bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
The role of structural variants in pest adaptation and genome evolution of the Colorado potato beetle, Leptinotarsa decemlineata (Say)
Authors: Cohen Zachary P. , Schoville Sean D. , Hawthorne David J. 
Published: January 2023

AbstractStructural variation has been associated with genetic diversity and adaptation. Despite these observations, it is not clear what their relative importance is for evolution, especially in rapidly adapting species. Here, we examine the significance of structural polymorphisms in pesticide resistance evolution of the agricultural super‐pest, the Colorado potato beetle, Leptinotarsa decemlineata. By employing a parent offspring trio sequencing procedure, we develop highly contiguous reference genomes to characterize structural variation. These updated assemblies represent >100‐fold improvement of contiguity and include derived pest and ancestral nonpest individuals. We identify >200,000 structural variations, which appear to be nonrandomly distributed across the genome as they co‐occur with transposable elements and genes. Structural variations intersect with exons in a large proportion of gene annotations (~20%) that are associated with insecticide resistance (including cytochrome P450s), development, and transcription. To understand the role structural variations play in adaptation, we measure their allele frequencies among an additional 57 individuals using whole genome resequencing data, which represents pest and nonpest populations of North America. Incorporating multiple independent tests to detect the signature of natural selection using SNP data, we identify 14 genes that are probably under positive selection, include structural variations, and SNPs of elevated frequency within the pest lineages. Among these, three are associated with insecticide resistance based on previous research. One of these genes, CYP4g15, is coinduced during insecticide exposure with glycosyltransferase‐13, which is a duplicated gene enclosed within a structural variant adjacent to the CYP4g15 genic region. These results demonstrate the significance of structural variations as a genomic feature to describe species history, genetic diversity, and adaptation.
Genomic basis of Y‐linked dwarfism in cichlids pursuing alternative reproductive tactics
Authors: Singh Pooja , Taborsky Michael , Peichel Catherine L. , Sturmbauer Christian 
Published: January 2023

AbstractSexually antagonistic selection, which favours different optima in males and females, is predicted to play an important role in the evolution of sex chromosomes. Body size is a sexually antagonistic trait in the shell‐brooding cichlid fish Lamprologous callipterus, as “bourgeois” males must be large enough to carry empty snail shells to build nests whereas females must be small enough to fit into shells for breeding. In this species, there is also a second male morph: smaller “dwarf” males employ an alternative reproductive strategy by wriggling past spawning females into shells to fertilize eggs. L. callipterus male morphology is passed strictly from father to son, suggesting Y‐linkage. However, sex chromosomes had not been previously identified in this species, and the genomic basis of size dimorphism was unknown. Here we used whole‐genome sequencing to identify a 2.4‐Mb sex‐linked region on scaffold_23 with reduced coverage and single nucleotide polymorphism density in both male morphs compared to females. Within this sex region, distinct Y‐haplotypes delineate the two male morphs, and candidate genes for body size (GHRHR, a known dwarfism gene) and sex determination (ADCYAP1R1) are in high linkage disequilibrium. Because differences in body size between females and males are under strong selection in L. callipterus, we hypothesize that sexual antagonism over body size initiated early events in sex chromosome evolution, followed by Y divergence to give rise to bourgeois and dwarf male reproductive strategies. Our results are consistent with the hypothesis that sexually antagonistic traits should be linked to young sex chromosomes.
Placebo effects in functional dyspepsia: Causes and implications for clinical trials
Authors: Jones Michael P. , Holtmann Gerald 
Published: January 2023

AbstractPlacebo responses to an apparently inactive intervention are of interest from a scientific perspective as they suggest possible mechanism(s) at work beyond the intervention itself. They are also of interest from a clinical trials perspective since high rates of placebo response limit the potential to demonstrate worthwhile efficacy of a new intervention. This mini‐review was motivated by the work of Bosman and colleagues(Neurogastroenterol Motil, 2022, and e14474) that is published in this issue of the journal in which they report on a systematic review and meta‐analysis of placebo response in functional dyspepsia clinical trials. The review sets the scene for their work by putting it in the context of other disorders of brain–gut interaction and extra‐gastrointestinal disorders. The review canvasses potential mechanisms of placebo response.
Work‐family research: A review and next steps
Authors: Allen Tammy D. , French Kimberly A. 
Published: January 2023

