bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Microarray analysis of mononuclears transcriptome of lung cancer patients
Authors: В.Ю. Буслаев, , В.И. Минина, , В.Г. Дружинин, 
Published: January 2023

Среди онкологических заболеваний наиболее серьёзной проблемой является рак лёгкого. Для изучения молекулярно-генетической структуры рака лёгкого был проведён анализ транскриптома с использованием материала мононуклеаров периферической крови пациентов и здоровых индивидов. В качестве основного экспериментального метода использовался одноцветный микроматричный анализ. Анализ функционального обогащения групп генов с использованием ресурсов биологических баз данных (Gene Ontology, KEGG и Reactome) позволил провести аннотацию полученных результатов. Были получены данные о дифференциально экспрессирующихся группах генов, задействованных в определенных биологических сигнальных путях, среди них группы генов иммунного ответа, синтеза белка и клеточного цикла характеризовались наибольшим уровнем функционального обогащения. Кластеры генов компонентов специфического и врождённого иммунного ответа (FCGR2A, FCGR2C, FCGR2B, C5AR, IL6R, CXCL8), а также факторов резистентности к туберкулёзу (ATP6V0B, MAPK14, ITGAX, CORO1A) имели пониженные показатели экспрессии. Сниженная экспрессия также была установлена у генов, контролирующих синтез белка (EIF4A2, EIF4A1, RPL23). У генов Т-клеточного сигнального пути (RASGRP1, PDCD1, CD3G, PIK3R1, CD8A), а также факторов апоптоза (PDCD1, CCR7, CCR5, IL1A) был определён повышенный уровень экспрессии. Гены, установленные в результате проведённого анализа, могут в перспективе быть использованы в качестве диагностических маркеров развития рака лёгкого.
Among oncological pathologies lung cancer is the most crucial problem. For revealing of molecular and genetical structure of lung cancer it was conducted transcriptome analysis using material of peripheral blood mononuclears of lung cancer patients and healthy individuals. One-color microarray analysis was used as an essential experimental method. Functional enrichment analysis of gene groups using sources of biological databases (Gene Ontology, KEGG и Reactome) allowed to conduct annotation of obtained results. It was obtained data about differentially expressed gene groups, involved in specific biological signaling pathways. Among them gene clusters of immune response, protein synthesis and cell cycle had maximum level of functional enrichment. Gene cluster of specific and innate immune response components (FCGR2A, FCGR2C, FCGR2B, C5AR, IL6R, CXCL8), and also factors of tuberculosis resistance (ATP6V0B, MAPK14, ITGAX, CORO1A) had decreased level of expression. Decreased expression was also detected for genes, involved in protein synthesis (EIF4A2, EIF4A1, RPL23). For genes of T-cellular signaling pathway (RASGRP1, PDCD1, CD3G, PIK3R1, CD8A) and also for apoptosis factors (PDCD1, CCR7, CCR5, IL1A) was determined enhanced level of their synthesis. Conclusion. Genes that were detected as result of conducted analysis can be used as diagnostic markers of lung cancer development.
The effect of DNA methylation and genetic variants of the hypothalamic-pituitary-adrenal system with phenotypic variations in depression
Authors: Ю.Д. Давыдова, , А.В. Казанцева, , Р.Ф. Еникеева, , Р.Н. Мустафин, , М.М. Лобаскова, , С.Б. Малых, , Э.К. Хуснутдинова, 
Published: January 2023

Целью настоящего исследования стала оценка связи уровня метилирования ДНК и полиморфных вариантов генов гипоталамо-гипофизарно-надпочечниковой системы с фенотипическими вариациями уровня депрессивности у 1065 психически здоровых индивидов с учётом половой и этнической принадлежности. В результате линейного регрессионного анализа была выявлена ассоциация полиморфных локусов rs53576, rs7632287 и rs2254298 гена OXTR, rs1042615 и rs3803107 гена AVPR1A, а также rs28632197 гена AVPR1B с вариациями уровня депрессивности. Кроме того, обнаружена ассоциация статуса метилирования генов OXT (р=0,003; OR=2,12) и AVPR1A (р=0,013; OR=3,38) с повышенной депрессивностью. Полученные результаты вносят вклад в понимание биологических основ депрессии и могут быть рассмотрены в качестве биомаркеров депрессивного поведения.
The present study aimed to assess the effect of DNA methylation and genetic variants of the hypothalamic-pituitary-adrenal system with phenotypic variance in depression in 1065 mentally healthy individuals controlling for sex and ethnicity. As a result of linear regression analysis, the association of polymorphic loci rs53576, rs7632287 and rs2254298 of the OXTR gene, rs1042615 and rs3803107 of the AVPR1A gene, as well as rs28632197 of the AVPR1B gene with depression level was revealed. In addition, the association of the methylation status of the OXT (Р=0,003; OR=2,12) and AVPR1A (Р=0,013; OR=3,38) genes and an increased risk of developing depression was found. The results contribute to understanding the biological basis of depression and identifying biomarkers of depressive behavior.
Association of FTO rs9939609, TCF7L2 rs7903146, FABP2 rs1799883 polymorphisms with morbid obesity in women
Authors: В.В. Зорина, , Е.С. Мельникова, , А.А. Иванова, , А.А. Гуражева, , В.Н. Максимов, 
Published: January 2023

