bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Species-specific transcriptomic changes upon respiratory syncytial virus infection in cotton rats
Authors: Strickland Britton A. , Rajagopala Seesandra V. , Kamali Arash , Shilts Meghan H. , Pakala Suman B. , Boukhvalova Marina S. , Yooseph Shibu , Blanco Jorge C. G. , Das Suman R. 
Published: October 2022

AbstractThe cotton rat (Sigmodon) is the gold standard pre-clinical small animal model for respiratory viral pathogens, especially for respiratory syncytial virus (RSV). However, without a reference genome or a published transcriptome, studies requiring gene expression analysis in cotton rats are severely limited. The aims of this study were to generate a comprehensive transcriptome from multiple tissues of two species of cotton rats that are commonly used as animal models (Sigmodon fulviventer and Sigmodon hispidus), and to compare and contrast gene expression changes and immune responses to RSV infection between the two species. Transcriptomes were assembled from lung, spleen, kidney, heart, and intestines for each species with a contig N50 > 1600. Annotation of contigs generated nearly 120,000 gene annotations for each species. The transcriptomes of S. fulviventer and S. hispidus were then used to assess immune response to RSV infection. We identified 238 unique genes that are significantly differentially expressed, including several genes implicated in RSV infection (e.g., Mx2, I27L2, LY6E, Viperin, Keratin 6A, ISG15, CXCL10, CXCL11, IRF9) as well as novel genes that have not previously described in RSV research (LG3BP, SYWC, ABEC1, IIGP1, CREB1). This study presents two comprehensive transcriptome references as resources for future gene expression analysis studies in the cotton rat model, as well as provides gene sequences for mechanistic characterization of molecular pathways. Overall, our results provide generalizable insights into the effect of host genetics on host-virus interactions, as well as identify new host therapeutic targets for RSV treatment and prevention.
Ecogenomics reveals viral communities across the Challenger Deep oceanic trench
Authors: Zhou Ying-Li , Mara Paraskevi , Vik Dean , Edgcomb Virginia P. , Sullivan Matthew B. , Wang Yong 
Published: October 2022

AbstractDespite the environmental challenges and nutrient scarcity, the geographically isolated Challenger Deep in Mariana trench, is considered a dynamic hotspot of microbial activity. Hadal viruses are the least explored microorganisms in Challenger Deep, while their taxonomic and functional diversity and ecological impact on deep-sea biogeochemistry are poorly described. Here, we collect 13 sediment cores from slope and bottom-axis sites across the Challenger Deep (down to ~11 kilometers depth), and identify 1,628 previously undescribed viral operational taxonomic units at species level. Community-wide analyses reveals 1,299 viral genera and distinct viral diversity across the trench, which is significantly higher at the bottom-axis vs. slope sites of the trench. 77% of these viral genera have not been previously identified in soils, deep-sea sediments and other oceanic settings. Key prokaryotes involved in hadal carbon and nitrogen cycling are predicted to be potential hosts infected by these viruses. The detected putative auxiliary metabolic genes suggest that viruses at Challenger Deep could modulate the carbohydrate and sulfur metabolisms of their potential hosts, and stabilize host’s cell membranes under extreme hydrostatic pressures. Our results shed light on hadal viral metabolic capabilities, contribute to understanding deep sea ecology and on functional adaptions of hadal viruses for future research.
Tropicalization of demersal megafauna in the western South Atlantic since 2013
Authors: Perez Jose Angel Alvarez , Sant’Ana Rodrigo 
Published: October 2022

AbstractTemperatures in the southwest South Atlantic Ocean have increased over recent decades due to changes in Brazil's Current dynamics affecting marine ecosystems. However, the effects of ocean warming on demersal fauna in the region are poorly understood. Here, we analyse megafauna species composition, and changes in biomass of species with warm- and cold-water affinities for 29,021 commercial demersal catches landed in the harbours of Santa Catarina state, Brazil, between 2000 and 2019. We find evidence of megafauna tropicalization in the Brazilian Meridional Margin during this period. The mean temperature of catches has increased sharply since 2013, with the averaged optimal temperature preferences of all species in commercial catches in one year increasing at a rate of 0.41 °C yr−1. These changes in the mean temperature of the catch correlate well with model-based bottom water temperatures (with 0 and 1-year time-lag) and transport volumes of the Brazil Current (with 3 and 4-year time-lag).
Ligand-flexible synthesis of strongly confined perovskite nanocrystals: a microwave synthetic approach
Authors: Romero Esquivel Gabriela , Toader Violeta , Reven Linda , Kambhampati Patanjali 
Published: October 2022

