bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Batch effect correction methods for NASA GeneLab transcriptomic datasets
Authors: Sanders Lauren M. , Chok Hamed , Samson Finsam , Acuna Ana Uriarte , Polo San-Huei Lai , Boyko Valery , Chen Yi-Chun , Dinh Marie , Gebre Samrawit , Galazka Jonathan M. , Costes Sylvain V. , Saravia-Butler Amanda M. 
Published: June 2023

Introduction:RNA sequencing (RNA-seq) data from space biology experiments promise to yield invaluable insights into the effects of spaceflight on terrestrial biology. However, sample numbers from each study are low due to limited crew availability, hardware, and space. To increase statistical power, spaceflight RNA-seq datasets from different missions are often aggregated together. However, this can introduce technical variation or “batch effects”, often due to differences in sample handling, sample processing, and sequencing platforms. Several computational methods have been developed to correct for technical batch effects, thereby reducing their impact on true biological signals.Methods:In this study, we combined 7 mouse liver RNA-seq datasets from NASA GeneLab (part of the NASA Open Science Data Repository) to evaluate several common batch effect correction methods (ComBat and ComBat-seq from the sva R package, and Median Polish, Empirical Bayes, and ANOVA from the MBatch R package). Principal component analysis (PCA) was used to identify library preparation method and mission as the primary sources of batch effect among the technical variables in the combined dataset. We next quantitatively evaluated the ability of each of the indicated methods to correct for each identified technical batch variable using the following criteria: BatchQC, PCA, dispersion separability criterion, log fold change correlation, and differential gene expression analysis. Each batch variable/correction method combination was then assessed using a custom scoring approach to identify the optimal correction method for the combined dataset, by geometrically probing the space of all allowable scoring functions to yield an aggregate volume-based scoring measure.Results and Discussion:Using the method described for the combined dataset in this study, the library preparation variable/ComBat correction method pair out ranked the other candidate pairs, suggesting that this combined dataset should be corrected for library preparation using the ComBat correction method prior to downstream analysis. We describe the GeneLab multi-study analysis and visualization portal which will allow users to access the publicly available space biology ‘omics data, select multiple studies to combine for analysis, and examine the presence or absence of batch effects using multiple metrics. If the user chooses to perform batch effect correction, the scoring approach described here can be implemented to identify the optimal correction method to use for their specific combined dataset prior to analysis.
Investigating the modulatory effects of Moringa oleifera on the gut microbiota of chicken model through metagenomic approach
Authors: Soundararajan Sowmiya , Selvakumar Jasmine , Maria Joseph Zion Mercy , Gopinath Yuvapriya , Saravanan Vaishali , Santhanam Rameshkumar 
Published: June 2023

IntroductionThis study aimed to assess the effects of supplementing chicken feed with Moringa oleifera leaf powder, a phytobiotic, on the gastrointestinal microbiota. The objective was to examine the microbial changes induced by the supplementation.MethodsA total of 40, one-day-old chickens were fed their basal diet for 42 days and then divided into two groups: SG1 (basal diet) and SG2 (basal diet + 10 g/kg Moringa oleifera leaf powder). Metagenomics analysis was conducted to analyze operational taxonomic units (OTUs), species annotation, and biodiversity. Additionally, 16S rRNA sequencing was performed for molecular characterization of isolated gut bacteria, identified as Enterococcus faecium. The isolated bacteria were tested for essential metabolites, demonstrating antibacterial, antioxidant, and anticancer activities.Results and discussionThe analysis revealed variations in the microbial composition between the control group (SG1) and the M. oleifera-treated group (SG2). SG2 showed a 47% increase in Bacteroides and a 30% decrease in Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, and Tenericutes compared to SG1. TM7 bacteria were observed exclusively in the M. oleifera-treated group. These findings suggest that Moringa oleifera leaf powder acts as a modulator that enhances chicken gut microbiota, promoting the colonization of beneficial bacteria. PICRUSt analysis supported these findings, showing increased carbohydrate and lipid metabolism in the M.oleifera-treated gut microbiota.ConclusionThis study indicates that supplementing chicken feed with Moringa oleifera leaf powder as a phytobiotic enhances the gut microbiota in chicken models, potentially improving overall health. The observed changes in bacterial composition, increased presence of Bacteroides, and exclusive presence of TM7 bacteria suggest a positive modulation of microbial balance. The essential metabolites from isolated Enterococcus faecium bacteria further support the potential benefits of Moringa oleifera supplementation.
Three-dimensional computed tomographic angular measurements of the canine tibia using a bone-centered coordinate system
Authors: Brühschwein Andreas , Schmitz Bronson , Zöllner Martin , Reese Sven , Meyer-Lindenberg Andrea 
Published: June 2023

