bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
A Comparison of Mutual Information, Linear Models and Deep Learning
Networks for Protein Secondary Structure Prediction
Authors: Mahmoud Saida Saad Mohamed , Portelli Beatrice , D'Agostino Giovanni , Pollastri Gianluca , Serra Giuseppe , Fogolari Federico 
Published: April 2023

Background:
Over the last several decades, predicting protein structures from amino acid sequences
has been a core task in bioinformatics. Nowadays, the most successful methods employ multiple
sequence alignments and can predict the structure with excellent performance. These predictions
take advantage of all the amino acids at a given position and their frequencies. However, the effect of
single amino acid substitutions in a specific protein tends to be hidden by the alignment profile. For this
reason, single-sequence-based predictions attract interest even after accurate multiple-alignment methods
have become available: the use of single sequences ensures that the effects of substitution are not
confounded by homologous sequences.

Objective:
This work aims at understanding how the single-sequence secondary structure prediction of a
residue is influenced by the surrounding ones. We aim at understanding how different prediction methods
use single-sequence information to predict the structure.

Methods:
We compare mutual information, the coefficients of two linear models, and three deep learning
networks. For the deep learning algorithms, we use the DeepLIFT analysis to assess the effect of
each residue at each position in the prediction.

Result:
Mutual information and linear models quantify direct effects, whereas DeepLIFT applied on
deep learning networks quantifies both direct and indirect effects.

Conclusion:
Our analysis shows how different network architectures use the information of single protein
sequences and highlights their differences with respect to linear models. In particular, the deep
learning implementations take into account context and single position information differently, with the
best results obtained using the BERT architecture.
Growth and Production Beneng taro (Xanthosoma undipes K. Koch) Accessions on Several Status of Soil Organic Carbon
Authors: Alghifari Ahmad Fadli , Santosa Edi , Susila Anas Dinurrohman 
Published: April 2023

Beneng taro is a perennial of Araceae and becomes a new commodity in Indonesia. The research aimed to evaluate the growth and yield of beneng taro on various statuses of soil organic carbon (SOC). Three genotypes of taro, i.e., beneng Banten, beneng Bondowoso, and East Nusa Tenggara (NTT) fodder taro were planted in three SOC levels, i.e., 1.79, 2.94, and 4.09% in a randomized split block design in the Leuwikopo Experimental Station, IPB from April to December 2021. SOC was designed by adding cow manure. The results showed that there was no interaction between genotypes and SOC. The increase in SOC from 1.79 to 4.09% did not significantly affect growth but significantly affected the diameter and yield of beneng and NTT fodder taro. An increase in SOC above 1.79% markedly decreased tuber diameter, but conversely increased fresh tuber weight. Tuber weight increased by 5.6% and 12.1% with an increase in SOC from control to 2.94% and 4.09%, respectively. The increase in tuber weight was supported by the trend of increasing biomass weight and the number of roots. SOC source in the present study was cow manure which may also contribute some nutrients, therefore, further research is needed using neutral organic carbon sources to determine the effect solely.
Keywords: Araceae; SOC; growth; manure; NTT taro; talas beneng Banten
ПОКАЗАТЕЛИ КАЧЕСТВА МОЛОЧНОГО МОРОЖЕНОГО ИЗ КОЗЬЕГО МОЛОКА СУБЛИМАЦИОННОЙ СУШКИ
Authors: Ландиховская Анна Валентиновна , Казакова Наталия Владимировна Казакова Наталия Владимировна 
Published: April 2023

