bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Variability of mitochondrial genome of the type 1 diabetes
Authors: Н.В. Тарасенко, , Н.П. Бабушкина, , Т.В. Саприна, , М.В. Голубенко, 
Published: January 2023

В работе изучен вклад полиморфизма митохондриальной ДНК (мтДНК) в предрасположенность к развитию сахарного диабета 1 типа (СД1) и его осложнений. Исследование было проведено в группе больных СД1 (n=396) и популяционной выборке жителей г. Томска (424 человека). Полиморфизм мтДНК изучали путём секвенирования гипервариабельного сегмента D-петли мтДНК и дальнейшей классификации гаплотипов мтДНК по известным гаплогруппам. В результате исследования выявлен протективный эффект редкой гаплогруппы W для развития СД1 (OR=0,28 (95% ДИ 0,09-0,85), p=0,03) и рисковый эффект гаплогруппы T для развития нейропатии при СД1 (OR=1,72 (95% ДИ 1,04-2,87), p=0,048).
In this work, the contribution of mitochondrial DNA (mtDNA) polymorphism to the predisposition to the development of type 1 diabetes (T1D) and its complications was studied. The study was conducted in a group of patients with T1D (n=396) and a population sample of residents of the Tomsk city (n=424). MtDNA polymorphism was studied by sequencing the hypervariable mtDNA D-loop segment and further classification of mtDNA haplotypes according to known haplogroups. The study revealed a protective effect of a rare haplogroup W with T1D (OR=0,28 (95% CI 0,09-0,85), p=0,03) and a risk effect of haplogroup T for the development of neuropathy in T1D (OR=1,72 (95% CI 1,04-2,87), p=0,048).
The spectrum of the F9 gene mutations in Russian patients with hemophilia B
Authors: Т.С. Бескоровайная, , Т.Б. Череватова, , О.А. Щагина, , А.В. Поляков, 
Published: January 2023

Гемофилия В - Х-сцепленное рецессивное заболевание, связанное с нарушением свертываемости крови, вызванное мутациями в гене фактора свертывания IX (F9). В гене описаны как точковые изменения последовательности, так и крупные структурные перестройки. Целью данного исследования было определение спектра мутаций гена F9 у российских больных гемофилией B. Проведено исследование 59 неродственных семей с направительным диагнозом «гемофилия B» методами секвенирования по Сэнгеру, массового параллельного секвенирования и количественного MLPA анализа. Мутации обнаружены в 86,4% случаев. Наибольшую долю среди выявленных патогенных вариантов составляют миссенс-мутации - 62,7%, на долю нонсенс-мутаций приходится 19,6%, крупных делеций, включающих один или несколько экзонов - 3,9%, мутаций со сдвигом рамки считывания - 5,9%, мутаций сайта сплайсинга - 2%, мутаций промотора - 5,9%, что в целом соответствует литературным данным. Четырнадцать выявленных нуклеотидных вариантов ранее не были описаны. Большинство из них являются миссенс-мутациями. Таким образом, было проведено изучение спектра мутаций у российских больных гемофилией B. Определение типа мутации, ее локализации в гене и белке позволит предсказать характер течения заболевания и подобрать оптимальное лечение.
Hemophilia B is an X-linked recessive disease associated with blood clotting disorder caused by mutations in the coagulation factor IX (F9) gene. Both point sequence changes and large structural rearrangements were described in the gene. The aim of this study was to determine the spectrum of mutations in the F9 gene in Russian patients with hemophilia B. A study of 59 unrelated families with a referral diagnosis of “hemophilia B” was conducted using Sanger sequencing, mass parallel sequencing, and quantitative MLPA analysis. Mutations were detected in 86.4% of cases. The prevalent among the identified pathogenic variants were missense mutations - 62.7%; nonsense mutations account for 19.6%, large deletions involving one or more exons - 3.9%, mutations with a reading frame shift - 5.9%, splice site mutations - 2%, mutations in the promoter- 5.9%, which generally corresponds to the literature data. Fourteen identified nucleotide variants have not been previously described. Most of them were missense mutations. Thus, we studied the spectrum of mutations in Russian patients with hemophilia B. Determining the type of mutation and its localization in the gene and protein will allow to predict the course of the disease and to choose the optimal treatment.
Clinical significance of molecular genetic approaches based on NGS technologies in a sample of patients with primary ciliary dyskinesia
Authors: Г.М. Раджабова, , А.В. Смирнова, , А.А. Князева, , А.А. Новак, , Ю.Л. Мизерницкий, , Н.В. Щербакова, , Д.С. Цибульская, , И.С. Поволоцкая, 
Published: January 2023

