bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Feature architecture aware phylogenetic profiling indicates a functional diversification of type IVa pili in the nosocomial pathogen Acinetobacter baumannii
Authors: Iruegas Ruben , Pfefferle Katharina , Göttig Stephan , Averhoff Beate , Ebersberger Ingo 
Published: July 2023

The Gram-negative bacterial pathogen Acinetobacter baumannii is a major cause of hospital-acquired opportunistic infections. The increasing spread of pan-drug resistant strains makes A. baumannii top-ranking among the ESKAPE pathogens for which novel routes of treatment are urgently needed. Comparative genomics approaches have successfully identified genetic changes coinciding with the emergence of pathogenicity in Acinetobacter. Genes that are prevalent both in pathogenic and a-pathogenic Acinetobacter species were not considered ignoring that virulence factors may emerge by the modification of evolutionarily old and widespread proteins.
Here, we increased the resolution of comparative genomics analyses to also include lineage-specific changes in protein feature architectures. Using type IVa pili (T4aP) as an example, we show that three pilus components, among them the pilus tip adhesin ComC, vary in their Pfam domain annotation within the genus Acinetobacter. In most pathogenic Acinetobacter isolates, ComC displays a von Willebrand Factor type A domain harboring a finger-like protrusion, and we provide experimental evidence that this finger conveys virulence-related functions in A. baumannii. All three genes are part of an evolutionary cassette, which has been replaced at least twice during A. baumannii diversification. The resulting strain-specific differences in T4aP layout suggests differences in the way how individual strains interact with their host. Our study underpins the hypothesis that A. baumannii uses T4aP for host infection as it was shown previously for other pathogens. It also indicates that many more functional complexes may exist whose precise functions have been adjusted by modifying individual components on the domain level.
Exploring the barriers and enablers of diabetes care in a remote Australian context: A qualitative study
Authors: Bourke Siobhan , Munira Syarifah Liza , Parkinson Anne , Lancsar Emily , Desborough Jane 
Published: July 2023

Objective
This qualitative study explored the current barriers and enablers of diabetes care in the Indian Ocean Territories (IOT).

Methods
A constructivist grounded theory approach that incorporated semi-structured telephone interviews was employed. Initial analysis of the interview transcripts used a line-by-line approach, to identify recurring themes, connections, and patterns, before they were re-labelled and categorised. This was followed by axial coding, categorisation refinement, and mapping of diabetes triggers in the IOT.

Participants and setting
The IOT, consisting of Christmas Island and the Cocos (Keeling) Islands, are some of the most remote areas in Australia. When compared with mainland Australia, the prevalence of type 2 diabetes in the IOT is disproportionately higher. There were no known cases of type 1 diabetes at the time of the study. Like other remote communities, these communities experience difficulties in accessing health services to prevent and manage diabetes. Twenty health care professionals and health service administrators in the IOT took part in semi-structured telephone interviews held during April-June 2020. Participants included GPs, nurses, dietitians, social and community services workers, school principals, and administrators. The interview questions focused on their perceptions of the current diabetes care in place in the IOT and their views on the challenges of providing diabetes care in the IOT.

Results
We identified four main barriers and two main enabling factors to the provision of effective diabetes care in the IOT. The barriers were: (i) societal influences; (ii) family; (iii) changing availability of food; (v) sustainability and communication. The two main enablers were: (i) tailoring interventions to meet local and cultural needs and values; and (ii) proactive compliance with the medical model of care.

Conclusion
Due to the cultural and linguistic diversity within the IOT, many of the identified barriers and enablers are unique to this community and need to be considered and incorporated into routine diabetes care to ensure successful and effective delivery of services in a remote context.
Prevalence of the metabolic syndrome in African populations: A systematic review and meta-analysis
Authors: Bowo-Ngandji Arnol , Kenmoe Sebastien , Ebogo-Belobo Jean Thierry , Kenfack-Momo Raoul , Takuissu Guy Roussel , Kengne-Ndé Cyprien , Mbaga Donatien Serge , Tchatchouang Serges , Kenfack-Zanguim Josiane , Lontuo Fogang Robertine , Zeuko’o Menkem Elisabeth , Ndzie Ondigui Juliette Laure , Kame-Ngasse Ginette Irma , Magoudjou-Pekam Jeannette Nina , Wandji Nguedjo Maxwell , Assam Assam Jean Paul , Enyegue Mandob Damaris , Ngondi Judith Laure 
Published: July 2023

