14 đội dự giải hạng Nhất 2006: Quân khu 4, Quân khu 5, Thanh Hoá, Thể Công Viettel, Đồng Nai, Lâm Đồng, An Giang, Đồng Tháp, Tây Ninh, Đông Á Thép Pomina, Huda Huế, Quảng Nam, Đá Mỹ Nghệ, CLB TPHCM. Do Tôn Hoa Sen Cần Thơ đã bị đẩy xuống hạng Nhì nên họ cũng không còn quyền dự Cup quốc gia nữa.