IntroductionCanine tibial alignment is determined by two-dimensional angular measurements, and tibial torsion is challenging. Aim of the study was the development and evaluation of a CT technique to measure canine tibial varus and torsion angles independent from positioning and truly three-dimensional.Materials and methodsA bone-centered 3D cartesian coordinate system was introduced into the CT-scans of canine tibiae and aligned with the anatomical planes of the bone based on osseous reference points. Tibial torsion, and varus (or valgus) angles were calculated based on geometric definition of projection planes with VoXim® medical imaging software using 3D coordinates of the reference points. To test accuracy of the tibial torsion angle measurements, CT scans of a tibial torsion model were performed in 12 different hinge rotation setups ranging from the normal anatomical situation up to +/ 90° and compared to goniometer measurements. Independency of tibial positioning on the CT scanner table was evaluated in 20 normal canine tibiae that were scanned in a position parallel to the z-axis and two additional off-angle double oblique positions having 15° and 45° deviation in direction of the x- and y-axes. Angular measurements in oblique positions were compared with the normal parallel position by subtraction. Precision was tested using clinical CT scans of 34 canine patients with a clinical diagnosis of patellar luxation.ResultsAccuracy testing in the tibial torsional deformity model revealed a difference of 0.2° demonstrated by Passing-Bablok analysis and Bland–Altman-Plots. Testing for independency from tibial positioning resulted in mean differences less than 1.3°. Precision testing in clinical patients resulted in coefficients of variation for repeated measurements of 2.35% (intraobserver agreement) and 0.60% (interobserver agreement) for the tibial torsion angle, and 2.70% (intraobserver agreement) and 0.97% (interobserver agreement) for the tibial varus (or valgus) angle.DiscussionThe technique is lacking determination of bone deformities in the sagittal plane, and demonstration of accuracy in severe complex bone deformities in multiple planes.In conclusion, we developed a method to measure canine tibial torsional and varus or valgus deformities, that calculates in 3D space, and we demonstrated its accuracy in a torsional deformity model, and its precision in CT data of clinical patients.
Synthesis of Catena-bis(μ-bromo)-(O-methyl-N-phenylthiocarbamate)-dicopper(I) and Its Reactivity towards PAr3 (Ar = Ph, p-Tol)
Authors: Arar Wafa , Viau Lydie , Jourdain Isabelle , Knorr Michael , Strohmann Carsten , Scheel Rebecca , Ben Akacha Azaiez 
Published: June 2023

In order to investigate the coordination chemistry of O-alkyl N-aryl thiocarbamate ligands toward coinage metals, CuBr was reacted with one equivalent of MeOC(=S)N(H)Ph L in MeCN solution to afford the 1D-polymeric title compound [{Cu(μ2-Br)2Cu}{μ2-MeOC(=S)N(H)Ph}2]n CP1. Compound 1 was characterized by IR spectroscopy and an elemental analysis. The formation of a polymeric 1D ribbon built upon μ2-bridging bromido and thione ligands via the C=S bond was ascertained by a single-crystal X-ray diffraction study performed at 100 K. In the presence of PAr3 (Ar = Ph, p-Tol), the polymer chain was broken to yield the mononuclear complexes [(Ar3P)2Cu{MeOC(=S)N(H)Ph}Br] C1 and C2.
Quantification of sensory specific satiety and desire to eat bitter or sweet-bitter infusions of yerba mate in women with normal weight
Authors: García Verónica , Drunday Fabian , Calviño Amalia 
Published: June 2023

