bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Comparison of targeted next-generation sequencing and the Xpert MTB/RIF assay for detection of
Mycobacterium tuberculosis
in clinical isolates and sputum specimens
Authors: Zhang Hongtai , Dai Xiaowei , Hu Peilei , Tian Lili , Li Chuanyou , Ding Beichuan , Yang Xinyu , He Xiaoxin 
Published: April 2024

ABSTRACT

Targeted next-generation sequencing (tNGS) can be used to perform
Mycobacterium tuberculosis
(MTB) complex-specific amplification or target capture directly from sputum samples, yielding simultaneous coverage of many genes and DNA regions associated with antimicrobial resistance (AMR). Performance comparisons of tNGS and another molecular testing tool, Xpert MTB/rifampicin (RIF), have been empirical. Here, using a dilution series of a RIF-resistant clinical isolate of MTB, we found that tNGS had a slightly lower limit of bacterial detection (10
2
CFU/mL) compared with Xpert MTB/RIF (10
3
CFU/mL) in culture medium. However, the minimum detection limit of the
rpoB
S450L mutation in this isolate was significantly lower with tNGS (10
2
CFU/mL) than with Xpert MTB/RIF (10
6
CFU/mL). Sputum samples collected from 129 suspected pulmonary tuberculosis patients were also prospectively studied with the clinical diagnosis as a reference, revealing that the sensitivity of tNGS (48.6%) was higher than those of culture (46.8%), Xpert MTB/RIF (39.4%), and smear microscopy (34.9%) testing. Notably, AMR analysis of 56 MTB-positive samples as determined by tNGS revealed high mutation frequencies of 96.4%, 35.7%, 26.8%, and 19.6% in the following AMR-associated genes:
rrs
,
rpoB
,
katG
, and
pncA
, respectively. The findings of this study provide theoretical support for the differential clinical application of tNGS and Xpert MTB/RIF and suggest that tNGS has greater application value in tuberculosis drug resistance monitoring and prevention.

IMPORTANCE

Targeted next-generation sequencing (tNGS) can be used to perform
Mycobacterium tuberculosis
(MTB) complex-specific amplification or target capture directly from sputum samples, yielding simultaneous coverage of genes and DNA regions associated with antimicrobial resistance (AMR). Performance comparisons of tNGS and Xpert MTB/rifampicin (RIF) have been empirical. The Xpert MTB/RIF assay is a commercial system that uses the nucleic acid amplification detection method for rapid (2 hours) diagnosis of tuberculosis (TB). The cost of the tNGS and Xpert MTB/RIF assays in this study was similar, at USD 98 and USD 70–104 per sample, respectively, but the time required for tNGS (3 days) was much longer than that required for the Xpert MTB/RIF assay. However, tNGS yielded more accurate results and a larger number of AMR-associated gene mutations, which compensated for the extra time and highlighted the greater application value of tNGS in TB drug resistance monitoring and prevention.
SARS-CoV-2 infection by trimester of pregnancy and adverse perinatal outcomes: a Mexican retrospective cohort study
Authors: Ghosh Rakesh , Gutierrez Juan Pablo , de Jesús Ascencio-Montiel Iván , Juárez-Flores Arturo , Bertozzi Stefano M 
Published: April 2024