Первичная цилиарная дискинезия (ПЦД) представляет собой редкое и малоизученное заболевание, фенотип которого пересекается с другими распространенными заболеваниями респираторного тракта, создавая сложности для диагностики. Существующие на данный момент подходы к диагностике и верификации ПЦД требуют подтверждения с использованием геномного анализа, в связи с чем молекулярно-генетические методы, основанные на применении технологий NGS, приобретают решающее значение. В нашей лаборатории был проведен биоинформатический анализ данных полного экзомного секвенирования 19 пробандов из неродственных семей в возрасте до 17 лет с клинически установленным диагнозом ПЦД. В результате у 14 (74%) из 19 пробандов были выявлены варианты в генах, ответственных за формирование фенотипа ПЦД. Обнаруженные генетические варианты были классифицированы в соответствии с рекомендациями ACMG. Таким образом, использование комплексных подходов, включающих клинико-генетические и молекулярно-генетические методы анализа, позволяет повысить диагностическую эффективность в отношении ПЦД.
Primary ciliary dyskinesia (PCD) is a rare and poorly studied disease, the phenotype of which is found with some common residual respiratory tracts that are difficult to diagnose. Thus, NGS techniques are becoming crucial in the diagnosis of this disease. At least 46 genes encoding various parts of the ultrastructure of the respiratory tract epithelial cilia and similar structures are involved in the pathogenesis of primary ciliary dyskinesia (PCD). Our research is aimed at finding the genetic cause of the disease and improving diagnostic efficiency in a group of patients with PCD. Bioinformatic analysis of whole exome sequencing data was performed for 19 probands from unrelated families under the age of 18 with a clinically established diagnosis of PCD. According to the data obtained, 14 (74%) of the 19 probands had genetic variants in the genes responsible for the formation of the PCD phenotype. Thus, an application of the complex approaches including methods of clinical genetics and molecular biology can improve the primary ciliary dyskinesia diagnostic efficiency.
Results of the search for rare mutations in the analysis of the entire sequence of the PAH gene
Authors: Н.В. Ряднинская, , И.А. Кузнецова, , О.П. Рыжкова, , А.В. Поляков, 
Published: January 2023

Фенилкетонурия (ФКУ) - распространённое аутосомно-рецессивное наследственное нарушение работы фенилаланингидроксилазы, обусловленное патогеннными мутациями в гене PAH. После проведения рутинных методов генетического анализа остаётся примерно 2% пациентов с ФКУ, у которых не подтверждён диагноз. В данном исследовании был проведён поиск нуклеотидных замен в некодирующих и регуляторных областях гена PAH методом массового параллельного секвенирования. Был обнаружен вариант c.706+521G>C глубоко в интроне 6, который по программам предсказания влияет на сплайсинг гена PAH. Таким образом, данное исследование дополняет текущие данные о генотипах при ФКУ и показывает, что варианты, расположенные глубоко в интронах, могут являться причиной заболевания.
Phenylketonuria (PKU) is a common, autosomal recessive hereditary disorder of phenylalanine hydroxylase caused by pathogenic PAH gene variants. After routine genetic analysis methods were applied, approximately 2% of PKU patients were not diagnosed. In this study, the search of nucleotide replacements were performed in noncoding and regulatory regions of PAH gen via NGS.The variant c.706+521G>C was found deep in intron 6, which in silico predicted the effect on splicing of the PAH gene. Thereby this study supplements current knowledge of PAH genotypes and show that deep intronic analysis of PAH can genetically diagnose PKU.
Сongenital merozin-negative muscular dystrophy: from diagnosis to treatment prospects
Authors: П.А. Чаусова, , Т.Б. Миловидова, , М.В. Булах, , А.Л. Чухрова, , О.Л. Шатохина, , О.П. Рыжкова, , О.А. Щагина, , А.В. Поляков, 
Published: January 2023