Цель. Изучение ассоциации полиморфизмов rs9939609 гена FTO, rs7903146 гена TCF7L2, rs1799883 гена FABP2 с морбидным ожирением у женщин. Материалы и методы. Группа морбидного ожирения (n=192, средний возраст 57,02 ± 7,16 лет, ИМТ> 40 кг/м2) и контрольная группа (n=450, средний возраст 55,44 ± 7,41 лет, ИМТ 20 - 25 кг/м2) сформированы из банка ДНК международного исследования HAPIEE. Генотипирование выполнено методами ПЦР-ПДРФ и ПЦР в режиме реального времени с использованием TaqMan зондов (Applied Biosystems, США). Статистическая обработка полученных результатов осуществлена в программном обеспечении SPSS. Результаты. Не выявлено статистически значимых различий между группой морбидного ожирения и контрольной группой по частотам генотипов rs7903146 гена TCF7L2, rs1799883 гена FABP2 (р>0,05). В группе морбидного ожирения у женщин доля носителей генотипа ТТ полиморфизма rs9939609 гена FTO статистически значимо меньше (26,6%), а генотипа АТ значимо больше (53,6%), чем в контрольной группе (38,4%; 45,1%, соответственно), (ОШ=0,58, 95%ДИ 0,4-0,84, p=0,004; ОШ=1,41, 95%ДИ 1,003-1,98, p=0,047, соответственно). Выводы. Генотип АТ полиморфизма rs9939609 гена FTO является генотипом риска морбидного ожирения у женщин, а генотип ТТ обладает протективным эффектом в его отношении. Не обнаружено ассоциации вариантов нуклеотидной последовательности rs7903146 гена TCF7L2 и rs1799883 гена FABP2 с морбидным ожирением у женщин.
Aim. Study the association of FTO rs9939609, TCF7L2 rs7903146, rs1799883 FABP2 polymorphisms on the risk of morbid obesity in women. Materials and methods. The morbid obesity group (n=192, average age 57.02 ± 7.16 years, BMI > 40 kg/m2) and the control group (n=450, average age 55.44 ± 7.41 years, BMI 20-25 kg/m2) were formed from the DNA bank of the international HAPIEE research. Genotyping was performed by PCR-RFLP and real time PCR using TaqMan (Applied Biosystems, USA). The results were statistically processed in the SPSS software. Results. There were no statistically significant differences in the genotype frequencies of TCF7L2 rs7903146, FABP2 rs1799883 (р>0.05) between the morbid obesity group and the control group. The morbid obesity group has the number of TT genotype carriers of FTO rs9939609 polymorphism less (26,6%) and AT genotype more (53,6%) than in the control group (38,4%; 45,1%, respectively), (OR=0.58, 95%CI 0.4-0.84, p=0.004; OR=1.41, 95%CI 1.003-1.98, p=0.047, respectively). Conclusion. AT genotype of FTO rs9939609 is the genotype of the risk of morbid obesity in women and TT genotype has a protective effect against it. Polymorphisms TCF7L2 rs7903146, FABP2 rs1799883 were not associated with morbid obesity in the studied group of women.
The relation of relative leukocyte telomere length to clinical and anamnestic characteristics of patients with chronic alcohol addiction
Authors: А.В. Казанцева, , Г.Г. Фасхутдинова, , Ю.Д. Давыдова, , Р.Ф. Еникеева, , А.Р. Асадуллин, , Э.К. Хуснутдинова, 
Published: January 2023

