Urteil 9C_762/2023 (2024)
Rechtsgebiet: public_law

Faits :
A.
A.a.
A._ (ci-après: le contribuable) a exploité en raison individuelle une entreprise de maçonnerie et de carrelage, dont il était l'unique titulaire avec signature individuelle, jusqu'en mars 2021.
A.b.
L'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a procédé à la taxation du contribuable pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et les impôts cantonaux et communaux (ci-après: ICC) des périodes fiscales 2008 à 2012 (décisions de taxation des 24 juin 2009 [année 2008], 27 avril 2011 [année 2009], 6 décembre 2011 [année 2010], 16 novembre 2012 [année 2011] et 22 janvier 2014 [année 2012]).
A.c.
Le 7 juillet 2017, l'Administration fiscale a informé le contribuable de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et en soustraction pour l'IFD et les ICC des années 2007 à 2012; selon une communication de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC), il n'avait en effet pas déclaré l'ensemble du chiffre d'affaires de son activité indépendante, ni certains de ses comptes bancaires et postaux.
Le 26 janvier 2022, l'Administration fiscale a notifié au contribuable et à son ex-épouse des bordereaux de rappel d'impôt pour l'IFD et les ICC des périodes fiscales 2007 à 2012. Elle a également notifié au seul contribuable un bordereau d'amende ICC et IFD pour l'année 2012.
Statuant le 17 novembre 2022 sur réclamation qu'elle a partiellement admise, l'Administration fiscale a modifié les bordereaux de rappel d'impôt ICC des années 2007, 2008 et 2010 à 2012 et ceux relatifs à l'IFD des années 2008, 2010 à 2012. Elle a maintenu les bordereaux de rappel d'impôt IFD et ICC 2009 et "les bordereaux d'amende y relatifs [recte: pour l'année 2012]".
B.
B.a.
Par jugement du 19 juin 2023, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI) a partiellement admis le recours du contribuable et a renvoyé le dossier à l'Administration fiscale pour nouveaux bordereaux de rappel d'impôt ICC et IFD des années 2010 et 2011, dans le sens des considérants.
B.b.
Statuant par arrêt du 31 octobre 2023 (cause A/4435/2022), la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative (ci-après: la Cour de justice), a annulé le jugement du TAPI du 19 juin 2023 dans le sens des considérants et renvoyé la cause à l'Administration fiscale pour qu'elle établisse de nouveaux bordereaux de rappel d'impôt relatifs aux années 2008 à 2012 dans le sens des considérants; elle a confirmé le jugement pour le surplus et constaté la prescription du droit de procéder au rappel d'impôt ICC et IFD 2007.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public déposé le 8 décembre 2023, A._ conclut à la réforme de l'arrêt cantonal du 31 octobre 2023 "au sens des considérants exposés", à l'annulation du jugement du TAPI du 19 juin 2023, ainsi qu'à l'annulation de la décision sur réclamation et des bordereaux d'impôt ICC et IFD des années 2008 à 2012. Il conclut également au renvoi de la cause à l'Administration fiscale pour qu'elle établisse de nouveaux bordereaux de rappel d'impôt ICC et IFD 2008 à 2012 en tenant compte notamment, pour chaque exercice concerné, d'une provision liée aux cotisations de l'assurance-vieillesse et survivants (AVS). Il conclut également au renvoi de la cause à l'Administration fiscale pour qu'elle établisse de nouveaux bordereaux d'amende IFD et ICC 2012 "équival[a]nt à 1/3 du rappel d'impôt" et pour qu'elle ordonne la jonction de la cause A/4435/2022 avec les causes A/4436/2022 et A/4437/2022. Il requiert de plus l'octroi de l'effet suspensif au recours.
L'Administration fiscale et l'AFC ont conclu au rejet du recours.

Considérant en droit :
I. Recevabilité et pouvoir d'examen
1.
1.1.
La décision attaquée est finale (
art. 90 LTF
) et a été rendue par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (
art. 86 al. 1 let
. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (
art. 82 let. a LTF
), ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions de l'
art. 83 LTF
. La voie du recours en matière de droit public est partant ouverte (cf. aussi art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
1.2.
