bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Maturation-dependent changes in the size, structure and seeding capacity of Aβ42 amyloid fibrils
Authors: Miller Alyssa , Chia Sean , Klimont Ewa , Knowles Tuomas P. J. , Vendruscolo Michele , Ruggeri Francesco Simone 
Published: February 2024

AbstractMany proteins self-assemble to form amyloid fibrils, which are highly organized structures stabilized by a characteristic cross-β network of hydrogen bonds. This process underlies a variety of human diseases and can be exploited to develop versatile functional biomaterials. Thus, protein self-assembly has been widely studied to shed light on the properties of fibrils and their intermediates. A still open question in the field concerns the microscopic processes that underlie the long-time behaviour and properties of amyloid fibrillar assemblies. Here, we use atomic force microscopy with angstrom-sensitivity to observe that amyloid fibrils undergo a maturation process, associated with an increase in both fibril length and thickness, leading to a decrease of their density, and to a change in their cross-β sheet content. These changes affect the ability of the fibrils to catalyse the formation of new aggregates. The identification of these changes helps us understand the fibril maturation processes, facilitate the targeting of amyloid fibrils in drug discovery, and offer insight into the development of biocompatible and sustainable protein-based materials.
Leveraging large language models for predictive chemistry
Authors: Jablonka Kevin Maik , Schwaller Philippe , Ortega-Guerrero Andres , Smit Berend 
Published: February 2024

AbstractMachine learning has transformed many fields and has recently found applications in chemistry and materials science. The small datasets commonly found in chemistry sparked the development of sophisticated machine learning approaches that incorporate chemical knowledge for each application and, therefore, require specialized expertise to develop. Here we show that GPT-3, a large language model trained on vast amounts of text extracted from the Internet, can easily be adapted to solve various tasks in chemistry and materials science by fine-tuning it to answer chemical questions in natural language with the correct answer. We compared this approach with dedicated machine learning models for many applications spanning the properties of molecules and materials to the yield of chemical reactions. Surprisingly, our fine-tuned version of GPT-3 can perform comparably to or even outperform conventional machine learning techniques, in particular in the low-data limit. In addition, we can perform inverse design by simply inverting the questions. The ease of use and high performance, especially for small datasets, can impact the fundamental approach to using machine learning in the chemical and material sciences. In addition to a literature search, querying a pre-trained large language model might become a routine way to bootstrap a project by leveraging the collective knowledge encoded in these foundation models, or to provide a baseline for predictive tasks.
Unravelling the origin of the atmospheric moisture deficit that leads to droughts
Authors: Gimeno-Sotelo Luis , Sorí Rogert , Nieto Raquel , Vicente-Serrano Sergio M. , Gimeno Luis 
Published: February 2024

AbstractDrought is one of the most catastrophic natural hazards, and precipitation plays a major role in the development and intensification of drought events. The amount of precipitation resulting from humidity transported from a given moisture source can be key in revealing the origin of the atmospheric moisture deficit underlying drought occurrence. Here this study demonstrates, for the first time, the predominant role of moisture transport deficit in drought genesis. In most land areas, the estimated conditional probability of drought given an equivalent moisture deficit received either from the ocean or from the continents is higher than 10%. This probability is over 15% in the regions where the main atmospheric moisture transport mechanisms are active and over 20% in some hotspot regions, such as central-east North America, south-east South America and east Europe, where lower incoming moisture is almost synonymous with drought occurrence. Our results indicated that the contribution deficit of the dominant moisture source to the precipitation of a region could improve the predictability of droughts, with enormous hydrological, socioeconomic and environmental implications.
The vaccinia chondroitin sulfate binding protein drives host membrane curvature to facilitate fusion
Authors: Pokorny Laura , Burden Jemima J , Albrecht David , Bamford Rebecca , Leigh Kendra E , Sridhar Pooja , Knowles Timothy J , Modis Yorgo , Mercer Jason 
Published: February 2024

