Urteil 9C_678/2022 (2023)
Rechtsgebiet: public_law

Faits :
A.
A.a.
A._ SA (ci-après: la Société) est une société anonyme inscrite depuis 2001 au registre du commerce du canton de Genève, où elle a son siège. Son but statutaire consiste à fournir des capacités de transport en Suisse principalement, notamment pour le transport maritime de marchandises, offrir d'autres services à partir de la Suisse dans le domaine du transport et agir comme propriétaire, affréteur, opérateur ou agent de navires ou d'autres moyens de transport. Elle est en particulier active dans le domaine du fret maritime international, dans le cadre duquel elle agit comme commissionnaire, tirant ses revenus des commissions qu'elle facture aux affréteurs. Son principal client est une société soeur, B._ à l'étranger (ci-après: B._). En 2008, C._ et D._ faisaient partie des administrateurs de la Société et des actionnaires de B._.
A.b.
En février 2003, la Société a adressé à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) une demande de ruling afin de se voir reconnaître le statut fiscal de société auxiliaire prévu par le droit cantonal genevois. Le 14 octobre 2003, l'Administration cantonale a octroyé à la Société le statut fiscal de société auxiliaire, pour une durée de cinq ans, statut qu'elle a renouvelé, également pour une durée de cinq ans, le 26 novembre 2007.
S'agissant de l'impôt sur le bénéfice, le ruling du 26 novembre 2007 prévoyait, sous chapitre I, une imposition privilégiée des revenus de source étrangère (chiffre 2). Les produits de l'activité commerciale, de l'exploitation de droits immatériels (brevets, licences, etc.) et de la fourniture de prestations de services (assistance technique et administrative, gestion, fiduciaire etc.) étaient ainsi imposés à hauteur de 20 % lorsqu'ils provenaient de l'étranger.
Le chapitre III du ruling, intitulé "divers", rappelait que les prestations de service fournies à des sociétés du groupe auquel se rattachait l'établissement genevois devaient générer une marge bénéficiaire au moins égale à 5 % de leur coût.
A.c.
Dans sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2008, la Société a déclaré un bénéfice net de 1'433'595 fr. Les comptes annexés à la déclaration faisaient état de revenus de 17'099'072 fr. et de charges d'exploitation de 15'564'741 fr. Par décisions de taxation du 26 novembre 2009, l'Administration cantonale a imposé la Société sur la base de son bénéfice déclaré. L'impôt fédéral direct était fixé à 121'847 fr. 50 et l'impôt cantonal et communal à 113'202 fr. 45. La Société n'a pas contesté ces décisions.
A.d.
Le 18 novembre 2013, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) a procédé à la révision des comptes de la Société sous l'angle de l'impôt anticipé. Au cours de cette révision, elle a constaté qu'en 2008, la Société avait accordé à B._ un rabais exceptionnel de 14'000'000 $, soit de 14'901'404 fr. Faute de justification économique probante, ce rabais était constitutif d'une prestation appréciable en argent soumise à l'impôt anticipé. Il en a découlé une reprise d'impôt anticipé de 5'255'166 fr. 70 pour la période fiscale 2008, que la Société n'a pas contestée.
A.e.
Le 26 octobre 2015, l'Administration cantonale a informé la Société qu'elle ouvrait à son encontre une procédure en rappel et soustraction d'impôt pour l'année 2008, parce que l'Administration fédérale l'avait informée de l'existence d'une prestation appréciable en argent sous la forme d'une rétrocession excessive de 14'901'404 fr. à sa société soeur. La Société s'est opposée à cette reprise. Au cours de la procédure, elle a produit une lettre que l'un des administrateurs de B._ avait adressée le 30 janvier 2009 à C._ et que ce dernier avait contresignée avec la mention "we agree to the above". Cette lettre indiquait que B._ était disposée à payer à la Société des commissions de 15'543'056 $ pour 2008, montant conforme à celui de l'année précédente mais représentant une réduction de 14'000'000 $ par rapport aux frais facturés actuellement par la Société.
B.
B.a.
Le 17 mars 2017, l'Administration cantonale a notifié à la Société des bordereaux de rappel d'impôt pour l'impôt fédéral direct et pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2008. Elle a ajouté 14'901'404 fr. au bénéfice de la Société à titre de distribution dissimulée de bénéfice. Le rappel d'impôt s'élevait à 1'123'683 fr. pour l'impôt fédéral direct et à 611'067 fr. 40 pour l'impôt cantonal et communal. Le même jour, l'Administration cantonale a notifié à la Société des bordereaux d'amendes pour soustraction d'impôt consommée, lesquelles s'élevaient à 842'762 fr. pour l'impôt fédéral direct et à 458'300 fr. pour l'impôt cantonal et communal, soit aux trois quarts des impôts soustraits.
La Société a formé une réclamation contre ces bordereaux. Elle a notamment fait valoir qu'au cours du premier semestre de l'année 2008, le prix de l'affrètement des bateaux avait atteint un sommet historique avant de s'effondrer au cours du second semestre. Cette situation avait généré une crise majeure dans le secteur et entraîné la disparition de nombreuses sociétés. Certaines d'entre elles avaient procédé à la renégociation des contrats avec les commissionnaires, qui avaient accordé d'importants rabais. Pour l'attester, elle produisait:
- des documents indiquant que, le 9 mars 2012, la société E._ avait accepté un paiement de 60'000 $ pour solde de tout compte sur des factures de 400'0000 $, qu'elle avait accordé, le 6 mai 2011, un autre rabais de 391'387 $ sur un montant dû de 841'387 $ et qu'en 2008, la société F._ avait également réduit sa commission habituelle de 1,25 % à 0,62 %;
- un courriel de G._ adressé le 19 février 2018 à C._, ayant pour objet "H._ cp 25 april 2008" et confirmant qu'il avait conclu, pour le compte de la société F._, un contrat d'affrètement pour une commission de 0,625 %, alors qu'elle s'élevait usuellement de 1,25 %.
