bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
TEC-miTarget: enhancing microRNA target prediction based on deep learning of ribonucleic acid sequences
Authors: Yang Tingpeng , Wang Yu , He Yonghong 
Published: October 2023

Abstract

Background
MicroRNAs play a critical role in regulating gene expression by binding to specific target sites within gene transcripts, making the identification of microRNA targets a prominent focus of research. Conventional experimental methods for identifying microRNA targets are both time-consuming and expensive, prompting the development of computational tools for target prediction. However, the existing computational tools exhibit limited performance in meeting the demands of practical applications, highlighting the need to improve the performance of microRNA target prediction models.
Results
In this paper, we utilize the most popular natural language processing and computer vision technologies to propose a novel approach, called TEC-miTarget, for microRNA target prediction based on Transformer Encoder and convolutional neural networks. TEC-miTarget treats RNA sequences as a natural language and encodes them using a Transformer Encoder, a widely used encoder in natural language processing. It then combines the representations of a pair of microRNA and its candidate target site sequences into a contact map, which is a three-dimensional array similar to a multi-channel image. Therefore, the contact map's features are extracted using a four-layer convolutional neural network, enabling the prediction of interactions between microRNA and its candidate target sites. We applied a series of comparative experiments to demonstrate that TEC-miTarget significantly improves microRNA target prediction, compared with existing state-of-the-art models. Our approach is the first approach to perform comparisons with other approaches at both sequence and transcript levels. Furthermore, it is the first approach compared with both deep learning-based and seed-match-based methods. We first compared TEC-miTarget’s performance with approaches at the sequence level, and our approach delivers substantial improvements in performance using the same datasets and evaluation metrics. Moreover, we utilized TEC-miTarget to predict microRNA targets in long mRNA sequences, which involves two steps: selecting candidate target site sequences and applying sequence-level predictions. We finally showed that TEC-miTarget outperforms other approaches at the transcript level, including the popular seed match methods widely used in previous years.
Conclusions
We propose a novel approach for predicting microRNA targets at both sequence and transcript levels, and demonstrate that our approach outperforms other methods based on deep learning or seed match. We also provide our approach as an easy-to-use software, TEC-miTarget, at https://github.com/tingpeng17/TEC-miTarget. Our results provide new perspectives for microRNA target prediction.
Betel quid chewing and alcohol consumption could be associated with detection of Epstein - Barr virus (EBV) DNA in oral squamous cell carcinoma tissues: Evidence from a subset of an unmatched case-control study
Authors: Perera Manosha Lakmali 
Published: October 2023

Abstract
Introduction:
There is a dearth of information on the detection of oncogenic EBV in oral squamous cell carcinoma tissues in the Sri Lankan context. This subset of an unmatched case-control study aims to detect EBV-DNA in oral squamous cell carcinoma tissues of a group of Sri Lankan male patients.
Method
Subset was selected representing the vast majority of OSCC patients in Sri Lanka, from an unmatched case-control study. Incisional biopsies of cases and excisional biopsies of controls were collected and stored at -800 C. DNA was extracted from frozen specimens, and Real-Time PCR was performed to detect target DNA of this ubiquitous virus, in histologically confirmed 27 Oral Squamous Cell Carcinoma (OSCC) cases and clinically diagnosed 26 Fibroepithelial-Polyp (FEP) controls with better quality DNA. Socio-demographic and substance abuse data were collected from 29 cases and 25 controls by a pretested interviewer-administered questionnaire, and the data were entered and analyzed using the SPSS-21 Statistical Package.
Results
Descriptive and inferential statistics were used to determine the significance of qualitative and quantitative data statistically. The overall EBV prevalence was 34/53 (64.2%). In OSCC cases the EBV positivity was higher 21(77.8%) than the FEP controls 13 (50.0%), and this difference was statistically significant (p = 0.035). The cases were higher betel quid chewers (p = 0.003) and heavy alcohol consumers (p = 0.001) than the control group.
Conclusion
Betel quid chewing and alcohol consumption could be associated with the detection of Epstein-Barr virus (EBV) DNA in oral squamous cell carcinoma tissues which warrants further investigations.
Academic stress and home environment: A quantitative study among school adolescents
Authors: Santhakumar K , Karim Mani Abdul , Venkatachalam J 
Published: October 2023