Литературные данные указывают на снижение относительной длины теломерных повторов (ОДТП) у лиц, имеющих диагностированную клиническую картину алкогольной зависимости, в то же время связи клинико-анамнестических характеристик с укорочением теломер у лиц с алкоголизмом выявлено не было. Целью настоящей работы являлось изучение связи ОДТП с риском развития хронического алкоголизма, а также выявление индивидуальных различий в ОДТП у пациентов с хроническим алкоголизмом в зависимости от клинико-анамнестических характеристик. В результате анализа не было продемонстрировано статистически значимых различий в показателях ОДТП между группой больных алкоголизмом и контрольной группой (β=-0,044, р=0,437). Однако мы выявили более резкое укорочение ОДТП с возрастом у больных алкоголизмом (β=-0,246, р=0,007) по сравнению со здоровыми донорами (β=-0,151, р=0,050). Идентифицирован статистически значимый характер включения в регрессионную модель таких клинико-анамнестических характеристик как возраст появления абстинентного синдрома (β=-0,385, р=0,001) и возраст начала злоупотребления алкоголем (β=-0,254, р=0,006), связанных с укорочением теломер. Полученные данные подтверждают ускорение клеточного старения организма на основе ОДТП у индивидов, злоупотребляющих алкоголем.
Published data indicate a decreased relative leukocyte telomere length (RLTL) in individuals diagnosed with clinical alcohol dependence; at the same time, to date no association of clinical and anamnestic characteristics with telomere shortening in patients with alcohol addiction were reported. The present study aimed to assess the association between RLTL and the risk of developing chronic alcoholism, and to identify individual differences in RLTL in addicted patients accounting for clinical and anamnestic parameters. As a result of the analysis, no statistically significant differences in RLTL were demonstrated between patients and control group (β=-0.044, p=0.437). However, we observed more rapid telomeres shortening with age in patients with alcoholism (β=-0.246, p=0.007) compared with healthy donors (β=-0.151, p=0.050). A statistically significant effect of the inclusion in the regression model of such clinical and anamnestic characteristics as the age of onset of withdrawal syndrome (β=-0.385, p=0.001) and alcohol abuse (β=-0.254, p=0.006) on telomere shortening was identified. The data obtained confirm the acceleration of cellular aging of the organism based on RLTL in individuals who alcohol addiction.
Analysis of the association of the polymorphic locus rs17878362 of the TP53 gene with the risk of ovarian cancer
Authors: А.В. Коростелева, , О.К. Харина, , Э.Т. Мингажева, , Я.В. Валова, , Е.А. Андреева, , Д.С. Прокофьева, , Э.К. Хуснутдинова, 
Published: January 2023

Среди злокачественных новообразований органов женской репродуктивной системы рак яичников (РЯ) лидирует по числу смертей. Молекулярный механизм развития опухолей яичников содержит разнообразные генетические и эпигенетические события, лежащие в основе злокачественной трансформации клеток, которые вызывают активацию онкогенов и инактивацию генов-супрессоров опухолей. К числу генов-супрессоров опухолевого роста относится ген TP53. Нарушение или недостаточное функционирование белкового продукта данного гена приводит к развитию различных онкологических заболеваний, в том числе и к РЯ. В данной работе представлен ассоциативный анализ варианта rs17878362 гена TP53 с риском развития РЯ у женщин из Республики Башкортостан.
Among malignant neoplasms of the organs of the female reproductive system, ovarian cancer (OC) leads in the number of deaths. The molecular mechanism of ovarian tumor development contains a variety of genetic and epigenetic events that cause activation of oncogenes and inactivation of tumor suppressor genes underlying malignant cell transformation [2]. The TP53 gene is one of the tumor suppressor genes. Violation or insufficient functioning of the protein product of this gene leads to the development of various oncological diseases, including ovarian cancer. This paper presents an associative analysis of the variant rs17878362 of the TP53 gene with the risk of ovarian cancer in women from the Republic of Bashkortostan.
Prevalence of FCN3 rs532781899 variants in the populations of the Krasnoyarsk region
Authors: М.В. Смольникова, , С.Ю. Терещенко, 
Published: January 2023

