bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Molecular similarity of multifactorial and Mendelian diseases
Authors: Е.Ю. Брагина, , М.С. Назаренко, , В.П. Пузырёв, 
Published: January 2023

В работе изучена генетическая связь 22 многофакторных и 6 менделевских болезней, основываясь на данных, экстрагированных из курируемой базы DisGenNet. Для анализа рассчитан коэффициент генетической «общности» между болезнями, а также использованы методы кластеризации и приоритизации. В результате установлена выраженная общая наследственная компонента многофакторных болезней разных патогенетических групп. Неполные знания о вкладе генов-модификаторов в развитие менделевских заболеваний, как и многофакторных болезней, существенно лимитируют оценку их молекулярного сходства.
The genetic relationship of 22 multifactorial and 6 Mendelian diseases based on data extracted from the curated DisGenNet database were studied. The coefficient of genetic «commonality» between diseases was calculated and as well as methods of clustering and prioritization were used. As a result, a pronounced common hereditary component of multifactorial diseases of various pathogenetic groups was established. The assessment of molecular similarity between Mendelian and multifactorial diseases is significantly limits due to incomplete knowledge about the contribution of genes.
Relationship between schizophrenia polygenic risk scores and schizotypy: dimensional and taxonomic approaches
Authors: М.В. Алфимова, , Н.В. Кондратьев, , В.В. Плакунова, , Т.В. Лежейко, , В.Е. Голимбет, 
Published: January 2023

Шизотипию рассматривают как фенотип, отражающий доклинические проявления генетической предрасположенности к шизофрении. Существует два взгляда на природу этой связи - дименсиональный и таксономический. Предыдущие исследования вклада полигенных показателей риска (PRS) шизофрении в выраженность шизотипии были проведены в западноевропейских популяциях, использовали дименсиональную модель и получили отрицательные результаты. Цель настоящего исследования заключалась в оценке связи PRS шизофрении с дименсиями и таксонами шизотипии в русской популяции. Методы. Полногеномные данные были получены для выборки из 290 здоровых испытуемых, принадлежащих к кластерам лиц с низкой, позитивной, негативной и высокой смешанной шизотипией. Шизотипию измеряли с использованием Опросника шизотипической личности (SPQ). Результаты. PRS шизофрении не коррелировали с когнитивно-перцептивным, параноидным, межличностным или дезорганизационным дименсиями SPQ. Таксоноподобные группы (кластеры) различались по PRS на уровне тенденции с максимальными PRS в группе с высоко выраженной смешанной шизотипией. Заключение. Результаты согласуются с предположением таксономической модели о том, что у части здоровых лиц с высокой выраженностью шизотипических личностных черт последние являются отражением генетической предрасположенности к шизофрении.
Schizotypy is considered as a phenotype that reflects preclinical manifestations of a genetic predisposition to schizophrenia. There are two views on the nature of this relationship - dimensional and taxonomic. Previous studies on the contribution of schizophrenia polygenic risk scores (PRS) to schizotypy were conducted in Western European populations using the dimensional model and yielded negative results. The objective of this study was to assess the relationship between schizophrenia PRS and dimensions and taxa of schizotypy in the Russian population. Methods. Genome-wide data were obtained from a sample of 290 healthy subjects belonging to the clusters of individuals with low, positive, negative, and high mixed schizotypy. Schizotypy was measured using the Schizotypal Personality Questionnaire (SPQ). Results. The schizophrenia PRS did not correlate with cognitive-perceptual, paranoid, interpersonal, or disorganized SPQ factors. Taxon-like groups (clusters) differed in PRS at a trend level, with the highest PRS being found in the high mixed schizotypy group. Conclusion. The results are consistent with the assumption of the taxonomic model of schizotypy that in some healthy individuals with a high degree of schizotypal personality traits, these traits reflect the genetic predisposition to schizophrenia.
Adipose tissue extracellular vesicles: search for new biomarkers of lipid and glucose metabolism dysfunction in obesity
Authors: В.В. Мирошникова, , К.В. Драчева, , И.А. Побожева, , К.А. Анисимова, , З.М. Хамид, , С.Г. Баландов, , Д.И. Василевский, , С.Н. Пчелина, 
Published: January 2023