Perovskite nanocrystals (PNCs) and their strongly confined versions have traditionally been synthesized via hot injection methods. Here we explore a microwave synthesis as a viable and more versatile alternative.
A bound for the Aα-spectral radius of a connected graph after vertex deletion
Authors: Wang Chunxiang , She Tao 
Published: October 2022

G is a simple connected graph with adjacency matrix A(G) and degree diagonal matrix D(G). The signless Laplacian matrix of G is defined as Q(G) = D(G) + A(G). In 2017, Nikiforov [1] defined the matrix Aα(G) = α D(G) + (1 − α)A(G) for α ∈ [0,1]. The Aα-spectral radius of G is the maximum eigenvalue of Aα (G). In 2019, Liu et al. [2] defined the matrix Θk(G) as Θk (G) = kD(G) + A(G), for k ∈ ℝ. In this paper, we present a new type of lower bound for the Aα-spectral radius of a graph after vertex deletion. Furthermore, we deduce some corollaries on Θk (G), A(G), Q(G) matrices.
Regionale Unterschiede von Schilddrüsenfunktionsparametern:
ein Vergleich europäischer Kohortenstudien
Authors: Girschik Carolin , Muchalla Philipp , Kowall Bernd , Zwanziger Denise , Erbel Raimund , Ittermann Till , Meisinger Christa , Stang Andreas , Jöckel Karl-Heinz , Führer Dagmar 
Published: October 2022

Zusammenfassung
Ziel der Studie Ziel des Vorhabens ist die Untersuchung regionaler
Unterschiede in der Konzentration von Thyreoidea-stimulierendem Hormon (TSH),
freiem Thyroxin (fT4) und des Jodstatus in komparablen deutschen und
europäischen Kohortenstudien.
Methodik Die geschlechts- und altersstratifizierten TSH-, fT4- und
Urin-Jodkonzentrationen der anamnestisch schilddrüsengesunden Teilnehmer
(Altersgruppe 45–75 Jahre) der HNR (Heinz Nixdorf Recall) Studie im
Ruhrgebiet Deutschlands, der süddeutschen KORA (Kooperative
Gesundheitsforschung in der Region Augsburg) und nordostdeutschen SHIP (Study of
Health in Pomerania) Studie sowie der norwegischen HUNT (Nord-Trøndelag
Health) Studie (Altersgruppe 40–79 Jahre), der englischen EPIC (European
Prospective Investigation of Cancer)-Norfolk Studie und der
niederländischen Rotterdam Studie wurden miteinander verglichen. Der
TSH-Referenzbereich für die HNR Studienpopulation wurde berechnet und
der KORA und SHIP Studie gegenübergestellt.
Ergebnisse Regionale Unterschiede zeigten in der Altersgruppe der 45- bis
75- Jährigen einen stärkeren Einfluss auf die TSH- und
fT4-Konzentrationen als das Geschlecht und das Alter der Probanden. Die
geschätzte Differenz der Mediane, gemessen an der HNR Studie, war mit
−0,47 (95% KI: −0,53; −0,41) für die
Männer und −0,41 (−0,53; −0,41) für die
Frauen in der SHIP Studie am geringsten. Die Rotterdam Studie wies sowohl
für Männer als auch Frauen die höchste Differenz der
Mediane (Männer: 0,56 mit 0,44; 0,68 und Frauen: 0,62 mit 0,46; 0,78)
auf. Die geringsten medianen TSH-Konzentrationen wurden, über alle
betrachteten Alterskategorien, in den deutschen Kohorten beobachtet.
Schlussfolgerung Der Vergleich der Schilddrüsenfunktionsparameter
und Jod bei älteren Probanden zwischen sechs vergleichbaren
Kohortenstudien aus Deutschland und Europa zeigte einen bedeutenden Einfluss der
Region, welcher die Geschlechts- und Altersabhängigkeit der Parameter
überstieg.
Osteoprotektion als Baustein der Therapie des metastasierten Prostatakarzinoms: Behandlungsrealität in Deutschland und Entscheidungspfade zur Therapieoptimierung
Authors: Hupe Marie Christine , Müller Marten , Struck Julian Peter , Wießmeyer Judith Riccarda , Ozimek Tomasz , Steuber Thomas , Gschwend Jürgen , Hammerer Peter , Kramer Mario , Merseburger Axel S. 
Published: October 2022