AbstractOur review highlights key contributions to the work‐family literature, including research published in Personnel Psychology. We review foundational key constructs (e.g., work‐family conflict), theories (e.g., boundary management), and methodology and measurement issues (e.g., episodic versus levels approaches) at the intersection of work and family. We then review select topics that move from the more micro (e.g., individual emotions and health) to the more macro (e.g., cross‐cultural) in scope. In addition, taking stock of the work‐family field's trajectory, we mapped future research directions that have been posed by researchers over the past two decades in previous narrative reviews and examine the extent that they have been heeded within the Personnel Psychology work‐family literature. We use insights from the past and from contemporary research, as well as from societal trends, to provide a set of “next generation” future research directions. Finally, we provide practical implications from the research to date.
Antigen‐specific IgG subclass composition in recipient mice can indicate the degree of red blood cell alloimmunization as well as discern between primary and secondary immunization
Authors: Wabnitz Hanna , Cruz‐Leal Yoelys , Lazarus Alan H. 
Published: January 2023

AbstractBackgroundDespite the vast antigen disparity between donor and recipient red blood cells (RBCs), only 2%–6% of transfusion patients mount an alloantibody response. Recently, RBC antigen density has been proposed as one of the factors that can influence alloimmunization, however, there has been no characterization of the role of antigen density along with RBC dose in primary and secondary immunization.Study Design and MethodsTo generate RBCs that express distinct antigen copy numbers, different quantities of hen egg lysozyme (HEL) were coupled to murine RBCs. The HEL‐RBCs were subsequently transfused into recipient mice at different RBC doses and their HEL‐specific IgM, IgG, and IgG subclass response was evaluated.ResultsProductive immune responses could be generated through a high copy number antigen transfused at low RBC doses or a low copy number transfused at high RBC doses. Further, primary but submaximal humoral immunization predominantly induced the IgG2b and IgG3 subclasses. In contrast, a maximal primary immunization or a secondary immunization induced all four IgG subclasses.DiscussionOur results confirm the existence of an antigen threshold for productive immune responses but indicate that a high antigen copy number alone might not be enough to induce a response, but rather a combination of both antigen copy number and cell dosage may determine the outcome of immunization. Further, this study provides a proof of concept that the IgG subclass composition can be an indicator of the level of RBC alloimmunization as well as discern between primary and secondary immunization at least in this murine model.
Trimethylamine-N-oxide is associated with cardiovascular mortality and vascular brain lesions in patients with atrial fibrillation
Authors: Luciani Marco , Müller Daniel , Vanetta Chiara , Diteepeng Thamonwan , von Eckardstein Arnold , Aeschbacher Stefanie , Rodondi Nicolas , Moschovitis Giorgio , Reichlin Tobias , Sinnecker Tim , Wuerfel Jens , Bonati Leo H , Saeedi Saravi Seyed Soheil , Chocano-Bedoya Patricia , Coslovsky Michael , Camici Giovanni G , Lüscher Thomas F , Kuehne Michael , Osswald Stefan , Conen David , Beer Jürg Hans 
Published: January 2023

ObjectiveTrimethylamine-N-oxide (TMAO) is a metabolite derived from the microbial processing of dietary phosphatidylcholine and carnitine and the subsequent hepatic oxidation. Due to its prothrombotic and inflammatory mechanisms, we aimed to assess its role in the prediction of adverse events in a susceptible population, namely patients with atrial fibrillation.MethodsBaseline TMAO plasma levels were measured by liquid chromatography-tandem mass spectrometry in 2379 subjects from the ongoing Swiss Atrial Fibrillation cohort. 1722 underwent brain MRI at baseline. Participants were prospectively followed for 4 years (Q1–Q3: 3.0–5.0) and stratified into baseline TMAO tertiles. Cox proportional hazards and linear and logistic mixed effect models were employed adjusting for risk factors.ResultsSubjects in the highest TMAO tertile were older (75.4±8.1 vs 70.6±8.5 years, p<0.01), had poorer renal function (median glomerular filtration rate: 49.0 mL/min/1.73 m2(35.6–62.5) vs 67.3 mL/min/1.73 m2(57.8–78.9), p<0.01), were more likely to have diabetes (26.9% vs 9.1%, p<0.01) and had a higher prevalence of heart failure (37.9% vs 15.8%, p<0.01) compared with patients in the lowest tertile. Oral anticoagulants were taken by 89.1%, 94.0% and 88.2% of participants, respectively (from high to low tertiles). Cox models, adjusting for baseline covariates, showed increased total mortality (HR 1.65, 95% CI 1.17 to 2.32, p<0.01) as well as cardiovascular mortality (HR 1.86, 95% CI 1.21 to 2.88, p<0.01) in the highest compared with the lowest tertile. When present, subjects in the highest tertile had more voluminous, large, non-cortical and cortical infarcts on MRI (log-transformed volumes; exponentiated estimate 1.89, 95% CI 1.11 to 3.21, p=0.02) and a higher chance of small non-cortical infarcts (OR 1.61, 95% CI 1.16 to 2.22, p<0.01).ConclusionsHigh levels of TMAO are associated with increased risk of cardiovascular mortality and cerebral infarction in patients with atrial fibrillation.Trial registration numberNCT02105844.
Prospective study of sleep duration, snoring and risk of heart failure
Authors: Zhuang Sheng , Huang Shue , Huang Zhe , Zhang Shun , Al-Shaar Laila , Chen Shuohua , Wu Shouling , Gao Xiang 
Published: January 2023

