พระนครกรุงเก่าอุดงมีชัย ราชทูตตะวันตกเข้าเฝ้าสมเด็จพระหริรักษ์รามมหาอิศราธิบดีที่กรุงอุดงมีชัย อาณาจักรเขมรอุดง มีศูนย์กลางอยู่ที่เมืองอุดงมีชัยหรืออุดงฦๅไชยตั้งแต่ พ.ศ. 2161 ในสมัยนี้เรียกอีกอย่างหนึ่งว่าเป็น 'ยุคมืดของเขมร' เพราะเป็นสมัยที่อาณาจักรเขมรเสื่อมอำนาจมีการแย่งชิงราชสมบัติกันตลอดเวลาแทบทุกรัชกาล เรียกได้ว่ามีกษัตริย์เขมรน้อยพระองค์นักในสมัยนี้ที่จะสวรรคตอย่างสมพระเกียรติ และยังมีการดึงญวนและกรุงศรีอยุธยา(ในเวลาต่อมากรุงธนบุรีและกรุงรัตนโกสินทร์) เข้ามาร่วมในศึกแย่งราชสมบัติด้วยทำให้อาณาจักรเขมรต้องตกเป็นประเทศราชของทั้งสองประเทศ ความรุ่งเรืองในระยะแรก สตรีเขมรชั้นสูงและบริวารชายที่พระนครอุดงมีชัย สมัยอุดงตอนต้น สมเด็จพระบรมราชาฯ พระศรีสุริโยพรรณ ทรงสละราชสมบัติคืนแก่พระโอรสทั้งสองพระองค์ใน พ.ศ. 2161 พระไชยเชษฐามหาอุปราชขึ้นครองราชสมบัติเป็น สมเด็จพระไชยเชษฐาธิราชฯ และพระอุไทยมหาอุปราชอีกองค์เป็น สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 9 ใน พ.ศ. 2164 สมเด็จพระเจ้าทรงธรรมแห่งกรุงศรีอยุธยาทรงกรีฑาทัพสยามบุกเข้ามาในเมืองกัมพูชา ด้วยเหตุที่ทางฝ่ายสยามเห็นว่าเมืองกัมพูชากระด้างกระเดื่องไม่ยอมอ่อนน้อมเหมือนในรัชสมัยสมเด็จพระนเรศวรมหาราช แต่กระนั้นสมเด็จพระไชยเชษฐาฯก็ทรงเอาชนะสยามได้ที่พนมจังกาง ใน พ.ศ. 2165 ทัพสยามก็บุกเข้ามาอีกครั้งนำโดยพระศรีศิลป์มหาอุปราช ก็ยกมาอีกแล้วฝ่ายสยามก็ต้องถอยกลับอีก สมเด็จพระไชยเชษฐาธิราชฯ ทรงมีอัครมเหสีเป็นคนญวน คือ สมเด็จพระภัควดีพระบวรกษัตรี เป็นธิดาของเจ้าญวนใต้ (ขณะนั้นญวนแบ่งเป็นฝ่ายเหนือและฝ่ายใต้ ฝ่ายใต้ปกครองโดยขุนนางตระกูลเหงียน) เหงียนฟุกเหงียน (Nguyễn Phúc Nguyên) จึงพระราชทานเมืองไซ่ง่อนให้พวกญวน (เวียดนาม) อพยพเข้ามาอยู่อาศัย เพื่อเป็นการผูกสัมพันธไมตรี ความขัดแย้งระหว่างพระราชวงศ์สองสาย สมเด็จพระไชยเชษฐาธิราชฯแห่งนครกัมพูชาสวรรคตใน พ.ศ. 2170 สมเด็จพระศรีธรรมราชาพระโอรสซึ่งผนวชอยู่นั้นได้ราชสมบัติไป แต่พระศรีธรรมราชาประสงค์จะอยู่ในสมณเพศต่อไป จึงให้พระมาตุลาคือ สมเด็จพระบรมราชาฯที่ 9 ดำรงพระยศเป็นพระมหาอุปยุวราชสำเร็จราชการแทนพระศรีธรรมราชา ใน พ.