že keby odsúdil čokoľvek, čo Nemci popáchali, alebo ľutoval obete, vysvetľovali by si to, že sa zlomil a doznáva vinu. Svojim obhajcom uviedol, že o týchto činoch nemal tušenie a prejavoval rozhorčenie nad tým, čo sa v priebehu procesu dozvedel. Presadenie trestu smrti pre Tisa bolo aj súčasťou vtedajšieho politického súboja, kedy sa týmto spôsobom pokúšala KSS (KSČ) rozložiť Demokratickú stranu. Dá sa však konštatovať, že vykonanie trestu smrti nad Jozefom Tisom posilnilo jeho kult osobnosti.