bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Characterization of Novel Straboviridae Phages Enhancing Antibiotic Efficacy and Biofilm Inhibition Against MDR Escherichia coli
Authors: Shamsuzzaman Md , kim Shukho , Choi Yoon-Jung , Kim Jungmin 
Published: February 2025

Abstract

Multidrug-resistant Escherichia coli (MDR-E. coli) is a significant public health concern due to its resistance to multiple antibiotics, which complicates infection treatment. Phages are gaining attention for their specific lytic activity against pathogenic bacteria. This study aimed to isolate and characterize lytic bacteriophages designated as EC.W1-1 and EC.W15-3, targeting different sequence types (STs) of multidrug-resistant E. coli. The isolated phages, EC.W1-1 and EC.W15-3, belonged to the Straboviridae family and the genus Tequatrovirus. Phages remained stable at pH 2–10 for 4h and below 80°C for 1h. They exhibited in vitro bacterial lytic activity at various MOIs (10–0.001). The one-step growth curve of phages showed a short latent period of about 10–15 min and a moderate burst size of 64–83 (pfu/cell). Phages genome size ranged from 37,736–123,792bp, with G + C content of 35.6–37.2%. No virulence or drug-resistance genes were detected, enhancing their safety profile. Most predicted coding sequences (CDSs) in the phages analyzed were associated with various putative functions like tail protein, holin, lysis protein, head protein, structural proteins, and DNA replication, transcription, and repair proteins. Furthermore, the study explored the combined effects of phages and antibiotics, showing effective inhibition of ESBL-producing and carbapenem-resistant E. coli (CREC) with sub-lethal antibiotic doses. In addition, phages suspensions can eliminate biofilm formed against different STs of MDR E. coli. Therefore, we concluded that EC.W1-1 and EC.W15-3 have potential therapeutic properties, providing an alternative to antibiotic for treating various pathogenic MDR E. coli sequence types.
Аристофан и Платон о подлинной мудрости
Authors: Куликов С.Б. , Лобанов В.В. 
Published: February 2025

В исследовании представлена модель, актуализирующая диалог между представителями драматургии (Аристофан) и философии (Платон) в Древней Греции. Экстраполяция полученных результатов на современную ситуацию открывает перспективы диалогических способов взаимодействий между представителями различных сфер культурной жизни. Ценности, которыми руководствуются такие представители, могут быть различны, но всегда должна сохраняться общность суждений о том, что противоборствующая сторона исходит из иных философских принципов, а не только заблуждается. Экспликация принципов требует усилий всех участников диалога, общие возможности для чего предлагает античная мысль. Это показывает непреходящее значение античных идей и идеалов в истории человеческой культуры.
Парадокс Лжеца и Первая теорема Геделя о неполноте
Authors: Целищев В.В. 
Published: February 2025

В статье критически анализируется некорреткное использование метаматематических результатов, в частности, Первой теоремы Геделя о неполноте для экспликации Дж. Баркером Парадокса Лжеца. Показано, что такая экспликация, подвергающая сомнению известное определение истины в самом языке, основан на ошибочном использовании ключевых конструкций Геделя- идеи подстановки и диагональной леммы. Критика предлагаемой Баркером экспликации Парадокса Лжеца показывает определенные ограничения в демонстрации эвристической аналогии между Преложением Лжеца и геделевым предложением.
О делении философских дисциплин и единстве философского знания у Аристотеля
Authors: Волкова Н.П. 
Published: February 2025

В статье рассмотрен круг проблем, связанных с делением теоретических наук у Аристотеля. Согласно Аристотелю, все науки делятся на три части, согласно тем целям, которые они себе ставят, а именно: на теоретические, практические и теоретические. Первыми среди них выступают науки теоретические, цель которых знание ради знания. Сам Аристотель называет их теоретическими философиями (φιλοσοφίαι θεωρητικαί), среди которых физика, математика и теология. Каждая из них имеет дело с сущностью или частью сущего, используя для его познания аподиктический метод доказательства. В своей статье автор ставит вопрос, каким образом возможно такое деление теоретических наук и что может гарантировать единство философского знания как такового. Автор приходит к выводу, что помимо указанных форм теоретического знания существует еще одна форма знания, которую Аристотель в «Метафизике» называет просто мудростью и которая занимается первыми принципами бытия и мышления. Именно она лежит в основании всего корпуса теоретических дисциплин
«Следы прошлого». Аристотель – историк философии
Authors: Афонасин Е.В. 
Published: February 2025