ศ. 2173 (จังหวะที่กรุงสยามกำลังเกิดเหตุจลาจลคราวสมเด็จพระเจ้าปราสาททองช่วงชิงราชสมบัติจากสมเด็จพระไชยเชษฐาธิราชและสมเด็จพระอาทิตยวงศ์) พระมหาอุปยุวราชทรงบัญชาการทัพเขมรในการบุกตีเมืองนครราชสีมากวาดต้อนผู้คนมาบ้าง ใน พ.ศ. 2175 พระศรีธรรมราชาทรงลาสิกขาบทกลับสู่ราชสมบัติ ปรากฏว่าเกิดทรงวิวาทกับพระมหาอุปราชจนนำทัพเข้าห้ำหั่นกัน จนพระศรีธรรมราชาสวรรคตในสงคราม พ.ศ. 2177 เมื่อเป็นดั่งนี้แล้ว พระมหาอุปยุวราชจึงทรงยกเอาเจ้าพระยาหนู พระอนุชาต่างพระราชมารดากับพระศรีธรรมราชา (พระโอรสในสมเด็จพระไชยเชษฐาฯกับพระสนม) ขึ้นเป็น สมเด็จพระองค์ทองฯ ในรัชกาลนี้ พ.ศ. 2180 เมืองฮอลันดาส่งราชทูตมาเข้าเฝ้า ทำให้อาณาจักรเขมรได้ติดต่อค้าขายกับฮอลันดา สมเด็จพระองค์ทองฯอยู่ในราชสมบัติถึง พ.ศ. 2182 ก็สวรรคต คราวนี้พระมหาอุปยุวราชโปรดฯให้พระโอรสของพระองค์เองคือ นักนอน ได้ขึ้นครองราชสมบัติเป็นสมเด็จพระปทุมราชาธิราชที่ 1 แต่อยู่ในราชสมบัติได้เพียง 3 ปี เจ้าพระยาจันทร์ พระโอรสในสมเด็จพระไชยเชษฐาฯกับพระสนมอีกนาง ได้จ้างวารมือสังหารมาลอบปลงพระชนม์สมเด็จพระปทุมราชาฯและพระมหาอุปยุวราชสวรรคตทั้งสองพระองค์ใน พ.ศ. 2184 เจ้าพระยาจันทร์ ขึ้นครองราชสมเด็จเป็นสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 สมเด็จพระรามาธิบดีฯ ทรงรักใคร่ชอบพอกับนางแขกมลายูนางหนึ่งเป็นอย่างมาก และประสงค์จะให้เป็นชายา จึงทรงเข้ารีตศาสนาพระมหะหมัด (ศาสนาอิสลาม) และได้รับพระนามใหม่คือ มูหะหมัด อิบราฮิม (Muhammad Ibrahim) เป็นที่สะทกสะท้านต่อทั้งพระราชวงศ์ พระวงศานุวงศ์ทั้งหลายจึงคิดอ่านหาทางโค่นสมเด็จพระรามาธิบดีฯกษัตริย์นอกพระศาสนานี้ให้จงได้ ใน พ.ศ. 2202 ปรากฏว่า สมเด็จพระภัควดีพระบวรกษัตรี พระพันปีหลวง อัครมเหสีของสมเด็จพระไชยเชษฐาธิราชฯ เป็นธิดาของเจ้าญวนใต้ (ขณะนั้นญวนแบ่งเป็นฝ่ายเหนือและฝ่ายใต้) ได้ขอให้เจ้าเหงียนฟุกต่าน (Nguyễn Phúc Tần) แห่งญวนใต้ส่งทัพเข้ามาบุกกัมพูชา จับองค์สมเด็จพระรามาธิบดีใส่กรงทองกลับเมืองญวน สวรรคตที่เมืองญวน แต่ปรากฏว่า นักโส พระโอรสในสมเด็จพระบรมราชาธิราชมหาอุปยุวราชที่ถูกปลงพระชนม์ไปนั้น ได้ถือโอกาสเข้ายึดอำนาจในสถานการณ์บ้านเมืองที่สับสน และขับทัพญวนกลับออกไปได้ในพ.