Исследование направлено на поиск микроРНК, секретируемых жировой тканью (ЖТ), которые могли бы выступать в качестве потенциальных биомаркеров дисфункции ЖТ, ассоциированной с развитием сопутствующих заболеваний при ожирении. На первом этапе было проведено профилирование микроРНК экстраклеточных везикул ЖТ при ее культивировании ex vivo у пациентов с ожирением и без ожирения. На следующем этапе был проведен сравнительный анализ экспрессии в ЖТ основных таргетных генов для микроРНК, продемонстрировавших различия по содержанию в экстраклеточных везикулах у пациентов с ожирением, в том числе с сахарным диабетом 2 типа (СД2), и в контрольной группе. В результате проведенного исследования установлены микроРНК (hsa-miR-145-5p и hsa-miR-302d-3p), изменение содержания которых в экстраклеточных везикулах коррелирует со снижением экспрессии ключевых генов липидного и углеводного обмена PPARG, SLC2A4 в ЖТ у пациентов с ожирением и СД2.
The aim of the study was searching for miRNAs that are secreted by adipose tissue (AT) and could act as potential biomarkers of AT dysfunction and the development of concomitant pathologies in obesity. At the first step, miRNA profiling of extracellular vesicles from cultivated ex vivo adipose tissue was carried out in two groups of individuals: obese and non-obese. The next step included analysis of AT expression levels of the main target genes for microRNAs, which showed variation of their content in AT extracellular vesicles, this analysis was carried out in extended sample group of patients with obesity, including those with type 2 diabetes mellitus (DM2), and in the control group. The study has identified microRNAs (hsa-miR-145-5p and hsa-miR-302d-3p), that are associated with a decrease in the expression of key genes of lipid and glucose metabolism - PPARG, SLC2A4 - in AT of patients with obesity and DM2.
A study of the role of polymorphic variants of genes involved in the glucocorticosteroid metabolism in the development and course of bronchial asthma in individuals from the Republic of Bashkortostan
Authors: О.Н. Савельева, , А.С. Карунас, , Ю.Ю. Федорова, , Р.Ф. Гатиятуллин, , Э.И. Эткина, , Э.К. Хуснутдинова, 
Published: January 2023

Ингаляционные глюкокортикостероиды (ГКС) являются одной из наиболее часто используемых групп противовоспалительных препаратов, назначаемых для лечения бронхиальной астмы (БА). Целью работы являлся мета-анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов, участвующих в метаболизме ГКС или ассоциированных с чувствительностью к лечению ГКС по данным GWAS, с риском развития, возрастом манифестации и тяжестью течения БА у индивидов русской, татарской и башкирской этнической принадлежности. В работе использованы образцы ДНК 846 больных БА и индивидов контрольной группы в возрасте от 3 до 67 лет из Республики Башкортостан. При мета-анализе ассоциаций 10 исследованных полиморфных вариантов генов с развитием и тяжестью клинического течения БА у индивидов русской, татарской и башкирской этнической принадлежности обнаружены ассоциации аллелей rs10044254*T гена FBXL7 и rs1876828*T гена CRHR1 с риском развития БА, rs10044254*T гена FBXL7 и rs2395672*G гена CMTR1 - с манифестацией БА в детском возрасте, rs1876828*T гена CRHR1 - с тяжелым и среднетяжелым течением БА.
Inhaled glucocorticosteroids (GCS) are one of the most commonly used groups of anti-inflammatory drugs prescribed to asthma treatment. The aim of this work has been to perform a meta-analysis of the associations of polymorphic variants of genes involved in GCS metabolism or associated with sensitivity to GCS treatment according to GWAS with asthma development, age of manifestation and severity in individuals of Russian, Tatar, and Bashkir ethnicity. DNA samples of 846 of asthma patients and controls aged 3 to 67 years from the Republic of Bashkortostan have been used in the study. A meta-analysis of the associations of 10 polymorphic variants of studied genes with asthma development and clinical course severity in individuals of Russian, Tatar, and Bashkir ethnicity has been carried out. The associations of the rs10044254*T allele of the FBXL7 gene and the rs1876828*T allele of the CRHR1 gene with risk of asthma development, the rs10044254*T allele of the FBXL7 gene and the rs2395672*G allele of the CMTR1 gene with asthma manifestation in childhood, the rs1876828*T allele of the CRHR1 gene with severe and moderate asthma have been found.
Replicative study of hereditary thrombophilia factors and endothelial dysfunction in the development of preeclampsia
Authors: В.Н. Сереброва, , Е.А. Трифонова, , А.Ю. Ворожищева, , В.А. Степанов, 
Published: January 2023