B.b.
Par décision du 29 juillet 2019, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation.
B.c.
Par jugement du 7 décembre 2020, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a admis le recours de la Société contre la décision sur réclamation du 29 juillet 2019. Il a considéré que le chapitre III du ruling, qui prévoyait que les activités de services en faveur de sociétés du groupe devaient générer une marge bénéficiaire d'au moins 5 % de leur coût, visait à introduire la méthode du coût majoré en tant que moyen de s'accorder à l'avance sur ce qui constituait le prix de pleine concurrence de toutes les prestations fournies par la Société et que cette règle s'appliquait aussi en matière d'impôt fédéral direct. En l'occurrence, les prestations accordées par la Société à B._ avaient généré des commissions qui, même en tenant compte du rabais litigieux, avaient généré une marge d'au moins 5 % de leur coût. Les termes du ruling avaient donc été respectés, de sorte que la reprise effectuée dans le bénéfice de la recourante devait être annulée, tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal et communal.
B.d.
Par arrêt du 23 novembre 2021 rendu sur recours de l'Administration cantonale, la Cour de justice a annulé le jugement du 7 décembre 2020 du Tribunal administratif et rétabli la décision sur réclamation du 29 juillet 2019, ainsi que les bordereaux du 17 mars 2017 de rappels d'impôts et d'amendes. La méthode du coût majoré prévue par le ruling ne visait que les prestations de services entre sociétés du groupe, lesquelles n'incluaient pas les prestations commerciales de commissionnaire de la Société. Par ailleurs, les documents que la Société avaient produits n'étaient pas suffisants pour établir que le rabais aurait été accordé entre sociétés non liées.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral, principalement, d'annuler l'arrêt du 23 novembre 2021 de la Cour de justice, de rétablir le jugement du 7 décembre 2020 du Tribunal administratif, d'annuler toute reprise d'impôt et toute amende, tant au niveau de l'impôt cantonal et communal que de l'impôt fédéral direct 2008, de confirmer le classement implicite, ou à défaut de classer la procédure pénale pour soustraction d'impôt, tant au niveau de l'impôt cantonal et communal que de l'impôt fédéral direct 2008 et de clore sans reprise les procédures en rappel d'impôt et pour soustraction d'impôt, tant au niveau de l'impôt cantonal et communal que de l'impôt fédéral direct 2008; subsidiairement, de renvoyer la cause au Tribunal administratif ou à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'Administration cantonale et l'Administration fédérale concluent au rejet du recours sous suite de frais. La recourante s'est déterminée.

Considérant en droit :
I. Recevabilité et points de procédure
1.
1.1.
L'arrêt attaqué a été rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (
art. 86 al. 1 let
. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (
art. 82 let. a LTF
) qui ne tombe sous le coup d'aucune exception de l'
art. 83 LTF
. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. aussi l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
1.2.
L'instance précédente a traité dans un seul arrêt de l'impôt fédéral direct et de l'impôt cantonal et communal, ce qui est admissible (
ATF 135 II 260
consid. 1.3.1). Partant, le dépôt d'un seul acte de recours est aussi autorisé, dans la mesure où la recourante s'en prend clairement, comme en l'espèce, aux deux catégories d'impôts (cf.
ATF 135 II 260
consid. 1.3.2).
1.3.
Au surplus, le recours a été déposé en temps utile (
art. 46 al. 1 let
. c et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (
art. 42 LTF
) par la destinataire de la décision attaquée, qui a qualité pour recourir (
art. 89 al. 1 LTF
). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
2.1.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (
art. 106 al. 1 LTF
). Toutefois, conformément à l'
art. 106 al. 2 LTF
, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière claire et détaillée (
ATF 142 I 99
consid. 1.7.2;
141 I 36
consid. 1.3). Le grief de violation du droit cantonal ne peut en principe pas être soulevé dans un recours au Tribunal fédéral. En revanche, il est possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire (
art. 9 Cst.
) ou contraire à un droit fondamental (cf.
ATF 142 I 172
consid. 4.3;
135 III 513
consid. 4.3;
133 III 462
consid. 2.3). S'agissant du droit cantonal harmonisé, le Tribunal fédéral en vérifie librement la conformité et son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, sauf si cette loi laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas l'examen du Tribunal fédéral est limité à l'examen de la violation de droits constitutionnels invoqués, en particulier de l'arbitraire (cf.
ATF 142 V 94
consid. 1.3; V 513 consid. 4.2;
134 II 207
consid. 2).
2.2.
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (
art. 105 al. 1 LTF
), sous réserve des cas prévus à l'
art. 105 al. 2 LTF
. Selon l'
art. 97 al. 1 LTF
, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'
art. 95 LTF
et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (
ATF 147 I 73
consid. 2.2;
145 V 188
consid. 2;
142 II 355
consid. 6). Conformément aux exigences de motivation de l'
art. 106 al. 2 LTF
qui viennent d'être rappelées, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions sont réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques appellatoires portant sur l'état de fait ou l'appréciation des preuves (cf.
ATF 147 IV 73
consid. 4.1.2;
140 III 264
consid. 2.3;
137 II 353
consid. 5.1).
II. Objet du litige
3.
