bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
DeepGAMI: deep biologically guided auxiliary learning for multimodal integration and imputation to improve genotype–phenotype prediction
Authors: Chandrashekar Pramod Bharadwaj , Alatkar Sayali , Wang Jiebiao , Hoffman Gabriel E. , He Chenfeng , Jin Ting , Khullar Saniya , Bendl Jaroslav , Fullard John F. , Roussos Panos , Wang Daifeng 
Published: October 2023

Abstract
Background
Genotypes are strongly associated with disease phenotypes, particularly in brain disorders. However, the molecular and cellular mechanisms behind this association remain elusive. With emerging multimodal data for these mechanisms, machine learning methods can be applied for phenotype prediction at different scales, but due to the black-box nature of machine learning, integrating these modalities and interpreting biological mechanisms can be challenging. Additionally, the partial availability of these multimodal data presents a challenge in developing these predictive models.

Method
To address these challenges, we developed DeepGAMI, an interpretable neural network model to improve genotype–phenotype prediction from multimodal data. DeepGAMI leverages functional genomic information, such as eQTLs and gene regulation, to guide neural network connections. Additionally, it includes an auxiliary learning layer for cross-modal imputation allowing the imputation of latent features of missing modalities and thus predicting phenotypes from a single modality. Finally, DeepGAMI uses integrated gradient to prioritize multimodal features for various phenotypes.

Results
We applied DeepGAMI to several multimodal datasets including genotype and bulk and cell-type gene expression data in brain diseases, and gene expression and electrophysiology data of mouse neuronal cells. Using cross-validation and independent validation, DeepGAMI outperformed existing methods for classifying disease types, and cellular and clinical phenotypes, even using single modalities (e.g., AUC score of 0.79 for Schizophrenia and 0.73 for cognitive impairment in Alzheimer’s disease).

Conclusion
We demonstrated that DeepGAMI improves phenotype prediction and prioritizes phenotypic features and networks in multiple multimodal datasets in complex brains and brain diseases. Also, it prioritized disease-associated variants, genes, and regulatory networks linked to different phenotypes, providing novel insights into the interpretation of gene regulatory mechanisms. DeepGAMI is open-source and available for general use.
Efficacy and safety of allogeneic umbilical cord-derived mesenchymal stem cells for the treatment of complex perianal fistula in Crohn’s disease: a pilot study
Authors: Wei Juan , Zhang Yufei , Chen Chunyan , Feng Xiaoyue , Yang Zhao , Feng Jing , Jiang Qiong , Fu Jinjin , Xuan Ji , Gao Hong , Liao Lianming , Wang Fangyu 
Published: October 2023

Abstract
Objectives
The aim of the study was to evaluate the efficacy and safety of allogeneic umbilical cord-derived mesenchymal stem cells (TH-SC01) for complex perianal fistula in patients with Crohn’s disease (CD).

Methods
This was an open-label, single-arm clinical trial conducted at Jinling Hospital. Adult patients with complex treatment-refractory CD perianal fistulas (pfCD) were enrolled and received a single intralesional injection of 120 million TH-SC01 cells. Combined remission was defined as an absence of suppuration through an external orifice, complete re-epithelization, and absence of collections larger than 2 cm measured by magnetic resonance imaging (MRI) at 24 weeks after cell administration.

Results
A total of 10 patients were enrolled. Six patients (60.0%) achieved combined remission at 24 weeks. The number of draining fistulas decreased in 9 (90.0%) and 7 (70.0%) patients at weeks 12 and 24, respectively. Significant improvement in Perianal Crohn Disease Activity Index, Pelvic MRI-Based Score, Crohn Disease Activity Index, and quality of life score were observed at 24 weeks. No serious adverse events occurred. The probability of remaining recurrence-free was 70% at week 52.