ศ. 2203 ขึ้นครองราชสมบัติเป็นสมเด็จพระบรมราชาฯที่ 10 แต่ก็ทรงถูกสมเด็จพระศรีไชยเชษฐ (นักองค์สงวน)พระนัดดาและพระราชบุตรเขย (พระโอรสในพระปทุมราชาที่ 1 นักนอน อภิเษกกับพระธิดาในนักโส) ลอบปลงพระชนม์ใน พ.ศ. 2215 สมเด็จพระศรีไชยเชษฐขึ้นครองราชสมบัติเป็น สมเด็จพระไชยเชษฐาธิราชที่ 3 การแทรกแทรงจากญวนฝ่ายใต้และสยาม สมเด็จพระไชยเชษฐาฯ ทรงตั้งพระรามาธิบดีพระอนุชาเป็นพระมหาอุปราช แต่ในปีเดียวกันนั้นพระรามาธิบดีกลับเสด็จไปเมืองญวน เพื่อขอให้เหงียนฟุกต่านเจ้าญวนใต้ส่งทัพมาบุกกัมพูชาอีกครั้งเพื่อยึดราชบัลลังก์ให้องค์พระรามาธิบดีเอง สมเด็จพระไชยเชษฐาฯจึงทรงแก้เผ็ดโดยการนำพระท้าวกษัตรีชายาของพระรามาธิบดีมาเป็นชายาของพระองค์เอง พระท้าวกษัตรีพิโรธโกรธแค้นจึงให้ทหารแขกจามและมลายูมาลอบปลงพระชนม์สมเด็จพระไชยเชษฐาฯในพ.ศ. 2216 นักชี พระโอรสในสมเด็จพระบรมราชาฯนักโส จึงเข้าปกครองเขมรเป็นสมเด็จพระแก้วฟ้าฯ แต่ยังไม่ทันจะผ่านพิธีบรมราชาภิเษก พระรามาธิบดีก็ทรงยกทัพญวนเข้ามารบพระแก้วฟ้าฯ พระแก้วฟ้าทรงถอยไปทางตะวันตก ขณะที่พระรามาธิบดียึดได้เขมรฝากตะวันออกใน พ.ศ. 2217 สมเด็จพระรามาธิบดีสวรรคต นักโนน พระโอรสขึ้นมาเป็นผู้นำฝ่ายญวนแทน ในพ.ศ. 2219 สมเด็จพระแก้วฟ้าสิ้นพระชนม์ พระอนุชาสมเด็จพระศรีไชยเชษฐาฯขึ้นครองราชสมบัติต่อ สมเด็จพระศรีไชยเชษฐาฯได้ขอความช่วยเหลือจากกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระนารายณ์มหาราชจึงทรงส่งทัพมาช่วยนำโดยคอนสแตนติน ฟอลคอน (Constantine Phaulkon) จึงสามารถขับไล่ทัพญวนของนักโนนกลับไปเมืองญวนได้สำเร็จในพ.ศ. 2222 นักโนน มีพระชายาเป็นคนจีน จึงได้ปลุกระดมเอาคนจีนในเมืองญวนนั้นมาเข้าพวกพระองค์แล้วยกมาบุกเมืองกัมพูชาอีกในพ.ศ. 2225 บุกมาถึงเมืองอุดง สมเด็จพระศรีไชยเชษฐาฯเสด็จหนีออกนอกเมืองแลเวเกณฑ์ทัพกลับมาขับไล่นักโนนออกไปได้ในพ.ศ. 2226 เมื่อพ.ศ. 2227 นักโนนยกทัพมาอีกคราวนี้ตั้งอยู่ที่เมืองศรีสุนทร ทั้งสองฝ่ายต่างคุมเชิงกันจนกระทั่งทัพจีนจากศรีสุนทรก็ยกเข้ามาในพ.