Согласно позднейшим сообщениям (Синесий, Calvit. Enc. 22.85c, Аристотель, О философии, фр. 8), Аристотель считал, что мудрые изречения представляют собой «следы» (enkataleimmata) былого искусства (tekhne), сохранившиеся, благодаря своей краткости и меткости, даже после того, как породившие это искусство древние цивилизации погибли в мировом катаклизме. В этом отношении они представляют собой важные указатели, позволяющие ретроспективно реконструировать интеллектуальную историю Греции. Нам представляется, что с уникальным для его времени историческим чутьем, Аристотель предпринимает подобную реконструкцию, хотя некоторые современные исследователи не согласились бы с подобным утверждением. Статья дополнена переводом избранных фрагментов и свидетельств об утраченных сочинениях Аристотеля, прежде всего, из его О философии, О поэтах и О пифагорейцах. Во вступительной статье и комментариях я предлагаю ряд наблюдений, позволяющих судить о том, как Аристотель использовал свои исторические наблюдения в философских сочинениях, тем самым проложив путь к систематическим историографическим исследованиям, впоследствии предпринятых его преемниками в заданном им институциональном контексте.
Силлогизм о добродетельных мудрецах
Authors: Слинин Я.А. 
Published: February 2025

В статье рассматривается аристотелевская теория индукции и изучается ее влияние на развитие теории индукции Аль-Фараби. Индуктивные силлогизмы античной и средневековой логики сопоставляются с современной теорией индуктивного вывода.
The article deals with the Aristotelian doctrine of induction and its influence on the theory of induction of Al-Farabi. Inductive syllogisms of antiquity and the Middle Ages are compared with modern inferences by induction
К интерпретации эпистемологического определения метода сравнения у Аристотеля
Authors: Тантлевский И.Р. 
Published: February 2025

Автор выявляет принципиально значимую параллель в засвидетельствованных в «Евдемовой этике» (Ethica Eudemia, VII, 1245b.13–14) Аристотеля и у Экклесиаста (Эккл. 7:27) определениях метода познания через сравнение вещей и сущностей. При этом особое внимание уделяется рассмотрению семантического поля ключевых терминов, используемых в соответствующих формулировках. Приводимые в статье примеры применения Экклесиастом разработанной им методологии познания показывают, что его «пессимистические» и «скептические» утверждения — это лишь суждения, с которыми сопоставляются подчас прямо противоположные посылки в процессе его рассуждений, итогом которых оказываются весьма оптимистичные выводы; так что и «противоречивость» Экклесиаста оказывается лишь кажущейся.
The author reveals a fundamentally significant parallel in the definitions of the method of cognition through a comparison of things and essences, attested in Aristotle's “Eudemian Ethics” (VII, 1245b.13-14) and in Ecclesiastes ( Eccl. 7:27). With this particular attention is paid to the consideration of the semantic field of key terms used in the corresponding formulations. The examples of Ecclesiastes's application of the methodology of cognition developed by him demonstrate that his “pessimistic” and “skeptical” statements are only judgments with which sometimes directly opposite premises are compared in the process of his reasoning, which results in rather optimistic conclusions; so that the “inconsistency” of Ecclesiastes proves to be only seeming
О МЕСТЕ ТРАКТАТА "О ЮНОСТИ И СТАРОСТИ, ЖИЗНИ И СМЕРТИ И О ДЫХАНИИ" В КОРПУСЕ АРИСТОТЕЛЕВСКИХ СОЧИНЕНИЙ, ЕГО НАЗВАНИИ И РАЗДЕЛЕНИИ ТЕКСТА ИЗДАТЕЛЯМИ
Authors: СОЛОПОВА М.А. 
Published: February 2025

В статье рассмотрены текстологические проблемы, связанные с изданием трактата «О юности и старости, жизни и смерти», входящего в состав серии малых естественнонаучных сочинений (Parva naturalia), засвидетельствованные в источниках варианты названия трактата, его место в ряду других естественнонаучных сочинений Аристотеля. Прослеживается связь с трактатом «О долготе и краткости жизни», новизна по сравнению с ним и соотнесенность с трактатом «О душе». Особое внимание уделено сопоставлению трактата с сочинениями Аристотеля по натурфилософии и биологии («О частях животных», «О движении животных», «О возникновении животных»). Обсуждаются понятия жизни, функции растительной души, локализация души в середине, связи с этим определение «середины» как середины души и середины тела, направление верха и низа. Для понимания термина «врожденная природная теплота» предлагается сопоставить данный термин с терминологией трактата «О движении животных» и «О возникновении животных».
The article deals with some textual issues related with Aristotle's treatise “On Youth and Old Age, Life and Death" (De juventute et senectute et vita et morte). This text is conventionally included in the so-called “small scientific works” (Parva naturalia). In the article I considers the title variants testified in the sources as well as the place the treatise occupies within the set of Aristotle's scientific works. I trace the parallels of this treatise with another Aristotle's works, such as “De longitudine et brevitate vitae” and “De anima”. The treatise is further compared with Aristotle's works on physics and biology, esp. “De partibus animalium”, “De motu animalium”, “De generatione animalium”. I discuss the concept of life, functions of the vegetative soul, its “medial” location, and Aristotle's definition of the soul's and body's «midpoint» in respect to the «upward» and «downward» directions. For understanding the meaning of the term «innate natural heat» it is proposed to compare it with the terminology of such Aristotelian works as “De motu animalium” and “De generatione animalium”.
О соотношении категорий to lekton в философии стоиков и Sinn в семантической теории Г. Фреге: вопрос об их эпистемологическом статусе
Authors: Суровцев В.А. 
Published: February 2025