BackgroundThe metabolic syndrome (MS) is a leading cause of death worldwide. Several studies have found MS to be prevalent in various African regions. However, no specific estimates of MS prevalence in African populations exist. The aim of this study was to estimate the overall prevalence of MS in the African populations.MethodsA systematic review was conducted in PubMed, Web of Science, Africa Index Medicus, and African Journal Online Scopus to find studies published up to the 15th of August 2022. Pooled prevalence was calculated based on six diagnostic methods. The pooled prevalence of MS was estimated using a random-effects model. Our risk of bias analysis was based on the Hoy et al. tool. A Heterogeneity (I2) assessment was performed, as well as an Egger test for publication bias. PROSPERO number CRD42021275176 was assigned to this study.ResultsIn total, 297 studies corresponding to 345 prevalence data from 29 African countries and involving 156 464 participants were included. The overall prevalence of MS in Africa was 32.4% (95% CI: 30.2–34.7) with significant heterogeneity (I2= 98.9%; P<0.001). We obtained prevalence rates of 44.8% (95% CI: 24.8–65.7), 39.7% (95% CI: 31.7–48.1), 33.1% (95% CI: 28.5–37.8), 31.6% (95% CI: 27.8–35.6) and 29.3% (95% CI: 25.7–33) using the WHO, revised NCEP-ATP III, JIS, NCEP/ATP III and IDF definition criteria, respectively. The prevalence of MS was significantly higher in adults >18 years with 33.1% (95%CI: 30.8–35.5) compared to children <18 years with 13.3% (95%CI: 7.3–20.6) (P<0.001). MS prevalence was significantly higher in females with 36.9% (95%CI: 33.2–40.7) compared to males with 26.7% (95%CI: 23.1–30.5) (P<0.001). The prevalence of MS was highest among Type 2 diabetes patients with 66.9% (95%CI: 60.3–73.1), followed by patients with coronary artery disease with 55.2% (95%CI: 50.8–59.6) and cardiovascular diseases with 48.3% (95%CI: 33.5–63.3) (P<0.001). With 33.6% (95% CI: 28.3–39.1), the southern African region was the most affected, followed by upper-middle income economies with 35% (95% CI: 29.5–40.6).ConclusionThis study, regardless of the definition used, reveals a high prevalence of MS in Africa, confirming the ongoing epidemiological transition in African countries. Early prevention and treatment strategies are urgently needed to reverse this trend.
Choroidal vascularity index in different types of central serous chorioretinopathy: A meta-analysis
Authors: Xia Yihao , Li Xiaodong , Zhang Jiaqi , Xie Xuejun 
Published: July 2023

PurposeTo evaluate the choroidal vascularity index (CVI) in different types of central serous chorioretinopathy (CSC), healthy control eyes, and fellow eyes.MethodsRelevant studies published up to January 2023 were identified by searching multiple databases, including PubMed, Embase, Web of Science, Cochrane Library, and China National Knowledge Infrastructure (CNKI). Studies investigating the difference in CVI between CSC and control eyes were included. Data from these studies were analyzed using Stata (version 17) software. Weighted mean difference (WMD) and 95% confidence interval (95%CI) were calculated for the CVI in CSC eyes, control eyes, and fellow eyes.ResultsThe meta-analysis included 15 studies, with 213 acute CSC eyes, 153 chronic CSC eyes, 92 uncategorized CSC eyes, 40 resolved CSC eyes, 409 eyes of normal healthy controls, and 318 fellow eyes. The result revealed that CVI was higher in acute CSC eyes (WMD = 5.40, 95%CI = 2.36–8.44, P = 0.001) compared to control eyes. Also, CVI in chronic CSC eyes was higher than in control eyes (WMD = 1.26, 95%CI = 0.03–2.49, p = 0.046). The fellow eyes of acute CSC had a higher CVI when compared to control eyes (WMD = 2.53, 95%CI = 0.78–4.28, p = 0.005). There was no significant difference in CVI between acute and chronic CSC eyes (WMD = 0.75, 95%CI = -0.31–1.82, P = 0.167). In the sub-analysis based on the area selected for CVI calculation, the WMDs in the whole image subgroups were lower than the main analysis for the comparisons of fellow eyes of acute CSC and control eyes, acute CSC eyes and control eyes, and acute CSC eyes and fellow eyes. In the macular area subgroups, the WMDs were higher than in the whole image subgroups, suggesting a potential regional variation of CVI in CSC eyes.ConclusionsThe results demonstrated that CVI is increased in CSC eyes and fellow eyes of acute CSC. There is no significant difference in CVI between acute and chronic CSC eyes. The area selected for CVI calculation can influence the outcome, which requires further clinical research to clarify.
Patellar malalignment correlates with increased pain and increased synovial stress hormone levels–A cross-sectional study
Authors: Brenneis Marco , Junker Marius , Sohn Rebecca , Braun Sebastian , Ehnert Markus , Zaucke Frank , Jenei-Lanzl Zsuzsa , Meurer Andrea 
Published: July 2023