В данной работе изучались показатели качества мороженого, полученного с использованием сухого козьего молока, с различным содержанием СОМО –10 % и 13 %. В качестве источника молочного жира и белка при приготовлении смеси для мороженого использовалось сублимированное козье молоко. Экспериментально определена криоскопическая температура смесей для мороженого с применением козьего молока, расчетным путем получены значения температуры выгрузки мороженого из фризера, обеспечивающие достижение количества вымороженной влаги в продукте на уровне не менее 50 %. Образцы мороженого с использованием козьего молока характеризуются меньшей твердостью: в образце № 1 данный показатель снижен на 38 %, в образце № 2 – на 48 % по сравнению с контрольным образцом, выработанным с применением коровьего молока. Замена коровьего молока козьим сказывается на титруемой кислотности продукта: в опытном образце мороженого с массовой долей СОМО 10 % она снижена на 3,5 ºТ, в образце с массовой долей СОМО 13 % повышена на 1,5 ºТ. Несмотря на это, полученные значения соответствуют требованиям нормативных документов, предъявляемым к данному показателю. В опытных образцах мороженого после гомогенизации смеси жировая фаза преобразуется в мелкодисперсную: на долю жировых шариков размером до 1,3 мкм приходится более 50 % от их общего количества, в контрольном образце данный показатель составляет менее 30 %. Замена коровьего молока козьим не оказывает влияния на дисперсность кристаллов льда, однако есть небольшие различия в формировании воздушной фазы мороженого после его закаливания. Молочное мороженое с использованием козьего молока можно производить на действующих предприятиях отрасли с целью расширения ассортимента, выпускаемой ею продукции. Использование сублимированного козьего молока позволит выпускать продукцию на удаленных от ферм предприятиях
ПОЛИПЕПТИД МОЛОЗИВА КОРОВ – ПЕРСПЕКТИВНЫЙ ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ ИНГРЕДИЕНТСПЕЦИАЛИЗИРОВАННОЙ ПИЩЕВОЙ ПРОДУКЦИИ ДЛЯ ПРОФИЛАКТИКИ ВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЙ
Authors: Тихонов Сергей Леонидович , Чернуха Ирина Михайловна Чернуха Ирина Михайловна 
Published: April 2023

Белок молозива коров и его фракции являются ценными источниками биоактивных пептидов с противовирусной активностью, что ценно для разработки новых пищевых продуктов профилактического назначения. Авторами проведены исследования поизучению влияния полипептида, выделенного из трипсинового гидролизата молозива коров, на интеграциюлентивирусных частиц в геном и проникновение в мембрану клеток. Полипептид, молекулярная масса которого составляет 18 кДа, состоит из 49 аминокислот.В качестве модельного объекта, на котором изучена противовирусная активность данного полипептида(mpT),были использованы клеточные линии C6 и HEK 293T. Анализ 2D- и 3D-пространственной структуры полипептида показал, что аминокислотные последовательности исследуемых образцов пептидов формируют вторичные структуры – преимущественно альфа-спираль. Изоэлектрическая точка полипептида находится в сильнощелочной среде (11,7), уровень гидрофильности соответствует +48,34 Ккал*моль-1. Высокая гидрофильность защищаетполипептид от опсонизации фаго- и эноцитоза. Трехмерная модель mpT позволила установить, что он обладает высокой химической активностью, так как его заряд (+6), что способствует усилению взаимодействия с атомами клетки и лизису вирусных ДНК и РНК. Полипептид mpT снижает эффективность трансдукции лентивирусных частицна 81 %. Интенсификация проникновения вируса через мембрану значительно снизилась, о чем свидетельствует снижение общего количества GFP внутри клетки. Статистическая обработка подтвердила, что при культивировании клетокпри температуре 37 ºС в значительной степени уменьшилось общее количество GFP внутри клетки при заражении вирусом. Полученные данные позволяют рекомендовать использовать исследуемый полипептид mpTв качестве функционального ингредиента в составе специализированной пищевой продукции для профилактики вирусных инфекций. Однако необходимо учитывать, что существует определенный пробел в знаниях в отношении токсичности, аллергенности, стабильности, биодоступности и эффективности биопептидов в составе продуктов специализированного назначения, особенно в экспериментах invivo, что свидетельствует о необходимостидополнительных исследований
МОНИТОРИНГ СТРУКТУРООБРАЗОВАНИЯ СГУЩЕННОГО МОЛОКА С САХАРОМ В ПРОЦЕССЕ ДЛИТЕЛЬНОГО ХРАНЕНИЯ
Authors: Кручинин Александр Геннадьевич , Илларионова Елена Евгеньевна , Туровская Светлана Николаевна 
Published: April 2023