Zusammenfassung
Hintergrund Die Osteoprotektion bei Prostatakarzinompatienten spielt nicht nur in der ossär metastasierten kastrationsresistenten (mCRPC) Situation eine Rolle. Auch im ossär metastasiertem hormonsensitiven Stadium (mHSPC) und im Allgemeinen begleitend zur Androgendeprivationstherapie (ADT) wird eine Osteoprotektion empfohlen. Diese Studie soll die Anwendungsrealität der verschiedenen Arten der Osteoprotektion beim metastasierten Prostatakarzinom in Deutschland aufzeigen.
Material und Methoden Es wurde ein Online-Fragebogen bestehend aus 16 Fragen zur Erfassung der Behandlungsrealität in Deutschland entwickelt und an Mitglieder der Arbeitskreise Onkologie und urologische Onkologie (AKO/AUO) sowie an Kollegen der Klinik für Urologie des Universitätsklinikums Schleswig-Holstein (Campus Lübeck), des Klinikums Braunschweig und der Technischen Universität München verschickt. Mithilfe der aktuellen Studienlage, Fachinformationen und Leitlinien wurden ferner Entscheidungspfade für das ossär metastasierte Prostatakarzinom und für den ADT-induzierten Knochenschwund entwickelt.
Ergebnisse Zusammenfassend ergab die Auswertung, dass die Osteoprotektion beim ossär mCRPC zur Routine gehört. Beim ossär mHSPC hingegen wird eine Osteoprotektion seltener indiziert und ist zur Reduktion eines ADT-induzierten Knochenschwundes noch weniger im Einsatz. Denosumab wird häufiger genutzt als Zoledronsäure. Die vorgestellten Entscheidungspfade illustrieren die verschiedenen Dosierungs- und Applikationsschemata in den verschiedenen Stadien des metastasierten Prostatakarzinoms.
Schlussfolgerung Die Osteoprotektion beim Prostatakarzinom ist facettenreich und nicht nur auf das ossär mCRPC beschränkt. Osteoprotektive Maßnahmen sind ein wichtiger Baustein im ganzheitlichen Therapiekonzept des metastasierten Prostatakarzinoms.
„Floating Hip“: Epidemiologie und Qualität der Versorgung
Authors: Audretsch Christof Karl , Trulson Alexander , Stöckle Ulrich , Histing Tina , Küper Markus Alexander , Herath Steven C. 
Published: October 2022

Zusammenfassung
Einleitung Bei einer „floating-hip“-Verletzung handelt es sich um eine seltene, in der Behandlung komplexe Fraktur, die das Becken und das ipsilaterale Femur betrifft. Daten und
Studien zu diesem Thema sind immer noch spärlich. Die optimale Strategie für die chirurgische Behandlung und damit die daraus resultierende Behandlungsqualität ist nach wie vor umstritten;
häufig wird eine „Femur-first“-Strategie bevorzugt. Methoden Retrospektiv wurden Patienten mit einer Beckenfraktur untersucht, die zwischen 2003 und 2017 im Level-I-Traumazentrum der
Universität Tübingen behandelt wurden. Patienten mit einer zusätzlichen ipsilateralen Femurfraktur wurden in diesem Kollektiv identifiziert. Wir verglichen die Qualität der Behandlung von
Beckenfrakturen zwischen „floating-hip“- und „non-floating-hip“-Beckenfrakturen. Ergebnisse Proximale Femurfrakturen traten bei Beckenringfrakturen häufiger auf (n = 16) als bei
Azetabulumfrakturen (n = 1). „Floating-hip“-Verletzungen treten bei jüngeren polytraumatisierten männlichen Patienten häufiger auf. Beckenfrakturen bei „floating-hip“-Verletzungen werden
häufiger operiert (62,8% vs. 39,1%; p = 0,003) und der klinische Verlauf ist signifikant länger (27,8 ± 19,3 vs. 19,9 ± 23,1 Tage; p < 0,001). Die Qualität der Behandlung der
Beckenfraktur, gemessen an Morbidität (18,6% vs. 14,6%; p = 0,610) und Mortalität (7,0% vs. 2,6%; p = 0,108), zeigt jedoch keine Unterschiede. Schlussfolgerung Verletzungsschwere und
Komplexität der Beckenfraktur sind bei „floating-hip“-Verletzungen signifikant höher, ohne jedoch die resultierende Behandlungsqualität zu beeinträchtigen. Eine
„Femur-first“-Behandlungsstrategie wird von uns und in der Literatur bevorzugt. In einem Flussdiagramm werden dementsprechende Algorithmen für die Notfallbehandlung und die endgültige
Versorgung vorgeschlagen.
Die Zuverlässigkeit der präoperativen Knietotalendoprothesenplanung - ein Vergleich zweier Kalibrierungsmarker
Authors: Grevenstein David , Oppermann Johannes , Spies Christian Karl , Paul Christian , Eysel Peer , Ott Nadine 
Published: October 2022

