bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
HLA alleles, disease severity, and age associate with T-cell responses following infection with SARS-CoV-2
Authors: Olafsdottir Thorunn A. , Bjarnadottir Kristbjorg , Norddahl Gudmundur L. , Halldorsson Gisli H. , Melsted Pall , Gunnarsdottir Kristbjorg , Ivarsdottir Erna , Olafsdottir Thorhildur , Arnthorsson Asgeir O. , Theodors Fannar , Eythorsson Elias , Helgason Dadi , Eggertsson Hannes P. , Masson Gisli , Bjarnadottir Sólveig , Saevarsdottir Saedis , Runolfsdottir Hrafnhildur L. , Olafsson Isleifur , Saemundsdottir Jona , Sigurdsson Martin I. , Ingvarsson Ragnar F. , Palsson Runolfur , Thorgeirsson Gudmundur , Halldorsson Bjarni V. , Holm Hilma , Kristjansson Mar , Sulem Patrick , Thorsteinsdottir Unnur , Jonsdottir Ingileif , Gudbjartsson Daniel F. , Stefansson Kari 
Published: September 2022

AbstractMemory T-cell responses following SARS-CoV-2 infection have been extensively investigated but many studies have been small with a limited range of disease severity. Here we analyze SARS-CoV-2 reactive T-cell responses in 768 convalescent SARS-CoV-2-infected (cases) and 500 uninfected (controls) Icelanders. The T-cell responses are stable three to eight months after SARS-CoV-2 infection, irrespective of disease severity and even those with the mildest symptoms induce broad and persistent T-cell responses. Robust CD4+ T-cell responses are detected against all measured proteins (M, N, S and S1) while the N protein induces strongest CD8+ T-cell responses. CD4+ T-cell responses correlate with disease severity, humoral responses and age, whereas CD8+ T-cell responses correlate with age and functional antibodies. Further, CD8+ T-cell responses associate with several class I HLA alleles. Our results, provide new insight into HLA restriction of CD8+ T-cell immunity and other factors contributing to heterogeneity of T-cell responses following SARS-CoV-2 infection.
Photocatalytic dehydrogenated etherification of 2-aryl benzylic alcohols
Authors: Liang Zhihui , Liu Chao , Fan Jiajun , Wang Mingze , Yan Xuanyu , Huang Mingqiang , Cai Shunyou 
Published: September 2022

Here we describe an efficient and practical method for the conversion of 2-aryl benzylic alcohols into the corresponding chromenes with the synergistic interactions of 2-bromoanthraquinone, O2, nBu4NBr and K2CO3under visible-light irradiation.
Two-component carnitine monooxygenase from Escherichia coli: functional characterization, inhibition and mutagenesis of the molecular interface
Authors: Piskol Fabian , Neubauer Kerstin , Eggers Maurice , Bode Lisa Margarete , Jasper Jan , Slusarenko Alan , Reijerse Edward , Lubitz Wolfgang , Jahn Dieter , Moser Jürgen 
Published: September 2022

Abstract
Gut microbial production of trimethylamine (TMA) from l-carnitine is directly linked to cardiovascular disease. TMA formation is facilitated by carnitine monooxygenase, which was proposed as a target for the development of new cardioprotective compounds. Therefore, the molecular understanding of the two-component Rieske-type enzyme from Escherichia coli was intended. The redox cofactors of the reductase YeaX (FMN, plant-type [2Fe-2S] cluster) and of the oxygenase YeaW (Rieske-type [2Fe-2S] and mononuclear [Fe] center) were identified. Compounds meldonium and the garlic-derived molecule allicin were recently shown to suppress microbiota-dependent TMA formation. Based on two independent carnitine monooxygenase activity assays, enzyme inhibition by meldonium or allicin was demonstrated. Subsequently, the molecular interplay of the reductase YeaX and the oxygenase YeaW was addressed. Chimeric carnitine monooxygenase activity was efficiently reconstituted by combining YeaX (or YeaW) with the orthologous oxygenase CntA (or reductase CntB) from Acinetobacter baumannii. Partial conservation of the reductase/oxygenase docking interface was concluded. A structure guided mutagenesis approach was used to further investigate the interaction and electron transfer between YeaX and YeaW. Based on AlphaFold structure predictions, a total of 28 site-directed variants of YeaX and YeaW were kinetically analyzed. Functional relevance of YeaX residues Arg271, Lys313 and Asp320 was concluded. Concerning YeaW, a docking surface centered around residues Arg83, Lys104 and Lys117 was hypothesized. The presented results might contribute to the development of TMA-lowering strategies that could reduce the risk for cardiovascular disease.
Array tomography: 15 years of synaptic analysis
Authors: Sanchez Avila Anna , Henstridge Christopher M. 
Published: September 2022