Сгущенное цельное молоко с сахаром является сложной многокомпонентной системой. Оно обладает высокой пищевой ценностью и хранимоспособностью, благодаря чему входит в состав номенклатуры Росрезерва. В связи с этим решение проблем сохранения его качества, выявление пороков и разработка мер их предупреждения, предложение специальных технологических путей пролонгирования хранения является актуальным. Одним из способов увеличения сроков хранения пищевой продукции является использование антиокислителя природного происхождения отечественного производства биофлавоноида дигидрокверцетина. Цель эксперимента заключалась в изучении трансформации структуры сгущенного цельного молока с сахаром в период длительного хранения. Контрольные (без дигидрокверцетина) и опытные (с дигидрокверцетином в количестве 0,2 г на 1000 г жира) образцы исследовали по стандартизованным показателям общепринятыми методами, а также для мониторинга микроструктурных и реологических изменений дополнительно анализировали дисперсность липидной фазы, стойкость образцов к расслоению и загустеванию, определяли степень гомогенизации. Изучение структурообразования опытных образцов на момент окончания хранения (30 месяцев при температуре не выше 10 °С) показал, что средний размер жировых шариков не превышал 1,8 мкм, кристаллов молочного сахара – 4,4 мкм, динамическая вязкость составляла 8,4 Па·с. Результаты прогнозирования тенденции к загустеванию в течение всего срока хранения не превышали нормируемый диапазон и после 30 месяцев значение динамической вязкости составило 14,4 Па·с. Контрольные образцы были сняты с хранения после 18 месяцев из-за низкой органолептической оценки, связанной с выявлением постороннего нечистого привкуса и незначительного изменения цвета.
РАЗРАБОТКА РЕЦЕПТУРЫ И ТЕХНОЛОГИИ КЕКСА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ЯГОД ИРГИ
Authors: Мельникова Екатерина Валерьевна , Беляков  Алексей Андреевич Беляков  Алексей Андреевич , Величко Надежда Александровна Величко Надежда Александровна 
Published: April 2023

Здоровое население и их эмоциональное состояние зависит от компонентного и качественного состава употребляемых продуктов питания. Ежесуточно человек употребляет превышающую норму кондитерских изделий, несмотря на рекомендации института питания РАМН, где утверждена норма 50 грамм в сутки. Классические кондитерские изделия имеют высокую калорийность, большое содержание сахаров и жиров, что обуславливает среднюю минимальную калорийность таких изделий в пределах 300 ккал и выше. Современные разработчики продуктов питания с заданными свойствами стремятся создать продукт с повышенной пищевой ценностью, сбалансировать его состав в соответствии формуле сбалансированного питания. Привлекательным сырьем в этом отношении может послужить местное ягодное сырье. Порошок из ягод ирги взамен сахара-песка в рецептуре кексов на химических разрыхлителях, снижает содержание углеводов, без отрицательного влияния на качество продукта. В лаборатории института пищевых производств ФГБОУ ВО Красноярский ГАУ изготовлены 5 испытуемых образцов, один из которых контрольный (без порошка ирги), проведена их дегустационная оценка по органолептическим показателям по 5-бальной шкале. Оценивались такие показатели качества кекса, как вкус, аромат, форма, цвет. В представлении объективной оценки в работе представлены результаты физико-химического анализа кексов (контроля и 4 исследуемых образцов). Результатом проведенных исследований по использованию порошка ирги, как заменителя сахара-песка в рецептуре кекса (25,50,75,100) стала разработка рецептуры и технологии кекса с частичной 50% заменой сахара-песка на порошок из ягод ирги.
ОБЕССОЛИВАНИЕ ПОДЗЕМНЫХ ВОД С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕМБРАННЫХ ТЕХНОЛОГИЙ
Authors: Комарова  Лариса Федоровна Комарова  Лариса Федоровна , Сомин Владимир Александрович , Лапшин  Дмитрий Алексеевич Лапшин  Дмитрий Алексеевич 
Published: April 2023

В работе рассматривается получение воды питьевого качества с использованием мембранных методов. Приводится анализ мембранных методов обессоливания подземных и поверхностных природных вод с использованием нанофильтрациии обратного осмоса. Рассматриваются пути оптимизации мембранного разделения водных растворов, в том числе с использованием нанофильтрации. Охарактеризованы мембраны и мембранные аппараты для указанных целей. Приводится опыт эксплуатации мембранных установок в различных природных условиях. Разработана технологическая схема водоподготовки с использованием нанофильтрационной установки для одного из населенных пунктов Кулундинского района Алтайского края. Схема предполагает предварительное обезжелезивание кислородом воздуха в накопительной аэрируемой емкости, фильтрование через фильтр с зернистой загрузкой для удаления гидроксида железа. В дальнейшем вода нагревается в кожухотрубчатом теплообменнике 8 до 25 ºС для снижения вязкости, от которой напрямую зависит проницаемость мембраны. После этого дозируется антискалант для предотвращения деструкции мембраны и подается на установку нанофильтрации. Нанофильтрация выбрана из-за невысокой концентрации примесей и соответственно малого осмотического давления исходного раствора, что позволяет снизить потребность в энергоресурсах. Часть концентрата циркулирует в мембранном модуле, позволяя увеличить выход пермеата, другая часть возвращается в недра. На заключительном этапе осуществляется обеззараживание воды ультрафиолетом, после чего она может подаваться в сеть для снабжения потребителей. Предложенная схема позволит очищать воду до нормативов СанПиН 1.2.3685-21 и обеспечить население питьевой водой с требуемым расходом 1500 м3/сут.
Double domination number of the shadow (2,3)-distance graphs
Authors: Aytaç Aysun , Mutlu Ayşen 
Published: April 2023

