Các phân hệ trong chương trình này bao gồm: Hạn mức, Thu chi, Mua hàng-bán hàng, Kho, Tài sản, Tiền lương, Thuế, Dự án và Sổ cái. Có ý nghĩa trung tâm và quan trọng nhất trong cấu trúc củaMISA-AD 6.0 là phân hệ Sổ cái.