Among the beneficial properties of yerba mate, it has been proven that it produces a decrease in appetite, weight loss and a decrease in fat deposits. Sensory properties influence the palatability of food and ultimately influence the amount consumed. It is very frequent that infusions of mate alone or sweetened produce judgments of the type "I drink mate and I am satiated". The aim of this study was to quantify the specific sensory satiety (SSS) and the desire to eat (DE) of these infusions in females with normal body weight.Thirty female university students and professors participated, who reported their weight and height to determine the body mass index (BMI). To determine the SSS and DE, 1.2% W/V (MT) mate infusion was prepared, 5% W/V sweetened MT with sugar (MT-A) or Stevia rebaudiana B extract at 0.03% P /V (MT-B). In all cases, the infusions were prepared by placing the mate bag containing 3 g of sample in contact with 250 ml of water at 90 °C for 6 minutes. The infusions were consumed at 70°C. For the SSS and DE evaluations, crackers, vanilla-flavored light yogurt, and unsweetened corn flakes were presented as controls. The consumers evaluated in three sessions the perceived pleasure/desire to eat before and after consuming a 250 ml cup of each infusion and a 4 g portion of the controls using unstructured scales of 100 mm length. The SSS and the DE were calculated as the difference of the magnitudes of pleasure pre and post ingestion introducing the correction factor calculated from the respective magnitudes assigned to the controls. Data were analyzed using the General Linear Model and Tukey's test for post hoc contrasts to check for significant effects of reported SSS or DE for the three infusions. Referring to the BMI, all the women reported weights and heights that denote normal weight (average BMI = 20.9). The appearance of satiety occurs both in MT, MT-A and MT-B (average SSE = -11.8) and there is also a decrease in the desire to eat after mate overload (average DE = -13.5). It can be concluded that the SSS and the DE, which regulate the cessation of intake, are maintained even though the caloric density and the taste of these infusions change. It remains to find out if these mechanisms are down regulated due to the increase in body weight, which would cause a lack of satiety and the desire to eat this type of infusions.
A igualdade da mulher policial na Polícia Militar do estado do Paraná com base na ODS 5 - igualdade de gênero
Authors: Busnello Jakson Aquiles 
Published: June 2023

As dificuldades que as mulheres encontram no dia a dia, em todos os setores, vêm de tempos. Em termos de aceitação de prestação serviços antes considerados exclusivamente masculinos, como na área militar, ainda é muito questionada e limitada para as mulheres. Esse estudo teve como objetivo discutir sobre a política de igualdade de gênero existente na Polícia Militar do Paraná e realizar uma revisão integrativa com os estudos recentes sobre a ODS 5. A metodologia utilizada foi a qualitativa, por meio de pesquisa bibliográfica em livros, revistas, periódicos e artigos. Questiona-se: a ODS 5 está sendo analisada na política de inserção de mulheres na Polícia Militar do Paraná, ou ainda ficam alguns claros nesta política de igualdade de gênero na área militar estadual? Os resultados da pesquisa demonstraram que as atividades policiais exigem responsabilidades com tarefas em que as mulheres apresentam competência igual ou mesmo superior à masculina, demonstrando que houve um crescimento tímido em ações que culminam na igualdade com os homens da corporação, mas sem dúvida atende ao ODS-5 na busca da Igualdade de Gênero, destacando ainda a necessidade de aperfeiçoamento e crescimento em ações mais seguras na busca deste objetivo.
Impactos do tabagismo na qualidade de vida dos estudantes de medicina, uma revisão integrativa
Authors: Grisani André , Dos Santos Eduardo José Paz , Germino Lucas Leal , Cunha Rafael de Paula Rosa , De Araújo Ronyere Olegário 
Published: June 2023