ObjectiveConflicting evidence for the association between COVID-19 and adverse perinatal outcomes exists. This study examined the associations between maternal COVID-19 during pregnancy and adverse perinatal outcomes including preterm birth (PTB), low birth weight (LBW), small-for-gestational age (SGA), large-for-gestational age (LGA) and fetal death; as well as whether the associations differ by trimester of infection.Design and settingThe study used a retrospective Mexican birth cohort from the Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico, between January 2020 and November 2021.ParticipantsWe used the social security administrative dataset from IMSS that had COVID-19 information and linked it with the IMSS routine hospitalisation dataset, to identify deliveries in the study period with a test for SARS-CoV-2 during pregnancy.Outcome measuresPTB, LBW, SGA, LGA and fetal death. We used targeted maximum likelihood estimators, to quantify associations (risk ratio, RR) and CIs. We fit models for the overall COVID-19 sample, and separately for those with mild or severe disease, and by trimester of infection. Additionally, we investigated potential bias induced by missing non-tested pregnancies.ResultsThe overall sample comprised 17 340 singleton pregnancies, of which 30% tested positive. We found that those with mild COVID-19 had an RR of 0.89 (95% CI 0.80 to 0.99) for PTB and those with severe COVID-19 had an RR of 1.53 (95% CI 1.07 to 2.19) for LGA. COVID-19 in the first trimester was associated with fetal death, RR=2.36 (95% CI 1.04, 5.36). Results also demonstrate that missing non-tested pregnancies might induce bias in the associations.ConclusionsIn the overall sample, there was no evidence of an association between COVID-19 and adverse perinatal outcomes. However, the findings suggest that severe COVID-19 may increase the risk of some perinatal outcomes, with the first trimester potentially being a high-risk period.
Protocol for the Adolescent Menstrual Experiences and Health Cohort (AMEHC) Study in Khulna, Bangladesh: A Prospective cohort to quantify the influence of menstrual health on adolescent girls’ health and education outcomes.
Authors: Hennegan Julie , Hasan Md Tanvir , Jabbar Abdul , Jalil Tasfiyah , Kennedy Elissa , Hunter Erin , Kaiser Adrita , Akter Sabina , Zaman Afreen , Rahman Mahfuj-ur , Dunstan Laura , Head Alexandra , Scott Nick , Weiss Helen Anne , Win Thin Mar , Melendez-Torres G J , Than Kyu Kyu , Hughes Chad L , Grover Sonia , Hasan Mahadi , Rashid Sabina Faiz , Azzopardi Peter 
Published: April 2024

BackgroundMenstrual health is essential for gender equity and the well-being of women and girls. Qualitative research has described the burden of poor menstrual health on health and education; however, these impacts have not been quantified, curtailing investment. The Adolescent Menstrual Experiences and Health Cohort (AMEHC) Study aims to describe menstrual health and its trajectories across adolescence, and quantify the relationships between menstrual health and girls’ health and education in Khulna, Bangladesh.Methods and analysisAMEHC is a prospective longitudinal cohort of 2016 adolescent girls recruited at the commencement of class 6 (secondary school, mean age=12) across 101 schools selected through a proportional random sampling approach. Each year, the cohort will be asked to complete a survey capturing (1) girls’ menstrual health and experiences, (2) support for menstrual health, and (3) health and education outcomes. Survey questions were refined through qualitative research, cognitive interviews and pilot survey in the year preceding the cohort. Girls’ guardians will be surveyed at baseline and wave 2 to capture their perspectives and household demographics. Annual assessments will capture schools’ water, sanitation and hygiene, and support for menstruation and collect data on participants’ education, including school attendance and performance (in maths, literacy). Cohort enrolment and baseline survey commenced in February 2023. Follow-up waves are scheduled for 2024, 2025 and 2026, with plans for extension. A nested subcohort will follow 406 post-menarche girls at 2-month intervals throughout 2023 (May, August, October) to describe changes across menstrual periods. This protocol outlines a priori hypotheses regarding the impacts of menstrual health to be tested through the cohort.Ethics and disseminationAMEHC has ethical approval from the Alfred Hospital Ethics Committee (369/22) and BRAC James P Grant School of Public Health Institutional Review Board (IRB-06 July 22-024). Study materials and outputs will be available open access through peer-reviewed publication and study web pages.
Protein requirements may be lower on a training compared to rest day but are not influenced by moderate training volumes in endurance trained males
Authors: Moore Daniel R. , Gillen Jenna B. , West Daniel W.D. , Kato Hiroyuki , Volterman Kimberly A. 
Published: April 2024