Zusammenfassung
Hintergrund Die präoperative Prothesenplanung ist der Goldstandard bei der Implantation einer elektiven Knietotalendoprothese. In dieser Studie führen wir eine retrospektive Analyse zweier verschiedener Kalibrationsmarker durch. Methoden Die präoperative Implantatplanung mittels MediCad wurde in 231 Fällen durchgeführt. Wir verglichen in 2 Gruppen die Treffsicherheit einer Kalibration mittels Kugelmarker gegen eine mithilfe des KingMark-Systems durchgeführte Kalibrierung, indem die präoperativ geplanten Größen mit den tatsächlich implantierten Größen verglichen wurden. Resultate Insgesamt zeigte sich in 60,4% (n = 140) der Fälle kein kombiniertes femorotibiales Match, sprich mindestens eines der geplanten Implantate wich in seiner Größe von der Planung ab. In 39,4% (n = 91) zeigte sich eine treffende Vorhersage der Implantatgrößen in der Messung sowohl femoral als auch tibial. Gruppe 1 zeigte eine
statistisch signifikant bessere Vorhersage der Implantatgröße für das kombinierte femorotibiale Match der Implantatgrößen sowie für die femorale Größe allein. Schlussfolgerung Auf Basis unserer Studie sollte das KingMark-Kalibrierungssystem gegenüber standardisierten Kugelmarkern bevorzugt werden. Insgesamt liefern beide Systeme jedoch keine zufriedenstellende Vorhersage der tatsächlichen Prothesengröße.
Zusammenhang zwischen der seitenabhängigen präoperativ bestimmten intraprostatischen Tumorlokalisation mittels Stanzbiopsie und HistoScanning und der Lymphknotenmetastasierung des Prostatakarzinoms
Authors: Niemann Debora , Hamann Claudius , Jünemann Klaus-Peter , Knüpfer Stephanie , Osmonov Daniar 
Published: October 2022