PurposeRisk factors for the development of pain in the context of knee osteoarthritis (KOA) remain unclear. Radiological findings often do not correlate with clinical findings, so other pathomechanisms in the development and perception of pain must play a role. The purpose of this study is to investigate the correlation of increased sympathetic nervous system (SNS) activity (measured by subjective and objective chronic stress parameters) with KOA severity, patellofemoral malalignment, and pain.Methods47 patients with KOA were assessed. Radiological measurements of tibiofemoral and patellofemoral parameters (Kellgren-Lawrence-score, patellar tilt (PT), Caton-Deschamps-Index and Hepp´s classification) were performed and correlated with knee-specific questionnaires (WOMAC®, KSS©) and chronic stress questionnaires (PSQ-20). Additionally, parameters associated with chronic stress were quantified in synovial fluid and serum samples from patients.ResultsPT correlated significantly with Caton-Deschamps-Index (r = 0.394,p = 0.006) and with medial patellofemoral joint space (r = 0.516,p<0.001). In addition, asymmetric trochlear groove (Hepp’s classification > II) was associated with significantly higher PT values (p = 0.014). A negative correlation between PT and KSS©-symptoms subgroup was found (r = -0.340,p = 0.024). Patients with PT<5° had significantly higher scores in the Knee Society Score©-symptoms subgroup (p = 0.038). A positive and significant correlation between synovial aldosterone levels and PT was observed (r = 0.548,p = 0.042).ConclusionThe results of this study indicate that patellar malalignment might correlate with increased pain. The previous specification of standard PT values must be reconsidered as even low PT values seem to play a role in the occurrence of patellofemoral osteoarthritis symptoms. Lower PT values might lead to aggravated symptoms in patients with KOA due to a narrow medial patellofemoral joint space. In addition, PT might induce the release of synovial stress biomarkers and thus contribute to the progression of KOA.
ЭФФЕКТИВНОСТЬ КОМПЛЕКСНОЙ МЕДИЦИНСКОЙ РЕАБИЛИТАЦИИ В СНИЖЕНИИ
МАССЫ ТЕЛА НА ПОКАЗАТЕЛИ КОМПОЗИТНОГО СОСТАВА ТЕЛА У ПАЦИЕНТОВ
С ОЖИРЕНИЕМ
Authors: Васильева В. А. , Марченкова Л. А. 
Published: July 2023

