bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
The Health Needs, Treatment Options, and Experiences from Treatment Including Complementary Medicine of Women with Diminished Ovarian Reserve
Authors: MAUNDER Alison , ARENTZ Susan , ARMOUR Mike , EE Carolyn 
Published: November 2022

Background: Women with diminished ovarian reserve (DOR) have fewer oocytes than would be expected at their age. While a decrease in ovarian reserve is a normal part of ageing, some women experience a decrease beyond what is physiologically expected due to normal age-related decline. Optimal management of women with DOR remains unclear, with medically assisted reproduction (MAR) being the only option being offered to women with DOR trying to conceive with autologous oocytes. The success rate of MAR, however, is significantly lower in women with DOR than those with a normal ovarian reserve. There is no data from a representative sample as to the needs, treatment options and experiences of women with DOR in Australia. Many women in Australia use complementary medicine to improve their chances of having a live healthy baby, with women attempting to conceive being more likely to consult a naturopath than women who are not trying to conceive. We do not know, however, if women with DOR are using complementary medicine, why they are using it and whether they have found the treatment to be helpful. Aim: To determine the health needs of women with DOR, their experiences and treatment decisions including their reasons for choosing any potential complementary medicine options including naturopathy. Method: This is a cross-sectional survey of women aged 18 years or over who have been diagnosed with diminished ovarian reserve and are living in Australia or New Zealand. Participants are recruited through health websites, newsletters and social media. Each participant completes an anonymous online survey asking about their diagnosis, fertility aspirations, treatments recommended and undertaken, use and experience of traditional, integrative and complementary medicine. Results: Ethics approval was gained for the survey in March 2021. Data collection began in April 2021 and is due to be completed by the end of June 2021. An estimate of 150 participants will be recruited. Results will be analysed and available for presentation at the FSA conference in September 2021. Conclusion: This body of research will contribute to the understanding of the health needs and treatment options for women with DOR, highlight the potential strengths and limitations of complementary medicine for managing DOR and guide future research priorities.
Efficacy of Calcium Chloride Dihydrate Supplementation at ICSI on Patient Outcomes
Authors: POPKISS Sophie , HORTA Fabrizzio , VOLLENHOVEN Beverly , GREEN Mark P. , ZANDER-FOX Deirdre 
Published: November 2022

Background: ICSI typically results in fertilisation rates of >65% however patients may still have low or no fertilisation despite the oocyte and sperm quality appearing normal. After entry of the sperm into the oocyte, a cascade of reactions facilitates calcium release and subsequent oocyte activation. In cases of poor or failed fertilisation it is possible that this cascade fails and therefore different methods of artificial oocyte activation are used to try and induce calcium release. Aim: To determine if calcium chloride dihydrate supplementation in the PVP (5mM) at the time of ICSI (ICSI-Ca) improves fertilisation, utilisation and clinical pregnancy rates compared to ICSI alone, particularly in patients with a history of low fertilisation (<50%). Methods: Retrospective study between 2016-2021 at Monash IVF Victoria on a paired cohort of patients (n=178 patients) where an ICSI cycle was analysed coupled with the subsequent ICSI-Ca cycle. The paired cohort was further subdivided into a low-fertilisation cohort (<50% fertilisation on previous cycles: n=66 patients) compared to the remaining patients with normal-fertilisation ([Formula: see text] 50%; n=122). Exclusion criteria included donor cycles, PGT patients, surgical sperm retrieval, women [Formula: see text] 45 years old, patients with >6 cycles and [Formula: see text] 5 inseminated oocytes. Results: Calcium supplementation increased both fertilisation (28.8% ICSI vs 49.7% ICSI-Ca, p<0.0001) and clinical pregnancy rate (4.9% ICSI vs 25.0% ICSI-Ca: p<0.05) in the low-fertilisation cohort but not in the normal-fertilisation cohort. Interestingly, utilisation rate increased in the normal-fertilisation cohort (32.6% ICSI vs ICSI-Ca: 44.9%, p<0.01) but not in the low-fertilisation cohort, although the number of extra embryos utilised per patient after ICSI-Ca increased in both groups. Conclusion: Calcium supplementation appears not to be a detrimental addition to ICSI and may improve IVF outcomes, particularly for patients with a history of low fertilisation. Further investigations including prospective case matched studies or RCT are required to confirm these findings.
Autotuning Convolutions Is Easier Than You Think
Authors: Tollenaere Nicolas , Iooss Guillaume , Pouget Stéphane , Brunie Hugo , Guillon Christophe , Cohen Albert , Sadayappan P. , Rastello Fabrice 
Published: November 2022

A wide range of scientific and machine learning applications depend on highly optimized implementations of tensor computations. Exploiting the full capacity of a given processor architecture remains a challenging task, due to the complexity of the microarchitectural features that come into play when seeking near-peak performance. Among the state-of-the-art techniques for loop transformations for performance optimization, AutoScheduler [Zheng et al.
2020a
] tends to outperform other systems. It often yields higher performance as compared to vendor libraries, but takes a large number of runs to converge, while also involving a complex training environment.