Zusammenfassung
Einleitung Anhand dieser Studie soll untersucht werden, ob es präoperativ möglich ist, mittels Stanzbiopsie oder HistoScanning, die Lymphknotenmetastasenseite/n des Prostatakarzinoms vorherzusagen bzw. einzugrenzen.
Material Die Studie ist retrospektiv angelegt. In die Studie werden 56 Patienten eingeschlossen. Einschlusskriterien sind eine radikale Prostatektomie mit extendierter Lymphadenektomie und ein positiver Lymphknotenstatus. Der Zusammenhang zwischen der präoperativ bestimmten Seit des Tumors innerhalb der Prostata und der Seite der Lymphknotenmetastasen wird analysiert.
Methoden Die Datenerhebung erfolgt mittels Microsoft Office 365 Excel und IBM SPSS Statistics Subscription. Zur Testung wird der exakte Fisher-Test angewendet. Als statistisch signifikant werden p-Werte < 0,05 gewertet.
Ergebnisse Ein signifikanter Zusammenhang zeigt sich zwischen der mittels Stanzbiopsie bestimmten Seite/n des Tumors innerhalb der Prostata und der Seite/n der Lymphknotenmetastasen. Bei 83% der Patienten mit einem einseitig festgestellten Stanzbiopsiebefund zeigt sich eine Lymphknotenmetastasierung in eine Körperhälfte, ipsilateral oder kontralateral. Ein Anteil von 75% dieser Patienten hat ausschließlich Lymphknotenmetastasen auf der ipsilateralen Körperseite aufzuweisen. Bezüglich des HistoScannings zeigt sich kein signifikanter Zusammenhang. In der histologischen Begutachtung nach radikaler Prostatektomie zeigt sich bei 89% der Patienten ein beidseits positiver Tumorbefall.
Schlussfolgerung Sowohl die Stanzbiopsie als auch das HistoScanning scheinen die Tumorausdehnung innerhalb der Prostata zu unterschätzen. Auf Grund dieser Ungenauigkeiten ist trotz zum Teil signifikanter Ergebnisse eine Empfehlung der Beschränkung der Lymphadenektomie auf den seitenanalogen Bereich nicht möglich.
Screening auf Mangelernährung bei Kopf-Hals-Tumor-Patienten vor onkologischer Therapie
Authors: Lehner Uta , Zaretsky Eugen , Goeze Almut , Wermter Laura , Birk Richard , Neff Andreas , Fisher Ingo , Ghanaati Shahram , Daffner Anna , Sader Robert , Hey Christiane 
Published: October 2022

Zusammenfassung
Hintergrund Patienten mit einem Kopf-Hals-Tumor besitzen ein hohes Risiko, peri- bzw. posttherapeutisch eine Mangelernährung zu entwickeln, die den onkologischen Therapieerfolg entscheidend beeinflussen kann. Prätherapeutisch ist hierüber wenig bekannt. Daher ist das Ziel der vorliegenden Studie die prätherapeutische systematische Erfassung des Ernährungszustandes und des Risikos für das Auftreten einer Mangelernährung.
Material und Methoden Bei 102 Kopf-Hals-Tumor-Patienten erfolgte die prätherapeutische Untersuchung des Ernährungszustandes via Body-Mass-Index (BMI) sowie des Risikos für Mangelernährung via „Nutritional Risk Screening“ (NRS). An möglichen Einflussfaktoren wurden Tumorstadium, -lokalisation, Patientenalter, -geschlecht und das Bestehen einer oropharyngealen Dysphagie, identifiziert über Flexible Endoskopische Evaluation des Schluckvorgangs (FEES), analysiert.
Ergebnisse Eine Mangel- bzw. Unterernährung, bemessen am BMI, bestand prätherapeutisch bei bereits 6% der Patienten, ein Risiko für Mangelernährung laut NRS bei 27%, eine oropharyngeale Dysphagie bei 15%. Nur das Vorliegen einer oropharyngealen Dysphagie erwies sich in der linearen Regression als signifikanter Einflussfaktor auf das Risiko einer Mangelernährung (β = 0,380/3,776; p < 0,001).
Schlussfolgerungen Bereits prätherapeutisch besteht ein Risiko einer Mangelernährung bei einem Viertel der Kopf-Hals-Tumor-Patienten. Um dieses frühzeitig zu erkennen und um bereits zu Beginn der onkologischen Therapie Maßnahmen zu ihrer Vermeidung einzuleiten, empfiehlt sich daher bereits prätherapeutisch die Untersuchung des Schluckvermögens sowie das systematische Screening auf Mangelernährung via NRS.
Die Bedeutung der Hochdurchsatz-Sequenzierung in der medizinisch genetischen Diagnostik und Beratung
Authors: Schaflinger Erich , Enko Dietmar 
Published: October 2022