Let G (V,E) be a graph with the vertex set V (G) and S be a subset of V(G). If every vertex of V is dominated by S at least twice, then the set S is called a double domination set of the graph. The number of elements of the double domination set with the smallest cardinality is called double domination number and denoted by 2 (G)  notation. In this paper, we discussed the double domination parameter on some types of shadow distance graphs such as cycle, path, star, complete bipartite and wheel graphs.
Identification of Thermophysical and Rheological Properties of SAE 5w-30 with Addition of Hexagonal Boron Nitride
Authors: Asmoro Reyhandi Katon , Puspitasari Poppy , Permanasari Avita Ayu , Abdullah Muhammad Ilman Hakimi Chua 
Published: April 2023

This research uses SAE 5W-30 lubricant base material with the addition of Hexagonal Boron Nitride (hBN) nanoparticle additives. This study aims to analyze the thermophysical and rheological properties of lubricants with the addition of nanoparticles. The method in this study uses a two-step method where nanoparticles are first prepared separately, then added with nanoparticles with varying volume fractions of 0.05%, 0.10%, 0.15% into the base fluid as a processing step. The next step is the stirring process using a magnetic stirrer, and ultrasonic homogenizer process. Furthermore, the nanolubricant was tested for thermophysical properties including viscosity, density, thermal conductivity, and sedimentation.
Islamization of Science from a Historical-Philosophical Perspective
Authors: Baharuddin Mochammad Achwan 
Published: April 2023

This paper discusses the idea of science which tends to get a negative response and does not develop. In fact, the main goal is to provide a new awareness in obtaining modern knowledge in accordance with the needs of Muslims. The main focus of writing is how the nature or purpose of the Islamization of Science. The main focus is discussed with a descriptive qualitative method through a historical-philosophical approach based on literature data.
This paper shows that the essence of the idea of the Islamization of science is a movement for the renewal of science which bases itself on the fact that modern science is developing contrary to religion, so there is a need for a cleansing liberation movement. This idea has major implications, namely right and wrong between science and religion. In fact, the standard of truth is different from one another so that it forces the truth of one (religion) to justify knowledge or vice versa creates an attitude of human disharmony. Therefore, there is a need for a new awareness that respects the differences between the two in obtaining new knowledge in order to build a more advanced human civilization.
HADITS TENTANG DARAH WANITA MENURUT AL-SHAN’ANI
Authors: Daud Zakiul Fuady Muhammad , Irwanto Irwanto , Fata Ahmad Khoirul 
Published: April 2023

Abstrak
Hadits merupakan salah satu sumber hukum Islam yang salah satu sifatnya sebagai tabyin (penjelas) al-Qur’an. Namun demikian, karena hadits tidak selalunya diriwayatkan secara mutawatir sehingga terdapat beberapa hadits yang nampak kontradiktif (hadits mukhtalif). Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui metode penyelesaian haditst mukhtalif tentang darah wanita menurut imam as-Shan’ani yang terdapat dalam kitab Subul al-Salam. Penelitian ini merupakan kajian pustaka yang menjadikan kitab Subul al-Salam sebagai salah satu sumber data primer dan menggunakan analisis isi sebagai metode analisisnya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Imam as-Shan’ani dalam menyelesaikan haditst yang nampak bertentangan berkaitan tentang darah wanita dengan metode al-jam’u wa at-taufiq atau mengkompromikan haditst-hadits tersebut sehingga hadits mukhtalif tersebut dapat diamalkan sesuai dengan keadaan masing-masing.
Kata kunci: hadits mukhtalif, haid, istihadhah
Beyond error correction in EFL writing in a Finnish upper secondary classroom: a practical approach
Authors: Pollari Pirjo , Leontjev Dmitri 
Published: April 2023