AbstractCellular attachment of viruses determines their cell tropism and species specificity. For entry, vaccinia, the prototypic poxvirus, relies on four binding proteins and an eleven-protein entry fusion complex. The contribution of the individual virus binding proteins to virion binding orientation and membrane fusion is unclear. Here, we show that virus binding proteins guide side-on virion binding and promote curvature of the host membrane towards the virus fusion machinery to facilitate fusion. Using a membrane-bleb model system together with super-resolution and electron microscopy we find that side-bound vaccinia virions induce membrane invagination in the presence of low pH. Repression or deletion of individual binding proteins reveals that three of four contribute to binding orientation, amongst which the chondroitin sulfate binding protein, D8, is required for host membrane bending. Consistent with low-pH dependent macropinocytic entry of vaccinia, loss of D8 prevents virion-associated macropinosome membrane bending, disrupts fusion pore formation and infection. Our results show that viral binding proteins are active participants in successful virus membrane fusion and illustrate the importance of virus protein architecture for successful infection.
Exerkines and cardiometabolic benefits of exercise: from bench to clinic
Authors: Jin Leigang , Diaz-Canestro Candela , Wang Yu , Tse Michael Andrew , Xu Aimin 
Published: February 2024

AbstractRegular exercise has both immediate and long-lasting benefits on cardiometabolic health, and has been recommended as a cornerstone of treatment in the management of diabetes and cardiovascular conditions. Exerkines, which are defined as humoral factors responsive to acute or chronic exercise, have emerged as important players conferring some of the multiple cardiometabolic benefits of exercise. Over the past decades, hundreds of exerkines released from skeletal muscle, heart, liver, adipose tissue, brain, and gut have been identified, and several exerkines (such as FGF21, IL-6, and adiponectin) have been exploited therapeutically as exercise mimetics for the treatment of various metabolic and cardiovascular diseases. Recent advances in metagenomics have led to the identification of gut microbiota, a so-called “hidden” metabolic organ, as an additional class of exerkines determining the efficacy of exercise in diabetes prevention, cardiac protection, and exercise performance. Furthermore, multiomics-based studies have shown the feasibility of using baseline exerkine signatures to predict individual responses to exercise with respect to metabolic and cardiorespiratory health. This review aims to explore the molecular pathways whereby exerkine networks mediate the cardiometabolic adaptations to exercise by fine-tuning inter-organ crosstalk, and discuss the roadmaps for translating exerkine-based discovery into the therapeutic application and personalized medicine in the management of the cardiometabolic disease.
Parents' Perceptions of Eye-Gaze Technology Use by Children With Complex Communication Needs
Authors: Masayko Sandra , McGowan Joy , Grampurohit Namrata 
Published: February 2024

Purpose:
Some preschool students with complex communication needs explore eye-gaze computer technology (EGCT) and adopt computer-based augmentative and alternative communication (AAC). The objective of this study was to follow preschool explorers of EGCT who are now school aged to describe the children's use of technology and parents' perceptions of its utility for communication, participation, or leisure.

Method:
Ten parents completed survey questions by Internet and phone and reported their perceptions of nine children's effectiveness in the use and acceptance of AAC and the support they received in implementing technology. The results are reported as a descriptive study.

Results:
All children in this research continue to use AAC technology in school and most at home. Many children who tried and obtained EGCT while in preschool continue to use that technology. Most parents agreed that the children understood how to use the devices, which enhanced the children's communication, and that the parents received sufficient support. Most children were limited in their use of the devices for leisure and control of their environments.