Abstract
Academic performance is negatively impacted by an unfriendly home environment and increases academic stress among school students. This study examined the association between academic stress and home environment as well as explored the influence of the home environment in causing academic stress among adolescent school students. One hundred and twenty (120) school students were randomly selected from a government school and three private schools in Tiruvannamalai district, Tamil Nadu, India, and completed the measures of academic stress and home environment by using the Educational Stress Scale for Adolescent (ESSA; Sun et al., 2011) and Home Environment Inventory (HEI; Mishra, 1983). The findings revealed that academic stress did not differ significantly among school students, regardless of gender or type of school (government vs. private). In the home environment, however, there was a significant gender difference in the control sub-dimension and social isolation. Also, there was an association between academic stress and home environment dimensions such as control, punishment, and deprivation of privileges. Punishment was positively influenced by academic stress, whereas nurturance was negatively influenced by academic stress. These findings were discussed about the reduction of negative home environment outcomes in individuals experiencing academic stress.
An optimized method to culture human primary lung tumor cell spheroids
Authors: Mueggler Amanda , Pilotto Eléa , Perriraz-Mayer Nadja , Jiang Sicong , Addeo Alfredo , Bédat Benoit , Karenovics Wolfram , Triponez Frédéric , Serre-Beinier Véronique 
Published: October 2023

Abstract
Background: Lung cancer is the leading cause of cancer mortality worldwide, with a median survival rate at 5 years of less than 20%. While molecular mapping aids in selecting appropriate therapies, it cannot predict personalized treatment response and long-term efficacy. For addressing these challenges, there is a great need for functional tests. Within this context, we developed patient-derived spheroids (PDS) from tumor and adjacent normal tissue to biomimic the respective tissue for assessing the personalized drug treatment response in vitro.
Materials and Methods: Surgically resected lung specimens were used to generate spheroids using a two-step culture procedure. Flow cytometry and immune staining enabled the characterization of different cell populations resulting from the lung samples. PDS phenotype, cell proliferation and apoptosis were evaluated. Differential gene expression between tumor and adjacent normal tissue was analyzed by RT-qPCR. PDS drug sensitivity was assessed using a cell metabolic assay in response to two chemotherapeutic drug combinations.
Results: Cellular and molecular analysis revealed the proportion of epithelial cells, fibroblasts, and immune cells in the patient’s tissue samples. Subsequently, PDS models from tumor and normal lung were successfully established using the expanded epithelial cells. As a proof-of-concept, analysis of drug treatment using PDS of lung adenoid cystic carcinoma exhibited dose dependent effect in response to cisplatin/etoposide and cisplatin/paclitaxel.
Conclusions: We successfully developed spheroid models of both tumor and non-tumor lung cells as a potential platform towards personalized drug treatment and monitoring applications. Our model holds great promise for enhancing the treatment efficacy in the cancer patients.
Management of Fenestration in a Non-vital Maxillary Lateral Incisor Using Connective Tissue Grafting: A Pin-hole Surgical Technique.
Authors: Khanam Farheen , Yadav Upma , Sareen Shubham , Khan Saif 
Published: October 2023

Mucosal fenestration is clinical entity in which the overlying gingiva or mucosa is also denuded thus the root is exposed to oral cavity. If left untreated, they may be a source of infection by giving entry to oral pathogen, leading to further progression of periodontal disease. Depending on their site of presence, they may also be a reason of esthetic concern to some patients. This case report describes a situation where a mucosal fenestration developed in the upper left lateral incisor, which was successfully treated with followed by subepithelial connective tissue grafting.
Clinical Efficacy of Two Denture Adhesives Among Complete Denture Patients: A Cross-over Randomized Clinical Trial
Authors: Sreeramulu Basapogu  , Janaki Ramesh  , Vineela Pyla  , Bharat Chandra Velamakuri  
Published: October 2023

Aims and objectives: The clinical efficacy of different forms of denture adhesives have been inconsistent among studies with unclear differences among them. The aim of this study is to evaluate the masticatory efficiency and satisfaction of complete denture wearers without and with the use of two different forms of commercially available denture adhesives.
Material and Methods: 30 edentulous participants with new complete dentures placed one month before the commencement of the study were included in this cross-over randomized clinical trial (CTRI/2021/07/035238) which compared a powder adhesive and a cream adhesive along with no adhesive use. The objective assessment used the Edlund and Lamm index for masticatory efficiency and the subjective assessment followed a specially designed questionnaire. Both assessments were carried out on days 0,7 and 21. One-way ANOVA was used to compare the objective data and the questionnaire responses were obtained as percentages.
Results: The one-way ANOVA test for difference between the groups was statistically insignificant for all layers (P>.05). The questionnaire responses revealed that 53.3% of the participants preferred the use of cream adhesive over powder adhesive.
Conclusions: No significant difference in the masticatory efficiency was noted between the two denture adhesives and without adhesive use. Patient satisfaction was greater with adhesive use showing a predilection towards cream adhesive due to its longer duration of action and improved chewing ability.
Striking the Equilibrium: Examining the Career-Family Balance of Female Dentists in India
Authors: Agrawal Jyoti , Agrawal Rajesh Kumar 
Published: October 2023