L'instance précédente a traité dans un seul arrêt de l'IFD et des ICC, ce qui est admissible. Partant, le dépôt d'un seul acte de recours est aussi autorisé, dans la mesure où le recourant s'en prend clairement aux deux catégories d'impôts (
ATF 142 II 293
consid. 1.2;
135 II 260
consid. 1.3.1).
1.3.
D'après l'
art. 90 LTF
, le recours au Tribunal fédéral est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure et qui sont qualifiées de décisions finales. Un arrêt de renvoi constitue en principe une décision incidente, pour lequel un recours n'est ouvert qu'aux conditions des
art. 92 et 93 LTF
(
ATF 138 I 143
consid. 1.2). La jurisprudence qualifie toutefois un arrêt de renvoi de décision finale si l'autorité à laquelle l'affaire est renvoyée n'a aucune marge de manoeuvre, par exemple, en matière fiscale, s'il ne lui reste plus qu'à calculer le montant de l'impôt en appliquant les règles définies dans l'arrêt de renvoi (cf.
ATF 138 I 143
consid. 1.2;
135 V 141
consid. 1.1).
En l'espèce, en ce qui concerne les périodes fiscales 2008 à 2012, l'arrêt attaqué constitue formellement un arrêt de renvoi, puisqu'il annule le jugement du 19 juin 2023 du TAPI dans le sens des considérants et renvoie la cause à l'Administration fiscale pour qu'elle établisse à nouveau des bordereaux de rappel d'impôt pour les années 2008 à 2012 au sens des considérants. Ce renvoi ne laisse toutefois aucune marge de manoeuvre à l'Administration fiscale, à qui il est demandé de procéder à une nouvelle taxation en appliquant les règles définies par la Cour de justice, de sorte que l'arrêt cantonal doit être considéré comme une décision finale.
1.4.
Le recours a été déposé en temps utile et dans les formes requises par le recourant qui, destinataire de l'arrêt attaqué, a qualité pour recourir (cf.
art. 89 al. 1 LTF
). Il convient donc d'entrer en matière, sous réserve de ce qui suit.
1.5.
1.5.1.
Les conclusions du recourant relatives à l'annulation des bordereaux de taxation et d'amende, de la décision sur réclamation de l'intimée ainsi que du jugement du TAPI sont irrecevables, en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès de la Cour de justice (cf.
ATF 136 II 539
consid. 1.2; arrêt 9C_683/2023 du 18 décembre 2023 consid. 1.3).
1.5.2.
La conclusion du recourant tendant à ce que la cause soit renvoyée à l'Administration fiscale pour qu'elle ordonne la jonction de la cause A/4435/2022 avec les causes A/4436/2022 et A/4437/2022 - qui concerneraient selon lui les périodes fiscales 2013 à 2020 - est irrecevable, déjà faute de motivation (cf.
art. 42 al. 2 LTF
). Une telle conclusion est au demeurant mal fondée, puisqu'elle concerne l'autorité administrative qui n'est pas compétente pour joindre des causes déférées à l'autorité judiciaire (de deuxième instance).
Dans la mesure ensuite où le recourant sollicite du Tribunal fédéral "de bien vouloir ordonner la jonction de la présente cause avec les causes A/4436/2022 et A/4437/2022", sa requête doit être rejetée. La jonction de causes en instance fédérale ne peut porter que sur des procédures qui sont pendantes devant le Tribunal fédéral (cf.
art. 24 PCF
, en relation avec l'
art. 71 LTF
; comp. arrêt 5D_50/2007 du 12 juillet 2007 consid. non publié in
ATF 133 II 366
). Au demeurant, les principes sur la fixation de la peine en cas de concours d'infractions prévus par l'
art. 49 CP
, implicitement invoqués par le recourant lorsqu'il fait valoir "le risque évident d'un cumul de peines" n'est pas applicable aux amendes pour soustraction fiscale (
ATF 144 IV 136
consid. 7.2.2).
1.6.
Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (
art. 99 al. 1 LTF
). Cette exception, dont il appartient au recourant de démontrer que les conditions sont remplies (
ATF 143 V 19
consid. 1.1), vise les faits qui sont rendus pertinents pour la première fois par la décision attaquée, par exemple concernant le déroulement de la procédure devant l'instance précédente afin d'en contester la régularité, ou encore des faits postérieurs à l'arrêt attaqué permettant d'établir la recevabilité du recours. En dehors de ces cas, les nova ne sont pas admissibles, qu'il s'agisse de faits ou moyens de preuve survenus postérieurement à la décision attaquée (
ATF 144 V 35
consid. 5.2.4) ou d'éléments que les parties ont négligé de présenter aux autorités cantonales (
ATF 143 V 19
consid. 1.2;
136 III 123
consid. 4.4.3).