Conclusions:
Computer-based AAC for school-aged children who trialed it when they were in preschool appears to be a powerful means for them to communicate and participate. However, the technology appears not to be used to its full capabilities to support the children's agency to control environments and to pursue leisure. Teams may want to consider how to support children in using their AAC devices to meet multiple needs. The study was limited by its small sample size and its descriptive nature. Additional research on this subject is needed.
Computer-Based Naming Treatment for Semantic Variant Primary Progressive Aphasia With History of Traumatic Brain Injury: A Single-Case Experimental Design
Authors: Robinaugh Gary , Henry Maya L. , Cavanaugh Robert , Grasso Stephanie M. 
Published: February 2024

Purpose:The purpose of this study was to investigate the effectiveness of a self-administered naming treatment for one individual, B.N., presenting with semantic variant primary progressive aphasia (svPPA) and a history of traumatic brain injury (TBI).Method:Naming treatment included components of Lexical Retrieval Cascade Treatment and was self-administered using an adaptive spaced retrieval software, Anki. Using a multiple-baseline, single-case experimental design, naming accuracy probes were taken during pretreatment, treatment, posttreatment, and follow-up (through 12 months) for 60 trained words and 10 untrained words. Item-level Bayesian generalized mixed-effects models were used to estimate (a) the treatment effect for trained words, (b) change in untrained words, and (c) maintenance of treatment effects from posttreatment to each subsequent follow-up.Results:Statistical analyses revealed that a gain of 35 out of 60 trained words (35.3; 90% CI [30.6, 39.5]) was directly attributable to treatment. Following treatment, evidence of generalization to untrained words was not observed. During the follow-up period, there was gradual decline in naming accuracy of trained items.Conclusions:The positive treatment results reported here support the use of self-administered naming treatments for those with svPPA and a history of TBI. Although the utility of this treatment approach is constrained by patient factors including motivation, self-administered naming treatments represent a unique opportunity to expand access to speech-language intervention for people with svPPA, including those with concomitant diagnoses.Supplemental Material:https://doi.org/10.23641/asha.25119080
The 3D structure of disc-instability protoplanets
Authors: Fenton Adam , Stamatellos Dimitris 
Published: February 2024

Context. The model of disc fragmentation due to gravitational instabilities offers an alternate formation mechanism for gas giant planets, especially those on wide orbits.
Aims. Our goal is to determine the 3D structure of disc-instability protoplanets and to examine how this relates to the thermal physics of the fragmentation process.
Methods. We modelled the fragmentation of gravitationally unstable discs using the SPH code PHANTOM, and followed the evolution of the protoplanets formed through the first and second-hydrostatic core phases (up to densities 10−3 g cm−3).
Results. We find that the 3D structure of disc-instability protoplanets is affected by the disc environment and the formation history of each protoplanet (e.g. interactions with spiral arms, mergers). The large majority of the protoplanets that form in the simulations are oblate spheroids rather than spherical, and they accrete faster from their poles.
Conclusions. The 3D structure of disc-instability protoplanets is expected to affect their observed properties and should be taken into account when interpreting observations of protoplanets embedded in their parent discs.
Herpes Zoster bei entzündlich-rheumatischen
Erkrankungen
Authors: Dartsch Ruth Charlotte , Al-Azem Nadine , Hasseli Rebecca 
Published: February 2024

ZusammenfassungDer Herpes Zoster ist eine häufige Viruserkrankung, die meist nach einer
jahrzehntelangen Latenz durch eine Reaktivierung einer
Varizella-Zoster-Primärinfektion auftritt. Besonders betroffen sind
ältere Personen sowie solche mit geschwächtem Immunsystem.
Während der akuten Phase zeigen sich dermatombezogene Schmerzen sowie
ein papulovesikuläres Exanthem. Die am häufigsten auftretende
Komplikation ist die sehr schmerzhafte Post-Zoster-Neuralgie, die über
Monate bis zu Jahren anhalten kann. Zur Prävention steht ein
Totimpfstoff zur Verfügung, der von der Ständigen Impfkommission
(STIKO) als Indikationsimpfung für Personen mit einem entsprechenden
Risikoprofil ab dem 50. Lebensjahr sowie als Standardimpfung ab dem 60.
Lebensjahr empfohlen wird.
Ergebnisse von PCR-Pooltestungen an bayerischen Grund- und
Förderschulen im Schuljahr 2021/2022 zur Surveillance im
Präsenzunterricht während der
SARS-CoV-2-Pandemie
Authors: Loidl Verena , Klinc Christina , Fusiak Jakub , Crispin Alexander , Hoffmann Verena Sophia , Nennstiel-Ratzel Uta , Mansmann Ulrich 
Published: February 2024