Le litige concerne un rappel d'impôt en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2008, ainsi que des amendes pour soustraction fiscale liés à ces impôts. Il porte sur le point de savoir si c'est à bon droit que la Cour de justice a retenu que le rabais que la recourante a octroyé en 2008 à sa société soeur B._ pour un montant correspondant à 14'901'404 fr. a représenté une distribution dissimulée de bénéfice imposable justifiant des rappels d'impôts et des amendes pour soustraction d'impôt consommée.
III. Griefs relatifs aux faits
4.
Invoquant l'
art. 97 al. 1 LTF
, la recourante se plaint d'abord d'arbitraire (
art. 9 Cst.
) dans l'établissement des faits sur deux points. Elle reproche d'abord à la Cour de justice d'avoir arbitrairement constaté (cf. arrêt attaqué p. 4 ch. 15) que l'Administration fédérale avait rendu une "décision" dans le cadre d'une procédure de "rappel d'impôt" en matière d'impôt anticipé, alors qu'une telle procédure n'existe pas dans ce domaine et que l'Administration fédérale n'a pas rendu de décision. La recourante fait grand cas de ces imprécisions, mais n'explique pas pour autant en quoi leur correction aurait une influence sur l'issue de la cause, ce qui n'est manifestement pas le cas. Le grief est donc rejeté. Elle fait aussi grief à la Cour de justice d'avoir arbitrairement omis de constater que, dans son jugement du 7 décembre 2020, le Tribunal administratif n'a pas seulement annulé les rappels d'impôt, mais aussi les amendes. Outre qu'elle n'explique pas non plus en quoi cette omission influerait sur le sort de la cause, elle perd de vue que la Cour de justice a dûment constaté que le Tribunal administratif avait aussi annulé les amendes (arrêt attaqué p. 23 consid. 11). Le grief, également manifestement infondé, est aussi rejeté.
Au surplus, il ne sera pas tenu compte des faits présentés de manière appellatoire par la recourante en tant qu'ils ne se retrouvent pas dans l'arrêt attaqué (
art. 105 al. 1 LTF
).
IV. Impôt fédéral direct
a) Rappel d'impôt
5.
La recourante conteste la reprise de 14'901'404 fr. qui a été effectuée dans son bénéfice imposable pour l'année 2008.
Cette reprise est intervenue dans le cade d'une procédure en rappel d'impôt. Conformément à l'
art. 151 al. 1 LIFD
, le droit de rappeler l'impôt suppose qu'une taxation n'ait, à tort, pas été établie ou soit restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale, ainsi que l'existence d'un motif de rappel (cf.
ATF 144 II 359
consid. 4.5.1;
141 I 78
consid. 7.2.1). En l'occurrence, la recourante ne conteste pas la réalisation d'un motif de rappel d'impôt. Elle fait en revanche valoir qu'elle n'a pas procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en accordant, en 2008, un rabais représentant 14'901'404 fr. à B._. Ce faisant, elle conteste implicitement la réalisation de la condition de la perte fiscale.
6.
Pour s'opposer au rappel d'impôt, la recourante invoque en premier lieu une violation du principe de la bonne foi (
art. 9 Cst.
), en lien avec le ruling que l'Administration cantonale lui a accordé. De son point de vue, la commission qu'elle a perçue de sa société soeur lui a permis, même en tenant compte du rabais litigieux, de réaliser une marge bénéficiaire supérieure aux 5 % de ses coûts, comme l'exigeait le ruling. En procédant à la reprise litigieuse, la Cour de justice aurait adopté un comportement contraire à la bonne foi.
Il ressort des faits constatés que le ruling en cause a reposé sur le droit cantonal genevois alors en vigueur et qu'il n'avait vocation à régler que l'impôt cantonal et communal. Le grief de la recourante n'est donc pas pertinent s'agissant de l'impôt fédéral direct et n'a pas à être traité. Cela étant, le point de savoir si, indépendamment de l'existence du ruling et comme le soutient aussi la recourante, le fait qu'elle ait globalement perçu de sa société soeur une commission représentant, compte tenu du rabais litigieux, une marge bénéficiaire supérieure à 5% de ses coûts, est propre à exclure l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice et, partant, un rappel d'impôt, sera examiné ci-après, dans le cadre de l'examen du grief de violation de l'
art. 58 LIFD
qu'elle invoque également.
7.
La recourante conteste avoir procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en octroyant le rabais litigieux à sa société soeur. Elle invoque une violation des art. 57 et 58 al. 1 let. a et b LIFD, et des règles sur le fardeau de la preuve en la matière.
7.1.
Aux termes de l'
art. 57 LIFD
, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'
art. 58 al. 1 LIFD
, le bénéfice net imposable des personnes morales comprend le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre des prélèvements au sens de la lettre b figurent les distributions dissimulées de bénéfice (5 e tiret).
L'
art. 58 al. 1 let. a et b LIFD
exprime le principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance ("Massgeblichkeitsprinzip"), selon lequel le bénéfice est fixé sur la base du compte de résultat, sous réserve des dispositions correctrices fiscales et des dispositions impératives du droit commercial (
ATF 143 II 8
consid. 7.1;
141 II 83
consid. 3.1;
137 II 353
consid. 6.2).
7.2.
Il y a distribution dissimulée de bénéfice au sens de l'
art. 58 al. 1 let. b 5
e tiret LIFD lorsque 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (cf. notamment
ATF 144 II 427
consid. 6.1;
140 II 88
consid. 4.1;
138 I 57
consid. 2.2). Il faut ainsi examiner si la prestation faite par la société aurait été accordée dans la même mesure à un tiers étranger à la société, en d'autres termes si la transaction a respecté le principe de pleine concurrence ("Drittvergleich"; "dealing at arm's length";
ATF 140 II 88
consid. 4.1;
138 II 57
consid. 2.2; 545 consid. 3.2). Le droit fiscal suisse ne connaissant pas, sauf disposition légale expresse, de régime spécial pour les groupes de société, les opérations entre sociétés d'un même groupe doivent aussi intervenir comme si elles étaient effectuées entre tiers dans un environnement de libre concurrence (
ATF 140 II 88
consid. 4 et 4.1 et les références;
138 II 57
consid. 2.2).