The impact of training volume on protein requirements in endurance trained males was investigated with indicator amino acid oxidation (IAAO) methodology on a recovery day (REST) or after a 10 or 20 km run while consuming a single suboptimal protein intake (0.93 g/kg/day). Phenylalanine excretion (F13CO2; inverse proxy for whole body protein synthesis) was greatest and phenylalanine net balance was lowest on REST compared to post-exercise recovery with no difference between training volumes. Single point F13CO2 was indistinguishable from past IAAO studies using multiple protein intakes. Our results suggest that protein requirements may be greatest on recovery days but are not influenced by moderate training volumes in endurance athletes.
МІКРОБІОЦЕНОЗ ШКІРИ У ХВОРИХ НА ЕКЗЕМУ
Authors: Чубірко К. І. 
Published: April 2024

РЕЗЮМЕ. Серед алергічних захворювань шкіри екзема є найпоширенішим алергодерматозом із тенденцією до тривалого хронічного перебігу зі зниженням працездатності хворих, що є однією з найактуальніших проблем сучасної дерматології. У структурі патології шкіри екзема в різних регіонах складає від 15 до 20 %, має тенденцію до зростання як серед осіб дитячого, так і дорослого працездатного віку.
Мета роботи – вивчення особливостей мікробіоценозу шкіри у хворих з різним клінічним перебігом екземи та визначення його ролі у розвитку дерматозу.
Матеріал і методи. Під спостереженням перебували 103 хворих (62 чоловіки та 41 жінка) на екзему у віці від 20 до 39 років. У 14 з них діагностовано дисгідротичну форму екземи, у 15 – у монетоподібну, у 36 – істинну та у 38 – мікробну. Матеріал для бактеріологічного дослідження забирали за допомогою методу відбитків з наступною мікробіологічною ідентифікацією мікроорганізмів.
Результати. У хворих на дисгідротичну та монетоподібну екзему спостерігається біінфікованність вогнищ ураження з облігатною наявністю у складі мікробних асоціацій S. aureus та епізодичною присутністю Micrococcus, Bacillus, Sarcina та поява E. coli. Істинній і мікробній формам екземи притаманно більше розгалуження характеру агентів мікробних асоціацій, тобто розвиток поліінфікування та зростання питомої ваги E. coli та інших мікроорганізмів.
Крім того, екзематозному процесу, незалежно від клінічного перебігу дерматозу, властивий надмірний ріст S. aureus, Str. Рyogenes, S. epidermidis, S. saprophyticus, Sarcina, E. coli та інших мікроорганізмів. Ці мікробіологічні дані слід враховувати при виборі терапевтичної тактики.
Висновки. 1. У хворих на дисгідротичну та монетоподібну екзему спостерігається біінфікованість вогнищ ураження з облігатною наявністю у складі мікробної флори шкіри S. aureus, епізодичною участю в ньому інших мікроорганізмів (Micrococcus, Bacillus, Sarcina) та поява E. coli.

Істинній і мікробній екземі притаманна розгалуженість спектра мікробних асоціацій у вигляді розвитку поліінфікування та зростання питомої ваги E. coli та «інших мікроорганізмів».
Результати мікробіологічного обстеження хворих на екзему повинні враховуватись при виборі адекватної тактики.
АКТИВНІСТЬ СИСТЕМНОГО ЗАПАЛЕННЯ ТА РІВЕНЬ ЛЕПТИНУ В ПАЦІЄНТІВ ІЗ ГОСТРИМ ІНФАРКТОМ МІОКАРДА ТА РІЗНОЮ МАСОЮ ТІЛА
Authors: Лабінська О. Є. , Галькевич М. П. , Луців Н. З. , Бойків Н. Д. 
Published: April 2024