Проведен репликативный анализ ассоциаций однонуклеотидных полиморфных вариантов 8 наиболее значимых генов-кандидатов преклампсии: rs1801133 гена MTHFR, rs1799963 гена F2, rs6025 гена F5, rs1799889 гена SERPINE1, rs1799983 и VNTR гена NOS3, rs3025000, rs3025010 и rs10434 гена VEGF, rs699 гена AGT, rs4646994 гена ACE. Полученные результаты показали ассоциацию с развитием данной патологии шести SNP пяти генов: rs1799889 гена SERPINE1 и rs1799983 гена NOS3 у бурятов, русских и якутов, VNTR гена NOS3 у бурятов, rs1801133 гена MTHFR, rs6025 гена F5 и rs3025010 гена VEGF у русских.
We conducted a replicative associations analysis of the single-nucleotide polymorphisms of 8 most significant candidate genes of preeclampsia: rs1801133 in the MTHFR gene, rs1799963 in the F2 gene, rs6025 in the F5 gene, rs1799889 in the SERPINE1 gene, rs1799983 and VNTR in the NOS3 gene, rs3025000, rs3025010 and rs10434 in the VEGF gene, rs699 in the AGT gene, rs4646994 in the ACE gene. The results demonstrate а significant associations of preeclampsia with 5 SNP 6 genes: rs1799889 in the SERPINE1 gene and rs1799983 in the NOS3 gene in Buryats, Russians and Yakuts, VNTR in the NOS3 gene in Buryats, rs1801133 in the MTHFR gene, rs6025 in the F5 gene and rs3025010 in the VEGF gene in Russian.
MicroRNAs miR-221 and miR-223 in blood plasma microvesicles as perspective biomarkers of the severity of post-thromboembolic syndrome
Authors: О.В. Сироткина, , А.С. Улитина, , Ю.И. Жиленкова, , Е.А. Золотова, , М.А. Симакова, , О.М. Моисеева, , Т.В. Вавилова, 
Published: January 2023

В работе представлены результаты исследования микроРНК miR-221 и miR-223 в микровезикулах плазмы крови у пациентов, перенесших тромбоэмболию легочной артерии, а также их взаимосвязь с показателями клинического анализа крови и тяжестью развившихся осложнений.
The results of the study of microRNAs miR-221 and miR-223 in blood plasma microvesicles in patients with pulmonary embolism, as well as their relationship with clinical blood test parameters and the severity of complications, were presented.
Variability of mitochondrial genome of the type 1 diabetes
Authors: Е.А. Трифонова, , Т.В. Габидулина, , А.И. Зарубин, , В.Н. Сереброва, , В.А. Степанов, 
Published: January 2023

Преэклампсия (ПЭ) встречается в 2-8% беременностей и является одной из важнейших причин материнской и перинатальной заболеваемости и смертности в мире. Многочисленными исследованиями продемонстрировано, что в основе развития ПЭ лежит нарушение процессов плацентации, связанное с патологической инвазией трофобласта и снижением ремоделирования спиральных артерий миометрия. Однако молекулярные механизмы и факторы генетической детерминации данного наблюдения все еще остаются не ясными. В представленной работе на примере ПЭ апробирован системный подход к поиску перспективных биомаркеров гестационных осложнений, основанный на комбинации геномных, транскриптомных и биоинформатических методов. Данный подход продемонстрировал свою эффективность и позволил обнаружить новые генетические маркеры ПЭ, а также выявить значимую роль регуляторных участков генома человека в подверженности к изученной акушерской патологии.
Preeclampsia (PE) occurs in 2-8% of pregnancies and is one of the most important causes of maternal and perinatal morbidity and mortality in the world. Numerous studies have demonstrated the key role of impaired placentation processes associated with pathological trophoblast invasion and reduced remodeling of myometrial spiral arteries in the development of PE. The molecular mechanisms and genetic factors behind this observation are still unclear. On the example of PE, we tested a systematic approach to the search for promising biomarkers of gestational complications, which is based on a combination of genomic, transcriptomic, and bioinformatic methods. This approach has demonstrated its effectiveness and made it possible to discover new genetic markers of PE, to reveal the significant role of regulatory regions of the human genome in susceptibility to this disease.
FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883), and PPARG (rs1801282) gene polymorphisms and obesity risk in men living in Kuzbass
Authors: А.А. Яковлева, , А.В. Торгунакова, , О.А. Соболева, , В.И. Минина, 
Published: January 2023

