bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Leigh syndrome: clinical and molecular genetic features, modern approaches to diagnosis and therapy
Authors: Д.В. Кистол, , П.Г. Цыганкова, , Е.Ю. Захарова, 
Published: January 2023

Митохондриальные заболевания - клинически и генетически гетерогенная группа заболеваний, возникающих в результате нарушения окислительного фосфорилирования в митохондриях. Одним из наиболее распространенных представителей этой группы среди пациентов детского возраста является синдром Ли или подострая некротизирующая энцефаломиелопатия - тяжелое нейродегенеративное заболевание, манифестирующее в раннем детском возрасте. Характерными нейрорадиологическими признаками являются двусторонняя симметричная гипоинтенсивность в базальных ганглиях на компьютерной томограмме или двусторонние симметричные гиперинтенсивные очаги в стволе головного мозга и/или базальных ганглиях на Т2-взвешенной магнитно-резонансной томограмме. В настоящее время известно более 80 генов, ответственных за развитие заболевания, что значительно затрудняет диагностику. В данном обзоре рассмотрены основные клинические и молекулярно-генетические особенности синдрома Ли, а также современные подходы возможной медикаментозной и этиотропной терапии. Представлен алгоритм комплексной диагностики синдрома Ли с учетом данных об особенностях спектра и частот мутаций у пациентов из России.
Mitochondrial diseases are clinically and genetically heterogeneous group of inherited diseases resulting from impaired oxidative phosphorylation in mitochondria. One of the most common representatives of this group among children is Leigh syndrome, or subacute necrotizing encephalomyelopathy, a severe neurodegenerative disease with manifestation in childhood. The characteristic neuroradiological features are bilateral symmetrical hypointensities in the basal ganglia on CT or bilateral symmetrical hyperintense lesions in the brainstem and/or basal ganglia on T2-weighted MRI. Currently, 80 genes are known that are responsible for the development of LS, which significantly complicates the diagnosis. In the review we provide clinical and molecular genetic features, current approaches in diagnostic and treatment for LS. Finally, an algorithm for the complex diagnosis of LS including regional aspects of mutational spectrum is described.
Evaluation of the role of thrombophilia gene polymorphism in infertility in women from the Republic of Bashkortostan
Authors: А.Т. Сугурова, , Р.И. Хусаинова, , А.Г. Ящук, 
Published: January 2023

Проведен поиск ассоциаций полиморфных локусов генов тромбофилии с бесплодием и различным ответом яичников на стимуляцию овуляции. На основании данных акушерского анамнеза 280 женщин были разделены на три группы в зависимости от наличия репродуктивного нарушения: 1 группа - женщины с бесплодием (n=83); 2 группа - женщины с привычным невынашиванием беременности (n=79). В группу сравнения входили женщины с несколькими срочными родами, без наследственной тенденции к образованию тромбов (n=118). Исследование проводилось методом полимеразной цепной реакции в реальном времени. Статистический анализ выполнен с применением критерия Краскелла-Уоллеса, медианного теста, критерия χ2 Пирсона, использовали пакет программ Statistica 12. Выявлена ассоциация аллеля G локуса rs1799963 гена F2, аллеля G и генотипа GG локуса rs6025 гена F5 с бесплодием. Обнаружены ассоциации аллеля G и генотипа GG локуса rs6046 гена F7 с бедным ответом на стимуляцию овуляции, а также с гиперответом яичников.
A search was made for associations of polymorphic thrombophilia gene loci with infertility and different ovarian responses to ovulation stimulation. Based on obstetric anamnesis data, 280 women were differentiated into three groups depending on the presence of a reproductive disorder: group 1 - women with infertility (n=83); Group 2 - women with habitual miscarriage (т=79). The comparison group included women with multiple term deliveries without a hereditary tendency to form blood clots (n=118). The study was conducted using real-time polymerase chain reaction. Statistical analysis was performed using the Kruskell-Wallace criteria, median test, Pearson’s χ2 test, using the Statistica 12 software package. The association of the G allele of the rs1799963 locus of the F2 gene, the G allele and the GG genotype of the rs6025 locus of the F5 gene with infertility was revealed. Associations of the G allele and the *GG genotype of the rs6046 locus of the F7 gene with a poor response to ovulation stimulation, as well as with ovarian hyperresponse, were found.
Whole genome analysis of alternative splicing in human placental decidual cells
Authors: М.М. Гавриленко, , А.А. Бабовская, , А.А. Зарубин, , Е.А. Трифонова, , В.А. Степанов, 
Published: January 2023