Introdução: ao ingressar na universidade, ainda que acarrete sentimentos positivos relacionados aos sonhos e metas dos acadêmicos, às vezes pode se tornar um período difícil, que deixa os discentes vulneráveis para iniciar e/ou manter o uso de drogas psicotrópicas, a despeito do uso de tabaco. Entre os jovens acadêmicos da área da saúde, esse quadro torna-se mais grave devido ao contato emocional próximo a pessoas diferentes e com suas dores particulares. Além, de que o início de uma graduação acarreta um impacto sobre os aspectos psicológicos do indivíduo, por ser algo novo, estressante e cheio de expectativas criadas pelo próprio aluno ou pelos seus familiares. No grupo dos discentes da graduação de medicina, mais especificamente, é grande a coerção para ser um bom profissional diante a sociedade, amigos e familiares fator que contribuiu como desencadeador estressante para tendência ao tabagismo. Objetivo: verificar o tabagismo e afins na população de estudantes, mais restritamente nos discentes da graduação de medicina. Materiais e métodos: o presente estudo trata-se de uma revisão integrativa, na qual utilizou-se o método PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analysis), que consiste nas recomendações QUORUM (Quality of Reporting of Meta-Analyses), no qual optou-se por incluir estudos em português e limitar a busca temporalmente em 2020 a 2023. As bases de pesquisa foram Pubmed, Scielo e Google Scholar, com busca a partir dos descritores controlados e não-controlados do Descritores em Ciências da Saúde (DeCS) e operador boleano “and”. Resultados: encontrou-se um total de 1.300 publicações dispostas da seguinte forma: 185 estudos na plataforma Scielo, 902 artigos no Scholar Google e 226 artigos na Pubmed. O número de estudos incluídos que respondiam a pergunta norteadora do estudo (n=16), destes observou-se maior prevalência do tabagismo no gênero masculino, com maior tendência nos períodos inicais e quedo do uso no ciclo clínico. Em alguns estudos a maioria da amostra mostrava conhecimento sobre os malefícios do tabagismo, mas não se vislumbravam portadores de tais complicações. Conclusão: depreende-se diante dos estudos uma prevalência do tabagismo entre os acadêmicos de medicina de diversas instituições brasileiras. Sendo um fato extremamente preocupante, não só pelos danos que pode causar a sua saúde física e mental, mas também pelo prejuízo no desenvolvimento e na estruturação de habilidades cognitivo-comportamentais e emocionais destes enquanto futuros profissionais da saúde.
Perfil epidemiológico de pacientes portadores de HIV em Palmas-TO em tempos de pandemia, 2018 – 2022
Authors: De Paula Paulo Henrique Santos , Prado Matheus de Azevedo , Lucietti Gustavo , Barros Ricardo Alberto Pereira , Neves Anne Caroline Dias 
Published: June 2023

Introdução: A Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (AIDS) é uma doença que tem como origem a infecção pelo Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV), na qual seu mecanismo de ação interfere diretamente no sistema imunológico humano, invadindo células específicas chamada de linfócitos. Por meio da enzima transcriptase reversa, transcreve o RNA para uma cópia de DNA viral, que permite a destruição dos linfócitos, geralmente as células de defesa. Objetivo: Avaliar o impacto que a pandemia por COVID-19 causou na epidemiologia de pacientes portadores de HIV/AIDS na cidade de Palmas - TO. Metodologia: Será realizado um estudo epidemiológico do tipo descritivo, baseado em dados secundários registrados no SINAN e Ministério da Saúde durante os anos de 2018 a 2021 em Palmas-TO. Resultados: Foram incluídos 283 casos notificados de casos de AIDS/HIV em Palmas-TO, no sexo masculino e feminino no período de 2018 a 2022. O vírus apresentou uma maior prevalecia no sexo masculino do que no feminino, onde foram registrados 226 casos no sexo masculino e 57 casos no sexo feminino durante os anos registrados no projeto. O vírus prevaleceu entre a raça parda durante o período de 2018 a 2022, com uma prevalência maior que 50% comparada as outras raças. Houve predomínio maior nas pessoas com ensino médio completo durante a pesquisa nos anos de 2018 a 2022, mais de 40% dos casos comparado com os outros tipos de escolaridade. Conclusão: Espera-se que este estudo revele a magnitude e as importantes diferenças no perfil das pessoas portadores de HIV/AIDS, que os dados colhidos mostram em qual ano teve uma maior prevalência da doença.
Vitamin B12 Deficiency and Peripheral Neuropathy in patients with Type 2 Diabetes Mellitus Treated with Metformin. An integrative review
Authors: Dias Maria Júlia Lima Eugenio , Pereira Bruna Letícia Buzati , Orrico Silvana Regina Perez 
Published: June 2023

Background/Purpose: Type 2 diabetes mellitus (T2DM) is a worldwide pathology with several complications, and 50% of patients with T2DM develop peripheral neuropathy (PN) in the long term. The present study aimed to review the literature on the association between PN and vitamin B12 deficiency in patients with T2DM treated with metformin. Materials and methods: A literature review was carried out in the PubMed Central, Cochrane, Scielo, Scopus and Embase databases, from 2015 to 2021. We found 755 studies, of which 16 were included. Results: The serum level of vitamin B12 was lower in individuals with at least one neurological symptom. Treatment with metformin was associated with reduced serum vitamin B12 levels, and its use was defined as a probable cause of PN due to reduced vitamin B12. Studies that performed supplementation with methylcobalamin demonstrated significant improvement in neuropathic symptoms. Vitamin B12 supplementation therapy for diabetic patients undergoing metformin treatment has been suggested. Conclusion: Deficiency of vitamin B12 associated to metformin can be considered a risk factor for PN. Periodically evaluation of serum levels of vitamin B12 is recommended for patients on metformin treatment.
Aspectos fisiopatológicos da Doença de Alzheimer: uma revisão narrativa
Authors: Peres Neto Gilberto de Almeida , Carvalho Sabrina Rodrigues , Bernardo Adriano Braga , Bezerra Eduardo Miranda Vieira , Barbosa Mariana Amorim , Gravina Guilherme Lamas Guelber , Oliveira Gabriela Carvalho , Martins Mariana Cunha Campos , Lira Thais Magalhães Teixeira , Batista Matheus Neres 
Published: June 2023