ObjectiveTo investigate whether nighttime sleep duration and snoring status were associated with incident heart failure (HF).MethodsA prospective study was conducted based on Kailuan cohort including 93 613 adults free of pre-existing cardiovascular diseases. Sleep duration and snoring status were assessed by self-reported questionnaire. Incident HF cases were ascertained by medical records. Cox proportional hazards model was applied to calculate the HR and 95% CI of risk of developing HF. Mediation analysis was used to understand whether hypertension and diabetes mediated the association between sleep duration, snoring and HF. Data analysis was performed from 1 June 2021 to 1 June 2022.ResultsDuring a median follow-up of 8.8 years, we documented 1343 incident HF cases. Relative to sleep duration of 7.0–7.9 hour/night, short sleep duration was associated with higher risk of developing HF: adjusted HR was 1.24 (95% CI 1.01 to 1.55) for <6 hours/night and 1.29 (95% CI 1.06 to 1.57) for 6.0–6.9 hours/night, after adjustment for potential confounders such as age, sex, smoking, hypertension and diabetes. A similar 20%–30% higher risk of incident HF was found in individuals reporting occasional or frequent snoring relative to never/rare snorers: adjusted HR was 1.32 for occasional snoring (95% CI 1.14 to 1.52) and 1.24 (95% CI 1.06 to 1.46) for frequent snoring. Presence of diabetes significantly mediated the association between both short sleep duration and snoring and HF risk and hypertension significantly mediated the snoring–HF relationship.ConclusionShort sleep duration and snoring were associated with high risk of HF.
Spontaneous, naturally occurring cancers in non-human primates as a translational model for cancer immunotherapy
Authors: Deycmar Simon , Gomes Bruno , Charo Jehad , Ceppi Maurizio , Cline J Mark 
Published: January 2023

The complexity of cancer immunotherapy (CIT) demands reliable preclinical models to successfully translate study findings to the clinics. Non-human primates (NHPs; here referring to rhesus and cynomolgus macaques) share broad similarities with humans including physiology, genetic homology, and importantly also immune cell populations, immune regulatory mechanisms, and protein targets for CIT. Furthermore, NHP naturally develop cancers such as colorectal and breast cancer with an incidence, pathology, and age pattern comparable to humans. Thus, these tumor-bearing monkeys (TBMs) have the potential to bridge the experimental gap between early preclinical cancer models and patients with human cancer.This review presents our current knowledge of NHP immunology, the incidence and features of naturally-occurring cancers in NHP, and recent TBM trials investigating CIT to provide a scientific rationale for this unique model for human cancer.
Antibody-induced erythrophagocyte reprogramming of Kupffer cells prevents anti-CD40 cancer immunotherapy-associated liver toxicity
Authors: Pfefferlé Marc , Dubach Irina L , Buzzi Raphael M , Dürst Elena , Schulthess-Lutz Nadja , Baselgia Livio , Hansen Kerstin , Imhof Larissa , Koernig Sandra , Le Roy Didier , Roger Thierry , Humar Rok , Schaer Dominik J , Vallelian Florence 
Published: January 2023