Abstract
Synapses are minuscule, intricate structures crucial for the correct communication between neurons. In the 125 years since the term synapse was first coined, we have advanced a long way when it comes to our understanding of how they work and what they do. Most of the fundamental discoveries have been invariably linked to advances in technology. However, due to their size, delicate structural integrity and their sheer number, our knowledge of synaptic biology has remained somewhat elusive and their role in neurodegenerative diseases still remains largely unknown. Here, we briefly discuss some of the imaging technologies used to study synapses and focus on the utility of the high-resolution imaging technique array tomography (AT). We introduce the AT technique and highlight some of the ways it is utilised with a particular focus on its power for analysing synaptic composition and pathology in human post-mortem tissue. We also discuss some of the benefits and drawbacks of techniques for imaging synapses and highlight some recent advances in the study of form and function by combining physiology and high-resolution synaptic imaging.
Article Production Accuracy of an Arabic–English Bilingual Child: A Case Study
Authors: Moustafa Rana , Rojas Raúl 
Published: September 2022

Purpose:
This single-subject case study examined the article production accuracy of an Arabic–English bilingual child. The aim of the study was to determine whether the child's Arabic language background interacted with his accuracy of article production in English based on the Arabic article system, which, unlike English, does not contain the indefinite article.

Method:
The child was audio-recorded interacting with his paternal aunt and grandmother at two time points, when the child was aged 3;2 (years;months) and 3;6. A word-level coding system was developed to track the child's accurate and inaccurate production of article types in English including errors of substitution, addition, and omission.

Results:

Findings from this single-subject case study demonstrated that the child produced definite, indefinite, and null articles in English. The child's most frequent error was substitution of definite article
the
. In addition, the child spoke primarily in English with his caregivers. The findings supported prior work of bilingual children speaking a range of native languages, who also frequently misused the definite article
the
.

Discussion:
The child's article production accuracy and the more frequent definite article errors are discussed in the context of existing literature on article production by monolingual and bilingual children. The absence of the indefinite article in Arabic, the child's other language, could have driven the inaccurate/overuse use of the definite article in English. Nevertheless, the findings from this single-subject case study provide support for a child raised in an Arabic–English bilingual household who displayed development in his English article production accuracy in English comparable with that of bilingual children and monolingual English-speaking children.
SDSS-IV MaStar: Stellar parameter determination with continuum-supplemented full-spectrum fitting
Authors: Lazarz Daniel , Yan Renbin , Wilhelm Ronald , Chen Yanping , Hill Lewis , Holtzman Jon A. , Imig Julie , Maraston Claudia , Mészáros Szabolcs , Stringfellow Guy S. , Thomas Daniel , Beers Timothy C. , Bizyaev Dmitry , Drory Niv , Lane Richard R. , Nitschelm Christian 
Published: September 2022