Врожденная мерозин-дефицитная мышечная дистрофия (MDCA1) - аутосомно-рецессивная форма мышечной дистрофии, которая характеризуется мышечной слабостью, проявляющейся при рождении или в первые 6 месяцев жизни. Причиной возникновения данного заболевания является дефицит или полное отсутствие белка мерозина, кодируемого геном LAMA2. На сегодняшний день нет патогенетической терапии данного заболевания, но в мире активно ведутся разработки различных подходов для лечения MDCA1, и вполне возможно, что в скором будущем будет доступна его терапия. Поэтому важно знать спектр патогенных вариантов, которые характерны для российской популяции, разработать наиболее подходящие молекулярно-генетические методы для выявления данного заболевания и дифференциальной диагностики с другими нервно-мышечными заболеваниями.
Congenital merosin-deficient muscular dystrophy is an autosomal recessive form of muscular dystrophy characterized by muscle weakness that manifests itself at birth or in the first 6 months of life. The cause of this disease is a deficiency or complete absence of the merosin protein encoded by the LAMA2 gene. To date, there is no pathogenetic therapy for this disease, but various approaches for the treatment of MDCA1 are being actively developed around the world, and it is quite possible that an affordable therapy will exist in the near future. Therefore, today it is important to know the existing range of pathogenic variants characteristic of the Russian population, the most appropriate diagnostic methods and differential diagnosis with other neuromuscular diseases.
Representation of the allelic dropout phenomenon in the sequencing results
Authors: А.Г. Шестак, , А.А. Букаева, , С. Сабер, , В.А. Румянцева, , Е.В. Заклязьминская, 
Published: January 2023

Все ПЦР-опосредованные методы секвенирования имеют риск возникновения явления «выпадения» аллеля (allelic dropout, ADO), которое приводит к селективной амплификации аллелей в ходе ПЦР и может снижать диагностическую эффективность генетического тестирования. Для выявления случаев ADO нами было проведено сравнение файлов ВАМ, VCF с хроматограммами прямого секвенирования по Сэнгеру. Для выявления причин ADO анализировали сайты связывания праймеров с использованием базы данных gnomAD. Ампликоны со случаями потенциального ADO были ресеквенированы с альтернативной пары праймеров. Были выявлены 8 случаев ADO как в результатах NGS (таргетные панели генов), так и прямого секвенирования по Сэнгеру. Факт избирательной амплификации аллелей был подтвержден во всех представленных случаях при ресеквенировании с альтернативной пары праймеров. Большинство случаев ADO (6 случаев, 75%) были вызваны частыми или редкими однонуклеотидными генетическими вариантами в местах отжига олигопраймеров, в двух случаях (25%) ADO было предположительно опосредовано присутствием инделов длиной 6 и более нуклеотидов в исследуемых ампликонах. Кроме того, в ряде ампликонов мы обнаружили «недопредставленность» SNVs на ридах NGS либо наличие интересующего SNV только в ридах одного ампликона из двух. Учитывая случаи доказанного и потенциального ADO, мы полагаем, что дизайн олигопраймеров без учета ADO может влиять на эффективность амплификации до 0,85% ампликонов.
All PCR-based sequencing methods have a risk of allelic dropout (ADO) phenomenon, which leads to selective allele amplification during PCR process and may reduce the diagnostic yield of genetic testing. To identify the cases of ADO we compared BAM and VCF files with Sanger sequencing chromatograms. To reveal the causes of ADO, primer binding sites using the gnomAD database were analysed. All amplicons with suspected ADO cases were re-sequenced using the alternative oligoprimers pairs. We have identified 8 cases of ADO both in NGS sequences of targeted genes panels and direct Sanger sequencing. The fact of selective allele amplification was confirmed in all cases by re-sequencing using an alternative pair of primers. Most cases of ADO (6 cases, 75%) were caused by common or rare single nucleotide genetic variants at the annealing sites of oligoprimers, and in two cases (25%) ADO was presumably mediated by the presence of six- or more nucleotides indels in the amplicons studied. In addition, in some amplicons we found the “underrepresentation” of SNVs in NGS reads or the presence of the SNV only in the reads of one amplicon out of two. Given cases of proven and potentially ADO, we suppose that design of oligoprimers without registration of ADO phenomenon may affect the amplification efficiency up to 0,85% of amplicons.
Algorithm for molecular diagnosis of hereditary pathology associated with single-gene CNVs
Authors: А.А. Кашеварова, , М.Е. Лопаткина, , О.Ю. Васильева, , Д.А. Федотов, , Е.А. Фонова, , А.А. Сивцев, , А.А. Зарубин, , И.Н. Лебедев, 
Published: January 2023

