bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Fibronectin matrix assembly enhances adhesion-dependent cell growth
Authors: Sottile Jane , Hocking Denise C. , Swiatek Pamela J. 
Published: June 2023

ABSTRACT
Cell growth control in non-transformed cells depends, in part, on adhesive interactions with the extracellular matrix. Following injury, excess or altered fibronectin deposition into the extracellular matrix may contribute to the pathogenesis of fibrosis and atherosclerosis by triggering changes in specific cell functions associated with wound repair, including cell proliferation and migration. To assess the role of fibronectin polymerization on cell growth, we isolated mouse embryonic cells that lack endogenous fibronectin (fibronectin-null cells) and established them in culture under serum-free conditions. These fibronectin-null cells do not produce any detectable fibronectin, but are capable of assembling a fibronectin matrix when cultured in the presence of exogenously added fibronectin. Our data indicate that adhesion-dependent growth in fibronectin-null cells is dramatically increased (&gt;2-5×) by culturing cells in the presence of fibronectin. This fibronectin-induced cell growth was blocked by inhibiting fibronectin matrix assembly. Arg-Gly-Asp peptides or fragments of fibronectin that contain the Arg-Gly-Asp cell binding site promoted clustering of the α5β1 integrin in focal adhesions, but did not enhance cell growth. These data indicate that the polymerization of fibronectin into the extracellular matrix positively regulates cell growth, and that occupancy and clustering of fibronectin-binding integrins alone are not sufficient to trigger increased cell growth.
Centrosome dynamics in early embryos of Caenorhabditis elegans
Authors: Keating Heather H. , White John G. 
Published: June 2023

ABSTRACT
The early Caenorhabditis elegans embryo divides with a stereotyped pattern of cleavages to produce cells that vary in developmental potential. Differences in cleavage plane orientation arise between the anterior and posterior cells of the 2-cell embryo as a result of asymmetries in centrosome positioning. Mechanisms that position centrosomes are thought to involve interactions between microtubules and the cortex, however, these mechanisms remain poorly defined. Interestingly, in the early embryo the shape of the centrosome predicts its subsequent movement. We have used rhodamine-tubulin and live imaging techniques to study the development of asymmetries in centrosome morphology and positioning. In contrast to studies using fixed embryos, our images provide a detailed characterization of the dynamics of centrosome flattening. In addition, our observations of centrosome behavior in vivo challenge previous assumptions regarding centrosome separation by illustrating that centrosome flattening and daughter centrosome separation are distinct processes, and by revealing that nascent daughter centrosomes may become separated from the nucleus. Finally, we provide evidence that the midbody specifies a region of the cortex that directs rotational alignment of the centrosome-nucleus complex and that the process is likely to involve multiple interactions between microtubules and the cortex; the process of alignment involves oscillations and overshoots, suggesting a multiplicity of cortical sites that interact with microtubules.
Uptake by COPI-coated vesicles of both anterograde and retrograde cargo is inhibited by GTPγS in vitro
Authors: Nickel Walter , Malsam Jörg , Gorgas Karin , Ravazzola Mariella , Jenne Nicole , Helms J. Bernd , Wieland Felix T. 
Published: June 2023