Le recourant produit des décisions de l'Office cantonal genevois des assurances sociales datées du 23 mars 2023, pour alléguer les montants des cotisations AVS, tels qu'ils ont été fixés pour les années 2008 à 2012 à la suite des rappels d'impôt prononcés. Il n'en sera pas tenu compte. En effet, ces pièces sont présentées pour la première fois en instance fédérale et le recourant n'explique pas pourquoi il n'aurait pas été en mesure de les produire devant la juridiction cantonale, alors qu'elles sont antérieures à l'arrêt déféré et qu'il y a fait référence lors de l'audience de comparution personnelle et de plaidoiries tenue par la Cour de justice le 20 octobre 2023. Elles ne résultent pas non plus de l'arrêt cantonal, puisque la question de l'admissibilité des provisions AVS avait déjà été discutée par les parties bien avant que la Cour de justice ne rende son arrêt.
2.
2.1.
D'après l'
art. 106 al. 1 LTF
, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (cf.
ATF 134 II 207
consid. 2; arrêt 2C_826/2015 du 5 janvier 2017 consid. 2, non publié in
ATF 143 I 73
).
2.2.
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (
art. 105 al. 1 LTF
), sous réserve des cas prévus à l'
art. 105 al. 2 LTF
. La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'
art. 95 LTF
ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (
art. 97 al. 1 LTF
;
ATF 145 V 188
consid. 2;
142 II 355
consid. 6). Conformément à l'
art. 106 al. 2 LTF
, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. À défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques appellatoires portant sur l'état de fait ou l'appréciation des preuves (cf.
ATF 147 IV 73
consid. 4.1.2;
140 III 264
consid. 2.3;
137 II 353
consid. 5.1).
II. Droit applicable, prescription et objet du litige
3.
Le litige porte sur la conformité au droit du rappel d'impôt IFD et ICC relatif aux périodes fiscales 2008 à 2012, ainsi que sur les amendes IFD et ICC prononcées pour l'année 2012. Il porte en particulier sur la prise en compte, pour chaque année, d'une provision AVS en lien avec les rappels d'impôt prononcés.
4.
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause. Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (arrêts 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.1, non publié in
ATF 140 I 68
; 9C_368/2023 du 25 octobre 2023 consid. 4).
Par conséquent, en matière d'IFD, c'est la LIFD dans sa teneur durant les années fiscales 2008 à 2012 qui est applicable. Quant aux ICC, ils sont régis par les anciennes lois genevoises des 31 août et 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques (aLIPP-I à V; abrogées au 31 décembre 2009), respectivement par la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques (LIPP; rs/GE D 3 08; cf. art. 69 LIPP), par la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc/GE; rs/GE D 3 17) et par la LHID, dans leur teneur en vigueur pendant les périodes litigieuses.
5.
5.1.
Le Tribunal fédéral examine d'office les questions de la prescription ou de la péremption lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable, tant pour l'IFD que les ICC, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf.
ATF 138 II 169
consid. 3.4; 9C_368/2023 du 25 octobre 2023 consid. 5).
5.2.
L'
art. 152 al. 1 LIFD
prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (
art. 152 al. 3 LIFD
; cf.
ATF 140 I 68
consid. 6.1). Les art. 61 al. 1 et 3 LPFisc/GE et 53 al. 2 et 3 LHID posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et les ICC.
En l'espèce et pour la période fiscale 2008, la prescription absolue pour procéder au rappel d'impôt de quinze ans a été atteinte le 31 décembre 2023, comme le relève du reste l'intimée. Partant, le droit de procéder au rappel d'impôt pour cette période est prescrit au jour où le présent arrêt est rendu pour l'IFD et les ICC relatifs à cette année.
III. Impôt fédéral direct
a) Rappel d'impôt
6.