Abstract

Aims and objective

India is having more than 300 oral health educational institutions with higher ratio of female students. Therefore the issue of female oral healthcare professionals balancing career and family is becoming more precise. A married female has to create equilibrium between the two different spheres of her life-home and work. Aim of this research was to find out the challenges faced by a female Dentist.

Material and method

This study is being conducted by undertaking a national cross-sectional survey of working female dentists. A statistically significant number of female dentists of age 25-60 years were subjected to written consent form. After their consent a survey questionnaire was given to them to record how they balance their family and professional life.
Result

Majority of Indian female dentists work full time in their private practice. No emotional distress on losing practice due to discomfort during pregnancy. Balance between professional work and house hold chores is maintained with the assistance of a house-help. They will keep themselves updated by joining professional associations and fore go joining social clubs for business

promotion to strike a balance in personal and professional life. Family is priority in need. They feel tired due to work load of home and profession.

Conclusion

Most of the time women have to sacrifice their professional life especially during pregnancy & illness of the children/other member.
Stereoselective Bioreduction of Acetophenone to (R)-1-Phenylethanol by Bacillus
thuringiensis
Authors: Talpur Farah Naz , Ur Rahman Shafiq , Unar Ahsanullah , Ibrahim Adnan , Raza Shah Muhammad , Imran Afridi Hassan , Ali Zafar , Bashir Muhammad Sohail 
Published: October 2023

Abstract:
Optically pure alcohols have a pivotal synthetic role, being key intermediates for numerous
pharmaceutical agents. Therefore, the synthesis of optically pure alcohols is now becoming
a foremost research field in both academia and industries. Herein, Bacillus thuringiensis has been
described for the first time for the bioreduction of acetophenone to 1-phenylethanol. Five incubated
bacillus species and a consortium were investigated for the reduction of acetophenone. Among
them, Bacillus thuringiensis (growing cells) exhibited >99% conversion efficiency of acetophenone
(40 mM). The biocatalyst produced (R)-1-phenyl ethanol with excellent stereoselection
(99%) at pH 7.5 after 24 h reaction intervals. To enhance the solubility of substrate and cofactor
regeneration, isopropanol (10% v/v) was found to be effective among different tested cosolvents.
The biocatalyst displayed excellent stereoselectivity and provided R-enantiomer with 99% enantiomeric excess.
Prediction of Surface Settlement in the Cross-passage by FIG-SVM Approach
Authors: Peng Liang , Chen Zhenlei , Zhu Yaohong 
Published: October 2023

Introduction:
An optimized support vector machine prediction model (SVM) with
fuzzy information granulation (FIG) is established for surface prediction in this paper. Based on
the measured data, cubic spline interpolation was processed and FIG approach was applied to
granulate the surface settlement parameters into fuzzy particles Low, R and Up, and the particles
are used to represent the range of the measured data variation.

Method:
For each fuzzy particle,
particle swarm optimization (PSO) was used to select the best penalty and kernel function parameters to minimize the K-fold cross-validation (K-CV) error. With the optimized parameters,
the prediction model was trained for the nonlinear prediction of fuzzy particles. Finally, the surface settlement trend in terms of Low, R, Up for the next construction stage can be predicted effectively based on the previous test data. Taking the surface settlement monitoring point D5-5 as
an example, the error of the predicted range of surface settlement at D5-5 is 5.82%, 5.42%, and
8.0%, respectively

Result:
The error of other predicted points is also less than 10%, indicating the
effectiveness of the prediction model. Compared with the numerical simulation results, the accuracy of the prediction model was further verified.