В настоящее время проблема избыточной массы тела (ожирение) неуклонно растет.
ЦЕЛЬ: оценить эффективность новой комплексной программы реабилитации с включением балансо-
терапии с биологической обратной связью и кинезогидротерапии на динамику веса и показатели состава
тела с помощью разных методов после этапа реабилитации и отдаленные результаты.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ: в исследование были включены мужчин и женщин в возрасте от 40 до 65 лет
с индексом массы тела ≥ 30кг/м2. Методы исследования включали в себя антропометрию, измерение тол-
щины жировой складки, исследование состава тела с помощью биоимпедансометрии и воздухзамещающей
бодиплятизмографии. Далее пациенты были разделены на две группы методом простой рандомизации.
Пациенты обеих групп прошли двухнедельный курс медицинской реабилитации на фоне низкокалорийной
диеты. Пациенты основной группы (группы 1) получали 4 метода лечебной физкультуры: балансотерапию
(сенсомоторную тренировку), групповые занятия кинезогидротерапией, групповые занятия специальным
комплексом лечебной гимнастики в зале, аэробные упражнения на велотренажере или беговой дорожке.
Пациенты группы сравнения (группы 2) проходили лечение только с использованием занятий аэробны-
ми упражнениями и лечебную гимнастику в зале по той же методике и с тем же количеством процедур,
что и в основной группе. Динамическое наблюдение проводилось сразу после завершения курса, через
3 и 6 месяцев.
РЕЗУЛЬТАТЫ: согласно полученным данным, в обеих группах после завершения этапа лечения досто-
верно снизилась масса тела в обеих группах, р=0,0001, окружность талии (р=0,0001 в группе 1 и р=0,005
в группе 2) и окружность бедер (р=0,0001 в группе 1 и р=0,0003 в группе 2). В основной группе достоверно
(р<0,05) уменьшилась толщина жировой складки области трицепса через 14 дней, 3 и 6 месяцев соответ-
ственно (с 36,0 [28,0; 39,5] до 32,0 [24,0; 46,0] до 28,0 [20,5; 37,5] до 29,0 [19,0; 45,0] мм соответственно), умень-
шилась толщина жировой складки области живота через 14 дней, 3 и 6 месяцев (с 67,5 [50,0; 77,5] до 56,0
[50,0; 68,0] до 46,0 [37,0; 50,0] до 50,0 [38,0; 70,0] мм соответственно. Мы получили достоверное (р<0,05)
снижение жировой массы по данным биоимпедансометрии в основной группе через 14 дней и 3 месяца
соответственно (с 65,7 [49,2; 72,1] до 60,9 [42,2; 66,7] до 55,3 [39,3; 62,2] кг, соответственно). В группе 1 сни-
жение жировой ткани по данным воздухзамещающей бодиплятизмографии так же достоверно (р<0,05)
отличались спустя 14 дней, 3 месяца соответственно (с 56,8 [41,3;77,5] до 49,7 [40,1; 57,1] до 44,4 [34,4; 64,4]
кг соответственно).
ВЫВОДЫ: новая комплексная программа, включающая аэробные и силовые физические тренировки,
кинезогидротерапию и балансотерапию в сочетании с низкокалорийной диетой показала более значи-
мое, чем стандартный метод реабилитации, влияние на снижение массы, уменьшение толщины жировых
складок, а также изменение композитного состава тела, в том числе на отдаленных этапах наблюдения
НАРУШЕНИЯ ТИРЕОИДНОГО СТАТУСА КАК ФАКТОР РАЗВИТИЯ ПАТОСПЕРМИИ
У МУЖЧИН В БЕСПЛОДНОМ БРАКЕ
Authors: Лисовская Т. А. , Дубровина О. С. , Сентюрина Л. Б. , Трещилов И. М. , Севостьянова О. Ю. , Маясина Е. Н. , Буев Ю. Е. , Салимов Д. Ф. 
Published: July 2023

