Về nguyên tắc, giá trị doanh nghiệp để cổ phần hoá Vinaconex bao gồm giá trị tài sản của tổng công ty và các đơn vị thành viên hạch toán độc lập chưa thực hiện cổ phần hoá, cộng với giá trị và khả năng sinh lời của phần vốn tổng công ty đã đầu tư tại các công ty cổ phần, TNHH, liên doanh, cộng với giá trị tài sản vô hình như lợi thế kinh doanh, thương hiệu, giá trị quyền sử dụng đất. Để xác định giá trị doanh nghiệp của Vinaconex tại thời điểm 1/1/2004, Bộ Xây dựng đã thống nhất để Vinaconex thuê 2 công ty kiểm toán độc lập có uy tín vào kiểm toán tổng công ty trước khi xác định giá trị doanh nghiệp.