В статье проводится сравнительный анализ категории стоиков to lekton и категории Г. Фреге Sinn. Эксплицируются некоторые формальные черты этих категорий, которые демонстрируют сходство логических теорий стоиков и Фреге. Показано, что понятие полного lekton (axiōma) в учении стоиков имеет такую же структуру, как и понятие мысли (Gedanke) в семантической теории Фреге. Однако формальное сходство между lekton и Sinn не означает доктринального сходства с точки зрения эпистемологического статуса этих категорий.
The article deals with the comparative analyses of the Stoic category to lekton and G. Frege's category Sinn. This essay explicates some formal features of these categories, which demonstrate certain similarities between the Stoic and Fregean logical theories. It is demonstrated that the concept of the complete lekton (axiōma) in the Stoic doctrine has the same structure as the concept of thought ( Gedanke ) in Fregean semantic theory. However, the formal structural similarity between these concepts does not presupposes the doctrinal similarity of these categories from the point of view of their epistemological status.
Пирроновский скептицизм и Вторая теорема Гёделя о неполноте
Authors: Целищев В.В. 
Published: February 2025

В статье сопоставляются скептицизм Пиррона и современные интерпретации Второй теоремы Гёделя в качестве скептического вызова в отношении современной математики. Продемонстрировано, что эпистемологическая рамка ограничительных теорем Гёделя в целом согласуется со скептической рефлективной схемой, представленной у Секста Эмпирика.
The article compares the Pyrrhonian skepticism with the interpretations of Gödel's Second Theorem as a skeptical challenge in modern mathematics. It is shown that the epistemological framework of Gödel's restrictive theorems fits into the skeptical reflection scheme of Sextus Empiricus.
An Elongated Shrieking Song That Envisions Glimpses of Liberation Through Overwhelm
Authors: Saleh Raoni/Muzho 
Published: February 2025

In “An Elongated Shrieking Song That Envisions Glimpses of Liberation through Overwhelm” I explore my artistic practice of moaning through the lens of “traumatophilia” and “overwhelm” as proposed by Avgi Saketopoulou, a Greek psycho-analyst practicing in New York. I am braiding into these reflections the question of Saidiya Hartman’s in “Venus in Two Acts” that has been delightfully haunting me, that is: “What are the kinds of stories to be told by those and about those who live in such an intimate relationship with death? Romances? Tragedies? Shrieks that find their way into speech and song?” This contemplation on the moan calls for a renewed relationship to cultural performances of loss and grief as forms of protest and disruption of public amnesia, in times of rising fascism, militarisation and ongoing genocides.
Liquid metal technology for collecting metal resources from seawater desalination brine and polluted groundwater
Authors: Horikawa T. , Masuda M. , Oh M. , Kondo Masatoshi 
Published: February 2025

ABSTRACT

The collection of metal resources from seawater desalination brine is a promising technology to achieve a sustainable developing society. The production of freshwater from groundwater polluted by arsenic (As) has potential to satisfy huge water demand. However, conventional methods require large energy consumption and treatment of contaminated wastes. The present study proposes the application of liquid metal tin (Sn) for collecting metallic elements such as sodium (Na), magnesium (Mg), potassium (K), calcium (Ca) and As from the brine and polluted groundwater, in which any waste is not released. The metallic elements were accumulated in liquid Sn pool in the direct contact distillation process of the brine. Each metallic element possessed own solubility in liquid Sn, which was functioned with the liquid temperature in the range of 505–573 K. K started to precipitate at the early stage and the growth immediately stopped. In the same time, Na started to precipitate and gradually grew. Ca started to precipitate and the growth immediately stopped after K did. Mg could gradually grow. The purification of the polluted water was performed by direct contact reaction between As-polluted water and liquid Sn. The polluted water was efficiently distilled since As was captured by liquid Sn.
Nowa filozofia usług. Perspektywa badawcza na podstawie antropologicznej wykładni Kazimierza Rogozińskiego
Authors: Nowak Paweł , Morze Magdalena 
Published: February 2025