Doenças neurodegenerativas são aquelas que causam a degeneração dos neurônios de forma irreversível. Essas células são fundamentais para o funcionamento do sistema nervoso. Em grande parte dessas doenças, se não houver intervenção, logo no início, e um tratamento adequado, o paciente poderá perder suas funções físicas, motoras, fisiológicas e até mesmo sua capacidade cognitiva, como por exemplo, na doença de Alzheimer. O objetivo deste trabalho é expor a fisiopatologia da DA. Este estudo trata-se de uma revisão narrativa com o propósito de discutir e descrever sobre a DA e sua fisiopatologia. Foi utilizado o banco de dados: SciElo (Scientific Eletronic Library Online) e PubMed (US National Library of Medicine), com dados científicos de 12 de março de 2023, com restrição de idioma (português) e com restrição dos últimos 5 anos da publicação. Estudos que abordaram os aspectos fisiológicos da DA avaliaram como principal causa da condição clínica uma série de eventos ocasionando em neurodegeneração gradual, desencadeada por dois tipos de lesões: a primeira; uma deposição de placas extracelulares formadas por proteína beta amilóide. Essa deposição é localizada especificamente no sítio sináptico, podendo ser com diferentes características morfológicas, como neurítica, difusa, de núcleo denso, ou tipo clássica e compacta. Diante do exposto, é importante ressaltar a neurodegeneração gradual por decomposição de placas extracelulares nos sítios sinápticos, além de hiperfosforilação da proteína TAU por enrolamentos neurofibrilares como os principais eventos causadores da condição clínica da doença de Alzheimer pela inibição sináptica e inflamação e dano gradual.
Complicações hematológicas associadas à COVID-19 na Unidade de Terapia Intensiva
Authors: Da Silva Diego Roberto Borges Gomes , De Carvalho Rafael Siqueira , Da Silveira Heloi Avelino , Barreto Livia Cristina Lira de Sá 
Published: June 2023

Introdução: A doença do novo coronavírus (COVID-19) foi responsável pela ocorrência de alterações na coagulação, facilitando a incidência de trombose venosa profunda, especialmente na unidade de terapia intensiva. Objetivo: Descrever a incidência da Trombose Venosa Profunda nos pacientes diagnosticados com COVID-19. O objetivo secundário foi analisar as principais complicações em decorrência da associação entre COVID-19 e trombose venosa profunda. Metodologia: Estudo observacional, retrospetivo, realizado entre fevereiro e maio de 2021. Na análise estatística, utilizou-se o teste U de Mann-Whitney para variáveis quantitativas, o teste exato de Fischer para avaliar variáveis qualitativas nominais e a análise multivariada para avaliar as variáveis associadas à Trombose Venosa Profunda. Resultados: A pesquisa avaliou 26 pacientes com idade média de 54 anos (47,0 - 63,0) e 69,2% do sexo masculino. A trombose venosa profunda esteve presente em 62% dos pacientes e houve diferença significativa com maior tempo de internação (p-valor 0,007), cerca de 63% apresentaram trombocitopenia, 37,5% necessitaram de hemodiálise e 31,3% morreram. Conclusão: Observou-se alta incidência da trombose venosa profunda nos pacientes graves com COVID-19 na unidade de terapia intensiva. A trombocitopenia foi identificada como um preditor para a ocorrência da trombose venosa profunda. A associação da COVID-19 e trombose venosa profunda causou impacto significativo no quadro clínico durante a hospitalização, através da identificação do longo período de internação, oxigenoterapia com ventilação mecânica, lesão renal aguda com necessidade de hemodiálise e taxa de mortalidade entre eles.