La juridiction cantonale a considéré qu'il ressortait des pièces versées à la procédure et des explications fournies par le recourant lors de l'audience de comparution personnelle qu'il avait opté pour la méthode de l'encaissement en lien avec la tenue de sa comptabilité, ce qui signifiait que les cotisations AVS étaient enregistrées à la date de leur paiement. Ces cotisations étaient donc enregistrées à une date qui ne coïncidait pas avec l'année pour laquelle elles étaient dues. Dès lors, c'était le moment du règlement des factures par l'indépendant qui était déterminant. De plus, le contribuable n'avait pas tenu de comptabilité double, de sorte que la création de provisions en lien avec des cotisations AVS n'était pas possible. L'instruction avait révélé que des montants importants, soit au total près de 600'000 fr. pour les années 2008 à 2012, n'avaient pas été déclarés aux autorités fiscales. On ne pouvait dès lors admettre que c'est sans faute que le recourant aurait manqué d'intégrer de telles provisions dans sa comptabilité. En définitive, le paiement des cotisations n'était déductible que dans l'année de leur versement effectif.
7.
7.1.
Le recourant reproche d'abord à la cour cantonale d'avoir procédé à une constatation manifestement arbitraire des faits en ayant retenu qu'il avait utilisé la méthode de l'encaissement en lien avec la tenue de sa comptabilité. S'il est vrai, ainsi qu'il le relève, qu'il n'a aucunement fait de déclarations précises devant la Cour de justice au sujet du mode de comptabilisation qu'il avait utilisé contrairement à ce que les juges cantonaux ont retenu, le recourant ne démontre néanmoins pas que ceux-ci auraient procédé à des constatations arbitraires à ce sujet. Il se borne en effet à se référer notamment aux états financiers des années 2008 à 2012 et à alléguer que "ces éléments démontrent à eux seuls la méthode de comptabilisation appliquée, sans qu'il soit nécessaire d'ajouter plus de commentaires". Au demeurant, la lecture de ces pièces ne permet pas de conclure que le contribuable aurait eu recours à un autre mode de comptabilisation que celui de l'encaissement, dont il n'explicite au demeurant pas la nature.
7.2.
Le recourant reproche ensuite à la Cour de justice une violation du droit fédéral. En particulier, il se fonde sur l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_435/2017 du 18 février 2019 pour parvenir à la conclusion que l'intimée aurait dû procéder d'office à la correction des états financiers, de sorte qu'elle aurait violé une disposition impérative du droit comptable. De la sorte, l'Administration fiscale aurait été tenue de calculer les montants des cotisations AVS dont il devait vraisemblablement s'acquitter (à la suite du rappel d'impôt) pour les périodes fiscales concernées et les inclure dans le "bilan fiscal" sous forme de provision, afin de respecter le principe d'égalité de traitement et faire dès lors ressortir la situation financière réelle du contribuable.
8.
8.1.
Sont déduits du revenu imposable des personnes physiques les primes, cotisations et montants légaux, statutaires ou réglementaires versés à l'assurance-vieillesse et survivants, à l'assurance-invalidité et à des institutions de la prévoyance professionnelle (
art. 33 al. 1 let
. f LIFD).
8.2.
D'après l'
art. 125 al. 2 LIFD
, les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale ou, à défaut d'une comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés. L'
art. 125 al. 2 LIFD
ne précise pas les exigences auxquelles doivent répondre ces états et relevés, qui dépendent des circonstances du cas d'espèce, en particulier du type d'activité et de l'ampleur de cette dernière. Dans tous les cas, ils doivent être propres à garantir une saisie complète et fiable du revenu et de la fortune liés à l'activité lucrative indépendante et pouvoir être contrôlés dans des conditions raisonnables par les autorités fiscales (arrêt 2C_487/2022 du 5 septembre 2023 consid. 4.2).
8.3.
Aux termes de l'
art. 29 al. 1 let. a LIFD
, des provisions peuvent être constituées à la charge du compte de résultats pour les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé. Les véritables provisions au sens de l'
art. 29 al. 1 let. a LIFD
se distinguent par le fait qu'elles sont constituées pour un engagement fondé sur la loi ou sur un contrat (
ATF 147 II 209
consid. 4.1.1). La provision permet d'imputer au bénéfice de l'exercice en cours une charge ou une perte effective ou à tout le moins vraisemblable, mais dont le montant n'est pas encore connu avec précision et qui ne sera déterminé que dans une période ultérieure (
ATF 141 II 83
consid. 5.1).