Моногенные вариации числа копий участков ДНК (CNV) у пациентов с нарушением психомоторного развития выявляются с частотой до 10%. Исход данного типа аберраций более очевиден, если затронут дозозависимый ген, ассоциированный с заболеванием. Однако патологический фенотип может формироваться в результате гемизиготизации рецессивного варианта нуклеотидной последовательности на интактном гомологе или при сочетании CNV и нуклеотидного варианта (компаундная гетерозигота). Нами разработан и апробирован для 1176 пациентов алгоритм молекулярной диагностики наследственной патологии, ассоциированной с моногенными CNV. Патогенные, вероятно патогенные и структурные хромосомные аберрации с неопределенной клинической значимостью выявлены у 478 пробандов (40,6%), в том числе моногенные CNV - у 60 пациентов (5,1%). Среди 32 моногенных аберраций, присутствие которых подтверждено методом ПЦР в реальном времени, большая часть была унаследована от здоровых родителей (23 CNV или 72%). Семи пациентам проведено секвенирование. Ни одного патогенного варианта нуклеотидной последовательности на интактном гомологе выявлено не было, однако в ряде случаев обнаружены не описанные ранее варианты неопределенного значения в генах, не вовлеченных в CNV.
Single-gene copy number variations (CNVs) in patients with impaired psychomotor development are detected with a frequency of up to 10%. The outcome of this type of aberration is more obvious if a dosage-sensitive gene associated with the disease is affected. However, a pathological phenotype can also be formed as a result of hemizygotization of a recessive nucleotide sequence variant from an intact homologue or by combining CNV and a nucleotide variant (compound heterozygote). We have developed and tested for 1176 patients an algorithm for the molecular diagnosis of hereditary pathology associated with single-gene CNV. Pathogenic, likely pathogenic and structural chromosomal aberrations with uncertain clinical significance were detected in 478 probands (40.6%), including monogenic CNV in 60 patients (5.1%). Among 32 single-gene aberrations, the presence of which was confirmed by real-time PCR, most were inherited from healthy parents (23 CNV or 72%). Seven patients underwent sequencing. Not a single pathogenic nucleotide sequence variant was identified on the intact homologue, but in some cases, previously unreported variants of uncertain significance were found in genes not involved in CNV.
Estimation of the frequency of recombination in the inversion loop in a carrier of polymorphic paracentric inversion 8p23.1
Authors: Д.А. Юрченко, , А.А. Тарлычева, , М.Е. Миньженкова, , Ж.Г. Маркова, , Н.В. Шилова, 
Published: January 2023