In this article, we define a structured configuration space that enables much faster convergence to high-performance code versions, using only random sampling of candidates. We focus on two-dimensional convolutions on CPUs. Compared to state-of-the-art libraries, our structured search space enables higher performance for typical tensor shapes encountered in convolution stages in deep learning pipelines. Compared to auto-tuning code generators like AutoScheduler, it prunes the search space while increasing the density of efficient implementations. We analyze the impact on convergence speed and performance distribution, on two Intel x86 processors and one ARM AArch64 processor. We match or outperform the performance of the state-of-the-art oneDNN library and TVM’s AutoScheduler, while reducing the autotuning effort by at least an order of magnitude.
Predicting Molecular Subtype and Survival of Rhabdomyosarcoma Patients Using Deep Learning of H&E Images: A Report from the Children's Oncology Group
Authors: Milewski David , Jung Hyun , Brown G. Thomas , Liu Yanling , Somerville Ben , Lisle Curtis , Ladanyi Marc , Rudzinski Erin R. , Choo-Wosoba Hyoyoung , Barkauskas Donald A. , Lo Tammy , Hall David , Linardic Corinne M. , Wei Jun S. , Chou Hsien-Chao , Skapek Stephen X. , Venkatramani Rajkumar , Bode Peter K. , Steinberg Seth M. , Zaki George , Kuznetsov Igor B. , Hawkins Douglas S. , Shern Jack F. , Collins Jack , Khan Javed 
Published: November 2022

Abstract

Purpose:
Rhabdomyosarcoma (RMS) is an aggressive soft-tissue sarcoma, which primarily occurs in children and young adults. We previously reported specific genomic alterations in RMS, which strongly correlated with survival; however, predicting these mutations or high-risk disease at diagnosis remains a significant challenge. In this study, we utilized convolutional neural networks (CNN) to learn histologic features associated with driver mutations and outcome using hematoxylin and eosin (H&E) images of RMS.

Experimental Design:
Digital whole slide H&E images were collected from clinically annotated diagnostic tumor samples from 321 patients with RMS enrolled in Children's Oncology Group (COG) trials (1998–2017). Patches were extracted and fed into deep learning CNNs to learn features associated with mutations and relative event-free survival risk. The performance of the trained models was evaluated against independent test sample data (n = 136) or holdout test data.

Results:
The trained CNN could accurately classify alveolar RMS, a high-risk subtype associated with PAX3/7-FOXO1 fusion genes, with an ROC of 0.85 on an independent test dataset. CNN models trained on mutationally-annotated samples identified tumors with RAS pathway with a ROC of 0.67, and high-risk mutations in MYOD1 or TP53 with a ROC of 0.97 and 0.63, respectively. Remarkably, CNN models were superior in predicting event-free and overall survival compared with current molecular-clinical risk stratification.

Conclusions:
This study demonstrates that high-risk features, including those associated with certain mutations, can be readily identified at diagnosis using deep learning. CNNs are a powerful tool for diagnostic and prognostic prediction of rhabdomyosarcoma, which will be tested in prospective COG clinical trials.
ЕВОЛЮЦІЯ ЕПІДЕМІЧНОГО ПРОЦЕСУ КИШКОВИХ ІНВАЗІЙ В УКРАЇНІ
Authors: Шагінян В.Р. , Фільчаков І.В. , Данько О.П. , Сопіль Г.В. , Ясеновий С.П. 
Published: November 2022