ศ. 2231 แต่ถูกสมเด็จพระศรีไชยเชษฐาฯตีแตกไป เมื่อพ.ศ. 2232 เมื่อพ่ายแพ้แล้วนักโนนจึงไปขอเจ้าญวนใต้ให้ส่งทัพมาช่วยอีก ปรากฏว่าก็พ่ายแพ้อีกและต้องเสด็จหนีไปอยู่เวียดนามเป็นการถาวร สมเด็จพระศรีไชยเชษฐาฯประกอบพิธีบรมราชาภิเษกเมื่อพ.ศ. 2233 เมื่อพ.ศ. 2238 สมเด็จพระศรีไชยเชษฐาฯก็ทรงสละราชสมบัติให้แก่พระอนุชา เป็นสมเด็จพระรามาธิบดีฯที่ 2 ส่วนสมเด็จพระศรีไชยเชษฐาฯก็ทรงออกผนวช สมเด็จพระรามาธิบดีอยู่ในราชสมบัติได้เพียงหนึ่งปีก็สวรรคตในพ.ศ. 2239 สมเด็จพระศรีไชยเชษฐาฯทรงเอาราชสมบัติคืนกลับขึ้นเป็นกษัตริย์เขมร แล้วให้ไปรับตัวนักอิ่ม พระราชบุตรของนักโนนจากเมืองญวนกลับมาตั้งเป็นสมเด็จพระแก้วฟ้า เพื่อขจัดความขัดแย้งในพระราชวงศ์จะได้ไม่ต้องไปพึ่งญวนอีก แล้วให้พระแก้วฟ้าอภิเษกกับพระราชธิดา ในพ.ศ. 2244 สมเด็จพระศรีไชยเชษฐาฯยกราชสมบัติให้สมเด็จพระแก้วฟ้าแล้วทรงออกผนวช แต่ผ่านไปสามวันสมเด็จพระแก้วฟ้าก็ถวายราชสมบัติคืน คล้ายกับว่าสมเด็จพระศรีไชยเชษฐาฯจะทรงสละราชสมบัติให้ได้ ในพ.ศ. 2245 ก็ทรงสละให้พระศรีธรรมราชาพระราชโอรส ขึ้นเป็นกษัตริย์เขมร แต่พระศรีธรรมราชาครองราชสมบัติอยู๋ได้ 3 ปี ก็ทรงเวนคืนราชสมบัติให้พระบิดาอีกในพ.ศ. 2247 บังเอิญเป็นช่วงเวลาเดียวกับที่อาณาจักรล้านช้างระส่ำระสายแตกเป็นสามอาณาจักร สงครามทำให้ชาวลาวจำนวนมากอพยพลงมาเมืองกัมพูชา พระศรีไชยเชษฐาฯก็โปรดฯให้รับไว้ ในพ.ศ. 2250 ก็มอบราชสมบัติให้พระโอรสอีก พระศรีธณรมราชามีพระราชโองการให้พวกคนลาวอพยพย้ายไปอยู่ที่เกาะราม ปรากฏพวกลาวไม่ยอม ไปเข้าพวกกับพระแก้วฟ้า พระศรีธรรมราชาและพระแก้วฟ้าสองกษัตริย์เขมรจึงทำสงครามกัน ฝ่ายพระแก้วฟ้าขอให้เจ้าญวนใต้ เหงียนฟุกชู (Nguyễn Phúc Chu) รวมทั้งพวกคนป่าชาวเขาทางตะวันออกส่งทัพมาช่วยรบ พระศรีธรรมราชาและนักตน (พระราชนัดดาในสมเด็จพระแก้วฟ้านักชี) สู้ไม่ได้จึงเสด็จหลบหนีไปกรุงศรีอยุธยา ขอพิ่งพระบรมโพธิสมภารสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระ ในพ.ศ. 2259 นักตนหรือพระองค์ทองฯ กราบทูลลาสมเด็จพระเจ้าท้ายสระนำทัพสยามมาตั้งที่เมืองพระตะบองและโพธิสัตว์หมายจะเอาราชสมบัติคืน แต่ทรงสู้ทัพญวนและพวกคนป่าไม่ได้ต้องเสด็จหนีเข้าป่าไป ในพ.