Парацентрическая инверсия 8р23.1 является одной из самых протяженных полиморфных инверсий у человека. В результате патологической мейотической сегрегации парацентрической инверсии образуются гаметы и впоследствии зиготы с рекомбинантными хромосомами, а именно с хромосомным/геномным дисбалансом в виде инвертированной дупликации со смежной делецией (inv dup del) или с терминальной делецией (del). В исследовании впервые проведена оценка частоты рекомбинации в инверсионной петле у носителя полиморфной парацентрической инверсии 8р23.1. Установлено, что в мужском гаметогенезе при гетерозиготном носительстве данной инверсии частота мейотической рекомбинации составляет 0,03%.
The 8p23.1 paracentric inversion is the largest polymorphic inversion in the human genome. As a result of meiotic malsegregation of paracentric inversion, gametes and subsequently zygotes are formed with recombinant chromosomes, namely with a chromosomal genomic imbalance such as an inverted duplication with an adjacent deletion (inv dup del) or with a terminal deletion (del). In this study, for the first time, the frequency of recombination in the inversion loop was estimated in a carrier of polymorphic paracentric inversion 8p23.1. It was shown that the frequency with which meiotic recombination happens in male gametogenesis is 0.03%.
Confucian Moral and Educational Function of Music: from the History of Japanese School Education
Authors: Клобукова Н.Ф. 
Published: January 2023

Данная статья сосредоточена на некоторых аспектах школьной образовательной реформы, предпринятой во время эпохи Мэйдзи (1868–1912). В процессе создания системы образования по западному образцу в программы начальной и средней школ была включена музыка как обязательный предмет. Для занятий пением были разработаны специальные хрестоматии «Сёгаку сёка сю», выходившие в 1881–1884 годах; их авторами были японский деятель образования Исава Сюдзи и американский педагог и композитор Лютер Уайтинг Мэйсон. Тексты песен были основаны как на природной тематике, так и на принципах морально-нравственного воспитания детей и подростков. Уважение к учителю и к обществу в целом, упорство, симпатия к окружающим — эти идеи в настоящее время продолжают жить и работать, несмотря на прозападные музыкальные вкусы современной японской молодежи.
This article focuses on some aspects of school education reform undertaken during the Meiji period (1868–1912). In the process of creating a Western-style education system, music was included in the curricula of primary and secondary schools as a compulsory subject. For singing, special anthologies «Shogaku shoka shu» were created and published in 1881–1884; their authors were the Japanese educator Isawa Shuji and the American music teacher and composer Luther Whiting Mason. The lyrics of new school songs were based on both themes and the principal of moral and ethical education of children and adolescents. Respect for the teacher and for society as a whole, perseverance, sympathy for others – these ideas currently continue to live and work, despite the pro-Western musical tastes of modern Japanese youth.
Michael Gordon and Bill Morrison: From Repetitive Music to Documentary Film
Authors: Кром А.Е. 
Published: January 2023

В статье идет речь о совместных экспериментальных проектах современного американского композитора Майкла Гордона и режиссера-документалиста Билла Моррисона. Их авторские комментарии, интервью и отзывы критики помогают проследить основные вехи двадцатилетнего творческого содружества. Репетитивные инструментальные пьесы Гордона вдохновили Моррисона на создание фильмов, являющих собой компиляцию поврежденных коррозией архивных киноматериалов первой половины XX века.
The article deals with joint experimental projects of the contemporary American composer Michael Gordon and documentary filmmaker Bill Morrison. Their author's comments, interviews and reviews from critics help to trace the main milestones of the twenty-year creative friendship. Gordon's repetitive instrumental pieces inspiredMorrison to create films which are compilations of corroded archival films the first half of the 20th century.
MILLENNIALS' INTENTION TO BUY FASHION PRODUCTS AT SHOPEE DURING THE PANDEMIC OF COVID-19
Authors: Barkah Barkah , Febriasari Puty 
Published: January 2023