7.2.1.
Une distribution dissimulée de bénéfice peut prendre la forme d'une rémunération insuffisante pour une prestation fournie à l'actionnaire ou à un proche. Dans ce cas, vérifier si le principe de pleine concurrence a été respecté suppose l'identification du prix du marché de la prestation fournie (cf.
ATF 140 II 88
consid. 4.2). Le Tribunal fédéral s'inspire à cet égard des méthodes développées par l'OCDE en matière de prix de transfert. Lorsqu'il existe un marché libre, les prix de celui-ci sont déterminants et permettent une comparaison effective avec les prix appliqués entre sociétés associées. Sans marché libre permettant une comparaison effective, il convient de procéder selon la méthode de la comparaison avec une transaction comparable, laquelle consiste à procéder à une comparaison avec le prix appliqué entre tiers dans une transaction présentant les mêmes caractéristiques. A défaut de transaction comparable, la détermination du prix de pleine concurrence s'effectue selon d'autres méthodes, telles que la méthode du coût majoré ("cost plus") ou celle du prix de revente. La méthode du coût majoré consiste en substance à déterminer les coûts supportés par la société qui fournit la prestation, à quoi s'ajoute une marge propre à obtenir un bénéfice approprié, compte tenu des fonctions exercées et des conditions du marché (
ATF 140 II 88
consid. 4.2 et les références; arrêt 2C_495/2017 du 27 mai 2019 consid. 11.1.2, in RDAF 2019 II 547, Archives 88, 466). Cette méthode peut notamment, à titre exceptionnel, être utilisée pour déterminer la marge bénéficiaire de pleine concurrence des sociétés qui fournissent des services de nature financière ou des fonctions de management au sein du groupe (arrêt 2C_495/2017 du 27 mai 2019 consid. 11.4; Circulaire n° 4 du 19 mars 2004 de l'Administration fédérale "Imposition des sociétés de services").
7.2.2.
Une distribution dissimulée de bénéfice peut aussi et notamment prendre la forme d'une charge comptabilisée, mais non justifiée par l'usage commercial. Selon la jurisprudence, constituent des charges justifiées par l'usage commercial les dépenses qui, du point de vue de l'économie de l'entreprise, sont en relation immédiate et directe avec le revenu acquis. Tout ce qui, d'un point de vue commercial, peut être considéré de bonne foi comme faisant partie des frais généraux doit être reconnu fiscalement comme justifié par l'usage commercial. Peu importe en revanche que la société ait pu se passer des dépenses en question ou que celles-ci aient été conformes à une gestion rationnelle et orientée vers le profit (cf.
ATF 124 II 29
consid. 3c; 113 lb 114 consid. 2c; arrêts 2C_1026/2021 du 21 décembre 2022 consid. 7.1.3; 2C_716/2022 du 15 novembre 2022 consid. 6.3; 2C_795/2015 du 3 mai 2016 consid. 2.2). Conformément au principe de l'autorité du bilan commercial, une personne morale doit se laisser opposer la façon dont elle a comptabilisé ses charges. En outre, en vertu du principe de l'évaluation individuelle, la justification commerciale d'une charge doit être établie pour elle-même (arrêt 2C_645/2012 du 13 février 2013 consid. 8). Dans ce dernier arrêt, le Tribunal fédéral a par conséquent retenu qu'il n'était pas possible de renoncer à qualifier de distribution dissimulée de bénéfice une indemnité manifestement excessive de frais de représentation versée à l'actionnaire et comptabilisée comme charge, au motif que cette disproportion était compensée par un salaire trop modeste versé à ce dernier (arrêt 2C_645/2012 du 13 février 2013 consid. 8).
7.3.
S'agissant des règles relatives au fardeau de la preuve, les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou une contre-prestation insuffisante. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il y a alors une présomption de l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice et il appartient à la société contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (arrêts2C_1026/2021 du 21 décembre 2022 consid. 7.2; 2C_716/2022 du 15 novembre 2022 consid. 6.2; 2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 11.4, in RDAF 2020 II 200). Le devoir de collaboration du contribuable (
art. 124 LIFD
) est toutefois particulièrement qualifié dans les relations internationales (
ATF 144 II 427
consid. 2.3.2), dès lors que les moyens d'investigation de l'autorité fiscale suisse sont nécessairement restreints (arrêts 2C_775/2019 du 28 avril 2020 consid. 7.1; 2C_16/2015 du 6 août 2015 consid. 2.5.2, in RF 70/2015 p. 811, traduit in RDAF 2016 II 110). Il en va notamment ainsi lorsqu'il n'existe pas de convention de double imposition avec un Etat étranger ou que le droit de l'Etat étranger favorise la création de domiciles fictifs de personnes morales (arrêts 2C_700/2022 du 25 novembre 2022 consid. 9.4; 2C_16/2015 du 6 août 2015 consid. 2.5.2).
7.4.