In Finland, teachers have considerable autonomy over their assessment practices. Recent studies suggest that FL/L2 teachers, particularly at the upper secondary school, primarily focus on summative assessment rather than on formative assessment and feedback, which is in contrast with the latest Finnish National Core Curricula. Furthermore, while appreciating teacher feedback, learners do not perceive it as an integral part of assessment. In this paper, we propose formative classroom practices to support the learning process and go beyond error correction in FL/L2 writing. These practices are grounded on
our earlier research, and they focus mainly on two themes: fostering learner choice in feedback and error correction methodology, and supporting peer feedback with the help of a checklist based on the Matriculation Examination rating scale. Drawing from students’ comments and texts, we will explore learner experiences with these assessment practices and the changes they may bring to the classroom.
Utility of D-dimer and other biomarkers in COVID-19 patients - A prospective study in a tertiary care center
Authors: A Indira Priyadarshini , K Jayalaxmi Yadav , SH Shridevi , C Bharat 
Published: April 2023

Background: Clinical status and concurrent comorbidities of COVID-19 patients largely determine the need for their admittance to ICUs, similarly, several laboratory parameters like D-dimer, LDH, serum ferritin, CRP, and IL-6 may facilitate the assessment of disease severity and rational triaging. Therefore, their role in the management of COVID-19 patients has to be assessed.
Materials and methods: Prospective study was done on patients who were tested positive for COVID-19 infection and admitted to various centers under the Vijayanagara Institute of Medical Sciences, India. Patients were divided into mild, moderate, and severe cases. Demographic data and serum levels of biomarkers like D-dimer, LDH, ferritin, CRP, and IL-6 were collected in these patients, and data were statistically analyzed.
Results: A total of 164 cases were included in this study, of which, 62 were mild, 47 moderate, and 55 were severely infected COVID-19 patients. There was male predominance in patients infected with COVID-19. The median age of presentation was 53, 60, and 57 years in mild, moderate, and severe cases respectively. Median was also derived for D-dimer, LDH, serum ferritin, CRP, and IL-6 in mild, moderate, and severe cases. Changes in D-dimer, LDH, and serum ferritin levels in mild, moderate, and severe cases showed statistical significance(p<0.05).
Conclusions: D-dimer helps in the early identification of mild, moderate, and severe cases and can be used for the vigilant monitoring of patients. LDH and serum ferritin helps in the identification of oxygen-dependent and oxygen-independent patients. The role of CRP and IL-6 in the management of COVID-19 patients has to be further investigated.
Performance Analysis of Students in Nawalparasi Based on SEE Results in 2078 BS
Authors: Adhikari Basanta Pd , Kafle Sarad Chandra 
Published: April 2023

The primary objective of this study was to examine students' gender-wise performance in different subjects of SEE results, the average grade point of each subject, and the total grade points of all subjects in the SEE exam in 2078 in Nawalparasi district. The data for this study was obtained from the 2078 BS SEE exam results using secondary data collection methods. The data analysis technique of this study was descriptive statistics where correlation analysis, arithmetic mean, Mann-Whitney U test and Chi-square test of independence were used for data analysis. The study included the exam results of 13139 students from both private and public schools in Nawalpur district. There were 6654 male students (50.6%) and 6485 female students (49.4%) in the sample. The results indicated that the majority of the SEE participants students (97.9%) were between 13 to 21, and 34.7% were 16 years which is the maximum observed percentage of students. In 2078 BS, only 1.1% of students over the age of 21 participated in the SEE exam, according to the results.
The results importantly show a significant association between the gender of students in Grade Point Average (GPA) of the SEE results in 2078 BS. The majority of the students had poor results in the SEE-2078 exam, as 56.3% of students secured less than 2.39 GPA, whereas no one obtained 4 GPA out of 4. Finally, the results indicate that the total grade point (TGP) of girls (2.53) is higher than boys in compulsory Nepali compared to male (2.59) students in the SEE results of 2078 BS in Nawalparasi district. The implication of this study would be beneficial to the Education Department of Secondary Education Examination (SEE), educators, researchers, policymakers, and parents to improve the overall GPA in SEE results.