ABSTRACT
On the basis of the cell surface protein CD8 we have constructed reporter molecules for both anterograde and retrograde transport from the Golgi complex. The cytoplasmic tail of CD8 was exchanged by a construct comprising a hemagglutinin (HA) epitope, the C-terminal sequence of the viral protein E19 (containing a KKXX retrieval signal) followed by a myc epitope (CD8-LT). Due to this masking of the KKXX retrieval signal CD8-LT is transported to the cell surface. Since the KKXX motif is joined to the myc epitope via a thrombin cleavage site, CD8-LT in isolated Golgi membranes can be proteolytically converted into an unmasked reporter molecule for retrograde transport (CD8-ST) in vitro. A CHO cell line stably expressing CD8-LT was generated and used for the isolation of Golgi membranes. These membranes were shown to contain CD8-LT en route to the cell surface. By addition of thrombin, CD8-LT could be efficiently converted into CD8-ST, and this allows us to study the sorting into coat protein COPI-coated vesicles of these different kinds of cargo on a comparative basis. COPI-coated vesicles were generated in vitro from Golgi membranes containing either CD8-LT or CD8-ST. When the incubation was performed in the presence of GTP, both CD8-LT and CD8-ST were packaged into COPI-coated vesicles. However, COPI-coated vesicles generated in the presence of the slowly hydrolyzable analogue of GTP, GTPγS contained strikingly lower amounts of CD8-LT and CD8-ST. While COPI-coated vesicles accumulated about 12-fold in the presence of GTPγS these vesicles together contained only one fifth of cargo compared to the few vesicles generated in the absence of GTPγS. These data indicate that cargo packaging into COPI-coated vesicles requires hydrolysis of GTP.
GİYİM SANATI AÇISINDAN KIRŞEHİR MÜZESİ İŞLİK VE CEPKENLERİNİN ARAŞTIRILMASI
Authors: ÖZKAN Nurhan , ÇELİK Derya , KILINÇ Nurgul 
Published: June 2023

Kültür; bilgiyi, sanatı, ahlâkı, örf ve âdetleri, insanın içinde yaşadığı toplumdan kazandığı bütün kabiliyet ve alışkanlıkları kapsayan, atalarından kendilerine miras bırakılan maddi-manevi değerler bütünü olarak tanımlanabilir. Maddi kültür ürünü olan giyimin alt başlığında ele alınan, kültürünün önemli ögesi işlik ve cepkenler araştırmanın konusunu oluşturmaktadır. Kültürümüzün önemli göstergelerinden işlik ve cepkenlerin korunması, gelecek nesillere aktarılması, tanıtılması ve yaşatılması amaçlar arasındadır. Zaman içerisinde yıpranan, unutulmaya yüz tutmuş, yok olma tehlikesi ile karşı karşıya kalan işlik ve cepkenlerin dönem özelliklerini yansıtması açısından incelenerek belgelenmesi önem arz etmektedir.
Çalışma kapsamına, Kırşehir Müzesi’nde bulunan geleneksel giysilerden bir işlik ve iki cepken olmak üzere üç örnek alınmıştır. Giysiler, oluşturulan gözlem fişleri doğrultusunda, kullanılan malzeme, renk, model, kesim, dikim, astar, süsleme ve boyut özellikleri açısından incelenmiştir. Ayrıntılı fotoğrafları çekilmiştir. Edinilen bilgiler ile günümüz trendleri birleştirilerek 1 adet cepken dikilmiştir. Bu çalışmanın Türk giyim kültürünün önemli bir parçası olan geleneksel giysilerin tanıtılmasına ve yaşatılmasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
TÜRK VE KIZILDERİLİ (KUZEY AMERİKA) KÜLTÜRLERİNDE KUŞ MOTİFLERİ VE SEMBOLLERİ
Authors: EROĞLU Mehmet Ali 
Published: June 2023