ZusammenfassungWährend der SARS-CoV-2-Pandemie waren Kinder durch
Schulschließungen in den Schuljahren 2019/20 und 2020/21
körperlich, psychisch und sozial belastet. Um im Schuljahr
2021/22 einen sicheren Präsenzbetrieb zu gewährleisten,
wurden an bayerischen Grund- und Förderschulen PCR-Pooltestungen zum
zeitnahen Nachweis von SARS-CoV-2-Infektionen durchgeführt. Diese Arbeit
analysiert die Ergebnisse der PCR-Pooltestungen im zeitlichen Verlauf
differenziert nach Region, Schultyp und Alter der Kinder. Die Positivraten (PR)
in den Klassen werden mit den Inzidenzen der Gleichaltrigen in Bayern sowie der
bayerischen Gesamtpopulation im Zeitverlauf verglichen. Die Daten stammen aus
Klassen der Grund- und Förderstufen mit 6- bis 11-jährigen
Schüler*innen, die vom 20.09.21 bis zum 08.04.22 an den
bayernweiten Pool-Testungen teilnahmen. Zweimal wöchentlich wurden
Proben erhoben. Diese bestanden aus einer PCR-Pool- und individuellen
PCR-Rückstellproben, die nur im Falle eines positiven Pooltests
ausgewertet wurden. Eine Klasse wurde als positiv gewertet, wenn innerhalb einer
Kalenderwoche (KW) mindestens eine Rückstellprobe aus dieser Klasse
positiv war. Eine Schule (Klasse) galt als infektionsbelastet, wenn drei oder
mehr Klassen dieser Schule (Schüler*innen dieser Klasse)
innerhalb einer KW positiv waren. Daten liegen aus 2430 Grundschulen (339
Förderschulen) mit 23 021 (2711) Klassen und 456 478
(29 200) Kindern vor. 1 157 617 Pools (davon
3,37% positiv) und 724 438 Rückstellproben (6,76
% positiv) wurden analysiert. Große Schulen zeigten
höhere PR als kleine. Ab Januar 2022 kam es unter Dominanz von
Omikron-Varianten zu einem massiven Anstieg der PR in ganz Bayern. Die Test-PR
der Rückstellproben waren niedriger als die zeitgleich gemeldeten
altersentsprechenden und allgemeinen Infektionsinzidenzen in der bayerischen
Gesamtbevölkerung. Bei den Pooltestungen zeigten sich nur
vergleichsweise selten positive Pools, im Durchschnitt waren vier Kinder pro
einhundert Pools positiv. Schulen und Klassen galten selten als
infektionsbelastet auch bei hohen Inzidenzen außerhalb der Schulen. Die
Kombination von PCR-Pooltestungen und Hygienemaßnahmen
ermöglichte einen weitgehend sicheren Präsenzunterricht
für Grund- und Förderschüler*innen im Schuljahr
2021/22.
Geschlechtsspezifische Unterschiede und Ungleichheiten der COVID-19
Pandemie: Eine Synthese systematischer Reviews unter Einbeziehung sexueller und
geschlechtlicher Minderheiten
Authors: Laskowski Nora M. , Brandt Gerrit , Paslakis Georgios 
Published: February 2024

