bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Choice of atomic orbitals to evaluate sensitive properties of molecules: An example of NMR chemical shifts
Authors: Hoggan Philip E. 
Published: July 2004

AbstractNow ab initio or density functional theory (DFT) molecular property calculations over a Slater‐type orbital basis are available in several software packages. In this work, the relative merits of various exponential‐type orbitals (ETOs) are investigated for solving problems of interest to nuclear magnetic resonance (NMR), while showing how they are related mathematically. The preferred ETOs will be shown to be the hydrogenic orbitals and similar Coulomb Sturmians. Slater‐type functions (STFs) will be compared with them, and suitable equivalent (seldom used) combinations given. The correct shielding of the nucleus, resulting from radial factors of hydrogenic orbitals, is finally shown to be essential in the evaluation of precise nuclear shielding tensors for NMR spectroscopy of molecules using ab initio or DFT methods. © 2004 Wiley Periodicals, Inc. Int J Quantum Chem, 2004
POWER TOWER – Amusement Ride und Ingenieurbauwerk
Authors: Schmitt Walter , Hassan Jan A. E. 
Published: July 2004

AbstractFahrgeschäfte, die ihren Fahrgästen für einige Sekunden das Erlebnis des freien Falls verbunden mit dem Gefühl der Schwerelosigkeit vermitteln, werden als Freifalltürme bezeichnet. Auch hier treffen Entwicklungen im Sinne von “Höher – Schneller – Spektakulärer” den Zeitgeist. Am Beispiel des POWER TOWER, einer Weiterentwicklung des Prinzips Freifallturm, wird in diesem Beitrag aufgezeigt, wie diesem Zeitgeist einerseits und der Sicherheitsverpflichtung des Ingenieurs andererseits Rechnung getragen werden kann. Beschrieben werden die Hauptstrukturen Gondel und Mast, deren Zusammenwirken, das mechanische Modell, die dynamischen Ansätze sowie die Bemessungsansätze zur Erzielung einer ausreichend sicheren Konstruktion. Auswirkungen auf die Konstruktion werden aufgezeigt.
Schadensanalyse und Instandsetzungsplanung der Talbrücke Bergen
Authors: Schütz Karl G. 
Published: July 2004

AbstractDie Talbrücke Bergen wurde aufgrund gravierender Korrosionsschäden eingehend untersucht. Die Schadensbewertung ergab, daß eine grundhafte Instandsetzung nicht empfehlenswert ist. Es wurde daraufhin entschieden, eine Minimallösung zu suchen, die einerseits eine ausreichende Stand‐, Verkehrs‐ und Betriebssicherheit bis zur Verkehrsfreigabe eines Neubaus (2010) gewährleistet, aber andererseits mit geringst möglichen Kosten auskommt, sowie die Wiederverwendung z. B. des Geländers erlaubt. Die statische Nachrechnung ergab, daß die Fahrbahnlängsträger und Querträger in erheblichem Umfang verstärkt werden müßten. Messungen am Bauwerk halfen, versteckte Tragreserven (Modellabbildung und Lastannahmen) aufzuzeigen. Die zuvor genannten Verstärkungen dürfen unterbleiben. Für die Querträgerobergurte erfolgt eine regelmäßige Inspektion. In die Festlegung der Inspektionsintervalle gehen die Ergebnisse einer Langzeitmessung sowie einer bruchmechanischen Untersuchung ein. Die Instandsetzungsplanung umfaßt im wesentlichen die teilweise Erneuerung des Korrosionsschutzes, die Ertüchtigung einzelner, zu stark korrodierter Stahlbauteile, den Einbau einer neuen Gleitschutzwand und eines neuen Geländers, den Einbau von Schutznetzen gegen herabfallende Teil e und Betoninstandsetzungsarbeiten.
Translokation Häuslmann – ein historischer Bauernhof geht auf die Reise
Authors: Graf Ulrich , Will Axel 
Published: July 2004