ศ. 2260 สมเด็จพระเจ้าท้ายสระจึงโปรดฯให้เจ้าพระยาจักรีนำทัพบกหมื่นนาย พระยาโกษาและพระยาเดโชนำทัพเรือห้าพันนาย ยกมาตีเมืองอุดงและบันทายมาศตามลำดับ ทัพเรือสยามพ่ายแพ้ทัพเรือญวนที่บันทายมาศ แต่บนบกเจ้าพระยาจักรีจากฝ่ายสยาม และพระศรีธรรมราชาและพระองค์ทองฝ่ายเขมรเดินทัพมาถึงเมืองอุดงในพ.ศ. 2261 ทัพญวนในเมืองออกมาต่อสู้แต่แตกพ่าย สมเด็จพระแก้วฟ้าจึงเสด็จออกมาเจรจากับฝายสยาม ขอยอมอ่อนน้อมและจะแต่งต้นไม้เงินต้นไม้ทองเป็นบรรณาการไปให้ นับแต่นั้นมาอาณาจักรเขมรก็ต้องส่งบรรณาการให้กับสยาม และเจ้าพระยาจักรก็นำเจ้าเขมรทั้งสองกลับไปกรุงศรีฯ ให้พระแก้วฟ้าครองราชสมบัติดังเดิม รวมทั้งพระราชทางดินแดนบางส่วนของปากแม่น้ำโขงให้ญวนเป็นการตอบแทน ถึงพ.ศ. 2265 สมเด็จพระแก้วฟ้าก็มอบราชสมบัติให้พระโอรสพระสัตถา พระสัตถาครองเมืองเขมรมาจนถึงพ.ศ. 2272 ก็มอบราชสมบัติคืนให้พระราชบิดา สมเด็จพระแก้วฟ้าก็ทรงรับไว้แต่แล้วไม่กี่เดือนก็ยกให้พระสัตถาอีก ในพ.ศ. 2273 ลาวอพยพที่เมืองบาพนมเกิดจลาจลยกพวกเข้าปล้นสะดมเมืองไซ่ง่อนที่ญวนอาศัยอยู่ เจ้าญวนใต้เหงียนฟุกจู (Nguyễn Phúc Tru) เป็นโกรธมากเข้าใจว่าทางเมืองกัมพูชาเป็นผู้บงการหรือไม่สามารถควบคุมไพร่ในบังคับได้ จึงยกทัพมา สองกษัตริย์ก็เสด็จหนีไปเมืองสันธุก ปล่อยให้พวกญวนเข้ายึดดินแดนปากแม่น้ำโขงทั้งหมดจนถึงเมืองบันทายมาศ เมื่อพวกญวนกลับไปแล้วจึงนิวัติเมืองอุดงมีชัยในพ.ศ. 2274 นับแต่นั้นมาดินแดนปากแม่น้ำโขงจึงเป็นของเวียดนามมาจนถึงปัจจุบัน ในพ.ศ. 2279 พระแก้วฟ้าเสด็จสวรรคต ในพ.ศ. 2278 ฝ่ายพระศรีธรรมราชาเจ้าเขมรที่กลับไปอยู่พระนครศรีอยุธยานั้น ได้แต่งตั้งให้พระโอรสที่ตามเสด็จไปด้วยคือ นักอิ่ม เป็นพระศรีธรรมราชาแล้วเดินทางกลับมาเพื่อขอพระราชทานอภัยโทษจากสมเด็จพระสัตถาหวังจะคืนดี แต่พระสัตถาทรงไม่รับ นักอิ่มจึงกลับไปประทับอยู่ที่เมืองนางรอง (นครนายก) ในพ.