Türk kültüründe ördek, kuğu, güvercin, saksağan, kaz, sülün, turna, tavus kuşu ve bıldırcın gibi kuşlar önemli yere sahiptir. Kuş figürü halı ve kilimlerde, el yazması kitaplarda, çini ve seramiklerde, ahşap, taş maden ve bakır işçiliğinde sıklıkla karşımıza çıkmaktadır.
Kuş sembolü Türk kültüründe, olduğu gibi gerçekçi görünüşü ile kullanılmamıştır. Sembol olarak kuşu kutsal sayan ve önem veren kültürlerden biri de Kızılderililerdir. Kızılderililerin kökeni ve kültürleriyle ilgili birçok araştırma yapılmaktadır. Bazı araştırmacılara göre Orta Asya bozkırlarından yola çıkarak Sibirya’ya buradan Bering Boğazı’nı geçerek Alaska’ya vardıkları ve Kuzey Amerika’ya yerleştikleri düşünülmektedir.
Kızılderili kültürü ve Türk kültürü arasındaki benzerliği anlamak için Orta Asya’dan Anadolu’ya Türk kültürünü incelemek gerekmektedir. Kızılderililer ile Türklerin arasında kültürel benzerlikler bulunmaktadır. Bu benzerliklerin arasında el sanatları da yer almaktadır. Türk kültür ve sanatında sıklıkla karşımıza kuş figürleri Kızılderili kültüründe de kutsal sayılan bir figür olmakla birlikle bu kültürde kuşun tüylerinin ve diğer bölümlerinin de önemli olarak kabul edildiği bilinmektedir.
Kuş tüylerinin ve sembollerinin yaygın olarak kullanıldığı Kızılderili kültüründe kuş; sembol olarak kullanıldığı gibi kuş tüylerinin de yaygın olarak kullanıldığı görülmektedir. Kuş figürü; dokumalarda, seramiklerde, giysi, aksesuarlarda ve çeşitli öğelerde görülmektedir. Özellikle Kızılderili dokumalarında Türk dokumalarında bulunan desenlere benzerlikler dikkat çekmektedir. Navajo kilimleri incelendiğinde; kuş motifinin hayat ağacıyla kullanıldığı örnekler görülmektedir. Kutsal hayat ağacı olarak sayılan mısır bitkisinin üzerinde çok sayıda kuş kullanıldığı gibi bazı örneklerde bir veya birden fazla sayıda kuş motifi kullanılmıştır. Dans ritüellerinde tamamın mistik bir anlam ve anlatımla kuş figürlü kıyafetler giymişler kuşların gaga pençe ve kanatlarını da yanlarından ayırmamışlardır.
YADA TAŞINDAN GARA NEF OYUNUNA
Authors: BİRKAN AKHAN Ebru 
Published: June 2023

Eski Türkler, Türk lehçelerinde cada, cada taş olarak da bilinen yada taşıyla yağmur, kar ve diğer hava olaylarını gerçekleştirebileceklerine inanırlardı. Mezkûr kelimeye Çin, Arap ve hatta Hint kaynaklarında da rastlanmaktadır. İktidar yolu açan taş, geyik başlarında, su kuşlarında ya da yılan ve öküz karnında bulunabilirdi. Bu bağlamda “yağmur yağdırma”, Türklerin mitolojisi incelendiğinde en eski motiflerden biridir.
Eski Türk Kamlık Geleneği’nde Kam-Şaman-Baksı-Oyun tarafından hava olaylarını gerçekleştirmek için kullanılan yada taşı, ritüellerle zikredilir. Boratav, büyüklerin ve küçüklerin katıldığı törenleri, “yağmur dualarıyla büyüklerin gerçekleştirdikleri” ve “Çömçe Gelin gibi çocukların katıldığı oyunlar” olmak üzere iki başlık altında toplamıştır.
Ritüeller, günümüzde yerini kimi zaman büyükler kimi zamanda çocuklar tarafından oynanan oyunlara bırakmıştır. Türk ili coğrafyasından Ön Asya’ya göç eden Beğdili boyuna mensup Hotamış Türkmenleri, yerleşik yaşantıda “Gara Nef” şeklinde adlandırılan ve büyüklerle oynanan bir oyunla yağmur ya da kar yağdırma işini “koyun kıh” ı ile gerçekleştirmektedir.
Konya Karapınar’a bağlı Hotamış Mahallesi’nde yaşayan Beğdili Türkmenleri, atalarından öğrendikleri oyunu ikindi ya da akşam vakti oynamaktadır. Toprağa altı kuyu ve iki depo kazılır. İki kişilik oynanan oyunda kıh sayısı sekizdir. Oyuncu sayısı artıkça sayı düşmektir. Üç kişilik oyundaki kıh sayısı yedidir. Oyundaki materyallerin sayısı da ikiliği gösterir. Neticede kaybeden şahıs “gırnavlar” ve kazanan “yağmur mu yağacak kar mı yağacak” şeklindeki formel ifadeyle hava olayının hangisinin olacağını belirler.
Omuzdan arkaya en son atılan kıh, yağmura denk gelirse bir yılan yakalanıp, öldürülür ve ateşte yakılır. Yanan yılanın temizleyici, arındırıcı vasfıyla karanlık aydınlığa dönüşecektir. Renklerin sembolik anlamı düşünüldüğünde aydınlık vuku bulacak, dualite tamamlanacaktır. Bu bir anlamda kâinatta yaratılan bütün varlıkların iki kutuptan oluştuğuna işaret etmektedir. Tam Yapılandırılmış Mülakat, Katılımcı Gözlem ve Doküman (İçerik)Analizi metotları kullanılarak hazırlanan çalışmada, oyun şekille çizilmiştir. Bu cümleden olarak Hotamış’ta Eski Türk Kamlık Geleneği’nin izlerinin devam ettiği anlaşılmıştır. Oyunda kullanılan kıh sayıları da formelistik açıdan anlamlıdır. Konya’nın mitolojik veri haritasına bir bilgi daha aktarılması amaçlanmıştır.
HUBÂNNÂME VE ZENANNÂME’DE YER ALAN BİR MİNYATÜRDE İSTANBUL LÂVTASININ İZİNİ SÜRMEK
Authors: ÇAYLAK Gökhan , SAZAK Nilgün 
Published: June 2023