Мета роботи – на підставі аналізу даних статистичних звітних форм МОЗ України та результатів власних паразитологічних досліджень вивчити перебіг епідемічного процесу кишкових інвазій в Україні.
Аналізували показники інвазованості населення України найбільш розповсюдженими гельмінтами: аскаридами та гостриками. Для аналізу динаміки показників інвазованості були розраховані середні показники за періоди: 1984-1988, 1994-1998, 2009-2014 рр. Проаналізували динаміку виявлення кишкових паразитів за результатами досліджень протягом 1995-2020 рр.
За даними статистичної звітності МОЗ встановили чітку тенденцію до зниження показників захворюваності на кишкові паразитози, що пояснюється як зменшенням кількості паразитологічних досліджень, так і широким використанням протигельмінтних препаратів з профілактичною метою. Оцінити можливі негативні наслідки такої практики можна буде лише згодом. За даними наших спостережень, встановлена динаміка до зростання поширеності кишкових паразитозів за рахунок найпростіших, зокрема Blastocystis spp. На даний час ми спостерігаємо картину еволюційних змін у видовому складі кишкових паразитозів людини в бік домінування найпростіших з низькими патогенними властивостями.
ПОРІВНЯННЯ ЕФЕКТИВНОСТІ РІЗНИХ СХЕМ ТЕРАПІЇ ХВОРИХ НА ХРОНІЧНИЙ ГЕПАТИТ С НА ФОНІ ВІЛ-ІНФЕКЦІЇ ТА БЕЗ НЕЇ
Authors: Москалюк В.Д. , Рудан І.В. 
Published: November 2022

Мета роботи – порівняння ефективності різних схем терапії хворих на хронічний гепатит С (ХГС) з використанням моно- і пангенотипних противірусних препаратів прямої дії (ПППД) при супутній ВІЛ-інфекції та без неї, а також зіставлення отриманих результатів з рядом міжнародних досліджень.
Пацієнти і методи. Обстежено 71 хворого на ХГС, а також 77 – з поєднаною ВІЛ-інфекцією/ХГС. 37 хворих на ХГС і 22 – на ВІЛ-інфекцію у поєднанні з ХГС отримували дві схеми терапії: переважно моногенотипну (ледіпасвір 90 мг + софосбувір 400 мг 1 раз на добу внутрішньо), або пангенотипну комбінацію ПППД – софосбувір 400 мг і велпатасвір 100 мг 1 раз на добу внутрішньо. Тривалість терапії за обома схемами становила 12 тиж.
Результати. Пацієнти в порівнюваних групах за основними параметрами не відрізнялися, за винятком осіб з ХГС без ВІЛ-інфекції, які були старші за віком (р<0,05).
За відсутності ВІЛ-інфекції через 4 тиж моногенотипної терапії у 78,9 %хворих, інфікованих 1b генотипом HCV, встановили зниження активності АлАТ і АсАТ, і така ж кількість осіб досягла вірусологічну відповідь.
Після закінчення 12-тижневого курсу моногенотипна терапія продемонструвала біохімічну відповідь у 89,5 %, а вірусологічну – у 78,9 % хворих, інфікованих 1b генотипом HCV. Стійка ж вірусологічна відповідь була досягнута у 73,7 % хворих з аналізованим генотипом HCV.
Пангенотипна схема використання ПППД (софосбувір у поєднанні з велпатасвіром) забезпечувала кращі результати – усі пацієнти, незалежно від генотипу збудника, отримали біохімічну та стійку вірусологічну відповідь.
Суттєвих змін у клінічному перебігу ВІЛ-інфекції у ВІЛ/HCV-коінфікованих під час лікування ХГС не було.
Висновки. У разі комбінації ВІЛ-інфекції з ХГС ефективніть апробованих схем була подібною з хворими на HCV-моноінфекцію: стійка вірусологічна відповідь (СВВ) при застосуванні моногенотипної терапії ПППД досягнута у 66,7 % хворих з 1b генотипом HCV, та в усіх ВІЛ-інфікованих, які отримували апробовану пангенотипну комбінацію ПППД. При цьому пангенотипна схема привабливіша не тільки з огляду на вищу ефективність, але й у зв’язку з відсутністю серйозних небажаних явищ.
Порівняльний аналіз результатів цього дослідження з результатами терапії ХГС в міжнародних протоколах показав, що частота СВВ у наших пацієнтів зіставна з аналогічними дослідженнями ASTRAL-1, ASTRAL-3, ASTRAL-5 та американських і західноєвропейських науковців щодо терапії ХГС, а також ВІЛ/HCV-коінфекції.
Лікування ХГС у ВІЛ-інфікованих пацієнтів варто розпочинати якомога раніше, після встановлення діагнозу хронічного гепатиту, доки немає глибокого фіброзу й клінічних ознак цирозу печінки і хворі не потребують призначення антиретровірусної терапії. У такому разі вірогідність досягнення СВВ при ВІЛ/HCV-коінфекції наближається до результатів терапії хворих тільки на ХГС.
Кон’юнктивне застосування приладів на базі платформи Android при радіовізіографічному дослідженні за умов війни в Україні
Authors: Ясінський М. М. , Караван Я. Р. , Руснак М. А. , Касіянчук М. В. 
Published: November 2022