ศ. 2280 สมเด็จพระสัตถาเกิดทรงระแวงพระมเหสี และพระอนุชาอีกสามพระองค์ ประกอบด้วยพระอุไทยนักโส (พระโอรสของพระองค์ทองนักตน) พระไชยเชษฐานักสงวน และเจ้าพระยาจันทร์ (พระโอรสทั้งสองในพระศรีธรรมราชา) ทั้งหมดประทับอยู่ที่เมืองอุดง จึงทรงย้ายไปประทับที่เมืองพนมเปญ แล้วแต่งทัพมาหมายจะสังหารทั้งสี่พระองค์ข้างต้น ปรากฏว่าทัพของพระอนุชาทั้งสามกลับสามารถล้อมทัพหลวงของพระสัตถาได้ พระสัตถาเสด็จหนีไปเมืองญวน จังหวะเดียวกับที่พระศรีธรรมราชาและพระองค์ทองยกทัพบกและทัพเรือสยามเข้ามา และนักอิ่มก็ยกทัพเข้ามาทำการยึดอำนาจและยึดเมืองอุดงมีชัย หลังจากต้องพลัดพรากจากราชสมบัติไปอยู่กรุงสยามมานานถึง 23 ปี สมเด็จพระศรีธรรมราชาก็ได้ครองราชสมบัติอีกครั้ง พระนามว่าสมเด็จพระไชยเชษฐาธิราชฯ ทรงตั้งพระองค์ทองเป็นพระรามาธิบดีมหาอุปราช ความพยายามของสยามและญวนในการเข้าครองครองเขมร เมื่อพ.ศ. 2290 เจ้าเมืองป่าสักผู้หนึ่งชื่อพระยานเรนทร์ เกิดคิดอยากตั้งตนเป็นใหญ่โดยการกำจัดอิทธิพลญวนให้พ้นไปจากเมืองกัมพูชาเสียก่อน จึงนำทัพของตนออกไปรบกับญวน ในปีเดียวกันนั้นพระศรีธรรมราขาไชยเชษฐาฯสวรรคต พระรามาธิบดีมหาอุปราชก็ขึ้นเสวยราชย์ต่อเป็นสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 ในพ.ศ. 2291 เจ้าญวนใต้เหงียนฟุกคอย (Nguyễn Phúc Khoát) ก็ส่งทัพเข้ามาบุกตีทัพของพระยานเรนทร์แตกกระเจิงไป แล้วพาลเลยเข้ามาตีเอาเมืองต่างๆของกัมพูชาจนสมเด็จพระรามาธิบดีและพระอนุชาทั้งหลายต้องเสด็จหนีมายังกรุงศรีฯอีกครั้ง ฝ่ายญวนตั้งพระสัตถาเจ้าเขมรที่หนีไปเมื่อครั้งก่อนกลับขึ้นมาเป็นกษัตริย์เขมรอีกครั้ง สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศทรงส่งพระยากลาโหมกับพระยาสรรคโลกมาตีทัพญวนแตกพ่ายไปที่เมืองบันทายเพชร พระสัตถาจึงเสด็จหนีกลับไปกับทัพญวนแล้วไม่เสด็จกลับมาอีกเลย เมื่อขับญวนออกไปแล้ว สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศจึงมีพระบรมราชโองการให้พระศรีไชยเชษฐนักสงวน พระโอรสในพระศรีธรรมราชา กลับมาครองเมืองกัมพูชาเป็นสมเด็จพระไชยเชษฐาฯที่ 5 และทรงแต่งตั้งให้พระยาสวรรคโลกเป็นเจ้าฟ้าทะละหะ แต่ขุนนางเขมรกลับทูลยุยงสมเด็จพระไชยเชษฐาฯว่าเจ้าฟ้าทะละหะที่เป็นคนสยามนั้นคอยคิดก่อการทุรยศ จึงมีรับสั่งให้เข้าจับกุมตัวเจ้าฟ้าทะละเมื่อพ.