Dünya sanat tarihine bakıldığında kullanılmış ya da hâlâ kullanılan pek çok lâvta çeşidi bulunmaktadır. Çalışmaya konu olan lâvta 18 ile 20. Yüzyıllar arası, İstanbul başta olmak üzere batı ege gibi bir bölgede daha çok halk şarkılarının/ezgilerinin icra edildiği bir çalgıdır.
Osmanlı dönemi kültür ve sanat ortamı hakkında minyatürler ilk göze çarpan veri kaynakları olup araştırmacılara ve ilgililere pek çok konuda bilgi vermektedir. Bu araştırmada görsel materyal olarak, araştırmacı tarafından belirlenen Enderunlu Fâzıl’a ait 1793 yılına tarihlenen “Hubânnâme ve Zenannâme” isimli eserindeki bir minyatür ele alınacaktır. Araştırmada Ferdinand de Sassure (1857-1913)’un kuramsal çerçevesinden yola çıkılarak nitel araştırma yöntemlerinden semiyotik analiz yapılacaktır. Minyatür İstanbul lâvtası ve İstanbul kemençesinin birlikte resmedildiği bilinen ilk minyatür olma özelliğini taşımaktadır. Çalışmada, minyatürün içinde yer alan görsel ögelerin İstanbul lâvtası özelinde incelemesinin yapılması amaçlanmaktadır. Çalgı ile ilgili kaynakların azlığından dolayı geçmişe dönük çıkarımlar ve ihtimaller üzerinde durulmakta olduğu kabul edilirse, bu minyatür 18. Yüzyılda çalgının icra edildiği ortam/mekan ile ilgili bilgi veren önemli bir değer olarak karşımıza çıkmaktadır. Çalışmada, konuya disiplinlerarası bir bakış açısıyla yaklaşılması ile yapılacak olan diğer çalışmalara da katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Carbon sink and greenhouse gas emission of dryland vegetation cover in tourism villages in Flores Island, East Nusa Tenggara, Indonesia
Authors: LESTARI FATMA , TUA INDRA NI , MUZANNI ADONIS , NUGROHO DANESTA FEBIANTO , WIBOWO ANDRIO A. , WARTONO TRI , WIDANARKO BAIDURI , SAEPULLAH ASEP , MODJO ROBIANA , FARIDA MIFTACHUL , ERWANDI DADAN , ARYANI DESSY DWI , KADIR ABDUL , WIDIATMOKO ANINDHITA IRSALINA , HENDRA HENDRA , HERWANTO ZICO JUNI , TEJAMAYA MILA , HAMID RIZAL ALFIANSYAH , FATMAH FATMAH , GUNAWAN EZSA LARASHATI , SETYOWATI DINA LUSIANA , HAFIDS M. FAIZIR , YULIANI ROSSI 
Published: June 2023