Aims. We present a stellar parameter catalog built to accompany the MaStar Stellar Library, which is a comprehensive collection of empirical, medium-resolution stellar spectra.
Methods. We constructed this parameter catalog by using a multicomponent χ2 fitting approach to match MaStar spectra to models generated by interpolating the ATLAS9-based BOSZ model spectra. The total χ2 for a given model is defined as the sum of components constructed to characterize narrow-band features of observed spectra (e.g., absorption lines) and the broadband continuum shape separately. Extinction and systematics due to flux calibration were taken into account in the fitting. The χ2 distribution for a given region of model space was sampled using a Markov chain Monte Carlo (MCMC) algorithm, the data from which were then used to extract atmospheric parameter estimates (Teff, log g, [Fe/H], and [α/Fe]), their corresponding uncertainties, and direct extinction measurements.
Results. Two methods were used to extract parameters and uncertainties: one that accepts the MCMC’s prescribed minimum-χ2 result, and one that uses Bayesian inference to compute a likelihood-weighted mean from the χ2 distribution sampled by the MCMC. Results were evaluated for internal consistency using repeat observations where available and by comparing them with external data sets (e.g., APOGEE-2 and Gaia DR2). Our spectral-fitting exercise reveals possible deficiencies in current theoretical model spectra, illustrating the potential power of MaStar spectra for helping to improve the models. This paper represents an update to the parameters that were originally presented with SDSS-IV DR17. The MaStar parameter catalog containing our BestFit results is available on the SDSS-IV DR17 website as part of version 2 of the MaStar stellar parameter value-added catalog.
Psychische Gesundheit von Sexarbeiter*innen in Europa: ein
Scoping-Review
Authors: Mühlen Anna , Rudy Janette , Böckmann Anna , Deimel Daniel 
Published: September 2022

ZusammenfassungHintergrund: Sexarbeiter*innen erleben aufgrund ihrer Tätigkeit
in der Gesellschaft häufig mangelnde Akzeptanz und Stigmatisierungen.
Daraus resultieren für sie zahlreiche Ausschlussmechanismen und
Belastungsfaktoren, die mit einer erhöhten Vulnerabilität
für psychische Erkrankungen einhergehen können. Zielsetzung:
Identifikation von Studien zur psychischen Situation von
Sexarbeiter*innen in Europa. Methodik: Im Rahmen eines Scoping-Reviews
konnten in den wissenschaftlichen Datenbanken LIVIVO, BASE, PubMed und PSYNDEX
n=12 relevante Studien identifiziert werden, die ab 1990 publiziert
wurden. Ergebnisse: Bei 56–75% der befragten
Sexarbeiter*innen wurde mindestens eine psychische Störung
berichtet. Besonders häufig treten bei den Befragten Depressionen,
Substanzkonsum, Suizidalität und posttraumatischer Stress auf. Die
Ergebnisse zeigen, dass Sexarbeiter*innen vulnerabel für
psychische Belastungsfaktoren und Erkrankungen sind. Eine umfassende
psychosoziale Unterstützung und Beratung ist unter
Berücksichtigung der verschiedenen Arbeitskontexte und Lebenswelten
indiziert.
Auswirkungen des neuen Tierarzneimittelrechts auf die Pharmakotherapie von Honigbienen (Apis mellifera) in Deutschland
Authors: Emmerich Ilka Ute 
Published: September 2022

ZusammenfassungDie im Zuge der EU-Harmonisierung eingeführten neuen arzneimittelrechtlichen Vorschriften für Tierarzneimittel haben auch Auswirkungen auf die Pharmakotherapie von Honigbienenvölkern in Deutschland. Insbesondere die Vorschrift, Tierarzneimittel in Übereinstimmung mit den Zulassungsbedingungen anzuwenden, schränkt nicht nur die Therapiefreiheit der Tierärzte ein, sondern bedeutet auch das Ende der Off-Label-Anwendung zugelassener nicht apothekenpflichtiger Varroazide bei Honigbienen durch Imkernde. Ein Abweichen von den Zulassungsbedingungen ist unabhängig von der Verkaufsabgrenzung nur bei Vorliegen eines sogenannten Therapienotstands im Umwidmungstatbestand möglich. Liegt ein solcher allerdings vor, dürfen bereits in der ersten Umwidmungsstufe Tierarzneimittel für Honigbienen aus anderen Mitgliedsstaaten der europäischen Union angewendet werden, auch wenn wirkstoffgleiche Tierarzneimittel in Deutschland verfügbar sind. Aus diesem Grund geht der Artikel neben den Auswirkungen durch die zulassungskonforme Anwendung auch auf zusätzliche Behandlungsmöglichkeiten bei Honigbienen durch die Harmonisierung des Binnenmarktes ein.
Adjuvante Radiotherapie beim caninen Mastzelltumor
Authors: Betz Daniela Simon 
Published: September 2022

