ate onde eu sei, legendas, pelo menos em .srt, nao estao vinculadas a framerate, mas a timestamp, timestamp de fala nao deveria mudar com framerate, se fosse assim, aumentar o framerate de 24 pra 30 fps alteraria o tempo do filme em aprox. 20%, e seria perceptivel em todos os quadros. voce so tem uma legenda fora de sincronia mesmo, o ffsubsync deve funcionar.