ЦЕЛЬ: настоящее исследование было направлено на определение закономерностей сочетания раз-
личных форм патоспермии у пациентов клиники ВРТ с нарушениями тиреоидного статуса.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ: обследовано 210 мужчин репродуктивного возраста, состоящих в бесплод-
ном браке. Случаи с мужским фактором бесплодия, связанным с нарушением эректильной функции (11чел.,
5,3%), из дальнейшего исследования были исключены. Из 199 пациентов сформированы основные группы
исследования: 1-ая - мужчины с необструктивной азооспермией - 14 чел. (6,9 %) и 2-ая группа – с другими
формами патоспермии – 47 чел. (23,9%), контрольную группу составили мужчины, состоящие в бесплодном
браке, с нормоспермией –138 чел. (69,2%). Всем пациентам проведено антропометрическое, лабораторное
и ультразвуковое исследование щитовидной железы и яичек. Анализ спермограммы проведен в соответ-
ствие с классификацией ВОЗ 5- пересмотра, 2010г.
РЕЗУЛЬТАТЫ: среди всех обследованных мужчин с патоспермией (n = 61 чел.), у 51,02 % выявлена раз-
личная патология щитовидной железы, причем в 34,7 % -впервые верифицированная. У 45,5 % пациентов
с необструктивной азооспермией обнаружены ранее не диагностированные узловые формы зоба при
нормальных параметрах тиреотропного гормона и свободного тироксина, а также выявлена достоверная
корреляция узловых форм зоба с наличием азооспермии: r= 0,610, p= 0,01.
ВЫВОДЫ: мужчины с различными формами патоспермии, состоящие в бесплодном браке, имеют боль-
шие, чем в общей популяции, риски наличия различной патологии тиреоидного статуса, которая в свою
очередь может быть причиной снижения фертильности спермы. Пациенты клиники ВРТ с необструктивной
азооспермией представляют группу риска по наличию очаговых поражений щитовидной железы даже при
нормальных лабораторных показателях тиреоидного статуса, и требуют дополнительного ультразвукового
исследования щитовидной железы.
ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ПРЕДИКТОРЫ ПЕРВИЧНОЙ НАДПОЧЕЧНИКОВОЙ НЕДОСТАТОЧНОСТИ
АУТОИММУННОГО ГЕНЕЗА
Authors: Нуралиева Н. Ф. , Юкина М. Ю. , Меремьянина Е. А. , Трошина Е. А. , Свитич О. А. 
Published: July 2023

Аутоиммунная надпочечниковая недостаточность (АНН) часто является компонентом аутоиммунных
полигландулярных синдромов (АПС). АПС 1 типа обусловлен мутацией гена аутоиммунного регулятора
AIRE, а предрасположенность к АПС 2 типа и изолированной АНН определяется вариантами генов системы
HLA. Не исключается, что в модулировании риска изолированной АНН и АНН в рамках АПС 2 типа, а также
в фенотипической вариабельности АПС 1 типа играют роль варианты генов, кодирующих toll-подобные
рецепторы (TLR2 и TLR9) и интерферон-λ (IL28B), которые участвуют в иммунном ответе и ассоциированы
с рядом других аутоиммунных заболеваний.
ЦЕЛЬ: выявить ассоциации полиморфных маркеров в генах TLR9, IL28B, TLR2 с наличием АНН.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ: включено n=63 пациента с АНН: n=54 – с изолированной АНН и АНН в рамках
АПС 2 типа (группа 1а); n=9 – с АПС 1 типа (группа 1b); и n=32 условно здоровых лиц (группа 2). Участникам
выполнен анализ полиморфных маркеров в генах IL28B (rs12979860 и rs8099917), TLR9 (rs5743836 и rs352140)
и TLR2 (rs5743708) методом полимеразной цепной реакции в реальном времени.
РЕЗУЛЬТАТЫ: В группе 1 по сравнению с группой 2 выявлено статистически значимое преобладание
генотипа СТ полиморфного маркера rs12979860 гена IL28B (р=0,010), а также аллеля Т полиморфизма
rs5743836 гена TLR9 (р=0,032). Напротив, генотип СС полиморфизма rs12979860 гена IL28B (р=0,025) и аллель
С полиморфизма rs5743836 гена TLR9 (р=0,032) чаще встречались в группе 2, чем в группе 1. При сравни-
тельном анализе распределения частот гаплотипов по двум локусам гена IL28B (rs8099917 и rs12979860)
обнаружено, что CCTT встречается значительно чаще в группе 2, по сравнению с группой 1 (р=0,024). При
сравнении групп 1а и 2 статистическая значимость сохранялась только в отношении частот генотипа СТ
полиморфизма rs12979860 гена IL28B (р=0,024) и аллелей Т и С полиморфизма rs5743836 гена TLR9 (р=0,044).
В группе 1b по сравнению с группой 2 наблюдалось преобладание генотипа СТ полиморфного маркера
rs12979860 гена IL28B (р=0,032) и гаплотипа CTTT по двум локусам гена IL28B: rs8099917 и rs12979860
(р=0,020).
ВЫВОДЫ: пациенты с АНН как изолированной, так и в составе АПС 1 и 2 типов отличаются от условно
здоровых лиц более частым носительством генотипа СТ полиморфного маркера rs12979860 гена IL28B.
Аллель Т полиморфизма rs5743836 гена TLR9 является прогностическим маркером, повышающим ве-
роятность развития АНН, тогда как генотип СС по полиморфному локусу rs12979860 гена IL28B, гаплотип
CCTT по двум локусам гена IL28B (rs8099917 и rs12979860) и аллель С полиморфизма rs5743836 гена TLR9 –
выполняют протективную роль при данном заболевании.
СОСТОЯНИЕ АНТИОКСИДАНТНОЙ СИСТЕМЫ У БОЛЬНЫХ С ДИСТАЛЬНОЙ
ПОЛИНЕЙРОПАТИЕЙ ПРИ САХАРНОМ ДИАБЕТЕ 2 ТИПА
Authors: Знаменщикова Г. Н. , Родионова Т. И. , Орлова М. М. 
Published: July 2023