Conclusion:
Combined with the simulation method, the "simulation - prediction" patent scheme
for monitoring the surface settlement of the Cross Passage is proposed in this paper. The research
results indicate that the model proposed in this paper can easily and effectively predict the range
and trend of changes in surface settlement, and is suitable for practical engineering applications.
Ocena stanu odżywienia pacjentów hemodializowanych
Authors: Stadnik Natalia , Antczak-Komoterska Anna 
Published: October 2023

Wstęp. Częstość występowania przewlekłej choroby nerek (PChN) wzrasta wraz ze starzeniem się społeczeństwa na świecie. W Polsce jest około 16%. Najczęstszymi przyczynami PChN jest cukrzyca i nadciśnienie tętnicze. Bardzo duże znaczenie ma wczesne rozpoznanie tej choroby i wdrożenie działań.
Cel pracy. Ocena stanu odżywienia pacjentów hemodializowanych.
Materiał i metody. Metodą badawczą, którą zastosowano w tej pracy jest metoda sondażu diagnostycznego i metoda szacowania. W tej pracy jako techniki badawcze wykorzystano technikę ankietowania i korzystanie ze skali. Narzędzia jakie wykorzystano w tej pracy to Kwestionariusz ankiety własnego autorstwa, subiektywna globalna ocena stanu odżywienia (SGA), skala NRS – Ocena ryzyka związanego ze stanem odżywienia.
Wyniki.Wyniki badań wskazują zależność pomiędzy wieloma czynnikami na stan odżywienia pacjentów hemodializowanych.
Wnioski.

Stan odżywienia nie zależy istotnie od zmiennych socjodemograficznych.
Stan odżywienia zależy istotnie od apetytu, ilości i wielkości zjadanych posiłków. Osoby, u których apetyt jest bardzo słaby i ilość posiłków jest mała wykazują podejrzenie niedożywienia lub niedożywienie średniego stopnia. Osoby, które przyjmują prawidłową ilość posiłków wykazują prawidłowy stan odżywienia
Stan odżywienia zależy istotnie od wypijanych płynów. W grupie pacjentów przyjmujących mniej niż 3 szklanki dziennie wykazują podejrzenie niedożywienia lub niedożywienie w średnim stopniu. W przypadku przyjmowania przez pacjentów większej ilości płynów, stan odżywienia jest prawidłowy.
Stan odżywienia zależy istotnie od występujących dolegliwości i nasilenia choroby. Występowanie dolegliwości takich jak utarta apetytu, nudności, biegunka, wymioty, jadłowstręt może skutkować złym stanem odżywienia. Taki wniosek można wysunąć dzięki przeprowadzonym badaniom własnym.
Stan odżywienia nie zależy istotnie od poziomu wiedzy na temat prawidłowego żywienia. Zależy natomiast istotnie od przestrzegania jego zasad. Osoby nieprzestrzegające zasad prawidłowego odżywiania wykazują nieprawidłowy stan odżywienia lub jego podejrzenie. Chorzy dializowani, którzy podali, że czasami przestrzegają zasad wykazują prawidłowy stan odżywienia.
QUANTITATIVE AND MORPHOMETRIC PLATELET ANALYSIS IN SYSTEMIC SCLERODERMA: EXPLORING ASSOCIATIONS WITH INFLAMMATION AND DISEASE ACTIVITY
Authors: Yatsyshyn R.I. , Drogomeretska O.I. 
Published: October 2023