Цель: изучение ассоциаций полиморфизма генов FTO, FABP2, PPARG и ожирения у жителей Кузбасса. Методы. Выборка для исследования составила 395 мужчин, жителей Кузбасса. Средний возраст испытуемых составил 59±7,7 года. Согласно анкетным данным, все обследованные мужчины отнесли себя к русской национальности. Частота ожирения в данной выборке (индекс массы тела>30) составила 46,3%. Генотипирование полиморфных вариантов FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883) и PPARG (rs1801282) проводилось с использованием TaqMan PCR. Далее проводилась проверка ассоциации данных полиморфных вариантов с ожирением в различных моделях наследования. Результаты. Были выявлены ассоциации вариантов гена FTO rs9939609 с ожирением в кодоминантной (для генотипа T/A OR = 2,05; СI: 1,26-3,33; р = 0,004; для генотипа A/A (OR = 2,27; CI: 1,28-4,04; р= 0,004) и доминантной модели наследования (OR = 2,12; CI: 1,34-3,34 р= 0,001). Другие гены не показали значимой связи с ожирением в нашей выборке. Заключение. Вариант rs9939609 гена FTO ассоциирован с повышенным риском развития ожирения у мужчин, проживающих в Кузбассе.
Purpose: To investigate the associations of FTO, FABP2, PPARG gene polymorphism and body mass index in Kuzbass residents. Methods. The sample for the study was 395 men, residents of Kuzbass. The average age of the subjects was 59±7.7 years. According to the questionnaire data, all the examined men referred themselves to the Russian nationality. The frequency of obesity in this sample (body mass index>30) was 46.3%. Genotyping of 3 polymorphic variants: FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883), and PPARG (rs1801282) were performed using TaqMan PCR. The association of these polymorphic variants with obesity in various inheritance models was then tested. Results. The associations of FTO rs9939609 gene variants with obesity in the codominant (for genotype T/A OR = 2.05; CI: 1.26-3.33; p = 0.004; for genotype A/A (OR = 2.27; CI: 1.28-4.04; p = 0.004) and dominant inheritance models (OR = 2.12; CI: 1.34-3.34 p = 0.001) were detected. Other genes showed no significant association with obesity in our sample. Conclusion. The rs9939609 variant of the FTO gene is associated with an increased risk of obesity in Kuzbass residents.
Search for pathogenic changes in the PIK3CA gene in women with HR+/HER- subtype breast cancer from the Republic of Bashkortostan
Authors: Э.М. Кагирова, , Р.Р. Рахимов, , А.В. Султанбаев, , Р.И. Хусаинова, , И.Р. Минниахметов, 
Published: January 2023

Проведена идентификация спектра и частоты патогенных изменений в гене PIK3CA в препаратах опухолевой ткани 60 женщин с гормонозависимым HER2-отрицательным раком молочной железы из Республики Башкортостан методом аллель-специфической полимеразной цепной реакции. В результате было идентифицировано 32 патогенных варианта в гене PIK3CA: 18 мутаций в экзоне 9 и 14 мутаций в экзоне 20. Наиболее частой оказалась мутация H1047R (p.His1047Arg(c.3140A>G)), которая составила 21,6%. Второй по частоте была мутация Е545К (p.Glu545Lys (c.1633G>A)), которая составила 20%. Мутации Е542К (p.Glu542Lys(c.1624G>A)), E545А (p.Glu545Ala(c.1634A>C)) в экзоне 9 и H1047L (p.His1047Leu(c.3140A>T)) в экзоне 20 были идентифицированы с частотой 8,3%, 1,6% и 1,6% соответственно. Полученные результаты показывают высокую частоту соматических мутаций в гене PIK3CA (50%), что указывает на необходимость выявления патогенных изменений для адекватной терапии рака молочной железы.
A study was carried out to identify the spectrum and frequency of pathogenic changes in the PIK3CA gene in the tumor tissue preparations of 60 women with hormone-dependent HER2-negative breast cancer from the Republic of Bashkortostan using the allele-specific polymerase chain reaction. As a result 32 pathogenic variants in the PIK3CA gene were identified: 18 mutations in exon 9 and 14 mutations in exon 20. The most frequent mutation was H1047R (p.His1047Arg(c.3140A>G)), which accounted for 21.6%. The second most frequent mutation was E545K (p.Glu545Lys (c.1633G>A)), which was 20%. E542K (p.Glu542Lys(c.1624G>A)), E545A (p.Glu545Ala(c.1634A>C)) mutations in exon 9 and H1047L (p.His1047Leu(c.3140A>T)) in exon 20 were identified with a frequency of 8.3%, 1.6% and 1.6% respectively. The results show a high frequency of somatic mutations in the PIK3CA gene (50%), indicating the need to identify pathogenic changes for adequate therapy of breast cancer.
Molecular genetic diagnostics of Tay-Sachs disease with late clinical manifestation
Authors: Н.В. Кадырова, , Е.А. Иванов, , И.В. Шмунк, , А.И. Побединская, , В.П. Пушкарев, 
Published: January 2023