Zusammenfassung
Ziel der Studie Schon zu Beginn der Pandemie zeigte sich, dass das
Geschlecht eine maßgebliche Rolle bei der Art und Weise spielt, wie
Menschen von COVID-19 betroffen waren, wobei bei der Betrachtung von
Geschlechtseffekten Aspekte von Personen aus sexuellen und geschlechtlichen
Minderheiten (SGM) insgesamt weniger untersucht wurden. Ziel dieser
Übersicht ist daher eine Synthese systematischer Reviews und
Meta-Analysen zum Thema Geschlecht und COVID-19, unter Berücksichtigung
von SGM.
Methodik Die narrative Synthese der Ergebnisse basiert auf einer
Literaturrecherche in PubMed. Eingeschlossen wurden systematische Reviews
und/oder Meta-Analysen ab 2019 mit einem erkennbaren
Geschlechtervergleich oder SGM-Bezug und einem klinischen COVID-19 Outcome.
Ergebnisse Die Suche ergab 2 658 Treffer, 29 systematische Reviews wurden
für die inhaltliche Synthese inkludiert. Davon konnten wir 23
systematische Reviews mit Geschlechtervergleichen und 8 mit Bezug zu SGM
identifizieren. Männer zeigten im Vergleich zu Frauen eine
höhere Prävalenz, einen höheren Schweregrad und eine
höhere Mortalität von COVID-19. Die psychischen Folgen der
COVID-19 Pandemie haben Frauen im Vergleich zu Männern stärker
betroffen. Es gibt Hinweise darauf, dass Frauen ein höheres Risiko
für Long-COVID-19 haben. SGM erlebten während der
COVID-19-Pandemie verstärkt psychische Gesundheitsprobleme im Vergleich
zur Gesamtbevölkerung.
Diskussion Es zeigt sich, dass biologische und soziale Risiken zu
unterschiedlicher Infektionsanfälligkeit und Manifestation einer
COVID-19 Erkrankung führten und auch Unterschiede in der
Mortalität zwischen Männern und Frauen begründeten.
Einblicke zu Prävalenz, Krankheitslast und Mortalität bei SGM
während der COVID-19 Pandemie fehlen. Dies deutet auf eine
Unterrepräsentation von SGM in der COVID-19 bezogenen Forschung. Trotz
der Fülle an COVID-19-Publikationen wurden Geschlechtereffekte oft nicht
explizit und ausreichend untersucht.
Schlussfolgerung Zukünftige Studien sollten
Geschlechterunterschiede und Bedarfe und Anliegen von SGM in Bezug auf weitere
psychische Störungen und bislang wenig untersuchte Entitäten wie
Long-COVID-19 untersuchen, um Erkenntnisse für präventive
Maßnahmen und adäquate Behandlungen für alle, auch
für künftige Pandemien, zu liefern.
Langzeitergebnisse nach Operation des neurogenen
Thoracic-Outlet-Syndroms bei Jugendlichen
Authors: Pfnür Andreas , Antoniadis Gregor , Wirtz Christian Rainer , Pedro Maria Teresa 
Published: February 2024