W artykule zaprezentowano nową perspektywę definiowania usługi, która oparta została na wykładni Kazimierza Rogozińskiego. Jej podstawa teoretyczna odwołuje się do antropologii, a punktem wyjścia dla jej ustanowienia była cecha człowieka – niesamowystarczalność bytowa. Nowa filozofia usług przeciwstawia się tym samym ekonomicznej optyce, która współcześnie zdominowała sposób myślenia i mówienia o usługach. W jej ramach usługa stanowi wyłącznie formę działalności gospodarczej, a kulturowa i społeczna wartość usługi jest całkowicie pomijalną częścią. Z tego „po-ekonomicznego odpadku” ustanowiono w nowej filozofii usług wartość nadrzędną, która stanowi istotę usługi.
------------------------------------------------------
Zgłoszono: 16/08/2023. Zrecenzowano: 10/06/2024. Zaakceptowano do publikacji: 2/07/2024.
UPLC-Q-TOF-MS, Network Pharmacology and Molecular Docking to Reveal the Antidepressant Mechanism of the Different Components of Medicinal and Edible Lilies (Lilium sp. pl)
Authors: Tan Zhaoyang , Huang Linghe , Tian Yanqiu , Jiang Sai , Wang Zhi , Long Hongping , Tong Qiaozhen , Li Shunxiang , Jiang Lin 
Published: February 2025

Background and Objectives:
To explore the mechanism of action of the differential
components of medicinal and edible lilies in treating depression by network pharmacology using
UPLC-Q-TOF-MS technology.

Methods:
The chemical composition of medicinal and edible lilies was analyzed, screening for
unique medicinal compounds. Searched for depression-related targets. Constructed PPI networks.
Performed GO and KEGG analyses. Built a network of differential components, and conducted
molecular docking. In addition, the contents of regaloside before and after lily processing
were compared

Results:
Medicinal lilies and edible lilies have 17 main differences, including regaloside B and
regaloside E. There are 179 targets for actives, 2690 for antidepressants, and 98 intersected. Core
targets (7) led to 238 GO processes and 107 KEGG pathways. The molecular docking results
showed that 17 components, including regaloside B, regaloside E, (25R)-3β,17α-Dihydroxy-5α-
spirostan-6-one 3-O-α-L- rhamnopyranosyl-(1→2)-β- D-glucopyranoside (Named: Lilium lancifolium
saponin), etc. could act on 7 potential targets such as EGFR, HSP90AA1, STAT3, TNF,
etc. to exert antidepressant effects.

Conclusion:
This study employed a network pharmacology combined with a molecular docking
approach to compare the active constituents of medicinal and edible lilies in antidepressants, and
their pharmacological mechanisms, both theoretically and technically. The phytoconstituents
were found to act mainly by inhibiting the inflammatory response in depression. Especially Lilium
lancifolium saponin may have a close relationship with antidepressants. These results provide
some justification for lilies in the treatment of depression.
Comparison of Clinical Outcomes between Newly Diagnosed and Pre-Existing Diabetes Mellitus Patients after Acute Coronary Syndrome
Authors: Lee Wei-Chieh , Chen Huang-Chung , Fang Chih-Yuan , Tsai Yi-Hsuan , Hsieh Yun-Yu , Chen Tien-Yu , Fang Yen-Nan , Wu Po-Jui , Fang Hsiu-Yu , Liu Ping-Yen 
Published: February 2025

Aim:
This study aimed to evaluate clinical outcomes, including recurrent acute coronary
syndrome (ACS) and mortality, in ACS patients with varying HbA1c levels, addressing the controversy
over optimal targets in those with newly diagnosed and pre-existing diabetes mellitus (DM).

Methods:
From January 2005 to December 2019, a total of 33,990 patients were identified with ACS
in the Chang Gung Research Database based on their medical history. After excluding patients without
DM and baseline or subsequent HbA1C data, a cohort of 11,870 DM patients was divided into
two groups: one consisting of 6,089 patients with newly diagnosed DM and the other comprising
5,781 patients with pre-existing DM.