En l'occurrence, et quoi qu'en dise la recourante, le litige revient à se demander si le rabais exceptionnel que la recourante a accordé à sa société soeur enregistrée à l'étranger, et qu'elle a comptabilisée à titre de charge, a constitué une charge justifiée par l'usage commercial déductible ou une distribution dissimulée de bénéfice imposable. La méthode du coût majoré n'entre pas en ligne de compte dans cet examen, puisque cette méthode n'est pas destinée à évaluer le bien-fondé d'une charge comptabilisée, mais à vérifier qu'une contre-prestation est conforme au principe de pleine concurrence (supra consid. 7.2.1). Il ne serait au demeurant pas possible d'envisager, comme le souhaite la recourante, les commissions qu'elle a perçues de manière globale, c'est-à-dire de regarder si la commission "nette" qu'elle a obtenue de sa société soeur après le rabais qu'elle lui a accordé est conforme au principe de pleine concurrence. Conformément au principe de l'autorité du bilan commercial, la recourante doit au contraire se laisser opposer la charge qu'elle a comptabilisée, qui doit être examinée pour elle-même (supra consid. 7.2.2). Pour ce motif, c'est en vain que la recourante reproche à la Cour de justice d'avoir omis de prendre en considération l'analyse des prix de transfert qu'elle avait produite devant elle afin de démontrer que, même en tenant compte du rabais litigieux, les montants qu'elle avait perçus de sa société soeur en 2008 restaient dans les fourchettes de pourcentages de commissions conformes au marché.
7.5.
La recourante reproche aussi à la Cour de justice d'avoir jugé qu'elle n'avait pas prouvé que le rabais qu'elle avait accordé à sa société soeur était justifié sous l'angle commercial, alors qu'elle avait réussi à établir qu'au vu de la chute du marché durant le second semestre 2008, des rabais de commissions avaient été accordés par d'autres sociétés à des tiers. Dans ce contexte, elle lui fait grief d'avoir violé les règles de répartition du fardeau de la preuve.
7.5.1.
Il ressort des faits constatés que la recourante a comptabilisé une charge de plus de 14 millions de francs en 2008, qui a représenté près de la moitié des commissions facturées. Cette charge a correspondu à un rabais exceptionnel de commissions qu'elle a accordé à sa société soeur. Au vu de l'ampleur du rabais accordé à un proche, la Cour de justice était fondée à considérer qu'on était en présence d'un indice suffisant de l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice. Par ailleurs, dès lors que la bénéficiaire du rabais était une entité enregistrée à l'étranger et dans un Etat qui ne connaît pas d'impôt sur le bénéfice, la recourante était tenue à un devoir de collaboration accru (supra consid. 7.3). La Cour de justice n'a donc pas violé les règles sur le fardeau de la preuve en lui imposant le fardeau de la preuve qu'elle n'avait pas procédé à une distribution dissimulée de bénéfices en accordant le rabais litigieux à B._.
7.5.2.
En l'occurrence, la Cour de justice a retenu que les documents que la recourante avait produits à cet effet n'étaient pas probants. D'abord, c'était en vain que la recourante se prévalait d'exemples de commissions revues à la baisse par la société tierce E._ (supra let. B.a) : si les pièces produites par cette société concernaient bien des baisses de commissions, il s'agissait de montants et de proportions sans commune mesure avec ceux qui faisaient l'objet du litige. Du reste, cette entité avait accordé ces rabais après des négociations qui avaient duré plusieurs années, alors que la recourante avait accepté le rabais litigieux au deuxième semestre 2008 déjà. Ensuite, la Cour de justice a considéré que c'était en vain que la recourante se prévalait du courriel de G._ au sujet du "H._" (supra let. B.a). Ce courriel faisait certes état d'une commission réduite de 1.25 % à 0,625 %. Toutefois, la renégociation de ce taux avait eu lieu en avril 2008, soit avant la chute du marché, comme l'avait expliqué cette personne lors de son audition devant la Cour de justice, en précisant que des commissions pouvaient aussi être revues à la baisse dans le but de conserver un client.
En définitive, la Cour de justice a conclu qu'on ne pouvait pas considérer sur la base de ces pièces que la Société aurait accordé le rabais litigieux à un tiers dans les mêmes circonstances. La disproportion était manifeste et reconnaissable par les organes de la recourante.
7.5.3.
La recourante reproche à la Cour de justice d'avoir apprécié de manière partiale et partant arbitraire ces documents, alors qu'ils permettaient de démontrer par comparaison que le rabais qu'elle avait accordé était conforme au marché dans le contexte de la crise mondiale qui avait impliqué la chute du marché maritime durant la seconde moitié de l'année 2008. Le fait que la recourante ait agi promptement dans de telles circonstances extrêmes exigeait notoirement une réponse immédiate. Il fallait aussi tenir compte de la difficulté d'obtenir des informations de la part de concurrents sur les rabais qu'ils avaient consentis.
La recourante explique en outre que, durant la deuxième partie de l'année 2008, B._ a essuyé une perte de plus de 100 millions de dollars et des pertes sur produits dérivés de plus de 250 millions de dollars, qu'elle s'était retrouvée par conséquent en situation de grave crise de liquidités et que sa mise en faillite n'avait pu être évitée que grâce à l'injection d'un prêt subordonné par ses actionnaires et au rabais litigieux, qui avait donc contribué à la survie du groupe.
7.5.4.
Ces explications ne convainquent pas. D'abord, la recourante se limite à opposer sa propre appréciation des pièces produites à celle de la Cour de justice, sans démontrer en quoi celle-ci aurait procédé arbitrairement. En outre, quand elle précise que le rabais litigieux a contribué à la "survie du groupe" en raison de la grave crise de liquidités qu'a connue B._ en 2008, la recourante, loin de démontrer que le rabais litigieux aurait été accordé à un tiers, confirme au contraire qu'il n'est intervenu que parce que B._ était une société du groupe et dans l'intérêt du groupe, ce qui corrobore le fait qu'elle a procédé à une distribution dissimulée de bénéfice et non pas accordé un rabais commercial.