Mason SL, Pittaway C, Gil BP, Russak OM, Westlake K, Berlato D, Benoit J, Morris J, Dobson JM. Outcomes of adjunctive radiation therapy for the treatment of mast cell tumors in dogs and assessment of toxicity: A multicenter observational study of 300 dogs. Vet Intern Med. 2021 Nov;35(6):2853–2864.
Radiotherapie wird häufig zur post-operativen Anschlussbehandlung caniner kutaner bzw. subkutaner Mastzelltumoren eingesetzt. Vor allem bei inkomplett resezierten Tumoren oder solchen, bei denen die Resektionsgrenzen in der mikroskopischen Beurteilung nah an den Tumorrädern verlaufen gehört die adjuvante Bestrahlung zu den wichtigen Säulen der Therapie. Demgegenüber steht, dass die Datenlage zu verschiedenen Strahlenprotokollen und deren Behandlungsergebnissen sowie Verträglichkeit verbesserungswürdig erscheint. Ziel dieser Studie war es daher die Effektivität einer post-operativen Radiotherapie bei Mastzelltumoren der Kutis und Subkutis nach mikroskopisch inkompletter Resektion sowie deren Toxizität zu evaluieren.
Populationsstruktur und Haltungsweisen von Neuweltkameliden in Deutschland sowie Fachkunde der Tierhalter
Authors: Ulrich Lisa , Leisen Alina , Wehrend Axel , Wagner Henrik 
Published: September 2022

Zusammenfassung
Gegenstand und Ziel Im Rahmen des vom Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL) finanzierten Modell- und Demonstrationsvorhabens (MuD) Tierschutz Projekt zu Neuweltkameliden (NWK) wurden mittels einer bundesweiten Tierhalterumfrage Daten zu unterschiedlichen Aspekten der Tierhaltung von NWK erhoben. Die vorliegende Publikation befasst sich mit dem Bereich Populations- und Betriebsstrukturen, Haltungsweisen, Nutzung und Wissensstand der Tierhalter von Neuweltkameliden in Deutschland.
Material und Methoden Es wurde ein Onlinefragebogen von 550 Tierhaltern aus Deutschland ausgefüllt, wovon 421 (76,5 %) die Umfrage vollständig bearbeiteten. Der Fragebogen enthielt offene und geschlossene Fragen zu Betrieb und Management, zur Haltung, Fütterung, Zucht und Aufzucht, tierärztlicher Versorgung, Gesundheits- und Pflegemanagement, sowie zum Wissenstand der Tierhalter und Einschätzungen vom Verhalten der Tiere. Die unterschiedlichen Fragenkomplexe wurden deskriptiv ausgewertet.
Ergebnisse Die teilnehmenden Betriebe setzen sich aus 365 (66,4 %) reinen Alpakahaltungen, 89 (16,2 %) reinen Lamahaltungen und 93 (16,9 %) Betrieben mit beiden Tierarten zusammen. 3 Betriebe machten keine Angaben zur Tierart. Es wurden insgesamt 7739 NWK, davon 6295 Alpakas und 1444 Lamas erfasst. Die jeweils beliebtesten Rassen sind das Huacaya Alpaka und das Classic Lama. Sowohl in der Alpaka- als auch in der Lamapopulation ist der Anteil an Stuten am größten (53,8 % der Alpakapopulation, 45,0 % der Lamapopulation). Die durchschnittliche Herdengröße beträgt 14,9 Tiere und in den meisten Fällen wird eine feste Gruppe gehalten (56,6 %). Viele der Tierhalter gaben an, ihre Tiere im vergangenen Jahrzehnt erworben zu haben (84,1 % der Alpakahaltungen und 62,6 % der Lamahaltungen). Die meisten Haltungen der Umfrageteilnehmer befinden sich in Bayern, Nordrhein-Westfalen und Baden-Württemberg. Häufig handelt es sich um Hobbybetriebe (51,0 %), die Tiere werden in den meisten Fällen für Wanderungen genutzt und die Wolle verarbeitet (58,0 % bzw. 52,3 %). 76,6 % der erfassten Tiere verfügen über eine Kennzeichnung, am häufigsten mittels Mikrochip, und 84,2 % der Betriebe gaben an, beim Veterinäramt registriert zu sein.
Schlussfolgerung Anhand der Untersuchungsergebnisse ist ein deutlicher Anstieg an Tierhaltungen und Tierzahlen in den letzten Jahren zu verzeichnen. Die Gestaltung von Haltungsstrukturen konnte erfasst werden. Jedoch bleibt die exakte Zahl der Neuweltkameliden in Deutschland, trotz der bestehenden Registrierungspflicht, so lange unbekannt, bis eine systematische zentrale Erfassung von behördlicher Stelle erfolgt.
Influence of Lung Reconstruction Algorithms on Interstitial Lung Pattern Recognition on CT
Authors: Klaus Jeremias B. , Christodoulidis Stergios , Peters Alan A. , Hourscht Cynthia , Loebelenz Laura I. , Munz Jaro , Schroeder Christophe , Sieron Dominik , Drakopoulos Dionysios , Stadler Severin , Heverhagen Johannes T. , Prosch Helmut , Huber Adrian , Pohl Moritz , Mougiakakou Stavroula G. , Christe Andreas , Ebner Lukas 
Published: September 2022