Фиколины участвуют в защите от патогенных микроорганизмов посредством активации лектинового пути системы комплемента. В результате данного исследования получено распределение генотипов и аллельных вариантов rs532781899 гена Н-фиколина (FCN3) в этнических группах Красноярского края (ненцы, долгане-нганасаны и русские). Генотипирование проведено с использованием РТ-ПЦР. Выявлена частота варианта del* FCN3 (+1637delC) rs532781899, приводящего к низкой концентрации или полному отсутствию активатора лектинового пути комплемента Н-фиколина: среди русских 3,6%, тогда как у ненцев 0%, у долган-нганасан 0,8%.
Ficolins involved in the protecting from pathogenic microorganisms through the lectin pathway activation of the complement system. In current study data on the prevalence of genotypes and allelic variants for H-ficolin FCN3 rs532781899 in the ethnic groups of the Krasnoyarsk region (Nenets, Dolgan-Nganasans and Russians) were obtained. Genotyping was carried out using RT-PCR. The frequency of the variant del* FCN3 (+1637delC) rs532781899, leading to low concentration or complete absence of the activator of the lectin complement pathway, N-ficolin, namely, 3.6% among Russians and 0% in the Nenets, 0.8% in Dolgan-Nganasans was revealed.
Whole-exome sequencing in the complex diagnosis of genetically determined forms of male infertility associated with severe forms of pathozoospermia
Authors: О.А. Соловова, , Н.В. Опарина, , О.П. Рыжкова, , Т.М. Сорокина, , В.Б. Черных, 
Published: January 2023

У большинства пациентов с мужским бесплодием его причина остается неустановленной. В этиологию азооспермии и олигозооспермии вовлечены многочисленные хромосомные аномалии и патогенные варианты в генах, контролирующих сперматогенез и мужскую фертильность. Данное исследование направлено на повышение эффективности выявления генетических причин мужского бесплодия. Для этого сформирована и обследована выборка из 200 пациентов с азооспермией или тяжелой олигозооспермией неясного генеза. Выполнено комплексное клинико-генетическое обследование с использованием как общепринятых методов (клинико-генетическое, стандартное цитогенетическое исследование, анализ микроделеций хромосомы Y в локусе AZF и вариантов в гене CFTR), так и геномных методов - массового параллельного секвенирования (MPS). С использованием «стандартных» методов диагностики генетические причины бесплодия обнаружены у 92 (46%) пациентов. При полноэкзомном секвенировании (WES) у 18 (42,9%) из 42 пациентов, у которых по данным «стандартного» исследования не обнаружены генетические факторы бесплодия, выявлены варианты в 29 генах, вовлеченных в контроль репродуктивной функции, из них у 7 (16,6%) пациентов варианты в 8 генах предположительно являются каузативными и требуют дальнейших функциональных или сегрегационных исследований. Использование комплексного генетического обследования, включающего геномные методы, позволяет повысить эффективность диагностики генетически обусловленных форм бесплодия.
In most patients with male male infertility, it's cause remains unknown. Various chromosomal abnormalities and pathogenic variants in genes controlling spermatogenesis and male fertility are involved in the etiology of azoospermia and oligozoospermia. This study is aimed to improving the effectiveness of identifying the genetic causes of male infertility. For this purpose, a sample of 200 patients with idiopathic azoospermia or severe oligozoospermia was formed and examined. A comprehensive clinical and genetic examination was performed using both conventional methods (clinical and genetic, standard cytogenetic examination, analysis of the Y chromosome microdeletions at the AZF- locus and the CFTR gene), and genomic methods - massive parallel sequencing (MPS). Using “standard” diagnostic methods, genetic causes of infertility were found in 92 (46%) patients. Whole-exome sequencing (WES) revealed variants in 29 genes involved in the control of male fertility in 18 (42.9%) of 42 patients in whom genetic factors of infertility were not detected, according to the “standard” genetic examination, of which variants in 8 genes in 7 (16.6%) patients are presumably causative and require further functional or segregation studies. Comprehensive genetic examination, including genomic methods, makes it possible to increase the effectiveness of the diagnosis of genetically determined forms of infertility.
The cytogenetic diagnostics of chronic lymphoproliferative diseases using locus-specific fluorescent probes
Authors: А.В. Возилова, , Д.В. Бойко, 
Published: January 2023