Окислительный стресс - один из наиболее значимых факторов развития поздних осложнений сахар-
ного диабета. Дистальная полинейропатия у больных сахарным диабетом 2 типа является распростра-
ненным поздним осложнением данного заболевания и одной из главных причин развития язв на стопах.
Дистальная диабетическая полинейропатия в ряде случаев развивается на более ранних сроках заболева-
ния, чем другие осложнения сахарного диабета. В отличие от других хронических осложнений сахарного
диабета (диабетическая нефропатия, ретинопатия), дистальная полинейропатия может проявляться вы-
раженной клинической симптоматикой, например, болевым синдромом, что приводит к значительному
ухудшению качества жизни пациентов с сахарным диабетом 2 типа. В связи с этим важное значение имеет
раннее выявление и изучение дистальной диабетической полинейропатии на стадиях, при которых воз-
можно проведение профилактических мероприятий и назначение эффективного лечения.
ЦЕЛЬ: изучить состояние антиоксидантной защиты у больных сахарным диабетом 2 типа (СД2) с ран-
ними стадиями дистальной диабетической полинейропатии (ДНП).
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ: включено 88 больных с СД2 и ДНП, мужчин – 38 (43,2%), женщин – 50 (56,8%);
средний возраст больных 56±6,9 года; средняя продолжительность СД2 составила 10,1±3,1 (7-14 лет).
Контрольная группа включала 39 больных с СД2 без признаков ДНП (по данным неврологического статуса)
в возрастной группе 51-58 лет (средний возраст 54±2,9 года). Средняя продолжительность СД2 в группе
контроля составила 7,5±1,6 (5-10 лет). Больные с сахарным диабетом 1 типа; онкологическими заболевания-
ми; хроническими заболеваниями печени и почек с нарушением функции; аллергическими заболеваниями;
беременностью не были включены.
С целью оценки компенсации углеводного обмена исследовался уровень гликемии натощак, гликиро-
ванный гемоглобин; неврологический статус был оценен по состоянию основных видов чувствительности
(вибрационной, температурной, болевой и тактильной) и в количественном выражении (соответственно
числу баллов шкалы Модифицированного Нейропатического Дисфункционального счета); антиоксидантная
защита оценивалась по содержанию церулоплазмина (ЦП) сыворотки крови.
РЕЗУЛЬТАТЫ: у всех пациентов с СД2 и ДНП было выявлено достоверное повышение уровня ЦП
до 42,9±1,7 мкг/100 мл (р<0,01) по сравнению с контрольной группой 30,6±1,9 (р<0,01), что свидетельствует
об активации антиоксидантной защиты.
ВЫВОДЫ:
1. У пациентов СД 2 при развитии ДНП значительно повышается содержание ЦП, что свидетельствует
об активации антиоксидантной защиты.
2. Увеличение содержания эндогенных антиоксидантов у пациентов с СД2 и ДНП позволяет широко ис-
пользовать для лечения дистальной диабетической полинейропатии препараты с антиоксидантной
активностью.