AbstractDespite current recommendations, there is no recent scientific study comparing the influence of CT reconstruction kernels on lung pattern recognition in interstitial lung disease (ILD).To evaluate the sensitivity of lung (i70) and soft (i30) CT kernel algorithms for the diagnosis of ILD patterns.We retrospectively extracted between 15–25 pattern annotations per case (1 annotation = 15 slices of 1 mm) from 23 subjects resulting in 408 annotation stacks per lung kernel and soft kernel reconstructions. Two subspecialized chest radiologists defined the ground truth in consensus. 4 residents, 2 fellows, and 2 general consultants in radiology with 3 to 13 years of experience in chest imaging performed a blinded readout. In order to account for data clustering, a generalized linear mixed model (GLMM) with random intercept for reader and nested for patient and image and a kernel/experience interaction term was used to analyze the results.The results of the GLMM indicated, that the odds of correct pattern recognition is 12 % lower with lung kernel compared to soft kernel; however, this was not statistically significant (OR 0.88; 95%-CI, 0.73–1.06; p = 0.187). Furthermore, the consultants’ odds of correct pattern recognition was 78 % higher than the residents’ odds, although this finding did not reach statistical significance either (OR 1.78; 95%-CI, 0.62–5.06; p = 0.283). There was no significant interaction between the two fixed terms kernel and experience. Intra-rater agreement between lung and soft kernel was substantial (κ = 0.63 ± 0.19). The mean inter-rater agreement for lung/soft kernel was κ = 0.37 ± 0.17/κ = 0.38 ± 0.17.There is no significant difference between lung and soft kernel reconstructed CT images for the correct pattern recognition in ILD. There are non-significant trends indicating that the use of soft kernels and a higher level of experience lead to a higher probability of correct pattern identification.
Citation Format
Notwendigkeit und Wege zur Entwicklung von Versorgungszielen
für das Gesundheitssystem in Deutschland – ein Positionspapier
des DNVF
Authors: Neugebauer Edmund , Piwernetz Klaus , Bramesfeld Anke , Deckert Stefanie , Falkai Peter , Gabrys Lars , Hollederer Alfons , Riedel-Heller Steffi G. , Schaller Andrea , Scheibe Madlen , Bierbaum Thomas , Schmitt Jochen , Dreinhöfer Karsten E. 
Published: September 2022