Selon la jurisprudence, l'admissibilité d'une provision au plan fiscal suppose la réalisation de deux conditions cumulatives. Il faut d'une part qu'elle soit justifiée par l'usage commercial et d'autre part qu'elle ait été dûment comptabilisée. Si une provision n'a pas été comptabilisée, sa prise en compte au plan fiscal est en principe exclue. L'admission au plan fiscal d'une provision non comptabilisée doit néanmoins intervenir si cette absence de comptabilisation viole une norme du droit commercial impérative sous l'angle du droit fiscal, comme l'
art. 960e al. 2 CO
(sur cette disposition, cf. arrêt 2C_487/2022 du 5 septembre 2023 consid. 4.3). Une telle correction du bilan ("Bilanzberichtigung") ne peut toutefois être admise qu'à titre exceptionnel. Le Tribunal fédéral a par ailleurs récemment souligné qu'une correction du bilan ne pouvait pas intervenir pour compenser une omission comptable imputable au contribuable (arrêts 2C_487/2022 du 5 septembre 2023 consid. 4.4; 2C_784/2017 du 8 mars 2018 consid. 7.3; cf. aussi arrêt 2C_29/2012 du 16 août 2012 consid. 2.1, in RF 67/2012 p. 756). Il a en revanche admis qu'il fallait corriger une provision pour impôt qui avait bien été comptabilisée, mais qui était devenue insuffisante en raison d'une reprise effectuée dans le bénéfice imposable (
ATF 141 II 83
consid. 5.5; cf. aussi arrêt 2C_487/2022 du 5 septembre 2023 consid. 4.4).
8.4.
Les cotisations sociales, dont le paiement repose sur la loi, peuvent être rangées dans la catégorie des provisions (arrêt 2C_487/2022 du 5 septembre 2023 consid. 4.4 et la référence). En particulier, les cotisations AVS se calculent sur la base du revenu découlant du résultat de l'exercice commercial clos au cours de l'année de cotisation et du capital propre investi dans l'entreprise à la fin de l'exercice commercial (art. 22 al. 2 du règlement du 31 octobre 1947 sur l'assurance-vieillesse et survivants [RAVS; RS 831.101]). Pour établir le revenu déterminant, les autorités fiscales cantonales se fondent sur la taxation passée en force de l'impôt fédéral direct (
art. 23 al. 1 RAVS
). Les cotisations définitives ne peuvent donc être déterminées, au plus tôt, que l'année suivant celle en cause. Pendant l'année de cotisation, les personnes tenues de payer des cotisations doivent verser périodiquement des acomptes de cotisations (
art. 24 al. 1 RAVS
). Qu'elles soient considérées comme privées ou commerciales, les cotisations sociales d'un indépendant peuvent faire l'objet d'une provision si le contribuable tient une comptabilité en partie double. Le contribuable peut également choisir une méthode plus simple et enregistrer les cotisations, soit à la date de la facture (des acomptes et des décisions définitives), soit à celle du paiement, même si cela ne coïncide pas avec l'année pour laquelle les cotisations sont dues. Lorsque le contribuable a choisi une des méthodes admises, il doit s'y tenir (cf. arrêt 2C_487/2022 du 5 septembre 2023 consid. 4.5 et les références).
8.5.
Dans le contexte particulier d'une procédure en rappel d'impôt et en soustraction en lien avec la possibilité de provisionner des cotisations AVS, le Tribunal fédéral a considéré que l'autorité de taxation doit d'office calculer le montant des cotisations AVS vraisemblablement dû par le contribuable pour la période fiscale concernée et provisionner ce montant, afin que la taxation corresponde le plus possible à la situation financière réelle du contribuable (arrêts 9C_738/2022 du 30 mai 2023 consid. 5.1; 2C_435/2017 du 18 février 2019 consid. 2.3.2).