7.6.
Il découle de ce qui précède que la Cour de justice n'a pas violé le droit fédéral en considérant que la recourante avait accordé à sa société soeur, soit à un proche, un avantage appréciable en argent qu'elle n'aurait jamais accordé à un tiers dans les mêmes circonstances, ce que ses organes ne pouvaient ignorer. Le grief de violation des art. 57 et 58 al. 1 let. a et b LIFD est partant rejeté et, par conséquent, le rappel d'impôt confirmé.
b) Soustraction d'impôt
8.
La recourante conteste l'amende de 842'762 fr. pour soustraction d'impôt consommée.
8.1.
Elle fait d'abord valoir des griefs formels à l'encontre de l'arrêt attaqué.
8.1.1.
Elle soutient d'abord qu'en statuant sur la soustraction d'impôt, la Cour de justice a violé les "règles de la procédure juridictionnelle administrative" et, en matière pénale, le principe "ne bis in idem" garanti à l'art. 4 par. 1 du protocole additionnel n° 7 à la CEDH et à l'art. 14 par. 7 du Pacte international du 16 décembre 1966 relatif aux droits civils et politiques de l'ONU (RS 0.103.2). Pour autant que l'on parvienne à saisir le sens de sa longue argumentation, elle semble soutenir que le volet pénal du dossier serait classé depuis le jugement du 7 décembre 2020 du Tribunal administratif, parce que l'Administration cantonale n'aurait pas contesté l'annulation des amendes dans son recours à la Cour de justice. Or, et comme le relève aussi cette dernière, dans son recours, l'Administration cantonale a conclu à la confirmation de sa décision sur réclamation du 29 juillet 2019, laquelle confirmait les amendes pour soustraction. La question de la soustraction d'impôt faisait donc toujours partie du litige devant la Cour de justice. Le grief, qui repose sur une prémisse inexacte, peut donc être d'emblée rejeté.
8.1.2.
La recourante soutient ensuite que la Cour de justice a violé le principe du double degré de juridiction en se prononçant sur les amendes "en première instance judiciaire" cantonale, alors qu'elle aurait dû renvoyer le dossier au Tribunal administratif pour qu'il examine le bien-fondé des amendes. Elle invoque une violation de l'art. 2 du protocole additionnel n° 7 à la CEDH, de l'
art. 32 al. 3 Cst.
, de l'
art. 145 al. 1 LIFD
, de l'art. 5 al. 1 du règlement cantonal genevois d'application de diverses dispositions fiscales fédérales du 30 décembre 1958 (RDDFF; rs/GE D 3 80.04) et de l'art. 7 de la loi cantonale genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc; rs/GE D 3 17).
Les griefs de violation de disposition de rang constitutionnel ne sont pas motivés, contrairement aux exigences de l'
art. 106 al. 2 LTF
(supra consid. 2.1). Ils ne seront donc pas examinés. S'agissant de l'
art. 145 al. 1 LIFD
, la disposition prévoit que, si le droit cantonal le prévoit, une décision sur recours peut encore être portée devant une autre instance cantonale, indépendante de l'administration. On ne saisit pas, et la recourante ne l'explique pas, en quoi le fait que la Cour de justice a statué sur la quotité des amendes emporterait violation de cette disposition, qui s'adresse au législateur cantonal. Enfin, la recourante mentionne des dispositions de procédure cantonale genevoise, mais n'explique nullement en quoi la Cour de justice les aurait appliquées de manière arbitraire, de sorte qu'il n'y a pas lieu de s'y attarder non plus (supra consid. 2.1). Le grief est donc rejeté.
8.2.
Sur le fond, la recourante conteste la réalisation des conditions des art. 175 al. 1 et 181 al. 1 LIFD. En tant qu'elle se plaint aussi d'une violation du principe de la présomption d'innocence, garanti aux
art. 6 par. 1 CEDH
et 32 al. 1 Cst., son grief ne sera pas examiné, faute de motivation (
art. 106 al. 2 LTF
).
8.2.1.
Selon l'
art. 181 al. 1 LIFD
, lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. La notion de soustraction d'impôt renvoie à l'
art. 175 al. 1 LIFD
(
ATF 135 II 86
consid. 4.2). Aux termes de cette disposition, est puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète. Pour qu'il y ait soustraction au sens de l'
art. 175 al. 1 LIFD
, il faut une soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable, une faute de ce dernier et un lien de causalité entre le comportement illicite et la perte fiscale subie par la collectivité (arrêts 2C_11/2018 du 10 décembre 2018 consid. 10.1; 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.2 et les références, in RF 73/2018 p. 255, RDAF 2017 II 630).
8.2.2.
Comme le bénéfice imposable de l'entreprise résulte de sa comptabilité commerciale, qui lie en principe les autorités fiscales, les éléments constitutifs d'une soustraction d'impôt consommée sont réunis dès qu'il y a une irrégularité dans la comptabilité et qu'une taxation insuffisante est établie sur cette base (
ATF 135 II 86
consid. 3.1; arrêts 2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 17.2.1, in RDAF 2020 II 200; en lien avec la comptabilisation de charges non justifiées par l'usage commercial: arrêt 2C_683/2018 du 3 octobre 2019 consid. 5.3).
8.2.3.