Abstract. Lestari F, Tua IN, Muzanni A, Nugroho DF, Wibowo AA, Wartono T, Widanarko B, Saepullah A, Modjo R, Farida M, Erwandi D, Aryani DD, Kadir A, Widiatmoko AI, Hendra, Herwanto ZJ, Tejamaya M, Hamid RA, Fatmah, Gunawan EL, Setyowati DL, Hafids MF, Yuliani R. 2023. Carbon sink and greenhouse gas emission of dryland vegetation cover in tourism villages in Flores Island, East Nusa Tenggara, Indonesia. Biodiversitas 24: 1998-2005. Due to its natural features and scenery, the dryland ecosystem has recently become a tourist destination. One of the growing dryland ecosystems for village tourism is Flores Island, East Nusa Tenggara, Indonesia. Those tourism villages have the potential to promote carbon sequestration through the preservation of natural resources and, at the same time, can release Green-House Gases (GHG). Despite growing research on carbon stock, there is little information on the carbon budget of a dryland tourism village, which includes the values of carbon stock sequestered from the atmosphere and greenhouse gas emissions. This research aimed to measure the carbon stock and GHG emissions in three villages containing paddy fields, savanna, and forest covers. The measured gases, including CO2, CH4, and N2O, were collected using the gas chamber method and analyzed using gas chromatography. The result shows that forest land covers have the highest carbon stock, with average values of 97.44 Mg ha-1 within the 57.34-117.5 Mg ha-1. A low average carbon stock of 17.39 Mg ha-1 was observed in paddy fields. The GHG was in the order of CO2 > CH4 > N2O. The paddy field has higher GHG than other land covers, with average CO2, CH4, and N2O values of 292.45 ppm, 1.35 ppm, and 1.09 ppm. While CO2, CH4, and N2O values for the forest were 281.05 ppm, 1.30 ppm, 1.05 ppm, 272.83 ppm, 1.26 ppm, and 1.02 ppm for savanna covers.
Screening of phyllospheric and endophytic bacteria as biocontrol agents of Xanthomonas oryzae pv. oryzae
Authors: WIDJAYANTI TITA , KUSUMA RESTU RIZKYTA , AINI LUQMAN QURATA , FITRIANI CINDY DIAH AYU , SEKTIONO ANTOK WAHYU , HADI MOCHAMMAD SYAMSUL , SETIAWAN YOGO 
Published: June 2023

Abstract. Widjayanti T, Kusuma RR, Aini LQ, Fitriani CDA, Sektiono AW, Hadi MS, Setiawan Y. 2023. Screening of phyllospheric and endophytic bacteria as biocontrol agents of Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Biodiversitas 24: 2072-2079. The use of phyllospheric and endophytic bacteria as biocontrol agents may be an eco-friendly alternative strategy to control bacterial leaf blight of rice caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo). This study aimed to evaluated the antagonistic potential of phyllospheric and endophytic bacteria against X. oryzae pv. oryzae. The phyllospheric and endophytic bacteria were isolated from organic rice fields in Tumpang Sub-district, Malang District, East Java, Indonesia. The pathogenicity of X. oryzae pv. oryzae was tested on rice plants by the leaf clipping inoculation method. In this study, eight combinations of phyllospheric bacteria (PB) and endophytic bacterial (EB) isolates were chosen based on the highest percentage of inhibition. Streptomycin (positive control) and distilled water (negative control) were also used as a treatment. Identification of selected phyllospheric and endophytic bacteria was carried out through morphological and molecular characteristics. In total, 181 of PB and 76 of EB were isolated from rice plants. Of these, 11 of PB and 13 of EB isolates had potential as antagonists, shown by inhibition zone. Among all treatments, P55+E15 combination showed the highest inhibition zone (83.49%), followed by P55+E27 (82.33%) and P55+E18 (80.98%). Based on morphological and molecular identification, P55, E15, E27, and E18 isolates were identified as Delftia lacustris, Bacillus cereus, Escherichia coli, and Lysinibacillus fusiformis, respectively. The combination of D. lacustris (P55) and B. cereus (E15) can be used as a biocontrol agent against X. oryzae pv. oryzae based on in vitro assay.
Evaluation Deoxyribonucleic acid (DNA) fragmentation of local Indonesian cattle frozen sperm using Halomax method
Authors: PRABOWO TEGUH ARI , BINTARA SIGIT , YUSIATI LIES MIRA , SITARESMI PRADITA IUSTITA , WIDAYATI DIAH TRI 
Published: June 2023