РЕЗЮМЕ. В осіб з ожирінням гормон лептин визначається в крові у надмірній кількості. Відомо, що він сприяє розвитку ендотеліальної дисфункції. Лептин зумовлює зниження синтезу NO та збільшення кількості моноцитарного хемотаксичного протеїну-1, що, в свою чергу, призводить до вазоконстрикції, а також адгезії лейкоцитів до судинної стінки.
Метою дослідження було з’ясувати активність системного запалення та рівень лептину в пацієнтів із гострим інфарктом міокарда з елевацією сегмента ST (STEMI) за наявності надмірної маси тіла (НМТ) та ожиріння.
Матеріал і методи. Було обстежено 44 пацієнти, у яких визначали концентрацію лептину (імуноферментний набір ELISA з використанням аналізатора і тест-системи DBC) та C-реактивний протеїн (СРП) (тест-система hs СРБ AccuBind® ІФА) у сироватці при поступленні в стаціонар і на 30-ту добу захворювання. Пацієнтів було поділено на 3 групи залежно від індексу маси тіла (ІМТ).
Результати. При поступленні у стаціонар вміст лептину у сироватці крові пацієнтів із STEMI за нормальної маси тіла становив (6,65±0,55) нг/мл, в осіб зі STEMI за наявності НМТ – (16,01±1,73) нг/мл, а в пацієнтів зі STEMI та ожирінням І–ІІІ ст. – (38,64±3,1) нг/мл. У пацієнтів з НМТ та ожирінням значення цього показника були достовірно вищими від рівня лептину в осіб з нормальною масою тіла. Рівні СРП були достовірно вищими у пацієнтів з ускладненнями, порівняно з особами без ускладнень, – як при госпіталізації ((15,12±1,12) мг/л проти (5,17±0,45) мг/л, р<0,001), так і на 30-ту добу спостереження ((5,63±0,71) мг/л проти (2,6±0,36) мг/л, р<0,001).
Висновок. Збільшення маси тіла пацієнтів асоціюється з достовірно вищими значеннями лептину, а серед осіб з ожирінням показник лептинорезистентності (Л/ТГ) достовірно вищий, ніж у хворих з нормальною та надмірною масою тіла.
Рівні СРП були достовірно вищими у пацієнтів з ускладненнями, порівняно з хворими без ускладнень. Одночасно у пацієнтів з ускладненнями було виявлено тенденцію до вищих рівнів лептину.
СТАН КОРОТКОТРИВАЛОЇ ЗОРОВОЇ ПАМ’ЯТІ ТА УВАГИ У ОСІБ З РІЗНОЮ ТЕПЛОЧУТЛИВІСТЮ
Authors: Бідзюра І. Г. 
Published: April 2024

РЕЗЮМЕ. Загальновідомо, що ми живемо в умовах кліматичної кризи.
Метою роботи було оцінити стан короткотривалої зорової пам’яті та уваги в осіб із різною теплочутливістю.
Матеріал і методи. Було проведено тестування 160 осіб підліткового віку, яких попередньо поділили на дві групи – із високою та низькою теплочутливістю – на основі опитувальника «Рівні теплочутливості» (авторське свідоцтво № 115529 від 01.11.2022 р.) та теплової проби. Для оцінки стану короткотривалої зорової пам’яті використовували комп’ютерну програму «Діагност-1», розроблену під керівництвом М. В. Макаренка. Оцінка стійкості уваги, тобто тривалої підтримки уваги на одному об’єкті, проводилася за методикою С. А. Лукомської і Е.Ф. Рибалко.
Результати. Показано, що у підлітків із високою теплочутливістю, порівняно із низькою теплочутливістю, спостерігаються нижчі показники пам’яті та уваги. Установлено взаємозв’язок між показниками пам’яті та уваги в осіб як з низькою, так і з високою теплочутливістю (р<0,001). Високі кореляційні зв’язки виявлено у підлітків із низькою теплочутливістю між усіма показниками як короткотривалої зорової пам’яті, так і уваги (р<0,001). Серед підлітків із високою теплочутливістю встановлено високі кореляційні зв’язки тільки між показником короткотривалої пам’яті на літери (ПАМЛ) і показником короткотривалої пам’яті на цифри (ПАМЦ) (R=0,56), ПАМЛ і стійкістю уваги (а) (R=0,89), ПАМЛ і продуктивністю уваги (В) (R=0,80), ПАМЛ і точністю уваги (С) (R=0,70), ПАМЛ та інтегральним показником стійкості уваги (А) (R=0,77), а і В (R=0,78), а і С (R=0,72), а і А (R=0,77), В і С (R=0,87), В і А (R=0,97), С і А (R=0,97). Середні кореляційні зв’язки у них виявлено між показниками: ПАМЛ і відносної кількості помилок пам’яті на літери (ПОМПАМЛ) (R=-0,32), ПАМЦ і а (R=0,40), ПАМЦ і В (R=0,38), ПАМЦ і С (R=0,38), ПАМЦ і А (R=0,39); та низькі кореляційні зв’язки між ПАМЛ і відносною кількістю помилок пам’яті на цифри (ПОМПАМЦ) (R=-0,11).
Висновки. В осіб із високою теплочутливістю, порівняно із підлітками із низькою теплочутливістю, нижчі показники пам’яті та уваги. Установлено залежність між показниками пам’яті та уваги у підлітків як з низькою, так і з високою теплочутливістю (р<0,001 між показниками за критерієм лінійної кореляції Пірсона). Високі кореляційні зв’язки виявлено в осіб із низькою теплочутливістю між усіма показниками короткотривалої зорової пам’яті та уваги (р<0,001), а серед підлітків із високою теплочутливістю встановлено високі, середні та низькі кореляційні зв’язки між показниками короткотривалої зорової пам’яті та уваги.
Отримані результати стануть науковим підґрунтям в організації ефективної медико-психологічної допомоги, створенні нових методик і технологій корекційно-розвиваючої роботи, що врешті зможе покращити процес адаптації осіб із високою теплочутливістю до умов глобального потепління та підвищити якість їх життя.
МЕТАБОЛІЧНИЙ СИНДРОМ: ПОГЛЯД НА ПРОБЛЕМУ
Authors: Кліщ І. М. 
Published: April 2024