Lorsque la soustraction d'impôt est commise par une personne morale, la faute au sens des
art. 175 al. 1 et 181 LIFD
ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci (
ATF 135 II 86
consid. 4.2 et les références citées; arrêt 2C_298/2020 du 9 octobre 2020 consid. 4.2). La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. En vertu de l'
art. 12 al. 3 CP
, applicable en matière fiscale (arrêt 2C_1052/2020 du 19 octobre 2021 consid. 3.2.4, in StE 2022 B 101.21 Nr. 22), fait preuve de négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle. En matière de soustraction d'impôt, l'imprévoyance est coupable lorsque le contribuable ne fait pas preuve de la diligence requise par les circonstances et par sa situation personnelle, caractérisée par sa formation, ses capacités intellectuelles ainsi que son expérience professionnelle. Si le contribuable a des doutes sur ses droits ou obligations, il doit faire en sorte de lever ce doute ou, au moins, en informer l'autorité fiscale (
ATF 135 II 86
consid. 4.3; arrêts 2C_107/2020 du 17 juin 2020 consid. 2.2.4; 2C_37/2019 du 16 août 2019 consid. 3; sur les devoirs des membres du conseil d'administration d'une société anonyme, arrêt 2C_1052/2020 du 19 octobre 2021 consid. 3.3.1).
Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève des constatations de faits, qui lient le Tribunal fédéral, à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte (
ATF 137 IV 1
consid. 4.2.3;
135 IV 152
consid. 2.3.2; arrêts 2C_1052/2020 du 19 octobre 2021 consid. 3.2.7 et 3.2.8; 2C_508/2014 du 20 février 2015 consid. 5.4.1, in RF 71/2016 p. 16).
8.2.4.
En l'espèce, il ressort des faits constatés par la Cour de justice que la comptabilité de la recourante était entachée d'une irrégularité, dans la mesure où elle comportait une charge qui n'était pas justifiée commercialement. La comptabilisation de cette charge non justifiée a eu pour conséquence que la taxation 2008 de la recourante, établie sur la base de ses comptes, est entrée en force en étant incomplète. Le fait que B._ lui ait, en 2009, remboursé 11'000'000 $, comme la recourante le fait valoir pour montrer qu'il n'y a pas eu de perte fiscale pour la collectivité, n'y change rien. La Cour de justice n'a donc pas violé le droit fédéral en considérant que les conditions objectives de la soustraction d'impôt étaient remplies. Partant, il n'y a pas lieu d'examiner si, comme la recourante semble aussi le reprocher à la Cour de justice, cette dernière aurait admis la réalisation des conditions objectives de la soustraction fiscale sans examiner si on était en présence d'une violation du droit commercial
8.2.5.
Concernant l'élément subjectif de la soustraction d'impôt, la Cour de justice a retenu que C._ et D._, qui étaient tous deux administrateurs de la recourante et actionnaires de B._, ne pouvaient pas ignorer le caractère commercialement injustifié du rabais accordé, notamment au regard du courrier que B._ avait adressé le 30 janvier 2009 à la recourante et que C._ avait contresigné (supra let. A.e), ni les avantages fiscaux qu'un tel rabais pouvait représenter pour la recourante, étant précisé qu'ils n'avaient pas non plus cherché à se renseigner auprès de l'Administration cantonale pour connaître le sort réservé au plan fiscal à une telle transaction à l'intérieur du groupe. La Cour de justice en a conclu que c'était à bon droit que l'Administration cantonale avait "à tout le moins fait preuve de négligence" en n'usant pas des précautions commandées par les circonstances.
La recourante conteste toute négligence de la part de ses organes, mais se limite à une critique appellatoire de l'appréciation de la Cour de justice, sans exposer concrètement en quoi celle-ci serait tombée dans l'arbitraire, ce qui n'est pas suffisant (consid. 2.2 supra).
8.2.6.
Au vu de ce qui précède, le grief de violation des art. 175 al. 1 et 181 al. 1 LIFD est rejeté.
8.3.
La recourante conteste la quotité de l'amende.
8.3.1.
Selon l'
art. 175 al. 2 LIFD
, en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
8.3.2.
La fixation de la quotité de l'amende infligée à la personne morale pour soustraction d'impôt (
art. 181 LIFD
) doit obéir aux critères applicables au degré de la faute des organes (
ATF 135 II 86
consid. 4.4). Le Tribunal fédéral n'examine le montant de l'amende pour soustraction d'impôt que sous l'angle de l'excès ou de l'abus du pouvoir d'appréciation et, par conséquent, n'annule une amende que si l'instance précédente a abusé ou excédé le cadre prévu, qu'elle s'est écartée de considérations juridiques pertinentes ou qu'elle a arbitrairement fixé une peine trop légère ou trop lourde (
ATF 144 IV 136
consid. 9.1).
8.3.3.
En l'occurrence, la Cour de justice a confirmé la quotité de l'amende, fixée aux trois quarts de l'impôt soustrait par l'Administration cantonale. Cette quotité se justifiait au regard de l'important montant soustrait, du fait que la Société n'avait fait état du rabais exceptionnel accordé à B._ qu'en 2013, lors de la procédure ouverte par l'Administration fédérale en matière d'impôt anticipé. Cela expliquait que la procédure pour soustraction consommée n'ait pu être ouverte qu'en 2014. L'écoulement du temps ne pouvait donc jouer qu'un faible rôle en faveur de la recourante. Au regard de ces circonstances, la Cour de justice a estimé que la quotité de trois quarts n'était pas disproportionnée.
8.3.4.
La recourante reproche à la Cour de justice d'avoir renoncé à abaisser la quotité de l'amende à un tiers de l'impôt soustrait, notamment pour tenir compte de l'écoulement du temps, alors qu'elle aurait pu le faire. Elle n'explique toutefois nullement en quoi la Cour de justice aurait abusé ou excédé de son pouvoir d'appréciation en maintenant la quotité aux trois quarts. Cette quotité, qui correspond à une faute légère et qui est inférieure à la quotité ordinaire correspondant à une fois l'impôt soustrait, n'est manifestement pas disproportionnée.