Резюме. В експерименті визначали доцільність застосування способу медичної навігації, ендоскопії та радіовізіографії на тлі дії травматичного фактора на біологічну тканину при оперативному втручанні.
Мета дослідження – визначити ефективність способу медичної навігації у доклінічному дослідженні з використанням платформи Android та приладу мобільного зв’язку при оперативному втручанні для максимально можливого збереження кісткової тканини.
Матеріали і методи. Проведено експериментальну операцію дентальної імплантації із реєстрацією впливу травматичного подразника на окістя в ділянці імплантата. Для контролю позиціонування імплантата використовували навігаційний модуль (патент України № 68641), який інтегрували з мобільним телефоном на платформі Аndroid. Динамічний тиск на окістя також визначали за власною методикою із застосуванням тензорезистора. Деформацію кісткової тканини досліджували за допомогою індуктивного вимірювача переміщення. Результати експерименту ми порівняли із результатами, одержаними в експерименті з навігаційними системами, інтегрованими зі стаціонарним комп’ютером під управлінням ОС WINDOWS. Визначали доцільність інтегрування приладу медичної навігації на платформі Аndroid із стандартизованою стоматологічною установкою з позиції ергономіки роботи лікаря-імплантолога.
Результати досліджень та їх обговорення. Клілінічні випробування приладу медичної навігації «Навігатор ЮК-А» забезпечили точність кутового позиціонування імплантата на рівні 2±0,5' (якщо кутове переміщення менше 25') і 1±0,5' (якщо кутове переміщення менше 5'), точність лінійного позиціонування складала (0,50±0,050) мм (при переміщенні імплантата до 10 мм). Проміжок до 0,1–0,5 мм між окістям і платформою імплантата є граничним. При однаковому обертовому зусиллі в ділянці платформи імплантата тиск на кісткову тканину зростає непропорційно, а при деякому значенні має руйнівний характер. У 22 % випадків ми спостерігали продов­ження процесу деформації кісткового прошарку на протязі ≈ 3 хв після зняття механічного навантаження. При порівнянні експериментів результати зіставні, різниця швидкості передачі даних суб’єктивно не визначається. Можливе подвійне застосування платформи приладу.
Висновки. Запропонований підхід оптимізує процес оперативного втручання і рекомендований до клінічного застосування. Використання платформи Android у системах медичної навігації актуальне у зв’язку з розвитком телекомунікаційних технологій.
Дистанційне навчання в реаліях часу на кафедрі ортопедичної стоматології
Authors: Бєліков О. Б. , Бєлікова Н. І. , Левандовський Р. А. 
Published: November 2022

Резюме. Академічний осередок будь-якого закладу вищої освіти повинен завжди протистояти викликам часу. В сучасних умовах під час військового стану в Україні – це справжній виклик, бо існує безліч перешкод, що відрізняє навчання сьогодні від навчання під час довготривалих карантинів, зумовлених пандемією COVID-19. Розпочати навчальний процес у нових реаліях часу було не просто, тому що виникало багато факторів, серед яких визначальну роль займала безпека учасників освітнього процесу в закладах освіти, відсутність загрози для життя та здоров’я мешканців міста.
Мета дослідження – дати характеристику розвитку сучасних та доступних методів дистанційної освіти на кафедрі ортопедичної стоматології для забезпечення безперервності навчального процесу зі студентами, лікарями-інтернами та лікарями-слухачами в умовах військового стану.
Матеріали і методи. Для створення раціональної та доступної системи дистанційної освіти в умовах, що склались, потрібно було обрати одну із поширених і безкоштовних для здобувачів та викладачів освітніх платформ. В нашому університеті зворотний зв’язок із студентами, лікарями-інтернами, лікарями-слухачами забезпечили за рахунок використання платформи Google Meet. Нею можуть користуватись усі учасники навчального процесу, які зареєстровані у Google. Під час дистанційного навчання можна використати весь контент необхідних навчальних матеріалів (план лекцій та практичних занять на найближчий період, методичні розробки, презентації, аудіофайли, навчальні фільми до теми, переліки тестових питань для контролю вхідного та вихідного рівня знань).
Результати досліджень та їх обговорення. Враховуючи складні реалії часу під час військового стану, система дистанційного навчання у стоматологічній освіті має стати невід’ємною частиною освітнього процесу та безперервного професійного розвитку здобувачів освіти. Дистанційна форма навчання повинна враховувати: наближеність до окупованих територій; наявність у викладачів та здобувачів освіти пристроїв для організації навчального процесу засобами цифрових технологій та постійного інтернет-з’єднання; швидкість інтернет-з’єднання; можливість підключення до Wi-Fi- роутерів; відсутність зв’язку через знаходження в укриттях, знаходження в багатолюдній аудиторії, перебої зі світлом і тому не можливість своєчасного під’єднання до початку заняття тощо. Отже, у цих ситуаціях треба підходити до навчання індивідуально.
Лапаростомія у хворих на гострий поширений перитоніт
Authors: Бенедикт В. В. , Продан А. М. , Багрій В. М. 
Published: November 2022