ZusammenfassungGesundheits- und Versorgungsziele sind eine unverzichtbare Grundvoraussetzung
für ein funktionierendes Gesundheitssystem. Das Dilemma des deutschen
Gesundheitssystems ist, dass es nicht planvoll weiter entwickelt wurde, sondern
dass es historisch gewachsen ist. In den letzten Jahren hat es sich im freien
Spiel der Kräfte zu dem entwickelt, was es heute ist. Den aktuellen
Zustand beschreibt die OECD so: Die Kosten des deutschen Gesundheitssystems
entsprechen nicht den oft nur durchschnittlichen Gesundheitsergebnissen
für die Bevölkerung. Zur Erfüllung der gesetzlichen
Anforderungen (vor allem SGB V §§ 12, 27 und 70) braucht die
Gesundheitsversorgung/das Gesundheitssystem in Deutschland konkrete
Ziele. Eine Orientierung an Versorgungszielen zieht Maßnahmen auf allen
Ebenen der Versorgung nach sich: auf der Makroebene
(Gesamtsystem/gesamte Bevölkerung), auf der Mesoebene
(unterteilt nach Regionen, spezifischen Bevölkerungsgruppen etc.) sowie
auf der Mikroebene ( Patient:innen und Leistungserbringer) Ausgehend von
nationalen und internationalen Erfahrungen zeigt das vorliegende Positionspapier
des DNVF e.V. (Deutsches Netzwerk Versorgungsforschung) das Potenzial, wie
operationalisierte Versorgungsziele eine effektive, finanzierbare und qualitativ
hochwertige Gesundheitsversorgung gewährleisten können. Der
Koalitionsvertrag der Ampelregierung propagiert eine Neuausrichtung mit
Patient:innen bezogenen Versorgungszielen. Jetzt gilt es, aus dieser
Absichtserklärung konkrete und umsetzbare Ziele abzuleiten und dabei
alle wesentlichen Gruppen zu beteiligen. Ergänzend werden in diesem
Prozess Werte und ethische Normen für die Umsetzung vereinbart. Das BMG
(Bundesministerium für Gesundheit) sollte den Prozess der
gesellschaftlichen Willensbildung zur Definition von Nationalen
Versorgungszielen ermöglichen und fördern. Dazu bedarf es einer
klaren politischen Willensbildung. Als Ergebnis liegen am Ende des Prozesses die
Nationalen Versorgungsziele vor, die zusammen mit evidenzbasierten Fakten sowie
mit validen und belastbaren Daten in einem Handbuch „Nationale
Versorgungsziele“ veröffentlicht und gepflegt werden. Die
operative Verantwortung für die Umsetzung könnte bei dem neu zu
gründenden Bundesinstitut für öffentliche Gesundheit
liegen, wie es bereits im Koalitionsvertrag der Ampelkoalition
angekündigt wurde. Das DNVF ist bereit, an der Entwicklung von
Versorgungszielen aktiv mitzuwirken.
A Novel Application of a Generation Model in Foreseeing ‘Future’ Reactions
Authors: Cao Lujing , Wu Yejian , Ma Liefeng , Duan Hongliang , Zhuang Yixin , Xiong Linan , Zhan Zhajun 
Published: September 2022

AbstractDeep learning is widely used in chemistry and can rival human chemists in certain scenarios. Inspired by molecule generation in new drug discovery, we present a deep-learning-based approach to reaction generation with the Trans-VAE model. To examine how exploratory and innovative the model is in reaction generation, we constructed the dataset by time splitting. We used the Michael addition reaction as a generation vehicle and took these reactions reported before a certain date as the training set and explored whether the model could generate reactions that were reported after that date. We took 2010 and 2015 as time points for splitting the reported Michael addition reaction; among the generated reactions, 911 and 487 reactions were applied in the experiments after the respective split time points, accounting for 12.75% and 16.29% of all reported reactions after each time point. The generated results were in line with expectations and a large number of new, chemically feasible, Michael addition reactions were generated, which further demonstrated the ability of the Trans-VAE model to learn reaction rules. Our research provides a reference for the future discovery of novel reactions by using deep learning.
A haloscope amplification chain based on a traveling wave parametric amplifier
Authors: Braggio Caterina , Cappelli Giulio , Carugno Giovanni , Crescini Nicolò , Di Vora Raffaele , Esposito Martina , Ortolan Antonello , Planat Luca , Ranadive Arpit , Roch Nicolas , Ruoso Giuseppe 
Published: September 2022

In this paper, we will describe the characterization of an RF amplification chain based on a traveling wave parametric amplifier. The detection chain is meant to be used for dark matter axion searches, and thus, it is coupled to a high Q microwave resonant cavity. A system noise temperature Tsys = (3.3 ± 0.1) K is measured at a frequency of 10.77 GHz, using a novel calibration scheme, allowing for measurement of Tsys exactly at the cavity output port.