En l'occurrence, en application de ces principes dans le cas où un rappel d'impôt et une amende pour soustraction ont été prononcés à l'encontre du contribuable, l'Administration fiscale aurait été tenue d'office de calculer (provisoirement) le montant des cotisations AVS vraisemblablement dû par le recourant pour les périodes fiscales concernées et de tenir compte des provisions correspondantes qui viennent diminuer le bénéfice imposable, afin que la taxation corresponde le plus possible à la situation financière réelle du contribuable. En ne retenant pas une telle correction, la Cour de justice a violé le droit fédéral. Il n'y a en effet pas de raison de traiter différemment le présent cas de celui jugé par l'arrêt 2C_435/2017 du 18 février 2019, dans lequel le contribuable avait alors fait l'objet d'une procédure en rappel d'impôt et en soustraction fiscale (même si celles-ci étaient consécutives à une procédure de taxation d'office et non d'une taxation ordinaire).
On ne saurait parvenir à une conclusion différente en suivant le raisonnement des juges cantonaux selon lequel c'est en raison de la faute du contribuable - celui-ci ayant omis de déclarer près de 600'000 fr. durant les années fiscales litigieuses - qu'aucune provision n'avait été effectuée par avance, de sorte qu'il n'y avait pas lieu d'admettre une déduction pour les périodes litigieuses. En effet, le Tribunal fédéral a jugé au consid. 5.5 de l'
ATF 141 II 83
, auquel les arrêts 9C_738/2022 du 30 mai 2023 et 2C_435/2017 du 18 février 2019 se réfèrent explicitement, que les motifs pour lesquels un contribuable ne prend pas en compte une provision dans le bilan n'est pas pertinent, pas plus que le fait de savoir si la reprise en cause est prévisible. Cette solution ne remet pas en cause les principes précédemment rappelés, selon lesquels une correction du bilan ne peut pas intervenir pour compenser une omission comptable imputable au contribuable (supra consid. 8.3). Il ne s'agit pas en l'espèce de "récompenser" les omissions comptables qui sont imputables au recourant, en l'autorisant à déterminer son bénéfice imposable à sa guise (cf. arrêt 2C_784/2017 du 8 mars 2018 consid. 7.3) mais bien, dans le contexte particulier d'une procédure en rappel d'impôt, de faire correspondre le plus possible la taxation à la situation financière réelle du contribuable.
En conséquence, le recours est bien fondé sur ce point, si bien que le montant du rappel d'impôt pour les années 2009 à 2012 devra être établi à nouveau (infra consid. 12.1).
b) Soustraction d'impôt
9.
9.1.
S'agissant des amendes prononcées pour l'année 2012, la juridiction cantonale a considéré que le recourant disposait des capacités suffisantes pour se rendre compte des conséquences de l'absence d'enregistrement de certaines recettes dans les comptes de son entreprise et qu'il ne pouvait pas ignorer que plusieurs comptes bancaires et biens immobiliers notamment ne figuraient pas dans ses déclarations fiscales. Le fait que sa comptabilité et ses déclarations fiscales avaient été établies par une fiduciaire ne permettait pas au contribuable de se "décharger" de ses obligations fiscales. S'agissant de la quotité de l'amende, fixée à une fois le montant des impôts soustraits, les juges précédents ont confirmé l'amende prononcée par l'Administration fiscale, dont la quotité était justifiée. Le montant des reprises sur le chiffre d'affaires était en effet relativement important et les éléments non déclarés l'avaient été pendant presque dix ans, ce qui constituaient des éléments à charge. Le caractère intentionnel de l'infraction - à tout le moins par dol éventuel - était réalisé et la bonne collaboration du contribuable devait être considérée comme neutre en matière de quotité de la peine.
9.2.
Le recourant reproche à la juridiction cantonale de n'avoir pas tenu compte de sa situation personnelle, en omettant qu'il n'avait aucune formation particulière ni connaissance des exigences requises en matière comptable et/ou fiscale. Il conteste le principe et la quotité de l'amende.
10.
10.1.
10.1.1.
Selon l'
art. 175 al. 1 LIFD
, est notamment puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète (al. 1); en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait; si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2).
D'un point de vue objectif, il suffit que, dans la procédure de taxation, le contribuable donne à l'autorité fiscale des renseignements inexacts, en particulier en fournissant une déclaration d'impôt incomplète n'étant pas conforme à la vérité au sens de l'
art. 124 al. 2 LIFD
. Si le contribuable n'est pas sûr de la signification fiscale d'un fait, il ne peut pas simplement le passer sous silence, mais doit signaler l'incertitude. En tout état de cause, il doit exposer le fait en tant que tel de manière complète et exacte. Sur le plan subjectif, la soustraction suppose un agissement intentionnel de l'auteur (cf. arrêt 9C_578/2023 du 27 novembre 2023 consid. 11.2.1 et la référence).