BackgroundAgonistic anti-CD40 monoclonal antibodies (mAbs) have emerged as promising immunotherapeutic compounds with impressive antitumor effects in mouse models. However, preclinical and clinical studies faced dose-limiting toxicities mediated by necroinflammatory liver disease. An effective prophylactic treatment for liver immune-related adverse events that does not suppress specific antitumor immunity remains to be found.MethodsWe used different mouse models and time-resolved single-cell RNA-sequencing to characterize the pathogenesis of anti-CD40 mAb induced liver toxicity. Subsequently, we developed an antibody-based treatment protocol to selectively target red blood cells (RBCs) for erythrophagocytosis in the liver, inducing an anti-inflammatory liver macrophage reprogramming.ResultsWe discovered that CD40 signaling in Clec4f+Kupffer cells is the non-redundant trigger of anti-CD40 mAb-induced liver toxicity. Taking advantage of the highly specific functionality of liver macrophages to clear antibody-tagged RBCs from the blood, we hypothesized that controlled erythrophagocytosis and the linked anti-inflammatory signaling by the endogenous metabolite heme could be exploited to reprogram liver macrophages selectively. Repeated low-dose administration of a recombinant murine Ter119 antibody directed RBCs for selective phagocytosis in the liver and skewed the phenotype of liver macrophages into a Hmoxhigh/Marcohigh/MHCIIlowanti-inflammatory phenotype. This unique mode of action prevented necroinflammatory liver disease following high-dose administration of anti-CD40 mAbs. In contrast, extrahepatic inflammation, antigen-specific immunity, and antitumor activity remained unaffected in Ter119 treated animals.ConclusionsOur study offers a targeted approach to uncouple CD40-augmented antitumor immunity in peripheral tissues from harmful inflammatoxicity in the liver.
ВИВЧЕННЯ СПЕКТРАЛЬНИХ ХАРАКТЕРИСТИК ДЕКСТРОМЕТОРФАНУ
Authors: Mykhalkiv M. M. , Yatsyuk V. M. , Korobchuk V. M. , Dmytriv M. I. , Ivanusa I. B. 
Published: January 2023

Мета роботи. Вивчити ІЧ- та УФ-спектри поглинання декcтрометорфану, розрахувати його молярні та питомі показники світлопоглинання у розчинниках різної полярності.
Матеріали і методи. Для аналізу було використано субстанцію декстрометорфану гідроброміду. Для запису електронних спектрів поглинання і вимірювання абсорбції застосовували спектрофотометри Cary 50 M і Lambda-25. ІЧ-спектроскопічне вивчення декcтрометорфану гідроброміду здійснювали з використанням спектрометра Nicolet iS 10FTIR.
Результати й обговорення. Ми вивчили УФ-спектри декстрометорфану в різних розчинниках, які відрізняються полярністю: етанол, хлороформ, вода, гексан, діетиловий ефір. Як показують результати наших досліджень, максимум поглинання декстрометорфану в УФ-ділянці знаходиться в діапазоні 280 - 282 нм у всіх розчинниках. Особливістю і відмінністю спектрів у різних за полярністю розчинниках є наявність меншого чи більшого розширення-роздвоєння у максимумі смуги поглинання. Як показали результати наших досліджень, найбільший молярний і питомий показники світлопоглинання характерні для розчинів декстрометорфану в хлороформі (2193 та 80,83 відповідно) і етанолі (2181 та 80,40 відповідно). Було розшифровано ІЧ-спектр декcтрометорфану.
Висновки. Отримані ІЧ- та УФ-спектри поглинання декстрометорфану можуть у подальшому будуть використані для ідентифікації та кількісного визначення, розраховані молярні та питомі показники світлопоглинання у різних розчинниках. При кількісному визначенні як розчинник раціонально використовувати етиловий спирт.
ВПЛИВ СУХОГО ЕКСТРАКТУ ПАГОНІВ ВЕРБИ САХАЛІНСЬКОЇ НА АГРЕГАЦІЮ І ГЕМОСТАЗ В УМОВАХ ЕКСПЕРИМЕНТАЛЬНОГО ТРОМБОФЛЕБІТУ
Authors: Maloshtan L. M. , Artemova K. O. 
Published: January 2023