В исследовании представлен редкий клинический случай болезни Тея-Сакса (БТС) с поздней манифестацией у 34-летней женщины смешанного этнического происхождения (русского, украинского, мордовского и удмуртского) с клиникой спинальной амиотрофии и спиноцеребеллярной атаксии. Было проведено таргетное секвенирование следующего поколения кодирующих регионов 300 генов, клинически значимых для развития наследственных нервно-мышечных заболеваний, включая ген HEXA. Были идентифицированы 2 патогенных варианта в гене HEXA - NM_000520.6(HEXA): c.2T>C (p.Met1Thr) и c.805G>A (p.Gly269Ser). Присутствие данных вариантов в геноме пациентки было подтверждено при помощи секвенирования по Сэнгеру. Хорошо известно, что мутация Gly269Ser ассоциирована с БТС с поздней манифестацией. Фенотипы пациентов с поздней манифестацией БТС существенно отличаются от младенческой и ювенильной форм, меньше известны клиницистам и хуже диагностируются. Авторы надеются, что описание этого случая дополнит недостающую информацию и поможет в диагностике БТС с поздней манифестацией.
Rare clinical case of Tay-Sachs disease (TSD) with late clinical manifestation in a 33-year-old female of mixed ethnicity (Russian, Ukrainian, Mordovian, Udmurt) with symptoms of spinal amyotrophy and spinocerebellar ataxia is presented. Targeted NGS of coding regions of 300 genes clinically significant for the development of hereditary neuromuscular diseases, including gene HEXA, was carried out. Two pathogenic variants in the HEXA gene have been identified - NM_000520.6(HEXA): c.2T>C (p.Met1Thr) and c.805G>A (p.Gly269Ser). Both variants were validated by Sanger sequencing. It is well known that Gly269Ser mutation associated with the adult onset of symptoms. The phenotypes of patients with late manifestation of TSD differ significantly from infant and juvenile forms, are less known to clinicians and are worse diagnosed. The authors hope that the description of this case will complement the missing information and help in the diagnosis of TSD with late clinical manifestation.
Association of Adiponectin and Leptin Genetic Polymorphisms with Clinical Manifestations of Metabolic Syndrome
Authors: Ю.И. Шрамко, , Е.С. Агеева, , К.Д. Малый, , И.Н. Репинская, , К.О. Таримов, , И.И. Фомочкина, , А.В. Кубышкин, , О.В. Остапенко, , А.К. Гуртовая, , Шекхар Суман, , С.Г. Настоящий, 
Published: January 2023

Абдоминальное ожирение, связанное с полигенными наследственными дефектами, считается начальным событием в развитии метаболического синдрома (МС). Целью исследования был анализ частоты полиморфизма генов адипонектина (ADIPOQ) и лептина (LEP) у пациентов с МС, а также ассоциации симптомов МС с полиморфизмом названных генов. ДНК была выделена из цельной крови 207 пациентов с МС и 100 здоровых лиц (контрольная группа). Полиморфизмы генов определяли методом полимеразной цепной реакции в реальном времени. Установлена ассоциация генотипа GG полиморфизма -2548 A/G (rs7799039) гена LEP с риском высокого артериального давления у пациентов с МС, а генотипа GG полиморфизма +45 T/G (rs2241766) гена ADIPOQ с гипергликемией как ведущим звеном развития МС. Установлена статистически значимая связь риска развития МС с аллелем G полиморфизма +45 T/G (rs2241766) гена ADIPOQ (OR (95% СI)= 5,6 (2,4-13,0)), а также с генотипами TG и GG данного варианта (OR (95% СI)=3,81 (1,79-8,09) и OR (95% СI)=10,0 (2,25-44,7).
Abdominal obesity connecting with polygenic hereditary defects is considered the initial event in metabolic syndrome (MS) development. The purpose of study was to analyse the frequency of adiponectin (ADIPOQ) and leptin (LEP) gene polymorphisms in patients with MS, and the association of MS’s symptoms with named genes’ polymorphism. DNA was isolated from the whole blood of 207 patients with MS and 100 healthy individuals (control group). Gene polymorphisms were determined by real-time polymerase chain reaction. The association of the GG genotype of -2548 A/G polymorphism of the LEP gene (rs7799039) with the risk of high blood pressure in patients with MS, and the genotype of GG polymorphism + 45 T/G of the ADIPOQ gene (rs2241766) with hyperglycemia as a leading link in the development of MS was established. The association of the allele G of polymorphism +45 T/G (rs2241766) of the ADIPOQ gene with the risk of metabolic syndrome was established (OR (95% CI) =5,6 (2,4-13,0)), as well as the association of the TG and GG genotypes of this genetic variant (OR (95% CI)=3.81 (1.79-8.09) and OR (95% CI)=10.0 (2.25-44.7).