Conclusion
The study demonstrated that local injection of TH-SC01 cells might be an effective and safe treatment for complex treatment-refractory pfCD after conventional and/or biological treatments fail (ClinicalTrials.gov ID, NCT04939337).
Trial Registration: The study was retrospectively registered on www.ClinicalTrials.gov (NCT04939337) on June 25, 2021.
A new type of Szász–Mirakjan operators based on q-integers
Authors: Sabancigil Pembe , Mahmudov Nazim , Dagbasi Gizem 
Published: October 2023

AbstractIn this article, by using the notion of quantum calculus, we define a new type Szász–Mirakjan operators based on the q-integers. We derive a recurrence formula and calculate the moments $\Phi _{n,q}(t^{m};x)$

Φ

n
,
q

(

t
m

;
x
)
for $m=0,1,2$
m
=
0
,
1
,
2
and the central moments $\Phi _{n,q}((t-x)^{m};x)$

Φ

n
,
q

(

(
t
−
x
)

m

;
x
)
for $m=1,2$
m
=
1
,
2
. We give estimation for the first and second-order central moments. We present a Korovkin type approximation theorem and give a local approximation theorem by using modulus of continuity. We obtain a local direct estimate for the new Szász–Mirakjan operators in terms of Lipschitz-type maximal function of order α. Finally, we prove a Korovkin type weighted approximation theorem.
Feasibility of a community-adapted multi-domain intervention for dementia prevention among older adults: a research protocol
Authors: Kuroda Yujiro , Fujita Kosuke , Sugimoto Taiki , Uchida Kazuaki , Shimazu Taichi , Saito Junko , Arai Hidenori , Sakurai Takashi 
Published: October 2023

Abstract
Background
Multi-domain interventions effectively prevent dementia in clinical settings; however, their efficacy within local communities is unclear. This study assesses the feasibility of an adapted multi-domain intervention for dementia prevention in community-dwelling older adults.

Methods
The single-arm trial enrolls 60 participants from two Obu City communities, Japan. Primary outcome: participant retention in the adapted multi-domain intervention; secondary outcomes: health and implementation outcomes. Over 12 months, a team of researchers and public health nurse oversees the study in the first half, gradually shifting the management to public health nurses in the second half. Using the Framework for Reporting Adaptations and Modifications-Enhanced, the clinical programme is adjusted for the local community. It includes a 60-minute exercise and 30-minute group sessions, targeting lifestyle, diet, and social participation.

Discussion
This pioneer study evaluates the feasibility of an adapted intervention programme for dementia prevention in a community setting. Challenges in disseminating dementia prevention programmes warrant further investigation into effective implementation as well as strategies and methods to appeal to the target population. Upon confirming this programme’s feasibility, future studies can further evaluate its broader effectiveness.

Trial registration
The protocol is registered with the Clinical Trials Registry (UMIN-CTR) of the University Hospital’s Medical Information Network, under registration number UMIN000050581.
A randomized controlled trial comparing conservative versus surgical treatment in patients with foot drop due to peroneal nerve entrapment: results of an internal feasibility pilot study
Authors: Oosterbos Christophe , Rummens Sofie , Bogaerts Kris , Van Hoylandt Anaïs , Hoornaert Sophie , Weyns Frank , Dubuisson Annie , Ceuppens Jeroen , Schuind Sophie , Groen Justus L , Lemmens Robin , Theys Tom 
Published: October 2023

Abstract
Background
Based on the lack of literature to support any treatment strategy in patients with foot drop due to peroneal nerve entrapment, a prospective study randomizing patients between surgery and conservative treatment is warranted. Since studies comparing surgery to no surgery are often challenging, we first examined the feasibility of such a randomized controlled trial.

Methods/design
An internal feasibility pilot study was conducted to assess several aspects of process, resource, management, and scientific feasibility. The main objective was the assessment of the recruitment rate. The criterion to embark on a full study was the recruitment of at least 14 patients in 6 participating centers within 6 months. Cross-over rate, blinding measures, training strategies, and trial assessments were evaluated. The trial was entirely funded by the KCE Trials public funding program of the Belgian Health Care Knowledge Centre (ID KCE19-1232).