Альтернативный сплайсинг (АС) мРНК является ключевым этапом посттранскрипционной регуляции экспрессии генов, который обеспечивает формирование тканеспецифичных и клеткоспецифичных изоформ РНК. Вероятно, этот механизм оказывает значительное влияние на развитие и функционирование плаценты. В качестве объекта исследования выбраны децидуальные клетки (ДК), которые играют важную роль в поддержании физиологической гестации. Проведено глубокое полнотранскриптомное секвенирование РНК ДК образцов плацентарной ткани, полученных от пациенток с физиологическом течением беременности, в ходе которого идентифицированы 151233 события АС в 352 генах. Примечательно, что только 130 генов характеризовались двумя и более событиями АС. Данные гены вовлечены в канонический сигнальный путь Wnt, регуляцию субстрат-зависимой миграции клеток, активацию андрогенных рецепторов, сплайсинг мРНК. Максимальное число альтернативных событий установлено для гена FN1, продукт которого ассоциирован с развитием преэклампсии и является скрининговым маркером преждевременных родов. Исследование продемонстрировало перспективность дальнейшего изучения распределения альтернативно сплайсированных изоформ гена FN1 в группе пациенток как с физиологической беременностью, так и в когорте с акушерской патологией.
Alternative splicing (AS) of mRNA is a key stage of post-transcriptional regulation of gene expression, which ensures the expression of various isoforms of RNA. Probably, this mechanism plays an important role in the development and functioning of the placenta. Decidual cells (DC) were chosen as the object of research due to their key role in physiological pregnancy. Whole transcriptome sequencing of DC RNA of placental tissue samples obtained from patients with the physiological pregnancy was performed, during which 151233 AS events in 352 genes were identified. It is noteworthy that two or more AS events characterized only 130 genes. These genes are involved in the canonical Wnt signaling pathway, regulation of substrate-dependent cell migration, activation of androgen receptors, and mRNA splicing. The maximum number of alternative events per gene established for the FN1 gene, the product of which is associated with the development of preeclampsia and is a screening marker of premature birth. The study suggests the prospects for further exploring of the distribution of alternatively spliced isoforms of the FN1 gene in a cohort of patients with both physiological pregnancy and obstetric pathology.
The effect of genes regulating glutamatergic and GABAergic neurotransmission in working memory
Authors: Р. Ф. Еникеева, , А. В. Казанцева, , Ю. Д. Давыдова, , Р. Н. Мустафин, , М.М. Лобаскова, , С.Б. Малых, , Э.К. Хуснутдинова, 
Published: January 2023

Целью нашего исследования являлась оценка вовлеченности полиморфных вариантов генов, отвечающих за регуляцию глутаматергических и ГАМКергических нейромедиаторов, в формирование различий в объёме рабочей памяти у 1011 студентов университетов Республики Башкортостан и Республики Удмуртия. В результате линейного регрессионного анализа была показана ассоциация полиморфного локуса rs4971648 гена NRXN1 (p = 0,008; β = - 0,84) с вариациями в объёме рабочей памяти у курящих индивидов. Полученные данные вносят вклад в понимание молекулярно-генетических механизмов, лежащих в основе индивидуальных различии в объеме рабочей памяти.
The aim of our study was to assess the involvement of polymorphic variants of genes responsible for the regulation of glutamatergic and GABAergic neurotransmission in the formation of differences in the volume of working memory in 1011 university students of the Republic of Bashkortostan and the Republic of Udmurtia. As a result of linear regression analysis, the association of the polymorphic locus rs4971648 of the NRXN1 gene was shown (p = 0.008; β = - 0.84) with variations in the amount of working memory in smoking individuals.The obtained data contribute to the understanding of the molecular genetic mechanisms underlying individual differences in the amount of working memory.
Associations of SLC1A2 gene polymorphisms with the type of schizophrenia
Authors: Е.Г. Полтавская, , Е.Г. Корнетова, , В.И. Герасимова, , А.В. Бочарова, , С.А. Иванова, , О.Ю. Федоренко, 
Published: January 2023