AbstractEin über 250 Jahre altes Bauernhaus wird zerlegt und von Aschau ins 30 km entfernte Bauernhausmuseum Amerang versetzt. Hierbei wurde das Mauerwerk in Wandscheiben bis 12 m Länge zersägt und mit speziellen Hebezeugen versetzt, transportiert und am neuen Standort wieder aufgebaut. Die Gewölbeküche mit einem Gesamtgewicht von 50 t wurde in einem Stück versetzt. Es werden die Stahlbauhebezeuge und die Technologie beim Zerlegen, Transport und beim Wiederaufbau beschrieben.
Der Kettensteg in Nürnberg – die älteste erhaltene eiserne Hängebrücke Kontinentaleuropas
Authors: Petri Rudolf , Kreutz Johannes‐Stefan 
Published: July 2004

AbstractKetten und Hänger des 1824 von Johann Georg Kuppler erbauten Kettenstegs sind bis heute erhalten, wegen einer 1931 errichteten Unterstützungskonstruktion jedoch ohne Tragfunktion. Nach einem Vergleich mit anderen frühen Hängebrücken wird über die Baugeschichte, Umbauten und Vorarbeiten zur Wiederherstellung der Hängebrücke berichtet.
Fußgängerbrücke mit Aussichtsplattform in der neuen Flußlandschaft an der Rodach
Authors: Neuner Florian , Hemmerlein Hans 
Published: July 2004

AbstractIn der neu geschaffenen Flußlandschaft an der Rodach (Franken) wurde ein Bauwerk erstellt, das in wohl einzigartiger Weise die Funktionen einer Brücke und eines Aussichtsturmes in sich vereint. Der Aufsatz erläutert den Entwurf, die Ausarbeitung und die Errichtung der mit knappsten Geldmitteln errichteten Konstruktion.
Neubau eines Produktionsgebäudes für die Automobilindustrie als Rahmenkonstruktion in brandsicherer Verbundbauweise
Authors: Köppl Johann 
Published: July 2004

AbstractDie BMW Group plante im Jahre 2000 im Werk Dingolfing die Erweiterung der bestehenden Lackiererei durch eine neue zweigeschossige Halle, in der die chemische Vorbehandlung der Rohkarossen erfolgen sollte. Aufgrund der geringen Abstände zu benachbarten Produktionsbereichen und weiterer erschwerender Bedingungen mußte das Tragwerk als Stahlverbundrahmenkonstruktion in F90‐Bauweise errichtet werden. Der Beitrag gibt einen Einblick in die Vorgehensweise bei der Planung und Errichtung des Gebäudes.
Traglastberechnung unterspannter Träger
Authors: Springer Othmar , Büchl Florian 
Published: July 2004

AbstractDas räumliche Stabilitätsversagen eines unterspannten Trägers wird in der Praxis meist auf ein ebenes Ersatzsystem reduziert. In der vorliegenden Untersuchung wird hingegen die Systemtraglast geometrisch nichtlinear nach Theorie II. Ordnung am räumlichen Gesamtsystem berechnet. Die Ergebnisse beider Verfahren werden verglichen. Ferner wird anhand beispielhafter Parameterstudien die Empfindlichkeit derartiger Systeme hinsichtlich einer Veränderung der für die Systemtraglast wesentlichen Einflußgrößen untersucht.
Zur Bemessung von Knotenblechen in Stahlfachwerkkonstruktionen
Authors: Hertle Robert 
Published: July 2004

AbstractIm allgemeinen wird der Bemessung von Knotenblechen in Stahlfachwerkkonstruktionen wenig Aufmerksamkeit gewidmet. Ursächlich hierfür ist die Tatsache, daß die zutreffende Erfassung des Beanspruchungszustands dieser Bauteile mit einem erheblichen Aufwand verbunden ist. Auf der Grundlage stabstatischer Überlegungen wird ein Näherungsverfahren zur Ermittlung der Beanspruchungen von kontinuierlichen und geschlitzten Knotenblechen unter vorwiegend ruhenden Lasten entwickelt. Die systematische Auswertung der hieraus ableitbaren Beziehungen für die inneren Schnittgrößen des Knotenblechs erlaubt es, einfach zu handhabende Bemessungsdiagramme für die bemessungskritischen Schnitte von Knotenblechen zu entwickeln.
Vergleichende Betrachtung in der Entwicklung der Beulnachweise in den deutschen Normen
Authors: Ndogmo Joseph 
Published: July 2004