Results
The initial duration was prolonged due to the COVID-19 pandemic. Between April 2021 and October 2022, we included 19 patients of which 15 were randomized. Fourteen patients were treated as randomized. One drop-out occurred after randomization, prior to surgery. We did not document any cross-over or accidental unblinding. Training strategies were successful. Patients perceived the quality of life questionnaire as the least relevant assessment. Assessment of ankle dorsiflexion range of motion was prone to interobserver variability. All other trial assessments were adequate.

Discussion
Recruitment of the anticipated 14 patients was feasible although slower than expected. The Short-Form Health Survey (SF-36) and assessment of ankle dorsiflexion range of motion will no longer be included in the full-scale FOOTDROP trial.

Conclusion
The FOOTDROP study is feasible.

Trial registration
ClinicalTrials.gov, identifier NCT04695834. Registered 4 January 2021.
Osimertinib-induced biventricular cardiomyopathy with abnormal cardiac MRI findings: a case report
Authors: Patel Karishma , Hsu Kristie Y. , Lou Kevin , Soni Krishan , Lee Yoo Jin , Mulvey Claire K. , Baik Alan H. 
Published: October 2023

Abstract
Background
Osimertinib is a third-generation epidermal growth factor receptor (EGFR) inhibitor that is currently the first-line treatment for metastatic EGFR-mutated non-small-cell lung cancer (NSCLC) due to its favorable efficacy and tolerability profile compared to previous generations of EGFR inhibitors. However, it can cause uncommon, yet serious, cardiovascular adverse effects.

Case Presentation
We present the case of a 63-year-old man with EGFR-mutated NSCLC treated with osimertinib who developed new-onset non-ischemic cardiomyopathy with biventricular dysfunction and heart failure in the context of an enlarging pericardial effusion. For the first time, we demonstrate cardiac MR imaging findings associated with osimertinib-associated cardiomyopathy, including focal late gadolinium enhancement and myocardial edema. The patient’s biventricular function normalized after initiation of goal-directed medical therapy for heart failure and holding osimertinib. The patient was subsequently started on afatinib, a second-generation epidermal growth factor receptor-tyrosine kinase inhibitor (EGFR-TKI), without recurrence of cardiomyopathy.

Conclusions
This case highlights the need to better understand osimertinib-induced cardiotoxicity and strategies to optimize oncologic care in patients who develop severe cardiac toxicities from cancer therapy. It further underlines the importance of specialized multidisciplinary care of cancer patients who develop cardiotoxicities to optimize their oncologic outcomes.
Role of AI chatbots in education: systematic literature review
Authors: Labadze Lasha , Grigolia Maya , Machaidze Lela 
Published: October 2023

AbstractAI chatbots shook the world not long ago with their potential to revolutionize education systems in a myriad of ways. AI chatbots can provide immediate support by answering questions, offering explanations, and providing additional resources. Chatbots can also act as virtual teaching assistants, supporting educators through various means. In this paper, we try to understand the full benefits of AI chatbots in education, their opportunities, challenges, potential limitations, concerns, and prospects of using AI chatbots in educational settings. We conducted an extensive search across various academic databases, and after applying specific predefined criteria, we selected a final set of 67 relevant studies for review. The research findings emphasize the numerous benefits of integrating AI chatbots in education, as seen from both students' and educators' perspectives. We found that students primarily gain from AI-powered chatbots in three key areas: homework and study assistance, a personalized learning experience, and the development of various skills. For educators, the main advantages are the time-saving assistance and improved pedagogy. However, our research also emphasizes significant challenges and critical factors that educators need to handle diligently. These include concerns related to AI applications such as reliability, accuracy, and ethical considerations.
Down-regulation of MSH3 and MSH6 genes in female breast cancer patients receiving taxane-based therapy
Authors: Attia Hanaa R. M. , Ayoub Dina F. , Abd El-Aziz Shereen H. , Abdel Wahed Mai M. , Abd El-Fattah Safa N. , Abdel-Monem Mahmoud A. , Rabah Thanaa M. , Kamel Mahmoud M. , Helal Amany , Ibrahim Mona Hamed 
Published: October 2023