9.
Il découle de ce qui précède que le recours est rejeté en ce qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
V. Impôt cantonal et communal
a) Rappel d'impôt
10.
La recourante conteste avoir procédé à une distribution dissimulée de bénéfices. Elle soutient en outre que le ruling que lui a octroyé l'Administration cantonale s'oppose à toute reprise.
10.1.
En droit cantonal genevois, les art. 31, 59 al. 1, 69 al. 1 et 2 et 74 al. 1 LPFisc correspondent aux art. 126, 151 al. 1, 175 al. 1 et 2 et 181 al. 1 LIFD (cf. aussi les art. 24 al. 1, 53, 56 al. 1 et 57 LHID). Les art. 11 et 12 de la loi cantonale genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; rs/GE D 3 15), qui sont conformes aux art. 24 al. 1 et al. 3 et 25 al. 2 LHID, règlent de la même manière que la LIFD la détermination du bénéfice imposable (arrêt 2C_907/2022 du 16 décembre 2022 consid. 14; cf. aussi arrêt 2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 18). En outre, la jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct et de répartition du fardeau de la preuve en matière fiscale est valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (arrêts 2C_907/2022 du 16 décembre 2022 consid. 14; 2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 18). Il peut donc être renvoyé à la motivation développée ci-dessus en matière d'impôt fédéral direct.
10.2.
Il faut encore toutefois vérifier si, comme le soutient la recourante, le ruling dont elle était au bénéfice durant la période fiscale litigieuse la protège de tout rappel d'impôt.
10.2.1.
Le ruling est un renseignement préalable donné par une autorité fiscale à un contribuable sur les conséquences fiscales d'un acte concrètement prévu ou d'une transaction concrètement envisagée. Le ruling n'est pas une décision, mais peut néanmoins être contraignant pour les autorités fiscales conformément au principe de la bonne foi (
art. 9 Cst.
), qui protège à certaines conditions le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances qu'il a reçues (
ATF 141 I 161
consid. 3.1; arrêts 2C_26/2022 du 15 février 2022 consid. 3.2.1 et 3.2.2; 2C_1116/2018 du 5 août 2020 consid. 4.1; 2C_123/2014 du 30 septembre 2015 consid. 7.2).
10.2.2.
En l'occurrence, le ruling que l'Administration cantonale a accordé à la recourante était fondé sur l'ancien art. 23 LIPM, qui était calqué sur les anciens al. 3 et 4 de l'art. 28 aLHID, dispositions qui ont été abrogées, au 1er janvier 2020, par la loi fédérale du 28 septembre 2018 relative à la réforme fiscale et au financement de l'AVS (réforme de l'imposition des entreprises III; RO 2019 2395 et 2413). Ces normes permettaient aux sociétés commerciales actives essentiellement sur les marchés étrangers de voir leurs revenus de source étrangère très largement exonérés de l'impôt cantonal (sociétés dites "auxiliaires" ou mixtes; cf. arrêt 2C_420/2009 du 4 décembre 2009 consid. 1.1; JULIA VON AH/DANIELA C. FISCHER, in Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 3e éd. 2017, n° 126 ss ad art. 28 StHG).
10.2.3.
De l'avis de la recourante, le chiffre III du ruling, qui rappelle que les prestations de services fournies à des sociétés du groupe doivent générer une marge au moins égale à 5 % de leur coût, s'appliquait aussi pour évaluer les commissions qu'elle exigeait de sa société soeur. Or, cette marge avait été respectée en 2008, malgré le rabais qu'elle avait accordé à sa société soeur. La Cour de justice avait par conséquent violé le principe de la bonne foi en procédant à la reprise litigieuse, qui était contraire au ruling.
10.2.4.
Ce raisonnement part de la prémisse que la règle du chapitre III du ruling s'applique aux prestations commerciales de la recourante, pour lesquelles elle percevait des commissions de sa société soeur. Or, tel n'est pas le cas. Le ruling distingue en effet expressément les produits de l'activité commerciale de la recourante des produits tirés de ses prestations de services (chapitre I du ruling, supra let. A.b). Il fournit par ailleurs des exemples de ce que recouvre la notion de prestations de services, en indiquant qu'il s'agit de "prestations d'assistance technique et administrative, gestion, fiduciaire, etc.". Dès lors, la recourante ne pouvait pas comprendre de bonne foi que son activité commerciale devait être comprise dans la notion de prestations de services au sens du chapitre III du ruling. C'est donc en vain qu'elle tente de s'appuyer sur le ruling pour échapper à la reprise d'impôt litigieuse.
10.3.
Au vu de ce qui précède, le rappel d'impôt cantonal et communal prononcé par la Cour de justice est confirmé.
b) Soustraction d'impôt
11.
La recourante conteste la réalisation des conditions de la soustraction d'impôt et la quotité de l'amende prononcée en matière d'impôt cantonal et communal. Les art. 69 al. 1 et 74 al. 1 LPFisc ayant la même teneur que les
art. 56 et 57 LHID
et correspondant aux art. 175 al. 1 et 181 al. 1 LIFD (arrêt 2C_813/2017 du 17 septembre 2018 consid. 12), il peut être renvoyé aux considérants en matière d'impôt fédéral direct, ce qui conduit au rejet des griefs de la recourante et à la confirmation de l'arrêt attaqué s'agissant de l'amende.
12.
Le recours est rejeté en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal.
VI. Conséquences, frais et dépens
13.
Au vu de l'issue du recours, la recourante, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (
art. 66 al. 1 LTF
). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (
art. 68 al. 3 LTF
).