Abstract. Prabowo TA, Bintara S, Yusiati LM, Sitaresmi PI, Widayati. 2023. Evaluation Deoxyribonucleic acid (DNA) fragmentation of local Indonesian cattle frozen sperm using Halomax method. Biodiversitas 24: 2225-2230. Deoxyribonucleic acid (DNA) is a molecular chain containing genetic material that determines the quality of each individual produced. DNA damage in cattle can affect fertility and miscarriage of embryos. There is no simple research on DNA damage in local Indonesian cattle (Bos indicus Linnaeus 1758); therefore, miscarriage and infertility cases in Indonesia are still high, one of which can be attributed to sperm DNA damage. This study aimed to evaluate DNA damage in the frozen semen of local Indonesian cattle and suggested SDF (Sperm DNA Fragmentation) inclusion screening as the main requirement for frozen semen. The materials used in this study were 54 straws of frozen semen from nine males from three different types of local cattle, including Bali, Madura, and Aceh. Each type consisted of three bulls, each with six replicates. Sperm-Bos-Halomax was used to examine sperm DNA damage. Data were analyzed using one-way analysis of variance (ANOVA). Aceh cattle had the highest post average compared to Bali and Madura at 63.33±2.43%. Abnormality of Balinese cattle had the lowest average compared to Aceh and Madura at 8.83±1.04%. Evaluation of sperm DNA damage in local cattle using the Sperm-Bos-Halomax® method showed that the highest average DNA damage was 1.72±0.62% in Aceh, and the lowest was 1.67±0.66% in Madura cattle. The sperm DNA damage in Bali cattle was 1.67±0.70%. The sperm DNA quality in the frozen semen of the local cattle in this study was good, but it is still necessary to determine SDF as the main standard in frozen semen.
Habitat preference of leopard cat (Prionailurus bengalensis Kerr. 1792) in the Cisokan Hydropower Development Area, West Java, Indonesia
Authors: SHANIDA SYA SYA , MEGANTARA ERRI NOVIAR , HUSODO TEGUH , MUTAQIN ASEP ZAINAL , KENDARTO DWI RUSTAM , WULANDARI INDRI 
Published: June 2023

Abstract. Shanida SS, Megantara EN, Husodo T, Mutaqin AZ, Kendarto DR, Wulandari I. 2023.Habitat preference of leopard cat (Prionailurus bengalensis Kerr. 1792) in the Cisokan Hydropower Development Area, West Java, Indonesia. Biodiversitas 24: 2284-2293. Leopard cat (Prionailurus bengalensisKerr. 1792) can occupy various habitats, including degraded and human-modified landscapes such as agricultural lands, plantations, and settlements. Nonetheless, there is little information about their responses to infrastructure development impacts the habitat preference of leopard cats. This study aims to reveal the habitat preferences of leopard cats in the Upper Cisokan Pumped Storage (UCPS) hydropower development area, Cianjur Regency and West Bandung Regency, West Java. Direct observation was conducted to collect habitat preference in terms of biotic, abiotic and anthropogenic parameters and analyzed using Vanderploeg and Scavia's Resource Selection Index (VSI). The results showed that in term of biotic factors, leopard cats preferred natural forests, shrubs, and rice fields; tree canopy area of ??51%-75%, tree DBH >20 cm, tree height 0-5 m and 11-15 m, and tree density of 0-20 trees. Leopard cats preferred 76%-100% shrubs canopy; ground-plant cover of 26%-75% with withered grass cover of 76%-100%. According to their abiotic factors, leopard cats preferred habitats with north and south, gentle, and lower slopes. The leopard cats also preferred habitat with wet soil. In term of anthropogenic factors, leopard cats preferred habitat close to water sources (<500 m). Leopard cats chose habitats with moderate distances (500 m-1000 m) from anthropogenic disturbances with weak intensity. Agricultural activities could affect its habitat preference directly. Leopard cats were found at various levels of disturbance in human-modified lands, such as rice fields and shrublands. Since the main prey is cosmopolitan animals, as long as there is human-modified land, prey availability will remain guaranteed. Although the leopard cat can tolerate anthropogenic disturbances, there is little information on the direct impact of construction activities on this population, so further research is needed to observe their population and habitat in the construction area.