В настоящее время тип течения шизофрении является ключевым признаком в классификации заболевания. В работе исследованы ассоциации полиморфных вариантов гена SLC1A2 с данным признаком. Глутамат является основным возбуждающим нейротрансмиттером в центральной нервной системе. Ген SLC1A2 кодирует один из транспортеров возбуждающих аминокислот (EAAT), которые потенциально влияют на глутаматергическую нейротрансмиссию, удаляя избыток глутамата из синаптической щели. В группу исследования включены 655 больных шизофренией, которые были подразделены на 2 подгруппы: первая включала 398 больных с непрерывным течением шизофрении, вторая - 257 больных с эпизодической шизофренией. Проведено генотипирование 11 полиморфных вариантов гена SLC1A2. Обнаружено, что с непрерывным типом течения шизофрении ассоциированы генотип CT и аллель С rs1042113, а также генотип CT rs12294045 гена SLC1A2. Таким образом, в настоящем исследовании установлены ассоциации rs1042113 и rs12294045 гена SLC1A2 с типом течения шизофрении.
Currently, the type of course of schizophrenia is a key feature in the classification of the disease. In this work, associations of polymorphic variants of the SLC1A2 gene with this trait were studied. Glutamate is the main excitatory neurotransmitter in the central nervous system. The SLC1A2 gene encodes EAAT2, one of the excitatory amino acid transporters (EAATs) that potentially influence glutamatergic neurotransmission by removing excess glutamate from the synaptic cleft. The study group included 655 patients with schizophrenia, 2 subgroups were identified: a subgroup of 398 patients with a continuous course of schizophrenia and a subgroup of 257 patients with episodic schizophrenia. Genotyping of 11 polymorphic variants of the SLC1A2 gene was carried out. It was found that the CT genotype and the C allele rs1042113 SLC1A2, as well as the CT genotype rs12294045 SLC1A2, were associated with the continuous course of schizophrenia. Thus, the present study showed the involvement of the SLC1A2 gene in determining the type of course of schizophrenia.
Screening for the presence of frequent pathogenic variants in the FGFR3 gene in patients with achondroplasia
Authors: Н.Н. Вассерман, , А.В. Поляков, 
Published: January 2023

Ахондроплазия - врожденное заболевание, наиболее частая форма карликовости, наследующаяся по аутосомно-доминантному типу. В основе патогенеза лежит нарушение эндохондрального окостенения. Больные имеют низкий рост, укороченные проксимальные отделы конечностей, аномалии черепа. Менее выраженные скелетные аномалии характерны для гипохондроплазии. Оба заболевания обусловлены мутациями в гене FGFR3. К ахондроплазии в 99% случаев приводит мутация c.1138G>A/С (р.Gly380Arg), 60% гипохондроплазии обусловлено вариантом c.1620C>A/G (р.Asn540Lys). Приводящие к ахондроплазии мутации вызывают конститутивную активацию FGFR3. В связи с ортопедическими и неврологическими осложнениями важно своевременное лечение ахондроплазии. Для своевременного начала лечения актуальна молекулярно-генетическая диагностика ахондроплазии. В работе представлены первые результаты программы селективного скрининга на наличие частых патогенных вариантов в гене FGFR3. На материале 270 пациентов информативность программы составила 70%. На долю наиболее частой мутации р.Gly380Arg (c.1138G>A/С) приходится 85,7%. В 13,7% случаев выявлен вариант р.Asn540Lys (c.1620C>A/G).
Achondroplasia is a congenital disease, the most common form of short-limb dwarfism, inherited by autosomal dominant type. The pathogenesis is based on a disruption of endochondral ossification. Patients exhibit short stature with shortening of the proximal parts of the limbs, facial abnormalities. Hypochondroplasia is much milder. Both disorders are causes by mutations in the FGFR3 gene. Achondroplasia is caused in 99% of cases by mutation c.1138G>A/C (p.Gly380Arg), 60% of hypochondroplasia is caused by variant c.1620C>A/G (p.Asn540Lys). The mutations leading to achondroplasia cause constitutive activation of FGFR3. Due to orthopedic and neurological complications, it is important to treat achondroplasia. Pharmacological treatment of the disease is being developed. Molecular genetic diagnosis of achondroplasia is relevant for the timely initiation of treatment. The paper presents the first results of selective screening program FSBI «RCMG» for the presence of frequent pathogenic variants in the FGFR3 gene. Based on the material of 270 patients the informativeness of the program was 70%. The share of the most frequent mutation р.Gly380Arg (c.1138G>A/С) account for 85.7%. A variant of р.Asn540Lys (c.1620C>A/G) was detected in 13.7% of cases.
Evaluation of the effectiveness of next generation sequencing in the clinical practice of the medical genetic consultation in Khanty-Mansi region
Authors: М.Ю. Донников, , Р.А. Илларионов, , Т.А. Изотова, , Л.Н. Колбасин, , Л.В. Коваленко, 
Published: January 2023