Мета роботи. Дослідження впливу СЕПВС на агрегаційні властивості та гемостаз в умовах експериментального тромбофлебіту у кролів.
Матеріали і методи. Експеримент проводився на 5 групах кролів. 1 група – інтактний контроль, 2 група – тварини з експериментальним тромбофлебітом, 3 група тварин отримувала у профілактичному режимі СЕПВС. 4 група отримувала референтний препарат – АСК за дві години до експерименту. 5 група – ескувіт. Експериментальний тромбофлебіт викликали введенням у ділянку крайової вени вуха кроля розчину 2% люголю. З метою оцінки реологічних властивостей крові у кролів досліджували агрегацію тромбоцитів за допомогою турбідиметричного оптичного методу Борна з використанням агрегометра та індукторів агрегації тромбоцитів – аденозин-5-дифосфат (АДФ) і адреналіну.
Результати й обговорення. Експериментально установлено, що в групі тварин, які отримали СЕПВС, спостерігалося достовірне збільшення ПЧ у 1,2 раза порівняно з групою контрольної патології. На фоні лікування СЕПВС швидкість і ступінь агрегації тромбоцитів достовірно знижувалась у порівнянні з КП р<0,05 в 1,6 та 1,5 раза, і до кінця експерименту практично досягала рівня інтактного контролю. Ацетилсаліцилова кислота виявила виражену дію на вплив адреналін-індукованої агрегації тромбоцитів, що виявилося у достовірному зниженні всіх досліджуваних показників. Ескувіт проявив менш виражену дію.
Висновки. Результати дослідження свідчать про виражений вплив фітоекстракту, що вивчається, на агрегацію тромбоцитів в умовах експериментального тромбофлебіту. Сухий екстракт пагонів верби сахалінської знижує чутливість тромбоцитів до адреналіну, що дозволяє розглядати його як перспективний засіб у лікуванні кардіоваскулярної патології.
Досвід виконання одномоментної залобкової простатектомії та симультанної передочеревинної герніопластики у хворих на доброякісну гіперплазію простати та пахвинну грижу
Authors: Шапринський В. О. , Горовий В. І. , Капшук О. М. , Морару-Бурлеску Р. П. , Довгань І. І. , Маласаєв М. О. , Балацький О. Р. , Тагеєв В. Р. 
Published: January 2023

Мета роботи: оцінити безпосередні та віддалені результати одномоментної залобкової простатектомії та симультанної передочеревинної герніопластики у хворих на доброякісну гіперплазію простати та пахвинну грижу.
Матеріали і методи. представлено результати лікування 152 хворих на доброякісну гіперплазію простати: основну групу становили 32 (21,1 %) пацієнти із доброякісною гіперплазією простати та пахвинною грижею, яким у клініці виконали одномоментну залобкову простатектомію та симультанну передочеревинну пахвинну герніопластику. Групу порівняння становили 120 (78,9 %) хворих із доброякісною гіперплазією простати, яким виконали одномоментну залобкову простатектомію. Ускладнення після хірургічних операцій оцінювали за Clavien – Dindo. Оцінку якості життя хворих після симультанних передочеревинних герніопластик пахвинних гриж проводили за опитувальником EuraHS – Quality of Life scale через 6 та 12 місяців після операції.
Результати досліджень та їх обговорення. Середній вік хворих групи порівняння становив (68,0±7,2) року, основної групи – (67,1±6,9) року; середній об’єм простати у хворих групи порівняння становив (94,4±42,3) см3, основної групи – (91,2±32,6) см3. У всіх 32 хворих основної групи виявлено пахвинну грижу, у 4 хворих із них – з обох боків (всього 36 пахвинних гриж). Середні терміни виконання залобкової простатектомії в основній групі хворих та групі порівняння були статистично однакові ((82,8±25,6) та (80,1±17,4) хв), а симультанна герніопластика з одного боку тривала у середньому (35,0±17,4) хв. Неурологічні ускладнення в основній групі хворих спостерігали у 2 (6,25 %) хворих, у групі порівняння – 9 (7,5 %); урологічні – 11 (34,2 %) та 40 (33,3%) відповідно і статистично були однаковими. Середній післяопераційний ліжко-день у хворих основної групи становив (9,5±1,7) дня; у групі порівняння – (9,8±2,9) дня. Якість життя хворих після симультанних операцій була статистично краща через зазначені терміни після хірургічного втручання при порівнянні із доопераційною якістю життя. Рецидивів пахвинної грижі через 3–5 років після операції не виявили.
Виконання симультанної передочеревинної пахвинної герніопластики одночасно із одномоментною залобковою простатекто­мією у хворих на доброякісну гіперплазію простати та пахвинну грижу статистично не погіршує безпосередні і віддалені результати залобкової простатектомії, а також допомогає надійно усунути із одного хірургічного доступу одночасно два захворювання.