ZusammenfassungNext-Generation-Sequencing ist ein modernes diagnostisches Hochdurchsatz-Verfahren (Multi-Gen-Analysen), durch dessen Einsatz sowohl hereditäre Krebserkrankungen (Tumordispositionssyndrome, Keimbahndiagnostik) als auch somatische Alterationen in Tumoren besser abgeklärt werden können. Der breitere Einsatz dieser Technologie im medizinischen Alltag zeigt das tatsächliche Ausmaß der interindividuellen genetischen Variabilität. Wichtige Bedeutung hat dieses Verfahren für die Untersuchung von heterogenen genetischen Erkrankungen (z. B. Tumorerkrankungen, neurodegenerativen und -muskulären Erkrankungen) erlangt. Weitere Indikationsgebiete stellen die Pharmakogenetik sowie die nicht invasive Pränataldiagnostik dar. Es ist zu erwarten, dass dieses diagnostische Mittel eine breite klinische Anwendung finden wird. Mit der rasanten Zunahme und Komplexität genetischer Dateninformationen nimmt die richtige Interpretation und Übermittlung der Befunde in der humangenetischen Beratung (Keimbahndiagnostik) einen hohen Stellenwert ein. Die genetische Beratung muss entsprechend neu ausgerichtet und adaptiert werden.
Androgens’ Role in Severity and Mortality Rates of
COVID-19
Authors: Ataei Ali , Derakhshan Mohammad Moein , Razmjooie Mohadese , Zare Fateme , Amiresmaeili Habibe , Salehi Negin , Namakkoobi Negar , Mirhosseini Hamid , Karim Bardia , Iravani Sima 
Published: October 2022

AbstractBy the end of December 2019 new corona virus began to spread from Wuhan, China
and caused a worldwide pandemic. COVID-19 deaths and prevalence represented sex
discrepant patterns with higher rate of deaths and infection in males than
females which could be justified by androgen-mediated mechanisms. This review
aimed to assess the role of androgens in COVID-19 severity and mortality.
Androgens increase expressions of Type II transmembrane Serine Protease
(TMPRSS2) and Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE2), which both facilitate new
corona virus entry into host cell and their expression is higher in young males
than females. According to observational studies, prevalence of COVID-19
infections and deaths was more in androgenic alopecic patients than patients
without androgenic alopecia. The COVID-19 mortality rates in aged men
(>60 years) were substantially higher than aged females and even young
males caused by high inflammatory activities such as cytokine storm due to
hypogonadism in this population. Use of anti-androgen and TMPRSS2 inhibitor
drugs considerably modified COVID-19 symptoms. Androgen deprivation therapy also
improved COVID-19 symptoms in prostate cancer: overall the role of androgens in
severity of COVID-19 and its associated mortality seemed to be very important.
So, more studies in variety of populations are required to define the absolute
role of androgens.
Combination of Advanced Platelet-Rich Fibrin and Pentoxifylline/Tocopherol as a Novel Preventive Option in Osteoradionecrosis: A Case Report
Authors: Vorakulpipat Pasinee , Suphangul Suphachai , Fuangtharnthip Pornpoj , Ghanaati Shahram , Vorakulpipat Chakorn 
Published: October 2022

AbstractOsteoradionecrosis (ORN) of the jaws is an uncommon complication of radiation therapy that seriously affects the oral and maxillofacial region. Management of ORN is intrinsically difficult and treatment effects are unpredictable. ORN can be treated with pentoxifylline/tocopherol and autologous platelet concentrates to promote wound healing. Furthermore, the low speed of relative centrifugal forces platelet-rich fibrin (PRF + ) has been shown high efficacy for ORN. A 72-year-old male patient with history of radiation treatment for squamous cell carcinoma in the left side of the tongue. Six years after the treatment, his upper right first molar tooth (no. 16) was surgically extracted due to persistent pain. A few months following the extraction, intraoral examination showed gingival inflammation, and pain when palpation around the edentulous area of tooth no. 16. Radiological examination revealed retained root of 16 with radiolucent area and horizontal bone loss around upper right second molar tooth (no. 17). Pentoxifylline and tocopherol were given for a week before the surgical operation and were continued for 8 weeks after the operation. Retained roots of teeth no. 16 and 17 were removed and the sockets were debrided, the advanced PRF+ (A-PRF + ) membranes were placed followed by primary wound closure. Following 2 weeks of treatment, the mucosa healed and progressed to complete mucosal coverage at 2 months with no pathological findings or ORN progression. At 6-month follow-up, clinical and cone-beam computed tomography (CBCT) revealed no pathology. Our case demonstrates that the combination of pentoxifylline/tocopherol and the A-PRF+ surgical approach can be useful for wound healing and prevention of ORN.