10.1.2.
Le montant de l'impôt soustrait constitue le premier élément de fixation de la peine. Celle-ci doit ensuite être fixée selon le degré de faute de l'auteur. En présence d'une infraction intentionnelle sans circonstances particulières, l'amende équivaut en règle générale au montant de l'impôt soustrait. En cas de faute grave, l'amende doit donc en principe être supérieure à une fois l'impôt soustrait et peut être au plus triplée (cf. art. 175 al. 2 in fine LIFD). La quotité précise de l'amende doit par ailleurs être fixée en tenant compte des dispositions de la partie générale du Code pénal suisse (CP; RS 311.0) qui ont vocation à s'appliquer en droit pénal fiscal, à moins que la LIFD ne contienne des dispositions sur la matière (cf.
art. 333 al. 1 CP
). Conformément à l'
art. 106 al. 3 CP
, l'amende doit être fixée en tenant compte de la situation de l'auteur, afin que la peine corresponde à la faute commise. Les principes régissant la fixation de la peine prévus à l'
art. 47 CP
s'appliquent. En droit pénal fiscal, les éléments principaux à prendre en considération sont le montant de l'impôt éludé, la manière de procéder, les motivations, ainsi que les circonstances personnelles et économiques de l'auteur. Les circonstances atténuantes de l'
art. 48 CP
sont aussi applicables par analogie en droit pénal fiscal (
ATF 144 IV 136
consid. 7.2.1 et 7.2.2 et les références).
10.1.3.
Le Tribunal fédéral n'examine le montant de l'amende pour soustraction d'impôt que sous l'angle de l'excès ou de l'abus du pouvoir d'appréciation et, par conséquent, n'annule une amende que si l'instance précédente a abusé ou excédé le cadre pénal, qu'elle s'est écartée de considérations juridiques pertinentes ou qu'elle a arbitrairement fixé une peine trop légère ou trop lourde (
ATF 144 IV 136
consid. 9.1 et les références).
10.2.
C'est en vain que le recourant soutient qu'il n'avait ni conscience ni volonté d'éluder l'impôt, au motif qu'il n'aurait aucune connaissance ou expérience dans le domaine fiscal et que c'est la raison pour laquelle il aurait fait appel "à une fiduciaire de renom". Il ne saurait davantage être suivi lorsqu'il affirme qu'il ne pouvait pas être attendu de lui "qu'il vérifie sa comptabilité et ses déclarations fiscales dans les moindres détails, encore moins qu'il puisse déceler des erreurs et/ou irrégularités". En effet, la Cour de justice a considéré à bon droit que le recourant ne pouvait pas ignorer que plusieurs comptes bancaires et bien immobiliers lui appartenant, de même que le contenu de son coffre-fort, ne figuraient pas dans ses déclarations d'impôt et que plus de 600'000 fr. n'avaient pas été déclarés durant les périodes fiscales en cause. C'est en outre de manière convaincante que les juges cantonaux ont considéré qu'il n'était pas déterminant sous l'angle des conditions d'une soustraction fiscale que le contribuable avait confié à une fiduciaire le soin d'effectuer sa comptabilité et ses déclarations fiscales.
10.3.
S'agissant en premier lieu du montant de l'impôt soustrait, on constate que celui-ci doit être recalculé par l'Administration fiscale, en raison des diminutions des rappels d'impôt consécutives à la prise en compte des montants des provisions relatives aux cotisations AVS (cf. supra consid. 8.5). Cela a donc une conséquence sur l'amende infligée au recourant pour l'année 2012, qui devra être à nouveau déterminée par l'Administration fiscale. Dans cette mesure, le recours se révèle bien fondé s'agissant de l'amende IFD pour l'année 2012.