Zusammenfassung
Hintergrund Das neurogene Thoracic-Outlet-Syndrom (nTOS) beschreibt einen
Symptomkomplex, der durch die Einengung der nervalen Strukturen an der oberen
Thoraxapertur ausgelöst wird. Typische Symptome sind Schmerzen, Taubheit
und motorische Schwäche der betroffenen Extremität. Die Inzidenz
von nTOS beträgt 2–3/100000 und ist am höchsten
im Alter von 25–40 Jahren. Es gibt nur wenige Studien des nTOS bei
jugendlichen Patienten, insbesondere fehlen Daten mit Langzeitergebnissen.
Material und Methoden Bei einer retrospektiven Studie von chirurgisch
behandelten nTOS-Fällen in unserer Klinik wurden zwischen
2002–2021 acht Patienten zwischen 15 und 18 Jahren eingeschlossen.
Demografische Daten, Risikofaktoren, der neurologische Status, klinische
Funktionstests, neurophysiologische, radiologische und intraoperative Befunde
wurden ausgewertet. Die Erhebung der postoperativen Befunde erfolgte anhand
eines standardisierten Fragebogens. Die Dekompression des Truncus inferior und
der Nervenwurzeln C8 und Th1 erfolgte über einen
supraklavikulären Zugang.
Ergebnisse Die durchschnittliche Dauer der Symptome vor der Operation
betrug zwei Jahre. Von den acht operierten Patienten beantworteten sechs
Patienten den schriftlichen Fragebogen und konnten für die Studie
ausgewertet werden. Das Follow-Up war im Mittel neun Jahre (1–18 Jahre).
Nach der Operation hatten alle Patienten eine Schmerzreduktion, drei Patienten
waren im Langzeitverlauf schmerzfrei und fünf Patienten
benötigten keine Schmerzmedikation mehr. Die Kraft verbesserte sich bei
allen Patienten, bei zwei Patienten bestanden jedoch noch leichte motorische
Defizite. Die sensiblen Störungen waren bei allen Patienten
rückläufig, es bestand jedoch bei fünf Patienten eine
residuelle Hypästhesie. In Bezug auf die Überkopfarbeiten hatte
die Hälfte der Patienten nach der Operation keine
Beeinträchtigung. Alle Patienten waren zum Zeitpunkt der
Durchführung des Fragebogens arbeitsfähig. Die Hälfte
der Patienten ging ihren sportlichen Aktivitäten ohne
Beeinträchtigung nach, während die andere Hälfte eine
leichte Einschränkung angab.
Schlussfolgerung Das nTOS bei Jugendlichen ist ein seltenes
Kompressionssyndrom. Der supraklavikuläre Zugang mit Dekompression der
unteren Anteile des Plexus brachialis, ohne Resektion der ersten Rippe, stellt
eine adäquate Therapie dar. Diese retrospektive Studie ergab, dass bei
allen Patienten eine deutliche Schmerzreduktion erzielt werden konnte. Bei
einigen Patienten persistierten leichte sensible und motorische
Störungen sowie eine gewisse Einschränkung bei
Überkopfarbeiten. Die sportlichen Aktivitäten waren wieder
möglich.
Artificial intelligence for characterization of colorectal polyps: Prospective multicenter study
Authors: De Lange Glenn , Prouvost Victor , Rahmi Gabriel , Vanbiervliet Geoffroy , Le Berre Catherine , Mack Sahar , Koessler Thibaud , Coron Emmanuel 
Published: February 2024

Abstract
Background and study aims Optical diagnosis poses challenges to implementation of "resect and discard" strategies. This study aimed to assess the feasibility and performance of a new commercially available system for colorectal polyps.
Patients and methods Nine expert endoscopists in three centers performed colonoscopies using artificial intelligence-equipped colonoscopes (CAD EYE, Fujifilm). Histology and predictions were compared, with hyperplastic polyps and sessile serrated lesions grouped for analysis.
Results Overall, 253 polyps in 119 patients were documented (n=152 adenomas, n=78 hyperplastic polyps, n=23 sessile serrated lesions). CAD EYE detected polyps before endoscopists in 81 of 253 cases (32%). The mean polyp size was 5.5 mm (SD 0.6 mm). Polyp morphology was Paris Ip (4 %), Is (28 %), IIa (60 %), and IIb (8 %). CAD EYE achieved a sensitivity of 80%, specificity of 83%, positive predictive value (PPV) of 96%, and negative predictive value (NPV) of 72%. Expert endoscopists had a sensitivity of 88%, specificity of 83%, PPV of 96%, and NPV of 72%. Diagnostic accuracy was similar between CAD EYE (81%) and endoscopists (86%). However, sensitivity was greater with endoscopists as compared with CAD EYE (P <0.05). CAD EYE classified sessile serrated lesions as hyperplasia in 22 of 23 cases, and endoscopists correctly classified 16 of 23 cases.
Conclusions The CAD EYE system shows promise for detecting and characterizing colorectal polyps. Larger studies are needed, however, to confirm these findings.