Актуальность. Полноэкзомное секвенирование на основе NGS, принятое с 2016 г. в качестве аутсорсинговой услуги, все чаще используется в рутинной клинической практике окружной медико-генетической консультации (МГК). Оценка диагностических возможностей полноэкзомного секвенирования необходима для обоснования проведения NGS непосредственно в региональных клинических условиях. Цель: оценить эффективность диагностики генетических заболеваний у детей в ХМАО-Югра методом полноэкзомного секвенирования. Методы. Полноэкзомное секвенирование методом NGS, валидация данных NGS и анализ сегрегации в семье методом секвенирования по Сэнгеру. Результаты. Молекулярные диагнозы были установлены у 27% (27/100) детей, что соответствует данным, опубликованным в других источниках. Наследственные заболевания чаще диагностировались у лиц с аномалиями нервной, костной и дыхательной систем. Были выявлены преимущественно аутосомно-доминантные заболевания, среди которых наиболее частыми были нейрофиброматоз, несовершенный остеогенез, ахондроплазия. Анализ семейной сегрегации патологических вариантов выявил 5 новых вариантов в генах TSC1, KAT6A, ANKRD26, ARID1B, RPGRIP1.
Background. NGS-based exome sequencing, accepted as an outsourced service since 2016, is increasingly being used in the routine clinical practice of our medical genetic counseling centre. Evaluation of the diagnostic capabilities of exome sequencing is necessary to substantiate the effectiveness of NGS in situ in regional clinical settings. Aim: to evaluate the effectiveness of diagnosing genetic diseases in children in Khanty-Mansi region using exome sequencing. Methods. Exome sequencing by NGS, validation of NGS data by Sanger sequencing, family segregation analysis by Sanger sequencing. Results. Molecular diagnoses were reported in 27% (27/100) of children, in line with data published elsewhere. The diagnoses were more often diagnosed in persons with anomalies of the nervous, skeletal and respiratory systems. Predominantly autosomal dominant diseases were identified, among which the most common were neurofibromatosis, osteogenesis imperfecta, achondroplasia. Family segregation revealed 5 new variants in the TSC1, KAT6A, ANKRD26, ARID1B, RPGRIP1 genes.
Results of the selective Duchenne/Becker screening program
Authors: Е.В. Зинина, , М.В. Булах, , О.А. Щагина, , А.В. Поляков, 
Published: January 2023

Мышечная дистрофия Дюшенна/Беккера (МДД/МДБ) является наиболее частой формой мышечных дистрофий, на которую приходится более 50% всех случаев. С 01.10.2018 года в лаборатории ДНК-диагностики ФГБНУ «МГНЦ» ведется программа селективного скрининга МДД/МДБ, направленная на раннее выявление больных. Основными критериями включения являются: мужской пол, клинически установленный диагноз МДД или МДБ или значительное повышение уровня креатинфосфокиназы (КФК) (>2000 ЕД/л). На первом этапе скрининга пациентам проводится поиск протяженных делеций и дупликаций методом мультиплексной лигазозависимой амплификации проб. Второй этап заключается в поиске малых мутаций с использованием кастомной панели методом массового параллельного секвенирования. В рамках скрининговой программы обследован 1071 неродственный пробанд. Варианты в гене DMD были обнаружены в 818 (75,3%) случаях. Также в 96 (8,9%) случаях были выявлены другие генетические причины прогрессирующих мышечных дистрофий.
Duchenne/Becker muscular dystrophy (DMD/DMB) is the most common form of muscular dystrophy, accounting for over 50% of all cases. Since 01.10.2018, a program of selective screening for DMD/DMB has been conducted on the basis of the DNA diagnostics laboratory of the Research Centre of Medical Genetics, aimed at early detection of patients. The main inclusion criteria are male gender, an established clinical diagnosis of DMD or DMB, or a significant increase in the level of creatine phosphokinase (>2000 U/l). At the first stage of screening, patients are scanned for extended deletions and duplications in the DMD gene using multiplex ligase-dependent probe amplification. The second stage is the search for small mutations using a custom NGS panel. In a screening of 1071 unrelated probands with a referral Duchenne/Becker diagnosis, pathogenic variants in the DMD gene were found in 818 boys (in 75,3% of cases). Also, in 96 (8.9%) cases, other genetic causes of progressive muscular dystrophies were identified.
Familial case of ataxia-telangiectasia
Authors: Л.И. Минайчева, , Л.П. Назаренко, , Е.Г. Равжаева, , Г.Н. Сеитова, 
Published: January 2023