AbstractDer Eurocode 3 steht kurz vor der bauaufsichtlichen Einführung in den beteiligten Ländern, so auch in Deutschland. Der Teil 1.5 behandelt die Beulnachweise von ebenen Blechfeldern ohne Querbelastung mit völlig neuen Nachweisformaten.In diesem Beitrag werden im Zuge einer vergleichenden Betrachtung in der Entwicklung der Beulnachweise in den früheren deutschen Normen die Unterschiede zwischen der noch gültigen DIN 18800 Teil 3 und Eurocode 3 Teil 1.5 bzw. DIN ‐Fachbericht 103 KapitelIII herausgearbeitet. An einem Beispiel einer realen Brücke werden diese Unterschiede mit Zahlen belegt.
Möglichkeiten der Bemessung von Bauteilen aus Glas
Authors: Siebert Geralt 
Published: July 2004

AbstractBauteile aus Glas haben einen festen Platz im aktuellen Baugeschehen eingenommen. Für die Möglichkeiten des Nachweises der Verwendbarkeit solcher Bauteile sind zum einen die baurechtlichen Randbedingungen und Hintergründe zu beachten. Zum anderen ist die Kenntnis der aktuellen Bemessungsregeln sowie alternativer Nachweismethoden unabdingbar. In diesem Beitrag wird kurz auf die einzelnen, in der Vergangenheit und derzeit aktuell anwendbaren Möglichkeiten der Nachweise von Bauelementen aus Glas eingegangen. Abschließend erfolgt ein Ausblick auf zukünftig zu erwartende Regelungen im Zuge der Umstellung auf das Konzept der Teil sicherheitsbeiwerte.
Besonderheiten von Durchlaufverbundträgern mit Stegöffnungen
Authors: Zhou Donghua 
Published: July 2004

AbstractDie Ergebnisse einer nichtlinearen FE‐Berechnung eines Durchlaufverbundträgers mit Stegöffnung werden vorgestellt. Dabei zeigen sich beim Tragverhalten einige Besonderheiten, die man bei der Bemessung solcher Träger beachten sollte.
Mechanical characteristics of the bone–graft–cement interface after impaction allografting
Authors: Frei Hanspeter , Mitchell Philip , Masri Bassam A. , Duncan Clive P. , Oxland Thomas R. 
Published: July 2004

AbstractImpaction allografting is an attractive procedure for the treatment of failed total hip replacements. The graft–cement–host bone interface after impaction allografting has not been characterized, although it is a potential site of subsidence for this type of revision total hip reconstruction. In six human cadaveric femurs, the cancellous bone was removed proximally and local diaphyseal lytic defects were simulated. After the impaction grafting procedure, the specimens were sectioned in 6 mm transverse sections and pushout tests were performed. From the adjacent sections the percentage cement contact of the PMMA cement with the endosteal bone surface was determined. The host bone interface mechanical properties varied significantly along the femur largely due to different interface morphologies. The apparent host bone interface shear strength was highest around the lesser trochanter and lowest around the tip of the stem. A significant positive correlation was found between the percentage cement contact and the apparent host bone interface shear strength (r2 = 0.52). The sections failed in 69% of the cases through a pure host bone interface failure without cement or allograft failure, 19% failed with local cement failure, and 12% with a local allograft failure. The apparent host bone interface strength was on average 89% lower than values reported for primary total hip replacements and were similar to cemented revisions proximally and lower distally. This study showed that cement penetration to the endosteal surface enhanced the host bone–graft interface. © 2004 Orthopaedic Research Society. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.
Partial Cox regression analysis for high-dimensional microarray gene expression data
Authors: Li Hongzhe , Gui Jiang 
Published: July 2004

Abstract
Motivation: An important application of microarray technology is to predict various clinical phenotypes based on the gene expression profile. Success has been demonstrated in molecular classification of cancer in which different types of cancer serve as categorical outcome variable. However, there has been less research in linking gene expression profile to censored survival outcome such as patients' overall survival time or time to cancer relapse. In this paper, we develop a partial Cox regression method for constructing mutually uncorrelated components based on microarray gene expression data for predicting the survival of future patients.
Results: The proposed partial Cox regression method involves constructing predictive components by repeated least square fitting of residuals and Cox regression fitting. The key difference from the standard principal components of Cox regression analysis is that in constructing the predictive components, our method utilizes the observed survival/censoring information. We also propose to apply the time-dependent receiver operating characteristic curve analysis to evaluate the results. We applied our methods to a publicly available dataset of diffuse large B-cell lymphoma. The outcomes indicated that combining the partial Cox regression method with principal components analysis results in parsimonious model with fewer components and better predictive performance. We conclude that the proposed partial Cox regression method can be very useful in building a parsimonious predictive model that can accurately predict the survival of future patients based on the gene expression profile and survival times of previous patients.
Availability: R codes are available upon request.
A nucleotide substitution model with nearest-neighbour interactions
Authors: Lunter Gerton , Hein Jotun 
Published: July 2004