Аннотація
Метою цього дослідження було проведення порівняльного аналізу кількісних та морфометричних показників тромбоцитів у хворих на системну склеродермію (ССД) та у здорових осіб; встановлення можливих зв'язків між цими показниками та індикаторами запалення та активності ССД.
Meтоди
Наше дослідження було проведено ретроспективно. Ми вивчили медичні записи 52 осіб з діагнозом SSc, який було підтверджено за допомогою критеріїв класифікації ACR/EULAR 2013 року, а також національних рекомендацій. Крім того, дослідження охоплювало контрольну групу з 30 здорових учасників. Кожен учасник дослідження пройшов ретельну загальну клінічну оцінку. Ступінь активності захворювання оцінювали згідно з рекомендаціями EUSTAR, а тяжкість уражень шкіри оцінювали за адаптованою шкалою оцінки шкіри Роднана (MRSS). Кожній людині проводився розгорнутий аналіз крові (РАК), а також вимірювалася концентрація С-реактивного білка (CRP). Дослідження тромбоцитарних індексів (ТІ) проводили за даними РАК. Наша основна увага охоплювала загальну кількість тромбоцитів (Plt), середній об’єм тромбоцитів (MPV), ширину розподілу тромбоцитів (PDW), тромбокрит (PCT) і співвідношення тромбоцит-лімфоцит (PLR). Статистичний аналіз зібраних даних проводився за допомогою статистичної програми SPSS 26.0.
Результати
Показники інтенсивності запалення були достовірно вищими серед пацієнтів із ССД у порівнянні із групою контролю. ТІ також продемонстрували статистично достовірну різницю при порівнянні двох груп. Так показники MPV та PDW серед осіб із ССД (9.61±0.05 та 18.43±0.06 відповідно) були нижчими, ніж у представників контрольної групи ( 10.94±0.21 та 18.93±0.11 відповідно). Натомість PCT та PLR навпаки були достовірно вищими саме серед пацієнтів із ССД (0.23±0.04 та 111.4 (94.3-125.7 відповідно). Також було визначено кореляційні взаємозв’язки ТІ та ШОЕ, СRP, індексом активності EUSTAR та MRSS. YНайсильніший кореляційний зв’язок виявився між показниками PDW та СRP (-0.78, p<0.005) та індексом активності EUSTAR (-0.74, p<0.05). Кореляційний зв’язок між ТІ та MRSS був слабкої сили та не продемонстрував статистичної достовірності.
ВисновокРівні тромбоцитарних індексів можуть служити легко вимірюваним фактором, що вказує на запальний статус серед осіб із системною склеродермією.
CHANGES IN THE STRUCTURAL AND FUNCTIONAL CHARACTERISTICS OF THE DISTAL COMPARTMENTS OF THE UPPER EXTREMITY AS AN INDICATOR OF THE EFFICIENCY OF THE PHYSICAL THERAPY AND OCCUPATIONAL THERAPY PROGRAM IN THE SOLDIERS WITH GUNSHOT POLYSTRUCTURAL FRACTURE OF
Authors: Zaslavskyi P.S. 
Published: October 2023

Резюме. Мета: оцінити ефективність впливу розробленої програми фізичної терапії, ерготерапії (кистьової терапії) на параметри структурно-функціональних характеристик дистальних відділів верхньої кінцівки у поранених з наслідками вогнепального поліструктурного перелому кісток передпліччя у постіммобілізаційному періоді
Методи. Обстежено 49 військовослужбовців з наслідками вогнепального поліструктурного перелому кісток передпліччя у ранньому постіммобілізаційному періоді. Група порівняння (23 осіб) проходила реабілітацію згідно загальних поліклінічних принципів. Основну групу (26 осіб) склали хворі, які проходили реабілітацію із застосуванням засобів та принципів кистьової терапії (терапевтичні вправи та функціональне тренування для китиці та пальців, передпліччя, плеча, всіх суглобів верхньої кінцівки, вправ на столі «MAPS THERAPY»; масаж верхньої кінцівки; кінезіологічне тейпування; Proprioceptive Neuromuscular Facilitation, лікування положенням за допомогою ортезів) тривалістю 2 місяці. Ефективність програми оцінювали за наявністю та ступенем різницею обхватів передпліччя та променево-зап’ясткового суглоба, результатами мануального м’язового тестування, кистьової динамометрії, опитувальником Patient-Rated Wrist Evaluation.
Результати. У поранених з наслідками вогнепального поліструктурного перелому кісток передпліччя у постіммобілізаційному періоді виявлено різницю обхватних розмірів променево-зап’ясткового суглоба та передпліччя, зниження сили м’язів передпліччя та китиці, погіршення їх функціональних здатностей. Після реабілітаційного втручання у всіх обстежених осіб виявлено зменшення різниці обхватних розмірів, збільшились сила китиці та м’язів передпліччя, покращилось функціонування дистальних відділів верхньої кінцівки. За всіма досліджуваними показниками пацієнти обох груп виявили статистично значуще кращий результат у порівнянні із вихідними даними (р<0,05), проте особи основної групи показали кращий результат, ніж пацієнти групи порівняння (р<0,05).
Висновки. Програма кистьової терапії продемонструвала статистично значуще кращий вплив (р<0,05) на всі досліджувані показники у порівнянні із поліклінічною реабілітаційною програмою, що підтверджує необхідність застосування у пацієнтів з ушкодженнями верхньої кінцівки спеціалізованих напрямки відновлення, які враховують анатомо-фізіологічні особливості верхньої кінцівки та її роль у здійсненні активностей повсякденного життя.
Ключові слова: фізична терапія, ерготерапія, реабілітація, перелом кісток, вогнепальне поранення.