Мета роботи: розробка критеріїв вибору хірургічної тактики для проведення лапаростомії у хворих на гострий поширений перитоніт (ГПП) для покращення результатів їх хірургічного лікування.
Матеріали і методи. Проведено ретроспективний аналіз 50 медичних карт стаціонарного хворого, померлого від ГПП. У клінічних умовах досліджено результати лікування 131 пацієнта після хірургічного лікування ГПП. В загальноприйнятий комплекс дослідження включали визначення Мангеймського індексу перитоніту, лейкоцитарного індексу інтоксикації, індексу коморбідності і ступінь операційно-анестезіологічного ризику за шкалою ASA. Крім цього, проводили вимірювання інтраабдомінального тиску за I. Kron et al. (1984), M. Cheatham et al. (1998).
Результати досліджень та їх обговорення. При проведенні ретроспективного аналізу медичних карт померлих хворих було встановлено, що інтубацію тонкої кишки (ТК) було виконано тільки в 14 % прооперованих хворих, а закінчення операції у вигляді лапаростоми було проведено в 10 (20 %) випадків. Щодо пацієнтів, результати лікування яких було досліджено в клінічних умовах, то у 18 (13,74 %) пацієнтів на ГПП під час закінчення лапаротомії було використано лапаростомію. У 13 випадках використовували цей метод під час первинного оперативного втручання, в 5 – під час проведення релапаротомії у хворих на післяопераційний перитоніт. В 7 випадках ми проводили інтубацію ТК відкритим способом за допомогою кінцевої ентеростомії після вимушеної резекції дистального відділу органа і за запропонованою методикою при неефективності закритої антеградної декомпресії у хворих на ГПП під час релапаротомії з приводу неліквідованого перитоніту. Використання запропонованого способу у хворих дало змогу зменшити кількість релапаротомій для закриття лапаростоми при сприйнятливому перебігу ГПП, що суттєво покращувало результати хірургічного лікування цих пацієнтів.
CLINICAL OUTCOMES OF REVERSAL OF HARTMANN’S PROCEDURE
Authors: Dzyubanovskyy I. Ya. , Bedeniuk A. D. , Grytsenko S. Y. 
Published: November 2022

Background. Reversal of Hartmann’s procedure (HP) is one of the most complex surgical interven­tions in abdominal surgery with high morbidity rates of up to 58% in the patients after HP and mortality of up to 3.6%.
Objective. This was a retrospective observational study to analyze the Hartmann’s reversal (HR) outcomes.
Methods. The study involved 31 patients (16 males and 15 females), average age 59.6±10.31 (range 26-80), who underwent HR at Ternopil Regional Hospital in 2010 - 2021. The reasons for the HP were: cancer in 20 (64.5%) cases, perforation of the diverticulum – 6 (19.3%), traumatic rupture – 3 (9.7%) and Crohn’s disease - 2 (6.4%) cases.
Results. Median time from Hartmann’s procedure to reversal was 11.13±9.24 months (interval 3-38). Intraoperative time was 210.33±56.91 minutes (range 120-330). HR was performed in 30 (96.8 %) patients. Dense pelvic adhesions of the stump of the rectum was diagnosed in 13 (41.9%) patients. Hand-sewn anastomosis was performed for 22 (71%) patients, stapler anastomosis – 4 (12.9%), pull-through technique – 3 (9.7%) patients. AL occurred in 3 (9.7%) patients on the 15th, 23rd and 35th postoperative days. pseudomembranous colitis was diagnosed in 2 (6.4%) patients with AL. The mortality rate was 1 (3.3%) as a result of septic complications due to AL; this case was not operated by a colorectal surgeon due to administrative issue in the hospital.
Conclusions. Hartmann’s reversal is still one of the most difficult operations in colorectal surgery with high incidence of postoperative complications. Sound selection of patients with low comorbidity and in suitable time period is crucial for successful HR.