Abstract
Background
The DNA in each cell in our body is constantly in danger of becoming damaged. Most DNA damage gets repaired straight away via many different proteins encoded by DNA—repair genes. MSH3 and MSH6 are pivotal DNA repair genes maintaining human genome integrity. Dysregulated expression of such genes has its implications resulting in developing of adverse reactions in cancer breast patients receiving taxanes. Cancer chemotherapy with some of taxane class of agents are associated with significant neurotoxicity, arthralgias and myalgias that may offset the therapeutic benefits of taxane use. Our aim is to identify gene expression pattern of MSH3 and MSH6 DNA mismatch repair genes in female breast cancer patients who develop adverse reactions to taxane-based therapy. One hundred and five patients with histologically proven breast cancer who received paclitaxel (PTX) as a single agent or combination therapy have been enrolled along with a group of 50 females with benign breast lesions serving as controls.Gene expression studies of mismatch repair genes (MMR) genes; MSH3 and MSH6; have been performed by real-time PCR. Patients were divided into groups according to the determined type/grade of PTX-based toxicity and fold changes of both genes were estimated.

Results
In the present work both MMR genes showed significantly lower expression in all the studied patients compared to benign cases as a control group. Toxicity findings were encountered in 75.2% of the studied patient cohort. The most common observed type of toxicity was peripheral neuropathy (PN), 58.1% of the studied patients. Both MSH3 and MSH6 genes were significantly down-regulated in the presence of high grade PN toxicity ≥ 2 (p = 0.034 and 0.01); diarrhea toxicity (p = 0.02 and 0.008); dyspnea (p = 0.01 and 0.016) respectively and bone pain (p = 0.024 for MSH6 only).

Conclusion
Dysregulated expression of MMR GENES [MSH3and MSH6] can be implicated in paclitaxel—induced toxicity experienced by some cancer breast patients.
Loneliness in a group. Reflections on isolation, lack of relationships and the feeling of loneliness during Covid-19 pandemic on the example of research conducted at Police Academy in Szczytno
Authors: Klonowska Iwona 
Published: October 2023

Cel pracyGłównym celem badań w obszarze pytań zarządczych było poznanie opinii respondentów na temat funkcjonowania uczelni w pandemii COVID-19 pod kątem wypracowanych i wprowadzonych rozwiązańMateriał i metodyW badaniach zastosowano metodę sondażu diagnostycznego. Wykorzystano technikę anonimowej ankiety (dwie wersje językowe: polską i angielską). Kwestionariusz ankiety powstał w formie on-line, do której dostęp był w oparciu o utworzony link. W artykule autorka zaprezentowała część wyników badań naukowych przeprowadzonych w latach 2020/2022 roku zarówno wśród policjantów i pracowników zatrudnionych w Wyższej Szkole Policji w Szczytnie (n=181 osób), w ramach realizacji kierowanego zadania badawczego, finansowanego z subwencji MSWiAWynikiPandemia Covid-19 zmieniła świat. Spowodowała jego swoiste zatrzymanie, zmusiła do zamknięcia się ludzi w domach. Nauczanie przeniosła do świata wirtualnego. Wpłynęła na rodzaj i ilość relacji międzyludzkich. Większość kontaktów bezpośrednich musiała zostać ograniczona do minimum lub zupełnie przestać istnieć. Szczególnie dotkliwe i odczuwalne było funkcjonowanie w czasie Covid-19 w uczelni takiej jak Wyższa Szkoła Policji w Szczytnie. Artykuł odnosi się w szczególności do funkcjonowania uczelni resortowej jaką jest WSPol w czasie pandemii Covid-19, przyjętych przez nią rozwiązań i ewentualnych konsekwencji odczuwanych przez słuchaczy, studentów i pracownikówWnioskiSzczególną uwagę skoncentrowano na pytaniach dotyczących tempa wprowadzonych zmian w Uczelni i ich oceny przez pryzmat funkcjonowania Szkoły, rozwiązań które zdaniem badanych winny pozostać w uczelni pomimo zakończenia pandemii poczucia sprawstwa i wpływu na przebieg procesów jakie wprowadzono w WSPol oraz katalogu konkretnych rozwiązań zastosowanych i wdrożonych w poszczególnych komórkach organizacyjnych badanych
The genesis of sensitive communication. Patient experience as an educational resource and a source of knowledge
Authors: Janiak Agnieszka 
Published: October 2023