Results:
During the three-year follow-up, the pre-existing DM group experienced worse clinical outcomes,
such as increased rates of re-ACS, major bleeding, cardiovascular (CV) events, and all-cause
mortality. Optimal HbA1c levels for mitigating re-ACS and/or CV mortality and all-cause mortality
appeared to differ between the two DM cohorts. Re-ACS and CV mortality reached their highest at an
HbA1c of 6.8% for all DM patients, 6.6% for newly diagnosed, and 6.7% for pre-existing cases. The
greatest all-cause mortality risk was at an HbA1c of 7.4% for all DM patients, 7.0% in newly diagnosed,
and 8.2% in pre-existing patients.

Conclusion:
Upon comparing newly diagnosed DM patients with those with pre-existing DM, a
poorer prognosis was observed in the latter group, attributed to older age and a higher burden of
comorbidities. Throughout the follow-up period, maintaining consistently low HbA1c levels did not
reduce the incidence of re-ACS nor enhance survival rates.
Novel Statistical Approaches for Survival Analysis of RNA-Sequencing Data
Authors: Cephe Ahu , Koçhan Necla , Zararsız Gözde Ertürk , Sezgin Ahmet , Karabulut Erdem , Zararsız Gökmen 
Published: February 2025

Background:
Accurate patient survival predictions are vital for effective cancer treatments.
Precision medicine uses gene expression data to improve prognosis by considering genetic
variability.

Objective:
Predicting survival in cancer patients using high-dimensional gene expression data, such
as RNA-sequencing (RNA-seq), attracted much attention in recent years. However, the literature
contains limited algorithms for survival modeling that account for the high dimensionality, heterogeneity,
and correlated genes of RNA-seq data. This study aims to develop novel approaches for
predicting survival and identifying biomarkers using RNA-seq data.

Methods:
Survival data of RNA-seq is first transformed into binary classification data using a stacking
algorithm. Then, block-based priority-Lasso and IPF-Lasso algorithms are applied to the dataset,
which includes two distinct types of variables. Additionally, sample weights obtained from the
voom transformation are incorporated. Our approaches, named voomStackLasso, are tested on 12 real
datasets from the TCGA database. We used Harrell's concordance index and the integrated Brier score
to evaluate model performance, and the number of selected features to assess model sparsity.

Results:
The results indicated that the voomStackLasso algorithms demonstrated comparable or superior
performance compared to other existing survival algorithms. Furthermore, we have introduced
an R package called MLSeqSurv, which allows for the utilization of both established survival
algorithms from the literature and voomStackLasso algorithms for RNA-seq data.

Conclusion:
This study introduces two new algorithms for the survival analysis of RNA-seq data.
Additionally, this study has led to new research directions for applying both existing and newly developed
classification algorithms to the survival analysis of RNA-seq data.
Food Insecurity and Risk of Hospitalization among Adults Receiving In-Center Hemodialysis
Authors: Taylor Kathryn S. , Santos Sydney R. , Novick Tessa K. , Chen Yuling , Smith Owen , Perrin Nancy , Crews Deidra C. 
Published: February 2025

Background:
Food insecurity is common among people receiving in-center hemodialysis and living in residentially segregated communities. Food insecurity is associated with hospitalization in other chronic diseases but is understudied in the adult dialysis population.

Methods:
We examined the association of food insecurity with all-cause hospitalization risk among adults receiving in-center hemodialysis. From February through December 2021, we conducted a prospective cohort study of adults at 17 dialysis facilities in Maryland, Washington D.C., and Virginia. Participants completed a food insecurity survey at baseline and were monitored through their dialysis facility electronic medical record for six months. We censored participants upon change in dialysis modality, kidney transplantation, transfer to a non-participating dialysis facility, loss to follow-up, death, or end of the study follow-up period.

Results:
We enrolled 322 participants. Out of the 288 participants with survey and clinical record data, 61 (22%) reported food insecurity in the previous year and 91 (32%) experienced an all-cause hospitalization. Thirty-nine (13%) participants were censored before the end of the study period.
Food insecurity was not a significant predictor of all-cause hospitalization in the full sample (adjusted hazard ratio [aHR] 1.06, 95% CI 0.63 – 1.8). In exploratory analyses, all-cause hospitalization risk differed among younger and older participants reporting food insecurity, suggesting effect modification by age group (<55 years: aHR 2.00, 95% CI 0.91 – 4.42; ≥ 55 years: aHR 0.63, 95% CI 0.28 – 1.41; P-value for interaction 0.06). The risk of fluid or electrolyte-related hospitalizations among participants reporting food insecurity was three-fold higher than participants who were food secure (aHR 3.04, 95% CI 1.16 – 7.96).

Conclusions:
In a cohort of adults receiving in-center hemodialysis, food insecurity was not associated with all-cause hospitalization but was associated with fluid or electrolyte-related hospitalization. Younger adults receiving in-center hemodialysis may be more susceptible to consequences of food insecurity.