Цитогенетическое исследование клеток костного мозга или периферической крови у лиц с лимфопролиферативными заболеваниями является обязательным и необходимым. Результаты помогают врачу с ранней диагностикой заболевания и выбором тактики лечения. Современные молекулярно-цитогенетические подходы, основанные на применении локусспецифичных флуоресцентных зондов (метод FISH), дают возможность быстро получить точную информацию о наличии или отсутствии наиболее распространенных мутаций при определенных нозологиях. Целью настоящей работы является анализ собственных данных цитогенетического обследования c применением «коктейля» из 5 локусспецифичных флуоресцентных зондов лиц с лимфопролиферативными заболеваниями, большая часть которых имела диагноз хронический лимфолейкоз. Цитогенетическое исследование было проведено 16 пациентам в период с 2014 г. по 2022 г. в лаборатории радиационной генетики ФГБУН УНПЦ РМ. Использовали коктейль локусспецифичных зондов: ATM (11q22)/TP53 (17p13), DLEU (13q14)/LAMP (13q34) и cen 12 (12p11.1;12q11.1). 75% обследованных лиц были носителями мутаций. Наиболее часто встречались мутации del17p13 (50%), del13q14 (50%). Считаем, что при наличии у пациента мутации в 13q14 необходимо провести дополнительно исследование на del 13q14.2 (RB1).
The cytogenetic assay of bone marrow or peripheral blood cells in persons with lymphoproliferative diseases is mandatory and necessary. The results help a doctor with the diagnosis of the disease and the choice of treatment tactics as early as possible after the patient’s visit to the hematologist. Modern molecular cytogenetic approaches based on the use of locus-specific fluorescent probes (FISH method) make it possible to quickly and accurately obtain information about the presence or absence of the most common mutations. The aim of this work is to analyze our cytogenetic data given with a “cocktail” of 5 locus-specific fluorescent probes in individuals with lymphoproliferative diseases, most of whom were diagnosed with CLL. A cytogenetic study was conducted in 16 patients in the period 2014 - 2022 in the Laboratory of Radiation Genetics of the URCRM. A cocktail of locus-specific probes was used: ATM (11q22)/TP53 (17p13) and DLEU (13q14)/LAMP (13q34) and cen 12 (12p11.1;12q11.1). Seventy five percent of the examined individuals were carriers of mutations. The most common mutations were del17p13 (50%), del13q14 (50%). We believe that if a patient has a mutation in 13q14, it is necessary to conduct an additional study on del13q14.2 (RB1).
Analysis of copy number aberrations in blood lymphocytes of nuclear industry workers exposed to external radiation
Authors: Д.С. Исубакова, , Н.В. Литвяков, , О.С. Цымбал, , Т.В. Усова, , М.Ю. Цыпленкова, , И.В. Мильто, , Р.М. Тахауов, 
Published: January 2023

Введение. Поиск биологических маркёров индивидуальной радиочувствительности человека остаётся чрезвычайно актуальной проблемой современной радиационной медицины. Цель - провести оценку аберраций числа копий ДНК (copy number aberration - CNA) в лимфоцитах крови работников, подвергшихся хроническому профессиональному радиационному воздействию. Методы. Обследовано 20 условно здоровых работников Сибирского химического комбината, подвергшихся внешнему радиационному воздействию. Всем обследованным лицам провели стандартный цитогенетический анализ. Выделенная ДНК из образцов крови исследована с использованием микроматрицы «CytoScan HD Array» («Affymetrix», США). Для обработки результатов микрочипирования использовали программу «Chromosome Analysis Suite 4.3» («Affymetrix», США). Результаты. У 4 из 20 работников обнаружено 4 CNA различных типов: 3 мозаичные амплификации, 1 мозаичная делеция. Заключение. Обнаруженные 4 CNA, кандидата на происхождение de novo, не индуцированы хроническим низкоинтенсивным облучением, так как не показали ассоциацию с ним. В данном исследовании, предположение о связи возникших de novo CNA с радиочувствительностью индивидов не подтвердилось. Необходимы дальнейшие исследования механизмов сохранения хромосомных аберраций с целью обнаружения маркёров индивидуальной радиочувствительности.
Introduction. The search for biological markers of individual radiosensitivity remains an extremely urgent problem of modern medicine. Aim: to evaluate of the copy number aberrations in the blood lymphocytes of workers exposed to occupational radiation exposure. Methods. The object of the study was the blood of 20 relatively healthy workers of the Siberian Chemical Combine, exposed to external radiation. A standard cytogenetic analysis was performed for all the examined individuals. The blood DNA was examined using a «CytoScan HD Array» microarray («Affymetrix», USA). To process the results of microchipping, a program was used «Chromosome Analysis Suite 4.3» («Affymetrix», США). Results. For4 workers found out 4 CNA: 3 mosaic amplifications, 1 mosaic deletion. Conclusion. The detected 4 candidates for the origin of de novo CNA were not induced by chronic low-intensity radiation, as they did not show an association with radiation. In this study, the assumption about the connection of de novo CNA with the radiosensitivity of individuals was not confirmed. Further studies of the mechanisms of XA preservation are needed in order to detect markers of individual radiosensitivity.