Ensuite et s'agissant de la quotité de l'amende en tant que telle, qui a été fixée à une fois l'impôt soustrait, le recourant ne démontre pas que la Cour de justice aurait excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation et celle-ci apparaît conforme aux critères posés par la jurisprudence (supra consid. 11.1.2), et ce quand bien même la bonne collaboration du contribuable constitue en principe un facteur d'atténuation de la peine (comp. arrêt 6B_1086/2019 du 6 mai 2020 consid. 7.5 et les références). En effet, les divers éléments invoqués par le contribuable (soit l'absence d'antécédents, son âge proche de la retraite, son état de santé, ses démarches subséquentes pour s'assurer que sa comptabilité et ses déclarations fiscales soient établies de manière correcte ou encore l'écoulement du temps), ainsi que le fait qu'il n'aurait "pas systématiquement procédé à des montages complexes et de l'évasion fiscal[e] pour des millions" ne permettent pas davantage de conclure que la juridiction cantonale aurait excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation. C'est le lieu de rappeler à ce sujet qu'en présence d'une infraction intentionnelle sans circonstances particulières, comme c'est le cas en l'espèce, l'amende équivaut en règle générale au montant de l'impôt soustrait (supra consid. 10.1.2). Le recours est dès lors mal fondé sur ce point.
IV. Impôts cantonaux et communaux
11.
11.1.
Les dispositions topiques du droit cantonal, soit les
art. 3 al. 3 let
. e et g LIPP-V, 30 let. e et g LIPP, ainsi que 29 al. 2 LPFisc ont un contenu identique aux art. 29 al. 1 let. a, 33 al. 1 let. f et 125 al. 2 LIFD et sont conformes aux
art. 9 al. 2 let
. d, 10 al. 1 let. b et 16 al. 2 LHID. Partant, les considérations relatives à l'impôt fédéral direct (supra consid. 8 et 9) valent également pour les impôts cantonaux et communaux.
11.2.
S'agissant de la soustraction d'impôt, l'art. 69 LPFisc a la même teneur que l'
art. 56 al. 1 LHID
, qui correspond à l'
art. 175 LIFD
(arrêt 9C_715/2022 du 19 juillet 2023 consid. 15 et la référence). Les considérations développées pour l'IFD (supra consid. 10) s'appliquent
mutatis mutandis
aux ICC de la période fiscale sous examen. En effet, et selon la jurisprudence, l'examen du Tribunal fédéral s'effectue de la même manière pour l'amende fédérale et pour l'amende cantonale et communale, car les mêmes principes s'appliquent pour les deux types d'impôts (
ATF 144 IV 136
consid. 9.2). En conséquence, le recours est bien fondé en tant qu'il concerne l'amende ICC 2012.
V. Conclusion, frais et dépens
12.
12.1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt attaqué est annulé en ce sens que le droit de procéder au rappel d'impôt pour l'IFD et les ICC de la période fiscale 2008 est prescrit et que le rappel d'impôt y relatif est supprimé. La cause est en outre renvoyée à l'Administration fiscale pour qu'elle rende de nouvelles décisions de rappel d'impôt 2009 à 2012 et d'amende 2012, en tenant compte de provisions AVS pour la taxation de l'IFD et les ICC des pé riodes fiscales 2009 à 2012.
Vu le présent arrêt, la requête d'octroi de l'effet suspensif est sans objet.
12.2.
Le recourant obtient largement gain de cause dans la présente procédure. Il conviendra partant de lui faire supporter des frais judiciaires réduits (
art. 66 al. 1 LTF
), alors que le canton de Genève, en tant qu'il succombe dans une large mesure, supportera une partie des frais judiciaires, mais dans une proportion supérieure (
art. 66 al. 1 et 4 LTF
). Il versera également au recourant une indemnité à titre de dépens légèrement réduits (
art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF
). La cause sera pour le surplus renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure (cf.
art. 67 LTF
).
12.3.
Le présent arrêt met fin à la prescription absolue de 15 ans tant en ce qui concerne l'IFD (
art. 120 al. 4 LIFD
) que les ICC (
art. 47 al. 1 LHID
). Le fait que la cause est renvoyée à l'Administration fiscale pour qu'elle émette de nouveaux bordereaux n'y change rien, car le renvoi ne porte que sur la prise en compte des provisions AVS (comp. arrêt 9C_578/2023 du 27 novembre 2023 consid. 13.2; cf.
ATF 138 I 143
consid. 1.2).