РЕЗЮМЕ. У роботі наведено огляд сучасної наукової літератури щодо поширеності метаболічного синдрому в світі, його ролі у патогенезі серцево-судинної захворюваності, цукрового діабету 2-го типу, а також можливостей немедикаментозного та фармакологічного впливу на окремі його компоненти.
Мета – проаналізувати дані про формування і розвиток метаболічного синдрому, можливості його корекції.
Матеріал і методи. У роботі використано бібліосистематичний та аналітичний методи пошуку та аналізу інформації, отриманої з доступних наукових публікацій.
Результати. Впродовж останніх десятиліть спостерігається невпинне зростання поширеності ожиріння, цукрового діабету 2-го типу, серцево-судинних захворювань. Метаболічні порушення, які виникають на тлі гіподинамії, висококалорійної дієти, хронічного стресу, можуть бути діагностовані у близько третини населення світу і вважаються епідемією ХХІ століття. Близько 85 % осіб із цукровим діабетом 2-го типу мають метаболічний синдром і, заразом, вищий ризик кардіоваскулярних захворювань. Корекція окремих ланок метаболічного синдрому позитивно впливає на показники серцево-судинної захворюваності та смертності, збільшення тривалості та якості життя таких пацієнтів.
Висновки. Незважаючи на велику кількість літературних даних та результатів клінічних досліджень метаболічного синдрому, показники смертності від кардіоваскулярних ускладнень серед таких осіб залишаються високими. Це свідчить про необхідність подальшого вивчення даної проблеми, пошуку можливостей його раннього виявлення і профілактики, ефективних методів лікування.
САМОКОНТРОЛЬ ЯК ВАЖЛИВА СКЛАДОВА ТЕРАПІЇ БРОНХІАЛЬНОЇ АСТМИ
Authors: Мельничайко І. Я. , Андрейчин C. М. , Левчук Р. Д. 
Published: April 2024