Цель: описание семейного случая атаксии-телеангиэктазии. Методы. Проведено обследование двух братьев с атактическим синдромом неясного генеза. Молекулярно-генетическое исследование выполнено методом полногеномного секвенирования (ООО Эвоген, г. Москва). Результаты. Проведено клиническое обследование и молекулярно-генетическое тестирование пациента в возрасте 1 год 9 месяцев с симптомами атаксии и иммунодефицитным состоянием и его родного брата (6 лет 9 месяцев). Обнаружены 2 варианта нуклеотидной последовательности гена АТМ в компаунд-гетерозиготном состоянии: в экзоне 40, приводящий к преждевременной терминации синтеза белка р.Glu1978Ter (отцовского происхождения), и в экзоне 58, приводящий к преждевременной терминации синтеза белка р.Arg2849Ter (материнского происхождения). Указанные варианты описаны в компаунд-гетерозиготном и гомозиготном состоянии у пациентов с атаксией-телеангиэктазией. Заключение. Установление точного диагноза пациентам позволит своевременно определить план наблюдения, который является междисциплинарным, а также эффективно проводить профилактические и реабилитационные мероприятия. Проведено медико-генетическое консультирование семьи, уточнен прогноз для членов семьи.
Aim: description of a family case of ataxia-telangiectasia. Methods. Two brothers with atactic syndrome of unknown origin were examined. Molecular genetic study was performed by whole genome sequencing (LLC Evogen, Moscow). Results. A patient aged 1 year 9 months with symptoms of ataxia and an immunodeficiency state and his brother (6 years 9 months) underwent a clinical examination and molecular genetic testing. According to its results, 2 variants of the nucleotide sequence were found in the compound-heterozygous state of the ATM gene: in exon 40, leading to premature termination of p.Glu1978Ter protein synthesis (paternal origin) and in exon 58, leading to premature termination of p.Arg2849Ter protein synthesis (maternal origin) These variants are described in the compound heterozygous and homozygous state in patients with ataxia-telangiectasia. Conclusions. Establishing an accurate diagnosis for patients will allow timely determination of an observation plan that is interdisciplinary, as well as effectively carrying out preventive and rehabilitation measures. Medical genetic counseling of the family was carried out, the prognosis for the development of the disease for family members was clarified.
Сhronic exposure effect on the telomere regions of the chromosomes of the human peripheral blood lymphocytes
Authors: Я.В. Кривощапова, 
Published: January 2023

Цель работы состояла в исследовании влияния хронического облучения и нерадиационного фактора (пола) на показатель длины теломерных районов хромосом человека. Объект исследования: Т-клетки периферической крови жителей прибрежных сел реки Теча, подвергшихся хроническому облучению. Была проведена оценка теломерных районов 1, 2, 3, 13, 14, 15, 19, 20, 21 и 22 пар хромосом методом флуоресцентного окрашивания (Q-FISH) теломер в комбинации с контрокрашиванием DAPI. В результате проведенного исследования было отмечено, что длина теломер в одной клетке широко варьируется, а размер теломерного района не зависит от длины хромосомы или хромосомного плеча, на котором он расположен. У мужчин показатель длины теломер имеет достоверно более высокие значения по сравнению с женщинами. В группе сравнения длина теломерных районов во многих хромосомах достоверно превышала таковую в группе облученных.
The aim of the research was to study the influence of the chronic radiation exposure and non-radiation factors on the length of the telomere regions of the human chromosomes. The object of the study: peripheral blood T-cells of the chronically exposed residents of the Techa riverside settlements. The length of the telomere regions of the 1st, 2nd, 3rd, 13th, 14th, 15th,19th, 20th, 21st and 22nd pair of chromosomes has been estimated using the method of fluorescent staining (Q-FISH) of the telomeres coupled with DAPI counterstaining. The findings of the study demonstrate that the length of the telomeres in one cell varies greatly; the size of the telomere region does not depend on the length of a chromosome or a chromosome arm where it is located. The value of the telomere length in men is statistically significantly high as compared to women. In the comparison group, the length of the telomere regions in many chromosomes statistically significantly exceeds that in the exposed group.