Cel pracyArtykuł przedstawia genezę komunikacji sensytywnej – rodzaju komunikacji, który powinien być wyuczony i stosowany przez wykonujących zawody pomocowe wobec podopiecznych doświadczających straty, przemocy, zagrożenia życia, śmierci, żałoby.Materiał i metodyW latach 2001-2019 przeprowadzono badania (wywiady, obserwacje, ankiety) wśród rodziców zmarłych dzieci, a także ratowników medycznych, lekarzy, pielęgniarek i położnych szpitali wrocławskich i warszawskich. Na ich podstawie opracowano protokół komunikacyjny OPIEKUN - jak zawiadamiać rodziców o śmierci dziecka.WynikiProtokół jest stosowany na oddziałach neonatologicznych, a od 2018 jeździ w karetkach w postaci zalaminowanej poręcznej instrukcji postępowania. Ma być stosowany jako standard opieki medycznej w całej Polsce. Jego skuteczność wydaje się efektem opracowania go w oparciu o doświadczenie podopiecznych, którzy wskazali, co im pomogło a czego im brakowało w bolesnej interakcji z profesjonalistą. Po podobne narzędzia komunikacyjne zgłaszają się policjanci, duchowni, nauczyciele, dziennikarze itp.WnioskiArtykuł wnioskuje uznanie pacjentów za naturalnych nauczycieli komunikacji wspierającej w kształceniu personelu medycznego wskazując miejsca i sposoby wykorzystania ich doświadczenia.
Between the anthropomorphization of machines and the technomorphization of man
Authors: Szpunar Magdalena 
Published: October 2023

Cel pracyW tekście tym interesują nas dwa przeciwstawne procesy właściwe dla funkcjonowania w technologicznej rzeczywistości. Pierwszym z nich jest antropomorfizacja maszyn, stąd problematyzujemy jej przyczyny i społeczne konsekwencje, z drugiej strony przedmiotem naszego naszego zainteresowania jest zjawisko przeciwstawne – właściwie nieobecne w refleksji teoretycznej jakim jest technomorfizacja człowieka.Materiał i metodyArtykuł ma charakter metateoretyczny, a jego celem systematyzacja wiedzy na temat antropomorfizacji maszyn, jej przyczyn i skutków, a także zdefiniowanie pojęcia technomorfizacji człowieka, ukazanie przejawów myślenia technomorficznego, a także wynikających z niego konsekwencji.WynikiAntropomorfizujemy maszyny, by minimalizować przejawiane wobec nich lęki, oswoić nieznane i niezrozumiałe. Coraz częściej odczuwamy wobec nich wstyd prometejski, który alienuje nas od wytworów własnej pracy. Choć zachłysnęliśmy się możliwościami technologii, potencjałem usprawniania siebie, zapominamy jak nieludzko ułomnymi czyni nas ona jednocześnie, ile odbiera nam sprawstwa, decyzyjności, refleksyjności i krytycyzmu.WnioskiTechnomorficzny człowiek choć skuteczny jest jednocześnie coraz mniej ludzki, coraz mniej człowieczy. Poprzez zaabsorbowanie nad własną skutecznością i niezawodnością staje się emocjonalnym zombie. W zogniskowaniu uwagi na efektywności zapominamy, że nie jesteśmy maszynami i do przetrwania potrzebujemy bycia ludźmi, bycia z ludźmi, przyzwolenia na własną kruchość i ułomność.
Self-efficacy and resiliency in public administration employees. The context of remote working
Authors: Czechowska-Bieluga Marta , Stachyra-Sokulska Anna Katarzyna , Różański Andrzej , Sarzyńska-Mazurek Ewa , Chojak Małgorzata 
Published: October 2023