РЕЗЮМЕ. Бронхіальна астма (БА) є одним із найпоширеніших хронічних захворювань та уражає 1 з 12 осіб у розвинених країнах світу. Застосовуючи ефективні методи лікування та дотримуючись призначеної терапії астму можна контролювати, проте лише 50 % пацієнтів повідомляють, що їм це вдається. Поширеність самоконтролю астми, як науково-обґрунтованої практики, включено до міжнародних клінічних настанов.
Мета дослідження – проаналізувати сучасний стан досліджень щодо ефективності та поширеності самоконтролю БА.
Матеріал і методи. Для здійснення аналізу наукової інформації за останнє десятиліття було використано пошукові системи PubMed, Google Scholar, UpToDate.
Результати. Дослідження свідчать, що самоконтроль астми знижує кількість загострень захворювання і госпіталізацій та підвищує ефективність лікування. Встановлено, що використання письмового плану дій у поєднанні з регулярним клінічними оглядами значно зменшує використання медичних послуг, покращує якість життя пацієнтів та асоціюється зі зниженням смертності на 70 %. Досліджено, що використання цифрових засобів у пацієнтів з астмою асоціюється з кращим контролем захворювання та меншою кількістю симптомів.
Висновки. Застосування самоконтролю, як складової лікування БА, демонструє покращення клінічних результатів та зниження позапланового використання медичної допомоги. Розвиток цифрових технологій сприяє підвищенню ефективності самоконтролю астми. Обов’язком усіх спеціалістів, які надають медичну допомогу пацієнтам з БА, є забезпечення таких осіб планом дій та персоналізованими настановами, що дозволять їм покращити та оптимізувати самоконтроль.
УЛЬТРАСТРУКТУРНІ ПРОЯВИ ПРОТЕКТОРНОГО ВПЛИВУ НА МІОКАРД БУРШТИНОВОЇ КИСЛОТИ, ОКСИБУТИРАТУ НАТРІЮ І КВЕРЦЕТИНУ ЗА УМОВ ЕКСПЕРИМЕНТАЛЬНОГО МОДЕЛЮВАННЯ СЕРЦЕВОЇ НЕДОСТАТНОСТІ
Authors: Герасимюк К. О. , Гнатів В. В. , Левенець О. О. 
Published: April 2024

РЕЗЮМЕ. Патологія серцево-судинної системи на сьогоднішній день належить до основних причин смертності та інвалідизації населення у більшості країн світу. Тому дослідження останніх років спрямовані на пошуки ефективних засобів запобігання розвитку необоротних некробіотичних процесів у міокарді.
Мета – встановити ультраструктурні ознаки протекторного впливу бурштинової кислоти, оксибутирату натрію і кверцетину при моделюванні адреналінової дистрофії міокарда.
Матеріал і методи. Експерименти проведено на білих лабораторних безпородних молодих щурах. Моделювання пошкодження міокарда з розвитком ознак серцево-судинної недостатності здійснювали за відомою методикою О. О. Маркової. Корекцію порушень проводили шляхом застосування бурштинової кислоти, оксибутирату натрію і кверцетину.
Результати. При моделюванні адреналінової міокардіодистрофії вже через 2 години від початку експерименту відмічалися досить чіткі ознаки порушення як гемомікроциркуляції, так і трофіки кардіоміоцитів. Через 24 години на перший план виступали вже виражені зміни деструктивного характеру в елементах паренхіми міокарда, які розвивалися на тлі відчутних гемодинамічних розладів у гемомікроциркуляторному руслі.
Застосування з коригувальною метою бурштинової кислоти, оксибутирату натрію та кверцетину на тлі моделювання адреналінової міокардіодистрофії запобігає розвитку структурних пошкоджень міокарда вже у перші дві години і значно нівелює їх розвиток протягом наступної доби. Причому позитивний ефект спостерігався як у гемомікроциркуляторному руслі, так і в морфофункціональному стані самих кардіоміоцитів.
Висновки. Кардіотоксична доза адреналіну спричиняє зміни дистрофічного характеру в кардіоміоцитах, у розвитку яких важливу роль відіграють розлади коронарного кровообігу і які прогресивно наростають від 2 до 24 годин спостереження після введення препарату. Кожен із застосованих середників: бурштинова кислота, оксибутират натрію і кверцетин – мають кардіопротекторний ефект за рахунок позитивного регулювального впливу на коронарний кровообіг і відповідного зниження ступеня гіпоксії міокарда. Більш виражені ангіопротекторні властивості відмічено у кверцетину, порівняно з бурштиновою кислотою і оксибутиратом натрію.