Abstract
Motivation: It is well known that neighbouring nucleotides in DNA sequences do not mutate independently of each other. In this paper, we introduce a context-dependent substitution model and derive an algorithm to calculate the likelihood of sequences evolving under this model. We use this algorithm to estimate neighbour-dependent substitution rates, as well as rates for dinucleotide substitutions, using a Bayesian sampling procedure. The model is irreversible, giving an arrow to time, and allowing the position of the root between a pair of sequences to be inferred without using out-groups.
Results: We applied the model upon aligned human–mouse non-coding data. Clear neighbour dependencies were observed, including 17–18-fold increased CpG to TpG/CpA rates compared with other substitutions. Root inference positioned the root halfway the mouse and human tips, suggesting an approximately clock-like behaviour of the irreversible part of the subsitution process.
Phylogenomics and the number of characters required for obtaining an accurate phylogeny of eukaryote model species
Authors: Dopazo Hernán , Santoyo Javier , Dopazo Joaquín 
Published: July 2004

Abstract
Motivation: Through the most extensive phylogenomic analysis carried out to date, complete genomes of 11 eukaryotic species have been examined in order to find the homologous of more than 25 000 amino acid sequences. These sequences correspond to the exons of more than 3000 genes and were used as presence/absence characters to test one of the most controversial hypotheses concerning animal evolution, namely the Ecdysozoa hypothesis. Distance, maximum parsimony and Bayesian methods of phylogenetic reconstruction were used to test the hypothesis.
Results: The reliability of the ecdysozoa, grouping arthropods and nematodes in a single clade was unequivocally rejected in all the consensus trees. The Coelomata clade, grouping arthropods and chordates, was supported by the highest statistical confidence in all the reconstructions. The study of the dependence of the genomes' tree accuracy on the number of exons used, demonstrated that an unexpectedly larger number of characters are necessary to obtain robust phylogenies. Previous studies supporting ecdysozoa, could not guarantee an accurate phylogeny because the number of characters used was clearly below the minimum required.
Analysis of domain correlations in yeast protein complexes
Authors: Betel Doron , Isserlin Ruth , Hogue Christopher W. V. 
Published: July 2004

Abstract
Motivation: A growing body of research has concentrated on the identification and definition of conserved sequence motifs. It is widely recognized that these conserved sequence and structural units often mediate protein functions and interactions. The continuing advancements in high-throughput experiments necessitate the development of computational methods to critically assess the results. In this work, we analyzed high-throughput protein complexes using the domain composition of their protein constituents. Domains that mediate similar or related functions may consistently co-occur in protein complexes.
Results: We analyzed Saccharomyces cerevisiae protein complexes from curated and high-throughput experimental datasets to identify statistically significant functional associations between domains. The resulting correlations are represented as domain networks that form the basis of comparison between the datasets, as well as to binary protein interactions. The results show that the curated datasets produce domain networks that map to known biological assemblies, such as ribosome, RNA polymerase, proteasome regulators, transcription initiation and histones. Furthermore, many of these domain correlations were also found in binary protein interactions. In contrast, the high-throughput datasets contain one large network of domain associations. High connectivity of RNA processing and binding domains in the high-throughput datasets reflects the abundance of RNA binding proteins in yeast, in agreement with a previous report that identified a nucleolar protein cluster, possibly mediated by rRNA, from these complexes.
Availability: The software is available upon request from the authors and is dependent on the NCBI C++ toolkit.
Protein names precisely peeled off free text
Authors: Mika Sven , Rost Burkhard 
Published: July 2004