ศ. 2293 เจ้าฟ้าทะละหะพระยาสวรรคโลกจึงหนีกลับมากรุงศรีอยุธยา เป็นเป็นดังนั้แล้วสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศก็ทรงให้พระรามาธิบดีและเจ้าเขมรทุกองค์เสด็จออกไปจากสยามกลับไปประทับที่ชายเขตแดนกัมพูชาในพ.ศ. 2294 เมื่อพ.ศ. 2295 เจ้าฟ้าทะละหะคนใหม่พระเกษตรคิดก่อกบฏต่อสมเด็จพระไชยเชษฐาฯ คิดจะมอบราชสมบัติให้นักองค์ตน พระโอรสของพระอุไทยนักโส จึงไปใช้ให้ฤาษีศีลสวดปลุกระดมผู้คนให้มาเข้าร่วมการกบฏในครั้งนี้ ตั้งตนเป็นเจ้าแล้วยกทัพมาล้อมกรุงอุดงมีชัย สมเด็จพระรามาธิบดีทรงพระพิโรธมากเมื่อทรงทราบเรื่อง จึงทรงใช้คนให้ไปสังหารเจ้าฟ้าทะละหะพระเกษตร ฝ่ายฤาษีศีลสวดทราบว่าเจ้าฟ้าทะละหะถูกสังหารแล้วจึงยกทัพกลับออกมารบกับสมเด็จพระรามาธิบดี แต่สู้ไม่ได้และถูกจับส่งไปเมืองอุดงมีชัย และถูกสมเด็จพระไชยเชษฐาฯลงพระอาญาประหาร และสมเด็จพระไชยเชษฐาฯก็ทรงตั้งพระศรีสุริโยพันธุ์พระอนุชาเป็นพระอุปราช สมเด็จพระไชยเชษฐาฯสวรรคตพ.ศ. 2298 แต่บรรดาขุนนางและพระสงฆ์ผู้ใหญ่กลับอัญเชิญให้สมเด็จพระรามาธิบดีขึ้นเป็นกษัตริย์ดังเดิมแทนที่จะเป็นพระศรีสุริโยพันธุ์มหาอุปราช พระศรีสุริโยพันธุ์จึงดำริจะตัดสายพระโลหิตฝั่งพระรามาธิบดีโดยการลองปลงพระชนม์นักองค์ตน (พระนัดดาของสมเด็จพระรามาธิบดี องค์ที่เจ้าฟ้าทะละหะคิดจะมอบราชสมบัติให้) แต่นักองค์ตนนั้นทรงหลบหนีมาได้ และไปซ่องสุมกองทัพกลับมาทำสงครามกับราชสำนัก พระศรีสุริโยพันธุ์และพระอนุชาทั้งหลายทรงสู้ไม่ได้และพากันหลบหนีหาที่ซ่อน พระแก้วฟ้าเจ้าพระยาจันทร์ถูกตามพบและสำเร็จโทษ เป็นการกำจัดอำนาจของพระราชวงศ์ฝ่ายพระศรีสุริโยพันธุ์ พระอนุชาติสัตรี พระชายาของพระศรีสุริโยพันธุ์ทรง ส่งคนมาลอบปลงพระชนม์นักองค์ตนหรือพระอุไทย พระอุไทยเสด็จหนีไปจากเมืองอุดงมีชัยเกณฑ์ไพร่พลไว้คอยตั้งรับ ส่วนสมเด็จพระรามาธิบดีเสด็จหนีไปเมืองโพธิสัตว์ ประชวรสวรรคตในพ.ศ. 2300 พระอุไทยนำทัพออกไปรบกับทัพฝ่ายพระอนุชาติสัตรี ทรงเอาชนะได้และจับองค์พระราชวงศ์ฝ่ายพระศรีสุริโยพันธุ์มาสำเร็จโทษเสียสิ้น พระอุไทยนักองค์ตนขึ้นครองราชสมบัติเป็น สมเด็จพระนารายณ์ราชาธิราชฯเมื่อพ.ศ. 2301 รายพระนามกษัตริย์เขมรอุดง