This study aims to analyze the influence of celebrity endorsers and eWOM on consumer purchase intentions, with the brand image as a mediating variable. The research population consisted of millennial consumers in Pontianak who had never bought fashion products at Shopee during the pandemic of COVID-19. Two hundred respondents were selected based on the judgment sampling method. Questionnaires were distributed via Google Forms, then analyzed using SEM-PLS. The results showed that celebrity endorsers and eWOM positively affected the brand image of fashion products at Shopee during the pandemic. Whereas celebrity endorsers and eWOM have proven to have no direct effect on purchase intention. It happened because respondents did not only rely on content uploaded by celebrities and reviews to determine their consumption. Consumers tend to be more selective in choosing products during the pandemic. Even though there is much information circulating about these products, they still consider brand image when deciding to buy or consume them.JEL : M31. ABSTRAKPenelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh selebriti endorser dan eWOM pada niat beli konsumen, dengan citra merek sebagai variabel mediasi. Penelitian ini dirancang untuk menjelaskan hubungan sebab akibat antar variabel. Populasi penelitian terdiri dari konsumen milenial di Kota Pontianak yang belum pernah membeli produk fashion di Shopee selama masa pandemi Covid-19. Terdapat 200 responden yang dipilih berdasarkan metode judgment sampling. Penyebaran kuesioner dilakukan melalui Google Form, kemudian dianalisis dengan SEM-PLS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa selebriti endorser dan eWOM berpengaruh positif terhadap citra merek produk fashion di Shopee pada masa pandemi Covid-19. Sementara itu, selebriti endorser dan eWOM terbukti tidak berpengaruh langsung terhadap minat beli konsumen. Hal itu terjadi karena responden tidak hanya mengandalkan konten yang diunggah selebritis dan review untuk menentukan konsumsinya. Konsumen cenderung lebih selektif dalam memilih produk selama masa pandemi. Walaupun banyak informasi yang beredar mengenai produk tersebut, namun mereka tetap mempertimbangkan citra merek ketika memutuskan untuk membeli atau mengkonsumsinya.Kata Kunci : selebriti endorser, e-WOM, citra merek, minat beli, fashion.
Azərbaycan ilə Beynəlxalq Olimpiya Akademiyası arasında beynəlxalq təhsil sahəsində əlaqələrin möhkəmlənmə yolları
Authors: Quliyev Dilqəm 
Published: January 2023

Məqalədə Azərbaycan ilə Beynəlxalq Olimpiya Akademiyası arasinda beynəlxalq təhsil sahəsində əlaqələri möhkəmləndirmək, Olimpiya fəlsəfəsi və ideologiyasını dövlətlər və insanlar arasında yaymaq, bütün dünya üzrə Olimpiya əhval-ruhiyyəsinin yayılması və Olimpiya Hərəkatının prinsiplərinin təcəssüm edilməsi, beynəlxalq idman aləmində Azərbaycanı fəal ölkəyə çevirmək, bədən tərbiyəsi və idman hərəkatını genişləndirmək, bədən tərbiyəsi və idmanla məşğul olanların sayını ildən-ilə artırmaq, bədən tərbiyəsi və idmanın qızlar arasında daha geniş və təsirli inkişafına nail olmaq, sağlamlıq imkanları məhdud olan insanların (əlillərin) daha çox hissəsini bədən tərbiyəsi və idmanla məşğulluğa cəlb etmək, bütün regionlarda, xüsusən kənd rayonlarında idmanın inkişafı üçün spesifik əməli tədbirlərin planlaşdırılması və həyata keçirilməsi, imkansız ailələrdən olan uşaq və yeniyetmələrin bədən tərbiyəsi və idmanla daha kütləvi, ödənişsiz məşğul olmalarına şəraitin yaradılması, onların idmanda qalmaları və uğur qazanmaları, bununla da həyatlarını zənginləşdirə bilmələri üçün konkret tədbirlərin planlaşdırılması və həyata keçirilməsinin təmin edilməsi və başqa problemlər öz həllini tapmışdır.