Abstract
Motivation: Automatically identifying protein names from the scientific literature is a pre-requisite for the increasing demand in data-mining this wealth of information. Existing approaches are based on dictionaries, rules and machine-learning. Here, we introduced a novel system that combines a pre-processing dictionary- and rule-based filtering step with several separately trained support vector machines (SVMs) to identify protein names in the MEDLINE abstracts.
Results: Our new tagging-system NLProt is capable of extracting protein names with a precision (accuracy) of 75% at a recall (coverage) of 76% after training on a corpus, which was used before by other groups and contains 200 annotated abstracts. For our estimate of sustained performance, we considered partially identified names as false positives. One important issue frequently ignored in the literature is the redundancy in evaluation sets. We suggested some guidelines for removing overly inadequate overlaps between training and testing sets. Applying these new guidelines, our program appeared to significantly out-perform other methods tagging protein names. NLProt was so successful due to the SVM-building blocks that succeeded in utilizing the local context of protein names in the scientific literature. We challenge that our system may constitute the most general and precise method for tagging protein names.
Availability: http://cubic.bioc.columbia.edu/services/nlprot/
HyBrow: a prototype system for computer-aided hypothesis evaluation
Authors: Racunas S. A. , Shah N. H. , Albert I. , Fedoroff N. V. 
Published: July 2004

Abstract
Motivation: Experimental design, hypothesis-testing and model-building in the current data-rich environment require the biologists' to collect, evaluate and integrate large amounts of information of many disparate kinds. Developing a unified framework for the representation and conceptual integration of biological data and processes is a major challenge in bioinformatics because of the variety of available data and the different levels of detail at which biological processes can be considered.
Results: We have developed the HyBrow (Hypothesis Browser) system as a prototype bioinformatics tool for designing hypotheses and evaluating them for consistency with existing knowledge. HyBrow consists of a modeling framework with the ability to accommodate diverse biological information sources, an event-based ontology for representing biological processes at different levels of detail, a database to query information in the ontology and programs to perform hypothesis design and evaluation. We demonstrate the HyBrow prototype using the galactose gene network in Saccharomyces cerevisiae as our test system, and evaluate alternative hypotheses for consistency with stored information.
Availability: www.hybrow.org
Learning kernels from biological networks by maximizing entropy
Authors: Tsuda Koji , Noble William Stafford 
Published: July 2004

Abstract
Motivation: The diffusion kernel is a general method for computing pairwise distances among all nodes in a graph, based on the sum of weighted paths between each pair of nodes. This technique has been used successfully, in conjunction with kernel-based learning methods, to draw inferences from several types of biological networks.
Results: We show that computing the diffusion kernel is equivalent to maximizing the von Neumann entropy, subject to a global constraint on the sum of the Euclidean distances between nodes. This global constraint allows for high variance in the pairwise distances. Accordingly, we propose an alternative, locally constrained diffusion kernel, and we demonstrate that the resulting kernel allows for more accurate support vector machine prediction of protein functional classifications from metabolic and protein–protein interaction networks.
Availability: Supplementary results and data are available at noble.gs.washington.edu/proj/maxent
High density linkage disequilibrium mapping using models of haplotype block variation
Authors: Greenspan G. , Geiger D. 
Published: July 2004

Abstract
Motivation: The presence of millions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the human genome has spurred interest in genetic mapping methods based on linkage disequilibrium. The recently discovered haplotype block structure of human variation promises to improve the effectiveness of these methods. A key difficulty for mapping techniques is the cost involved in separately identifying the haplotypes on each of an individual's chromosomes.
Results: We present a new approach for performing linkage disequilibrium mapping using high density haplotype or genotype data. Our method is based on a statistical model of haplotype block variation, which takes account of recombination hotspots, bottlenecks, genetic drift and mutation. We test our technique on two empirically determined high density datasets, attempting to recover the location of an SNP which was hidden and converted into phenotype information. We compare the results against a mapping method based on individual SNPs as well as a competing haplotype-based approach. We show that our strategy significantly outperforms these other approaches when used as a guide for resequencing and that it can also deal with both unphased genotype data and low penetrance diseases.
Availability: HaploBlock executables for Linux, Mac OS X and Sun OS, as well as user documentation, are available online at http://bioinfo.cs.technion.ac.il/haploblock/