Cel pracyCelem badań była analiza związku prężności psychicznej z poczuciem samoskuteczności osób zatrudnionych w administracji publicznej oraz określenie poziomów obu analizowanych zmiennych, a także ustalenie ich gotowości do pracy zdalnej.Materiał i metodyW badaniach zastosowano Skalę Uogólnionej Własnej Skuteczności (GSES), stworzoną przez
R. Schwarzera i M. Jerusalema, w adaptacji Z. Juczyńskiego, która została opracowana w oparciu
o koncepcję samoskuteczności A. Bandury. Do pomiaru prężności zastosowano Skalę Prężności Psychicznej– SPP-25 N. Ogińskiej-Bulik i Zygfryda Juczyńskiego. W badaniach posłużono się także ankietą własnego autorstwa, dotyczącą gotowości do pracy zdalnej. Zbadano 515 pracowników zatrudnionych w administracji publicznej.WynikiAnaliza wyników badań wskazuje na wysoki związek poczucia uogólnionej własnej skuteczności
z prężnością psychiczną oraz jej pięcioma wymiarami. Badani pracownicy administracji publicznej cechują się wysokim poziomem zarówno prężności psychicznej, jak i poczucia uogólnionej własnej skuteczności. Pracownicy, pomimo krótkiego doświadczenia pracy zdalnej, wykazują także dużą elastyczność w dostosowaniu się do zmian trybu pracy (zarówno ze zdalnego na stacjonarny, jak
i odwrotnie), a także gotowość do pracy w trybie hybrydowym, co jest istotne w kontekście dynamicznych zmian na rynku pracy.WnioskiPraca ma wymiar teoretyczno-praktyczny. Poczucie własnej skuteczności jest silnie związane
z prężnością psychiczną i są to zasoby o charakterze wyuczonym. Rozwijanie prężności psychicznej
i poczucia samoskuteczności może przyczynić się do efektywnego radzenia sobie ze zmianami
w kontekście zawodowym, zwłaszcza w odniesieniu do pracy zdalnej oraz do poprawy jakości życia
i dobrostanu psychicznego pracowników (Saini i Roulet, 2022, s. 5-6).
4D hyperspectral surface topography measurement system based on the Scheimpflug principle and hyperspectral imaging
Authors: Chen Xiang , Huang Xuhui , He Sailing 
Published: October 2023

A four-dimensional (4D) hyperspectral surface topography measurement (HSTM) system that can acquire uniform inelastic signals [three-dimensional (3D) spatial data] and reflection/fluorescence spectra of an object is proposed. The key components of the system are a light-sheet profilometer based on the Scheimpflug principle and a hyperspectral imager. Based on the mapping relationships among the image coordinate systems of the two imaging subsystems and the coordinate system of the real space, the spectral data can be assigned to the corresponding 3D point cloud, forming a 4D model. The spectral resolution is better than 4 nm. 700 nm, 546 nm, and 436 nm are selected as the three primary colors of red, green, and blue to restore the color. The 4D hyperspectral surface reconstruction experiments of philodendron and chlorophytum have shown the good performance of the proposed HSTM system and the great application potential for plant phenotype and growth analysis in agriculture.